Sachverhalt:
A.
A.a. Die A._ Genossenschaft mit Sitz in Basel umfasste einerseits das operative Detailhandelsgeschäft mit zahlreichen Betriebsstätten in den verschiedenen Kantonen, insbesondere im Kanton Aargau, und übte andererseits die schweizweiten Leitungsfunktionen aus. In diesem Rahmen hielt sie auch diverse Beteiligungen, Immobilien und die Immaterialgüterrechte der gesamten A._-Gruppe (insbesondere die Marke "A._", aber auch Marken wie B._ und C._). Mit Vereinbarung vom 12. April 2013 wurden das operative Detailhandelsgeschäft und damit die Betriebsstätten mittels Vermögensübertragung (Ausgliederung) gemäss Art. 69 Bundesgesetz vom 3. Oktober 2003 über Fusion, Spaltung, Umwandlung und Vermögensübertragung (FusG; SR 221.301) auf die neu gegründete und per 6. Mai 2013 in das Handelsregister des Kantons Basel-Stadt eingetragene Tochtergesellschaft "A._ Genossenschaft" überführt. Rechnungslegungsmässig und vertraglich erfolgte diese Übertragung rückwirkend per 1. Januar 2013. Ebenfalls am 6. Mai 2013 änderte die ursprüngliche A._ Genossenschaft bzw. neue Muttergesellschaft ihren statutarischen Zweck in jenen einer Konzernobergesellschaft (insbesondere Halten und Verwalten von Beteiligungen und Verwaltung sowie Verwertung der Markenrechte) und firmierte neu als "A._-Gruppe Genossenschaft", wobei der Sitz unverändert in Basel belassen wurde. Die Immaterialgüterrechte der A._-Gruppe verblieben bei der "A._-Gruppe Genossenschaft". Im Rahmen eines Steuerrulings der Steuerverwaltung des Kantons Basel-Stadt (StV BS) vom 19. März 2013 wurden die stillen Reserven auf diesen Immaterialgüterrechten mit Fr. 1'208.6 Mio. beziffert und diesbezüglich seitens der StV BS einem Steueraufschub gemäss § 80 Abs. 2 Steuergesetz vom 12. April 2000 des Kantons Basel-Stadt (StG BS; SG 640.100) zugestimmt. Schliesslich wurde der A._-Gruppe Genossenschaft mit Verfügung der StV BS vom 22. Mai 2015 rückwirkend per 1. Januar 2013 der Status einer privilegiert besteuerten Holdinggesellschaft nach dem StG BS zugesprochen.
A.b. Die A._-Gruppe Genossenschaft und die StV BS gingen und gehen davon aus, dass trotz Umstrukturierung und des Statuswechsels zur Holdinggesellschaft keine Besteuerung der genannten stillen Reserven erfolgt, da aufgrund des StG BS ein Steueraufschub für die gesamten stillen Reserven greife, sofern die Immaterialgüterrechte nicht innert zehn Jahren seit der Statusänderung veräussert würden. Das Kantonale Steueramt Aargau (KSt AG) stellte sich demgegenüber auf den Standpunkt, dass ein Teil der stillen Reserven auf den Immaterialgüterrechten den aargauischen Betriebsstätten zuzuordnen sei und beanspruchte deshalb die quotale Besteuerung dieser ihrer Ansicht nach realisierten stillen Reserven im Rahmen der Steuerperiode 2012. Die A._-Gruppe Genossenschaft und die StV BS wiederum sind der Auffassung, bis am 31. Dezember 2012 habe weder eine Umstrukturierung noch ein Statuswechsel stattgefunden, weshalb in der Steuerperiode 2012 keine stillen Reserven realisiert worden seien. Ab der Steuerperiode 2013 verfüge die A._-Gruppe Genossenschaft mit Sitz in Basel, welche die Immaterialgüterrechte halte, zudem über keine Betriebsstätten mehr im Kanton Aargau, da letztere Teil der Tochtergesellschaft A._ Genossenschaft seien, weshalb im Kanton Aargau ein Anknüpfungspunkt für die Besteuerung der stillen Reserven auf Immaterialgüterrechten fehle. Einzig der Kanton Basel-Stadt verfüge diesbezüglich über die Steuerhoheit.
B.
Mit Veranlagungsverfügung vom 17. August 2015 gegenüber der A._-Gruppe Genossenschaft setzte das KSt AG den steuerbaren Gewinn für das Steuerjahr 2012 auf Fr. 1'097'547'074.-- fest und beanspruchte davon für die Steuerperiode 2012 eine Quote von 5.618 % zur Besteuerung (Kantons- und Gemeindesteuern). Ausserdem wurden die entsprechenden Steuerrückstellungen auf 13 % der Aufrechnung (rund Fr. 157 Mio.) festgelegt. Die dagegen erhobene Einsprache blieb gemäss Einspracheentscheid des KSt AG vom 22. Dezember 2015 erfolglos. Der dagegen eingelegte Rekurs wurde mit Urteil des Spezialverwaltungsgerichts des Kantons Aargau vom 27. April 2017 abgewiesen. Das Verwaltungsgericht des Kantons Aargau hat die entsprechende Verwaltungsgerichtsbeschwerde der A._-Gruppe Genossenschaft mit Urteil vom 30. November 2017 abgewiesen.
C.
Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 19. Januar 2018 an das Bundesgericht beantragt die A._-Gruppe Genossenschaft (Beschwerdeführerin) die Aufhebung des vorinstanzlichen Urteils und Rückweisung der Sache an die Vorinstanz zur Festsetzung des steuerbaren Reingewinns ohne Aufrechnung eines steuersystematisch realisierten Gewinns aufgrund des Statuswechsels in Basel. Eventualiter sei das vorinstanzliche Urteil aufzuheben und der steuerbare Reingewinn der Beschwerdeführerin für das Geschäfts- und Steuerjahr 2012 auf den Betrag von Fr. 46'065'074.-- festzusetzen. Subeventualiter sei das vorinstanzliche Urteil aufzuheben und die Sache zur Festlegung des steuerbaren Reingewinns der Beschwerdeführerin für das Geschäfts- und Steuerjahr 2012 unter Berücksichtigung des abzugsfähigen Steueraufwands (Steuerrückstellungen) zum Gesamtsteuersatz an die Vorinstanz zurückzuweisen. Subeventualiter sei der abzugsfähige Steueraufwand (Steuerrückstellungen) der Beschwerdeführerin für das Geschäfts- und Steuerjahr 2012 im Zusammenhang mit dem angenommenen steuersystematisch realisierten Gewinn aufgrund des Statuswechsels in Basel auf Fr. 288'613'680.-- festzusetzen.
Das KSt AG hat am 20. Februar 2018 eine Beschwerdeantwort eingereicht und die Beschwerdeführerin mit Eingabe vom 14. März 2018 repliziert. Die StV BS ist vom Bundesgericht von Amtes wegen zur Vernehmlassung eingeladen worden und schliesst sich in ihrer Eingabe vom 26. Februar 2018 den Ausführungen der Beschwerdeführerin an.

Erwägungen:
1.
1.1. Die Beschwerde richtet sich gegen den verfahrensabschliessenden Entscheid einer letzten kantonalen Instanz in einer Angelegenheit des öffentlichen Rechts. Die Voraussetzungen der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten liegen vor (Art. 82 lit. a, Art. 83 e contrario, Art. 86 Abs. 1 lit. d und Abs. 2, Art. 89 Abs. 1 und Art. 90 BGG; Art. 73 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden [StHG; SR 642.14]).
1.2. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann eine Rechtsverletzung nach Art. 95 (in erster Linie Bundes- und Völkerrecht) und 96 BGG geltend gemacht werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>), prüft jedoch unter Berücksichtigung der allgemeinen Rüge- und Begründungspflicht (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG) grundsätzlich nur die geltend gemachten Rechtsverletzungen, sofern rechtliche Mängel nicht geradezu offensichtlich sind (<ref-ruling> E. 1.5 S. 144). Der Eingriff in kantonales oder kommunales Recht bildet nur insofern einen eigenständigen Beschwerdegrund, als die Verletzung kantonaler verfassungsmässiger Rechte oder kantonaler Bestimmungen zum Stimm- und Wahlrecht geltend gemacht wird (Art. 95 lit. c und d BGG). Abgesehen davon kann das Bundesgericht die Auslegung und Anwendung kantonalen Verfassungs-, Gesetzes- oder Verordnungsrechts lediglich daraufhin überprüfen, ob dadurch Bundes-, Völker- oder interkantonales Recht verletzt wird (Art. 95 lit. a, b und e BGG). Dabei steht die Verletzung des Willkürverbots (<ref-law>) im Vordergrund (<ref-ruling> E. 3.3 S. 166; <ref-ruling> E. 2.5.2 S. 250).
In Bezug auf die Verletzung von Grundrechten und weiteren verfassungsmässigen Rechten sowie von kantonalem und interkantonalem Recht gilt eine qualifizierte Rüge- und Substanziierungspflicht, das heisst in der Beschwerde ist klar und detailliert anhand der Erwägungen des angefochtenen Entscheids darzulegen, inwiefern die angerufenen Rechte verletzt sein sollen (<ref-law>; <ref-ruling> E. 2.1 S. 372; <ref-ruling> E. 2.2 S. 232; <ref-ruling> E. 2.5 S. 314; Urteil 2C_138/2014 vom 12. Dezember 2014 E. 1.3.3).
1.3. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Eine Berichtigung oder Ergänzung der vorinstanzlichen Sachverhaltsfeststellungen ist von Amtes wegen (<ref-law>) oder auf Rüge hin (<ref-law>) möglich. Von den tatsächlichen Grundlagen des vorinstanzlichen Urteils weicht das Bundesgericht jedoch nur ab, wenn diese offensichtlich unrichtig sind oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruhen, sprich eine im Sinne von <ref-law> willkürliche Sachverhaltsfeststellung vorliegt und die Behebung des Mangels für den Verfahrensausgang entscheidend sein kann (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1.6 S. 144 f.; <ref-ruling> E. 2.3 S. 265 f.). Eine entsprechende Rüge ist substanziiert vorzubringen; auf rein appellatorische Kritik an der Sachverhaltsfeststellung bzw. Beweiswürdigung geht das Gericht nicht ein (BGE <ref-ruling> E. 2.3 S. 266; <ref-ruling> E. 10.1 S. 444 f.).
1.4. Gemäss <ref-law> sind in das Verfahren die Vorinstanz, die anderen Parteien, Beteiligten oder zur Beschwerde berechtigten Behörden einzubeziehen. Wer zu den "anderen Beteiligten" gehört, bestimmt das Bundesgericht von Amtes wegen. Die prozessuale Beiladung bedingt, dass die anderen Beteiligten zum rechtshängigen Rechtsverhältnis in einer besonders engen Beziehung stehen. Es ist mithin ein besonders schutzwürdiges Interesse erforderlich. Die beizuladende Dritte bzw. "andere Beteiligte" muss durch den Ausgang des bundesgerichtlichen Verfahrens in rechtlicher oder tatsächlicher Weise hinreichend berührt sein, ohne dass eine derart intensive Betroffenheit verlangt wird, dass sie formell als Gegenpartei auftreten könnte (<ref-ruling> E. 1.2.1 S. 387; Urteil 2C_64/2013 vom 26. September 2014 E. 1.4.1 mit Hinweisen; JOHANNA DORMANN, in: Basler Kommentar, Bundesgerichtsgesetz, 3. Aufl. 2018, N. 27 zu Art. 102; NICOLAS VON WERDT, in: Bundesgerichtsgesetz (BGG), 2. Aufl. 2015, N. 12 f. zu <ref-law>). Die vorinstanzlich entschiedene, quotale Besteuerung stiller Reserven auf Immaterialgüterrechten im Kanton Aargau scheint im Widerspruch zu dem vom Kanton Basel-Stadt gewährten, umfassenden Steueraufschub bezüglich dieser stillen Reserven zu stehen. Bei einem allfälligen, späteren Dahinfallen des Steueraufschubs im Kanton Basel-Stadt würde letzterer ausserdem vor der Situation stehen, dass ein Teil dieser stillen Reserven bereits von einem anderen Kanton besteuert wurde. Der Kanton Basel-Stadt respektive die StV BS sind deshalb durch den Ausgang des vorliegenden Verfahrens hinreichend berührt, weshalb die Beiladung der StV BS gerechtfertigt ist. Letztere hat ausserdem durch ihre Vernehmlassung zum Ausdruck gebracht, am Verfahren teilnehmen zu wollen.
2.
2.1. Die Beschwerdeführerin rügt eine Verletzung des Legalitätsprinzips im Steuerrecht (<ref-law>), da das Steuergesetz des Kantons Aargau vom 15. Dezember 1998 (StG AG; SAR 651.100), insbesondere dessen § 71 Abs. 5 (in der Fassung vom 22. August 2006, in Kraft ab 1. Januar 2007; AGS 2006 S. 355), keine genügende gesetzliche Grundlage für eine Besteuerung der stillen Reserven im vorliegenden Fall enthalte.
2.2. Handelt es sich um harmonisiertes kantonales Steuerrecht, prüft das Bundesgericht dessen Anwendung grundsätzlich mit voller Kognition, wie es dies im Fall von Bundesrecht täte. Soweit das Harmonisierungsrecht den Kantonen allerdings einen gewissen Gestaltungsspielraum ("une certaine marge de manoeuvre") belässt oder keine Anwendung findet, handelt es sich bei der kantonalen Norm um (rein) kantonales Recht, dessen Anwendung nur auf Verfassungs- und Völkerrechtskonformität hin untersucht wird. Neben der Einhaltung des Willkürverbots (<ref-law>) geht es dabei insbesondere um die Respektierung des Legalitätsprinzips im Abgaberecht (<ref-law>; <ref-ruling> E. 2 S. 209 f.; Urteil 2C_583/2014 vom 9. Februar 2015 E. 1.2.2, nicht publ. in: <ref-ruling>; Urteile 2C_138/2014 vom 12. Dezember 2014 E. 1.3.2 und 1.3.3; 2C_552/2012 vom 3. Dezember 2012 E. 2.1 und 5; 2C_645/2011 vom 12. März 2012 E. 1.5).
Mit freier Kognition ist wiederum zu prüfen, ob die kantonalrechtliche Lösung, welche einen kantonalen Freiraum betrifft, die Anwendung des Steuerharmonisierungsrechts weder in seiner horizontalen noch vertikalen Harmonisierungsfunktion beeinträchtigt (Urteile 2C_583/2014 vom 9. Februar 2015 E. 1.2.2 mit Hinweisen, nicht publ. in: <ref-ruling>; 2C_138/2014 vom 12. Dezember 2014 E. 1.3.2 mit Hinweisen).
2.3. § 71 Abs. 5 StG AG (in der vom 1. Januar 2007 bis 31. Dezember 2013 gültigen Fassung; AGS 2006 S. 355) lautet folgendermassen:
d) Umstrukturierungen
[...]
5 Über stille Reserven, die im Rahmen einer Umstrukturierung gemäss Absatz 1 oder einer Vermögensübertragung gemäss Absatz 3 in eine Holdinggesellschaft, in eine Verwaltungsgesellschaft oder in eine internationale Konzernkoordinationszentrale gelangen, wird steuerlich abgerechnet. Gleiches gilt beim Übergang zur Besteuerung nach § 68 Abs. 3, § 78 oder § 79. Ausgenommen sind stille Reserven auf Liegenschaften und auf Beteiligungen, für die eine Ermässigung auf der Gewinnsteuer nach § 77 möglich gewesen wäre. Die stillen Reserven auf Liegenschaften unterliegen der Besteuerung nach § 78 Abs. 2 oder § 79 Abs. 1 lit. b.
§ 80 Abs. 1 und 2 StG BS lauten demgegenüber folgendermassen:
d) Änderung des Steuerstatus
1 Fallen die stillen Reserven einer juristischen Person infolge ihrer Anerkennung als Holding- oder Domizilgesellschaft (Statusänderung) unter die privilegierte Besteuerung gemäss §§ 78 oder 79, so wird im Zeitpunkt der Statusänderung über diese Reserven steuerlich abgerechnet.
2 Die steuerliche Abrechnung über die stillen Reserven auf Beteiligungen von mindestens CHF 1'000'000 und Immaterialgüterrechten kann auf Antrag hin unterbleiben, sofern diese Vermögenswerte nicht innert zehn Jahren seit der Statusänderung veräussert werden. Werden sie vor Ablauf dieser Frist veräussert, so wird auf den stillen Reserven zum Zeitpunkt der Statusänderung eine Jahressteuer von 15 Prozent erhoben; Abzüge werden keine gewährt.
2.4. Die Vorinstanz und das KSt AG sind der Auffassung, es sei überspitzt formalistisch, die Beschwerdeführerin nur bis zur Übertragung des Detailhandelsgeschäfts als qua Betriebsstätte im Kanton Aargau steuerpflichtig zu behandeln. § 71 Abs. 5 StG AG umfasse die gesamte Umstrukturierung bis zu deren Abschluss bzw. diese sei als einheitlicher Geschäftsvorgang zu betrachten, wobei es keine Rolle spiele, ob die steuersystematische Realisierung der stillen Reserven im Jahr 2012 oder 2013 stattgefunden habe. Art. 22 Abs. 2 StHG sehe eine wirtschaftliche Zugehörigkeit für die ganze Steuerperiode vor. § 71 Abs. 5 StG AG enthalte zwar keine spezifischen bemessungs- und veranlagungstechnischen Regeln. Die Situation sei jedoch mit der Auflösung der Gesellschaft oder dem Wegzug ins Ausland vergleichbar, weshalb § 92 Abs. 3 StG AG analog anwendbar sei. Der Gesetzgeber habe mit § 71 Abs. 5 StG AG alle Fallkonstellationen erfassen und Lücken schliessen wollen. Dies komme durch die Wortlaute "Umstrukturierungen" und "gelangen" in § 71 Abs. 5 StG AG zum Ausdruck. Demgemäss spiele es keine Rolle, dass der Betrieb in die Tochtergesellschaft verschoben und die Markenrechte bzw. stillen Reserven gar nicht übertragen worden, sondern bei der Holdinggesellschaft verblieben seien. Die Abrechnung der stillen Reserven im letzten Jahr der ordentlichen Veranlagung im Kanton Aargau (2012) sei zulässig. Die gesetzliche Grundlage für die Besteuerung der stillen Reserven im Kanton Aargau sei gegeben.
Die Beschwerdeführerin vertritt dagegen die Auffassung, ab 1. Januar 2013 sei sie im Kanton Aargau nicht mehr steuerlich ansässig gewesen. Der Kanton Aargau besteuere einen Statuswechsel, der sich im Jahr 2013 ereignet habe, in der Steuerperiode 2012. Die Steuerhoheit für diesen Vorgang liege ausschliesslich beim Kanton Basel-Stadt. Der Kanton Aargau könne nicht den Realisationszeitpunkt in das Jahr 2012 verschieben. Die steuersystematische Erfassung der stillen Reserven sei nicht durch den Wegfall des anteilsmässigen Besteuerungsrechts (aufgrund Betriebsstätte), sondern durch den Statuswechsel im Jahr 2013 erfolgt. Es liege keine zu füllende Gesetzeslücke vor, sondern der Kanton Basel-Stadt habe für diese Situation mit § 80 Abs. 2 StG BS eine abschliessende Regelung getroffen. § 71 Abs. 5 StG AG erlaube nur eine Besteuerung bei Übertragung der stillen Reserven auf eine steuerprivilegierte Gesellschaft oder (unter anderem) bei einem Statuswechsel zu einer Holdinggesellschaft (§ 78 StG AG). Weder habe eine Übertragung stattgefunden noch sei es im Kanton Aargau zu einem Statuswechsel gekommen. § 71 Abs. 5 StG AG sehe keinen Eingriff in die Steuerhoheit eines anderen Kantons vor. Das Legalitätsprinzip im Steuerrecht sei verletzt.
3.
3.1. Das StHG enthält mit Ausnahme von Art. 24 Abs. 3quater lit. b keine Bestimmung, welche die Besteuerung stiller Reserven beim Übergang in den von der kantonalen Gewinnsteuer befreiten Bereich, insbesondere zu einer Holdinggesellschaft, vorsieht. Art. 24 Abs. 3quater StHG knüpft ausserdem nur an Konzernverhältnisse an. Die Kantone sind deshalb abgesehen von der genannten Ausnahme grundsätzlich frei, eine Regelung bezüglich der Besteuerung der stillen Reserven bei einem Statuswechsel vorzusehen (JULIA VON AH/DANIELA C. FISCHER, in: Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht, Bundesgesetz über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden [Kommentar StHG], 3. Aufl. 2017, N. 123 zu Art. 28 StHG; PETER RIEDWEG, Wechsel vom privilegierten zum ordentlichen Steuerstatus, in: Festschrift für Markus Reich, Dogmatik und Praxis im Steuerrecht, 2014, S. 141 ff., S. 149). Von dieser Freiheit haben die Kantone in unterschiedlicher Weise Gebrauch gemacht, indem die stillen Reserven bei einem Statuswechsel mit oder ohne Umstrukturierung voll oder teilweise besteuert oder die Besteuerung aufgeschoben wird. Insbesondere bei Immaterialgüterrechten wird die Besteuerung (steuersystematisch realisierter) stiller Reserven verschiedentlich aufgeschoben (vgl. die Übersicht bei PETER RIEDWEG, a.a.O., S. 150 f.; MARINA ZÜGER, Steuersystematische Realisierung stiller Reserven bei Statusänderungen, in: Festschrift für Markus Reich, Dogmatik und Praxis im Steuerrecht, 2014, S. 125 ff., 131 f.).
3.2. Im Bereich der bundesrechtlichen Abgaben und Steuern (<ref-law>) sowie der Steuern von Kantonen und Gemeinden (<ref-law>, nebst dem jeweiligen kantonalen Verfassungsrecht) herrschen erhöhte Anforderungen an die Gesetzmässigkeit (<ref-ruling> E. 2.1 S. 462 f. mit Hinweisen; Urteil 2C_687/2014 vom 28. August 2015 E. 3.2). Gemäss diesem strengen Legalitätsprinzip verlangt das Erfordernis der Normstufe, dass die Besteuerung in jedem Fall eine rechtssatzmässige und formellgesetzliche Grundlage aufweist. Aufgrund des Erfordernisses der Normdichte müssen zudem der Kreis der Steuerpflichtigen, der Gegenstand der Steuer und deren Bemessung in den Grundzügen im formellen Gesetz geregelt sein (<ref-ruling> E. 5.2 S. 180; <ref-ruling> E. 3.1.1 S. 35; <ref-ruling> E. 3.1 S. 144 f.; Urteile 2C_1044/2014 vom 26. November 2015 E. 2.4.1; 2C_687/2014 vom 28. August 2015 E. 3.2; 2C_160/2014 vom 7. Oktober 2014 E. 5.2.1; 2C_552/2012 vom 3. Dezember 2012 E. 5.1). Damit soll auch sichergestellt werden, dass den rechtsanwendenden Behörden kein übermässiger Spielraum verbleibt und die möglichen Steuerpflichten voraussehbar und rechtsgleich sind (<ref-ruling> E. 5.1 S. 157; <ref-ruling> E. 7.2 S. 140; Urteile 2C_1044/2014 vom 26. November 2015 E. 2.4.1; 2C_160/2014 vom 7. Oktober 2014 E. 5.2.1).
3.3. § 71 Abs. 5 StG AG erfasst den Übergang stiller Reserven in den auf kantonaler Ebene weitgehend gewinnsteuerfreien Bereich (Holdinggesellschaft, Verwaltungsgesellschaft, internationale Konzernkoordinationszentrale) infolge sowie ohne Umstrukturierung. Der aargauische Gesetzgeber wollte mit der Neufassung von § 71 Abs. 5 StG AG eine Besteuerungslücke schliessen, um die Besteuerung stiller Reserven auch bei einem reinen Statuswechsel ohne Umstrukturierung sicherzustellen (JÜRG ALTDORFER, in: Kommentar zum Aargauer Steuergesetz, 4. Aufl. 2015, N. 137 zu § 71 StG AG). Die Bestimmung bezweckt im Sinne einer steuersystematischen Realisierung die Besteuerung sämtlicher stiller Reserven, welche in den von der kantonalen Gewinnsteuer befreiten Bereich wechseln. Dies kommt auch im neutralen Wortlaut "gelangen" zum Ausdruck, wonach nicht eine Übertragung auf eine andere Gesellschaft nötig ist, sondern es genügt, wenn sich die stillen Reserven schliesslich im steuerbefreiten Bereich wiederfinden. Selbst wenn die stillen Reserven bei derselben Gesellschaft verbleiben und diese lediglich den Status einer Holdinggesellschaft annimmt, wird über die stillen Reserven abgerechnet. § 71 Abs. 5 StG AG ist in Verbindung mit den übrigen Absätzen dieser Regelung und den §§ 68, 77, 78 und 79 genügend dicht bzw. bestimmt, um über die Steuerpflicht bei der steuersystematischen Realisierung stiller Reserven Aufschluss zu geben. Die Vorgaben des Legalitätsprinzips im Steuerrecht sind damit erfüllt. Die vorinstanzliche Auslegung, wonach die vorliegende Umstrukturierung trotz mehrerer Teilschritte als ein Vorgang zu betrachten und der Realisierungszeitpunkt auf den 31. Dezember 2012 festzulegen ist, erscheint nach dem Gesagten und vor dem Hintergrund der bzw. des rückwirkend per 1. Januar 2013 erfolgten Umstrukturierung bzw. Statuswechsels nicht als offensichtlich unhaltbar bzw. willkürlich (vgl. Urteil 2C_655/2015 vom 22. Juni 2016 E. 3.1, nicht publ. in: <ref-ruling>; <ref-ruling> E. 4.3.1 S. 177; <ref-ruling> E. 2.1 S. 18 f.). Jedenfalls waren bis am 31. Dezember 2012 noch sämtliche stillen Reserven auf Immaterialgüterrechten und die aargauischen Betriebsstätten in derselben Gesellschaft vereint. Die Besteuerung der stillen Reserven auf den Immaterialgüterrechten durch den Kanton Aargau verstösst somit nicht gegen das Willkürverbot, sofern den aargauischen Betriebsstätten in der Steuerperiode 2012 überhaupt solche stillen Reserven zugeordnet werden können (dazu nachfolgend E. 7 und 8).
4.
Weiter erblickt die Beschwerdeführerin in der Besteuerung durch den Kanton Aargau eine Verletzung des Verbots der interkantonalen Wegzugsbesteuerung. Letzteres kommt in Art. 24 Abs. 2 lit. b StHG zum Ausdruck, wonach kein steuerbarer Gewinn entsteht durch Verlegung des Sitzes, der Verwaltung, eines Geschäftsbetriebes oder einer Betriebsstätte in einen anderen Kanton, soweit keine Veräusserungen oder buchmässigen Aufwertungen vorgenommen werden. Es bezweckt eine möglichst umfassende, interkantonale Mobilität von Unternehmen. Steuerliche Zugriffe, welche die interkantonale Mobilität stark einschränken, sollen deshalb vermieden werden (PETER BRÜLISAUER/OLIVER KRUMMENACHER, in: Kommentar StHG, N. 437 zu Art. 24 StHG). Vorliegend steht jedoch weder eine Sitzverlegung noch die Verlegung einer Betriebsstätte in Frage. Ausserdem sind die Kantone bezüglich der Regelung der Steuerfolgen der vorliegend betroffenen, steuersystematischen Realisierung stiller Reserven weitgehend frei (vgl. E. 3.1 oben). Eine Regelung wie jene des Kantons Aargau gemäss § 71 Abs. 5 StG AG füllt lediglich den Spielraum aus, der den Kantonen gemäss StHG in diesem Zusammenhang verbleibt. Es ist keineswegs so, dass bezüglich stiller Reserven auf Immaterialgüterrechten von Bundesrechts wegen ein Steueraufschub oder eine Steuerbefreiung vorgeschrieben ist, wenn diese in den steuerfreien Bereich geraten. Können den aargauischen Betriebsstätten der A._ Genossenschaft in der Steuerperiode 2012 stille Reserven auf Immaterialgüterrechten zugeordnet werden, kann der Kanton Aargau diese somit gemäss seiner gesetzlichen Regelung besteuern, ohne gegen das interkantonale Wegzugsbesteuerungsverbot zu verstossen.
5.
5.1. Im Weiteren rügt die Beschwerdeführerin, die vorinstanzliche Anwendung von § 71 Abs. 5 StG AG führe zu einer verpönten, interkantonalen, virtuellen Doppelbesteuerung (<ref-law>), da der Kanton Basel-Stadt für das gleiche Steuersubjekt und -objekt einen Steueraufschub vorsehe. Eine virtuelle Doppelbesteuerung liegt vor, wenn ein Kanton in Verletzung der geltenden Kollisionsnormen seine Steuerhoheit überschreitet und eine Steuer erhebt, die einem anderen Kanton zusteht (<ref-ruling> E. 2.3.1 S. 117 f.; <ref-ruling> E. 3.1 S. 300 f.; <ref-ruling> E. 2.2 S. 147; Urteile 2C_655/2016 vom 17. Juli 2017 E. 2.1; 2C_243/2011 vom 1. Mai 2013 E. 1.3). Gemäss bundesgerichtlicher Rechtsprechung setzt die unzulässige, interkantonale, virtuelle Doppelbesteuerung die Verletzung einer Kollisions- bzw. Zuteilungsnorm bezüglich Steuerhoheit voraus. Ausserdem darf ein Kanton eine steuerpflichtige Person grundsätzlich nicht deshalb stärker belasten, weil sie nicht in vollem Umfang seiner Steuerhoheit untersteht, sondern zufolge ihrer territorialen Beziehungen auch noch in einem anderen Kanton steuerpflichtig ist (Schlechterstellungsverbot; <ref-ruling> E. 2.3.1 S. 117 f.; <ref-ruling> E. 3.1 S. 300 f.; <ref-ruling> E. 2.2 S. 147; Urteil 2C_243/2011 vom 1. Mai 2013 E. 1.3).
5.2. Harmonisierungsrechtlich begründet die Betriebsstätte eines interkantonalen Unternehmens in dem Kanton, in dem nicht der Sitz des Unternehmens liegt, ein Nebensteuerdomizil aufgrund wirtschaftlicher Zugehörigkeit (Art. 21 Abs. 1 lit. b StHG). Der Kanton Aargau hat demnach das Recht, die in seinem Kanton gelegenen Betriebsstätten entsprechend den Steuerausscheidungsregeln zu besteuern. Eine virtuelle Doppelbesteuerung liegt damit, auch wenn der Kanton Basel-Stadt bezüglich stiller Reserven auf Immaterialgüterrechten einen Steueraufschub gewährt, von vornherein nicht vor, denn die Kantone haben wie dargelegt die Freiheit, die Steuerfolgen des Übergang stiller Reserven in den steuerfreien Bereich (unterschiedlich) zu regeln. Die betroffenen Kantone Aargau und Basel-Stadt haben bezüglich der stillen Reserven auf Immaterialgüterrechten eine entsprechende Steuerausscheidung vorzunehmen. Eine andere Frage ist, ob im Kanton Aargau in der Steuerperiode 2012 ein entsprechendes Steuersubstrat (stille Reserven auf Immaterialgüterrechten) bei der Betriebsstätte vorhanden war und dieses im Jahre 2012 realisiert wurde. Dies beschlägt jedoch die Frage des Realisationszeitpunktes (dazu E. 7 unten) und die Ermittlung des Steuersubstrats (dazu E. 8 unten). Das Verbot der interkantonalen Doppelbesteuerung ist somit nicht verletzt.
6.
6.1. Ausserdem rügt die Beschwerdeführerin eine Verletzung des Massgeblichkeitsprinzips bzw. von Art. 24 Abs. 1 StHG. Der Steueranspruch des Kantons Aargau betreffe die Steuerperiode 2012, die Umstrukturierung habe jedoch im Jahr 2013 stattgefunden. Letztere habe in der Jahresrechnung des Geschäftsjahres 2012 keinen Niederschlag gefunden.
6.2. Gemäss dem Massgeblichkeitsprinzip ist die handelsrechtliche Bilanz, welche den handelsrechtlichen Vorschriften entspricht, für die steuerliche Gewinnermittlung und die Steuerbilanz verbindlich, sofern nicht eine steuerrechtliche Korrekturvorschrift eingreift (<ref-ruling> E. 3.1 S. 85; <ref-ruling> E. 6.2 S. 359; <ref-ruling> E. 3.1 S. 92; <ref-ruling> E. 2.2 S. 177 f.; Urteil 2C_515/2010 vom 13. September 2011 E. 2.2). Mit einer steuerlichen Korrekturvorschrift soll unter anderem erreicht werden, dass die Ertrags- und Vermögenslage entsprechend der wirtschaftlichen Leistungsfähigkeit (<ref-law>) ausgewiesen wird (Urteil 2C_515/2010 vom 13. September 2011 E. 2.3). Mit dem Übergang stiller Reserven in den steuerfreien Bereich wird deren fiskalische Verknüpfung aufgehoben. Die steuersystematische Realisierung und damit Besteuerung der stillen Reserven bei deren Übergang in den steuerfreien Bereich trägt dem Prinzip der Besteuerung nach wirtschaftlicher Leistungsfähigkeit Nachachtung und rechtfertigt deshalb eine Durchbrechung des Massgeblichkeitsprinzips (vgl. MARINA ZÜGER, a.a.O., S. 127; MARKUS REICH/JULIA VON AH, in: Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht, Bundesgesetz über die direkte Bundessteuer [Kommentar DBG], 3. Aufl. 2017, N. 28 zu <ref-law>; PETER BRÜLISAUER/OLIVER KRUMMENACHER, in: Kommentar StHG, N. 319 zu Art. 24 StHG; PETER BRÜLISAUER/MARCO MÜHLEMANN, in: Kommentar DBG, N. 147 und 395 zu <ref-law>). § 71 Abs. 5 StG AG ist als steuerliche Korrekturvorschrift zu betrachten, welche die Besteuerung stiller Reserven auf Immaterialgüterrechten erlaubt, weshalb vorliegend die Durchbrechung des Massgeblichkeitsprinzips gerechtfertigt ist. Letzteres ist somit nicht verletzt.
7.
7.1. Schliesslich rügt die Beschwerdeführerin einen Verstoss gegen das Periodizitätsprinzip bzw. gegen Art. 31 Abs. 1, 2 und 3 StHG. Die steuersystematische Realisierung stiller Reserven habe erst am 1. Januar 2013 und nicht in der Steuerperiode 2012 stattgefunden (vgl. zum Periodizitätsprinzip BGE <ref-ruling> E. 6.4.3 ff. S. 362 ff.; Urteil 2C_696/2013 vom 29. April 2013 E. 3.1).
7.2. Dieser Auffassung kann nicht gefolgt werden. Es ist unbestritten, dass die Umstrukturierung rückwirkend auf den 1. Januar 2013 vorgenommen wurde. Das heisst, dass ab 1. Januar 2013 die - allenfalls - zuvor auf den Betriebsstätten liegenden Immaterialgüterrechte nicht mehr in den Bilanzen der Betriebsstätten figurierten, während sie bis und mit dem 31. Dezember 2012 - allenfalls - noch den Betriebsstätten zuzurechnen waren. Wenn die Vorinstanzen bei dieser Sachlage annahmen, die allfällige Realisation stiller Reserven sei derjenigen Periode zuzurechnen, in denen diese stillen Reserven noch den Betriebsstätten verhaftet waren, ist dies nicht zu beanstanden.
8.
8.1. Aus dem Gesagten ergibt sich, dass der Kanton Aargau gestützt auf § 71 Abs. 5 StG AG grundsätzlich über ein Besteuerungsrecht in Bezug auf die steuersystematische Realisierung stiller Reserven auf Immaterialgüterrechten bei vorliegender Umstrukturierung (mit Statuswechsel) verfügt, vorausgesetzt, den aargauischen Betriebsstätten der A._ Genossenschaft können für die Steuerperiode 2012 überhaupt solche stillen Reserven zugewiesen werden. Sollte sich dagegen ergeben, dass dies aufgrund des Sachverhalts und der Steuerteilungsregeln nicht der Fall ist, entfällt der Steueranspruch des Kantons Aargau mangels Steuersubstrat. Im vorinstanzlichen Urteil ist dieser Punkt ausdrücklich offengelassen worden ("Es spielt daher auch keine Rolle, ob die stillen Reserven auf den Markenrechten zu Lasten der Betriebsstätten oder des Hauptsitzes gebildet wurden (...)."). Die Beschwerdeführerin macht diesbezüglich geltend, soweit die Markenrechte aufgrund eines Erwerbs von Dritten in früheren Perioden einen Buchwert aufgewiesen hätten, seien sie bei der interkantonalen Steuerausscheidung für die Kapitalsteuer bis und mit 2012 immer und vollumfänglich dem Kanton Basel-Stadt zugewiesen worden. Dieses Vorgehen sei auch vom Kanton Aargau akzeptiert worden. Das KSt AG entgegnet in seiner Beschwerdeantwort, die A._-Markenrechte hätte vor der Umstrukturierung einen Buchwert von CHF null aufgewiesen, weshalb sich aus der genannten Aussage der Beschwerdeführerin gerade nichts ableiten lasse. Aus den Akten ergibt sich, dass die Frage, ob den aargauischen Betriebsstätten überhaupt stille Reserven auf Markenrechten zugeordnet werden können, auch im Rekursverfahren thematisiert, im Urteil des Spezialverwaltungsgerichts des Kantons Aargau jedoch ebenfalls offengelassen wurde.
8.2. Vorliegend führte die Realisierung der stillen Reserven auf Markenrechten zu einer Aufrechnung beim Gewinn durch das KSt AG um Fr. 1'208.6 Mio. Die interkantonale Steuerausscheidung erfolgt bei Unternehmen mit schweizerischem Sitz bzw. Hauptsteuerdomizil und Betriebsstätten bzw. Nebensteuerdomizilen (aufgrund wirtschaftlicher Zugehörigkeit, Art. 21 Abs. 1 lit. b StHG) in mehreren Kantonen praxisgemäss quotenmässig, während die objektmässige Ausscheidung nur in besonderen, hier nicht einschlägigen Ausnahmefällen zum Tragen kommt. Einem Kanton wird demnach eine Quote des Gesamtgewinns des interkantonalen Unternehmens (und nicht der im jeweiligen Kanton angefallene Gewinn) zugewiesen (<ref-ruling> E. 3.b S. 236; Urteile 2P.340/2006 vom 10. September 2007 E. 2.2; 2P.228/1993 vom 18. Dezember 1995 E. 2.c.; HANNES TEUSCHER/FRANK LOBSIGER, in: Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht, Interkantonales Steuerrecht, 2011 [Kommentar Interkantonales Steuerrecht], § 30 N. 18 f.). Bezüglich der quotenmässigen Ausscheidung wird zwischen der direkten und der indirekten Methode unterschieden. Erstere stellt für die Ermittlung der (kantonalen) Quoten auf die Betriebsstättenbuchhaltungen ab, während letztere Hilfsfaktoren, nämlich die Umsätze oder Erwerbsfaktoren (Arbeit und Kapital), heranzieht (<ref-ruling> E. 3.b S. 236; Urteile 2P.340/2006 vom 10. September 2007 E. 2.2; 2P.228/1993 vom 18. Dezember 1995 E. 2.c.; HANNES TEUSCHER/FRANK LOBSIGER, in: Kommentar Interkantonales Steuerrecht, § 30 N. 26 ff.). Das im Rahmen der interkantonalen Steuerausscheidung angewendete Vorgehen unterliegt in jedem Fall dem Ziel, unter Berücksichtigung der Verhältnisse des Einzelfalles einen Massstab zu finden, welcher die Bedeutung der Betriebsstätten im Rahmen des Gesamtunternehmens, d.h. ihren Anteil an der Erzielung des Gesamtertrages am zuverlässigsten zum Ausdruck bringt (<ref-ruling> E. 3.b S. 236 f.).
8.3. Aus den Akten ergibt sich, dass vorliegend betreffend Gewinnquote nach der indirekten Methode verfahren und diesbezüglich auf den Hilfsfaktor Umsatz abgestellt wurde (<ref-law>). Nicht klar ist, ob wie bei der Steuerausscheidung 2011 auch für das Steuerjahr 2012 dem Kanton Basel-Stadt ein Vorausanteil (sog. Präzipuum) von 20 % am zu besteuernden Gewinn zugewiesen wurde. Bei Handelsunternehmen ist das Abstellen auf den Umsatz bzw. die Umsatzanteile an sich ein geeigneter Hilfsfaktor (HANNES TEUSCHER/FRANK LOBSIGER, in: Kommentar Interkantonales Steuerrecht, § 30 N. 39, § 31 N. 12). Das Präzipuum dient der Abgeltung zentraler Funktionen bzw. entsprechender Leistungen, welche am Hauptsitz erbracht werden. Wenn im Rahmen der indirekten Methode auf den Erwerbsfaktor Arbeit abgestellt wird, ist den zentralen Funktionen in der Regel aufgrund der höheren Lohnsumme durch Management- und Overheadfunktionen bereits Rechnung getragen, weshalb ein reduziertes Präzipuum von praxisgemäss höchstens 10 % zur Anwendung kommt (Urteil 2P.340/2006 vom 10. September 2007 E. 2.3, 3.1 und 3.4). Anders sieht es dagegen bei der Heranziehung des Hilfsfaktors Umsatz aus. In diesem Fall wird den zentralen Funktionen zuwenig Rechnung getragen und ein Präzipuum von 20 % ist zu gewähren (Urteil 2P.340/2006 vom 10. September 2007 E. 3.1; HANNES TEUSCHER/FRANK LOBSIGER, in: Kommentar Interkantonales Steuerrecht, § 30 N. 42 f.). Demnach ist zugunsten des Kantons Basel-Stadt in jedem Fall ein Präzipuum von 20 % auszuscheiden.
8.4. Vorliegend kommt hinzu, dass der satzbestimmende Gesamtgewinn von rund Fr. 1'097 Mio. in Anbetracht des operativen Reingewinns von "nur" Fr. 468 Mio. (und diversen Abzügen) durch den Gewinn infolge Realisierung der stillen Reserven von Fr. 1'208.6 Mio. im Steuerjahr 2012 stark verzerrt wurde, beträgt doch die Aufrechnung der stillen Reserven das rund 2.6-fache des operativen Gewinns. Der Massstab der Umsatzquote bedarf bei dieser Ausgangslage zusätzlich zum genannten Präzipuum je nach Resultat der nachfolgenden Abklärungen einer weiteren Anpassung. Vorliegend ist zu klären, inwiefern die Konzernmarke "A._" bis im Jahr 2012 durch den Hauptsitz aufgebaut, gepflegt und verwaltet wurde, der entsprechende Aufwand buchhalterisch dem Hauptsitz belastet und am Hauptsitz die Markenpolitik der A._-Gruppe bestimmt wurde. Immerhin ist unbestritten, dass sämtliche A._-Marken bis und mit Steuerjahr 2012 in der Steuerausscheidung bezüglich Kapital der (ursprünglichen) A._ Genossenschaft (heute A._-Gruppe Genossenschaft) dem Kanton Basel-Stadt zugewiesen wurden, was zumindest ein Indiz dafür darstellt, dass die entsprechenden Funktionen und Leistungen vom Hauptsitz im Kanton Basel-Stadt erbracht wurden. Sollte sich ergeben, dass letzteres der Fall ist, ist die genannte Verzerrung durch eine deutliche Erhöhung des genannten Präzipuums zugunsten des Kantons-Basel-Stadt zu korrigieren (vgl. <ref-ruling> E. 4 S. 237 ff.).
8.5. Die Vorinstanz hat den Sachverhalt diesbezüglich unvollständig festgestellt. Die Sache ist deshalb zur Abklärung und ergänzenden Sachverhaltsfeststellung im Sinne der Erwägungen an die Vorinstanz zurückzuweisen, welche anschliessend aufgrund der zusätzlichen Feststellungen die Steuerausscheidung erneut vorzunehmen bzw. in der Sache neu zu entscheiden hat.
9.
Die Beschwerdeführerin stellt einen Eventualantrag zur Festsetzung des steuerbaren Reingewinns für das Steuerjahr 2012 (auf rund Fr. 46 Mio.) sowie zwei Subeventualanträge zur Festsetzung des desselben unter Berücksichtigung von (teilweise bestimmten) Steuerrückstellungen. Da ein allfälliger steuerbarer Gewinn und allfällige Steuerrückstellungen vom Ergebnis der vorgenannten Sachverhaltsfeststellung abhängen, macht die Beurteilung des Eventualantrages und der Subeventualanträge vorliegend wenig Sinn. Diese Anträge betreffen aufgrund der Ausgangslage theoretische Fragen, welche vom Bundesgericht nicht zu klären sind. Auf den Eventualantrag und die Subeventualanträge ist deshalb vorliegend nicht einzutreten.
10.
Die Beschwerde ist deshalb gutzuheissen und die Sache im Sinne der Erwägungen an die Vorinstanz zur neuen Entscheidung zurückzuweisen.
11.
11.1. Da der Kanton Aargau vorliegend Vermögensinteressen verfolgt, sind ihm die Gerichtskosten des bundesgerichtlichen Verfahrens aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 und 4 BGG).
11.2. Der Kanton Aargau hat der Beschwerdeführerin für das bundesgerichtliche Verfahren eine Parteientschädigung zu bezahlen (Art. 68 Abs. 1 und 2 BGG).
11.3. In Bezug auf die kantonalen Rechtsmittelverfahren wird die Sache zur Neuverlegung der Kosten (inkl. Parteientschädigung) an die Vorinstanz zurückgewiesen (Art. 67 und 68 Abs. 5 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird gutgeheissen. Das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Aargau vom 30. November 2017 wird aufgehoben. Die Sache wird zur neuen Entscheidung im Sinne der Erwägungen an die Vorinstanz zurückgewiesen.
2.
Die Gerichtskosten für das bundesgerichtliche Verfahren von Fr. 30'000.-- werden dem Kanton Aargau auferlegt.
3.
Der Kanton Aargau hat der Beschwerdeführerin für das bundesgerichtliche Verfahren eine Parteientschädigung von Fr. 30'000.-- zu bezahlen.
4.
Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten, der Steuerverwaltung des Kantons Basel-Stadt, dem Verwaltungsgericht des Kantons Aargau, 2. Kammer, und der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 23. Januar 2020
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Seiler
Der Gerichtsschreiber: Quinto