Sachverhalt:
A.
Der Stadtrat Bau- und Infrastruktur der Stadt Affoltern am Albis verweigerte A._ am 14. Januar 2020 die nachträgliche Baubewilligung für eine Steinkorbmauer und die darauf befestigte Solaranlage auf dem Grundstück Kat.-Nr. 2880 in Zwillikon und ordnete die Wiederherstellung des rechtmässigen Zustands an. Gleichzeitig eröffnete er die im koordinierten Verfahren ergangene Gesamtverfügung der Baudirektion des Kantons Zürich vom 16. Dezember 2019, mit der insbesondere die nachträgliche gewässerschutzrechtliche Ausnahmebewilligung verweigert wurde.
B.
Dagegen rekurrierte A._ am 13. Februar 2020 beim Baurekursgericht. Dieses wies den Rekurs mit Entscheid vom 21. Juli 2020 ab. Die dagegen erhobene Beschwerde von A._ wies das Verwaltungsgericht Zürich am 28. Januar 2021 ab.
C.
Gegen den verwaltungsgerichtlichen Entscheid hat A._ am 12. April 2021 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht erhoben. Er beantragt, der angefochtene Entscheid sei aufzuheben und die Sache sei zur Neubeurteilung an das Verwaltungsgericht zurückzuweisen.
D.
Der Stadtrat Bau und Infrastruktur der Stadt Affoltern am Albis sowie die Zürcher Baudirektion schliessen auf Abweisung der Beschwerde. Die Baudirektion reicht hierzu einen Mitbericht des Amtes für Abfall, Wasser, Energie und Luft vom 10. Mai 2021 (AWEL) ein. Das Verwaltungsgericht beantragt, die Beschwerde sei abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei.
Es wurde keine Replik eingereicht.
E.
Mit Verfügung vom 6. Mai 2021 wurde der Beschwerde aufschiebende Wirkung zugesprochen.

Erwägungen:
1.
Gegen den kantonal letztinstanzlichen Endentscheid des Verwaltungsgerichts steht grundsätzlich die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht offen (Art. 82 lit. a, 86 Abs. 1 lit. d und 90 BGG). Der Beschwerdeführer ist als Adressat der Wiederherstellungsverfügung zur Beschwerde legitimiert (<ref-law>). Auf die rechtzeitig erhobene Beschwerde (<ref-law>) ist daher grundsätzlich einzutreten.
1.1. Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann insbesondere die Verletzung von Bundesrecht - einschliesslich Überschreitung oder Missbrauch des Ermessens - gerügt werden (<ref-law>). Das Bundesgericht wendet das Bundesrecht grundsätzlich von Amtes wegen an (<ref-law>). Die Verletzung von Grundrechten (einschliesslich die willkürliche Anwendung von kantonalem Recht) prüft es dagegen nur insoweit, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und genügend begründet worden ist (<ref-law>). Hierfür gelten qualifizierte Begründungsanforderungen (<ref-ruling> E. 1.4.2 S. 254 mit Hinweisen). Soweit die Beschwerdeschrift diesen Anforderungen nicht entspricht (vgl. unten E. 3), ist auf die Beschwerde nicht einzutreten.
1.2. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat, sofern dieser nicht offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (Art. 105 und Art. 97 Abs. 1 BGG). Neue Tatsachen und Beweismittel können nur so weit vorgebracht werden, als erst der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gibt (<ref-law>).
2.
Die Parzelle Nr. 2880 befindet sich am nördlichen Ufer des Jonen-Bachs. Dieser ist mit einer Ufermauer befestigt; auf der Mauerkrone verläuft ein Uferweg. Entlang des Uferwegs wurde auf dem Grundstück Nr. 2880 im Jahre 1985 eine Holzwand mit ziegelbedecktem oberem Abschluss errichtet. 2018 erstellte der Beschwerdeführer unmittelbar hinter (nördlich) der Holzwand eine 24 m lange, 1,5 m hohe und 0,5 m breite Steinkorbmauer, auf der 2019 Solarpanels angebracht wurden; zwischen der Holzwand und der Steinkorbmauer wurden Verbindungsanker gesetzt.
Zwischenzeitlich wurde die Solaranlage an einen anderen, bewilligten Standort versetzt. Auf die Beseitigung der Holzwand wurde aufgrund ihres über 30-jährigen Bestands verzichtet. Streitig ist somit nur noch die nachträgliche Bewilligung (nachfolgend E. 3) und der Rückbau (unten E. 4) der Steinkorbmauer.
3.
Das Verwaltungsgericht erwog, die Steinkorbmauer liege nur 3 m von der Jonen entfernt und komme damit in den Gewässerraum gemäss Abs. 2 lit. a der Übergangsbestimmungen zur Änderung der GSchV (SR 814.201) vom 4. Mai 2011 zu liegen. Sie sei zwar zonenkonform, aber nicht standortgebunden, und liege auch nicht im öffentlichen Interesse. Sie sei daher auf eine Ausnahmebewilligung gemäss Art. 41c Abs. 1 lit. a GSchV angewiesen. Diese könne vorliegend nicht erteilt werden: Zwar befinde sich die Parzelle im dicht überbauten Gebiet; der Mauer stünden jedoch überwiegende öffentliche Interessen entgegen.
Die Anlage halte auch den kantonalen Gewässerabstand von 5 m zum Gewässer nicht ein, gemäss § 21 Abs. 1 des Wasserwirtschaftsgesetzes vom 2. Juni 1991 (WWG, LS 724.11). Es lägen keine besonderen Verhältnisse vor, welche die Erteilung einer Ausnahmebewilligung nach § 21 Abs. 2 und 3 WWG rechtfertigen würden. Der Gewässerabstand diene in erster Linie dazu, ein Durchflussprofil für Hochwasser freizuhalten und die für den Gewässerunterhalt und kleinere Sanierungen nötige Bewegungsfreiheit zu wahren. Die bereits erstellte Anlage wirke sich nachteilig auf diese Zielsetzungen aus.
Das Verwaltungsgericht stützte sich somit auf zwei selbstständige Begründungen. Nach ständiger bundesgerichtlicher Rechtsprechung muss sich die beschwerdeführende Partei mit jeder dieser Begründungen in rechtsgenügender Weise auseinandersetzen, ansonsten auf die Beschwerde nicht eingetreten werden kann (<ref-ruling> E. 4.1.4 mit Hinweisen).
Vorliegend legt der Beschwerdeführer nicht dar, inwiefern die Verweigerung der kantonalrechtlichen Ausnahmebewilligung Bundesrecht verletzt. Er macht lediglich geltend, dass eine Ausnahmesituation vorhanden wäre, die einen Dispens rechtfertigen würde, falls (künftig) der definitive Gewässerraum auf dem Baugrundstück vor der Holzwand festgelegt werden sollte. Damit räumt er selbst ein, dass aktuell kein Dispensgrund vorliegt; erst recht fehlt es an einer rechtsgenügenden Willkürrüge.
Damit ist auf die Beschwerde nicht einzutreten, soweit sie die Verweigerung der nachträglichen Baubewilligung betrifft.
4.
Zu prüfen ist daher nur noch die Rüge, die Rückbauanordnung sei unverhältnismässig (Art. 5 Abs. 2; Art. 26 i.V.m. <ref-law>).
4.1. Das Verwaltungsgericht bejahte die Verhältnismässigkeit des Abbruchbefehls. Bei einer Mauer mit einer Länge von 24 m, welche im Gewässerabstand liege, könne nicht von einer geringfügigen Abweichung von den materiellen Bauvorschriften ausgegangen werden. Im Übrigen sei ihr Nutzen für den Beschwerdeführer gering: Aktuell werde der Sichtschutz weiterhin durch die bestandesgeschützte Holzwand gewährleistet und könne später auch durch Pflanzen erreicht werden. Bei der vorzunehmenden Interessenabwägung stünden sich das private Interesse an der Stabilisierung des bestehenden Sichtschutzes einerseits und die öffentlichen Interessen an der Freihaltung und der Zugänglichkeit des Gewässerraums sowie am Hochwasserschutz, insbesondere auch der Nachbargrundstücke, sowie der Rechtssicherheit und -gleichheit gegenüber. Die öffentlichen Interessen seien offensichtlich höher zu gewichten. Zwar würden sie in erster Linie durch die bestandesgeschützte Holzwand beeinträchtigt; allerdings diene die strittige Mauer deren langfristigen Erhaltung und beeinflusse damit indirekt die Dauer der Beeinträchtigung der öffentlichen Interessen.
Das Verwaltungsgericht ging davon aus, der definitive Gewässerraum werde mit Sicherheit nicht weniger als 3 m betragen, so dass sich die Mauer auch künftig im Gewässerraum der Jonen befinden werde. Dafür sprächen die erheblichen öffentlichen Interessen, zumal innerhalb des Gewässerabstandsbereichs gemäss § 21 Abs. 1 WWG, und der Umstand, dass die bestehenden Bauten auf dem Baugrundstück den Ausführungen des Beschwerdeführers zufolge maximal bis auf ca. 7 m an den Jonen-Bach heranreichten.
4.2. Der Beschwerdeführer bestreitet dies: Er erachtet den Abbruchbefehl als (zurzeit) unverhältnismässig, weil es möglich und sogar wahrscheinlich sei, dass der definitive Gewässerraum der Jonen vor der Holzwand festgesetzt werde. Damit käme auch die Steinkorbmauer ausserhalb des Gewässerraums zu liegen, so dass der gesetzeswidrige Zustand behoben wäre. Diesfalls würde sich auch ein Dispens vom kantonalrechtlichen Gewässerabstand rechtfertigen. Gemäss Art. 41a Abs. 4 lit. a GSchV könne der Gewässerraum in dicht überbauten Gebieten den baulichen Gegebenheiten angepasst werden. Dies dränge sich vorliegend auf, da sowohl das Grundstück des Beschwerdeführers als auch diejenigen der östlichen Nachbarn bis zum Uferweg überbaut seien und kein Hochwasser- oder Revitalisierungsprojekt bestehe.
Der Beschwerdeführer rügt in diesem Zusammenhang eine Verletzung des rechtlichen Gehörs sowie eine offensichtlich unrichtige bzw. rechtsverletzende Sachverhaltsfeststellung: Die Feststellung des Verwaltungsgerichts, wonach das Grundstück nur bis zu einem Abstand von 7 m von der Jonen überbaut sei, sei aktenwidrig. In seiner Verwaltungsgerichtsbeschwerde habe er dargelegt, dass das Wohn- und Gewerbegebäude Vers.-Nr. 2356 bis ca. 7 m an das Grundstück der Jonen reiche, und die Parzelle im Übrigen bis zum Holzzaun mit Gartenanlagen (Schopf, Platten- und Sonnenschirmanlagen, Sitzplatz) sowie Bereichen der gewerblichen Nutzung überstellt sei. Als Beweismittel sei ein Augenschein angeboten worden, der in Verletzung des rechtlichen Gehörs verweigert worden sei.
Im Übrigen liege nur gerade die südwestliche Ecke der Bauparzelle im mittleren Gefahrenbereich, weshalb sich die Frage des Hochwasserschutzes nur für die westlich angrenzenden Parzellen stelle.
4.3. Der Gewässerraum der Jonen wurde noch nicht definitiv, gemäss <ref-law> (SR 814.20) und Art. 41a GSchV, festgelegt, weshalb derzeit noch der übergangsrechtliche Gewässerraum gemäss Abs. 2 der Übergangsbestimmungen anwendbar ist. Hierfür kann auf die zutreffenden Ausführungen des Verwaltungsgerichts (E. 3.4 des angefochtenen Entscheids) und die bundesgerichtliche Rechtsprechung verwiesen werden (vgl. zuletzt Urteil 1C_453/2020 vom 21. September 2021 E. 8.6).
Allerdings erscheint es nicht von vornherein ausgeschlossen, im Rahmen der Verhältnismässigkeitsprüfung zu berücksichtigen, ob in naher Zukunft mit einer Gewässerraumfestsetzung zu rechnen ist, welche die streitige Anlage zulassen würde (vgl. Urteil 1C_187/2011 vom 15. März 2012 E. 2.3, in: ZBl 113/2012 610, betreffend eine kurz bevorstehende Rechtsänderung).
4.4. Gemäss Art. 41a Abs. 2 GSchV beträgt die Breite des Gewässerraums für Fliessgewässer mit einer Gerinnesohle von 2-15 m natürlicher Breite mindestens die 2,5-fache Breite der Gerinnesohle plus 7 m. Die nach den Absätzen 1 und 2 berechnete Breite des Gewässerraums muss erhöht werden, soweit dies erforderlich ist zur Gewährleistung der in Abs. 3 genannten Zwecke, namentlich für den Hochwasserschutz (lit. a) oder zur Sicherung des für eine Revitalisierung erforderlichen Raums (lit. b). Soweit der Hochwasserschutz gewährleistet ist, kann die Breite des Gewässerraums den baulichen Gegebenheiten in dicht überbauten Gebieten angepasst werden (Abs. 4 lit. a).
Vorliegend beträgt die aktuelle Gewässersohle der Jonen nach den Feststellungen der Vorinstanz 6 m. Zur Ermittlung der (für Art. 41a GSchV massgeblichen) natürlichen Gewässersohlenbreite ist bei verbauten Gewässern i.d.R. ein Korrekturfaktor von 1.5 bis 2 erforderlich (vgl. dazu Urteil 1C_453/2020 vom 21. September 2021 E. 5.3). Der minimale Gewässerabstand würde somit einen Korridor von 22 m (ohne Korrekturfaktor) bis 37 m (bei Korrekturfaktor 2) umfassen, und würde daher (bei symmetrischer Verlegung des Korridors) 8 bis 15.5 m des nördlichen Ufers umfassen. Das Fehlen eines aktuellen Revitalisierungs- oder Hochwasserschutzprojekts ist kein Grund für die Reduktion des Gewässerraums, sondern bedeutet lediglich, dass kein Erhöhungsgrund nach Abs. 3 vorliegt.
4.5. Der Gewässerraum kann nach Art. 41a Abs. 4 GSchV im dicht überbauten Gebiet den baulichen Gegebenheiten angepasst werden. Es handelt sich um eine "Kann"-Vorschrift, d.h. die Kantone können, müssen die Gewässerraumbreite aber nicht reduzieren. Zwingende Voraussetzung ist die Gewährleistung des Hochwasserschutzes.
In der von Bund und Kantonen 2019 gemeinsam herausgegebenen Modularen Arbeitshilfe zur Festlegung und Nutzung des Gewässerraums in der Schweiz (Modul 2, Ziff. 2.5.1/B S. 12) wird dazu Folgendes ausgeführt:
"Dazu muss nachgewiesen werden, dass der Schutz vor Hochwasser auch mit einer Anpassung der Gewässerraumbreite an die baulichen Gegebenheiten gewährleistet ist. Auch der nötige Zugang für den Unterhalt eines Gewässers, das heisst, für regelmässig erforderliche Massnahmen für den Erhalt und die Wiederherstellung der natürlichen Funktionen der Gewässer und den Schutz vor Hochwasser, muss zwingend sichergestellt sein. Zudem darf das Eingreifen in Hochwassersituationen nicht verhindert werden. In solchen Fällen müssen Fahrzeuge im Gewässerraum verkehren können, um beispielsweise Treibholz zu entnehmen, welches zu Verklausungen führen könnte.
Welcher Raumbedarf erforderlich ist, muss die kantonale Fachstelle im Einzelfall in Abhängigkeit der Situation vor Ort (Grösse, Verbauungstyp, Dynamik usw.) festlegen. Zur Gewährleistung der Hochwassersicherheit sind somit das Hochwasserabflussprofil und der nötige Zugang für den Unterhalt in jedem Fall als absolutes Mindestmass für den Gewässerraum einzuhalten. Eine Anpassung der Gewässerraumbreite an die baulichen Gegebenheiten darf nur ausserhalb dieses Minimums erfolgen. Wenn der Zugang für den Unterhalt nicht vorhanden ist, muss der Gewässerraum so ausgeschieden werden, dass er auf lange Sicht etabliert werden kann, auch wenn dabei Gebäude im Gewässerraum zu liegen kommen."
4.5.1. Vorliegend erachtete die Baudirektion bzw. das AWEL als kantonale Fachbehörde schon die Zugänglichkeit für den baulichen und betrieblichen Unterhalt mit 2,4 m befahrbarer Breite als ungenügend; grundsätzlich sei - gemäss § 21 Abs. 2 WWG - ein Abstand von 5 m einzuhalten, um die für den Gewässerunterhalt und kleinere Sanierungen nötige Bewegungsfreiheit zu wahren. Dies wird vom AWEL in seiner Stellungnahme vor Bundesgericht bestätigt: Auch ein reduzierter Gewässerraum müsse unter allen Umständen eine Mindestbreite aufweisen, die den Gewässerunterhalt und den Zugang für Baumaschinen für den Unterhalt und allenfalls Ersatz der Ufermauer möglich mache; diese Voraussetzung sei bei lediglich 3 m Breite nicht gegeben. Dies wird vom Beschwerdeführer nicht substanziiert bestritten.
Der künftige Gewässerraum muss daher so ausgeschieden werden, dass der Zugang auf lange Sicht etabliert werden kann. Dies ist gemäss modularer Arbeitshilfe sogar dann der Fall, wenn dabei Gebäude in den Gewässerraum zu liegen kommen. Erst recht muss dies gelten, wenn es sich um blosse Gartenanlagen und dergleichen handelt. Das Verwaltungsgericht durfte deshalb den hierfür vom Beschwerdeführer beantragten Augenschein als nicht entscheiderheblich ablehnen, ohne das rechtliche Gehör zu verletzen.
4.5.2. Hinzu kommt, dass sich das Baugrundstück gemäss Naturgefahrenkarte Knonauer Amt im Bereich einer Hochwassergefährdung befindet. Die Holzwand bzw. die sie stabilisierende Steinkorbmauer können nach den Feststellungen der Vorinstanzen in Hochwassersituationen zu einer (zusätzlichen) Gefährdung benachbarter Grundstücke führen, indem Wasser auf diese umgelenkt bzw. kanalisiert wird.
Zwar hielt das Verwaltungsgericht fest, dass sich nur der südwestliche Grundstücksteil in einem Gebiet mittlerer Gefährdung und der südöstliche in einem solchen geringer Gefährdung befinde. Der Beschwerdeführer könne daraus jedoch nichts zu seinen Gunsten ableiten: Es handle sich um einen Bereich, in dem schwere Ereignisse durch geeignete Vorsorgemassnahmen verringert oder vermieden werden könnten. Die Mauer könne in einer Hochwassersituation zu einer zusätzlichen Gefährdung benachbarter Grundstücke führen und sei für sich allein unbestrittenermassen nicht als Hochwasserschutz tauglich.
Diese Ausführungen werden vom Beschwerdeführer nicht substanziiert bestritten und lassen keine Willkür erkennen.
4.6. Damit stehen zwingende Gründe einer Reduktion des Gewässerraums auf 3 m entgegen. Die Vorinstanzen durften daher ohne Verletzung von Bundesrecht davon ausgehen, dass die noch ausstehende Gewässerraumfestsetzung nichts an der Rechtswidrigkeit der Steinkorbmauer ändern werde, und es daher nicht unverhältnismässig sei, deren Rückbau zu verlangen.
Sofern der Beschwerdeführer geltend macht, je nach Festsetzung des Gewässerraums könnte eine Rückversetzung der Mauer genügen, ist darauf nicht weiter einzugehen: Dem Beschwerdeführer steht es frei, ein neues Baugesuch einzureichen; dies entbindet ihn jedoch nicht vom angeordneten Rückbau der bestehenden, rechtswidrigen Steinkorbmauer.
5.
Nach dem Gesagten ist die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Bei diesem Ausgang des Verfahrens wird der Beschwerdeführer kostenpflichtig (<ref-law>). Die in ihrem amtlichen Wirkungsbereich prozessierende Stadt Affoltern am Albis hat keinen Anspruch auf eine Parteientschädigung (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 4'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3.
Es werden keine Parteientschädigungen zugesprochen.
4.
Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, dem Stadtrat Bau und Infrastruktur der Stadt Affoltern am Albis, der Baudirektion und dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 1. Abteilung, 1. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 3. März 2022
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Kneubühler
Die Gerichtsschreiberin: Gerber