Sachverhalt:
A.
A.a. Der 1966 geborene A._ arbeitete als Vorarbeiter in einer Gärtnerei, B._ GmbH, als er sich am 14. Januar 2013 wegen Rückenbeschwerden bei der Invalidenversicherung zum Leistungsbezug anmeldete. Die Sozialversicherungen Glarus, IV-Stelle, wiesen mit Verfügung vom 22. Februar 2016 das Leistungsbegehren ab. Das Verwaltungsgericht des Kantons Glarus hiess eine dagegen erhobene Beschwerde teilweise gut und wies die Sache zu weiteren Abklärungen an die IV-Stelle zurück (Entscheid vom 24. November 2016).
A.b. Das in der Folge in Auftrag gegebene polydisziplinäre Gutachten der estimed AG, Medas Zug, datiert vom 8. Juni 2017. Demnach besteht in der angestammten Tätigkeit keine Arbeitsfähigkeit mehr. In einer dem chronischen, therapieresistenten neuropathischen Schmerzsyndrom L5 beidseits bei einem angeborenen engen Spinalkanal angepassten Tätigkeit sei eine solche von 60 % zumutbar. Die IV-Stelle sprach dem Versicherten mit Verfügung vom 9. Oktober 2018 ab 1. August 2013 eine Viertelsrente zu.
B.
Die dagegen erhobene Beschwerde wies das Verwaltungsgericht mit Entscheid vom 24. Januar 2019 ab.
C.
A._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen und beantragen, in Aufhebung des kantonalen Entscheides sei ihm eine höhere Invalidenrente zuzusprechen. Eventuell sei die Sache zu ergänzenden Abklärungen und neuem Entscheid an die IV-Stelle oder die Vorinstanz zurückzuweisen.
Die IV-Stelle und das Verwaltungsgericht schliessen auf Abweisung der Beschwerde. Das Bundesamt für Sozialversicherungen verzichtet auf eine Stellungnahme.

Erwägungen:
1.
Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann unter anderem die Verletzung von Bundesrecht gerügt werden (<ref-law>). Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law>). Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht (<ref-law>).
2.
Streitgegenstand bildet die Frage, ob das kantonale Gericht die von der IV-Stelle verfügte Viertelsrente zu Recht bestätigte oder ob ihm eine höherer Rentenanspruch zusteht. Unbestritten ist dabei die dem Beschwerdeführer noch zumutbare Arbeitsfähigkeit von 60 % in einer seinem Leiden angepassten Tätigkeit. Der Beschwerdeführer rügt den Einkommensvergleich.
Das kantonale Gericht hat die rechtlichen Grundlagen betreffend die Arbeitsunfähigkeit (<ref-law>), die Erwerbsunfähigkeit (<ref-law>), die Invalidität (<ref-law>), die Invaliditätsbemessung nach der allgemeinen Methode des Einkommensvergleichs (vgl. <ref-law>) und den Rentenanspruch (<ref-law>) richtig dargelegt. Darauf wird verwiesen.
3.
Die Vorinstanz erwog, da die ehemalige Arbeitgeberin des Beschwerdeführers, die B._ GmbH, am 4. März 2014 ihren Firmennamen änderte und danach Konkurs anmeldete, hätte das Angestelltenverhältnis auch ohne gesundheitliche Beeinträchtigung nicht weitergeführt werden können. Deshalb sei für die Ermittlung des Valideneinkommens auf statistische Werte (Durchschnittslohn [Zentralwert] für Männer für einfache Tätigkeiten körperlicher oder handwerklicher Art [Kompetenzniveau 1 der vom Bundesamt für Statistik herausgegebenen Schweizerischen Lohnstrukturerhebung [LSE] 2012, Tabelle TA1, Privater Sektor Schweiz]) abzustellen. Dieses sei auf Fr. 65'633.35 zu beziffern. Auch für die Bemessung des Invalideneinkommens stützte sie sich auf dieselbe Tabelle. Die IV-Stelle habe davon zu Recht keinen Abzug vorgenommen. Damit betrage das Invalideneinkommen 60 % des Valideneinkommens. Bei einem Invaliditätsgrad von 40 % habe der Versicherte Anspruch auf eine Viertelsrente.
4.
4.1. Der Beschwerdeführer bringt zunächst vor, die B._ GmbH sei im Jahre 2013 verkauft worden, weshalb in der Folge ein Firmenwechsel stattgefunden habe. Erst danach sei über die Gesellschaft der Konkurs eröffnet worden. Sein Bruder - ehemaliger Inhaber der Gebrüder B._ GmbH - habe aber wiederum eine eigene Gesellschaft gegründet (C._ GmbH). In dieser hätte der Versicherte im Gesundheitsfall weiterhin als Vorarbeiter tätig sein und auch dasselbe Einkommen erzielen können wie vor der gesundheitsbedingten Aufgabe seiner Tätigkeit. Im Jahre 2012 hätte er konkret Fr. 75'663.- verdient, womit unter Berücksichtigung einer Lohnentwicklung für 2013 von einem Valideneinkommen von mindestens Fr. 76'193.- auszugehen sei. Selbst wenn dieses mit Hilfe der LSE ermittelt würde, sei auf das Kompetenzniveau 2 oder 3 abzustellen.
4.1.1. Bei der Ermittlung des Valideneinkommens entscheidend ist, was die versicherte Person im Zeitpunkt des frühestmöglichen Rentenbeginns aufgrund ihrer beruflichen Fähigkeiten und ihrer persönlichen Umstände nach dem Beweisgrad der überwiegenden Wahrscheinlichkeit ohne Gesundheitsschaden tatsächlich verdient hätte. Die Einkommensermittlung hat so konkret wie möglich zu erfolgen. Da nach empirischer Erfahrung in der Regel ohne gesundheitliche Beeinträchtigung die bisherige Tätigkeit weitergeführt worden wäre, ist Anknüpfungspunkt für die Bestimmung des Valideneinkommens grundsätzlich der letzte vor Eintritt der Gesundheitsschädigung erzielte, nötigenfalls der Teuerung und der realen Einkommensentwicklung angepasste Verdienst (<ref-ruling> E. 4.1 S. 325). Ausnahmen müssen mit überwiegender Wahrscheinlichkeit erstellt sein (<ref-ruling> E. 3.3.2 S. 30 mit Hinweisen).
4.1.2. Weder in seiner Stellungnahme zum Vorbescheid vom 5. Juli 2018, noch in der kantonalen Beschwerde hatte der Beschwerdeführer vorgebracht, er wäre als Gesunder im Zeitpunkt des Rentenbeginns, das heisst im August 2013, als Vorarbeiter bei der C._ GmbH tätig gewesen. Bei diesem Vorbringen handelt es sich daher um ein Novum, welches letztinstanzlich unbeachtlich ist (<ref-law>). Er legt nicht dar, dass erst der vorinstanzliche Entscheid Anlass für seine Sachverhaltsdarstellung geboten habe. Darüber hinaus liegen auch keine Belege dafür vor, dass die C._ GmbH im relevanten Zeitpunkt bereits gegründet worden war. Bei dieser Sachlage kann demnach nicht von einer Verletzung des Untersuchungsgrundsatzes oder der Beweiswürdigungsregeln gesprochen werden, hatten doch weder die IV-Stelle noch das kantonale Gericht eine Veranlassung, entsprechende Abklärungen vorzunehmen.
4.1.3. Damit hat sich das kantonale Gericht für die Ermittlung des Valideneinkommens zu Recht auf die Tabellenlöhne der LSE gestützt. Umstritten ist dabei, welches Kompetenzniveau zur Anwendung kommt. Die Verwaltung sowie das kantonale Gericht haben auf das Kompetenzniveau 1 (einfache Tätigkeiten körperlicher oder handwerklicher Art) abgestellt. Das dabei ermittelte Valideneinkommen von Fr. 65'633.35 für das Jahr 2013 liegt um Fr. 9'605.- unter jenem, welches der Beschwerdeführer gemäss IK-Auszug im Jahre 2011 und damit im letzten ganzen Jahr, in welchem er gearbeitet hatte, verdiente (Fr. 75'238.-). Im angefochtenen Entscheid wird nicht begründet, weshalb sich der Versicherte - auch bei einem neuen Arbeitgeber - mit einem rund 12 % geringeren Lohn hätte begnügen sollen. Ebensowenig ist dem Beschwerdeführer zu folgen, der für sich Kompetenzniveau 3 (komplexe praktische Tätigkeiten, welche ein grosses Wissen in einem Spezialgebiet voraussetzen) geltend macht. Das insbesondere darum, weil er keine abgeschlossene Ausbildung und schon gar keinen Weiterbildungsabschluss als Landschaftsgärtner vorweisen kann. Seine Kenntnisse hat er bei der jahrelangen Arbeit erlangt. Dies ist jedoch nicht mit dem auf diesem Niveau geforderten grossen Wissen im Spezialgebiet zu vergleichen. Entsprechend hatte er auch als Gesunder nie im Bereich des geltend gemachten Valideneinkommens von Fr. 90'318.- verdient. Der Beschwerdeführer arbeitete seit seiner Einreise in die Schweiz im Gartenbau seit 2001 als Vorarbeiter bei der B._ GmbH. Es ist daher aufgrund seiner Erfahrung auf Kompetenzniveau 2 abzustellen und das Valideneinkommen auf Fr. 73'993.- (Fr. 5'874.- x 12 : 40 x 41.7 x 1.007 [Lohnentwicklung für 2013]) zu beziffern.
4.2. Umstritten ist weiter die Höhe des Invalideneinkommens. Dies gilt indessen einzig hinsichtlich der Frage, ob ein leidensbedingter Abzug vom Tabellenlohn zu gewähren ist, was die Vorinstanz - in Bestätigung der Verfügung vom 9. Oktober 2018 - verneint hat.
4.2.1. Auch für die Festsetzung des Invalideneinkommens können nach der Rechtsprechung unter anderem Tabellenlöhne gemäss LSE herangezogen werden (<ref-ruling> E. 4.2.1 S. 475 mit Hinweisen). Kann eine versicherte Person ihre gesundheitsbedingt eingeschränkte Arbeitsfähigkeit auf dem allgemeinen Arbeitsmarkt mutmasslich nur mit unterdurchschnittlichem erwerblichen Erfolg verwerten, so ist von den Tabellenlöhnen gegebenenfalls ein Abzug vorzunehmen. Ob und in welchem Ausmass Tabellenlöhne herabzusetzen sind, hängt von sämtlichen persönlichen und beruflichen Umständen des konkreten Einzelfalles ab, die nach pflichtgemässem Ermessen gesamthaft zu schätzen sind. Relevante Merkmale sind leidensbedingte Einschränkung, Alter, Dienstjahre, Nationalität/Aufenthaltskategorie und Beschäftigungsgrad (<ref-ruling> E. 4.2.3 S. 481; <ref-ruling> E. 5b/aa-bb S. 79 f.).
Ob ein (behinderungsbedingt oder anderweitig begründeter) Abzug vom Tabellenlohn vorzunehmen ist, stellt eine vom Bundesgericht frei überprüfbare Rechtsfrage dar (<ref-ruling> E. 5.1 S. 72 f. mit Hinweis).
4.2.2. Der Beschwerdeführer bringt diesbezüglich vor, gemäss einem mit Beschwerde vom 5. November 2018 eingereichten, aber weder in den Akten der IV-Stelle noch in den vorinstanzlichen Akten befindlichen Bericht eines Dr. med. D._ vom 17. März 2016 sei ihm lediglich noch Heimarbeit zumutbar, da die Möglichkeit bestehen müsse, barfuss tätig zu sein und häufig die Fussposition zu wechseln. Dieser Umstand sei mit einem Abzug zu berücksichtigen. Da die Gutachter der estimed AG in der Expertise 8. Juni 2017, auf welche unwidersprochen abzustellen ist, keine entsprechenden Anforderungen an einen zumutbaren Arbeitsplatz stellen, ist auf dieses Vorbringen nicht weiter einzugehen. Das Tätigkeitsprofil gemäss Gutachten besteht in einer wechselbelastenden Arbeit mit der Möglichkeit, Pausen einzulegen. Um dies zu gewährleisten, wurde die Arbeitsfähigkeit um 40 % reduziert. Gesundheitliche Einschränkungen, welche bereits bei der Beurteilung des medizinische Zumutbarkeitsprofils berücksichtigt wurden, können nicht zusätzlich beim Entscheid, ob ein Abzug gerechtfertigt sei, berücksichtigt werden. Bezüglich der leidensbedingten Einschränkungen besteht daher kein Raum für einen zusätzlichen Abzug. Dasselbe gilt hinsichtlich des Vorbringens, einfache repetitive Tätigkeiten, wie sie ihm noch zumutbar seien, würden heute weitgehend automatisiert oder computergesteuert ausgeführt. Dafür fehlten ihm als ausschliesslich im Gartenbau tätig gewesener Versicherter aber die Kenntnisse und Fähigkeiten. Die Vorinstanz hat bereits ausgeführt, dass auf dem ausgeglichenen Arbeitsmarkt ein genügend breites Spektrum an zumutbaren Verweisungstätigkeiten gegeben sei, bei denen keine besonderen Qualifikationen oder Berufserfahrungen vorausgesetzt würden. Der Versicherte vermag nicht aufzuzeigen, inwiefern diese vorinstanzliche Begründung bundesrechtswidrig sein soll. Damit ist nicht zu beanstanden, dass das kantonale Gericht das Invalideneinkommen ohne Abzug vom Tabellenlohn ermittelte und dieses mit Fr. 39'380.- beziffert.
4.3. Zusammenfassend stehen sich ein Valideneinkommen von Fr. 73'993.- und ein Invalideneinkommen von Fr. 39'389.- gegenüber was zu einem Invaliditätsgrad von 46.78% führt. Damit hat es bei der verfügten Viertelsrente sein Bewenden. Die Beschwerde ist abzuweisen.
5.
Das Verfahren ist kostenpflichtig (<ref-law>). Die Gerichtskosten werden dem unterliegenden Beschwerdeführer auferlegt (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 800.- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3.
Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Glarus, I. Kammer, und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 2. Juli 2019
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Das präsidierende Mitglied: Heine
Die Gerichtsschreiberin: Schüpfer