Fatti:
A.
A._ è proprietaria del fondo inedificato part. xxx di W._, di complessivi 6'314 m2, situato tra la ferrovia e via yyy. Il piano regolatore comunale attribuisce una superficie di 3'813 m2 del fondo alla zona artigianato e commerci AC, mentre la parte rimanente, di 2'501 m2, è inserita nella zona residenziale semi-intensiva R4.
B.
Il 17 febbraio 2016 la B._ Sagl ha presentato al Municipio di W._ una domanda di costruzione per edificare un nuovo stabile commerciale destinato a negozio per la vendita al dettaglio di articoli alimentari e beni di consumo quotidiano (supermercato D._). Il progetto prevede la costruzione di un edificio di 32 m per 64 m, strutturato su due livelli e coperto da un tetto a una falda. Prevedeva inoltre la realizzazione di 66 posteggi.
Alla domanda si sono opposti diversi proprietari di fondi vicini, tra i quali la C._ SA, proprietaria del fondo part. zzz. I Servizi generali del Dipartimento del territorio hanno pure presentato un'opposizione al rilascio della licenza edilizia, rilevando che la costruzione costituiva un grande generatore di traffico che non rispettava le esigenze in materia di protezione ambientale. Il 31 ottobre 2016, l'istante in licenza ha presentato all'Esecutivo comunale un nuovo piano degli accessi e dei posteggi, ridotti a 59, nonché una nuova perizia fonica. La C._ SA, tra altri opponenti, si è opposta anche alla variante del progetto, che l'autorità cantonale ha preavvisato favorevolmente.
C.
Con decisione del 3 ottobre 2017 il Municipio di W._ ha negato il rilascio della licenza edilizia. Ha essenzialmente rilevato che il progetto di costruzione non era conforme alla funzione prevista per la zona artigianato e commerci AC. La decisione municipale è stata confermata il 3 aprile 2019 dal Consiglio di Stato del Cantone Ticino, adito su ricorso dall'istante in licenza e dalla proprietaria del fondo.
D.
Con sentenza del 23 dicembre 2020, il Tribunale cantonale amministrativo ha respinto in quanto ricevibile un ricorso presentato da A._ e da B._ Sagl contro la decisione governativa.
E.
A._ e B._ Sagl impugnano questa sentenza con un ricorso in materia di diritto pubblico del 1° febbraio 2021 al Tribunale federale, chiedendo in via principale di annullarla e di rilasciare loro la licenza edilizia richiesta. In via subordinata, chiedono di rinviare la causa a un'istanza inferiore per l'emanazione di un nuovo giudizio. Le ricorrenti fanno valere l'applicazione arbitraria dell'art. 13 cpv. 2 delle norme di attuazione del piano regolatore del Comune di W._ (NAPR), nonché la violazione degli art. 9, 26 cpv. 1, 27 Cost. e degli art. 8 cpv. 2 lett. h e i Cost./TI.
F.
Non è stato ordinato uno scambio di scritti, ma è stato richiamato l'incarto cantonale.

Diritto:
1.
1.1. Secondo l'<ref-law>, il procedimento si svolge di regola nella lingua ufficiale della decisione impugnata, che nella fattispecie è quella italiana. Non vi sono motivi per scostarsi da questa regola, né le ricorrenti lo chiedono espressamente. Nonostante il gravame sia steso in tedesco, questo giudizio è quindi redatto in italiano.
1.2. Presentato tempestivamente contro una decisione finale dell'ultima istanza cantonale che ha confermato il diniego della licenza edilizia, il ricorso in materia di diritto pubblico è ammissibile sotto il profilo degli art. 82 lett. a, 86 cpv. 1 lett. d, 90 e 100 cpv. 1 in relazione con l'art. 46 cpv. 1 lett. c LTF. La legittimazione ricorsuale giusta l'<ref-law> è data, quantomeno per la proprietaria del fondo dedotto in edificazione. Si può quindi prescindere dall'esaminare quella della B._ Sagl.
2.
2.1. Secondo l'<ref-law>, nel ricorso occorre spiegare per quali ragioni l'atto impugnato viola il diritto. Le ricorrenti devono quindi confrontarsi con le considerazioni esposte nella sentenza impugnata, spiegando per quali motivi tale giudizio lede il diritto (<ref-ruling> consid. 1.7.1). II Tribunale federale esamina inoltre le censure di violazione di diritti costituzionali solo se adempiono le rigorose esigenze di motivazione dell'<ref-law>. Ciò significa che, con riferimento ai motivi della decisione impugnata, le ricorrenti devono indicare in modo chiaro e dettagliato in che modo sarebbero stati violati i loro diritti costituzionali (<ref-ruling> consid. 2.1; <ref-ruling> consid. 1.2.2; <ref-ruling> consid. 2.2).
2.2. Le ricorrenti censurano essenzialmente l'applicazione arbitraria dell'art. 13 cpv. 2 NAPR, lamentando un esercizio arbitrario del potere di apprezzamento e una conseguente violazione della garanzia della proprietà e della libertà economica. Sollevata in relazione con l'esercizio abusivo del potere di apprezzamento, la censura di violazione delle garanzie di cui agli art. 26 e 27 Cost. non ha portata propria e si confonde con quella di violazione del divieto dell'arbitrio. Quanto all'accenno all'art. 8 cpv. 2 lett. h e i Cost./TI, che pure garantisce la proprietà e l'attività economica, le ricorrenti non sostengono che questi diritti costituzionali cantonali avrebbero una portata diversa dagli art. 26 e 27 Cost. La censura deve pertanto essere esaminata unicamente sotto il profilo della violazione del divieto dell'arbitrio, nella misura in cui rispetta le esigenze di motivazione dell'<ref-law>.
3.
3.1. Le ricorrenti fanno valere l'applicazione arbitraria dell'art. 13 cpv. 2 NAPR, che consente al Municipio di applicare a una costruzione a cavallo di due zone, le norme della zona più favorevole al richiedente, a condizione ch'essa si inserisca convenientemente nel quadro urbanistico generale. Sostengono che questa norma dovrebbe essere applicata in modo vincolante dall'Esecutivo comunale quando l'edificio si inserisce in modo adeguato nel contesto urbanistico esistente. Nella fattispecie, le ricorrenti prospettano l'applicazione all'intera superficie del fondo delle norme relative alla zona residenziale semi-intensiva R4, che ritengono essere a loro più favorevoli. Adducono al riguardo che lo stabile commerciale progettato si inserirebbe adeguatamente nel quadro urbanistico circostante anche per quanto concerne la parte che sorgerebbe nel settore del fondo situato nella zona artigianato e commerci AC. Le ricorrenti lamentano un esercizio abusivo del potere di apprezzamento conferito all'autorità dall'art. 13 cpv. 2 NAPR. Adducono altresì che l'attribuzione del fondo a due zone di utilizzazione diverse non consentirebbe una sua edificazione ragionevole ed economica e porrebbe conflitti che ne impedirebbero uno sfruttamento rispettoso della garanzia della proprietà e della libertà economica.
3.2. La Corte cantonale ha accertato che il fondo in questione è inedificato ed ha una superficie complessiva di 6'314 m2, posta per 3'813 m2 nella zona artigianato e commerci AC e per i rimanenti 2'501 m2 nella zona residenziale semi-intensiva R4.
3.2.1. Secondo l'art. 44quater cpv. 1 NAPR, la zona artigianato e commerci AC "è destinata principalmente all'insediamento di attività artigianali ed industriali leggere"; sono inoltre ammesse attività commerciali ed amministrative ad esse connesse. L'art. 35 NAPR disciplina la zona residenziale semi-intensiva R4 e prevede in particolare che la stessa "è di principio destinata alla residenza e alle attività con essa connesse. Sono pure ammesse destinazioni commerciali, amministrative e di servizio compatibili con la funzione prevalente della zona nella misura del 40% di SUL assegnata al fondo".
Con riferimento ai fondi a cavallo di due zone del piano regolatore, l'art. 13 cpv. 2 NAPR prevede che "per edificazioni il cui sedime dovesse estendersi su più zone di edificabilità il Municipio può ammettere l'applicabilità delle norme della zona più favorevole al richiedente, a condizione che la costruzione si inserisca convenientemente nel quadro urbanistico generale". La norma prevede inoltre che "l'indice di sfruttamento sarà calcolato in misura proporzionale alle superfici dei sedimi situati nelle diverse zone".
3.2.2. Secondo gli accertamenti della Corte cantonale, vincolanti per il Tribunale federale (<ref-law>), il progetto prevede l'edificazione di un supermercato dotato di 59 posteggi. Lo stabile si estende su una superficie di circa 2'000 m2 ed è ubicato per 3⁄4 nella zona artigianato e commerci AC, mentre i posteggi sorgono nella zona residenziale semi-intensiva R4. I giudici cantonali l'hanno ritenuto non conforme alla funzione della zona AC, trattandosi di un'attività prettamente commerciale, senza alcuna connessione con un processo produttivo di tipo artigianale o industriale leggero presente in loco. Hanno poi rilevato che non esistevano le premesse per scostarsi dall'azzonamento stabilito dal piano regolatore, segnatamente in considerazione del fatto che, per la sua forma e le sue dimensioni, il fondo poteva essere sfruttato in modo razionale rispettando i parametri di entrambe le zone di utilizzazione. Pur esprimendo dubbi anche riguardo alla conformità alla zona residenziale semi-intensiva R4 della parte del progetto prevista in tale settore, la Corte cantonale ha per finire lasciato indeciso questo aspetto, l'autorizzazione edilizia dovendo in ogni caso essere negata già per la mancata conformità del supermercato alla zona AC.
3.3. Le ricorrenti non contestano la mancata conformità del progetto alla zona artigianato e commerci AC, ma sostengono che in concreto le precedenti istanze avrebbero dovuto applicare all'intera opera, su tutta la superficie del fondo, le norme della zona residenziale semi-intensiva R4, a loro più favorevoli. Lamentano al riguardo l'applicazione arbitraria dell'art. 13 cpv. 2 NAPR.
L'arbitrio, vietato dall'<ref-law>, è ravvisabile quando la decisione impugnata risulta manifestamente insostenibile, in contraddizione palese con la situazione effettiva, gravemente lesiva di una norma o di un chiaro principio giuridico, o in contrasto intollerabile con il sentimento di giustizia e di equità. La decisione deve inoltre essere arbitraria nel suo risultato e non solo nella sua motivazione. Non risulta per contro arbitrio dal semplice fatto che anche un'altra soluzione potrebbe entrare in linea di conto o sarebbe addirittura preferibile (<ref-ruling> consid. 6.2.1; <ref-ruling> consid. 7.1 e rinvio).
3.4. La Corte cantonale, confermando la decisione municipale, ha negato che il progetto litigioso possa essere valutato esclusivamente sotto il profilo della funzione e dei parametri della zona residenziale semi-intensiva R4 (art. 35 NAPR) in applicazione dell'art. 13 cpv. 2 NAPR. Ha ritenuto che di principio occorre attenersi alla regola generale secondo cui, se un fondo si estende su due zone diverse, devono essere rispettate le prescrizioni relative a ciascuna zona: l'art. 13 cpv. 2 NAPR introduce unicamente una facoltà di deroga a questo principio. I precedenti giudici hanno rilevato che questa disposizione può comportare che, nelle fasce di confine interzonale tra i fondi, trovino applicazione una serie di prescrizioni che permettono di scostarsi dai limiti della pianificazione fissata nel piano regolatore. Hanno quindi precisato che il Municipio può fare capo alla facoltà concessagli dall'art. 13 cpv. 2 NAPR soltanto con riserbo, in presenza di situazioni particolari fondate su motivi oggettivi. Ciò è in particolare il caso quando l'azzonamento applicabile a una porzione del fondo ne ostacoli eccessivamente l'utilizzazione, di modo che la concessione della facilitazione permetterebbe di raggiungere un'adeguata definizione dello spazio urbano e un uso appropriato del suolo conforme agli obiettivi del piano regolatore. In concreto, la Corte cantonale ha rilevato che il progetto si sviluppa prevalentemente nell'area attribuita alla zona AC del fondo, che è anche quella che presenta la superficie maggiore (3'813 m2). Tenuto conto della forma e delle dimensioni ragguardevoli di questo comparto, ha considerato che tale parte del fondo può essere sfruttata in modo razionale insediandovi un'attività di tipo artigianale o di industria leggera (art. 44quater NAPR), utilizzando per contro la parte del fondo inserita nella zona residenziale semi-intensiva R4 (2'501 m2) per un'edificazione conforme a quest'ultima destinazione. La Corte cantonale ha quindi concluso che il Municipio non aveva abusato del potere di apprezzamento conferitogli dall'art. 13 cpv. 2 NAPR rifiutandosi di applicare all'intera superficie della particella le norme della zona residenziale semi-intensiva R4, sostanzialmente diversa.
3.5. Le ricorrenti non si confrontano puntualmente con le caratteristiche e le dimensioni del fondo, nonché con l'ampiezza delle superfici soggette ai due diversi azzonamenti. Non rendono seriamente ravvisabili i motivi per cui la conclusione dei giudici cantonali, secondo cui entrambe le porzioni del fondo potrebbero essere edificate in modo razionale rispettando le differenti destinazioni, procederebbe da un apprezzamento insostenibile della fattispecie. Adducono in sostanza che l'art. 13 cpv. 2 NAPR imporrebbe generalmente un'applicazione incondizionata della facilitazione nel caso di un fondo a cavallo di due diverse zone, essendo sufficiente che la costruzione si inserisca convenientemente nel quadro urbanistico generale. Con tale argomentazione, le ricorrenti espongono una diversa interpretazione della disposizione comunale, ma non sostanziano d'arbitrio con una motivazione conforme alle esigenze dell'<ref-law> quella spiegata in modo circostanziato dalla Corte cantonale. Le ricorrenti prospettano in sostanza un dovere per l'autorità comunale di applicare sistematicamente le norme della zona di utilizzazione più favorevole all'istante in licenza al fine di garantire un migliore sfruttamento del fondo. Disattendono tuttavia che l'art. 13 cpv. 2 NAPR, per la sua formulazione potestativa, non instaura un obbligo di procedere in tal senso, ma una semplice facoltà per il Municipio. La Corte cantonale ha al riguardo spiegato in modo sostenibile che questa facoltà deve essere ammessa con riserbo, in presenza di situazioni particolari, sorrette da motivi oggettivi, come può essere il caso quando il rispetto dell'azzonamento applicabile a una parte del fondo comporti un impedimento eccessivo ad un'utilizzazione conforme agli obiettivi del piano regolatore. L'applicazione sistematica della zona di utilizzazione più favorevole al richiedente, prospettata dalle ricorrenti, potrebbe per contro comportare una modifica anche importante dei limiti delle zone fissati nel piano delle zone, pregiudicando l'attuazione della pianificazione adottata dal Comune. In concreto, il fondo presenta una superficie complessiva estesa (6'314 m2) e le aree inserite nella zona AC (3'813 m2), rispettivamente residenziale semi-intensiva R4 (2'501 m2), sono parimenti assai ampie e di forma regolare. Non sono stati evidenziati, né risultano seriamente ravvisabili, motivi oggettivi che impedirebbero nella fattispecie un'edificazione conforme alle norme delle due diverse zone e che giustificherebbero la concessione di un'eventuale facilitazione. Nelle esposte circostanze, la decisione di non applicare all'intera superficie del fondo in oggetto esclusivamente le norme della zona residenziale semi-intensiva R4 non conduce a un risultato manifestamente insostenibile e non viola quindi il divieto dell'arbitrio (cfr. <ref-ruling> consid. 3b; <ref-ruling> consid. 4b).
Poiché il progetto di costruzione non può essere approvato già per la sua mancata conformità alla zona AC, non occorre esaminare le censure riguardanti l'asserita conformità dello stesso alla zona residenziale semi intensiva R4.
3.6. Laddove adducono che l'attribuzione del fondo a due diverse zone di utilizzazione non rispetterebbe gli scopi e i principi pianificatori della LPT, in particolare l'esigenza della densificazione, e non consentirebbe il massimo sfruttamento della proprietà, le ricorrenti contestano l'adeguatezza della pianificazione vigente. Richiamano al riguardo gli art. 1 cpv. 2 lett. b e b bis, 3 cpv. 3 lett. a bise 15a LPT. Le censure concernenti la costituzionalità della pianificazione comunale e la sua conformità alla LPT devono tuttavia, di principio, essere sollevate al momento dell'adozione del piano regolatore, un esame accessorio del piano nell'ambito di una procedura edilizia essendo di massima escluso (<ref-ruling> consid. 5.1; <ref-ruling> consid. 5.1; <ref-ruling> consid. 2.4.1). Al riguardo, le ricorrenti non fanno valere che nella fattispecie sarebbero realizzate le condizioni poste dalla giurisprudenza per un esame pregiudiziale del piano regolatore (cfr., su questo tema, <ref-ruling> consid. 3a; <ref-ruling> consid. 12c pag. 346). Le suddette censure non devono di conseguenza essere vagliate in questa sede.
4.
4.1. Le ricorrenti lamentano la violazione del principio della buona fede. Adducono di avere fatto affidamento sulle informazioni rilasciate da un collaboratore dell'Ufficio tecnico del Comune di W._, che il 18 aprile 2016, nell'ambito di una discussione sulla domanda di costruzione, richiamando il caso di un altro supermercato, avrebbe riferito che la zona artigianato e commerci AC "non esclude a priori delle attività commerciali"e che la zona residenziale semi-intensiva R4 non comporterebbe "assolutamente alcun problema". Sostengono che il Municipio di W._ sarebbe vincolato da queste informazioni, fornite da un suo dipendente nell'ambito della procedura edilizia e, sulla base delle stesse, sarebbe tenuto a rilasciare loro l'autorizzazione richiesta. Secondo le ricorrenti, la fiducia riposta nelle citate indicazioni sarebbe poi stata ulteriormente rafforzata dal fatto che, invece di rilevare subito la mancata conformità di zona, l'autorità comunale ha ancora concesso loro la possibilità di esprimersi sul primo preavviso, negativo, dell'autorità cantonale, e di correggere il progetto sotto il profilo del rispetto delle esigenze di protezione ambientale.
4.2. L'<ref-law> istituisce un diritto fondamentale del cittadino ad essere trattato secondo il principio della buona fede da parte degli organi dello Stato. In materia di diritto amministrativo, tale principio tutela l'amministrato nei confronti dell'autorità, quando, assolte determinate condizioni, il medesimo abbia agito conformemente alle istruzioni e alle dichiarazioni di quest'ultima. Il principio tutela in particolare la fiducia riposta in un'informazione ricevuta dall'autorità o in un suo determinato comportamento suscettibile di destare un'aspettativa legittima, quando l'autorità sia intervenuta in una situazione concreta riguardo a determinate persone, quand'essa era competente a rilasciare l'informazione o il cittadino poteva ritenerla competente sulla base di fondati motivi, quando affidandosi all'esattezza dell'informazione egli abbia preso delle disposizioni non reversibili senza subire un pregiudizio e quando non siano intervenuti mutamenti legislativi posteriori al rilascio dell'informazione stessa (<ref-ruling> consid. 3.6.2; <ref-ruling> consid. 3.6.2 e rinvii).
4.3. In concreto è dubbio che alle citate espressioni, di carattere sommario e rilasciate oralmente dal collaboratore dell'Ufficio tecnico, possa essere attribuito il senso univoco prospettato dalle ricorrenti. Comunque, affinché la suddetta protezione della buona fede possa essere invocata validamente, occorre come visto, tra le altre condizioni, che l'autorità che ha rilasciato l'assicurazione fosse competente per farlo o che l'interessato potesse considerarla tale sulla base di motivi fondati (DTF <ref-ruling> consid. 3.6.2; <ref-ruling> consid. 3a). La competenza è data quando l'autorità in questione sarebbe anche abilitata a prendere la decisione di merito (cfr. TSCHANNEN/ZIMMERLI/MÜLLER, Allgemeines Verwaltungsrecht, 4a ed. 2014, § 22 n. 15). La buona fede è per contro esclusa se l'incompetenza dell'autorità è chiaramente riconoscibile. Questo aspetto deve essere valutato sulla base di elementi oggettivi e soggettivi. Tra i primi entrano segnatamente in considerazione la natura dell'informazione e il ruolo apparente del funzionario in discussione, occorrendo tuttavia tenere pure conto della posizione o delle qualità, eventualmente specifiche, della parte interessata (<ref-ruling> consid. 2d/aa; sentenza 1C_50/2020 dell'8 ottobre 2020 consid. 8.1.2).
La conformità dell'edificio progettato alla funzione prevista per la zona di utilizzazione costituisce una condizione per il rilascio della licenza edilizia (art. 22 cpv. 2 lett. a LPT). Come rettamente rilevato dalla Corte cantonale, è notorio che il rilascio di un'autorizzazione edilizia dopo la presentazione di una domanda formale compete unicamente al Municipio e non ai funzionari comunali, per di più solo oralmente (art. 10 della legge edilizia cantonale, del 13 marzo 1991 [RL 705.100]; sentenza 1C_131/2010 del 15 marzo 2010 consid. 2.3 e rinvii). Considerato altresì che la conformità di zona del supermercato progettato era contestata dagli opponenti nella procedura edilizia, le ricorrenti, rappresentate da un avvocato, non potevano in buona fede ritenere che al collaboratore dell'Ufficio tecnico spettasse la competenza per rilasciare loro assicurazioni vincolanti su tale aspetto. La decisione sulla conformità del progetto alla zona di utilizzazione era infatti riservata all'Esecutivo comunale, tenuto a pronunciarsi sull'approvazione o meno della domanda di costruzione. Né costituisce un'assicurazione vincolante in tal senso il fatto che il Municipio abbia consentito alle ricorrenti di esprimersi sul primo preavviso sfavorevole dell'autorità cantonale. In concreto, la Corte cantonale ha quindi ritenuto a ragione che le ricorrenti non potessero in buona fede, sulla base delle citate espressioni del collaboratore dell'Ufficio tecnico, ritenere assicurata la conformità di zona dello stabile commerciale progettato.
5.
Ne segue che, in quanto ammissibile, il ricorso deve essere respinto. Le spese giudiziarie seguono la soccombenza e sono pertanto poste a carico delle ricorrenti (<ref-law>). Non si assegnano ripetibili della sede federale all'opponente, non invitata a presentare una risposta al ricorso (<ref-law>).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1.
Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è respinto.
2.
Le spese giudiziarie di fr. 4'000.-- sono poste a carico delle ricorrenti.
3.
Comunicazione ai patrocinatori delle parti, al Municipio di W._, al Dipartimento del territorio del Cantone Ticino, Ufficio delle domande di costruzione, al Consiglio di Stato e al Tribunale amministrativo del Cantone Ticino.