Sachverhalt:
A.
A.a. Mit der Totalrevision des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 2012 über die Förderung der Forschung und Innovation (FIFG; SR 420.1; in Kraft sei dem 1. Januar 2014) schuf der Bundesgesetzgeber die Grundlage dafür, dass der Bund die Errichtung eines schweizerischen Innovationsparks unterstützen kann. Im Juni 2012 setzte sich der Kanton Zürich zum Ziel, im Kanton einen Innovationspark zu realisieren und zog dabei das Flugplatzareal Dübendorf in Betracht. Dieses verfügt über eine Gesamtfläche von rund 230 ha und bildet die grösste strategische Landreserve im Eigentum des Bundes. Mit seinem Beschluss "Dübendorf: Innovationspark und ziviles Flugfeld mit Bundesbasis" vom 3. September 2014 entschied der Bundesrat, dem Kanton Zürich auf einer Teilfläche des bisherigen Militärflugplatzes Dübendorf künftig die Errichtung eines nationalen Innovationsparks zu ermöglichen und das übrige Areal als ziviles Flugfeld mit Bundesbasis zu nutzen. Dabei verfolgte er drei Ziele, nämlich die Interessen der Militäraviatik sowie der Zivilaviatik zu wahren und die Schaffung eines nationalen Innovationsparks am Standort Zürich zu fördern. Am 6. März 2015 verabschiedete der Bundesrat die Botschaft zur Ausgestaltung und Unterstützung des Schweizerischen Innovationsparks (BBl 2015 2943). Im September 2015 bewilligte die Bundesversammlung mit einfachem Bundesbeschluss die Unterstützung des schweizerischen Innovationsparks durch Abgabe von Grundstücken des Bundes an den jeweiligen Standortkanton zur Errichtung eines Standortes des Schweizerischen Innovationsparks, wobei diese Abgabe grundsätzlich im Baurecht und ohne Verzicht auf marktübliche Baurechtszinsen erfolgt und auch etappenweise umgesetzt werden kann (BBl 2015 7403).
A.b. In der Folge genehmigte der Bundesrat am 31. August 2016 die Anpassung der Teile C und D des Sachplans Militär (SPM) zu den räumlichen Konzeptionen der Militärflugplätze und zu den Anlagen in Dübendorf sowie den Sachplan Infrastruktur Luftfahrt (SIL). Darin ist unter anderem vorgesehen, dass die planerischen Rahmenbedingungen zum Innovationspark Zürich im Richtplan des Kantons Zürich festzulegen seien. Am 21. Dezember 2016 genehmigte der Bundesrat den öffentlich-rechtlichen Vertrag zwischen dem Schweizerischen Bundesrat mit der Stiftung "Switzerland Innovation" über den Innovationspark (BBl 2017 3299).
A.c. Am 29. Juni 2015 beschloss der Kantonsrat Zürich eine Teilrevision des kantonalen Richtplans und verankerte in dessen Karte und Text den Nationalen Innovationspark, Hubstandort Kanton Zürich. Dafür ist im Kopfbereich des Flughafenareals Dübendorf im Endausbau eine Fläche von rund 70 ha vorgesehen, davon in einer ersten Etappe bis 2030 ein Perimeter von maximal 37 ha. Die Realisierung des Innovationsparks soll auf einem kantonalen Gestaltungsplan beruhen. Dieser legt die zulässigen Bauten und Anlagen, deren Nutzung und die dem Standort für den Innovationspark angemessenen Nachhaltigkeitsstandards sowie die öffentlichen Räume fest. Er sichert die öffentliche Nutzung und naturnahe Gestaltung der freien Flächen und sorgt für die verkehrsmässige und sonstige Erschliessung. Zulässig sind Nutzungen, die unmittelbar dem Ziel dienen, Akteure aus Forschung und Entwicklung sowie der Produkt- und Dienstleistungserzeugung zu vernetzen und neues Wissen in Wertschöpfungsprozesse zu überführen. Dazu zählen grundsätzlich auch Nutzungen für Freizeit und Erholung sowie Wohnnutzungen, soweit diese für im Innovationspark tätige Akteure erforderlich sind (vgl. den Kantonalen Richtplan, Richtplantext Pt. 4.2.2 Nr. 49 sowie Pt. 6.2.2). Am 31. August 2016 genehmigte der Bundesrat die Teilrevision des kantonalen Richtplans.
A.d. Das Flugplatzareal Dübendorf liegt bisher praktisch vollständig im kantonalen Landwirtschaftsgebiet. Nur die grösstenteils denkmalgeschützten Bauten und Anlagen im Randbereich befinden sich in einer kommunalen Zone für öffentliche Bauten und Anlagen. Die geplante erste Etappe des Innovationsparks konzentriert sich auf den nordwestlichen Bereich des Flugplatzgebiets unter Einschluss der bestehenden Randbebauung. Der entsprechende Perimeter liegt auf dem Gemeindegebiet der Stadt Dübendorf und der Gemeinde Wangen-Brüttisellen. Fruchtfolgeflächen werden davon nicht erfasst. Im September 2015 gründete der Kanton Zürich zusammen mit der Eidgenössischen Technischen Hochschule Zürich (ETH) und der Zürcher Kantonalbank (ZKB) die Stiftung C._ als Trägerschaft des Innovationsparks am Hubstandort Zürich. Diese vereinbarte am 8. Februar 2017 einen Anschlussvertrag mit der Stiftung "Switzerland Innovation". Am 10. Dezember 2018 schlossen die Schweizerische Eidgenossenschaft und der Kanton Zürich die erforderlichen Verträge zur Einräumung des Baurechts an den betroffenen Grundstücken Dübendorf Kat.-Nr. 17535 und Wangen-Brüttisellen Kat.-Nr. 7228 für den Schweizerischen Innovationspark an den Kanton Zürich ab. In der Folge wurden verschiedene Gesellschaften zur Errichtung und zum Betrieb des Innovationsparks Zürich gegründet und die entsprechenden vertraglichen Vereinbarungen unterzeichnet.
A.e. Am 9. August 2017 erliess die Baudirektion des Kantons Zürich den kantonalen Gestaltungsplan "Innovationspark Zürich". Dagegen gelangte A._ mit einer als "Stimmrechtsrekurs" betitelten Eingabe an den Bezirksrat Uster mit dem Antrag, die Verfügung der Baudirektion vom 9. August 2017 aufzuheben. Dieser überwies den Rekurs an das Baurekursgericht des Kantons Zürich. Eine dagegen beim Verwaltungsgericht des Kantons Zürich erhobene Beschwerde blieb erfolglos. Mit gemeinsamer Eingabe vom 16. September 2017 erhoben A._ und B._ überdies direkt Rekurs beim Baurekursgericht. Dieses führte am 7. März 2018 einen Augenschein durch. Mit Entscheid vom 24. Oktober 2018 vereinigte es die beiden Rekursverfahren, trat auf die Rekurse von A._ mangels Beschwerdeberechtigung nicht ein und wies den Rekurs von B._ ab.
B.
Am 26. November 2018 erhoben A._ und B._ Beschwerde beim Verwaltungsgericht des Kantons Zürich. Dieses hiess die Beschwerde von A._ im Kostenpunkt gut, wies sie jedoch im Übrigen ab, soweit es darauf eintrat. Gleichzeitig hiess es die Beschwerde von B._ gut, soweit darauf einzutreten war, und hob den Entscheid des Baurekursgerichts sowie die Verfügung der Baudirektion vom 9. August 2017 über die Festsetzung des kantonalen Gestaltungsplans "Innovationspark Zürich", Dübendorf und Wangen-Brüttisellen, auf. Zugleich passte es die entsprechende Kosten- und Entschädigungsregelung an.
Zur Begründung führte das Verwaltungsgericht im Wesentlichen aus, es sei nicht rechtswidrig, A._ die Rekurslegitimation abzusprechen; hingegen sei B._ rekurs- und auch in der Sache beschwerdelegitimiert. Ein kantonaler Gestaltungsplan falle gemäss des anwendbaren Rechts nur in Betracht für die Realisierung von relativ konkret definierten einzelnen, allenfalls auch mehreren zusammenhängenden Bauten und Anlagen. Der strittige Gestaltungsplan gehe im Detaillierungsgrad zwar über die Regelungsintensität der Rahmennutzungsplanung hinaus, lege aber nicht konkrete Einzelbauten oder -anlagen, sondern lediglich eine Bauzone fest, die durch eine Vielzahl unterschiedlicher Bauten bei möglichen verschiedenen Bauherrschaften genutzt werden soll. Im Ergebnis handle es sich daher nicht um eine projektbezogene, sondern um eine generelle Bauzone, für deren Festsetzung die Gemeinden und nicht der Kanton zuständig seien. Richt- und Gestaltungsplanung dürften der gesetzlichen Planungs- und Bauordnung nicht vorgehen. Schliesslich sei der strittige Gestaltungsplan auch deshalb unzulässig, weil er mit der kantonalen Landwirtschaftszone, in welcher der grösste Teil seines Perimeters liege, nicht vereinbar sei. Der Innovationspark könne aufgrund seiner Grösse und der damit verbundenen räumlichen Auswirkungen ausserhalb der Bauzone auch nicht mit einer Ausnahmebewilligung zugelassen werden.
C.
Gegen das Urteil des Verwaltungsgerichts vom 8. Juli 2020 gingen beim Bundesgericht zwei Beschwerden in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ein.
C.a. Mit Beschwerde vom 11. September 2020 beantragt der Kanton Zürich, das Urteil des Verwaltungsgerichts aufzuheben und die Festsetzungsverfügung der Baudirektion vom 9. August 2017 über den kantonalen Gestaltungsplan "Innovationspark Zürich" zu bestätigen; eventuell sei die Sache zur Neubeurteilung an das Verwaltungsgericht zurückzuweisen. In prozessualer Hinsicht ersucht der Kanton darum, die Politischen Gemeinden Dübendorf und Wangen-Brüttisellen zum Verfahren beizuziehen. Zur Begründung wird im Wesentlichen geltend gemacht, auch B._ sei gar nicht in der Sache rekurs- und beschwerdelegitimiert gewesen. Materiell-rechtlich handle es sich beim Flugplatzareal Dübendorf um ein bundesrechtlich normiertes militärrechtliches Spezialgebiet, das gemäss der Sachplanung des Bundes baulich genutzt werde. Die raumplanerischen Kompetenzen des Bundes gingen insofern abweichenden kantonalen Planungen vor. Der Bund habe seine raumplanerische Kompetenz teilweise, nämlich hinsichtlich des Innovationsparks, an den Kanton Zürich delegiert. Davon habe der Kanton Gebrauch gemacht, womit der planungsrechtliche Zuständigkeitsbereich der jeweiligen Standortgemeinden entfallen sei. Das Verwaltungsgericht lege das kantonale Recht willkürlich aus, wenn es das im Gesetz vorgesehene Instrument des kantonalen Gestaltungsplans für den Innovationspark Zürich nicht zulasse. Das Flughafenareal Dübendorf lasse sich im Übrigen nicht landwirtschaftlich nutzen, enthalte keine Fruchtfolgeflächen und solle auch künftig nicht entsprechend bewirtschaftet werden. Die bestehende Landwirtschaftszone widerspreche, sofern sie überhaupt als rechtmässig anerkannt würde, sowohl der bundesrechtlichen Sach- als auch der kantonalen Richtplanung. Schliesslich könnte der Kanton auch ausnahmsweise davon abweichen.
A._ und B._ beantragen, auf die Beschwerde nicht einzutreten bzw. diese eventuell abzuweisen; ergänzend ersuchen sie um einen Augenschein und um Einholung von Berichten bei den betroffenen Verwaltungseinheiten und Fachgremien des Bundes. Die Gemeinde Wangen-Brüttisellen schliesst auf Gutheissung der Beschwerde. Auch die Stadt Dübendorf unterstützt die Anträge des Kantons vollumfänglich. Das Verwaltungsgericht stellt Antrag auf Abweisung der Beschwerde.
Im zweiten Schriftenwechsel halten der Kanton Zürich, A._ und B._ sowie die Gemeinde Wangen-Brüttisellen und die Stadt Dübendorf im Wesentlichen an ihren Standpunkten und Rechtsbegehren fest. Das Verwaltungsgericht verzichtete auf eine ergänzende Stellungnahme.
In einem dritten Schriftenwechsel äusserten sich der Kanton Zürich sowie A._ und B._ nochmals zur Sache. Die übrigen Verfahrensbeteiligten reichten keine Vernehmlassungen mehr ein.
C.b. Am 14. September 2020 erhoben in einer gemeinsamen Eingabe auch die Stiftung C._, die D._ AG sowie die E._ AG Beschwerde beim Bundesgericht mit dem Antrag, das Urteil des Verwaltungsgerichts vom 8. Juli 2020 aufzuheben und die Festsetzungsverfügung der Baudirektion vom 9. August 2017 zu bestätigen, eventuell die Streitsache zur Neubeurteilung an das Verwaltungsgericht zurückzuweisen. Die drei beschwerdeführenden juristischen Personen seien für die Realisierung des Innovationsparks Zürich zuständig bzw. daran beteiligt und hätten vertragliche Ansprüche auf Nutzung des fraglichen Flugplatzareals. Sie hätten keinen Anlass gehabt, sich am Verfahren vor dem Verwaltungsgericht zu beteiligen, seien nunmehr jedoch durch dessen Urteil beschwert. Im Wesentlichen machen sie geltend, nicht nur A._, sondern auch B._ habe es an der Rekurs- und Beschwerdelegitimation vor den unteren Instanzen gefehlt und diese beiden Personen hätten ihre Rechtsmittel überdies rechtsmissbräuchlich ergriffen. In materieller Hinsicht habe das Verwaltungsgericht den Sachverhalt offensichtlich unrichtig festgestellt, das einschlägige kantonale Recht willkürlich angewendet, die militärrechtliche Natur des Flugplatzareals Dübendorf unberücksichtigt gelassen und die raumplanungsrechtliche Unbeachtlichkeit der kantonalen Landwirtschaftszone verkannt.
Der Kanton Zürich schliesst auf Gutheissung der Beschwerde. A._ und B._ beantragen, auf die Beschwerde nicht einzutreten bzw. diese eventuell abzuweisen; ergänzend ersuchen sie um einen Augenschein und um Einholung von Berichten bei den betroffenen Verwaltungseinheiten und Fachgremien des Bundes. Die Stadt Dübendorf unterstützt die Anträge des Kantons vollumfänglich. Die Gemeinde Wangen-Brüttisellen reichte innert Frist keine Stellungnahme ein. Das Verwaltungsgericht stellt Antrag auf Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei.
Im zweiten Schriftenwechsel halten die drei beschwerdeführenden juristischen Personen, der Kanton Zürich, A._ und B._ sowie die Stadt Dübendorf im Wesenlichen an ihren Standpunkten und Rechtsbegehren fest. Die Gemeinde Wangen-Brüttisellen unterstützt nunmehr die Anträge der beschwerdeführenden juristischen Personen. Das Verwaltungsgericht verzichtete auf eine ergänzende Stellungnahme.
In einem dritten Schriftenwechsel äusserten sich der Kanton Zürich sowie A._ und B._ nochmals zur Sache. Die übrigen Verfahrensbeteiligten reichten keine Vernehmlassungen mehr ein.

Erwägungen:
1.
Die zwei bundesgerichtlichen Verfahren 1C_487/2020 und 1C_489/ 2020 richten sich gegen dasselbe Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Zürich und stehen in einem engen inhaltlichen Zusammenhang. Es rechtfertigt sich daher, die beiden Verfahren zu vereinigen.
2.
2.1. Gestützt auf Art. 82 lit. a BGG beurteilt das Bundesgericht Beschwerden gegen Entscheide in Angelegenheiten des öffentlichen Rechts. Beim angefochtenen Entscheid handelt es sich um einen kantonal letztinstanzlichen Endentscheid (vgl. Art. 86 Abs. 1 lit. d und Art. 90 BGG) im Bereich des Raumplanungs- und Baurechts, das zum öffentlichen Recht zählt und vom Anwendungsbereich der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten nicht ausgenommen ist (vgl. Art. 83 ff. BGG e contrario; <ref-ruling> E. 1.2 S. 251).
2.2. Mit der Beschwerde an das Bundesgericht kann in rechtlicher Hinsicht, von hier nicht interessierenden Ausnahmen abgesehen, nur die Verletzung von Bundesrecht unter Einschluss des Bundesverfassungsrechts (vgl. Art. 95 lit. a BGG) gerügt werden.
2.3. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat. Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (Art. 97 Abs. 1 i.V.m. Art. 105 Abs. 1 und 2 BGG). Offensichtlich unrichtig ist die Sachverhaltsfeststellung, wenn die vorinstanzliche Beweiswürdigung schlechterdings unhaltbar ist, d.h. wenn die Behörde in ihrem Entscheid von Tatsachen ausgeht, die mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch stehen, aktenwidrig sind oder auf einem offenkundigen Fehler beruhen (<ref-ruling> E. 2.3.1; <ref-ruling> E. 4.1.2; je mit Hinweisen). Auch die unvollständige Feststellung des massgeblichen Sachverhalts ist offensichtlich unrichtig (vgl. <ref-ruling> E. 3.1; <ref-ruling> E. 3.4.2).
2.4. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG). Es prüft grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind (Art. 42 Abs. 2 BGG; <ref-ruling> E. 2; <ref-ruling> E. 1.4.1). Dabei ist es weder an die in der Beschwerde vorgetragenen Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden (<ref-ruling> E. 3). Erhöhte Anforderungen an die Begründung gelten, soweit die Verletzung von Grundrechten (unter Einschluss des Willkürverbots) gerügt wird (Art. 106 Abs. 2 BGG; <ref-ruling> E. 1.4.2, mit Hinweisen).
3.
3.1. Gemäss Art. 89 Abs. 1 BGG ist zur Beschwerde legitimiert, wer vor der Vorinstanz am Verfahren teilgenommen oder keine Möglichkeit dazu erhalten hat (lit. a), durch den angefochtenen Entscheid besonders berührt ist (lit. b) und ein schutzwürdiges Interesse an dessen Aufhebung oder Änderung hat (lit. c). Diese Regelung ist in erster Linie auf Privatpersonen zugeschnitten, doch kann sich auch das Gemeinwesen darauf stützen, falls es durch einen angefochtenen Entscheid gleich oder ähnlich wie ein Privater oder aber in spezifischer Weise in der Wahrnehmung einer hoheitlichen Aufgabe betroffen wird und nicht bloss das allgemeine Interesse an der richtigen Rechtsanwendung geltend macht (<ref-ruling> E. 2.1.1 mit zahlreichen Hinweisen). Das kann bei vermögensrechtlichen Interessen der Fall sein, aber auch bei Eingriffen in spezifische eigene öffentliche Sachanliegen (<ref-ruling> E. 2.21). Das Bundesgericht hat die allgemeine Beschwerdebefugnis des Kantons namentlich bejaht in Fällen, in denen einem Entscheid präjudizielle Bedeutung für die öffentliche Aufgabenerfüllung zukam. In jedem Fall aber setzt die Beschwerdebefugnis zur Durchsetzung hoheitlicher Anliegen eine erhebliche Betroffenheit in wichtigen öffentlichen Interessen voraus; gestützt auf die allgemeine Legitimationsklausel von Art. 89 Abs. 1 BGG dürfen Gemeinwesen nur restriktiv zur Beschwerdeführung zugelassen werden (<ref-ruling> E. 2.1.1 mit zahlreichen Hinweisen).
3.2. Der im Verfahren 1C_487/2020 beschwerdeführende Kanton Zürich ist zunächst vom angefochtenen Entscheid als Baurechtsnehmer betroffen. Dieses Baurecht beruht zwar auf öffentlich-rechtlichen Verträgen mit dem Bund, verschafft dem Kanton aber eine vermögensrechtliche Stellung, die derjenigen einer Privatperson vergleichbar ist. Gleichzeitig verfolgt der Kanton mit der geplanten Realisierung des Innovationsparks Zürich ein eigenes öffentliches Sachanliegen, das auf wichtigen öffentlichen Interessen beruht. Gemäss Art. 32 Abs. 1 lit. a FIFG setzt die Unterstützung eines schweizerischen Innovationsparks durch den Bund, die durch die Bundesversammlung mit einfachem Bundesbeschluss bewilligt wird (vgl. Art. 32 Abs. 2 FIFG), unter anderem ein übergeordnetes nationales Interesse voraus. Mit dem entsprechenden Bundesbeschluss vom 9. September 2015 (BBl 2015 7403) und den daran anknüpfenden Unterstützungs- und Planungsbeschlüssen im Zusammenhang mit dem Innovationspark auf dem Flugplatz Dübendorf bestätigte der Bund das diesbezügliche nationale Interesse. Der Kanton Zürich war bereits in den vorinstanzlichen Verfahren durch die Baudirektion vertreten. Diese hat ihre Vertretungsbefugnis auch für das bundesgerichtliche Verfahren ausreichend dargetan. Der Kanton Zürich ist daher zur Beschwerdeführung vor dem Bundesgericht berechtigt.
3.3. Im Verfahren 1C_489/2020 erheben drei juristische Personen beim Bundesgericht Beschwerde.
3.3.1. Die Stiftung C._ (nachfolgend: Beschwerdeführerin 1) bezweckt gemäss ihren Statuten den Aufbau und den Betrieb des Innovationsparks Zürich als Teil des Schweizerischen Innovationsparks. Sie sorgt für die Rahmenbedingungen, die Innovationen begünstigen und die Vernetzung von Wissenschaft und Wirtschaft fördern. Sie hat sich verpflichtet, alle Pflichten, Vorgaben und Auflagen aus dem Forschungs- und Innovationsförderungsgesetz, den Stiftungsstatuten sowie dem öffentlich-rechtlichen Vertrag zwischen der Schweizerischen Eidgenossenschaft und der Stiftung zu übernehmen und einzuhalten. Dabei trägt sie die integrale Verantwortung für die Entwicklung, die Organisation und den Betrieb des Innovationsparks Zürich. Unter anderem ist sie vertraglich verpflichtet, erschlossenes Bauland bzw. bezugsbereite Geschossflächen bedarfs- und zeitgerecht bereitzustellen, und sie ist zudem designierte Unterbaurechtsnehmerin für den Innovationspark Zürich. Ohne planungsrechtliche Grundlagen ist es der Stiftung nicht möglich, ihren Verpflichtungen nachzukommen. Mit Blick auf ihre statutarischen und vertraglichen Verpflichtungen und Rechte ist sie durch den angefochtenen Entscheid stärker als die Allgemeinheit betroffen und damit grundsätzlich zur Beschwerde legitimiert.
3.3.2. Bei der D._ AG (nachfolgend: Beschwerdeführerin 2) handelt es sich um die Arealentwicklerin der Beschwerdeführerin 1. Sie übernahm vertraglich die Verantwortung für die erforderliche Projektentwicklung, Planung, Realisierung, Finanzierung und Vermarktung sowie für den späteren Betrieb der ersten Etappe des Innovationsparks Zürich, verbunden mit dem entsprechenden unternehmerischen Risiko. Sie verfügt über das Recht, die erforderlichen Unterbaurechte abzurufen. Auch die Beschwerdeführerin 2 ist daher mit Blick auf ihre Rechte und Pflichten auf die erforderlichen planungsrechtlichen Grundlagen angewiesen und grundsätzlich zur Beschwerde berechtigt.
3.3.3. Die Beschwerdeführerin 2 verpflichtete sich auch dazu, eine Arealentwicklungsgesellschaft für den Innovationspark Zürich zu gründen. Diesem Auftrag kam sie mit der Konstituierung der E._ AG (nachfolgend: Beschwerdeführerin 3) nach, an der die Beschwerdeführerin 2 massgeblich beteiligt ist. Die Beschwerdeführerin 3 bezweckt unter vorgegebener Aufgabenteilung mit der Beschwerdeführerin 2 die Entwicklung, den Bau und den Betrieb des Innovationsparks Zürich in Dübendorf. Sie kann Unterbaurechte beantragen. Diese Rechte und Pflichten führen mithin bei der Beschwerdeführerin 3 ebenfalls dazu, dass sie von der planungsrechtlichen Entwicklung abhängt und daher grundsätzlich zur Beschwerde legitimiert ist.
3.3.4. Bei allen drei Beschwerdeführerinnen im bundesgerichtlichen Verfahren 1C_489/2020 stellt sich die Frage, ob sie über eine öffentlich- oder privatrechtliche oder allenfalls über eine gemischte Rechtsnatur verfügen. Selbst wenn diese überwiegend öffentlich-rechtlich wäre, würden sie aber wie der Kanton Zürich im wichtigen öffentlichen Interesse öffentliche Sachanliegen wahrnehmen. Freilich waren alle drei Beschwerdeführerinnen am vorinstanzlichen Verfahren nicht beteiligt, was zusätzlich die Frage der formellen Beschwer aufwirft. Das Verwaltungsgericht weist in seiner Vernehmlassung an das Bundesgericht darauf hin, die drei Beschwerdeführerinnen hätten damals auch nicht einen Antrag auf Einbezug ins Verfahren gestellt. Die Beschwerdeführerin 1 habe sich einzig mit E-Mail vom 19. Februar 2020 nach dem Verfahrensstand erkundigt, worauf das Verwaltungsgericht sie an die Verfahrensparteien verwiesen habe. Erst nach Urteilsfällung sei eine Eingabe der Beschwerdeführerin 1 eingegangen. Die drei fraglichen Beschwerdeführerinnen waren jedoch durch den Entscheid des Baurekursgerichts nicht materiell beschwert und hatten keinen unmittelbaren Anlass, sich am verwaltungsgerichtlichen Verfahren zu beteiligen. Offenbar ging davon auch das Verwaltungsgericht aus, indem es die elektronische Anfrage nicht selbst beantwortete. Vielmehr ist das Rechtsschutzbedürfnis erst mit dem angefochtenen Urteil entstanden. Damit ist vom Erfordernis der formellen Beschwer abzusehen und es ist den drei Beschwerdeführerinnen im Verfahren 1C_489/2020 die Beschwerdelegitimation zuzusprechen.
4.
4.1. Auf Seiten der privaten Beschwerdegegner ist zu prüfen, in welchem Umfang sie berechtigt sind, am bundesgerichtlichen Verfahren teilzunehmen.
4.2. Das Verwaltungsgericht sprach dem Beschwerdegegner 2 die Legitimation im vorinstanzlichen Verfahren zu und hiess dessen Beschwerde in der Sache im Wesentlichen gut. Damit ist er grundsätzlich auch im bundesgerichtlichen Verfahren als Verfahrensbeteiligter zuzulassen. Da jedoch alle Beschwerdeführer die vorinstanzliche Einschätzung seiner Beschwerdeberechtigung als rechtswidrig rügen, wird das in der Folge bei der inhaltlichen Beurteilung der Beschwerden vorweg zu prüfen sein (vgl. hinten E. 5).
4.3. Hingegen sprach das Verwaltungsgericht dem Beschwerdegegner 1 die Beschwerdelegitimation im vorinstanzlichen Verfahren ab. Dieser hat dagegen keine Beschwerde erhoben. Allerdings hatte er dazu auch keinen Anlass, da das Verwaltungsgericht der Beschwerde seines Mitbeschwerdeführers im Wesentlichen und in dem Umfang Folge geleistet hatte, dass seinen Anliegen in der Sache nachgekommen worden war. War er in diesem Sinne materiell nicht mehr beschwert, konnte er auch gar nicht Beschwerde erheben. Es muss ihm daher vorbehalten bleiben, im Rahmen des Vernehmlassungsrechts als Verfahrensbeteiligter auch geltend zu machen, zu Unrecht nicht als beschwerdeberechtigt beurteilt worden zu sein. Diese Beschwerdelegitimation leitete er vor der Vorinstanz, wie nunmehr auch vor dem Bundesgericht, aus seiner Stellung als vom strittigen Gestaltungsplan betroffener Nachbar ab.
4.3.1. Nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung sind Nachbarn zur Beschwerdeführung gegen ein Bauvorhaben legitimiert, wenn sie mit Sicherheit oder zumindest grosser Wahrscheinlichkeit durch Immissionen wie Lärm, Staub, Erschütterungen, Licht oder andere Einwirkungen betroffen werden, die der Bau oder Betrieb der fraglichen Anlage hervorruft. Als wichtiges Kriterium zur Beurteilung der Betroffenheit dient in der Praxis die räumliche Distanz zum Bauvorhaben. Die Rechtsprechung bejaht in der Regel die Legitimation von Nachbarn, deren Liegenschaften sich in einem Umkreis von bis zu rund 100 m befinden. Bei grösseren Entfernungen muss eine Beeinträchtigung glaubhaft gemacht und gestützt auf eine Gesamtwürdigung der konkreten Verhältnisse beurteilt werden (<ref-ruling> E. 2.3 S. 220 f. mit Hinweisen). Der Beeinträchtigung muss ein gewisses Gewicht zukommen, um eine Betroffenheit zu begründen, die grösser ist als diejenige der Allgemeinheit (Urteil des Bundesgerichts 1C_87/2020 vom 16. Juli 2021 E. 2.2 mit Hinweisen).
4.3.2. Das Grundeigentum des Beschwerdegegners 1, auf das er seine Beschwerdeberechtigung stützen will, befindet sich in einer Distanz von rund 600 m vom Flugplatzrand bzw. vom Perimeter des strittigen Gestaltungsplans. Zwar trifft es zu, dass es bei einer Planung nicht allein auf die vorgesehenen Bauten und Anlagen, sondern im Wesentlichen auf die Auswirkungen des Planungsgebiets ankommt, wie der Beschwerdegegner 1 geltend macht. Aus dem "Dreifachnutzungskonzept" (Militär- und Zivilaviatik sowie Innovationspark) kann er aber nicht ableiten, wegen seiner Wohn- bzw. Eigentumssituation immissionsmässig stärker als die Allgemeinheit betroffen zu sein. Den entsprechenden ausführlichen Erwägungen der Vorinstanzen ist nichts beizufügen. Diese konnten ihm die Beschwerdeberechtigung absprechen, ohne dadurch Bundesrecht zu verletzen.
4.3.3. Damit sind die Eingaben der Beschwerdegegner insoweit aus dem bundesgerichtlichen Verfahren zu weisen, als sie die Anträge des Beschwerdegegners 1 enthalten und dessen Standpunkt wiedergeben.
5.
5.1. Wie bereits erwähnt (vgl. vorne E. 4.2), sehen die Beschwerdeführer einen Verstoss gegen Bundesrecht darin, dass das Verwaltungsgericht dem Beschwerdegegner 2 die Beschwerdeberechtigung zuerkannte. Ausdrücklich gerügt wird insoweit, im angefochtenen Urteil werde § 338a des zürcherischen Planungs- und Baugesetzes vom 7. September 1975 (PBG; LS 700.1) willkürlich angewendet. Würde dieser Auffassung gefolgt, hätte das Verwaltungsgericht auf die bei ihm erhobene Beschwerde nicht eintreten dürfen, womit es beim Entscheid des Baurekursgerichts sein Bewenden gehabt hätte.
5.2. Nach § 338a PBG ist zum Rekurs oder zur Beschwerde berechtigt, wer durch die angefochtene Anordnung berührt ist und ein schutzwürdiges Interesse an ihrer Aufhebung oder Änderung hat; dasselbe gilt für die Anfechtung von Erlassen. Gemäss der ständigen bundesgerichtlichen Rechtsprechung ist ein Entscheid willkürlich gemäss Art. 9 BV, wenn er offensichtlich unhaltbar ist, mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht, eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz krass verletzt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft. Das Bundesgericht hebt einen Entscheid jedoch nur auf, wenn nicht bloss die Begründung, sondern auch das Ergebnis unhaltbar ist; dass eine andere Lösung ebenfalls als vertretbar oder gar zutreffender erscheint, genügt nicht (<ref-ruling> E. 4.2 S. 516; <ref-ruling> E. 2.2 S. 72; je mit Hinweisen).
5.3. Der Beschwerdegegner 2 wohnt rund 80 m vom Gestaltungsplangebiet entfernt. Damit beträgt die Distanz zu diesem weniger als 100 m, was nach der Rechtsprechung grundsätzlich zur Bejahung der Beschwerdelegitimation führt (vgl. vorne E. 4.3.1). Auch die Vorinstanzen stützten sich darauf ab und berücksichtigten zusätzlich die städtebauliche Dimension der gemäss dem Gestaltungsplan erlaubten Bauten. Die Beschwerdeführer beurteilen dies als bundesrechtswidrig und ziehen die entsprechenden tatsächlichen Feststellungen als offensichtlich unrichtig in Frage. Die Sicht von der Liegenschaft des Beschwerdegegners 2 auf das Gestaltungsplangebiet sei stark eingeschränkt und die durch den Plan neu erlaubten Bauten befänden sich deutlich weiter entfernt. Die Distanz zum Baubereich A mit Bauten von maximal zulässiger Höhe von 13 m erreiche 145 m. Zum Baubereich B mit einer zulässigen Bauhöhe von 22.5 m betrage der Abstand mindestens 170 m. 27 m hohe Gebäude seien erst mit einem Abstand von bereits mehr als 200 m gestattet. Und die Baubereiche J2 und K2 mit zulässigen Hochhäusern von bis zu 61.5 m lägen in einer Distanz von 495 m.
5.4. Es kann hier offenbleiben, ob bzw. gegebenenfalls wann es bei Baubewilligungen für die Beurteilung der Beschwerdeberechtigung von Nachbarn auf die Distanz zur vorgesehenen Baute und nicht zur Parzellengrenze ankommt. Bei einem Plan ist in der Regel auf das vom Plan erfasste Gebiet abzustellen, es sei denn, dieser enthalte bereits Regelungen, die direkt Bauten zulassen und damit eigentliche Baubewilligungen ersetzen. Von Letzterem ist hier nicht auszugehen und solches wird auch nicht geltend gemacht. Vielmehr werden nach dem allfälligen Inkrafttreten des Gestaltungsplans die Bauprojekte grundsätzlich ordentlich zu bewilligen sein. Damit ist davon auszugehen, dass es für die Beurteilung der Beschwerdeberechtigung auf die Distanz zum vom Plan erfassten Perimetergebiet ankommt, und zwar unabhängig davon, ob auch Bauten bis zum Perimeterrand zulässig sind. Davon abzuweichen, würde besondere Gründe voraussetzen, was etwa in Betracht fiele, wenn bei einem äusserst grossen Plangebiet Bauten nur so weit entfernt zulässig sind, dass von keinerlei Beeinträchtigungen ausserhalb des Perimeters auszugehen wäre. Eine solche Situation liegt hier jedoch nicht vor. Die Distanz von der Wohnbaute des Beschwerdegegners 2 zum Planperimeter beträgt rund 80 m und es erscheint nachvollziehbar, dass er durch die Planung Beeinträchtigungen ausgesetzt ist. Diejenigen Sachverhaltsfeststellungen der Vorinstanz, die von den Beschwerdeführern teilweise als offensichtlich unrichtig gerügt werden, sind insoweit gar nicht massgeblich. Aber selbst wenn auf die tatsächlichen Darstellungen der Beschwerdeführer abgestellt würde, wäre die Beschwerdelegitimation des Beschwerdegegners 2 zu bejahen, weshalb dahingestellt bleiben kann, wie es sich mit der Richtigkeit der Sachverhaltsfeststellungen verhält.
5.5. Die Beschwerdeführer bringen zusätzlich vor, die Beschwerde des Beschwerdegegners 2 vor dem Verwaltungsgericht sei rechtsmissbräuchlich gewesen, da er sich vom Beschwerdegegner 1 habe instrumentalisieren lassen. Prozessualer Rechtsmissbrauch muss offensichtlich sein, um zum Verlust von Verfahrensrechten zu führen. Mit der Vorinstanz ist davon auszugehen, dass es keine Anhaltspunkte dafür gibt, dass der Beschwerdegegner 2 nicht im eigenen Interesse gehandelt oder andere als Rechtsschutzinteressen verfolgt hätte (vgl. dazu das Urteil des Bundesgerichts 1C_16/2017 vom 20. April 2018 E. 4.1). Allein, dass er vom Beschwerdegegner 1 möglicherweise zur Beschwerdeführung motiviert worden wäre, macht diese nicht offensichtlich missbräuchlich. Nachvollziehbare Belege für massgebliches missbräuchliches Verhalten liegen nicht vor.
5.6. Der Entscheid des Verwaltungsgerichts, die Legitimation des Beschwerdegegners 2 zu bejahen, entspricht der Regelung der Beschwerdeberechtigung im Bundesrecht. Es ist auch nicht ersichtlich und wird von den Beschwerdeführern nicht nachvollziehbar dargetan (vgl. dazu vorne E. 2.4), inwiefern in diesem Zusammenhang das kantonale Recht willkürlich ausgelegt und angewendet worden sein sollte, wie geltend gemacht wird. Schliesslich liegt kein offensichtlicher Rechtsmissbrauch vor. Die Streitsache ist daher inhaltlich zu prüfen. Da der Beschwerdegegner 2 berechtigt war, am vorinstanzlichen Verfahren teilzunehmen, und auch im bundesgerichtlichen Verfahren als Beteiligter anzuerkennen ist, sind ebenfalls seine Stellungnahmen in der Sache grundsätzlich zuzulassen.
6.
Verschiedentlich werden die tatsächlichen Feststellungen des Verwaltungsgerichts gerügt. Der Beschwerdegegner 2 beantragt dazu ausdrücklich die Einholung eines dokumentierten Berichts des Bundesamtes für Kultur (BAK) über die Aufnahme des Militärflugplatzes Dübendorf ins ISOS sowie der Korrespondenz dieses Amtes mit dem Bundesrat bzw. dem Eidgenössischen Departement für Verteidigung, Bevölkerungsschutz und Sport (VBS) und eventuell die Durchführung eines bundesgerichtlichen Augenscheins. Einen solchen hatte freilich schon das Baurekursgericht angeordnet. Weshalb nochmals ein Augenschein erforderlich wäre, ist nicht ersichtlich. Der Beschwerdegegner 2 legt auch nicht nachvollziehbar dar, inwiefern der verlangte ISOS-Bericht für den strittigen Gestaltungsplan wesentlich sein sollte. Insgesamt erscheinen die tatsächlichen Umstände im vorliegenden Verfahren als in genügendem Umfange erstellt und aktenkundig. Weder ist demnach ein Augenschein durch das Bundesgericht durchzuführen noch sind weitere Berichte einzuholen noch erweisen sich die Sachverhaltsfeststellungen im angefochtenen Urteil als offensichtlich unrichtig.
7.
7.1. In materiell-rechtlicher Hinsicht ist zunächst zu prüfen, ob sich der kantonale Gestaltungsplan direkt auf Bundesrecht stützen kann, das dem kantonalen Recht vorgeht, wie das teilweise von den Beschwerdeführern ausdrücklich oder zumindest sinngemäss geltend gemacht wird.
7.2. Nach Art. 13 des Bundesgesetzes vom 22. Juni 1979 über die Raumplanung (Raumplanungsgesetz, RPG; SR 700) erarbeitet der Bund Grundlagen, um seine raumwirksamen Aufgaben erfüllen zu können; er erstellt die nötigen Konzepte und Sachpläne und stimmt sie aufeinander ab (Abs. 1). Er arbeitet mit den Kantonen zusammen und gibt ihnen seine Konzepte, Sachpläne und Bauvorhaben rechtzeitig bekannt (Abs. 2). In gewissen Bereichen regelt die Sachgesetzgebung die Projektierung und Bewilligung von Anlagen des Bundes abschliessend und nimmt sie von der kantonalen und kommunalen Planungs- und Bewilligungspflicht aus. Das betrifft namentlich Bauten der Landesverteidigung (vgl. Art. 126 Abs. 3 des Bundesgesetzes vom 3. Februar 1995 über die Armee und die Militärverwaltung, Militärgesetz, MG; SR 510.10) und die Flugplätze (vgl. Art. 37 Abs. 4 des Bundesgesetzes vom 21. Dezember 1948 über die Luftfahrt, Luftfahrtgesetz, LFG; SR 748.0). Allerdings bestimmt Art. 37m Abs. 1 LFG, dass die Errichtung und Änderung von sog. Nebenanlagen, d.h. von Bauten und Anlagen, die nicht ganz oder überwiegend dem Flugplatzbetrieb dienen, dem kantonalen Recht unterstehen. In anderen Bereichen kommen dem Bund lediglich Teilkompetenzen zu, die er unter anderem über den Erlass von Sachplänen wahrnimmt, um damit die Raumnutzung zu steuern (vgl. JEANNERAT/BÜHLMANN, in: Aemisegger u.a. [Hrsg.], Praxiskommentar RPG: Richt- und Sachplanung, Interessenabwägung, 2019, Art. 13 Rz. 10 ff.; WALDMANN/HÄNNI, Raumplanungsgesetz, 2006, Art. 13 Rz. 3 f.). Nach Art. 30a der Verordnung vom 23. November 1994 über die Infrastruktur der Luftfahrt (VIL; SR 748.131.1) gelten insbesondere für Bauten, die ganz oder überwiegend für die zivile Benützung eines Militärflugplatzes erstellt, geändert oder umgenutzt werden, die Bestimmungen über die zivilen Flugplätze, wobei die Plangenehmigung im Einvernehmen mit dem Eidgenössischen Departement für Verteidigung, Bevölkerungsschutz und Sport (VBS) erteilt wird. Für den Schweizerischen Innovationspark findet sich im Forschungs- und Innovationsförderungsgesetz keine Bestimmung, welche die Projektierung und Bewilligung entsprechender Bauten und Anlagen von der kantonalen und kommunalen Planungs- und Bewilligungspflicht ausnimmt. Vorgesehen sind im Wesentlichen lediglich Unterstützungsmassnahmen durch den Bund (vgl. Art. 32 ff. FIFG).
7.3. Gemäss der Rechtsprechung ist aufgrund der Umstände des Einzelfalles zu bestimmen, ob ein Vorhaben überwiegend dem Betrieb einer der Bundeskompetenz unterliegenden Anlage dient und damit einzig in dessen raumplanerische Zuständigkeit fällt. Das trifft zu, wenn das Projekt baulich und funktionell, namentlich hinsichtlich Standort, Grösse und Zweck, einen unmittelbaren und engen Zusammenhang mit der jeweiligen Anlage aufweist (vgl. <ref-ruling> E. 4). Selbst wenn diese Voraussetzung nicht erfüllt ist, kann es sich bei Mischbauten als erforderlich oder sinnvoll erweisen, diese in die Bundesplanung aufzunehmen und mit der kantonalen bzw. kommunalen Planung zu koordinieren (vgl. JEANNERAT/BÜHLMANN, a.a.O., Art. 13 Rz. 48 f.).
7.4. Beim Schweizerischen Innovationspark Zürich handelt es sich weder um eine militärische Baute noch um eine solche der Luftfahrt. Er soll jedoch auf dem Gelände des Militärflugplatzes Dübendorf zusammen mit dessen teilweiser Umnutzung für die Zivilluftfahrt realisiert werden. Für die militärische und luftfahrttechnische Nutzung des Geländes besteht eine ausschliessliche Planungskompetenz des Bundes. Die erste Etappe des Innovationsparks betrifft einen Perimeterbereich, in dem bereits heute verschiedene, vorwiegend militärische, Bauten stehen. Das vermittelt dem Innovationspark jedoch weder einen vorrangig militärischen noch überwiegend zivilaviatischen Charakter. Vielmehr bleibt es davon losgelöst bei einem Forschungs- und Innovationszentrum, das im Wesentlichen aufgrund der geeigneten Ortsverhältnisse auf den Militärflugplatz Dübendorf zu liegen kommen soll, dessen bisherige Nutzung nicht mehr gleichermassen gefragt ist und geändert werden soll. Damit ist nicht davon auszugehen, dass die raumplanerische Zuständigkeit des Innovationsparks Zürich allein dem Bund zusteht und er diese nach eigenem Gutdünken dem Kanton Zürich übertragen kann.
7.5. Indessen ist nicht zu übersehen, dass das Projekt des Innovationsparks Zürich von der Grösse und Bedeutung her komplexe planerische Anforderungen stellt. Im Forschungs- und Innovationsförderungsgesetz wird dem Schweizerischen Innovationspark ein übergeordnetes nationales Interesse eingeräumt (vgl. Art. 32 Abs. 1 lit. a FIFG). Der Bund hat überdies sowohl den Sachplan Militär (SPM) zu den räumlichen Konzeptionen der Militärflugplätze und zu den Anlagen in Dübendorf als auch den Sachplan Infrastruktur Luftfahrt (SIL) für die Realisierung des Gesamtprojekts angepasst. Er hat darin ausdrücklich vorgesehen, dass die planerischen Rahmenbedingungen zum Innovationspark Zürich im Richtplan des Kantons Zürich festzulegen sind, und damit die kantonale Planung massgeblich vorgespurt. Insgesamt belegt dies ein erhebliches, ausserordentliches Bundesinteresse an der Planung und Realisierung des Innovationsparks Zürich. Auch wenn die Planungskompetenz des Bundes nicht integral der entsprechenden kantonalen Zuständigkeit vorgeht, ist bei der Auslegung und Anwendung der einschlägigen kantonalen Bestimmungen darauf zu achten, dass solche bedeutenden Bundesinteressen angemessen berücksichtigt werden.
8.
8.1. Die Beschwerdeführer rügen, das Verwaltungsgericht habe § 84 Abs. 2 PBG willkürlich ausgelegt und angewendet. Darin finden sich Ausführungen zu den kantonalen öffentlichen Gestaltungsplänen. Namentlich setzt gemäss dem ersten Satz der Bestimmung die zuständige Direktion Gestaltungspläne für Bauten und Anlagen fest. Im angefochtenen Urteil wird dazu im Wesentlichen ausgeführt, im Unterschied zu den kommunalen Gestaltungsplänen sei der zulässige Inhalt von kantonalen Gestaltungsplänen einschränkend zu definieren. § 84 Abs. 2 PBG sei so auszulegen, dass als Gegenstand von überkommunalen Gestaltungsplänen nur Einzelvorhaben, also relativ konkrete einzelne, allenfalls auch mehrere zusammenhängende, aber bereits detailliert definierte Bauten und Anlagen, infrage kommen. Nach § 36 und 39 PBG sei der Kanton Zürich hauptsächlich für die Festsetzung von Landwirtschafts- und Freihaltezonen zuständig. Es stehe ihm nicht zu, mit Gestaltungsplänen grössere Flächen als Bauzonen für relativ unbestimmte künftige Bauprojekte noch unbestimmter Bauherrschaften festzusetzen, wie dies bei allgemeinen (nicht projektbezogenen) Nutzungsplänen gemäss § 47 PBG zutreffe. Dafür seien nach § 2 lit. c in Verbindung mit § 45 PBG einzig die Gemeinden zuständig. Das Verwaltungsgericht stützt seine Auslegung von § 84 Abs. 2 PBG im Wesentlichen auf dessen Wortlaut und Entstehungsgeschichte sowie auf die bisherige Praxis. Im Unterschied zu Abs. 1 der Bestimmung, worin die kommunalen Gestaltungspläne geregelt seien, beschränke der Abs. 2 die kantonalen Gestaltungspläne auf "Bauten und Anlagen". Bei der Gesetzgebung sei dabei von "Bauten", "Objekten" oder "Werken" die Rede gewesen. In der bisherigen Praxis sei es denn auch immer um konkrete Bauten und Anlagen gegangen. Das angefochtene Urteil nennt eine Reihe entsprechender Beispiele.
8.2. Nach § 83 PBG werden mit Gestaltungsplänen für bestimmt umgrenzte Gebiete Zahl, Lage, äussere Abmessungen sowie die Nutzweise und Zweckbestimmung der Bauten bindend festgelegt. Dabei darf von den Bestimmungen über die Regelbauweise und von den kantonalen Mindestabständen abgewichen werden (Abs. 1). Für die Projektierung ist ein angemessener Spielraum zu belassen (Abs. 2). Gemäss der gesetzlichen Regelung sind die Grundeigentümer im Perimeter an die Festlegungen eines Gestaltungsplans gebunden. Gestaltungspläne sind Sondernutzungspläne und zählen begrifflich zu den Nutzungsplänen gemäss Art. 14 RPG (vgl. AEMISEGGER/KISSLING, in: Aemisegger u.a. [Hrsg.], Praxiskommentar RPG: Nutzungsplanung, 2016, Vorbemerkungen zur Nutzungsplanung, Rz. 59 ff.). Sie dienen den gleichen Zielen und sollen die optimale Überbauung eines bestimmten Gebiets ermöglichen. Zu diesem Zweck sehen die Gestaltungspläne für das jeweils erfasste Gebiet eine Spezialbauordnung vor. Bei der Festsetzung eines Gestaltungsplans besteht ein weiter Gestaltungsspielraum (<ref-ruling> E. 5.2). Auch wenn im vorliegenden Fall die einzelnen Bauten noch nicht im Detail umschrieben und deren Bauherrschaften bestimmt sind, handelt es sich doch um ein in sich geschlossenes Gesamtprojekt und nicht um die Schaffung einer Sondernutzungszone, die verschiedenen voneinander konzeptionell unabhängigen Bauten und Anlagen offensteht. Es ist daher von einem sog. projektbezogenen Gestaltungsplan auszugehen, mit dem der Innovationspark Zürich als planungspflichtiges Einzelvorhaben im öffentlichen Interesse realisiert werden soll (vgl. dazu AEMISEGGER/ KISSLING, a.a.O., Rz. 64 ff.; PLETSCHER MICHAEL, Der Gestaltungsplan i.e.S., 2021, S. 35 ff., Rz. 56 ff.).
8.3. Wie das Verwaltungsgericht im angefochtenen Entscheid und die Beschwerdeführer in ihren Rechtsschriften nachzeichnen, beruht die Regelung des kantonalen Gestaltungsplans auf der Rechtsprechung des Bundesgerichts, wonach aufgrund der bundesrechtlichen Planungspflicht für grössere Anlagen der Materialgewinnung und -ablagerung nicht nur deren Festlegung im kantonalen Richtplan, sondern zusätzlich auch deren Festlegung in einem Nutzungsplan, idealerweise einem Sondernutzungsplan, verlangt wurde (vgl. <ref-ruling> "Deponie Chrüzlen"). Mit <ref-ruling> führte das Bundesgericht das Koordinationsgebot im Bereich der Raumplanung und Umweltschutzgesetzgebung ein. Dieses bezweckt im Wesentlichen die prozessuale und materielle Harmonisierung der verschiedenen Verfahren im Zusammenhang mit einem Bauvorhaben (vgl. auch den inzwischen ergangenen entsprechenden Art. 25a RPG). Ein kantonaler Gestaltungsplan kann dazu dienen, diese erforderliche Koordination zu gewährleisten, und ist dazu unter Umständen sogar unerlässlich, wenn die nötige Harmonisierung ansonsten kaum möglich oder erheblich erschwert erscheint. Der Erlass eines kantonalen Gestaltungsplans kann sich insofern sinnvoll erweisen für die Umsetzung überkommunaler Projekte, um die Abstimmung und Abwicklung des Vorhabens sicherzustellen und Beeinträchtigungen durch widersprechende kommunale Planungen zu verhindern (vgl. JEANNERAT/MOOR, in: Aemisegger u.a. [Hrsg.], Praxiskommentar RPG: Nutzungsplanung, 2016, Art. 14 Rz. 32). Aufgrund dieser Rechtsprechung erliess der zürcherische Gesetzgeber in § 44a PBG eine Sonderbestimmung für die Materialgewinnung und -ablagerung. Überdies passte er die §§ 84 und 89 PBG an und trug dabei mit der entsprechenden Regelung des kantonalen Gestaltungsplans der bundesgerichtlichen Rechtsprechung Rechnung. Dabei mag es zutreffen, dass in der Regel konkrete Bauvorhaben den Inhalt solcher Pläne bilden. Das vom Verwaltungsgericht genannte Beispiel der Hochbauvorhaben im Hochschulgebiet Zürich-Zentrum belegt jedoch auch, dass ebenfalls grossflächige, von verschiedenen Trägern verfolgte komplexe Projekte davon erfasst sein können.
8.4. Der in § 84 Abs. 2 PBG enthaltene Begriff der "Bauten und Anlagen" findet sich bereits in Art. 22 RPG. Die Praxis verfolgt dabei eine weite Auslegung dieses bundesrechtlichen Begriffspaars (vgl. ALEXANDER RUCH, in: Aemisegger u.a. [Hrsg.], Praxiskommentar RPG: Baubewilligung, Rechtsschutz und Verfahren, 2020, Art. 22 R. 32 ff.). Zwar ist es nicht ausgeschlossen, dass das kantonale Recht dieselben Begriffe anders verwendet als das Bundesrecht. Bei der Umsetzung der gemeinsam von Bund und Kantonen zu erfüllenden Aufgabe der Raumplanung erscheint eine weitgehende Harmonisierung der Rechtsbegriffe aber sinnvoll. Die Auslegung von § 84 Abs. 2 PBG kann überdies nicht losgelöst von der Grundbestimmung von § 83 PBG erfolgen. Darin wird der Inhalt der Gestaltungspläne in allgemeiner Weise sowohl für solche der Gemeinden als auch des Kantons definiert. Eine Beschränkung auf konkrete Bauten und Anlagen ist nicht vorgesehen. Wenn der Wortlaut von § 84 Abs. 2 PBG diese Begriffe aufnimmt, heisst das daher nicht zwingend, dass damit eine einschränkende Auslegung verbunden ist. Vielmehr ist der entsprechende Satz als Ganzes zu lesen, wonach es um Bauten und Anlagen geht, die im kantonalen oder in einem regionalen Richtplan enthalten sind. Die kantonalen Gestaltungspläne auf konkrete Bauten und Anlagen zu beschränken, nimmt solchen Plänen eine wesentliche Gestaltungsfunktion und führt letztlich zum Wegfall des Gestaltungsspielraums, der sie grundsätzlich kennzeichnet, wie bereits aus ihrer Bezeichnung hervorgeht. Dem Kanton muss es vielmehr offenstehen, im Rahmen seiner Koordinationsaufgabe situationsadäquat eine Sondernutzungsplanung vorzusehen, die ein komplexes Projekt nicht schon fast wie eine Bewilligung, sondern noch mit einem gewissen Abstraktionsgrad regelt und dadurch eine optimale Nutzung des erfassten Gebiets nach den sich nachfolgend im Detail zu bestimmenden oder sich ergebenden Bedürfnissen ermöglicht. § 84 Abs. 2 PBG so auszulegen, dass die Anwendung eines kantonalen Gestaltungsplans nur bei ausreichend detaillierten Bauvorhaben zulässig ist, kann sich daher angesichts des Umstands, dass eine solche Auslegung vom Gesetzeswortlaut und der Systematik her nicht zwingend erscheint, als nicht situationsadäquat und damit als unsachlich bzw. willkürlich erweisen. Dies gilt vor allem dann, wenn andernfalls die vom Bundesrecht vorgeschriebene Harmonisierung der verschiedenen Verfahren ohne kantonalen Gestaltungsplan zumindest erheblich erschwert würde.
8.5. Für den vorliegend zu beurteilenden Fall bedeutet dies, dass bei der Anwendung von § 84 Abs. 2 PBG die Ausgangslage mitzuberücksichtigen ist. Mit dem Innovationspark Zürich soll ein Projekt im überwiegenden nationalen Interesse auf einem dem Bund gehörenden Perimeter, der im Gebiet von zwei Gemeinden liegt, realisiert werden. Das Vorhaben bildet eine räumliche und funktionale Einheit. Die erforderliche Koordination der insbesondere bau- und umweltschutzrechtlichen Anforderungen in zwei kommunalen Sondernutzungsregelungen wäre höchst komplex und nur schwierig umzusetzen. Beide betroffenen Gemeinden berufen sich denn auch nicht auf ihre Autonomie, sondern unterstützen im Gegenteil die vom Kanton gewählte Vorgehensweise mit einem kantonalen Gestaltungsplan. Ein solcher ist überdies für den Innovationspark Zürich in der Richtplanung des Kantons vorgesehen und entspricht der Komplexität des Projekts. Die vom Bundesrecht vorgeschriebene Harmonisierung der verschiedenen Verfahren erscheint ohne kantonalen Gestaltungsplan erheblich erschwert. Angesichts der konkreten Verhältnisse erweist sich der angefochtene Entscheid daher als nicht der Situation angepasst und damit als unsachlich bzw. willkürlich.
9.
9.1. Zu prüfen bleibt abschliessend, wieweit es erforderlich ist, dass der kantonale Gestaltungsplan mit der bestehenden Raumordnung vereinbar ist. Die fraglichen Grundstücke liegen zurzeit wie der ganze bestehende Militärflugplatz Dübendorf in der Landwirtschaftszone. Nach Auffassung des Verwaltungsgerichts und des Beschwerdegegners 2 wird diese Grundordnung durch den strittigen Gestaltungsplan gänzlich missachtet, weshalb dieser auch deswegen rechtswidrig sei.
9.2. Gemäss der bundesgerichtlichen Rechtsprechung gilt für ein Grundstück, dessen militärische Nutzung aufgegeben wird, grundsätzlich die allgemeine raumplanungsrechtliche Grundordnung. Befindet es sich im Nichtbaugebiet, braucht es für die Umnutzung einer Baute oder Anlage grundsätzlich eine Ausnahmebewilligung nach Art. 24 ff. RPG (vgl. etwa das Urteil des Bundesgerichts 1C_336/2015 vom 19. Januar 2016). Für Bauten oder Anlagen, die wie hier einer Umweltverträglichkeitsprüfung bedürfen, sind Ausnahmebewilligungen allerdings weitgehend ausgeschlossen; hingegen fallen dafür Gestaltungspläne als Sondernutzungspläne in Betracht (vgl. THIERRY TANQUEREL, in: Aemisegger u.a. [Hrsg.], Praxiskommentar RPG: Nutzungsplanung, 2016, Art. 21 Rz. 59). Zwar setzt die Schaffung einer Bauzone bzw. Spezialnutzungszone für ein bestimmtes Projekt in der Regel voraus, dass die Planungsmassnahme den Zielen und Grundsätzen der raumplanungsrechtlichen Nutzungsplanung entspricht. Davon kann aber abgewichen werden, wenn sie auf einer sachlich vertretbaren Interessenabwägung beruht. Diesfalls sind selbst im Landwirtschaftsgebiet Sondernutzungszonen nicht ausgeschlossen. Dabei sind freilich hohe Anforderungen an die sachgerechte Interessenabwägung zu stellen. Insbesondere ist darzulegen, weshalb die betreffenden Nutzungen nicht zweckmässig innerhalb des Siedlungsgebiets untergebracht werden können, und es ist den für Fruchtfolgeflächen geltenden Anforderungen Rechnung zu tragen (vgl. das Urteil des Bundesgerichts 1C_13/2012 vom 24. Mai 2012 E. 3.1 und 3.2). Auch der Richtplan des Kantons Zürich sieht im Übrigen für öffentliche Aufgaben und andere spezielle Nutzungen ausdrücklich die Möglichkeit von Ausnahmen im Landwirtschaftsgebiet vor. Die genaue Tragweite von solchen im Richtplan als "Durchstossung" bezeichneten Abweichungen ist allerdings unter den Verfahrensbeteiligten umstritten.
9.3. Nach Art. 16 RPG dienen Landwirtschaftszonen der langfristigen Sicherung der Ernährungsbasis des Landes, der Erhaltung der Landschaft und des Erholungsraums oder dem ökologischen Ausgleich und sie sollen diesen Funktionen entsprechend von Überbauungen weitgehend freigehalten werden. Der hier massgebliche Planperimeter ist bereits heute weitgehend überbaut. Die in Art. 16 RPG genannten Zwecke des Landwirtschaftslands können daher von vornherein nicht erfüllt werden. Ob dies für den vom Gestaltungsplan nicht erfassten grösseren Bereich des bisherigen Militärflugplatzes, der weiterhin weitgehend aviatisch genutzt wird, anders zu beurteilen wäre, kann hier dahingestellt bleiben. Fruchtfolgeflächen sind im gesamten Flugplatzgelände nicht vorhanden. Angesichts dieser Sachlage ist die Einstufung des vom strittigen Gestaltungsplan erfassten Perimeters als Landwirtschaftsland fragwürdig und sollte überdacht werden. Die Frage, wieweit sich der Innovationspark auch im Siedlungsgebiet, wie er im Richtplan ausgeschieden ist, realisieren liesse, tritt bei dieser Ausgangslage in den Hintergrund. Im Übrigen handelt es sich beim für die erste Etappe des Innovationsparks vorgesehenen Bereich mit 37 ha um ein grosses Entwicklungsgebiet. Insgesamt bildet dieses jedoch ein Teilgebiet der Gesamtfläche des Flugplatzes Dübendorf von rund 230 ha, der weiterhin wie bisher aviatisch genutzt wird. Ins Gewicht fällt sodann, dass die Errichtung des Innovationsparks Zürich im gesetzlich anerkannten übergeordneten nationalen Interesse liegt (vgl. Art. 32 Abs. 1 lit. a FIFG), wodurch seine gesamtschweizerische Bedeutung unterstrichen wird. Schliesslich ist der Innovationspark Zürich im kantonalen Richtplan vorgesehen, worin ausdrücklich festgehalten ist, dass seine Realisierung durch einen kantonalen Gestaltungsplan erfolgen soll. Diese Grundlage befindet sich auf zumindest gleicher Stufe wie die im kantonalen Richtplan allgemein vorgesehene Grundordnung und vermag diese entsprechend zu ergänzen. Damit kommt es nicht darauf an, ob die Ausnahmeregelung des Richtplans für eine "Durchstossung" des Landwirtschaftsgebiets anwendbar ist oder nicht, wobei immerhin festgehalten werden kann, dass selbst der Richtplan in diesem Sinne Abweichungen nicht absolut ausschliesst. Unter diesen Umständen ergibt eine Abwägung der einschlägigen Interessen, dass es zulässig ist, die Zuordnung des fraglichen Gebiets zur Landwirtschaftszone durch den kantonalen Gestaltungsplan zu übersteuern.
9.4. Die bisherige Zuordnung des Gestaltungsplangebiets zur Landwirtschaftszone hindert demnach dessen Neuregelung im kantonalen Gestaltungsplan nicht.
10.
Was die Verfahrensbeteiligten sonst noch beantragen oder geltend machen, ist von vornherein nicht geeignet, den Verfahrensausgang zu beeinflussen. Es ist daher nicht weiter darauf einzugehen.
11.
Der angefochtene Entscheid verstösst gegen Bundesrecht. Die Beschwerden sind gutzuheissen, das Urteil des Verwaltungsgerichts ist aufzuheben und die Festsetzungsverfügung der Baudirektion des Kantons Zürich vom 9. August 2017 zum kantonalen Gestaltungsplan "Innovationspark Zürich" ist zu bestätigen. Demgemäss wird das Verwaltungsgericht über die Verlegung der Kosten und Entschädigungen in den vorinstanzlichen Verfahren neu zu entscheiden haben.
Bei diesem Verfahrensausgang sind die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens den zwei unterliegenden, in beiden Verfahren gleichen Beschwerdegegnern unter Solidarhaft aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 und 5, Art. 65 BGG). Dem im Verfahren 1C_487/2020 beschwerdeführenden Kanton Zürich steht als Gemeinwesen keine Parteientschädigung zu. Die drei Beschwerdeführerinnen im Verfahren 1C_489/2020 sind entgegen der Auffassung der Beschwerdegegner Partei und nicht bloss weitere Beteiligte; sie sind jedoch mit der Realisierung des Innovationsparks Zürich betraut und nehmen daher unabhängig von ihrer Rechtsnatur öffentlich-rechtliche Aufgaben wahr, weshalb sie ebenfalls über keinen Anspruch auf Parteientschädigung verfügen (vgl. Art. 68 Abs. 3 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die bundesgerichtlichen Verfahren 1C_487/2020 und 1C_489/2020 werden vereinigt.
2.
Die Beschwerden werden gutgeheissen, das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Zürich vom 8. Juli 2020 wird aufgehoben und die Festsetzungsverfügung der Baudirektion des Kantons Zürich vom 9. August 2017 zum kantonalen Gestaltungsplan "Innovationspark Zürich" wird bestätigt.
3.
Das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich wird über die Verlegung der Kosten und Entschädigungen in den vorinstanzlichen Verfahren neu zu entscheiden haben.
4.
Die Gerichtskosten von Fr. 4'000.-- werden den Beschwerdegegnern 1 und 2 unter Solidarhaft auferlegt.
5.
Eine Parteientschädigung wird nicht zugesprochen.
6.
Dieses Urteil wird den Parteien, der Baudirektion des Kantons Zürich, dem Stadtrat Dübendorf, dem Gemeinderat Wangen-Brüttisellen und dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 3. Abteilung, 3. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 12. November 2021
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Kneubühler
Der Gerichtsschreiber: Uebersax