Faits :
A.
A.a. Par contrat du 25 mars 2014, X._ SA (ci-après: l'employeuse ou la défenderesse) a engagé Z._ (ci-après: l'employée ou la demanderesse), à compter du 24 mars 2014 et pour une durée indéterminée, en qualité de " Sales Operations Administrator ", une fonction administrative rattachée au département " Finance et Administration ". L'employée était chargée de la gestion administrative des commandes de licences émanant de clients en Europe, au Moyen-Orient, en Afrique, en Asie et aux Etats-Unis. Elle était supervisée par A._, qui occupait la fonction de " Chief Financial Officer ".
A.b. Selon le contrat, la durée de travail de l'employée à plein temps était de 40 heures par semaine, pour un salaire mensuel brut de 7'200 fr., payable douze fois l'an. L'employée avait droit à 25 jours de vacances par année, en sus des jours fériés genevois. L'art. 11.2 du contrat faisait référence à l'incorporation d'un règlement sur les heures supplémentaires et le travail supplémentaire (" Overtime and Supplementary Work Policy "), dont l'employée reconnaissait avoir reçu une copie et accepter les règles. L'employée a néanmoins contesté en procédure avoir reçu ce règlement.
Selon ce règlement, les heures supplémentaires étaient celles qui dépassaient la durée contractuelle hebdomadaire, mais sans excéder le temps de travail maximum de 45 heures défini dans la Loi sur le travail (LTr; RS 822.11). Le travail supplémentaire était défini comme comprenant les heures dépassant le maximum d'heures de travail par semaine établi par la LTr. L'employé était obligé de réaliser les heures supplémentaires demandées par l'employeur, mais ne pouvait pas les effectuer sans l'accord écrit de son " manager ". Tant les heures supplémentaires que le travail supplémentaire devaient être compensés par un congé équivalent en temps. A défaut de compensation par un congé, les heures supplémentaires étaient payées au taux normal, tandis que le travail supplémentaire l'était avec un supplément de 25%.
Par amendement au contrat de travail du 5 janvier 2015, l'employée a été promue " Operations and Contract Manager ", rétroactivement à compter du 1er octobre 2014, compte tenu de ses responsabilités additionnelles et d'une activité professionnelle difficile (" In view of your additional responsabilities and hard work "). Son salaire mensuel brut a été augmenté à 7'667 fr., payable douze fois l'an, tandis que les autres clauses du contrat de travail demeuraient inchangées. Le 16 avril 2015, l'employée a été nommée " Head of Sales Support " et son salaire mensuel brut a été porté à 8'750 fr. dès le 1er avril 2015.
Le 11 mai 2015, X._ SA a licencié Z._ et trois autres employés, pour des raisons économiques. La fin des rapports contractuels a été reportée au 31 octobre 2015, en raison d'incapacités totales de travail de l'employée.
A.c. Il ressort de l'état de fait établi par la cour cantonale que l'employée n'a jamais sollicité l'accord écrit de X._ SA pour effectuer des heures supplémentaires.
L'employée a pris des vacances du 30 juin au 14 juillet 2014, en accomplissant quelques tâches professionnelles pendant cette période. En compensation des heures supplémentaires effectuées, elle a pris quatre jours de congé, du 15 au 18 juillet 2014.
Le 27 octobre 2014, l'employée a sollicité l'accord de A._ par e-mail pour prendre six jours de vacances en compensation des heures supplémentaires qu'elle avait effectuées (du 22 au 26 décembre 2014, soit quatre jours en tenant compte des jours fériés; le 30 décembre 2014 et le 23 février 2014, soit deux jours). Par e-mail du 2 novembre 2014, A._ lui a donné son accord, en lui demandant si elle acceptait que ces jours-là soldent ses heures supplémentaires (" It's absolutely fine. Let's agree though that this clears your overtime for 2014. Agree? "). L'employée n'a pas répondu à cet e-mail.
Le 5 janvier 2015, l'employée a annoncé à X._ SA qu'elle avait travaillé trois jours sur les six jours de vacances censés compenser les heures supplémentaires effectuées. Admettant que l'employée n'avait pas pu bénéficier de l'ensemble des congés en raison d'une urgence, X._ SA lui a versé la somme brute de 1'592 fr. 80 en compensation du travail effectué ces jours-là. Elle lui a également offert un repas avec sa famille, en guise de remerciement. Les parties s'accordent sur le fait que ces trois jours travaillés et compensés en espèces ont également été repris sous forme de trois jours de congé en janvier et février 2015, sollicités par l'employée et approuvés par A._.
En procédure, X._ SA a produit un tableau intitulé " Récapitulatif vacances et heures supplémentaires " en pièce 78, duquel il ressort que l'employée a bénéficié de 12 jours de congé en compensation de ses heures supplémentaires.
B.
B.a. Par requête de conciliation du 30 juin 2015, puis ensuite de l'échec de la conciliation par demande du 4 novembre 2015, l'employée a assigné X._ SA devant le Tribunal des prud'hommes du canton de Genève. Elle a conclu à la délivrance d'un certificat conforme aux activités qu'elle a déployées ainsi qu'au paiement d'une somme brute totale de 87'500 fr., dont 35'000 fr. à titre de rémunération pour les heures supplémentaires, avec intérêts à 5% l'an dès le 31 octobre 2015.
Le Tribunal des prud'hommes a entendu plusieurs témoins.
Par jugement du 4 janvier 2017, le Tribunal des prud'hommes a débouté la demanderesse des fins de sa demande.
B.b. Le 6 février 2017, la demanderesse a appelé de ce jugement devant la Chambre des prud'hommes de la Cour de justice du canton de Genève, concluant à la condamnation de X._ SA à lui verser la somme brute de 35'000 fr. à titre de rémunération des heures supplémentaires, avec intérêts à 5% l'an dès le 31 octobre 2015, somme dont étaient à déduire les charges légales ou conventionnelles.
Par arrêt du 14 décembre 2017, la Chambre des prud'hommes de la Cour de justice a condamné X._ SA à payer à la demanderesse la somme de 26'136 fr. plus intérêts à 5% l'an dès le 31 octobre 2015, au titre de rémunération des heures supplémentaires. En substance, elle a retenu que le règlement sur les heures supplémentaires et le travail supplémentaire avait valablement été intégré au contrat de travail, de sorte que la demanderesse avait renoncé au supplément de 25% pour les 60 premières heures supplémentaires accomplies. Ces heures supplémentaires avaient été effectuées au vu et au su de son supérieur hiérarchique, de même que leur accomplissement avait été confirmé par l'unanimité des témoins. Elles avaient en outre clairement été accomplies dans l'intérêt de la défenderesse. La cour cantonale en a déduit que le Tribunal des prud'hommes ne pouvait pas retenir que l'intégralité des heures supplémentaires correspondait à 96 heures, pas plus que les heures supplémentaires accomplies en 2014 avaient été soldées par l'absence de réponse de la demanderesse à l'e-mail envoyé par son supérieur hiérarchique.
C.
Contre cet arrêt, l'employeuse saisit le Tribunal fédéral d'un recours en matière civile. Elle conclut principalement au déboutement de la demanderesse, subsidiairement à la réforme de l'arrêt entrepris, en ce sens qu'elle n'est la débitrice de la demanderesse qu'à hauteur de 13'625 fr. 10, plus intérêts à 5% l'an dès le 31 octobre 2015, au titre de la rémunération des heures supplémentaires.
L'intimée a déposé une réponse et la cour cantonale a renoncé à se prononcer.
La requête d'effet suspensif formulée par la recourante a été rejetée par ordonnance du 1er mars 2018.

Considérant en droit :
1.
Interjeté en temps utile (<ref-law>) par l'employeuse qui a succombé dans ses conclusions libératoires (<ref-law>), contre une décision finale (<ref-law>) rendue sur appel par le tribunal supérieur du canton (<ref-law>) dans une affaire de contrat de travail (<ref-law>), dont la valeur litigieuse est supérieure à 15'000 fr. (<ref-law>), le recours en matière civile est recevable au regard de ces dispositions.
2.
2.1. Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>). Il ne peut s'en écarter que si ces faits ont été établis de façon manifestement inexacte - ce qui correspond à la notion d'arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (<ref-ruling> consid. 4.1.2; <ref-ruling> consid. 5.1) - ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> (<ref-law>), et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (<ref-law>).
Concernant l'appréciation des preuves, le Tribunal fédéral n'intervient, du chef de l'art. 9 Cst., que si le juge du fait n'a manifestement pas compris le sens et la portée d'un moyen de preuve, a omis sans raisons objectives de tenir compte des preuves pertinentes ou a effectué, sur la base des éléments recueillis, des déductions insoutenables (<ref-ruling> consid. 4.2; <ref-ruling> consid. 4.2; <ref-ruling> consid. 4.3; <ref-ruling> consid. 1.4.3; <ref-ruling> consid. 2.1).
2.2. Saisi d'un recours en matière civile, le Tribunal fédéral applique le droit d'office (<ref-law>). Il n'est toutefois lié ni par les motifs invoqués par les parties, ni par l'argumentation juridique retenue par l'autorité cantonale; il peut donc admettre le recours pour d'autres motifs que ceux invoqués par le recourant, comme il peut le rejeter en opérant une substitution de motifs (<ref-ruling> consid. 1.4 et l'arrêt cité).
3.
Il incombe au travailleur de prouver qu'il a effectué les heures supplémentaires dont il demande la rétribution (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 2.4 p. 176; arrêt 4A_482/2017 du 17 juillet 2018 consid. 2.1). S'il n'est pas possible d'établir le nombre exact d'heures effectuées, le juge peut, par application analogique de l'<ref-law>, en estimer la quotité. L'évaluation se fonde sur le pouvoir d'appréciation des preuves et relève donc de la constatation des faits, que le Tribunal fédéral revoit uniquement sous l'angle de l'arbitraire (<ref-ruling> consid. 2b/aa p. 276; arrêt 4A_338/2011 du 14 décembre 2011 consid. 2.2, in PJA 2012 282). Si l'<ref-law> allège le fardeau de la preuve, il ne dispense pas le travailleur de fournir au juge, dans la mesure raisonnablement exigible, tous les éléments constituant des indices du nombre d'heures supplémentaires accomplies (<ref-ruling> consid. 4.4.2 p. 471; <ref-ruling> consid. 3a p. 221; arrêt 4A_482/2017 du 17 juillet 2018 consid. 2.1).
Lorsque l'employeur n'a mis sur pied aucun système de contrôle des horaires et n'exige pas des travailleurs qu'ils établissent des décomptes, il est plus difficile d'apporter la preuve requise (arrêts 4A_611/2012 du 19 février 2013 consid. 2.2; 4P.35/2004 du 20 avril 2004 consid. 3.2, in JAR 2005 p. 180); l'employé qui, dans une telle situation, recourt aux témoignages pour établir son horaire effectif utilise un moyen de preuve adéquat (arrêt 4A_543/2011 du 17 octobre 2011 consid. 3.1.3).
4.
La recourante se plaint de constatation manifestement inexacte des faits, reprochant à la cour cantonale d'avoir constaté de manière insoutenable que l'employée avait effectué deux heures supplémentaires sur toute la durée de la relation de travail.
4.1. Se fondant sur les témoignages recueillis en cours de procédure, la cour cantonale a retenu que l'horaire de travail quotidien de la demanderesse était régulièrement de dix heures par jour, soit de 8h00 à 19h00, ce qui représentait deux heures supplémentaires par jour, pause de midi non comprise. La demanderesse travaillait parfois de 8h00 à 22h00, ce qui représentait alors cinq heures supplémentaires, pause de midi non comprise. La cour cantonale a estimé que l'on pouvait dès lors aisément retenir que la demanderesse avait accompli à tout le moins deux heures supplémentaires de travail par jour sur toute la durée de son emploi auprès de l'intimée.
4.2. Lorsqu'elle affirme que l'employée n'a jamais elle-même déclaré travailler jusqu'à 22h et que, selon un témoignage (B._), celle-ci n'était plus à son poste à 19h30-20h00, la recourante ne démontre pas qu'il y aurait arbitraire à retenir que l'employée effectuait en moyenne deux heures supplémentaires par jour, étant précisé qu'il est établi par trois témoignages concordants (C._, D._ et B._) que celle-ci arrivait le matin entre 7h30 et 8h00. Elle ne démontre pas plus qu'il y aurait arbitraire en argumentant que les employés ont, selon le cours ordinaire des choses et l'expérience de la vie, parfois l'obligation de partir plus tôt. Par ailleurs, lorsqu'elle affirme que la personne occupant précédemment ce poste n'effectuait pas deux heures supplémentaires par jour, elle méconnaît qu'il ressort précisément du témoignage de cette personne (E._) que le poste nécessitait au minimum deux voire trois personnes et qu'elle-même était toujours en surcharge. Enfin, lorsqu'elle entend déduire du silence de l'employée à l'e-mail de son supérieur du 2 novembre 2014 une preuve que l'employée n'aurait pas fait plus d'heures que celles compensées, la recourante oublie que l'acceptation que l'on peut inférer du silence d'une personne est une question de droit, non de fait. En clair, les critiques de la recourante ne révèlent aucun arbitraire dans l'estimation des heures supplémentaires effectuée par la cour cantonale.
5.
Sauf clause contraire d'un accord écrit, d'un contrat-type de travail ou d'une convention collective, l'employeur est tenu de rétribuer les heures de travail supplémentaires qui ne sont pas compensées par un congé en versant le salaire normal majoré d'un quart au moins (<ref-law>). Les heures supplémentaires au sens de cette disposition correspondent aux heures de travail effectuées au-delà de l'horaire contractuel. Elles se distinguent du travail supplémentaire, à savoir le travail dont la durée excède le maximum légal, soit 45 ou 50 heures selon la catégorie de travailleurs concernée (cf. art. 9 LTr).
La rémunération du travail supplémentaire est régie par l'art. 13 al. 1 LTr, qui prévoit également une rétribution à hauteur du salaire de base majoré de 25%, mais uniquement à partir de la 61ème heure supplémentaire accomplie dans l'année civile pour les employés de bureau, les techniciens et les autres employés (<ref-ruling> consid. 6a et 6c). L'al. 2 du même article précise que le travail supplémentaire ne donne droit à aucun supplément de salaire lorsqu'il est compensé par un congé de même durée, avec l'accord du travailleur et dans un délai convenable.
Lorsqu'il effectue spontanément des heures supplémentaires commandées par les circonstances, le travailleur doit en principe les déclarer dans un délai utile, afin de permettre à l'employeur de prendre d'éventuelles mesures d'organisation en connaissance du temps nécessaire à l'exécution des tâches confiées; à défaut, l'employé risque, sauf circonstances particulières, de voir son droit à la rémunération périmé. Cela étant, lorsque l'employeur sait ou doit savoir que l'employé accomplit des heures au-delà de la limite contractuelle, celui-ci peut, de bonne foi, déduire du silence de celui-là que lesdites heures sont approuvées, sans avoir à démontrer qu'elles sont nécessaires pour accomplir le travail demandé. Une annonce rapide du nombre d'heures supplémentaires exact n'est alors pas indispensable à la rémunération de celles-ci, d'autant moins lorsque les parties ont convenu de la possibilité de compenser plus tard les heures supplémentaires en temps libre (<ref-ruling> consid. 2.2 et 2.3 p. 174 s.; arrêt 4A_482/2017 du 17 juillet 2018 consid. 2.1).
6.
La recourante reproche aux juges cantonaux d'avoir violé les art. 321a et 321c CO en ne retenant pas que l'intimée est déchue de son droit à la rétribution des heures supplémentaires.
6.1. Sur la base des témoignages recueillis, la cour cantonale a considéré que l'employée avait accompli les heures et le travail supplémentaires au vu et au su de son supérieur hiérarchique, A._, lequel avait également été interpellé à plusieurs reprises à ce sujet par une autre employée, C._. La question des heures supplémentaires générant des tensions au sein de la société, il était au demeurant délicat pour l'employée d'évoquer le sujet avec sa hiérarchie. Il ne faisait d'ailleurs pas de doute que les heures et le travail supplémentaires étaient accomplis dans l'intérêt de l'employeuse. Le poste nécessitait deux voire trois personnes, de sorte que l'employée était en permanence en surcharge. Celle-ci avait par ailleurs un rôle central pour trois régions dans le monde, ce qui l'obligeait à commencer tôt le matin et terminer tard le soir.
6.2. La recourante soutient que l'employée est déchue de son droit, dans la mesure où elle n'a jamais annoncé avoir effectué des heures supplémentaires en 2015 et qu'elle a accepté son salaire sans réserve du 1er janvier au 11 mai 2015. Ce faisant, la recourante ne conteste pas qu'elle savait ou devait savoir que l'employée effectuait des heures supplémentaires et que ces heures étaient effectuées dans son intérêt. Elle ne conteste pas non plus que son règlement interne prévoyait la possibilité de compenser les heures supplémentaires par du temps libre, système dont l'intimée et l'employée qui l'a précédée dans le poste (témoignage de E._) ont bénéficié. Dans ces circonstances, l'employée pouvait de bonne foi admettre que les heures supplémentaires qu'elle effectuait étaient approuvées, sans qu'elle n'ait à en communiquer rapidement le nombre exact à son employeur. Partant, l'intimée n'est pas déchue de son droit à la rétribution des heures supplémentaires effectuées en 2015.
7.
La recourante se plaint également de violation des <ref-law> et 13 LTr, contestant le calcul opéré par la cour cantonale au titre de la rétribution des heures supplémentaires effectuées par l'employée intimée.
7.1. Dans un premier moyen, la recourante critique la façon dont la cour cantonale a retranché les jours de congé pris par l'employée en compensation des heures supplémentaires effectuées.
7.1.1. Dans son calcul des heures supplémentaires, la cour cantonale a considéré la période du 24 mars 2014 au 8 mai 2015 pour obtenir un total de 284 jours ouvrés. De ces jours ouvrés elle a retranché 18 jours pris en vacances et 12 jours pris en compensation (chiffres qui ressortent du tableau produit par l'employeuse en pièce 78, cf. A.c ci-dessus) pour retenir un total de 254 jours. L'employée ayant effectué au moins 2 heures supplémentaires par jour, la cour cantonale est parvenue à un total de 508 heures supplémentaires (254 jours x 2 heures supplémentaires par jour). Elle n'a pas tenu compte de l'activité effectuée par l'employée pendant les vacances et les jours fériés, trop minime pour donner lieu à rétribution.
7.1.2. A juste titre, la recourante soutient que la cour cantonale a omis de porter en déduction ce que les jours de compensation représentent en termes d'heures. A cet égard, 12 jours pris en compensation correspondent à 96 heures (12 jours de compensation x 8 heures par jour), heures qu'il y a lieu de retrancher du total d'heures supplémentaires retenu par la cour cantonale. En d'autres termes, en sus des 18 jours de vacances et des 12 jours de compensation (faute d'être des jours travaillés, ils n'ont pas pu donner lieu à des heures supplémentaires), il y a lieu de déduire 96 heures qui équivalent aux 12 jours compensés. Les heures supplémentaires effectuées par la recourante sur toute la période contractuelle s'élèvent donc à un total de 412 heures (508 heures - 96 heures).
7.1.3. Critiquant également le calcul de la cour cantonale, l'intimée fait valoir qu'il lui était matériellement impossible de compenser une quelconque heure de travail supplémentaire et qu'en tout état la pièce 78, de laquelle il ressort qu'elle aurait bénéficié de 12 jours de compensation, est dénuée de force probante. Cette argumentation, en ce qu'elle s'écarte de l'état de fait retenu par la cour cantonale, est appellatoire et ne saurait être prise en compte.
7.2. Dans un second moyen, la recourante critique le calcul de la cour cantonale, en ce qu'il tient compte de l'augmentation perçue en 2015 pour calculer la rémunération des heures supplémentaires effectuées en 2014.
7.2.1. Pour déterminer la rétribution due au titre d'heures supplémentaires, la cour cantonale a établi un taux horaire moyen de l'employée, qui tient compte des trois augmentations de salaire intervenues. Pour ce faire, elle a additionné les sommes totales touchées en fonction des variations de salaire (43'366 fr. en chiffres arrondis pour la période du 24 mars 2014 au 30 septembre 2014; 47'941 fr. pour la période du 1er octobre 2014 au 15 avril 2015; 6'839 fr. pour la période du 16 avril au 8 mai 2015), parvenant à un taux horaire moyen de 43 fr. 20 pour toute la période contractuelle. Conformément au règlement sur les heures supplémentaires, elle a retenu que les 120 premières heures (60 en 2014 et 60 en 2015) devaient être rémunérées en fonction de ce taux horaire moyen de 43 fr. 20, totalisant une somme de 5'184 fr. Les 388 heures suivantes (la cour cantonale se fondait sur un total de 508 heures supplémentaires, cf. consid. 7.1.1) devaient être rémunérées au taux majoré de 25%, soit 54 fr., totalisant une somme de 20'952 fr. Sur cette base, la cour cantonale est arrivée à un total de 26'136 fr., dû à l'employée au titre de rétribution des heures supplémentaires.
7.2.2. La critique de la recourante selon laquelle il n'y a pas lieu de tenir compte de l'augmentation perçue en 2015 pour calculer la rémunération des heures supplémentaires effectuées en 2014 tombe à faux. Dès lors qu'il est établi que l'intimée a accompli à tout le moins deux heures supplémentaires par jour sur toute la durée de son emploi (cf. consid. 4.2), il était possible pour la cour cantonale de se fonder sur un taux horaire moyen pour toute la durée contractuelle, lequel tient dûment compte des différentes variations de salaire intervenues.
7.2.3. L'argumentation de l'intimée, selon laquelle elle n'aurait jamais renoncé valablement au supplément de salaire de 25% pour les 60 premières heures accomplies, est également impropre à remettre en cause ce pan du calcul. Elle se borne en effet à livrer une interprétation personnelle des preuves administrées, sans référence précise à des pièces du dossier, de sorte que sa critique est irrecevable.
7.3. Compte tenu de ce qui précède, les heures supplémentaires effectuées par l'employée intimée doivent être rémunérées à hauteur de 20'952 fr., à savoir 120 heures à 43 fr. 20 (5'184 fr.) et 292 heures (412 heures (cf. consid. 7.1.2) - 120 heures) à 54 fr. (15'768 fr.).
8.
8.1. Aucune des parties n'obtient entièrement gain de cause, de sorte que les frais judiciaires et les dépens doivent être répartis entre elles (art. 66 al. 1 et 68 al. 1 LTF), à raison de 4/5 à la charge de la recourante et de 1/5 à la charge de l'intimée. L'émolument judiciaire, fixé à 1'000 fr., doit être acquitté à raison de 800 fr. par la recourante et à raison de 200 fr. par l'intimée. La charge des dépens, évaluée à 2'500 fr. tant pour la recourante que pour l'intimée, doit être répartie dans la même proportion. Après compensation à due concurrence, la recourante doit donc verser 2'000 fr. à l'intimée.
8.2. Pour le surplus, la cause n'a pas à être renvoyée à la cour cantonale pour fixation des frais et dépens de la procédure cantonale, aucun frais ni dépens n'ayant été perçu ou alloué. L'intimée n'avait au demeurant formulé aucun grief dans son appel contre le jugement de première instance qui avait mis à sa charge des frais à hauteur de 500 fr.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est partiellement admis et l'arrêt attaqué est réformé comme suit:
La recourante est condamnée à payer à l'intimée la somme de 20'952 fr. brute, avec intérêts à 5% dès le 31 octobre 2015, sous réserve des déductions sociales légales et usuelles.
2.
Les parties acquitteront des frais judiciaires de 1'000 fr., à raison de 800 fr. à la charge de la recourante et de 200 fr. à la charge de l'intimée.
3.
La recourante versera à l'intimée une indemnité de 2'000 fr. à titre de dépens.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour de justice du canton de Genève, Chambre des prud'hommes.
Lausanne, le 12 septembre 2018
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente : Kiss
La Greffière : Schmidt