Faits :
A.
A._, fondation en faveur des personnes handicapées du Jura bernois (ci-après: la Fondation), est propriétaire de la parcelle n° 22 du ban de la Commune de Tavannes, sur laquelle se trouve un immeuble classé digne de conservation (Objet-C) et faisant partie de l'ensemble-bâti A (Tavannes, Centre). Le 27 octobre 2014, la Fondation a déposé une demande de permis de construire auprès de la commune visant notamment à redistribuer et réaménager les chambres, les locaux de vie et les sanitaires et à remplacer les fenêtres et les portes.
Dans le cadre de l'instruction de cette autorisation par la suppléante du préfet, durant le délai d'enquête, le Service des monuments historiques (ci-après: SMH) de l'Office de la culture du canton de Berne a déposé, le 25 novembre 2014, son rapport officiel. Ce service a en particulier expliqué que la réadaptation d'origine du fenestrage devait être prise en compte avec sa collaboration, prescrivant des fenêtres en bois munies de vitrages isolants et l'application de petits bois et croisillons fixés à l'intérieur du vitrage à fleur du vantail. Le SMH a confirmé ses exigences dans un courrier du 16 décembre 2014. Le 29 décembre 2014, la suppléante du préfet a constaté que le projet n'avait donné lieu à aucune opposition et a, de ce fait, autorisé le début anticipé des travaux.
Par décision du 16 mars 2015, la suppléante du préfet a octroyé le permis de construire requis. Elle a retenu que les conditions posées dans le rapport du SMH du 25 novembre 2014 faisaient partie intégrante de la décision, à l'exception de l'exigence d'un fenestrage exclusivement en bois. Des fenêtres en bois-métal avec intégration de croisillons dans le double vitrage ont en définitive été autorisées. Cette décision a été notifiée à la Fondation, à la commune et au géomètre conservateur.
B.
Par courrier du 24 septembre 2015, le SMH a recouru auprès de la Direction des travaux publics, des transports et de l'énergie du canton de Berne (ci-après: TTE) contre la décision d'octroi du permis de construire du 16 mars 2015. Par décision du 10 mars 2016, la TTE a déclaré irrecevable le recours du SMH. Elle a cependant fait application de sa compétence de modifier d'office les décisions entachées de vices importants et a, sur cette base, imposé le remplacement des fenêtres en bois existantes par des fenêtres en bois avec intégration de croisillons dans le double vitrage, écartant par là même la possibilité d'installer des fenêtres en bois-métal.
Le recours formé contre cette décision par la Fondation a été rejeté par jugement du Tribunal administratif du canton de Berne du 5 décembre 2017. En substance, les juges cantonaux sont arrivés à la conclusion que le SMH avait qualité pour recourir, dans la mesure où exiger de la part de ce service de déposer formellement une opposition, en plus du rapport officiel intervenu dans le délai d'enquête, constituerait une mesure excessivement formaliste; ils ont ensuite retenu que le SMH - à qui la décision litigieuse n'avait pas été communiquée - avait respecté le délai de trente jours dès la prise de connaissance de cette décision, qu'ils ont fixée, au plus tôt le 28 août 2015. Sur le fond, le Tribunal administratif a suivi l'appréciation de la TTE à teneur de laquelle la pose de fenêtre en bois-métal constituait une perte de substance portant une atteinte sérieuse au monument historique, non seulement au niveau architectural, mais également au niveau socio-culturel et que cette transformation était contraire au droit cantonal et à la jurisprudence cantonale; ainsi, c'était à bon droit que la TTE avait modifié le permis de construire octroyé par la préfecture et le recours de la Fondation devait être rejeté.
C.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public, la Fondation demande au Tribunal fédéral d'annuler le jugement cantonal ainsi que les chiffres 2, 3 et 4 de la décision du 10 mars 2016 de la TTE. Elle conclut subsidiairement au renvoi de la cause au Tribunal cantonal pour prononcer lui-même l'annulation des chiffres précités de la décision de la TTE.
La TTE, l'Office cantonal de la culture et le Tribunal cantonal concluent au rejet du recours. La commune de Tavannes n'a pas de commentaires à formuler. La recourante a répliqué.

Considérant en droit :
1.
Dirigé contre une décision prise en dernière instance cantonale dans le domaine du droit public des constructions, le recours est en principe recevable comme recours en matière de droit public selon les <ref-law>, aucune des exceptions prévues à l'<ref-law> n'étant réalisée.
La recourante a pris part à la procédure devant l'instance précédente. En sa qualité de requérante du permis de construire, elle est particulièrement touchée par l'arrêt attaqué qui lui interdit la pose de fenêtres en bois-métal; elle peut ainsi se prévaloir d'un intérêt personnel et digne de protection à son annulation. La fondation recourante bénéficie dès lors de la qualité pour recourir au sens de l'<ref-law>. Les autres conditions de recevabilité sont au surplus réunies, si bien qu'il convient d'entrer en matière.
2.
A titre de mesure d'instruction, la recourante requiert l'édition du dossier constitué par le Tribunal administratif. Sa requête est satisfaite, l'instance précédente ayant déposé le dossier cantonal complet dans le délai imparti à cette fin (cf. <ref-law>).
3.
La fondation recourante se plaint d'une constatation manifestement inexacte des faits.
3.1. Le Tribunal fédéral statue en principe sur la base des faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>), sous réserve des cas prévus à l'<ref-law>. La partie recourante ne peut critiquer la constatation de faits importants pour le jugement de la cause que si ceux-ci ont été établis en violation du droit au sens de l'<ref-law> ou de manière manifestement inexacte (<ref-law>) - c'est-à-dire arbitraire - et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (<ref-ruling> consid. 4.1.2 p. 62 et les références).
3.2. Dans une première partie de son mémoire, la recourante présente son propre état de fait, lequel diverge sur certains points des constatations cantonales. Une telle argumentation, dans la mesure où elle s'écarte des faits établis dans l'arrêt attaqué ou les complète, sans qu'il soit indiqué que ceux-ci seraient manifestement inexacts ou arbitraires, est irrecevable (cf. <ref-ruling> consid. 3 p. 104 s.; <ref-ruling> consid. 5.2.2 p. 322).
3.3. Dans un chapitre ultérieur consacré expressément à l'établissement arbitraire des faits, la fondation recourante reproche au Tribunal administratif de n'avoir pas mentionné les travaux exécutés, en conformité avec le permis de construire du 16 mars 2015 - en particulier s'agissant de la pose de fenêtres -, avant le dépôt du recours du SMH à la TTE.
Cette critique est infondée. En effet, l'installation de nouvelles fenêtres en bois-métal, telles que mentionnées dans le permis délivré par la suppléante du préfet, n'a pas échappé au Tribunal administratif. Comme le souligne ce dernier devant la Cour de céans, ces éléments ressortent expressément des considérants de son arrêt (cf. arrêt attaqué, consid. 1.2 in fineet 9.3). Quoi qu'il en soit, comme on le verra encore ci-après, la procédure menée devant les autorités cantonales portait, au fond, sur les conditions de l'autorisation de construire, plus particulièrement sur l'introduction d'une charge liée au matériau des fenêtres. Or, dans ce contexte, il est sans pertinence de connaître de quelle manière ont été réalisés les travaux, avant le recours du SMH, et l'ampleur du préjudice que pourrait entraîner une éventuelle remise en conformité ultérieure. Cet aspect devra être examiné dans le cadre d'une procédure distincte de remise en état (cf. consid. 9 ci-après), que la TTE a d'ailleurs enjoint la commune d'entreprendre (cf. décision de la TTE du 10 mars 2016 consid. 5).
3.4. Sur le vu de ce qui précède, les critiques liées à l'établissement des faits doivent être rejetées pour autant que recevables. Le Tribunal fédéral s'en tiendra aux constatations de l'instance précédente (<ref-law>).
4.
La recourante remet essentiellement en cause la recevabilité du recours déposé par le SMH devant la TTE. En reconnaissant la qualité pour agir du service cantonal, le Tribunal administratif aurait non seulement violé le droit fédéral (consid. 5), mais se serait également livré à une application arbitraire du droit cantonal de procédure (consid. 6).
5.
Selon la recourante, il serait contraire aux art. 25 al. 1 et 25a al. 2 de la loi fédérale sur l'aménagement du territoire du 22 juin 1979 (LAT; RS 700) d'avoir accordé à l'avis circonstancié déposé par le SMH, dans le délai d'enquête, les conséquences procédurales d'une opposition, en particulier la qualité pour recourir contre l'autorisation de construire.
5.1. Ce faisant, la recourante tente vainement de porter le litige sur le terrain du droit fédéral. L'art. 25 al. 1 LAT dispose pourtant qu'il appartient aux cantons de régler la compétence et la procédure. Le fondement de la compétence cantonale est du reste d'ordre constitutionnel (cf. art. 3 et 75 Cst.; arrêt 1C_413/2015 du 19 novembre 2015 consid. 2.1; ALEXANDER RUCH, Commentaire LAT, 2010, n. 4 s. ad art. 25 LAT). A la lecture du texte de l'art. 25 al. 1 LAT, on ne discerne d'ailleurs pas en quoi cette disposition interdirait d'assimiler le préavis négatif d'un service cantonal spécialisé, intervenu en cours d'enquête, à une opposition. La recourante ne prétend au demeurant pas qu'une telle manière de procéder l'aurait, en l'espèce, privée des garanties minimales de procédure imposées par le droit fédéral, notamment s'agissant du respect de son droit d'être entendue ou encore de l'examen de sa cause par une autorité judiciaire indépendante et impartiale (à ce sujet cf. RUCH, op. cit., n. 6 ss ad art. 25 LAT).
Il n'est à cet égard pas non plus pertinent d'invoquer l'art. 25a let. c LAT. Cette disposition exige, lorsqu'une construction nécessite des décisions émanant de plusieurs services de l'Etat (cf. art. 25a al. 1 LAT), que l'autorité désignée pour se charger de la coordination recueille les avis circonstanciés relatifs au projet auprès de toutes les autorités cantonales et fédérales concernées. En revanche, pas plus que l'art. 25 LAT, celle-ci n'interdit au droit cantonal de procédure d'assimiler à une opposition un préavis négatif émis par un service de l'Etat spécialisé, dans le délai d'enquête, et les explications de la recourante ne permettent pas de s'en convaincre. Il n'apparaît pas que, de manière générale, la coordination se trouverait compromise par le droit de recours que le droit cantonal confère à certains services étatiques pour défendre les intérêts publics qui leur sont dévolus (cf. art. 35 al. 2 let. c et art. 35c al. 1 de la loi sur les constructions du 9 juin 1985 [LC; RS/BE 721.0]).
5.2. Il s'ensuit que c'est exclusivement à la lumière de la procédure administrative cantonale qu'il convient d'examiner si l'avis négatif émis durant le délai d'enquête par le SMH le dispensait de former, en parallèle, opposition au projet.
6.
A ce sujet, la recourante se plaint - selon l'intitulé de son grief - d'arbitraire dans l'application des art. 35 al. 2 let. c et 40 al. 2 LC.
6.1.
6.1.1. Appelé à revoir l'application du droit sous l'angle de l'arbitraire, le Tribunal fédéral ne s'écarte de la solution retenue par l'autorité cantonale de dernière instance que si celle-ci apparaît insoutenable ou en contradiction manifeste avec la situation effective, ou encore si elle a été adoptée sans motifs objectifs ou en violation d'un droit certain. Lorsque l'interprétation défendue par l'autorité cantonale ne se révèle pas déraisonnable ou manifestement contraire au sens et au but de la disposition ou de la législation en cause, elle est confirmée, même si une autre solution paraît également concevable, voire préférable. En outre, il ne suffit pas que les motifs de la décision critiquée soient insoutenables, encore faut-il que cette dernière soit arbitraire dans son résultat (<ref-ruling> consid. 6.1 p. 324).
Une exigence de motivation accrue prévaut pour la violation des droits constitutionnels tels que la prohibition de l'arbitraire. Selon le principe d'allégation, la partie recourante doit expliquer de façon circonstanciée en quoi consiste la violation, respectivement où réside l'arbitraire (<ref-law>; cf. <ref-ruling> consid. 2.2; <ref-ruling> consid. 3.2).
6.1.2. Selon l'art. 35 al. 2 let. c LC, dans sa teneur en vigueur jusqu'au 31 décembre 2015 (cf. <ref-ruling> consid. 2.4 p. 398), ont qualité pour former opposition à une demande de permis de construire les autorités des communes, les organes des groupements de communes, du canton et de la Confédération. L'art. 35c al. 2 LC indique que les griefs formulés par les autorités et les organes visés à l'article 35 al. 2 let. c LC doivent concerner la défense des intérêts publics qui leurs sont confiés. La décision rendue par l'autorité compétente au sujet d'une demande de permis de construire peut ensuite être attaquée par voie de recours, dans les 30 jours qui suivent sa notification (cf. art. 40 al. 1 LC). En matière de construction, celui-ci doit être déposé par écrit auprès de la Direction cantonale des travaux publics, des transports et de l'énergie (TTE); il doit contenir les conclusions et les motifs. Aux termes de l'art. 40 al. 2 LC, les requérants, les opposants, dans le cadre des motifs soulevés dans leur opposition, et l'autorité communale compétente ont qualité pour recourir. La jurisprudence cantonale, non contestée sur ce point, précise que la voie du recours n'est en principe ouverte tant aux particuliers qu'aux autorités que s'ils ont préalablement formé opposition contre le projet.
6.2. Le 24 septembre 2015, le SMH a recouru auprès de la TTE contre la décision d'octroi du permis de construire du 16 mars 2015. Il critiquait en particulier le fenestrage en bois-métal autorisé au détriment de fenêtres exclusivement en bois, seules compatibles, selon le service cantonal, avec la conservation de l'état construit initial (cf. consid. 8). Par décision du 10 mars 2016, la TTE a déclaré irrecevable le recours du SMH au motif qu'il n'avait pas formé opposition au projet en cours d'enquête. Cependant, faisant application de sa compétence de réformer d'office les décisions entachées de vices importants (cf. art. 40 al. 3 LC), la direction cantonale a modifié les charges du permis de construire; elle a ainsi ordonné le remplacement des fenêtres en bois existantes (au moment de la demande d'autorisation) par des fenêtres en bois avec intégration de croisillons dans le double vitrage.
Saisi du recours de la constructrice, l'instance précédente a, d'office et préalablement, examiné si la TTE avait a bon droit déclaré irrecevable le pourvoi du SMH; le tribunal s'est en particulier demandé si la direction cantonale avait à tort nié que l'avis négatif émis par ledit service - et sa prise de position ultérieure du 16 décembre 2014 - le dispensait de former, en parallèle, opposition au projet. A cet égard, le Tribunal administratif a retenu que le SMH avait, par son rapport officiel, clairement manifesté à l'autorité d'octroi du permis son désaccord quant à la pose de fenêtres en bois-métal. Le délai d'opposition était en outre encore en cours au moment du dépôt de ce rapport. Il aurait été ainsi excessivement formaliste, d'obliger le service cantonal à introduire, pendant ce délai, deux actes distincts, mais aux contenus identiques, le premier sous la dénomination de rapport officiel et le second sous forme d'opposition. Le tribunal a relevé que le rapport tendait à imposer des charges à la recourante, ce à quoi une opposition pouvait également conclure. Les premiers juges ont en outre souligné que la charge en cause, relative au matériau des fenêtres, visait à sauvegarder des intérêts publics confiés au SMH, point qui n'est d'ailleurs pas contesté. Le Tribunal administratif a jugé que, dans ces circonstances, le rapport du SMH devait être assimilé à une opposition; celui-ci bénéficiait dès lors de la qualité pour recourir à la TTE contre le permis de construire (cf. art. 40 al. 2 LC).
6.3. La recourante soutient en premier lieu qu'il n'existerait pas de base légale conférant la qualité de partie à une "unité administrative de l'Etat". C'est pourtant en se fondant sur les art. 35c al. 2 et 40 al. 2 LC que l'instance précédente a reconnu cette qualité au SMH. La question principale n'est par conséquent pas tant celle de la base légale que celle de savoir - s'agissant de droit cantonal - si le Tribunal administratif s'est livré à une interprétation et à une application arbitraires de ces dispositions. La recourante ne remet en revanche pas en cause le fait que le SMH a saisi la TTE moins de 30 jours après avoir pris connaissance de la teneur du permis de construire (cf. <ref-law>), de sorte que la réalisation de cette condition de recevabilité apparaît acquise (cf. art. 40 al. 1 LC). Seule demeure ainsi litigieuse la question de la qualité pour recourir.
6.3.1. A cet égard, les explications de la recourante ne renferment aucun élément permettant de tenir pour arbitraire l'appréciation du Tribunal administratif. Il est tout d'abord sans pertinence que le SMH n'ait pas réagi à réception de l'autorisation de début anticipé des travaux du 29 décembre 2014 mentionnant que le projet n'avait fait l'objet d'aucune opposition. La recourante passe en effet sous silence que cette autorisation ne porte pas sur les fenêtres et réserve de surcroît expressément les charges imposées par le rapport officiel du SMH. Ce dernier n'avait dès lors, à ce stade, aucun motif d'introduire une contestation. Par la suite, comme l'a jugé le tribunal, sans que cela ne soit contesté, il eût appartenu à la préfecture, en tant qu'autorité directrice (cf. art. 25a al. 1 LAT et art. 4 ss de la loi sur la coordination du 1 er janvier 1995 [LCoord; RS/BE 724.1]), dans la mesure où elle entendait s'écarter de ce rapport officiel, de mener des pourparlers de conciliation avec le SMH (art. 8 al. 1 LCoord) et de lui notifier sa décision globale, ce qu'elle n'a en l'occurrence pas fait. Or, dans ce cas de figure particulier, dans lequel l'autorité spécialisée s'est de facto trouvée privée de la possibilité d'agir, il n'apparaît pas déraisonnable d'avoir assimilé son rapport - explicite s'agissant des fenêtres - à une opposition lui conférant la qualité pour recourir. Dans un tel contexte, nier au SMH la qualité pour recourir viderait de sa substance les garde-fous instaurés par le législateur cantonal en matière de préservation de certains intérêts publics particuliers, à l'instar de la protection du patrimoine. La doctrine cantonale citée par la recourante ne lui est d'ailleurs à cet égard d'aucun secours: celle-ci confirme uniquement que l'opposition est un préalable nécessaire au recours, sans que l'on puisse en inférer que le droit cantonal interdirait d'y assimiler - dans les circonstances particulières du cas d'espèce - le rapport officiel du service de l'Etat concerné (cf. ZAUGG/LUDWIG, Baugesetz des Kantons Bern, Kommetar, 4 ème éd., 2013, n. 13 ad art. 35-35c LC; PETER LUDWIG/BEAT STALDER, in Bernisches Verwaltungsrecht, 2 ème éd. 2013, n. 158 p. 522 et n. 177 p. 527).
6.3.2. On ne saurait pas non plus comprendre la lettre du SMH du 16 décembre 2014, adressée à l'architecte de la recourante, comme une renonciation du service à former opposition, qui interdirait d'accorder à son rapport officiel les conséquences procédurales d'une telle contestation. Aux termes de ce document, le SMH se limite en effet à indiquer que, en cas d'exigences divergentes, il appartient à la préfecture de procéder à une pesée des intérêts puis de rendre une décision en matière de permis de construire; il ne s'agit à l'évidence que d'un rappel général de la répartition des compétences prévue par la loi (cf. art. 33 LC), dont on ne peut déduire une quelconque volonté du SMH de renoncer à la défense des intérêts publics que la loi place dans sa compétence.
6.3.3. Le résultat auquel parvient l'instance précédente apparaît d'autant moins critiquable que la présente procédure ne porte - comme on le verra ci-après (cf. consid. 9) - que sur le contenu du permis de construire, la recourante conservant la faculté de faire valoir ses droits, en particulier s'agissant de la violation de la garantie de la propriété et de sa bonne foi quant aux travaux déjà exécutés, dans le cadre de la procédure de remise en état que la commune est invitée à entreprendre (cf. décision de la TTE du 10 mars 2016 consid. 5).
6.4. En définitive, le grief apparaît mal fondé et doit être rejeté.
7.
Ainsi, dès lors qu'il n'est pas arbitraire d'avoir reconnu au SMH la qualité pour agir et que les autres conditions de recevabilité de son recours à la TTE - en particulier le respect du délai de 30 jours dès la notification de la décision (cf. art. 40 al. 1 LC) - ne sont pas discutées par la recourante (cf. <ref-law>), son grief tiré de la violation de l'art. 43 LC doit également être rejeté.
Selon l'alinéa premier de cette disposition, un permis de construire accordé contrairement aux prescriptions de droit public ou qui, au moment de son utilisation, n'est plus conforme à l'ordre public peut être révoqué par l'autorité ayant accordé le permis, le cas échéant par l'autorité compétente au sens de l'art. 48 LC.
Or, comme l'a rappelé l'instance précédente - sans être valablement contredite sur ce point (cf. <ref-law>) -, pour qu'une révocation de l'autorisation de construire au sens de l'art. 43 LC soit possible, il est nécessaire que celle-ci soit entrée en force (cf. ZAUGG/LUDWIG, op. cit., n. 1 ad art. 43 LC; voir également <ref-ruling> consid. 4.1 p. 3; THIERRY TANQUEREL, Manuel de droit administratif, 2011, n. 938 p. 320 s.; HÄFELIN/MÜLLER/UHLMANN, Allgemeines Verwaltungsrecht, 7 e éd. 2016, n. 1224 ss), ce qui suppose qu'elle ne puisse plus être contestée par une voie de droit ordinaire. Dans la mesure où ce prérequis n'est pas réalisé, l'instance précédente n'a pas versé dans l'arbitraire en n'examinant pas les conditions auxquelles une révocation eût été possible, dans l'hypothèse d'importants travaux déjà effectués (art. 43 al. 2 i.i LC), tout particulièrement par le biais d'une indemnisation du maître de l'ouvrage (cf. art. 43 al. 2 let. a LC). Ainsi, dès lors que l'on ne se trouve pas dans un cas de révocation, et que la cause ne porte au fond que sur le contenu du permis de construire (cf. consid. 9), il n'est, à ce stade, pas pertinent de déterminer si l'intérêt à une application correcte de la législation l'emporte sur le principe de la sécurité du droit et sur celui de la bonne foi, dont se prévaut également la recourante (cf. <ref-ruling> consid. 2.3 p. 72 s.; arrêt 1C_588/2016 du 26 octobre 2017 consid. 2.3). Ces aspects devront, le cas échéant, être pris en compte et débattus dans le cadre de la procédure distincte de rétablissement conforme au droit que la commune est invitée à entreprendre (à ce propos, cf. consid. 9 ci-dessous).
8.
Toujours dans le cadre de son grief relatif à la révocation - dont on a vu qu'elle était en l'occurrence exclue -, la recourante conteste que la préservation du bâtiment protégé nécessite impérativement la pose d'un fenestrage exclusivement en bois.
8.1. En matière de protection du patrimoine, le droit cantonal prévoit que les monuments historiques sont des objets et des ensembles exceptionnels présentant une valeur culturelle, historique ou esthétique; ils comprennent notamment les sites, les ensembles bâtis, les constructions, les jardins, les installations, les détails d'architecture intérieure, l'agencement des pièces et les équipements fixes (art. 10a al. 1 LC). L'art. 10a al. 3 LC dispose quant à lui que les monuments historiques sont dignes de conservation lorsqu'ils doivent être préservés en raison de leur intérêt architectonique ou de leurs particularités. Les monuments historiques peuvent être transformés pour les besoins de la vie et de l'habitat contemporains avec ou sans réaffectation à de nouveaux usages, à condition que ces derniers soient adéquats et que la valeur des monuments soit prise en compte. Ils ne doivent pas être altérés par des transformations de leur environnement (art. 10b al. 1 LC). Les monuments historiques dignes de conservation ne doivent subir aucune transformation de leur extérieur ou de l'agencement de leurs pièces lorsque ce dernier est important (art. 10b al. 3 1 ère phrase LC)
8.2. Se référant au recensement cantonal, le Tribunal administratif a retenu que le bâtiment avait toujours conservé des fenêtres en bois. En application de sa propre jurisprudence - non contestée (à ce propos, voir arrêt 1C_398/2011 du 7 mars 2012, résumé in RDAF 2014 I p. 262 et la note d' ELOI JEANNERAT, p. 264) - et du droit cantonal, en particulier de l'art. 10b al. 3 1 ère phrase LC, l'instance précédente a considéré que la pose de fenêtres en bois-métal constituait une importante perte de l'état construit initial ayant justifié le classement du bâtiment, et cela malgré le fait que ce changement ne soit pas nécessairement perceptible à l'oeil. Dans sa prise de position du 25 novembre 2014, le SMH avait d'ailleurs expliqué que le caractère traditionnel devait être maintenu, afin de garantir la perceptibilité de la particularité typologique vernaculaire du lieu.
8.3. A l'appui de son recours, la recourante dresse une longue liste d'éléments plaidant, à la suivre, en faveur des fenêtres en bois-métal qu'elle préconise (recours, ch. 12); y figurent notamment l'existence d'altérations préalables du bâtiment, antérieures au classement, l'absence de changement de l'aspect extérieur entraîné par ces fenêtres, leur avantage en matière d'isolation, ou encore des frais d'entretien réduits. Par cette énumération, la recourante ne discute cependant pas l'appréciation circonstanciée du Tribunal administratif s'agissant de la préservation de la substance initiale du bâtiment; elle livre en réalité péremptoirement ses propres impressions quant aux avantages de la solution qu'elle appelle de ses voeux. Une telle manière de procéder ne répond pas aux exigences de motivation du recours fédéral (art. 42 al. 2 et 106 al. 2 LTF), tout particulièrement s'agissant d'une matière ressortissant aux cantons (art. 78 al. 1 Cst.) et de l'appréciation des circonstances locales, pour l'examen desquelles le Tribunal fédéral s'impose une certaine retenue (cf. <ref-ruling> consid. 6.1 p. 181). Il est par ailleurs sans pertinence - pour peu que cela soit établi (cf. <ref-law>) - que les fenêtres remplacées ne soient pas celles d'origine, comme le prétend la recourante: cette dernière ne conteste en effet ni que ces fenêtres étaient uniquement en bois, ni - et surtout - que c'est bien ce matériau qui avait été utilisé à l'origine, lors de la construction. La recourante ne soutient enfin pas non plus que les critères retenus par le Tribunal administratif contreviendraient à l'art. 10a al. 3 1 ère phrase LC ni que la charge imposée dans le permis de construire ne répondrait pas à un intérêt public lié à la protection d'un site bâti d'importance. On ne voit dès lors pas de motif de s'écarter de l'appréciation de l'instance précédente, laquelle repose sur des éléments objectifs et apparaît de surcroît compatible avec les recommandations émises par la Commission fédérale des monuments historiques en matière de fenêtres dans les bâtiments historiques (cf. CFMH, Les fenêtres dans les bâtiments historiques, 27 novembre 2013, disponibles sous www.bak.admin. ch/bak/fr/home/patrimoine-culturel/patrimoine-culturel-et-monuments-historiques/expertise/commission-federale-des-monuments-historiques-cfmh-.html, consultées le 4 septembre 2018).
8.4. Insuffisamment motivé, ce grief est irrecevable.
9.
La recourante se plaint enfin d'une violation de la garantie de la propriété (art. 26 Cst.), de la sécurité du droit et du principe de la bonne foi (art. 5 Cst.).
Compte tenu des particularités du cas d'espèce, il est légitime que la recourante s'inquiète du sort réservé aux travaux de fenestrage d'ores et déjà réalisés, tout particulièrement au regard du montant de 133'214.60 fr. qu'elle allègue avoir investi. Les critiques qu'elle formule à ce propos apparaissent cependant prématurées. En effet, comme l'a souligné le Tribunal administratif, sans que la recourante ne le discute, la cause porte au fond sur les conditions d'octroi de l'autorisation de construire, plus spécialement sur l'introduction d'une charge relative au matériau exigé pour le remplacement des fenêtres; seule cette question a été débattue devant les autorités cantonales (cf. <ref-ruling> consid. 4.4.2 p. 156). La problématique d'un éventuel rétablissement conforme à la loi des fenêtres en bois-métal installées dans l'intervalle est par conséquent, à ce stade, hors de cause. C'est précisément dans le cadre d'une procédure distincte portant sur la remise en conformité - que la TTE a enjoint la commune d'entreprendre (cf. décision de la TTE du 10 mars 2016 consid. 5) - que la recourante pourra faire valoir ses intérêts, se prévaloir, le cas échéant, d'une violation de la garantie de la propriété et exciper de sa bonne foi, tout particulièrement en lien avec les travaux réalisés sur la base de permis du 16 mars 2015 et le montant déboursé à cet effet (cf. arrêts 1C_82/2015 du 18 novembre 2015 consid. 4.1 non publié in <ref-ruling>, mais publié in DEP 2016 p. 239; 1C_273/2017 du 20 juin 2018 consid. 2.2).
Le grief, tel que formulé, apparaît ainsi prématuré et doit, faute d'intérêt actuel, être déclaré irrecevable.
10.
Les considérants qui précèdent conduisent au rejet du recours dans la mesure de sa recevabilité, aux frais de la recourante, qui succombe (<ref-law>). Il n'est pas alloué de dépens (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 4'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3.
Le présent arrêt est communiqué au mandataire de la recourante, au Canton de Berne, à la Commune municipale de Tavannes, à la Direction des travaux publics, des transports et de l'énergie du canton de Berne, et au Tribunal administratif du canton de Berne, Cour des affaires de langue française.
Lausanne, le 6 septembre 2018
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Merkli
Le Greffier : Alvarez