Sachverhalt:
A.
Das Strafgericht Schwyz verurteilte X._ am 8. Oktober 2013 wegen mehrfacher Vergewaltigung, begangen je einmal zum Nachteil von B._ und A._, sexueller Nötigung und mehrfacher sexueller Belästigung zum Nachteil von Letzterer zu einer Freiheitsstrafe von 30 Monaten und einer Busse von Fr. 1'000.-.
In teilweiser Gutheissung der Berufung von X._ bestätigte das Kantonsgericht Schwyz am 7. Oktober 2014 die Schuldsprüche und reduzierte die Strafe auf eine bedingte Freiheitsstrafe von 24 Monaten sowie eine Busse von Fr. 1'000.-.
Das Bundesgericht hiess die von X._ erhobene Beschwerde in Strafsachen am 28. Oktober 2015 teilweise gut, hob das Urteil des Kantonsgerichts vom 7. Oktober 2014 auf und wies die Sache zur neuen Entscheidung an dieses zurück. Im Übrigen wies es die Beschwerde ab, soweit es auf diese eintrat (Urteil 6B_318/2015).
B.
Das Kantonsgericht stellte im Rückweisungsverfahren am 23. November 2015 u.a. fest, dass einzelne Dispositivziffern des Urteils des Strafgerichts vom 8. Oktober 2013 sowie des vom Bundesgericht (aufgehobenen) Berufungsurteils vom 7. Oktober 2014 in Rechtskraft erwachsen seien. Es hiess die Berufung hinsichtlich der Verurteilung wegen Vergewaltigung zum Nachteil von B._ gut, hob das Urteil des Strafgerichts in den diesbezüglichen Punkten auf und wies das Verfahren zwecks Einvernahme von B._ (nachfolgend "Zeugin") an das Strafgericht zurück.
Das Bundesgericht hiess die dagegen von X._ (6B_1302/2015) und A._ (6B_16/2016) erhobenen Beschwerden in Strafsachen gut, hob den Beschluss des Kantonsgerichts Schwyz vom 23. November 2015 auf und wies die Sache zur Durchführung einer mündlichen Berufungsverhandlung (Verfahren 6B_1302/2015) sowie zur Neufassung des Dispositivs (Verfahren 6B_16/2016) an die Vorinstanz zurück.
C.
Das Kantonsgericht verurteilte X._ am 20. Juni 2017 wegen mehrfacher Vergewaltigung, sexueller Nötigung und mehrfacher sexueller Belästigung zu einer bedingten Freiheitsstrafe von 24 Monaten sowie einer Busse von Fr. 1'000. -.
D.
X._ führt Beschwerde in Strafsachen und beantragt zusammengefasst, er sei von allen Anklagevorwürfen freizusprechen und die Zivilklage von A._ (nachfolgend "Privatklägerin") sei abzuweisen. Eventualiter sei das Urteil des Kantonsgerichts aufzuheben und die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Die Oberstaatsanwaltschaft des Kantons Schwyz verzichtet auf eine Vernehmlassung zur Beschwerde. Das Kantonsgericht hat die Frist zur Stellungnahme ungenutzt verstreichen lassen.

Erwägungen:
1.
1.1. Der Beschwerdeführer wirft der Vorinstanz in Bezug auf den Schuldspruch wegen Vergewaltigung der Privatklägerin eine formelle und materielle Rechtsverweigerung vor. Trotz von ihm vorgelegter neuer Beweismittel habe die Vorinstanz es unter Hinweis auf die Bindungswirkung des bundesgerichtlichen Rückweisungsurteils (6B_318/2015) unterlassen, die Anklagevorwürfe erneut zu prüfen.
1.2. Die Rügen gehen an der Sache vorbei. Entscheide des Bundesgerichts erwachsen am Tag ihrer Ausfällung in Rechtskraft (<ref-law>). Eine nochmalige Überprüfung der einem Urteil des Bundesgerichts zugrunde liegenden Streitsache ist grundsätzlich ausgeschlossen. Das Bundesgericht hat mit Urteil 6B_318/2015 die vom Beschwerdeführer gegen die Schuldsprüche zu Lasten der Privatklägerin erhobene Beschwerde vollumfänglich abgewiesen und das vorinstanzliche Urteil vom 7. Oktober 2014 nur hinsichtlich des Schuldspruchs wegen Vergewaltigung zum Nachteil der Zeugin aufgehoben und die Sache zur Neubeurteilung zurückgewiesen. Die Schuldsprüche wegen Vergewaltigung, sexueller Nötigung und mehrfacher sexueller Belästigung zum Nachteil der Privatklägerin waren bereits nicht mehr Gegenstand des vorinstanzlichen Beschlusses 23. November 2015, was das Bundesgericht mit Urteilen vom 28. Dezember 2016 zudem in den beiden Verfahren 6B_1302/2015 und 6B_16/2016, in denen der Beschwerdeführer Partei war, explizit festgehalten hat. Die Vorinstanz durfte demnach auch im vorliegend angefochtenen Entscheid vom 20. Juni 2017 nicht mehr auf die rechtskräftigen Verurteilungen zurückkommen (vgl. <ref-ruling> E. 5.3.3; <ref-ruling> E. 2 und E. 2.1 S. 335 f. mit Hinweisen). Dies ergibt sich auch explizit aus der vom Beschwerdeführer zitierten bundesgerichtlichen Rechtsprechung. Entgegen dessen Ansicht hat das Bundesgericht im Urteil 6B_824/2016 vom 10. April 2017 E. 5.3.3 (<ref-ruling>) nicht darauf hingewiesen, dass eigentliche Noven trotz einer grundsätzlichen Bindungswirkung eines bundesgerichtlichen Rückweisungsentscheids mitzuberücksichtigen sind. Das Gegenteil ist der Fall. Zudem verkennt der Beschwerdeführer, dass hinsichtlich der Privatklägerin keine Rückweisung zur Neubeurteilung der Sache erfolgte, sondern lediglich zur Korrektur des Urteilsdispositivs. Die Rügen erweisen sich als unbegründet, soweit darauf eingetreten werden kann.
2.
Der Beschwerdeführer rügt sodann eine unzulässige Anklageänderung. Die Staatsanwaltschaft habe entgegen der Aussage der Zeugin, welche stets behauptet habe, die Auseinandersetzung habe sich auf der Liegefläche des Bootes abgespielt, angenommen, der Beschwerdeführer habe die Zeugin auf der Bank des Bootes vergewaltigt. Die Staatsanwaltschaft habe diese Ungereimtheit anlässlich der ersten Berufungsverhandlung in ihrem Parteivortrag berichtigt und diese Berichtigung im Rahmen der Vorfragen der zweiten Berufungsverhandlung nochmals bekräftigt. Eine Anklageberichtigung oder Anklageänderung sei zu diesem Zeitpunkt indes nicht mehr zulässig gewesen. Dadurch habe die Vorinstanz <ref-law> sowie das Immutabilitätsprinzip gemäss <ref-law> verletzt.
2.1. Nach dem Anklagegrundsatz bestimmt die Anklageschrift den Gegenstand des Gerichtsverfahrens (Umgrenzungsfunktion; Art. 9 und Art. 325 StPO; Art. 29 Abs. 2 und Art. 32 Abs. 2 BV; Art. 6 Ziff. 1 und Ziff. 3 lit. a und b EMRK). Die Anklage hat die der beschuldigten Person zur Last gelegten Delikte in ihrem Sachverhalt so präzise zu umschreiben, dass die Vorwürfe in objektiver und subjektiver Hinsicht genügend konkretisiert sind. Zugleich bezweckt das Anklageprinzip den Schutz der Verteidigungsrechte der beschuldigten Person und garantiert den Anspruch auf rechtliches Gehör (Informationsfunktion). Entscheidend ist, dass die beschuldigte Person genau weiss, welcher konkreter Handlungen sie beschuldigt und wie ihr Verhalten rechtlich qualifiziert wird, damit sie sich in ihrer Verteidigung richtig vorbereiten kann. Solange klar ist, welcher Sachverhalt der beschuldigten Person vorgeworfen wird, kann auch eine fehlerhafte und unpräzise Anklage nicht dazu führen, dass es zu keinem Schuldspruch kommen darf. Die nähere Begründung der Anklage erfolgt an Schranken; es ist Sache des Gerichts, den Sachverhalt verbindlich festzustellen. Dieses ist an den in der Anklage umschriebenen Sachverhalt, nicht aber an die darin vorgenommene rechtliche Würdigung gebunden (<ref-law>; <ref-ruling> E. 2.2 mit Hinweisen).
2.2. Dem angefochtenen Entscheid ist zu entnehmen, dass auch in Berücksichtigung der Zeugenaussagen nicht ganz klar sei, wo genau auf dem Boot die angeklagte Vergewaltigung stattgefunden habe. Diese Unsicherheiten in der Aussage der Zeugin liessen aber den Beschwerdeführer nicht über den Tatvorwurf im Unklaren und änderten an der Tatsache nichts, dass die Zeugin, unabhängig davon, in welche Ecke des Bootes sie sich getrieben gesehen habe, weder habe entweichen noch erfolgsversprechend um Hilfe rufen können. Dem Beschwerdeführer ist in diesem Zusammenhang zwar zuzustimmen, dass die Anklageschrift den Ort des Übergriffs mit "auf dem Boot" umschreibt und dies mit "Bank des Boots" präzisiert. Die Vorinstanz misst jedoch dem Umstand, ob sich die inkriminierte Tat "auf der Bank" oder "auf der Liegefläche des Boots" abgespielt hat, keine entscheidende Bedeutung zu. Dies ist vorliegend mit Blick auf die sich aus der Umgrenzungs- und Informationsfunktion ergebenden Anforderungen nicht zu beanstanden. Denn der Anklagegrundsatz schliesst nicht aus, dass das Gericht bezüglich Einzelheiten des Tatherhangs - wie hier der exakten Position auf dem Boot - von der Umschreibung in der Anklage abweicht. Für den Beschwerdeführer bestanden keine Zweifel, welches Verhalten ihm angelastet wird. Dass die Verteidigungsrechte durch das Vorgehen der Vorinstanz nicht gewahrt waren, behauptet er zu Recht nicht und ist auch nicht ersichtlich. Da der Anklagegrundsatz nicht verletzt ist, braucht auch nicht weiter geprüft zu werden, ob formell eine Anklageberichtigung im Sinne von <ref-law> oder eine Änderung der Anklage im Sinne von <ref-law> hätte erfolgen müssen. Dies wäre jedenfalls in Anwendung von <ref-law> auch noch an der Berufungsverhandlung möglich gewesen (Urteil 6B_904/2015 vom 27. Mai 2016 E. 1.4.1 mit Hinweisen). Die Beschwerde ist in diesem Punkt abzuweisen.
3.
Hinsichtlich des Schuldspruchs der Vergewaltigung zum Nachteil der Zeugin rügt der Beschwerdeführer eine Verletzung seines Anspruchs auf rechtliches Gehör. Die Vorinstanz habe ein von ihm eingereichtes aussagepsychologisches Gutachten nicht zu den Akten genommen. Damit verstosse sie gegen sein Recht, jederzeit entlastende Beweise vorzubringen, die sich auf entscheiderhebliche Tatsachen beziehen. Zudem sei die vorinstanzliche Beweiswürdigung willkürlich. Die Anschuldigungen der Zeugin seien in verschiedener Hinsicht unglaubhaft. Dass der Beschwerdeführer die Zeugin mit Gewalt zum Geschlechtsverkehr gezwungen habe, sei nicht erstellt. Beide seien unmittelbar nach der angeblichen Vergewaltigung gemeinsam Nachtessen gegangen. Die Zeugin habe zudem drei weitere Bootsfahrten mit dem Beschwerdeführer unternommen, bei denen es unbestrittenermassen jedesmal zu einvernehmlichem Geschlechtsverkehr gekommen sei. Die Zeugin habe die Treffen nach gut einem Monat beendet, nachdem sie realisiert habe, dass er nicht an einer festen, sondern rein sexuellen Beziehung interessiert gewesen sei. Auch dass sie die telefonische Anzeige später zurückgezogen habe, begründe ernsthafte Zweifel, dass sich die Ereignisse so abgespielt haben, wie in der Anklageschrift geschildert.
3.1. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Die Feststellung des Sachverhalts gemäss <ref-law> kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann. Offensichtlich unrichtig ist die Sachverhaltsfeststellung, wenn sie willkürlich ist (<ref-ruling> E. 1.1; <ref-ruling> E. 2.3.1; je mit Hinweisen; zum Begriff der Willkür <ref-ruling> E. 4.2; <ref-ruling> E. 4.3; je mit Hinweisen). Bei der Willkürrüge kommen die erhöhten Begründungsanforderungen zum Tragen (<ref-law>). Auf ungenügend begründete Rügen oder bloss allgemein gehaltene appellatorische Kritik am angefochtenen Entscheid tritt das Bundesgericht nicht ein (<ref-ruling> E. 4.2; <ref-ruling> E. 6.3; je mit Hinweisen).
3.2.
3.2.1. Zunächst trifft es nicht zu, dass die Vorinstanz das aussagepsychologische Gutachten von Prof. C._ nicht zu den Akten genommen bzw. als Beweismittel nicht zugelassen hat. Das Parteigutachten befindet sich bei den Akten (vgl. kant. Akten STK 2014 9 KG-act. 19 Beilage 1) und stand daher der freien gerichtlichen Beweiswürdigung offen (<ref-law>). Dabei gilt es allerdings zu berücksichtigen, dass Parteigutachten keine Gutachten im Sinne von <ref-law> darstellen und mit Zurückhaltung zu würdigen sind (BGE <ref-ruling> E. 6.2 S. 373 f., 305 E. 6.6.1 S. 315; je mit Hinweisen). Sodann handelte es sich beim Gutachten von Prof. C._ um ein reines Aktengutachten. Der Gutachter konnte sich keinen unmittelbaren Eindruck von der Zeugin verschaffen (zur Unmittelbarkeit von Beweiserhebungen <ref-ruling> E. 1.4.1 ff. S. 290 ff.; <ref-ruling> E. 4.4 S. 198 ff.). Dass sich die Vorinstanz in ihrer Beweiswürdigung letztlich nicht auf die Ergebnisse des Gutachtens stützt, ist vorliegend nicht zu beanstanden. Denn das Prüfen der Glaubhaftigkeit von Aussagen ist Teil der Beweiswürdigung und gehört damit zum Aufgabenbereich des Gerichts. Auf Begutachtungen ist nur bei Vorliegen besonderer Umstände zurückzugreifen (<ref-ruling> E. 4 S. 57 f.; <ref-ruling> E. 2 S. 84 f.; Urteil 6B_760/2016 vom 29. Juni 2017 E. 4.2; je mit Hinweisen).
3.2.2. Dem Beschwerdeführer ist sodann zwar beizupflichten, wenn er der Entstehungsgeschichte der Aussage bei der Bewertung der Aussagequalität einen hohen Stellenwert zuerkennt (vgl. dazu Urteil 6B_760/2016 vom 29. Juni 2017 E. 4.2 und E. 4.5; LUDEWIG/TAVOR/BAUMER, Wie können aussagepsychologische Erkenntnisse Richtern, Staatsanwälten und Anwälten helfen?, in: AJP 2011 S. 1433 f.; je mit Hinweisen). Damit befasst sich die Vorinstanz indes hinreichend. Zur Entstehungsgeschichte der Aussagen der Zeugin führt sie insbesondere aus, dass aus der rudimentären Aktennotiz der Staatsanwaltschaft zur telefonischen Kontaktaufnahme nicht geschlossen werden könne, die Zeugin habe die weiteren Treffen mit einvernehmlichem Geschlechtsverkehr zunächst verschweigen wollen. Sie habe jedenfalls an der kurz darauf folgenden Einvernahme durch die Staatsanwaltschaft von sich aus davon berichtet. Die Vorinstanz würdigt in diesem Zusammenhang auch Widersprüche in den Aussagen der Zeugin. Nicht zwingend ein erheblicher Widerspruch sei demnach darin zu sehen, dass die Zeugin an der Hauptverhandlung ausgesagt habe, ihrer Schwester sofort vom Vorfall erzählt zu haben, nachdem sie zunächst behauptet habe, ihrer Schwester aus Scham und Unsicherheit über die Einordnung des Vorfalls hiervon erst unmittelbar vor der Anzeigeerstattung erzählt zu haben. Willkürlich sind diese Schlussfolgerungen nicht.
3.2.3. Es trifft entgegen der Auffassung des Beschwerdeführers nicht zu, dass es die Vorinstanz gänzlich unterlassen hat, eine "eigentliche Glaubhaftigkeitsanalyse" vorzunehmen. Sie würdigt die Aussagen der Zeugin zwar verkürzt, wenn sie unter Hinweis auf ihr erstes Urteil festhält, angesichts der stabil hohen Aussagequalität bestehe kein Anlass, von der Beweiswürdigung in dem vom Bundesgericht aufgehobenen Urteil des ersten Rechtsgangs abzuweichen. Gleichwohl überprüft die Vorinstanz im Rahmen ihrer Aussageanalyse den Wahrheitsgehalt gesamthaft betrachtet in noch hinreichender Art und Weise. Sie würdigt die Aussagen als "grossenteils konstant" sowohl hinsichtlich des kurzen Kerngeschehens als auch bezüglich ihrer Einstellung und erläutert, dass die Vergewaltigung, die unter Einsatz körperlicher Überlegenheit in kurzer Zeit überraschend erzwungen worden sei, der Zeugin nicht viele Einzeltatsachen zur Darstellung ihrer Abwehr biete. Die Schilderungen der Zeugin seien (auch) glaubhaft, weil sie den Beschwerdeführer nicht unnötig belaste und frühere Aussagen zu den erlittenen Schmerzen sowie zum verbalen und körperlichen Widerstand (Weigerung Kleider auszuziehen, von ihm hinaufgeschobener Rock wieder nach unten schieben, Wegrücken, Beine zusammenhalten) wiederhole. Schliesslich befasst sich die Vorinstanz mit einzelnen Widersprüchen, die allerdings nicht das Kerngeschehen betreffen und den Gesamteindruck der wahrheitsgetreuen Schilderung nicht beeinträchtigen würden. Auch in diesen Erwägungen kann keine Willkür erblickt werden. Die vom Beschwerdeführer - zum Teil unter Hinweis auf das Parteigutachten - vorgebrachten Einwände erweisen sich teilweise ohnehin als appellatorisch.
3.2.4. Auch in Bezug auf das "Nachtatverhalten" der Zeugin kann dem Beschwerdeführer nicht gefolgt werden. Dass die von der Vorinstanz gezogenen Schlüsse nicht mit seiner Darstellung übereinstimmen oder eine andere Würdigung ebenfalls vertretbar oder gar zutreffender erscheint, genügt für die Annahme von Willkür nicht (<ref-ruling> E. 4.2 mit Hinweisen). Die Vorinstanz hält hierzu fest, der Annahme des erzwungenen Geschlechtsverkehrs stehe nicht entgegen, dass die Zeugin nach dem angeklagten Vorfall später einvernehmlichen Geschlechtsverkehr mit dem Beschwerdeführer gehabt habe. Sie habe nachvollziehbar erklärt, dass sie bei den weiteren Treffen weniger Hemmungen gehabt habe, da die sexuelle Schwelle nach dem ersten, erzwungenen Geschlechtsverkehr überschritten gewesen sei und die Zusicherungen des Beschwerdeführers sie vorübergehend hätten hoffen lassen, er meine es auch in persönlicher Hinsicht ernst mit ihr. Erst als sie habe erkennen müssen, dass es dem Beschwerdeführer nie um Gefühle gegangen sei und sie sich als Sexobjekt gefühlt habe, habe sie den Kontakt abgebrochen. Dass die Zeugin den Beschwerdeführer erst mehr als ein Jahr nach dem Vorfall angezeigt habe, spreche nicht für einen Umdeutungsprozess hinsichtlich des ersten, erzwungenen Geschlechtsverkehrs. Insbesondere die Art und Weise, wie die Zeugin sich bemüht habe auszusagen, spreche gegen eine nachträgliche Umdeutung oder Dramatisierung und widerlege den Verdacht des Beschwerdeführers, dass ihre Aussagen nicht zutreffen könnten. Die Zeugin habe einleuchtend zu Protokoll gegeben, aufgrund des einvernehmlichen Geschlechtsverkehrs unsicher hinsichtlich der juristischen Beurteilung des angezeigten Vorfalls gewesen zu sein. Wenn die Vorinstanz die Zugabe des einvernehmlichen Geschlechtsverkehrs - verbunden mit der Unsicherheit, überhaupt eine Anzeige zu erstatten - im Kontext der persönlichen Erwartungen und Hoffnungen der Zeugin als Hinweis für die Glaubhaftigkeit der Aussagen wertet und einen nachträglichen Umdeutungsprozess ausschliesst, ist dies unter Willkürgesichtspunkten nicht zu beanstanden. Das gilt auch, soweit die Vorinstanz die Parallelität zu einem mitbeurteilten Anklagepunkt als Indiz heranzieht (vgl. vorstehend E. 1) und dabei auf die Einvernahme einer möglichen Entlastungszeugin verzichtet. Was der Beschwerdeführer dagegen vorbringt, vermag weder Willkür noch eine Verletzung des rechtlichen Gehörs zu begründen.
4.
Die beantragte Neuregelung der Kosten- und Entschädigungsfolgen im kantonalen Verfahren sowie den Antrag betreffend Abweisung der Zivilforderungen begründet der Beschwerdeführer einzig mit den beantragten Freisprüchen. Es bleibt jedoch bei den vorinstanzlichen Schuldsprüchen, weshalb auf die entsprechenden Anträge nicht eingetreten werden kann.
5.
Die Beschwerde ist abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Der Beschwerdeführer wird ausgangsgemäss kostenpflichtig (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Kantonsgericht Schwyz schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 29. April 2019
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Denys
Der Gerichtsschreiber: Reut