Faits :
A.
Depuis le 1er avril 1995, l'appartement de quatre pièces d'une surface d'environ 91 m2 situé au 2ème étage de l'immeuble sis ***, chemin *** à *** a été mis en location. Cet immeuble, appartenant alors à feu C._ et aujourd'hui propriété de B._, a fait l'objet entre 1993 et 1995 de travaux de rénovation et de transformation et a bénéficié, dans ce but, d'aides cantonales à la construction et à la rénovation de logements.
Le 1er novembre 1997, A._ a pris à bail ledit appartement. Le bail prévoyait, à charge de la locataire, un loyer mensuel net de 836 fr. Le loyer brut fondé sur les règles cantonales en matière de logement (loi vaudoise sur le logement du 9 septembre 1975 [LL; RSV 840.11]; règlement d'application de la loi sur le logement du 17 janvier 2007 [RLL; RSV 840.11.1]) était fixé à 2'006 fr.; venaient en déduction une aide cantonale (687 fr.), un effort du propriétaire (119 fr.) ainsi que deux aides de la Confédération (182 fr. + 182 fr.), soit un total de 1'170 fr. Une annexe au contrat de bail réservait, sans autre précision, des augmentations de loyer résultant de la dégressivité de l'aide: un plan de hausse des loyers n'a pas été communiqué, mais la locataire a été avertie que des hausses ponctuelles interviendraient à partir de la quatrième année à compter de la date de la première mise en location des logements. L'aide des pouvoirs publics a ainsi été dégressive au fil des années et a pris entièrement fin à partir de l'année 2010.
Le 9 novembre 2010, le Service cantonal chargé de l'application de la législation vaudoise sur le logement a établi le décompte annuel pour déterminer le revenu locatif admissible de l'immeuble pour la période du 1er janvier au 31 décembre 2011. Cet état locatif était de 425'203 fr., ce qui conduisait - pour l'appartement de A._ - à faire passer le loyer mensuel net, fixé jusqu'alors pour l'année 2010 à 1'518 fr., à 1'560 fr., charges non comprises, dès le 1er janvier 2011. La locataire a contesté en vain cette décision auprès du Département cantonal compétent et son recours contre cette dernière décision a été rejeté par arrêt du 22 mars 2013 de la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal du canton de Vaud (ci-après: le Tribunal cantonal ou la cour cantonale). En substance, les juges cantonaux ont considéré que l'autorité administrative n'avait pas à procéder à un calcul de rendement selon les art. 269 et 270a CO, le droit fédéral imposant uniquement que les augmentations de loyer des logements subventionnés soient soumises à un contrôle judiciaire, ce qui était le cas en l'occurrence.
Par arrêt du 25 septembre 2014 (cause 1C_500/2013), le Tribunal fédéral a admis partiellement le recours de la locataire contre l'arrêt du 22 mars 2013 et a renvoyé la cause à la cour cantonale pour nouvelle décision: il a principalement été constaté que la locataire n'avait pas disposé des éléments nécessaires pour lui permettre de faire contrôler pour la durée de l'aide des pouvoirs publics la conformité des loyers avec l'<ref-law> (consid. 3.2.3); il appartenait ainsi à la cour cantonale - ou à l'autorité de première instance, par le biais d'un renvoi - de vérifier si, compte tenu des efforts consentis par la propriétaire et les pouvoirs publics et des autres circonstances pertinentes, le loyer prévu pendant la période de contrôle violait le droit fédéral (consid. 3.3).
B.
Le 9 octobre 2015, le Service cantonal chargé de l'application de la législation vaudoise sur le logement - à qui la cause a été renvoyée par la cour cantonale - a rendu une nouvelle décision confirmant celle du 9 novembre 2010 et fixant à 1'560 fr. par mois, dès le 1er janvier 2011, charges non comprises, le loyer net de l'appartement loué à A._. Cette décision se fondait sur un calcul de rendement de l'immeuble pour la période allant du 1er avril 1995 au 31 décembre 2014.
Le recours interjeté contre cette décision par A._ a été rejeté par le Département des institutions et de la sécurité du canton de Vaud, le 20 juillet 2016, puis par la cour cantonale dans un arrêt rendu le 6 août 2018.
C.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public, A._ demande principalement au Tribunal fédéral de réformer l'arrêt du 6 août 2018 en ce sens que la hausse de loyer qui lui a été notifiée le 17 novembre 2010 pour entrer en vigueur le 1er janvier 2011 est refusée, le loyer mensuel net demeurant fixé à un montant non supérieur à 1'518 fr.; elle conclut aussi à la réforme, sous suite de frais et dépens, de la décision départementale du 20 juillet 2016. Subsidiairement, elle demande l'annulation tant de l'arrêt cantonal que de la décision du Département.
Le Tribunal cantonal se réfère à son arrêt et le Département des institutions et de la sécurité conclut au rejet du recours. Le Service des communes et du logement renonce à se déterminer. A._ s'est déterminée par rapport à ces observations.

Considérant en droit :
1.
Dirigé contre une décision finale (<ref-law>) prise en dernière instance cantonale (art. 86 al. 1 let. d LTF) dans le domaine du droit public de l'aide au logement (<ref-law>), le recours est en principe recevable comme recours en matière de droit public selon les <ref-law>, aucune des exceptions prévues à l'<ref-law> n'étant réalisée.
La recourante a pris part à la procédure de recours devant le Tribunal cantonal (<ref-law>). En tant que locataire, elle est particulièrement touchée par l'arrêt attaqué confirmant l'augmentation de son loyer. Elle peut ainsi se prévaloir d'un intérêt personnel et digne de protection à l'annulation de l'arrêt attaqué. Elle a dès lors qualité pour agir au sens de l'<ref-law>.
Dans la mesure où la recourante demande l'annulation de la décision du 20 juillet 2016, sa conclusion est irrecevable en raison de l'effet dévolutif complet du recours auprès du Tribunal cantonal (<ref-ruling> consid. 1.2 p. 543).
Pour le reste, les autres conditions de recevabilité sont réunies, si bien qu'il y a lieu d'entrer en matière sur le fond.
2.
La recourante conteste la hausse de loyer qui lui a été notifiée par l'autorité administrative et fixant son loyer net à 1'560 fr. par mois, avec effet au 1er janvier 2011. Se fondant sur les données fournies par l'autorité administrative après le renvoi de la cause par le Tribunal fédéral, elle constate que le rendement pour la période allant de 1995 à 2010 a été de 4.74 %, alors qu'un rendement conforme à l'<ref-law> aurait légitimé un rendement de 4.43 %; dans la mesure où le rendement pour cette période était déjà excessif, l'Etat ne pouvait pas autoriser une augmentation de loyer à compter du 1er janvier 2011. Elle y voit une violation de l'<ref-law> et du principe de la primauté du droit fédéral (art. 49 Cst.) qui doit conduire - compte tenu de l'impossibilité d'augmenter le loyer - à le maintenir au niveau fixé pour l'année 2010, soit 1'518 fr. par mois.
La question à trancher est donc celle de savoir si la jurisprudence qui a fixé, pour les loyers libres, le rendement admissible à 0,5 % de plus que le taux hypothécaire de référence doit être transposée aux loyers des logements soumis à la LL et au RLL. En d'autres termes, il y a lieu d'examiner si les contraintes particulières que supportent les propriétaires de logements bénéficiant de l'aide financière des pouvoirs publics au sens de la LL et du RLL justifient une adaptation du taux de rendement admissible ou si l'<ref-law> prohibe tout loyer permettant d'obtenir un rendement net de plus de 0,5 % supérieur au taux hypothécaire de référence, quel que soit le contexte juridique et factuel dans lequel ce loyer est fixé.
2.1. Selon l'art. 49 al. 1 Cst., le droit fédéral prime le droit cantonal qui lui est contraire. Ce principe constitutionnel de la primauté du droit fédéral fait obstacle à l'application de règles cantonales qui éludent des prescriptions de droit fédéral ou qui en contredisent le sens ou l'esprit, notamment par leur but ou par les moyens qu'elles mettent en oeuvre, ou qui empiètent sur des matières que le législateur fédéral a réglementées de façon exhaustive (<ref-ruling> consid. 3.4 p. 174).
2.2. A teneur de l'<ref-law>, les loyers sont abusifs lorsqu'ils permettent au bailleur d'obtenir un rendement excessif de la chose louée ou lorsqu'ils résultent d'un prix d'achat exagéré.
La jurisprudence a posé le principe selon lequel l'<ref-law> définissant le loyer abusif vaut aussi pour les appartements en faveur desquels des mesures d'encouragement ont été prises par les pouvoirs publics et dont le loyer est soumis au contrôle d'une autorité, à tout le moins pour ceux qui le sont en vertu du droit cantonal (<ref-ruling> consid. 1.1 p. 572).
Le Tribunal fédéral a précisé que, dans une telle situation, l'examen de conformité du loyer à l'<ref-law> uniquement à un moment déterminé du bail ferait l'impasse sur les efforts consentis dans la durée par les pouvoirs publics et - cas échéant - par le propriétaire (arrêt 1C_500/2013 du 25 septembre 2014 consid. 3.2 in SJ 2015 I 205). Il convient dès lors de procéder - en l'absence d'un plan de hausse de loyers signifié à l'entrée dans les locaux - à une vérification des loyers subventionnés pendant toute la période de contrôle en tenant compte, avec discernement, des éléments pertinents survenus pendant toute la période d'aide des pouvoirs publics (arrêt précité, consid. 3.2.2). Cela conduit à vérifier si, dans le cas particulier, compte tenu des efforts consentis par le propriétaire et les pouvoirs publics et des autres circonstances pertinentes, le loyer prévu pendant la période de contrôle viole le droit fédéral (arrêt précité, consid. 3.3).
Commentant cette jurisprudence, la doctrine a relevé que les critères servant à déterminer si un loyer est abusif dans le système des loyers libres ne peuvent pas être purement et simplement transposés aux loyers des logements contrôlés par l'Etat. Il ne faut pas tenir compte exclusivement des principes jurisprudentiels retenus par le Tribunal fédéral pour les logements en loyer libre, en particulier les fonds propres investis par le bailleur rentés à 0,5% en sus du taux hypothécaire déterminant. Il convient bien plus de prendre en compte les efforts consentis dans la durée par les pouvoirs publics et les propriétaires (Bellanger/Défago Gaudin, Les loyers contrôlés par l'Etat peuvent-il être abusifs?, in: SJ 2015 I 217; Valérie Défago Gaudin, Commentaire de l'arrêt 1C_500/2013, in: Droit du bail 2015 p. 31; DAVID LACHAT, Rendement des immeubles subventionnés: un arrêt qui agite la Genève immobilière, in: Regards de Marathoniens sur le droit suisse, Mélanges publiés à l'occasion du 20ème "Marathon du droit", Genève 2015, p. 165 s.). Si ces auteurs saluent la jurisprudence qui établit désormais clairement que les loyers contrôlés des immeubles subventionnés doivent être fondés sur les coûts - par opposition par exemple aux loyers du quartier (<ref-law>) -, ils mettent en exergue les efforts que doivent consentir les propriétaires lorsque les logements sont construits ou rénovés avec l'aide de fonds publics: les coûts de construction sont soumis à l'Etat, lequel s'efforce de les réduire autant que possible; les propriétaires se voient imposer le respect de normes spécifiques de construction et les surfaces des logements sont réglementées au-delà des principes découlant du droit ordinaire de la construction; le contrôle des loyers s'étend sur une période de dix à vingt-cinq ans, voire de manière pérenne, ce qui conduit pendant cette période à une adaptation systématique - à la hausse comme à la baisse - de tous les loyers d'un immeuble; dans les logements sociaux, le bailleur est limité - en fonction de critères fixés par l'Etat - dans le choix de ses locataires, ce qui est susceptible d'augmenter le risque de défaillance dans le paiement des loyers (Bellanger/Défago Gaudin, op. cit., p. 217 s.; Lachat, op. cit., p. 167-169).
2.3. En l'espèce, l'objet du litige porte sur la seule hausse de loyer signifiée le 9 novembre 2010 et fixant le loyer mensuel à 1'560 fr. dès le 1er janvier 2011. En l'absence d'un plan de hausse de loyers signifié à l'entrée dans les locaux, l'examen de la conformité du loyer contrôlé à l'<ref-law> se fait sur toute la période de contrôle des pouvoirs publics. Il n'est pas contesté que le rendement théorique moyen du loyer pour les années 1995 à 2010 s'élève à un taux de 4.74 %, alors que le taux hypothécaire moyen de référence se monte à 3.93 % pour la même période. Ce rendement présente donc une différence de 0.31 % par rapport au seuil maximal de 4.43 % admissible selon la jurisprudence relative à l'<ref-law> (3.93 % + 0.5 %). Il reste cependant inférieur à la limite de 4.93 % autorisée en application de l'art. 21 al. 2 let. a RLL (lequel prévoit que l'intérêt servi aux fonds propres ne peut excéder le taux hypothécaire de référence majoré de 1 %; soit en l'espèce, 3.93 % + 1 %).
Pour déterminer si ce rendement supérieur à la limite issue de la jurisprudence relative à l'<ref-law> (+ 0.31 %) est excessif au regard de l'ensemble des circonstances, il y a lieu de prendre en compte les spécificités qui distinguent le marché immobilier subventionné du marché libre. La cour cantonale a énuméré plusieurs contraintes que doit supporter le propriétaire d'un immeuble bénéficiant des aides publiques prévues par la LL et le RLL: ainsi, le propriétaire ne peut pas décider seul ni de la valeur de l'immeuble ni de la structure de financement qui seront prises en compte pour la détermination des loyers et qui devront être admises par l'Etat; l'affectation de l'immeuble et la typologie des logements offerts à la location ne sont pas laissées au bon vouloir du propriétaire (art. 12 al. 2 LL et art. 15 et 16 RLL); une interdiction de revente de l'immeuble sans l'assentiment préalable de l'Etat vaut pour toute la période de contrôle et cette autorisation ne sera accordée que si le tiers acquéreur accepte de reprendre les obligations du précédent propriétaire (art. 20 LL); l'Etat fixe les prescriptions techniques pour la construction et la rénovation de l'immeuble (art. 13 RLL); l'Etat peut imposer en tout temps des travaux de réfection qu'il estime nécessaires (art. 18 RLL); le système de contrôle des loyers par l'Etat implique - contrairement au loyer libre - que les variations des conditions économiques, en particulier le taux hypothécaire, sont systématiquement répercutées sur les loyers; toute hausse de loyer fondée sur les prix du marché est exclue; une indexation des fonds propres investis à l'évolution de l'indice suisse des prix à la consommation n'est pas admise; le propriétaire perçoit des loyers abaissés en cours d'année et ne reçoit le montant des aides étatiques qu'en fin d'exercice, ce versement ne comprenant pas d'intérêts.
Pour tenir compte de ces différentes contraintes pratiques, juridiques et économiques, le Service cantonal chargé de l'application de la législation vaudoise sur le logement pouvait accepter un léger dépassement du taux admis de 0.5 % par rapport au taux hypothécaire de référence déterminant le rendement maximal des fonds propres fixé par la jurisprudence relative à l'<ref-law> pour le marché libre. C'est donc à bon droit que le Tribunal cantonal a jugé qu'un dépassement de 0.31 % du rendement fixé par la jurisprudence relative à l'<ref-law>, n'était pas excessif, au regard de l'ensemble des circonstances, en particulier des efforts imposés par le droit public aux propriétaires pendant la période de contrôle. Cela est encore renforcé par le fait que l'<ref-law> ne fixe pas lui-même de limite chiffrée au taux de rendement admissible. A cet égard, il ne faut pas perdre de vue que la réglementation de droit privé a pour but de protéger le locataire du poids que constituerait pour lui un loyer abusif (cf. <ref-law>). Or, la cour cantonale a constaté souverainement dans le cas d'espèce que la recourante ainsi que le locataire qui l'a précédée ont versé, pour la période du 1er avril 1995 au 31 décembre 2010, un loyer cumulé de 180'613 fr., lequel est bien inférieur aux seuls coûts de revient de l'appartement (244'932 fr.) pour la même période.
Au demeurant, quoi qu'en dise la recourante, le fait que le calcul de rendement théorique moyen du loyer pour les années 1995 à 2010 a été effectué avec tous les correctifs permis (rectification à la hausse des fonds propres, indexation des fonds propres, ajout de nouveaux fonds propres correspondant au remboursement de la dette hypothécaire et indexation de ces sommes, intérêts intercalaires) ne modifie pas le constat selon lequel les propriétaires de logements subventionnés sont soumis à un cadre légal plus strict et plus contraignant que ceux du marché libre.
Dans ces conditions, la cour cantonale n'a pas violé le droit fédéral et n'a, en particulier, pas porté atteinte au principe de la primauté du droit fédéral, en confirmant la hausse de loyer litigieuse.
3.
Il s'ensuit que le recours est rejeté, aux frais de la recourante qui succombe (<ref-law>). Il n'est pas alloué de dépens (art. 68 al. 1 et 3 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 3'000 francs, sont mis à la charge de la recourante.
3.
Le présent arrêt est communiqué au mandataire de la recourante, à l'intimé, au Service des communes et du logement du canton de Vaud, au Département des Institutions et de la Sécurité et à la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal du canton de Vaud.
Lausanne, le 7 novembre 2019
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Chaix
La Greffière : Tornay Schaller