Sachverhalt:
A.
Mit Eheschutzurteil vom 13. Juni 2016 regelte das Landgerichtspräsidium Uri die Trennung von A._ (geb. 1965; Beschwerdeführerin) und B._ (geb. 1963; Beschwerdegegner). Soweit nachfolgend relevant, teilte es die im Eigentum des Beschwerdegegners stehende Liegenschaft der Beschwerdeführerin zur Benützung zu, wobei diese ab 1. Januar 2016 die Nebenkosten im Sinne eines faktischen Mietverhältnisses zu tragen habe. Ansonsten seien die Liegenschaftskosten weiterhin vom Beschwerdegegner zu bezahlen. Schliesslich sprach das Gericht der Beschwerdeführerin (zusätzlich zu den Liegenschaftskosten) monatliche Unterhaltsbeiträge zu (Fr. 1'895.-- ab 1. März bis 31. Mai 2015; Fr. 1'550.-- ab 1. Juni bis 31. Dezember 2015; Fr. 1'855.-- ab 1. Januar bis 30. Juni 2016; Fr. 635.-- ab 1. August 2016). Der VW Polo schliesslich wurde dem Beschwerdegegner zur Benützung zugesprochen. Die Parteien haben einen gemeinsamen volljährigen Sohn (geb. 1997) und die Beschwerdeführerin aus früherer Ehe zwei weitere volljährige Kinder.
B.
Gegen diesen Entscheid erhob die Beschwerdeführerin am 24. Juni 2016 Berufung beim Obergericht des Kantons Uri und verlangte insbesondere höhere Unterhaltsbeiträge von Fr. 6'390.-- (1. März 2015 bis 31. Juli 2016) resp. Fr. 3'750.-- (ab 1. August 2016) sowie eine andere Regelung bezüglich Wohnkosten und Auto. Weiter beantragte sie die Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege. Der Beschwerdegegner anerkannte zwei nachfolgend nicht mehr relevante Nebenpunk te un d beantragte im Übrigen die Abweisung der Berufung.
C.
Mit Urteil vom 28. November 2016 erhöhte das Obergericht den ab 1. August 2016 vom Beschwerdegegner der Beschwerdeführerin zu bezahlenden monatlichen Unterhaltsbeitrag auf Fr. 1'037.60 anstelle von Fr. 635.-- und wies die Berufung im Übrigen ab. Die Gerichtskosten auferlegte das Obergericht der Beschwerdeführerin und verpflichtete diese zur Bezahlung einer Parteientschädigung von Fr. 2'000.-- an den Beschwerdegegner.
D.
Gegen diesen Entscheid gelangt die Beschwerdeführerin mit Eingabe vom 10. März 2017 an das Bundesgericht. Der angefochtene Entscheid sowie Ziff. 2.1 (Regelung Kostentragung Liegenschaft), 4 (Zuteilung VW Polo), 5 (Unterhaltsbeiträge) und 7 (Gerichtskosten) des Entscheids des Landgerichtspräsidiums Uri seien aufzuheben. Sie beantragt Unterhaltsbeiträge von monatlich Fr. 6'390.-- für den Zeitraum von 1. März 2015 bis 31. Juli 2016 und Fr. 3'750.-- ab 1. August 2016. Eventualiter sei die Angelegenheit zur Sachverhaltsergänzung und Neubeurteilung an das Obergericht zurückzuweisen. Alles unter Kosten- und Entschädigungsfolgen zulasten des Beschwerdegegners. Sie ersucht für das bundesgerichtliche Verfahren um unentgeltliche Rechtspflege.
In separaten Eingaben ebenfalls vom 10. März 2017 teilte sie Korrekturen zur Beschwerdeschrift mit und ersuchte um Gewährung einer Nachfrist, damit sie einen Anwalt suchen könne, der die Beschwerde neu einreiche. Mit Verfügung vom 14. März 2017 teilte das Bundesgericht der Beschwerdeführerin unter Hinweis auf <ref-law> mit, dass die Beschwerdefrist eine gesetzliche Frist ist und nicht erstreckt werden kann.
E.
Das Obergericht verzichtete auf eine Vernehmlassung. Der Beschwerdegegner beantragt in der Beschwerdeantwort vom 4. Dezember 2017, auf die Beschwerde sei nicht einzutreten, eventualiter sei die Beschwerde abzuweisen, soweit auf sie eingetreten werden könne. Die Beschwerdeführerin äusserte sich mit Eingabe vom 10. Januar 2018 noch einmal und reichte weitere Unterlagen ein. Die Eingabe wurde dem Beschwerdegegner zur Wahrung des rechtlichen Gehörs zur Kenntnis gebracht. Am 19. Februar 2018 reichte die Beschwerdeführerin unaufgefordert eine weitere Stellungnahme mit Unterlagen ein.

Erwägungen:
1.
1.1. Das Bundesgericht prüft seine Zuständigkeit und die Eintretensvoraussetzungen von Amtes wegen und mit freier Kognition (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1 S. 143; mit Hinweisen).
1.2. Die Beschwerde richtet sich gegen den Endentscheid (<ref-law>) einer letzten kantonalen Instanz in einer Eheschutzsache (<ref-law>). Vor Bundesgericht sind nur vermögensrechtliche Aspekte strittig. Der erforderliche Streitwert von Fr. 30'000.-- ist erreicht (Art. 51 Abs. 4 und Art. 74 Abs. 1 lit. b BGG). Die Beschwerdeführerin ist gemäss <ref-law> zur Beschwerde berechtigt. Damit erfüllt die Eingabe der Beschwerdeführerin die Voraussetzung für die Entgegennahme als Beschwerde in Zivilsachen nach <ref-law>.
1.3. Soweit die Beschwerdeführerin in ihren Eingaben vom 10. Januar und vom 19. Februar 2018 neue Rechtsbegehren stellt und ihre Vorbringen und Unterlagen ergänzt, ist darauf infolge Ablauf der Beschwerdefrist nicht einzutreten.
1.4. Anfechtungsobjekt ist grundsätzlich nur das Urteil der Vorinstanz. Soweit die Vorinstanz allerdings in ihrer Begründung lediglich auf die Begründung der ersten Instanz verweist, nimmt die Beschwerdeführerin zu Recht auf das erstinstanzliche Urteil Bezug. Das Bundesgericht hat die Gesetzesanwendung in einem solchen Fall ebenfalls im Lichte der erstinstanzlichen Erwägungen zu prüfen (<ref-ruling> E. 3b S. 494; zum Ganzen auch Urteile 4A_434/2013 vom 19. Dezember 2013 E. 1.1 bis E. 1.4; 4A_538/2013 vom 19. März 2014 E. 3.1; je mit Hinweisen).
2.
2.1. Weil Eheschutzentscheide vorsorgliche Massnahmen im Sinne von <ref-law> darstellen (<ref-ruling> E. 5.2 S. 397), kann einzig die Verletzung verfassungsmässiger Rechte gerügt werden. Hierfür gilt das strenge Rügeprinzip (<ref-law>). Das Bundesgericht prüft nur klar und detailliert erhobene und soweit möglich belegte Rügen, während es auf ungenügend begründete Rügen und rein appellatorische Kritik am angefochtenen Entscheid nicht eintritt. Wird die Verletzung des Willkürverbots gerügt, reicht es sodann nicht aus, die Lage aus Sicht der Beschwerdeführerin aufzuzeigen und den davon abweichenden angefochtenen Entscheid als willkürlich zu bezeichnen; vielmehr ist im Einzelnen darzulegen, inwiefern das kantonale Gericht willkürlich entschieden haben soll und der angefochtene Entscheid deshalb an einem qualifizierten und offensichtlichen Mangel leidet (<ref-ruling> E. 2.2 S. 246). Auch eine Berichtigung oder Ergänzungen der Sachverhaltsfeststellungen kommt nur in Frage, wenn die kantonale Instanz verfassungsmässige Rechte verletzt hat (<ref-ruling> E. 4.1 S. 588), was die rechtsuchende Partei wiederum präzise geltend zu machen hat.
2.2. Dreht sich der Rechtsstreit um die Unterhaltsfestsetzung, gilt es zu beachten, dass der Richter in verschiedener Hinsicht auf sein Ermessen verwiesen ist (<ref-law>; <ref-ruling> E. 3a S. 141; Botschaft über die Änderung des ZGB vom 15. November 1995, BBl 1996 I S. 1 ff., S. 115 f.), wobei vorliegend der Willkürmassstab entscheidend bleibt (siehe E. 2.1 hiervor).
2.3. Das Bundesgericht berücksichtigt keine Tatsachen und Beweismittel, die erst nach dem vorinstanzlichen Urteil entstanden sind (echte Noven). Unechte Noven werden berücksichtigt, soweit der Entsche id der Vorinstanz dazu Anlass gibt (<ref-law>). Das vorinstanzliche Urteil datiert vom 28. November 2016 (vgl. Sachverhalt Bst. C). Aus dem Recht zu weisen ist damit insbesondere die mit Beilage zur Beschwerde eingereichte Bestätigung vom 8. März 2017 betreffend Steuerzahlen 2015/2016. Da die Steuerzahlen bereits vor der Vorinstanz strittig waren, hätte die Beschwerdeführerin diese schon vor der Vorinstanz belegen können und müssen. Sie legt denn auch keine Umstände dar, gemäss denen eine Berücksichtigung nach <ref-law> zulässig wäre.
3.
Die vor Bundesgericht nicht mehr anwaltlich vertretene Beschwerdeführerin beanstandet die Unterhaltsberechnung in mehrerer Hinsicht. Soweit die Beschwerdeführerin ihre Kritik einfach als handschriftliche Stichworte in der Kopie des angefochtenen Entscheids angefügt hat, kommt sie den Anforderungen der Rüge- und Begründungspflicht nicht nach, weshalb darauf nicht einzutreten ist.
3.1. Zur konkreten Berechnung führt die Beschwerdeführerin aus, die Vorinstanz habe ihr, obwohl in Kenntnis der Kündigung ihrer Praktikumsstelle, ab 1. August 2016 faktisch ein hypothetisches Einkommen angerechnet. Hier rügt sie weder Willkür noch legt sie dar, dass und wann sie die Vorinstanz davon in Kenntnis gesetzt hätte. Aus dem angefochtenen Entscheid geht nicht hervor, dass die Vorinstanz von einer Kündigung wusste. Damit entfällt Willkür, wenn die Vorinstanz ihr den Praktikumslohn angerechnet hat.
3.2. Weiter habe die Vorinstanz willkürlich alle Zusatzversicherungen der Krankenkasse gestrichen, welche die erste Instanz bewilligt gehabt habe. Hier kann der Beschwerdeführerin insofern nicht gefolgt werden, als die Vorinstanz diesbezüglich keine Änderungen vornahm, sondern gänzlich auf die Begründungen der ersten Instanz verwies, welche die Zusatzversicherungen effektiv als zu berücksichtigen bezeichnet hat.
3.3. Die Beschwerdeführerin rügt als willkürlich, dass ihr (hypothetische) Beiträge ihrer Kinder angerechnet worden seien. Der Betrag der Tochter von Fr. 800.-- sei für die Hundesitterin aufgewendet worden; überdies habe der Beschwerdegegner diverse Gegenstände der Beschwerdeführerin entwendet, weshalb sie nie über das Geld verfügt habe. Ihr Sohn C._ studiere in Basel und sei nur am Wochenende zu Hause. Der gemeinsame Sohn D._ sei in der Lehre und es stimme nicht, dass der Beschwerdegegner diesem Unterhalt zahle, so dass sie für dessen Unterhalt alleine aufkommen müsse. Beide könnten ihr die angenommenen Fr. 200.-- nicht zahlen.
In Bezug auf ihre Tochter übergeht die Beschwerdeführerin, dass die Vorinstanz das Urteil dahingehend änderte, als ihr ab 1. August 2016 keine Beiträge mehr angerechnet wurden, weshalb sie ab diesem Zeitpunkt den Unterhalt auf Fr. 1'037.60 erhöhte (vgl. Sachverhalt Bst. C). Für die Zeit davor bestätigt die Beschwerdeführerin indirekt, dass sie von der Tochter Geld erhalten, wenn auch wieder ausgegeben hat. Die behaupteten Diebstähle können nicht mit dem Unterhalt verrechnet werden, zumal sie nicht beziffert sind. In Bezug auf ihren Sohn C._ setzt sie sich nicht mit dem Argument der Vorinstanzen auseinander, dass dieser, ob er woanders studierte oder nicht, bis 31. Mai 2016 Urner Landrat gewesen sei und seinen Wohnsitz im Kanton Uri (bei der Mutter) gehabt habe. Zudem habe er ein erstes Studium abgebrochen. Jedenfalls sei diesem zumutbar, einer Nebenbeschäftigung nachzugehen. Angesichts des bescheidenen Betrags von monatlich Fr. 200.-- kann der Vorinstanz keine Willkür vorgeworfen werden. Ebenso verhält es sich beim gemeinsamen Sohn der Parteien, der über einen Lehrlingslohn verfügt und damit etwas abgeben kann. Falls es zutrifft, dass der Beschwerdegegner dem Sohn keinen Unterhalt bezahlt, müsste der volljährige Sohn selbst beim Vater Unterhalt geltend machen, nötigenfalls gerichtlich.
3.4. Die Beschwerdeführerin wehrt sich sodann dagegen, dass ihr für eine in ihrem Eigentum stehende Liegenschaft mit Mietwohnungen (teilweise hypothetische) Mietzinseinnahmen von Fr. 4'747.-- angerechnet wurden. Dies sei willkürlich. Beide Wohnungen hätten teilweise leer gestanden und es sei ihr faktisch nicht möglich gewesen, die Wohnungen lückenlos neu zu vermieten, da im Kanton Uri ein Überangebot an Wohnungen vorhanden sei.
Der Beschwerdeführerin ist insofern beizupflichten, als ein hypothetisches Einkommen nur angerechnet werden darf, wenn dieses zumutbar und möglich ist. Vorliegend hat die Vorinstanz in Übereinstimmung mit der ersten Instanz die Anrechnung daran angeknüpft, dass die Beschwerdeführerin gemäss Beilage zur Steuererklärung 2014 einen Nettomietertrag für das Jahr 2014 von Fr. 56'960.-- ausgewiesen habe, was monatlich Fr. 4'747.-- ergebe (nach Abzug der von den Mietern getragenen Nebenkosten-Akonti). Dabei sei ersichtlich, dass eine Wohnung in diesem Jahr nur zehn Monate vermietet gewesen sei, weiter sei es zu zwei nahtlosen Mieterwechseln gekommen. Sinngemäss könne daher für die Zukunft mit ähnlichen Zahlen gerechnet werden, da auch im Referenzjahr die Wohnungen nicht lückenlos vermietet gewesen seien. Damit setzt sich die Beschwerdeführerin nicht auseinander, womit sie keine Willkür der Vorinstanz dartut.
3.5. Sodann kritisiert die Beschwerdeführerin, die Vorinstanzen hätten willkürlich die Zwangsamortisationen und Rückstellungen nicht berücksichtigt, die sie leisten müsse (Fr. 1'250.-- und Fr. 1'000.-- pro Monat). Sie habe wegen Umbauarbeiten an ihrer Liegenschaft den Hypothekarkredit um Fr. 80'000.-- erhöhen und sich hierfür zu den erwähnten Zahlungen verpflichten müssen.
Die Vorinstanzen hatten eine Berücksichtigung des Betrags vorab deshalb verweigert, weil keine Notwendigkeit der Umbauarbeiten und damit auch nicht der Hypothekarzinsaufstockung und den damit einhergehenden finanziellen Verpflichtungen dargetan worden sei. Die Beschwerdeführerin könne sich den Umbau ihrer Liegenschaft nicht durch Unterhaltsbeiträge des Beschwerdegegners finanzieren lassen, zumal dies offenbar nicht einem gemeinsamen Entschluss entsprochen habe. Die Beschwerdeführerin setzt sich mit diesen Argumenten nicht auseinander, womit keine Willkür dargetan ist.
3.6. Im Zusammenhang mit der von ihr absolvierten Ausbildung rügt die Beschwerdeführerin, dass ihr willkürlicherweise anstelle von monatlich Fr. 1'250.-- für die Schule und Fr. 300.-- für auswärtige Verpflegung nur eine Pauschale von Fr. 250.-- angerechnet worden sei.
Hierzu geht aus dem Entscheid des Landgerichtspräsidiums hervor, dass ihr entgegen ihrer Aussage monatlich Fr. 1'250.-- als Schulgeld angerechnet wurden. Weiter wurde ihr zusätzlich die Pauschale für Fr. 250.-- für zusätzlichen Aufwand (Nachhilfeunterricht, Verpflegung) angerechnet. Was darüber hinaus geltend gemacht wurde, lehnten die Vorinstanzen ab, da die Beschwerdeführerin die zusätzlichen Kosten nicht belegt habe. Nachdem die Beschwerdeführerin auch vor Bundesgericht nicht behauptet, dies vor den Vorinstanzen getan zu haben, ist keine Willkür ersichtlich.
3.7. Willkür sieht die Beschwerdeführerin weiter bei von ihr geltend gemachten, aber nicht berücksichtigten Kosten für Brillenanpassungen und Zahnkorrekturen.
Wie bereits von den Vorinstanzen bemängelt, führt sie auch vor Bundesgericht nicht aus, inwiefern die Kosten (in der geltend gemachten Höhe) medizinisch indiziert sein sollen. Somit liegt keine Willkür vor, wenn diese Beträge nicht zum Grundbetrag addiert wurden.
3.8. Willkür fällt sodann auch ausser Betracht, wo die Beschwerdeführerin rügt, dass ihr die Kosten für den Hund nicht angerechnet wurden, zumal die Beschwerdeführerin diese vor Bundesgericht weder belegt noch beziffert.
3.9. Was die Behauptung angeht, es sei der Beschwerdeführerin willkürlich ein Betrag von Fr. 250.-- für Steuern in U._ nicht angerechnet worden, unterlässt es die Beschwerdeführerin vor Bundesgericht aufzuzeigen, wo sie einen solchen Beweis ins frühere Verfahren eingebracht hätte. Lediglich auf sämtliche Verfahrensakten zu verweisen, reicht nicht aus. Dasselbe gilt für die Rüge, die Unterhaltskosten für die Liegenschaft seien urkundlich belegt von ihr bezahlt worden. Die Ausführungen schliesslich zu Darlehen, der Verurteilung des Ehemanns wegen häuslicher Gewalt und die Kritik an der Nichtberücksichtigung der Anwaltsschulden sind appellatorischer Natur und daher ebenfalls nicht zu berücksichtigen.
4.
Zu klären bleibt das Schicksal des Fahrzeuges VW Polo, welches sich nach übereinstimmenden Äusserungen der Parteien im Eigentum der Beschwerdeführerin befindet, aber von den Vorinstanzen dem Beschwerdegegner zugewiesen wurde, da dieser aufgrund seiner Arbeit als Lokführer bei der X._ AG und Instruktor darauf angewiesen sei. Im Zusammenhang mit der Frage der Zuweisung ist sodann zu prüfen, inwiefern dem Beschwerdegegner Autokosten für den Arbeitsweg anzurechnen sind.
4.1. Die Beschwerdeführerin verlangt die Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheids und Zuteilung an sich selbst. Sie führt aus, sie habe das Fahrzeug erworben, sie nutze dieses ausschliesslich. Der Beschwerdegegner habe nicht beweisen können, dass er darauf angewiesen sei. Überdies habe er einen Fiat Panda für sich erworben und diesen am 2. Dezember 2016 eingelöst. Der Beschwerdegegner entgegnet in der Beschwerdeantwort unter Berufung auf seinen Beruf, die Arbeitszeiten sowie seinen Wohn- und die unterschiedlichen Arbeitsorte, die Vorinstanz habe ihm das Auto zuweisen dürfen. Die Beschwerdeführerin sei nicht auf ein Auto angewiesen. Zu den Vorbringen der Beschwerdeführerin, dass sie das Auto bis heute nutze und er sich ein eigenes Auto gekauft habe, äussert er sich nicht.
Der behauptete Autokauf erfolgte nach Fällung des angefochtenen Urteils. Es handelt sich somit um ein Novum, das nach <ref-law> in vorliegendem Verfahren nicht berücksichtigt werden kann (vgl. E. 2.3). Die Beschwerdeführerin legt sodann nicht dar, dass sie zwingend auf das Fahrzeug angewiesen wäre. Angesichts der Feststellung der Vorinstanzen, dass der Beschwerdegegner zumindest teilweise den Ort des Arbeitsantritts zu seinen Arbeitszeiten nicht mit öffentlichen Verkehrsmitteln erreichen kann, während sie ihren Ausbildungsplatz in V._ ohne weiteres mit den ÖV erreichen könne, ist die Zuweisung des Fahrzeugs zum Gebrauch an den Beschwerdegegner nicht willkürlich.
4.2. Im Anschluss an die Zuweisung des Fahrzeugs stellt sich die Frage der Arbeitswegkosten. Die Beschwerdeführerin bringt vor, sie nutze das Fahrzeug ausschliesslich und komme auch für sämtliche damit verbundenen Kosten auf. Dem Beschwerdegegner seien keine Fahrzeugkosten von Fr. 660.-- für den VW Polo anzurechnen. Auch in diesem Punkt spricht sie von Willkür der Vorinstanz. Der Beschwerdegegner beschränkt sich auf die Aussage, er sei in jedem Fall auf ein Auto angewiesen, weshalb ihm der Betrag anzurechnen sei.
Es versteht sich von selbst, dass nur als Auslagen zu berücksichtigen ist, was effektiv an Auslagen entsteht, d.h. dem Beschwerdegegner sind erst ab dem Zeitpunkt Autokosten anzurechnen, ab dem solche effektiv anfielen. Dem Entscheid des Landgerichtspräsidiums Uri vom 13. Juni 2016 lässt sich hierzu entnehmen, der Beschwerdegegner habe "bis anhin (...) versucht mit der Bahn seinen Arbeitsort zu erreichen. Dies sei auch ausserhalb der fahrplanmässigen Verbindungen möglich gewesen, weil verschiedene Züge in W._ einen Diensthalt hätten einlegen müssen. Die Strecke bis zum Wohnort nach T._ versuche er mit dem Velo zurückzulegen, was nicht immer möglich sei. Auf die Dauer sei diese Art den Arbeitsweg zurückzulegen für ihn nicht mehr zumutbar. Zudem würden ab Inbetriebnahme der NEAT im Juni 2016 die Diensthalte in W._ entfallen."
Bis zum 13. Juni 2016 benützte der Beschwerdegegner nach diesen Feststellungen kein Auto. Diese tatsächliche Feststellung wurde von der Vorinstanz übernommen und ist für das Bundesgericht verbindlich (<ref-law>). Obwohl er also bis mindestens 13. Juni 2016 über kein Auto verfügte, wurden dem Beschwerdegegner bereits ab dem 1. Juni 2015 Auslagen von monatlich Fr. 660.-- als Fahrauslagen Arbeitsweg angerechnet. Die Beschwerdeführerin rügt hier zu Recht Willkür. Bei der Unterhaltsberechnung ist somit für 1. Juni 2015 bis und mit mindestens 13. Juni 2016 auf der Seite des Beschwerdegegners der Betrag von Fr. 660.-- aus dessen Bedarf zu entfernen und der Unterhaltsbeitrag auf der Basis des tieferen Bedarfs des Beschwerdegegners neu zu berechnen.
Für die Zeit ab dem 13. Juni 2016 fehlen dem Bundesgericht die notwendigen Sachverhaltsfeststellungen, äussert sich doch die Vorinstanz nicht dazu. So ist nicht bekannt, ob der Beschwerdegegner über Juni 2016 hinaus (von der ersten Instanz angenommenes Entfallen des Halts in W._) mit Velo und ÖV den Arbeitsweg bewältigen konnte. Die Angelegenheit ist zur Einholung der notwendigen Erkundigungen und zum Entscheid, ob allenfalls Arbeitswegkosten zu berücksichtigen sind, und zu entsprechendem Anpassen der Unterhaltsbeiträge, an die Vorinstanz zurückzuweisen.
5.
Angesichts der mehrheitlichen Abweisung der Beschwerde sind die Gerichtskosten zu 3/ 4 der Beschwerdeführerin und zu 1/4 dem Beschwerdegegner aufzuerlegen und die übrigen Kosten wettzuschlagen (Art. 66 Abs. 1 und Art. 68 Abs. 1 BGG). Der Beschwerdeführerin wird im Umfang der ihr auferlegten Gerichtskosten unentgeltliche Rechtspflege gewährt. Im Übrigen wird ihr Gesuch gegenstandslos, zumal sie nicht anwaltlich vertreten ist und ihr damit keine entschädigungspflichtigen Parteikosten entstanden. Die Beschwerdeführerin hat der Gerichtskasse Ersatz zu leisten, wenn sie später dazu in der Lage ist (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird teilweise gutgeheissen, der Entscheid des Obergerichts des Kantons Uri vom 28. November 2016 aufgehoben, und die Sache wird zur Neuberechnung des Unterhalts ab 1. Juni 2015 im Sinne der Erwägungen an die Vorinstanz zurückgewiesen.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden zu Fr. 1'500.-- der Beschwerdeführerin und zu Fr. 500.-- dem Beschwerdegegner auferlegt.
3.
Die Parteikosten werden wettgeschlagen.
4.
Der Beschwerdeführerin wird im Umfang der auf sie entfallenden Gerichtskosten die unentgeltliche Rechtspflege gewährt und ihr Anteil vorläufig auf die Bundesgerichtskasse genommen.
5.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Uri, Zivilrechtliche Abteilung, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 7. März 2018
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: von Werdt
Die Gerichtsschreiberin: Friedli-Bruggmann