Sachverhalt:
A.
Im Kanton Thurgau sind zahlreiche Kleinsiedlungen Weiler- oder Dorfzonen zugewiesen. Die kantonalen Behörden qualifizierten diese herkömmlich als Bauzonen (vgl. § 6 der Verordnung des Regierungsrates zum Planungs- und Baugesetz und zur Interkantonalen Vereinbarung über die Harmonisierung der Baubegriffe vom 18. September 2012 [PBV/TG; RB 700.1]).
Im kantonalen Richtplan (Kapitel 1.9 Kleinsiedlungen, Stand 2009) wird ausgeführt, zur Erhaltung bestehender Kleinsiedlungen ausserhalb der Bauzonen könnten im Rahmen der Ortsplanung eng begrenzte Weiler- oder Erhaltungszonen ausgeschieden werden; Voraussetzung seien 5-10 bewohnte, mehrheitlich nicht landwirtschaftlich genutzte Gebäude, eine geschlossene Häusergruppe mit Siedlungsqualität und ein kulturgeschichtlich begründeter Siedlungsansatz, der sich von Dörfern und Städten klar absetze. Mit Beschluss vom 27. Oktober 2010 genehmigte der Bundesrat das Kapitel Kleinsiedlungen nur als Zwischenergebnis und wies den Kanton an, die ausgeschiedenen Weilerzonen, welche den Kriterien einer Kleinsiedlung gemäss kantonalem Richtplan nicht entsprechen, einer sachgerechten Zone zuzuweisen.
Am 4. Juli 2018 genehmigte der Bundesrat die Anpassung des kantonalen Richtplans (Teilrevision 2017) mit gewissen Vorbehalten. Er forderte den Kanton erneut auf, die Festlegungen im Kapitel 1.9 "Kleinsiedlungen" zu ergänzen und erneuerte den Auftrag, die Zonenzuweisung der bestehenden Weiler zu überprüfen. Das Bundesamt für Raumentwicklung (ARE) wies in seinem Prüfungsbericht vom 19. Juni 2018 darauf hin, dass es sich bei den Weilerzonen nach <ref-law> (SR 700.1) nicht um Bauzonen, sondern vielmehr um Spezialzonen ausserhalb der Bauzone handle, weshalb Baugesuche gemäss Art. 25 Abs. 2 RPG (SR 700) der Zustimmung des Kantons bedürften.
B.
Am 19. Februar 2019 beschloss der Thurgauer Regierungsrat das Projekt "Überprüfung Kleinsiedlungen im Kanton Thurgau". Eine Arbeitsgruppe überprüfte bei insgesamt 304 Kleinsiedlungen die Zonenzuweisung. Sie kam zum Ergebnis, dass 104 von 245 Kleinsiedlungen in Weiler- und Dorfzonen der Kategorie 1 (Bauzone), 29 der Kategorie 2 (Landwirtschafts- oder Landschaftsschutzzone) und 112 der Kategorie 3 (Weiler- oder Erhaltungszone i.S.v. <ref-law>) zuzuweisen seien.
Um für die Übergangszeit - bis zur Anpassung des kantonalen Richtplans und der kommunalen Zonenpläne - Rechtssicherheit zu schaffen, erliess der Regierungsrat am 12. Mai 2020 die Kleinsiedlungsverordnung (KSV; RB 700.3). Diese hat folgenden Wortlaut:
1. Allgemeines
§ 1 Zweck
1 Diese Verordnung regelt Zuständigkeit, Verfahren und anwendbares Recht für das Baubewilligungsverfahren in den in den Anhängen 1 und 2 aufgelisteten Kleinsiedlungen.
§ 2 Provisorische Einteilung der Kleinsiedlungen
1 Anhang 1 enthält eine Liste jener Kleinsiedlungen, die voraussichtlich einer Landwirtschaftszone oder Landschaftsschutzzone nach den Artikeln 16 und 17 des Bundesgesetzes über die Raumplanung (RPG) zuzuweisen sind.
2 Anhang 2 enthält eine Liste jener Kleinsiedlungen, die voraussichtlich einer Zone nach Artikel 33 der Raumplanungsverordnung (RPV) zuzuweisen sind.
§ 3 Zeitlicher Geltungsbereich
1 Diese Verordnung gilt für die Kleinsiedlungen nach § 2 bis zur Inkraftsetzung der nach den Vorgaben des revidierten Kapitels 1.9 des kantonalen Richtplans angepassten Kommunalplanung derjenigen Gemeinde, in der sich die Kleinsiedlung befindet.
2. Zulässigkeit von Bauten und Anlagen
§ 4 Kleinsiedlungen nach § 2 Absatz
1 Die Zulässigkeit von Bauten und Anlagen in Kleinsiedlungen nach Anhang 1 beurteilt sich nach den Bestimmungen der Landwirtschaftszone derjenigen Gemeinde, in der sich die Kleinsiedlung befindet.
§ 5 Kleinsiedlungen nach § 2 Absatz 2
1 Die Zulässigkeit von Bauten und Anlagen in Kleinsiedlungen nach Anhang 2 beurteilt sich, soweit diese Verordnung keine abweichenden Vorschriften enthält, nach § 15 der Verordnung des Regierungsrates zum Planungs- und Baugesetz und zur Interkantonalen Vereinbarung über die Harmonisierung der Baubegriffe (PBV).
2 Bestehende Bauten dürfen erneuert, umgenutzt und teilweise geändert werden, wenn die Charakteristik der Gebäude im Wesentlichen erhalten bleibt.
3 Ersatzbauten sind zulässig. Sie sind grundsätzlich an gleicher Stelle, mit gleichem Volumen und gleicher Charakteristik zu erstellen.
4 Neubauten sind zulässig, wenn sie landwirtschaftlich begründet oder standortgebunden sind. Sie haben sich in Stellung, Volumen und Charakteristik den bestehenden Bauten anzupassen.
5 An- und Kleinbauten sind zulässig, wenn sie nicht in bestehende Bauten integriert werden können und der Charakter sowie die Eigenart der Kleinsiedlung nicht beeinträchtigt werden.
6 Mit Bezug auf die weiteren Bau- und Gestaltungsvorschriften gelten die Bestimmungen derjenigen Zone, der die Kleinsiedlungen gemäss dem rechtskräftigen Rahmennutzungsplan zugewiesen sind.
3. Verfahrensbestimmungen
§ 6 Baubewilligungsverfahren
1 Das Amt für Raumentwicklung entscheidet bei allen Bauvorhaben in den in den Anhängen 1 und 2 aufgelisteten Kleinsiedlungen, ob sie zonenkonform sind oder ob eine Ausnahmebewilligung nach Artikel 24 ff. RPG erteilt werden kann.
2 Im Übrigen richtet sich das Baubewilligungsverfahren nach § 53 Absatz 1 und 2 PBV.
§ 7 Hängige Baugesuche
1 Die Beurteilung von Baugesuchen in Kleinsiedlungen nach § 2, die beim Inkrafttreten dieser Verordnung hängig sind, richtet sich nach dieser Verordnung.
2 Ein Baugesuch gilt ab dem Zeitpunkt seiner Einreichung als hängig.
Die KSV umfasst zwei Anhänge. Anhang 1 listet insgesamt 29 Kleinsiedlungen auf, die voraussichtlich einer Landwirtschaftszone oder Landschaftsschutzzone zuzuweisen sind (gemäss § 2 Abs. 1 KSV). In Anhang 2 werden die Kleinsiedlungen genannt, die gemäss § 2 Abs. 2 KSV nach heutigem Kenntnisstand einer Erhaltungszone im Sinne von <ref-law> und § 15 PBV/TG zuzuweisen sind.
Die Verordnung trat mit ihrer Publikation im Amtsblatt am 15. Mai 2020 in Kraft.
C.
A._ ist Eigentümer der Parzelle Nr. 553 im Weiler Bommen. Seine Parzelle ist als Kleinsiedlung K194 "Neuhof" in Anh. 1 KSV aufgeführt; der übrige Weiler Bommen ist Anh. 2 KSV zugewiesen (K190).
Am 14. Juni 2020 erhob A._ Beschwerde an das Bundesgericht mit dem Antrag, die KSV - und insbesondere deren § 7 - seien aufzuheben. Eventuell sei der Regierungsrat zu verpflichten, die vom Bund verlangte Richtplananpassung betreffend Kleinsiedlungen an die Hand zu nehmen. Sollte die KSV nicht aufgehoben werden, sei subeventuell der Regierungsrat zu verpflichten, im hängigen Baubewilligungsverfahren des Beschwerdeführers betreffend seine Liegenschaft im Weiler Bommen die verfassungsrechtlichen Garantien und gesetzlichen Bestimmungen, insbes. betreffend Mitwirkung und Rechtsschutz, zu gewährleisten.
D.
Das Departement für Bau und Umwelt des Kantons Thurgau beantragt, die Beschwerde sei abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei.
Das ARE stellt keinen Antrag, sondern verweist auf seinen Prüfungsbericht vom 19. Juni 2018. Es betont die eminente Bedeutung der angefochtenen Verordnung, um die Bewilligung bundesrechtswidriger Bauvorhaben in Kleinsiedlungen ausserhalb der Bauzonen zu verhindern.
Der Beschwerdeführer hält an seinen Anträgen und Vorbringen fest.
E.
Mit Verfügung vom 8. Juli 2020 wurde das Gesuch des Beschwerdeführers um aufschiebende Wirkung abgewiesen.

Erwägungen:
1.
Das Bundesgericht prüft seine Zuständigkeit und die weiteren Eintretensvoraussetzungen von Amtes wegen und mit freier Kognition (<ref-law>).
Gemäss <ref-law> beurteilt das Bundesgericht Beschwerden gegen Entscheide in Angelegenheiten des öffentlichen Rechts (lit. a) und gegen kantonale Erlasse (lit. b). Grundsätzlich ist die Beschwerde nur gegen Entscheide letzter kantonaler Instanzen zulässig (<ref-law>), wobei die Kantone als unmittelbare Vorinstanzen des Bundesgerichts obere Gerichte einsetzen müssen (<ref-law>). Gegen Erlasse ist die Beschwerde dagegen unmittelbar an das Bundesgericht zulässig, sofern kein kantonales Rechtsmittel ergriffen werden kann (<ref-law>).
Der Kanton Thurgau sieht kein Rechtsmittel unmittelbar gegen kantonale Erlasse vor. Somit wäre das Bundesgericht als erste und einzige Rechtsmittelinstanz für die Beschwerde zuständig, wenn es sich bei der Kleinsiedlungsverordnung um einen Erlass von <ref-law> handeln würde. Dies ist im Folgenden näher zu prüfen.
2.
Grundsätzlich versteht das Bundesgericht den Begriff des kantonalen Erlasses in <ref-law> materiell, d.h. es stellt nicht auf die äussere Form oder die Bezeichnung nach kantonalem Recht ab, sondern prüft, ob der angefochtene kantonale Hoheitsakt rechtsetzenden Charakter aufweist (<ref-ruling> E. 2.1 S. 328; <ref-ruling> E. 1a S. 308 f.; AEMISEGGER/SCHERRER REBER, in: Basler Kommentar zum BGG, 3. Aufl. 2018, N. 27 zu Art. 82 mit Hinweisen; AEMISEGGER, in: Spühler/Aemisegger/Dolge/Vock, Bundesgerichtsgesetz, Praxiskommentar, 2. Aufl. 2013, Art. 82 N. 3 und 12; WURZBURGER, in: Corboz/Wurzburger/Ferrari/Frésard/Aubry Girardin, Commentaire de la LTF, 2. Aufl. 2014, Art. 82 N. 92; zu Ausnahmen vgl. unten E. 2.5).
2.1. Rechtssätze sind Anordnungen genereller und abstrakter Natur, die für eine unbestimmte Vielheit von Menschen gelten und eine unbestimmte Vielheit von Tatbeständen regeln, ohne Rücksicht auf einen bestimmten Einzelfall oder auf eine Person (<ref-ruling> E. 4.3 S. 45; <ref-ruling> E. 4 S. 170 mit Hinweisen). Demgegenüber richtet sich die Verfügung als Einzelakt (individuell) an eine Einzelperson oder an eine bestimmte Anzahl von Adressatinnen und Adressaten und regelt eine konkrete Rechtsbeziehung rechtsbegründend, -aufhebend, -gestaltend oder -feststellend (vgl. <ref-law>).
2.2. Zwischen Rechtssatz und Verfügung steht die sog. Allgemeinverfügung, die zwar einen konkreten Sachverhalt regelt, sich aber an einen mehr oder weniger grossen, offenen oder geschlossenen Adressatenkreis richtet. Ihrer Konkretheit wegen werden Allgemeinverfügungen hinsichtlich ihrer Anfechtbarkeit grundsätzlich den gewöhnlichen Verfügungen gleichgestellt (<ref-ruling> E. 2b S. 316 f. mit Hinweisen; AEMISEGGER/SCHERRER/REBER, a.a.O., N. 31 zu Art. 82), können aber u.U. auch noch im Anwendungsfall vorfrageweise auf ihre Rechtmässigkeit überprüft werden (vgl. <ref-ruling> E. 3.3 S. 280 f.).
2.3. Auch Nutzungspläne stehen zwischen Erlass und Verfügung (<ref-ruling> E. 2.1 S. 332; vgl. <ref-ruling> E. 3 S. 341 f.: «Zwischengebilde eigener Art»). Es handelt sich um Rechtsakte, mit denen das Gemeinwesen die zulässige Nutzung von Grundstücken (nach Art, Ort und Mass) im Detail und verbindlich regelt, wobei einzelnen Teilen eines Gebiets eine bestimmte Nutzung zugewiesen wird (JEANNERAT/ MOOR, in: Aemisegger/Moor/Ruch/Tschannen, Praxiskommentar RPG: Nutzungsplanung, 2016, Art. 14 N. 6 f.). Letzteres unterscheidet Nutzungspläne von raumplanerischen Erlassen, die Art oder Mass der Nutzung allgemein und abstrakt (zonenübergreifend) umschreiben; (z.B. Ästhetikklauseln) oder an die persönliche Situation der Einwohnerinnen und Einwohner anknüpfen (AEMISEGGER, in: Aemisegger/Moor/Ruch/Tschannen, Praxiskommentar RPG: Baubewilligung, Rechtsschutz und Verfahren, 2020, Art. 34 N. 33).
Verfahrensrechtlich werden Nutzungspläne den Regeln der Einzelaktanfechtung unterstellt. Davon geht auch Art. 33 RPG aus, wonach Nutzungspläne öffentlich aufgelegt werden und das kantonale Recht dagegen wenigstens ein Rechtsmittel vorsehen muss (Abs. 2), welches die volle Überprüfung durch wenigstens eine Beschwerdebehörde gewährleistet (Abs. 3 lit. b). In letzter Instanz muss ein oberes kantonales Gericht entscheiden (<ref-law>). Dessen Entscheid kann mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten gemäss <ref-law> an das Bundesgericht weitergezogen werden. Die vorfrageweise (akzessorische) Überprüfung von Nutzungsplänen im Baubewilligungsverfahren ist nur ausnahmsweise zulässig (vgl. AEMISEGGER/HAAG, Praxiskommentar RPG: Baubewilligung, Rechtsschutz und Verfahren, Art. 33 N. 97 mit Übersicht über die Rechtsprechung).
Den Nutzungsplänen gleichgestellt werden praxisgemäss Bauvorschriften, die mit einem Zonenplan derart eng verbunden sind, dass sie als Teile desselben betrachtet werden müssen (<ref-ruling> E. 3.3 S. 358 mit Hinweisen).
2.4. In <ref-ruling> E. 2.2 S. 330 ff. entschied das Bundesgericht, dass eine Verordnung (" ordonnance ") des Freiburger Staatsrates aufgrund ihrer hinreichend präzisen und detaillierten Anordnungen betreffend gewisse, genau lokalisierte Chalets am Neuenburger See materiell einem Nutzungsplan entspreche und daher den Rechtsschutzanforderungen von Art. 33 RPG unterliege. Es wies die Sache daher zu materiellem Entscheid an das kantonale Verwaltungsgericht zurück, das zuvor auf die Beschwerde nicht eingetreten war.
Im Urteil 1C_652/2017 vom 20. August 2018 qualifizierte das Bundesgericht das Reglement über den Schutz der Gewässer im Gebiet Uri Nord als Sammelverfügung für 13 einzeln bezeichnete Gewässer oder alternativ als Nutzungsplan. So oder so unterliege das Reglement den Regeln der Entscheidanfechtung nach <ref-law>, weshalb nach <ref-law> ein oberes kantonales Gericht als Vorinstanz des Bundesgerichts erforderlich sei (E. 2.2). Es wies daher die Sache an das Obergericht des Kantons Uri zurück.
Im Urteil 2C_118/2008 vom 21. November 2008 (E. 1.1) trat das Bundesgericht auf die Beschwerde gegen ein Genfer Dekret (" arrêté ") ein, das ein Hundeverbot für 65 namentlich genannte öffentliche Parks enthielt. Das Bundesgericht führte aus, dass es zwar theoretisch möglich erscheine, die Regelung als Sammelverfügung zu verstehen. Allerdings machten die aufgelisteten Parks den Grossteil der Grünflächen des Kantons aus und das Verbot richte sich an sämtliche Hundehalter und -halterinnen. Insofern rechtfertige es sich, den Beschluss als generell-abstrakte Regelung zu qualifizieren.
2.5. Anders ging das Bundesgericht im Entscheid <ref-ruling> vor. Dort stellte es für das Eintreten auf die Erlassbeschwerde einzig auf den formellen Charakter des angefochtenen Hoheitsakts ab (Dekret des Grossen Rats) und berücksichtigte erst bei der Prüfung der Gehörsrügen (E. 5d/bb S. 151), dass es sich um ein Fahrverbot für Schiffe auf ganz bestimmten, im Anhang bezeichneten Kleinseen handelte, das als Allgemeinverfügung zu qualifizieren sei.
BERNHARD WALDMANN und NICOLAS SCHMITT (La nature juridique controversée d'une ordonnance du Conseil d'Etat, RFJ/FZR 2009 123 ff., insbes. S. 133 ff.) halten diese Vorgehensweise aus Gründen der Rechtssicherheit grundsätzlich für richtig. Auch sie machen indessen eine Ausnahme für Vorschriften, die innerhalb eines gewissen Perimeters Art und Ausmass der baulichen Nutzung allgemeinverbindlich und parzellenscharf regeln. Derartige Bestimmungen seien als Nutzungspläne im Sinne des RPG zu qualifizieren und müssten gemäss Art. 33 RPG von den kantonalen Gerichten überprüft und notfalls aufgehoben werden können, auch wenn der Kanton keine abstrakte Normenkontrolle zulasse (S. 135 f.).
3.
Angefochten ist vorliegend die "Kleinsiedlungsverordnung" des Regierungsrats Thurgau.
3.1. Diese enthält generelle Bestimmungen über die Zulässigkeit von Bauten und Anlagen (§§ 4 f. KSV) und eine Verfahrens- bzw. Zuständigkeitsregel für das Baubewilligungsverfahren (§ 6). Diese Regelungen gelten jedoch weder für alle Kleinsiedlungen im Kanton noch für alle Weiler- oder Dorfzonen, sondern einzig für die in Anh. 1 und 2 namentlich aufgeführten Kleinsiedlungen. Diese weisen nach Auffassung der Arbeitsgruppe "Überprüfung Kleinsiedlungen im Kanton Thurgau" nicht den Charakter einer Bauzone i.S.v. Art. 15 RPG auf und sollen deshalb künftig der Landwirtschafts- oder Landschaftsschutzzone (Anh. 1) oder einer (Nichtbau-) Zone nach <ref-law> (Anh. 2) zugewiesen werden. Für solche Kleinsiedlungen enthält die KSV vorsorgliche Massnahmen, die bis zur Inkraftsetzung der revidierten kommunalen Zonenpläne gelten (vgl. Beschluss des Regierungsrats vom 12. Mai 2020 S. 2).
Zwar ist der KSV kein Plan beigefügt. Die betroffenen Kleinsiedlungen werden jedoch im Anhang mit einer im Rahmen einer Geoinformationssystem-Analyse (GIS-Analyse) festgelegten Identifikationsnummer (KS-ID) und Lagekoordinaten parzellenscharf bestimmt. Die Zuteilung zu Anh. 1 oder Anh. 2 entscheidet über die anwendbaren Nutzungsvorschriften (§ 4 oder § 5 KSV) und präjudiziert damit das Baubewilligungsverfahren.
Im Ergebnis kommt die KSV damit einer Planungszone im Sinne von Art. 27 RPG oder einer provisorischen kantonalen Nutzungszone gleich: Die §§ 4 f. KSV verweisen auf die Nutzungsvorschriften für die Landwirtschaftszone (Anh. 1) bzw. für Erhaltungszonen (Anh. 2) und stellen damit sicher, dass in der Übergangszeit, bis zur Anpassung der Zonenplanung, keine Bauten und Anlagen bewilligt werden, die der in Aussicht genommenen neuen Zonenzuweisung widersprechen.
3.2. Materiell ist die KSV daher als Nutzungsplan i.S.v. Art. 14 RPG zu qualifizieren. Dies hat zur Folge, dass dagegen gemäss Art. 33 RPG ein kantonales Rechtsmittel gegeben sein muss (Abs. 2), das die volle Überprüfung durch wenigstens eine Beschwerdebehörde vorsieht (Abs. 3). Erst gegen den kantonal letztinstanzlichen Gerichtsentscheid steht die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten nach <ref-law> offen. Auf die unmittelbar gegen die KSV gerichtete Beschwerde ist daher nicht einzutreten.
4.
Praxisgemäss übermittelt das Bundesgericht die Beschwerde in derartigen Fällen der zuständigen kantonalen Behörde, falls sich diese ermitteln lässt (analog <ref-law>, vgl. <ref-ruling> E. 2 S. 47 mit Hinweis). Da vorliegend ein Hoheitsakt des Regierungsrats zu überprüfen ist, kommt einzig das kantonale Verwaltungsgericht als Rechtsmittelinstanz in Betracht. Diesem ist die Sache somit zuständigkeitshalber zu überweisen.
Unter den besonderen Umständen des vorliegenden Falls rechtfertigt es sich, keine Kosten zu erheben, da der Beschwerdeführer aufgrund der vom Regierungsrat gewählten Form (Verordnung) in guten Treuen von der Zulässigkeit der Erlassbeschwerde ausgehen durfte (<ref-law>). Dagegen ist dem nicht anwaltlich vertretenen Beschwerdeführer keine Parteientschädigung zuzusprechen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2.
Die Sache wird zuständigkeitshalber dem Thurgauer Verwaltungsgericht überwiesen.
3.
Es werden keine Kosten erhoben und keine Parteientschädigungen zugesprochen.
4.
Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, dem Regierungsrat und dem Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau sowie dem Bundesamt für Raumentwicklung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 18. März 2021
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Kneubühler
Die Gerichtsschreiberin: Gerber