Faits :
A.
A.a. C._ est administrateur président avec signature individuelle de Régie A.D._ SA, société dont la raison sociale est devenue D._ SA, le 30 juillet 2020 (ci-après: régie D._); son siège social se trouve à Genève.
La société immobilière (SI) E._ SA, dont C._ est également administrateur président, a pour but l'acquisition, la construction, l'exploitation, la gestion ou la vente d'immeubles ou de terrains, en bloc ou par parcelle. Depuis le 24 février 2012, elle a son siège auprès de la régie D._.
B._ SA a pour but l'achat, la vente, l'exploitation et la gérance de commerces et de biens immobiliers, les activités d'entreprise générale du bâtiment et le conseil en entreprises. Elle a également son siège auprès de la régie D._. C._ en est aussi administrateur président avec signature individuelle.
A.b. H._ SA a pour but l'achat, la vente, la construction, l'échange, la prise de participation, l'exploitation, la gestion et la location de tous immeubles ou de tous droits immobiliers en Suisse et à l'étranger, ainsi que le conseil dans les domaines administratifs et financiers. F._ en est administrateur président et G._ administratrice, tous deux avec signature individuelle. Son siège se trouve rue U._ à Genève.
A._ SA a pour but l'administration, l'acquisition et la vente de participations à toutes entreprises commerciales, financières, industrielles, mobilières et immobilières et de biens immobiliers et mobiliers à l'étranger. F._ en est également administrateur président et G._ administratrice, tous deux avec signature individuelle. Son siège se trouve aussi rue U._ à Genève.
B.
Le 21 novembre 2009, SI E._ SA a acquis l'immeuble sis à l'avenue V._, sur la parcelle no 11'555, feuillet 12 de la Commune de Meyrin, située en troisième zone de développement.
Entre les mois d'avril et de juillet 2012, C._, en sa qualité d'actionnaire de SI E._ SA, a cédé les actions de cette société à différentes personnes morales, dont il était administrateur ou administrateur président, ainsi qu'à différentes personnes physiques. Dans ce cadre, H._ SA a acquis deux cents actions regroupées dans les certificats nos 9, 11, 18 et 24.H._ SA a ensuite, le 9 juillet 2012, revendu à A._ SA le certificat d'actions no 24, comportant vingt-trois actions (nos 690 à 712), soit 2,8% du capital-actions, au prix de 60'000 fr., payé par compensation avec les comptes courants actionnaire à la valeur au 10 juillet 2012. Une modification des statuts de SI E._ SA était en cours, en vue de partager le capital-actions en mille actions de 250 fr.
Le 19 juillet 2012, les statuts de SI E._ SA ont été modifiés, cette dernière devenant une société immobilière d'actionnaires-locataires (ci-après: SIAL). La propriété d'un certificat d'actions de la société conférait, depuis lors, à l'actionnaire le droit de louer une partie déterminée des immeubles sociaux et/ou de leurs dépendances, selon le tableau de concordance. L'actionnaire concluait alors avec la société un bail conforme aux prescriptions légales et aux usages locaux.
Selon le tableau de concordance, le certificat d'action no 24 était rattaché au lot de PPE - encore non constituée - no 6.03.
Dès le 31 août 2012, l'immeuble a été soumis au régime de la PPE.
Le lot no 6.03 correspondait à un appartement de trois pièces de 72 m2 au quatrième étage avec balcon de 11 m2, cave S et box no 2'344.
Cet appartement était loué à une tierce personne depuis le 1er septembre 1973, conformément au contrat de bail du 25 octobre 1974 et aux conclusions d'accord entre la locataire et SI E._ SA du 19 juin 2015.
C.
En février et mars 2014, SI E._ SA a transféré à certains de ses actionnaires la propriété des lots de PPE de l'immeuble correspondant à leurs certificats d'actions. Elle a ainsi notamment transféré le lot 6.03 à A._ SA.
Le 9 avril 2014, le registre foncier (RF) a adressé aux études de notaires genevoises une note relative aux "opérations de liquidation des SIAL et transformation des cessionnaires détenteurs de certificats d'actions en propriétaires d'étages", visant à transformer les actionnaires en propriétaires de parts de PPE. Depuis 1995 au moins, ces opérations n'étaient pas soumises à autorisation de vente au regard de la législation cantonale sur les démolitions, transformations et rénovations de maisons d'habitation. Il était toutefois apparu que les exigences légales pouvaient être contournées par diverses opérations juxtaposées dans l'application de cette pratique. Cette dernière était dès lors momentanément suspendue et les opérations en cause devraient dorénavant être soumises à l'autorité compétente, pour décision sur la question de l'assujettissement ou non à la législation sur les démolitions, transformations et rénovations de maisons d'habitation.
Par arrêtés du 22 juillet 2015, le Département cantonal du territoire (ci-après: DT) a refusé la délivrance des autorisations d'aliéner sollicitées par la régie D._ concernant les actes de transfert de parts de PPE intervenus de février à mars 2014. Ces arrêtés ont été confirmés sur recours par le Tribunal administratif de première instance de la République et canton de Genève (ci-après: TAPI) le 17 mai 2016 (cause cantonale JTAPI/488/2016), la Chambre administrative de la Cour de justice de la République et canton de Genève le 17 janvier 2017 (ATA/37/2017) ainsi que par le Tribunal fédéral, le 23 novembre 2017 (cause 1C_123/2017).
Dans son arrêt 1C_123/2017 du 23 novembre 2017, le Tribunal fédéral a en particulier retenu que cette opération impliquait un changement dans le régime de propriété et avait pour but une individualisation des appartements, préalable à la sortie du marché locatif; cela pouvait sans arbitraire justifier l'application de l'art. 39 de la loi cantonale du 25 janvier 1996 sur les démolitions, transformations et rénovations de maisons d'habitation (LDTR/GE; RS/GE L 5 20) (consid. 3.2). Il a par ailleurs estimé que la succession rapide des événements (vente des actions, constitution d'une SIAL, constitution d'une PPE et transfert des parts PPE) faisait apparaître qu'il s'agissait d'un montage mis sur pied dès l'origine; c'était à juste titre que les autorités cantonales y avaient vu une fraude à la loi visant à contourner les exigences et objectifs poursuivis par la LDTR/GE (consid. 4.4).
D.
Le 1er mai 2018,A._ SA a conclu une convention de cession du certificat d'actions no 24 de SI E._ SA avec B._ SA. Le prix de vente était fixé à 130'000 fr.
Par requête du 6 juin 2018, la régie D._ a sollicité auprès de l'Office cantonal du logement et de la planification foncière (ci-après: OCLPF), rattaché au DT, l'autorisation que A._ SA cède à B._ SA le certificat d'actions no 24. La régie D._ a réitéré cette demande les 6 août et 10 septembre 2018.
Vu l'arrêt du Tribunal fédéral 1C_123/2017 précité, A._ SA ne voulait pas rester dans SI E._ SA. Elle avait trop de "liquidités bloquées par empêchement de financement en SIAL et a[vait] besoin de liquidités". C._ proposait de lui reprendre son certificat d'actions par le biais de sa société B._ SA. S'agissant d'un objet de rendement acquis par une société d'investissement, cet appartement resterait sur le marché locatif. La cession du certificat d'actions ne porterait aucunement préjudice à la situation de l'objet. La pesée des intérêts commandait la délivrance de l'autorisation sollicitée.
Par arrêté du 18 avril 2019, le DT a refusé de délivrer l'autorisation d'aliéner. Le DT ne pouvait valider une opération subséquente à une opération menée dans le but de violer la législation cantonale sur les démolitions, transformations et rénovations de maisons d'habitation. Aucun des motifs d'autorisation n'était réalisé. A._ SA ne justifiait d'aucun motif permettant de conclure à un intérêt privé prépondérant.
Par acte du 27 mai 2019, A._ SA et B._ SA, représentées par la régie D._, ont recouru contre cet arrêté au TAPI. Par jugement du 19 mai 2020, le tribunal a admis le recours et annulé l'arrêté du DT du 18 avril 2019. Il n'y avait pas de vente en bloc,A._ SA possédant un seul lot dans l'immeuble, ni de motifs d'assainissement financier. Le transfert n'avait pas pour effet de faire perdre l'affectation locative du logement, la titulaire du certificat d'actions restant légalement locataire. L'aliénation en cause, qui consistait en un simple changement d'actionnariat, ne permettait pas, d'une manière ou d'une autre, de parachever le processus d'individualisation de l'appartement concerné. Aucune étape supplémentaire n'était franchie dans la poursuite du but de faire sortir l'appartement du marché locatif, l'opération litigieuse ne faisant que répéter, sous l'angle juridique, l'opération lors de laquelle le certificat d'actions était passé de la propriété de SI E._ SA [ recte : C._] à H._ SA puis à A._ SA. L'opération n'avait en outre aucun caractère spéculatif. Le refus d'autorisation d'aliéner la contraignait à rester propriétaire, ce qui entraînait un certain nombre de conséquences juridiques. Son intérêt privé était suffisant pour autoriser l'aliénation.
E.
Le 26 juin 2020, le DT a recouru contre ce jugement à la Chambre administrative de la Cour de justice.
Par arrêt du 22 décembre 2020, la Cour de justice a admis le recours du département; le jugement du TAPI a en conséquence été annulé et l'arrêté départemental du 18 avril 2019 rétabli. La cour cantonale a tout d'abord estimé que l'aliénation de l'appartement en cause, par le biais du transfert du certificat d'actions de la SIAL correspondant, était soumise à autorisation au sens de l'art. 39 LDTR/GE. Procédant ensuite à une pesée des intérêts, la Cour de justice a estimé que les intérêts publics poursuivis par la LDTR/GE s'agissant du maintien du parc locatif devaient l'emporter sur les intérêts privés de la cédante, qui relevaient de la pure convenance, ainsi que sur les intérêts commerciaux de A._ SA. L'aliénation en cause permettait de parachever l'individualisation de l'appartement et constituait une étape finale de la fraude à la loi mise sur pied dès l'origine.
F.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public, A._ SA et B._ SA demandent principalement au Tribunal fédéral d'annuler l'arrêt cantonal ainsi que l'arrêté du DT du 18 avril 2019 et d'autoriser le transfert de propriété du certificat d'actions concerné. Subsidiairement, elles concluent au renvoi de la cause à l'instance précédente pour nouvelle décision dans le sens des considérants.
La Cour de justice persiste dans les considérants et le dispositif de son arrêt. L'OCLPF conclut au rejet du recours. Les recourantes ont répliqué, persistant dans les termes de leur recours.

Considérant en droit :
1.
Dirigé contre une décision finale prise en dernière instance cantonale dans une cause de droit public, le recours est en principe recevable comme recours en matière de droit public selon les art. 82 ss LTF, aucune des exceptions prévues à l'art. 83 LTF n'étant réalisée. Les recourantes ont pris part à la procédure devant l'autorité précédente; en tant que propriétaire, respectivement acquéreuse du certificat d'action no 31 de SI E._ SA, elles sont particulièrement touchées par la décision de refus confirmée en instance cantonale. Elles disposent dès lors de la qualité pour recourir devant le Tribunal fédéral au sens de l'art. 89 al. 1 LTF.
2.
Bien que ces critiques figurent au sein de leur argumentation de fond, on comprend que les recourantes se plaignent d'arbitraire dans l'appréciation et la constatation des faits, spécialement s'agissant de la connaissance par la recourante 1 du système mis en place et du fait d'y avoir sciemment pris part.
2.1. Le Tribunal fédéral statue en principe sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF), sous réserve des cas prévus à l'art. 105 al. 2 LTF. Selon l'art. 97 al. 1 LTF, la partie recourante ne peut critiquer la constatation de faits que si ceux-ci ont été établis en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF ou de manière manifestement inexacte - en particulier en violation de l'interdiction constitutionnelle de l'arbitraire - et pour autant que la correction du vice soit susceptible d'influer sur le sort de la cause. Conformément à l'art. 106 al. 2 LTF, la partie recourante doit expliquer de manière circonstanciée en quoi ces conditions seraient réalisées. Les faits et les critiques invoqués de manière appellatoire sont irrecevables (<ref-ruling> consid. 6.3).
2.2. Selon les recourantes, la Cour de justice aurait à tort retenu que la recourante 1 avait sciemment pris part à la fraude à la loi confirmée en dernier lieu, le 23 novembre 2017, par le Tribunal fédéral (cause 1C_123/2017). Elles soutiennent que la recourante 1 ne pouvait percevoir la finesse du montage mis en place dès lors que même le notaire ayant instrumenté l'acte s'y serait laissé prendre.
Indépendamment de la recevabilité de ce grief sous l'angle des exigences de motivation de l'art. 106 al. 2 LTF, les recourantes perdent de vue que la Cour de justice a fondé son appréciation sur une analyse complète du dossier et de la chronologie des opérations ayant précédé la cession du certificat d'actions ici discutée. La Cour de justice a ainsi souligné que l'acte de cession des actions de SI E._ SA à la recourante 1 de 2012 mentionnait déjà la future modification des statuts, qui, lorsqu'elle est intervenue, a directement lié le certificat d'action no 24 au lot de PPE no 6.03, alors même que l'immeuble n'était pas encore soumis au régime de la PPE. Dans ces conditions, la Cour de justice pouvait, sans arbitraire, retenir que la recourante 1 n'était pas en marge de ce système et qu'elle y avait sciemment participé dès la conclusion de la première cession. En effet, que la recourante 1 souhaite aujourd'hui vendre ses actions au motif qu'elle ne peut devenir propriétaire (PPE) confirme qu'elle poursuivait dès le début cet objectif, ceci alors même qu'il ne s'agissait alors pas d'acheter une part de PPE ni même des actions dans une SIAL, mais simplement les actions d'une société propriétaire d'un immeuble.
Sur le vu de ce qui précède, le grief est écarté.
3.
Toujours en lien avec l'établissement des faits, les recourantes reprochent à la Cour de justice de n'avoir pas retenu l'existence d'une pratique du département selon laquelle ce dernier assortirait certaines aliénations d'une réserve "privant les bénéficiaires de l'autorisation [...] de la possibilité de se prévaloir de ladite autorisation dans le cadre d'une revente ultérieure". Les recourantes voient également dans le refus de la Cour de justice d'instruire cet aspect une violation de leur droit d'être entendues (art. 29 al. 2 Cst.).
3.1. Le droit d'être entendu garanti par l'art. 29 al. 2 Cst. comprend notamment le droit pour l'intéressé de s'exprimer sur les éléments pertinents avant qu'une décision ne soit prise touchant sa situation juridique, d'avoir accès au dossier, de produire des preuves pertinentes, d'obtenir qu'il soit donné suite à ses offres de preuves pertinentes, de participer à l'administration des preuves essentielles ou à tout le moins de s'exprimer sur son résultat, lorsque cela est de nature à influer sur la décision à rendre (<ref-ruling> consid. 4.1; <ref-ruling> consid. 4.1.1; <ref-ruling> consid. 6.3.1). L'autorité peut cependant renoncer à procéder à des mesures d'instruction lorsque les preuves administrées lui ont permis de former sa conviction et que, procédant d'une manière non arbitraire à une appréciation anticipée des preuves qui lui sont encore proposées, elle a la certitude que ces dernières ne pourraient l'amener à modifier son opinion (<ref-ruling> consid. 4.1; <ref-ruling> consid. 6.3.1).
3.2. Devant l'instance précédente, les recourantes demandaient la production des cinquante dernières décisions octroyant des autorisations d'aliéner un appartement. Cette demande était formulée dans le but de démontrer l'existence d'une pratique du département tendant à la délivrance d'autorisations assorties d'une réserve concernant l'application ultérieure de l'art. 39 al. 4 let. d LDTR. Selon cette disposition, le département autorise l'aliénation d'un appartement si celui-ci a fait une fois au moins l'objet d'une autorisation d'aliéner en vertu de la présente loi. La Cour de justice a cependant considéré que l'existence d'une telle pratique n'était pas déterminante dans le cas particulier, spécifiquement parce que l'aliénation litigieuse concrétisait l'individualisation de l'appartement; elle disposait en outre d'un dossier complet lui permettant de trancher le litige en toute connaissance de cause.
A l'appui de leur critique, les recourantes n'exposent pas réellement en quoi cette appréciation serait arbitraire. Leur argumentation, qui se confond avec un argumentaire de fond, consiste en substance à affirmer que l'application de cette pratique au cas d'espèce permettrait d'autoriser la vente tout en évitant la concrétisation des risques d'exclusion du marché locatif poursuivis par la LDTR/GE. Elles perdent cependant de vue qu'une réserve écartant, le cas échéant, le bénéfice de l'art. 39 al. 4 let. d LDTR/GE n'empêche pas l'individualisation de l'appartement sur laquelle se fonde, en l'occurrence, le refus d'autorisation du département, prononcé en application de l'art. 39 al. 1 et 2 LDTR/GE. Aussi en confirmant ce refus, au motif que l'opération litigieuse parachevait l'individualisation du logement, sans qu'aucun intérêt privé ne le justifie (cf. consid. 4.4.1-4.4.4 ci-dessous), la Cour de justice pouvait-elle, sans arbitraire, refuser de faire droit à la réquisition de preuve des recourantes.
Pour peu qu'il soit suffisamment motivé, le grief apparaît mal fondé et doit être rejeté.
4.
Devant le Tribunal fédéral, les recourantes ne nient pas que l'appartement en cause entre dans une catégorie où sévit la pénurie. Elles ne soutiennent plus non plus que l'un des motifs imposant la délivrance d'une autorisation prévus par l'art. 39 al. 4 LDTR/GE serait en l'espèce réalisé. Elles font en revanche valoir une application arbitraire de l'art. 39 al. 2 LDTR/GE ainsi qu'une atteinte à la garantie de la propriété (art. 26 Cst.), contestant en particulier la pesée des intérêts ayant conduit au refus de l'autorisation requise. Si elles ne discutent pas directement que l'aliénation de l'appartement, respectivement la vente du certificat d'action auquel il est rattaché, est soumise à autorisation au sens de l'art. 39 al. 1 LDTR/GE, elles contestent cependant, dans leur critique de la pesée des intérêts, que cette opération aboutisse à l'individualisation de l'appartement. Dans ce cadre, elles reprochent encore - et notamment - à la Cour de justice d'avoir tenu compte de la fraude à la loi initiale, confirmée en dernier lieu par le Tribunal fédéral dans son arrêt du 23 novembre 2017 (cause 1C_123/2017).
4.1. Appelé à revoir l'interprétation d'une norme cantonale ou communale sous l'angle restreint de l'arbitraire, le Tribunal fédéral ne s'écarte de la solution retenue par l'autorité cantonale de dernière instance que si celle-ci apparaît insoutenable, en contradiction manifeste avec la situation effective, adoptée sans motifs objectifs et en violation d'un droit certain. En revanche, si l'application de la loi défendue par l'autorité cantonale ne s'avère pas déraisonnable ou manifestement contraire au sens et au but de la disposition ou de la législation en cause, cette interprétation sera confirmée, même si une autre solution - même préférable - paraît possible (<ref-ruling> consid. 4.4.1 et les références citées). En outre, il ne suffit pas que les motifs de la décision critiquée soient insoutenables; encore faut-il que cette dernière soit arbitraire dans son résultat (<ref-ruling> consid. 3.1). Le grief d'application arbitraire du droit cantonal est soumis à des exigences de motivation accrue (art. 106 al. 2 LTF; cf. <ref-ruling> consid. 2.1).
4.2. Aux termes de l'art. 39 LDTR/GE, l'aliénation, sous quelque forme que ce soit (notamment cession de droits de copropriété d'étages ou de parties d'étages, d'actions, de parts sociales), d'un appartement à usage d'habitation, jusqu'alors offert en location, est soumise à autorisation dans la mesure où l'appartement entre, à raison de son loyer ou de son type, dans une catégorie de logements où sévit la pénurie (al. 1). Le département refuse l'autorisation lorsqu'un motif prépondérant d'intérêt public ou d'intérêt général s'y oppose. L'intérêt public et l'intérêt général résident dans le maintien, en période de pénurie de logements, de l'affectation locative des appartements loués (al. 2). Quant à l'art. 39 al. 4 LDTR/GE, il prévoit une série d'hypothèses dans lesquelles, selon la jurisprudence cantonale, le département compétent est tenu de délivrer l'autorisation d'aliéner; il en va notamment ainsi dans le cas où l'appartement a fait une fois au moins l'objet d'une autorisation d'aliéner en vertu de la présente loi (cf. art. 39 al. 4 let. d LDTR/GE).
4.2.1. Le but poursuivi par la LDTR/GE, qui tend à préserver l'habitat et les conditions de vie existants, en restreignant notamment le changement d'affectation des maisons d'habitation (art. 1 al. 1 et 2 let. a LDTR/GE), procède d'un intérêt public important et reconnu (<ref-ruling> consid. 5.2.4; <ref-ruling> consid. 7a; <ref-ruling> consid. 3a et les arrêts cités). Par ailleurs, la réglementation mise en place par la LDTR/GE est en soi conforme au droit fédéral et à la garantie de la propriété, y compris le refus de l'autorisation de vendre un appartement loué lorsqu'un motif prépondérant d'intérêt public ou d'intérêt général s'y oppose. Pour qu'une telle restriction soit conforme à la garantie de la propriété (art. 26 al. 1 Cst.), l'autorité administrative doit effectuer une pesée des intérêts en présence et évaluer l'importance du motif de refus au regard des intérêts privés en jeu (ATF <ref-ruling> consid. 7b/aa; arrêt 1C_141/2011 du 14 juillet 2011 consid. 3.2 publié in SJ 2011 I p. 357).
4.2.2. Selon la jurisprudence cantonale, dans le cas d'appartements en PPE, la vente en bloc doit être préférée à la vente par unités séparées, ce procédé-là ne mettant en principe pas en péril les buts de la LDTR/GE (arrêts 1C_137/2011 du 14 juillet 2011 consid. 3.2; 1C_180/2007 du 12 octobre 2007 consid. 5.6). Le Tribunal fédéral a lui-même eu l'occasion de dire que la LDTR/GE s'applique lorsqu'un appartement est individualisé, puis vendu; elle ne saurait cependant empêcher la vente en bloc de plusieurs appartements à un même acquéreur, car, dans ce cas, le risque de voir ces appartements sortir du marché locatif est pratiquement nul (arrêts 1C_137/2011 du 14 juillet 2011 consid. 3.2; 1P.2/1999 du 19 avril 1999 consid. 2f). Toutefois, même dans ce cas de figure, le fait de vendre "à la découpe" des immeubles locatifs en blocs de petites tailles a pour effet une transformation progressive de l'immeuble locatif contraire à l'esprit de la LDTR/GE (cf. art. 39 al. 3 in initio LDTR/GE). Une diminution de la taille des lots et, parallèlement, une multiplication du nombre des propriétaires tendent en effet indéniablement à mettre en péril le maintien de l'affectation locative des appartements loués ainsi que la préservation de loyers bon marché, maintenus en vertu du but de la LDTR/GE; cela augmente la probabilité d'une vente ultérieure de logements individualisés, et partant le risque d'une atteinte au parc immobilier locatif (cf. arrêts 1C_124/2017 du 23 novembre 2017 consid. 3.2; 1C_137/2011 du 14 juillet 2011 consid. 3.3; GAIDE/DÉFAGO GAUDIN, La LDTR, 2014, ch. 3.2 p. 414). Ainsi, même en cas de vente en bloc, l'aliénateur doit justifier d'un intérêt privé particulier primant l'intérêt public à la préservation du marché locatif (cf. arrêts 1C_137/2011 du 14 juillet 2011 consid. 3.3 in initio; 1C_180/2007 du 12 octobre 2007 consid. 5.7).
4.2.3. Intitulé "Pesée des intérêts", l'art. 13 du règlement d'application de la LDTR/GE du 29 avril 1996 (RDTR; RS/GE L 5 20.01), prévoit que, dans le cadre de l'examen de la requête en autorisation, le département procède à la pesée des intérêts publics et privés en présence (al. 1). L'intérêt privé est présumé l'emporter sur l'intérêt public lorsque le propriétaire doit vendre l'appartement pour l'un des motifs suivants: nécessité de liquider un régime matrimonial ou une succession (al. 3 let. a); nécessité de satisfaire aux exigences d'un plan de désendettement (let. b); prise d'un nouveau domicile en dehors du canton (let. c).
4.3. En droit public, le principe de la bonne foi est explicitement consacré par l'art. 5 al. 3 Cst., en vertu duquel les organes de l'Etat et les particuliers doivent agir de manière conforme aux règles de la bonne foi. Il y a fraude à la loi - forme particulière d'abus de droit - lorsqu'un justiciable évite l'application d'une norme imposant ou interdisant un certain résultat par le biais d'une autre norme permettant d'aboutir à ce résultat de manière apparemment conforme au droit (<ref-ruling> consid. 2.2 p. 52; <ref-ruling> consid. 2.3 p. 209 s.). La norme éludée doit alors être appliquée nonobstant la construction juridique destinée à la contourner (<ref-ruling> consid. 2.2 p. 52; <ref-ruling> consid. 2.3 p. 210; <ref-ruling> consid. 5.1 p. 72). Pour être sanctionné, un abus de droit doit apparaître manifeste. L'autorité qui entend faire appliquer la norme éludée doit établir l'existence d'une fraude à la loi, ou du moins démontrer l'existence de soupçons sérieux dans ce sens. Cette appréciation doit se faire au cas par cas, en fonction des circonstances d'espèce (<ref-ruling> consid. 2.2; <ref-ruling> consid. 2.5 et la jurisprudence citée).
4.4. En l'espèce, la Cour de justice a retenu que l'aliénation en cause était soumise à autorisation en application de l'art. 39 al. 1 LDTR/GE; elle a de même considéré qu'aucun des cas de délivrance d'une autorisation selon l'art. 39 al. 4 LDTR/GE n'était réalisé. L'octroi d'une autorisation reposait par conséquent sur une pesée des intérêts effectuée en application de l'art. 39 al. 2 LDTR/GE. La recourante 1 avait fait valoir sa volonté de ne pas rester dans la SIAL suite à l'arrêt du Tribunal fédéral 1C_123/2017 du 23 novembre 2017. Or, le fait de vouloir sortir de la SIAL car le transfert des lots de PPE n'avait pu aboutir n'était pas un intérêt à prendre en compte, sauf à récompenser la mise en place d'un système frauduleux. La recourante 1 était partie à la procédure ayant donné lieu à l'arrêt 1C_123/2017 précité, de sorte que la fraude à la loi constatée lui était opposable. Elle n'était pas en marge du système ainsi mis en place et y avait participé dès la première cession en 2012. Quant au besoin de liquidités invoqué, celui-ci n'avait pas été démontré. L'aliénation de l'appartement n'était en définitive justifiée que par la seule convenance personnelle de la recourante 1. S'agissant de la recourante 2, l'intérêt invoqué, savoir l'acquisition d'actions à titre d'investissement, relevait de motifs commerciaux. Ces intérêts privés devaient céder le pas à l'intérêt public au maintien de l'affectation locative de l'appartement. L'aliénation litigieuse permettait de parachever, à l'issue de toutes les opérations préalables, l'individualisation de l'appartement et de consacrer, par une autre voie, la fraude à la loi.
4.4.1. Les recourantes affirment que, prises individuellement, les différentes opérations ayant précédé l'aliénation ici en cause ne seraient pas frauduleuses et seraient intervenues sans violation d'une quelconque loi. Cette argumentation est cependant sans pertinence tant il est évident que le système mis en place pour parvenir à l'individualisation de l'appartement ne se limite pas à une unique opération, par hypothèse conforme à la loi, mais à une série de manoeuvres visant à contourner les objectifs d'intérêt public poursuivis par la LDTR/GE (cf. arrêt 1C_123/2017 du 23 novembre 2017 consid. 3.2 et 4.4), lesquelles doivent être considérées conjointement. La vente des parts de PPE initialement projetée a certes été empêchée. Il n'est cependant pas insoutenable, au regard du contexte, de considérer que l'aliénation ici en cause représente une alternative qui, si elle n'était effectivement pas prévue au départ, permet d'aboutir au résultat initialement recherché: le rattachement de l'appartement au certificat d'action par la constitution d'une SIAL n'ayant jamais été validé - alors même que la location dans le cadre d'une SIAL constitue, selon la jurisprudence cantonale, une forme analogue à la propriété (cf. GAIDE/DÉFAGO GAUDIN, op. cit., ch. 2.3 p. 407; ch. 3 p. 413 et la référence) -, l'autorisation par le département de l'aliénation ici considérée permettrait de légitimer l'individualisation du logement, finalisant la fraude à la loi initialement constatée.
En outre, bien que la Cour de justice ne l'ait pas expressément évoqué, on peut se demander si, au danger de sortie du marché locatif qu'occasionne l'individualisation de l'appartement, ne s'ajoute pas le risque lié à la réserve prévue par l'art. 39 al. 4 let. LDTR/GE, qui, pour mémoire, commande à l'autorité de délivrer l'autorisation si l'appartement a fait une fois au moins l'objet d'une autorisation d'aliéner en vertu de la LDTR/GE. Les recourantes en conviennent, à tout le moins implicitement, lorsqu'elles estiment qu'une réserve excluant l'application de l'art. 39 al. 4 let. d LDTR/GE permettrait de neutraliser les effets indésirables de la vente. Cet aspect peut toutefois demeurer indécis, la légitimation de l'individualisation par la délivrance de l'autorisation d'aliénation ici en cause suffisant en soi à concrétiser le risque d'atteinte au parc locatif genevois que la loi cherche à juguler (cf. GAIDE/DÉFAGO GAUDIN, op. cit., ch. 2.3 p. 407; ch. 2.8 p. 412 in fine; ch. 3 p. 413 et la référence).
4.4.2. Les recourantes critiquent encore la Cour de justice pour avoir jugé que la volonté de la cédante (recourante 1) de sortir de la SIAL ne pouvait être considérée, sauf à récompenser la fraude à la loi. Cette méprise serait la conséquence de la constatation inexacte des faits quant à la connaissance de la recourante 1 du système (cf. consid. 2.2). Or, pour les motifs exposés ci-dessus, il n'y a pas lieu de revenir sur le fait que la recourante 1 faisait partie de ce système dès le début, par l'acquisition, en 2012, d'un certificat d'actions de SI E._ SA, dans le but de devenir propriétaire de l'appartement, sachant alors pourtant qu'elle n'acquérait ni parts de PPE ni actions de la SIAL (cf. consid. 2.2). C'est ainsi sans arbitraire que la Cour de justice a estimé que l'intérêt de la recourante 1 à sortir d'un système dans lequel elle était sciemment entrée, et mis en place afin de contourner la loi, ne pouvait en tant que tel être protégé.
4.4.3. Les recourantes reprochent de même à la Cour de justice d'avoir nié que l'aliénation se justifiait par un besoin de liquidités de la recourante 1. Elles se bornent toutefois à affirmer que l'intérêt privé à un éventuel désendettement prévu à l'art. 13 RDTR ne serait pas le seul pouvant primer l'intérêt public au maintien du parc locatif poursuivi par la LDTR/GE. Sur le principe et de manière générale, on peut certes en convenir. Dans le cas particulier cependant, les recourantes n'avancent aucune autre circonstance concrète commandant de s'écarter de l'appréciation de l'instance précédente; affirmer de manière générale que la titularité du certificat d'actions entraînerait "un certain nombre de conséquences juridiques, de responsabilités.... " est à cet égard insuffisant (cf. art. 106 al. 2 LTF). A cela s'ajoute encore, ce qui n'est pas contesté, que les intérêts avancés par la recourante 1 dans sa requête d'autorisation d'aliéner sont en réalité des intérêts génériques qui ont également été invoqués par d'autres intéressés dans le cadre d'opérations d'aliénation d'actions de la SIAL SI E._ SA (ainsi que d'une une autre SIAL, également liée à C._), dans des causes parallèles. Dans ces conditions, considérer que les intérêts privés invoqués par la recourante 1 relèvent de la pure convenance, ne procède pas d'arbitraire.
Par ailleurs, on ne saurait nier que l'intérêt de la recourante 2 s'avère strictement commercial. Les recourantes ont d'ailleurs précisé, devant l'instance précédente, que l'acquisition du certificat d'actions intervenait à titre d'investissement. Les recourantes ne le contestent du reste pas sérieusement; elles se contentent d'affirmer, sans autre explication, que les autorités précédentes auraient "failli dans la démonstration de ce que la vente refusée relèverait d'une opération spéculative ou commerciale ", ce qui ne répond pas aux exigences de motivation du recours fédéral (cf. art. 42 al. 2 et 106 al. 2 LTF).
4.4.4. Les recourantes soutiennent enfin que le raisonnement de la Cour de justice, retenant l'existence d'une individualisation, contraindrait la recourante 1 à rester propriétaire à vie de l'appartement, respectivement du certificat d'actions auquel celui-ci est rattaché. A cet égard, il faut certes concéder aux recourantes que la restitution du certificat à C._ - évoquée par la Cour de justice -, en lieu et place d'une cession à la recourante 2, aboutirait au même résultat: une telle opération consacrerait également une individualisation du logement; elle ne permettrait pas un retour à la situation initiale, C._ ayant, en 2012, cédé des actions encore non rattachées à un logement particulier, la SIAL n'ayant été constituée que postérieurement. Cela ne signifie toutefois pas encore, contrairement à ce que soutiennent les recourantes que la cédante se trouverait dans l'impossibilité de se défaire de son certificat, le cas échéant par une modification préalable de la nature des actions et des statuts de la SIAL, dont l'administration est d'ailleurs toujours en main de C._; il n'appartient toutefois pas aux autorités judiciaires de trouver une solution à la sortie de la recourante 1 d'un système dans lequel celle-ci est sciemment entrée.
4.5. Sur le vu de l'ensemble des considérations qui précèdent, c'est sans arbitraire que la Cour de justice a estimé que l'aliénation litigieuse était soumise à autorisation et qu'elle a, dans ce cadre, fait prévaloir, sur les intérêts privés des recourantes, l'intérêt public important au maintien de l'affectation locative des appartements loués défendu par la LDTR/GE (cf. <ref-ruling> consid. 5.2.4; <ref-ruling> consid. 7a; <ref-ruling> consid. 3a et les arrêts cités), ici mis en péril par la concrétisation de l'individualisation de même que par le jeu de l'art. 39 al. 4 let. d LDTR/GE. Le refus d'autorisation apparaît par ailleurs proportionné, apte et nécessaire à atteindre ce but (cf. <ref-ruling> consid. 5.6.3). La restriction au droit de propriété, matérialisée par le refus d'autorisation, répond partant également aux critères de l'art. 36 al. 2 et 3 Cst., l'existence d'une base légale n'étant pas discutée (art. 36 al. 1 Cst.).
Le grief apparaît en définitive mal fondé et doit être rejeté.
5.
Les considérants qui précèdent conduisent au rejet du recours, dans la mesure de sa recevabilité, aux frais des recourantes, qui succombent (art. 66 al. 1 et 5 LTF). Il n'est pas alloué de dépens (art. 68 al. 3 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 3'000 fr., sont mis à la charge des recourantes, solidairement entre elles.
3.
Le présent arrêt est communiqué au mandataire des recourantes, au Département du territoire de la République et canton de Genève ainsi qu'à la Chambre administrative de la Cour de justice de la République et canton de Genève.
Lausanne, le 6 septembre 2021
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Kneubühler
Le Greffier : Alvarez