Fatti:
A.
A._S.p.A. è una società per azioni italiana attiva nel campo della logistica e del trasporto intermodale. Nel corso del 2005 ha presentato all'Ufficio federale dei trasporti (UFT) una richiesta di finanziamento per l'ampliamento e l'ammodernamento del terminal intermodale di X._, in Italia, sua principale sede operativa.
B.
Con decisione del 30 novembre 2006 l'UFT, ha concesso alla A._S.p.A. un contributo di cofinanziamento per un totale complessivo massimo di fr. 12'424'999.-- sotto forma di contributi a fondo perso per al massimo fr. 5'094'092.-- e di prestiti rimborsabili senza interessi per un massimo di fr. 7'330'907.--. L'UFT ha precisato che, in base all'avanzamento pianificato del progetto e nell'ambito dei crediti di pagamento della Confederazione, i contributi e i prestiti stabiliti sarebbero stati assicurati fino a 24 mesi dalla crescita in giudicato della decisione, dietro presentazione delle spese sostenute e di un rendiconto finale. I citati importi sono stati determinati sulla base dei costi previsti per il progetto, presentati in Euro, applicando un tasso di cambio Euro/CHF di 1.55.
C.
Dando seguito ad una richiesta di finanziamento anticipato presentata dalla società, l'UFT le ha comunicato il 15 gennaio 2007 che, prima che fosse determinato l'importo definitivo sulla base del rendiconto finale, poteva versare al massimo l'80 % dell'aiuto finanziario. Ha quindi proceduto al versamento di fr. 9'939'999.--. Su istanza della richiedente, che ha invocato ritardi nella realizzazione del progetto, con decisioni del 2 marzo 2009 e del 3 settembre 2013, l'UFT ha prorogato il termine di validità dell'aiuto finanziario.
D.

L'11 giugno 2015 A._S.p.A. ha inoltrato all'autorità federale le fatture delle spese sostenute e, dopo una serie di scambi epistolari che non occorre qui evocare, il 27 aprile 2016 l'UFT ha stabilito il conteggio finale definitivo relativo all'ampliamento dell'impianto di trasbordo per il traffico combinato di X._, convertendo le fatture presentate in Euro in franchi svizzeri al tasso di cambio del giorno dell'emissione. Ha quantificato in fr. 25'212'728.-- i costi del progetto e in fr. 24'959'397.-- quelli computabili. Poiché la Confederazione copriva al massimo il 35 % dei costi computabili, l'autorità federale ha quindi fissato in fr. 8'735'789.-- l'aiuto finanziario. Considerato il pagamento parziale di fr. 9'939'999.-- eseguito nel 2007, l'UFT ha fatto valere un diritto al rimborso di fr. 1'204'210.--.
E.
A._S.p.A. ha contestato il conteggio finale, chiedendo all'autorità federale di emanare una decisione impugnabile. Con decisione di accertamento del 10 agosto 2016, l'UFT ha confermato il conteggio finale, quantificando il diritto al rimborso in fr. 1'204'210.--, di cui ha ordinato la restituzione in due fasi, la prima da eseguirsi entro il 30 giugno 2016, la seconda entro il 31 dicembre 2016. L'UFT ha ribadito che le fatture emesse in Euro dovevano essere convertite in franchi svizzeri al tasso di cambio valido il giorno dell'emissione.
F.
Contro la decisione di accertamento dell'UFT, la A._S.p.A. ha adito il Tribunale amministrativo federale (TAF). Ha chiesto in via principale l'annullamento di tale decisione e il versamento dell'importo di fr. 2'485'000.--, corrispondente alla differenza tra l'ammontare di fr. 12'424'999.-- di cui alla decisione del 30 novembre 2006 e quello di fr. 9'939'999.-- pagatole nel 2007. Con sentenza del 10 aprile 2018, la Corte I del TAF ha respinto il ricorso.
G.
A._S.p.A. impugna questa sentenza con un ricorso in materia di diritto pubblico del 14 maggio 2018 al Tribunale federale, chiedendo di annullarla. Chiede inoltre di annullare la decisione del 10 agosto 2016 dell'UFT e di ordinare alla Confederazione di versarle l'importo di fr. 2'485'000.--. La ricorrente fa valere la violazione del diritto federale, segnatamente della legge federale sugli aiuti finanziari e le indennità, del 5 ottobre 1990 (LSu; RS 616.1), del principio della buona fede e del divieto dell'arbitrio.
H.
Il TAF comunica di rinviare al proprio giudizio e di non avere osservazioni da formulare al ricorso, ritenendo nondimeno dubbia l'ammissibilità dello stesso. L'UFT chiede di respingere il gravame. Con osservazioni del 3 agosto 2018, la ricorrente si è confermata nelle sue conclusioni.
Con decreto presidenziale del 7 giugno 2018, al ricorso è stato conferito effetto sospensivo per quanto concerne la pretesa di rimborso di fr. 1'204'210.-- dell'UFT.
Diritto:
1.
1.1. Contro decisioni finali (<ref-law>) pronunciate in cause di diritto pubblico (<ref-law>) che emanano dal TAF (<ref-law>) è di massima esperibile il ricorso in materia di diritto pubblico, a meno che la fattispecie ricada sotto un'eccezione prevista dagli art. 83 segg. LTF.
1.2. Secondo l'art. 83 lett. k LTF, il ricorso è inammissibile contro le decisioni concernenti i sussidi al cui ottenimento la legislazione non conferisce un diritto. In concreto, questa eccezione non entra tuttavia in considerazione, giacché, indipendentemente dall'esistenza di un diritto all'ottenimento del sussidio, la via del ricorso in materia di diritto pubblico è aperta quando, come è qui il caso, la controversia concerne la restituzione di contributi già percepiti. La restituzione o la revoca di sussidi assegnati comportano infatti un'ingerenza nella posizione giuridica del beneficiario (cfr. sentenze 2C_717/2015 del 13 dicembre 2015 consid. 1 e 2C_735/2014 del 7 agosto 2015 consid. 1.2.2 e rispettivi rinvii). Tantomeno entra qui in considerazione l'eccezione dell'art. 83 lett. p LTF, accennata dal TAF nella risposta al ricorso: nella fattispecie non è infatti in discussione una decisione in materia di traffico delle telecomunicazioni, di radiotelevisione o di poste.
1.3. In quanto debitrice dell'importo litigioso, la ricorrente è particolarmente toccata dalla sentenza impugnata ed ha un interesse degno di protezione alla modifica della stessa. Essa è quindi legittimata a ricorrere (<ref-law>). Il ricorso è tempestivo (<ref-law> in relazione con l'<ref-law>) e, sotto i citati aspetti, ammissibile.
2.
2.1. Conformemente a quanto stabilito dagli art. 95 e 96 LTF, il ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale può essere presentato per violazione del diritto, nel quale rientra pure il diritto costituzionale (<ref-ruling> consid. 3; <ref-ruling> consid. 1.4.1). Secondo l'<ref-law>, nel ricorso occorre spiegare per quali ragioni l'atto impugnato viola il diritto. La ricorrente deve quindi confrontarsi con le considerazioni esposte nella sentenza impugnata, spiegando per quali motivi tale giudizio lede il diritto (<ref-ruling> consid. 1.7.1). II Tribunale federale esamina inoltre le censure di violazione di diritti costituzionali solo se adempiono le rigorose esigenze di motivazione dell'<ref-law>. Ciò significa che, con riferimento ai motivi della decisione impugnata, la ricorrente deve indicare in modo chiaro e dettagliato in che modo sarebbero stati violati i suoi diritti costituzionali (<ref-ruling> consid. 2.2). Critiche appellatorie non sono ammesse (<ref-ruling> consid. 2).
2.2. Nella parte "in fatto", la ricorrente presenta un esposto delle sue caratteristiche societarie e della sua attività, che non è per sua natura idoneo a correggere o a precisare gli accertamenti contenuti della sentenza impugnata, dei quali non è sostanziata l'arbitrarietà (cfr. sentenza 2C_50/2019 del 16 gennaio 2020 consid. 3.2 e rinvii). Parimenti non possono essere esaminate in questa sede le argomentazioni relative alle peculiarità dell'impianto intermodale di X._ e alla sua importanza sotto il profilo della politica dei trasporti per la Confederazione. L'oggetto dell'impugnativa è infatti circoscritto alla decisione del 10 agosto 2016 concernente la determinazione dell'importo definitivo del sussidio. La decisione del 30 novembre 2006 riguardante la concessione dell'aiuto finanziario non è per contro tema del litigio. Il ricorso in esame non adempie le citate esigenze di motivazione anche nella misura in cui la ricorrente, invocando il divieto dell'arbitrio e il principio della buona fede, si limita ad esporre in modo appellatorio la sua opinione, opponendola a quella della precedente istanza. Le sarebbe spettato confrontarsi puntualmente con i considerandi della sentenza impugnata, spiegando con una motivazione conforme alle esigenze dell'<ref-law> per quali ragioni essi violerebbero i diritti costituzionali invocati.
3.
Con la decisione del 30 novembre 2006, l'UFT ha concesso alla ricorrente, per l'ampliamento e l'ammodernamento del terminal intermodale di X._, un contributo di finanziamento per un importo complessivo massimo di fr. 12'424'999.--, pari a Euro 8'016'128.-- al tasso cambio Euro/CHF di 1.55.
Tale decisione si fondava sull'ordinanza del 29 giugno 1988 sul promovimento del traffico combinato e del trasporto di autoveicoli accompagnati (OTC; RU 1988 1216), allora in vigore, adottata dal Consiglio federale in esecuzione della legge federale del 22 marzo 1985 concernente l'utilizzazione dell'imposta sugli oli minerali a destinazione vincolata (LUMin; RS 725.116.2). Questa legge, nel tenore allora in vigore, prevedeva, all'art. 21 vLUMin, che la Confederazione accorda contributi d'investimento o d'esercizio per il promovimento del traffico combinato e del trasporto di veicoli stradali accompagnati. Giusta l'art. 22 cpv. 1 vLUMin, i contributi in favore del traffico combinato sono concessi, per motivi di politica dei trasporti e di politica ecologica, fintanto che non può essere conseguita l'autonomia finanziaria. Secondo l'art. 22 cpv. 2 vLUMin, i contributi in favore del trasporto di veicoli stradali accompagnati devono consentire riduzioni tariffali rispondenti alle esigenze della politica dei trasporti e della politica ecologica (cfr., nel diritto vigente, l'attuale <ref-law> in relazione con l'art. 8 seg. della legge federale del 25 settembre 2015 sul trasporto di merci da parte di imprese ferroviarie e di navigazione [LTM; RS 742.41]).
L'OTC, vigente quando l'UFT ha concesso il contributo, prevedeva che la Confederazione può concedere contributi d'investimento alle imprese ferroviarie ed ai terzi per promuovere il traffico combinato (art. 3 cpv. 1 OTC). Giusta l'art. 3 cpv. 2 lett. a OTC, i contributi possono essere versati, in particolare, per la costruzione, l'acquisto o il rinnovo di impianti e attrezzature per il trasbordo tra i diversi mezzi di trasporto. Secondo l'art. 3 cpv. 3 OTC, nel tenore in vigore dal 1° gennaio 1999 (RU 1999 694), se può servire gli interessi della Svizzera in materia di politica dei trasporti e dell'ambiente, ai richiedenti possono essere accordati anche contributi per la costruzione di impianti ubicati all'estero. L'ammontare dei contributi è in funzione dell'interesse che il progetto presenta in termini di politica dei trasporti e di protezione dell'ambiente, come pure del grado di autonomia finanziaria (art. 4 cpv. 1 OTC). La domanda di contributi deve essere sottoposta dal richiedente all'UFT, che determina in ciascun caso i costi computabili (cfr. art. 5 cpv. 1 e 6 cpv. 3 OTC). Sono computabili i costi di progettazione e di preparazione, i costi di costruzione, accessori o meno, e tutte le spese per equipaggiamenti ferroviari fissi (art. 6 cpv. 1 prima frase OTC). L'UFT, dopo esame della domanda, assegna i contributi d'investimento nei limiti dei crediti disponibili (art. 8 cpv. 1 prima frase OTC). L'UFT decide, dopo esame del conto finale, il versamento dell'aiuto finanziario (art. 9 cpv. 1 OTC). Nel caso di progetti di una certa importanza, la decisione di assegnazione può prevedere che l'aiuto finanziario venga versato, per una quota non superiore all'80 % del contributo globale, in funzione dello stato di avanzamento dei lavori (art. 9 cpv. 2 OTC). Questa ordinanza è stata abrogata e sostituita dall'ordinanza del 4 novembre 2009 sul promovimento del trasporto di merci per ferrovia, entrata in vigore il 1° gennaio 2010 (OPTM; RU 2009 5953). Quest'ultima è stata a sua volta abrogata e sostituita dall'ordinanza del 25 maggio 2016 concernente il trasporto di merci da parte di imprese ferroviarie e di navigazione, in vigore dal 1° luglio 2016 (OTM; RS 742.411).
Al contributo finanziario in questione è inoltre applicabile la legge sui sussidi, in virtù dell'<ref-law>, nella misura in cui l'esposta regolamentazione non prevede una disposizione diversa. Nel messaggio del Consiglio federale del 15 dicembre 1986 relativo alla LSu (FF 1987 I 297), i contributi per il promovimento del traffico combinato e del trasporto di veicoli accompagnati giusta l'art. 21 vLUMin figurano infatti nell'elenco degli aiuti finanziari e delle indennità di cui al relativo allegato (cfr. FF 1987 I, pag. 357). La legge sui sussidi è peraltro stata applicata in concreto sia dall'UFT sia dalla precedente istanza e la sua applicabilità è ammessa dalla ricorrente.
4.
4.1. La ricorrente sostiene che, con la decisione del 30 novembre 2006, l'UFT avrebbe stabilito l'importo del contributo finanziario in modo definitivo, secondo l'<ref-law>. Adduce che in tale decisione il tasso di cambio Euro/CHF sarebbe stato fissato precisamente in 1.55, senza alcuna riserva riguardo ad una sua modifica, e sarebbe stato confermato nell'ambito delle comunicazioni successive. Secondo la ricorrente, soltanto il 23 dicembre 2015, l'UFT le avrebbe spiegato che le fatture emesse in Euro dovevano essere convertite in franchi svizzeri al tasso di cambio valido il giorno dell'emissione. Ritiene che la decisione del 10 agosto 2016 di rimborso dell'importo litigioso contrasterebbe manifestamente con la decisione 30 novembre 2006 e violerebbe la LSu. Costituirebbe inoltre un'inammissibile revoca (parziale) della stessa e disattenderebbe il principio della buona fede nonché il divieto dell'arbitrio. Considerato il pagamento di fr. 9'939'999.-- eseguito nel 2007, la ricorrente chiede per contro che le sia versato il saldo rimanente di fr. 2'485'000.--.
4.2. Gli aiuti finanziari e le indennità sono di regola concessi mediante decisione formale (<ref-law>). L'autorità competente indica nella decisione la base giuridica, la natura e l'importo dell'aiuto finanziario o dell'indennità. Se l'importo non può essere stabilito definitivamente, l'autorità determina, in base ai documenti presentati, i costi computabili, l'aliquota percentuale e l'importo massimo della prestazione (<ref-law>). Se l'importo definitivo della prestazione non è stabilito nella decisione d'aiuto finanziario o di indennità, l'autorità competente lo fissa senza nuova decisione non appena ha conoscenza del conteggio (<ref-law>).
4.3. Nella decisione del 30 novembre 2006, l'UFT ha stabilito sulla base dell'investimento preventivato i costi computabili ai sensi dell'art. 6 OTC. Ha poi preso in considerazione i mezzi propri della richiedente ed ha determinato in fr. 12'424'999.-- (corrispondenti a Euro 8'016'128.-- al tasso cambio Euro/CHF di 1.55) l'ammontare massimo del contributo finanziario. L'autorità federale ha esplicitamente precisato che "in base alle fasi di avanzamento previste per il progetto e nell'ambito dei crediti di pagamento della Confederazione, l'erogazione dei contributi e dei prestiti stabiliti è assicurata dietro presentazione delle spese sostenute e di un rendiconto". Contrariamente all'opinione della ricorrente, con la citata decisione, l'UFT non ha stabilito in modo definitivo l'importo dell'aiuto finanziario, ma ne ha determinato unicamente l'ammontare massimo, riservando espressamente la presentazione delle spese sostenute e del conteggio finale. Il limite massimo del contributo è quindi stato assicurato alla ricorrente a titolo provvisorio. Proprio per questo motivo, il versamento di fr. 9'939'999.-- nel 2007 era limitato all'80 % dello stesso, essendo stato pagato prima della determinazione dell'importo definitivo (cfr. <ref-law>, art. 9 cpv. 2 OTC; sentenza 2C_631/2009 del 22 febbraio 2010 consid. 2.2.3).
Certo, la decisione del 30 novembre 2006 non precisa che, nell'ambito del conteggio finale, le fatture emesse in Euro dovranno essere convertite in franchi svizzeri al tasso di cambio valido il giorno dell'emissione. Nondimeno, nella decisione del 2 marzo 2009, con cui ha accolto la domanda della ricorrente di prorogare la validità dell'aiuto finanziario, l'UFT ha specificato che il conteggio finale doveva indicare separatamente i costi netti, il tasso di cambio e l'IVA. Questa decisione, da cui pure risulta che alla ricorrente non è stato assicurato in modo vincolante uno specifico tasso di conversione Euro/CHF, non è stata da lei impugnata. In ogni caso, è in concreto determinante che, con la decisione del 30 novembre 2006, l'autorità federale ha stabilito unicamente l'ammontare complessivo massimo del contributo di finanziamento, riservando la determinazione ulteriore dell'importo definitivo (<ref-law>), dietro presentazione delle spese sostenute e del rendiconto finale. L'UFT non ha garantito alla ricorrente l'applicazione di un tasso di cambio Euro/CHF di 1.55 per stabilire l'importo definitivo, il quale è basato sui costi effettivi. Il valore di 1.55 era applicabile, a titolo indicativo, nel periodo precedente l'emanazione della decisione di concedere l'aiuto finanziario ed è quindi stato preso in considerazione unicamente per fissare, in quel momento, sulla base dell'investimento preventivato, l'importo massimo del contributo in franchi svizzeri.
La determinazione dell'importo definitivo applicando alle fatture il tasso di cambio Euro/CHF valido il giorno della loro emissione, tiene conto del fatto che il contributo deve essere limitato alle spese effettive e necessarie per realizzare l'impianto (cfr. <ref-law>). Ciò, anche alla luce del lungo tempo trascorso tra la decisione di concessione dell'aiuto finanziario (2006) e il momento in cui sono stati ultimati i lavori di costruzione e presentato il conteggio (2015), periodo durante il quale non potevano essere escluse variazioni, anche significative, del tasso di cambio. Il fatto che la ricorrente abbia subito una perdita sul cambio per avere immediatamente convertito in Euro la somma di fr. 9'939'999.-- ricevuta nel 2007, è connesso alla scelta delle modalità di finanziamento dell'opera e non è decisivo sotto il profilo della fissazione dell'importo definitivo. Analogamente ai costi del capitale, non si tratta di spese computabili ai fini dell'assegnazione del sussidio (cfr. <ref-law>). Rilevato che la ricorrente non contesta il mancato computo di determinate voci di spesa, ma critica la fissazione dell'importo definitivo essenzialmente sotto l'aspetto del tasso di cambio, la decisione del 10 agosto 2016 non contraddice pertanto quella del 30 novembre 2006 e non viola gli art. 17 e 18 LSu.
4.4. In tali circostanze, poiché alla ricorrente non è stata rilasciata un'assicurazione vincolante circa il pagamento dell'importo di fr. 12'424'999.--, l'autorità federale non ha nemmeno violato il principio della buona fede e il divieto dell'arbitrio (<ref-law>). Come esposto, tale ammontare costituisce unicamente il limite massimo dell'aiuto finanziario, essendo riservata la fissazione dell'importo definitivo sulla base del conteggio finale.
5.
5.1. La ricorrente sostiene che la decisione dell'UFT e la sentenza impugnata che la conferma disattenderebbero gli art. 28, 29 e 30 LSu: queste disposizioni regolerebbero esaustivamente la revoca della decisione di aiuto finanziario e la restituzione del relativo importo, prevedendole solo in determinati casi specifici. Ritiene inoltre che, nella fattispecie, sarebbero in ogni caso realizzate le condizioni dell'<ref-law> per rinunciare ad una revoca.
5.2. A torto. Con la decisione del 10 agosto 2016, l'UFT non ha revocato la decisione del 30 novembre 2006 di concessione dell'aiuto finanziario, ma ha determinato l'importo definitivo sulla base del conteggio finale in applicazione dell'<ref-law>. Né l'autorità federale ha preteso la restituzione di una parte dell'aiuto per il fatto che la ricorrente non avrebbe adempiuto determinati obblighi, ma ha semplicemente chiesto il rimborso del saldo finale a suo favore. Poiché la fattispecie litigiosa non rientra nell'ambito disciplinato dagli art. 28 segg. LSu, la censura si appalesa infondata.
6.
6.1. La ricorrente sostiene che al momento dell'emanazione della decisione del 10 agosto 2016 dell'UFT, la pretesa di rimborso era prescritta giusta l'<ref-law>, nel tenore previgente. Adduce che l'UFT avrebbe avuto conoscenza del diritto alla restituzione già a partire dal pagamento anticipato eseguito nel 2007, considerate le regolari informazioni della ricorrente riguardo al protrarsi delle procedure pianificatorie ed edilizie ed ai rendiconti annuali.
6.2. Secondo l'<ref-law> nel tenore in vigore prima del 1° gennaio 2020, il diritto alla restituzione di aiuti finanziari o indennità si prescrive in un anno dal giorno in cui l'autorità di decisione o l'autorità partecipe del contratto ne ha avuto conoscenza, ma in ogni caso in dieci anni dalla sua nascita. L'<ref-law> prevedeva che la prescrizione è interrotta da qualsiasi diffida scritta di pagamento. È sospesa fintanto che il debitore non può essere escusso in Svizzera.
Come per gli art. 60 o 67 CO, cui l'<ref-law> si inspira (FF 1987 I, pag. 344), l'inizio del termine di prescrizione presuppone che il creditore conosca con certezza la sua pretesa, quanto all'esistenza di principio e all'estensione della stessa, di modo ch'egli possa farla valere con successo. Non è sufficiente che il creditore avrebbe potuto avere conoscenza della pretesa dando prova dell'attenzione richiesta dalle circostanze. Considerata la brevità del termine di prescrizione, non può essere ammesso troppo facilmente che al creditore fossero sufficientemente noti gli elementi determinanti per potere fare valere la sua pretesa. D'altra parte, non ogni singola incertezza ancora esistente su taluni elementi della pretesa differisce l'inizio della decorrenza del termine di prescrizione (sentenze 2C_88/2012 del 28 agosto 2012 consid. 4.3.1; 2A.553/2002 del 22 agosto 2003 consid. 4.3 e riferimenti).
6.3. Nella fattispecie, l'UFT ha avuto conoscenza del diritto alla restituzione soltanto dopo avere ricevuto dalla ricorrente, nel mese di giugno del 2015, le fatture relative ai costi effettivi dell'opera ed avere esaminato il conteggio finale. Ha quindi tempestivamente quantificato l'importo definitivo e chiesto il pagamento del saldo a suo favore con lettere del 4 settembre 2015, del 23 dicembre 2015, del 27 aprile 2016 e con la decisione del 10 agosto 2016, interrompendo contestualmente la prescrizione. La tesi della ricorrente è pertanto infondata.
7.
Ne segue che il ricorso deve essere respinto. Le spese giudiziarie seguono la soccombenza e sono pertanto poste a carico della ricorrente (<ref-law>). Non si assegnano ripetibili ad autorità vincenti (<ref-law>).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1.
Il ricorso è respinto.
2.
Le spese giudiziarie di fr. 20'000.-- sono poste a carico della ricorrente.
3.
Comunicazione al patrocinatore della ricorrente, all'Ufficio federale dei trasporti e alla Corte I del Tribunale amministrativo federale.