Fatti:
A.
A.a. A._, nato nel 1983, è entrato alle dipendenze dello Stato del Cantone Ticino dal mese di settembre 2010 all'80% come funzionario amministrativo. Dal 1° gennaio 2017 è stato iscritto nella classe 18 dell'organico con quattro aumenti. Il 13 febbraio 2017 A._ ha chiesto, sollecitando l'emanazione di una decisione, una riclassificazione della funzione con effetto retroattivo dal 1° febbraio 2012. Il Consiglio di Stato del Cantone Ticino con lettera del 7 giugno 2017 ha riferito di aver esaminato la funzione di A._ e ha rilevato che la promozione non si giustificava. Il 13 giugno 2017 A._, rappresentato da un sindacato, ha inviato uno scritto al Consiglio di Stato, lamentando la carente motivazione della risposta e l'incomprensibilità del metodo adottato per confrontare le funzioni. L'11 luglio 2017 il Consiglio di Stato ha confermato il proprio operato, indicando i rimedi giuridici esperibili contro la propria risoluzione. Adito da A._, il Tribunale amministrativo del Cantone Ticino con giudizio del 19 settembre 2017 ha dichiarato il ricorso inammissibile (causa 52.2017.492). Con sentenza 8C_727/2017 dell'11 gennaio 2018 il Tribunale federale ha annullato la pronuncia cantonale e ha rinviato la causa alla Corte cantonale per nuova decisione (causa 52.2018.63).
A.b. In seguito all'entrata in vigore della legge ticinese del 23 gennaio 2017 sugli stipendi (LStip/TI; RL 173.300), il Consiglio di Stato del Cantone Ticino con decisione del 22 novembre 2017 ha assegnato ad A._, con effetto dal 1° gennaio 2018, la nuova funzione di collaboratore amministrativo e lo ha iscritto nella classe 2 dell'organico con 10 aumenti secondo il nuovo sistema retributivo. Contro la risoluzione governativa A._ ha presentato ricorso al Tribunale cantonale amministrativo (causa 52.2018.57).
A.c. Il 27 aprile 2018 sono stati comunicati ad A._ una serie di comportamenti inadeguati segnalati dalla Sezione B._, potenzialmente qualificabili come violazione dei doveri di servizio e atti a compromettere il necessario rapporto di fiducia con l'amministrazione cantonale. Il 31 luglio 2018 A._ si è opposto a un suo trasferimento all'Ufficio C._. L'8 gennaio 2019 il Consiglio di Stato ha messo fine al rapporto di impiego con A._ con effetto al 30 aprile 2019. A._ ha inoltrato ricorso al Tribunale cantonale amministrativo anche contro questa risoluzione governativa (causa 52.2019.70).
B.
Congiunte le tre cause pendenti, iI Tribunale cantonale amministrativo con giudizio del 12 maggio 2020 ha respinto i tre ricorsi di A._, allora patrocinato da un avvocato, contro le decisioni governative.
C.
A._ presenta un ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale, chiedendo sostanzialmente la riforma del giudizio cantonale come segue: riconoscere secondo la vLStip/TI la classe 30 con 4 aumenti quale collaboratore scientifico, subordinatamente la classe 27 con 4 aumenti quale collaboratore tecnico amministrativo dal mese di febbraio 2017 in poi; di riconoscere secondo la LStip/TI la classe 9 con 10 aumenti, subordinatamente la classe 7 con 10 aumenti dal mese di gennaio 2018; di accertare il carattere ingiustificato della disdetta dell'8 gennaio 2019, riservata ogni richiesta di indennità per licenziamento ingiustificato, rispettivamente abusivo.
Non sono state chieste osservazioni al ricorso.

Diritto:
1.
1.1. La richiesta di completare il ricorso dopo aver scelto un avvocato deve essere respinta. Nella fattispecie, il ricorrente ha esposto chiaramente le proprie censure nei confronti del giudizio cantonale. Diversamente da altre procedure, dinanzi al Tribunale federale occorre presentare entro il termine legale un atto di ricorso completo di tutte le censure motivate, senza possibilità di rinviare a un momento successivo la presentazione in tutto o in parte dei propri argomenti (cfr. <ref-ruling> consid. 2.4 pag. 340; <ref-ruling> consid. 3.3.4 pag. 47; sentenza 8C_677/2016 del 26 ottobre 2016).
1.2. A norma dell'<ref-law>, un ricorso in materia di diritto pubblico è ammissibile solo se il valore litigioso è superiore a fr. 15'000.-. La Corte cantonale nel proprio giudizio indica esplicitamente che il valore litigioso è superiore a tale soglia. Non vi sono motivi per scostarsene.
1.3. Il ricorso in materia di diritto pubblico (<ref-law>) può essere presentato per violazione del diritto, conformemente a quanto stabilito dagli art. 95 e 96 LTF. Per quanto attiene invece all'accertamento dei fatti operato dal giudice precedente, esso può essere censurato unicamente se è avvenuto in modo manifestamente inesatto oppure in violazione del diritto ai sensi dell'<ref-law> e se l'eliminazione del vizio può essere determinante per l'esito del procedimento (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 1.6 pag. 144 seg.).
1.4. La violazione del diritto cantonale non costituisce motivo di ricorso. Tuttavia è possibile fare valere che l'errata applicazione del diritto cantonale costituisce una violazione del diritto federale in particolare perché arbitraria ai sensi dell'<ref-law> o di una disposizione direttamente applicabile del diritto internazionale. Secondo giurisprudenza l'arbitrio non si realizza già qualora la soluzione proposta con il ricorso possa apparire sostenibile o addirittura preferibile a quella contestata; il Tribunale federale annulla la pronuncia criticata solo se il giudice del merito ha emanato un giudizio che appare e ciò non solo nella motivazione bensì anche nell'esito manifestamente insostenibile, in aperto contrasto con la situazione reale, gravemente lesivo di una norma o di un principio giuridico chiaro e indiscusso oppure in contraddizione urtante con il sentimento della giustizia e dell'equità (<ref-ruling> consid. 4.2 pag. 516; <ref-ruling> consid. 6.2 pag. 239). Spetta al ricorrente dimostrare questa condizione (<ref-ruling> consid. 2.2 pag. 69). In particolare, per quanto riguarda l'apprezzamento delle prove e l'accertamento dei fatti, il giudice incorre nell'arbitrio se misconosce manifestamente il senso e la portata di un mezzo di prova, se omette senza valida ragione di tener conto di un elemento di prova importante, suscettibile di modificare l'esito della vertenza, oppure se ammette o nega un fatto ponendosi in aperto contrasto con gli atti di causa o interpretandoli in modo insostenibile (<ref-ruling> consid. 4.2 pag. 53 con riferimenti).
1.5. Laddove è invocata la violazione di diritti fondamentali o di norme del diritto cantonale, nonché l'arbitrio nell'accertamento dei fatti, il Tribunale federale esamina soltanto le censure motivate in modo chiaro e preciso (<ref-law>). Le esigenze di motivazione in queste evenienze sono accresciute e i ricorrenti devono esporre in maniera chiara e dettagliata, confrontandosi puntualmente con tutti i considerandi del giudizio impugnato, in quale misura sarebbero violati i loro diritti fondamentali (<ref-ruling> consid. 2.2 pag. 232; <ref-ruling> consid. 2.2 pag. 69).
2.
Oggetto del contendere è sapere se il giudizio del Tribunale cantonale amministrativo abbia leso il diritto federale, in modo particolare i diritti fondamentali. La Corte cantonale ha respinto i tre i ricorsi presentati: il primo contro la classificazione salariale (consid. 3), il secondo contro la riclassificazione salariale secondo la LStip/TI (consid. 4 e 5) e il terzo contro lo scioglimento del rapporto di servizio (consid. 6).
3.
3.1. Per quanto attiene alla classificazione salariale secondo la vLStip/TI, il Tribunale cantonale amministrativo ha esposto lo svolgimento del processo, ricordando il proprio potere di esame ristretto in materia di ricorsi in ambito salariale. Dopo aver illustrato l'estensione della parità di trattamento in materia di retribuzione, la Corte cantonale ha concluso che i compiti descritti in maniera estremamente dettagliata dal ricorrente non apparivano sostanzialmente diversi da quelli enumerati, in linea generale, nella descrizione della funzione allestita dal funzionario dirigente. I giudici ticinesi hanno rilevato che il ricorrente non potesse concludere a suo favore alcunché dalla sostituzione temporanea di una funzione o dalla circostanza che qualche mansione fosse in passato di pertinenza di funzioni di rango superiore. Una distinzione netta e precisa dei compiti tra funzioni non sarebbe né possibile né auspicabile. La Corte cantonale ha anche negato che per la funzione ricoperta dal ricorrente fosse necessario il possesso di un master. Verosimilmente il ricorrente sarebbe stato addirittura troppo qualificato per le mansioni di quella funzione.
3.2. Il ricorrente afferma di essere fermamente convinto che quando lavorava alla Sezione B._ meritasse la funzione di collaboratore scientifico. Elenca le mansioni attribuite dal datore di lavoro e quelle che in realtà avrebbe svolto. Censura una violazione del divieto dell'arbitrio (<ref-law>), siccome le mansioni attribuitegli sarebbero effettivamente state molto maggiori di quelle di un funzionario amministrativo. Il ricorrente lamenta anche una disparità di trattamento (<ref-law>). Al riguardo egli osserva che il proprio superiore lo invitava a svolgere un master presso l'Università X._: tale circostanza dimostrerebbe che i compiti svolti erano superiori a quelli previsti nel mansionario.
3.3. Dal principio generale dell'uguaglianza giuridica ancorato all'<ref-law> deriva in generale per il datore di lavoro di diritto pubblico l'obbligo di retribuire il medesimo impiego con lo stesso salario. Nei limiti del divieto dell'arbitrio (<ref-law>), le autorità cantonali godono di un grande margine di apprezzamento, in particolare per quanto attiene gli aspetti organizzativi e retributivi (<ref-ruling> consid. 5.2 pag. 67). In tale contesto il principio della parità di trattamento e del divieto dell'arbitrio sono chiaramente legati. La disparità si rivela essere una forma qualificata di arbitrio (sentenza 2P.70/2004 del 17 gennaio 2005 consid. 2.2). Il giudice deve osservare un particolare riserbo quando si tratta di confrontare non solo due dipendenti, ma di valutare un intero sistema salariale. Infatti, modificando una situazione, il giudice arrischierebbe di creare successivamente ulteriori disuguaglianze (<ref-ruling> consid. 3.2 pag. 165; <ref-ruling> consid. 6b pag. 8). La questione se alcune funzioni devono essere considerate identiche dipende dall'apprezzamento di molteplici criteri. Nei limiti del divieto dell'arbitrio e del principio della parità di trattamento, le autorità sono abilitate a scegliere, fra più elementi che possono entrare in considerazione, i criteri che devono essere considerati come determinanti per la retribuzione dei dipendenti. La Costituzione non impone un metodo prestabilito né che il salario sia fissato unicamente secondo la qualità del lavoro fornito, ossia secondo le condizioni effettivamente stabilite. Le differenze devono però essere motivate in maniera razionale, ossia essere oggettivamente difendibili e non discriminatorie. Il Tribunale federale ha già concluso che il principio della parità di trattamento non era violato se differenze di salario erano giustificate oggettivamente per motivi di età, anzianità di servizio, oneri famigliari, qualifiche, il genere e la durata della formazione pretesa per quella funzione, i tempi di lavoro, gli orari, il mansionario, le responsabilità o le prestazioni assunte (<ref-ruling> consid. 5.2 pag. 68; <ref-ruling> consid. 6.1.1 pag. 418; <ref-ruling> consid. 5.3.1 pag. 166). Altri elementi, che non riguardano direttamente la persona del dipendente o della funzione svolta, possono ugualmente supportare, per lo meno a titolo transitorio, differenze salariali, come una situazione congiunturale difficile alla ricerca di personale (<ref-ruling> consid. 5.4 pag. 70; sentenza 2P.10/2003 del 7 luglio 2003 consid. 3.3) o misure di risparmio decise dall'Ente pubblico (sentenze 8C_969/2012 del 2 aprile 2013 consid. 2.2; 2P.70/2004 del 17 gennaio 2005 consid. 2 e 3).
3.4. Tenuto conto del ristretto margine di intervento del Tribunale federale, il ricorso è destinato all'insuccesso. Il ricorrente si limita in maniera appellatoria a ridiscutere liberamente la propria situazione, senza però cercare di dimostrare un'insostenibilità della propria situazione o una differenza sostanziale del suo ruolo con le altre funzioni citate. Anche il possesso di un titolo maggiore rispetto ad un altro funzionario non è un motivo in quanto tale per pretendere l'assegnazione a una classe di salario superiore. La Corte cantonale ha dimostrato che il master presso l'Università X._ non giocava un ruolo rilevante nella controversia.
4.
4.1. Per quanto attiene alla riclassificazione salariale secondo la LStip/TI, il Tribunale cantonale amministrativo ha negato una violazione del diritto di essere sentito del ricorrente. La Corte cantonale ha dato atto che al ricorrente in sede amministrativa non è stata fornita la descrizioni delle funzioni impiegate presso l'Ufficio, ma egli ha avuto modo di esprimersi sufficientemente nell'ambito della procedura di ricorso. Inoltre, con la risposta il datore di lavoro ha spiegato i punti controversi.
4.2. Il ricorrente ritiene che per contro sia stato leso il diritto di essere sentito (<ref-law>), per il fatto che solo dinanzi alla Corte cantonale è stata presentata dal datore di lavoro la lista delle funzioni. A torto i giudici ticinesi avrebbero ritenuto sanata la carenza.
4.3. Per giurisprudenza, una violazione non particolarmente grave del diritto di essere sentito può essere eccezionalmente sanata quando la persona interessata ha la possibilità di esprimersi dinanzi a un'autorità di ricorso che valuta liberamente la censura presentata dal ricorrente, ossia nel caso specifico un tribunale che può esaminare liberamente sia l'accertamento (e l'apprezzamento) dei fatti sia l'applicazione del diritto (<ref-ruling> consid. 3d/aa pag. 437). La prassi ha stabilito anche che si può prescindere da un rinvio della causa all'autorità precedente persino in caso di grave violazione del diritto di essere sentito: una tale eventualità si realizza se la cassazione della decisione viziata comporterebbe un inutile formalismo e in definitiva una tale soluzione condurrebbe a ritardi superflui, i quali non sarebbero compatibili con l' (equivalente) interesse della parte onerata di essere sentita nell'ambito di una celere trattazione della procedura di merito (<ref-ruling> consid. 2.8.1 pag. 226; <ref-ruling> consid. 2.2 pag. 204 seg.; sentenza 8C_842/2016 del 18 maggio 2017 consid. 3.1 con riferimenti). La questione può effettivamente poi giocare un ruolo sulla decisione dell'autorità di ricorso relativa alle spese processuali e ripetibili (<ref-ruling> consid. 2.2.1 pag. 188; cfr. anche sentenza 9C_670/2013 del 4 febbraio 2014 consid. 3.3.1).
4.4. Ammesso e non concesso che la violazione del diritto di essere sentito fosse stata lesa dal Consiglio di Stato, il ricorrente non spiega per quale ragione il Tribunale cantonale amministrativo avrebbe dovuto necessariamente rinviare la causa all'autorità precedente per nuovo giudizio. Egli nemmeno pretende che la Corte cantonale avrebbe dovuto provvedere a un riparto differente delle spese processuali e delle spese ripetibili. In queste condizioni, le censure cadono nel vuoto.
5.
5.1. Il Tribunale cantonale amministrativo, ricordato che la pianta organica in quanto tale non può essere contestata in sede giudiziaria, ha ribadito che il semplice fatto di assegnare alcune mansioni analoghe a diverse categorie di funzioni non giustifica l'adeguamento della classificazione dell'una o dell'altra posizione. Determinanti per il ruolo di collaboratore scientifico, inserito in classe 10, sono le sue competenze principali. Analogo discorso vale per il collaboratore tecnico, attribuito alla classe 9. Il paragone con il ruolo di collaboratore tecnico amministrativo, inserito nella classe 7, è invece risultato difficile per la Corte cantonale siccome tale funzionaria era attiva presso l'Ufficio D._, ossia un'unità diversa da quella in cui operava il ricorrente. Differenti secondo i giudici ticinesi sono anche le mansioni di segretaria II, inserita nella classe 4, e di segretaria aggiunta, assegnata alla classe 3. Infondato è stato considerato il paragone con la collega del ricorrente E._.
5.2. Il ricorrente considera lesiva della parità di trattamento la riclassificazione secondo la nuova legge. Egli ritiene che avesse responsabilità molto maggiori. Ricorda che ha sostituito una segretaria II per parecchio tempo con mansioni organizzative di natura amministrativa, logistica e contabile. Richiama la situazione della dipendente E._, la quale era stata classificata nella stessa classe, pur disponendo soltanto di una maturità commerciale, mentre il ricorrente aveva frequentato l'Università X._.
5.3. Modifiche del sistema nella scala salariale dei dipendenti pubblici possono avere come conseguenza quella che due o più funzionari con la medesima mansione siano retribuiti diversamente a dipendenza della loro entrata in funzione al servizio dello Stato. Contrariamente all'assunto del ricorrente, tale situazione non è ancora lesiva per questo semplice motivo del principio della parità di trattamento, a condizione che la differenza sia contenuta entro limiti ragionevoli (<ref-ruling> consid. 5d pag. 258). L'ammissibilità di differenze salariali, purché basata su ragioni oggettive, è in definitiva una questione di misura (<ref-ruling> consid. 6 pag. 330). Il ricorrente ad ogni modo rinvia ripetutamente senza successo alla sentenza 8C_969/2012. In quella vertenza, il datore di lavoro non aveva fornito alcuna indicazione concreta fra i due gruppi di dipendenti interessati, né aveva quantificato la differenza salariale (per lo meno con qualche esempio). Da tale sentenza, come il Tribunale federale ha già avuto modo di affermare, non si può dedurre un principio generale che vieti di retribuire maggiormente i dipendenti entrati in servizio in tempi più recenti rispetto ad altri colleghi (sentenza 8C_732/2015 del 14 settembre 2016 consid. 4.3.1).
5.4. Anche in questo caso il ricorso non ha miglior sorte. Il ricorrente ancora una volta cerca di voler paragonare liberamente diverse funzioni lavorative, ma non sostanzia né l'arbitrio né una disparità di trattamento. Recentemente il Tribunale federale ha confermato questa prassi proprio con il passaggio alla LStip/TI, ritenendo altresì non lesivi dell'uguaglianza giuridica la situazione di due dipendenti con la medesima funzione, ma con differenze salariali (sentenza 8C_104/2019 del 29 agosto 2019 consid. 5). Non solo il ricorrente non si confronta con la prassi, ma insiste semplicemente nell'esporre diverse funzioni mettendo in luce alcune differenze. Come ha già esposto la Corte cantonale non ricorrono gli estremi per dimostrare una disparità di trattamento.
6.
6.1. Il Tribunale cantonale amministrativo ha ricordato i motivi di disdetta previsti all'art. 60 della legge ticinese del 15 marzo 1995 sull'ordinamento degli impiegati dello Stato e dei docenti (LORD/TI; RL 173.100) e ha osservato che il provvedimento non ha una valenza disciplinare. La Corte cantonale ha richiamato anche l'art. 23 cpv. 1 LORD/TI secondo cui il dipendente pubblico deve mostrarsi degno della stima e della fiducia richieste dalla sua funzione pubblica e tenere un comportamento corretto e dignitoso nella funzione stessa e nella vita privata. Per quest'ultimo aspetto secondo i giudici ticinesi, una disdetta può essere ammessa se il reato nuoce al buon nome del datore di lavoro. La prima Corte ha osservato che il ricorrente è stato condannato dal presidente della Pretura penale del Cantone Ticino per favoreggiamento (<ref-law>) a una pena pecuniaria di 70 aliquote giornaliere e a una multa di fr. 500.- per avere sottratto il proprio fratello agli atti di un procedimento penale per il reato di omicidio intenzionale (tale processo si è concluso definitivamente per alcuni imputati con sentenze 6B_99/2018, 6B_100/2018 e 6B_101/2018 del 21 agosto 2019). Il Tribunale cantonale amministrativo ha messo in luce che la condanna penale è relativa a un reato contro l'amministrazione della giustizia e l'autorità penale ha comunque irrogato una pena tutto sommato rilevante. Le circostanze che hanno dato luogo al procedimento penale sono state ritenute indubbiamente gravi, volendo il ricorrente sottrarre il fratello coinvolto in una sparatoria. La Corte cantonale ha anche soggiunto che è pure innegabile il venire a crearsi di una situazione di grave conflitto all'interno dell'ufficio in cui lavorava il ricorrente. Queste tensioni avrebbero poi dato luogo a reazioni inappropriate e di mancanza di rispetto nei confronti dei superiori operate dell'insorgente. Il Tribunale cantonale amministrativo ha quindi confermato lo scioglimento del rapporto di servizio.
6.2. Il ricorrente ritiene ingiustificata la disdetta dell'8 gennaio 2019. A suo parere non sarebbe adempiuto alcun motivo contemplato all'art. 60 cpv. 3 LORD/TI. Egli considera che la condanna per favoreggiamento non potesse giustificare un licenziamento. All'interno del rapporto di lavoro si sarebbe poi sempre comportato in modo esemplare. Contesta fermamente che si fosse creata una situazione conflittuale all'interno dell'ufficio. La Corte cantonale sarebbe quindi caduta nell'arbitrio.
6.3. Si può dare atto al ricorrente che il trattamento sanzionatorio dell'autorità penale è stato tutto sommato contenuto, considerato il massimo edittale fino a tre anni di pena detentiva (<ref-law>). Verosimilmente l'autorità penale ha tenuto conto che esistevano relazioni di parentela e che in definitiva l'interessato è stato comunque consegnato alla Giustizia. Determinanti sono però altre circostanze. In primo luogo il ricorrente, alle dipendenze dello Stato, seppur nella sua vita privata, si è reso colpevole di un reato contro l'amministrazione della giustizia. In tal modo ha quindi tradito la fiducia verso lo Stato. In secondo luogo il ricorrente ha protetto una persona coinvolta in un crimine molto grave. Invano, il ricorrente contesta poi la situazione di conflitto venutasi a creare all'interno dell'ufficio in cui era attivo. Fondandosi sugli atti al fascicolo, la Corte cantonale ha accertato che le tensioni sono state confermate sostanzialmente anche dal ricorrente. Senza arbitrio i giudici ticinesi potevano considerare ingiustificabile il comportamento del ricorrente verso i superiori e sull'obbligo di supplenza di colleghi. Non si può quindi concludere, come pretende il ricorrente, che il Tribunale cantonale amministrativo abbia applicato in maniera insostenibile il diritto cantonale, nella misura in cui è stata confermata la disdetta dal rapporto di lavoro. Anche sotto questo profilo il ricorso è infondato.
7.
Ne discende che il ricorso deve essere respinto. Le spese giudiziarie seguono la soccombenza (<ref-law>).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1.
Il ricorso è respinto.
2.
Le spese giudiziarie di fr. 3000.- sono poste a carico del ricorrente.
3.
Comunicazione alle parti e al Tribunale cantonale amministrativo.