Faits :
A.
A._ est propriétaire de la parcelle n° 4'331 de la commune de Genève-Cité, sise [...], sur laquelle est érigé un bâtiment d'habitation et activités d'une surface totale de 252 m2.
Un appartement de l'immeuble, de quatre pièces, a été loué de 2003 à 2017 pour un loyer annuel de 19'200 fr., puis du 23 juin 2017 au 15 septembre 2019 pour un loyer annuel de 33'600 fr., charges non comprises.
Le 26 août 2019, A._, par l'entremise de la régie B._ SA, a déposé une demande d'autorisation de construire en procédure accélérée portant sur la rénovation dudit appartement (APA 305'436). Le coût des travaux était estimé à 94'700 fr.
Interpellée sur des travaux effectués en juin 2017 et précédemment, la fondation a exposé que ceux-ci, d'un coût total de 27'654 fr., correspondaient à: la pose d'un nouveau carrelage au sol de la salle de bains par-dessus l'existant; la pose d'une coque acrylique sur la baignoire et le remplacement du lavabo; la pose d'un nouveau carrelage par-dessus l'existant au sol des WC; le remplacement du plan de travail et des appareils électroménagers de la cuisine; la remise en peinture des meubles de cuisine existants; un complément de faïences; la remise en peinture des murs et plafonds de l'appartement. Elle a précisé de plus que le carreleur n'avait jamais facturé ses interventions devisées à 6'613 fr. 90 le 2 juin 2017 et que les WC avaient été remplacés en 2006 pour un montant de 2'590 fr. Derechef interpellée, elle a donné la liste des travaux réalisés depuis 2003, à savoir en février 2010 le remplacement de la hotte, en juin 2013 la réfection de la peinture des WC et de la salle de bains et en décembre 2014 le remplacement des vannes de radiateurs.
Plusieurs préavis ont été sollicités. Le 10 janvier 2020, l'Office cantonal du logement et de la planification foncière (OCLPF) a rendu un préavis favorable sous conditions. Le loyer annuel de l'appartement ne devait pas excéder, après les travaux effectués sans autorisation de construire en juin 2017, son niveau à cette date de 20'592 fr. par an, soit 5'148 fr. la pièce par an. Ce loyer devait être appliqué avec effet rétroactif pour une durée de trois ans à partir des travaux, soit depuis le 1er juillet 2017. Par ailleurs, le loyer annuel ne devait pas excéder, après les travaux visés par l'autorisation de construire requise, son niveau alors établi à 20'592 fr. par an, soit 5'148 fr. la pièce par an, pendant une durée de trois ans à partir de la remise en location après la fin des travaux. Enfin, l'office indiquait que l'APA 305'436 régularisait les travaux effectués sans autorisation en juin 2017.
B.
Par décision du 17 janvier 2020, le Département du territoire de la République et Canton de Genève (ci-après: le département) a délivré à la régie l'autorisation de construire requise. Au chiffre 6 de l'autorisation, il est indiqué notamment que les conditions contenues dans les préavis du service des monuments et des sites du 6 septembre 2019, de la police du feu du 27 août 2019 et de l'OCLPF du 10 janvier 2020 devaient être strictement respectés et faisaient partie intégrante de l'autorisation.
A._ a recouru auprès du Tribunal administratif de première instance du canton de Genève (ci-après: le TAPI) contre la décision précitée. Par jugement du 6 octobre 2020, le TAPI a admis le recours. Il a en substance considéré que les travaux effectués en 2017 devaient être qualifiés de travaux courants d'entretien et que seuls ceux à venir devaient être soumis à autorisation et ainsi au contrôle du loyer.
Le Département du territoire a interjeté un recours contre le jugement du 6 octobre 2020 auprès de la Chambre administrative de la Cour de justice du canton de Genève (ci-après: la Cour de justice). Par arrêt du 2 mars 2021, la cour cantonale a admis le recours, annulé le jugement du 6 octobre 2020 du TAPI et restauré la décision d'autorisation de construire APA 305'436 du 17 janvier 2020, notamment les conditions contenues dans le préavis de l'OCLPF du 10 janvier 2020.
C.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public, A._ demande au Tribunal fédéral d'annuler l'arrêt du 2 mars 2021 de la Cour de justice, de confirmer le jugement du 6 octobre 2020 du TAPI et de renvoyer l'affaire à la cour cantonale pour le prononcé d'un nouvel arrêt dans le sens des considérants. Dans le détail, elle conclut, principalement, à ce que le loyer de l'appartement de 4 pièces demeure fixé à 33'600 fr. par an, plus charges, soit 8'400 fr. par pièce et par an, à partir du 23 juin 2017 (a) et, en cas de réalisation des travaux visés par l'APA, à ce que le loyer soit fixé à 33'600 fr. par an, plus charges, soit 8'400 fr. par pièce et par an, pendant une durée de trois ans dès la fin des travaux (b); elle requiert, subsidiairement, que le loyer soit fixé à 20'592 fr. par an, plus charges, soit 5'148 fr. par pièce et par an, du 23 juin 2017 au 22 juin 2020 (a) et, en cas de réalisation des travaux visés par l'APA, que le loyer demeure fixé à 33'600 fr. par an, plus charges, soit 8'400 fr. par pièce et par an, pendant une durée de trois ans dès la fin des travaux (b).
La Cour de justice persiste dans les considérants et le dispositif de son arrêt. Le Département du territoire conclut au rejet du recours. La recourante s'est encore exprimée par acte du 15 juin 2021.

Considérant en droit :
1.
Dirigé contre une décision finale (<ref-law>) prise en dernière instance cantonale (art. 86 al. 1 let. d LTF) dans une cause de droit public (<ref-law>), le recours est en principe recevable comme recours en matière de droit public selon les <ref-law>, aucune des exceptions prévues à l'<ref-law> n'étant réalisée. La recourante a pris part à la procédure devant l'autorité précédente et est particulièrement touchée par l'arrêt attaqué qui lui impose durant une certaine période de contrôle le blocage du loyer de l'appartement dont elle est propriétaire. Elle dispose dès lors de la qualité pour recourir devant le Tribunal fédéral au sens de l'<ref-law>.
Les autres conditions de recevabilité du recours en matière de droit public sont réunies, si bien qu'il y a lieu d'entrer en matière sur le fond.
2.
La loi genevoise du 25 janvier 1996 sur les démolitions, transformations et rénovations de maisons d'habitation (LDTR; RS/GE L 5 20) a pour but de préserver l'habitat et les conditions de vie existants, ainsi que le caractère actuel de l'habitat dans les zones visées expressément par la loi (art. 1 al. 1 LDTR). Celle-ci prévoit notamment à cet effet, et tout en assurant la protection des locataires et des propriétaires d'appartements, des restrictions à la démolition, à la transformation et au changement d'affectation des maisons d'habitation (art. 1 al. 2 let. a LDTR). Une autorisation est nécessaire pour toute transformation ou rénovation de tout ou partie d'une maison d'habitation (art. 9 al. 1 LDTR).
Sont qualifiés de transformation les travaux qui ont pour objet la rénovation, c'est-à-dire la remise en état, même partielle, de tout ou partie d'une maison d'habitation, en améliorant le confort existant sans modifier la distribution des logements, sous réserve qu'il ne s'agisse pas de travaux d'entretien (art. 3 al. 1 let. d LDTR). Sont considérés comme travaux d'entretien et non assujettis à la LDTR, les travaux courants qui font partie des frais d'exploitation ordinaires d'une maison d'habitation; les travaux raisonnables d'entretien régulier ne sont pas considérés comme travaux de transformation, pour autant qu'ils n'engendrent pas une amélioration du confort existant (art. 3 al. 2 LDTR).
Le département compétent fixe, comme condition aux autorisations de démolir ou de transformer, le montant maximum des loyers après travaux (art. 10 LDTR). Les loyers sont soumis au contrôle de l'Etat pendant une période de trois ans en cas de transformation ou de rénovation, jusqu'à cinq ans pour une transformation lourde et de cinq à dix ans en cas de construction nouvelle (art. 12 LDTR). Pendant la période de contrôle, les loyers et les prix de vente fixés par le département ne peuvent être dépassés (art. 14 al. 1 LDTR).
3.
En ce qui concerne la qualification des travaux réalisés en juin 2017 et dès lors leur assujettissement à la LDTR (art. 3 LDTR), la recourante se plaint tout d'abord d'une constatation manifestement inexacte des faits (<ref-law>).
3.1. Le Tribunal fédéral statue en principe sur la base des faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>), sous réserve des cas prévus à l'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 4.4.3). Le recourant ne peut critiquer les constatations de fait ressortant de la décision attaquée que si celles-ci ont été effectuées en violation du droit au sens de l'<ref-law> ou de manière manifestement inexacte, c'est-à-dire arbitraire, et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 6). Conformément à l'<ref-law>, le recourant doit expliquer de manière circonstanciée en quoi ces conditions seraient réalisées. Les faits et les critiques invoqués de manière appellatoire sont irrecevables (<ref-ruling> consid. 6.3).
3.2. Dans l'arrêt entrepris, la Cour de justice a constaté en fait que le loyer annuel de l'appartement concerné, avant les travaux de 2017, était de 19'200 fr. Sur cette base notamment, elle a considéré que les travaux de 2017 constituaient des travaux de transformation assujettis à la LDTR.
La recourante soutient que le loyer de l'appartement concerné, avant les travaux de 2017, était non pas de 19'200 fr. mais de 20'920 fr. et que cette constatation erronée des faits aurait faussé le raisonnement de la Cour de justice.
Le département a souligné à raison que la correction du montant retenu au titre de loyer avant les travaux de 2017 n'est pas susceptible d'influer sur le sort de la cause, ainsi que cela ressort des considérations qui suivent (cf. infra consid. 4). Il n'y a dès lors pas lieu de modifier l'état de fait ni de déterminer si, comme le fait valoir le département, le grief est invoqué tardivement.
4.
Toujours par rapport aux travaux réalisés en juin 2017, la recourante invoque ensuite une application arbitraire de l'art. 3 LDTR. Elle estime en substance que lesdits travaux doivent être qualifiés, non pas de travaux de transformation, mais bien plutôt de travaux d'entretien non assujettis à la LDTR.
4.1.
4.1.1. Le Tribunal fédéral ne revoit l'interprétation et l'application du droit cantonal et communal que sous l'angle de l'arbitraire. Il ne s'écarte de la solution retenue par l'autorité cantonale de dernière instance que si celle-ci apparaît insoutenable, en contradiction manifeste avec la situation effective, adoptée sans motifs objectifs et en violation d'un droit certain. Si l'application de la loi défendue par l'autorité cantonale ne se révèle pas déraisonnable ou manifestement contraire au sens et au but de la disposition ou de la législation en cause, cette interprétation sera confirmée, même si une autre solution - éventuellement plus judicieuse - paraît possible (<ref-ruling> consid. 2.1; <ref-ruling> consid. 4.3; <ref-ruling> consid. 6.1).
4.1.2. La distinction entre travaux d'entretien et travaux de transformation peut être délicate à opérer. Le critère de l'accroissement du confort existant est déterminant pour distinguer des travaux de transformation des travaux d'entretien, la LDTR ne devant pas instituer un contrôle général des loyers (EMMANNUELLE GAIDE/VALÉRIE DÉFAGO GAUDIN, La LDTR, 2014, n° 2.5.2 p. 192). Il est toutefois possible de s'en écarter lorsque l'importance des travaux justifie d'assimiler les travaux de rénovation à des travaux de transformation (GAIDE/DÉFAGO GAUDIN, op. cit., n° 2.5.3 p. 193).
Selon la jurisprudence, l'exécution de travaux de remise en état auxquels le bailleur est tenu en vertu du CO ne procure en général pas un confort supplémentaire au locataire par rapport à ce qui est convenu dans le contrat de bail. Seules les remises en état qui vont au-delà de ce qui est nécessaire pour assurer le maintien de la chose louée en l'état tombent sous le coup de l'art. 3 al. 1 let. d LDTR (arrêt 1C_624/2013 du 13 février 2014 consid. 2.5; arrêt 1P.664/1999 du 1er septembre 2000 consid. 3, in RDAF 2002 I p. 25). Il n'est pas arbitraire de tenir compte à cet égard des circonstances dans lesquelles les travaux sont accomplis et notamment de leur accumulation en raison d'un défaut d'entretien courant des bâtiments concernés. Il est en particulier admissible pour les autorités cantonales, toujours sous l'angle de la prohibition de l'arbitraire, de considérer que les travaux d'entretien différés dans le temps dont le coût a eu des conséquences importantes sur les loyers, lesquels ne répondent plus aux besoins prépondérants de la population, doivent être soumis à autorisation de rénover fondée sur la LDTR (arrêts 1C_323/2014 du 10 octobre 2014 consid. 7.1.2; 1C_624/2013 du 13 février 2014 consid. 2.5). Dans un tel cas, l'accumulation des travaux confère une ampleur propre à engendrer un changement de niveau des loyers tel que la destination de l'immeuble en est modifiée (GAIDE/DÉFAGO GAUDIN, op. cit., n° 2.5.3 p. 192 s.). La pratique genevoise consiste à se référer à l'ampleur du coût des travaux et à leur répercussion sur le loyer pour déterminer si les travaux d'entretien par nature doivent être assimilés à des travaux de transformation et, partant, soumis à la LDTR (GAIDE/DÉFAGO GAUDIN, op. cit., n° 2.5.4 p. 193; arrêts 1C_405/2015 du 6 avril 2016 consid. 4.1; 1C_323/2014 du 10 octobre 2014 consid. 7.1.2; 1C_624/2013 du 13 février 2014 consid. 2.6). Le Tribunal fédéral a ainsi tenu pour dénué d'arbitraire un arrêt cantonal selon lequel des travaux comprenant la réfection complète des sols, des murs et des plafonds, le ponçage et la vitrification des parquets, la réfection des agencements de cuisine et de salle de bains, de la douche et du WC devaient faire l'objet d'une autorisation au sens de la LDTR (arrêt 1C_624/2013 du 13 février 2014).
4.2.
4.2.1. En fait, la Cour de justice a constaté que les travaux de juin 2017 ont consisté, selon les factures et devis produits, dans des travaux de pose de carrelage en complément de carreaux/faïences ou en tant que nouveau sol sur un carrelage existant dans les WC et la salle de bains, de pose d'une coque acrylique sur la baignoire et de peinture sur les murs et plafonds de toutes les pièces. Le coût global des travaux s'est élevé à 27'340 fr. 95, soit 6'835 fr. 25 la pièce. Elle a constaté que de 2003 à juin 2017, la recourante n'a pas entrepris de travaux d'entretien, hormis en février 2010 le remplacement de la hotte, en juin 2013 la peinture des WC et de la salle de bains et en décembre 2014 le remplacement des vannes des radiateurs. Elle a retenu que le loyer de l'appartement est passé de 19'200 fr. à 33'600 fr. en juin 2017 et a ainsi subi une augmentation de 75 %, motivée par les loyers usuels du quartier aux termes de l'avis de fixation initial. Elle a considéré que, quand bien même l'appartement en question est situé dans le périmètre protégé de la Vieille-Ville et dispose d'une vaste surface de 90 m 2, un tel loyer est plus élevé que la moyenne des loyers dans un immeuble semblable, soit 24'456 fr. selon les statistiques genevoises pour 2017.
En droit, la cour cantonale a estimé que, lors même que le coût des travaux était inférieur au montant retenu par la jurisprudence pour les qualifier de grande ampleur, les travaux en question ne correspondraient pas dans leur intégralité à des travaux couramment réalisés lors d'un changement de locataire, en particulier la pose de carrelages. Elle a retenu de plus qu'une telle augmentation de loyer ne pouvait se justifier par la seule référence aux loyers du quartier. Elle en a conclu que lesdits travaux ne pouvaient être qualifiés de pur entretien, qu'ils constituaient des travaux échelonnés dans le temps et qu'ils étaient dès lors assujettis à la LDTR.
4.2.2. En l'occurrence, pour statuer, la Cour de justice s'est fondée sur les critères de la nature, de l'ampleur et du coût des travaux, ainsi que sur leur impact sur le loyer. Ces critères sont pertinents.
Certes, le coût global des travaux par pièce se situe dans la fourchette inférieure de ce que la Cour de justice tient généralement pour des travaux de grande ampleur (cf. les exemples de jurisprudence exposés par GAIDE/DÉFAGO GAUDIN, op. cit., n° 2.5.10 p. 200-206).
Par contre, les travaux ont porté sur la totalité de l'appartement et, eu égard à leur ampleur et variété, il peut être admis avec la Cour de justice qu'ils ont dépassé les travaux couramment réalisés lors d'un changement de locataire et ont ainsi procuré un confort supplémentaire. La recourante, en se référant au jugement du TAPI, soutient qu'il n'en est rien, mais sans concrètement démontrer que les travaux litigieux étaient limités à l'entretien imposé par le droit fédéral du bail à loyer (cf. à cet égard OLIVIER BINDSCHEDLER/FRANÇOIS PAYCHÈRE, La jurisprudence récente du Tribunal administratif du canton de Genève en matière d'entretien des immeubles, in RDAF 1998 I p. 367). Cette argumentation, strictement appellatoire, n'a pas vocation à démontrer le caractère arbitraire de la motivation soutenue par les juges cantonaux. En particulier, le seul fait que l'ancienne cuisine était d'un standard équivalent ne suffit pas à invalider la conclusion de la cour cantonale.
Par ailleurs et surtout, le loyer, s'il n'a pas augmenté de 75 % comme l'a constaté à tort la cour cantonale (cf. supra consid. 3), mais bien plutôt de 60 % (le loyer est passé de 20'920 fr. à 33'600 fr.; les parties considèrent même que l'augmentation a été de 63 %), a subi un impact sinon considérable du moins très important. La recourante sous-entend que l'augmentation serait une simple actualisation du prix du logement aux loyers du quartier et conteste globalement l'application des statistiques genevoises. Là encore, de manière appellatoire, la recourante ne fait que prétendre que l'appréciation de la Cour de justice est choquante, sans pour autant fournir quelque élément concret qui pourrait étayer son argumentation ni offrir la preuve des logements de comparaison exigée en l'absence de statistique officielle au sens de l'art. 11 de l'ordonnance du 9 mai 1990 sur le bail à loyer et le bail à ferme d'habitations et de locaux commerciaux (OBLF; RS 221.213.11); elle oublie à cet égard que la preuve des loyers de comparaison doit être certaine (degré de la certitude ou preuve stricte; Gewissheit; arrêt 4A_400/2017 du 13 septembre 2018 consid. 2.2.2.1 et s. non publié aux <ref-ruling>) et que vu l'importance de l'augmentation subie par le loyer, laquelle permet de présumer que l'on se trouve en présence de travaux de transformation, c'était à elle d'apporter cette preuve.
Partant, on ne saurait considérer que la cour cantonale a appliqué l'art. 3 LDTR de manière arbitraire en retenant que les travaux de juin 2017 devaient être qualifiés de travaux de transformation et dès lors soumis au champ d'application de la LDTR.
Ainsi, ce grief est rejeté.
5.
En ce qui concerne la fixation des périodes de contrôle du loyer (art. 12 LDTR), la recourante invoque une violation de ses droits fondamentaux, soit la garantie de la propriété (art. 26 Cst.) et la liberté économique (art. 27 Cst.). Elle soutient que la restriction de ses droits ne reposerait sur aucune base légale et violerait le principe de la proportionnalité (art. 36 Cst.). Elle fait de plus valoir une violation du principe de l'égalité de traitement (art. 8 Cst.). Au surplus, elle invoque une application arbitraire de l'art. 12 LDTR (cf. à cet égard supra consid. 4.1).
5.1.
5.1.1. Devant le Tribunal fédéral, les griefs de violation des droits fondamentaux et du droit cantonal ou communal sont soumis à des exigences de motivation accrues (<ref-law>). La partie recourante doit alors mentionner les principes constitutionnels qui n'auraient pas été respectés et expliquer de manière claire et précise en quoi ces principes auraient été violés; de même, elle doit citer les dispositions du droit cantonal ou communal dont elle se prévaut et démontrer en quoi ces dispositions auraient été appliquées arbitrairement ou d'une autre manière contraire au droit (<ref-ruling> consid. 2.8).
5.1.2. La garantie de la propriété et la liberté économique ancrées aux art. 26 al. 1 et 27 al. 1 Cst. peuvent être restreintes aux conditions fixées à l'art. 36 Cst., soit notamment en vertu d'une base légale. Dans le cadre de l'examen de cette base légale, les griefs de violation de la garantie de la propriété et d'atteinte à la liberté économique se confondent généralement (cf. <ref-ruling> consid. 4a) et peuvent être examinés ensemble (arrêt 1C_496/2012 du 12 février 2013 consid. 3 in SJ 2013 I 492). Lorsque l'atteinte est grave, outre que la base légale doit être une loi au sens formel, celle-ci doit être claire et précise (<ref-ruling> consid. 4; <ref-ruling> consid. 3a; <ref-ruling> consid. 2a). L'atteinte au droit de propriété est tenue pour particulièrement grave lorsque la propriété foncière est enlevée de force ou lorsque des interdictions ou des prescriptions positives rendent impossible ou beaucoup plus difficile une utilisation du sol actuelle ou future conforme à sa destination (<ref-ruling> consid. 4; <ref-ruling> consid. 4.3; <ref-ruling> consid. 4.2). Le Tribunal fédéral examine alors librement la légalité de la mesure en question (<ref-ruling> consid. 2c et les arrêts cités). Si la restriction n'est pas grave, il se borne à examiner si la juridiction cantonale a interprété de manière arbitraire la norme invoquée comme base légale (cf. <ref-ruling> consid. 1.2; <ref-ruling> consid. 3a, 126 I 219 consid. 2c et les arrêts cités).
Une décision viole le principe de l'égalité ancré à l'art. 8 al. 1 Cst. lorsqu'elle établit des distinctions juridiques qui ne se justifient par aucun motif raisonnable au regard de la situation de fait à réglementer ou lorsqu'elle omet de faire des distinctions qui s'imposent au vu des circonstances, c'est-à-dire lorsque ce qui est semblable n'est pas traité de manière identique et ce qui est dissemblable ne l'est pas de manière différente. Il faut que le traitement différent ou semblable injustifié se rapporte à une situation de fait importante. Les situations comparées ne doivent pas nécessairement être identiques en tous points, mais leur similitude doit être établie en ce qui concerne les éléments de fait pertinents pour la décision à prendre (<ref-ruling> consid. 9.1; <ref-ruling> consid. 5.1.1; <ref-ruling> consid. 6.1).
5.1.3. L'intérêt public poursuivi par la LDTR, qui tend à préserver l'habitat et les conditions de vie existants (art. 1 al. 1 LDTR), procède d'un intérêt public important (<ref-ruling> consid. 5.2.4; <ref-ruling> consid. 7a; <ref-ruling> consid. 3a; plus récemment arrêts 1C_87/2021 du 6 septembre 2021 consid. 4.2.1 1C_617/2012 du 3 mai 2013 consid. 2.3). Par ailleurs, en soi, la LDTR constitue une base légale suffisante et la réglementation qu'elle met en place est conforme au droit fédéral, à la garantie de la propriété et à la liberté économique, y compris dans la mesure où elle prévoit un contrôle des loyers après transformations (cf. <ref-ruling> consid. 9c; 111 Ia 401 consid. 9).
5.2. En l'espèce, il s'agit donc d'examiner si la Cour de justice a appliqué l'art. 12 LDTR sans arbitraire, dans le respect du principe de l'égalité de traitement et du principe de la proportionnalité.
5.2.1. La Cour de justice a en substance considéré que le choix de ne pas avoir d'emblée entrepris l'ensemble des travaux, étant relevé qu'une partie des travaux menés en 2017 sera mise en néant en 2021, ne saurait justifier que l'on renonce au contrôle des loyers pour les périodes succédant ces deux phases distinctes de rénovation. Elle a ainsi annulé le jugement du TAPI et restauré la décision du département, qui avait bloqué le loyer à son niveau de juin 2017, soit à 20'952 fr. par an, d'abord pour une première période de 3 ans à compter du 1er juillet 2017, puis pour une seconde période de 3 ans à compter de la remise en location après la fin des travaux pour lesquels l'autorisation de construire a été requise.
La recourante expose que l'appartement en question a été loué à partir du 23 juin 2017 pour un loyer annuel de 33'600 fr., lequel n'aurait pas été contesté et serait par ailleurs devenu effectif avant la réalisation des travaux autorisés le 17 janvier 2020. Se référant à l'arrêt 4A_356/2018 du 10 décembre 2018, elle avance que la nullité en raison du contrôle n'affecte le loyer contractuellement convenu que durant les 3 années de contrôle, et ce de manière absolue: le loyer initial serait ainsi licite sur le plan civil, mais "mis en suspens" le temps de la mesure administrative. Elle soutient que le résultat consistant à imposer le même loyer de 20'592 fr., pour le même objet, pendant 6 ans, équivaut ni plus ni moins à étendre la période de blocage de manière non conforme à l'art. 12 LDTR. A son avis, il serait proportionné d'arrêter le loyer "avant travaux" relatif à la seconde période de contrôle à 33'600 fr. Elle ajoute que la manière de faire de la Cour de justice revient à consacrer une inégalité de traitement entre le propriétaire qui rénoverait son appartement à 2 ans et 11 mois d'intervalle et celui qui le ferait à 3 ans et 1 mois d'intervalle.
5.2.2. A juste titre, la Cour de justice a retenu que les travaux effectués en juin 2017 et ceux autorisés le 17 janvier 2020 constituent des interventions distinctes ne présentant aucun lien de connexité. Preuve en est effectivement que certains travaux réalisés en 2017 seront mis à néant par ceux autorisés le 17 janvier 2020, soit la réfection du carrelage de la salle de bains et des WC. La recourante n'a d'ailleurs pas contesté céans cette appréciation. Aussi se justifie-t-il d'appliquer deux périodes de contrôle de 3 ans au loyer concerné.
Quant à la question de savoir à quel niveau le loyer doit être bloqué pendant la période suivant les travaux autorisés le 17 janvier 2020, il apparaît tout à fait défendable, à l'aune de la pratique générale en matière de droit administratif, de se fonder sur le loyer valable au moment de la prise de décision, voire sur celui valable au moment du dépôt de la demande. On peut rappeler à ce propos que le propriétaire a librement choisi de procéder à de nouveaux travaux de transformation sans attendre l'expiration d'un délai de 3 ans depuis les derniers travaux à plus-value; il est ainsi malvenu de se plaindre d'être traité en fonction d'une situation qu'il a lui-même générée (cf. arrêt 1C_110/2017 du 29 mai 2018 consid. 5.2). En tous les cas, pour des raisons évidentes de sécurité du droit, il ne sied effectivement pas de se baser sur le loyer valable au moment de la réalisation effective des travaux postérieure à la décision.
Or, dans la présente occurrence, le loyer valable au moment de la décision du 17 janvier 2020 respectivement au moment du dépôt de la demande du 26 août 2019 était, juridiquement et effectivement, celui bloqué durant la première période de contrôle qui a suivi les travaux de juin 2017, soit 20'592 fr. Attendu que l'inobservation des dispositions cantonales instituant un contrôle étatique des loyers constitue une véritable cause de nullité au sens de l'<ref-law> (arrêt 4A_356/2018 du 10 décembre 2018 consid. 8), il est exclu de se fonder sur le loyer contractuellement convenu. En tout état de cause, la jurisprudence de l'arrêt 4A_356/2018 du 10 décembre 2018 consid. 10, invoquée par la recourante, ne peut lui être d'aucune utilité, dès lors qu'elle règle une problématique de droit civil et ne concerne pas l'application de l'art. 12 LDTR.
Certes, il convient d'admettre, avec la recourante et contrairement à ce qu'en dit le département, que des hypothèses théoriques peuvent fonder un grief d'inégalité de traitement, dans la mesure où il est possible qu'elles surviennent en pratique. Toutefois, l'hypothèse envisagée par la propriétaire n'est, in casu à tout le moins, pas pertinente. En effet, celle-ci ne peut se prévaloir d'un loyer supérieur à celui valable durant la première période de contrôle que parce qu'elle n'a pas annoncé les travaux de juin 2017 et parce qu'elle a ainsi contrevenu aux règles de la LDTR. Dès lors, si on devait la suivre et se fonder sur le loyer contractuellement convenu pour fixer le loyer après les travaux autorisés le 17 janvier 2020, elle serait plus favorablement traitée qu'un ou une propriétaire, qui aurait respecté la LDTR et appliqué le loyer bloqué sans en convenir contractuellement un plus élevé, ce qui ne se conçoit pas.
En définitive, la Cour de justice n'a en l'espèce pas appliqué l'art. 12 LDTR de manière arbitraire, son interprétation de la loi ne violant pas les principes de la proportionnalité et de l'égalité de traitement.
Dès lors, ce grief est également rejeté.
6.
Le recours doit par conséquent être rejeté, aux frais de la recourante qui succombe (art. 65 et 66 al. 1 LTF). Il n'y a pas lieu d'allouer des dépens au département (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 4'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3.
Le présent arrêt est communiqué au mandataire de la recourante, au Département du territoire de la République et canton de Genève et à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre administrative.
Lausanne, le 28 octobre 2021
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Kneubühler
La Greffière : Sidi-Ali