Faits :
A.
Par jugement du 28 juin 2012, la Cour des affaires pénales du Tribunal pénal fédéral a reconnu X._ coupable de participation à une organisation criminelle, de vols en bande, de tentative de vol en bande, de dommages à la propriété, de violation de domicile et de tentative de violation de domicile, a révoqué la libération conditionnelle prononcée le 24 février 2009 et a condamné le prénommé à une peine privative de liberté de 90 mois, sous déduction de 837 jours de détention avant jugement, peine d'ensemble avec le solde de la peine dont la libération conditionnelle était révoquée. Elle a par ailleurs condamné Y._, pour participation à une organisation criminelle, blanchiment d'argent aggravé répété, vols, vols d'importance mineure, dommages à la propriété, violations de domicile, recel d'importance mineure, acquisition et consommation de stupéfiants, à une peine privative de liberté de 78 mois, sous déduction de 837 jours de détention avant jugement, à une peine pécuniaire de 30 jours-amende à 10 fr. le jour, ainsi qu'à une amende de 300 francs.
Par arrêt du 23 septembre 2013 (6B_125/2013 et 6B_140/2013), le Tribunal fédéral a admis les recours formés par X._ et Y._ contre le jugement du 28 juin 2012, a annulé celui-ci et a renvoyé la cause à l'autorité précédente pour nouvelle décision. En substance, le Tribunal fédéral a considéré que le droit d'être entendus des deux intéressés n'avait pas été respecté s'agissant de la traduction des écoutes téléphoniques effectuées.
B.
Par jugement du 6 mars 2018, la Cour des affaires pénales du Tribunal pénal fédéral a condamné X._, pour participation à une organisation criminelle, vol en bande, tentative de vol en bande, dommages à la propriété, violation de domicile et tentative de violation de domicile, à une peine privative de liberté de deux ans et dix mois, sous déduction de 1'775 jours de détention avant jugement. Elle a en outre alloué au prénommé une indemnité de 78'000 fr., avec intérêts, à titre de l'<ref-law>. La cour a aussi condamné Y._, pour participation à une organisation criminelle, vols, vols d'importance mineure, dommages à la propriété, violations de domicile, acquisition de stupéfiants pour sa propre consommation, à une peine privative de liberté de deux ans et deux mois, sous déduction de 1'643 jours de détention avant jugement, ainsi qu'à une amende de 200 francs. Elle a par ailleurs libéré Y._ d'une partie des chefs de prévention qui pesaient sur lui et a classé une partie de la procédure, lui a alloué une indemnité de 89'000 fr., avec intérêts, à titre des <ref-law> ainsi qu'une indemnité de 1'301 fr., avec intérêts, à titre de l'<ref-law>, indemnité compensée avec les frais de procédure mis à la charge du prénommé.
C.
Le Ministère public de la Confédération forme un recours en matière pénale au Tribunal fédéral contre le jugement du 6 mars 2018 (6B_984/2018), en concluant à son annulation concernant les peines infligées à X._ et Y._ ainsi que les indemnités allouées aux prénommés à titre des <ref-law>, au renvoi de la cause à l'autorité précédente pour nouvelle décision.
Y._ forme également un recours en matière pénale au Tribunal fédéral contre le jugement du 6 mars 2018 (6B_990/2018), en concluant, avec suite de frais et dépens, principalement à sa réforme en ce sens qu'il est condamné à une peine privative de liberté n'excédant pas 13 mois, sous déduction de 1'643 jours de détention avant jugement, qu'une violation du principe de célérité est constatée dans le dispositif et qu'une indemnité de 128'000 fr., avec intérêts, lui est accordée à titre des <ref-law>. Subsidiairement, il conclut à son annulation et au renvoi de la cause à l'autorité précédente pour nouvelle décision. Il sollicite par ailleurs le bénéfice de l'assistance judiciaire.
D.
Invités à se déterminer sur le recours du Ministère public de la Confédération, la Cour des affaires pénales du Tribunal pénal fédéral a renoncé à présenter des observations, tandis que Y._ a conclu principalement à son irrecevabilité et, subsidiairement, à son rejet.
Invités à se déterminer sur le recours de Y._, la Cour des affaires pénales du Tribunal pénal fédéral et le Ministère public de la Confédération ont renoncé à présenter des observations.

Considérant en droit :
1.
Les deux recours en matière pénale au Tribunal fédéral sont dirigés contre la même décision. Ils concernent le même complexe de faits et portent sur des questions juridiques connexes. Il y a donc lieu de joindre les causes et de les traiter dans un seul arrêt (<ref-law> et 71 LTF).
2.
Le recours en matière pénale est une voie de réforme (<ref-law>). Le recourant ne peut se borner à demander l'annulation de la décision et le renvoi de la cause à l'autorité précédente, mais doit également, sous peine d'irrecevabilité, prendre des conclusions sur le fond du litige. Il n'est fait exception à ce principe que lorsque le Tribunal fédéral, s'il admettait le recours, ne serait pas en mesure de statuer lui-même sur le fond et ne pourrait que renvoyer la cause à l'autorité cantonale (cf. arrêt 6B_111/2015 du 3 mars 2016 consid. 1.7 non publié aux <ref-ruling>; <ref-ruling> consid. 1.3 p. 317).
En l'espèce, le Ministère public de la Confédération conclut uniquement à l'annulation du jugement attaqué et au renvoi de la cause à l'autorité précédente pour nouvelle décision. Une telle manière de faire n'est pas admissible. Les motifs du recours permettent toutefois de comprendre que le recourant 1 souhaite que X._ et Y._ soient condamnés à des peines privatives de liberté plus lourdes et voient les indemnités leur ayant été allouées réduites. Cela suffit pour satisfaire aux exigences de forme déduites de l'art. 42 al. 1 et 2 LTF (cf. arrêt 6B_111/2015 précité consid. 1.7; <ref-ruling> consid. 1.3 p. 317).
I. Recours du Ministère public de la Confédération (recourant 1)
3.
Le recourant 1 reproche à l'autorité précédente la quotité des peines privatives de liberté prononcées. Il se plaint en outre d'une violation de l'obligation de motiver la fixation des peines.
3.1. L'<ref-law> prévoit que le juge fixe la peine d'après la culpabilité de l'auteur. Il prend en considération les antécédents et la situation personnelle de ce dernier ainsi que l'effet de la peine sur son avenir (al. 1). La culpabilité est déterminée par la gravité de la lésion ou de la mise en danger du bien juridique concerné, par le caractère répréhensible de l'acte, par les motivations et les buts de l'auteur et par la mesure dans laquelle celui-ci aurait pu éviter la mise en danger ou la lésion, compte tenu de sa situation personnelle et des circonstances extérieures (al. 2). La culpabilité de l'auteur doit être évaluée en fonction de tous les éléments objectifs pertinents, qui ont trait à l'acte lui-même, à savoir notamment la gravité de la lésion, le caractère répréhensible de l'acte et son mode d'exécution. Du point de vue subjectif, sont pris en compte l'intensité de la volonté délictuelle ainsi que les motivations et les buts de l'auteur. A ces composantes de la culpabilité, il faut ajouter les facteurs liés à l'auteur lui-même, à savoir les antécédents, la réputation, la situation personnelle (état de santé, âge, obligations familiales, situation professionnelle, risque de récidive, etc.), la vulnérabilité face à la peine, de même que le comportement après l'acte et au cours de la procédure pénale (<ref-ruling> consid. 9.1 p. 147; <ref-ruling> consid. 6.1.1 p. 66 s.). Le juge dispose d'un large pouvoir d'appréciation dans le cadre de la fixation de la peine. Le Tribunal fédéral n'intervient que lorsque l'autorité cantonale a fixé une peine en dehors du cadre légal, si elle s'est fondée sur des critères étrangers à l'<ref-law>, si des éléments d'appréciation importants n'ont pas été pris en compte ou, enfin, si la peine prononcée est exagérément sévère ou clémente au point de constituer un abus du pouvoir d'appréciation (<ref-ruling> consid. 5.6 p. 61; arrêt 6B_817/2018 du 23 octobre 2018 consid. 3.1). L'exercice de ce contrôle suppose que le juge exprime, dans sa décision, les éléments essentiels relatifs à l'acte ou à l'auteur dont il tient compte, de manière à ce que l'on puisse constater que tous les aspects pertinents ont été pris en considération et comment ils ont été appréciés, que ce soit dans un sens aggravant ou atténuant (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 2.1 p. 20 et les références citées). Le juge peut passer sous silence les éléments qui, sans abus du pouvoir d'appréciation, lui apparaissent non pertinents ou d'une importance mineure. La motivation doit justifier la peine prononcée, en permettant de suivre le raisonnement adopté. Un recours ne saurait toutefois être admis simplement pour améliorer ou compléter un considérant lorsque la décision rendue apparaît conforme au droit (<ref-ruling> consid. 5.6 p. 61; arrêt 6B_111/2015 précité consid. 2.2 non publié aux <ref-ruling>).
3.2. Concernant X._, l'autorité précédente a indiqué que l'infraction la plus grave était celle de vol en bande, laquelle exposait l'intéressé à une peine privative de liberté maximale de 15 ans. Par ses agissements, le prénommé avait porté atteinte au patrimoine de sa victime, lui causant un préjudice matériel ainsi que psychologique puisque l'infraction avait été commise par effraction. Les éléments dérobés étaient d'une valeur peu élevée, mais il convenait de tenir compte de l'engagement de X._, de son esprit d'entreprise développé dans l'acte, de l'organisation dans son exécution et de l'énergie criminelle déployée. Celui-ci était apparu déterminé, organisé et sans scrupule dans le vol en bande du 15 septembre 2009. L'intéressé avait également agi en bande lors de la tentative commise les 4 et 5 novembre 2009, en assumant la supervision et la direction des opérations. Il s'était spécialement déplacé de A._ à B._ en vue du vol en question. Les mobiles et motivations de X._ avaient été égoïstes et nullement honorables dans la mesure où ils tendaient à satisfaire des intérêts matériels futiles. Celui-ci avait fait de la délinquance un style de vie et était venu en Suisse à des fins délictuelles. Il disposait pourtant alors d'une famille et avait la charge d'un enfant. X._ avait par ailleurs été condamné à trois reprises en Suisse depuis fin 2006, pour vol, dommages à la propriété, violation de domicile et recel. Moins d'une année s'était écoulée entre sa dernière condamnation et le début des actes faisant l'objet du jugement du 6 mars 2018. En outre, selon son casier judiciaire français, celui-ci avait été condamné à six reprises en France, ainsi qu'en 2016 pour conduite d'un véhicule sans permis. X._ n'avait ainsi pas tenu compte des précédentes condamnations. Sa collaboration avec les autorités pénales avait été mauvaise, puisqu'il avait constamment réfuté tous les reproches formulés à son encontre. Il avait affiché une attitude de déni, n'avait laissé aucune raison de penser qu'il se préoccupait de sa réintégration sociale, n'avait pas exprimé de repentir ni n'avait cherché à indemniser ses victimes. L'absence de collaboration devait cependant rester sans incidence sur l'appréciation de la culpabilité. Compte tenu de ces éléments, l'autorité précédente a indiqué qu'une peine privative de liberté de base hypothétique de 14 mois aurait sanctionné l'infraction de vol en bande.
X._ avait en outre, par diverses infractions, porté atteinte au patrimoine ainsi qu'à la sphère privée du domicile, causant ainsi des dommages matériels. Le mode d'exécution des infractions dénotait un certain professionnalisme, compte tenu de la coopération mise en oeuvre avec ses comparses. L'intéressé avait en outre assumé un rôle de responsable des opérations et de coordinateur de ses acolytes. Il avait fait montre de persévérance et de détermination, tout en s'étant déplacé spécialement depuis la France pour venir commettre des infractions en Suisse. Une augmentation de la peine privative de liberté de neuf mois - réduite à huit mois eu égard à la tentative - était adéquate pour sanctionner les infractions de tentative de vol en bande, dommages répétés à la propriété, violation de domicile et tentative de violation de domicile.
S'agissant de la participation à une organisation criminelle, l'autorité précédente a indiqué que les agissements de X._ avaient causé une atteinte importante à la paix publique et de lourdes conséquences pour les victimes, les institutions et le corps social. L'implication personnelle de l'intéressé dans l'organisation avait été élevée. Le prénommé aurait pourtant, compte tenu de ses capacités intellectuelles, de ses qualités physiques et de son état de santé, eu d'autres choix que celui de s'adonner à une telle activité. Rien ne permettait en outre de penser que celui-ci aurait été contraint de demeurer dans l'organisation criminelle ou aurait cru l'être. Il avait agi à des fins d'enrichissement, par appât du gain facile et dans l'irrespect des personnes, de leurs biens et de leur sphère privée. Il avait développé une grande énergie délictuelle dans ses activités aux côtés des responsables de l'organisation, spécialement pour la récolte de la caisse commune mais également en tant que membre actif de l'organisation. X._ avait fait de la délinquance son mode de vie, au sein d'une organisation valorisant un style de vie parasitaire et le défi de l'ordre public. Pour l'autorité précédente, une augmentation de la peine privative de liberté de base de 14 mois était adéquate pour sanctionner la participation à une organisation criminelle. Au vu de la longue durée de la procédure, une réduction de deux mois apparaissait par ailleurs justifiée, ce qui portait la peine privative de liberté prononcée à deux ans et dix mois.
Concernant Y._, l'autorité précédente a indiqué que - eu égard au concours d'infractions - celui-ci s'exposait, pour la participation à une organisation criminelle, à une peine maximale de sept ans et demi. Les comportements de celui-ci avaient porté une atteinte importante à la paix publique et avaient eu de lourdes conséquences pour les victimes, les institutions et le corps social. Ils avaient contribué à la réalisation du but criminel de l'organisation, soit la commission d'infractions contre le patrimoine et l'écoulement d'objets provenant directement ou indirectement de tels forfaits. Sous le couvert d'une demande d'asile, le séjour du prénommé en Suisse avait visé l'accomplissement de ses activités délictuelles. L'intéressé avait oeuvré comme collecteur régional des contributions à la caisse commune des membres, avait fait plusieurs fois le déplacement du Tessin à B._ pour y rencontrer le responsable national de la caisse commune et lui avait remis, à au moins deux reprises en mains propres, les contributions des membres de sa région. Y._ avait agi dans le but de satisfaire des intérêts matériels illicites, par appât du gain facile et dans l'irrespect des personnes, de leurs biens et de leur sphère privée. Il avait déployé une importante énergie délictuelle, avait fait montre de détermination, de loyauté envers l'organisation et d'esprit d'entreprise. Y._ avait fait de la délinquance son mode de vie. Il n'avait pas d'inscription au casier judiciaire suisse, mais avait été condamné à plusieurs reprises en Allemagne et en Belgique, s'étant donc montré peu sensible aux peines qui lui avaient été infligées. Il n'avait exprimé ni remord ni repentir et n'avait pas cherché à indemniser ses victimes. Sa collaboration avec les autorités pénales avait été mince. A l'exception de quelques admissions pour des infractions de gravité moindre, il avait constamment réfuté les reproches adressés à son encontre et nié connaître les autres membres de l'organisation. Cet élément devait cependant rester sans incidence sur l'appréciation de la culpabilité. Y._ avait par ailleurs indiqué avoir une santé fragile. Il était célibataire et sans enfant, mais avait expliqué avoir des obligations vis-à-vis de ses parents. Il pouvait se prévaloir d'une formation universitaire. L'intéressé aurait donc eu d'autres choix que celui de vivre de la délinquance et avait librement choisi son style d'existence. Rien ne laissait penser qu'il eût été obligé de demeurer dans l'organisation ou qu'il eût pensé l'être. Son activité s'était inscrite dans une logique de maximisation des profits illicites. Une peine privative de liberté de base hypothétique de 18 mois devait ainsi sanctionner l'infraction de participation à une organisation criminelle.
L'autorité précédente a exposé que, s'agissant des vols répétés, le mode opératoire dénotait un certain professionnalisme. Les mobiles de Y._ avaient été égoïstes et futiles, dès lors que celui-ci ne cherchait que la satisfaction de ses intérêts matériels. L'intéressé avait agi avec sang-froid et avec une certaine préméditation dans l'accomplissement de ses actes. Une augmentation de la peine privative de liberté de base d'une durée de cinq mois était adéquate pour sanctionner les vols.
S'agissant des dommages à la propriété, l'autorité précédente a relevé que Y._ avait détruit une porte afin de pénétrer dans un appartement pour y dérober des objets. Il avait agi, aidé d'un comparse, avec détermination et organisation, en déployant une énergie délictuelle non négligeable. Une augmentation de la peine privative de liberté de base d'une durée de deux mois était adéquate pour sanctionner cette infraction.
A propos des violations répétées de domicile, l'autorité précédente a indiqué que le comportement de Y._ avait atteint la sphère privée de plusieurs personnes physiques et morales. Il s'était en outre vu interdire par deux fois l'entrée dans les magasins C._ mais n'avait pas respecté cette injonction. Il avait par ailleurs fait l'objet de nombreuses condamnations pour des faits similaires. Une augmentation de la peine privative de liberté de base de trois mois était justifiée. Compte tenu de la longue durée de la procédure pénale, soit huit ans et demi, une déduction de deux mois sur la peine privative de liberté devait être consentie. En définitive, une peine privative de liberté de 26 mois devait être prononcée.
3.3. Le recourant 1 rappelle que, par le jugement du 28 juin 2012, X._ avait été condamné à une peine privative de liberté de 90 mois, tandis que Y._ s'était vu infliger une peine privative de liberté de 78 mois. Il expose que X._ a été condamné pour les mêmes infractions dans le jugement attaqué, tandis que Y._ a seulement bénéficié d'un acquittement ou d'un classement pour quelques infractions. Selon le recourant 1, les deux intéressés ont ainsi été condamnés pour des faits presque identiques à ceux qui avaient été retenus dans le jugement du 28 juin 2012, tandis que les peines privatives de liberté prononcées dans le jugement attaqué s'avèrent sensiblement moins lourdes. Le recourant 1 déplore que les motifs "d'une telle réduction de peine" ne figurent pas dans le jugement attaqué et que l'autorité précédente se fût écartée "des peines de 2012" d'une manière qui suscite son "incompréhension totale", la différence s'avérant selon lui arbitraire. Il indique en outre que le dossier de la cause contient des jugements prononcés par des cours cantonales dans des affaires similaires et condamnant les prévenus à des peines "concordant avec celles prononcées en 2012", et ajoute que la peine prononcée par l'autorité précédente dans le jugement attaqué aurait été réduite "au-delà des espérances" de Y._.
On peine à saisir la pertinence de cette argumentation. Dans son arrêt du 23 septembre 2013 (6B_125/2013 et 6B_140/2013), le Tribunal fédéral n'avait aucunement examiné l'état de fait retenu par le Tribunal pénal fédéral ni les peines prononcées dans le jugement du 28 juin 2012. Ensuite de l'arrêt de renvoi précité, l'autorité précédente devait à nouveau établir les faits concernant X._ et Y._, en procédant à une administration des preuves respectant le droit d'être entendus de ces derniers. Elle devait donc également, le cas échéant, fixer derechef les peines infligées aux deux intéressés sur la base de son nouvel état de fait. Partant, on ne voit pas en quoi l'autorité précédente aurait violé le droit fédéral - en particulier les art. 47 et 50 CP - en fixant librement, dans le jugement attaqué, les peines de X._ et Y._, ni en vertu de quel principe elle aurait été liée d'une quelconque manière par les sanctions prononcées dans le jugement du 28 juin 2012, annulé par le Tribunal fédéral concernant ceux-ci. L'autorité précédente ne pouvait davantage violer le droit fédéral en prononçant une peine éventuellement plus clémente que celle espérée par l'un ou l'autre des intéressés en 2012, ni en ne se référant pas à des décisions cantonales dans des "affaires similaires" à propos desquelles le recourant 1 ne fournit aucune explication (cf. ATF <ref-ruling> consid. 6.3.2 p. 69 concernant les limites de la comparaison avec d'autres affaires).
Le recourant 1 ne peut non plus démontrer une violation des principes régissant la fixation de la peine en invoquant les décisions rendues dans la présente cause en matière de détention provisoire, dès lors que les différentes autorités concernées, dont le Tribunal fédéral (cf. par exemple les arrêts 1B_454/2013 du 24 janvier 2014 et 1B_209/2014 du 30 juin 2014), n'ont fait qu'évoquer les "peines prévisibles" au regard du principe de proportionnalité, sans aucunement fixer les sanctions en question, de telles estimations ne liant de toute manière nullement le Tribunal fédéral, seul le jugement attaqué faisant l'objet du recours (cf. <ref-law>).
C'est par ailleurs en vain que le recourant 1 se réfère aux peines infligées aux autres prévenus dans le jugement du 28 juin 2012, dès lors, d'une part, que ces sanctions n'ont pas été soumises à l'examen du Tribunal fédéral et que, d'autre part, on ignore tout des infractions commises et des circonstances personnelles qui auraient permis des comparaisons ou justifié des différences de quotité.
Pour le reste, le recourant 1 n'indique pas quel élément aurait, dans la fixation des peines privatives de liberté de X._ et Y._, été omis ou mal apprécié par l'autorité précédente, ni en quoi celle-ci aurait pu - au-delà de la comparaison avec les sanctions prononcées dans le jugement du 28 juin 2012 - commettre un abus de son pouvoir d'appréciation en la matière.
3.4. Le recourant 1 admet que les éléments ayant guidé la fixation des sanctions figurent bien dans le jugement attaqué. Pour le reste, on ne voit pas comment l'autorité précédente aurait pu violer les <ref-law> et 29 al. 2 Cst. en s'abstenant de commenter, dans ledit jugement, les peines prononcées en 2012 à l'occasion d'une décision ayant ensuite été annulée par le Tribunal fédéral s'agissant de X._ et de Y._.
3.5. En définitive, l'autorité précédente n'a pas violé le droit fédéral en condamnant X._ à une peine privative de liberté de deux ans et dix mois et Y._ à une peine privative de liberté de deux ans et deux mois. Le grief doit être rejeté.
4.
Le recourant 1 soutient encore que les peines prononcées par l'autorité précédente violeraient l'interdiction de l'arbitraire (art. 9 Cst.), le principe de la bonne foi, l'égalité de traitement (art. 8 Cst.) ainsi que l'art. 5 CEDH.
C'est en vain que l'on cherche, dans son mémoire de recours, une motivation topique concernant la violation de l'une ou l'autre de ces garanties (cf. <ref-law>). On voit mal, au demeurant, en quoi la différence dans la quotité des peines entre le jugement du 28 juin 2012 et le jugement attaqué, de même que les indemnités accordées aux deux intéressés par l'autorité précédente, pourrait consacrer une atteinte à l'une des dispositions invoquées par le recourant 1. Enfin, le fait que les peines prononcées par l'autorité précédente placeraient le recourant 1 ou une autre autorité "dans une situation très inconfortable" est dénué de pertinence s'agissant d'une éventuelle violation des garanties dont se prévaut celui-ci.
5.
Le recourant 1 reproche à l'autorité précédente d'avoir violé les art. 429 et 431 CPP.
5.1. A teneur de l'<ref-law>, si le prévenu est acquitté totalement ou en partie ou s'il bénéficie d'une ordonnance de classement, il a droit à une indemnité pour les dépenses occasionnées par l'exercice raisonnable de ses droits de procédure (let. a), une indemnité pour le dommage économique subi au titre de sa participation obligatoire à la procédure pénale (let. b), une réparation du tort moral subi en raison d'une atteinte particulièrement grave à sa personnalité, notamment en cas de privation de liberté (let. c). L'<ref-law> fonde un droit à des dommages et intérêts et à une réparation du tort moral résultant d'une responsabilité causale de l'Etat. La responsabilité est encourue même si aucune faute n'est imputable aux autorités (arrêt 6B_928/2014 du 10 mars 2016 consid. 2 non publié aux <ref-ruling>). L'Etat doit réparer la totalité du dommage qui présente un lien de causalité avec la procédure pénale au sens du droit de la responsabilité civile (arrêt 6B_361/2018 du 15 juin 2018 consid. 4 et les références citées).
Aux termes de l'<ref-law>, en cas de détention provisoire et de détention pour des motifs de sûreté, le prévenu a droit à une indemnité ou à une réparation du tort moral lorsque la détention a excédé la durée autorisée et que la privation de liberté excessive ne peut être imputée sur les sanctions prononcées à raison d'autres infractions. En d'autres termes, le prévenu doit être indemnisé si la sanction finalement infligée ne peut pas être totalement imputée sur la détention avant jugement effectivement subie (<ref-ruling> consid. 5 p. 399 s.; <ref-ruling> consid. 3.2 p. 238 consid. 3.6 à 3.8 p. 241 ss).
L'ampleur de la réparation morale dépend avant tout de la gravité des souffrances physiques ou psychiques consécutives à l'atteinte subie par l'intéressé et de la possibilité d'adoucir sensiblement, par le versement d'une somme d'argent, la douleur morale qui en résulte (<ref-ruling> consid. 3.1 p. 342). Le Tribunal fédéral considère en principe qu'un montant de 200 fr. par jour en cas de détention injustifiée de courte durée constitue une indemnité appropriée, dans la mesure où il n'existe pas de circonstances particulières qui pourraient fonder le versement d'un montant inférieur ou supérieur (<ref-ruling> consid. 3.1 p. 342; arrêt 6B_53/2013 du 8 juillet 2013 consid. 3.2 non publié aux <ref-ruling> et les références citées). Le taux journalier n'est qu'un critère qui permet de déterminer un ordre de grandeur pour le tort moral. Il convient ensuite de corriger ce montant compte tenu des particularités du cas (durée de la détention, retentissement de la procédure sur l'environnement de la personne acquittée, gravité des faits reprochés, etc.). Lorsque la détention injustifiée s'étend sur une longue période, une augmentation linéaire du montant accordé dans les cas de détention plus courte n'est pas adaptée, car le fait de l'arrestation et de la détention pèse d'un poids en tout cas aussi important que l'élément de durée pour apprécier l'atteinte que subit la personne incarcérée. Aussi, lorsque la durée de détention est de plusieurs mois, convient-il en règle générale de réduire le montant journalier de l'indemnité (<ref-ruling> consid. 3.1 p. 342 et les références citées). La fixation de l'indemnité pour tort moral est une question d'application du droit fédéral, que le Tribunal fédéral examine donc librement. Dans la mesure où celle-ci relève pour une part importante de l'appréciation des circonstances, il intervient avec retenue. Il le fait notamment si l'autorité cantonale a mésusé de son pouvoir d'appréciation, en se fondant sur des considérations étrangères à la disposition applicable, en omettant de tenir compte d'éléments pertinents ou encore en fixant une indemnité inéquitable parce que manifestement trop faible ou trop élevée (<ref-ruling> consid. 3.1 p. 342 s.; <ref-ruling> consid. 6.3.1 p. 344 et la référence citée).
5.2. Concernant X._, l'autorité précédente a exposé que celui-ci avait subi 1'775 jours de détention avant jugement, ce qui excédait la peine privative de liberté infligée. La détention subie n'avait pas mis en péril l'intégration, l'emploi ou les revenus de l'intéressé, ni causé chez lui une souffrance psychologique d'une importance grave. Celui-ci n'avait pas évoqué l'existence de liens sociaux ou professionnels significatifs en France, qui auraient été affectés par la détention. X._ dépendait de l'aide sociale. L'autorité précédente a cependant tenu compte de la longueur de la détention et du fait que le prénommé avait une famille en France, avec un enfant à charge, ce qui avait influé sur la souffrance provoquée par la détention. Il convenait de lui allouer une indemnité de 100 fr. par jour de détention injustifié, soit un montant de 76'000 fr., auquel s'ajoutait une somme de 2'000 fr. à titre de participation aux frais de défense et de réparation du dommage économique, sur la base de l'<ref-law>.
S'agissant de Y._, l'autorité précédente a indiqué que celui-ci avait été acquitté des chefs de prévention de blanchiment d'argent aggravé répété et de recel d'importance mineure. La procédure à son encontre avait été classée s'agissant des infractions de consommation de stupéfiants et de vol d'importance mineure. Cela justifiait une indemnisation pour le dommage économique subi, à hauteur de 1'031 francs. A propos de la détention subie, l'autorité précédente a exposé que Y._ avait déclaré avoir ressenti des effets négatifs psychique et avoir souffert de l'isolement lorsqu'il se trouvait à D._. Elle a admis que la détention à cet endroit était propre à créer un tort moral dans la mesure où celle-ci y avait excédé six mois. Une indemnité de 2'500 fr. devait être accordée à cet égard. Par ailleurs, Y._ avait subi 1'643 jours de détention avant jugement, ce qui excédait la peine privative de liberté infligée. La détention n'avait cependant pas mis en péril l'intégration ou l'emploi de l'intéressé. Ce dernier ne possédait pas d'attaches particulières en Suisse et n'avait pas évoqué l'existence de liens sociaux ou professionnels significatifs dans ce pays. Il avait été pris en charge par l'assistance sociale suisse. La détention injustifiée ne l'avait ainsi pas privé d'un réseau social sain ni ne l'avait arraché à un environnement professionnel ordinaire, de sorte que son impact avait été relativement modeste. Pour la détention injustifiée, un montant journalier de 100 fr. devait être retenu, ce qui représentait une somme de 86'500 francs.
5.3. Le recourant 1 soutient que l'autorité précédente n'aurait pas tenu suffisamment compte de l'effet de la détention sur la personnalité de X._ et de Y._. Il ne précise cependant pas quel paramètre aurait été omis par l'autorité précédente à cet égard, ou dans quelle mesure celle-ci aurait dû accorder plus ou moins de poids aux critères retenus pour fixer le montant des indemnités.
Le recourant 1 reproche en outre à l'autorité précédente d'avoir accordé à Y._ une somme de 89'000 fr. en raison des chefs de prévention dont il a été acquitté ou qui ont été classés. On comprend toutefois du jugement attaqué que l'autorité précédente a accordé à l'intéressé une indemnité 89'000 fr. pour la détention illicite au sens de l'art. 431 al. 1 et 2 CPP, tandis que les acquittements et classements dont il a bénéficié ont donné lieu à une indemnité de 1'301 fr. fondée sur l'<ref-law>, compensée avec les frais judiciaires mis à sa charge. Le dispositif du jugement attaqué fait d'ailleurs état, relativement à l'indemnité de 89'000 fr., des <ref-law>.
5.4. Le recourant 1 fait par ailleurs grief à l'autorité précédente de ne pas avoir tenu compte, dans le calcul des indemnités allouées aux deux intéressés, du coût de la vie dans leur pays de domicile.
5.4.1. Conformément à la jurisprudence, il n'y a en principe pas lieu de prendre en considération les frais d'entretien au domicile de l'ayant droit lors de la fixation de l'indemnité pour tort moral. L'indemnité doit ainsi être fixée sans égard au lieu de vie de l'ayant droit et à ce qu'il va faire de l'argent obtenu (<ref-ruling> consid. 4a p. 559; <ref-ruling> consid. 4c p. 13). Toutefois, dans la mesure où le bénéficiaire domicilié à l'étranger serait exagérément avantagé en raison des conditions économiques et sociales existant à son lieu de domicile, il convient d'adapter l'indemnité vers le bas (<ref-ruling> consid. 4a p. 559; <ref-ruling> consid. 4 p. 11 ss; cf. arrêts 6B_58/2016 du 18 août 2016 consid. 4.2; 6B_909/2015 du 22 juin 2016 consid. 2.3.1). L'ampleur de l'indemnité pour tort moral doit être justifiée compte tenu des circonstances particulières, après pondération de tous les intérêts, et ne doit donc pas paraître inéquitable. Cela signifie que, lorsqu'il faut prendre exceptionnellement en considération un coût de la vie plus faible pour calculer une indemnité pour tort moral, on ne peut pas procéder schématiquement selon le rapport du coût de la vie au domicile du demandeur avec celui de la Suisse ou à peu près selon ce rapport. Sinon, l'exception deviendrait la règle (<ref-ruling> consid. 4a p. 559). Ainsi le Tribunal fédéral a-t-il admis une réduction, non schématique, de l'indemnité pour tort moral lorsque les frais d'entretien au domicile de l'intéressé sont beaucoup plus bas (<ref-ruling> consid. 4a p. 559 : Voïvodine, pouvoir d'achat 18 fois plus élevé, permettant une réduction de l'indemnité, réduction toutefois ramenée de 14 fois à 2 fois; arrêt 1A.299/2000 du 30 mai 2001 consid. 5c : Bosnie Herzégovine, pouvoir d'achat 6 à 7 fois plus élevé permettant une réduction de l'indemnité de 75%, jugée élevée par le Tribunal fédéral mais demeurant néanmoins dans les limites du pouvoir d'appréciation de la cour cantonale; arrêt 1C_106/2008 du 24 septembre 2008 consid. 4.2 : Portugal, coût de la vie correspondant à 70% du coût de la vie suisse ne justifiant pas de réduction; cf. arrêt 6B_909/2015 précité consid. 2.3.1). Ces principes doivent également s'appliquer à l'indemnité pour tort moral définie à l'art. 429 al. 1 let. c CPP (cf. arrêt 6B_1052/2014 du 22 décembre 2015 consid. 2.4).
5.4.2. Il convient tout d'abord de relever que cette question ne se pose pas s'agissant de X._, lequel, domicilié en France, ne saurait être concerné par une éventuelle réduction de l'indemnité en vertu des principes jurisprudentiels précités (cf. consid. 5.4.1 supra).
Dans le jugement attaqué, l'autorité précédente a fait état, dans le considérant comprenant les principes juridiques applicables, de la jurisprudence précitée, en ajoutant que les considérations relatives à la réduction de l'indemnité s'appliquaient s'agissant des indemnités pour tort moral. Elle n'a cependant pas indiqué, dans ses explications concernant la fixation des indemnités, si et dans quelle mesure une réduction aurait été opérée en raison du domicile des intéressés.
On ignore par conséquent si les montants retenus par l'autorité précédente ont été réduits ainsi que, le cas échéant, dans quelle mesure et selon quels critères. Dans ces conditions, le Tribunal fédéral ne peut vérifier si l'autorité précédente a correctement appliqué le droit fédéral. Le jugement attaqué doit donc être annulé sur ce point et la cause renvoyée à l'autorité précédente afin que celle-ci expose si, pourquoi et dans quelle mesure les indemnités litigieuses auraient été diminuées en raison du lieu de domicile des deux intéressés, ou si, à défaut, il conviendrait ou non de procéder à une telle réduction concernant Y._, domicilié en Géorgie (cf. <ref-law>).
5.5. Le recourant 1 prétend enfin que les montants journaliers retenus par l'autorité précédente consacreraient une inégalité de traitement et violeraient ainsi l'art. 8 Cst. On ignore cependant qui, selon le recourant 1, serait victime d'une telle violation de l'art. 8 Cst. Le grief, qui ne répond pas aux exigences de motivation découlant de l'<ref-law>, est irrecevable.
II. Recours de Y._
6.
Y._ se plaint d'une violation de son droit d'être entendu, au motif que l'autorité précédente n'aurait pas traité son grief relatif à la violation du principe de célérité (<ref-law> et 29 al. 1 Cst.).
6.1. Selon la jurisprudence, l'autorité qui ne traite pas un grief relevant de sa compétence, motivé de façon suffisante et pertinent pour l'issue du litige, commet un déni de justice formel proscrit par l'art. 29 al. 1 Cst. (<ref-ruling> consid. 4.2 p. 157; <ref-ruling> consid. 2.1 p. 9). De même, la jurisprudence a déduit de l'art. 29 al. 2 Cst. l'obligation pour l'autorité de motiver sa décision, afin que l'intéressé puisse se rendre compte de la portée de celle-ci et exercer son droit de recours à bon escient (<ref-ruling> consid. 2.1 p. 145). Pour satisfaire à ces exigences, il suffit que l'autorité mentionne, au moins brièvement, les motifs qui l'ont guidée et sur lesquels elle a fondé son raisonnement. Elle ne doit pas se prononcer sur tous les moyens des parties, mais peut au contraire se limiter aux questions décisives (<ref-ruling> consid. 4.2 p. 157). La motivation peut d'ailleurs être implicite et résulter des différents considérants de la décision (<ref-ruling> consid. 3.2.1 p. 565).
6.2. Durant les débats tenus par l'autorité précédente, le défenseur de Y._ a, dans le cadre de sa plaidoirie, dénoncé une violation du principe de célérité, dont il déduisait qu'elle devrait entraîner une réduction de la sanction qui serait prononcée (cf. pièces 123 522 220 ss du dossier). Il apparaît qu'un tel grief avait déjà été formulé auparavant dans la procédure (cf. arrêt 1B_209/2014 précité consid. 2.2).
C'est en vain que l'on cherche, dans le jugement attaqué, la discussion du grief relatif à une violation du principe de célérité. L'autorité précédente a indiqué que les peines privatives de liberté infligées à X._ et à Y._ devaient être réduites en raison de la "longue durée de la procédure pénale", sans que l'on ne comprenne si une telle réduction des peines découlait d'une violation du principe de célérité ou seulement d'une prise en compte du temps écoulé depuis la commission des infractions.
Ainsi, soit l'autorité précédente a entendu admettre une violation du principe de célérité et il apparaît que sa motivation ne permet pas de saisir dans quelle mesure celle-ci a été prise en considération ni pourquoi ladite violation n'a pas été inscrite dans le dispositif du jugement attaqué (cf. arrêt 6B_556/2017 du 15 mars 2018 consid. 3.1 et les références citées), soit l'autorité précédente a omis de traiter le grief de Y._ et a, partant, commis un déni de justice formel. Quoi qu'il en soit, le recours doit être admis sur ce point, le jugement attaqué annulé et la cause renvoyée à l'autorité précédente pour qu'elle complète sa décision à cet égard (cf. <ref-law>). Le Tribunal fédéral ne peut quant à lui, en l'état, se prononcer sur l'existence d'une éventuelle violation du principe de célérité ni, le cas échéant, sur ses conséquences.
III. Frais et dépens
7.
Compte tenu de ce qui précède, le recours du recourant 1 (6B_984/2018) doit être partiellement admis (cf. consid. 5.4.2 supra), tandis que le recours de Y._ (6B_990/2018) doit être admis (cf. consid. 6.2 supra). Le jugement attaqué doit être annulé et la cause renvoyée à l'autorité précédente pour nouvelle décision. Les recourants ne supporteront pas de frais judiciaires (art. 66 al. 1 et 4 LTF). Y._ peut prétendre à de pleins dépens pour la procédure devant le Tribunal fédéral, qui seront mis à la charge de la Confédération (<ref-law>). Sa demande d'assistance judiciaire est sans objet (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Les causes 6B_984/2018 et 6B_990/2018 sont jointes.
2.
Le recours du Ministère public de la Confédération est partiellement admis. Pour le reste, il est rejeté. Le recours de Y._ est admis. Le jugement attaqué est annulé et la cause est renvoyée à l'autorité précédente pour nouvelle décision.
3.
Il n'est pas perçu de frais judiciaires.
4.
La Confédération (Ministère public de la Confédération) versera au conseil de Y._ une indemnité de 3000 fr. à titre de dépens pour la procédure devant le Tribunal fédéral.
5.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et au Tribunal pénal fédéral, Cour des affaires pénales.
Lausanne, le 4 avril 2019
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Denys
Le Greffier : Graa