Sachverhalt:
A.
Der Einwohnerrat Aarau fasste am 27. August 2018 folgenden Beschluss:
1.1 Der Einwohnerrat beschliesst die Revision der Nutzungsplanung mit Ausnahme der genehmigten Teilrückweisungsanträge zu § 3 Abs. 1, § 3 Abs. 4, § 16 Abs. 4, § 17 Abs. 8, § 18 Abs. 4, § 52 und Anhang 2 (Perimeter Bahnhof Nord, Bahnhof Süd, Torfeld Nord und Telli Ost). Der Stadtrat wird beauftragt, dem Einwohnerrat ausserhalb der BNO ein einwohnerrätliches Mehrwertabgabereglement zu unterbreiten. Die Meyer'schen Stollen sind in den Nutzungsplänen orientierungshalber einzutragen. Der Planungsbericht vom 7. Mai 2018 ist gemäss Beschluss zu ergänzen.
Der Beschluss wurde am 31. August 2018 im Amtsblatt des Kantons Aargau publiziert. Am 26. September 2018 ersuchte F._ die Stadtkanzlei Aarau per E-Mail, ihm das Protokoll der Sitzung des Einwohnerrats der Stadt Aarau vom 27. August 2018 inklusive sämtlicher Anträge, Beschlüsse und Begründungen in elektronischer Form zuzustellen. Am gleichen Tag antwortete ihm der Stadtschreiber, dass sämtliche Unterlagen zu den Einwohnerratssitzungen auf der Homepage der Stadt Aarau zu finden seien, wobei er in seinem E-Mail einen entsprechenden Link einfügte.
Am 28. September 2018 reichten D._, C._, E._, F._, B._ und A._ beim Departement Volkswirtschaft und Inneres (DVI) des Kantons Aargau eine Beschwerde ein, die sie als "Stimmrechtsbeschwerde (eventualiter Gemeindebeschwerde) betreffend BNO Aarau" bezeichneten. Sie stellten folgende Anträge:
1. Der Beschluss 1.1 des Einwohnerrates vom 27. August 2018 (betr. Revision der Nutzungsplanung, einwohnerrätliches Mehrwertabgabereglement, Meyer'sche Stollen und Planungsbericht) sei als nichtig (bzw. allenfalls ungültig) zu erklären.
2. Eventualiter sei dieser Beschluss bzw. seien dessen Teilbeschlüsse zumindest nicht dem Referendum zu unterstellen.
3. Subeventualiter sei der Beschluss nach der Publikation des Protokolls der Sitzung des Einwohnerrates der Stadt Aarau vom 27. August 2018 (inkl. sämtliche Anträge, Beschlüsse und Begründungen) unter Ansetzung einer neuen Referendumsfrist neu zu publizieren. (...)
Das DVI trat mit Entscheid vom 10. Oktober 2018 auf die Beschwerde nicht ein und hielt zur Begründung fest, es handle sich um eine Stimmrechtsbeschwerde, die an eine Frist von drei Tagen gebunden sei. Die Beschwerdeführer hätten diese Frist nicht eingehalten.
Die genannten Personen erhoben gegen den Entscheid des DVI Beschwerde ans Verwaltungsgericht des Kantons Aargau, welches das Rechtsmittel am 8. November 2018 abwies. Auf Beschwerde hin hob das Bundesgericht das verwaltungsgerichtliche Urteil wegen einer Verletzung des Anspruchs auf rechtliches Gehör auf und wies die Sache zur neuen Beurteilung zurück (Urteil 1C_653/2018 vom 28. Januar 2019). Das wiederum mit der Sache befasste Verwaltungsgericht wies die Beschwerde mit Urteil vom 23. April 2019 ab, soweit es darauf eintrat.
B.
Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht vom 31. Mai 2019 beantragen A._, B._ und C._ (im Folgenden: Beschwerdeführer 1-3), das Urteil des Verwaltungsgerichts vom 23. April 2019 sei aufzuheben und die Sache zur materiellen Behandlung an das DVI zurückzuweisen. Zudem stellen sie eine Reihe von Anträgen für den Fall, dass das Bundesgericht ihre Beschwerde materiell behandeln sollte (Verfahren 1C_301/2019).
Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht vom 31. Mai 2019 verlangt F._ (im Folgenden: Beschwerdeführer 4) in der Hauptsache ebenfalls die Aufhebung des verwaltungsgerichtlichen Urteils und die Rückweisung der Sache an das DVI. Eventualiter beantragt er, "dieser Beschluss bzw. diese Teilbeschlüsse" seien nicht dem Referendum zu unterstellen. Subeventualiter sei der Beschluss nach der Publikation des Protokolls der Sitzung des Einwohnerrats der Stadt Aarau vom 27. August 2018 (inkl. Anträge, Beschlüsse und Begründungen) unter Ansetzung einer neuen Referendumsfrist neu zu publizieren (Verfahren 1C_303/2019).
Das Verwaltungsgericht hat auf eine Vernehmlassung verzichtet. Das DVI schliesst auf Abweisung der Beschwerden, der Stadtrat beantragt deren Abweisung, soweit darauf einzutreten sei. Die Beschwerdeführer 1 und 4 haben dazu Stellung genommen.
C.
Mit Präsidialverfügung vom 27. Juni 2019 hat das Bundesgericht das im Verfahren 1C_301/2019 gestellte Gesuch um aufschiebende Wirkung abgewiesen.

Erwägungen:
1.
Die beiden Beschwerden richten sich gegen dasselbe Urteil des Verwaltungsgerichts und werfen die gleichen Rechtsfragen auf. Es rechtfertigt sich, die Verfahren zu vereinigen und die Sache in einem einzigen Urteil zu behandeln.
2.
2.1. Angefochten ist das Urteil des Verwaltungsgerichts vom 23. April 2019, das den Nichteintretensentscheid des DVI bestätigt. Inhaltlich rügten die Beschwerdeführer vor dem DVI, der Beschluss des Stadtrats untergrabe das Referendumsrecht, weil er die Einheit der Materie verletze und weil sein Inhalt infolge der undefinierten Teilrückweisungsanträge unklar sei. Damit machten sie die Verletzung politischer Rechte geltend. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten in der Form der Stimmrechtsbeschwerde gemäss <ref-law> ist deshalb gegen das Urteil des Verwaltungsgerichts zulässig. Das angefochtene Urteil ist kantonal letztinstanzlich und entspricht den Anforderungen von <ref-law>. Die Beschwerdeführer sind unbestrittenermassen in Aarau stimmberechtigt und damit gemäss <ref-law> zur Beschwerde legitimiert.
2.2. Der Verfahrensgegenstand vor Verwaltungsgericht war auf die Frage der Einhaltung der Frist für die Beschwerde an das DVI beschränkt und ist es deshalb auch vor Bundesgericht. Insoweit, als die Beschwerdeführer mit ihren Anträgen und Rügen darüber hinausgehen, ist auf ihre Beschwerde nicht einzutreten. Das betrifft zum einen die erwähnten Eventualanträge des Beschwerdeführers 4, zum andern die Rüge der Beschwerdeführer 1-3, wonach das DVI gestützt auf § 64 des Gesetzes des Kantons Aargau vom 10. März 1992 über die politischen Rechte (GPR; SAR 131.100) von Amtes wegen eine Untersuchung hätte durchführen müssen.
2.3. Nicht einzutreten ist auch auf die Rüge, die Bestimmungen der Gemeindeordnung der Einwohnergemeinde Aarau vom 23. Juni 1980 betreffend das Protokoll des Gemeinderats (§ 25 Abs. 1 und 3 GO) seien missachtet worden. Die Beschwerdeführer legen nicht dar, weshalb dies der Fall sein soll (<ref-law>).
2.4. Im Rahmen der Beschwerde in Stimmrechtssachen prüft das Bundesgericht nicht nur die Auslegung von Bundesrecht und kantonalem Verfassungsrecht frei, sondern auch diejenige anderer kantonaler Vorschriften, welche den Inhalt des Stimm- und Wahlrechts normieren oder mit diesem in engem Zusammenhang stehen (<ref-law>; <ref-ruling> E. 3.1 S. 224 mit Hinweis).
3.
Das kantonale Gesetz über die politischen Rechte sieht einerseits die Stimmrechtsbeschwerde (§ 65 GPR) und andererseits die Wahl- und Abstimmungsbeschwerde (§ 66 GPR) vor, wobei für beide eine Beschwerdefrist von drei Tagen vorgesehen ist (§ 68 GPR) :
§ 65 Stimmrechtsbeschwerde
1 Mit der Stimmrechtsbeschwerde kann die Verletzung des Stimmrechts gemäss §§ 3-5, 7, 17, 44, 45 und 62f geltend gemacht werden.
§ 66 Wahl- und Abstimmungsbeschwerde
1 Mit der Wahl- und Abstimmungsbeschwerde können Unregelmässigkeiten bei der Vorbereitung oder Durchführung einer Wahl oder Abstimmung oder bei der Ermittlung eines Wahl- oder Abstimmungsergebnisses geltend gemacht werden.
§ 68 Frist
1 Die Beschwerden sind innert 3 Tagen seit der Entdeckung des Beschwerdegrundes, spätestens aber am dritten Tage nach der Veröffentlichung des Ergebnisses einer Wahl oder Abstimmung eingeschrieben bei der zuständigen Beschwerdeinstanz einzureichen.
Das Verwaltungsgericht legte dar, gemäss § 65 GPR könne mit der Stimmrechtsbeschwerde unter anderem die Verletzung des Stimmrechts gemäss § 3 GPR geltend gemacht werden, wonach betroffene Bürgerinnen und Bürger berechtigt seien, Referendumsbegehren zu unterzeichnen. Soweit ein Einwohnerratsbeschluss grundsätzlich referendumsfähig sei, jedoch Mängel aufweise, die das Ergreifen des Referendums verunmöglichten, könne dies deshalb mit Stimmrechtsbeschwerde geltend gemacht werden.
Während die Beschwerdeführer 1-3 diese Auslegung nicht beanstanden, ist der Beschwerdeführer 4 der Auffassung, es gehe stattdessen um eine Wahl- und Abstimmungsbeschwerde gemäss § 66 GPR. Mit seiner Kritik übersieht er jedoch, dass noch nicht die Vorbereitung oder Durchführung einer Abstimmung in Frage stand, da dafür zunächst erfolgreich das Referendum hätte ergriffen werden müssen. Eine Verletzung des Rechts, vom Referendum Gebrauch zu machen, fällt deshalb und angesichts des ausdrücklichen Verweises in § 65 GPR auf § 3 GPR in den Anwendungsbereich der Stimmrechtsbeschwerde. Der angefochtene Entscheid ist insofern nicht zu beanstanden. Im Übrigen gilt für die Bemessung der Frist § 68 gleichermassen für beide Beschwerdearten.
4.
4.1. Umstritten ist weiter, ob das DVI unabhängig von der Rechtzeitigkeit der Beschwerde darauf hätte eintreten müssen (E. 4.2 hiernach), ob die Beschwerdefrist von drei Tagen in einer Situation wie der vorliegenden mit der Garantie der politischen Rechte gemäss <ref-law> generell unvereinbar ist (E. 4.3 hiernach) oder ob zumindest ihre Handhabung im konkreten Fall diese Verfassungsbestimmung verletzt (E. 4.4 hiernach).
4.2. Die Beschwerdeführer 1-3 sind der Auffassung, es bestünden ernstzunehmende Anzeichen dafür, dass der Beschluss des Einwohnerrats vom 27. August 2018 nichtig gewesen sei. Daraus leiten sie ab, dass sich das DVI damit hätte befassen müssen, denn Nichtigkeit sei unabhängig von Fristen von Amtes wegen zu beachten. Zwar trifft zu, dass gemäss bundesgerichtlicher Rechtsprechung die Nichtigkeit eines Entscheids von sämtlichen rechtsanwendenden Behörden jederzeit von Amtes wegen zu beachten ist (<ref-ruling> E. 3.1 S. 503 f. mit Hinweisen). Diese Formulierung zielt jedoch auf künftige Verfahren ab, in denen sich die Frage der Nichtigkeit vorfrageweise stellt, beispielsweise im Zusammenhang mit der Vollstreckung eines möglicherweise nichtigen Entscheids. Nicht gemeint ist dagegen, dass die Nichtigkeit jederzeit und ohne Rücksicht auf die weiteren Sachurteilsvoraussetzungen bei irgendeiner Behörde geltend gemacht werden könnte (Urteil 4A_142/2016 vom 25. November 2016 E. 2.2 mit Hinweisen). Das DVI war somit nicht gehalten, auf die Beschwerde unabhängig von der Einhaltung der Beschwerdefrist einzutreten, nur weil die Beschwerdeführer behauptet hatten, der Beschluss des Einwohnerrats sei nichtig.
4.3. Die vom kantonalen Gesetzgeber in § 68 GPR festgelegte Frist von drei Tagen ist sehr kurz und lässt dem Betroffenen wenig Zeit, die Sach- und Rechtslage abzuklären und eventuell Rat und Unterstützung bei einem Rechtsanwalt einzuholen. Sie kann jedoch nicht von vornherein als unzulässig angesehen werden. Gemäss der Rechtsprechung besteht ein öffentliches Interesse an der raschen Gewissheit über die Gültigkeit einer Abstimmung oder Wahl, dies unabhängig davon, ob es um die Behebung von Mängeln vor oder nach der Wahl oder Abstimmung geht (Urteil 1C_217/2009 vom 11. August 2009 E. 2.2 mit Hinweisen). Die dreitägige Frist ist im Übrigen keineswegs unüblich. Neben dem Bund ist sie mehreren kantonalen Rechtsordnungen bekannt (vgl. Art. 77 Abs. 2 des Bundesgesetzes vom 17. Dezember 1976 über die politischen Rechte [BPR; SR 161.1]; <ref-ruling> E. 3b S. 5 f. mit Hinweisen). Zwar geht es vorliegend nicht um die Gültigkeit einer Abstimmung oder Wahl, sondern um die Ausübung des Referendumsrechts. Auch in dieser Hinsicht besteht jedoch ein öffentliches Interesse an einer raschen Klärung der Rechtslage (siehe zum Vergleich die Regelung betreffend Volksreferenden in Art. 77 Abs. 1 lit. a und Abs. 2 i.V.m. Art. 62 f. BPR). Nichts hieran zu ändern vermag das Argument, eine Gutheissung der Beschwerde würde lediglich dazu führen, dass die BNO später als Ganzes dem Referendum unterstellt werde. Diese Sichtweise läuft darauf hinaus, einer blossen Teilrevision eines Gesetzes oder eines Raumplans gegenüber einer Totalrevision kein eigenständiges öffentliches Interesse zuzuerkennen, was offensichtlich verfehlt wäre. Insgesamt kann die dreitägige Beschwerdefrist somit nicht generell als verfassungswidrig bezeichnet werden.
4.4.
4.4.1. Eine kurze Beschwerdefrist wie die hier strittige muss zusammen mit den weiteren Sachurteilsvoraussetzungen aufgrund der unverkennbaren Schwierigkeiten für den Rechtssuchenden in grosszügiger Weise gehandhabt werden. So dürfen an die Erkennbarkeit eines Mangels, mit welcher die Beschwerdefrist ausgelöst wird, keine zu geringen Anforderungen gestellt werden. An die Beschwerdebegründung ist zudem kein strenger Massstab anzulegen (<ref-ruling> E. 3b S. 6; Urteil 1C_577/2013 vom 2. Oktober 2013 E. 3.1, in: ZBl 115/2014 S. 512). Das Bundesgericht prüft in diesem Zusammenhang die Auslegung von § 68 Abs. 1 GPR frei. Diese Bestimmung sieht speziell für den Bereich des Stimmrechts eine sehr kurze Beschwerdefrist vor, weshalb von einem engen Zusammenhang mit dem Stimm- und Wahlrecht auszugehen ist (vgl. E. 2.3 hiervor sowie Urteil 1C_203/2011 vom 1. Juli 2011 E. 2.4 mit Hinweisen).
4.4.2. Die Beschwerdeführer machen in dieser Hinsicht geltend, mit der in § 68 Abs. 1 GPR als fristauslösend bezeichneten "Entdeckung des Beschwerdegrundes" sei die tatsächliche Entdeckung gemeint. So sei etwa der Beschwerdeführer 1 erst mit der Angelegenheit konfrontiert worden, als er um eine Unterschrift auf dem Referendumsbogen gebeten worden sei. Weiter stellen sie verschiedene andere fristauslösende Ereignisse zur Diskussion, die allesamt nach der vom Verwaltungsgericht als massgebend erachteten Publikation im Amtsblatt des Kantons Aargau vom 31. August 2018 liegen. Erstens müsste für Mängel, die sich auf die Referendumsfrist auswirken könnten, während der gesamten Referendumsfrist eine Beschwerdemöglichkeit zur Verfügung stehen. Zweitens habe der rechtswidrige Zustand erst am 19. Dezember 2018 geendet, als der am 27. August 2018 beschlossene BNO-Text im Internet veröffentlicht worden sei. Drittens hätten sie erst aufgrund eines E-Mails des Stadtschreibers an den Beschwerdeführer 4 vom 26. September 2018 erfahren, dass der beschlossene BNO-Text sowie das Protokoll der Einwohnerratssitzung vom 27. August 2018 noch nicht vorlagen, weshalb erst in diesem Zeitpunkt die Beschwerdefrist zu laufen begonnen habe. Viertens habe ihnen die Stadt Aarau mit Brief vom 25. September 2018 ein Bestätigungsschreiben zur Hinterlegung des Referendumsbegehrens gesandt, in welchem der Beschluss vom 27. August 2018 um die letzten drei Sätze gekürzt worden sei. Daraus ergebe sich, dass die betreffenden Elemente (Auftrag an den Stadtrat zur Ausarbeitung eines Mehrwertabgabereglements, Eintrag der Meyerschen Stollen orientierungshalber, Ergänzung des Planungsberichts) nicht referendumsfähig seien. Dieser Fehler, der ihnen vorher nicht habe auffallen können, habe zu einem langen und unverständlichen Referendumstext geführt, der die Unterschriftensammlung entscheidend erschwert habe. Fünftens und letztens seien ihnen die inhaltlichen Mängel des Beschlusses (z.B., dass die BNO "undefiniert" sei, wenn die Planungsgrundsätze fehlten) erst beim Unterschriftensammeln aufgefallen, womit sie erst am 26. September 2018 angefangen hätten.
4.4.3. Gemäss angefochtenem Entscheid ist für den Fristbeginn derjenige Zeitpunkt massgebend, zu dem die Beschwerdeführer die von ihnen behauptete Verletzung des Stimmrechts erkennen konnten. Diese Auslegung von § 68 Abs. 1 GRP entspricht der bundesgerichtlichen Rechtsprechung (Urteil 1C_577/2013 vom 2. Oktober 2013 E. 3.1 i.f., in: ZBl 115/2014 S. 512). Stattdessen auf das tatsächliche Erkennen des Mangels abzustellen, würde bedeuten, den Fristbeginn an ein kaum verifizierbares, subjektives Kriterium zu knüpfen und hätte eine erhebliche Rechtsunsicherheit zur Folge. Die öffentliche Publikation hätte für diejenige Person, die sie nicht zur Kenntnis nimmt, keine Bedeutung mehr. Ein solches Verständnis widerspricht offensichtlich Sinn und Zweck von § 68 Abs. 1 GRP. Auch die Behauptung, eine Beschwerdemöglichkeit müsse während der gesamten Referendumsfrist zur Verfügung stehen, findet in dieser Bestimmung keine Grundlage.
4.4.4. Das Verwaltungsgericht kam zum Schluss, der von den Beschwerdeführern behauptete Mangel des einwohnerrätlichen Beschlusses sei bereits bei dessen Publikation erkennbar gewesen. Aufgrund dessen öffentlicher Bekanntmachung im Amtsblatt am 31. August 2018 sei die Beschwerdefrist am 3. September 2018 abgelaufen. Zuvor habe die Stadt Aarau den Beschluss am 28. August 2018 zwar auch auf ihrer Homepage und am 30. August 2018 im Landanzeiger publiziert, dies habe den Fristenlauf jedoch nicht ausgelöst. Die Beschwerdeführer hätten ihre Beschwerde erst rund vier Wochen später erhoben. Dies sei offensichtlich zu spät gewesen, denn aufgrund einer blossen Lektüre des Beschlusses sei unverkennbar gewesen, dass darin Rückweisungsbeschlüsse enthalten waren und der Einwohnerrat nicht die gesamte BNO beschlossen hatte.
4.4.5. Diese Auffassung ist nicht zu beanstanden. Die Beschwerdeführer bedurften keiner weiteren Angaben, um die behaupteten Mängel des Beschlusses des Einwohnerrats zu rügen. Dazu war weder der beschlossene BNO-Text noch das Protokoll der Einwohnerratssitzung notwendig, richtete sich die Kritik doch gerade darauf, dass unklar gewesen sei, was genau beschlossen worden war. Auch waren die Beschwerdeführer bereits im Zeitpunkt der Publikation im Amtsblatt in der Lage, geltend zu machen, dass ein Teil des Beschlusses nicht dem Referendum unterlag, soweit sie der Auffassung waren, dieser Umstand erschwere die Unterschriftensammlung. Dass ihnen all dies erst später bewusst geworden ist, mag zutreffen, ist nach dem Ausgeführten jedoch nicht entscheidend. Korrekt ist schliesslich auch der vorinstanzliche Hinweis, dass die Kritik am späteren Kommunikationsverhalten der Stadt Aarau nicht mit der Kritik am Beschluss des Einwohnerrats verwechselt werden dürfe und nur letztere sich auf den Prozessgegenstand beziehe.
4.4.6. Als unbegründet erweist sich auch die Rüge, § 26 Abs. 2 GO sei missachtet worden. Wie das Verwaltungsgericht dargelegt hat, erfolgte die Veröffentlichung im vorliegenden Fall gemäss § 26 Abs. 1 GO, wonach die Beschlüsse des Einwohnerrats in den vom Stadtrat zu bestimmenden Medien veröffentlicht werden. Abs. 2, der für umfangreiche Geschäfte Erleichterungen vorsieht, indem statt der Publikation der Beschlüsse selbst die Bekanntgabe der behandelnden Gegenstände und des Ortes, wo die Unterlagen während 30 Tagen eingesehen werden können, als genügend bezeichnet werden, war deshalb nicht anwendbar.
4.4.7. Eine Verletzung von <ref-law> und § 68 GPR ist aus diesen Gründen zu verneinen. Dasselbe gilt für die von den Beschwerdeführern in diesem Zusammenhang ebenfalls angerufenen Bestimmungen von § 63 Abs. 4 KV/AG (SR 131.227) und § 5 GO, welche die Möglichkeit einer fakultativen Volksabstimmung bzw. eines fakultativen Referendums vorsehen.
5.
Die Beschwerden sind aus diesen Erwägungen abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist.
Bei diesem Ausgang des Verfahrens sind die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens den Beschwerdeführern aufzuerlegen (<ref-law>). Eine Parteientschädigung ist nicht zuzusprechen (Art. 68 Abs. 1-3 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Verfahren 1C_301/2019 und 1C_303/2019 werden vereinigt.
2.
Die Beschwerden werden abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
3.
Die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens von insgesamt Fr. 1'000.-- werden zur Hälfte den Beschwerdeführern des Verfahrens 1C_301/2019 und zur Hälfte dem Beschwerdeführer des Verfahrens 1C_303/2019 auferlegt.
4.
Dieses Urteil wird den Beschwerdeführern, dem Stadtrat Aarau, dem Departement Volkswirtschaft und Inneres des Kantons Aargau und dem Verwaltungsgericht des Kantons Aargau, 2. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 1. November 2019
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Chaix
Der Gerichtsschreiber: Dold