Sachverhalt:
A.
Die A._ GmbH (Unternehmerin, Beklagte, Beschwerdeführerin) realisierte auf ihrem Grundstück Nr. x, Grundbuch U._, eine Mehrfamilienhaus-Siedlung. Diese besteht aus drei Mehrfamilienhäusern mit gemeinsamen Infrastrukturanlagen, namentlich einer gemeinsamen Autoeinstellhalle. Mit öffentlicher Urkunde vom 13. November 2007 errichtete die Unternehmerin Stockwerkeigentum mit 44 Miteigentumsanteilen (37 Wohnungen, sechs Hobbyräume: GB-Nr. xx-xxx und eine Autoeinstellhalle, GB-Nr. xxxx, die ihrerseits in Autoeinstellplätze Nr. y-yy und Motorradeinstellplätze y-yyy aufgeteilt wurde).
Die Unternehmerin verkaufte diverse Stockwerkeinheiten ab Plan an verschiedene Käufer. Gleichzeitig schloss sie mit ihnen eine als "Generalunternehmervertrag" bezeichnete Vereinbarung ab.
B.
B.a. Mit Klage vom 5. Mai 2014 stellte die Stockwerkeigentümer B._ (Klägerin, Beschwerdegegnerin) dem Bezirksgericht Luzern den Antrag, die Beklagte sei zu verpflichten, ihr Fr. 678'992.70 zuzüglich Zins zu 5 % seit dem 22. November 2013 zu bezahlen. Sie verlangte damit die Bevorschussung der Kosten für die Behebung von Mängeln an gemeinschaftlichen Gebäudeteilen. Mit Klageantwort vom 1. September 2014 beantragte die Beklagte die Abweisung der Klage. Die Klägerin hielt mit Replik vom 31. August 2015 an ihren Anträgen fest.
Mit Verfügung vom 27. November 2015 wies der Instruktionsrichter am Bezirksgericht Luzern die von der Beklagten am 25. November 2015 eingereichte Duplik mitsamt den eingereichten Belegen als verspätet aus dem Recht. Sodann ordnete das Bezirksgericht eine gerichtliche Expertise durch die C._ AG an. Der Gutachter D._ erstattete am 20. November 2016 sein Gutachten (Gutachten D._ oder Gutachten der C._ AG). Innert gerichtlich gesetzter Frist verzichtete die Klägerin auf Erläuterungs- oder Ergänzungsfragen. Die Beklagte liess sich nicht vernehmen.
Mit Urteil vom 23. Mai 2017 schützte das Bezirksgericht Luzern die Klage weitgehend und erliess folgendes Dispositiv:
"1. Die Beklagte hat der Klägerin Fr. 625'860.-- nebst Zins zu 5% seit 22.11.2013 zu zahlen als Bevorschussung der Kosten zur Behebung der im Gutachten von D._ von der C._ AG vom 30.11.2016 aufgeführten Mängel (amtl. Bel. 54 S. 15 ff.), mit Ausnahme der mangelhaften Schutzschicht auf den Flachdächern bei den Attikawohnungen (vgl. amtl. Bel. 54 S. 18 lit. o).
Die Klägerin ist verpflichtet, nach Durchführung der Mängelbehebung über die Kosten abzurechnen und der Beklagten einen allfälligen Überschuss aus dem Vorschuss zurückzuerstatten. Noch nicht gedeckte Kosten kann die Klägerin von der Beklagten nachfordern.
Sollten Nachbesserung oder Abrechnung nicht innerhalb von zwei Jahren nach Leistung des Vorschusses durchgeführt worden sein, ist die Klägerin verpflichtet, der Beklagten den gesamten Vorschuss von Fr. 625'860.-- nebst Zins zu 5% seit 22.11.2013 zurückzuerstatten.
2. Die Beklagte hat der Klägerin weiter Fr. 28'504.10,
- zuzüglich Zins zu 5% auf Fr. 24'475.70 seit 22.11.2013,
- zuzüglich Zins zu 5% auf Fr. 3'240.-- seit 6.1.2014,
- zuzüglich Zins zu 5% auf Fr. 788.40 seit 8.7.2015
zu bezahlen.
3. Im Übrigen wird die Klage abgewiesen. [...]."
B.b. Mit Urteil vom 14. Dezember 2017 bestätigte das Kantonsgericht des Kantons Luzern in Abweisung der Berufung der Beklagten den Entscheid des Bezirksgerichts. Das Kantonsgericht wies zunächst unzulässige Noven zurück und bestätigte, dass das Bezirksgericht Luzern die Duplik vom 25. November 2015 zu Recht als verspätet unbeachtet gelassen habe. Sodann verneinte es eine Verletzung des Beweisführungsanspruchs der Beklagten und bestätigte sowohl, dass E._ für die Beklagte gehandelt habe, als er das Kurzgutachten F._ AG vom 30. März 2011 in roter Schrift kommentierte, das die Klägerin zur Begründung ihrer Mängelrüge eingeholt hatte als auch dass die Beklagte die Frist zur Stellung von Erläuterungs- oder Ergänzungsfragen zum Gutachten D._ verpasst habe. Es folgte auch insoweit den Erwägungen des Bezirksgerichts Luzern, als es den Einwand der Nichberücksichtigung von "Ohnehin-Kosten" aus zwei Gründen als verspätet betrachtete und die Auslegung der Erstinstanz des Rechtsbegehrens der Klägerin als korrekt erachtete Das Kantonsgericht verwarf sodann die Rüge der Beklagten, das Bezirksgericht habe unzutreffend und in Verletzung von Verfahrensregeln geschlossen, dass die Parteien die Gewährleistungsbestimmungen der SIA-Norm 118 vereinbart hätten. Das Kantonsgericht folgte dem Bezirksgericht auch insoweit, als die Klägerin zur Geltendmachung von Mängelrechten an gemeinschaftlichen Teilen aktivlegitimiert sei. Die Mängelrüge erachtete das Gericht als rechtzeitig. Die Einwände der Beklagten gegen das Vorhandensein von Werkmängeln wies das Kantonsgericht unter Hinweis auf die fehlende Bestreitung der in der Replik einzeln aufgeführten Mängel und auf das Gerichtsgutachten ebenso ab wie die Behauptung, es seien eine Vielzahl von Mängeln behoben worden oder diese lägen im Toleranzbereich der SIA-Norm; anschliessend setzte sich das Kantonsgericht mit den Vorbringen der Beklagten gegen die einzelnen Mängel noch besonders auseinander. Schliesslich verwarf das Kantonsgericht die Einwände der Beklagten gegen die Modalitäten der Bevorschussung als unsubstanziiert und bestätigte den erstinstanzlich zugesprochenen Betrag aus Mangelfolgeschaden, weil sich die Beklagte dazu nicht äusserte.
C.
Mit Beschwerde in Zivilsachen beantragt die Beklagte "[...] (2) das Urteil des Kantonsgerichts Luzern vom 14. Dezember 2017 sei aufzuheben, eventuell zur Neubeurteilung und Abnahme der beantragten Beweise an die Vorinstanz zurückzuweisen. (3) Sollte dem Hauptantrag Ziffer 2 nicht entsprochen werden, sind die beantragten Beweismittel von der Beschwerdeinstanz anzuordnen. In diesem Fall ist die Beschwerde gutzuheissen und der angefochtene Entscheid in allen Punkten aufzuheben und die Klage abzuweisen. [...]."
Zur Begründung rügt die Beschwerdeführerin eine Verletzung von <ref-law>, Art. 9 und 29 Abs. 2 BV wegen Nichtbeachtens ihrer Duplik, willkürliche Annahme eines Auftragsverhältnisses mit E._ und die Verletzung des rechtlichen Gehörs aufgrund der Ablehnung ihrer Stellungnahme zum Beweis vom 30. März 2017. Die Beschwerdeführerin beanstandet die Vertragsauslegung durch die Vorinstanz, wonach die SIA-Norm 118 für die Mängelhaftung übernommen worden sei und rügt in diesem Zusammenhang eine Verletzung von <ref-law>. Sie bringt sodann vor, weil 15 Stockwerkeigentümer der Klägerin ihren Nachbesserungsanspruch nicht abgetreten hätten, verletze der angefochtene Entscheid <ref-law>, insbesondere <ref-law> und <ref-law> wie sie in der Bundesgerichtspraxis (<ref-ruling>) ausgelegt werden. Es sei willkürlich angenommen worden, dass die Mängelrüge rechtzeitig erfolgt sei und es sei der Bestand von Werkmängeln willkürlich festgestellt worden. Bei der Festsetzung des Bevorschussungs-Betrages seien "Ohnehin-Kosten" rechts- und aktenwidrig unbeachtet geblieben und schliesslich sei ihr Eventualantrag unrechtmässig abgewiesen worden, dass sie die Mängel selbst beheben (lassen) könne.
Die Beschwerdegegnerin beantragt in der Antwort, auf die Beschwerde sei nicht einzutreten, eventualiter sei sie vollumfänglich abzuweisen.
Die Beschwerdeführerin hat unaufgefordert repliziert.
D.
Mit Verfügung vom 6. April 2018 wurde das Gesuch der Beschwerdeführerin um Erteilung der aufschiebenden Wirkung abgewiesen.

Erwägungen:
1.
Die Beschwerde betrifft eine Zivilstreitigkeit (<ref-law>), richtet sich gegen den Endentscheid (<ref-law>) eines oberen kantonalen Gerichts, das als Rechtsmittelinstanz entschieden hat (<ref-law>). Die Beschwerdeführerin ist mit ihren Anträgen unterlegen (<ref-law>), der Streitwert ist erreicht (<ref-law>) und die Beschwerdefrist ist eingehalten (Art. 100 i.V.m. 46 Abs. 1 lit. c BGG). Die Beschwerde ist insofern zulässig.
1.1. Die Beschwerde hat einen Antrag zu enthalten (<ref-law>). Angesichts der grundsätzlich reformatorischen Natur der Beschwerde (<ref-law>) genügt in der Regel der Antrag auf Aufhebung des angefochtenen Entscheides nicht; vielmehr ist ein Antrag in der Sache erforderlich und muss das Begehren bei Geldleistungen beziffert sein (<ref-ruling> E. 1.2 mit Hinweisen; <ref-ruling> E. 2 S. 237). Immerhin sind die Rechtsbegehren unter Berücksichtigung der Begründung nach dem Vertrauensprinzip auszulegen (vgl. <ref-ruling> E. 1.2; <ref-ruling> E. 1.4.2; Urteil 4A_249/2018 vom 12. Juli 2018 E. 2.4).
Der Antrag der Beschwerde in Ziffer 2 genügt den Anforderungen von <ref-law> nicht. Aus dem folgenden Antrag 3 kann wenigstens abgleitet werden, dass die Beschwerdeführerin die Abweisung der Klage anstrebt. Allerdings finden sich in der Begründung nur Einwände gegen die von der Vorinstanz in Dispositiv-Ziffer 1 angeordnete Kostenvorschusspflicht für die Mängelbehebung an den gemeinschaftlichen Teilen der Stockwerkeigentümergemeinschaft; gegen die Verpflichtung zur Bezahlung von Mangelfolgeschäden gemäss Dispositiv-Ziffer 2 des angefochtenen Urteils wendet die Beschwerdeführerin nichts ein.
1.2. Nach <ref-law> ist in der Begründung in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt. Dabei ist zu berücksichtigen, dass die Beschwerde nur gegen das Urteil des oberen kantonalen Gerichts, nicht aber gegen den erstinstanzlichen Entscheid zulässig ist (<ref-law>; vgl. <ref-ruling> E. 1.3 S. 527; Urteil 4A_94/2014 vom 1. Juli 2014 E. 1).
Das Bundesgericht tritt auf Rügen nicht ein, welche eine sachbezogene Auseinandersetzung mit den Erwägungen des angefochtenen Urteils vermissen lassen (<ref-ruling> E. 2.4 S. 368; <ref-ruling> E. 2.3. S. 266; <ref-ruling> E. 2 S. 116; je mit Hinweisen). Die Begründung braucht nicht zutreffend zu sein; verlangt wird aber, dass sich die Beschwerde mit dem angefochtenen Entscheid auseinandersetzt (<ref-ruling> E. 1.2.2; <ref-ruling> E. 2 mit zahlreichen Hinweisen). Diese Voraussetzung fehlt, wenn sich die Beschwerdeführerin darauf beschränkt, ihre kantonalen Rechtsschriften im Wesentlichen unverändert dem Bundesgericht zu unterbreiten. Soweit die Beschwerdeführerin daher ihre Rügen bloss wiederholt, die sie schon vor Vorinstanz vorgebracht hat, ohne darzutun, weshalb die gegenteiligen Erwägungen der Vorinstanz bundesrechtswidrig sein sollen, ist sie nicht zu hören.
1.2.1. Dies gilt namentlich für die Rüge, "die angerufene Instanz" stütze sich zu Unrecht auf ein Gutachten der Firma F._ AG vom 2. April 2012 ab und bejahe willkürlich ein Auftragsverhältnis mit E._. Die Vorinstanz hat in E. 2.4 des angefochtenen Urteils die entsprechende Rüge in der Berufung behandelt und schon in diesem Zusammenhang im Wesentlichen festgestellt, dass die Beschwerdeführerin sich mit den erstinstanzlichen Erwägungen nicht rechtsgenüglich auseinandergesetzt habe, wonach E._ unbestritten von ihr beauftragt war, die Sanierung zu leiten und das Privatgutachten F._ AG vom 2. April 2012 mit roter Schrift kommentierte, mit dem die Beschwerdegegnerin ihre Mängelrüge begründete. Es ist darauf nicht einzugehen.
1.2.2. Dies gilt ebenfalls für die Rüge "Gesetzeswidrige Ablehnung der Zulassung der Stellungnahme zum Beweis vom 30. März 2017, Verletzung des rechtlichen Gehörs, untaugliches Gutachten". Die Vorbringen auf Seiten 18-24 der Beschwerde entsprechen weitgehend denjenigen der Berufung auf Seiten 12-22. Die Vorinstanz hat festgestellt, dass androhungsgemäss Verzicht auf Ergänzungsfragen und ein neues Gutachten angenommen wurde, nachdem die Beschwerdeführerin die vom erstinstanzlichen Gericht gesetzte Frist vom 9. Januar 2017 nicht eingehalten hat. Damit hat es sein Bewenden. Auf die Beschwerde ist auch insoweit mangels hinreichender Begründung nicht einzutreten.
1.2.3. Dies gilt ferner für die Rüge "Verletzung von Art. 1 und Art. 18 des Schweizerischen Obligationenrechtes durch willkürliche Annahme der Vorinstanz, dass die Beschwerdeführerin nach der SIA-Norm 118 für Mängel haften soll, willkürliche Verweigerung zur Klärung des Sachverhalts durch Verweigerung der Einvernahme von Frau G._ und Herrn H._ und damit Verletzung von Art. 152 der Zivilprozessordnung". Die Vorbringen auf Seiten 24-32 entsprechen im Wesentlichen denjenigen auf Seiten 22-29 der Berufung. Die Vorinstanz hat sich mit den entsprechenden Vorbringen in Erwägung 2.7 des angefochtenen Urteils entgegen der Behauptung der Beschwerdeführerin ausführlich befasst. Inwiefern die Vorinstanz (d.h. hier das Kantonsgericht) mit der prozessualen und materiellrechtlichen Argumentation im angefochtenen Urteil Bundesrecht verletzt haben könnte, ist der Beschwerde nicht zu entnehmen.
1.2.4. Auch die Vorbringen auf Seiten 32-40 betreffend die behauptete Verspätung der Mängelrügen entsprechen grösstenteils wörtlich denjenigen auf Seiten 32-36 der Berufung. Die Vorinstanz ist in rechtlicher Hinsicht den Erwägungen der ersten Instanz gefolgt und hat die Rügen der Beschwerdeführerin in Erwägung 2.9 verworfen. Inwiefern sie damit Bundesrecht verletzt haben sollte, ist weder der Beschwerde zu entnehmen noch ersichtlich.
1.2.5. Das Gleiche trifft zu für die Rüge "Rechts- und aktenwidrige Festsetzung des Bevorschussungbetrages infolge fehlender Berücksichtigung von Ohnehin-Kosten". Die Vorbringen auf Seiten 48-50 der Beschwerde entsprechen weitgehend denjenigen auf Seiten 48-50 der Berufung. Die blosse Behauptung, die sog. "Ohnehin-Kosten" hätten von Amtes wegen im Sinne der Beschwerdeführerin berücksichtigt werden müssen, weshalb der festgesetzte Vorschussbetrag rechtswidrig sei, vermag die fehlende Begründung nicht zu ersetzen. Es ist auf die Rüge nicht einzutreten.
1.2.6. Auch soweit den Vorbringen der Beschwerdeführerin im Übrigen wenigstens sinngemäss eine Auseinandersetzung mit den Erwägungen der Vorinstanz entnommen werden kann, beschränken sich die Ausführungen über weite Strecken auf eine mehr oder weniger wörtliche Übernahme der entsprechenden Passagen der Berufung. Die Vorinstanz hat sich mit den Vorbringen der Berufung im angefochtenen Urteil befasst, weshalb darauf mangels sachbezogener Rügen nicht mehr einzugehen ist - zumal die Beschwerdeführerin auf ihrem Standpunkt beharrt und nur beanstandet, dass ihrer Sicht der Dinge nicht gefolgt wurde.
1.3.
1.3.1. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law>). "Offensichtlich unrichtig" bedeutet dabei "willkürlich" (BGE <ref-ruling> E. 2 S. 117; <ref-ruling> E. 1.5). Überdies muss die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein können (<ref-law>). Neue Tatsachen und Beweismittel dürfen nur so weit vorgebracht werden, als erst der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gibt (<ref-law>).
1.3.2. Die Partei, welche die Sachverhaltsfeststellungen der Vorinstanz anfechten will, muss klar und substanziiert aufzeigen, inwiefern die gerügten Feststellungen offensichtlich unrichtig sind oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruhen (<ref-ruling> E. 1.3.1 S. 18; <ref-ruling> E. 2.3 S. 266). Soweit die Beschwerdeführerin den Sachverhalt ergänzen will, hat sie zudem mit Aktenhinweisen darzulegen, dass sie entsprechende rechtsrelevante Tatsachen und taugliche Beweismittel bereits bei den Vorinstanzen prozesskonform eingebracht hat (BGE <ref-ruling> E. 2 S. 90). Da die betroffene Partei weiss, wo genau (oder in welchem Zusammenhang) sie einen Beweisantrag gestellt hat, soll sie dem Bundesgericht mit präzisem Aktenhinweis auf die einschlägige Stelle einer Eingabe oder des Protokolls anzeigen, wo das Vorbringen zu finden ist, damit das Gericht die Eingabe oder das Protokoll nicht danach durchforsten muss (Urteil 4A_85/2017 vom 4. September 2017 E. 3.3).
1.3.3. Die Beschwerdeführerin behauptet, sie habe in der Klageantwort und damit rechtzeitig - "ab Seite 13" - Beweisanträge gestellt, namentlich einen Augenschein sowie eine Zeugeneinvernahme beantragt. Diese Aktenhinweise sind zu unbestimmt. Die Beschwerdeführerin erwähnt weder eine genaue Stelle noch präzisiert sie, zu welchen konkreten Tatsachenbehauptungen die Beweisanträge gestellt worden sein sollen. Es ist darauf nicht einzutreten. Dasselbe gilt für die Behauptung, wonach die Beschwerdeführerin bereits in ihrer Rechtsantwort vom 14. Juli 2014 "ab zu Ziff. 3 auf Seite 8 die Mängel detailliert bestritten" habe und wonach sie "in der Rechtsantwort wie auch in der Duplik sowie in der Berufung" vorgetragen und ausgeführt habe, dass eine Vielzahl der angeblichen Mängel bereits behoben seien bzw. in den Toleranzbereich der SIA-Norm fielen. Auf diese Vorbringen ist nicht einzugehen.
2.
Die Vorinstanz hat den Schluss der ersten Instanz geschützt, wonach Vorbringen, Belege und Beweisanträge der Beschwerdeführerin in der Duplik vom 25. November 2015 wegen Verspätung unbeachtet zu bleiben haben. Da die Beschwerdegegnerin erstmals in der Replik vom 21. August 2015 die Mängel konkret umschrieben hatte, blieben diese entsprechend unbestritten.
2.1. Die Vorinstanz hat die Rüge der Beschwerdeführerin verworfen, wonach die erste Instanz die Duplik vom 25. November 2015 zu Unrecht als verspätet aus dem Recht gewiesen habe. Sie hat dazu namentlich festgestellt, dass die Replik der Beschwerdegegnerin mit 17 Seiten vom 21. August 2015 datiert und die Beschwerdeführerin am 24. August aufgefordert wurde, bis Montag, 14. September 2015 die Duplik einzureichen. Am 14. September 2015 ersuchte die Beschwerdeführerin um Erstreckung der Frist bis 12. Oktober 2015 mit der Begründung, ihre Sachbearbeiter seien ferienabwesend. Nachdem ihr die Fristverlängerung bewilligt worden war, beantragte die Beschwerdeführerin am 12. Oktober 2015 eine nochmalige Fristverlängerung bis 31. Oktober 2015 mit der Begründung, sie habe mittlerweile neue Sachen gefunden, die mit Fachspezialisten geklärt werden müssten. Auch diese Fristverlängerung wurde der Beschwerdeführerin gewährt. Am 30. Oktober 2015 ersuchte die Beschwerdeführerin um eine weitere Fristverlängerung bis 25. November 2015 mit der Begründung, es hätten zwischenzeitlich einige Unterlagen und Belege ausfindig gemacht werden können und nachdem der damalige zuständige Sachbearbeiter Ende Woche zur Besprechung offener Punkte nochmals bei ihr sein werde, sei sie nach entsprechenden Instruktionen in der Lage, eine vollständige Stellungnahme abzugeben. Darauf wurde der Beschwerdeführerin die Duplikfrist letztmals bis 16. November 2015 erstreckt.
2.2. Die Vorinstanz hat den Einwand der Beschwerdeführerin zu Recht verworfen, wonach die Bemessung der letztmals erstreckten Frist zur Einreichung der Duplik überspitzt formalistisch erfolgt sei. Überspitzter Formalismus als besondere Form der Rechtsverweigerung liegt vor, wenn für ein Verfahren rigorose Formvorschriften aufgestellt werden, ohne dass die Strenge sachlich gerechtfertigt wäre, wenn die Behörde formelle Vorschriften mit übertriebener Schärfe handhabt oder an Rechtsschriften überspannte Anforderungen stellt und damit dem Bürger den Rechtsweg in unzulässiger Weise versperrt (<ref-ruling> E. 4.2 mit Hinweisen). Der Beschwerdeführerin war aufgrund ihrer unterschiedlich begründeten Erstreckungsgesuche bereits eine gesamte Frist von mehr als zwei Monaten gewährt worden und sie hatte im letzten Gesuch zu verstehen gegeben, dass sie nun über die als erforderlich erachteten Unterlagen für eine umfassende Stellungnahme zur Replik verfüge, in welcher die Mängel auf 17 Seiten detailliert waren. Sie stellt denn auch nicht in Frage, dass unter diesen Umständen aus objektiver Sicht eine Arbeitswoche für die schriftliche Stellungnahme nach einer letzten Instruktion zur Klärung offener Punkte und Unklarheiten genügt. Wenn daher die zuständige Verfahrensleitung dem Interesse an einer beförderlichen Behandlung des Rechtsstreites gegenüber dem Wunsch der Beschwerdeführerin auf eine sehr grosszügige letztmalige Erstreckung grösseres Gewicht beimass, handelte sie nicht überspitzt formalistisch. Die Beschwerdeführerin durfte auch nicht ohne Weiteres davon ausgehen, dass ihr Gesuch wie gestellt bewilligt würde; sie stellt denn auch nicht ausdrücklich in Frage, dass sie die deutlich vermerkte verkürzte Frist zur Kenntnis nahm bzw. bei der gehörigen Aufmerksamkeit, die von ihr erwartet werden durfte, zur Kenntnis hätte nehmen müssen. Dass die gesetzlichen Folgen des Fristversäumnisses nicht ausdrücklich angedroht wurden, kann ebenfalls nicht als überspitzt formalistisch gelten. Nachdem der Beschwerdeführerin förmlich Frist von insgesamt mehr als zwei Monaten gesetzt wurde, um zur Eingabe der Gegenpartei Stellung zu nehmen, besteht schliesslich entgegen entsprechenden Einwänden der Beschwerdeführerin auch kein Raum für das (subsidiäre) unbedingte verfassungsmässige "Replik"-Recht.
2.3. Die Vorinstanz hat die Auffassung der ersten Instanz zu Recht geschützt, wonach die Duplik verspätet eingereicht wurde. Sie hat ohne Bundesrechtsverletzung geschlossen, dass damit die Vorbringen in der Duplik als prozessual inexistent zu behandeln sind und daher neue Tatsachen und Beweismittel nur noch unter den eingeschränkten Voraussetzungen von <ref-law> zulässig waren. Nachdem die Beschwerdeführerin keine zulässigen Noven vorgebracht hat, schloss die Vorinstanz zutreffend, dass die in der verspäteten Duplik vorgebrachten Behauptungen und Beweisanträge nicht zu berücksichtigen sind. Da die in der Duplik enthaltenen Vorbringen (Tatsachenbehauptungen und Beweisanträge) nicht fristgerecht erfolgten, hat die Vorinstanz auch zu Recht eine Verletzung von <ref-law> verneint. Die Rüge der Beschwerdeführerin ist unbegründet, soweit darauf überhaupt einzugehen ist.
3.
3.1. Die Vorinstanz hat festgestellt, dass sich die Beschwerdegegnerin die Nachbesserungsrechte verschiedener Käufer für Mängel an den gemeinschaftlichen Bauteilen abtreten liess. Der Rechtsvertreter der Klägerin setzte der Beschwerdeführerin danach im Namen der Stockwerkeigentümer mit Schreiben vom 30. März 2011 Frist bis spätestens Ende Juni 2011, um die im Kurzprotokoll F._ AG aufgelisteten Mängel zu beseitigen sowie mit Schreiben vom 12. August 2011 eine 14-tägige Frist zur Behebung der Mängel im Bereich des Einstellhallentors und der Auffahrtrampe. Die im vorliegenden Prozess strittigen Mängel hat die Beschwerdeführerin nach den Feststellungen der Vorinstanz nicht behoben. Soweit die Beschwerdeführerin diese Feststellungen in Frage stellt, verfehlt sie auch hier die Begründungsanforderungen (vgl. vorstehend E. 1.3).
3.2. Die Vorinstanz hat mit dem Bezirksgericht erkannt, der Nachbesserungsanspruch des Stockwerkeigentümers an gemeinschaftlichen Bauteilen sei entgegen <ref-ruling> nicht quotenbezogen. Sie hat daher der Beschwerdegegnerin den Kostenvorschuss für die Behebung sämtlicher festgestellter Mängel in Höhe von Fr. 625'860.-- nebst Zins zugesprochen, nicht nur im Umfang der Wertquoten derjenigen Stockwerkeigentümer, die der Beschwerdegegnerin den Nachbesserungsanspruch abgetreten hatten, nämlich 64,87% bzw. Fr. 405'807.60 nebst Zins. Die Beschwerdeführerin wiederholt auch hier ihre Rügen, die sie in der Berufung vorgetragen hatte. Insbesondere begründet sie ihre Behauptung nicht, wonach eine quotenbezogene Bemessung zu einer Reduktion des Nachbesserungsanspruchs auf maximal 100'000.-- führen könnte. Damit ist sie nicht zu hören. Nachdem die Vorinstanzen eine Änderung der bundesgerichtlichen Praxis mit eingehender Begründung befürworten und die Beschwerdeführerin sich auf diese Praxis beruft, ist diese Rechtsfrage zu prüfen und zu beurteilen, ob der Beschwerdegegnerin ein Anspruch auf Bevorschussung in Höhe von Fr. 625'860.-- nebst Zins zusteht.
3.2.1. Das Bundesgericht hat in <ref-ruling> (E. 3 S. 241 f.) zunächst dargelegt, dass die Gemeinschaft der Stockwerkeigentümer aufgrund gesetzlicher Vorschrift vermögensfähig (<ref-law>) sowie im Rahmen ihrer vermögensrechtlichen Zuständigkeit partei- und prozessfähig und damit in bestimmtem Umfange auch handlungsfähig ist (<ref-law>). Es hat betont, dass ihr diese Selbständigkeit einzig als Verwaltungsgemeinschaft, nicht etwa auch als Eigentumsgemeinschaft zukommt. Das Bundesgericht hat in diesem Urteil sodann frühere Urteile bestätigt, wonach die Zuständigkeit der Stockwerkeigentümergemeinschaft für Unterhalt, Reparatur und Erneuerung der gemeinschaftlichen Bauteile die Befugnis mit einschliesst, Mängel an diesen Bauteilen zu beheben oder beheben zu lassen (<ref-ruling> E. 6 S. 21) sowie kauf- oder werkvertragliche Gewährleistungsansprüche gegen Verkäufer und Unternehmer durchzusetzen (<ref-ruling> E. 3a S. 460). Was die Aktivlegitimation der Stockwerkeigentümergemeinschaft betrifft, hat das Bundesgericht sodann (E. 4 S. 242 ff.) die Praxis bestätigt, dass die Gemeinschaft nicht nur Gewährleistungsansprüche aus von ihr selbst geschlossenen Verträgen durchsetzen kann (<ref-ruling> E. 6 S. 21), sondern dass sie derartige Ansprüche auch von einzelnen Stockwerkeigentümern erwerben kann, soweit solche Ansprüche zedierbar sind und Mängel an gemeinschaftlichen Bauteilen betreffen (<ref-ruling> E. 1e und 1f). Das Bundesgericht hat in diesem Urteil daran festgehalten, dass ein solcher Rechtserwerb nur durch privatautonomes Verfügungsgeschäft erfolgen kann (<ref-ruling> E. 3b S. 461). In eingehender Auseinandersetzung mit abweichenden Lehrmeinungen hat es eine Legalzession praeter legem der Gewährleistungsrechte einzelner Stockwerkeigentümer für Mängel an gemeinschaftlichen Bauteilen auf die Gemeinschaft abgelehnt (E. 5 S. 244 ff.). Das Bundesgericht hat diese Rechtsprechung auch in neueren Urteilen nicht in Frage gestellt (vgl. Urteile 4A_242/2016 vom 5. Oktober 2016 E. 5 nicht publ. in: <ref-ruling>; 4A_326/2009 vom 12. Oktober 2009 E. 4).
3.2.2. In <ref-ruling> (E. 5c S. 246 f.) werden die Folgen der Ablehnung einer Legalzession nicht nur für die unabtretbaren Mängelrechte der Wandelung und Minderung (lit. aa), sondern namentlich auch für den - zedierbaren - werkvertraglichen Nachbesserungsanspruch (lit. bb) als vertretbar erachtet. Dabei wird in diesem Entscheid festgehalten, Kollisionen der verschiedenen Mängelrechte liessen sich vermeiden, obwohl der Nachbesserungsanspruch unteilbar ist und damit grundsätzlich jeder Erwerber eines Stockwerkeigentumsanteils Anspruch auf Nachbesserung auch der gemeinschaftlichen Anlagen hat. Es wird geschlossen, dass jedem Erwerber eines Stockwerkeigentumsanteils das Wahlrecht in Bezug auf die Mängelrechte gewahrt bleibe, weil auch der Nachbesserungsanspruch quotenbezogen sei in dem Sinne, dass der einzelne Eigentümer im externen Verhältnis die unentgeltliche Verbesserung des Mangels nur im Umfang seiner Quote verlangen könne und darüber hinaus die Kosten der Mängelbehebung selbst zu übernehmen habe, so dass es eine Frage der internen Auseinandersetzung mit den andern Stockwerkeigentümern sei, ob und inwieweit sie diese Kosten (anteilsmässig) übernehmen müssten. Soweit die Stockwerkeigentümergemeinschaft keine Mängelrechte einzelner Eigentümer erwerben kann, hat sie danach keinen Anspruch gegen den Unternehmer auf Nachbesserung; sie muss insoweit die Mängel selbst beheben und die Kosten den Stockwerkeigentümern auf dem Wege der Beitragsforderung belasten (<ref-ruling> E. 5c/bb S. 248). Ob an der Quotenbezogenheit des werkvertraglichen Nachbesserungsanspruchs für Mängel an gemeinsamen Bauteilen festzuhalten ist, hat das Bundesgericht in einem späteren Entscheid offengelassen (Urteil 4C.151/2005 vom 29. August 2005 E. 4.2.3).
3.3. Die Vorinstanz hat im angefochtenen Entscheid zutreffend bemerkt, dass die quotenmässige Aufteilung des werkvertraglichen Nachbesserungsanspruchs an gemeinsamen Teilen in der Lehre als unbefriedigend angesehen wird (vgl. PETER GAUCH, Der Werkvertrag, 5. Aufl. 2011, Rz. 1496a; vgl. ferner RAINER SCHUMACHER, Die Mängelrechte des Käufers von Stockwerkeigentum - gesteigerte Komplexität, BR 1995 S. 74 f.; HEINZ REY, Die privatrechtliche Rechtsprechung des Bundesgerichts im Jahre 1988, ZBJV 126/1990 S. 199 f.; vgl. allerdings AMÉDÉO WERMELINGER, Das Stockwerkeigentum, 2. Aufl. 2014, Rz. 88 ff. zu <ref-law>). So wird in der Lehre namentlich vertreten, es sei im Ergebnis stossend, wenn der vertragstreue Erwerber, der nach seinem individuellen Erwerbsvertrag einen Anspruch auf mängelfreie Herstellung des Gemeinschaftseigentums hat, Beschränkungen oder gar Mehrkosten hinnehmen muss, nur weil der Unternehmer seine Vertragspflicht verletzt hat und er Dritten (den anderen Stockwerkeigentümern) ebenfalls die Erbringung von Werkleistungen schuldet (DIEL SCHMID MEYER, Erwerb von Stockwerkeigentum ab Plan, 2015, Kapitel 7 N. 206). Die mittlerweile wohl herrschende Lehre bemängelt ausserdem, dass die Durchsetzung des Nachbesserungsanspruchs in faktischer Hinsicht insoweit massgeblich erschwert respektive gar "illusorisch und unzumutbar" sei, als der von Gesetzes wegen unentgeltliche Nachbesserungsanspruch des Stockwerkeigentümers (<ref-law>) davon abhängig gemacht werde, ob dieser die seinen eigenen Wertquotenanteil übersteigenden Kosten der Nachbesserung vorschiesst (so bereits URS R ASCHEIN, Die Rechtsausübung der Stockwerkeigentümergemeinschaft mit besonderer Berücksichtigung von Gewährleistungsansprüchen und des Sonderfalles Aparthotel, 1996, S. 66 ff., insbesondere S. 68; vgl. auch ANDREAS KÄSER, Die Abtretung von Gewährleistungsansprüchen bei Kauf- und Werkvertrag, 1999, S. 235; vgl. ferner FRÉDÉRIC KRAUSKOPF, E rwerb von Stockwerkeigentum vor Erstellung des Gebäudes - Klippen bei der vertraglichen Gestaltung, in: Luzerner Tag des Stockwerkeigentums, 2011, S. 128; DERS., Stockwerkeigentum und Mängelhaftung - noch immer umkämpft, Schweizerische Baurechtstagung, 2017, S. 160; NADJA SCHWERY, Der quotenbezogene Nachbesserungsanspruch des Stockwerkeigentümers, BR 2015 S. 154 Ziffer 3 lit. c und d). Zutreffend wird darauf hingewiesen, dass der Erwerber eines Stockwerkeigentumsanteils einen vertraglichen Anspruch auf Mängelfreiheit auch der gemeinschaftlichen Anlagen hat, der als solcher unteilbar ist, auch wenn Dritte von der Nachbesserung profitieren (so namentlich MARKUS VISCHER, Mängelrechte beim Kauf eines Stockwerkanteils, ZBGR 2015 S. 224 f.; KRAUSKOPF, Erwerb, a.a.O., S. 134 f.; vgl. auch SCHMID MEYER, a.a.O., Kapitel 7 N. 205). Immerhin wird auch auf die Schwierigkeiten aufmerksam gemacht, die sich daraus ergeben können, dass jeder einzelne Käufer eines Stockwerkeigentumsanteils vertragliche Gewährleistungsansprüche hat, welche nicht identisch sein müssen mit denjenigen der übrigen Miteigentümer, und dass die Käufer je einzeln auch die Wahl haben, welche Mängelrechte (namentlich auch Minderung, allenfalls gar Wandelung) sie ausüben wollen (VISCHER, a.a.O., S. 226 f.; KRAUSKOPF, Erwerb, a.a.O., S. 136 f.).
3.4. In <ref-ruling> wird Gewicht auf das Wahlrecht gelegt, das der einzelne Stockwerkeigentümer als Besteller bei Mängeln hat. So kann der Erwerber einer Stockwerkeinheit nach der dispositiven gesetzlichen Regelung namentlich auch wegen Mängeln an gemeinschaftlichen Teilen nicht nur die Nachbesserung verlangen, sondern Minderung beanspruchen (<ref-law>). Die praktische Bedeutung dieses Wahlrechts dürfte freilich angesichts der verbreiteten Übernahme der SIA-Norm 118 in Werkverträge nunmehr gering sein, denn diese statuiert in Art. 169 Abs. 1 den Vorrang der Nachbesserung (vgl. schon <ref-ruling> E. 3a). Mit der erfolgreichen Nachbesserung wird aber der vertragliche Anspruch des Bestellers auf ein mängelfreies Werk realiter erfüllt, der selbstverständlich auch Werkteile umfasst, die andere Miteigentümer ebenfalls nutzen. Wird indessen der wertmässigen Gleichbehandlung der Mängelrechte keine zentrale Bedeutung beigemessen, so besteht kein Grund, den vertraglichen Nachbesserungsanspruch des Stockwerkeigentümers gegenüber dem Unternehmer umfangmässig auf die Wertquote zu begrenzen, soweit er sich auf Mängel an gemeinsamen Teilen bezieht. Denn der einzelne Stockwerkeigentümer profitiert von der Nachbesserung der gemeinschaftlichen Gebäudeteile wertmässig ohnehin nur im Umfang seiner Wertquote. Damit rechtfertigt es sich nicht, vom Stockwerkeigentümer zu verlangen, dass er im externen Verhältnis jenen Teil der Nachbesserungskosten übernimmt, der über seine eigene Wertquote hinausgreift (vgl. GAUCH, a.a.O., Rz. 1496a; KRAUSKOPF, Erwerb, a.a.O., S. 128 [bezüglich des Erfüllungsanspruchs], 133 ff. [betreffend den Nachbesserungsanspruch]; SCHWERY, a.a.O., S. 154 Ziff. 3 lit. b; SCHMID MEYER, a.a.O., Kapitel 7 N. 205, 211).
3.5. Soweit in <ref-ruling> erwähnt wird, der vertragliche Nachbesserungsanspruch eines Stockwerkeigentümers gegenüber dem Unternehmer bestehe nur im Umfang der Wertquote des Bestellers, wenn er sich auf Mängel an gemeinsamen Bauteilen bezieht, kann daran nicht festgehalten werden. Der Unternehmer, der vertraglich die Erstellung einer Stockwerkeinheit übernimmt, ist dem Besteller gegenüber zur Ablieferung des mängelfreien Werkes auch in Bezug auf Bauteile verpflichtet, die anderen Miteigentümern ebenfalls zur Nutzung zustehen. Der Nachbesserungsanspruch ist unteilbar und jeder einzelne Stockwerkeigentümer kann seine vertraglichen Nachbesserungsansprüche gegenüber dem Unternehmer auch dann ungeteilt ausüben, wenn diese Ansprüche gemeinsame Bauteile eines in Stockwerkeigentum aufgeteilten Werkes betreffen. Damit sollen freilich die Schwierigkeiten nicht verkannt werden, die sich daraus ergeben können, dass die vertraglichen Gewährleistungsansprüche der einzelnen Stockwerkeigentümer nicht identisch sein müssen. Denn der Mangel, dessen Behebung der Besteller beanspruchen kann, definiert sich als Abweichung vom Vertrag (<ref-ruling> E. 5a/aa S. 244). Inhaltlich werden zwar die Verträge des Unternehmers mit den einzelnen Erwerbern von Stockwerkeinheiten praktisch regelmässig gleich lauten - dies muss aber nicht zwingend der Fall sein. Es kann sich dann unter Umständen die Frage stellen, ob ein einzelner Erwerber einer Stockwerkeinheit im Verhältnis zu seinen Miteigentümern seinen vertraglichen Anspruch auf Nachbesserung durchsetzen darf, wenn die Abweichung vom Vertrag einen gemeinsamen Bauteil betrifft. Insofern dürfte eine Koordination zwischen der Durchsetzung des werkvertraglichen Nachbesserungsanspruchs einzelner Erwerber von Stockwerkeigentum und den Regeln über die Beschlussfassung der Stockwerkeigentümergemeinschaft erforderlich sein (vgl. <ref-ruling> E. 3.2 S. 360).
3.6. Im vorliegenden Fall hat nach den verbindlichen Feststellungen im angefochtenen Entscheid die Stockwerkeigentümerversammlung am 25. März 2015 gültig beschlossen, die Verwaltung solle die Mängelrechte gegenüber der Beschwerdeführerin geltend machen. Die Stockwerkeigentümergemeinschaft hat sodann den entsprechenden Nachbesserungsanspruch unbestritten durch Zession erworben, hat ihr doch mehr als ein Stockwerkeigentümer die vertraglichen Nachbesserungsansprüche gegenüber der Beschwerdeführerin abgetreten, auf die sie sich beruft. Die Beschwerdegegnerin ist entsprechend aktivlegitimert, den ungeteilten Nachbesserungsanspruch gegenüber der Beschwerdeführerin durchzusetzen. Angesichts des Beschlusses der Stockwerkeigentümer, die zur Mängelbehebung erforderlichen baulichen Massnahmen gegenüber der Beschwerdeführerin durchzusetzen, stellen sich im vorliegenden Fall keine Koordinationsfragen betreffend das Verhältnis unter den Stockwerkeigentümern. Die Vorinstanz hat der Beschwerdegegnerin zu Recht den ganzen für die Mängelbehebung benötigten Betrag als Vorschuss zugesprochen. Die Rüge der Beschwerdeführerin ist, soweit sie die formellen Anforderungen erfüllt, abzuweisen.
4.
Die Beschwerde ist im geringen Umfang, in dem darauf eingetreten werden kann, unbegründet. Bei diesem Verfahrensausgang wird die Beschwerdeführerin kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 Abs. 1 und Art. 68 Abs. 1 und 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.
Die Gerichtsgebühr von Fr. 8'500.-- wird der Beschwerdeführerin auferlegt.
3.
Die Beschwerdeführerin hat die Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 9'500.-- zu entschädigen.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Kantonsgericht Luzern, 1. Abteilung, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 18. September 2018
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Kiss
Der Gerichtsschreiber: Hug