Faits :
A.
A.a. Les 3 et 7 décembre 2010, en vue de l'acquisition d'un appartement dans un immeuble à Genève (pour lequel il bénéficiait d'un droit d'emption jusqu'au 28 février 2013) et d'une arcade au rez-de-chaussée du même immeuble, tous deux constitués en parts de propriété par étages, A._, qui travaillait au B._ AG comme gestionnaire de fortune, a conclu avec cette banque deux contrats intitulés " contrat-cadre pour crédit hypothécaire ".
A.a.a. Le premier de ces contrats-cadre portait sur un prêt de 220'000 fr. destiné à l'achat de l'arcade. Les fonds ont été libérés par la banque et l'emprunteur a acheté l'arcade par acte notarié du 18 octobre 2010.
A.a.b. Le second de ces contrats, portant sur un prêt de 1'000'000 fr. et destiné à l'acquisition de l'appartement, ne faisait que réserver le capital pour un terme prédéfini (i.e. pour une durée déterminée).
Une de ses clauses prévoit une pénalité en cas de résiliation anticipée du crédit " après la période préliminaire ", c'est-à-dire après libération des fonds par la banque. Un courrier de la banque du 12 avril 2011, sans signature, prévoit une indemnité pour résiliation anticipée durant la période préliminaire, soit avant libération des fonds, qui se calcule de manière analogue à celle exigée en cas de résiliation anticipée après libération des fonds.
A la suite de difficultés survenues entre les parties, notamment au sujet de l'augmentation du crédit à 1'135'000 fr. nécessaire pour l'achat de l'appartement, sollicitée par le client et refusée par la banque, les fonds de ce second prêt n'ont jamais été débloqués par la banque.
Le client a finalement acheté l'appartement le 1er mars 2013 au moyen d'un financement obtenu d'une autre banque.
A.b. L'emprunteur a effectivement remis à la banque en garantie fiduciaire de toutes ses dettes à l'égard de celle-ci une cédule hypothécaire au porteur de 300'000 fr. grevant l'arcade, qui a été augmentée par la suite à 400'000 fr. La cédule prévue de 1'200'000 fr. grevant l'appartement n'a jamais été acquise par la banque.
Dans les conditions du premier contrat-cadre, identiques à celles du second contrat-cadre, étaient prévues les clauses suivantes:
Sous le titre " Garantie de gage (s) immobilier (s), la banque a ou acquiert la propriété de la cédule hypothécaire au porteur grevant l'arcade.
Sous le titre " Étendue de la garantie ", le titre hypothécaire dont la propriété a été transférée à la banque sert de sûreté à la banque pour toutes ses créances à l'égard de l'emprunteur résultant de contrats existants ou futurs conclus dans le cadre de ses relations d'affaires avec l'emprunteur, y compris tous les frais et coûts judiciaires ou extrajudiciaires y relatifs.
Sous le titre de " Restitution des titres hypothécaires ", il est stipulé que la banque s'engage à rétrocéder la propriété du titre hypothécaire au donneur de garantie dès qu'elle n'a plus aucune créance contre l'emprunteur.
A.c. Le 21 mars 2013, la banque a refusé de restituer la cédule hypothécaire de 400'000 fr. grevant l'arcade, quand bien même le prêt de 220'000 fr. relatif à l'arcade serait remboursé, déclarant conserver la cédule afin de garantir la pénalité, respectivement le report du crédit de 1'000'000 fr. découlant du second contrat-cadre portant sur l'appartement qui n'étaient pas réglés. Le client a contesté la rétention de la cédule hypothécaire grevant l'arcade, reprochant à la banque de lier à tort les deux contrats-cadre de crédit.
A.d. Dans l'intervalle, le 28 février 2013, le client avait obtenu un financement de 340'000 fr. de C._ moyennant remise de la cédule hypothécaire de 400'000 fr. grevant l'arcade, contrat qui n'a pas été exécuté, la banque ayant refusé de délivrer la cédule hypothécaire à C._. Celle-ci a donc invité le client à lui payer une pénalité de 23'159 fr. 50.
A.e. Le 30 avril 2013, la banque a dénoncé au remboursement avec effet immédiat l'entier des relations contractuelles et mis en demeure le client de lui rembourser le prêt de 220'000 fr. avec intérêts, sur la base du premier contrat, et la pénalité de résiliation anticipée fondée sur le second contrat du montant de 318'315 fr. 90, respectivement, à défaut de paiement de cette pénalité, le montant de 498'790 fr. 45.
A.f. Le 2 juillet 2013, la banque a formé une réquisition de poursuite ordinaire en paiement du montant de la pénalité de 498'790 fr. 45 avec intérêts à 5% l'an dès le 21 juin 2013. La mainlevée provisoire formée par le client au commandement de payer a été refusée par le Tribunal de première instance de Genève par jugement du 23 septembre 2014.
A.g. Le 16 janvier 2014, la banque a aussi requis la poursuite en réalisation de gage immobilier de la créance abstraite incorporée dans la cédule hypothécaire de 400'000 fr. à concurrence du montant de 220'000 fr. avec intérêts à 5% l'an dès le 11 janvier 2014. La mainlevée provisoire de l'opposition au commandement de payer formée par le client a été prononcée par le Tribunal de première instance de Genève par jugement du 18 juillet 2014, confirmé par arrêt du 7 novembre 2014, les intérêts à 5% n'étant dus qu'à compter du 11 janvier 2014.
B.
B.a. Par demande du 13 août 2014, le client débiteur a ouvert action en libération de dette, concluant principalement qu'il ne doit aucun montant à la banque sans remise préalable ou simultanée de la cédule hypothécaire au porteur de 400'000 fr. Subsidiairement, il s'engage à payer le montant de 196'840 fr. 50 contre remise préalable ou simultanée de cette cédule; il fait ainsi valoir en compensation la pénalité qu'il doit payer à C._ à la suite du refus de la banque de lui restituer la cédule (220'000 fr. - 23'159 fr. 50), remise nécessaire à la reprise du crédit par cette nouvelle banque.
La banque a conclu au rejet de la demande et, à titre reconventionnel, elle a conclu à la condamnation du demandeur à lui payer le montant de 498'790 fr. 45 avec intérêts à 5% l'an dès le 21 juin 2013, correspondant à la pénalité pour résiliation anticipée du second contrat de prêt durant la période préliminaire. Le demandeur a conclu au rejet de la demande reconventionnelle.
B.b. Par jugement du 15 novembre 2018, le Tribunal de première instance a rejeté l'action principale en libération de dette du client.
Il a aussi rejeté la demande reconventionnelle de la banque: il a jugé que la clause de pénalité prévue en cas de résiliation anticipée du second prêt pendant la période préliminaire, ajoutée par le courrier de la banque du 12 avril 2011 et calculée de la même manière que celle prévue par le contrat-cadre pour le cas de résiliation anticipée après la période préliminaire, c'est-à-dire après la libération des fonds, était nouvelle, n'avait pas été discutée, ni évoquée précédemment par les parties et que ce courrier n'était signé ni par la banque, ni par le client, de sorte qu'il ne valait pas accord pour la pénalité exigée. Ce courrier ne pouvait être qualifié que d'offre, qui n'a pas été suivie d'une acceptation; la banque ne pouvait inférer du silence de son client qu'il acceptait la modification du contrat-cadre. Le client ne l'a pas non plus acceptée par son comportement ultérieur. Quant à la clause de pénalité prévue en cas de résiliation anticipée après libération des fonds, prévue par le contrat-cadre (intitulée décompte en cas de résiliation anticipée de crédits à durée fixe), elle ne fondait pas le droit à une pénalité, la banque n'ayant jamais débloqué les fonds de 1'000'000 fr. prévus. Ce jugement partiel sur la demande reconventionnelle est définitif et exécutoire.
B.c. Statuant sur l'appel du débiteur le 26 septembre 2019, la Chambre civile de la Cour de justice du canton de Genève a, sur le fond, confirmé le jugement entrepris. Elle a seulement ajouté une condamnation de la banque à payer des dépens au demandeur pour la procédure de première instance.
En substance, la cour cantonale a considéré que le premier contrat-cadre relatif au prêt de 220'000 fr. a transféré la cédule hypothécaire au porteur de 400'000 fr. à la banque en garantie de toutes ses créances à l'égard de l'emprunteur résultant de leurs relations d'affaires, que cette cédule a été remise en garantie fiduciaire et que la créance cédulaire s'est ainsi juxtaposée à la créance de base, ce qui n'était pas contesté par les parties. Examinant ensuite l'<ref-law>, elle a considéré que cette disposition ne s'appliquait pas en cas de transfert de la cédule en garantie fiduciaire, et que la question de la restitution de la cédule devait être réglée sur la base de la convention de sûreté, à savoir le premier contrat-cadre.
Sur la base de la clause " étendue de la garantie " et de la clause de " restitution des titres hypothécaires ", la cour cantonale a considéré que la cédule servait de garantie pour toutes les créances de la banque résultant des contrats existants et futurs et que la banque s'était engagée à restituer la cédule dès qu'elle n'aurait plus aucune créance contre l'emprunteur. Autrement dit, le débiteur acceptait que la banque conserve la cédule afin de garantir non seulement le remboursement des prêts, mais également le paiement des autres créances découlant de ses relations d'affaires avec lui, telles que la pénalité pour résiliation anticipée, ce qui n'est pas contesté par le débiteur.
Même si le contrat-cadre ne le précisait pas, la cour cantonale a admis, avec la doctrine récente, que la cédule devait être restituée trait pour trait ( Zug um Zug) lors du remboursement du crédit par le débiteur.
Même si le contrat-cadre ne le précisait pas, le débiteur devait comprendre de bonne foi que la banque pouvait conserver la cédule en garantie d'une créance (de pénalité) contestée, jusqu'à droit jugé sur celle-ci, autrement dit que la garantie ne prenait fin que lorsqu'il serait constaté judiciairement que cette créance contestée n'existait pas.
Comme le remboursement du prêt de 220'000 fr. était dû le 10 janvier 2014, à un moment où la pénalité de 318'315 fr. 90 fondée sur la résiliation anticipée du second contrat-cadre relatif à l'appartement n'avait pas encore été tranchée judiciairement, la banque pouvait invoquer le (premier) contrat-cadre pour conserver la cédule jusqu'à jugement sur celle-ci. Ce n'est qu'après que le Tribunal de première instance a constaté que la pénalité n'était pas due et que la banque ne pouvait plus conserver la cédule. Selon la cour cantonale, le prononcé du jugement du 15 novembre 2018 n'aurait aucun effet rétroactif et la banque n'aurait donc pas conservé la cédule en violation de ses obligations contractuelles après le 10 janvier 2014 et jusqu'au prononcé de ce jugement.
C.
Contre cet arrêt qui lui a été notifié le 10 octobre 2019, le client a interjeté un recours en matière civile au Tribunal fédéral le 8 novembre 2019, concluant à sa réforme en ce sens que son action en libération de dette est admise et que, principalement, en substance, il ne doit aucun montant à la banque sans remise préalable ou simultanée de la cédule hypothécaire au porteur grevant l'arcade; subsidiairement, il conclut qu'il lui soit donné acte de son engagement de s'acquitter envers la banque du montant de 196'840 fr. 50, moyennant remise préalable ou simultanée de cette cédule; dans les deux cas, il conclut à ce que son opposition au commandement de payer soit maintenue. Plus subsidiairement, il conclut à l'annulation de l'arrêt attaqué et au renvoi de la cause à la cour cantonale pour nouvelle décision dans le sens des considérants. Il se plaint de constatation et d'appréciation arbitraires des faits et invoque la violation des art. 8 et 853 CC, des art. 18, 82, 97 ss, 120 CO, de l'<ref-law> et de l'<ref-law>.
La banque intimée conclut à l'irrecevabilité du recours, faute de motivation suffisante de celui-ci, et subsidiairement à son rejet.
Les parties ont encore déposé chacune des observations.
La requête d'effet suspensif a été rejetée par ordonnance présidentielle du 6 janvier 2020.

Considérant en droit :
1.
1.1. Interjeté en temps utile (<ref-law>) par le demandeur qui a succombé dans ses conclusions (<ref-law>), contre un arrêt rendu sur appel par le tribunal supérieur du canton de Genève (<ref-law>), dans une affaire civile (<ref-law>), dont la valeur litigieuse dépasse largement le montant de 30'000 fr. (<ref-law>), le présent recours en matière civile est recevable au regard de ces dispositions.
1.2. Les conclusions principales du recourant sont recevables au regard de l'<ref-law>. Les conclusions de l'action en libération de dette (<ref-law>) sont par nature des conclusions en constatation de droit négative (<ref-ruling> consid. 5.3.1; <ref-ruling> consid. 3a) et le recourant les a correctement soumises à la condition négative de la non-remise préalable ou simultanée de la cédule hypothécaire par la banque. Autrement dit, si la banque ne lui remet pas la cédule hypothécaire simultanément, le débiteur ne doit pas payer le montant pour lequel la mainlevée a été accordée.
Il en va de même pour les conclusions prises dans le même sens en instance cantonale, contrairement à ce qu'a jugé la cour cantonale.
En l'état, il n'y a pas lieu d'examiner les conclusions subsidiaires.
1.3. La partie intimée conclut à l'irrecevabilité du recours au motif que le recourant n'expliquerait pas de manière précise en quoi la Cour de justice aurait mal appliqué le droit.
1.3.1. Saisi d'un recours en matière civile, le Tribunal fédéral applique le droit d'office (<ref-law>). Cela ne signifie pas que le Tribunal fédéral examine, comme le ferait un juge de première instance, toutes les questions juridiques qui pourraient se poser. Compte tenu de l'obligation de motiver imposée par l'<ref-law>, il ne traite que les questions qui sont soulevées devant lui par les parties, à moins que la violation du droit ne soit manifeste (<ref-ruling> consid. 2 p. 116; arrêts 4A_508/2016 du 16 juin 2017 consid. 2.2, non publié aux <ref-ruling>). Les parties peuvent toujours soulever de nouveaux moyens de droit matériel, pour autant que l'argumentation juridique nouvelle repose sur les constatations de fait de l'arrêt attaqué, et non sur des faits nouveaux (arrêts 4A_28/2007 du 30 mai 2007 consid. 1.3 non publié in <ref-ruling>; 4A_188/2007 du 13 septembre 2007 consid. 4.3.5; 4A_223/2007 du 30 août 2007 consid. 3.2).
Pour satisfaire à son obligation de motiver, le recourant doit discuter les motifs de la décision entreprise et indiquer précisément en quoi il estime que l'autorité précédente a méconnu le droit. Il n'est pas indispensable qu'il indique expressément les dispositions légales - le numéro des articles de loi - ou qu'il désigne expressément les principes non écrits de droit qui auraient été violés; il suffit qu'à la lecture de son exposé, on comprenne clairement quelles règles de droit auraient été, selon lui, transgressées par l'autorité cantonale (<ref-ruling> consid. 2 p. 89 et les arrêts cités). Les mêmes exigences de motivation pèsent sur l'intimé, qui doit reprendre les motifs qu'il avait invoqués précédemment et qui ont été écartés, pour le cas où les motifs retenus par l'autorité précédente ne devraient pas être suivis par le Tribunal fédéral (<ref-ruling> consid. 2 et les arrêts cités; arrêt 4A_249/2017 du 8 décembre 2017 consid. 2.2).
Toutefois, même lorsqu'une question est discutée par les parties, le Tribunal fédéral n'est pas lié par l'argumentation juridique développée par celles-ci ou par l'autorité précédente; il peut admettre le recours, comme il peut le rejeter en procédant à une substitution de motifs (<ref-ruling> consid. 2; <ref-ruling> consid. 1.4; <ref-ruling> consid. 1.1 p. 104; <ref-ruling> consid. 2.2).
1.3.2. Contrairement à ce que soutient la banque intimée, le recourant discute le droit de la banque de refuser la restitution de la cédule hypothécaire au porteur et critique l'interprétation selon la bonne foi donnée par la cour cantonale à la clause de restitution, invoquant l'adage in dubio contra stipulatorem. Il conteste que la banque puisse exercer " son droit de rétention " sur la cédule pour une créance contestée (i.e. la pénalité), qui plus est jusqu'à droit jugé sur cette créance, sans effet rétroactif, alors qu'elle s'est révélée non valable; " cela reviendrait à lui accorder un blanc-seing total s'agissant de la remise de la cédule ". Selon lui, c'est à la banque de supporter le risque que sa créance soit jugée inexistante et de devoir le dédommager non seulement du paiement des intérêts à 5% sur la créance de 220'000 fr., mais aussi de la pénalité de 23'159 fr. 50 que lui a infligée C._ pour non-exécution du contrat de prêt passé avec elle.
Le fait que le recourant se trompe dans l'indication des dispositions légales violées est sans incidence pour la recevabilité de son recours pour violation du droit (<ref-law>). De plus, le Tribunal fédéral applique d'office le droit (<ref-law>), sans être lié par les motifs invoqués par le recourant.
2.
Il est admis qu'en vertu du premier contrat-cadre, la cédule hypothécaire au porteur litigieuse de 400'000 fr. a été remise à la banque en garantie fiduciaire de toutes ses créances à l'égard du client (<ref-ruling> consid. 5.1.1). Bien que constituée sous l'ancien droit, elle est toujours valable et l'étendue des droits qu'elle confère est régie par le nouveau droit entré en vigueur le 1er janvier 2012, sous réserve des droits acquis (ibidem; cf. PAUL-HENRI STEINAUER, La cédule hypothécaire, Les obligations foncières, 2016, respectivement en allemand, Zürcher Kommentar, Der Schuldbrief, Die Anleihensobligationen mit Grundpfandrecht, 2e éd. 2015, nos 25 ss ad Remarques liminaires).
2.1.
2.1.1. Pour conférer à un créancier des droits sur une cédule hypothécaire au porteur sur papier, il faut d'abord soit en constituer une, soit disposer d'une cédule déjà existante (STEINAUER, op. cit., no 171 avec renvoi aux nos 66 ss ad <ref-law>). La cédule hypothécaire est une créance personnelle garantie par un gage immobilier (<ref-law>); elle est un papier-valeur (<ref-law>) qui incorpore à la fois la créance et le droit de gage immobilier, qui en est l'accessoire (<ref-ruling> consid. 5.1).
Lorsque la cédule hypothécaire au porteur ne doit être acquise par le créancier qu'à des fins de garantie d'une créance de base, autrement dit être utilisée uniquement en garantie fiduciaire, il faut procéder à un transfert fiduciaire de la cédule ( Sicherungsübereignung ou fiduziarische Übertragung des Schuldbriefs). Ce transfert nécessite un titre d'acquisition ( Erwerbsgrund), à savoir la conclusion d'une convention de sûreté ( Sicherungsabrede, accordo di garanzia), qui doit être suivi d'un acte de disposition ( Verfügungsgeschäft) de l'aliénateur et d'un acte matériel qu'est le transfert de la possession de la cédule sur papier à l'acquéreur (<ref-law>; STEINAUER, op. cit., no 171 ad <ref-law> et no 6 ad <ref-law>; SCHMID/HÜRLIMANN-KAUP, Sachenrecht, 5e éd. 2017, n. 1844a). Le but de cette construction juridique est de transférer au créancier la propriété de la cédule, mais celui-ci s'engage à n'en faire usage que dans la mesure nécessaire pour obtenir le paiement de sa créance de base (STEINAUER, op. cit., no 169 ad <ref-law>).
2.1.2. La convention de sûreté ( Sicherungsabrede) est un contrat de fiducie (ou contrat fiduciaire ou convention de fiducie; fiduziarische Abrede; Treuhandvereinbarung; STEINAUER, op. cit., no 40 ad Remarques liminaires et no 173 ad <ref-law>; SCHMID/HÜRLIMANN-KAUP, op. cit., n. 1844b et 1844g). Par définition, un contrat fiduciaire est un contrat par lequel une partie (le fiduciant) rend l'autre (le fiduciaire) titulaire sans réserve d'un droit à l'égard des tiers, tandis qu'envers elle (le fiduciant), le fiduciaire est conventionnellement tenu de ne pas exercer le droit cédé, de ne l'exercer que partiellement ou encore de le lui rétrocéder à certaines conditions (ATF 71 II 99 consid. 2; arrêt 5A_260/2013 du 9 septembre 2013 consid. 3.3.2.1; cf. également TERCIER/PICHONNAZ, Le droit des obligations, 6e éd. 2019, n. 963 ss; GAUCH/SCHLUEP/SCHMID/EMMENEGGER, Schweizerisches Obligationenrecht Allgemeiner Teil, tome I, 10e éd. 2014, n. 1024 ss). Le contrat fiduciaire se compose donc nécessairement de deux actes juridiques, à savoir: d'une part le transfert sans réserve du droit, qui apparaît seul vis-à-vis des tiers, et d'autre part la restriction apportée aux droits du fiduciaire dans le rapport entre les parties contractantes (ATF 71 II 99 consid. 2; <ref-ruling> consid. 4c; arrêt 5A_260/2013 précité consid. 3.3.2.1).
Cette convention de sûreté (titre d'acquisition) est un contrat générateur d'obligations (STEINAUER, op. cit., no 176 ad <ref-law>). Elle précise que la cédule n'est remise qu'aux fins de garantie de la créance de base: essentiellement, le titulaire de la cédule (fiduciaire) devient créancier cédulaire et propriétaire du titre qu'est la cédule sur papier, mais il s'engage à l'égard de l'aliénateur (fiduciant) à n'utiliser la cédule que dans la mesure nécessaire pour obtenir le paiement de sa créance de base (cf. <ref-ruling> consid. 2b; cf. SCHMID/HÜRLIMANN-KAUP, op. cit., n. 1844g).
La convention de sûreté doit indiquer la ou les cédules hypothécaires au porteur qui doivent être remises au fiduciaire, la ou les créances de base garanties par celle (s) -ci et les engagements personnels pris par le fiduciaire quant à l'utilisation de la cédule (STEINAUER, op. cit., nos 184 ss ad <ref-law>). Si la loi ne la soumet à aucune forme (STEINAUER, op. cit., no 181 ad <ref-law>), cette convention est généralement conclue en la forme écrite (STEINAUER, op. cit., nos 181 s. ad <ref-law>). Elle peut revêtir la forme d'un contrat pré-rédigé, mais peut aussi figurer dans les règles générales régissant l'ensemble des relations juridiques entre le créancier et l'emprunteur; dans les deux cas, les clauses contractuelles ont le caractère de conditions générales (STEINAUER, op. cit., no 182 ad <ref-law>).
En ce qui concerne la ou les créances garanties par la cédule acquise à titre fiduciaire, elles doivent être déterminées ou au moins déterminables (STEINAUER, op. cit., no 187 ad <ref-law>). Lorsque, comme c'est souvent le cas dans les contrats préétablis par les banques, les créances de base garanties ne sont pas déterminées individuellement, mais de manière générique; il faut néanmoins qu'elles soient suffisamment déterminables au moment de la conclusion du contrat et respectent les limites découlant des <ref-law>, 19 al. 2 CO et 2 CC (STEINAUER, op. cit., no 187 ad <ref-law>; à propos des créances futures éventuelles, cf. l'<ref-ruling> consid. 2.2.2).
2.1.3. L'acte de disposition et l'acte matériel se confondent dans la remise de la cédule hypothécaire au porteur sur papier, c'est-à-dire du papier-valeur, au créancier (<ref-law>; SCHMID/HÜRLIMANN-KAUP, n. 1844e).
2.2.
2.2.1. Comme le précise désormais l'<ref-law>, qui présume que la cédule est remise à titre de garantie fiduciaire (sauf convention contraire), la créance résultant de la cédule hypothécaire coexiste avec la créance à garantir issue du rapport de base entre le créancier et le débiteur.
Par le transfert aux fins de garantie ( durch die Sicherungsübereignung), le créancier acquiert non pas seulement un droit de gage sur la cédule, mais la pleine propriété du titre qu'est la cédule. Il en est pleinement titulaire: il a donc le droit de faire valoir la créance cédulaire par une poursuite en réalisation de gage immobilier (<ref-ruling> consid. 5.1.2 et 5.1.4 à 5.1.6).
Toutefois, conformément à la convention de sûreté, il s'engage (par une obligation de nature personnelle) à ne faire usage de ses droits sur la cédule que dans la mesure nécessaire pour obtenir l'exécution de la créance de base qui coexiste. Dans la mesure où le montant de celle-ci est supérieur à celui de la créance cédulaire avec intérêts, cet excédent doit faire l'objet d'une poursuite ordinaire (<ref-ruling> consid. 5.1.2 in fine).
2.2.2. Conformément à la clause d' "Étendue de la garantie " de la convention de sûreté (rapport de fiducie), la cédule hypothécaire au porteur sert de sûreté à la banque pour toutes ses créances à l'égard de l'emprunteur. Chaque créance de base est garantie individuellement, à titre fiduciaire, par la cédule.
Conformément à l'<ref-law>, qui s'applique à l'utilisation de la cédule en garantie fiduciaire (STEINAUER, op. cit., no 287 ad <ref-law>), le débiteur est libre de faire valoir à l'encontre de la créance cédulaire les exceptions personnelles issues du rapport de base à l'égard du créancier et de ses successeurs, s'ils ne sont pas de bonne foi. Autrement dit, au (premier) créancier qui requiert l'exécution de la créance cédulaire (en principe après poursuite en réalisation de gage immobilier), le débiteur peut opposer les exceptions personnelles qu'il peut déduire du rapport de base. C'est parce que le transfert de la cédule à titre fiduciaire permet de " remonter " au rapport de base que les exceptions découlant de celui-ci peuvent être opposées au (premier) créancier. Il en va de même des exceptions découlant de la convention de sûreté, soit du rapport de fiducie (STEINAUER, op. cit., nos 286 et 313 ad <ref-law>). Le débiteur peut donc opposer que le contrat de base, respectivement que la créance qui en est déduite, n'est pas valable (STEINAUER, op. cit., nos 54 et 319 ad <ref-law>).
Lorsque la créance de base s'est éteinte par le paiement ou d'une autre manière, le débiteur peut opposer cette exception personnelle déduite du rapport de base, avec effet au jour de l'extinction. De même, lorsque la créance de base se révèle inexistante ab ovo, faute de contrat de base valablement conclu entre les parties, le débiteur peut faire valoir que la cédule remise à titre fiduciaire n'a jamais garanti cette créance (en matière de droit de gage mobilier sur une cédule, cf. l'<ref-law> et l'<ref-law>; cf. PIOTET, in Commentaire romand, Code des obligations, vol. I, no 13 ad <ref-law>).
2.3. Il existe ainsi trois rapports entre les parties : (1) le rapport de base, (2) le rapport de fiducie et (3) la cédule hypothécaire elle-même. Lorsque survient un litige, il faut donc déterminer auquel de ces rapports la ou les questions litigieuses se rapportent (STEINAUER, op. cit., no 40 ad Remarques liminaires).
3.
En l'espèce, l'action intentée par le demandeur est une action en libération de dette, qui fait suite à la poursuite en réalisation de gage immobilier de la créance abstraite incorporée dans la cédule hypothécaire au porteur de 400'000 fr. remise à la banque à titre de garantie fiduciaire pour toutes les créances résultant de contrats existants ou futurs avec l'emprunteur. Il faut donc examiner si les créances de base que sont le prêt de 220'000 fr. avec intérêts découlant du premier contrat-cadre et la pénalité invoquée sur la base du second contrat-cadre existent et sont garanties fiduciairement par cette cédule.
3.1. En ce qui concerne le rapport de base, le prêt de 220'000 fr. avec intérêts n'est pas contesté.
Quant à la pénalité, il est établi définitivement, par jugement de première instance du 15 novembre 2018 (non remis en cause en appel), qu'elle n'était pas due, faute d'accord des parties sur le courrier de la banque du 12 avril 2011 qui voulait introduire une pénalité de résiliation anticipée également pour la période préliminaire, c'est-à-dire avant la libération des fonds par la banque.
3.2.
3.2.1. Il n'est pas contesté par les parties qu'en tant que la cédule garantit le prêt de 220'000 fr. avec intérêts, le débiteur a droit à la restitution de la cédule donnant donnant (ou trait pour trait; Zug um Zug) lors du remboursement du prêt, comme l'a retenu la cour cantonale. Ces obligations réciproques des parties découlent directement du rapport de fiducie, soit des clauses de garantie et de restitution du premier contrat-cadre, et non de l'<ref-law> qui n'a qu'un caractère dispositif.
3.2.2. En tant que la banque invoque que la cédule garantit sa créance de pénalité découlant du second contrat-cadre, plus précisément de son complément résultant de son courrier du 12 avril 2011, force est de constater qu'il a été définitivement jugé par le Tribunal de première instance que cette pénalité n'a jamais existé, faute d'obligation contractuelle découlant d'un accord entre les parties à ce sujet.
3.2.3. Par conséquent, dès lors que le débiteur a conclu ne pas devoir payer sans remise simultanée de la cédule hypothécaire au porteur par la banque, autrement dit qu'il a admis devoir rembourser le prêt de 220'000 fr. contre remise simultanée de la cédule (et qu'il s'agit, matériellement, d'une conclusion tendant à la condamnation donnant donnant) et puisque la banque n'a jamais obtenu aucune garantie fiduciaire (rapport de fiducie) pour sa prétendue créance de pénalité, elle ne pouvait refuser de restituer la cédule précisément au motif que celle-ci garantissait encore cette pénalité jusqu'à droit jugé.
C'est à tort que la cour cantonale considère que la pénalité est garantie fiduciairement par la cédule, même si elle est contestée, et ce jusqu'à droit jugé, en d'autres termes que la garantie ne prend fin qu'avec la constatation judiciaire de l'inexistence de cette pénalité. C'est donc également à tort que la cour cantonale en a déduit que la restitution de la cédule n'était due qu'à l'entrée en force du jugement de première instance du 18 novembre 2018. L'obligation de restituer la cédule est une conséquence de l'inexistence de la pénalité invoquée par la banque et aucune dérogation conventionnelle à cette règle ne peut être déduite de l'interprétation selon la bonne foi de la clause de restitution. Au lieu d'une violation des <ref-law> et 18 CO, telle qu'invoquée par le recourant, c'est pour violation de l'<ref-law> que le recours doit être admis.
4.
La cour cantonale ne s'étant pas prononcée sur les dommages occasionnés au client par le refus de la banque de lui restituer la cédule hypothécaire au porteur (les intérêts sur le prêt de 220'000 fr. et la pénalité de 23'159 fr. 50 exigée par C._), l'arrêt attaqué sera annulé et la cause renvoyée à la cour cantonale pour nouvelle décision dans le sens des considérants.
5.
Au vu de ce qui précède, le recours doit être admis, l'arrêt attaqué annulé et la cause renvoyée à la cour cantonale pour nouvelle décision dans le sens des considérants. Les frais judiciaires et les dépens de la procédure fédérale sont mis à la charge de la banque intimée qui succombe (art. 66 al. 1, 68 al. 1et 2 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est admis, l'arrêt attaqué est annulé et la cause est renvoyée à la cour cantonale pour nouvelle décision dans le sens des considérants.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 6'000 fr., sont mis à la charge de l'intimée.
3.
L'intimée versera au recourant une indemnité de 7'000 fr. à titre de dépens.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour de justice du canton de Genève Chambre civile.
Lausanne, le 12 mai 2020
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente : Kiss
Le Greffier : Piaget