Fatti:
A.
Il 14 marzo 2003 l'allora Municipio di Montagnola (ora: Collina d'Oro) ha rilasciato a B._ AG (successivamente C._ SA e ora A._ SA) la licenza edilizia per l'ampliamento del centro commerciale "D._", approvando contestualmente 400 nuovi posteggi. Il progetto di costruzione ne prevedeva inizialmente 466 e l'esame d'impatto ambientale è stato elaborato sulla base di 420 nuovi posteggi.
B.
Con decisione del 24 marzo 2003, il Municipio di Montagnola ha altresì autorizzato B._ AG ad utilizzare il fondo part. n. 161 di Montagnola, allora di proprietà di E._ AG, quale parcheggio provvisorio ad uso del centro commerciale durante la fase di cantiere. L'autorizzazione era rilasciata fino al 31 marzo 2005 e prevedeva che, entro tale termine, il posteggio avrebbe dovuto essere eliminato ed il fondo ripristinato.
C.
Il posteggio provvisorio ha per contro continuato ad essere utilizzato quale parcheggio per i dipendenti anche dopo il 31 marzo 2005. A seguito dell'esercizio di un diritto di compera, dal 18 maggio 2005 la B._ AG è poi divenuta proprietaria del fondo part. n. 2332, derivante dal frazionamento del fondo originario part. n. 161 e corrispondente alla superficie adibita a posteggio.
D.
Il 14 dicembre 2015 C._ SA ha presentato al Municipio di Collina d'Oro una domanda di costruzione in sanatoria per la trasformazione del posteggio provvisorio in definitivo. Il progetto prevede 80 posti auto destinati ai dipendenti del centro commerciale. Il 23 agosto 2016, i Servizi generali del Dipartimento del territorio hanno presentato un'opposizione al rilascio della licenza edilizia. L'autorità cantonale ha inoltre preso posizione con un complemento del 28 ottobre 2016 sulle osservazioni dell'istante al suo preavviso negativo.
E.
Il 13 gennaio 2017 il Municipio di Collina d'Oro, richiamata l'opposizione vincolante dell'autorità cantonale, ha negato all'istante il rilascio della licenza edilizia in sanatoria. La decisione municipale è stata confermata il 21 febbraio 2018 dal Consiglio di Stato, adito su ricorso da C._ SA.
F.
Con sentenza dell'8 giugno 2020, il Tribunale amministrativo del Cantone Ticino ha respinto un ricorso di C._ SA, frattanto divenuta A._ SA, contro la decisione governativa.
G.
A._ SA impugna questa sentenza con un ricorso in materia di diritto pubblico del 13 luglio 2020 al Tribunale federale, chiedendo in via principale di annullarla, di annullare contestualmente la decisione governativa e quella municipale e di rilasciarle la licenza edilizia richiesta. In via subordinata, postula l'annullamento delle decisioni delle precedenti istanze e il rinvio degli atti al Municipio di Collina d'Oro, affinché statuisca nuovamente sulla domanda di costruzione in sanatoria dopo avere eseguito nuovi accertamenti ed acquisito un nuovo avviso dell'autorità cantonale. La ricorrente fa valere l'accertamento manifestamente inesatto dei fatti, la violazione del diritto e la violazione del divieto dell'arbitrio nell'applicazione del diritto.
Non è stato ordinato uno scambio di scritti, ma è stato richiamato l'incarto cantonale.

Diritto:
1.
Presentato tempestivamente contro una decisione finale dell'ultima istanza cantonale, il ricorso in materia di diritto pubblico è ammissibile sotto il profilo degli art. 82 lett. a, art. 86 cpv. 1 lett. d, art. 90 e art. 100 cpv. 1 LTF. La ricorrente, proprietaria del fondo su cui sorge il posteggio oggetto della domanda di costruzione in sanatoria, è legittimata giusta l'<ref-law> ad aggravarsi in questa sede contro il predetto giudizio.
2.
2.1. La ricorrente lamenta una violazione del diritto di essere sentita per il fatto che il complemento del 28 ottobre 2016 dei Servizi generali del Dipartimento del territorio non le è stato notificato prima dell'emanazione della decisione sul diniego della licenza edilizia. Reputa disattesa la garanzia del diritto di essere sentita disatteso anche perché il Consiglio di Stato non avrebbe sufficientemente motivato la sua decisione.
2.2. Il diritto di essere sentito (<ref-law>) assicura all'interessato la facoltà di esprimersi prima che sia presa una decisione che lo tocca nella sua situazione giuridica e comprende il diritto di consultare l'incarto, di offrire mezzi di prova su punti rilevanti e di partecipare alla loro assunzione o perlomeno di potersi esprimere sui risultati, in quanto possano influire sul giudizio che dovrà essere preso (<ref-ruling> consid. 5.3 e rinvii). Il diritto di essere sentito esige inoltre che l'autorità si confronti con le censure sollevate e le esamini seriamente, dando atto di questo esame nella motivazione della sua decisione (<ref-ruling> consid. 2.2.3; <ref-ruling> consid. 4.3).
2.3. La ricorrente ha potuto prendere posizione sul complemento del 28 ottobre 2016 dei Servizi generali del Dipartimento del territorio nell'ambito della procedura ricorsuale sia dinanzi al Consiglio di Stato sia dinanzi alla Corte cantonale, che beneficiavano di una piena cognizione in fatto e in diritto (cfr. art. 69 della legge cantonale sulla procedura amministrativa, del 24 settembre 2013 [LPAmm; RL 165.100]; messaggio del Consiglio di Stato n. 6645 del 23 maggio 2012, pag. 43). Un'eventuale violazione del diritto di essere sentito da parte del Municipio, per non avere concesso alla ricorrente la possibilità di esprimersi preventivamente sul citato complemento dell'autorità cantonale, è quindi stata sanata dinanzi alle istanze di ricorso cantonali, senza che l'interessata abbia subito un pregiudizio (<ref-ruling> consid. 2.8.1; <ref-ruling> consid. 2.6.1; <ref-ruling> consid. 2.2; sentenza 1C_436/2017 del 7 novembre 2017 consid. 4.2 e rinvii).
D'altra parte, laddove adduce genericamente che la motivazione della decisione del Consiglio di Stato sarebbe stata insufficiente, la ricorrente disattende che oggetto della presente impugnativa è la sentenza dell'ultima istanza cantonale (art. 86 cpv. 1 lett. d LTF). Al riguardo, la Corte cantonale ha trattato in modo puntuale gli aspetti rilevanti per il giudizio, sanando altresì un'eventuale carenza della decisione governativa sotto il profilo della motivazione. La ricorrente stessa non sostiene che la motivazione della sentenza impugnata non rispetterebbe i requisti della garanzia del diritto di essere sentito (cfr. sentenza 1C_64/2018 del 25 luglio 2018 consid. 6.2). Le critiche generiche dirette contro l'asserita insoddisfacente motivazione della decisione governativa sono quindi inammissibili in questa sede.
3.
3.1. La ricorrente rimprovera alla Corte cantonale di essere incorsa nell'arbitrio per avere accertato che, nel periodo tra il 2003 e il 2005, la situazione del traffico nel comparto in questione è rimasta invariata, non essendovi stati miglioramenti in termini di decongestionamento stradale. Adduce che il criticato accertamento non si fonderebbe su elementi concreti relativi alla portata dei flussi di traffico. Secondo la ricorrente, i dati disponibili concernenti l'evoluzione del traffico giornaliero medio e del traffico feriale medio tra il 2004 e il 2006 attesterebbero una diminuzione del traffico. Rimprovera altresì alla Corte cantonale di non avere considerato che il suo fabbisogno di posteggi nel 2005 sarebbe stato superiore a quello previsto nel 1999 nell'ambito della domanda di costruzione per l'ampliamento del centro commerciale, basato unicamente su dei dati previsionali.
3.2. Il Tribunale federale fonda il suo ragionamento giuridico sull'accertamento dei fatti svolto dall'autorità inferiore (<ref-law>). Secondo l'<ref-law>, la ricorrente può censurare l'accertamento dei fatti soltanto se è stato svolto in modo manifestamente inesatto, vale a dire arbitrario (<ref-ruling> consid. 2.2), o in violazione del diritto ai sensi dell'<ref-law> e l'eliminazione del vizio può essere determinante per l'esito del procedimento. La ricorrente può quindi censurare l'arbitrio nell'accertamento dei fatti e nella valutazione delle prove, ma deve motivare la censura in modo chiaro e preciso, conformemente alle esigenze poste dall'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 1.1; <ref-ruling> consid. 2.4). Per motivare l'arbitrio non basta criticare semplicemente la decisione impugnata contrapponendole una versione propria, ma occorre dimostrare per quale motivo l'accertamento dei fatti o la valutazione delle prove sono manifestamente insostenibili, si trovano in chiaro contrasto con la fattispecie, si fondano su una svista manifesta o contraddicono in modo urtante il sentimento della giustizia e dell'equità (<ref-ruling> consid. 2.3.1 e rinvii; <ref-ruling> consid. 3.1, 8 consid. 2.1).
3.3. La Corte cantonale ha accertato che nel periodo dal 2003 al 2005, ma anche successivamente, la situazione sotto il profilo del traffico e della congestione stradale non si era modificata nel senso di un miglioramento. Ha anzi rilevato che, come è noto e confermato dai rilevamenti della Sezione della mobilità del Dipartimento del territorio, la rete stradale che serve il comparto in questione è sempre stata regolarmente intasata. I giudici cantonali si sono al riguardo fondati, richiamandoli nel proprio giudizio, sull'avviso del 23 agosto 2016 dei Servizi generali del Dipartimento del territorio e sulla risposta del 20 marzo 2017 dell'Ufficio delle domande di costruzione al gravame della ricorrente dinanzi al Consiglio di Stato. Essi hanno altresì fatto riferimento alla zona di pianificazione cantonale riguardante il comparto del Pian Scairolo, adottata dal Consiglio di Stato il 21 febbraio 2006, e alle relative sentenze della Corte cantonale stessa, del 9 gennaio 2007 e del 21 maggio 2012. Da questi giudizi risulta in particolare che i grandi centri commerciali presenti nel comparto hanno originato notevoli inconvenienti alla viabilità, con un flusso di traffico veicolare eccedente le capacità di smaltimento delle infrastrutture stradali esistenti. La ricorrente non si confronta specificatamente con questi atti e non spiega quindi con una motivazione precisa, conforme alle esigenze dell'<ref-law>, per quali ragioni l'accertamento della precedente istanza riguardo a una situazione di regolare congestione della rete viaria che serve il centro commerciale sarebbe manifestamente in contrasto con gli stessi e quindi arbitrario. La ricorrente si limita ad estrarre da una tabella, allegata alla duplica del 1° giugno 2017 dell'Ufficio delle domande di costruzione dinanzi al Consiglio di Stato, i rilevamenti relativi al traffico giornaliero e feriale medio negli anni dal 2004 al 2006. Non dimostra tuttavia l'arbitrarietà degli accertamenti eseguiti dalla Corte cantonale sulla base di ulteriori atti. Facendo semplicemente riferimento a tali dati, la ricorrente non sostanzia una significativa diminuzione del traffico o una modifica rilevante della capacità della rete stradale successivamente all'approvazione dell'ampliamento del centro commerciale nel 2003. I rilevamenti richiamati dalla ricorrente, pur evidenziando leggere diminuzioni negli anni 2005 e 2006, attestano comunque l'esistenza di un volume di traffico importante, regolarmente situato in una fascia dai 22'000 ai 25'000 veicoli al giorno. Dalla lettura della tabella completa risultano inoltre ulteriori aumenti del traffico negli anni successivi.
Quanto al fabbisogno di posteggi del centro commerciale, la Corte cantonale ha esplicitamente riconosciuto che il numero di posteggi teoricamente possibili in relazione con l'ampliamento avrebbe potuto essere superiore a quello di 400 posti auto autorizzati nel 2003. Il fabbisogno tra le 440 e le 515 unità, stimato dalla ricorrente nell'ambito della domanda di costruzione in sanatoria, non è di per sé stato contestato né messo in discussione dai giudici cantonali. Al riguardo essi non hanno quindi eseguito alcun accertamento arbitrario.
La censura deve quindi essere respinta nella misura della sua ammissibilità.
4.
4.1. La ricorrente lamenta la violazione dell'art. 53 della legge ticinese sulle strade, del 23 marzo 1983 (LStr; RL 725.100), che, secondo la Corte cantonale, ostava al rilascio della licenza edilizia in sanatoria. Ritiene innanzitutto tale disposizione inapplicabile alla fattispecie in esame, non trattandosi della costruzione o dell'ampliamento di un centro commerciale, bensì della formazione di posti auto. Sostiene inoltre che, qualora si volesse ammettere l'applicabilità della norma, le condizioni poste dall'art. 53 cpv. 1 LStr sarebbero in concreto adempiute. Adduce in particolare che la rete stradale di accesso al centro commerciale sarebbe adeguata, che la regolazione della circolazione sarebbe garantita dal profilo tecnico e che, in mancanza degli 80 posteggi supplementari richiesti, il loro numero complessivo sarebbe insufficiente per garantire la fluidità e la sicurezza della circolazione. La ricorrente sostiene inoltre che, dal momento del rilascio della licenza edilizia per l'ampliamento del centro commerciale nel 2003, le circostanze sarebbero mutate, poiché nel periodo dal 2003 al 2005 avrebbe riscontrato che il numero dei dipendenti impiegati era superiore a quello inizialmente previsto, per cui sarebbe ora oggettivamente necessario disporre di un numero maggiore di posteggi.
4.2. L'art. 53 LStr, dal titolo marginale "Centri commerciali" prevede al suo cpv. 1 che la costruzione o l'ampliamento di centri commerciali aventi una superficie di vendita di almeno 1'000 m2 può essere autorizzata se, per quanto concerne il traffico, sono adempiute le seguenti condizioni: la rete stradale di accesso è adeguata e dispone di una riserva di capacità sufficiente, tenuto segnatamente conto dell'incremento del traffico in generale e di quello procurato dalla nuova costruzione in particolare (lett. a); la regolazione della circolazione è garantita dal profilo tecnico (lett. b); il numero dei posteggi è sufficiente al fine di garantire la fluidità e la sicurezza della circolazione (lett. c); il proprietario assume le spese per la costruzione e l'esercizio delle infrastrutture necessarie per l'allacciamento del centro, in particolare per l'adattamento della rete stradale interessata; gli oneri sono stabiliti nel permesso di costruzione o in una decisione preliminare separata, oppure in una speciale convenzione (lett. d). L'art. 53 cpv. 2 LStr prevede che, quando il loro uso ha conseguenze analoghe sul traffico, le restrizioni del primo capoverso sono applicabili anche ad altri tipi di costruzioni e di utilizzazione dei fondi.
Trattandosi dell'applicazione di una norma del diritto cantonale, la sua eventuale lesione è esaminata dal Tribunale federale sotto il profilo ristretto dell'arbitrio (<ref-ruling> consid. 3.1; <ref-ruling> consid. 1.2.1).
4.3. Richiamando la giurisprudenza del Tribunale federale (<ref-ruling> consid. 3a/bb; sentenza 1C_179/2013 del 15 agosto 2013 consid. 1.2), la Corte cantonale ha rilevato che alla domanda di costruzione in sanatoria litigiosa è di principio applicabile il diritto vigente al momento in cui l'abuso è stato commesso, a meno che il diritto entrato successivamente in vigore sia più favorevole al costruttore. Ha quindi verificato se, alla scadenza dell'autorizzazione per l'utilizzo provvisorio del posteggio durante la fase di cantiere (31 marzo 2005), il mantenimento definitivo dell'impianto poteva essere autorizzato sulla base del diritto allora vigente. Stabilito che già nel 2003 era in vigore l'art. 53 LStr, i giudici cantonali hanno rilevato che questa norma fa dipendere la possibilità di costruire o di ampliare un centro commerciale con una superficie di vendita di almeno 1'000 m2, come è il caso di "D._", dall'adeguatezza e dalla riserva di capacità sufficiente della rete stradale di accesso, nonché dal numero sufficiente di parcheggi al fine di garantire la fluidità e la sicurezza della circolazione (cfr. art. 53 cpv. 1 lett. a e c LStr). Si tratta al riguardo di due condizioni cumulative tra di loro e con le altre previste dalla norma. Poiché esse disciplinano esigenze in parte contrapposte che devono essere conciliate, la Corte cantonale ha precisato che il numero di posteggi deve sì essere sufficiente per garantire la fluidità e la sicurezza della circolazione, ma nello stesso tempo non può essere tale da determinare un aumento del traffico suscettibile, tenuto altresì conto dell'incremento generale, di superare la capacità di assorbimento della rete stradale di accesso. La Corte cantonale ha ritenuto la citata disposizione applicabile al posteggio litigioso, siccome l'aumento dei posti auto è configurabile come un ampliamento del centro commerciale stesso e, in ogni caso, la realizzazione di un posteggio accessorio in una fase successiva a quella dell'ingrandimento dell'impianto principale non può consentire di eludere l'art. 53 cpv. 1 LStr. Ha considerato che l'art. 53 cpv. 2 LStr conduce alla medesima conclusione.
I giudici cantonali hanno accertato che gli 80 posteggi supplementari richiesti con la domanda di costruzione in sanatoria si aggiungerebbero ai 400 posti auto approvati con la licenza edilizia del 14 marzo 2003 e ai 640 posteggi preesistenti. Hanno rilevato che, con la domanda di costruzione per l'ampliamento autorizzato nel 2003, erano stati chiesti 466 posteggi, ma per finire ne sono stati approvati soltanto 400, siccome l'esame dell'impatto ambientale aveva evidenziato un quadro generale sfavorevole sotto il profilo della protezione ambientale e della viabilità. Ricordato che dal 2003 al 2005 la situazione del traffico e di intasamento della rete stradale è rimasta sostanzialmente immutata, i giudici cantonali hanno quindi concluso che, anche nel 2005, l'art. 53 cpv. 1 LStr impediva l'autorizzazione di 80 posteggi supplementari. Essi hanno infine precisato che l'impianto non poteva essere autorizzato nemmeno sulla base del diritto entrato successivamente in vigore.
4.4. La ricorrente si limita a contestare in modo appellatorio il giudizio della Corte cantonale, senza sostanziare, con una motivazione conforme alle esigenze dell'<ref-law>, un'applicazione manifestamente insostenibile e pertanto arbitraria dell'art. 53 LStr. Invocando genericamente l'inapplicabilità della disposizione cantonale per il fatto ch'essa disciplinerebbe esclusivamente la costruzione e l'ampliamento di centri commerciali e non di posteggi, la ricorrente disattende che il posteggio litigioso serve l'esercizio del centro commerciale medesimo ed è strettamente legato al suo ampliamento. Laddove sostiene poi che la rete stradale di accesso sarebbe adeguata e disporrebbe di una capacità sufficiente, la ricorrente si scosta dai fatti accertati senza tuttavia sostanziarli d'arbitrio. Come si è visto, la Corte cantonale ha accertato, in modo vincolante per il Tribunale federale (<ref-law>), che nel periodo dal 2003 al 2005, ma anche in seguito, la situazione del traffico non si è modificata, in particolare non si è realizzato un miglioramento nel senso di un decongestionamento della rete stradale (consid. 3.3). Adducendo poi di essersi avveduta soltanto dopo il 2003 che il numero dei dipendenti del centro commerciale sarebbe stato superiore a quanto inizialmente previsto, la ricorrente si limita a prospettare un suo ulteriore fabbisogno di posteggi, ma non fa valere, né tantomeno sostanzia, una modifica rilevante delle circostanze in relazione con la situazione del traffico e della rete viaria del comparto, tale da fare rivedere il numero dei posteggi (400) approvati nel contesto dell'ampliamento autorizzato con la licenza edilizia del 14 marzo 2003.
Il ricorso non sostanzia arbitrio alcuno, ed è parimenti inammissibile, nella misura in cui la ricorrente si limita a censurare la violazione del divieto dell'arbitrio sostenendo che il posteggio litigioso sarebbe conforme alle norme di attuazione del piano regolatore e alle norme dell'Associazione svizzera dei professionisti della strada e dei trasporti (VSS) in vigore negli anni tra il 2003 e il 2005. Disattende infatti ch'era allora pure in vigore, ed applicabile, il citato art. 53 LStr e che, sotto questo aspetto, il solo fabbisogno di posteggi non è decisivo per il rilascio dell'autorizzazione. Né la ricorrente sostiene infine che il diritto entrato in vigore successivamente le sarebbe più favorevole e consentirebbe di rilasciarle la licenza edilizia richiesta.
5.
Ne segue che, in quanto ammissibile, il ricorso deve essere respinto. Le spese giudiziarie seguono la soccombenza e sono pertanto poste a carico della ricorrente (<ref-law>).
L'emanazione del presente giudizio rende priva d'oggetto la domanda di effetto sospensivo contenuta nel gravame.

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1.
Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è respinto.
2.
Le spese giudiziarie di fr. 4'000.-- sono poste a carico della ricorrente.
3.
Comunicazione ai patrocinatori delle parti, all'Ufficio delle domande di costruzione del Dipartimento del territorio, al Consiglio di Stato e al Tribunale amministrativo del Cantone Ticino.