Faits :
A.
Par jugement du 9 mai 2017, le Tribunal de police de l'arrondissement de l'Est vaudois a déclaré X._ coupable de lésions corporelles simples. Il l'a condamnée à une peine pécuniaire de 30 jours-amende à 50 fr. le jour avec sursis pendant deux ans, ainsi qu'au versement à A.A._ d'une indemnité de dépens de 7'000 fr. au sens de l'<ref-law>. Il a donné acte à A.A._ de ses conclusions civiles et a mis les frais de la procédure à la charge de X._.
B.
Par jugement du 3 octobre 2017, la Cour d'appel pénale du Tribunal cantonal du canton de Vaud a rejeté l'appel de X._. Elle l'a condamnée à payer les frais de la procédure d'appel et à verser à A.A._ une juste indemnité pour les dépenses occasionnées par cette procédure.
En substance, la cour cantonale a retenu que, le 18 juin 2012 entre 22 et 23 heures, à C._, X._ (née en 1971) avait asséné un coup au visage de A.A._ (né en 1996) en s'emparant du téléphone portable dont il se servait pour la filmer contre sa volonté.
C.
X._ interjette un recours en matière pénale au Tribunal fédéral contre le jugement du 3 octobre 2017. Principalement et en réformation du jugement cantonal, elle conclut, avec suite de frais et dépens, à son acquittement de la prévention de lésions corporelles simples et à la mise des frais judiciaires des deux instances cantonales à la charge de B.A._, représentant légal de A.A._. Elle réclame une indemnité de 16'786 fr. pour ses frais de défense de première instance et demande que les frais judiciaires et les dépens de deuxième instance soient mis intégralement à la charge du plaignant, l'affaire devant être renvoyée à la juridiction cantonale pour qu'elle statue sur ceux-ci. Subsidiairement, elle conclut à l'annulation du jugement cantonal et au renvoi du dossier à l'autorité précédente pour nouvelle décision.
Invités à se déterminer sur le recours, le ministère public et la cour cantonale y ont renoncé et A.A._ a conclu au rejet du recours.

Considérant en droit :
1.
La recourante considère que la cour cantonale a établi les faits en violation de la présomption d'innocence et du principe « in dubio pro reo ».
1.1. Le Tribunal fédéral n'est pas une autorité d'appel, auprès de laquelle les faits pourraient être rediscutés librement. Il est lié par les constatations de fait de la décision entreprise (<ref-law>), à moins qu'elles n'aient été établies en violation du droit ou de manière manifestement inexacte au sens des art. 97 al. 1 et 105 al. 2 LTF, soit pour l'essentiel de façon arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. Il n'entre ainsi pas en matière sur les critiques de nature appellatoire (<ref-ruling> consid. 2.4 p. 368 et les références citées).
Lorsque l'autorité précédente a forgé sa conviction quant aux faits sur la base d'un ensemble d'éléments ou d'indices convergents, il ne suffit pas que l'un ou l'autre de ceux-ci ou même chacun d'eux pris isolément soit à lui seul insuffisant. L'appréciation des preuves doit en effet être examinée dans son ensemble. Il n'y a ainsi pas d'arbitraire si l'état de fait retenu pouvait être déduit de manière soutenable du rapprochement de divers éléments ou indices. De même, il n'y a pas d'arbitraire du seul fait qu'un ou plusieurs arguments corroboratifs sont fragiles, si la solution retenue peut être justifiée de façon soutenable par un ou plusieurs arguments de nature à emporter la conviction (arrêt 6B_391/2017 du 11 janvier 2018 consid. 4.1 et les arrêts cités).
La présomption d'innocence, garantie par les art. 6 par. 2 CEDH, 32 al. 1 Cst. et 10 CPP, ainsi que son corollaire le principe « in dubio pro reo » concernent tant le fardeau de la preuve que l'appréciation des preuves. Lorsque l'appréciation des preuves et la constatation des faits sont critiquées en référence au principe « in dubio pro reo », celui-ci n'a pas de portée plus large que l'interdiction de l'arbitraire (<ref-ruling> consid. 7 p. 82).
1.2. La cour cantonale a retenu que, le jour même des faits vers 23 heures 30, l'intimé s'était rendu aux urgences de l'hôpital D._, où le médecin avait constaté une lésion circulaire de 2 mm de diamètre sur le bord droit de la lèvre inférieure, avec un hématome de 1 x 0.5 cm juste en dessous, ainsi qu'un érythème de 3 cm de diamètre en regard du tiers moyen de la maxillaire droite et un érythème discret de 2 cm de diamètre en regard du tiers moyen de la mandibule droite. Lors de cette consultation, le médecin avait aussi constaté une palpation sensible sur la branche maxillaire et sur la mandibule droites et avait prescrit à l'intimé du Dafalgan et du Vita-merfen pour la lèvre (certificat médical du 19 juin 2012). La cour cantonale a considéré ces lésions comme étant parfaitement compatibles avec la version fournie par l'intimé. La recourante ayant admis avoir pris des mains de celui-ci le téléphone portable qu'il tenait à la hauteur de son visage pendant qu'il la filmait, la cour cantonale a estimé qu'il était inimaginable que ce geste se soit fait en douceur compte tenu des circonstances. Ainsi, elle a retenu que les lésions objectivement constatées par le médecin directement après les faits avaient été causées par un coup donné par la recourante à l'intimé en s'emparant de son téléphone portable. Pour la cour cantonale, le fait de s'emparer avec force d'un tel appareil alors que celui-ci était proche du visage de celui qui le tenait, était un comportement qui pouvait blesser et donc dangereux.
1.3. La recourante reproche à la cour cantonale d'avoir retenu ces faits de façon insoutenable. Elle estime que la cour ne s'est fondée que sur le certificat médical, qui ne démontre aucunement qu'un coup aurait été porté à l'intimé le jour en question et encore moins que ce coup aurait été porté par la recourante. De plus, elle reproche à la cour cantonale de n'avoir pas tenu compte du fait que la version des faits de l'intimé avait évolué au fil du temps et qu'elle contenait des contradictions sur le nombre de coups reçus, l'existence de saignements et le fait que l'intimé aurait ou non gardé son calme. Enfin, la recourante reproche à la cour cantonale de n'avoir discuté ni le fait que le procureur avait eu des doutes en prononçant deux classements avant d'établir un acte d'accusation, ni le fait qu'aucun témoin n'avait pu confirmer qu'elle avait donné des coups à l'intimé ni même le fait que le laps de temps entre l'altercation et l'arrivée aux urgences ne permettait pas d'exclure avec certitude que les lésions constatées par le médecin auraient pu être causées par un autre élément ou l'intimé lui-même.
La recourante ne conteste pas le contenu du certificat médical. S'agissant du temps qui s'est écoulé entre l'altercation et l'arrivée à l'hôpital, il n'y a pas lieu de retenir qu'il serait particulièrement long. En effet, la chronologie des évènements a montré que la recourante avait constaté la présence de l'intimé et de son père à 22 heures 30 devant chez elle et l'hôpital avait attesté d'une arrivée de l'intimé à 23 heures 30. Entretemps, il y a eu l'altercation, l'intervention de la police et le déplacement à l'hôpital. Il s'agit donc d'un déroulement ordinaire des faits. La recourante semble prétendre que les lésions constatées par le médecin avaient pu être causées par un autre élément ou par l'intimé lui-même. Cette allégation ne repose sur aucun fait. Purement appellatoire, elle est irrecevable. Les contradictions alléguées par la recourante entre les faits mentionnés dans la plainte et les déclarations de l'intimé et de ses parents à l'audience de première instance ne sont pas établies. En effet, s'agissant du nombre de coups, la plainte a mentionné que « malgré les coups ainsi portés à son encontre, mon fils... ». Une telle formulation laisse à penser que plus d'un coup a été donné. Il n'a pas été fait état de saignements dans la plainte mais de soins donnés par la mère. L'existence de saignements a été évoquée par l'intimé lors de son audition devant le tribunal. Ainsi que le relève l'intimé, il s'agit d'une précision qui n'est pas en contradiction avec la plainte. Enfin, le fait que l'intimé a été calme ou non, ne concerne pas l'existence même de l'altercation. De même, ni l'absence de témoins, ni les deux ordonnances de classement du procureur, au demeurant annulées par la Chambre des recours, ni le fait que l'agent de police n'ait vu aucune lésion apparente sur le visage de l'intimé, ne constituent des circonstances permettant d'admettre que la cour cantonale aurait fait preuve d'arbitraire ou aurait violé le principe de la présomption d'innocence et celui de « in dubio pro reo », en retenant que les lésions constatées par le médecin de l'hôpital avaient été causées par la recourante.
Le recours est donc rejeté sur ce point, dans la mesure où il est recevable.
2.
La recourante fait valoir que les lésions retenues par la cour cantonale ne pouvaient pas être qualifiées de lésions corporelles simples au sens de l'<ref-law>.
2.1. L'<ref-law> réprime les lésions du corps humain ou de la santé qui ne peuvent être qualifiées de graves au sens de l'<ref-law>. Cette disposition protège l'intégrité corporelle et la santé tant physique que psychique. Elle implique une atteinte importante aux biens juridiques ainsi protégés. A titre d'exemples, la jurisprudence cite l'administration d'injections, la tonsure totale et tout acte qui provoque un état maladif, l'aggrave ou en retarde la guérison, comme les blessures, les meurtrissures, les écorchures ou les griffures, sauf si ces lésions n'ont pas d'autres conséquences qu'un trouble passager et sans importance du sentiment de bien-être (<ref-ruling> consid. 1.1 p. 191; <ref-ruling> consid. 2a p. 26; <ref-ruling> consid. 5c p. 42; <ref-ruling> consid. 2c p. 70).
Les voies de fait, réprimées par l'<ref-law>, se définissent comme des atteintes physiques qui excèdent ce qui est socialement toléré et qui ne causent ni lésion corporelle, ni dommage à la santé. Une telle atteinte peut exister même si elle n'a causé aucune douleur physique (<ref-ruling> consid. 1.2 p. 191; <ref-ruling> consid. 2a p.26; <ref-ruling> consid. 2a p. 15 ss). A titre d'exemples de voies de fait, on peut citer la gifle, le coup de poing ou de pied, les fortes bourrades avec les mains ou les coudes (arrêts 6B_693/2017 du 24 août 2017 consid. 2.1; 6B_1009/2014 du 2 avril 2015 consid. 4.2).
La distinction entre lésions corporelles simples et voies de fait peut s'avérer délicate, notamment lorsque l'atteinte s'est limitée à des meurtrissures, des écorchures, des griffures ou des contusions. La question peut parfois être résolue de manière satisfaisante par l'application de l'<ref-law>, qui permet une atténuation libre de la peine dans les cas de peu de gravité (<ref-ruling> consid. 1.3 p. 192; cf. <ref-ruling> consid. 2a p. 27). Dans les cas limites, il faut tenir compte de l'importance de la douleur provoquée. Comme les notions de voies de fait et d'atteinte à l'intégrité corporelle, qui sont décisives pour l'application des art. 123 et 126 CP, sont des notions juridiques indéterminées, la jurisprudence reconnaît, dans ces cas, une certaine marge d'appréciation au juge du fait car l'établissement des faits et l'interprétation de la notion juridique indéterminée sont étroitement liés. Dans ces circonstances, une certaine marge d'appréciation est laissée au juge du fait, et seul l'abus de ce pouvoir d'appréciation peut conduire à l'annulation de la décision (cf. <ref-ruling> consid. 1.3 p. 192; <ref-ruling> consid. 4a p. 2).
Dans une affaire traitant d'un coup de poing au visage impliquant notamment un hématome sous-orbitaire avec palpation douloureuse de l'os malaire chez la victime, le Tribunal fédéral a retenu qu'un hématome, résultant de la rupture de vaisseaux sanguins, qui laisse normalement des traces pendant plusieurs jours, doit être qualifié de lésion corporelle. Compte tenu du peu de gravité de la lésion, il a jugé que la cour cantonale n'avait pas violé le droit fédéral en faisant application de l'<ref-law> (ATF <ref-ruling> consid. 2a p. 25 ss).
2.2. La recourante reproche à la cour cantonale de n'avoir donné aucune précision sur l'intensité du prétendu coup et sur la douleur que celui-ci aurait provoquée chez l'intimé. Elle conteste que le coup donné a causé une atteinte importante à l'intégrité physique de l'intimé.
En l'espèce, la cour cantonale a retenu que la recourante avait, par son geste, causé les lésions décrites dans le certificat du 19 juin 2012 et a constaté que les douleurs à la mâchoire dont s'était plaint l'intimé avaient nécessité la prescription d'antidouleurs et enfin que le geste avait été porté au visage d'un garçon de 15 ans. S'il y a lieu d'admettre que les faits retenus contre la recourante se trouvent à la limite entre les lésions corporelles et les voies de fait, il faut retenir que la cour cantonale a admis que la douleur avait été d'une certaine intensité puisqu'elle a incité le médecin à prescrire des antidouleurs. S'agissant de l'intensité du coup, la cour cantonale a relevé que la recourante s'était emparée avec force et violence du téléphone portable que l'intimé tenait à proximité de son visage. La recourante se livre à une interprétation personnelle, partant irrecevable, du certificat médical et en déduit que l'atteinte n'était pas importante. En tout état, elle omet que la cour cantonale s'est fondée sur un ensemble d'éléments, outre le certificat médical, pour admettre l'existence des lésions corporelles simples.
En conséquence et compte tenu de la marge d'appréciation laissée au juge du fait, la cour cantonale n'a pas abusé de ce pouvoir en admettant l'existence de lésions corporelles simples à l'exclusion de voies de fait.
2.3. La recourante rappelle que la cour cantonale a admis qu'il s'agissait d'un cas limite entre les voies de fait et les lésions corporelles simples et relève le peu de gravité des lésions subies en l'espèce. Dans ses déterminations, l'intimé admet avoir subi des blessures mineures (cf. déterminations, p. 9). Or, dans ces circonstances, et dès lors que le seuil des voies de fait était tout juste dépassé, compte tenu notamment du peu de gravité des lésions, la cour cantonale ne pouvait s'épargner l'examen de l'application de l'<ref-law>. En cela, la cour cantonale a violé le droit fédéral.
Le recours doit être admis sur ce point, le jugement cantonal annulé et la cause renvoyée à la cour cantonale afin qu'elle examine la qualification des faits sous l'angle de l'<ref-law>, cas échéant, pour qu'elle motive si et dans quelle mesure elle en tient compte dans le cadre de la fixation de la peine, tout en prenant en considération les différents critères déduits des <ref-law>.
3.
Le recours doit être partiellement admis, le jugement attaqué annulé et la cause renvoyée à l'autorité précédente pour nouvelle décision. Pour le surplus, le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
La recourante obtient partiellement gain de cause. L'intimé succombe dans la même mesure. Vu le sort du recours, deux tiers des frais seront supportés par la recourante, le tiers restant étant mis à la charge de l'intimé (<ref-law>). Les dépens sont compensés (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est partiellement admis, le jugement attaqué est annulé et la cause est renvoyée à l'autorité précédente pour nouvelle décision. Pour le surplus, le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 3'000 fr., sont mis pour 2'000 fr. à la charge de la recourante et pour 1'000 fr. à la charge de l'intimé.
3.
Les dépens sont compensés.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour d'appel pénale du Tribunal cantonal du canton de Vaud.
Lausanne, le 10 juillet 2018
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Denys
La Greffière : Klinke