Sachverhalt:
A.
A._ führte während rund 15 Jahren das Restaurant B._ in der Liegenschaft C._ Gbbl. Nr. xxx an der D._strasse in U._ als Mieter mit einem monatlichen Mietzins von Fr. 13'500.-- (inkl. Nebenkosten). Im Haus befinden sich im Erdgeschoss das Restaurant und darüber Mietwohnungen. Im März 2006 erwarb A._ die Liegenschaft für Fr. 3'305'000.--. Am 17. November 2011 verkaufte er sie zum Preis von Fr. 4'500'000.-- an eine Gesellschaft mit Sitz in V._. Am 3. Mai 2013 veranlagte die Steuerverwaltung des Kantons Bern, Abteilung Grundstückgewinnsteuer, die Grundstückgewinnsteuer. Den steuerbaren Grundstückgewinn setzte sie auf Fr. 731'600.-- fest, wobei sie insbesondere Vermittlungsprovisionen von insgesamt Fr. 158'500.-- als abziehbare Aufwendungen berücksichtigte. Dieser Betrag setzte sich zusammen aus einer Provision von Fr. 65'000.-- gemäss Mäklervertrag mit der E._ GmbH sowie Fr. 93'500.--. Dafür war der Steuererklärung eine Quittung vom 7. Februar 2012 beigelegt. Darin wird ausgeführt, dass mit der Zahlung von Fr. 93'500.-- insbesondere die "Schuldanerkennung vom 23. August 2011" getilgt werde und die Parteien sich "bezüglich des Rechtsverhältnisses um den Kauf/Verkauf der Liegenschaft D._strasse, U._, per Saldo aller Ansprüche auseinandergesetzt" erklärten. Die in der Quittung erwähnte "Schuldanerkennung vom 23. August 2011" lag der Steuererklärung nicht bei.
Gemäss einer der Steuerverwaltung nach Rechtskraft der Veranlagung zur Kenntnis gebrachten Vereinbarung zwischen A._ und F._ vom 23. Augst 2011 verpflichtete sich letzterer, über eine neu zu gründende Betriebsgesellschaft das Restaurant für die Mindestdauer von neun Monaten nach dem Verkauf der Liegenschaft weiterzuführen. A._ verpflichtete sich seinerseits, F._ das Restaurant bis zum Verkauf der Liegenschaft unentgeltlich zu überlassen und nach dem Verkauf Fr. 130'000.-- an ihn zu bezahlen "für die Weiterzahlung der Miete für eine Periode von mindestens 9 Monaten und CHF 8'500.-- für geleistete Arbeit im Restaurant". Über den Betrag von Fr. 130'000.-- war gemäss der Vereinbarung eine separate Schuldanerkennung zu unterzeichnen. Auf diese verwies die Quittung vom 7. Februar 2012, mit der F._ bestätigte, im Zusammenhang mit dem Liegenschaftsverkauf Fr. 93'500.-- erhalten zu haben.
Am 7. August 2014 eröffnete die Steuerverwaltung, Abteilung Zentrale Veranlagungsbereiche, Bereich Nachsteuer, ein Nachsteuer- und Steuerhinterziehungsverfahren gegen A._, weil der Verdacht bestehe, dass es sich bei der Zahlung von Fr. 93'500.-- an F._ entgegen den Angaben in der Steuererklärung nicht um eine Vermittlungsprovision gehandelt habe. Am 30. April 2015 erhob die Steuerverwaltung von A._ eine Nachsteuer von Fr. 31'372.90 und auferlegte ihm eine Busse von Fr. 23'529.65.
B.
Eine von A._ gegen diese Verfügung gerichtete Einsprache wies die Steuerverwaltung am 21. Juli 2015 ab.
Gegen den Einspracheentscheid gelangte A._ mit Rekurs an die Steuerrekurskommission des Kantons Bern. Diese sistierte das Nachsteuerverfahren bis zum Abschluss des Steuerhinterziehungsverfahrens. Den Rekurs gegen die Steuerbusse wies die Steuerrekurskommission am 20. September 2016 ab.
Eine von A._ gegen den Entscheid der Steuerrekurskommission erhobene Verwaltungsgerichtsbeschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Bern, verwaltungsrechtliche Abteilung, am 21. März 2017 ab, soweit es darauf eintrat.
C.
Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 3. Mai 2017 beantragt A._, das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Bern vom 21. März 2017 und die dadurch bestätigte Steuerbussenverfügung seien aufzuheben. Im Hinblick auf das Verfahren hat A._ die Gewährung der aufschiebenden Wirkung beantragt. Das präsidierende Mitglied der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung hat das Gesuch am 23. Mai 2017 abgewiesen.
Das Verwaltungsgericht des Kantons Bern und die Steuerverwaltung des Kantons Bern schliessen auf Abweisung der Beschwerde. Die eidgenössische Steuerverwaltung hat sich nicht vernehmen lassen.

Erwägungen:
1.
1.1. Die Beschwerde richtet sich gegen den verfahrensabschliessenden Entscheid einer letzten kantonalen Instanz in einer Angelegenheit des öffentlichen Rechts. Die Voraussetzungen der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten sind erfüllt (Art. 82 lit. a, Art. 83 e contrario, Art. 86 Abs. 1 lit. d und Abs. 2, Art. 89 Abs. 1 und Art. 90 BGG in Verbindung mit Art. 73 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden [StHG; SR 642.14]). Auf die fristgerecht eingereichte Beschwerde (Art. 100 Abs. 1 BGG) ist einzutreten.
1.2. Gegenstand des bundesgerichtlichen Verfahrens bildet ausschliesslich das letztinstanzliche kantonale Urteil. Diesem zugrunde liegende Verfügungen gelten als mit angefochten. Sie können im bundesgerichtlichen Verfahren indessen nicht eigenständig beanstandet werden (Devolutiveffekt). Auf den diesbezüglichen Aufhebungsantrag ist deshalb nicht einzutreten (<ref-ruling> E. 1.2 S. 543; Urteil 2C_1005/2013 vom 5. November 2013 E. 2.1).
1.3.
1.3.1. Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann insbesondere die Verletzung von Bundes- und Völkerrecht gerügt werden (Art. 95 lit. a und b BGG). Bei der Prüfung wendet das Bundesgericht das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG; <ref-ruling> E. 4.4.5. S. 157) und verfügt über volle Kognition (Art. 95 BGG; <ref-ruling> E. 2 S. 236).
Zum Bundesrecht zählt auch das Recht über die Harmonisierung der direkten Steuern von Bund, Kantonen und Gemeinden (Art. 129 BV). Soweit das Harmonisierungsrecht den Kantonen hingegen einen gewissen Gestaltungsspielraum ("une certaine marge de manoeuvre") belässt oder gar keine Anwendung findet, stellt die betreffende Norm des kantonalen Steuerrechts sich als (rein) kantonales Recht dar (Art. 1 Abs. 3 Satz 1 StHG; Urteil 2C_826/2015 vom 5. Januar 2017 E. 2, nicht publ. in : <ref-ruling>).
1.3.2. Von hier nicht gegebenen Ausnahmen abgesehen, kann das Bundesgericht die Auslegung und Anwendung kantonalen (und kommunalen) Verfassungs-, Gesetzes- oder Verordnungsrechts nicht als solche überprüfen, sondern lediglich daraufhin, ob dadurch Bundes-, Völker- oder interkantonales Recht verletzt wird (Art. 95 lit. a, b und e BGG; <ref-ruling> E. 2.1 S. 372). Dabei beschränkt sich die Überprüfung auf die Verletzung verfassungsmässiger Rechte (<ref-ruling> E. 1.3 S. 96), insbesondere auf den Aspekt der Verletzung des Willkürverbots (Art. 9 BV, <ref-ruling> E. 4.2 S. 516).
Die Verletzung von verfassungsmässigen Rechten (einschliesslich der Grundrechte) und von rein kantonalem Recht prüft das Bundesgericht in jedem Fall nur, soweit eine solche Rüge in der Beschwerde überhaupt vorgebracht und ausreichend begründet worden ist (qualifizierte Rüge- und Begründungsobliegenheit gemäss Art. 106 Abs. 2 BGG). Soweit die Beschwerdeschrift diesen Anforderungen nicht genügt, ist darauf nicht einzugehen.
1.4. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1 BGG; <ref-ruling> E. 4.4.3 S. 156). Es kann die tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz nur berichtigen oder ergänzen, soweit sie offensichtlich unrichtig - das heisst willkürlich - sind oder auf einer anderen Rechtsverletzung im Sinn von Art. 95 BGG beruhen (Art. 105 Abs. 2 BGG; <ref-ruling> E. 2 S. 5). Die betroffene Person muss rechtsgenügend dartun, dass und inwiefern der festgestellte Sachverhalt in diesem Sinn mangelhaft erscheint und die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (Art. 97 Abs. 1 i.V.m. Art. 42 Abs. 2 und Art. 106 Abs. 2 BGG). Rein appellatorische Kritik an der Sachverhaltsermittlung und an der Beweiswürdigung genügt den Begründungs- und Rügeanforderungen nicht (vgl. <ref-ruling> E. 10.1 S. 445 mit Hinweisen).
Die Sachverhaltsfeststellung oder Beweiswürdigung (dazu <ref-ruling> E. 2.3 S. 266; <ref-ruling> E. 4.1.2 S. 62) einer Gerichtsbehörde ist willkürlich (Art. 9 BV), wenn diese den Sinn und die Tragweite eines Beweismittels offensichtlich verkannt, wenn sie ohne sachlichen Grund ein wichtiges und entscheidwesentliches Beweismittel unberücksichtigt gelassen oder wenn sie auf Grundlage der festgestellten Tatsachen unhaltbare Schlussfolgerungen gezogen hat. Dass die Schlüsse nicht mit der eigenen Darstellung der beschwerdeführenden Partei übereinstimmen, belegt keine Willkür (<ref-ruling> E. 4.2 S. 234; <ref-ruling> E. 4.2 S. 560).
2.
2.1. Ein Grundstückgewinn im Sinn von Art. 12 Abs. 1 StHG ergibt sich, soweit der bei der Veräusserung eines Grundstücks erzielte Erlös die Anlagekosten (Erwerbspreis oder Ersatzwert zuzüglich Aufwendungen) übersteigt. Die Tatbestandselemente "Erlös", "Anlagekosten" und "Ersatzwert" führt Art. 12 Abs. 1 StHG nicht näher aus; es handelt sich um unbestimmte Rechtsbegriffe. Insofern überlässt der Bund den Kantonen bei der Umschreibung des steuerbaren Gewinns einen, wenn auch eingeschränkten, Spielraum (<ref-ruling> E. 3.1 S. 387).
2.2.
2.2.1. Art. 12 StHG führt insbesondere nicht aus, welche Kosten beim Grundstückgewinn als "Aufwendungen" anrechenbar sind. So können die Kantone innerhalb der ihnen gesetzten Grenzen selbst bestimmen, welche Auslagen sie anrechnen lassen und welche Kosten sie als mit dem An- und Verkauf der Liegenschaft zusammenhängend erachten wollen. Einzelne Kantone rechnen sämtliche mit dem Erwerb oder der Veräusserung des Grundstücks untrennbar verbundenen Auslagen als "Aufwendungen" an, so insbesondere auch der Kanton Bern in Art. 142 Abs. 1 des Steuergesetzes vom 21. Mai 2000 (StG/BE; BSG 661.11). Dagegen sind andere Kantone diesbezüglich restriktiver. So rechnet beispielsweise der Kanton Zürich nur gerade "übliche Mäklerprovisionen und Insertionskosten für Erwerb und Veräusserung" zu den "Aufwendungen", nicht aber weitere erwerbs- bzw. veräusserungskausale Kosten, wie beispielsweise jene des Notars und der Verschreibung (<ref-ruling> E. 3.2 S. 387 f. mit Hinweisen auf verschiedene kantonale Gesetzgebungen).
In Bezug auf solche kantonale Besonderheiten der Grundstückgewinnsteuer, die in den dem kantonalen Gesetzgeber verbleibenden Gestaltungsraum fallen, stellt sich das jeweilige Grundstückgewinnsteuerrecht als kantonales Recht dar und überprüft das Bundesgericht die Rechtsanwendung nur auf Willkür (<ref-ruling> E. 3.3 S. 388).
2.2.2. Der den Kantonen bei der Umschreibung des Steuerobjekts und dessen Bemessung zustehende Freiraum ist indessen nur ein beschränkter. Insbesondere kann die Auslegung der Rechtsbegriffe "Erlös", "Anlagekosten" und "Aufwendungen" im Rahmen von Art. 12 Abs. 1 StHG nicht harmonisierungsautonom erfolgen. Soweit bundessteuergesetzliche und harmonisierungsrechtliche Regelung dem Sinn nach übereinstimmen, ist aus Gründen der vertikalen Steuerharmonisierung eine identische Auslegung geboten (<ref-ruling> E. 4.1 S. 388). Dabei hat das Bundesgericht in seiner Rechtsprechung aus Art. 12 Abs. 1 StHG in verschiedener Hinsicht bundesrechtlich gebotene Inhalte des Begriffs der "Anlagekosten" abgeleitet (vgl. dazu die Übersicht in <ref-ruling> E. 4 und 5 S. 388 ff.). Insbesondere hat das Bundesgericht festgestellt, dass "Anlagekosten" von Bundesrechts wegen immer dann anzunehmen sind, wenn der Veräusserer selbst wertvermehrende Aufwendungen getätigt hat, die mit der Veräusserung des massgeblichen Grundstücks untrennbar verbunden sind. Zu beachten ist insbesondere auch das sog. Kongruenzprinzip ("le principe des conditions comparables"), wonach sich Erlös und Anlagewert in der Regel auf das nämliche, das heisst das umfänglich und inhaltlich gleiche Grundstück zu beziehen haben. Demnach sind Substanzzunahmen bei Ermittlung des Gewinns ebenso zu berücksichtigen wie Substanzabnahmen (<ref-ruling> E. 4.4 S. 392; Urteil 2C_817/2014 vom 25. August 2015 E. 2.2.2).
Die Beachtung der bundesrechtlichen Vorgaben der Steuerharmonisierung prüft das Bundesgericht mit voller Kognition. Das gilt insbesondere für die in Art. 12 StHG erwähnten "Aufwendungen" bzw. Anlagekosten, soweit sie bundesrechtlich vorgegeben sind (vgl. <ref-ruling> E. 4.1.3 S. 389).
3.
3.1. Gemäss Art. 142 Abs. 1 StG/BE gelten als Aufwendungen die von der steuerpflichtigen Person selbst getragenen Ausgaben, die mit dem Erwerb oder der Veräusserung untrennbar verbunden sind oder die zur Verbesserung oder Wertvermehrung des veräusserten Vermögensbestandteils beigetragen haben. In Art. 142 Abs. 2 lit. a - g StG/BE sind sodann in einer exemplifikativen Enumeration ("Aufwendungen sind insbesondere") verschiedene Auslagen aufgeführt, welche Aufwendungen im Sinn des Gesetzes darstellen, darunter insbesondere Kosten der Handänderung, Verschreibung und Versteigerung (lit. a), Provisionen, Auslagen für die Vermittlung des Kaufs oder Verkaufs (lit. b) sowie Auslagen für die dauernde Wertvermehrung am Grundstück wie Neu- und Umbauten, Wasserversorgung, Licht- und Heizungsanlagen, Strassenbauten, Bodenverbesserungen und Uferschutzbauten, einschliesslich der dafür dem Gemeinwesen oder einem Verband freiwillig geleisteten Beiträge, sowie mit der Behörde vertraglich vereinbarte Bauten auf dem Grundstück wie Kinderspielplätze, gemeinschaftlich genutzte Räume oder andere Einrichtungen (lit. c).
3.2.
3.2.1. Der Beschwerdeführer macht zunächst geltend, die Zahlung von Fr. 93'500.-- sei untrennbar mit der Veräusserung des Grundstücks verbunden gewesen, weil sie nur bei Zustandekommen dieser Veräusserung überhaupt geschuldet gewesen sei. Dazu komme, dass die umstrittene Zahlung zugleich eine Auslage für die Vermittlung des Grundstückverkaufs darstelle, die mit dem Verkauf untrennbar verbunden gewesen sei. Der beim Verkauf tätig gewordene Grundstückmakler hätte diesen nicht vermitteln und damit seine Provision nicht verdienen können, wenn nicht F._ das Restaurant gemietet und damit einen Restaurant-Leerstand vermieden hätte. Hier habe es eine sog. "zusammengesetzte Vermittlungstätigkeit" von zwei verschiedenartigen, aber gleichermassen zum Erfolg unabdingbar nötigen Vermittlungstätigkeiten gebraucht. Es sei kein sachlicher Grund dafür erkennbar, warum die Vorinstanz die offensichtliche untrennbare Verbundenheit der streitigen Zahlung mit der Grundstückveräusserung verneint habe.
3.2.2. Gemäss der Vorinstanz sind unter den in Art. 142 Abs. 1 StG/BE angeführten, mit dem Erwerb oder der Veräusserung untrennbar verbundenen Aufwendungen nur solche Ausgaben zu verstehen, die regelmässig direkt mit einem Grundstückverkauf einhergehen (vgl. angefochtener Entscheid E. 4.4). Diese Eigenschaft sei für die von Art. 142 Abs. 2 lit. a StG/BE erfassten Aufwendungen wie namentlich Handänderungsabgaben, Notariatskosten, Steigerungskosten, Parzellierungs- und Geometerkosten, Insertionskosten und allfällige beim Erwerb zur Zahlung übernommene Grundstückgewinnsteuern im Umfang der Erlöskorrektur bei der Voreigentümerschaft zu bejahen, ebenso für die in Art. 142 Abs. 2 lit. b StG/BE genannten Mäklerprovisionen, mithin das Entgelt für die Vermittlung oder den Nachweis einer Kaufs- oder Verkaufsgelegenheit, nicht hingegen für die hier streitige Zahlung.
Diese Auffassung erweist sich entgegen der Auffassung des Beschwerdeführers ohne weiteres als vertretbar. Damit eine Aufwendung mit dem Erwerb oder der Veräusserung als untrennbar verbunden gelten kann, muss diese in einem direkten sachlichen Zusammenhang mit dem Eigentumswechsel stehen. Andernfalls wären selbst Kosten, die in irgendeiner Weise mit dem Abschluss eines Grundstückkaufs verknüpft werden und die offensichtlich nicht mehr als Aufwendungen zu betrachten sind - z.B. beim Abschluss eines Kaufvertrags getroffene Nebenabreden über Zahlungen, die an sich mit dem Grundstückkauf nichts zu tun haben, die aber als subjektiv wesentlich mit dem Abschluss des Grundstückkaufvertrags verbunden werden - bei der Bemessung des steuerbaren Grundstückgewinns zu berücksichtigen. Der hier infrage stehenden Zahlung fehlt ein direkter Zusammenhang mit dem Eigentumswechsel. Die Vereinbarung des Beschwerdeführers mit F._ betrifft gerade nicht den Eigentumswechsel. Damit sollte vielmehr der Abschluss eines Mietvertrags durch F._ bzw. durch die von diesem zu gründende Betriebsgesellschaft bewirkt werden. Das Mietverhältnis bzw. der aufgrund dessen bezahlte Mietzins sollte das Kaufobjekt für den Kaufinteressenten als lohnendes Investitionsobjekt erscheinen lassen, mit dem dieser eine in seinen Augen attraktive Rendite würde erzielen können. Selbst wenn das Bestehen des Mietverhältnisses unmittelbar kausal für den Entschluss des Käufers, die Liegenschaft zu erwerben, gewesen sein sollte, wovon ausgegangen werden kann, liegt insoweit kein Bestandteil (neben dem Tätigwerden der E._ GmbH) einer "zusammengesetzten Vermittlungstätigkeit" vor und fehlt jeder direkte sachliche Bezug zur Veräusserung. Es ist daher nicht zu beanstanden, dass das Verwaltungsgericht den von Art. 142 Abs. 1 StG/BE verlangten unmittelbaren Zusammenhang mit der Veräusserung verneint hat.
3.3.
3.3.1. Der Beschwerdeführer führt weiter aus, die Aufzählung in Art. 142 Abs. 2 lit. d und e StG/BE sei offensichtlich nicht abschliessend, so dass auch andere Aufwendungen durch Rechtsänderung, die nicht am Grundstück selbst erfolgten, jedoch zu einer direkten Wertvermehrung führten, aufgrund der Generalklausel abziehbar sein müssten. Bei der Vereinbarung mit F._ gehe es um eine rechtliche Gestaltung, welche einen direkten Zusammenhang mit dem Grundstück habe und bei diesem eine Wertvermehrung bewirke. Entscheidend sei entgegen der Vorinstanz lediglich, dass die Wertvermehrung in den Grundstückgewinn einfliesse. Die von der Vorinstanz für rechtliche Gestaltungen, die eine Wertvermehrung bewirkten, verlangte Dauerhaftigkeit, müsse in diesem Sinn verstanden werden; es dürfe nicht verlangt werden, dass die Wertvermehrung auch nach der Veräusserung anhalten müsse. Im Übrigen spiele das von der Vorinstanz zur Begründung der Verneinung des wertvermehrenden Charakters der Zahlung an F._ herangezogene Kongruenzprinzip hier überhaupt keine Rolle, weil das Grundstück sich zwischen dem Erwerbszeitpunkt 2006 und dem Veräusserungszeitpunkt 2011 weder umfänglich noch inhaltlich verändert hat.
3.3.2. Entgegen der Auffassung des Beschwerdeführers ist das bundesrechtlich vorgegebene Kongruenzprinzip (vgl. dazu schon oben E. 2.2.2) für die Beurteilung der vorliegenden Angelegenheit bedeutsam. Das Kongruenzprinzip dient der Verwirklichung des grundstückgewinnsteuerrechtlichen Grundgedankens, dass bloss der auf "äusseren" Umständen basierende, "unverdiente" (Wert-) Zuwachs, Mehrwert bzw. die Wertsteigerung oder -vermehrung steuerlich zu erfassen ist. Ist diese Wertzunahme hingegen "verdient", insbesondere durch den Einsatz des Veräusserers an Arbeit oder Vermögen (Kapital), so fehlt die innere Rechtfertigung für den steuerlichen Zugriff (vgl. so schon PETER LOCHER, Das Objekt der bernischen Grundstückgewinnsteuer, 1976, S. 67). Zwar ist dieser Grundgedanke durch die gesetzliche Anerkennung wertvermehrender Aufwendungen als Teil der Anlagekosten nur unvollkommen umsetzbar; ob im Hinblick auf die Wertvermehrung einer Liegenschaft vorgenommene Ausgaben tatsächlich zu einer Wertvermehrung bzw. zu einem höheren Veräusserungserlös geführt haben, lässt sich in der Praxis sehr oft weder absolut noch gar masslich bestimmen. Unabhängig davon ist aber für die Anerkennung einer Ausgabe als wertvermehrend jedenfalls zu verlangen, dass die Ausgabe in einem Zusammenhang mit dem veräusserten Grundstück steht (<ref-ruling> E. 4.3 S. 391).
Hier fehlt ein solcher Zusammenhang. Gemäss der Vereinbarung, welche der Beschwerdeführer mit F._ schloss, übernahm dieser es, eine Betriebsgesellschaft zu gründen, einen Mietvertrag für die Restauranträumlichkeiten abzuschliessen und den Betrieb bis mindestens neun Monate (und nicht etwa länger) nach dem Verkauf des Grundstücks weiterzuführen. Der Beschwerdeführer verpflichtete sich dagegen dazu, für neun Monate den Mietzins (sowie eine weitere Zahlung von Fr. 8'500.--) an F._ zu erstatten. Der Zweck der Vereinbarung bestand damit in erster Linie darin, im Hinblick auf den geplanten Verkauf der Liegenschaft Renditeerwartungen möglicher Käufer zu erhöhen. Die Vereinbarung und die auf dieser fussende Zahlung des Beschwerdeführers an F._ diente damit zwar der Erzielung eines höheren Verkaufspreises, als er bei leer stehenden Restauranträumlichkeiten zu erzielen gewesen wäre. Angesichts dessen, dass der Beschwerdeführer selbst sich verpflichtete, den Mietzins an F._ zu erstatten und dieser die Verpflichtung zum Betrieb des Restaurants mittels einer zu gründenden Betriebsgesellschaft nur für den Erstattungszeitraum von neun Monaten übernahm, liegt jedoch auf der Hand, dass die Vereinbarung und die darauf fussende Zahlung zwar im Hinblick auf die Erzielung eines höheren Verkaufspreises, nicht jedoch mit dem Ziel einer (echten) Wertvermehrung der Liegenschaft selbst erfolgte. Der Vereinbarung ebenso wie der späteren Zahlung fehlte somit, obwohl ihr Gegenstand der Abschluss eines Mietvertrags über Räumlichkeiten in der Liegenschaft war, der erforderliche grundstückgewinnsteuerrechtliche Zusammenhang mit dem später veräusserten Grundstück. Schon deshalb ist es nicht zu beanstanden, wenn das Verwaltungsgericht es abgelehnt hat, die Zahlung an F._ als wertvermehrende Aufwendung anzuerkennen (vgl. angefochtener Entscheid, E. 4.3 am Ende). Im Übrigen hat das Verwaltungsgericht für Wertvermehrungen rechtlicher Natur entgegen der Auffassung des Beschwerdeführers zutreffend deren Dauerhaftigkeit verlangt, welche hier mit Bezug auf die Vereinbarung mit F._ und die darauf basierende Zahlung ebenfalls nicht gegeben ist.
4.
4.1. Der Beschwerdeführer macht weiter geltend, selbst wenn der Charakter der Zahlung an F._ als Aufwendung verneint werde, sei schon der objektive Tatbestand der Steuerhinterziehung nicht erfüllt, weil ihm im Zusammenhang mit dieser Zahlung bzw. deren Geltendmachung im Veranlagungsverfahren keine Verfahrenspflichtverletzung vorgeworfen werden könne. Dass er als juristischer Laie irrtümlich den Ausdruck Provision für die Fr. 93'500.-- verwendet habe, sei ihm nicht vorzuwerfen. Die Steuerverwaltung habe nie irgendeine Mahnung zur Ergänzung der eingereichten Belege oder zu anderen Faktenangaben gemacht; ein blosser Telefonanruf mit der Frage, ob es sich bei den Fr. 93'500.-- ebenfalls um eine Vermittlungsprovision gehandelt habe, stelle keine Mahnung dar. Mangels Mahnung sei der objektive Tatbestand der Steuerhinterziehung nicht erfüllt.
4.2. Der objektive Tatbestand der Steuerhinterziehung gemäss Art. 56 Abs. 1 StHG ist nicht erst dann gegeben, wenn ein Steuerpflichtiger trotz Mahnung der Steuerbehörde nicht die erforderlichen Aufschlüsse gibt. Der Tatbestand ist vielmehr schon dann erfüllt, wenn der Steuerpflichtige ihm für das Veranlagungsverfahren gesetzlich auferlegte Deklarations-, Auskunfts- und Beweisleistungspflichten missachtet und es deshalb zu keiner oder einer unvollständigen Veranlagung kommt (vgl. Urteil 2C_907/2012 und 908/2012 vom 22. Mai 2013; siehe auch PETER LOCHER, Kommentar zum Bundesgesetz über die direkte Bundessteuer, Bd. III, 2015, N. 10 zu Art. 175). Das war hier der Fall. Während der Steuererklärung der Vertrag mit der E._ GmbH beilag, wurde mit Bezug auf die als (zusätzliche) Mäklergebühr gemachten Fr. 93'500.-- nur die Quittung über diesen Betrag eingereicht, nicht hingegen die Vereinbarung vom 23. August 2011, auf welche die Quittung Bezug nahm. Dabei kann offenbleiben, ob allein schon das Nichteinreichen der Vereinbarung als Verfahrenspflichtverletzung anzusehen wäre. Der Beschwerdeführer hat auf telefonische Nachfrage der Steuerverwaltung hin erklärt, auch beim Betrag von Fr. 93'500.-- handle es sich um eine Vermittlungsprovision, die Vereinbarung aber nicht nachgereicht. Spätestens damit bewirkte er die unvollständige Veranlagung, darf doch die Steuerbehörde grundsätzlich auf die Angaben der Steuerpflichtigen abstellen, ohne sie näher zu kontrollieren, dies jedenfalls dann, wenn diese nicht offensichtliche Fehler oder Widersprüche enthalten, aufgrund derer sich weitere Untersuchungen aufdrängen (Urteil 2C_458/2014 vom 26. März 2015 E. 2.2.1 und 2.2.2 mit Hinweisen). Dies war hier nicht der Fall, indem der Betrag von Fr. 93'500.-- klar als Vermittlungsprovision deklariert wurde und diese Qualifikation alleine gestützt auf die der Steuererklärung beigelegte Quittung nicht ausgeschlossen werden konnte. Durch seine telefonische Auskunft bestärkte der Beschwerdeführer die Steuerbehörde in ihrem Glauben, dass insoweit tatsächlich eine Vermittlungsprovision vorliege und verursachte durch die gleichzeitige Nichteinreichung der Vereinbarung vom 23. August 2011 die unvollständige Veranlagung.
5.
5.1.
5.1.1. Mit Bezug auf den subjektiven Tatbestand der Steuerhinterziehung erhebt der Beschwerdeführer den Vorwurf, die vorhandenen Indizien sprächen gerade gegen die Annahme, er habe eine rechtswidrige Steuerverkürzung zu Lasten des Staats in Kauf genommen. Es fehle insoweit an jeglichem rechtsgenüglichen Nachweis, sodass die von der Bundesverfassung und EMRK gewährleistete strafprozessuale Unschuldsvermutung verletzt sei (Beschwerdeschrift, S. 33 f.).
5.1.2. Mit diesem Vorbringen macht der Beschwerdeführer eine Verletzung der Unschuldsvermutung (Art. 32 Abs. 1 BV; Art. 6 Ziff. 2 EMRK) in ihrem Teilgehalt als Beweiswürdigungsregel geltend, wonach einer Steuerstrafe keine Sachverhaltselemente zugrunde gelegt werden dürfen, über deren Verwirklichung bei objektiver Würdigung der gesamten Beweislage Zweifel bestehen müssen oder die nur als wahrscheinlich gelten (<ref-ruling> E. 2a S. 41; Urteile 2C_722/2012 vom 27. Mai 2013 E. 5.2.1; 2C_533/2012 und 534/2012 vom 19. Februar 2013 E. 5.4.1; 2C_395/2011 vom 6. Dezember 2011 E. 3.2). Der Beschwerdeführer legt indessen nicht dar, inwiefern der Schluss des Verwaltungsgerichts von den von ihm festgestellten Tatsachen darauf, dass der Beschwerdeführer sich der Unvollständigkeit bzw. Unkorrektheit seiner Angaben bewusst gewesen sei und damit eine Steuerverkürzung zumindest in Kauf genommen habe, unhaltbar sein soll. Insoweit ist daher auf die Rüge der Verletzung der Unschuldsvermutung nicht weiter einzugehen.
5.2.
5.2.1. Der Beschwerdeführer wendet sich der Sache nach denn auch nicht so sehr gegen die Beweiswürdigung durch die Vorinstanz, sondern bestreitet vielmehr das Vorliegen des subjektiven Tatbestands, indem er geltend macht, die Vorinstanz habe zu Unrecht verlangt, ihm hätte bekannt sein müssen, dass es sich bei der Zahlung an F._ nicht um eine Vermittlungsprovision handelte. Als juristischer Laie nicht deutscher Muttersprache habe er nicht wissen können, dass der Ausdruck Provision im engeren technischen Sinn nicht angebracht gewesen sei. Der Beschwerdeführer will somit lediglich eine falsche rechtliche Würdigung vorgenommen haben, was keine Verfahrenspflichtverletzung darstelle bzw. den subjektiven Tatbestand hinsichtlich einer solchen ausschliesse (vgl. Beschwerdeschrift, S. 25 f.).
5.2.2. Es hängt nicht allein von den Deutschkenntnissen eines Steuerpflichtigen ab, ob er guten Gewissens eine Ausgabe im Zusammenhang mit der Veräusserung eines Grundstücks als Provision und damit als abzugsfähige Aufwendung geltend machen kann. Selbst wenn dies der Fall wäre, ist hier zusätzlich zu berücksichtigen, dass der Beschwerdeführer über lange Jahre in U._ ein Restaurant betrieb und über erhebliche Geschäftserfahrung verfügt. Es ist auszuschliessen, dass ihm der Unterschied zwischen einem (echten) Mäkeleigeschäft und dem Inhalt der Vereinbarung mit F._ nicht klar war: Die Vereinbarung vom 23. November 2011 richtete sich nicht direkt auf den Verkauf der Liegenschaft, sondern darauf, mittels einer (allenfalls nur scheinbaren) Verbesserung der Renditeerwartungen der zu verkaufenden Liegenschaft die Chancen für deren Verkauf zu erhöhen. Inhalt der Vereinbarung war denn auch keineswegs, dass F._ mit allfälligen Kaufinteressenten in Kontakt zu treten hätte. Mit einem Mäkeleigeschäft hatte dies nichts zu tun. Auch wenn dem Beschwerdeführer der exakte Sinn der in Art. 142 StG/BE genannten Aufwendungen im Zusammenhang mit dem Verkauf eines Grundstücks nicht bekannt war, führt dies nicht zwangsläufig zu einem Ausschluss des Vorsatzes. Das für den Vorsatz notwendige Wissen (Art. 12 Abs. 2 StGB) verlangt nicht die juristisch exakte Erfassung des gesetzlichen Begriffs. Vielmehr genügt es, wenn der Täter den Tatbestand so verstanden hat, wie es der landläufigen Anschauung eines Laien entspricht (sog. Parallelwertung in der Laiensphäre, <ref-ruling> E. 3.2.2).
Vorliegend musste beim Beschwerdeführer mindestens eine gewisse Unsicherheit hinsichtlich der steuerrechtlichen Qualifikation der wirtschaftlich gesehen gerade nicht als Provision einzustufenden Zahlung von Fr. 93'5000.-- an F._ bestehen. Wenn der Beschwerdeführer in dieser Situation der Steuererklärung nur die Quittung, nicht aber die Vereinbarung selbst, auf die in der Quittung verwiesen wurde, beilegte bzw. durch den von ihm beauftragen Notar beilegen liess, so dürfte schon aus diesem Verhalten auf ein dem Vorsatz genügendes Wissen geschlossen werden. Erst recht ist unter Berücksichtigung der telefonischen Nachfrage der Steuerverwaltung von einem genügenden Wissen auszugehen. Spätestens mit dieser Nachfrage musste dem Beschwerdeführer klar sein, dass die Steuerbehörde Zweifel an der Abzugsfähigkeit der Ausgabe hatte, und wäre er gehalten gewesen, die Vereinbarung vom 23. November 2011 von sich aus einzureichen. Indem er dies versäumt hat, hat er ausserdem in Kauf genommen, dass es zu einer unvollständigen Besteuerung des Grundstückgewinns kommen würde. Der subjektive Tatbestand ist somit erfüllt.
6.
Die Beschwerde ist demnach abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Dem Verfahrensausgang entsprechend sind die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (Art. 65 f. BGG). Es ist keine Parteientschädigung geschuldet (Art. 68 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 2'500.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3.
Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Bern, Verwaltungsrechtliche Abteilung, und der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 19. Februar 2018
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Das präsidierende Mitglied: Zünd
Der Gerichtsschreiber: Quinto