Sachverhalt:
A.
Die J._ AG plant auf den in der "Wohnzone 2 Geschosse (W2) " liegenden Grundstücken Nrn. 41011, 41239 und 41425 im Grundbuch Frauenfeld die Errichtung von sieben Einfamilienhäusern sowie einem Mehrfamilienhaus mit acht Wohnungen und einem Atelier, einer Tiefgarage mit 25 Abstellplätzen, neun Erdsondeanlagen und zwei Unterflurcontainern. Dagegen erhoben unter anderem die in der unmittelbaren Nachbarschaft lebenden A._, B.B._ und C.B._, D.D._ und E.D._, F._, G._ sowie I._ und H._ Einsprache. Am 4. Oktober 2016 wies der Stadtrat Frauenfeld die Einsprachen ab und genehmigte das Baugesuch mit gewissen Anpassungen (Beschlüsse Nrn. 259-263).
Dagegen rekurrierten unter anderem die genannten Einsprecher beim Departement für Bau und Umwelt (DBU) des Kantons Thurgau. Mit Entscheid vom 30. Mai 2017 hiess das Departement den Rekurs gut und hob die erteilte Baubewilligung auf. Zur Begründung führte es im Wesentlichen aus, das kantonale Recht enthalte eine ausreichende Grundlage für bauliche Privilegien bei verdichteter Bauweise nur bei Kriterien, die sich horizontal auswirkten, lasse aber einen Mehrhöhenbonus ohne Gestaltungsplan nicht zu, wie dies das kommunale Baureglement von Frauenfeld vorsehe und wovon die Bauherrschaft zu profitieren gedenke.
B.
Gegen den Rekursentscheid führten die J._ AG und die Politische Gemeinde Frauenfeld je Beschwerde beim Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau. Dieses vereinigte die beiden Beschwerden, hiess sie gut und bestätigte die Baubewilligungsbeschlüsse des Stadtrates Frauenfeld vom 4. Oktober 2016 (Nrn. 259-263). Im Wesentlichen begründete es seinen Entscheid damit, ein Mehrhöhenbonus lasse sich auch ohne Gestaltungsplan im Rahmen einer verdichteten Bauweise gestützt auf die einschlägige kommunale Grundordnung realisieren. Im Übrigen beurteilte das Gericht die verschiedenen sonstigen Einwände der Einsprecher als unbegründet.
C.
Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 26. Mai 2018 an das Bundesgericht beantragen A._, B.B._ und C.B._, D.D._ und E.D._, F._, G._ sowie H._ und I._, den Entscheid des Verwaltungsgerichts aufzuheben und die strittige Baubewilligung zu verweigern; eventuell sei die Angelegenheit zu neuem Entscheid an das Verwaltungsgericht zurückzuweisen. Zur Begründung machen sie im Wesentlichen einen Verstoss gegen das Legalitätsprinzip (Delegationsgrundsätze) sowie die willkürliche Anwendung des kantonalen bzw. kommunalen Rechts geltend.
Die J._ AG, das Departement für Bau und Umwelt sowie das Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau schliessen auf Abweisung der Beschwerde. Die Stadt Frauenfeld stellt Antrag auf Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei.

Erwägungen:
1.
1.1. Gegen den angefochtenen kantonal letztinstanzlichen Endentscheid im Bereich des Baurechts steht grundsätzlich die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten offen (<ref-law>; <ref-ruling> E. 2 S. 356). Die Beschwerdeführer sind zur Beschwerdeführung legitimiert, da sie am vorinstanzlichen Verfahren teilgenommen und als Bewohner bzw. Eigentümer von Grundstücken in unmittelbarer Nachbarschaft des Baugrundstücks vom Bauvorhaben besonders betroffen sind (<ref-law>; <ref-ruling> E. 2.3 S. 219 f.; <ref-ruling> E. 2.2 S. 504 mit Hinweisen).
1.2. Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann insbesondere geltend gemacht werden, der angefochtene Entscheid verletze Bundesrecht und kantonale verfassungsmässige Rechte (Art. 95 lit. a und c BGG). Die Anwendung des sonstigen kantonalen Rechts überprüft das Bundesgericht jedoch nur auf Vereinbarkeit mit dem Bundesrecht, namentlich mit dem Willkürverbot gemäss <ref-law> (<ref-ruling> E. 2.1 S. 372 mit Hinweisen).
1.3. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es prüft die bei ihm angefochtenen Entscheide grundsätzlich nur auf Rechtsverletzungen hin, die von den Beschwerdeführern geltend gemacht und begründet werden (vgl. <ref-law>). Die Beschwerde muss sich mit dem angefochtenen Entscheid auseinandersetzen; rein appellatorische Kritik ist unzulässig. Erhöhte Anforderungen an die Begründung gelten, soweit die Verletzung von Grundrechten gerügt wird (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1.4.2 S. 254 mit Hinweisen).
1.4. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den von der Vorinstanz festgestellten Sachverhalt zugrunde (<ref-law>), es sei denn, dieser sei offensichtlich unrichtig oder beruhe auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> (vgl. Art. 97 Abs. 1 und Art. 105 Abs. 2 BGG). Sachverhaltsrügen erheben die Beschwerdeführer hier ausdrücklich nicht. Die tatsächlichen Feststellungen des Verwaltungsgerichts sind daher für das Bundesgericht verbindlich.
2.
2.1. Die Beschwerdeführer rügen, § 11 Abs. 2 Ziff. 3 der hier noch anwendbaren thurgauischen Verordnung des Regierungsrates zum Planungs- und Baugesetz vom 26. März 1996 (aPBV) finde keine Grundlage im kantonalen Gesetzesrecht. Auf diesen Einwand sei das Verwaltungsgericht im Übrigen nicht eingegangen. Die gleiche Bestimmung beruhe überdies auf sachfremden und damit willkürlichen Kriterien. Nicht gerügt wird von den Beschwerdeführern die Beurteilung des Verwaltungsgerichts, das damit von der entsprechenden gegenteiligen Einschätzung des Bau- und Umweltdepartements abgewichen war, die anwendbaren Verdichtungsregelungen gälten dreidimensional, d.h. würden sich insbesondere auch auf die Vertikale und nicht nur die Horizontale erstrecken. Darauf ist daher nicht einzugehen (vgl. vorne E. 1.3).
2.2. § 11 aPBV regelt die auf die Ausnützungsziffer eines Grundstücks anrechenbare Landfläche und lautet wie folgt:
"1 Als anrechenbare Landfläche gilt die Fläche der vom Baugesuch erfassten, baulich noch nicht ausgenützten Grundstücke oder Grundstückteile der Bauzonen.
2 Zur anrechenbaren Landfläche können hinzugenommen werden:
1. noch nicht ausgenützte Flächen von in enger örtlicher Beziehung liegenden Grundstücken, sofern der Transfer im Grundbuch angemerkt wird und keine öffentlichen Interessen entgegenstehen;
2. für die Änderung öffentlicher Verkehrsflächen abzutretende Flächen, sofern sich dadurch die Ausnützung auf dem Baugrundstück um weniger als 10 % erhöht;
3. die Hälfte der Grundfläche von Tiefgaragen für den eigenen Bedarf.
3 Nicht zur anrechenbaren Landfläche werden Wald, öffentliche Gewässer und bestehende oder im Gestaltungsplan vorgesehene oder im Strassenprojekt enthaltene öffentliche Verkehrsflächen gerechnet."
2.3. Entgegen der Auffassung der Beschwerdeführer ist die Vorinstanz in E. 4.2 des angefochtenen Entscheids auf die Frage der gesetzlichen Grundlage von § 11 Abs. 2 Ziff. 3 aPBV eingegangen und hat das Vorliegen einer ausreichenden Delegationsnorm bejaht.
2.4. Den Grundsatz der Gewaltenteilung anerkennt das Bundesgericht als in <ref-law> vorausgesetztes und im Übrigen durch sämtliche Kantonsverfassungen explizit oder implizit garantiertes verfassungsmässiges Recht (<ref-ruling> E. 2.2 und 2.3 S. 326; <ref-ruling> E. 3.1 S. 5; je mit Hinweisen). Nach § 10 der Verfassung des Kantons Thurgau vom 16. März 1987 (KV/TG; SR 131.228) beruhen der Aufbau des Staates und die Ausübung staatlicher Macht ausdrücklich auf dem Grundsatz der Gewaltenteilung. Die Beschwerdeführer können sich demnach auf das Gewaltenteilungsprinzip berufen. Dessen konkreter Inhalt ergibt sich jedoch aus dem kantonalen Verfassungsrecht (<ref-ruling> E. 4.1 S. 198). Im Zusammenhang mit der Gewaltenteilungsrüge prüft das Bundesgericht die Auslegung der einschlägigen Verfassungsbestimmungen frei, jene des Gesetzesrechts dagegen lediglich unter dem Gesichtswinkel der Willkür (<ref-ruling> E. 2.1 S. 330; vgl. auch das Urteil des Bundesgerichts 2C_1181/2014 vom 19. Januar 2016 E. 4.1 mit Hinweis). Die Beschwerdeführer berufen sich insofern nicht auf weitere Bestimmungen der Kantonsverfassung, insbesondere nicht auf § 36 Abs. 1 KV/TG, wonach alle grundlegenden und wichtigen Rechtssätze in Form des Gesetzes zu ergehen haben. Es ist daher lediglich zu prüfen, ob der angefochtene Entscheid bei der Auslegung des kantonalen Gesetzesrechts mit Blick auf das Gewaltenteilungsprinzip willkürlich ist.
2.5. Für den Bereich der Rechtsetzung bedeutet der Grundsatz der Gewaltenteilung im Wesentlichen, dass generell-abstrakte Normen vom zuständigen Organ in der dafür vorgesehenen Form zu erlassen sind (<ref-ruling> E. 2.1 S. 297; <ref-ruling> E. 2c S. 116, 327 E. 2.1 S. 329 f.; mit Hinweisen). Aufgrund der Bundesverfassung ist die Delegation von an sich dem Gesetzgeber zustehenden Rechtsetzungszuständigkeiten an die Regierung oder ein anderes Organ zulässig, wenn sie in einem formellen Gesetz enthalten ist, nicht durch das kantonale Recht ausgeschlossen wird, sich auf ein bestimmtes Gebiet beschränkt und das Gesetz die Grundzüge der Regelung selber enthält, soweit die Stellung der Rechtsunterworfenen schwerwiegend berührt wird. Es kann nicht ein für alle Mal gesagt werden, welche Regelungen so bedeutend sind, dass sie im formellen Gesetz enthalten sein müssen und wie detailliert die gesetzliche Normierung sein muss. Massgebend sind die Umstände im Einzelfall. Allgemein gelten eher strenge Anforderungen, wo es um eine Einschränkung von Grundrechten oder um die Schaffung von öffentlichrechtlichen Pflichten geht, wobei die Natur und die Schwere des Eingriffs bzw. der Verpflichtung mit zu berücksichtigen sind (BGE <ref-ruling> E. 3c S. 122 mit Hinweisen).
2.6. Eine Norm ist willkürlich, wenn sie sich nicht auf ernsthafte sachliche Gründe stützen lässt, sinn- und zwecklos ist, einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz krass verletzt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft (<ref-ruling> E. 8 S. 42; <ref-ruling> E. 4.2 S. 6; <ref-ruling> E. 3 S. 3).
2.7. Unter den Verfahrensbeteiligten ist unbestritten, dass im vorliegenden Fall noch § 11 Abs. 2 Ziff. 3 aPBV anwendbar ist. Das steht mit der Übergangsbestimmung von § 56 der Nachfolgeregelung, d.h. der thurgauischen Verordnung des Regierungsrates zum Planungs- und Baugesetz und zur Interkantonalen Vereinbarung über die Harmonisierung der Baubegriffe vom 18. September 2012 (PBV; RB 700.1), im Einklang. Danach bleiben die Begriffe und Messweisen gemäss den §§ 4 bis 12 aPBV bis zur Anpassung des kommunalen Rechts, längstens aber bis zum Ablauf der Frist gemäss § 122 des (neuen) thurgauischen Planungs- und Baugesetzes vom 21. Dezember 2011 (PBG; RB 700) anwendbar. Da diese Voraussetzungen des Fristablaufs noch nicht erfüllt sind, gilt für den vorliegenden Fall das alte Verordnungsrecht. Dessen Gesetzmässigkeit ist grundsätzlich am damaligen Gesetzesrecht zu messen, d.h. am thurgauischen Planungs- und Baugesetz vom 16. August 1995 (aPBG). Einschlägig ist insoweit insbesondere § 12 aPBG, was unter den Verfahrensbeteiligten ebenfalls nicht strittig ist. Diese Bestimmung lautet wie folgt:
"1 Das Baureglement ordnet das Bauwesen in der Gemeinde. Es gewährleistet eine zweckmässige und haushälterische Nutzung des Bodens sowie eine geordnete Besiedlung.
2 Abgestimmt auf die einzelnen Nutzungszonen sind, soweit erforderlich, insbesondere zu regeln:
1. Zonenzweck;
2. Baudichte;
3. Nutzungsanteile;
4. zulässige Immissionen;
5. Grenzabstände für Bauten und Anlagen;
6. Gebäudelängen und -tiefen;
7. Höhe der Bauten und Anlagen;
8. Bauweise;
9. Gestaltung und Einordnung von Bauten und Anlagen;
10. Umgebungsgestaltung;
11. Schutz wertvoller Natur- und Kulturobjekte;
12. technische Anforderungen;
13. Spiel- und Abstellplätze.
3 Der Regierungsrat umschreibt die einschlägigen Begriffe und legt einheitliche Messweisen fest.
4 Das Baureglement bedarf der Genehmigung durch das Departement."
2.8. Von den Beschwerdeführern beanstandet wird lediglich die gesetzliche Grundlage für § 11 Abs. 2 Ziff. 3 aPBV, wonach die Hälfte der Grundfläche von Tiefgaragen für den eigenen Bedarf zur anrechenbaren Landfläche zählt. Diese Bestimmung über den sog. Tiefgaragenbonus kann aber nicht für sich allein beurteilt werden, sondern muss in den Zusammenhang mit der ganzen Regelung von § 11 aPBV und der Gesamtordnung von § 12 aPBG gestellt werden. § 12 aPBG bestimmt, was alles in ein kommunales Baureglement gehört; diese Regelung ist nicht abschliessend, enthält aber den vorgeschriebenen Inhalt des Baureglements. § 12 Abs. 3 aPBG delegiert die Definition der verwendeten Begriffe und die Festlegung der Messweisen an den Regierungsrat. Dazu zählen insbesondere die Baudichte und die Nutzungsanteile (vgl. § 12 Abs. 2 Ziff. 2 und 3 aPBG). Der Regierungsrat nahm diese Kompetenz im Kapitel II der einschlägigen Verordnung mit dem dem Gesetzeswortlaut entsprechenden Titel "Begriffe und Messweisen" in den §§ 4 bis 17 aPBV wahr. § 11 aPBV regelt dabei die an die Ausnützungsziffer anrechenbare Landfläche, und Abs. 2 Ziff. 3 dieser Bestimmung insbesondere die Anrechenbarkeit der Hälfte der Grundfläche von Tiefgaragen für den Eigenbedarf. Das entsprechende Verordnungsrecht steht im Zusammenhang mit der gesetzlichen Delegationsnorm. Die Beschwerdeführer sind zwar als Nachbarn vom Bauprojekt betroffen, nicht aber unmittelbar in eigenen Grundrechten berührt, was sie auch gar nicht geltend machen. Im Unterschied dazu steht für die Eigentümer der Baugrundstücke die Eigentumsgarantie nach <ref-law> in Frage. In der jahrelangen Anwendungspraxis wurde die Gesetzmässigkeit von § 11 Abs. 2 Ziff. 3 aPBV bisher offenbar nie in Frage gestellt. Auch das Bundesgericht beurteilte § 11 aPBV als Ganzes und insbesondere § 11 Abs. 2 Ziff. 2 aPBV nicht als bundesrechtswidrig (vgl. das Urteil 1C_208/2015 vom 26. Oktober 2015 E. 2). Es äusserte sich darin zwar nicht unmittelbar zum hier strittigen § 11 Abs. 2 Ziff. 3 aPBV, hat diese Bestimmung aber in einem Folgeentscheid mit in die Beurteilung einbezogen und ebenfalls keine Zweifel an der Rechtmässigkeit der Regelung über den Tiefgaragenbonus geäussert (vgl. das Urteil 1C_70/2016 vom 4. August 2016 E. 2, insbes. E. 2.5).
2.9. § 11 Abs. 2 Ziff. 3 aPBV bezweckt die Förderung von unterirdischer Abstell- bzw. Parkierfläche für den Individualverkehr zu Gunsten nutzbarer Siedlungsräume und Grünflächen sowie den haushälterischen Umgang mit Baulandflächen. Dieser Zweck soll durch die Erstellung von dem Eigenbedarf vorbehaltenen und nicht gewerblich nutzbaren Tiefgaragen erreicht werden. Die Bestimmung verfügt damit über Lenkungscharakter, wobei indirekt über die Erhöhung der Nutzungsziffer eine verdichtete Bauweise mit gefördert wird. Der Umfang, in welchem Tiefgaragen als anrechenbare Landfläche gelten, wirkt sich mit anderen Worten auf die Baudichte aus, weshalb es nicht geradezu willkürlich erscheint, diese Regelung als von § 12 Abs. 2 Ziff. 2 aBauG erfasst zu erachten.
2.10. Insgesamt ist unter den hier einzig massgeblichen Willkürgesichtspunkten (vgl. vorne E. 2.4) nicht ersichtlich, dass der Tiefgaragenbonus den Zuständigkeitsrahmen von § 12 Abs. 3 aPBG sprengen würde. Die strittige Verordnungsbestimmung verfügt über eine ausreichende gesetzliche Grundlage und erweist sich auch inhaltlich nicht als willkürlich, wovon das Bundesgericht übrigens zumindest implizite schon im bereits erwähnten Urteil 1C_70/2016 vom 4. August 2016 E. 2.5 ausgegangen ist.
3.
3.1. Die Beschwerdeführer rügen weiter, die Kumulation der beiden Ausnützungszuschläge gemäss § 11 Abs. 2 Ziff. 3 und § 12a aPBV mit der nach Art. 21 des hier noch anwendbaren Baureglements der Stadt Frauenfeld vom 8. Dezember 2009 (BR) zulässigen Erhöhung der Gebäudehöhe würde die baurechtliche Grundordnung ihres Sinngehalts entleeren bzw. aushebeln, was bundesrechtswidrig und jedenfalls willkürlich sei.
3.2. Gemäss der ständigen Praxis des Bundesgerichts ist ein Entscheid willkürlich, wenn er offensichtlich unhaltbar ist, mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht, eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz krass verletzt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft. Das Bundesgericht hebt einen Entscheid jedoch nur auf, wenn nicht bloss die Begründung, sondern auch das Ergebnis unhaltbar ist; dass eine andere Lösung ebenfalls als vertretbar oder gar zutreffender erscheint, genügt nicht (<ref-ruling> E. 7.3 S. 174 f. mit Hinweisen; <ref-ruling> E. 2.1 S. 18 f.; 167 E. 2.1 S. 168; <ref-ruling> E. 2.4 S. 5; <ref-ruling> E. 4.1 S. 133; je mit Hinweisen).
3.3. In <ref-ruling> E. 5.2 entschied das Bundesgericht, dass in einem Gestaltungsplan zwar von den Bestimmungen der Regelbauweise abgewichen werden dürfe, die Anforderungen und das Ausmass der Abweichungen aber nicht dazu führen dürften, dass die planerisch und demokratisch abgestützte Grundordnung ihres Sinngehalts entleert werde. Im vorliegenden Fall steht nicht ein Gestaltungs- oder Sondernutzungsplan zur Diskussion, sondern es geht um die Regeln der Grundordnung selbst. Es steht damit nicht in Frage, diese selbst auszuhebeln. Mit den Beschwerdeführern kann jedoch nicht völlig ausgeschlossen werden, dass Ausnahmen von der Regelbauweise sogar dann, wenn sie in der Grundordnung selbst vorgesehen und damit an sich demokratisch legitimiert sind, zu einem stossenden Ergebnis führen könnten. Dafür bräuchte es aber Ausnahmeregelungen, die sich generell oder im konkreten Anwendungsfall nicht mehr sinnvoll begründen lassen, per se sinn- und zwecklos und damit willkürlich erscheinen oder ohne weitere Rechtfertigung einzelne Grundeigentümer übermässig begünstigen und damit rechtsungleich wären.
3.4. Im vorliegenden Fall liegen die Baugrundstücke in der "Wohnzone 2 Geschosse W2", für die nach Art. 21 BR folgende Grundmasse gelten: maximale Gebäudehöhe 7 m, in der Regel 2 Vollgeschosse, Ausnützungsziffer 0.4. In der nächsthöheren "Wohnzone 3 Geschosse W3" sind nach derselben Bestimmung folgende Grundmasse anwendbar: maximale Gebäudehöhe 10 m, in der Regel drei Vollgeschosse, Ausnützungsziffer 0.6.
Die Bauherrschaft profitiert gemäss Baubewilligung von verschiedenen Ausnützungszuschlägen und einer Mehrhöhe, nämlich vom bereits erwähnten Tiefgaragenbonus gemäss § 11 Abs. 2 Ziff. 3 aPBV, von einem Zuschlag von 25 % bei der Ausnützungsziffer sowie einer Erhöhung der Gebäudehöhe um 2 m auf maximal 9 m bei verdichtetem Bauen nach Art. 21 in Verbindung mit Art. 9 BauR sowie von einem Minergiezuschlag von 5 % der Grundausnützung gemäss Art. 46 Abs. 8 BauR. Dementsprechend weisen die Beschwerdeführer darauf hin, dass das Bauprojekt über anrechenbare Flächen von 1'909 m2 verfüge, was bei einer Landfläche von 3'033 m2eine Ausnützung von 0.63 ergebe, und die geplanten Gebäude weitgehend drei Vollgeschosse sowie eine Höhe bis 9 m aufwiesen. Damit werde die Regelbauweise klar übertroffen, da sogar eine bessere Ausnützung erfolge als für die nächsthöhere Wohnzone W3.
3.5. Sämtliche von den Beschwerdeführern angerufenen Zuschläge verfügen über eine Grundlage im Planungs- und Baugesetz, im kantonalen Verordnungsrecht oder im kommunalen Baureglement. An keiner Stelle wird die Kumulierung untersagt. In seinem Urteil 1C_70/2016 vom 4. August 2016 E. 2.5 und 2.7 stellte das Bundesgericht bei der Anwendung derselben thurgauischen Bestimmungen Berechnungen an, in denen mehrere Zuschläge mitberücksichtigt wurden, ohne diese Kumulierung in Frage zu stellen. Sie entspricht offenbar auch einer konstanten kantonsweit ausgeübten und vom Verwaltungsgericht sanktionierten Praxis.
3.6. Die Kombination der von den Beschwerdeführern angerufenen Zuschläge führt zu einer Bebauung, welche die Vorgaben der nächst höheren Zone respektiert, könnten dort doch zumindest der Tiefgaragenbonus sowie der Minergiezuschlag ebenfalls beansprucht werden. Allein der Minergiezuschlag von 5 % würde für Wohnbauten in der Zone W3 eine Erhöhung der Ausnützungsziffer von 0.60 auf 0.63 erlauben (vgl. Art. 21 des kommunalen Baureglements), was der hier von den Beschwerdeführern berechneten maximalen Ausnützungsziffer entspricht. Es trifft daher entgegen der Ansicht der Beschwerdeführer nicht zu, dass die Bauherrschaft über die Möglichkeiten der nächsten Wohnzone hinaus privilegiert wird. Es ist zudem nicht willkürlich, der Erhöhung der Gebäudehöhe von 7 auf 9 m den Sinn zuzusprechen, ein weiteres drittes Geschoss zuzulassen, erschiene die Erhöhung andernfalls doch wenig sinnvoll (vgl. das Urteil des Bundesgerichts 1C_158/2016 vom 18. Oktober 2016 E. 5.6). Im Übrigen ist der vorliegende Fall mit dem in <ref-ruling> beurteilten nicht vergleichbar. Wie bereits erwähnt (vorne E. 3.2), geht es hier nicht um einen Gestaltungsplan, sondern um die Anwendung der Grundordnung selbst. Überdies waren damals die Abweichungen von der Regelbauweise deutlich grösser als im vorliegenden Fall, was nur schon daraus ersichtlich ist, dass statt einer Gebäudehöhe von 9,5 m eine solche von 22,1 m hätte zugelassen werden sollen. Die damals zu beurteilende Erhöhung von 132,6 % steht in keinem Verhältnis zu derjenigen von 28,5 % im vorliegenden Fall. Dieser ist auch mit den anderen von den Beschwerdeführern angerufenen bundesgerichtlichen Urteilen nicht vergleichbar. Insbesondere im ebenfalls den Kanton Thurgau betreffenden Urteil 1P.270/2005 vom 6. September 2005 war, erneut im Rahmen eines Gestaltungsplans, eine Erhöhung der Nutzungsmöglichkeiten zu beurteilen, die nicht nur die Werte der nächst höheren Zone, sondern zumindest teilweise aller Wohn- und Gewerbezonen der fraglichen Gemeinde übertroffen hätte, wobei namentlich die Gebäudelänge diejenige bei Regelbauweise um rund 75 % übertroffen hätte (vgl. die dortige E. 3.3).
Schliesslich ist in Rechnung zu stellen, dass die verschiedenen Zuschläge gerade bezwecken, verdichtetes und ökologisches Bauen zu fördern. Ihre Kombination erscheint daher weder als sachfremd noch als sinn- oder zwecklos. Das gilt auch insoweit, als sich Art. 9 lit. e BauR, wo bei verdichteter Bauweise eine optimale Nutzung der Energie vorgeschrieben wird, und Art. 46 BauR, wo der Minergiezuschlag vorgesehen ist, in der Stossrichtung überschneiden. Es ist nicht unhaltbar, bei Einhaltung des strengen Minergiestandards die Kumulation der beiden Nutzungsboni zuzulassen, nachdem der Minergiebonus in § 12a PBV ausdrücklich vorgesehen ist und den Behörden insofern Auslegungsspielräume verbleiben.
3.7. Die angefochtene Kumulierung von Zuschlägen erweist sich somit im vorliegenden Fall als weder willkürlich noch als im Vergleich mit der Regelbauweise übermässig. Sie ist nicht bundesrechtswidrig.
4.
4.1. Schliesslich rügen die Beschwerdeführer, der angefochtene Entscheid missachte in willkürlicher Weise die Anforderung des anwendbaren Baureglements, die geplanten Gebäude in die bestehende Umgebung einzupassen. Das Verwaltungsgericht verkenne die Tragweite von Art. 9 Abs. 2 lit. b und Art. 47 BauR.
4.2. Nach Art. 9 Abs. 2 lit. b BauR sind die Bauten bei verdichteter Bauweise rücksichtsvoll in die bestehende Siedlungsstruktur und ins Landschaftsbild einzuordnen. Art. 47 BauR enthält eine allgemeine Ästhetikklausel, wonach Bauten einen Beitrag an die Verbesserung des Landschafts-, Orts-, Quartier- oder Strassenbildes leisten und eine angemessene architektonische Qualität aufzuweisen haben (Abs. 1); insbesondere in den Altstadt- und Vorstadt- sowie weiteren besonderen Zonen darf das Strassen-, Orts- und Landschaftsbild nicht beeinträchtigt werden, namentlich durch die Dach- oder Fassadengestaltung oder die Farbgebung (Abs. 2). Die Dach- und Fassadengestaltung sowie die Farbgebung stehen hier freilich nicht im Vordergrund.
4.3. Der Streitpunkt der angepassten Einordnung in die Umgebung wird bereits im angefochtenen Entscheid in Ziff. 5 behandelt, weshalb der Einwand der Stadt Frauenfeld, es handle sich um ein neues Vorbringen, nicht zutrifft. Soweit dabei nicht neue Tatsachen oder Beweismittel angerufen werden, es sich also um ein rein rechtliches Vorbringen handelt, wäre das im Übrigen auch nicht unzulässig (vgl. <ref-law> e contrario). Hingegen sind die in der Beschwerdeschrift enthaltenen tatsächlichen Angaben nicht massgeblich, sondern es kommt einzig auf die entsprechenden Feststellungen des Verwaltungsgerichts an, wird doch nicht behauptet oder gar dargetan, dass diese offensichtlich unrichtig wären (dazu vorne E. 1.4). Sodann prüft das Bundesgericht nur auf Willkür hin, ob das Verwaltungsgericht die einschlägige kommunale Bestimmung korrekt angewendet hat. Nach der Rechtsprechung ist die Frage, ob eine gute Einordnung in die Umgebung gemäss entsprechenden kantonalen oder kommunalen Vorschriften vorliegt, im Einzelfall anhand der konkreten Verhältnisse zu prüfen. Den kommunalen Behörden steht bei dieser Prüfung ein Beurteilungs- und Ermessensspielraum zu, der im Rechtsmittelverfahren zu beachten ist (vgl. das Urteil 1C_358/2017 vom 5. September 2018 E. 3.6 und 4, zur Publ. bestimmt, mit Hinweisen).
4.4. Gemäss E. 5.3 des angefochtenen Entscheids sind beide fraglichen Bestimmungen des kommunalen Baureglements anwendbar. Sie bezweckten den Schutz des Orts-, Quartier- und Strassenbildes und verlangten als positives Eingliederungsgebot eine sich in die bauliche und landschaftliche Umgebung einordnende gute bzw. rücksichtsvolle architektonische Gestaltung von Bauten und Anlagen. Ziel sei dabei die Erhaltung einer gewissen Einheitlichkeit, nicht die vollständige Angleichung und Anpassung an die typischen, vorherrschenden gestaltungsrelevanten Merkmale von Bauten und Freiräumen. Entscheidend sei die Prägung der Umgebung durch die Art, Form oder Struktur der Bauten; eine besondere Schutzwürdigkeit werde nicht verlangt. Das Bezugsgebiet gehe über die unmittelbare Nachbarschaft hinaus und entspreche einem topographisch und zonenrechtlich verhältnismässig einheitlich gestalteten Raum. Zu prüfen sei, ob eine homogene oder heterogene Bebauung vorherrscht. Daran sei das Bauvorhaben zu messen.
4.5. Die Beschwerdeführer sind der Ansicht, das Verwaltungsgericht wende nur die allgemeine Ästhetikklausel von Art. 47 BauR an und missachte die spezifischen Anforderungen von Art. 9 Abs. 2 lit. b BauR für verdichtetes Bauen, insbesondere das Erfordernis einer rücksichtsvollen Einordnung einer Neubaute in die bestehende Siedlungsstruktur. Unter Willkürgesichtspunkten ist die entsprechende Auslegung des Baureglements durch die Vorinstanz und die Gemeinde jedoch nicht zu beanstanden. Das Verwaltungsgericht legt detailliert und nachvollziehbar dar, wie es die beiden Vorschriften versteht. Diese Interpretation ist nicht unhaltbar; dass allenfalls auch eine andere Auslegung möglich wäre, belegt Willkür nicht (vgl. vorne E. 3.2).
4.6. Bei der konkreten Würdigung der Verhältnisse vermochte sich das Verwaltungsgericht, nebst den Akten, auf einen von ihm selbst vorgenommenen Augenschein sowie auf die Einschätzung der Fachkommission Hochbau der Gemeinde Frauenfeld zu stützen. Es befasste sich im angefochtenen Entscheid in E. 6 ausführlich mit der Frage der Einordnung des Bauprojekts in die Umgebung. Dabei ging es im Wesentlichen davon aus, dass die Ausmasse und Nutzungsdichte des Bauprojekts an sich nicht einen Verstoss gegen die Eingliederungsvorschriften bewirken könnten, da die zonenkonforme Regelbauweise eingehalten sei und diese Grundordnung nicht über die Eingliederungsbestimmungen wieder aufgehoben werden dürfe. Es könne auch nicht ausschliesslich darauf ankommen, dass die unmittelbare Nachbarschaft von Einfamilienhäusern dominiert werde, zumal diese weder über einen einheitlichen Baustil noch über eine einheitliche Architektur verfügten. In der näheren Umgebung der betroffenen Wohnzone W2 befänden sich keine schutzwürdigen Bauten und die bestehenden Gebäude seien nicht homogen, sondern von vielfältigen baulichen Elementen geprägt. Die Stadt strebe denn auch eine Verzahnung von Ein- und Mehrfamilienhäusern mit unterschiedlichen Höhen, Grundrissen, Volumen, Aussen-, Frei- und Strassenräumen an. In diesem Sinne ordne sich die geplante Überbauung angemessen in die Proportionalität und Massstäblichkeit der bereits bestehenden Bauten ein.
4.7. Die Beschwerdeführer wenden sich im Wesentlichen gegen die durch das Verwaltungsgericht vorgenommene Auslegung des Baureglements, die jedoch, wie dargelegt, nicht willkürlich ist. Dass die konkrete Beurteilung der Verhältnisse unhaltbar wäre, vermögen sie nicht darzutun und ist auch nicht ersichtlich. Die entsprechenden Vorbringen sind grösstenteils appellatorischer Natur und daher nicht zu hören (vgl. vorne E. 1.3). Im Übrigen räumte das Verwaltungsgericht den Gemeindebehörden in diesem Zusammenhang zu Recht einen Ermessensspielraum ein (vgl. vorne E. 4.3). Die Beschwerdeführer behaupten, sie müssten als unmittelbare Nachbarn durch die verdichtete Bauweise gewisse Nachteile erdulden, ohne allerdings näher zu erläutern, worin solche Nachteile bestehen und inwiefern die fraglichen Ästhetikbestimmungen sie davor schützen sollten. Das strittige Bauprojekt entspricht demgegenüber den Bestimmungen des Baureglements, mit denen die verdichtete Bauweise im Sinne des haushälterischen Umgangs mit dem Boden gefördert werden soll. Obwohl die Eingliederungsklauseln auch bzw. wie im Fall von Art. 9 Abs. 2 lit. b BauR ausdrücklich für verdichtetes Bauen gelten, dürfen sie in einer Situation wie hier nicht dazu führen, die Förderungswirkung rückgängig zu machen oder erheblich in Frage zu stellen sowie die Regeln über die zulässige Bauweise auszuhebeln. Dass die Gemeindebehörden ihr Ermessen überschritten hätten und dies vom Verwaltungsgericht verkannt worden wäre, ist nicht ersichtlich. Insgesamt ist daher die entsprechende, eingehend begründete Beurteilung durch die Vorinstanz unter Willkürgesichtspunkten nicht zu beanstanden.
5.
Die Beschwerde erweist sich als unbegründet und ist abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann.
Bei diesem Verfahrensausgang werden die Beschwerdeführer unter Solidarhaft kostenpflichtig (Art. 66 Abs. 1 und 5, <ref-law>). Überdies haben sie die Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren, ebenfalls unter Solidarhaft, angemessen zu entschädigen (vgl. <ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 4'000.-- werden den Beschwerdeführern unter Solidarhaft auferlegt.
3.
Die Beschwerdeführer haben die Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren unter solidarischer Haftbarkeit mit Fr. 4'000.-- zu entschädigen.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien, dem Stadtrat Frauenfeld, dem Departement für Bau und Umwelt des Kantons Thurgau und dem Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 25. Februar 2019
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Das präsidierende Mitglied: Merkli
Der Gerichtsschreiber: Uebersax