Faits :
A.
La Baye de Clarens est un cours d'eau drainant un bassin versant de 14,3 km 2, situé sur les communes de Montreux, Blonay et Saint-Légier-La Chiésaz. Elle possède un régime hydraulique similaire aux cours d'eau alpins et, partant, une dynamique sédimentaire importante.
Durant l'été 2007, deux crues successives ont provoqué d'importants dépôts dans le lit, en traversée de la localité de Clarens ainsi qu'à l'embouchure du cours d'eau. Une grande quantité de matériaux s'est déposée notamment sous le pont de la RC 780 (à savoir la rue du Lac) et le pont de Tavel.
Au vu du risque d'inondation constaté durant ces événements, la Commune de Montreux a confié au Bureau C._ SA le mandat de dresser un état des lieux et de présenter un concept de sécurité de la Baye de Clarens. A la suite du rapport technique rédigé par ce bureau en 2008 (intitulé "Carte des dangers de la Baye de Clarens - Etablissement de la carte des dangers et des lignes directrices d'un concept de sécurité"), il a été décidé de mettre en oeuvre un concept de sécurité basé sur la gestion des apports solides en traversée de Clarens, incluant la réalisation d'un seuil à engravures avec zone de rétention des sédiments d'environ 4'000 m 3en amont de la zone urbanisée, ainsi que la création d'un delta à l'embouchure.
Le projet a été divisé en trois secteurs: amont, médian et embouchure.
Au niveau du secteur amont, le projet prévoit la réalisation de la zone de rétention des sédiments (P1B), la réfection du seuil et la protection des berges (P3AB) ainsi que la protection des berges en rive droite (P4AB). S'agissant du secteur médian, différentes mesures de correction sont également envisagées. La création d'un delta (P11B) est enfin prévue à l'embouchure (cf. Concept de sécurité, mémoire technique établi en septembre 2014 par le Bureau C._ SA [ci-après: mémoire technique final], p. 3 s.).
De janvier à mars 2010, une première série de mesures, essentiellement dans le secteur médian, ont été réalisées à titre prioritaire.
En parallèle à ces travaux, le Conseil d'Etat du canton de Vaud a constitué l'entreprise de correction fluviale de la Baye de Clarens (ci-après: ECF), regroupant le canton, la Confédération et la Commune de Montreux.
Le Bureau C._ SA a établi son mémoire technique final en septembre 2014. Ce rapport est accompagné d'une carte des dangers de septembre 2008 représentant ceux-ci avant et après la réalisation de l'ensemble des mesures, ainsi que d'une notice d'impact sur la nature et le paysage rédigée le 15 août 2014 par le bureau d'études biologiques D._ SA (ci-après: NIE).
Le projet de sécurisation a fait l'objet de trois enquêtes publiques - une par secteur -, toutes intervenues simultanément, du 24 octobre au 24 novembre 2014.
B.
S'agissant de la mesure P1B du secteur amont, à savoir la réalisation d'un seuil à engravures avec zone de rétention (ou d'épandage) des sédiments, le dossier d'enquête comprenait, outre le rapport technique final et ses annexes, un plan de situation et coupe de juillet 2014, ainsi qu'un plan de géomètre du 29 septembre 2014.
La mesure P1B est prévue sur les parcelles DP 89 de la Commune de Blonay et DP 213 de la Commune de Montreux (lit de la Baye de Clarens); elle concerne également les parcelles 1761 et 1762 de Blonay, en aire forestière à raison de 375 m 2, respectivement 61 m 2, ainsi que le fonds 3874 de Montreux, également en aire forestière à raison de 150 m 2. Le seuil sera implanté à une trentaine de mètres en amont du Pont de Brent (route de Blonay); il prendra place en aval de la petite piscine communale en plein air aménagée le long de la rivière, en rive droite, à une centaine de mètres en aval d'un seuil artificiel existant.
Le Pont de Brent bénéficie d'une note *2* au recensement architectural; il est inscrit à l'Inventaire des monuments historiques non classés ainsi qu'à l'Inventaire fédéral des voies de communication historiques de la Suisse (IVS). Le lieu d'implantation de l'ouvrage est par ailleurs également inscrit à l'Inventaire cantonal des monuments et sites (IMNS, n o 182, cours de la Baye de Clarens), ainsi qu'à l'Inventaire cantonal des biotopes (n o 12). La partie nord de la zone de rétention figure partiellement dans un corridor à faune d'importance régionale (réservoir, n o 520).
La mesure P1B est constituée d'un mur perpendiculaire au cours d'eau, troué de deux engravures (fentes verticales); le mur est stabilisé sur chaque berge par un enrochement ainsi qu'une digue en matériaux terreux. Il est complété par un contre-seuil noyé en aval. Afin de faciliter les interventions de curage, un accès à la zone de rétention est également prévu: long d'une trentaine de mètres, il s'implantera en rive droite, dans le prolongement du chemin de la Piscine. Dans la continuité de cet accès, sera réalisée une piste de chantier provisoire d'une quarantaine de mètres, menant au lieu d'implantation du seuil.
La mesure P1B vise, par la rétention dans la zone d'épandage d'une capacité de 4'000 m 3, à réduire les apports de matériaux en aval, notamment sous le Pont de la RC 780 (rue du Lac) et sous le Pont de Tavel, pour les crues de probabilité faible à très faible (temps de retour supérieur à 100 ans).
C.
Dans le cadre de l'instruction, les différents services cantonaux concernés ont délivré leurs préavis respectifs.
C.a. La Direction des ressources et du patrimoine naturels, Biodiversité et paysage (DTE/DGE/DIRNA/BIODIV) a notamment indiqué qu'au vu des contraintes hydraulique, hydrogéologique et technique le choix d'une autre variante d'implantation du dépotoir n'était pas envisageable. La faisabilité d'un tel ouvrage plus en amont n'était pas démontrée d'un point de vue sécuritaire. Les recommandations de la direction cantonale visant à améliorer l'intégration paysagère du seuil à engravure avaient été prises en considération (remblai végétalisé, structure irrégulière du béton apparent). Les possibilités de migration de la faune aquatique et terrestre au droit de l'ouvrage projeté n'étaient pas entravées. L'impact transitoire des travaux sur la faune et la flore était modéré et l'impact permanent faible, compte tenu des possibilités de recolonisation naturelle et des plantations arbustives projetées. La DGE/BIODIV a relevé que le projet n'intégrait en revanche pas de mesures de compensation paysagère propre à le rendre acceptable dans ce secteur de l'IMNS. Sur cette base elle a délivré les autorisations requises sous conditions, exigeant que les mesures mentionnées dans la NIE soient intégrées au projet et que la tête de l'exutoire en béton situé en rive droite, en aval du seuil, soit démolie et réaménagée. La DGE/BIODIV a enfin exigé qu'une mesure de compensation de l'impact paysager du dépotoir soit définie et réalisée.
C.b. La Direction des ressources et du patrimoine naturels, Inspection cantonale des forêts - Gestion de la forêt - Dossiers de planification (DTE/DGE/DIRNA/FORÊT) a relevé que les plans de géomètre présentés ne tenaient que partiellement compte des nouvelles délimitations forestières prévues par la révision du plan général d'affectation de la commune de Montreux (ci-après: PGA); les plans des mesures n'en tenaient pas compte. Après examen, la DGE/FORÊT a estimé que la réalisation du seuil, implanté partiellement en forêt, nécessitait une autorisation pour construction en forêt selon l'art. 14 al. 2 de l'ordonnance sur les forêts du 30 novembre 1992 (OFo; RS 921.01) ou à moins de 10 m de la lisière (art. 27 de la loi forestière cantonale du 8 mai 2012 [LVLFo; RS/VD 921.01]), autorisation qu'elle a délivrée. Quant au chemin d'accès, situé en partie dans l'aire forestière, la direction cantonale a considéré que celui-ci pouvait être autorisé en tant que petite construction non forestière (art. 14 al. 2 OFo), une procédure de défrichement apparaissant exagérée. Il était enfin précisé que les ouvrages devraient être reboisés conformément à la NIE avec des essences buissonnantes et arbustives.
C.c. Le Service Immeuble, patrimoine et logistique, Section monuments et sites (SIPAL/MS) a indiqué n'avoir pas de remarque à formuler compte tenu du faible impact visuel des aménagements projetés, depuis le Pont de Brent.
D.
Les mesures prévues dans le secteur amont ont suscité des oppositions, notamment celles formées par B.X._ et A.X._, propriétaires des parcelles 1762, 2439, 2440 et 469 de la Commune de Blonay, sises en rive droite, de part et d'autre du pont de Brent. La parcelle 1762, en aire forestière, accueillera une partie du projet; la parcelle 2440, en aval du pont, supporte actuellement une maison d'habitation.
Les 22 avril et 26 août 2015, B.X._ et A.X._ ont été reçus et entendus par l'ECF, la Commune de Montreux, la DGE ainsi que par des mandataires spécialisés.
Par décisions du 17 décembre 2015, le Département cantonal du territoire et de l'environnement (DTE) a levé les oppositions et autorisé l'ECF Baye de Clarens à entreprendre les travaux. En ce qui concerne plus particulièrement le secteur amont, la décision reprend les objectifs décrits dans le rapport technique final en y ajoutant "la suppression de tous les seuils infranchissables pour la faune piscicole et le rétablissement d'une dynamique au cours d'eau dès que l'espace le permet, le long d'une rivière qui s'écoule dans un milieu très urbanisé".
Durant l'automne et l'hiver 2015-2016, d'autres mesures de protection ont été opérées, dans le secteur médian.
Par acte du 1 er février 2016, B.X._ et A.X._ ont recouru contre la décision du 17 décembre 2015 relative au secteur amont devant la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal du canton de Vaud, contestant pour l'essentiel la construction du seuil à engravures à proximité de leurs parcelles.
Le Tribunal cantonal a tenu audience, sur place, le 25 janvier 2017. Par arrêt du 13 novembre 2017, il a rejeté le recours dont il était saisi. Il a tout d'abord considéré que l'ouverture d'une enquête distincte pour chacun des secteurs du projet ne contrevenait pas au principe de coordination. Pour le surplus et en substance, le tribunal a estimé que le projet répondait tant aux exigences de la législation sur les eaux qu'à celles définies par la législation forestière; il était également conforme aux règles en matière de protection de l'environnement et de préservation de la nature et des sites.
E.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public, B.X._ et A.X._ demandent principalement au Tribunal fédéral de réformer l'arrêt attaqué en ce sens que leur recours cantonal est admis et la décision du DTE du 17 décembre 2015 annulée. Subsidiairement, ils concluent au renvoi de la cause à l'instance précédente pour nouvelle décision dans le sens des considérants.
Le Tribunal cantonal se réfère aux considérants de son arrêt et conclut au rejet du recours. Egalement appelé à se prononcer - notamment sur requête des recourants -, l'Office fédéral de l'environnement (OFEV) s'est déterminé sur les aspects du projet concernant la protection contre les crues, la protection des forêts et la protection de la nature et du paysage; il n'a toutefois pas pris de conclusions formelles. Le DTE se réfère également aux considérants de l'arrêt cantonal; en réponse aux observations de l'OFEV, le département produit par ailleurs une note de travail du 9 mai 2018 établie par le Bureau C._ SA. Aux termes d'un échange ultérieur d'écritures, les recourants, d'une part, ainsi que le DTE, d'autre part, persistent dans leurs conclusions respectives. Les recourants se sont encore longuement exprimés par acte du 3 décembre 2018. Par ordonnance du 27 septembre 2019, le Tribunal fédéral a invité l'OFEV à se déterminer notamment sur la note de travail du Bureau C._ SA du 9 mai 2018; l'office fédéral s'est prononcé le 31 octobre 2019. Tant la DGE que les recourants ont pris position sur cette dernière écriture.

Considérant en droit :
1.
Dirigé contre une décision finale (art. 90 LTF) prise en dernière instance cantonale (art. 86 al. 1 let. d LTF) dans une cause de droit public (art. 82 let. a LTF), le recours est en principe recevable comme recours en matière de droit public selon les art. 82 ss LTF, aucune des exceptions prévues à l'art. 83 LTF n'étant réalisée. Les recourants ont participé à la procédure devant le Tribunal cantonal. En tant que propriétaires de la parcelle 1762, mise à contribution par le projet, et de la parcelle 2440, sise dans le voisinage immédiat et supportant un bâtiment d'habitation, ils sont particulièrement touchés par l'arrêt attaqué; ils bénéficient d'un intérêt digne de protection à sa modification ou à son annulation. La qualité pour recourir au sens de l'art. 89 al. 1 LTF doit partant leur être reconnue. Les autres conditions de recevabilité sont au surplus réunies si bien qu'il convient d'entrer en matière.
2.
Les recourants font valoir une violation de leur droit à la preuve. Ils reprochent en substance à la cour cantonale de s'être fondée sur les éléments techniques avancés par le mandataire de l'ECF Baye de Clarens, dont le caractère, selon eux, lacunaire commandait la mise en oeuvre d'une expertise.
2.1.
Le droit d'être entendu, garanti par l'art. 29 al. 2 Cst., comprend notamment le droit pour l'intéressé de produire des preuves pertinentes, d'obtenir qu'il soit donné suite à ses offres de preuves pertinentes, lorsque cela est de nature à influer sur la décision à rendre (<ref-ruling> consid. 6.3.1 p. 299; <ref-ruling> consid. 5.1 p. 293; <ref-ruling> consid. 2.3 p. 282). L'autorité peut cependant renoncer à procéder à des mesures d'instruction lorsque les preuves administrées lui ont permis de forger sa conviction et que, procédant d'une manière non arbitraire à une appréciation anticipée des preuves qui lui sont encore proposées, elle a la certitude que ces dernières ne pourraient l'amener à modifier son opinion (<ref-ruling> consid. 6.3.1 p. 299; <ref-ruling> consid. 2.2 p. 210). Ce refus d'instruire ne viole ainsi le droit d'être entendu des parties que si l'appréciation anticipée de la pertinence du moyen de preuve offert, à laquelle le juge a procédé, est entachée d'arbitraire (<ref-ruling> consid. 3.3 p. 64 et les références citées).
En matière d'appréciation des preuves et d'établissement des faits, il n'y a arbitraire que lorsque l'autorité ne prend pas en compte, sans aucune raison sérieuse, un élément de preuve propre à modifier la décision, lorsqu'elle se trompe manifestement sur son sens et sa portée, ou encore lorsque, en se fondant sur les éléments recueillis, elle en tire des conclusions insoutenables (<ref-ruling> consid. 1.1 p. 503; <ref-ruling> consid. 2.3 p. 266 et les références citées).
Dans ce contexte, la partie recourante est soumise aux exigences accrues de motivation de l'art. 106 al. 2 LTF. Le Tribunal fédéral n'entre ainsi pas en matière sur les critiques de nature appellatoire (<ref-ruling> consid. 2.4 p. 368).
2.2. Selon les recourants, diverses questions "très techniques", dont certaines essentielles à l'appréciation de la nécessité du projet, demeuraient encore "ouvertes" au stade du recours cantonal. A les suivre, il aurait ainsi été indispensable d'ordonner une expertise portant sur la modélisation des dangers "si les mesures de planification - dont l'élargissement du cours d'eau notamment sous le pont de la rue du Lac -" étaient réalisées en priorité, conformément à l'art. 3 de la loi fédérale sur l'aménagement des cours d'eau du 21 juin 1991 (LACE; RS 721.100). Ils reprochent à la cour cantonale de ne s'être fondée, pour trouver réponse à ces questions, qu'à l'appréciation de l'autorité cantonale, respectivement à celle de son mandataire; aucune donnée tangible n'aurait pourtant été avancée.
2.2.1. Ce faisant, les recourants ne discutent aucunement les considérants de l'arrêt attaqué et se bornent à y opposer leur propre appréciation de la situation. De surcroît et de leur propre aveu, la requête d'expertise n'avait pour but que d'"objectiver l'analyse et obtenir un point de vue scientifique, neutre et impartial - qui ne soit pas celui du mandataire de l'ECF Baye Clarens". Ils ne démontrent cependant pas qu'il serait arbitraire de s'être fié aux différents documents établis par le Bureau C._ SA ou encore aux déclarations du chef de projet, en audience, spécialement en ce qui concerne les coûts d'entretien et la nécessité du projet; les recourants n'exposent en outre pas non plus en quoi les considérations et résultats techniques figurant au dossier seraient empreints de partialité: exciper, sans autre forme d'explication, du fait que la DGE est en même temps partie à l'ECF Baye de Clarens et autorité décisionnelle est à cet égard insuffisant; les recourants reconnaissent au demeurant que cette "double casquette" est prévue par la loi (cf. art. 12 et 17 ss de la loi sur la police des eaux dépendant du domaine public du 3 décembre 1957 [LPDP; RS/VD 721.01]).
2.2.2. Il n'est enfin pas non plus arbitraire de n'avoir pas instruit plus avant la question de la détermination des dangers en cas d'élargissement du cours d'eau dans le secteur du pont de la rue du Lac, respectivement d'avoir renoncé à la mise en oeuvre d'une expertise sur ce point. Le Tribunal cantonal n'a en effet pas écarté cette possibilité d'élargissement pour des motifs techniques, mais en lien avec l'application du principe de la proportionnalité, en particulier sous l'angle des coûts importants qu'engendrerait une telle solution. Or, comme cela sera exposé encore au consid. 5.3.2 ci-dessous, cette appréciation est à elle seule suffisante pour renoncer à cet élargissement, de sorte qu'une expertise technique sur ses effets n'apparaissait pas nécessaire.
2.2.3. Il est également vain de se prévaloir de la modélisation établie en 2012 sous l'égide de l'EPFL au sujet d'un seuil à engravures - prétendument du même type - réalisé à Bex (TAMARA GHILARDI ET AL., Gestion du risque d'inondation sur l'Avançon par rétention de sédiments, 2012), d'en reproduire certains passages et d'en déduire, sans autre discussion, que les documents techniques au dossier seraient incomplets ou erronés. On ne saurait pas non plus inférer de cette étude, portant sur la situation d'un autre cours d'eau, que le projet litigieux présenterait des dysfonctionnements; ce serait perdre de vue - comme le rappelle pourtant cette même étude - que les conditions locales propres à chaque situation ne permettent pas de généraliser les solutions trouvées ( ibid., p. 688 i.i).
2.3. En définitive, les recourants échouent à démontrer que le refus de mettre en oeuvre une expertise procéderait d'une appréciation anticipée des preuves empreinte d'arbitraire; insuffisamment motivé, le grief est écarté (art. 106 al. 2 LTF).
3.
Sur le fond, les recourants font valoir une violation du principe de la coordination, ancré à l'art. 25a de la loi fédérale sur l'aménagement du territoire du 22 juin 979 (LAT; RS 700), et de l'art. 47 de l'ordonnance sur l'aménagement du territoire du 28 juin 2000 (OAT; RS 700.1). Ils se plaignent pour l'essentiel que les cartes de dangers n'ont été établies que postérieurement à l'enquête; ils critiquent par ailleurs, une nouvelle fois, le mémoire technique final versé au dossier.
3.1. L'art. 25a LAT énonce, à ses al. 1 à 3, des principes en matière de coordination lorsque l'implantation ou la transformation d'une construction ou d'une installation nécessite des décisions émanant de plusieurs autorités. Une autorité chargée de la coordination doit en particulier veiller à ce que toutes les pièces du dossier de demande d'autorisation soient mises simultanément à l'enquête publique (art. 25a al. 2 let. b LAT) et à ce qu'il y ait une concordance matérielle des décisions ainsi que, en règle générale, une notification commune ou simultanée (art. 25a al. 2 let. d LAT); ces décisions ne doivent pas être contradictoires (art. 25a al. 3 LAT). Ces principes ont été conçus pour être mis en oeuvre au stade de l'autorisation de construire; la loi prévoit cependant qu'ils sont applicables par analogie à la procédure des plans d'affectation (art. 25a al. 4 LAT). Enfin, la loi ne tend pas à une coordination maximale, mais doit assurer une coordination suffisante (cf. arrêts 1C_67/2018 du 4 mars 2019 consid. 5.1 publié in: DEP 2019 p. 348; 1C_309/2013 du 4 juillet 2013 consid. 3.3.1.
Intitulé "Rapport à l'intention de l'autorité cantonale chargée de l'approbation des plans", l'art. 47 OAT prévoit que l'autorité qui établit les plans d'affectation fournit à l'autorité cantonale chargée d'approuver ces plans (art. 26, al. 1, LAT), un rapport démontrant leur conformité aux buts et aux principes de l'aménagement du territoire (art. 1 et 3 LAT), ainsi que la prise en considération adéquate des observations émanant de la population (art. 4, al. 2, LAT), des conceptions et des plans sectoriels de la Confédération (art. 13 LAT), du plan directeur (art. 8 LAT) et des exigences découlant des autres dispositions du droit fédéral, notamment de la législation sur la protection de l'environnement (al. 1). Elle expose en particulier quelles réserves d'affectation subsistent dans les zones à bâtir existantes, quelles mesures sont nécessaires afin de mobiliser ces réserves ou d'obtenir sur ces surfaces un bâti conforme à l'affectation de la zone et dans quel ordre ces mesures seront prises (al. 2). Le rapport au sens de cette disposition est avant tout nécessaire lors de l'approbation d'un plan d'affectation communal par une autorité cantonale. Il permet à cette dernière de mieux comprendre les enjeux de l'aménagement local, dans la commune concernée, et d'obtenir d'office des renseignements sur les différents points décisifs, notamment s'agissant de la conformité du plan d'affectation aux exigences découlant de la législation fédérale en matière de protection de l'environnement (cf. arrêts 1C_568/2008 du 6 juillet 2009 consid. 6; 1C_17/2008 du 13 août 2008 consid. 2.2 publié in: SJ 2008 I 471).
3.2. Au stade du recours cantonal, arguant également d'une violation du principe de la coordination, les recourants faisaient notamment grief aux autorités cantonales de n'avoir pas procédé à une mise à l'enquête globale de l'ensemble des mesures de correction projetées sur la Baye de Clarens. En réponse à cette critique, la cour cantonale a rappelé que le projet de correction consistait en différentes mesures réparties dans trois secteurs du cours d'eau - aval, médian et amont. Le projet avait certes fait l'objet de trois mises à l'enquête distinctes, une par secteur; celles-ci étaient néanmoins intervenues simultanément; elles avaient en outre fait l'objet de décisions rendues le même jour, qui plus est par une seule et même autorité. Le Tribunal cantonal a jugé que, dans ces conditions, le principe de la coordination avait été observé.
3.3. Devant le Tribunal fédéral, les recourants ne discutent aucunement cette appréciation; la recevabilité de leur grief apparaît, pour ce motif déjà, douteuse (art. 42 al. 2 LTF; cf. FLORENCE AUBRY GIRARDIN, Commentaire de la LTF, 2 e éd. 2014, n. 30 ad art. 42 LTF). En tout état de cause, on ne perçoit pas en quoi le principe de la coordination aurait été violé au motif que les cartes de dangers "en lien avec les effets escomptés grâce au projet litigieux" n'ont été établies que postérieurement à la mise à l'enquête, à savoir, selon les constatations cantonales, après la réalisation des mesures du secteur médian; les recourants ne l'expliquent d'ailleurs pas. Ils ne prétendent du reste pas non plus que cela les aurait empêchés de faire valoir leurs droits au stade de l'opposition ou du dépôt du recours cantonal (cf. art. 29 al. 2 Cst.); ils reconnaissent au demeurant avoir eu accès à ces cartes ultérieurement, en cours d'instance. Quant à leurs remarques formulées en lien avec le prétendu caractère incomplet ou erroné de ces cartes de dangers, celles-ci sont étrangères à la question de la coordination. Sont par ailleurs irrecevables, faute de répondre aux exigences de motivation de l'art. 106 al. 2 LTF, les considérations appellatoires au sujet de l'entretien du seuil à engravures, répétées ici en rapport avec le principe de la coordination, avec lequel on peine toutefois à saisir le lien.
Enfin et sous couvert d'une violation de l'art. 47 OAT, les recourants se bornent en réalité à réitérer leurs critiques déjà vainement formulées à l'endroit du mémoire technique final (cf. consid. 2.2). Au surplus, à la lumière de leurs explications, on ne perçoit pas que les exigences de l'art. 47 OAT devraient s'appliquer au présent projet, lequel ne relève pas à proprement parler de la planification; l'autorité de décision a de surcroît elle-même réuni les différents avis nécessaires à la réalisation du projet, de sorte que, sous cet angle également, un rapport au sens de l'art. 47 OAT - pour peu que cette disposition soit ici applicable - n'apparaît pas nécessaire (cf. arrêt 1C_17/2008 du 13 août 2008 consid. 2.2 publié in: SJ 2008 I 471; voir également arrêt 1C_852/2013 du 4 décembre 2014 consid. 3.1.2 et 3.2).
3.4. Dans ces conditions, la cour cantonale n'a pas violé le droit fédéral, en particulier les art. 25a LAT et 47 OAT, en jugeant que la mise à l'enquête simultanée et l'examen par une même autorité des mesures prévues dans les différents secteurs répondaient aux exigences du principe de la coordination. On ne décèle en particulier pas que la procédure adoptée entraînerait un risque de décisions contradictoires; les recourants ne le prétendent du reste pas. Il n'est au demeurant pas discuté que les mesures déjà réalisées dans les autres secteurs conserveront leur utilité indépendamment du sort réservé au seuil à engravures litigieux, celles-ci tendant à la protection contre des crues plus fréquentes que celles visées par le présent projet.
3.5. En conclusion, le grief, pour peu qu'il soit recevable, doit être rejeté.
4.
Se prévalant d'une violation de la loi fédérale sur l'aménagement des cours d'eau (LACE), les recourants remettent en cause la nécessité de prendre des mesures de protection contre les crues en faveur du secteur de la rue du Lac, à Clarens.
4.1. La loi fédérale sur l'aménagement des cours d'eau a pour but de protéger des personnes et des biens matériels importants contre l'action dommageable des eaux, en particulier celle qui est causée par les inondations, les érosions et les alluvionnements (protection contre les crues) (art. 1 al. 1 LACE). La protection contre les crues incombe aux cantons (art. 2 al. 1 LACE). Ils appartient à ceux-ci, dans le cadre de l'exécution de la loi, d'édicter les prescription nécessaires (art. 12 al. 1 et 2 LACE). L'art. 21 al. 1 de l'ordonnance du 2 novembre 1994 sur l'aménagement des cours d'eau (OACE; RS 721.100.1) précise en particulier que les cantons sont chargés de désigner les zones dangereuses. Ils établissent les documents de base pour la protection contre les dangers naturels (art. 27 al. 1 OACE); il leur appartient notamment de dresser un cadastre des ouvrages de protection (al. 1 let. a), de documenter les sinistres (cadastres des événements) (let. b) et d'élaborer des cartes des dangers et des plans d'urgence en cas de sinistre (let. c). Dans l'exécution de ces tâches, les cantons tiennent compte des directives techniques et des travaux réalisés par la Confédération (art. 21 al. 2 OACE). Concrétisant ces exigences, le droit vaudois prévoit notamment que les communes établissent les cartes de dangers liées aux eaux, en se conformant aux recommandations de la Confédération, du service cantonal, ainsi que des autres services spécialisés (art. 2h al. 1 LPDP).
Selon la recommandation Aménagement du territoire et dangers naturels (Office fédéral du développement territorial ARE, 2005, p. 22), le degré de danger, à représenter sur la carte, est déterminé par la combinaison de l'intensité du processus dangereux à laquelle il faut s'attendre, à savoir la force de l'évènement telle que la profondeur d'inondation et la vitesse d'écoulement en cas de crue, et de la probabilité de son occurrence sur une certaine période. L'intensité est classée en trois catégories, à savoir forte, moyenne et faible. La probabilité, exprimée en temps de retour, est pour sa part divisée en quatre catégories: élevée (temps de retour de 1 à 30 ans), moyenne (temps de retour supérieur à 30 ans et jusqu'à 100 ans), faible (temps de retour supérieur à 100 ans et jusqu'à 300 ans) et très faible (temps de retour supérieur à 300 ans). La mise en oeuvre des cartes de dangers nécessite la définition d'objectifs de protection qui varient selon la nature et l'importance des différents biens ou infrastructures à sauvegarder. En ce qui concerne les zones d'habitation, l'objectif est une protection complète pour les évènements d'une période de retour égale ou inférieure à 100 ans (cf. <ref-ruling> consid. 4.1.2 p. 173; arrêt 1C_148/2008 du 11 décembre 2008 consid. 4.5.1 publié in: DEP 2009 p. 150; ERWIN HEPPERLE, Commentaire de la loi sur la protection des eaux et de la loi sur l'aménagement des cours d'eau, 2016, n. 11 ad art. 3 LACE). Pour les évènements d'une période de retour comprise entre 100 et 300 ans, de faibles intensités sont acceptables. Pour les évènements encore plus rares, des intensités moyennes sont tolérables (cf. recommandation ARE 2005, p. 19; Office fédéral des eaux et de la géologie [OFEG], directives Protection contre les crues des cours d'eau, 2001, p. 16 s. et 44).
4.2. La cour cantonale a retenu que, selon la carte de dangers de 2016, établie après la réalisation des mesures prévues dans le secteur médian, de nombreuses surfaces urbaines, situées au droit et en aval du pont de la rue du Lac, à Clarens, demeuraient soumises à un risque d'intensité forte pour des crues à probabilité faible; de nombreux bâtiments restaient par ailleurs exposés à un risque d'intensité moyenne pour des crues à probabilité faible, ce qui n'était pas admissible. D'autres mesures de protection devaient ainsi être prises afin d'assurer une protection suffisante dans ce secteur urbanisé de Clarens.
Les recourants contestent cette appréciation; ils soutiennent que le Tribunal cantonal aurait à tort considéré que le projet litigieux était justifié par le risque d'embâcles au niveau du pont de Tavel. Selon eux, ce risque aurait déjà été supprimé par les précédentes mesures réalisées dans le cadre du concept global de l'ECF Baye de Clarens. Il ne demeurerait par conséquent que le risque d'encombrement au droit du pont de la rue du Lac. Or, selon les recourants, ce risque d'embâcle n'exposerait aucune habitation du secteur à un danger élevé (surfaces figurées en rouge sur la carte des dangers d'inondation mise à jour en 2016), en cas de crue à probabilité faible ou très faible; seules les routes seraient directement touchées, de sorte qu'un "risque fort" pourrait, selon eux, subsister.
4.3. A l'examen des différentes cartes de dangers versées au dossier, il apparaît effectivement que les mesures de protection déjà réalisées permettent de juguler le risque au niveau du pont de Tavel. Cela n'est toutefois d'aucun secours aux recourants. En effet, l'analyse de la cour cantonale est axée sur la situation prévalant dans le secteur de la rue du Lac. A cet égard, on constate que, malgré la réalisation des mesures du secteur médian, de nombreuses surfaces en zone urbaine, notamment la rue du Lac et du Torrent, demeurent en proie à un danger d'intensité forte pour des crues à probabilité faible (période de retour entre 100 et 300 ans); des portions de territoire bâti en aval du pont de la rue du Lac se trouvent en outre encore exposées à des crues d'intensité faible à moyenne, pour une même période de retour. Comme l'a jugé la cour cantonale, dont l'appréciation est sur ce point confirmée par l'OFEV, une telle situation n'est pas satisfaisante. La directive ARE précitée admet en effet au plus une intensité faible pour des évènements à probabilité faible menaçant une zone d'habitation (cf. recommandation ARE, 2005, figure n o 8, p. 19). Or, rien ne commande en l'espèce de s'écarter de cette exigence sécuritaire. On cherche en particulier en vain, dans la documentation Niveau de sécurité face aux dangers naturels (Plate-forme nationale "Dangers naturels" [PLANAT], 2015) - citée par les recourants à titre de recommandation plus récente - quels éléments contrediraient la recommandation de l'ARE; la documentation éditée par la PLANAT fait au contraire expressément référence à cette première recommandation ainsi qu'aux directives de l'ancien OFEG (directives OFEG, 2001) lorsqu'il s'agit de fixer les objectifs de sécurité à atteindre en fonction du type de danger, en particulier en matière de crues et des dangers gravitaires (cf. PLANAT, 2015, p. 14 et Annexe B1, p. 59).
4.4. Force est ainsi de reconnaître, qu'en dépit des mesures déjà mises en oeuvre dans le secteur médian, le secteur de la rue du Lac présente un déficit de protection contre les crues auquel il convient de remédier. La critique relative à l'absence de nécessité à prendre des mesures de protection doit dès lors être écartée.
5.
Bien que ces griefs soient formellement soulevés en lien avec, respectivement, une violation du droit à la preuve (art. 29 al. 2 Cst.) ainsi qu'une violation du principe de coordination (art. 25a LAT) et de l'art. 47 OAT, on comprend que les recourants remettent en cause l'efficacité du seuil à engravures pour atteindre l'objectif de protection contre les crues à probabilité faible préconisé par les recommandations fédérales. Ils estiment par ailleurs que cette protection pourrait être assurée par des mesures moins incisives, respectivement des mesures d'entretien et de planification.
5.1. Selon l'art. 37 al. 1 let. a LEaux, les cours d'eau ne peuvent être endigués ou corrigés que si ces interventions s'imposent notamment pour protéger des personnes ou des biens importants (art. 3 al. 2 LACE). Selon l'art. 3 LACE, les cantons assurent la protection contre les crues en priorité par des mesures d'entretien et de planification (al. 1). Si cela ne suffit pas, les cantons prennent les autres mesures qui s'imposent telles que corrections, endiguements, réalisation de dépotoirs à alluvions et de bassins de rétention des crues ainsi que toutes les autres mesures propres à empêcher les mouvements de terrain (al. 2). Les mesures doivent être appréciées compte tenu de celles qui sont prises dans d'autres domaines, globalement et dans leur interaction (al. 3). Selon la jurisprudence, les mesures de protection actives n'ont ainsi leur raison d'être que lorsque l'entretien normal rationnel d'installations de protection existantes et les efforts d'aménagement du territoire ne permettent pas d'atteindre les buts fixés (cf. arrêts 1C_741/2013 du 16 juillet 2014 consid. 3; 1C_466/2013 du 24 avril 2014 consid. 4.2.1; 1C_51/2011 du 11 janvier 2012 consid. 2.1; directives OFEG, 2001, p. 49, 54 et 58; Message du 25 mai 1988 relatif au second train de mesures pour une nouvelle répartition des tâches entre la Confédération et les cantons, FF 1988 II 1350 s., ch. 443).
Conformément à l'art. 4 al. 1 LACE, les eaux, les rives et les ouvrages de protection contre les crues doivent être entretenus de façon à maintenir la protection contre les crues à un niveau constant, en particulier en ce qui concerne la capacité d'écoulement. L'art. 4 al. 2 LACE - dont la teneur est voisine de celle de l'art. 37 al. 2 let. a à c LEaux - prévoit que, lors d'interventions dans les eaux, leur tracé naturel doit être autant que possible respecté ou, à défaut, reconstitué. Les eaux et l'espace réservé aux eaux doivent être aménagés de façon à ce qu'ils puissent accueillir une faune et une flore diversifiées (let. a), que les interactions entre eaux superficielles et eaux souterraines soient maintenues autant que possible (let. b) et qu'une végétation adaptée à la station puisse croître sur les rives (let. c). Dans les zones bâties, l'autorité peut autoriser des exceptions à l'al. 2 (art. 4 al. 3 LACE).
5.2. Se fondant non seulement sur les différents documents techniques versés au dossier - en particulier le rapport technique final et la note de travail du Bureau C._ SA du 8 mai 2014 -, mais également sur les déclarations en audience, notamment celles du chef de projet, ainsi que sur les informations complémentaires communiquées par le service spécialisé (cf. réponse de la DGE du 21 avril 2016, p. 11), le Tribunal cantonal a jugé que, en ce qui concernait l'utilité du seuil à engravures, celui-ci avait pour but - on l'a dit - la protection contre les crues de probabilité faible à très faible; il était destiné à retenir le surplus de matériaux charriés lors de telles crues et d'éviter ainsi des embâcles aux points critiques, tels que le pont de la RC 780, la sous-capacité de charriage de ce dernier tronçon n'étant que partiellement compensée par la mesure P10 (voir aussi note de travail du Bureau C._ SA du 8 mai 2014 ch. 3 p. 2). La mesure P1B apparaissait ainsi apte à atteindre l'objectif de protection des personnes et des biens matériels importants contre les crues à probabilité faible.
Pour les motifs déjà exposés ci-dessus (cf. consid. 2) rien ne commande en l'occurrence de revenir sur les conclusions techniques du Bureau C._ SA quant à l'aptitude du seuil à engravures à répondre à l'objectif de protection requis, en particulier, au niveau du secteur urbanisé de Clarens, aspect pour lequel le Tribunal fédéral s'impose de surcroît une certaine retenue (cf. arrêt 1C_294/2017 du 4 mai 2018 consid. 5.1.1; voir également <ref-ruling> consid. 4.2.1 p. 173; HEPPERLE, op. cit, n. 22 ad art. 3 LACE et les arrêts cités). Au stade de leur grief de fond, les recourants ne le discutent d'ailleurs plus sérieusement, leur critique étant pour l'essentiel centrée sur la possibilité prétendue d'atteindre la protection souhaitée par des mesures moins incisives, respectivement des mesures d'entretien et de planification, conformément à l'art. 3 al. 1 LACE. Ils soutiennent plus spécifiquement que la commune aurait prévu une mesure d'aménagement dans son nouveau PGA, à savoir l'élargissement du cours d'eau et la modification du pont de la rue du Lac. Cette mesure serait, à les suivre, propre à assurer la protection nécessaire dans le secteur aval et répondrait à l'ordre de priorité imposé par la loi.
5.3. A cet égard, la cour cantonale a estimé qu'aucune mesure d'entretien ou de planification ne permettait d'atteindre le niveau de protection requis dans le secteur largement urbanisé de Clarens, contrairement à la mesure active litigieuse (P1B). L'instance précédente a en particulier considéré qu'au regard du nombre élevé de bâtiments concernés, il ne pouvait être reproché aux autorités d'avoir favorisé ces mesures actives au détriment d'une surélévation, ou encore de la réalisation de digues ou de murs. Un fort élargissement du cours d'eau et une surélévation du pont de la rue du Lac auraient nécessité l'acquisition d'importantes surfaces de terrain et un coût qui rendait cette solution irréaliste. Le Tribunal cantonal a dès lors jugé que la mesure P1B, qui sur le plan technique répondait au besoin de protection souhaité, devait être confirmée, celle-ci ne présentant pas de tels inconvénients.
5.3.1. Selon les recourants, en écartant ainsi la possibilité d'élargir la Baye de Clarens à la hauteur du pont de la rue du Lac - alors que celle-ci serait prévue par le nouveau PGA -, pour des motifs exclusivement financiers, le Tribunal cantonal aurait violé l'art. 3 al. 1 LACE, qui donne la priorité aux mesures d'entretien et de planification. Cela étant, à l'examen des copies du PGA versées au dossier et contrairement à ce qu'avancent les recourants, il n'apparaît pas d'emblée évident que ce plan figure une bande affectée à la zone naturelle le long de la partie inférieure de la Baye de Clarens; il est encore moins établi que cette bande aurait le cas échéant été planifiée "dans le but d'élargir l'espace réservé au cours d'eau" - comme l'allèguent péremptoirement les recourants - et non pour d'autres motifs, liés par exemple à la protection de la berge. L'élargissement préconisé par les recourants ne relève quoi qu'il en soit pas d'une mesure d'aménagement, respectivement de planification, au sens où l'entend l'art. 3 al.1 LACE (sur la différence entre les textes allemand, d'une part, français et italien, de l'autre, cf. HEPPERLE, op. cit., n. 8 ad art. 3 LACE). Cette disposition vise en effet la mise en oeuvre de mesures passives ( ibid., n. 38) : il faut prioritairement "tenter de maîtriser les risques sans aménager les eaux" (Message du Conseil fédéral du 25 mai 1988 relatif au second train de mesures pour une nouvelle répartition des tâches entre la Confédération et les canton, FF 1988 1350, ch. 443); dans ce contexte, on pense spécialement à la détermination des zones à risques (carte de dangers) et à l'introduction, dans celles-ci, d'interdictions de construire ( ibid.; cf. également HEPPERLE, op. cit., n. 8 ad art. 3 LACE). Pour ce motif déjà, on ne saurait voir dans le refus de l'élargissement une violation de l'art. 3 al. 1 LACE.
5.3.2. De surcroît, en jugeant que cet élargissement, qui pouvait certes être envisagé - selon les termes de l'arrêt attaqué -, devait néanmoins être écarté, en particulier pour des motifs financiers, le Tribunal cantonal n'a fait qu'appliquer le principe de la proportionnalité; celui-ci commande notamment de renoncer aux projets présentant des coûts démesurés (cf. directives OFEG 2001, p. 26). Or, les recourants ne se prévalent d'aucune violation de ce principe (art. 106 al. 2 LTF), de sorte que, au regard de la nature urbaine du milieu concerné et de la présence de nombreux bâtiments - caractéristiques non contestées -, il n'y a pas lieu de revenir sur l'appréciation de la cour cantonale, pour qui cette solution entraînerait un coût excessif, en particulier en lien avec l'acquisition des terrains nécessaires et la démolition du pont.
5.3.3. Il n'est enfin pas établi que l'élargissement du cours d'eau, au niveau de la rue du Lac, permettrait d'assurer une protection suffisante. Il n'est en particulier pas pertinent de se prévaloir - comme le font les recourants - d'un précédent dans lequel le Tribunal fédéral a jugé qu'un élargissement était propre à éviter le risque d'embâcles (cf. arrêt 1C_103/2014 du 13 mars 2015 consid. 3.3 publié in: DEP 2015 p. 246) : c'est ignorer - à nouveau - que la protection contre les crues commande un examen des circonstances concrètes. Dans le cas particulier, il ressort du dossier que la Baye de Clarens présente une capacité de charriage insuffisante en traversée de la zone urbanisée (cf. Mémoire technique, ch. 2 p. 1). Un élargissement pourrait ainsi se révéler contreproductif puisqu'il entraînera, comme le souligne l'OFEV, une réduction de la vitesse d'écoulement et, de ce fait, une augmentation des dépôts que l'on cherche précisément à prévenir par le biais de la mesure P1B.
5.4. En définitive, la solution proposée par les recourants de renoncer à la mesure litigieuse apparaît impropre à garantir la sécurité, contrairement au seuil à engravures projeté. Il n'est par conséquent pas contraire à l'art. 3 al. 1 LACE d'avoir privilégié le projet litigieux, en application de l'art. 3 al. 2 LACE. Le grief est par conséquent rejeté.
6.
Les recourants doutent encore que le projet maintienne la dynamique sédimentaire de la Baye de Clarens; en d'autres termes, le régime de charriage naturel du cours d'eau protégé par l'art. 43a LEaux.
6.1. Le régime de charriage constitue une caractéristique déterminante d'un cours d'eau; les matériaux charriés depuis l'amont lors des crues remplacent ceux qui ont été emportés par l'érosion et assurent à intervalles réguliers le renouvellement des bancs de gravier et du substrat (OFEV, Assainissement du régime de charriage, Planification stratégique, module d'aide à l'exécution Renaturation des eaux, 2012, ch. 1.1, p. 11). Faute d'un apport suffisant en solides charriés d'amont en aval, le lit du cours d'eau perd ses amas de gravier meuble et tend à se colmater. Il peut même se creuser davantage en l'absence de mesures appropriées, ce qui en altère de plus en plus les fonctions écosystémiques (ANNE-CHRISTINE FAVRE, Commentaire de la loi sur la protection des eaux et de la loi sur l'aménagement des cours d'eau, 2016, n. 8 ad art. 43a LEaux).
L'art. 43a LEaux dispose que le régime de charriage d'un cours d'eau ne doit pas être modifié par des installations au point de porter gravement atteinte à la faune et à la flore indigènes et à leurs biotopes, au régime des eaux souterraines et à la protection contre les crues. Les détenteurs de ces installations prennent les mesures nécessaires (al. 1). Les mesures sont définies en fonction des facteurs suivants: gravité des atteintes portées au cours d'eau (art. 43a al. 2 LEaux let. a); potentiel écologique du cours d'eau (let. b); proportionnalité des coûts (let. c); protection contre les crues (let. d); objectifs de politique énergétique en matière de promotion des énergies renouvelables (let. e). Dans le bassin versant du cours d'eau concerné, les mesures doivent être coordonnées après consultation des détenteurs des installations concernées (art. 43a al. 3 LEaux). Selon l'art. 42a OEaux, une modification du régime de charriage porte gravement atteinte à la faune et à la flore indigènes et à leurs biotopes lorsque des installations telles que des centrales hydroélectriques, des sites d'extraction de gravier, des dépotoirs à alluvions ou des aménagements modifient durablement les structures morphologiques ou la dynamique morphologique des eaux (cf. également FAVRE, op. cit., n. 9 ad art. 43a LEaux).
L'art. 43a al. 1 LEaux vise ainsi en définitive à éviter des obstacles au régime de charriage. Toute construction sur un cours d'eau doit respecter le mécanisme naturel du charriage de manière à éviter des atteintes graves à la faune et à la flore indigène; aussi ne s'agit-il pas d'empêcher ou d'éliminer toutes les perturbations, mais celles qui portent gravement atteinte aux intérêts de la faune et de la flore indigènes ainsi qu'à leurs biotopes. La nécessité de prendre des mesures ne concerne que les installations - nouvelles ou existantes - qui génèrent des atteintes graves au sens où l'entend l'art. 42a OEaux (FAVRE, op. cit., n. 19 s. ad art. 43a LEaux).
6.2. Devant le Tribunal cantonal les recourants faisaient notamment valoir que le seuil à engravures entraînerait une modification indue du régime de charriage. Se fondant sur le mémoire technique du Bureau C._ SA de septembre 2014 (mémoire technique final, ch. 2, p. 1), la cour cantonale a retenu que le concept de sécurisation, dans son ensemble, visait précisément "à redonner au mieux une dynamique sédimentaire naturelle à ce cours d'eau jusqu'au lac Léman, dès que l'espace le permet, notamment par la suppression de tous les seuils existants et par l'élargissement de l'embouchure de manière à permettre l'épandage des sédiments sur une surface plus importante". S'agissant plus précisément du seuil litigieux, l'instance précédente a retenu que celui-ci constituait certes une intervention dans le cours naturel de la Baye. Son impact serait toutefois mesuré, dès lors qu'il n'était destiné à se mettre en charge que lors de crues de probabilité faible à très faible. La dynamique sédimentaire resterait ainsi pratiquement inaltérée dans les autres cas. Il avait en outre pour avantage de réduire le nombre d'interventions de curage dans le lit en aval, donc de diminuer l'impact sur le milieu naturel. A la lumière de ces éléments, le Tribunal cantonal a jugé que le projet global répondait à la volonté du législateur fédéral, consacrée par l'art. 43a LEaux, de modifier le moins possible le régime de charriage du cours d'eau.
6.3. Selon les recourants, le seuil à engravures nécessiterait un entretien courant et pas uniquement à l'occasion des crues de probabilité faible à très faible. Ils en déduisent que le projet porterait atteinte au régime sédimentaire naturel du cours d'eau, problématique en réalité essentiellement mise en évidence par l'OFEV, aux termes de ses observations.
6.3.1. Il ressort de l'arrêt attaqué que le seuil à engravures devra faire l'objet d'opérations de curage lors des crues à probabilité faible à très faible, pour la protection contre lesquelles cet ouvrage est projeté. Il est vrai cependant que des mesures d'entretien courant devront également être assurées. Celles-ci consisteront à évacuer, non pas les sédiments accumulés dans la zone d'épandage, mais les bois qui pourraient obstruer les engravures, à une fréquence irrégulière en fonction de cette obstruction, estimée en moyenne à une fois par année. En l'état actuel du projet, il n'y a pas lieu de revenir sur l'étendue, la fréquence et les coûts modérés de ces travaux d'entretien établis par l'instance précédente. Comme discuté précédemment au consid. 2 ci-dessus, les recourants faillissent à démontrer que le Tribunal cantonal se serait, sur ces questions, livré à un établissement des faits ou une appréciation des preuves arbitraires.
6.3.2. Cela étant, à l'examen des documents techniques, en particulier du rapport technique final de septembre 2014 du Bureau C._ SA, force est avec l'OFEV de constater que rien ne permet de déterminer si le régime de charriage naturel est maintenu, respectivement si la réalisation du mur à engravures lui porte une atteinte grave au sens de l'art. 42a OEaux; l'arrêt attaqué n'est du reste pas plus éloquent à ce propos. Le rapport technique, suivi en cela par l'arrêt attaqué, indique certes que la dynamique sédimentaire serait maintenue, sans toutefois apporter une quelconque démonstration technique de la réalité de ce postulat, alors même qu'il est établi que des matériaux solides ne seront pas uniquement retenus lors de crues de fréquence faible à très faible, mais également - certes dans une moindre mesure - en présence d'un écoulement normal des flots et de crues de fréquence élevée et moyenne (cf. rapport technique final, ch. 5.2, p. 22 s.). Quant à la NIE, elle ne mentionne aucunement cette problématique (cf. NIE, ch. 2 ss, p. 2 ss), laquelle vise pourtant à garantir les fonctions écosystémiques du cours d'eau (cf. FAVRE, op. cit. n. 8 ad art. 43a LEaux). Les compléments apportés par la DGE devant la Cour de céans, sous la forme d'une notice de travail du 9 mai 2018 du Bureau C._ SA, fussent-ils recevables (cf. art. 99 al. 1 LTF), ne permettent pas non plus de se convaincre que la dynamique sédimentaire serait maintenue. Sur cette base, aux termes de ses dernières observations devant le Tribunal fédéral, l'OFEV conclut certes que l'ouvrage litigieux n'aura qu'un impact local et limité dans le temps sur le régime de charriage, laissant supposer sa conformité aux exigences de l'art. 43a LEaux. Il n'en demeure pas moins que l'office fédéral conseille une revue du projet sur la base des dernières recommandations (en particulier, OFEV, dépotoirs à alluvions doseurs en contexte torrentiel, in Dynamique du charriage et des habitats, 2017, fiche 4).
6.3.3. Dans ces circonstances, on ne peut à ce stade déterminer l'atteinte au régime naturel de charriage entraînée par l'ouvrage litigieux, respectivement - et le cas échéant - son degré de gravité (cf. art. 42a OEaux). Les éléments au dossier ne permettent dès lors pas de procéder à la pesée des intérêts dans laquelle il convient, le cas échéant, de mettre en balance cette atteinte à la dynamique sédimentaire, selon son degré de gravité (art. 43a al. 2 let. a LEaux), avec les autres critères mentionnés à l'art. 43a al. 2 LEaux, spécialement le potentiel écologique de la rivière (let. b), la proportionnalité des coûts (let. c) ainsi et surtout que les objectifs de protection contre les crues (let. d) poursuivis par l'ouvrage litigieux (cf. FAVRE, op. cit., n. 28 ad art. 43a LEaux).
6.4. Pour ce motif, le recours doit être admis et la cause renvoyée à l'instance précédente; il appartiendra à celle-ci de déterminer si le seuil à engravures tel que projeté porte atteinte au régime de charriage de la Baye de Clarens, déterminer le cas échéant le degré de gravité de cette atteinte et procéder à la pesée des intérêts commandée par l'art. 43a LEaux.
7.
En dépit de l'admission du recours, compte tenu de la position exprimée par l'OFEV, en particulier s'agissant du faible impact de l'ouvrage litigieux sur le régime de charriage (art. 43 aLEaux), il convient d'ores et déjà, à ce stade et par économie de procédure, de confronter le projet, dans sa configuration actuelle, aux autres griefs soulevés par les recourants en lien avec la protection de la nature et du paysage (consid. 8), la législation forestière (consid. 9) et la présence d'une ancienne décharge à proximité du site (consid. 10). Cela étant, si la réponse apportée à la problématique du charriage devait conduire à une modification du projet au-delà de détails, les considérations ci-après seraient caduques; les autorités cantonales seraient alors amenées à réexaminer le (nouveau) projet en fonction des intérêts publics ici considérés (protection de la nature et du paysage, de la forêt et de l'environnement).
8.
Les recourants se plaignent d'une application arbitraire de la législation cantonale sur la protection de la nature et du paysage ainsi qu'une violation de l'art. 22 de la loi fédérale sur la protection de la nature et du paysage du 1 er juillet 1966 (LPN; RS 451).
8.1. Selon l'art. 1 LPN, la loi a notamment pour but de ménager et de protéger l'aspect caractéristique du paysage et des localités, les sites évocateurs du passé, les curiosités naturelles et les monuments du pays, et de promouvoir leur conservation et leur entretien (let. a); elle vise également à protéger la faune et la flore indigènes, ainsi que leur diversité biologique et leur habitat naturel (let. d). D'après l'art. 18 LPN, la disparition d'espèces animales et végétales indigènes doit être prévenue par le maintien d'un espace vital suffisamment étendu (biotopes), ainsi que par d'autres mesures appropriées (al. 1). Il y a lieu de protéger tout particulièrement les rives, les roselières et les marais, les associations végétales forestières rares, les haies, les bosquets, les pelouses sèches et autres milieux qui jouent un rôle dans l'équilibre naturel ou présentent des conditions particulièrement favorables pour les biocénoses (al. 1bis). Si, tous intérêts pris en compte, il est impossible d'éviter des atteintes d'ordre technique aux biotopes dignes de protection, l'auteur de l'atteinte doit veiller à prendre des mesures particulières pour en assurer la meilleure protection possible, la reconstitution ou, à défaut, le remplacement adéquat (al. 1ter). L'art. 21 LPN dispose encore que la végétation des rives (roselières et jonchères, végétation alluviale et autres formations végétales naturelles riveraines) ne doit pas être essartée ni recouverte ou détruite d'une autre manière. A teneur de l'art. 22 al. 2 LPN, l'autorité cantonale compétente peut autoriser la suppression de la végétation existant sur des rives dans le cas de projets qui ne peuvent être réalisés ailleurs et qui ne contreviennent pas à la législation en matière de police des eaux et de protection des eaux.
8.2. Le Tribunal cantonal a relevé qu'aucune espèce sensible et aucun milieu naturel de valeur particulière n'avait été identifié. Il a estimé que la réalisation des travaux - tels qu'actuellement projetés -, occasionnera une perturbation momentanée, mais que l'impact sur la faune aquatique et piscicole en serait faible. L'ouvrage terminé ne porterait pas atteinte à la faune piscicole ni n'empêcherait le transit de la faune terrestre, lequel se fera par les digues de l'ouvrage. Des mesures favorables à la faune seraient en outre prises, telles que des surcreusements et des hibernaculuae. Les plants, arbustes et arbres supprimés par l'aménagement du seuil seraient replantés, en particulier sur les remblais ainsi que le long de la piste d'accès; le terrain serait pour le surplus recolonisé naturellement. Le chemin d'accès disposerait d'un revêtement perméable et se végétaliserait partiellement. Dans ces conditions, les atteintes à l'environnement n'apparaissaient en définitive pas sévères et faisaient l'objet de mesures de compensation, notamment en termes de revalorisation des plants indigènes.
S'agissant des atteintes au site et au paysage, le Tribunal cantonal a également jugé que celles-ci étaient faibles. Se fondant notamment sur l'appréciation du SIPAL, la cour cantonale a souligné que le seuil à engravures se situait largement en contrebas du Pont de Brent, dans un lieu encaissé, à une trentaine de mètres en amont. Le secteur d'implantation du mur à engravures, plus particulièrement la vue sur celui-ci depuis le Pont de Brent n'était pas déterminante dans l'appréciation de la valeur patrimoniale et paysagère de ce pont protégé et de ses abords. Les nombreuses mesures de végétalisation et d'intégration paysagère prévues permettaient de dissimuler les réalisations de la mesure P1B à la vue des usagers du pont, des baigneurs fréquentant la piscine municipale, des randonneurs progressant sur le chemin pédestre serpentant en aval du pont et des occupants de la parcelle des recourants, également en aval du pont. Même le seuil proprement dit, d'une largeur de 3 m, se fondrait partiellement dans le paysage dans la mesure où il sera colonisé par des mousses végétales.
8.3. Devant le Tribunal fédéral, les recourants prétendent que le "mode d'entretien prévisible pour la zone d'épandage ou pour les dépôts d'alluvions massifs sur les rives qui seront formés, ou encore pour les curages préventifs" ne permettrait pas d'accueillir une faune et une flore diversifiées ou encore la croissance d'un végétation adaptée. Le projet serait incompatible avec l'art. 4 al. 2 LACE et partant avec les exigences de la LPN. Outre que ces affirmations ne trouvent aucune assise dans le dossier, elles sont contredites par l'OFEV. Après examen du dossier, l'office fédéral a confirmé que le projet n'entravera pas la fonction du couloir de faune, en conformité avec l'art. 18 al. 1 biset al. 1 ter LPN; celui-ci ne portera pas non plus atteinte au biotope d'importance cantonale, l'OFEV précisant à ce propos que les mesures de compensation formulées de façon générale par le DTE et concrétisées en cours d'instance étaient propres à répondre aux exigences de l'art. 18 al. 1 ter LPN. Dans ces conditions, il n'y a pas lieu de s'écarter des considérations étayées et pertinentes émises à ce sujet par la cour cantonale, auxquelles il peut dès lors être renvoyé (cf. art. 109 al. 3 LTF).
8.4. Par ailleurs, s'agissant de la protection paysagère, les recourants rappellent qu'au stade de la décision du département, la DGE BIODIV avait souligné que le projet n'intégrait pas de mesures de compensation paysagère visant à obtenir un bilan paysager acceptable dans ce secteur de l'IMNS. L'autorisation de construire a ainsi été subordonnées à diverses conditions; la décision du DTE exigeait ainsi notamment qu'une "mesure de compensation de l'impact paysager du dépotoir [soit] définie et réalisée dans le secteur, parallèlement aux travaux projetés (par exemple: assainissement de la gravière au Plan Maret, etc.) ". Or, selon les recourants, cette condition n'aurait cependant pas été "réalisée", ce qui ressortirait de l'arrêt attaqué. A comprendre les recourants, le DTE, plus particulièrement la DGE, aurait, en cours d'instance, renoncé à toute mesure de compensation conforme à sa décision initiale "en tentant d'exposer que l'ajout de plantations buissonnantes complémentaires sur le site constituerait une telle mesure".
Cette argumentation est inconsistante. Les recourants feignent d'ignorer que l'ajout de plantations évoqué par la DGE, en cours d'instance, constitue une mesure définie de concert avec l'autorité cantonale spécialisée pour pallier le caractère ouvert de la condition fixée dans la décision initiale. Les recourants ne prétendent au demeurant pas que cette mesure, couplée aux autres conditions fixées par la DGE, à savoir, le respect des huit autres mesures environnementales décrites dans la NIE ainsi que la suppression de la tête de l'exécutoire en béton seraient insuffisantes; ils ne fournissent à cet égard aucune explication - notamment en lien avec la présence du Pont de Brent - qui commanderait de s'écarter de l'opinion de l'autorité spécialisée, confirmée par l'arrêt attaqué; cela est d'autant plus vrai au regard de la retenue que s'impose le Tribunal fédéral en matière d'appréciation des circonstances locales (cf. arrêt 1C_98/2018 du 7 mars 2019 consid. 4.1 et les arrêts cités; 1C_279/2017 du 27 mars 2018 consid. 4.1.4). Cette argumentation est enfin - et a fortiori - impropre à démontrer que la solution du Tribunal cantonal procéderait d'une application arbitraire du droit cantonal, en particulier des art. 4, 7, 17 et 46 de la loi cantonale sur la protection de la nature, des monuments et des sites du 10 décembre 1969 (LPNMS; RS/VD 450.11), invoqués en vrac dans le recours; sous ce dernier angle, la critique est irrecevable (art. 106 al. 2 LTF; cf. arrêt 1C_130/2018 du 10 juillet 2019 consid. 3.1 et les arrêt cités, en particulier l'<ref-ruling> consid. 2.8 p. 494).
8.5. Il s'ensuit que, mal fondé, le grief doit être rejeté dans la mesure de sa recevabilité.
9.
Selon les recourants, le projet litigieux serait contraire à la législation forestière.
9.1. L'art. 3 de la loi fédérale sur les forêts du 4 octobre 1991 (LFo; RS 921.0) pose le principe selon lequel l'aire forestière ne doit pas être diminuée (cf. également art. 77 Cst.). La forêt doit être conservée en tant que milieu naturel dans son étendue et dans sa répartition géographique (art. 1 al. 1 let. a et b LFo). Il faut en outre veiller à ce que la forêt puisse remplir ses fonctions, notamment protectrice, sociale et économique (art. 1 al. 1 let. c LFo). Au vu de ces principes, les défrichements - par quoi on entend tout changement durable ou temporaire de l'affectation du sol forestier (art. 4 LFo) - sont interdits (art. 5 al. 1 LFo). A titre exceptionnel, une autorisation de défricher peut être accordée si le requérant démontre que le défrichement répond à des exigences primant l'intérêt à la conservation de la forêt (art. 5 al. 2 LFo) et si les conditions suivantes sont remplies: l'ouvrage pour lequel le défrichement est sollicité doit pouvoir n'être réalisé qu'à l'endroit prévu (art. 5 al. 2 let. a LFo), il doit remplir, du point de vue matériel, les conditions posées en matière d'aménagement du territoire (art. 5 al. 2 let. b LFo) et le défrichement ne doit pas présenter de sérieux dangers pour l'environnement (art. 5 al. 2 let. c LFo). Les exigences de la protection de la nature et du paysage doivent être respectées (art. 5 al. 4 LFo). A cela s'ajoute que tout défrichement doit être compensé en nature dans la même région (art. 7 al. 1 LFo).
En vertu de l'art. 5 LFo, l'autorisation de défricher dépend d'une pesée complète des intérêts en présence. En principe, le Tribunal fédéral examine librement si l'instance précédente a correctement comparé ces différents intérêts, mais il fait preuve d'une certaine retenue lorsqu'il s'agit de tenir compte de circonstances locales ou de trancher de pures questions d'appréciation (<ref-ruling> consid. 6.1 p. 181; <ref-ruling> consid. 4.3 p. 416), en particulier lorsqu'il s'agit de procéder à la pesée des intérêts prévue à l'art. 5 LFo en matière de défrichement (arrêts 1C_197/2016 du 16 novembre 2016 consid. 3.1; 1C_621/2012 du 14 janvier 2014 consid. 5.2 in DEP 2014 p. 260 et 1C_163/2011 du 15 juin 2012 consid. 2.1 in RDAF 2015 I 357).
9.2. Dans le cadre de la procédure d'autorisation de construire (cf. décision du DTE du 17 décembre 2015, p. 12), la DGE/FORÊT a rappelé que le projet portait sur la construction d'un dépotoir et d'un accès. La majeure partie de la construction se situait sur le territoire de la Commune de Blonay. A l'état final, sur le territoire de Montreux, le projet ne comportait qu'un seuil, partiellement en forêt. Cette construction nécessitait l'octroi d'une "autorisation pour construction en forêt selon l'art. 14 al. OFo ou à moins de 10 m de la lisière (art. 27 LVLFo) ". Compte tenu de la nécessité de réaliser cet ouvrage à des fins de protection, l'autorisation pouvait être délivrée. S'agissant de l'accès permanent situé "en partie dans l'aire forestière", celui-ci pouvait être autorisé en tant que petite construction non forestière (art. 14 al. 2 OFo), une procédure de défrichement semblant exagérée.
9.2.1. Sur recours, la cour cantonale a rappelé que le seuil à envergures litigieux consistait en un ouvrage de protection contre les crues au sens de l'art. 4 LACE. Il était implanté en zone forestière dont il changeait l'affectation de manière durable, s'agissant en particulier de la création d'un chemin d'accès, ou provisoire, en ce qui concernait notamment l'aménagement de la piste de chantier. L'instance précédente a jugé que le projet, dont l'emprise a été établie à 587 m 2, ne pouvait être qualifié de petite construction non forestière au sens de l'art. 14 al. 2 OFo; l'aménagement du projet constituait par conséquent un défrichement au sens de l'art. 4 LFo.
Le Tribunal cantonal a néanmoins renoncé à renvoyer la cause à l'autorité cantonale estimant que la mesure P1B remplissait les conditions matérielles d'un défrichement. L'instance précédente a ainsi considéré que, pour des raisons techniques, le projet litigieux ne pouvait être réalisé qu'à l'endroit prévu. Il répondait à un intérêt important de sécurité publique, qui devait l'emporter sur la conservation de la forêt. La NIE décrivait de manière détaillée les mesures de compensation, de végétalisation et d'intégration paysagère à prendre. Celles-ci apparaissaient suffisantes et étaient parties intégrantes de l'autorisation de construire, de même que les mesures de compensation détaillées en cours d'instance.
9.2.2. Sur le plan formel, le Tribunal cantonal a rappelé que, selon l'art. 6 LFo, l'autorisation de défricher devait être accordée par les autorités cantonales, lorsque, comme en l'espèce, cette question relevait de leur compétence. Il a ensuite rappelé que les art. 16 et 18 LVLFO disposaient que tout projet de construction en forêt et de défrichement devait être mis à l'enquête publique; l'avis d'enquête mentionnait alors expressément les autorisations forestières. Le Tribunal cantonal a estimé que, bien que cette procédure n'ait pas été suivie, ces exigences formelles avaient pour l'essentiel été respectées: la DGE avait délivré une autorisation spéciale à l'issue de l'enquête publique, sur la base d'un dossier complet, notamment quant à la surface touchée en aire forestière, à l'impact de l'ouvrage sur celle-ci, ainsi qu'aux mesures requises de compensation, de végétalisation et d'intégration paysagère. Pour le surplus, l'omission du défrichement dans l'avis d'enquête n'avait pas empêché les recourants de faire valoir leur argumentation à ce propos. Il n'y avait dès lors pas lieu d'annuler la décision du DTE pour cette seule lacune procédurale, sous peine de verser dans le formalisme excessif.
9.3. Selon les recourants, le raisonnement de la cour cantonale tomberait entièrement à faux. La DGE avait toujours prétendu qu'il n'y aurait pas de réduction de l'aire forestière, alors que le chemin d'accès, même non revêtu, provoquera une emprise durable sur l'aire forestière et engendrera diverses nuisances sur le site, à leur détriment ainsi qu'au préjudice des intérêts publics de protection de la nature et du paysage. En outre, le terrain en zone forestière "laissé excavé et sans végétation" s'étendra sur près de 600 m 2, sans aucune réarborisation des rives du cours d'eau. Les quelques plantations et mesures de végétalisation prévues dans la décision du 17 décembre 2015 ne l'auraient été que dans un souci de réduction de l'impact paysager de l'ouvrage litigieux, et non comme compensation du défrichement. "Et pour cause: [la DGE] n'a jamais démontré pourquoi il se justifierait en l'espèce de renoncer à une compensation du défrichement au sens du droit fédéral, en application de l'art. 7 al. 3 let. b LFo, précisément puisqu'elle n'a pas conduit la procédure de défrichement en bonne et due forme, considérant que l'ouvrage pouvait être simplement autorisé sur la base de l'art. 14 al. 2 OFo".
9.4. Par cette argumentation, les recourants ne discutent aucunement les considérations développées par la cour cantonale en lien avec la législation forestière; ils ne tentent en particulier pas de démontrer que les conditions matérielles d'un défrichement ne seraient pas réalisées, contrairement à ce qu'a jugé le Tribunal cantonal. Comme le suggère l'OFEV, on peut tout d'abord se demander si le projet, compte tenu de l'intérêt public important poursuivi, lié à la protection des personnes et des biens, ne pouvait être simplement autorisé en application de l'art. 7 al. 3 let. b LFo, sans que les conditions d'un défrichement aient à être examinées. Cette question peut cependant demeurer indécise; il faut en effet concéder à l'instance précédente que les conditions matérielles d'un défrichement sont ici réalisées.
9.4.1. Tout d'abord, à teneur du dossier, et compte tenu des considérations techniques développées ci-dessus en lien avec la législation en matière de protection contre les crues (cf. consid. 5), rien ne permet de douter que le seuil à engravure ne peut être réalisé qu'à l'endroit prévu, au sens de l'art. 5 al. 2 let. a LFo. Pour mémoire, il est rappelé qu'une renonciation à cet ouvrage - que souhaitent les recourants - est exclue pour des motifs liés à la protection contre les crues fondés, en particulier, sur les cartes de dangers versées au dossier (cf. art. 5 al. 2 let. b LFo). Par ailleurs, le rapport technique final détaille les autres variantes qui ont été envisagées et les raisons pour lesquelles elles ont été écartées (p. 5 s.), considérations dont rien ne commande de s'écarter, en particulier pas les critiques d'ordre général en lien notamment avec la prétendue partialité de ce mandataire, déjà évoquées précédemment (cf. 2.2.1 i.f).
9.4.2. Le projet, tel qu'envisagé à ce stade, ne présente ensuite pas de sérieux dangers pour l'environnement au sens de l'art. 5 al. 2 let. c LFo. Au contraire, celui-ci vise précisément à prévenir le risque de survenance de catastrophes naturelles (cf. Message du Conseil fédéral du 29 juin 1988 sur la conservation des forêts et la protection contre les catastrophe naturelles, FF 1988 176, ch. 221), et présente en cela un intérêt public prépondérant, lié à la protection des biens et des personnes. Il respecte de surcroît la protection de la nature et du paysage (art. 5 al. 4 LFo). Rien ne laisse en particulier supposer - on l'a dit - que le projet porterait atteinte aux intérêts paysagers liés à la présence, à proximité, du Pont de Brent. Il n'entravera pas non plus la fonction du couloir de faune ni ne portera atteinte au biotope d'importance cantonale présent sur le site.
9.4.3. Dans le sens des recourants, il faut néanmoins concéder, comme le confirme l'OFEV, que la décision du DTE ne décrit qu'insuffisamment les surfaces forestières directement atteintes par la réalisation des travaux (cf. art. 7 al. 1 let. a OFo). Il est également exact que certains plans de géomètre, présentés en été 2014, ne correspondent plus aux nouvelles délimitations forestières (cf. décision du DTE du 17 décembre 2015, p. 12). Néanmoins, dans le cas particulier, cela ne suffit pas à sanctionner le projet, au vu des conditions imposées par l'autorisation de construire et compte tenu du fait qu'aucune espèce ou milieu sensibles n'ont été mis en évidence. La réalisation du chemin d'accès définitif, d'une longueur de 35 m, selon les plans au dossier, nécessitera l'abattage d'une rangée d'arbres plantés et de quelques essences spontanées (cf. NIE p. 4 i.i); une rangée d'arbres similaires devra cependant être replantée (cf. NIE, p. 7), de sorte que l'on ne saurait, à proprement parler, y voir une perte pour la forêt; ce chemin devrait en outre permettre, comme le suggère la DGE - sans être contredite - d'assurer l'entretien de la forêt (cf. déterminations cantonales du 24 avril 2017). S'agissant de la réalisation des digues latérales, celles-ci seront reboisées à l'issue du chantier avec les essences indiquées dans la notice d'impact. Comme le reconnaît le DTE et comme cela ressort des plans, l'emprise du seuil ne pourra être reboisé. Cela étant, comme le souligne le département, en dehors du lit du cours d'eau, le seuil ne présente qu'une emprise de 10 m 2, ce que confirment les plans au dossier. Il est de surcroît imposé de végétaliser, dans les plus brefs délais, les talus reprofilés; en sommet de talus, les cordons ligneux devront en outre être reconstitués en privilégiant des essences indigènes buissonnantes et arbustives. Le projet prévoit ainsi une compensation sur place avec des essences typiques et adaptées à la station (art. 4 al. 2 LACE et 37 al. 2 let. c LEaux; cf. OFEV, Aide à l'exécution: défrichements et compensation du défrichement, 2014, Annexe A3-4, p. 26). Dans ces circonstances et compte tenu de l'intérêt prépondérant à la protection des personnes et des biens poursuivis par le projet litigieux, les mesures de compensation décrites dans la NIE apparaissent suffisantes, dans le cas particulier.
9.4.4. C'est en définitive à juste titre que le Tribunal cantonal a jugé que les conditions matérielles d'un défrichement étaient en l'occurrence réalisées, avis d'ailleurs partagé par l'OFEV.
9.5. Pour le surplus, le recours est muet s'agissant des aspects formels liés à la procédure de défrichement ignorée par la DGE. Les recourants ne prétendent en particulier pas que cette informalité les aurait empêchés de faire valoir leurs droits sur cet aspect du projet; ils ont d'ailleurs spécifiquement discuté cette problématique au gré de leurs différentes écritures cantonales. En outre, comme le relève la cour cantonale, si la procédure de défrichement n'a pas formellement été suivie, les exigences rattachées à celle-ci ont été concrètement observées. Ainsi le projet a-t-il fait l'objet d'un examen circonstancié de la part de l'autorité cantonale compétente, qui a délivré son autorisation sur la base d'éléments suffisants, en particulier les indications figurant dans la NIE, qui décrit de manière satisfaisante - comme cela ressort également des considérations ci-dessus - l'impact du projet sur son environnement ainsi que les mesures de compensation requises. Ces dernières étant matériellement suffisantes, pour les motifs déjà exposés, il n'apparaît pas critiquable d'avoir jugé qu'un renvoi du dossier à l'autorité cantonale compétente - qui maintient céans sa position quant à la conformité du projet à la législation forestière (cf. <ref-ruling> consid. 3e et 3f p. 279 s.) - aurait relevé du formalisme excessif.
9.6. Pour l'ensemble de ces motifs, le grief tiré d'une violation de la législation forestière doit être rejeté.
10.
Bien que les recourants n'en fassent pas un grief propre, évoquant cette problématique également en lien avec les art. 25a LAT et 47 OAT, on comprend qu'ils reprochent à l'instance précédente de n'avoir qu'incomplètement, respectivement pas tenu compte de la présence d'une ancienne décharge sur le talus de la rive gauche, sur lequel sera implanté une aile du seuil à engravure. Cette problématique n'étant pas mentionnée dans la NIE, il serait impossible d'examiner la conformité du projet à l'art. 32c de la loi fédérale sur la protection de l'environnement du 7 octobre 1983 (LPE; RS 814.01).
10.1. Selon l'art. 32c al. 1 LPE, les cantons veillent à ce que soient assainis les décharges contrôlées et les autres sites pollués par des déchets (sites pollués), lorsqu'ils engendrent des atteintes nuisibles ou incommodantes ou qu'il existe un danger concret que de telles atteintes apparaissent. Le Conseil fédéral peut édicter des dispositions sur la nécessité de l'assainissement, sur les objectifs et sur l'urgence des assainissements. Les cantons établissent un cadastre, accessible au public, des sites pollués (al. 2). L'art. 32c al. 3 LPE dispose que les cantons peuvent réaliser eux-mêmes l'investigation, la surveillance et l'assainissement de sites pollués, ou en charger des tiers, si cela s'avère nécessaire pour prévenir la menace immédiate d'une atteinte (let. a); si celui qui est tenu d'y procéder n'est pas à même de veiller à l'exécution des mesures (let. b), ou si celui qui est tenu d'y procéder n'agit pas, malgré un avertissement, dans le délai imparti (let. c). L'art. 2 al. 1 let. a de l'ordonnance sur l'assainissement des sites pollués du 26 août 1998 (OSites; RS 814.680) précise qu'on entend, par sites pollués, les emplacements d'une étendue limitée pollués par des déchets; ces sites comprennent notamment les décharges désaffectées ou encore exploitées et tout autre lieu de stockage définitif de déchets. Aux termes de l'art. 2 al. 2 OSites, les sites pollués nécessitent un assainissement s'ils engendrent des atteintes nuisibles ou incommodantes ou s'il existe un danger concret que de telles atteintes apparaissent. Les sites contaminés sont des sites pollués qui nécessitent un assainissement (art. 2 al. 3 OSites). Les sites pollués ne peuvent être modifiés par la création ou la transformation de constructions et d'installations que s'ils ne nécessitent pas d'assainissement et si le projet n'engendre pas de besoin d'assainissement (art. 3 al. 1 let. a OSites); s'il n'entrave pas de manière considérable l'assainissement ultérieur des sites ou si ces derniers, dans la mesure où ils sont modifiés par le projet, sont assainis en même temps (let. b).
10.2. En l'occurrence, la cour cantonale a exposé que les terrains désignés par les recourants avaient été exploités comme décharge communale depuis la construction du Pont de Brent en 1920 et jusqu'en 1980. Ce secteur était inscrit au cadastre des sites pollués recensant les décharges (cf. art. 2 al. 1 let. a OSites). En revanche, l'inscription au cadastre n'indiquait nullement qu'il s'agirait de surcroît d'un site contaminé (art. 2 al. 2 et art. 6 OSites); il ressort en outre du cadastre que le site ne nécessite pas de surveillance.
Dans ces conditions et dès lors que les recourants ne remettent pas en cause les données cadastrales, la cour cantonale pouvait partir du principe que le site ne nécessitait pas d'être assaini; elle pouvait ainsi juger celui-ci propre à accueillir le projet litigieux (art. 3 let. a OSites; cf. JEAN-MICHEL BRAHIER, Prise en charge des frais d'investigation, de surveillance et d'assainissement d'un site pollué par des déchets, in DC 2016 p. 285, 286; Rapport du 20 août 2002 de la Commission de l'environnement, de l'aménagement du territoire et de l'énergie du Conseil national relatif à l'initiative parlementaire Sites contaminés, Frais d'investigation, FF 2003 4542 ch. 2.3.1.4; OFEV, Projets de construction et sites pollués, aide à l'exécution, 2016, ch. 3.2.1 p. 10) et confirmer l'autorisation de construire, sans qu'une instruction complémentaire sur ce point soit nécessaire. Le Tribunal cantonal pouvait ainsi également se satisfaire des garanties fournies par l'autorité cantonale spécialisée quant au traitement des matériaux excavés en cours de chantier; il est rappelé qu'en présence de matériaux d'excavation pollués, notamment en raison d'une intervention en sous-sol, leur élimination devra être assurée par leur détenteur selon l'art. 31c al. 1 LPE. Par ailleurs, si la réalisation du projet faisait apparaître des dangers plus importants que prévus (cf. OFEV, Projets de construction et sites pollués, aide à l'exécution, 2016, ch. 3.2.1 p. 12), notamment en matière de pollution des eaux voisines (cf. art. 9 et 10 OSites), il faudrait alors procéder à de plus amples investigations et à une nouvelle estimation des risques; des mesures préventives devraient, le cas échéant, être mises en oeuvre et un concept d'élimination établi en application de l'ordonnance sur les déchets du 4 décembre 2015 (OLED; RS 814.600) (cf. OFEV, Projets de construction et sites pollués, aide à l'exécution, 2016, ch. 3.2.1 et Tab. 1, p. 12).
10.3. Sur le vu de ce qui précède, le grief apparaît mal fondé et doit être rejeté.
11.
Pour les motifs développés au consid. 6, le recours est admis et l'arrêt attaqué annulé. La cause et renvoyée à l'instance précédente pour nouvelle instruction et décision dans le sens des considérants. Malgré l'admission du recours, des frais judiciaires réduits sont mis à la charge des recourants, l'essentiel de leurs nombreux griefs étant rejetés (art. 66 al. 1 2ème phrase LTF). Pour le même motif, les recourants, qui ont agi par l'intermédiaire d'un avocat, n'ont droit qu'à des dépens réduits, à la charge de la Commune de Montreux (art. 68 al. 1 et 4 LTF). En dépit du sort de la cause, la Commune de Montreux et l'Etat de Vaud ne sont pas astreints aux frais de justice, ceux-ci ayant agi dans le cadre de leurs attributions officielles (art. 66 al. 4 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est admis. L'arrêt attaqué est annulé et la cause est renvoyée au Tribunal cantonal pour nouvelle instruction et décision dans le sens des considérants.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 fr., sont mis à la charge solidaire des recourants.
3.
Une indemnité de 2'000 fr. est allouée aux recourants, à titre de dépens, à la charge de la Commune de Montreux.
4.
Le présent arrêt est communiqué au mandataire des recourants, à la Municipalité de Montreux, au Département du territoire et de l'environnement du canton de Vaud, à la Direction générale de l'environnement du canton de Vaud, à la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal du canton de Vaud, ainsi qu'à l'Office fédéral de l'environnement.
Lausanne, le 26 février 2020
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Chaix
Le Greffier : Alvarez