Fatti:
A.
Il 7 novembre 2018 la Corte penale del Tribunale penale federale ha condannato A._ a una pena pecuniaria sospesa di 240 aliquote giornaliere di fr. 30.-- ciascuna per ripetuta rappresentazione di atti di cruda violenza e violazione della legge federale che vieta i gruppi "Al-Qaïda" e "Stato islamico". Il medesimo giorno A._ ha chiesto la motivazione scritta della sentenza, annunciando di voler fare appello contro la medesima.
B.
La sentenza motivata è stata notificata a A._ il 28 dicembre 2018. In data 11 gennaio 2019 A._ ha presentato una dichiarazione d'appello alla Corte d'appello del Tribunale penale federale, che l'ha trasmessa al Tribunale federale per competenza.
Il 1° febbraio 2019 A._ ha chiesto che la dichiarazione d'appello fosse ritornata alla Corte d'appello del Tribunale penale federale, affinché questa emani una formale decisione sulla propria competenza. Al contempo A._ ha presentato un ricorso in materia penale avverso la sentenza del 7 novembre 2018 della Corte penale del Tribunale penale federale, chiedendo la sospensione della relativa procedura fintanto che la Corte d'appello del Tribunale penale federale non si sia pronunciata sulla propria competenza. Con decreto del 4 febbraio 2019 il Presidente della Corte di diritto penale del Tribunale federale ha dato seguito a tale richiesta di sospensione (incarto 6B_56/2019).
C.
Il 20 marzo 2019 la Corte d'appello del Tribunale penale federale ha dichiarato inammissibile l'appello. Avverso tale sentenza A._ insorge al Tribunale federale con un ricorso in materia penale, chiedendo che l'appello da lui presentato sia dichiarato ammissibile e trattato nel merito dalla Corte d'appello del Tribunale penale federale. Egli domanda inoltre di essere posto al beneficio dell'assistenza giudiziaria per la procedura dinnanzi al Tribunale federale (incarto 6B_523/2019).

Diritto:
1.
1.1. Il ricorrente ritiene che l'appello sia ammissibile, poiché presentato dopo l'entrata in funzione, il 1° gennaio 2019, della nuova Corte d'appello del Tribunale penale federale. Quest'ultima considera che, in merito alla sua istituzione, la legge federale del 19 marzo 2010 sull'organizzazione delle autorità penali della Confederazione (LOAP; RS 173.71) non contenga alcuna norma transitoria. In assenza di disposizioni specifiche al riguardo, la sola norma logicamente applicabile sarebbe l'<ref-law>, il quale permetterebbe di evitare - secondo la dottrina - che una parte possa determinare la procedura applicabile a dipendenza del momento in cui presenta il ricorso. Anche l'<ref-law> prevederebbe ( e contrario) quale crinale tra il vecchio e il nuovo diritto la data di emanazione della decisione. La soluzione invocata dal ricorrente di garantire la via dell'appello contro le decisioni della Corte penale del Tribunale penale federale emanate prima dell'entrata in vigore della modifica della LOAP relativa all'istituzione della Corte d'appello creerebbe evidenti problemi sia di disparità di trattamento che di certezza del diritto. Ciò che conta non sarebbe l'esistenza potenziale dell'appello giusta il codice di procedura penale ma l'esistenza sostanziale ed effettiva dello stesso. In sede federale l'appello esisterebbe per volontà del legislatore solo dal 1° gennaio 2019.
1.2. Il ricorrente obietta che l'appello nella giurisdizione penale federale non sia stato introdotto con la modifica della LOAP del 17 marzo 2017 (RU 2017 5769) relativa alla creazione della Corte d'appello del Tribunale penale federale, bensì dal codice di procedura penale sin dalla sua entrata in vigore il 1° gennaio 2011. Fino al 1° gennaio 2019 l'unico impedimento a impugnare per mezzo di un appello le decisioni del Tribunale penale federale non era - secondo il ricorrente - di carattere giuridico, bensì fattuale o al massimo organizzativo, ma non dipendeva certo dalla volontà del legislatore. Per circa otto anni non sarebbe semplicemente stato possibile recapitare la dichiarazione scritta d'appello ad alcuna autorità competente. Gli unici criteri che il legislatore avrebbe voluto introdurre per regolare l'appello sarebbero quelli contenuti negli art. 398 segg. CPP. Le condizioni ivi indicate non avrebbero subito modifiche con l'istituzione della Corte d'appello nella giurisdizione federale e sarebbero adempiute nell'evenienza. L'unica modifica di natura giuridica connessa con l'entrata in funzione della nuova Corte d'appello sarebbe quella che le decisioni della Corte penale del Tribunale penale federale emanate dopo il 1° gennaio 2019 non sono più direttamente impugnabili al Tribunale federale mediante un ricorso di diritto penale. In merito all'ammissibilità di un appello a livello federale non vi sarebbe stata alcuna modifica a quanto originariamente statuito dal codice di procedura penale.
Il ricorrente considera inoltre che, qualora si volesse attribuire alla LOAP l'introduzione dell'appello nei casi di giurisdizione federale, l'autorità inferiore avrebbe dovuto applicare - in assenza di norme intertemporali specifiche - i principi generali del diritto transitorio, in particolare il principio tempus regit actum, secondo il quale le nuove leggi sono immediatamente applicabili ai processi in corso. Infine, l'<ref-law> invocato dall'autorità inferiore riguarderebbe solamente l'entrata in vigore dello stesso codice di procedura penale, il quale non avrebbe mai previsto alcuna limitazione all'applicazione del rimedio dell'appello nella giurisdizione federale.
1.3.
1.3.1. Il codice di procedura penale è stato promulgato il 5 ottobre 2007; la LOAP il 19 marzo 2010. Entrambe le leggi sono entrate in vigore il 1° gennaio 2011. Nel suo messaggio del 10 settembre 2008 concernente la LOAP il Consiglio federale ha proposto di rinunciare a un'autorità d'appello nei casi di giurisdizione federale (FF 2008 7093, 7111 segg.). La questione è stata oggetto di ampi dibattiti parlamentari, in esito ai quali sia il Consiglio Nazionale che il Consiglio degli Stati si sono allineati al progetto del Consiglio federale (BU 2009 CS 587; BU 2009 CN 2252; BU 2010 CS 2; BU 2010 CN 116; BU 2010 CN 333; BU 2010 CS 362; BU 2010 CN 577). Il legislatore ha quindi rinunciato in modo deliberato a istituire un'autorità d'appello nei casi di giurisdizione federale nell'ambito della LOAP entrata in vigore il 1° gennaio 2011. Ciò facendo, egli ha anche istituito una deroga alle norme generali sull'appello contenute nel codice di procedura penale, dal momento che quest'ultimo era già stato adottato in precedenza. Tale deroga è stata soppressa unicamente con la modifica della LOAP entrata in vigore il 1° gennaio 2019 istituente la Corte d'appello del Tribunale penale federale. Si rivela così infondata la censura del ricorrente secondo cui solo gli art. 398 segg. CPP e non le disposizioni della LOAP sarebbero di rilievo per statuire sull'ammissibilità dell'appello in materia federale.
1.3.2. L'autore al quale il ricorrente si riferisce in merito al principio tempus regit actum (FRANZ RIKLIN, Schweizerische Strafprozessordnung, Kommentar, 2010, Vorbemerkungen zu StPO Art. 448 - 456) si limita a enumerare tre principi generali che trovano applicazione nel diritto transitorio, precisando al contempo che gli art. 448 segg. CPP prevedono delle eccezioni puntuali a tali principi. Una di queste eccezioni è costituita dall'<ref-law>, il quale contiene delle disposizioni specifiche sul diritto applicabile alla procedura di ricorso. La situazione riscontrata con l'introduzione - per la prima volta - dell'appello nella giurisdizione federale è analoga a quella esistente al momento dell'entrata in vigore del codice di procedura penale medesimo, allorquando, in svariati cantoni, il ricorso per cassazione è stato sostituito dall'appello. È quindi a ragione che l'autorità inferiore ha applicato per analogia l'<ref-law>. Secondo tale norma i ricorsi contro le decisioni emanate prima dell'entrata in vigore del codice di procedura penale sono giudicati secondo il diritto anteriore dalle autorità competenti in virtù di tale diritto. La sentenza della Corte penale del Tribunale penale federale è stata emanata il 7 novembre 2018. A tale data l'appello non era ancora previsto e le sentenze della Corte penale erano impugnabili unicamente al Tribunale federale con un ricorso in materia penale. La data della notifica della sentenza non è - secondo l'<ref-law> - determinante. In concreto, l'appello è quindi inammissibile.
2.
Le ulteriori censure del ricorrente riguardano delle considerazioni dell'autorità inferiore che sono di natura meramente abbondanziale. Si può quindi prescindere da un loro esame.
3.
3.1. In via subordinata il ricorrente chiede inoltre di annullare la sentenza impugnata nella misura in cui quest'ultima pone a suo carico la tassa di giustizia, fissata in fr. 1'000.--. Egli ritiene che la situazione di incertezza in merito ai rimedi giuridici applicabili alla fattispecie in esame non sia imputabile a lui, ma all'assenza di norme transitorie specifiche in relazione alla modifica della LOAP del 17 marzo 2017 e al fatto che ci siano voluti otto anni per costituire la Corte d'appello del Tribunale penale federale. Anche la sua precaria situazione finanziaria non permetterebbe, tenuto conto dell'<ref-law>, di porre a suo carico la tassa di giustizia.
3.2. L'addossamento delle spese procedurali in caso di soccombenza nella procedura di appello è conforme all'<ref-law>, che non prevede - come anche il regolamento del Tribunale penale federale sulle spese, gli emolumenti, le ripetibili e le indennità della procedura penale federale del 31 agosto 2010 (RSPPF; RS 173.713.162) - la facoltà di rinunciarvi. L'<ref-law> consente per contro all'autorità penale di ridurre o condonare le spese procedurali in considerazione della situazione economica della persona tenuta a rifonderle. L'autorità penale gode in tale ambito di un ampio potere di apprezzamento (THOMAS DOMEISEN, in Basler Kommentar, Strafprozessordnung, 2aed. 2014, n. 5 ad <ref-law>), che non appare violato nell'evenienza.
4.
Il ricorso deve essere respinto. Le spese giudiziarie seguono la soccombenza (<ref-law>).
La domanda di assistenza giudiziaria deve essere respinta, essendo il gravame sin dall'inizio privo di possibilità di successo (<ref-law>). Vista la situazione finanziaria del ricorrente, si giustifica tuttavia di prelevare una tassa di giudizio ridotta (<ref-law>).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1.
Il ricorso è respinto.
2.
La domanda di assistenza giudiziaria è respinta.
3.
Le spese giudiziarie di fr. 1'200.-- sono poste a carico del ricorrente.
4.
Comunicazione alle parti e alla Corte d'appello del Tribunale penale federale.