Fatti:
A.
B.A._ e A.A._ sono proprietari, dal 2013, di alcuni fondi siti nel Comune di Faido, attribuiti alla zona edificabile intensiva, che verso valle confinano con la strada cantonale, a monte con quella comunale. Il 18 dicembre 2012, il Municipio aveva rilasciato al precedente proprietario la licenza edilizia per la costruzione di tre case unifamiliari secondarie contigue di tre piani, con terrazze rivolte verso la strada cantonale e tre posteggi scoperti.
B.
Per quanto qui interessa, dopo l'inizio dei lavori, il 28 aprile 2015 A.A._ ha inoltrato una variante in corso d'opera: al posto dei locali deposito/disponibile, al pianterreno sono state realizzate tre autorimesse. Le terrazze sono state ampliate e a tale scopo è stata chiesta una deroga al rispetto della distanza dalla strada cantonale. Al progetto si è opposto il vicino C._. Dopo che il sedime stradale è stato allargato, l'istante ha presentato una seconda variante concernente l'accesso alle autorimesse e l'area esterna, varianti preavvisate favorevolmente dai Servizi generali del Dipartimento del territorio.
C.
Il 21 dicembre 2015 il Municipio ha rilasciato la licenza edilizia, concedendo una deroga alla distanza minima dalla strada per le terrazze. Con decisione del 31 agosto 2016 il Consiglio di Stato, in accoglimento di un ricorso del vicino, ha annullato la licenza edilizia, non essendo ravvisabili gli estremi per la concessione di una deroga. Adito dagli istanti, con giudizio del 6 aprile 2018 il Tribunale cantonale amministrativo ha parzialmente accolto il ricorso sottopostogli dai proprietari e annullato la decisione governativa nonché la licenza edilizia del 21 dicembre 2015 nella misura in cui rilascia una deroga per l'ampliamento delle terrazze degli edifici A e B e per l'autorimessa dell'edificio A, confermandola per il resto.
D.
Avverso questa sentenza B.A._ e A.A._ presentano un ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale, chiedendo di annullarla.
Non è stato ordinato uno scambio di scritti, ma è stato richiamato l'incarto cantonale.

Diritto:
1.
1.1. Il Tribunale federale esamina d'ufficio se e in che misura un ricorso può essere vagliato nel merito (<ref-ruling> consid. 1).
1.2. Inoltrato tempestivamente contro una decisione dell'ultima istanza cantonale in ambito edilizio, il ricorso in materia di diritto pubblico è di massima ammissibile sotto il profilo degli art. 82 lett. a, art. 86 cpv. 1 lett. d e <ref-law>. La legittimazione dei ricorrenti è pacifica, anche nella misura in cui invocano un'asserita violazione dell'autonomia comunale, garanzia soggetta alle esigenze di motivazione più severe dell'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 7.1 pag. 133).
I ricorrenti precisano di censurare unicamente l'annullamento della deroga per l'ampliamento delle terrazze degli edifici A e B e quella per la realizzazione di un'autorimessa all'edificio A. Le altre questioni esulano quindi dall'oggetto del litigio.
1.3. Secondo l'art. 42 cpv. 1 e 2 LTF, il gravame dev'essere motivato in modo sufficiente, spiegando nei motivi perché l'atto impugnato viola il diritto. Il Tribunale federale esamina in linea di principio solo le censure sollevate (<ref-ruling> consid. 1.7.1 pag. 106). Quando i ricorrenti, come in concreto, invocano la violazione di diritti costituzionali (diritto di essere sentito), il Tribunale federale, in applicazione dell'<ref-law>, esamina le censure soltanto se siano state esplicitamente sollevate e motivate in modo chiaro e preciso (<ref-ruling> consid. 1.2 e 1.3 pag. 380).
1.4. La vertenza concerne l'interpretazione e l'applicazione di norme del diritto comunale e cantonale, esaminate sotto il ristretto profilo dell'arbitrio. Non basta quindi che la decisione impugnata sia insostenibile nella motivazione, ma occorre che lo sia anche nel suo risultato (<ref-ruling> consid. 6.1 pag. 324; <ref-ruling> consid. 6.1), ciò che spetta ai ricorrenti dimostrare (<ref-ruling> consid. 2 pag. 146). Non risulta per contro arbitrio dal semplice fatto che anche un'altra soluzione potrebbe entrare in linea di conto o sarebbe addirittura preferibile (<ref-ruling> consid. 7.1 pag. 124).
1.5. Il Tribunale federale fonda il suo ragionamento giuridico sui fatti accertati dall'autorità inferiore (<ref-law>). Esso può scostarsene solo se tale accertamento è stato eseguito in violazione del diritto ai sensi dell'<ref-law> o in modo manifestamente inesatto, ovvero arbitrario (<ref-ruling> consid. 6 pag. 358).
2.
2.1. Riguardo alle terrazze, la Corte cantonale ha accertato che in corso d'opera i ricorrenti le hanno ampliate rispetto a quanto previsto nella licenza edilizia del 18 dicembre 2012, dimodoché ora si sviluppano pressoché sull'intero fondo; nel contempo è stata allargata la sottostante strada, censita dal piano del traffico come strada di collegamento principale. Ha precisato che già prima dell'allargamento della strada le terrazze degli edifici A e B si trovavano abbondantemente e per tutta la loro lunghezza all'interno dell'area inedificabile. Visto ch'esse coprivano oltre un terzo delle facciate, la loro approvazione richiedeva la concessione di una deroga, non menzionata nella domanda di costruzione, né nell'avviso di pubblicazione e neppure nella licenza edilizia. Ha aggiunto che l'allargamento della strada ha evidentemente aggravato la situazione, ritenuto altresì che i ricorrenti, non attenendosi al permesso ricevuto, ne hanno raddoppiato (+ 3,60 m) l'estensione orizzontale, aggravando ulteriormente, a prescindere dall'allargamento stradale, il contrasto con il diritto. Questo nuovo intervento richiedeva una deroga, poi concessa dal Municipio. I giudici cantonali hanno tuttavia ritenuto che le due terrazze contrastavano col diritto già prima dell'allargamento della strada e che nemmeno l'assenza di pregiudizi per il traffico e per il vicinato potrebbero giustificare l'eccezionalità della situazione. Ciò poiché decisivo è il fatto che per fruire convenientemente delle due abitazioni non è indispensabile estenderne i balconi. Ha sottolineato che, trattandosi di deroghe, l'invocata prassi adottata dal Municipio, peraltro tutta da dimostrare, non permetterebbe comunque di contravvenire al principio di legalità.
2.2. I ricorrenti si limitano ad addurre, peraltro in maniera generica, che la concessione della deroga litigiosa per l'allungamento delle terrazze che invadono l'area inedificabile di 90 cm per la casa A e 50 cm per l'altra, non precluderebbe la sicurezza viaria né interessi pubblici o privati e che i balconi si integrerebbero bene sotto il profilo paesaggistico ed estetico. L'assunto non è decisivo. In effetti, i ricorrenti, disattendendo il loro obbligo di motivazione (<ref-law>), neppure tentano di dimostrare l'infondatezza dell'argomento principale posto a fondamento dell'impugnato giudizio, peraltro convincente, condivisibile, evidente e coerente, secondo cui per fruire convenientemente delle due abitazioni non è indispensabile estenderne i balconi. Questa conclusione, che adempie le esigenze di motivazione poste a una sentenza (<ref-ruling> consid. 2 pag. 146; <ref-ruling> consid. 4.2 pag. 157), non lede il diritto di essere sentiti dei ricorrenti; non è inoltre per nulla arbitraria, né lo è il suo risultato. In effetti, come osservato dai ricorrenti, senza la deroga si è semplicemente in presenza di terrazze con diverse dimensioni e forme, al loro dire non ideali sotto il profilo estetico, soluzione peraltro parzialmente rimediabile adeguando il balcone della casa C. Il diniego della deroga non lede pertanto il principio di proporzionalità (<ref-ruling> consid. 8.3 pag. 144) né l'autonomia comunale, la Corte cantonale non avendo ecceduto il suo potere di apprezzamento (<ref-ruling> consid. 7.4.1 pag. 201; <ref-ruling> consid. 2.3.2 pag. 278). Né l'accenno a una prassi comunale di concessione di deroghe in casi analoghi, peraltro non meglio precisati, potrebbe fondare nel caso di specie, eccezionalmente, un diritto all'uguaglianza di trattamento nell'illegalità (<ref-ruling> consid. 8.6 pag. 510). Secondo la costante prassi, il principio della legalità dell'attività amministrativa prevale infatti su quello della parità di trattamento. I ricorrenti, e l'autorità comunale, disattendono infatti che scopo precipuo di una deroga non è manifestamente di consentire la realizzazione di soluzioni ideali o la realizzazione di opere di mera comodità (sentenza 1C_614/2017 del 28 maggio 2018 consid. 4.1).
3.
3.1. La Corte cantonale ha rilevato che la distanza dalle strade cantonali per le autorimesse non può essere inferiore a 5,50 m (art. art. 5 cpv. 3 del regolamento concernente le autorimesse ed i posteggi lungo le strade cantonali del 22 dicembre 1967); possono essere concesse deroghe lungo le strade secondarie con traffico molto limitato per giustificati motivi (cpv. 5). Ne ha dedotto che, in assenza di norme comunali più restrittive (art. 20 e 21 delle norme di attuazione del piano regolatore; NAPR), nella fattispecie, poiché le autorimesse litigiose sono edificate a lato di una strada cantonale, la loro approvazione deve fondarsi sul regolamento cantonale. Ora, l'autorimessa all'edificio A, prevista a una distanza di soli 5,10 m dal ciglio della strada cantonale, non rispetta quella di 5,50 m imposta dal regolamento cantonale.
Il Municipio ha certo concesso una deroga ritenendo l'eccezionalità della situazione in relazione all'avvenuto all'allargamento della carreggiata, alle difficoltà di accedere alla parte superiore delle particelle, al carattere secondario della strada, al rispetto delle norme dell'Associazione svizzera dei professionisti della strada e dei trasporti (VSS), e alla prassi adottata in diversi casi analoghi e all'assenza di inconvenienti per il traffico, la sicurezza viaria e il vicinato. L'istanza precedente ha ritenuto tuttavia che l'autorità comunale era incompetente a decidere in merito, visto che si tratta di una normativa cantonale che implica, per l'oggetto del litigio, la competenza cantonale (Allegato 1 del regolamento di applicazione della legge edilizia del 9 dicembre 1992 n. 12 e 13; art. 48 cpv. 4 e 50 cpv. 2 della legge sulle strade del 23 marzo 1983). Ne ha concluso che spettava semmai all'Area dell'esercizio e della manutenzione concedere una deroga. Ha aggiunto che per farlo avrebbe dovuto tuttavia spiegare perché la strada in esame, censita dal piano del traffico quale strada di collegamento principale, dovrebbe essere considerata quale strada secondaria con traffico molto limitato e addurre inoltre quali sarebbero i giustificati motivi a sostegno del mancato rispetto della distanza dalla carreggiata. Ha quindi ritenuto che in difetto di una deroga dell'autorità competente a concederla, allo stadio attuale della procedura l'autorimessa dell'edificio A non può essere approvata.
3.2. Al riguardo i ricorrenti fanno valere una lesione del diritto di essere sentiti, un accertamento arbitrario dei fatti e una valutazione arbitraria delle prove nonché un formalismo eccessivo. Insistono sul fatto che nell'avviso del 25 novembre 2015 dei Servizi generali del Dipartimento del territorio figura il preavviso dell'Area dell'esercizio e della manutenzione, dal seguente tenore: "Preavviso favorevole come ai piani di variante "accesso autorimesse" del 19 ottobre 2015". Ne deducono che la richiesta di una decisione formale sulla deroga da parte dell'autorità cantonale sarebbe quindi superflua.
I ricorrenti non contestano, rettamente, il fatto che l'autorità cantonale doveva esprimersi sulla concessione di un'eventuale deroga e che nel preavviso è richiamato soltanto l'art. 48 cpv. 2 della legge sulle strade del 23 marzo 1983 relativo alla formazione degli accessi, ma non l'art. 5 del citato regolamento cantonale, norma determinante nel caso in esame. Adducono nondimeno che, seguendo un'interpretazione "logica" del preavviso, la mancata indicazione di questa disposizione rappresenterebbe un mero errore formale, che non intaccherebbe l'asserita avvenuta concessione di una deroga cantonale. Al loro dire, un'interpretazione non arbitraria e in buona fede del citato preavviso potrebbe e dovrebbe riferirsi nondimeno alla deroga sulla minor distanza di cui all'art. 5 del regolamento.
3.3. L'assunto chiaramente non regge. È infatti manifesto che l'autorità cantonale non si è pronunciata né espressamente né compiutamente sull'applicazione di detta norma. Per di più l'Area dell'esercizio e della manutenzione ha ritenuto in maniera errata che si sarebbe in presenza di una strada secondaria. La Corte cantonale, senza violare il diritto di essere sentiti dei ricorrenti (al riguardo vedi <ref-ruling> consid. 5.2 pag. 17; <ref-ruling> consid. 4.1 pag. 72), sulla base di un apprezzamento anticipato delle prove per nulla arbitrario, poteva infatti rinunciare a esperire un sopralluogo volto ad accertare questa fattispecie, desumibile dal piano del traffico (<ref-ruling> consid. 3.3 pag. 64; <ref-ruling> consid. 6.3.1 in fine pag. 299); né si è in presenza di un accertamento insostenibile e quindi arbitrario dei fatti e ancor meno di un'interpretazione arbitraria dell'invocato preavviso. Contrariamente al generico assunto ricorsuale, non si tratta di un disguido nella formulazione dello stesso: l'autorità cantonale non si è infatti pronunciata del tutto sui motivi che potrebbero giustificare la concessione di una deroga. In siffatte circostanze, il fatto di non rinviare al Consiglio di Stato o al Municipio la causa per sanare l'asserito vizio formale non costituisce un formalismo eccessivo lesivo dell'<ref-law> L'autorità cantonale competente dovrà infatti esprimersi compiutamente sulle severe esigenze per eventualmente concedere una deroga. In concreto, la stretta applicazione dell'art. 5 del regolamento cantonale è giustificata da un interesse degno di protezione e non complica in maniera insostenibile la realizzazione del diritto materiale (<ref-ruling> consid. 2.4.2 pag. 11; <ref-ruling> consid. 1.3.2 e 1.3.3 pag. 304 seg.). In effetti, l'annullamento della deroga non implica alcun pregiudizio considerevole o irreparabile, ma semplicemente che, se del caso, i proprietari dovranno avviare una nuova procedura edilizia con una nuova pubblicazione, anche a tutela degli interessi dei vicini, o modificare il progetto edilizio. In tali circostanze il principio di proporzionalità non è leso.
4.
In quanto ammissibile il ricorso dev'essere quindi respinto. Le spese seguono la soccombenza (<ref-law>).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1.
Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è respinto.
2.
Le spese giudiziarie di fr. 3'000.-- sono poste a carico dei ricorrenti.
3.
Comunicazione ai patrocinatori delle parti, al Municipio di Faido, al Dipartimento del territorio, Ufficio delle domande di costruzione, al Consiglio di Stato e al Tribunale amministrativo del Cantone Ticino.