Sachverhalt:
A.
Der am 9. September 2004 geborene A._ leidet an verschiedenen Geburtsgebrechen. Am 21. Oktober 2004 erfolgte die Anmeldung für Leistungen der Invalidenversicherung. Die IV-Stelle des Kantons Thurgau anerkannte namentlich den Anspruch auf verschiedene Hilfsmittel und medizinische Massnahmen zur Behandlung der Geburtsgebrechen Ziff. 494, 497, 498, 321, 395, 427 und 390 gemäss Anhang zur Verordnung vom 9. Dezember 1985 über Geburtsgebrechen (GgV). Zudem gewährte sie Hilflosenentschädigung zunächst wegen leichter, ab 1. Juni 2007 wegen mittlerer und ab 1. Dezember 2010 wegen schwerer Hilflosigkeit sowie zusätzlich ab 1. November 2005 bei Aufenthalt zu Hause einen Intensivpflegezuschlag.
Am 8. Mai 2017 ersuchte die Kinderspitex Ostschweiz die IV-Stelle um Kostengutsprache für Spitexleistungen für A._. Die dem Gesuch beigelegte Verordnung für Spitexleistungen vom 8. April 2017 veranschlagte ab 1. Mai 2017 einen Zeitaufwand von fünf Stunden pro Jahr für die Abklärung und die Dokumentation des Pflegebedarfs, von 45 Stunden pro Jahr für die Beratung und die Instruktion der nichtberuflich an der Krankenpflege mitwirkenden Personen, von fünf Minuten pro Einsatz für die Beurteilung des Allgemeinzustandes (21 Einsätze pro Woche), von fünf Minuten pro Einsatz für die Überwachung und Beurteilung bei im Vordergrund stehenden komplexen Hautproblemen inkl. medizinischer Behandlung von Wunden, Körperhöhlen, Stomapflege etc. (14 Einsätze pro Woche) und von 40 Minuten pro Einsatz für die Unterstützung von psychisch kranken Personen in Krisensituationen, insbesondere zur Vermeidung von akuter Selbst- oder Fremdgefährdung (sieben Einsätze pro Woche), bzw. einen Gesamtaufwand von 14.5 Stunden pro Woche für die Untersuchung und Behandlung, von 49 Stunden pro Woche für die Grundpflege und von fünf Stunden pro Monat für die Abklärung und Beratung. Nach Durchführung des Vorbescheidverfahrens lehnte die IV-Stelle das Begehren mit Verfügung vom 25. September 2017 ab.
B.
Die hiegegen erhobene Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau mit Entscheid vom 6. Juni 2018 ab.
C.
Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten lässt A._ beantragen, der vorinstanzliche Entscheid vom 6. Juni 2018 und die zugrundeliegende Verfügung vom 25. September 2017 seien aufzuheben; die IV-Stelle sei zu verpflichten, die gesetzlichen Leistungen zu gewähren, insbesondere die notwendigen Kosten der Kinderspitexleistungen bis zum durch die ärztliche Verordnung ausgewiesenen Bedarf an medizinischen Massnahmen im Umfang von 14.5 Stunden pro Woche für Untersuchung und Behandlung, 49 Stunden pro Woche für Grundpflege und fünf Stunden pro Monat für Abklärung und Beratung zu übernehmen resp. dafür Kostengutsprache zu erteilen.
Die IV-Stelle, das kantonale Gericht und das Bundesamt für Sozialversicherungen (BSV) beantragen die Abweisung der Beschwerde.
Mit Eingabe vom 23. November 2018 lässt A._ an seinen Anträgen festhalten.

Erwägungen:
1.
1.1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann wegen Rechtsverletzungen gemäss Art. 95 und 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es ist folglich weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann sie mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen. Immerhin prüft das Bundesgericht, unter Berücksichtigung der allgemeinen Pflicht zur Begründung der Beschwerde (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG), grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind (<ref-ruling> E. 1 S. 236 mit Hinweisen).
1.2. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>), und kann eine - für den Ausgang des Verfahrens entscheidende (vgl. <ref-law>) - Sachverhaltsfeststellung nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law>).
2.
Es ist unbestritten, dass der Beschwerdeführer Anspruch auf medizinische Massnahmen zur Behandlung seiner Geburtsgebrechen hat. Streitig und zu prüfen ist, ob die Vorinstanz Bundesrecht verletzt hat, indem sie die von der IV-Stelle am 25. September 2017 verfügte Abweisung der Kostengutsprache für Kinderspitexleistungen während der Aufenthalte des Versicherten in den Räumlichkeiten der Stiftung C._ (sog. Hängematten-Aufenthalte) bestätigte. Nicht streitig ist, dass zu Hause für den Beschwerdeführer keine Kinderspitexleistungen erbracht werden.
3.
Der Anspruch auf medizinische Massnahmen der Invalidenversicherung ist in Art. 12 bis 14 IVG und den entsprechenden Verordnungsbestimmungen geregelt.
3.1. Nach <ref-law> haben Versicherte bis zum vollendeten 20. Altersjahr Anspruch auf die zur Behandlung von Geburtsgebrechen (<ref-law>) notwendigen medizinischen Massnahmen. Der Bundesrat bezeichnet die Gebrechen, für welche diese Massnahmen gewährt werden (<ref-law>). Dies ist, gestützt auf den Verweis in <ref-law>, in der Verordnung vom 9. Dezember 1985 über Geburtsgebrechen (GgV) und ihrem Anhang erfolgt. Gemäss Art. 2 Abs. 3 GgV gelten als medizinische Massnahmen, die für die Behandlung eines Geburtsgebrechens notwendig sind, sämtliche Vorkehren, die nach bewährter Erkenntnis der medizinischen Wissenschaft angezeigt sind und den therapeutischen Erfolg in einfacher und zweckmässiger Weise anstreben.
3.2. Die medizinischen Massnahmen umfassen die Behandlung, die vom Arzt selbst oder auf seine Anordnung durch medizinische Hilfspersonen in Anstalts- oder Hauspflege vorgenommen wird, mit Ausnahme von logopädischen und psychomotorischen Therapien (<ref-law>), und die Abgabe der vom Arzt verordneten Arzneien (<ref-law>).
3.3.
3.3.1. Im Urteil 8C_81/2010 vom 7. Juli 2010 (<ref-ruling>) hat das Bundesgericht entschieden, dass bei Hauspflege vorgenommene Vorkehren (i.c. durch eine Kinderspitex), deren Durchführung keine medizinische Berufsqualifikation erfordert, keine medizinischen Massnahmen im Sinne von Art. 13 Abs. 1 in Verbindung mit <ref-law> und Art. 2 Abs. 3 GgV darstellen, sondern gegebenenfalls einen Anspruch auf eine Hilflosenentschädigung und auf einen Intensivpflegezuschlag begründen (E. 11.2, nicht publ. in: <ref-ruling>, aber in: SVR 2011 IV Nr. 21 S. 56).
3.3.2. Im Nachgang zu <ref-ruling> erstellte das BSV mit IV-Rundschreiben Nr. 297 vom 1. Februar 2011 eine abschliessende Liste derjenigen Leistungen im Bereich der Kinderspitex, welche nach Art. 13 bzw. 14 IVG als medizinische Massnahmen von der Invalidenversicherung übernommen werden, und gab bei jeder einzelnen Leistung den maximal anrechenbaren (zu vergütenden) Zeitaufwand an. Die Aufsichtsbehörde nahm in der Folge im IV-Rundschreiben Nr. 308 vom 27. Februar 2012 Präzisierungen vor und erhöhte u.a. diese Obergrenze "in Situationen, in welchen während 24 Stunden pro Tag mit medizinischen Notfallinterventionen zu rechnen ist" von maximal sieben Stunden auf maximal acht Stunden pro Tag.
3.3.3. Das Bundesgericht erkannte allerdings, dass für die Kostenübernahme durch die Invalidenversicherung allein entscheidend ist, ob bzw. dass in Bezug auf die (einzelnen) Leistungen der Kinderspitex die Voraussetzungen nach Art. 13 Abs. 1 und <ref-law> gegeben sind. Die Begrenzung nach Zeitaufwand im damals geltenden IV-Rundschreiben Nr. 308 vom 27. Februar 2012 bezeichnete es als nicht massgebend (SVR 2017 IV Nr. 60 S. 186, 9C_299/2016 E. 4.4; Urteil 9C_46/2017 vom 6. Juni 2017 E. 3.1). Daraufhin wurde das IV-Rundschreiben Nr. 308 vom 27. Februar 2012 zwecks Umsetzung des Urteils 9C_299/2016 vom 13. Februar 2017 durch das IV-Rundschreiben Nr. 362 "Kinderspitex-Leistungen nach Artikel 13 IVG in Verbindung mit Artikel 14 IVG" vom 23. März 2017 ersetzt (vgl. zum Ganzen Urteil 8C_229/2018 vom 28. Januar 2019 E. 4.3).
4.
4.1. Das kantonale Gericht hat im Wesentlichen festgestellt, dass sich die streitige Kostengutsprache einzig auf Kinderspitexleistungen im Zusammenhang mit Entlastungsaufenthalten des Beschwerdeführers in den Räumlichkeiten der Stiftung C._ beziehe, während die Pflege und Betreuung zu Hause durch die Eltern, die nicht über eine medizinische Ausbildung verfügen, sichergestellt werde. Insofern sei für die Hauspflege des Versicherten keine medizinische Berufsqualifikation notwendig. Reine Entlastungsdienste - so die Vorinstanz - seien keine medizinischen Massnahmen im Sinne der Invalidenversicherung. Der Beschwerdeführer habe zudem auch bis anhin die Wochentage in der Stiftung C._ verbracht und sei dort bereits gelegentlich über Nacht betreut worden. Dass die Betreuung und Pflege dort bisher nicht genügend gewährleistet gewesen wären, werde nicht vorgebracht. Insofern sei aber auch nicht eine medizinische Betreuung durch Fachpersonen der Kinderspitex notwendig. Daran ändere nichts, dass gemäss Webseite der Kinderspitex Schweiz die Kinderspitex selber dieses Entlastungsangebot mit der Bezeichnung "Hängematte" in Zusammenarbeit mit der Stiftung C._ anbiete. Die in Hauspflege für den Beschwerdeführer vorzunehmenden Vorkehren würden seinen Anspruch auf eine Hilflosenentschädigung wegen schwerer Hilflosigkeit und auf einen Intensivpflegezuschlag begründen, wobei diese Beiträge auch der Finanzierung von Entlastungsdiensten und Entlastungsaufenthalten dienen könnten. Für die Pflege, die zu Hause von den Eltern als medizinische Laien durchgeführt werde, seien daher von der Invalidenversicherung auch bei einem Entlastungsaufenthalt des behinderten Kindes in einer Sonderschule bzw. in einer entsprechenden Institution keine Kosten zu übernehmen.
4.2. Wie das Bundesgericht im Urteil 8C_541/2018 vom 10. April 2019 bei vergleichbarer Ausgangslage dargelegt hat, entspricht diese Beurteilung den in der Rechtsprechung festgehaltenen Grundsätzen. So stellen gemäss <ref-ruling> bei Hauspflege vorgenommene Vorkehren der Kinderspitex, deren Durchführung keine medizinische Berufsqualifikation erfordert, keine medizinischen Massnahmen gemäss Art. 13 Abs. 1 in Verbindung mit <ref-law> und Art. 2 Abs. 3 GgV dar, sondern begründen gegebenenfalls einen Anspruch auf eine Hilflosenentschädigung und auf einen Intensivpflegezuschlag (<ref-ruling> E. 7-10 S. 211 ff.). Im Urteil 8C_517/2011 vom 2. April 2012 hat das Bundesgericht sodann dargelegt, dass die nach Massgabe der medizinischen Berufsqualifikation vorgenommene Differenzierung bzw. das ihr zugrunde liegende Kriterium der notwendigen medizinischen Berufsqualifikation innerhalb des IV-Leistungssystems rechtmässig sei. Dass für bestimmte Leistungen berufliche Anforderungen erfüllt sein müssten, sei eine sachlich begründete, in verschiedenen Bereichen des Sozialversicherungsrechts übliche und zulässige Anspruchsvoraussetzung (E. 2.3.2). Im Urteil 8C_229/2018 vom 28. Januar 2019 hat das Bundesgericht daran festgehalten, dass nur Vorkehren, welche notwendigerweise durch den Arzt oder - auf seine Anordnung hin - durch medizinische Hilfspersonen vorzunehmen sind, als medizinische Massnahmen im Sinne von Art. 13 Abs. 1 in Verbindung mit <ref-law> und Art. 2 Abs. 3 GgV gelten. Das treffe nicht zu bei Vorkehren, welche, ob nun mit oder ohne Anleitung, durch Personen ohne medizinische Spezialausbildung durchgeführt werden können. Bei Hauspflege stellten somit Pflegeleistungen, die keine medizinische Qualifikation erfordern, keine medizinischen Massnahmen im Sinne von <ref-law> dar. Ein Leistungsanspruch aus der Invalidenversicherung sei damit aber für den durch das Geburtsgebrechen erforderlichen pflegerischen Mehraufwand der Eltern und für deren Entlastung durch die Kinderspitex keineswegs ausgeschlossen. Diesem Anspruch sei jedoch nicht unter dem Titel der medizinischen Massnahmen, sondern über die Hilflosenentschädigung und den Intensivpflegezuschlag Rechnung zu tragen (E. 5.2.2 mit Hinweis auf Urteil 8C_81/2010 vom 7. Juli 2010 E. 11.2, nicht publ. in: <ref-ruling>, aber in: SVR 2011 IV Nr. 21 S. 56; vgl. zum Ganzen Urteil 8C_541/2018 vom 10. April 2019 E. 4.2).
4.3. Der Beschwerdeführer erhebt keine Einwände, die den angefochtenen Entscheid als rechtsfehlerhaft oder die vorinstanzliche Sachverhaltsfeststellung als offensichtlich unrichtig oder unvollständig erscheinen liessen.
4.3.1. Als medizinische Massnahmen im Sinne von Art. 13 Abs. 1 in Verbindung mit <ref-law> und Art. 2 Abs. 3 GgV gelten - wie das Bundesgericht im erwähnten Urteil 8C_541/2018 vom 10. April 2019 in E. 4.3.1 bestätigt hat - nur Behandlungen, die notwendigerweise durch den Arzt oder - auf seine Anordnung hin - durch medizinische Hilfspersonen vorzunehmen sind. Die tägliche Krankenpflege stellt mangels therapeutischen Charakters keine medizinische Massnahme dar (vgl. ULRICH MEYER/MARCO REICHMUTH, Rechtsprechung des Bundesgerichts zum Sozialversicherungsrecht, Bundesgesetz über die Invalidenversicherung [IVG], 3. Aufl. 2014, N. 10 zu Art. 14-14 bis IVG; BRIGITTE BLUM-SCHNEIDER, Pflege von behinderten und schwerkranken Kindern zu Hause, Schriften zum Sozialversicherungsrecht Bd. 30, 2015, S. 179 + 208). Unbestrittenermassen werden zu Hause für den Beschwerdeführer keine Kinderspitexleistungen erbracht, sondern wird die Pflege und Betreuung durch die Eltern, die nicht über eine medizinische Ausbildung verfügen, durchgeführt. Bei diesen Vorkehren handelt es sich mithin um Hauspflegetätigkeiten, nicht um von der Invalidenversicherung zu übernehmende medizinische Massnahmen. Aus den vom Versicherten in der Stiftung C._ verbrachten Tage und Nächte sodann kann für seinen Bedarf an medizinischen Massnahmen nichts abgeleitet werden, da es sich dabei - wie er selber vorbringt - lediglich um einen Aufenthalt zur Abklärung eines allfälligen Eintritts handelte, der nach kurzer Zeit wieder abgebrochen werden musste. Der sog. Hängematten-Aufenthalt des Beschwerdeführers in den Räumlichkeiten der Stiftung C._ ist nicht medizinisch indiziert. Vielmehr gewährleistet die Kinderspitex dort die Betreuung und Pflege, welche in der übrigen Zeit durch die Eltern vorgenommen wird. Dies stellt, wie die Vorinstanz zu Recht erwogen hat, eine reine Entlastungsmassnahme für die Eltern dar und kann die Vorkehren nicht als medizinische Massnahmen qualifizieren. Daran vermag auch die ärztliche Verordnung für Spitexleistungen vom 8. April 2017 nichts zu ändern und es bedarf in diesem Zusammenhang keiner weiteren Abklärungen. Entscheidend ist nicht, ob eine ärztliche Verordnung für medizinische Massnahmen vorliegt, sondern ob - unabhängig von der Örtlichkeit - tatsächlich Massnahmen durchgeführt werden, welche die diesbezüglichen gesetzlichen Anforderungen erfüllen. Das hat die Vorinstanz zu Recht verneint.
4.3.2. Soweit der Beschwerdeführer unter Hinweis auf das Urteil 9C_46/2017 vom 6. Juni 2017 geltend macht, eine freiwillige Übernahme der medizinischen Leistungen durch die Eltern schliesse einen Leistungsanspruch bei Einsatz einer Pflegefachfrau nicht aus, kann er daraus für den vorliegend zu beurteilenden Fall nichts ableiten. Dem erwähnten Urteil lag eine andere Ausgangslage zugrunde, da die Kinderspitex in jenem Fall eben qualifizierte pflegerische Massnahmen, mithin medizinische Massnahmen, erbrachte. Daran änderte sich nichts, nur weil ein Teil der Pflege von den Eltern erbracht wurde.
4.3.3. Der Beschwerdeführer rügt schliesslich die vorinstanzliche Argumentation, wonach die Beiträge aus Hilflosenentschädigung und Intensivpflegezuschlag auch zur Finanzierung von Entlastungsaufenthalten dienen könnten; dies u.a. mit der Begründung, für die Zeit des Hängematten-Aufenthalts würden diese Leistungen eben gerade nicht ausgerichtet. Der Anspruch des Beschwerdeführers auf Hilflosenentschädigung schweren Grades und Intensivpflegezuschlag ist indessen nicht streitig und nicht Gegenstand dieses Verfahrens, weshalb nicht näher darauf einzugehen ist. Soweit die Vorinstanz erwogen hat, diese Beiträge könnten auch der Finanzierung von Entlastungsdiensten und Entlastungsaufenthalten dienen, ist dies - wie das Bundesgericht im Urteil 8C_541/2018 vom 10. April 2019 bestätigt hat - nicht bundesrechtswidrig. Mit der Hilflosenentschädigung und dem Intensivpflegezuschlag werden behinderungsbedingte Mehrkosten entschädigt, die aufgrund der Hilflosigkeit sowie der intensiven Betreuung, Pflege und Überwachung entstehen (<ref-law> und <ref-law>). Dementsprechend hat das Bundesgericht bereits mehrfach dargelegt, dass dem Leistungsanspruch für den durch ein Geburtsgebrechen erforderlichen pflegerischen Mehraufwand der Eltern und für deren diesbezügliche Entlastung durch die Kinderspitex nicht unter dem Titel der medizinischen Massnahmen, sondern über die Hilflosenentschädigung und den Intensivpflegezuschlag Rechnung getragen wird (vgl. E. 4.2 hiervor mit Hinweisen auf Judikatur; vgl. auch BRIGITTE SCHNEIDER-BLUM, a.a.O., S. 209 + 240). Bei einer allfälligen Kürzung der Hilflosenentschädigung oder des Intensivpflegezuschlages infolge eines Hängematten-Aufenthalts steht dem Versicherten ohnehin der Rechtsweg offen.
4.4. Zusammenfassend verletzt der angefochtene Entscheid kein Bundesrecht, weshalb es dabei sein Bewenden hat.
5.
Dem Prozessausgang entsprechend hat der Beschwerdeführer die Gerichtskosten zu tragen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3.
Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 24. April 2019
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Maillard
Die Gerichtsschreiberin: Kopp Käch