Sachverhalt:
A.
A.a. Das Kreisgericht Wil verurteilte A._ am 6. November 2012 wegen mehrfacher Vergewaltigung, Raub, Sachbeschädigung, falscher Anschuldigung, versuchter Anstiftung zu falschem Zeugnis und mehrfacher grober Verkehrsregelverletzung zu 4 Jahren Freiheitsstrafe. Es verzichtete auf die Anordnung einer stationären Massnahme.
A.b. Das Kantonsgericht St. Gallen bestätigte mit Urteil vom 3. Dezember 2014 die erstinstanzlichen Schuldsprüche, verurteilte indessen A._ zu 50 Monaten Freiheitsstrafe und einer Geldstrafe von 130 Tagessätzen zu Fr. 10.-. Es ordnete eine stationäre therapeutische Massnahme im Sinne von <ref-law> an.
A.c. A._ befand sich ab dem 4. Dezember 2014 im Gefängnis St. Gallen im Massnahmevollzug. Nach zwischenzeitlichen Versetzungen befindet er sich seit dem 26. August 2015 in der Justizvollzugsanstalt (JVA) Pöschwies.
B.
Das Gesuch von A._ um bedingte Entlassung aus der Massnahme lehnte das Sicherheits- und Justizdepartement (Amt für Justizvollzug) des Kantons St. Gallen mit Verfügung vom 30. Oktober 2017 ab. Es hob zugleich die Massnahme nach <ref-law> gestützt auf <ref-law> infolge Aussichtslosigkeit auf und ordnete vollzugsrechtliche Sicherheitshaft in der JVA Pöschwies an. Die Aufhebung der stationären Massnahme erwuchs in Rechtskraft.
C.
Anschliessend beantragte das Amt für Justizvollzug beim Kantonsgericht St. Gallen im selbstständigen nachträglichen Verfahren die Verwahrung von A._ und dessen Verbleib in Sicherheitshaft. A._ verlangte im Hauptstandpunkt die Abweisung der Verwahrung und beantragte, es sei von einer Verlängerung der stationären Massnahme abzusehen. Eventualiter beantragte er für den Fall der Verlängerung der Massnahme diese auf ein bis maximal zwei Jahre zu beschränken.
Das Kantonsgericht ordnete die Fortdauer der Sicherheitshaft an, veranlasste eine neue Begutachtung und führte nach Erstattung des neuen Gutachtens von Dr. B._ vom 3. Juli 2018 eine mündliche Verhandlung mit eingehender Befragung von A._ durch. Am 2. Januar 2019 ergänzte der Gutachter das Gutachten schriftlich.
Mit Urteil vom 4. März 2019 ordnete das Kantonsgericht für A._ eine stationäre therapeutische Massnahme nach <ref-law> für die Dauer von 3 Jahren und den Verbleib von A._ in Sicherheitshaft an.
D.
A._ beantragt mit Beschwerde in Strafsachen, die Anordnung der stationären Massnahme nach <ref-law> aufzuheben und ihn in Freiheit zu entlassen, unter Kosten- und Entschädigungsfolgen. Ausserdem ersucht er um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung.

Erwägungen:
1.
Beschwerdegegenstand bildet die im selbstständigen nachträglichen Verfahren gemäss <ref-law> von der Vorinstanz gestützt auf <ref-law> angeordnete stationäre therapeutische Massnahme im Sinne von <ref-law>, nachdem die ursprünglich vom Kreisgericht Wil am 6. November 2012 angeordnete stationäre therapeutische Massnahme im Sinne von <ref-law> am 30. Oktober 2017 rechtskräftig aufgehoben und durch das Amt für Justizvollzug beim dafür zuständigen Sachgericht die Verwahrung beantragt worden war (vgl. zum Verfahren <ref-ruling> E. 1.5 und 1.6 und <ref-ruling> E. 2.4 bis 2.6; je mit Hinweisen).
2.
2.1. Der Beschwerdeführer wendet sich gegen die Anordnung einer stationären therapeutischen Massnahme und macht eine Verletzung des Verhältnismässigkeitsprinzips gemäss <ref-law> geltend. Der bisherige Freiheitsentzug übersteige vorliegend die ausgefällte schuldangemessene Strafe deutlich um mehr als das Doppelte und verletze dadurch auch Art. 5 EMRK bzw. das Willkürverbot. Er verweist hierzu auf den Entscheid des EGMR im Fall Kadusic und wendet ein, es fehle nach dem lang andauernden Freiheitsentzug an einem hinreichenden Kausalzusammenhang bzw. an der Verhältnismässigkeit des erneuten Freiheitsentzugs im Hinblick auf die seinerzeitigen Straftaten. Der Beschwerdeführer gibt schliesslich unter Hinweis auf <ref-ruling> zu bedenken, dass er als rechtskräftig aus der Schweiz Ausgewiesener das Land nach dem Freiheitsentzug verlassen müsse und der Vollzug gemäss Kantonsgericht konsequent auf die Rückkehr ins Heimatland auszurichten sei, weshalb die Ausweisung gegenüber der erneuten Anordnung einer stationären Massnahme nach <ref-law> gleich wie im Falle der Verwahrung zu priorisieren sei, zumal der Gutachter beim gegebenen Störungsbild nur eine geringe Aussicht auf Behandlungserfolge diagnostiziert habe und er in seinem Heimatland über einen günstigen sozialen Empfangsraum verfüge.
2.2. Die Vorinstanz geht bei der Frage nach der Art der anzuordnenden Massnahme davon aus, dass nicht zweifelsfrei feststehe, dass der Beschwerdeführer unbehandelbar sei. Sie stützt dies auf die aktuellsten Erkenntnisse infolge der veränderten Aussagen des Beschwerdeführers anlässlich seiner Befragung nach Vorliegen des Hauptgutachtens, welches noch die Voraussetzungen für die Anordnung einer therapeutischen Massnahme wegen fehlender Tat-/Krankheitseinsicht und fehlender Therapiewilligkeit des Beschwerdeführers verneint hatte. Obwohl in Übereinstimmung mit dem Ergänzungsgutachten Zweifel am Schuldeingeständnis und an der Therapiewilligkeit des Beschwerdeführers angebracht seien, könne nicht mit der nötigen Gewissheit ausgeschlossen werden, dass er unter dem Eindruck des langjährigen Straf- und Massnahmevollzugs und der drohenden Verwahrung nunmehr einen Gesinnungswandel vollzogen habe. Vor dem Hintergrund der im Ansatz eingestandenen Taten und des bekundeten Behandlungs-/Veränderungswunsches halte denn auch der Gutachter Behandlungserfolge bzw. die Eignung einer Massnahme im Sinne von <ref-law> für grundsätzlich möglich, wenn auch von einer lang andauernden Behandlung auszugehen sei. Der Gutachter schlage vor, im Rahmen einer zeitlich begrenzten ersten Beobachtungs- und Behandlungsphase in einem strukturierten Setting zu evaluieren, ob beim Verurteilten ein überdauernder Wunsch nach Therapie festzustellen bzw. zu erarbeiten sei und inwieweit er von psychotherapeutischen Interventionen profitieren könne. Aufgrund dieses Behandlungsergebnisses wäre eine verlässlichere Aussage hinsichtlich der Behandlungsprognose möglich. Es wäre dann mit einer Behandlungsdauer von mehreren Jahren zu rechnen, um Veränderungen von deliktrelevanten Persönlichkeitsanteilen zu erreichen und entsprechend prüfen zu können. Auf diese Weise könnte gemäss Ergänzungsgutachten im positiven Fall eine Senkung der Rückfallgefahr erreicht werden. Die Vorinstanz kam unter Berücksichtigung dieser Umstände und aus Gründen der Verhältnismässigkeit zum Schluss, dass noch eine andere, mildere Möglichkeit als die Verwahrung bleibe, weshalb sie von der Anordnung einer solchen absah und stattdessen eine stationäre therapeutische Massnahme anordnete (Urteil S. 15 ff.).
Die Vorinstanz nimmt weiter an, die Voraussetzungen für die Anordnung einer Massnahme nach <ref-law> seien erfüllt, namentlich auch die Verhältnismässigkeit der Massnahme. Zum Nachteil des Beschwerdeführers falle dabei ins Gewicht, dass gutachterlich eine ungünstige Legalprognose festgestellt worden sei, respektive nach wie vor von einem nicht unbeträchtlichen Rückfallrisiko in Bezug auf Gewalt- und Sexualdelikte auszugehen sei, woran gemäss Gutachter nichts ändere, dass der Beschwerdeführer nach dem Freiheitsentzug bzw. seiner Entlassung die Schweiz verlassen müsse. Diesen Umständen sei mit dem Vollzugs- bzw. Therapieziel, das auf die Rückkehr des Beschwerdeführers in sein Heimatland auszurichten sei, und mit der Befristung der Massnahme auf drei Jahre Rechnung zu tragen (Urteil S. 17 f.).
3.
3.1. Bei Aufhebung einer Massnahme gestützt auf <ref-law> kann das Gericht auf Antrag der Vollzugsbehörde die Verwahrung anordnen, wenn die ursprüngliche Massnahme aufgrund einer Straftat nach <ref-law> angeordnet wurde und ernsthaft zu erwarten ist, dass der Täter weitere Taten dieser Art begeht (<ref-law>). Das Gericht kann ferner an Stelle einer stationären therapeutischen Massnahme eine andere stationäre therapeutische Massnahme anordnen, wenn zu erwarten ist, mit der neuen Massnahme lasse sich der Gefahr weiterer mit dem Zustand des Täters in Zusammenhang stehender Verbrechen und Vergehen offensichtlich besser begegnen (<ref-law>).
Der Entscheid über die adäquate Massnahme ist eine Rechtsfrage. Bis zum entsprechenden Entscheid kann der Betroffene, sofern die Voraussetzungen gegeben sind, in analoger Anwendung von Art. 221 und 229 StPO in Sicherheitshaft genommen werden (<ref-ruling> E. 2.6; <ref-ruling> E. 2).
Die gerichtliche Entscheidungsfreiheit ist auf die vorzunehmende Sanktionsanpassung beschränkt. Mit der Korrektur der ursprünglich angeordneten Massnahme wird einer späteren Entwicklung hinsichtlich des Geisteszustandes des Täters oder neuer Behandlungserkenntnisse Rechnung getragen, was unter anderem der Fall ist, wenn die Durch- oder Fortführung der ursprünglichen Massnahme als aussichtslos erscheint (<ref-law>). Die Möglichkeit, Massnahmen auszutauschen, ist Ausdruck des Bedürfnisses nach Flexibilität und Durchlässigkeit im Massnahmerecht (<ref-ruling> E. 1.7 mit Hinweisen; HEER in: Niggli, Wiprächtiger [Hrsg.], Basler Kommentar, Strafrecht I, 4. Aufl. 2019, N 2 und 5 zu <ref-law>).
3.2.
3.2.1. Eine Massnahme ist anzuordnen, wenn eine Strafe allein nicht geeignet ist, der Gefahr weiterer Straftaten des Täters zu begegnen, ein Behandlungsbedürfnis des Täters besteht oder die öffentliche Sicherheit dies erfordert und die Voraussetzungen der Art. 59-61, 63 oder 64 StGB erfüllt sind (<ref-law>). Die Anordnung einer Massnahme setzt voraus, dass der mit ihr verbundene Eingriff in die Persönlichkeitsrechte des Täters im Hinblick auf die Wahrscheinlichkeit und Schwere weiterer Straftaten nicht unverhältnismässig ist (<ref-law>). Sind mehrere Massnahmen in gleicher Weise geeignet, ist aber nur eine notwendig, so ordnet das Gericht diejenige an, die den Täter am wenigsten beschwert (<ref-law>).
3.2.2. Ist der Täter psychisch schwer gestört, so kann das Gericht gemäss <ref-law> eine stationäre Behandlung anordnen, wenn das Verbrechen oder Vergehen des Täters mit seiner psychischen Störung in Zusammenhang steht und zu erwarten ist, dadurch lasse sich der Gefahr weiterer mit seiner psychischen Störung in Zusammenhang stehender Taten begegnen.
Jede Einweisung gestützt auf Art. 59 Abs. 1 lit. a und b StGB setzt eine schwere psychische Störung und damit eine Krankheit im medizinischen Sinne voraus und bezweckt, die Behandlung und damit die Besserung des Täters (<ref-ruling> E. 3.7; <ref-ruling>). Das Besserungsziel allein rechtfertigt die Anordnung einer Massnahme jedoch nicht. Die Behandlung und damit die Besserung eines Täters stehen letztlich vielmehr immer im Dienste der Gefahrenabwehr. Sie stellen lediglich ein Mittel dar, mit welchem das Ziel, die Verhinderung oder Verminderung künftiger Straftaten, erreicht werden soll. In diesem Sinne bedeutet jede Behandlung und Besserung eines Täters im Rahmen einer stationären Einweisung gleichzeitig auch Sicherung für die Zeit der Unterbringung. Oberstes Ziel deliktpräventiver Therapien ist die Reduktion des Rückfallrisikos bzw. die künftige Straflosigkeit des Täters. Eine Besserung des Täters interessiert das Strafrecht grundsätzlich nur insoweit, als sich diese im Erlöschen der Gefährlichkeit des Täters auswirkt, sich also auf den Schutz der Öffentlichkeit vor weiterer Delinquenz bezieht. Damit wird bei stationären therapeutischen Massnahmen nach <ref-law> - im Hinblick auf die Gefahr weiterer Straftaten - stets an die Gefährlichkeit des Täters angeknüpft und geht es bei der Anordnung der Massnahme immer auch um Sicherung (<ref-ruling> E. 3.7 f. mit Hinweisen).
3.2.3. Die stationäre therapeutische Massnahme muss verhältnismässig sein (Art. 36 Abs. 2 und 3 BV; <ref-law>). Das Verhältnismässigkeitsprinzip verlangt, dass die Massnahme geeignet ist, beim Betroffenen die Legalprognose zu verbessern. Weiter muss die Massnahme notwendig sein. Sie hat zu unterbleiben, wenn eine gleich geeignete, aber mildere Massnahme für den angestrebten Erfolg ausreichen würde. Dieses Kriterium trägt dem Aspekt des Verhältnisses zwischen Strafe und Massnahme bzw. der Subsidiarität von Massnahmen Rechnung. Schliesslich muss zwischen dem Eingriff und dem angestrebten Zweck eine vernünftige Relation bestehen (Verhältnismässigkeit i.e.S.). Das bedeutet, dass die betroffenen Interessen gegeneinander abgewogen werden müssen. Bei einer Prüfung des Zweck-Mittel-Verhältnisses fallen im Rahmen der Gesamtwürdigung auf der einen Seite insbesondere die Schwere des Eingriffs in die Freiheitsrechte des Betroffenen in Betracht. Auf der anderen Seite sind das Behandlungsbedürfnis sowie die Schwere und die Wahrscheinlichkeit künftiger Straftaten relevant (<ref-ruling> E. 5.4; <ref-ruling> E. 1.2; Urteil 6B_835/2017 vom 22. März 2018 E. 5.2.2 mit Hinweisen, nicht publiziert in: <ref-ruling>). Die Umwandlung einer Massnahme nach weitgehender oder vollständiger Strafverbüssung stellt zudem erhöhte Anforderungen an die Beurteilung der Verhältnismässigkeit (Urteil 6B_409/2017 vom 17. Mai 2017 E. 1.4.3 und 1.5).
Stationäre therapeutische Massnahmen nach <ref-law> sind im Unterschied zu Strafen zeitlich relativ unbestimmt. Ihre Dauer hängt vom Behandlungsbedürfnis des Massnahmeunterworfenen und den Erfolgsaussichten der Massnahme, letztlich also von den Auswirkungen der Massnahme auf die Gefahr weiterer Straftaten, ab (<ref-ruling> E. 2.3.3 mit Hinweisen; <ref-ruling> E. 2.3). Der mit ihr verbundene Freiheitsentzug beträgt in der Regel maximal fünf Jahre und kann - wenn nötig mehrfach - um jeweils höchstens fünf Jahre verlängert werden (<ref-law>). Das Ende der Massnahme wird damit im Unterschied zum Ende der Strafe nicht durch simplen Zeitablauf bestimmt. Ihre Dauer hängt letztlich von den Auswirkungen der Massnahme auf die Gefahr weiterer Straftaten ab, wobei die Freiheit dem Betroffenen nur so lange entzogen werden darf, als die von ihm ausgehende Gefahr dies zu rechtfertigen vermag. Die Massnahme dauert aber grundsätzlich so lange an, bis ihr Zweck erreicht ist oder sich eine Zweckerreichung als aussichtslos erweist (<ref-ruling> E. 2.3.3; <ref-ruling> E. 5.4; <ref-ruling> E. 3.5; <ref-ruling> E. 2.1 f.; je mit Hinweisen).
Zum Zeitpunkt des Entscheids über die Anordnung muss jedenfalls eine hinreichende Wahrscheinlichkeit dafür bestehen, dass sich mit der stationären therapeutischen Massnahme innerhalb des Zeitraums von fünf Jahren die Gefahr weiterer Straftaten und damit das Rückfallrisiko deutlich verringern lässt, das heisst sich die Legalprognose entsprechend verbessert, indem eine wesentliche Verbesserung des deliktskausalen schweren psychischen Störungsbildes bewirkt werden kann. Eine lediglich vage, bloss theoretische, Erfolgsaussicht genügt für die Anordnung einer therapeutischen Massnahme nicht (<ref-ruling> E. 3.7; <ref-ruling> E. 3.2.4; <ref-ruling> E. 3.4.1; Urteile 6B_237/2019 vom 21. Mai 2019 E. 2.2.1; 6B_300/2017 vom 6. Juni 2017 E. 3.2; je mit Hinweisen).
3.2.4. Gemäss <ref-law> ordnet das Gericht gegenüber dem Täter, der eine der in dieser Bestimmung umschriebenen Straftaten begangen hat, die Verwahrung an, wenn aufgrund der Persönlichkeitsmerkmale des Täters, der Tatumstände und seiner gesamten Lebensumstände ernsthaft zu erwarten ist, dass er weitere Taten dieser Art begeht (lit. a) oder wenn aufgrund einer anhaltenden oder lang andauernden psychischen Störung von erheblicher Schwere, mit der die Tat in Zusammenhang stand, ernsthaft zu erwarten ist, dass der Täter weitere Taten dieser Art begeht und die Anordnung einer Massnahme nach <ref-law> keinen Erfolg verspricht (lit. b).
Voraussetzungen für die Anordnung der Verwahrung gemäss <ref-law> sind nebst dem Vorliegen einer dort aufgeführten Anlasstat eine hohe Rückfallgefahr, wobei eine qualifizierte Gefährlichkeit erforderlich ist und eine Behandlungsunfähigkeit bzw. Unbehandelbarkeit des psychisch gestörten Täters. Die Verwahrung kann mithin, auch wenn die übrigen Voraussetzungen im Sinne dieser Bestimmung erfüllt sind, in diesem Fall nur angeordnet werden, wenn eine stationäre Massnahme nach <ref-law> keinen Erfolg verspricht, das heisst wenn zum Urteilszeitpunkt eine langfristige Nichttherapierbarkeit ausgewiesen ist, denn die Verwahrung ist angesichts der Schwere des Eingriffs in die persönliche Freiheit des Betroffenen subsidiär und ultima ratio. Sie darf nicht angeordnet werden, wenn die bestehende Gefährlichkeit auf andere Weise behoben werden kann (BGE <ref-ruling> E. 3.2.4; <ref-ruling> E. 6.3; <ref-ruling> E. 3.4.2 und BGE <ref-ruling> E. 3.4 und 3.5; Urteile 6B_237/2019 vom 21. Mai 2019 E. 2.2.2; 6B_257/2018 vom 12. Dezember 2018 E. 7.4; 6B_1397/2017 vom 26. April 2018 E. 1.1.1).
3.3. Auch wenn der Entscheid über die adäquate Massnahme eine Rechtsfrage ist und das Gesetz hinsichtlich der Sachverhalte nach Art. 62 f. StGB eine Begutachtung nicht ausdrücklich vorschreibt (<ref-law>), hat sich das Gericht beim Entscheid über die Änderung einer Massnahme im Rahmen von <ref-law> ebenso auf eine sachverständige Begutachtung zu stützen, wie das Sachgericht bei der Erstanordnung (Urteile 6B_300/2017 vom 6. Juni 2017 E. 5.1; 6B_81/2011 vom 16. Mai 2011 E. 3.3). Das Gutachten hat sich über die Notwendigkeit und die Erfolgsaussichten einer Behandlung des Täters, die Art und die Wahrscheinlichkeit weiterer möglicher Straftaten und die Möglichkeiten des Vollzugs der Massnahme zu äussern (<ref-law> und <ref-law>).
Das Gericht würdigt Gutachten grundsätzlich frei (<ref-law>). In Fachfragen darf es davon indessen nicht ohne triftige Gründe abweichen, und Abweichungen müssen begründet werden. Auf der anderen Seite kann das Abstellen auf eine nicht schlüssige Expertise bzw. der Verzicht auf die gebotenen zusätzlichen Beweiserhebungen gegen das Verbot willkürlicher Beweiswürdigung (<ref-law>) verstossen. Erscheint dem Gericht die Schlüssigkeit eines Gutachtens in wesentlichen Punkten zweifelhaft, hat es nötigenfalls ergänzende Beweise zur Klärung dieser Zweifel zu erheben (zum Ganzen: <ref-ruling> E. 49 E. 2.1.3; <ref-ruling> E. 6.1).
3.4. Die Freiheit darf einer Person nur in den vom Gesetz selbst vorgesehenen Fällen und nur auf die im Gesetz vorgeschriebene Weise entzogen werden (<ref-law>). Wie die Bundesverfassung gewährleistet Art. 5 EMRK das Recht auf Freiheit und fasst sämtliche Arten von Freiheitsentzügen unter den konventionellen Begriff des Freiheitsentzugs (ausser kurzer, nicht eingriffsintensiver Freiheitsbeschränkungen). Das Bundesgericht hat im Urteil 6B_121/2019 vom 12. Juni 2019 gestützt auf den Entscheid des Europäischen Gerichtshofs für Menschenrechte (EGMR) in einem die Schweiz betreffenden Fall (Urteil des EGMR Kadusic gegen die Schweiz vom 9. Januar 2018, Nr. 43977/13) und die eigene Rechtsprechung einlässlich dargelegt, dass der massnahmerechtliche Freiheitsentzug die Bejahung der drei Voraussetzungen gemäss Art. 5 Ziff. 1 lit. a, c und e EMRK erfordert. Entsprechend wird erstens vorausgesetzt, dass zwischen dem Strafurteil und dem Freiheitsentzug ein kausaler (und nicht bloss chronologischer) Zusammenhang besteht, so dass im Falle der späteren Änderung der Massnahme diese vom ursprünglichen Zweck der Verurteilung inhaltlich noch getragen sein muss (Art. 5 Ziff. 1 lit. a EMRK). Zweitens muss der Freiheitsentzug notwendig sein, um die Begehung neuer Straftaten zu verhindern (Art. 5 Ziff. 1 lit. c EMRK). Drittens ist der Freiheitsentzug bei "psychisch Kranken" zulässig, wenn die psychische Störung beweismässig erstellt ist, der Freiheitsentzug durch den Charakter oder den Schweregrad der Störung legitimiert ist und er nur bei persistierender Störung aufrecht erhalten bleibt. Dabei ist vorausgesetzt, dass die Störung durch einen medizinischen Experten erstellt wurde, das Gutachten genügend aktuell ist und der Freiheitsentzug in einer geeigneten Einrichtung durchgeführt wird (Urteil 6B_121/2019 vom 12. Juni 2019 E. 3.2 mit Hinweisen). Im Urteil 6B_338/2018 vom 22. Mai 2018 E. 2.2.2 hielt das Bundesgericht zudem fest, dass die Entscheidung im Fall Kadusic auch bei Umwandlungen von Massnahmen relevant ist (Urteile 6B_1098/2018 vom 21. März 2019 E. 1.8, zur Publikation vorgesehen; 6B_121/2019 vom 12. Juni 2019 E. 3.2; je mit Hinweisen).
3.5. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den von der Vorinstanz festgestellten Sachverhalt zugrunde (<ref-law>). Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn sie willkürlich im Sinne von <ref-law> ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (Art. 97 Abs. 1 und <ref-law>; <ref-ruling> E. 1.1.; <ref-ruling> E. 2.3.1; je mit Hinweisen). Willkür liegt nach ständiger Rechtsprechung nur vor, wenn die vorinstanzliche Beweiswürdigung schlechterdings unhaltbar ist, d.h. wenn die Behörde in ihrem Entscheid von Tatsachen ausgeht, die mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch stehen oder auf einem offenkundigen Fehler beruhen. Dass eine andere Lösung ebenfalls möglich oder gar zutreffender erscheint, genügt nicht (BGE <ref-ruling> E. 2.3.1 mit Hinweisen). Erforderlich ist, dass der Entscheid nicht nur in der Begründung, sondern auch im Ergebnis willkürlich ist (<ref-ruling> E. 1.2 mit Hinweisen). Die Willkürrüge muss explizit vorgebracht und substanziiert begründet werden (<ref-law>). Auf ungenügend begründete Rügen oder allgemeine appellatorische Kritik am angefochtenen Entscheid tritt das Bundesgericht nicht ein (<ref-ruling> E. 4.2; <ref-ruling> E. 1.1; je mit Hinweisen).
4.
Die Vorinstanz verletzt weder Bundes- noch Verfassungsrecht noch Art. 5 EMRK, indem sie für den Beschwerdeführer eine stationäre therapeutische Massnahme im Sinne von <ref-law> anordnet.
4.1. Die Vorinstanz stützt sich für ihren Entscheid auf die von ihr aktuell eingeholten Gutachten des Sachverständigen Dr. B._ vom 3. Juli 2018 (Hauptgutachten) und vom 2. Januar 2019 (Ergänzungsgutachten) sowie ihre eigene Befragung des Beschwerdeführers.
Die Vorinstanz erachtet das Hauptgutachten als vollständig und methodisch überzeugend. Die Ausführungen des Sachverständigen seien klar, inhaltlich nachvollziehbar, stimmig und ohne inhaltliche Widersprüche. Sie stellt daher vorbehaltlos darauf ab. Die vorinstanzlichen Feststellungen, die nicht angefochten wurden, binden das Bundesgericht (<ref-law>). Danach litt der Beschwerdeführer zur Zeit der von ihm begangenen Straftaten an einer dissozialen Persönlichkeitsstörung (ICD-10 F60.2) mit zumindest mittelschwerer Ausprägung, wobei es sich dabei um eine lang- und überdauernde psychische Erkrankung handelt, mit Beginn von Verhaltensauffälligkeiten in der Kindheit und Jugend. Der Gutachter bejaht, dass die vom Beschwerdeführer begangenen Straftaten mit der vorliegenden psychischen Störung in Zusammenhang stehen und verweist diesbezüglich auf die Vorgutachten im ursprünglichen Strafverfahren. Er stellt weiter fest, dass die diagnostizierte dissoziale Persönlichkeitsstörung weiterhin vorliegt und eine entsprechende Behandlung nicht stattfand. Ausserdem hält er den Aufenthalt in einer Justizvollzugsanstalt für sich genommen als nicht geeignet, eine komplexe integrierte forensisch-psychiatrische Behandlung zu ersetzen und letztlich alleine dadurch eine Verbesserung der Legalprognose zu bewirken. Der Gutachter geht gestützt auf seine prognostischen Überlegungen und ausführlich erläuterten Feststellungen davon aus, dass die bestehende Persönlichkeitsstörung des Beschwerdeführers einen Risikofaktor für die Begehung zukünftiger Straftaten darstellt, wobei ähnliche Delikte zu erwarten sind, wie sie der Beschwerdeführer bereits begangen hat. Das Rückfallrisiko für ein Gewalt- bzw. Sexualdelikt taxiert der Gutachter auf 58 % innerhalb von fünf Jahren und auf 78 % innerhalb von acht Jahren. In der Gesamtbeurteilung ergibt sich damit ein ungünstiges Bild hinsichtlich des Rückfallrisikos für ähnliche Straftaten. Von besonderer Relevanz ist dabei der lange Zeitraum der Anlasstaten mit strafrechtlichen Interventionen ohne Auswirkung auf das deliktische Verhalten, die fehlende Akzeptanz und Auseinandersetzung mit der eigenen Persönlichkeit und Veränderungsbereitschaft sowie der ungeklärte soziale Empfangsraum nach der Entlassung und die fehlenden Kontrollmöglichkeiten hinsichtlich deliktischer Entwicklungen. Der Gutachter bejaht eine grundsätzliche Behandlungsmöglichkeit für das vorliegende Störungsbild, das allerdings schwer behandelbar ist. Danach stellt eine langfristige und komplexe psychotherapeutische Behandlung die Therapie der Wahl bei Persönlichkeitsstörungen dar, wobei ein Mindestmass an Interesse und Veränderungswunsch des Betroffenen vorausgesetzt ist. Der Gutachter hält fest, dass der Beschwerdeführer mehrfach und zu verschiedenen Zeitpunkten erklärte, dass er keine Behandlung benötige und verneinte, an einer psychischen Störung zu leiden. Insgesamt habe sich der Beschwerdeführer im Rahmen des Massnahmevollzugs dahingehend geäussert und verhalten, dass er eine therapeutische Behandlung ablehne. Zusammenfassend stellt der Gutachter fest, dass beim Beschwerdeführer gegenwärtig (sc. im Juli 2018) ein therapeutischer Zugang zur Verbesserung der Legalprognose bzw. Risikominderung nicht gegeben sei und andere therapeutische Zugänge existierten nicht. Gestützt auf diese gutachterlichen Feststellungen schloss die Vorinstanz willkürfrei, dass zum Zeitpunkt der Erstellung des Hauptgutachtens die Voraussetzungen für die Anordnung einer therapeutischen Massnahme nicht vorlagen (Urteil S. 11-13).
Zutreffend erkannte die Vorinstanz aufgrund des erstmaligen Tateingeständnisses und der ausdrücklich erklärten Therapiebereitschaft des Beschwerdeführers ihr gegenüber, dass damit neue Abklärungen unabdingbar wurden, weshalb sie das Ergänzungsgutachten in Auftrag gab. Auch das Ergänzungsgutachten erweist sich als schlüssig, widerspruchsfrei und stringent, so dass nicht zu beanstanden ist, dass die Vorinstanz auch darauf vorbehaltlos abstellt, was ausserdem auch vom Beschwerdeführer nicht gerügt wird. Das Ergänzungsgutachten von Dr. B._ vom 2. Januar 2019 bestätigt die Einschätzung des Hauptgutachtens, wonach beim Beschwerdeführer weiterhin von einer zumindest mittelschwer ausgeprägten dissozialen Persönlichkeitsstörung (ICD-10 F60.2) auszugehen ist. Der Gutachter erwähnt jedoch bezüglich des Tateingeständnisses des Beschwerdeführers, dass dieser auf genauere Nachfragen letztlich keine akzeptierende Haltung bezüglich des Urteils aufgewiesen habe und auch die geäusserte Therapieabsicht und -motivation sehr oberflächlich verhaftet geblieben seien. Bei genauerer Nachfrage habe sich ein äusserst eingeschränktes Verständnis für das Therapieerfordernis und die Bereitschaft, dafür Nachteile in Kauf zu nehmen, gezeigt. Trotzdem bejaht der Gutachter weiterhin die Behandlungsmöglichkeit, betont jedoch gleichzeitig, dass die Behandlungserfolge bei diesem Störungsbild hinsichtlich Legalprognose nach aktuellem wissenschaftlichen Stand gering seien und sich auf eine positiv selektionierte Klientel beschränkten. In der Zusammenschau sei aus forensisch-psychiatrischer Sicht beim vorliegenden Krankheitsbild eine Massnahme im Sinne von <ref-law> am ehesten geeignet, um das psychische Störungsbild des Beschwerdeführers adäquat zu behandeln und damit die Legalprognose zu verbessern, wobei von einer lang andauernden Behandlung auszugehen sei, die in einer geeigneten Massnahme- und Vollzugseinrichtung für Persönlichkeitsstörungen erfolgen sollte. Ob der vom Beschwerdeführer neu geäusserte Veränderungswunsch Ausdruck einer intrinsischen Überzeugung oder der aktuellen strafrechtlichen Prüfung der Verwahrung geschuldet sei, lasse sich aus gutachterlicher Sicht zum jetzigen Zeitpunkt nicht abschliessend beantworten. Im Rahmen einer zeitlich begrenzten ersten Beobachtungs- und Behandlungsphase sollte gemäss Gutachten in einem strukturierten Setting evaluiert werden, ob beim Verurteilten ein überdauernder Wunsch nach Therapie festzustellen bzw. zu erarbeiten sei und inwieweit er von psychotherapeutischen Interventionen profitieren könne. Anhand dieses Behandlungsergebnisses wäre eine verlässlichere Aussage hinsichtlich der Behandlungsprognose möglich (Urteil S. 14-15).
Die von der Vorinstanz ihrem Urteil zugrunde gelegte Diagnose einer zumindest mittelschwer ausgeprägten dissozialen Persönlichkeitsstörung wird vom Beschwerdeführer nicht bestritten, ebenso wenig, dass die allgemeinen Anordnungsvoraussetzungen von <ref-law> gegeben sind und - bezüglich einer allfälligen Verwahrung - eine Anlasstat im Sinne von <ref-law> dem verurteilenden Erkenntnis zugrunde liegt (zur Generalklausel vgl. <ref-ruling> E. 1.3.3). Es kann diesbezüglich auf die Ausführungen im angefochtenen Urteil verwiesen werden (Urteil S. 10 und 16 f.).
4.2. Es ist nicht zu beanstanden und frei von Willkür, wenn die Vorinstanz gestützt auf die überzeugenden, schlüssigen und auch inhaltlich nicht angefochtenen Gutachten feststellt, dass vorliegend nicht zweifelsfrei feststehe, dass der Beschwerdeführer unbehandelbar ist und deshalb die Anordnung einer Verwahrung ausschliesst (Urteil S. 16). Zwar stellt die Vorinstanz fest, dass mit dem Gutachter Zweifel am Schuldeingeständnis und an der Therapiewilligkeit des Beschwerdeführers angebracht seien, aber nicht mit der nötigen Gewissheit ausgeschlossen werden könne, dass der Beschwerdeführer unter dem Eindruck des langjährigen Straf- bzw. Massnahmevollzugs und der drohenden Verwahrung nunmehr einen Gesinnungswandel vollzogen habe. Vor diesem Hintergrund halte denn auch der Gutachter Behandlungserfolge bzw. die Eignung der Massnahme im Sinne von <ref-law> für grundsätzlich möglich. Unter Hinweis auf die Empfehlungen im Ergänzungsgutachten zur ersten Beobachtungs- und Behandlungsphase sowie zur allfälligen anschliessenden langfristigen Behandlung schliesst die Vorinstanz, dass auf diese Weise im positiven Fall eine Senkung der Rückfallgefahr erreicht werden könne (Urteil S. 15 f.). Mit diesen einlässlichen Erwägungen, die sich auf die Erkenntnisse des Gutachters stützen, setzt sich der Beschwerdeführer nicht auseinander. Indem er lediglich entgegen den vorinstanzlichen und von ihm nicht gerügten Feststellungen behauptet, er sei nicht massnahmefähig im Sinne einer deliktsorientierten Therapie, entfernt er sich, ohne Willkür aufzuzeigen und rein appellatorisch vom vorinstanzlich festgestellten Sachverhalt. Darauf ist nicht weiter einzugehen. Dass sich die Vorinstanz den gutachterlichen Feststellungen und der Empfehlung, eine psychiatrisch-therapeutische Behandlung im Sinne von <ref-law> anzuordnen, anschliesst, ist nicht zu beanstanden. Inwiefern sie dabei willkürlich vorgegangen sein soll, ist weder dargetan, noch ersichtlich.
4.3. Schliesslich hält auch die vorinstanzliche Beurteilung der Verhältnismässigkeit der stationären Massnahme vor Bundes- und Verfassungsrecht stand. Die Vorinstanz geht zutreffend davon aus, dass eine stationäre therapeutische Massnahme für die im öffentlichen Interesse liegende Zielsetzung der Verbrechensverhütung und Resozialisierung geeignet und erforderlich ist. Sie gelangt willkürfrei zum Schluss, dass eine Senkung des Rückfallrisikos - wenn überhaupt - nur im Rahmen einer stationären Massnahme erzielt werden kann und jedenfalls keine mildere geeignete Massnahme zur Verfügung steht (Urteil S. 17 f.; siehe E. 2.2). Entgegen der Ansicht des Beschwerdeführers fällt sein erstmaliges Tatgeständnis im Hinblick auf die Rückfallprognose nicht wesentlich zu seinen Gunsten ins Gewicht. Der Gutachter hat in Kenntnis der Aussagen des Beschwerdeführers vor Vorinstanz und nach einer eigenen zusätzlichen Exploration in seinem Ergänzungsgutachten detailliert und akribisch aufgezeigt, weshalb Zweifel am Schuldeingeständnis und der Therapiewilligkeit des Beschwerdeführers angebracht sind und dass erst nach genauerer Abklärung über die Nachhaltigkeit und Ernsthaftigkeit seiner Äusserungen zuverlässige Aussagen hinsichtlich des Behandlungserfolges und damit auch hinsichtlich des Rückfallrisikos gemacht werden können. Mit diesen gutachterlichen Feststellungen setzt sich der Beschwerdeführer indes nicht im Einzelnen auseinander und stellt diesen lediglich seine anderslautende Auffassung gegenüber. Das genügt nicht und vermag keine Willkür zu begründen. Dass die Vorinstanz aufgrund des erheblichen Rückfallrisikos des Beschwerdeführers, welches ohne stationäre Therapie bestehen würde, das Behandlungsbedürfnis sowie die Schwere und die Wahrscheinlichkeit künftiger Straftaten höher wertet als die Schwere des Eingriffs in die Freiheitsrechte des Beschwerdeführers, ist nicht zu beanstanden. Sie hat auch nicht nach unmassgeblichen Kriterien entschieden. Die stationäre Massnahme ist dem Beschwerdeführer zumutbar, zumal sie seine letzte Chance auf eine Behandlung seiner psychischen Störung darstellt und als Alternative angesichts der unbestrittenen Diagnose und der ebenfalls unangefochtenen hohen Rückfallgefahr einzig die Verwahrung zur Verfügung steht. Mit dem vom Beschwerdeführer beantragten Verzicht auf eine Behandlung und Entlassung aus der Sicherheitshaft kann das hohe Rückfallrisiko und damit die Gefahr für die Gesellschaft nach dem Gesagten jedenfalls nicht reduziert werden, zumal gemäss Gutachten eine langfristige und komplexe psychotherapeutische Behandlung nötig ist, um überdauernde Verhaltensänderungen zu etablieren und zu festigen. Angesichts der hohen Rückfallgefahr für Delikte gegen hochrangige Rechtsgüter (Gewalt- und Sexualdelikte), die vom Beschwerdeführer in unbehandeltem Zustand ausgeht, erscheint eine stationäre therapeutische Massnahme auch vor dem Hintergrund der Anlasstaten als angemessen. Solche gilt es mit der Anordnung der stationären Massnahme in Zukunft zu verhindern. Daran ändert nichts, dass der Beschwerdeführer die schuldangemessene Freiheitsstrafe von 50 Monaten bereits um das Doppelte verbüsst hat. Der Beschwerdeführer verkennt mit seiner Kritik, dass sich die Verhältnismässigkeit des Freiheitsentzugs in zeitlicher Hinsicht nicht an der Dauer der ausgesprochenen Freiheitsstrafe zu messen hat, sondern an der Schwere der von ihm begangenen Taten und der von ihm ausgehenden Gefahr für ähnliche Taten. Dabei ist durchaus in Betracht zu ziehen, dass der Beschwerdeführer im Falle des Feststehens seiner Unbehandelbarkeit keineswegs mit der Entlassung, sondern im Gegenteil mit einer Verwahrung zu rechnen hat, wie der Antrag des Amtes für Justizvollzug zeigt. Ob und in welchem Umfang die im Rahmen der stationären Behandlung erzielten Fortschritte des Beschwerdeführers einen Einfluss auf die Rückfallgefahr haben, wird sich zeigen und von den Vollzugsbehörden im Rahmen der jährlichen Überprüfung der stationären Massnahme gemäss <ref-law> zu berücksichtigen sein. Indem die Vorinstanz die Dauer der angeordneten stationären Massnahme auf drei Jahre beschränkte, hat sie eine ausgewogene Interessenabwägung vorgenommen. Das angestrebte Ziel lässt sich derzeit mit einem weniger schweren Grundrechtseingriff nicht erreichen.
4.4. Der mit der angeordneten stationären Massnahme nach <ref-law> einhergehende Freiheitsentzug beruht somit auf denselben Gründen und verfolgt dasselbe Ziel wie bereits die mit dem ursprünglichen Strafurteil angeordnete stationäre Massnahme. Der Kausalzusammenhang zwischen dem ursprünglichen Strafurteil vom 3. Dezember 2014 (siehe E. A) bzw. der darin angeordneten therapeutischen Massnahme und dem durch die Vorinstanz abgeänderten Freiheitsentzug mittels erneuter stationärer Massnahme ist gegeben. Er wird auch durch den erfolgten Zeitablauf nicht infrage gestellt, wie sich aus den gutachterlichen Feststellungen eindeutig ergibt. Somit liegt keine Verletzung von Art. 5 EMRK vor und ebenso wenig eine solche von Art. 7 EMRK und Art. 4 des 7. Zusatzprotokolls zur EMRK, da die Rechtsprechung des EGMR für den Fall der nachträglichen Anordnung einer therapeutischen Massnahme (Urteil Kadusic gegen die Schweiz vom 9. Januar 2018) auf den vorliegenden Fall anwendbar ist und sämtliche Voraussetzungen erfüllt sind.
4.5. Im Übrigen ist der Hinweis des Beschwerdeführers auf <ref-ruling> unbehelflich, da dort nicht über den "Vorrang" einer migrationsrechtlichen Ausweisung gegenüber einer strafrechtlichen Verwahrung entschieden wurde. Tatsächlich entschied die II. öffentlich-rechtliche Abteilung des Bundesgerichts lediglich, dass bereits früh, bzw. vor dem Ende des Straf- oder Massnahmevollzugs, über eine Ausweisung aus der Schweiz entschieden werden darf. Das Bundesgericht hielt im Gegenteil ausdrücklich fest, dass das Strafrecht und das Ausländerrecht unterschiedliche Ziele verfolgen und unabhängig voneinander anzuwenden sind (E. 5.2.2). Daran ist festzuhalten. Sollte die angeordnete stationäre Massnahme scheitern, ist nicht zwischen der ausländerrechtlichen Ausweisung und einer allfälligen Verwahrung zu entscheiden, sondern das Sachgericht wird zu prüfen haben, ob die qualifizierten Voraussetzungen der Verwahrung in concreto gegeben sind und bejahendenfalls eine solche Massnahme anordnen. Ob dafür sämtliche Voraussetzungen gegeben sind, braucht zum jetzigen Zeitpunkt indes noch nicht entschieden zu werden.
5.
Die Beschwerde ist abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege ist gutzuheissen. Es sind keine Gerichtskosten aufzuerlegen und der Rechtsvertreter ist aus der Bundesgerichtskasse zu entschädigen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.
Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird gutgeheissen.
3.
Es werden keine Kosten erhoben.
4.
Der Rechtsvertreter des Beschwerdeführers, Rechtsanwalt Paul Rechsteiner, wird aus der Bundesgerichtskasse mit Fr. 3'000.-- entschädigt.
5.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Kantonsgericht St. Gallen, Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 16. Oktober 2019
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Denys
Der Gerichtsschreiber: Weber