Sachverhalt:
A.
Die A._ AG (Beklagte, Beschwerdeführerin) ist eine Aktiengesellschaft nach Schweizer Recht, deren Aktienkapital aus 20 Inhaberaktien besteht. Die B._ B.V. (Klägerin, Beschwerdegegnerin) stellt sich auf den Standpunkt, Inhaberin der Inhaberaktien Nr. 11 - 20 zu sein. Die Beklagte bestreitet die Aktionärsstellung der Klägerin.
Am 30. Juni 2015 hielt die Beklagte eine ausserordentliche Generalversammmlung ab. Zu dieser Generalversammlung war die Klägerin weder eingeladen, noch war sie an dieser vertreten.
B.
B.a. Die Klägerin beantragte mit Klage vom 19. September 2016 beim Zivilkreisgericht Basel Landschaft West, es sei festzustellen, dass die Beschlüsse der ausserordentlichen Generalversammlung der Beklagten vom 30. Juni 2015 nichtig seien.
Mit Eingabe vom 1. Dezember 2016 reichte die Klägerin sodann am gleichen Gericht ein Gesuch um Kraftloserklärung der Inhaberaktien Nr. 11 - 20 ein.
B.b. Mit Entscheid vom 22. August 2017 erklärte das Zivilkreisgericht die Inhaberaktien Nr. 11 - 20 als kraftlos. Der Entscheid ist am 4. September 2017 in Rechtskraft erwachsen.
Das Zivilkreisgericht hiess in der Folge mit Entscheid vom 7. September 2017 die Klage um Feststellung der Nichtigkeit gut und stellte fest, dass die Beschlüsse der ausserordentlichen Generalversammlung der Beklagten vom 30. Juni 2015 nichtig seien.
B.c. Dagegen erhob die Beklagte Berufung an das Kantonsgerichts Basel-Landschaft, das mit Entscheid vom 3. Juli 2018 die Berufung in Bestätigung des Entscheids des Zivilkreisgerichts abwies.
C.
Gegen den Entscheid des Kantonsgerichts erhob die Beschwerdeführerin Beschwerde in Zivilsachen an das Bundesgericht. Sie beantragte, der Entscheid des Kantonsgerichts sei aufzuheben und die Angelegenheit sei zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Es wurden keine Vernehmlassungen eingeholt.

Erwägungen:
1.
1.1. Die Beschwerde richtet sich gegen den Endentscheid (<ref-law>) eines oberen kantonalen Gerichts, das in einer Zivilsache (<ref-law>) als Rechtsmittelinstanz entschieden (<ref-law>) und die Anträge der Beschwerdeführerin abgewiesen hat (<ref-law>). Die Streitwertgrenze ist mit einem Streitwert von Fr. 50'000.-- erreicht (<ref-law>) und die Beschwerdefrist (<ref-law>) eingehalten.
1.2. Die Beschwerde in Zivilsachen ist ein reformatorisches Rechtsmittel (<ref-law>). Daher ist grundsätzlich ein materieller Antrag erforderlich. Anträge auf Rückweisung der Sache an die Vorinstanz zu neuer Entscheidung oder blosse Aufhebungsanträge genügen nicht und machen die Beschwerde unzulässig (<ref-ruling> E. 1.3 S. 383; <ref-ruling> E. 3.1). Ein blosser Rückweisungsantrag reicht ausnahmsweise aus, wenn das Bundesgericht im Falle der Gutheissung nicht selbst in der Sache entscheiden könnte, weil die erforderlichen Sachverhaltsfeststellungen der Vorinstanz fehlen (<ref-ruling> E. 1.2 S. 135; <ref-ruling> E. 3.1 S. 489 f.).
1.3. Die Beschwerdeführerin beantragt einzig, dass das vorinstanzliche Urteil aufzuheben und die Sache an die Vorinstanz zurückzuweisen sei. Einen materiellen Antrag stellt sie nicht. Auch in der Beschwerdebegründung legt sie nicht dar, warum der blosse Rückweisungsantrag ausnahmsweise genügen sollte. Es ist daher fraglich, ob überhaupt auf die Beschwerde eingetreten werden könnte. Da die Beschwerde aber - wie nachfolgend gezeigt wird - abgewiesen wird, braucht die Frage nicht entschieden zu werden.
2.
2.1. Mit Beschwerde in Zivilsachen können Rechtsverletzungen nach Art. 95 und 96 BGG gerügt werden. Die Beschwerde ist hinreichend zu begründen, andernfalls wird darauf nicht eingetreten (<ref-ruling> E. 2.1). In der Beschwerdeschrift ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt (<ref-law>). Unerlässlich ist, dass die Beschwerde auf die Begründung des angefochtenen Entscheids eingeht und im Einzelnen aufzeigt, worin eine Verletzung von Bundesrecht liegt. Die beschwerdeführende Partei soll in der Beschwerdeschrift nicht bloss die Rechtsstandpunkte, die sie im kantonalen Verfahren eingenommen hat, erneut bekräftigen, sondern mit ihrer Kritik an den als rechtsfehlerhaft erachteten Erwägungen der Vorinstanz ansetzen (<ref-ruling> E. 2 S. 89, 115 E. 2 S. 116).
2.2. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Dazu gehören sowohl die Feststellungen über den streitgegenständlichen Lebenssachverhalt als auch jene über den Ablauf des vor- und erstinstanzlichen Verfahrens, also die Feststellungen über den Prozesssachverhalt (<ref-ruling> E. 1.3.1 mit Hinweisen). Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law>). "Offensichtlich unrichtig" bedeutet dabei "willkürlich" (<ref-ruling> E. 2 S. 117; <ref-ruling> E. 1.5). Überdies muss die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein können (<ref-law>).
Für eine Kritik am festgestellten Sachverhalt gilt das strenge Rügeprinzip von <ref-law> (<ref-ruling> E. 2.3 S. 266 mit Hinweisen). Die Partei, welche die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz anfechten will, muss klar und substanziiert aufzeigen, inwiefern diese Voraussetzungen erfüllt sein sollen (<ref-ruling> E. 1.3.1 S. 18 mit Hinweisen). Wenn sie den Sachverhalt ergänzen will, hat sie zudem mit präzisen Aktenhinweisen darzulegen, dass sie entsprechende rechtsrelevante Tatsachen und taugliche Beweismittel bereits bei den Vorinstanzen prozesskonform eingebracht hat (<ref-ruling> E. 2 S. 90). Genügt die Kritik diesen Anforderungen nicht, können Vorbringen mit Bezug auf einen Sachverhalt, der vom angefochtenen Entscheid abweicht, nicht berücksichtigt werden (<ref-ruling> E. 1.3.1 S. 18).
Diese Grundsätze verkennt die Beschwerdeführerin, soweit sie unter den Überschriften "Einleitung" und "Sachverhalt" den Sachverhalt aus ihrer eigenen Sicht schildert und damit über den vorinstanzlich festgestellten Sachverhalt hinausgeht, ohne hinreichende Sachverhaltsrügen nach den oben genannten Grundsätzen zu erheben. Dies hat unberücksichtigt zu bleiben.
3.
Die Vorinstanz erwog, die Erstinstanz habe die Klage der Beschwerdegegnerin gutgeheissen und die Nichtigkeit der Generalversammlungsbeschlüsse vom 30. Juni 2015 festgestellt. Die Beschwerdeführerin rüge, die Erstinstanz habe die Aktivlegitimation der Beschwerdegegnerin zu Unrecht bejaht. Grundsätzlich werde der Nachweis der Aktionärsstellung bei Inhaberaktien durch den Besitz der Urkunde geführt. Das Gesetz schliesse aber eine alternative Beweisführung nicht aus. Im vorliegenden Fall sei unbestritten, dass die Beschwerdegegnerin nicht über die Inhaberaktien Nr. 11 - 20 verfüge. Die Erstinstanz habe die Annahme der Aktivlegitimation primär mit der auf den Antrag der Beschwerdegegnerin erfolgten Kraftloserklärung begründet, die am 4. September 2017 und somit kurz vor dem Entscheid der Erstinstanz rechtskräftig geworden sei.
Durch die Kraftloserklärung könne die Beschwerdegegnerin die aus der Urkunde fliessenden Rechte geltend machen. Der Beschwerdegegnerin als Gesuchstellerin könne mit dem Kraftloserklärungsentscheid nachweisen, dass sie zur Geltendmachung der in der kraftlos erklärten Urkunden verbrieften Rechte, soweit solche bestünden, berechtigt sei. Da der Schuldner, d.h. die Gesellschaft, am Amortisationsverfahren nicht beteiligt gewesen sei, könne er der Gesuchstellerin alle Einreden entgegen halten mit der Ausnahme der Einrede, die Urkunde müsse vorgelegt werden. Nichts anderes habe auch die Erstinstanz festgehalten und in der Folge geprüft, ob die Beschwerdeführerin die Aktionärsstellung der Beschwerdegegnerin erfolgreich bestreiten konnte, was sie verneint habe.
Der Auffassung der Beschwerdeführerin, wonach die Kraftloserklärung die Beschwerdegegnerin nicht vom Nachweis ihrer Aktionärsstellung entbinde, könne nicht gefolgt werden. Nach der Kraftloserklärung sei es Sache der Gesellschaft, die fehlende Berechtigung geltend zu machen, wobei sie sich nicht auf unsubstanziierte Behauptungen beschränken könne. Darin liege kein Verstoss gegen <ref-law>. Die Beschwerdeführerin sei beweisbelastet für Tatsachen, aus denen sie Rechte ableite. Wenn es um Tatsachen gehe, mit denen der Beschwerdegegnerin die aus <ref-law> fliessende Rechtsstellung abgesprochen werden solle, sei sie dafür beweisbelastet.
Es sei nicht zu beanstanden, dass die Erstinstanz zum Schluss gekommen sei, dass der Beschwerdeführerin der ihr obliegende Nachweis der fehlenden Aktionärsstellung der Beschwerdegegnerin nicht gelungen sei. Die Erstinstanz habe die Aktionärseigenschaft der Beschwerdegegnerin und ihre darauf gestützte Aktivlegitimation zur Erhebung einer Klage auf Feststellung der Nichtigkeit der Generalversammlungsbeschlüsse vom 15. Juni 2015 korrekterweise bejaht. Dass die Beschwerdegegnerin zur Generalversammlung vom 30. Juni 2015 nicht eingeladen worden sei und dass dies die Nichtigkeit der an der Versammlung gefassten Beschlüsse zur Folge habe, werde von der Beschwerdeführerin anerkannt und entspreche auch konstanter Lehre und Rechtsprechung. Die Erstinstanz habe daher zu Recht die Klage gutgeheissen und die Nichtigkeit der Generalversammlungsbeschlüsse vom 30. Juni 2015 festgestellt.
4.
4.1. Dagegen stellt sich die Beschwerdeführerin in ihrer Hauptbegründung auf den Standpunkt, dass der damalige Erwerb der Aktien der Beschwerdeführerin durch die Beschwerdegegnerin mit Sitz in U._ gegen das Bundesgesetz vom 16. Dezember 1983 über den Erwerb von Grundstücken durch Personen im Ausland (BewG, SR 211.412.41) verstosse. Das Rechtsgeschäft sei nichtig und der Erwerb der Aktien sei nie gültig zustande gekommen. Die Beschwerdegegnerin sei damit für die vorliegende Klage nicht aktivlegitimiert.
4.2. Für die Rügen, die dem Bundesgericht vorgetragen werden, muss der kantonale Instanzenzug ausgeschöpft worden sein; und zwar nicht nur formell, sondern auch materiell, indem die Rügen soweit möglich schon vor Vorinstanz vorgebracht werden müssen (<ref-ruling> E. 1.1 S. 293; <ref-ruling> E. 1.3 S. 527; Urteil 4A_645/2017 vom 22. August 2018 E. 6.2, zur Publ. bestimmt). Eine neue rechtliche Argumentation ist demgegenüber vor Bundesgericht zulässig unter der Voraussetzung, dass sie sich im Rahmen des von der Vorinstanz festgestellten Sachverhalts bewegt (<ref-ruling> E. 4.4 S. 34 mit Hinweisen; zit. Urteil 4A_645/2017 E. 6.2).
4.3. Aus den Sachverhaltsfeststellungen der Vorinstanz geht nicht hervor, dass die Beschwerdeführerin die Rüge, dass der Aktienerwerb durch die Beschwerdegegnerin gegen das Bewilligungsgesetz verstosse, bereits vor der Vorinstanz geltend machte. Es ist daher fraglich, ob auf dieses Vorbringen mangels Ausschöpfung des materiellen Instanzenzuges überhaupt eingetreten werden kann. Selbst wenn von einem zulässigen Vorbringen ausgegangen würde, fehlte es diesbezüglich an vorinstanzlichen Sachverhaltsfeststellungen, die der Argumentation der Beschwerdeführerin zugrunde gelegt werden könnten: Wie die Beschwerdeführerin in ihrer Beschwerde vor Bundesgericht selbst ausführt, wird "das BewG im Urteil der Vorinstanz mit keinem Wort erwähnt" und es fänden sich bezüglich der Frage, ob das Geschäft mit Grundstücken wirtschaftlich gesehen den Hauptanteil ihrer Geschäftsaktivitäten ausmache, "keinerlei Hinweise im vorinstanzlichen Urteil".
Für eine erfolgreiche Rüge wäre es nun an der Beschwerdeführerin, vor Bundesgericht eine Ergänzung des vorinstanzlich festgestellten Sachverhalts zu verlangen. Dafür ist es aber nicht genügend, der Vorinstanz bloss vorzuwerfen, dass sie den wesentlichen Sachverhalt "völlig unzureichend, unvollständig und somit qualifiziert falsch abgeklärt" habe. Vielmehr hat die Beschwerdeführerin mit präzisen Aktenhinweisen darzulegen, dass sie die entsprechenden rechtsrelevanten Tatsachen und tauglichen Beweismittel bereits bei den Vorinstanzen prozesskonform eingebracht hat (dazu oben Erwägung 2.2). Letzteres zeigt die Beschwerdeführerin nicht auf und kommt damit den Voraussetzungen für eine Sachverhaltsergänzung nicht nach. Auf die Hauptbegründung der Beschwerdeführerin kann daher nicht eingetreten werden.
5.
5.1. In der Eventualbegründung beharrt die Beschwerdeführerin auf ihrer Auffassung, wonach die Kraftloserklärung die Beschwerdegegnerin nicht vom Nachweis ihrer Aktionärsstellung entbinde. Die Kraftloserklärung führe nicht dazu, dass die Beschwerdegegnerin den Bestand ihres Rechts nicht mehr nachweisen müsse. Vielmehr sei die Beschwerdegegnerin jedem anderen Rechteinhaber gleichgestellt. Es sei somit falsch, wenn die Vorinstanz behaupte, die Beschwerdeführerin müsse beweisen, dass die Beschwerdegegnerin nicht Aktionärin sei. Aus der Kraftloserklärung fliesse vielmehr bloss eine tatsächliche Vermutung, die der Beweiserleichterung diene, aber keine Umkehr der Beweislast zur Folge habe. Es sei zwar zutreffend, wenn die Vorinstanz ausführe, dass sie durch ihre Vorbringen "den Gegenbeweis nicht erbracht" habe. Sie habe jedoch lediglich begründete Zweifel zu hegen, dass die Beschwerdegegnerin Aktionärin sei. Dies habe sie getan. Die Vorinstanz sei fälschlicherweise von einer Beweislastumkehr ausgegangen, was dazu geführt habe, dass sie zu hohe Beweisanforderungen an die Beschwerdeführerin gesetzt habe. Es liege eine Verletzung von <ref-law> und <ref-law> vor.
5.2. Die Kraftloserklärung von Wertpapieren ist die gerichtliche Erklärung, dass der Schuldner in Aufhebung des Grundsatzes von <ref-law> auch ohne Vorweisung der Urkunde leisten darf. Sie beraubt den Titel der formellen Legitimation, die er dem Inhaber verschafft (<ref-ruling> E. 1 S. 176; <ref-ruling> E. 3b S. 226; Urteil 4P.178/2003 vom 22. Dezember 2003 E. 5.1). Das Recht wird vom Papier getrennt und der Berechtigte kann das Recht ohne Vorlage der Urkunde geltend machen (<ref-law>). Der Gesuchsteller wird damit in die Lage versetzt, in der er sich befände, wenn er im Besitz der Urkunde wäre und diese vorweisen könnte (<ref-ruling> E. 1 S. 176; <ref-ruling> E. 3b S. 227). Er kann sich mit dem Kraftloserklärungsentscheid gegenüber dem Schuldner legitimieren, wie wenn er das verlorene Wertpapier noch besässe (BGE <ref-ruling> E. 3b S. 227). Bezeichnete sich der Gesuchsteller im Kraftloserklärungsverfahren als Gläubiger (was die Regel ist) wird er mit dem Urteil als solcher legitimiert (Peter Jäggi, Zürcher Kommentar, 1959, N. 199 f. zu Art. 971/972 OR; vgl. auch: Daniel Staehelin, in: Basler Kommentar Zivilgesetzbuch II, 5. Aufl. 2015, N. 11 zu <ref-law>).
Die Wirkungen der Kraftloserklärung sind aber rein legitimationsrechtlicher Natur; die materielle Rechtslage bleibt davon unberührt (zit. Urteil 4P.178/2003 E. 5.1). Die Kraftloserklärung verleiht dem Gesuchsteller keine neuen Rechte gegen den Schuldner (<ref-ruling> E. 1 S. 176). Dieser erleidet keine Einbusse in seinen Rechten und behält alle Einreden, die er dem Gesuchsteller entgegenhalten konnte, als dieser den Titel noch besass (<ref-ruling> E. 1 S. 176 f.; <ref-ruling> E. 3b S. 227). Der Schuldner kann damit insbesondere den Bestand des Rechts bestreiten, das im Wertpapier verkörpert war, oder geltend machen, der Gesuchsteller sei nicht dessen Inhaber (<ref-ruling> E. 1 S. 177). Der Schuldner hat aber die Umstände, die für seine Einwendungen sprechen, zu behaupten und zu beweisen (Jäggi, a.a.O., N. 206 und N. 209 zu Art. 971/972 OR; derselbe, Die Kraftloserklärung von Wertpapieren, in: Gauch/Schnyder [Hrsg.], Privatrecht und Staat, 1976, S. 437 ff., S. 452; Philipp Cudkowicz, Wertpapierverlust, 1941, S. 91 f.).
5.3. Nach dem Gesagten ist die Auffassung der Vorinstanz nicht zu beanstanden: Die Beschwerdegegnerin ersuchte als Aktionärin die Kraftloserklärung der Inhaberaktien Nr. 11 - 20 der Beschwerdeführerin. Mit Entscheid vom 22. August 2017 wurden diese Inhaberaktien kraftlos erklärt. Die Kraftloserklärung der Inhaberaktien versetzt die Beschwerdegegnerin in die gleiche Lage, wie wenn sie die verlorenen Inhaberpapiere noch besässe. Sie kann sich somit mit dem Kraftloserklärungsentscheid gegenüber der Beschwerdeführerin als Aktionärin legitimieren, wie wenn sie noch im Besitz der Inhaberaktien wäre. Der Beschwerdeführerin steht aber auch nach der Kraftloserklärung der Nachweis offen, dass die Beschwerdegegnerin nicht Aktionärin ist. Die Beschwerdeführerin ist dafür aber beweisbelastet.
Die Vorinstanz verletzte nach dem Gesagten kein Bundesrecht, als sie zum Schluss kam, dass die Beschwerdeführerin nachzuweisen habe, dass die Beschwerdegegnerin nicht Aktionärin ist.
Die Beweiswürdigung der Vorinstanz stellt die Beschwerdeführerin nicht in Frage. Sie anerkennt im Gegenteil vor Bundesgericht ausdrücklich, dass es ihr nicht gelingt den "Gegenbeweis" zu erbringen. Es hat damit sein Bewenden.
6.
Nach dem Gesagten ist die Beschwerde abzuweisen, soweit auf sie eingetreten werden kann. Bei diesem Ausgang des Verfahrens wird die Beschwerdeführerin kostenpflichtig (<ref-law>). Der Beschwerdegegnerin ist aus dem bundesgerichtlichen Verfahren kein entschädigungspflichtiger Aufwand erwachsen, weshalb ihr keine Parteientschädigung zuzusprechen ist (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 5'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Kantonsgericht Basel-Landschaft, Abteilung Zivilrecht, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 3. Dezember 2018
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Kiss
Der Gerichtsschreiber: Brugger