Sachverhalt:
A.
Die Bundesanwaltschaft führte gegen B._ (nachfolgend "Beschuldigter"), den ehemaligen Verwaltungsratspräsidenten der A.A._ AG, eine Strafuntersuchung wegen verbotener Handlungen für einen fremden Staat. Im Rahmen der Untersuchung forderte die Bundesanwaltschaft die A.A._ AG wiederholt zur Herausgabe bestimmter Unterlagen und Dateien auf. Für die Umtriebe im Zusammenhang mit den Akteneditionen ersuchte die A.A._ AG die Bundesanwaltschaft am 7. Juni 2018 um Ausrichtung einer Entschädigung in Höhe von Fr. 31'725.--, nachdem das Bundesstrafgericht den Beschuldigten am 9. Mai 2018 freigesprochen hatte. Eine gegen diesen Entscheid erhobene Beschwerde hiess das Bundesgericht am 4. Dezember 2018 gut. Es hob das Urteil des Bundesstrafgerichts auf und wies die Sache zur neuen Entscheidung zurück (Urteil 6B_804/2018).
B.
In der Zwischenzeit trat das Bundesstrafgericht mit Verfügung vom 21. November 2018 auf das von der Bundesanwaltschaft zuständigkeitshalber überwiesene Entschädigungsgesuch der A.A._ AG nicht ein.
C.
Die A.A._ AG erhob am 21. Dezember 2018 Beschwerde in Strafsachen. Sie beantragt, die angefochtene Verfügung sei aufzuheben und es sei die Bundesanwaltschaft zu verpflichten, ihr den Betrag in Höhe von Fr. 31'725.-- zu bezahlen. Eventualiter sei die Sache zu neuer Entscheidung an das Bundesstrafgericht zurückzuweisen.

Erwägungen:
1.
Angefochten ist ein Entscheid des Bundesstrafgerichts, das auf ein Entschädigungsgesuch der Beschwerdeführerin wegen Verspätung nicht eingetreten ist. Es handelt sich um einen Endentscheid in einer Strafsache, gegen den die Beschwerde in Strafsachen zulässig ist (Art. 78 Abs. 1, Art. 80 Abs. 1 [in der bis 31. Dezember 2018 in Kraft gestandenen Fassung] und <ref-law>). Die Beschwerdeführerin macht geltend, die Vorinstanz sei zu Unrecht nicht auf ihr Gesuch um Ausrichtung einer Entschädigung nach <ref-law> eingetreten. Sie hat somit ein rechtlich geschütztes Interesse an der Aufhebung des angefochtenen Entscheids (<ref-law>; vgl. Urteil 6B_1088/2017 vom 4. April 2018 E. 1). Dass sie als Dritte im Sinne von <ref-law> nicht ausdrücklich in <ref-law> als Beschwerdeberechtigte aufgeführt ist, steht ihrer Legitimation nicht entgegen, da diese Liste nicht abschliessend ist (<ref-ruling> E. 2.3 S. 230).
2.
Gegenstand des vorliegenden Verfahrens bildet das Gesuch um Ausrichtung einer Entschädigung nach <ref-law> der Beschwerdeführerin, mithin einer im Sinne von <ref-law> durch Verfahrenshandlungen beschwerten Dritten. Die Vorinstanz führt hierzu aus, die Bezifferung der durch die Beschwerdeführerin in Aussicht gestellten Entschädigungsforderung sei erst am 7. Juni 2018, rund einen Monat nach der Urteilseröffnung, und damit nicht fristgerecht im Sinne von <ref-law> erfolgt. Die Beschwerdeführerin sei im Verfahren insbesondere durch Rechtsanwalt C._, _ vertreten gewesen. Von einer anwaltlich vertretenen Person könne erwartet werden, dass ihr Vertreter die einschlägigen Gesetzestexte konsultiere. Sofern die Beschwerdeführerin implizit geltend mache, sie sei als nicht beteiligte Person nicht über den Fortgang des Verfahrens informiert gewesen, könne sie damit nicht gehört werden. Beim Beschuldigten handle es sich um einen ehemaligen Verwaltungsratspräsidenten der Beschwerdeführerin. Aktuell bekleide er das Amt des Verwaltungsratspräsidenten der Muttergesellschaft A.B._ AG. Vor diesem Hintergrund sei ohne Weiteres davon auszugehen, dass die Beschwerdeführerin über die wesentlichen Verfahrensschritte, insbesondere über den Zeitpunkt der Hauptverhandlung und der Urteilseröffnung im Bilde gewesen sei (angefochtener Entscheid S. 3).
3.
Die Beschwerdeführerin rügt, die Vorinstanz habe ihr in willkürlicher Würdigung des Sachverhalts und ohne weitere Begründung die Kenntnisse des Beschuldigten - ehemaliger Verwaltungsratspräsident der Beschwerdeführerin einerseits und Verwaltungsrat der Muttergesellschaft der Beschwerdeführerin andererseits - über dessen eigenes, gegen ihn geführtes Strafverfahren unmittelbar angerechnet. Darüber hinaus sei die Feststellung, wonach die Beschwerdeführerin im betreffenden Strafverfahren "anwaltlich vertreten" gewesen sei, schlicht aktenwidrig. Die blosse Tatsache, dass einer der organschaftlichen Vertreter der Beschwerdeführerin über das Rechtsanwaltspatent verfüge und im kantonalen Anwaltsregister eingetragen sei, stelle bei weitem keine anwaltliche Vertretung dar. Alsdann hätten die Beschwerdegegnerin, wie auch die Vorinstanz, durch Missachtung der prozessualen Stellung als vom Gesetz vorgesehene Verfahrensbeteiligte und durch ausbleibende Information über für sie relevante Verfahrensstände im Vor- und Gerichtsverfahren, Art. 9 und Art. 29 BV, Art. 3 Abs. 2 lit. c i.V.m. <ref-law> sowie <ref-law> verletzt. Die Beschwerdeführerin habe Anspruch auf Ersatz des durch die Editionsverfügungen entstandenen Schadens in Höhe von Fr. 31'725.-- (Beschwerde S. 5 ff.).
3.1. Durch Verfahrenshandlungen wie insbesondere Zwangsmassnahmen können Dritte, d.h. am Strafverfahren weder als beschuldigte noch als Privatklägerschaft beteiligte Personen, geschädigt werden (vgl. illustrativ Urteil 6B_618/2011 vom 22. März 2012). Nach <ref-law> haben Dritte Anspruch auf angemessenen Ersatz ihres nicht auf andere Weise gedeckten Schadens sowie auf Genugtuung, wenn sie durch Verfahrenshandlungen oder bei der Unterstützung von Strafbehörden Schaden erlitten haben. Der Anspruch besteht gegenüber dem Staat. Die Kosten können daher nicht der beschuldigten Person oder der Privatklägerschaft auferlegt werden (WEHRENBERG /FRANK, in: Basler Kommentar, Schweizerische Strafprozessordnung, Bd. II, 2. Aufl. 2014, N. 7 zu <ref-law>; JO PITTELOUD, CODE DE PROCÉDURE PÉNALE SUISSE, 2012, S. 903 F. RZ. 1373 F.; SCHMID/JOSITSCH, Praxiskommentar StPO, 3. Aufl. 2018, N. 7 zu <ref-law>). Dabei ist <ref-law> sinngemäss anwendbar. Demnach hat der Dritte seine Entschädigungsforderung bei der Strafbehörde zu beantragen, zu beziffern und zu belegen. Kommt er dieser Pflicht nicht nach, so tritt die Strafbehörde auf den Antrag nicht ein. Der Untersuchungsgrundsatz (<ref-law>) gilt hier nicht, d.h. der Dritte muss sich aktiv um seinen Anspruch bemühen. Die Behörden müssen allerdings namentlich anwaltlich nicht vertretene Dritte - soweit erforderlich - auf ihr Recht auf Entschädigung sowie ihre Pflicht zur Bezifferung und zum Beleg der Forderung hinweisen (vgl. Urteile 6B_1210/2017 vom 10. April 2018 E. 4.1; 6B_1007/2015 vom 14. Juni 2016 E. 1.5.1; je mit Hinweisen; SCHMID/JOSITSCH, a.a.O., N. 8 zu <ref-law>).
<ref-law> nennt zwar keine Frist, innert der eine Entschädigung geltend gemacht werden muss. Über die Ansprüche ist allerdings spätestens im Rahmen des Endentscheids zu befinden (Art. 81 Abs. 4 lit. b und Art. 434 Abs. 2 StPO). Die Zusprechung einer Entschädigung im Rahmen eines selbstständigen nachträglichen Verfahrens nach <ref-law> ist ausgeschlossen (<ref-ruling> E. 1.7; Urteile 6B_818/2018 vom 4. Oktober 2018 E. 4.1; 6B_1007/2015 vom 14. Juni 2016 E. 1.5.1; je mit Hinweisen; anders noch: Urteile 6B_472/2012 vom 13. November 2012 E. 2.4; 6B_265/2012 vom 10. September 2012 E. 2.3; 6B_618/2011 vom 22. März 2012 E. 1.3). Dritten stehen im Strafverfahren die zur Wahrung ihrer Interessen erforderlichen Verfahrensrechte einer Partei zu, wenn sie in ihren Rechten unmittelbar betroffen werden (<ref-law>; vgl. <ref-ruling> E. 2.2.1). Dazu gehört namentlich der Anspruch auf rechtliches Gehör (Urteil 1B_212/2014 vom 14. Oktober 2014 E. 2.2).
3.2. Die Vorinstanz hat das Gesuch der Beschwerdeführerin selbstständig nachträglich im Sinne der <ref-law> beurteilt, nachdem es in der Strafsache gegen den Beschuldigten ein Urteil gefällt hatte. Ob dieses Vorgehen, das der aktuellen Rechtsprechung des Bundesgerichts widerspricht (vgl. vorstehend E. 3.1), zulässig war und falls nicht, ob das Entschädigungsgesuch aufgrund der teilweisen Nichteröffnung des Entscheids vom 9. Mai 2018 durch das Bundesstrafgericht (vgl. <ref-law>; vgl. dazu Urteil 1C_293/2018 vom 29. Januar 2019 E. 3; AMSTUTZ/ARNOLD, in: Basler Kommentar, Bundesgerichtsgesetz, 3. Aufl. 2018, N. 13 zu <ref-law>; FRÉSARD, in: Commentaire de la LTF, 2. Aufl. 2014, N. 5 und 21 zu <ref-law>) als Beschwerde in Strafsachen gegen den genannten Entscheid an das Bundesgericht hätte weitergeleitet werden müssen, kann mangels entsprechender formeller Rügen, wie auch mit Blick auf die Doppelrelevanz der zu behandelnden Fragen (Eröffnung und Verspätung) und die Unbegründetheit des Gesuchs offengelassen werden. Die Erledigung im Rahmen eines selbstständigen nachträglichen Verfahrens hätte ohnehin zur Folge gehabt, dass der vorliegend zu beurteilende Entscheid innert 10 Tagen mit Beschwerde nach <ref-law> hätte angefochten werden müssen (vgl. <ref-ruling> E. 3 f.).
3.3. Zunächst ist darauf hinzuweisen, dass die Beschwerdeführerin der Vorinstanz nicht vorwirft, die ihr gemäss dargelegter Rechtsprechung obliegende Hinweispflicht verletzt bzw. sie nicht auf <ref-law> aufmerksam gemacht zu haben. Vielmehr räumt die Beschwerdeführerin ausdrücklich ein, über den Entschädigungsanspruch orientiert gewesen zu sein. Sie geht insoweit auch zutreffend davon aus, dass die Frage, ob sie - wie die Vorinstanz festgestellt hat - anwaltlich vertreten war oder nicht, vorliegend nicht von Bedeutung ist (Beschwerde S. 6 und 12). Die damit verbundenen Rügen bedürfen daher mangels Entscheidrelevanz keiner weiteren Erörterung.
3.4. Nicht gefolgt werden kann der Beschwerdeführerin, wenn sie der Vorinstanz und der Beschwerdegegnerin vorwirft, diese hätten ihr mindestens die relevanten Verfahrensschritte wie den Abschluss der Untersuchung und die Vorladung zur Hauptverhandlung bzw. das Datum der Hauptverhandlung vor der Vorinstanz als verfahrensabschliessende Handlung anzeigen müssen. Denn die Ausgangslage des Dritten ist nicht mit jener der Privatklägerschaft zu vergleichen. Im Unterschied zur Privatklägerschaft verfügen durch Verfahrenshandlungen beschwerte Dritte in aller Regel weder über umfassende Einsichtsrechte (<ref-law>), noch ist ihnen der Abschluss der Untersuchung anzukündigen (<ref-law>). Zwar kann sich aus den von der Beschwerdeführerin aufgerufenen Bestimmungen, namentlich aus <ref-law>, im Einzelfall eine Mitteilungspflicht der Behörden ergeben, nicht aber hier. Denn die Argumentation der Beschwerdeführerin, sie habe keine Kenntnis vom Verfahrensstand gehabt und mit weiteren Editionsverfügungen der Beschwerdegegnerin rechnen müssen, erweist sich als unzutreffend.
Der Beschuldigte, der nach eigenen Angaben bis zum Erlass des Strafbefehls am 19. September 2017 (und darüber hinaus) Aktionär der Beschwerdeführerin war, ist als Zeichnungsberechtigter und Verwaltungsratspräsident der Beschwerdeführerin mit Tagesregistereintrag vom 23. Januar 2018 gelöscht worden (Akten des Bundesstrafgerichts pag. 7.930.002 f.; Beschwerde S. 8 und Beilage 6). Die Löschung erfolgte zwar dreieinhalb Monate vor der Hauptverhandlung, aber ein Jahr nachdem die letzte Editionsverfügung der Beschwerdegegnerin ergangen war und nachdem diese einen Strafbefehl erlassen und nach Einsprache des Beschuldigten am 17. November 2017 Anklage erhoben hatte, da sie keine weiteren Beweisabnahmen im Sinne von <ref-law> für erforderlich hielt (Urteil des Bundesstrafgerichts vom 9. Mai 2018, act. 2, Verfahren 6B_804/2018). Die Beschwerdeführerin muss sich die Kenntnis über den Verfahrensstand zumindest bis zum Ausscheiden des Beschuldigten als Zeichnungsberechtigter und Verwaltungsratspräsident zurechnen lassen, zumal dieser die strafbaren Handlungen im Rahmen der Geschäftstätigkeit der Beschwerdeführerin begangen haben soll. Es wäre der Beschwerdeführerin folglich ohne Weiteres zumutbar gewesen, ihren Aufwand spätestens nach Erlass des Strafbefehls genau zu beziffern und zu detaillieren. Die Behörden waren unter diesen Umständen auch nicht verpflichtet, die Beschwerdeführerin über den Verfahrensstand zu informieren. Im Ergebnis verletzte die Vorinstanz weder Verfassungs- noch Bundesrecht, indem sie auf das Entschädigungsgesuch, das erst nach Eröffnung des erstinstanzlichen Entscheids beziffert und begründet wurde, nicht eintrat.
4.
Die Beschwerde ist damit abzuweisen. Die Gerichtskosten sind der unterliegenden Beschwerdeführerin aufzuerlegen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Bundesstrafgericht, Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 28. November 2019
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Denys
Der Gerichtsschreiber: Reut