Fatti:
A.
Il 5 settembre 2016 A._ ha consegnato la tesi di bachelor in [...] presso il Dipartimento [...] della Scuola universitaria professionale della Svizzera italiana (SUPSl). La discussione del lavoro assegnatole, concernente [...], ha avuto luogo il 14 settembre successivo davanti a una commissione composta dal prof. B._, responsabile del corso di laurea [...], dal prof. C._, docente relatore, e da D._, esperta esterna.
Il 19 settembre 2016, A._ è stata informata della mancata certificazione della sua tesi, valutata in maniera insufficiente. Alcuni giorni dopo, la studentessa ha chiesto che le venisse trasmesso il protocollo d'esame. Il responsabile del corso di laurea le ha però risposto che, prima di fornire indicazioni scritte, preferiva organizzare un colloquio, in presenza del docente relatore.
B.
Impossibilitata a incontrarsi con gli esaminatori, il 4 ottobre 2016 A._ ha contestato la valutazione della tesi davanti al Dipartimento per mezzo di un reclamo. Dopo avere raccolto una motivazione scritta dalla commissione esaminatrice, lo stesso lo ha tuttavia respinto (14 novembre 2016).
La decisione emessa dal Dipartimento su reclamo è stata in seguito confermata sia dalla Direzione generale della SUPSI (17 marzo 2017) che dal Tribunale cantonale amministrativo, espressosi in merito con sentenza del 26 gennaio 2018.
C.
Con ricorso sussidiario in materia costituzionale del 26 febbraio 2018, A._ ha impugnato detto giudizio davanti al Tribunale federale, chiedendo l'annullamento dello stesso e il rinvio dell'incarto alle autorità cantonali, nonché il riconoscimento dell'assistenza giudiziaria.
Durante la procedura, il Tribunale amministrativo ticinese si è riconfermato nelle motivazioni e nelle conclusioni della propria sentenza. La tutela di tale pronuncia è stata domandata anche dalla Direzione generale della SUPSI. Il 26 aprile 2018, l'insorgente ha ribadito la propria posizione con nuove osservazioni.

Diritto:
1.
1.1. In base all'art. 83 lett. t LTF la via del ricorso in materia di diritto pubblico non è data contro le decisioni concernenti l'esito di esami e di altre valutazioni della capacità, segnatamente nei settori della scuola, del perfezionamento e dell'esercizio della professione. La vertenza, che concerne la valutazione di una tesi di bachelor, ricade chiaramente sotto questa clausola (sentenze 2D_1/2015 del 4 maggio 2015 consid. 1.1 e 2D_34/2012 del 26 ottobre 2012 consid. 1.1). A giusta ragione, l'impugnativa è pertanto stata interposta non quale ricorso ordinario, bensì quale ricorso sussidiario in materia costituzionale.
1.2. La sentenza querelata è finale (art. 117 e 90 LTF) ed è stata pronunciata da un'autorità giudiziaria cantonale di ultima istanza (art. 114 e 86 cpv. 1 lett. d e cpv. 2 LTF). L'impugnativa è tempestiva (art. 117 e 100 cpv. 1 LTF) e l'insorgente ha un interesse a ricorrere (<ref-law>; sentenza 2D_2/2015 del 22 maggio 2015 consid. 1.2 con ulteriori rinvii). Per quanto precede, il rimedio è ammissibile.
2.
2.1. Con ricorso sussidiario in materia costituzionale può venir censurata unicamente la violazione di diritti costituzionali (<ref-law>). Il rispetto di tali diritti non è esaminato d'ufficio, come per le norme legislative federali (<ref-law>), ma soltanto se il ricorrente ha sollevato le proprie critiche in modo esplicito, chiaro e circostanziato (art. 117 e 106 cpv. 2 LTF; <ref-ruling> consid. 2.2; <ref-ruling> consid. 3.2). Limitata è anche la possibilità di contestare l'accertamento dei fatti. Di principio, il Tribunale federale fonda la sua sentenza sui fatti stabiliti dall'autorità inferiore (<ref-law>); può rettificare o completare i relativi accertamenti se sono stati svolti in violazione del diritto ai sensi dell'<ref-law> (<ref-law>).
2.2. Come indicato anche nel seguito, le critiche formulate nel ricorso rispettano solo in parte i requisiti di motivazione esposti. Nella misura in cui sono stati disattesi, il gravame sfugge pertanto a un esame di merito. Dato che non vengono messi validamente in discussione - con una motivazione conforme all'<ref-law>, che ne dimostri un accertamento arbitrario o altrimenti lesivo di un diritto costituzionale -, i fatti che emergono dal giudizio impugnato vincolano inoltre il Tribunale federale. Infine, dimostrati non sono neanche gli estremi per produrre rispettivamente chiedere l'assunzione di nuove prove (art. 117 in relazione con l'<ref-law>).
3.
Chiamata a pronunciarsi sulla fattispecie, la Corte cantonale ha dapprima rilevato di potere emanare il proprio giudizio in base agli atti, senza procedere all'assunzione di ulteriori prove (in particolare, all'audizione di C._, B._ e E._), indicando compiutamente le ragioni della propria scelta. Sempre in via preliminare, ha constatato che la produzione tardiva delle motivazioni che hanno condotto la commissione a una valutazione insufficiente aveva comportato una violazione del diritto di essere sentita della candidata, ma che questa lesione era stata nel frattempo sanata.
Osservato che il controllo dell'adeguatezza in merito alla valutazione gli è precluso e riportata la motivazione fornita dalla commissione, il Tribunale cantonale amministrativo ha quindi respinto anche le critiche relative alla prova sostenuta, rilevando che la ricorrente non aveva apportato nessun elemento atto a scalfire la pertinenza del giudizio datone, che su di esso non avevano avuto influenza elementi estranei (in particolare, del mobbing) e infine che lo svolgimento dell'esame non era nemmeno stato viziato da un punto di vista formale, in quanto la giurisprudenza in materia non chiede che una prova orale sia verbalizzata sul momento.
Da parte sua, la ricorrente non concorda con il giudizio impugnato e fa valere violazioni del divieto d'arbitrio così come del principio di celerità.
4.
Le critiche formulate sotto il titolo "la violazione dell'art. 9 della Costituzione federale" riguardano anzitutto aspetti probatori, ovvero: la rinuncia a procedere ad audizioni e all'assunzione di altre prove concernenti un possibile mobbing e la valutazione della tesi; inoltre, la maniera in cui la Corte cantonale ha giudicato la perizia di parte commissionata dalla ricorrente a F._.
4.1. In relazione all'apprezzamento delle prove e all'accertamento dei fatti, il Tribunale federale riconosce alle istanze precedenti ampio potere. Ammette cioè una violazione del divieto d'arbitrio solo qualora non abbiano manifestamente compreso il senso e la portata di un mezzo di prova, abbiano omesso di considerare un mezzo di prova pertinente senza un serio motivo, oppure se, sulla base degli elementi di fatto raccolti, abbiano tratto delle deduzioni insostenibili. In conformità all'<ref-law>, spetta a chi insorge argomentare, con precisione e per ogni accertamento di fatto censurato, in che modo le prove avrebbero dovuto essere valutate, per quale ragione l'apprezzamento dell'autorità sia insostenibile e in che misura la violazione invocata dovrebbe influenzare l'esito del litigio (<ref-ruling> consid. 5.3 pag. 148 e 133 IV 286 consid. 1.4 pag. 287 seg.).
4.2. Nella fattispecie, il sussistere degli estremi indicati, necessari per ammettere una violazione dell'<ref-law>, non viene tuttavia dimostrato né riguardo alle prove concernenti l'asserito mobbing, né a quelle relative alla valutazione del lavoro di bachelor. In luogo di confrontarsi compiutamente con le considerazioni dei Giudici ticinesi - che hanno spiegato nel dettaglio sia perché l'assunzione di ulteriori prove non fosse necessaria, sia perché la perizia di parte non fosse atta a mettere in dubbio le valutazioni della commissione d'esame - per dimostrarne in seguito l'insostenibilità, la ricorrente si limita infatti genericamente a contestarle, usando invero spesso anche toni fuori luogo, rispettivamente a contrapporvi una serie di domande.
4.3. Sia come sia, da una lettura delle motivazioni fornite al riguardo non emerge nessuna evidente incongruenza. Al contrario, esse risultano per lo meno plausibili, e ciò basta ad escludere l'arbitrio.
5.
Sempre sotto il titolo "la violazione dell'art. 9 della Costituzione federale", la ricorrente si lamenta poi: della tutela dello svolgimento della discussione orale della tesi da un punto di vista formale e, in particolare, del fatto che la Corte cantonale abbia indicato che la stesura di un protocollo d'esame non era necessaria; inoltre, di una "sistematica" violazione dell'art. 46 della legge ticinese sulla procedura amministrativa del 24 settembre 2013 (LPamm; RL/TI 165.100), relativo al contenuto delle decisioni amministrative. Sempre a torto, però.
5.1. Preso atto del fatto che l'insorgente non sostiene rispettivamente non dimostra che il diritto cantonale preveda l'obbligo di verbalizzare la discussione della tesi, che ha avuto luogo oralmente, va infatti rilevato che un simile obbligo non può essere dedotto neanche dalla Costituzione federale (sentenze 2D_29/2015 del 27 novembre 2015 consid. 2.3; 2D_25/2011 del 21 novembre 2011 consid. 3.2, con riferimento all'<ref-law> e 2D_2/2010 del 25 febbraio 2011 consid. 6.
5.2. In relazione all'applicazione dell'art. 46 LPamm/TI, occorre invece osservare che l'insorgente non fa valere nessuna critica di natura costituzionale. Nonostante sollevi la sua censura in un paragrafo che si intitola "la violazione dell'art. 9 della Costituzione federale", si limita in effetti a lamentare una lesione "sistematica" e contraria alla giurisprudenza cantonale del solo diritto ticinese, ovvero a formulare una critica che non rientra tra quelle che possono essere presentate a questa Corte nell'ambito del ricorso esperito (<ref-law>; sentenze 2D_49/2017 del 15 giugno 2018 consid. 2.1 e 2D_33/2015 del 1° dicembre 2015 consid. 5.2.2). Indipendentemente da ciò, occorre poi rilevare che la Corte cantonale non nega affatto una lesione del diritto a una motivazione sufficiente. Al contrario, la riconosce a chiare lettere, ma poi la considera sanata, ed era quindi in merito a quest'ultimo argomento - che l'insorgente liquida come una semplice "scusa", ma che è ammesso entro certi limiti anche dalla giurisprudenza relativa all'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 4; <ref-ruling> consid. 2.2 e 2.3.2; <ref-ruling> consid. 2.6.1 pag. 285) - che andava semmai sviluppata un'eventuale censura ricorsuale.
6.
Nell'impugnativa viene infine anche sostenuto che, sia davanti alle autorità scolastiche, che in sede di ricorso, sarebbe stato leso il principio di celerità.
6.1. Giusta l'<ref-law>, in procedimenti dinanzi ad autorità giudiziarie o amministrative, ognuno ha diritto alla parità ed equità di trattamento, nonché ad essere giudicato entro un termine ragionevole. L'esame della durata del procedimento sotto il profilo dell'<ref-law> non è soggetto a regole rigide e va svolto tenendo conto delle circostanze concrete. In questo contesto, occorre in particolare considerare l'ampiezza e le difficoltà della causa, il modo con il quale è stata trattata dall'autorità, l'interesse in gioco delle singole parti e il loro comportamento nella procedura (<ref-ruling> consid. 6 pag. 192; <ref-ruling> consid. 4.4 pag. 277 e <ref-ruling> consid. 5.1 pag. 331).
In base alla giurisprudenza relativa al principio della buona fede (<ref-law>), l'amministrato deve fare inoltre tutto quanto in suo potere, affinché l'autorità si esprima tempestivamente, sollecitandola a rendere le proprie decisioni o interponendo se del caso ricorso per denegata giustizia. Sarebbe infatti contrario al principio della buona fede permettergli di fare valere la lesione del principio di celerità quando non se ne è mai lamentato in precedenza. Nel contempo, occorre rilevare che dal momento in cui l'autorità tenuta ad esprimersi ha pronunciato la propria decisione, un diritto a fare constatare un eventuale ritardo non è di regola più dato (<ref-ruling> consid. 2.1 pag. 500; <ref-ruling> consid. 5.2 pag. 332; sentenze 2C_1014/2013 del 22 agosto 2014 consid. 7.1 non pubblicato in <ref-ruling>; 5A_499/2014 del 18 novembre 2014 consid. 2; 2C_182/2014 del 26 luglio 2014 consid. 3.2 e 8C_244/2013 del 30 settembre 2013 consid. 2 e 4A_744/2011 del 12 luglio 2012 consid. 11.1).
6.2. Pure in relazione a quest'ultima critica, relativa alla tempistica, il ricorso è destinato tuttavia all'insuccesso. In effetti, presentando la propria censura l'insorgente si limita a commentare in modo critico le singole fasi della procedura cantonale, senza fare valere nessun concreto diritto alla constatazione dell'illecito ritardo, che non viene per altro nemmeno formalmente domandata (sentenza 2C_823/2012 del 18 febbraio 2013 consid. 6.1 con rinvio alla sentenza 2P.217/2005 del 16 ottobre 2006; precedente consid 6.1 e le referenze in esso contenute).
In via abbondanziale, e per quanto riguarda la procedura davanti al Tribunale cantonale amministrativo, che è la sola a poter essere oggetto di litigio in questa sede (sentenza 2C_123/2013 del 16 dicembre 2013 consid. 4.1), va comunque rilevato che il principio di celerità non è stato affatto violato. Tra l'inoltro del ricorso in sede cantonale - che constava di ben 32 pagine fittamente redatte, completate in seguito da una replica di 10 ulteriori pagine - e la data della sentenza sono infatti passati 10 mesi scarsi (3 aprile 2017-26 gennaio 2018); inoltre, nessuna delle fasi che hanno contraddistinto la procedura di appello risulta essersi protratta in una maniera insostenibile e scioccante (sentenza 2C_553/2017 del 30 giugno 2017 consid. 5).
7.
Per quanto precede, il ricorso va respinto. L'istanza di assistenza giudiziaria va parimenti respinta in quanto il gravame doveva apparire sin dall'inizio privo di probabilità di successo (<ref-law>). Nell'addossare le spese giudiziarie alla ricorrente viene comunque considerata la sua situazione finanziaria e fissato un importo ridotto (art. 65 cpv. 1 e 2, <ref-law>). Non vengono assegnate ripetibili (<ref-law>; sentenza 2D_3/2015 del 19 maggio 2015 consid. 6).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1.
Il ricorso è respinto.
2.
La domanda di assistenza giudiziaria è respinta.
3.
Le spese giudiziarie di fr. 1'000.-- sono poste a carico della ricorrente.
4.
Comunicazione alla ricorrente, alla Scuola universitaria professionale della Svizzera italiana e al Tribunale amministrativo ticinese.