Sachverhalt:
A.
X._ befindet sich in der Justizvollzugsanstalt Thorberg. Am 20. November 2017 trat er zusammen mit anderen Mitinsassen in einen Streik.
B.
Die Anstaltsleitung erliess am 21. November 2017 eine Disziplinarverfügung. Sie sanktionierte X._ wegen Arbeitsverweigerung mit sieben Tagen Einschliessung und dem Entzug sämtlicher elektronischer Geräte bis auf Weiteres, wobei frühestens nach Ablauf eines Monats um die Miete eines Geräts ersucht werden könne. Die Eröffnung der Verfügung erfolgte gleichentags.
Gegen die Verfügung der Anstaltsleitung reichte X._ am 18. Dezember 2017 bei der Polizei- und Militärdirektion des Kantons Bern Beschwerde ein. Die Polizei- und Militärdirektion trat am 10. Januar 2018 auf die Beschwerde nicht ein. Die dagegen von X._ erhobene Beschwerde wies das Obergericht des Kantons Bern am 15. Juni 2018 ab.
C.
X._ führt Beschwerde in Strafsachen. Er beantragt, der Entscheid des Obergerichts sei aufzuheben und dieses sei anzuweisen, das Verfahren in der Sache aufzunehmen. Zudem ersucht X._ um unentgeltliche Rechtspflege.

Erwägungen:
1.
1.1. Die Disziplinarverfügung vom 21. November 2017 wurde dem Beschwerdeführer gleichentags eröffnet, wobei einer dagegen gerichteten Beschwerde keine aufschiebende Wirkung erteilt wurde. Die Sanktionen (Einschliessung während sieben Tagen und Entzug sämtlicher elektronischer Geräte bis auf Weiteres) wurden im Anschluss vollzogen.
1.2. Zur Beschwerde in Strafsachen ist nach <ref-law> berechtigt, wer vor der Vorinstanz am Verfahren teilgenommen hat oder keine Möglichkeit zur Teilnahme erhalten hat (lit. a) und ein rechtlich geschütztes Interesse an der Aufhebung oder Änderung des angefochtenen Entscheids hat (lit. b). Der Beschwerdeführer muss ein aktuelles und praktisches Interesse an der Behandlung der Beschwerde haben (<ref-ruling> E. 1.3.1 S. 77 mit Hinweis; Urteil 1B_61/2017 vom 29. März 2017 E. 1.2, nicht publ. in <ref-ruling>). Nach der bundesgerichtlichen Praxis wird auf das aktuelle praktische Rechtsschutzinteresse verzichtet, wenn sich die mit der Beschwerde aufgeworfene Frage jederzeit und unter gleichen oder ähnlichen Umständen wieder stellen könnte, an ihrer Beantwortung wegen ihrer grundsätzlichen Bedeutung ein hinreichendes öffentliches Interesse besteht und eine rechtzeitige Überprüfung im Einzelfall kaum je möglich wäre (<ref-ruling> E. 1.3.1 S. 143; Urteil 1B_419/2015 vom 21. Dezember 2015 E. 1, nicht publ. in <ref-ruling>; je mit Hinweisen). Dies gilt namentlich bei sofort vollzogenen Disziplinarmassnahmen (Urteil 1P.4/2004 vom 4. August 2004 E. 1.2 mit Hinweis). Auf die Beschwerde des Beschwerdeführers ist deshalb einzutreten.
2.
Die von der Leitung der Justizvollzugsanstalt am 21. November 2017 erlassene und gleichentags eröffnete Disziplinarverfügung enthält eine Rechtsmittelbelehrung, wonach der Entscheid innert drei Tagen mit Beschwerde bei der Polizei- und Militärdirektion des Kantons Bern (POM) angefochten werden kann. Der Beschwerdeführer liess die Frist unbenutzt verstreichen und übergab seine gegen die Disziplinarverfügung gerichtete Beschwerde am 18. Dezember 2017 (innert 27 Tagen) der Post, was die POM und die Vorinstanz als verspätet qualifizieren.
2.1. Der Beschwerdeführer rügt, die in Art. 80 Abs. 2 des Gesetzes des Kantons Bern vom 25. Juni 2003 über den Straf- und Massnahmenvollzug (SMVG; BSG 341.1) vorgesehene Frist von drei Tagen zur Anfechtung disziplinarischer Sanktionen stehe im Widerspruch zu Art. 5 Abs. 3, Art. 9, Art. 29 und Art. 32 BV sowie Art. 6 EMRK. Obwohl er (nach Aushändigung der Disziplinarverfügung) Papier verlangt habe, sei er auf das Ende des Einschlusses vertröstet worden. Eine solch kurze Frist sei nicht fair und darauf angelegt, eine wirksame Verteidigung zu unterbinden und den Anstaltsleitungen "das Leben zu erleichtern". Sie verletze die allgemeinen Verfahrensgarantien, insbesondere die Möglichkeit, einen Anwalt zu bestellen und allfällig auch die unentgeltliche Rechtspflege zu beantragen. Nachdem die Disziplinierung pönalen Charakter habe, müsse die beschuldigte Person nach Art. 32 Abs. 3 (gemeint: Abs. 2) BV die Möglichkeit haben, die ihr zustehenden Verteidigungsrechte geltend zu machen. Mit Blick auf die komplexe Materie des Streikrechts im Strafvollzug sei er nicht selbst in der Lage, die rechtlichen Fragen aufzuarbeiten (Beschwerde S. 8 ff.).
2.2. Die Vorinstanz verweist auf Art. 80 Abs. 2 SMVG. Danach können die Betroffenen gegen Verfügungen der zuständigen Stelle der POM und der Leitung der Vollzugsinstitution in persönlichen vollzugsrechtlichen Angelegenheiten innert 30 Tagen nach Eröffnung und gegen disziplinarische Sanktionen innert drei Tagen bei der POM Beschwerde führen.
Die Vorinstanz erwägt, der klare Wortlaut von Art. 80 Abs. 2 SMVG unterscheide zwischen "persönlichen vollzugsrechtlichen Angelegenheiten" und "disziplinarischen Sanktionen". Letztere würden in <ref-law>, Art. 75 ff. SMVG und Art. 123 ff. der Verordnung des Kantons Bern vom 5. Mai 2004 über den Straf- und Massnahmenvollzug (SMVV; BSG 341.11) aufgeführt. Gemäss Art. 75 Abs. 2 lit. b SMVG gälten die Störung des Arbeitsbetriebs und die Arbeitsverweigerung als Disziplinarvergehen. Nach Art. 76 Abs. 1 SMVG stünden als disziplinarische Sanktionen der schriftliche Verweis (lit. a), die Auferlegung von zusätzlichen Freiheitsbeschränkungen bis zu einer Dauer von zwei Monaten (lit. b), die Einschliessung bis zu 21 Tagen (lit. c) und der Arrest bis zu 21 Tagen (lit. d) zur Verfügung. Das Gesetz sehe für disziplinarische Sanktionen ausdrücklich eine kürzere Rechtsmittelfrist vor. Die dreitägige Frist führe nicht zu einer unzulässigen Erschwernis des Rechtswegs für die Betroffenen. Es stellten sich keine komplexen Fragen in tatsächlicher oder rechtlicher Hinsicht. Die Arbeitsverweigerung respektive der Streik am 20. November 2017 sei unbestritten. Dem Beschwerdeführer wäre es möglich gewesen, selbständig gegen die Disziplinarverfügung Beschwerde zu erheben und die Gründe seines Streiks zu erläutern. Er sei zudem entgegen seiner Behauptung nicht mit Arrest (Art. 76 Abs. 1 lit. d SMVG), sondern mit Einschliessung (Art. 76 Abs. 1 lit. c SMVG) sanktioniert worden, welche in der eigenen Zelle des betroffenen Insassen erfolge. Unglaubhaft sei, wenn der Beschwerdeführer erstmals in seiner Replik behaupte, über keine Schreibutensilien verfügt zu haben. Im Übrigen habe der Beschwerdeführer nicht aufgezeigt, weshalb es ihm während des Zelleneinschlusses (und nicht während des wahrheitswidrig behaupteten Arrests) nicht möglich gewesen sein sollte, rechtzeitig eine Verteidigung zu kontaktieren. Im Verfahren vor Obergericht habe er ohne anwaltliche Vertretung mehrere schriftliche Eingaben eingereicht. Im Disziplinarverfahren sei eine rasche Überprüfung der Rechtmässigkeit der Sanktion und damit eine kurze Rechtsmittelfrist unabdingbar. Die dreitägige Frist zur Anfechtung disziplinarischer Sanktionen sei nicht zu beanstanden (Entscheid S. 7 ff.).
2.3. Gemäss <ref-law> erlassen die Kantone für den Straf- und Massnahmenvollzug ein Disziplinarrecht. Dieses umschreibt die Disziplinartatbestände, bestimmt die Sanktionen und deren Zumessung und regelt das Verfahren. Gestützt auf diese Bestimmung regelt der Kanton Bern in Art. 75 ff. SMVG das Disziplinarwesen im Straf- und Massnahmenvollzug. Bei dem gegen den Beschwerdeführer verfügten Zelleneinschluss und dem Entzug elektronischer Geräte handelt es sich um Disziplinarsanktionen im Sinne von <ref-law>, Art. 76 SMVG und Art. 127 SMVV. Disziplinarische Sanktionen können gemäss Art. 80 Abs. 2 SMVG, anders als Verfügungen betreffend persönliche vollzugsrechtliche Angelegenheiten, innert drei Tagen nach ihrer Anordnung mit Beschwerde angefochten werden. Soweit der Beschwerdeführer diese Regelung als "nicht sinnvolles Paar" bezeichnet, genügt die Beschwerde den Begründungsanforderungen nicht (Art. 42 Abs. 2 und Art. 106 Abs. 2 BGG). Im Übrigen kann auf die zutreffenden vorinstanzlichen Erwägungen verwiesen werden. Danach ist die Regelung in Art. 80 Abs. 2 SMVG klar und der Beschwerdeführer stellt nicht in Abrede, dass die Anstaltsleitung am 21. November 2017 disziplinarische Sanktionen ausfällte (Entscheid S. 7 f.).
2.4. Der Beschwerdeführer beruft sich unter anderem sinngemäss auf <ref-law> und Art. 6 EMRK, da die Disziplinierung auch pönalen Charakter habe. Das Bundesgericht qualifizierte in <ref-ruling> eine (im Rahmen des Vollzugs von Ausschaffungshaft) als Disziplinarsanktion ausgefällte 20-tägige Arreststrafe nicht als Strafsache im Sinne von Art. 6 Ziff. 1 EMRK (<ref-ruling> E. 2 f. S. 107 ff. mit Hinweisen; Urteil 1P.4/2004 vom 4. August 2004 E. 2.1; vgl. auch den Entscheid des EGMR in Sachen Engel et autres c. Pays-Bas vom 8. Juni 1976, Nr. 5100/71, Ziff. 82 ff.). Im Urteil 1P.29/2004 vom 5. August 2004 E. 2.5 betrachtete das Bundesgericht einen Arrest von zehn Tagen unter verschärften Haftbedingungen bzw. in strikter Einzelhaft grundsätzlich nicht als strafrechtliche Sanktion im Sinne von Art. 6 Ziff. 1 EMRK. Umso weniger stellt die hier weniger einschneidende Disziplinarmassnahme der Einschliessung während sieben Tagen, die ausserhalb der Arbeitszeiten in der eigenen Zelle des Beschwerdeführers vollzogen wurde (Art. 127 SMVV; vgl. Entscheid S. 8 f.), eine strafrechtliche Sanktion dar. Gleiches gilt für den Entzug sämtlicher elektronischer Geräte bis auf Weiteres.
2.5. Was der Beschwerdeführer unter Berufung auf <ref-law> vorbringt, dringt nicht durch. Nach dieser Bestimmung hat jede Person in Verfahren vor Gerichts- und Verwaltungsinstanzen Anspruch auf gleiche und gerechte Behandlung sowie auf Beurteilung innert angemessener Frist (Abs. 1). Die Bestimmung hat zudem den Anspruch auf rechtliches Gehör (Abs. 2) sowie auf unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung zum Gegenstand (Abs. 3). Nach herrschender Lehre und Rechtsprechung muss gegen eine Disziplinarmassnahme ein wirksamer Rechtsschutz im Sinne von <ref-law> gegeben sein. Die betreffende Verwaltungspraxis darf - gerade im Hinblick auf betroffene juristische Laien im Strafvollzug - nicht übertrieben kompliziert bzw. überspitzt formalistisch ausfallen (Urteil 1P.29/2004 vom 5. August 2004 E. 2.5 mit Hinweisen). Zwar kann hier das kantonale Beschwerdeverfahren nicht als kompliziert bezeichnet werden. Ebenso wenig kann die im vorliegenden Verfahren dreitägige Frist zur Führung einer Beschwerde (Art. 80 Abs. 2 SMVG) als überspitzt formalistisch qualifiziert werden. Im Disziplinarverfahren besteht mit der Vorinstanz ein Interesse an einer raschen Überprüfung der Rechtmässigkeit der (häufig wenige Tage dauernden) Sanktionen, weshalb eine kurze Rechtsmittelfrist sachlich gerechtfertigt und nicht als blosser Selbstzweck erscheint (vgl. zum Begriff des überspitzten Formalismus <ref-ruling> E. 2.4.2 S. 11 f. mit Hinweisen). Daran ändert nichts, dass der Disziplinarbeschwerde in der Regel keine aufschiebende Wirkung zukommt. Ordnet die verfügende POM Gegenteiliges an (vgl. Art. 80 Abs. 5 SMVG), tangiert die Rechtsmittelfrist die Frage der Vollstreckung und ist nicht Selbstzweck.
Hingegen mag zutreffen, dass im Licht eines wirksamen Rechtsschutzes betrachtet knappe Rechtsmittelfristen nicht unproblematisch sein können. Hingegen ist im vorliegenden Verfahren der massgebende Sachverhalt (Arbeitsverweigerung am 20. November 2017 und allenfalls 17. November 2017) im wesentlichen unbestritten, die Verfahrensakten sind nicht umfangreich und die zweiseitige Disziplinarverfügung ist kurz gehalten. Macht der Beschwerdeführer geltend, für das Verfassen einer Eingabe kein Papier und/oder keinen Schreibstift gehabt zu haben und auf das Ende des Einschlusses vertröstet worden zu sein (Beschwerde S. 10), entfernt er sich in unzulässiger Weise vom verbindlichen Sachverhalt der Vorinstanz (<ref-law>), ohne eine willkürliche Beweiswürdigung aufzuzeigen. Die Vorinstanz qualifiziert den Standpunkt des Beschwerdeführers, über keine Schreibutensilien (Papier und Stift) verfügt zu haben, als unglaubhaft. Ebenso wenig kann ihm gefolgt werden, stellt er sich auf den Standpunkt, bei Eröffnung der Verfügung an einem Dienstag hätte ein Disziplinierter bis Donnerstag Beschwerde erheben oder eine anwaltliche Vertretung organisieren müssen. Die Angemessenheit einer Frist beurteilt sich nach objektiven Kriterien. Im Übrigen ging der Beschwerdeführer offensichtlich nicht von einer zweitägigen Rechtsmittelfrist aus. Im Wesentlichen stellt sich der Beschwerdeführer auf den Standpunkt, eine dreitägige Frist erlaube nicht, eine Disziplinarbeschwerde zu verfassen respektive eine Rechtsvertretung damit zu beauftragen. Sie ziele darauf ab, den Anstaltsleitungen "das Leben zu erleichtern" und sei deshalb nicht fair. Dem kann nicht gefolgt werden. Selbst wenn die fragliche Frist knapp bemessen ist, war es dem Beschwerdeführer mit Blick auf den massgebenden Sachverhalt, die Verfahrensakten und den Umfang der angefochtenen Verfügung möglich und zumutbar, innert drei Tagen bei der POM eine Beschwerde einzureichen. Diese Rechtsmittelfrist kann nicht allein deshalb als unfair bezeichnet werden, weil sie kurz bemessen ist. Sie wäre bei gegebenen Voraussetzungen wiederherstellbar gewesen (Art. 82 SMVG in Verbindung mit Art. 43 Abs. 2 des Gesetzes des Kantons Bern vom 23. Mai 1989 über die Verwaltungsrechtspflege [VRPG; BSG 155.21]). Im Übrigen finden sich Fristen von wenigen Tagen etwa auch in der Schweizerischen Strafprozessordnung (Art. 227 Abs. 3, Art. 228 Abs. 3, Art. 202 Abs. 1 lit. a, Art. 203, Art. 60 Abs. 1 StPO; "unverzüglich" etwa in Art. 41 Abs. 1, Art. 58 Abs. 1 StPO; Fristen in Stunden wie beispielsweise 24 Stunden richten sich ausschliesslich an Strafbehörden, vgl. Art. 50 Abs. 2, Art. 219 Abs. 4 und 5, Art. 224 Abs. 2, Art. 226 Abs. 1, Art. 232 Abs. 2, Art. 274 Abs. 1, Art. 289 Abs. 2 StPO; vgl. demgegenüber § 418 Abs. 2 D-StPO) sowie im Bundesgerichtsgesetz (Art. 38 Abs. 1, Art. 100 Abs. 3 und 4 BGG).
Unter Berücksichtigung der konkreten Umstände erlaubte die fragliche Frist einen wirksamen Rechtsschutz und eine Verletzung von <ref-law> liegt nicht vor. Die übrigen als verletzt angerufenen Bestimmungen der Bundesverfassung (Art. 29 Abs. 3, Art. 5 Abs. 3 und Art. 9 BV) haben im vorliegenden Zusammenhang keine über das bereits Dargelegte hinausgehende selbständige Bedeutung. Indem der Beschwerdeführer nach Eröffnung der Disziplinarverfügung eine Frist von 27 Tagen verstreichen liess, reichte er verspätet Beschwerde ein. Die vorinstanzliche Abweisung der gegen den Nichteintretensentscheid der POM erhobenen Beschwerde verletzt nicht Verfassungsrecht.
3.
Die Beschwerde ist abzuweisen. Der Beschwerdeführer wird grundsätzlich kostenpflichtig (<ref-law>). Sein Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege ist gutzuheissen, da von seiner Bedürftigkeit auszugehen ist (Entscheid S. 10) und seine Rechtsbegehren nicht von vornherein aussichtslos waren. Dem Beschwerdeführer sind deshalb keine Kosten aufzuerlegen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen.
2.
Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird gutgeheissen.
3.
Es werden keine Kosten erhoben.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Bern, 1. Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 26. September 2018
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Denys
Der Gerichtsschreiber: Faga