Sachverhalt:
A.
Y._ äusserte am 17. April 2014 gegenüber der Polizei den Verdacht, dass X._ die gemeinsame Tochter sexuell missbraucht habe. Die Regionale Staatsanwaltschaft Bern-Mittelland eröffnete am 30. Mai 2014ein Strafverfahren gegen X._ wegen sexuellen Handlungen mit Kindern. Nach der Durchführung von Einvernahmen, einer Hausdurchsuchung bei X._ sowie der Einholung eines aussagepsychologischen Gutachtens zur Glaubhaftigkeit der Aussagen der Tochter stellte die Staatsanwaltschaft den Parteien am 5. Juli 2016 in Aussicht, das Strafverfahren wegen sexueller Handlungen mit Kindern einzustellen.
Mit Verfügung vom 10. Oktober 2016, zugestellt am 4. April 2017, stellte die Staatsanwaltschaft das Strafverfahren ein und sprach X._ eine persönliche Entschädigung gemäss <ref-law> von Fr. 1'986.15 sowie eine Genugtuung gemäss <ref-law> von Fr. 200.-- zu.
B.
Mit Beschwerde vom 13. April 2017 an das Obergericht des Kantons Bern beantragte X._, es sei ihm eine Genugtuung von mindestens Fr. 10'000.-- auszurichten. Das Obergericht stellte fest, dass die zugesprochene Entschädigung in Rechtskraft erwachsen ist. Die Beschwerde hiess es teilweise gut und sprach ihm eine Genugtuung von Fr. 1'300.-- zu.
C.
X._ führt Beschwerde in Strafsachen. Er beantragt, es sei ihm eine Genugtuung in der Höhe des effektiven Schadens, mindestens jedoch in der Höhe von Fr. 50'000.-- zuzusprechen. Gegebenenfalls sei die Erstellung eines Gutachtens betreffend die Höhe des effektiven Schadens anzuordnen. Zudem beantragt er die Einleitung einer Untersuchung, um mögliche Mängel im Verfahren festzustellen und die Anordnung geeigneter Massnahmen zum Schutze von Betroffenen. Er ersucht um unentgeltliche Rechtspflege.

Erwägungen:
1.
1.1. Der Beschwerdeführer rügt, der angefochtene Beschluss verstosse gegen <ref-law>. Er habe nach seiner Einvernahme und der anschliessenden Hausdurchsuchung eine schwere Dekompression erlitten und sich in eine Klinik begeben müssen. Er sei aufgrund des Strafverfahrens unzählige Stunden krank geschrieben gewesen und habe sich psychotherapeutisch behandeln lassen müssen. Zudem leide er an Schlafstörungen sowie Erschöpfung und habe sich sozial zurückgezogen. Das Strafverfahren habe die Beziehung zu seiner Tochter beträchtlich gestört. Zudem habe er einen Einkommensverlust erlitten und Schulden angehäuft. Die ihm zugesprochene Genugtuung von Fr. 1'300.-- trage diesen Verletzungen seiner persönlichen Verhältnisse nicht genügend Rechnung.
1.2. Gemäss <ref-law> hat die beschuldigte Person, wenn sie ganz oder teilweise freigesprochen oder das Verfahren gegen sie eingestellt wird, Anspruch auf Genugtuung für besonders schwere Verletzungen ihrer persönlichen Verhältnisse.
Nebst dem Freiheitsentzug können beispielsweise eine öffentlich durchgeführte oder in den Medien stark beachtete Verhaftung oder Hausdurchsuchung, eine sehr lange Verfahrensdauer, persönlichkeitsverletzende Mitteilungen der Strafbehörden an die Medien oder die Auswirkungen der Strafuntersuchung auf familiäre oder professionelle Beziehungen eine schwere Verletzung der persönlichen Verhältnisse verursachen. Hingegen genügt die mit jedem Strafverfahren grundsätzlich einhergehende psychische Belastung nicht für die Zusprechung einer Genugtuung (<ref-ruling> E. 3.1 S. 341 f.; Urteil 6B_1049/2016 vom 22. November 2017 E. 3.1.2; mit Hinweisen).
Materiellrechtlich beurteilt sich der Genugtuungsanspruch nach <ref-law> und <ref-law> (<ref-ruling> E. 3.1 S. 341; Urteil 6B_688/2014 vom 22. Dezember 2017 E. 30.2.1; mit Hinweisen). Erforderlich ist, dass die erlittene Persönlichkeitsverletzung mit dem Strafverfahren in einem Kausalzusammenhang im Sinne des Haftpflichtrechts steht (Urteile 6B_1342/2016 vom 12. Juli 2017 E. 4.2; 6B_129/2016 vom 2. Mai 2016 E. 4.2; mit Hinweisen).
Die Festlegung der Genugtuungssumme beruht auf richterlichem Ermessen, in welches das Bundesgericht nur mit Zurückhaltung eingreift (Urteile 6B_1342/2016 vom 12. Juli 2017 E. 4.2; 6B_53/2013 vom 8. Juli 2013 E. 3.2 nicht publ. in: <ref-ruling>; mit Hinweisen). Das Bundesrecht setzt keinen bestimmten Mindestbetrag fest (<ref-law>; Urteil 6B_1389/2016 vom 16. Oktober 2017 E. 3.2; mit Hinweisen).
Weil im Zusammenhang mit der Genugtuung den Besonderheiten des Einzelfalles entscheidendes Gewicht zukommt, ist bei einem Vergleich mit anderen Fällen Zurückhaltung geboten. Ein solcher Vergleich kann indes als Orientierungshilfe nützlich sein (<ref-ruling> E. 6.3.3 S. 345; Urteil 6B_638/2016 vom 28. Oktober 2016 E. 1.1; mit Hinweisen). Das Bundesgericht kam zum Schluss, dass eine Genugtuung in der Höhe von Fr. 2'000.-- für den während der zweijährigen Untersuchung wegen sexuellen Handlungen mit Kindern auf Brief- und Telefonkontakt beschränkten Austausch des Beschuldigten mit der Tochter rechtmässig ist (Urteil 6B_1104/2015 vom 10. Oktober 2016 E. 3.2). In einem anderen Fall hat das Bundesgericht entschieden, dass die einem Vater zugesprochene Genugtuung in der Höhe von Fr. 15'000.-- für die durch die Strafuntersuchung wegen sexuellen Handlungen mit Kindern und Schändung verursachten siebenjährigen Fremdplatzierung mit eingeschränktem Besuchsrecht der zuvor beim Vater lebenden Tochter bundesrechtskonform ist (Urteil 6B_638/2016 vom 28. Oktober 2016 E. 3.2.2).
1.3. Die Vorinstanz setzt sich bei der Berechnung der Genugtuung mit der durchgeführten Hausdurchsuchung, dem psychischen Gesundheitszustand des Beschwerdeführers, dem von der Kindes- und Erwachsenenschutzbehörde (KESB) angeordneten Besuchsstopp der Tochter sowie der Verfahrensdauer auseinander. Sie erwägt zusammengefasst, die Hausdurchsuchung am Domizil des Beschwerdeführers habe knapp eine Stunde gedauert und die Polizisten seien weder mit Blaulicht vorgefahren noch sei anderweitig erstellt, dass die Hausdurchsuchung besonderes Aufsehen erregt habe. In Bezug auf die Hausdurchsuchung sei eine Genugtuung in der Höhe von Fr. 200.-- auch unter Berücksichtigung der für kurze Freiheitsentzüge ausgesprochenen Genugtuung von Fr. 200.-- pro Tag angemessen.
Im Zusammenhang mit dem Gesundheitszustand des Beschwerdeführers erwägt die Vorinstanz, gemäss ärztlichem Zeugnis bestehe zwischen der Strafuntersuchung und der vorübergehenden Verschlechterung des psychischen Gesundheitszustandes eine Teilkausalität. Angesichts der stationären Behandlung von zwei Wochen und der vorübergehenden Intensivierung der ambulanten Behandlung sowie der Arbeitsunfähigkeit sei es sachgerecht, die Genugtuung um Fr. 1'000.-- zu erhöhen.
Zum von der KESB angeordneten Besuchsstopp erwägt die Vorinstanz, es sei ein schwerwiegender Eingriff in die Persönlichkeitsrechte des Beschwerdeführers, dass er eineinhalb Jahre sein Besuchsrecht nicht habe wahrnehmen können. Das Besuchsrecht sei indes bereits im Juli 2014, d.h. vor der offiziellen Mitteilung der Untersuchungseröffnung aufgrund der Konflikte der Kindseltern eingeschränkt gewesen und sei Ende Dezember 2015, d.h. vor der Mitteilung der beabsichtigten Einstellung am 5. Juli 2016 wieder aufgenommen worden. Auch nach Thematisierung der Kausalität habe der Beschwerdeführer weder den Beschluss der KESB betreffend die Verhängung des Besuchsstopps noch andere Unterlagen eingereicht. Es sei indes glaubhaft, dass das Strafverfahren Teilursache des von der KESB angeordneten Besuchsstopps sei. Die Genugtuung sei um Fr. 100.-- zu erhöhen. Die Verfahrensdauer rechtfertige keine weitere Erhöhung der Genugtuung.
1.4. Die Vorinstanz hat die wesentlichen Umstände betreffend die Auswirkungen der Strafuntersuchung auf die persönlichen Verhältnisse des Beschwerdeführers berücksichtigt. Bei der Berechnung der Höhe der Genugtuung massgeblich ins Gewicht gefallen ist die festgestellte und vom Beschwerdeführer nicht beanstandete Teilkausalität zwischen dem Strafverfahren und dem Gesundheitszustand sowie der Aufhebung des Besuchsrechts. In einer Gesamtbetrachtung und vor dem Hintergrund der Rechtsprechung (vgl. Urteile 6B_638/2016 vom 28. Oktober 2016 E. 3.2.2; 6B_1104/2015 vom 10. Oktober 2016 E. 3.2) ist in der ausgesprochenen Genugtuung keine Ermessensunterschreitung der Vorinstanz zu erkennen. Soweit die Vorbringen des Beschwerdeführers überhaupt den Begründungsanforderungen genügen (vgl. <ref-law>), vermag er keine Ermessensverletzung darzulegen.
1.5. Der Beschwerdeführer verkennt im Übrigen, dass die Genugtuung gemäss <ref-law> nicht wirtschaftliche Einbussen, die aus der notwendigen Beteiligung am Strafverfahren entstanden sind, entschädigt. Derartige Einbussen werden gemäss <ref-law> ersetzt. Die Vorinstanz hat dem Beschwerdeführer eine entsprechende Entschädigung rechtskräftig zugesprochen. Auf die diesbezügliche Rüge ist nicht einzutreten. Der damit zusammenhängende Beweisantrag zur Erstellung eines Gutachtens betreffend die Höhe des effektiven Schadens ist mangels Relevanz für die Beurteilung der Genugtuung abzuweisen.
2.
2.1. Der Beschwerdeführer rügt ferner eine Verletzung des Rechts auf ein faires Verfahren (Art. 6 EMRK), des Rechts auf Leben und persönliche Freiheit (<ref-law>), der allgemeinen Verfahrensgarantien (<ref-law>), der Rechtsweggarantie (<ref-law>), der Rechtsgleichheit (<ref-law>) und des Beschleunigungsgebots.
2.2. Die Rüge der Verletzung von Grundrechten (einschliesslich Willkür bei der Sachverhaltsfeststellung) muss in der Beschwerde anhand des angefochtenen Entscheids präzise vorgebracht und substanziiert begründet werden, anderenfalls darauf nicht eingetreten wird (vgl. <ref-law>; <ref-ruling> E. 2.4 S. 367 f.; <ref-ruling> E. 2.5 S. 210).
2.3. Der Beschwerdeführer setzt sich nicht mit den Erwägungen des vorinstanzlichen Beschlusses auseinander und legt nicht dar, inwiefern die aufgeführten Grundrechte verletzt sein sollen. Seine Vorbringen genügen den Begründungsanforderungen von <ref-law> nicht, weswegen darauf nicht einzutreten ist.
3.
Der Beschwerdeführer bringt ferner vor, die Staatsanwaltschaft habe unverhältnismässig und damit rechtswidrig gehandelt. Auf konkrete Verfahrenshandlungen nimmt er dabei nicht Bezug. Mangels ausreichender Begründung ist darauf nicht einzutreten (vgl. <ref-law>).
4.
Der Beschwerdeführer beantragt die Einleitung einer Untersuchung zur Feststellung möglicher Mängel im Verfahren und die Anordnung geeigneter Massnahmen zum Schutze von Betroffenen. Damit scheint er sinngemäss die Einleitung eines Aufsichtsverfahrens anzustreben. Eine entsprechende Anordnung liegt indes nicht in der Zuständigkeit des Bundesgerichts, weswegen auf die Anträge nicht einzutreten ist.
5.
Letztlich macht der Beschwerdeführer sinngemäss geltend, sein Anwalt sei im vorinstanzlichen Verfahren nicht für die effektiv eingesetzte Zeit entschädigt worden. Die Vorinstanz hat die Entschädigung für die amtliche Verteidigung des Beschwerdeführers im Beschwerdeverfahren mit separatem Beschluss festgesetzt (angefochtener Beschluss, Dispositivziffer 4). Die Entschädigung ist damit nicht Gegenstand des angefochtenen Beschlusses. Auf die Rüge ist nicht einzutreten.
6.
Die Beschwerde ist abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Angesichts der konkreten Umstände wird ausnahmsweise auf die Erhebung von Gerichtskosten verzichtet (<ref-law>). Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird gegenstandslos.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.
Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
3.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Bern, Beschwerdekammer in Strafsachen, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 18. Januar 2018
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Denys
Die Gerichtsschreiberin: Bianchi