Fatti:
A.
A._, nato nel 1968, ha lavorato in Svizzera in qualità di frontaliere dal 1987, da ultimo presso la B._ SA a Novazzano fino al 10 aprile 2014, quando ha dovuto interrompere il suo lavoro per motivi di salute. Il suo salario ammontava nel 2014 a fr. 20.29 all'ora, pari a fr. 46'422.10 annui. Con decisione del 25 gennaio 2017 l'Ufficio dell'assicurazione per l'invalidità per gli assicurati residenti all'estero (UAIE) ha posto l'interessato al beneficio di una rendita intera d'invalidità limitata nel tempo dal 1° aprile al 31 dicembre 2015, stabilendo a partire da questa data una perdita di guadagno del 36%, insufficiente per avere diritto a una rendita d'invalidità.
B.
Su ricorso dell'assicurato, il Tribunale amministrativo federale, mediante giudizio del 7 gennaio 2019, lo ha accolto rinviando la causa all'UAIE per nuova decisione ai sensi dei considerandi. Il Tribunale di prima istanza ha in particolare ritenuto che il calcolo della perdita di guadagno subita dall'interessato dopo il 31 dicembre 2015 come effettuato dall'UAIE non era corretto. Tenuto conto del fatto che il salario da valido dell'interessato era sensibilmente inferiore alla media dei salari erogati nel suo settore di attività, il salario da invalido doveva essere anch'esso ridotto nella stessa misura (sulla base del cosiddetto "parallelismo dei redditi", sulla nozione si rinvia alla parte in diritto). Non potendo tuttavia stabilire a quale settore di attività si poteva attribuire la B._ SA (settore della metallurgia, fabbricazione di prodotti in metallo o a quello della fabbricazione di macchinari e apparecchiature), un complemento istruttorio si rendeva necessario, da cui il rinvio della causa all'UAIE per nuova decisione. Infatti, a seconda del settore di attività, l'interessato poteva avere diritto dopo il 31 dicembre 2015 a un quarto di rendita oppure a una mezza rendita d'invalidità.
C.
L'UAIE inoltra un ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale cui chiede di annullare il suddetto giudizio e di confermare la decisione del 25 gennaio 2017.
Invitato a pronunciarsi sul ricorso, l'opponente ha chiesto di respingere il ricorso.

Diritto:
1.
1.1. Il ricorso in materia di diritto pubblico è ammissibile contro le decisioni che mettono fine al procedimento (<ref-law>). Salvo le situazioni - non pertinenti nella fattispecie - oggetto dell'<ref-law>, il ricorso è ammissibile contro le decisioni incidentali se queste possono causare un pregiudizio irreparabile (<ref-law>) o se l'accoglimento del ricorso comporterebbe immediatamente una decisione finale consentendo di evitare una procedura probatoria defatigante o dispendiosa (<ref-law>).
1.2. Di principio, una decisione che rinvia una causa non mette fine al procedimento (<ref-ruling> consid. 4.2 pag. 482) e non causa un pregiudizio irreparabile alle parti, poiché il solo prolungarsi della durata della procedura o il maggiore costo che ne deriva non costituiscono un tale pregiudizio (<ref-ruling> consid. 5.2.2 pag. 483 con i riferimenti). Tuttavia, se il rinvio della causa non lascia alcun margine d'apprezzamento all'autorità chiamata a statuire di nuovo, si è di fronte a una decisione finale normalmente impugnabile (sentenza 9C_684/2007 del 27 dicembre 2007 consid. 1.1, in SVR 2008 IV n. 39 pag. 131; v. anche per il diritto previgente <ref-ruling> consid. 5.2.2 pag. 483; <ref-ruling> consid. 3.2 pag. 317 con i riferimenti).
1.3. Anche se il giudizio impugnato rinvia la causa all'UAIE affinché renda una nuova decisione, viene esplicitamente indicato che il complemento istruttorio relativo al settore di attività della B._ SA, determinante per calcolare la perdita di guadagno dell'assicurato, non potrà mettere in discussione il parallelismo dei redditi, da cui potrebbe scaturire il diritto a un quarto, rispettivamente a una mezza rendita d'invalidità dopo il 31 dicembre 2015. Nella misura in cui l'UAIE deve limitarsi ad eseguire le istruzioni imperative decise dal Tribunale amministrativo federale, il dispositivo del giudizio impugnato non gli lascia più alcun margine d'apprezzamento, di modo che sarà tenuto a rendere una decisione che reputa contraria al diritto federale (cfr. <ref-ruling> consid. 5.2.4 pag. 484). Il ricorso in materia di diritto pubblico è dunque ammissibile.
2.
2.1. Con il ricorso davanti al Tribunale federale, l'UAIE ha prodotto anche un estratto del Contratto collettivo di lavoro dell'industria metalmeccanica ed elettrica, da cui si evince che il salario minimo per questo settore di attività è di fr. 42'900 per il Ticino.
2.2. In virtù dell'<ref-law>, possono essere addotti nuovi fatti e nuovi mezzi di prova soltanto se ne dà motivo la decisione dell'autorità inferiore. Ora, il Tribunale amministrativo federale ha operato d'ufficio il parallelismo dei redditi, che né l'UAIE nella decisione impugnata, né il ricorrente in sede di prima istanza, avevano esaminato o fatto valere. Si tratta di un argomento nuovo che si basa sulla nozione di salario medio per il settore di attività in cui era attivo l'assicurato. In queste circostanze, la produzione dell'estratto del contratto collettivo di lavoro deve essere ammessa.
3.
L'oggetto del contendere è delimitato dal diritto dell'assicurato a una rendita d'invalidità per il periodo posteriore al 31 dicembre 2015. Per quanto riguarda il calcolo dell'invalidità, non sono contestati dalle parti né il salario da valido (fr. 46'422.10 per il 2014, né la sua indicizzazione al 2016, né la capacità lavorativa residua del 50%, né il salario da invalido. Va precisato che il Tribunale amministrativo federale non ha ritenuto alcuna riduzione per il salario da invalido imputabile ai fattori professionali e personali del caso in applicazione della <ref-ruling>, discostandosi in tal modo dall'UAIE che aveva ammesso una riduzione del 10%. Questa divergenza è comunque ininfluente per la risoluzione della vertenza. Contestata è invece la necessità di operare un parallelismo dei redditi prima e dopo l'invalidità.
4.
Nei considerandi dell'impugnata pronuncia, l'autorità federale di ricorso ha già esposto le norme disciplinanti la materia, rammentando in particolare i presupposti e l'estensione del diritto alla rendita (<ref-law>), il metodo ordinario di confronto dei redditi per la determinazione del grado d'invalidità di assicurati esercitanti un'attività lucrativa (<ref-law>). A tale esposizione può essere fatto riferimento e prestata adesione, non senza tuttavia ribadire la nozione di parallelismo dei redditi (<ref-ruling> consid. 5.4 pag. 3).
Il Tribunale federale ha già avuto modo di affermare che se una persona assicurata, per motivi estranei all'invalidità (per esempio a causa della sua carente formazione scolastica o professionale, delle sue carenti competenze linguistiche, delle limitate possibilità di assunzione dovute a uno statuto di lavoratore precario, ecc.), ha realizzato un reddito considerevolmente inferiore alla media dei salari conseguibili nello stesso ambito professionale - tale limite essendo stato fissato al 5% - senza che vi si sia spontaneamente accontentata, si procede a un parallelismo dei due redditi di paragone per la parte percentuale eccedente la soglia del 5% (<ref-ruling>). In pratica, questo parallelismo può avvenire a livello di reddito da valido aumentando in maniera adeguata il reddito effettivamente conseguito, oppure facendo capo ai valori statistici, oppure ancora a livello di reddito da invalido mediante una riduzione adeguata del valore statistico (<ref-ruling>).
Questa giurisprudenza intende garantire che i due redditi di riferimento vengano stabiliti sulla medesima base. Ora, se una persona assicurata realizzava nell'attività svolta senza danno alla salute un salario considerevolmente inferiore alla media poiché le sue qualità personali rendevano impossibile il conseguimento di un salario medio, non si può presumere che la stessa persona con il pregiudizio alla salute possa realizzare (anche solo in proporzione) un salario medio. Di conseguenza, se si prende in considerazione un salario senza invalidità che per i detti motivi si situava considerevolmente al di sotto della media, allora si deve tenere conto degli stessi fattori estranei all'invalidità anche per determinare il reddito ipotetico da invalido. Il parallelismo dei redditi tiene così conto della circostanza che la persona assicurata, da invalida, non è realisticamente in grado di realizzare il salario statistico medio, per cui occorre riconoscerle un salario da invalida conseguentemente più basso. Non si giustificherebbe in effetti in alcun modo contrapporre a un reddito senza invalidità nettamente al di sotto della media un reddito da invalido medio realisticamente irrealizzabile. Per converso, laddove un reddito da invalido di fascia media è realisticamente conseguibile rispettivamente ragionevolmente esigibile, un reddito da valido inferiore alla media (per motivi economici) non deve essere adattato al livello medio (<ref-ruling> consid. 3.4.3 e 3.4.4 pag. 61 segg.; cfr. pure sentenza 9C_21/2014 del 2 aprile 2014 consid. 3).
5.
5.1. Il Tribunale amministrativo federale ha operato un parallelismo dei redditi, fondandosi sulla circostanza che il reddito da valido percepito da ultimo dall'assicurato presso la B._ SA era chiaramente inferiore al reddito medio del settore di attività della ditta. A seconda del settore di attività al quale poteva essere attribuita la ditta, il salario percepito dall'assicurato era del 30.5%, rispettivamente del 34.7% inferiore alla media. In applicazione del parallelismo dei redditi, tenuto conto anche della soglia del 5% in applicazione della giurisprudenza sopracitata, il salario da invalido andava ridotto del 25.5%, rispettivamente del 29.7%, da cui deriverebbe il diritto a un quarto, rispettivamente a una mezza rendita d'invalidità.
5.2. L'UAIE contesta l'applicazione della riduzione per il parallelismo dei redditi per il motivo che il salario percepito dall'assicurato è comunque superiore all'importo previsto dal contratto collettivo di lavoro. In ogni caso, l'assicurato si è spontaneamente accontentato di un salario inferiore alla media di quelli in auge nel suo settore di attività e pertanto non può beneficiare di un'ulteriore riduzione del suo salario da invalido.
5.3. L'assicurato chiede di confermare il giudizio di prima istanza, contestando in particolare di essersi accontentato di un salario inferiore a quelli in uso nel settore.
6.
6.1. È pacifico che la B._ SA è affiliata all'Associazione padronale svizzera dell'industria metalmeccanica (Swissmem) e che pertanto è assoggettata con i suoi dipendenti al Contratto collettivo di lavoro dell'industria metalmeccanica ed elettrica (art. 1 cifra 1 del contratto).
Il salario effettivamente percepito dall'assicurato nel 2014 (fr. 46'422.10, indicizzato al 2016 a fr. 46'932.09 o fr. 46'886.63 a seconda del settore) è superiore a quello previsto dal contratto collettivo di lavoro (pari a fr. 42'900), ma inferiore a quello del settore della metallurgia, fabbricazione di prodotti in metallo (fr. 67'537.43 nel 2016), oppure a quello del settore della fabbricazione di macchinari e apparecchiature (fr. 71'805.58), stabiliti fondandosi sui dati nazionali dell'Ufficio federale di statistica.
6.2. La censura sollevata dall'UAIE è già stata a più riprese esaminata dal Tribunale federale con sentenze 8C_141/2016 e 8C_142/2016 del 17 maggio 2016 consid. 5.2.2, in seguito confermate da ultimo il 20 febbraio 2019 con sentenza 8C_607/2018 consid. 2.3 (v. anche sentenze 8C_310/2018 del 18 dicembre 2018 consid. 6.2 e 6.3, 8C_721/2017 del 26 settembre 2018 consid. 3.4.2, 8C_759/2017 dell'8 maggio 2018 consid. 3.2.3.2, 8C_643/2016 del 25 aprile 2017 consid. 4.3 e 8C_537/2016 dell'11 aprile 2017 consid. 6.2). Si evince da questa giurisprudenza costante che quando un salario da valido corrisponde (o è superiore come nella fattispecie) al salario minimo previsto da un contratto collettivo di lavoro, esso non può essere considerato alla stregua di un reddito considerevolmente inferiore alla media dei salari conseguibili nello stesso ambito professionale che giustificherebbe la riduzione dei salari in applicazione del parallelismo dei redditi (cfr. consid. 4). Questo anche se il reddito realmente percepito è sensibilmente inferiore ai salari determinati in base ai dati dell'Ufficio federale di statistica (v. in particolare sentenza 8C_537/2016 dell'11 aprile 2017 consid. 6.2). Infatti, si considera che il salario stabilito dal contratto collettivo di lavoro è quello che più si avvicina a quelli correnti in uso nel settore.
6.3. Alla luce di questa giurisprudenza costante, il ricorso dell'UAIE si rivela fondato. Nella fattispecie il parallelismo effettuato dal Tribunale amministrativo federale non era giustificato. Gli altri parametri alla base del raffronto dei redditi operato dall'UAIE sono stati confermati dall'autorità di prima istanza, rispettivamente non sono contestati dalle parti, si può pertanto convalidare il calcolo della perdita di guadagno operato dall'UAIE nella sua decisione del 25 gennaio 2017.
Visto quanto precede non è necessario pronunciarsi sulle altre condizioni relative al parallelismo dei redditi (in particolare sulla questione se l'assicurato si è volontariamente accontentato di un salario inferiore a quelli del suo settore), come neppure sulla riduzione per fattori professionali e personali (cfr. consid. 3 in fine).
7.
Le spese giudiziarie, che seguono la soccombenza, devono essere poste a carico dell'opponente (<ref-law>). Il ricorrente non ha diritto alle spese ripetibili (<ref-law>).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1.
Il ricorso è accolto. La sentenza del Tribunale amministrativo federale, Corte III, del 7 gennaio 2019 è annullata e la decisione dell'Ufficio AI per gli assicurati residenti all'estero del 25 gennaio 2017 confermata.
2.
Le spese giudiziarie di fr. 800.- sono poste a carico dell'opponente.
3.
La causa viene rinviata al Tribunale amministrativo federale, Corte III per nuova decisione sulle spese giudiziarie e le ripetibili nella procedura precedente.
4.
Comunicazione alle parti, al Tribunale amministrativo federale, Corte III, e all'Ufficio federale delle assicurazioni sociali.