Faits :
A.
A.a. La société A._ SA, dont le siège est à U._, a pour but statutaire la formation, le coaching et les activités de conseils dans le domaine des ressources humaines, l'exploitation d'établissements, d'hôtels, de restaurants ou de maisons d'hôtes. Jusqu'en 2006, cette société avait pour raison sociale B._ SA. A._ SA exploite l'hôtel "C._" à U._. Depuis le 1 er juillet 2002, son personnel est assuré contre les accidents professionnels et non professionnels auprès d'Hotela Assurances SA (ci-après: Hotela).
A.b. Par contrat du 17 mai 2014, D._ a été engagé par A._ SA comme responsable d'exploitation à plein temps à compter du 1 er juin 2014. Le 25 juin 2014, il a été victime d'un accident professionnel. Il en est résulté des brûlures sur 35 % de la surface corporelle. Annoncé par l'employeur avec la référence du contrat d'assurance en vigueur depuis le 1 er juillet 2002, l'accident a été pris en charge par Hotela. Après instruction du cas, Hotela a découvert que D._ ne travaillait pas pour l'hôtel "C._" mais pour le restaurant "E._", lequel était également géré par la société A._ SA.
A.c. Par décision du 28 août 2014, confirmée sur opposition le 6 septembre 2017, Hotela a refusé de manière rétroactive la prise en charge de l'accident du 25 juin 2014, au motif qu'il n'existait pas à cette date de couverture d'assurance relative au restaurant "E._", et a invité A._ SA à annoncer le cas à la Caisse supplétive LAA.
B.
Par arrêt du 28 novembre 2018, la Cour des assurances sociales du Tribunal cantonal vaudois a admis le recours formé par la Caisse supplétive LAA contre la décision sur opposition du 6 septembre 2017, qu'elle a réformée en ce sens qu'Hotela est tenue de prendre en charge les suites de l'accident du 25 juin 2014.
C.
Hotela interjette un recours en matière de droit public contre cet arrêt, en concluant principalement à sa réforme dans le sens de la confirmation de la décision sur opposition du 6 septembre 2017, et subsidiairement à son annulation et au renvoi de la cause à la cour cantonale pour complément d'instruction.
La Caisse supplétive LAA conclut au rejet du recours. La cour cantonale se réfère à son arrêt. L'Office fédéral de la santé publique ne s'est pas déterminé.

Considérant en droit :
1.
L'arrêt attaqué est une décision finale (art. 90 LTF), rendue par une autorité cantonale de dernière instance (art. 86 al. 1 let. d LTF) dans une cause de droit public (art. 82 let. a LTF) qui ne tombe pas sous le coup des exceptions de l'art. 83 LTF, de sorte qu'il peut faire l'objet d'un recours en matière de droit public au Tribunal fédéral. Déposé, dans le délai (art. 100 LTF) et la forme (art. 42 LTF) prévus par la loi, par une partie qui a pris part à la procédure devant l'autorité précédente et a un intérêt digne de protection à l'annulation ou à la modification de l'arrêt attaqué (art. 89 al. 1 LTF), le recours est recevable.
2.
2.1. Le Tribunal fédéral est en principe lié par les faits constatés par les premiers juges (art. 105 al. 1 LTF), à moins qu'ils aient été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF; il peut alors rectifier ou compléter les faits d'office (art. 105 al. 2 LTF) et la partie recourante peut contester des constatations de faits ainsi irrégulières si la correction du vice peut influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1 LTF). Par exception à cette règle générale, si la décision qui fait l'objet d'un recours concerne l'octroi ou le refus de prestations en espèces de l'assurance-accidents ou de l'assurance militaire, le Tribunal fédéral n'est pas lié par les faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 3 LTF) et le recours peut porter sur toute constatation incomplète ou erronée des faits (art. 97 al. 2 LTF). Selon la jurisprudence, l'exception prévue par les art. 97 al. 2 et 105 al. 3 LTF ne s'applique pas lorsque l'existence même d'une couverture d'assurance au moment de l'accident est litigieuse; il n'est pas déterminant que l'octroi de prestations en espèces de l'assurance-accidents dépende de l'issue du litige relatif à la condition d'assurance (<ref-ruling>).
2.2. En l'occurrence, le litige porte sur la question de savoir si D._ était au bénéfice d'une couverture d'assurance auprès de la recourante lors de l'accident du 25 juin 2014. Il s'ensuit que - contrairement à ce que soutient la recourante - le pouvoir d'examen du Tribunal fédéral dans la présente procédure se limite, en ce qui concerne les faits, aux constatations manifestement inexactes - c'est-à-dire arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (<ref-ruling> consid. 2 p. 190) - ou établies en violation du droit par les premiers juges (arrêts 8C_393/2011 du 13 février 2012 consid. 2; 8C_814/2009 du 5 août 2010 consid. 1.3; 8C_293/2009 du 23 octobre 2009 consid. 2.3 et les références). Selon la jurisprudence, il y a arbitraire dans l'établissement des faits ou l'appréciation des preuves si le juge n'a manifestement pas compris le sens et la portée d'un moyen de preuve, s'il a omis, sans raison sérieuse, de tenir compte d'un moyen important propre à modifier la décision attaquée ou encore si, sur la base des éléments recueillis, il a fait des déductions insoutenables (<ref-ruling> consid. 2.3 p. 266 et les références). Il appartient au recourant de démontrer le caractère arbitraire par une argumentation répondant aux exigences de l'art. 106 al. 2 LTF; à défaut, un état de fait divergent de celui de la décision attaquée ne peut pas être pris en compte (<ref-ruling> consid. 5.1 p. 356; <ref-ruling> consid. 5.2.2; <ref-ruling> consid. 6.2 p. 288).
3.
3.1. Les travailleurs occupés en Suisse sont assurés à titre obligatoire (art. 1a al. 1 let. a LAA) contre les accidents professionnels, les accidents non professionnels et les maladies professionnelles (art. 6 al. 1 LAA). En cas d'accident professionnel, il incombe à l'assureur auprès duquel le travailleur était assuré au moment où est survenu l'accident d'allouer les prestations (art. 77 al. 1, 1 re phrase, LAA).
3.2. L'assurance-accidents est gérée, selon les catégories d'assurés, par la Caisse nationale suisse d'assurance en cas d'accidents (CNA) ou par d'autres assureurs autorisés et par une caisse supplétive gérée par ceux-ci (art. 58 LAA). Selon l'art. 68 al. 1 LAA, les personnes que la CNA n'a pas la compétence d'assurer doivent être assurées contre les accidents par une entreprise d'assurance privée soumise à la loi fédérale du 17 décembre 2004 sur la surveillance des assurances (LSA; RS 961.01), par une caisse publique d'assurance-accidents ou par une caisse-maladie au sens de la loi fédérale du 18 mars 1994 sur l'assurance-maladie (LAMal; RS 832.10). L'employeur doit veiller à ce que les travailleurs qu'il emploie soient assurés auprès d'un des assureurs désignés à l'art. 68 LAA (art. 69 al. 1, 1 re phrase, LAA). Si un travailleur soumis à l'assurance obligatoire n'est pas assuré au moment où survient un accident, la caisse supplétive lui alloue les prestations légales (art. 59 al. 3 LAA; cf. art. 73 al. 1 LAA).
3.3. Alors que, dans l'assurance obligatoire, le rapport d'assurance avec la CNA est fondé sur la loi (art. 59 al. 1 LAA), le rapport d'assurance avec les autres assureurs est fondé sur un contrat passé entre l'employeur et l'assureur ou sur l'appartenance à une caisse résultant des rapports de travail (art. 59 al. 2 LAA). Aussi bien les entreprises d'assurance que les caisses maladies autorisées à pratiquer l'assurance-accidents au sens de l'art. 68 LAA agissent comme détentrices de la puissance publique, puisque la loi leur donne la compétence de rendre des décisions. Un tel pouvoir leur confère la possibilité de conclure des contrats d'assurance avec des employeurs et de réglementer des questions qui relèvent du droit public. Ces contrats peuvent être librement qualifiés de contrats spéciaux de droit public selon la LAA, qui ne sont liés ni aux règles de la LCA ni à celles de la LAMal. Dans la mesure où la LAA et son ordonnance d'exécution règlent l'assurance-accidents obligatoire de manière très détaillée, il ne reste que peu de place à l'autonomie contractuelle des parties. Les assureurs désignés à l'art. 68 LAA sont ainsi tenus d'établir conjointement un contrat-type - soumis à l'approbation du Conseil fédéral - contenant les clauses qui doivent obligatoirement figurer dans tout contrat d'assurance (art. 59a al. 1 et 3 LAA, en vigueur depuis le 1 er décembre 2017; cf. art. 93 al. 1 OLAA dans sa teneur en vigueur jusqu'au 31 décembre 2016). Dans ces limites, les parties peuvent toutefois régler librement différents points, tels que la durée ou les modalités de résiliation du contrat, ou encore l'échéance et le mode de paiement des primes. Les règles auxquelles sont soumis ces contrats doivent être déterminées par interprétation de la LAA; le cas échéant, on comblera les lacunes de la loi en recourant aux règles de la LCA ou de la LAMal relatives au contrat d'assurance. Enfin, comme pour les contrats de droit public en général, on pourra faire appel à titre complémentaire aux règles du code des obligations, par exemple à celles relatives à la conclusion du contrat, aux vices de la volonté ou à la nullité du contrat. Lors de la reprise de règles du droit privé ou du droit public, il y a toujours lieu d'examiner si ces règles correspondent au sens, au but et au système de la LAA (cf. arrêt 8C_324/2007 du 12 février 2008 consid. 2.1 et les références, in SVR 2008 UV n°18 p. 65).
3.4. Selon l'art. 92 LAA, les assureurs fixent les primes en pour-mille du gain assuré (al. 1, 1re phrase). En vue de la fixation des primes pour l'assurance des accidents professionnels, les entreprises sont classées dans l'une des classes du tarif des primes et, à l'intérieur de ces classes, dans l'un des degrés prévus; le classement tient compte de la nature des entreprises et de leurs conditions propres, notamment du risque d'accidents et de l'état des mesures de prévention; les travailleurs d'une entreprise peuvent être classés par groupe, dans des classes et degrés différents (al. 2). Le changement de genre de l'entreprise et la modification de ses conditions propres doivent être annoncés dans les quatorze jours à l'assureur compétent; si les changements sont importants, l'assureur peut modifier le classement de l'entreprise dans les classes et degrés du tarif des primes, le cas échéant avec effet rétroactif (al. 4). En vertu de l'art. 124 let. d OLAA, le classement initial d'une entreprise dans les classes et degrés du tarif des primes, de même que la modification de ce classement, doit faire l'objet d'une décision communiquée par écrit par l'assureur.
Aux termes de l'art. 93 LAA, l'employeur doit établir régulièrement un relevé de salaires donnant, pour chaque travailleur, des renseignements exacts sur le mode d'occupation, le salaire, le nombre et les dates des jours de travail (al. 1, 1 re phrase). L'assureur évalue d'avance le montant des primes pour un exercice annuel entier et le porte à la connaissance de l'employeur; en cas de modification importante, les primes peuvent être adaptées en cours d'année (al. 2). Les primes pour chaque exercice annuel sont payables d'avance (al. 3, 1 re phrase). À la fin de l'exercice annuel, le montant des primes est définitivement calculé par l'assureur d'après le total effectif des salaires (al. 4, 1 re phrase).
4.
4.1.
4.1.1. Les premiers juges ont considéré que si les documents produits par Hotela, à savoir la demande d'affiliation ainsi que le questionnaire d'affiliation, faisaient expressément mention - sous "établissement" - de l'hôtel "C._", rien ne permettait de penser que le risque était limité aux seules activités exercées au sein de cet établissement. En effet, selon l'art. 59 al. 2 LAA, le contrat d'assurance était passé entre un assureur et un employeur. Or la demande d'affiliation et le questionnaire d'affiliation précisaient, sans la moindre ambiguïté, que l'employeur était la société B._ SA (aujourd'hui: A._ SA), ce qui ressortait aussi de l'attestation d'Hotela du 29 janvier 2003 certifiant que l'ensemble des collaborateurs de B._ SA était déclaré auprès de ses institutions sociales depuis le 1er juillet 2002. Au vu des documents relatifs à la relation contractuelle produits en instance cantonale, on ne trouvait aucun indice d'une volonté des parties au contrat de limiter la couverture d'assurance aux seules activités de l'hôtel "C._". Une telle problématique n'avait pas non plus été évoquée en 2006 à l'occasion de la modification de la raison sociale de l'employeur et du but de la société (cf. art. 92 al. 4 LAA). En outre, la limitation de la couverture d'assurance aux seules activités de l'hôtel "C._" aurait constitué une clause insolite, à laquelle l'employeur aurait dû être rendu expressément attentif.
4.1.2. Les juges cantonaux ont ensuite considéré que l'argumentation d'Hotela selon laquelle l'incorporation des employés du restaurant "E._" dans le contrat d'assurance conclu en 2002 poserait des problèmes en matière de fixation de primes, compte tenu des activités différentes déployées au sein des établissements "C._" et "E._", ne pouvait pas être suivie au vu des possibilités offertes par l'art. 92 LAA.
4.1.3. La cour cantonale s'est enfin étonnée de n'avoir pas reçu copie, malgré ses sollicitations répétées, notamment de la proposition d'assurance n° xxx du 7 octobre 2002, du contrat d'assurance établi conformément à l'art. 59 al. 2 LAA ou encore de la décision relative au classement initial de la société B._ SA dans les classes et degrés du tarif des primes (art. 92 al. 2 LAA et 124 let. d OLAA). Elle s'est interrogée sur le respect par Hotela de ses obligations légales, singulièrement de celle faite aux assureurs sociaux de tenir leurs dossiers complets au sens de l'art. 46 LPGA.
4.1.4. L'autorité cantonale a ainsi retenu que D._ était, au moment de son accident, employé par la société A._ SA et qu'à ce titre, il était assuré contre les accidents professionnels et non professionnels auprès d'Hotela.
4.2.
4.2.1. La recourante conteste l'appréciation de la cour cantonale selon laquelle, quand bien même la demande d'affiliation et le questionnaire d'affiliation mentionnaient expressément sous "établissement" l'hôtel "C._", on ne trouve aucun indice d'une volonté des parties au contrat de limiter la couverture d'assurance aux seules activités exercées au sein de cet établissement (cf. consid. 4.1.1 supra). Elle reproche à cet égard aux juges cantonaux de n'avoir pas retenu que, comme elle l'avait soulevé dans sa réponse au recours formé par la Caisse supplétive LAA, elle n'aurait perçu aucune prime pour le personnel travaillant dans le restaurant "E._", et que l'employeur (A._ SA, anciennement B._ SA) n'aurait fait aucune mention de ce personnel dans les décomptes de salaires remis à Hotela pour les années 2003 à 2017, ce qui démontrerait l'intention de l'employeur de n'assurer auprès de la recourante que le personnel travaillant à l'hôtel "C._".
La recourante ne démontre pas en quoi l'autorité cantonale aurait établi les faits de manière arbitraire (cf. consid. 2.2 supra). Rien n'établit que la recourante n'aurait perçu aucune prime pour les employés de A._ SA qui travaillaient dans le restaurant "E._", ni que les employés en question n'auraient jamais été annoncés dans les décomptes de salaires remis à Hotela. En effet, les pièces du dossier auxquelles se réfère la recourante à l'appui de ces affirmations ne sont pas des décomptes de salaires établis par l'employeur, mais des "états du personnel assuré" qui ont manifestement été établis par la recourante elle-même concernant son "affilié yyy Hôtel C._ A._ SA". Or, comme l'avait déjà relevé la Caisse supplétive LAA dans les observations qu'elle avait adressées le 17 mai 2018 à la cour cantonale, il ressort d'un courriel du 26 juin 2015 produit par la recourante le 24 avril 2018 que sept employés de A._ SA travaillant dans le restaurant "E._" avaient été "annoncés par erreur sous police yyy" par l'employeur, ce qui réduit à néant l'argumentation de la recourante. Il sied de préciser qu'il n'est pas contesté que A._ SA (alors B._ SA) exploitait uniquement l'hôtel "C._" lorsqu'elle avait assuré son personnel auprès de la recourante en 2002 et que ce n'est qu'en avril 2014 qu'elle avait en outre repris le restaurant "E._" en vue de son ouverture en juin 2014.
4.2.2. La recourante critique ensuite le rejet par la cour cantonale de son argumentation relative à la fixation des primes (cf. consid. 4.1.2 supra). Elle fait valoir que si l'assureur-accidents a certes la possibilité de classer les travailleurs d'une entreprise par groupe, dans des classes et degrés différents, en vue de respecter le principe de la conformité au risque, elle a pour pratique d'établir des contrats distincts pour chaque établissement géré par une même société, un café-restaurant n'étant pas en même classe de risque qu'un hôtel et les taux de primes nets étant en conséquence différents. L'employeur aurait donc dû conclure un nouveau contrat pour le personnel travaillant pour le restaurant "E._"; il aurait d'ailleurs effectué des démarches le 11 juillet 2014 pour une demande d'affiliation de son personnel travaillant pour le restaurant "E._", ce qui confirmerait cette nécessité d'affiliation.
Ces griefs tombent à faux. La recourante n'a pas établi que l'employeur ait effectué le 11 juillet 2014 des démarches - téléphoniques, comme elle l'alléguait dans sa réponse du 13 décembre 2017 au recours formé par la Caisse supplétive LAA - pour une demande d'affiliation de son personnel travaillant pour le restaurant "E._". Au demeurant, comme le relève l'intimée, il résulte du courriel du 26 juin 2015 précité (cf. consid. 4.2.1 supra) que si des démarches ont été effectuées après l'accident de D._ du 25 juin 2014 afin que les employés de A._ SA travaillant dans le restaurant "E._" soient affiliés sous un contrat distinct de la police n° yyy conclue en 2002, c'était pour répondre aux demandes de la recourante, fondées apparemment sur sa pratique d'établir des contrats distincts pour chaque établissement géré par une même société. Or il n'y a pas de nécessité légale d'établir des polices distinctes pour des établissements exploités par le même employeur, puisque l'art. 92 LAA permet de classer les travailleurs d'une entreprise par groupe, dans des classes et degrés différents, de manière à appliquer des taux de primes nets différents en fonction des différentes classes de risque.
4.2.3. La recourante conteste l'appréciation des juges cantonaux selon laquelle la limitation de la couverture d'assurance aux seules activités de l'hôtel "C._" aurait constitué une clause insolite (cf. consid. 4.1.1 in fine supra).
Toutefois, comme la cour cantonale a constaté sans arbitraire que le contrat d'assurance ne limitait pas la couverture d'assurance aux seules activités de l'hôtel "C._", en interprétant ledit contrat, la question de l'existence d'une clause insolite ne se pose même pas.
4.2.4. La recourante critique enfin les considérations par lesquelles la cour cantonale s'est étonnée de n'avoir pas reçu copie de certaines pièces et s'est interrogée sur le respect par Hotela de ses obligations découlant de l'art. 46 LPGA (cf. consid. 4.1.3 supra).
Il n'y a pas lieu d'examiner cette question, qui n'est pas déterminante pour l'issue du litige. En effet, que la recourante ait ou non respecté ses obligations découlant de l'art. 46 LPGA et produit toutes les pièces en sa possession, les juges cantonaux ont statué sur la base des faits qu'ils ont établis conformément à la maxime inquisitoire prescrite par l'art. 61 let. c LPGA et d'une manière qui échappe au grief d'arbitraire.
5.
Il résulte de ce qui précède que le recours doit être rejeté. Vu l'issue du litige, les frais judiciaires seront mis à la charge de la recourante (art. 66 al. 1 LTF). Il n'y a pas lieu d'allouer de dépens à l'intimée (art. 68 al. 3 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 3000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3.
Le présent arrêt est communiqué aux parties, au Tribunal cantonal du canton de Vaud, Cour des assurances sociales, et à l'Office fédéral de la santé publique.
Lucerne, le 19 mai 2020
Au nom de la Ire Cour de droit social
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Maillard
La Greffière : Paris