Sachverhalt:
A.
Die B._ GmbH (Mieterin, Beschwerdegegnerin) schloss am 16. Februar 2002 als Mieterin einen Mietvertrag über ein im Baurecht erstelltes Gebäude mit der C._ AG. Deren Baurechtsvertrag mit der D._ AG datiert vom 26. Oktober 2001. Die A._ AG (Vermieterin, Beschwerdeführerin), beziehungsweise deren Rechtsvorgängerinnen, trat als Vermieterin und Baurechtsnehmerin sowohl in den Mietvertrag als auch in den Baurechtsvertrag ein.
A.a. Der Baurechtsvertrag ist Bestandteil des Mietvertrages. Gemäss Ziff. 5 des Mietvertrages setzt sich der für das Mietobjekt geschuldete Mietzins (ohne Nebenkostenakonto) aus dem Baurechtszins zusammen, den die Vermieterin der Baurechtsgeberin gemäss Baurechtsvertrag schuldet und vollumfänglich auf die Mieterin überwälzt, sowie einem Umsatzmietzins von ursprünglich minimal Fr. 4'700'000.-- und maximal Fr. 7'100'000.--.
A.b. Gemäss Ziff. D.1.2 des Baurechtsvertrages i.V.m. Ziffer 5.2 des Mietvertrages bemisst sich der Baurechtszins nach dem jeweils am 1. Januar geltenden Zinsfuss der Zürcher Kantonalbank für erste Althypotheken auf gewerblichen Liegenschaften (ZKB-Zinsfuss). Bei Vertragsschluss belief sich dieser auf 4,5 %. In den folgenden Jahren wurde der Mietzinsbestandteil "Baurechtszins" jeweils dem veränderten ZKB-Zinsfuss angepasst, letztmals per 1. Januar 2010 auf 3 %. Ab 2011 hat die Vermieterin keine jährlichen Anpassungen des Mietzinselements "Baurechtszins" mehr vorgenommen. Der Referenzzinssatz gemäss Art. 12a der Verordnung vom 9. Mai 1990 über die Miete und Pacht von Wohn- und Geschäftsräumen (VMWG; SR 221.213.11) hat sich seither auf 1,5 % gesenkt und blieb während des ganzen Jahres 2018 auf diesem Niveau. Die Mieterin verlangte am 27. November 2017 von der Vermieterin eine entsprechende Halbierung des "Baurechtszinses" per 1. Januar 2018, was die Vermieterin am 15. Dezember 2017 ablehnte und der Mieterin weiterhin den bisherigen Mietzins in Rechnung stellte. Daraufhin leistete die Mieterin die weiteren Zahlungen unter Rückforderungsvorbehalt.
A.c. Im Mietvertrag ist in Ziff. 4 Abs. 1 ein Optionsrecht vorgesehen, mit dem die Mieterin den frühesten Kündigungstermin für die Vermieterin durch einseitige Erklärung zweimal um jeweils fünf Jahre hinausschieben kann. Die Mieterin hat die Option beide Male ausgeübt, womit der früheste Kündigungstermin für die Vermieterin auf den 31. Dezember 2022 hinausgeschoben wurde. Bezüglich der Optionen haben die Parteien vereinbart, die Vermieterin sei berechtigt, den Mietzins auf den Beginn der Optionsdauer den dannzumal herrschenden marktüblichen Verhältnissen anzupassen. Könnten sich die Parteien nicht bis zum 31. Dezember 2016 einigen, so beauftragten sie gemeinsam eine namentlich genannte Firma, den Mietzins als Schiedsgutachterin unter Berücksichtigung von Vertragsbestandteil bildenden Richtlinien zur Ermittlung des marktüblichen Mietzinses verbindlich festzulegen (Ziff. 4 Abs. 2 und 3). Allerdings war vereinbart, dass unabhängig vom Ergebnis der schiedsgutachterlichen Beurteilung der im Zeitpunkt der Optionsausübung massgebende Mietzins nicht unterschritten werden könne (Ziff. 4 Abs. 4). Die Parteien sind sich uneinig, ob diese Anpassungsklausel auch das Mietzinselement "Baurechtszins" umfasst, mit der Konsequenz, dass bei einer entsprechenden Anpassung die ursprüngliche Unterteilung des Mietzinses in "Baurechtszins" und Umsatzmietzins obsolet würde und damit auch die ursprünglichen Anpassungsregeln in Bezug auf das Mietzinselement "Baurechtszins".
B.
Mit Eingabe vom 24. Januar 2018 gelangte die Mieterin an das Handelsgericht des Kantons Zürich und verlangte von der Vermieterin im Wesentlichen Fr. 122'608.37 nebst Zins, entsprechend den nach ihrer Ansicht zu viel bezahlten Mietzinsen für das Jahr 2018.
Das Handelsgericht hiess die Klage am 2. April 2020 gut. Es kam im Wesentlichen zum Schluss, gemäss dem tatsächlich übereinstimmenden Parteiwillen sei das Mietzinselement "Baurechtszins" von Ziff. 4 des Mietvertrags nicht erfasst. Das Recht der Vermieterin, den Mietzins an das marktübliche Niveau anzupassen, beschlage lediglich den Netto-Mindestmietzins (des Umsatzmietzinses) und könne deshalb einem Herabsetzungsanspruch hinsichtlich des Mietzinselements "Baurechtszins" nicht entgegengehalten werden. Gemäss dem tatsächlichen Willen der Parteien sei überdies nicht mehr der ZKB-Zinsfuss massgebend, sondern der Referenzzinssatz gemäss <ref-law>. Daher sei der Rückforderungsanspruch ausgewiesen.
C.
Mit Beschwerde in Zivilsachen beantragt die Vermieterin dem Bundesgericht im Wesentlichen, die Klage abzuweisen. Die Beschwerdegegnerin schliesst auf kostenfällige Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei. Das Handelsgericht hat auf Vernehmlassung verzichtet.

Erwägungen:
1.
Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Dazu gehören sowohl die Feststellungen über den streitgegenständlichen Lebenssachverhalt als auch jene über den Ablauf des vor- und erstinstanzlichen Verfahrens, also die Feststellungen über den Prozesssachverhalt (<ref-ruling> E. 1.3.1 S. 17 f. mit Hinweisen). Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law>). "Offensichtlich unrichtig" bedeutet dabei "willkürlich" (<ref-ruling> E. 2.3.1 S. 244; <ref-ruling> E. 2 S. 117, 264 E. 2.3 S. 266). Überdies muss die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein können (<ref-law>).
1.1. Willkürlich ist ein Entscheid nach konstanter Rechtsprechung nicht schon dann, wenn eine andere Lösung ebenfalls vertretbar erscheint oder gar vorzuziehen wäre. Das Bundesgericht hebt einen kantonalen Entscheid wegen Willkür vielmehr nur auf, wenn er offensichtlich unhaltbar ist, mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht, eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz krass verletzt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft. Dabei genügt es nicht, wenn sich nur die Begründung des angefochtenen Entscheides als unhaltbar erweist. Eine Aufhebung rechtfertigt sich nur dann, wenn der Entscheid auch im Ergebnis verfassungswidrig ist (<ref-ruling> E. 4.1 S. 566; <ref-ruling> E. 2.1 S. 18 f.; <ref-ruling> E. 2.1 S. 9).
1.2. Eine Sachverhaltsfeststellung bzw. Beweiswürdigung erweist sich als willkürlich, wenn das Gericht Sinn und Tragweite eines Beweismittels offensichtlich verkannt hat, wenn es ohne sachlichen Grund ein wichtiges und entscheidwesentliches Beweismittel unberücksichtigt gelassen oder wenn es auf der Grundlage der festgestellten Tatsachen unhaltbare Schlussfolgerungen gezogen hat. Dass die von Sachgerichten gezogenen Schlüsse nicht mit der eigenen Darstellung der beschwerdeführenden Partei übereinstimmen, belegt keine Willkür (<ref-ruling> E. 2.3 S. 266 mit Hinweisen).
1.3. Für eine Kritik am festgestellten Sachverhalt gilt das strenge Rügeprinzip von <ref-law> (<ref-ruling> E. 2.3 S. 266 mit Hinweisen). Die Partei, welche die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz anfechten will, muss klar und substanziiert aufzeigen, inwiefern die in E. 1 - E. 1.2 hiervor genannten Voraussetzungen erfüllt sein sollen (<ref-ruling> E. 1.3.1 S. 18 mit Hinweisen). Wenn sie den Sachverhalt ergänzen will, hat sie zudem mit präzisen Aktenhinweisen darzulegen, dass sie entsprechende rechtsrelevante Tatsachen und taugliche Beweismittel bereits bei den Vorinstanzen prozesskonform eingebracht hat (<ref-ruling> E. 2 S. 90 mit Hinweisen). Genügt die Kritik diesen Anforderungen nicht, können Vorbringen mit Bezug auf einen Sachverhalt, der vom angefochtenen Entscheid abweicht, nicht berücksichtigt werden (<ref-ruling> E. 1.3.1 S. 18).
2.
Ziff. 5 des Mietvertrages behandelt gemäss seinem Titel "Mietzins und Nebenkosten". Er hält in Ziff. 5.1 unter dem Titel "Grundsatz" folgendes fest: "Der massgebende Mietzins besteht einerseits aus dem von der Vermieterin gegenüber der Baurechtsgeberin zu entrichtenden Baurechtszins (Ziff. 5.2 nachfolgend), sodann aus einem umsatzabhängigen Mietzins mit spezieller Regelung betreffend Minimal- und Maximalmietzins (Ziff. 5.3 nachfolgend)."
In Ziff. 5.2 wird der "Mietzinsbestandteil Baurechtszins" definiert und festgehalten, massgebend sei der jeweils nach dem Baurechtsvertrag geschuldete, entsprechend den vertraglichen Abmachungen gegebenenfalls angepasste Baurechtszins. Sodann wird festgehalten, wie sich dieser im damaligen Zeitpunkt berechnete, unter Hinweis auf den Zinsfuss der Zürcher Kantonalbank für erste Althypotheken auf gewerblichen Liegenschaften, der bezogen auf den Stichtag 1. Januar "z.Zt. somit 4,5 %" betrage. Danach wurde der damals aktuelle Baurechtszins berechnet.
In Ziff. 5.3 werden die Modalitäten der Festsetzung des Mietzinsbestandteils "Umsatzmiete" beschrieben. Es wird ein Netto-Mindestmietzins festgelegt (Fr. 4.7 Mio.; später gemäss einem Nachtrag Fr. 4'851'340.--) und ein Netto-Maximalmietzins (Fr. 7.1 Mio.) sowie die Berechnungsmethode des grundsätzlich massgebenden umsatzabhängigen Mietzinses, sofern dieser den Mindestmietzins überschreitet, und den Maximalmietzins nicht erreicht. In Ziff. 5.4 wird sodann gestützt auf den Netto Mindestmietzins gemäss Ziff. 5.3 der Brutto-Mietzins bei Mietbeginn festgelegt, bestehend aus dem Netto-Mindestmietzins, dem "Baurechtszins" und der Akontozahlung für Medien- und Nebenkosten. Zu den Medien- und Nebenkosten verweist der Mietvertrag in Ziff. 6 auf ein Vertragsbestandteil bildendes Dokument "NEBENKOSTEN-RELEVANZ", das die nicht im Mietzins inbegriffenen und von der Mieterin zusätzlich zu übernehmenden Nebenkosten festhält.
2.1. Die Vorinstanz betrachtete zunächst den Wortlaut und die Systematik des Mietvertrages und hielt dazu fest, danach werde der Mietzinsbestandteil "Baurechtszins" neben dem Netto-Mindestmietzins von Ziff. 4 des Mietvertrages und der darin vorgesehenen Möglichkeit erfasst, den Mietzins auf den Beginn der Optionsdauer den dannzumal herrschenden marktüblichen Verhältnissen anzupassen.
2.2. Sodann ging die Vorinstanz, da die Beschwerdegegnerin nichts Abweichendes behauptet habe, davon aus, unter dem den marktüblichen Verhältnissen entsprechenden Mietzins im Sinne von Ziff. 4 des Mietvertrages sei entsprechend den Behauptungen der Beschwerdeführerin derjenige Mietzins zu verstehen, der sich auf dem Markt als Ergebnis von Angebot und Nachfrage erzielen lasse. Dies schliesse an sich das Verständnis der Beschwerdeführerin nicht aus, dass die ursprüngliche vertragliche Regelung mit Unterscheidung verschiedener Mietzinselemente durch einen Einheitsmietzins ersetzt würde, der anhand von Angebot und Nachfrage auf dem Mietmarkt ermittelt werde. Ein derartiges Verständnis sei für die Erreichung des mit der Anpassung verfolgten Ziels, der Beschwerdeführerin zu erlauben, durch Festsetzung des neuen Mietzinses eine marktübliche Rendite auf dem Mietobjekt zu erzielen, aber nicht zwingend, da sich dieser Zweck auch allein durch Anpassung des vereinbarten Netto-Mindestmietzinses erreichen lasse (der Umsatzmietzins war unstrittig bisher nie zur Anwendung gekommen).
2.3. Für die Vorinstanz war entscheidend, dass die Beschwerdeführerin in der Duplik selbst angeführt habe, sie habe im Zeitpunkt des Vertragsschlusses die Gewissheit haben wollen, dass sie nach spätestens 15 Jahren den Netto-Mindestmietzins durch Parteivereinbarung oder Beizug eines Schiedsgutachters an die Marktpreise anpassen könne. Sie habe im Zusammenhang mit der Ausübung ihres Anpassungsrechts der Beschwerdegegnerin, nachdem diese ihr Optionsrecht ausgeübt habe, mit Schreiben vom 22. Dezember 2018 mitgeteilt, dass sie im Gegenzug von ihrem Recht gemäss Ziffer 4 Absatz 2 des Mietvertrages zur Anpassung des Mietzinses Gebrauch mache. Die Beschwerdeführerin habe ausgeführt, der Nettomietzins betrage aktuell Fr. 4'851'339.96 und sie betrachte unter Bezugnahme auf Ziff. 4 des Mietvertrages ab dem 1. Januar 2018 einen Nettomietzins in Höhe von Fr. 5'800'000.-- als marktüblich im Sinne der genannten Vertragsziffer. Aus dieser Formulierung ergebe sich, dass die Beschwerdeführerin ihr Anpassungsrecht gleich wie die Beschwerdegegnerin lediglich auf den Netto-Mindestmietzins von rund Fr. 4'851'340.-- bezogen habe. Auch das Antwortschreiben der Beschwerdegegnerin habe sich in der Folge lediglich auf den Netto-Mindestmietzins bezogen. Es sei unbestritten geblieben, dass die Beschwerdeführerin diesem Vertragsverständnis in der Folge bis zum vorliegenden Verfahren nie widersprochen habe.
Auch in der allein von der Beschwerdeführerin eingeholten Offerte bezüglich des Schiedsgutachtens sei festgehalten, die Firma sei angefragt worden, standort- und marktgerechte Marktmieten für die relevanten Nutzungen des Cateringgebäudes zu schätzen, wobei der Mietzinsbestandteil "Baurechtszins" und der Mietzinsbestandteil "Umsatzmietzins", so wie sie aus dem aktuellen Mietvertrag hervorgingen, nicht Bestandteil der Einschätzung seien. Diese Offerte habe die Beschwerdeführerin mit Schreiben vom 16. August 2017 zur Unterzeichnung an die Beschwerdegegnerin weitergeleitet. Diese leite aus der Formulierung der Offerte ab, die von der Beschwerdeführerin angestrebte Mietzinsschätzung habe lediglich den Netto-Mindestmietzins zum Gegenstand. Die Vorinstanz hielt fest, die Beschwerdeführerin habe sich in der Duplik überhaupt nicht zu diesem von der Beschwerdegegnerin in der Replik neu substanziiert dargelegten Widerspruch zwischen dem vorprozessualen Verhalten und dem im vorliegenden Verfahren mit Ausnahme der zitierten Stelle in der Duplik geltend gemachten Vertragsverständnis geäussert. Vielmehr habe sie sich darauf beschränkt, ihren in der Klageantwort vertretenen Standpunkt zu wiederholen, ein abweichendes Vertragsverständnis zu behaupten und auszuführen, eine Marktmiete schliesse die Berücksichtigung des von der Beschwerdeführerin gegenüber der Baurechtsgeberin geschuldeten Baurechtszinses aus. Die Vorinstanz erkannte, dies genüge den Anforderungen an eine substanziierte Bestreitung beziehungsweise an einen eigenen substanziierten Vortrag nicht. Die Beschwerdeführerin vermöge das durch die genannten Dokumente gestützte Vorbringen der Beschwerdegegnerin, die Beschwerdeführerin habe den Vertrag bis zur Anhängigmachung des vorliegenden Prozesses stets gleich verstanden und gehandhabt wie die Beschwerdegegnerin, nicht zu entkräften.
Somit sei erstellt, dass die Beschwerdeführerin im Zeitpunkt der Ausübung des Anpassungsrechts gemäss Ziffer 4 Absatz 2 des Vertrages allein den Netto-Mindestmietzins als von dieser Klausel erfasst angesehen habe. Gründe, weshalb dieses Vertragsverständnis nicht dem tatsächlichen Willen der Parteien im Zeitpunkt des Vertragsschlusses entsprochen haben sollte, seien weder dargetan noch ersichtlich.
2.4. Zum Herabsetzungsanspruch hielt die Vorinstanz fest, die Beschwerdegegnerin habe diesen in der Klage mit einem Rückgang des Referenzzinssatzes gemäss <ref-law> begründet. Die Beschwerdeführerin habe den Anspruch bestritten mit der Begründung, gemäss klarem Wortlaut der fraglichen Vertragsklausel werde für die Festlegung des Baurechtszinses auf den ZKB-Zinsfuss abgestellt, nicht den Referenzzinssatz gemäss <ref-law>. Dieser sei lediglich auf Mietzinserhöhungen, die mit dem Anstieg des Hypothekarzinssatzes begründet würden, anwendbar. In der Replik habe die Beschwerdegegnerin klargestellt, dass der Referenzzinssatz "qua Auslegung bzw. Lückenfüllung" anwendbar sei. Der Vertragswille beider Parteien habe darin bestanden, die Höhe des Baurechtszinses an den jeweiligen mietrechtlich relevanten Hypothekar-Zinssatz im Kanton Zürich anzubinden. Seit 1938 sei dies der ZKB-Zinsfuss gewesen, der im September 2008 durch den neu eingeführten Referenzzinssatz gemäss <ref-law> abgelöst worden sei. Da der ZKB-Zinsfuss in der Folge nicht mehr aktualisiert worden sei, würde der Baurechtszins bei einer wortgetreuen Auslegung der Vertragsklausel heute entgegen dem Vertragswillen der Parteien künstlich auf 3 % stehen bleiben und damit vom relevanten Hypothekarzinsniveau entkoppelt. Wäre der Miet- beziehungsweise Baurechtsvertrag erst nach Einführung des Referenzzinssatzes gemäss <ref-law> abgeschlossen worden, hätten sich die Parteien auf diesen abgestützt. Diese Sachverhaltsdarstellung habe die Beschwerdeführerin in der Duplik abgesehen von einer einleitenden pauschalen Bestreitung, nicht bestritten. Sie habe sich zu diesem Thema überhaupt nicht mehr geäussert, weshalb die klägerischen Ausführungen als unbestritten und anerkannt zu gelten hätten. Es sei somit erstellt, dass es der übereinstimmende subjektive Vertragswille der Vertragsparteien gewesen sei, die Höhe des Baurechtszinses an das jeweilige mietrechtlich relevante Hypothekarzinsniveau anzubinden. Das decke sich im Übrigen auch mit dem Wortlaut von Ziffer 5.2 des Mietvertrages, gemäss welcher sich der Bauzins im heutigen Zeitpunkt nach dem Landwert von Fr. 250.--/m2 und dem Zinsfuss der Zürcher Kantonalbank für erste Althypotheken auf gewerblichen Liegenschaften errechne.
Die Vorinstanz hielt fest, der Referenzzinssatz gemäss <ref-law> stelle seit seiner Einführung den mietrechtlich relevanten Referenzzins für Hypotheken dar, der die Zinssätze für erste Hypotheken der jeweiligen Kantonalbanken ersetzt habe. Der ZKB-Zinsfuss sei seit der Einführung des Referenzzinssatzes trotz Veränderungen der massgebenden Faktoren nicht mehr aktualisiert worden und auf 3 % stehen geblieben. Als statistischer Wert tauge er daher nicht für eine Indexierungs- oder Anpassungsklausel. Die Anpassung gemäss Ziff. 5.2 des Mietvertrages habe sich demnach heute nach dem Referenzzinssatz gemäss <ref-law> zu richten. Demnach erachtete die Vorinstanz den Rückerstattungsanspruch als ausgewiesen.
3.
Die Beschwerdeführerin macht geltend, die Grundregel weise das Gericht an, den Vertrag ex tunc auszulegen, das heisst nach den Umständen, in denen sich die Parteien bei Abschluss des Vertrages befunden haben. Die Auslegung eines Rechtsgeschäfts sei grundsätzlich eine Rechtsfrage.
3.1. Bei der Ermittlung des übereinstimmenden tatsächlichen Vertragswillens sei zunächst vom Wortlaut auszugehen. Die Vorinstanz habe im Sinne einer tatsächlichen Feststellung festgehalten, dass der Mietzins nach Ziff. 4 Abs. 2 und 3 aufgrund des Wortlauts und der Systematik des Vertrages auch den Baurechtszins mitumfasse. Diese Feststellung der Vorinstanz habe sich auf den Zeitpunkt des Vertragsschlusses bezogen, da der Wortlaut und die Systematik des Vertrages zeitnah mit dem Vertragsschluss zusammenfallen würden. Weiter habe die Vorinstanz festgestellt, unter dem den marktüblichen Verhältnissen entsprechenden Mietzins im Sinne von Ziff. 4.2 des Mietvertrages sei nach übereinstimmendem Parteiwillen derjenige Mietzins zu verstehen, der sich auf dem Markt als Ergebnis von Angebot und Nachfrage erzielen lasse. Damit habe die Vorinstanz auch gleich den Vertragszweck beziehungsweise den Zweck der Bestimmung festgelegt, der bei der Ermittlung des Parteiwillens eine massgebende Rolle spiele. Der neue Mietzins sollte ein Mietzins sein, der auf der Basis der aktuellen Marktsituation erzielbar ist. Gleichwohl sei die Vorinstanz von ihren Feststellungen abgewichen und habe unter anderem aus einem Schreiben der Beschwerdeführerin vom 22. Dezember 2016 geschlossen, diese teile die Vertragsauslegung der Beschwerdegegnerin, wonach der Mietzins im Sinne von Ziff. 4 Abs. 2 des Mietvertrages die Baurechtszinsen nicht umfasse. Die Beschwerdeführerin habe diesen Widerspruch zwischen ihrem vorprozessualen Verhalten und dem im Verfahren geltend gemachten Vertragsverständnis nicht substanziiert bestritten. Daraus habe die Vorinstanz geschlossen, die Beschwerdeführerin habe im Zeitpunkt der Ausübung des Anpassungsrechts wie die Beschwerdegegnerin allein den Netto-Mindestmietzins als von der Vertragsklausel erfasst angesehen.
3.2. Die Beschwerdeführerin rügt, Verträge seien ex tunc auszulegen. Einen Rückschluss auf den Parteiwillen im Zeitpunkt des Vertragsschlusses könne ein späteres Parteiverhalten nur erlauben, wenn Indizien vorlägen, die einen solchen (vom Gericht hergestellten) Kausalzusammenhang nahelegten und sich der Rückschluss auch in das Auslegungsergebnis vor dem historischen Hintergrund einfüge. Denn zum Vertragswillen gehörten einzig die zur Zeit des Vertragsschlusses vorhandenen inneren Tatsachen, das heisst die gegenseitig erklärten Entschlüsse der Parteien. Einen kausalen Zusammenhang des Verhaltens bei der Ausübung des Anpassungsrechts mit dem 16 Jahre früher beim Vertragsschluss Vereinbarten habe die Vorinstanz aber weder erkennen noch feststellen können. Sie habe auf das Vorhandensein dieses Zusammenhangs einzig aus dem Umstand geschlossen, dass die Beschwerdeführerin eine abweichende Schlussfolgerung nicht dargetan habe. Damit verletze die Vorinstanz nicht nur die aus <ref-law> folgenden Auslegungsregeln (Vertragsauslegung ex tunc) sondern auch <ref-law> (allgemeine Beweislastregel) und <ref-law> (Substanziierungspflicht). Es sei nicht Sache einer Partei, einen Sachverhalt beziehungsweise einen kausalen Zusammenhang zum Vertragsabschluss substanziiert darzulegen, wenn sich ein solcher Zusammenhang mit der von ihr vertretenen Vertragsauslegung nicht vereinbaren lasse und durch diese geradezu ausgeschlossen werde.
3.3. Zudem beanstandet die Beschwerdeführerin, die Vorinstanz habe in Verletzung von <ref-law> den von ihr erkannten und festgestellten Vertragszweck völlig ausser Acht gelassen. Aus dem Begriff marktüblich beziehungsweise dessen Bedeutung als Marktmiete folge zwingend, dass die Finanzierungskosten der Vermieterin keine Bedeutung mehr hätten.
4.
Ziel der Vertragsauslegung ist es, in erster Linie den übereinstimmenden wirklichen Willen der Parteien festzustellen (vgl. <ref-law>). Diese subjektive Vertragsauslegung beruht auf Beweiswürdigung, die vorbehältlich der Ausnahmen von Art. 97 und 105 BGG der bundesgerichtlichen Überprüfung entzogen ist (vgl. <ref-ruling> E. 5.2.2 S. 98; <ref-ruling> E. 2.3.2 S. 274, 626 E. 3.1 S. 632; je mit Hinweisen). Steht eine tatsächliche Willensübereinstimmung fest, bleibt für eine Auslegung nach dem Vertrauensgrundsatz kein Raum (<ref-ruling> E. 3.1 S. 632; <ref-ruling> E. 1a S. 73). Erst wenn eine tatsächliche Willensübereinstimmung unbewiesen bleibt, sind zur Ermittlung des mutmasslichen Parteiwillens die Erklärungen der Parteien aufgrund des Vertrauensprinzips so auszulegen, wie sie nach ihrem Wortlaut und Zusammenhang sowie den gesamten Umständen verstanden werden durften und mussten. Nur diese objektivierte Auslegung von Willenserklärungen überprüft das Bundesgericht frei als Rechtsfrage, wobei es auch in diesem Rahmen an Feststellungen des kantonalen Gerichts über die äusseren Umstände sowie das Wissen und Wollen der Beteiligten grundsätzlich gebunden ist (<ref-law>; <ref-ruling> E. 5.2.3 S. 99; <ref-ruling> E. 2.2.1 S. 67; <ref-ruling> E. 4 S. 28, 268 E. 2.3.2 S. 274 f., 626 E. 3.1 S. 632; je mit Hinweisen). Nur bei der Auslegung nach dem Vertrauensprinzip ist nachträgliches Parteiverhalten nicht von Bedeutung; es kann dagegen - im Rahmen der Beweiswürdigung - auf einen tatsächlichen Willen der Parteien schliessen lassen (<ref-ruling> E. 5.2.3 S. 99; <ref-ruling> E. 2.2.1 S. 67; <ref-ruling> E. 3.1 S. 632).
4.1. Den dargelegten Grundsätzen folgend hat die Vorinstanz aus dem nachträglichen Parteiverhalten auf einen tatsächlich übereinstimmenden Parteiwillen geschlossen. Das ist nicht zu beanstanden (<ref-ruling> E. 5.2.3 S. 99; <ref-ruling> E. 2.2.1 S. 67; <ref-ruling> E. 3.1 S. 632). Da dieser Schluss auf Beweiswürdigung beruht und das Bundesgericht grundsätzlich bindet (vgl. <ref-ruling> E. 5.2.2 S. 98; <ref-ruling> E. 2.3.2 S. 274, 626 E. 3.1 S. 632; je mit Hinweisen), müsste ihn die Beschwerdeführerin als offensichtlich unhaltbar und damit willkürlich ausweisen (Art. 97 Abs. 1 und 105 Abs. 2 BGG). Den Anforderungen an eine Kritik der Sachverhaltsfeststellungen (vgl. E. 1 hiervor) genügt die Beschwerdeführerin mit ihrer appellatorischen Kritik aber nicht. Sie legt einfach ihren Standpunkt dar, ohne rechtsgenüglich aufzuzeigen, inwiefern die davon abweichende Auffassung der Vorinstanz keinesfalls zutreffen kann. Der Versuch, über Auslegungsregeln eine Rechtsverletzung zu konstruieren, ist zum Scheitern verurteilt. Es gilt der Grundsatz der freien Beweiswürdigung (<ref-law>). Mit dieser Beweiswürdigung setzt sich die Beschwerdeführerin nicht rechtsgenüglich auseinander.
4.2. Aber auch davon abgesehen überzeugt die Argumentation der Beschwerdeführerin nicht.
4.2.1. Der Schluss, aus dem Begriff marktüblich beziehungsweise dessen Bedeutung als Marktmiete und dem Vertragszweck folge zwingend, dass die Finanzierungskosten der Vermieterin keine Bedeutung mehr hätten, ist nicht zwingend. Bei der separaten Berücksichtigung des Baurechtszinses handelt es sich um eine Modalität der Festsetzung des Gesamtmietzinses, die der Vermieterin eine konstante Rendite unabhängig von den Schwankungen des Baurechtszinses gewährleistet. Soweit sich eine derartige Festsetzung des Mietzinses für die Parteien von der Vereinbarung eines Gesamtbetrages unterscheidet, kann dies Auswirkungen auf den am Markt erzielbaren Mietzins haben, je nachdem zu wessen Gunsten sich die Unterschiede voraussichtlich auswirken oder welche Berechnungsmethode bei den Mietern beliebter ist. Es ist aber nicht ersichtlich, weshalb sich nicht für beide Festsetzungsmethoden ein Marktmietzins gestützt auf Angebot und Nachfrage bestimmen lassen sollte.
4.2.2. Sofern die Berechnungsmethode für die Mieter relevant ist, können die Mietzinse, die sich aus Angebot und Nachfrage ergeben, je nach Festsetzungsmethode voneinander abweichen. Die Frage, ob der Mietzins nach der einen oder der anderen Variante (Aufteilung in "Baurechtszins" und Mindestmietzins oder Festsetzung eines Gesamtbetrages) festgesetzt werden soll, stellte sich aber im Wesentlichen in gleicher Weise bereits beim ursprünglichen Vertragsabschluss. In diesem Zeitpunkt haben sich die Parteien für eine separate Berücksichtigung des Bauchrechtszinses und dessen vollständige Überwälzung auf die Mieterin entschieden. Wenn diese Variante aus der damaligen Sicht bevorzugt wurde, legt dies nahe, dass die Parteien im Zeitpunkt des Vertragsschlusses auch für eine spätere Anpassung des Mietzinses dieselbe Festsetzungsmethode wählen, wie es sich auch aus dem tatsächlichen Parteiverhalten ergeben hat. Die Beschwerdeführerin ist von diesem ursprünglichen Verständnis erst abgewichen, als sich nachträglich herausgestellt hat, dass sich die Berechnungsmethode aufgrund der tatsächlichen Entwicklung der Gegebenheiten zu ihrem Nachteil auswirken könnte. Die Beschwerdeführerin zeigt nicht auf, in welchen Punkten sich die Situation aus der Sicht im Zeitpunkt des Vertragsschlusses bei einer zukünftigen Anpassung des Mietzinses bei Optionsausübung anders präsentieren sollte als bei Vertragsschluss und dass diese Unterschiede die Festsetzung des Mietzinses als Gesamtbetrag nahelegen würden. War bei Vertragsschluss wichtig, unabhängig von Schwankungen des Baurechtszinses eine Mindestrendite erzielen zu können, sind keine Gründe dargetan oder ersichtlich, weshalb dieser Punkt aus damaliger Sicht bei der Anpassung des Mietzinses hätte abweichend geregelt werden sollen.
4.2.3. Aber auch davon abgesehen kommt im Rahmen einer tatsächlichen Willensübereinstimmung der Frage, ob diese Übereinstimmung schon bei Vertragsschluss bestanden hat, nicht die Bedeutung zu, die ihr die Beschwerdeführerin zuzumessen scheint. Dies ergibt sich einerseits daraus, dass die Parteien im Rahmen der Vertragsfreiheit grundsätzlich bestehende Verträge abändern und ihnen übereinstimmend einen von der ursprünglichen Bedeutung abweichenden Sinn beilegen können. Andererseits lässt sich dies auch aus <ref-law> ableiten, wonach der Irrende den Vertrag gelten lassen muss, wie er ihn verstanden hat, sobald der andere sich hierzu bereit erklärt. Der Dissens, der ursprünglich bestanden hat, schadet nicht, solange die Parteien tatsächlich ein gemeinsames Vertragsverständnis finden.
4.2.4. Eine Verletzung von <ref-law> scheidet aus, da die Vorinstanz zu einem positiven Beweisergebis gelangt ist und <ref-law> stets an den Begriff und die Folgen der Beweislosigkeit anknüpft (<ref-ruling> E. 4.1 S. 2 f. mit Hinweisen). In Bezug auf <ref-law> verkennt die Beschwerdeführerin, dass die Ausführungen der Beschwerdegegnerin betreffend das nachträgliche Parteiverhalten die Vorinstanz überzeugt haben. Die tatsächliche Grundlage (das Verhalten als solches) hat die Beschwerdeführerin unwidersprochen gelassen und damit anerkannt. Damit ist es ihr aber in den Augen der Vorinstanz nicht gelungen, den Schluss der Beschwerdegegnerin auf das tatsächlich übereinstimmende Parteiverständnis zu entkräften. Diese Beweiswürdigung müsste die Beschwerdeführerin als willkürlich ausweisen. Dazu genügen ihre Ausführungen bereits in formeller Hinsicht nicht.
4.2.5. Nicht nachvollziehbar sind die Ausführungen der Beschwerdeführerin betreffend den kausalen Zusammenhang zum Vertragsabschluss. Das nachträgliche Parteiverhalten kann schon zeitlich nicht kausal für diesen gewesen sein, der Vertragsschluss selbst war dagegen ohne jeden Zweifel kausal für das nachträgliche Parteiverhalten - ohne Vertrag gäbe es keinen Mietzins, der angepasst werden könnte. Inwieweit das nachträgliche Parteiverhalten Rückschlüsse auf den tatsächlichen Parteiwillen zulässt, ist keine Frage der Kausalität, sondern der (freien) Beweiswürdigung.
5.
In Bezug auf den Rückforderungsanspruch macht die Beschwerdeführerin geltend, die Voraussetzungen für eine Vertragsanpassung (clausula rebus sic stantibus) seien nicht gegeben. Die Vorinstanz sei zu Unrecht davon ausgegangen, die Beschwerdeführerin habe die Vorbringen der Beschwerdegegnerin, dass die Parteien den Baurechtszins als Grundsatz an den jeweils mietrechtlich relevanten Hypothekarzinssatz hätten anbinden wollen, nicht hinreichend bestritten. Bei den entsprechenden Ausführungen der Beschwerdegegnerin habe es sich um eine Auslegung des Baurechtsvertrages gehandelt, mithin um rechtliche Behauptungen, nicht um Tatsachen. Die Beschwerdeführerin macht aber selbst geltend, die Beschwerdegegnerin habe ihre Ausführungen als Ergebnis einer sowohl objektiven als auch subjektiven Auslegung des Mietvertrages verstanden. Bei der subjektiven Vertragsauslegung geht es aber um das tatsächliche Verständnis. Sodann hat sich die Vorinstanz nicht allein auf die fehlende Bestreitung gestützt, sondern hielt zusätzlich fest, das Ergebnis decke sich auch mit dem Wortlaut von Ziffer 5.2 des Mietvertrages. Diese Beweiswürdigung müsste die Beschwerdeführerin als willkürlich ausgeben.
Aber auch davon abgesehen kann der Beschwerdeführerin nicht gefolgt werden. Wenn im Baurechtsvertrag und dementsprechend auch im Mietvertrag eine Anpassungsmöglichkeit vorgesehen ist in Abhängigkeit eines periodisch an die Veränderungen der tatsächlichen Verhältnisse angepassten Zinssatzes, entspricht die Anwendung dieses Zinssatzes nicht mehr dem vertraglich Vereinbarten, wenn er trotz veränderter Verhältnisse nicht mehr angepasst wird. Ob man davon ausgeht, der Vertrag sei insoweit lückenhaft, oder ob man annimmt, entgegen dem Vertragswortlaut hätten die Parteien mit dem Verweis auf den ZKB-Zinssatz nicht den Zinssatz der genannten Bank gemeint, sondern den im Kanton Zürich massgebenden mietrechtlich relevanten Hypothekarzinssatz, so dass ohne Vertragsergänzung direkt auf den Referenzzinssatz nach <ref-law> abgestellt werden kann, spielt dabei keine Rolle. Die Beschwerdeführerin hat den Vorbringen, die Parteien hätten sich, wenn sie sich der allfälligen Lücke im Vertrag (Bezeichnung des massgebenden Vergleichszinssatzes für den Fall, dass der ZKB-Zinssatz dereinst nicht mehr an die veränderten Verhältnisse angepasst wird) bewusst gewesen wären, für den im Kanton Zürich nunmehr massgebenden mietrechtlich relevanten Hypothekarzinssatz als neue Referenz entschieden, nichts Substanziiertes entgegenzusetzen. Eine Auslegung, die trotz der fehlenden Anpassung weiterhin auf dem ZKB-Zinssatz abstellt, widerspricht dem Vertragszweck und Treu und Glauben.
Um eine Anpassung des Vertrages (clausula rebus sic stantibus) geht es nicht. Daher spielt keine Rolle, ob deren Voraussetzungen gegeben wären.
6.
Die Beschwerde ist abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend wird die Beschwerdeführerin kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 Abs. 1 und Art. 68 Abs. 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 5'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3.
Die Beschwerdeführerin hat die Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 6'000.-- zu entschädigen.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Handelsgericht des Kantons Zürich schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 22. Oktober 2020
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Kiss
Der Gerichtsschreiber: Luczak