Sachverhalt:
A.
A._ (nachfolgend: Arbeitgeberin, Beschwerdeführerin) ist Inhaberin des Einzelunternehmens "C._" und als solche in den Bereichen Treuhand, Buchhaltung und Steuern tätig. Seit Oktober 2014 war B._ (nachfolgend: Arbeitnehmer, Beschwerdegegner) aushilfsweise für ihren Betrieb tätig.
B.
Mit Klage vom 12. August 2016 beantragte der Arbeitnehmer beim Bezirksgericht Zurzach, Arbeitsgericht, die Arbeitgeberin sei zu verpflichten, ihm den Betrag von Fr. 20'417.95 (vorbehältlich weiterer Lohnforderungen) nebst Zins zu bezahlen.
Die Arbeitgeberin verlangte in ihrer Klageantwort bzw. Widerklage vom 31. Oktober 2016 die Abweisung der Klage und forderte ihrerseits die Herausgabe verschiedener Arbeitsmaterialien und Akten.
Mit Replik und Widerklageantwort vom 2. Februar 2017 erhöhte der Arbeitnehmer die von ihm geltend gemachte Forderung auf Fr. 27'542.95 nebst Zins.
Mit Entscheid vom 23. Oktober 2017 hiess das Arbeitsgericht die Klage teilweise gut. Es verpflichtete die Arbeitgeberin, dem Arbeitnehmer Fr. 13'110.50 netto (nach Abzug der entsprechenden Sozialversicherungsabzügen) und Fr. 2'925.-- (abzugsfrei; brutto für netto) nebst Zinsen zu bezahlen. Im Mehrbetrag wies es die Klage ab. Die Widerklage wurde als gegenstandslos abgeschrieben. Im Einzelnen sprach das Arbeitsgericht dem Arbeitnehmer Lohn bzw. Schadenersatz für die Monate Oktober 2015 bis und mit Juli 2016 in der Höhe von Fr. 9'377.50.-- netto zu (wobei es sich bis zum 13. April 2016 um regulären Lohn handelte und ab 14. April 2016 um Ersatz i.S.v. <ref-law>). Ebenso wurde die Arbeitgeberin verpflichtet, dem Arbeitnehmer eine Pönale von Fr. 1'500.-- gemäss <ref-law> sowie eine Überstundenentschädigung von Fr. 3'732.80 netto zu bezahlen. Schliesslich wurde dem Arbeitnehmer eine Entschädigungszahlung von Fr. 1'425.-- für die Nutzung seines privaten Zimmers als Büro/Archiv zugesprochen. Hinzu kamen Verzugszinsen auf die verschiedenen Beträge.
Eine gegen diesen Entscheid erhobene Berufung der Arbeitgeberin wies das Obergericht des Kantons Aargau mit Entscheid vom 18. Juli 2018 ab, soweit es darauf eintrat.
C.
Mit Beschwerde in Zivilsachen beantragt die Arbeitgeberin dem Bundesgericht im Wesentlichen, es seien die vorinstanzlichen Urteile vollumfänglich aufzuheben und es sei die Klage des Beschwerdegegners abzuweisen.
Es wurden keine Vernehmlassungen eingeholt.

Erwägungen:
1.
Da es sich um eine arbeitsrechtliche Streitigkeit handelt, ist die Beschwerde zulässig, wenn der Streitwert mindestens Fr. 15'000.-- beträgt (<ref-law>). Der Streitwert bei Beschwerden gegen Endentscheide bemisst sich nach den Begehren, die vor der Vorinstanz streitig geblieben waren (<ref-law>). Der Streitwert vor der Vorinstanz betrug Fr. 16'035.50. Auf die Beschwerde ist somit - unter Vorbehalt einer genügenden Begründung sowie der Ausschöpfung des Instanzenzuges - einzutreten.
2.
2.1. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es prüft aber unter Berücksichtigung der allgemeinen Begründungsanforderungen (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG) grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind. Es ist nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu untersuchen, wenn diese vor Bundesgericht nicht mehr vorgetragen werden (<ref-ruling> E. 2 S. 88 f., 115 E. 2 S. 116). Unerlässlich ist im Hinblick auf <ref-law>, dass die Beschwerde auf die Begründung des angefochtenen Entscheids eingeht und im Einzelnen aufzeigt, worin eine Verletzung von Bundesrecht liegen soll. Die beschwerdeführende Partei soll in der Beschwerdefrist nicht bloss die Rechtsstandpunkte, die sie im kantonalen Verfahren eingenommen hat, erneut bekräftigen, sondern mit ihrer Kritik an den als rechtsfehlerhaft erachteten Erwägungen der Vorinstanz ansetzen (<ref-ruling> E. 2 S. 89, 115 E. 2 S. 116).
2.2. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Dazu gehören sowohl die Feststellungen über den streitgegenständlichen Lebenssachverhalt als auch jene über den Ablauf des vor- und erstinstanzlichen Verfahrens, also die Feststellungen über den Prozesssachverhalt (<ref-ruling> E. 1.3.1 S. 17 f. mit Hinweisen). Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law>). "Offensichtlich unrichtig" bedeutet dabei "willkürlich" (<ref-ruling> E. 2 S. 117, 264 E 2.3 S. 266). Überdies muss die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein können (<ref-law>).
Für eine Kritik am festgestellten Sachverhalt gilt das strenge Rügeprinzip von <ref-law> (<ref-ruling> E. 2.3 S. 266 mit Hinweisen). Die Partei, welche die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz anfechten will, muss klar und substanziiert aufzeigen, inwiefern die genannten Voraussetzungen erfüllt sein sollen (<ref-ruling> E. 1.3.1 S. 18 mit Hinweisen). Wenn sie den Sachverhalt ergänzen will, hat sie zudem mit präzisen Aktenhinweisen darzulegen, dass sie entsprechende rechtsrelevante Tatsachen und taugliche Beweismittel bereits bei den Vorinstanzen prozesskonform eingebracht hat (<ref-ruling> E. 2 S. 90). Genügt die Kritik diesen Anforderungen nicht, können Vorbringen mit Bezug auf einen Sachverhalt, der vom angefochtenen Entscheid abweicht, nicht berücksichtigt werden (<ref-ruling> E. 1.3.1 S. 18).
2.3. Zu beachten ist, dass das Bundesgericht in die Beweiswürdigung des Sachgerichts nur eingreift, wenn diese willkürlich ist. Willkür liegt nicht schon dann vor, wenn eine andere Lösung ebenfalls in Betracht zu ziehen oder gar vorzuziehen wäre, sondern nur, wenn der angefochtene Entscheid offensichtlich unhaltbar ist, mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht, eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz krass verletzt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft (<ref-ruling> E. 2.1 S. 18 f.; <ref-ruling> E. 3.2.5 S. 339). Die Beweiswürdigung ist mithin nicht schon dann willkürlich, wenn sie nicht mit der Darstellung der beschwerdeführenden Partei übereinstimmt, sondern bloss, wenn sie offensichtlich unhaltbar ist (<ref-ruling> E. 2.3 S. 266; <ref-ruling> E. 4.2.1 S. 362). Dies ist insbesondere dann der Fall, wenn das Sachgericht Sinn und Tragweite eines Beweismittels offensichtlich verkannt hat, wenn es ohne sachlichen Grund ein wichtiges und entscheidwesentliches Beweismittel unberücksichtigt gelassen hat oder wenn es auf der Grundlage der festgestellten Tatsachen unhaltbare Schlussfolgerungen gezogen hat (<ref-ruling> E. 4.2 S. 234 mit Hinweisen). Entsprechend genügt es nicht, lediglich einzelne Beweise anzuführen, die anders als im angefochtenen Entscheid gewichtet werden sollen, und dem Bundesgericht in appellatorischer Kritik die eigene Auffassung zu unterbreiten, als ob diesem eine freie Sachverhaltsprüfung zukäme (vgl. nur etwa Urteil 4A_606/2015 vom 19. April 2016 E. 2.1).
3.
Für die Rügen, die dem Bundesgericht vorgetragen werden, muss der kantonale Instanzenzug ausgeschöpft worden sein; und zwar nicht nur formell, sondern auch materiell, indem die Rügen soweit möglich schon vor der Vorinstanz vorgebracht werden müssen (<ref-ruling> E. 1.1 S. 293; <ref-ruling> E. 1.3 S. 527).
4.
Strittig ist zwischen den Parteien, ob noch Lohnforderungen ausstehend sind, und falls ja, in welcher Höhe. Ebenso ist umstritten, ob der Beschwerdegegner Anspruch auf eine Überstundenentschädigung hat.
4.1.
4.1.1. Die Vorinstanz hielt fest, zwar sei unstrittig, dass der Beschwerdegegner für seine Tätigkeit für die Beschwerdeführerin vor Geltung des schriftlichen Arbeitsvertrages vom 16. Juni 2015 (mit Wirkung ab 1. Juli 2015) gestützt auf eine mündliche Vereinbarung im Stundenlohn entschädigt worden sei. Die Beschwerdeführerin vermöge die Feststellung der Erstinstanz aber nicht zu erschüttern, wonach hinsichtlich der Geltung der schriftlichen Vereinbarung mit Wirkung ab 1. Juli 2015 zwischen den Parteien Konsens bestanden habe. Sie habe weder schlüssig behauptet, geschweige denn nachgewiesen, dass der Beschwerdegegner trotz der Vertragsunterzeichnung an der mündlichen Vereinbarung habe festhalten wollen. Es bleibe daher bei der Feststellung der Erstinstanz, die Parteien hätten ab dem 1. Juli 2015 eine monatliche Zahlung von netto Fr. 937.75 für die Leistung von monatlich 32.625 Arbeitsstunden sowie die zusätzliche Entschädigung von Überstunden zum Ansatz von netto Fr. 35.93 pro Stunde vereinbart. Schliesslich sei anzumerken, dass die Beschwerdeführerin nicht geltend gemacht habe, der Lohnanspruch gemäss der ihrer Meinung nach auch über den 1. Juli 2015 hinaus geltenden mündlichen Vereinbarung (mit Stundenlohn) wäre tiefer als die vom Beschwerdegegner gestützt auf den schriftlichen Arbeitsvertrag eingeklagte Lohnforderung.
Betreffend die Überstunden hielt die Vorinstanz fest, soweit die Beschwerdeführerin in der Berufung behaupte, die von der Erstinstanz als nachgewiesen und entschädigungspflichtig erachteten 110.803 Überstunden seien vom Beschwerdegegner nie geleistet und von ihr nie gefordert worden, setze sie sich mit keinem Wort mit der diesbezüglichen Würdigung in den Erwägungen 4.5.3 und 4.5.4 des erstinstanzlichen Urteils auseinander, weshalb darauf nicht einzugehen sei.
4.1.2. Die Vorinstanz erwog sodann, es misslinge der Beschwerdeführerin der Nachweis, dass die eingeklagte Lohnforderung durch Barzahlung (teilweise) getilgt worden sei.
4.1.2.1. Die Vorinstanz setze sich vorab mit dem Vorwurf der Beschwerdeführerin auseinander, der Beschwerdegegner habe in seinen Rechtsschriften stets behauptet, es seien ihm mit Ausnahme der Monate Juli - September 2015 keine Löhne bezahlt worden; erst anlässlich seiner Befragung habe er " gezwungenermassen " eingestanden, ihm seien weitere Fr. 5'500.-- übergeben worden.
Sie erwog, der Beschwerdegegner habe vor der Erstinstanz nicht bestritten, bereits vor dem 1. Juli 2015 für die Beschwerdeführerin tätig gewesen zu sein, sondern er habe lediglich und zu Recht geltend gemacht, dies sei im vorliegenden Verfahren irrelevant, weil er für die Zeit vor dem 1. Juli 2015 gar keine Forderungen geltend mache. Anlässlich der Verhandlung habe der Beschwerdegegner einzig ausgesagt, dass er für die Zeit vor dem 1. Juli 2015 (und eben nicht für die eingeklagten Forderungen, die erst danach entstanden seien) Barzahlungen von insgesamt Fr. 5'500.-- erhalten habe. Inwiefern dies seiner Glaubwürdigkeit schaden solle, sei nicht nachvollziehbar, zumal sich die Behauptung des Beschwerdegegners, abgesehen von den drei per Banküberweisung erfolgten Lohnzahlungen keine (Bar-) Zahlungen erhalten zu haben, (sinngemäss) ebenfalls nur auf die eingeklagten relevanten Lohnforderungen beziehe. Im Übrigen hätte eine allfällige "Unglaubwürdigkeit" des Beschwerdegegners nicht ohne Weiteres zur Folge, dass die Vorbringen der Beschwerdeführerin, für die sie die Beweislast trage - namentlich die Tilgung der Lohnforderungen ab Oktober 2015 - als beweismässig erstellt gelten würden.
4.1.2.2. Betreffend die von der Beschwerdeführerin behauptete Tilgung der Lohnforderung durch die Zahlung von Fr. 5'500.-- hielt die Vorinstanz fest, die Beschwerdeführerin verkenne die Beweislastverteilung, soweit sie behaupte, der Beschwerdegegner hätte beweisen müssen, dass er die streitgegenständliche Zahlung für seine Leistungen vor dem 1. Juli 2015 (und nicht für die eingeklagten Lohnforderungen) erhalten habe. Sie trage die Beweislast dafür, die eingeklagten Lohnforderungen mit dieser Zahlung teilweise beglichen zu haben. In ihrer Stellungnahme zum Beweisergebnis habe sie jedoch selbst ausgeführt, bezüglich der Anrechung dieses Betrags sei man im Unklaren.
Die Vorinstanz führte aus, die Erstinstanz sei anhand einer einlässlichen Prüfung zum Schluss gekommen, dass weder die Barzahlung von Fr. 5'500.-- noch irgendwelche anderen Barzahlungen an die eingeklagten Lohnforderungen anzurechnen seien. Was die Beschwerdeführerin dagegen vorbringe, führe zu keinem anderen Ergebnis.
Die Beschwerdeführerin bestreite die erstinstanzliche Feststellung grundsätzlich nicht, wonach sich aus der von ihr erstellten Liste "Akonto B._ [Beschwerdegegner] ab November 2015 bis Februar 2016" kein Nachweis irgendwelcher Zahlungen an die eingeklagten Lohnforderungen des Beschwerdegegners ergebe, sondern sie verweise lediglich auf die (gesamtsummenmässige) Übereinstimmung der in der Akonto-Liste aufgeführten Barzahlungen mit dem vom Beschwerdegegner zugestandenermassen empfangenen Betrag von Fr. 5'500.--. Es sei zwar naheliegend, dass es sich bei der erhaltenen Zahlung von Fr. 5'500.-- um die aufgelisteten Beträge handle. Aus dieser Tatsache lasse sich indes bezüglich der einzig relevanten Frage nichts gewinnen, ob diese Zahlungen an die eingeklagten Forderungen anzurechnen seien, was die Beschwerdeführerin vor der Erstinstanz selber als unklar bezeichnet habe.
Soweit die Beschwerdeführerin mit ihren Ausführungen zu den vom Beschwerdegegner verfassten "Zahlungsaufstellungen" (Duplikbeilagen 7a/7b) geltend machen wolle, dem Beschwerdegegner seien mit der Barzahlung von Fr. 5'500.-- (neben den unstrittigen Überweisungen von Fr. 2'812.50) die Löhne von Juli - Dezember 2015 bezahlt worden, sei diese Behauptung neu und unbeachtlich. Ausserdem ergebe sich eine solche Schlussfolgerung aus den genannten Dokumenten nicht. Das im strittigen Dokument enthaltene Zugeständnis des Beschwerdegegners, Fr. 8'312.-- (Barzahlung von Fr. 5'500.-- sowie die Überweisung von insgesamt rund Fr. 2'812.--) von der Beschwerdeführerin erhalten zu haben, betreffe Lohnforderungen, die gar nicht eingeklagt seien, weshalb die Beschwerdeführerin daraus nichts für sich ableiten könne.
Die Beschwerdeführerin mache sodann geltend, aus der als Klageantwortbeilage 3 verurkundeten Arbeitsstunden- und Zahlungsaufstellung ergebe sich, dass der Beschwerdegegner bis August 2015 von ihr bereits Fr. 6'626.-- in bar erhalten habe. Deshalb sei auch erwiesen, dass seine Behauptung, im Januar 2016 habe noch eine Forderung von Fr. 7'568.-- für die Zeit vor dem 1. Juli 2015 bestanden und die Barzahlung von Fr. 5'500.-- sei dieser Forderung anzurechnen, falsch sei. Die Vorinstanz erwog, der Beschwerdeführerin gelinge es mit ihren Vorbringen nicht, die von der Erstinstanz festgestellten Unklarheiten im Zusammenhang mit dem besagten Dokument auszuräumen und den Beweis zu erbringen, dass die unstrittig für die Zeit vor dem 1. Juli 2015 bestehende Forderung von Fr. 7'568.-- durch Zahlungen von Fr. 6'626.-- teilweise getilgt worden sei, sodass die erhaltene Zahlung von Fr. 5'500.-- an die streitigen Lohnforderungen für die Zeit ab Oktober 2015 anzurechnen wäre, zumal ihre Vorbringen zu diesem Dokument vor der Erstinstanz widersprüchlich gewesen seien.
4.1.2.3. Die Vorinstanz hielt sodann fest, die Beschwerdeführerin beharre darauf, dem Beschwerdegegner am 10. Februar 2016 eine weitere Geldsumme von Fr. 5'000.-- in bar an seinem Wohnort übergeben zu haben. Die Erstinstanz habe in diesem Zusammenhang ausgeführt, den Beweis dafür vermöge die Beschwerdeführerin nicht zu erbringen. Im Zusammenhang mit der am 22. September 2017 von der Beschwerdeführerin verurkundeten handschriftlichen Aufstellung des Beschwerdegegners habe die Erstinstanz festgestellt, dieser habe plausibel dargelegt, bei der vermerkten Summe von Fr. 5000.-- handle es sich um einen Betrag, der nicht bar ausbezahlt, sondern ihm in Form von Stammanteilen der zukünftigen GmbH hätte zukommen sollen. Derselbe Schluss lasse auch der knapp lesbare handschriftliche Vermerk "Firma" oder "Firmen" neben dem Betrag zu. Was die Beschwerdeführerin dagegen vorbringe, sei neu, sodass darauf nicht einzutreten sei.
4.2. Die Beschwerdeführerin rügt, das Arbeitsgericht hätte bei der vorliegenden Konstellation aufgrund der sozialen Untersuchungsmaxime den Sachverhalt von Amtes wegen feststellen müssen (<ref-law>).
Soweit die Beschwerdeführerin das Arbeitsgericht als Erstinstanz rügt, ist darauf nicht einzugehen. Der Entscheid der Erstinstanz bildet kein taugliches Anfechtungsobjekt. Im Übrigen geht es bei der sozialen Untersuchungsmaxime darum, die wirtschaftlich schwächere Partei zu schützen, die Gleichheit zwischen den Parteien herzustellen sowie das Verfahren zu beschleunigen. Dem Gericht obliegt einzig eine verstärkte Fragepflicht. Wie unter dem Verhandlungsgrundsatz im ordentlichen Verfahren haben die Parteien dem Gericht den Sachverhalt zu unterbreiten. Das Gericht hilft ihnen lediglich durch sachgemässe Fragen dabei, die notwendigen Behauptungen zu machen und die dazugehörigen Beweismittel zu bezeichnen. Es stellt aber keine eigenen Ermittlungen an. Wenn die Parteien durch einen Anwalt vertreten sind, darf und soll sich das Gericht, wie im ordentlichen Verfahren, zurückhalten (<ref-ruling> E. 2.3.1 S. 575 mit Hinweisen). <ref-law> wurde somit diesbezüglich durch die Vorinstanz nicht verletzt (vgl. auch hiernach E. 4.4).
4.3. Die Beschwerdeführerin rügt erneut, der Beschwerdegegner habe erst in der Hauptverhandlung eingeräumt, bereits vor dem 1. Juli 2015 für sie tätig gewesen zu sein und dafür von ihr eine Zahlung von Fr. 5'500.-- erhalten zu haben; er habe versucht, relevante Tatsachen zu unterschlagen und sei deshalb unglaubwürdig.
Auf diese Rüge ist nicht einzutreten. Die Vorinstanz hat sich mit diesem Vorwurf auseinandergesetzt und ausführlich begründet (vgl. hiervor E. 4.1.2.1) weshalb er nicht zutrifft. Die Beschwerdeführerin setzt sich mit diesen Ausführungen aber nicht auseinander, sondern wiederholt bloss den bereits im kantonalen Verfahren eingenommenen Standpunkt. Damit genügt sie den Begründungsanforderungen (vgl. hiervor E. 2.1) nicht.
4.4. Die Beschwerdeführerin macht geltend, es seien in Verletzung von <ref-law> und <ref-law> die von ihr an den Beschwerdegegner ausbezahlten Beträge ignoriert und als nicht erfolgt eingestuft worden.
Die Beschwerdeführerin rügt damit sinngemäss eine willkürliche Beweiswürdigung. Sie genügt aber den Rügeanforderungen (vgl. hiervor E. 2.3) nicht, sondern beschränkt sich im Wesentlichen darauf, dem Bundesgericht in appellatorischer Kritik die eigene Auffassung zu unterbreiten. Sie übersieht dabei insbesondere, dass die Vorinstanzen - entgegen ihrer Ausführungen - die Zahlung von Fr. 5'500.-- durchaus beachtet hatten, aber nach einlässlicher Prüfung zum Schluss kamen, es sei nicht erstellt, dass diese an die eingeklagten Lohnforderungen anzurechnen sei (vgl. hiervor E. 4.1.2.2). Inwiefern diese Beweiswürdigung offensichtlich unrichtig sein soll, tut die Beschwerdeführerin in ihrer Beschwerde nicht dar und ist auch nicht ersichtlich.
Auch betreffend die angeblich erfolgte 2. Zahlung im Betrag von Fr. 5'000.-- setzt sich die Beschwerdeführerin nicht hinreichend mit den Ausführungen der Vorinstanz (vgl. hiervor E. 4.1.2.3) auseinander. Sie beschränkt sich darauf zu behaupten, es sei erstellt, dass sie dem Beschwerdegegner (neben den Banküberweisungen) insgesamt Fr. 10'500.-- in bar übergeben habe sowie dass die handgeschriebene Arbeits- und Zahlungsaufstellung von beiden Parteien gemeinsam erstellt worden sei. Damit legt die Beschwerdeführerin nicht rechtsgenügend (vgl. hiervor E. 2.3) dar, inwiefern die Vorinstanz die Beweise willkürlich gewürdigt haben soll. Betreffend die "handgesch riebene Arbeits- und Zahlungsaufstellung " verweist die Beschwerdeführerin nicht einmal auf eine entsprechende Aktenbeilage, sodass nicht ohne Weiteres klar ist, auf welches Dokument sie sich überhaupt bezieht. Selbst wenn man davon ausgeht, die Beschwerdeführerin beziehe sich auf die Klageantwortbeilage 3, fehlt es jedenfalls an einer rechtsgenüglichen Auseinandersetzung mit den diesbezüglichen Erwägungen der Vorinstanz (vgl. hiervor E. 4.1.2.2).
Die Beschwerdeführerin tut somit nicht dar, dass die Vorinstanz eine willkürliche Beweiswürdigung vorgenommen hätte.
4.5. Die Beschwerdeführerin macht weiter geltend, sie habe den Beizug der Akten des RAV/ALK des Kantons Aargau verlangt. Diese Beweisanträge seien von den Vorinstanzen ignoriert worden.
Die Beschwerdeführerin zitiert ausführlich aus ihrer Berufungsschrift ohne aber mit Aktenverweis darzulegen, wo sie das Zitierte in ihrer Berufungsschrift ausgeführt hat. Damit genügt sie den Anforderungen nicht (vgl. hiervor E. 2.2). Im Übrigen hat die Erstinstanz festgehalten, auch aus einer An- oder Abmeldung beim RAV könne für die Frage der Lohnzahlung nichts gewonnen werden, weshalb eine Aufforderung zur Edition unterbleiben könne. Damit hat die Erstinstanz eine antizipierte Beweiswürdigung vorgenommen. Die Vorinstanz hat sich mit dieser antizipierten Beweiswürdigung nicht explizit befasst, hat aber die Beweiswürdigung der Erstinstanz insgesamt als überzeugend gewürdigt und so auch die antizipierte Beweiswürdigung bestätigt. Es wäre somit zu prüfen, ob eine antizipierte Beweiswürdigung zulässig war.
Das Recht auf Beweis hindert das Gericht nicht daran, die Beweise antizipiert zu würdigen, wenn es zum Schluss kommt, dass weitere Beweiserhebungen an seinem Urteil nichts zu ändern vermöchten, weil die entsprechenden Beweisanträge offensichtlich untauglich sind oder eine rechtsunerhebliche Tatsache betreffen oder weil das Gericht aufgrund der bereits abgenommenen Beweise seine Überzeugung gebildet hat und willkürfrei davon ausgehen darf, diese würde durch weitere Beweiserhebungen nicht erschüttert (<ref-ruling> E. 5.3 S. 148; <ref-ruling> E. 2.1 S. 429).
Die Beschwerdeführerin macht geltend, das Einholen der RAV/ALK-Akten hätte gezeigt, dass der Beschwerdegegner seit Anfang 2015 beim Arbeitsamt gemeldet gewesen sei und den Zwischenverdienst einkassiert habe, ohne dies zu melden, was wiederum seine Unglaubwürdigkeit bewiesen hätte sowie "dass er den sog. schriftlichen Arbeitsvertrag aus diesen Gründen mit Arbeitsbeginn 01.07.2016 [2015] von A._ [Beschwerdeführerin] gefordert hatte". Damit zeigt die Beschwerdeführerin nicht rechtsgenüglich auf, inwiefern es sich beim beantragten Beweis überhaupt um ein taugliches Beweismittel gehandelt hätte. Wie bereits die Vorinstanz zu Recht ausführte (vgl. hiervor E. 4.1.2.1), hätte eine allfällige Unglaubwürdigkeit des Beschwerdegegners nicht zur Folge, dass die Vorbringen der Beschwerdeführerin ohne Weiteres als beweismässig erstellt gelten würden.
4.6. Betreffend die Entschädigung für Überstunden rügt die Beschwerdeführerin, sie habe den Beschwerdegegner nie angewiesen, Überstunden zu leisten. Es sei nie ein Rapport mit Überstunden von ihr unterzeichnet worden. Beweispflichtig für die Anweisung von Überstunden wäre der Beschwerdegegner gewesen, der diesen Beweis aber nicht erbracht habe.
Die Vorinstanz hat festgestellt, die Beschwerdeführerin habe sich betreffend die Thematik der Überstunden nicht mit den Erwägungen der Erstinstanz auseinandergesetzt (vgl. E. 4.1.1). Die Beschwerdeführerin hätte daher in ihrer Beschwerde darlegen müssen, dass sie sich - entgegen der Vorinstanz - in ihrer Berufung mit den entsprechenden Ausführungen der Erstinstanz, welche die Überstunden als nachgewiesen und entschädigungspflichtig erachtete, auseinandergesetzt hat. Dies tut sie aber nicht. Damit ist die Feststellung der Vorinstanz für das Bundesgericht verbindlich und es fehlt somit bereits an der Ausschöpfung des Instanzenzuges (vgl. hiervor E. 3). Auf die Rügen im Zusammenhang mit den Überstunden ist somit nicht einzutreten. Soweit die Beschwerdeführerin zudem geltend macht - falls eine Entschädigung für Überstunden effektiv geschuldet sei (was bestritten werde), so seien diese Ansprüche in der Nichttätigkeitsphase des Beschwerdegegners konsumiert worden - ist ihre Argumentation nicht nachvollziehbar. Der Ausgleich von Überstundenarbeit durch Freizeit setzt jedenfalls das Einverständnis des Arbeitnehmers voraus. Die Kompensation kann - soweit die Parteien nichts anderes vereinbart haben - nicht einseitig angeordnet werden. Dies gilt im Übrigen (unter Vorbehalt des Rechtsmissbrauchs) selbst bei Kündigung des Arbeitsverhältnisses durch den Arbeitgeber und gleichzeitiger Freistellung des Arbeitnehmers (vgl. <ref-ruling> E. 5a/b S. 84 ff.).
5.
Uneinig sind sich die Parteien auch über die Beendigung des Arbeitsverhältnisses, insbesondere ob der Beschwerdegegner das Arbeitsverhältnis fristlos gekündigt oder ob er von seinem Recht Gebrauch gemacht hat, die Arbeitsleistung zu verweigern.
5.1. Die Vorinstanz hielt mit der Erstinstanz fest, der Beschwerdeführerin gelinge es nicht nachzuweisen, dass der Beschwerdegegner am 29. Januar 2016 fristlos gekündigt habe. Die Hauptargumente der Erstinstanz, mit welchen diese begründet habe, dass der Beschwerdegegner nicht gekündigt, sondern aufgrund ausstehender Lohnforderungen von seinem Recht Gebrauch gemacht habe, die Leistung zu verweigern, würden unkommentiert im Raum stehen gelassen. So sei etwa unbestritten geblieben, dass die Beschwerdeführerin sich anlässlich ihrer Befragung selber dahingehend geäussert habe, der Beschwerdegegner habe ihr am 29. Januar 2016 gesagt, er werde keine Arbeit ausführen, solange er kein Geld habe. Aus einer solchen Aussage könne aber mitnichten eine klare bzw. unzweideutige Erklärung abgeleitet werden, das Arbeitsverhältnis fristlos aufzulösen, zumal die Parteien in dieser Zeit nachweislich über Lohnausstände gestritten hätten. Vor diesem Hintergrund müsse die entsprechende Äusserung als Androhung verstanden werden, die Arbeitsleistung zu verweigern, falls die offenen Lohnzahlungen nicht beglichen würden.
Soweit die Beschwerdeführerin in der Berufung festhalte, der Beschwerdegegner habe anlässlich seiner Befragung bestätigt, dass er nach dem 29. Januar 2016 keine Arbeit mehr ausgeführt und ihr seine Arbeit nie mehr anerboten habe, sei anzumerken, dass sie nicht bestreite, dass er gleichzeitig eben auch ausgesagt habe, er habe nichts Neues mehr erhalten und habe mit ihr vereinbart, dass sie die Frage des Geldes kläre bzw. ihm das Geld ausbezahle und man dann weitersehen würde. Aus den Aussagen des Beschwerdegegners anlässlich seiner Befragung an der Hauptverhandlung würde sich jedenfalls weder ableiten lassen, dieser habe am 29. Januar 2016 fristlos gekündigt, noch, er habe zu Unrecht seine Arbeitsleistung verweigert.
Zusammengefasst bleibe es bei den Feststellungen der Erstinstanz, der Nachweis, dass der Beschwerdegegner am 29. Januar 2016 fristlos gekündigt habe, sei nicht erbracht worden. Der Beschwerdegegner habe daher gemäss <ref-law> (analog) Anspruch auf Lohn für die Zeit, in welcher er keine Arbeiten mehr ausgeführt habe bzw. keine Arbeiten mehr habe ausführen können. Sämtliche übrigen Feststellungen der Erstinstanz - insbesondere die fristlose Entlassung des Beschwerdegegners durch die Beschwerdeführerin per 13. April 2016 ohne wichtigen Grund, die dreimonatige Kündigungsfrist und die Pönale von Fr. 1'500.-- - seien im Berufungsverfahren unbestritten geblieben.
5.2. Die Beschwerdeführerin rügt sinngemäss, sie habe nie die fristlose Kündigung ausgesprochen, der Beschwerdegegner habe am 29. Januar 2016 die Arbeit endgültig und von sich aus niedergelegt, aufgrund der gescheiterten gemeinsamen GmbH-Gründung. Es verletze Bundesrecht, in dieser Konstellation von einem Leistungsverweigerungsrecht des Beschwerdegegners bzw. einer fristlosen Kündigung durch die Beschwerdeführerin auszugehen.
Soweit die Beschwerdeführerin den von der Vorinstanz festgestellten Sachverhalt ergänzt, ohne die Anforderungen an eine Sachverhaltsrüge (vgl. hiervor E. 2.2) zu erfüllen, ist darauf nicht einzutreten. Die Beschwerdeführerin legt insbesondere nicht rechtsgenügend dar, dass sie vor den Vorinstanzen geltend gemacht hätte, der Beschwerdegegner habe die Arbeit aus Frust über die gescheiterte gemeinsame GmbH-Gründung niedergelegt. Darauf ist nicht einzutreten.
Soweit die Beschwerdeführerin erneut rügt, an der erstinstanzlichen Verhandlung habe der Beschwerdegegner bestätigt, nach dem 29. Januar 2016 keine Arbeiten für die Beschwerdeführerin mehr ausgeübt zu haben, fehlt es an einer hinreichenden Auseinandersetzung mit den Ausführungen der Vorinstanz (vgl. hiervor E. 5.1). Im Übrigen legt sie auch nicht rechtsgenüglich dar (vgl. hiervor E. 2.3) und es ist auch nicht ersichtlich, inwiefern die Beweiswürdigung der Vorinstanz offensichtlich unrichtig sein sollte. Die Vorinstanz hielt zutreffend fest, aus der Aussage des Beschwerdegegners, er werde keine Arbeit ausführen, solange er kein Geld habe, könne vorliegend keine klare bzw. unzweideutige Erklärung abgeleitet werden, das Arbeitsverhältnis fristlos aufzulösen.
Die Feststellung der Vorinstanz, die fristlose Entlassung des Beschwerdegegners durch die Beschwerdeführerin per 13. April 2016 ohne wichtigen Grund, die dreimonatige Kündigungsfrist und die Pönale von Fr. 1'500.-- seien im Berufungsverfahren unbestritten geblieben (vgl. hiervor E. 5.1), ficht die Beschwerdeführerin in ihrer Beschwerde nicht rechtsgenügend an. Sie legt nicht dar, dass sie - entgegen der Feststellung der Vorinstanz - diese Punkte in ihrer Berufung bestritten hätte.
6.
Schliesslich ist umstritten, ob dem Beschwerdegegner eine Entschädigung für die Nutzung eines Zimmers in seiner privaten Wohnung als Arbeitszimmer bzw. Archiv zusteht.
6.1. Die Vorinstanz hielt fest, <ref-law> stelle eine Rechtsgrundlage für die finanzielle Beteiligung der Arbeitgeberin an den Mietkosten des Arbeitnehmers dar, wenn erstere - wie vorliegend unbestritten - letzterem keinen dauernden und geeigneten Arbeitsplatz angeboten habe (dass die Erstinstanz den Entschädigungsanspruch auf <ref-law> gestützt habe, sei unschädlich). Soweit sich die Beschwerdeführerin nach wie vor auf den Standpunkt stelle, es habe keine Entschädigungsvereinbarung zwischen den Parteien bestanden, habe die Erstinstanz zutreffend darauf hingewiesen, die Entschädigungspflicht bestehe ex lege. Die Festsetzung der Entschädigung durch die Erstinstanz sei auch nicht in Überschreitung der sozialen Untersuchungsmaxime erfolgt. Die Schätzung des Anspruchs gestützt auf <ref-law> erweise sich als zulässig. Mit der erstinstanzlichen Berechnung des Anspruchs setze sich die Beschwerdeführerin nicht auseinander, weshalb es dabei bleibe.
6.2. Die Beschwerdeführerin rügt, die Vorinstanzen hätten eine Entschädigung zugestanden, obwohl im schriftlichen Arbeitsvertrag davon nichts vermerkt sei. Zwischen den Parteien sei weder mündlich noch schriftlich eine " Büro- oder Archivmiete " vereinbart gewesen.
Die Vorinstanz hat den Entschädigungsanspruch nicht auf <ref-law>, sondern auf <ref-law> abgestützt. Von Arbeitsrechts wegen hat der Arbeitgeber dem Arbeitnehmer alle durch die Ausführung der Arbeit notwendig entstehenden Auslagen zu ersetzen (<ref-law>). Davon kann gemäss Art. 327a Abs. 3 und Art. 362 OR ausschliesslich zugunsten des Arbeitnehmers abgewichen werden (vgl. Urteil des Bundesgerichts 4C.315/2004 vom 13. Dezember 2004 E. 2.2).
Der Beschwerdegegner hat nicht geltend gemacht, dass er das Zimmer, welches als Arbeitszimmer bzw. Archiv genutzt wurde, im Hinblick auf die Homeoffice-Arbeit gemietet hat. Unbestritten ist aber, dass dem Beschwerdegegner kein geeigneter Arbeitsplatz bei der Beschwerdeführerin zur Verfügung stand (vgl. hiervor E. 6.1). In der Lehre wurde für diesen Fall zu Recht argumentiert, wenn der Arbeitgeber dem Arbeitnehmer keinen bzw. keinen geeigneten Arbeitsplatz anbiete, so sei die Arbeitsinfrastruktur zu Hause für die Berufsausübung jedenfalls notwendig und nach <ref-law> erstattungspflichtig. Es liege fast eine identische Situation vor, wie wenn ein Arbeitnehmer aufgrund der Homeoffice-Arbeit ein zusätzliches Zimmer zu mieten hätte (PASCAL DOMENIG, Homeoffice-Arbeit als besondere Erscheinungsform im Einzelarbeitsverhältnis, 2016, S. 230, Rz. 755; für eine Entschädigung auch ROMINA CARCAGNI ROESLER, Home Office, ArbR, Mitteilungen des Instituts für Schweizerisches Arbeitsrecht, 2014, S. 71 ff., 88 ff.). Die in der Lehre vertretene Ansicht, wonach in Fällen, in denen der Arbeitnehmer das entsprechende Zimmer bzw. die Wohnung nicht im Hinblick auf die Homeoffice-Arbeit gemietet hat, keinen Anspruch auf Auslagenersatz nach <ref-law> bestehen soll, da der Arbeitnehmer in solchen Fällen die Auslagen ohnehin gehabt hätte - mit anderen Worten die berufliche Nutzung nicht der entscheidende Grund bilde - ist nicht sachgerecht (vgl. jedoch PULVER/MAHON/GUY-ECABERT, Aspect juridique du télétravail, Annexe au rapport télématique et nouvelles formes de travail, in: Technology Assessment, Conseil Suisse de la Science et de la Technologie, 2000, S. 31, Rz. 214.3; JEAN-MARC BEYELER, L e Télétravail, Questions De Droit, 18/2002, S. 3 ff., 5. Vgl. zum Ganzen die Diskussion im Zusammenhang mit einem privat erworbenen Generalabonnement bei STREIFF/ VON KAENEL/RUDOLPH, Arbeitsvertrag, 7. Aufl. 2012, S. 489 f.). In der Lehre wurde zu Recht festgehalten, dass es keine Rolle spiele, ob die Arbeitsauslagen direkt oder indirekt entstanden seien. Es seien Auslagen getätigt worden, welche indirekt auch dem Arbeitgeber zugutekämen. Vergleichbar sei die Situation mit jener der Benützung des privaten Fahrzeuges für Geschäftsfahrten, welche in <ref-law> explizit geregelt sei (vgl. FADRI BRUNOLD, D ie Arbeitsauslagen im schweizerischen Individualarbeitsrecht, 2014, S. 11). Es verletzt daher kein Bundesrecht, wenn die Vorinstanz dem Beschwerdegegner vor dem Hintergrund, dass diesem von der Beschwerdeführerin kein geeigneter Arbeitsplatz zur Verfügung gestellt wurde, eine Entschädigung zuspricht. Im Übrigen ist vorliegend zusätzlich zu beachten, dass das Zimmer unbestrittenermassen nicht nur als Arbeitszimmer, sondern zusätzlich auch als Archiv genutzt wurde.
6.3. Schliesslich rügt die Beschwerdeführerin, es sei willkürlich und verletze <ref-law> i.V.m. <ref-law>, einfach auf einen Entschädigungsbetrag von Fr. 150.-- abzustellen.
Die Rüge geht fehl. Die Vorinstanzen haben nicht einfach auf einen Entschädigungsbetrag von Fr. 150.-- abgestellt, sondern diesen geschätzt. Nach der Rechtsprechung des Bundesgerichts darf vom Arbeitnehmer mit Bezug auf die Höhe der Auslagen kein strenger Beweis verlangt werden und effektiv gehabte Auslagen, die ziffernmässig nicht mehr beweisbar sind, sind vom Richter in analoger Anwendung von <ref-law> zu schätzen (<ref-ruling> E. 5.1 S. 444; <ref-ruling> E. 12 S. 385). Die Beschwerdeführerin legt denn in ihrer Beschwerde auch nicht dar und es ist auch nicht ersichtlich, weshalb die Höhe der Auslagen nicht nach <ref-law> hätte geschätzt werden dürfen. Es liegt auf der Hand, dass es für den Beschwerdegegner nicht möglich war, die Aufteilung zwischen privater bzw. anderweitiger Nutzung des Zimmers einerseits und Nutzung des Zimmers für die Homeoffice-Arbeit für die Beschwerdeführerin andererseits, ziffernmässig genau darzutun.
Die richterliche Schadensschätzung nach <ref-law> betrifft die Sachverhaltsfeststellung und kann nur korrigiert werden, falls sie offensichtlich unrichtig, d.h. willkürlich ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (Urteil des Bundesgerichts 4A_481/2009 vom 26. Januar 2010 E. 4.2.1). Die Beschwerdeführerin macht zwar eine willkürliche Beweiswürdigung geltend, genügt aber den Anforderungen an eine Willkürrüge (vgl. hiervor E. 2.3) klarerweise nicht, sodass auf die Willkürrüge nicht eingetreten werden kann. Im Übrigen wäre auch nicht ersichtlich, inwiefern die prozentuale Aufteilung des Zimmers in Nutzung für die Homeoffice-Arbeit bzw. Archivnutzung einerseits und anderweitige Nutzung andererseits willkürlich sein sollte.
7.
Die Beschwerde ist abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Bei diesem Ausgang des Verfahrens wird die Beschwerdeführerin kostenpflichtig (<ref-law>). Es wird keine Parteientschädigung zugesprochen, da keine Vernehmlassung eingeholt wurde (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 500.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Aargau, Zivilgericht, 1. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 23. April 2019
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Kiss
Der Gerichtsschreiber: Gross