Sachverhalt:
A.
Am 10. Dezember 2009 schlossen die A._ AG (nachfolgend: Mieterin, Beschwerdeführerin) und die B._ AG (nachfolgend: Vermieterin, Beschwerdegegnerin) per 1. März 2010 einen bis zum 28. Februar 2012 befristeten Mietvertrag betreffend die Verkaufsfläche im ersten Obergeschoss in der Liegenschaft am Weg U._ in V._ zu einem jährlichen Basismietzins von Fr. 225'741.60 (inkl. Nebenkosten und MWSt.). In Ziffer 3.1 des Mietvertrags nahm die Mieterin die Absicht der Vermieterin zum Abbruch des Mietobjekts zwecks Errichtung eines neuen Gebäudes und die Anhängigkeit eines entsprechenden Quartierplanverfahrens zur Kenntnis. Der Fortbestand des Mietverhältnisses nach Ablauf der festen Mietdauer bis zum 28. Februar 2012 wurde deshalb maximal bis zum Erhalt der entsprechenden Baubewilligung beschränkt. In Ziffer 4.1 des Mietvertrags vereinbarten die Parteien auf dem Basismietzins eine pauschale Reduktion von Fr. 94'000.-- im ersten Jahr (1. März 2010 - 28. Februar 2011) und von Fr. 65'000.-- im zweiten Jahr (1. März 2011 - 28. Februar 2012). In der Folge verlängerten die Parteien das Mietverhältnis mit den weiteren Mietverträgen vom 3. August 2011, 12. April 2012 und 5. März 2013 jeweils mindestens bis zum 31. Dezember 2012, 31. Dezember 2013 und 31. Dezember 2014. Die Vermieterin gewährte jeweils eine erneute Mietzinsreduktion von insgesamt Fr. 4'143.30 pro Monat. Mit Schreiben vom 31. März 2015 kündigte die Mieterin das Mietverhältnis auf den 30. September 2015. Die Vermieterin stellte am 2. Januar 2015 für das 1. Quartal 2015, am 20. März 2015 für das 2. Quartal und am 15. Juni 2015 für das 3. Quartal jeweils Fr. 56'435.40 Mietzins pro Quartal in Rechnung. Die Mieterin bezahlte der Vermieterin am 31. März 2015 insgesamt Fr. 86'022.20 [recte: Fr. 86'022.--] für die beiden ersten Quartale 2015.
B.
B.a. Mit Urteil vom 10. Dezember 2015 wurde der Vermieterin vom Präsidenten des Zivilkreisgerichts Basel-Landschaft Ost in der von ihr eingeleiteten Retentionsbetreibung Nr. xxx die provisorische Rechtsöffnung für Fr. 83'284.20 nebst Zins und Retentionsvollzugskosten erteilt. In teilweiser Gutheissung der Beschwerde der Mieterin erteilte der Präsident des Kantonsgerichts, Abteilung Zivilrecht, mit Entscheid vom 19. April 2016 die provisorische Rechtsöffnung für noch Fr. 44'542.60 nebst Zins und dem entsprechenden Anteil an den Retentionsvollzugskosten.
B.b. Am 5. Januar 2016 (und damit noch vor dem Entscheid des Präsidenten des Kantonsgerichts betreffend die provisorische Rechtsöffnung) erhob die Mieterin Aberkennungsklage. Mit Urteil vom 21. März 2017 stellte das Zivilkreisgericht Basel-Landschaft Ost in teilweiser Gutheissung der Aberkennungsklage im Wesentlichen fest, in der Betreibung Nr. xxx bestehe die Forderung über Fr. 83'284.20 im Umfang von Fr. 41'023.15 nicht. Für den restlichen Betrag von Fr. 42'261.05 nebst Zins und Retentionsvollzugskosten erklärte es die gewährte provisorische Rechtsöffnung als definitiv.
B.c. Eine gegen dieses Urteil erhobene Berufung der Mieterin wies das Kantonsgericht Basel-Landschaft, Abteilung Zivilrecht, mit Entscheid vom 24. April 2018 ab. Das Kantonsgericht erwog, es hätte dem mutmasslichen Parteiwillen bei Kenntnis der Teilnichtigkeit des Mietvertrages (nichtige Staffelungsklausel) entsprochen, dass ab dem 1. Januar 2015 bis zum 30. September 2015 (Kündigung durch die Mieterin) der ursprünglich vereinbarte ungeschmälerte Basismietzins von Fr. 225'741.60 geschuldet sei.
C.
Mit Beschwerde in Zivilsachen beantragt die Mieterin dem Bundesgericht, es sei der angefochtene Entscheid aufzuheben, und es sei festzustellen, dass die in der Retentionsbetreibung Nr. xxx geltend gemachte Forderung von Fr. 83'284.-- auch im Betrag von Fr. 42'261.05 nebst Zins sowie dem Anteil an den Retentionsvollzugskosten nicht bestehe. Demgemäss sei die Betreibung als gegenstandslos zu erklären.
Die Beschwerdegegnerin und die Vorinstanz verlangen, die Beschwerde sei abzuweisen. Die Beschwerdeführerin hat unaufgefordert eine Beschwerdereplik eingereicht.

Erwägungen:
1.
1.1. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Dazu gehören sowohl die Feststellungen über den streitgegenständlichen Lebenssachverhalt als auch jene über den Ablauf des vor- und erstinstanzlichen Verfahrens, also die Feststellungen über den Prozesssachverhalt (<ref-ruling> E. 1.3.1 S. 17 f. mit Hinweisen). Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law>). "Offensichtlich unrichtig" bedeutet dabei "willkürlich" (<ref-ruling> E. 2 S. 117; <ref-ruling> E. 1.5 S. 401). Überdies muss die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein können (<ref-law>).
Für eine Kritik am festgestellten Sachverhalt gilt das strenge Rügeprinzip von <ref-law> (<ref-ruling> E. 2.3 S. 266 mit Hinweisen). Die Partei, welche die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz anfechten will, muss klar und substanziiert aufzeigen, inwiefern diese Voraussetzungen erfüllt sein sollen (<ref-ruling> E. 1.3.1 S. 18 mit Hinweisen). Wenn sie den Sachverhalt ergänzen will, hat sie zudem mit präzisen Aktenhinweisen darzulegen, dass sie entsprechende rechtsrelevante Tatsachen und taugliche Beweismittel bereits bei den Vorinstanzen prozesskonform eingebracht hat (<ref-ruling> E. 2 S. 90). Genügt die Kritik diesen Anforderungen nicht, können Vorbringen mit Bezug auf einen Sachverhalt, der vom angefochtenen Entscheid abweicht, nicht berücksichtigt werden (<ref-ruling> E. 1.3.1 S. 18).
1.2. Zu beachten ist, dass das Bundesgericht in die Beweiswürdigung des Sachgerichts nur eingreift, wenn diese willkürlich ist. Willkür liegt nicht schon dann vor, wenn eine andere Lösung ebenfalls in Betracht zu ziehen oder gar vorzuziehen wäre, sondern nur, wenn der angefochtene Entscheid offensichtlich unhaltbar ist, mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht, eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz krass verletzt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft (<ref-ruling> E. 2.1 S. 18 f.; <ref-ruling> E. 3.2.5 S. 339). Die Beweiswürdigung ist mithin nicht schon dann willkürlich, wenn sie nicht mit der Darstellung der beschwerdeführenden Partei übereinstimmt, sondern bloss, wenn sie offensichtlich unhaltbar ist (<ref-ruling> E. 2.3 S. 266; <ref-ruling> E. 4.2.1 S. 362). Dies ist insbesondere dann der Fall, wenn das Sachgericht Sinn und Tragweite eines Beweismittels offensichtlich verkannt hat, wenn es ohne sachlichen Grund ein wichtiges und entscheidwesentliches Beweismittel unberücksichtigt gelassen hat oder wenn es auf der Grundlage der festgestellten Tatsachen unhaltbare Schlussfolgerungen gezogen hat (<ref-ruling> E. 4.2 S. 234 mit Hinweisen). Entsprechend genügt es nicht, lediglich einzelne Beweise anzuführen, die anders als im angefochtenen Entscheid gewichtet werden sollen, und dem Bundesgericht in appellatorischer Kritik die eigene Auffassung zu unterbreiten, als ob diesem eine freie Sachverhaltsprüfung zukäme (vgl. nur etwa Urteil 4A_606/2015 vom 19. April 2016 E. 2.1).
2.
Gemäss <ref-law> ist die Beschwerde zulässig gegen Entscheide letzter kantonaler Instanzen und des Bundesverwaltungsgerichts. Der Begriff der Letztinstanzlichkeit bedeutet, dass der kantonale Instanzenzug nicht nur formell durchlaufen werden soll, sondern dass die Rügen, die dem Bundesgericht unterbreitet werden sollen, soweit möglich schon vor der Vorinstanz vorgebracht werden müssen (<ref-ruling> E. 1.1 S. 293 mit Hinweisen).
3.
Umstritten ist, welchen Mietzins die Beschwerdeführerin der Beschwerdegegnerin für die Zeit vom 1. Januar 2015 bis zum 30. September 2015 schuldet, konkret ob auch für diesen Zeitraum eine Mietzinsreduktion von insgesamt Fr. 4'143.30 pro Monat gilt.
3.1.
3.1.1. Die Vorinstanz hielt mit Verweis auf die Rechtsprechung des Bundesgerichts (vgl. <ref-ruling> E. 3b S. 59 mit Hinweis) fest, ein Staffelmietvertrag liege ebenfalls vor, wenn die Parteien einen Grundmietzins vereinbarten, jedoch im Voraus für eine bestimmte Zeit einen Rabatt vereinbaren würden, der im Laufe des Mietverhältnisses wegfalle. Im Mietvertrag vom 5. März 2013 sei der Mietbeginn auf den 1. Januar 2014 festgelegt und eine Mindestmietdauer bis zum 31. Dezember 2014 vereinbart worden. Es sei ein Nettomietzins von Fr. 199'720.-- bzw. ein Bruttomietzins von Fr. 225'741.60 pro Jahr und eine monatliche Mietzinsreduktion während des Jahres 2014 von Fr. 4'143.30 vereinbart worden. Weil sich der Mietzins wegen Wegfalls des Mietzinsrabatts per 1. Januar 2015 erhöhe, handle es sich um ein Staffelmietverhältnis. Der Mietvertrag verstosse gegen <ref-law>, wonach ein Staffelmietverhältnis für mindestens drei Jahre abgeschlossen werden müsse.
3.1.2. Die Vorinstanz erwog sodann, unter den gegebenen Umständen sei von einer Teilnichtigkeit des Mietvertrages vom 5. März 2013 auszugehen. Für die Parteien sei eine Fortsetzung des Mietvertrags ab dem 1. Januar 2014 für eine bestimmte feste Zeit auf jeden Fall sinnvoll und vorteilhaft gewesen. So hätte die Beschwerdeführerin ihre Verkaufstätigkeit im Mietobjekt planbar fortsetzen können und die Beschwerdegegnerin hätte die Vermietung während dieser Phase sichergestellt. Eine Weiterführung des Mietverhältnisses während der Mindestdauer von drei Jahren gemäss <ref-law> könne jedoch nicht als dem mutmasslichen Parteiwillen entsprechend angesehen werden. Dies wäre der Absicht der Beschwerdegegnerin zuwidergelaufen, zeitnah nach der Genehmigung des Quartierplans und der Erteilung einer Baubewilligung das Mietobjekt durch einen Neubau zu ersetzen. Indes stehe fest, dass die Parteien gemäss dem Mietvertrag vom 5. März 2013 das Mietverhältnis zu einem Basismietzins von Fr. 225'741.60 (inkl. Nebenkosten und MWSt.) unter Gewährung eines monatlichen Rabatts von Fr. 4'143.30 während mindestens eines Jahres hätten fortsetzen wollen. Es sei daher davon auszugehen, die Parteien hätten bei Kenntnis der Nichtigkeit des Mietvertrags ein auf ein Jahr befristetes Mietverhältnis mit Mietbeginn auf den 1. Januar 2014 mit einem jährlichen Basismietzins von Fr. 225'741.60 (inkl. Nebenkosten und MWSt.) unter Gewährung eines monatlichen Rabatts von Fr. 4'143.30 vereinbart. Nachdem die Beschwerdegegnerin in den im Jahr 2014 geführten Vertragsverhandlungen ab dem 1. Januar 2015 keinen Mietzinsrabatt gewährt, die Beschwerdeführerin den Mietvertrag aber nicht auf diesen Zeitpunkt gekündigt habe und vielmehr weiterhin im Mietobjekt geblieben sei, sei nach Treu und Glauben anzunehmen, die Beschwerdeführerin habe ab dem 1. Januar 2015 bis zum 30. September 2015 das Mietobjekt von der Beschwerdegegnerin stillschweigend zum ungeschmälerten Basismietzins von Fr. 225'741.60 (inkl. Nebenkosten und MWSt.) pro Jahr gemietet.
3.1.3. Im Sinne einer Eventualbegründung erwog die Vorinstanz, selbst wenn von einer Gesamtnichtigkeit des streitgegenständlichen Mietvertrags auszugehen wäre, würde dies nicht zu einem anderen Ergebnis führen. Zwischen den Parteien hätten vom 1. März 2010 bis zum 31. Dezember 2014 verschiedene Mietverträge bestanden. Die Beschwerdegegnerin hätte der Beschwerdeführerin im ersten Jahr eine Mietzinsreduktion auf der Bruttomiete von rund 42 %, im zweiten Jahr eine solche von rund 29 % und danach bis Ende 2014 eine solche von rund 22 % gewährt. Die Beschwerdeführerin habe um diese Mietzinsrabatte, deren Abnahme im Verlauf der Zeit und deren Befristung in den jeweiligen Mietverträgen, gewusst. Um den Wegfall der Rabattphase zu verhindern, habe die Beschwerdeführerin jeweils vor Ablauf der festen Mietzeiten und damit vor Beendigung der zugesicherten Rabatte Verhandlungen über einen neuen Mietvertrag aufgenommen. Im Jahr 2014 habe die Beschwerdeführerin nicht mehr (wie in den Vorjahren) beträchtliche Zeit vor dem Auslaufen des ihr für das Jahr 2014 gewährten Mietzinsrabatts mit der Beschwerdegegnerin einen neuen Mietvertrag mit entsprechendem Mietzinsrabatt abschliessen können. Da die geschäftserfahrene Beschwerdeführerin in Kenntnis der stark degressiven Mietzinsreduktionen im Laufe des Mietverhältnisses und trotz des Wissens um das Auslaufen des Mietzinsrabatts den Mietvertrag nicht auf den 31. Dezember 2014 gekündigt habe, habe sie eine Fortsetzung des Mietvertrags zum unreduzierten Basismietzins akzeptiert. Die Berufung auf die Nichtigkeit erscheine angesichts dessen als rechtsmissbräuchlich. Zudem verfolge die Beschwerdeführerin mit der Berufung auf die Nichtigkeit des Mietvertrages nicht die Einhaltung des Schutzzwecks der Norm von <ref-law> - nämlich die Einhaltung der Mindestmietdauer - sie bezwecke einzig und allein, während der ganzen Mietdauer vom 1. Januar 2014 bis zum 30. September 2015 einen Mietzinsrabatt beanspruchen zu können.
3.2. Die Beschwerdeführerin rügt eine offensichtlich unrichtige bzw. auf einer Rechtsverletzung beruhende und unvollständige Feststellung des Sachverhalts (Art. 97 Abs. 1 i.V.m. <ref-law>). Sie macht insbesondere geltend, der Sachverhalt sei insofern zu ergänzen, dass die Verhandlungen unter den Parteien über den Neuabschluss eines Mietvertrags über die feste Vertragsdauer von Ende Dezember 2014 hinaus bis zum 3. Februar 2015 angedauert hätten. Weiter sei ergänzend zu berücksichtigen, dass mit Ziffer 3.1 in den Mietverträgen vom 3. August 2011, vom 12. April 2012 und vom 5. März 2013 jeweils in gleicher Weise vereinbart worden sei, dass sich das Mietverhältnis jeweils nach Ablauf der festen Vertragsdauer (ohne Vorliegen der Baubewilligung zu diesem Zeitpunkt) maximal bis zum Vorliegen der Baubewilligung verlängert hätte.
Um die vorinstanzliche Feststellung des Sachverhalts zu ergänzen, müsste die Beschwerdeführerin mit präzisen Aktenhinweisen darlegen, dass sie entsprechende Tatsachen und Beweismittel bereits bei der ersten Instanz prozesskonform eingebracht hat (vgl. hiervor E. 1.1). In ihrer Beschwerdeschrift an das Bundesgericht bezieht sie sich aber nur auf Passagen ihrer Berufungsschrift. Dass die dort vorgebrachten Behauptungen und Beweise von der Vorinstanz noch hätten berücksichtigt und abgenommen werden dürfen (siehe <ref-law>), tut sie nicht dar und ist auch nicht ersichtlich. Die Sachverhaltsrügen der Beschwerdeführerin gehen daher fehl. Es ist somit vom Sachverhalt auszugehen, wie ihn die Vorinstanz festgestellt hat.
3.3. Die Beschwerdeführerin macht weiter geltend, wenn es an der Zulässigkeitsvoraussetzung von <ref-law> - Einhaltung der Mindestdauer von 3 Jahren - fehle, sei die Staffelungsklausel nichtig und somit der Mietvertrag teilnichtig. Entgegen der Auffassung der Vorinstanz sei bei Nichteinhaltung der Mindestdauer gemäss <ref-law> entweder die Mietdauer zu verlängern (was vorliegend - wie bereits die Vorinstanz zu Recht festgestellt habe - nicht dem Willen der Parteien entsprochen hätte) oder es sei von einem kündbaren Mietvertrag ohne Staffelungsklausel auszugehen. Statt von einem Mietvertrag ohne Staffelungsklausel auszugehen, nehme die Vorinstanz in Verletzung von <ref-law> an, es hätte dem Parteiwillen entsprochen, dass ab dem 1. Januar 2015 ein Mietzins ohne den Mietzinsrabatt gelten solle.
3.3.1. Gemäss <ref-law> sind, sofern ein Mangel bloss einzelne Teile des Vertrages betrifft, nur diese nichtig, sobald nicht anzunehmen ist, dass er ohne den nichtigen Teil überhaupt nicht geschlossen worden wäre. Gemäss Praxis des Bundesgerichts führt denn zum Beispiel auch eine fehlende Mitteilung des Anfangsmietzinses mit dem vom Kanton genehmigten und vorgeschriebenen Formular (<ref-law> i.V.m. <ref-law>) nur zur Nichtigkeit der Mietzinsfestsetzung - und damit zur Teilnichtigkeit (<ref-ruling> E. 3.2.1 S. 587 mit Hinweisen). Die Frage, ob der Vertrag ohne den nichtigen Teil geschlossen worden wäre, ist grundsätzlich nach dem Vertrauensprinzip zu beantworten, indem der mutmassliche bzw. hypothetische Parteiwille ermittelt wird, sofern nicht ein diesbezüglicher tatsächlicher Parteiwille nachgewiesen werden kann (<ref-ruling> E. 1.2 S. 470). Die Bestimmung des hypothetischen Parteiwillens ist eine vom Bundesgericht zu überprüfende Rechtsfrage, wobei es an die Feststellung des kantonalen Gerichts über die Tatsachen, die als Anhaltspunkte dafür in Betracht kommen, unter Vorbehalt von <ref-law> gebunden ist (<ref-ruling> E. 4b S. 41; 107 Il 216 E. 3b S. 218 f. mit Hinweis). Dabei ist danach zu fragen, welche Vereinbarung die Parteien unter den konkreten Umständen in Kenntnis des Mangels getroffen hätten (<ref-ruling> E. 3c S. 60 mit Hinweisen), wobei der Zeitpunkt des Vertragsschlusses dafür massgeblich ist (vgl. Urteil des Bundesgerichts 4C.156/2006 vom 17. August 2006 E. 3.1 und 3.3).
3.3.2. Die Vorinstanz hat festgestellt, dass es dem tatsächlichen Willen der Parteien entsprochen habe, das Mietverhältnis zu einem Basismietzins von Fr. 225'741.60 (inkl. Nebenkosten und MWSt.) unter Gewährung eines monatlichen Rabatts von Fr. 4'143.30 während mindestens eines Jahres (bis zum 31. Dezember 2014) fortzusetzen. Es sei daher davon auszugehen, die Parteien hätten bei Kenntnis der Nichtigkeit ein auf 1 Jahr befristetes Mietverhältnis zu diesen Bedingungen vereinbart. Nachdem die Beschwerdegegnerin in den im Jahr 2014 geführten Vertragsverhandlungen für den Zeitraum ab dem 1. Januar 2015 keinen Mietzinsrabatt gewährt habe, sei nach Treu und Glauben davon auszugehen, die Beschwerdeführerin hätte das Mietobjekt von der Beschwerdegegnerin stillschweigend zum ursprünglich vereinbarten Basismietzins gemietet, da sie im Mietobjekt geblieben sei und den Mietvertrag nicht auf diesen Zeitpunkt gekündigt habe (vgl. hiervor E. 3.1.2).
Gemäss den für das Bundesgericht verbindlichen Feststellungen der Vorinstanz sind die im Jahr 2014 geführten Vertragsverhandlungen insoweit nicht erfolgreich gewesen, als die Beschwerdegegnerin der Beschwerdeführerin keinen erneuten Mietzinsrabatt gewährt hat. Es verletzt daher kein Bundesrecht, wenn die Vorinstanz vor diesem Hintergrund bei der Bestimmung des hypothetischen Parteiwillens davon ausgeht, wenn die Beschwerdeführerin trotz den gescheiterten Verhandlungen im Mietobjekt verbleibe, habe sie die Geschäftsräumlichkeiten zum ursprünglich vereinbarten Basismietzins von Fr. 225'741.60 pro Jahr gemietet. Die Beschwerdeführerin legt auch nicht rechtsgenügend dar (vgl. hiervor E. 1.2), weshalb die Annahme der Vorinstanz - die Beschwerdeführerin hätte den Vertrag vor Ablauf der festen Vertragsdauer von Ende Dezember 2014 kündigen können, nachdem die Verhandlungen über die Weitergeltung des Mietzinsrabatts nicht erfolgreich gewesen seien - willkürlich sein soll (vgl. auch bereits hiervor E. 3.2). Offenbleiben kann schliesslich der Grund für den ursprünglich gewährten Mietzinsrabatt. Denn selbst wenn mit der Beschwerdeführerin davon ausgegangen würde, dies sei eine Gegenleistung für die Planungsunsicherheit wegen der Möglichkeit der kurzfristigen Beendigung des Mietverhältnisses bei Erteilung der Baubewilligung, räumt dies nicht die verbindliche Feststellung der Vorinstanz aus dem Weg, der Mietzinsrabatt für das Jahr 2015 sei von der Beschwerdegegnerin in den Vertragsverhandlungen nicht gewährt worden. Dass der Mietzinsrabatt bis zu den im Jahr 2014 geführten Vertragsverhandlungen stets gewährt worden ist, bedeutet jedenfalls nicht, dass die Beschwerdeführerin nach Treu und Glauben davon hätte ausgehen dürfen, dieser Mietzinsrabatt gelte jeweils automatisch im Fall einer Vertragsverlängerung.
3.3.3. Die Beschwerdeführerin rügt sodann, bei der Staffelmiete sei gemäss Art. 19 Abs. 2 der Verordnung vom 9. Mai 1990 über die Miete und Pacht von Wohn- und Geschäftsräumen (VMWG; SR 221.213.11) die Erhöhung des Mietzinses mit dem behördlich genehmigten Formular - frühestens 4 Monate vor Eintritt der Mietzinserhöhung - anzuzeigen, was von der Beschwerdegegnerin unterlassen worden sei. Die Vorinstanz verkenne in ihrer Annahme einer Mietzinserhöhung ab Januar 2015 zufolge Wegfalls der Vergünstigungsklausel, dass eine Mietzinserhöhung ohne Verwendung des Formulars und ohne Begründung erfolgt sei, was zur Nichtigkeit führe (Art. 269d Abs. 2 lit. a und b OR).
Dem angefochtenen Entscheid lässt sich nicht entnehmen, dass die Beschwerdeführerin diesen Einwand bereits im kantonalen Verfahren vorgetragen hätte und die Beschwerdeführerin zeigt in ihrer Beschwerde auch nicht auf, dass sie dies getan hätte. Die Beschwerdeführerin tut ebensowenig dar, dass erst der Entscheid der Vorinstanz zu dieser Rüge Anlass gegeben hätte. Es fehlt daher bereits an der Ausschöpfung des materiellen Instanzenzugs, sodass auf diese Rüge nicht eingetreten werden kann (vgl. hiervor E. 2).
Im Übrigen wäre Folgendes zu beachten. Im Anwendungsbereich des damals geltenden BMM (Bundesbeschluss über Massnahmen gegen Missbräuche im Mietwesen vom 30. Juni 1972; SR 221.213.1) entschied das Bundesgericht gestützt auf Art. 13 Abs. 1 und 2 der damals geltenden Verordnung (Verordnung vom 10. Juli 1972 über Massnahmen gegen Missbräuche im Mietwesen; SR 221.213.11), dass jede Mietzinserhöhung mit amtlichem Formular angezeigt werden müsse, selbst wenn es sich um Staffelungen handle (<ref-ruling> E. 2e; <ref-ruling> E. 3a). Diese Rechtsprechung basierte auf dem Umstand, dass der Mieter den Mietzins bei jeder neuen vom Staffelmietvertrag vorgesehenen Anpassung anfechten konnte. Heute ist die rechtliche Situation insofern anders, als <ref-law> eine solche Anfechtung - unter Vorbehalt der Anfechtung des Anfangsmietzinses - ausschliesst. Dennoch bestimmt <ref-law> weiterhin, dass <ref-law>, der die Verwendung des amtlichen Formulars bei Mietzinserhöhungen vorsieht, sinngemäss auch dann gilt, wenn der Vermieter den Mietzins aufgrund der vereinbarten Staffelung erhöht. Eine Mietzinserhöhung ist nichtig, wenn sie nicht mit amtlichem Formular angezeigt wird (<ref-law>). Die Angaben im amtlichen Formular müssen alle relevanten Informationen enthalten, damit der Mieter die Zweckmässigkeit einer Anfechtung der Mietzinserhöhung beurteilen kann (<ref-ruling> E. 3.2.1 S. 365). Im Moment, in dem eine Anfechtung aufgrund von <ref-law> ausgeschlossen ist, macht die Anzeigepflicht mittels amtlichen Formulars unter Nichtigkeitsandrohung jedoch keinen Sinn mehr. Die sachliche Richtigkeit dieser Anforderung ist denn auch in der Lehre in Frage gestellt worden (Urteil 4A_689/2014 vom 7. Mai 2015 E. 3.1 mit Hinweisen auf die Lehre; die Frage wurde im Entscheid offengelassen). Der Bundesrat hat 2015 vorgeschlagen (neben der Revision anderer Bestimmungen im Mietrecht), einen neuen Absatz 6 zu Artikel 269d OR einzuführen (Botschaft zur Änderung des Obligationenrechts [Schutz vor missbräuchlichen Mietzinsen] vom 27. Mai 2015, BBI 2015 4087, 4094 und 4101 f.). Dieser Absatz 6 zu Artikel 269d OR hätte vorgesehen, dass für die Mitteilung von Mietzinserhöhungen, die in einer Vereinbarung über gestaffelte Mietzinse vorgesehen sind, die schriftliche Form genügt. National- und Ständerat sind jedoch auf die gesamte Vorlage nicht eingetreten. Dennoch bleibt es dabei, die Pflicht des Vermieters Mietzinserhöhungen, die auf im Rahmen der Mietzinsstaffelung bereits vereinbarten Mietzinsanpassungen basieren, mit einem amtlichen Formular anzuzeigen, erfüllt jedenfalls keine Schutzfunktion, da eine Anfechtung gemäss <ref-law> - unter Vorbehalt der Anfechtung des Anfangsmietzinses - von Gesetzes wegen ausgeschlossen ist (vgl. zit. Urteil 4A_689/2014 E. 3.1). Die Frage kann aber vorliegend offenbleiben, da es - wie erwähnt - bereits an der Ausschöpfung des Instanzenzugs fehlt.
3.4. Bei diesem Ergebnis erübrigt es sich, die Eventualbegründung der Vorinstanz zu prüfen, die Berufung auf die Nichtigkeit des ganzen Mietvertrags sei rechtsmissbräuchlich. Auf die diesbezüglichen Rügen der Beschwerdeführerin muss nicht eingegangen werden.
4.
Die Rügen der Beschwerdeführerin erweisen sich als unbegründet. Die Beschwerde ist daher abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Bei diesem Ausgang des Verfahrens wird die Beschwerdeführerin kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 Abs. 1 und Art. 68 Abs. 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3.
Die Beschwerdeführerin hat die Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 1'958.65.-- zu entschädigen.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Kantonsgericht Basel-Landschaft, Abteilung Zivilrecht, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 3. April 2019
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Kiss
Der Gerichtsschreiber: Gross