Sachverhalt:
A.
A.a. Die IV-Stelle des Kantons Luzern sprach A._ mit Verfügung vom 26. August 1999 wegen der Folgen des Verkehrsunfalls vom 13. November 1996 gestützt auf das Gutachten des Dr. med. B._, Facharzt für Psychiatrie und Psychotherapie, vom 18. Mai 1999 ab 1. November 1997 eine ganze und ab 1. Februar 1998 eine halbe Invalidenrente zu. Seit 1. Januar 2002 ist A._ als Ladendetektivin zu einem 50 %-Pensum erwerbstätig. Am 30. September 2003 bestätigte die zwischenzeitlich zuständig gewordene IV-Stelle des Kantons Schwyz (nachfolgend: IV-Stelle) die halbe Invalidenrente.
A.b. Im Rahmen eines Revisionsverfahrens holte die IV-Stelle ein polydisziplinäres Gutachten der MEDAS Oberaargau vom 11. November 2009 ein und verfügte am 25. Februar 2010 die Aufhebung der Invalidenrente. Die dagegen erhobene Beschwerde hiess das Verwaltungsgericht des Kantons Schwyz mit Entscheid vom 27. September 2010 gut und ordnete die Weiterausrichtung der halben Invalidenrente an.
A.c. Am 31. Januar 2012 eröffnete die IV-Stelle ein Revisionsverfahren nach den Schlussbestimmungen der 6. IV-Revision. Mit Verfügung vom 16. Mai 2012 hob die IV-Stelle die Invalidenrente auf und entzog einer allfälligen Beschwerde die aufschiebende Wirkung. Die dagegen erhobene Beschwerde wies das Verwaltungsgericht am 16. Oktober 2012 ab. Mit Urteil 8C_972/2012 vom 31. Oktober 2013 (publiziert in <ref-ruling>) hiess das Bundesgericht die von A._ dagegen erhobene Beschwerde teilweise gut und wies die Sache zu neuer Verfügung an die IV-Stelle zurück.
A.d. Am 15. Januar 2014 teilte die IV-Stelle A._ mit, nach dem Zufallsprinzip sei die PMEDA AG, Polydisziplinäre medizinische Abklärungen, Zürich, als Gutachterstelle ausgewählt worden, und nannte die vorgesehenen Gutachter mit Namen; mit Verfügung vom 24. Februar 2014 hielt die IV-Stelle daran fest. Das Verwaltungsgericht wies die dagegen erhobene Beschwerde mit Entscheid vom 5. Juni 2014 ab.
A.e. Gestützt auf das polydisziplinäre Gutachten der PMEDA vom 15. Juli 2015 verfügte die IV-Stelle am 16. Dezember 2016 die Aufhebung der halben Invalidenrente auf Ende des nach Zustellung der Verfügung folgenden Monats und entzog einer allfälligen Beschwerde die aufschiebende Wirkung.
B.
Die dagegen erhobene Beschwerde wies das Verwaltungsgericht mit Entscheid vom 13. Dezember 2017 ab.
C.
A._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen mit dem Antrag, unter Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheids sei die IV-Stelle zu verpflichten, ihr ab 1. Februar 2017 weiterhin eine halbe Invalidenrente auszurichten. Eventualiter sei die Vorinstanz anzuweisen, unter Wahrung der Mitwirkungsrechte ein Gutachten über den Gesundheitszustand einzuholen; subeventualiter sei das Verfahren zu sistieren bis feststehe, ob im Parallelfall R. gegen Prof. Dr. med. C._ sowie die Gutachter D._, E._ und F._ von der Staatsanwaltschaft Zürich Anklage wegen vorsätzlichen falschen ärztlichen Zeugnisses erhoben werde, und Prof. Dr. med. C._ sowie die daran beteiligten Gutachter seien anzuweisen, sämtliche Unterlagen zur PMEDA-Veranstaltung vom 2. Juni 2014 zu edieren. Zudem ersucht sie um unentgeltliche Rechtspflege.
Das Bundesgericht hat keinen Schriftenwechsel durchgeführt.

Erwägungen:
1.
1.1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann wegen Rechtsverletzungen gemäss Art. 95 und 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es ist folglich weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann sie mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen. Immerhin prüft das Bundesgericht, unter Berücksichtigung der allgemeinen Pflicht zur Begründung der Beschwerde (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG), grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind (<ref-ruling> E. 1 S. 236 mit Hinweisen).
1.2. Das Bundesgericht kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law>). Überdies muss die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein (<ref-law>). Neue Tatsachen und Beweismittel dürfen nur so weit vorgebracht werden, als erst der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gibt (<ref-law>).
Die beschwerdeführende Partei, welche die Sachverhaltsfeststellungen der Vorinstanz anfechten will, muss substanziiert darlegen, inwiefern die Voraussetzungen einer Ausnahme gemäss <ref-law> gegeben sind und das Verfahren bei rechtskonformer Ermittlung des Sachverhalts anders ausgegangen wäre; andernfalls kann ein Sachverhalt, der vom im angefochtenen Entscheid festgestellten abweicht, nicht berücksichtigt werden (<ref-ruling> E. 1.3.1 S. 18 mit Hinweisen).
2.
Streitig ist, ob die Vorinstanz zu Recht die Aufhebung der bisherigen halben Invalidenrente gestützt auf das PMEDA-Gutachten in Anwendung der Schlussbestimmungen der 6. IV-Revision bestätigt hat.
3.
Die Vorinstanz hat die Bestimmungen und Grundsätze über die Revision einer Invalidenrente gestützt auf die Schlussbestimmungen der 6. IV-Revision (vgl. auch <ref-ruling>) zutreffend dargelegt. Dasselbe gilt für die Aufgabe der Ärzte bei der Ermittlung des Invaliditätsgrades (<ref-ruling> E. 3.2 S. 195; <ref-ruling> E. 4 S. 99), die beweisrechtlichen Anforderungen an einen ärztlichen Bericht (<ref-ruling> E. 5.1 S. 232; <ref-ruling> E. 3a S. 352) und die grundsätzlich zulässige antizipierte Beweiswürdigung (<ref-ruling> E. 5.3 S. 236; <ref-ruling> E. 4b S. 94). Darauf wird verwiesen.
4.
4.1. Die Vorinstanz hielt fest, bereits mit <ref-ruling> sei erstellt, dass die ursprüngliche Rentenzusprechung ausschliesslich auf der Diagnose eines pathogenetisch-ätiologisch unklaren syndromalen Beschwerdebildes ohne nachweisbare organische Grundlage beruhe, so dass die Schlussbestimmungen zur 6. IV-Revision anwendbar seien, und es liege kein Ausschlussgrund nach deren Abs. 4 vor. Weiter hat sie die formellen Einwände gegen das polydisziplinäre PMEDA-Gutachten vom 15. Juli 2015 (Befangenheit der Experten) verneint und gestützt auf dieses Gutachten, dem sie vollen Beweiswert zumass, festgestellt, dass im Zeitpunkt der Begutachtung weder aus somatischer noch psychischer Hinsicht ein Leiden bestanden habe, das die Arbeitsfähigkeit in relevanter Weise einschränke, auch nicht ein unklares Beschwerdebild, das nach den Indikatoren von <ref-ruling> zu beurteilen wäre. Mangels eines invalidisierenden Gesundheitsschadens sei die Aufhebung der Rente nach Massgabe der Schlussbestimmungen zur 6. IV-Revision rechtens.
4.2. Was die Versicherte dagegen vorbringt, vermag zu keinem anderen Ergebnis zu führen.
4.2.1. Soweit sie die Sistierung des Verfahrens unter Verweis auf das mögliche strafrechtliche Verfahren gegen Prof. Dr. med. C._ und die übrigen Gutachter beantragt, ist darauf nicht weiter einzugehen. Denn die Versicherte stützt sich dabei auf ein unzulässiges Novum im Sinne von <ref-law>. Sollte es zu einer strafrechtlichen Verurteilung kommen, wäre dies unter dem Blickwinkel einer Revision nach <ref-law> zu prüfen (vgl. Urteil 9F_5/2018 vom 16. August 2018).
4.2.2. Ebenso unbehelflich sind die Einwände bezüglich der Befangenheit der beteiligten Gutachter sowie des Prof. Dr. med. C._. Diesbezüglich kann vollumfänglich auf die vorinstanzlichen Ausführungen sowie SVR 2017 IV Nr. 67 S. 208 (9C_19/2017) und insbesondere auf das vom hier involvierten Rechtsvertreter erwirkte Urteil 8C_548/2016 vom 4. Januar 2017 E. 4 verwiesen werden. Das Bundesgericht hat den dortigen Erwägungen nichts beizufügen.
4.2.3. Die Versicherte rügt, das PMEDA-Gutachten vom 15. Juli 2015 sei nicht beweiskräftig, weil es den Anforderungen der Rechtsprechung, namentlich <ref-ruling>, nicht genüge. So nehme es keinen Bezug auf die damals bereits eingeführte Indikatorenpraxis nach <ref-ruling>. Da nicht einmal eine Prüfung der zuvor massgeblichen Foerster-Kriterien erfolgt sei, komme ihm kein Beweiswert zu.
Mit der Vorinstanz ist festzuhalten, dass das PMEDA-Gutachten vom 15. Juli 2015 den Anforderungen von <ref-ruling> E. 5.1 S. 232 und <ref-ruling> E. 3a S. 352 entspricht. Es beruht auf den Vorakten und einer umfassenden polydisziplinären Abklärung, berücksichtigt die geklagten Beschwerden und begründet die darin enthaltenen Schlussfolgerungen nachvollziehbar und überzeugend. Daran ändert - wie die Vorinstanz zu Recht vermerkt - auch der Umstand nichts, dass die Experten bei den Diagnosen nicht explizit den Status nach HWS-Distorsion festhielten (vgl. Urteil 9C_620/2016 vom 9. März 2017 E. 4.2.2.2), zumal sie den Unfall bei der jeweiligen Anamnese aufführten und damit bei ihrer Beurteilung miteinbezogen, ihm aber keinen Einfluss auf den Gesundheitszustand mehr beimassen.
Nach <ref-ruling> E. 8 S. 309 verlieren Gutachten, die vor Publikation der geänderten Anforderungen ergangen sind, nicht ihren Beweiswert; massgeblich ist vielmehr, ob sie inhaltlich eine Beurteilung nach der neuen Rechtsprechung zulassen. Dies trifft auf das PMEDA-Gutachten vom 15. Juli 2015 zu: So hat die Vorinstanz in E. 4.2 festgestellt, im Gutachten werde im Beurteilungszeitpunkt mit nachvollziehbarer und überzeugender Begründung das Vorliegen eines Leidens, das die Arbeitsfähigkeit relevant einschränke, verneint. Die Versicherte benötige keine Schmerzmedikamente und nehme keine Psychopharmaka ein, führe weder eine physio- noch eine psychotherapeutische Behandlung durch, erledige einen Zweipersonenhaushalt, fahre Auto, reise, sei sozial integriert und übe ein 50 %-Pensum als Ladendetektivin zur Zufriedenheit des Arbeitgebers aus, was ein hohes Aufmerksamkeitsniveau, eine rasche Reaktionsfähigkeit, hohe Flexibilität und Durchsetzungsvermögen erfordere. Angesichts dieser Umstände seien die Schlussfolgerungen der Gutachter begründet. Diese Beweiswürdigung ist weder offensichtlich unhaltbar noch willkürlich und damit nicht zu beanstanden (<ref-ruling> E. 4.2 S. 53 und E. 4.3 S. 54). Somit ist gestützt auf das polydisziplinäre Gutachten vom 15. Juli 2015, in welchem die Experten weder aus internistischer, neurologischer, orthopädischer, ORL-fachärztlicher noch aus psychiatrischer oder neuropsychologischer Sicht einen die Arbeitsfähigkeit beeinträchtigenden Befund haben erheben können, von der vollen Zumutbarkeit der langjährigen Tätigkeit als Ladendetektivin sowie jeder anderen Tätigkeit auf dem allgemeinen Arbeitsmarkt auszugehen. Zudem hatten sich die Experten einlässlich mit dem (psychiatrisch-neurologischen) Gutachten vom 30. Juni 2010 und dem polydisziplinären Gutachten der MEDAS Oberaargau vom 11. September 2009 auseinandergesetzt und ihre davon abweichende Beurteilung nachvollziehbar begründet. Weiter hat die Vorinstanz in E. 4.3 korrekt dargelegt, dass für das Vorliegen einer Erwerbsunfähigkeit im Sinne von <ref-law> eine objektivierte Betrachtungsweise massgeblich ist. Unter diesen Umständen ist mangels Vorliegens eines die Arbeitsfähigkeit beeinträchtigenden unklaren Beschwerdebilds weder eine Prüfung der Foerster-Kriterien noch der Indikatoren nach <ref-ruling> erforderlich.
4.2.4. Auch der Einwand, das PMEDA-Gutachten vom 15. Juli 2015 prüfe das Vorliegen einer chronischen Schmerzstörung mit somatischen und psychischen Faktoren (ICD-10 F 45.41) nicht, weshalb es nicht beweiskräftig sei, vermag zu keinem anderen Ergebnis zu führen. Denn das Bundesgericht hat mit Urteil 9C_168/2015 vom 13. April 2016 E. 3.2 und seither ergangener Rechtsprechung (vgl. namentlich <ref-ruling> E. 5.1 S. 423) klargestellt, dass diese Diagnose in der internationalen Klassifikation angesichts der Schwierigkeiten bei der Abgrenzung zu den anhaltenden somatoformen Schmerzstörungen nach ICD-10 F 45.40 nicht vorkommt, sondern eine Eigenheit für das deutsche System sei, weshalb es für die vor Bundesgericht zu beurteilenden versicherungsmedizinischen Belange nicht massgeblich sei. Das allfällige Vorliegen einer chronischen Schmerzstörung mit somatischen und psychischen Faktoren (ICD-10 F 45.41) wurde zudem vom psychiatrischen Gutachter diskutiert, aber verworfen.
4.2.5. Soweit die Versicherte beanstandet, die PMEDA-Gutachter hätten sich um die Fragestellung der IV-Stelle "foutiert", indem sie sich nicht zu den Foerster-Kriterien äusserten, ist ihr entgegen zu halten, dass sie widersprüchlich argumentiert. Denn andernorts hält sie den Experten vor, sie würden in ihrem Gutachten nicht die inzwischen ergangene Rechtsprechung von <ref-ruling> berücksichtigen. So oder anders ist festzuhalten, dass das PMEDA-Gutachten vom 15. Juli 2015 den Anforderungen der Rechtsprechung zur Beurteilung der hier strittigen Belange genügt (vgl. E. 4.2.3) und keine Diagnose enthält, die eine Validierung der attestierten Arbeitsunfähigkeit nach den Foerster-Kriterien resp. nunmehr nach den Indikatoren von <ref-ruling> erfordern würde. In diesem Zusammenhang ist die Versicherte auch darauf hinzuweisen, dass entgegen ihrer Ansicht sich die Gutachter zu Recht nicht zu den juristischen Fragestellungen äusserten und damit die ihnen zukommenden Schranken der Zuständigkeit beachteten (vgl. Beschwerde S. 4 und Gutachten S. 95).
4.2.6. Weiter macht die Versicherte eine unrichtige Anwendung von <ref-law> und <ref-law> sowie von <ref-law> geltend. Weil es vorliegend um eine Rentenaufhebung gehe, habe die IV-Stelle den Revisionsgrund nachzuweisen, was ihr aber mit dem PMEDA-Gutachten vom 15. Juli 2015 nicht gelinge.
Weder Vorinstanz noch Verwaltung haben den Begriff der Invalidität nach <ref-law> in Verbindung mit <ref-law> verkannt. Vielmehr vermischt die Versicherte - soweit sie in diesem Zusammenhang Ausführungen zum psychischen Integritätsschaden nach UVG macht - die unterschiedlichen Leistungsanforderungen der Invaliden- und Unfallversicherung. Ihre diesbezüglichen Ausführungen sind unbehelflich.
Zum angeblich fehlenden Revisionsgrund ist festzuhalten, dass die Vorinstanz die Rentenaufhebung nicht gestützt auf <ref-law>, sondern in Anwendung der Schlussbestimmungen der 6. IV-Revision vornahm, so dass die Anforderungen von <ref-law> nicht massgebend sind und für die Rentenaufhebung kein veränderter Gesundheitszustand ausgewiesen sein muss (<ref-ruling> E. 10.1 S. 568). Für die Aufhebung einer laufenden Invalidenrente nach den Schlussbestimmungen der 6. IV-Revision ist nur erforderlich, dass die ursprüngliche Rentenzusprechung auf einem unklaren Beschwerdebild beruhte (was mit <ref-ruling> erstellt ist). Zudem wird vorausgesetzt, dass im massgeblichen Verfügungszeitpunkt allfällige die Arbeitsfähigkeit beeinträchtigende Beschwerden lediglich auf einem unklaren Beschwerdebild gründen, dem nach den Vorgaben der aktuellen Rechtsprechung keine invalidisierende Wirkung im Sinne von <ref-law> beigemessen werden kann (vgl. zum fehlenden invalidisierenden Gesundheitsschaden in diesem Sinne E. 4.2.3), und dass keine Ausschlussgründe nach Abs. 4 bestehen (was von der Versicherten nicht bestritten wird). Die zum Revisionsgrund erhobenen Einwände (kein Nachweis eines veränderten Gesundheitszustandes, bloss andere Beurteilung desselben Sachverhaltes, etc.) gehen somit an der Sache vorbei (vgl. auch <ref-ruling> E. 6.1 S. 198).
4.2.7. Die Versicherte macht schliesslich geltend, ein syndromales Beschwerdebild nach HWS-Distorsionstrauma sei Grund für eine invaliditätsrelevante Arbeitsunfähigkeit, auch wenn dieses nicht ICD-10 kodifiziert sei.
Die von der Versicherten vorgebrachten Gründe vermögen die langjährige Rechtsprechung nicht in Frage zu stellen, wonach bei anhaltenden somatoformen Schmerzstörungen und vergleichbaren psychosomatischen Leiden (wozu aus invalidenversicherungsrechtlicher Sicht auch die HWS-Distorsionstraumata gehören, <ref-ruling>; bestätigt mit dem die Versicherte betreffenden <ref-ruling> E. 7.1.2 S. 560) eine fachärztlich einwandfrei diagnostizierte Gesundheitsbeeinträchtigung notwendig ist (<ref-ruling> und seither ergangene Urteile, namentlich <ref-ruling> E. 3.3 S. 108 und 141 V 281 E. 2.1 S. 285; vgl. auch <ref-ruling> E. 3.7.2 S. 295, wonach dieser Entscheid keine Abkehr von <ref-ruling> bedeute und grundsätzlich von einer "Validität" der versicherten Person auszugehen sei). Insbesondere verkennt sie, dass die nicht objektivierbaren Beschwerden nach einem HWS-Distorsionstrauma ungeachtet ihres allenfalls organischen Charakters hinsichtlich ihrer invalidisierenden Folgen aus Gründen der Rechtsgleichheit den unklaren oder psychosomatischen Beschwerdebildern zugeordnet bzw. nach den für diese geltenden Regeln beurteilt werden (<ref-ruling> E. 3.2.3 S. 283). Damit hat es bei der bisherigen Praxis sein Bewenden.
4.2.8. Nach dem Gesagten ist die Beschwerde in allen Punkten abzuweisen.
5.
Das Verfahren ist kostenpflichtig. Die unterliegende Versicherte hat die Gerichtskosten zu tragen (Art. 66 Abs. 1 und 2 BGG). Infolge Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege (Art. 64 Abs. 1 und 2 BGG) werden die Gerichtskosten vorläufig auf die Gerichtskasse genommen und dem Rechtsvertreter der Versicherten wird eine Entschädigung aus der Gerichtskasse bezahlt. Die Versicherte hat jedoch Ersatz zu leisten, wenn sie später dazu in der Lage ist (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.
Der Beschwerdeführerin wird die unentgeltliche Rechtspflege gewährt und Rechtsanwalt David Husmann wird als unentgeltlicher Anwalt bestellt.
3.
Die Gerichtskosten von Fr. 800.- werden der Beschwerdeführerin auferlegt, indes vorläufig auf die Bundesgerichtskasse genommen.
4.
Dem Rechtsvertreter der Beschwerdeführerin wird aus der Bundesgerichtskasse eine Entschädigung von Fr. 2'800.- ausgerichtet.
5.
Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Schwyz und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 12. September 2018
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Maillard
Die Gerichtsschreiberin: Riedi Hunold