Sachverhalt:
A.
2007 erwarb der damals 19-jährige A._ ein Grundstück am B._ in U._. Den Kauf finanzierte er durch ein Darlehen von seiner Mutter (Fr. 250'000.--) sowie die Aufnahme einer Hypothek (Fr. 670'000.--). A._ wohnte in der Folge im Dachgeschoss des Gebäudes und vermietete die übrigen Wohnungen. Nachdem er das Grundstück inzwischen in insgesamt sechs Stockwerkeigentumseinheiten aufgeteilt hatte, veräusserte er diese per 1. Juni 2012 und erwarb im gleichen Jahr eine neue Liegenschaft in Basel.
Am 10. Juli 2014 forderte die Steuerverwaltung Basel-Stadt A._ auf, einen Geschäftsabschluss nachzureichen. In der Veranlagung für die direkte Bundessteuer 2012 vom 29. Januar 2015 qualifizierte die Steuerverwaltung A._ als gewerbsmässigen Liegenschaftenhändler und rechnete ihm im Rahmen einer teilweisen Ermessensveranlagung Fr. 800'000.-- als Einkunft aus dieser Tätigkeit auf.
B.
Eine Einsprache A._s gegen diese Veranlagung wies die Steuerverwaltung am 26. Mai 2015 ab. Gegen den Einsprachentscheid gelangte A._ erfolglos an die Steuerrekurskommission Basel-Stadt und danach an das Appellationsgericht des Kantons Basel-Stadt als Verwaltungsgericht. Dieses wies die Beschwerde am 14. April 2018 ab.
C.
Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 25./26. (Postaufgabe) Juni 2018 beantragt A._, den angefochtenen Entscheid aufzuheben und auf die Erfassung des Gewinns aus dem Verkauf der Liegenschaft B._ mit der direkten Bundessteuer zu verzichten, eventualiter den Gewinn niedriger anzusetzen oder die Angelegenheit zur neuen Festsetzung des steuerbaren Gewinns an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Das Appellationsgericht und die Steuerverwaltung Basel-Stadt schliessen auf Abweisung der Beschwerde, ersteres, soweit darauf einzutreten sei. Die eidgenössische Steuerverwaltung beantragt ebenfalls, die Beschwerde abzuweisen.

Erwägungen:
1.
1.1. Beim angefochtenen Urteil handelt es sich um einen kantonal letztinstanzlichen Endentscheid (vgl. <ref-ruling> E. 1.3 S. 127) über die direkte Bundessteuer. Dagegen steht gemäss <ref-law> in Verbindung mit Art. 146 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG; SR 642.11) die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht grundsätzlich offen. Der Beschwerdeführer ist gestützt auf <ref-law> zur Beschwerde legitimiert. Auf sein frist- und formgerecht eingereichtes Rechtsmittel ist einzutreten (Art. 42 und 100 BGG).
1.2.
1.2.1. Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann namentlich die Verletzung von Bundesrecht und Völkerrecht gerügt werden. Bei der Prüfung verfügt das Bundesgericht über volle Kognition und wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es ist daher weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann eine Beschwerde mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (Motivsubstitution; <ref-ruling> E. 2 S. 89; <ref-ruling> E. 1.1 S. 137 f.).
1.2.2. Die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht prüft das Bundesgericht hingegen nur insofern, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (qualifizierte Rüge- und Begründungspflicht gemäss <ref-law>).
1.3. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>), es sei denn, dieser sei offensichtlich unrichtig oder beruhe auf einer Rechtsverletzung im Sinn von <ref-law> (<ref-law>). Die betroffene Person muss rechtsgenügend dartun, dass und inwiefern der festgestellte Sachverhalt in diesem Sinn mangelhaft erscheint und die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law> i.V.m. Art. 42 Abs. 2 und <ref-law>). Rein appellatorische Kritik an der Sachverhaltsermittlung und an der Beweiswürdigung genügt den Begründungs- und Rügeanforderungen nicht (vgl. <ref-ruling> E. 10.1 S. 445 mit Hinweisen).
2.
Der Streit dreht sich zunächst darum, ob der vom Beschwerdeführer erzielte Gewinn aus dem Verkauf der Liegenschaft B._ eine Einkunft aus einer von diesem ausgeübten selbständigen Erwerbstätigkeit als gewerbsmässiger Liegenschaftenhändler darstellt.
2.1.
2.1.1. Steuerbar sind alle Einkünfte aus einem Handels-, Industrie-, Gewerbe-, Land- und Forstwirtschaftsbetrieb, aus einem freien Beruf sowie aus jeder anderen selbständigen Erwerbstätigkeit (<ref-law>). Dazu zählen auch alle Kapitalgewinne aus Veräusserung, Verwertung oder buchmässiger Aufwertung von Geschäftsvermögen. Der Veräusserung gleichgestellt ist unter anderem die Überführung von Geschäfts- in Privatvermögen. Als Geschäftsvermögen gelten alle Vermögenswerte, die ganz oder vorwiegend der selbständigen Erwerbstätigkeit dienen (vgl. <ref-law>).
2.1.2. Für eine selbständige Erwerbstätigkeit kennzeichnend ist die Tätigkeit einer natürlichen Person, mit der diese auf eigenes Risiko, unter Einsatz der Produktionsfaktoren Arbeit und Kapital, in einer von ihr frei gewählten Arbeitsorganisation, dauernd oder vorübergehend, haupt- oder nebenberuflich, in jedem Fall aber mit der Absicht der Gewinnerzielung am Wirtschaftsverkehr teilnimmt. Untergeordnete Anhaltspunkte sind etwa die Beschäftigung von Personal, das Ausmass der Investitionen, ein vielfältiger, wechselnder Kundenstamm und das Vorliegen eigener Geschäftsräumlichkeiten. Die Prüfung ist von Fall zu Fall aufgrund einer umfassenden Würdigung der tatsächlichen Umstände vorzunehmen. Die einzelnen Gesichtspunkte dürfen dabei nicht isoliert betrachtet werden und können auch in unterschiedlicher Intensität auftreten (vgl. zum Ganzen u.a. <ref-ruling> E. 2.4.2 S. 256 ff.; <ref-ruling> E. 5b S. 120 f.; je m.w.H.; Urteil 2C_873/2017 vom 15. November 2018 E. 3.1).
2.1.3. Steuerbarer gewerbsmässiger Liegenschaftenhandel im Sinne einer selbständigen Erwerbstätigkeit liegt gemäss bundesgerichtlicher Praxis dann vor, wenn die steuerpflichtige Person An- und Verkäufe von Liegenschaften systematisch und mit der Absicht der Gewinnerzielung vornimmt. Erforderlich ist die Entwicklung einer Tätigkeit, die in ihrer Gesamtheit auf Erwerb gerichtet ist (BGE <ref-ruling> E. 6a S. 124; <ref-ruling> E. 3b S. 449 f.; Urteil 2C_966/2016 vom 25. Juli 2017 E. 3.3). Als Indizien kommen in Betracht: Die systematische bzw. planmässige Art und Weise des Vorgehens (aktives, wertvermehrendes Tätigwerden durch Parzellierung, Überbauung, Werbung usw.; Erwerb in der offenkundigen Absicht, die Liegenschaft möglichst rasch mit Gewinn weiterzuverkaufen; Ausnützung der Marktentwicklung), die Häufigkeit der Liegenschaftsgeschäfte, der enge Zusammenhang eines Geschäfts mit der beruflichen Tätigkeit der steuerpflichtigen Person, der Einsatz spezieller Fachkenntnisse, die kurze Besitzesdauer, der Einsatz erheblicher fremder Mittel zur Finanzierung der Geschäfte, die Verwendung der erzielten Gewinne bzw. deren Wiederanlage in gleichartige Vermögensgegenstände oder die Realisierung der Gewinne im Rahmen einer Personengesellschaft (vgl. Urteile 2C_18/2018 vom 18. Juni 2018 E. 3.1; 2C_966/2016 vom 25. Juli 2017 E. 3.3; 2C_1204/2013 vom 2. Oktober 2014 E. 2.3, in: StE 2015 B 23.1 Nr. 82; 2C_1273/2012 vom 13. Juni 2013 E. 2.2, in: StE 2013 B 23.1 Nr. 79, ASA 82 S. 72; je mit Hinweisen).
2.1.4. Keine selbständige Erwerbstätigkeit bzw. kein gewerbsmässiger Immobilienhandel liegt vor, wenn lediglich das eigene Vermögen verwaltet wird, insbesondere etwa durch die Vermietung eigener Liegenschaften. Daran ändert nichts, wenn das Vermögen umfangreich ist, professionell verwaltet wird und kaufmännische Bücher geführt werden (Urteile 2C_966/2016 vom 25. Juli 2017 E. 3.4; 2C_1204/2013 vom 2. Oktober 2014 E. 2.4, in: StE 2015 B 23.1 Nr. 82; 2C_948/2010 vom 31. Oktober 2011 E. 2.5, in: StE 2012 B 23.2 Nr. 40; je mit Hinweisen).
2.2.
2.2.1. Der Beschwerdeführer bringt zunächst vor, der Kauf der Liegenschaft im Jahr 2007 sei als langfristiger privater Altersvermögensaufbau erfolgt; die Liegenschaft sei ausdrücklich auch zum langfristigen Selbstbewohnen gekauft worden. Der Ausbau des Dachgeschosses sei nach eigenen Bedürfnissen, d.h. insbesondere mit Einrichtung einer Dachterrasse erfolgt, was einen Verlust an Wohnfläche bedeutet habe, und nicht etwa mittels einer Wohnflächenoptimierung im Hinblick auf einen späteren Verkauf vorgenommen worden. Auch der Abschluss unbefristeter Mietverträge selbst noch Ende 2010 zeige, dass zu keinem früheren Zeitpunkt vor 2012 ein Verkauf geplant gewesen sei. Diverse Investitionen seien im Übrigen schon kurz nach dem Erwerb der Liegenschaft und nicht etwa, wie bei einem frühzeitig geplanten Verkauf, erst kurz vor dem Verkaufszeitpunkt vorgenommen worden (Beschwerdeschrift, S. 3 f).
Entgegen der Auffassung des Beschwerdeführers ist es nicht zu beanstanden, wenn die Vorinstanz bei einer Liegenschaft, die der Beschwerdeführer im Alter von 19 Jahren ohne Eigenkapital erworben und rund fünf Jahre später wieder veräussert hat, als Erwerbsmotiv die langfristige Vermögensanlage verneint hat. Im Übrigen schliessen auch die vom Beschwerdeführer geschilderten Umstände eine Qualifikation als gewerbsmässiger Liegenschaftenhändler nicht aus. Namentlich ist nicht erforderlich, dass der Steuerpflichtige eine Liegenschaft allein mit der Absicht eines möglichst raschen Weiterverkaufs erwirbt. Der Handel mit Liegenschaften ist kein Tagesgeschäft. Vielmehr ist eine langfristige Perspektive typisch; ein zeitweiliges eigenes Bewohnen ist auch bei einem Liegenschaftenhändler keineswegs unüblich (Urteil 2C_966/2016 vom 25. Juli 2017 E. 4.1.2). Auch wird nicht gefordert, dass allfällige Umbau- und/oder Sanierungsarbeiten unmittelbar vor dem Verkauf erfolgen müssen oder gar dass wegen der bestehenden Verkaufsabsicht nur kurzfristige Mietverträge abgeschlossen werden. Es ist im Übrigen nicht ungewöhnlich, dass ein - während einer gewissen Zeitdauer - selbstbewohnender Liegenschaftenhändler bei einem Um- und/oder Ausbau seine eigenen Bedürfnisse berücksichtigt. Auch eine Maximierung der Wohnfläche gerade bei einer Dachwohnung führt nicht notwendigerweise zu einer schlechteren Vermarktbarkeit eines Objekts. Die Einrichtung einer grosszügigen Dachterrasse - gegebenenfalls auch zu Lasten des übrigen Wohnraums - kann unter Umständen sogar die Attraktivität einer Dachwohnung mit Blick auf deren später geplanten Verkauf erhöhen.
2.2.2. Der Beschwerdeführer macht weiter geltend, bei ihm lägen keine besonderen Fachkenntnisse vor. Weder habe seine Masterarbeit einen Bezug zum Liegenschaftenhandel gehabt noch habe er für die Kommanditgesellschaft seines Vaters von 2007 bis 2012 irgendeine Tätigkeit ausgeübt. Es gehe auch nicht an, ihm das Fachwissen seines Vaters anzurechnen.
Soweit der Beschwerdeführer damit die Sachverhaltsfeststellungen der Vorinstanz bestreitet, erweisen sich seine Vorbringen als unzureichend substanziiert, indem er nicht darlegt, inwiefern die Sachverhaltsfeststellungen der Vorinstanz im Zusammenhang mit den von dieser angenommenen Fachkenntnissen unhaltbar sein sollen. Unabhängig davon ist es vielmehr durchaus plausibel, wenn die Vorinstanz davon ausgeht, dass der Beschwerdeführer, auch wenn er sich in seiner Masterarbeit mit einem makroökonomischen Thema ("Interest Rates and the Rent-Price Ratio in the Swiss Residential Market") befasste, bereits beim Erwerb der Liegenschaft über fachspezifische Kenntnisse im Liegenschaftenhandel verfügte. Entgegen seiner eigenen Behauptung ist es auch keineswegs unhaltbar, sondern im Gegenteil sogar naheliegend, wenn die Vorinstanz berücksichtigt hat, dass sein Vater im Liegenschaftenhandel tätig und er selbst Kommanditär in einer von diesem geführten Kommanditgesellschaft (C._) ist. Den besonderen Nachweis einer Tätigkeit des Beschwerdeführers für diese Gesellschaft oder einer spezifischen Beratung durch seinen Vater im Zusammenhang mit dem Kauf, den an der Liegenschaft B._ vorgenommenen Arbeiten, deren Aufteilung in Stockwerkeigentumseinheiten und dem späteren Verkauf braucht es unter diesem Umständen nicht. Es wäre im Gegenteil - angesichts der übrigen Begleitumstände (ungesichertes Darlehen von der Mutter des Beschwerdeführers, Darlehensgewährung einer Bank über Fr. 670'000.-- an den damals als 19-Jähriger am Anfang seines Studiums stehenden Beschwerdeführer) lebensfremd, beim Beschwerdeführer von fehlendem Fachwissen und einer fehlenden Vernetzung im Geschäft mit Liegenschaften auszugehen. Nur der Vollständigkeit halber sei dabei noch erwähnt, dass der Beschwerdeführer, wie bereits die Vorinstanz festgestellt hat, im Zusammenhang mit Umbau- und Sanierungsmassnahmen an der Liegenschaft in erheblichem Umfang Eigenleistungen erbracht hat (gemäss eigener Beschreibung des Beschwerdeführers: "Vorprojekt, Bauprojekt und Bauplanung, Baubewilligungsverfahren, Devisierung, Offerteneinholung, Baumanagement, Bauführung, Abschlussarbeiten wie Zahlungsverkehr, Schlussabrechnung, Garantiearbeiten"), die ebenfalls von einem erheblichen Fachwissen zeugen. Insgesamt ist es damit nicht unhaltbar, dass die Vorinstanz von Fachwissen des Beschwerdeführers ausgegangen ist, und auch nicht zu beanstanden, dass sie dieses Fachwissen als ein (mit) entscheidendes Element für die Qualifikation seiner Tätigkeit als gewerbsmässiger Liegenschaftenahandel betrachtet hat.
2.2.3. Der Beschwerdeführer macht ausserdem geltend, die Vorinstanz habe zwar zutreffend festgestellt, dass beim Kauf keine eigenen Mittel vorgelegen hätten, daraus jedoch zu Unrecht auf eine besondere Risikobereitschaft seinerseits geschlossen. Ausserdem sei bei richtiger Betrachtung nur ein Teil des erzielten Gewinns für den Erwerb einer neuen Liegenschaft verwendet worden (Beschwerdeschrift, S. 4).
Unabhängig von der auch insoweit unzureichenden Substanziierung des Vorwurfs des Beschwerdeführers erweist es sich als durchaus vertretbar, wenn die Vorinstanz angesichts seiner Situation im Jahr 2007 (19-jähriger Student ohne eigene Mittel) davon ausgegangen ist, die für den Kauf eingegangene Fremdfinanzierung gehe über das hinaus, was bei einer langfristigen Altersvorsorge oder einer privaten Immobilienanlage im Hinblick auf die Risikotragfähigkeit als üblich zu bezeichnen ist. Die Vorinstanz hat ausserdem nicht allein auf die Fremdfinanzierung des Kaufs der Liegenschaft abgestellt, sondern zusätzlich auch die weitgehende Fremdfinanzierung der in den Jahren 2007 bis 2012 vorgenommenen Umbauarbeiten in Betracht gezogen. Wird mit der Vorinstanz davon ausgegangen, dass die Tätigkeit als gewerbsmässiger Liegenschaftenhändler mit dem Erwerb der Liegenschaft begonnen wurde, erübrigen sich ausserdem Überlegungen zur beim Verkauf der Stockwerkeigentumseinheiten 2012 und dem anschliessenden Erwerb einer neuen Liegenschaft bestehenden Eigenkapitalquote, zumal der Beschwerdeführer selbst nicht bestreitet, einen substanziellen Teil des beim Verkauf erzielten Gewinns für den Erwerb einer neuen Liegenschaft verwendet zu haben.
2.2.4. Insgesamt erweist sich damit nicht nur die Feststellung des Sachverhalts hinsichtlich der für die Qualifikation des Beschwerdeführers als gewerbsmässiger Liegenschaftenhändler massgebenden Umstände als vertretbar, sondern überzeugt auch deren rechtliche Würdigung. Die Vorinstanz hat zu Recht mit Bezug auf Kauf, Umbau, Sanierung und Verkauf der Liegenschaft B._ aufgrund der eingesetzten Fremdmittel, des beim Beschwerdeführer vorhandenen Fachwissens, der systematischen bzw. planmässigen Art und Weise seines Vorgehens sowie der Wiederanlage zumindest eines erheblichen Teils des erzielten Gewinns zum Kauf einer neuen Liegenschaft darauf geschlossen, dass die Tätigkeit des Beschwerdeführers seit dem Erwerb der Liegenschaft im Jahr 2007 als gewerbsmässiger Liegenschaftenhandel einzustufen ist.
Dies wirft die Frage auf, ob und inwieweit die Liegenschaft bzw. die veräusserten Stockwerkeigentumseinheiten dem Geschäftsvermögen des Beschwerdeführers zuzurechnen waren. Dabei gilt es zu beachten, dass die Liegenschaft ursprünglich im ungeteilten Eigentum des Beschwerdeführers gestanden hatte und erst 2012 im Hinblick auf die Veräusserung in Stockwerkeigentumseinheiten aufgeteilt wurde. Nach der gemäss <ref-law> massgebenden Präponderanzmethode sind gemischt genutzte Vermögenswerte einheitlich entweder dem Privat- oder dem Geschäftsvermögen zuzuordnen (<ref-ruling> E. 3.3 S. 422 f.; Urteile 2C_1273/2012 vom 13. Juni 2013 E. 2.3, in: StE 2013 B 23.1 Nr. 79; 2C_802/2012 / 2C_803/2012 vom 8. Januar 2013 E. 2.2, in: StE 2013 B 23.2 Nr. 42, StR 68/2013 S. 222). Wie die Vorinstanz feststellte, überwog der im Rahmen der Tätigkeit als selbständiger Liegenschaftenhändler geschäftlich genutzte Teil den selbst bewohnten Teil der Liegenschaft. Daraus folgt nach der Präponderanzmethode die Zuweisung der Liegenschaft an das Geschäftsvermögen des Beschwerdeführers. Es kann offengelassen werden, ob die selbst genutzten Dachwohnungen im Zeitpunkt der Aufteilung in Stockwerkeigentumseinheiten allenfalls in das Privatvermögen überführt wurden oder sie angesichts der unmittelbar bevorstehenden Veräusserung zu diesem Zeitpunkt nicht ihrerseits als überwiegend geschäftlich genutzt betrachtet werden mussten. Diese Frage wäre nämlich einzig dann entscheidrelevant, wenn ein Teil des im Rahmen der Veräusserung der Stockwerkeigentumseinheiten realisierten Wertzuwachses auf die Zeit zwischen Begründung des Stockwerkeigentums und der Veräusserung entfallen wäre. Dies hat die Vorinstanz aber nicht festgestellt und wird vom Beschwerdeführer auch nicht behauptet. Da das Bundesgericht an den von der Vorinstanz festgestellten Sachverhalt gebunden ist (<ref-law>), erübrigen sich weitere Ausführungen hierzu. Es ist folglich nicht zu beanstanden, dass die Vorinstanz den anlässlich der Veräusserung realisierten Wertzuwachs als steuerbares Einkommen aus selbständiger Erwerbstätigkeit eingestuft hat.
2.2.5. Der Beschwerdeführer behauptet ausserdem, dass die Steuerbehörden in Veranlagungsprotokollen zu früheren Steuerperioden die Liegenschaft als Privatvermögen bezeichnet und ihm in den Steuerperioden 2007-2011 jeweils den Pauschalabzug für die Liegenschaftsunterhaltskosten (<ref-law>) gewährt habe. Es widerspreche Treu und Glauben und dem Vertrauensschutzgedanken, nunmehr rückwirkend eine andere Würdigung vorzunehmen.
Nach ständiger Praxis des Bundesgerichts kommt einer Veranlagung bei periodischen Steuern nur für die betreffende Periode Rechtskraft zu; die tatsächlichen und rechtlichen Verhältnisse können daher in einem späteren Veranlagungszeitraum durchaus anders gewürdigt werden (<ref-ruling> E. 2.4.3 S. 120; Urteil 2C_107/2017 vom 6. Dezember 2017 E. 3.2.1 m.w.H.). Dies gilt grundsätzlich auch für die Besteuerung von Kapitalgewinnen auf Grundstücken des Geschäftsvermögens eines gewerbsmässigen Liegenschaftenhändlers, ungeachtet des Umstands, dass sie typischerweise über mehrere Jahre anwachsen und deshalb Berührungspunkte zu verschiedenen Veranlagungszeiträumen aufweisen können. Hiervon wäre höchstens dann abzuweichen, falls und soweit sich infolge der Klassifizierung der Liegenschaft als Privatvermögen in den Vorperioden eine Mehrbelastung des Steuerpflichtigen ergäbe, die ihm bei einheitlicher Würdigung erspart geblieben wäre. Dies wäre etwa der Fall, wenn der Steuerpflichtige in den Vorperioden für die Liegenschaft höhere Kosten (ausgenommen Abschreibungen) hätte zum Abzug bringen können, wäre sie bereits damals dem Geschäftsvermögen zugerechnet worden. Es ist nun aber weder vom Beschwerdeführer dargetan noch sonstwie ersichtlich, dass ihm höhere Abzüge zugestanden hätten, wäre die Liegenschaft auch in den Vorperioden als Geschäftsvermögen eingestuft worden.
Auf den Vertrauensschutz nach <ref-law> könnte sich der Beschwerdeführer von vornherein nur berufen, wenn er sich für seine steuerlich relevante Disposition - die Veräusserung der Stockwerkeigentumseinheiten - auf eine behördliche Auskunft oder Zusicherung bezüglich einer konkreten, ihn betreffenden Angelegenheit verlassen hatte (zu den weiteren Voraussetzungen des Vertrauensschutzes im Steuerrecht vgl. <ref-ruling> E. 3.1 S. 164 f.; Urteile 2C_123/2014 vom 30. September 2015 E. 7.2, in: RDAF 2015 II S. 563, StR 70/2015 S. 971; 2C_529/2014 vom 24. August 2015 E. 2.1, in: StR 70/2015 S. 900; 2C_888/2014 / 2C_889/2014 vom 7. Juni 2015 E. 7.1, in: RDAF 2015 II S. 311, StR 70/2015 S. 688). Daran fehlt es hier offenkundig, zumal die Veranlagungen der Vorperioden in keinerlei Zusammenhang mit der Veräusserung im Steuerjahr 2012 gestanden hatten.
Zusammenfassend kann der Beschwerdeführer also weder aus der Rechtskraft der früheren Veranlagungen noch aus Überlegungen des Vertrauensschutzes etwas zu seinen Gunsten ableiten.
3.
3.1.
3.1.1. Der Beschwerdeführer beanstandet weiter die Zulässigkeit der bei ihm mit Bezug auf die Einkünfte aus gewerbsmässigem Liegenschaftenhandel vorgenommene Ermessensveranlagung. Vor deren Vornahme sei eine Mahnung unterblieben, so dass sich die Ermessensveranlagung als unzulässig erweise. Entgegen der Argumentation der Vorinstanz sei ihm durch die unzulässige Vornahme einer (teilweisen) Ermessensveranlagung ein Nachteil entstanden, da sich die Vorinstanz lediglich aufgrund der vorliegenden Ermessensveranlagung weigere, die von ihm anerkannte Fehlberechnung zu korrigieren.
3.1.2. Die Vorinstanz hat dazu ausgeführt, die Steuerverwaltung habe den Beschwerdeführer zwar im Veranlagungsverfahren, nachdem er der Aufforderung zur Einreichung eines Jahresabschlusses nicht nachgekommen sei, nicht gemahnt. Die Rechtsmittelbelehrung in der Veranlagung enthalte auch keinen Hinweis darauf, dass die Ermessensveranlagung nur wegen offensichtlicher Unrichtigkeit angefochten werden könne. Indessen sieht die Vorinstanz im in der Rechtsmittelbelehrung der Veranlagung figurierenden Hinweis, dass die Einsprache einen Antrag und eine Begründung mit Angabe von Beweismitteln zu enthalten habe, eine Mahnung. Es wäre dem Beschwerdeführer gemäss Vorinstanz offengestanden, zusammen mit seiner Einsprache eine ordnungsgemässe Buchhaltung nachzureichen. Die Kognitionsbeschränkung von <ref-law> hätte sich damit nicht ausgewirkt, wenn der Beschwerdeführer im Einspracheverfahren seine Verfahrenspflichten erfüllt hätte. Der Beschwerdeführer habe somit dadurch, dass die Mahnung erst mit der Veranlagungsverfügung erfolgt sei, keinen Nachteil erlitten (angefochtener Entscheid E. 4.1.3).
3.2.
3.2.1. Eine Ermessensveranlagung kann nur vorgenommen werden, wenn der Steuerpflichtige trotz Mahnung seinen Mitwirkungspflichten nicht nachgekommen ist. Als notwendige Voraussetzung der Ermessensveranlagung hat die Mahnung die Konsequenzen zu nennen, welche sich aus der Nichtbefolgung der Mitwirkungspflichten ergeben, d.h. die Vornahme einer - nur erschwert anfechtbaren - Ermessensveranlagung sowie gegebenenfalls die Ausfällung einer Busse wegen einer Verfahrenspflichtverletzung (Urteil 2C_84/2018 vom 10. August 2018 E. 6.1 m.w.H.). Beim Fehlen einer Mahnung gelangt <ref-law>, welcher die möglichen Einwendungen im Rahmen eines Einspracheverfahrens einschränkt, nicht zur Anwendung. Das bedeutet, dass die auf Einsprache bzw. Beschwerde des Steuerpflichtigen hin zur Überprüfung der Veranlagung berufenen Instanzen diese mit freier Kognition und nicht nur auf offensichtliche Unrichtigkeit hin zu überprüfen haben (vgl. <ref-ruling> E. 3.5 S. 282 f.; Urteil 2C_467/2017 vom 5. Juli 2018 E. 5.5 mit Hinweis).
3.2.2. Entgegen der Auffassung der Vorinstanz vermag der Hinweis in der Veranlagung, dass die Einsprache einen Antrag und eine Begründung mit Angabe von Beweismitteln zu enthalten habe, die fehlende Mahnung vor Vornahme einer Ermessensveranlagung nicht zu ersetzen. In diesem Hinweis ist insbesondere auch nicht eine Mahnung zu erblicken, nunmehr im Einspracheverfahren die im Veranlagungsverfahren einverlangten Unterlagen einzureichen. Entgegen der Vorinstanz kann damit nicht davon ausgegangen werden, dem Beschwerdeführer sei durch die unterbliebene Mahnung kein Nachteil entstanden.
Der durch die unterbliebene Mahnung verursachte Nachteil wurde im vorliegenden Fall auch nicht etwa dadurch kompensiert, dass die Rekurskommission und das Appellationsgericht die von der Steuerverwaltung vorgenommene Schätzung frei überprüft hätten. Dies zeigt sich schon darin, dass sowohl die Rekurskommission als auch das Appellationsgericht zwar den Einwand des Beschwerdeführers anerkannten, die Steuerverwaltung habe bei ihrer Gewinnschätzung um Fr. 41'000.-- zu hohe Eigenleistungen berücksichtigt, aber dennoch von einer Reduktion der auf Fr. 800'000.-- geschätzten Einkünfte aus gewerbsmässigem Liegenschaftenhandel absahen. Zur Begründung führten beide Instanzen ausdrücklich aus, der veranlagte Betrag sei gegenüber der von der Steuerverwaltung vorgenommenen Schätzung (Fr. 829'926.--) bereits abgerundet worden, so dass sich selbst bei Berücksichtigung des zu Unrecht berücksichtigten Betrags von Fr. 41'000.-- nur eine geringe Abweichung ergebe (ca. Fr. 829'000.-- abzüglich Fr. 41'000.-- = Fr. 788'000.--). Eine so geringe Abweichung lasse den veranlagten Betrag nicht als offensichtlich unrichtig erscheinen (vgl. angefochtener Entscheid E. 4.2.4). Eine freie Überprüfung der von der Steuerverwaltung vorgenommenen Gewinnschätzung hat damit bisher nicht stattgefunden.
3.2.3. In teilweiser Gutheissung der Beschwerde ist daher der angefochtene Entscheid aufzuheben und die Angelegenheit zur Nachholung der bisher versäumten Überprüfung der schätzungsweise auf Fr. 800'000.-- festgesetzten Einkünfte aus gewerbsmässigem Liegenschaftenhandel mit freier Kognition zurückzuweisen. Dabei fällt eine Rückweisung an die Vorinstanz ausser Betracht, weil im Verfahren vor dem Appellationsgericht als zweiter Beschwerdeinstanz gemäss <ref-law> ein bundesrechtskonformes (<ref-ruling> E. 2.5 S. 552) Novenverbot besteht (vgl. angefochtener Entscheid E. 4.2.2). Stattdessen ist die Angelegenheit zur weiteren Behandlung an die Steuerrekurskommission des Kantons Basel-Stadt zurückzuweisen.
3.3.
3.3.1. Der Beschwerdeführer beanstandet schliesslich, dass die Vorinstanz ihm den Abzug der von ihm im Zusammenhang mit dem Verkauf der Liegenschaft B._ bezahlten Handänderungsgebühren zu Unrecht verweigert habe.
Die Vorinstanz hat dazu ausgeführt, die Abzugsfähigkeit der Handänderungssteuer als Aufwendung sei mit der Begründung verwehrt worden, dass die Handänderungssteuer bei der direkten Bundessteuer nur bei juristischen Personen als geschäftsmässig begründeter Aufwand abgezogen werden könne. Dieses Vorgehen sei nicht zu beanstanden (vgl. angefochtener Entscheid E. 4.2.5.).
3.3.2. Gemäss <ref-law> sind Einkommens-, Grundstückgewinn- und Vermögenssteuern von Bund, Kantonen und Gemeinden und gleichartige ausländische Steuern nicht abziehbar. Der Grund für diese Regelung besteht darin, dass bei natürlichen Personen Steuern, die nicht mit der Erzielung von steuerbaren Einkünften zusammenhängen, Einkommensverwendung darstellen (PETER LOCHER, Kommentar zum DBG, I. Teil, 2001, N 29 zu <ref-law>; vgl. auch bereits ERNST KÄNZIG, Wehrsteuer [Direkte Bundessteuer], I. Teil, 2. Aufl., 1982, N 50 zu Art. 22 BdBSt, der den fehlenden Kostencharakter von durch den Betriebserfolg bedingten Steuern hervorhebt). Dementsprechend sind nicht nur Einkommens- und Vermögenssteuern als typische Subjektsteuern (vgl. Botschaft zu Bundesgesetzen über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden sowie über die direkte Bundessteuer, BBl 1983 III 175), sondern auch die Grundstückgewinnsteuern nicht abzugsfähig (LOCHER, a.a.O., N 33 zu <ref-law> mit Rechtsprechungshinweisen).
Die Lehre spricht sich darüber hinaus dafür aus, dass auch Handänderungs- und Pfandrechtssteuern, die mit dem Erwerb von Grundeigentum bzw. der Errichtung von Grundpfandschulden zusammenhängen, nicht abzugsfähig sein sollen (LOCHER, a.a.O., N 34 zu Art. 34; YVES NOËL, in: Yves Noël/Florence Aubry Girardin [Hrsg.], Commentaire Romand, LIFD, 2. Aufl. 2017, N 22 zu <ref-law>). Diese Auffassung ist ohne weiteres nachvollziehbar, soweit es um beim Erwerb eines Grundstücks bezahlte Handänderungssteuern geht, stellen diese doch betriebswirtschaftlich gesehen beim gewerbsmässigen Liegenschaftenhändler Teil der Anlagekosten dar und sind dementsprechend zu aktivieren.
Beim Verkauf einer Liegenschaft durch einen gewerbsmässigen Liegenschaftenhändler zu entrichtende Handänderungssteuern stellen indessen mit der Veräusserung verbundene Kosten dar, schmälern den Erlös und sind dementsprechend zum Abzug zuzulassen (so schon KÄNZIG, a.a.O.). Würden die Handänderungssteuern nicht zum Abzug zugelassen, liefe dies im Ergebnis darauf hinaus, dass das bei der Veräusserung erzielte Entgelt nicht nur mit der Handänderungssteuer belastet würde, sondern die Handänderungssteuer selbst noch der Einkommenssteuer unterläge. Dies stünde indessen dem Sinn des in <ref-law> statuierten Abzugsverbot für Steuern infolge deren Charakters als Einkommensverwendung entgegen, stellen doch die Handänderungssteuern bei einem gewerbsmässigen Liegenschaftenhändler wie dem Beschwerdeführer im Zusammenhang mit der Veräusserung stehende Kosten dar und sind nicht Gegenstand der Einkommensverwendung. Dementsprechend werden die Handänderungssteuern entgegen der Auffassung der Vorinstanzen bei der Ermittlung der steuerbaren Einkünfte aus dem Verkauf der Liegenschaft B._ zu berücksichtigen sein.
4.
4.1. Die Beschwerde ist damit teilweise gutzuheissen. Das angefochtene Urteil ist aufzuheben und die Angelegenheit ist zur weiteren Behandlung im Sinne der Erwägungen an die Steuerrekurskommission des Kantons Basel-Stadt zurückzuweisen. Im Übrigen ist die Beschwerde abzuweisen.
4.2. Bei diesem Ausgang des Verfahrens haben die Parteien die Gerichtskosten nach Massgabe des Unterliegens zu tragen (Art. 66 Abs. 1 und 4 BGG).
Die unterliegende Partei wird gemäss <ref-law> in der Regel verpflichtet, der obsiegenden Partei alle durch den Rechtsstreit verursachten notwendigen Kosten zu ersetzen. Der Beschwerdeführer ist in eigener Sache aufgetreten. Eine Parteientschädigung wird nach bundesgerichtlicher Praxis in solchen Fällen nur ausnahmsweise zugesprochen. Voraussetzung ist, dass es sich um eine komplexe Sache mit hohem Streitwert handelt und die Interessenwahrung einen hohen Arbeitsaufwand notwendig macht, der den Rahmen dessen überschreitet, was der Einzelne üblicher- und zumutbarerweise nebenbei zur Besorgung der persönlichen Angelegenheiten auf sich zu nehmen hat (<ref-ruling> E. 5 S. 304; Urteil 2C_807/2016 vom 17. Juli 2017 E. 6.3. m.w.H.). Zwar zieht die Qualifikation des beim Verkauf der Liegenschaft B._ erzielten Gewinns als Einkunft aus gewerbsmässigem Liegenschaftenhandel erhebliche Steuerfolgen für den Beschwerdeführer nach sich; hingegen war die Ausarbeitung der Beschwerde für ihn auch als juristischen Laien nicht mit dem von der bundesgerichtlichen Praxis verlangten Aufwand verbunden. Dementsprechend ist keine reduzierte Parteientschädigung zuzusprechen.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird teilweise gutgeheissen, der angefochtene Entscheid des Appellationsgerichts des Kantons Basel-Stadt als Verwaltungsgericht vom 14. April 2018 wird aufgehoben und die Sache zu neuem Entscheid im Sinne der Erwägungen an die Steuerrekurskommission des Kantons Basel-Stadt zurückgewiesen. Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 4'000.-- werden mit Fr. 3'500.-- dem Beschwerdeführer und mit Fr. 500.-- dem Kanton Basel-Stadt auferlegt.
3.
Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten, dem Appellationsgericht des Kantons Basel-Stadt als Verwaltungsgericht Dreiergericht und der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 11. Juni 2019
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Seiler
Der Gerichtsschreiber: Seiler