Faits :
A.
A.a. Par jugement du 15 février 2001, le Président du Tribunal civil du district de Lausanne a prononcé le divorce des époux A._ et ratifié la convention du 7 mars 2000, ainsi que son avenant du 20 juin 2000, sur les effets du divorce. Cette convention contenait notamment la clause suivante:
" I. Immeuble de la rue...
A.A._ est reconnue seule propriétaire de l'immeuble.
(...)
II. La gestion de l'immeuble rue...
La gestion de l'immeuble est attribuée à B.A._.
(...)
III. Contribution d'entretien
A.A._ versera à B.A._ une pension mensuelle équivalent à 35,33% du revenu de l'immeuble de la rue... (soit, actuellement, sur un revenu immobilier de fr. 15'000, fr. 5'300.- à M. A._ et fr. 9'700.- à Mme A._).
Cette contribution sera débitée directement sur le compte de la gérance en faveur de B.A._.
Par revenu de l'immeuble, les parties entendent le revenu locatif, sous déduction de la commission prélevée par la gérance, de l'impôt foncier, des intérêts hypothécaires, des charges courantes de l'immeuble et des travaux d'entretien. "
A.b. Le 11 janvier 2018, à la réquisition de B.A._, l'Office des poursuites du district de Lausanne a notifié à A.A._ les deux poursuites suivantes:
- n° x'xxx'xxx, portant sur la somme de 10'370 fr. 45 avec intérêt à 5 % l'an dès le 1 er novembre 2017 et indiquant comme titre de la créance ou cause de l'obligation: " Part mensuelle, extrapolée de celles versées en 2016, des revenus locatifs de l'immeuble de la rue... à U._, pour novembre 2017; convention du 7 mars 2000 et jugement du 15 février 2001";
- n° y'yyy'yyy, portant sur la somme de 10'370 fr. 45 avec intérêt à 5 % l'an dès le 1 er décembre 2017 et indiquant comme titre de la créance ou cause de l'obligation : " Part mensuelle, extrapolée de celles versées en 2016, des revenus locatifs de l'immeuble de la rue... à U._, pour décembre 2017; convention du 7 mars 2000 et jugement du 15 février 2001".
Le 10 avril 2018, à la réquisition de B.A._, l'Office des poursuites du district de Lausanne a notifié à A.A._ une troisième poursuite, n° z'zzz'zzz, portant sur la somme de 50'214 fr. 16 avec intérêt à 5 % l'an dès le 1 er février 2018 et indiquant comme titre de la créance ou cause de l'obligation: " Jugement du 15 février 2001, solde 2017 des 35,33 % des revenus locatifs nets de l'immeuble de la Rue... à U._ (Fr. 489'123.46 x 35,33% = Fr. 172'807.31, sous déduction (a) des montants payés en 2017 (Fr. 61'852.25 en capital), (b) des mensualités ayant fait l'objet de poursuites toujours pendantes (novembre et décembre 2017, soit 2 x Fr. 10'370.45) et (c) des mensualités ayant fait l'objet de procédures de mainlevée définitive toujours pendantes (février à mai 2017 inclus, soit 4 x Fr.10'000.00) ".
La poursuivie a formé opposition totale à ces trois poursuites.
B.
B.a. Par prononcé du 16 août 2018, la Juge de paix du district de Lausanne a prononcé la mainlevée définitive des oppositions aux poursuites n° x'xxx'xxx, y'yyy'yyy et z'zzz'zzz.
B.b. Par arrêt du 3 juin 2019, la Cour des poursuites et faillites du Tribunal cantonal vaudois a rejeté le recours interjeté par A.A._ contre ce jugement.
C.
Par acte posté le 14 août 2019, A.A._ interjette un recours en matière civile contre cet arrêt. Elle conclut principalement à sa réforme en ce sens que les requêtes de mainlevée définitive sont rejetées et subsidiairement à son annulation et au renvoi de la cause à l'autorité cantonale pour nouvelle décision au sens des considérants. En substance, elle se plaint de la violation des art. 80 s. LP, 8 et 130 CC, ainsi que d'arbitraire (art. 9 Cst.) dans la constatation des faits.
Invités à présenter leurs observations, l'autorité cantonale s'est référée aux considérants de l'arrêt attaqué alors que l'intimé a conclu principalement à l'irrecevabilité du recours et subsidiairement à son rejet. Les parties ont maintenu leurs conclusions dans leurs écritures suivantes.

Considérant en droit :
1.
Le Tribunal fédéral examine d'office et librement la recevabilité des recours qui lui sont soumis (<ref-ruling> consid. 1 et la référence).
1.1. Pour déterminer si, au moment où il se prononce, les conditions de recevabilité sont réunies, le Tribunal fédéral peut prendre en compte des faits postérieurs à l'arrêt attaqué, en dérogation à l'interdiction des faits nouveaux prévue à l'<ref-law> (arrêt 2C_569/2018 du 27 mai 2019 consid. 1.1, non publié aux <ref-ruling>).
1.2. Selon l'<ref-law> a qualité pour former un recours en matière civile quiconque a pris part à la procédure devant l'autorité précédente ou a été privé de la possibilité de le faire (let. a), pour autant qu'il soit particulièrement touché par la décision attaquée et ait un intérêt digne de protection à son annulation ou sa modification (let. b). Si la qualité pour recourir n'est pas évidente, il incombe au recourant de démontrer que les conditions en sont remplies et, pour ce faire, de fournir toutes les données nécessaires (<ref-ruling> consid. 1.2; <ref-ruling> consid. 1).
1.2.1. Conformément à l'<ref-law>, le recourant doit notamment avoir un intérêt digne de protection à l'annulation de la décision attaquée. L'intérêt digne de protection consiste dans l'utilité pratique que l'admission du recours apporterait à son auteur, en lui évitant de subir un préjudice de nature économique, idéale, matérielle ou autre que la décision entreprise lui occasionnerait (<ref-ruling> consid. 1.2.2; <ref-ruling> consid. 2.3). L'intérêt à recourir doit être actuel et personnel (arrêt 5A_885/2018 du 23 janvier 2019 consid. 1.1 et les références). On renonce toutefois à l'exigence d'un intérêt pratique actuel et continu, lorsque la situation ayant donné lieu aux griefs invoqués est susceptible de se répéter à n'importe quel moment de manière à rendre pour ainsi dire impossible un contrôle judiciaire en temps opportun dans un cas concret (intérêt dit " virtuel "; <ref-ruling> consid. 1.1).
1.2.2. A défaut d'intérêt pratique actuel et d'intérêt virtuel au recours, celui-ci, devenu sans objet, peut être rayé du rôle selon la procédure simplifiée de l'<ref-law>. Si l'intérêt exigé n'existait déjà plus au moment du dépôt du recours, celui-ci doit être déclaré irrecevable (ATF 136 précité consid. 2.1; arrêt 5A_851/2014 du 23 mars 2015 consid. 3).
1.3.
1.3.1. L'intimé présente des faits et des moyens de preuve nouveaux pour démontrer que le recours est irrecevable, faute d'intérêt digne de protection de la recourante. Il allègue que cette dernière s'est acquittée des montants mis en poursuite et que l'office les lui a reversés, de sorte que les trois poursuites ont été soldées. Il expose aussi que la recourante, dans le cadre d'une action en exécution du contrat de fiducie portant sur l'immeuble de la rue..., a reconventionnellement conclu à sa condamnation au paiement de tous les montants qu'elle lui a payés à partir du 5 janvier 2018 au titre de contributions d'entretien prévues par le jugement de divorce, de sorte qu'elle a saisi l'autorité compétente d'une demande en répétition anticipant le remboursement des futurs versements des contributions d'entretien. Il en déduit que la recourante n'a plus d'intérêt au recours vu que la qualification de la créance fait l'objet d'une procédure au fond et que la décision de mainlevée n'aurait de toute façon autorité de chose jugée que pour la poursuite en cours. Il ajoute que la seule voie ouverte au débiteur ayant payé prétendument à tort est celle de l'action en répétition de l'indu (<ref-law>).
1.3.2. La recourante fait valoir qu'elle conserve un intérêt à recourir puisqu'il existe un risque concret que de nouvelles poursuites soient engagées et de nouvelles décisions rendues. Elle ajoute que, dans un arrêt relatif à la vente d'un immeuble, le Tribunal fédéral n'a pas refusé l'intérêt à recourir contre un déni de justice (arrêt 5A_852/2014 du 23 mars 2015).
1.4.
1.4.1. Aux termes de l'<ref-law>, le créancier qui est au bénéfice d'un jugement exécutoire peut requérir du juge la mainlevée définitive de l'opposition. La procédure de mainlevée, qu'elle soit provisoire ou définitive, est un incident de la poursuite. La décision qui accorde ou refuse la mainlevée est une pure décision d'exécution forcée dont le seul objet est de dire si la poursuite peut continuer ou si le créancier est renvoyé à agir par la voie d'un procès ordinaire. Le juge de la mainlevée définitive examine seulement la force probante du titre produit par le créancier, sa nature formelle, non la validité de la créance (<ref-ruling> consid. 4.1; <ref-ruling> consid. 4.1.1 et les références; arrêt 5A_427/2011 du 10 octobre 2011 consid. 2). Le prononcé de mainlevée ne sortit dès lors que des effets de droit des poursuites (<ref-ruling> consid. 3) et ne fonde pas l'exception de chose jugée ( res iudicata) quant à l'existence de la créance (<ref-ruling> consid. 2.3).
1.4.2. L'action en répétition de l'indu de l'<ref-law> est un moyen de défense du débiteur lié aux particularités de la législation fédérale sur la poursuite pour dettes. L'action en cause est une sorte de restitutio in integrum pour le débiteur qui a payé ce qu'il ne devait pas sous la menace d'une procédure d'exécution forcée (<ref-ruling> consid. 2.1).
A supposer que l'existence de la créance en poursuite ait été constatée avant la poursuite ou parallèlement à celle-ci par un jugement au fond, le débiteur ne paie plus à la suite d'un commandement de payer resté sans opposition ou passé en force après la levée de l'opposition, mais sur la base d'un jugement exécutoire prononcé dans une procédure ordinaire, lequel a définitivement statué sur le fondement matériel de la créance. Dans cette hypothèse, le débiteur ne peut plus intenter l'action de l'<ref-law>. L'action en répétition de l'indu reste toutefois admissible pour établir, par l'invocation de faits nouveaux, que la dette constatée dans le premier jugement a été éteinte. Aussi, ladite action en répétition peut-elle être fondée sur le fait que la dette constatée judiciairement a par la suite été réduite ( in casu : par transaction), si bien que le poursuivi a en réalité payé plus qu'il ne devait dans le cadre de l'exécution forcée (ATF 131 précité consid. 2.2).
1.4.3. Il suit de là que le débiteur qui paye les prétentions mises en poursuite perd son intérêt à recourir contre la décision qui prononce la mainlevée. En effet, même s'il obtenait gain de cause, la décision ne produirait des effets que pour la poursuite en cause; ce succès n'empêcherait donc pas le créancier d'en engager de nouvelles. Le débiteur ne pourrait pas non plus, sur cette base, obtenir le remboursement de sa créance, car la décision de mainlevée ne produit aucun effet de droit matériel.
1.5. En l'espèce, au vu de ce qui précède, les arguments de l'intimé doivent être suivis, étant relevé qu'il ressort d'une simple lecture de l'arrêt cité par la recourante que les considérations qui en ressortent ne sont en rien pertinentes. Le recours doit dès lors être déclaré irrecevable, étant encore précisé que, pour empêcher la consultation du registre des poursuites (<ref-law>), il ne lui aurait pas non plus suffi d'obtenir gain de cause dans la procédure de mainlevée de l'opposition.
2.
En définitive, le recours est irrecevable. Les frais judiciaires, arrêtés à 4'000 fr., sont mis à la charge de la recourante qui succombe (<ref-law>). Celle-ci versera à l'intimé le montant de 5'000 fr. à titre d'indemnité de dépens (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est irrecevable.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 4'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3.
La recourante versera une indemnité de 5'000 fr. à l'intimé, à titre de dépens.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour des poursuites et faillites du Tribunal cantonal vaudois.
Lausanne, le 28 janvier 2020
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Herrmann
La Greffière : Achtari