Sachverhalt:
A._ und C._ führen vor dem Kantonsgericht St. Gallen ein Berufungsverfahren betreffend Eheschutz. Strittig ist in erster Linie das Obhuts- und Besuchsrecht für das gemeinsame Kind D._ (geb. 2012). Praktisch von Beginn weg mussten laufend superprovisorische und vorsorgliche Massnahmen getroffen und Details des Betreuungsrechts geregelt werden. Anfang 2018 wurde eine Kindesvertretung angeordnet und Ende 2018 ein kinderpsychologisches Gutachten in Auftrag gegeben.
Am 7. Juni 2019 forderte der Vater den Ausstand des (damaligen) verfahrensleitenden Kantonsrichters; das Gesuch wurde abgewiesen.
Das Ende Oktober 2019 erstattete Gutachten ergab, dass sich das Kind bei an sich guter Beziehung zu beiden Elternteilen in einer dauerhaft belasteten Situation befindet. Die Erziehungsfähigkeit der Mutter wurde als uneingeschränkt, diejenige des Vaters zufolge mangelnder Kooperationsfähigkeit und -bereitschaft als eingeschränkt bezeichnet und eine gemeinsame Obhut als ausgeschlossen betrachtet.
Im November 2019 erliess das Untersuchungsrichteramt St. Gallen betreffend die Strafanzeige des Vaters gegen die Kindesvertreterin eine Nichtanhandnahmeverfügung, wogegen dieser bei der Anklagekammer erfolglos eine Beschwerde einreichte. Überdies wurde sein Ausstandsgesuch gegen den verfahrensleitenden Staatsanwalt abgewiesen.
Im März 2020 beantragte der Vater die Entlassung der Kindesvertreterin; das Gesuch wurde abgewiesen.
Mit Eingabe vom 26. August 2020 schlug die Lebenspartnerin des Vaters ein gemeinsames Gespräch vor, was der verfahrensleitende Kantonsrichter, welcher zufolge Pensionierung des Vorgängers das Verfahren per Juni 2020 übernommen hatte, grundsätzlich befürwortete, soweit die Voraussetzungen gegeben seien. Die Mutter war nicht bereit, ohne Anwältin teilzunehmen. Der verfahrensleitende Richter verzichtete daher am 14. September 2020 vorerst auf die Einberufung einer Gesprächsrunde; vorgesehen waren demgegenüber Einzelgespräche mit den Eltern. Am 15. September 2020 forderte der Vater erneut eine Gesprächsrunde, wobei er einverstanden sei, dass daran auch die Anwältin und der Lebenspartner der Mutter teilnehmen würden. Mit Schreiben vom 21. September 2020 wies der verfahrensleitende Richter den Vater darauf hin, dass Einigungsgespräche nur dann möglich und zielführend seien, wenn sämtliche Parteien freiwillig daran teilnähmen; nach Vorliegen des Ergänzungsgutachtens seien aber Einzelanhörungen der Eltern vorgesehen. Der Vater teilte darauf am 22. September 2020 mit, er könne nicht verstehen, warum kein runder Tisch einberufen werde, und er werde an einer Einzelanhörung nicht teilnehmen. Wenige Tage später gab er bekannt, er werde sein Besuchs- und Ferienrecht nicht mehr beanspruchen.
Mit Eingabe vom 26. Oktober 2020 verlangte der Vater den Ausstand des verfahrensleitenden Kantonsrichters und der Gerichtsschreiberin (rubrizierte Beschwerdegegnerin). Je mit Entscheid vom 26. Januar 2021 wies der Kantonsgerichtspräsident das Ausstandsgesuch gegen den verfahrensleitenden Richter ab und trat auf dasjenige gegen die Gerichtsschreiberin nicht ein.
Gegen beide Entscheide hat der Vater am 5. März 2021 beim Bundesgericht eine Beschwerde eingereicht. In der vorliegend zu behandelnden Beschwerde fordert er, Gerichtsschreiberin E._ habe in den Ausstand zu treten.

Erwägungen:
1.
Gegen selbständig eröffnete Zwischenentscheide über Ausstandsbegehren ist die Beschwerde in Zivilsachen zulässig (<ref-law>).
2.
Die Vorinstanz ist auf das Rechtsmittel des Beschwerdeführers nicht eingetreten. Streitgegenstand ist deshalb grundsätzlich nur die Frage, ob die Vorinstanz zu Recht einen Nichteintretensentscheid gefällt hat (<ref-ruling> E. 1.2 S. 41; <ref-ruling> E. 3.2 S. 235).
Diesbezüglich hat die Beschwerde eine Begründung zu enthalten, in welcher in gedrängter Form dargelegt wird, inwiefern der angefochtene Entscheid Recht verletzt (<ref-law>), was eine sachbezogene Auseinandersetzung mit dessen Erwägungen erfordert (<ref-ruling> E. 2 S. 116; <ref-ruling> E. 2.4 S. 368).
3.
Der Beschwerdegegner warf und wirft der Gerichtsschreiberin vor, in der Aktennotiz vom 22. September 2020, mit welcher festgehalten wurde, dass er auf eine Einzelanhörung verzichte und nicht verstehe, warum kein runder Tisch zustande gekommen sei, nicht erwähnt zu haben, dass ihm ein Telefonat mit dem verfahrensleitenden Richter verwehrt worden sei. Daraus leitete und leitet er eine Befangenheit der Gerichtsschreiberin und ein Näheverhältnis zur Gegenpartei ab.
Das Kantonsgericht hat erwogen, der Beschwerdeführer nenne nicht ausreichend konkret, welches Verhalten der Gerichtsschreiberin den Anschein einer Befangenheit hervorrufen soll. Es lasse sich den Ausführungen nicht ansatzweise entnehmen, inwiefern zwischen ihr und der Mutter ein Näheverhältnis bestehen oder inwiefern sie sich zu deren Gunsten parteiisch verhalten haben soll.
Damit setzt sich der Beschwerdeführer nicht auseinander. Vielmehr beschränkt er sich auf die Erneuerung des Vorwurfes, die Aktennotiz sei unvollständig. Im Übrigen leitet er eine Befangenheit der Gerichtsschreiberin aus Gegebenheiten im Machtbereich des verfahrensleitenden Richters ab (runder Tisch und Telefonate); dies geht von vornherein an der Sache vorbei.
4.
Nach dem Gesagten erweist sich die Beschwerde als offensichtlich nicht hinreichend begründet, weshalb im vereinfachten Verfahren nach <ref-law> auf sie nicht einzutreten ist.
5.
Die Gerichtskosten sind dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (<ref-law>).

Demnach erkennt das präsidierende Mitglied:
1.
Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 1'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Kantonsgericht St. Gallen, Kantonsgerichtspräsident, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 12. März 2021
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Das präsidierende Mitglied: Escher
Der Gerichtsschreiber: Möckli