Sachverhalt:
Mit Eheschutzentscheid vom 23. Oktober 2017 bewilligte das Zivilgericht Basel-Stadt das Getrenntleben von A._ und B._. Die Tochter C._ (geb. 2012) stellte es unter die Obhut der Mutter. In finanzieller Hinsicht verpflichtete es den Ehemann zu einem Unterhaltsbeitrag von Fr. 4'045.-- zzgl. Kinderzulagen an die Ehefrau, wobei der Betrag von Fr. 3'745.-- zzgl. Kinderzulagen auf den Kindesunterhalt entfalle, davon Fr. 954.-- Barunterhalt und Fr. 2'791.-- Betreuungsunterhalt (Ziff. 8). Ferner behaftete es die Ehefrau auf ihrer Bereitschaft, eine Teilzeitarbeit zu suchen (Ziff. 10).
Mit Entscheid vom 8. November 2017 verfügte das Zivilgericht sodann eine Schuldneranweisung, indem es die Arbeitgeberin des Ehemannes anwies, von dessen Lohn den Betrag von Fr. 4'045.-- zzgl. Kinderzulage an B._ zu überweisen.
Gegen beide Entscheide reichte der Ehemann beim Appellationsgericht Basel-Stadt eine Berufung ein mit dem Begehren, er sei auf seiner Bereitschaft zu behaften, einen Betrag von Fr. 2'214.-- zzgl. Kinderzulagen zu bezahlen, wovon Fr. 1'250.-- zzgl. Kinderzulagen für das Kind bestimmt seien. Ferner stellte er die Anträge, superprovisorisch sei die aufschiebende Wirkung zu erteilen und die Arbeitgeberin anzuweisen, bis auf weitere Nachricht keine Lohnabzüge zu tätigen, eventuell diese auf Fr. 2'414.-- zu begrenzen.
Mit Entscheid vom 6. Dezember 2017 im Verfahren ZB.2017.47 wies das Appellationsgericht das Begehren um aufschiebende Wirkung betreffend Unterhaltsbeiträge ab. Sodann wies es mit separatem Entscheid gleichen Datums im Verfahren ZB.2017.48 das Begehren um aufschiebende Wirkung in Bezug auf die Schuldneranweisung ab.
Gegen diese beiden Entscheide hat der Ehemann am 18. Dezember 2017 beim Bundesgericht eine Beschwerde eingereicht mit dem Begehren um deren Aufhebung und Anweisung des Appellationsgerichtes zur Aussetzung der Vollstreckbarkeit des Unterhaltsanspruchs und der Schuldneranweisung. Sodann stellte er einen Antrag auf superprovisorische Gewährung der aufschiebenden Wirkung, welchen das Bundesgericht mit Verfügung vom 20. Dezember 2017 abwies. Ferner verlangte der Beschwerdeführer die unentgeltliche Rechtspflege.
Mit Vernehmlassung vom 28. Dezember 2017 schloss das Appellationsgericht auf Abweisung der Beschwerde.
Mit Vernehmlassung vom 4. Januar 2018 verlangte die Ehefrau, auf die Beschwerde sei nicht einzutreten, eventuell sei sie abzuweisen.
Am 22. Januar 2018 reichte der Beschwerdeführer eine Replik ein.

Erwägungen:
1.
Angefochten sind kantonal letztinstanzliche Zwischenentscheide betreffend vermögensrechtliche Komponenten des Eheschutzes mit Fr. 30'000.-- übersteigendem Streitwert sowie betreffend diesbezügliche Schuldneranweisung; entgegen der Ansicht der Beschwerdegegnerin steht somit - unter Vorbehalt der besonderen Voraussetzungen bei Zwischenentscheiden (dazu unten) - nicht die subsidiäre Verfassungsbeschwerde, sondern die Beschwerde in Zivilsachen zur Verfügung (Art. 72 Abs. 1, Art. 51 Abs. 4 i.V.m. Art. 74 Abs. 1 lit. b, Art. 75 Abs. 1 und <ref-law>).
Sowohl Eheschutzentscheide (vgl. <ref-ruling> E. 5.1 S. 397; Urteile 5A_376/2017 vom 23. Mai 2017 E. 2; 5A_57/2017 vom 6. November 2017 E. 1) als auch diesbezügliche Schuldneranweisungen (vgl. <ref-ruling> E. 1.1 S. 668; Urteile 5A_698/2009 vom 15. Februar 2010 E. 1; 5A_958/2012 vom 27. Juli 2013 E. 1) stellen vorsorgliche Massnahmen im Sinn von <ref-law> dar, weshalb nur die Verletzung verfassungsmässiger Rechte geltend gemacht werden kann, wofür das strenge Rügeprinzip gemäss <ref-law> gilt; das bedeutet, dass das Bundesgericht nur klar und detailliert erhobene und soweit möglich belegte Rügen prüft, während es auf ungenügend begründete Rügen und rein appellatorische Kritik am angefochtenen Entscheid nicht eintritt (<ref-ruling> E. 2.2 S. 246; <ref-ruling> E. 1.3 S. 41; <ref-ruling> E. 2.1 S. 372; <ref-ruling> E. 2.4 S. 368). Die betreffende Kognitionsbeschränkung und die damit zusammenhängende Begründungspflicht kommt a fortiori für Zwischenentscheide (dazu sogleich) zum Tragen.
Vorliegend ist zu beachten, dass die angefochtenen Entscheide einzig die Frage der aufschiebenden Wirkung betreffen und die kantonalen Berufungsverfahren nicht abschliessen, weshalb sie keine End-, sondern bloss Zwischenentscheide sind, die nur ausnahmsweise unter den besonderen Voraussetzungen von <ref-law> mit Beschwerde beim Bundesgericht angefochten werden können. Insbesondere ist ein nicht wieder gutzumachender Nachteil erforderlich (<ref-law>), d.h. ein Nachteil rechtlicher Natur, er sich auch mit einem späteren günstigen Endentscheid nicht oder nicht gänzlich beseitigen lässt (ausführlich zum nicht wieder gutzumachenden Nachteil insbesondere <ref-ruling> E. 2.2 S. 801), wobei der Nachteil in der Beschwerde detailliert darzutun ist (<ref-ruling> E. 1.1 S. 329; <ref-ruling> E. 1.3 S. 292).
Die Beschwerde genügt den spezifischen Begründungsanforderungen in keiner Weise; darauf ist nachfolgend im Sachkontext einzugehen.
2.
Der Beschwerdeführer trennt in seiner Beschwerde nur unzureichend zwischen den beiden angefochtenen Entscheiden. Inwiefern allenfalls bereits aus diesem Grund nicht auf die Beschwerde einzutreten wäre, kann offen bleiben, weil ohnehin der nicht wieder gutzumachende Nachteil weder im Zusammenhang mit dem Unterhalt (dazu E. 3) noch der Schuldneranweisung (dazu E. 4) genügend begründet ist.
3.
Sinngemäss wird der nicht wieder gutzumachende Nachteil in Bezug auf den Unterhalt damit begründet, dass die Beschwerdegegnerin nach der Trennung ja Sozialhilfe bezogen und auch die neue Wohnung nur dank der Hilfe der betreffenden Behörde erhalten habe. Die Beschwerdegegnerin und die Tochter seien deshalb gar nie in eine Notlage geraten und mithin nicht auf sofortigen Unterhalt angewiesen; vielmehr sei dieser zugunsten von Sozialhilfeleistungen bis zur rechtskräftigen Erledigung des Eheschutzverfahrens aufzuschieben. Was sodann die Höhe des Unterhalts anbelangt, ist der Beschwerdeführer der Meinung, dass die Beschwerdegegnerin sofort arbeiten gehen könnte, zumal das Kind schon im Kindergarten sei und die 10/16-Regel für den Betreuungsunterhalt nicht mehr gelten könne. Insbesondere könne die Beschwerdegegnerin, was er anlässlich der Verhandlung angeboten habe, in seiner D._ GmbH arbeiten. Da es um Buchhaltung gehe, müsste sie gar nicht im gleichen Büro arbeiten, sondern könnte die Arbeiten auch im Homeoffice erledigen. Spezifisch zum nicht wieder gutzumachenden Nachteil wird schliesslich festgehalten, dass die Beschwerdegegnerin über keine Geldmittel verfüge und deshalb die (zu viel) geleisteten Unterhaltsbeiträge nicht zurückzahlen könnte; insofern entstehe ihm mit der nicht aufgeschobenen Verpflichtung zu Unterhaltszahlungen ein nicht wieder gutzumachender Schaden.
Diese Ausführungen erfolgen in rein appellatorischer und damit unzulässiger Weise; sie werden nicht dadurch zu einer Verfassungsrüge, dass an einer einzigen Stelle der Beschwerde (Ziff. 16) in abstrakter Weise von "Willkür der Verfügungen vom 6. Dezember 2017" gesprochen wird. Insofern ist auf die Beschwerde im Zusammenhang mit dem Unterhalt nicht einzutreten (vgl. E. 1).
Nur der Vollständigkeit halber sei festgehalten, dass die Sozialhilfe nach den zutreffenden Erwägungen im angefochtenen Entscheid subsidiär zu familienrechtlichen Unterhaltspflichten ist (vgl. § 5 Abs. 2 lit. b Sozialhilfegesetz/BS; Urteil 5A_170/2007 vom 27. Juni 2007 E. 4) und deshalb in diesem Zusammenhang selbst bei tauglichen Rügen keine Willkür erkennbar wäre. Auch was die Höhe der Unterhaltszahlungen anbelangt, wäre selbst bei tauglichen Rügen keine Willkür erkennbar in der Erwägung, angesichts der Zerstrittenheit der Parteien sei eine Arbeit in der Firma des Beschwerdeführers unzumutbar. Umso weniger ist diesbezüglich Willkür erkennbar, als Buchhaltungsarbeiten mit einer Vertrauensstellung verbunden sind und eine vernünftige Zusammenarbeit aufgrund der Vorfälle in der jüngeren Vergangenheit (u.a. Anzeige wegen Kindesentführung bei der Staatsanwaltschaft und dem Bundesamt für Justiz, Auswechseln der Schlösser, u.ä.m.) offensichtlich nicht möglich wäre. Im Übrigen ist im angefochtenen Entscheid für das Bundesgericht verbindlich festgestellt (<ref-law>), dass die Beschwerdegegnerin derzeit über keine Arbeitsstelle verfügt. Ob und inwieweit ihr eine Erwerbsarbeit zumutbar und gegebenenfalls ein hypothetisches Einkommen anzurechnen ist, soweit sie bis dahin nicht von sich aus eine Arbeitsstelle angetreten hat, wird Gegenstand des Berufungsentscheides sein. Jedenfalls vor dem Hintergrund, dass die Beschwerdegegnerin momentan tatsächlich nicht über Arbeitseinkommen verfügt, wäre selbst bei tauglichen Rügen keine Willkür zu erkennen, wenn das Appellationsgericht für die Zeit bis zum betreffenden Entscheid in der Sache keine aufschiebende Wirkung in Bezug auf den erstinstanzlich festgesetzten Unterhalt erteilt hat. Insofern erübrigt sich eine Auseinandersetzung mit der 10/16-Regel, welche einzig die Zumutbarkeit der Aufnahme einer Erwerbsarbeit und nicht die Tatsache der Erwerbsarbeit betrifft; ohnehin wäre eine Beschwerde im Zusammenhang mit der Frage der aufschiebenden Wirkung für das Berufungsverfahren nicht der geeignete Ort für die Diskussion der Anwendung oder Nichtübertragbarkeit der 10/16-Regel auf den Betreuungsunterhalt.
4.
In Bezug auf die Schuldneranweisung wird der nicht wieder gutzumachende Nachteil sinngemäss damit begründet, dass die Zahlungs- und Leistungsbereitschaft erhalten bleiben müsse und der festgesetzte Unterhalt nicht vor Eintritt der Rechtskraft vollstreckt werden dürfe. In der Replik schiebt der Beschwerdeführer sodann nach, dass er bei seiner Arbeitgeberin für die IT und mithin in einem sicherheitsrelevanten Bereich arbeite, so dass er nicht aufgrund einer vorschnellen Schuldneranweisung in finanzielle Probleme gebracht werden dürfe, ansonsten er erpressbar werde und zum Schaden seiner Arbeitgeberin Daten entwenden könnte. Die Schuldneranweisung sei insgesamt eine unnötige Demütigung und gefährde seinen Arbeitsplatz.
Auch diese Ausführungen werden in rein appellatorischer Weise vorgetragen; daran ändert nichts, dass an einer einzigen Stelle in der Beschwerde (Ziff. 13) und in der Replik (Ziff. 8) das Wort "willkürlich" eingestreut wird. Insofern ist auf die Beschwerde mangels substanziiert erhobener Verfassungsrügen auch im Zusammenhang mit der Schuldneranweisung nicht einzutreten.
Nur der Vollständigkeit halber sei festgehalten, dass die Schuldneranweisung erfolgt ist, weil der Beschwerdeführer im Anschluss an den erstinstanzlichen Eheschutzentscheid per E-Mail erklärt hat, er werde die Unterhaltsbeiträge nicht bzw. nur im von ihm angebotenen Umfang zahlen, und er in der Folge trotz zweimaliger Abmahnung keine Unterhaltsleistungen entrichtete. Ferner wurde und wird eine Arbeitsplatzgefährdung nicht ansatzweise substanziiert. Vor diesem Hintergrund wäre selbst bei tauglichen Rügen keine Willkür ersichtlich, wenn das Appellationsgericht in Bezug auf die Schuldneranweisung keine aufschiebende Wirkung gewährt hat.
5.
Nach dem Gesagten erweist sich die Beschwerde als offensichtlich nicht hinreichend begründet und sie wäre im Übrigen auch in der Sache offensichtlich unbegründet, weshalb auf sie im vereinfachten Verfahren nach <ref-law> nicht einzutreten ist.
6.
Wie die vorstehenden Erwägungen zeigen, konnte der Beschwerde von Anfang an kein Erfolg beschieden sein, weshalb es an den materiellen Voraussetzungen der unentgeltlichen Rechtspflege fehlt (<ref-law>) und das entsprechende Gesuch abzuweisen ist.
7.
Entsprechend dem Verfahrensausgang wird der Beschwerdeführer kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 Abs. 1 und Art. 68 Abs. 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2.
Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird abgewiesen.
3.
Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
4.
Der Beschwerdeführer hat die Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2'000.-- zu entschädigen.
5.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Appellationsgericht Basel-Stadt schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 1. März 2018
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: von Werdt
Der Gerichtsschreiber: Möckli