Sachverhalt:
A.
Das Obergericht des Kantons Zürich sprach X._ am 15. Mai 2013 zweitinstanzlich der vorsätzlichen Tötung zum Nachteil von A._, der versuchten vorsätzlichen Tötung und der Freiheitsberaubung, beides zum Nachteil von B._, schuldig. Es stellte fest, dass das Urteil des Bezirksgerichts Zürich unter anderem hinsichtlich der Schuldsprüche wegen versuchter vorsätzlicher Tötung, sexueller Nötigung, einfacher Körperverletzung, alles zum Nachteil von C._, Pornographie und Ungehorsams gegen eine amtliche Verfügung in Rechtskraft erwachsen ist. Es verurteilte ihn zu einer Freiheitsstrafe von 19 Jahren und einer Busse von Fr. 500.--. Ferner ordnete es die Verwahrung im Sinne von <ref-law> an und urteilte über die Zivilklage von B._.
B.
Die von X._ geführte Beschwerde in Strafsachen hiess das Bundesgericht mit Urteil vom 6. Mai 2014 teilweise gut. Es hob das obergerichtliche Urteil auf und wies das Obergericht an, ein Gutachten eines neuen, unabhängigen Sachverständigen einzuholen, das sich zu der Behandlungsfähigkeit des Beschwerdeführers, den Erfolgsaussichten einer (stationären) therapeutischen Massnahme und den Vollzugsmöglichkeiten einer solchen Massnahme unter Berücksichtigung der vom Beschwerdeführer ausgehenden Gefahr äussert (Urteil 6B_829/2013 vom 6. Mai 2014 E. 4.5).
C.
Das Obergericht stellte am 29. September 2017 fest, dass sein Urteil vom 15. Mai 2013 hinsichtlich der Schuldsprüche, der Strafe, des Zivilpunkts und der Kosten- sowie Entschädigungsfolgen in Rechtskraft erwachsen ist, und ordnete die Verwahrung von X._ im Sinne von <ref-law> an.
D.
X._ beantragt mit Beschwerde in Strafsachen, das obergerichtliche Urteil sei aufzuheben und es sei eine stationäre therapeutische Massnahme im Sinne von <ref-law> anzuordnen. Eventualiter sei die Sache an das Obergericht zurückzuweisen und ein Obergutachten anzuordnen, Dr. D._ als sachverständige Zeugin einzuvernehmen, eventualiter einen Therapiebericht von ihr einzuholen, sowie sämtliche Akten der Justizvollzugsanstalt Pöschwies und des Psychiatrisch-Psychologischen Diensts des Amts für Justizvollzug des Kantons Zürich (nachfolgend: PPD) beizuziehen, die seine psychologisch-psychiatrische Behandlung sowie Beurteilung ab dem Jahr 2006 betreffen. Er ersucht um unentgeltliche Rechtspflege gemäss <ref-law> und amtliche Verteidigung im Sinne von Art. 130/132 StPO, eventualiter unentgeltliche Verbeiständung nach <ref-law>.
E.
Das Obergericht und die Oberstaatsanwaltschaft des Kantons Zürich verzichten darauf, sich vernehmen zu lassen.

Erwägungen:
1.
Das vorliegende Verfahren beschränkt sich - wie bereits jenes vor der Vorinstanz - auf die Frage, ob über den Beschwerdeführer die Verwahrung oder eine stationäre therapeutische Massnahme anzuordnen ist. Es ist unbestritten, dass der Beschwerdeführer psychisch schwer gestört ist, diese Störung mit den von ihm begangenen Taten in Zusammenhang steht und im unbehandelten oder nicht erfolgreich behandelten Zustand eine hohe Rückfallgefahr besteht, er mithin behandlungsbedürftig ist (Urteil S. 40; Beschwerde S. 21). Strittig ist demgegenüber die Behandelbarkeit des Beschwerdeführers und die Frage, ob der Rückfallgefahr mit einer therapeutischen Massnahme ausreichend begegnet werden kann oder ob es einer Verwahrung bedarf (so bereits Urteil 6B_829/2013 vom 6. Mai 2014 E. 4.2).
Die Vorinstanz stützt sich bei der Prüfung dieser Fragen auf das nach dem bundesgerichtlichen Rückweisungsentscheid neu eingeholte forensisch-psychiatrische Gutachten vom 31. Juli 2015 (kantonale Akten, act. 356) und die gutachterlichen Ausführungen anlässlich der Berufungsverhandlung vom 3. Oktober 2016 (kantonale Akten, act. 419). Sie gelangt zum Schluss, das Gutachten beantworte die im Gutachtensauftrag gestellten Fragen, weise keine formalen Fehler auf und sei nachvollziehbar und schlüssig (Urteil S. 27 ff.). Gestützt auf die fachärztliche Beurteilung könne nicht davon ausgegangen werden, eine stationäre therapeutische Behandlung würde innert der nächsten fünf Jahre mit hinreichender Wahrscheinlichkeit zu einer deutlichen Verringerung der Gefahr weiterer schwerer Straftaten führen. Eine erfolgversprechende Therapierbarkeit sei zu verneinen. Der Rückfallgefahr könne mit einer therapeutischen Massnahme nicht ausreichend begegnet werden; vielmehr bedürfe es dafür der Verwahrung im Sinne von <ref-law> (Urteil S. 41).
Der Beschwerdeführer kritisiert das Gutachten. Er macht zusammengefasst geltend, der Gutachter beantworte die an ihn gestellten Fragen weder klar noch nachvollziehbar. Er dokumentiere das Gutachten ungenügend und habe die erforderlichen Abklärungen unterlassen. Es fehle eine Auseinandersetzung mit früheren Gutachten und anderen fachkundigen Beurteilungen. Er stütze sich auf unverwertbare (angebliche) Äusserungen von Dritten. Die Expertise kranke an Mängeln, die derart offensichtlich und auch ohne spezielles Fachwissen erkennbar seien, dass sie die Vorinstanz nicht hätte übersehen dürfen. Indem die Vorinstanz gleichwohl auf die Begutachtung abstelle, verletze sie <ref-law>, Art. 185 und 189 StPO, <ref-law> und Art. 6 EMRK. Ferner verletze die Vorinstanz wiederholt seinen Anspruch auf rechtliches Gehör, indem sie nicht auf seine Vorbringen eingehe und seine begründeten Beweisanträge abweise.
2.
2.1. Das Gericht stützt sich bei seinem Entscheid über die Anordnung einer Massnahme nach den Art. 59-61, 63 und 64 sowie bei der Änderung der Sanktion nach Art. 65 auf eine sachverständige Begutachtung (<ref-law>; <ref-ruling> E. 4.3.1 S. 326). Das Gutachten hat sich über sämtliche tatsächlichen Voraussetzungen der Massnahmen zu äussern. Es muss sich zur Notwendigkeit und den Erfolgsaussichten einer Behandlung des Täters, Art und Wahrscheinlichkeit weiterer möglicher Straftaten und zu den Möglichkeiten des Vollzugs der Massnahme äussern (<ref-law>). Es hat sich weiter über die möglichen Wirkungen der verschiedenen Sanktionen vergleichend auszulassen (vgl. <ref-ruling> E. 2a S. 113; <ref-ruling> E. 3b S. 128) und dazu Stellung zu nehmen, ob und inwiefern andere sichernde Massnahmen auszuschliessen sind (vgl. <ref-ruling> E. 3 S. 144 f.; Urteil 6B_28/2017 vom 23. Januar 2018 E. 3.3.3; zum Ganzen: MARIANNE HEER, in: Basler Kommentar, Strafrecht, Bd. I, 3. Aufl. 2013, N. 50 f. zu <ref-law>).
Das Gericht beurteilt die Schlüssigkeit eines Gutachtens frei (<ref-law>) und ist nicht an den Befund oder die Stellungnahme des Sachverständigen gebunden. Es hat vielmehr zu prüfen, ob sich aufgrund der übrigen Beweismittel und der Parteivorbringen ernsthafte Einwände gegen die Schlüssigkeit der gutachterlichen Darlegungen aufdrängen. Auch wenn das gerichtlich eingeholte Gutachten grundsätzlich der freien Beweiswürdigung unterliegt, darf das Gericht in Fachfragen nicht ohne triftige Gründe von ihm abrücken und muss Abweichungen begründen. Das Abstellen auf eine nicht schlüssige Expertise bzw. der Verzicht auf die gebotenen zusätzlichen Beweiserhebungen kann gegen das Verbot willkürlicher Beweiswürdigung verstossen (<ref-law>; <ref-ruling> E. 2.1.3 S. 53; <ref-ruling> E. 6.6.1 S. 315, 369 E. 6.1 S. 372 f.; je mit Hinweisen; zum Begriff der Willkür: <ref-ruling> E. 2.3.1 S. 244 mit Hinweisen).
Gemäss <ref-law> lässt die Verfahrensleitung ein Gutachten von Amtes wegen oder auf Antrag einer Partei durch die gleiche sachverständige Person ergänzen oder verbessern oder bestimmt weitere Sachverständige, wenn (lit. a) das Gutachten unvollständig oder unklar ist; (lit. b) mehrere Sachverständige in ihren Ergebnissen erheblich voneinander abweichen; oder (lit. c) Zweifel an der Richtigkeit des Gutachtens bestehen (vgl. Urteile 6B_296/2017 vom 28. September 2017 E. 3.2; 6B_590/2013 vom 22. Oktober 2014 E. 1.1). Ein Gutachten stellt namentlich dann keine rechtsgenügliche Grundlage dar, wenn gewichtige, zuverlässig begründete Tatsachen oder Indizien die Überzeugungskraft des Gutachtens ernstlich erschüttern. Das trifft etwa zu, wenn der Sachverständige die an ihn gestellten Fragen nicht beantwortet, seine Erkenntnisse und Schlussfolgerungen nicht begründet oder diese in sich widersprüchlich sind oder die Expertise sonstwie an Mängeln krankt, die derart offensichtlich sind, dass sie auch ohne spezielles Fachwissen erkennbar sind (<ref-ruling> E. 6.1 S. 373; Urteil 6B_296/2017 vom 28. September 2017 E. 3.2).
2.2. Aus dem in <ref-law> bzw. Art. 6 Ziff. 3 EMRK verankerten Anspruch auf rechtliches Gehör, welcher einen wichtigen und deshalb eigens aufgeführten Teilaspekt des allgemeineren Grundsatzes des fairen Verfahrens von <ref-law> bzw. Art. 6 Ziff. 1 EMRK darstellt, ergibt sich für die beschuldigte Person das grundsätzlich uneingeschränkte Recht, in alle für das Verfahren wesentlichen Akten Einsicht zu nehmen (vgl. zudem Art. 3 Abs. 2 lit. c und Art. 107 Abs. 1 lit. a StPO). Das Akteneinsichtsrecht soll sicherstellen, dass die beschuldigte Person als Verfahrenspartei von den Entscheidgrundlagen Kenntnis nehmen und sich wirksam und sachbezogen verteidigen kann. Die effektive Wahrnehmung dieses Anspruchs setzt notwendigerweise voraus, dass die Akten vollständig sind. In einem Strafverfahren bedeutet dies, dass die Beweismittel, jedenfalls soweit sie nicht unmittelbar an der gerichtlichen Hauptverhandlung erhoben werden, in den Untersuchungsakten vorhanden sein müssen und dass aktenmässig belegt sein muss, wie sie produziert wurden, damit die beschuldigte Person in der Lage ist zu prüfen, ob sie inhaltliche oder formelle Mängel aufweisen und gegebenenfalls Einwände gegen deren Verwertbarkeit erheben kann. Dies ist Voraussetzung dafür, dass sie ihre Verteidigungsrechte überhaupt wahrnehmen kann, wie dies <ref-law> verlangt (<ref-ruling> E. 4.1 S. 88 f. mit Hinweisen; siehe auch: Urteil 6B_1368/2017 vom 14. Juni 2018 E. 2.3 mit Hinweisen; zu den weiteren Aspekten des Anspruchs auf rechtliches Gehör: <ref-ruling> E. 3.2.4 S. 41; <ref-ruling> E. 2.2 S. 183 [Begründungspflicht]; <ref-ruling> E. 3.3 S. 64; <ref-ruling> E. 5.3 S. 236 f. [Beweisanträge]; je mit Hinweisen).
2.3. Die Rüge der Verletzung von Grundrechten (einschliesslich Willkür bei der Sachverhaltsfeststellung) muss in der Beschwerde anhand des angefochtenen Entscheids präzise vorgebracht und substanziiert begründet werden, anderenfalls darauf nicht eingetreten wird (<ref-law>; <ref-ruling> E. 2.4 S. 368; <ref-ruling> E. 2.5 S. 210; <ref-ruling> E. 1.5 S. 144; je mit Hinweisen).
3.
3.1. Vorab ist die Rüge des Beschwerdeführers im Zusammenhang mit den vom Sachverständigen beigezogenen Akten des PPDs zu prüfen. Er sieht diesbezüglich unter anderem seinen Anspruch auf rechtliches Gehör verletzt. Dieser ist formeller Natur. Seine Verletzung führt ungeachtet der materiellen Begründetheit des Rechtsmittels zur Gutheissung der Beschwerde und zur Aufhebung des angefochtenen Entscheids (<ref-ruling> E. 5.3 S. 17; <ref-ruling> E. 2.2 S. 197 mit Hinweis).
Der Beschwerdeführer bringt vor, der Sachverständige nenne für die unzureichende Therapiefähigkeit insbesondere zwei Aspekte: die in den bisherigen Behandlungen gemachten Erfahrungen mit dem Beschwerdeführer (vgl. hierzu E. 4.2) und die Abklärungen beziehungsweise Vorabklärungen des PPDs. In diesem Zusammenhang habe der Sachverständige mehrfach seine Pflicht zur Offenlegung seiner Informationsquellen, zur objektiven und wahrhaftigen Gutachtenserstellung sowie zur Dokumentation verletzt. Betreffend den Eintrag im Vitomed des PPDs vom 13. Februar 2015 habe sich die Vorinstanz nicht mit seiner Kritik auseinandergesetzt und damit seinen Anspruch auf rechtliches Gehör verletzt. Dass die Vorinstanz seinen Antrag auf Beizug der Akten der Justizvollzugsanstalt Pöschwies und des PPDs ablehne, könne nur bedeuten, dass sie kein Interesse habe, die Verlässlichkeit des Gutachtens zu überprüfen. Nicht nachvollziehbar bleibe die Behauptung des Gutachters, den Einschätzungen der Verfasser des ROS-Berichts, des Berichts der Einstiegsgruppe und von Dr. D._ stünden eine Vielzahl von Fachpersonen, insbesondere des PPD-Kaders gegenüber, die über Jahre hinweg gestützt auf qualitativ hochstehende Abklärungen die Therapiefähigkeit des Beschwerdeführers verneinen würden. Dieser Standpunkt sei nicht nur ansatzweise, sondern aufgrund der Aktenlage überhaupt nicht nachvollziehbar.
3.2. Hinsichtlich der Verlaufsdokumentation des PPDs führt die Vorinstanz aus, der Sachverständige habe an der Berufungsverhandlung angegeben, er habe während der Erstellung des Gutachtens schriftlichen Kontakt mit dem PPD gehabt. Er habe im Gutachten nicht wie üblich geschrieben, dass sich das Gutachten auch auf die Verlaufsdokumentation des PPDs stütze, was ein Fehler von ihm sei, jedoch aus dem Kapitel 1.8 des Gutachtens hervorgehe. Deshalb sei es auch ein eigenständiges Kapitel. Zuvor habe er vom Beschwerdeführer die Schweigepflichtentbindung gegenüber dem PPD unterschreiben lassen, um beim PPD die Verlaufsdokumentation anzufordern. Die Dokumentation des PPDs zu einem Abklärungsgespräch vom 13. Februar 2014 [recte: 2015] gemäss Ziff. 1.8 auf S. 46 des Gutachtens habe er vom PPD. Normalerweise dürfe man die Unterlagen, die man bei einer Klinik eingeholt habe, nicht an den Auftraggeber abgeben. Wenn jemand die Akten haben wolle, müsse er sich direkt an die Klinik, in diesem Fall den PPD wenden. Es sei also gängig, dass er das nicht zum Gutachten gelegt habe. Die Vorinstanz erwägt weiter, der massgebende Auszug aus der Verlaufsdokumentation zu diesem Abklärungsgespräch vom 13. Februar 2014 [recte: 2015] sei an der Berufungsverhandlung zu den Akten gegeben worden. Der formale Einwand des Beschwerdeführers, der Gutachter habe auf geheime Akten abgestellt, was gegen die Strafprozessordnung verstosse, und es sei ein Informationsfluss hinter dem Rücken des Gerichts, der Staatsanwaltschaft und der Verteidigung erfolgt, da der Gutachter sich habe mit Akten des PPDs beliefern lassen, die nicht bekannt seien, sei angesichts der nachgelieferten Erläuterungen des Gutachters entkräftet. Die für den Gutachter wesentlichen Grundlagen seiner Beurteilung lägen vor und die gutachterliche Einschätzung sei nachvollziehbar. Worauf sich der Gutachter bei seiner Beurteilung stütze sei klar und nachvollziehbar, nämlich auf seine eigenen Erhebungen und die zitierten Quellen (Urteil S. 22 f.). Zum Antrag des Beschwerdeführers, es seien die ihn betreffenden Akten des PPDs einzuholen, erwägt die Vorinstanz, vor und anlässlich der Berufungsverhandlung seien durch das Gericht den Beschwerdeführer betreffende Vollzugsakten vom PPD beigezogen und den Parteien sowie dem Gericht zur Einsicht überlassen worden. An der Berufungsverhandlung habe sich der Gutachter dazu und ergänzend zu seinem Gutachten geäussert; die Parteien hätten Gelegenheit gehabt, Ergänzungsfragen zu stellen. Sodann habe der Sachverständige den fehlenden Auszug aus der Verlaufsdokumentation eingereicht. Die PPD-Akten seien aktenkundig, soweit sie zur Nachvollziehbarkeit des Gutachtens notwendig seien (Urteil S. 25).
3.3.
3.3.1. Das vorinstanzliche Urteil verletzt in diesem Punkt in mehrfacher Hinsicht Bundesrecht. Einerseits übersieht die Vorinstanz, dass sie und auch die Parteien die dem Gutachten zu Grunde liegenden Akten für dessen Überprüfung kennen müssen. Andererseits verkennt sie, dass sich auch der Sachverständige an die Vorgaben der Strafprozessordnung zu halten hat.
3.3.2. Den vorinstanzlichen Akten und dem angefochtenen Urteil ist zu entnehmen, dass die Vorinstanz am 18. Juni 2015 beim Amt für Justizvollzug des Kantons Zürich, Bewährungs- und Vollzugsdienste (nachfolgend: JUV), die den Beschwerdeführer betreffenden Massnahmeakten zwecks Erstellung eines Gutachtens edierte. Die eingegangenen Akten leitete sie am 22. Juni 2015 an den Sachverständigen weiter (kantonale Akten, act. 346 ff.). Auf Gesuch der Staatsanwaltschaft zog sie diese Akten, die sie zwischenzeitlich retourniert hatte, am 9. August 2016 erneut bei (kantonale Akten, act. 400). Diese bilden nun Bestandteil der kantonalen Akten (act. 347). Zusätzlich forderte der Sachverständige im Juni 2015 die Verlaufsdokumentation des PPDs selbstständig direkt bei diesem an. Hierfür liess er den Beschwerdeführer den PPD von dessen Schweigepflicht entbinden (Urteil S. 22; kantonale Akten, act. 419 S. 3 f.). Dieses Vorgehen sowie den Umstand, dass sich sein Gutachten auch auf die Verlaufsdokumentation des PPDs stützt, legte er erst an der Berufungsverhandlung offen. Der Verteidiger des Beschwerdeführers ersuchte bereits im April 2018 beim PPD um Akteneinsicht und erhielt von diesem 143 Seiten der Krankengeschichtsdokumentation des Beschwerdeführers (kantonale Akten, act. 376/1).
Soweit ersichtlich, forderte die Vorinstanz ihrerseits den PPD nie auf, ihr diejenigen Akten herauszugeben, die dieser dem Sachverständigen übergeben hatte und die damit dem Gutachten zu Grunde liegen. Sie begnügte sich vielmehr damit, dass der Sachverständige den Auszug aus der Verlaufsdokumentation zum Abklärungsgespräch vom 13. Februar 2014 [recte: 2015], das er in seinem Gutachten erwähnt und das ihn gemäss eigenen Angaben durchaus relevant beeinflusste (kantonale Akten, act. 419 S. 5 oben), zu den Akten gab (kantonale Akten, act. 418; Urteil S. 22, 25). Diesbezüglich fällt auf, dass der Verteidiger nach Durchsicht der Dokumentation anlässlich der Berufungsverhandlung angab, die Akten nur teilweise zu kennen (kantonale Akten, act. 419 S. 36 unten). Seinerseits reichte er bereits mit seiner Stellungnahme vom 30. November 2015 diverse Dokumente des PPDs zu den Akten, die im Gutachten nicht erwähnt werden (kantonale Akten, act. 374, 376/3 ff.). Hierauf angesprochen gab der Gutachter an der Berufungsverhandlung an, es gebe so viel Material, dass er sich lediglich auf das Wesentliche beschränkt habe. Ihn interessiere am Ende, was der PPD nach aussen und gegenüber dem Klienten deklariere und nicht die Zwischenstadien. Wenn zehn verschiedene Leute vom PPD über die Jahre hinweg daran arbeiten würden, könne man sich nicht einen herauspicken und behaupten, man habe den Gegenbeweis (kantonale Akten, act. 419 S. 22). Später gab er an, es gebe vieles, was das Gericht nicht kenne (kantonale Akten, act. 419 S. 28).
3.3.3. Grundsätzlich ist nicht zu beanstanden, wenn der Gutachter nach Durchsicht und Würdigung aller ihm zur Verfügung stehenden Akten nur jene erwähnt, die für ihn relevant sind (vgl. kantonale Akten, act. 419 S. 20 oben). Jedoch müssen das Gericht und die Parteien in der Lage sein, das Gutachten auf seine Schlüssigkeit zu überprüfen. Sie müssen beurteilen können, ob der Sachverständige bei seiner Beurteilung alle relevanten Akten berücksichtigte. Dies setzt zwangsläufig voraus, dass sie über die gleichen Informationen und Akten verfügen wie der Sachverständige bei der Begutachtung. Durch sein eigenmächtiges Vorgehen (hierzu auch E. 3.4 nachfolgend) hat der Gutachter dem Gericht und den Parteien letztlich die sachgemässe Überprüfung des Gutachtens verunmöglicht. Die Vorinstanz ihrerseits hat es versäumt, die dem Gutachten zu Grunde liegenden Akten beim PPD anzufordern. Angesichts der unvollständigen Akten konnte der Beschwerdeführer sein Akteneinsichtsrecht nicht wirksam ausüben. Daran ändert nichts, dass auch er beziehungsweise sein Verteidiger Akten des PPDs in Kopie erhielt, da ungewiss ist, ob er die gleichen Akten erhalten hat, wie der Gutachter. Indem sie die Akten nicht von Amtes wegen vervollständigt und auch noch den Antrag des Beschwerdeführers auf Einholung dieser Akten abweist, verletzt die Vorinstanz seinen Anspruch auf rechtliches Gehör.
3.4.
3.4.1. Hinzu kommt, dass das Vorgehen des Sachverständigen die strafprozessualen Vorgaben verletzt. Hierzu äussert sich die Vorinstanz nicht, sondern führt in anderem Zusammenhang aus, der Gutachter sei im Gutachtensauftrag ausdrücklich zur Informationsbeschaffung legitimiert worden (Urteil S. 21). Vorliegend hat der Sachverständige ohne Rücksprache mit der Verfahrensleitung beziehungsweise seiner Auftraggeberin die Krankengeschichte des Beschwerdeführers beim PPD beigezogen. Ein solches selbstständiges Vorgehen scheint in der Praxis aus pragmatischen Gründen bisher geduldet worden zu sein (vgl. MARIANNE HEER, in: Basler Kommentar, Schweizerische Strafprozessordnung, 2. Aufl. 2014, N. 27 zu <ref-law>; Urteil 6B_989/2017 vom 20. Dezember 2017 E. 3.3.2). Dies ist aus folgenden Gründen zu überdenken:
3.4.2. Gemäss <ref-law> übergibt die Verfahrensleitung der sachverständigen Person zusammen mit dem Auftrag die zur Erstellung des Gutachtens notwendigen Akten und Gegenstände. Hält die sachverständige Person Ergänzungen der Akten für notwendig, so stellt sie der Verfahrensleitung einen entsprechenden Antrag (<ref-law>). Die sachverständige Person kann einfache Erhebungen, die mit dem Auftrag in engem Zusammenhang stehen, selber vornehmen und zu diesem Zweck Personen aufbieten (<ref-law>).
Der Bundesrat führte in seiner Botschaft aus, grundsätzlich dürfe die sachverständige Person selbst keine Untersuchungshandlungen vornehmen, sondern habe sich für ihr Gutachten auf die ihr zur Verfügung gestellten Akten und Gegenstände zu stützen. Dieser Grundsatz werde für die folgenden zwei Fälle relativiert: Einmal habe die sachverständige Person das Recht, der Verfahrensleitung "Ergänzungen der Akten" zu beantragen. Dabei gehe es nicht nur darum, die Verfahrensakten durch bereits vorhandene, aber noch nicht in das Dossier aufgenommene Unterlagen zu ergänzen; die sachverständige Person könne vielmehr die Durchführung weiterer Beweismassnahmen beantragen. Zum anderen könne die sachverständige Person der einzuvernehmenden Person mit Ermächtigung der Verfahrensleitung direkt Fragen stellen (Abs. 2). Absatz 4 erlaube es sogar, dass die sachverständige Person selber Erhebungen durchführe. Dafür bestehe vor allem bei der Erstellung psychiatrischer Gutachten ein praktisches Bedürfnis. Die Verfahrensleitung wäre in fachlicher Hinsicht bald einmal überfordert, wenn sie Befragungen von zu untersuchenden Personen selber durchführen müsste, und auch zeitliche Aspekte seien zu berücksichtigen. Deshalb soll die sachverständige Person selbst Erhebungen durchführen können, allerdings in engen Grenzen: Zum einen dürften sachverständige Personen nur fachspezifische Erhebungen vornehmen, die für die Erfüllung des Gutachtensauftrags notwendig seien. Im Weiteren brauche die sachverständige Person die Ermächtigung der Verfahrensleitung zur selbstständigen Vornahme weiterer Erhebungen (Botschaft vom 21. Dezember 2005 zur Vereinheitlichung des Strafprozessrechts, BBl 2006 1212 Ziff. 2.4.5).
Daraus ergibt sich, dass Sachverständige unter Vorbehalt von <ref-law> nicht selbst Beweise erheben oder Akten beiziehen dürfen. Die Ausnahme zu dieser Regel übernimmt die frühere Lehre und Praxis, die dem psychiatrischen Gutachter zugestanden, den Exploranden wie auch Personen aus dessen Umfeld selbst zu befragen, wozu der Sachverständige meist besser befähigt ist (vgl. SCHMID/JOSITSCH, Schweizerische Strafprozessordnung, Praxiskommentar, 3. Aufl. 2018, N. 5 ff. zu <ref-law>; JOËLLE VUILLE, in: Commentaire romand, Code de procédure pénale, 2011, N. 5 zu <ref-law>; HEER, a.a.O., N. 29 zu <ref-law>). Im Hinblick auf den Beizug von Akten besteht weder in fachlicher noch in zeitlicher Hinsicht ein Grund, vom Grundsatz von <ref-law> abzuweichen.
Auch in der Lehre wird die Ansicht vertreten, dass im Zusammenhang mit psychiatrischen Gutachten die sachverständige Person Auskünfte oder Berichte von Therapeuten über eine laufende Behandlung, Austrittsberichte von Kliniken, umfassende Gutachten aus einem früheren beziehungsweise anderen Verfahren oder andere wichtige Akten, durch die Verfahrensleitung formell edieren zu lassen habe (HEER, a.a.O., N. 27 zu <ref-law>; unklar: ANDREAS DONATSCH, in: Kommentar zur Schweizerischen Strafprozessordnung [StPO], Donatsch/Hansjakob/Lieber [Hrsg.], 2. Aufl. 2014, N. 14 f., 24 ff. zu <ref-law>; anders für das Deutsche Recht: SCHREIBER/ROSENAU, Der Sachverständige im Verfahren und in der Verhandlung, in: Psychiatrische Begutachtung, Venzlaff/Foerster/Dreissing/Habermeyer [Hrsg.], 6. Aufl., München 2015, S. 161, wonach der Sachverständige Krankengeschichten und Behördenakten von sich aus heranziehen darf, soweit es für das Gutachten erforderlich ist).
Unbesehen allfälliger pragmatischer Überlegungen ist vorliegend festzuhalten, dass es sich beim Beizug von Akten einer Behörde oder einer Klinik um keine einfache Erhebung handelt, die der Sachverständige gemäss <ref-law> selbst vornehmen kann, sondern um eine Ergänzung der Akten im Sinne von <ref-law>, die in einem justizförmigen Verfahren zu erfolgen hat (zu einer anderen Einschätzung kam das Bundesgericht im Urteil 6B_989/2017 vom 20. Dezember 2017 E. 3.3.2, wobei es jedoch einzig um die Einholung eines Berichts des PPDs über die Haftzeit des Beschwerdeführers und ein Telefonat ging). Wie der vorliegend zu beurteilende Fall beispielhaft zeigt, birgt eine selbstständige Akteneinholung der sachverständigen Person die Gefahr in sich, dass strafprozessuale Rechte, wie der Anspruch auf rechtliches Gehör, verletzt werden. Da Ergänzungen der Akten im Sinne von <ref-law> von der Strafbehörde nicht an den Sachverständigen delegiert werden können (SCHMID/JOSITSCH, a.a.O., N. 6 zu <ref-law>; HEER, a.a.O., N. 18 zu <ref-law>), braucht vorliegend nicht geprüft zu werden, ob die Vorinstanz zutreffend davon ausgeht, sie habe den Gutachter zur Informationsbeschaffung legitimiert.
3.4.3. Die Verwertbarkeit rechtswidrig erlangter Beweise ist in <ref-law> geregelt. Für Beweise, die durch verbotene Beweiserhebungsmethoden erlangt werden, sieht <ref-law> ein absolutes Beweisverwertungsverbot vor. Dasselbe gilt, wenn das Gesetz einen Beweis als unverwertbar bezeichnet (<ref-law>). Beweise, die Strafbehörden in strafbarer Weise oder unter Verletzung von Gültigkeitsvorschriften erhoben haben, dürfen nach <ref-law> grundsätzlich nicht verwertet werden, es sei denn, ihre Verwertung sei zur Aufklärung schwerer Straftaten unerlässlich. Beweise, bei deren Erhebung lediglich Ordnungsvorschriften verletzt wurden, sind dagegen gemäss <ref-law> verwertbar. Ob im Einzelfall eine Gültigkeits- oder eine Ordnungsvorschrift vorliegt, bestimmt sich (sofern das Gesetz die Norm nicht selbst als Gültigkeitsvorschrift bezeichnet) primär nach dem Schutzzweck der Norm: Hat die Verfahrensvorschrift für die Wahrung der zu schützenden Interessen der betreffenden Person eine derart erhebliche Bedeutung, dass sie ihr Ziel nur erreichen kann, wenn bei Nichtbeachtung die Verfahrenshandlung ungültig ist, liegt eine Gültigkeitsvorschrift vor (<ref-ruling> E. 1.6 S. 134; Urteile 6B_998/2017 vom 20. April 2018 E. 2.2.1; 6B_56/2014 vom 16. Dezember 2014 E. 3.2, nicht publ. in: <ref-ruling>; je mit Hinweisen).
Nach dem oben Gesagten dient <ref-law> in erster Linie dazu, dass die Ergänzung der Akten unter Wahrung der Verfahrensrechte der Parteien, insbesondere des Anspruchs auf rechtliches Gehör, erfolgt. Die Verletzung der Verfahrensrechte kann in der vorliegenden Konstellation auch nachträglich geheilt werden. Wie aufgezeigt, wird die Vorinstanz die vom Sachverständigen beigezogenen Akten nachträglich beim PPD edieren und den Parteien darin Einsicht geben müssen. Auch war der Beizug der Verlaufsdokumentation beim PPD grundsätzlich nicht rechtswidrig, zumal der Beschwerdeführer den PPD von dessen Schweigepflicht entband. Anhaltspunkte dafür, dass sich der Sachverständige vorsätzlich und rechtsmissbräuchlich über die gesetzliche Zuständigkeitsordnung gemäss <ref-law> hinweggesetzt beziehungsweise die Vorinstanz bewusst nicht um Einholung der Verlaufsdokumentation ersucht hat, bestehen nicht. Das gilt umso mehr, als ein solches Vorgehen in der Praxis anscheinend geduldet wird und die Zuständigkeiten gemäss Abs. 3 und 4 von <ref-law> "fliessend" sind. Vor diesem Hintergrund und unter Berücksichtigung der konkreten Umstände stellt die Pflicht, die Ergänzung der Akten bei der Verfahrensleitung zu beantragen, im vorliegenden Fall eine blosse Ordnungsvorschrift im Sinne von <ref-law> dar, womit das Gutachten nicht per se unverwertbar ist.
3.5. Zusammenfassend ist festzuhalten, dass der Sachverständige <ref-law> verletzte, indem er die Verlaufsdokumentation - im Gegensatz zu den Akten des JUV - selbstständig beim PPD anforderte. Da es sich dabei um eine Ordnungsvorschrift handelt, hat das bundesrechtswidrige Vorgehen des Gutachters keine Folgen hinsichtlich der Verwertbarkeit seines Gutachtens. Jedoch verletzt sein Verhalten wie auch der Entscheid der Vorinstanz, die Verlaufsdokumentation des PPDs nicht zu edieren, den Anspruch des Beschwerdeführers auf rechtliches Gehör. Damit die Vorinstanz und die Parteien das Gutachten des Sachverständigen auf dessen Nachvollziehbarkeit und Schlüssigkeit überprüfen können, müssen sie über jene Akten verfügen, die dem Gutachter bei der Begutachtung vorlagen und auf welche sich diese stützt.
Die Vorinstanz wird die dem Gutachter im Juni 2015 vom PPD zur Verfügung gestellten Akten beiziehen und den Parteien das rechtliche Gehör gewähren müssen. Anhand der vollständigen Akten wird sie prüfen müssen, ob der Gutachter die wesentlichen Unterlagen berücksichtigt und sein Gutachten im Ergebnis schlüssig ist. Dabei wird sie sich auch mit der Kritik des Beschwerdeführers hinsichtlich der Berücksichtigung verschiedener Einschätzungen des PPDs im Gutachten auseinandersetzen müssen. Wie der Beschwerdeführer zutreffend vorbringt, hat sie dies im vorliegenden Urteil nur sehr rudimentär gemacht (vgl. Beschwerde S. 17 f.; Urteil S. 25). Ebenso wird sie die Beweisanträge des Beschwerdeführers auf Einholung eines Obergutachtens sowie Befragung, eventuell Einholung eines Therapieberichts von Dr. D._ erneut prüfen müssen. Daher erübrigt es sich, auf die in diesem Zusammenhang erhobenen Rügen einzugehen.
3.6. Damit ist das Urteil bereits wegen Verletzung des Anspruchs auf rechtliches Gehör aufzuheben. Für den Fall, dass die Vorinstanz nach erneuter Würdigung der Akten und des Gutachtens wiederum zum Schluss gelangt, auf das Gutachten sei abzustellen, wird im Folgenden aus prozessökonomischen Gründen auf die weiteren Rügen des Beschwerdeführers eingegangen, soweit sie nicht mit den Akten des PPDs im Zusammenhang stehen. Dabei wird einzig geprüft, ob die vom Beschwerdeführer erhobene Kritik begründet ist. Hingegen kann nach dem Gesagten noch nicht beurteilt werden, ob die Vorinstanz das Gutachten ohne Rechtsverletzung als schlüssig bewertet.
4.
4.1. Der Beschwerdeführer kritisiert das neue psychiatrische Gutachten in vielerlei Hinsicht als unklar: die vom Gericht gestellten Fragen würden nicht einzeln und präzis beantwortet, die Therapiefähigkeit und die Erfolgsaussichten nicht im Rahmen einer Behandlungsprognose diskutiert, vage Umschreibungen verwendet, die den Schluss auf Untherapierbarkeit nicht zuliessen, die denkbaren Therapieverfahren und -möglichkeiten nicht ausführlich diskutiert und die Erfolgsaussichten innerhalb einer Zeitspanne von fünf Jahren nicht nachvollziehbar erörtert.
Unbegründet ist der Einwand des Beschwerdeführers, das Gutachten sei unklar, weil der Gutachter die ihm vom Gericht präzis formulierten Fragen nicht einzeln, sondern zusammenfassend beantworte. Während der Gutachter die Fragen 1 bis 4 separat beantwortet, fasst er die Fragen 5 bis 11 zusammen und äussert sich auf über eineinhalb Seiten hierzu. Wie der Beschwerdeführer selbst festhält, ist diese Vorgehensweise nicht zu beanstanden, wenn die zusammenfassenden gutachterlichen Ausführungen alle einzeln gestellten Fragen beantworten. Das Bundesgericht hat in seinem Rückweisungsentscheid festgehalten, die Vorinstanz habe ein Gutachten einzuholen, dass sich zur Behandlungsfähigkeit des Beschwerdeführers, den Erfolgsaussichten einer (stationären) therapeutischen Massnahme und zu den Vollzugsmöglichkeiten einer solchen Massnahme unter Berücksichtigung der vom Beschwerdeführer ausgehenden Gefahr äussert (Urteil 6B_829/2013 vom 6. Mai 2014 E. 4.5). Das von der Vorinstanz in der Folge eingeholte Gutachten äussert sich sowohl zur Behandlungsfähigkeit des Beschwerdeführers als auch den Erfolgsaussichten einer Massnahme. Der Sachverständige gelangt in seinen Ausführungen zum Schluss, die Behandelbarkeit des Beschwerdeführers sei unzureichend und eine stationäre therapeutische Massnahme könnte weder in den nächsten fünf Jahren noch längerfristig zu einer deutlichen Verbesserung der Legalprognose führen. Aufgrund mangelnder Erfolgsaussicht empfehle er keine stationäre Massnahme nach Art. 59 St GB (kantonale Akten, act. 356 S. 82 f.). Damit beantwortet der Sachverständige die relevanten Fragen hinreichend und klar. Dass er die ihm gestellten Fragen hinsichtlich der Vollzugsmöglichkeiten einer allfälligen Massnahme nicht beantwortet, erscheint aufgrund seiner Schlussfolgerung nachvollziehbar und stringent.
Ebenso ergibt sich aus seinen Ausführungen, dass er vom Begriff der "unzureichenden Behandelbarkeit" und nicht von Behandlungsunfähigkeit ausgeht (vgl. kantonale Akten, act. 419 S. 33; siehe hierzu auch: Urteil 6B_8/2015 vom 14. September 2015 E. 5.3). Die Begründung hierfür findet sich in seiner in anderem Zusammenhang getätigten Feststellung, dass generell das Konstrukt der "Ausschliessbarkeit" im Falle forensisch-psychiatrischer Überlegungen nicht angebracht sei, da es sich aufgrund des Problemcharakters um Wahrscheinlichkeitsaussagen handle und die Frage der Ausschliessbarkeit vom Charakter von 100%-Aussagen daher auch fachlich nicht tragbar wäre (kantonale Akten, act. 356 S. 78; act. 419 S. 13). So sind denn auch die vom Beschwerdeführer aufgeführten teils vagen Aussagen zur Therapiefähigkeit zu erklären (vgl. Beschwerde S. 8). Dies ändert jedoch nichts daran, dass der Sachverständige im Ergebnis die Therapiefähigkeit als klar unzureichend bezeichnet und mangels Erfolgsaussichten keine stationäre therapeutische Massnahme empfiehlt. Weshalb der Sachverständige im Fall des Beschwerdeführers restriktiv entscheidet, kann entgegen dessen Ansicht den gutachterlichen Ausführungen entnommen werden. Gleiches gilt für die Erkenntnis, dass eine Behandlung im Rahmen einer stationären therapeutischen Massnahme im Zeitraum von fünf Jahren nicht zu einer deutlichen Verbesserung der Legalprognose beitragen könne. Wie der Beschwerdeführer selbst festhält, steht diese Feststellung im Einklang mit der unzureichenden Behandelbarkeit und den mangelnden Erfolgsaussichten einer Massnahme.
Der Umstand, dass der Sachverständige einen Behandlungsversuch auf freiwilliger Basis begrüssen würde, um die Behauptung des Beschwerdeführers von Einsicht und Veränderungsbereitschaft belegen zu können, lässt seine Einschätzung der Erfolgsaussicht einer stationären therapeutischen Massnahme nicht als unklar erscheinen. Zwar hält er fest, der Haft- und Verwahrungsvollzug biete die Möglichkeit, sich günstigere Voraussetzungen bezüglich Behandelbarkeit zu erarbeiten und zu einem späteren Zeitpunkt allenfalls die Option einer Massnahme nach <ref-law> zu prüfen. Er relativiert jedoch sogleich, aus heutiger Sicht sei aber die Aussicht, dass eine derart günstige Entwicklung eintreten könnte und Basis für eine Umwandlung böte, noch nicht zu erkennen (kantonale Akten, act. 356 S. 79). Auch an der Berufungsverhandlung blieb er dabei, dass generell die Möglichkeit der Erarbeitung günstigerer Voraussetzungen bestehe, er dies beim Beschwerdeführer jedoch skeptisch sehe. Aber es sei nicht ausgeschlossen, da es Ausschliessbarkeit in der Forensik nicht gebe (kantonale Akten, act. 419 S. 12 f.; vgl. auch Urteil 6B_8/2015 vom 14. September 2015 E. 5.3). Aus dieser allgemeinen Bemerkung des Sachverständigen, die nicht die Individualprognose betrifft und vom Gutachter in Bezug auf den Beschwerdeführer relativiert wurde, kann nichts zu Gunsten einer Therapierbarkeit und eines voraussichtlichen Behandlungserfolgs gewonnen werden.
Insgesamt ist die Rüge, das Gutachten sei unklar im Sinne von <ref-law>, unbegründet.
4.2.
4.2.1. Der Beschwerdeführer wendet ein, hinsichtlich der in den bisherigen Behandlungen gemachten Erfahrungen mit ihm sei zentral, ob die ambulante Therapie von 1993 bis 1999 bei Dr. E._ eine adäquate Behandlung der Persönlichkeitsdefizite des Beschwerdeführers gewesen sei. Diesbezüglich habe der Sachverständige in Verletzung von Art. 185 Abs. 3 und 4 StPO die notwendigen Abklärungen unterlassen. Da die Vorinstanz einerseits auf die Kritik des Beschwerdeführers nicht eingehe und andererseits davon ausgehe, die Therapie habe eine adäquate Behandlung dargestellt, verletze sie seinen Anspruch auf rechtliches Gehör und verfalle in Willkür.
4.2.2. Betreffend die vom Beschwerdeführer bestrittene Frage, ob die ambulante Therapie bei Dr. E._ eine adäquate Behandlung seiner Impulsivität beziehungsweise Gewaltproblematik darstellte, ist einleitend anzuführen, dass weder der Sachverständige noch die Vorinstanz davon ausgehen, es habe sich um eine adäquate Behandlung gehandelt. Der Sachverständige verneinte anlässlich der Berufungsverhandlung die Frage, ob die ambulante Therapie eine relevante Behandlung der Impulsivität beziehungsweise der Gewaltproblematik gewesen sei. Die Gewaltproblematik sei auf jeden Fall nicht unbehandelt geblieben, sei aber bei weitem nicht der Schwerpunkt gewesen; es sei sicherlich keine substantielle Therapie der Störung der Persönlichkeit gewesen (kantonale Akten, act. 419 S. 8 f., 17). Gestützt hierauf erwägt die Vorinstanz lediglich, es habe eine Behandlung der Impulsivität beziehungsweise der Gewaltproblematik stattgefunden, wenn auch nicht in relevantem oder substantiellem Umfang (Urteil S. 37, 39); dass die Behandlung adäquat, relevant oder substantiell war, nimmt die Vorinstanz nicht an. Ein vorausgegangener adäquater Behandlungsversuch ist denn auch in rechtlicher Hinsicht für die Anordnung einer Verwahrung nicht vorausgesetzt (vgl. jedoch Urteile 6B_218/2016 vom 23. September 2016 E. 3.3.1 und 6B_487/2011 vom 30. Januar 2012 E. 3.7.5 mit Hinweisen, wonach unter Umständen über die Behandelbarkeit erst zuverlässig entschieden werden kann, wenn ein entsprechender Versuch mit adäquaten Mitteln unternommen wurde und gescheitert ist). Insofern geht die Rüge des Beschwerdeführers, die Vorinstanz gehe gestützt auf das Gutachten fälschlicherweise davon aus, dass die ambulante Therapie bei Dr. E._ eine adäquate Behandlung seiner Impulsivität und Gewaltproblematik darstellte, an der Sache vorbei.
4.2.3. Im Übrigen ist nicht zu beanstanden, wenn der Sachverständige und die Vorinstanz annehmen, die ambulante Therapie bei Dr. E._ habe auch die Persönlichkeitsproblematik des Beschwerdeführers thematisiert. Nicht ersichtlich ist, inwiefern die Vorinstanz die Behandelbarkeit des Beschwerdeführers mit eigenen Überlegungen in Zweifel ziehen, unzulässigerweise eine Fachfrage beantworten und dabei in Willkür verfallen soll. Die Vorinstanz führt lediglich aus, aus den nachträglich beigezogenen weiteren Therapieberichten von Dr. E._, die dem Sachverständigen erst bei seiner Einvernahme und nicht bereits bei der Gutachtenserstellung vorlagen, ergebe sich, dass der Beschwerdeführer auch bezüglich seiner psychischen Problematik behandelt wurde. Hiervon geht nach dem Gesagten auch der Sachverständige aus. Nach dem Studium der neuen Akten hält er ausdrücklich an seiner Einschätzung fest (kantonale Akten, act. 419 S. 5 f.). Damit masst sich die Vorinstanz keine Beurteilung einer Fachfrage an. Nicht zu beanstanden ist sodann auch die vorinstanzliche Feststellung zu der Stellungnahme von Dr. F._. Dessen Ausführungen lassen tatsächlich nicht darauf schliessen, dass er bei seiner Kritik am Behandlungssetting zwischen der ambulanten und den stationären Therapien unterscheidet (vgl. Urteil S. 38; Beschwerde S. 14).
4.2.4. Hinzu kommt, was folgt: in den gutachterlichen Ausführungen wird wiederholt darauf hingewiesen, dass die ambulante Therapie bei Dr. E._ die Impulsivität und Gewaltproblematik nur am Rande behandeln konnte, weil der Beschwerdeführer hierzu keine Hand bot. So führt der Sachverständige aus, vor dem Hintergrund, dass der Beschwerdeführer während quasi der gesamten Therapie bei Dr. E._ getrunken und auch seine Partnerin wiederholt geschlagen habe, werde ersichtlich, dass er nicht offen gegenüber dem Therapeuten gewesen sei und wohl auch nicht gewillt, diese schamhaft besetzten Themen offenzulegen und zu thematisieren (kantonale Akten, act. 356 S. 74); aufgrund der Haltung des Beschwerdeführers sei die Gewaltproblematik nebenher gelaufen, da er etwas beschwichtigt habe, sonst hätte man den Fokus etwas mehr auf diesen Punkt setzen können; wenn nur geblockt und nichts berichtet werde, dann habe man als ambulanter Therapeut wenig Möglichkeiten, um sich darauf (die Störung der Persönlichkeit) zu fokussieren (kantonale Akten, act. 419 S. 8, 17). Daraus erhellt, dass eine (adäquate) Behandlung der Persönlichkeitsstörung des Beschwerdeführers bereits daran scheiterte, dass der Beschwerdeführer nicht gewillt oder fähig war, sich auf diese Problematik einzulassen.
4.2.5. Unbegründet ist schliesslich auch der Einwand, der Gutachter wäre verpflichtet gewesen, hinsichtlich der Therapie bei Dr. E._ weitere Abklärungen vorzunehmen. Der Sachverständige legt nachvollziehbar dar, er sei zum Schluss gelangt, er habe für das, was er abbilden wolle und wie er das Ganze gewichte, ausreichend Informationen zu der ambulanten Therapie. Deren Scheitern sei hinsichtlich seiner Beurteilung der Massnahme (un) fähigkeit lediglich ein Mosaikstein von vielen (kantonale Akten, act. 419 S. 9, 18 f.). Der Sachverständige war damit hinreichend informiert und nicht verpflichtet, weitere Abklärungen zu der ambulanten Therapie vorzunehmen. Indem die Vorinstanz ausführt, der gutachterliche Schluss, die ambulante Massnahme habe auch die problematische Impulsivität des Beschwerdeführers inkludiert und sei gescheitert, sei ebenso belegt wie nachvollziehbar und schlüssig (Urteil S. 37), behandelt sie die Einwände des Beschwerdeführers zwar nur kurz, kommt damit jedoch ihrer Begründungspflicht nach.
4.3. Unbegründet ist sodann der Einwand des Beschwerdeführers, der zweite Sachverständige hätte sich mit der Einschätzung des Erstgutachters auseinandersetzen müssen. Zwar wäre dies vorliegend durchaus sinnvoll und wünschenswert gewesen. Jedoch ist nicht zu beanstanden, wenn die Vorinstanz erwägt, eine Auseinandersetzung mit dem Erstgutachten erübrige sich, nachdem das Bundesgericht diesem die notwendige Qualität, als Entscheidgrundlage zu dienen, im Rückweisungsentscheid abgesprochen habe (Urteil S. 40). Das Bundesgericht hielt fest, gesamthaft betrachtet liege kein psychiatrisches Gutachten im Sinne von <ref-law> vor, das sich zur Behandlungsfähigkeit des Beschwerdeführers, den Erfolgsaussichten einer (stationären) therapeutischen Massnahme und zu den Vollzugsmöglichkeiten einer solchen Massnahme unter Berücksichtigung der vom Beschwerdeführer ausgehenden Gefahr äussere (Urteil 6B_829/2013 vom 6. Mai 2014 E. 4.5). Folglich sprach es dem Erstgutachten auch hinsichtlich der Behandlungsfähigkeit des Beschwerdeführers die notwendige Qualität ab.
4.4. Nicht weiter einzugehen ist auf das Argument des Beschwerdeführers, obwohl auch das zweite Gutachten keine rechtsgenügende Grundlage für die Anordnung einer Verwahrung im Sinne von <ref-law> bilde, könne eine stationäre therapeutische Behandlung gemäss <ref-law> angeordnet werden. Er verkennt, dass auch für die Anordnung einer stationären therapeutischen Massnahme eine sachverständige Begutachtung im Sinne von <ref-law> vorliegen muss, was er selbst in Abrede stellt.
5.
Die Beschwerde ist teilweise gutzuheissen und im Übrigen abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Das vorinstanzliche Urteil ist aufzuheben und die Sache zur neuen Beurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Die Parteien werden im Umfang ihres Unterliegens grundsätzlich kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 Abs. 1 und Art. 68 Abs. 1 sowie 2 BGG). Da der Beschwerdeführer im Eventualbegehren eine Rückweisung der Sache an die Vorinstanz verlangt und damit durchdringt, rechtfertigt es sich, ihm keine Kosten aufzuerlegen, zumal die weiteren Rügen lediglich aus prozessökonomischen Gründen geprüft wurden. Auch dem Kanton Zürich sind keine Kosten aufzuerlegen (<ref-law>). Jedoch hat dieser den Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren angemessen zu entschädigen (Art. 68 Abs. 1 und 2 BGG). Die Entschädigung ist praxisgemäss seinem Rechtsvertreter auszurichten. Damit werden das Gesuch des Beschwerdeführers um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung beziehungsweise das offensichtlich unzulässige Gesuch um notwendige Verteidigung gegenstandslos.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird teilweise gutgeheissen, das Urteil des Obergerichts des Kantons Zürich vom 29. September 2017 aufgehoben und die Sache zur neuen Beurteilung an das Obergericht zurückgewiesen. Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.
Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
3.
Der Kanton Zürich hat den Rechtsvertreter des Beschwerdeführers, Rechtsanwalt Matthias Brunner, für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 3'000.-- zu entschädigen.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Zürich, I. Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 2. August 2018
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Denys
Die Gerichtsschreiberin: Andres