Erwägungen:
1.
Das Kantonsgericht Luzern verurteilte A._ am 19. September 2018 wegen rechtswidrigen Aufenthalts zu einer bedingten Geldstrafe von 20 Tagessätzen zu Fr. 10.-- bei einer Probezeit von zwei Jahren. Es auferlegte ihm die Kosten des Vorverfahrens sowie des erst- und zweitinstanzlichen Gerichtsverfahrens.
Gegen dieses Urteil erhob A._ Beschwerde in Strafsachen an das Bundesgericht. Gleichzeitig ersuchte er beim Kantonsgericht um Revision, nachdem das Staatssekretariat für Migration (SEM) ihn am 17. Januar 2019 als Flüchtling anerkannt und ihm Asyl gewährt hatte.
Die Strafrechtliche Abteilung des Bundesgerichts sistierte das bundesgerichtliche Verfahren antragsgemäss bis zum Abschluss des kantonalen Verfahrens.
Am 9. Juli 2019 hiess das Kantonsgericht das Revisionsgesuch gut, hob das Urteil vom 19. September 2018 auf und sprach den Beschwerdeführer von Schuld und Strafe frei. In der Folge hob die Strafrechtliche Abteilung des Bundesgerichts die Sistierung des Verfahrens auf und gab dem Beschwerdeführer am 16. Juli 2019 die Möglichkeit, sich zu einer Abschreibung der Beschwerde in Strafsachen zu äussern. Mit Eingabe vom 15. August 2019 teilte der Beschwerdeführer mit, nichts gegen eine Abschreibung einzuwenden. Er halte aber an der Festsetzung einer angemessenen Entschädigung respektive am Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege fest.
2.
Mit dem Revisionsurteil vom 9. Juli 2019 ist das Anfechtungsobjekt des vorliegenden Verfahrens dahingefallen. Die Beschwerde in Strafsachen ist deshalb als gegenstandslos geworden abzuschreiben.
3.
Bei Gegenstandslosigkeit des Verfahrens entscheidet das Bundesgericht mit summarischer Begründung über die Prozesskosten aufgrund der Sachlage vor Eintritt des Erledigungsgrundes (<ref-law> in Verbindung mit <ref-law>). Bei der Beurteilung der Kosten- und Entschädigungsfolgen ist damit in erster Linie auf den mutmasslichen Ausgang des Prozesses abzustellen. Dabei geht es nicht darum, die Prozessaussichten im Einzelnen zu prüfen (<ref-ruling> E. 8.2 S. 568 mit Hinweisen).
3.1.
3.1.1. Die Vorinstanz erwägt in ihrem Entscheid vom 19. September 2018, das SEM habe am 13. November 2015 das Asylgesuch des Beschwerdeführers abgewiesen. Eine dagegen geführte Beschwerde habe das Bundesverwaltungsgericht am 27. Oktober 2016 rechtskräftig abgewiesen. Damit habe das Bundesverwaltungsgericht die Flüchtlingseigenschaft des Beschwerdeführers überprüft und eine vorläufige Aufnahme nach Art. 83 aAuG (SR 142.20; neu: Ausländer- und Integrationsgesetz, AIG) verneint. Darauf sei im Strafverfahren nicht zurückzukommen. Obwohl das SEM dem Beschwerdeführer am 10. November 2016 eine Ausreisefrist bis zum 9. Dezember 2016 gesetzt habe, sei er seiner Mitwirkungspflicht bei der Beschaffung gültiger Reisepapiere (<ref-law>; SR 142.31) nicht nachgekommen. Der Beschwerdeführer habe den Entscheid des Bundesverwaltungsgerichts erhalten und verstanden, die Ausreisefrist bis zum 9. Dezember 2016 zur Kenntnis genommen und die Kooperation bei der Beschaffung von Ausweispapieren sowie die Ausreise verweigert. Er habe sich vom 10. Dezember 2016 bis zum 5. Februar 2017 ohne Aufenthaltstitel und damit rechtswidrig in der Schweiz aufgehalten. Das Strafgericht habe die Rechtswidrigkeit des Aufenthalts im Sinne von Art. 115 Abs. 1 lit. b aAuG nur zu verneinen, wenn sich der zu sichernde Wegweisungsentscheid als offensichtlich unzulässig erweise. Die Ausreise sei aber nicht an einer objektiven Unmöglichkeit, sondern am Verhalten des Beschwerdeführers gescheitert. Sie wäre durch ein Laissez-Passer des SEM und mittels Reisepapieren, die durch Vorsprache beim srilankischen Generalkonsulat hätten beschafft werden können, möglich gewesen. Zwar sei nicht ersichtlich, weshalb der Beschwerdeführer für den Termin vom 26. Januar 2017 beim srilankischen Generalkonsulat nicht über seinen Anwalt hätte erreicht werden können. Hingegen sei aufgrund seiner konstanten Weigerung, bei der Beschaffung von Reisepapieren mitzuwirken und seiner Beteuerungen, in der Schweiz bleiben zu wollen, nicht anzunehmen, der Beschwerdeführer hätte den fraglichen Termin wahrgenommen (vorinstanzlicher Entscheid vom 19. September 2018 S. 4 ff.).
3.1.2. Mit Blick auf den positiven Asylentscheid des SEM vom 17. Januar 2019 erwägt die Vorinstanz in ihrem Revisionsentscheid vom 9. Juli 2019, der Beschwerdeführer habe sein zweites Asylgesuch von Anfang Februar 2017 ausnahmslos auf Tatsachen abgestützt, die im fraglichen Zeitraum (10. Dezember 2016 bis 5. Februar 2017) bereits bestanden hätten (unter anderem Gerichtsverfahren wegen vermuteter Zugehörigkeit zur Liberation Tigers of Tamil Eelam [LTTE], Haft und Folter im Jahr 2007, Teilnahme an regimekritischen Demonstrationen im Jahr 2016). Deshalb sei anzunehmen, dass der positive Entscheid des SEM auf die genannten früheren Tatsachen beruhe. Das SEM sei mithin (entgegen seiner ersten Einschätzung im Jahre 2015) neu der Auffassung, dass der Beschwerdeführer bereits im hier relevanten Zeitraum Flüchtlingseigenschaft aufgewiesen habe. Aufgrund dieser Flüchtlingseigenschaft könne dem Beschwerdeführer strafrechtlich nicht vorgeworfen werden, sich zwischen dem 10. Dezember 2016 und dem 5. Februar 2017 in der Schweiz aufgehalten zu haben (vorinstanzlicher Entscheid vom 9. Juli 2019 S. 8 ff.).
3.2. Nach Art. 115 Abs. 1 lit. b aAuG macht sich strafbar, wer sich rechtswidrig, namentlich nach Ablauf des bewilligungsfreien oder des bewilligten Aufenthalts, in der Schweiz aufhält. Art. 115 Abs. 1 lit. b aAuG gelangt nicht zur Anwendung, wenn es der betroffenen ausländischen Person - etwa aufgrund einer Weigerung des Heimatlands, Staatsangehörige zurückzunehmen oder Ausweispapiere auszustellen - objektiv unmöglich ist, legal aus der Schweiz auszureisen bzw. rechtmässig in das Heimatland zurückzukehren. Das strafrechtliche Schuldprinzip setzt die Freiheit voraus, anders handeln zu können (<ref-ruling> E. 1.6.1 S. 256; Urteil 6B_118/2017 vom 14. Juli 2017 E. 5.3.1; je mit Hinweisen).
Das SEM hatte am 13. November 2015 das Asylgesuch des Beschwerdeführers abgewiesen. Eine dagegen geführte Beschwerde wies das Bundesverwaltungsgericht am 27. Oktober 2016 rechtskräftig ab. Der Beschwerdeführer verfügte im tatrelevanten Zeitraum vom 10. Dezember 2016 bis zum 5. Februar 2017 über keine Aufenthaltsbewilligung. Damit ist die Tatbestandsvoraussetzung von Art. 115 Abs. 1 lit. b aAuG erfüllt.
3.3.
3.3.1. Das Bundesgericht hielt unter Hinweis auf seine bisherige Rechtsprechung zur Aufrechterhaltung der Ausschaffungshaft fest (<ref-ruling> E. 2 S. 220 f.), dass von einer objektiven Unmöglichkeit im Sinne des Schuldprinzips auszugehen ist, wenn für die Undurchführbarkeit des Vollzugs der Wegweisung triftige Gründe sprechen. Gleiches gilt, wenn praktisch feststeht, dass sich die Ausreise kaum realisieren lassen wird. Dies ist in der Regel nur der Fall, wenn die Ausreise, trotz Mitwirkung bei der Papierbeschaffung, mit grosser Wahrscheinlichkeit ausgeschlossen erscheint. Zu denken ist etwa an eine längerdauernde Transportunfähigkeit aus gesundheitlichen Gründen, respektive an eine ausdrückliche oder zumindest klar erkennbare und konsequent gehandhabte Weigerung eines Staates, gewisse Staatsangehörige zurückzunehmen. Als rechtliche Gründe können dem Vollzug der Wegweisung das Gebot des Non-refoulements oder eine Unzumutbarkeit des Vollzugs entgegenstehen, weil der Ausländer im Heimatstaat einer konkreten Gefährdung ausgesetzt wäre (Art. 83 Abs. 3 und 4 aAuG). Diesbezüglich sind die Prüfungspflichten des Strafgerichts beschränkt. Gegenstand seines Verfahrens bildet ausschliesslich Art. 115 Abs. 1 lit. b aAuG, indessen nicht auch die Wegweisungsfrage. Über diese entscheiden die zuständigen ausländerrechtlichen Behörden an sich abschliessend und verbindlich. Das Strafgericht hat die Rechtswidrigkeit des Aufenthalts im Sinne von Art. 115 Abs. 1 lit. b aAuG grundsätzlich nur zu verneinen, wenn sich der zu sichernde Wegweisungsentscheid als offensichtlich unzulässig erweist (Urteil 6B_566/2017 vom 9. November 2017 E. 3.3 mit Hinweisen).
3.3.2. Das Bundesverwaltungsgericht erwog in seinem Urteil vom 27. Oktober 2016 insbesondere, dem Beschwerdeführer sei es nicht gelungen, eine im Zeitpunkt seiner Ausreise aus Sri Lanka bestehende oder unmittelbar drohende asylrechtlich relevante Verfolgung glaubhaft zu machen. Eine begründete Furcht vor Verfolgung könne dem Beschwerdeführer auch nicht im heutigen Zeitpunkt zuerkannt werden. Die während der Haft im Jahre 2006 erlittene Folter stehe in keinem Zusammenhang zur Flucht im Jahre 2015. Ebenso wenig habe der Beschwerdeführer aufgrund der gegen ihn geführten Gerichtsverfahren eine begründete Furcht vor einer asylrelevanten Verfolgung. Dass ihm im Falle einer Rückkehr nach Sri Lanka aufgrund seiner Zugehörigkeit zur tamilischen Ethnie ernsthafte Nachteile drohen würden, sei nicht anzunehmen. Weiter sei der Wegweisungsvollzug zulässig, zumutbar und möglich. Dem Beschwerdeführer sei es nicht gelungen, eine asylrechtlich erhebliche Gefährdung nachzuweisen oder glaubhaft zu machen, womit der Grundsatz der Nichtrückschiebung keine Anwendung finde. Auch seien keine Anhaltspunkte vorhanden, wonach er bei einer Ausschaffung in den Heimatstaat mit beachtlicher Wahrscheinlichkeit einer nach Art. 3 EMRK oder Art. 1 des Übereinkommens gegen Folter und andere grausame, unmenschliche oder erniedrigende Behandlung oder Strafe (SR 0.105) verbotenen Strafe oder Behandlung ausgesetzt wäre. Weder die allgemeine Menschenrechtssituation in Sri Lanka noch individuelle Faktoren in Bezug auf die Situation des Beschwerdeführers liessen den Wegweisungsvollzug als unzulässig erscheinen. Der Vollzug der Wegweisung in die Nord- und Ostprovinz Sri Lankas sei seit dem Ende des Bürgerkrieges im Mai 2009 zudem grundsätzlich zumutbar. In der Stadt U._ in der Nordprovinz, wo der Beschwerdeführer ab 1993 oder 1994 bis zur Ausreise im Januar 2015 gelebt habe, verfüge er über ein tragfähiges Beziehungsnetz (Frau, Tochter, Mutter, Schwester und Tante). Es sei davon auszugehen, dass ihm dort der Aufbau einer wirtschaftlichen Existenz möglich sei. Damit sei der Vollzug der Wegweisung zumutbar. Ihm obliege es, die für die Rückkehr notwendigen Reisedokumente zu beschaffen, weshalb der Wegweisungsvollzug als möglich zu bezeichnen sei (Urteil des Bundesverwaltungsgerichts vom 27. Oktober 2016 S. 10 ff.).
3.4.
3.4.1. In seinem schriftlich unbegründeten Entscheid vom 17. Januar 2019 anerkennt das SEM den Beschwerdeführer als Flüchtling. Es kommt damit auf seinen abweisenden Entscheid vom 13. November 2015 zurück. Nicht geprüft werden muss, ob die Bejahung der Durchführbarkeit des Wegweisungsvollzugs durch das Bundesverwaltungsgericht im Jahre 2016 bundes- oder konventionswidrig ist. Die Wegweisungsfrage bildet solange nicht Gegenstand des Strafverfahrens, als der Wegweisungsentscheid nicht offensichtlich unzulässig ist. Dies ist hier der Fall und der positive Entscheid über den Vollzug der Wegweisung deshalb verbindlich. Gegenteiliges geht aus der Beschwerde in Strafsachen im Rahmen einer summarischen Prüfung nicht hervor. Der Beschwerdeführer stellt sich auf den Standpunkt, die frühere Einschätzung des SEM vom 13. November 2015 habe sich nachträglich als falsch erwiesen und eine Rückkehr nach Sri Lanka sei ihm mit Blick auf die Gewährung von Asyl objektiv nicht möglich gewesen. Dies geht mit einer offensichtlichen Unzulässigkeit des früheren Entscheids des Bundesverwaltungsgerichts nicht einher.
3.4.2. Nach den vorinstanzlichen Sachverhaltsfeststellungen verweigerte der Beschwerdeführer anlässlich zweier Befragungen durch das Amt für Migration eine Kooperation beim Ausfüllen von Formularen und damit die Ausstellung eines Laissez-Passer sowie die Beschaffung von Reisepapieren durch Vorsprache auf dem srilankischen Generalkonsulat. Weiter teilte er seine Adresse trotz Zusage am 30. November 2016 nicht mit. Die Vorinstanz gelangt deshalb zur Überzeugung, dass der Beschwerdeführer mit Blick auf seine konstante Weigerung nicht bereit war, den Termin beim Generalkonsulat wahrzunehmen. Was der Beschwerdeführer betreffend diese Tatfragen vorbringt, überzeugt nicht. Die vorinstanzliche Sachverhaltsfeststellung kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law>; vgl. auch Art. 105 Abs. 1 und 2 BGG). Offensichtlich unrichtig im Sinne von <ref-law> ist die Sachverhaltsfeststellung, wenn sie willkürlich ist (<ref-ruling> E. 2.3.1 S. 244; <ref-ruling> E. 2.2 S. 313; je mit Hinweis; vgl. zum Begriff der Willkür <ref-ruling> E. 2.3.1 S. 244; <ref-ruling> E. 4.1 S. 566; je mit Hinweisen; vgl. zu den Begründungsanforderungen <ref-law>; <ref-ruling> E. 1.1 S. 503; <ref-ruling> E. 2.5 S. 210; <ref-ruling> E. 1.5 S. 144; je mit Hinweisen). Die Ausführungen des Beschwerdeführers (etwa, er habe bei einem Freund gewohnt, sei aber jederzeit über den Rechtsvertreter erreichbar gewesen; er hätte den Termin auf dem Generalkonsulat wahrnehmen wollen) überprüft das Bundesgericht nicht frei. Sie vermögen Willkür bei der Sachverhaltsfeststellung nicht aufzuzeigen. Steht aber für das Bundesgericht verbindlich fest, dass der Beschwerdeführer den Gang zum srilankischen Generalkonsulat nicht antreten wollte, ist nicht unvertretbar, wenn die Vorinstanz das Scheitern der Ausreise unter anderem auf die fehlenden aber erhältlichen Reisepapiere respektive auf die fehlenden Bemühungen des Beschwerdeführers zurückführt. Damit braucht insbesondere der Einwand nicht näher geprüft zu werden, die Beschaffung von Reisepapieren sei einzig durch das srilankische Generalkonsulat möglich gewesen.
3.5. Eine summarische Prüfung ergibt, dass im Entscheidfall die Beschwerde aufgrund der Sachlage vor Eintritt des Revisionsentscheids mit überwiegender Wahrscheinlichkeit abzuweisen gewesen wäre.
4.
Die Beschwerde ist als gegenstandslos geworden abzuschreiben. Der Beschwerdeführer wird grundsätzlich kostenpflichtig (<ref-law>). Er stellt ein Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung. Dieses kann bewilligt werden, da von seiner Bedürftigkeit auszugehen ist und seine Rechtsbegehren nicht von vornherein aussichtslos waren. Es sind keine Kosten zu erheben. Seinem Rechtsvertreter ist eine angemessene Parteientschädigung aus der Bundesgerichtskasse auszurichten (Art. 64 Abs. 1 und 2 BGG). Der vom Beschwerdeführer für das Bundesgerichtsverfahren geltend gemachte Zeitaufwand erscheint mit Blick auf den nach der Aktenlage gebotenen Aufwand überhöht. Sein Anspruch ist praxisgemäss auf Fr. 3'000.-- festzusetzen.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird als gegenstandslos geworden vom Geschäftsverzeichnis abgeschrieben.
2.
Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung wird gutgeheissen.
3.
Es werden keine Kosten erhoben.
4.
Dem Vertreter des Beschwerdeführers, Rechtsanwalt Gabriel Püntener, wird eine Entschädigung von Fr. 3'000.-- aus der Bundesgerichtskasse ausgerichtet.
5.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Kantonsgericht Luzern, 2. Abteilung, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 27. September 2019
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Denys
Der Gerichtsschreiber: Faga