Sachverhalt:
A.
X._ beging ab Februar 2009 bis zum 25. November 2014 mehrere sexuelle Handlungen zum Nachteil seines Stiefkinds A._ (Jahrgang 2002). Zudem verübte er mehrere sexuelle Übergriffe auf seine Stieftochter B._ (Jahrgang 2003), als diese neun Jahre alt war. Seine Taten hielt er teilweise auf 390 Bilder und 22 Filme fest. Einen Teil der Foto- und Videoaufzeichnungen verbreitete er im Internet. Er lud eine grosse Menge kinderpornographischen Materials (ca. 130'000 Bilder und 180 Filme) aus dem Internet herunter und speicherte diese (wie auch weitere Bilder mit Tierpornographie und Filme mit sexueller Gewalt an Kindern) auf seiner Festplatte. A._ zeigte er die (kinder) pornographischen Darstellungen.
B.
Das Bezirksgericht Lenzburg sprach X._ am 30. März 2017 der mehrfachen sexuellen Handlungen mit Kindern, der mehrfachen versuchten Vergewaltigung, der mehrfachen, teilweise versuchten sexuellen Nötigung, der mehrfachen Schändung, der mehrfachen Pornographie und des Vergehens gegen das Urheberrechtsgesetz schuldig. Es erkannte auf eine Freiheitsstrafe von acht Jahren und eine Geldstrafe von 100 Tagessätzen zu Fr. 20.--. Auf die Strafe rechnete es die Untersuchungshaft von 99 Tagen, die angeordneten Ersatzmassnahmen im Umfang von 66 Tagen, die Sicherheitshaft von 8 Tagen und den vorzeitigen Strafvollzug von 97 Tagen an.
Das Obergericht des Kantons Aargau hiess eine von X._ dagegen erhobene Berufung am 3. November 2017 gut. Es sprach ihn vom Vorwurf der mehrfachen versuchten Vergewaltigung, der mehrfachen, teilweise versuchten sexuellen Nötigung und der Widerhandlung gegen das Urheberrechtsgesetz frei. Für die unangefochtenen Schuldsprüche der mehrfachen sexuellen Handlungen mit Kindern, der mehrfachen Schändung und der mehrfachen Pornographie erkannte es auf eine Freiheitsstrafe von sieben Jahren. Das Obergericht bestätigte die erstinstanzlich festgesetzte Anrechnung an die Freiheitsstrafe unter Berücksichtigung des zwischenzeitlich erstandenen vorzeitigen Strafvollzugs von insgesamt 315 Tagen.
C.
X._ führt Beschwerde in Strafsachen. Er beantragt, das Urteil des Obergerichts sei im Strafpunkt aufzuheben, und er sei zu einer Freiheitsstrafe von höchstens sechs Jahren zu verurteilen. An die Strafe seien 873 Tage (inklusive 450 Tage für die angeordneten Ersatzmassnahmen) anzurechnen.
D.
Das Obergericht und die Oberstaatsanwaltschaft des Kantons Aargau verzichten auf Vernehmlassung.

Erwägungen:
1.
1.1. Der Beschwerdeführer beanstandet die Strafzumessung. Er bringt zusammengefasst vor, seine kriminelle Energie sei nicht hoch und seine Beweggründe seien nachvollziehbar. In der Zwischenzeit habe er in der Therapie grosse Fortschritte erzielt und erkannt, wie sehr er den Opfern geschadet habe. Beim Mass der Entscheidungsfreiheit sei seine psychische Störung relevant. Betreffend die Täterkomponente seien seine Vorstrafenlosigkeit, seine schwierige Kinder- und Jugendzeit, sein Geständnis und seine Kooperation mit den Untersuchungsbehörden zu berücksichtigen. Er habe sich "immer sehr um meine Familie und insbesondere um die beiden Mädchen gekümmert". Schliesslich stehe die Reduktion der Freiheitsstrafe um ein Jahr in keiner Relation zu den vor Vorinstanz erwirkten Freisprüchen.
1.2. Das Bundesgericht hat die Grundsätze der Strafzumessung nach <ref-law> und die an sie gestellten Begründungsanforderungen wiederholt dargelegt (<ref-ruling> E. 5.4 ff. S. 59 ff. mit Hinweisen). Darauf kann verwiesen werden. Entsprechendes gilt für die Bildung der Einsatz- und der Gesamtstrafe nach <ref-law> in Anwendung des Asperationsprinzips (<ref-ruling> E. 2.2 f. S. 219 ff.; <ref-ruling> E. 6.1.2 S. 67 f.; <ref-ruling> E. 8 f. S. 104 ff.; Urteil 6B_460/2010 vom 4. Februar 2011 E. 3.3.4, nicht publ. in: <ref-ruling>; je mit Hinweisen).
Es liegt im Ermessen des Sachgerichts, in welchem Umfang es die verschiedenen Strafzumessungsfaktoren berücksichtigt. Das Bundesgericht greift auf Beschwerde hin nur in die Strafzumessung ein, wenn die Vorinstanz den gesetzlichen Strafrahmen über- oder unterschritten hat, wenn sie von rechtlich nicht massgebenden Kriterien ausgegangen ist oder wesentliche Gesichtspunkte ausser Acht gelassen beziehungsweise in Überschreitung oder Missbrauch ihres Ermessens falsch gewichtet hat (<ref-ruling> E. 5.6 S. 61 mit Hinweis).
1.3. Die Vorinstanz legt in einem ersten Schritt die Einsatzstrafe für die Schändungen zum Nachteil von B._ fest und beurteilt das Verschulden des Beschwerdeführers insgesamt als noch leicht. Sie qualifiziert die Eingriffe in die sexuelle Integrität (Berühren der Vagina beim schlafenden Opfer) als vergleichsweise leicht und berücksichtigt die mehrfache Tatbegehung verschuldenserhöhend. Der Beschwerdeführer habe einzig seine eigene Lust befriedigen wollen und deshalb die Schändungen seiner damals 9-jährigen Stieftochter aufgezeichnet. Er habe über ein sehr hohes Mass an Entscheidungsfreiheit verfügt, wobei das psychiatrische Gutachten von einer intakten Steuerungs- und Einsichtsfähigkeit ausgehe. Insgesamt sei von einer Einsatzstrafe von einem Jahr auszugehen. In einem zweiten Schritt würdigt die Vorinstanz nebst einem weiteren Übergriff auf A._ die zahlreichen sexuellen Handlungen zum Nachteil von B._. Diese Übergriffe über mehrere Jahre hinweg und in grosser Anzahl (etwa gegenseitiger ungeschützter Oralverkehr sowie mehrere Versuche, das damals sieben bis zwölf Jahre junge Opfer vaginal und anal zu penetrieren, vgl. Entscheid S. 13) seien schwerwiegend. Viele Handlungen habe der Beschwerdeführer fotografiert oder gefilmt. Es sei von einer erheblichen und nachhaltigen psychischen Beeinträchtigung des Opfers auszugehen. Der Beschwerdeführer habe aus egoistischen Motiven gehandelt, seine eigene sexuelle Lust zu befriedigen, und dazu das Vertrauensverhältnis zum Kind schamlos ausgenutzt. Auch hier sei von einem sehr hohen Mass an Entscheidungsfreiheit und von einer intakten Steuerungs- und Einsichtsfähigkeit auszugehen. Insgesamt sei das Tatverschulden als schwer zu beurteilen. Bei isolierter Betrachtung hätte die Strafe für die sexuellen Handlungen innerhalb eines auf 7 1⁄2 Jahre erweiterten Strafrahmens festgelegt werden müssen. Die Einsatzstrafe sei wegen der mehrfachen sexuellen Handlungen um 4 1⁄2 Jahre zu erhöhen. In einem weiteren Schritt würdigt die Vorinstanz das Tatverschulden betreffend Pornographie als mittelschwer bis schwer. Der Beschwerdeführer habe 390 Fotografien und 22 Videoaufnahmen von sexuellen Handlungen mit A._ und Nacktaufnahmen beider Kinder gemacht und einen Teil des Materials im Internet verbreitet. Auch hier habe der Beschwerdeführer aus egoistischen Motiven gehandelt und das Vertrauensverhältnis missbraucht. Deshalb sei eine weitere Erhöhung der Einsatzstrafe um zwei Jahre angemessen. Schliesslich berücksichtigt die Vorinstanz im Rahmen der Täterkomponente das Geständnis und die kooperative Mitwirkung leicht strafmindernd, ebenso die im Berufungsverfahren zum Ausdruck gebrachte späte Einsicht und Reue. Sie gelangt zu einer Gesamtstrafe von sieben Jahren.
1.4. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Das bedeutet jedoch nicht, dass überhaupt nicht zu erörtern wäre, inwiefern der angefochtene Entscheid bundesrechtliche Normen verletzen könnte. Vielmehr muss sich der Beschwerdeführer, um der Begründungspflicht im Sinne von <ref-law> zu genügen, mit den Erwägungen des angefochtenen Entscheids auseinandersetzen und klar aufzeigen, inwiefern die Vorinstanz Recht verletzt (<ref-ruling> E. 2 S. 88 f. mit Hinweisen). Der Beschwerdeführer soll nicht bloss die Rechtsstandpunkte, die er im kantonalen Verfahren eingenommen hat, erneut bekräftigen, sondern mit seiner Kritik an den vorinstanzlichen Erwägungen ansetzen (<ref-ruling> E. 2 S. 116; vgl. <ref-ruling> E. 2.1-2.3 S. 245 ff.).
Unabdingbar ist damit eine Auseinandersetzung mit dem angefochtenen Entscheid. Dies ist hier zu einem wesentlichen Teil nicht der Fall. Der Beschwerdeführer zählt Umstände auf, welche aus seiner Sicht für die Strafzumessung relevant sind. Mit den Erwägungen der Vorinstanz und den von ihr gewürdigten Strafzumessungsfaktoren befasst er sich nur am Rande. Er zeigt nicht auf, inwiefern die Vorinstanz Recht verletzt, sondern klammert deren Urteil im Ergebnis aus. Damit ist der Beschwerdeführer nicht zu hören. Dies ist beispielsweise der Fall, soweit er geltend macht, er habe während der Therapie grosse Fortschritte erzielt, sei noch nie zuvor strafrechtlich in Erscheinung getreten und habe mit der Kantonspolizei kooperiert. Die Vorinstanz hat diese Umstände nicht übersehen, sondern im Rahmen ihres Ermessens berücksichtigt. Nicht zu hören ist der Beschwerdeführer auch, soweit er gegenüber A._ aus "Liebe und Zuneigung" gehandelt haben und in seiner Entscheidungsfreiheit aufgrund der psychischen Krankheit eingeschränkt gewesen sein will. Damit entfernt er sich in unzulässiger Weise vom verbindlichen Sachverhalt der Vorinstanz (<ref-law>), ohne eine willkürliche Beweiswürdigung (<ref-law>) geltend zu machen.
1.4.1. Der Beschwerdeführer hält fest, er habe während fast eineinhalb Jahren oftmals sieben Tage pro Woche gearbeitet, um seine Ehefrau und deren Kinder (die beiden Opfer) finanziell abzusichern und um frühere Schulden seiner Ehefrau zu begleichen. Was er in diesem Zusammenhang im Detail aufführt, ist unerheblich und hat insbesondere auf das Verschulden keinen Einfluss.
1.4.2. Zu seiner Kinder- und Jugendzeit bringt der Beschwerdeführer vor, er habe in seiner Familie in der Jugendzeit kaum Zusammenhalt erlebt. Seit dem zweiten Primarschuljahr sei er in die Position eines Aussenseiters gedrängt und selbst von seinem Bruder verprügelt und drangsaliert worden. Es sei ihm erheblich erschwert wenn nicht verunmöglicht worden, ein sozial angepasstes Verhalten zu erlernen. Aufgrund der langjährigen schweren Erkrankung seiner Mutter und deren Tod im Jahre 2001 sei in seinem Elternhaus jegliche Kontrolle inexistent gewesen. Er habe bereits früh in grossem Umfang Pornographie konsumiert.
Zur Kinder- und Jugendzeit finden sich im vorinstanzlichen Entscheid keine Erwägungen. Damit hat die Vorinstanz einen wesentlichen Gesichtspunkt in Verletzung von Bundesrecht (<ref-law>) ausser Acht gelassen (vgl. <ref-ruling> E. 2d/bb S. 204 f.). Sie wird deshalb dieses Kriterium zu würdigen haben.
1.4.3. Wenngleich die Vorinstanz die Strafe unter Berücksichtigung des Vorlebens neu festzusetzen hat, rechtfertigt es sich, auf die weitere gegen die Strafzumessung gerichtete Kritik einzugehen.
Der Beschwerdeführer verweist auf die erstinstanzlich ausgefällte Strafe von acht Jahren (richtig: acht Jahre und 100 Tagessätze Geldstrafe) und rügt, eine Strafreduktion um ein Jahr stehe in keinem Verhältnis zu den vorinstanzlichen Freisprüchen. Diese Kritik erfolgt ohne Grund. Die Vorinstanz war nicht an die Erwägungen der ersten Instanz gebunden, sondern musste vielmehr eine eigenständige Strafzumessung vornehmen. Selbst wenn ein wesentlicher Teil der Anklage im Berufungsverfahren fallengelassen wird, kann (was hier nicht der Fall ist) das erstinstanzliche Strafmass bestätigt werden, wenn dies in der Entscheidbegründung eingehend dargelegt wird (Urteil 6B_737/2012 vom 23. Juli 2013 E. 2.3.2 mit Hinweisen). Ausgangspunkt war nicht die erstinstanzlich festgesetzte Strafe. Die Vorinstanz war deshalb nicht gehalten, die Gründe für eine "Reduktion" um ein Jahr und 100 Strafeinheiten im Einzelnen aufzuzeigen.
1.4.4. Nicht zu beanstanden ist, dass die Vorinstanz Hinweise für eine erhöhte Strafempfindlichkeit des Beschwerdeführers verneint. Nach der Rechtsprechung bedeutet der Vollzug einer Freiheitsstrafe grundsätzlich für jedermann eine Härte, zumal er regelmässig dazu führt, dass der Betroffene aus seinem beruflichen und sozialen Umfeld herausgerissen wird. Als unmittelbare gesetzmässige Folge einer unbedingten Freiheitsstrafe muss dies nur bei aussergewöhnlichen Umständen strafmindernd berücksichtigt werden (Urteil 6B_237/2018 vom 24. August 2018 E. 1.4.4 mit Hinweisen). Solche Momente, die das durchschnittliche Mass übersteigen, zeigt der Beschwerdeführer nicht auf und sind auch nicht ersichtlich.
1.4.5. Die Vorinstanz wird die Strafzumessung unter Berücksichtigung der wesentlichen Strafzumessungsfaktoren neu vorzunehmen und nachvollziehbar darzulegen haben, weshalb sie eine bestimmte Strafe ausspricht.
2.
2.1. Der Beschwerdeführer bringt vor, die Vorinstanz rechne die Ersatzmassnahmen von 654 Tagen lediglich mit 66 Tagen (respektive zu 10 %) statt mit 450 Tagen (respektive zu 69 %) an. Das Rayonverbot habe ein Bewegen in der Öffentlichkeit nahezu verunmöglicht. So fahre beispielsweise der Bus von C._ nach D._ durch das Schulareal der E._, weshalb er entweder über F._ nach D._ habe fahren oder in G._ habe aussteigen müssen, um durch die Quartiere nach D._ zu gelangen. Das Rayonverbot habe ihm mehrere Arbeitsangebote gekostet. Auch das Einhalten des Kontaktverbots bei seiner Tätigkeit im Detailhandel sei schlicht unmöglich gewesen. Durch das Internetverbot sei er ausserhalb der Arbeitszeit komplett vereinsamt und habe sich nach einem Wohnungsbrand im Mai 2016 keine Unterkunft suchen können. Deshalb habe er bis zur erneuten Verhaftung im Dezember 2016 im Auto seines Vaters, in einem Motel und in einer leer stehenden Zahnarztpraxis leben müssen.
2.2. Das Zwangsmassnahmengericht entliess den Beschwerdeführer am 3. März 2015 aus der Untersuchungshaft. Es ordnete für die Dauer von sechs Monaten verschiedene Ersatzmassnahmen an. Es verbot dem Beschwerdeführer, das Gemeindegebiet H._ und (mit Ausnahme des Bahnhofsareals und bei Vorladungen durch Amtsstellen) das Gemeindegebiet I._ zu betreten, B._ und A._ sowie J._ zu kontaktieren, sich B._ und A._ weniger als 200 Meter zu nähern, sich verschiedenen Örtlichkeiten (Kinderkrippen, Kindergärten, Schulanlagen, Spielplätzen, Sportplätzen sowie jeglichen weiteren Gebäuden und Grundstücken, wo sich bekanntermassen viele Kinder aufhalten könnten) weniger als 50 Meter zu nähern, mit Kindern unter 18 Jahren im selben Haushalt zu wohnen, mit Kindern unter 18 Jahren zu sprechen oder auf eine andere Weise Kontakt zu halten und das Internet zu benutzen. Das Zwangsmassnahmengericht wies den Beschwerdeführer zudem an, sich einer regelmässigen, ambulanten psychiatrisch-psychotherapeutischen Behandlung zu unterziehen. Diese Ersatzmassnahmen wurden am 1. September 2015 durch das Zwangsmassnahmengericht (respektive am 20. Oktober 2015 im kantonalen Beschwerdeverfahren) in modifizierter Fassung um sechs Monate verlängert. Das Betretverbot bezog sich neu auf das Gemeindegebiet K._ und L._ und die zu meidenden Örtlichkeiten wurden weniger weit gefasst (Areal von Kinderkrippen, Kindergärten, Schulanlagen [Primar- und Oberstufe] und Spielplätzen). Zudem wurde das Alter der Kinder, mit denen der Beschwerdeführer weder wohnen noch anderweitig in Kontakt treten durfte, auf 16 Jahre reduziert. Dem Beschwerdeführer war es schliesslich neu erlaubt, das Internet im Zusammenhang mit der Stellensuche zu benutzen. Am 22. Februar 2016 wurden diese Ersatzmassnahmen durch das Zwangsmassnahmengericht um weitere sechs Monate verlängert, wobei zusätzlich die berufliche Nutzung des Internets erlaubt wurde.
2.3. Das Gericht rechnet die Untersuchungshaft, die der Täter während dieses oder eines anderen Verfahrens ausgestanden hat, auf die Strafe an (<ref-law>). Nach der Rechtsprechung sind Ersatzmassnahmen analog der Untersuchungshaft gemäss dieser Bestimmung auf die Freiheitsstrafe anzurechnen. Bei der Bemessung der anrechenbaren Dauer hat das Gericht den Grad der Beschränkung der persönlichen Freiheit im Vergleich zum Freiheitsentzug bei Untersuchungshaft zu berücksichtigen. Dabei kommt dem Gericht ein erheblicher Ermessensspielraum zu (vgl. [betreffend Kontaktverbot] <ref-ruling> E. 2.4 S. 79 mit Hinweisen). Bei ambulanter Behandlung ist zu prüfen, ob und inwiefern der Verurteilte durch die ambulante Massnahme in seiner persönlichen Freiheit eingeschränkt wurde. In dem Masse, wie eine tatsächliche Beschränkung der persönlichen Freiheit vorliegt, ist die Behandlung auf die Freiheitsstrafe anzurechnen. Von Bedeutung ist hiefür im Wesentlichen, mit welchem Zeit- und Kostenaufwand die Massnahme für den Betroffenen verbunden war (<ref-ruling> E. 3a S. 54 mit Hinweisen). Entscheidend ist, dass die grundrechtsbeschränkenden Auswirkungen der Massnahmen im Einzelfall ermittelt und angerechnet werden (FABIO MANFRIN, Ersatzmassnahmenrecht nach Schweizerischer Strafprozessordnung, 2014, S. 337 f.). Massgebend sind damit die konkreten Verhältnisse. Eine Weisung etwa betreffend Aufenthaltsort kann einen grösseren oder kleineren Eingriff bedeuten, je nachdem, wie oft der Täter den Ort vor der Ersatzmassnahme verliess respektive betrat (vgl. SYLVA FISNAR, Ersatzanordnungen für Untersuchungshaft und Sicherheitshaft im zürcherischen Strafprozess, 1997, S. 139 f.).
2.4. Die Vorinstanz verweist auf den erstinstanzlichen Entscheid. Dieser gibt die einzelnen Ersatzmassnahmen wieder und hält fest, der Beschwerdeführer habe für die Dauer von 654 Tagen das Gemeindegebiet, in welchem die Opfer wohnten und zur Schule gingen, nicht betreten dürfen. Ausserdem sei ihm verboten worden, Orte aufzusuchen, an welchen sich primär Kinder befinden, und mit Personen unter 16 Jahren in Kontakt zu treten. Die eingeschränkte Nutzung des Internets sei relativ einschneidend. Der Zeit- und Kostenaufwand sei aber für den Beschwerdeführer gering gewesen. Deshalb werde dem Beschwerdeführer die Zeit zu einem Zehntel angerechnet (Entscheid S. 17 und erstinstanzliches Urteil S. 38 ff.).
2.5. Aus den vorinstanzlichen Erwägungen geht hervor, welche Ersatzmassnahmen das Zwangsmassnahmengericht respektive die kantonale Beschwerdeinstanz im Einzelnen anordneten. Zudem kann der Schluss gezogen werden, dass in den Gemeindegebieten, die der Beschwerdeführer nicht betreten durfte (H._ und I._ respektive K._ und L._), die Opfer wohnten oder zur Schule gingen. Zumindest im Zeitpunkt des erst- und vorinstanzlichen Entscheids war der Beschwerdeführer laut Rubrum in C._ ansässig. Weitere konkrete Umstände fehlen. Die Vorinstanz stellt beispielsweise nicht fest, wo der Beschwerdeführer in der fraglichen Zeit (3. März 2015 bis 16. Dezember 2016) wohnte, ob und wo er einer Arbeit nachging und was Gegenstand seiner Arbeitstätigkeit war. Damit fehlen auch Feststellungen, ob und inwiefern die Anordnungen des Zwangsmassnahmengerichts den Beschwerdeführer in seiner persönlichen Freiheit und beruflichen Tätigkeit tangierten und welchen Aufwand sie konkret bedeuteten respektive ob der Beschwerdeführer in seinem Tagesablauf einen wesentlichen Eingriff hinzunehmen hatte.
2.6. Nach <ref-law> müssen beim Bundesgericht anfechtbare Entscheide die massgebenden Gründe tatsächlicher und rechtlicher Art enthalten. Der vorinstanzliche Entscheid hat eindeutig aufzuzeigen, auf welchem festgestellten Sachverhalt und auf welchen rechtlichen Überlegungen er beruht (<ref-ruling> E. 1.2.1 S. 245 f. mit Hinweisen). Die Begründung ist insbesondere mangelhaft, wenn der angefochtene Entscheid jene tatsächlichen Feststellungen nicht trifft, die zur Überprüfung des eidgenössischen Rechts notwendig sind oder wenn die rechtliche Begründung des angefochtenen Entscheids so lückenhaft oder unvollständig ist, dass nicht geprüft werden kann, wie das eidgenössische Recht angewendet wurde. Die Begründung ist ferner mangelhaft, wenn einzelne Tatbestandsmerkmale, die für die Subsumtion unter eine gesetzliche Norm von Bedeutung sind, von der Vorinstanz nicht oder nicht genügend abgeklärt wurden (<ref-ruling> E. 5b S. 287 mit Hinweis).
2.7. Der angefochtene Entscheid genügt den Anforderungen von <ref-law> nicht. Das vorinstanzliche Sachverhaltsfundament ist unzureichend. Eine Prüfung, ob die Vorinstanz ihr Ermessen wahrt, indem sie die während 654 Tagen angeordneten Ersatzmassnahmen im Umfang von 66 Tagen an die Freiheitsstrafe anrechnet, ist nicht möglich. Die Vorinstanz wird die Sachverhaltsfeststellung ergänzen und klar darlegen müssen.
3.
Der Beschwerdeführer obsiegt, soweit er die Strafzumessung als bundesrechtswidrig rügt. Deshalb und in Anwendung von <ref-law> ist der angefochtene Entscheid aufzuheben. Die Sache ist an die Vorinstanz zurückzuweisen, damit diese die Strafzumessung neu vornimmt und einen Entscheid trifft, der den Anforderungen von <ref-law> genügt. Ein reformatorischer Entscheid ist entgegen dem Antrag der Vorinstanz nicht möglich.
Bei diesem Ausgang des Verfahrens sind keine Gerichtskosten zu erheben (Art. 66 Abs. 1 und 4 BGG). Das sinngemässe Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege ist gegenstandslos geworden. Eine Parteientschädigung an den Beschwerdeführer ist nicht zuzusprechen, da ihm keine Kosten der Rechtsvertretung erwachsen sind und auch keine besonderen Verhältnisse, welche ausnahmsweise eine Parteientschädigung rechtfertigen könnten, geltend gemacht werden (Art. 68 Abs. 1 und 2 BGG; Art. 11 des Reglements vom 31. März 2006 über die Parteientschädigung und die Entschädigung für die amtliche Vertretung im Verfahren vor dem Bundesgericht [SR 173.110.210.3]).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird gutgeheissen. Das Urteil des Obergerichts des Kantons Aargau vom 3. November 2017 wird aufgehoben und die Sache zur neuen Entscheidung an die Vorinstanz zurückgewiesen.
2.
Es werden keine Kosten erhoben.
3.
Dieses Urteil wird den Parteien, Rechtsanwältin Esther Küng zuhanden von A._ und B._ sowie dem Obergericht des Kantons Aargau, Strafgericht, 1. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 29. November 2018
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Denys
Der Gerichtsschreiber: Faga