Faits :
A.
Par arrêt du 12 décembre 2017 (9C_778/2016), le Tribunal fédéral, IIe Cour de droit social, a partiellement admis le recours en matière de droit public formé par A._ contre le jugement du Tribunal arbitral des assurances de la République et canton de Genève (ci-après: le Tribunal arbitral) du 16 septembre 2016. Il a réformé le jugement en ce sens que A._, en sa qualité de prestataire de soins, était condamnée à restituer, pour l'année 2013, la somme de 96'930 fr. à différentes caisses-maladie. Il a en outre renvoyé la cause à l'autorité précédente pour nouvelle décision sur les frais et dépens de la procédure antérieure.
B.
Statuant le 6 février 2018, la Présidente suppléante du Tribunal arbitral a mis les frais du Tribunal et l'émolumentà la charge, d'une part, de A._ à hauteur de 5'736 fr. 80 et,d'autre part, à la charge des caisses-maladie, prises conjointement et solidairement, à hauteur de 12'210 fr. 45; elle a par ailleurs compensé les dépens.
C.
A._ interjette un recours en matière de droit public contre ce jugement dont elle demande l'annulation. Elle conclut à ce que les frais de procédure du Tribunal arbitralsoient répartis à raison de 2'997 fr. 20 à sa charge et à raison de 14'950 fr. 05à la charge conjointe et solidaire des caisses-maladie, ainsi qu'à l'octroi en sa faveur d'une indemnité de dépens de 8'000 fr. pour la procédure devant le Tribunal arbitral, à la charge des caisses-maladie.
Le Tribunal arbitral conclut à ce que la cause lui soit renvoyée pour qu'il statue à nouveau dans une composition conforme à la loi. Les caisses-maladie s'en remettent à justice, tandis que l'Office fédéral de la santé publique a renoncé à se déterminer.

Considérant en droit :
1.
Invoquant une violation de l'art. 30 Cst. et l'arbitraire dans l'application de l'art. 40 de la loi [de la République et canton de Genève] du 29 mai 1997 d'application de la loi fédérale sur l'assurance-maladie [LaLAMal; RSG J 3 05], la recourante soutient que la décision attaquée a été rendue dans une composition irrégulière, parce que le Tribunal arbitral a siégé à un seul juge.
1.1. Selon l'art. 30 al. 1 Cst., toute personne dont la cause doit être jugée dans une procédure judiciaire a droit à ce qu'elle soit portée devant un tribunal établi par la loi, compétent, indépendant et impartial. Autrement dit, cette disposition confère au justiciable le droit de voir les litiges auxquels il est partie soumis à un tribunal régulièrement constitué d'après une organisation judiciaire et une procédure déterminées par un texte légal (<ref-ruling> consid. 2.1.2.1 p. 34; <ref-ruling> consid. 1.3.1 p. 338 et les références).
1.2. Dans le domaine de l'assurance-maladie, l'art. 89 al. 1 et 4 première et deuxième phrases LAMal, prévoit que le Tribunal arbitral, compétent pour les litiges entre assureurs et fournisseurs de prestations et désigné par les cantons, se compose d'un président neutre et de représentants en nombre égal des assureurs d'une part, et des fournisseurs de prestations concernés, d'autre part. Selon la jurisprudence, la composition paritaire du Tribunal arbitral sous la présidence d'un membre neutre, prévue à l'<ref-law>, est une caractéristique essentielle de la procédure devant le Tribunal arbitral et doit être suivie par les cantons (art. 49 al. 1 Cst.). Le caractère paritaire doit être respecté par le tribunal arbitral pour toutes les décisions d'ordre matériel, y compris lorsqu'il examine l'entrée en matière sur une demande, statue sur celle-ci et la déclare irrecevable à défaut de compétence en raison de la matière; une décision rendue par un juge unique peut tout au plus être envisagée en cas de retrait de recours ou de transaction (arrêt [du Tribunal fédéral des assurances] K 139/04 du 29 mars 2006 consid. 3.3.1 non publié in <ref-ruling>; arrêt 9C_149/2007 du 4 juin 2007 consid. 2.2.2).
L'art. 42 LaLAMal sur la composition du Tribunal arbitral, prévoit qu'il siège à trois juges, y compris le président; le droit cantonal ne prévoit aucune exception (cf. art. 39 à 46 LaLAMal).
1.3. La décision entreprise a été rendue par un juge unique. Comme l'admet du reste le Tribunal arbitral, elle a été prononcée dans une composition irrégulière. En effet, l'art. 42 LaLAMal prévoit que le Tribunal arbitral statue dans une composition à trois juges, ce qui est conforme au nombre minimum prévu par l'<ref-law>. Le droit cantonal ne prévoit par ailleurs aucune exception quant à une composition inférieure à trois juges. De plus, le jugement attaqué porte sur les frais et dépens et a été prononcé accessoirement à la décision sur le fond; il ne s'agit donc pas d'une décision purement formelle au sens de la jurisprudence rappelée ci-avant (supra consid. 1.2). Partant, le Tribunal arbitral aurait dû statuer dans une composition à trois juges. Le grief est dès lors bien fondé.
2.
Il résulte de ce qui précède que la décision attaquée, rendue en violation de l'art. 30 Cst., doit être annulée, sans qu'il soit nécessaire d'examiner les autres griefs soulevés par la recourante (cf. <ref-ruling> consid. 2.2 p. 500; <ref-ruling> consid. 8.3 p. 95). La cause est renvoyée à l'autorité précédente pour qu'elle statue à nouveau dans une composition conforme à la loi.
3.
Compte tenu des circonstances, il n'est pas perçu de frais judiciaires (art. 66 al. 1 deuxième phrase LTF). Le canton de Genève versera à la recourante une indemnité de dépens (art. 66 al. 3 en relation avec l'<ref-law>). Les intimées, qui s'en sont remis à justice dans une brève écriture, n'ont pas droit à des dépens.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est admis. Le jugement du Tribunal arbitral des assurances de la République et canton de Genève du 6 février 2018 est annulé et la cause est renvoyée à cette autorité pour nouvelle décision au sens des considérants.
2.
Il n'est pas perçu de frais judiciaires.
3.
La République et canton de Genève versera à la recourante la somme de 2'800 fr. à titre de dépens pour la procédure devant le Tribunal fédéral.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux parties, au Tribunal arbitral des assurances de la République et canton de Genève et à l'Office fédéral de la santé publique.
Lucerne, le 8 juin 2018
Au nom de la IIe Cour de droit social
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente : Pfiffner
Le Greffier : Bleicker