Faits :
A.
La société X._ SA, dont le siège se trouve dans le canton de Genève, a pour but la fabrication de produits horlogers, ainsi que la taille de diamants et de pierres précieuses. B.Y._ et A.Y._ en sont administrateurs et employés depuis 1983, A.Y._ en étant au surplus l'unique actionnaire. Depuis 2015, la fille du couple Y._ est également administratrice de la société. La manufacture de la société X._ SA se trouve sur un bien-fond appartenant à A.Y._, sur lequel se trouve aussi le domicile familial.
Pour les périodes fiscales 2002 à 2007, la société X._ SA a régulièrement transmis ses déclarations fiscales à l'Administration fiscale cantonale de la République et canton de Genève (ci-après: l'Administration fiscale). Les décisions de taxation y relatives sont entrées en force. Entre juin 2009 et juin 2014, la société a transmis ses déclarations pour les années 2008 à 2013. Après divers échanges de courriers entre la société et l'Administration fiscale relatifs à la répartition des charges entre l'intéressée et ses administrateurs, celle-ci a été informée qu'il serait procédé à un contrôle dans ses locaux les 30 et 31 mai 2012. Un second contrôle est intervenu les 31 octobre et 1 er novembre 2012.
B.
Le 22 novembre 2012, l'Administration fiscale a informé la société X._ SA de l'ouverture d'une procédure de rappel et en soustraction d'impôt pour les années 2002 à 2007 en raison notamment de frais privés comptabilisés comme charges de la société. Après que la contribuable se fut déterminée, l'Administration fiscale, par décisions du 8 avril 2014, a taxé l'intéressée et lui a adressé une amende pour tentative de soustraction d'impôt en relation avec l'année 2008 et a statué sur le rappel et la soustraction d'impôt pour les années 2002 à 2007. La société a formé réclamation le 9 mai 2014.
Le 15 avril 2014, l'Administration fiscale a informé la société X._ SA de l'ouverture d'une procédure pour tentative de soustraction d'impôt pour les périodes fiscales 2009 à 2012. Les 11 et 24 mars 2016, l'Administration fiscale a taxé l'intéressée pour les années 2009 à 2013 et lui a adressé des amendes pour tentative de soustraction d'impôt pour les années 2009 à 2012. La société X._ SA a formé réclamation le 13 avril 2016.
Par décision unique du 15 novembre 2016, l'Administration fiscale a partiellement admis les réclamations de la société X._ SA, annulant notamment les amendes relatives à l'impôt cantonal et communal (ci-après: ICC) 2011 et 2012. Compte tenu des pertes reportées, le bénéfice imposable de la société pour les années 2011 à 2013 était nul, de sorte que, pour ces trois années, celle-ci n'était imposée pour l'ICC que sur son capital propre. Le 16 décembre 2016, la société X._ SA a recouru contre cette décision sur réclamation auprès du Tribunal administratif de première instance de la République et canton de Genève (ci-après: le Tribunal administratif de première instance). Par jugement du 16 octobre 2017, celui-ci a partiellement admis le recours. Il a notamment annulé l'amende pour tentative de soustraction d'impôt de l'année 2008, qui avait été prononcée en violation des dispositions légales applicables, et constaté la prescription de la poursuite pénale pour les années 2002 et 2003. La société X._ SA a contesté ce jugement le 17 novembre 2017 auprès de la Chambre administrative de la Cour de justice de la République et canton de Genève (ci-après: la Cour de justice). L'Administration fiscale en a fait de même le 20 novembre 2017. Elle a retiré l'une de ses conclusions par courrier du 2 août 2018. Par arrêt du 21 août 2018, la Cour de justice a rejeté le recours de l'Administration fiscale et a partiellement admis celui de la société X._ SA en raison de la prescription du droit de procéder au rappel d'impôt pour la période fiscale 2002, intervenue au 31 décembre 2017. Le même jour, la Cour de justice a également statué sur le recours que les époux Y._ avaient déposé contre un jugement du Tribunal administratif de première instance du 16 octobre 2017 relatif aux rappels d'impôt, taxations et infractions pour soustraction et tentative de soustraction d'impôt des périodes fiscales 2002 à 2012.
C.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public, la société X._ SA demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, outre la jonction de sa cause avec celle des époux Y._, d'annuler l'arrêt de la Cour de justice du 21 août 2018 et la décision de l'Administration fiscale du 15 novembre 2016; subsidiairement de modifier les bordereaux d'impôt, afin que les charges mixtes relatives à l'extérieur de l'immeuble soient admises en déduction de son bénéfice à hauteur de 90,3%, subsidiairement à 78,1%; plus subsidiairement de réduire la quotité des amendes d'un tiers pour les années 2004 à 2007 et de deux tiers pour les années 2009 et 2010; encore plus subsidiairement de renvoyer la cause au Tribunal administratif de première instance ou à la Cour de justice pour nouvelle décision et instruction complémentaire.
La Cour de justice persiste dans les considérants et le dispositif de son arrêt. L'Administration fiscale et l'Administration fédérale des contributions concluent toutes deux au rejet du recours. Dans des observations finales, la société X._ SA a confirmé ses conclusions.

Considérant en droit :
1.
1.1. L'arrêt attaqué constitue une décision finale (<ref-law>) rendue dans une cause de droit public par une autorité judiciaire supérieure de dernière instance cantonale (art. 82 let. a et 86 al. 1 let. d et al. 2 LTF) qui ne tombe sous le coup d'aucune des exceptions prévues à l'<ref-law>. Bien qu'il ne distingue pas, dans son dispositif, l'IFD de l'ICC, il ressort des motifs de l'arrêt entrepris que le rejet du recours qu'il prononce concerne à la fois les deux catégories d'impôt et, pour ce qui concerne l'ICC, du droit harmonisé (cf. art. 53 de la loi du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs, des cantons et des communes [LHID; RS 642.14]). La voie du recours en matière de droit public est donc en principe ouverte en vertu des <ref-law>, 146 LIFD (RS 642.11) et 73 al. 1 LHID.
1.2. Le dépôt d'un seul acte de recours est autorisé dans la mesure où, comme en l'espèce, la recourante s'en prend clairement aux deux catégories d'impôts (cf. <ref-ruling> consid. 1.3.2 p. 264). L'arrêt attaqué ayant omis de distinguer, dans son dispositif, les deux catégories d'impôt, on ne peut reprocher à la recourante de ne pas avoir formulé de conclusions séparées (cf. <ref-ruling> consid. 1.3.3 p. 264).
1.3. Dans la mesure où la recourante demande l'annulation de la décision de l'Administration fiscale du 15 novembre 2016, sa conclusion est irrecevable en raison de l'effet dévolutif complet du recours auprès de la Cour de justice (<ref-ruling> consid. 1.2 p. 543). Au surplus, dans sa conclusion principale, la recourante demande également l'annulation de l'arrêt attaqué. On peut comprendre à la lecture des motifs que, à titre principal, la recourante ne veut payer aucun montant à titre de rappel d'impôt, ni être amendée en raison d'une soustraction fiscale. Il ressort en outre de ses autres conclusions, qu'elle désire subsidiairement une réduction du montant d'impôt et du rappel d'impôt, respectivement des amendes qui ont été prononcées à son encontre.
1.4. Au surplus, le recours a été interjeté en temps utile (cf. <ref-law>), par la destinataire de l'arrêt attaqué, qui a qualité pour recourir (<ref-law>). Il convient donc d'entrer en matière.
2.
Dans un premier grief, la recourante se plaint d'une violation de l'art. 29 al. 1 Cst. en ce que la Cour de justice a refusé de joindre sa cause avec celle, également pendante devant elle, de ses administrateurs. Elle requiert en outre du Tribunal fédéral qu'il procède lui-même à la jonction de la présente procédure avec la procédure 2C_874/2018 relative aux époux Y._.
2.1. La décision de joindre ou non des causes en droit administratif procède de l'exercice du pouvoir d'appréciation du juge, qui est large en la matière. Elle peut être ordonnée à tout stade de la procédure. Le Tribunal fédéral ne revoit en conséquence une décision dans ce domaine qu'en cas d'abus du pouvoir d'appréciation (arrêt 2C_850/2014 du 10 juin 2016 consid. 11.1 et les références, non publié in <ref-ruling>). En outre, cette décision, lorsqu'elle est prise, comme en l'espèce, par une autorité de dernière instance cantonale, est fondée sur du droit de procédure cantonal. Or, sauf dans les cas cités expressément à l'<ref-law>, le recours devant le Tribunal fédéral ne peut pas être formé pour violation du droit cantonal en tant que tel. En revanche, il est possible de faire valoir que la mauvaise application du droit cantonal ou communal constitue une violation du droit fédéral, en particulier qu'elle est arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. ou contraire à d'autres droits constitutionnels. Le Tribunal fédéral n'examine toutefois le moyen tiré de la violation d'une norme de rang constitutionnel que si le grief a été invoqué et motivé de manière précise (<ref-law>).
2.2. En l'occurrence, la Cour de justice a expliqué qu'elle refusait de joindre la cause de la recourante avec celle de ses administrateurs car, bien que ces causes portent sur le même complexe de faits, la jonction de procédures ne se justifiait pas en présence de contribuables distincts, soumis à des dispositions légales différentes.
Pour sa part, la recourante est d'avis que, dans la mesure où les causes portent sur le même complexe de faits et que les parties sont représentées par le même avocat, il convient de joindre les causes, les arguments de l'autorité précédente ne s'opposant pas à une telle jonction. Elle rappelle en outre que A.Y._ est son unique actionnaire et que durant les périodes fiscales sous revue, les époux Y._ en étaient les uniques administrateurs. Elle invoque ainsi un formalisme excessif.
2.3. En l'occurrence, la décision de refuser la jonction de cause a été prise par la Cour de justice dans l'arrêt au fond, avec comme motivation principale le fait qu'il n'était pas justifié de joindre deux causes en matière fiscale lorsque les contribuables n'étaient pas les mêmes. Une telle approche ne procède d'aucun abus ou excès du pouvoir d'appréciation. Au contraire, même si la recourante n'avait effectivement qu'un seul actionnaire, respectivement deux administrateurs durant les années en cause, il n'est pas exclu que cette situation change et qu'un tiers se trouve impliqué dans l'organisation de la société et ait accès aux données fiscales des époux Y._. A ce propos, on peut s'étonner de l'argumentation de la recourante qui mentionne le fait qu'elle est représentée par le même mandataire que ses administrateurs. Cet argument n'est aucunement pertinent, dans la mesure où l'avocat est soumis au secret professionnel. Finalement, l'autorité précédente a également raison lorsqu'elle explique que les dispositions légales applicables à la contribuable, qui est une personne morale, ne sont pas les mêmes que celles qui s'appliquent aux époux, qui sont des personnes physiques. Dans ces conditions, on ne peut qu'écarter le grief de formalisme excessif de la recourante et refuser de joindre sa cause avec celle des époux Y._.
3.
3.1. L'objet de la contestation porté devant le Tribunal fédéral est déterminé par l'arrêt attaqué. L'objet du litige, délimité par les conclusions des parties (<ref-law>), ne saurait s'étendre au-delà de l'objet de la contestation. Par conséquent, devant le Tribunal fédéral, le litige peut être réduit, mais ne saurait être ni élargi, ni transformé par rapport à ce qu'il était devant l'autorité précédente, qui l'a fixé dans le dispositif de l'arrêt entrepris (et qui est devenu l'objet de la contestation devant le Tribunal fédéral; <ref-ruling> consid. 4.4.2 p. 156 et les références).
3.2. En l'occurrence, la Cour de justice, après avoir constaté la péremption du droit de taxer pour l'année 2002, aussi bien en matière d'IFD que d'ICC, a confirmé le jugement du Tribunal administratif de première instance en tant que celui-ci, en raison d'un bénéfice nul, excluait toute imposition des années 2011, 2012 et 2013 en matière d'IFD et d'ICC sur le bénéfice. En outre, l'autorité précédente a également confirmé la prescription des amendes relatives aux années 2002 et 2003, ainsi que l'annulation de l'amende pour l'année 2008, 2011 et 2012 en raison du fait que l'Administration fiscale n'avait pas respecté les dispositions légales applicables, respectivement en raison de l'absence de bénéfice pour les années 2011 et 2012.
3.3. La Cour de justice a pour le surplus été amenée à statuer sur divers éléments, déterminés par les conclusions des deux parties recourantes devant elle. Après avoir traité des griefs formels de la contribuable recourante (jonction de causes, violation du droit d'être entendue), elle a rejeté la conclusion restante de l'Administration fiscale (celle-ci ayant retiré une seconde conclusion le 2 août 2018), qui ne fait dès lors plus l'objet du présent litige. L'autorité précédente a ensuite examiné les griefs de la recourante, notamment la contestation des reprises en lien avec la répartition des charges mixtes relatives au jardin, à la cour et au parking de l'immeuble appartenant à l'administrateur et actionnaire de la société (surfaces extérieures). A ce propos, la Cour de justice a constaté que l'Administration fiscale, qui s'est rendue à deux reprises sur les lieux, avait dûment expliqué quels éléments elle avait pris en compte dans le calcul des surfaces commerciales et privées s'agissant de la répartition des charges mixtes extérieures. Elle a relevé que la recourante n'avait pas apporté d'éléments probants supplémentaires permettant de conclure au caractère manifestement erroné des surfaces prises en compte par l'Administration fiscale. Considérant que la recourante ne faisait que présenter ses propres calculs et sa propre vision des faits, sans apporter d'éléments nouveaux, l'autorité précédente a conclu en retenant que l'Administration fiscale n'avait pas excédé ou abusé de son pouvoir d'appréciation. Elle a ensuite jugé que la recourante remplissait les éléments constitutifs des infractions de soustraction d'impôt et de tentative de soustraction d'impôt et qu'il ne se justifiait pas de réduire la quotité de l'amende. Elle a finalement considéré que rien ne s'opposait à ce qu'il soit statué sur l'infraction de tentative de soustraction d'impôt en parallèle de la procédure de taxation.
3.4. Dans son recours au Tribunal fédéral, présentant son propre calcul, la contribuable demande en substance que la répartition des charges mixtes relatives à l'extérieur de l'immeuble soit de 90,3% commerciale et 9,7% privée, subsidiairement, à toute le moins, de respectivement 78,1% et 21,9%. Elle conteste en outre l'existence de l'élément subjectif de l'infraction de soustraction d'impôt et demande à défaut une réduction de la quotité de l'amende. Elle est encore d'avis que les amendes pour tentatives de soustraction d'impôt ne sauraient être prononcées avant que les décisions de taxation soient entrées en force.
3.5. Demeure par conséquent litigieux les rappels d'impôt pour les années 2003 à 2007 en matière d'IFD et d'ICC, la taxation du bénéfice (IFD et ICC) 2008 à 2010 et du capital (ICC) 2008 à 2013, ainsi que les amendes (IFD et ICC) prononcées pour soustraction d'impôt des années 2004 à 2007 et pour tentative de soustraction d'impôt des années 2009 et 2010. S'agissant de ces périodes fiscales, compte tenu des griefs de la recourante, il convient par conséquent d'examiner si la répartition des charges mixtes de 52,58% de part commerciale et 47,42% de part privée retenue par la Cour de justice doit être confirmée et si la recourante a agi intentionnellement, le cas échéant s'il convient de réduire la quotité de son amende et s'il est possible de prononcer une amende pour tentative de soustraction d'impôt.
En outre, la Cour de justice a d'ores et déjà constaté la péremption du droit de procéder au rappel d'impôt en matière d'IFD et d'ICC pour l'année 2002. Elle a également confirmé le jugement du Tribunal administratif de première instance en tant que celui-ci a constaté la prescription de l'action pénale pour les années 2002 et 2003. Ces éléments, hors de l'objet de la contestation, ne sauraient par conséquent faire l'objet du présent litige, raison pour laquelle il n'y a pas à les examiner.
4.
En l'absence d'une réglementation expresse contraire, le droit applicable à la taxation est celui en vigueur pendant la période fiscale en cause. Le rappel d'impôt relevant du droit matériel, le droit applicable obéit aux mêmes règles (arrêt 2C_760/2017 du 15 juin 2018 consid. 3 et les références).
En matière d'IFD, la LIFD, entrée en vigueur le 1 er janvier 1995, est ainsi applicable aux périodes litigieuses. L'ICC est régi par la loi genevoise du 23 septembre 1994 sur l'imposition des personnes morales (LIPM/GE; RSGE D 3 15), par la loi genevoise de procédure fiscale du 4 octobre 2001 (LPFisc/GE; RSGE D 3 17), ainsi que par la LHID, entrée en vigueur le 1 er janvier 1993, avec un délai pour les cantons au 31 décembre 2000 pour adapter leur législation (<ref-law>).
5.
La prescription ou la péremption sont des questions de droit matériel que le Tribunal fédéral examine d'office lorsqu'elles jouent en faveur du contribuable (cf. <ref-ruling> consid. 3.2 p. 171) tant pour l'IFD que l'ICC, lorsque celles-ci se fondent sur le droit fédéral (cf. <ref-ruling> consid. 3.4 p. 172; arrêts 2C_333/2017 du 12 avril 2018 consid. 8; 2C_12/2017 du 23 mars 2018 consid. 4.3, non publié in <ref-ruling>).
5.1. L'<ref-law> prévoit que le droit d'introduire une procédure de rappel d'impôt s'éteint dix ans après la fin de la période fiscale pour laquelle la taxation n'a pas été effectuée, alors qu'elle aurait dû l'être, ou pour laquelle la taxation entrée en force était incomplète. Le droit de procéder au rappel d'impôt s'éteint quinze ans après la fin de la période fiscale à laquelle il se rapporte (<ref-law>; cf. <ref-ruling> consid. 6.1 p. 73). Les art. 61 al. 1 et 3 LPFisc/GE et 53 al. 2 et 3 LHID posent les mêmes principes. La problématique peut donc être examinée conjointement pour l'IFD et l'ICC.
En l'occurrence, il ressort des faits de l'arrêt entrepris qu'un avis d'ouverture de la procédure de rappel d'impôt a été notifié à la recourante en novembre 2012 pour l'IFD et l'ICC 2002 à 2007. Le délai de péremption de dix ans des <ref-law>, 61 al. 1 LPFisc/GE et 53 al. 2 LHID a ainsi été respecté. En revanche, s'agissant du délai de péremption relatif au droit de procéder au rappel d'impôt pour l'année fiscale 2003 (<ref-law>, 61 al. 3 LPFisc/GE et 53 al. 3 LHID), celui-ci est survenu à la fin de la période fiscale 2018, si bien qu'à l'instar de l'année fiscale 2002, le droit de procéder au rappel d'impôt pour l'année 2003 est également périmé. Pour le droit de procéder au rappel d'impôt des années 2004 à 2007, celui-ci n'est ni prescrit, ni périmé.
5.2. S'agissant du droit de taxer les années fiscales 2008 à 2013 (ces années n'ayant pas fait l'objet d'un rappel d'impôt), l'art. 120 al. 1 phr. 1 LIFD, respectivement les art. 22 al. 1 phr. 1 LPFisc/GE et 47 al. 1 LHID, disposent que le droit de procéder à la taxation se prescrit par cinq ans à compter de la fin de la période fiscale. Aux termes de l'<ref-law>, respectivement 22 al. 2 let. a LPFisc/GE, la prescription ne court pas ou est suspendue pendant les procédures de réclamation, de recours ou de révision. En outre, selon les art. 120 al. 3 let. a et d LIFD et 22 al. 3 let. a et d LPFisc/GE, un nouveau délai de prescription commence à courir (a) lorsque l'autorité prend une mesure tendant à fixer ou faire valoir la créance d'impôt et en informe le contribuable ou une personne solidairement responsable avec lui du paiement de l'impôt, ainsi que (d) lorsqu'une poursuite pénale est introduite ensuite de soustraction d'impôt consommée ou de délit fiscal.
En l'occurrence, s'agissant de l'année 2008, l'Administration fiscale, dès l'année 2009, a régulièrement sollicité la recourante pour que celle-ci lui remette des documents ou se soumette à des actes d'instruction. Elle a notamment requis des informations sur diverses dépenses les 9 septembre 2009 et 15 septembre 2010. Elle a informé la recourante d'un contrôle de ses locaux en relation avec cette période fiscale en avril 2012. Un nouveau contrôle est ensuite intervenu fin octobre 2012. Le 8 avril 2014, l'Administration fiscale a taxé la recourante pour l'année 2008, celle-ci ayant formé réclamation le 9 mai 2014. Compte tenu de ce déroulement des faits et en application des art. 120 al. 2 let. a et al. 3 let. a LIFD, ainsi que 22 al. 2 let. a et al. 3 let. a LPFisc/GE, le délai de prescription a recommencé à courir, respectivement cessé de courir.
Pour les années 2009 à 2012 (s'agissant des années 2011 et 2012 uniquement imposition du capital propre en matière d'ICC), l'Administration fiscale a informé la recourante de l'ouverture d'une procédure pénale pour tentative de soustraction d'impôt le 15 avril 2014. On peut se demander si les art. 120 al. 3 let. d LIFD et 22 al. 3 let. d LPFisc/GE s'appliquent également à la tentative de soustraction de l'<ref-law> (art. 70 LPFisc/GE), bien qu'ils fassent expressément référence à la soustraction d'impôt consommée prévue à l'<ref-law> (art. 69 LPFisc/GE). Si un auteur le préconise (cf. PETER LOCHER, Kommentar zum Bundesgesetz über die direkte Bundessteuer, III. Teil, 2015, n. 38 ad <ref-law>), cette question peut être laissée ouverte puisque, comme le relèvent d'autres auteurs (cf. MASMEJEAN-FEY/VIANIN, in Commentaire romand, Impôt fédéral direct, Noël/Aubry Girardin [éd.], 2 e éd. 2017, n. 19 ad <ref-law>), l'information de l'ouverture d'une procédure pour tentative de soustraction d'impôt constitue une mesure par laquelle l'autorité fiscale signale au contribuable sa volonté de procéder par la suite à sa taxation et relève ainsi de toute façon d'un cas d'application de l'<ref-law>, respectivement de l'art. 22 al. 3 let. a LPFisc/GE (cf. <ref-ruling> consid. 3.3 p. 68 et les références).
Ainsi, en informant la recourante de l'ouverture d'une procédure pour tentative de soustraction d'impôt pour les années 2009 à 2012 le 15 avril 2014, l'Administration fiscale a fait courir un nouveau délai de prescription, raison pour laquelle aucune de ces années fiscales n'est prescrite à ce jour. S'agissant finalement de la période fiscale 2013 (uniquement imposition du capital propre en matière d'ICC), l'Administration fiscale a taxé la recourante en mars 2016. Celle-ci ayant élevé réclamation le 13 avril 2016, cela exclut toute prescription.
5.3. Avant le 1 er janvier 2017, la poursuite pénale de la soustraction consommée se prescrivait dans tous les cas par quinze ans à compter de la fin de la période fiscale pour laquelle la taxation n'avait pas été effectuée ou l'avait été de façon incomplète, ce délai ne pouvant être prolongé (ancien <ref-law> [RO 1991 1184] cum <ref-law>, en relation avec l'<ref-ruling>). Pour sa part, la poursuite de la tentative de soustraction se prescrivait par six ans à compter de la clôture définitive de la procédure au cours de laquelle la tentative de soustraction avait été commise (ancien <ref-law>). Depuis le 1 er janvier 2017, la poursuite pénale se prescrit, en cas de soustraction d'impôt consommée, au plus tôt, par dix ans à compter de la fin de la période fiscale pour laquelle la taxation n'a pas été effectuée ou l'a été de façon incomplète (art. 184 al. 1 let. b ch. 1 LIFD). S'agissant de la tentative de soustraction, la poursuite pénale se prescrit toujours par six ans à compter de la clôture définitive de la procédure au cours de laquelle la tentative de soustraction a été commise (<ref-law>). Selon l'<ref-law> actuellement en vigueur, la prescription ne court plus si une décision a été rendue par l'autorité cantonale compétente (<ref-law>) avant l'échéance du délai de prescription. L'art. 58 al. 1, al. 2 let. a et al. 3 LHID, en vigueur depuis le 1 er janvier 2017, a un contenu identique à celui de l'<ref-law>; il est directement applicable si les cantons n'ont pas adapté leur législation au 1 er janvier 2017 (<ref-law>; cf. art. 77 LPFisc/GE dont l'al. 2 diffère de l'<ref-law>). En vertu des <ref-law> et 78f LHID, le nouveau droit est applicable au jugement des infractions commises au cours des périodes fiscales précédant le 1 er janvier 2017 s'il est plus favorable que le droit en vigueur au cours de ces périodes fiscales (cf. arrêts 2C_333/2017 du 12 avril 2018 consid. 8.2; 2C_12/2017 du 23 mars 2018 consid. 4.3, non publié in <ref-ruling>).
En l'occurrence, en application du nouveau droit, la poursuite pénale de la soustraction d'impôt consommée reprochée à la recourante au cours des périodes fiscales 2004 à 2007 ne s'est pas prescrite, dès lors que l'Administration fiscale a rendu une décision le 8 avril 2014 pour ces années, soit avant le délai de dix ans après la fin des périodes fiscales en cause. En application de l'ancien droit, la poursuite pénale des périodes fiscales 2004 à 2007 ne s'est pas non plus prescrite, dès lors que le 22 novembre 2012, l'Administration fiscale a informé la contribuable de l'ouverture de la procédure.
S'agissant de la poursuite pénale pour l'infraction de tentative de soustraction d'impôt reprochée à la recourante pour les périodes fiscales 2009 et 2010, le délai de prescription n'a pas encore commencé à courir, dès lors qu'en cas de litige, cela ne sera le cas qu'à partir du moment où le Tribunal fédéral aura statué sur ladite procédure (arrêt 2C_724/2010 du 27 juillet 2011 consid. 6.4 et les références).
6.
Se prévalant d'arbitraire et de la maxime inquisitoire et citant en particulier les art. 29 al. 2 Cst., ainsi que 112 al. 1 let. b LTF, la recourante conteste en premier lieu l'établissement des faits effectué par la Cour de justice.
6.1. Le Tribunal fédéral statue en principe sur la base des faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>), sous réserve des cas prévus à l'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 4.4.3 p. 156). Le recourant ne peut critiquer les constatations de fait ressortant de la décision attaquée que si celles-ci ont été effectuées en violation du droit au sens de l'<ref-law> ou de manière manifestement inexacte, c'est-à-dire arbitraire, et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 6 p. 358). Conformément à l'<ref-law>, le recourant doit expliquer de manière circonstanciée en quoi ces conditions seraient réalisées. Les faits invoqués de manière appellatoire sont irrecevables (<ref-ruling> consid. 6.3 p. 375). Par ailleurs, aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut en principe être présenté devant le Tribunal fédéral (<ref-law>).
Le droit d'être entendu garanti par l'art. 29 al. 2 Cst. comprend notamment le droit pour l'intéressé de s'exprimer sur les éléments pertinents avant qu'une décision ne soit prise touchant sa situation juridique, d'avoir accès au dossier, de produire des preuves pertinentes, d'obtenir qu'il soit donné suite à ses offres de preuves pertinentes, de participer à l'administration des preuves essentielles ou à tout le moins de s'exprimer sur son résultat, lorsque cela est de nature à influer sur la décision à rendre (<ref-ruling> consid. 4.1.1 p. 52 s.; <ref-ruling> consid. 6.3.1 p. 299 et les références). L'autorité peut cependant renoncer à procéder à des mesures d'instruction lorsque les preuves administrées lui ont permis de former sa conviction et que, procédant d'une manière non arbitraire à une appréciation anticipée des preuves qui lui sont encore proposées, elle a la certitude que ces dernières ne pourraient l'amener à modifier son opinion (ATF <ref-ruling> consid. 6.3.1 p. 299 et les références).
6.2. En l'occurrence, la recourante estime que l'autorité précédente n'a pas suffisamment établi les faits en relation avec la question de la répartition des charges mixtes. Selon elle, il n'est en particulier pas possible de comprendre le calcul effectué par l'Administration fiscale et confirmé par la Cour de justice, celle-ci ne reprenant en particulier jamais les divers éléments de ce calcul. Par ailleurs, elle est également d'avis que, même si l'Administration fiscale a procédé à plusieurs visites de l'immeuble, la Cour de justice ne pouvait pas renoncer à effectuer un transport sur place, respectivement expliquer que des plans se trouvaient au dossier et ne rien décrire dans l'arrêt quant aux composantes du calcul de répartition des charges mixtes. La recourante se plaint finalement du fait que l'autorité précédente n'a pas établi ce qu'étaient sa conscience et sa volonté dans le cadre de l'infraction de soustraction d'impôt.
6.3. La Cour de justice a repris la répartition des charges effectuée par l'Administration fiscale. Elle a ainsi confirmé la quote-part de 47,42%/52,58%, déterminée sur la base des mètres carrés affectés à l'activité commerciale des deux parcelles constituant l'immeuble en cause. Elle a retranscrit le tableau suivant:
Part privée m2 % Part commerciale m2 % Parcelle n° 270 8'059 Manufacture 3'059 Parcelle n° 271 (cour) 700 Part commerciale sur parcelle n° 271 (cour) 400 Annexe Versoix 476 Total 8759 Total 3'935 - Manufacture (part commerciale) 3'059 - Surface sol bâtiment commercial parcelle n° 270 367 - Bois (exclu du calcul) 2'200 - Surface sol bâtiment commercial Versoix 266 - Part commerciale sur parcelle n° 271 (cour) 400 - Surface sol maison privée 122 Total surface privée 2' 978 47. 42 3'302 52.58
S'agissant de ces chiffres, la Cour de justice a considéré que l'Administration fiscale avait expliqué les éléments qu'elle avait pris en compte, ainsi que les surfaces retenues dans ses calculs. Celle-ci s'est en outre rendue à deux reprises sur place et s'est fondée sur le registre foncier et sur les plans transmis par la recourante. Sur le vu de ces éléments et procédant à une appréciation anticipée du moyen de preuve demandé, l'autorité précédente a estimé qu'un transport sur place n'était pas nécessaire. Quant à l'élément subjectif de l'infraction de soustraction d'impôt, la Cour de justice a jugé que la recourante " ne pouvait ignorer la nécessité d'opérer une séparation entre ce qui relevait des aspects commerciaux et privés, ce d'autant qu'elle a affirmé durant la procédure qu'elle savait très bien séparer les frais privés des siens et qu'elle n'avait de loin pas pris en charge l'intégralité de ceux de la famille ". L'autorité précédente en a déduit que, dans ces circonstances, " l'on ne voit pas pour quel autre motif que pour obtenir une taxation moins élevée elle pouvait considérer que la prise en charge de nombreux frais privés de la famille pouvait avoir un caractère commercial ".
6.4. En l'occurrence, la Cour de justice a repris les éléments de fait déterminés par l'Administration fiscale relatifs aux surfaces disponibles pour la recourante et celles disponibles, à titre privé, pour ses actionnaires/administrateurs. Elle a expliqué que ces éléments avaient été déterminés sur la base de la vision locale effectuée par l'autorité de première instance, ainsi que sur les plans à disposition et les extraits du registre foncier. On ne voit par conséquent pas en quoi retenir une répartition de 47,42% de part privée et 52,58% de part commerciale dans l'utilisation de l'immeuble en cause serait arbitraire. Les explications de la recourante à ce propos ne permettent pas d'arriver à une autre conclusion. Celle-ci, en se fondant notamment sur des faits qui n'ont pas été retenus par l'autorité précédente, se contente bien plus de présenter ses propres calculs et d'affirmer péremptoirement que ceux effectués par l'Administration fiscale et repris par la Cour de justice ne sont pas pertinents. Elle méconnaît en outre les développements pourtant clairs effectués par les autorités cantonales, qui ont exclu le bois du calcul, lorsqu'elle explique que personne ne se rend jamais dans ce bois. Ainsi, et pour autant que ses explications remplissent les conditions de l'<ref-law>, ce qui est douteux, la répartition des charges mixtes effectuée par l'autorité précédente n'est nullement arbitraire. En outre, dans la mesure où la Cour de justice a procédé à une appréciation anticipée des preuves, il ne saurait être question de violation du droit d'être entendu (cf. arrêt 2C_492/2017 du 20 octobre 2017 consid. 5.3). Finalement, et pour autant qu'il s'agisse d'une question d'établissement des faits, sur le vu des motifs de l'autorité précédente reproduits ci-dessus, on ne voit pas non plus en quoi celle-ci aurait établi l'élément subjectif de l'infraction de soustraction d'impôt sans qu'il soit possible de comprendre la conscience et la volonté de la recourante.
6.5. Entièrement mal fondé, les griefs d'établissement inexact des faits et de violation du droit d'être entendu doivent être écartés. Le Tribunal fédéral vérifiera ainsi la correcte application du droit sur la seule base des faits retenus par l'autorité précédente.
I. Impôt fédéral direct (rappel d'impôt et taxation)
7.
7.1. Aux termes de l'<ref-law>, lorsque des moyens de preuve ou des faits jusque-là inconnus de l'autorité fiscale lui permettent d'établir qu'une taxation n'a pas été effectuée, alors qu'elle aurait dû l'être, ou qu'une taxation entrée en force est incomplète ou qu'une taxation non effectuée ou incomplète est due à un crime ou à un délit commis contre l'autorité fiscale, cette dernière procède au rappel de l'impôt qui n'a pas été perçu, y compris les intérêts. Le rappel d'impôt est soumis à des conditions objectives. Il faut d'abord qu'une taxation n'ait, à tort, pas été établie ou soit restée incomplète, de sorte que la collectivité publique a subi une perte fiscale. Le rappel d'impôt suppose ensuite l'existence d'un motif de rappel. A cet égard, l'<ref-law> envisage en premier lieu la découverte de moyens de preuve ou de faits jusque là inconnus de l'autorité fiscale. Il y a ainsi motif à rappel d'impôt lorsque l'autorité découvre des faits ou des moyens de preuve qui ne ressortaient pas du dossier dont disposait l'autorité fiscale au moment de la taxation. Le rappel d'impôt ne peut porter que sur les points pour lesquels l'autorité fiscale dispose de nouveaux éléments (arrêt 2C_760/2017 du 15 juin 2018 consid. 6.1 et les références).
7.2. Aux termes de l'<ref-law>, l'impôt sur le bénéfice a pour objet le bénéfice net. Selon l'<ref-law>, le bénéfice net imposable comprend notamment le solde du compte de résultats (let. a), ainsi que tous les prélèvements opérés sur le résultat commercial avant le calcul du solde du compte de résultats, qui ne servent pas à couvrir des dépenses justifiées par l'usage commercial (let. b). Au nombre de ces prélèvements figurent les distributions dissimulées de bénéfice (let. b 5 e tiret).
Selon la jurisprudence, il y a distribution dissimulée de bénéfice lorsque quatre conditions cumulatives sont remplies: 1) la société fait une prestation sans obtenir de contre-prestation correspondante; 2) cette prestation est accordée à un actionnaire ou à une personne le ou la touchant de près; 3) elle n'aurait pas été accordée dans de telles conditions à un tiers; 4) la disproportion entre la prestation et la contre-prestation est manifeste, de telle sorte que les organes de la société auraient pu se rendre compte de l'avantage qu'ils accordaient (<ref-ruling> consid. 4.1 p. 92 et les références).
La question de savoir s'il existe une disproportion entre la prestation fournie par la société et la contre-prestation qu'elle en retire se détermine au moyen d'une comparaison avec ce qui aurait été convenu entre personnes indépendantes (" Drittvergleich ") : il s'agit d'examiner si la prestation aurait été accordée, dans la même mesure, à un tiers étranger à la société, soit de vérifier si le principe de pleine concurrence (" Dealing at arm's length ") a été respecté (<ref-ruling> consid. 4.1 p. 92 s. et les références).
7.3. En l'occurrence, il ressort de l'arrêt entrepris qu'entre 2004 et 2010 (années pertinentes en l'espèce s'agissant de l'IFD), la recourante a porté en déduction de ses bénéfices l'entier des frais liés à l'entretien des extérieurs de la propriété de son actionnaire. A juste titre, la recourante ne conteste pas qu'il s'agisse-là d'une prestation fournie sans contre-prestation et qu'elle n'aurait à aucun moment effectué une prestation semblable en faveur d'un tiers. La recourante conteste uniquement la part des charges liées aux extérieurs de l'immeuble dont la Cour de justice a confirmé la déductibilité, c'est-à-dire 52,58% pour toutes les années en cause. Elle mentionne cependant elle-même qu'il s'agit d'une question d'appréciation et pas directement d'une question de droit. Or, une telle question est uniquement examinée sous l'angle de l'arbitraire par le Tribunal fédéral. La recourante, en se fondant en grande partie sur des faits qui ne ressortent pas de l'arrêt contesté, se contente à ce propos de présenter ses propres vision et appréciation des faits et de proposer un autre calcul de la répartition des charges que celui retenu par l'autorité précédente (cf. consid. 6.4 ci-dessus). Il y a ainsi lieu de confirmer que seuls 52,58% des charges d'entretien des extérieurs de l'immeuble appartenant à l'actionnaire de la recourante pouvaient être supportés par celle-ci entre 2004 et 2010 et que ce ne sont que les montants effectivement acquittés, correspondant à ce pourcentage, qui pouvaient être déduits du bénéfice de la recourante, le surplus constituant des charges n'étant pas justifiées par l'usage commercial. Le grief de violation des art. 57 et 58 LIFD doit ainsi être écarté.
II. Impôt fédéral direct (soustraction)
8.
Dans ses griefs relatifs à l'infraction de soustraction d'impôt consommée, la recourante conteste en premier lieu avoir agi de manière fautive. S'il fallait tout de même retenir sa culpabilité, elle requiert une diminution de la quotité de son amende. En relation avec l'infraction de tentative de soustraction d'impôt, la recourante conteste la possibilité de prononcer une peine, faute de procédure de taxation entrée en force.
8.1. Selon l'<ref-law>, est notamment puni d'une amende le contribuable qui, intentionnellement ou par négligence, fait en sorte qu'une taxation ne soit pas effectuée alors qu'elle devrait l'être, ou qu'une taxation entrée en force soit incomplète (al. 1); en règle générale, l'amende est fixée au montant de l'impôt soustrait; si la faute est légère, l'amende peut être réduite jusqu'au tiers de ce montant; si la faute est grave, elle peut au plus être triplée (al. 2). Pour qu'il y ait soustraction au sens de cette disposition, il faut donc qu'il y ait soustraction d'un montant d'impôt en violation d'une obligation légale incombant au contribuable et une faute de ce dernier.
8.1.1. En l'espèce, les déclarations fiscales des années 2004 à 2007 de la recourante étaient incomplètes au sens de l'<ref-law>, puisqu'elles présentaient des déductions trop importantes et, partant des bénéfices imposables insuffisants. En 2012, l'Administration fiscale s'est aperçue de l'existence de ces déductions après que les taxations des années 2004 à 2007 furent toutes entrées en force. Par conséquent, les éléments objectifs de la soustraction réprimée à l'<ref-law> sont réunis, la base d'imposition ayant été indûment réduite et l'impôt acquitté étant de ce fait insuffisant, ce qui n'est au demeurant pas contesté.
8.1.2. L'infraction de l'<ref-law> comprend un élément subjectif: elle doit avoir été commise intentionnellement ou par négligence. En tant qu'elle suppose des qualités psychiques dont sont dépourvues les personnes morales, la faute au sens de cette disposition ne peut être qu'un attribut de la personne physique, en l'espèce d'un organe de la personne morale, dont le comportement doit être imputé à celle-ci (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 4.2 p. 90 s.). Comme susmentionné, la recourante maintient ne pas avoir agi fautivement en déduisant de son bénéfice imposable des charges qui n'étaient pas justifiées par l'usage commercial. Elle estime à ce propos que ses organes ont rempli ses déclarations d'impôt seuls et que ceux-ci ignoraient la nécessité de séparer les charges privées des charges de la société. Pour eux, toutes les charges d'entretien de l'immeuble devaient être supportées par la société.
8.1.3. Les notions d'intention et de négligence de l'<ref-law> sont identiques à celles de l'art. 12 al. 2 et 3 CP (dans sa version applicable depuis le 1 er janvier 2008). Ainsi, agit intentionnellement quiconque commet un crime ou un délit avec conscience et volonté. L'auteur agit déjà intentionnellement lorsqu'il tient pour possible la réalisation de l'infraction et l'accepte au cas où celle-ci se produirait (<ref-law>). En outre, commet un crime ou un délit par négligence quiconque, par une imprévoyance coupable, agit sans se rendre compte ou sans tenir compte des conséquences de son acte. L'imprévoyance est coupable quand l'auteur n'a pas usé des précautions commandées par les circonstances et par sa situation personnelle (<ref-law>), par quoi l'on entend sa formation, ses capacités intellectuelles et son expérience professionnelle. Si le contribuable a des doutes sur ses droits ou obligations, il doit faire en sorte de lever ce doute ou, au moins, en informer l'autorité fiscale (<ref-ruling> consid. 4.3 p. 91 et les références). Etablir la conscience et la volonté relève de la constatation des faits qui lie le Tribunal fédéral (cf. <ref-law>). En revanche, vérifier si l'autorité s'est fondée sur la notion exacte d'intention (ou de négligence) est une question de droit que le Tribunal fédéral revoit librement (arrêt 2C_129/2018 du 24 septembre 2018 consid. 9.1 et les références).
8.1.4. En l'espèce, il ressort des faits de l'arrêt entrepris que les organes de la recourante ont affirmé durant la procédure qu'ils savaient très bien séparer les frais commerciaux de leurs propres frais et que la société n'avait de loin pas pris en charge l'intégralité de ceux de la famille. Il ressort également de l'arrêt précité le fait que, lors d'un contrôle TVA de la recourante intervenu en 2005, les organes de celle-ci ont été rendus attentifs au sujet de la nécessité de procéder à une séparation entre les frais privés et les frais commerciaux. Sur la base de ces éléments, on ne saurait faire grief à la Cour de justice d'avoir retenu que la recourante avait agi intentionnellement ou, à tout le moins, par dol éventuel. Le fait d'avoir été avertie de l'obligation de procéder à la séparation des biens privés et commerciaux et le fait que ses organes aient eux mêmes affirmé savoir procéder à une telle séparation suffit à reconnaître l'élément subjectif de l'infraction. Sur la base de ces faits, la recourante devait reconnaître que les frais d'entretien de la piscine ou de la cour extérieure de l'immeuble n'avaient aucun caractère commercial. Le fait que ses organes aient, comme elle l'affirme, une formation de gemmologue et aucune connaissances en droit comptable ou fiscal n'y change rien. Ceux-ci sont en effet administrateurs de la recourante depuis de très nombreuses années et bénéficient de ce fait d'une grande expérience, élément qui, ajouté à ceux présentés ci-dessus, exclut toute notion de négligence.
8.2.
8.2.1. Le montant de l'impôt soustrait constitue le premier élément de fixation de la peine. Celle-ci doit ensuite être fixée selon le degré de faute de l'auteur. En présence d'une infraction intentionnelle sans circonstances particulières, l'amende équivaut en règle générale au montant de l'impôt soustrait. En cas de faute grave, l'amende doit donc en principe être supérieure à une fois l'impôt soustrait et peut être au plus triplée (cf. <ref-law>). La quotité précise de l'amende doit par ailleurs être fixée en tenant compte des dispositions de la partie générale du CP. Ainsi, conformément à l'<ref-law>, l'amende doit être fixée en tenant compte de la situation de l'auteur, afin que la peine corresponde à la faute commise. Les principes régissant la fixation de la peine prévus à l'<ref-law> s'appliquent. En droit pénal fiscal, les éléments principaux à prendre en considération sont le montant de l'impôt éludé, la manière de procéder, les motivations, ainsi que les circonstances personnelles et économiques de l'auteur. Les circonstances atténuantes de l'<ref-law> sont aussi applicables par analogie en droit pénal fiscal (pour tout ce qui précède, <ref-ruling> consid. 7.2.1 s. et les références).
8.2.2. En l'occurrence, on ne saurait suivre la recourante lorsqu'elle affirme avoir été sanctionnée deux fois pour la même faute, une amende ayant été prononcée contre elle et une autre contre ses administrateurs. S'agissant de deux personnes différentes, cela ne justifie aucunement une réduction de la quotité de la peine. Bien plus, comme l'a jugé la Cour de justice, en fixant la peine aux deux tiers de l'impôt soustrait, il ne saurait être question d'excès ou d'abus du pouvoir d'appréciation de l'Administration fiscale. Celle-ci a pris en compte tous les éléments présentés ci-avant, en particulier le caractère intentionnel de l'infraction, ainsi que la durée durant laquelle la recourante a trompé les autorités fiscales et les montants soustraits pour fixer la peine. Sa bonne collaboration a en outre également été considérée. S'agissant de l'argument de la recourante relatif à une substitution de motifs effectuée par l'Administration fiscale dans sa décision sur réclamation en relation avec le motif de la "double faute", on ne voit pas où elle désire en venir. Ce motif n'étant pas pertinent quant à la fixation de la peine, comme l'a relevé l'autorité précédente, il n'y a pas à examiner son incidence.
8.3. Aux termes de l'<ref-law>, celui qui tente de se soustraire à l'impôt sera puni d'une amende (al. 1). L'amende est fixée aux deux tiers de la peine qui serait infligée si la soustraction avait été commise intentionnellement et consommée (al. 2). La tentative de soustraction se situe entre les actes préparatoires d'une soustraction, qui ne sont pas punissables, et la soustraction consommée (<ref-law>), qui l'est. Le comportement illicite réprimé correspond, sur le plan objectif, à celui de la soustraction fiscale au sens de l'<ref-law>. Dans la procédure de taxation, il suffit que le contribuable donne à l'autorité fiscale des renseignements inexacts, en particulier en fournissant une déclaration d'impôt incomplète et qui n'est pas conforme à la vérité au sens de l'<ref-law>. Pour qu'il y ait tentative, l'autorité de taxation doit découvrir que les renseignements fournis sont inexacts avant que la décision de taxation ne soit entrée en force, car, ensuite, la soustraction est consommée (arrêt 2C_722/2017 du 13 décembre 2017 consid. 9.2 et les références).
8.4. La recourante soutient qu'une tentative de soustraction ne peut être établie qu'une fois la taxation entrée en force et que les amendes, si elles devaient être maintenues, ne pourraient être prononcées qu'une fois la taxation définitivement arrêtée.
Une fois de plus, la recourante ne saurait être suivie. On relèvera d'abord, en renvoyant à ce qui a été mentionné ci-dessus en relation avec l'infraction de soustraction d'impôt (cf. consid. 8.1 ci-dessus), que la recourante remplit les conditions objectives et subjectives de l'infraction de tentative de soustraction d'impôt. Elle a en particulier procédé à de fausses déclarations pour les années 2009 et 2010 et ces périodes fiscales n'ont pas encore fait l'objet de taxations définitives. Pour le surplus, on ne voit pas où elle désire en venir avec son affirmation relative à l'entrée en force des taxations. On ne peut que constater que les taxations 2009 et 2010 entrent en force avec le présent arrêt et que, de ce fait, c'est de manière pleinement justifiée que l'autorité précédente a confirmé la condamnation de la recourante.
S'agissant de la quotité de le peine, il peut également être renvoyé à ce qui a été présenté précédemment (cf. consid. 8.3 ci-dessus).
III. Impôts cantonal et communal
9.
Concernant les conditions du rappel d'impôt, les art. 53 al. 1 phr. 1 LHID et 59 al. 1 LPFisc/GE correspondent à l'<ref-law> (cf. arrêt 2C_760/2017 du 15 juin 2018 consid. 7.3 et les références). En outre, selon l'<ref-law>, l'impôt sur le bénéfice a pour objet l'ensemble du bénéfice net, y compris les charges non justifiées par l'usage commercial, portées au débit du compte de résultats. L'art. 12 LIPM/GE, en particulier l'art. 12 let. a et d LIPM/GE, qui correspond sur ce point à l'art. 58 al. 1 let. a et b LIFD, est conforme à la loi sur l'harmonisation fiscale (cf. arrêt 2C_11/2018 du 10 décembre 2018 consid. 11 et les références). Par conséquent, les considérations développées pour l'impôt fédéral direct concernant le rappel d'impôt et la déduction des frais d'entretien des immeubles s'appliquent aussi à l'impôt cantonal et communal pour les périodes fiscales sous examen (rappel d'impôt et taxation). En outre, d'un point de vue des impôts cantonal et communal, les dispositions de la LHID (art. 56 al. 1 et 2 LHID) et du droit cantonal genevois (art. 69 et 70 LPFisc/GE) relatives à la soustraction d'impôt ont des teneurs et une portée similaires à celles de la LIFD (cf. arrêt 2C_125/2018 du 24 septembre 2018 consid. 10.1). Il s'ensuit que les motifs qui ont conduit à l'admission partielle du recours en matière d'impôt fédéral direct (dans la mesure où la période fiscale 2003 est prescrite) s'appliquent également en matière d'impôt cantonal et communal. Les griefs de la recourante doivent par conséquent être écartés pour le surplus.
10.
Les considérants qui précèdent conduisent à l'admission partielle du recours, tant en matière d'IFD que d'ICC. Succombant dans une très large mesure, la recourante doit supporter la plus grande partie des frais judiciaires (<ref-law>), le solde étant à la charge du canton de Genève, qui agit dans l'exercice de ses attributions officielles et dont l'intérêt patrimonial est en jeu (art. 66 al. 1 et 4 LTF). En tant qu'il succombe partiellement, le canton de Genève sera condamné à verser à la recourante des dépens réduits (<ref-law>), aucun dépens ne lui étant alloué (<ref-law>). Il ne se justifie en outre pas de répartir autrement les frais de la procédure antérieure (cf. <ref-law>), puisqu'au moment du prononcé de l'arrêt entrepris, la période fiscale 2003 n'était pas encore prescrite.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est partiellement admis, dans la mesure où il est recevable, en tant qu'il concerne l'impôt fédéral direct et l'arrêt de la Cour de justice du 21 août 2018 est annulé dans la mesure où il a trait à la période fiscale 2003. Le recours est rejeté pour le surplus.
2.
Le recours est partiellement admis, dans la mesure où il est recevable, en tant qu'il concerne les impôts cantonal et communal et l'arrêt de la Cour de justice du 21 août 2018 est annulé dans la mesure où il a trait à la période fiscale 2003. Le recours est rejeté pour le surplus.
3.
Les frais judiciaires, arrêtés à 5'500 fr., sont mis pour 5'000 fr. à la charge de la recourante, et pour 500 fr. à la charge du canton de Genève.
4.
La canton de Genève versera à la recourante la somme de 500 fr. à titre de dépens pour la procédure devant le Tribunal fédéral.
5.
Le présent arrêt est communiqué au mandataire de la recourante, à l'Administration fiscale cantonale et à la Chambre administrative de la Cour de justice de la République et canton de Genève, ainsi qu'à l'Administration fédérale des contributions.
Lausanne, le 17 avril 2019
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Seiler
Le Greffier : Tissot-Daguette