Faits :
A.
A._ (1962) et B._ (1967) se sont mariés le 31 mars 2004. Ils ont eu deux enfants, C._ (2004), et D._ (2009).
À la suite de leur séparation en 2011, les enfants ont vécu principalement avec leur mère. Le père a régulièrement exercé ses relations personnelles à l'égard de ses fils, les prenant en charge un jour et une nuit par semaine ainsi qu'un week-end sur deux et la moitié des vacances scolaires.
B.
B.a. Le 5 janvier 2016, les parties ont déposé une requête commune de divorce avec accord partiel portant sur l'exercice en commun de l'autorité parentale. Ils ont réservé notamment les questions relatives à la garde des enfants, à l'éventuel droit aux relations personnelles, à la contribution d'entretien et à la liquidation du régime matrimonial. Au printemps 2017, la mère et les enfants ont déménagé de U._ (GE) pour V._ (GE). De janvier 2016 à août 2017, les enfants ont continué à manger avec leur père trois midis par semaine.
Par ordonnance de mesures provisionnelles du 23 août 2017, le Tribunal de première instance de Genève (ci-après: le Tribunal de première instance) a attribué à la mère la garde des enfants, réservant un large droit aux relations personnelles au père. Dite ordonnance a été partiellement confirmée par arrêt du 5 décembre 2017 de la Chambre civile de la Cour de justice du canton de Genève (ci-après: la Cour de justice) sur ces points, restreignant quelque peu le droit aux relations personnelles du père.
B.b. Par jugement du 28 juin 2019, le Tribunal de première instance a prononcé le divorce des parties et a notamment attribué la garde des enfants à la mère, réservé un droit aux relations personnelles au père et condamné celui-ci à verser une contribution d'entretien de 1'500 fr. à chacun de ses enfants. L'ex-époux a également été condamné à verser une créance de 102'679 fr. 04 à titre de liquidation du régime matrimonial.
Par acte du 16 septembre 2019, l'ex-époux a interjeté appel contre cette décision concluant notamment à titre principal à l'instauration d'une garde alternée et à ce qu'il doive verser à son ex-épouse une créance de 40'405 fr. 30 à titre de liquidation du régime matrimonial. Par arrêt du 9 juin 2020, la Cour de justice a rejeté l'appel et confirmé le premier jugement.
C.
Par acte du 20 août 2020, A._ exerce un recours en matière civile au Tribunal fédéral. Il conclut à l'annulation de l'arrêt attaqué, à l'instauration d'une garde alternée sur les deux enfants, au partage par moitié entre les parties des frais des enfants, celui-ci s'engageant à assumer seul les frais scolaires, les primes d'assurance maladie, les frais médicaux et les frais de transport, au partage par moitié des allocations familiales et des bonifications AVS pour tâches éducatives, à " ordonner la liquidation du régime matrimonial et donner acte à A._ de son engagement à verser à B._ une soulte d'un montant de 40'405 fr. 30, pour solde de tout compte au titre de la liquidation du régime matrimonial ", à compenser les dépens, à condamner les parties à se partager par moitié les frais judiciaires et à débouter la citée de toutes autres conclusions.
L'intimée n'a pas été invitée à se déterminer.

Considérant en droit :
1.
Le recours a été déposé en temps utile (<ref-law>) et dans la forme prévue par la loi (<ref-law>), contre une décision finale (<ref-law>), par une partie qui a succombé en dernière instance cantonale et sur recours (art. 75 et 76 LTF), dans une affaire civile (<ref-law>) de nature non pécuniaire dans son ensemble (parmi plusieurs: arrêts 5A_489/2019 du 24 août 2020 consid. 2.1, 5A_159/2020 du 4 mai 2020 consid. 1, 5A_168/2016 du 29 septembre 2016 consid. 1 et les références). Le recours est en principe recevable.
2.
2.1. Le recours en matière civile peut être formé pour violation du droit, tel qu'il est délimité par les art. 95 s. LTF. Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (<ref-law>). Cela étant, eu égard à l'exigence de motivation contenue à l'art. 42 al. 1 et 2 LTF, il n'examine en principe que les griefs soulevés (<ref-ruling> consid. 2.4 et les références). Le recourant doit par conséquent discuter les motifs de la décision entreprise et indiquer précisément en quoi il estime que l'autorité précédente a méconnu le droit (<ref-ruling> consid. 1.7.1; <ref-ruling> consid. 2.4 et la référence). Le Tribunal fédéral ne connaît par ailleurs de la violation de droits fondamentaux que si un tel grief a été expressément invoqué et motivé de façon claire et détaillée par le recourant ( " principe d'allégation ", <ref-law>; <ref-ruling> consid. 2.1; <ref-ruling> consid. 2.4).
2.2. Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>). Le recourant qui entend invoquer que les faits ont été établis de manière manifestement inexacte ne peut obtenir la rectification ou le complètement des constatations de fait de l'arrêt cantonal que s'il démontre la violation de droits constitutionnels, conformément au principe d'allégation susmentionné (cf. supra consid. 2.1). Le Tribunal fédéral ne corrige les constatations de fait que si elles sont arbitraires (art. 9 Cst.) et ont une influence sur le résultat de la décision (<ref-ruling> consid. 1.2.2). En matière d'appréciation des preuves et d'établissement des faits, il n'y a arbitraire que lorsque l'autorité ne prend pas en compte, sans aucune raison sérieuse, un élément de preuve propre à modifier la décision, lorsqu'elle se trompe manifestement sur son sens et sa portée, ou encore lorsque, en se fondant sur les éléments recueillis, elle en tire des constatations insoutenables (<ref-ruling> consid. 2.3 et les références). Le recourant ne peut pas se borner à contredire les constatations litigieuses par ses propres allégations ou par l'exposé de sa propre appréciation des preuves; il doit indiquer de façon précise en quoi ces constatations sont contraires au droit ou entachées d'une erreur indiscutable, c'est-à-dire arbitraires au sens de l'art. 9 Cst. (<ref-ruling> consid. 1.2.2). L'arbitraire ne résulte pas du seul fait qu'une autre solution serait envisageable ou même préférable; pour que la décision entreprise soit annulée, encore faut-il que le recourant démontre qu'elle se révèle arbitraire non seulement dans ses motifs, mais aussi dans son résultat (<ref-ruling> consid. 7.3 et les références; <ref-ruling> consid. 4.3). Une critique des faits qui ne satisfait pas à cette exigence est irrecevable (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 1.4.3).
En l'espèce, les faits exposés par le recourant seront ignorés en tant qu'ils s'écartent de ceux contenus dans l'arrêt attaqué et ne font pas l'objet d'un grief d'arbitraire dans l'établissement des faits valablement soulevé. Tel est le cas en particulier des parties du recours qui traitent de la capacité des parents à communiquer (p. 6 à 8), de l'évolution des enfants et de la capacité de collaboration des parents en lien avec les activités scolaires et extra-scolaires (p. 8 à 10), de l'aménagement par le recourant de son horaire de travail et de la durée des déplacements des enfants (p. 11 à 13), de l'appartenance des enfants à un cercle social (p. 15), de la disponibilité des parents pour les enfants (p. 16) et de la détermination des masses en lien avec la liquidation du régime matrimonial (p. 18 à 22). Le fait que le recourant se plaigne globalement d'une appréciation arbitraire des preuves au début de son mémoire est insuffisant au regard des exigences susmentionnées.
3.
Le recourant conteste l'attribution de la garde exclusive des enfants en faveur de l'intimée. Il reproche à la cour cantonale d'avoir violé le droit, en particulier l'art. 133 al. 1 cum <ref-law>, et d'avoir " excédé " son pouvoir d'appréciation en refusant d'instaurer une garde alternée sur ses enfants.
3.1. Selon l'<ref-law>, le juge du divorce règle les droits et les devoirs des père et mère conformément aux dispositions régissant les effets de la filiation. Cette réglementation porte notamment sur l'autorité parentale, la garde de l'enfant, les relations personnelles (<ref-law>) ou la participation de chaque parent à la prise en charge de l'enfant, ainsi que la contribution d'entretien (<ref-law>). Aux termes de l'<ref-law>, lorsque l'autorité parentale est exercée conjointement, le juge examine, selon le bien de l'enfant, la possibilité de la garde alternée, si le père, la mère ou l'enfant la demande.
3.1.1. En matière d'attribution des droits parentaux, le bien de l'enfant constitue la règle fondamentale (<ref-ruling> consid. 5.4), les intérêts des parents devant être relégués au second plan (<ref-ruling> consid. 3.2.3 et les références). Le juge doit évaluer, sur la base de la situation de fait actuelle ainsi que de celle qui prévalait avant la séparation des parties, si l'instauration d'une garde alternée est effectivement à même de préserver le bien de l'enfant. Au nombre des critères essentiels pour cet examen, entrent en ligne de compte les capacités éducatives des parents ainsi que l'existence d'une bonne capacité et volonté des parents de communiquer et coopérer avec l'autre. Il faut choisir la solution qui, au regard des données de l'espèce, est la mieux à même d'assurer à l'enfant la stabilité des relations nécessaires à un développement harmonieux des points de vue affectif, psychique, moral et intellectuel (<ref-ruling> consid. 5.3). Si les parents disposent tous deux de capacités éducatives, le juge doit dans un deuxième temps évaluer les autres critères d'appréciation pertinents pour l'attribution de la garde. Au nombre des critères essentiels pour cet examen, entrent en ligne de compte la capacité et la volonté de chaque parent de favoriser les contacts entre l'autre parent et l'enfant, la stabilité que peut apporter à l'enfant le maintien de la situation antérieure, la possibilité pour chaque parent de s'occuper personnellement de l'enfant, l'âge de ce dernier et son appartenance à une fratrie ou à un cercle social ainsi que le souhait de l'enfant s'agissant de sa propre prise en charge, quand bien même il ne disposerait pas de la capacité de discernement à cet égard (<ref-ruling> consid. 3.2.3; <ref-ruling> consid. 4.3).
3.1.2. Hormis l'existence de capacités éducatives qui est une prémisse nécessaire pour se voir attribuer la garde, les autres critères d'appréciation précités sont interdépendants et leur importance varie en fonction du cas d'espèce. Ainsi, les critères de la stabilité et de la possibilité pour le parent de s'occuper personnellement de l'enfant exerceront un rôle prépondérant chez les nourrissons et les enfants en bas âge alors que l'appartenance à un cercle social sera particulièrement importante pour un adolescent (<ref-ruling> consid. 3.2.3; arrêt 5A_200/2019 du 29 janvier 2020 consid. 3.1.2 et les autres références).
3.1.3. Pour apprécier ces critères, le juge du fait, qui connaît le mieux les parties et le milieu dans lequel vit l'enfant, dispose d'un large pouvoir d'appréciation (<ref-ruling> consid. 3.2.5 et les références).
3.2. En l'espèce, la cour cantonale a relevé que les capacités éducatives des deux parents et leur adéquation dans la prise en charge des deux enfants étaient reconnues et ne faisaient plus débat. Seules restaient litigieuses les questions en lien avec la qualité des communications entre les parents, l'éloignement géographique de leurs domiciles, notamment en lien avec les écoles des enfants, et le maintien d'un régime unique pour toute la fratrie.
S'agissant de la capacité des parents à communiquer, elle a retenu que le conflit avait été important comme relevé dans les deux rapports successifs du SPMi, que la médiation tentée par les parties avait échoué et qu'il semblait que dans la configuration actuelle le conflit parental s'était apaisé, mais qu'il n'était pas possible de retenir du simple fait que les parties communiquent correctement par message électronique au sujet des enfants que ce conflit bien ancré avait trouvé une issue favorable. La mère soutenant de façon constante rencontrer des problèmes de communication avec le père, il était prévisible qu'un nouveau rapport des autorités de protection de l'enfant n'aurait été qu'une répétition des précédents sur ce point. Au vu de ces éléments, la cour cantonale a considéré que le conflit parental demeurait un élément défavorable à l'instauration d'une garde alternée, précisant que si la situation s'était quelque peu apaisée cela pouvait être mis sur le compte de la réglementation des relations personnelles en vigueur qui se passait bien.
Concernant le déménagement de l'intimée et des enfants à V._, la cour cantonale a relevé que, quoi qu'il en soit, il était intervenu il y a trois ans - temps suffisant pour considérer que les enfants étaient intégrés dans leur environnement -, que la question de sa légitimité n'avait plus désormais à être posée et qu'il avait créé un éloignement géographique entre les parties qui posait un obstacle supplémentaire à l'exercice d'une garde alternée. En se basant sur l'horaire des TPG, elle a retenu que la durée approximative d'un trajet entre l'école et le domicile du père - qui ne possédait pas de voiture - était d'environ 1h00 à 1h10 pour le cadet et de 35 à 45 minutes pour l'aîné, précisant que pour ce dernier le trajet entre le domicile de la mère et le collège était de 25 à 35 minutes. Au vu de la durée de ces trajets, les juges cantonaux ont considéré que la distance géographique entre les deux domiciles des parents était importante et qu'elle demeurait un obstacle à la mise en place d'une garde alternée; on ne pouvait pas exiger du cadet âgé de moins de 11 ans de passer plus de deux heures par jour une semaine sur deux (voire seulement deux fois par semaine) pour se rendre à l'école, le père ne pouvant par ailleurs pas l'accompagner et passer ainsi deux fois deux heures tous les jours dans les transports publics et arriver à l'heure pour donner son enseignement. Concernant l'aîné, ils ont relevé que la situation était quelque peu différente, vu que le temps de déplacement entre le collège et le domicile de chacun des parents était similaire et qu'au vu de son âge celui-ci était plus à même de supporter ce genre de contrainte. Toutefois, l'intérêt du maintien de la fratrie dans une situation similaire pesait d'un poids important dans une réglementation de la garde et des relations personnelles uniformes. Il ne paraissait pas conforme au bien des enfants et à la sérénité du fonctionnement des relations des parties postérieurement au divorce de mettre en place un régime différencié pour les deux frères. Ceux-ci ayant souhaité passer davantage de temps chez leur père, accéder au souhait de l'un tout en le refusant à l'autre aurait été vécu comme une injustice pour le second, ce qui n'était pas souhaitable. Ainsi, la garde alternée sur l'aîné n'était pas envisageable non seulement parce que la qualité de la relation entre les parents ne donnait pas de garantie suffisante à son bon déroulement, mais aussi en raison de l'intérêt de la fratrie à être maintenue ensemble. De toute manière au vu de l'âge de l'aîné, soit plus de 16 ans, il serait de plus en plus difficile de lui imposer un cadre rigide quant aux relations personnelles qu'il entretient avec ses parents, celles-ci reposant plus sur un consensus avec lui. Il incomberait donc aux parties d'éventuellement élargir le droit aux relations personnelles du père fixé par le jugement entrepris et présentement confirmé dans la mesure des souhaits de l'aîné.
3.3. Lorsqu'il revient sur le déménagement à V._ de la mère et des enfants en 2017 et sur les circonstances de celui-ci, le recourant se réfère à un critère qui n'est pas pertinent pour juger de la présente cause. Ces considérations doivent donc d'emblée être écartées.
3.4. S'agissant de la capacité des parents à communiquer, le recourant critique d'abord l'appréciation de la cour cantonale selon laquelle le conflit parental demeure un élément défavorable à l'instauration d'une garde alternée. En substance, il soutient que le jugement querellé confond le critère de la communication avec le désaccord qui persiste entre les parties s'agissant de la répartition des droits parentaux, que certes les parties ont connu des épisodes de tension mais que ceux-ci demeuraient toutefois de relativement faible importance, que ce serait vider de son sens l'<ref-law> que de se focaliser sur le point de désaccord sur l'instauration d'une garde alternée pour retenir une mauvaise communication et que même s'il avait très mal vécu le déménagement de l'intimée et des enfants dans un contexte de séparation où chacun des époux pouvait former contre l'autre toutes sortes de reproches, mais tout à fait mineurs, on ne pouvait pas évoquer un climat de tension aussi délétère que celui évoqué par la cour cantonale. Celle-ci s'écartait ainsi du principe que l'on ne saurait déduire une incapacité à coopérer entre les parents du seul refus d'instaurer la garde alternée et aurait cédé aux allégués de la mère, sans examen précis du dossier. Le recourant indique encore que l'absence de problèmes de communication entre les parties et le côté arbitraire du raisonnement de la cour cantonale seraient démontrés par les nombreux échanges de messages produits au cours de la procédure.
Le recourant reproche en outre à la cour cantonale de n'avoir pas accepté sa proposition d'instaurer une garde alternée uniquement pour son fils aîné, permettant à ce dernier de passer en semaine deux nuits de plus que son frère chez lui les mardis et mercredis. À cet égard, il soutient que ce système différencié pour chacun des enfants permettrait le maintien de la fratrie, dès lors que les deux frères se verraient tous les jours au moins une fois le matin ou le soir, et tiendrait compte de la différence d'âge et des intérêts différents des enfants.
Enfin, le recourant se plaint d'une " mauvaise " et arbitraire appréciation des faits du dossier, dès lors que la cour cantonale aurait omis de tenir compte de l'appartenance des enfants à un cercle social, de la disponibilité des parents pour les enfants, du souhait de ceux-ci d'être plus souvent avec leur père et de l'importance du père dans l'éducation des enfants.
3.5. En tant que le recourant prétend que la communication est suffisante pour instaurer une garde alternée, il se borne à substituer sa propre appréciation juridique à celle de la cour cantonale (supra consid. 2.1), étant rappelé que pour le surplus il se fonde sur des faits nouveaux irrecevables (supra consid. 2.2 in fine).
Quant aux considérations sur le fait qu'une garde différenciée pour chacun des deux enfants serait préférable au maintien d'un régime unique, elles ne constituent qu'un exposé par lequel le recourant substitue sa propre appréciation juridique à celle de la cour cantonale sur la solution qui serait idéale selon lui, ce qui n'est pas de nature à démontrer que celle-ci aurait violé le droit fédéral. Lorsqu'il reproche à la cour cantonale d'avoir omis de prendre en considération l'appartenance des enfants à un cercle social, la disponibilité des parents et l'importance du père dans l'éducation des enfants, le recourant se fonde sur des éléments irrecevables car non établis (supra consid. 2.2 in fine). Quant au souhait des enfants de voir plus souvent leur père, on ne saurait reprocher à la cour cantonale une appréciation arbitraire des faits puisqu'il résulte en effet de l'arrêt (p. 16 et 17) que les juges cantonaux en ont tenu compte.
En définitive, le recourant se limite, par une argumentation largement appellatoire, à mettre en avant des éléments qui accréditent sa thèse, également sur la base de faits qui ne sont pas établis dans le jugement cantonal. Ce faisant, il ne parvient pas à démontrer que la cour cantonale aurait abusé de son large pouvoir d'appréciation dans la pondération globale des différents critères (consid. 3.1.3) - et ainsi violé les art. 133 et 298 al. 2ter CC - en refusant, sur la base des circonstances retenues, d'instaurer une garde alternée.
4.
Les conclusions du recourant sur la prise en charge des frais d'entretien des enfants et sur le partage des allocations familiales et des bonifications AVS pour tâches éducatives ne sont aucunement motivées, de sorte qu'elles sont irrecevables (voir parmi d'autres: arrêts 5A_952/2019 du 2 décembre 2020 consid. 11, 5A_520/2019 du 27 janvier 2020 consid. 1.2, 5A_930/2017 du 17 octobre 2018 consid. 3 non publié in <ref-ruling>, 5A_173/2014 du 6 juin 2014 consid. 6.4.2).
5.
5.1. En lien avec la liquidation du régime matrimonial, le recourant se plaint d'une violation de son droit d'être entendu (art. 29 Cst.). Il soutient que tant la décision de première instance que celle de deuxième instance ne seraient pas suffisamment motivées car elles ne lui permettraient pas de comprendre à quoi correspondent les montants retenus pour calculer les masses matrimoniales. En considérant que les calculs de l'autorité de première instance étaient explicites sans donner davantage d'explication, les juges cantonaux se seraient ainsi livrés à une " manifeste mauvaise appréciation " du jugement de première instance.
5.2. La jurisprudence a déduit du droit d'être entendu (art. 29 al. 2 Cst.) le devoir pour le juge de motiver sa décision, afin que le justiciable puisse la comprendre, la contester utilement s'il y a lieu et exercer son droit de recours à bon escient. Pour répondre à ces exigences, le juge doit mentionner, au moins brièvement, les motifs qui l'ont guidé et sur lesquels il a fondé sa décision, de manière à ce que l'intéressé puisse se rendre compte de la portée de celle-ci et l'attaquer en connaissance de cause. Il n'a toutefois pas l'obligation d'exposer et de discuter tous les faits, moyens de preuve et griefs invoqués par les parties, mais peut au contraire se limiter à l'examen des questions décisives pour l'issue du litige (<ref-ruling> consid. 3.2.1, 134 I 83 consid. 4.1 p. 88 et les arrêts cités). Dès lors que l'on peut discerner les motifs qui ont guidé la décision de l'autorité, le droit à une décision motivée est respecté même si la motivation présentée est erronée. La motivation peut d'ailleurs être implicite et résulter des différents considérants de la décision (<ref-ruling> consid. 3.2.1, arrêt 2C_23/2009 du 25 mai 2009 consid. 3.1, in RDAF 2009 II p. 434).
5.3. Des critiques formulées contre la décision de première instance étant irrecevables devant le Tribunal fédéral (<ref-law>), seule la question de savoir si le jugement cantonal viole le droit d'être entendu du recourant est déterminante. A titre de motivation, le recourant reprend pour l'essentiel l'argumentation de son acte de recours cantonal, se contentant de répéter les raisons pour lesquelles l'autorité de première instance aurait violé l'art. 29 al. 2 Cst. Un tel procédé est inadmissible, faute pour celui-ci d'exposer en quoi il ne serait pas en mesure de comprendre le raisonnement de la cour cantonale (supra consid. 2.2). Pour autant que recevable, sa critique est de toute manière infondée puisque le jugement cantonal présente au consid. D de sa partie en fait tous les postes qui ont été pris en compte dans le calcul des acquêts des époux par les premiers juges et que la cour cantonale a fait siens, ce qui lui a permis de comprendre pourquoi ses griefs avaient été rejetés et d'exercer son droit de recours devant le Tribunal fédéral. C'est donc en vain qu'il prétend demeurer dans l'impossibilité de comprendre sur quels éléments se fondent les montants retenus dans la liquidation du régime matrimonial.
Partant, pour autant que recevable, ce grief doit être rejeté, ce qui scelle le sort de la cause sur la liquidation du régime matrimonial, dans la mesure où le recourant fait valoir pour le surplus des faits irrecevables car s'écartant de ceux contenus dans l'arrêt attaqué sans soulever valablement un grief d'arbitraire (cf. supra consid. 2.2 in fine).
6.
En définitive, le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable. Les frais judiciaires sont mis à la charge du recourant qui succombe (<ref-law>). Il n'est pas alloué de dépens à l'intimée, qui n'a pas été invitée à se déterminer.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 3'500 fr., sont mis à la charge du recourant.
3.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Chambre civile de la Cour de justice du canton de Genève.
Lausanne, le 25 mars 2021
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Herrmann
Le Greffier : Piccinin