Sachverhalt:
A.
Die 1961 geborene A._ meldete sich im Januar 2007 bei der Invalidenversicherung zum Leistungsbezug an. Die IV-Stelle des Kantons Zürich veranlasste eine polydisziplinäre Begutachtung bei der Academy of Swiss Insurance Medicine (asim), Universitätsspital Basel (Expertise vom 31. Dezember 2007; Stellungnahmen vom 12. Februar und 20. März 2008), und sprach A._ mit Verfügung vom 17. Juli 2008 rückwirkend ab 1. Januar 2006 eine halbe Invalidenrente zu.
Im Jahr 2013 leitete die Verwaltung eine Rentenrevision gestützt auf die am 1. Januar 2012 in Kraft getretenen Schlussbestimmungen der Änderung des IVG vom 18. März 2011 (6. IV-Revision, erstes Massnahmenpaket; nachfolgend: SchlB IVG) ein, gab bei der Medizinischen Abklärungsstelle (MEDAS) Ostschweiz ein polydisziplinäres Gutachten in Auftrag (Expertise vom 17. April 2014) und hob die bisherige halbe Rente auf (Verfügung vom 23. Juli 2014). Die dagegen geführte Beschwerde hiess das Sozialversicherungsgericht mit Entscheid vom 30. Dezember 2015 (IV.2014.00945) in dem Sinne gut, dass es die angefochtene Verfügung aufhob und die Sache zu weiteren Abklärungen an die IV-Stelle zurückwies.
Die Verwaltung gab in der Folge bei der Begutachtungsstelle Medizinisches Zentrum Römerhof (MZR) eine polydisziplinäre Begutachtung in Auftrag. Die Expertise wurde am 22. November 2016 erstattet. Mit Vorbescheid vom 5. April 2017 kündigte die IV-Stelle an, die Rente bleibe aufgehoben. Daran hielt sie mit Verfügung vom 6. September 2017 fest.
B.
Die von A._ dagegen erhobene Beschwerde wies das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich mit Entscheid vom 22. November 2018 ab.
C.
Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beantragt A._ die Aufhebung des Entscheids vom 22. November 2018 (IV.2017.01083) sowie des diesem zugrunde liegenden Zwischenentscheids vom 30. Dezember 2015 (IV.2014.00945). Ihr sei rückwirkend ab dem 1. September 2014 (Weiterausrichtung der ursprünglichen Rente) eine Invalidenrente zuzusprechen (50 %). Eventualiter sei der Entscheid vom 22. November 2018 aufzuheben, die Sache an das kantonale Gericht zurückzuweisen und dieses zu verpflichten, ein polydisziplinäres Obergutachten einzuholen. Anschliessend habe die Vorinstanz neu über einen veränderten Anspruch auf Invalidenleistungen ab 1. September 2014 zu entscheiden.
Die IV-Stelle schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Das Bundesamt für Sozialversicherungen verzichtet auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1.
Das Bundesgericht prüft die Zulässigkeit eines Rechtsmittels von Amtes wegen und mit freier Kognition (<ref-ruling> E. 6 S. 320 mit Hinweis).
1.1. Beim Bundesgericht anfechtbar sind Endentscheide, d.h. Entscheide, die das Verfahren abschliessen (<ref-law>), ebenso Teilentscheide, das heisst unter anderem Entscheide, die einen Teil der gestellten Begehren behandeln, wenn diese unabhängig von den anderen beurteilt werden können (<ref-law>). Sodann ist die Beschwerde unter anderem zulässig gegen selbstständig eröffnete Vor- und Zwischenentscheide nach <ref-law>, wenn sie einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken können (lit. a), oder wenn die Gutheissung der Beschwerde sofort einen Endentscheid herbeiführen und damit einen bedeutenden Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren ersparen würde (lit. b). Ist die Beschwerde nicht zulässig oder wurde von ihr kein Gebrauch gemacht, so sind die betreffenden Vor- und Zwischenentscheide durch Beschwerde gegen den Endentscheid anfechtbar, soweit sie sich auf dessen Inhalt auswirken (<ref-law>).
Rückweisungsentscheide, mit welchen ein kantonales Versicherungsgericht eine Sache zur neuen Entscheidung an die Verwaltung zurückweist, sind Zwischenentscheide, auch wenn damit materiellrechtliche Teilaspekte beantwortet werden; sie sind daher in der Regel nicht anfechtbar (<ref-ruling> E. 4.2 S. 481 f.).
1.2. Das kantonale Gericht hat die Sache mit Entscheid vom 30. Dezember 2015 (IV.2014.00945) an die IV-Stelle zurückgewiesen, damit diese nach erfolgten Abklärungen im Sinne der Erwägungen über den Rentenanspruch neu verfüge. Bei diesem Erkenntnis handelt es sich um einen Zwischenentscheid, auch wenn die Vorinstanz bereits festgestellt hat, dass eine Rentenüberprüfung gemäss SchlB IVG zulässig sei. Im Rahmen der Beschwerde gegen den Endentscheid vom 22. November 2018 sind nach dem Gesagten auch Einwendungen gegen den Zwischenentscheid vom 30. Dezember 2015 möglich. Da auch die übrigen Formerfordernisse erfüllt sind, ist auf die Beschwerde, welche sich explizit gegen den Zwischenentscheid vom 30. Dezember 2015 sowie gegen den Endentscheid vom 22. November 2018 richtet, einzutreten (vgl. <ref-ruling> E. 5.2.3 S. 484).
2.
Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann u.a. die Verletzung von Bundesrecht gerügt werden (<ref-law>), die Feststellung des Sachverhalts durch die Vorinstanz nur, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht und die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law>). Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Es kann deren Sachverhaltsfeststellung von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law>).
3.
Streitig und zu prüfen ist, ob Bundesrecht verletzt wurde, indem die Vorinstanz die rentenaufhebende Verfügung der Beschwerdegegnerin vom 6. September 2017 bestätigt hat. Dabei ist in erster Linie zu beurteilen, ob die Voraussetzungen für eine Rentenüberprüfung nach lit. a Abs. 1 SchlB IVG vorliegen.
3.1. Die gesundheitlichen Verhältnisse der Beschwerdeführerin im Zeitpunkt der am 17. Juli 2008 verfügten Zusprache einer halben Invalidenrente stellen sich wie folgt dar:
3.1.1. Gemäss vorinstanzlichen Feststellungen erfolgte die Rentenzusprache vor allem basierend auf dem polydisziplinären asim-Gutachten vom 31. Dezember 2007. Die Experten diagnostizierten damals ein chronisches zervikozephales Syndrom mit pseudoradikulärer Schmerzausstrahlung rechts, ein unspecific low back pain mit pseudoradikulärer Schmerzausstrahlung rechts, einen Status nach Operation eines linkstemporalen Oligodendroglioms im Jahr 1988, eine leichte neuropsychologische Störung nach einem am 28. März 2001 erlittenen Halswirbelsäulendistorsionstrauma (nachfolgend: HWS-Distorsionstrauma) und nach einer Oligodendrogliom-Operation, eine posttraumatische Belastungsstörung (ICD-10 F43.1), eine dissoziative Störung (ICD-10 F44.7) sowie einen Verdacht auf ein organisches Psychosyndrom nach Schädelhirntrauma (ICD-10 F07.2).
3.1.2. Die Gutachter berichteten, dass für die zuletzt ausgeübte Tätigkeit als Präsenz-Nachtwache eine zumutbare Arbeitsfähigkeit von maximal 50 % bestehe. Hiebei sei die Einschränkung der Arbeitsfähigkeit hauptsächlich auf die posttraumatische Belastungsstörung, die dissoziative Störung sowie auf den Verdacht auf ein organisches Psychosyndrom nach Schädelhirntrauma zurückzuführen. Angepasste Tätigkeiten (körperlich leichte bis intermittierend mittelschwere, wechselbelastende und rückenadaptierte Arbeiten) könnten der Versicherten grundsätzlich im Umfang von 100 %, aufgrund der psychischen Komorbidität jedoch ebenfalls nur im Umfang von 50 %, zugemutet werden. In neuropsychologischer Hinsicht kam der Fachpsychologe im asim-Gutachten zum Schluss, dass die leichten Wortfindungsstörungen im Alltag angemessen kompensiert werden könnten und einen untergeordneten Einfluss auf die Arbeitsfähigkeit hätten.
3.2. In Anlehnung an die aufgezeigte medizinische Aktenlage hat das Sozialversicherungsgericht festgestellt, dass die Berentung auf der Basis eines zu den sogenannten unklaren Beschwerdebildern gehörenden Leidens erfolgt sei. Die somatischen Beschwerden hätten sich gemäss dem rheumatologischen asim-Gutachten lediglich auf das Belastungsprofil ausgewirkt und nicht auf das der Versicherten noch zumutbare Pensum. Die organischen Beschwerden könnten sowohl diagnostisch als auch hinsichtlich der funktionellen Folgen von den unklaren Beschwerden abgegrenzt werden, weshalb hierfür die SchlB IVG anwendbar seien.
Die Versicherte bringt dagegen vor, die Gutachter hätten auch von organischen Gesundheitsbeeinträchtigungen berichtet, die die anspruchserhebliche Arbeitsunfähigkeit mitverursacht hätten. Da die Vorinstanz dies nicht berücksichtigt habe, verletze der angefochtene Entscheid die Begründungspflicht. Ebenfalls sei die Beweiswürdigung des kantonalen Gerichts willkürlich.
3.3.
3.3.1. Neben den sogenannten unklaren Beschwerdebildern sind von den Gutachtern auch organisch nachweisbare Beeinträchtigungen festgestellt worden (vgl. E. 3.1.2 oben), die aber für die Leistungszusprache nicht erheblich gewesen sind, da sie keine Auswirkung auf die Arbeitsfähigkeit gezeitigt haben. Solche organisch abgrenzbare Beeinträchtigungen sind mithin irrelevant (Urteil 9C_619/2017 vom 28. Juni 2018 E. 3.3 mit Hinweis auf 9C_131/2016 vom 9. August 2016 E. 2.2.4).
3.3.2. Betreffend die Verdachtsdiagnose eines organischen Psychosyndroms nach Schädelhirntrauma ist festzuhalten, dass es sich dabei um ein beweismässig nicht gesichertes Leiden gehandelt und dieses somit keine rechtsgenügliche Grundlage gebildet hat, um eine mögliche Auswirkung auf die Arbeitsfähigkeit nachzuweisen (vgl. Urteil 9C_106/2015 vom 1. April 2015 E. 6.3; zum Beweismass der überwiegenden Wahrscheinlichkeit: <ref-ruling> E. 6 S. 221). So ist der Psychiater im asim-Gutachten vom 31. Dezember 2007 denn auch davon ausgegangen, dass die Versicherte fast alle Kriterien eines organischen Psychosyndroms nach einem Schädelhirntrauma erfülle. Die geforderte Bewusstlosigkeit habe sich aus heutiger Sicht jedoch nicht sicher explorieren lassen.
3.4. Mit Blick auf die Gesamteinschätzung der asim-Gutachter und das soeben Gesagte (E. 3.3), ist die vorinstanzliche Feststellung, wonach die Rentenzusprache im Jahre 2008 aufgrund eines unklaren Beschwerdebildes ohne organische Ursache erfolgt sei, nicht offensichtlich unrichtig. Sie beruht weder auf einer Verletzung der Begründungspflicht noch auf einer willkürlichen Beweiswürdigung. Es liegt denn entgegen der in der Beschwerde sinngemäss vertretenen Betrachtungsweise auch kein sogenannter Mischsachverhalt vor (vgl. bereits erwähntes Urteil 9C_619/2017 E. 3.3 mit Hinweisen), der einer Anwendung der SchlB IVG entgegenstünde. Diese sind demnach mit der Vorinstanz anwendbar.
4.
In einem weiteren Schritt hatte das kantonale Gericht die bei Erlass der Verfügung der Beschwerdegegnerin vom 6. September 2017 bestehende gesundheitliche Situation zu beurteilen.
4.1. Die Vorinstanz mass dem polydisziplinären MZR-Gutachten vom 22. November 2016 Beweiswert zu und stellte fest, die neurologisch diagnostizierte Migräne ohne Aura führe gemäss den Experten zu einer 40%-igen Arbeitsunfähigkeit. Daran könne jedoch nicht festgehalten werden. Das kantonale Gericht verwies auf <ref-ruling> und kam zum Schluss, dass die Auswirkungen der Migräne auf die Arbeits- und Erwerbsfähigkeit trotz umfangreicher und langwieriger Abklärungen nicht hinreichend erstellt worden seien. Denn die entsprechende Diagnose beruhe ausschliesslich auf dem (subjektiven) Beschwerdevortrag der Versicherten. Die Folgen der Kopfschmerzproblematik seien weder plausibel noch würden deren Auswirkungen auf die Arbeits- und Erwerbsfähigkeit überzeugend dargelegt. Insbesondere sei nicht nachvollziehbar dargetan, weshalb die Beschwerdeführerin aufgrund der erhobenen Befunde unter Berücksichtigung der neurologischen Schonkriterien (Tätigkeit ohne Schichtarbeit, ohne Stress und ohne Überforderungsgefahr) nicht in einem vollzeitlichen Pensum arbeitsfähig sein sollte. Eine Plausibilisierung ergebe sich zudem auch nicht aus den Angaben der Versicherten zu ihrem Aktivitätsniveau.
4.2. Das Sozialversicherungsgericht erkannte im Weiteren, es müsse ausserdem von einem fehlenden Leidensdruck der Versicherten ausgegangen werden. Denn der Neurologe habe im MZR-Gutachten berichtet, die Beschwerdeführerin nehme das nach ihrem Empfinden wirksame Zomig lediglich einmal im Monat ein. Seiner Erfahrung nach würden jedoch Patientinnen mit einer schweren Migräne (bei der Versicherten aktuell vier- bis sechsmal monatlich an einem bis drei Tagen) kaum auf ein wirksames Medikament verzichten. Aus der Expertise geht laut vorinstanzlichen Feststellungen ausserdem hervor, dass es an der Ausschöpfung der Therapiemöglichkeiten einer grundsätzlich gut therapierbaren Krankheit fehle, weil keine leitliniengerechte Migräneprophylaxe eingestellt sei. Vor diesem Hintergrund sei gemäss kantonalem Gericht die erforderliche Plausibilität nicht erstellt. Eine angepasste Tätigkeit, welche die neurologischen Schonkriterien berücksichtige (kein Schichtdienst, da ein regelmässiger Schlaf-Wach-Rhythmus therapeutisch günstig sei; kein Stress und keine Überforderung), sei der Beschwerdeführerin vollzeitlich zumutbar.
4.3.
4.3.1. Die Versicherte bringt vor, die Migräne gehöre gemäss Rechtsprechung nicht zu den unklaren Beschwerdebildern. Hierzu ist festzuhalten, dass das Bundesgericht mit <ref-ruling> die Frage offen gelassen hat, ob eine Migräne zu den objektivierbaren Krankheitsbildern zu zählen ist. Dies muss auch im vorliegenden Fall nicht geklärt werden. Denn im Hinblick auf die Folgenabschätzung bedarf es bei der Migräne eines konsistenten Nachweises mittels sorgfältiger Plausibilitätsprüfung (<ref-ruling> E. 3.3.1 S. 296).
4.3.2. Hierzu rügt die Versicherte, ihre subjektiven Beschwerdeangaben seien entgegen dem kantonalen Gericht sehr wohl durch die von Dr. med. B._ festgestellten Befunde hinreichend erklärt worden. Es ist darauf hinzuweisen, dass dem neurologischen Gutachter des MZR, Dr. med. C._, die Berichte des Dr. med. B._ vorgelegen haben. So hat Dr. med. C._ berichtet, Dr. med. B._ sei von einer posttraumatischen Migräne (nach HWS-Distorsionstrauma) ausgegangen. Die Versicherte habe aber bereits vor dem Verkehrsunfall über Kopfschmerzen berichtet. Ausserdem sei es beim Unfall nicht zu einem Schädel-Hirntrauma gekommen, weshalb die von Dr. med. B._ diagnostizierte langjährig bestehende posttraumatische Migräne nicht erklärbar sei. Mit Blick auf diese Ausführungen des Dr. med. C._ ist die Vorinstanz in Anlehnung an dessen Teilgutachten nicht offensichtlich unrichtig (E. 2 oben) zum Schluss gelangt, dass die entsprechende Diagnose ausschliesslich auf dem (subjektiven) Beschwerdevortrag der Versicherten beruhe.
4.3.3. Auch mit ihren weiteren Einwänden vermag die Beschwerdeführerin nicht aufzuzeigen, dass die vorinstanzlichen Feststellungen offensichtlich unrichtig oder sonstwie bundesrechtswidrig (vgl. E. 2 oben) sein sollen. Beim Hinweis der Versicherten auf die Stellungnahme des Vertrauensarztes der Pensionskasse vom 31. März 2015 sowie beim Vorbringen, der von der Vorinstanz vom geschilderten Tagesablauf auf uneingeschränkte Ressourcen gezogene Schluss sei stossend, handelt es sich um appellatorische Kritik an den Schlussfolgerungen des kantonalen Gerichts, die nicht zu hören ist (<ref-ruling> E. 1.3.1 S. 253; <ref-ruling> E. 2.3 S. 266 mit Hinweisen). Damit bleibt es bei den Sachverhaltsfeststellungen der Vorinstanz in Bezug auf die diagnostizierte Migräne ohne Aura und somit auch bei den bundesrechtskonformen Ausführungen, wonach die Auswirkungen der Migräne auf die Arbeits- und Erwerbsfähigkeit nicht hinreichend hätten erstellt werden können.
4.4. Aus dem angefochtenen Entscheid geht hervor, weshalb die Vorinstanz auf das neuropsychologische Teilgutachten des MZR abgestellt hat. Hier kann von einer Verletzung der Begründungspflicht als Teilgehalt des rechtlichen Gehörs (<ref-law>; zur Begründungspflicht vgl. <ref-ruling> E. 9.2 S. 65) keine Rede sein. Dies hat auch in Bezug auf den Vorwurf der Versicherten zu gelten, wonach sich das kantonale Gericht weder mit den Ausführungen des Dr. med. B._ und dessen EEG-Monitoring, das am 22. März 2016 bei ihm durchgeführt worden sei (Bericht vom 24. März 2016), noch mit dem Bericht von Frau lic. phil. D._ und des Dr. med. E._ vom 10. Mai 2016 auseinandergesetzt habe. Der Anspruch auf rechtliches Gehör verlangt vom Gericht nicht, dass sich die Begründung mit allen Parteistandpunkten einlässlich auseinandersetzt und jedes einzelne Vorbringen ausdrücklich widerlegt. Im angefochtenen Entscheid sind die entscheidwesentlichen Faktoren hinlänglich festgestellt und gewürdigt worden, so dass die Beschwerdeführerin sich über dessen Tragweite ein Bild machen und diesen sachgerecht anfechten konnte (zum Ganzen: <ref-ruling> E. 3.2 S. 270 mit Hinweisen).
Schliesslich kann der Vorinstanz auch keine Verletzung von Bundesrecht vorgeworfen werden, indem sie dem neuropsychologischen Gutachten des MRZ Beweiskraft zugemessen hat. Denn die Neuropsychologin hat sich entgegen der Beschwerdeführerin zum Vorgutachten der MEDAS Ostschweiz vom 17. April 2014 geäussert. Ausserdem ist der Gutachterin des MZR der Bericht von Frau lic. phil. D._ und des Dr. med. E._ vom 10. Mai 2016 bekannt gewesen. Dies geht aus Punkt 1.4 in der Expertise mit dem Titel "Aktenauszug" hervor. Dass die Neuropsychologin zum Bericht vom 10. Mai 2016 nichts weiter angemerkt hat, führt nicht dazu, dass dem Gutachten der Beweiswert abzuerkennen ist. Denn im Rahmen einer Exploration ist nicht erforderlich, dass die Gutachter zu jedem Bericht der behandelnden Ärzte Stellung nehmen müssen (Urteil 9C_344/2012 vom 24. Oktober 2012 E. 4.7). Zum Schreiben des Dr. med. B._ betreffend das durchgeführte EEG-Monitoring hat im Übrigen der Neurologe Dr. med. C._ vom MZR in seinem Teilgutachten berichtet, dass das EEG-Monitoring keine epilepsietypischen Potenziale gezeigt habe.
4.5. Die weiteren Feststellungen der Vorinstanz zum Gesundheitszustand (in internistischer, orthopädischer und psychiatrischer Hinsicht) werden von der Beschwerdeführerin nicht bestritten, weshalb sie für das Bundesgericht verbindlich sind (E. 2).
5.
Das kantonale Gericht hat die erwerblichen Auswirkungen anhand des Prozentvergleichs (<ref-ruling> E. 3a S. 313; Urteil 9C_228/2019 vom 27. August 2019 E. 4.1) ermittelt und einen rentenausschliessenden Invaliditätsgrad festgestellt, der von der Versicherten nicht gerügt wird. Da diesbezüglich auch keine offenkundigen Mängel ersichtlich sind, hat es dabei sein Bewenden.
6.
Die in der Beschwerde erhobenen Einwendungen vermögen keine willkürliche, Bundesrecht verletzende vorinstanzliche Beweiswürdigung zu begründen. Sie sind nicht geeignet, die entscheidwesentlichen Sachverhaltsdarstellungen des kantonalen Gerichts als offensichtlich unrichtig oder in anderer Weise rechtswidrig erscheinen zu lassen. Die gestützt auf lit. a Abs. 1 SchlB IVG vorgenommene Aufhebung der bisherigen Rente ist somit bundesrechtskonform. Der rechtserhebliche Sachverhalt wurde vollständig abgeklärt, weshalb sich zusätzliche Beweismassnahmen erübrigen und dem Eventualantrag der Beschwerdeführerin nicht stattzugeben ist. Damit bleibt es beim vorinstanzlichen Entscheid.
7.
Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend hat die Beschwerdeführerin die Gerichtskosten zu tragen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 800.- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3.
Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 11. November 2019
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Pfiffner
Die Gerichtsschreiberin: Huber