Sachverhalt:
A.
Die Staatsanwaltschaft Schaffhausen führt gegen A._ eine Strafuntersuchung wegen Betrug und weiterer Delikte. Sie verdächtigt ihn, im Zeitraum von Oktober 2016 bis Februar 2017 als Geschäftsführer der B._ AG unter dem Alias C._ ohne Zahlungsabsicht oder -möglichkeit bei zahlreichen Unternehmen Lebensmittel, Tabakwaren, Gastronomiezubehör, Mobiliar und weitere Gegenstände im Wert von über Fr. 800'000.-- bestellt zu haben.
Mit Durchsuchungs- und Beschlagnahmebefehl vom 19. Oktober 2017 ordnete die Staatsanwaltschaft eine Hausdurchsuchung am Wohnort von D._ an. Gemäss der Begründung des Befehls bestand der dringende Verdacht, dass sich dort ein Teil der bestellten Gegenstände sowie Aufzeichnungen betreffend die B._ AG befinden. D._ sei der Vater des ehemaligen Verwaltungsrats der B._ AG und habe anfangs des Jahres 2017 Unterlagen und Gegenstände aus den Räumlichkeiten der Gesellschaft entfernt. Die Hausdurchsuchung wurde am 30. Oktober 2017 durchgeführt. Es wurden diverse Gegenstände registriert, sichergestellt und beschlagnahmt. Eine schwarze Agenda, ein Notizbuch und ein A4-Buch mit persönlichen Notizen von A._ wurden auf Antrag dessen amtlichen Verteidigers versiegelt.
Am 23. Januar 2018 beantragte die Staatsanwaltschaft beim Kantonsgericht Schaffhausen die Entsiegelung dieser Gegenstände. Mit Verfügung vom 14. Februar 2018 gab das Kantonsgericht dem Antrag statt.
B.
Mit Beschwerde in Strafsachen ans Bundesgericht vom 17. März 2018 beantragt A._ im Wesentlichen, die Verfügung des Kantonsgerichts und der Durchsuchungs- und Beschlagnahmebefehl vom 19. Oktober 2017 seien aufzuheben. Es sei eine Rechtsverweigerung und eine Verletzung der Verteidigungsrechte festzustellen. Eventualiter sei die Sache zur neuen Beurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Das Kantonsgericht hat auf eine Vernehmlassung verzichtet. Die Staatsanwaltschaft beantragt die Abweisung der Beschwerde.
Mit Präsidialverfügung vom 11. April 2018 hat das Bundesgericht der Beschwerde die aufschiebende Wirkung zuerkannt.

Erwägungen:
1.
1.1. Gegen die angefochtene Verfügung ist gemäss Art. 78 Abs. 1 BGG die Beschwerde in Strafsachen gegeben. Die Vorinstanz hat gemäss Art. 248 Abs. 3 lit. a i.V.m. Art. 380 StPO als einzige kantonale Instanz entschieden. Die Beschwerde ist somit nach Art. 80 BGG zulässig. Der Beschwerdeführer ist gemäss Art. 81 Abs. 1 BGG zur Beschwerde befugt.
1.2. Die Beschwerde in Strafsachen gegen Entsiegelungsentscheide der Zwangsmassnahmengerichte ist nur zulässig, wenn dem Betroffenen wegen eines Eingriffs in seine rechtlich geschützten Geheimnisinteressen ein nicht wieder gutzumachender Rechtsnachteil droht (Art. 93 Abs. 1 lit. a BGG i.V.m. Art. 248 Abs. 1 StPO). Es obliegt dem Beschwerdeführer darzulegen, dass diese Sachurteilsvoraussetzung erfüllt ist (Urteil 1B_477/2017 vom 12. Februar 2018 E. 2 mit Hinweisen). Wie aus den nachfolgenden Erwägungen hervorgeht, macht der Beschwerdeführer vorliegend indessen geltend, dass er die der Entsiegelung entgegenstehenden Geheimhaltungsinteressen aufgrund einer Gehörsverletzung gar nicht habe detailliert nachweisen können. In dieser Hinsicht ist auf seine Beschwerde unabhängig davon einzutreten, ob ein nicht wieder gutzumachender Rechtsnachteil hinreichend dargetan erscheint.
2.
2.1. Der Beschwerdeführer bringt vor, er habe gegenüber der Staatsanwaltschaft und dem Kantonsgericht mehrfach Einsicht in die Akten verlangt. Zwar habe ihm das Kantonsgericht einen Teil der Akten zugestellt, aber nicht die Agenda und die beiden Notizbücher. Er kritisiert, dass ihm das Kantonsgericht unter diesen Voraussetzungen vorgehalten habe, seine Geheimhaltungsinteressen nicht hinreichend dargelegt zu haben. Immerhin habe er sich daran erinnert, dass diese Aufzeichnungen im Zusammenhang mit seinen Rechtsanwälten und zeugnisverweigerungsberechtigten Personen enthielten, was er im vorinstanzlichen Verfahren auch vorgebracht habe. Er habe die Dokumente jedoch über mehr als ein Jahr nicht mehr konsultiert und könne sich deshalb nicht mehr an konkrete Inhalte erinnern.
Der Beschwerdeführer macht zudem geltend, er habe das Kantonsgericht darauf hingewiesen, dass er über keine effektive Verteidigung mehr verfüge, weil das Vertrauensverhältnis zu seinem amtlichen Verteidiger erheblich gestört sei. Darauf sowie auf seine Vorbringen zu den erwähnten Geheimhaltungsinteressen sei es jedoch nicht eingegangen. Damit habe es die Begründungspflicht verletzt.
2.2. Aus den dem Bundesgericht vorliegenden Verfahrensakten ergibt sich, dass der Beschwerdeführer zunächst die Staatsanwaltschaft und dann das Kantonsgericht um Akteneinsicht ersucht und dabei ausdrücklich auf die "Beweisgegenstände im Zusammenhang mit dem Siegelungsverfahren" hingewiesen hat. Mit Schreiben vom 31. Januar 2018 schickte das Kantonsgericht dem Beschwerdeführer Kopien derjenigen Akten, die ihm vorlagen. In drei weiteren Eingaben bekräftigte der Beschwerdeführer gegenüber dem Kantonsgericht sein Gesuch um vollständige Akteneinsicht.
2.3. Das Aktendossier muss alles enthalten, was mit dem Schuldvorwurf und der Strafzumessung in einen Zusammenhang gebracht werden kann, inklusive Sachbeweisen (Urteil 1B_171/2013 vom 11. Juni 2013 E. 2.5 mit Hinweisen; Botschaft vom 21. Dezember 2005 zur Vereinheitlichung des Strafprozessrechts, BBl 2006 1161 Ziff. 2.2.8.9). Dazu gehören vorliegend auch die drei versiegelten Dokumente, die im Übrigen auch nach der Auffassung der Staatsanwaltschaft und des Kantonsgerichts einen Deliktskonnex aufweisen. Das Kantonsgericht bestreitet nicht, dass sie dem Beschwerdeführer insofern keine Akteneinsicht gewährt hat, begründet jedoch ihr Vorgehen nicht. Darin liegt eine Verletzung des rechtlichen Gehörs. Auch auf das Vorbringen, dass eine effektive Verteidigung zurzeit nicht gewährleistet sei, geht sie nicht ein. Der angefochtene Entscheid enthält insofern lediglich den Hinweis, dass der Beschwerdeführer eine Verweigerung des rechtlichen Gehörs moniert habe. Die Vorinstanz hat sich jedoch mit der vorgebrachten Kritik nicht auseinandergesetzt.
3.
Die Beschwerde ist aus diesen Gründen gutzuheissen und die Sache zur neuen Beurteilung unter Gewährung des rechtlichen Gehörs an die Vorinstanz zurückzuweisen. Damit erübrigt sich, auf die weiteren Rügen des Beschwerdeführers einzugehen.
Bei diesem Verfahrensausgang sind keine Gerichtskosten zu erheben (Art. 66 Abs. 1 - 3 BGG). Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege des Beschwerdeführers wird damit gegenstandslos. Eine Parteientschädigung ist indessen nicht zuzusprechen, da der Beschwerdeführer seine Beschwerde ohne anwaltlichen Beistand verfasst hat (Art. 68 Abs. 1 und 2 BGG; <ref-ruling> E. 4 S. 446 mit Hinweis).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird gutgeheissen und die Verfügung des Kantonsgerichts Schaffhausen vom 14. Februar 2018 aufgehoben. Die Sache wird zur neuen Beurteilung an das Kantonsgericht zurückgewiesen.
2.
Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
3.
Es wird keine Parteientschädigung zugesprochen.
4.
Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, der Staatsanwaltschaft und dem Kantonsgericht Schaffhausen schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 30. April 2018
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Das präsidierende Mitglied: Karlen
Der Gerichtsschreiber: Dold