Faits :
A.
Par arrêté du 27 novembre 2019, le Parlement de la République et Canton du Jura a ratifié un complément au plan directeur cantonal (PDCn) par l'adaptation d'une fiche 5.06 intitulée "Energie éolienne". Celle-ci fixe pour objectif une production électrique de 150 GWh/an à l'horizon 2035. Elle énonce différents principes d'aménagement, prévoyant en particulier que les éoliennes de plus de 30 mètres de hauteur doivent être implantées dans des parcs éoliens formés de cinq éoliennes au minimum. En vertu du principe de concentration des installations, seuls trois parcs éoliens (en plus des deux parcs qui existent déjà au Peuchapatte et à Saint-Brais) sont autorisés sur le territoire cantonal par plan spécial cantonal au sens de l'art. 78 de la loi cantonale du 25 juin 1987 sur les constructions et l'aménagement du territoire (LCAT, RS/JU 701.1). Ils doivent faire l'objet d'une planification de détail accompagnée d'une démarche participative et doivent être réalisés sur les sites potentiels définis par le plan directeur; ils sont interdits hors de ceux-ci. Le plan sectoriel de l'énergie éolienne précise quelles sont les zones potentielles de développement éolien dans le périmètre de chacun des sites retenus. Ils sont localisés sur la carte jointe à la fiche 5.06 et correspondent aux lieux suivants: Les Boulaies (Basse-Allaine-Coeuve-Damphreux-Lugnez), Champ du Fol (Fahy-Grandfontaine-Haute-Ajoie), La Haute-Borne (Bourrignon-Delémont-Develier-Pleigne), le Peu-Claude (Les Bois-Le Noirmont) et Sur Rosé-Plain Fayen (Courchapoix-Courrendlin-Courroux-Mervelier-Rebeuvelier-Val Terbi). Un projet-modèle doit être réalisé sur le site de la Haute-Borne sous la forme d'un plan directeur cantonal. Aucun autre projet ne peut être engagé sur un autre site tant que le plan spécial du projet-modèle n'est pas approuvé par le Gouvernement. La fiche 5.06 précise encore les conditions auxquelles doit satisfaire le plan spécial cantonal. Elle fixe en outre la procédure et l'implantation de petites éoliennes de moins de 30 mètres de hauteur totale. Elle répartit les compétences entre les différents services cantonaux; le Service du développement territorial (SDT) doit en particulier initier les démarches tendant à adapter la LCAT afin d'élargir la portée du plan spécial cantonal, notamment le rôle des communes. La fiche 5.06 prévoit que les régions prennent en considération les sites éoliens dans leur plan directeur régional. La fiche retient enfin que les communes concernées:
a) définissent avec le canton et le porteur de projet les principes généraux concernant l'investissement et la gestion future du parc et donnent leur accord à l'engagement de la procédure de plan spécial cantonal. Les exécutifs communaux peuvent fonder leur décision sur l'avis d'autres organes (commission, législatif, assemblée communale, corps électoral);
b) collaborent à l'élaboration du rapport de faisabilité et du plan spécial cantonal réalisés par le porteur de projet;
c) donnent leur préavis sur le rapport de faisabilité (phase d'examen de principe) et sur le plan spécial cantonal (phase d'examen préalable et phase d'approbation du dossier);
d) valident, en collaboration avec le canton, le déroulement de la démarche participative proposée par le mandataire (gouvernance, objectifs, outils, calendrier);
e) intègrent, lors de la prochaine révision de leur plan d'aménagement local, la zone d'affectation cantonale.
En vertu de l'arrêté du 27 novembre 2019, le Département cantonal de l'environnement était chargé de soumettre l'adaptation de cette fiche à l'approbation du Conseil fédéral.
B.
Par acte du 20 janvier 2020, les communes mixtes de Fahy, de Grandfontaine et de Haute-Ajoie forment un recours auprès du Tribunal fédéral en matière de droit public par lequel elles demandent l'annulation de l'arrêté du 27 novembre 2019. Préalablement, elles demandent l'effet suspensif - qui a été accordé par ordonnance du 26 février 2020 - ainsi que la production, par le Bureau du Parlement, des documents préparatoires.
Parallèlement, les communes recourantes ont saisi la Cour constitutionnelle du Tribunal cantonal jurassien d'une requête en contrôle de la constitutionnalité de l'acte du 27 novembre 2019. La procédure devant le Tribunal fédéral a été suspendue dans l'attente de l'issue de cette démarche. Par arrêt au 17 juin 2020, la Cour constitutionnelle a déclaré la requête irrecevable. La fiche 5.06 du PCDn ne constituait pas un acte normatif soumis à son contrôle. La cause, suspendue par ordonnance du 26 février 2020, a été reprise le 25 juin 2020.
Le Parlement jurassien conclut au rejet du recours. Il a notamment produit les actes préparatoires à l'acte attaqué (rapport de consultation et message du Gouvernement). Les communes recourantes ont renoncé à présenter des observations complémentaires.

Considérant en droit :
1.
L'acte attaqué, soit une modification du plan directeur cantonal, a été ratifié par le Parlement cantonal jurassien après son adoption par le Gouvernement, ce qui entraîne l'entrée en force du plan pour les autorités cantonales et communales; l'approbation du Conseil fédéral lui confère ensuite force obligatoire pour les autorités de la Confédération et des cantons voisins (art. 82 al. 3 de la loi sur les constructions et l'aménagement du territoire du canton du Jura - LCAT, RS/JU 701.1; <ref-ruling> consid. 1.3 p. 39).
1.1. La ratification du plan directeur par le Parlement cantonal est soumise au même régime qu'un acte normatif au sens de l'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 1 p. 267) et il s'agit d'un acte ne tombant pas sous le coup de l'une des exceptions mentionnées à l'<ref-law>. Comme cela ressort de l'arrêt de la Cour constitutionnelle cantonale, le droit jurassien ne permet pas de recourir à l'encontre d'une modification du plan directeur; le recours est donc directement ouvert au sens de l'<ref-law>.
1.2. Les communes recourantes invoquent l'autonomie dont elles disposent en matière d'aménagement local en vertu de l'art. 46 LCAT. Cela suffit à leur reconnaître la qualité pour recourir au sens de l'art. 89 al. 2 let. c LTF, la question de savoir si et dans quelle mesure exacte il existe effectivement une autonomie dans le domaine concerné devant être examinée avec le fond (<ref-ruling> consid. 1.4 p. 40; <ref-ruling> consid. 1.3 p. 268). Les communes recourantes peuvent d'ailleurs aussi, selon la jurisprudence, fonder leur qualité pour agir sur les dispositions générales de l'art. 89 al. 1 let. b et c LTF, puisqu'elles se trouvent touchées par l'acte attaqué en tant que détentrices de la puissance publique (<ref-ruling> consid. 1.4 p. 40).
1.3. Pour le surplus, le recours est interjeté dans les formes et le délai utiles, et les conclusions présentées au fond sont recevables au regard de l'<ref-law>. Le Parlement a produit les documents relatifs à la révision litigieuse, ce qui satisfait aux conclusions préalables des recourantes.
2.
Invoquant les art. 2 al. 1 et 8 al. 1 de la loi fédérale sur l'aménagement du territoire (LAT, RS 700), les recourantes estiment que le PDCn révisé ne satisferait pas à l'obligation d'aménager le territoire. En effet, il prévoit que la planification des parcs éoliens doit se faire par la voie du plan spécial cantonal au sens de l'art. 78 al. 1 LCAT. Or, cette disposition énumère les éléments d'intérêt cantonal ou régional qui peuvent faire l'objet d'un tel plan: les constructions et installations publiques, les voies et installations de communication, les zones d'activité, les lieux de décharge et d'extraction de matériaux, la protection du paysage, des sites et des rives ainsi que les zones de détente et de loisirs. En revanche, les parcs éoliens ne figureraient pas dans cette disposition. Ils ne pourraient être considérés comme des installations publiques ou des zones d'activité, et ne sauraient dans chaque cas être considérés comme d'intérêt cantonal ou régional; leur impact n'excéderait pas nécessairement, comme l'affirme le Gouvernement, les limites communales, régionales, cantonales ou nationales. Contrairement à ce qu'exige l'art. 14 al. 1 de la loi fédérale du 30 septembre 2016 sur l'énergie (LEne, RS 730), la procédure de planification nécessaire pour de telles installations ne serait pas prévue par le droit cantonal, la mention figurant dans le PDCn étant à cet égard insuffisante et ne permettrait pas de combler cette lacune; la fiche litigieuse serait sans effet contraignant et ne pourrait remplir son rôle de coordination. En outre, elle ne présenterait pas le contenu minimal requis puisqu'elle n'indique pas quel est l'instrument de planification selon le droit en vigueur et que l'instrument de planification prévu n'existe pas en droit actuel. Le mandat donné au SDT pour modifier la LCAT - mandat dont l'aboutissement n'est pas garanti - serait nul, car il n'aurait pas sa place dans un plan directeur.
2.1. Selon l'art. 8 al. 1 LAT, le plan directeur cantonal doit au moins préciser le cours que doit suivre l'aménagement du territoire (let. a), la façon de coordonner les activités qui ont des effets sur l'organisation du territoire, afin d'atteindre le développement souhaité (let. b) ainsi qu'une liste de priorités et les moyens à mettre en oeuvre (let. c). Les projets qui ont des incidences importantes sur le territoire et l'environnement doivent avoir été prévus dans le plan directeur (al. 2). Ce dernier présente les résultats des études d'aménagement cantonales et l'état de la collaboration avec la Confédération, les cantons voisins et les régions limitrophes des pays voisins, dans la mesure où ces éléments influent de manière sensible sur le développement spatial souhaité; il détermine l'orientation future de la planification et précise notamment les exigences à respecter lors de l'affectation du sol (art. 5 al. 1 de l'ordonnance sur l'aménagement du territoire - OAT, RS 700.1). L'art. 8a LAT donne quelques indications sur le contenu du plan directeur dans le domaine de l'urbanisation. Les art. 8b LAT et 10 al. 1 LEne précisent que le plan directeur doit désigner les zones et les tronçons de cours d'eau qui se prêtent à l'utilisation d'énergies renouvelables.
En dehors de ces dispositions, le droit fédéral ne comporte que peu d'indications quant au contenu du plan directeur. Relèvent notamment du plan directeur les conflits importants entre différents intérêts relatifs à l'utilisation du sol et les projets déployant des effets considérables sur l'occupation du territoire, l'utilisation du sol ou l'environnement ou nécessitant un effort de coordination (Office fédéral de l'aménagement du territoire, Le plan directeur cantonal, Guide de la planification directrice/Directives en vertu de l'<ref-law>, 1997, p. 26). La planification directrice se définit ainsi comme un plan de gestion continu du territoire, avec pour objet la coordination globale de toutes les activités à incidence spatiale (<ref-ruling> consid. 4.1 p. 279) et elle seule est en mesure de traiter de tâches d'aménagement qui s'étendent au-delà du niveau local et concernent plusieurs domaines (PIERRE TSCHANNEN, Commentaire LAT, 2010, n. 26 ad art. 2 LAT). Le plan directeur reste en principe réservé "lorsqu'il s'agit de projets qui ne peuvent s'insérer dans la planification que s'ils passent par l'échelon du plan directeur" (<ref-ruling> consid. 4a p. 368). Une telle réserve devrait avant tout concerner la délimitation de territoires pour des affectations qui dépassent le simple cadre local, comme pour des centres commerciaux et des installations de loisirs, des territoires à protéger, des gravières ou des décharges, et également, comme le précise désormais l'art. 8b LAT, les installations de production d'énergies renouvelables telles que les éoliennes (arrêt 1C_356/2019 du 4 novembre 2020 consid. 3.2 destiné à la publication; TSCHANNEN, Commentaire pratique LAT, 2019, n. 3 ad art. 8b LAT).
Le plan directeur devrait ainsi faire mention des projets spécifiques lorsqu'ils ont des effets importants sur l'organisation du territoire, par exemple parce qu'ils présentent une emprise au sol importante, qu'ils sont sources d'immissions considérables ou encore qu'ils génèrent un fort trafic et requièrent un équipement lourd. Ces projets à incidence spatiale déploient des effets extraordinaires sur le régime d'affectation du sol, l'équipement et l'environnement. Ils doivent dès lors être abordés dans le processus de la planification directrice lorsqu'ils remplissent l'un des critères suivants: sur le plan spatial, l'activité aura des effets étendus ou durables sur le développement territorial, en particulier sur l'utilisation du sol, l'urbanisation ou l'environnement; sur le plan organisationnel, l'activité est liée à d'autres activités à incidence spatiale ou nécessite la participation de plusieurs acteurs dont les intérêts diffèrent; sur le plan politique, l'activité est appelée à se déployer sur le long terme, elle mobilise d'importantes ressources financières, ne peut être évaluée avec certitude quant aux effets ou apparaît, pour une raison ou pour une autre, politiquement controversée (TSCHANNEN, Le rôle du plan directeur en matière d'implantation de grands projets à incidence spatiale, in Territoire & Environnement, septembre 2005, p. 42 s.; Office fédéral de l'environnement/Office fédéral du développement territorial, Installations générant un trafic important intégrées dans le plan directeur cantonal, 2006, p. 9 et 13). Il sera procédé soit à une planification positive, consistant à identifier les sites susceptibles d'accueillir des installations de loisirs, soit à une planification négative, consistant à désigner les secteurs dans lesquels aucun grand projet à incidences spatiales n'est admis (<ref-ruling> consid. 3.2 p. 257).
2.2. La fiche 5.06 "Energie éolienne" prévoit notamment au chapitre "Principes d'aménagement", que les éoliennes de plus de 30 mètres de hauteur doivent être implantées dans des parcs comprenant au minimum cinq machines; les sites potentiels, au nombre de cinq, sont définis, mais seuls trois parcs supplémentaires à ceux existants seront autorisés (ch. 1); les parcs sont interdits en dehors des sites prévus. Outre l'exigence d'une planification de détail (ch. 2) et de nombreuses précisions sur le contenu du plan spécial cantonal (ch. 7), des exigences particulières sont posées en matière de participation et d'information de la population (ch. 4). Le ch. 6 prévoit la réalisation préalable d'un projet-modèle sur le site de la Haute-Borne. La fiche 5.06 pose ensuite des "mandats de planification" aux niveaux cantonal (en fixant les compétences des divers services), régional (prise en considération des sites éoliens potentiels) et communal (participation à la définition des principes généraux, collaboration au plan spécial cantonal, préavis sur le rapport de faisabilité, validation de la démarche participative et adaptation de la planification locale).
Compte tenu du projet portant sur la réalisation de trois parcs supplémentaires comprenant au minimum cinq éoliennes de plus de trente mètres de hauteur, de la coordination nécessaire entre les autorités, de la réalisation préalable d'un projet-modèle, il n'apparaît nullement critiquable de procéder par une adaptation du plan directeur: les parcs éoliens occuperont un espace important, ils auront des effets durables sur le développement territorial et nécessitent la participation de plusieurs acteurs dont les intérêts diffèrent. L'activité est en outre appelée à se déployer sur le long terme; elle nécessite des études approfondies quant à ses effets notamment sur le paysage, les sites, la faune, requiert une évaluation des nuisances et mobilise d'importantes ressources financières; elle est enfin susceptible de rencontrer une opposition de la part de la population. Le choix des sites relève donc bien de la planification directrice. Les recourantes ne contestent d'ailleurs pas, en tant que telle, la légitimité d'une adaptation du PDCn.
Pour les mêmes motifs, la nécessité de procéder par la voie d'un plan spécial cantonal pour la réalisation des parcs éoliens n'est pas non plus critiquable: l'incidence spatiale des projets, dépassant le cadre communal (voire cantonal et national), la coordination entre les autorités cantonale et communales, la réalisation préalable d'un projet-pilote, la nécessité de déroger à l'art. 24 LAT justifient ce choix.
2.3. En réalité, l'objection des recourantes repose sur l'impossibilité, en l'état actuel du droit cantonal, d'adopter une planification spéciale cantonale pour des projets de parcs éoliens. Le Parlement admet que, dans sa teneur actuelle, l'art. 78 LCAT ne mentionne pas de telles installations, et il n'est pas contesté que celles-ci ne constituent ni des constructions et installations publiques (art. 78 let. a LCAT), ni des zones d'activités (art. 78 let. c). La fiche 5.06 prévoit ainsi (Mandat de planification, niveau cantonal) que le service cantonal du développement territorial doit initier les démarches afin d'adapter la LCAT en prévoyant que le plan spécial cantonal peut s'appliquer de manière générale "aux projets à forte influence spatiale dépassant les intérêts communaux ou régionaux", et en précisant le déroulement de la procédure, en particulier le rôle des communes. Une telle indication dans le plan directeur ne peut certes pas constituer en soi une base légale suffisante (TSCHANNEN, Commentaire LAT, n. 25 ad art. 9 LAT). En revanche, rien n'empêche que les adaptations législatives nécessaires à la réalisation des objectifs fixés dans le plan y soient également mentionnées au titre des moyens à mettre en oeuvre pour parvenir à ces objectifs. Cela étant, il ressort clairement de la fiche 5.06, d'une part, que la modification de la LCAT aura lieu selon la procédure législative ordinaire et, d'autre part, que l'adoption d'un plan spécial ne pourra pas avoir lieu tant que la modification en question n'aura pas été effectuée.
Comme cela est relevé ci-dessus, la planification directrice a pour objet d'indiquer comment les organismes chargés de tâches d'organisation du territoire doivent exercer leurs compétences au regard de l'organisation souhaitée du territoire (<ref-ruling> consid. 4.1 p. 279). Il donne une image du développement prévu et propose les moyens propres à atteindre ce but (art. 8 al. 1 let. c LAT). Ces moyens peuvent concerner l'aménagement proprement dit ou être d'ordre organisationnel, et rien n'empêche que les changements nécessaires dans la réglementation ou la législation soient également mentionnés. La mesure litigieuse n'impose d'ailleurs pas directement au Parlement de modifier la LCAT dans un sens déterminé, mais enjoint le service cantonal du développement territorial "d'initier les démarches d'adaptation de la LCAT" afin notamment "d'élargir la portée du plan spécial cantonal aux projets à forte incidence spatiale dépassant les intérêts communaux ou régionaux". Il ne s'agit donc pas d'un mandat législatif contraignant à l'instar de ceux qui pourraient se trouver dans la Constitution, mais d'une invitation aux services de l'Etat d'initier le processus de modification de la loi. Cela ressort encore clairement du message du Gouvernement au Parlement relatif à la révision de la fiche 5.06, du 2 octobre 2018 (p. 7, implications législatives). Les services en question pourraient d'ailleurs entamer un tel processus de révision législative même en l'absence d'une telle mention dans le PDCn, afin d'accorder la législation aux instruments mis en oeuvre dans la planification directrice.
C'est dès lors en vain que les recourantes prétendent que la fiche 5.06 du plan directeur se substituerait à la base légale nécessaire pour l'établissement d'un plan spécial cantonal. Le grief doit être écarté.
3.
Les recourantes estiment ensuite que leur autonomie garantie par les art. 50 al. 1 Cst. et 110 al. 1 Cst./JU (RS 131.235) serait violée. L'art. 46 LCAT désigne les communes comme responsables de l'aménagement local. En l'absence de compétence cantonale au sens de l'art. 7 LCAT, la fiche 5.06 ne pourrait se substituer à une base légale formelle et contraindre les communes à modifier leur planification locale.
3.1. Selon l'art. 50 al. 1 Cst., l'autonomie communale est garantie dans les limites fixées par le droit cantonal. Une commune est autonome dans les domaines que le droit cantonal ne règle pas de façon exhaustive, en laissant une certaine liberté d'appréciation aux autorités municipales. Une commune reconnue autonome dans un domaine spécifique peut dénoncer tant les excès de compétence d'une autorité cantonale de recours que la violation par celle-ci des règles du droit fédéral, cantonal ou communal qui régissent la matière (<ref-ruling> consid. 3.1 p. 44; <ref-ruling> consid. 7.2 p. 134). L'existence et l'étendue de l'autonomie conférée aux communes dans une matière concrète sont déterminées par la constitution et la législation cantonales (<ref-ruling> consid. 3.1 p. 44 et la jurisprudence citée).
3.2. Dans une large mesure, le grief recoupe le précédent, puisqu'il part de la prémisse - erronée - que la fiche 5.06 du plan directeur cantonal se substituerait à une base légale formelle pour donner compétence au canton d'adopter des plans spéciaux. Comme on l'a vu ci-dessus, la fiche en question ne déploie pas d'effets immédiats qui restreindraient directement les compétences communales. Une telle atteinte ne se concrétisera d'ailleurs qu'au moment où le législateur procédera effectivement à la révision de la LCAT.
L'autonomie communale est définie par le droit cantonal, ce que rappelle l'art. 110 al. 2 de la Constitution jurassienne. S'agissant de l'aménagement local du territoire, les compétences communales sont mentionnées de manière générale à l'art. 46 al. 1 LCAT. Il ne saurait dès lors y avoir une atteinte à l'autonomie communale, mais une simple redéfinition de celle-ci, lorsque le législateur cantonal décide, par une modification législative, d'étendre les compétences cantonales au détriment de celles des communes. Tel serait le cas de l'extension du champ d'application du plan spécial cantonal par une modification de l'art. 78 LCAT. Le grief apparaît ainsi mal fondé.
4.
Les recourantes invoquent les dispositions du droit fédéral sur la préservation des surfaces d'assolement (SDA; art. 3 al. 2 let. a et 15 al. 3 LAT, <ref-law>). Elles estiment que les sites d'implantation prévus dans la fiche 5.06 se situent en grande partie sur de telles surfaces, sans que d'autres options n'aient été examinées et alors que le quota cantonal de SDA n'est pas excédentaire. Le plan sectoriel éolien du canton du Jura relève la haute qualité des zones agricoles sur le site de la Haute-Borne (déjà désigné pour accueillir le projet-modèle) et celui du Champ du Fol, démontrant que la protection des SDA n'a nullement été prise en compte, ce critère ayant été ignoré. Cette problématique devait être examinée au stade du plan directeur déjà, car une compensation intégrale de ces surfaces ne serait pratiquement pas possible.
4.1. Les surfaces d'assolement font partie du territoire qui se prête à l'agriculture (art. 6 al. 2 let. a LAT) et qui doivent être préservées en vertu de l'art. 3 al. 2 let. a LAT (cf. également art. 16 al. 1 LAT et 104 al. 1 Cst). Selon l'<ref-law>, elles se composent des terres cultivables comprenant avant tout les terres ouvertes, les prairies artificielles intercalaires et les prairies naturelles arables. Elles sont garanties par des mesures d'aménagement du territoire. Selon l'<ref-law>, une surface totale minimale d'assolement a pour but d'assurer au pays une base d'approvisionnement suffisante, conformément à l'art. 1 al. 2 let. d LAT. Sur la base des surfaces minimales arrêtées dans le plan sectoriel de la Confédération (<ref-law>), les cantons définissent les surfaces d'assolement dans leur plan directeur, dans le cadre de la délimitation des autres parties du territoire qui se prêtent à l'agriculture (<ref-law>). La jurisprudence n'exclut pas que des surfaces d'assolement puissent être utilisées à des fins autres qu'agricoles. Toutefois, il convient d'opérer une pesée d'intérêts complète tenant notamment compte du fait que la part cantonale de surface d'assolement doit être garantie à long terme. Un examen des sites alternatifs doit avoir lieu (Office fédéral du développement territorial - ARE, Plan sectoriel des surfaces d'assolement, 8 mai 2020, principe P1, p. 12). Il y a lieu en outre d'évaluer dans quelle mesure le terrain concerné pourrait à nouveau être cultivé et, lorsque la surface minimale cantonale n'est pas atteinte ou ne l'est que de peu, une compensation doit être opérée (<ref-ruling> consid. 4.1 p. 29; <ref-ruling> consid. 3.3 p. 220).
Selon l'<ref-law>, des surfaces d'assolement ne peuvent être classées en zone à bâtir que lorsqu'un objectif que le canton également estime important ne peut pas être atteint judicieusement sans recourir aux surfaces d'assolement (let. a) et lorsqu'il peut être assuré que les surfaces sollicitées seront utilisées de manière optimale selon l'état des connaissances (let. b). Cette disposition a pour but de tenir compte de la nécessité de maintenir les SDA et impose de s'assurer que le sacrifice de SDA pour la création de zones à bâtir est absolument nécessaire du point de vue du canton. L'autorité de planification doit examiner quelles alternatives pourraient raisonnablement entrer en considération (<ref-ruling> consid. 7.2 p. 44; ARE, rapport explicatif relatif à la Conception énergie éolienne, 25 septembre 2020 p. 11).
4.2. De manière générale, la pesée d'intérêts doit être effectuée de manière transparente et correspondre au niveau de planification dans lequel elle s'inscrit (arrêt 1C_356/2019 du 4 novembre 2020 consid. 3.2 destiné à la publication). Il doit être tenu compte de tous les intérêts qui ne pourront pas être préservés lors d'une étape de planification ultérieure (ARE, Plan sectoriel des surfaces d'assolement, 8 mai 2020, p. 16 note 19). S'agissant des installations éoliennes, le plan directeur cantonal doit fixer les objectifs et principes stratégiques, les critères d'exclusion, les zones disponibles sous réserve d'examen, les zones d'intérêt, les sites potentiels et prioritaires; suivant leur stade d'avancement, les projets concrets peuvent également y figurer; le plan directeur doit encore prévoir les mandats pour la suite de la planification (ARE, rapport explicatif relatif à la conception éolienne, 25 septembre 2020, p. 40).
4.3. En l'occurrence la fiche 5.06 du PDCn prévoit au maximum, parmi les cinq sites mentionnés, trois parcs éoliens en plus des deux sites déjà existants (Le Peuchapatte et Saint-Brais). Le nombre d'éoliennes par parc est de cinq au minimum, mais aucun maximum n'est fixé. Au stade de la planification directrice, on ignore donc - sous réserve du projet-modèle de la Haute-Borne qui doit être réalisé préalablement - quels selon les sites choisis et le nombre d'éoliennes par site. Il n'est donc pas encore possible de déterminer si et dans quelle mesure des SDA seront effectivement touchées. Dans la perspective de la pesée d'intérêts, on ignore aussi la surface d'occupation au sol de l'ensemble des installations, la taille et la puissance des éoliennes, de sorte qu'il n'est pas non plus possible de savoir si les parcs en question peuvent être considérés comme d'importance nationale au sens de l'art. 9 al. 2 de l'ordonnance du 1er novembre 2017 sur l'énergie RS 730.02. Une pesée exhaustive des intérêts en présence devra être effectuée dans le cadre de l'étude d'impact sur l'environnement, au stade du plan d'affectation spécial (cf. ch. 21.8 de l'annexe de l'ordonnance du 19 octobre 1988 relative à l'étude de l'impact sur l'environnement RS 814.011). Au stade de la planification directrice, une pesée exhaustive de ces intérêts n'apparaît en revanche pas possible, mais il n'est manifestement pas exclu que l'éventuelle atteinte à des SDA soit admissible, compte tenu notamment de l'intérêt à la production d'énergie renouvelable (<ref-law>) et de l'impact limité en terme de surface d'occupation du sol. Le grief doit lui aussi être rejeté.
5.
Sur le vu de ce qui précède, le recours est rejeté. Les recourantes ayant agi dans l'exercice de leurs attributions officielles, il ne sera pas perçu de frais de justice (<ref-law>). Il n'est pas non plus alloué de dépens (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté.
2.
Il n'est pas perçu de frais judiciaires ni alloué de dépens.
3.
Le présent arrêt est communiqué au mandataire des recourantes, au Parlement de la République et canton du Jura et au Tribunal cantonal de la République et canton du Jura, Cour constitutionnelle.
Lausanne, le 29 décembre 2020
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Chaix
Le Greffier : Kurz