Sachverhalt:
A.
A.a. Der 1962 geborene A._ leidet seit Geburt an Hämophilie A mit sekundären krankheitsbedingten Arthrosen in den Knie-, Fuss- und Ellbogengelenken. Die Invalidenversicherung sprach ihm deswegen diverse medizinische und berufliche Massnahmen sowie Hilfsmittel zu. Im Jahre 1995 schloss er das Medizinstudium erfolgreich ab. Ab Januar 1996 hatte er diverse Anstellungen als Assistenzarzt inne, seit 1. Januar 2001 am Spital B._. Am 12. April 2002 meldete sich A._ bei der IV-Stelle des Kantons Zürich zum Rentenbezug an. Mit Verfügung vom 5.Februar 2003 sprach ihm diese ab 1. Oktober 2001 eine halbe Invalidenrente (Invaliditätsgrad 53 %) zu.
A.b. Im Rahmen eines im November 2004 eingeleiteten Revisionsverfahrens gewährte die IV-Stelle A._ Arbeitsvermittlung und Berufsberatung (Verfügung vom 26. November 2004). Mit Verfügung vom 27. Februar 2006 wies sie sein Umschulungsbegehren zum Juristen ab, wogegen er Einsprache erhob. Mit Verfügung vom 26. April 2006 bestätigte die IV-Stelle den Anspruch auf eine halbe Invalidenrente. Per 1. November 2006 nahm A._ eine Arbeit als beratender Arzt mit einem Pensum von 70 % bzw. 80 % auf. Mit Verfügung vom 19. Dezember 2006 hob die IV-Stelle die Invalidenrente auf Ende des folgenden Monats nach Verfügungszustellung auf, da der Invaliditätsgrad nunmehr 20 % betrage. Am 30. April 2007 zog A._ die Einsprache gegen die Verfügung vom 27. Februar 2006 zurück. Seit April 2008 ist A._ zusätzlich nebenamtlich als Schularzt tätig.
A.c. Mit Verfügung vom 9. Februar 2016 sprach die IV-Stelle A._ ab 1. Dezember 2014 eine Hilflosenentschädigung bei einer Hilflosigkeit leichten Grades im Sonderfall zu.
A.d. Am 24. Oktober 2017 machte A._ bei der IV-Stelle eine Verschlechterung seiner Gesundheit geltend. Mit Verfügung vom 26. März 2019 gewährte ihm diese einen Assistenzbeitrag einschliesslich Beratung im Rahmen der Assistenzorganisation. Mit Verfügung vom 4. Oktober 2019 sprach sie ihm ab 1. Oktober 2018 eine halbe Invalidenrente zu (Invaliditätsgrad 51 %).
B.
In teilweiser Gutheissung der Beschwerde des A._ gegen die letztgenannte Verfügung stellte das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich fest, er habe Anspruch auf eine Viertelsrente ab 1. April 2018 und auf eine halbe Invalidenrente ab 1. Juli 2018. Im Übrigen wies es die Beschwerde ab (Urteil vom 17. März 2021).
C.
Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beantragt A._, in Aufhebung des kantonalen Urteils seien ihm die gesetzlichen Rentenleistungen, insbesondere eine Dreiviertelsrente ab 1. Juli 2018, auszurichten. Eventuell sei die Sache an die Vorinstanz oder die IV-Stelle zur weiteren Abklärung zurückzuweisen.
Ein Schriftenwechsel wurde nicht durchgeführt.

Erwägungen:
1.
Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann eine Rechtsverletzung nach Art. 95 f. BGG gerügt werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Dennoch prüft es - offensichtliche Fehler vorbehalten - nur die in seinem Verfahren gerügten Rechtsmängel (Art. 42 Abs. 1 f. BGG; <ref-ruling> E. 2.2.1). Es legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Es kann ihre Sachverhaltsfeststellung von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Verfahrensausgang entscheidend sein kann (Art. 97 Abs. 1, <ref-law>). Als Rechtsfrage gilt, ob die rechtserheblichen Tatsachen vollständig festgestellt und ob der Untersuchungsgrundsatz bzw. die Beweiswürdigungsregeln nach <ref-law> beachtet wurden. Bei der konkreten Beweiswürdigung geht es um Sachverhaltsfragen (nicht publ. E. 1 des Urteils <ref-ruling>).
2.
2.1. Streitig ist, ob die vorinstanzliche Zusprache einer halben Invalidenrente ab 1. Juli 2018 bundesrechtskonform ist.
2.2. Die Vorinstanz hat die rechtlichen Grundlagen und die Rechtsprechung betreffend die Erwerbsunfähigkeit (<ref-law>), die Invalidität (<ref-law>), die Voraussetzungen des Rentenanspruchs (Art. 28, Art. 29 Abs.1 IVG; Art. 29 bis, Art. 29 ter, Art. 88a IVV) und die Invaliditätsbemessung nach der allgemeinen Methode des Einkommensvergleichs (<ref-law>) richtig dargelegt. Gleiches gilt hinsichtlich des massgebenden Beweisgrads der überwiegenden Wahrscheinlichkeit (<ref-ruling> E. 5.1). Darauf wird verwiesen.
3.
3.1. Umstritten ist einzig die Höhe des vom Beschwerdeführer im Gesundheitsfall hypothetisch erzielbaren Valideneinkommens (hierzu vgl. <ref-ruling> E. 5.2.1, 139 V 28 E. 3.3.2; Urteil 8C_595/2019 vom 5. November 2019 E. 6.2).
3.2. Die Vorinstanz erwog im Wesentlichen, die IV-Stelle habe für die Ermittlung des Valideneinkommens auf die Tabellenlöhne abgestellt. Dabei habe sie den beruflichen Werdegang des Beschwerdeführers berücksichtigt und sei davon ausgegangen, ohne Gesundheitsschaden wäre er als klinischer Arzt tätig und hätte nicht in die Versicherungsmedizin gewechselt. Ausgehend von der Tabelle T11, Kompetenzniveau 1+2, der vom Bundesamt für Statistik herausgegebenen Schweizerischen Lohnstrukturerhebung (LSE) für das Jahr 2016 betrage das Jahreseinkommen für Tätigkeiten im obersten, oberen und mittleren Kader nach Abschluss einer universitären Hochschule (Uni, ETH) - und entsprechend für einen klinisch tätigen Arzt - unter Berücksichtigung der Nominallohnentwicklung für das Jahr 2018 Fr. 178'071.-. Zu berücksichtigen sei, dass der Beschwerdeführer an einem Geburtsgebrechen leide und hypothetisch bleiben müsse, welchen beruflichen Weg er ohne die im Alter von zwei Jahren diagnostizierte Krankheit eingeschlagen hätte. Angesichts des effektiv erfolgreich absolvierten medizinischen Staatsexamens sei jedoch nicht zu beanstanden, dass die IV-Stelle davon ausgegangen sei, er hätte im Gesundheitsfall die effektiv angestrebte Weiterbildung zum Facharzt für Physikalische Medizin und Rehabilitation erfolgreich abgeschlossen. Entgegen dem Beschwerdeführer bestünden jedoch keine Anhaltspunkte dafür, dass er als Facharzt eine eigene Praxis geführt hätte, wofür er beweisbelastet sei. Er würde somit als angestellter Arzt arbeiten. Der Vergleich des Valideneinkommens von Fr. 178'071.- mit dem Invalideneinkommen von Fr. 87'006.- ergebe einen Invaliditätsgrad von 51 % und damit Anspruch auf eine halbe Invalidenrente. Hinsichtlich des Valideneinkommens für angestellte Arztpersonen berufe sich der Beschwerdeführer auf die vom Bundesamt für Gesundheit (BAG) veranlasste Studie "Einkommen, OKP-Leistungen und Beschäftigungssituation der Ärzteschaft 2009-2014" vom 28. August 2018, Tabelle 19 (nachfolgend BAG-Studie). Gestützt hierauf liege - unter Berücksichtigung der Nominallohnentwicklung für das Jahr 2018 - das Median-Einkommen für Physikalische Medizin und Rehabilitation bei Fr. 208'299.- und dasjenige für die gesamte Fachärzteschaft bei Fr. 200'605.-. Dies ändere jedoch - so die Vorinstanz weiter - nichts am Rentenanspruch. Denn der Vergleich des Valideneinkommens von Fr. 208'299.- mit dem trotz Gesundheitsschadens erzielbaren Invalideneinkommen von Fr. 87'006.- führe zu einem Invaliditätsgrad von 58 % und damit ebenfalls zum Anspruch auf eine halbe Invalidenrente.
4.
4.1. Der Beschwerdeführer macht geltend, aus den Akten ergäben sich klare Anhaltspunkte dafür, dass er als Facharzt für Physikalische Medizin und Rehabilitation eine eigene Praxis eröffnet oder sich an einer Gruppenpraxis beteiligt hätte. Dr. med. C._, Regionaler Ärztlicher Dienst D._, habe in der Stellungnahme vom 26. August 2002 festgehalten, mit der Erreichung des FMH-Titels sei die Bedingung für eine Oberarztstelle oder Praxiseröffnung erfüllt. Laut Auskunft der Verbindung der Schweizer Ärztinnen und Ärzte (FMH) vom 11. Oktober 2002 eröffneten rund 75 % der Fachärzte spätestens zwei Jahre nach Erhalt des Facharzttitels eine eigene Praxis. Diese beiden Aktenstücke habe die Vorinstanz nicht erwähnt und nicht gewürdigt. Dass die überwiegende Mehrheit der Fachärzte eine eigene Praxis eröffne, widerspiegle die Tatsache, dass es für Ärzte mit in der Regel befristeten Assistenzstellen damals nur die Möglichkeit einer Karriere im Spital oder einer Praxiseröffnung gegeben habe. Eine Spitalkarriere sei wegen der beschränkten Anzahl entsprechender Posten nur sehr begrenzt in Frage gekommen. Die Möglichkeit einer unbefristeten Anstellung in einem Spital als Spitalfacharzt sei erst geschaffen worden, nachdem der Beschwerdeführer am Spital B._ als Assistenzarzt tätig gewesen sei, wie sich aus dem allgemein zugänglichen NZZ-Artikel vom 15. Februar 2001 mit der Überschrift "Neue Zukunft für Fachärzte im Spital" ergebe. Auch die Invalidenkarriere des Beschwerdeführers spreche für eine Tätigkeit als Facharzt für Physikalische Medizin und Rehabilitation mit eigener Praxis bzw. in einer Gruppenpraxis. Die Vorinstanz habe den Sachverhalt aktenwidrig, offensichtlich unrichtig und damit willkürlich festgestellt und folglich das Valideneinkommen zu tief angesetzt. Anstelle der LSE-Zahlen sei die BAG-Studie heranzuziehen. Gestützt hierauf betrage das AHV-pflichtige Einkommen für selbstständige Fachärzte mit dem Facharzttitel Physikalische Medizin und Rehabilitation Fr. 272'639.- und für alle selbstständigen Fachärzte Fr. 256'706 bzw. unter Berücksichtigung der Nominallohnentwicklung für Männer 2014-2018 Fr. 277'551.40 und Fr. 261'331.35. Verglichen mit dem vorinstanzlich veranschlagten Invalideneinkommen von Fr. 87'006.- resultiere ein Invaliditätsgrad von 69 % bzw. 67 % und damit ab 1. Juli 2018 der Anspruch auf eine Dreiviertelsrente.
4.2. Welche berufliche Tätigkeit die versicherte Person ohne gesundheitliche Beeinträchtigung ausüben würde, ist als Beurteilung hypothetischer Geschehensabläufe eine vom Bundesgericht lediglich unter eingeschränktem Blickwinkel überprüfbare Tatfrage (Art. 105 Abs. 1 und 2 BGG), soweit sie auf Beweiswürdigung beruht, selbst wenn darin auch Schlussfolgerungen aus der allgemeinen Lebenserfahrung berücksichtigt werden (Urteil 8C_285/2020 vom 15. September 2020 E. 4.1). Theoretisch vorhandene berufliche Entwicklungsmöglichkeiten sind praxisgemäss nur beachtlich, wenn sie mit hoher Wahrscheinlichkeit eingetreten wären (Urteil 9C_316/2020 vom 6. Oktober 2020 E. 3.1 mit Hinweis).
4.3.
4.3.1. Das Bundesgericht kann mit Blick auf die Rechtsverletzung, die aus der Nichtbeachtung von potenziell erheblichen Beweismitteln resultiert (<ref-law>; <ref-ruling> E. 4.1), die entsprechenden Aktenstücke selber würdigen und beurteilen, ob die vorinstanzliche Sachverhaltsfeststellung zu korrigieren ist (<ref-law>; Urteil 8C_113/2020 vom 27. März 2020 E. 7). Aus den von der Vorinstanz nicht angesprochenen Angaben des Dr. med. C._ vom 26. August 2002, wonach mit der Erlangung des FMH-Titels die Bedingung für eine Oberarztstelle oder Praxiseröffnung erfüllt seien, und der FMH vom 11. Oktober 2002, wonach rund 75 % der Fachärzte spätestens zwei Jahre nach Erhalt des Facharzttitels eine eigene Praxis eröffneten, kann der Beschwerdeführer jedoch nichts zu seinen Gunsten ableiten. Denn die Praxiseröffnung stellt eine blosse Absichtserklärung des Beschwerdeführers und theoretische Möglichkeit dar, von der nicht gesagt werden kann, sie wäre mit hoher Wahrscheinlichkeit eingetreten (vgl. auch E. 4.3.2 hiernach).
4.3.2. Eventuell verlangt der Beschwerdeführer in analoger Anwendung des Urteils 8C_379/2017 vom 8. September 2017 E. 5.2, die Vorinstanz oder die IV-Stelle hätten abzuklären, wie hoch der Prozentsatz und damit die Wahrscheinlichkeit sei, dass ein Arzt nach Anerkennung des Facharzttitels eine eigene Praxis eröffne.
Aus diesem Urteil kann der Beschwerdeführer nichts zu seinen Gunsten ableiten. Denn jenem Fall lag der Sachverhalt eines Versicherten zu Grunde, der als Gesunder als Auditor an einem Bezirksgericht und als Substitut in einer Anwaltskanzlei arbeitete und sich bereits auf die Anwaltsprüfung vorbereitete. Vor Absolvierung derselben erkrankte er an einem Hirntumor und scheiterte in der Folge dreimal bei der Anwaltsprüfung. Es bestanden mithin konkrete Anhaltspunkte für den beruflichen Werdegang als Anwalt.
Vorliegend geht es hingegen um die theoretische und völlig offene Frage, welchen beruflichen Weg der Beschwerdeführer als Gesunder nach seiner Tätigkeit als Assistenzarzt und nach der Weiterbildung zum Facharzt für Physikalische Medizin und Rehabilitation hypothetisch eingeschlagen hätte (vgl. E. 4.2 und E. 4.3.1 hiervor). Da diesbezüglich ein weites Betätigungsfeld offen steht, ergäbe sich aus dem Prozentsatz der Praxiseröffnungen nichts Entscheidwesentliches, weshalb auf weitere Abklärungen zu verzichten ist (vgl. E. 4.5 hiernach).
4.4. Erstmals vor Bundesgericht beruft sich der Beschwerdeführer auf den NZZ-Artikel vom 15. Februar 2001, wonach die Möglichkeit einer unbefristeten Anstellung in einem Spital als Spitalfacharzt erst geschaffen worden sei, nachdem er am Spital B._ tätig gewesen sei. Ob dies zulässig ist, da dieser Artikel im Internet nicht frei zugänglich ist (nicht publ. E. 2.3 des Urteils <ref-ruling>, in SVR 2011 KV Nr. 5 S. 20 [9C_334/2010]; Urteil 8C_446/2019 vom 22. Oktober 2019 E. 5.2.2), kann offen bleiben. Der Beschwerdeführer kann daraus nämlich ebenfalls nichts zu seinen Gunsten ableiten. Denn er schloss das Medizinstudium unbestrittenermassen im Jahre 1995 ab. Ab Januar 1996 hatte er teilzeitlich diverse Anstellungen als Assistenzarzt inne, seit 1. Januar 2001 am Spital B._. Die Weiterbildung zum Facharzt dauert in der Regel fünf bis sechs Jahre, wie auch der Beschwerdeführer vorinstanzlich darlegte (vgl. Weiterbildungsordnung [WBO] von 21. Juni 2000 Art. 12 sowie Anhang). Seine Weiterbildung zum Facharzt hätte somit mindestens bis Ende 2000 gedauert. Nach Schaffung der Spitalfacharztstellen an den Spitälern hätte er mithin allenfalls auch in dieser Funktion arbeiten können.
4.5. Insgesamt erscheint es weder als offensichtlich unrichtig noch anderweitig als bundesrechtswidrig, wenn die Vorinstanz genügende Anhaltspunkte dafür verneinte, dass der Beschwerdeführer im Gesundheitsfall als Facharzt für Physikalische Medizin und Rehabilitation eine eigene Praxis eröffnet hätte. Da von weiteren Abklärungen keine entscheidrelevanten Resultate zu erwarten sind, durfte die Vorinstanz willkürfrei davon absehen. Dies verstösst weder gegen den Untersuchungsgrundsatz noch gegen die Ansprüche auf freie Beweiswürdigung sowie Beweisabnahme (<ref-law>) und rechtliches Gehör (<ref-law>; antizipierte Beweiswürdigung; <ref-ruling> E. 6.5; Urteil 8C_728/2020 vom 23. Juni 2021 E. 5).
5.
5.1. Der Beschwerdeführer rügt weiter, bei der Festlegung des Valideneinkommens für unselbstständige Fachärzte gestützt auf die BAG-Studie habe die Vorinstanz zu Unrecht den Medianwert anstatt den Mittelwert herangezogen (vgl. E. 3.2 hiervor). Letzterer sei ein gutes Mass für die Mitte des Datensatzes. Gemäss der Tabelle 19 der BAG-Studie betrage der Mittelwert 2014 für unselbstständige Fachärzte mit dem Facharzttitel Physikalische Medizin und Rehabilitation Fr. 228'860.-. Unter Berücksichtigung der Nominallohnentwicklung 2014-2018 für Männer resultiere folglich ein Valideneinkommen von Fr. 232'983.60, was verglichen mit dem Invalideneinkommen von Fr. 87'006.- einen Invaliditätsgrad von rund 63 % bzw. einen Anspruch auf eine Dreiviertelsrente ergebe.
5.2. Wie sich aus Folgendem ergibt, kann offen bleiben, ob der von der Vorinstanz im Sinne einer Alternativbegründung erfolgte Beizug der Einkommen gemäss der BAG-Studie (vgl. E. 3.2 hiervor) überhaupt bundesrechtskonform ist.
5.2.1. Laut der von der Vorinstanz angewandten Tabelle 19 der BAG-Studie bzw. den darin enthaltenen Anmerkungen ist der Mittelwert (Durchschnitt) das arithmetische Mittel und gibt die Summe aller Werte, geteilt durch die Anzahl der Werte wieder. Er hat ein höheres Messniveau als der Median und berücksichtigt sämtliche Informationen. Dadurch, dass der Mittelwert sensitiv hinsichtlich jeden Werts ist, wird er stärker beeinflusst durch sog. Ausreisser als der Median. Der Median (Zentralwert) ist ein Lageparameter. In der ordinalen Auflistung von Zahlen ist er der Wert, der an der zentralen Stelle (in der Mitte) der Reihe steht. Er ist "robuster" als der Mittelwert gegenüber Ausreissern.
5.2.2. Gemäss der Rechtsprechung zu dem anhand der LSE vorgenommenen Einkommensvergleich ist jeweils vom sogenannten Zentralwert (Median) auszugehen (<ref-ruling> E. 3b/bb). Dieser liegt in der Regel bei der Lohneinkommensverteilung tiefer als das arithmetische Mittel ("Durchschnittslohn") und ist im Vergleich dazu gegenüber dem Einbezug von Extremwerten (sehr tiefe oder sehr hohe Lohnangaben) relativ robust (<ref-ruling> E. 3b/aa mit Hinweis; SVR 2013 UV Nr. 32, S. 111, 8C_192/2013 E. 2.2; Urteil 8C_58/2021 vom 30. Juni 2021 E. 4.1.1).
Diese Rechtsprechung ist auf die von der Vorinstanz alternativ berücksichtigten Löhne gemäss der BAG-Studie analog anzuwenden. Somit hat sie diesbezüglich zu Recht auf den Median-Wert abgestellt, was ebenfalls zum Anspruch auf eine halbe Invalidenrente führt (vgl. E. 3.2 und E. 5.2.1 hiervor).
Die Beschwerde erweist sich damit insgesamt als unbegründet und ist daher abzuweisen.
6.
Der unterliegende Beschwerdeführer trägt die Gerichtskosten (<ref-law>)

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 800.- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3.
Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 9. September 2021
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Maillard
Der Gerichtsschreiber: Jancar