Faits :
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A. Par publication dans la Feuille d'avis officielle du canton de Genève (ci-après: FAO) du 15 décembre 2014, le comité d'initiative composé de Maria Magdalena Gautrot, Serge Patek, Freddy Santschi, Thierry Schaffhauser et Zoltan Szalai a lancé l'initiative populaire communale intitulée "Pour un développement cohérent et responsable des Grands Esserts" (ci-après: l'initiative), qui a la teneur suivante:
"Le Conseil municipal de la ville de Veyrier exerce son droit d'initiative pour l'adoption d'un plan localisé de quartier (PLQ) régissant l'intégralité du périmètre des Grands Esserts visé par l'étape 1 de la première phase - tel que délimité par le document intitulé "plan d'ensemble des Grands Esserts" de novembre 2014 -, dans le respect des principes essentiels suivants:
a) le périmètre mentionné ci-dessus fait l'objet d'un seul PLQ;
b) 285 logements sont prévus au maximum sur le périmètre, à destination prioritaire, pour partie d'entre eux, des habitants de la commune;
c) une mixité sociale (répartition équilibrée entre les logements PPE, logements sociaux, etc.) est assurée dans les limites de la législation;
d) des surfaces commerciales sont réparties sur le périmètre parmi lesquelles un centre commercial communal de maximum 3'500 m2;
e) toutes les cessions de droits nécessaires à l'équipement public (y compris les mesures destinées à permettre d'assurer une mobilité sereine, dans le respect des règles environnementales de planification) sont, dans les limites de la loi, assurées".
Par arrêtés publiés respectivement dans la FAO du 24 avril 2015 et dans celle du 28 juillet 2015, le Conseil d'Etat du canton de Genève (ci-après: le Conseil d'Etat) a constaté l'aboutissement de l'initiative communale et l'a déclarée valide.
Le 19 avril 2016, le Conseil municipal de la ville de Veyrier (ci-après: le Conseil municipal) a accepté l'initiative, chargeant le Conseil administratif d'élaborer un projet de mise en oeuvre.
Le 24 janvier 2017, le Conseil municipal a adopté la délibération suivante:
Le Conseil municipal décide, par 12 oui et 10 absentions:
1. D'accompagner la mise en oeuvre des PLQ des pièces "Maison de Vessy" et "Beaux-Champs" afin de garantir:
e.a) La réalisation sur le périmètre des PLQ susnommés de 285 logements au maximum et de surfaces commerciales, dont un centre commercial à vocation communale d'au maximum 3'500 m2.
e.b) Les travaux de construction des premiers logements de la pièce "Maison de Vessy" ne pourront débuter avant le dépôt de la requête en autorisation de construire pour la pièce "Beaux-Champs - centre commercial et logements".
e.c) Les cessions des terrains nécessaires aux aménagements des espaces publics prévus dans les différents PLQ qui devront être intégrés au domaine public communal.
2. De concrétiser les autres demandes de l'initiative en donnant mandat au Conseil administratif de transmettre les demandes ci-dessous au Conseil d'Etat et de faire toutes démarches nécessaires pour le suivi de la mise en oeuvre de celles-ci:
e.c.a) Les habitants de la commune devront, à dossier égal, avoir une priorité lors de la première attribution des logements qui seront réalisés dans le périmètre des Grands Esserts.
e.c.b) La mise en place de deux lignes de bus desservant le territoire communal et le quartier des Grands Esserts à l'arrivée des premiers habitants.
e.c.c) L'appui du canton pour la concrétisation du réaménagement du chemin communal de Pinchat en collaboration avec la Ville de Carouge pour la partie de ce chemin située sur son territoire et du canton pour le secteur du Rondeau de Carouge. Cet appui concerne notamment la négociation des emprises nécessaires sur les parcelles privées concernées.
e.c.d) Que sur la route de Veyrier, dans le tronçon du Val d'Arve, une piste cyclable ainsi qu'un parcours piétons soient aménagés en site propre afin que ce parcours garantisse la sécurité des divers usagers.
e.c.e) Que sur la route de Vessy, la capacité du pont actuel soit notablement améliorée, soit par le dédoublement du pont, soit par la suppression des trottoirs existants, permettant ainsi la création d'une voie de bus en site propre, et la construction en aval ou en amont d'une passerelle légère destinée à la mobilité douce piétons-vélos, soit par tout autre moyen garantissant la séparation et la sécurité des divers modes de transport.
e.c.f) La réalisation des aménagements des routes cantonales de Veyrier et de Vessy pour permettre une meilleure fluidité du trafic.
e.c.g) La concrétisation du projet de liaisons routières L1 et L2 entre l'autoroute de contournement et la route de Pierre-Grand.
3. D'ouvrir au Conseil administratif un crédit pour la réalisation de ces mesures de CHF 120'000.-.
4. De comptabiliser les dépenses prévues dans le compte des dépenses des investissements, puis de les porter à l'actif du bilan de la commune de Veyrier dans le patrimoine administratif.
5. D'autoriser le Conseil administratif à prélever le montant des dépenses prévues à l'article 2 sur les disponibilités.
6. D'amortir la dépense nette prévue de CHF 120'000.- au moyen de 10 annuités qui figureront au budget de fonctionnement sous la rubrique 79.331 "Amortissement des crédits d'investissements ouverts au Conseil administratif" de 2018 à 2027.
Par acte du 30 janvier 2017, le comité d'initiative ainsi que ses membres ont recouru auprès de la Chambre constitutionnelle de la Cour de justice du canton de Genève (ci-après: la Cour de justice) contre cette décision, concluant à son annulation, au constat d'une violation des droits politiques et à ce qu'il soit fait injonction au Conseil municipal d'adopter une mise en oeuvre de l'initiative conforme à son texte. Par arrêt du 30 août 2017, la Cour de justice a partiellement admis le recours, annulé la délibération du Conseil municipal du 24 janvier 2017 dans la mesure où elle comportait le refus de concrétiser l'initiative par le biais d'un seul plan localisé de quartier (PLQ) englobant les pièces urbaines "Maison de Vessy" et "Beaux-Champs" et a invité la commune à s'atteler à l'élaboration d'un seul projet de PLQ pour ledit périmètre.
Par acte du 30 janvier 2017, le comité d'initiative ainsi que ses membres ont recouru auprès de la Chambre constitutionnelle de la Cour de justice du canton de Genève (ci-après: la Cour de justice) contre cette décision, concluant à son annulation, au constat d'une violation des droits politiques et à ce qu'il soit fait injonction au Conseil municipal d'adopter une mise en oeuvre de l'initiative conforme à son texte. Par arrêt du 30 août 2017, la Cour de justice a partiellement admis le recours, annulé la délibération du Conseil municipal du 24 janvier 2017 dans la mesure où elle comportait le refus de concrétiser l'initiative par le biais d'un seul plan localisé de quartier (PLQ) englobant les pièces urbaines "Maison de Vessy" et "Beaux-Champs" et a invité la commune à s'atteler à l'élaboration d'un seul projet de PLQ pour ledit périmètre.
B. Le 10 octobre 2017, le Conseil municipal a adopté la délibération suivante:
Le Conseil municipal décide, à l'unanimité - 24 oui:
1. D'annuler l'art. 1 let. a, b et c de la délibération du 24 janvier 2017, conformément à l'arrêt de la chambre constitutionnelle du 30 août 2017.
2. D'engager toutes les démarches utiles afin de présenter un PLQ unique pour les pièces urbaines "Maison de Vessy" et "Beaux-Champs" du périmètre des Grands Esserts dans la mesure du possible en liaison avec le DT et en concertation avec les investisseurs institutionnels intéressés à développer le périmètre des Grands Esserts.
3. De prélever les dépenses engendrées par ces démarches sur le crédit voté de CHF 120'000.- le 24 janvier 2017.
4. D'amortir ces dépenses selon les modalités définies par la délibération du 24 janvier 2017.
Le 4 décembre 2017, le Conseil administratif a écrit au Département du territoire, sollicitant l'élaboration d'un PLQ respectant les exigences de l'arrêt cantonal, en particulier l'intégration des pièces urbaines "Maison de Vessy" et "Beaux-Champs" dans un seul PLQ.
Le 26 janvier 2018, le Département a pris note de cette demande, à laquelle il n'entendait pas répondre favorablement en raison de l'avancement des différentes procédures, en particulier les deux PLQ distincts déjà adoptés pour les pièces urbaines "Maison de Vessy" et "Beaux-Champs".
Le 5 avril 2018, le Conseil administratif a informé le comité d'initiative qu'il était actuellement à la recherche de mandataires permettant d'élaborer le cahier des charges pour l'appel d'offres à effectuer pour la réalisation d'un PLQ unique. Le 2 mai 2018, il a convié le comité d'initiative à la séance de la commission du 24 mai 2018, lors de laquelle les initiants ont maintenu l'initiative et réitéré leur volonté d'élaboration d'un PLQ unique. Le 24 décembre 2018, la commune a fait paraître dans le système d'information sur les marchés publics en Suisse un appel d'offres en procédure ouverte, intitulé "formalisation d'un PLQ communal pour les Grands Esserts", en vue de trouver des mandataires pour l'élaboration d'un PLQ unique pour les pièces urbaines "Maison de Vessy" et "Beaux-Champs". Le 30 janvier 2019, le Conseil administratif a répondu au comité d'initiative qu'un appel d'offres avait été lancé et que le crédit d'étude concernant l'élaboration d'un PLQ serait porté à l'ordre du jour de la séance du Conseil municipal de mars 2019, l'adjudication du mandat étant liée à l'acceptation de ce crédit. Le 13 février 2019, le comité d'initiative a fait part au Conseil administratif de ses inquiétudes, dès lors que la soumission du PLQ unique à un crédit d'étude était susceptible de conduire à un blocage, en cas de refus par le Conseil municipal ou les citoyens: l'élaboration du PLQ devait ainsi s'effectuer dans le cadre financier des délibérations des 24 janvier et 10 octobre 2017 et, en cas d'insuffisance du budget, faire l'objet d'un dépassement de crédit. Il le priait de lui indiquer les mesures qu'il entendait prendre afin d'établir le PLQ unique dans les meilleurs délais.
Le 15 mars 2019, le Conseil administratif a informé le comité d'initiative que, dans la mesure où toutes les soumissions reçues étaient supérieures au crédit voté le 10 octobre 2017, un crédit complémentaire serait demandé au Conseil municipal.
Le 17 avril 2019, le Conseil d'Etat a adopté le PLQ n° 30038 concernant la pièce urbaine "Beaux-Champs" (ci-après: le PLQ "Beaux-Champs"), qui a fait l'objet de recours actuellement pendants auprès de la Cour de justice.
Le 6 mai 2019, le Conseil administratif a adjugé le marché à un bureau d'architectes.
Lors de sa séance du 14 mai 2019, le Conseil municipal a refusé l'entrée en matière sur la proposition du Conseil administratif demandant un crédit d'étude complémentaire de 197'000 fr. pour l'établissement du PLQ unique.
Le 2 août 2019, le Conseil administratif a répondu au comité d'initiative qu'il considérait que l'initiative avait été concrétisée par la délibération du Conseil municipal du 24 janvier 2017, modifiée et complétée par celle du 10 octobre 2017 faisant suite à l' arrêt cantonal: l'initiative avait dès lors été traitée dans les délais légaux.
En parallèle, par arrêté du 27 avril 2016, le Conseil d'Etat a approuvé le PLQ "Maison de Vessy". Les recours interjetés contre cet arrêté ayant été rejetés par la Cour de justice du canton de Genève, ce qu'a confirmé le Tribunal fédéral (arrêt 1C_228/2018 et 1C_229/2018 du 18 juillet 2019), ce PLQ est entré en force le 18 juillet 2019.
Le 2 septembre 2019, le comité d'initiative, ainsi que Maria Magdalena Gautrot, Serge Patek, Freddy Santschi, Thierry Schaffhauser et Zoltan Szalai (ci-après: le comité d'initiative et consorts) ont recouru auprès de la Cour de justice contre "l'absence de concrétisation par les autorités politiques" de la commune de l'initiative, concluant au constat d'un déni de justice de la part de la commune et à une violation des droits politiques, à ce qu'il soit enjoint au Conseil administratif et au Conseil municipal de la commune, sous la menace des peines de l'<ref-law>, d'adopter une mise en oeuvre concrète et effective de l'initiative. Par arrêt du 6 février 2020, la Cour de justice a déclaré le recours irrecevable pour cause de tardiveté.
Le 2 septembre 2019, le comité d'initiative, ainsi que Maria Magdalena Gautrot, Serge Patek, Freddy Santschi, Thierry Schaffhauser et Zoltan Szalai (ci-après: le comité d'initiative et consorts) ont recouru auprès de la Cour de justice contre "l'absence de concrétisation par les autorités politiques" de la commune de l'initiative, concluant au constat d'un déni de justice de la part de la commune et à une violation des droits politiques, à ce qu'il soit enjoint au Conseil administratif et au Conseil municipal de la commune, sous la menace des peines de l'<ref-law>, d'adopter une mise en oeuvre concrète et effective de l'initiative. Par arrêt du 6 février 2020, la Cour de justice a déclaré le recours irrecevable pour cause de tardiveté.
C. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, le comité d'initiative et consorts demandent au Tribunal fédéral d'annuler l'arrêt du 6 février 2020, de constater le déni de justice commis par le canton de Genève en lien avec la concrétisation de l'initiative litigieuse et de renvoyer la cause à l'instance précédente pour nouvelle décision au sens des considérants sous 30 jours.
La Cour de justice s'en rapporte à justice quant à la recevabilité du recours et persiste dans les considérants et le dispositif de son arrêt. Le Conseil d'Etat soutient que le recours doit être déclaré sans objet car l'entier du périmètre de l'initiative n'est pas disponible, de sorte que l'initiative souffre d'un obstacle insurmontable à sa concrétisation et est inexécutable d'un point de vue juridique. La Ville de Veyrier conclut principalement à l'irrecevabilité du recours et subsidiairement à son rejet. Les recourants ont répliqué par courrier du 15 juin 2020.

Considérant en droit :
1.
Le Tribunal fédéral examine d'office la recevabilité des recours qui lui sont soumis (<ref-law>).
1.1. Dirigé contre une décision d'irrecevabilité prise en dernière instance cantonale (art. 86 al. 1 let. d LTF) dans le domaine des droits politiques, le recours est en principe recevable comme recours en matière de droit public qui concerne le droit de vote des citoyens ainsi que les élections et votations populaires (art. 82 let. c LTF).
1.2.
1.2.1. Selon l'<ref-law>, en matière de droits politiques, quiconque a le droit de vote dans l'affaire en cause a qualité pour recourir. La qualité pour recourir au sens de l'art. 89 al. 1 et 3 LTF suppose encore que la partie recourante ait un intérêt actuel digne de protection à l'annulation ou à la modification de la décision entreprise. Cet intérêt doit exister non seulement au moment du dépôt du recours, mais encore au moment où l'arrêt est rendu. Le Tribunal fédéral fait exceptionnellement abstraction de l'exigence d'un intérêt actuel lorsque la contestation peut se reproduire en tout temps dans des circonstances identiques ou analogues, que sa nature ne permet pas de la soumettre à une autorité judiciaire avant qu'elle ne perde son actualité et qu'il existe un intérêt public suffisamment important à résoudre la question litigieuse (<ref-ruling> consid. 1.3.1 p. 143 et la jurisprudence citée).
Si l'intérêt actuel disparaît en cours de procédure, le recours devient sans objet, alors qu'il est irrecevable si l'intérêt actuel faisait déjà défaut au moment du dépôt du recours (<ref-ruling> consid. 1.3.1 p. 143 et la jurisprudence citée). De cette manière, les tribunaux sont assurés de trancher uniquement des questions concrètes et non de prendre des décisions à caractère théorique, ce qui répond à un souci d'économie de procédure (<ref-ruling> consid. 1.3 p. 276). Ainsi, une partie qui n'est pas concrètement lésée par la décision ne possède pas la qualité pour recourir.
1.2.2. En l'espèce, l'intérêt des recourants est d'obtenir la concrétisation de l'initiative municipale litigieuse, laquelle tend à avoir un seul et unique PLQ pour l'ensemble du périmètre des Grands Esserts concernant les deux pièces urbaines "Maison de Vessy" et "Beaux-Champs". Or l'entier du périmètre concerné fait déjà l'objet de deux PLQ distincts, le PLQ "Maison de Vessy" adopté par le Conseil d'Etat le 27 avril 2016 et entré en force le 18 juillet 2019 ainsi que le PLQ "Beaux-Champs" adopté le 17 avril 2016 par le Conseil d'Etat - qui fait l'objet actuellement d'un recours devant la Cour de justice. L'objectif de l'initiative en question qui est d'obtenir un PLQ unique pour ce secteur est ainsi devenu impossible depuis l'adoption définitive du PLQ "Maison de Vessy", celui-ci ne pouvant plus être modifié afin de respecter le principe de la stabilité des plans découlant du droit fédéral (cf. art. 21 al. 2 LAT).
Le principe de la stabilité des plans est un aspect du principe de la sécurité du droit, qui doit permettre aux propriétaires fonciers, comme aux autorités chargées de mettre en oeuvre la planification, de compter sur la pérennité des plans d'affectation (<ref-ruling> consid. 4.2 p. 198). Ceux-ci doivent toutefois être révisés lorsque les circonstances déterminantes se sont modifiées depuis leur adoption (art. 21 al. 2 LAT). Pour apprécier l'évolution des circonstances et la nécessité d'adapter un plan d'affectation, une pesée des intérêts s'impose. Sont en particulier à prendre en considération, le temps écoulé depuis l'entrée en vigueur du plan, la mesure dans laquelle celui-ci a été concrétisé, l'importance des motifs de révision, l'étendue de la modification envisagée et l'intérêt public qu'elle poursuit (<ref-ruling> consid. 3.1; <ref-ruling> consid. 4.2 et les références; arrêt 1C_656/2018 du 4 mars 2020 consid. 6.1.1). Plus le plan est récent, plus on peut compter sur sa stabilité, laquelle doit être assurée en principe pour quinze ans au moins (art. 15 al. 1 et 4 let. b LAT; <ref-ruling> consid. 4e p. 145). Lorsque le plan litigieux est en vigueur depuis quelques années seulement, il y a lieu de démontrer que les besoins pour les quinze années suivant son adoption ont été mal ou sous-estimés et que, sur les autres points déterminants, les circonstances se sont sensiblement modifiées (<ref-ruling> consid. 4.2 p. 199; <ref-ruling> consid. 2c p. 233). C'est seulement dans des circonstances exceptionnelles qu'un plan récent d'une année et demie pourrait être amené à subir, par la voie de l'initiative populaire, une modification sous la forme d'un déclassement (arrêt 1P.489/2001 du 4 décembre 2001). Lorsque le droit cantonal permet à des tiers, par le biais de l'initiative législative, de requérir une modification de la planification, cela ne saurait toutefois affaiblir la présomption de validité et de stabilité du plan d'affectation, car ces principes découlent du droit fédéral (<ref-ruling> consid. 4.4 p. 201; <ref-ruling> consid. 2c in fine p. 233 et consid. 2e p. 234). Un changement d'avis de la population ou une modification du rapport de forces politique ne constituent pas une modification sensible des circonstances au sens de l'art. 21 al. 2 LAT, lorsque le plan est récent (<ref-ruling> consid. 4.4 p. 201; <ref-ruling> consid. 1a/cc p. 327; <ref-ruling> consid. 3 p. 114; cf. THIERRY TANQUEREL, Commentaire pratique LAT: planifier l'affectation, 2016, n. 49 ad art. 21 LAT et les références citées; ANDREAS HOHL, Probleme des Initiativrechts auf dem Gebiet des Baurechts und der Raumplanung, thèse Zurich 1989, p. 29 et 89). Or le PLQ "Maison de Vessy" du 27 avril 2016 n'a que quatre ans de validité et est entré en force le 18 juillet 2019, de sorte qu'il s'agit d'un plan récent dont la stabilité doit être assurée en principe pour quinze ans au moins.
Par conséquent, l'admission éventuelle du présent recours ne pourrait conduire à la concrétisation de l'initiative litigieuse puisque celle-ci a perdu son objet le 18 juillet 2019. Les recourants n'ont donc aucun intérêt juridique actuel à obtenir l'annulation de l'arrêt attaqué; l'admission de leur recours ne leur procurerait aucun avantage de droit matériel.
1.2.3. Les recourants se prévalent enfin du passage suivant de l'arrêt du 30 août 2017 rendu par la Cour de justice dans la présente cause: "le lancement, le traitement et l'acceptation de l'initiative n'ont à juste titre pas été considérés comme contraires au droit du fait que la procédure d'adoption du PLQ [Maison de Vessy] était en cours et a abouti à l'adoption de ce dernier. Ladite initiative doit le cas échéant être comprise comme visant à la modification ou même à l'abrogation dudit PLQ, sans que ne puisse, à ce stade, être discerné un abus manifeste du droit d'initiative populaire municipale". Les recourants estiment que cet arrêt a tranché de façon impérative le débat juridique sur l'exécutabilité de l'initiative et l'intérêt actuel au recours.
Les recourants perdent cependant de vue que lorsque cet arrêt a été rendu, le 30 août 2017, le PLQ "Maison de Vessy" n'était pas définitivement entré en force. La situation est différente aujourd'hui, et ce depuis le 18 juillet 2019, date de l'entrée en force du PLQ "Maison de Vessy". Dans ces conditions, les recourants ne sauraient déduire de l'arrêt cantonal précité des arguments à l'appui de leur position.
2.
Le recours est par conséquent déclaré irrecevable faute d'intérêt actuel, aux frais des recourants qui succombent (<ref-law>). Il n'est pas alloué de dépens à la commune intimée qui a agi dans l'exercice de ses attributions officielles (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est irrecevable.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 1'000 francs, sont mis à la charge des recourants.
3.
Il n'est pas alloué de dépens.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux mandataires des recourants et de la Commune de Veyrier, au Conseil d'Etat du canton de Genève et à la Chambre constitutionnelle de la Cour de justice du canton de Genève.
Lausanne, le 5 octobre 2020
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Chaix
La Greffière : Tornay Schaller