Faits :
A.
A.a. Par contrat du 16 juin 2017 signé le 18 juin 2017, B._ et C._ (ci-après: les locataires, les demandeurs ou les intimés) ont pris à bail un appartement de 4,5 pièces, d'une surface de 101 m2, au rez-de-chaussée d'un immeuble à U._ appartenant à A._ (ci-après: la bailleresse, la défenderesse ou la recourante). Le loyer mensuel initial convenu était de 2'190 fr., auquel s'ajoutait un acompte de 270 fr. pour les frais accessoires. Selon la formule officielle de notification du loyer utilisée lors de la conclusion d'un nouveau bail datée du même jour, le précédent locataire payait un loyer mensuel net de 2'020 fr. dès 2009 et un acompte de 270 fr. pour les frais accessoires. L'augmentation de loyer était motivée par l'adaptation aux loyers usuels de la localité et du quartier.
Par deux contrats du même jour, les locataires ont également pris à bail deux places de parc intérieures dans le sous-sol du garage, dont le loyer mensuel était de 130 fr. chacune. Selon la formule officielle, les précédents locataires payaient, pour chaque place de parc, un loyer de 110 fr. depuis septembre 2009. Il y est indiqué le même motif de hausse que celui invoqué pour l'appartement.
A.b. L'État de Zurich, qui avait acheté, en société simple avec la caisse de pension de D._, les quatre parcelles sur lesquelles ont été construits des habitations, bâtiments et garages souterrains, est devenu seul propriétaire de l'immeuble par acte de cession du 18 décembre 2003, son associée lui ayant cédé sa part, soit la moitié. Le prix figurant dans l'acte de cession était de 24'950'000 fr. La fondation A._, créée à la suite d'un changement législatif dans le canton de Zurich, en est devenue propriétaire en 2014 par transfert dans le cadre d'une fusion.
L'appartement litigieux se trouve dans l'un des 19 bâtiments construits entre 1996 et 1998 sur l'une de ces parcelles.
B.
Par requête déposée devant la Commission de conciliation en matière de baux à loyer du district de Nyon le 24 août 2017, les locataires ont contesté le loyer initial de l'appartement et des places de parc. Ayant fait opposition à la proposition de jugement rendue par cette commission et ayant obtenu une autorisation de procéder, ils ont déposé leur demande devant le Tribunal des baux du canton de Vaud le 4 décembre 2017, demandant, dans leurs dernières conclusions, à ce que le loyer mensuel net initial de leur appartement soit fixé à 814 fr. 30 (charges en sus) et, dès le 1er décembre 2018, à 1'375 fr. 70, que le loyer mensuel de chaque place de parc soit fixé à 80 fr., que la garantie de loyer soit réduite à 2'242 fr. 90 et que le trop-perçu leur soit restitué.
La bailleresse a conclu au rejet des conclusions. Elle n'a fourni, en particulier, ni l'acte de cession, ni la note de calcul du rendement net, ni les factures relatives à l'ensemble des frais de construction de l'immeuble qui lui avaient été demandés, alléguant qu'il s'agissait d'un immeuble ancien et qu'il appartenait aux locataires de produire des pièces établissant des loyers de comparaison. Elle a produit une liste d'annonces immobilières pour des appartements de 4 à 4,5 pièces dans la même localité pour des loyers mensuels allant de 2'130 fr. à 2'850 fr., une étude statistique d'un bureau selon laquelle le loyer médian dans la localité pour un 4 pièces est de 260 fr. par m2 et par an, ainsi que des statistiques établies par le Département vaudois des finances et des relations extérieures, selon lesquelles le loyer mensuel net moyen des logements vaudois de 4 pièces était de 1'617 fr. en 2015 et de 1'633 fr. en 2016.
Par jugement du 8 janvier 2019, le Tribunal des baux a admis la demande des locataires et fixé le loyer mensuel initial de l'appartement à 900 fr. dès le 16 août 2017 et le loyer mensuel net initial de chacune des deux places de parc intérieures à 50 fr., ordonné la restitution du trop-perçu et réduit à 2'700 fr. le montant de la garantie locative.
Statuant le 2 octobre 2019 sur appel de la bailleresse qui avait réduit ses prétentions de loyer à 1'950 fr. pour l'appartement et à 120 fr. pour chacune des places de parc, la Cour d'appel civile du Tribunal cantonal du canton de Vaud a rejeté ledit appel et confirmé le jugement attaqué.
C.
Contre cet arrêt, qui lui a été notifié le 9 octobre 2019, la bailleresse a interjeté un recours en matière civile au Tribunal fédéral le 8 novembre 2019, concluant principalement à son annulation et au renvoi de la cause à la cour cantonale pour nouvelle instruction et nouvelle décision dans le sens des considérants. Subsidiairement, elle conclut, notamment et en substance, à sa réforme en ce sens que le loyer mensuel de l'appartement soit fixé à 1'950 fr. et celui de chacune des places de parc à 120 fr.
En bref, elle reproche d'abord à la cour cantonale d'avoir arbitrairement retenu qu'elle aurait refusé de collaborer à l'établissement du calcul du rendement net. Elle conteste ensuite que le prix de revient de l'immeuble puisse être déterminé sur la base de l'acte de cession de 2003. Elle en déduit que, puisque le calcul du rendement net est impossible, le tribunal devait se baser sur des données statistiques cantonales ou communales. Enfin, subsidiairement, elle remet en cause la limitation de la revalorisation des fonds propres à 40 % et l'augmentation de 0,5 % en sus du taux hypothécaire de référence. Elle fait valoir que retenir un loyer de 900 fr. pour un tel appartement est choquant.

En ce qui concerne l'application de statistiques, les intimés se limitent à rappeler que la jurisprudence considère que, si un calcul de rendement est possible, il n'a pas à être confronté aux loyers usuels du quartier ou à des statistiques. Ils considèrent que la jurisprudence limitant à 40 % la réévaluation des fonds propres ne dépend pas de l'évolution du taux hypothécaire de référence.
Les parties n'ont pas déposé d'observations complémentaires.
Considérant en droit :
1.
Interjeté en temps utile (<ref-law>) par la bailleresse qui a succombé dans ses conclusions (<ref-law>) et dirigé contre un arrêt final (<ref-law>) rendu sur appel par un tribunal cantonal supérieur (<ref-law>) dans une affaire de contestation du loyer initial du bail (<ref-law>), dont la valeur litigieuse atteint le seuil de 15'000 fr. requis en matière de bail à loyer (<ref-law>), le recours en matière civile est recevable au regard de ces dispositions.
2.
2.1. Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>). Relèvent de ces faits tant les constatations relatives aux circonstances touchant l'objet du litige que celles concernant le déroulement de la procédure conduite devant l'instance précédente et en première instance, c'est-à-dire les constatations ayant trait aux faits procéduraux (<ref-ruling> consid. 1.3.1 p. 17 s. et les références citées). Le Tribunal fédéral ne peut rectifier les constatations de l'autorité précédente que si elles sont manifestement inexactes, c'est-à-dire arbitraires (<ref-ruling> consid. 2 p. 117; <ref-ruling> consid. 1.5 p. 401) ou ont été établies en violation du droit au sens de l'<ref-law> (<ref-law>), et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (<ref-law>).
Le Tribunal fédéral se montre réservé en matière de constatations de fait et d'appréciation des preuves, vu le large pouvoir qu'il reconnaît en ce domaine aux autorités cantonales (<ref-ruling> consid. 4b p. 40; <ref-ruling> consid. 9 p. 399 et les références citées). Il n'intervient, du chef de l'art. 9 Cst., que si le juge du fait n'a manifestement pas compris le sens et la portée d'un moyen de preuve, a omis sans raisons objectives de tenir compte des preuves pertinentes ou a effectué, sur la base des éléments recueillis, des déductions insoutenables (<ref-ruling> consid. 4.2 p. 234; <ref-ruling> consid. 4.2 p. 560).
La critique de l'état de fait retenu est soumise au principe strict de l'allégation énoncé par l'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 2.3 p. 266 et les références citées). La partie qui entend attaquer les faits constatés par l'autorité précédente doit expliquer clairement et de manière circonstanciée en quoi ces conditions seraient réalisées (<ref-ruling> consid. 1.3.1 p. 18 et les références citées). Pour chaque constatation de fait incriminée, elle doit démontrer comment les preuves administrées auraient dû, selon elle, être correctement appréciées et en quoi leur appréciation par l'autorité cantonale est insoutenable (arrêt 5A_621/2013 du 20 novembre 2014 consid. 2.1, non publié in <ref-ruling>). Les critiques de nature appellatoire sont irrecevables (<ref-ruling> consid. 1.3 p. 261 s.).
2.2. Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (<ref-law>). Toutefois, compte tenu de l'obligation de motiver qui incombe au recourant en vertu de l'<ref-law>, il n'examine pas, comme le ferait un juge de première instance, toutes les questions juridiques qui pourraient se poser, mais uniquement celles qui sont soulevées devant lui (<ref-ruling> consid. 2 p. 88; <ref-ruling> consid. 5 p. 243; <ref-ruling> consid. 1.3 p. 584), à moins que la violation du droit ne soit manifeste (<ref-ruling> consid. 2 p. 116; arrêt 5A_621/2013 précité consid. 2.2, non publié in <ref-ruling>).
3.
Il sied tout d'abord de préciser que le loyer de l'appartement a été fixé par la cour cantonale à 900 fr., acompte de charges de 270 fr. en sus, et non charges comprises comme l'affirme la bailleresse recourante.
4.
En vertu de l'<ref-law>, le locataire peut contester le loyer initial qu'il estime abusif au sens des art. 269 et 269a CO. Selon l'<ref-law>, le loyer est abusif lorsqu'il permet au bailleur d'obtenir un rendement excessif de la chose louée et, selon l'<ref-law>, il est présumé non abusif lorsqu'il se situe dans les limites des loyers usuels dans la localité ou dans le quartier.
4.1. Le contrôle de l'admissibilité du loyer initial ne peut s'effectuer qu'à l'aide de la méthode absolue, laquelle sert à vérifier concrètement que le loyer ne procure pas un rendement excessif au bailleur compte tenu des frais qu'il doit supporter ou des prix du marché. Dans l'application de cette méthode, les deux critères absolus que sont le critère du rendement net (fondé sur les coûts) et le critère des loyers du marché (c'est-à-dire les loyers comparatifs appliqués dans la localité ou le quartier) sont antinomiques, et partant exclusifs l'un de l'autre. Ainsi, le critère fondé sur un calcul concret et individuel du coût (soit le rendement net) ne peut pas être combiné avec des facteurs liés au marché, tels qu'une valeur objectivée de l'immeuble (<ref-ruling> consid. 3.1.2 p. 15; <ref-ruling> consid. 2 p. 242; arrêts 4A_581/2018 du 9 juillet 2019 consid. 3.1.1; 4A_191/2018 du 26 mars 2018 consid. 3.1; 4A_400/2017 du 13 septembre 2018 consid. 2.1, non publié in <ref-ruling>; 4A_645/2011 du 27 janvier 2012 consid. 3.2).
4.1.1. Le critère du rendement net de l'<ref-law> se base sur le rendement net des fonds propres investis. Le loyer doit, d'une part, offrir un rendement raisonnable par rapport aux fonds propres investis et, d'autre part, couvrir les charges immobilières (<ref-ruling> consid. 6.3 p. 252 et les références citées). Le loyer est ainsi contrôlé sur la base de la situation financière de la chose louée à un moment donné, sans égard aux accords antérieurs passés avec le locataire, lesquels ne sont pris en considération que dans l'application de la méthode relative (arrêts 4A_581/2018 précité consid. 3.1.1; 4A_191/2018 précité consid. 3.1; 4A_239/2018 du 19 février 2019 consid. 5.2; sur la méthode de calcul du rendement net, cf. consid. 7 ci-dessous).
4.1.2. Le critère absolu des loyers usuels de la localité ou du quartier de l'<ref-law> est fondé sur les loyers du marché. L'art. 11 de l'ordonnance du Conseil fédéral du 9 mai 1990 sur le bail à loyer et le bail à ferme d'habitations et de locaux commerciaux (OBLF; RS 221.213.11) détermine les loyers déterminants pour le calcul de ceux-là: il s'agit des loyers de logements comparables à la chose louée quant à l'emplacement, la dimension, l'équipement, l'état et l'année de construction (al. 1), à l'exclusion des loyers découlant du fait qu'un bailleur ou un groupe de bailleurs domine le marché (al. 3). Les statistiques officielles doivent être prises en considération (al. 4) (sur le calcul selon ce critère, cf. <ref-ruling> consid. 2.2 p. 572 ss). Ces prescriptions correspondent à celles de l'ancien droit, qui figuraient à l'art. 15 al. 1 let. a de l'arrêté fédéral du 30 juin 1972 instituant des mesures contre les abus dans le secteur locatif (AMSL; RS 221.213.1) (seul le critère de la dimension y a été expressément ajouté; cf. <ref-ruling> consid. 4 p. 319 et la référence à la doctrine).
La preuve des loyers usuels dans la localité ou le quartier (<ref-law>) peut être apportée au moyen de deux méthodes (cf. art. 11 al. 1 et 4 OBLF; cf. <ref-ruling> consid. 2.2.1 p. 572; arrêt 4A_400/2017 précité consid. 2.2.2, non publié in <ref-ruling>).
4.1.2.1. Premièrement, il est possible de se baser sur des logements de comparaison, lesquels doivent être au nombre minimal de cinq et présenter, pour l'essentiel, les mêmes caractéristiques que le logement litigieux quant à l'emplacement, la dimension, l'équipement, l'état et l'année de construction, tout en tenant compte de l'évolution récente de leurs loyers au regard du taux hypothécaire et de l'indice suisse des prix à la consommation (<ref-ruling> consid. 2.2.1 p. 572 et consid. 2.2.3 p. 574; arrêt 4A_400/2017 précité consid. 2.2.2 et 2.2.2.2, non publié in <ref-ruling>). L'<ref-law> prescrit d'exclure les loyers découlant du fait qu'un bailleur ou un groupe de bailleurs domine le marché.
4.1.2.2. Secondement, le juge peut appliquer la méthode des statistiques officielles (<ref-law>). Celles-ci doivent satisfaire aux exigences de l'<ref-law> et, partant, contenir des données chiffrées suffisamment différenciées et dûment établies selon les critères précités (<ref-ruling> consid. 2.2.1 p. 572 et consid. 2.2.2 p. 573 s.; arrêt 4A_400/2017 précité consid. 2.2.2.1, non publié in <ref-ruling>).
4.2. Le critère absolu du rendement net a la priorité sur celui des loyers usuels de la localité ou du quartier (<ref-ruling> consid. 2b p. 312), en ce sens que le locataire peut toujours tenter de prouver que le loyer permet au bailleur d'obtenir un rendement excessif (<ref-law>), et ce n'est donc qu'en cas de difficulté ou d'impossibilité de déterminer le caractère excessif du rendement net qu'il pourra être fait application du critère des loyers usuels de la localité ou du quartier (<ref-ruling> consid. 2b p. 312).
Pour les immeubles anciens, la hiérarchie des critères absolus est inversée: le critère des loyers usuels de la localité ou du quartier l'emporte sur le critère du rendement net des fonds propres investis. Pour de tels immeubles, en effet, les pièces comptables nécessaires pour déterminer les fonds propres investis en vue de calculer le rendement net font fréquemment défaut ou font apparaître des montants qui ne sont plus en phase avec la réalité économique actuelle (<ref-ruling> consid. 3.1 p. 435; <ref-ruling> consid. 4a/bb p. 261; arrêt 4A_191/2018 précité consid. 3.1). Pour un immeuble ancien, le bailleur peut donc se prévaloir de la prééminence du critère des loyers usuels de la localité ou du quartier; le fait que ce critère ait la priorité ne l'empêche toutefois pas d'établir que l'immeuble ne lui procure pas un rendement excessif à l'aide du rendement net (arrêt 4A_191/2018 précité consid. 3.1 et les arrêts cités). Est ancien un immeuble dont la construction ou la dernière acquisition remonte à trente ans au moins, au moment où débute le bail; autrement dit, ce délai de trente ans commence à courir soit à la date de la construction de l'immeuble, soit à celle de sa dernière acquisition, et doit être échu au moment où débute le bail (<ref-ruling> consid. 3.2 p. 517).
4.3. En l'espèce, le bâtiment a été construit entre 1996 et 1998. Il ne s'agit donc pas d'un immeuble ancien. Le critère du rendement net est donc prioritaire. Lorsque le bailleur invoque les loyers usuels de la localité ou du quartier dans sa formule officielle, le locataire peut toujours lui opposer que le rendement net est excessif.
La bailleresse recourante ne critique pas la priorité du critère du rendement net, ni ne se prévaut du critère des loyers usuels, basé soit sur cinq loyers comparatifs, soit sur des statistiques officielles. Toutefois, elle estime qu'il est en l'espèce impossible d'établir le rendement net, faute de pouvoir établir le prix de revient effectif de la construction - que n'indiquerait pas l'acte de cession de 2003 -, ce que prouverait le résultat choquant auquel est parvenue la cour cantonale, soit un loyer de 900 fr. pour un appartement de 4,5 pièces d'une surface de 101 m2.
5.
Il y a donc lieu d'examiner le calcul du rendement net effectué par la cour cantonale, sur les points critiqués par la recourante.
5.1. Contrôlant le calcul du rendement net du tribunal, la cour cantonale a tout d'abord considéré que les premiers juges avaient pu déterminer le prix d'achat de l'immeuble construit en se basant sur le prix de rachat de la part de D._ figurant dans l'acte de cession de 2003 et correspondant à la moitié, qu'ils ont doublé pour tenir compte de la propre part de la bailleresse, pour parvenir au montant de 51'546'700 fr. Sur la base d'un témoignage, ils ont ensuite retenu que la défenderesse finançait entièrement ses immeubles. Pour tenir compte du renchérissement, ils ont réévalué le 40 % des fonds propres selon l'indice suisse des prix à la consommation et ont obtenu, comme fonds propres réévalués, un montant de 52'530'211 fr. Ils ont arrêté, sur la base d'une augmentation de 0,5 % en sus du taux hypothécaire de référence de 1,5 %, le rendement admissible des fonds propres à 1'050'604 fr., y ont ajouté des charges estimées à 15 % des recettes locatives, soit 490'287 fr. et ventilé le résultat de 1'540'891 fr. en fonction de la surface totale louée de 14'443 m2, soit un loyer de 106 fr. 70 par m2 et par an. Partant, pour l'appartement litigieux de 101 m2, le loyer annuel est de 10'776 fr. 70, soit un loyer mensuel arrondi de 900 fr.
Pour chacune des places de parc de 13,25 m2, le loyer mensuel pondéré au m2 est de 47 fr. 15 (106 fr. 70 x 13.25 x 2/5), soit un loyer arrondi de 50 fr. par mois.
5.2. La recourante formule essentiellement trois griefs. Premièrement, elle s'en prend au prix d'achat, respectivement au prix de revient de l'immeuble, retenus par la cour cantonale. À titre subsidiaire, elle remet en cause, deuxièmement, le pourcentage de réévaluation des fonds propres et, troisièmement, le taux de rendement admissible en sus du taux hypothécaire de référence. Par ailleurs, elle voudrait voir appliquer les statistiques cantonales et communales, qui ne sont pas officielles au sens de l'<ref-law>.
6.
La recourante soutient, premièrement, que le calcul que la cour cantonale a effectué revient à la punir pour n'avoir pas conservé les pièces établissant les coûts d'investissement de l'immeuble qui datent de plus de vingt ans.
6.1. Selon la jurisprudence, il appartient au locataire qui conteste le loyer initial d'apporter la preuve que le loyer convenu procure au bailleur un rendement excessif. Toutefois, selon les principes généraux tirés des règles de la bonne foi, la partie qui n'a pas la charge de la preuve (soit le bailleur) doit néanmoins collaborer loyalement à l'administration des preuves et fournir les éléments qu'elle est la seule à détenir. Les principes dégagés par la jurisprudence et rappelés encore récemment (<ref-ruling> consid. 2.1 p. 576; arrêts 4A_17/2017 du 7 septembre 2017 consid. 2.2 et les arrêts cités; 4A_461/2015 du 15 février 2016 consid. 3.2 et 3.3) peuvent être résumés comme suit:
6.1.1. En premier lieu, il s'agit de déterminer si les documents remis par les parties sont suffisants ou non pour calculer le rendement net.
Si tel est le cas, c'est exclusivement sur cette base qu'il convient de déterminer si le loyer examiné est abusif au sens de l'<ref-law>.
6.1.2. En deuxième lieu, si tel n'est pas le cas parce qu'aucun document n'est remis au juge ou que les documents fournis sont insuffisants, il faut distinguer selon que l'on peut ou non imputer cette carence au bailleur.
Si le défaut de production du bailleur est justifié, il ne lui sera pas imputé dans l'appréciation des preuves. Le juge tiendra exclusivement compte des statistiques qui, faute de mieux, permettront d'établir le loyer admissible, le cas échéant en pondérant les chiffres en fonction des caractéristiques concrètes de l'appartement litigieux, du montant du loyer payé par le précédent locataire ou de l'expérience du juge.
6.1.3. En troisième lieu, si tel n'est pas le cas parce que le bailleur a, sans aucune justification, refusé ou négligé de produire les pièces comptables en sa possession, il faut distinguer en fonction des moyens de preuve à disposition du juge.
a) En l'absence de tout autre élément de preuve, le refus du bailleur pourra avoir pour conséquence de convaincre le juge de la fausseté complète ou partielle de ses allégations et, par conséquent, de l'amener à croire les indications du locataire.
b) Si, en revanche, il existe des données statistiques cantonales ou communales, le juge ne peut pas se baser sur le seul refus du bailleur, mais doit tenir compte de ces données dans le cadre de son appréciation globale des preuves. Ces statistiques, même si elles ne sont pas suffisamment différenciées au sens de l'<ref-law>, constituent, faute de mieux, un repère objectif pouvant être pris en compte pour fixer le loyer admissible; le cas échéant, il s'agira de pondérer les chiffres figurant dans ces statistiques en fonction des caractéristiques concrètes de l'appartement litigieux, du montant du loyer payé par le précédent locataire ou de l'expérience du juge.
6.2. Comme la jurisprudence le précise, les parties doivent fournir tous les documents suffisants pour calculer le rendement net et, si tel est le cas, c'est exclusivement en fonction de ce critère qu'il convient de déterminer si le loyer examiné est abusif au sens de l'<ref-law>. Il doit toutefois en aller de même lorsque c'est le juge qui, d'office, se procure les éléments nécessaires à ce calcul. Si les documents sont suffisants pour y procéder, le calcul ne dépend pas de la question de savoir si le bailleur a violé son devoir de collaboration.
En l'espèce, même si elle a, dans un premier temps, reproché à la bailleresse son manque de collaboration, la cour cantonale a considéré que les premiers juges avaient disposé d'éléments suffisants pour calculer le rendement net de l'appartement loué, puisqu'ils s'étaient procuré auprès de tiers (par exemple auprès du registre foncier s'agissant de l'acte de cession de 2003) et par le biais de témoignages les éléments nécessaires à cet effet. La cour cantonale a donc en réalité constaté que les documents à sa disposition étaient suffisants pour procéder au calcul du rendement net et elle n'a donc pas eu à tenir compte d'un défaut de collaboration de la bailleresse. Il s'ensuit qu'il est superflu d'examiner si c'est arbitrairement que la cour cantonale a retenu que la bailleresse avait violé son devoir de collaboration.
7.
La recourante soutient, deuxièmement, qu'il est impossible d'établir le coût de construction de l'immeuble, dont les éléments ne sont plus disponibles, et que, par conséquent, la cour cantonale aurait dû appliquer les données statistiques subsidiaires applicables dans le canton de Vaud.
7.1. Il s'impose de rappeler tout d'abord les principes et le calcul du rendement net développés par la jurisprudence.
Le calcul du rendement net au sens de l'<ref-law> s'effectue sur la base de la situation financière de la chose louée à un moment donné. Seul est déterminant le rendement net de la chose louée, soit celui du logement ou du local commercial en cause, à l'exclusion du rendement net de l'immeuble entier, voire d'un groupe d'immeubles (<ref-ruling> consid. 2d p. 424 s.; <ref-ruling> consid. 6c p. 104 s.). En effet, en cas de disparité entre les loyers des différents appartements ou locaux, résultant par exemple de hausses de loyers intervenues à l'occasion de changements successifs de locataires ou à la suite de rénovations de certains logements, le calcul du rendement net sur l'immeuble entier conduirait à des résultats choquants. Dans la pratique toutefois, comme les comptes sont établis pour l'immeuble entier, on commence par déterminer la situation financière de l'immeuble et ce n'est qu'ensuite qu'on ventile le résultat appartement par appartement selon une clé de répartition (arrêt 4A_239/2018 précité consid. 5.2 et les références citées).
Il découle de la jurisprudence qu'il y a lieu de procéder en sept étapes pour déterminer le rendement net (arrêt 4A_239/2018 précité consid. 5.2.2) :
1° Il faut déterminer tous les coûts d'investissement effectifs (ou le prix de revient) de l'immeuble.
2° Il faut en déduire les fonds empruntés (fonds étrangers), ce qui permet d'obtenir le montant des fonds propres investis.
3° Le montant des fonds propres doit être réévalué pour tenir compte du renchérissement (art. 269a let. e CO). L'adaptation au renchérissement, selon l'indice suisse des prix à la consommation, de seulement 40 % des fonds propres, règle fixée en 1994 par l'ATF <ref-ruling>, est critiquée par la recourante et sera examinée au consid. 8.3.
4° Il y a lieu d'appliquer à ces fonds propres investis réévalués le taux de rendement admissible. Le taux de 0,5 % en sus du taux hypothécaire de référence est critiqué par la recourante et sera examiné au consid 8.4.
5° Au rendement admissible des fonds propres ainsi obtenu, il faut ajouter les charges immobilières.
6° Il s'agit ensuite de ventiler ce résultat appartement par appartement pour obtenir le loyer admissible de la chose louée.
7° Il faut enfin comparer le loyer admissible pour la chose louée ainsi obtenu avec le loyer actuel, ce qui permettra de déterminer si une majoration du loyer est possible ou non (pour plus de détails sur les étapes non thématisées dans le présent arrêt, cf. l'arrêt 4A_239/2018 précité consid. 5.2.2 et les références citées).
7.2. La recourante reproche à la cour cantonale de ne pas s'être basée sur les coûts d'investissement effectifs (ou prix de revient) de l'immeuble (première étape).
7.2.1. Pour déterminer les coûts d'investissement effectifs (ou le prix de revient) de l'immeuble, il convient de prendre en compte le prix d'acquisition et le coût de la construction ou le prix d'achat de l'immeuble construit, ainsi que les travaux à plus-value (à l'exclusion des coûts d'entretien, qui sont intégrés dans les charges, cf. <ref-ruling> consid. 6.6 p. 255). Il n'est pas possible de substituer aux coûts d'investissement d'autres valeurs plus ou moins abstraites, telles que la valeur vénale de l'immeuble, sa valeur fiscale ou sa valeur d'assurance-incendie, celles-ci se référant à des valeurs objectives liées au marché et non aux coûts concrets (<ref-ruling> consid. 2.1 p. 575 s.; <ref-ruling> consid. 3b/bb p. 259 s.). Un prix d'achat manifestement exagéré doit être réduit au prix normal (cf. art. 269 i.f. CO et <ref-law>; <ref-ruling> consid 2b p. 423; arrêt 4A_465/2015 du 1er mars 2016 consid. 4.2). La jurisprudence admet également un correctif au prix d'acquisition lorsque le bailleur a acquis le bien à un prix préférentiel, par exemple dans le cadre d'une donation mixte, au motif que l'avantage consenti à celui-ci est destiné exclusivement à le favoriser lui, et non pas ses locataires (arrêt 4A_645/2011 précité consid. 3.4.4 et les arrêts cités).
7.2.2. La cour cantonale a constaté que le prix de revient de l'immeuble correspond au prix payé pour le rachat de la part de D._ selon l'acte de cession de 2003, et multiplié par deux pour tenir compte de sa propre part, augmenté des droits de mutation cantonaux et communaux, à savoir un montant de 51'546'700 fr. La bailleresse recourante soutient que le prix de rachat ne correspond pas au coût effectif de la construction.
En première instance, la bailleresse avait invoqué que le prix de l'acte de cession de 2003 ne refléterait pas la valeur réelle de la part qui lui a été cédée: selon elle, l'État de Zurich aurait bénéficié d'un prix de faveur, largement en-dessous des prix du marché, dans la mesure où cette opération est intervenue dans le cadre de la liquidation de D._. Le tribunal a écarté cette thèse, qui n'était ni prouvée ni même vraisemblable. La cour cantonale a considéré que la bailleresse n'avait pas prouvé que le prix de la cession était largement inférieur à ceux pratiqués pour le même genre de biens à la même époque, ni que le prix de vente aurait tenu compte des rentes qui devaient être servies dans le futur; elle aurait tout au plus réalisé une " bonne affaire ", ce qui ne justifie pas d'admettre un prix préférentiel.
Présentement, la bailleresse recourante se limite à affirmer que, " [ a] u vu de la réduction drastique du loyer [ de 2'190 fr. à 900 fr. par mois], [...] la valeur de rachat [découlant de l'acte de cession de 2003] ne pouvait pas représente r le prix de revient de l'immeuble " et que le fait qu'elle est une caisse de pension, qui ne spécule pas sur l'immobilier, démontrerait que le prix retenu ne correspondrait pas au prix de la construction. Par cette critique essentiellement appellatoire, la recourante ne démontre pas que l'appréciation effectuée par la cour cantonale serait arbitraire. Lorsqu'elle oppose la notion de coûts d'investissement effectifs et celle de prix d'achat, elle méconnaît que la jurisprudence admet que le prix d'achat de l'immeuble construit correspond au prix de revient, sous réserve d'un prix d'achat trop élevé ou, inversement, d'un prix préférentiel, qu'elle n'est pas parvenue à prouver. Lorsqu'elle soutient que le prix de rachat " ne reflète pas forcément les investissements concrets consentis auparavant ", elle ne démontre pas non plus que le prix d'achat retenu pour un immeuble construit moins de cinq ans auparavant serait arbitraire.
Quand elle affirme que le prix payé pour la part rachetée ne saurait servir d'indication pour le prix de sa propre part, elle ne démontre pas en quoi cette extrapolation ne correspondrait pas au prix du marché de sa part à l'époque.
Il s'ensuit qu'en l'espèce, il y a lieu de se baser sur le prix d'achat de la part de D._, multiplié par deux.
8.
À titre subsidiaire, la bailleresse recourante s'en prend à la revalorisation à hauteur de 40 % des fonds propres et à l'augmentation de 0,5 % en sus du taux hypothécaire de référence.
8.1. Dans une argumentation confuse, elle conteste que les fonds propres ne puissent être revalorisés qu'à 40 % au maximum, relevant que le taux hypothécaire de référence était en 1994 de 6 %, voire même de 6,75 % en 1991, ce qui avait conduit à un rendement admissible de 7,25 %, alors qu'il n'est plus actuellement que de 1,5 %, " de sorte qu'on peut aisément soutenir que l'un des fondements même de la jurisprudence a disparu ".
Il y a toutefois lieu d'admettre que la recourante remet ainsi en cause la jurisprudence non seulement en tant qu'elle limite la revalorisation des fonds propres, objet de la troisième étape, mais aussi en tant qu'elle fixe le taux de rendement admissible au taux hypothécaire de référence augmenté de 0,5 %, objet de la quatrième étape.
8.2. Selon une jurisprudence constante, un changement de jurisprudence ne peut notamment se justifier que lorsqu'il apparaît que les circonstances ou les conceptions juridiques ont évolué ou qu'une autre pratique respecterait mieux la volonté du législateur. Les motifs du changement doivent être objectifs et d'autant plus sérieux que la jurisprudence est ancienne, afin de ne pas porter atteinte sans raison à la sécurité du droit (<ref-ruling> consid. 2 p. 177; <ref-ruling> consid. 3 p. 8).
La jurisprudence admettant la revalorisation de seulement 40 % des fonds propres date de 1994 (ATF <ref-ruling>) et celle sur le taux de rendement admissible de 0,5 % en sus du taux hypothécaire de référence date de 1986 (<ref-ruling>). Elles ont été adoptées sous l'empire d'un droit d'urgence (l'AMSL) alors que le taux hypothécaire de référence (à l'époque taux hypothécaire des hypothèques de 1er rang pratiqué par les grandes banques) était de 5,5 %. Depuis 1995, ce taux a continuellement baissé, au point de n'être plus aujourd'hui que de 1,25 %. Il en résulte désormais que le calcul du rendement admissible conduit à fixer des loyers très bas, voire dérisoires, sans commune mesure avec la mise à disposition de l'usage des habitations en question.
De nombreuses critiques ont été adressées au Tribunal fédéral par des parlementaires fédéraux. Ainsi, le Conseiller national Olivier Feller considère que, dans la mesure où la jurisprudence qui a fixé le rendement des fonds propres investis à 0,5 % en sus du taux moyen des hypothèques a été établie en 1986, soit à un moment où le taux hypothécaire de référence était de 5,5 % (ce qui autorisait un rendement admissible de 6 %), elle est inadaptée à la situation actuelle (initiative parlementaire no 17.491 du 29 septembre 2017, " Modernisation des modalités de calcul du rendement admissible en droit du bail "). Une motion du 6 novembre 2018 de la Commission des affaires juridiques du Conseil des États (no 18.4101, " Révision des règles applicables à la fixation des loyers des habitations et des locaux commerciaux "), à laquelle le Conseil fédéral était disposé à donner suite, la situation ayant évolué depuis l'entrée en vigueur des méthodes de calcul des loyers, n'a pourtant pas abouti. Quant à la jurisprudence limitant l'adaptation des fonds propres au renchérissement à 40 % de l'investissement total, sans égard aux fonds propres effectivement investis par le bailleur, l'initiative parlementaire du Conseiller national Olivier Feller la taxe d'arbitraire, réclamant une revalorisation de la totalité des fonds propres.
Des critiques et/ou changements de système de calcul ont également été proposés en doctrine. Il a notamment été mis l'accent sur les résultats abusifs auxquels aboutit souvent le calcul de rendement (ROGER WEBER, in Basler Kommentar, Obligationenrecht, 7e éd. 2020, no 13 ad <ref-law>), sur son inadéquation avec la réalité économique et l'inégalité de traitement entre les propriétaires de longue date et ceux qui viennent d'acquérir un immeuble (BEAT ROHRER, in Das schweizerische Mietrecht, 4e éd. 2018, no 8 ad <ref-law>), sur les exigences des directives de l'Association suisse des banquiers qui préconisent de n'accorder des prêts hypothécaires au taux du marché que si les revenus locatifs se situent entre 4,5 et 5 % et sur les difficultés auxquelles font face les caisses de prévoyance professionnelle qui doivent servir des rentes à leurs assurés (MARK MÜLLER, La fixation du taux de rendement net admissible des fonds propres: pour un changement de jurisprudence, CdB 1/2016 p. 6 s.).
La jurisprudence rendue en 1986 et 1994 visait pourtant bien à permettre au bailleur de percevoir un rendement convenable du capital qu'il avait investi, lequel doit tenir compte notamment des risques qu'il encourt (défaut de paiement du loyer, locaux demeurant vides, etc.), ce qui n'est plus le cas dans la conjoncture actuelle.
Dans cette perspective et dans le respect du système de couplage des loyers au taux hypothécaire de référence, voulu par le législateur quand bien même ce terme-ci ne figure pas dans le texte légal (cf. toutefois <ref-law>; <ref-ruling> consid. 3.2.3 p. 74), il y a lieu d'admettre que les conditions pour un réexamen de la jurisprudence portant sur les deux éléments que le Tribunal fédéral a lui-même posés, à savoir le pourcentage de fonds propres à revaloriser et le pourcentage de rendement en sus du taux hypothécaire de référence, sont remplies.
8.3. En ce qui concerne l'adaptation des fonds propres au renchérissement - c'est-à-dire au coût de la vie selon l'indice suisse des prix à la consommation -, le Tribunal fédéral l'avait limitée en 1994 à 40 % de ceux-ci, estimant que l'art. 269a let. e CO ne garantissait au bailleur que la compensation du renchérissement " pour le capital exposé aux risques " et que l'<ref-law> la plafonnait à 40 %, dès lors que la vente d'un bien-fonds permettait de recouvrer 60 % du prix de revient de l'immeuble, que des prêts hypothécaires pouvaient être obtenus pour ce pourcentage et que cette part était à l'abri des risques et n'avait donc pas à être indexée. Il avait ainsi voulu assurer une certaine cohérence entre la méthode dite relative et la méthode dite absolue de fixation des loyers et éviter que les loyers de deux immeubles identiques ne diffèrent selon que l'un est entièrement financé par des fonds propres et l'autre hypothéqué à 60 % (ATF <ref-ruling> consid. 5b p. 102 s.).
Cette jurisprudence, qui s'écartait de la jurisprudence antérieure (<ref-ruling> consid. 3 a/dd p. 82: " le capital à prendre en considération correspond aux fonds propres effectivement investis et non au rapport théorique fixe (40 %) entre les fonds propres et les fonds étrangers ", approuvé par BERNARD CORBOZ, SJ 1991 p. 311; <ref-ruling> consid. 3 pp. 153-156) et qui a été rendue dans un contexte de hausse des taux d'intérêts hypothécaires, a été appliquée sans discussion depuis (<ref-ruling> consid. 6a p. 174; <ref-ruling> consid. 3a p. 258; <ref-ruling> consid. 6a p. 304; arrêts 4A_17/2017 consid. 2.1.1; 4C.85/2002 du 10 juin 2002 consid. 2b), en dépit des critiques émises par une partie de la doctrine (cf. notamment PETER HIGI, Zürcher Kommentar, 4e éd., 1998, no 190 ss ad <ref-law>; ROHRER, op. cit., nos 23-25 ad <ref-law>; approuvant la jurisprudence: LACHAT/STASTNY, Le bail à loyer, 2019, p. 542 n. 95 et les références; WEBER, op. cit., no 9 ad <ref-law>).
Aux termes de l'art. 269a let. e CO, ne sont en règle générale pas abusifs les loyers qui ne compensent que le renchérissement pour le capital exposé aux risques. Concrétisant cette disposition, l'<ref-law> dispose que l'augmentation de loyer visant à compenser le renchérissement pour le capital exposé aux risques au sens de l'art. 269a let. e CO ne peut dépasser 40 % de la hausse de l'indice suisse des prix à la consommation. Ces dispositions admettent que la hausse de loyer n'est pas abusive, selon cette formule standardisée qui se base sur une estimation théorique entre les fonds propres et les fonds étrangers, dans l'application de la méthode relative, qui tient compte de la modification des bases de calcul depuis la dernière fixation du loyer: en effet, selon sa lettre, l'<ref-law> admet que le loyer (et non les fonds propres) soit augmenté de 40 % de la hausse de l'indice suisse des prix à la consommation. Appliquer cette proportion standardisée, adoptée pour faciliter le calcul des hausses de loyer admissibles, revient, dans le cadre du contrôle concret du rendement net selon la méthode absolue, à mélanger des critères fondamentalement différents. Le bailleur doit pouvoir percevoir un loyer qui couvre ses charges et lui procure un rendement convenable du capital propre qu'il a investi, tout en maintenant le pouvoir d'achat de celui-ci.
Par conséquent, la limitation de la revalorisation à seulement 40 % des fonds propres, sans égard aux fonds propres réellement investis, ne peut être maintenue. Si elle avait pu apparaître, à certains, justifiée dans le contexte d'une forte augmentation des taux hypothécaires, respectivement de l'inflation pour limiter la hausse des loyers, elle perd son sens dans le cadre d'un calcul concret selon la méthode absolue et dans les circonstances actuelles. Il y a donc lieu d'admettre que le 100 % des fonds propres investis doivent être réévalués selon l'indice suisse des prix à la consommation.
8.4. En ce qui concerne le taux de rendement admissible des fonds propres réévalués, il a été fixé en 1986 à 0,5 % en sus du taux hypothécaire de référence, qui était à l'époque de 5,5 %, et ce par confirmation du demi pourcent retenu par la cour cantonale, ce qui amène à considérer que le Tribunal fédéral considérait à l'époque qu'un taux de 6 % de rendement n'était pas excessif. Le taux hypothécaire de référence a atteint 7 % en août 1992; on ignore si le Tribunal fédéral aurait alors maintenu une augmentation de 0,5 % ou s'il n'aurait pas introduit un taux plafond ou renoncé à toute augmentation en sus du taux hypothécaire de référence.
En l'occurrence, depuis le 1er mars 1995, le taux d'intérêt hypothécaire de référence a continuellement baissé jusqu'à atteindre actuellement 1,25 %, de sorte que le rendement ainsi calculé aboutit à un loyer qui n'est plus en rapport avec la mise à disposition de l'usage de l'habitation et qui est insuffisant pour les caisses de pension qui doivent servir des rentes à leurs assurés et pour les propriétaires immobiliers qui courent aussi des risques (défaut de paiement du loyer, locaux demeurant vides, etc.).
Dans son initiative parlementaire, le Conseiller national Olivier Feller demande un rendement de 2 % en sus du taux hypothécaire de référence, soit actuellement 3,25 % (2 % + 1,25 %). En doctrine, il a été proposé d'admettre un taux de 1 à 2 % en sus du taux hypothécaire de référence et de garantir au bailleur un taux plancher minimum de 5 % ou encore un taux de rendement proche de 5 % (PIERRE STASTNY, Questions choisies en matière de droit du bail, Plaidoyer 3/2017 p. 39 n. 23 et les références citées). D'autres auteurs proposent une refonte complète du système, question qui n'est pas du ressort du Tribunal fédéral, chargé de contrôler, sur action en contestation du locataire, si le rendement net est excessif (<ref-law>), mais du législateur.
À titre de comparaison, il y a lieu de relever que, pour les constructions récentes (de moins de 10 ans en général), les bailleurs peuvent reporter entièrement les coûts sur les loyers: le calcul n'est pas basé sur le rendement net, mais sur le rendement brut admissible (art. 269a let. c CO, introduit en 1989), qui est en principe supérieur de 2 % par rapport au taux hypothécaire de référence, ce qui donnerait pour l'appartement litigieux un taux de 3,5 % (LACHAT/STASTNY, op. cit., p. 620 n. 6.7; avis du Conseil fédéral du 11 février 2015 au sujet de l'interpellation no 14.4246 du Conseiller national Hugues Hiltpold).
Dans le contexte du contrôle des loyers institué par le droit public, qui s'étend à toute la durée du contrôle, l'arrêt 1C_471/2018 du 7 novembre 2019 rendu sur nouveau recours après renvoi par l'arrêt 1C_500/2013 du 25 septembre 2014, au sujet duquel le Conseil fédéral attendait des clarifications de la part des juges, n'a pas apporté d'éléments supplémentaires dès lors que, dans le cas litigieux, le rendement ne dépassait que de 0,31 % la limite de 0,5 % découlant de la jurisprudence relative à l'<ref-law> (consid. 2).
Au vu de ce qui précède, il y a lieu de fixer le taux admissible à 2 % en sus du taux hypothécaire de référence lorsque celui-ci est égal ou inférieur à 2 %.
8.5. En l'espèce, le 100 % des fonds propres investis par la bailleresse doit être réévalué selon l'indice suisse des prix à la consommation, soit, selon le chiffre retenu par la cour cantonale de 4,7 %, de 54'005'477 fr. 60 (51'546'700 fr. + (51'546'700 fr. [valeur au 17 décembre 2003] x 4,77 % [indice de 101.0 en mai 2017, base 2015 - 96,4 en novembre 2003, base 2015 / 96,4 x 100])).
Le taux hypothécaire de référence étant de 1,5 % à la date déterminante, le rendement admissible est de 3,5 %, soit un montant de 1'890'191.70 (54'005'477 fr. 60 x 3,5 %).
Les charges courantes et d'entretien se montant à 490'287 fr. par an, le rendement annuel net admissible est de 2'380'478 fr. 70 (1'890'191 fr. 70 + 490'287 fr.). La surface locative totale étant de 14'443 m2, le loyer par m2 et par an est donc de 164 fr. 82 (2'380'478 fr. 70 / 14'443), ce qui donne un loyer annuel pour l'appartement litigieux de 16'646 fr. 70 (164 fr. 82 x 101), soit un loyer mensuel de 1'387 fr. 25, arrondi à 1'390 fr.
8.6. Pour les places de parc, le calcul aboutit au montant de 72 fr. 80, arrondi à 73 fr. (164 fr. 82 x 13,25 x 2/5 / 12).
9.
À titre principal, la recourante semble soutenir que le fait que le loyer est réduit de 2'190 fr. à 900 fr. est choquant et que cela devrait justifier l'application non pas de statistiques officielles au sens de l'<ref-law> mais de données statistiques cantonales ou communales. Or, selon les données statistiques vaudoises, le loyer moyen d'un 4 pièces serait de 1'617 fr. par mois en 2015 et de 1'633 fr. en 2016, sans tenir compte de la situation concrète de l'appartement. La recourante en déduit qu'un loyer mensuel moyen de 1'850 fr. pour un 4,5 pièces dans le canton de Vaud en 2016 serait raisonnable et que le loyer auquel elle prétendait en appel, soit 1'950 fr. par mois, serait équitable. Il en irait de même pour les places de parc.
Dès lors que les juges cantonaux sont parvenus à calculer le rendement net de l'immeuble sur la base des documents qu'ils se sont procurés et des témoignages, calcul que la Cour de céans a modifié ci-dessus sur deux points, on ne peut pas s'en écarter en utilisant les statistiques cantonales ou communales - non officielles au sens de l'<ref-law> -, comme le voudrait la bailleresse recourante. Celle-ci invoque à tort l'impossibilité de calculer le rendement net, son grief relatif au prix de revient étant rejeté dans la mesure où il est recevable. En l'état, selon la jurisprudence, ce n'est que lorsque le loyer convenu est nul, faute d'utilisation ou de précision suffisante de la formule officielle, obligatoire dans certains cantons lors de la conclusion d'un nouveau bail (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 3.2 et 3.3 pp. 587-591; arrêt 4A_211/2020 du 25 août 2020 consid. 2 et les arrêts cités) et qu'il n'est pas possible de faire un calcul sur la base de la valeur de rendement, que le juge dispose d'un pouvoir d'appréciation plus étendu, étant autorisé à se référer notamment aux données statistiques cantonales ou communales disponibles - même si elles ne satisfont pas aux exigences de l'<ref-law> - et à son expérience (arrêt 4A_211/2020 précité consid. 6 et les arrêts cités).
10.
Il s'ensuit que le recours doit être partiellement admis sur les conclusions subsidiaires et l'arrêt attaqué réformé en ce sens que le loyer mensuel initial de l'appartement est fixé à 1'390 fr. et celui de chacune des places de parc à 73 fr.
La bailleresse concluait à un loyer mensuel de 1'950 fr. et les locataires à un loyer mensuel de 900 fr., comme retenu par la cour cantonale; il se justifie donc de répartir les frais judiciaires par moitié entre les parties et de compenser les dépens (art. 66 al. 1 et 68 al. 1 et 2 LTF).
La cause sera renvoyée à la cour cantonale pour le calcul de la restitution du trop-perçu et du montant de la garantie locative, ainsi que pour nouvelle décision sur les frais judiciaires et les dépens des instances cantonales.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est partiellement admis et l'arrêt attaqué est réformé comme suit:
1.1. Le loyer mensuel net initial de l'appartement litigieux est fixé à 1'390 fr. dès le 16 août 2017.
1.2. Le loyer mensuel net initial de chacune des places de parc est fixé à 73 fr. dès le 16 août 2017.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 5'000 fr., sont mis par moitié à la charge de chacune des parties.
3.
Les dépens sont compensés.
4.
La cause est renvoyée à la cour cantonale pour nouveau calcul du montant dû au titre de remboursement du trop-perçu et du montant de la garantie locative, ainsi que pour nouvelle décision sur les frais judiciaires et les dépens des instances cantonales.
5.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour d'appel civile du Tribunal cantonal du canton de Vaud.
Lausanne, le 26 octobre 2020
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente : Kiss
Le Greffier : Douzals