Faits :
A.
A.a. A._ Sàrl, qui exploite un cabinet, est locataire de locaux (152 m2) au... étage de la Tour Bel-Air, Place Bel-Air 1, à Lausanne, immeuble appartenant à C._ SA, à laquelle a succédé B._ AG, selon contrat de bail du 13 mars 2007. Depuis le 1er janvier 2009, le loyer net s'élève à 3'428 fr. 55 (plus acompte de frais).
L'immeuble en question, constituant la parcelle xxx de la commune de Lausanne, comprend un seul bâtiment, qui se compose d'un socle qui s'étend de la rue de Genève à la rue des Terreaux sur lequel se déploient deux ailes parallèlement aux rues précitées, surmontée à l'est par une tour, lesquelles ont pour adresses postales Place Bel-Air 1, Rue des Terreaux 3, 5, 7, 9, 11 et 13 et Rue de Genève 10 et 12.
A.b. Le 10 février 2009, la bailleresse, par l'intermédiaire de sa régie, a informé la locataire que son bail prendrait fin au 30 avril 2012 (échéance de la durée initiale du bail), sans reconduction ni prolongation, dès lors qu'elle envisageait de faire faire d'importants travaux de rénovation et de transformation qui ne pouvaient être réalisés " en présence de locataires ". La locataire a contesté cette résiliation.
A.c. Au cours du litige judiciaire qui s'en est suivi devant le Tribunal des baux du canton de Vaud, procédure dans laquelle la bailleresse a produit de nombreuses pièces concernant l'ampleur de son projet de rénovation, les parties ont signé une transaction lors de l'audience du 17 janvier 2012, dont le tribunal a pris acte pour valoir jugement définitif et exécutoire.
En résumé, la locataire s'est engagée à quitter les locaux de la Tour Bel-Air (152 m2) au plus tard à la date du début des travaux, avec un préavis de 3 mois pour la fin d'un mois (ch. II). De son côté, la bailleresse s'est engagée à remettre à bail à la locataire des locaux de substitution rue des Terreaux 13 (194 m2) (ch. III). Il était prévu que la locataire réintègre ses locaux initiaux de la Tour Bel-Air (ci-après : la Tour) après les travaux (ch. IV).
Il est précisé au ch. III que:
-. le " loyer mensuel net " de ces locaux de substitution est " de 3'400 fr. " (plus acompte de frais) " pendant la durée des travaux (...) dont la durée ne devrait pas dépasser 24 mois ".
" Le montant du loyer net précité demeurera inchangé pendant la période d'occupation [de ces locaux de substitution]... étant précisé que la locataire renonce à toute prétention de quelque nature qu'elle soit pour les désagréments (bruit, poussière, échafaudage, etc...) qui seront générés par les travaux de rénovation dans ou sur l'ensemble de l'immeuble de la Tour Bel-Air (parcelle xxx).
Si l'occupation de ces locaux devait se prolonger au-delà de 24 mois en raison d'une défaillance de la bailleresse, le loyer net prévu ci-dessus sera réduit de moitié à titre de dédommagement durant la période excédant les 24 mois ".
A.d. La locataire a emménagé dans les locaux de substitution le 15 septembre 2013, de sorte que le délai de 24 mois selon le ch. III de la transaction a couru jusqu'au 15 septembre 2015. A cette dernière date, les travaux dans la Tour n'étant pas terminés, la locataire est demeurée dans les locaux de substitution, et ce, en définitive, jusqu'au 7 décembre 2016.
La réduction de loyer de moitié à titre de dédommagement pour le cas où les travaux dureraient plus de 24 mois selon le ch. III (cf. supra let. A.c, transaction ch. III dernier par.) n'est pas litigieuse (complètement d'office selon l'art. 105 al. 2 LTF).
A.e. Les parties sont en litige au sujet de la réduction de loyer réclamée par la locataire pour les nuisances occasionnées dans les locaux de substitution par les travaux entrepris à l'adresse de ces locaux au 13 rue des Terreaux durant la période du 15 mai 2015 au 7 décembre 2016.
En effet, à partir du mois de mai 2015, des travaux ont été effectués à proximité des locaux de substitution (façades, entrée du n° 13 et cage d'escaliers, étages inférieurs au niveau de la rue et dans le socle). Des plannings prévisionnels ont été régulièrement communiqués à la locataire et des mesures ont été prises par la bailleresse afin d'en limiter les nuisances. Certains travaux (remplacement des fenêtres, portes-fenêtres et stores, remplacement de l'ascenseur) ont même été reportés afin d'être exécutés après le retour de la locataire dans ses locaux initiaux de la Tour.
De mai 2015 à son départ des locaux le 7 décembre 2016, la locataire s'est plainte à de nombreuses reprises des nuisances occasionnées par ces travaux.
Le litige porte ainsi sur l'interprétation à donner à la précision figurant au ch. III de la transaction (cf. supra let. A.c, transaction ch. III 2e par.), soit sur la portée de la renonciation acceptée par la locataire dans la transaction judiciaire.
B.
Le 9 novembre 2015, la locataire a déposé sa demande (action partielle) en réduction de loyer contre la bailleresse devant le Tribunal des baux, invoquant l'art. 260 al. 2 CO et réservant ses prétentions en dommages-intérêts pour un éventuel procès ultérieur (complètement d'office selon l'art. 105 al. 2 LTF). Selon ses dernières conclusions prises en audience, elle a conclu notamment à ce qu'une réduction du loyer net de 50% lui soit accordée pour la période du 15 mai 2015 au 7 décembre 2016, à la déconsignation en sa faveur des loyers qu'elle avait consignés et à la restitution du trop-perçu par la bailleresse, montants avec intérêts à 5% l'an. Elle a invoqué que lorsqu'elle a signé la transaction, elle n'avait pas compris que les locaux de substitution dans lesquels elle devait emménager feraient l'objet d'importants travaux. Selon elle, la baisse de moitié selon le ch. III - dernier paragraphe - pour dépassement de la durée de 24 mois était une compensation pour la demeure de la bailleresse, et non pour les nuisances dues aux travaux. Elle avait donc droit à une réduction de loyer pour ce motif.
La bailleresse a conclu au rejet de ces conclusions et à ce que les loyers consignés lui soient attribués.
Le tribunal a procédé à l'audition de plusieurs témoins.
Par jugement du 21 mars 2018, le tribunal des baux a rejeté la demande et libéré les loyers consignés en faveur de la bailleresse.
Statuant le 12 juillet 2019 sur l'appel de la locataire, la Cour d'appel civile du Tribunal cantonal du canton de Vaud l'a rejeté et a confirmé le jugement attaqué.
C.
Contre cet arrêt, la locataire a interjeté un recours en matière civile au Tribunal fédéral le 17 septembre 2019, concluant en substance à sa réforme en ce sens qu'une réduction de loyer net de 50% du 15 mai 2015 au 7 décembre 2016 lui est accordée, que les loyers consignés sont libérés en sa faveur et que la défenderesse est condamnée à lui restituer le trop-perçu. Elle invoque une constatation arbitraire des faits (art. 97 LTF et 9 Cst.), soutient que l'art. III de la transaction du 17 janvier 2012 ne s'applique pas à sa demande de réduction de loyer. Elle invoque également la violation du droit fédéral dès lors que la cour cantonale a refusé son droit à la réduction de loyer (art. 259d CO).
La bailleresse intimée conclut au rejet du recours dans la mesure de sa recevabilité. La cour cantonale se réfère aux considérants de son arrêt.
Les parties ont encore déposé chacune des observations.

Considérant en droit :
1.
1.1. Interjeté en temps utile (art. 46 al. 1 let. b, 100 al. 1 et 45 al. 1 LTF), par la locataire qui a succombé dans ses conclusions en réduction de loyer (art. 76 al. 1 LTF), contre une décision finale prise sur appel par le tribunal supérieur du canton (art. 75 LTF), dans une affaire dont la valeur litigieuse est supérieure à 15'000 fr. (art. 74 al. 1 let. a LTF), le recours en matière civile est recevable au regard de ces dispositions.
1.2. La défenderesse ayant été absorbée par suite de fusion, avec reprise des actifs et passifs, le rubrum du présent arrêt a été modifié en conséquence.
1.3. La recourante formule 15 chefs de conclusions principaux, dont, sur le fond, seuls le ch. V et ses conséquences aux ch. VI et VII sont motivés. Il ne sera pas entré en matière sur les chefs de conclusions non motivés.
1.4. Comme l'état de fait de l'arrêt attaqué, établi chronologiquement et avec tous les aléas des relations entre les parties et des procédures qui les ont opposées, était particulièrement touffu, la Cour de céans l'a résumé en le recentrant sur les faits pertinents pour résoudre les questions litigieuses.
2.
Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF). Il ne peut s'en écarter que si ces faits ont été établis de façon manifestement inexacte - ce qui correspond à la notion d'arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (<ref-ruling> consid. 4.1.2; <ref-ruling> consid. 5.1) - ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (art. 105 al. 2 LTF), et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1 LTF).
Concernant l'appréciation des preuves, le Tribunal fédéral n'intervient, du chef de l'art. 9 Cst., que si le juge du fait n'a manifestement pas compris le sens et la portée d'un moyen de preuve, a omis sans raisons objectives de tenir compte des preuves pertinentes ou a effectué, sur la base des éléments recueillis, des déductions insoutenables (<ref-ruling> consid. 4.2; <ref-ruling> consid. 4.2; <ref-ruling> consid. 4.3; <ref-ruling> consid. 1.4.3; <ref-ruling> consid. 2.1).
La critique de l'état de fait retenu est soumise au principe strict de l'allégation énoncé par l'art. 106 al. 2 LTF (<ref-ruling> consid. 2.3 p. 266 et les références). La partie qui entend attaquer les faits constatés par l'autorité précédente doit expliquer clairement et de manière circonstanciée en quoi ces conditions seraient réalisées (<ref-ruling> consid. 1.3.1 p. 18 et les références). Si la critique ne satisfait pas à ces exigences, les allégations relatives à un état de fait qui s'écarterait de celui de la décision attaquée ne pourront pas être prises en considération (<ref-ruling> consid. 1.3.1 p. 18). Les critiques de nature appellatoires sont irrecevables (<ref-ruling> consid. 1.3 p. 261 s.).
3.
La locataire a fait valoir une prétention en réduction de loyer en raison des nuisances occasionnées dans les locaux de substitution du fait des travaux entrepris à l'adresse de ces mêmes locaux au 13 rue des Terreaux (et non pour les travaux dans la Tour) durant la période du 15 mai 2015 au 7 décembre 2016.
La cour cantonale a commencé par interpréter le ch. III 2e par. de la transaction (cf. supra let. A.c) et elle a établi la volonté réelle et commune des parties. Puis, elle a examiné si tel qu'interprété, ce passage du ch. III était valable au regard de l'art. 260 al. 2 CO, parce que la locataire qui a renoncé aux droits que lui confère cette disposition a été correctement informée quant à l'étendue des travaux et aux nuisances lorsqu'elle a donné son accord.
Même si, logiquement, il s'imposerait de traiter ces questions dans l'ordre inverse, il est toutefois expédient, vu les griefs invoqués, de procéder comme l'a fait la cour cantonale.
4.
La première question litigieuse est de savoir si la prétention en réduction de loyer que la locataire fait valoir est couverte ou non par la renonciation qu'elle a acceptée au ch. III 2e par. de la transaction judiciaire signée le 17 janvier 2012. La cour cantonale l'a admis. La locataire le conteste: elle estime n'avoir renoncé qu'aux nuisances causées par les travaux de rénovation sur la seule Tour, se plaignant d'établissement arbitraire des faits (art. 97 al. 1 LTF et 9 Cst.).
4.1. La transaction judiciaire est un acte consensuel par lequel les parties mettent fin à leur litige ou à une incertitude au sujet de leur relation juridique moyennant des concessions réciproques (arrêt 4A_298/2014 du 4 décembre 2014 consid. 3.4; <ref-ruling> consid. 1.3).
Elle doit être interprétée selon les règles applicables au contrat, soit selon les art. 1 et 18 CO (<ref-ruling> consid. 4.4.1 p. 570; arrêts 4A_185/2017 du 15 juin 2017 consid. 4.2; 5A_521/2015 du 11 février 2016 consid. 3.3; 4A_298/2014 précité consid. 3.4).
Une telle transaction étant précisément conclue pour éviter un examen complet des faits et de leur portée juridique, les art. 23 ss CO ne s'appliquent qu'avec des restrictions (arrêts 4A_13/2018 du 23 octobre 2018 consid. 5.2.1; 5A_688/2013 du 14 avril 2014 consid. 8.2; SCHMIDLIN, Berner Kommentar, Obligationenrecht, Mängel des Vertragsabschlusses, Art. 23-31 OR, 3ème éd., 2013, no 281 et 295 s. ad art. 23/24 CO).
4.2. Aux termes de l'art. 18 al. 1 CO, pour apprécier la forme et les clauses d'un contrat, il y a lieu de rechercher la réelle et commune intention des parties, sans s'arrêter aux expressions ou dénominations inexactes dont elles ont pu se servir, soit par erreur, soit pour déguiser la nature véritable de la convention.
Pour déterminer le contenu d'une clause contractuelle, le juge doit donc rechercher, dans un premier temps, la réelle et commune intention des parties (interprétation subjective), le cas échéant empiriquement, sur la base d'indices. Constituent des indices en ce sens non seulement la teneur des déclarations de volonté - écrites ou orales -, mais encore le contexte général, soit toutes les circonstances permettant de découvrir la volonté réelle des parties, qu'il s'agisse de déclarations antérieures à la conclusion du contrat ou de faits postérieurs à celle-ci, en particulier le comportement ultérieur des parties établissant quelles étaient à l'époque les conceptions des contractants eux-mêmes (<ref-ruling> consid. 5.2; <ref-ruling> consid. 2.3.2, 626 consid. 3.1 p. 632; <ref-ruling> consid. 4.1).
L'appréciation de ces indices concrets par le juge, selon son expérience générale de la vie, relève du fait. Si le juge parvient à la conclusion que les parties se sont comprises ou, au contraire, qu'elles ne se sont pas comprises, il s'agit de constatations de fait qui lient le Tribunal fédéral (art. 105 al. 1 LTF), à moins qu'elles ne soient manifestement inexactes (art. 97 al. 1 et 105 al. 2 LTF), c'est-à-dire arbitraires au sens de l'art. 9 Cst. (arrêts 4A_635/2016 déjà cité consid. 5.2; 4A_262/2017 du 17 janvier 2018 consid. 4.2; 4A_508/2016 du 16 juin 2017 consid. 6.2 et les arrêts cités; 4A_98/2016 du 22 août 2016 consid. 5.1).
Si le juge ne parvient pas à déterminer la volonté réelle et commune des parties - parce que les preuves font défaut ou ne sont pas concluantes - ou s'il constate qu'une partie n'a pas compris la volonté exprimée par l'autre à l'époque de la conclusion du contrat - ce qui ne ressort pas déjà du simple fait qu'elle l'affirme en procédure, mais doit résulter de l'administration des preuves -, il doit recourir à l'interprétation normative (ou objective), à savoir rechercher leur volonté objective, en déterminant le sens que, d'après les règles de la bonne foi, chacune d'elles pouvait et devait raisonnablement prêter aux déclarations de volonté de l'autre (principe de la confiance; arrêts 4A_635/2016 déjà cité consid. 5.2; 4A_262/2017 déjà cité consid. 4.2; 4A_508/2016 déjà cité consid. 6.2 et les arrêts cités; 4A_98/2016 déjà cité consid. 5.1).
4.3. La cour cantonale a fait sienne l'appréciation du tribunal, par adoption des motifs de celui-ci. Elle a retenu que la volonté réelle et commune des parties consistait dans le renoncement de la locataire à toute prétention pour les désagréments générés par les travaux de rénovation, que ce soit ceux provenant des travaux sur la Tour ou ceux provenant des travaux à la rue des Terreaux 13.
Son appréciation est fondée tout d'abord sur les déclarations écrites des parties, selon lesquelles sont visés les désagréments générés par les travaux de rénovation dans ou sur l'ensemble de l'immeuble de la Tour Bel-Air (parcelle xxx). Il n'y avait aucun doute possible quant à l'étendue des travaux visés dans et sur l'ensemble de l'immeuble avec ajout du n° de la parcelle. Cette appréciation était corroborée par de multiples éléments, soit les nombreux documents dont la locataire avait eu connaissance avant la signature de la transaction et qui faisaient état des très importants travaux qui seraient entrepris sur l'ensemble du complexe, et non seulement sur la Tour, et le contexte dans lequel la transaction avait été conclue. En outre, dans sa demande adressée au tribunal des baux le 7 février 2011, la locataire avait expressément précisé l'étendue de la parcelle xxx et produit l'extrait du registre foncier y afférant.
4.4. En substance, la recourante soutient qu'au jour de la conclusion de la transaction, elle ne savait pas que les travaux seraient effectués sur tout le complexe simultanément pendant près de deux ans (sans que l'on sache de quelles années elle parle), croyant qu'ils auraient lieu en deux étapes, autrement dit qu'elle occuperait les locaux de substitution avec des nuisances légères pendant la première phase des travaux sur la Tour et qu'elle aurait réintégré ses anciens locaux de la Tour dans lesquels elle ne subirait plus de nuisances lors de la deuxième phase des travaux. Elle fait valoir aussi que la masse des documents qui lui ont été transmis ne lui permettaient pas de comprendre que les travaux auraient lieu simultanément sur la Tour et dans les locaux de substitution. Elle ne s'en serait rendue compte que lors de la séance d'information aux locataires du 22 août 2013. Si la bailleresse connaissait l'ampleur des travaux, elle a fait preuve de mauvaise foi et de malhonnêteté en laissant croire à la locataire qu'elle ne subirait pas de nuisances dans les locaux de substitution; elle estime avoir été flouée. Elle n'aurait renoncé qu'à ses prétentions pour les nuisances générées par les travaux sur la Tour uniquement.
Ce faisant, la locataire recourante se limite à une critique purement appellatoire de la motivation de la cour cantonale. Elle ne démontre aucunement en quoi il serait insoutenable de retenir que les termes " les travaux... dans ou sur l'ensemble de l'immeuble... parcelle xxx " visaient notamment les travaux dans ou sur les locaux de substitution. Elle ne démontre pas non plus qu'il serait arbitraire de retenir que, puisqu'en 2011, elle avait elle-même précisé l'étendue de la parcelle, elle savait qu'elle renonçait à toute réduction de loyer pour les nuisances occasionnées aux locaux de substitution par des travaux sur l'ensemble de la parcelle.
Lorsqu'elle affirme qu'elle ne pouvait pas déduire des documents que les travaux allaient se chevaucher, se référant aux travaux autorisés par le permis de construire du 31 août 2011, et que ce n'est qu'à la séance du 22 août 2013 qu'elle a pu soupçonner que le complexe serait touché de manière simultanée, elle se borne à nouveau à de simples affirmations. L'extrait du témoignage qu'elle cite ne démontre rien dès lors que ce témoin a aussi déclaré que l'ampleur des travaux n'a pas changé entre le projet et sa réalisation.
Comme la bailleresse intimée le relève dans sa réponse, l'argument de la locataire selon lequel elle n'aurait jamais imaginé que les différentes phases de travaux de rénovation auraient pu se chevaucher, est nouveau. Dans sa demande, la locataire faisait valoir qu'elle n'avait pas imaginé que les surfaces de substitution feraient l'objet de lourds travaux, comparables à ceux de la Tour Bel-Air, mais non que ces travaux auraient eu lieu dans une seconde phase.
4.5. Lorsqu'elle soutient que, si l'on n'était pas convaincu par sa thèse, il conviendrait d'interpréter la transaction selon le principe de la confiance, la recourante méconnaît les principes rappelés ci-dessus: ce n'est que si le juge ne parvient pas à un résultat - positif ou négatif - qu'il doit recourir au principe de la confiance; s'il parvient à déterminer la volonté réelle et commune des parties, il n'y a pas à rechercher leur volonté selon le principe de la confiance.
5.
La deuxième question litigieuse a trait à la validité de cette clause de renonciation à la réduction de loyer pour nuisances au regard de l'art. 260 al. 2 CO.
5.1. En résumé, la cour cantonale a relevé que, confrontées à une rénovation d'envergure, les parties ont choisi cette solution dans leur transaction parce que la locataire ne voulait pas quitter les locaux qu'elle occupait afin de ne pas déstabiliser sa patientèle et pour des motifs économiques, que la locataire a bénéficié de compensations sous la forme de la mise à disposition de locaux qui lui convenaient particulièrement et qu'en adoptant le ch. III, les parties avaient tenu compte des nuisances subies par les locaux de substitution. Elle a ensuite considéré que la locataire et son conseil avaient été suffisamment informés: ils avaient eu connaissance de l'extrait du registre foncier décrivant l'étendue de la parcelle xxx, disposaient du résumé général du diagnostic du complexe Bel-Air, de l'addendum au plan partiel d'affection qui évoquait la rénovation complète de l'ensemble Bel-Air Métropole, de l'info presse de la ville du 17 juin 2009 qui faisait état du projet de rénovation complète et le planning provisoire du 28 août 2009 qui décrivait de manière détaillée les travaux touchant notamment le n° 13 de la rue des Terreaux, ainsi que le planning qui mettait en évidence que les travaux allaient se chevaucher et que, durant de nombreux mois, le chantier s'étendrait à l'immeuble entier. La locataire ne pouvait donc pas exclure des nuisances simultanées sur la Tour et à la rue des Terreaux 13. Les parties ont d'ailleurs tenu compte de l'éventualité de retards dans le chantier.
Sur cette base, la cour cantonale a retenu que la locataire, assistée d'un mandataire professionnel avait été suffisamment informée avant de prendre sa décision quant à l'occupation des locaux de substitution dans le cadre de la transaction judiciaire devant le tribunal des baux. Elle a relevé que la locataire n'avait pas remis en cause la validité de cette transaction par la voie de la révision ni mis fin au contrat alors qu'elle aurait eu connaissance des travaux le 22 août 2013.
5.2. Lorsqu'elle soutient qu'il serait absurde de considérer qu'elle souhaitait renoncer à tous ses droits en cas de nuisances, sans aucune compensation, ni indemnité, que la bailleresse aurait fait preuve d'une extrême mauvaise foi et de malhonnêteté en lui laissant croire que les locaux de substitution seraient épargnés par les nuisances des travaux, la recourante se limite à de pures affirmations qui ne trouvent aucun appui dans les faits constatés. Elle ne démontre nullement qu'elle n'aurait pas été suffisamment informée comme l'a retenu la cour cantonale. L'invocation du principe de la confiance dans ce cadre repose sur une mauvaise compréhension de ce principe.
6.
Dans un dernier grief, la recourante invoque la violation de son droit à une réduction de loyer (art. 259d CO).
Dès lors que sa critique repose sur un état de fait divergent de celui admis, sans arbitraire, par la cour cantonale, son grief de violation du droit fédéral est infondé.
7.
Au vu de ce qui précède, le recours doit donc être rejeté dans la mesure où il est recevable. Les frais et dépens de la procédure fédérale seront mis à la charge de la recourante qui succombe (art. 66 al. 1 et 68 al. 1 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3.
La recourante versera à l'intimée une indemnité de 2'500 fr. à titre de dépens.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et au Tribunal cantonal du canton de Vaud, Cour d'appel civile.
Lausanne, le 8 avril 2020
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente : Kiss
Le Greffier : Piaget