Sachverhalt:
A.
Die A._ AG (Vermieterin, Gesuchstellerin, Beschwerdeführe rin) und die B._ AG (Mieterin, Gesuchsgegnerin, Beschwerdegegnerin) schlossen am 22. Februar 2017 einen Mietvertrag betreffend verschiedene Räume und Flächen in der Liegenschaft U._, V._ ab, wobei als Mietbeginn der 16. April 2017 vereinbart wurde. Sie vereinbarten einen monatlich im Voraus zu bezahlenden Mietzins von Fr. 14'250.-- brutto pro Monat. Die Parteien kamen sodann nachträglich überein, den Mietzins und die Nebenkosten rückwirkend der Mehrwertsteuer zu unterstellen. Zudem vereinbarten sie für die ersten Jahre der Mietdauer eine Mietzinsreduktion. Für den Zeitraum vom 1. November 2017 bis 31. Oktober 2018 betrug diese Reduktion Fr. 2'500.-- und für den Zeitraum vom 1. November 2018 bis 31. Oktober 2019 Fr. 1'500.-- monatlich. Ab dem 1. November 2019 sollte der gesamte Mietzins geschuldet sein. Der Mietzins betrug somit seit dem 1. November 2018 Fr. 13'731.75 (= Fr. 14'250.--./. Fr. 1'500.-- + 7.7 % MwSt.) monatlich.
Da die Mieterin den Mietzins für den Monat Mai 2019 nicht leistete, setzte ihr die Vermieterin mit eingeschriebenem Brief vom 15. Mai 2019 eine 30-tägige Zahlungsfrist zur Begleichung des Mietzinsausstands an, verbunden mit einer Kündigungsandrohung bei unbenütztem Ablauf der Frist. Die Mieterin leistete innert der ihr angesetzten Frist eine Teilzahlung im Betrag von Fr. 3'000.-- (Buchungsdatum: 21. Mai 2019) und im Betrag von Fr. 5'000.-- (Buchungsdatum: 28. Mai 2019). Nach Ablauf der Zahlungsfrist kündigte die Vermieterin das Mietverhältnis androhungsgemäss mittels amtlichem Formular vom 20. Juni 2019 mit Wirkung auf den 31. Juli 2019, welches der Mieterin am 21. Juni 2019 zugestellt wurde. Mit Schreiben vom 9. Juli 2019 gab die Vermieterin der Mieterin den Termin für die Rückgabe des Mietobjekts auf den 5. August 2019, 12.00 Uhr, bekannt. Die Mieterin verliess das Mietobjekt nicht.
B.
Mit Eingabe vom 13. August 2019 reichte die Vermieterin beim Handelsgericht des Kantons Zürich, Einzelgericht, ein Ausweisungsgesuch gegen die Mieterin ein. Sie beantragte im Wesentlichen, es sei die Gesuchsgegnerin - unter Androhung der Zwangsvollstreckung im Unterlassungsfall - kostenfällig zu verpflichten, die von ihr gemieteten Räume und Flächen in der Liegenschaft U._, V._ (Ladenlokal EG [ca. 216 m 2], Büro EG/1. OG [84 m 2], Büro 1. OG [ca. 345 m 2], Büro 2. OG [ca. 135 m2], Lager UG [ca. 180 m 2] sowie 15 Aussenparkplätze), unverzüglich ordnungsgemäss geräumt und gereinigt zu verlassen und der Gesuchstellerin zurückzugeben. Sie machte geltend, die beiden von der Gesuchsgegnerin geleisteten Teilzahlungen von Fr. 3'000.-- und Fr. 5'000.-- seien mangels anderweitiger Erklärung der Gesuchsgegnerin im Sinne von Art. 86 OR an die am frühesten verfallene Schuld der Gesuchsgegnerin anzurechnen (Art. 87 Abs. 1 OR). Vorliegend seien dies unter anderem die Nebenkostenabrechnung 2017/2018 im Betrag von Fr. 6'655.65 und diverse Mietzinsausstände früherer Monate. Selbst wenn diese Zahlungen aber nicht an die früher verfallenen Schulden, sondern an den abgemahnten Mietzins für den Monat Mai 2019 angerechnet würden, wäre somit ein Betrag von Fr. 5'731.75 innert der angesetzten Frist unbezahlt geblieben. Weitere Zahlungen seien erst wieder am 25. Juni 2019 und somit nach Ablauf der 30-tägigen Frist eingegangen.
Die Gesuchsgegnerin bestritt, dass sie mit den Zahlungen von Fr. 3'000.-- und Fr. 5'000.-- irgendwelche Nebenkostenabrechnungen der vergangenen zwei Jahre bzw. angebliche frühere Mietzinsausstände habe begleichen wollen. Sodann habe sie gegenüber der Gesuchstellerin unbestrittenermassen eine Forderung über Fr. 8'540.75 gehabt, für welche sie innert der mit Schreiben vom 15. Mai 2019 angesetzten Zahlungsfrist die Verrechnung erklärt habe.
Das Handelsgericht (Einzelgericht) trat mit Urteil vom 15. November 2019 nicht auf das Gesuch ein, auferlegte die Gerichtsgebühr der Gesuchstellerin und verpflichtete diese zu einer Parteientschädigung an die Gesuchsgegnerin.
C.
Mit Beschwerde in Zivilsachen vom 18. Dezember 2019 verlangt die Gesuchstellerin, unter Aufrechterhaltung ihres erstinstanzlich gestellten Gesuchs, die kostenfällige Aufhebung des Urteils des Handelsge richts vom 15. November 2019.
Die Beschwerdegegnerin trägt auf kostenfällige Abweisung der Beschwerde an. Die Vorinstanz hat auf Vernehmlassung verzichtet.

Erwägungen:
1.
Die Sachurteilsvoraussetzungen der Beschwerde in Zivilsachen sind erfüllt und geben zu keinen Bemerkungen Anlass. Unter Vorbehalt einer rechtsgenüglichen Begründung (Art. 42 Abs. 2 und Art. 106 Abs. 2 BGG) ist daher auf die Beschwerde in Zivilsachen einzutreten.
2.
Gemäss Art. 257 Abs. 1 ZPO gewährt das Gericht Rechtsschutz im summarischen Verfahren, wenn der Sachverhalt unbestritten oder sofort beweisbar (lit. a) und die Rechtslage klar ist (lit. b). Der Rechtsschutz in klaren Fällen erlaubt es der klagenden Partei, bei eindeutiger Sach- und Rechtslage rasch, das heisst ohne einlässlichen Prozess im ordentlichen Verfahren, zu einem rechtskräftigen und vollstreckbaren Entscheid zu kommen. Bei Gewährung des Rechtsschutzes ergeht mithin ein definitives, der materiellen Rechtskraft fähiges Urteil, das einer neuen Beurteilung der Sache wegen der Rechtskraftwirkung entgegensteht (<ref-ruling> E. 5.1.1 S. 622 f. mit weiteren Hinweisen). Ein klarer Fall ist dann zu verneinen, wenn die beklagte Partei substanziiert und schlüssig Einwendungen vorträgt, die in tatsächlicher Hinsicht nicht sofort widerlegt werden können und die geeignet sind, die bereits gebildete richterliche Überzeugung zu erschüttern (<ref-ruling> E. 3.1 S. 464; <ref-ruling> E. 3.2 S. 26; <ref-ruling> E. 5.1.1 S. 623).
3.
Die Vorinstanz erwog, die formalen Voraussetzungen der Kündigung wegen Zahlungsverzugs würden von der Beschwerdegegnerin nicht in Abrede gestellt. Strittig sei einzig, ob sie sich in Zahlungsverzug befunden habe. Diesbezüglich sei die Sachlage nicht klar. Die Rechnung der Beschwerdegegnerin vom 14. Dezember 2018 über Fr. 8'540.75 (Gegenforderung) sei der Beschwerdeführerin am 15. Dezember 2018 zugestellt worden. Die von der Beschwerdegegnerin vorgebrachte Behauptung, sie habe schon vor der Androhung der Kündigung bzw. innerhalb der mit Schreiben vom 15. Mai 2019 angesetzten Zahlungsfrist die Verrechnung erklärt, erscheine nicht dermassen haltlos, dass sie als reine Schutzbehauptung anzusehen sei. Die Beschwerdeführerin habe ihrerseits - allerdings nach Zustellung der Kündigung - die Forderung der Beschwerdegegnerin über Fr. 8'540.75 mit Forderungen ihrerseits verrechnet. Weshalb es ihr nicht möglich gewesen wäre, die Forderung der Beschwerdegegnerin über Fr. 8'540.75 bereits zueinem früheren Zeitpunkt bzw. mit der nach den erfolgten beiden Teilzahlungen vom 21. und 28. Mai 2019 verbleibenden Restanz zu verrechnen, erkläre die Beschwerdeführerin nicht. Insgesamt bringe die Beschwerdeführerin nichts vor, was das Bestehen einer zumindest konkludenten Verrechnungserklärung betreffend die Forderung über Fr. 8'540.75 sofort entkräften könnte. Daher bestehe keine klare Rechtslage im Sinne von Art. 257 Abs. 1 ZPO.
Weitere Vorbringen betreffend zusätzlich offener Mietzinsbetreffnisse seien nach Aktenschluss und damit verspätet erfolgt. Gleiches gelte für die neu eingereichte Nebenkostenabrechnung 2017/2018.
4.
Die Beschwerdeführerin rügt eine fehlerhafte und willkürliche Anwendung von Art. 124 OR und Art. 257 Abs. 1 ZPO.
4.1. Die Unklarheit besteht gemäss Vorinstanz nicht darin, dass der Bestand einer Verrechnungsforderung umstritten und nicht sofort beweisbar wäre, sondern in der Frage, ob eine Verrechnungserklärung erfolgte und damit ein Teil der Mietzinsschuld getilgt wurde (Art. 124 Abs. 2 OR). Es ist zu unterscheiden zwischen der Verrechnungserklärung als Tatsache, die an den Gläubiger gerichtet ist, und der Verrechnungseinwendung im Prozess, mit welcher die Frage der Verrechnung zum Prozessgegenstand wird (Urteil 4A_290/2007 vom 10. Dezember 2007 E. 8.3.1 mit Hinweis). Als Tatsache, mit welcher die Beschwerdegegnerin Tilgung der Mietzinsschuld begründet, hat sie zu beweisen, dass sie Verrechnung erklärte und zwar vor Ablauf der mit Schreiben vom 15. Mai 2019 angesetzten Zahlungsfrist. Im Verfahren betreffend Rechtsschutz in klaren Fällen genügt es dabei, wie erwähnt (vgl. hiervor E. 2), wenn sie "substanziiert und schlüssig Einwendungen vorträgt".
4.2. Erforderlich ist also, dass die Beschwerdegegnerin substanziiert und schlüssig die Tatsache ihrer Verrechnungserklärung dargelegt hat.
4.2.1. Daher ist nicht nachvollziehbar, wenn die Vorinstanz ausführt, die Beschwerdeführerin habe das Vorbringen der Beschwerdegegnerin, dass eine - zumindest konkludente - Verrechnungserklärung bestanden habe, nicht sofort entkräftet. Die Beschwerdeführerin kann nur etwas entkräften, was zuerst von der Beschwerdegegnerin substanziiert und schlüssig dargelegt worden ist.
4.2.2. Die Vorinstanz scheint davon auszugehen, dass allein die Tatsache, dass die Beschwerdegegnerin über eine Verrechnungsforderung verfügte, auch das Bestehen einer Verrechnungserklärung belegt. Das wäre offensichtlich verfehlt.
Sie erwähnte sodann die Behauptung der Beschwerdegegnerin, "sie habe schon vor der Androhung der Kündigung bzw. innerhalb der mit Schreiben vom 15. Mai 2019 angesetzten Zahlungsfrist die Verrechnung erklärt ", und erwog, daher erscheine die geltend gemachte Verrechnung nicht als " reine Schutzbehauptung". Das ist nicht nachvollziehbar. Vielmehr belegt die zitierte Behauptung gerade im Gegenteil, dass die Beschwerdegegnerin sich selber nicht im Klaren ist, wann sie Verrechnung erklärt haben will, ob bereits vor dem Schreiben vom 15. Mai 2019 oder in der danach angesetzten Frist. Sie lässt damit nicht nur den Zeitpunkt der Verrechnungserklärung offen, sondern unterlässt auch jede Substanziierung, worin der - wenigstens - konkludente Akt der Verrechnungserklärung bestanden hätte.
Die Vorinstanz erwähnt sodann die Rechnung vom 14. Dezember 2018, welche die Beschwerdegegnerin der Beschwerdeführerin am 15. Dezember 2018 zugestellt habe. Sie scheint aber nicht davon auszugehen, bereits das Zustellen dieser Rechnung sei eine konkludente Verrechnungserklärung gewesen; jedenfalls stellt sie dies nicht fest. Gemäss ihren Feststellungen, hat die Beschwerdegegnerin dies auch nicht behauptet, was angesichts der oben erwähnten unklaren Angaben zum Zeitpunkt auch widersprüchlich wäre. In der Beschwerdeantwort führt diese nun zwar aus, es werde "bestritten, dass es sich bei der Rechnung der Beschwerdegegnerin nicht um eine - zumindest konkludente - Verrechnungserklärung handelte ". Eine entsprechende Behauptung erst im Beschwerdeverfahren - so es denn eine solche wäre - wäre aber jedenfalls verspätet (Art. 99 BGG), da es sich dabei um eine neue Tatsache handeln würde. Im Übrigen beinhaltet die Rechnung vom 14. Dezember 2018 offensichtlich keine Verrechnungserklärung. Das ergibt sich allein schon daraus, dass dort eine Zahlungsfrist von fünf Tagen angesetzt wird. Auch aus der Reaktion auf diese Rechnung lässt sich nichts ableiten. Die Verwalterin teilte lediglich mit, sie bitte die Beschwerdegegnerin sämtliche Belege der Drittanbieter zuzustellen, bevor sie die Rechnung an den Eigentümer weiterleite. Auf die Frage, unter welchen Voraussetzungen in einer Rechnungsstellung allgemein eine konkludente Verrechnungserklärung erblickt werden könnte, muss somit nicht weiter eingegangen werden.
Gemäss den Feststellungen der Vorinstanz hatte die Beschwerdegegnerin sodann vorgebracht, die Beschwerdeführerin " habe am 18. Februar 2019 zum Ausdruck gebracht, dass die Verrechnung für sie in Ordnung sei und diese Sache bis Ende Februar 2019 erledigt sein sollte". Damit bezog sie sich offenbar auf eine E-Mail der Verwalterin von diesem Datum. Die Vorinstanz selber hat sich in ihrer Würdigung zu Recht nicht darauf bezogen. Die Verwalterin forderte in der E-Mail vom 18. Februar 2019 die Beschwerdegegnerin erneut auf, die Rechnungsbelege zuzustellen und schrieb, "[s]obald wir diese haben, können wir die Mehrwertsteuer 2018 entsprechend verrechnen. Ich wäre froh, wenn wir diese Angelegenheit bis Ende Februar 2019 erledigen können". Es wäre also höchstens darum gegangen, dass die Beschwerdeführerin ihrerseits Verrechnung erklärt hätte für die von ihr geltend gemachte Mehrwertsteuerforderung.
Für eine Verrechnungserklärung der Beschwerdegegnerin nach der Fristansetzung am 15. Mai 2019 fehlt sodann jeder Anhaltspunkt.
Es kann somit nicht die Rede davon sein, dass die Beschwerdegegnerin substanziiert und schlüssig eine Verrechnungserklärung dar gelegt hätte.
4.3.
4.3.1. Die Vorinstanz wies schliesslich darauf hin, die Beschwerdeführerin habe ihrerseits die Forderung der Beschwerdegegnerin von Fr. 8'540.75 mit eigenen Forderungen verrechnet, wenn auch erst nach Zustellung der Kündigung. Weshalb es ihr aber nicht möglich gewesen wäre, die Forderung der Beschwerdegegnerin bereits zu einem früheren Zeitpunkt bzw. mit der nach den erfolgten beiden Teilzahlungen über Fr. 3'000.-- und Fr. 5'000.-- vom 21. bzw. 28. Mai 2019 verbleibenden Restanz zu verrechnen, erkläre die Beschwerdeführerin nicht. Es ist nicht klar, ob die Vorinstanz mit dieser Begründung der Beschwerdeführerin (implizit) ein missbräuchliches Verhalten vorwerfen will. In diesem Sinn hatte jedenfalls die Beschwerdegegnerin im kantonalen Verfahren argumentiert, es erscheine geradezu als missbräuchlich, dass die Beschwerdeführerin ihre Gegenforderung erst nach ausgesprochener Kündigung in ihre Buchhaltung aufnehme. Und im Beschwerdeverfahren bekräftigt sie, es sei der Beschwerdeführerin "zuzurechnen, dass diese die Verrechnung nicht früher anhand genommen hat".
4.3.2. Die Rechtslage ist in der Regel nicht klar, wenn die Anwendung einer Norm einen Ermessens- oder Billigkeitsentscheid des Gerichts mit wertender Berücksichtigung der gesamten Umstände erfordert, wie dies namentlich bei der Beurteilung von Treu und Glauben zutrifft (BGE <ref-ruling> E. 3.2 S. 26; <ref-ruling> E. 2.1.2 S. 126, 728 E. 3.3 S. 734; je mit Hinweisen). Die beispielhafte Erwähnung der Beurteilung von Treu und Glauben in der zitierten Rechtsprechung ist nicht so zu verstehen, dass ein klarer Fall in rechtlicher Hinsicht verneint werden muss, sobald von der Beklagtenseite eine missbräuchliche Rechtsausübung durch die Klägerschaft geltend gemacht wird oder aufgrund der vorgetragenen Tatsachen entfernt in Betracht gezogen werden könnte. Das Rechtsmissbrauchsverbot nach Art. 2 ZGB hindert den Ansprecher nur an der Rechtsausübung, wenn dieselbe nach den Umständen des Einzelfalls offenbar missbräuchlich erfolgt. Ein klarer Fall ist somit unter dem Gesichtswinkel des Rechtsmissbrauchsverbots nur dann zu verneinen, wenn Umstände vorliegen, nach denen das Verhalten des Ansprechers offenkundigeinen Missbrauch darstellt, was namentlich der Fall ist, wenn dieses in eine der in Rechtsprechung und Lehre anerkannten Fallgruppen einzuordnen ist (Urteil 4A_329/2013 vom 10. Dezember 2013 E. 6.1 unter Hinweis auf <ref-ruling> E. 5.2 S. 431; für den umgekehrten Fall, dass sich die Klägerschaft im Verfahren betreffend Rechtsschutz in klaren Fällen auf das Rechtsmissbrauchsverbot beruft vgl. Urteil 4A_350/2015 vom 25. August 2015 E. 4.2).
Die Geltendmachung eines Rechts ist u.a. missbräuchlich, wenn sie im Widerspruch zu einem früheren Verhalten steht und dadurch erweckte berechtigte Erwartungen enttäuscht (<ref-ruling> E. 4.2 S. 673; <ref-ruling> E. 2.3.2 S. 483; <ref-ruling> E. 2.2 S. 403; <ref-ruling> E. 4.2 S. 123; <ref-ruling> E. 5.1 S. 497; <ref-ruling> E. 2a S. 259; vgl. auch <ref-ruling> E. 2.5 S. 211; <ref-ruling> E. 3.3.1 S. 169; <ref-ruling> E. 3.3 S. 154; je mit Hinweisen). Widersprüchliches Verhalten kann ohne Enttäuschung berechtigter Erwartungen auch in einer gegenwärtigen, in sich völlig unvereinbaren und darum widersprüchlichen Verhaltensweise gesehen werden (BGE <ref-ruling> E. 2.2 S. 403 und E. 2.4 S. 405). Rechtsmissbrauch ist restriktiv anzunehmen (<ref-ruling> E. 4.2 S. 673, 279 E. 3.1 S. 281; <ref-ruling> E. 3.3 S. 27; <ref-ruling> E. 3.3.1 S. 169; zum Ganzen vgl. Urteil 4A_446/2018 vom 21. Mai 2019 E. 3.3, nicht publ. in: <ref-ruling>).
4.3.3. Diese Voraussetzungen sind vorliegend offensichtlich nicht erfüllt. Nach den Feststellungen der Vorinstanz setzte die Beschwerdeführerin der Beschwerdegegnerin am 15. Mai 2019 eine 30-tägige Zahlungsfrist verbunden mit einer Kündigungsandrohung zur Begleichung des Mietzinses für Mai 2019 im Betrag von Fr. 13'731.75. Verlangte die Beschwerdeführerin den ganzen Mietzinsbetrag, war für die Beschwerdegegnerin klar, dass die Beschwerdeführerin nicht einen Teil als bereits durch Verrechnung getilgt erachtete. Es wäre daher an der Beschwerdegegnerin gelegen, innert der Zahlungsfrist zu erklären, ihre Forderung sei nicht berücksichtigt worden bzw. Verrechnung zu erklären (Urteile 4A_115/2019 vom 17. April 2019 E. 8 und 4A_107/2010 vom 3. Mai 2010 E. 3.5.1).
4.4. Der Zahlungsverzug der Beschwerdegegnerin ist ausgewiesen. Auf die von der Beschwerdeführerin eventualiter geltend gemachten weiteren Mietzinsausstände und die offene Nebenkostenabrechnung 2017/2018 bzw. die Anrechnung der Zahlungen über Fr. 3'000.-- und Fr. 5'000.-- an diese früheren Ausstände muss daher nicht mehr eingegangen werden.
Die Beschwerdegegnerin vertrat im kantonalen Verfahren gemäss den vorinstanzlichen Feststellungen zudem den Standpunkt, die Kündigung sei eine Rachehandlung der Beschwerdeführerin, da Letztere eine Mietzinserhöhung nicht habe durchsetzen können. Die Vorinstanz brauchte zu diesem Vorbringen mit Blick auf ihre Beurteilung nicht Stellung zu nehmen. Da die Beschwerdegegnerin im vorliegenden Verfahren an diesem Argument nicht festhält, braucht an dieser Stelle nicht weiter auf die Frage eingegangen zu werden; im Übrigen ist dieser Einwand offensichtlich unbegründet.
Die Vorinstanz ist somit zu Unrecht auf das Gesuch der Beschwerdeführerin nicht eingetreten. Das Ausweisungsgesuch ist antragsgemäss zu schützen, womit auch dem rechtzeitig gestellten Vollstreckungsantrag stattzugeben ist (Art. 236 Abs. 3 ZPO).
5.
Nach dem Gesagten ist die Beschwerde gutzuheissen und der angefochtene Entscheid aufzuheben. Dem Verfahrensausgang entsprechend wird die Beschwerdegegnerin kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 Abs. 1 und Art. 68 Abs. 1 und 2 BGG). Die Vorinstanz wird die Kosten- und Entschädigungsfolgen des kantonalen Verfahrens neu zu regeln haben (Art. 67 und Art. 68 Abs. 5 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird gutgeheissen und das Urteil des Handelsgerichts des Kantons Zürich vom 15. November 2019 wird aufgehoben.
Die Beschwerdegegnerin wird verpflichtet, die von ihr gemieteten Räume und Flächen in der Liegenschaft U._, V._ (Ladenlokal EG [ca. 216 m2], Büro EG/1. OG [ca. 84 m2], Büro 1. OG [ca. 345 m2], Büro 2. OG [ca. 135 m2], Lager UG [ca. 180 m2] sowie 15 Aussenparkplätze), unverzüglich ordnungsgemäss geräumt und gereinigt zu verlassen und der Beschwerdeführerin zurückzugeben.
Das Gemeindeammannamt V._ wird angewiesen, diesen Befehl auf erstes Verlangen der Beschwerdeführerin zu vollstrecken.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 8'000.-- werden der Beschwerdegegnerin auferlegt.
3.
Die Beschwerdegegnerin hat die Beschwerdeführerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 9'000.-- zu entschädigen.
4.
Die Sache wird zu neuer Entscheidung über die Kosten- und Entschädigungsfolgen des kantonalen Verfahrens an das Handelsgericht zurückgewiesen.
5.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Handelsgericht des Kantons Zürich, Einzelgericht, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 26. Mai 2020
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Kiss
Der Gerichtsschreiber: Gross