Faits :
A.
Par avis du 3 janvier 2014, la commune de Port-Valais a mis à l'enquête publique un projet de revitalisation du cours d'eau la Benna. Les travaux projetés consistent en un décapage de la couche de terre végétale sur une épaisseur de 30 cm, en un élargissement du fossé dans la zone de battement de la nappe phréatique, en un creusement de points d'eau permanents couvrant une surface d'environ 1'100 m2et en un cheminement futur destiné au public. Ces aménagements concernent les biens-fonds communaux nos 727 et 2207. Au total, 26'811 m2 de surface sont touchés par ces travaux, dont 18'920 m2 répertoriés comme surfaces d'assolement (SDA). Le rapport technique établi par un bureau d'études biologiques mandaté à cet effet précise que la commune de Port-Valais a défini les SDA de remplacement requises et que 19'587 m2 sont d'ores et déjà réservés à cette fin.
B.
Le 17 février 2016, le Conseil d'Etat valaisan a approuvé ce projet et rejeté les oppositions formées notamment par A._ et B._.
Statuant le 26 janvier 2017 sur recours des opposants précités, le Tribunal cantonal valaisan a confirmé l'approbation du projet, jugeant notamment que le traitement réservé à la problématique des surfaces d'assolement n'était pas critiquable.
C.
Agissant par la voie du recours en matière public, A._ et B._ demandent au Tribunal fédéral de réformer l'arrêt cantonal en ce sens que le recours est admis et que la décision communale est annulée. Subsidiairement, ils demandent le renvoi de la cause à l'autorité inférieure pour nouvelle décision dans le sens des considérants.
La cour cantonale renonce à se déterminer. La section juridique du Département cantonal concerné conclut au rejet du recours. La commune de Port-Valais se réfère à ses déterminations envoyées au Tribunal cantonal. L'Office fédéral de l'agriculture (OFAG), l'Office fédéral du développement territorial (ARE) et l'Office fédéral de l'environnement (OFEV) ont été consultés. Les parties et autorités concernées se sont déterminées dans un nouvel échange d'écritures et ont maintenu leurs conclusions.

Considérant en droit :
1.
Le recours est dirigé contre un arrêt rendu en dernière instance cantonale confirmant un projet de revitalisation d'un cours d'eau au sens de l'art. 38a de la loi fédérale du 24 janvier 1991 sur la protection des eaux (LEaux; RS 814.20). Le recours est dès lors en principe recevable comme recours en matière de droit public conformément aux <ref-law>, aucune des exceptions prévues à l'<ref-law> n'étant réalisée. Les recourants ont pris part à la procédure devant l'instance cantonale. L'un d'entre eux fait partie de la liste des propriétaires de fonds voisins des parcelles concernées par le projet litigieux. A l'instar de la cour cantonale, il y a lieu de reconnaître à celui-ci à tout le moins la qualité pour recourir, celle de son co-recourant pouvant demeurer indécise.
Les autres conditions de recevabilité formelles sont réunies, si bien qu'il y a lieu d'entrer en matière sur le recours.
2.
Les recourants critiquent en substance le traitement réservé aux surfaces d'assolement, respectivement à leur compensation, dans le cadre de la réalisation du projet. Ils estiment que la compensation des surfaces d'assolement n'est pas garantie et reprochent aux autorités une instruction lacunaire à cet égard, aucune analyse détaillée des surfaces vouées à la compensation n'ayant selon eux eu lieu. Les recourants se plaignent ainsi d'une part d'une violation des dispositions du droit fédéral relatives à la préservation des surfaces d'assolement (art. 3 al. 2 LAT [RS 700]; art. 26, 28 et 30 de l'ordonnance du 28 juin 2000 sur l'aménagement du territoire [OAT; RS 700.1]), et d'autre part d'une violation de leur droit d'être entendus (art. 29 al. 1 Cst.), d'arbitraire dans l'appréciation des faits et l'administration des preuves, ainsi que d'arbitraire dans l'application de la disposition cantonale de procédure relative à l'administration des preuves (art. 17 de la loi valaisanne du 6 octobre 1976 sur la procédure et la juridiction administratives [LPJA; RSVS 172.6]).
3.
Parmi les principes régissant l'aménagement du territoire, l'art. 3 al. 2 let. a LAT prévoit que, le paysage devant être préservé, il convient notamment de réserver à l'agriculture suffisamment de bonnes terres cultivables, en particulier les surfaces d'assolement. Les surfaces d'assolement font partie du territoire qui se prête à l'agriculture; elles se composent des terres cultivables comprenant avant tout les terres ouvertes, les prairies artificielles intercalaires et les prairies naturelles arables; elles sont garanties par des mesures d'aménagement du territoire (<ref-law>). La Confédération a adopté un plan sectoriel au sens de l'art. 13 al. 1 LAT définissant la surface totale minimale d'assolement du territoire suisse et sa répartition entre les cantons (<ref-law>; DÉPARTEMENT FÉDÉRAL DE JUSTICE ET POLICE, OFFICE FÉDÉRAL DE L'AMÉNAGEMENT DU TERRITOIRE, DÉPARTEMENT FÉDÉRAL DE L'ÉCONOMIE PUBLIQUE, OFFICE FÉDÉRAL DE L'AGRICULTURE, Plan sectoriel des surfaces d'assolement (SDA) Surface totale minimale d'assolement et sa répartition entre les cantons; FF 1992 II 1616). Les cantons veillent à ce que les surfaces d'assolement soient classées en zone agricole (<ref-law>) et s'assurent que leur part de la surface totale minimale d'assolement soit garantie de façon durable (<ref-law>). Le principe de la compensation des SDA n'est pas explicitement inscrit dans la législation fédérale, mais découle implicitement de l'obligation de maintien des surfaces cantonales minimales (ELISABETH CLÉMENT-ARNOLD/YANN HOFMANN, Le plan sectoriel des surfaces d'assolement: son origine, son but, son contenu, sa gestion, DEP 2013 p. 670). En d'autres termes, toute disparition de SDA portant leur aire totale à un niveau inférieur au quota cantonal doit être compensée.
Dans le canton du Valais, les surfaces d'assolement doivent atteindre au minimum 7'350 hectares (art. 1er al. 2 Arrêté du Conseil fédéral concernant le plan sectoriel des surfaces d'assolement: Surface minimale et répartition entre les cantons, FF 1992 II p. 1616).
4.
L'<ref-law> charge les cantons de revitaliser leurs eaux en tenant compte des bénéfices de ces revitalisations pour la nature et le paysage ainsi que de leurs répercussions économiques. Conformément à l'art. 4 let. m LEaux, la notion de revitalisation signifie le rétablissement, par des travaux de construction, des fonctions naturelles d'eaux superficielles endiguées, corrigées, couvertes ou mises sous terre. Selon l'<ref-law>, les cantons planifient les revitalisations, en établissent le calendrier, et veillent à ce que les plans directeurs et les plans d'affectation prennent en compte cette planification; la disparition de surfaces d'assolement est compensée conformément aux plans sectoriels de la Confédération visés à l'art. 13 LAT.
Cette précision a été apportée sous l'impulsion du Conseil national, le projet de la disposition initialement conçue par la Commission du Conseil des Etats ne le prévoyant pas. Les parlementaires ont alors débattu de la pertinence de la mention expresse de la compensation des SDA en vertu du plan sectoriel en vigueur. En substance, les députés du Conseil national opposés à cet ajout jugeaient que l'obligation de respecter le plan sectoriel existait quoi qu'il en soit et qu'une telle mention était alors superflue (FÄSSLER-OSTERWALDER, BO 2009 CN 653 et NORDMANN, BO 2009 CN 654 au sujet de l'<ref-law> - qui prévoit également expressément le respect du plan sectoriel des SDA; NORDMANN, BO 2009 CN 659 au sujet de l'<ref-law>). Dans ce même sens, il a été renoncé à la formulation d'une compensation "dans la mesure du possible", jugée trop souple et, surtout, de nature à vider de toute substance l'obligation de compensation (BO 2009 CN 1913). Du côté du Conseil des Etats en revanche, des craintes qu'en raison de cette mention du plan sectoriel des SDA, les revitalisations des cours d'eaux soient rendues plus difficiles, voire qu'il y soit totalement renoncé dans certains cas, faute de surfaces d'assolement disponibles en compensation, avaient été émises (LOMBARDI, BO 2009 CE 878). Ces craintes ont toutefois été écartées au profit du constat que l'obligation de compenser les pertes de SDA existait per seen vertu du plan sectoriel, mais que cette obligation était déjà, indépendamment de la teneur des art. 36a et 38a LEaux, empreinte de flexibilité. Le Conseil des Etats prenait ainsi acte que les cantons devaient en tout état procéder à la désignation des espaces réservés aux eaux, respectivement à la revitalisation des cours d'eaux, et que les SDA ainsi perdues devaient, en tout état également, être déduites des surfaces répertoriées à l'inventaire cantonal. Il devait toutefois y avoir au besoin, et après pesée des intérêts en présence, une possibilité de renoncer à cette compensation ou, en d'autres termes, de revoir le contingent cantonal des SDA (LOMBARDI, BO 2009 CE 1114).
Avant l'entrée en vigueur de la législation sur la protection des eaux topique, les autorités fédérales préconisaient une compensation des SDA dans le cadre des plans sectoriels cantonaux de surfaces d'assolement, soit en principe hors procédure liée au projet litigieux (ARE, Plan sectoriel des surfaces d'assolement SDA - Aide à la mise en oeuvre 2006). Après l'entrée en vigueur des art. 36a et 38a LEaux (l'<ref-law> traitant de la désignation des espaces réservés aux eaux qui ne peuvent être considérés comme SDA), l'OFEV, l'OFAG et l'ARE ont confirmé cela dans une prise de position commune: la compensation des surfaces d'assolement en raison de l'utilisation des espaces réservés aux eaux doit en principe se faire hors procédure du projet ayant généré ces pertes (OFEV/OFAG/ARE Espace réservé aux eaux et agriculture, 2014, p. 11; ARE, Les surfaces d'assolement dans l'espace réservé aux eaux, circulaire du 4 mai 2011).
L'<ref-law> précise les modalités de la planification des revitalisations. Pour permettre une vue d'ensemble globale, tout le réseau hydrographique du canton doit figurer dans une planification, quoiqu'un degré de précision moindre soit exigé pour les petits cours d'eau (ZUFFEREY/ROMY, La construction et son environnement en droit public, 2e éd. 2007, p. 373). La planification cantonale des revitalisations étant une démarche globale à grande échelle, il n'est en principe pas possible de prendre en compte des données à un niveau parcellaire qui permette de déterminer avec précision les pertes de SDA induites. La mise à disposition des surfaces nécessaires ou la compensation d'une éventuelle perte de SDA ne font ainsi pas l'objet de la planification cantonale des revitalisations (OFEV, Revitalisation des cours d'eau - planification stratégique, 2012, p. 20). Les conflits entre les intérêts de l'agriculture et ceux de la protection des cours d'eau sont toutefois manifestes, si bien que la planification stratégique doit à tout le moins traiter ces problèmes et en tenir compte ( ibidem, p. 21).
5.
5.1. En l'occurrence, l'arrêt attaqué ne précise pas si le quota des SDA pour le canton du Valais est respecté. On peut présumer que la cour cantonale a jugé que tel n'était pas le cas, dès lors qu'elle déduit l'obligation de compenser des art. 3 al. 2 let. a LAT et 30 OAT directement. Dans ses observations devant le Tribunal fédéral, l'ARE indique que "dans le cadre du présent examen du plan directeur cantonal", il a requis du canton du Valais la transmission des données complètes et stabilisées de l'inventaire cantonal des SDA, ce que le canton n'a pas fait. Selon le nouveau plan directeur du canton du Valais, approuvé par le Grand Conseil valaisan le 8 mars 2018 et soumis pour approbation à la Confédération, lors de la dernière mise à jour des données transmises à la Confédération le 30 septembre 2012, le bilan total des SDA sur le territoire cantonal était de 7'343 ha de SDA, "avec un peu plus de 200 ha de SDA en conflit avec d'autres utilisations et une vingtaine d'hectares de pertes de SDA liées à des grands projets d'infrastructures d'importance nationale (Canton du Valais, Planification directrice cantonale, mars 2018, fiche de coordination A.2 Surfaces d'assolement, p. 2). En d'autres termes, en 2012, il manquait au canton du Valais 7 ha, voire plus, de SDA par rapport au quota imposé par le plan sectoriel de la Confédération (voir consid. 3 in fine). Le même constat ressort des chiffres donnés par les offices fédéraux, selon lesquels le Valais était en 2017 légèrement en dessous du seuil minimal de SDA imposé par le plan sectoriel de la Confédération (OFAG/ARE, Faktenblätter: ergänzende Informationen betreffend Sachplan Fruchtfolgeflächen, 30 janvier 2018, p. 3).
Dans un tel contexte, toute nouvelle perte de SDA sur le territoire cantonal doit être compensée.
5.2. A la différence des cas parvenus au Tribunal fédéral jusqu'à présent, la question de la compensation se pose donc dans un contexte d'insuffisance de SDA à l'échelle cantonale par rapport au quota fixé par la planification sectorielle fédérale. Ici, la perte de SDA n'est pas contestée, ni la nécessité de devoir compenser cette perte. Seules les modalités, en particulier la simultanéité, de la compensation sont critiquées par les recourants. Ceux-ci considèrent que les surfaces désignées à titre de compensation ne sont ni nouvelles, ni de qualité suffisante. Selon l'avis des autorités concernées, confirmé par la cour cantonale, ces surfaces ont au contraire nouvellement été intégrées dans le plan sectoriel des SDA; en outre les critères quantitatifs et qualitatifs ont été vérifiés. En réponse aux griefs des recourants, la cour cantonale a simplement considéré, sans procéder à un examen de fond, que ceux-ci ne faisaient valoir aucun élément qui permettrait de mettre en doute l'analyse faite par les services cantonaux quant au respect de ces critères.
Dans la mesure où les recourants se plaignaient précisément de l'absence au dossier de l'analyse à laquelle se sont livrés les services cantonaux, on peut douter qu'il soit légitime de leur reprocher de ne pas démontrer en quoi cette analyse serait critiquable. Quoi qu'il en soit, en l'état de la présente procédure, on peut prendre acte de la compensation prévue, sans procéder à une vérification scrupuleuse de sa teneur, ce pour les motifs qui suivent.
5.3. La législation sur l'aménagement du territoire manque de précision quant au type d'instrument et de procédure par lesquels la compensation des SDA doit être assurée. En ce qui concerne la législation sur la protection des eaux, les directives sur la revitalisation apparaissent au premier abord contradictoires. En effet, d'une part, dans une position commune, les offices fédéraux constatent que la compensation des SDA perdues lors de revitalisations de cours d'eau doit se faire à l'échelle de la planification et non dans le cadre de la procédure du projet à l'origine des pertes. D'autre part, l'OFEV constate que les pertes de SDA générées ne peuvent être évaluées à l'échelle de la planification des revitalisations. Or cette contradiction n'est qu'apparente. L'<ref-law> renvoie au plan sectoriel des SDA. Aussi, lorsqu'il est question de procéder à la compensation au stade de la planification et non du projet lui-même, c'est à la planification sectorielle des SDA qu'il est fait référence et non à celle des revitalisations. En effet, vu qu'il n'est pas possible de déterminer les pertes de SDA dans le cadre de la planification directrice des revitalisations, ce n'est qu'au stade de la procédure à l'échelle du projet individuel que les surfaces perdues peuvent être chiffrées. Au fur et à mesure de l'élaboration des projets de revitalisation, les pertes subséquentes de SDA doivent être comptabilisées et portées en débit à l'inventaire cantonal de ces surfaces. L'ampleur de la compensation des SDA perdues par les mesures de revitalisation des eaux est ainsi déterminée à l'échelle cantonale, puisque l'obligation de compensation est tributaire du seul critère du maintien du quota cantonal. C'est donc dans le cadre de la planification sectorielle des surfaces d'assolement que la compensation doit intervenir.
On comprend effectivement des débats parlementaires que le législateur fédéral entendait éviter un régime exceptionnel qui permettrait de soustraire du quota cantonal les SDA perdues à raison de revitalisations. En renvoyant au plan sectoriel de la Confédération, le législateur n'a en revanche pas voulu soumettre les revitalisations des cours d'eaux à des exigences de compensation plus strictes que celles qui découlent du maintien du quota cantonal. Au contraire de ce qui peut se présenter pour d'autres projets qui induiraient des pertes en surfaces d'assolement, l'objectif de revitalisation des cours d'eau fixé par la LEaux ne laisse pas de véritable place pour une pesée d'intérêts, le législateur donnant mandat aux cantons d'y procéder (cf. FRITZCHE, Commentaire de la loi sur la protection des eaux et de la loi sur l'aménagement des cours d'eau, 2016, nos 39-40 ad <ref-law>). Il en va parallèlement de même du maintien des SDA au-dessus du quota cantonal. En résumé, ces deux objectifs doivent être atteints, cas échéant en agissant sur d'autres paramètres, respective-ment d'autres projets, dont la réalisation est précisément soumise à une mise en balance des intérêts en jeu.
Ce qui précède ne saurait empêcher le canton qui compte optimiser sa planification en matière de revitalisation des eaux d'évaluer sur le long terme et sur le plan global les réserves de SDA nécessaires à la compensation des mesures de revitalisations. A l'inverse, l'absence d'une telle démarche dans le plan cantonal des revitalisations ne saurait conduire au blocage des projets de revitalisation. Comme on l'a souligné ci-dessus, l'élaboration et la mise en oeuvre de ces projets découle d'un mandat légal impératif et ne saurait dépendre d'une situation qui ne peut s'évaluer qu'à l'échelle de tout le territoire cantonal.
5.4. Il découle de ce qui précède que, même si les surfaces désignées pour la compensation des SDA perdues ne pouvaient remplir ce rôle, l'arrêt cantonal serait conforme aux exigences du droit fédéral en matière de surfaces d'assolement en lien avec la revitalisation des eaux. La compensation qui a d'ores et déjà pu être planifiée peut être saluée, mais n'a pas à être contrôlée pour valider le projet de revitalisation.
6.
Compte tenu de ce qui précède, le grief de violation du droit d'être entendus des recourants au motif d'une instruction lacunaire quant à la compensation des SDA est sans pertinence dans la présente procédure.
7.
Le recours doit ainsi être rejeté, dans la mesure de sa recevabilité, aux frais des recourants, qui succombent (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 3'000 francs, sont mis à la charge des recourants, solidairement entre eux.
3.
Le présent arrêt est communiqué au mandataire des recourants, à la Commune de Port-Valais, au Conseil d'Etat du canton du Valais, au Tribunal cantonal du canton du Valais, Cour de droit public, à l'Office fédéral du développement territorial, à l'Office fédéral de l'agriculture et à l'Office fédéral de l'environnement.
Lausanne, le 19 novembre 2018
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Merkli
La Greffière : Sidi-Ali