Fatti:
A.
Con sentenza del 12 dicembre 2016, il Tribunale amministrativo ticinese ha annullato il bando di concorso indetto dai Comuni di W._ e X._ per l'aggiudicazione del servizio di raccolta rifiuti. Il 21 aprile 2017, gli stessi Comuni hanno avviato una nuova gara, impostata secondo la procedura libera e sottoposta al concordato intercantonale sugli appalti pubblici del 25 novembre 1994/15 marzo 2001 (CIAP; RL/TI 730.500), relativa al servizio di raccolta rifiuti per il periodo 2018-2021. Il capitolato d'appalto, contro il quale non è stato interposto nessun ricorso, indicava tra l'altro quanto segue:
7. Disposizioni generali per il servizio raccolta rifiuti
7.1 Per la raccolta dei rifiuti solidi urbani dovranno essere impiegati automezzi muniti di benna a compressione del tipo ermetico per impedire la fuoriuscita di liquame; lo chassis deve avere la necessaria garanzia di portata per poter eseguire un servizio rapido senza troppi discarichi. Gli automezzi devono essere sempre disposti al servizio richiesto.
7.2 Per la raccolta di tutti i generi di rifiuti nella variante 1 (intercomunale W._ e X._) dovranno essere impiegati automezzi muniti di pesa automatica per per- mettere la suddivisione dei quantitativi raccolti per singolo Comune per tramite di bollettino elettronico. Nella variante 2 (raccolta individuale per Comune) in assenza di tale apparecchiatura dovrà essere garantita in ogni modo la suddivisione dei quantitativi raccolti per ogni genere e giro di rifiuti.
7.3 Nell'operazione di raccolta, gli operai addetti al servizio dovranno rimettere ordinatamente i contenitori al loro posto. Essi dovranno altresì provvedere alla raccolta di sacchi e rifiuti di ogni genere sparsi per terra e segnalare tempestivamente all'Ufficio tecnico eventuali rotture o danni dei contenitori comunali o delle infrastrutture fisse nei quali sono ubicati. Sacchi non ufficiali non devono essere raccolti ma lasciati in loco e segnalati al rispettivo Ufficio tecnico.
7.4 Durante la raccolta, per quanto possibile, deve essere agevolato il transito degli altri autoveicoli.
7.5 L'Assuntore deve rispettare i limiti di carico vigenti sulle strade comunali v. planimetria allegata, adeguando il tipo di veicolo a seconda della situazione. La pianificazione del giro di raccolta dovrà tenere conto di questa particolarità. Per Via yyy a X._ valgono le disposizioni dell'Ufficio tecnico.
7.6 L'Assuntore è l'unico responsabile di ogni danno provocato a terzi, come ad altri autoveicoli o a proprietà private o pubbliche comprese le pavimentazioni, i manufatti, la segnaletica stradale e le barriere di protezione.
7.7 L'Assuntore deve rispondere in tal senso, tacitando i danneggiati e tenendo sollevato i Comuni da qualsiasi responsabilità. La velocità di lavoro degli automezzi deve essere adattata alle condizioni stradali.
7.8 L'Assuntore deve intervenire a prestare il servizio appaltato secondo le condizioni del presente capitolato e il programma definitivo degli interventi. Quest'ultimo verrà allestito dall'assuntore congiuntamente con i rispettivi Comuni entro inizio settembre di ogni anno, e conterrà l'elenco esatto delle diverse raccolte e delle relative giornate per l'anno seguente, in modo da redigere il relativo calendario informativo a favore degli utenti.
7.9 L'Assuntore deve garantire in ogni momento un veicolo sostitutivo in caso di guasti, incidenti, ecc.
7.10 Deroghe sugli orari di smaltimento dei rispettivi rifiuti sono di specifica competenza dell'assuntore, in tal senso è responsabile l'Assuntore per la richiesta delle necessarie concessioni c/o i rispettivi enti di smaltimento.
B.
Entro il termine impartito, il committente ha ricevuto due offerte: quella della A._SA e quella di B._, titolare di una ditta individuale di autotrasporti, a quel momento già assuntori del servizio di raccolta rifiuti a W._ rispettivamente a X._. Esaminate le stesse, i committenti hanno deciso di deliberare la commessa a B._, la cui offerta ha ottenuto la nota 5.42. Seconda in graduatoria, l'offerta della A._SA ha invece ottenuto la nota 5.19.
Adito su ricorso di quest'ultima, con sentenza del 5 febbraio 2018 il Tribunale cantonale amministrativo ha respinto il gravame, confermando la liceità della delibera e ritenendo a quel punto superfluo esaminare se l'offerta della A._SA andasse esclusa, come chiesto da B._ in risposta.
C.
Con ricorso sussidiario in materia costituzionale dell'8 marzo 2018, la A._SA ha impugnato quest'ultimo giudizio davanti al Tribunale federale, chiedendo l'annullamento dello stesso e il rinvio dell'incarto all'istanza inferiore, affinché si pronunci di nuovo.
Chiamato ad esprimersi, il Tribunale cantonale amministrativo si è riconfermato nelle motivazioni e nelle conclusioni della propria sentenza. La conferma di tale pronuncia è stata domandata anche da B._ e dal Comune di X._.

Diritto:
1.
1.1. Il litigio riguarda una decisione presa in ambito di commesse pubbliche. Il ricorso ordinario in materia di diritto pubblico è quindi ammissibile solo se il valore stimato della commessa raggiunge i valori soglia previsti dall'art. 83 lett. f n. 1 LTF e, cumulativamente (<ref-ruling> consid. 1.2 pag. 194 seg.), se la fattispecie pone una questione di diritto d'importanza fondamentale, giusta l'art. 83 lett. f n. 2 LTF. Per stessa ammissione della ricorrente, non si pone in casu nessuna questione di tale genere, motivo per cui è stato correttamente formulato un ricorso sussidiario in materia costituzionale.
1.2. La querelata sentenza è una decisione finale (art. 90 e 117 LTF) pronunciata da un'autorità giudiziaria cantonale di ultima istanza (art. 86 e 114 LTF), l'impugnativa inoltrata contro di essa è tempestiva (art. 100 cpv. 1 e 117 LTF) e l'insorgente, giunta seconda in graduatoria, ha un interesse giuridicamente protetto a contestare la conferma della delibera all'opponente 1 (<ref-law>; sentenza 2D_59/2014 del 26 novembre 2014 consid. 1.2). Per quanto precede, il ricorso sussidiario in materia costituzionale è ammissibile.
2.
2.1. Con questo rimedio può venir censurata unicamente la violazione di diritti costituzionali (<ref-law>). Il rispetto di tali diritti non è esaminato d'ufficio, ma soltanto se il ricorrente ha sollevato le proprie critiche in modo preciso (art. 117 e 106 cpv. 2 LTF; <ref-ruling> consid. 2.2; <ref-ruling> consid. 3.2). Limitata è anche la possibilità di contestare l'accertamento dei fatti. Di principio, il Tribunale federale si fonda sui fatti stabiliti dall'autorità inferiore (<ref-law>); può rettificare o completare i relativi accertamenti se sono stati svolti in violazione del diritto ai sensi dell'<ref-law> (<ref-law>).
2.2. Le critiche formulate dall'insorgente rispettano solo in parte i requisiti di motivazione esposti; nella misura in cui li disattendono, sfuggono pertanto a un esame di questa Corte. Dato che non vengono messi in discussione, attraverso una critica che ne dimostri un accertamento anticostituzionale, i fatti che emergono dal giudizio impugnato vincolano inoltre il Tribunale federale.
3.
Adito dalla A._SA per contrastare l'attribuzione della commessa a B._, il Tribunale amministrativo ha respinto il gravame.
3.1. In relazione alla censura secondo cui l'offerta dell'aggiudicatario avrebbe dovuto essere scartata perché, non garantendo la disponibilità di un veicolo di riserva in caso di guasto, egli non aveva dimostrato di essere in grado di eseguire la commessa, ha infatti rilevato:
che la condizione alla quale si riferiva la seconda classificata era contenuta nella posizione 7.9 dei documenti di gara ("l'assuntore deve garantire in ogni momento un veicolo sostitutivo in caso di guasti, incidenti, ecc.") e che detta posizione era inserita nel capitolo 7, intitolato "disposizioni generali per il servizio raccolta rifiuti";
che, sebbene le prime due posizioni del capitolo (7.1 e 7.2) contengano precise indicazioni circa le caratteristiche degli automezzi da impiegare, quelle seguenti regolano aspetti relativi allo svolgimento del servizio di raccolta rifiuti (modalità di vuotatura dei contenitori e obbligo per gli operai di segnalare agli uffici tecnici la presenza di sacchi dei rifiuti non ufficiali [posizioni 7.1 e 7.3]; responsabilità dell'assuntore per danni a terzi [posizione 7.6 seg.] e obbligo di rispettare il programma degli interventi [posizione 7.8]) e che la posizione 7.9 si inserisce pertanto in un quadro di disposti che regolano l'esecuzione del contratto, apparendo destinata, come quelle immediatamente precedenti, a tutelare i committenti in caso di inadempienza dell'assuntore del servizio;
che la clausola 7.9 del capitolato d'appalto non impone al concorrente di indicare nell'offerta un veicolo di rimpiazzo e che, in assenza di regole di gara in merito, tale interpretazione da parte di un concorrente in buona fede è senza dubbio sostenibile.
3.2. Inserita la stessa nel suo contesto, sempre riguardo alla posizione 7.9 ha quindi aggiunto:
che, avendo i committenti permesso agli offerenti di dotarsi dei necessari veicoli tra la delibera e la conclusione del contratto, questi ultimi non potevano legittimamente attendersi di doversi procurare anche un mezzo di riserva e che, del resto, nemmeno la seconda classificata, con la propria offerta, aveva fornito indicazioni in merito;
che nulla vietava ai committenti di indagare circa le modalità con cui l'offerente intendeva garantire il rimpiazzo di veicoli e che rassicurazioni in tal senso sono comunque state fornite (dichiarazione con la quale la C._SA conferma la messa a disposizione di un autocarro compattatore al costo giornaliero di fr. 450.--);
che, alla luce di queste garanzie, non vi sono dunque motivi per dubitare dell'idoneità di B._ a eseguire la commessa, atteso che le regole di gara non impongono un numero minimo di veicoli di proprietà del concorrente, né escludono di far capo al noleggio in caso di necessità di sostituzione temporanea di un mezzo.
3.3. In merito alla denuncia della non idoneità di un veicolo di cui l'aggiudicatario intende dotarsi per l'esecuzione del servizio raccolta rifiuti, ovvero di un autocarro leggero di 3.5 t con un carico utile di 300 kg, ritenuto troppo esiguo per permettere la vuotatura dei molti cassonetti insieme all'altro autocarro di 18 t, ha invece indicato:
che i committenti e l'aggiudicatario hanno spiegato il metodo di raccolta che quest'ultimo intende mettere in atto;
che, tenuto conto delle informazioni fornite, non vi sono motivi per dubitare della capacità di B._ di eseguire la commessa;
che la procedura con cui egli intende svolgere il servizio non appare né inattuabile né inefficace, ritenuto in particolare che gli atti di gara consentono di eseguirlo in un lasso di tempo decisamente ampio, ossia dalle ore 5.00 alle 22.00.
3.4. In relazione alla messa in dubbio della validità dei due certificati ISO allegati all'offerta di B._ e alla critica secondo cui essa sarebbe stata modificata a posteriori, ha infine rilevato:
che preso atto della dichiarazione con cui la D._SA ha confermato la regolare emissione di detti certificati, non sussistono elementi che permettano di inficiarne l'attendibilità;
che il modulo d'offerta inoltrato dall'aggiudicataria, così come quello allestito dalla ricorrente, sono stati vagliati dai tecnici comunali, che hanno apposto a fianco delle singole posizioni dei visti a matita, e nel caso dell'offerta di B._, delle correzioni;
che esse riguardano però solo i prezzi unitari, non quelli totali, rimasti invariati e che tale modo di procedere è sostenibile, siccome è manifesto che l'aggiudicataria è incorsa in una svista nell'esporre il prezzo unitario, al contrario di quello finale, da ritenersi realistico.
4.
Preso atto dell'argomentazione addotta dai Giudici ticinesi, l'insorgente sostiene tra l'altro che la sentenza impugnata sia carente nella motivazione e quindi lesiva dell'<ref-law>, rispettivamente comporti un diniego di giustizia, in particolare perché non si esprime sugli argomenti sollevati in merito alle capacità di carico, alle distanze di scarico e all'estensione temporale del servizio offerto dall'opponente. Tenuto conto della sua natura formale, questa censura va esaminata in via preliminare (<ref-ruling> consid. 2.2 pag. 190; 279 consid. 2.6 pag. 285 con rinvii).
4.1. Ancorato nell'<ref-law>, il diritto di essere sentito comprende vari aspetti; tra questi, il diritto ad una decisione motivata (<ref-ruling> consid. 5.1 pag. 237; <ref-ruling> consid. 5.2 pag. 236 <ref-ruling> consid. 4.1 pag. 88 e 133 III 439 consid. 3.3 pag. 445). Sempre che ciò non ne ostacoli troppo la comprensione, una motivazione può essere però anche implicita, risultare dai diversi considerandi della decisione o da rinvii ad altri atti (<ref-ruling> consid. 3.2.1; sentenze 2C_583/2017 del 18 dicembre 2017 consid. 5.2.1; 2C_61/2016 del 4 ottobre 2016 e 2C_246/2014 del 7 agosto 2014 consid. 8.1).
4.2. A differenza di quanto sostenuto nell'impugnativa, il diritto a una motivazione sufficiente è stato nella fattispecie rispettato.
4.2.1. L'argomentazione testualmente addotta dalla Corte cantonale in relazione all'aspetto di cui si è detto nel considerando 3.3 è la seguente:
"I committenti e l'aggiudicataria hanno spiegato il metodo di raccolta che quest'ultima intende mettere in atto facendo capo a due veicoli, uno di 3.5 t e uno da 18 t: non appena il mezzo di minori dimensioni è pieno, esso scarica il proprio contenuto in quello di grandi dimensioni che parte alla volta della discarica di Z._, mentre il primo continua la raccolta, che non viene dunque mai interrotta. In questo lasso di tempo, il veicolo più piccolo potrà eseguire la raccolta lungo quelle vie particolarmente lunghe, discoste e con pochi abitanti, che richiedono molto tempo per essere servite, sebbene i quantitativi di rifiuti raccolti siano assai modesti. Alla luce di queste considerazioni, non vi sono motivi per dubitare della capacità di B._ di eseguire la commessa. La procedura con cui intende svolgere il servizio non appare inattuabile né inefficace, ritenuto in particolare che gli atti di gara consentono di eseguirlo in un lasso di tempo decisamente ampio, ossia dalle ore 5.00 alle 22.00"
4.2.2. Ora è vero che essa non fornisce una risposta esplicita e specifica a tutti i dubbi sollevati in sede cantonale, né in relazione alla capacità di carico, né alle distanze di scarico e all'estensione temporale del servizio offerto.
Tuttavia, altrettanto vero è che il testo appena riportato contiene un'argomentazione puntuale e che in esso la Corte cantonale indica a chiare lettere di essere dell'avviso che la procedura con la quale intende svolgere il servizio l'opponente non appare affatto inattuabile e neanche inefficace.
4.2.3. Nel contempo, va rilevato che la motivazione adotta dal Tribunale amministrativo ticinese fa anche rinvio a quanto viene spiegato in merito al metodo di raccolta sia dai committenti che dall'aggiudicataria nei loro allegati e che in tali scritti essi si esprimono a più riprese pure sugli aspetti in discussione, fornendo una serie di precisazioni.
Siccome attraverso il modo di argomentare appena descritto la ricorrente è stata senz'altro posta nella posizione di impugnare la sentenza della Corte cantonale con cognizione di causa, una lesione dell'<ref-law> non è quindi data. Sapere se il ragionamento dei Giudici ticinesi sia o meno condivisibile è un aspetto che non concerne la garanzia qui invocata (sentenze 2D_42/2016 del 3 ottobre 2017 consid. 3.1; 2C_513/2015 del 13 dicembre 2015 consid. 3.2 e 2C_750/2014 del 27 ottobre 2015 consid. 3; MICHELE ALBERTINI, Der verfassungsmässige Anspruch auf rechtliches Gehör im Verwaltungsverfahren des modernen Staates, 2000, pag. 405).
5.
La ricorrente non è però destinata a maggior successo nemmeno nella misura in cui contesta le conclusioni alle quali la Corte cantonale è giunta nel merito.
5.1. In questo ambito essa si richiama anzitutto all'art. 26 della legge cantonale sulle commesse pubbliche del 20 febbraio 2001 (LCPubb, RL/TI 7.1.4.1) rispettivamente all'art. 40 del regolamento di applicazione della legge sulle commesse pubbliche e del concordato intercantonale sugli appalti pubblici del 12 settembre 2006 (RLCPubb/CIAP; RL/TI 7.1.4.1.6), relativi ai contenuti dell'offerta. Un'applicazione arbitraria o altrimenti contraria alla Costituzione federale (principio della buona fede, principi di uguaglianza, ecc.) di queste norme non viene però sostanziata, poiché le critiche formulate richiamandosi al diritto cantonale sono tutte di carattere appellatorio (precedente consid. 2; art. 117 e 106 cpv. 2 LTF; sentenza 2D_15/2018 del 20 settembre 2018 consid. 5.2).
5.2. Nel contempo, una dimostrazione della violazione di un diritto costituzionale (arbitrio, principio della buona fede, ecc.) non viene addotta nemmeno in relazione alla specifica questione dell'interpretazione delle disposizioni di gara e, in questo contesto, della posizione 7.9.
5.2.1. Esprimendosi sulla fattispecie, la Corte cantonale ha tutelato l'agire dei committenti, rilevando in sostanza che l'interpretazione delle disposizioni che ha portato all'aggiudicazione corrispondeva a quella che - in buona fede - poteva essere fatta anche da chi si è visto attribuire la commessa; le argomentazioni di dettaglio sono state già riassunte nei precedenti considerandi 3.1 e 3.2, cui può essere rinviato.
Ora, prendendo posizione in merito, la ricorrente mostra certo di non condividerle. Da un esame del suo gravame, appare tuttavia evidente che essa si limita a leggere la situazione in un modo diverso, ciò che non basta. Per giurisprudenza, l' arbitrio non è infatti già dato quando un'altra soluzione sembra possibile, e nemmeno se essa fosse preferibile, ma solo quando la decisione querelata è manifestamente insostenibile, gravemente lesiva di una norma o di un principio giuridico indiscusso, rispettivamente in contraddizione urtante con il sentimento di giustizia ed equità (<ref-ruling> consid. 3.1 pag. 155; <ref-ruling> consid. 2.4 pag. 5; <ref-ruling> consid. 3.1 pag. 155).
5.2.2. D'alta parte, portata propria non assume in casu nemmeno la richiesta - formulata con riferimento all'<ref-law>, all'<ref-law> e all'<ref-law> - di un'interpretazione in buona fede, "nel rispetto del principio dell'affidamento".
Nel presente contesto, che è quello del ricorso sussidiario in materia costituzionale, per mezzo del quale è possibile fare valere soltanto la lesione di diritti costituzionali (<ref-law>), occorre in effetti rilevare che la critica del ricorrente si confonde in sostanza con quella dell'arbitrio, di cui si è appena detto.
5.2.3. Sia come sia, da una lettura delle motivazioni fornite dal Tribunale cantonale amministrativo, precedentemente riassunte, non emerge nessuna incongruenza evidente.
Al contrario. Procedendo ad un'interpretazione delle disposizioni di gara volta a stabilire come potessero essere comprese - oggettivamente e in buona fede - dai concorrenti alla gara, in conformità a quanto richiesto dalla giurisprudenza (sentenza 2C_1101/2012 del 24 gennaio 2013 consid. 2.4 con rinvii), i Giudici ticinesi hanno infatti svolto un ragionamento che appare del tutto plausibile, e ciò è sufficiente ad escludere ogni arbitrio.
6.
Per quanto precede, il ricorso è respinto. Le spese giudiziarie seguono la soccombenza (<ref-law>). La ricorrente verserà inoltre all'opponente 1 un'indennità di fr. 6'000.-- per ripetibili della sede federale (art. 68 cpv. 1 e 2 LTF); gli opponenti 2 e 3 non hanno invece diritto a ripetibili (<ref-law>; sentenze 2C_58/2018 del 29 giugno 2018 consid. 6; 2D_35/2017 del 5 aprile 2018 consid. 7; 2D_30/2017 del 29 novembre 2017 consid. 8 e 2D_42/2016 del 3 ottobre 2017 consid. 6).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1.
Il ricorso è respinto.
2.
Le spese giudiziarie di fr. 6'000.-- sono poste a carico della ricorrente.
3.
La ricorrente verserà all'opponente 1 un'indennità di fr. 6'000.-- a titolo di ripetibili per la sede federale.
4.
Comunicazione alle parti rispettivamente ai loro patrocinatori, al Dipartimento del territorio, Ufficio di vigilanza sulle commesse pubbliche, e al Tribunale amministrativo del Cantone Ticino.