Sachverhalt:
A.
Mit Beschluss vom 17. November 2015 bewilligte die Baukommission der Gemeinde Egg die Erstellung eines Weihers und einer Magerwiese auf dem Grundstück Kat.-Nr. 6087 in Hinteregg (Weiher "Halden"). Die Baudirektion des Kantons Zürich erteilte am 4. Dezember 2015 eine Ausnahmebewilligung im Sinn von Art. 24 RPG (SR 700) für den Neubau eines Weihers und einer Blumenwiese auf dem Grundstück Kat.-Nr. 6087 (Weiher "Halden") sowie für den Bau eines Weihers mit Blumenwiese auf den Grundstücken Kat.-Nr. 6786 und 6100B (Weiher "Eggbüel"). Dagegen gelangten A._ und B._ mit Rekurs vom 8. Januar 2016 an das Baurekursgericht des Kantons Zürich.
Nachdem die Baukommission der Gemeinde Egg ein Gutachten eingeholt hatte, hob sie am 21. Juni 2016 ihren Beschluss vom 17. November 2015 wiedererwägungsweise auf und erteilte gleichzeitig die Bewilligung für den Bau eines Weihers und einer Blumenwiesensaat auf dem Grundstück Kat.-Nr. 6087 (Weiher "Halden") und den Bau eines Weihers und einer Feuchtwiese auf den Grundstücken Kat.-Nr. 6786 und 6100B (Weiher "Eggbüel"). Dagegen erhob A._ erneut Rekurs. Das Baurekursgericht vereinigte mit Entscheid vom 24. Mai 2017 die beiden Rekursverfahren und wies das Rechtsmittel ab, soweit es das Verfahren nicht als erledigt abschrieb.
Eine gegen diesen Entscheid von A._ und B._ erhobene Beschwerde hiess das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich mit Urteil vom 25. Januar 2018 in Bezug auf die Kosten- und Entschädigungsfolgen teilweise gut, im Übrigen wies es sie ab.
B.
Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht vom 5. März 2018 beantragen A._ und B._, das Urteil des Verwaltungsgerichts sei aufzuheben. Eventualiter sei die Sache an die Baukommission zurückzuweisen und anzuordnen, dass A._ und B._ in das Verfahren einzubeziehen seien.
Das Verwaltungsgericht beantragt, die Beschwerde sei abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. Der Gemeinderat Egg schliesst auf Abweisung der Beschwerde, ebenso die kantonale Baudirektion. Die Baukommission Egg hat sich nicht vernehmen lassen. Die Beschwerdeführer haben eine Replik eingereicht.

Erwägungen:
1.
Beim angefochtenen Urteil des Verwaltungsgerichts handelt es sich um einen kantonal letztinstanzlichen Entscheid in einer Angelegenheit des öffentlichen Rechts, der das Verfahren abschliesst. Er kann beim Bundesgericht mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten angefochten werden (Art. 82 lit. a, Art. 86 Abs. 1 lit. d und Art. 90 BGG).
2.
2.1. Die Beschwerdeführer rügen einzig eine Verletzung des rechtlichen Gehörs (<ref-law>). Die Baukommission Egg habe die beiden Beschlüsse gefällt, ohne sie zuvor in das Verfahren einzubeziehen. Zudem seien ihnen die Beschlüsse nicht zugestellt worden. In den kantonalen Rechtsmittelverfahren seien die Verfahrensfehler gerügt worden, weder das Baurekursgericht noch das Verwaltungsgericht hätten jedoch darauf reagiert. Eine Heilung des Verfahrensmangels komme nicht in Betracht, da es sich um eine schwerwiegende Verletzung des rechtlichen Gehörs handle.
2.2. Neue rechtliche Begründungen sind vor Bundesgericht im Rahmen des Streitgegenstands zulässig (<ref-law>). Da das Bundesgericht seinem Urteil den von der Vorinstanz festgestellten Sachverhalt zugrunde legt (<ref-law>), wird die Zulässigkeit neuer rechtlicher Argumentation grundsätzlich an die Voraussetzung geknüpft, dass sie sich auf einen im angefochtenen Urteil festgestellten Sachverhalt stützt (<ref-ruling> E. 4.1 S. 366 f. mit Hinweisen auf Rechtsprechung und Literatur sowie auf eine vorliegend nicht anwendbare Ausnahme). Auch der Grundsatz von Treu und Glauben (<ref-law>) setzt derartigen Vorbringen Schranken (Urteil 2C_128/2016 vom 7. April 2017 E. 3).
2.3. Die Beschwerdeführer verweisen auf eine Stelle in ihrer Beschwerde an das Verwaltungsgericht, aus der hervorgehen soll, dass sie die genannten Verfahrensmängel bereits im vorinstanzlichen Verfahren geltend gemacht haben. Die betreffende Stelle betrifft jedoch die Frage der Legitimation und enthält keine Rüge der Verletzung des rechtlichen Gehörs. Diese erst im bundesgerichtlichen Verfahren vorzutragen, verstösst gegen Treu und Glauben. Darauf ist somit nicht einzutreten.
2.4. Nur der Vollständigkeit halber ist darauf hinzuweisen, dass der Gemeinderat Egg in seiner Beschwerdeantwort unter Nennung der Aufgabe-Nummern dargelegt hat, dass die Baubewilligungsentscheide jeweils beiden Beschwerdeführern mit eingeschriebener Postsendung zugestellt worden waren. Dazu äussern sich die Beschwerdeführer in ihrer Replik nicht. Zur Gewährung des rechtlichen Gehörs im zürcherischen Baubewilligungsverfahren, das zum Teil in das Rekursverfahren verlagert wird, hat sich das Bundesgericht im Urteil 1C_53/2013 vom 7. Mai 2013 E. 5.3 geäussert. Weitere Ausführungen dazu erübrigen sich.
3.
Mangels einer zulässigen Rüge ist auf die Beschwerde nicht einzutreten.
Bei diesem Verfahrensausgang sind die Gerichtskosten den Beschwerdeführern aufzuerlegen (<ref-law>). Es ist keine Parteientschädigung zuzusprechen (Art. 68 Abs. 1-3 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 1'000.-- werden den Beschwerdeführern auferlegt.
3.
Es wird keine Parteientschädigung zugesprochen.
4.
Dieses Urteil wird den Beschwerdeführern, der Baukommission Egg, dem Gemeinderat Egg, der Baudirektion des Kantons Zürich und dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 3. Abteilung, 3. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 22. Oktober 2018
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Merkli
Der Gerichtsschreiber: Dold