Sachverhalt:
A.
Die A._ AG mit Sitz in U._ (nachfolgend: Klägerin) und die B._ AG (bis 27. Februar 2018: C._ AG) mit Sitz in V._ (nachfolgend: Beklagte) schlossen am 30. September 2016 einen Kaufvertrag, mit dem die Klägerin von der Beklagten das selbständige und bis 31. Dezember 2067 dauernde Baurecht GB W._ Nr. xxx für eine Autobahnraststätte und Verkaufsläden zu einem Preis von Fr. 55'000'000.-- erwarb (nachfolgend: der Kaufvertrag). Der Kaufvertrag enthält insbesondere eine Objektwertgarantie (Ziff. 3), eine Mietzinsgarantie (Ziff. 4) und eine Bauzustandszusicherung (Ziff. 5).
B.
Mit Klage vom 25. April 2018 beim Handelsgericht des Kantons Aargau beantragte die Klägerin, die Beklagte sei kostenfällig zu verpflichten, ihr Fr. 1'715'393.95 nebst Zins zu 5 % seit dem Datum der Klageeinreichung zu bezahlen. Eine Nachklage wurde ausdrücklich vorbehalten. Zur Begründung führte sie aus, der Zustand der Autobahnraststätte entspreche nicht dem vertraglich zugesicherten Zustand und der Kaufpreis sei aufgrund leerstehender Mieträume zu hoch angesetzt worden.
Mit Klageantwort und Widerklage stellte die Beklagte den Antrag, die Klage sei abzuweisen und die Klägerin zu verpflichten, ihr ab 1. Mai 2018 bis zur Freigabe 5 % auf Fr. 2'000'000.--, allenfalls auf einem Teilbetrag nach Ausgang dieses Verfahrens, zu bezahlen. Sie bestritt, dass die Immobilie nicht dem vertraglichen Zustand entspreche. Wegen der unbegründeten Klage sei der beim Notar hinterlegte Betrag von Fr. 2'000'000.-- am Verfalltag, dem 30. April 2018, nicht an sie ausbezahlt worden. Daher schulde die Klägerin ihr einen Verzugs-/ Schadenzins von 5 %.
Mit Urteil vom 20. Januar 2021 wies das Handelsgericht die Klage ab. Es schützte die Widerklage teilweise und verpflichtete die Klägerin, der Beklagten auf dem Betrag von Fr. 284'606.05 ab dem 1. Mai 2018 bis zu dessen Auszahlung an die Beklagte 5 % Zins zu bezahlen. Die Gerichtskosten von Fr. 30'318.-- wurden der Klägerin zu 19/20 und der Beklagten zu 1/20 auferlegt. Zudem wurde die Klägerin verpflichtet, der Beklagten eine Parteientschädigung von Fr. 80'338.-- zu bezahlen.
C.
Gegen dieses Urteil haben sowohl die Klägerin als auch die Beklagte Beschwerde in Zivilsachen beim Bundesgericht erhoben.
C.a. Die Klägerin beantragt im Verfahren 4A_150/2021, das Urteil des Handelsgerichts vom 20. Januar 2021 sei aufzuheben und die Streitsache sei zur vollständigen Abklärung des Sachverhalts und zur Neubeurteilung an das Handelsgericht zurückzuweisen. Die Beklagte stellt den Antrag, auf die Beschwerde sei nicht einzutreten, eventuell sei sie abzuweisen; unter Kosten- und Entschädigungsfolge zu Lasten der Klägerin. Das Handelsgericht hat auf eine einlässliche Vernehmlassung verzichtet und beantragt Abweisung der Beschwerde.
Mit präsidialer Verfügung vom 29. März 2021 wurde dem Gesuch der Klägerin um Erteilung der aufschiebenden Wirkung insofern stattgegeben und die aufschiebende Wirkung gewährt, als der als Sicherheit dienende Betrag von Fr. 2 Mio. für die Dauer des bundesgerichtlichen Verfahrens beim beurkundenden Notar zu verbleiben hat.
C.b. Die Beklagte verlangt im Verfahren 4A_138/2021, die Ziffern 3, 4 und 5 des angefochtenen Urteils seien aufzuheben (Ziff. 1). Die Klägerin sei zu verpflichten, ihr 5 % Zins auf Fr. 2'000'000.-- ab dem 1. Mai 2018 bis zur Bezahlung dieses Betrages zu bezahlen (Ziff. 2). Die Gerichtskosten des kantonalen Verfahrens seien vollumfänglich der Klägerin aufzuerlegen (Ziff. 3) und diese sei zu verpflichten, ihr eine Parteientschädigung für das kantonale Verfahren von Fr. 89'264.-- zu bezahlen (Ziff. 4). Eventuell sei die Streitsache zur Neubeurteilung an das Handelsgericht zurückzuweisen (Ziff. 5); alles unter Kosten- und Entschädigungsfolge zu Lasten der Klägerin (Ziff. 6). Die Beklagte beantragt die kostenfällige Abweisung der Beschwerde. Das Handelsgericht hat auf eine einlässliche Vernehmlassung verzichtet und die Abweisung der Beschwerde beantragt.

Erwägungen:
1.
Das Bundesgericht vereinigt mehrere Verfahren, wenn sie in einem engen sachlichen Zusammenhang stehen, namentlich, wenn sie auf einem im Wesentlichen gleichartigen tatsächlichen und rechtlichen Grund beruhen und wenn sie gleiche Parteien sowie ähnliche oder gleiche Rechtsfragen betreffen (vgl. <ref-law> i.V.m. <ref-law>; <ref-ruling> E. 1; <ref-ruling> E. 1; <ref-ruling> E. 1; Urteil 6B_535/2020 vom 6. Juli 2020 E. 3; je mit Hinweisen). Diese Voraussetzungen sind vorliegend gegeben, weshalb die beiden Beschwerdeverfahren 4A_150/2021 und 4A_138/2021 vereinigt werden.
2.
Mit Beschwerde in Zivilsachen können Rechtsverletzungen nach Art. 95 und 96 BGG gerügt werden. Die Beschwerde ist hinreichend zu begründen, ansonsten darauf nicht eingetreten werden kann (<ref-ruling> E. 2; <ref-ruling> E. 2.1). In der Beschwerdeschrift ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt (<ref-law>). Unerlässlich ist dabei, dass auf die Begründung des angefochtenen Entscheids eingegangen und im Einzelnen aufgezeigt wird, worin eine vom Bundesgericht überprüfbare Rechtsverletzung liegt. Die beschwerdeführende Partei soll in der Beschwerde an das Bundesgericht nicht bloss die Rechtsstandpunkte, die sie im kantonalen Verfahren eingenommen hat, erneut bekräftigen, sondern mit ihrer Kritik an den als rechtsfehlerhaft erachteten Erwägungen der Vorinstanz ansetzen (<ref-ruling> E. 2, 86 E. 2).
3.
Das Bundesgericht greift in die Beweiswürdigung des Sachgerichts nur ein, wenn diese willkürlich ist. Willkür liegt nach der Rechtsprechung nicht schon dann vor, wenn eine andere Lösung ebenfalls in Betracht zu ziehen oder gar vorzuziehen wäre, sondern bloss, wenn der angefochtene Entscheid offensichtlich unhaltbar ist, mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht, eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz krass verletzt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft (<ref-ruling> E. 4.1; <ref-ruling> E. 2.1; je mit Hinweisen). Inwiefern die Beweiswürdigung willkürlich sein soll, ist in der Beschwerde klar und detailliert aufzuzeigen (BGE <ref-ruling> E. 2.2).
Verfahren 4A_150/2021
4.
Die Klägerin rügt eine Verletzung des rechtlichen Gehörs im Zusammenhang mit der Beweisverfügung vom 10. September 2020, ihrer Stellungnahme vom 16. Oktober 2020, der Verfügung des Präsidenten der Vorinstanz vom 25. November 2020 sowie schliesslich dem Ablauf der Hauptverhandlung vom 20. Januar 2021.
4.1. Am 10. September 2020 erliess der Präsident der Vorinstanz eine Beweisverfügung (nachfolgend: Beweisverfügung), mit welcher er im Wesentlichen eine Zeugen- oder Parteibefragung als nicht notwendig bzw. mangels schlüssiger und substanziierter Behauptungen als nicht zulässig bezeichnete, den von der Klägerin offerierten Augenschein ablehnte und entsprechend keine weiteren Beweisabnahmen anordnete (Ziff. 3). Gleichzeitig wurden weitere Beweisvorkehren ausdrücklich vorbehalten (Ziff. 4). Mit Eingabe vom 16. Oktober 2020 verlangte die Klägerin, die Ziffern 2 und 3 der Beweisverfügung seien durch das Gericht zu begründen (Ziff. 1). Es sei gemäss Ziff. 4 der Beweisverfügung, wonach weitere Beweisvorkehren vom Gericht "ausdrücklich vorbehalten" würden, von Amtes wegen ein gerichtliches Gutachten betreffend den Bauzustand der Liegenschaft W._/xxx bzw. die von der Beklagten vertraglich geschuldeten Instandstellungskosten einzuholen (Ziff. 2). Eventualiter seien die Klagebeilagen 17 und 18 unter dem Rechtstitel "Urkunde" als Beweismittel zuzulassen (Ziff. 3). Schliesslich beantragte sie erneut die Durchführung der beantragten Zeugen- und Parteibefragungen (Ziff. 4). Der Präsident ordnete mit Verfügung vom 25. November 2020 die Durchführung der Hauptverhandlung an (Ziff. 1); die Abnahme weiterer Beweise - namentlich die von der Klägerin beantragte Zeugen- und Parteieinvernahme - erachtete er nach wie vor als nicht angezeigt. Er behielt jedoch weitere Beweisvorkehren aufgrund der Beurteilung durch das Gesamtgericht vor.
4.2. Ob die Vorinstanz willkürfrei auf die von der Klägerin beantragten Beweisabnahmen verzichten konnte, ist nachfolgend im Zusammenhang mit der materiellen Beurteilung der Ansprüche durch die Vorinstanz zu erörtern. Die Klägerin will unabhängig davon eine Verletzung des rechtlichen Gehörs offenbar darin erblicken, dass - insbesondere in der einlässlich begründeten Präsidialverfügung vom 25. November 2020 - mögliche Beweisabnahmen durch das Gesamtgericht vorbehalten wurden. Sie leitet daraus nicht nur (zutreffenderweise) ab, dass das Gesamtgericht möglicherweise - anders als der prozessleitende Präsident - weitere Beweisabnahmen als notwendig erachten könnte. Vielmehr macht sie geltend, sie habe aufgrund dieser Äusserungen davon ausgehen dürfen, die Abnahme weiterer Beweise würde entscheidend von den Parteivorträgen an der Hauptverhandlung abhängen. Die ihr mit der Verfügung vom 25. November 2020 "von der Vorinstanz offerierte Option einer zweiten Hauptverhandlung" bzw. die "in Aussicht gestellte zweite Hauptverhandlung" sei ihr "entzogen" worden, indem sowohl zu Beginn wie am Schluss der Verhandlung der Hinweis erfolgt sei, das Urteil werde den Parteien schriftlich zugestellt. Damit sei der Eindruck entstanden, dass das Gericht noch vor den Parteivorträgen unzulässigerweise (im Rahmen einer informellen Beratung) das Urteil bereits gefällt habe.
Es ist nicht ersichtlich, worin genau die Klägerin die Verletzung des rechtlichen Gehörs sieht. Wenn überhaupt geht ihr Vorwurf, etwas ihr "in Aussicht" Gestelltes sei ihr "entzogen" worden, eher in Richtung einer Verletzung des Grundsatzes von Treu und Glauben im Verfahren (<ref-law>). Aber auch davon kann offensichtlich keine Rede sein. Der Hinweis, das Urteil werde den Parteien schriftlich zugestellt, ist eine aus vielen Verfahren bekannte standardmässige Formulierung und nimmt die Beratung offensichtlich nicht vorweg. Unhaltbar ist sodann die Auffassung, mit dem Vorbehalt der Beurteilung der Beweisanträge durch das Gesamtgericht werde eine zweite Verhandlung mit Beweisabnahme "in Aussicht" gestellt.
5.
In einem ersten Punkt machte die Klägerin vor Vorinstanz eine Reduktion des Kaufpreises um Fr. 956'908.-- (Fr. 650.-- x 96 m2 / 6.521 %) geltend, da der Kaufpreis auf der Grundlage eines (falschen) Nettomietertrages berechnet worden sei. Der im Mieterspiegel ausgewiesene Nettomietertrag von monatlich Fr. 5'200.-- für die Teilfläche Nr. yyy habe nicht der Wahrheit entsprochen. Die Teilfläche Nr. yyy von 96 m2 sei mit einem Mietzins von Fr. 650.-- pro m2 in den Nettomietertrag eingeflossen, in Wahrheit aber seit 2015 leer gestanden. Die Zusicherung eines monatlich erzielbaren Mietzinses von Fr. 5'200.-- für die Teilfläche Nr. yyy müsse sich die Beklagte unter dem Titel der in Ziffer V.3 des Kaufvertrages abgegebenen Objektgarantie anrechnen lassen, da der Mieterspiegel zum Vertragsbestandteil erklärt worden sei und dessen Inhalt als Zusicherung gemäss Art. 197 i.V.m. <ref-law> für den ausgewiesenen Ertrag angesehen werden müsse. Zudem garantiere auch Ziffer V.13 des Kaufvertrages die Richtigkeit des Mieterspiegels.
5.1. Ziffer V.3 des Kaufvertrages enthält unter dem Titel "Objektwertgarantie" folgende Regelung:
" Die Verkäuferin garantiert, dass die auf der CD gemäss Ziff. V.1. abgelegten Mietverträge bei Vertragsunterzeichnung den Tatsachen entsprechen und kein Mietvertrag gekündigt wurde bzw. der Verkäuferin nicht bekannt ist, dass ein Mietvertrag gekündigt wird oder aufgrund des Eigentümerwechsels ge kündigt werden kann.
Sollte infolge einer arglistigen oder absichtlichen Täuschung im Zusam menhang mit den Mietverträgen der Käuferin ein Schaden in Form von Mietzinsmindereinnahmen entstehen, so ist dieser jährliche Mietzinsminderwert mittels Kapitalisierungszinssatz von 6,521 % zu berechnen.
Als Sicherheit für diese Garantie dient der Betrag von CHF 2'000'000.00 gemäss Ziff. IV.2. lit. c) auf dem Klientenkonto des beurkundenden Notars. Wird der Schaden gemeinsam durch die Parteien oder rechtskräftig durch ein Gericht festgestellt, hat die Urkundsperson den festgestellten Schaden aus der Sicherheit gemäss Ziff. IV.2. lit.c) innert 30 Tagen nach Mitteilung durch die Parteien oder im Streitfall innert 30 Tagen nach dem Vorliegen eines voll streckbaren Urteils an A._ AG auszuzahlen.
Die Sicherheit verfällt am 31. März 2018 in Höhe des bis dann nicht beanspruchten Betrages. Sie wird an die Verkäuferin überwiesen, wenn in jenem Zeitpunkt kein gegen [sic] sie betreffendes Gerichtsverfahren hängig ist. Andernfalls bleibt sie bis zu einem vollstreckbaren Urteil bei der Urkundsperson. Die Urkundsperson zahlt nach Verfall der Garantie die ganze oder allenfalls reduzierte Garantiesumme der Verkäuferin ohne weitere Anweisung aus.
Eine Erhöhung des Kaufpreises von CHF 55'000'000.00 ist ausgeschlossen."
5.2. Ziel der Vertragsauslegung ist es, in erster Linie den übereinstimmenden wirklichen Willen der Parteien festzustellen (vgl. <ref-law>). Erst wenn eine tatsächliche Willensübereinstimmung unbewiesen bleibt, sind zur Ermittlung des mutmasslichen Parteiwillens die Erklärungen der Parteien aufgrund des Vertrauensprinzips so auszulegen, wie sie nach ihrem Wortlaut und Zusammenhang sowie den gesamten Umständen verstanden werden durften und mussten. Das Bundesgericht überprüft diese objektivierte Auslegung von Willenserklärungen als Rechtsfrage, wobei es an Feststellungen des kantonalen Richters über die äusseren Umstände sowie das Wissen und Wollen der Beteiligten grundsätzlich gebunden ist (<ref-law>; <ref-ruling> E. 5.2.3; <ref-ruling> E. 3.3; <ref-ruling> E. 2.2.1; je mit Hinweisen).
5.3. Die Vorinstanz stellte fest, die Parteien hätten einen übereinstimmenden (tatsächlichen) Willen weder behauptet noch bewiesen. Entsprechend prüfte sie, was die Parteien nach dem Vertrauensprinzip unter Zugrundelegung des Wortlauts als Inhalt der Objektwertgarantie verstehen durften und mussten. Sie begründete einlässlich, weshalb entgegen der Klägerin die Objektwertgarantie gemäss Ziff. V.3 Abs. 1 und 2 nicht die im Mieterspiegel aufgeführten Werte garantiere, sondern lediglich die in Absatz 1 genannten Mietverträge, die sich auf der CD gemäss Ziffer V.1 befänden.
Sie erwog sodann in einer Doppelbegründung, dass die Objektwertgarantie - entgegen der Klägerin - ohnehin nicht den Kaufpreis bestimme. Sowohl in zeitlicher wie in sachlicher Hinsicht seien die beiden Begriffe klar zu trennen. Sachlich sei der Objektwert eine objektiv berechenbare Grösse, während hingegen der Kaufpreis auch subjektive Elemente enthalten könne. Nach Treu und Glauben gehe es deshalb nicht an, den Objektwert mit dem Kaufpreis gleichzusetzen. Die Klägerin vermöge auch keine Umstände darzutun, die darauf hinweisen würden, dass die Angemessenheit des Kaufpreises oder die Kongruenz von Objektwert und Kaufpreis zugesichert worden wären. Vielmehr widerspreche sich die Klägerin selber, wenn sie einleitend angebe, der Nettomietertrag zur Kaufpreisberechnung entstamme der EBIT Prognose 2015 und der Mieterspiegel habe zur ungefähren Verifizierung gedient, dann aber ausführe, als alleinige Grundlage für die Kaufpreisbemessung habe der Mieterspiegel gedient.
5.4. Auf diese Begründung geht die Klägerin nicht ein. Es liegt deshalb keine genügende Rüge (vgl. E. 2 hiervor) vor. Die Klägerin macht im Wesentlichen nur geltend, die Einvernahme der von ihr offerierten Zeugen würde die Relevanz des Mieterspiegels für die Kaufpreisbestimmung und die Objektwertgarantie aufzeigen. Die Vorinstanz verletze das rechtliche Gehör, wenn sie entscheide, ohne vorher die Parteien und die offerierten Zeugen anzuhören, "deren Anhörung auf die Auslegung der fraglichen Vertragsbestimmung [...] einwirken kann " (Herv. im Original). So beispielsweise, wenn diese übereinstimmend erklären würden, "dass allein die im Mieterspiegel aufgeführten Werte für den finalen Kaufpreis und damit die Objektwertgarantie massgeblich" gewesen seien. Die Klägerin zeigt damit nicht auf, dass sie konkrete Umstände behauptet hätte, die von den Zeugen bzw. den Parteien zu bestätigen wären und so für die Vertragsauslegung von Bedeutung sein könnten. Beweise sind aber nur zu behaupteten Tatsachen abzunehmen. Das Beweisverfahren dient nicht dazu, fehlende (substanziierte) Behauptungen zu ersetzen oder zu ergänzen, sondern setzt solche vielmehr voraus (Urteile 4A_24/2021 vom 24. Juni 2021 E. 6.4.2; 4A_449/2017 vom 26. Februar 2018 E. 4.3; je mit Hinweis). Dass die Feststellung der Vorinstanz, die Parteien hätten keine tatsächliche Willensübereinstimmung behauptet, willkürlich wäre, macht die Klägerin auch nicht geltend. Dazu waren somit ebenfalls keine Beweise abzunehmen. Was die Klägerin vielmehr beabsichtigt, ist die Befragung der Zeugen und Parteien zu deren Verständnis, wie der Kaufvertrag nach Treu und Glauben auszulegen sei. Das aber ist eine Rechtsfrage und als solche ohnehin nicht Gegenstand einer Beweisabnahme.
Die Abweisung der beantragten Kaufpreisreduktion von Fr. 956'908.-- ist somit nicht zu beanstanden.
6.
Im kantonalen Verfahren machte die Klägerin geltend, Ziffer V.5 des Kaufvertrages garantiere einen Bauzustand gemäss der Zustandsbeurteilung der D._ AG vom 2. September 2016 (nachfolgend: D._-Bericht). Da in Ziffer 6.2 des D._-Berichts definiert werde, welche Bauteile nicht Gegenstand der Beurteilung gewesen seien, könne im Umkehrschluss geschlossen werden, dass alle nicht in Ziffer 6.2 erwähnten Bauteile beurteilt worden seien. Die von ihr beigezogene Gutachterin E._ AG habe am 5. Februar 2018 eine Gebäudezustandsanalyse und am 21. Februar 2018 einen Differenzbericht hinsichtlich der Feststellungen der D._ AG erstellt (nachfolgend: E._-Bericht). In diesem E._-Bericht seien verschiedene zeitnahe Instandsetzungsarbeiten mit entsprechenden Kosten identifiziert worden, die im D._-Bericht nicht erwähnt worden seien. Diese Kosten seien zu ersetzen.
6.1. Ziffer V.5 Abs. 1 und 2 des Kaufvertrages enthält unter dem Titel "Bauzustandszusicherung" folgende Regelung:
"C._ AG sichert A._ AG zu, dass die Zustandsbeurteilung der D._ AG vom 2. September 2016 [...] hinsichtlich aller Bauteile, die Gegenstand des Berichts bilden, richtig und vollständig sind.
Stellt A._ AG vor dem 31. März 2018 fest, dass die Zustandsbeurteilung mangelhaft oder falsch ist und entstehen der Käuferin dadurch Instandstellungskosten, so sind diese zulasten der Objektwertgarantie (Ziff. IV.2 lit. c) zu übernehmen. Als Sicherheit für die von der C._ AG zu übernehmenden Kosten dient die Objektwertgarantie".
6.2. Die Vorinstanz stellte fest, die Parteien hätten keinen übereinstimmenden tatsächlichen Parteiwillen bezüglich des Inhalts der Bauzustandszusicherung behauptet oder bewiesen. Nach objektivierter Vertragsauslegung erfasse die Garantie diejenigen Bauteile, die Gegenstand des D._-Berichts gewesen seien. Demgegenüber lasse sich aus dem Wortlaut nicht ableiten, dass die Beurteilung des D._-Berichts alle Bauteile erfasse, die Gegenstand des Kaufvertrages seien, wie die Klägerin geltend mache. Die Beklagte habe der Klägerin mit dieser Vertragsziffer zugesichert, dass die in der Zustandsbeurteilung aufgeführten Prüfungsergebnisse der Wahrheit entsprächen und alle zwischen den Parteien vereinbarten Bauelemente sowie deren Bauteile auch tatsächlich überprüft und in der Zustandsbeurteilung aufgeführt worden seien. Die Zustandsprüfung durch den D._-Bericht habe sodann nur die in ihm explizit aufgeführten Bauteile erfasst.
In der Folge prüfte die Vorinstanz die einzelnen behaupteten Zustandsmängel (Flachdach, Fenster und Türen beim Kopfbau nordseitig, Elektroinstallationen, Lüftungsanlage sowie Grundleitungen) und verneinte einen Anspruch der Klägerin.
6.3. Die Klägerin beanstandet die Auslegung von Ziffer V.5 Abs. 1 und 2 des Kaufvertrages nicht (mehr) und ebenso wenig den Umfang der vom D._-Bericht erfassten Bauteile. Sie macht vielmehr geltend, die Vorinstanz habe ihr wiederholt vorgeworfen, sie habe mit dem von ihr eingereichten Privatgutachten der E._ AG die entsprechende Forderung nicht genügend substanziiert. Gleichzeitig habe die Vorinstanz die Befragung des von ihr zusätzlich als Zeugen offerierten Privatgutachters, F._, als nicht erforderlich beurteilt. Diese Vorwürfe beziehen sich auf die einzelnen Zustandsmängel.
6.3.1. Im Wesentlichen hält die Klägerin der Vorinstanz entgegen, sie habe mit dem Privatgutachten gemäss der bundesgerichtlichen Rechtsprechung (<ref-ruling> E. 2.6) substanziierte Parteibehauptungen vorgebracht. Dem hätte die Beklagte ebenso substanziiert entgegnen müssen, andernfalls nicht von einer streitigen Tatsache im Sinne von <ref-law> habe ausgegangen werden dürfen. Die Beklagte hätte daher ihrerseits mit einem äquivalenten (privaten) Gegengutachten reagieren müssen, was sie aber unterlassen habe.
Hinsichtlich des Zeugen F._ sei die Vorinstanz bei den konkreten Tatbeständen der Zustandszusicherung aufgrund der Akten zum Schluss gekommen, dass eine Befragung des Zeugen nicht notwendig sei. Einzig mit einer Befragung des Zeugen wäre aber ein ganzheitliches Bild des Zustands der Liegenschaft entstanden. Mit der Verweigerung der Anhörung habe die Vorinstanz das rechtliche Gehör verletzt.
6.3.2. Wenn die Klägerin geltend machen will, ihre Tatsachenbehauptungen seien nicht rechtsgenüglich bestritten worden, müsste sie im Einzelnen mit Hinweisen auf das angefochtene Urteil und die Rechtsschriften darlegen, um welche konkreten Behauptungen es sich handelt. Nur so kann das Bundesgericht beurteilen, inwiefern die Vorinstanz bei ihrer Würdigung der einzelnen Sachverhalte unzulässigerweise unbestrittene Sachverhalte nicht berücksichtigt hat. Diesen Anforderungen genügt die Beschwerde offensichtlich nicht. Die Klägerin scheint davon auszugehen, ein Privatgutachten stelle als solches eine (generelle) Behauptung dar. Das ergibt sich aber entgegen ihrer Annahme nicht aus <ref-ruling>. Dort heisst es: "Parteibehauptungen, denen ein Privatgutachten zugrunde liegt, werden meist besonders substanziiert sein" (E. 2.6 S. 438). Die Klägerin müsste somit dartun, wo sie gestützt auf das Privatgutachten solche besonders substanziierten Behauptungen gemacht hat, die durch die Beklagte bloss pauschal bestritten worden sind. Da sie dies unterlässt, ist auf die Rüge nicht einzutreten.
6.3.3. Auch die Rüge betreffend die unterlassene Einvernahme des Zeugen F._ ist unsubstanziiert und genügt den Anforderungen (vgl. E. 2 hiervor) nicht. Damit diese erfüllt wären, müsste die Klägerin darlegen, hinsichtlich welcher Sachverhalte die Vorinstanz, gestützt auf welche rechtlichen oder beweismässigen Überlegungen, auf die Einvernahme verzichtet hat und dann dem Bundesgericht konkret erklären, weshalb dieser vorinstanzlichen Begründung nicht gefolgt werden kann. Der schlichte Hinweis, die Vorinstanz habe "wiederholt" den Zeugen nicht berücksichtigt und dieser hätte ein "ganzheitliches Bild des Zustands der Liegenschaft" liefern können, ist klar ungenügend.
7.
Die Beschwerde der Klägerin ist abzuweisen, soweit überhaupt darauf eingetreten werden kann. Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend wird die Klägerin kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 Abs. 1 und Art. 68 Abs. 2 BGG).
Verfahren 4A_138/2021
8.
Mit ihrer Widerklage forderte die Beklagte einen Verzugs- bzw. Schadenszins von 5 % auf Fr. 2 Mio. ab 1. Mai 2018 gestützt auf Ziffer V.3 Abs. 5 des Kaufvertrages (vgl. zu deren Wortlaut E. 5.1 hiervor).
8.1. Die Vorinstanz erwog, die Beklagte stelle sich auf den Standpunkt, die Klägerin habe aufgrund der unbegründeten Klageeinreichung und der damit einhergehenden Nichtauszahlung der Sicherheit am 30. April 2018 für den Verzugsschaden einzustehen. Verzug setze die Fälligkeit der Leistung voraus. Mit Einleitung des Gerichtsverfahrens werde vorliegend die Fälligkeit aber aufgeschoben. Beansprucht werde ein Betrag von Fr. 1'715'393.95 (am 30. April 2018 noch nicht beanspruchter Teil). Diesen Betrag könne die Beklagte bis zu einem rechtskräftigen Urteil nicht einfordern. Liege noch keine Fälligkeit vor, könne auch kein Verzug eintreten.
8.2. Die Beklagte rügt zu Recht, dass sich die Vorinstanz mit dieser Begründung nur zum Verzugszins äussert, sie aber widerklageweise einen Verzugs- bzw. Schadenszins gefordert hatte. Letzteres hält die Vorinstanz selber fest, wenn sie bei der Zusammenfassung des Parteistandpunkts die Beklagte mit den Worten zitiert, soweit die Klägerin einen unberechtigten Prozess führe, missbrauche sie die Sicherheit und werde dafür schadenersatzpflichtig. Der Anspruch auf rechtliches Gehör (<ref-law> und <ref-law>) verlangt, dass das Gericht die Vorbringen des vom Entscheid in seiner Rechtsstellung Betroffenen auch tatsächlich hört, prüft und in der Entscheidfindung berücksichtigt (<ref-ruling> E. 2.2.1; <ref-ruling> E. 4.1 mit Hinweisen). Damit sich die Parteien ein Bild über die Erwägungen des Gerichts machen können, ist sein Entscheid zu begründen. Die Begründung muss kurz die Überlegungen nennen, von denen sich das Gericht hat leiten lassen und auf die sich sein Entscheid stützt (<ref-ruling> E. 5.2; <ref-ruling> E. 4.3.2; <ref-ruling> E. 3.2.4). Der angefochtene Entscheid genügt diesen Anforderungen nicht, da jedwelche Ausführungen zum Schadenszins fehlen. Wie die Beklagte aber selber ausführt, kann auch bei einer Verletzung des rechtlichen Gehörs eine Rückweisung unterbleiben, wenn eine solche zu einem formalistischen Leerlauf führen würde. In diesem Sinn beantragt sie, dass das Bundesgericht selber entscheide, zumal es sich um eine reine Rechtsfrage handle.
Die Beklagte begründet ihren Anspruch damit, dass die Klageeinleitung "unberechtigterweise" erfolgt sei. Sie spricht zwar von vertragswidrigem Verhalten, begründet dieses aber nicht weiter. Es ist denn auch nicht ersichtlich, dass der Kaufvertrag einen entsprechenden Vorbehalt bzw. eine Einschränkung enthalten würde. Grundsätzlich ist mit der Vorinstanz davon auszugehen, dass gemäss dem Kaufvertrag die Klageeinleitung die Freigabe der Sicherheit blockiert. Die Auffassung der Beklagten bedeutet deshalb im Ergebnis, dass der Klägerin die Berufung auf ein ihr an sich zustehendes Recht verweigert werden soll. Solches würde voraussetzen, dass die Voraussetzungen des Rechtsmissbrauchs erfüllt wären. <ref-law> dient aber lediglich als korrigierender Notbehelf für die Fälle, in denen formales Recht zu materiell krassem Unrecht führen würde. Rechtsmissbrauch ist restriktiv anzunehmen (<ref-ruling> E. 4.2 mit Hinweisen). Auch wenn deren Klage durch die Vorinstanz und nun im Beschwerdeverfahren abgewiesen wurde, bedeutet dies nicht, dass die Klägerin offensichtlich unbegründet und damit missbräuchlich von ihrem Recht Gebrauch gemacht hat.
9.
Damit ist die Beschwerde der Beklagten abzuweisen. Sie wird ebenfalls kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 Abs. 1 und Art. 68 Abs. 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Verfahren 4A_150/2021 und 4A_138/2021 werden vereinigt.
2.
Die Beschwerde im Verfahren 4A_150/2021 wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
3.
Die Beschwerde im Verfahren 4A_138/2021 wird abgewiesen.
4.
Die Gerichtskosten von Fr. 17'000.-- im Verfahren 4A_150/2021 werden der Klägerin, diejenigen von Fr. 5'500.-- im Verfahren 4A_138/2021 der Beklagten auferlegt.
5.
Die Klägerin hat die Beklagte für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 12'500.-- zu entschädigen.
6.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Handelsgericht des Kantons Aargau, 1. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 6. August 2021
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Hohl
Der Gerichtsschreiber: Gross