Sachverhalt:
A.
A.a. A._, geboren 1965, war als selbstständiger Stückguttransporteur tätig, als er sich am 30. August 2000 wegen Rückenbeschwerden bei der Invalidenversicherung zum Leistungsbezug anmeldete. Die IV-Stelle des Kantons Aargau nahm Abklärungen in medizinischer und beruflicher Hinsicht vor und sprach ihm mit Verfügung vom 21. Januar 2003 bei einem Invaliditätsgrad von 69 % ab 1. Juli 2001 eine ganze Invalidenrente zu. Im Rahmen der Umsetzung der 4. IV-Revision kürzte die IV-Stelle mit Verfügung vom 8. Juli 2004, bestätigt mit Einspracheentscheid vom 24. August 2004, bei im Wesentlichen unverändertem Sachverhalt die Rente per September 2004 auf eine Dreiviertelsrente. Nachdem A._ dagegen Beschwerde erhoben und geltend gemacht hatte, er habe auf Grund einer gesundheitlichen Verschlechterung weiterhin Anspruch auf eine ganze Rente, überprüfte das Versicherungsgericht des Kantons Aargau auf Beschwerde hin mit Entscheid vom 16. Februar 2005 den Gesundheitszustand, nahm einen Einkommensvergleich vor und bestätigte die Dreiviertelsrente. In der Folge bekräftigte die IV-Stelle die Dreiviertelsrente mit den formlosen Mitteilungen vom 2. Oktober 2007 und vom 26. September 2012.
A.b. Mit Verfügung vom 16. April 2013 sistierte die IV-Stelle die Invalidenrente per 1. Dezember 2012, da sich A._ in Untersuchungshaft befinde. Gemäss Anklageschrift vom 17. Dezember 2013 wurde ihm illegaler Medikamentenhandel in den Jahren 2003 bis zu seiner Verhaftung am 22. November 2012 vorgeworfen. In der Folge hob die IV-Stelle mit Verfügung vom 12. August 2014 die Invalidenrente für die Zeit vom 1. Januar 2003 bis 30. November 2012 im Rahmen einer prozessualen Revision auf und hielt an der Rentensistierung infolge Haft fest. Mit Verfügung vom 7. Oktober 2014 forderte die IV-Stelle die von 1. September 2007 bis 30. November 2012 ausbezahlte Rente in der Höhe von insgesamt Fr. 107'588.-- zurück.
A.c. Das Obergericht des Kantons Aargau verurteilte A._ mit Entscheid vom 13. September 2016 wegen gewerbsmässiger Widerhandlung gegen Art. 87 Abs. 2 des Bundesgesetzes vom 15. Dezember 2000 über Arzneimittel und Medizinprodukte (Heilmittelgesetz, HMG; SR 812.21) zu einer Geldstrafe von 330 Tagessätzen; zudem stellte es die Rechtskraft der Einstellung des Strafverfahrens für die Zeit vor dem 30. Juni 2008 zufolge Verjährung sowie den Freispruch bezüglich der Vorwürfe nach Art. 86 Abs. 1 lit. b und c in Verbindung mit Abs. 2 HMG, nach <ref-law> sowie nach Art. 4 Abs. 1 lit. d in Verbindung mit Art. 33 Abs. 1 lit. a des Bundesgesetzes vom 20. Juni 1997 über Waffen, Waffenzubehör und Munition (Waffengesetz, WG; SR 514.54) fest. Das Obergericht legte seinem Entscheid den Sachverhalt zugrunde, gemäss welchem A._ vom 1. Juli 2008 bis zu seiner Verhaftung am 22. November 2012 Medikamentenhandel mit einem durchschnittlichen monatlichen Nettoerlös von Fr. 4'620.-- betrieben hatte. Auch für die davor liegenden Jahre ab 2003 wurde ihm illegaler Medikamentenhandel in wesentlicher Höhe nachgewiesen, was sich jedoch zufolge Verjährung nicht sanktionieren liess. Der Entscheid erwuchs in Rechtskraft (vgl. zum Ganzen auch den Entscheid des Bezirksgerichts B._ vom 30. Juni 2015).
A.d. Mit Verfügung vom 20. Oktober 2015 sistierte die IV-Stelle die Invalidenrente ab 1. April 2015 erneut, da sich A._ ab 31. März 2015 wiederum in Untersuchungshaft in Zusammenhang mit einem Strafverfahren mit dem Vorwurf der Erpressung, Nötigung, Widerhandlung gegen das Heilmittelgesetz und Verstössen gegen das Bundesgesetz vom 17. Juni 2011 über die Förderung von Sport und Bewegung (Sportförderungsgesetz, SpoFöG; SR 415.0) befand (vgl. die Mitteilung der Staatsanwaltschaft vom 5. August 2015 sowie die telefonische Auskunft der Staatsanwaltschaft vom 5. Januar 2017).
B.
Das Versicherungsgericht des Kantons Aargau vereinigte das Verfahren der beiden von A._ gegen die Verfügungen vom 12. August 2014 und vom 7. Oktober 2014 erhobenen Beschwerden und hiess diese mit Entscheid vom 11. April 2017 unter Beizug der Strafakten teilweise gut. Es änderte seinen eigenen Entscheid vom 16. Februar 2005 revisionsweise dahin ab, dass es einen Rentenanspruch verneinte. Die Verfügung vom 14. August 2014 bestätigte es insofern, als es den Anspruch auf eine Invalidenrente ab 1. Januar 2003 aufhob; für den Zeitraum ab 1. Dezember 2012 wies es die Sache in Aufhebung der betreffenden Verfügung zur weiteren Abklärung und neuem Entscheid an die IV-Stelle zurück. Im Übrigen wies es die Beschwerden ab.
C.
A._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten mit dem Antrag führen, es seien der vorinstanzliche Entscheid aufzuheben und seine - auf Aufhebung der Verfügungen vom 12. August (Rentenaufhebung) und 7. Oktober 2014 (Rückforderung) abzielenden - Beschwerden gutzuheissen. Zudem ersucht er um aufschiebende Wirkung seiner Beschwerde und um unentgeltliche Rechtspflege.
Die IV-Stelle schliesst auf Abweisung der Beschwerde und des Gesuchs um Erteilung der aufschiebenden Wirkung. Das Bundesamt für Sozialversicherungen verzichtet auf eine Vernehmlassung.
D.
Mit Verfügung vom 30. Juni 2017 gewährte das Bundesgericht der Beschwerde von A._ aufschiebende Wirkung.

Erwägungen:
1.
1.1. Die Beschwerde an das Bundesgericht ist zulässig gegen Endentscheide, das heisst gegen Entscheide, die das Verfahren abschliessen (<ref-law>), und gegen Teilentscheide, die nur einen Teil der gestellten Begehren behandeln, wenn diese unabhängig von den anderen beurteilt werden können, oder die das Verfahren nur für einen Teil der Streitgenossen und Streitgenossinnen abschliessen (<ref-law>). Gegen selbständig eröffnete Vor- und Zwischenentscheide ist hingegen die Beschwerde nur zulässig, wenn sie die Zuständigkeit oder den Ausstand betreffen (<ref-law>), einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken können (<ref-law>) oder wenn die Gutheissung der Beschwerde sofort einen Endentscheid herbeiführen und damit einen bedeutenden Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren ersparen würde (<ref-law>). Rückweisungsentscheide, mit denen eine Sache zur neuen Entscheidung an die Vorinstanz zurückgewiesen wird, sind Zwischenentscheide, die nur unter den genannten Voraussetzungen beim Bundesgericht angefochten werden können (<ref-ruling> E. 4.2 S. 481). Anders verhält es sich nur dann, wenn der unteren Instanz, an welche zurückgewiesen wird, kein Entscheidungsspielraum mehr verbleibt und die Rückweisung nur noch der Umsetzung des oberinstanzlich Angeordneten dient (<ref-ruling> E. 1.1 S. 143; <ref-ruling> E. 1.3 S. 127).
1.2. Soweit der kantonale Entscheid für die Zeit ab dem 1. Dezember 2012 die Sache an die IV-Stelle zu weiteren Abklärungen und neuer Verfügung zurückweist, liegt kein Endentscheid vor. Der Versicherte legt nicht dar, inwiefern ihm dadurch ein nicht wieder gutzumachender Nachteil im Sinne von <ref-law> entsteht. Da auch die Voraussetzungen von <ref-law> offensichtlich nicht erfüllt sind, ist diesbezüglich auf die Beschwerde nicht einzutreten.
2.
2.1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann wegen Rechtsverletzungen gemäss Art. 95 und 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es ist folglich weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann sie mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen. Immerhin prüft das Bundesgericht, unter Berücksichtigung der allgemeinen Pflicht zur Begründung der Beschwerde (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG), grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind (<ref-ruling> E. 1 S. 236 mit Hinweisen).
2.2. Das Bundesgericht kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law>). Überdies muss die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein (<ref-law>). Neue Tatsachen und Beweismittel dürfen nur so weit vorgebracht werden, als erst der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gibt (<ref-law>).
Die beschwerdeführende Partei, welche die Sachverhaltsfeststellungen der Vorinstanz anfechten will, muss substanziiert darlegen, inwiefern die Voraussetzungen einer Ausnahme gemäss <ref-law> gegeben sind und das Verfahren bei rechtskonformer Ermittlung des Sachverhalts anders ausgegangen wäre; andernfalls kann ein Sachverhalt, der vom im angefochtenen Entscheid festgestellten abweicht, nicht berücksichtigt werden (<ref-ruling> E. 1.3.1 S. 18 mit Hinweisen).
3.
Streitig ist, ob die Vorinstanz zu Recht die rückwirkende Aufhebung der Invalidenrente ab 1. Januar 2003 und die Rückerstattung der ausbezahlten Invalidenrente in der Höhe von Fr. 107'588.-- bestätigte.
4.
Die Vorinstanz hat die massgebenden Bestimmungen und Grundsätze über den Begriff der Invalidität (<ref-law> in Verbindung mit <ref-law>), die Ermittlung des Invaliditätsgrades nach der allgemeinen Methode des Einkommensvergleichs (<ref-law> in Verbindung mit <ref-law>), die rückwirkende Aufhebung einer Invalidenrente (<ref-law>) und die prozessuale Revision (<ref-law>; <ref-ruling> E. 5.1 S. 204) zutreffend dargelegt. Dasselbe gilt für den im Sozialversicherungsrecht massgebenden Beweisgrad der überwiegenden Wahrscheinlichkeit (<ref-ruling> E. 5b S. 360). Darauf wird verwiesen.
5.
5.1. Der Versicherte macht mehrfach geltend, die Vorinstanz habe seinen Anspruch auf rechtliches Gehör verletzt, da sie sich nicht mit all seinen Einwänden auseinandergesetzt habe. Diese formelle Rüge ist vorweg zu prüfen.
5.2. Das rechtliche Gehör nach <ref-law> verlangt, dass die Behörde die Vorbringen des vom Entscheid in seiner Rechtsstellung Betroffenen auch tatsächlich hört, prüft und in der Entscheidfindung berücksichtigt. Daraus folgt die Verpflichtung der Behörde, ihren Entscheid zu begründen. Dabei ist es nicht erforderlich, dass sie sich mit allen Parteistandpunkten einlässlich auseinandersetzt und jedes einzelne Vorbringen ausdrücklich widerlegt. Vielmehr kann sie sich auf die für den Entscheid wesentlichen Punkte beschränken. Die Begründung muss so abgefasst sein, dass sich der Betroffene über die Tragweite des Entscheids Rechenschaft geben und ihn in voller Kenntnis der Sache an die höhere Instanz weiterziehen kann. In diesem Sinne müssen wenigstens kurz die Überlegungen genannt werden, von denen sich die Behörde hat leiten lassen und auf die sich ihr Entscheid stützt (<ref-ruling> E. 2.2.1 S. 188, 229 E. 5.2 S. 236).
5.3. Die Vorinstanz hat in ihrem Entscheid die für sie massgebenden gesetzlichen Bestimmungen und Umstände dargelegt, auf welche sie ihre Schlussfolgerungen stützt. Eine sachgerechte Anfechtung war dem Beschwerdeführer möglich. Damit liegt nach der Rechtsprechung eine rechtsgenügliche Begründung vor. Der Gehörsanspruch des Versicherten ist nicht verletzt.
6.
6.1. Die IV-Stelle berief sich in ihrer Verfügung vom 12. August 2014 auf den Rückkommenstitel nach <ref-law> und hob die Invalidenrente rückwirkend von 1. Januar 2003 bis 30. November 2012 auf. Aus dem Strafverfahren gegen den Versicherten ergebe sich, dass dieser von Januar 2003 bis zur Sistierung der Rente umfangreichen Medikamentenhandel betrieben und hohe Einnahmen erzielt habe, die er der IV-Stelle nicht gemeldet habe. Damit habe er seine Meldepflicht verletzt. Die Kenntnis dieser Einkommen stelle eine neue wesentliche Tatsache im Sinne von <ref-law> dar. Berücksichtige man seine Einnahmen aus dem Medikamentenhandel, resultiere ein nicht rentenbegründender Invaliditätsgrad, so dass die Invalidenrente rückwirkend aufzuheben sei. In der Beschwerdeantwort vom 28. Oktober 2014 machte die IV-Stelle geltend, sie habe von diesen Einkommen erst mit Zustellung der Anklageschrift vom 17. Dezember 2013 am 30. Januar 2014 erfahren und umgehend weitere Abklärungen eingeleitet, so dass am 4. Juni 2014 der Vorbescheid und am 12. August 2014 die Aufhebungsverfügung habe erlassen werden können. Da der Rentenanspruch anlässlich der Revision von 2004 mit Einspracheentscheid vom 24. August 2004 auf eine Dreiviertelsrente reduziert worden sei, sei mit der Verfügung vom 12. August 2014 auch die zehnjährige absolute Frist gewahrt. Mit Verfügung vom 7. Oktober 2014 forderte die IV-Stelle Rentenbetreffnisse in der Höhe von Fr. 107'588.-- zurück.
6.2. Die Vorinstanz hat die Rentenaufhebung und -rückforderung bestätigt, da gestützt auf die gesamte Aktenlage, insbesondere auch das erneute Strafverfahren gegen den Versicherten, aus sozialversicherungsrechtlicher Sicht mit überwiegender Wahrscheinlichkeit erstellt sei, dass er in den Jahren 2003 bis 2012 ein rentenausschliessendes Einkommen erwirtschaftet habe, so dass eine erhebliche neue Tatsache vorliege. Die relative 90-tägige Frist zur Durchführung einer prozessualen Revision sei gewahrt, da erst mit dem rechtskräftigen Abschluss des Strafverfahrens der zugrundeliegende Sachverhalt erstellt sei. Die absolute Frist von zehn Jahren komme nicht zur Anwendung, da der Versicherte die Rentenzusprechung durch seine strafbaren Handlungen beeinflusst habe. Somit seien die Verwaltungsverfügung vom 21. Januar 2003 in Anwendung von <ref-law> und der kantonale Entscheid vom 16. Februar 2005 gestützt auf <ref-law> in Verbindung mit § 65 des Gesetzes des Kantons Aargau vom 4. Dezember 2007 über die Verwaltungsrechtspflege (VRPG; SAR 271.200) prozessual zu revidieren. In der Folge bestätigte die Vorin-stanz die Rückforderung der von 1. September 2007 bis 30. November 2012 ausgerichteten Renten.
6.3. Der Versicherte bringt vor Bundesgericht vor, die Vorinstanz habe zu Unrecht die prozessuale Revision der IV-Stelle bestätigt. Einerseits bestreitet er die Einhaltung der 90-tägigen relativen Frist, da der IV-Stelle die Anklageschrift am 30. Januar 2014 zugestellt worden sei, sie jedoch erst am 12. August 2014 ihre Verfügung erlassen habe. Auch sei die absolute Verwirkungsfrist von zehn Jahren nicht eingehalten, da die IV-Stelle die Reduktion auf eine Dreiviertelsrente bereits am 8. Juli 2004 verfügt habe und die Vorinstanz zu Unrecht von einer längeren strafrechtlichen Frist ausgegangen sei; denn er habe weder die Rentenzusprechung vom 21. Januar 2003 noch die Rentenreduktion gemäss Einspracheentscheid vom 24. August 2004 durch ein Vergehen oder Verbrechen erwirkt. Zudem seien mit dem Strafurteil des Obergerichts, abgesehen von den Jahren 2011 und 2012, lediglich Einnahmen von Fr. 62'500.-- pro Jahr aus dem Medikamentenhandel erstellt, so dass er weiterhin Anspruch auf eine Dreiviertelsrente habe. Die Schlüsse, die die Vorinstanz bezüglich des Einkommens aus dem Strafurteil ziehe, seien unhaltbar und damit willkürlich. Soweit die Vorinstanz sich auf eine substituierte Begründung stütze, gehe sie fehl, da sie nicht die Verwaltungsverfügung mit anderer Begründung schütze, sondern ihren eigenen Entscheid gestützt auf die Begründung der Verwaltung prozessual revidiere. Mangels eines Parteiantrags sei dies aber nicht zulässig.
7.
Bei der Revision einer Verwaltungsverfügung im Rahmen des Sozialversicherungsrechts des Bundes gelten folgende Grundsätze:
7.1. Gemäss <ref-law> müssen formell rechtskräftige Verfügungen und Einspracheentscheide in Revision gezogen werden, wenn die versicherte Person oder der Versicherungsträger nach deren Erlass erhebliche neue Tatsachen entdeckt oder Beweismittel auffindet, deren Beibringung zuvor nicht möglich war. Tritt nach dem Erlass einer ursprünglich fehlerfreien Verfügung eine anspruchsrelevante Änderung des Sachverhalts ein (nachträgliche tatsächliche Unrichtigkeit), hat gegebenenfalls eine Anpassung im Rahmen einer Rentenrevision nach <ref-law> stattzufinden. Falls die Verfügung auf einer fehlerhaften Rechtsanwendung beruht (anfängliche rechtliche Unrichtigkeit), ist ein Rückkommen unter dem Titel der Wiedererwägung (<ref-law>) zu prüfen.
7.2. Nach <ref-law> ist das Revisionsbegehren im Sinne von <ref-law> der Beschwerdeinstanz innert 90 Tagen nach Entdeckung des Revisionsgrundes, spätestens aber innert 10 Jahren nach Eröffnung des Beschwerdeentscheides schriftlich einzureichen. Nach Ablauf von zehn Jahren seit Eröffnung des Entscheides ist gemäss <ref-law> ein Revisionsbegehren nur aus dem Grunde von <ref-law> zulässig. Letzterer Absatz regelt die Revision eines Entscheides, welcher durch ein Verbrechen oder ein Vergehen beeinflusst wurde. Gemäss Rechtsprechung des Bundesgerichts ist diese zehnjährige Frist auf die prozessuale Revision im Sinne von <ref-law> anwendbar (Urteil 8C_718/2016 vom 21. August 2017 E. 2.2 mit Hinweisen). Ganz allgemein werden in der sozialversicherungsrechtlichen Rechtsprechung die Fristen, die <ref-law> für die Revision von Beschwerdeentscheiden vorsieht, auch auf erstinstanzliche Verfügungen angewendet (Urteil 8C_302/2010 vom 25. August 2010 E. 4.1 mit Hinweis).
7.3. Art. 25 Abs. 2 erster Satz ATSG bestimmt, dass der Rückforderungsanspruch mit dem Ablauf eines Jahres erlischt, nachdem die Versicherungseinrichtung davon Kenntnis erhalten hat, spätestens aber mit dem Ablauf von fünf Jahren nach der Entrichtung der einzelnen Leistung. Wird der Rückerstattungsanspruch aus einer strafbaren Handlung hergeleitet, für welche das Strafrecht eine längere Verjährungsfrist vorsieht, so ist diese Frist massgebend (zweiter Satz der angeführten Gesetzesbestimmung). Bei den genannten Fristen handelt es sich um Verwirkungsfristen (<ref-ruling> E. 4.1 S. 77).
8.
8.1. Die revisionsrechtliche Voraussetzung der Erheblichkeit der neuen Tatsache ist im vorliegenden Fall fraglos gegeben. Denn selbst wenn keine vollständige Aufhebung der Rente erfolgen könnte, so haben die im Rahmen des Strafverfahrens festgestellten Einkommen zumindest für einen Teil des strittigen Zeitraums einen Einfluss auf den Rentenanspruch.
8.2. Die relative 90-tägige Frist ist von der IV-Stelle entgegen der Ansicht des Versicherten gewahrt worden. So hat das Bundesgericht erst kürzlich bekräftigt, dass für die Kenntnis eines Revisionsgrundes blosse Vermutungen oder Gerüchte nicht genügen; sichere Kenntnis ist erst gegeben, wenn der Revisionskläger ein auf sicheren Grundlagen fussendes Wissen über die neue erhebliche Tatsache hat (<ref-ruling> E. 2.4 S. 108). In diesem Zusammenhang ist dem Versicherten in Erinnerung zu rufen, dass er in seiner Stellungnahme zum Vorbescheid ausführen liess, der Zeitpunkt erstaune, ja sei unhaltbar, da das Strafverfahren noch hängig sei und er erst nach Abschluss des Strafverfahrens zur Invalidenrente Stellung nehme; erst ein rechtskräftiger Gerichtsentscheid erlaube es der IV-Stelle rechtsstaatlich korrekt erlangte Tatsachen zur Grundlage eines Revisionsentscheides zu machen. Wenn er nun einwendet, die Vorinstanz habe das Handeln der IV-Stelle zu Unrecht als rechtzeitig bezeichnet, stellt dies ein widersprüchliches und daher nicht schutzwürdiges Verhalten dar (<ref-law>; <ref-ruling> E. 4.3 S. 69).
8.3.
8.3.1. Nachdem die Rentenzusprache am 21. Januar 2003 erfolgte, ist die absolute Verwirkungsfrist von zehn Jahren nach <ref-law> in Verbindung mit <ref-law> mit der Revisionsverfügung vom 12. August 2014 nicht eingehalten. Zu prüfen bleibt, ob ein Fall von <ref-law> in Verbindung mit Art. 67 Abs. 2 und <ref-law> vorliegt.
8.3.2. Nach Karin Scherrer Reber ist im Rahmen von Art. 66 f. VwVG weder ein entsprechendes Strafverfahren oder -urteil noch eine Verurteilung notwendig (in: Waldmann/Weissenberger [Hrsg.], Praxiskommentar Verwaltungsverfahrensgesetz, 2. Aufl. 2016, N. 25 zu <ref-law> mit Hinweisen auf das Schrifttum). August Mächler hält fest, <ref-law> spreche sich - anders als <ref-law> - nicht dazu aus, wie der Nachweis eines Verbrechens oder Vergehens zu erbringen sei; es sei anzunehmen, analog zu <ref-law> stehe der Nachweis mittels eines Strafurteils im Vordergrund, ausnahmsweise sei aber auch eine andere Art des Nachweises denkbar (in: Auer/Müller/Schindler [Hrsg.], Kommentar zum Bundesgesetz über das Verwaltungsverfahren [VwVG], 2008, N. 14 zu <ref-law>). Im Urteil 8C_718/2016 vom 21. August 2017 hielt das Bundesgericht unter Verweis auf <ref-ruling> E. 6.1 S. 80 fest, bei Fehlen eines Strafurteils könne das Sozialversicherungsgericht vorfrageweise selber darüber befinden, ob sich die Rückforderung aus einer strafbaren Handlung herleite. Bereits mit Urteil 1C_513/2008 vom 3. April 2009 hatte das Bundesgericht erkannt, <ref-law> verlange für die Durchführung einer Revision eines Entscheids ein Strafverfahren; nur wenn dies nicht möglich sei, könne der Beweis auch auf andere Weise erbracht werden. Da keine Gründe ersichtlich seien, weshalb für die Möglichkeit einer Revision nach VwVG an andere Voraussetzungen zu knüpfen sei als nach BGG, gelte dies analog für <ref-law>.
8.3.3. Voraussetzung für die Revision eines Entscheids nach <ref-law> ist, dass es sich beim Delikt um ein Verbrechen oder Vergehen im Sinne von <ref-law> handelt; Übertretungen oder Verstösse gegen kantonales Strafrecht genügen hingegen nicht (grundlegend zu <ref-law>: Urteil 4A_596/2008 vom 6. Oktober 2010 E. 4.1; Elisabeth Escher, in: Basler Kommentar, Bundesgerichtsgesetz [BGG], 2. Aufl. 2011, N. 3 zu <ref-law>; Pierre Ferrari, in: Commentaire de la LTF [Loi sur le Tribunal fédéral], 2. Aufl. 2014, N. 8 f. zu <ref-law>; Niklaus Oberholzer, in: Seiler/von Werdt/Güngerich/Oberholzer [Hrsg.], Bundesgerichtsgesetz [BGG], 2. Aufl. 2015, N. 4 zu <ref-law>, Dominik Vock, in: Spühler/Aemisegger/Dolge/Vock [Hrsg.], Bundesgerichtsgesetz [BGG], 2. Aufl. 2013, N. 2 zu <ref-law>). Zudem muss das Verbrechen oder Vergehen einen direkten oder indirekten Einfluss auf den zu revidierenden Entscheid gehabt haben (Urteil 4A_596/2008 vom 6. Oktober 2010 E. 4.1; vgl. auch Urteil 5F_9/2017 vom 23. März 2017 E. 4.1 mit Hinweisen; Escher, a.a.O., N. 3 zu <ref-law>; Ferrari, a.a.O., N. 11 zu <ref-law>; Oberholzer, a.a.O., N. 5 zu <ref-law>); das Verbrechen oder Vergehen kann auch durch eine Drittperson begangen worden sein (Urteil 4A_596/2008 vom 6. Oktober 2010 E. 4.1; Escher, a.a.O., N. 3 zu <ref-law>; Ferrari, a.a.O., N. 10 in fine zu <ref-law>). Die näheren Umstände, namentlich das Vorliegen eines Verbrechen oder Vergehens oder eines Delikts, welches den objektiven Tatbestand erfüllt, müssen im Rahmen eines Strafverfahrens erstellt sein; es muss keine Verurteilung erfolgt sein, da nur ein tatbestandsmässiges und rechtswidriges, nicht auch ein schuldhaftes Verhalten verlangt wird (Urteil 4A_596/2008 vom 6. Oktober 2010 E. 4.1; vgl. auch Urteil 4F_7/2017 vom 22. März 2017 E. 4.1; Escher, a.a.O., N. 3 zu <ref-law>; Ferrari, a.a.O., N. 12 zu <ref-law>; Oberholzer, a.a.O., N. 6 zu <ref-law>; Vock, a.a.O., N. 2 zu <ref-law>). Ist ein Strafverfahren/-urteil nicht möglich (etwa infolge Schuldunfähigkeit, Tod der beschuldigten Person oder Strafverfolgungsverjährung), kann der Nachweis eines Verbrechens oder Vergehens auch anders erbracht werden (Urteil 4A_596/2008 vom 6. Oktober 2010 E. 4.1; vgl. auch Urteil 4F_7/2017 vom 22. März 2017 E. 4.1; Escher, a.a.O., N. 4 zu <ref-law>; Ferrari, a.a.O., N. 12 f. zu <ref-law>; Oberholzer, a.a.O., N. 6 zu <ref-law>; Vock, a.a.O., N. 2 zu <ref-law>); in diesem Fall entscheidet das Revisionsgericht frei über das Vorliegen eines Verbrechens oder Vergehens (Urteil 4A_596/2008 vom 6. Oktober 2010 E. 4.1; Oberholzer, a.a.O., N. 6 zu <ref-law>).
8.3.4. Vorweg ist festzuhalten, dass <ref-law> zwar den Randtitel "Übertretungen" trägt. Bei Qualifizierung gemäss Abs. 2 dieser Norm (Gewerbsmässigkeit) erhöht sich aber das Strafmass auf Gefängnis bis zu sechs Monaten und Busse bis zu Fr. 100'000.--. Nach <ref-law> entspricht dies nunmehr einer Geldstrafe nach <ref-law>. Somit liegt bei einer Verurteilung nach <ref-law> - entgegen dem Randtitel - nicht bloss eine Übertretung vor, sondern ein Vergehen im Sinne von <ref-law>.
Der Versicherte hat unbestrittenermassen nicht sein tatsächliches Einkommen gegenüber der IV-Stelle deklariert und damit diese über seine Einkommensverhältnisse getäuscht, so dass er infolge eines viel zu tiefen Invalideneinkommens die Zusprechung einer Invalidenrente erwirkte. Angesichts der illegalen Erzielung des Einkommens konnte die IV-Stelle dessen fehlende Deklaration weder erahnen noch überprüfen. Der verbotene Heilmittelhandel, für welchen der Versicherte mit Entscheid vom 13. September 2016 verurteilt wurde, hat sich demnach zumindest in indirekter Weise auf die Rentenzusprechung ausgewirkt. Der von der IV-Stelle angesichts der Angaben des Versicherten zugrunde gelegte Sachverhalt war somit deliktisch beeinflusst ("kontaminiert"), indem er nicht auf der Realität basierte und von der IV-Stelle angesichts der deliktischen Herkunft des Einkommens auch nicht als unzutreffend erkannt werden konnte.
8.3.5. Nach dem Gesagten gelangt die zehnjährige Frist von <ref-law> infolge Vorliegens eines Vergehens, welches sich indirekt auf die Rentenzusprechung ausgewirkt hat, nicht zur Anwendung, sondern gestützt auf <ref-law> in Verbindung mit Art. 67 Abs. 2 und <ref-law> kann auch nach Ablauf von zehn Jahren eine prozessuale Revision erfolgen.
8.3.6. Nichts grundsätzlich Anderes gilt, wenn davon ausgegangen wird, dass der Rentenanspruch des Beschwerdeführers mit Wirkung ab September 2014 auf dem Entscheid des Versicherungsgerichts vom 16. Februar 2005 beruhte, das im damaligen Beschwerdeverfahren nicht nur den Gesundheitszustand beurteilt, sondern auch einen Einkommensvergleich vorgenommen hatte. Insofern hätte zwar der Verwaltung die Befugnis zur Rentenaufhebung im Sinne einer prozessualen Revision nicht zugestanden. Ihrer diesbezüglichen Verfügung vom 12. August 2014 kann aber nicht jede Rechtswirkung abgesprochen werden, so dass darin zumindest diejenige eines Antrages an das zuständige Versicherungsgericht auf Wiederaufnahme (vgl. § 65 f. VRPG) zu erblicken ist (<ref-ruling> E. 2 S. 532). Damit durfte die Vorinstanz ihre rechtskräftige Beurteilung des Rentenanspruchs gestützt auf <ref-law> und § 65 Abs. 1 lit. c VRPG revisionsweise überprüfen, zumal nicht dargetan ist, dass und inwiefern sie in diesem Zusammenhang kantonales Verfahrensrecht in bundesrechtswidriger, mithin willkürlicher Weise angewendet hätte. Insbesondere vermag der Einwand, die Vorinstanz nehme eine unzulässige substituierte Begründung vor, am Ergebnis nichts zu ändern. Denn nach der Rechtsprechung gilt die Zulässigkeit der substituierten Begründung in jedem möglichen Verhältnis unter den in Betracht fallenden Rückkommenstiteln (Revision nach den Schlussbestimmungen zur 6. IV-Revision, materielle Revision nach <ref-law>, prozessuale Revision nach <ref-law>, Revision nach <ref-law>, Art. 45 VGG oder <ref-law> sowie Wiedererwägung nach <ref-law>; vgl. etwa die Urteile 8C_477/2017 vom 21. November 2017 E. 4.2 und 9C_800/2016 vom 9. Mai 2017 E. 2.2).
8.3.7. Bei diesem Ergebnis kann offen bleiben, ob der Versicherte mit seinem Verhalten allenfalls den Tatbestand des <ref-law> oder des <ref-law> in Verbindung mit <ref-law> erfüllt hat.
9.
9.1. Die Vorinstanz ist gestützt auf die durch den Entscheid des Obergerichts vom 13. September 2016 für 2011 und 2012 erstellten Zahlen von einem jährlichen Einkommen aus illegalem Heilmittelhandel von gut Fr. 140'000.-- ausgegangen und ermittelte für diese Zeit unter Berücksichtigung des nicht strittigen Valideneinkommens in der Höhe von Fr. 159'413.-- für das Jahr 2003, welches sie aufindexierte, einen nicht rentenbegründenden Invaliditätsgrad von 19 %. Für die vorhergehenden Jahre, die vom Strafgericht wegen eingetretener Strafverfolgungsverjährung nicht im Detail abgeklärt worden waren, ging die Vorinstanz von einem vergleichbaren Einkommen aus Heilmittelhandel aus. Dabei erwog sie, dass gemäss Strafentscheid zumindest ein Einkommen von Fr. 62'500.-- (Handel mit C._) erstellt sei und der Versicherte insgesamt eine beherrschende Stellung in diesem Handel inne gehabt habe. Zudem seien weitere Kontakte und Absatzkanäle aus den Strafakten ersichtlich: Bereits mit Strafbefehl vom 17. November 2006 sei er wegen illegalen Heilmittelhandels verurteilt worden und im Jahr 2004 hätten polizeiliche Ermittlungen gegen ihn wegen Einfuhr von Dopingmitteln stattgefunden. Damit sei überwiegend wahrscheinlich, dass der Versicherte eine über den Handel mit C._ hinausgehende Geschäftstätigkeit verfolgt habe. Im Rahmen des im Sozialversicherungsrecht massgebenden Beweisgrades der überwiegenden Wahrscheinlichkeit sei somit auch für die Jahre von 2003 bis 2010 ein rentenausschliessendes Invalideneinkommen erstellt.
9.2. Was der Versicherte dagegen vorbringt, lässt die vorinstanzliche Feststellung des Invalideneinkommens nicht als willkürlich erscheinen (E. 2.2). So führt er nicht substanziiert aus, weshalb die von der Vorinstanz angeführten Anhaltspunkte, die Grundlage für die Annahme eines über den Betrag von Fr. 62'500.-- hinausgehenden Invalideneinkommens bildeten, willkürlich sein sollen. Insbesondere verkennt er, dass im Rahmen des Sozialversicherungsrechts der Beweisgrad der überwiegenden Wahrscheinlichkeit gilt (<ref-ruling> E. 5b S. 360). Soweit er geltend macht, aus dem Entscheid des Obergerichts ergebe sich nur A._ als Abnehmer, verschweigt er, dass für das Strafgericht angesichts der Verjährung der in den Jahren 2010 und früher begangenen Verstösse gegen das Heilmittelgesetz kein Anlass bestand, die allfälligen Abnehmer und Handelswege im Detail abzuklären. Hingegen lassen sich mit der Vorinstanz dem Strafentscheid vom 13. September 2016 ausreichend Anhaltspunkte für Einnahmen aus einer über den Handel mit C._ hinausgehenden Geschäftstätigkeit entnehmen (vgl. etwa den in der Tabelle von E. 2.4.1 erwähnten D._ oder den in dieser Erwägung genannten Verzicht auf Anrechnung der bereits verjährten Verstösse gegen das Heilmittelgesetz; ferner die Darlegung des professionellen und über Jahre so geführten Aufbaus des Handels über verschiedene Kanäle in E. 3.4.1 sowie die in den Jahren 2007 und 2009 erfolgten Ammortisationen des Hypothekardarlehens, der Überweisung von mindestens Fr. 20'000.-- auf ein verschwiegenes Bankkonto in Liechtenstein und den 2009 resp. 2010 gewährten Darlehen von Fr. 350'000.-- resp. Fr. 500'000.-- gemäss Anklageschrift Ziff. 2.1 ff.).
10.
10.1. Die IV-Stelle forderte die von 1. September 2007 bis 30. November 2012 ausgerichteten Renten von insgesamt Fr. 107'588.-- zurück. Sie ging dabei von einer strafrechtlichen Verjährungsfrist von sieben Jahren aus. Die Vorinstanz bestätigte die Rückforderung grundsätzlich und betraglich.
10.2. Der Versicherte bestreitet das Ausmass der geltend gemachten Rückforderung nicht. Er rügt jedoch, die Fristen seien nicht eingehalten worden und es stünde ihm selbst bei Berücksichtigung des Einkommens aus Heilmittelhandel nach wie vor eine Dreiviertelsrente zu. Diese Einwände erweisen sich nach dem in den Erwägungen 8 und 9 Gesagten als unbehelflich. Zutreffend ist auch die berücksichtigte Verwirkungsfrist von sieben Jahren (<ref-law> in Verbindung mit <ref-law> und <ref-law>). Damit hat es bei der von der IV-Stelle geforderten und vorinstanzlich bestätigten Rückforderung sein Bewenden.
11.
Das Verfahren ist kostenpflichtig. Der unterliegende Versicherte hat die Gerichtskosten zu tragen (<ref-law>). Infolge Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege (Art. 64 Abs. 1 und 2 BGG) werden diese jedoch vorläufig auf die Gerichtskasse genommen und seinem Anwalt wird eine Entschädigung aus der Gerichtskasse bezahlt. Der Versicherte hat jedoch Ersatz zu leisten, wenn er später dazu in der Lage ist (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.
Dem Beschwerdeführer wird die unentgeltliche Rechtspflege gewährt und Rechtsanwalt Christof Egli wird als unentgeltlicher Anwalt bestellt.
3.
Die Gerichtskosten von Fr. 800.- werden dem Beschwerdeführer auferlegt, indes vorläufig auf die Bundesgerichtskasse genommen.
4.
Dem Rechtsvertreter des Beschwerdeführers wird aus der Bundesgerichtskasse eine Entschädigung von Fr. 2800.- ausgerichtet.
5.
Dieses Urteil wird den Parteien, dem Versicherungsgericht des Kantons Aargau und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 28. Februar 2018
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Maillard
Die Gerichtsschreiberin: Riedi Hunold