Erwägungen:
1.
Die Staatsanwaltschaft Lenzburg-Aarau sprach A._ mit Strafbefehl vom 9. Oktober 2020 der Widerhandlung gegen das Personenbeförderungsgesetz schuldig und bestrafte ihn mit einer Busse von Fr. 100.--. A._ erhob dagegen am 29. Oktober 2020 Einsprache. Der Präsident des Bezirksgerichts Aarau lud A._ mit Verfügung vom 3. Mai 2021 zur Hauptverhandlung auf den 9. Juni 2021 vor. Dabei wurde er darauf aufmerksam gemacht, dass seine Einsprache als zurückgezogen gelte, wenn er der Verhandlung trotz Vorladung fernbleiben sollte.
Am 26. Mai 2021 erhob A._ sinngemäss Beschwerde gegen die Vorladung. Am 9. Juni 2021 teilte er dem Bezirksgericht Aarau telefonisch mit, dass er krank sei und nicht an der Verhandlung teilnehmen werde. Er wurde darauf aufmerksam gemacht, dass er ein Arztzeugnis oder einen Test vorlegen müsse, ansonsten er als säumig gelte. An der Verhandlung vom 9. Juni 2021 erschien A._, ohne ein Arztzeugnis oder ein Corona-Testergebnis einzureichen, nicht. Der Präsident des Bezirksgerichts Aarau schrieb mit Verfügung vom 11. Juni 2021 das Verfahren infolge Rückzugs der Einsprache als erledigt ab. Dagegen erhob A._ am 5. Juli 2021 Beschwerde und beantragte dabei sinngemäss sowohl die Aufhebung der Verfügung vom 11. Juni 2021 als auch der Vorladung vom 3. Mai 2021. Die Beschwerdekammer in Strafsachen des Obergerichts des Kantons Aargau hob mit Entscheid vom 2. August 2021 in teilweiser Gutheissung der Beschwerde die Verfügung des Bezirksgerichts Aarau vom 11. Juni 2021 auf und trat im Übrigen auf die Beschwerde nicht ein. Zur Begründung führte die Beschwerdekammer in Strafsachen zusammenfassend aus, dass verfahrensleitende Entscheide nicht anfechtbar seien, weshalb auf die Beschwerde nicht einzutreten sei, soweit die Aufhebung der Vorladung vom 3. Mai 2021 verlangt werde. A._ habe mit der Beschwerde ein ärztliches Zeugnis eingereicht, wonach er am Verhandlungstage wegen Krankheit zu 100 % arbeitsunfähig gewesen sei, weshalb in teilweiser Gutheissung der Beschwerde die Verfügung des Bezirksgerichts Aarau vom 11. Juni 2021 aufzuheben sei. Soweit die Beschwerde mehr oder anderes verlange, sei darauf nicht einzutreten. Da A._ erst im Rechtsmittelverfahren seine Krankheit nachgewiesen habe, seien die Kosten des obergerichtlichen Verfahrens in Anwendung von <ref-law> A._ aufzuerlegen.
2.
A._ führt mit Eingabe vom 24. September 2021 (Postaufgabe 27. September 2021) Beschwerde in Strafsachen gegen den Entscheid der Beschwerdekammer in Strafsachen des Obergerichts des Kantons Aargau vom 2. August 2021. Das Bundesgericht verzichtet auf die Einholung von Vernehmlassungen.
3.
Anfechtungsgegenstand ist der Entscheid der Beschwerdekammer in Strafsachen des Obergerichts des Kantons Aargau. Soweit der Beschwerdeführer Anträge stellt, die ausserhalb des im Entscheid geregelten Rechtsverhältnisses liegen, kann auf die Beschwerde von vornherein nicht eingetreten werden.
4.
Nach <ref-law> ist in der Begründung einer Beschwerde in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Entscheid Recht verletzt. Die Bestimmungen von <ref-law> nennen die vor Bundesgericht zulässigen Beschwerdegründe. Hinsichtlich der Verletzung von Grundrechten gilt der in <ref-law> verankerte Grundsatz der Rechtsanwendung von Amtes wegen nicht; insofern besteht eine qualifizierte Rügepflicht (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1.4.1 S. 53, 65 E. 1.3.1 S. 68 mit Hinweisen). Es obliegt dem Beschwerdeführer namentlich darzulegen, inwiefern der angefochtene Entscheid gegen Grundrechte verstossen soll.
Der Beschwerdeführer vermag mit seinen nicht sachbezogenen Ausführungen nicht verständlich aufzuzeigen, dass die Beschwerdekammer in Strafsachen bei der Behandlung seiner Beschwerde Recht im Sinne von <ref-law> verletzt hätte. Soweit er sinngemäss eine Verletzung seines Anspruchs auf unentgeltliche Rechtspflege geltend macht, legt er nicht dar, wann er im kantonalen Beschwerdeverfahren ein Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege gestellt haben will. Eine Verletzung seines Anspruchs auf unentgeltliche Rechtspflege ist somit weder ersichtlich noch dargetan. Soweit er die Auferlegung der obergerichtlichen Verfahrenskosten an sich beanstandet, vermag er nicht aufzuzeigen, inwiefern die Beschwerdekammer in Strafsachen <ref-law> rechts- bzw. verfassungswidrig angewendet haben soll. Aus seinen Ausführungen ergibt sich somit nicht, inwiefern der Entscheid der Beschwerdekammer in Strafsache rechts- bzw. verfassungswidrig sein soll. Die Beschwerde genügt den gesetzlichen Formerfordernissen offensichtlich nicht, weshalb auf sie im vereinfachten Verfahren nach <ref-law> nicht einzutreten ist.
5.
Angesichts der Aussichtslosigkeit des Verfahrens ist dem Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege nicht zu entsprechen (<ref-law>). Indessen ist davon abzusehen, für das bundesgerichtliche Verfahren Kosten zu erheben (<ref-law>).

Demnach erkennt das präsidierende Mitglied:
1.
Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2.
Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird abgewiesen.
3.
Es werden keine Kosten erhoben.
4.
Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, der Staatsanwaltschaft Lenzburg-Aarau, der Oberstaatsanwaltschaft des Kantons Aargau und dem Obergericht des Kantons Aargau, Beschwerdekammer in Strafsachen, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 5. Oktober 2021
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Das präsidierende Mitglied: Chaix
Der Gerichtsschreiber: Pfäffli