Sachverhalt:
A.
Das Bezirksgericht Zürich verurteilte X._ nach einschlägigen Vorstrafen am 19. November 2010 wegen mehrfacher sexueller Nötigung, mehrfachen sexuellen Handlungen mit Kindern, mehrfacher Pornographie, Gewaltdarstellungen und Tierquälerei zu drei Jahren Freiheitsstrafe. Gleichzeitig ordnete es eine vollzugsbegleitende ambulante Behandlung gemäss <ref-law> an.
Am 26. August 2011 bestätigte das Obergericht des Kantons Zürich im Berufungsverfahren das erstinstanzliche Urteil im Schuldpunkt und im Strafmass. Es ordnete hingegen eine stationäre therapeutische Massnahme nach <ref-law> an und schob den Vollzug der Freiheitsstrafe zugunsten dieser Massnahme auf.
Die von X._ dagegen erhobene Beschwerde wies das Bundesgericht mit Urteil vom 18. April 2012 ab, soweit es darauf eintrat (Verfahren 6B_752/2011).
B.
Am 26. Januar 2017 wies das Bezirksgericht Zürich den Antrag des Amtes für Justizvollzug, X._ zu verwahren, ab und ordnete erneut eine stationäre therapeutische Massnahme im Sinne von <ref-law> an. Gleichentags entschied es mit separatem Beschluss, X._ habe bis zum möglichen Massnahmenantritt, längstens bis zum 26. April 2017, in Sicherheitshaft zu verbleiben.
Gegen das Massnahmenurteil erhob X._ am 10. April 2017 Beschwerde beim Obergericht. Am 9. Juni 2017 ersuchte er um seine Entlassung aus der Sicherheitshaft. Mit Verfügung vom 12. Juni 2017 wies das Obergericht dieses Gesuch ab und ordnete an, dass er - vorbehältlich eines Massnahmenantritts - für die Dauer des Beschwerdeverfahrens in Sicherheitshaft verbleibt.
Eine gegen diesen Haftentscheid des Obergerichtserhobene Beschwerde hiess das Bundesgericht mit Urteil vom 28. Juli 2017 teilweise gut, das Haftentlassungsgesuch wies es jedoch ab (Verfahren 1B_270/2017).
Am 23. Juni 2017 wies das Obergericht auch die Beschwerde gegen das Massnahmenurteil sowie die Gesuche des Beschwerdeführers um Entlassung des bisherigen Sachverständigen, Anordnung eines neuen psychiatrischen Gutachtens und Durchführung einer mündlichen und öffentlichen Verhandlung ab.
Das Bundesgericht hiess am 20. Dezember 2017 die Beschwerde von X._ teilweise gut, hob den Beschluss des Obergerichts vom 23. Juni 2017 teilweise auf und wies die Sache zu neuer Entscheidung nach Durchführung einer mündlichen Verhandlung an das Obergericht zurück (Verfahren 6B_799/2017).
C.
Nach Durchführung einer mündlichen Verhandlung wies das Obergericht mit Beschluss vom 19. Februar 2018 die Beschwerde von X._ gegen das Massnahmenurteil abermals ab. Gleichentags wies der Vorsitzende der Strafkammer das Haftentlassungsgesuch ab und verfügte, X._ habe bis zum Antritt der Massnahme in Sicherheitshaft zu bleiben.
D.
X._ gelangt wiederum an das Bundesgericht. Mit Beschwerde in Strafsachen ficht er sowohl den Beschluss des Obergerichts als auch die Verfügung des Kammervorsitzenden vom 19. Februar 2018 an. Der gegen die Verfügung des Vorsitzenden resp. die Abweisung des Haftentlassungsgesuchs gerichtete Antrag wurde im Verfahren 1B_164/2018 von der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung beurteilt, welche auf die Beschwerde mangels Begründung nicht eintrat.
E.
Soweit sich die Beschwerde in Strafsachen gegen den Beschluss des Obergerichts vom 19. Februar 2018 richtet und die Sache nicht bereits im Verfahren 1B_164/2018 behandelt wurde, beantragt X._, der Beschluss sei aufzuheben und er sei durch das Bundesgericht direkt bedingt aus der stationären therapeutischen Massnahme zu entlassen. Ihm sei zudem eine Entschädigung von Fr. 10'000.-- für widerrechtlich erstandene Haft zuzusprechen. X._ ersucht um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung.

Erwägungen:
1.
1.1. Der Beschwerdeführer wendet sich gegen die Verlängerung der stationären therapeutischen Massnahme. Er sei im Rahmen der Möglichkeiten dieser Massnahme weder massnahmefähig noch massnahmewillig. Er verweigere seit fast zwei Jahren die Mitwirkung an der Begutachtung und an den Therapien im Vollzug. Dies liege vor allem daran, dass er die Anlasstat für die Massnahme zum Gegenstand therapeutischer Sitzungen machen müsste, diese aber bestreite. Ohne Anerkennung der Vorwürfe sei keine zielführende Therapie im Massnahmevollzug möglich. Die Durchführung einer Therapie ohne Anerkennung der Vorwürfe sei eine bloss theoretische Möglichkeit. Die Entlassung aus der Massnahme setze faktisch ein nachträgliches Geständnis und einen darauf folgenden mehrjährigen therapeutischen Prozess voraus. Dieser Zwang laufe dem Selbstbelastungsverbot gemäss Art. 6 Ziff. 1 EMRK zuwider. Es sei nicht anzunehmen, dass er rund acht Jahre nach dem erstinstanzlichen Urteil plötzlich eine Sinnesänderung tätige. Die stationäre therapeutische Massnahme sei aussichtslos und statt aus Therapie- aus Sicherheitsgründen angeordnet worden. Sie dürfe nicht als Ersatz für eine sichernde Massnahme zweckentfremdet werden.
1.2. Die Vorinstanz erwägt, der Beschwerdeführer verweigere zwar gegenwärtig eine staatlich angeordnete Therapie. Jedoch bestehe eine gewisse Bereitschaft, sich auf privater Ebene einer Therapie zu unterziehen, welche ihn - nach dessen Dafürhalten - als Mensch in seiner Gesamtheit und nicht die einzelnen strafbaren Handlungen ins Zentrum stelle. Eine Therapiewilligkeit sei somit nicht generell zu verneinen. Wie der Gutachter ausführe, sei es denkbar, auch im Rahmen einer stationären therapeutischen Massnahme von den Taten auszugehen, welche der Täter nicht bestreite. Eine entsprechende Anpassung der Therapie bezüglich des Hauptkritikpunkts des Beschwerdeführers sei deshalb nicht ausgeschlossen. Die Vorinstanz weist ferner auf die ihm seitens des Amts für Justizvollzug bereits in der Vergangenheit mehrmals ermöglichten Wechsel des Therapeuten und der therapeutischen Einrichtung hin. Es gehe nicht an, dass ein therapiebedürftiger, therapiefähiger und mindestens im Grundsatz therapiewilliger Täter durch beharrliche Verweigerungshaltung eine Entlassung ertrotzen könne und damit besser gestellt werde als ein Täter, welcher sich bereitwillig einer stationären therapeutischen Massnahme unterziehe (vgl. angefochtener Beschluss, S. 12 ff.).
1.3. Gemäss <ref-law> ist eine Massnahme anzuordnen, wenn eine Strafe allein nicht geeignet ist, der Gefahr weiterer Straftaten des Täters zu begegnen (lit. a), ein Behandlungsbedürfnis des Täters besteht oder die öffentliche Sicherheit dies erfordert (lit. b) und die Voraussetzungen der Artikel 59-61, 63 oder 64 erfüllt sind (lit. c). Die Anordnung einer Massnahme setzt voraus, dass der mit ihr verbundene Eingriff in die Persönlichkeitsrechte des Täters im Hinblick auf die Wahrscheinlichkeit und Schwere weiterer Straftaten nicht unverhältnismässig ist (<ref-law>). Das Gericht stützt sich bei seinem Entscheid über die Anordnung einer therapeutischen Massnahme auf eine sachverständige Begutachtung (<ref-law>; <ref-ruling> E. 4.3.1 S. 326; vgl. auch <ref-law>).
Das Gericht kann gemäss <ref-law> eine stationäre Behandlung anordnen, wenn der Täter psychisch schwer gestört ist, sein Verbrechen oder Vergehen mit seiner psychischen Störung in Zusammenhang steht und zu erwarten ist, dadurch lasse sich der Gefahr weiterer mit seiner psychischen Störung in Zusammenhang stehender Taten begegnen (Abs. 1). Der mit der stationären Behandlung verbundene Freiheitsentzug beträgt in der Regel höchstens fünf Jahre (Abs. 4 Satz 1). Sind die Voraussetzungen für die bedingte Entlassung nach fünf Jahren noch nicht gegeben und ist zu erwarten, durch die Fortführung der Massnahme lasse sich der Gefahr weiterer mit der psychischen Störung des Täters in Zusammenhang stehender Verbrechen und Vergehen begegnen, kann die Massnahme - wenn nötig mehrfach - um jeweils höchstens fünf Jahre verlängert werden (vgl. Abs. 4 Satz 2; <ref-ruling> E. 3.2.4 S. 9 mit Hinweisen). Demnach muss im Entscheidzeitpunkt u.a. eine hinreichende Wahrscheinlichkeit bestehen, dass sich mit der stationären therapeutischen Massnahme die Gefahr weiterer Straftaten deutlich verringern lässt (vgl. <ref-ruling> E. 3.2.4 S. 9; <ref-ruling> E. 5.2.1 S. 235 f.; <ref-ruling> E. 3.4.1 S. 321 f.; je mit Hinweisen). Dazu gehört ein Mindestmass an Kooperationsbereitschaft des Betroffenen (vgl. Urteil 6B_835/2017 vom 22. März 2018 E. 5.2.2).
Ein Minimum an Willen, sich einer Therapie zu unterziehen und diese nicht kategorisch abzulehnen, bildet unerlässliche Voraussetzung für das Gelingen einer Massnahme und muss nach der konstanten Rechtsprechung des Bundesgerichts erwartet werden dürfen. Nach Lehre und Rechtsprechung sind an die Therapiewilligkeit keine allzu strengen Anforderungen zu stellen. Dies trägt dem Umstand Rechnung, dass es gerade aufgrund der psychischen Erkrankung des Betroffenen an der Fähigkeit fehlen kann, die Notwendigkeit und das Wesen einer Behandlung abzuschätzen. Mangelnde Einsicht gehört bei schweren, langandauernden Störungen häufig zum typischen Krankheitsbild. Ein erstes Therapieziel besteht daher oft darin, Einsicht und Therapiewilligkeit zu schaffen, was gerade im Rahmen stationärer Behandlungen auch Aussichten auf Erfolg hat (Urteile 6B_1287/2017 vom 18. Januar 2018 E. 1.3.3; 6B_493/2017 vom 5. Oktober 2017 E. 2.4.1; je mit Hinweisen).
1.4. Laut Gutachten vom 26. August 2016 besteht beim Beschwerdeführer ein deutliches strukturelles Rückfallrisiko für sexuelle Handlungen mit Kindern (vgl. kant. Akten, act. 8/11/26/2, S. 76 ff.). Mit dieser negativen Legalprognose sind die Voraussetzungen für eine bedingte Entlassung gemäss <ref-law> nicht gegeben. Es stellt sich deshalb die Frage, ob im Sinne der zusätzlichen Voraussetzung der Verlängerung einer stationären therapeutischen Massnahmen nach <ref-law> (vgl. auch BGE <ref-ruling> E. 5.2.2 S. 236) zu erwarten ist, dass sich mit der Fortführung der Massnahme der Gefahr weiterer mit der psychischen Störung des Beschwerdeführers in Zusammenhang stehender Verbrechen und Vergehen begegnen lässt.
Entgegen der Ansicht des Beschwerdeführers ist nicht bereits deshalb von der Verlängerung der stationären therapeutischen Massnahme abzusehen, weil er diese kategorisch ablehnt. Insbesondere soweit er dies mit der Begründung tut, er habe die Anlasstat nicht begangen, weist schon die Vorinstanz zutreffend darauf hin, dass die Rüge, sich nicht belasten zu müssen, vorliegend fehl geht (vgl. angefochtener Beschluss, S. 9 f.). Die Unschuldsvermutung steht der beschuldigten Person bis zum gesetzlichen Beweis ihrer Schuld zu (vgl. <ref-law>, <ref-law>). Der Beschwerdeführer wurde jedoch mit Urteil des Obergerichts des Kantons Zürich vom 26. August 2011 verurteilt. Die von ihm dagegen erhobene Beschwerde wies das Bundesgericht mit Urteil vom 18. April 2012 ab, soweit es darauf eintrat (Verfahren 6B_752/2011). Der rechtskräftig verurteilte Beschwerdeführer kann sich mithin nicht mehr auf die Vermutung der Unschuld berufen, selbst wenn die zur Verurteilung führenden Vorwürfe nicht der Wahrheit entsprechen würden. Da eine Berufung auf die Unschuldsvermutung nicht mehr zulässig ist, kann er mit diesem Argument auch nicht die Therapien verweigern. Dessen ungeachtet und entgegen den Vorbringen des Beschwerdeführers ist ihm ohnehin ein hinreichender Therapiewille zuzuerkennen. Dies ergibt sich etwa aus seinen eigenen Aussagen. Zu Recht weist die Vorinstanz darauf hin, dass er schon vor der ersten Instanz ausführte, grundsätzlich zu einer Therapie bereit zu sein, welche frühere und eingestandene Fälle zum Gegenstand habe (angefochtener Beschluss, S. 12). Vor Vorinstanz erklärte er, er sei bereit, sich auf privater Ebene einer Therapie zu unterziehen (kant. Akten, act. 1, S. 29 f.). Vor Bundesgericht bringt der Beschwerdeführer wiederum vor, er sei Therapien nicht grundsätzlich abgeneigt. Der Beschwerdeführer ist einschlägig vorbestraft und laut Gutachter ist es denkbar, die Therapie auf frühere Taten, die der Beschwerdeführer nicht bestreitet, zu stützen (kant. Akten, act. 1, S. 29). Der Gutachter stellte sodann schon in seinem Gutachten vom 26. August 2016 eine beginnende Therapiebereitschaft fest (kant. Akten, act. 8/11/26/2, S. 79). Somit ist nicht zu beanstanden, wenn die Vorinstanz beim Beschwerdeführer einen zumindest minimalen Therapiewillen als gegeben erachtet. Es ist ausserdem nicht auszuschliessen, dass er eine Therapie, namentlich unter dem Eindruck der allenfalls drohenden Verwahrung, als letzte Chance erkennt und sich sein Therapiewille hinsichtlich einer stationären Therapie verstärkt. Unter diesen Umständen stehen die Erwägungen der Vorinstanz zur Anordnung einer stationären therapeutischen Massnahme im Einklang mit der bundesgerichtlichen Rechtsprechung und verletzen weder Verfassungs- noch Bundesrecht.
2.
2.1. Der Beschwerdeführer macht weiter geltend, ihm sei eine Genugtuung von Fr. 10'000.-- für die vom Bundesgericht (Verfahren 1B_270/2017) festgestellte widerrechtliche Haft vom 27. April bis 12. Juni 2017 auszurichten.
2.2. Die Vorinstanz betont die formelle Unrechtmässigkeit der vom 27. April 2017 bis 12. Juni 2017 durch den Beschwerdeführer erstandenen Sicherheitshaft. Sie erwägt, auch bei einem Entscheid vor dem 27. April 2017 wäre die Verlängerung der Sicherheitshaft ohne Zweifel angeordnet worden, da die materiellen Voraussetzungen gegeben gewesen seien. Der Beschwerdeführer habe es aufgrund seiner beharrlichen Verweigerungshaltung selbst zu verantworten, in die Sicherheitshaft in einem Bezirksgefängnis und nicht in eine therapeutische Einrichtung mit weniger strengem Aufenthaltsregime versetzt worden zu sein (angefochtener Beschluss, S. 16).
2.3. Weder das Bezirksgericht noch die seit der Beschwerdeerhebung am 10. April 2017 mit dem Nachverfahren befasste Vorinstanz haben zwischen dem 26. April und dem 11. Juni 2017 einen Entscheid über die Verlängerung oder Aufhebung der Sicherheitshaft (im Sinne von Art. 229-233 StPO) gefällt. Der Hafttitel des Bezirksgerichtes vom 26. Januar 2017 lief am 26. April 2017 ab. Erst am 12. Juni 2017 verfügte die Vorinstanz förmlich die Fortsetzung der Sicherheitshaft für die weitere Dauer des Beschwerdeverfahrens in der nachträglichen Massnahmensache. Das Bundesgericht hiess in der Folge am 28. Juli 2017 eine Beschwerde gegen die mit Verfügung des Kammerpräsidenten der Vorinstanz vom 12. Juni 2017 gegen den Beschwerdeführer angeordnete Sicherheitshaft teilweise gut. Es ergänzte das Dispositiv mit der Feststellung, dass die vom Beschwerdeführer zwischen dem 27. April 2017 und dem 12. Juni 2017 erstandene Sicherheitshaft mangels gültigen Hafttitels formell unrechtmässig war (Urteil 1B_270/2017 vom 28. Juli 2017 E. 2).
Auf ein bereits im Verfahren 1B_270/2017 gestelltes Haftentschädigungsgesuch trat das Bundesgericht nicht ein. Es legte dar, dass der Beschwerdeführer diesbezüglich den gesetzlich vorgesehenen kantonalen Instanzenzug nicht durchlaufen hat (<ref-law>), da das Gesetz für Fälle wie den vorliegenden separate Haftentschädigungsverfahren vorsieht. Im Kanton Zürich ist das Gericht zuständig, welches das erstinstanzliche Urteil gefällt hat, hier das Bezirksgericht Zürich. Für die Begründung im Einzelnen kann auf das Urteil 1B_270/2017 vom 28. Juli 2017 (E. 7) verwiesen werden und auf das Entschädigungsgesuch ist folglich erneut nicht einzutreten.
3.
Die Beschwerde ist abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Das Gesuch des Beschwerdeführers um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung ist gutzuheissen, da von seiner Bedürftigkeit auszugehen ist und sein Rechtsbegehren nicht aussichtslos war (Art. 64 Abs. 1 und 2 BGG). Es sind keine Gerichtskosten zu erheben und dem Rechtsvertreter des Beschwerdeführers ist für das bundesgerichtliche Verfahren aus der Bundesgerichtskasse eine angemessene Entschädigung auszurichten.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf eingetreten wird.
2.
Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird gutgeheissen und dem Beschwerdeführer wird Rechtsanwalt Stephan Bernard als Rechtsbeistand beigegeben.
3.
Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
4.
Rechtsanwalt Stephan Bernard wird eine Entschädigung von Fr. 3'000.-- aus der Bundesgerichtskasse ausgerichtet.
5.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Zürich, III. Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 11. Mai 2018
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Denys
Der Gerichtsschreiber: Weber