Faits :
A.
A.a. Par contrat du 15 juin 1997, B._ SA (ci-après: la société locataire ou la demanderesse) a pris à bail un appartement de 7,5 pièces au 4e étage d'un immeuble à Genève appartenant à A._ SA (ci-après: la bailleresse ou la défenderesse) pour une durée initiale de 3 ans et 15 jours, soit du 15 juin 1997 au 30 juin 2000, renouvelable ensuite tacitement d'année en année, sauf résiliation avec préavis de trois mois. Le loyer est de 4'000 fr. par mois, charges non comprises.
L'appartement est destiné à l'usage d' " habitation bourgeoise " exclusivement. Son occupation n'est pas limitée aux seuls administrateurs de la société locataire.
A.b. H.C._, administrateur de la société locataire, a d'abord habité l'appartement seul, puis avec son épouse, F.C._ de 2005 à octobre 2015, date à laquelle les époux se sont séparés.
Depuis lors, l'épouse l'habite seule; le Tribunal de première instance, statuant sur mesures protectrices de l'union conjugale, lui en a attribué provisoirement la jouissance par ordonnance du 8 juin 2016. De son côté, l'époux habite à Crans-Montana.
La société locataire ou l'époux payait le loyer. Depuis que ceux-ci ont rencontré des difficultés financières, soit dès le mois de novembre 2016, l'épouse a payé elle-même le loyer à la bailleresse.
A.c. Après avoir constaté que l'épouse s'était acquittée des loyers des mois de novembre 2016 à janvier 2017, la bailleresse a demandé à la société locataire, le 9 janvier 2017, de lui communiquer les conditions de l'éventuelle sous-location.
La société locataire n'ayant pas répondu, la bailleresse l'a mise en demeure, le 10 février 2017, de réintégrer l'appartement et de mettre fin à la sous-location illicite, à défaut de quoi le bail serait résilié.
Par avis du 24 mars 2017, la bailleresse a résilié le bail de manière anticipée pour le 30 avril 2017, au motif d'une sous-location non autorisée.
B.
La société locataire a contesté la résiliation du bail devant la Commission de conciliation en matière de baux et loyers du canton de Genève.
Après échec de la conciliation, la société locataire a déposé sa demande devant le Tribunal des baux et loyers du canton de Genève le 1er novembre 2017, concluant à l'inefficacité du congé.
La bailleresse a conclu au rejet de la demande, à la validité du congé et à ce que toute prolongation de bail soit refusée.
Par jugement du 6 novembre 2018, le Tribunal des baux et loyers a déclaré efficace le congé donné, considérant que l'appartement n'était pas un logement de famille et que le congé avait été valablement adressé à la seule titulaire du bail, la société locataire. Il a donc estimé que l'appartement était sous-loué à l'épouse, qu'elle l'habitait seule depuis octobre 2015 et qu'elle en payait directement les loyers depuis près d'un an et demi. La société locataire ou son administrateur unique n'ayant plus de volonté de réintégrer le logement litigieux, celle-ci avait abusé de son droit de sous-louer, de sorte que le congé n'était pas abusif, mais efficace.
Statuant sur appel de la société locataire le 4 novembre 2019, la Chambre des baux et loyers de la Cour de justice du canton de Genève a réformé ce jugement en ce sens qu'elle a déclaré le congé inefficace. En bref, elle a retenu que le contrat de bail, qui a pour objet un logement d'habitation, a été souscrit par une personne morale en tant que locataire, de sorte qu'il était manifeste qu'il serait mis à la disposition d'une ou de plusieurs personnes physiques, non désignées dans le contrat.
Examinant tout d'abord le caractère de logement de famille invoqué par la société locataire, la cour cantonale a considéré que l'<ref-law> ne s'applique qu'au locataire et à son conjoint (ou partenaire enregistré) et non à la société et à l'occupant, de sorte que la situation concrète de l'épouse de l'administrateur qui occupe l'appartement est sans pertinence. De surcroît, l'éventuel caractère familial du logement n'avait pas été démontré, puisque l'appartement litigieux était un logement secondaire et qu'il était très souvent inoccupé.
Puis, se prononçant sur le grief de la société locataire qui conteste toute sous-location en violation de l'<ref-law>, la cour cantonale a considéré que la société locataire n'avait pas enfreint son devoir de diligence: en effet, il était clair dans l'esprit des parties que le bail conclu par la société allait entraîner la mise à disposition de l'appartement à une ou plusieurs personnes physiques. Il n'y avait par ailleurs aucune limitation dans le contrat quant à l'identité de l'occupant. Au demeurant, la bailleresse avait expressément déclaré que la ou les personnes occupant l'appartement ne lui importaient pas, de sorte qu'il lui était indifférent que la société locataire ait décidé de laisser les locaux à la disposition de l'épouse séparée de son administrateur depuis octobre 2015. Les conditions d'une sous-location n'étaient ainsi pas remplies. La cour cantonale a donc considéré que le motif de résiliation invoqué par la bailleresse n'est pas conforme au droit et que le congé doit être déclaré inefficace.
C.
Contre cet arrêt qui lui a été notifié le 6 novembre 2019, la bailleresse a interjeté un recours en matière civile au Tribunal fédéral le 4 décembre 2019, concluant en substance à sa réforme en ce sens que le congé notifié à la société locataire est déclaré efficace et, subsidiairement, à son annulation et au renvoi de la cause à la cour cantonale pour nouvelle décision dans le sens des considérants. Elle déclare ne pas remettre en cause l'état de fait, mais persiste à invoquer que l'appartement est sous-loué, reprochant à la cour cantonale d'avoir exclu cette qualification, sans même indiquer " de quoi il s'agirait alors ". En substance, elle ne conteste pas que l'appartement allait être mis à la disposition d'une personne physique, mais, pour elle, dans l'esprit des parties, il ne pouvait s'agir que d'un organe ou d'un employé de la société.
La société locataire conclut au rejet du recours et à la confirmation de l'arrêt attaqué.
Les parties ont encore déposé chacune de brèves observations.
La cour cantonale se réfère aux considérants de son arrêt.

Considérant en droit :
1.
Interjeté en temps utile (<ref-law>) par la bailleresse qui a succombé dans ses conclusions (<ref-law>) contre une décision finale (<ref-law>), prise sur appel par le tribunal supérieur du canton de Genève (<ref-law>), dans une affaire de bail (<ref-law>), dont la valeur litigieuse atteint le seuil de 15'000 fr. requis en cette matière (<ref-law>), le recours en matière civile est recevable.
2.
2.1. Lorsqu'il est saisi d'un recours en matière civile, le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>). Il ne peut s'en écarter que si ces faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> (<ref-law>), et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (<ref-law>). Le recourant qui entend invoquer que les faits ont été établis de manière manifestement inexacte (<ref-law>), c'est-à-dire que les constatations de fait sont arbitraires au sens de l'art. 9 Cst. (<ref-ruling> consid. 1.2.2 p. 252), doit satisfaire au principe d'allégation ( Rügeprinzip, principio dell'allegazione; <ref-law>), c'est-à-dire démontrer, par une argumentation précise, en quoi consiste la violation (<ref-ruling> consid. 7.1 p. 398, 638 consid. 2 p. 638).
2.2. Sous réserve de la violation des droits constitutionnels (<ref-law>), le Tribunal fédéral applique le droit d'office (<ref-law>). Cela ne signifie pas que le Tribunal fédéral examine, comme le ferait un juge de première instance, toutes les questions juridiques qui pourraient se poser. Compte tenu de l'obligation de motiver imposée par l'<ref-law>, il ne traite que les questions qui sont soulevées devant lui par les parties, à moins que la violation du droit ne soit manifeste (<ref-ruling> consid. 2 p. 116; arrêts 4A_508/2016 du 16 juin 2017 consid. 2.2, non publié aux <ref-ruling>; 4A_357/2015 du 4 décembre 2015 consid. 1.4). Les parties ne peuvent s'en prendre qu'à elles-mêmes si elles abandonnent un grief ou y renoncent (arrêts 4A_193/2018 du 27 juillet 2018 consid. 2; 4A_508/2016 du 16 juin 2017 consid. 2.2; 4A_447/2015 du 31 mars 2016 consid. 2.1, non publié aux <ref-ruling>; <ref-ruling> consid. 2 p. 89). Toutefois, même lorsqu'une question est discutée par les parties, le Tribunal fédéral n'est pas lié par l'argumentation juridique développée par celles-ci ou par l'autorité précédente; il peut admettre le recours, comme il peut le rejeter en procédant à une substitution de motifs (<ref-ruling> consid. 2 p. 86; <ref-ruling> consid. 1.4 p. 400).
3.
3.1. Dans son recours et ses observations, la bailleresse recourante se limite à parler de l'ex-épouse, mais sans motivation suffisante au sens des art. 97 al. 1 et 105 al. 2 LTF.
Dans son arrêt, la cour cantonale se réfère à l'épouse et à une ordonnance de mesures protectrices de l'union conjugale du 8 juin 2016. Il n'en ressort pas qu'au jour de la notification de la résiliation, les époux auraient été divorcés. De surcroît, selon le jugement de première instance du 6 novembre 2018, à la date de l'audience du 12 juin 2018, les époux n'étaient pas divorcés, la procédure judiciaire étant en cours. Dans ses observations, l'intimée indique qu'elle est l'épouse de l'administrateur de la société, mais qu'elle en est séparée suite à un jugement sur mesures protectrices.
Il s'ensuit qu'il n'y a pas lieu de corriger l'arrêt attaqué sur ce point.
3.2. La cour cantonale a adopté une double motivation: dans sa première motivation, elle a nié que l'appartement litigieux fût le logement de la famille et, dans la seconde, elle a nié la sous-location, telle qu'invoquée par la bailleresse dans sa résiliation du bail, ce qui l'a conduite à admettre que le congé était inefficace.
Dans sa réponse, l'épouse intimée ne reprend pas la première motivation, de sorte qu'elle est réputée avoir renoncé à son grief tiré du logement de la famille.
4.
Seule demeure litigieuse la question de la validité de la résiliation anticipée du bail, au motif d'une sous-location non autorisée.
4.1. Aux termes de l'<ref-law>, lorsque le maintien du bail est devenu insupportable pour le bailleur ou les personnes habitant la maison parce que le locataire, nonobstant une protestation écrite du bailleur, persiste à enfreindre son devoir de diligence ou à manquer d'égards envers les voisins, le bailleur peut résilier le contrat avec effet immédiat; les baux d'habitation et de locaux commerciaux peuvent être résiliés moyennant un délai de congé minimum de trente jours pour la fin d'un mois.
La résiliation anticipée au sens de l'<ref-law> suppose la réalisation des cinq conditions cumulatives suivantes: (1) une violation du devoir de diligence incombant au locataire, (2) un avertissement écrit préalable du bailleur, (3) la persistance du locataire à ne pas respecter son devoir en relation avec le manquement évoqué par le bailleur dans sa protestation, (4) le caractère insupportable du maintien du contrat pour le bailleur et, enfin, (5) le respect d'un préavis de trente jours pour la fin d'un mois (arrêts 4A_173/2017 du 11 octobre 2017 consid. 3.1.1; 4A_227/2017 du 5 septembre 2017 consid. 5.1.1; 4A_347/2016 du 10 novembre 2016 consid. 3.1.1; 4A_485/2014 du 3 février 2015 consid. 3.1; 4A_457/2013 du 4 février 2014 consid. 2 et les arrêts cités).
Pour apprécier la validité du congé anticipé, le juge doit prendre en considération le motif de congé invoqué par le bailleur et se placer au moment où il a été notifié (<ref-ruling> consid. 4.1 p. 497; <ref-ruling> consid. 2.1 p. 61 s. et les arrêts cités).
4.2. Il y a notamment violation du devoir de diligence incombant au locataire lorsque celui-ci ne respecte pas ses obligations contractuelles en rapport avec l'usage de la chose louée (<ref-ruling> consid. 5 p. 113 s.; arrêts 4A_39/2019 du 23 juillet 2019 consid. 3.1; 4A_644/2011 du 10 février 2012 consid. 3.2 et les arrêts cités).
4.2.1. Selon la jurisprudence, la liberté contractuelle permet aux parties de déterminer librement l'objet de leur accord, dans les limites de la loi (<ref-law>). Ainsi, l'usage pour lequel la chose est louée est déterminé par la convention des parties, soit expressément, soit tacitement (par ex. par l'utilisation adoptée pendant longtemps par le locataire sans opposition du bailleur qui en avait connaissance). L'usage convenu se détermine ainsi prioritairement sur la base du libellé du bail et de celui de ses annexes, qui peuvent prévoir la destination des locaux ( Gebrauchszweck; par ex. comme habitation, dépôt, bureau, atelier) ou la manière dont la chose louée doit être utilisée ( Gebrauchsmodalitäten; par ex. le cercle des utilisateurs de celle-ci). Si le bail et ses annexes ne précisent pas clairement l'usage convenu, celui-ci doit être dégagé à partir des règles régissant l'interprétation des contrats (<ref-ruling> consid. 3.1.1 p. 187; arrêt 4A_39/2019 précité consid. 3.1).
4.2.2. Le locataire peut sous-louer tout ou partie de la chose avec le consentement du bailleur (<ref-law>). Le bailleur ne peut refuser son consentement que dans les hypothèses visées par l'<ref-law>, à savoir lorsque le locataire refuse de lui communiquer les conditions de la sous-location (let. a); lorsque les conditions de la sous-location sont abusives par rapport à celles du bail principal (let. b); ou si la sous-location présente pour le bailleur des inconvénients majeurs (let. c). Il en découle que, lorsque le locataire sous-loue sans requérir le consentement du bailleur, il ne viole son devoir de diligence et ne s'expose à une résiliation anticipée du contrat au sens de l'<ref-law> que lorsque le bailleur aurait disposé d'un motif valable au sens de l'<ref-law> pour s'opposer à la sous-location (<ref-ruling> consid. 3.1 in fine pp. 302-304). Lorsque le locataire sous-loue le logement sans y être autorisé alors qu'il a perdu toute idée de reprendre un jour l'usage de celui-ci, il procède en réalité à une substitution de locataire par la voie détournée de la sous-location, ce qui justifie une résiliation anticipée (<ref-law>) (<ref-ruling> consid. 2.4 p. 450; arrêt 4A_39/2019 précité consid. 4.1).
De la sous-location, il faut distinguer l'hébergement. L'usage normal d'un logement implique le droit pour le locataire d'y héberger notamment son conjoint, son partenaire, son concubin, ses enfants, ainsi que d'autres proches, comme par exemple des amis (arrêt 4A_30/2019 du 4 février 2019 consid. 4.3; cf. DAVID LACHAT, in: Le droit du bail à loyer, 2019, n° 1.3.9 p. 59; DANIEL REUDT, in: Das schweizerische Mietrecht, SVIT-Kommentar, 4e éd., 2018, n° 15 ad <ref-law>). Si l'hébergement implique généralement que le locataire continue d'occuper lui-même l'appartement dans lequel il reçoit des proches, le Tribunal fédéral a admis que, lorsqu'un père met à disposition de son enfant majeur dont il a la charge un appartement dont il est locataire, il fait un usage normal de la chose louée, même s'il n'occupe plus l'appartement lui-même. En effet, en vertu de l'<ref-law>, les père et mère ont l'obligation de pourvoir à l'entretien de l'enfant, y compris à ses frais d'hébergement, de sorte qu'il n'y a pas de contrat entre eux, mais une obligation légale des parents envers l'enfant (arrêt 4A_39/2019 précité consid. 4.3).
Il y a également hébergement lorsque le locataire n'occupe plus lui-même l'appartement, mais le laisse à la disposition de son époux dont il vit séparé. En effet, il n'y a pas entre eux de contrat de sous-location ou de prêt, mais une obligation légale de fidélité et d'assistance (<ref-law>). Lorsqu'il doit statuer sur requête de mesures protectrices de l'union conjugale, le juge doit notamment prendre les mesures en ce qui concerne le logement (<ref-law>). Autrement dit, lorsqu'il attribue le logement à un époux, il l'impose au locataire au titre de son obligation matrimoniale, mais sa décision ne modifie pas directement la relation contractuelle entre le locataire et le bailleur. En effet, seul le juge du divorce peut transférer à un époux, à certaines conditions, les droits et obligations découlant du bail (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 2.1 p. 448 s.).
4.3. Selon les constatations de fait de l'arrêt attaqué, non contestées par la bailleresse recourante, le bail a été conclu pour servir de logement à une personne physique. Il est établi que l'appartement a été occupé d'abord par l'administrateur de la société seul, puis avec son épouse dès 2005. Les époux se sont séparés en octobre 2015 et l'épouse est demeurée seule dans l'appartement. Par ordonnance de mesures protectrices de l'union conjugale du 8 juin 2016, la jouissance de l'appartement a été attribuée provisoirement à celle-ci. Il ressort des faits constatés que les époux étaient séparés mais non divorcés à la date de la résiliation du bail notifiée le 24 mars 2017. Comme la société locataire et l'époux ont rencontré des difficultés financières, l'épouse a payé directement le loyer à la bailleresse dès novembre 2016.
Il n'est pas contesté par la bailleresse que, puisque le bail de l'appartement conclu par la personne morale était destiné à l'habitation, il était destiné à servir de logement à une personne physique. Cette déduction découle de l'interprétation de la volonté réelle des parties par la cour cantonale. Il n'est pas contesté non plus par la bailleresse que l'administrateur l'a valablement occupé, d'abord seul puis avec sa femme jusqu'en octobre 2015. La bailleresse recourante ne conteste pas non plus qu'il puisse être occupé par une personne dont l'identité importe peu, pourvu qu'elle soit un organe ou un employé de la SA.
Tant que les époux ne sont pas divorcés, l'époux administrateur ne fait qu'assumer ses devoirs découlant du droit de la famille envers son épouse (<ref-law>) en lui laissant l'usage de l'appartement, comme le lui impose d'ailleurs l'ordonnance de mesures protectrices de l'union conjugale (<ref-law>). Cette mise à disposition de l'appartement doit être qualifiée d'hébergement de l'épouse par l'époux administrateur de la SA.
Contrairement à ce que croit la recourante, l'appartement est donc toujours utilisé par l'administrateur de la société locataire, soit un organe, même s'il ne l'occupe plus personnellement et le laisse et doit le laisser à la disposition de son épouse. Il n'y a donc pas de sous-location.
Le fait qu'à la suite de difficultés financières de la société et de l'époux, l'épouse ait assumé le paiement du loyer ne modifie pas cette qualification; il ne constitue en effet qu'une modalité d'exécution des contributions respectives que se doivent les époux en vertu de l'<ref-law>. D'ailleurs, en vertu de l'<ref-law>, le débiteur n'est tenu d'exécuter personnellement son obligation que si le créancier a un intérêt à l'exécution personnelle du débiteur, ce qui n'est pas le cas d'une prestation en argent.
On relève enfin que, si l'on se trouvait en présence d'une sous-location, le paiement du loyer par le sous-locataire s'effectuerait en mains du locataire, et non en mains du bailleur.
Il est superflu d'examiner si, comme le soutient la locataire intimée, les parties étaient convenues que la société locataire pouvait mettre l'appartement à disposition de n'importe quelle personne physique. La situation traitée par l'arrêt attaqué était celle d'une épouse séparée continuant à occuper l'appartement des époux selon ordonnance de mesures protectrices de l'union conjugale; l'intimée ne peut pas déduire des passages de l'arrêt cantonal (puisque la locataire était une personne morale, elle mettrait l'appartement à la disposition " d'une ou de plusieurs personnes physiques, lesquelles ne sont pas désignées dans le bail " ou " d'une ou de plusieurs personnes physiques "; le contrat de bail ne comporte par ailleurs " aucune limitation quant à l'identité de l'occupant ") que la cour cantonale aurait admis que la société locataire peut mettre l'appartement à la disposition de n'importe quels tiers, même sans lien avec elle.
Il n'y a pas lieu d'examiner quelle serait la situation si les époux avaient déjà été divorcés au moment de la résiliation du bail (cf. <ref-law>).
5.
Au vu de ce qui précède, le recours doit être rejeté dans la mesure où il est recevable, aux frais et dépens de son auteur (art. 66 al. 1 et 68 al. 1 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 4'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3.
La recourante versera à l'intimée une indemnité de 5'000 fr. à titre de dépens.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour de justice du canton de Genève, Chambre des baux et loyers.
Lausanne, le 30 juin 2020
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente : Kiss
Le Greffier : Douzals