Faits :
A.
Par décision du 8 novembre 2012, contestée sans succès jusqu'au Tribunal fédéral (cf. arrêt 1C_135/2014 du 9 juillet 2014), le Conseil municipal de Sion a sommé A._ de se conformer aux ordres de remise en état des 21 avril et 23 juin 2005 concernant le bâtiment sis sur la parcelle de base n o 163 du cadastre de Sion. Il s'agissait en substance de rétablir dans leur aspect d'origine quatre lucarnes en toiture et de procéder à la fermeture de la terrasse-baignoire.
Le 1 er octobre 2015, le Conseil municipal de Sion a ordonné l'exécution par substitution de la décision de remise en état des lieux. En résumé, selon le dispositif de cette décision, les travaux sont confiés à l'entreprise B._ SA; les frais de remise en état sont mis à la charge de A._, lesquels, ainsi que d'éventuels intérêts de retard, seront garantis par une hypothèque légale grevant la propriété du prénommé. Il est encore donné mandat à la police municipale de prêter son concours à l'exécution par substitution. Enfin, ordre est donné à A._, sous la menace des peines prévues par l'art. 292 du Code pénal suisse du 21 décembre 1937 (CP; RS 311.0), de se conformer à la décision et de prêter son concours à son exécution.
B.
Le 12 novembre 2015, A._ a formé recours contre la décision du 1 er octobre 2015 au Conseil d'Etat du Valais, qui l'a rejeté par décision du 20 décembre 2017.
Le 1 er février 2018, A._ a porté la cause devant la Cour de droit public du Tribunal cantonal du Valais. Dans ce cadre, il faisait en particulier valoir que les aménagements litigieux étaient des parties communes de l'immeuble et que, faute de décision municipale dirigée contre la communauté des propriétaires d'étages, l'exécution par substitution devait être annulée; de même, son immeuble ne pouvait-il pas être grevé par une hypothèque légale.
Par arrêt du 9 novembre 2018, le Tribunal cantonal a rejeté le recours. Il a en substance rappelé qu'un ordre de remise en état ne pouvait plus être contesté à l'occasion d'un recours contre la décision d'exécution. Le choix d'avoir dirigé l'ordre de remise en état contre le perturbateur par comportement, à savoir A._, plutôt qu'à l'encontre du perturbateur par situation, ne pouvait dès lors plus être contesté.
C.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public, A._ demande principalement au Tribunal fédéral d'annuler l'arrêt attaqué et les décisions rendues par le conseil communal, le 1 er octobre 2015, et le Conseil d'Etat, le 20 décembre 2017. Subsidiairement, il conclut au renvoi de la cause à l'instance précédente pour nouvelle décision dans le sens des considérants. Le recourant sollicite encore l'octroi de l'effet suspensif.
Le Tribunal cantonal renonce à se déterminer. Le Conseil d'Etat ainsi que la Ville de Sion concluent au rejet du recours. Le recourant a répliqué, confirmant les conclusions de son recours.
Par ordonnance du 17 janvier 2019, le Président de la Ire Cour de droit public a admis la requête d'effet suspensif.

Considérant en droit :
1.
Dirigé contre un arrêt rendu en dernière instance cantonale dans le domaine de la police des constructions, le recours est en principe recevable comme recours en matière de droit public conformément aux <ref-law>, aucune des exceptions prévues à l'<ref-law> n'étant réalisée. Le recourant a pris part à la procédure de recours devant le Tribunal cantonal, il est particulièrement touché par l'arrêt attaqué qui confirme la décision d'exécution par substitution dirigée contre lui. Il bénéficie donc de la qualité pour agir au sens de l'<ref-law>. Les autres conditions de recevabilité du recours en matière de droit public étant remplies, il convient d'entrer en matière.
2.
Le Tribunal fédéral conduit son raisonnement juridique sur la base des faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>). Il ne peut s'en écarter que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte - notion qui correspond à celle d'arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (<ref-ruling> consid. 1.1 p. 503) - ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> (<ref-law>), et pour autant que la correction du vice soit susceptible d'influer sur le sort de la cause (<ref-law>). S'il entend s'écarter des constatations de fait de l'autorité précédente, le recourant doit expliquer de manière circonstanciée en quoi les conditions d'une exception prévue par l'<ref-law> sont réalisées.
En début de mémoire, le recourant présente sa propre version des faits. Une telle argumentation, dans la mesure où elle s'écarte des faits constatés dans l'arrêt attaqué ou les complète, sans qu'il soit indiqué que ceux-ci seraient manifestement inexacts ou arbitraires, est irrecevable, le Tribunal fédéral n'étant pas une instance d'appel (<ref-ruling> consid. 1.3.1 p. 253).
3.
Dans un grief d'ordre formel qu'il convient d'examiner en premier lieu, le recourant se plaint d'une violation de son droit d'être entendu (art. 29 al. 2 Cst.). Selon lui, l'arrêt attaqué serait insuffisamment motivé.
3.1. Tel qu'il est garanti par l'art. 29 al. 2 Cst., le droit d'être entendu comprend notamment le devoir, pour l'autorité, de motiver sa décision, afin que le justiciable puisse la comprendre, la contester utilement s'il y a lieu et exercer son droit de recours à bon escient. Pour répondre à ces exigences, l'autorité doit mentionner, au moins brièvement, les motifs qui l'ont guidée et sur lesquels elle a fondé sa décision, de manière à ce que l'intéressé puisse se rendre compte de la portée de celle-ci et l'attaquer en connaissance de cause (<ref-ruling> consid. 2.2 p. 84; <ref-ruling> consid. 4.1 p. 88 et les références). La motivation peut être implicite et résulter des différents considérants de la décision (arrêts 2C_23/2009 du 25 mai 2009 consid. 3.1, publié in RDAF 2009 II p. 434; 1C_56/2018 du 25 juillet 2018 consid. 3.1). L'autorité ne doit toutefois pas se prononcer sur tous les moyens des parties; elle peut se limiter aux questions décisives (<ref-ruling> consid. 4.2 p. 157 et les arrêts cités).
3.2. A suivre le recourant, l'arrêt attaqué ne permettrait pas de comprendre les motifs pour lesquels la cour cantonale s'est passée du consentement de la PPE, alors que les travaux portent sur des parties communes de l'immeuble (cf. art. 712b al. 2 du Code civil suisse du 10 décembre 1907 [CC; RS 210]). De même, les considérants ne permettraient pas de saisir pourquoi, alors qu'il s'agit de remettre en état des parties communes, le recourant se trouve astreint à collaborer à l'exécution par substitution, sous la menace, de surcroît, des sanctions de l'<ref-law>.
A l'examen du recours, il apparaît cependant que l'argumentation développée par le recourant porte en réalité sur la pertinence de l'appréciation de l'instance précédente et non pas - en tant que tel - sur un prétendu défaut de motivation. Dans ces conditions, eu égard aux exigences de motivation accrues du recours fédéral, ancrées - s'agissant des griefs d'ordre constitutionnel - à l'<ref-law> (cf. arrêt 1C_212/2018 du 24 avril 2019, destiné à publication, consid. 1.2), la recevabilité des critiques du recourant est douteuse. Quoi qu'il en soit, à la lecture des considérants, on comprend que l'instance précédente a estimé que la question du choix du destinataire de l'ordre de remise en état ne pouvait plus être discutée, à l'occasion d'un recours contre de la décision d'exécution. Dans ce contexte, elle a également considéré que l'absence de consentement de la PPE ne constituait pas une irrégularité permettant de revenir sur la décision de base. Ces explications sont suffisantes au regard des garanties de l'art. 29 al. 2 Cst.; elles permettent aisément de comprendre et de contester, en toute connaissance de cause, la solution de la cour cantonale, ce dont le recourant ne se prive pas.
Le grief est par conséquent rejeté, dans la mesure de sa recevabilité.
4.
Invoquant l'interdiction de l'arbitraire (art. 9 Cst.), le recourant reproche aux autorités précédentes de n'avoir ni requis ni obtenu le consentement de la communauté PPE s'agissant de la remise en état de parties communes du bâtiment. Or, selon lui, le droit d'ordonner à la PPE la remise en conformité serait prescrit en application de l'art. 51 de la loi sur les constructions du 15 décembre 2016 (LC; RS/VS 705.1). Et de poursuivre qu'à défaut de consentement de la PPE il serait discutable de lui imposer, sous la menace de l'<ref-law>, de concourir à la remise en état d'éléments sur lesquels il n'a pas de pouvoir exclusif.
4.1.
4.1.1. Une décision est arbitraire lorsqu'elle viole gravement une norme ou un principe juridique clair et indiscuté, ou lorsqu'elle contredit d'une manière choquante le sentiment de la justice et de l'équité. Le Tribunal fédéral n'a pas à déterminer quelle est l'interprétation correcte que l'autorité cantonale aurait dû donner des dispositions applicables; il doit uniquement examiner si l'interprétation qui a été faite est défendable. Par conséquent, si celle-ci ne se révèle pas déraisonnable ou manifestement contraire au sens et au but de la disposition ou de la législation en cause, elle sera confirmée, même si une autre solution paraît également concevable, voire préférable. De plus, il ne suffit pas que les motifs de la décision attaquée soient insoutenables, encore faut-il que cette dernière soit arbitraire dans son résultat (<ref-ruling> consid. 2.1 p. 18; arrêt 1C_279/2016 du 27 février 2017 consid. 8.1).
4.1.2. L'acte par lequel l'administration choisit de recourir aux mesures d'exécution est une décision d'exécution. La possibilité de recourir contre une décision d'exécution s'impose si un acte règle une question nouvelle, non prévue par une décision antérieure, ou s'il contient une nouvelle atteinte à la situation juridique de l'intéressé (cf. <ref-ruling> consid. 3c/bb p. 498; arrêt 1C_603/2012 du 19 septembre 2013 consid. 4.1; THIERRY TANQUEREL, Manuel de droit administratif, 2e éd. 2018, n. 1150 ss, p. 398 s.; MOOR/POLTIER, Droit administratif, vol. II, 3 e éd. 2011, p. 116 i.i). En revanche, si un acte ne fait que reprendre, sans les modifier, des obligations figurant déjà dans une décision antérieure, il n'y a pas d'objet possible à un recours et l'acte en cause doit être qualifié de mesure d'exécution, non sujette à recours (cf. <ref-ruling> consid. 1.1 p. 412; arrêt 1C_603/2012 précité consid. 4.1). Le recours dirigé contre une décision d'exécution ne permet pas de remettre en cause la décision au fond, définitive et exécutoire, sur laquelle elle repose. On ne saurait faire exception à ce principe que si la décision tranchant le fond du litige a été prise en violation d'un droit fondamental inaliénable et imprescriptible du recourant ou lorsqu'elle est nulle de plein droit (<ref-ruling> consid. 3c/cc p. 499 et les arrêts cités; TANQUEREL, op. cit., n. 1152 p. 399).
4.1.3. Selon la jurisprudence, les mesures nécessaires à éliminer une situation contraire au droit doivent être dirigées contre le perturbateur. Le perturbateur est celui qui a occasionné un dommage ou un danger par lui-même ou par le comportement d'un tiers relevant de sa responsabilité (perturbateur par comportement), mais aussi celui qui exerce sur l'objet qui a provoqué une telle situation un pouvoir de fait ou de droit (perturbateur par situation) (<ref-ruling> consid. 6a p. 70 et les arrêts cités). L'autorité peut adresser l'ordre de rétablir un état conforme au droit aux perturbateurs par comportement et par situation. En droit cantonal valaisan, l'art. 57 LC prévoit que lorsqu'un projet est exécuté sans autorisation de construire ou contrairement à l'autorisation délivrée, ou que lors de l'exécution d'un projet autorisé des dispositions sont violées, l'autorité compétente fixe un délai convenable au perturbateur (par situation et/ou par comportement) pour se déterminer sur les travaux exécutés (al. 1); si une régularisation est manifestement exclue d'emblée, l'autorité compétente rend une décision de remise en état des lieux conforme au droit (al. 3). L'autorité dispose dès lors d'une certaine marge d'appréciation dans le choix du destinataire de cette décision. La jurisprudence précise cependant que l'ordre de rétablissement donné à un perturbateur ne disposant pas du bien-fonds sur lequel il doit effectuer les travaux, ne peut être exécuté que si les personnes ayant le droit de disposer s'y soumettent ou lorsqu'une décision leur enjoignant de tolérer la démolition ou d'y procéder a été également prise à leur égard. A défaut, l'ordre n'est toutefois pas nul; il est seulement inexécutable en l'état (<ref-ruling> consid. 2c p. 25 s.).
4.1.4. S'agissant à proprement parler de l'exécution par substitution, le droit cantonal, plus particulièrement l'art. 60 LC, prévoit que l'autorité compétente exécute, par voie de contrainte, les décisions prises sur la base des articles du titre 4 de la loi ("Police des constructions"), immédiatement exécutoires ou passées en force, lorsque malgré la commination d'une exécution par substitution, l'obligé ne donne pas suite à ces décisions (al. 1). Quant aux frais d'exécution par substitution, ils incombent à l'obligé. Pour garantir la créance et les intérêts y afférents, la collectivité publique procédant à cette exécution bénéficie d'une hypothèque légale directe, primant sur tous les autres droits de gage existant sur l'immeuble, valable sans inscription au registre foncier (al. 3).
4.2. En l'espèce, le Tribunal cantonal a jugé qu'il eût appartenu au recourant de faire valoir ses moyens s'agissant du choix du perturbateur, respectivement du destinataire, dans le cadre de son recours contre la décision de remise en état. Faute d'avoir été débattue dans ce cadre, cette question ne pouvait plus être discutée au stade recours contre la décision de base. L'absence de notification de l'ordre de remise en état à la PPE ne relevait au demeurant pas des hypothèses permettant de revenir, à titre exceptionnel, sur la validité formelle et matérielle de l'ordre de remise en état. L'instance précédente a ensuite considéré que, indépendamment de la question de savoir si les travaux portaient sur des parties communes, le recourant, en tant qu'obligé, était tenu de tolérer l'exécution par substitution et de permettre, par exemple, l'accès à son appartement. La cour cantonale a enfin jugé qu'en application de l'art. 60 al. 3 LC la Ville de Sion bénéficiait d'une hypothèque légale grevant son appartement; elle a jugé que les frais ainsi garantis se rapportaient à des aménagements profitant à l'appartement du recourant.
4.3. Le recourant ne discute pas que la jurisprudence et le droit cantonal confèrent à l'autorité une certaine marge d'appréciation lors du choix du destinataire d'un ordre de remise en état. Il ne conteste pas non plus le principe interdisant de remettre en cause la décision initiale dans le cadre d'un recours contre la décision d'exécution. Or, pas plus que devant l'instance précédente, le recourant ne démontre que l'absence de notification de l'ordre de remise en état à la PPE permettrait de faire exception à ce principe, respectivement porterait atteinte à un droit fondamental inaliénable et imprescriptible dont il serait titulaire; il n'y a dès lors pas lieu de revenir sur le choix d'ordonner la remise en état au seul perturbateur par comportement. Le résultat auquel aboutit la cour cantonale apparaît d'autant moins critiquable qu'il n'est en l'occurrence pas établi que la PPE serait opposée à un retour à un état conforme au droit; le recourant ne prétend d'ailleurs pas non plus qu'il aurait entrepris de rétablir la situation et qu'il se serait alors heurté au refus de la PPE. La cour cantonale pouvait, dans ces conditions et sans arbitraire, considérer que l'ordre de remise en conformité était définitif et exécutoire et non pas - pour reprendre les termes employés par la jurisprudence - "inexécutable en l'état". Le choix de l'instance précédente se justifie également par le fait que les aménagements litigieux ne bénéficient - à la lumière du dossier - qu'au seul appartement dont est propriétaire le recourant, ce que celui-ci ne nie pas.
Par ailleurs, puisqu'il n'est, dans le cas particulier, pas arbitraire de s'être limité à ordonner la remise en état au seul perturbateur par comportement, le grief de prescription fondé sur l'art. 51 al. 4 LC (prévoyant une prescription relative de 10 ans) - laquelle serait, selon le recourant, acquise à l'endroit de la PPE - se révèle sans pertinence. En outre et pour le même motif, on ne voit pas non plus en quoi il serait critiquable d'avoir, à titre de modalité de l'exécution par substitution, imposé au recourant, en sa qualité d'obligé, de prêter son concours à l'exécution par substitution (cf. GÄCHTER/EGLI, Kommentar zum Bundesgesetz über das Verwaltungsverfahren, 2008, n. 16 ad <ref-law>); l'appartement du recourant bénéficie - comme déjà mentionné - de facto seul des aménagements litigieux, auquel on doit, le cas échéant, pouvoir accéder.
L'autorité pouvait également, en application de l'art. 60 al. 3 LC, ordonné l'inscription d'une hypothèque légale sur l'immeuble propriété du recourant, ce gage se rapportant à des frais de remise en état de lucarnes et d'une terrasse baignoire, profitant exclusivement à l'appartement du recourant, selon les constatations cantonales non contestées. Il n'est en particulier pas arbitraire, dans un tel contexte, et ne viole pas manifestement l'art. 60 al. 3 LC, d'avoir jugé que l'hypothèque légale entretenait un rapport spécial avec l'immeuble du recourant (art. 60 al. 3 LC; cf. STÉPHANE ABBET, L'hypothèque légale en garantie des créances de droit public, in RDAF 2009 II p. 405, 410).
En définitive, la solution à laquelle aboutit l'instance précédente échappe au grief d'arbitraire, qui doit être rejeté.
5.
Sur le vu de ce qui précède, le recours doit être rejeté, dans la mesure de sa recevabilité, aux frais de son auteur (<ref-law>). Il n'est pas alloué de dépens (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 4'000 fr., sont mis à la charge du recourant.
3.
Le présent arrêt est communiqué au mandataire du recourant, à la Commune de Sion, au Conseil d'Etat du canton du Valais ainsi qu'au Tribunal cantonal du canton du Valais, Cour de droit public.
Lausanne, le 22 mai 2019
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Chaix
Le Greffier : Alvarez