Faits :
A.
A._, pour un tiers, exploite, avec son frère, B._, pour deux tiers, la société en nom collectif C._ Frères (ci-après : la SNC) depuis le 1er avril 1987. Selon le registre du commerce (ci-après : RC) du canton de Genève, les deux frères sont associés avec signature individuelle de la SNC dont le but social est : "entreprise de gypserie-peinture; isolations extérieures".
Le 21 juillet 2014, l'Administration fédérale des contributions, Division principale de la taxe sur la valeur ajoutée (ci-après : Division TVA) a procédé à un contrôle fiscal de la SNC. Ce contrôle a révélé des revenus non comptabilisés.
Le 28 octobre 2014, sous la plume de son conseil, A._ a informé l'Administration fiscale cantonale du canton de Genève de son souhait de déclarer spontanément "des éléments de revenus et de fortune" afin de bénéficier de l'amnistie fiscale "partielle", se limitant à indiquer à cet égard que "certains chiffres d'affaires" de la SNC n'avaient pas été déclarés et sollicitant un délai au 30 novembre 2014 pour fournir les documents y relatifs.
Le 17 décembre 2014, l'Administration fiscale cantonale a informé le contribuable et son épouse, D._, de l'ouverture d'une procédure en rappel et soustraction de l'impôt fédéral direct, cantonal et communal pour les années 2004 à 2012, et d'une procédure en tentative de soustraction pour l'année 2013. Un délai au 30 janvier 2015 pour formuler des observations et produire des documents leur a été imparti. Le 26 février 2015, les contribuables ont notamment indiqué que, pour les exercices 2004 et 2005, la SNC ne disposait plus de justificatifs pour ses charges et que celles-ci correspondaient en moyenne, "comme pour toutes les années", à 50 % de ses produits, de sorte qu'ils les avaient "établies de manière forfaitaire sur cette base". Quant à l'année fiscale 2013, dans la déclaration fiscale y relative, qu'ils avaient déposée le 9 décembre 2014, ils y avaient indiqué la totalité du chiffre d'affaires de la SNC, de sorte qu'il n'y avait pas lieu d'y apporter des modifications. S'agissant des bénéfices déclarés, ils devaient être répartis à raison de 1/3 pour A._ et 2/3 pour son frère. En annexe, ils ont joint les comptes de résultat de la SNC pour les exercices 2004 à 2012. Le 17 mars 2015, l'Administration fiscale cantonale a demandé aux contribuables, pour chacune des années 2004 à 2012, de lui faire parvenir les relevés et les mouvements du compte bancaire sur lequel le chiffre d'affaires de la SNC avait été encaissé, les justificatifs des charges liées au "chiffre d'affaires en supplément" et le grand livre des postes comptables "achat de marchandises et sous-traitant" et "chiffre d'affaires en supplément". Le 12 mai 2015, les contribuables ont remis à l'Administration fiscale cantonale un grand nombre de pièces, dont notamment une facture de 1'150 fr. de 2005 et cinq factures de 2007 totalisant 12'388 fr. 50.
Le 1er octobre 2015, les contribuables ont indiqué qu'un contrôle de la Division TVA avait eu lieu et ont remis à l'Administration fiscale cantonale les "résultats" de celui-ci, du 15 septembre 2015, qui faisaient état d'un supplément d'impôt de 194'625 fr. pour les années 2009 à 2013.
Le 3 octobre 2016, la Division TVA a communiqué à l'Administration fiscale cantonale une liste des comptes bancaires non déclarés par les contribuables. Le 10 octobre 2016, l'Administration fiscale cantonale a demandé aux contribuables de fournir des renseignements et des documents relatifs à ces comptes, ce que ces derniers ont fait le 27 mars 2017.
Le 2 mars 2017, le mariage des époux a été dissous.
B.
Le 21 décembre 2017, l'Administration fiscale cantonale a notifié aux contribuables huit bordereaux de rappel d'impôt, pour les impôts fédéral, cantonal et communal des périodes fiscales 2004 à 2007, et, à A._, deux bordereaux d'amende pour la soustraction des impôts fédéral, cantonal et communal pour la période fiscale 2007. Les reprises effectuées correspondaient aux chiffres d'affaires non déclarés et aux entrées de fonds inexpliquées sur les comptes bancaires qui n'avaient pas non plus été déclarés. La déduction forfaitaire de 50 % pour les charges liées au poste "achat de marchandise et sous-traitant" était refusée, à défaut de pièces justificatives. La soustraction fiscale avait été commise intentionnellement. Compte tenu de l'absence de connaissance en fiscalité et de la bonne collaboration de A._, la quotité des amendes était fixée aux trois quarts des impôts soustraits. Les procédures s'étaient terminées sans amende pour les année 2004 à 2006. Il était indiqué aux contribuables que la notification des années 2009 à 2012 leur parviendrait ultérieurement.
Le 19 janvier 2018, les contribuables ont formé réclamation contre ces bordereaux. Par décision du 12 juillet 2019, l'Administration fiscale cantonale a admis partiellement la réclamation, en ce sens que les rappels d'impôt dus et les intérêts y relatifs étaient déduits respectivement de leur fortune imposable et de leurs revenus, que les charges liées au chiffre d'affaires non déclaré étaient admises à concurrence des montants justifiés par les factures fournies le 12 mai 2015 (1'150 fr. pour l'année 2005 et 12'388 fr. 50 pour l'année 2007), et que l'amende d'impôt fédéral direct avait été rectifiée en tenant compte de la quotité fixée à 0.75, la rejetant pour le surplus.
Par jugement du 4 mai 2020, le Tribunal administratif de première instance du canton de Genève a admis partiellement le recours. Il a annulé la décision sur réclamation du 27 juin 2019 en tant qu'elle confirmait les bordereaux de rappel d'impôt fédéral, cantonal et communal de la période fiscale 2004 en raison de la péremption et l'a confirmée pour le surplus.
Par acte du 5 juin 2020, les contribuables ont interjeté recours auprès de la Cour de justice du canton de Genève contre le jugement rendu le 4 mai 2020 par le Tribunal administratif de première instance du canton de Genève.
Par arrêt du 17 novembre 2020, la Cour de justice du canton de Genève a mis hors de cause D._ et a rejeté le recours tant en matière d'impôt fédéral direct qu'en matière d'impôt cantonal et communal. Les conditions de la dénonciation spontanée n'étaient pas réunies. Les déductions forfaitaires sur le chiffres d'affaires étaient refusées. La quotité des amendes était conforme au droit fédéral.
C.
Le 5 janvier 2021, le contribuable a déposé auprès du Tribunal fédéral un recours en matière de droit public ainsi qu'un recours constitutionnel subsidiaire. Il demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, d'annuler l'arrêt rendu le 17 novembre 2020 par la Cour de justice du canton de Genève et de renvoyer la cause à l'Administration fiscale cantonale pour nouvelles décisions sur les impôts cantonaux et communaux 2005 à 2007 dans le sens des considérants, subsidiairement de renvoyer le dossier à la Cour de justice pour nouvelles décisions sur l'impôt cantonal et communal 2005 à 2007. Il se plaint "de la violation de la LHID, LIFD et LIPP" (recours, p. 17) ainsi que des art. 9 et 29 Cst.
Par ordonnance du 1er février 2021, le Président de la IIe Cour de droit public a accordé l'effet suspensif au recours.
D. La Cour de justice n'a déposé aucune observation sur le recours. L'Administration fiscale cantonale et l'Administration fédérale des contributions concluent au rejet du recours dans la mesure de sa recevabilité.

Considérant en droit :
1.
1.1. L'instance précédente a rendu un seul arrêt valant pour les deux catégories d'impôts fédéral direct ainsi que cantonal et communal, ce qui est admissible, dès lors que la question juridique à trancher est réglée de la même façon en droit fédéral et dans le droit cantonal harmonisé (cf. <ref-ruling> consid. 1.3.1 p. 262 s.).
1.2. Le recours est dirigé contre une décision finale (<ref-law>), rendue en dernière instance cantonale par un tribunal supérieur (art. 86 al. 1 let. d et al. 2 LTF) dans une cause de droit public (<ref-law>) ne tombant pas sous le coup de l'une des exceptions prévues à l'<ref-law>. Il est donc en principe recevable comme recours en matière de droit public s'agissant des deux catégories d'impôts (cf. <ref-law> [RS 642.11], art. 73 al. 1 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes [LHID; loi sur l'harmonisation fiscale, RS 642.14]; <ref-ruling> consid. 1.3 p. 188 s.), pour autant que ses conclusions concernent les deux catégories d'impôts.
1.3. Le recours doit contenir des conclusions (<ref-law>). Comme le recours au Tribunal fédéral est une voie de réforme (cf. <ref-law>), le recourant ne peut en principe pas se borner à demander l'annulation de la décision attaquée et le renvoi de la cause à l'instance cantonale; il doit, sous peine d'irrecevabilité, prendre des conclusions sur le fond du litige. L'on comprend toutefois sans peine qu'en concluant à l'annulation de l'arrêt attaqué et à son renvoi pour "nouvelles décisions sur les impôts cantonaux et communaux 2005 à 2007", sans mentionner l'impôt fédéral direct, le recourant requiert la modification de l'arrêt attaqué dans le sens de ses écritures. Or, la motivation juridique du recours se fonde uniquement sur la LIFD, hormis le titre d'un chapitre (mémoire de recours, p. 17). Comme le Tribunal fédéral ne serait en outre pas en mesure de rendre des décisions de taxation (mémoire de recours, p. 15), il y a lieu de ne pas se montrer trop formaliste (cf. <ref-ruling> consid. 1.4.1 p. 414 s.) et de déclarer recevables les conclusions du recours dans les deux domaines d'impôt, y compris s'agissant des amendes.
2.
2.1. Le recours en matière de droit public (<ref-law>) peut être formé pour violation du droit au sens des art. 95 et 96 LTF. Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (<ref-law>). Le recours doit cependant remplir l'exigence de motivation contenue à l'<ref-law> qui requiert que les mémoires exposent succinctement en quoi l'acte attaqué viole le droit. A cet égard, la partie recourante doit discuter les motifs de la décision entreprise et indiquer en quoi elle estime que l'autorité précédente a méconnu le droit; il n'est certes pas indispensable qu'elle indique expressément les dispositions légales ou les principes de droit qui auraient été violés; il faut toutefois qu'à la lecture de son exposé, on comprenne clairement quelles règles de droit auraient été, selon elle, transgressées par l'autorité intimée (cf. <ref-ruling> consid. 2.1 p. 245 s.). Lorsque la partie recourante se contente de reprendre mot pour mot la même motivation que celle présentée devant l'instance précédente, il n'y a pas de lien entre la motivation attaquée et les griefs exposés dans le recours de sorte que ce dernier est inadmissible sous l'angle de l'<ref-law> (cf. <ref-ruling> consid. 2.3 p. 246 s.).
En outre, le Tribunal fédéral ne connaît de la violation de droits fondamentaux que si un tel grief a été invoqué et motivé par le recourant ( "principe d'allégation", <ref-law>; <ref-ruling> consid. 2.2; <ref-ruling> consid. 3.3; <ref-ruling> consid. 1.2, <ref-ruling> consid. 1.4 in fine), c'est-à-dire s'il a été expressément soulevé et exposé de façon claire et détaillée (<ref-ruling> consid. 1.2; <ref-ruling> consid. 1.4.2).
Hormis ces exceptions, le Tribunal fédéral n'est pas lié par les motifs de l'autorité précédente ni par les moyens des parties; il peut donc admettre le recours pour d'autres motifs que ceux invoqués par le recourant, comme il peut le rejeter en opérant une substitution de motifs (cf. <ref-ruling> consid. 1.4 p. 400; <ref-ruling> consid. 1.4.1 p. 254; arrêt 2C_280/2014 du 22 août 2014 consid. 2.1).
2.2. En l'espèce, l'autorité intimée affirme dans ses observations sur recours que le recourant se borne à reprendre mot pour mot, de la page 14 à la page 36 de son mémoire, l'argumentation déjà avancée devant l'instance précédente. Une lecture comparative attentive des deux mémoires de recours démontrent effectivement une grande similitude entre eux : hormis quelques paragraphes dédiés à la violation des droits constitutionnels et à la critique de la motivation de l'instance précédente relative à l'application des conditions liées à la dénonciation spontanée et aux conditions du rappel d'impôt, lorsqu'elle ne restitue pas tout simplement l'exposé du droit par l'instance précédente (cf. mémoire de recours devant le Tribunal fédéral, p. 20 à 22), la motivation du recours reprend quasiment mot pour mot celle exposée dans le mémoire adressé à l'instance précédente. Cela vaut en particulier pour les chapitres du mémoire de recours devant le Tribunal fédéral intitulés " Des frais justifiés par l'usage commercial et autres déductions " (op. cit., p. 25 ss), " De la taxation complète et exacte " (op. cit., p. 30 ss), " Des encaissements qui ne constituent pas du chiffre d'affaires " (op. cit., p. 32 ss), et " Subsidiairement, de la quotité de l'amende " (op. cit., p. 34 ss).
Comme le présent mémoire de recours contient néanmoins des bribes de motivation suffisante sur certaines questions, il ne peut être déclaré complètement irrecevable. En effet, l'<ref-law> concerne le mémoire de recours dans son entier, contrairement aux al. 1 et 2 de l'<ref-law>, qui ne visent que les conditions d'examen des griefs considérés séparément. Il en sera tenu compte dans l'examen au fond du recours.
2.3. Invoquant l'art. 29 al. 2 Cst., le recourants se plaint de ce qu'aucune réelle comparution personnelle des parties n'a jamais été organisée ni au niveau du Tribunal administratif de première instance ni au niveau de la Cour de justice. Il n'expose toutefois pas en quoi ni à quelles conditions l'art. 29 al. 2 Cst. lui garantirait un droit de comparution personnelle dans sa situation concrète. Ce grief ne peut par conséquent pas être examiné.
2.4. Invoquant l'interdiction de l'arbitraire ancrée à l'art. 9 Cst., le recourant, qui expose dûment en quoi consiste cette interdiction (<ref-law>), se plaint de ce que la Cour de justice " a erré dans son application des principes généraux reconnus par la jurisprudence pour confirmer le caractère spontanée (sic) d'une dénonciation et son interprétation selon les principes développés concernant la LIFD et la LHID, notamment ". Ce grief se confond avec la violation du droit fédéral et ne revêt pas de portée propre par rapport aux griefs de violation de la LIFD et de la LHID s'agissant du mécanisme de la dénonciation spontanée que le recourant a dûment pris la peine de rédiger nouvellement dans le présent mémoire de recours (cf. consid. 2.2 ci-dessus). Il sera par conséquent examiné librement ci-dessous et non pas sous l'angle limité de l'arbitraire.
2.5. Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>), sous réserve des cas prévus à l'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 4.4.3). Le recourant ne peut critiquer les constatations de fait ressortant de la décision attaquée que si celles-ci ont été effectuées en violation du droit au sens de l'<ref-law> ou de manière manifestement inexacte, c'est-à-dire arbitraire, et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 6). Conformément à l'<ref-law>, le recourant doit expliquer de manière circonstanciée en quoi ces conditions seraient réalisées. Le Tribunal fédéral n'entre pas en matière sur des critiques de type appellatoire portant sur l'état de fait ou sur l'appréciation des preuves (<ref-ruling> consid. 6.3). Par ailleurs, aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut en principe être présenté devant le Tribunal fédéral (<ref-law>).
Le recourant présente un exposé des faits sans se référer aux conditions de l'<ref-law> pour compléter celui établi par l'instance précédente, ce qui n'est pas admissible. A cela s'ajoute que les pièces produites par les recourants aux fins de démontrer leur situation économique, au sujet desquelles ils affirment eux-même qu'elles ne pouvaient être produites auparavant (mémoire de recours, p. 36), sont irrecevables.
2.6. Le recours en matière de droit public étant ouvert dans les limites exposées ci-dessus, le recours constitutionnel subsidiaire déposé en sus par le recourant est irrecevable.
2.7. Le présent litige porte sur l'impôt fédéral direct, cantonal et communal pour les périodes fiscales 2005 à 2007, la péremption du droit de procéder au rappel d'impôt pour la période fiscale 2004 ayant été constatée par jugement du 4 mai 2020 du Tribunal administratif de première instance, et sur les amendes d'impôt fédéral direct, cantonal et communal pour la période fiscale 2007.
I. Droit applicable, prescription, péremption
3.
En l'absence d'une réglementation expresse contraire, le droit applicable à la taxation est celui en vigueur pendant la période fiscale en cause. Le rappel d'impôt relevant du droit matériel, le droit applicable obéit aux mêmes règles (arrêts 2C_41/2020 du 24 juin 2020 consid. 4; 2C_760/2017 du 15 juin 2018 consid. 3 et les références). En matière d'impôt fédéral direct, la LIFD, entrée en vigueur le 1er janvier 1995, est ainsi applicable aux périodes litigieuses.
Les impôts cantonaux et communaux sont régis par les anciennes lois genevoises des 31 août et 22 septembre 2000 sur l'imposition des personnes physiques (aLIPP-I à V/GE; abrogées au 31 décembre 2009; cf. art. 69 al. 1 let. e de la loi cantonale du 27 septembre 2009 sur l'imposition des personnes physiques [LIPP/GE; RSGE D 3 08]), par la LIPP/GE, par la loi genevoise de procédure fiscale du 4 octobre 2001 (LPFisc/GE; RSGE D 3 17), ainsi que par la loi sur l'harmonisation fiscale, entrée en vigueur le 1er janvier 1993, avec un délai pour les cantons au 31 décembre 2000 pour adapter leur législation (<ref-law>).
4.
La prescription ou la péremption sont des questions de droit matériel que le Tribunal fédéral examine d'office lorsqu'elles jouent en faveur du contribuable (cf. <ref-ruling> consid. 3.2 p. 171) tant pour l'impôt fédéral direct que l'impôt cantonal et communal, lorsque celles-ci se fondent sur le droit fédéral (cf. <ref-ruling> consid. 3.4 p. 172; arrêt 2C_1067/2018 du 11 novembre 2019 consid. 3.2 et les références).
4.1. L'<ref-law> prévoit que le droit d'introduire une procédure de rappel d'impôt s'éteint dix ans après la fin de la période fiscale pour laquelle la taxation n'a pas été effectuée, alors qu'elle aurait dû l'être, ou pour laquelle la taxation entrée en force était incomplète. Le droit de procéder au rappel d'impôt s'éteint quinze ans après la fin de la période fiscale à laquelle il se rapporte (<ref-law>; cf. <ref-ruling> consid. 6.1 p. 73).
Les art. 61 al. 1 et 3 LPFisc/GE et 53 al. 2 et 3 LHID posent les mêmes principes. La problématique peut donc être examinée conjointement pour les deux domaines d'impôts.
En l'occurrence, il ressort des faits de l'arrêt entrepris qu'un avis d'ouverture de la procédure de rappel d'impôt a été notifié au recourant le 17 décembre 2014 pour les périodes fiscales 2004 à 2013. Le délai de péremption de dix ans pour introduire une telle procédure des <ref-law>, 61 al. 1 LPFisc/GE et 53 al. 2 LHID a ainsi été respecté pour les périodes 2005 à 2007 seules en cause en l'espèce.
En revanche, s'agissant du délai de péremption de 15 ans relatif au droit de procéder au rappel d'impôt pour l'année 2005 (<ref-law>, 61 al. 3 LPFisc/GE et 53 al. 3 LHID), celui-ci est survenu à la fin de la période fiscale 2020, si bien que le droit de procéder au rappel d'impôt pour la période fiscale 2005 est périmé. Le droit de procéder au rappel d'impôt des périodes fiscales 2006 et 2007 n'est en revanche ni prescrit, ni périmé.
4.2. Avant le 1er janvier 2017, la poursuite pénale de la soustraction consommée se prescrivait dans tous les cas par quinze ans à compter de la fin de la période fiscale pour laquelle la taxation n'avait pas été effectuée ou l'avait été de façon incomplète, ce délai ne pouvant être prolongé (ancien <ref-law> [RO 1991 1184] cum <ref-law>, en relation avec l'<ref-ruling>). La prescription était en outre interrompue par tout acte de procédure tendant à la poursuite du contribuable (ancien <ref-law>).
Depuis le 1er janvier 2017, la poursuite pénale se prescrit, en cas de soustraction d'impôt consommée, au plus tôt, par dix ans à compter de la fin de la période fiscale pour laquelle la taxation n'a pas été effectuée ou l'a été de façon incomplète (art. 184 al. 1 let. b ch. 1 LIFD). Selon l'<ref-law> actuellement en vigueur, la prescription ne court plus si une décision a été rendue par l'autorité cantonale compétente (<ref-law>) avant l'échéance du délai de prescription. L'art. 58 al. 1, al. 2 let. a et al. 3 LHID, en vigueur depuis le 1er janvier 2017, a un contenu identique à celui de l'<ref-law>; il est directement applicable si les cantons n'ont pas adapté leur législation au 1er janvier 2017 (<ref-law>; cf. art. 77 LPFisc/GE dont l'al. 2 diffère de l'<ref-law>). En vertu des <ref-law> et 78f LHID, le nouveau droit est applicable au jugement des infractions commises au cours des périodes fiscales précédant le 1er janvier 2017 s'il est plus favorable que le droit en vigueur au cours de ces périodes fiscales (cf. arrêts 2C_333/2017 du 12 avril 2018 consid. 8.2; 2C_12/2017 du 23 mars 2018 consid. 4.3, non publié in <ref-ruling>).
En l'occurrence, en application du nouveau droit, la poursuite pénale de la soustraction d'impôt consommée reprochée au recourant au cours de la période fiscale 2007 seule en cause sur ce point n'est pas prescrite, dès lors que l'Administration fiscale a rendu une décision le 21 décembre 2017 pour cette année, soit avant le délai de dix ans après la fin de la période fiscale en cause. En application de l'ancien droit, la poursuite pénale des périodes fiscales 2007 ne s'est pas non plus prescrite, dès lors que le 17 décembre 2014, l'Administration fiscale a informé les recourants de l'ouverture de la procédure et qu'il ne s'est pas encore écoulé quinze ans depuis la fin de cette période.
4.3. En résumé, font encore l'objet de la présente procédure les rappels d'impôt fédéral direct, cantonal et communal pour les périodes fiscales 2006 et 2007 et le prononcé d'amendes pour soustraction fiscale en matière d'impôt fédéral direct, cantonal et communal de la période fiscale 2007.
II. Impôt fédéral direct, rappel d'impôt
5.
L'instance précédente a confirmé la décision de l'autorité intimée de ne pas admettre, en procédure de rappel d'impôt fédéral direct, de déductions forfaitaires sur les chiffres d'affaires non déclarés ni les autres charges commerciales non prouvées par pièces s'agissant des encaissements et retraits d'argent effectués sur les comptes bancaires non déclarés qui auraient servi à payer des sous-traitants.
Le recourant ne s'oppose pas au principe du rappel d'impôt. Il soutient en revanche que les charges qui existaient, qui n'ont pas été déclarées et qui sont en lien avec les éléments faisant l'objet du rappel d'impôt, doivent être prises en compte dans la décision de rappel.
5.1. Aux termes de l'<ref-law>, lorsque des moyens de preuve ou des faits jusque là inconnus de l'autorité fiscale lui permettent d'établir qu'une taxation n'a pas été effectuée, alors qu'elle aurait dû l'être, ou qu'une taxation entrée en force est incomplète ou qu'une taxation non effectuée ou incomplète est due à un crime ou à un délit commis contre l'autorité fiscale, cette dernière procède au rappel de l'impôt qui n'a pas été perçu, y compris les intérêts.
Le rappel d'impôt constitue la perception après coup d'impôts qui n'ont, à tort, pas été perçus dans la cadre de la procédure de taxation. Il constitue le pendant, en faveur du fisc, de la procédure de révision et permet à l'autorité de revenir sur une décision entrée en force. Le rappel d'impôt n'équivaut pas à un nouvel examen complet de la taxation, mais ne porte que sur les points pour lesquels l'autorité fiscale dispose de nouveaux éléments. L'existence d'un rappel d'impôt ne saurait ainsi autoriser le contribuable à revenir librement sur l'ensemble de sa taxation. Les nouveaux arguments que le contribuable peut faire valoir de son côté pour diminuer l'imposition dans la procédure de rappel d'impôt sont limités : le contribuable ne doit pas profiter de la procédure de rappel d'impôt pour revenir librement sur l'ensemble de la taxation; sous réserve d'une erreur manifeste, celui-ci peut uniquement demander que la taxation soit reprise en sa faveur sur les points qui, précisément font l'objet du rappel d'impôt (arrêt 2C_129/2018 du 24 septembre 2018 consid. 7 qui a tranché la question laissée ouverte dans l'arrêt 2A.300/2006 du 27 février 2007 consid. 3.3).
5.2. En l'espèce, en application de l'<ref-law>, l'instance précédente a accepté de considérer la possibilité de déduire les frais justifiés par l'usage commercial en lien avec les chiffres d'affaires et les comptes bancaires non déclarés, comme le souhaitaient les recourants.
C'est toutefois à bon droit - à tout le moins pour les comptes bancaires non déclarés, les années 2004 et 2005 n'étant plus en cause - et en conformité avec l'<ref-law>, qui prévoit que les contribuables exerçant une activité lucrative indépendante peuvent déduire les frais qui sont justifiés par l'usage commercial ou professionnel, et avec les règles relatives au fardeau de la preuve en droit fiscal, qu'elle a refusé d'admettre la déduction forfaitaire que le recourant avait requise : ce dernier n'avait pas été en mesure d'en établir la justification ni le montant exact, faute de pièces comptables probantes. En effet, conformément au principe général de l'<ref-law>, il appartient à l'autorité fiscale d'établir les faits qui justifient l'assujettissement et qui augmentent la taxation, en l'espèce les chiffres d'affaires et les comptes bancaires non déclarés, tandis que le contribuable doit prouver les faits qui diminuent la dette fiscale ou la suppriment, en l'espèce les frais déductibles et la justification des mouvements sur les comptes bancaires (cf. <ref-ruling> consid. 3.5 p. 252; <ref-ruling> consid. 4c/aa). C'est partant au contribuable qui fait valoir une dépense d'apporter la preuve de son existence, ainsi que de sa justification commerciale (arrêts 2C_232/2015 du 20 août 2015 consid. 5.1; 2C_697/2014 du 1er mai 2015 consid. 2.3), ce qu'ils n'ont pas été en mesure de faire. L'obligation de ne garder les pièces comptables que pendant dix ne jouant pas de rôle à cet égard, contrairement à ce qu'affirme le recourant, puisqu'à la date de l'avis d'ouverture de la procédure de rappel d'impôt et de soustraction fiscale, le 17 décembre 2014, dix ans ne s'étaient pas encore écoulés, pour les périodes encore en cause en l'espèce, de sorte que, s'il avait correctement tenu la comptabilité de la SNC, le recourant ne se serait pas débarrassés de ces moyens de preuve.
Les griefs du recourant doivent être rejetés.
5.3. Comme il l'a déjà exposé mot pour mot devant l'instance précédente, le recourant objecte que le refus de déduire les frais justifiés par l'usage commercial en lien avec les chiffres d'affaires et les comptes bancaires non déclarés viole le principe de l'imposition selon la capacité économique de l'art. 127 al. 2 Cst. (sur le contenu de ce principe, cf. notamment <ref-ruling> consid. 7.1 p. 160 s.). En se focalisant sur ce seul principe constitutionnel, ils perdent de vue que la détermination du revenu imposable des contribuables indépendants se trouve également à la croisée d'autres droits constitutionnels que sont les principes de la légalité et de l'égalité de traitement, d'une part, et, d'autre part, entre les principes de la sécurité juridique et de la protection de la bonne foi. Or, l'interprétation de la Constitution se doit d'aménager ces principes en créant entre eux une concordance pratique (sur cette notion cf. <ref-ruling> consid. 4.2.2 p. 24 s.) et éviter de n'examiner le respect d'un principe constitutionnel qu'isolément sans prendre en considération la pluralité des principes exprimés par la Constitution, qui ne valent jamais sans exception et entrent parfois en contradiction les uns avec les autres : du point de vue démocratique, c'est au législateur fiscal (art. 127 al. 1 Cst.) qu'il appartient d'organiser le système fiscal, d'arbitrer les conflits de valeurs et de concrétiser les principes d'imposition de façon à conférer précision, prévisibilité et sécurité à la réglementation fiscale. Il dispose à cet égard d'un pouvoir d'appréciation étendu (cf. sur ces questions cf. <ref-ruling> consid. 7 p. 160 ss), dont il a fait usage en édictant les <ref-law> et en précisant à quelles conditions les frais d'acquisition peuvent être déduits du revenu de l'activité lucrative indépendante. Il n'y a par conséquent pas lieu de s'écarter des conditions de l'<ref-law> ni de la jurisprudence rendue en application de cette disposition. Le grief de violation du principe de l'imposition selon la capacité économique est rejeté.
5.4. En confirmant le principe et le montant des rappels d'impôts effectués par l'autorité intimée, l'instance précédente n'a pas violé le droit fédéral.
III. Impôt fédéral direct, soustraction fiscale, dénonciation spontanée et quotité de l'amende
6.
6.1. Dans l'arrêt attaqué, l'instance précédente a constaté que ce n'était pas l'autorité intimée qui enquêtait sur le recourant au moment où celui-ci lui a écrit le 28 octobre 2014, mais bien la Division TVA, qui avait procédé à un contrôle fiscal de la SNC le 21 juillet 2014 sur les années 2009 à 2013, soit environ trois mois avant le courrier des recourants. Elle a constaté que ce contrôle avait révélé des revenus non comptabilisés. Elle a jugé que ce n'était qu'en raison de la crainte concrète de la découverte imminente de montants soustraits que le recourant avait écrit à l'autorité intimée le 28 octobre 2014 et qu'il n'avait pas eu de ce fait d'autre possibilité que de porter à la connaissance de cette dernière que "certains chiffres d'affaires de la SNC" n'avaient pas été déclarés, même si le résultat du contrôle fiscal de la Division TVA ne lui avait été communiqué qu'en 2015.
6.2. Selon l'<ref-law>, est notamment puni d'une amende le contribuable qui, intentionnellement ou par négligence, fait en sorte qu'une taxation ne soit pas effectuée alors qu'elle devrait l'être, ou qu'une taxation entrée en force soit incomplète (al. 1); en règle générale, l'amende est fixée au montant de l'impôt soustrait; si la faute est légère, l'amende peut être réduite jusqu'au tiers de ce montant; si la faute est grave, elle peut au plus être triplée (al. 2).
Selon l'<ref-law>, dans sa version en vigueur depuis le 1er janvier 2010, lorsque le contribuable dénonce spontanément et pour la première fois une soustraction d'impôt, il est renoncé à la poursuite pénale (dénonciation spontanée non punissable), à condition: qu'aucune autorité fiscale n'en ait connaissance (let. a); qu'il collabore sans réserve avec l'administration pour déterminer le montant du rappel d'impôt (let. b); qu'il s'efforce d'acquitter le rappel d'impôt dû (let. c). La notion de dénonciation suppose que le contribuable annonce de lui-même son infraction à l'autorité fiscale, alors que celle-ci n'en a encore pas eu connaissance d'une autre manière (arrêts 2C_370/2019 du 19 septembre 2019 consid. 5.2 et 5.4.2; 2C_113/2018 du 25 novembre 2019 consid. 3.3 et les références). Le caractère spontané fait défaut lorsque la déclaration intervient alors que les autorités fiscales sont déjà en train d'enquêter sur le dossier du contribuable et que celui-ci, selon le cours ordinaire des choses et l'expérience de la vie, doit s'attendre à ce que la soustraction sera découverte même sans dénonciation (arrêts 2C_370/2019 du 19 septembre 2019 consid. 5.2, 2C_113/2018 du 25 novembre 2019 consid. 3.3. et les références). La déclaration spontanée de l'<ref-law> n'est réalisée que lorsque l'auteur se dénonce spontanément ("de son propre mouvement"), sans pression extérieure (cf. arrêt 2C_370/2019 du 19 septembre 2019 consid. 5.2 et les références).
6.3. En l'espèce, il ressort des faits de l'arrêt attaqué que le recourant n'a pas déclaré la totalité du chiffre d'affaires réalisé par la SNC dans sa déclaration d'impôt pour la période fiscale 2007, ce dont il a informé l'autorité intimée par courrier du 28 octobre 2014, ni certains comptes bancaires, dont l'existence a été révélée à l'autorité intimée par la Division TVA le 3 octobre 2016. La déclaration d'impôt de cette année n'était ainsi pas complète au sens de l'<ref-law>. Par conséquent, les éléments objectifs de la soustraction réprimée à l'<ref-law> pour 2007 sont réunis, ce qui n'est pas contesté par le recourant. Reste par conséquent litigieuse la question de savoir si les conditions de l'<ref-law> sont remplies et, partant, si le recourant peut prétendre à ce qu'il soit renoncé à la poursuite pénale en raison d'une dénonciation spontanée.
6.4. Il s'agit plus précisément de savoir si la condition de l'<ref-law>, qui soumet la reconnaissance de la dénonciation spontanée d'une soustraction fiscale au fait qu'aucune autorité fiscale n'en ait connaissance, était remplie lorsque, le 28 octobre 2014, sous la plume de son conseil, le recourant a informé l'autorité intimée de son souhait de déclarer spontanément "des éléments de revenus et de fortune" afin de bénéficier de l'amnistie fiscale "partielle", se limitant à indiquer à cet égard que "certains chiffres d'affaires" de la SNC n'avaient pas été déclarés.
En l'occurrence, l'instance précédente a constaté que, le 21 juillet 2014, soit trois mois avant le courrier des recourants du 28 octobre 2014, la Division TVA avait procédé à un contrôle fiscal de la SNC. Il s'ensuit que le recourant était sous l'empire de la crainte concrète que la Division TVA informe l'autorité intimée d'éventuels revenus non déclarés en vertu de l'art. 112 al. 1, 2e phr., LIFD, selon lequel les autorités de la Confédération, des cantons, des districts, des cercles et des communes peuvent spontanément signaler aux autorités chargées de l'exécution de la LIFD les cas qui pourraient avoir fait l'objet d'une imposition incomplète. Force est du reste de constater qu'un tel signalement a bien eu lieu le 3 octobre 2016, lorsque la Division TVA a communiqué à l'autorité intimée une liste des comptes bancaires non déclarés par le recourant. Il n'est par conséquent pas nécessaire d'examiner la question de savoir si le contenu laconique du courrier du 28 octobre 2014 répondait d'emblée à l'exigence légale d'exposer l'ensemble des éléments soustrait à l'imposition.
6.5. Le recourant objecte que la période 2007 n'a pas fait l'objet de contrôles par la Division TVA, l'enquête de cette dernière n'ayant porté que sur les années 2009 à 2013. Il perd de vue qu'au moment où la Division TVA a effectué les contrôles, soit en date du 21 juillet 2014, les conditions temporelles pour ouvrir une procédure de rappel d'impôt et de soustraction fiscale étaient réunies pour la période fiscale 2007. Les éléments de revenus non déclarés découverts par la Division TVA pour les années 2009 à 2013, transmis en application de l'art. 112 al. 1 2e phr. LIFD, auraient par conséquent fait naître dans le chef de l'autorité intimée des soupçons fondés et suffisants sur le caractère complet des déclarations d'impôt fédéral direct du recourant pour les périodes fiscales antérieures à celles examinées par la Division TVA, y compris pour la période fiscale 2007. L'objection du recourant doit par conséquent être écartée.
6.6. En jugeant que la condition de spontanéité de l'<ref-law> n'est pas donnée en l'espèce et qu'il n'est par conséquent pas question d'un cas de dénonciation spontanée, l'instance précédente n'a pas violé le droit fédéral.
7.
Le recourant soutient qu'en confirmant un montant d'amende arrêté aux trois quarts de l'impôt soustrait, l'instance précédente n'a pas tenu compte de sa situation financière en violation de l'<ref-law>.
Dans l'arrêt attaqué, l'instance précédente a considéré, à bon droit, que la soustraction avait porté sur un montant important (26'619 fr. pour 2007), que l'infraction avait été commise intentionnellement, mais qu'il y avait lieu de tenir compte, à la décharge du recourant, de sa bonne collaboration durant la procédure de rappel d'impôt et de l'ancienneté de l'infraction. Sa situation économique, au sujet de laquelle il n'avait d'ailleurs produit aucun document, ne contrebalançait pas les circonstances aggravantes.
Hormis les griefs qu'il a repris mot pour mot du mémoire de recours déposé devant l'instance précédente, le recourant se plaint nouvellement (mémoire de recours, p. 35 s.) de ce que sa situation financière n'a pas été suffisamment prise en considération. Son grief ne peut toutefois pas être examiné. parce qu'il se fonde sur des faits et moyens de preuve nouveaux (cf. consid. 2.5 ci-dessus). Dans ces conditions, en confirmant un montant d'amende arrêté aux trois quarts de l'impôt fédéral direct soustrait pour la période fiscale 2007, l'instance précédente n'a pas violé le droit fédéral.
8.
Le recours doit par conséquent être admis en tant qu'il concerne le rappel de l'impôt fédéral direct de la période fiscale 2005 et rejeté en tant qu'il concerne les années 2006 et 2007.
IV. Impôt cantonal et communal
9.
Dès lors que les dispositions légales applicables en matière d'impôt cantonal et communal ont un contenu identique à l'<ref-law> (cf. <ref-law> et 69 LPFisc/GE), il convient de se référer aux développements qui ont été exposés en matière de péremption et d'impôt fédéral direct. Le recours doit par conséquent être admis en tant qu'il concerne le rappel de l'impôt cantonal et communal de la période fiscale 2005 et rejeté en tant qu'il concerne les années 2006 et 2007.
10.
Les considérants qui précèdent conduisent à l'irrecevabilité du recours constitutionnel subsidiaire et à l'admission partielle du recours en matière de droit public. L'arrêt rendu le 17 novembre 2020 par la Cour de justice du canton de Genève est réformé dans le sens des considérants. Il n'y a pas lieu de renvoyer la cause à la Cour de justice du canton de Genève pour qu'elle statue une nouvelle fois sur les frais et dépens des procédures de recours devant elle puisque le rappel d'impôt pour la période fiscale 2005 n'était pas encore périmé lorsqu'elle a rendu l'arrêt attaqué. Succombant tous deux partiellement, le recourant et le canton de Genève, dont l'intérêt patrimonial est en cause, doivent supporter les frais de la procédure fédérale, à raison d'un tiers pour le canton de Genève et de deux tiers pour le recourant (art. 66 al. 1, 4 et 5 LTF). Une indemnité de dépens, réduite de deux tiers, est allouée au recourant, qui a partiellement gain de cause avec l'aide d'un mandataire professionnel, à charge du canton de Genève (art. 68 al. 1 et 3 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours constitutionnel subsidiaire est irrecevable,
2.
Le recours en matière de droit public est partiellement admis.
3.
L'arrêt rendu le 17 novembre 2020 est annulé en tant qu'il concerne le rappel d'impôt fédéral direct de la période fiscale 2005 et confirmé en tant qu'il concerne les années 2006 et 2007.
4.
L'arrêt rendu le 17 novembre 2020 est annulé en tant qu'il concerne le rappel d'impôt cantonal et communal de la période fiscale 2005 et confirmé en tant qu'il concerne les années 2006 et 2007.
5.
Les frais judiciaires, arrêtés à 6'000 fr., sont mis à la charge du recourant par 4'000 fr., et à la charge du canton de Genève, par 2'000 fr.
6.
Une indemnité de partie, arrêtée à 2'000 fr., est allouée au recourant à charge du canton de Genève.
7.
Le présent arrêt est communiqué au mandataire du recourant, à l'Administration fiscale cantonale du canton de Genève, à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre administrative, 4ème section, ainsi qu'à l'Administration fédérale des contributions.
Lausanne, le 27 mai 2021
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Seiler
Le Greffier : Dubey