Sachverhalt:
A.
A._ ist Eigentümerin der Parzelle Nr. 88 (Sektion RA) an der Bahnhofstrasse 48 in Riehen. Das darauf stehende Wohnhaus ist zusammen mit der Einfriedungsmauer und dem nördlich benachbarten Schopf seit 2011 im Denkmalverzeichnis eingetragen. Im Rahmen der 2013 öffentlich aufgelegten Gesamtzonenplanrevision der Gemeinde Riehen war vorgesehen, die Parzelle in der Zone 3 zu belassen. A._ beantragte dagegen, sie sei der Stadt- und DorfbildSchutzzone zuzuweisen.
Nachdem die Zonenordnung in der Volksabstimmung vom 14. Juni 2015 abgelehnt worden war, stimmte der Einwohnerrat der Gemeinde Riehen mit Beschluss vom 24. September 2015 einer revidierten Fassung zu, die allerdings weiterhin vorsah, die Parzelle Nr. 88 in der Zone 3 zu belassen. A._ erhob dagegen Rekurs an den Regierungsrat des Kantons Basel-Stadt, der die Sache dem Verwaltungsgericht überwies. Dieses sistierte das Verfahren bis zum Vorliegen des Genehmigungsentscheids des kantonalen Bau- und Verkehrsdepartements, der am 7. Dezember 2016 erfolgte und nicht angefochten wurde. In der Folge nahm das Verwaltungsgericht das Verfahren wieder auf und führte einen Augenschein durch. Mit Urteil vom 13. Juni 2018 wies es den Rekurs ab.
B.
Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht vom 2. Oktober 2018 beantragt A._, das Urteil des Appellationsgerichts sei aufzuheben und ihre Parzelle der Stadt- und Dorfbild-Schutzzone, eventualiter der Stadt- und Dorf-Schonzone zuzuweisen. Subeventualiter sei die Sache zur neuen Beurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Das Appellationsgericht und die Gemeinde Riehen beantragen die Abweisung der Beschwerde. Der Regierungsrat hat sich nicht vernehmen lassen. Die Beschwerdeführerin hält in ihrer Replik an ihren Anträgen und Rechtsauffassungen fest.

Erwägungen:
1.
1.1. Gegen den kantonal letztinstanzlichen Endentscheid des Appellationsgerichts auf dem Gebiet des Raumplanungs- und Baurechts steht die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht offen (Art. 82 lit. a, Art. 86 Abs. 1 lit. d und Art. 90 BGG). Die Beschwerdeführerin ist Eigentümerin einer Parzelle, die von der Ortsplanung betroffen ist (<ref-law>). Auf ihre Beschwerde ist einzutreten.
1.2. Der rechtserhebliche Sachverhalt geht aus den Akten hinreichend hervor. Auf die Durchführung eines Augenscheins kann daher verzichtet werden.
2.
2.1. Das Appellationsgericht legt dar, das Gesetz des Kantons Basel-Stadt vom 20. März 1980 über den Denkmalschutz (SG 497.100; im Folgenden: DSchG) sehe als Schutzarten einerseits die Einweisung in eine Stadt- und Dorfbild-Schutzzone bzw. Stadt- und Dorfbild-Schonzone sowie andererseits die Eintragung in das Denkmalverzeichnis vor. Bei einer Einweisung in die Stadt- und Dorfbild-Schutzzone seien auf dem entsprechenden Gebiet gemäss § 13 Abs. 1 DSchG die nach aussen sichtbare historisch oder künstlerisch wertvolle Substanz und der entsprechende Charakter der bestehenden Bebauung zu erhalten. Fassaden, Dächer und Brandmauern dürften nicht abgebrochen werden. Bei Objekten in der Stadt- und Dorfbild-Schonzone dürfe gemäss § 13 Abs. 2 DSchG der nach aussen sichtbare historische oder künstlerische Charakter der bestehenden Bebauung nicht beeinträchtigt werden. Sei ein Denkmal im Verzeichnis eingetragen, sei es nach § 17 Abs. 1 DSchG vom Eigentümer so zu unterhalten, dass sein Bestand dauernd gesichert bleibe. Zudem seien Veränderungen im Innern wie am Äusseren nur mit Bewilligung der Denkmalpflege zulässig.
Mit dem Eintrag ins Denkmalverzeichnis sei anerkannt, dass es sich beim Wohnhaus und dem nördlich benachbarten Schopf um eine Anlage handle, die wegen ihres kulturellen, geschichtlichen, künstlerischen bzw. städtebaulichen Wertes zu erhalten sei (§ 5 DSchG). Dank des Eintrags im Denkmalverzeichnis komme der Liegenschaft bereits ein umfassender Schutz zu, da sowohl das Innere wie auch das Äussere der geschützten Gebäude erhalten bleiben müssten. Aufgrund von § 19 DSchG dürften eingetragene Denkmäler auch nicht durch bauliche Veränderungen in ihrer Umgebung beeinträchtigt werden, wobei als Umgebung der nähere Sichtbereich des Denkmals gelte. Dem Schutzanliegen sei mit dem Eintrag in das Denkmalverzeichnis vollumfänglich Rechnung getragen worden.
Im Vergleich dazu gingen die Vorschriften der Schutz- bzw. Schonzone in einigen Bereichen weniger weit. Dies betreffe die Veränderungen im Innern der Objekte, die Verpflichtung zum Unterhalt und den Schutz vor Beeinträchtigungen durch bauliche Veränderungen in der Umgebung. Es sei nicht ersichtlich, welches denkmalpflegerische Ziel mit einer Einweisung der Parzelle in die Stadt- und Dorfbild-Schutzzone erreicht werden könnte, das nicht bereits durch die Eintragung im Denkmalverzeichnis gesichert sei.
Eine Schutzzone eigne sich im Übrigen grundsätzlich für den Schutz eines parzellenübergreifenden Gebietsausschnitts. Vorliegend gehe es dagegen lediglich um den Schutz eines Wohnhauses mit Schopf und Einfriedungsmauer, wobei die beiden letztgenannten Objekte starken Annexcharakter aufwiesen. Die Parzellen der unmittelbaren Umgebung lägen in der Zone 3 und seien mit modernen Gebäuden überbaut. Die denkmalgeschützte Liegenschaft falle in dieser Umgebung als Solitär auf. Würde sie einer Schutz- oder Schonzone zugewiesen, wäre zudem ein Nutzungstransfer ausgeschlossen, was dem Ziel der inneren Verdichtung widersprechen würde.
2.2. Die Beschwerdeführerin macht geltend, das Appellationsgericht sei zu Unrecht davon ausgegangen, es stünden drei einzelne Objekte unter Schutz. Vielmehr handle es sich um ein Ensemble, weshalb der Schutz der gesamten Parzelle im öffentlichen Interesse sei. Die beiden Formen des Denkmalschutzes, also die Eintragung im Denkmalverzeichnis und die Zuweisung zur Schutz- oder Schonzone, schlössen sich gegenseitig nicht aus. Die Parzelle könne nicht anders genutzt werden als mit den heute darauf stehenden Gebäuden. Das Vorgehen der Gemeinde könne nur dahingehend verstanden werden, dass sie sich die Parzelle als "Baulandreserve" für die nächsten 15 Jahre erhalten wolle, was einer "Drohung" mit einer Art Enteignung gleichkomme. Sie wolle selbst über die Parzelle verfügen, sage aber nicht warum. Es sei unverhältnismässig und rechtswidrig, die Parzelle in der Bauzone zu belassen. Eine Verdichtung via Nutzungstransfer scheitere nicht nur an der Zustimmung der Eigentümerin, sondern auch an den bestehenden Dienstbarkeiten sowie am Baumschutz.
2.3. Gemäss Art. 17 Abs. 1 lit. c RPG (SR 700) umfassen Schutzzonen insbesondere bedeutende Ortsbilder, geschichtliche Stätten sowie Natur- und Kulturdenkmäler. Statt Schutzzonen festzulegen, kann das kantonale Recht gemäss Abs. 2 dieser Bestimmung jedoch auch andere geeignete Massnahmen vorsehen. Vorliegend hat das Appellationsgericht eingehend dargelegt, dass ein hinreichender Schutz durch die Eintragung in das Denkmalverzeichnis gewährleistet ist. Die Beschwerdeführerin hält dem zwar entgegen, dass sich die beiden Schutzarten nicht gegenseitig ausschliessen, behauptet aber nicht, dass die zusätzliche Massnahme der Zuweisung zu einer Schutzzone oder Schonzone notwendig wäre. Dies ist indessen entscheidend. Sachlich gerechtfertigt erscheint der Verzicht auf die Umzonung auch insofern, als es sich um drei einzelne Schutzobjekte auf einer weniger als 1'700 m2 umfassenden Parzelle handelt, die von modernen Bauten umgeben ist (vgl. WALDMANN/HÄNNI, Raumplanungsgesetz, 2006, N. 31 zu Art. 17 RPG; JEANNERAT/MOOR, in: Praxiskommentar RPG: Nutzungsplanung, 2016, N. 73 zu Art. 17 RPG). Ob von Einzelobjekten oder einem Ensemble ausgegangen wird, spielt insofern ebenso wenig eine Rolle wie die Frage, ob ein Nutzungstransfer zur besseren Ausnützung der benachbarten Parzellen realistisch ist. Die Beschwerde, die nur knapp den Begründungsanforderungen von <ref-law> genügt, lässt den angefochtenen Entscheid jedenfalls nicht als bundesrechtswidrig erscheinen.
3.
Die Beschwerde ist aus diesen Erwägungen abzuweisen.
Bei diesem Verfahrensausgang sind die Gerichtskosten der Beschwerdeführerin aufzuerlegen (<ref-law>). Es ist keine Parteientschädigung zuzusprechen (Art. 68 Abs. 1-3 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3.
Es wird keine Parteientschädigung zugesprochen.
4.
Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin, der Gemeinde Riehen, dem Regierungsrat des Kantons Basel-Stadt und dem Appellationsgericht des Kantons Basel-Stadt als Verwaltungsgericht, Dreiergericht, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 4. März 2019
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Chaix
Der Gerichtsschreiber: Dold