Sachverhalt:
A.
Die A._ AG (Klägerin, Widerbeklagte, Beschwerdeführerin) bezweckt den Betrieb eines Gipser- und Malergeschäfts, das Ausführen von Aussenisolationen und Umbauten, sowie den Handel mit Waren aller Art.
Zweck der B._ AG (Beklagte, Widerklägerin, Beschwerdegegnerin) ist der Betrieb eines Bauunternehmens mit verschiedenen Geschäftsbereichen.
Am 3. Dezember 2014 schlossen die Klägerin und die Beklagte einen Werkvertrag über Gipserarbeiten auf einer Grossüberbauung zu einem pauschalen Bruttowerkpreis von Fr. 1'272'964.96 abzüglich Rabatt von 10 % sowie Skonto von 2 % und zuzüglich MWST.
B.
Am 13. April 2018 beantragte die Klägerin beim Handelsgericht des Kantons Zürich, die Beklagte sei zur Zahlung von Fr. 998'580.99 nebst Zins zu 5 % seit 18. Januar 2016 zu verpflichten.
Die Beklagte stellte am 28. Juni 2018 den Antrag, die Klage abzuweisen, erhob Widerklage und beantragte in ihrer Widerklagereplik, die Klägerin sei zur Zahlung von Fr. 48'667.75 inklusive MWST nebst Zins zu 5 % seit 7. August 2015 zu verpflichten. Eventualiter verlangte sie von der Klägerin Fr. 158'667.70 inklusive MWST nebst Zins zu 5 % auf Fr. 22'012.35 seit 2. Juli 2015 sowie auf Fr. 136'655.35 seit 7. August 2015 (Antrag Ziffer 2). Zudem sei die Klägerin zu verpflichten, ihr diverse Unterlagen herauszugeben, nämlich Regierapporte, Tagesrapporte, Korrespondenz, Abrechnungen sowie Protokolle betreffend Gipserarbeiten, welche die C._ GmbH (seit 19. September 2019: D._ GmbH) auf der erwähnten Grossüberbauung erledigt habe (Antrag Ziffer 3).
Mit Urteil vom 12. Oktober 2020 hiess das Handelsgericht die Klage teilweise gut und verpflichtete die Beklagte, der Klägerin Fr. 262'815.70 nebst Zins zu 5 % seit 23. April 2018 zu bezahlen (Dispositiv-Ziffer 1). Die Widerklage wies es vollumfänglich ab (Dispositiv-Ziffer 2). Es setzte die Gerichtsgebühr auf Fr. 68'000.-- fest (Dispositiv-Ziffer 3) und auferlegte diese zu 55 % der Klägerin und zu 45 % der Beklagten (Dispositiv-Ziffer 4). Schliesslich verpflichtete es die Klägerin, der Beklagten eine reduzierte Parteientschädigung von Fr. 4'800.-- zu bezahlen (Dispositiv-Ziffer 5).
C.
Die Klägerin beantragt mit Beschwerde in Zivilsachen, die Dispositiv-Ziffern 1, 4 und 5 des handelsgerichtlichen Urteils seien aufzuheben, und die Beklagte sei zu verpflichten, der Klägerin Fr. 998'580.99 nebst Zins zu 5 % seit 18. Januar 2016 zu bezahlen. Die Gerichtsgebühr sei zu 100 % der Beklagten aufzuerlegen und die Beklagte sei zu verpflichten, der Klägerin eine Parteientschädigung zu bezahlen. Eventualiter sei die Sache zur Durchführung eines Beweisverfahrens und zur Neubeurteilung an das Handelsgericht zurückzuweisen. Die Beklagte trägt auf kostenfällige Abweisung der Beschwerde an, während das Handelsgericht auf eine Vernehmlassung verzichtet.

Erwägungen:
1.
Beim angefochtenen Urteil handelt es sich um einen Endentscheid im Sinne von <ref-law>. Für Beschwerden gegen Entscheide kantonaler Handelsgerichte besteht kein Streitwerterfordernis (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1.2 S. 69 f.). Auf die Beschwerde ist grundsätzlich einzutreten.
2.
2.1. Mit Beschwerde in Zivilsachen können Rechtsverletzungen nach Art. 95 und 96 BGG gerügt werden. Die Beschwerde ist hinreichend zu begründen, andernfalls wird darauf nicht eingetreten (<ref-ruling> E. 2.1 S. 245 f.). In der Beschwerdeschrift ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt (<ref-law>). Unerlässlich ist, dass die Beschwerde auf die Begründung des angefochtenen Entscheids eingeht und im Einzelnen aufzeigt, worin eine Verletzung von Bundesrecht liegt. Die beschwerdeführende Partei soll in der Beschwerdeschrift nicht bloss die Rechtsstandpunkte, die sie im kantonalen Verfahren eingenommen hat, erneut bekräftigen, sondern mit ihrer Kritik an den als rechtsfehlerhaft erachteten Erwägungen der Vorinstanz ansetzen (<ref-ruling> E. 2 S. 89, 115 E. 2 S. 116).
2.2. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Dazu gehören sowohl die Feststellungen über den streitgegenständlichen Lebenssachverhalt als auch jene über den Ablauf des vor- und erstinstanzlichen Verfahrens, also die Feststellungen über den Prozesssachverhalt (<ref-ruling> E. 1.3.1 S. 17 f. mit Hinweisen). Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law>). Offensichtlich unrichtig bedeutet dabei willkürlich (<ref-ruling> E. 2.3.1 S. 244; <ref-ruling> E. 2 S. 117, 264 E. 2.3 S. 266). Überdies muss die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein können (<ref-law>).
Für eine Kritik am festgestellten Sachverhalt gilt das strenge Rügeprinzip von <ref-law> (<ref-ruling> E. 2.3 S. 266 mit Hinweisen). Die Partei, welche die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz anfechten will, muss klar und substanziiert aufzeigen, inwiefern die genannten Voraussetzungen erfüllt sein sollen (<ref-ruling> E. 1.3.1 S. 18 mit Hinweisen). Wenn sie den Sachverhalt ergänzen will, hat sie zudem mit präzisen Aktenhinweisen darzulegen, dass sie entsprechende rechtsrelevante Tatsachen und taugliche Beweismittel bereits bei den Vorinstanzen prozesskonform eingebracht hat (<ref-ruling> E. 2 S. 90). Genügt die Kritik diesen Anforderungen nicht, können Vorbringen mit Bezug auf einen Sachverhalt, der vom angefochtenen Entscheid abweicht, nicht berücksichtigt werden (<ref-ruling> E. 1.3.1 S. 18).
Das Bundesgericht greift in die Beweiswürdigung des Sachgerichts nur ein, wenn diese willkürlich ist. Willkür liegt nicht schon dann vor, wenn eine andere Lösung ebenfalls in Betracht zu ziehen oder gar vorzuziehen wäre, sondern nur, wenn der angefochtene Entscheid offensichtlich unhaltbar ist, mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht, eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz krass verletzt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft; dabei ist erforderlich, dass der Entscheid nicht nur in der Begründung, sondern auch im Ergebnis willkürlich ist (<ref-ruling> E. 4.1 S. 566; <ref-ruling> E. 2.1 S. 18 f.; <ref-ruling> E. 2.1 S. 9).
Die Beweiswürdigung ist mithin nicht schon dann willkürlich, wenn sie nicht mit der Darstellung der beschwerdeführenden Partei übereinstimmt, sondern bloss, wenn sie offensichtlich unhaltbar ist (<ref-ruling> E. 4.2.1 S. 362). Dies ist insbesondere dann der Fall, wenn das Gericht Sinn und Tragweite eines Beweismittels offensichtlich verkannt hat, wenn es ohne sachlichen Grund ein wichtiges und entscheidwesentliches Beweismittel unberücksichtigt gelassen oder wenn es auf der Grundlage der festgestellten Tatsachen unhaltbare Schlussfolgerungen gezogen hat (<ref-ruling> E. 2.3 S. 266; <ref-ruling> E. 4.2 S. 234; <ref-ruling> E. 4.2 S. 560).
Inwiefern die Beweiswürdigung willkürlich sein soll, ist in der Beschwerde klar und detailliert aufzuzeigen (<ref-ruling> E. 2.2 S. 246; <ref-ruling> E. 1.3 S. 262). Namentlich genügt es nicht, einzelne Beweise anzuführen, die anders als im angefochtenen Entscheid gewichtet werden sollen, und dem Bundesgericht in appellatorischer Kritik die eigene Auffassung zu unterbreiten, als ob diesem eine freie Sachverhaltsprüfung zukäme (vgl. <ref-ruling> E. 2b S. 88).
3.
Die Vorinstanz hiess die Klage der Beschwerdeführerin teilweise gut und verpflichtete die Beschwerdegegnerin zur Zahlung von Fr. 262'815.70.
Diese Summe setzt sich zusammen aus einer offenen Forderung von Fr. 160'095.91 aus dem Pauschalpreis, aus einem Betrag von Fr. 62'177.53 für Nachträge (vgl. E. 5 hiernach) und aus einem Betrag von Fr. 40'542.29 für Regiearbeiten (vgl. E. 6 hiernach).
Für Mehrmengen sprach die Vorinstanz der Beschwerdeführerin nichts zu (vgl. E. 4 hiernach).
4.
Die Beschwerdeführerin rügt zunächst die vorinstanzlichen Erwägungen zu den Mehrmengen.
4.1. Die Vorinstanz kam zum Schluss, die Beschwerdeführerin habe keinen Anspruch aus Mehrmengen, weil im Werkvertrag ein Pauschalpreis vorgesehen sei. Zudem sei vereinbart worden, die Mengenangaben der Baubeschreibung seien ungefähre Angaben und dienten zur Information, wodurch die Beschwerdegegnerin nicht gebunden werde.
4.2. Die dagegen vorgebrachten Rügen der Beschwerdeführerin verfangen nicht.
4.2.1. Wie die Vorinstanz zutreffend erwog, können die Parteien gemäss Art. 373 und 374 OR die Vergütung des Unternehmers als festen Preis oder nach dem Wert der Arbeit festsetzen (Urteil 4A_156/2018 vom 24. April 2019 E. 4.1). Die SIA-Norm 118 unterscheidet Einheitspreise (Art. 39 SIA-Norm 118), Globalpreise (Art. 40 SIA-Norm 118) und Pauschalpreise (Art. 41 SIA-Norm 118). Der Einheitspreisvertrag bestimmt die Vergütung je Mengeneinheit der einzelnen Leistung und beruht auf einem Leistungsverzeichnis (vgl. etwa Carlo Peer, Das Leistungsverzeichnis bei Bauwerkverträgen, 2018, S. 39 Rz. 98, S. 44 f. Rz. 113). Demgegenüber bestimmen der Global- und Pauschalpreisvertrag die Vergütung ohne Rücksicht auf die Menge als festen Geldbetrag und beruhen auf einer Baubeschreibung.
Die Vorinstanz erwog, die Parteien hätten einen Gesamtpreisvertrag zu einem Pauschalpreis im Sinne von Art. 42 Abs. 2 und Art. 41 Abs. 1 SIA-Norm 118 geschlossen. Sie berücksichtigte, dass das Leistungsverzeichnis für einen Einheitspreisvertrag sprechen könnte. Doch relativierte sie dies nachvollziehbar, indem sie darauf hinwies, dass die Parteien auch einem Gesamtpreisvertrag ein Leistungsverzeichnis zugrunde legen können (Anton Egli, in: Kommentar zur SIA-Norm 118, Gauch/Stöckli [Hrsg.], 2. Aufl. 2017, N. 2 zu Art. 8 SIA-Norm 118). Aus dem Einbezug eines Leistungsverzeichnisses in den Werkvertrag folgt nicht zwingend, dass ein Einheitspreisvertrag vorliegt.
Die Vorinstanz wies zu Recht darauf hin, dass sich die Beschwerdeführerin widerspricht, wenn sie ihre Vergütung auf die Vereinbarung eines Pauschalpreises stützt und gleichzeitig bei den Mehrmengen einen Einheitspreisvertrag geltend macht. Bei der Vereinbarung eines festen Preises trägt der Unternehmer das Risiko grösserer Mengen - genauso profitiert er von der Chance geringerer Mengen (vgl. etwa Urteil 4C.90/2005 vom 22. Juni 2005 E. 3.2).
Die Vorinstanz erwog nachvollziehbar, dass Ziffer 3.3.1 der Objektspezifischen Bedingungen vom 1. Juni 2013 und Art. 86 SIA-Norm 118 die Auswirkungen von Bestellungsänderungen betreffen. Diese Bestimmungen sind deshalb bei blossen Mengenabweichungen und einem Gesamtpreisvertrag nicht anwendbar. Die Vorinstanz stellte fest, die Beschwerdeführerin mache nicht geltend, dass die behaupteten Mehrmengen auf Bestellungsänderungen der Beschwerdegegnerin beruhten. Die von der Beschwerdeführerin behaupteten Mehrmengen stellen deshalb lediglich Abweichungen von der Baubeschreibung dar, die als solche unter einem Gesamtpreisvertrag nicht zu einer Mehrvergütung führen.
4.2.2. Die Vorinstanz berücksichtigte, dass der Unternehmer gemäss Art. 59 Abs. 1 SIA-Norm 118 Anspruch auf eine zusätzliche Vergütung hat, falls ausserordentliche Umstände die Fertigstellung hindern oder übermässig erschweren, welche nicht vorausgesehen werden konnten oder welche nach den von beiden Vertragsparteien angenommenen Voraussetzungen ausgeschlossen waren. Diese Bestimmung ist dem <ref-law> nachgebildet und stellt einen Anwendungsfall der so genannten "clausula rebus sic stantibus" dar.
Verträge sind so zu erfüllen, wie sie vereinbart worden sind ("pacta sunt servanda"), soweit die Parteien nicht einvernehmlich eine neue Vertragsregelung treffen. Zwar ist nach der "clausula rebus sic stantibus" eine richterliche Anpassung auch gegen den Willen einer Partei möglich, wenn sich die Umstände nach Vertragsabschluss so grundlegend ändern, dass eine gravierende Äquivalenzstörung eintritt (<ref-ruling> E. 2.4 S. 9 f.; vgl. <ref-ruling> E. 5.1 S. 371; <ref-ruling> E. 5b S. 304 f. mit Hinweisen). Voraussetzung für eine richterliche Vertragsanpassung nach der "clausula rebus sic stantibus" ist, dass die Verhältnisänderung beim Abschluss des Vertrags weder voraussehbar noch vermeidbar war (<ref-ruling> E. 2.4 S. 10; <ref-ruling> E. 5b S. 304 f.; je mit Hinweisen).
Die Vorinstanz verneinte ausserordentliche unvorhersehbare Umstände. Sie stützte sich dabei auf die bundesgerichtliche Rechtsprechung, wonach das Erfordernis der Unvorhersehbarkeit "vom Standpunkt eines sachkundigen und sorgfältigen Unternehmers aus und nach einem eher strengen Massstabe" zu beurteilen ist (<ref-ruling> E. 3 S. 336; Urteil 4C.292/2002 vom 20. November 2003 E. 3.1), "da jede Werkausführung zu festen Pauschal- oder Einheitspreisen ein spekulatives Element enthält, das auch als Risiko zu berücksichtigen ist" (<ref-ruling> E. b S. 317; 58 II 421 S. 423; vgl. auch BGE 59 II 372 E. 4 S. 380).
Zu Recht liess die Vorinstanz das Argument der Beschwerdeführerin nicht gelten, dass die Ausmasse bei einer Grossüberbauung vorliegender Dimension nicht vorgängig hätten überprüft werden können. Der Umfang des Bauprojekts allein führt nicht zur Annahme einer Unvorhersehbarkeit.
Zudem erwog die Vorinstanz überzeugend, die ausserordentlichen Umstände müssten zu einem krassen, offenbaren Missverhältnis zwischen der Werkleistung und der Vergütung führen, so dass die Einhaltung der offerierten Preise nach Treu und Glauben nicht mehr verlangt werden könne. Sie verwies dabei auf die bundesgerichtliche Rechtsprechung (<ref-ruling> E. 3b S. 516; <ref-ruling> E. b S. 317). Als Massstab nahm die Vorinstanz den Vergleich zwischen der vereinbarten Vergütung und den effektiven Herstellungskosten ohne Unternehmensgewinn (vgl. <ref-ruling> E. b S. 317). Sie ging davon aus, das Missverhältnis beziehe sich nicht auf einzelne Positionen, sondern auf die Gesamtleistung und die Gesamtvergütung. Dies ist nicht zu beanstanden.
Was die konkrete Würdigung betrifft, so erwog die Vorinstanz, die Beschwerdeführerin mache bezüglich sechs Positionen Mehrmengen geltend. Davon überschritten nur die Position 212.111 und die Position 711.101 die Schwelle von 100 %, weshalb die Gesamtleistung in keinem Missverhältnis zur Gesamtvergütung stehe.
Schliesslich wies die Vorinstanz den Antrag der Beschwerdeführerin ab, es sei ein Gutachten zur Frage zu erstellen, ob wesentlich mehr Material verbaut worden sei als vorgesehen. Sie begründete die Abweisung mit mangelnder Substanziierung und verwies darauf, dass die Beschwerdeführerin ihre quantitativen Behauptungen nur unvollständig aufstelle. Auch diese Erwägung hält vor Bundesrecht stand (<ref-ruling> E. 2.1 S. 68 f.; Urteile 4A_38/2020 vom 22. Juli 2020 E. 6.2.2; 5A_837/2019 vom 8. Mai 2020 E. 4.1; 4A_462/2017 vom 12. März 2018 E. 6.2.3; je mit Hinweisen).
Vor diesem Hintergrund kann offenbleiben, ob die Vorinstanz zu Recht davon ausging, dass die Beschwerdeführerin eine rechtzeitige Anzeige gemäss Art. 59 Abs. 3 i.V.m. Art. 25 Abs. 1 SIA-Norm 118 versäumt hatte.
5.
Die Beschwerdeführerin wendet sich gegen die vorinstanzlichen Erwägungen zu den Nachträgen.
5.1. Die Vorinstanz erwog, die Beschwerdeführerin habe aus den Nachträgen Nr. 1 und Nr. 4 keine Ansprüche. Hingegen stehe ihr aus dem Nachtrag Nr. 2 eine Forderung von Fr. 42'786.71 zu, aus dem Nachtrag Nr. 3 eine Forderung von Fr. 5'633.26 und aus dem Nachtrag Nr. 5 eine Forderung von Fr. 13'757.59. Dies ergebe insgesamt Fr. 62'177.53 [recte: Fr. 62'177.56] netto inklusive MWST.
5.2. Die Vorinstanz erwog, der Nachtrag Nr. 1 betreffe die Deckenanschlüsse an den Fensterrahmen der Loggias verschiedener Häuser. Die Beschwerdegegnerin habe die entsprechenden Rechnungen der Beschwerdeführerin über Fr. 12'322.30 und Fr. 1'120.25 bereits bezahlt, weshalb die Beschwerdeführerin keinen Anspruch aus dem Nachtrag Nr. 1 habe. Dies blieb unangefochten.
5.3.
5.3.1. Zum Nachtrag Nr. 2 erwog die Vorinstanz, die Beschwerdegegnerin bestreite nicht, dass die Beschwerdeführerin in 342 Nasszellen verschiedener Häuser auf einer Fläche von 3'985.59 m2 nachträglich Weissputz angebracht habe. Umstritten sei nur der massgebende Einheitspreis.
Die Vorinstanz auferlegte der Beschwerdeführerin die Behauptungs- und Beweislast für einen Einheitspreis, der die von der Beschwerdegegnerin anerkannten Fr. 11.50 pro m2 übersteige. Den Nachweis eines höheren Preises sah die Vorinstanz als nicht erbracht.
Daher gelangte die Vorinstanz bei einer Menge von 3'985.59 m2 und einem Einheitspreis von Fr. 11.50 pro m2 zu einem Bruttobetrag von Fr. 45'834.29. Davon zog sie nacheinander einen Rabatt von 10 %, einen Skonto von 2 % sowie allgemeine Bauabzüge von 2 % ab und addierte die MWST von 8 %, woraus ein Endbetrag von Fr. 42'786.71 resultierte.
5.3.2. Was die Beschwerdeführerin dagegen vorbringt, verfängt nicht.
Die Beschwerdeführerin beharrt auch vor Bundesgericht auf einem Einheitspreis von Fr. 27.50 pro m2. Einen solchen Einheitspreis hat sie nach den Erwägungen der Vorinstanz nicht hinreichend substanziiert. Die Vorinstanz erwog, die Beschwerdeführerin hätte konkrete Behauptungen zu den Kalkulationsgrundlagen aufstellen müssen. Im Hauptstandpunkt stütze sich die Beschwerdeführerin auf ihre letzte Nachtragsofferte. Diese habe die Beschwerdegegnerin aber abgelehnt, weshalb sie als Basis für die nachträgliche Festsetzung des Einheitspreises ausscheide. Im Eventualstandpunkt beantrage die Beschwerdeführerin ein gerichtliches Gutachten. Ein Beweisverfahren diene jedoch nicht der Vervollständigung eines mangelhaften Tatsachenvortrags. Die Beschwerdeführerin beziffere ihren Eventualstandpunkt nicht und gebe nicht an, ob das gerichtliche Gutachten sich auf ihre Kalkulationsgrundlagen oder auf einen Marktpreis stützen solle. Sinn und Zweck eines gerichtlichen Gutachtens könne nicht sein, die Kalkulationsgrundlagen der Beschwerdeführerin zu untersuchen. Es sei Aufgabe der Beschwerdeführerin, ihre eigenen Kalkulationsgrundlagen darzulegen, wenn sie sich auf diese berufe. Gutachterlich klären liesse sich einzig die Höhe einer marktüblichen Vergütung. Dazu dürfe jedoch mindestens eine Bezifferung durch die Beschwerdeführerin erwartet werden.
Die Beschwerdeführerin begründet auch vor Bundesgericht nicht hinreichend, aus welchen Preiselementen sich der von ihr geforderte Einheitspreis von Fr. 27.50 pro m2 ergibt. Sie wiederholt im Wesentlichen die Argumente, welche sie bereits vor der Vorinstanz vorgebracht hat. Mit den vorinstanzlichen Erwägungen setzt sie sich nicht hinreichend auseinander. So genügt es nicht, wenn die Beschwerdeführerin ausführt, dass sie keine konkreteren Behauptungen habe aufstellen können und dass es überspitzt sei, den Betrag von Fr. 27.50 pro m2 in weitere Elemente zerlegen zu müssen.
Entgegen der Ansicht der Beschwerdeführerin durfte die Vorinstanz vom Einheitspreis ausgehen, den die Beschwerdegegnerin anerkannt hatte, nachdem sie zum Schluss gekommen war, die behauptungs- und beweisbelastete Beschwerdeführerin habe nicht hinreichend substanziiert, dass der Einheitspreis höher liegt.
Die Beschwerdeführerin rügt, die Vorinstanz nehme die kalkulatorischen Grundlagen des Werkvertrags als Ausgangspunkt, obwohl nicht von einer Preisfortschreibung auszugehen sei. Es trifft zu, dass bei Werkverträgen mit Pauschalpreis vorbehältlich einer anderslautenden Vereinbarung für die Bestimmung von Nachtragspreisen nicht von einer Preisfortschreibung auszugehen, sondern auf die allgemeinen Marktpreise abzustellen ist. Dies heisst aber nicht, dass deshalb ein ausgefülltes Leistungsverzeichnis oder Preisanalysen von vornherein unbeachtlich wären. Vielmehr können solche Unterlagen im Rahmen der gerichtlichen Bildung der Nachtragspreise berücksichtigt werden (<ref-ruling> E. 4.4.4.2 S. 551 f.; Urteil 4A_234/2014 vom 8. September 2014 E. 5.2).
Schliesslich beanstandet die Beschwerdeführerin, die Vorinstanz habe ihr vorgeworfen, sie habe die Stunden für Nachtrag Nr. 2 nicht beziffert, sondern lediglich auf die Stundenrapporte verwiesen. In Wahrheit habe die Beschwerdeführerin eine Urkunde aufgeführt, jedoch vergessen, diese zu nummerieren und beizulegen. Dies sei ein offensichtliches Versehen, weshalb die Vorinstanz der Beschwerdeführerin Gelegenheit zur Verbesserung hätte geben müssen und deren rechtliches Gehör verletzt habe. Darauf ist nicht näher einzugehen, da die Vorinstanz eine Vergütung nach Aufwand bereits deshalb ausschloss, weil die Beschwerdeführerin die fraglichen Rapporte bereits separat unter den Regiearbeiten geltend mache. Die Beschwerdeführerin setzt sich nicht mit der vorinstanzlichen Erwägung auseinander, wonach dieselben Arbeiten nicht gleichzeitig als Nachtrags- und Regiearbeiten doppelt vergütet werden könnten.
5.4.
5.4.1. Der Nachtrag Nr. 3 betrifft die Arbeiten an den Treppenwangen verschiedener Häuser. Die Beschwerdeführerin forderte dafür unter drei Positionen insgesamt Fr. 59'046.30. Davon sprach ihr die Vorinstanz Fr. 5'633.26 zu.
Die Vorinstanz erwog, die Position 1 betreffe die Neusetzung des Kantenschutzes an den Treppenwangen in den Treppenhäusern. Die Beschwerdegegnerin anerkenne hier den Nachtragscharakter. Die Beschwerdeführerin mache einen Einheitspreis von Fr. 32.-- geltend. Allerdings sei nicht nachvollziehbar, inwiefern ihre Kalkulation dem Werkvertrag entspreche.
Die Position 2 betreffe den Mehrauftrag an Treppenwangen und Treppenstirnen. Hier stehe der Beschwerdeführerin keine Nachtragsforderung zu, weil sie den Nachtragscharakter der Arbeiten nicht hinreichend substanziiert habe.
Die Position 3 schliesslich betreffe die Rundungen der Treppenwangen in den Treppenhäusern. Auch hier stehe der Beschwerdeführerin keine Nachtragsforderung zu, weil der Nachtragscharakter nicht erwiesen sei.
5.4.2. Was die Beschwerdeführerin gegen diese vorinstanzlichen Erwägungen vorbringt, überzeugt nicht.
5.4.2.1. Was die Position 1 betrifft, so hält die Beschwerdeführerin vor Bundesgericht am Einheitspreis von Fr. 32.-- pro Meter fest. Diesen Einheitspreis hat die Beschwerdeführerin nach Ansicht der Vorinstanz ungenügend substanziiert. Diese konnte nicht nachvollziehen, inwiefern die Kalkulation der Beschwerdeführerin dem Werkvertrag entspricht. Auch im bundesgerichtlichen Verfahren begründet die Beschwerdeführerin nicht ausreichend, woraus sich der Einheitspreis von Fr. 32.-- pro Meter ergibt. Sie wiederholt, was sie bereits vor der Vorinstanz vorbrachte, ohne sich hinreichend mit den vorinstanzlichen Erwägungen auseinanderzusetzen. Es genügt nicht, wenn sie ausführt, es erschliesse sich nicht, was an ihrer Kalkulation noch fehle. Zudem unterstellte die Vorinstanz ihr entgegen ihrer Behauptung nicht, sie habe nur Zeugen offeriert. Vielmehr würdigte die Vorinstanz auch den Antrag auf ein gerichtliches Gutachten und erwog, ein Beweisverfahren diene nicht der Vervollständigung eines mangelhaften Tatsachenvortrags. Schliesslich trifft zu, dass gemäss <ref-ruling> E. 4.4.4.2 S. 551 die allgemeinen Marktpreise heranzuziehen sind. Diesen Grundsatz verletzte die Vorinstanz entgegen der Ansicht der Beschwerdeführerin nicht. Zwar stellte die Vorinstanz auf den Einheitspreis ab, den die Beschwerdegegnerin anerkannt hatte. Dies tat sie aber nur, weil die Beschwerdeführerin einen höheren Preis nicht hinreichend substanziiert hatte. Vor diesem Hintergrund durfte die Vorinstanz auch auf die Abnahme von Beweisen verzichten, ohne den Anspruch der Beschwerdeführerin auf rechtliches Gehör zu verletzen.
5.4.2.2. Die Beschwerdeführerin wirft der Vorinstanz bei der Beurteilung der Position 2 eine willkürliche Sachverhaltsfeststellung vor. Dem angefochtenen Urteil ist zu entnehmen, die Beschwerdeführerin habe nur pauschal behauptet, die Beschwerdegegnerin habe den betreffenden Nachtrag bestellt. Inwiefern dies geradezu unhaltbar sein soll, legt die Beschwerdeführerin nicht dar. Wenn die Beschwerdegegnerin behauptete, die Arbeiten seien vom Werkvertrag umfasst, anerkennt sie damit nicht, dass sie einen Nachtrag bestellt habe. Auch vor Bundesgericht erklärt die Beschwerdeführerin nicht, wer wann welche Bestellungsänderung vorgenommen und welche Nachtragsleistungen angefordert haben soll.
5.4.2.3. Die Beschwerdeführerin beanstandet die vorinstanzlichen Erwägungen zur Position 3. Sie macht geltend, die Vorinstanz habe verkannt, dass es nicht nur um Rundungen gehe, sondern um runde Massanfertigungen mit Schablone. Damit legt die Beschwerdeführerin nicht dar, dass die Vorinstanz in Willkür verfiel, als sie erwog, den Arbeiten fehle der Nachtragscharakter. Insbesondere setzt sich die Beschwerdeführerin nicht mit den vorinstanzlichen Erwägungen auseinander, wonach die Übergänge zwischen den Treppenwangen im Ausführungsplan gerundet eingezeichnet gewesen seien. Da dieser bereits vor Abschluss des Werkvertrags bestand, schloss die Vorinstanz, die geltend gemachten Arbeiten seien im Leistungsverzeichnis enthalten gewesen, womit es am Nachtragscharakter der Arbeiten mangle. Zudem setzt sich die Beschwerdeführerin nicht hinreichend mit der vorinstanzlichen Erwägung auseinander, wonach ihr Parteivortrag im Quantitativ nicht schlüssig sei.
5.5.
5.5.1. Der Nachtrag Nr. 4 mit vier Positionen betrifft die Anbringung von Weissputz auf Wandflächen, Leibungen und Stürzen in diversen Häusern, wofür die Beschwerdeführerin Fr. 232'192.80 verlangt. Die Vorinstanz kam zum Schluss, der Beschwerdeführerin stehe nichts zu, weil sie den Nachtragscharakter der Arbeiten nicht hinreichend substanziiert habe.
5.5.2. Was die Beschwerdeführerin dagegen vorbringt, dringt nicht durch.
Die Vorinstanz erwog, die Beschwerdeführerin habe bloss pauschal behauptet, der Nachtrag Nr. 4 sei von der Beschwerdegegnerin bestellt worden.
Nach den verbindlichen Feststellungen der Vorinstanz behauptete die Beschwerdeführerin keine nachträglichen Weissputzarbeiten an den Wandflächen in den Häusern vvv, www, xxx, yyy und zzz. Die Flächen seien so akzeptiert worden. Auch in den Treppenhäusern solle der Aufwand nur bei bestimmten Häusern angefallen sein. Die Vorinstanz schloss daraus, der Bauherr hätte sich demnach in den Häusern vvv, www, xxx, yyy, zzz bzw. in bestimmten Treppenhäusern mit einer Ausführung mit Glasfaservlies zufrieden gegeben, während er in den anderen Treppenhäusern eine anspruchsvollere Ausführung verlangt hätte.
Diese Argumentation der Beschwerdeführerin erschien der Vorinstanz nicht schlüssig. Denn normalerweise erfolge die Ausführung in mehreren Häusern einer Überbauung einheitlich. Vor diesem Hintergrund erscheine die pauschale Behauptung der Beschwerdeführerin als nicht nachvollziehbar. Sie mache geltend, Q2 und Q3 seien unterschiedliche Genauigkeits- und Qualitätsstufen des Verputzes und eine andere Qualität entspreche einem anderem Preis. Dies sei ein Gemeinplatz ohne konkreten Sachbezug. Zudem sei die zum Beweis angebotene Aussage von drei der Beschwerdeführerin nahestehenden Personen unbehelflich. Ein Beweisverfahren diene nicht der Vervollständigung des unvollständigen Tatsachenvortrags einer Partei.
Was die Beschwerdeführerin vor Bundesgericht dagegen vorträgt, genügt den Begründungsanforderungen nicht. Sie setzt sich nicht hinreichend mit den vorinstanzlichen Erwägungen auseinander. Willkür liegt nicht vor. Die Beschwerdeführerin setzt der vorinstanzlichen Würdigung bloss ihre eigene Einschätzung entgegen, zumal die vorinstanzliche Annahme, dass die Ausführung in mehreren Häusern einer Überbauung üblicherweise einheitlich erfolgt, keineswegs abwegig erscheint.
Beizupflichten ist der Beschwerdeführerin insoweit, als das angefochtene Urteil in einem Punkt widersprüchlich ist. In E. 2.3.4.5 erwog die Vorinstanz, die gutachterliche Feststellung der Ausmasse erübrige sich, weil die Einheitspreise nicht substanziiert dargelegt seien. Dies ist offensichtlich unrichtig, weil die Vorinstanz für die Positionen 1, 2 und 3 selber Einheitspreise festsetzte. Dies ist allerdings ohne Belang für den Verfahrensausgang, da es sich hierbei lediglich um Eventualbegründungen handelt. Die Vorinstanz ging in der Hauptbegründung davon aus, der Nachtragscharakter der Arbeiten sei ohnehin nicht erstellt.
5.6. Der Nachtrag Nr. 5 betrifft Arbeiten an den Oblichtern der Treppenhäuser in verschiedenen Häusern. Die Beschwerdeführerin forderte Fr. 17'697.10, wovon ihr die Vorinstanz Fr. 13'757.59 zusprach. Dies blieb unangefochten.
5.7. Die Rügen der Beschwerdeführerin gegen die vorinstanzliche Beurteilung der Nachträge sind unbegründet.
6.
Die Beschwerdeführerin beanstandet die vorinstanzlichen Erwägungen zu den Regiearbeiten.
6.1. Die Vorinstanz sprach der Beschwerdeführerin aus Regiearbeiten insgesamt Fr. 40'542.29 zu - und zwar Fr. 1'932.36 aus den Rapporten Nr. 1-17 sowie Fr. 38'609.93 aus den Rapporten Nr. 18-27 und 51-57. Hingegen verweigerte die Vorinstanz der Beschwerdeführerin eine Entschädigung aus den Rapporten Nr. 28-50 und 58-92.
Die Beschwerdeführerin wehrt sich gegen die vorinstanzliche Beurteilung ihrer Ansprüche aus den Rapporten Nr. 28-50 und Nr. 59-92.
6.2. Die Beschwerdeführerin behauptete vor der Vorinstanz, ein Bauleiter und ein Projektleiter der Beschwerdegegnerin hätten die fraglichen Arbeiten gegenüber Mitarbeitern der Beschwerdeführerin angeordnet. Der Bauleiter habe gegenüber Mitarbeitern der Beschwerdeführerin ausgeführt, die Arbeitsrapporte würden erst nach der Ausführung unterzeichnet. Nach Erledigung der Arbeiten habe er sie aber vertröstet. Er habe damit gedroht, die Beschwerdeführerin müsse die Baustelle verlassen, wenn sie die Arbeiten nicht wie verlangt ausführe. Zudem habe er von einem Mitarbeiter der Beschwerdeführerin Geld verlangt für die Unterzeichnung der Rapporte. Der Projektleiter habe dieses Gebaren gedeckt und die Unterschrift ebenfalls verweigert.
6.3. Die Vorinstanz qualifizierte die Behauptungen der Beschwerdeführerin zur Bestellung der Regiearbeiten als wenig detailliert. Die Beschwerdeführerin liefere keine konkreten Daten und nenne lediglich den Bauleiter und den Projektleiter der Beschwerdegegnerin sowie ihre eigenen Mitarbeiter, die an den Vorgängen beteiligt gewesen seien. Die Behauptungen der Beschwerdeführerin erschöpften sich in der Geltendmachung einer Hinhaltetaktik bei der Unterzeichnung der Regierapporte. Insbesondere unterscheide die Beschwerdeführerin nicht zwischen dringlichen Arbeiten und solchen, bei welchen sie von der Beschwerdegegnerin künstlich unter Druck gesetzt worden sei. Diese unbestimmten Behauptungen erlaubten keine Beweisabnahme darüber, durch wen wann welche Regiearbeiten angeordnet worden seien. Selbst zur behaupteten Intervention eines Mitarbeiters der Beschwerdeführerin beim Projektleiter der Beschwerdegegnerin äussere sich die Beschwerdeführerin nur vage. So ergebe sich aus ihren Behauptungen weder der Zeitpunkt noch die Form der Intervention. Den Projektleiter rufe die Beschwerdeführerin gar nicht erst als Zeugen an. Damit komme sie ihrer Substanziierungsobliegenheit nicht nach. Ein Beweisverfahren diene nicht der Vervollständigung des unvollständigen Tatsachenvortrags einer Partei, zumal seit der streitigen Anordnung von Regiearbeiten vier Jahre vergangen seien. Sollten darüber noch weitere Aufzeichnungen bei der Beschwerdeführerin vorhanden sein, hätte sie diese bis zum Aktenschluss zum Beweis anbieten müssen. Da keine unterzeichneten Rapporte vorlägen, könne sich die Beschwerdeführerin nicht auf eine entsprechende lndizwirkung berufen. Sie habe deshalb einen vollständigen Beweis über sämtliche streitigen und entscheidungserheblichen Tatsachen zu führen. Ihren allfälligen Vergütungsanspruch für den in den Regierapporten nicht aufgeführten Materialaufwand habe die Beschwerdeführerin ausserdem entsprechend der von den Parteien getroffenen Vereinbarung verwirkt. Auf eine Substanziierung des Materialaufwands verzichte die Beschwerdeführerin vollständig.
6.4. Was die Beschwerdeführerin dagegen einwendet, verfängt nicht.
Die Beschwerdeführerin setzt sich nicht mit den vorinstanzlichen Erwägungen auseinander, wonach die Parteien vereinbart hatten, dass Regieaufträge nur mit vorgängiger schriftlicher Bewilligung der Bauleitung ausgeführt werden dürfen, dass die Rapporte der Bauleitung täglich zur Prüfung vorzulegen sind und dass die Beschwerdeführerin bei Verletzung dieser Abmachung den Entschädigungsanspruch verliert, wobei Notfälle oder Sofortmassnahmen ausgenommen sind.
Im Übrigen übersieht die Beschwerdeführerin, dass ihr die Vorinstanz nicht zum Vorwurf machte, bloss eine Auswahl von Zeugen angeboten zu haben. Vielmehr beanstandete die Vorinstanz, dass die Beschwerdeführerin es versäumte, konkrete Behauptungen aufzustellen, worüber die Zeugen hätten befragt werden können. So durfte die Vorinstanz beispielsweise verlangen, dass die Beschwerdeführerin jeweils substanziierte Behauptungen zu den wirklich und den scheinbar dringenden Arbeiten aufstellt. Es wäre zu erwarten gewesen, dass die Beschwerdeführerin behauptet, bei welchen Arbeiten sie konkret künstlich unter Druck gesetzt wurde.
Es genügt nicht, wenn die Beschwerdeführerin lediglich ausführt, es sei offensichtlich unrichtig, dass ihre Behauptungen zur Bestellung der Regiearbeiten zu wenig detailliert seien. Sie stellt den Feststellungen der Vorinstanz bloss ihre eigenen Sicht der Dinge gegenüber und wiederholt ihre vorinstanzlichen Vorbringen.
7.
Die Beschwerdeführerin rügt die vorinstanzliche Bestimmung des Zinsenlaufs.
7.1. Der Zahlungsverzug der Bauherrschaft setzt gemäss <ref-law> und Art. 190 Abs. 1 Satz 3 und 4 SIA-Norm 118 neben der Fälligkeit der Forderung eine Mahnung voraus (<ref-ruling> E. 5.2.2 S. 43; <ref-ruling> E. 3 S. 597). Die Mahnung ist eine an den Schuldner gerichtete Erklärung des Gläubigers, die zum Ausdruck bringt, dass er die Leistung ohne Säumnis verlangt. Mit der Mahnung muss die zu erbringende Leistung so genau bezeichnet werden, dass der Schuldner erkennt, was der Gläubiger fordern will. Geht es um eine Geldforderung, ist deren Höhe in der Regel zu beziffern. Auf eine Bezifferung in der Mahnung selbst kann jedoch zum Beispiel verzichtet werden, wenn damit auf eine früher zugestellte, den Geldbetrag enthaltende Rechnung verwiesen wird. Eine Bezifferung ist sodann nicht erforderlich, wenn sie im Zeitpunkt der Fälligkeit der Forderung nicht möglich ist, weil deren genaue Höhe noch nicht feststeht (zum Ganzen <ref-ruling> E. 3.2.2 S. 541 f., mit Hinweisen auf Lehre und Rechtsprechung).
7.2. Die Vorinstanz erwog, die Beschwerdeführerin habe die tatsächlichen Voraussetzungen einer Mahnung nicht behauptet. Aus diesem Grund sei die Beschwerdegegnerin erst in Verzug gekommen, als ihr am 23. April 2018 die Klage zugestellt wurde. Ab diesem Tag habe sie den gesetzlichen Verzugszins von 5 % zu leisten.
7.3. Die Beschwerdeführerin macht mit präzisen Aktenhinweisen geltend, sie habe im vorinstanzlichen Verfahren behauptet, die Beschwerdegegnerin am 26. April 2016 gemahnt zu haben. Ab diesem Tag sei die Beschwerdegegnerin in Verzug gewesen und habe Verzugszins zu leisten.
7.4. In der Tat behauptete die Beschwerdeführerin in der Klage bei Rz. 32, sie habe mit Schreiben vom 26. April 2016 die Bezahlung der Schlussrechnung über Fr. 1'280'286.-- verlangt. Dieses Schreiben reichte sie als Klagebeilage 6 ins Recht. Darin informierten die Rechtsvertreter der Beschwerdeführerin den Projektleiter der Beschwerdegegnerin, gemäss den beiliegenden Rechnungen sei der Gesamtbetrag von Fr. 1'280'286.-- offen geblieben. Sie baten "um Begleichung der Forderung innert 5 Tagen" und wiesen darauf hin, die Fälligkeit sei spätestens am 18. Januar 2016 eingetreten.
7.5. Der Beschwerdegegnerin kann nicht gefolgt werden, wenn sie einwendet, das Schreiben der Beschwerdeführerin vom 26. April 2016 sei keine Mahnung, sondern bloss das Begleitschreiben zur Schlussrechnung. Denn die Beschwerdeführerin brachte in diesem Schreiben zum Ausdruck, dass sie die Leistung ohne Säumnis binnen 5 Tagen verlangt. Die zu erbringende Leistung bezeichnete die Beschwerdeführerin hinreichend. Die Beschwerdegegnerin konnte ohne weiteres erkennen, was gefordert wird.
7.6. Die Beschwerde ist in diesem Punkt begründet. Die Sache ist an die Vorinstanz zurückzuweisen zur neuen Bestimmung der Verzugszinsen.
8.
Die Beschwerde ist teilweise gutzuheissen, soweit sie die Berechnung des Zinsenlaufs zum Gegenstand hat und das angefochtene Urteil ist insoweit aufzuheben. Im Übrigen ist die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Da die Beschwerdeführerin nur in einem vergleichsweise unbedeutenden Nebenpunkt obsiegt, rechtfertigt es sich, ihr die ganzen Prozesskosten aufzuerlegen und der Beschwerdegegnerin eine ungekürzte Parteientschädigung zuzusprechen (Art. 66 Abs. 1 und Art. 68 Abs. 1 und 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird teilweise gutgeheissen. Das Urteil vom 12. Oktober 2020 wird aufgehoben und die Sache zu neuer Entscheidung über den Zinsenlauf an das Handelsgericht zurückgewiesen. Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen, soweit darauf eingetreten wird.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 9'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3.
Die Beschwerdeführerin hat die Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 10'000.-- zu entschädigen.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Handelsgericht des Kantons Zürich schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 24. März 2021
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Hohl
Der Gerichtsschreiber: Luczak