Faits :
A.
Le 1er février 2004, B._ (ci-après : le client) a octroyé à A._ SA (ci-après : la société de gestion) - ayant notamment pour but la gestion et le commerce d'instruments financiers - un " pouvoir de gestion " sur son compte intitulé " xxx " ouvert auprès de la Banque U._ SA à Lausanne (ci-après : la banque). Le même jour, il a conclu avec la société de gestion un " contrat de commissions de gestion " conférant à celle-ci la possibilité de prélever directement deux types de commissions sur le compte bancaire : une commission de gestion (trimestrielle) et une commission de performance (semestrielle).
Au cours de la relation contractuelle, le client s'est plaint de l'évolution négative de son compte. Pour éviter de le perdre, la société de gestion (par son administrateur, M._) lui a alors proposé, comme elle l'avait déjà fait précédemment pour d'autres clients, de signer deux documents afin de supprimer/suspendre le prélèvement des commissions.
Le 8 mars 2007, le client et la société de gestion ont ainsi signé un formulaire intitulé " Mandat d'administration, gestion discrétionnaire / conseil " qui reproduisait les clauses en vigueur portant sur les deux types de commissions précités, le paragraphe consacré à la commission de performance étant toutefois intégralement biffé (ou barré) manuellement.
Dans un document manuscrit du même jour (ci-après désigné par " l'accord de suspension "), les parties ont convenu de suspendre le prélèvement des commissions de gestion jusqu'à ce que le compte " xxx " revienne à sa valeur initiale de 4'200'000 USD. Il est précisé que, pour calculer celle-ci, il y a lieu de tenir compte des prélèvements ou versements ayant modifié le solde du compte.
Entre 2007 et 2012, la société de gestion a prélevé 22 " commissions de gestion " (dont certaines étaient en réalité des commissions de performance), pour un total de 122'744.12 USD.
Par ordre signé le 11 juin 2012, le client a révoqué avec effet immédiat le mandat de gestion conféré à A._ SA.
Par courrier du 12 juin 2012, le client a fait savoir à la société de gestion qu'il venait de constater que celle-ci avait prélevé, à partir du 8 mars 2007, des commissions de performance pour l'année 2007, ainsi que des commissions de gestion.
Par courrier du 11 septembre 2012, le client a sollicité de la société de gestion qu'elle lui crédite le montant de 130'400 fr. 35 (130'435 fr. après correction) correspondant au prélèvement de commissions de performance (en 2007) et de gestion (entre 2007 et 2012).
Le 10 octobre 2012, le client a fait notifier à la société de gestion un commandement de payer pour un montant de 130'435 fr., intérêts en sus, auquel celle-ci a fait opposition totale.
B.
Le 9 novembre 2012, le client a ouvert action contre la société de gestion auprès de la Chambre patrimoniale cantonale vaudoise. La conciliation s'étant soldée par un échec, il a déposé sa demande le 4 avril 2013 et, dans ses dernières écritures, conclu à ce que sa partie adverse soit condamnée à lui payer le montant de 122'744.12 USD, intérêts en sus, et à ce que la mainlevée de l'opposition formée par la défenderesse soit prononcée à due concurrence.
Dans son rapport du 18 janvier 2015 (complété le 23 novembre 2015), l'expert-comptable sollicité par le tribunal constate que la condition qui permettrait de lever la suspension du prélèvement des commissions de gestion (gains > 4'200'000 USD) n'a pas été réalisée en 2007.
Par jugement du 30 octobre 2017, la Chambre patrimoniale cantonale a condamné la défenderesse à payer au demandeur le montant de 114'400.54 USD, intérêts en sus.
La défenderesse a interjeté appel auprès de la Cour d'appel civile du Tribunal cantonal vaudois contre ce jugement et le demandeur a requis la constitution de sûretés en garantie des dépens. La Cour d'appel civile a admis la requête et imparti un délai à l'appelante pour fournir les sûretés; le même jour, le demandeur a retiré sa requête.
Par arrêt du 27 septembre 2018, la cour cantonale a rejeté l'appel.
C.
La défenderesse exerce un recours en matière civile au Tribunal fédéral contre cet arrêt cantonal. Elle conclut à son annulation, à ce que la demande soit rejetée et les frais judiciaires des instances cantonales mis à la charge du demandeur, y compris ceux relatifs à la procédure portant sur la fourniture de sûretés. Subsidiairement, elle conclut à son annulation et au renvoi de la cause à l'autorité précédente pour nouvelle instruction et décision.
L'intimé conclut au rejet du recours.
La recourante a encore déposé des observations.
La requête d'effet suspensif présentée par la recourante a été admise par ordonnance présidentielle du 29 janvier 2019.

Considérant en droit :
1.
1.1. Interjeté en temps utile (art. 100 al. 1 et 45 al. 1 LTF) par la défenderesse qui a succombé dans ses conclusions libératoires (<ref-law>) contre une décision finale (<ref-law>) rendue sur appel par le tribunal supérieur du canton (<ref-law>) dans une affaire civile (<ref-law>) dont la valeur litigieuse dépasse 30'000 fr. (<ref-law>), le recours en matière civile est en principe recevable.
1.2. En matière de constatation des faits et d'appréciation des preuves, le Tribunal fédéral n'intervient, du chef de l'art. 9 Cst., que si le juge du fait n'a manifestement pas compris le sens et la portée d'un moyen de preuve, a omis sans motifs objectifs de tenir compte de preuves pertinentes ou a opéré, sur la base des éléments recueillis, des déductions insoutenables (<ref-ruling> consid. 4.2; <ref-ruling> consid. 4.3; <ref-ruling> consid. 2.1); encore faut-il que la correction du vice soit susceptible d'influer sur le sort de la cause.
La critique de l'état de fait retenu est soumise au principe strict de l'allégation énoncé par l'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 2.3 p. 266 et les références). La partie qui entend attaquer les faits constatés par l'autorité précédente doit expliquer clairement et de manière circonstanciée en quoi ces conditions seraient réalisées (<ref-ruling> consid. 1.3.1 p. 18 et les références). Si la critique ne satisfait pas à ces exigences, les allégations relatives à un état de fait qui s'écarterait de celui de la décision attaquée ne pourront pas être prises en considération (<ref-ruling> consid. 1.3.1 p. 18).
1.3. Sous réserve de la violation des droits constitutionnels (<ref-law>), le Tribunal fédéral applique le droit d'office (<ref-law>). Il n'est toutefois lié ni par les motifs invoqués par les parties, ni par l'argumentation juridique retenue par l'autorité cantonale; il peut donc admettre le recours pour d'autres motifs que ceux invoqués par le recourant, comme il peut le rejeter en opérant une substitution de motifs (<ref-ruling> consid. 1.4 et l'arrêt cité).
2.
La cour cantonale a constaté, par une reprise implicite de la motivation des premiers juges, que la volonté réelle des parties quant au prélèvement des commissions ne pouvait être établie. En application du principe de la confiance, elle a retenu que, dans les documents signés le 8 mars 2007, les parties avaient exprimé leur volonté (objective) de supprimer le paiement de la commission de performance (en biffant le passage correspondant) et de suspendre le prélèvement de la commission de gestion.
S'agissant de la suspension, celle-ci était toujours en vigueur en 2007 puisque l'objectif de 4'200'000 USD n'avait pas été atteint. Pour la période entre 2008 et 2012, la cour cantonale a admis que le prélèvement des commissions de gestion avait été suspendu. En prenant cette décision, l'administrateur M._ avait certes excédé ses pouvoirs internes, mais, le client devant être protégé dans sa bonne foi (cf. <ref-law>), il était justifié que la société ne perçoive pas de commissions de gestion. La recourante ne formule pas de critique à cet égard, mais elle se limite à affirmer qu'elle ne voulait pas exclure la perception de commissions de gestion pour une période si longue.
Cela étant, la cour précédente a conclu que la défenderesse avait prélevé de l'argent en l'absence de toute cause et, partant, que les conditions de l'enrichissement illégitime étaient remplies.
La recourante soutient au contraire que ni la suppression du paiement (pour la commission de performance) ni la suspension du prélèvement (pour la commission de gestion) ne peut lui être opposée et, en conséquence, qu'elle a prélevé les commissions litigieuses en se fondant sur une cause valable (convention conclue le 8 mars 2007), ce qui exclut tout enrichissement illégitime.
2.1. Dans son argumentation, la recourante mélange le fait et le droit et elle semble vouloir, sans même évoquer l'arbitraire (art. 9 Cst.) (ou alors seulement au stade de la réplique), soumettre au Tribunal fédéral à nouveau l'appréciation des preuves, en extrayant des passages choisis du dossier, ce qui n'est pas admissible (cf. supra consid. 1.2).
Il ne sera entré en matière sur ses critiques que dans la mesure où l'on parvient à discerner un grief précis et clairement formulé.
2.2. S'agissant de la commission de gestion, la recourante reproche à la cour cantonale d'avoir ignoré les caractéristiques principales inhérentes à tout " accord de suspension ", postulant ainsi - sans toutefois nommer explicitement les notions juridiques que son raisonnement présuppose - qu'il existerait, dans la pratique, un type reconnu (ou un modèle [ Musterbild]) d'accord de suspension (sur la notion de " type ", cf. TERCIER/BIERI/CARRON, Les contrats spéciaux, 5e éd. 2016, n. 258 ss p. 37). Elle remarque alors que l'accord conclu entre les parties n'est pas conforme au modèle " accord de suspension " sur plusieurs points, qu'il ne contient même pas les éléments qui permettraient de conclure qu'un acte juridique serait " venu à chef " et, partant, qu'il n'existe aucune cause valable permettant de suspendre les prélèvements.
2.2.1. La recourante se demande ainsi si l'accord de suspension du 8 mars 2007 (objet de l'interprétation) peut être, ou non, attribué au modèle " accord de suspension ", soit un accord qu'elle a elle-même choisi d'élever au rang de modèle, en fixant de son propre chef ses éléments caractéristiques. La démarche préconisée par la recourante - totalement étrangère à celle qui gouverne l'interprétation (ici : objective) d'une clause contractuelle - est dès lors impropre à trancher la question litigieuse qui s'énonce en l'occurrence comme suit : la cour cantonale a-t-elle appliqué de manière incorrecte le principe de la confiance en retenant que, dans les circonstances de l'espèce, l'intention des parties était de suspendre le prélèvement de la commission de gestion et de fixer le seuil de reprise à 4'200'000 USD ?
L'intention des parties, telle qu'elle a été décrite par la cour cantonale, est corroborée par les circonstances ayant entouré la conclusion de l'accord de suspension. Il n'est en effet pas contesté que le demandeur s'était plaint des services de la défenderesse, que celle-ci n'entendait pas perdre son client et que les parties ont signé deux documents le 8 mars 2007. Il résulte de ces documents que les parties ont prévu de supprimer les commissions de performance (cf. encore infra consid. 2.2.3), partant, que la suspension visait le seul prélèvement des commissions de gestion et qu'elles ont explicitement chiffré le seuil à partir duquel la reprise des prélèvements pouvait être opérée. On ne voit donc pas comment on pourrait reprocher à la cour cantonale d'avoir admis, au terme de son interprétation (objective), l'existence d'un accord de suspension et la recourante, qui s'appuie sur une construction artificielle, n'apporte aucun autre élément susceptible de remettre en cause cette conclusion.
2.2.2. Dans une argumentation subsidiaire, la recourante soutient que, même si l'on admettait que l'accord de suspension était venu à chef, la cour cantonale ne pourrait être suivie. Pour défendre sa thèse, la recourante substitue toutefois sa propre version des faits à celle retenue par les juges précédents, ce qui n'est pas admissible. La Cour de céans ne saurait dès lors entrer en matière sur cette critique.
2.3. En ce qui concerne la commission de performance, la recourante est d'avis que le fait que celle-ci ait été intégralement barrée dans le formulaire " mandat d'administration ", ne veut pas encore dire, en l'absence de signature à côté du passage biffé, que les parties seraient effectivement convenues d'une suppression de ce type de commissions.
La recourante reprend un argument qu'elle avait déjà soulevé devant la cour précédente, sans toutefois critiquer la motivation alors fournie par celle-ci. A cet égard, force est de constater que les juges cantonaux n'ont pas ignoré l'absence de paraphe, mais qu'ils ont ajouté que si l'intimé était à l'origine de la suppression (biffage du passage traitant de la commission de performance), qui était à son avantage, la recourante aurait été en mesure de produire sa propre version du contrat pour démontrer, le cas échéant, que ce même passage n'avait pas été biffé. L'argument convainc et on ne voit pas ce que l'on pourrait reprocher à la cour cantonale sur ce point.
2.4. A titre subsidiaire, la recourante soutient que le demandeur commet un abus de droit en invoquant les dispositions sur l'enrichissement illégitime " dans le contexte des relations entre parties ". Elle considère que le demandeur adopte un comportement contradictoire lorsqu'il se plaint de n'avoir pas été suffisamment informé de sa situation bancaire alors même que leur rapport contractuel n'imposait aucun devoir d'information à la société de gestion et que son client n'avait pas pris connaissance de l'évolution de son compte pendant des années.
Par ces considérations pour le moins confuses, la recourante semble invoquer un prétendu comportement contradictoire pour en tirer d'emblée des conclusions quant au sens de l'accord noué entre les parties. Elle mêle ainsi deux questions juridiques qui doivent pourtant être clairement distinguées:
a) Il s'agit tout d'abord de déterminer le contenu (la portée) de la relation contractuelle liant les parties. La défenderesse ne pourrait refuser de restituer les commissions litigieuses que si leur prélèvement reposait sur une cause valable, ce qui implique nécessairement que les clauses de suspension/de suppression soient écartées. Comme on l'a vu, l'interprétation de l'accord, et plus singulièrement l'application du principe de la confiance, ne va toutefois pas dans le sens souhaité par la recourante (cf. supra consid. 2.2.1).
b) En l'absence de cause valable (les clauses de suspension/de suppression étant toujours en vigueur), le demandeur est en principe habilité à exercer son droit à restitution (<ref-law>) et c'est à ce stade qu'il convient d'examiner s'il abuse de son droit en l'exerçant, ce qui peut être le cas notamment s'il a adopté un comportement contradictoire.
La recourante tente de tirer argument de l'<ref-ruling>, consacré à l'attitude contradictoire d'un locataire. Les juges fédéraux ont retenu qu'une exception au droit de répétition des <ref-law> peut être admise, par exemple, lorsque le preneur s'est rendu compte du vice de forme (absence de formule officielle) et s'est abstenu de protester dans le dessein d'en tirer, le cas échéant, ultérieurement profit ou encore lorsque le locataire a renoncé expressément et en toute connaissance de cause à la notification de la formule officielle et a exécuté de son plein gré l'accord conclu. En revanche, le seul fait d'avoir payé, sans discuter, le loyer pendant un long laps de temps ne saurait, à lui seul, conduire à la conclusion que le locataire commet un abus de droit (<ref-ruling> consid. 3.2.4 p. 589 et les arrêts cités).
Il n'est pas nécessaire de se demander si, sur le principe, la comparaison entre le cas d'espèce et ce précédent (celui-ci se différenciant de celui-là notamment par le fait qu'il traite du cas particulier des vices de forme) se justifie raisonnablement. Il suffit ici de constater que les reproches formulés par la recourante désignent tous une (simple) attitude passive du demandeur, qui est - même selon ce précédent - impropre à constituer un abus de droit manifeste. La recourante n'évoque aucun autre élément susceptible de conduire à une conclusion inverse. Elle ne prétend pas que le demandeur aurait adopté un comportement actif, en ce sens qu'il aurait explicitement indiqué avoir renoncé, en toute connaissance de cause, à la suppression ou à la suspension des prélèvements, et que sa demande de remboursement révélerait dès lors une attitude contradictoire.
Le grief tiré de l'exercice abusif du droit, remis dans son contexte, est sans aucune consistance.
2.5. La recourante reproche encore à la cour cantonale d'avoir nié la prescription de l'action en enrichissement illégitime.
2.5.1. Selon l'<ref-law>, l'action pour cause d'enrichissement illégitime se prescrit par un an à compter du jour où la partie lésée a eu connaissance de son droit de répétition et, dans tous les cas, par dix ans dès la naissance de ce droit.
A l'instar de ce qui prévaut pour l'action délictuelle (<ref-law>), le délai d'un an commence à courir lorsque l'appauvri connaît suffisamment les éléments propres à fonder et à motiver son action en justice. Il doit ainsi connaître la mesure approximative de l'atteinte à son patrimoine, l'absence de cause du déplacement de patrimoine et la personne de l'enrichi. Est déterminant le moment de la connaissance effective de sa prétention. Ici aussi, on attend du créancier qui connaît les éléments essentiels de sa prétention qu'il se renseigne sur les détails et précisions nécessaires à la conduite du procès (<ref-ruling> consid. 3.4; <ref-ruling> consid. 2).
La constatation de ce qu'une personne savait ou ignorait à un moment donné relève du fait et, sauf arbitraire (<ref-law>; art. 9 Cst.), lie le Tribunal fédéral (<ref-law>). Relève en revanche du droit la question de savoir si cette constatation remplit les conditions de la connaissance au sens de l'<ref-law>.
2.5.2. La recourante prétend que le délai de prescription a commencé à courir dès 2009, soit lorsque le demandeur " a reçu les documents bancaires qu'il dit n'avoir pas examinés ".
En lien avec cette critique, la cour cantonale s'est penchée sur les informations reçues par le demandeur, en particulier l'état de situation de ses comptes (du 9 janvier 2009), ainsi que sur les échanges téléphoniques ayant fait l'objet de retranscriptions (notamment une notice interne du 15 janvier 2009) destinées à garder un suivi des ordres passés par le client. Les juges précédents ont alors constaté qu'aucune information ne traitait du prélèvement de commissions et que la seule mention (dans la notice interne, en dessous du descriptif d'une opération bancaire à venir) selon laquelle les parties ont " contrôlé ensemble les détails " était insuffisante pour conclure qu'il avait connaissance des prélèvements litigieux. Ils ont encore mis en évidence que le demandeur, entre 2005 et 2007, signait encore des relevés bancaires ou d'autres documents dont le contenu faisait clairement état du prélèvement de commissions et que cela n'a plus jamais été le cas après 2007.
Pour autant que le moyen soit recevable (la recourante se bornant à reprendre une critique déjà formulée dans son appel cantonal), on ne voit pas, sur la base des constatations cantonales, comment on pourrait en conclure (en droit) que le demandeur avait connaissance que des prélèvements avaient été opérés après 2007 et, plus particulièrement, comment il aurait pu le savoir sur la base des informations reçues en 2009.
3.
Dans un dernier moyen, la recourante revient sur la requête de sûretés présentée par le demandeur devant l'autorité cantonale. Elle considère que, cette requête ayant été retirée par le demandeur, les juges cantonaux auraient violé l'<ref-law> en ne mettant pas les frais et dépens à la charge de celui-ci.
La recourante omet de préciser que, par avis du 13 mars 2018, le Juge délégué de la Cour d'appel civile a admis la requête de sûretés et imparti un délai à la défenderesse pour fournir celles-ci. On ne saurait dès lors qualifier d'inutiles (cf. <ref-law>) les frais ainsi causés par le demandeur et le retrait de sa requête n'y change rien, étant précisé que la recourante ne tente pas de soutenir que le demandeur aurait eu d'emblée l'intention, au moment de déposer sa requête, de la retirer, uniquement dans un but chicanier.
Quant à l'argument selon lequel le retrait de la requête équivaudrait à un désistement qui, selon l'<ref-law>, conduirait à mettre les frais à la charge du demandeur, il est dénué de pertinence, cette dernière disposition traitant du désistement d'action (et non du retrait d'une requête n'ayant en soi aucune incidence sur le sort de l'action).
Le moyen est infondé.
4.
Il en résulte que le recours en matière civile doit être rejeté dans la mesure où il est recevable.
Les frais et dépens sont mis à la charge de la recourante, qui succombe (art. 66 al. 1 et 68 al. 1 et 2 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 5'000 fr. sont mis à la charge de la recourante.
3.
La recourante versera à l'intimé une indemnité de 6'000 fr. à titre de dépens.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et au Tribunal cantonal du canton de Vaud, Cour d'appel civile.
Lausanne, le 5 septembre 2019
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente : Kiss
Le Greffier : Piaget