Faits :
A.
Au début des années 2000, le canton de Vaud, les associations régionales et les communes concernées ont élaboré un concept de Projet d'agglomération Lausanne-Morges (ci-après: PALM). Le 22 février 2007, une convention liant le canton de Vaud, les associations régionales et les communes concernées a été signée et remise à la Confédération. Au mois de mai 2008, le Conseil d'Etat vaudois a retenu des investissements comprenant la construction du tram Renens-Flon et de plusieurs tronçons de trolley/bus en site propre (en d'autres termes, un site réservé à l'installation de transport concernée, à l'exclusion de tout autre mode de transport). Après avoir été évalué par la Confédération, le PALM (1 ère génération) a reçu le soutien financier des Chambres fédérales en 2010.
B.
Par acte du 15 mars 2010 adressé à l'Office fédéral des transports (ci-après: OFT), la société des Transports publics de la Région Lausannoise SA (ci-après: les TL ou encore la société de transports) a requis, auprès du Département fédéral de l'environnement, des transports, de l'énergie et de la communication (DETEC), l'octroi d'une concession pour la construction et l'exploitation de l'infrastructure ferroviaire de la ligne de tramway "Renens-Gare - Lausanne-Flon" (ci-après: tramway ou "t1").
Par décision du 16 septembre 2011, le Conseil fédéral a octroyé aux TL la concession n o 5146 pour construire et exploiter la ligne de tramway "Renens-Gare - Lausanne-Flon". Cette concession a pris effet le 1 er janvier 2012; elle est valable jusqu'au 31 décembre 2061. Les plans d'ensemble devaient être remis à l'OFT jusqu'au 31 décembre 2013 et la construction débuter après l'entrée en force de la décision d'approbation des plans, mais au plus tard le 31 décembre 2016, et se terminer avant le 31 décembre 2018.
Le Conseil fédéral a en substance estimé que la demande de concession répondait aux conditions de l'intérêt public et de la couverture des coûts de l'art. 6 al. 1 de la loi fédérale du 20 décembre 1957 sur les chemins de fer (LCdF; RS 742.101). Il a de même estimé qu'aucun intérêt public prépondérant ne s'opposait au projet, notamment en matière d'aménagement du territoire, de protection de l'environnement, de la nature et du paysage ou de coopération en matière de sécurité nationale (<ref-law>; cf. décision, ch. 1 p. 5). Enfin, le Conseil fédéral a imposé certaines conditions à l'octroi de la concession, notamment en matière de défrichement (cf. décision, p. 9 s.).
C.
Le 22 mai 2012, les TL ont soumis à l'OFT une demande d'approbation des plans contenant trois volets. Le premier concernait l'axe du tramway "Renens-Gare - Lausanne-Flon" ("t1"), y compris la requalification de l'avenue du 14-Avril (Renens) et la liaison Vigie-Gonin (Lausanne). Le deuxième volet traitait de l'axe du trolleybus à haut niveau de service "Prélaz-les-Roses - St-François" (BHNS). Le troisième volet portait enfin sur le garage atelier du tramway "Perrelet" (ci-après: GAT).
Le 30 mai 2012, l'OFT a ouvert une procédure d'approbation des plans ordinaire et invité, d'une part, les communes concernées et le canton de Vaud et, d'autre part, les autorités fédérales, à se déterminer. L'OFT a également chargé le canton de procéder à la mise à l'enquête publique.
L'enquête publique s'est déroulée du 12 juin au 12 juillet 2012. Elle a suscité 126 oppositions. Au nombre des opposants figurent notamment B.A._ et C.A._, A.A._, E._, F._ et D._, copropriétaires d'étages de la parcelle no 488 de la Commune de Crissier (PPE "G._"), proche de la gare de Renens.
En cours d'instruction, les autorités et services fédéraux concernés se sont prononcés sur le projet. L'Office fédéral de l'environnement (ci-après: OFEV) s'est notamment déterminé le 21 janvier 2013.
D.
La parcelle dont sont copropriétaires B.A._ et C.A._, A.A._, E._, F._ et D._ fait l'objet d'une expropriation sur sa partie inférieure - sur laquelle se trouvent notamment des places de stationnement - afin de permettre la réalisation de certains ouvrages liés au tramway. Le projet prévoit en substance la création d'un tiroir ferroviaire s'étendant sur 150 m, depuis la station du "t1" de "Renens-Gare", en direction de Genève, jusqu'à hauteur de la propriété des opposants. Cette infrastructure aura pour but le stockage provisoire d'une rame en panne - dans l'attente de son transfert au GAT - et permettra les manoeuvres d'une autre rame. La réalisation de cet ouvrage implique le déplacement et l'empiétement de l'artère routière formée de la route de Bussigny et de la rue du Terminus sur la partie inférieure de la parcelle des opposants.
Le 11 juin 2015, l'OFT a organisé une séance de conciliation avec les opposants prénommés. Le réaménagement de leur parcelle a été au coeur des discussions. A la suite de cette séance, par envois des 14 septembre et 29 octobre 2015, les TL ont soumis aux recourants une proposition de réaménagement de leur parcelle. En dépit des démarches et pourparlers transactionnels qui ont suivi, la conciliation a échoué.
E.
Par décision du 7 mars 2016, l'OFT a approuvé le projet des TL du 22 mai 2012, modifié les 25 septembre 2013, 3 février et 20 août 2015 et complété une ultime fois le 4 février 2016.
En substance, et en ce qui concerne la présente cause, l'OFT a partiellement admis l'opposition de B.A._ et C.A._, A.A._, E._, F._ et D._ (PPE "G._"); l'office fédéral a imposé aux TL une charge en lien avec l'examen et la réalisation de places de stationnement supplémentaires. Pour le surplus, l'OFT a délivré à la société de transports un titre d'expropriation pour les 187 m2 d'emprises définitives et 169 m2 d'emprises provisoires sur la parcelle no 488.
F.
Ont notamment recouru contre cette décision d'approbation, B.A._ et C.A._, A.A._, E._, F._ et D._ (PPE "G._").
Par ordonnance du 27 mai 2016, le Tribunal administratif fédéral a joint cette cause aux différents autres recours contre la décision de l'OFT dont il était saisi.
Le 8 septembre 2017, le tribunal a procédé à une inspection locale de la parcelle des prénommés. Il a rejeté leur recours par arrêt du 2 février 2018 (dispositif, ch. 1.1); des frais de procédure réduits, d'un montant de 750 fr. à charge de chacun d'eux, ont été fixés (ch. 2.4). Une indemnité de dépens de 2'000 fr. à charge des TL leur a par ailleurs été allouée solidairement, à titre de dépens (ch. 3.3) (cf. art. 116 al. 1 de la loi fédérale sur l'expropriation du 20 juin 1930 [LEx; RS 711]).
G.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public, B.A._ et C.A._, A.A._, E._, F._ et D._ demandent principalement au Tribunal fédéral d'annuler l'arrêt attaqué. Subsidiairement, ils en requièrent la réforme en ce sens que la parcelle no 488 n'est pas expropriée. Plus subsidiairement encore, les recourants concluent au renvoi de la cause à l'instance précédente pour la mise en oeuvre d'une nouvelle enquête publique après complétement du dossier par des examens complémentaires portant sur la sécurité de l'exploitation du tramway et les nuisances que le chantier et l'exploitation de celui-ci provoqueront sur leur immeuble.
Par acte ultérieur du 3 juillet 2018, les recourants ont sollicité l'octroi de l'effet suspensif.
Le Tribunal administratif fédéral se réfère à son arrêt, non sans avoir au préalable émis une série de remarques au sujet de la mise en oeuvre d'une nouvelle enquête publique; il propose le rejet du recours. L'OFT se réfère également à l'arrêt attaqué, ainsi qu'à ses écritures précédentes, et conclut également au rejet. La société de transports intimée demande le rejet du recours dans la mesure de sa recevabilité. Egalement appelé à se prononcer, l'OFEV estime que l'arrêt attaqué est conforme aux dispositions fédérales sur la protection de l'environnement, en particulier en matière de protection contre le bruit. Les recourants ont répliqué, persistant dans leurs conclusions.
Par ordonnance du 24 juillet 2018, le Président de la Ire Cour de droit public a admis la requête d'effet suspensif en tant qu'elle concerne les aménagements prévus sur la parcelle des recourants.

Considérant en droit :
1.
La voie du recours en matière de droit public au sens des <ref-law> est ouverte contre une décision finale (<ref-law>) du Tribunal administratif fédéral relative à l'approbation de plans ferroviaires rendue dans une procédure combinée où sont également traitées les oppositions contre les expropriations (cf. arrêts 1C_342/2011 du 15 mars 2012 consid. 1; 1A.1/1998 du 22 décembre 1998 consid. 1a). Aucune des exceptions de l'<ref-law> n'est par ailleurs réalisée. Les recourants ont pris part à la procédure devant l'instance précédente. Ils sont particulièrement touchés par la décision attaquée, qui confirme notamment l'expropriation d'une partie de la parcelle dont ils sont propriétaires. Ils bénéficient donc de la qualité pour recourir au sens de l'<ref-law>.
Les autres conditions de recevabilité sont au surplus réunies, si bien qu'il convient d'entrer en matière sur le recours.
2.
Les recourants se plaignent d'un déni de justice formel, prohibé par l'art. 29 al. 1 Cst. Ils estiment que, sous couvert de la retenue dont le juge doit faire preuve dans l'appréciation d'aspects techniques - principe qu'ils ne discutent pas -, le Tribunal administratif fédéral aurait excessivement limité son pouvoir de contrôle défini par l'art. 49 de la loi fédérale sur la procédure administrative du 20 décembre 1968 (PA; RS 172.021).
2.1. Selon la jurisprudence, l'autorité qui limite indûment son pouvoir d'examen, notamment en le restreignant à l'arbitraire, alors qu'elle dispose d'un plein pouvoir d'examen commet un déni de justice formel au sens de l'art. 29 al. 1 Cst. (cf. <ref-ruling> consid. 11.7.1 et les références citées).
Devant le Tribunal administratif fédéral (cf. art. 37 de la loi fédérale sur le Tribunal administratif du 17 juin 2005 [LTAF; RS 173.32]), la partie recourante peut invoquer la violation du droit fédéral, y compris l'excès ou l'abus du pouvoir d'appréciation (<ref-law>), la constatation inexacte ou incomplète des faits pertinents (let. b) ainsi que l'inopportunité de la décision entreprise, sauf lorsqu'une autorité cantonale a statué comme autorité de recours (let. c). L'autorité de recours n'est pas liée par les motifs invoqués par les parties (<ref-law>), ni par les considérants de la décision attaquée (cf. MOSER/BEUSCH/KNEUBÜHLER, Prozessieren vor dem Bundesverwaltungsgericht, 2 e éd., 2013, n. 3.197).
Si la nature de l'objet du litige s'oppose à un réexamen illimité de la décision attaquée, il est cependant admis que l'autorité de recours puisse restreindre, sans violer le droit d'être entendu, le libre pouvoir d'examen qui lui est imposé par la loi (cf. <ref-ruling> consid. 6.1 p. 205 s.; <ref-ruling> consid. 2b p. 6 et les arrêts cités; arrêt 5A.2/2000 du 8 juin 2000 consid. 4, non publié in <ref-ruling>). Ainsi, pour les questions exigeant des connaissances techniques spéciales, l'instance de recours ne s'écarte pas sans nécessité de la conception de l'autorité précédente ou ne substitue pas son appréciation à celle de l'autorité inférieure disposant des connaissances spécifiques (cf. <ref-ruling> consid. 9.3 p. 199; arrêts 1C_72/2017 du 14 septembre 2017 consid. 3.2; 5A.2/2000 du 8 juin 2000 consid. 4, non publié in <ref-ruling>; voir également, THIERRY TANQUEREL, Manuel de droit administratif, 2 e éd. 2018, n. 508 p. 176). Cela ne vaut cependant que dans les domaines où une retenue est objectivement justifiée voire absolument nécessaire (<ref-ruling> consid. 3b p. 273; arrêt 5A.2/2000 du 8 juin 2000 consid. 4, non publié in <ref-ruling>).
2.2. A ce stade, le grief des recourants se limite à des considérations d'ordre général, de sorte que l'on peut douter de sa recevabilité (<ref-law>; cf. <ref-ruling> consid. 1.4.1 p. 53). Ils n'indiquent en effet pas précisément les points sur lesquels l'instance précédente aurait indûment restreint son pouvoir d'appréciation. Ils affirment certes qu'ils reviendront plus en détail sur ces questions ultérieurement, "notamment au moment de l'examen de l'étude d'impact et de la nécessité de l'expropriation". Cependant, à l'analyse de ces griefs de fond, il appert que les critiques des recourants portent en réalité sur la pertinence de l'appréciation opérée par l'instance précédente et non pas sur une limitation indue de sa cognition. Aussi, lorsque le Tribunal administratif fédéral estime que, compte tenu du caractère technique du sujet, il n'a pas à s'écarter de l'avis de l'OFT, s'agissant de la nécessité de la voie de garage, ne réduit-il pas indûment son pouvoir d'appréciation, mais il se conforme à la jurisprudence. Il en va de même lorsqu'il s'impose une certaine retenue dans le cadre de l'examen des résultats de l'étude de l'impact sur l'environnement (ci-après également: EIE), en particulier en ce qui concerne les nuisances sonores qui émaneront des nouvelles installations. Autre est en revanche la question de savoir si des motifs pertinents, ou encore la présence d'éléments manifestement inexacts, commandaient aux juges précédents - comme le soutiennent également les recourants - de s'écarter, en dépit de la retenue exigée, de l'appréciation des autorités précédentes. Ces aspects relèvent cependant du fond et seront examinés ultérieurement.
Le grief apparaît ainsi mal fondé et doit être écarté, pour peu qu'il soit recevable.
3.
Les recourants soutiennent que la concession n o 5146, délivrée le 16 septembre 2011, serait éteinte puisque le délai pour débuter les travaux (31 décembre 2016) n'a pas été observé et que l'échéance pour les terminer (31 décembre 2018) ne sera pas non plus respectée (cf. partie Faits let. B). Dans ces circonstances, sauf à violer les art. 5 et 18 al. 3 LCdF, aucune autorisation de construire ne devrait plus être délivrée à la société de transports intimée.
3.1. Selon l'<ref-law>, quiconque veut construire et exploiter une infrastructure ferroviaire doit disposer d'une concession d'infrastructure (concession). L'entreprise ferroviaire concessionnaire a l'autorisation et l'obligation de construire et d'exploiter l'infrastructure ferroviaire conformément à la législation ferroviaire et à la concession (<ref-law>). Les constructions et installations servant exclusivement ou principalement à la construction et à l'exploitation d'un chemin de fer (installations ferroviaires) ne peuvent être établies ou modifiées que si les plans du projet ont été approuvés par l'OFT (art. 18 al. 1 et 2 LCdF). L'approbation des plans couvre toutes les autorisations requises par le droit fédéral (<ref-law>).
3.2. Le Tribunal administratif fédéral n'est pas entré en matière sur le grief des recourants formulé en lien avec la prétendue extinction de la concession. Il a en effet considéré que cette question ne faisait pas partie de la procédure d'approbation des plans, de sorte qu'elle excédait l'objet du litige.
Les recourants contestent ce point de vue. Selon eux, l'<ref-law>, en tant qu'il dispose que la procédure d'approbation des plans couvre toutes les autorisations requises par le droit fédéral, engloberait également la concession prévue par les <ref-law>.
Il est vrai que le dispositif de la décision du Conseil fédéral prévoit que la construction devra commencer après l'entrée en force de la décision d'approbation des plans, mais au plus tard le 31 décembre 2016, et se terminer avant le 31 décembre 2018 (décision du Conseil fédéral, p. 13, dispositif ch. 4). Les recourants perdent cependant de vue que le dépassement de ces échéances n'entraîne pas ipso facto l'extinction de la concession. En effet, une telle conséquence directe compromettrait les objectifs poursuivis par la loi fédérale: celle-ci tend en effet - et notamment - à protéger l'entreprise bénéficiaire en lui permettant, entre autres, d'amortir ses investissements (cf. OLIVER BUCHER, Open Access im Schienenverkehr - Eine Auslegeordnung der rechtlichen Rahmenbedingungen der Schweiz mit einem Überblick über die Regelung in der EU, thèse 2006, ch. 2.3.1 p. 219 et ch. 2.3.4 p. 221 s.), ceci en vue, en fin de compte, d'assurer l'offre d'un système ferroviaire attrayant et performant (cf. Message du Conseil fédéral du 23 février 2005 sur la réforme des chemins de fer 2, FF 2005 2288 ch. 1.1.2; BUCHER, op. cit., ch. 2.3.1 p. 219). La loi prévoit ainsi que le Conseil fédéral peut, après avoir entendu les cantons intéressés, annuler la concession si la construction n'est ni commencée ni achevée, ou si l'installation n'est pas mise en service dans les délais impartis par la concession (<ref-law>; BUCHER, op. cit., ch. 2.3.4 p. 221 s.). Or, dans le cas particulier, il ne ressort pas des faits établis par l'instance précédente (<ref-law>) que le Conseil fédéral aurait entrepris une telle procédure d'annulation; les recourants ne le prétendent d'ailleurs pas. Dans ces circonstances, rien ne permet de conclure que la concession serait caduque. On peut dès lors concéder au Tribunal administratif fédéral que la question de l'extinction de la concession excède, en l'occurrence, l'objet de la procédure d'approbation.
Le grief est par conséquent rejeté.
4.
Les recourants estiment encore que le projet aurait subi, en cours de procédure d'approbation, des changements importants, qui auraient exigé une nouvelle enquête publique, conformément aux <ref-law> et 5 de l'ordonnance du 2 février 2000 sur la procédure d'approbation des plans des installations ferroviaires (OPAPIF; RS 742.142.1). Au titre de modifications importantes, ils pointent en particulier les quelques "200 charges" imposées au projet par l'OFT ainsi que la renonciation à la démolition du bâtiment supporté par la parcelle n o 425 de la Commune de Renens, voisine de la leur.
4.1. Selon l'<ref-law>, la demande d'approbation est transmise aux cantons concernés, qui sont invités à se prononcer dans un délai de trois mois (cf. <ref-law>). La demande doit par ailleurs être publiée dans les organes officiels des cantons et des communes concernés et mise à l'enquête pendant 30 jours (<ref-law>), délai durant lequel les éventuelles oppositions peuvent être déposées (cf. <ref-law>). L'<ref-law> précise que, si le projet initial subit des changements importants pendant la procédure d'approbation des plans, le projet modifié doit être de nouveau soumis aux intéressés pour avis ou, le cas échéant, mis à l'enquête publique.
4.2. En l'espèce, les juges précédents ont tout d'abord souligné l'importance du projet litigieux, lequel englobe notamment un tronçon ferroviaire de 4,7 km, une voie de trolleybus de 2,4 km, ainsi qu'un garage atelier pour les rames du tramway et les voies d'accès y relatives. L'instance précédente a retenu qu'il s'agissait d'ouvrages présentant une complexité technique certaine pour lesquels l'inscription de charges attestait non seulement d'un examen approfondi du projet par les différentes autorités consultées (cf. art. 18d et 18g LCdF), mais permettait également à l'OFT de contraindre au respect d'un certain niveau de sécurité ou encore de préciser certains aspects du projet dont l'étude détaillée n'était pas opportune au stade de la mise à l'enquête. Le tribunal a par ailleurs estimé que les différentes charges imposées par la décision d'approbation étaient limitées dans un cadre précis et bien défini, celles-ci ayant été émises par domaines déterminés et désignés expressément. L'instance précédente a notamment précisé que les charges relevant du domaine environnemental étaient le résultat de la consultation des autorités fédérales et cantonales spécialisées. Le Tribunal administratif fédéral en a déduit, à tout le moins implicitement, que les différentes charges tendaient à préciser certains aspects du projet sans pour autant en modifier la substance de manière importante au sens de l'<ref-law>.
Le Tribunal administratif fédéral a de même nié que la renonciation de l'intimée à démolir l'immeuble sis sur le fonds n o 425 constituait une modification importante du projet. Il a en effet estimé que l'expropriation de cet immeuble demeurait entièrement fondée, en particulier s'agissant de l'emprise définitive, à savoir sa partie sud supportant actuellement un garage.
4.2.1. Les recourants se limitent pour leur part essentiellement à mentionner les charges imposées en matière d'accès aux gares pour les personnes handicapées ou souffrant de déficiences corporelles en raison de l'âge. Ils ne précisent toutefois aucunement en quoi ces charges - qu'ils ne prennent du reste pas la peine de décrire - modifieraient de manière substantielle le projet au point d'exiger une nouvelle enquête publique. Ils n'expliquent au demeurant pas non plus quel intérêt pratique ils pourraient tirer d'une éventuelle mise à l'enquête complémentaire - voire d'une annulation - des charges fondées notamment sur la loi fédérale du 13 décembre 2002 sur l'égalité pour les handicapés (LHand; RS 151.3) (cf. arrêt 1C_334/2016 du 18 octobre 2016 consid. 4.1 et les arrêts cités). Par ailleurs, s'agissant de la correction d'une zone de dépose-minute prévue à proximité de leur propriété, les recourants se réfèrent à leur recours du 25 avril 2016, formé devant l'instance précédente, sans fournir d'autre explication laissant supposer que ce correctif constituerait une modification substantielle; ils ignorent ainsi les exigences de motivation du recours fédéral (<ref-law>; cf. arrêt 5A_122/2016 du 3 juin 2016 consid. 2.1; voir également <ref-ruling> consid. 2.8.1 p. 54; <ref-ruling> consid. 3.2 p. 400), de sorte que cette critique peut d'emblée être écartée. Enfin, quoi qu'en disent les recourants, le nombre des charges - même important - ne permet pas à lui seul de conclure que le projet aurait subi d'importantes modifications ou encore qu'il serait incomplet, en particulier en présence de projets d'envergure (cf. arrêt 1C_343/2011 du 15 mars 2012 consid. 3.3). Dans ces conditions, rien ne commande de s'écarter de l'appréciation des juges précédents s'agissant de la conformité avec les <ref-law> et 5 OPAPIF de la manière de procéder de l'OFT.
4.2.2. S'agissant de la renonciation à la démolition du bâtiment (1079) sis sur la parcelle n o 425, les recourants n'expliquent pas non plus en quoi il s'agirait d'une modification substantielle nécessitant une nouvelle mise à l'enquête. Prétendre, sans autre forme de motivation, que le maintien d'un bâtiment de 282 m 2 de surface au sol serait "manifestement" un changement important ou encore que le motif de cette renonciation résiderait dans une modification profonde des aménagements ne convainc guère. Il n'apparaît quoi qu'il en soit pas que le projet tel que mis à l'enquête a fait l'objet de modifications - mêmes mineures - sur ce point. Il ressort certes du plan TW-C-1.9, pointé par les recourants, que l'entier du bâtiment 1079 devrait être supprimé (entièrement hachuré en jaune); il n'en demeure pas moins qu'à la lumière de ce plan - qui a fait l'objet de l'enquête publique et de l'approbation - les aménagements routiers n'empiéteront que sur la partie inférieure de cette construction (à savoir la partie garage). Ce n'est du reste que cette partie sud de la parcelle n o 425 qui fait l'objet de l'emprise définitive de l'expropriation, la portion nord, supportant la partie habitation du bâtiment 1079, ne faisant l'objet que d'une emprise provisoire (cf. plan TW-L-2.1 et la fiche 6 du Tableau des droits réels et des emprises à exproprier [TW-L-1.1]). Lors de la séance d'inspection locale du 8 septembre 2017, la société de transports intimée a d'ailleurs confirmé que seule la partie avant du bâtiment sera détruite pour mettre en place les mesures d'aménagements routiers (cf. Procès-verbal de séance, p. 5).
Pour le surplus, l'argumentation des recourants se concentre sur la violation de la garantie de la propriété (art. 26 Cst.) du propriétaire de la parcelle n o 425, dont ceux-ci ne sont cependant pas légitimés à se prévaloir, faute d'en être les titulaires (cf. <ref-ruling> consid. 6a p. 311; arrêt 1C_160/2011 du 8 novembre 2011 consid. 3.1); sous cet angle, elle est irrecevable.
Dans ces conditions, rien ne permet de déduire que les expropriations portant sur la parcelle n o 425 auraient été modifiées en cours de procédure d'approbation, respectivement que le projet aurait subi une modification substantielle au sens de l'<ref-law>; aucune enquête complémentaire n'était par conséquent nécessaire sur ce point.
4.3. Mal fondé, le grief doit être rejeté pour autant que recevable.
5.
Dans une critique voisine de la précédente, les recourants se plaignent du caractère lacunaire du projet. Ils déplorent que les aspects sécuritaires n'aient pas fait l'objet de rapports complets, déposés avec la demande d'approbation des plans, mais d'une charge de l'OFT imposant aux TL de mener un audit de sécurité routière (consid. 6 ci-après). Ils soutiennent par ailleurs que l'étude de l'impact sur l'environnement serait incomplète dès lors qu'elle ne tiendrait pas compte des effets des installations projetées sur leur immeuble (consid. 7 ci-après). Ces manquements seraient contraires aux <ref-law>, 3 OPAPIF ainsi qu'aux art. 6 et 8 de l'ordonnance du 23 novembre 1983 sur la construction et l'exploitation des chemins de fer (OCF; RS 742.141.1).
6.
L'<ref-law> dispose que la demande d'approbation des plans doit être adressée avec les documents requis à l'autorité compétente (cf. <ref-law>). Cette dernière vérifie si le dossier est complet et, au besoin, le fait compléter. L'autorité chargée de l'approbation des plans est l'OFT (<ref-law>). L'<ref-law> énumère les documents à joindre à la demande et prévoit, à son alinéa 5, la possibilité pour l'autorité chargée de l'approbation d'exiger des documents supplémentaires. Selon l'<ref-law>, l'OFT, en approuvant les plans, constate que les documents approuvés permettent de construire les ouvrages et les installations conformément aux prescriptions. L'OFT peut contrôler lui-même les documents ou les faire contrôler par des spécialistes compétents et indépendants (experts), ou encore exiger du requérant des attestations et des rapports d'examen d'experts. L'approbation des plans, des ouvrages et installations a valeur d'autorisation de construire (<ref-law>).
L'art. 3 al. 2 let. l OPAPIF exige certes que la demande d'approbation des plans soit assortie d'un rapport de sécurité (cf. également <ref-law>). Cela étant et contrairement à ce que prétendent les recourants, le dossier approuvé par l'OFT renferme non seulement un tel rapport (TW-I-1; lié à la sécurité du système de transport), mais encore un rapport de sécurité complémentaire (TW-I-1.1); ces documents sont du reste mentionnés dans le dispositif de la décision d'approbation des plans (décision, p. 132). Sous cet angle déjà, la critique des recourants est infondée. Pour le surplus, ils perdent de vue qu'en ce qui concerne, non pas le rapport, mais les dossiers de sécurité - distinction susceptible, il est vrai, de prêter à confusion -, l'OFT peut, en approuvant les plans, en exiger la production en lien avec certaines installations ou ouvrages particuliers (cf. <ref-law>). Au regard de la systématique de la loi et des ordonnances précitées, la présentation d'un dossier de sécurité n'intervient qu'après l'approbation des plans, le cas échéant, après la réalisation de l'installation (cf. <ref-law>, qui confère à l'OFT la faculté de contrôler le dossier de sécurité en vérifiant les installations), en préambule à la délivrance de l'autorisation d'exploiter (cf. <ref-law>). L'<ref-law> est d'ailleurs sans équivoque: il dispose en effet que l'OFT octroie l'autorisation d'exploiter lorsque l'entreprise requérante a fourni le dossier de sécurité et que le projet répond aux exigences. Il s'ensuit qu'il ne saurait être reproché à l'OFT d'avoir rappelé la nécessité d'effectuer un audit de sécurité routière par le biais d'une charge; c'est ainsi à bon droit que le Tribunal administratif fédéral a jugé que ce document n'avait pas à faire l'objet de la procédure d'approbation des plans.
Mal fondé, ce grief est rejeté.
7.
Comme évoqué précédemment, les recourants déplorent le prétendu caractère lacunaire de l'EIE; ils reprochent en particulier à cette étude de ne pas englober la situation de leur immeuble, en particulier s'agissant des nuisances sonores engendrées par les installations du tramway.
7.1. En vertu de l'art. 10a de la loi fédérale du 7 octobre 1983 sur la protection de l'environnement (LPE; RS 814.01), avant de prendre une décision sur la planification et la construction ou la modification d'installations pouvant affecter sensiblement l'environnement, l'autorité apprécie le plus tôt possible leur compatibilité avec les exigences de la protection de l'environnement (al. 1). Doivent faire l'objet d'une étude de l'impact sur l'environnement (étude d'impact) les installations susceptibles d'affecter sensiblement l'environnement, au point que le respect des dispositions en matière d'environnement ne pourra probablement être garanti que par des mesures spécifiques au projet ou au site (al. 2). Le Conseil fédéral désigne les types d'installations qui doivent faire l'objet d'une étude d'impact; il peut fixer des valeurs seuil (al. 3). Selon le chiffre 12.1 de l'annexe de l'ordonnance relative à l'étude de l'impact sur l'environnement du 19 octobre 1988 (OEIE; RS 814.011), en lien avec l'<ref-law>, les nouvelles lignes de chemin de fer doivent faire l'objet d'une EIE. L'EIE permet de déterminer si un projet de construction ou de modification d'une installation répond aux prescriptions sur la protection de l'environnement, dont font partie la LPE - et par conséquent aussi l'ordonnance du 15 décembre 1986 sur la protection contre le bruit (OPB; RS 814.41) -, les dispositions concernant la protection de la nature, la protection du paysage, la protection des eaux, la sauvegarde des forêts, la chasse, la pêche, ainsi que le génie génétique (<ref-law>).
7.2. S'agissant de la problématique liée aux immissions sonores générée par le tramway, plus précisément par l'utilisation du tiroir ferroviaire (cf. partie Faits, let. D), le Tribunal administratif fédéral a rappelé que le "t1" ne circulera pas devant le bien-fonds des recourants: selon les plans (cf. en particulier plan TW-L-2.1) le nez de la rame s'arrêtera tout au plus à la hauteur de la limite (est) de cette parcelle, compte tenu du butoir en fin de voie. La vitesse de circulation maximale à ce niveau sera, selon les constatations de l'instance précédente, inférieure à 10 km/h. Le tribunal en a déduit que le "t1" ne sera pas exploité à cet endroit. L'utilisation du tiroir devrait en outre être de l'ordre de l'exceptionnel, l'exploitante n'ayant aucun intérêt à choisir du matériel roulant enclin aux pannes; il ne servira en outre qu'à parquer provisoirement une éventuelle rame en panne, dans l'attente de son transfert au GAT; un stationnement nocturne étant par ailleurs exclu. L'instance précédente a enfin relevé - ce qui n'est pas discuté - que le tramway respectera les valeurs de l'annexe 4 de l'OPB sur son tracé d'exploitation (cf. Rapport de l'impact sur l'environnement [ci-après également: RIE], pièce K1, p. 60 ss). Il en a déduit que ces valeurs étaient a fortiori respectées à proximité de la parcelle des recourants, au niveau de la voie supplémentaire projetée, de sorte que l'EIE n'avait pas à prendre spécifiquement en considération cet immeuble.
Au sujet du bruit lié au trafic routier, le Tribunal administratif fédéral a constaté que le projet impliquait la mise en circulation bidirectionnelle de la route de Bussigny/rue du Terminus - actuellement en sens unique. Cette artère ne pourra cependant plus servir au transit du trafic individuel motorisé (TIM), ni en direction de Lausanne ni dans l'autre sens, en raison de la mise en site propre de la rue de Lausanne située dans son prolongement (cf. plan des prescriptions et des restrictions spéciales du trafic routier, pièce A9, signaux R5 et R28). Ces modifications et la disparition - pour les besoins du projet - de la carrosserie, du garage automobile et de l'acheteur/revendeur de voitures, actuellement présents dans le voisinage, diminueront, selon les constatations du Tribunal administratif fédéral, le nombre de véhicules circulant devant la parcelle des recourants. L'instance précédente a cependant reconnu que le rapprochement de la route de la façade de leur bâtiment pourrait aug menter le niveau des immissions sonores. Elle a toutefois estimé que la charge, imposée par l'OFT et prévoyant que, "seulement si les projets d'assainissement du bruit menés par les autorités locales sont réalisables à temps, les TL veilleront à permettre au maître d'ouvrage de ces projets tiers de se coordonner avec la réalisation du présent projet", était propre à pallier cette problématique; rien ne permettait de conclure que les normes concernant le bruit routier ne pourraient être appliquées lors de la modification de la route en question.
7.3. Les recourants ne prennent pas réellement la peine de critiquer cette appréciation; ils se contentent d'affirmer que l'EIE serait lacunaire du seul fait de l'absence de prise en compte de leur propriété. Les recourants perdent ce faisant de vue qu'une étude de l'impact sur l'environnement a pour objectif l'analyse de périmètres au sein desquels on peut s'attendre à des impacts significatifs (périmètre d'influence; cf. OFEV, Manuel EIE, 2009, Module 5, p. 9 et p. 26). A ce propos, le RIE définit le tracé d'exploitation du "t1" comme périmètre d'étude s'agissant du bruit ferroviaire (RIE, p. 56 ss, en particulier p. 57 i.f.), ce que les recourants ne critiquent au demeurant pas. Or, dès lors que, d'après les résultats de l'EIE - que les recourants ne discutent pas non plus - les valeurs de l'OPB seront respectées le long du tracé d'exploitation du tramway (RIE, p. 60 ss), il n'est pas critiquable de considérer qu'il en ira a fortiori de même du tiroir ferroviaire, lequel ne sera utilisé qu'exceptionnellement et à vitesse réduite. Aussi, compte tenu en particulier des éléments techniques versés au dossier, l'instance précédente pouvait-elle, sans violer le droit fédéral, juger que la parcelle des recourants n'avait pas à être incluse, s'agissant du bruit ferroviaire, dans l'étude de l'impact sur l'environnement.
Il en est de même s'agissant du bruit routier. En effet, comme le relève du reste l'OFEV, il ressort du dossier, en particulier du rapport de synthèse (rapport de synthèse, pièce A5, p. 25 ss) ainsi que du RIE (RIE, Annexe 5.1, p. 15) que la charge de trafic journalier moyen (TJM) passera, sur la route/rue Bussigny-Terminus, de 6'900 véhicules/24h ("situation 2010") à 2'000 pour la "situation 2017 avec projet", soit une diminution de 71 % (rapport de synthèse, p. 27). La diminution des nuisances sonores, respectivement l'absence d'impact perceptible lié au projet, sont par ailleurs confirmées par l'annexe 5.1 du RIE (cf. plans annexés à l'annexe 5.1; influence du projet > à -1dB (A); à ce sujet, cf. arrêt 1A.148/2005 du 20 décembre 2005 consid. 3.5, publié in DEP 2006 144). L'OFEV a du reste procédé céans à un calcul détaillé, pour aboutir à une diminution diurne de l'ordre de 3,5 dB (A) et une baisse de 6,5 dB (A), pour la nuit (cf. déterminations de l'OFEV du 13 juillet 2018). De plus et bien que cette problématique n'ait pas, à proprement parler, été soulevée par les recourants, l'office fédéral a, dans le prolongement de ses premières réflexions, précisé que le projet observera les conditions des <ref-law> auprès du bâtiment des intéressés, respectant en particulier les valeurs limites d'immission Lr jour/nuit pour le degré de sensibilité III (DS III). Les différents calculs et l'attribution d'un DS III n'ayant pas non plus été sérieusement contestés en réplique on ne voit pas de motif de s'en écarter (cf. consid. 2.1 et les arrêts cités).
Il n'existe ainsi en définitive aucune raison ayant pu laisser supposer aux autorités chargées de déterminer les immissions de bruit extérieur dues aux installations fixes, que les valeurs d'exposition au bruit seraient dépassées au niveau de la parcelle des recourants (cf. <ref-law>). Il ne saurait dès lors - et à plus forte raison - leur être fait grief d'avoir considéré que l'immeuble des recourants n'avait pas à être englobé dans le périmètre d'examen de l'EIE.
7.3.1. Enfin, ce n'est qu'au stade de la réplique que les recourants reprennent une critique déjà soulevée devant l'instance précédente relative aux vibrations liées à l'exploitation du "t1". Tout comme en matière de bruit, ils se bornent cependant à affirmer, sans autre précision, que le RIE serait là encore lacunaire. Dès lors, indépendamment de la recevabilité de ce grief développé hors du délai de recours (cf. <ref-ruling> consid. 1.2.3 p. 286; <ref-ruling> consid. 2.2 p. 21), on ne voit pas de motif commandant de s'écarter de l'appréciation du Tribunal administratif fédéral sur cet objet d'ordre technique (cf. consid. 2.1 et les arrêts cités). Se référant au RIE (RIE, p. 88 ss, en particulier tableau 6c, p. 89), l'instance précédente a en particulier retenu que, en dehors des secteurs potentiellement conflictuels - la parcelle des recourants se situant à une quinzaine de mètres de l'axe ferroviaire (cf. plan TW-C-1.1) -, le risque que les vibrations ou le son solidien dépassent les valeurs indicatives était très faible, de sorte que ce risque pouvait être négligé pour des motifs de proportionnalité et de coûts (cf. également RIE, p. 89). Par surabondance, on relèvera enfin que les TL procéderont à des constats, avant et après travaux, du bâtiment des recourants (cf. arrêt attaqué, consid. 6.4.2 et consid. 6.11.4.3; voir également décision d'approbation, ch. 7.23.2, p. 107).
7.4. Sur le vu de ce qui précède, l'instance précédente n'a pas violé le droit fédéral en jugeant que l'étude d'impact sur l'environnement répondait aux exigences de la LPE et l'OEIE. Mal fondé, le grief est rejeté.
8.
Dans une série de critiques regroupées sous le titre "expropriation", les recourants mettent tout d'abord en cause l'utilité du tramway "par rapport aux solutions existantes, y compris par rapport au statu quo"; ils doutent en particulier de l'intérêt public de cette infrastructure. Ils soutiennent ensuite qu'en tout état de cause la réalisation du "t1" n'imposerait pas l'expropriation dont ils font l'objet. Selon eux, rien ne justifierait la création d'un tiroir ferroviaire d'une longueur de 150 m. L'expropriation ne tendrait en définitive qu'à la création non justifiée d'un ouvrage surdimensionné et violerait en cela leur droit de propriété.
8.1. L'expropriation formelle constitue une restriction grave du droit de propriété, garanti par l'art. 26 al. 1 Cst.; pour être compatible avec cette disposition, l'expropriation formelle doit reposer sur une loi au sens formel, être justifiée par un intérêt public et demeurer proportionnée au but visé (art. 36 al. 1 à 3 Cst.).
En règle générale, le Tribunal fédéral examine librement si une restriction est justifiée par un intérêt public suffisant et respecte le principe de la proportionnalité; il s'impose toutefois une certaine retenue lorsqu'il doit se prononcer sur de pures questions d'appréciation, des aspects techniques ou encore tenir compte de circonstances locales, dont les autorités inférieures ont une meilleure connaissance que lui (cf. <ref-ruling> consid. 6.1 p. 181; <ref-ruling> consid. 4.3 p. 416 et les arrêts cités; voir également consid. 2.1 et les arrêt cités).
Il n'est pas contesté que l'exigence de base légale est en l'occurrence remplie, l'expropriation partielle ayant été prononcée sur la base des art. 18a ss de la LCdF, lesquels renvoient à la LEx.
8.2. Par une argumentation que les recourants qualifient eux-mêmes de subsidiaire, ceux-ci soutiennent que l'intérêt public à la réalisation du projet ne saurait découler de sa seule compatibilité avec le PALM, comme l'a jugé l'instance précédente. A les comprendre, les solutions de transports existantes (à savoir le M1 [TL], circulant entre Renens-Gare et Lausanne-Flon, la ligne CFF entre les gares de Lausanne et Renens, ainsi que les lignes de bus [TL] desservant Renens, Prilly et Lausanne) seraient suffisantes. Les recourants doutent par ailleurs que le tramway puisse apporter un quelconque bénéfice puisque, en substance, la fermeture de certaines routes pour la mise en site propre du "t1" engendrerait une surcharge de trafic sur les autres axes routiers.
Ces considérations, livrées sur un mode strictement appellatoire, ne répondent pas aux exigences de motivation applicables aux griefs d'ordre constitutionnel (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 1.6 p. 281 s.; <ref-ruling> consid. 2.8 p. 494). Les recourants se bornent à opposer leur propre opinion à l'appréciation des juges précédents, sans cependant prendre la peine d'expliquer en quoi celles-ci seraient critiquables. Il n'y a dès lors pas lieu de s'écarter de l'examen circonstancié de la question de l'intérêt public dont s'est acquitté le Tribunal administratif fédéral. Ce dernier a en substance considéré que les infrastructures de transports en commun litigieuses répondaient non seulement aux objectifs de mobilité poursuivis par le PALM, mais également à ceux définis par le plan directeur cantonal vaudois (cf. PDCn, fiche R11, p. 361 ss; fiche A21 p. 67 ss). Le projet était par ailleurs conforme à la volonté des pouvoirs politiques de réduire le TIM, dans les villes, au profit des transports publics et de la mobilité douce. Il visait également la réduction, à moyen terme de la pollution de l'air dans l'agglomération Lausanne-Morges. Il permettait en outre, pour le futur, de garantir un réseau de transports publics capable de répondre aux besoins et d'absorber le nombre croissant de voyageurs générés par le développement urbanistique et économique de la région, étant rappelé que l'agglomération Lausanne-Morges héberge actuellement 39 % de la population et 52 % des emplois du canton de Vaud (cf. PDCn, fiche R11, p. 361). L'instance précédente a enfin également retenu que le "t1" ne desservait pas les mêmes quartiers que les transports en commun existants, de sorte qu'il n'entrait pas en concurrence avec ceux-ci. Ces éléments sont convaincants et témoignent de l'intérêt public à la réalisation du projet. Les critiques des recourants, pour peu qu'elles soient suffisamment motivées, sont, sur ce point, infondées.
8.3. Les recourants discutent ensuite le tiroir ferroviaire projeté dans le prolongement de la station du "t1" "Renens-Gare", en direction de Genève. Sur le principe, ils ne contestent pas sérieusement que la réalisation de cette voie supplémentaire soit nécessaire à l'exploitation du tramway, en particulier pour le parcage provisoire d'une rame en panne ou encore pour permettre certaines manoeuvres. Ils soutiennent en revanche qu'aucun élément d'ordre technique n'imposerait que ce tiroir atteigne 150 m, longueur imposant le déplacement de la route/rue Bussigny-Terminus et l'expropriation partielle de leur parcelle.
8.3.1. Selon la jurisprudence, le principe de la proportionnalité exige que les mesures mises en oeuvre soient propres à atteindre le but visé (règle de l'aptitude) et que celui-ci ne puisse être atteint par une mesure moins contraignante (règle de la nécessité); il doit en outre y avoir un rapport raisonnable entre ce but et les intérêts compromis (principe de la proportionnalité au sens étroit, impliquant une pesée des intérêts) (cf. <ref-ruling> consid. 6.7.1 p. 235).
8.3.2. Le Tribunal administratif fédéral a relevé que tant l'intimée que l'OFT avaient estimé cette infrastructure nécessaire; s'abritant derrière la retenue que s'impose le juge s'agissant d'aspects techniques, l'instance précédente a estimé qu'il ne lui appartenait pas de substituer sa propre appréciation à l'opinion de l'autorité précédente. Le tribunal a précisé que, même dans l'éventualité où l'utilisation du tiroir ferroviaire à des fins de dépannage ne présenterait pas à elle seule un degré de nécessité suffisant, sa réalisation était nécessaire à la réorganisation complète des transports publics à Renens entraînée par le projet. Cette réorganisation impose, selon le Tribunal administratif fédéral, "la création d'une interface visant à assurer l'intermodalité des divers transports publics (tramway, trains, bus et métro) au niveau de la gare de Renens, laquelle est une plaque tournante en matière de transports publics de l'agglomération Lausanne-Morges". "Le tiroir ferroviaire permet dès lors de procéder à l'ensemble des travaux de réaménagement des transports publics et ainsi de permettre au "t1" de remplir sa mission de colonne vertébrale des [axes forts de transports urbains], indépendamment de son éventuelle extension jusqu'à Villars-Sainte-Croix. Dès lors, le déplacement de la route pour y insérer le "t1" en site propre et créer l'interface précitée fonde également la nécessité de procéder à l'expropriation partielle de la parcelle des recourants". Enfin, en ne portant pas atteinte au bâtiment supporté par la parcelle des recourants et en se limitant à une expropriation partielle de 187 m2, sur une surface totale de 736 m2, l'OFT aurait limité l'atteinte au droit fondamental des recourants au strict nécessaire (proportionnalité au sens étroit).
8.3.3. Avec les recourants, force est de reconnaître que ces considérations ne renferment aucune démonstration, sur le plan technique, de la nécessité de réaliser un tiroir ferroviaire d'une longueur de 150 m. A l'examen du dossier, les éléments mis en évidence par l'instance précédente portent en réalité sur les avantages de la fermeture au TIM des rues du Terminus et de Lausanne et la mise en site propre du "t1" sur cette dernière artère (cf. rapport de synthèse, ch. 4.2.2, p. 19), ce que confirme au demeurant la décision d'approbation des plans: au chapitre de la justification des emprises, l'OFT expose en effet que le réaménagement de la rue du Terminus, respectivement de la mise en place du nouveau schéma de circulation au centre-ville de Renens est nécessaire principalement pour permettre la mise en site propre du "t1" sur la rue de Lausanne ainsi que la création d'une interface avec la gare de Renens (cf. décision d'approbation, ch. 7.26.7.1, p. 114). Dans ces circonstances, si rien ne permet de nier le besoin d'une voie de garage (cf. notamment Rapport technique, pièce TW-A-5, ch. 4.2, p. 37), rien ne permet non plus de conclure que celle-ci devrait atteindre une longueur de 150 m justifiant, sous l'angle de la proportionnalité - en particulier au regard de la règle de la nécessité -, le déplacement de la route et l'expropriation consécutive de la parcelle des recourants. Le Tribunal administratif fédéral a du reste lui-même émis des doutes s'agissant de "la nécessité à des fins de dépannage" de l'ouvrage discuté. Il a en particulier relevé que la longueur projetée semblait très importante pour accueillir deux rames, l'une en panne et l'autre en manoeuvre, celles-ci mesurant au plus entre 30 et 43,5 m (cf. Spécifications générales du système de transport, pièce G-0, ch. 3.4, p. 12). En outre, en dépit des incertitudes manifestées par l'instance précédente et les critiques formulées par les recourants, les TL n'ont, en réponse au recours, fourni aucun élément permettant de se convaincre du besoin technique d'une voie d'une longueur de 150 m. Pour le surplus, aucun autre élément n'explique le déplacement de la route/rue Bussigny-Terminus et son empiètement sur la parcelle des recourants; l'intimée ne pointe à cet égard aucune pièce du dossier d'approbation laissant supposer que ce déplacement serait maintenu en cas de raccourcissement de cet ouvrage, voire en cas de suppression.
8.4. Sur ce dernier point le grief s'avère par conséquent bien fondé. Le recours doit par conséquent être partiellement admis. L'arrêt attaqué est annulé dans la mesure où il confirme la nécessité de réaliser un tiroir ferroviaire d'une longueur de 150 m, le déplacement de la route ainsi que l'expropriation que cela suppose, et rejette, pour ce motif, le pourvoi formé par les recourants devant le Tribunal administratif fédéral. Dès lors que la nécessité d'une voie supplémentaire n'est, sur le principe, pas valablement remise en cause, le dossier est renvoyé à l'instance précédente; il lui appartiendra, non sans avoir préalablement interpellé les différents intervenants, en particulier l'OFT et la société de transports intimée, de déterminer les dimensions du tiroir propres à répondre aux besoins de l'exploitation du "t1" et, le cas échéant, examiner si l'emprise sur la parcelle des recourants doit être maintenue.
9.
Vu l'issue du litige, devient sans objet - pour peu qu'il soit recevable sous l'angle des exigences de motivation du recours fédéral (cf. <ref-law>) - le grief portant sur le caractère prétendument insuffisant de la charge imposée aux TL, quant au réaménagement des places de stationnement supprimées par l'expropriation.
10.
Les considérants qui précédent conduisent à l'admission partielle du recours. L'arrêt attaqué est partiellement annulé en ce sens que les ch. 1.1, en tant qu'il concerne les recourants, 2.3 et 3.3 du dispositif sont annulés (cf. partie Faits, let. F). La cause est renvoyée à l'instance précédente pour nouvelle instruction et décision dans le sens des con sidérants. Ceci fait, elle statuera nouvellement sur les frais et dépens. Compte tenu de l'issue du litige, des frais judiciaires réduits sont mis à la charge des recourants (art. 66 al. 1 et 5 LTF); la société de transports intimée, qui exerce une tâche de droit public, n'y est pas astreinte (<ref-law>). Pour le même motif, elle ne saurait prétendre à des dépens (<ref-law>); elle versera en revanche, vu le sort réservé au recours, des dépens réduits aux recourants (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est partiellement admis. L'arrêt attaqué est partiellement annulé dans le sens des considérants. La cause est renvoyée au Tribunal administratif fédéral pour nouvelle instruction et décision dans le sens des considérants.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 2'500 fr., sont mis à la charge des recourants, solidairement entre eux.
3.
Une indemnité de 1'500 fr. est allouée aux recourants, à titre de dépens, à la charge de l'intimée.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux mandataires des parties, à l'Office fédéral des transports, au Tribunal administratif fédéral, Cour I, et à l'Office fédéral de l'environnement.
Lausanne, le 8 mai 2019
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Chaix
Le Greffier : Alvarez