Sachverhalt:
A.
Die deutsche Staatsangehörige A._ (geboren 1955) reiste 2009 in die Schweiz ein und ersuchte um Erteilung einer Kurzaufenthaltsbewilligung zur Stellensuche. Dieses Gesuch wies das Migrationsamt des Kantons Zürich mit Verfügung vom 24. September 2009 ab. Nachdem sie im Oktober 2009 einen Arbeitsvertrag als Kosmetikerin abgeschlossen hatte, erteilte ihr das Migrationsamt am 27. Oktober 2009 eine Aufenthaltsbewilligung EG/EFTA. Ab dem 1. Juni 2013 bezog A._ Sozialhilfe. Am 10. Oktober 2014 und am 4. April 2016 wurde die Aufenthaltsbewilligung zur Stellensuche bis 26. Juni 2015 bzw. 26. Juni 2016 verlängert. Mit Verfügung vom 30. November 2016 wies das Migrationsamt ein weiteres Gesuch um Verlängerung der Aufenthaltsbewilligung ab und setzte A._ zum Verlassen der Schweiz eine Frist bis 27. Februar 2017.
B.
Den gegen diese Verfügung erhobenen Rekurs wies die Sicherheitsdirektion des Kantons Zürich mit Entscheid vom 26. September 2017 ab. Das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich hiess die dagegen erhobene Beschwerde mit Urteil vom 2. März 2018 teilweise gut, hob die Dispositivziffern I und II des Rekursentscheides sowie die erstinstanzliche Verfügung auf und lud das Migrationsamt ein, A._ eine Aufenthaltsbewilligung zu erteilen, da diese seit 1. Dezember 2017 wieder eine wirtschaftliche Tätigkeit ausübe. Im Übrigen wies das Verwaltungsgericht die Beschwerde ab, soweit es darauf eintrat. Betreffend Beschwerdeabweisung und Nichteintreten auferlegte es A._ unter Abweisung des Gesuchs um unentgeltliche Prozessführung die anteilsmässigen Verfahrenskosten.
C.
Mit Eingabe vom 13. April 2018 erhebt A._ Beschwerde an das Bundesgericht. Sie beantragt, die Dispositivziffern I bis IV des Rekursentscheides der Sicherheitsdirektion des Kantons Zürich seien aufzuheben, es sei festzustellen, dass ihre Aufenthaltsbewilligung nicht erloschen sei, und es sei ihr die Niederlassungsbewilligung zu erteilen. Auf die geforderten Gerichtskosten sei zu verzichten. In prozessualer Hinsicht ersucht A._ um unentgeltliche Prozessführung.
Am 1. Mai 2018 hat A._ kommentarlos eine "Schlussrechnung für Beratung" von Rechtsanwalt B._ vom 16. April 2018 nachgereicht.
Das Bundesgericht verzichtet auf die Durchführung eines Schriftenwechsels.

Erwägungen:
1.
1.1. Die Beschwerde richtet sich gegen den verfahrensabschliessenden Entscheid einer letzten kantonalen Instanz in einer Angelegenheit des öffentlichen Rechts. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ist gemäss Art. 83 lit. c Ziff. 2 BGG unzulässig gegen Entscheide auf dem Gebiet des Ausländerrechts betreffend Bewilligungen, auf die weder das Bundesrecht noch das Völkerrecht einen Anspruch einräumt. Die Beschwerdeführerin macht einen Anspruch auf Verlängerung der Aufenthaltsbewilligung und Erteilung einer Niederlassungsbewilligung geltend. Sie beruft sich auf einen freizügigkeitsrechtlichen Bewilligungs- bzw. Verbleiberechtsanspruch (vgl. Art. 6 bzw. Art. 4 Anhang I des Abkommens vom 21. Juni 1999 zwischen der Schweizerischen Eidgenossenschaft einerseits und der Europäischen Gemeinschaft und ihren Mitgliedstaaten andererseits über die Freizügigkeit [Freizügigkeitsabkommen; FZA; SR 0.142.112.681]). Des Weiteren haben deutsche Staatsangehörige nach einem ununterbrochenen ordnungsgemässen Aufenthalt von fünf Jahren in der Schweiz gemäss Ziff. I/1 der Niederschrift vom 19. Dezember 1953 zwischen der Schweiz und der Bundesrepublik Deutschland über Niederlassungsfragen, geändert durch Notenaustausch vom 30. April 1991 (SR 0.142.111.364) einen Anspruch auf Erteilung der Niederlassungsbewilligung. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ist somit zulässig. Ob und in welchem Umfang der behauptete Anspruch tatsächlich besteht, bildet Gegenstand der materiellen Beurteilung und nicht des Eintretens (vgl. <ref-ruling> E. 1.1 S. 179; Urteil 2C_262/2017 vom 16. Februar 2018 E. 1, nicht publ. in: <ref-ruling>).
1.2. Soweit die Beschwerdeführerin die Aufhebung der Dispositivziffern I bis IV des Rekursentscheides der Sicherheitsdirektion beantragt, ist auf die Beschwerde nicht einzutreten; dieser Entscheid ist durch das Urteil des Verwaltungsgerichts ersetzt (und teilweise aufgehoben) worden und bildet nicht Anfechtungsobjekt vor Bundesgericht (Art. 86 Abs. 1 BGG). Er gilt jedoch aufgrund des Devolutiveffekts als mit der Beschwerde gegen den kantonal letztinstanzlichen Entscheid inhaltlich mitangefochten (<ref-ruling> E. 2.5 S. 415; Urteil 2C_126/2017 vom 7. September 2017 E. 1.1).
1.3. Feststellungsbegehren sind subsidiär zu Leistungsbegehren und nur zulässig, wenn daran ein schutzwürdiges Feststellungsinteresse besteht. Zudem kann ein Feststellungsantrag nicht abstrakte, theoretische Rechtsfragen zum Gegenstand haben, sondern nur konkrete Rechte oder Pflichten (<ref-ruling> E. 6.5 S. 218; <ref-ruling> E. 2c S. 303).
1.3.1. Die Beschwerdeführerin beantragt die Feststellung, dass ihre Aufenthaltsbewilligung nicht erloschen sei. Sie macht geltend, angesichts ihrer fortgesetzten und keineswegs aussichtslosen Stellensuche habe sie die Arbeitnehmereigenschaft gemäss FZA niemals verloren, sodass ihre ursprüngliche Aufenthaltsbewilligung hätte verlängert werden müssen.
1.3.2. Nachdem die Beschwerdeführerin im Dezember 2017 wieder eine Arbeitstätigkeit aufgenommen hat, kann sie als Arbeitnehmerin im Sinn von Art. 6 Abs. 1 Anhang I FZA unbestrittenermassen einen Anwesenheitsanspruch geltend machen. Die Vorinstanz lud das Migrationsamt daher ein, der Beschwerdeführerin erneut eine Aufenthaltsbewilligung zu erteilen. Dabei handle es sich nicht um eine Bewilligungsverlängerung, sondern um eine neue Aufenthaltsbewilligung, da ihr Anspruch vorübergehend erloschen sei. Die Beschwerdeführerin bringt nicht vor und es ist nicht ersichtlich, dass an der Feststellung, ihre Aufenthaltsbewilligung sei in keinem Zeitpunkt erloschen, ein schutzwürdiges Interesse bestehen würde, nachdem das Bestehen eines Aufenthaltsanspruchs nicht (mehr) umstritten ist.
1.3.3. Mangels schutzwürdigen Interesses ist nach dem Gesagten auf das Feststellungsbegehren nicht einzutreten.
1.4. Die Beschwerdeführerin beantragt vor Bundesgericht erneut, es sei ihr eine Niederlassungsbewilligung zu erteilen. Wie die Vorinstanz zutreffend ausführte, bildet die Erteilung einer Niederlassungsbewilligung indes nicht Gegenstand des vorliegenden Verfahrens. Die Beschwerdeführerin setzt sich mit dieser Erwägung nicht auseinander und zeigt nicht auf, dass die Vorinstanz auf den Antrag auf Erteilung einer Niederlassungsbewilligung zu Unrecht nicht eingetreten wäre. Auf den vor Bundesgericht erneut gestellten Antrag, es sei ihr die Niederlassungsbewilligung zu erteilen, kann daher nicht eingetreten werden.
2.
Die Beschwerdeführerin beanstandet die teilweise Auferlegung der Verfahrenskosten durch die Vorinstanz. Sie macht geltend, sie sei mittellos und ihre Begehren seien nicht aussichtslos gewesen.
2.1. Die Auferlegung von Gerichtskosten ist im kantonalen Recht geregelt. Die rechtsfehlerhafte Auslegung von kantonalem Recht ist -abgesehen von den Fällen gemäss Art. 95 lit. c-e BGG - kein eigenständiger Beschwerdegrund. Überprüft werden kann diesbezüglich nur, ob damit Bundes-, Völker- oder interkantonales Recht verletzt wird, mit Einschluss der Verletzung verfassungsmässiger Rechte (<ref-ruling> E. 1.3 S. 96), wobei die Prüfung der Verletzung des Willkürverbots im Vordergrund steht (<ref-ruling> E. 3.3 S. 166; <ref-ruling> E. 2.5.2 S. 250). Hinsichtlich der Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht gilt eine qualifizierte Rügepflicht (Art. 106 Abs. 2 BGG; <ref-ruling> E. 2.1 S. 372).
2.2. Hinsichtlich der Kosten bringt die Beschwerdeführerin einzig vor, sie habe sich in einer sehr schwierigen finanziellen Situation allein durchgekämpft und Anwaltskosten für ihre rechtliche Beratung tragen müssen. Ausserdem sei ihre Beschwerde an das Verwaltungsgericht nicht aussichtslos gewesen. Eine Verletzung von Art. 29 Abs. 3 BV macht sie nicht geltend. Sie äussert sich nicht zur vorinstanzlichen Erwägung, die teilweise Gutheissung der Beschwerde durch das Verwaltungsgericht sei darauf zurückzuführen, dass sie während des Beschwerdeverfahrens eine Stelle antrat, und bringt nicht vor, diese Einschätzung sei willkürlich oder verstosse gegen übergeordnetes Recht. Es ist vor diesem Hintergrund nicht zu beanstanden, dass die Vorinstanz das Gesuch um unentgeltliche Prozessführung abwies, soweit es nicht infolge des teilweisen Obsiegens der Beschwerdeführerin gegenstandslos geworden war.
Die Beschwerdeführerin hat die "Schlussrechnung für Beratung" eines Rechtsanwalts vom 16. April 2018 eingereicht, worin Kosten für verschiedene anwaltliche Tätigkeiten im Zeitraum von Dezember 2016 bis November 2017 im Betrag von insgesamt Fr. 2'137.50 aufgeführt sind. Sie bringt jedoch nicht vor, die ihr erwachsenen Parteikosten im vorinstanzlichen Verfahren überhaupt geltend gemacht zu haben und erhebt auch diesbezüglich keine den Anforderungen von Art. 106 Abs. 2 BGG genügende Rüge.
2.3. Angesichts des Verfahrensausgangs besteht sodann kein Anlass, die Kosten des vorangegangenen Verfahrens anders zu verteilen (Art. 67 BGG) oder den vorinstanzlichen Entscheid über die Parteientschädigung abzuändern (Art. 68 Abs. 5 BGG). Der Antrag, es sei auf die vorinstanzlichen Gerichtskosten zu verzichten, ist abzuweisen.
3.
Aufgrund dieser Erwägungen erweist sich die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten als aussichtslos und ist abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Dem Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege kann infolge Aussichtslosigkeit der Beschwerde nicht entsprochen werden (Art. 64 Abs. 1 BGG). Die Beschwerdeführerin hat dem Ausgang des Verfahrens entsprechend dessen Kosten zu tragen (Art. 66 Abs. 1 BGG). Parteientschädigungen sind nicht geschuldet (Art. 68 Abs. 3 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf eingetreten wird.
2.
Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege für das bundesgerichtliche Verfahren wird abgewiesen.
3.
Die Gerichtskosten von Fr. 1'000.- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
4.
Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten, dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 4. Abteilung, und dem Staatssekretariat für Migration schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 8. August 2018
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Seiler
Die Gerichtsschreiberin: Straub