Sachverhalt:
A.
Die A._ Schweiz AG (Klägerin, Beschwerdeführerin) ist eine Aktiengesellschaft mit Sitz in P._, die Teil der Unternehmensgruppe A._ ist. Die B._ AG (Beklagte, Beschwerdegegnerin) ist eine Aktiengesellschaft mit Sitz in Q._, die Dienstleistungen in den Bereichen Architektur und Planung erbringt.
Die vorliegende Streitigkeit betrifft den Bau von sieben A._-Filialien in der Schweiz, in R._, S._, T._, U._, V._, W._ und X._. In diesem Zusammenhang haben die A._ Schweiz GmbH mit Sitz in Y._ (DE) und die Kollektivgesellschaft C._ (Rechtsvorgängerin der Beklagten) in Q._, neun Generalplaner- und Architektenverträge abgeschlossen. Die Klägerin verlangt als behauptete Rechtsnachfolgerin der A._ Schweiz GmbH den Ersatz von verschiedenen in der Folge aufgetretenen Schäden. Sie behauptet im Wesentlichen, in sämtlichen Filialen seien feuchte Stellen und Risse aufgetreten, die auf verschiedene Mängel der Bauwerke zurückzuführen seien. Zudem fordert sie Ersatz der erforderlichen vorprozessualen Anwalts- und Gutachterkosten und verlangt aufgrund der fehlerhaften Bauleitung die Minderung des diesbezüglichen Honorars. Die Beklagte bestreitet die Aktivlegitimation der Klägerin sowie das Vorliegen von Mängeln.
B.
Mit Klage vom 31. August 2016 beantragte die Klägerin beim Handelsgericht des Kantons Zürich, es sei die Beklagte zu verpflichten, ihr den Betrag von Fr. 734'951.32 nebst Zins zu 5 % auf diversen Fälligkeiten zu bezahlen.
Mit Urteil vom 27. Juni 2019 wies das Handelsgericht die Klage ab. Im Wesentlichen erwog es, dass die Vertragsparteien einen Gesamtvertrag abgeschlossen hätten, der sowohl werkvertragliche wie auch auftragsrechtliche Elemente enthalte und als "gemischtes Vertragsverhältnis " zu qualifizieren sei. Bei der Klägerin handle es sich um eine Rechtsnachfolgerin der A._ Switzerland GmbH & Co KG und diese sei ihrerseits Rechtsnachfolgerin der Vertragspartnerin A._ Schweiz GmbH in Y._/DE, weshalb sie gegenüber der Beklagten Ansprüche aus den abgeschlossenen Architekten- und Generalplanerverträgen geltend machen könne. Der Klägerin gelinge der Beweis, dass die Beklagte die Erstellung der Perimeterdämmung der Filialen R._, S._, V._ und X._ ungenügend überwacht habe. Zudem könne der Beklagten sowohl aus Werkvertrag wie auch aus Auftrag das Fehlen von entwässernden Rinnen bei den Ausgängen der Filialen R._, T._, U._, V._, W._ und X._ vorgeworfen werden. Hingegen könne die Klägerin den Kausalzusammenhang zwischen den von der Beklagten zu verantwortenden Mängeln und den eingetretenen Schäden an den Filialen bzw. den zur Behebung erforderlichen Kosten nicht beweisen. Zudem fehle es bei verschiedenen Schadenspositionen an einer nachvollziehbaren substanziierten Begründung. Hinsichtlich des von der Klägerin geltend gemachten Anspruches auf Minderung des bezahlten Bauleitungshonorars stehe schliesslich zwar fest, dass die Beklagte Fehler begangen habe. Die Klägerin lege aber nicht in genügender Weise dar, in welchem Umfang diese Fehler sie zu einer Herabsetzung des Honorars berechtigen würden [vgl. insb. Zusammenfassung, ang. Entscheid, S. 130 f.].
C.
Mit Beschwerde in Zivilsachen beantragt die Beschwerdeführerin, das Urteil des Handelsgerichts des Kantons Zürich vom 27. Juni 2019 sei aufzuheben und die Sache sei zur Neubeurteilung an das Handelsgericht zurückzuweisen, eventualiter sei die Klage gutzuheissen.
Die Beschwerdegnerin schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Die Vorinstanz verzichtete auf eine Vernehmlassung.
Die Beschwerdeführerin hat eine spontane Replik eingereicht.

Erwägungen:
1.
Die Beschwerde betrifft eine Zivilsache (<ref-law>), richtet sich gegen den Endentscheid (<ref-law>) eines oberen kantonalen Gerichts, das als Fachgericht in Handelssachen entschieden hat (<ref-law>), der Beschwerdeführer ist mit seinen Anträgen unterlegen (<ref-law>), ein Streitwert ist nicht erforderlich (<ref-law>) und die Beschwerdefrist ist eingehalten (Art. 100, 46 Abs. 1 lit. b BGG). Die Beschwerde ist unter Vorbehalt einer hinreichenden Begründung zulässig.
2.
2.1. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Dazu gehören sowohl die Feststellungen über den streitgegenständlichen Lebenssachverhalt als auch jene über den Ablauf des vor- und erstinstanzlichen Verfahrens, also die Feststellungen über den Prozesssachverhalt (<ref-ruling> E. 1.3.1 mit Hinweisen). Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law>). "Offensichtlich unrichtig" bedeutet dabei "willkürlich" (<ref-ruling> E. 2.3.1; <ref-ruling> E. 2 S. 117; 264 E. 2.3 S. 266). Überdies muss die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein können (<ref-law>). Für eine Kritik am festgestellten Sachverhalt gilt das strenge Rügeprinzip von <ref-law> (<ref-ruling> E. 2.3 S. 266 mit Hinweisen). Die Partei, welche die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz anfechten will, muss klar und substanziiert aufzeigen, inwiefern diese Voraussetzungen erfüllt sein sollen (<ref-ruling> E. 1.3.1 S. 18 mit Hinweisen). Wenn sie den Sachverhalt ergänzen will, hat sie zudem mit präzisen Aktenhinweisen darzulegen, dass sie entsprechende rechtsrelevante Tatsachen und taugliche Beweismittel bereits bei den Vorinstanzen prozesskonform eingebracht hat (<ref-ruling> E. 2 S. 90).
3.
Bevor sie sich mit den einzelnen Erwägungen der Vorinstanz zu den Haftungsvoraussetzungen eines allfälligen Schadenersatzanspruches sowie zum Anspruch auf Minderung auseinandersetzt, kritisiert die Beschwerdeführerin das angefochtene Urteil in verschiedenen allgemeinen Rügen.
3.1.
3.1.1. Die allgemeinen Rügen der Beschwerdeführerin betreffen zunächst die Substanziierungsanforderungen der Vorinstanz, die Verletzung ihres Rechts auf Beweis sowie den Rückgriff der Vorinstanz auf eigenes Fachwissen.
3.1.2. Die Substanziierungsanforderungen der Vorinstanz erachtet die Beschwerdeführerin im Allgemeinen als "überhöht" oder gar "völlig überrissen" [S. 9]. Diese würden ihres Erachtens sogar die gerichtliche Durchsetzung ihrer Ansprüche faktisch verunmöglichen. Sie bringt vor, für sie als Klägerin sei es - nicht zuletzt mangels Fachwissens - insbesondere unmöglich gewesen, die Auswirkungen von jedem einzelnen Mangel "physikalisch, chemisch und naturwissenschaftlich schlüssig" darzulegen und die aus den einzelnen Mängeln resultierenden Kosten entsprechend den Vorstellungen der Vorinstanz darzustellen [Beschwerde, S. 8 - 14; insb. S. 8].
Die Beschwerdeführerin führt aus, sie habe zwei Privatgutachten eingereicht, die von D._ bzw. Dr. E._ erstellt worden seien. Auf die von ihr beantragte Einvernahme dieser beiden Experten habe die Vorinstanz zu Unrecht verzichtet, hätten diese doch die Ausführungen der Beschwerdeführerin bestätigen können und technische Fragen des Gerichts - insbesondere zu den einzelnen Mängeln sowie zum naturwissenschaftlichen Kausalzusammenhang zwischen den Mängeln und dem Schaden - beantworten können. Mit Blick auf die Klärung der technischen Hintergründe habe zudem die Beschwerdeführerin die Einholung einer Expertise beantragt, die ebenfalls ohne Grund von der Vorinstanz abgelehnt worden sei. Diese Beweisanträge seien frist- und formgerecht gestellt worden und die einzelnen Beweisofferten seien jeweils in Verbindung mit spezifischen substanziierten Tatsachenbehauptungen angeboten. Angesichts dessen habe die Vorinstanz nicht auf die Durchführung eines Beweisverfahrens verzichten dürfen [Beschwerde, S. 14 - 28].
Die Beschwerdeführerin bringt vor, die Vorinstanz habe mehrfach <ref-law> verletzt, indem sie eigenes Fachwissen angewendet habe, ohne es offenzulegen und den Parteien die Möglichkeit zu geben, dazu Stellung zu nehmen. Die Feststellungen der Vorinstanz in Zusammenhang mit der Netzeinbettung, den Schwedenschnitten, den Putzen und den Perimeterdämmungen würden klarerweise über die allgemeine Lebenserfahrung hinausgehen. Statt ein Beweisverfahren durchzuführen, habe das Handelsgericht diesbezüglich auf eigenes Wissen zurückgegriffen, das den Parteien hätte offengelegt werden müssen [S. 12 - 13 + S. 36 - 42].
3.1.3. Die - unnötig langen - Ausführungen der Beschwerdeführerin zu diesen drei Kernthemen ihrer Beschwerde werden zum grossen Teil an anderen Stellen wiederholt. Deshalb werden die entsprechenden Rügen erst in Zusammenhang mit den einzelnen von der Beschwerdeführerin beanstandeten Erwägungen der Vorinstanz (vgl. E. 5 - 8 unten) behandelt.
3.2. Die Beschwerdeführerin kritisiert die vorinstanzlichen Annahmen, sie verfüge über Fachwissen und die Beschwerdegegnerin habe die Baubeschreibungen und Leitdetails nicht überprüfen müssen.
3.2.1. Die Vorinstanz erwog, die Beschwerdeführerin sei Teil der A._-Gruppe, die vor deren Markteintritt in der Schweiz bereits über 7000 Filialen in Europa habe erstellen lassen. Beim Aufbau der Geschäftstätigkeit habe insbesondere auf das in Deutschland angewachsene Fachwissen zurückgegriffen werden können. Im Bereich der Neubauten habe es innerhalb der Gruppe eine gewisse Zusammenarbeit gegeben und die Leitdetails für den Bau habe die Beschwerdeführerin von A._ Deutschland erhalten. Im Übrigen könne bereits daraus, dass in deren Bauabteilung zumindest teilweise fachkundige Personen angestellt worden seien, abgeleitet werden, dass die Beschwerdeführerin über Fachwissen verfüge, das ihr anzurechnen sei. Dies spiele dort eine Rolle, wo seitens der Klägerin verbindliche Vorgaben gemacht worden seien. Inwiefern die Beschwerdegegnerin die Beschwerdeführerin auf Fehler in den eigenen Vorgaben aufmerksam machen müsse, sei bei der Prüfung der einzelnen geltend gemachten Mängel von den Fachkenntnissen der Beschwerdeführerin abhängig zu machen.
Die Vorinstanz stellte fest, dass die jeweils aktuellen Baubeschreibungen A._ Schweiz samt Leitdetails als Bestandteil der Verträge für sämtliche Filialen vereinbart worden seien. Verlangt sei von der Beschwerdeführerin der Bau bzw. die Planung entlang ihrer Leitdetails. Abweichungen von den Baubeschreibungen seien nur zur Einhaltung von Auflagen und mit der schriftlichen Zustimmung der Gegenseite zulässig. Daraus lasse sich jedoch entgegen der Ansicht der Beschwerdeführerin nicht eine Verpflichtung der Beschwerdegegnerin zur detaillierten Überprüfung der Pläne herleiten. Es sei insbesondere zu berücksichtigen, dass die von der Beschwerdegegnerin gewährte Reduktion des Honorars sich nur durch eine tatsächliche Verringerung des Aufwandes des Planers rechtfertigen lasse, und dass die detaillierten Pläne weitgehend von einer fachverständigen Bauherrin zur Verfügung gestellt worden seien. Die Beschwerdegegnerin habe folglich auf die bestehenden Pläne abstellen und davon ausgehen dürfen, dass diese korrekt seien. Sie sei insbesondere auch berechtigt, die Leitdetails direkt und ohne Änderungen in die eigenen zu erstellenden Pläne zu übernehmen sofern dies für eine bestimmte Filiale zweckmässig gewesen sei. Durch eine entsprechende Übernahme habe sie jedoch nicht die volle Verantwortung für die vorbestehende Planung übernommen; vielmehr habe die Beschwerdeführerin selbst für die von ihr gelieferten Grundlagen einzustehen.
3.2.2. Die Beschwerdeführerin kritisiert die vorinstanzliche Annahme, die Beschwerdeführerin verfüge über Fachwissen. Sie rügt in diesem Zusammenhang eine willkürliche Beweiswürdigung sowie eine Verletzung der Verhandlungsmaxime. Sie bringt vor, sie habe gar nicht auf das in Deutschland infolge des Baus von zahlreichen Filialen der Gruppe "A._" gewachsene Wissen zurückgreifen können. Eine derartige Wissenszurechnung verstosse gegen den Grundsatz der Eigenständigkeit juristischer Personen sowie gegen die vorliegend relevanten tatsächlichen Verhältnisse. Die vorinstanzliche Erwägung, wonach der Umstand, dass die Beschwerdeführerin Leitdetails von A._ Deutschland erhalten habe, belege, dass sie fachkundig sei, sei willkürlich. Auch daraus, dass die Beschwerdeführerin über eine Bauabteilung verfüge, könne nicht abgeleitet werden, sie sei fachkundig, würden doch in dieser Abteilung keine Baufachleute arbeiten. Auch wenn anzunehmen wäre, dass die Beschwerdeführerin fachkundig sei, sei die Beschwerdegegnerin verpflichtet gewesen, entsprechend den Regeln der Baukunde zu arbeiten und dafür zu sorgen, dass keine Mängel entstehen. Diese habe nicht erwarten dürfen, von der Beschwerdeführerin kontrolliert zu werden; die freiwillige Überprüfung gewisser Arbeiten durch die Beschwerdeführerin entbinde die Beschwerdegegnerin nicht von ihren Kontrollpflichten. Eine Verletzung des Verhandlungsgrundsatzes erblickt die Beschwerdeführerin darin, dass die Vorinstanz angenommen habe, sie sei fachkundig, obwohl sie glaubhaft dargelegt habe, das sei nicht der Fall.
Eng damit verknüpft ist die weitere Rüge der Beschwerdeführerin, die Vorinstanz habe <ref-law> verletzt, indem sie annahm, die Beschwerdegegnerin habe die Baubeschreibungen und Leitdetails nicht überprüfen müssen, dies obwohl eine entsprechende Verpflichtung in den Generalplaner- und den Architektenverträgen ausdrücklich vereinbart worden sei. Zudem sei die Möglichkeit, von den Plänen in den Baubeschreibungen abzuweichen, ebenfalls ausdrücklich vereinbart worden. Die Beschwerdegegnerin habe insbesondere nicht die Leitdetails befolgen dürfen, falls dies zu einem Verstoss gegen die Regeln der Baukunde und zur Entstehung von Mängeln führen würde. Aufgrund ihres niedrigen Detaillierungsgrades hätten die meisten Leitdetails und Pläne ohnehin nicht als Ausführungspläne übernommen werden dürfen. Aus der Höhe des für den Bau vereinbarten Honorars könne nichts über die Leistungspflichten der Beschwerdegegnerin abgeleitet werden, sei doch der günstige Preis im Wesentlichen auf den mit dem Bau von 7 Filialen verbundenen Wiederholungscharakter und niedrigeren Schwierigkeitsgrad zurückzuführen. Mit Aussagen in Bezug auf die Möglichkeit, Leitdetails direkt den Handwerkern zu übergeben, habe die Vorinstanz sodann nicht offengelegtes Fachwissen angewendet, ohne dies der Beschwerdeführerin offenzulegen. Damit habe sie <ref-law> verletzt.
3.2.3. Die Annahme der Vorinstanz, die Beschwerdeführerin sei fachkundig, vermag die Beschwerdeführerin nicht als willkürlich darzutun. Entgegen ihrer Ansicht ist es nicht per se willkürlich, bei der Beurteilung der Fachkunde der Beschwerdeführerin zu berücksichtigen, dass diese zu einer Unternehmensgruppe gehört, die bereits eine besonders hohe Anzahl von ähnlichen Filialen bauen lassen hat. Die Beschwerdeführerin bestreitet auch nicht, dass sie die Leitdetails, die als Grundlage für den Bau der zur Diskussion stehenden sieben Filialen dienten, von A._ Deutschland erhalten habe. Dass es sich dabei um unterschiedliche juristische Personen handelt, hat auch die Vorinstanz nicht verkannt. Weshalb ihrer faktischen Betrachtungsweise bei der Frage der Fachkunde offensichtlich unhaltbar sein soll, ist weder dargetan noch ersichtlich. Zudem ist die Rüge der Beschwerdeführerin in Bezug auf die Fachkunde ihrer Bauabteilung rein appellatorisch, begnügt sie sich doch damit, auszuführen, dass in dieser Abteilung keine Baufachleute arbeiten würden. Dies widerspricht der vorinstanzlichen Feststellung, wonach (auch) fachkundige Personen in der Bauabteilung angestellt seien, ohne dass dargelegt wird, inwiefern diese Feststellung willkürlich sein soll. Darauf kann nicht eingetreten werden. Im Übrigen ist eine Verletzung des Verhandlungsgrundsatzes (<ref-law>) nicht ersichtlich, haben sich doch beide Parteien zur strittigen Tatsache des Fachwissens der Beschwerdeführerin geäussert. Eine diesbezügliche Erforschung des Sachverhaltes von Amtes wegen durch die Vorinstanz wird von der Beschwerdeführerin nicht dargetan.
Entgegen der Ansicht der Beschwerdeführerin ging die Vorinstanz nicht davon aus, die Beschwerdegegnerin habe nicht entsprechend den Regeln der Baukunde zu arbeiten. Im Gegenteil führte sie aus, die Beschwerdegegnerin habe grundsätzlich für die von ihr erbrachten Arbeiten einzustehen. Die Frage des Fachwissens sei nur dort von Bedeutung, wo die Beschwerdeführerin verbindliche Vorgaben gemacht habe. Die Ausführungen der Vorinstanz, wonach es sich bei den Baubeschreibungen und Leitdetails um derartige verbindliche Grundlagen handelt, sind angesichts der vertraglichen Abmachung der Parteien nachvollziehbar. Die dagegen gerichtete Rüge der Beschwerdeführerin geht fehl. Erstens setzt sie sich in unzulässiger Weise über die verbindlichen Feststellungen der Vorinstanz hinweg, indem sie etwa von einem niedrigen Detaillierungsgrad der Leitdetails und Pläne ausgeht. Zweitens sind entgegen ihrer Ansicht die Erwägungen der Vorinstanz zum Vertragsinhalt nachvollziehbar. Insbesondere mit Blick auf Ziff. 1.1 der Baubeschriebe, wonach allfällige Abweichungen von der Baubeschreibung und den dazugehörigen Anlagen die Zustimmung der Beschwerdeführerin bedürfen, und auf das verhältnismässig geringe Honorar durfte die Vorinstanz davon ausgehen, dass den von der Beschwerdeführerin gelieferten Baubeschreibungen und Leitdetails in gewisser Hinsicht ein verbindlicher Charakter zukommen. Dabei muss berücksichtigt werden, dass die Vorinstanz lediglich erwog, die Beschwerdegegnerin sei zur unveränderten Übernahme der fraglichen Leitdetails in die eigenen zu erstellenden Pläne nur berechtigt, sofern dies für eine bestimmte Filiale zweckmässig sei. Wie sie zutreffend erkannte, ist eine allgemeine Aussage zu den Pflichten der Beschwerdegegnerin zur Prüfung, Verbesserung und Abmahnung nicht möglich. Ob die Beschwerdegegnerin ihren Pflichten nachgekommen ist, ist folglich vielmehr in Zusammenhang mit den einzelnen geltend gemachten Mängeln zu prüfen.
4.
4.1. In Verfahren, die wie hier vom Verhandlungsgrundsatz beherrscht sind, tragen die Parteien die Verantwortung für die Beschaffung des Tatsachenstoffes. Sie haben dem Gericht die Tatsachen, auf die sie ihre Begehren stützen, darzulegen und die Beweismittel anzugeben (<ref-law>). Die Parteien trifft die sog. Behauptungslast. Welche Tatsachen zu behaupten sind, hängt vom Tatbestand der Norm ab, auf die der geltend gemachte Anspruch abgestützt wird. Die Parteien haben alle Tatbestandselemente der materiellrechtlichen Normen zu behaupten, die den geltend gemachten Anspruch begründen.
Inwieweit unter Geltung der Verhandlungsmaxime Tatsachen zu behaupten und zu substanziieren sind, ergibt sich einerseits aus den Tatbestandsmerkmalen der angerufenen Norm und andererseits aus dem prozessualen Verhalten der Gegenpartei (<ref-ruling> E. 2b S. 368). Eine Tatsachenbehauptung hat nicht alle Einzelheiten zu enthalten; es genügt, wenn die Tatsachen, die unter die das Begehren stützenden Normen zu subsumieren sind, in einer den Gewohnheiten des Lebens entsprechenden Weise in ihren wesentlichen Zügen oder Umrissen behauptet werden (<ref-ruling> E. 3.4.2 S. 328). Ein solchermassen vollständiger Tatsachenvortrag wird als schlüssig bezeichnet, da er bei Unterstellung, er sei wahr, den Schluss auf die anbegehrte Rechtsfolge zulässt. Soweit der Prozessgegner den schlüssigen Tatsachenvortrag der behauptungsbelasteten Partei bestreitet, greift eine über die Behauptungslast hinausgehende Substanziierungslast. Die Vorbringen sind diesfalls nicht nur in den Grundzügen, sondern in Einzeltatsachen zergliedert so umfassend und klar darzulegen, dass darüber Beweis abgenommen oder dagegen der Gegenbeweis angetreten werden kann (<ref-ruling> E. 2b S. 368; vgl. zu alledem auch Urteile 4A_547/2017 vom 16. April 2018 E. 5.1; 4A_281/2017 vom 22. Januar 2018 E. 4.1 und 4.2 mit Hinweisen). Da sich der Gegenstand der Behauptungs- und Substanziierungslast nach der materiellrechtlichen Anspruchsgrundlage richtet, bestimmen für Rechtsverhältnisse des Bundesprivatrechts die anwendbaren Normen des Bundesrechts, welche Tatsachen zu behaupten und zu substanziieren sind (<ref-ruling> E. 5.21; <ref-ruling> E. 3e S. 188; Urteile 4A_427/2016 vom 28. November 2015 E. 3.3; 4A_646/2016 vom 8. März 2017 E. 3.4; 5A_658/2014 vom 6. Mai 2015 E. 6.3.1; 4A_210/2009 vom 7. April 2010 E. 3.3).
Bei der Festlegung der Substanziierungsanforderungen ist - wie im Allgemeinen bei der Auslegung der anwendbaren prozessualen Bestimmungen - zwingend die dienende Funktion des Zivilprozessrechts zu beachten. Das Verfahrensrecht ist darauf ausgerichtet, dem materiellen Recht zum Durchbruch zu verhelfen. Dass die Parteien sich in einem dem Verhandlungsgrundsatz unterliegenden Zivilverfahren nicht mit allgemeinen Behauptungen begnügen dürfen, soll insbesondere eine effiziente richterliche Beurteilung ermöglichen. Dem Gericht sind sämtliche Tatsachen zu unterbreiten, die entscheidrelevant sind, d.h. Tatbestandsmerkmale bilden. Nur wenn die entsprechenden Behauptungen hinreichend präzise vorgebracht werden, kann die Gegenpartei dazu Stellung nehmen und das Gericht die strittigen entscheidrelevanten Tatsachen feststellen, die für die Anwendung der in Betracht fallenden Rechtssätze relevant sind. Es dürfen jedoch keine Anforderungen an die Substanziierung gestellt werden, die zur Erreichung dieses Zweckes nicht erforderlich sind. Angesichts seiner dienenden Funktion darf das Prozessrecht nicht zu einem Selbstzweck werden. Die Substanziierungsanforderungen dürfen namentlich nicht zu einer (faktischen) übermässigen Einschränkung der Durchsetzung eines materiellen Anspruches führen (vgl. zur dienenden Funktion des Verfahrensrechts: <ref-ruling> E. 7.2.1; <ref-ruling> E. 4.4.3.3; <ref-ruling> E. 3d S. 466; <ref-ruling> E. 2c S. 144; <ref-ruling> E. 3 S. 218 f.).
4.2.
4.2.1. Das Recht auf Beweis ist in <ref-law> gesetzlich vorgesehen und wird auch aus <ref-law> abgeleitet. Danach hat die beweispflichtige Partei einen bundesrechtlichen Anspruch darauf, für rechtserhebliche bestrittene Vorbringen zum Beweis zugelassen zu werden, wenn ihr Beweisantrag nach Form und Inhalt den Vorschriften des anwendbaren Prozessrechts entspricht (vgl. <ref-ruling> E. 7.1 S. 299; <ref-ruling> E. 2a S. 290; zit. Urteil 4A_216/2019 E. 5.1 mit Hinweisen). Dieses Recht wird auch vom in <ref-law> gewährleisteten Anspruch auf rechtliches Gehör (<ref-ruling> E. 3 S. 157 mit Hinweisen) und Art. 6 EMRK umfasst. Das Recht auf Beweis schliesst eine vorweggenommene (antizipierte) Würdigung von Beweisen nicht aus (<ref-ruling> E. 9.3.2 S. 332).
4.2.2.
4.2.2.1. Gemäss <ref-law> sind insbesondere Gutachten als Beweismittel zulässig. Auf Antrag einer Partei oder von Amtes wegen kann das Gericht bei einer oder mehreren sachverständigen Personen ein Gutachten einholen, wobei die Parteien vorgängig anzuhören sind (<ref-law>). Die Einholung eines Gutachtens ist dort angebracht, wo zur Beurteilung einer streitigen und entscheidrelevanten Tatsachenbehauptung Fachwissen erforderlich ist. Das kann etwa dann der Fall sein, wenn das Gericht im Rahmen eines Bauprozesses das Vorliegen von technischen Mängeln sowie deren Auswirkungen zu beurteilen hat und es nicht über die erforderlichen Fachkenntnisse über die entscheidrelevanten technischen Aspekte verfügt.
In der Praxis reichen die Prozessparteien Gutachten von Experten ein. Dabei handelt es sich nicht um gerichtlich bestellte Gutachten im Sinne von <ref-law>, sondern um sog. Privatgutachten. Nach ständiger Rechtsprechung des Bundesgerichts ist Parteigutachten nicht die Qualität von Beweismitteln, sondern von blossen Parteibehauptungen beizumessen. Gleichzeitig werden Parteibehauptungen, denen ein Privatgutachten zugrunde liegt, meist besonders substanziiert sein, weshalb eine pauschale Bestreitung der Gegenpartei nicht ausreicht (vgl. zum Ganzen <ref-ruling> E. 2.6).
4.2.2.2. Freilich kann das Gericht auch seinen eigenen Sachverstand nutzen und auf die Einholung eines Gutachtens verzichten, wenn es aufgrund seiner Besetzung selbst über die - den Anforderungen des konkreten Falles genügende - Sachkunde verfügt, um bestimmte Aspekte des Sachverhalts feststellen oder würdigen zu können. Gemäss <ref-law> hat das Gericht eigenes Fachwissen offen zu legen, damit die Parteien dazu Stellung nehmen können. Mit dem Ausdruck "Fachwissen" fordert das Gesetz besondere, über die allgemeine Lebenserfahrung hinausgehende Sachkenntnisse, wozu typische Branchenkenntnisse, nicht mehr allgemein verständliche wirtschaftliche und technische Erfahrungssätze, insbesondere wissenschaftliche Erfahrungssätze, gehören. Will sich das Gericht auf solche eigene Kenntnisse stützen, muss es dies offenlegen. Um das rechtliche Gehör der Parteien zu wahren, hat die Offenlegung frühzeitig zu erfolgen, nicht etwa erst im Rahmen der Urteilsberatung oder gar -eröffnung. Damit die Parteien die Möglichkeit erhalten, entsprechend zu reagieren, muss ihnen das richterliche Fachwissen offen gelegt werden, sobald es im Beweisverfahren eine Rolle zu spielen beginnt. Zu diesem Zweck muss das Fachwissen in den Prozess eingeführt werden. Deshalb ist es zum Beispiel auch üblich, dass Fachrichtervoten, die anstelle eines Gutachtens erstellt werden, den Parteien zur Stellungnahme unterbreitet werden. Nur so kann sichergestellt werden, dass die Parteien nicht schlechter gestellt sind, als wenn das Gericht ein Sachverständigengutachten eingeholt hätte (Urteile 4A_87/2018 vom 27. Juni 2018 E. 4.1; 5A_478/2013 vom 6. November 2013 E. 4.1).
4.3. Wie nachfolgend im Einzelnen gezeigt wird, missachtete das Handelsgericht im angefochtenen Urteil diese Grundsätze teilweise. Die von der Beschwerdeführerin mit Hinweis auf die Rechenschaftsberichte des Obergerichts des Kantons Zürich der Jahre 2016-2018 gemachten Angaben, wonach am Handelsgericht nur bei einem Bruchteil der Verfahren ein Beweisverfahren durchgeführt wird, sind nicht zu überprüfen.
5.
Die Beschwerdeführerin kritisiert die vorinstanzlichen Ausführungen hinsichtlich der Sockelabdichtungen.
5.1. In Bezug auf Sockelabdichtungen führte die Vorinstanz aus, die diesbezüglichen Ausführungen der Beschwerdeführerin seien inkonsistent. Einerseits habe diese vorgebracht, dass keine Sockelabdichtung geplant oder ausgeführt worden sei. Andererseits habe sie jedoch nicht substanziiert bestritten, dass die Beschwerdegegnerin über die Vorgaben in den Leitdetails hinaus einen Bitumenanstrich geplant habe, und habe bloss - mit pauschalem Verweis auf ihre Parteigutachen - bestritten, dass ein solcher Anstrich eine genügende Abdichtung darstelle. Weshalb der geplante und ausgeführte Bitumenanstrich keine genügende Sockelabdichtung darstelle, habe die Beschwerdeführerin jedoch nicht substanziiert dargelegt. Sie habe sich vielmehr auf eine pauschale Behauptung beschränkt, ohne konkret darzulegen, wie eine Sockelabdichtung regelkonform zu planen gewesen wäre. Aus den Ausführungen des Privatgutachters D._ ergebe sich nicht, ob dieser sich mit anderen Plänen als den Leitdetails befasst habe bzw. diese überhaupt zur Verfügung gestellt bekommen habe. Zur Wirksamkeit der vorgenommenen Abdichtung mittels eines Bitumenanstrichs habe sich der Privatgutachter nicht geäussert. Vielmehr habe sich dieser auf die pauschale Aussage beschränkt, die fehlende Mauerwerksabdichtung und die fehlende Sockelabdichtung seien ursächlich für die Entstehung der Feuchtigkeitsschäden. Auch die Untersuchung von Privatgutachter E._ spreche nur pauschal von einer fehlenden Sockelabdichtung, die in erster Linie durch die behauptete Feuchte in den Wänden begründet sei. Die Empfehlung des Privatgutachters, "die verantwortlichen Firmen" sofort zu rügen, stelle keinen Beweis für ein Fehlverhalten der Beschwerdegegnerin dar. Weiter habe die Beschwerdeführerin die Aussage der Beschwerdegegnerin nicht substanziiert bestritten, wonach die Systemhersteller von Kompaktfassaden im relevanten Zeitpunkt keine zusätzlichen Abdichtungen vorgesehen hätten. Sie habe nicht - auch nicht mit Hilfe der von ihr bestellten Privatgutachten - beweisen können, dass die ergriffenen Massnahmen den Detailplänen der Systemhersteller widersprechen würden, welche lediglich pauschal eine "Bauwerksabdichtung" bzw. eine "Feuchtigkeitssperre" verlangten, ohne zu präzisieren, woraus diese bestehen solle. Die Beschwerdeführerin habe nicht dargelegt, welche Massnahmen nach diesen Vorgaben erforderlich gewesen wären. Auf dieser Grundlage erübrige sich die Abnahme weiterer Beweismittel. Zudem bedeute der Umstand, dass die Beschwerdegegnerin eine zusätzliche Abdichtung in Form eines Bitumenanstrichs geplant habe, dass diese die fachkundig vertretene Klägerin in genügender Weise aufgeklärt habe.
Dass die Sockelabdichtung keinen genügenden Schutz gegen eindringende Feuchtigkeit geboten habe, bedeute noch nicht, dass deren Planung und Ausführung ungenügend gewesen sei. Das "perfekte Bauwerk " existiere nicht und für zukünftige Erkenntnisse könne ein Bauunternehmer nicht verantwortlich gemacht werden. Nur bei einer offensichtlichen Mangelhaftigkeit, bei der ein zukünftiger Schadenseintritt von jedem Fachmann antizipiert werden müsste, habe ein Fachmann die Entwicklung vorauszusehen. Das treffe jedoch auf den vorliegenden Fall nicht zu, da die Beschwerdegegnerin gerade nicht gänzlich auf eine Abdichtung verzichtet habe und den fachkundigen Mitarbeitern der Beschwerdeführerin derart offensichtliche Mängel - wenn es denn solche gewesen wären - aufgefallen wären. Bei Problemen mit der Sockelabdichtung früher gebauter Filialen wäre eine Änderung der Leitdetails vorgenommen worden. Da keine Probleme bzw. Anfälligkeiten erkannt worden seien, könne der Beschwerdegegnerin keine weitergehende Planungspflicht auferlegt werden. Dass bei der Anpassung an die örtlichen Verhältnisse allenfalls auch die bestehenden Details überprüft und geändert werden müssen, sei nachvollziehbar. Allerdings sei von der Beschwerdeführerin nicht behauptet worden, dass solche spezifischen Anpassungen nicht vorgenommen worden seien. Im Gegenteil ergebe sich aus den Ausführungen der Beschwerdegegnerin, dass entsprechende Änderungen der Sockeldetails bei den Filialen S._ und W._ vorgenommen wurden, und dass diese von der Beschwerdeführerin bestätigt worden seien. Im Ergebnis könne somit der Beschwerdegegnerin keine fehlerhafte Planung vorgeworfen werden.
Auch eine fehlerhafte Bauleitung habe die Beschwerdeführerin nicht nachweisen können. Insbesondere habe sie nicht substanziiert behauptet, dass die ausgeführten Sockel von den von der Beschwerdegegnerin erstellten Plänen abweichen würden. Da ihr der Beweis eines Werkmangels nicht gelinge, stelle sich einzig die Frage, ob die Beklagte aus dem Auftragsrecht weitergehenden Abmahnungspflichten obliegen würden. Dies sei jedoch nicht der Fall, da dem Bauleiter wie dem Architekten keine Pflicht auferlegt werden könne, zukünftige Erkenntnisse zu antizipieren. Die Beschwerdegegnerin habe folglich nicht davon ausgehen müssen, dass sich die von den Systemherstellern vorgesehene Abdichtung des Mauerwerks als ungenügend erweisen werde und aufgrund neuer Erfahrungen angepasst werden müsse. Dabei sei zu beachten, dass die Abmahnungspflicht des Bauleiters gegenüber einem erfahrenen und fachmännisch vertretenen Bauherrn eingeschränkter sei.
5.2. Dagegen bringt die Beschwerdeführerin vor, die Vorinstanz habe Art. 55 und 221 ZPO verletzt. Weshalb die Sockelabdichtung mangelhaft sei, habe sie detailliert ausgeführt und mit den Untersuchungsergebnissen der F._ AG sowie von D._ belegt. Das Gutachten E._ habe gezeigt, dass die Sockelabdichtung der Filiale S._ nur eine leicht abdichtende Wirkung aufweise und dass bei der Filiale R._ gar keine Sockelabdichtung bestehe. Entgegen der Auffassung der Vorinstanz habe die Beschwerdeführerin substanziiert dargelegt, dass und inwiefern die Beschwerdegegnerin die Regeln der Baukunde nicht berücksichtigt habe. Indem sie zwei Gutachten von kompetenten Experten eingeholt habe, die beide zum Schluss gekommen seien, dass die Regeln der Baukunde betreffend die Sockelabdichtung nicht eingehalten worden seien, sei sie ihrer Behauptungs- und Substanziierungspflicht nachgekommen. Den technischen Hintergrund des Verstosses gegen die Regeln der Baukunde habe sie gar nicht noch detaillierter darlegen müssen oder können. Zudem habe sie bestritten, dass die von der Beschwerdegegnerin in Bezug auf einzelne Filialen behaupteten Abdichtungsmassnahmen an den jeweiligen Fassadensockeln mittels eines Bitumenanstrichs ausreichend seien und den Regeln der Baukunde entsprächen. Die Vorinstanz verlange zu Unrecht von ihr, dass sie konkrete Ausführungen im Hinblick auf die Detailpläne der Systemhersteller mache und die konkreten Massnahmen angebe, welche erforderlich gewesen wären. Dies könne jedoch von einem Laien, der über dieses technische Wissen nicht verfüge, nicht verlangt werden. Hinsichtlich der angeblichen zusätzlichen Abdichtung in Form eines Bitumenanstrichs führt die Beschwerdeführerin weiter aus, ein allenfalls geplanter und ausgeführter Bitumenanstrich könne an der Mangelhaftigkeit der Sockelabdichtungen nichts ändern. Im Übrigen habe die Beschwerdegegnerin eine allfällige Aufklärung bzw. Abmahnung betreffend die mangelhafte Sockelabdichtung nicht nachweisen können. Da die Vorinstanz ihres Erachtens die Durchsetzung ihrer Forderung faktisch verunmöglichte, rügt die Beschwerdeführerin ebenfalls eine Verletzung von Art. 6 EMRK.
In diesem Zusammenhang rügt die Beschwerdeführerin auch eine Verletzung ihres Rechts auf Beweis (<ref-law>), eine willkürliche Beweiswürdigung (<ref-law>) sowie Verletzungen von <ref-law> und <ref-law>. Ihrer Auffassung nach hätte ein vom Gericht beizuziehender Gutachter die Angaben der beiden von ihr beauftragten Experten zur Mangelhaftigkeit der Sockelabdichtung überprüfen können. Indem die Vorinstanz ihrem Antrag auf Anordnung einer Expertise nicht entsprochen habe, habe sie ihr Recht auf Beweis verletzt. Willkürlich sei die Beweiswürdigung der Vorinstanz insofern, als diese davon ausging, dass unklar sei, inwiefern ein Bitumenanstrich eine mangelhafte Sockelabdichtung darstelle, dass der Bitumenanstrich an der Filiale S._ trotz seiner nur leicht abdichtenden Wirkung mängelfrei sei, dass die Beschwerdegegnerin ihrer Aufklärungspflicht nachgekommen sei, und dass diese die Regeln der Baukunde eingehalten habe. Eine Verletzung von <ref-law> erblickt die Beschwerdeführerin darin, dass die Vorinstanz zu Unrecht davon ausging, dass eine Abmahnung seitens der Beschwerdegegnerin erfolgt sei. Zuletzt bringt die Beschwerdeführerin vor, dass die Vorinstanz <ref-law> deshalb verletzt habe, indem sie eigenes Fachwissen für die Beurteilung des relevanten Sachverhalts angewendet habe, ohne dies der Beschwerdeführerin offenzulegen. In der Tat sei das Handelsgericht davon ausgegangen, dass der Bitumenanstrich "leicht abdichtend" wirke, ohne eine sachverständige Person beizuziehen.
5.3. Entgegen der Vorinstanz sind die Ausführungen der Beschwerdeführerin mit Bezug auf die Sockelabdichtungen hinreichend substanziiert.
5.3.1. Das betrifft zum einen ihre Vorbringen betreffend die technische Mangelhaftigkeit. In ihrer Klage führte sie aus, die notwendige vertikale Sockelabdichtung, welche das Gebäude gegen Bodenfeuchtigkeit schützt, sei nicht angebracht worden. Sie erläuterte dabei, welche technischen Anforderungen gemäss den einschlägigen SIA-Normen, die den geltenden Regeln der Baukunde entsprechen würden, eine derartige Abdichtung zu erfüllen haben. Auch die Vorinstanz ging in Bezug auf die angerufenen SIA-Normen davon aus, dass deren materieller Inhalt als geltende Regeln der Baukunde zu beachten sei, auch wenn die Anwendung dieser Normen im Übrigen nicht vereinbart worden sei. Die Beschwerdeführerin verwies insbesondere auf das Privatgutachten von D._, der in Bezug auf die - nach der Einschätzung der Beschwerdeführerin repräsentative - Filiale R._ insbesondere ausführte, es sei keine vollständige Abdichtung vorhanden, obwohl das verwendete verputzte Einsteinmauerwerk zwingend vor Feuchte zu schützen sei. Der Privatgutachter erwähnte dabei u.a. die "wärmedämmenden, hochporosierten" verwendeten Mauerwerksteine Unipor, die gegen Feuchte zu schützen seien. Die Beschwerdeführerin brachte vor, die von ihr gelieferten "Leitdetails LD-D2.1 bis D2.3" hätten von der Beschwerdegegnerin überprüft und angepasst werden müssen, so dass diese den Regeln der Baukunde und dem aktuellen Stand der Technik entsprechen. In diesem Zusammenhang wies der Privatgutachter D._ darauf hin, dass die Detailpläne durch den Generalplaner zu erstellen seien. Im Übrigen zitierte die Beschwerdeführerin insbesondere einen Auszug aus dem Gutachten D._, wonach die Ausführung der verputzten Fassadensockel bei der Filiale R._ die sich aus den Leitdetails LD-D2.1 bis D2.3 ergebenden generellen Vorgaben in keiner Weise erfüllt habe, da "die Fassadensockel überhaupt nicht gegen Feuchtigkeitseinwirkung" geschützt seien. Wiederum mit Verweis auf Auszüge des Gutachtens D._ brachte die Beschwerdeführerin vor, verschiedene einschlägige Normen (SIA-Normen 271, 274/1987, 242/1, 242/2, 243:2008 und 266:2003) seien nicht beachtet worden, seien doch die erforderlichen Schutzmassnahmen nicht vorhanden. Worin die diesbezüglichen Mängel ihres Erachtens bestehen, hat die Beschwerdeführerin folglich präzise vorgebracht. In technischer Hinsicht ging sie sogar teilweise über die vom Bundesrecht verlangten Anforderungen hinaus.
5.3.2. Genügend sind auch die Vorbringen der Beschwerdeführerin dazu, weshalb es zu den Pflichten der Beschwerdegegnerin gehört hätte, für die entsprechende Sockelabdichtung zu sorgen. Die Argumentation der Vorinstanz, wonach die Behauptung der Beschwerdegegnerin, die Systemhersteller von Kompaktfassaden im relevanten Zeitpunkt hätten keine zusätzlichen Abdichtungen vorgesehen, von der Beschwerdeführerin nicht substanziiert bestritten worden sei, überzeugt nicht. Der Privatgutachter D._ wies auf das Fehlen von Schutzmassnahmen hin, die seines Erachtens "notwendig" seien. Ob Systemhersteller tatsächlich keine zusätzlichen Abdichtungen vorgesehen haben, und ob gegebenenfalls die Beschwerdegegnerin als Generalunternehmerin nach den Regeln der Baukunde nicht verpflichtet gewesen wäre, solche vorzusehen, wäre zu prüfen gewesen. Da die Beantwortung dieser Fragen Fachkenntnisse erfordert, erscheint die Einholung eines Gutachtens besonders angebracht, was die Beschwerdeführerin jeweils im Anschluss an ihre Tatsachenbehauptungen auch beantragte. Nicht nachvollziehbar ist insbesondere auch die Erwägung der Vorinstanz, die Empfehlung des Privatgutachters, "die verantwortlichen Firmen" sofort zu rügen, stelle keinen Beweis für ein Fehlverhalten der Beschwerdegegnerin dar. Im Privatgutachten von D._, auf das die Beschwerdeführerin verwies, wurde ausdrücklich die Verantwortung des Generalplaners für die Anpassung bzw. Ergänzung der Leitdetails angesprochen. Die Beschwerdeführerin zitierte insbesondere einen Auszug aus dem Gutachten D._, wonach die vorliegend erforderliche Ergänzung, Präzisierung und Korrektur der Leitdetails im Rahmen der Erstellung der Detailpläne im zu erfüllenden Leistungsbereich des Generalplaners liegen würden. Mit anderen Worten kam der Privatgutachter unmissverständlicherweise zum Schluss, dass die festgestellten Mängel im Verantwortlichkeitsbereich der Beschwerdegegnerin als Generalplanerin lagen.
Nicht überzeugend ist auch das weitere Argument der Vorinstanz, bei Problemen mit der Sockelabdichtung früher gebauter Filialen wäre eine Änderung der Leitdetails vorgenommen worden, führte doch die Beschwerdeführerin mit Verweis auf das Privatgutachten von D._ aus, die Leitdetails hätten insbesondere an die örtlichen Verhältnisse angepasst werden müssen. Ob eine derartige Anpassung aus technischer Sicht bei den einzelnen Filialen tatsächlich erforderlich war, ist wiederum eine technische Frage, welche das Gericht ohne entsprechendes spezifisches Fachwissen nicht beantworten kann. Nichts anderes gilt für die sich gegebenenfalls stellende Folgefrage, ob die von der Beschwerdegegnerin angeblich vorgenommenen Änderungen der Sockeldetails bei den Filialen S._ und W._ ausreichend waren. Dasselbe gilt in Bezug auf die Ausführungen der Vorinstanz, wonach die Beschwerdegegnerin nur bei einer offensichtlichen Mangelhaftigkeit haftbar gemacht werden könnte, die von jedem Fachmann antizipiert werden müsste. Wie die Vorinstanz beurteilen kann, ob das von der Beschwerdeführerin gerügte Fehlen der ihres Erachtens erforderlichen Massnahmen einem offensichtlichen Mangel gleichkommt, ist nicht ersichtlich.
6.
Eine weitere Rüge der Beschwerdeführerin betrifft die vorinstanzlichen Erwägungen mit Bezug auf den Kapillarschnitt, die Perimeterdämmung, die Netzeinbettung, die Schwedenschnitte und Gleitlager, die Putze sowie das Gefälle.
6.1. Wie bei der Prüfung der angeblichen Mangelhaftigkeit der Sockelabdichtung hat die Vorinstanz auch für die anderen geltend gemachten Mängel jeweils geprüft, ob der Beschwerdegegnerin eine mangelhafte Planung oder eine fehlerhafte Bauleitung vorgeworfen werden könne. Hinsichtlich der Bauleitung ging sie dabei davon aus, zu den vertraglich vereinbarten Aufgaben der Beschwerdegegnerin gehörten insbesondere die allgemeine Leitung, Koordination und Überwachung der Arbeiten auf der Baustelle, die Kontrolle der Materialien und Lieferungen, das Beantragen und Überwachen von Materialuntersuchungen, Ausmassarbeiten, sowie das Überwachen der Einhaltung von Auflagen und der termingerechten Ausführung.
6.1.1. Hinsichtlich des Kapillarschnittes führte die Vorinstanz aus, dass der Beschwerdeführerin der Beweis nicht gelinge, dass ein nicht geplanter Kapillarschnitt einen Mangel darstellen soll. Aus einem der beiden von der Beschwerdeführerin eingereichten Privatgutachen ergebe sich, dass ein Kapillarschnitt nicht zwingend sei. Aus der Empfehlung des anderen Privatgutachters, aufgrund der fehlenden Kapillarschnitte eine Mängelrüge zu erheben, könne die Beschwerdeführerin nichts für sich ableiten, werde vom Experten doch nicht ausgeführt, weshalb das Fehlen als Mangel anzusehen wäre und wem gegenüber der Mangel gerügt werden solle.
6.1.2. Mit Bezug auf die Perimeterdämmung erwog die Vorinstanz, dass die beweisbelastete Beschwerdeführerin die Behauptung der Beschwerdegegnerin, wonach diese bei sämtlichen Filialen eine Perimeterdämmung geplant habe, die über die Vorgaben der Energienachweise hinausgehen oder diese zumindest erfüllen, nur sehr pauschal bestritten. Den Beweis, dass die erstellten Pläne keine genügende Perimeterdämmung enthielten, habe die Beschwerdeführerin nicht erbracht. Eine Erklärung dafür, dass die Perimeterdämmung bei einigen Filialen anders geplant worden sei als bei anderen Filialen, sei im Übrigen nicht ersichtlich. Hingegen habe die Beschwerdeführerin den Nachweis dafür erbracht, dass die Perimeterdämmungen der Filialen R._, S._, V._ und X._ nicht den Plänen der Beschwerdegegnerin entsprächen, wofür diese als Bauleiterin nach Auftragsrecht zu haften habe.
6.1.3. Hinsichtlich der geltend gemachten fehlenden Netzeinbettung bei der Filiale V._ habe die Beschwerdeführerin nach der Auffassung der Vorinstanz einen Werkmangel nicht beweisen können. Ihre pauschale Behauptung der fehlenden Netzeinbettung habe die Beschwerdeführerin durch keine Beweismittel belegt. Weshalb die Beschwerdegegnerin bei einer einzelnen Filiale auf eine Netzeinbettung verzichtet haben sollte, obwohl sie sowohl vorher als auch nachher eine solche geplant habe, sei im Übrigen nicht erklärbar. Zwar sei unbestritten, dass die Netzeinbettung bei der Filiale V._ zumindest ungenügend ausgeführt worden sei, was in Bezug auf den Werkvertrag des dafür zuständigen Unternehmens wohl einen Werkmangel darstelle. Einen direkten Anspruch gegenüber der Beschwerdegegnerin stehe der Beschwerdeführerin jedoch nicht zu. Auch aus Auftrag hafte diese nicht. Denn die Netzeinbettung stelle keinen zentralen Arbeitsschritt dar, weshalb die Beschwerdeführerin die einzelnen Arbeiten der tätigen Gipser nicht habe kontrollieren müssen. Das gelte insbesondere auch deshalb, weil die Gipserunternehmerin bei der Erstellung einer anderen Filiale keine vergleichbaren Fehler begangen habe.
6.1.4. Es sei - so die Vorinstanz weiter - unbestritten, dass sowohl die Schwedenschnitte als auch die Gleitlager zu den allgemeinen Regeln der Baukunde zu zählen seien. Jedoch habe die Beschwerdeführerin die Behauptung der Beschwerdegegnerin, das Anbringen von Schwedenschnitten sei nicht erforderlich gewesen, nicht substanziiert bestritten. Ohnehin sei es an der Beschwerdeführerin gewesen, den Mangel zu beweisen. Diese habe weder substanziierte Behauptungen aufgestellt noch geeignete Beweismittel genannt. Auch bezüglich der Gleitlager habe sie die Behauptung der Beklagten, diese geplant und ausgeschrieben zu haben, nur pauschal bestritten. Insbesondere enthalte das Privatgutachten von D._ keine Aussage darüber, ob Gleitlager tatsächlich geplant worden seien. Weder eine Befragung der beiden Privatgutacher noch die Anordnung einer Expertise seien zur Klärung des Geplanten geeignet, zumal die Beschwerdeführerin die zu beurteilenden Pläne nicht als Beweismittel ins Recht gelegt habe. Zudem könne nicht der Beschwerdegegnerin vorgeworfen werden, ihren Aufsichtspflichten als Bauleiterin nicht nachgekommen zu sein, handle es sich doch bei den Schwedenschnitten um ein untergeordnetes Detail im Rahmen der Gipserarbeiten, weshalb eine "allgemeine Überwachung" genüge. Hinsichtlich der Gleitlager habe die Beschwerdeführerin keine substanziierten Ausführungen zur Zuständigkeit der Beschwerdegegnerin für die Kontrolle gemacht und insbesondere nicht dargelegt, welche Fehler in welchen Filialen und an welchen Stellen vorliegen würden.
6.1.5. Hinsichtlich der angeblich unzureichenden Putze führte die Vorinstanz aus, aus den Ausführungen der Beschwerdeführerin sei kein Werkmangel ersichtlich. Diese habe es insbesondere unterlassen, geeignete Beweismittel für den Beweis eines Planungsfehlers zu offerieren. Auch ihre Vorbringen zur angeblich fehlerhaften Ausführung seien unsubstanziiert, ergebe sich daraus doch nicht, welche Filialen in welchem Ausmass betroffen seien und wie weit nach unten der gerügte Putz geführt worden sein solle. Die offerierten Beweismittel könnten diesbezüglich keine Abhilfe schaffen, diene doch ein Beweisverfahren nicht der Erstellung eines Behauptungsfundaments. Aber selbst wenn der mangelhafte Putz genügend substanziiert behauptet worden wäre, hafte die Beschwerdegegnerin als Bauleiterin nicht. Eine dauernde Kontrolle dieser - untergeordneten, einfachen - Arbeiten könne von der Beschwerdeführerin nicht verlangt werden. Im Übrigen hätte die Beschwerdeführerin eine ungenügende Arbeit bei der Abnahme des Werkes rügen müssen.
6.1.6. Auch mit Blick auf das Bodengefälle bei der Eingangstüre und an der Fassade habe die Beschwerdeführerin es aus Sicht der Vorinstanz unterlassen, in genügender Weise zu behaupten, dass die Beschwerdegegnerin bei der Planung Fehler gemacht habe. Ihre diesbezüglichen Ausführungen seien auf die Leitplanung und nicht die Planung der Beschwerdegegnerin bezogen gewesen. Zudem habe sie die Behauptung der Beschwerdegegnerin, die verbindliche Vorgabe der Beschwerdeführerin für das Gefälle habe bei 2.1 % gelegen, nicht substanziiert bestritten. Sie äussere sich zudem nur hinsichtlich des (angeblich) ausgeführten Gefälles und schliesse daraus direkt auf die Planung. Auch ihre Vorbringen zur angeblich fehlerhaften Bauleitung seien unsubstanziiert, habe sie doch nicht ausgeführt, wo der angebliche Fehler bei der Filiale R._ vorliege. Im Übrigen würden die Überwachungspflichten der Beschwerdegegnerin nicht so weit gehen, dass diese das Gefälle auf dem ganzen Grundstück flächendeckend nachmessen müsse.
6.2. Die Beschwerdeführerin kritisiert die vorinstanzlichen Anforderungen an die Substanziierung und rügt Verletzungen von Art. 55 und 221 ZPO. In Zusammenhang mit der Netzeinbettung und der Putze rügt sie zusätzlich Verletzungen von Art. 152 und 183 ZPO.
Sie bringt vor, sie habe im Rahmen der Replik dargelegt, dass der Kapillarschnitt dem Schutz vor aufsteigender Feuchtigkeit diene und seit geraumer Zeit den in der Schweiz anerkannten Regeln der Baukunde entspreche. Da nur fachkundige Personen darüber Auskunft geben könnten, habe sie die Einvernahme der beiden Privatgutachter D._ und E._ sowie die Anordnung einer Expertise beantragt. Dass eine ausreichende Perimeterdämmung eine anerkannte Regel der Baukunde darstelle, habe sie ebenfalls ausgeführt und mit zahlreichen Beweisofferten belegt. Die Pläne der Beschwerdegegnerin, auf die sie ohnehin keinen Zugriff habe und die sie mangels Fachwissen nicht interpretieren könne, könnten die mangelnde bzw. unterlassene Planung von Perimeterdämmungen gar nicht aufzeigen. Betreffend die Netzeinbettung bringt die Beschwerdeführerin vor, ihre Behauptung, deren Nichteinbringung stelle eine Verletzung der Regeln der Baukunde dar, sei eine hinreichend präzisierte Tatsachenbehauptung, welche ohne Weiteres dem Beweis zugänglich sei. Die Erwägung der Vorinstanz, wonach sie keine Beweise genannt habe, sei falsch, habe sie doch die Einvernahme der beiden vorgenannten Experten sowie die Anordnung einer Expertise beantragt. Im Übrigen habe das Handelsgericht in unzulässiger Weise ihrem Entscheid nicht offengelegtes eigenes Wissen zugrunde gelegt, indem es davon ausging, dass die Netzeinbettung keinen zentralen Arbeitsschritt darstelle.
Auch ihre Ausführungen in Bezug auf die Schwedenschnitte und Gleitlager erachte die Beschwerdeführerin als genügend substanziiert. Sie habe insbesondere die diesbezüglichen Vorbringen der Beschwerdegegnerin bestritten und festgehalten, dass ohne die Vornahme von Schwedenschnitten infolge der Bewegung der Bauteile gegeneinander Risse sowie Putzablösungen an den Wänden auftreten würden, womit die Schwedenschnitte zwingend hätten ausgeführt werden müssen. In der Replik habe sie auch - mit Bezugnahme auf das Gutachten von D._ - ausgeführt, dass die Beschwerdegegnerin offensichtlich weder geprüft habe, ob die Gleitlager korrekt eingebaut worden seien, noch auf die mangelhafte Ausführung hingewiesen habe. Ihre Ausführungen habe sie mit entsprechenden Beweisofferten belegt.
Weiter habe sie ausführlich dargetan, dass der Putz unzureichend bis nach unten geführt worden sei. Dafür habe sie entgegen der Auffassung der Vorinstanz die Einvernahme der Privatgutachter sowie die Anordnung einer Expertise beantragt. Wie auch schon in Bezug auf die Netzeinbettung bringt die Beschwerdeführerin vor, dass diese Mängel sicherlich nicht auf den Plänen der Beschwerdegegnerin ersichtlich seien, weshalb der Begründung der Vorinstanz für den Verzicht auf die Beweisabnahme nicht gefolgt werden könne. Im Übrigen sei für die Beurteilung der Frage, ob eine überhöhte Überwachungspflicht bestehe, Fachwissen erforderlich, das das Handelsgericht in unzulässigerweise nicht offengelegt habe.
Zuletzt macht die Beschwerdeführerin geltend, im vorinstanzlichen Verfahren ausdrücklich und unter Bezugnahme auf die Untersuchungsergebnisse von D._ ausgeführt zu haben, dass das Bodengefälle plangemäss 1 % betrage und das Gefälle bei den Filialen R._, T._, U._, V._, W._ und X._ teilweise geringer sei. Mit Verweis auf die SIA-Norm 248:2006 habe sie erwogen, dass das Gefälle im Aussenbereich mindestens 2 - 2.5 % betragen müsste. Die Vorinstanz, welche die angebotenen Beweise auch zu diesem Punkt zu Unrecht nicht abgenommen habe, habe zudem verkannt, dass die Beschwerdeführerin dargelegt habe, dass der Mangel auf die fehlerhafte Planung und Bauleitung zurückzuführen sei.
6.3.
6.3.1. Hinsichtlich der Kapillarschnitte kann der Beschwerdeführerin nicht gefolgt werden. Weder in ihrer Klage noch in ihrer Replik legte sie hinreichend dar, weshalb das angebliche Fehlen von Kapillarschnitten einer mangelhaften Planung bzw. Bauleitung der Beschwerdegegnerin gleichkommen sollte. Während sie mit Hinweis auf das Privatgutachten von D._ ausführte, welche Funktion ein Kapillarschnitt erfüllt bzw. erfüllen könne, gab sie selber zu, ein solcher werde in den SIA-Empfehlungen nicht erwähnt. Auch der Gutachter D._ erwähnte, dass eine "diesbezügliche Normvorschrift, wonach zwingend ein Kapillarschnitt ausgeführt werden müsste", ihm nicht bekannt sei. Die Beschwerdeführerin konnte sich nicht damit begnügen, vorzubringen, dass ein Element, das dem Schutz vor aufsteigender Feuchtigkeit dient, nicht vorhanden sei.
Betreffend die angeblich fehlende bzw. ungenügende Perimeterdämmung verweist die Beschwerdeführerin auf ihre diesbezüglichen Ausführungen in der Replik. Sie setzt sich jedoch nicht mit dem Argument der Vorinstanz auseinander, wonach nicht ersichtlich sei, weshalb die Beschwerdegegnerin die Perimeterdämmung bei den einen Filialen anders geplant haben soll als bei den anderen, dies nicht zuletzt angesichts der Daten der stattgefundenen Bauarbeiten. Es bleibt folglich dabei, dass der Beschwerdegegnerin hinsichtlich der Perimeterdämmungen der Filialen R._, S._, V._ und X._ lediglich eine fehlerhafte Bauleitung vorzuwerfen ist.
In Bezug auf die Netzeinbettung verweist die Beschwerdeführerin einzig auf Rz. 113 ihrer Klage. An besagter Stelle führte sie im Wesentlichen aus, dass die Netzeinbettung den anerkannten Regeln der Baukunde entspreche, und dass eine solche Netzeinbettung bei der Filiale V._ fehle. Diese Vorbringen wurden jedoch gerade von der Vorinstanz berücksichtigt, führte diese doch aus, es sei unbestritten, dass bei der Filiale V._ die Netzeinbettung zumindest ungenügend ausgeführt worden sei. Hinsichtlich der angeblich fehlerhaften Planung geht folglich die Rüge der Beschwerdeführerin fehl. In Bezug auf die Bauleitung könnte zwar allenfalls fraglich sein, ob die Vorinstanz ohne (offenzulegendes) Fachwissen die Netzeinbettung als einen nicht als derart zentralen Arbeitsschritt ansehen durfte, welchen die Beschwerdegegnerin engmaschiger zu überwachen gehabt hätte. Wie die Beschwerdegegnerin die Bauleitung hätte durchführen müssen, damit die fehlende Netzeinbettung entdeckt worden wäre, führt jedoch die Beschwerdeführerin in ihrer Klage nicht aus und ist auch nicht ersichtlich, zumal nach Auftragen des Putzes das Fehlen der Netzeinbettung nicht mehr sichtbar ist. Im Übrigen kann nicht ausser Acht bleiben, dass die Netzeinbettung bei allen anderen Filialen (einwandfrei) angebracht wurde und dass die Beschwerdegegnerin mit derselben Gipserunternehmerin bei der Erstellung einer anderen Filiale zusammenarbeitete, wo keine vergleichbaren Fehler vorliegen. Das durfte die Beschwerdegegnerin bei der Art und Weise ihrer Kontrolltätigkeit berücksichtigen.
Die bundesrechtlichen Substanziierungsanforderungen können entgegen der Auffassung der Beschwerdeführerin auch in Bezug auf den Putz nicht als erfüllt gelten. Wie die Vorinstanz zu Recht vorbringt, war die in Rz. 116 der Klage vorgetragene Behauptung der Beschwerdeführerin, der Putz sei " an vielen Stellen" nicht bis nach unten geführt worden, nicht hinreichend substanziiert. Dass (auch) in diesem Zusammenhang Beweise angeboten wurden, ändert daran nichts, war doch die fragliche Behauptung nicht präzise genug, damit Beweise darüber abgenommen werden konnte. Welche Stellen betroffen sind, hätte die Beschwerdeführerin in ihren Rechtsschriften aufzeigen müssen.
6.3.2. Anders sieht die Lage aus bei den übrigen gerügten Mängeln.
6.3.2.1. Die vorinstanzlichen Ausführungen zu den Schwedenschnitten sind teilweise widersprüchlich. Einerseits erwog das Handelsgericht, es sei unbestritten, dass die Schwedenschnitte - wie auch die Gleitlager - zu den allgemeinen Regeln der Baukunde zu zählen seien. Andererseits warf es der Beschwerdeführerin vor, die Behauptung der Beschwerdegegnerin, das Anbringen von Schwedenschnitten sei nicht erforderlich gewesen, nicht substanziiert bestritten zu haben. Im Übrigen weist die Beschwerdeführerin nach, dass sie in der Replik die Behauptung der Beschwerdegegnerin zur angeblichen Nichterforderlichkeit des Anbringens von Schwedenschnitten bestritten hat. Unter den Rz. 184-185 der Replik führte sie aus, Schwedenschnitte würden "der Trennung von Verputzarbeiten beim Wand-Decken-Anschluss" dienen. Ohne Schwedenschnitte könnten "infolge der Bewegung der Bauteile gegeneinander Risse sowie Putzablösungen an den Wänden auftreten". Dabei verwies sie im Übrigen auf ihre Ausführungen in Rz. 115 der Klage, bei welchen sie unter expliziter Bezugnahme auf das Gutachten D._ auf die Notwendigkeit der Anordnung und Ausführungen von Gleitlagern und Schwedenschnitten hinwies, und beantragte die Befragung der beiden Privatgutachter sowie die Anordnung einer Expertise. Nichts anderes gilt in Bezug auf die Gleitlager. Entgegen der Auffassung der Vorinstanz wurde in der Replik die Behauptung der Beschwerdegegnerin, für sämtliche Filialen seien Gleitlager ausgeschrieben und ausgeführt worden, rechtsgenüglich bestritten. Die Beschwerdeführerin zitierte insbesondere Auszüge aus dem Gutachten von D._, wonach davon ausgegangen werden könne, dass stellenweise keine bzw. zu schmale Gleitlager verlegt worden seien und dass die Bauleiterin auf eine mangelhafte Ausführung von Gleitlagern hätte hinweisen müssen. Sie brachte vor, dass es sich bei den Gleitlagern um einen wichtigen Arbeitsschritt handle, weshalb die Beschwerdegegnerin hätte prüfen müssen, dass die Gleitlager korrekt eingebaut worden seien, und belegte ihre Ausführungen mit Beweisofferten. Dass sich ihre Ausführungen auf alle sieben Filialen bezogen, präzisierte sie dabei ausdrücklich. Dass D._ in seinem Gutachten ausführte, je nach beauftragtem Leistungsumfang hätte anstelle des Bauleiters der Bauingenieur die korrekte Verlegung der Gleitlager auf den Mauerwerkswänden kontrollieren müssen, ist für die Frage der Substanziierung nicht massgebend. Die Vorinstanz durfte sich der Prüfung der Planung und Ausführung der Gleitlager in Übereinstimmung mit den Regeln der Baukunde nicht mit dem Hinweis auf die Substanziierungsanforderungen entziehen. Die für die Prüfung dieser Fragen relevanten rechtserheblichen, streitigen Tatsachen sind von den Parteien hinreichend substanziiert vorgetragen worden.
6.3.2.2. Auch hinsichtlich des Gefälles waren die Behauptungen der Beschwerdeführerin hinreichend substanziiert. In Bezug auf einen allfälligen Planungsfehler der Beschwerdegegnerin ergibt sich aus dem angefochtenen Entscheid nicht klar, inwiefern die Beschwerdegegnerin die Leitpläne der Beschwerdeführerin übernommen hat. Einerseits weist die Vorinstanz darauf hin, dass sich das Gutachten D._ auf die Leitpläne bezieht, in welchen ein Bodengefälle von nur 1 % vorgesehen worden sei. Andererseits stellt sie fest, die Beschwerdegegnerin habe sich auf den Standpunkt gestellt, die verbindliche Vorgabe der Beschwerdeführerin für das Gefälle habe bei 2.1 % gelegen. Jedenfalls brachte die Beschwerdeführerin vor, das ausgeführte Bodengefälle betrage teils "weniger als 1 %" bzw. "zwischen 0 und 1 %" obwohl ein derartiges Gefälle im Aussenbereich gemäss dem Privatgutachter D._ mindestens 2 % oder gar mindestens 2.5 % betragen müsste. Damit behauptete sie unmissverständlicherweise, dass das ausgeführte Bodengefälle nicht den Regeln der Baukunde entsprach. Zwar führte der Privatgutachter D._ in dem in der Klage wiedergegebenen Auszug aus, das Gefälle betrage nur "stellenweise" auch weniger als 1 %. Das führt entgegen der Ansicht der Vorinstanz jedoch nicht dazu, dass die Behauptung der Beschwerdeführerin als nicht hinreichend substanziiert zu gelten habe. In der Tat bezogen sich die Erläuterungen des Gutachters ausdrücklich auf das "Bodengefälle auf der Bodenplatte vor der Eingangstüre nach aussen", wobei dieser an einer anderen - von der Beschwerdeführerin ebenfalls zitierten - Stelle präzisierte, dass "[d]as Gefälle der Platten zur Wasserableitung nach aussen, weg von der Fassade" ungenügend sei. Worin der Mangel bestehen soll, ist folglich klar vorgebracht worden.
Es ist folglich zu prüfen, ob das von der Beschwerdegegnerin ausgeführte Bodengefälle den Regeln der Baukunde entspricht. Ist dies nicht der Fall, ist in einem zweiten Schritt zu prüfen, ob die Beschwerdegegnerin einen allfälligen Mangel zu verantworten hat. Entspricht das ausgeführte Gefälle den von der Beschwerdeführerin gelieferten Leitplänen, ist dabei lediglich zu prüfen, ob die Beschwerdegegnerin zur Abmahnung der Beschwerdeführerin verpflichtet war und ob sie gegebenenfalls dieser Verpflichtung nachgekommen ist. Falls eine Diskrepanz zwischen dem ausgeführten Bodengefälle und den Vorgaben der Beschwerdeführerin besteht, ist zu untersuchen, ob der Beschwerdegegnerin ein Planungsfehler unterlaufen ist oder ob das Gefälle nicht plankonform gebaut wurde. Im letzteren Fall ist zu prüfen, ob aus allfälligen Fehlern auf eine mangelhafte Bauleitung der Beschwerdegegnerin geschlossen werden kann, wobei die Beantwortung dieser Frage technische Aspekte erfasst, die ohne Fachkenntnisse kaum zu bewältigen sein dürften.
7.
Die Beschwerdeführerin kritisiert die vorinstanzlichen Ausführungen zum Kausalzusammenhang und zum Schaden.
7.1.
7.1.1. Die Vorinstanz stellte fest, dass die Beschwerdeführerin sich bei der Begründung des Kausalzusammenhangs zwischen den fehlerhaften Plänen bzw. den durch die fehlerhafte Bauleitung verursachten Baumängeln auf einen Verweis auf das Gutachten von D._ beschränkt habe. Der Privatgutachter habe die Kausalität zwar bejaht, ohne jedoch genauere Ausführungen zu diesem Punkt zu machen. Mit den substanziierten Einwänden der Beschwerdegegnerin habe sich die Beschwerdeführerin nicht befasst. Gegen die Behauptung der Beschwerdegegnerin, wonach insbesondere die Erstellung des Filialbodens im Rüttelverfahren dazu führen könne, dass Restfeuchtigkeit über die Wände entweiche, habe sie einzig geltend gemacht, sie sei nicht abgemahnt worden. Die Protokolle der gemeinsamen Begehungen würden zudem verschiedentlich mechanische Beschädigungen nennen, was zumindest teilweise auf einen unsorgfältigen Umgang mit den Bauten hindeute. Darauf sei die Beschwerdeführerin aber nicht eingegangen. Selbst wenn die Behauptungen der Beschwerdeführerin als genügend angesehen würden, könne ihr der Beweis des Kausalzusammenhangs nicht gelingen. Insgesamt erscheine zwar nachvollziehbar, dass die von der Beschwerdeführerin geltend gemachten Mängel grundsätzlich geeignet seien, einen Feuchtigkeitsschaden und damit zusammenhängende Folgen zu bewirken. Diese habe es jedoch vollständig unterlassen, darzulegen, "welche Mängel sich wie auf die Baute ausgewirkt haben" sollen. Aufgrund der Darstellung der Beschwerdeführerin müsse wohl davon ausgegangen werden, dass sämtliche der behaupteten Mitursachen für den Eintritt des Gesamtschadens relevant gewesen seien. Dies habe zur Folge, dass ein Kausalzusammenhang nicht nachgewiesen werden könne. Deshalb sei auch die Frage des einschlägigen Beweismasses nicht relevant.
7.1.2. Zur Frage des Schadens führte die Vorinstanz mit Bezug auf die von der Beschwerdeführerin ergriffenen Beweissicherungsmassnahmen aus, die Beschwerdegegnerin hätte nur die Kosten für Massnahmen zu tragen, die mit den wenigen von ihr zu verantwortenden Fehlern in Zusammenhang stehen. Da aber die Beschwerdeführerin es gänzlich unterlassen habe, zwischen den einzelnen Ursachen zu unterscheiden, könnten die Kosten der amtlichen Begehungen den einzelnen Ursachen nicht zugeordnet werden. Den angeblichen Schaden für die erneute Planung und Bauleitung durch die G._ AG habe die Beschwerdeführerin nur pauschal behauptet. Sie habe insbesondere nicht substanziiert ausgeführt, welche Leistungen der G._ AG übertragen worden seien. Die pauschale Behauptung, sämtliche erforderlichen Leistungen seien vom Pauschalpreis umfasst, sei dabei ungenügend. Die mit der Replik eingereichte Planung der einzelnen Um- und Anbaumassnahmen vermöge daran nichts ändern, ergebe sich doch aus den Ausführungen lediglich, wo Arbeiten ausgeführt worden seien und nicht, inwiefern dies die relevante Planung beeinflusst hätte. Für eine Beurteilung der Ersatzpflicht müsste dargelegt werden, welche Kosten für welche Arbeiten angefallen seien, was aufgrund der pauschalen Darstellung der Klägerin nicht möglich sei. Die offerierten Beweismittel könnten die Behauptungslast nicht ersetzen.
Auch hinsichtlich der angeblichen Sanierungskosten erachtete die Vorinstanz die Ausführungen der Beschwerdeführerin als ungenügend. Als problematisch erachtete sie wiederum zunächst die mangelnde Zuordnung der Sanierungskosten zu den einzelnen Mängeln. Weiter sei gestützt auf die knappen Angaben der Beschwerdeführerin keine Beurteilung der tatsächlich angefallenen Arbeiten möglich. Dabei würden weder der Hinweis, der Zusammenhang der Arbeiten sei offensichtlich, noch das Vorliegen eines Pauschalpreises genügen. Sodann könne nicht ausgeschlossen werden, dass in den Offerten auch sachfremde Kosten enthalten seien. Die Vorinstanz weist in diesem Zusammenhang insbesondere auf die Positionen für die Dachentwässerung und Flachdacharbeiten in den Offerten für die Spenglerarbeiten sowie auf die eingereichten Offerten der H._ AG (Gipserarbeiten), welche einen Pauschalpreis vorsehen. Nicht anders verhalte es sich bei den bereits sanierten Filialen: aus den Rechnungen der I._ GmbH, der J._ AG, der K._ AG und der L._ AG sei nicht ersichtlich, welche Kosten auf die von der Beschwerdegegnerin zu verantwortenden Mängel zurückzuführen seien. Auch hier könnten die von der Beschwerdeführerin angebotenen Beweismittel keine substanziierten Behauptungen ersetzen, weshalb von einer Beweisabnahme abzusehen sei.
In Bezug auf die von der Beschwerdeführerin geltend gemachten vorprozessualen Anwaltskosten verwies die Vorinstanz zunächst auf die fehlende Kausalität des Schadens. Zudem führte sie aus, diese Schadensposition sei nicht genügend substanziiert. Aus den ins Recht gelegten Rechnungen könne nicht entnommen werden, welche Kosten mit der gegen die Beschwerdegegnerin geltend gemachten Forderung zusammenhängen würden. Die Begründung der Notwendigkeit und Angemessenheit der entstandenen Kosten durch die Beschwerdeführerin sei zudem nicht nachvollziehbar. Diese habe auch nicht ausgeführt, inwiefern die fraglichen Kosten nicht der Vorbereitung des vorliegenden Prozesses gedient haben sollen. Zuletzt müsse die Beschwerdegegnerin auch nicht für die Kosten des von D._ erstellten Gutachtens aufkommen, da auch diesbezüglich ein Kausalzusammenhang fehle. Angesichts dessen, dass die Beschwerdegegnerin nur für zwei Fehler einzustehen habe, und mangels Ausführungen dazu, inwiefern die Gutachtenskosten den einzelnen Mängeln zuzuordnen wären, sei kein Ersatz geschuldet.
7.2.
7.2.1. Die Beschwerdeführerin rügt in Zusammenhang mit dem Kausalzusammenhang eine Verletzung von <ref-law> und <ref-law>. Sie habe detailliert dargelegt, dass die Mängel und Mangelfolgeschäden auf die fehlerhafte Planung und Bauleitung zurückzuführen seien. Hinsichtlich der Auswirkungen der einzelnen Mängel auf die Bauten seien genaue Abgrenzungen unmöglich gewesen, da sich die Mängel teilweise gleich ausgewirkt hätten und sämtliche Mängel zu Feuchtigkeitsschäden geführt hätten. Eine weitergehende Substanziierung sei mangels Fachkenntnis nicht möglich gewesen. Auch die für die Sanierung anfallenden Kosten habe die Beschwerdeführerin detailliert dargelegt. Da die Mängel teilweise zu den gleichen Schäden geführt hätten, habe sie keine anteilsmässige Aufteilung der Sanierungskosten vornehmen können. Es sei zudem gar nicht zumutbar, für jeden Mangel eine separate Offerte einzuholen. Die Beschwerdeführerin erachtet ihr Recht auf Beweis als verletzt. Sie habe die Anordnung einer Expertise beantragt, in welcher die technischen Hintergründe der durch die dargelegten Mängel und deren Auswirkungen auf die Filialen sowohl naturwissenschaftlich als auch kostenmässig hätten abgeklärt werden können, und die Vorinstanz habe diesem Beweisantrag zu Unrecht nicht entsprochen. Indem die Vorinstanz entgegen jeglicher Logik davon ausgegangen sei, dass das Rüttelbettverfahren, mechanische Beschädigungen und Reinigungen mit dem Schlauch für die an den streitbetroffenen Filialen entstandenen Schäden mitursächlich sein könnten, habe sie zudem die Beweise willkürlich gewürdigt. Wäre aufgrund des Rüttelbettverfahrens tatsächlich Restfeuchtigkeit eingeschlossen worden, hätte die Beschwerdegegnerin sie abmahnen müssen. Im Ergebnis würden die überspitzten Anforderungen der Vorinstanz zum Beweis des Kausalzusammenhanges dazu führen, dass die Beschwerdeführerin ihre Forderungen gar nicht durchsetzen könne, weshalb eine Verletzung von Art. 18 Abs. 1 der Verfassung des Kantons Zürich (KV/ZH) vorliege.
7.2.2. In Bezug auf den Schaden rügt die Beschwerdeführerin ebenfalls die Verletzung von Art. 55 und <ref-law> sowie die Verletzung von <ref-law>. Im Wesentlichen bringt sie vor, die Schäden betreffend sämtliche geltend gemachten Mängel substanziiert dargelegt zu haben. Sie habe insbesondere die einzelnen erforderlichen Arbeitsschritte dargelegt, diverse Offerten und Rechnungen ins Recht gelegt und eine Expertise beantragt. Sie wiederholt, dass eine Aufteilung der Kosten auf die einzelnen Mängel nicht möglich gewesen sei, seien doch Sanierungskosten pro Filiale und nicht pro Mangel in Rechnung gestellt worden. Wären die Kosten pro Mangel ausgeführt worden, was nicht der Praxis entspreche, wären die Gesamtkosten viel höher ausgefallen, müssten doch die notwendigen Vorbereitungsarbeiten (Hin- und Rückreise, Aufbau von Gerüsten, Bereitstellung von Maschinen, usw.) mehrmals in Rechnung gestellt werden. Aufgrund ihrer Schadensminderungspflicht dürfe die Beschwerdeführerin solche separate Offerten pro Mangel folglich gar nicht einholen. Teilweise sei das auch gar nicht möglich. Der Aufwand für die genaue Zuordnung der Sanierungskosten zu den einzelnen Mängeln wäre im Übrigen so hoch, dass eine derartige Vorgehensweise nicht praktikabel wäre. Es sei die Aufgabe der Vorinstanz gewesen, ihr Ermessen im Hinblick auf die Zuteilung der Kosten der Mängelbehebungen auszuüben. Da die Vorinstanz auch zu diesem Punkt auf die Abnahme der offerierten Beweise ohne nachvollziehbaren Grund verzichtet habe, habe sie das Recht auf Beweis der Beschwerdeführerin verletzt. Zuletzt habe das Handelsgericht auch die Beweise willkürlich gewürdigt, indem sie trotz des Bestätigungsschreibens der M._ angenommen habe, die Beschwerdegegnerin habe die Nachbesserungsleistungen nicht definitiv zurückgewiesen.
7.3. Festzuhalten ist zunächst, dass entgegen der Ansicht der Vorinstanz sehr wohl davon ausgegangen werden muss, dass die Beschwerdegegnerin die Vornahme der Nachbesserungsarbeiten definitiv verweigert hat. In einem an den Rechtsanwalt der Beschwerdeführerin adressierten Schreiben vom 22. Juli 2015 stellte sich der Rechtsanwalt der Beschwerdegegnerin in unmissverständlicher Weise auf den Standpunkt, es würden aus verschiedenen Gründen keine Ansprüche der Beschwerdeführerin gegenüber der Beschwerdegegnerin bestehen. Deshalb sehe die Beschwerdegegnerin einem Gerichtsverfahren gelassen entgegen. Davon auszugehen, dass die Beschwerdegegnerin die Arbeiten nicht definitiv verweigerte, ist folglich aktenwidrig.
7.4.
7.4.1. Gegenstand des vorliegenden Verfahrens sind Feuchtigkeitsschäden und Risse, welche in verschiedenen von der Beschwerdegegnerin gebauten Filialen der Beschwerdeführerin angeblich aufgetreten seien. In ihrer Klage führte die Beschwerdeführerin aus, in den verschiedenen Filialen seien an bestimmten Orten feuchte Stellen und Risse sichtbar geworden, deren Ursache sie nicht kannte und sie auch nicht erklären konnte. Um die Ursachen zu erforschen und abzuklären, welche Schäden genau vorhanden sind bzw. in Zukunft noch auftreten könnten, habe sie u.a. Feuchtemessungen und eine Sondage durchführen lassen. Gestützt auf die Ergebnisse der beiden von ihr in Auftrag gegebenen Untersuchungen beschrieb sie in ihrer Klage vom 31. August 2016 die einzelnen Mängel, welche die Beschwerdegegnerin ihres Erachtens zu verantworten habe. Wie oben dargelegt (s. oben, E. 5 und 6), waren ihre diesbezüglichen Ausführungen mit Bezug auf die meisten Mängel hinreichend präzise. Weshalb die von den Privatgutachtern festgestellten Mängel die Feuchtigkeitsschäden verursacht haben sollen, legte sie in ihren Rechtsschriften dar. In der Tat erläuterte sie im Einzelnen inwiefern die angeblich mangelhaften Elemente bzw. Einrichtungen vor Feuchtigkeit hätten schützen sollen [vgl. etwa Klage, Rz. 20]. In Bezug auf die angefallenen Kosten führte sie aus, dass die Beschwerdegegnerin die Behebung der Mängel verweigert hatte, weshalb sie die Sanierungsarbeiten selber in die Wege habe leiten bzw. durch Dritte vornehmen lassen. Bei den Filialen T._, W._ und X._ seien die Arbeiten zum Zeitpunkt der Klageeinreichung bereits abgeschlossen gewesen und die entsprechenden Kosten bekannt. Die übrigen streitbetroffenen Filialen seien hingegen noch nicht saniert worden, weshalb die Beschwerdeführerin pro Filiale pro Arbeitsgattung jeweils eine Offerte eines Unternehmers eingeholt habe [Klage, Rz. 137]. Für jede streitbetroffene Filiale erläuterte die Beschwerdeführerin besonders detailliert die verschiedenen Kostenpositionen [Klage, Rz. 138 ff.].
7.4.2. Der Vorinstanz ist darin beizupflichten, dass sich den Rechtsschriften der Beschwerdeführerin weder eine ausführliche Erklärung der Kausalität für die zwischen den geltend gemachten Mängeln und den angeblich aufgetretenen Feuchtigkeitsschäden aus naturwissenschaftlicher Sicht noch eine klare Zuordnung der verschiedenen Schadensposten zu den einzelnen Mängeln entnehmen lässt. Entgegen ihrer Ansicht konnte dies jedoch realistischerweise nicht von dieser verlangt werden.
7.4.2.1. Zwar ist vom Kläger zu verlangen, dass er dem Gericht sämtliche Tatsachen unterbreitet, die Tatbestandsmerkmale bilden (s. oben, E. 4.1). Die Vorinstanz verkennt jedoch, dass der Kläger in einem Bauprozess nicht notwendigerweise über das erforderliche Fachwissen verfügt, um die Auswirkungen der einzelnen Mängel auf die Baute in technischer Hinsicht zu eruieren. Das Beweisverfahren dient zwar nicht dazu, fehlende Behauptungen zu ersetzen oder zu ergänzen, sondern setzt solche vielmehr voraus. Jedoch kann vom Kläger vernünftigerweise nicht verlangt werden, dass er vor der Durchführung eines Beweisverfahrens die entscheidrelevanten technischen Aspekte bis ins letzte Detail darlegt, würde dies doch die gerichtliche Durchsetzung der Ansprüche faktisch verunmöglichen. Zwar steht es dem Kläger frei, noch vor der Einleitung eines gerichtlichen Verfahrens ein Privatgutachten einholen, was bei komplexen Baustreitigkeiten auch den Regelfall darstellen dürfte. Erstens ist dies jedoch nach der Konzeption der ZPO nicht zwingend. Zweitens tat die Beschwerdeführerin gerade das, holte sie doch zwei Privatgutachten ein, um ihre Behauptungen zu substanziieren. Parteibehauptungen, denen ein Privatgutachten zugrunde liegt, gelten meist als besonders substanziiert (vgl. zum Privatgutachten <ref-ruling> E. 2.5-2.6 sowie oben E. 4.2.2.1). Dass einer der beiden beauftragten Privatgutachter zwar die Kausalität bejaht hat, ohne jedoch genauere Ausführungen zu diesem Punkt zu machen, kann nicht zur Abweisung der Klage führen. Der Umstand, dass der Experte den von der Beschwerdeführerin behaupteten Kausalzusammenhang bejahte, muss vielmehr als Behauptung genügen, auch wenn dieser die technischen Modalitäten des Kausalzusammenhangs nicht detailliert darlegte. Indem die Beschwerdeführerin mit Hinweis auf zwei Privatgutachten und unter Angabe von verschiedenen Beweisofferten ausführte, dass verschiedene Bauelemente, welche dem Schutz vor Feuchtigkeit dienen, entgegen den Regeln der Baukunde nicht vorhanden oder mangelhaft seien, was Feuchtigkeitsschäden verursacht habe, kam sie ihrer Behauptungs- und Substanziierungslast hinsichtlich der Voraussetzung des Kausalzusammenhanges nach.
Teilweise scheint die Vorinstanz eine (materielle) Beurteilung der Voraussetzung des Kausalzusammenhangs vorzunehmen, obwohl sie die Beschwerdeführerin mit Hinweis auf die Substanziierungsanforderungen gar nicht zum Beweis zulässt. Ob von der Beschwerdeführerin zu verantwortende mechanische Beschädigungen vorliegen bzw. ob die Erstellung des Filialbodens im Rüttelverfahren dazu führen könne, dass Restfeuchtigkeit über die Wände entweiche, muss geprüft werden. Wie diese Prüfung ohne die Abnahme von Beweisen erfolgen konnte, ist wiederum nicht ersichtlich.
7.4.2.2. Auch an die Haftungsvoraussetzung des Schadens stellte die Vorinstanz überhöhte Substanziierungsanforderungen. Entgegen der Einschätzung der Vorinstanz wurde in der Klage dargelegt, welche Kosten für welche Arbeiten angefallen sind. Die darüber hinausgehende Anforderung der Vorinstanz, die verschiedenen Schadenposten sollten zu den einzelnen Mängeln zugeordnet werden, erweist sich als nicht praktikabel. Erleiden Bauten Feuchtigkeitsschäden, muss der Bauherr zu deren Behebung - sofern keine Nachbesserung erfolgt - Sanierungsarbeiten von Unternehmern bzw. Handwerkern durchführen lassen. Die von diesen eingeholten Offerten bzw. erstellten Rechnungen erfassen regelmässig die (wesentlichen) erforderlichen Arbeitsschritte. Eine Aufteilung der Kosten auf die einzelnen "Mängel" im juristischen Sinne ist hingegen praxisfremd. Angaben über den Anteil der angeblichen Mängel - etwa der fehlenden Sockelabddichtung oder der unzureichenden Putze - an den Sanierungskosten enthalten die Offerten bzw. Rechnungen nicht. Wie die Beschwerdeführerin hätte vorgehen sollen, um den vorinstanzlichen Substanziierungsanforderungen zu genügen, ergibt sich aus dem angefochtenen Entscheid nicht und ist auch nicht ersichtlich.
Nicht selten ist ein Schaden auf verschiedene Ursachen zurückzuführen. Die mit dem multikausalen Verlauf des Schadensfalles verbundenen technischen und praktischen Schwierigkeiten bei der Zuordnung der Kosten zu den einzelnen Mängeln sollen nicht dazu führen, dass die Durchsetzung eines materiellen Anspruches mit Hinweis auf die Substanziierungsanforderungen faktisch verunmöglicht wird. Kommt das Gericht zum Schluss, dass nur einzelne der gerügten Mängel bestehen, hat es grundsätzlich nach seinem Ermessen gestützt auf die abgenommenen Beweise den Anteil der bejahten Mängel am geltend gemachten gesamten Schaden festzusetzen. Vom Kläger zu verlangen, dass er sich mit sämtlichen entsprechenden hypothetischen Konstellationen in Antizipation der gerichtlichen Beurteilung auseinandersetzt, ist nicht zumutbar. Falls vorliegend die genaue Zuordnung zu den einzelnen Mängeln überhaupt möglich war, wäre die Beschwerdeführerin im Übrigen erst nach der Durchführung eines Beweisverfahrens dazu in der Lage gewesen. Das setzt aber voraus, dass sie zum Beweis zugelassen wird. Durch die Abnahme der beantragten Beweismittel, etwa die Anordnung einer Expertise, hätten die technischen Hintergründe der durch die dargelegten Mängel und deren Auswirkungen auf die Filialen sowohl naturwissenschaftlich als auch kostenmässig abgeklärt werden können. Ob die Offerten bzw. Rechnungen der Unternehmer sachfremde Kosten enthalten, hätte dabei insbesondere auch geklärt werden können.
Das Gesagte gilt auch für die Gutachterkosten [ang. Enscheid, S. 125]. Hinsichtlich der vorprozessualen Anwaltskosten erwog hingegen die Vorinstanz, diese seien auch deshalb nicht zu ersetzen, weil die Beschwerdeführerin im vorinstanzlichen Verfahren nicht ausgeführt habe, inwiefern die fraglichen Kosten nicht der Vorbereitung des vorliegenden Prozesses gedient haben sollen. Diese (selbstständige) Begründung wird von der Beschwerdeführerin nicht angefochten, weshalb das angefochtene Urteil in diesem Punkt nicht zu beanstanden ist.
8.
Zuletzt kritisiert die Beschwerdeführerin die vorinstanzlichen Ausführungen zur Honorarminderung [Beschwerde, S. 112 - 120].
8.1. Die Vorinstanz führte aus, nachdem die Beschwerdeführerin mit ihrer Schadenersatzforderung nicht durchdringe, sei eine Honorarminderung zu prüfen. Die diesbezüglichen Ausführungen der Beschwerdeführerin, die einen Abzug von 50 % des Anteils der Bauleitung am Gesamthonorar der Beschwerdegegnerin (23 %) vorgenommen habe, seien ungenügend. Die Beschwerdeführerin habe nicht weiter begründet, weshalb das Honorar auf die Hälfte zu reduzieren wäre. Sie habe nicht ansatzweise dargelegt, welchen Anteil an der Arbeit der Beschwerdegegnerin die ungenügenden Leistungen ausmachen würden. Weiter könnten Fehler im Rahmen der Planung nicht berücksichtigt werden, da diese nicht nach Auftragsrecht zu beurteilen seien. Aus den resultierenden Schäden könne auch nicht auf einen Reduktionsanspruch geschlossen werden. Das mit der G._ AG vereinbarte Honorar, das zur Plausibilisierung der klägerischen Behauptung herangezogen werden könne, sei fast zwei Mal geringer als der von der Beschwerdeführerin geforderte Abzug, wozu sich die Beschwerdeführerin gar nicht geäussert habe. Dem Gericht würden die Grundlagen fehlen, welche eine begründete Kürzung des Honorars erlauben würden [ang. Entscheid, 6.3].
8.2. Die Beschwerdeführerin rügt eine Verletzung von <ref-law> i.V.m. <ref-law> sowie von Art. 55 und 221 ZPO. Sie bringt vor, die Festlegung der Reduktion des Honorars habe durch das Gericht zu erfolgen. Die vorinstanzlichen Anforderungen, wonach sie hätte darlegen müssen, wie viel Zeit in Bezug auf die dargelegten Mängel für die fehlerfreie Bauleitung notwendig gewesen wäre, erachtet sie als nicht praktikabel. Wie viel Zeit für eine mängelfreie Bauleitung in Bezug auf die geltend gemachten Mängel erforderlich gewesen wäre, wisse sie nicht und könne sie auch nicht wissen. Insbesondere würden die Generalplaner- und Architektenverträge keine Anhaltspunkte betreffend die von der Beschwerdegegnerin benötigte Zeit für die Bauleitungsaufgaben enthalten. Eine entsprechende Einschätzung hätte nur ein Experte vornehmen können. Mangels entsprechenden Wissens sei der Beschwerdeführerin nur eine Einschätzung gestützt auf die Schwere der Pflichtverletzung möglich gewesen.
8.3.
8.3.1. Wird ein Auftrag nicht sorgfältig ausgeführt, kann dies zu einer Herabsetzung der Vergütung als vertraglicher Gegenleistung im Sinne von <ref-law> führen. Wenn das Ergebnis des unsorgfältigen Beauftragten für den Auftraggeber vollständig unbrauchbar ist, schuldet er diesem gar keine Vergütung (<ref-ruling> E. 4a S. 427; <ref-ruling> E. 2a S. 567; <ref-ruling> E. 2a S. 198; <ref-ruling> E. 4c S. 293). Kumulativ zur Reduktion des Honorars kann eine Schadenersatzforderung hinzutreten, und eine Verrechnung von Schadenersatzforderung und Honorarforderung ist zulässig. Die Kumulation von vollumfänglichem Schadenersatz und Kürzung des Honoraranspruchs darf aber nicht zu einer Bereicherung des Auftraggebers führen. Wird der Beauftragte durch die Leistung von Schadenersatz des Beauftragten so gestellt, wie wenn dieser den Auftrag ordnungsgemäss erfüllt hätte, hat der Beauftragte Anspruch auf Anrechnung der vollen Vergütung (<ref-ruling> E. 3c, 4a und 4c). Dass ein Anspruch der Beschwerdeführerin auf Herabsetzung der Vergütung folglich nur dann zu prüfen ist, falls der von dieser beantragte Schadenersatz nicht zugesprochen wird [ang. Entscheid, S. 128], wird von der Beschwerdeführerin auch nicht bestritten. Nachfolgend wird die entsprechende Rüge der Beschwerdeführerin jedoch aus prozessökonomischen Überlegungen behandelt.
8.3.2. Angesichts der Schwierigkeit, das Verhältnis der nicht gehörig erbrachten Leistungen zu den Gesamtleistungen zu eruieren, kann zwar vom Auftraggeber unter Umständen keine Genauigkeit verlangt werden (vgl. zu dieser praktischen Schwierigkeit in Zusammenhang mit der werkvertragsrechtlichen Minderung etwa Urteile 4A_667/2016 vom 3. April 2017 E. 5.2.1 und 4A_65/2012 vom 21. Mai 2012 E. 12.6 mit Hinweisen). Jedoch darf sich dieser nicht damit begnügen, eine Prozentzahl zu nennen, um welche das Honorar des Beauftragten seines Erachtens herabzusetzen ist, ohne eine entsprechende Begründung zu liefern. Ausgehend vom Vertrag, von den erhaltenen Rechnungen oder von weiteren (allenfalls zu edierenden) Dokumenten sind die mangelhaften Leistungen der Gegenpartei zu umschreiben. Dabei genügt ein pauschaler Verweis auf die Mängel der Baute oder die erlittenen Schäden nicht.
Die Höhe des von ihr beantragten Abzuges begründete die Beschwerdeführerin in ihrer Klage mit einem einzigen Satz: "Im Hinblick auf die aber doch äusserst wesentlichen Mängel bei der Bauleitung (und auch im Rahmen der Planung) durch die Beklagte ist eine Minderung des Bauleitungshonorars um 50 % gerechtfertigt " [Klage, Rz. 268]. Wie diese Zahl hergeleitet wird, erklärt die Beschwerdeführerin nicht. Welche der verschiedenen Bauleitungsaufgaben der Beschwerdegegnerin sie als nicht gehörig erbracht erachtet, führt sie nicht aus. In Zusammenhang mit der pauschalen Kürzung des Honorars wurden auch keine Beweise offeriert, verweist doch die Beschwerdeführerin im Anschluss an Rz. 268 der Klage einzig auf die SIA-Norm 102/2003. Deshalb ist die Erwägung der Vorinstanz, ihr würden die Grundlagen fehlen, welche eine begründete Kürzung des Honorars erlauben würden [ang. Entscheid, p. 130], nicht zu beanstanden.
9.
Die Beschwerde ist teilweise gutzuheissen, das angefochtene Urteil aufzuheben und die Sache zur neuen Entscheidung im Sinne der Erwägungen an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Zusammenfassend vermag die Beschwerdeführerin die vorinstanzlichen Ausführungen zu verschiedenen angeblichen Mängeln (Sockelabdichtungen, Schwedenschnitte, Gleitlager, Gefälle; E. 5 und E. 6) sowie zum Kausalzusammenhang und Schaden (E. 7) als rechtswidrig darzutun. Sie unterliegt hingegen in Bezug auf die vorinstanzlichen Ausführungen zu den übrigen Mängeln (E. 6), zur ihrer eigenen Fachkunde, zur Verbindlichkeit der Baubeschreibungen und Leitdetails (E. 4) sowie zur Minderung (E. 8). Angesichts dieses Verfahrensausgangs rechtfertigt es sich, die Gerichtskosten den Parteien je zur Hälfte zu auferlegen und keine Parteientschädigungen zuzusprechen (Art. 66 Abs. 1 und Art. 68 Abs. 1 und 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird teilweise gutgeheissen, das Urteil des Handelsgerichts des Kantons Zürich vom 27. Juni 2019 wird aufgehoben und die Sache zur neuen Beurteilung an die Vorinstanz zurückgewiesen.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 9'000.-- werden den Parteien je zur Hälfte auferlegt.
3.
Es werden keine Parteientschädigungen zugesprochen.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Handelsgericht des Kantons Zürich schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 27. April 2020
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Kiss
Der Gerichtsschreiber: Curchod