Faits :
A.
La C._ SA a pour but le transport par bateau des voyageurs et des marchandises sur les lacs de Neuchâtel, Morat et Bienne et les rivières ou canaux qui les relient. La société D._ SA, filiale de C._ SA, avait pour but jusqu'au 19 juillet 2018 de fournir la restauration sur les bateaux appartenant à C._ SA. B._ a été engagé comme directeur de C._ SA et de D._ SA en 2006. Début 2017, ces deux sociétés ont résilié leurs rapports de travail avec B._.
Par communiqué de presse du 7 juillet 2017, le Conseil d'Etat du canton de Neuchâtel (ci-après: le Conseil d'Etat) a fait savoir que, tout comme les cantons de Fribourg et de Vaud, le canton était non seulement actionnaire de C._ SA à hauteur de 21%, mais qu'il subventionnait cette société à raison de 1,5 million de francs par an. Il a informé, avec l'appui des cantons de Vaud et de Fribourg, vouloir mettre en oeuvre un audit de C._ SA et de D._ SA, ces sociétés présentant un déficit de transparence dans leur gestion et des problèmes financiers (une perte potentielle de capital pour C._ SA et un surendettement effectif pour D._ SA) : la presse s'était de plus récemment faite l'écho d'augmentation de salaire, consentie par un conseiller communal de la Ville de Neuchâtel en faveur de B._; l'audit confié à E._ SA visait à s'assurer la bonne utilisation de l'argent public, de même qu'à évaluer la structure et la gouvernance des deux sociétés précitées afin de permettre la prise de mesures d'assainissement indispensables à garantir la pérennité de la navigation touristique dans la région des Trois-Lacs.
Le 20 novembre 2017, E._ SA a rendu son rapport final intitulé "Analyse factuelle de C._ SA et de sa société-fille D._ SA", qui porte sur la période allant de 2012 à 2017. Par communiqué de presse du 13 décembre 2017, le Conseil d'Etat a informé que l'audit avait mis en évidence des dysfonctionnements dans la gestion des affaires et des fautes dans la comptabilisation des charges, un manque de gouvernance et de transparence chez D._ SA en matière de processus internes ainsi qu'une absence de formalisation des règles de fonctionnement. Il a précisé que ces lacunes avaient conduit les cantons de Fribourg, de Neuchâtel et de Vaud à demander des mesures d'assainissement immédiates au conseil d'administration de C._ SA, l'examen de la mise en oeuvre d'une fusion à court terme des deux sociétés, une analyse des taux de rentabilité du volet gastronomie de D._ SA, afin de décider, au regard de cette analyse, du maintien ou non de cette activité au sein de la future entité fusionnée ainsi que l'établissement d'un plan d'assainissement financier des sociétés comprenant des mesures permettant de sortir de la situation de surendettement dès le budget 2019. Le Conseil d'Etat a encore indiqué que le rapport d'audit avait été transmis au Ministère public du canton de Neuchâtel (ci-après: le Ministère public).
B.
Le 31 juillet 2017, le Ministère public avait ouvert une instruction pénale afin de déterminer si une infraction pénale avait été commise à propos de l'augmentation de salaire de B._. Par ordonnance du 13 août 2018, cette procédure a été classée. A cette même date, le Ministère public a rendu une ordonnance pénale contre B._ portant sur le prélèvement sans autorisation d'un montant de 10'000 francs sur le compte de C._ SA, le condamnant à une peine pécuniaire de 45 jours-amende à 100 francs. Par jugement du 25 mars 2019, le Tribunal de police du Tribunal régional du Littoral et du Val-de-Travers a acquitté B._. La cause est actuellement pendante devant la Cour pénale du Tribunal cantonal du canton de Neuchâtel, devant laquelle le Ministère public a fait appel.
En décembre 2017, B._ a introduit, auprès du Tribunal civil du Tribunal régional du Littoral et du Val-de-Travers, une action à l'encontre de C._ SA pour licenciement abusif.
C.
Par lettre du 18 décembre 2017, F._, rédacteur auprès de G._, quotidien détenu par A._ SA, a demandé au Conseil d'Etat de pouvoir consulter le rapport d'audit du 20 novembre 2017. Envisageant de donner une suite favorable à cette requête, le Conseil d'Etat a notamment invité, le 31 janvier 2018, B._ et le conseiller communal de la Ville de Neuchâtel concerné à se déterminer ainsi que le Ministère public à lui faire part de ses éventuelles objections. Le 5 février 2018, le Ministère public a répondu que, de son point de vue, rien ne s'opposait à la transmission d'une copie du rapport d'audit à la presse. B._ et le conseiller communal se sont quant à eux opposés à la transmission du rapport et ont demandé, à titre subsidiaire, - sans donner de précision - l'anonymisation de passages ou des corrections du contenu du rapport.
Par courrier du 11 avril 2018, le Conseil d'Etat a informé B._ et le conseiller communal précité qu'il ne pouvait renoncer à la communication du rapport d'audit en question pour les motifs qu'ils invoquaient. Il leur a toutefois signalé qu'il leur permettrait de faire valoir leur version des faits, qu'il communiquerait avec le rapport d'audit en priant le journaliste de la relater dans son éventuel article. Il leur a imparti un délai afin de lui adresser ce document et/ou de saisir le Préposé à la protection des données et à la transparence des cantons du Jura et Neuchâtel (ci-après: le Préposé) d'une requête de conciliation s'ils entendaient maintenir leur opposition à la transmission du rapport d'audit. Le conseiller communal concerné a fait savoir au Conseil d'Etat qu'il renonçait à saisir le Préposé et qu'il se limitait à signaler deux lacunes factuelles présentes dans le rapport de E._ SA qui, étant selon lui importantes, auraient dû être corrigées avant toute diffusion. Il sollicitait aussi l'anonymisation de tous les noms. Le Conseil d'Etat l'a informé, le 9 mai 2018, qu'il acceptait les conditions ainsi proposées mais que, comme une autre personne intéressée au rapport d'audit avait saisi le Préposé d'une requête de conciliation (voir ci-après let. D), ce document ne pouvait pas être transmis pour l'heure.
D.
Le 20 avril 2018, B._ a déposé une requête de conciliation auprès du Préposé, concluant à ce qu'il soit interdit au Conseil d'Etat de transmettre le rapport d'audit du 20 novembre 2017. Il a fait valoir que son licenciement était abusif, qu'il avait introduit action à l'encontre de C._ SA, qu'il allait faire de même à l'encontre de D._ SA et qu'une procédure pénale était en cours. A la suite de l'audience de conciliation du 16 mai 2018, le Préposé a confirmé que la procédure de conciliation ouverte était suspendue jusqu'à fin septembre 2018. Le 23 novembre 2018, il a informé les parties que le document en cause était contenu dans le dossier pénal, pendant devant la Cour pénale du Tribunal cantonal et qu'il apparaissait que les parties ne désiraient pas se concilier tant que la procédure pénale était en cours. Il a indiqué que tant que la procédure pénale était en cours, les demandeurs d'accès au document devaient s'adresser aux autorités pénales compétentes. Il a encore mentionné que les parties avaient la possibilité de saisir, aussi longtemps qu'elles conservaient un intérêt actuel, la Commission de la protection des données et de la transparence des cantons du Jura et de Neuchâtel (ci-après: la Commission).
E.
Le 7 décembre 2018, A._ SA a déposé auprès de la Commission une demande d'accès à l'audit du 20 novembre 2017, subsidiairement à un accès à ce document anonymisé. Par décision du 19 novembre 2019, la Commission a constaté que B._ n'avait aucun intérêt prépondérant empêchant la communication de ce document à la requérante et a renvoyé le dossier au Conseil d'Etat en vue de la communication de ce document à A._ SA, pour autant qu'aucun autre intérêt privé prépondérant ne s'y oppose.
F.
Par arrêt du 4 juin 2020, la Cour de droit public du Tribunal cantonal du canton de Neuchâtel (ci-après: le Tribunal cantonal) a admis le recours déposé par B._ contre la décision du 19 novembre 2019. Elle a réformé la décision du 19 novembre 2019 en ce sens que la demande d'accès à un document officiel formulée par A._ SA le 7 décembre 2018 est irrecevable. Elle a considéré en substance que la Commission n'était pas compétente, tant que des procédures civiles et pénale (dans le dossier desquelles figurait le rapport d'audit litigieux) étaient en cours.
G.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public, A._ SA demande principalement au Tribunal fédéral d'annuler l'arrêt du 4 juin 2020 et de confirmer la décision de la Commission du 19 novembre 2019. Elle conclut subsidiairement au renvoi du dossier à l'instance précédente pour nouvelle décision au sens des considérants.
La Commission renonce à se déterminer. Le Tribunal cantonal se réfère aux motifs de l'arrêt attaqué et conclut au rejet du recours. Le Préposé fait valoir que les autorités neuchâteloises de protection des données et de la transparence ne sont pas compétentes pour traiter de la demande de la recourante, tant que le document en question est entre les mains des tribunaux civil et pénal: il conclut au rejet du recours et à ce que la procédure de conciliation devant lui, ouverte le 20 avril 2018, reprenne sitôt que les procédures pendantes dans lesquelles figure le rapport d'audit du 20 novembre 2017 seront closes. Le Conseil d'Etat conclut à l'admission du recours, alors que B._ conclut à son rejet. La recourante a répliqué.

Considérant en droit :
1.
L'arrêt attaqué, relatif à une procédure d'accès à un document officiel au sens de la Convention intercantonale du 9 mai 2012 relative à la protection des données et à la transparence dans les cantons du Jura et de Neuchâtel (CPDT-JUNE; RS/NE 150.30), constitue une décision finale (<ref-law>) rendue dans une cause de droit public (<ref-law>) par une autorité cantonale de dernière instance (art. 86 al. 1 let. d LTF). La recourante, qui a pris part à la procédure devant l'autorité précédente (<ref-law>), est particulièrement touchée par l'arrêt attaqué qui déclare irrecevable sa demande d'accès à un document officiel. Elle dispose ainsi d'un intérêt digne de protection à l'annulation ou à la modification de l'arrêt attaqué (art. 89 al. 1 let. b et c LTF).
Les autres conditions formelles de recevabilité énoncées aux <ref-law> sont remplies, de sorte qu'il y a lieu d'entrer en matière.
2.
La recourante se plaint brièvement d'une constatation manifestement inexacte des faits.
Le Tribunal fédéral statue en principe sur la base des faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>), sous réserve des cas prévus à l'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 4.4.3 p. 156). La recourante ne peut critiquer les constatations de fait ressortant de la décision attaquée que si celles-ci ont été effectuées en violation du droit au sens de l'<ref-law> ou de manière manifestement inexacte, c'est-à-dire arbitraire, et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 2 p. 190).
En l'occurrence, la recourante reproche au Tribunal cantonal de ne pas avoir exposé la motivation de la Commission quant à la question de savoir si l'art. 69 al. 2 CPDT-JUNE fait obstacle à la demande d'accès en question. Le fait que le Tribunal cantonal ne reprenne pas le raisonnement juridique de la Commission quant à l'art. 69 al. 2 CPDT-JUNE ne permet pas de déduire qu'il y a un établissement arbitraire des faits. En réalité, la recourante ne conteste pas l'établissement d'un fait mais plutôt une appréciation juridique. Il s'agit ainsi d'une question de droit qui sera examinée avec le fond (voir infra consid. 3).
Le grief de constatation manifestement inexacte des faits doit donc être rejeté, dans la faible mesure de sa recevabilité.
3.
Il n'est pas contesté que le rapport d'audit litigieux est un document officiel au sens de l'art. 70 CPDT-JUNE (cf. aussi art. 5 de la loi fédérale du 17 décembre 2004 sur le principe de la transparence dans l'administration [LTrans; RS 152.3] et <ref-ruling> consid. 2 p. 94 ss.). La recourante fait grief au Tribunal cantonal d'avoir violé l'art. 69 al. 2 CPDT-JUNE et l'art. 18 de la Constitution du canton de Neuchâtel du 24 septembre 2000 (Cst./NE; RS 131.233), en refusant l'accès au rapport d'audit litigieux.
3.1. Contrairement au droit cantonal, revu sous l'angle de l'arbitraire, le Tribunal fédéral contrôle librement l'application du droit intercantonal (cf. art. 95 let. e LTF; arrêt 1C_472/2017 du 29 mai 2018 consid. 2.1, in ZBl 2018 452). Le grief de violation du droit intercantonal est toutefois soumis, comme ceux tirés de la violation de droits fondamentaux, aux exigences de motivation accrues de l'<ref-law>; aussi, l'acte de recours doit contenir un exposé succinct des droits ou principes violés et exposer de manière claire et circonstanciée en quoi consiste leur violation (cf. <ref-law>; <ref-ruling> consid. 2.2 p. 232; <ref-ruling> consid. 1.2 p. 234).
3.2. L'art. 18 Cst./NE consacre le droit à l'information. Toute personne a ainsi le droit de consulter les documents officiels, dans la mesure où aucun intérêt public ou privé prépondérant ne s'y oppose. L'art. 51 Cst./NE (devoir d'information) prévoit que les autorités cantonales sont tenues de donner au public des informations suffisantes sur leurs activités. En application de ces dispositions constitutionnelles, le canton de Neuchâtel a conclu avec celui du canton du Jura la CPDT-JUNE. Il y a adhéré par décret du 4 septembre 2012 avec effet au 1 er janvier 2013. Cette convention, qui vient remplacer pour le canton de Neuchâtel la loi du 28 juin 2008 sur la transparence des activités Etatiques, a pour but d'instaurer une législation commune aux deux cantons dans les domaines de la protection des données et de la transparence (art. 1 al. 1). Elle a notamment pour buts de permettre la formation autonome des opinions, de favoriser la participation des citoyens à la vie publique et de veiller à la transparence des activités des autorités (art. 1 al. 3). Selon l'art. 3 al. 3 CPDT-JUNE, la convention fixe, en matière de transparence, les principes communs applicables, la politique d'information et ses modalités étant laissées aux soins des cantons. La convention définit les autorités compétentes et leurs attributions (art. 4 ss). Elle fixe les principes applicables en matière de protection des données, y compris les règles de procédure (art. 14 ss), ainsi que, dans son chapitre IV (art. 57 ss), la réglementation relative au principe de transparence.
Selon l'art. 69 al. 1 CPDT-JUNE, toute personne a le droit d'accéder aux documents officiels dans la mesure prévue par la présente convention. L'accès aux documents officiels ayant trait aux procédures et arbitrages pendants est régi par les dispositions de procédure (al. 2).
3.3. En l'espèce, le Tribunal cantonal a estimé que c'était à tort que la Commission s'était considérée compétente, alors que des procédures civiles et pénale étaient en cours. Pour lui, comme le rapport d'audit litigieux faisait physiquement partie du dossier de la procédure pénale en cours, l'exception de l'art. 69 al. 2 CPDT-JUNE trouvait application au cas d'espèce, de sorte que la Commission aurait dû constater que le rapport d'audit faisait partie, pour le moins, du dossier pénal actuellement pendant devant la Cour pénale du Tribunal cantonal, voire des dossiers civils en cours auprès du Tribunal civil du Tribunal régional du Littoral et du Val-de-Travers: il appartenait dès lors à ces autorités judiciaires de se prononcer, cas échéant, sur la transmission du document en cause et non aux autorités de protection des données et de la transparence, incompétentes en la matière.
3.4. L'art. 69 al. 2 CPDT-JUNE s'applique aux documents officiels ayant trait aux procédures pendantes, sans définir ce que signifie "avoir trait". L'art. 3 al. 1 let. a ch. 1 et 2 LTrans contient une réglementation comparable et prévoit que cette loi ne s'applique notamment pas à l'accès aux documents officiels concernant les procédures civiles et pénales. Les autorités cantonales s'inspirent lors de l'application de l'art. 69 CPDT-JUNE de l'<ref-law>, faute de réglementation divergente. Le Tribunal fédéral peut donc aussi procéder de la sorte.
Dans son Message relatif à la LTrans, le Conseil fédéral a indiqué que "l'accès aux documents relatifs aux procédures administratives et judiciaires énumérées à l'art. 3 let. a est régi par les lois spéciales applicables. Les documents qui, bien qu'ayant un rapport plus large avec les procédures en question, ne font pas partie du dossier de procédure au sens strict, sont en revanche accessibles aux conditions de la loi sur la transparence. La disposition garantissant la formation libre de l'opinion et de la volonté d'une autorité s'appliquera par conséquent chaque fois que la divulgation d'un document officiel est susceptible d'influencer le déroulement de procédures déjà engagées ou d'opérations préliminaires à celles-ci" (Message du 12 février 2003 relatif à la LTrans, FF 2003 1807, 1850, ch. 2.2.2.1.1 in fine).
Afin d'éviter une collision de normes, il est impossible de recourir à la loi sur la transparence dans le but d'éluder les règles spéciales concernant l'accès aux documents relevant des procédures topiques (recommandation du Préposé fédéral à la protection des données et à la transparence du 2 décembre 2019 N. 15). L'accès à un document ne doit pas pouvoir entraver la bonne marche d'une procédure judiciaire. Cependant, si l'art. 69 al. 2 CPDT-JUNE devait être interprété de manière si étroite qu'il ne signifie qu'une priorité des droits d'accès prévus par les lois de procédure spécifiques, la disposition serait privée de toute valeur indépendante (CHRISTA STAMM-PFISTER, Basler Kommentar, DSG-BGÖ, 3ème éd. 2014, N. 5 ad <ref-law>). Il faut au contraire distinguer, comme le fait le Préposé fédéral, d'une part, entre les documents élaborés en dehors d'une procédure judiciaire (et pas non plus explicitement en vue d'une telle procédure) et, d'autre part, les documents qui ont été ordonnés expressément dans le cadre d'une procédure judiciaire (par exemple un échange d'écritures ou une expertise mise en oeuvre par les autorités judiciaires). C'est seulement pour ces derniers que le principe de la transparence ne s'applique pas; les autres documents demeurent accessibles en vertu du principe de la transparence (cf. STAMM-PFISTER, op. cit., ibid.). D'ailleurs, selon la pratique du Préposé fédéral à la protection des données et à la transparence (PFPDT), "il n'est pas possible d'exclure l'application de la LTrans lorsque, dans le cadre de la procédure pendante, les documents en question constituent uniquement des moyens de preuve et ne sont ni directement en relation avec la décision attaquée, ni étroitement liés à l'objet du litige; admettre l'application de l'<ref-law> dans un tel cas équivaudrait à permettre [...] de contourner sciemment le but de la loi sur la transparence par la simple production des documents demandés dans une procédure quelconque avec laquelle ils n'entretiennent qu'un lien lâche" (recommandation du PFPDT du 2 décembre 2019 ch. 15).
Les termes "ayant trait" (art. 69 al. 2 CPDT-JUNE) et "concernant" (<ref-law>) se comprennent ainsi comme visant des documents qui concernent précisément la procédure au sens strict (actes qui émanent des autorités judiciaires ou de poursuite ou qui ont été ordonnés par elles) et non ceux qui peuvent se trouver dans le dossier de procédure au sens large.
3.5. En l'espèce, le rapport d'audit du 20 novembre 2017 a été commandé en juillet 2017 par le Conseil d'Etat en sa qualité de pouvoir public qui octroie des subventions à C._ SA et D._ SA. Il repose en effet sur l'art. 27 de la loi neuchâteloise sur les subventions du 1er février 1999 (LSub; RS/NE 601.8) imposant au Conseil d'Etat de veiller à ce que les subventions soient utilisées conformément à leur destination et dans le respect des conditions et des charges auxquelles leur octroi est subordonné. Le Conseil d'Etat est ainsi le commanditaire et le destinataire du rapport litigieux.
Concernant les procédures civiles en cours, B._ a déposé lui-même une copie du rapport d'audit précité au dossier, à titre de preuve littérale. Ledit rapport n'a donc pas été sollicité par le tribunal et ne lui est pas destiné. Il se trouve au dossier uniquement parce que le demandeur en a déposé une copie et l'a fourni à titre de preuve littérale. S'ajoute à cela que le rapport d'audit en cause est postérieur au congé donné à B._. Cette pièce n'entretient ainsi aucun lien intrinsèque avec les procédures civiles en cours et ne fait pas partie du dossier civil au sens strict; comme l'a retenu la Commission, sa divulgation ne paraît aucunement susceptible d'influencer le déroulement du procès civil. Il ne s'agit dès lors pas d'un document ayant trait à une procédure civile au sens de l'art. 69 al. 2 CPDT-JUNE.
Quant à la procédure pénale pendante, le rapport d'audit litigieux se trouve au dossier puisque le Ministère public l'a demandé à la Chancellerie d'Etat pour en prendre connaissance. A nouveau, le document n'émane pas d'une autorité de poursuite pénale et ne lui est pas destiné. De plus, l'intimé ne démontre pas en quoi le rapport d'audit concernerait le volet de la procédure pénale encore pendante, qui se rapporte à deux prélèvements faits par B._ sur le compte de C._ SA et sur le compte de D._ SA. Dans ces conditions, le rapport en cause n'apparaît pas étroitement lié à l'objet du litige et ne saurait être qualifié de document ayant trait à une procédure pénale au sens de l'art. 69 al. 2 CPDT-JUNE. Cela se justifie d'autant moins que le Ministère public, dans son courrier du 5 février 2018, ne s'est pas opposé à la transmission du rapport d'audit litigieux à la presse.
En définitive, tant dans la procédure pénale que dans les procédures civiles en cours, le rapport d'audit ne constitue ni un acte de procédure ni un acte d'instruction lié à la procédure en cause. En d'autres termes, il ne s'agit pas d'une pièce établie par l'autorité judiciaire ou sous son égide (comme le serait une expertise judiciaire par exemple), mais d'un document élaboré en dehors de toute procédure judiciaire qui a simplement été déposé dans les dossiers civils et pénal. Il n'est ainsi pas exclu du champ d'application à raison de la matière de la CPDT-JUNE.
Au demeurant, le raisonnement de la cour cantonale, selon lequel dès lors qu'un document est intégré physiquement dans un dossier pénal et/ou civil en cours, la CPDT-JUNE ne trouve pas application, peut difficilement être suivi au regard des buts recherchés par cette convention. En effet, selon l'art. 69 al. 1 CPDT-JUNE, toute personne a le droit d'accéder aux documents officiels dans la mesure prévue par la présente convention. Ce droit d'accès général concrétise les buts fixés à l'art. 1 al. 3 CPDT-JUNE de permettre la formation autonome des opinions, de favoriser la participation des citoyens à la vie publique et de veiller à la transparence des activités des autorités. Les art. 69 al. 1 et 1 al. 3 CPDT-JUNE correspondent dans une large mesure aux art. 6 et 1 LTrans, qui tendent à renverser le principe du secret de l'activité de l'administration au profit de celui de la transparence quant à la mission, l'organisation et l'activité du secteur public. Il s'agit en effet de rendre le processus décisionnel de l'administration plus transparent dans le but de renforcer le caractère démocratique des institutions publiques de même que la confiance des citoyens dans les autorités, tout en améliorant le contrôle de l'administration (<ref-ruling> consid. 2.3.1 p. 213; Message LTrans, op. cit., FF 2003 1807 ss, 1819, 1827; arrêt 1C_59/2020 du 20 novembre 2020 consid. 4.1).
Sur le vu de ce qui précède, l'arrêt attaqué apparaît en contradiction avec le principe de transparence tel qu'il découle de la CPDT-JUNE et de la Constitution neuchâteloise. La cour cantonale a ainsi violé l'art. 69 al. 2 CPDT-JUNE en jugeant que l'exception prévue par cette disposition trouvait application en l'espèce.
4.
Il s'ensuit que le recours doit être admis et l'arrêt attaqué annulé. La décision de la Commission du 19 décembre 2019 est confirmée dans le sens qu'il est ordonné au Conseil d'Etat de communiquer à la recourante le rapport d'audit du 20 novembre 2017, après avoir examiné si certaines parties de ce rapport doivent éventuellement demeurer secrètes en application de l'art. 72 al. 3 CPDT-JUNE (en particulier s'il devait contenir des données personnelles dont la révélation pourrait porter atteinte à la sphère privée).
La recourante, qui obtient gain de cause avec l'assistance d'un avocat, a droit à des dépens, à la charge de l'intimé (<ref-law>). Les frais judiciaires sont également mis à la charge de l'intimé (<ref-law>). La cause est renvoyée à la cour cantonale pour nouvelle décision sur les dépens de l'instance cantonale.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est admis et l'arrêt attaqué est annulé. La décision de la Commission de la protection des données et de la transparence du 19 décembre 2019 est confirmée au sens des considérants.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 3'000 francs, sont mis à la charge de l'intimé.
3.
Une indemnité de dépens de 3'000 francs est allouée à la recourante, à charge de l'intimé.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux parties, à la Commission de la protection des données et de la transparence, au Préposé à la protection des données et à la transparence Jura Neuchâtel, au Conseil d'Etat du canton de Neuchâtel et à la Cour de droit public du Tribunal cantonal du canton de Neuchâtel.
Lausanne, le 12 janvier 2021
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Kneubühler
La Greffière : Tornay Schaller