Sachverhalt:
A.
Das Areal der A._ AG in Rüti wurde seit den 1880er-Jahren für diverse metallverarbeitende Produktionsprozesse genutzt (insbesondere Baubeschläge, Eisenwaren, Schuhnägel, Drahtstifte). Das gesamte Betriebsareal wurde daher im Altlastenverdachtsflächen-Kataster des Kantons Zürich eingetragen, unter der Nr. 0118/I.0022 "Pilgersteg".
Bei Überführung dieses Eintrags in den Kataster der belasteten Standorte (nachfolgend: KbS) wurden sieben Teilflächen ("Prozessflächen") ausgeschieden und eingetragen. Dazu zählte die Fläche Nr. 0118/I.0022-007 "Entfetten Pilgersteg" (nachfolgend Fläche 007), im Bereich der ehemaligen Metall-Entfettungsanlage, wo Belastungen durch chlorierte Kohlenwasserstoffe (CKW) vermutet wurden. Diese Prozessfläche wurde am 19. Juli 2013 (östlicher Teil) und am 24. September 2014 (westlicher Teil) im KbS gelöscht, weil die technische Untersuchung keine Belastung mit CKW zu Tage gebracht hatte. Dagegen wurde (ca. 2 m ausserhalb des Perimeters der Fläche Nr. 007) ein Geruch nach Diesel/Heizöl festgestellt. Die nähere Untersuchung ergab eine Belastung des Untergrunds mit Kohlenwasserstoffen (KW). Da bereits im Jahr 2003 in einer Sondierung südlich der Naglerei eine schwache KW-Belastung vorgefunden worden war, wurde der gesamte Bereich der ehemaligen Naglerei unter der Nr. 0118/I.0022-008 (nachfolgend Fläche 008) in den KbS eingetragen.
B.
Die A._ AG reichte ein Gesuch um Rückerstattung der Untersuchungskosten in Bezug auf die aus dem KbS entlassene Fläche Nr. 007 ein. Das Amt für Abfall, Wasser, Energie und Luft (AWEL) der Baudirektion des Kantons Zürich wies das Gesuch am 7. Dezember 2015 ab, weil es sich lediglich um eine Prozessfläche handle, die Bestandteil des belasteten Standorts Nr. 0118/I.0022 "Pilgersteg" sei.
Hiergegen rekurrierte die A._ AG am 21. Dezember 2015 an das Baurekursgericht. Dieses hiess den Rekurs am 8. Juni 2016 gut und lud die Baudirektion ein, der A._ AG die Kosten für die Untersuchung des Prozessstandorts Nr. 007 in Höhe von Fr. 28'595.80 zu erstatten.
Die Baudirektion erhob dagegen am 7. Juli 2016 Beschwerde ans Verwaltungsgericht Zürich. Dieses wies die Beschwerde am 12. Juli 2018 ab. Abgewiesen wurde auch das Gesuch der Baudirektion um Beiladung des Bundesamts für Umwelt (BAFU).
C.
Daraufhin stellte das AWEL ein Abgeltungs- und Auszahlungsgesuch beim BAFU gestützt auf die Verordnung vom 26. September 2008 über die Abgabe zur Sanierung von Altlasten (VASA; SR 814.681).
D.
Das BAFU hat am 14. September 2018 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht gegen das verwaltungsgerichtliche Urteil erhoben. Es beantragt, dieses sei aufzuheben.
E.
Die A._ AG (Beschwerdegegnerin) beantragt, die Beschwerde sei abzuweisen und das angefochtene Urteil zu bestätigen. Das Verwaltungsgericht schliesst auf Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei.
Die Baudirektion verweist auf den Mitbericht des AWEL, das sich der Begründung des BAFU anschliesst und an seinen im vorinstanzlichen Verfahren gemachten Ausführungen festhält. Der Gemeinderat Rüti hat sich nicht vernehmen lassen.
Es wurde keine Replik eingereicht.

Erwägungen:
1.
Angefochten ist ein kantonal letztinstanzlicher Entscheid, der die Baudirektion verpflichtet, der Beschwerdegegnerin die Untersuchungskosten für die Prozessfläche 007 zurückzuerstatten. Die Vorinstanzen gingen davon aus, es handle sich dabei um einen belasteten Standort, weshalb über die Rückerstattung der hierfür angefallenen Untersuchungskosten selbstständig, unabhängig von der Belastung der übrigen Flächen, entschieden werden könne. Für die Eintretensfrage ist von dieser, dem angefochtenen Entscheid zugrunde liegenden Beurteilung auszugehen, weshalb es sich prozessual um einen Endentscheid (<ref-law>) oder zumindest um einen Teilendentscheid (i.S.v. <ref-law>) handelt. Ob die Beurteilung in der Sache zutrifft, ist Gegenstand der materiell-rechtlichen Prüfung.
Das BAFU ist nach <ref-law> i.V.m. <ref-law> (SR 814.01) berechtigt, gegen Verfügungen der kantonalen Behörden in Anwendung des USG und seiner Ausführungsbestimmungen die Rechtsmittel des eidgenössischen und des kantonalen Rechts zu ergreifen.
2.
<ref-law> regelt die Kostentragung für notwendige Massnahmen zur Untersuchung, Überwachung und Sanierung belasteter Standorte. Dabei gilt grundsätzlich das Verursacherprinzip (Abs. 1 und 2); das zuständige Gemeinwesen trägt den Kostenanteil der Verursacher, die nicht ermittelt werden können oder zahlungsunfähig sind (Abs. 3). Ergibt die Untersuchung eines im KbS eingetragenen oder für den Eintrag vorgesehenen Standortes, dass dieser nicht belastet ist, so trägt gemäss <ref-law> das zuständige Gemeinwesen die Kosten für die notwendigen Untersuchungsmassnahmen.
Vorliegend ist streitig, ob die Beschwerdegegnerin die Rückerstattung der Untersuchungskosten gestützt auf <ref-law> verlangen kann, insbesondere ob es sich bei der Fläche 007 um einen "Standort" im Sinne dieser Bestimmung handelt.
2.1. Das Verwaltungsgericht ging davon aus, die Fläche 007 erfülle alle Kriterien eines belasteten Standorts im Sinne von Art. 2 Abs. 1 der Verordnung vom 26. August 1998 über die Sanierung von belasteten Standorten (Altlasten-Verordnung, AltlV; SR 814.680) : Es handle sich um einen Ort, dessen Belastung mit dem Abfallstoff CKW vermutet worden sei, und der eine räumlich beschränkte Ausdehnung aufweise, aufgrund des Standorts der ehemaligen Metall-Entfettungsanlage. Im KbS würden von Bundesrechts wegen nur "belastete Standorte" eingetragen (<ref-law>), die entweder als Abfallablagerungen (lit. a), als Betriebsstandorte (lit. b) oder als Unfallstandorte (lit. c) zu qualifizieren seien. Die Aufzählung sei abschliessend, weshalb keine weiteren Kategorien, wie beispielsweise Prozessflächen, in den KbS eingetragen werden könnten. Ebenso wenig seien "Prozessflächen" zu den Informationen zu zählen, welche gemäss der abschliessenden Regelung in Art. 5 Abs. 3 lit. a-g AltlV zu einem belasteten Standort vorhanden sein sollten.
Der KbS diene als Planungs- und Entscheidungsinstrument, um aus der Vielzahl von belasteten Standorten schrittweise diejenigen zu identifizieren, die als Altlasten saniert werden müssen (PIERRE TSCHANNEN in: Kommentar USG, Art. 32c N. 38; BEATRICE WAGNER PFEIFER, Umweltrecht, N. 357). Dies bedinge eine möglichst differenzierte Betrachtung der einzelnen Standorte, bei der vor allem nach Art und Menge der vermuteten Abfallbelastung und der damit verbundenen möglichen Umweltgefährdung vorzugehen sei und nicht nach der Zuordnung zu einem Betriebsareal. Die Baudirektion habe in Umsetzung dieser Vorgaben denn auch die Fläche Nr. 007 in der Verfügung vom 19. Juli 2013 aufgrund der vermuteten Belastung mit CKW als untersuchungsbedürftigen "Standort" im Sinn von <ref-law> qualifiziert.
Aus der Vollzugshilfe des BAFU zur "Erstellung des Katasters der belasteten Standorte" (Bern 2001; nachfolgend: Vollzugshilfe) ergebe sich nichts anderes. Zwar sehe diese vor, dass bei der Erfassung von Betriebsstandorten in der Praxis zunächst das gesamte Werksgelände in Betracht gezogen werde. Es werde jedoch darauf hingewiesen, dass ein grossflächiges Betriebsgelände in mehrere, eindeutig abgrenzbare belastete Standorte (unterschiedliche Quellen, unterschiedliche Zeiträume) unterteilt werden könne (S. 11). Dieses Vorgehen entspreche dem Verhältnismässigkeitsgrundsatz (<ref-law>) und bedinge die Eintragung von mehreren belasteten Standorten auf einem Betriebsareal, wenn diese aufgrund von unterschiedlichen Quellen der vermuteten Belastungen abgrenzbar seien.
Vorliegend sei die Unterscheidung von mehreren, aufgrund ihrer Belastungssituation klar abgrenzbaren Standorten möglich. Die Fläche Nr. 007 sei aufgrund der am Ort der Metall-Entfettung vermuteten Belastung mit CKW ausgeschieden und im KbS eingetragen worden. Die weiteren Quellen von Belastungen auf dem Betriebsareal seien durch die bekannten Tätigkeiten in unterschiedlichen Betriebsteilen isolier- und abgrenzbar und räumlich klar definiert. Hinweise für eine wechselseitige Belastung dieser Quellen mit additiven oder synergistischen Effekten seien nicht vorhanden, sodass für eine sachgerechte Beurteilung der Umweltgefährdung keine gesamthafte Beurteilung aller Prozessflächen notwendig sei (<ref-law>).
Dass bei einer Sondierung im Rahmen der Untersuchungen eine andere Belastung gefunden worden sei, könne für die vorliegend zu beurteilende Frage nicht entscheidend sein. Zum einen sei diese Belastung ausserhalb des im KbS eingetragenen Standortes Nr. 007 entdeckt worden. Zum anderen sei die Zielsetzung der zu erstattenden Untersuchungsmassnahmen entscheidend (mit Verweis auf LORENZ LEHMANN, Klarheit durch neues Altlastenrecht? Zur Revision von Art. 32c-e USG, PBG aktuell 2006, H. 4, S. 12). Diese hätten einzig die Widerlegung der dem Katastereintrag der Fläche Nr. 007 zugrunde liegenden Annahme einer Belastung durch CKW bezweckt. Da diese Untersuchungen zum Schluss führten, dass der Standort Nr. 007 nicht mit CKW belastet sei, müsse insoweit von einem Fehleintrag ausgegangen werden. Die entsprechenden Kosten für die Untersuchungsmassnahmen seien daher gemäss <ref-law> vom Gemeinwesen zu tragen.
2.2. Das BAFU bestreitet, dass es sich bei der Fläche Nr. 007 um einen selbstständigen belasteten Standort i.S.v. <ref-law> handelt. Massgebend für den Eintrag in den KbS sei nur die Belastung mit Abfällen und nicht die Zugehörigkeit der Verschmutzungsquellen zu betrieblichen Organisationseinheiten. Die Prozessflächen seien lediglich Hilfsflächen, die vom AWEL zusätzlich ausgeschieden worden seien, die aber zu einem einzigen belasteten Standort gehörten. Ansonsten würde es sich um sieben verschiedene Betriebsstandorte handeln, was schon aufgrund der sich überlappenden Anordnung einiger Flächen nicht möglich sei. Es könne nicht sein, dass ein und derselbe Ort zu mehreren, sich überlagernden belasteten Standorten gehöre, wenn durch die unterschiedliche betriebliche Nutzung im Lauf der Jahrzehnte verschiedene Produkte am selben Standort produziert worden seien. Ohnehin beruhe die vom AWEL vorgenommene Ausscheidung der Prozessflächen auf dem letzten Betriebsstand des Areals und könne selbstredend nicht dessen gesamte Geschichte abbilden.
Das BAFU weist darauf hin, dass alle anderen Kantone keine Prozessflächen ausscheiden, sondern die Standorte hinsichtlich ihrer Untersuchungsbedürftigkeit ganzheitlich beurteilten. Eine Aufteilung in Prozessflächen oder die Zuordnung von Teilflächen zu betrieblichen Prozessen sei bundesrechtlich nicht vorgesehen. Das AWEL habe sich indessen im Interesse der Grundeigentümer dazu bekannt, über den bundesrechtlichen Minimalstandard hinausgehende Angaben in den KbS aufzunehmen. Dies ändere aber nichts daran, dass der Standort und seine Untersuchungs- und Sanierungspflicht integral und umfassend zu beurteilen seien. Bei der Untersuchung einzelner Prozessflächen auf eine Schadstoffgruppe (hier: CKW) handle es sich daher rechtlich um eine Voruntersuchung und nicht um eine Untersuchung zur Widerlegung des zugrunde liegenden Katastereintrags. Vorliegend bleibe der Standort als Ganzes aus fachlicher Sicht ohne Zweifel belastet.
2.3. Die Beschwerdegegnerin macht dagegen geltend, die verschiedenen belasteten Standorte auf dem ehemaligen "Pilgersteg"-Gelände seien klar voneinander abgrenzbar; insbesondere sei der Bereich der Entfettung von demjenigen der Naglerei durch Mauern räumlich abgetrennt gewesen. Sie betont, dass es sich bei dem im Bereich der Rammkernsondierung Nr. 9 gefundenen Kohlenwasserstoff um einen Zufallsfund handle, der mit dem Betrieb der Naglerei bzw. Entfettung keinen Zusammenhang aufweise und räumlich klar begrenzt sei.
3.
Belastete Standorte sind Orte, deren Belastung von Abfällen stammt und die eine beschränkte Ausdehnung aufweisen (<ref-law>). Sie umfassen Ablagerungs-, Betriebs- und Unfallstandorte (lit. a-c). Betriebsstandorte werden als Standorte definiert, deren Belastung von stillgelegten oder noch in Betrieb stehenden Anlagen oder Betrieben stammt, in denen mit umweltgefährdenden Stoffen umgegangen worden ist (<ref-law>). Durch das Merkmal der "beschränkten Ausdehnung" sollen grossflächige, diffuse Belastungen, z.B. von ganzen Tälern oder Ortschaften, ausgeschlossen werden (Vollzugshilfe Ziff. 4.3 S. 9; ISABELLE ROMY, in: Moor/Favre/Flückiger, Commentaire LPE, Bern 2010, <ref-law>, N. 10).
Die Erstellung des Katasters mit belasteten Standorten wird in <ref-law> näher geregelt. Danach ermittelt die Behörde die belasteten Standorte, indem sie vorhandene Angaben wie Karten, Verzeichnisse und Meldungen auswertet oder Auskünfte einholt (Abs. 1). Sie gibt den Inhabern Gelegenheit, Stellung zu nehmen und Abklärungen durchzuführen (Abs. 2). Sie trägt diejenigen Standorte in den KbS ein, bei denen feststeht oder mit grosser Wahrscheinlichkeit zu erwarten ist, dass sie belastet sind (Abs. 3).
Soweit möglich, sind im KbS Angaben u.a. zu Lage, Art und Menge der an den Standort gelangten Abfälle, Ablagerungszeitraum, Betriebszeitraum oder Unfallzeitpunkt zu machen (Art. 5 Abs. 3 lit. a-g AltlV). Anhand dieser Angaben teilt die Behörde die Standorte ein in solche, bei denen keine schädlichen oder lästigen Einwirkungen zu erwarten sind (<ref-law>) und solche, bei denen untersucht werden muss, ob sie überwachungs- oder sanierungsbedürftig sind (<ref-law>). Die Behörde ergänzt nach Art. 6 Abs. 1 den KbS mit Angaben über die Überwachungs- oder Sanierungsbedürftigkeit (lit. a), die Ziele und die Dringlichkeit der Sanierung (lit. b) und die von ihr durchgeführten oder angeordneten Massnahmen zum Schutz der Umwelt (lit. c).
Ergeben die Untersuchungen, dass der Standort nicht mit umweltgefährdenden Stoffen belastet ist oder diese beseitigt worden sind, so ist der Eintrag im KbS zu löschen (<ref-law>). Kriterium hierfür ist allein die Belastung mit Abfällen, unabhängig vom Bestehen einer Überwachungs- oder Sanierungspflicht (ROMY, a.a.O., Art. 32c N. 30; Urteil 1C_291/2016 vom 20. Februar 2017 E. 6.2, in: URP 2018 S. 50).
4.
Die Legaldefinition in <ref-law> knüpft an einen Betrieb an, in dem mit umweltgefährdenden Stoffen umgegangen worden ist. Für den Eintrag als Betriebsstandort in den KbS ist die Belastung mit Abfällen entscheidend; diese muss feststehen oder mit grosser Wahrscheinlichkeit zu erwarten sein (<ref-law>). Dabei ist zu beachten, dass die Standortabgrenzung nach Art. 5 Abs. 1 und 2 AltlV zu einem frühen Zeitpunkt erfolgt, in dem oft noch keine (detaillierten) Untersuchungen und Erkenntnisse vorliegen. Ausgangspunkt der Standortabgrenzung ist daher praxisgemäss das gesamte Werksgelände (BAFU, Vollzugshilfe S. 11). Der Standort kann jedoch darüber hinausgehen, wenn Belastungsverfrachtungen über den Luft- oder Wasserweg zu erwarten sind, oder kleiner sein, wenn nur auf einem kleinen Teil des Werksgeländes mit Abfällen zu rechnen ist (Vollzugshilfe, a.a.O.).
4.1. Differenzierungen nach Art und Menge der an den Standort gelangten Abfälle, ihre Zuordnung zu bestimmten Herstellungsverfahren und Betriebszeiträumen oder ihre besondere Gefährlichkeit werden für die Standortabgrenzung nicht verlangt und sind in der Regel auch nicht relevant: So hielt das Bundesgericht im Fall einer als Deponie verwendeten Kiesgrube fest, das gesamte Gelände der ehemaligen Kiesgrube bzw. Deponie stelle einen Standort i.S. des Altlastenrechts dar (Urteil 1C_44/2013 vom 16. Januar 2014 E. 5.1, in: URP 2014 S. 265; RDAF 2015 I S. 382), auch wenn im KbS eine Aufteilung nach besonders gefährlichen Belastungsherden vorgenommen worden sei (a.a.O., E. 5.3).
Gemäss Vollzugshilfe des BAFU (S. 11) kann allerdings ein grossflächiges Betriebsgelände in mehrere Standorte unterteilt werden, wenn (nach Belastungsquellen und -zeiträumen) verschiedene, eindeutig abgrenzbare belastete Standorte unterschieden werden können. Wie das BAFU in seiner Beschwerdeschrift darlegt, setzt dies aber voraus, dass Querkontaminationen ausgeschlossen sind, d.h. die Untergrundbelastungen müssen räumlich so weit voneinander entfernt liegen, dass dazwischen unbelastete Bereiche vorhanden sind und es zu keinem Stoffaustausch kommen kann. Diese Voraussetzungen sind vorliegend klarerweise nicht erfüllt, weil die Prozessfläche Nr. 007 (Entfetten, Reinigen, Waschen mit CKW) mit zwei anderen Prozessflächen (Nr. 004 und Nr. 008) überlappt und unmittelbar an weitere Prozessflächen (Nrn. 002 und 003) angrenzt. Alle fünf Flächen befinden sich im Gebäude der ehemaligen Nagelfabrik und betreffen Schadstoffe, die mutmasslich bei der Metallverarbeitung anfielen; in geringem Abstand finden sich weitere Prozessflächen (z.B. 005: Werkzeugmacherei). In dieser Situation können die Prozessflächen keinen eigenen Standort bilden, sondern sind blosse Teilflächen eines Gesamtstandortes, der gesamthaft untersucht werden muss und aus dem KbS nur gelöscht werden kann, wenn er insgesamt keine Belastung aufweist (<ref-law>). Eine Teilentlassung für bestimmte vermutete Schadstoffe oder Schadstoffgruppen ist nicht vorgesehen.
4.2. Die vom Verwaltungsgericht vertretene engere Standortumschreibung, gestützt auf Art und Menge der vermuteten Abfallbelastung für unterschiedliche Betriebsteile, hätte eine erhebliche Ausweitung der Haftung des Gemeinwesens nach <ref-law> zur Folge:
Grundsätzlich sind die notwendigen Untersuchungskosten vom Verursacher zu tragen (<ref-law>); das Gemeinwesen trägt nur den Kostenanteil von Verursachern, die nicht ermittelt werden können oder zahlungsunfähig sind (Abs. 3). Eine Haftung des Gemeinwesens für die gesamten Untersuchungskosten wird in Abs. 5 USG nur vorgesehen, wenn sich der gesamte Standort als gänzlich unbelasteterweist (LORENZ LEHMANN, Folgen der Revision des Altlastenrechts für Bauherren, Behörden und Berater, URP 2007 S. 656; GRIFFEL/RAUSCH, Kommentar zum USG, Ergänzungsband zur 2. Aufl., 2011, Art. 32d N. 25 S. 572 oben), d.h. es sich (bei ex post Betrachtung) um einen "Fehleintrag" handelt (LEHMANN, Klarheit durch neues Altlastenrecht? PBG aktuell 2006, H. 4, S. 12).
Es gibt keine Anhaltspunkte dafür, dass der Gesetzgeber eine Haftung des Gemeinwesens für einzelne Untersuchungsschritte einführen wollte, d.h. der Kanton auch bei tatsächlich mit Abfällen belasteten Betriebsstandorten die Kosten für Untersuchungsmassnahmen übernehmen müsste, mit denen bestimmte, ursprünglich vermutete Schadstoffe nicht nachgewiesen werden können.
Die Bestimmung geht auf die parlamentarische Initiative von Nationalrat Baumberger (eingereicht am 7. Dezember 1998) zurück, der beantragte, Art. 32d sei dahin zu ergänzen, dass die Kantone die Kosten für die Untersuchung eines im KbS eingetragenen oder für den Eintrag vorgesehenen Standorts tragen, "wenn die Untersuchung ergibt, dass dieser nicht durch Abfälle belastet ist" (BBl 2003 5011; Hervorhebung des Bundesgerichts; vgl. dazu Bericht der nationalrätlichen Kommission für Umwelt, Raumplanung und Energie vom 20. August 2002, Parlamentarische Initiative Altlasten, Untersuchungskosten BBl 2003 5008 ff., insbes. Ziff. 2.3.1.1 S. 5020 f. und S. 5034 zu <ref-law>).
Entgegen der Auffassung der Vorinstanz vertritt auch LEHMANN (Klarheit durch neues Altlastenrecht?, PBG aktuell 2006 H. 4 S. 12) keine andere Auffassung: Er will den Untersuchungszweck lediglich berücksichtigen, wenn ein Grundstück aufgrund seiner Nutzungsgeschichte sowohl als Ablagerungsstandort (gemäss <ref-law>) als auch als Betriebsstandort (lit. b) im KbS eingetragen wird, beide Einträge in voneinander unabhängigen Verfahren erfasst und bewertet werden, und die Untersuchungen betreffend Ablagerungsstandort zum Ergebnis führen, dass keine Abfälle auf dem Standort abgelagert worden sind. Diesfalls trage das Gemeinwesen die Untersuchungskosten, unabhängig davon, ob sich später der Eintrag hinsichtlich des Betriebsstandorts für das gleiche Grundstück erhärte.
4.3. Kostentragungspflicht und Standortbegriff sind bundesrechtlich definiert, d.h. es besteht keine Raum für eine engere kantonale Standortdefinition, die eine Ausweitung der Haftung des Gemeinwesens zur Folge hätte. Dies gilt umso mehr, als sich der Bund über Abgeltungen des VASA-Fonds an den Untersuchungskosten für nicht belastete Standorte beteiligen muss (<ref-law>).
Auch die zuständige Zürcher Behörde (AWEL bzw. Baudirektion) geht im Übrigen davon aus, dass der Betriebsstandort "Pilgersteg" (I-22) den gesamten Perimeter des Betriebs umfasse. Der zusätzliche Eintrag von "Prozessflächen" diene einerseits dazu, die Untersuchungsmassnahmen auf das unterschiedliche Emissionsspektrum der einzelnen Teilbereiche auszurichten (Beschwerdeschrift der Baudirektion vor Verwaltungsgericht, S. 3) und erlaube es andererseits der Grundeigentümerin, die Entwicklung ihres Grundstücks besser zu planen (S. 7/8).
Dieses Vorgehen entspricht Art. 5 Abs. 3 lit. a-c AltlV: Die eingetragenen Prozessflächen geben Auskunft über Art und Lage gewisser Schadstoffe, die im Zusammenhang mit bestimmten Produktionsprozessen und Betriebszeiträumen vermutet werden. Diese Informationen müssen im Lauf des Verfahrens aktualisiert und - sofern sich der Verdacht nicht erhärten lässt - gelöscht werden (vorliegend: Löschung der Prozessfläche 007, weil der Verdacht der CKW-Verschmutzung nicht erhärtet werden konnte, und Ersatz durch die neue Prozessfläche 008 wegen Verdachts auf Kohlenwasserstoffkontamination des Untergrunds). Damit wird der vom Verwaltungsgericht hervorgehobenen Funktion des KbS als dynamisches Planungs- und Entscheidungsinstrument Rechnung getragen und eine differenzierte Betrachtung verschiedener Flächen innerhalb eines einheitlichen Standorts ermöglicht.
4.4. Dem Verwaltungsgericht ist einzuräumen, dass es dem Verhältnismässigkeitsprinzip widersprechen kann, ein grosses Betriebsareal im KbS zu belassen, wenn die Untersuchungen lediglich eine geringfügige punktuelle Belastung des Untergrunds ergeben haben. Derartigen Situationen trägt die Vollzugshilfe des BAFU (Ziff. 4.4 S. 10) jedoch Rechnung, indem Bagatellfälle vom Eintrag ausgenommen bzw. aus dem KbS gelöscht werden müssen (vgl. dazu Entscheid 1C_291/2016 vom 20. Februar 2017 E. 6.1, in: URP 2018 S. 50).
Von einem Bagatellfall kann jedoch vorliegend (jedenfalls zurzeit) nicht ausgegangen werden, wurden doch im Bereich der Naglerei aliphatische Kohlenwasserstoffe gefunden, die nach Vermutung des AWEL vom langjährigen Gebrauch fossiler Brennstoffe als Kühlschmiermittel bei der mechanischen Metallverarbeitung herrühren. Dieser Verdacht muss abgeklärt und gegebenenfalls berücksichtigt werden, unabhängig davon, ob die Belastung im Rahmen von Untersuchungen mit anderer Zielrichtung entdeckt wurde.
5.
Nach dem Gesagten ist die Beschwerde gutzuheissen. Das angefochtene Urteil des Verwaltungsgerichts Zürich ist aufzuheben. Dies hat zur Folge, dass auch der (vom Verwaltungsgericht bestätigte) Entscheid des Baurekursgerichts vom 8. Juni 2016 dahinfällt und die Verfügung der Baudirektion vom 7. Dezember 2015 wiederhergestellt wird.
Bei diesem Ausgang des Verfahrens trägt die private Beschwerdegegnerin die Gerichtskosten (<ref-law>) und es sind keine Parteientschädigungen zuzusprechen (<ref-law>). Die Sache wird an das Verwaltungsgericht zur Neuregelung der Kosten und Entschädigungen des kantonalen Rekurs- und Beschwerdeverfahrens zurückgewiesen.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird gutgeheissen und der Entscheid des Verwaltungsgerichts des Kantons Zürich, 1. Abteilung, vom 12. Juni 2018, aufgehoben. Die Sache wird zur Neuregelung der Kosten und Entschädigungen des kantonalen Verfahrens an das Verwaltungsgericht zurückgewiesen.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 4'000.-- werden der Beschwerdegegnerin auferlegt.
3.
Es werden keine Parteientschädigungen zugesprochen.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien, dem Gemeinderat Rüti, der Baudirektion und dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 1. Abteilung, 1. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 17. April 2019
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Chaix
Die Gerichtsschreiberin: Gerber