Sachverhalt:
A.
Mit Verfügung vom 5. Januar 2018 verneinte die IV-Stelle Basel-Stadt einen Anspruch des A._ auf eine Invalidenrente. Sie führte darin aus, dass die bisherige Tätigkeit als Maler nicht mehr ausgeübt werden könne, jedoch andere leichte bis mittelschwere, wechselbelastende Tätigkeiten, ohne Steigen auf Leitern und ohne hohe Anforderungen an das Gleichgewicht, und zwar in einem Pensum von 75 %. Der Einkommensvergleich ergab sodann einen Invaliditätsgrad von 25 %. Einen Abzug vom Tabellenlohn, den die IV-Stelle für die Bemessung des Invalideneinkommens beizog, erachtete sie als nicht gerechtfertigt.
B.
Das Sozialversicherungsgericht des Kantons Basel-Stadt sprach A._ in Berücksichtigung eines leidensbedingten Abzuges auf dem Invalideneinkommen von 20 % eine Viertelsrente ab November 2014 zu. Gleichzeitig wies es die Sache an die IV-Stelle zur Koordination mit allfälligen Taggeldleistungen und zum Erlass einer neuen Verfügung zurück. Im Übrigen wies es die Beschwerde ab (Entscheid vom 12. September 2018).
C.
Die IV-Stelle erhebt dagegen Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten und beantragt sinngemäss die Bestätigung ihrer Verfügung vom 5. Januar 2018. Ausserdem ersucht sie um aufschiebende Wirkung der Beschwerde.
Der Beschwerdegegner schliesst in seiner Vernehmlassung in der Hauptsache auf Abweisung der Beschwerde. Das Bundesamt für Sozialversicherungen verzichtet auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1.
Das kantonale Gericht hat die Verwaltung grundsätzlich zur Ausrichtung einer Viertelsrente ab November 2014 verpflichtet. Die Rückweisung dient einzig der Koordination mit allfälligen dem Versicherten ausgerichteten Taggeldern. Ob es sich beim angefochtenen Rückweisungsentscheid um einen ohne Weiteres anfechtbaren (materiellen) Endentscheid im Sinn von <ref-law> (vgl. <ref-ruling> E. 4.2 S. 285; SVR 2008 IV Nr. 39 S. 131, 9C_684/2007 E. 1.1) oder um einen Vor- resp. Zwischenentscheid gemäss <ref-law> (vgl. Urteil 9C_348/2018 vom 23. Januar 2019 E. 3.2) handelt, kann offenbleiben. Da die IV-Stelle durch den angefochtenen Entscheid gezwungen wird, eine ihres Erachtens rechtswidrige Verfügung zu erlassen, droht ihr ein nicht wieder gutzumachender Nachteil (vgl. <ref-law>; <ref-ruling> E. 4.2 S. 286). Auf die Beschwerde ist einzutreten.
2.
Vor der Vorinstanz blieb der Einkommensvergleich der Verwaltung unbestritten. Anders als diese gewährte das kantonale Gericht auf dem Invalideneinkommen einen Abzug von 20 %, was zu einem anspruchsbegründenden Invaliditätsgrad von 40 % führte (vgl. <ref-law>). Es begründete den Abzug mit den gesundheitlichen Beeinträchtigungen und dem sich daraus ergebenden eingeschränkten Tätigkeitsprofil, mit der Tatsache, dass es aufgrund der erhöhten Pausenbedürftigkeit eines wohlwollenden Arbeitgebers bedürfe, was die Auswahl der möglichen Arbeitsplätze einschränke, sowie mit der Beschränkung der dominanten Hand aufgrund der reduzierten Feinmotorik der rechten oberen Extremität.
Die IV-Stelle macht im Wesentlichen geltend, die um 25 % reduzierte Leistungsfähigkeit berücksichtige bereits die reduzierte Feinmotorik der oberen rechten Extremität, die verstärkte Konzentration und die erhöhte visuelle Kontrolle, deswegen insgesamt zwei Stunden Pause über den Tag verteilt für eine adaptierte Verweistätigkeit benötigt werden. Eine faktische Einhändigkeit sei aus medizinischer Sicht nicht bestätigt und die diesbezügliche Rechtsprechung deshalb nicht anwendbar. Ebenso wenig bilde das Entgegenkommen eines allfälligen Arbeitgebers einen Abzugsgrund.
3.
Ob ein Abzug vom Tabellenlohn (vgl. 126 V 75 E. 5b/aa-cc S. 79 f.) vorzunehmen ist, stellt eine vom Bundesgericht frei überprüfbare Rechtsfrage dar (vgl. statt vieler Urteil 9C_557/2018 vom 12. Februar 2019 E. 8.1.2).
3.1. Das noch mögliche Leistungsprofil des Versicherten lässt sich gemäss übereinstimmender Ansicht von Beschwerdeführerin und Beschwerdegegner wie folgt beschreiben : "Leichte bis mittelschwere, wechselbelastende Tätigkeiten mit seltenen Gewichtsbelastungen bis 20 kg, ohne Tätigkeiten auf Leitern und mit hohen Anforderungen an das Gleichgewicht mit nur seltener Hockestellung, Treppen steigen, Rotation im Sitzen und vorgeneigt stehen. Zusammenfassend ergibt sich für eine administrative Tätigkeit mit wechselnden Aufgaben und ohne langdauernde und rasche Dateneingabe ein vermehrter Pausenbedarf von 2 Stunden über den Tag verteilt, entsprechend einer Arbeitsfähigkeit von 75 % für eine ganztägige adaptierte Tätigkeit". Grundlage dieser Einschätzung bilden einerseits die Evaluation des Zentrums B._ vom 11. Februar 2015 und anderseits der umfassende Bericht des Dr. med. C._, Facharzt für Orthopädie sowie für Physikalische und Rehabilitative Medizin beim Regionalen Ärztlichen Dienst (RAD), vom 15. August 2017, deren Beweiswert von keiner Seite in Frage gestellt wird. In beiden Aktenstücken werden die reduzierte Leistungsfähigkeit bei erhöhten Anforderungen an die Feinmotorik der rechten Hand ausdrücklich thematisiert und im Rahmen der zitierten Gesamtwürdigung unmissverständlich als Vorgabe "ohne langdauernde und rasche Dateneingabe" (Zentrum B._) resp. " (kein Bedienen der) Tasten mit einer hohen Anschlagfrequenz" (RAD-Arzt) miteinbezogen. Mit anderen Worten haben sich die gesundheitlichen Beeinträchtigungen sowohl im eingeschränkten Tätigkeitsprofil als auch in der sich daraus ergebenden Arbeits (un) fähigkeit vollumfänglich niedergeschlagen. Abgesehen davon, dass die Vorinstanz auch nicht ansatzweise darlegt, welche Anforderungen an den Arbeitsplatz ausserhalb der festgesetzten 25 %-igen Arbeitsunfähigkeit liegen, ist der IV-Stelle beizupflichten, dass ein zusätzlicher Abzug aus Gründen des eingeschränkten Tätigkeitsprofils einer doppelten Berücksichtigung gleichkommt.
3.2. Im Weiteren blendet die Vorinstanz aus, dass nach ständiger Rechtsprechung auf dem ausgeglichenen Arbeitsmarkt genügend realistische Betätigungsmöglichkeiten für Personen, die funktionell als Einarmige zu betrachten sind und überdies nur noch leichte Arbeit verrichten können, zu finden sind (vgl. statt vieler Urteil 8C_811/2018 vom 10. April 2019 E. 4.4.2 mit Hinweisen). Zwar hat die Praxis seit <ref-ruling> bei Versicherten, welche ihre dominante Hand gesundheitlich bedingt nur sehr eingeschränkt, beispielsweise als Zudienhand, einsetzen können, verschiedentlich einen Abzug von 20 oder sogar 25 % als angemessen bezeichnet, wie sich (ebenfalls) den im vorinstanzlichen Entscheid zitierten höchstgerichtlichen Urteilen (vgl. vorinstanzliche E. 5.3) entnehmen lässt. Das kantonale Gericht hat jedoch ohne substanziierte Ausführungen pauschal aus dem Umstand, dass die rechte dominante Hand sowie der rechte Arm des Versicherten Beschränkungen aufweisen, eine faktische Einhändigkeit abgeleitet und einen entsprechenden Abzug zugelassen. Damit verletzt es Bundesrecht. Zum einen ist eine reduzierte Feinmotorik der rechten oberen Extremität nicht automatisch mit einer faktischen Einhändigkeit verbunden. Zum andern kann der Versicherte im Rahmen der ihm zumutbaren administrativen Tätigkeit die PC-Tastatur beidhändig bedienen, wie aus den bereits erwähnten Berichten erhellt (vgl. E. 3.1). Für einen Abzug verbleibt somit auch im vorliegenden Punkt kein Raum.
3.3. Das Entgegenkommen eines allfälligen Arbeitgebers ist seit jeher kein Grund für einen Abzug vom Tabellenlohn (vgl. statt vieler Urteil 9C_134/2016 vom 12. April 2016 E. 5.3).
3.4. Schliesslich beruft sich der Versicherte in seiner Vernehmlassung auf keine anderen Gründe, die einen leidensbedingten Abzug zu rechtfertigen vermöchten (vgl. <ref-law>).
4.
Nach dem Gesagten ist die Beschwerde begründet und gutzuheissen. Das Gesuch der Beschwerdeführerin um aufschiebende Wirkung wird damit gegenstandslos.
5.
Auf die Erhebung von Gerichtskosten wird umständehalber verzichtet (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird gutgeheissen. Der Entscheid des Sozialversicherungsgerichts des Kantons Basel-Stadt vom 12. September 2018 wird aufgehoben und die Verfügung der IV-Stelle Basel-Stadt vom 5. Januar 2018 bestätigt.
2.
Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
3.
Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Basel-Stadt, dem Bundesamt für Sozialversicherungen und der Sammelstiftung BVG der Allianz Suisse Lebensversicherungs-Gesellschaft, Wallisellen, schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 28. Mai 2019
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Pfiffner
Die Gerichtsschreiberin: Dormann