Faits :
A.
Les Communes d'Yverdon-les-Bains et de Montagny-près-Yverdon, par leurs municipalités respectives, se sont adressées au Département des infrastructures et des ressources humaines du canton de Vaud (ci-après: le Département) le 2 avril 2019, afin de lui demander de subventionner, à hauteur de 22'000'000 fr., la construction d'une route intercommunale et régionale qui, selon elles, revêtait un intérêt régional et cantonal.
B.
Par décision du 18 septembre 2019, le Conseil d'Etat du canton de Vaud (ci-après: le Conseil d'Etat) a rejeté la demande de subventionnement en raison de son dépôt tardif. Les communes intéressées ont contesté ce prononcé le 21 octobre 2019 auprès de la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal du canton de Vaud (ci-après: le Tribunal cantonal). Parallèlement à ce recours, elles ont formé un recours en matière de droit public auprès du Tribunal fédéral, dans l'éventualité où la décision du Conseil d'Etat ne serait pas susceptible de recours devant le Tribunal cantonal en raison de son caractère politique prépondérant. Par arrêt du 6 novembre 2019, le Tribunal cantonal a déclaré le recours irrecevable, faute pour les communes de bénéficier de la qualité pour recourir. Par arrêt du 10 janvier 2020, le Tribunal fédéral a rayé du rôle la procédure pendante devant lui, devenue sans objet (arrêt 2C_896/2019).
C.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public et celle, subsidiaire, du recours constitutionnel, les Communes d'Yverdon-les-Bains et de Montagny-près-Yverdon demandent au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, de réformer l'arrêt du Tribunal cantonal du 6 novembre 2019 en le déclarant recevable et d'enjoindre celui-ci à inviter le Conseil d'Etat à transmettre au Grand Conseil du canton de Vaud (ci-après: le Grand Conseil) la demande de subvention comme objet de sa compétence; subsidiairement d'admettre cette demande; plus subsidiairement de leur permettre de déposer à nouveau leur demande auprès de l'autorité compétente; encore plus subsidiairement de constater la nullité de la décision du Conseil d'Etat.
La Tribunal cantonal renonce à se déterminer. Le Conseil d'Etat conclut au rejet du recours. Dans des déterminations subséquentes, les Communes d'Yverdon-les-Bains et de Montagny-près-Yverdon, ainsi que Conseil d'Etat ont encore confirmé leurs conclusions.

Considérant en droit :
1.
1.1. Selon l'art. 83 let. k LTF, le recours en matière de droit public est irrecevable contre les décisions en matière de subventions auxquelles la législation ne donne pas droit. Selon la jurisprudence, il existe un droit à la subvention lorsque la législation elle-même précise de manière suffisamment concrète les conditions d'octroi de la prestation, sans laisser à l'appréciation des autorités d'application le soin de déterminer si un montant sera ou non alloué (cf. <ref-ruling> consid. 1.2 p. 126). En principe, il n'existe pas, en droit cantonal vaudois, de droit à l'octroi d'une subvention (art. 2 al. 1 de la loi vaudoise du 22 février 2005 sur les subventions [LSubv/VD; BLV 610.15]). L'art. 2 al. 2 LSubv/VD réserve toutefois les dispositions contraires expresses. En l'occurrence, selon l'arrêt entrepris, la subvention en cause est fondée sur la loi vaudoise du 10 décembre 1991 sur les routes (LRou/VD; BLV 725.01). Ce sont plus particulièrement les art. 53 ss LRou/VD qui traitent des questions financières relatives aux routes. S'agissant de routes communales d'intérêt régional ou de routes traversant des localités, les art. 56 al. 2 et 57 al. 1 LRou/VD prévoient que l'Etat peut accorder des subventions aux communes. On constate ainsi que les dispositions légales sont de nature potestatives et qu'il n'existe par conséquent pas de droit à la subvention. Les explications des recourantes, qui avancent, de manière appellatoire, que le Grand Conseil a accordé au Conseil d'Etat un crédit cadre de 40'000'000 fr. pour assurer le financement des projets communaux de construction de routes n'y changent rien. Il s'agit là en réalité de l'utilisation, par les autorités, de la possibilité que leur laisse la loi de subventionner ces projets. Cela n'octroie pas pour autant un droit à la subvention, la loi ne prévoyant pas elle-même précisément et de manière suffisamment concrète les conditions d'octroi de la prestation. Dans ces conditions, le recours en matière de droit public doit être déclaré irrecevable. C'est à juste titre que les recourantes ont également formé un recours constitutionnel subsidiaire (<ref-law>).
1.2. D'après l'<ref-law>, a qualité pour former un recours constitutionnel quiconque a pris part à la procédure devant l'autorité précédente ou a été privé de la possibilité de le faire (let. a) et a un intérêt juridique à l'annulation ou à la modification de la décision attaquée (let. b). Le recours constitutionnel peut être formé pour violation des droits constitutionnels (<ref-law>).
1.2.1. La voie de droit du recours constitutionnel subsidiaire n'est toutefois en principe pas ouverte aux collectivités publiques. Font exception les communes ou autres collectivités publiques lorsqu'elles agissent sur le plan du droit privé ou qu'elles sont atteintes dans leur sphère privée de façon identique ou analogue à un particulier ou alors qu'elles peuvent se plaindre d'une violation de leur autonomie, d'une atteinte à leur existence ou à l'intégrité de leur territoire garantie par le droit cantonal (<ref-ruling> consid. 2 p. 95 et les références). Lorsqu'elle se plaint de violation de son autonomie, la collectivité publique peut dénoncer tant les excès de compétence de l'instance de recours cantonale que la violation par celle-ci des règles du droit fédéral, cantonal ou communal qui régissent la matière. Par ailleurs, c'est seulement dans la mesure où la garantie de son autonomie est directement en cause que la commune peut invoquer une violation de son droit d'être entendue ou l'arbitraire dans l'établissement des faits, puisqu'en tant que collectivité publique agissant comme détentrice de la puissance publique, elle n'est en principe pas titulaire de tels droits (<ref-ruling> consid. 1.2 p. 291 et les références).
1.2.2. Les recourantes invoquent en premier lieu une garantie de leur autonomie communale, estimant en substance qu'il ne faut pas dissocier l'exécution des tâches dévolues aux communes dans le cadre de leur autonomie, du processus de financement intimement lié et indispensable à l'exécution de ces tâches. Elles estiment ainsi être autonomes en matière de constructions publiques et, partant, dans la présente cause. Pour le surplus, les recourantes se plaignent encore de diverses violations de leurs droits de parties, tels un déni de justice formel, la garantie de l'accès au juge, du principe de séparation des pouvoirs et d'arbitraire. Elles affirment finalement que le refus de subvention aura un impact sur leurs finances respectives.
1.2.3. En premier lieu, il convient de relever que, dans l'arrêt 2P.299/2004 du 22 décembre 2004, le Tribunal fédéral a déjà eu l'occasion d'examiner la question de l'autonomie communale en lien avec le subventionnement de routes dans le canton de Vaud. Il était arrivé à la conclusion que les communes ne disposaient d'aucune compétence pour décider si et dans quelle mesure il y avait lieu d'accorder ou non les subventions cantonales pour les routes communales (arrêt 2P.299/2004 du 22 décembre 2004 consid. 2.2). L'exemple cité par les recourantes, en l'occurrence l'<ref-ruling>, est fondamentalement différent de la présente cause, puisque dans cet arrêt, le canton bénéficiaire de la subvention fédérale avait un droit à celle-ci. Par conséquent, dans la mesure où les recourantes ne peuvent pas se prévaloir de leur autonomie communale, il ne leur est pas non plus possible d'invoquer la violation de leurs droits de parties.
En tant que les recourantes mentionnent l'existence d'un impact sur leurs finances, cet argument ne saurait permettre au Tribunal fédéral d'entrer en matière sur le recours constitutionnel subsidiaire. En effet, et à supposer qu'un subventionnement auquel les recourantes n'ont pas droit peut impacter leurs finances, les communes intéressées n'expliquent à aucun moment quel impact elles auraient à subir. Or, l'<ref-law> exige d'elles qu'elles motivent à suffisance la recevabilité d'un recours qui pose un problème particulier (cf. <ref-ruling> consid. 2.2.3 p. 48 et les références). Il en va de même en tant qu'elles mentionnent brièvement le principe d'égalité de traitement.
1.3. Faute d'intérêt juridiquement protégé, le recours constitutionnel doit donc être déclaré irrecevable.
2.
Les recourantes font par ailleurs valoir que la décision initiale, rendue le 18 septembre 2019 par le Conseil d'Etat, est nulle.
2.1. La nullité absolue d'une décision peut être invoquée en tout temps devant toute autorité et doit être constatée d'office. Elle ne frappe que les décisions affectées des vices les plus graves, manifestes ou du moins facilement décelables, et pour autant que la constatation de la nullité ne mette pas sérieusement en danger la sécurité du droit. Hormis dans les cas expressément prévus par la loi, il n'y a lieu d'admettre la nullité qu'à titre exceptionnel, lorsque les circonstances sont telles que le système d'annulabilité n'offre manifestement pas la protection nécessaire. Des vices de fond n'entraînent qu'à de rares exceptions la nullité d'une décision; de graves vices de procédure, ainsi que l'incompétence qualifiée de l'autorité qui a rendu la décision sont des motifs de nullité (<ref-ruling> consid. 11.2 p. 260; <ref-ruling> consid. 3.1 p. 503 s. et les références).
Entrent avant tout en considération comme motifs de nullité l'incompétence fonctionnelle et matérielle de l'autorité appelée à statuer, ainsi qu'une erreur manifeste de procédure (<ref-ruling> consid. 2.2 p. 497; <ref-ruling> consid. 3.1 p. 503). La décision d'une autorité fonctionnellement et matériellement incompétente pour statuer est affectée d'un vice grave, qui constitue en principe un motif de nullité, à moins que l'autorité ayant statué ne dispose d'un pouvoir décisionnel général dans le domaine concerné (<ref-ruling> consid. 2.4.3 p. 225; <ref-ruling> consid. 3g p. 47), c'est-à-dire lorsque cette autorité s'est prononcée dans une affaire qui ne tombe manifestement pas dans son domaine de compétence (arrêt 1C_447/2016 du 31 août 2017 consid. 3.4 et les références).
2.2. En l'occurrence, il ressort de l'arrêt entrepris que, par décision du 21 octobre 2019, le Conseil d'Etat a rejeté la demande de subvention de 22'000'000 fr. en raison de la tardiveté de celle-ci (cf. art. 16 du règlement vaudois d'application de la loi du 10 décembre 1991 sur les routes du 19 janvier 1994 [RLRou/VD; BLV 725.01.1] qui prévoit que la demande doit être déposée avant le début des travaux). L'art. 58 LRou/VD, qui figure dans le chapitre relatif aux dispositions financières et qui porte l'intitulé "Compétences financières en matière de subventions" dispose à son al. 1 que les subventions prévues par les art. 56 et 57 LRou/VD sont accordées par décret du Grand Conseil lorsqu'elles dépassent 500'000 fr. et par le Conseil d'Etat lorsqu'elles n'atteignent pas ce montant. Certes, il peut dès l'abord paraître surprenant que le Conseil d'Etat ait rejeté une demande de subvention dépassant de beaucoup la limite de 500'000 fr. prévue par la loi cantonale. On doit néanmoins relever que le Conseil d'Etat n'est pas totalement incompétent dans la matière en cause, puisqu'il a justement la possibilité d'octroyer des subventions pour des montants jusqu'à un demi million de francs. En outre et surtout, la loi prévoit que pour les montants de subvention supérieurs, c'est le Grand Conseil qui accorde la subvention. Le verbe "accorder" n'exclut pas que, lorsque les conditions légales en vue de l'obtention de la subvention ne sont pas réunies, comme par exemple, en l'espèce, en cas de dépôt tardif de la demande, le Conseil d'Etat ne propose même pas au Grand Conseil de statuer sur celle-ci. S'agissant de droit cantonal, dont l'interprétation n'est revue que sous l'angle de l'arbitraire par le Tribunal fédéral (cf. <ref-ruling> consid. 4.2 p. 293), il n'est pas insoutenable de retenir, comme l'a fait le Conseil d'Etat dans sa détermination au Tribunal fédéral, que le Grand Conseil ne soit là que pour approuver les dépenses cantonales importantes. Sur le vu de ces explications, on ne saurait considérer que la décision du 18 septembre est nulle, étant ici rappelé que la nullité d'une décision ne doit intervenir qu'à titre tout à fait exceptionnel.
3.
Compte tenu des considérants qui précèdent, le recours doit être déclaré irrecevable. Les recourantes, qui succombent et dont l'intérêt patrimoniale est en cause, supportent les frais judiciaires, solidairement entre elles (art. 66 al. 1, 4 et 5 LTF). Il n'est pas alloué de dépens (art. 68 al. 1 et 3 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est irrecevable.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 25'000 fr., sont mis à la charge des recourantes, solidairement entre elles.
3.
Le présent arrêt est communiqué aux mandataires des recourantes, au Conseil d'Etat et à la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal du canton de Vaud.
Lausanne, le 18 septembre 2020
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Seiler
Le Greffier : Tissot-Daguette