Faits :
A.
Par ordonnance du 26 février 2019, le Ministère public de la République et canton de Genève a refusé d'entrer en matière sur la plainte pénale pour diffamation contre inconnu déposée par A._ le 3 juillet 2018.
B.
Par arrêt du 5 août 2019, la Chambre pénale de recours de la Cour de justice de la République et canton de Genève a rejeté le recours formé par A._ à l'encontre de l'ordonnance de non-entrée en matière du 26 février 2019. Cet arrêt se fonde en substance sur les faits suivants.
Dans sa plainte du 3 juillet 2018, A._, alors Chief Information Officer de l'Organisation B._, a exposé faire l'objet d'une enquête interne de la Division C._ de l'Organisation B._, dans laquelle de fausses accusations étaient proférées contre lui. Le 19 juin 2018, D._, directeur de la section enquête de la Division C._, lui avait remis un mémorandum interne du même jour, en langue anglaise, signé par E._, directeur de la Division C._, dont un extrait traduit est reproduit ci-dessous:
" A. Avis d'enquête
1. Je vous écris pour vous informer que la Division C._ de l'Organisation B._ mène actuellement une enquête sur des allégations selon lesquelles vous auriez pu enfreindre le Statut et le Règlement du personnel de l'Organisation B._. Veuillez noter que vous êtes considéré comme faisant l'objet de cette enquête.
2. D'après les informations en possession de la Division C._, il semble que vous ayez adopté un comportement incompatible avec votre statut de fonctionnaire international. Plus précisément, il y a des preuves prima facie qu'à un moment en mars et avril 2018, vous:
(a) Avez ouvert les courriers privés/confidentiels de Mme F._ reçus de la Banque G._ et contenant sa carte bancaire de la Banque G._ et son mot de passe;
(b) Avez fait de fausses déclarations à Mme F._ dans le courrier électronique que vous lui avez envoyé le 15 mars 2018 et dans lequel vous lui avez fait savoir que vous lui aviez envoyé lesdits courriers privés/confidentiels de la Banque G._ par courrier interne de l'Organisation B._; et
(c) Avez sciemment abusé de la carte bancaire et du mot de passe de la Banque G._ de Mme F._ en accédant à son compte à son insu et sans son autorisation et/ou en y retirant la somme de 300 francs suisses ".
Le mémorandum précisait que l'enquête de la Division C._ serait menée conformément à la Politique en matière d'enquêtes de 2017 et du Manuel d'enquête de 2017, et qu'une enquêtrice externe, H._, avait été engagée pour les besoins de l'enquête. La présomption d'innocence tout comme la confidentialité de l'enquête étaient garanties, mais la Division C._ pouvait faire usage des informations récoltées pour les besoins de l'enquête ou de procédures subséquentes, y compris disciplinaires.
Il ressortait du document " Politique en matière d'enquêtes " de l'Organisation B._ (édition 2017) que l'enquête est une procédure officielle permettant d'examiner les allégations de faute ou un autre acte répréhensible concernant les fonctionnaires de l'Organisation B._, afin de déterminer s'ils ont été commis et, dans l'affirmative, d'identifier la ou les personnes responsables (ch. 6). Les fonctionnaires de l'Organisation B._ ont le devoir de signaler les fautes et autres actes répréhensibles (ch. 12). L'enquête - dont la responsabilité incombe au directeur de la Division C._ (ch. 7) - est précédée d'une évaluation préliminaire, dont le but est notamment de déterminer si les allégations sont crédibles, matérielles et vérifiables (ch. 22), au terme de laquelle le directeur de la Division C._, s'il décide d'ouvrir une enquête complète, doit en informer la personne " dont la conduite est en cours d'examen pour faute présumée " (ch. 33). Dès l'achèvement de l'enquête, le directeur de la Division C._ établit un rapport d'enquête final (ch. 36), étant précisé que la procédure d'enquête, visant à établir les faits, se distingue d'une procédure disciplinaire (ch. 11).
Sur la base des conclusions d'un rapport d'enquête du 28 octobre 2018, une procédure disciplinaire a été ouverte contre A._, laquelle a donné lieu à son licenciement avec effet immédiat en date du 7 février 2019.
C.
A._ forme un recours en matière pénale au Tribunal fédéral. Il conclut, avec suite de frais et dépens, à l'annulation de l'arrêt de la Chambre pénale de recours de la Cour de justice du 5 août 2019 et au renvoi de la cause au Ministère public pour qu'il ouvre une instruction pénale sur les infractions dénoncées.

Considérant en droit :
1.
Le recourant débute ses écritures par une présentation des faits. Dans la mesure où il s'écarte de ceux retenus par la cour cantonale sans démontrer en quoi ils auraient été établis de manière arbitraire, son exposé est appellatoire, partant irrecevable (consid. 3.1 infra).
2.
2.1. Selon l'art. 81 al. 1 let. a et b ch. 5 LTF, la partie plaignante qui a participé à la procédure de dernière instance cantonale est habilitée à recourir au Tribunal fédéral, si la décision attaquée peut avoir des effets sur le jugement de ses prétentions civiles. Constituent de telles prétentions celles qui sont fondées sur le droit civil et doivent en conséquence être déduites ordinairement devant les tribunaux civils. Il s'agit principalement des prétentions en réparation du dommage et du tort moral au sens des <ref-law>.
En vertu de l'<ref-law>, il incombe à la partie recourante d'alléguer les faits qu'elle considère comme propres à fonder sa qualité pour recourir. Lorsque le recours est dirigé contre une décision de non-entrée en matière ou de classement de l'action pénale, la partie plaignante n'a pas nécessairement déjà pris des conclusions civiles. Quand bien même la partie plaignante aurait déjà déclaré des conclusions civiles (cf. <ref-law>), il n'en reste pas moins que le ministère public qui refuse d'entrer en matière ou prononce un classement n'a pas à statuer sur l'aspect civil (cf. <ref-law>). Dans tous les cas, il incombe par conséquent à la partie plaignante d'expliquer dans son mémoire au Tribunal fédéral quelles prétentions civiles elle entend faire valoir contre l'intimé. Comme il n'appartient pas à la partie plaignante de se substituer au ministère public ou d'assouvir une soif de vengeance, la jurisprudence entend se montrer restrictive et stricte, de sorte que le Tribunal fédéral n'entre en matière que s'il ressort de façon suffisamment précise de la motivation du recours que les conditions précitées sont réalisées, à moins que l'on puisse le déduire directement et sans ambiguïté compte tenu notamment de la nature de l'infraction alléguée (<ref-ruling> consid. 1.1 p. 4).
Les mêmes exigences sont requises à l'égard de celui qui se plaint d'infractions attentatoires à l'honneur (cf. parmi d'autres: arrêts 6B_673/2019 du 31 octobre 2019 consid. 1.1; 6B_1043/2019 du 26 septembre 2019 consid. 2.2; 6B_637/2019 du 8 août 2019 consid. 1.2). N'importe quelle atteinte légère à la réputation professionnelle, économique ou sociale d'une personne ne justifie pas une réparation. L'allocation d'une indemnité pour tort moral fondée sur l'<ref-law> suppose que l'atteinte présente une certaine gravité objective et qu'elle ait été ressentie par la victime, subjectivement, comme une souffrance morale suffisamment forte pour qu'il apparaisse légitime qu'une personne dans ces circonstances s'adresse au juge pour obtenir réparation (arrêts 6B_673/2019 précité consid. 1.1; 6B_1043/2019 précité consid. 2.2; 6B_637/2019 précité consid. 1.2).
2.2. En l'espèce, le recourant soutient que les soupçons pour escroquerie et vol ainsi que l'accusation formelle d'avoir commis ces infractions ont nui irrémédiablement à sa réputation et sa dignité et lui ont causé d'importantes souffrances psychiques (anxiété, stress, honte, perte d'estime de soi etc.) qui ont requis sa mise en congé-maladie en janvier 2019. Il estime que cette atteinte grave à sa santé, à son bien-être et à son honneur justifierait une réparation à titre de tort moral pour un montant de 100'000 fr. minimum. Par ailleurs, la décision finale de l'employeur par laquelle le recourant a été reconnu coupable d'escroquerie et vol et licencié avec effet immédiat lui a causé un dommage matériel substantiel. Survenue approximativement quatre ans avant sa retraite officielle prévue pour mai 2023 lorsqu'il aurait atteint 62 ans (voire sept ans s'il décidait de travailler jusqu'à 65 ans), cette décision le privait de toute source de revenu jusqu'à sa retraite. Compte tenu d'un revenu annuel d'environ 218'700 fr., le dommage qu'il avait subi en raison des soupçons et d'accusations d'infractions pénales s'élevait à 874'800 fr. (voire environ 1'500'000 fr.), soit l'équivalent des salaires qu'il aurait pu toucher jusqu'à sa retraite.
2.3. Les prétentions que le recourant tire de sa perte de gain découlent non pas directement des propos qu'il considère comme des accusations diffamatoires, mais des relations contractuelles de droit du travail qui le lient à son employeur, plus particulièrement de la rupture de celles-ci. Ce faisant, il invoque un dommage qui ne résulte pas directement des agissements incriminés (cf. arrêt 6B_1043/2019 précité consid. 2.2).
Par ailleurs, le recourant se rapporte à une pièce nouvelle - un certificat médical du 21 janvier 2019 - pour justifier de sa qualité pour recourir devant le Tribunal fédéral, mais il ne motive pas en quoi une exception à la règle de l'<ref-law>, qui interdit en principe les preuves nouvelles devant le Tribunal fédéral, serait réalisée. Dans l'hypothèse où cette pièce serait recevable, il y a lieu d'observer qu'il y est indiqué, comme motif de l'arrêt de travail, une " dépression réactionnelle à l'environnement professionnel ", sans précision sur la gravité de l'atteinte subie. Il n'y est pas non plus précisé si ce sont en particulier les propos contenus dans le mémorandum du 19 juin 2018, seuls dénoncés comme étant constitutifs d'une atteinte à l'honneur (cf. arrêt attaqué consid. 3.2 p. 9), plutôt que l'ensemble des difficultés rencontrées par le recourant avec son employeur, dont il est fait état dans le mémoire de recours, qui sont à l'origine de cette atteinte à sa santé. Pour ces raisons, il est douteux que la motivation du recourant réponde aux exigences relatives à l'art. 81 al. 1 let. b ch. 5 LTF (cf. consid. 1.1 supra). La question peut cependant être laissée ouverte, le recours devant de toute manière être rejeté sur le fond.
3.
Le recourant reproche à la cour cantonale d'avoir établi les faits de manière arbitraire. Il se plaint en outre d'une violation des art. 173 et ss CP.
3.1. Le Tribunal fédéral est lié par les constatations de fait de la décision entreprise (<ref-law>), à moins que celles-ci n'aient été établies en violation du droit ou de manière manifestement inexacte au sens des art. 97 al. 1 et 105 al. 2 LTF, soit pour l'essentiel de façon arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. L'<ref-law> trouve également application lorsque le recours porte sur la question du classement de la procédure ou d'une non-entrée en matière. Lorsque les éléments de preuve au dossier sont peu clairs, le ministère public et l'autorité de recours ne sauraient anticiper l'appréciation des preuves qu'en ferait le tribunal du fond. Ainsi, lorsque le recours porte sur le classement de la procédure ou une non-entrée en matière, le Tribunal fédéral, dont le pouvoir de cognition est limité à l'arbitraire selon l'<ref-law>, n'examine pas si les constatations de fait de l'autorité précédente sont arbitraires, mais si celle-ci aurait pu arbitrairement s'écarter d'un moyen de preuve clair ou, à l'inverse, tenir arbitrairement un fait comme clairement établi (<ref-ruling> consid. 2.3.2 p. 244 s.). Les critiques de nature appellatoire sont irrecevables (<ref-ruling> consid. 2.4 p. 368 et les références citées).
Conformément à l'<ref-law>, le ministère public rend immédiatement une ordonnance de non-entrée en matière s'il ressort de la dénonciation ou du rapport de police que les éléments constitutifs de l'infraction ou les conditions à l'ouverture de l'action pénale ne sont manifestement pas réunis. Cette disposition doit être appliquée conformément à l'adage " in dubio pro duriore ". Celui-ci découle du principe de la légalité (art. 5 al. 1 Cst. et <ref-law> en relation avec les art. 319 al. 1 et 324 al. 1 CPP; <ref-ruling> consid. 4.2 p. 91) et signifie qu'en principe un classement ou une non-entrée en matière ne peuvent être prononcés par le ministère public que lorsqu'il apparaît clairement que les faits ne sont pas punissables ou que les conditions à la poursuite pénale ne sont pas remplies. Le ministère public et l'autorité de recours disposent, dans ce cadre, d'un pouvoir d'appréciation que le Tribunal fédéral revoit avec retenue. La procédure doit se poursuivre lorsqu'une condamnation apparaît plus vraisemblable qu'un acquittement ou lorsque les probabilités d'acquittement et de condamnation apparaissent équivalentes, en particulier en présence d'une infraction grave. En effet, en cas de doute s'agissant de la situation factuelle ou juridique, ce n'est pas à l'autorité d'instruction ou d'accusation mais au juge matériellement compétent qu'il appartient de se prononcer (<ref-ruling> consid. 2.2.1 p. 243; <ref-ruling> consid. 4.1.2 p. 91 et les références citées).
L'honneur protégé par le droit pénal est conçu de façon générale comme un droit au respect, qui est lésé par toute assertion propre à exposer la personne visée au mépris en sa qualité d'être humain (<ref-ruling> consid. 2.1.1 p. 315; <ref-ruling> consid. 2.1 p. 115). La réputation relative à l'activité professionnelle ou au rôle joué dans la communauté n'est pas pénalement protégée. Il en va ainsi des critiques qui visent comme tels la personne de métier, l'artiste ou le/la politicien/ne, même si elles sont de nature à blesser et à discréditer (<ref-ruling> consid. 2a p. 47; <ref-ruling> consid. 2a p. 195). Dans le domaine des activités socio-professionnelles, il ne suffit ainsi pas de dénier à une personne certaines qualités, de lui imputer des défauts ou de l'abaisser par rapport à ses concurrents. En revanche, il y a atteinte à l'honneur, même dans ces domaines, si on évoque une infraction pénale ou un comportement clairement réprouvé par les conceptions morales généralement admises (arrêts 6B_127/2019 du 9 septembre 2019 consid. 4.2.2 destiné à la publication; 6B_224/2016 du 3 janvier 2017 consid. 2.2).
Aux termes de l'<ref-law>, celui qui, en s'adressant à un tiers, aura accusé une personne ou jeté sur elle le soupçon de tenir une conduite contraire à l'honneur, ou de tout autre fait propre à porter atteinte à sa considération, celui qui aura propagé une telle accusation ou un tel soupçon, sera, sur plainte, puni d'une peine pécuniaire de 180 jours-amende au plus (ch. 1). L'inculpé n'encourra aucune peine s'il prouve que les allégations qu'il a articulées ou propagées sont conformes à la vérité ou qu'il avait des raisons sérieuses de les tenir de bonne foi pour vraies (ch. 2). L'inculpé ne sera pas admis à faire ces preuves et il sera punissable si ses allégations ont été articulées ou propagées sans égard à l'intérêt public ou sans autre motif suffisant, principalement dans le dessein de dire du mal d'autrui, notamment lorsqu'elles ont trait à la vie privée ou à la vie de famille (ch. 3).
L'auteur est de bonne foi s'il a cru à la véracité de ce qu'il disait. Il résulte de l'<ref-law> que la bonne foi ne suffit pas; il faut encore que l'auteur établisse qu'il avait des raisons sérieuses de croire à ce qu'il disait. Un devoir de prudence incombe à celui qui porte atteinte à l'honneur d'autrui; il ne saurait s'avancer à la légère. Pour échapper à la sanction pénale, l'auteur de bonne foi doit démontrer qu'il a accompli les actes que l'on pouvait exiger de lui, selon les circonstances et sa situation personnelle, pour contrôler la véracité de ses allégations et la considérer comme établie. L'auteur doit prouver qu'il a cru à la véracité de ses allégations après avoir fait consciencieusement tout ce que l'on pouvait attendre de lui pour s'assurer de leur exactitude. Pour dire si l'auteur avait des raisons sérieuses de tenir de bonne foi pour vrai ce qu'il a dit, il faut se fonder exclusivement sur les éléments dont il avait connaissance à l'époque de sa déclaration; il n'est pas question de prendre en compte des moyens de preuve découverts ou des faits survenus postérieurement. Il faut donc que l'auteur établisse les éléments dont il disposait à l'époque, ce qui relève du fait; sur cette base, le juge doit apprécier si ces éléments étaient suffisants pour croire à la véracité du propos, ce qui relève du droit (<ref-ruling> consid. 3b p. 151 s.). Il convient en outre de se demander si les faits allégués constituent des allégations ou jettent un simple soupçon. Celui qui se borne à exprimer un soupçon peut se limiter à établir qu'il avait des raisons suffisantes de le tenir de bonne foi pour justifié; en revanche, celui qui présente ses accusations comme étant l'expression de la vérité doit prouver qu'il avait de bonnes raisons de le croire (<ref-ruling> consid. 3b p. 208).
Enfin, la jurisprudence a confirmé la compétence du ministère public pour rendre, selon les circonstances, une ordonnance de non-entrée en matière, de classement ou une ordonnance pénale lorsqu'une infraction de diffamation (<ref-law>) est en cause. Toute compétence décisionnelle n'est pas non plus déniée au ministère public lorsque les éléments constitutifs de l'infraction semblent réunis (<ref-law>). En effet, le fait qu'un tribunal de première instance dispose des compétences, le cas échéant, pour administrer les preuves libératoires qui peuvent découler de l'admission de ce droit n'exclut pas toute administration préalable. Un tel raisonnement serait contraire au principe d'économie de procédure puisqu'il tendrait à imposer dans tous les cas où les conditions de l'<ref-law> paraissent réalisées un renvoi en jugement. Or, un premier examen sommaire, notamment de la plainte ou des mesures d'instruction, peut suffire pour considérer que les chances d'un acquittement apparaissent manifestement supérieures à la probabilité d'une condamnation. Dans de telles situations, le ministère public, dans le cadre des compétences juridictionnelles que le législateur lui a attribuées, doit pouvoir rendre une décision (arrêts 6B_239/2019 du 24 avril 2019 consid. 2.2; 6B_539/2016 du 1er novembre 2017 consid. 2.1 et les références citées).
3.2. En l'espèce, la cour cantonale a retenu, sans que le recourant ne formule de critique à cet égard, que les seules déclarations pouvant raisonnablement entrer en ligne de compte et pour lesquelles le recourant motive des griefs sont celles qui ressortent du mémorandum du 19 juin 2018, signé par E._. Comme le ministère public avant elle, l'autorité précédente n'a pas nié que ce mémorandum puisse contenir des allégations portant atteinte à l'honneur du recourant; elle a cependant confirmé l'ordonnance de non-entrée en matière au motif de l'existence de la preuve libératoire de la bonne foi.
3.3. Le recourant fait valoir que les accusations d'escroquerie et de vol proférées contre lui n'ont aucun lien avec son activité professionnelle en tant que telle. La sphère professionnelle ne saurait dès lors constituer une preuve libératoire. De surcroît, une autorité administrative au sein d'une institution, fût-elle une organisation internationale comme dans le cas d'espèce, n'a pas la compétence pour soupçonner, accuser ou condamner un individu en lien avec des infractions pénales selon le droit suisse, commises sur le territoire suisse et dont le résultat s'est produit en Suisse. Des soupçons jetés sur les individus par toute autre autorité qu'une autorité pénale suisse devraient être considérés comme une atteinte à l'honneur sans qu'une preuve libératoire ne puisse être invoquée.
3.3.1. Quoi qu'en dise le recourant, la possibilité d'apporter l'une des preuves libératoires de l'<ref-law> n'est pas réservée à l'autorité pénale lorsqu'il est allégué des faits constitutifs d'infractions pénales. Comme cela ressort de la loi, le seul cas dans lequel l'auteur d'une atteinte à l'honneur n'est pas admis à faire ces preuves est celui dans lequel ses allégations ont été articulées ou propagées sans égard à l'intérêt public ou sans autre motif suffisant, principalement dans le dessein de dire du mal d'autrui (<ref-law>). Dans le cadre de l'examen de cette condition, la cour cantonale a observé que les propos en cause s'inscrivaient dans le cadre d'une enquête interne menée par l'ancien employeur du recourant, qui paraissait conforme aux règlementations internes édictées en la matière (qui commandaient d'informer la personne concernée) et avait été mise en oeuvre par l'organe matériellement compétent pour ce faire, soit la Division C._, en la personne de son directeur. Ils portaient en outre sur un comportement intervenu dans l'environnement professionnel (soit l'utilisation indue, au détriment d'une collègue, d'une carte bancaire reçue sur le lieu de travail). L'Organisation B._ ne s'est ainsi pas saisie d'un comportement commis par le recourant dans un cadre strictement privé, qui ne l'aurait en principe pas concernée. Dans ces circonstances, il existait un intérêt suffisant pour l'employeur d'établir les faits. La diffusion au sein de l'Organisation B._ du mémorandum du 19 juin 2018, qui contenait une clause de confidentialité, s'entendait par ailleurs de manière restrictive. Sur la base de ces éléments, la cour cantonale n'a pas violé le droit fédéral en retenant que les conditions de l'<ref-law> n'étaient pas réalisées.
3.4. A juste titre, la cour cantonale a ensuite examiné si l'une des preuves libératoires de l'<ref-law> paraissait réalisée. A cet égard, il convenait de commencer par déterminer si les propos litigieux constituaient des allégations tenues pour vraies ou ne faisaient que jeter un simple soupçon puisque, comme vu ci-dessus (consid. 3.1 supra), celui qui se borne à exprimer un soupçon peut se limiter à établir qu'il avait des raisons suffisantes de le tenir de bonne foi pour justifié, tandis que celui qui présente ses accusations comme étant l'expression de la vérité doit prouver qu'il avait de bonnes raisons de le croire. Le recourant se plaint ici de l'établissement arbitraire des faits au motif que la cour cantonale a constaté, de manière insoutenable, que son employeur n'avait exprimé que de simples soupçons.
La cour cantonale a constaté que l'objet du mémorandum n'était pas d'accuser le recourant d'avoir commis, de manière établie et indubitable, un certain nombre de comportements, mais de l'informer de l'ouverture d'une enquête interne, destinée à établir les faits et ainsi étayer ou infirmer des soupçons. L'autorité précédente a de surcroît retenu que l'usage du conditionnel (" vous auriez pu enfreindre "), des termes employés (" il semble "; " il y a des preuves prima facie ") et le rappel de la présomption d'innocence du collaborateur concerné dans le mémorandum venaient souligner le caractère de simples soupçons exprimés à l'encontre du recourant. Le recourant relève cependant que certaines des phrases du mémorandum emploient l'indicatif et non le conditionnel. Il s'agit toutefois d'une énumération des comportements sur lesquels l'enquête va porter; une seule phrase introduit ces comportements, laquelle est formulée de manière à exprimer une réserve: " il y a des preuves prima facie qu'à un moment en mars et avril 2018, vous [...] ".
Compte tenu de ces éléments, la cour cantonale n'est pas tombée dans l'arbitraire en concluant qu'il n'était exprimé ici que de simples soupçons. Si l'employeur avait d'emblée tenu ses allégations pour vraies, une enquête n'aurait pas eu lieu d'être et il aurait pu sans autre sanctionner la faute disciplinaire qu'il avait identifiée. Peu importe, par ailleurs, la teneur du rapport d'enquête du 28 octobre 2019, qui n'est pas l'objet du litige et qui a précisément été établi à l'issue de l'enquête (cf. consid. 3.2 supra). Aussi convenait-il, dans le cas d'espèce, d'examiner si l'ex-employeur du recourant avait des raisons suffisantes de tenir ses soupçons de bonne foi pour justifiés.
3.5. Le recourant reproche à la cour cantonale d'avoir retenu la bonne de foi de l'auteur.
3.5.1. L'autorité précédente a constaté que le mémorandum du 19 juin 2018 avait été précédé d'une évaluation préliminaire par la Division C._, dont le but était de déterminer la crédibilité des allégations et décider si elles justifiaient d'ouvrir une procédure d'enquête contre le collaborateur concerné. Le recourant reconnaissait lui-même, dans sa plainte, avoir été entendu le 20 juin 2018 par l'enquêtrice mandatée par la Division C._, qui lui avait présenté des images de vidéosurveillance le montrant prétendument devant le guichet de la Banque G._ de l'Organisation B._ à une heure correspondant au retrait litigieux depuis le compte bancaire de F._. On comprenait également de sa plainte que l'enquêtrice se fondait sur le relevé du compte bancaire de F._. Ainsi, selon les faits établis dans l'arrêt attaqué, la Division C._ était en possession d'éléments de preuve au moment de l'établissement du mémorandum du 19 juin 2018, lequel avait été précédé d'une première évaluation.
3.5.2. Le recourant allègue que l'Organisation B._ a tardé à lever son immunité malgré ses demandes répétées, ce qui a reporté l'instruction de sa plainte pénale et démontrerait la mauvaise foi de son ancien employeur. Cependant, un retard de l'Organisation B._ dans le cas du recourant par rapport au délai usuel de traitement de telles demandes n'a pas été constaté par la cour cantonale et le recourant ne démontre qu'elle se serait écartée d'un moyen de preuve clair (consid. 3.1 supra). Il ne saurait dès lors en tirer argument.
3.5.3. Le recourant soutient qu'à l'issue de son enquête, l'employeur a procédé à son licenciement avec effet immédiat pour faute grave sans jamais avoir dénoncé le cas à l'autorité pénale compétente, ce qui démontrerait qu'il n'avait aucun intérêt à découvrir la vérité et poursuivait le seul but de ternir l'image du recourant. Il n'avait d'ailleurs aucune raison suffisante pour soupçonner le recourant en l'absence de condamnation pénale par une autorité compétente.
L'existence d'une condamnation pénale n'est requise que lorsqu'il s'agit d'apporter la preuve de la vérité (cf. ATF <ref-ruling> consid. 4.2 p. 118; plus récemment: arrêt 6B_569/2018 du 20 mars 2019 consid. 2.2) et non, comme ici, dans le cadre de l'examen de la bonne foi. Les faits reprochés portaient sur un montant de 300 fr. qu'un collaborateur aurait substitué à une autre sur le lieu de travail; il est compréhensible que l'employeur n'ait pas souhaité soumettre ce cas d'importance mineure aux autorités pénales, étant précisé que l'Organisation B._ n'aurait pas eu le statut de partie plaignante et qu'il n'existe pas d'obligation générale de dénoncer des infractions pénales en droit suisse. En revanche, conformément à sa " Politique en matière d'enquêtes ", l'Organisation B._ s'est obligée à identifier les comportements de ses collaborateurs contraires au Statut et au Règlement du personnel et à suivre sa procédure interne confidentielle, ce qu'elle a fait dans le cas présent. La cour cantonale n'a du reste pas manqué de constater qu'à l'issue de l'investigation interne, le recourant avait été reconnu coupable des faits reprochés puis licencié avec effet immédiat (cf. arrêt attaqué, En fait, D.a.a.), de sorte qu'il n'y a pas lieu de reprocher à la cour cantonale l'omission arbitraire de ce fait.
3.5.4. Sur le vu des constatations de l'arrêt attaqué, la cour cantonale pouvait considérer qu'indépendamment de la réalité des faits reprochés - que l'enquête avait pour but d'établir, en permettant notamment au recourant de s'exprimer sur leur contenu - il existait des raisons sérieuses, au sens de l'<ref-law>, de tenir pour justifiées les allégations articulées dans le mémorandum du 19 juin 2018. L'existence d'autres procédures opposant le recourant et son désormais ex-employeur ou encore l'absence de dénonciation pénale ne permettaient pas de nier le caractère justifié, au vu des éléments alors en possession de l'Organisation B._ ou de la Division C._, des soupçons exprimés.
C'est, partant, sans violer le droit fédéral que l'autorité précédente a conclu qu'une telle situation permettait au ministère public de considérer que les chances d'un acquittement du mis en cause étaient manifestement supérieures à la probabilité d'une condamnation, justifiant ainsi de ne pas entrer en matière sur les faits dénoncés.
4.
Il s'ensuit que le recours doit être rejeté, dans la mesure où il est recevable. Le recourant, qui succombe, supportera les frais judiciaires (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté, dans la mesure où il est recevable.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 3'000 fr., sont mis à la charge du recourant.
3.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre pénale de recours.
Lausanne, le 15 janvier 2020
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Denys
La Greffière : Musy