Fatti:
A.
A.a. A._, nato nel 1987, è stato impiegato a tempo indeterminato dal 1° gennaio 2015 nella Base logistica dell'esercito (BLEs) come specialista pompiere dell'unità X._. Il 22 settembre 2017 undici militi su venti, compreso A._, hanno presentato una richiesta d'intervento all'Organo di mediazione del personale del Dipartimento federale della difesa, della protezione della popolazione e dello sport (DDPS). A._ era portavoce del gruppo. A sostegno della richiesta è intervenuto il 18 dicembre 2017 l'avv. Rocco Taminelli.
A.b. Il 30 novembre 2017 A._, in presenza di alcuni colleghi, ha proferito nei confronti di B._, la seguente opinione: "Digli al B._ di andare a cagare, anzi di venire qui così ti prendo il coltello che hai al cinturone e gli taglio la gola!". Il 3 dicembre 2017 A._ è stato sospeso dal servizio. Il 19 dicembre 2017 il DDPS ha notificato ad A._ l'intenzione di disporre la disdetta in via ordinaria del rapporto di servizio dal 30 aprile 2018 per violazione di importanti obblighi legali o contrattuali in seguito a mancanze nelle prestazioni o nel comportamento in seguito all'episodio del 30 novembre 2017. Il 19 dicembre 2017 il DDPS ha disdetto in via ordinaria il rapporto di lavoro con effetto 31 maggio 2018.
B.
B.a. A._ ha presentato ricorso al Tribunale amministrativo federale contro la decisione di disdetta, chiedendone l'annullamento. Nel corso della procedura A._ ha chiesto la ricusazione della giudice dell'istruzione. Con decisione incidentale del 25 giugno 2018 (causa A-2665/2018) il Tribunale amministrativo federale ha respinto l'istanza. Un ricorso in materia di diritto pubblico contro tale pronuncia è stato respinto con sentenza 8C_564/2018 del 19 ottobre 2018.
B.b. Con giudizio del 9 aprile 2019 il Tribunale amministrativo federale ha respinto il ricorso di A._ contro la decisione amministrativa di disdetta emessa dal DDPS.
C.
A._ presenta un ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale contro la pronuncia del Tribunale amministrativo federale, chiedendo in via principale l'annullamento del giudizio di primo grado e della disdetta. Subordinatamente propone il rinvio all'amministrazione per nuova decisione, dopo che sia stato garantito il diritto di accesso agli atti.
Il DDPS postula la reiezione del ricorso, mentre il Tribunale amministrativo federale rinvia al proprio giudizio. Le parti hanno replicato e duplicato.

Diritto:
1.
1.1. Giusta l'<ref-law>, un ricorso in materia di diritto pubblico, che riguarda una controversia di natura patrimoniale nel campo dei rapporti di lavoro di diritto pubblico, è ammissibile solo se il valore litigioso è superiore a fr. 15'000.-. Di regola, nei casi in cui la LTF prevede un valore litigioso minimo per ammettere un ricorso, il valore litigioso deve essere indicato nel giudizio precedente con i rimedi giuridici (art. 112 cpv. 1 lett. d LTF). Nella fattispecie, questa indicazione non è contenuta esplicitamente nella pronuncia impugnata. Nel caso concreto però il ricorrente ha contestato la disdetta del rapporto di lavoro (con un salario annuale a contratto di lavoro di fr. 68'789.50) : il limite è quindi ampiamente superato (<ref-law>). La condizione dell'<ref-law> è quindi adempiuta.
1.2. Il ricorso in materia di diritto pubblico può essere presentato per violazione del diritto, conformemente a quanto stabilito dagli art. 95 e 96 LTF. Pur applicando d'ufficio il diritto (<ref-law>), tenuto conto dell'esigenza di motivazione posta dall'art. 42 cpv. 1 e 2 LTF, il Tribunale federale esamina solamente le censure sollevate (<ref-ruling> consid. 2.2 pag. 550), mentre non è tenuto a vagliare, come lo farebbe un'autorità di primo grado, tutte le questioni giuridiche che si pongono, se queste ultime non sono (più) debitamente presentate in sede federale (<ref-ruling> consid. 1.4.1 pag. 254). L'esercizio del potere di apprezzamento non è un motivo di ricorso al Tribunale federale (<ref-ruling> consid. 5.4.1 pag. 379), se non nel caso in cui ciò dovesse configurare una violazione del diritto federale. Tale eventualità si realizza se il giudice di grado precedente ha esercitato il proprio potere di apprezzamento, commettendo un eccesso positivo ("Ermessensüberschreitung") o negativo ("Ermessensunterschreitung") del proprio potere di apprezzamento oppure abusando di tale potere ("Ermessensmissbrauch"), lasciandosi guidare da criteri estranei allo spirito della legge o ignorando principi generali riconosciuti come il divieto dell'arbitrio, il principio della buona fede o della proporzionalità (<ref-ruling> consid. 5.1 pag. 72 seg.; <ref-ruling> consid. 3.3 pag. 399).
1.3. Per quanto attiene invece all'accertamento dei fatti operato dal giudice precedente, esso può essere censurato unicamente se è avvenuto in modo manifestamente inesatto, ovvero arbitrario (<ref-ruling> consid. 4.3 pag. 62), oppure in violazione del diritto ai sensi dell'<ref-law> e se l'eliminazione del vizio può essere determinante per l'esito del procedimento (<ref-law>). Nella misura in cui il ricorrente presenta una propria visione dei fatti nella prima parte del proprio ricorso, egli si scosta in maniera impropria dal giudizio impugnato e non si può tenere conto di una fattispecie diversa da quella esposta nella sentenza impugnata (cfr. <ref-ruling> consid. 6.2; sentenza 2C_720/2011 del 21 gennaio 2011 consid. 3). Anche semplici critiche relative ad asserite lacune nell'apprezzamento dei fatti e diversità sull'interpretazione di alcuni fatti, come ad esempio la valutazione sociale operata dal datore di lavoro, non dimostrano in alcun caso alcun apprezzamento manifestamente inesatto delle prove.
1.4. Nuovi fatti e nuovi mezzi di prova possono essere presentati soltanto se ne dà motivo la decisione dell'autorità inferiore. Se tale eventualità sia realizzata, essa deve essere esposta nel ricorso (cfr. <ref-law>). Per nuovi fatti si intendono nova in senso improprio, ossia prove, che nella procedura precedente si sarebbero già dovuti addurre, senza che sia stato il caso. Nova in senso proprio, ossia prove che sono emerse soltanto nel momento in cui dinanzi all'autorità precedente non era più possibile addurre nuovi fatti o mezzi di prova, in concreto successivamente all'emanazione del giudizio cantonale, sono per contro irrilevanti dinanzi al Tribunale federale (<ref-ruling> E. 1.2 pag. 22 seg.; <ref-ruling> consid. 3.2.2.2 pag. 548; <ref-ruling> consid. 3.1.2 pag. 123). Il verbale di interrogatorio del 9 maggio 2019 e la lettera del patrocinatore del ricorrente del 24 maggio 2019, entrambi posteriori al giudizio impugnato, sono d'acchito inammissibili.
2.
Oggetto del contendere è sapere se il Tribunale amministrativo federale, confermando la decisione di disdetta, abbia violato il diritto federale.
3.
3.1. Il Tribunale amministrativo federale ha presentato innanzitutto la portata del diritto di essere sentito e di consultare l'incarto in materia di diritto del personale federale. La Corte federale di primo grado ha accertato che il ricorrente ha avuto vari incontri con l'autorità, occasioni in cui sono stati esposti i fatti e sui quali egli ha potuto esprimersi. Se è vero che in un primo tempo non ha beneficiato di tutti i documenti rilevanti, più tardi ha potuto prendere conoscenza di tutti gli elementi essenziali per contestare pienamente la sua disdetta. In quel momento l'autorità amministrativa poteva infatti legittimamente dubitare della facoltà di rappresentanza del patrocinatore del ricorrente. Nemmeno si può rimproverare all'amministrazione di aver emanato la decisione prima dell'ottenimento della presa di posizione dell'interessato, siccome il termine impartito per esprimersi era ormai spirato inutilizzato. E in ogni caso, una violazione del diritto di essere sentito deve essere considerata sanata e un rinvio della causa sarebbe solo un'inutile formalismo. Posta la comprensione della lingua tedesca per il ricorrente, il Tribunale amministrativo federale ha negato una violazione della Costituzione federale. I primi giudici hanno rifiutato anche la richiesta per il ricorrente di controinterrogare oralmente i testimoni.
3.2. Il ricorrente fa valere una violazione del diritto di essere sentito per non avere avuto accesso agli atti e per non aver potuto controinterrogare i testimoni. Invoca anche una violazione dell'art. 7 dell'ordinanza del 22 novembre 2017 sulla protezione dei dati personali del personale federale (OPDPers; RS 172.220.111.4). Lamenta che la mancata messa a disposizione dell'intero incarto non ha permesso di trovare elementi a favore del ricorrente. Rileva poi che una violazione del diritto di essere sentito consiste nel comportamento del DDPS e della sua patrocinatrice, che è poi stato sanzionato dall'autorità ticinese di disciplina sugli avvocati. Un'ulteriore violazione del diritto di essere sentito secondo il ricorrente consiste nella reiezione della richiesta di audizione di alcuni testimoni.
3.3. Il diritto di essere sentito, sancito dall'<ref-law>, comprende la facoltà per l'interessato di esprimersi prima della resa di una decisione sfavorevole nei suoi confronti. Egli ha diritto di consultare l'incarto, di offrire mezzi di prova su punti rilevanti, di esigerne l'assunzione (partecipando alla stessa) e di potersi esprimere sulle relative risultanze nella misura in cui possano influire sulla decisione (<ref-ruling> consid. 5.1 pag. 293; <ref-ruling> consid. 2.3 pag. 282). Per giurisprudenza una violazione non particolarmente grave del diritto di essere sentito può essere eccezionalmente sanata, quando la persona interessata ha la possibilità di esprimersi dinanzi a un'autorità di ricorso, che valuta liberamente la censura presentata dal ricorrente, ossia nel caso specifico un tribunale, che può esaminare liberamente sia l'accertamento dei fatti sia l'applicazione del diritto (<ref-ruling> consid. 3d/aa pag. 437). La prassi ha stabilito anche che si può prescindere da un rinvio della causa all'autorità precedente persino in caso di grave violazione del diritto di essere sentito: una tale eventualità si realizza se la cassazione della decisione viziata comporterebbe un inutile formalismo e in definitiva una tale soluzione condurrebbe a ritardi superflui, i quali non sarebbero compatibili con l' (equivalente) interesse della parte onerata di essere sentita nell'ambito di una celere trattazione della procedura di merito (<ref-ruling> consid. 2.8.1 pag. 226; <ref-ruling> consid. 2.2 pag. 204 seg.; sentenza 8C_842/2016 del 18 maggio 2017 consid. 3.1 con riferimenti).
3.4. Occorre ricordare che non è contrario al diritto di essere sentito un apprezzamento anticipato delle prove (<ref-ruling> consid. 4.1 pag. 72) e quindi la rinuncia all'assunzione di quei fatti ritenuti dal giudice non decisivi all'esito della controversia. Tale garanzia non impedisce inoltre all'autorità di porre un termine all'istruttoria, quando ritiene che le prove assunte le hanno permesso di formarsi un'opinione e le ulteriori prove offerte non potrebbero modificare il convincimento al quale è giunta (<ref-ruling> consid. 5.3 pag. 148; <ref-ruling> consid. 2.1 pag. 429). Nell'ambito di questa valutazione, al giudice di merito compete un vasto margine di apprezzamento e il Tribunale federale interviene soltanto in caso di accertamento manifestamente inesatto dei fatti (<ref-ruling> consid. 3 pag. 157 seg.; <ref-ruling> consid. 4a pag. 211).
A lunghi tratti il ricorrente tenta impropriamente di sollevare una violazione del diritto di essere sentito, perché il Tribunale amministrativo federale non ha concluso nel senso sperato nel merito della causa (cfr. sentenza 4A_520/2015 del 16 dicembre 2015 consid. 3.3.1). In simili condizioni, la critica non ha una portata propria e deve essere riportata al merito della controversia. A torto, il ricorrente critica altresì l'impossibilità di controinterrogare i testimoni; le stesse sentenze citate dal ricorrente non permettono di dedurre quanto egli afferma, essendo la garanzia invocata applicabile solo alla procedura penale nel senso dell'art. 6 § 3 lett. d CEDU. In realtà censura l'apprezzamento delle prove, che però non è valutato liberamente dal Tribunale federale, e non ne dimostra un accertamento insostenibile. Anche la pretesa violazione dell'<ref-law> cade nel vuoto. Non si ravvede dove l'amministrazione e la Corte federale di primo grado avrebbero applicato erroneamente tale disposto. Del resto, il ricorrente si limita a una critica generica e non pretende in che misura il proprio incarto personale potrebbe essere sprovvisto di alcuni elementi. Questo per non nascondere che il licenziamento è stato fondato non per carenze professionali, ma per gravi mancanze sul profilo sociale, il cui apice si è realizzato con l'episodio del 30 novembre 2017.
4.
4.1. Il Tribunale amministrativo federale ha ricordato che provvede a delimitate condizioni a un esame di adeguatezza in materia di diritto del personale federale. Nel merito, la Corte federale di primo grado ha illustrato la normativa relativa ai motivi di disdetta. Essa ha ricordato che fra gli obblighi legali o contrattuali di cui all'<ref-law> rientrano quelli previsti all'<ref-law>: una violazione sussiste anche in presenza di comportamenti illegali, penalmente reprensibili o anche solo sconvenevoli nei confronti dei superiori o dei datori di lavoro. Il Tribunale amministrativo federale ha ribadito che il volersi disfare di un impiegato difficile non fonda un motivo di disdetta. Riferendosi poi all'<ref-law>, la Corte precedente ha affermato che il comportamento del dipendente deve condurre a una perturbazione del funzionamento del servizio o ledere il rapporto di fiducia in essere tra lui e il suo superiore. I primi giudici hanno precisato altresì che un avvertimento, antecedente alla disdetta, non è necessario quando il rapporto di fiducia è rotto in maniera irreparabile o quando si rivela inutile. Secondo i giudici precedenti l'episodio del 30 novembre 2017, aspetto in definitiva ammesso dal ricorrente, è chiaramente un comportamento penalmente reprensibile nei confronti del superiore e lede gli obblighi contrattuali e legali. Esso configura altresì una grave mancanza atta a ledere il rapporto di fiducia con il superiore.
Il Tribunale amministrativo federale ha osservato che il ricorrente ha sempre riscontrato problemi nel suo comportamento sociale, tanto che qualche settimana prima del noto episodio aveva già adottato un comportamento irrispettoso nei confronti del suo superiore. I primi giudici hanno sottolineato che l'aspetto problematico del ricorrente non è il lavoro in quanto tale, ma il suo rapporto con la gerarchia. Nella valutazione della gravità della situazione il Tribunale amministrativo federale ha tenuto conto della particolare funzione svolta dal ricorrente dal profilo della sicurezza pubblica, chiamato a intervenire con i suoi colleghi nella galleria del San Gottardo per impieghi regolari e d'emergenza, anche alla guida di veicoli di servizio, perché la minaccia ha sostanzialmente creato una spaccatura nel gruppo, a prescindere dalle dichiarazioni dei colleghi. I primi giudici hanno considerato irrilevante la posizione del ricorrente, portavoce dei colleghi, che esprimevano malessere nei confronti del superiore: tale ruolo non potrebbe in ogni caso giustificare minacce di morte nei confronti del superiore. La Corte federale di primo grado ha osservato che il ricorrente non si è mai pentito della sua dichiarazione, ma ha soltanto banalizzato il suo agire. Così facendo, il ricorrente ha quindi distrutto irrimediabilmente il rapporto di fiducia, a tal punto da giustificare un licenziamento senza avvertimento previo, siccome egli non avrebbe modificato il suo comportamento. I primi giudici hanno pertanto confermato la decisione amministrativa, non ritenendo necessari ulteriori accertamenti.
4.2. Nel merito della controversia il ricorrente ripete a più riprese che l'episodio del 30 novembre 2017 non adempie il reato di minaccia. Mette poi in luce il disagio che era presente all'interno del gruppo, tanto che la stampa ha riferito che il Caposezione è stato spostato ed è stato avviato un processo per ristabilire il cameratismo e il clima di fiducia tra il Corpo e il suo vertice. Rileva che il Divisionario ha adottato sei provvedimenti. A parere del ricorrente è determinante che il DDPS non ha mai smentito le notizie riferite dagli organi di stampa. Per allontanare il ricorrente, il superiore ha poi introdotto strumentalmente denuncia penale, che in corso di procedura si sarebbe dimostrata del tutto infondata. Il ricorrente rimprovera al giudizio impugnato di aver respinto tutti i suoi argomenti, che tendevano a relativizzare la portata dell'episodio del 30 novembre 2017. Il DDPS sarebbe stato peraltro incoerente: di fronte a fatti di rilevanza penale avrebbe dovuto procedere a un licenziamento immediato e non un licenziamento ordinario.
4.3. A norma dell'<ref-law> il datore di lavoro può disdire in via ordinaria il rapporto di lavoro di durata indeterminata per motivi oggettivi sufficienti, in particolare per violazione di importanti obblighi legali o contrattuali (lett. a) o mancanze nelle prestazioni o nel comportamento (lett. b). Secondo l'<ref-law> le parti possono disdire immediatamente i rapporti di lavoro di durata determinata e indeterminata per motivi gravi. Sull'interpretazione di tali normative si può rinviare al giudizio impugnato, che espone gli aspetti determinanti all'esito della causa.
4.4. Diversamente dalla tesi del ricorrente, la LPers non impone la realizzazione di un reato penale per giustificare un licenziamento ordinario o immediato. La scelta della maniera in cui sciogliere il rapporto di lavoro spetta peraltro all'amministrazione. Invano, il ricorrente disquisisce al riguardo. Oltretutto, il ricorrente si confronta soltanto in maniera parziale con il giudizio impugnato. Determinante non è la presenza o no di un reato penale, ma l'episodio in quanto tale, ossia esprimere la volontà di realizzare la morte in maniera violenta del proprio superiore. Ora, manifestamente una simile espressione configura per lo meno le condizioni per un licenziamento ordinario. A torto, il ricorrente pretende di relativizzare la sua posizione. Risulta dai fatti accertati in maniera vincolante e non insostenibile dal Tribunale amministrativo federale (<ref-law>) che il ricorrente ha confermato di aver proferito tali parole in un momento di collera. Se è vero che una situazione di tensione potrebbe alterare il comportamento di una persona, quanto riferito dal ricorrente, come ha concluso correttamente il Tribunale amministrativo federale, non può essere banalizzato. Infatti, se il ricorrente avesse voluto esprimere un'opinione differente dal suo superiore, bastava esprimere il proprio disappunto, senza enunciare le parole espresse il 30 novembre 2017. Il ricorrente non può sostenere in maniera credibile che quanto abbia detto sia stato soltanto il risultato di uno sfogo momentaneo. A ciò si aggiunga che il ricorrente, pur raggiungendo risultati sufficienti, come riferito dal Tribunale amministrativo federale, ha sempre dimostrato di non essere esente da critiche dal profilo delle relazioni sociali soprattutto con i superiori. Inoltre, se è vero che in occasione dell'esercizio/dimostrazione del 17 ottobre 2017 il ricorrente non aveva ricevuto un avvertimento formale, egli era stato informato delle proprie manchevolezze, ma non ha dimostrato alcuna volontà di mettersi in discussione. Un avvertimento formale sarebbe stato conseguentemente del tutto inutile. Per il resto, il ricorrente non censura una violazione del principio della proporzionalità. Pertanto, la Corte federale di primo grado non ha violato il diritto federale, né avallato un abuso di apprezzamento, confermando la disdetta in via ordinaria emanata dal DDPS nei confronti del ricorrente.
5.
Ne segue che il ricorso deve essere respinto, nella misura della sua ammissibilità (cfr. consid. 1.4). Le spese giudiziarie seguono la soccombenza (<ref-law>). L'opponente, benché patrocinato, essendo autorità vincente, non può vantare pretese per ripetibili (<ref-law>).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1.
Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è respinto.
2.
Le spese giudiziarie di fr. 2000.- sono poste a carico del ricorrente.
3.
Comunicazione alle parti e al Tribunale amministrativo federale, Corte I.