Faits :
A.
Par jugement du 10 octobre 2013 et complément du 29 novembre 2013, le Tribunal pénal fédéral (ci-après: TPF) a notamment condamné Z._ pour escroquerie à une peine pécuniaire de 330 jours-amende à 230 fr. le jour, avec sursis pendant deux ans et l'a acquitté des accusations de gestion déloyale et de blanchiment d'argent. Il a prononcé une créance compensatrice en faveur de la Confédération contre Z._ d'un montant de 20'000 fr., mis une part des frais s'élevant à 20'000 fr. à sa charge et lui a alloué des dépens à hauteur de 80'000 francs.
B.
Par arrêt du 22 décembre 2017, le Tribunal fédéral a partiellement admis le recours en matière pénale formé par Z._ contre le jugement précité, annulé celui-ci et renvoyé la cause au TPF pour nouvelle décision (6B_653/2014).
C.
C.a. A la suite du renvoi de la cause par le Tribunal fédéral, le TPF a imparti, le 14 février 2018, un délai au Ministère public de la Confédération (ci-après: MPC) et à Z._ pour se déterminer sur l'ouverture d'un échange d'écritures en lieu et place d'une nouvelle audience de jugement. Le 21 février 2018, le MPC a déclaré s'en remettre à justice. Le 1 er mars, respectivement le 20 mars 2018, Z._ a requis la tenue d'une nouvelle audience. Le 22 mars 2018, le TPF a avisé les parties que le réexamen requis par le Tribunal fédéral pouvait être effectué sur la base du dossier et leur a fixé un délai pour déposer des déterminations écrites. Par écriture du 20 avril 2018, le MPC a requis que Z._ soit reconnu coupable d'escroquerie. Le 26 avril 2018, le MPC a pris des conclusions complémentaires et requis que Z._ soit condamné à une peine pécuniaire de 330 jours-amende à 230 fr. le jour, avec sursis durant deux ans, à une créance compensatrice en faveur de la Confédération d'un montant de 20'000 fr. et à ce que les frais de la procédure soient mis à sa charge à concurrence de 20'000 francs. Par écriture du 31 mai 2018, Z._ a, en substance, conclu, préjudiciellement, à ce qu'une audience de débats soit fixée, puis, principalement à son acquittement et à l'allocation d'une indemnité pour ses frais de défense de 213'633 fr. 90 et d'une indemnité d'un franc symbolique à titre de réparation du tort moral. Invité à déposer une réplique, le MPC y a renoncé le 8 juin 2018. Par conséquent, le TPF a clos l'échange d'écritures le 12 juin 2018 et a avisé les parties que le jugement leur serait communiqué par écrit.
C.b. Le TPF a rendu son jugement le 3 juillet 2018. Il a communiqué aux parties le dispositif le 4 juillet 2018 et la motivation écrite du jugement le 19 juillet 2018. Il a condamné Z._ pour escroquerie à une peine pécuniaire de 270 jours-amende, à 190 fr. le jour, avec sursis pendant deux ans. Il a prononcé une créance compensatrice en faveur de la Confédération contre Z._ d'un montant de 20'000 fr., mis une part des frais s'élevant à 20'000 fr. à sa charge et lui a alloué des dépens à hauteur de 80'000 fr., cette dernière indemnité devant être compensée à hauteur de 40'000 fr. avec la créance compensatrice et la part des frais mis à la charge de Z._. Il a rejeté la requête tendant à l'octroi d'une indemnité en réparation du tort moral.
D.
Z._ forme un recours en matière pénale au Tribunal fédéral contre le jugement précité. Il conclut, avec suite de frais et dépens, principalement à son acquittement, à ce qu'aucune créance compensatrice ne soit prononcée à son encontre, à ce qu'une indemnité pour tort moral d'un franc symbolique et une indemnité pour les dépenses occasionnées par l'exercice raisonnable de ses droits de procédure par 150'148 fr. 15 lui soient allouées, à ce que les frais de procédure soient laissés à la charge de l'Etat et à ce qu'une indemnité pour les dépenses occasionnées par l'exercice raisonnable de ses droits de procédure devant le Tribunal fédéral par 11'439 fr. lui soit allouée. Subsidiairement, il conclut à l'admission du recours, à l'annulation du jugement attaqué et au renvoi de la cause à l'autorité précédente pour nouveau jugement au sens des considérants, ainsi qu'à l'allocation d'une indemnité pour les dépenses occasionnées par l'exercice raisonnable de ses droits de procédure devant le Tribunal fédéral par 11'439 francs.
Invités à déposer des observations sur le recours, le TPF a conclu à son rejet cependant que le MPC s'est référé à ses déterminations du 20 avril 2018 déposées devant l'autorité précédente et à l'arrêt attaqué. Z._ s'est déterminé sur ces écritures par courrier du 14 décembre 2018, lequel a été communiqué à titre de renseignement au MPC et au TPF le 17 décembre 2018.

Considérant en droit :
1.
Invoquant l'<ref-law>, le recourant conteste le refus du TPF de tenir une audience de débats à la suite du renvoi de la cause par le Tribunal fédéral.
1.1. Aux termes de l'<ref-law>, la procédure devant les autorités pénales est orale, à moins que le code ne prévoie la forme écrite.
1.2. Le principe de l'autorité de l'arrêt de renvoi découle du droit fédéral non écrit (<ref-ruling> consid. 5.3.3 p. 222). Conformément à ce principe, l'autorité précédente à laquelle la cause est renvoyée par le Tribunal fédéral est tenue de fonder sa nouvelle décision sur les considérants de droit de l'arrêt du Tribunal fédéral. Elle est ainsi liée par ce qui a déjà été définitivement tranché par le Tribunal fédéral et par les constatations de fait qui n'ont pas été attaquées devant lui ou l'ont été sans succès (<ref-ruling> consid. 5.2.1 p. 220; <ref-ruling> consid. 5.2 p. 94). La motivation de l'arrêt de renvoi détermine dans quelle mesure l'autorité précédente est liée à la première décision et fixe aussi bien le cadre du nouvel état de fait que celui de la nouvelle motivation juridique (<ref-ruling> consid. 2 p. 335).
1.3. La jurisprudence a déduit du principe de l'autorité de l'arrêt de renvoi et de l'<ref-law> que, si le Tribunal fédéral casse le jugement sur appel et renvoie la cause à l'autorité précédente, la question du caractère écrit ou oral de la procédure devant la juridiction d'appel sera résolue en considération du cadre du renvoi défini par le Tribunal fédéral. Ainsi, la procédure pourra être écrite lorsque le renvoi porte exclusivement sur des questions de droit (arrêts 6B_1220/2013 du 18 septembre 2014 consid. 1.4; 6B_4/2014 du 28 avril 2014 consid. 4; 6B_76/2013 du 29 août 2013 consid. 1.1). En revanche, des débats doivent être tenus dès qu'une question de fait est litigieuse, sous réserve de l'accord des parties avec une procédure écrite. En cas de doute sur la distinction des questions de fait et de droit, la juridiction d'appel doit tenir des débats (<ref-ruling> consid. 1.1 p. 292).
1.4. Conformément à l'<ref-law>, les cours des affaires pénales du TPF statuent en première instance sur les affaires pénales relevant de la juridiction fédérale, décisions qui peuvent ensuite être soumises directement au Tribunal fédéral (<ref-law>). Les cours des affaires pénales appliquent les règles du CPP relatives à la procédure de première instance (<ref-law>; <ref-law>). Celle-ci se déroule, en principe, par oral (<ref-law>). Le CPP ne contient, en effet, pas de règle équivalant à l'<ref-law> qui permettrait de traiter, en première instance, certaines affaires en procédure écrite uniquement. Ni la LOAP, ni le CPP ne prévoient de règle quant à la procédure à suivre lorsque le Tribunal fédéral annule la décision attaquée et renvoie le dossier au TPF, soit à l'autorité de première instance. Avant l'entrée en vigueur du CPP, le Tribunal fédéral avait jugé que l'ancienne loi fédérale du 15 juin 1934 sur la procédure pénale (ci-après : PPF) n'octroyait pas à l'accusé un droit absolu à de nouveaux débats à la suite d'un arrêt de renvoi. En revanche, le TPF devait veiller au respect du droit d'être entendu de l'accusé ce qui impliquait qu'il devait lui donner une nouvelle occasion de s'exprimer. Il ne pouvait être fait exception à ce principe que lorsque l'autorité inférieure ne disposait d'aucune latitude quant à la décision à rendre (arrêt 6B_745/2009 du 12 novembre 2009 consid. 2.1 et 2.2). Dans les cas où la possibilité d'exercer son droit d'être entendu devait être offerte à l'accusé, des déterminations écrites pouvaient suffire lorsqu'il s'agissait de questions de droit ou de questions de fait qui pouvaient être aisément tranchées sur la base du dossier et qui n'obligeaient pas à une appréciation directe de la personnalité de l'accusé (<ref-ruling> consid. 2b p. 318; arrêt 6B_745/2009 précité consid. 2.1 et 2.2). On relèvera que l'ancienne PPF ne contenait pas de disposition équivalant à l'<ref-law>, la jurisprudence développée sous son empire se fondant uniquement sur le droit d'être entendu.
1.5. Le TPF a rejeté la requête du recourant tendant à la tenue d'une nouvelle audience de débats à la suite du renvoi de la cause par le Tribunal fédéral. En substance, il a retenu que l'arrêt du Tribunal fédéral du 22 décembre 2017 lui imposait de revoir sa motivation de l'élément subjectif concernant l'infraction d'escroquerie. Cet arrêt avait définitivement arrêté que les éléments constitutifs objectifs de l'infraction d'escroquerie étaient réalisés et que, sur le plan subjectif, le recourant avait eu conscience de participer à une tromperie astucieuse au préjudice de l'Etat tchèque. S'agissant de la conscience du recourant quant à l'élément constitutif du dommage et de sa volonté de commettre une infraction d'escroquerie au préjudice de l'Etat tchèque, il résultait, selon le TPF, des considérants de l'arrêt de renvoi que seule l'appréciation juridique devait faire l'objet d'un réexamen par cette autorité. Le Tribunal fédéral avait renvoyé la cause au TPF pour que celui-ci revoie sa motivation juridique en exposant les éléments sur lesquels il s'était fondé pour retenir que le recourant avait tenu pour possible la survenance d'un dommage patrimonial pour l'Etat tchèque et qu'il s'était accommodé de la réalisation de l'infraction d'escroquerie. En raison du cadre fixé par l'arrêt de renvoi, le TPF a estimé qu'il était lié, pour le réexamen de la réalisation de l'élément subjectif, par l'état de fait qu'il avait arrêté dans son premier jugement et qu'il ne pouvait pas prendre en considération d'autres faits que ceux ressortant de ce jugement. De surcroît, aucun novum n'avait été invoqué, ce d'autant moins que, durant l'échange d'écritures, le recourant n'avait pas évoqué l'opportunité d'administrer le moindre moyen de preuve nouveau qui nécessiterait la tenue de débats. Non seulement le recourant n'avait-il demandé l'administration d'aucun moyen de preuve qui n'ait déjà été administré, mais il avait rappelé, extraits de déclarations à l'appui, qu'il avait eu déjà moult occasions de s'expliquer sur sa participation à l'escroquerie qui lui était reprochée, y compris sur l'aspect subjectif de cette infraction. Dans ces circonstances, il n'y avait pas lieu de procéder à une nouvelle instruction, respectivement à l'administration de nouvelles preuves, ce qui justifiait de renoncer à une audience de jugement. Durant la procédure ayant abouti au jugement du 10 octobre 2013 et complément du 29 novembre 2013, le TPF avait procédé aux débats à l'audition du recourant et il avait réuni tous les éléments utiles pour rendre son jugement. A la suite de l'arrêt de renvoi du Tribunal fédéral, le TPF avait invité les parties à un échange d'écritures sur le réexamen de l'aspect subjectif, tel que circonscrit par l'arrêt de renvoi, ainsi que sur les questions accessoires. Le recourant avait donc eu la possibilité de se prononcer sur le réexamen requis par le Tribunal fédéral. Le TPF a considéré que, dans ces circonstances, le droit d'être entendu du recourant avait été respecté et qu'il disposait de tous les éléments nécessaires pour rendre son nouveau jugement sur la base du dossier.
Le TPF a encore relevé qu'à l'appui de sa requête tendant à la tenue d'une nouvelle audience de jugement, le recourant avait invoqué le changement de la composition de la Cour depuis le jugement du 10 octobre 2013 et complément du 29 novembre 2013. Son audition par le TPF aurait été nécessaire pour permettre à celui-ci, dans sa nouvelle composition, de se forger sa propre conviction et de rendre son jugement. Il ne résultait toutefois pas de l'<ref-law> que l'autorité de première instance à laquelle la cause était renvoyée dût statuer dans la même composition que celle dans laquelle elle avait rendu le premier jugement. Selon la jurisprudence du Tribunal fédéral, les débats qui avaient lieu ensuite du renvoi ne pouvaient être considérés comme une simple reprise des débats initiaux mais constituaient de nouveaux débats dont l'objet était délimité par la décision de renvoi. Ce qui importait était que le nouveau juge appelé à statuer soit en mesure de forger son intime conviction sur les points sur lesquels il était appelé à statuer. Dans le cas d'espèce, l'arrêt de renvoi du 22 décembre 2017 délimitait clairement le cadre du nouveau jugement à rendre, en ce sens que le TPF ne pouvait pas prendre en considération d'autres faits que ceux établis lors du premier jugement. En l'absence d'une nouvelle instruction, une audition complémentaire du recourant ne s'imposait pas. A cet égard, contrairement à ce que le recourant avait soutenu dans sa détermination écrite du 31 mai 2018, ce n'était pas l'état de fait qui était lacunaire et qui nécessitait d'être complété, mais la motivation juridique de l'élément subjectif de l'infraction d'escroquerie sur la base de faits déjà établis. En d'autres termes, il ne s'agissait pas de rassembler des éléments de preuve sur la conscience et la volonté du recourant, mais de qualifier les éléments subjectifs d'ores et déjà disponibles. A cela s'ajoutait que le TPF avait été renseigné de manière adéquate sur la situation personnelle et financière actuelle du recourant grâce à l'échange d'écritures survenu après l'arrêt de renvoi. Le principe de la libre appréciation des preuves permettait dès lors au TPF, dans sa nouvelle composition, de se forger sa propre conviction sur les points devant faire l'objet du nouveau jugement sur la base du dossier ainsi complété, sans qu'il soit besoin d'entendre une nouvelle fois le recourant. Le TPF a estimé que, dans ces conditions, le changement de la composition après le 29 novembre 2013 n'apparaissait pas déterminant et il ne justifiait pas la tenue d'une nouvelle audience.
1.6. Le recourant soutient, en substance, que le TPF, autorité de première instance, aurait dû tenir de nouveaux débats, en application de l'<ref-law>, à la suite du renvoi de la cause par le Tribunal fédéral. La tenue d'une nouvelle audience se justifierait d'autant plus que la composition de la cour appelée à statuer à nouveau était différente que lors du jugement du 10 octobre 2013 et complément du 29 novembre 2013. Dès lors que le TPF devait se prononcer à nouveau sur l'élément subjectif, il aurait dû apprécier les éléments de fait que sont la conscience et la volonté, ce qu'il n'aurait pu faire qu'en interrogeant le recourant. En refusant la requête du recourant tendant à la tenue de nouveaux débats, le TPF aurait violé l'<ref-law>.
Le CPP ne résout pas expressément le point de savoir si de nouveaux débats doivent être tenus après un arrêt de renvoi rendu par le Tribunal fédéral. L'<ref-law> en lien avec le principe de l'autorité de l'arrêt de renvoi règle la question lorsque l'affaire est renvoyée devant une autorité d'appel (cf. supra consid. 1.3). En l'absence d'une règle équivalant à l'<ref-law> concernant la procédure de première instance, une application stricte du principe de l'oralité prévu à l'<ref-law> pourrait conduire à l'obligation de tenir une audience dans tous les cas de renvoi de la cause par le Tribunal fédéral à l'autorité de première instance (cf. art. 107 al. 2, 2 e phrase LTF), y compris lorsque seules des questions de droit doivent être réexaminées. Le point de savoir si une audience de débats doit être tenue dans tous les cas de renvoi par le Tribunal fédéral à une autorité de première instance peut toutefois souffrir de demeurer indécis en l'espèce. En effet, à tout le moins lorsque des questions de fait doivent être réexaminées par l'autorité de première instance, une audience doit être tenue. Dès lors qu'une telle exigence existe pour l'autorité d'appel, il se justifie de l'imposer également lorsque la cause est renvoyée par le Tribunal fédéral à l'autorité de première instance. Cette solution se justifie également au regard de l'entrée en vigueur prochaine (au 1 er janvier 2019) de la modification du 17 mars 2017 de la LOAP prévoyant la création d'une Cour d'appel au TPF (RO 2017 5769), qui impliquera l'application de l'<ref-law> et de la jurisprudence y relative (cf. supra consid. 1.3) au renvoi devant la cour d'appel du TPF.
En l'espèce, le renvoi de la cause au TPF concernait la motivation de l'élément subjectif. Plus particulièrement, la Cours de céans a estimé que la motivation du TPF ne permettait pas de comprendre sur quels éléments il s'était fondé pour retenir que le recourant avait conscience que la vente des actions MUS causerait un dommage à la République tchèque, ni sur quels éléments il s'était fondé pour retenir que le recourant s'était accommodé de la réalisation de l'infraction. Ainsi, le TPF devait établir la conscience du recourant concernant l'élément constitutif objectif du dommage et la volonté du recourant de commettre une infraction d'escroquerie. Or déterminer ce qu'une personne a su, envisagé, voulu ou accepté relève du contenu de sa pensée, à savoir de faits " internes ", et, partant, des constatations de fait (<ref-ruling> consid. 6.3 p. 375 et les références citées). Contrairement à ce qu'a retenu le TPF, il devait donc bien réexaminer une question de fait. Même s'il s'est fondé sur des éléments de fait déjà établis dans son premier jugement, ceux-ci ont permis d'établir un autre fait, soit la conscience du recourant et sa volonté. Dès lors que le renvoi concernait des questions de fait, il incombait au TPF de tenir une nouvelle audience. Bien fondé, le grief du recourant doit être admis, l'arrêt attaqué annulé et la cause renvoyée au TPF pour qu'il tienne une nouvelle audience avant de statuer à nouveau.
2.
Vu le sort du recours, il n'y a pas lieu d'examiner les autres griefs soulevés par le recourant qui deviennent sans objet. Le recourant obtient gain de cause. Il ne supporte pas de frais (<ref-law>). Il peut prétendre à de pleins dépens (<ref-law>). Le recourant a produit une liste d'opérations. En l'espèce, nombre de griefs formulés n'étaient pas nécessaires pour l'issue du recours. Un montant usuel de 3000 fr. sera accordé à titre de dépens.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est admis, le jugement attaqué annulé et la cause renvoyée au Tribunal pénal fédéral pour nouvelle instruction et nouvelle décision.
2.
Il n'est pas perçu de frais judiciaires.
3.
La Confédération (Ministère public de la Confédération) versera au recourant une indemnité de 3000 fr. à titre de dépens pour la procédure devant le Tribunal fédéral.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et au Tribunal pénal fédéral, Cour des affaires pénales.
Lausanne, le 27 décembre 2018
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Denys
La Greffière : Livet