Fatti:
A.
La A._ SA, con sede a X._, è una società attiva nell'ambito dei trasporti e delle spedizioni internazionali di ogni genere. Il 10 febbraio 2015, essa ha dichiarato, quale spedizioniera, presso l'Ufficio doganale di Chiasso-Strada, l'esportazione di acetato di etile per conto della B._ SA con sede a X._. La dichiarazione doganale è stata presentata elettronicamente nel sistema informatico "NCTS" (nuovo sistema di transito computerizzato) ed aveva il seguente tenore:
Dichiarazione d'esportazione xxx: 1 serbatoio, acetato di etile tecnico, acetato di etile 99/100 %, massa netta 17'280 kg, valore fr. 8'939.--, codice di sdoganamento 21 [ "altre merci, senza rimborso"], voce di tariffa 2915.3100.
B.
Il 16 febbraio 2015 l'Ufficio doganale ha allestito il corrispondente certificato doganale di esportazione xxx, inviato il giorno stesso alla A._ SA, che l'ha ricevuto il 17 febbraio 2015.
C.
Con scritto del 12 maggio 2015, consegnato brevi manu all'Ufficio doganale, la A._ SA, su segnalazione della B._ SA, ha comunicato di avere commesso un errore nella compilazione della suddetta dichiarazione doganale riguardo al quantitativo di composti organici volatili (COV) della sostanza esportata (che avrebbe dovuto essere precisato in: COV 100 %) e di avere pertanto indicato erroneamente il codice di sdoganamento, che avrebbe dovuto essere il codice n. 25 ( "con domanda di restituzione della tassa d'incentivazione sui COV"). La società ha quindi chiesto all'autorità doganale di volere rettificare in tal senso il certificato doganale, al fine di ottenere il rimborso della tassa d'incentivazione sui composti organici volatili.
D.
Con decisione del 17 luglio 2015 la Direzione del circondario delle dogane di Lugano ha considerato la richiesta di rettifica quale ricorso contro la decisione dell'Ufficio doganale concernente lo sdoganamento definitivo della merce nel regime di esportazione e non è entrata nel merito del gravame, siccome lo ha ritenuto tardivo.
E.
Con sentenza dell'11 settembre 2018 la Corte I del Tribunale amministrativo federale (TAF) ha respinto un ricorso della A._ SA contro la decisione della Direzione del circondario delle dogane. Il TAF ha ritenuto che l'istanza del 12 maggio 2015 era tardiva sia che fosse considerata quale domanda di rettifica del certificato doganale sia che fosse trattata alla stregua di un ricorso contro lo stesso. Ha quindi confermato la decisione dell'autorità inferiore.
F.
La A._ SA impugna questa sentenza con un ricorso in materia di diritto pubblico del 22 ottobre 2018 al Tribunale federale, chiedendo in via principale di annullarla, di annullare contestualmente sia la decisione della Direzione del circondario delle dogane di Lugano sia il certificato doganale, e di ordinare all'Ufficio doganale di Chiasso-Strada di emettere un nuovo certificato doganale recante il codice n. 25, attestante quindi il rimborso della tassa d'incentivazione sui composti organici volatili per l'intero quantitativo della merce esportata. In via subordinata, chiede l'annullamento delle decisioni emanate dalle precedenti istanze e il rinvio degli atti all'Ufficio doganale, affinché accerti la quantità di composti organici volatili dell'acetato di etile indicato nella dichiarazione doganale. In via ulteriormente subordinata, chiede che le sia concessa la restituzione del termine di ricorso contro il contestato certificato doganale. La ricorrente fa valere l'accertamento manifestamente inesatto dei fatti e la violazione del diritto federale.
G.
Il TAF rinvia ai considerandi della sua sentenza e comunica di non avere ulteriori osservazioni da formulare. La Direzione generale delle dogane chiede di respingere il ricorso. Con osservazioni del 10 gennaio 2019 la ricorrente si è confermata nelle sue conclusioni.

Diritto:
1.
1.1. Il ricorso è diretto contro una decisione finale (<ref-law>) pronunciata in una causa di diritto pubblico (<ref-law>) da parte del TAF (<ref-law>). La legge sulle dogane, del 18 marzo 2005 (LD; RS 631.0) non prevede disposizioni divergenti riguardo alla procedura di ricorso dinanzi al Tribunale federale, l'<ref-law> rinviando alle disposizioni generali della procedura federale.
1.2. Giusta l'art. 83 lett. l LTF, il ricorso in materia di diritto pubblico è inammissibile contro le decisioni concernenti l'imposizione di dazi operata in base alla classificazione tariffaria o al peso delle merci. L'inammissibilità verte principalmente sulla questione "tecnica" della classificazione tariffaria di una merce. L'art. 83 lett. l LTF entra quindi in considerazione soltanto quando è litigiosa la questione di sapere se una determinata merce soggiaccia a una o all'altra delle voci della tariffa doganale. Il ricorso al Tribunale federale rimane proponibile nell'ambito delle altre questioni di diritto in relazione con le imposizioni fondate sulla tariffa o sul peso della merce (sentenza 2C_745/2015 del 23 ottobre 2017 consid. 1.2.1 e riferimenti, non pubblicato in <ref-ruling>).
In concreto, la ricorrente non contesta di per sé la classificazione tariffaria della merce esportata, ma critica essenzialmente il rifiuto di rettificare secondo l'<ref-law> il certificato doganale. Si tratta al riguardo di una questione di diritto che non rientra nei casi di esclusione dell'art. 83 lett. l LTF e che può pertanto essere oggetto di un ricorso al Tribunale federale (cfr. sentenza 2C_436/2015 del 22 luglio 2016 consid. 1.2.2, non pubblicato in <ref-ruling>).
1.3. La ricorrente, soggetta all'obbligo di dichiarazione doganale, è particolarmente toccata dalla sentenza impugnata, che le nega la possibilità di correggere l'errore, e ha un interesse degno di protezione all'annullamento della stessa. Essa è quindi legittimata a ricorrere (<ref-law>). Il ricorso è tempestivo (<ref-law> in relazione con l'<ref-law>) e, sotto i citati aspetti, ammissibile.
1.4. Il Tribunale federale applica d'ufficio il diritto (<ref-law>). Non è quindi vincolato né agli argomenti sollevati nel gravame né ai considerandi della precedente istanza. Esso può accogliere il ricorso sulla base di un motivo non invocato, rispettivamente respingerlo con una motivazione diversa da quella addotta dalla precedente istanza (<ref-ruling> consid. 2.1; <ref-ruling> consid. 1.2).
2.
2.1. La ricorrente lamenta una violazione del suo diritto di essere sentita, siccome non sarebbe stata preventivamente informata dall'autorità doganale del fatto che la sua istanza di rettifica sarebbe stata trattata quale ricorso ai sensi dell'<ref-law>. Sostiene che, in considerazione della natura formale della garanzia, il TAF avrebbe dovuto annullare la decisione dell'istanza inferiore.
2.2. Il TAF ha rilevato che la Direzione del circondario delle dogane ha violato il diritto di essere sentita della ricorrente, siccome, prima di statuire, non le ha comunicato che avrebbe trattato la domanda di rettifica del certificato doganale d'esportazione alla stregua di un ricorso contro tale atto. Il TAF ha tuttavia considerato che durante lo scambio degli allegati l'autorità doganale ha indicato i motivi per cui la richiesta non poteva essere vagliata nel merito e che la ricorrente ha potuto esprimersi al riguardo. Ha ritenuto che la violazione del diritto di essere sentita risultava sanata e che per ragioni di economia di procedura non si giustificava di rinviare la causa all'autorità inferiore. Nella fattispecie, il TAF beneficiava di una piena cognizione in fatto e in diritto (<ref-law> [RS 172.021] in relazione con l'<ref-law> [RS 173.32]) e ha spiegato per quali motivi l'istanza del 12 maggio 2015 volta a correggere il certificato doganale era tardiva sia considerandola quale domanda di rettifica giusta l'<ref-law> sia trattandola come ricorso secondo l'<ref-law>: essa non poteva di conseguenza essere vagliata nel merito. Un'eventuale violazione del suo diritto di essere sentita è quindi stata sanata nella procedura ricorsuale dinanzi al TAF, in cui la ricorrente ha potuto esprimersi in modo sufficiente ed ottenere una decisione motivata sotto il profilo fattuale e giuridico anche con riferimento alla tardività della prospettata rettifica (<ref-ruling> consid. 4.4 pag. 174; <ref-ruling> consid. 2.8.1). Al riguardo, la ricorrente si limita a richiamare la natura formale del diritto di essere sentita, ma non considera la possibilità di sanare una sua eventuale violazione. In particolare, non sostiene, né dimostra di avere subito un pregiudizio per il fatto che l'inammissibilità della domanda di rettifica è stata esplicitamente motivata soltanto con il giudizio del TAF. Alla luce di quanto esposto, non risulta quindi che la procedura ricorsuale abbia comportato un simile pregiudizio per la ricorrente (cfr. <ref-ruling> consid. 3.4.3).
3.
3.1. Invocando la violazione del principio della legalità e l'accertamento manifestamente inesatto dei fatti, la ricorrente sostiene essenzialmente che, così come allestito nel sistema informatico "NCTS", il certificato doganale non costituirebbe una decisione amministrativa. Rileva che la nozione di "certificato doganale" non è contemplata nella legge sulle dogane ed adduce che, in ogni caso, l'atto rilasciatole il 16 febbraio 2015 difettava delle caratteristiche formali e materiali tali da poterlo considerare quale decisione ai sensi dell'<ref-law>. La ricorrente lamenta la mancanza di un'esplicita qualifica in tal senso, di un dispositivo, dell'indicazione del rimedio giuridico, della motivazione e della firma. Sostiene che queste carenze le avrebbero impedito di comprendere la natura giuridica del certificato doganale e di impugnarlo tempestivamente.
3.2.
3.2.1. In virtù dell'<ref-law>, le merci introdotte nel territorio doganale o asportate da esso sono soggette all'obbligo doganale e devono essere tassate secondo la LD e la legge sulla tariffa delle dogane, del 9 ottobre 1986 (LTD; RS 632.10). La dichiarazione doganale è la base dell'imposizione doganale (<ref-law>). Nell'ambito del diritto doganale vige il principio dell'autodichiarazione (<ref-ruling> consid. 2.1; <ref-ruling> consid. 2.1.3). Alla persona soggetta al pagamento del dazio incombe quindi un obbligo di presentazione (<ref-law>) e un obbligo di dichiarazione (<ref-law>). Da quest'obbligo deriva che la responsabilità per la dichiarazione doganale spetta alla persona soggetta all'obbligo di dichiarazione (<ref-ruling> consid. 2.3.2). La dichiarazione doganale accettata dall'Ufficio doganale è designata dalla prassi quale "certificato doganale" (<ref-ruling> consid. 2.2.4), ed è vincolante per la persona soggetta all'obbligo di dichiarazione (<ref-law>). È riservata un'eventuale rettifica giusta l'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 2.3.2).
3.2.2. Secondo l'<ref-law>, la persona soggetta all'obbligo di dichiarazione può rettificare o ritirare la dichiarazione doganale accettata, fintanto che la merce è presentata in dogana e l'ufficio doganale non ha constatato l'inesattezza delle indicazioni contenute nella dichiarazione doganale o nei documenti di scorta (lett. a); oppure non ha ordinato la visita della merce (lett. b). L'<ref-law> prevede che, per la merce che non è più sotto la custodia dell'Amministrazione federale delle dogane (AFD), il Consiglio federale può prevedere un breve termine per rettificare la dichiarazione doganale accettata (cfr. art. 87 dell'ordinanza sulle dogane, del 1° novembre 2006 [OD; RS 631.01]). Giusta l'<ref-law>, entro 30 giorni dal momento in cui la merce non è più sotto la custodia dell'AFD, la persona soggetta all'obbligo di dichiarazione può presentare all'Ufficio doganale una domanda di modifica dell'imposizione; essa deve presentare in pari tempo una dichiarazione doganale rettificata. Il termine, proporzionalmente breve, di 30 giorni è volto ad assicurare l'identità della merce, dovendo essere garantito che nel frattempo essa non sia stata modificata (cfr. <ref-law>). Esigendo una reazione rapida, il legislatore ha inteso contrastare possibili abusi (<ref-ruling> consid. 3.2.7). La questione di sapere se vi sia stata una dichiarazione doganale erronea deve essere chiarita mediante l'avvio di una procedura di rettifica. La procedura di ricorso secondo l'<ref-law> è ammissibile solo dopo l'emanazione di una decisione sulla domanda di rettifica (<ref-ruling> consid. 3.2.9, 3.4.1 e 3.4.2).
3.3. La ricorrente fonda sostanzialmente il suo gravame sulla tesi secondo cui il certificato doganale allestito nel sistema informatico "NCTS" non costituirebbe una decisione impugnabile. Sostiene che dal contenuto di tale atto in concreto, essa non avrebbe potuto avvedersi di una simile natura giuridica. La questione di sapere se il certificato doganale rilasciato nel sistema informatico "NCTS" rivesta o meno il carattere giuridico di decisione può tuttavia rimanere indecisa. Come visto, il certificato doganale costituisce l'accettazione della dichiarazione doganale ed è in ogni caso vincolante per la persona soggetta all'obbligo di dichiarazione (<ref-law>). Ciò vale anche quando la dichiarazione è presentata elettronicamente (<ref-law> in relazione con gli art. 6 cpv. 2 lett. a e 16 dell'ordinanza dell'AFD sulle dogane, del 4 aprile 2007 [OD-AFD; RS 631.013]). Tale dichiarazione è il fondamento dell'imposizione (<ref-law>) e nell'ambito di una procedura svolta per via elettronica, che si fonda principalmente o esclusivamente sulle indicazioni fornite dalla persona soggetta all'obbligo di dichiarazione, a quest'ultima spetta un obbligo di diligenza accresciuto (<ref-ruling> consid. 3.3.3 pag. 657; <ref-ruling> consid. 3.2.6 pag. 439).
Nella fattispecie, la ricorrente è un'impresa attiva nel ramo dei trasporti e delle spedizioni internazionali di ogni genere e dispone di personale specializzato per svolgere le procedure doganali. L'importanza della dichiarazione doganale eseguita elettronicamente da un suo operatore il 10 febbraio 2015 le era quindi nota. Il relativo "certificato doganale d'esportazione", esplicitamente definito come tale nell'intestazione del documento, è stato allestito dall'Ufficio doganale il 16 febbraio 2015. La ricorrente riconosce di avere constatato soltanto il 12 maggio 2015, in occasione di una verifica interna, l'errore di codificazione in cui il suo dipendente sarebbe incorso compilando la dichiarazione doganale. Ha quindi presentato solo in quel momento la domanda di rettifica. È incontestato che il 12 maggio 2015 la merce non era più sotto la custodia dell'AFD da oltre 30 giorni, sicché una rettifica della dichiarazione doganale ai sensi dell'<ref-law> era tardiva e di conseguenza inammissibile. La questione di sapere se il certificato doganale deve essere considerato alla stregua di una decisione non è decisiva, poiché, ad ogni modo, la ricorrente, cognita delle procedure doganali, non poteva in buona fede ritenere di poterlo rimettere in discussione in qualsiasi momento, segnatamente mediante una domanda di rettifica presentata dopo tre mesi dall'inoltro della dichiarazione doganale. Nelle esposte condizioni, è determinante il fatto che l'accettazione della dichiarazione doganale aveva carattere vincolante e che la ricorrente avrebbe dovuto agire con la tempestività che le concrete circostanze permettevano e imponevano, verificando per tempo la correttezza della dichiarazione accettata dall'autorità. Presentata il 12 maggio 2015, la domanda di rettifica era tardiva e non poteva pertanto essere esaminata nel merito.
3.4. Una domanda di restituzione del termine giusta l'<ref-law>, ribadita dalla ricorrente in questa sede, non entra in considerazione non essendo stata impedita, senza sua colpa, di agire tempestivamente.
4.
Ne segue che il ricorso deve essere respinto. Le spese giudiziarie seguono la soccombenza e sono quindi poste a carico della ricorrente (<ref-law>). Non si assegnano ripetibili ad autorità vincenti (<ref-law>).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1.
Il ricorso è respinto.
2.
Le spese giudiziarie di fr. 2'000.-- sono poste a carico della ricorrente.
3.
Comunicazione al patrocinatore della ricorrente, alla Direzione generale delle dogane e alla Corte I del Tribunale amministrativo federale.