Sachverhalt:
A.
Die 1985 geborene A._ war zuletzt als Pflegeassistentin bei der Stiftung B._ tätig, als sie sich am 31. März 2014 unter Hinweis auf Rücken- und weitere Beschwerden bei der Invalidenversicherung zum Leistungsbezug anmeldete. Die Sozialversicherungsanstalt des Kantons Zürich, IV-Stelle, erhob die erwerbliche und medizinische Situation unter anderem durch Beizug der Akten der Krankentaggeldversicherung - darin enthaltend ein Gutachten des PD Dr. med. C._, Spezialarzt für orthopädische Chirurgie und Wirbelsäulenchirurgie FMH an der Klinik D._ vom 21. November 2014 - und Einholung eines Berichts vom 1. Juni 2015 des Dr. med. E._, Facharzt für innere Medizin/Rheumatologie FMH. Gemäss Mitteilung vom 13. August 2014 leistete sie Frühinterventionsmassnahmen in Form einer Kostenübernahme für einen Ausbildungskurs (Arzt- und Spitalsekretärin vom 27. Oktober 2014 bis 30. September 2015). Zudem liess sie die Versicherte durch ihren regionalen ärztlichen Dienst (RAD) bidisziplinär durch Dr. med. F._, Facharzt für orthopädische Chirurgie und Traumatologie, sowie med. pract. G._, Facharzt für Neurologie, untersuchen (Bericht vom 9. November 2016). Mit Verfügung vom 1. Juni 2017 verneinte die IV-Stelle den Anspruch auf eine Invalidenrente.
B.
Das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich hiess eine dagegen erhobene Beschwerde in dem Sinne gut, dass es die angefochtene Verfügung aufhob und der Versicherten vom 1. Oktober 2014 bis zum 31. August 2015 eine befristete ganze Invalidenrente zusprach.
C.
A._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen und beantragen, der angefochtene Entscheid sei insoweit aufzuheben, als ihr über den 31. August 2015 hinaus keine Leistungen mehr gewährt würden. Eventualiter sei ihr Gesundheitszustand ab August 2015 weiter abzuklären.
Während die IV-Stelle auf Abweisung der Beschwerde schliesst, verzichten die Vorinstanz und das Bundesamt für Sozialversicherungen auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1.
Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann u.a. die Verletzung von Bundesrecht gerügt werden (<ref-law>). Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law>). Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht (<ref-law>). Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Indes prüft es, unter Berücksichtigung der allgemeinen Begründungspflicht der Beschwerde (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG), grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind (<ref-ruling> E. 1 S. 236).
2.
Streitig und zu prüfen ist, ob das kantonale Gericht Bundesrecht verletzte, als es den Anspruch der Beschwerdeführerin auf eine ganze Rente der Invalidenversicherung auf den 31. August 2015 befristete.
2.1. Im angefochtenen Entscheid werden die gesetzlichen Bestimmungen und die von der Rechtsprechung entwickelten Grundsätze, namentlich diejenigen zum Begriff der Invalidität (<ref-law> in Verbindung mit <ref-law>), zum Umfang des Rentenanspruchs (<ref-law>) sowie zum Beweiswert und zur Beweiswürdigung ärztlicher Berichte und Gutachten (<ref-ruling> E. 5.1 S. 232; <ref-ruling> E. 3a S. 352) richtig dargelegt. Darauf wird verwiesen.
2.2. Beizufügen ist, dass die Rente von Amtes wegen oder auf Gesuch hin für die Zukunft entsprechend erhöht, herabgesetzt oder aufgehoben wird (<ref-law>; <ref-law>), wenn sich der Invaliditätsgrad eines Rentenbezügers erheblich ändert. Anlass zur Rentenrevision gibt jede wesentliche Änderung in den tatsächlichen Verhältnissen seit Zusprechung der Rente, die geeignet ist, den Invaliditätsgrad und damit den Anspruch zu beeinflussen. Insbesondere ist die Rente bei einer wesentlichen Änderung des Gesundheitszustandes oder der erwerblichen Auswirkungen des an sich gleich gebliebenen Gesundheitszustandes revidierbar (<ref-ruling> E. 3 S. 132). Nach der Rechtsprechung sind diese Revisionsbestimmungen bei der rückwirkenden Zusprechung einer abgestuften oder befristeten Rente analog anwendbar (<ref-ruling> E. 6.1 mit Hinweisen), weil noch vor Erlass der ersten Rentenverfügung eine anspruchsbeeinflussende Änderung eingetreten ist mit der Folge, dass dann gleichzeitig die Änderung mitberücksichtigt wird. Wird rückwirkend eine abgestufte oder befristete Rente zugesprochen, sind einerseits der Zeitpunkt des Rentenbeginns und anderseits der in Anwendung der Dreimonatsfrist von <ref-law> festzusetzende Zeitpunkt der Anspruchsänderung die massgebenden Vergleichszeitpunkte (Urteil 8C_458/2017 vom 6. August 2018 E. 2 mit Hinweisen). Die Verbesserung der Arbeitsfähigkeit aufgrund einer Angewöhnung oder Anpassung an die Behinderung kann auch ohne wesentliche Änderung des Gesundheitszustandes eine Rentenrevision rechtfertigen. Hingegen ist die lediglich unterschiedliche Beurteilung eines im Wesentlichen gleich gebliebenen Sachverhalts im revisionsrechtlichen Kontext unbeachtlich (<ref-ruling> E. 2.3 S. 10 f. mit Hinweisen).
3.
Das kantonale Gericht hielt nach Darstellung und Würdigung der medizinischen Aktenlage fest, das Gutachten des PD Dr. med. C._ vom 21. November 2014 und der Bericht des Dr. med. E._ vom 1. Juni 2015 seien für die Beantwortung der sich stellenden Fragen umfassend und ausreichend. Die Beurteilung durch die Ärzte des RAD vom 9. November 2016 vermöge keine Zweifel an den genannten Berichten zu begründen, sondern bestätige vielmehr, dass die Befunde der bisherigen rheumatologischen Untersuchungen in weiten Bereichen identisch seien und bloss die Schlussfolgerungen differierten. Auch die Berichte des Dr. med. H._, Facharzt FMH für innere Medizin, speziell Nierenkrankheiten, vom 28. Dezember 2015 sowie vom 10. Februar 2015 und diejenigen der Klinik I._, Zentrum für Paraplegie, vom 8. Juni 2017 und 12. Februar 2018 könnten die Einschätzungen der Dres. med. C._ und E._ nicht entkräften. Aus den genannten entscheidwesentlichen medizinischen Akten ergebe sich nach Ablauf des Wartejahres per 1. Oktober 2014 in einer angepassten, leichten wechselbelastenden Tätigkeit eine Arbeitsfähigkeit von 22.5 % und ein Invaliditätsgrad von 80 %, weshalb die Versicherte einen Anspruch auf eine ganze Rente habe. Ab 1. Juni 2015 sei sie aufgrund des Zeugnisses von Dr. med. E._ in der genannten angepassten Tätigkeit als vollständig arbeitsfähig zu qualifizieren. Der Invaliditätsgrad betrage dannzumal noch 10.5 %, weshalb der Beschwerdeführerin ab 1. September 2015 keine Rente mehr zustehe.
4.
4.1. Auch wenn im Rahmen des vorinstanzlichen Verfahrens das Rentenverhältnis als Ganzes den Streitgegenstand bildete (<ref-ruling>; vgl. ferner <ref-ruling> E. 2.2 S. 165 und Urteil 9C_34/2009 vom 24. Februar 2010 E. 3.2), bleibt das Bundesgericht an die Begehren der Parteien gebunden (<ref-law>; Urteil 9C_50/2011 vom 25. Mai 2011 E. 2.2). Insofern hat es im vorliegenden Fall nur noch die Befristung der Rente zu prüfen, nicht jedoch deren Zusprache. Auf letztere könnte zwar mittels Wiedererwägung im Rahmen einer substituierten Begründung zurückgekommen werden, jedoch nicht rückwirkend, sondern ("ex nunc et pro futuro") nur zur Bestätigung der Aufhebung oder Befristung der Rente (Urteil 9C_880/2015 vom 21. März 2016 E. 3.2). Die dafür erforderliche zweifellose Unrichtigkeit (vgl. <ref-law>) der vorinstanzlichen Rentenzusprache ist im vorliegenden Fall jedoch weder behauptet noch ersichtlich, womit sich Weiterungen in dieser Hinsicht erübrigen.
4.2. Die Beschwerdeführerin bringt unter anderem vor, die Feststellung des kantonalen Gerichts, wonach auch der Bericht des Dr. med. E._ vom 1. Juni 2015 auf allseitigen Untersuchungen beruhe, die von ihr geklagten Beschwerden berücksichtige und in Kenntnis und in Auseinandersetzung mit den Vorakten ergangen sei, sei offensichtlich unrichtig.
Bei diesem Aktenstück handelt es sich um den Formularbericht eines rheumatologischen Facharztes, der die Versicherte am 28. Mai 2015 offenbar erstmals und - soweit ersichtlich - auch letztmals zwecks "muskuloskeletaler Standortbestimmung" untersucht hatte. Darin nimmt er zwar Bezug auf eine medizinische Trainingstherapie (MTT) im Frühjahr 2014, doch geht daraus nicht hervor, dass Dr. med. E._ Einsicht in die medizinischen Vorakten gehabt hätte. Dies betrifft vor allem das Gutachten des PD Dr. med. C._, das Dr. med. E._ auch nicht sinngemäss erwähnt. Eine Würdigung des Verlaufs nach dem genannten Gutachten ergibt sich aus dem Arztbericht des Dr. med. E._ vom 1. Juni 2015 nicht. Insofern hat ihm die Vorinstanz in Verkennung der bundesgerichtlichen Vorgaben (<ref-ruling> E. 5.1 S. 232; <ref-ruling> E. 3a S. 352 mit Hinweis) zu Unrecht vollen Beweiswert zuerkannt.
4.3. Entscheidend ist jedoch vor allem, dass das kantonale Gericht keinerlei Feststellung darüber getroffen hat, inwiefern sich der Gesundheitszustand der Beschwerdeführerin seit der Begutachtung durch PD Dr. med. C._ im November 2014 verändert, konkret verbessert haben soll. Es wird im angefochtenen Entscheid kein Revisionsgrund angeführt. Wie dargelegt, fällt der Bericht des Rheumatologen Dr. med. E._ vom 1. Juni 2015 als genügende tatsächliche Grundlage für die revisionsweise Aufhebung der aufgrund des Gutachtens des PD Dr. med. C._ zugesprochenen ganzen Invalidenrente ausser Betracht. Weder ergibt sich daraus eine wesentliche Änderung des Sachverhaltes, noch kann daraus abgeleitet werden, die Prognose des PD Dr. med. C._, wonach in ein bis zwei Jahren mit einer wesentlichen Verbesserung gerechnet werden könne, habe sich erfüllt. Davon abgesehen ergibt sich eine wesentliche Verbesserung des Gesundheitszustandes auch nicht aus dem Bericht vom 9. November 2016 über eine bidisziplinäre Untersuchung durch den RAD. Darin wird sogar explizit angeführt, die untersuchenden Ärzte hätten in weiten Bereichen die gleichen Befunde erhoben, wie in den bisherigen rheumatologischen und orthopädischen Untersuchungen; einzig die Schlussfolgerungen würden differieren. Dies genügt jedoch praxisgemäss (vgl. E. 2.2 hiervor) nicht, um die Revision oder Befristung einer Rente zu begründen.
4.4. Auch aus den weiteren medizinischen Akten lässt sich ein Revisionsgrund nicht ersehen. Im Gegenteil zeigen diese, dass neben rein rheumatologischen Beschwerden - wie sie von Dr. med. E._ untersucht wurden - allenfalls auch andere Gesundheitsschäden in die Beurteilung miteinbezogen werden müssten. So ist im Bericht des Dr. med. H._ vom 28. Dezember 2015 als Diagnose neben dem im Bericht des Dr. med. E._ angeführten lumbospondylogenen Syndrom auch eine Belastungsinkontinenz Grad II vermerkt. Anlässlich einer Untersuchung des Prof. Dr. med. J._ und des Dr. med. K._, Leiter bzw. Assistenzarzt Neuro-Urologie am Zentrum für Paraplegie der Klinik I._, vom 8. Juni 2017 wurden zudem neben weiteren Diagnosen auch Verdacht auf eine neurogene Harnblasenfunktionsstörung nach Epiduralanästhesie im August 2013 und Verdacht auf Nervenwurzelläsion L3/4 rechts ebenfalls vom August 2013 mit Gangataxie des rechten Beines diagnostiziert. Das kantonale Gericht hat diesen Bericht nicht gewürdigt, sondern ausser Acht gelassen, da er nach Erlass der Verfügung vom 1. Juni 2017 ergangen ist, welche die zeitliche Grenze der gerichtlichen Überprüfungsbefugnis bildet. Da keinerlei Anhaltspunkte dafür bestehen, dass sich der im Bericht I._ angeführte Gesundheitszustand innert Wochenfrist verändert hätte und darin zudem auf den Beginn der untersuchten Störungen im August 2013 verwiesen wird, hätten die mit der Verwaltungsgerichtsbeschwerde eingereichten Arztberichte gewürdigt werden müssen. Ein neuro-urologischer Gesundheitsschaden ist im Bericht des Rheumatologen Dr. med. E._ vom 1. Juni 2015, auf den sich die Vorinstanz bezüglich des Revisionstatbestandes stützt, nicht erwähnt. Aus den Akten ist auch nicht ersichtlich, ob sich dieser auf die Arbeitsfähigkeit auswirkt. Damit wurde der Sachverhalt im kantonalen Verfahren sowohl bezüglich des Gesundheitszustandes im Allgemeinen als auch im Hinblick auf einen Revisionsgrund im Besonderen unvollständig festgestellt. Insofern hält die vorinstanzliche Befristung der Rente vor Bundesrecht derzeit nicht stand und ist offen, ob ab September 2015 ein Rentenanspruch besteht.
4.5. Die Beschwerdegegnerin erachtete eine umfassende medizinische Begutachtung mit Einschluss der Urologie/Gynäkologie bereits im Januar 2016 als notwendig, da sie die Aktenlage als unvollständig qualifizierte. Die bereits in Aussicht gestellte Untersuchung an einer medizinischen Abklärungsstelle (Medas) wurde in der Folge einzig aus administrativen Gründen wieder verworfen. Dies wird nun nachzuholen sein. Die Sache wird an das kantonale Gericht zurückgewiesen, damit es ein umfassendes polydisziplinäres Gutachten einhole, welches sich zur Leistungseinschränkung im Zeitverlauf, insbesondere seit der Begutachtung durch PD Dr. med. C._ im November 2014 zu äussern hat. Gestützt auf dieses Gutachten wird die Vorinstanz neu entscheiden. Dabei wird sie die Grenzen der Parteibegehren im vorliegenden Verfahren (vgl. E. 4.1 hievor) zu berücksichtigen haben. Denn im Verfahren vor Bundesgericht gilt das Verbot der reformatio in peius (<ref-law>), das im Fall einer Rückweisung auch die vorinstanzlichen Behörden bindet (Urteil 8C_685/2011 vom 25. September 2012 E. 7.6 mit Hinweisen; vgl. ferner JOHANNA DORMANN, in Basler Kommentar, Bundesgerichtsgesetz, 3. Aufl. 2018 N 18 zu <ref-law>).
5.
Die Rückweisung der Sache an die Verwaltung oder an die Vorinstanz zu erneuter Abklärung (mit noch offenem Ausgang) gilt für die Frage der Auferlegung der Gerichtskosten als vollständiges Obsiegen im Sinne von Art. 66 Abs. 1 sowie Art. 68 Abs. 1 und 2 BGG, unabhängig davon, ob sie beantragt oder ob das entsprechende Begehren im Haupt- oder im Eventualantrag gestellt wird (<ref-ruling> E. 11.1 S. 312 mit Hinweisen). Damit wird die Beschwerdegegnerin im vorliegenden Verfahren kostenpflichtig. Mithin hat sie die Gerichtskosten zu tragen und der Beschwerdeführerin eine Parteientschädigung auszurichten.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird teilweise gutgeheissen. Der Entscheid des Sozialversicherungsgerichts des Kantons Zürich vom 10. April 2018 wird insoweit aufgehoben, als damit der Anspruch der Beschwerdeführerin auf eine ganze Rente befristet wurde. Die Sache wird an das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich zurückgewiesen, damit es, nach erfolgter Abklärung über den Verlauf des Gesundheitsschadens, neu entscheide. Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 800.- werden der Beschwerdegegnerin auferlegt.
3.
Die Beschwerdegegnerin hat die Beschwerdeführerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2800.- zu entschädigen.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich, dem Bundesamt für Sozialversicherungen und der BVG-Sammelstiftung Swiss Life, Zürich, schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 11. Dezember 2018
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Maillard
Die Gerichtsschreiberin: Schüpfer