Fatti:
A.
Il 28 aprile 2019 B._, nata nel 1963, dipendente come impiegata nella ditta individuale C._ di A._ e assicurata obbligatoriamente contro gli infortuni presso Cassa malati Agrisano SA (in seguito: l'Agrisano), ha perso l'equilibrio nel scendere le scale della propria abitazione ed è caduta sulla schiena. Sono state riscontrate contusioni alla nuca, al braccio e al gluteo destro. Il chiropratico D._ ha osservato la presenza di dolori al sacro, al bacino e alla colonna lombare, tensioni alla colonna toracica e gonalgie a destra. L'Agrisano ha assunto il caso e corrisposto prestazioni. L'Agrisano con lettera del 28 novembre 2019 ha comunicato a B._ la sospensione delle prestazioni dal 23 giugno 2019. Con lettera separata del medesimo giorno l'Agrisano ha informato A._ della sospensione.
Con lettere raccomandate separate del 5 dicembre 2019 indirizzate all'Agrisano di pressoché uguale tenore e grafica B._ e A._ hanno chiesto l'emissione di una decisione formale. Il 12 febbraio 2020 l'Agrisano ha emesso la "disposizione" (recte: decisione), comunicandola fra l'altro a B._ e nel suo dispositivo ad A._. L'Agrisano ha posto termine al proprio obbligo a prestazioni dal 13 giugno 2019, trascorsi otto settimane dall'evento infortunistico, momento in cui B._ è stata reputata di aver ritrovato lo status quo ante. Con lettera del medesimo giorno l'Agrisano ha informato A._ della decisione con cui è stata interrotta l'erogazione di prestazioni in favore di B._ dal 24 giugno 2019.
Il 4 marzo 2020 Helsana Assicurazioni SA e il 10 marzo 2020 B._, patrocinata dall'avv. Paolo Luisoni, hanno presentato opposizione. A._ non ha inoltrato opposizione. L'Agrisano ha emanato la decisione su opposizione il 1° aprile 2021, comunicandola alle opponenti Helsana Assicurazioni SA e B._ e nel suo dispositivo ad A._.
B.
Adito su ricorso da A._, il Tribunale delle assicurazioni del Cantone Ticino, ammettendo la sua facoltà di ricorso, ne ha accolto il ricorso, ha annullato la decisione su opposizione e ha rinviato gli atti all'Agrisano per nuova decisione.
C.
L'Agrisano presenta un ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale, chiedendo, previo conferimento dell'effetto sospensivo, l'annullamento del giudizio cantonale.
Chiamati ad esprimersi A._ ha postulato l'inammissibilità del ricorso, subordinatamente la sua reiezione, e la non concessione dell'effetto sospensivo, mentre la Corte cantonale ha rinunciato a presentare osservazioni.

Diritto:
1.
1.1. La sentenza impugnata non pone fine al procedimento siccome ha rinviato la causa all'assicuratore per eseguire nuovi accertamenti. Quando da una decisione incidentale l'autorità amministrativa potrebbe essere obbligata a emettere un nuovo provvedimento ritenuto da lei contrario al diritto, può essere ammesso un danno irreparabile secondo l'<ref-law> se la decisione incidentale dell'autorità di ricorso contiene aspetti vincolanti materiali (<ref-ruling> consid. 1.2; <ref-ruling> consid. 1.3.1). Tale eventualità è proprio realizzata nella fattispecie, poiché l'assicuratore ritiene lesivo del diritto federale il riconoscimento della facoltà di ricorso in sede cantonale dell'opponente.
1.2. Il ricorso in materia di diritto pubblico può essere presentato per violazione del diritto, conformemente a quanto stabilito dagli art. 95 e 96 LTF. Per quanto attiene invece all'accertamento dei fatti operato dal giudice precedente, esso può essere censurato unicamente se è avvenuto in modo manifestamente inesatto oppure in violazione del diritto ai sensi dell'<ref-law> e se l'eliminazione del vizio può essere determinante per l'esito del procedimento (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 1.6). Benché alla base vi sia una controversia in materia di LAINF, quando il ricorso verte unicamente su questioni procedurali, ossia non direttamente sull'assegnazione o il rifiuto di prestazioni pecuniarie, il libero esame dei fatti di cui agli art. 97 cpv. 2 e 105 cpv. 3 LTF è escluso (sentenze 8C_77/2020 del 17 marzo 2020 consid. 2.2 e 8C_199/2019 del 7 novembre 2019 consid. 3.3 e 3.4).
1.3. È opportuno ricordare altresì che il Tribunale federale esamina d'ufficio i presupposti processuali applicabili alla procedura di ricorso cantonale, in particolare anche la questione se il tribunale superiore cantonale è entrato a ragione nel merito del ricorso. Un giudizio di primo grado va annullato se emerge che vi era carenza di un presupposto processuale (<ref-ruling> consid. 1.2; sentenza 8C_433/2018 del 14 agosto 2018 consid. 4.1).
2.
Oggetto del contendere è proprio sapere se la sentenza cantonale che ha annullato la decisione su opposizione, riconoscendo la facoltà di ricorso dell'opponente, sia lesiva del diritto federale.
3.
3.1. Il Tribunale cantonale delle assicurazioni, richiamato l'<ref-law>, ha ricordato innanzitutto che la giurisprudenza federale riconosce al datore di lavoro un interesse degno di protezione a ricorrere contro una decisione che nega il riconoscimento delle indennità giornaliere LAINF dato che egli si trova in un rapporto particolare con l'oggetto litigioso, segnatamente per il fatto che in assenza di prestazioni deve versare il salario. La circostanza di non aver presentato opposizione non è stata ritenuta dalla Corte cantonale come preclusiva per la presentazione successiva del ricorso cantonale. Gli <ref-law> e 59 LPGA non esigono necessariamente una partecipazione del terzo o di un destinatario non principale alla procedura amministrativa.
3.2. La ricorrente non contesta la legittimazione materiale dell'opponente in sede cantonale, ma rimprovera al Tribunale cantonale delle assicurazioni che diversamente da un terzo, l'opponente ha partecipato alla procedura amministrativa, rinunciando a presentare opposizione. Considera una violazione dell'<ref-law>. L'opponente, dopo avere chiesto l'emissione di una decisione formale il 5 dicembre 2019, non ha però presentato alcuna opposizione. La ricorrente ritiene che per chi ha partecipato alla procedura amministrativa, la mancata presentazione dell'opposizione comporterebbe la preclusione nel seguito della procedura. L'opponente avrebbe anche leso il principio della buona fede non opponendosi e non intervenendo nella procedura di opposizione. La ricorrente mette in luce anche una violazione del principio della parità di trattamento, poiché chi inoltra l'opposizione con un solo giorno di ritardo si vedrebbe dichiarare il proprio rimedio inammissibile, mentre chi rimane del tutto silente avrebbe riconosciuto a posteriori un diritto di ricorso.
3.3. L'opponente ricorda la lettera del 5 dicembre 2019 e ritiene che tale scritto sia a tutti gli effetti un'opposizione. A suo dire le opposizioni sarebbero tre e non due. Egli ritiene che la Corte cantonale abbia applicato correttamente l'<ref-law> e la prassi del Tribunale federale. In sostanza l'opponente pretende che l'assicuratore ricorrente tenta di mettere in evidenza la forma, per sottacere le carenze svolte nel merito.
4.
4.1. A norma dell'<ref-law> le decisioni possono essere impugnate entro trenta giorni facendo opposizione presso il servizio che le ha notificate; fanno eccezione le decisioni processuali e pregiudiziali. Secondo l'<ref-law> le decisioni su opposizione e quelle contro cui un'opposizione è esclusa possono essere impugnate mediante ricorso. Per l'<ref-law> ogni Cantone istituisce un tribunale delle assicurazioni per giudicare come istanza unica i ricorsi in materia di assicurazioni sociali. L'opposizione nella LPGA è stata concepita come un rimedio giuridico vero e proprio e ha la finalità di dare ancora una volta la possibilità all'autorità decidente di riesaminare il proprio provvedimento, statuire sui punti contestati prima che sia adita un'autorità giudiziaria e in un certo senso contribuire allo sgravio dei tribunali (<ref-ruling> consid. 4.2.2; sentenza 8C_121/2009 del 26 giugno 2009 consid. 3.5, pubblicata in SVR 2009 UV n. 60; UELI KIESER, ATSG-Kommentar, 2020, n. 11 ad <ref-law>; VALÉRIE DEFAGO GAUDIN, Commentaire romand, Loi sur la partie générale des assurances sociales, 2018, n. 2 e 4 ad <ref-law>). Una decisione contro cui non è presentata opposizione acquisisce cosa di forza giudicata formale (KIESER, n. 39 ad <ref-law>; SUSANNE GENNER, Basler Kommentar, Allgemeiner Teil des Sozialversicherungsrechts, 2020, n. 39 ad <ref-law>; cfr. anche sentenza 8C_910/2008 del 30 gennaio 2009 consid. 2, pubblicata in SVR 2009 n. 26).
4.2. Quando una persona è parte in un procedimento deve farsi parte attiva, soprattutto se desidera mantenere aperta la possibilità di deferire la causa fino all'ultimo grado giudizio. Se una parte rinuncia a partecipare alla procedura, perde il suo interesse ad agire (<ref-ruling> consid. 3.2.1; sentenze 1C_33/2017 del 23 giugno 2017 consid. 3.2; 2C_964/2012 del 10 giugno 2013 consid. 3.3; 1C_41/2013 del 24 aprile 2013 consid. 2.3; cfr. anche sentenza S 05 26 del Tribunale amministrativo del Cantone dei Grigioni del 14 giugno 2005 consid. 4c; SUSANNE BOLLINGER, Basler Kommentar, Allgemeiner Teil des Sozialversicherungsrechts, 2020, n. 8 ad <ref-law>). Tale precetto deriva anche dal principio della buona fede (si veda sul concetto: <ref-ruling> consid. 4.1.5 con riferimenti). Un'eccezione a questo principio è data quando l'interessato senza colpa non ha avuto la possibilità di partecipare alla procedura dinanzi all'autorità precedente (<ref-ruling> consid. 3.2.1; sentenza 1C_442/2007 del 21 aprile 2008 consid. 2.3).
4.3. Invano l'opponente sostiene che la sua lettera del 5 dicembre 2019 sia da trattare come un'opposizione. Tale scritto non solo è cronologicamente anteriore all'emissione della decisione formale del 12 febbraio 2020, ma chiede esplicitamente l'emanazione di una decisione, che si sarebbe dovuta adottare in seguito. È stato tra l'altro proprio l'opponente a provocare la procedura decisionale, postulando l'emanazione del provvedimento amministrativo, per poi non impugnarlo, ma tentando solo successivamente di contestare in sede giudiziaria la decisione resa su opposizione dal rimedio presentato da B._. Sotto questo profilo il ricorso potrebbe sembrare fondato. Tuttavia, la ricorrente non tiene conto delle specificità della procedura in materia di assicurazioni sociali.
5.
5.1. A norma dell'<ref-law> ha diritto di ricorrere chiunque è toccato dalla decisione o dalla decisione su opposizione e dispone di un interesse degno di protezione al suo annullamento o alla sua modificazione. La legittimazione dell'<ref-law> vale anche per l'opposizione (<ref-ruling> consid. 3.2). La circostanza che l'<ref-law> differisca dall'<ref-law> (e dall'<ref-law>), segnatamente non menzionando l'obbligo di aver partecipato al procedimento dinanzi all'autorità inferiore (lett. a), ossia nel caso concreto alla procedura di opposizione, non è priva di portata pratica.
5.2. Per prassi invalsa il destinatario principale di una decisione su opposizione può ricorrere al tribunale delle assicurazioni anche se non ha presentato opposizione alla decisione iniziale e non abbia partecipato alla procedura di opposizione, purché la decisione non sia passata in giudicato (<ref-ruling> consid. 2a; sentenza U 41/97 del 28 novembre 1997 consid. 3, pubblicato in SVR 1998 UV n. 12 e RAMA 1998 U 293 pag. 225; JEAN MÉTRAL, Commentaire romand, Loi sur la partie générale des assurances sociales, 2018, n. 8 ad <ref-law>; KIESER, n. 12 ad <ref-law>). Il Tribunale federale (delle assicurazioni), richiamando il vecchio <ref-law>, ha osservato che l'assicurato non aveva motivo per impugnare lui stesso un provvedimento o una sentenza cantonale dal momento che già un assicuratore vi aveva provveduto, tenuto conto della stretta condivisione di interesse tra assicuratore contro gli infortuni e assicuratore malattia (<ref-ruling> consid. 2b). Si può quindi affermare che la giurisprudenza sull'interesse ad agire ( formelle Beschwer) in materia di assicurazioni sociali differisce con i principi generali secondo cui c'è un effetto preclusivo se non si fanno valere subito le proprie pretese nelle dovute forme e nei termini (consid. 4.2). La finalità di questa prassi è tesa a considerare prioritaria e superiore la corretta applicazione del diritto federale delle assicurazioni sociali (ULRICH MEYER, Die Teilnahme am vorinstanzlichen Verfahren als Voraussetzung der Rechtsmittellegitimation, in: Sozialversicherungsrechtstagung 2004, pag. 34).
5.3. Nella fattispecie, la decisione amministrativa del 12 febbraio 2020 non è effettivamente passata in giudicato, poiché sia Helsana Assicurazioni SA sia B._ hanno presentato valida opposizione. L'opponente, il quale non ha mai espresso esplicitamente di rinunciare alla procedura (con una dichiarazione in tal senso o ritirando un proprio rimedio), poteva pertanto insorgere al Tribunale cantonale delle assicurazioni contro la decisione su opposizione. La legittimazione materiale dell'opponente non è peraltro messa in discussione dalla ricorrente (cfr. al riguardo <ref-ruling>).
5.4. Un cambiamento di giurisprudenza può essere di solito giustificato solo se la nuova soluzione corrisponde a una migliore conoscenza della ratio legis, a mutate circostanze esterne o a un'evoluzione delle opinioni giuridiche, altrimenti la giurisprudenza precedente deve essere mantenuta. Un cambiamento di giurisprudenza deve quindi basarsi su serie ragioni oggettive, che devono essere tanto più importanti - soprattutto nell'interesse della certezza del diritto - quanto più lunga è stata tale applicazione del diritto considerata errata o non più al passo con i tempi (<ref-ruling> consid. 8.2; <ref-ruling> consid. 2.4; <ref-ruling> consid. 5.3.1). Non sussistono motivi per cui la giurisprudenza di cui alla <ref-ruling> non possa essere mantenuta anche con l'entrata della LPGA dal momento che, come si è già visto (consid. 5.1), l'<ref-law> non prescrive la partecipazione alla procedura inferiore. La ricorrente per sostenere le proprie tesi si richiama ai principi di procedura e alla parità di trattamento. Anche quest'ultima invero non si trova lesa: infatti in assenza di ogni impugnazione, la parte che non presenta opposizione vede passare in giudicato il provvedimento amministrativo. Il rischio processuale è il medesimo e non è nella sua possibilità o volontà di disposizione. Non si realizzano quindi gli estremi per procedere a un cambio di giurisprudenza.
6.
6.1. Ne discende che il ricorso deve essere respinto. Le spese seguono la soccombenza (<ref-law>). La ricorrente verserà una congrua indennità per ripetibili all'opponente, che è patrocinato (<ref-law>).
6.2. Con l'emanazione della presente sentenza la richiesta di effetto sospensivo perde di interesse giuridico.

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1.
Il ricorso è respinto.
2.
Le spese giudiziarie di fr. 800.- sono poste a carico della ricorrente.
3.
La ricorrente verserà all'opponente la somma di fr. 2800.- a titolo di ripetibili per la procedura innanzi al Tribunale federale.
4.
Comunicazione alle parti, al Tribunale delle assicurazioni del Cantone Ticino e all'Ufficio federale della sanità pubblica, nonché per informazione a B._.