Sachverhalt:
A.
Gegen A._ ist im Kanton Bern ein Strafverfahren hängig. Während des Berufungsverfahrens machte er mit Eingabe vom 23. November 2017 geltend, er lehne den Spruchkörper (Obergerichtssuppleant Horisberger, Oberrichter Vicari und Oberrichterin Hubschmid Volz) wegen eines Verstosses gegen Art. 6 EMRK ab. Mit Verfügung vom 21. November 2017 sei Oberrichter Guéra durch Obergerichtsuppleant Horisberger ersetzt worden. Dies verstosse gegen Art. 6 EMRK.
Mit Beschluss vom 25. Januar 2018 wies die 1. Strafkammer des Obergerichts (in der Besetzung mit den Oberrichtern Niklaus, Geiser und Kiener) das Gesuch ab, soweit sie darauf eintrat. Weil in der Verfügung vom 21. November 2017 keine Gründe für die Änderung des Spruchkörpers genannt worden waren und A._ deshalb deren Sachlichkeit nicht überprüfen konnte, auferlegte sie die Verfahrenskosten jedoch dem Kanton.
B.
Mit Beschwerde in Strafsachen ans Bundesgericht vom 6. Dezember 2017 beantragt A._, der Beschluss des Obergerichts sei aufzuheben und das Ausstandsgesuch gutzuheissen. Die Sache sei an die Vorinstanz zurückzuweisen, damit diese in einer auf Gesetz beruhenden Besetzung neu entscheide, wobei die Oberrichter Niklaus, Geiser und Kiener in den Ausstand zu treten hätten.
In verfahrensrechtlicher Hinsicht macht der Beschwerdeführer geltend, er lehne die strafrechtliche Abteilung des Bundesgerichts wegen eines Verstosses gegen den Anspruch auf den gesetzlichen Richter ab. Zudem beantragt er die Vereinigung des Verfahrens mit dem Verfahren 1B_514/2017.
Die Beschwerdegegner haben auf eine Vernehmlassung verzichtet. Die 1. Strafkammer hat Stellung genommen, ohne einen Antrag zu stellen. Der Beschwerdeführer hält in seiner Stellungnahme dazu an seinen Anträgen und Rechtsauffassungen fest. Zudem bringt er vor, er lehne Bundesrichter Karlen vorderhand ab.

Erwägungen:
1.
1.1. Das Verfahren 1B_514/2017 betrifft zwar den gleichen Beschwerdeführer, hat jedoch einen anderen Gegenstand und wirft andere rechtliche Fragen auf. Eine Verfahrensvereinigung erscheint deshalb nicht zweckmässig. Der betreffende Verfahrensantrag ist abzuweisen.
1.2. Beim angefochtenen Urteil handelt es sich um einen kantonal letztinstanzlichen Entscheid in einer Strafsache (Art. 78 Abs. 1 und Art. 80 BGG i.V.m. <ref-law>). Gemäss <ref-law> ist gegen selbständig eröffnete Vor- und Zwischenentscheide über die Zuständigkeit und über Ausstandsbegehren die Beschwerde zulässig. Der Begriff des Ausstands im Sinne dieser Bestimmung ist weit zu verstehen. Darunter fallen auch andere Zwischenentscheide über die Zusammensetzung der entscheidenden Behörde. Es handelt sich dabei um gerichtsorganisatorische Fragen, die endgültig entschieden werden sollen, bevor das Verfahren fortgesetzt wird (Urteil 1B_311/2016 vom 10. Oktober 2016 E. 1 mit Hinweisen). Der Beschwerdeführer ist gemäss <ref-law> zur Beschwerde befugt. Auf sein Rechtsmittel ist grundsätzlich einzutreten.
1.3. Nicht einzutreten ist jedoch auf das mit der Replik vom 20. März 2018 erhobene Ausstandsgesuch gegen Bundesrichter Karlen. Gemäss <ref-law> sind die den Ausstand begründenden Tatsachen glaubhaft zu machen. Das Ausstandsgesuch des Beschwerdeführers enthält indessen keine Begründung.
2.
2.1. Der Beschwerdeführer macht vorab geltend, er lehne die von der strafrechtlichen Abteilung des Bundesgerichts bestimmte Besetzung des Spruchkörpers wegen eines Verstosses gegen Art. 6 EMRK wegen Besorgnis der Befangenheit ab. Aus der Begründung dieses Verfahrensantrags geht hervor, dass er das ganze Bundesgericht und nicht lediglich die strafrechtliche Abteilung meint. Auf die Kritik ist deshalb einzugehen, auch wenn im vorliegenden Fall nicht die strafrechtliche, sondern die erste öffentlich-rechtliche Abteilung zuständig ist (Art. 29 Abs. 3 des Reglements vom 20. November 2006 für das Bundesgericht [BGerR; SR 173.110.131]).
2.2. Der Beschwerdeführer macht entgegen dem Wortlaut seines Antrags nicht die Befangenheit einzelner Richter oder einen sonstigen Ausstandsgrund im Sinn von <ref-law> geltend, sondern kritisiert das Verfahren der Spruchkörperbesetzung. Konkret bringt er vor, das Bundesgericht verfüge über keinen Geschäftsverteilungsplan für die Besetzung des Spruchkörpers im Einzelfall. Anders als am Bundesverwaltungsgericht erfolge diese nicht ausschliesslich nach dem Zufallsprinzip. Die in <ref-law> vorgesehenen Kriterien würden keine Gewähr dafür bieten, dass der Spruchkörper gegen Einflussnahme von Aussen hinreichend geschützt sei. Der Abteilungspräsident habe weitgehend freie Hand, was konventionswidrig sei.
2.3. Das Bundesgericht hat im zur Publikation bestimmten Urteil 6B_1356/2016 vom 5. Januar 2018 E. 2 ausführlich dargelegt, dass die Besetzung des Spruchkörpers am Bundesgericht verfassungs- und konventionskonform geregelt ist. Es bestätigte damit seine Ausführungen im Urteil 1B_491/2016 vom 24. März 2017 E. 1.4. Insbesondere legte es dar, dass in <ref-law> sachliche Kriterien vorgesehen sind, welche der Abteilungspräsident bei der Besetzung des Spruchkörpers berücksichtigen muss, und dass eine weitere Objektivierung der Besetzung aufgrund der EDV-Applikation "CompCour" erfolgt, welche die weiteren mitwirkenden Richter automatisch bestimmt. Das Bundesgericht hat weiter aufgezeigt, dass weder die Bundesverfassung noch die EMRK verlangen, bei der Spruchkörperbesetzung jegliches Ermessen auszuschliessen. Die Kritik des Beschwerdeführers weckt keine Zweifel an der Richtigkeit dieser Darlegungen und bietet deshalb auch keinen Anlass, darauf zurückzukommen. Die Rüge der Verletzung von Art. 6 EMRK ist unbegründet, und der Spruchkörper ist in der dargestellten üblichen Weise zu besetzen.
3.
3.1. Der Beschwerdeführer kritisiert, am Obergericht bestünden keine gesetzlichen Bestimmungen, die die Richterzuteilung im Voraus abstrakt regelten. Art. 6 EMRK verlange indessen, dass die Besetzung des Gerichts klar und eindeutig geregelt sei. Es sei unzulässig, wenn der Gerichtspräsident insofern über einen Spielraum verfüge. Er lehne deshalb Oberrichter Niklaus, Geiser und Kiener ab.
3.2. Nach <ref-law> hat jede Person, deren Sache in einem gerichtlichen Verfahren beurteilt werden muss, Anspruch auf ein durch Gesetz geschaffenes, zuständiges, unabhängiges und unparteiisches Gericht. Ausnahmegerichte sind untersagt. Mit ähnlichen Worten garantiert Art. 6 Abs. 1 EMRK das Recht jeder Person, dass über Streitigkeiten in Bezug auf ihre zivilrechtlichen Ansprüche und Verpflichtungen oder über eine gegen sie erhobene strafrechtliche Anklage von einem unabhängigen und unparteiischen, auf Gesetz beruhenden Gericht in einem fairen Verfahren, öffentlich und innerhalb angemessener Frist verhandelt wird.
3.3. Die Besetzung der Richterbank am Obergericht Bern ist in Art. 44 f. des Gesetzes des Kantons Bern vom 11. Juni 2009 über die Organisation der Gerichtsbehörden und der Staatsanwaltschaft (GSOG; BSG 161.1) geregelt. Die beiden Bestimmungen haben, soweit vorliegend von Interesse, folgenden Wortlaut:
Art. 44 Abteilungspräsidentin oder Abteilungspräsident
1 Die Abteilungspräsidentin oder der Abteilungspräsident führt die Abteilung und ist verantwortlich für die Fallzuteilung und den Belastungsausgleich.
2 Sie oder er entscheidet über den Beizug von Ersatzrichterinnen und Ersatzrichtern.
2 Sie oder er entscheidet über den Beizug von Ersatzrichterinnen und Ersatzrichtern.
...
Art. 45 Spruchkörper
1 Die Urteilsfindung erfolgt in Dreierbesetzung, soweit das Gesetz nichts anderes bestimmt.
1 Die Urteilsfindung erfolgt in Dreierbesetzung, soweit das Gesetz nichts anderes bestimmt.
...
3.4. Im zur Publikation vorgesehenen Urteil 1B_517/2017 vom 13. März 2018, das ebenfalls das Obergericht Bern betrifft, hat das Bundesgericht ausführlich dargelegt, dass die kritisierte Spruchkörperbildung mit den verfassungs- und konventionsrechtlichen Vorgaben vereinbar ist. Ausschlaggebend war, dass sich die Kriterien für die Spruchkörperbildung in hinreichender Klarheit aus Art. 44 Abs. 1 GSOG und der dazugehörigen Praxis ergeben. Das Bundesgericht setzte sich auch mit der Kritik an der Wahl der für das Ausstandsverfahren zuständigen Richter auseinander und stellte fest, dass sich das Obergericht auch in dieser Hinsicht von sachlichen Gesichtspunkten hatte leiten lassen, nämlich der Regel, dass konnexe Fälle im Allgemeinen vom gleichen Spruchkörper zu behandeln sind sowie der Regel, dass von einem Ausstandsgesuch betroffene Personen am Entscheid über dessen Begründetheit nicht mitwirken (zum Ganzen: a.a.O., E. 5-6, insbesondere E. 6.3). Die vom Beschwerdeführer vorgetragene Kritik an den betreffenden Erwägungen, die auch im vorliegenden Verfahren Gültigkeit beanspruchen, gibt keinen Anlass, darauf zurückzukommen.
4.
4.1. Der Beschwerdeführer macht geltend, die ohne Begründung erfolgte Ersetzung von Oberrichter Guéra durch Obergerichtssuppleant Horisberger verstosse gegen Art. 6 EMRK. Eine gesetzliche Grundlage für diesen Vorgang sei nicht ersichtlich. Auch sei unklar, wer Obergerichtssuppleant Horisberger ausgewählt habe. Angeblich bestehe eine Liste, die von der Sekretariatsleitung bewirtschaftet werde. Dies widerspreche aber dem klaren Wortlaut von Art. 44 Abs. 1 GSOG. Zudem erstaune, dass es für den Einsatz von Ersatzrichtern eine Liste gebe, für Oberrichter hingegen nicht. Die Situation in der Beschwerdekammer und in der Zivilabteilung sei anders. Geradezu willkürlich scheine, dass Oberrichter Vicari eine Verfügung vom 12. Januar 2018 unterschrieben habe, obschon Obergerichtssuppleant Horisberger als Präsident eingesetzt worden sei. Schliesslich habe ihm gegen den Wechsel kein Rechtsmittel zur Verfügung gestanden, was nach der Rechtsprechung des EGMR jedoch erforderlich sei.
4.2. Die Regelung von <ref-law> und Art. 6 Abs. 1 EMRK will verhindern, dass Gerichte eigens für die Beurteilung einer Angelegenheit gebildet werden. Die Rechtsprechung soll auch nicht durch eine gezielte Auswahl der Richterinnen und Richter im Einzelfall beeinflusst werden können. Jede Besetzung, die sich nicht mit sachlichen Grüden rechtfertigen lässt, verletzt die Garantie des verfassungsmässigen Richters. Dasselbe gilt für die Auswechslung eines Richters, den Einsatz von Ersatzrichtern und die Übertragung präsidialer Funktionen (zur Publ. bestimmtes Urteil 6B_1356/2016 vom 5. Januar 2018 E. 2.1; Urteil 1B_79/2017 vom 21. September 2017 E. 4.1; je mit Hinweisen; vgl. auch die Übersicht über die Rechtsprechung des EGMR im Urteil 1C_187/2017 vom 20. März 2018 E. 6.3).
4.3. Es ist zutreffend, dass der Wechsel in der Besetzung des Berufungsgerichts zunächst nicht begründet worden war (vgl. <ref-ruling> E. 8.2 S. 94 f. mit Hinweisen). Eine Begründung wurde jedoch nachgeliefert und die Vorinstanz berücksichtigte diesen Umstand bei den Kostenfolgen (vgl. Urteil 1B_79/2017 vom 21. September 2017 E. 2.1.3). Der Verfahrensmangel wurde damit geheilt.
4.4. Dass dem Beschwerdeführer kein Rechtsmittel zur Verfügung gestanden hätte, ist offensichtlich unzutreffend. Er hatte die Möglichkeit, den von ihm behaupteten Verfahrensmangel zunächst im vorinstanzlichen Verfahren und in der Folge mit seiner Beschwerde ans Bundesgericht geltend zu machen.
4.5. Zu prüfen ist vorliegend einzig, ob die Spruchkörperbesetzung im Berufungsverfahren des Beschwerdeführers den verfassungs- und konventionsrechlichen Anforderungen genügt. Seine Hinweise auf eine abweichende Praxis in der Beschwerdekammer und der Zivilabteilung sind insofern ohne Bedeutung.
4.6. Bezüglich des Grunds für den Richterwechsel lässt sich dem angefochtenen Entscheid entnehmen, dass Oberrichter Guéra in der gleichen Woche bereits eine Hauptverhandlung in einem anderen Verfahren hätte präsidieren müssen. Die Vorinstanz hat zudem dargelegt, dass es sich beim für die Hauptverhandlung gewählten Datum um seinen letzten Arbeitstag vor den Ferien gehandelt habe. Da er am Gericht auch Leitungsfunktionen inne habe, was eine erhöhte Arbeitslast bedeute, seien zwei ganztägige Verhandlungen in der gleichen Woche nur sehr bedingt möglich, weshalb als Entlastungsmassnahme der Einsatz eines Ersatzrichters beschlossen worden sei.
Diese Begründung ist mit der bundesgerichtlichen Rechtsprechung vereinbar. Danach stellen unter anderem Arbeitsüberlastung und Ferien, die nicht immer kurzfristig geplant bzw. verschoben werden können, jedenfalls bei dringlichen Verfahren sachliche Gründe dar, die sich durch das Beschleunigungsgebot (Art. 6 Ziff. 1 EMRK, <ref-law>, <ref-law>) rechtfertigen lassen (zur Publ. bestimmtes Urteil 6B_1356/2016 vom 5. Januar 2018 E. 2.1 mit Hinweis). Da eine Verschiebung der Hauptverhandlung nicht nur zu einer Verzögerung des Strafverfahrens geführt, sondern auch einigen Aufwand bedeutet hätte, was wiederum der angestrebten Entlastung zuwidergelaufen wäre, ist nicht zu beanstanden, dass stattdessen der verfahrensleitende Richter ausgewechselt wurde.
4.7. Zum Beizug von Ersatzrichtern (Obergerichtssuppleanten) führte die Vorinstanz aus, dieser basiere gleich wie der Einsatz der ordentlichen Oberrichter auf Art. 44 und 45 GSOG. Art. 20 Abs. 6 GSOG sehe zudem vor, dass Ersatzrichter zur Entlastung eingesetzt würden. Gemäss der langjährigen Praxis teile der jeweilige Vorsitzende dem Abteilungspräsidenten den Bedarf mit, worauf anhand einer von der Sekretariatsleitung bewirtschafteten Liste ein Ersatzrichter bestimmt werde. Die Sekretariatsleitung berücksichtige dabei namentlich die Verfügbarkeit der Ersatzrichter, eine gleichmässige Verteilung der Einsätze sowie den Umstand, dass der Betreffende nicht Mitglied des Regionalgerichts sein sollte, dessen Urteil zu überprüfen sei. Durch dieses Vorgehen werde die Bestimmung des Spruchkörpers weiter objektiviert. Die Ersatzrichter würden im Übrigen wie die ordentlichen Richter gewählt und seien im Staatskalender ersichtlich.
Auch in dieser Hinsicht ist der angefochtene Entscheid nicht zu beanstanden. Es stellt das zentrale Wesensmerkmal des Amts des Ersatzrichters dar, dass dieser bei hoher Arbeitsbelastung zur Unterstützung beigezogen werden kann, was aus Art. 20 Abs. 6 GSOG klar hervorgeht. Gemäss dieser Bestimmung werden Ersatzrichterinnen und -richter sowie Ersatzmitglieder zur Entlastung eingesetzt. Wie bereits erwähnt, verlangen zudem weder die Bundesverfassung noch die EMRK, dass bei der Spruchkörperbesetzung jegliches Ermessen ausgeschlossen wird. Dies gilt auch für die Auswahl des beizuziehenden Ersatzrichters. Die von der Vorinstanz genannten drei Kriterien sind sachlicher Natur und beruhen gemäss den Ausführungen im angefochtenen Entscheid darüber hinaus auf einer gefestigten Praxis. Die Spruchkörperbildung erscheint damit auch mit Blick auf den Beizug von Ersatzrichtern hinreichend regelgebunden (vgl. Urteil 1C_187/ 2017 vom 20. März 2018 E. 6.6). Wesentlich ist gemäss der bundesgerichtlichen Rechtsprechung weiter, dass ein Ermessen bei der Spruchkörperbesetzung von einem Richter und nicht einer gerichtsinternen Instanz wahrgenommen wird (a.a.O., E. 7.2). Diese Voraussetzung ist vorliegend ebenfalls erfüllt. Zwar wirkt die Sekretariatsleitung in unterstützender Weise mit, indem sie die genannte Liste bewirtschaftet und insbesondere die Verfügbarkeit und den gleichmässigen Einsatz der Ersatzrichter prüft, doch kommt der eigentliche Entscheid dem Abteilungspräsidenten zu (Art. 44 Abs. 2 GSOG).
4.8. Nicht im Widerspruch zur Einsetzung von Obergerichtssuppleant Horisberger als Vorsitzender steht der erstmals im bundesgerichtlichen Verfahren kritisierte Umstand, dass Oberrichter Vicari eine einzelne Verfügung unterzeichnet hat. Der Beschwerdeführer macht zudem nicht geltend, dass diese Delegation nach dem anwendbaren Recht unzulässig ist oder dass dafür eine gesetzliche Grundlage fehlt.
5.
Die Beschwerde ist aus diesen Erwägungen abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist.
Der Beschwerdeführer stellt ein Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege. Er hat zwar seine Einkommens-, nicht aber seine Vermögensverhältnisse offen gelegt, weshalb nicht beurteilt werden kann, ob er tatsächlich nicht über die erforderlichen Mittel verfügt (<ref-law>). Das Gesuch ist deshalb abzuweisen.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.
Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird abgewiesen.
3.
Die Gerichtskosten von Fr. 1'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Bern, 1. Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 8. Mai 2018
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Merkli
Der Gerichtsschreiber: Dold