Faits :
A.
A.a. Communauté B._ et A._ SA sont liées par des contrats de bail portant sur des locaux situés au rez-de-chaussée, au sixième et au septième étage de l'immeuble sis (...) à U._.
A.b. Le 25 juin 2013, dans le cadre d'une procédure devant la Commission genevoise de conciliation en matière de baux et loyers (ci-après: commission de conciliation), les parties ont conclu un accord que la commission de conciliation les a condamnées à respecter et exécuter. Aux termes de cet accord, les loyers annuels étaient fixés, dès le 1 er janvier 2013, à 93'900 fr. pour les locaux du rez-de-chaussée, à 213'768 fr. pour les locaux du sixième étage, et à 397'020 fr. pour les locaux du septième étage.
A.c. Par formule officielle du 8 novembre 2016, la bailleresse a réduit les loyers annuels à 92'808 fr. pour les locaux du rez-de-chaussée, à 211'272 fr. pour les locaux du sixième étage, et à 392'604 fr. pour les locaux du septième étage.
A.d. Le 24 avril 2020, l'Office des poursuites du canton de Genève, à la requête de Communauté B._, a fait notifier à A._ SA un commandement de payer, poursuite n° xx xxxxxx x, portant sur 1'933 fr. 50, 4'401 fr. 50, 8'179 fr. 25, 1'933 fr. 50, 4'401 fr. 50, 8'179 fr. 25, 1'933 fr. 50, 4'401 fr. 50 et 8'179 fr. 25, avec intérêts à 5% l'an dès le 1 er février 2020 pour les trois premières sommes, dès le 1 er mars 2020 pour les trois suivantes, et dès le 1 er avril 2020 pour les trois dernières, représentant la part impayée des loyers des baux susvisés pour les mois de février à avril 2020.
La poursuivie a formé opposition.
B.
B.a. Le 18 juin 2020, Communauté B._ a déposé devant le Tribunal de première instance de Genève (ci-après: tribunal) une requête en mainlevée définitive, subsidiairement provisoire, de l'opposition au commandement de payer précité.
Par jugement du 14 octobre 2020, le tribunal a prononcé la mainlevée provisoire de l'opposition formée au commandement de payer précité, à concurrence de 43'542 fr. 75 avec intérêts moratoires à 5% l'an dès le 30 avril 2020.
B.b. Par acte du 29 octobre 2020, Communauté B._ a formé un recours contre ce jugement devant la Cour de justice du canton de Genève (ci-après: cour). Elle a conclu principalement au renvoi de la cause au tribunal pour nouvelle décision, subsidiairement, au prononcé de la mainlevée définitive de l'opposition faite au commandement de payer, à concurrence de trois fois 14'514 fr. 25 avec intérêts à 5% dès les 1 er février, 1 er mars et 1 er avril 2020, et plus subsidiairement, au prononcé de la mainlevée provisoire respectivement pour les montants précités.
A._ SA a conclu au rejet du recours.
Par arrêt du 19 janvier 2021, la cour a prononcé la mainlevée définitive de l'opposition formée au commandement de payer, poursuite n° xx xxxxxx x, et débouté les parties de toutes autres conclusions.
C.
Par acte posté le 10 février 2021, A._ SA interjette un recours en matière civile devant le Tribunal fédéral contre cet arrêt. Elle conclut principalement à sa réforme, en ce sens que la mainlevée provisoire de l'opposition formée au commandement de payer, poursuite n° xx xxxxxx x, est prononcée, et subsidiairement, à son annulation et au renvoi de la cause à l'autorité cantonale pour nouvelle décision au sens des considérants. En substance, elle se plaint de la violation de l'<ref-law> et de celle de l'art. 9 Cst. dans l'application de cette disposition.
Invitées à répondre au fond, l'autorité cantonale s'est référée aux considérants de son arrêt, alors que l'intimée a conclu, dans ses écritures postées le 7 juin 2021, au rejet du recours. La recourante a répliqué par écritures du 18 juin 2021.
D.
Par ordonnance du 26 février 2021, la requête d'effet suspensif assortissant le recours a été rejetée.

Considérant en droit :
1.
Le recours a été interjeté en temps utile (<ref-law>) contre une décision finale (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 1.1) rendue en matière de poursuite pour dettes (<ref-law>, en relation avec les <ref-law>) par le tribunal supérieur d'un canton ayant statué sur recours (art. 75 al. 1 et 2 LTF). La valeur litigieuse minimale de 30'000 fr. est atteinte (<ref-law>). La recourante, qui a succombé devant la juridiction précédente, a qualité pour recourir (<ref-law>).
2.
2.1. Le recours en matière civile peut être formé pour violation du droit, tel qu'il est délimité par les art. 95 s. LTF. Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (<ref-law>). Cela étant, eu égard à l'exigence de motivation contenue à l'art. 42 al. 1 et 2 LTF, il n'examine en principe que les griefs soulevés (<ref-ruling> consid. 2.4 et les références). Le recourant doit par conséquent discuter les motifs de la décision entreprise et indiquer précisément en quoi il estime que l'autorité précédente a méconnu le droit (<ref-ruling> consid. 1.7.1; <ref-ruling> consid. 2.4 et la référence).
2.2. Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>).
3.
3.1. L'autorité cantonale a considéré que les parties avaient conclu une transaction judiciaire en 2013, qui avait fixé le loyer annuel des objets loués à partir du 1er janvier 2013, et que la poursuivante était donc au bénéfice d'un titre de mainlevée définitive au sens de l'<ref-law>. Elle a jugé que l'argument avancé par la recourante pour contester que cette transaction constituât un titre de mainlevée définitive, soit que des diminutions de loyers avaient été consenties postérieurement, ne portait pas, au motif que le juge de la mainlevée devait se limiter à vérifier que la transaction judiciaire obligeait clairement le débiteur au paiement de sommes d'argent.
3.2.
3.2.1. La recourante se plaint de la violation de l'<ref-law> et de celle de l'art. 9 Cst. dans l'application de cette norme. Elle soutient que la transaction judiciaire portant sur le loyer ne constitue plus un titre de mainlevée définitive dans le cas où le loyer a été modifié par la suite. Elle affirme qu'en admettant la réduction du loyer par formule officielle du 8 novembre 2016 et en se référant à ces nouveaux montants dans sa requête de mainlevée définitive, l'intimée a également admis que le montant des loyers prévu dans la convention du 25 juin 2013 ratifiée par la commission de conciliation n'était plus d'actualité. En conséquence, l'autorité cantonale ne pouvait pas prononcer la mainlevée définitive s'agissant des montants mis en poursuite sur la base de la convention. Elle avance également que la transaction judiciaire ne prévoit que l'obligation, pour l'intimée, d'adapter les loyer à l'ISPC et n'a donc rien d'un jugement la condamnant à s'acquitter d'une somme d'argent déterminée.
3.2.2. L'intimée soutient que le procès-verbal de conciliation du 25 juin 2013 est une transaction judiciaire qui a force exécutoire et est revêtue de l'autorité de force jugée, de sorte qu'elle est assimilée à un jugement. Elle ajoute que le fait qu'elle ait notifié à la poursuivie des avis de baisse de loyer en raison de la baisse de l'ISPC ne remet pas en cause le caractère exécutoire de la transaction, ni sa valeur en tant que titre de mainlevée définitive, au motif que ces avis ne constituent ni un jugement ni une transaction judiciaire qui modifierait ou remplacerait la transaction. Elle en conclut que c'est à bon droit que l'existence d'un titre de mainlevée définitive a été admise.
4.
La question qui se pose est de savoir si la transaction judiciaire fixant le montant d'un loyer et condamnant les parties à respecter et exécuter l'accord, passée devant le commission de conciliation, constitue un titre de mainlevée définitive de l'opposition au sens de l'<ref-law>, étant précisé que le grief d'arbitraire (art. 9 Cst.) dans l'application de cette norme que la recourante soulève également est superflu, compte tenu de la cognition du Tribunal de céans en la matière (cf. supra consid. 2.1; <ref-law>).
4.1.
4.1.1. Le contentieux de la mainlevée de l'opposition (<ref-law>) n'a pas pour but de constater la réalité de la créance en poursuite, mais l'existence d'un titre exécutoire, le juge de la mainlevée ne se prononçant que sur la force probante du titre produit (<ref-ruling> consid. 4.1.1 et les références). Le prononcé de mainlevée ne sortit que des effets de droit des poursuites et ne fonde pas l'exception de chose jugée quant à l'existence de la créance (<ref-ruling> consid. 2.3).
4.1.2. Aux termes de l'<ref-law>, le créancier qui est au bénéfice d'un jugement exécutoire peut requérir du juge la mainlevée définitive de l'opposition. L'<ref-law> assimile aux jugements les transactions ou reconnaissances passées en justice.
4.1.2.1. Seul un jugement condamnatoire constitue un titre de mainlevée (<ref-ruling> consid. 5.4). La mainlevée ne peut donc être octroyée que si le jugement condamne le débiteur à payer une somme d'argent déterminée ou aisément déterminable (<ref-ruling> consid. 4.3.2; <ref-ruling> consid. 6.1.1; <ref-ruling> consid. 5.3.2; arrêt 5A_276/2020 du 19 août 2020 consid. 5.2.2, publié in RSPC 2002 p. 590).
4.1.2.2. Saisi d'une requête de mainlevée définitive à l'appui de laquelle le poursuivant produit un jugement ou une transaction judiciaire, le juge doit notamment vérifier si la créance en poursuite résulte du titre. Il n'a cependant pas à se déterminer sur son existence matérielle ni sur le bien-fondé du titre la constatant (<ref-ruling> consid. 4.3.1 et les références). Il n'a ni à revoir ni à interpréter le titre qui lui est produit (parmi plusieurs: arrêt 5A_416/2019 du 11 octobre 2019 consid. 4.2.1, publié in SJ 2020 I p. 102). Plus précisément, le juge de la mainlevée ne peut pas interpréter, au sens de l'<ref-law>, une transaction judiciaire. Pour constituer un titre de mainlevée définitive, la transaction judiciaire doit clairement obliger définitivement le débiteur au paiement d'une somme d'argent déterminée. Le juge de la mainlevée doit seulement décider si cette obligation en ressort (<ref-ruling> consid. 4.4.4).
Cette limitation du pouvoir d'examen du juge de la mainlevée ne signifie pas que celui-ci doive se fonder exclusivement sur le dispositif du jugement invoqué pour déterminer si le titre vaut titre de mainlevée définitive au sens de l'<ref-law>, notamment s'il est condamnatoire. Il peut aussi se référer aux considérants du jugement; ce n'est que si le sens du dispositif est douteux et que ce doute ne peut être levé à l'examen des motifs que la mainlevée doit être refusée (<ref-ruling> consid. 4.3.2; <ref-ruling> consid. 6.1.1; <ref-ruling> consid. 5.3.2; arrêt 5D_21/2020 du 26 mai 2020 consid. 4.1.2 et les autres références).
4.1.3. L'action en diminution du loyer (art. 270 s. CO) donne lieu à un jugement (ou une transaction) formateur (<ref-ruling> consid. 8.3.1; arrêt 4C.291/2001 du 9 juillet 2002 consid. 6c; HIGI, Zürcher Kommentar, Die Miete, Art. 269-270e OR, 4ème éd., 1998, n° 57 ad <ref-law>).
Les effets de ce jugement formateur se limitent à fixer le montant du loyer dû. En ce sens, il complète la convention des parties qui valait jusqu'alors. Il ne constitue donc pas un titre de mainlevée définitive au sens de l'<ref-law>. Il n'est qu'une des pièces dont le rapprochement permet de retenir l'existence d'un titre de mainlevée provisoire au sens de l'<ref-law> (HIGI, op. cit., n° 84 ad <ref-law>; cf. aussi arrêt KC18.016550-181206 292 du 11 décembre 2018 de la Cour des poursuites et faillites du Tribunal cantonal du canton de Vaud, consid. II.a.aa). L'avis contraire exprimé en doctrine (ABBET, in La mainlevée de l'opposition, Commentaire des articles 79 à 84 LP, 2017, n° 16 ad <ref-law>; plus nuancé: STAEHELIN, in Basler Kommentar, SchKG I, 2ème éd., 2010, n° 84 ad <ref-law>, qui soutient cet avis à supposer que le jugement [ou la transaction] puisse être qualifié de condamnatoire, et non de formateur ou constatatoire) ne peut pas être suivi. En effet, il se fonde sur un arrêt du Tribunal fédéral qui n'a en réalité pas tranché cette question (arrêt 5P.304/2005 du 1er février 2006 consid. 3). Dans cette affaire, il a seulement relevé que l'autorité cantonale était partie de la prémisse implicite que le jugement modifiant le loyer serait condamnatoire mais que, faute de grief à ce sujet dans un recours où sa cognition était limitée à l'arbitraire, il n'examinerait pas cette question.
4.2. En l'espèce, dans son procès-verbal de conciliation du 25 juin 2013, la commission de conciliation a condamné les parties en tant que de besoin à respecter et exécuter toutes les dispositions de leur accord du 28 mai 2013, accord dont il ne ressort, s'agissant du loyer dû, qu'une réduction. Cette transaction ne constitue dès lors pas un titre de mainlevée définitive.
Il suit de là que le grief de violation de l'<ref-law> doit être admis. Aucune des parties ne conteste que l'intimée peut néanmoins prétendre à la mainlevée provisoire de l'opposition, la transaction devant être considérée comme une des pièces qui, rapprochée des contrats de bail et des avenants, ainsi que l'avis de baisse de loyer datés de 2016, constituent un titre de mainlevée provisoire au sens de l'<ref-law>.
5.
En définitive, le recours est admis et l'arrêt attaquée réformé en sens que la mainlevée provisoire de l'opposition formée au commandement de payer, poursuite n° xx xxxxxx x, est prononcée. Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 fr., sont mis à la charge de l'intimée qui succombe (<ref-law>). Celle-ci versera en outre à la recourante une indemnité de 3'000 fr. à titre de dépens pour la procédure fédérale (<ref-law>). La cause est renvoyée à l'autorité cantonale pour qu'elle statue à nouveau sur les frais et dépens de la procédure cantonale.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est admis. L'arrêt attaqué est réformé en ce sens que la mainlevée provisoire de l'opposition formée au commandement de payer, poursuite n° xx xxxxxx x, est prononcée.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 fr., sont mis à la charge de l'intimée.
3.
L'intimée versera à la recourante une indemnité de 3'000 fr. à titre de dépens.
4.
La cause est renvoyée à l'autorité cantonale pour nouvelle décision sur les frais et dépens de la procédure cantonale.
5.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Chambre civile de la Cour de justice du canton de Genève.
Lausanne, le 23 juillet 2021
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Herrmann
La Greffière : Achtari