Sachverhalt:
A.
Das Bezirksgericht Dietikon sprach X._ am 10. Juli 2014 im abgekürzten Verfahren der mehrfachen ungetreuen Geschäftsbesorgung, der mehrfachen Urkundenfälschung, des Erschleichens einer Falschbeurkundung und der mehrfachen unwahren Angaben gegenüber Handelsregisterbehörden schuldig. Es verurteilte ihn zu einer teilbedingten Freiheitsstrafe von drei Jahren. Weiter wurde die Einziehung und Verwertung mehrerer Liegenschaften von X._ angeordnet.
B.
Mit Eingabe an das Bezirksgericht Dietikon vom 10. Oktober 2016 erklärte die Staatsanwaltschaft, die mit Urteil des Bezirksgerichts Dietikon vom 10. Juli 2014 eingezogenen Liegenschaften in A._, B._ und C._ hätten aufgrund des unkooperativen Verhaltens von X._ noch nicht verwertet werden können. Es seien daher geeignete Massnahmen anzuordnen, damit die Verwertung vorgenommen werden könne.
Das Bezirksgericht Dietikon ordnete am 21. Dezember 2017 verschiedene Vollstreckungsmassnahmen an, indem es X._ unter Androhung polizeilichen Zwangs befahl, den zuständigen Personen der Staatsanwaltschaft Zugang zu den eingezogenen Liegenschaften zu gewähren und die Schlüssel auszuhändigen. Des Weiteren wurde die Staatsanwaltschaft für berechtigt erklärt, die Schlösser der eingezogenen Liegenschaften auszutauschen und die notwendigen Reinigungs- und Unterhaltsarbeiten zu veranlassen.
C.
X._ führte Rekurs beim Obergericht Zürich. Dieses trat am 14. März 2018 auf den Rekurs infolge Fristversäumnisses nicht ein.
D.
X._ führt Beschwerde in Strafsachen. Er beantragt, der Beschluss des Obergerichts vom 14. März 2018 sei aufzuheben. Die Vorinstanz müsse auf den Rekurs eintreten und seine Eingabe materiell behandeln. Die im angefochtenen Beschluss angesetzte Gerichtsgebühr sei aufzuheben. Für das bundesgerichtliche Verfahren beantragt X._ die unentgeltliche Rechtspflege. Mit einer weiteren Eingabe vom 30. August 2018 (Eingang am 3. September 2018) beantragte X._, der Beschwerde sei superprovisorisch die aufschiebende Wirkung zuzuerkennen.
Mit Schreiben des Bundesgerichts vom 4. September 2018 wurde X._ mitgeteilt, dass die aufschiebende Wirkung in Bezug auf ein allfälliges Verwertungsverfahren nicht erteilt werden könne.

Erwägungen:
1.
Das Bundesgericht beurteilt Beschwerden gegen Entscheide in Strafsachen (<ref-law>). Der Beschwerde in Strafsachen unterliegen auch Entscheide über Zivilansprüche, wenn diese zusammen mit der Strafsache zu behandeln sind, und Entscheide über den Vollzug von Strafen und Massnahmen (<ref-law>). Gegen den angefochtenen Entscheid, welcher Anordnungen zur Vollstreckung der mit Strafurteil vom 10. Juli 2014 verfügten Einziehung und Verwertung der Liegenschaften des Beschwerdeführers betrifft, ist die Beschwerde in Strafsachen zulässig.
2.
Der Beschwerdeführer macht geltend, der vorinstanzliche Beschluss verstosse gegen das Verwaltungsrechtspflegegesetz des Kantons Zürich vom 24. Mai 1959 (VRG/ZH; LS 175.2) sowie gegen die ZPO. Das Bezirksgericht Dietikon habe den Beschluss vom 21. Dezember 2017 während der Gerichtsferien versandt. Bei der Berechnung der Rechtsmittelfrist hätte daher der Fristenstillstand während der Gerichtsferien berücksichtigt werden müssen. Die Vorinstanz gehe fälschlicherweise davon aus, dass kein Fristenstillstand gelte. Sie habe seinen Rekurs zu Unrecht als verspätet gewertet. Zudem sei die Rechtsmittelbelehrung unvollständig und missverständlich gewesen. Die Vorinstanz hätte auf den speziellen Fristenlauf hinweisen müssen. Die Vorgehensweise der kantonalen Instanzen verletze das Gebot der schonenden Rechtsausübung nach <ref-law>, insbesondere, da er nicht anwaltlich vertreten sei.
2.1. Die Vorinstanz erwägt, die Rekursfrist betrage gemäss § 22 Abs. 1 VRG/ZH 30 Tage und beginne am Tag nach der Mitteilung des angefochtenen Aktes zu laufen (§ 22 Abs. 2 VRG/ZH). Im Weiteren richte sich der Fristenlauf nach § 11 VRG/ZH. Entgegen der Ansicht des Beschwerdeführers würden im Rekursverfahren keine Gerichtsferien gelten. Der Beschwerdeführer habe den erstinstanzlichen Beschluss am 27. Dezember 2017 entgegengenommen. Die Rekursfrist habe vorliegend am 28. Dezember 2018 zu laufen begonnen und am Freitag, 26. Januar 2018, geendet. Die Rekurseingabe vom 29. Januar 2018, Postaufgabe am 31. Januar 2018, sei somit verspätet erfolgt. Die Vorinstanz trat auf den Rekurs nicht ein.
2.2. Mit Beschwerde in Strafsachen kann insbesondere die Verletzung von Bundesrecht unter Einschluss des Bundesverfassungsrechts, von Völkerrecht und von kantonalen verfassungsmässigen Rechten sowie die offensichtlich unrichtige Feststellung des Sachverhalts gerügt werden (Art. 95 lit. a-c und <ref-law>). Soweit die Vorinstanz kantonales Recht anzuwenden hatte, kann im Wesentlichen geltend gemacht werden, der angefochtene Entscheid verstosse gegen Bundesrecht bzw. gegen die verfassungsmässigen Rechte und Grundsätze. Das Bundesgericht prüft kantonales Recht somit nur auf Bundesrechtsverletzung, namentlich Willkür, hin.
2.3. Der Beschwerdeführer rügt vorliegend einzig, die Vorinstanz sei zu Unrecht davon ausgegangen, im Rekursverfahren würden Fristen während der Gerichtsferien nicht stillstehen. Einzig diese Frage ist vorliegend zu prüfen.
Der Fristenlauf ist in § 11 VRG/ZH geregelt. Ein Fristenstillstand ist im VRG/ZH nicht vorgesehen. Einzig § 71 VRG/ZH verweist für das Beschwerdeverfahren auf die Vorschriften der ZPO, insbesondere auf die Vorschriften über die Fristen, welche ergänzend Anwendung finden. Ein entsprechender Hinweis findet sich ferner in § 86 VRG/ZH für das verwaltungsrechtliche Klageverfahren. Für das Rekursverfahren fehlt ein entsprechender Verweis (vgl. dazu auch ALAIN GRIFFEL, in: Alain Griffel [Hrsg.], Kommentar zum Verwaltungsrechtspflegegesetz des Kantons Zürich [VRG], 3. Aufl. 2014, N. 23 zu § 22). Im verwaltungsrechtlichen Beschwerde- und Klageverfahren stehen die Fristen aufgrund des Verweises auf Art. 145 f. ZPO während der Gerichtsferien demnach grundsätzlich still (KASPAR PLÜSS, in: Alain Griffel [Hrsg.], Kommentar zum Verwaltungsrechtspflegegesetz des Kantons Zürich [VRG], 3. Aufl. 2014, N. 17 zu § 11). Für die übrigen Verfahren sieht das VRG/ZH keinen Fristenstillstand vor (vgl. KASPAR PLÜSS, a.a.O., N. 18 zu § 11). Die Vorbringen des Beschwerdeführers sind damit unbegründet. Gleiches gilt für den Einwand der mangelhaften Rechtsmittelbelehrung. Der erstinstanzliche Entscheid enthielt eine klare Rechtsmittelbelehrung unter Angabe der Rechtsmittelfrist. Dass die Rechtsmittelbelehrung keinen Hinweis darauf enthielt, dass kein Fristenstillstand gilt, ist nicht zu beanstanden. Damit ist nicht ersichtlich, inwiefern die Vorinstanz kantonales Recht willkürlich angewendet haben soll.
3.
Der Beschwerdeführer beantragt, die vorinstanzliche Gerichtsgebühr sei aufzuheben. Er begründet diesen Antrag nicht. Es ist davon auszugehen, dass er die Neuregelung der vorinstanzlichen Kostenfolge infolge Gutheissung seiner Beschwerde beantragt. Es bleibt jedoch beim vorinstanzlichen Entscheid. Auf den Antrag kann damit nicht eingetreten werden.
4.
Die Beschwerde ist abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Die Gerichtskosten sind dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (<ref-law>). Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege ist wegen Aussichtslosigkeit der Rechtsbegehren abzuweisen (Art. 64 Abs. 1 und 2 BGG). Der finanziellen Lage des Beschwerdeführers ist mit reduzierten Gerichtskosten Rechnung zu tragen (<ref-law>). Soweit das Gesuch um aufschiebende Wirkung der Beschwerde mit Schreiben an den Beschwerdeführer vom 4. September 2018 nicht bereits als abgewiesen gilt, wird es mit dem Entscheid in der Sache gegenstandslos.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.
Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird abgewiesen.
3.
Die Gerichtskosten von Fr. 1'200.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Zürich, III. Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 3. Oktober 2018
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Denys
Die Gerichtsschreiberin: Schär