Fatti:
A.
Con risoluzione n. 1113 del 18 marzo 2015 il Consiglio di Stato del Cantone Ticino ha approvato il piano regolatore definitivo della Valle Malvaglia (PRVM), che prevede in particolare la zona edificabile degli insediamenti storici, disciplinata dall'art. 42 delle norme di attuazione del piano regolatore (NAPR). Essa comprende i nuclei antichi principali (Ville) di Dandrio, Madra, Anzano, Dagro, Chiavasco e Monte Grech, nonché i nuclei secondari di Germanionico, Ponterio, Sarciè, Val Combra, Fontanee, Carsighera, Ticiallo, Panedigo, Garei, Crann e Qualguagn. Il piano regolatore definitivo rappresenta un affinamento (seconda fase) della variante del piano del Comune di Malvaglia, sezione Valle Malvaglia, piano del paesaggio/settore insediamenti, approvata dal Governo cantonale con risoluzione n. 6274 del 5 luglio 1994.
B.
Il 25 novembre 2019 l'Ufficio federale dello sviluppo territoriale (ARE) ha impugnato dinanzi al Tribunale cantonale amministrativo la risoluzione governativa del 18 marzo 2015, che non gli era stata notificata, nella misura in cui approva il PRVM relativamente a una quindicina di piccole zone edificabili sparse nella Valle. Con giudizio del 29 ottobre 2020, la Corte cantonale, ritenuto tardivo il ricorso, l'ha dichiarato irricevibile.
C.
Avverso questa sentenza l'ARE presenta un ricorso al Tribunale federale. Chiede, preliminarmente, di adottare le misure necessarie per evitare il rilascio di licenze edilizie fondate sull'art. 22 cpv. 2 lett. a LPT (RS 700) e sulle citate NAPR all'interno di una serie di piccole zone edificabili; nel merito postula di retrocedere l'incarto alla Corte cantonale per il giudizio di merito.
Il Comune di Serravalle e il Consiglio di Stato, con osservazioni del 9 febbraio 2021, propongono di respingere il ricorso. Il Tribunale cantonale amministrativo si conferma nelle conclusioni della decisione impugnata.
Al ricorso è stato conferito l'effetto sospensivo in via superprovvisionale.

Diritto:
1.
1.1. Presentato tempestivamente contro una decisione finale dell'ultima istanza cantonale in materia pianificatoria, il ricorso in materia di diritto pubblico è ammissibile sotto il profilo degli art. 82 lett. a, 86 cpv. 1 lett. d e 90 LTF. La legittimazione del ricorrente è pacifica (<ref-law> in relazione con l'<ref-law>, RS 700.1; sentenza 1C_480/2019 del 16 luglio 2020 consid. 2.2).
1.2. Quando l'autorità precedente non esamina un ricorso nel merito, in concreto perché sarebbe tardivo, l'oggetto del litigio può essere unicamente la questione dell'irricevibilità del gravame poiché, in caso di accoglimento del ricorso, il Tribunale federale le rinvierebbe la causa per l'esame di merito (<ref-ruling> consid. 1.1). Ne segue che l'obiezione sollevata dal Comune di Serravalle e dal Consiglio di Stato inerente alla contestata delimitazione di nuove zone edificabili con l'adozione del PRVM (cfr. al riguardo l'art. 38a LPT), questione tutt'altro che chiara e che concerne il merito della vertenza, non deve e non può essere esaminata dal Tribunale federale quale prima e ultima autorità giudiziaria. L'ARE sostiene infatti che le zone istituite dal PRVM del 1994 non sarebbero state zone edificabili conformi all'art. 15 LPT, richiamando al riguardo la <ref-ruling>, motivo per cui l'approvazione del PRVM del 2015 doveva essergli notificata. Come visto, spetterà se del caso alla Corte cantonale esprimersi compiutamente sul merito di queste censure.
1.3. Con il ricorso in materia di diritto pubblico si può far valere in particolare la violazione del diritto federale (<ref-law>), che il Tribunale federale applica d'ufficio (<ref-law>). Secondo l'art. 42 cpv. 1 e 2 LTF, il ricorso dev'essere motivato in modo sufficiente, spiegando nei motivi perché l'atto impugnato viola il diritto. Il Tribunale federale esamina in linea di principio solo le censure sollevate (<ref-ruling> consid. 1.2; <ref-ruling> consid. 1.7.1).
2.
2.1. La Corte cantonale ha osservato che la revisione parziale della LPT del 15 giugno 2012, entrata in vigore il 1° maggio 2014, ha inasprito i requisiti necessari per includere nuovi terreni in zona edificabile (al riguardo vedi gli art. 38a LPT e 52a OPT, applicabili nel Cantone Ticino, e <ref-ruling> consid. 3.2; <ref-ruling> consid. 2.1) e comportato una revisione parziale dell'OPT, segnatamente dell'art. 46, che ha il seguente tenore:
" 1 I Cantoni notificano all'ARE le decisioni concernenti l'approvazione dei piani d'utilizzazione secondo l'articolo 26 LPT e le decisioni di ricorso delle istanze inferiori che riguardano:
a. la delimitazione delle zone edificabili in Cantoni in cui trova applicazione l'articolo 38a capoverso 2, 3 o 5 LPT;
(...) "
L'istanza precedente ha lasciato aperta la questione relativa all'obbligo di notifica della decisione governativa di approvazione del piano di utilizzazione, in Ticino a livello comunale denominato piano regolatore. Ciò poiché ha ritenuto tardivo il ricorso.
2.2. Come visto, e come ammesso rettamente dai giudici cantonali, l'ARE è legittimato a impugnare determinate decisioni, sia a livello cantonale (<ref-law>), sia dinanzi al Tribunale federale, tra le quali rientrano anche quelle governative di approvazione dei piani di utilizzazione (<ref-law> in relazione con l'Ordinanza del Consiglio federale dell'8 novembre 2006 concernente la notifica delle decisioni cantonali di ultima istanza in materia di diritto pubblico, RS 173.110.47); l'eccezione a una notificazione senza indugio e gratuita alle autorità federali prevista all'art. 2 lett. d di quest'ordinanza per le decisioni cantonali pronunciate in applicazione della LPT e concernenti non l'approvazione dei piani d'utilizzazione, ma autorizzazioni edilizie nelle zone edificabili, a meno che non trovi applicazione nel contempo un'altra legislazione federale, non è applicabile in concreto. Ora, è manifesto che, per poterle se del caso impugnare, l'autorità federale deve avere conoscenza delle relative decisioni, allo scopo di decidere se avvalersi o meno di tale facoltà: ciò per poter espletare compiutamente i suoi obblighi di sorveglianza riguardo all'applicazione e all'esecuzione del diritto federale da parte delle autorità cantonali e comunali. Questa vigilanza avviene infatti principalmente per il tramite dei rimedi di diritto (<ref-ruling> consid. 1.2.1; BERNHARD EHRENZELLER, in: BSK Bundesgerichtsgesetz, 3aed. 2018, n. 11 ad art. 111 e n. 23 ad art. 112; RENÉ RHINOW et al., Öffentliches Prozessrecht, 3aed. 2014, n. 1939 e 1941 pag. 533; FRANZISKA WASER, La réduction de la zone à bâtir surdimensionnée selon l'art. 15 al. 2 LAT, 2018, n. 558 e 559 pag. 287 seg.).
Nel rapporto esplicativo dell'ARE concernente la revisione parziale del 26 marzo 2014 dell'OPT, riguardo all'<ref-law> si osserva che l'obbligo di notificare determinate decisioni all'ARE dovrebbe facilitare un'esecuzione più sistematica che in passato delle disposizioni federali concernenti le dimensioni delle zone edificabili. Si rileva che ciononostante, tale "obbligo" non è ancora una garanzia che i Cantoni lo rispettino, precisato che il termine di ricorso per l'ARE inizia a decorrere soltanto una volta che è stata notificata la decisione litigiosa. Si osserva che spetta al Cantone occuparsi della notifica delle decisioni all'ARE e che oggetto "dell'obbligo " di notifica è, da un lato, l'atto di approvazione secondo l'art. 26 LPT e, dall'altro, la decisione di ricorso dell'istanza inferiore. Si precisa che il numero di decisioni da notificare dovrebbe rimanere contenuto, visto che i requisiti concernenti gli azzonamenti approvati durante il periodo transitorio di cui all'art. 38a cpv. 2 LPT (<ref-law>) sono infatti molto severi e che, in realtà, durante tale periodo non dovrebbe essere più approvato alcun azzonamento. Si afferma che se, ciò nondimeno, un'autorità decide di concedere un'eccezione a tale divieto generale, tale decisione dovrebbe almeno non passare in giudicato se l'ARE non ha potuto esprimere il proprio parere nel quadro di una procedura di ricorso. Non si tratta quindi di un semplice invito, ma di un obbligo delle autorità cantonali di notificare all'ARE determinate decisioni. È pacifico che nella fattispecie quest'obbligo è stato disatteso.
3.
3.1. La Corte cantonale ha osservato che, secondo l'art. 20 della legge ticinese sulla procedura amministrativa del 24 settembre 2013 (LPAmm; RL 165.100), una notificazione difettosa non può cagionare alcun pregiudizio alle parti, regola temperata dai principi della buona fede e della sicurezza giuridica. Ha rilevato che in tal senso l'art. 68 cpv. 1 LPAmm dispone che il ricorso dev'essere presentato per iscritto entro 30 giorni dall'intimazione e, in assenza di questa, dalla "conoscenza" della decisione impugnata. Al riguardo ha addotto che l'ARE sarebbe stato a conoscenza delle peculiarità territoriali e insediative della Valle Malvaglia e della sua situazione pianificatoria. Ciò poiché nell'ambito dei contatti intervenuti tra l'autorità cantonale e l'ARE, relativi al piano d'utilizzazione cantonale dei paesaggi con edifici e impianti protetti (PUC-PEIP), il Dipartimento del territorio il 27 aprile 2010 aveva trasmesso all'Ufficio federale il rapporto n. 6224R della Commissione speciale della pianificazione del territorio sul messaggio del 26 maggio 2009 concernente l'approvazione del PUC-PEIP, che si pronunciava anche sui casi particolari della Valle Bavona e della Valle Malvaglia. In questo rapporto si accenna, in maniera generica, al fatto che i piani regolatori di queste due Valli definiscono gli insediamenti principali (una decina per ogni valle) quali zone edificabili sottoposte a speciale tutela, con una precisa normativa edilizia. Si indica che il resto del territorio è posto all'esterno della zona edificabile, nella quale sarebbero nondimeno accordate possibilità di intervento edilizio sugli edifici che vanno oltre l'assoluto mantenimento degli edifici esistenti. Si rileva poi che il piano regolatore è "in fase di allestimento", visto che era stato creato un gruppo di lavoro per elaborarlo. Si precisa che si intende estendere un regime transitorio anche alla Valle Malvaglia, precisato tuttavia che il relativo piano regolatore non era ancora in vigore. In effetti, il PRVM litigioso è stato approvato soltanto cinque anni dopo.
Tenuto conto della revisione parziale del 15 giugno 2012 della LPT, entrata in vigore il 1° maggio 2014, il ricorrente non era tenuto a seguire e approfondire lo sviluppo di questo iter pianificatorio, potendo attendere che il Consiglio di Stato gli trasmettesse la risoluzione di approvazione, tutt'altro che prevedibile all'epoca, avvenuta nel 2015. I citati rilievi dei giudici cantonali sull'elaborazione del PRVM sono quindi ininfluenti riguardo alla tempestività del gravame.
3.2. La Corte cantonale aggiunge poi che il dispositivo della risoluzione governativa litigiosa è stato pubblicato sul Foglio ufficiale (n. 23/2015 del 24 marzo 2015 pag. 2625) e all'albo comunale.
Ora, non spetta all'ARE spulciare i fogli ufficiali dei differenti Cantoni alla ricerca di eventuali decisioni inerenti alla delimitazione di zone edificabili che, contrariamente all'obbligo fissato dall'<ref-law>, non gli sarebbero state notificate; ancor meno esso deve verificare le pubblicazioni agli albi comunali. Giova sottolineare d'altra parte che l'utilizzo di questi mezzi di notifica non può escludere una notifica diretta all'ARE (vedi, per l'irrilevanza di una comunicazione ad altre autorità federali, che in tal modo potrebbero avere, indirettamente, conoscenza di determinate decisioni, la sentenza 1C_86/2020 del 22 aprile 2021 consid. 6). Al riguardo il ricorrente osserva inoltre, rettamente, ch'era stato pubblicato soltanto il dispositivo della risoluzione governativa, il quale non indicava ch'erano state delimitate nuove zone edificabili. Sostiene poi che non sarebbe fattibile esperire ricerche regolari e sistematiche in tutti i casi nei quali sussiste il citato obbligo di notifica, allo scopo di accertare eventuali omesse comunicazioni, ciò che costituirebbe uno sperpero d'importanti mezzi finanziari pubblici.
3.3. La Corte cantonale rileva che, all'epoca, contro la risoluzione governativa litigiosa erano stati inoltrati dinanzi ad essa dodici ricorsi, evasi con sentenze del 7 e dell'11 dicembre 2015, notificate, rettamente, anche all'ARE, senza esprimersi tuttavia oltre sul contenuto delle stesse. Aggiunge, in maniera invero contraddittoria, che a tale data l'ARE era investito del compito di cui all'<ref-law>, disattendendo che secondo detta norma l'incombenza d'informare l'ARE spettava al Consiglio di Stato. Detta norma non statuisce infatti l'obbligo per il ricorrente di ricercare d'ufficio e di scartabellare le decisioni dei differenti Cantoni per informarsi al riguardo.
3.4. L'istanza precedente osserva poi che al momento della notifica delle citate sentenze l'ARE sarebbe stato a conoscenza del caso particolare della Valle Malvaglia, rimproverandogli quindi una carenza di diligenza poiché non si è attivato presso il Cantone chiedendo lumi circa la risoluzione governativa litigiosa, esigendone se del caso la notifica integrale. Ne deduce che il fatto che l'ARE avrebbe avuto conoscenza di tale risoluzione soltanto il 7 novembre 2019 nell'ambito di una procedura edilizia concernente un edificio ubicato nel nucleo di Dagro sarebbe da ricondurre esclusivamente alla sua disattenzione.
Certo, da queste sentenze, richiamate dal Tribunale federale alla Corte cantonale, risulta che si tratta di ricorsi presentati contro la risoluzione governativa litigiosa del 18 marzo 2015. Considerato tuttavia ch'essa, in disattenzione dell'<ref-law>, non era stata notificata all'ARE, per quest'ultimo, come da esso sottolineato nel ricorso in esame, non era per nulla evidente ch'essa concerneva la delimitazione delle zone edificabili, potendo fare affidamento sul fatto che, in tale ipotesi, il Governo cantonale gliela avrebbe notificata. Il ricorrente rileva inoltre l'enorme massa di informazioni con le quali è confrontato nel Cantone Ticino per la nota tematica delle trasformazioni dei rustici, in particolare in relazione ai ricorsi relativi al piano di utilizzazione cantonale dei paesaggi con edifici e impianti protetti ubicati al di fuori delle zone edificabili. Per di più, nelle invocate decisioni, il Tribunale cantonale amministrativo aveva annullato la risoluzione governativa del 18 marzo 2015 nella misura in cui attribuiva d'ufficio un fabbricato alla categoria "diroccato non ricostruibile (2) ", retrocedendo gli atti al Comune affinché procedesse, se del caso, a eventuali ulteriori accertamenti (incarto 90.2015.60 e le sentenze analoghe 90.2015.49-52/54/56/58/59/61 dell'11 dicembre 2016; il ricorso nella causa n. 90.2015.74 del 7 dicembre 2015 è stato dichiarato inammissibile per carenza di legittimazione). Ne segue che l'ARE, senza violare il principio della buona fede (<ref-law>) e senza esporsi al rimprovero di una grave negligenza processuale (cfr. <ref-ruling> consid. 8.3.2), poteva limitarsi a prendere conoscenza dei dispositivi di tali sentenze e che, trattandosi di decisioni di rinvio, quindi incidentali ai sensi dell'<ref-law>, esso non era tenuto a esaminare oltre quelle cause, ritenuto che un ricorso al Tribunale federale appariva inammissibile di primo acchito.
3.5. I giudici cantonali aggiungono infine che nel frattempo il PRVM è stato attuato, motivo per cui ammettere la possibilità di impugnare la risoluzione governativa litigiosa a quattro anni e mezzo di distanza dall'approvazione dello stesso, apparirebbe inconciliabile con il principio della sicurezza giuridica. Con questo generico accenno la Corte cantonale disattende tuttavia che all'invocato principio si contrappone quello, fondamentale, della separazione dell'area edificabile da quella non edificabile, nonché il fatto che tale soluzione potrebbe perpetuare un'eventuale violazione del diritto federale. Del resto, si tratterrebbe semmai del rilascio di singole licenze edilizie, questione non affrontata né approfondita dall'istanza precedente, che non ha proceduto alla necessaria ponderazione dei contrapposti interessi in gioco (cfr. LORENZ KNEUBÜHLER/RAMONA PEDRETTI, in: Auer/Müller/Schindler [ed.], VwVG Bundesgesetz über das Verwaltungsverfahren : Kommentar, 2aed. 2019, n. 12 e 18 ad art. 38). Nelle descritte circostanze, l'omessa notifica della risoluzione governativa litigiosa non può pertanto comportare la decadenza del diritto di ricorrere dell'ARE e l'esame della conformità del PRVM al diritto federale.
4.
Ne segue che il ricorso dev'essere accolto e la decisione impugnata annullata. L'incarto è rinviato al Tribunale cantonale amministrativo affinché esamini nel merito il ricorso del 25 novembre 2019 dell'ARE. Non si prelevano spese giudiziarie (<ref-law>), né si attribuiscono ripetibili della sede federale (<ref-law>).
L'emanazione del presente giudizio rende priva d'oggetto la domanda di misure cautelari.

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1.
Il ricorso è accolto e la decisione emanata il 29 ottobre 2020 dal Tribunale cantonale amministrativo è annullata. La causa gli è rinviata per una decisione di merito sul ricorso del 25 novembre 2019 dell'ARE.
2.
Non si prelevano spese giudiziarie e non si attribuiscono ripetibili della sede federale.
3.
Comunicazione al ricorrente, al Consiglio di Stato, al Comune di Serravalle e al Tribunale amministrativo del Cantone Ticino.