Faits :
A.
A.a. Le 17 janvier 2020, à la réquisition de B._ SA, l'Office des poursuites du district de Nyon a notifié à A._ SA, dans la poursuite n° x'xxx'xxx, un commandement de payer le montant de 77'763 fr. 60, avec intérêts à 5% l'an dès le 1er septembre 2019, indiquant comme titre de la créance ou cause de l'obligation: " Arriérés de loyer du 1er juin 2019 au 1er novembre 2019. " La poursuivie a formé opposition totale.
A.b. Par prononcé du 5 novembre 2020, motivé le 10 décembre 2020, le juge de paix du district de Nyon a, sur requête de la poursuivante, prononcé la mainlevée provisoire de l'opposition à concurrence de 59'587 fr., plus intérêts à 5% l'an dès le 1er septembre 2019.
A.c. Par acte du 23 décembre 2020, B._ SA a recouru contre ce prononcé et a conclu, principalement, à ce que la mainlevée provisoire de l'opposition soit prononcée à concurrence de 77'763 fr. 60, avec intérêts à 5% l'an dès le 1er septembre 2019 (cause KC.20.034066-201863 204).
Par acte daté du 30 décembre 2020, A._ SA a également interjeté recours et a conclu à ce que la requête de mainlevée de B._ SA soit rejetée (cause KC.20.034066-210004 204).
A.d. Dans chacune des deux causes susvisées, la Cour des poursuites et faillites du Tribunal cantonal vaudois a rendu, le 20 octobre 2021, un arrêt par lequel elle a admis le recours de B._ SA et rejeté celui de A._ SA (I), puis a réformé le prononcé attaqué en ce sens que l'opposition formée par A._ SA est provisoirement levée à concurrence de 77'763 fr. 60, plus intérêts à 5% l'an dès le 1er septembre 2019 (II). Les deux arrêts rendus le 20 octobre 2021 ont la même teneur, seul le numéro de cause figurant en première page différant.
B.
Par deux actes identiques déposés le 25 novembre 2021, A._ SA exerce un recours en matière civile au Tribunal fédéral contre les arrêts du 20 octobre 2021. Elle conclut principalement à leur annulation et à leur réforme en ce sens que la poursuivante est déboutée des fins de sa requête en mainlevée provisoire et que la poursuite n° x'xxx'xxx n'ira pas sa voie. Subsidiairement, elle sollicite le renvoi de la cause à l'autorité cantonale pour nouvelle décision au sens des considérants.
Des déterminations sur le fond n'ont pas été requises.
C.
Par deux ordonnances séparées du 23 décembre 2021, les requêtes d'effet suspensif assortissant les recours ont été rejetées.

Considérant en droit :
1.
1.1. Les recours sont dirigés contre deux arrêts au contenu identique, opposant les mêmes parties et concernant le même complexe de faits. Par économie de procédure, il se justifie dès lors de joindre les deux causes et de statuer dans un seul arrêt (<ref-law> applicable par analogie vu le renvoi de l'<ref-law>; cf. <ref-ruling> consid. 1; <ref-ruling> consid. 1; <ref-ruling> consid. 1a; <ref-ruling> consid. 1).
1.2. Les recours ont été déposés en temps utile (<ref-law>) à l'encontre de décisions finales (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 1.1), rendues en matière de poursuite pour dettes (<ref-law>, en relation avec l'<ref-law>) par le tribunal supérieur d'un canton ayant statué sur recours (art. 75 al. 1 et 2 LTF); la valeur litigieuse de 30'000 fr. est atteinte (<ref-law>). La recourante, qui a succombé devant la juridiction précédente, a qualité pour recourir (<ref-law>).
2.
2.1. Le recours en matière civile peut être formé pour violation du droit, tel qu'il est délimité par les art. 95 s. LTF. Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (<ref-law>), sans être lié ni par les motifs de l'autorité précédente, ni par les moyens des parties; il peut donc admettre le recours en se fondant sur d'autres motifs que ceux invoqués par le recourant, comme il peut le rejeter en opérant une substitution de motifs (<ref-ruling> consid. 1.3.2; <ref-ruling> consid. 2.1 et la référence). Cela étant, eu égard à l'exigence de motivation contenue à l'art. 42 al. 1 et 2 LTF, il n'examine en principe que les griefs soulevés (<ref-ruling> consid. 2.4 et les références). Le recourant doit par conséquent discuter les motifs de la décision entreprise et indiquer précisément en quoi il estime que l'autorité précédente a méconnu le droit (<ref-ruling> consid. 1.2; <ref-ruling> consid. 1.7.1; <ref-ruling> consid. 2.4 et la référence). Le Tribunal fédéral ne connaît par ailleurs de la violation de droits fondamentaux que si un tel grief a été expressément invoqué et motivé de façon claire et détaillée par le recourant (" principe d'allégation ", <ref-law>; <ref-ruling> consid. 2.1; <ref-ruling> consid. 5.1).
2.2. Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>); le recourant ne peut critiquer les constatations de fait que si elles ont été établies de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'<ref-law>, et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (<ref-law>). Le recourant qui entend se plaindre d'un établissement manifestement inexact - c'est-à-dire arbitraire (art. 9 Cst.; <ref-ruling> consid. 2.2; <ref-ruling> consid. 6.7; <ref-ruling> consid. 2.2 et la référence) - des faits doit se conformer au principe d'allégation sus-indiqué (cf. supra consid. 2.1), étant rappelé que l'appréciation des preuves ne se révèle arbitraire que si le juge n'a manifestement pas compris le sens et la portée d'un moyen de preuve, s'il a omis, sans raison sérieuse, de tenir compte d'une preuve propre à modifier la décision attaquée ou encore si, sur la base des éléments recueillis, il a effectué des déductions insoutenables (<ref-ruling> consid. 4.2; <ref-ruling> consid. 1.1 et la référence); les critiques appellatoires sont irrecevables (<ref-ruling> consid. 4.1.2; <ref-ruling> consid. 1.1; <ref-ruling> consid. 1.3.1).
En l'espèce, la partie " Bref historique des faits " des recours (p. 7-9) sera ignorée en tant que les éléments qui y sont exposés ne sont pas expressément visés par un grief d'arbitraire dans l'établissement des faits, s'écartent de ceux contenus dans l'arrêt attaqué et que la recourante n'invoque, ni a fortiori ne démontre, leur établissement arbitraire et que leur correction influerait sur le sort de la cause.
3.
Se plaignant à la fois d'une constatation manifestement inexacte des faits et d'une violation de l'<ref-law>, la recourante fait grief à la cour cantonale de ne pas avoir retenu qu'elle avait rendu vraisemblables ses créances compensantes.
3.1. Selon l'<ref-law>, le créancier dont la poursuite se fonde sur une reconnaissance de dette constatée par acte authentique ou sous seing privé peut requérir la mainlevée provisoire (al. 1); le juge la prononce si le débiteur ne rend pas immédiatement vraisemblable sa libération (al. 2).
3.1.1. Constitue une reconnaissance de dette au sens de l'<ref-law>, en particulier, l'acte sous seing privé, signé par le poursuivi - ou son représentant -, d'où ressort sa volonté de payer au poursuivant, sans réserve ni condition, une somme d'argent déterminée, ou aisément déterminable, et exigible (<ref-ruling> consid. 4.1.1; <ref-ruling> consid. 2.3.1 et les références); elle peut résulter du rapprochement de plusieurs pièces, dans la mesure où les éléments nécessaires en résultent (ATF <ref-ruling> consid. 2.3.1; <ref-ruling> consid. 2 et la référence).
Le contrat de bail signé constitue une reconnaissance de dette et justifie la mainlevée provisoire de l'opposition pour le montant du loyer échu, pour autant que le bailleur ait mis l'objet du contrat à disposition du locataire. En signant le contrat de bail, le locataire reconnaît son obligation de payer le loyer non seulement pour la durée d'occupation de l'objet loué, mais pour toute la durée contractuelle (<ref-ruling> consid. 3; cf. aussi arrêt 5A_833/2017 du 8 mars 2018 consid. 2.2; VEUILLET, in La mainlevée de l'opposition, 2017, n° 160 ad <ref-law>).
3.1.2. Conformément à l'<ref-law>, le poursuivi peut faire échec à la mainlevée en rendant immédiatement vraisemblable sa libération. Il peut se prévaloir de tous les moyens de droit civil - exceptions ou objections - qui infirment la reconnaissance de dette (<ref-ruling> consid. 4.1.2; <ref-ruling> consid. 4.1). Le poursuivi n'a pas à apporter la preuve absolue (ou stricte) de ses moyens libératoires, mais seulement à les rendre vraisemblables, en principe par titre (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 4.1.2; <ref-ruling> consid. 4.1). Le juge n'a pas à être persuadé de l'existence des faits allégués; il doit, en se fondant sur des éléments objectifs, avoir l'impression qu'ils se sont produits, sans exclure pour autant la possibilité qu'ils se soient déroulés autrement (ATF <ref-ruling> consid. 4.1; <ref-ruling> consid. 4.1.2).
Pour faire échec à la mainlevée, le poursuivi peut notamment faire valoir que la chose louée est affectée de défauts justifiant une réduction du loyer (art. 259a al. 1 let. b et 259d CO) ou des dommages-intérêts (art. 259a al. 1 let. c et 259e CO) et opposer cette prétention en compensation (arrêt 5A_66/2020 du 22 avril 2020 consid. 3.3.1 et la référence). Le poursuivi doit rendre vraisemblable l'existence des défauts, ainsi que le montant de sa réclamation. La quotité de la réduction de loyer peut être rendue vraisemblable sur la base des pourcentages établis par la doctrine et la jurisprudence. La mainlevée sera alors prononcée sous déduction de la somme correspondante (VEUILLET, op. cit., n° 164 ad <ref-law>). Le fait qu'un bailleur soit disposé à entendre les doléances de son locataire n'implique pas une reconnaissance de défauts de sa part (cf. arrêt 5A_833/2017 du 8 mars 2018 consid 3.2).
La compensation constitue une cause d'extinction de la créance. Le juge rejette la requête de mainlevée si le débiteur rend vraisemblable l'existence, le montant et l'exigibilité de la créance dont il est titulaire à l'encontre du créancier (arrêt 5A_66/2020 précité loc. cit. et les références; VEUILLET, op. cit., n° 126 ad <ref-law>). De simples allégations sont insuffisantes (arrêt 5A_952/2020 du 4 février 2021 consid. 6.3; VEUILLET, op. cit., n° 126 ad <ref-law>). L'exception de compensation doit ainsi être rendue vraisemblable par titre (art. 177 et 254 al. 1 CPC). La vraisemblance de la créance compensante peut résulter de l'image générale qui se dégage de divers documents, le juge jouissant à cet égard d'un certain pouvoir d'appréciation (arrêt 5A_66/2020 précité loc. cit. et les références).
3.2. En substance, la recourante fait grief à la cour cantonale de ne pas avoir retenu que la chose louée était entachée de défauts, alors que ceux-ci étaient rendus vraisemblables par pièces et qu'ils étaient admis par l'intimée, " [celle-ci] se contentant de toutes sortes de prétextes fallacieux pour justifier les défauts du bâtiment, sans jamais les contester ni procéder à leur élimination ". Elle réfute qu'elle aurait dû faire établir un constat d'urgence desdits défauts, comme l'avait considéré la cour cantonale. Faire dresser un tel constat d'urgence n'était non seulement pas nécessaire pour établir la vraisemblance de ses créances compensantes, mais était en outre disproportionné et parfaitement superflu. En effet, concernant le monte-charge, des documents attestant que l'intimée était au courant depuis le mois de juillet 2019 de l'inondation et de la panne consécutive avaient été produits. A cet égard, la cour cantonale avait manifestement omis de constater que c'était l'intimée elle-même qui avait annoncé le cas à l'assurance. Il était donc faux d'affirmer qu'elle avait attendu six mois avant d'aviser la bailleresse, vu que celle-ci s'était rendue sur place le 9 juillet 2019, immédiatement après la panne du monte-charge, avait constaté les dégâts et en avait avisé l'assurance. La cour cantonale n'avait pas non plus retenu que ladite panne avait été provoquée par l'inondation du bâtiment et non par un prétendu défaut d'entretien. Selon une pièce versée à la procédure, l'entreprise C._ avait pu constater que le monte-charge était tombé en panne suite à l'inondation. La recourante ajoute que, malgré de nombreuses sommations, dont une en décembre 2019, l'intimée n'avait pas procédé à la réparation du monte-charge au jour de son déménagement, ce qui l'avait contrainte à le faire elle-même réparer afin de pouvoir déménager les machines lourdes se trouvant au sous-sol. S'agissant des pannes de chauffage, la recourante affirme qu'elles ont fait l'objet de nombreux courriers à l'intimée. Celle-ci les avait reconnues, puisqu'elle avait suggéré de purger les radiateurs et avait écrit qu'elle " compren[ait] que le chauffage [était] défectueux en ce sens que certains radiateurs fonctionnent mal ou pas du tout ". Quant à l'invasion de mouches, l'intimée avait reconnu le problème, tout en niant le défaut d'étanchéité des fenêtres. En ce qui concerne les nuisances du chantier voisin, l'intimée avait répondu qu'elle avait annoncé la tenue de ce chantier. Pour ce qui est de l'eau brunâtre, elle avait indiqué qu'il suffisait de la laisser couler. La cour cantonale avait par ailleurs omis de constater que les parties avaient trouvé un accord (oral) portant sur la " suspension des loyers " à compter du mois de juin 2019, soit au moment où les problèmes d'eau potable avaient été confirmés, fait que l'intimée n'avait jamais contesté. La recourante relève encore qu'au vu du caractère oral de l'accord, elle n'avait jamais osé demander, avant la notification du commandement de payer, une compensation pour la fontaine à eau qu'elle avait été obligée de louer.
Quant aux dommages-intérêts auxquels elle prétend avoir droit en raison des équipements qu'elle avait rachetés au précédent locataire et qui apportaient une plus-value au bâtiment, la recourante affirme que l'intimée n'avait jamais contesté que ces équipements ne lui appartenaient pas, se contentant de " répliquer " qu'elle n'avait jamais autorisé le précédent locataire à les installer, ce qui était faux. Pour ce qui est enfin du remboursement des acomptes de chauffage, qui étaient disproportionnés par rapport à la consommation réelle du bâtiment, la recourante relève que l'intimée n'avait jamais contesté ne pas avoir produit les décomptes de chauffage manquants, ce que la cour cantonale aurait dû constater au lieu de lui reprocher d'avoir omis de mettre en demeure l'intimée de les établir.
3.3. Par une telle argumentation, très largement appellatoire (cf. supra consid. 2.2), la recourante échoue à démontrer que les pièces qu'elle a produites seraient suffisantes à rendre vraisemblables, d'une part, l'importance et la durée des prétendus défauts ainsi que leur impact sur les locaux loués et, d'autre part, le montant de la réduction de loyer, respectivement des dommages-intérêts réclamés.
S'agissant plus particulièrement des prétendus défauts liés à l'eau courante, au chauffage, aux mouches ainsi qu'au chantier voisin, il sera d'emblée relevé que la recourante se borne à affirmer péremptoirement que l'intimée ne les aurait pas contestés, voire les aurait reconnus, alors que la cour cantonale a constaté le contraire sur la base d'un courrier de l'intimée du 16 décembre 2019, dont la teneur n'est pas valablement remise en cause. En ce qui concerne la couleur de l'eau, il ne ressort pas de l'arrêt attaqué que la recourante ait invoqué en instance cantonale l'existence d'un accord oral portant sur une " suspension des loyers ", ce qui rend l'argument tardif (cf. <ref-law>; <ref-ruling> consid. 3.3.4; <ref-ruling> consid. 1.1). Quoi qu'il en soit, il ressort de l'arrêt attaqué que la bailleresse poursuivante s'est uniquement déclarée disposée à faire contrôler les installations par une entreprise, ce qui n'équivaut nullement à une quelconque admission du défaut (cf. supra consid. 3.1.2).
Pour ce qui est du monte-charge, la recourante ne discute pas l'avis des juges précédents selon lequel il n'avait pas été rendu vraisemblable que les défauts en cause étaient de moyenne importance et que la locataire était autorisée à commander elle-même les travaux de réparation. Se borner à invoquer l'urgence liée à son déménagement n'est pas suffisant, dès lors que la cour cantonale a constaté, sans que cela soit remis en cause, que la recourante avait elle-même qualifié les défauts en cause de graves, qualification l'obligeant à saisir l'autorité de conciliation d'une demande d'autorisation ou, en cas d'urgence, le juge d'une requête de mesures provisionnelles ou superprovisionnelles. Pour ce qui est de la réduction de loyer qui serait due en raison des pannes du monte-charge, la recourante ne discute pas non plus l'avis des juges précédents selon lequel toutes les conditions légales d'une telle réduction n'étaient pas satisfaites.
En ce qui concerne la prétendue plus-value liée aux équipements que la recourante dit avoir acquis d'un précédent locataire, on ne trouve trace dans le recours d'une quelconque contestation du fait que la poursuivante ne s'est nullement engagée à les racheter ni d'une discussion de la conséquence que les juges précédents ont tirée de ce constat. Se contenter d'affirmer que l'intimée n'aurait jamais contesté que lesdits équipements ne lui appartenaient pas est à l'évidence insuffisant.
S'agissant enfin des acomptes de chauffage qui auraient été perçus en trop, la recourante ne discute pas les conditions posées par les juges précédents, sur la base notamment de la doctrine, pour que l'existence de la prétention en répétition de l'indu opposée en compensation puisse être tenue pour vraisemblable. En particulier, la recourante ne prétend pas qu'elle aurait dûment demandé le remboursement des acomptes payés en trop durant les exercices concernés ou qu'elle aurait, le cas échéant, ouvert action dans ce sens devant la juridiction des baux.
Pour autant qu'elle soit recevable, la critique est infondée.
4.
En définitive, les recours sont rejetés dans la (faible) mesure de leur recevabilité, aux frais de leur auteur (<ref-law>). L'intimée, qui n'a pas été invitée à se déterminer sur le fond des recours mais a obtenu gain de cause dans ses conclusions relatives à l'effet suspensif, a droit à une indemnité de dépens pour ces écritures, mise à la charge de la recourante (art. 68 al. 1 et 2 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Les causes 5A_964/2021 et 5A_965/2021 sont jointes.
2.
Les recours sont rejetés dans la mesure où ils sont recevables.
3.
Les frais judiciaires, arrêtés à 4'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
4.
Une indemnité de 500 fr., à verser à l'intimée à titre de dépens, est mise à la charge de la recourante.
5.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour des poursuites et faillites du Tribunal cantonal vaudois.
Lausanne, le 9 mars 2022
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Herrmann
La Greffière : Feinberg