Faits :
A.
Le 1 er mars 2019, le Département du territoire de la République et canton de Genève a délivré à la société B._ Sàrl l'autorisation de construire un habitat groupé de neuf logements en propriété par étage, à haute performance énergétique, avec un parking souterrain sur la parcelle n° 1'084 de la commune de Cologny.
Au terme d'un jugement rendu le 12 décembre 2019 sur recours de A._, de A.C._ et B.C._ et de A.D._ et B.D._, le Tribunal administratif de première instance a annulé cette autorisation au motif que la surface des constructions en sous-sol dépassait la limite prévue par la loi.
Par arrêt du 29 mai 2020, la Chambre administrative de la Cour de justice de la République et canton de Genève a annulé ce jugement sur recours de la constructrice et a rétabli l'autorisation de construire délivrée par le Département du territoire le 1er mars 2019 en y ajoutant une condition relative à l'ouverture du chantier.
B.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public, A._ demande au Tribunal fédéral d'annuler cet arrêt ainsi que l'autorisation de construire délivrée par le Département du territoire le 1er mars 2019.
La Chambre administrative a renoncé à présenter des observations et persiste dans les considérants et le dispositif de son arrêt. L'intimée et le Département du territoire concluent au rejet du recours.
La recourante a répliqué.
La constructrice, le Département du territoire et la Cour de justice ont renoncé à déposer des observations complémentaires.

Considérant en droit :
1.
Dirigé contre une décision finale prise en dernière instance cantonale dans le domaine du droit public des constructions, le recours est recevable comme recours en matière de droit public conformément aux <ref-law>, aucune des exceptions prévues à l'<ref-law> n'étant réalisée. La recourante a pris part à la procédure de recours devant l'autorité précédente. En tant que propriétaire voisine du projet de construction litigieux, elle est particulièrement touchée par l'arrêt attaqué qui rétablit l'autorisation de construire délivrée à l'intimée le 1 er mars 2019. Elle dispose donc de la qualité pour agir au sens de l'<ref-law>. Les autres conditions de recevabilité du recours en matière de droit public sont réunies, si bien qu'il y a lieu d'entrer en matière sur le fond.
2.
La recourante fait grief à la juridiction cantonale d'avoir violé son droit d'être entendue en statuant sans lui avoir accordé le délai qu'elle avait requis pour se déterminer sur la réplique de la constructrice.
2.1. Compris comme l'un des aspects de la notion générale de procès équitable au sens de l'art. 29 Cst., le droit d'être entendu garantit notamment au justiciable le droit de s'expliquer avant qu'une décision ne soit prise à son détriment, de prendre connaissance de toute argumentation présentée au tribunal et de se déterminer à son propos, dans la mesure où il l'estime nécessaire, que celle-ci contienne ou non de nouveaux éléments de fait ou de droit, et qu'elle soit ou non concrètement susceptible d'influer sur la décision à rendre (<ref-ruling> consid. 4.1.1 p. 52). Il appartient aux parties, et non au juge, de décider si une prise de position ou une pièce nouvellement versée au dossier contient des éléments déterminants qui appellent des observations de leur part (<ref-ruling> consid. 3.2 p. 192).
Toute prise de position ou pièce nouvelle versée au dossier doit dès lors être communiquée aux parties pour leur permettre de décider si elles veulent ou non faire usage de leur faculté de se déterminer (<ref-ruling> consid. 3.2 p. 192). Cela vaut également au stade d'une duplique éventuelle (<ref-ruling> consid. 2.1 p. 118). Lorsque la partie est représentée par un avocat, la jurisprudence du Tribunal fédéral considère que le droit de répliquer n'impose pas à l'autorité judiciaire l'obligation de fixer un délai à la partie pour déposer d'éventuelles observations. On peut attendre de l'avocat à qui une détermination ou une pièce est envoyée pour information qu'il connaisse la pratique selon laquelle, s'il entend prendre position, il le fasse directement ou demande à l'autorité de lui fixer un délai pour ce faire; sinon, il est réputé avoir renoncé à se prononcer (<ref-ruling> consid. 2.2 p. 486; <ref-ruling> consid. 4.8 p. 105). Pour que le droit de réplique soit garanti, il faut toutefois que le tribunal laisse un laps de temps suffisant à la partie concernée, entre la remise de la prise de position ou des pièces nouvelles et le prononcé de sa décision, pour qu'elle ait la possibilité de déposer des observations si elle l'estime nécessaire à la défense de ses intérêts (<ref-ruling> consid. 4.1.1 p. 54). A cet égard, le Tribunal fédéral considère qu'un délai inférieur à dix jours ne suffit pas à garantir l'exercice du droit de répliquer, tandis qu'un délai supérieur à vingt jours permet, en l'absence de réaction, d'inférer qu'il a été renoncé au droit de répliquer (arrêts 6B_1094/2019 du 25 juin 2020 consid. 1.3.2 et 6B_1271/2016 du 10 novembre 2017 consid. 5.1 et les arrêts cités). En d'autres termes, une autorité ne peut considérer, après un délai de moins de dix jours depuis la communication d'une détermination à une partie, que celle-ci a renoncé à répliquer et rendre sa décision (arrêt 6B_1058/2018 du 17 décembre 2018 consid. 1.1). Ces principes valent également au stade d'un second échange d'écritures.
2.2. Dans le cas particulier, la Chambre administrative a notifié aux parties recourantes, par courrier du 19 mai 2020, une copie de la réplique de la constructrice du 15 mai 2020 en les informant que la cause était gardée à juger. Le mandataire de A._ affirme avoir reçu le courrier concernant sa cliente en son étude le 26 mai 2020. Le Tribunal fédéral n'a aucune raison de mettre en doute cette affirmation en l'absence d'éléments qui permettraient de retenir que ce courrier lui serait parvenu à une date antérieure. Or, la Chambre administrative a rendu son arrêt le 29 mai 2020 de sorte qu'elle n'a pas été en mesure de prendre en considération la demande de la recourante, formulée le 3 juin 2020, soit dans le délai de dix jours tenu pour usuel par la jurisprudence pour faire valoir son droit d'être entendu, tendant à obtenir un délai pour déposer une duplique, comme elle en avait le droit (cf. <ref-ruling> consid. 2.2 précité). Il s'ensuit que le droit d'être entendue de la recourante a été violé.
2.3. Le droit d'être entendu est une garantie de nature formelle, dont la violation entraîne en principe l'annulation de la décision attaquée, indépendamment des chances de succès du recours sur le fond (<ref-ruling> consid. 5.3 p. 17; <ref-ruling> consid. 1.4.1 p. 386). Selon la jurisprudence, sa violation peut cependant être réparée lorsque la partie lésée a la possibilité de s'exprimer devant une autorité de recours jouissant d'un pouvoir d'examen complet en fait et en droit (<ref-ruling> consid. 4.4 p. 174; <ref-ruling> consid. 2.8.1 p. 226). Dans les cas où, comme en l'espèce, la violation du droit d'être entendu porte sur une question juridique, le Tribunal fédéral peut la réparer s'il dispose du même pouvoir d'examen que l'instance précédente (arrêt 1C_302/2018 du 14 mars 2019 consid. 2.1).
En l'espèce, une réparation de la violation du droit d'être entendue de la recourante dans le cadre de la procédure fédérale n'entre pas en considération puisqu'elle est en lien avec l'application du droit cantonal dont le Tribunal fédéral revoit l'application non pas librement, mais sous l'angle de l'arbitraire (arrêt 1C_302/2018 du 14 mars 2019 consid. 2.2). Cette violation entraîne donc l'annulation de l'arrêt de la Chambre administrative, indépendamment des chances de succès du recours sur le fond.
3.
Il s'ensuit que le recours doit être admis et l'arrêt attaqué annulé, sans qu'il soit nécessaire d'examiner les autres griefs soulevés. La cause sera renvoyée à la Chambre administrative pour nouvelle décision, après avoir octroyé à la recourante la possibilité d'exercer son droit à la duplique.
L'intimée, qui a conclu au rejet du recours, prendra en charge une partie des frais judiciaires même si elle n'est pas responsable du vice de procédure incriminé, dès lors qu'ils ne peuvent être mis à la charge de l'Etat de Genève en vertu de l'<ref-law> (arrêt 5A_107/2019 du 19 juin 2019 consid. 3).
La recourante, qui obtient gain de cause avec l'assistance d'un avocat, a droit à des dépens à la charge pour moitié chacun de l'intimée et de l'Etat de Genève (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est admis. L'arrêt attaqué est annulé et la cause est renvoyée à la Chambre administrative de la Cour de justice de la République et canton de Genève pour qu'elle statue à nouveau après avoir donné l'occasion à la recourante de déposer une duplique.
2.
Une partie des frais judiciaires, arrêtée à 500 fr., est mise à la charge de l'intimée.
3.
Une indemnité de 2'000 fr. à verser à la recourante à titre de dépens est mise pour moitié à la charge de l'intimée et pour moitié à la charge du canton de Genève.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux mandataires des parties, ainsi qu'au Département du territoire et à la Chambre administrative de la Cour de justice de la République et canton de Genève.
Lausanne, le 16 octobre 2020
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Chaix
Le Greffier : Parmelin