Faits :
A.
Le 12 mars 2019, une instruction pénale a été ouverte contre A._ et B._ pour des infractions contre le patrimoine; cette procédure a été étendue à de nouveaux complexes de faits les 9, 14 mai et 30 juillet 2019. Selon la dernière décision d'extension, les intéressés auraient agi en commun à 25 reprises, entre juin 2016 et mai 2019; B._ aurait agi sur instigation de A._, étant précisé que le premier précité aurait agi "de concert avec [la seconde], à sa demande, voire sous son influence"; quant à A._, il lui était reproché d'avoir participé et/ou instigué son coprévenu à agir. A._ a encore été mise en prévention pour une autre escroquerie qu'elle aurait réalisée seule, ainsi que pour l'obtention d'une constatation frauduleuse, tandis qu'une infraction à la loi fédérale du 19 décembre 1948 sur la circulation routière (LCR; RS 741.01) commise à U._ était reprochée à B._.
Les deux prévenus ont été arrêtés le 8 mai 2019 à 07h50 alors qu'ils se trouvaient au domicile de A._. Après avoir été entendus par le Ministère public de la République et canton de Neuchâtel, puis par la police, les prévenus ont été placés en détention provisoire jusqu'au 8 août 2019 par ordonnances du 10 mai 2019 du Tribunal des mesures de contrainte (Tmc). Ces décisions retenaient en particulier l'existence de forts soupçons de culpabilité - sur la base notamment des aveux de B._ et des déclarations de la partie plaignante, père du précité -, ainsi qu'un risque de collusion. Cette mesure a été prolongée pour les deux prévenus le 2 août 2019, jusqu'au 8 septembre 2019 s'agissant de B._, respectivement jusqu'au 8 novembre 2019 en ce qui concernait A._. Le 4 septembre 2019, B._a été remis en liberté.
Des expertises psychiatriques des deux prévenus ont été ordonnées. Il ressort du rapport du 12 juillet 2019 relatif à B._ que son fonctionnement par rapport à A._ pouvait être mis en parallèle avec celui d'une secte; le prévenu était porté par une valeur supérieure, à savoir réparer les torts dont son amie avait été victime dans sa vie, dans l'espoir de devenir comme dans un conte le chevalier qui pourrait la sauver de son destin et qu'elle pourrait aimer éternellement; si aujourd'hui le prévenu disait avoir été manipulé par A._, sa manière de fonctionner ne pouvait être changée instantanément et paraissait profondément ancrée en lui. L'expert relevait d'ailleurs que le prévenu devrait faire un travail sur le mode de relation qu'il entretenait avec ses pairs, notamment avec les femmes; le fonctionnement du prévenu par rapport à A._ rendait tout à fait possible une potentielle intervention de sa part auprès des différentes personnes qui devaient être entendues afin de chercher à convenir de positions favorables à cette dernière ou aux deux prévenus.
Assistée dans un premier temps par une avocate désignée d'office, A._ a confié sa défense à un avocat de choix dès le 30 juillet 2019. Ce même jour, celui-ci s'est adressé au Ministère public relevant qu'hormis une audience d'arrestation, l'instruction avait été déléguée à la police et que sa mandante n'avait jamais été conviée à prendre part à une quelconque audition menée par la police, notamment celles concernant le coprévenu; l'avocat en déduisait une violation de son droit à participer à l'administration des preuves et une inexploitabilité des preuves administrées à charge de sa mandante, se réservant le droit pour cette dernière de solliciter la répétition de ces actes et requérant que celle-ci soit présente à l'administration de toutes les preuves par devant le Ministère public, respectivement la police, avec la faculté de pouvoir renoncer au cas par cas à sa participation, s'agissant notamment des auditions menées par la police.
Le 31 juillet 2019, la Procureure en charge du dossier a indiqué à cet avocat que sa mandante avait effectivement le droit d'assister désormais aux auditions, mais que cela compliquerait la marche de la procédure et pourrait, par conséquent, la prolonger, avec comme corollaire pour la prévenue la prolongation de sa détention. Concernant les auditions déjà réalisées, le Ministère public a relevé que A._ en avait été informée par sa précédente mandataire et n'avait émis aucun souhait d'y participer, de sorte qu'il n'y avait pas lieu de les répéter, sous réserve d'une reprise ponctuelle à préciser par la prévenue et à décider par le Ministère public. Compte tenu du fait que des auditions étaient prévues pour la semaine suivante, la Procureure a informé le mandataire que leur renvoi serait demandé si l'intéressée souhaitait y participer. Par courrier du 2 août suivant, l'avocat de A._ a pris acte de la lettre précitée et a signalé au Ministère public que sa mandante souhaitait être présente aux auditions des 13 et 20 août 2019.
L'audition de B._ a débuté à 09h20 le 13 août 2019 dans les locaux de la police de la Chaux-de-Fonds. Étaient présents l'avocat du prévenu, Me C._ - mandataire de A._ - et celui représentant la partie plaignante. Selon le procès-verbal de cette séance, les avocats de B._ et de la partie plaignante se sont opposés à ce que cette audition ait lieu en présence de A._ dans la mesure où elle portait sur des faits au sujet desquels les prévenus n'avaient pas encore été entendus séparément, en raison d'une "collision d'intérêts" et de la dépendance de B._ vis-à-vis de A._ telle qu'elle ressortait de l'expertise psychiatrique du premier prénommé. Il est également mentionné dans ce document, que le Procureur D._ - non chargé de ce dossier - avait décidé peu avant l'audience que celle-ci pouvait avoir lieu en présence de A._ et qu'une décision serait rendue à ce sujet après l'audition. B._ a indiqué qu'il ne pouvait pas répondre aux questions des enquêteurs en présence de sa coprévenue. Par lettre du même jour, son avocat, ainsi que celui de la partie plaignante, ont confirmé leur opposition à la présence de A._, en se référant aux événements survenus lors de l'audition du matin.
Par décision du 14 août 2019, le Ministère public a refusé à A._ l'autorisation de participer personnellement aux futures auditions de B._ - notamment à celle prévue le 20 août 2019 - en se fondant sur les art. 108 al. 1 let. a et 146 al. 4 let. a CPP; son droit de participer aux autres auditions était réservé, de sorte que la restriction de son droit d'être entendue était limitée à des actes de procédure déterminés, qu'il serait, dans tous les cas, assuré lors des auditions de B._ par la présence de son avocat et que l'utilité d'une confrontation future entre les prévenus - devant le Ministère public - serait examinée par la suite, selon le déroulement de l'enquête.
Le lendemain, A._ a fait part au Ministère public de ses doléances s'agissant du processus ayant conduit à la décision du 14 août 2019, se plaignant notamment d'une violation de son droit d'être entendue.
B.
Le 19 novembre 2019, l'Autorité de recours en matière pénale du Tribunal cantonal de la République et canton de Neuchâtel (ci-après : l'Autorité de recours) a rejeté le recours formé par A._ contre l'ordonnance susmentionnée.
La cour cantonale a en particulier relevé qu'une copie du rapport d'expertise psychiatrique du 30 septembre 2019 concernant A._ lui avait été adressée et que ce document avait également été transmis aux parties (cf. ad L p. 8 de l'arrêt attaqué). Cette autorité a constaté la violation du droit d'être entendue de la recourante, mais a cependant estimé que celle-ci avait été réparée au cours de la procédure de recours (cf. consid. 2 p. 9 s.). La juridiction cantonale a ensuite considéré que le droit de A._ à participer à l'administration des preuves n'était pas violé par l'interdiction de participer aux auditions de B._ (cf. consid. 3 p. 10 ss).
C.
Par acte du 20 décembre 2019, A._ forme un recours en matière pénale contre cet arrêt, concluant à son annulation et à sa participation personnelle et sans restriction aux auditions de son coprévenu B._ dans le cadre de la procédure MP.2018.----. A titre subsidiaire, elle demande le renvoi de la cause à l'autorité précédente. La recourante sollicite l'octroi de l'assistance judiciaire.
La cour cantonale n'a pas formulé d'observations. Le Ministère public et B._ (ci-après : l'intimé) ont conclu au rejet du recours. Le 17 février 2020, la recourante a persisté dans ses conclusions.

Considérant en droit :
1.
Le Tribunal fédéral examine d'office sa compétence (<ref-law>) et librement la recevabilité des recours qui lui sont soumis (<ref-ruling> consid. 1 p. 170).
1.1. L'arrêt attaqué confirme le refus du Ministère public d'autoriser la recourante à participer aux auditions du coprévenu intimé.
Dans la mesure où la recourante aurait été exclue des auditions du coprévenu déjà effectuées à ce jour, on peut douter qu'elle dispose encore d'un intérêt juridique actuel et pratique à obtenir l'annulation ou la modification de la décision attaquée à cet égard, puisqu'elle peut, le cas échéant, contester, y compris devant le juge du fond, l'exploitation des déclarations effectuées par l'intimé à son encontre en violation alléguée de son droit de participation (cf. <ref-law>); s'agissant d'ailleurs d'une question d'administration des preuves, elle ne subit en principe aucun préjudice irréparable à cet égard (<ref-ruling> consid. 3.3 p. 226; arrêt 1B_163/2019 du 10 juillet 2019 consid. 4). Cela étant, la décision attaquée exclut a priori la recourante de toutes les auditions à venir de l'intimé (cf. consid. 3d p. 13 de l'arrêt attaqué). La recourante conserve donc à ce propos un intérêt juridiquement protégé à obtenir l'annulation ou la modification du prononcé entrepris (art. 81 al. 1 let. a et b LTF).
1.2. Ne mettant pas un terme à la procédure pénale, la décision entreprise revêt un caractère incident. Les hypothèses prévues aux art. 92 et 93 al. 1 let. b LTF n'entrant pas en considération dans le cas d'espèce, le recours en matière pénale n'est ainsi recevable que si la décision entreprise est susceptible de causer à la recourante un préjudice irréparable au sens de l'<ref-law>. Celui-ci est réalisé en cas de restriction inadmissible portée aux droits du prévenu de participer à l'administration des preuves (<ref-ruling> consid. 1 p. 27; arrêts 1B_230/2019 du 8 octobre 2019 consid. 1.5.2; 1B_520/2017 du 4 juillet 2018 consid. 1.2 non publié aux <ref-ruling>; 1B_255/2017 du 26 juin 2017 consid. 2.1 et 2.2).
1.3. Pour le surplus, les autres conditions de recevabilité - dont le dépôt en temps utile du recours (art. 46 al. 1 let. c et 100 al. 1 LTF) - étant réunies, il y a lieu d'entrer en matière.
2.
La recourante se plaint tout d'abord d'une violation de son droit d'être entendue. A cet égard, elle reproche à la cour cantonale d'avoir constaté dans ses considérants la violation de ce droit effectuée par le Ministère public - qui ne lui avait pas transmis les déterminations de l'intimé du 13 août 2019 -, puis d'avoir cependant estimé que cette violation aurait été réparée au cours de la procédure cantonale de recours. La recourante soutient aussi que cela aurait dû être constaté dans le dispositif, respectivement que le rejet de cette conclusion n'aurait pas été motivé. Elle prétend encore qu'elle aurait dû se voir allouer des dépens et être exemptée des frais de justice.
L'autorité précédente, en tant qu'autorité de recours (<ref-law>), dispose d'une pleine cognition en fait et en droit (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 4.4 p. 405), ce qui permet, le cas échéant, de réparer une violation du droit d'être entendu au cours de la procédure cantonale de recours. A cet égard, la juridiction précédente a retenu que la recourante avait pu se déterminer au cours de la procédure de recours au sujet de la lettre du 13 août 2019 et qu'un renvoi au Ministère public ne constituerait qu'un détour procédural inutile (cf. consid. 2b p. 9 s. de l'arrêt entrepris). La recourante ne développe aucun élément afin de contester cette double motivation. En particulier, elle ne soutient pas n'avoir pas eu connaissance du contenu du courrier du 13 août 2019, notamment préalablement au dépôt de son mémoire de recours cantonal le 26 août 2019 (arrêt 1B_509/2018 du 6 mars 2019 consid. 2.1). En effet, l'essentiel de son argumentation tend à démontrer l'absence de transmission par le Ministère public de ce courrier, ce qui n'est en soi pas contesté. Dans ses observations du 17 février 2020 devant le Tribunal fédéral, la recourante ne remet pas non plus en cause le fait d'avoir mentionné la lettre du 13 août 2019 dans ses écritures du 15 suivant adressées au Ministère public ou l'accès au dossier obtenu le 19 août 2019 (cf. les déterminations du Ministère public du 23 janvier 2020).
Au regard de ces considérations, la cour cantonale pouvait ainsi retenir, sans violer le droit fédéral, que la violation du droit d'être entendue de la recourante avait été réparée au cours de la procédure cantonale, motivation suffisante pour considérer - certes implicitement - qu'il n'y avait plus lieu de constater formellement la violation dans le dispositif, respectivement pour ne pas allouer des dépens et/ou dispenser la recourante des frais judiciaires.
Partant, ce grief peut être écarté.
3.
La recourante reproche ensuite à l'autorité précédente une violation de l'<ref-law>. En particulier, la première soutient que son droit de participer aux auditions de l'intimé ne saurait être limité en application des art. 108 al. 1 let. a, 146 al. 4 ou 149 ss CPP. Selon la recourante, la restriction ordonnée violerait également le principe de proportionnalité.
3.1. L'art. 147 al. 1 1ère phrase CPP consacre le principe de l'administration des preuves en présence des parties - qualité dont dispose la recourante en tant que prévenue (<ref-law>) - durant la procédure d'instruction et les débats. Il en ressort que les parties ont le droit d'assister à l'administration des preuves par le ministère public et les tribunaux, ainsi que de poser des questions aux comparants. Ce droit spécifique de participer et de collaborer découle du droit d'être entendu (<ref-law>). Les preuves administrées en violation de l'<ref-law> ne sont pas exploitables à la charge de la partie qui n'était pas présente (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 3.3.1 p. 403, 457 consid. 1.6.1 p. 459; <ref-ruling> consid. 1.2.1 p. 174 s.; arrêt 6B_1385/2019 du 27 février 2020 consid. 1.1). Le droit de participer à l'administration des preuves durant l'instruction et les débats vaut également pour l'audition des coprévenus (<ref-ruling> consid. 4.3.1 p. 228; <ref-ruling> consid. 1.2.2. p. 175; <ref-ruling> consid. 5.1 à 5.3 p. 30 ss.; arrêt 6B_952/2019 du 11 décembre 2019 consid. 1.1).
Ce droit ne peut être restreint qu'aux conditions prévues par la loi (cf. notamment art. 108, 146 al. 4 et 149 ss CPP, voir <ref-law> par analogie; <ref-ruling> consid. 3.3.1 p. 403; <ref-ruling> consid. 4.4 p. 229; <ref-ruling> consid. 5.5 p. 35 ss; arrêt 6B_1385/2019 du 27 février 2020 consid. 1.1).
Il sied donc d'examiner si l'une ou l'autre des dispositions susmentionnées permettent de justifier l'exclusion de la recourante des auditions du coprévenu intimé.
3.2. La recourante conteste tout d'abord son exclusion en application par analogie de l'<ref-law> (première audition du prévenu et administration des preuves essentielles).
La direction de la procédure examine au cas par cas s'il existe des motifs objectifs pour restreindre momentanément la présence des parties à l'administration des preuves. De tels motifs peuvent être donnés en présence d'un risque de collusion concret. En revanche, la simple éventualité que les intérêts de la procédure soient abstraitement mis en péril ne suffit pas (<ref-ruling> consid. 5.5.4.1 p. 37). Un prévenu peut être exclu de l'audition d'un coprévenu si celle-ci porte sur des faits concernant le premier et sur lesquels ce dernier n'a pas encore été entendu (cf. les conditions posées à l'<ref-law>; <ref-ruling> consid. 5.5.2 p. 36 et 5.5.4.1 p. 37; arrêts 6B_1385/2019 du 27 février 2020 consid. 1.1; 1B_404/2012 du 4 décembre 2012 consid. 2.1 à 2.4; Thormann/Mégevand, in Commentaire romand, Code de procédure pénale suisse, 2e éd. 2019, n° 3a ad <ref-law>; Alexandre Guisan, La violation du droit de participer [<ref-law>], in AJP 3/2019 p. 337 ss, ad II/A/4 p. 41; Daniel Häring, in Basler Kommentar, Strafprozessordnung, Art. 1-195 StPO, 2e éd. 2014, n° 2b ad <ref-law>; voir également l'art. 147a P-CPP, Message du Conseil fédéral du 28 août 2019 concernant la modification du Code de procédure pénale [ci-après : le Message CPP 2019; FF 2019 6351, p. 6381 et 6389 ss]).
Certes, l'arrêt attaqué mentionne brièvement que l'audition du 13 août 2019 concernerait des faits sur lesquels l'intimé n'aurait pas encore été entendu (cf. consid. 3c p. 11 s.). Cela étant, si une telle circonstance suffisait en l'occurrence pour exclure la recourante des auditions de l'intimé, le Ministère public n'aurait pas autorisé sa présence le 31 juillet 2019. On relève d'ailleurs que ce n'est pas cet élément qui est retenu à titre de motivation pour démontrer le défaut de contradiction entre les prononcés du Ministère public des 31 juillet et 14 août 2019, mais le déroulement de la séance du 13 août 2019 (cf. le stress, la panique et les pleurs de l'intimé relevés en p. 2 de l'ordonnance du Ministère public), venu modifier les circonstances, ce qui imposait une nouvelle appréciation de la situation.
Il découle en tout état de cause des considérations précédentes qu'une exclusion de la recourante des auditions de l'intimé ne se justifie pas dans le cas d'espèce sur la base d'une application par analogie de l'<ref-law>.
3.3. A teneur de l'<ref-law>, les autorités pénales peuvent restreindre le droit d'une partie à être entendue lorsqu'il y a de bonnes raisons de soupçonner que cette partie abuse de ses droits (let. a) ou lorsque cela est nécessaire pour assurer la sécurité de personnes ou pour protéger des intérêts publics ou privés au maintien du secret (let. b).
A cet égard, la cour cantonale a retenu que la recourante s'était limitée - selon le procès-verbal de l'audience du 13 août 2019 - à être présente à cette séance, sans se manifester davantage, sous quelque forme que ce soit (cf. consid. 3d p. 12 de l'arrêt attaqué). Faute d'indice concret d'un comportement actif abusif, l'exclusion de la recourante ne saurait donc, ainsi que l'a retenu à juste titre l'autorité précédente, découler en l'occurrence de l'application de cette disposition (voir cependant le Message CPP 2019 qui relève qu'un abus pourrait être retenu si le prévenu utilise son droit de participer à la seule fin d'intimider, par sa présence, le comparant [FF 2019 6351, ad art. 147a P-CPP, p. 6390]).
3.4. L'<ref-law> - audition de plusieurs personnes et confrontation ("Einvernahme mehrerer Personen und Gegenüberstellungen", "interrogatorio di più persone e confronti") - prévoit que la direction de la procédure peut exclure temporairement une personne ("eine Person", "una persona") des débats dans les cas suivants, soit : s'il y a collision d'intérêts (let. a) ou si cette personne doit encore être entendue dans la procédure à titre de témoin, de personne appelée à donner des renseignements ou d'expert (let. b).
3.4.1. Les deux cas - alternatifs (cf. les versions germanophone ["oder"] et italophone ["oppure"]) - prévus par cette disposition tendent à garantir, par l'exclusion de personne (s) - dont les parties (cf. <ref-law>; Guisan, op. cit., ad II/A/4 p. 41; Häring, op. cit., n° 22 ad <ref-law>) - que les déclarations de celle (s) à entendre ne soient pas faussées par des circonstances évitables (Thormann/ Mégevand, op. cit., n° 13 ad <ref-law>; Schmid/Jositsch, Schweizerische Strafprozessordnung, Praxiskommentar, 3e éd. 2018, n° 15 ad <ref-law>; Moreillon/Parein-Reymond, Petit commentaire, Code de procédure pénale suisse, 2e éd. 2016, n° 2 ad <ref-law>).
S'agissant tout d'abord de l'hypothèse prévue à la lettre b, elle vise à permettre l'exclusion d'une personne - dont le prévenu - lorsque le comparant à entendre est un "autre participant à la procédure" au sens de l'art. 105 al. 1 let. c (témoin), let. d (personne appelée à donner des renseignements) et/ou let. e (expert) CPP. Elle n'est ainsi pas applicable au cas d'espèce où la question concerne l'exclusion d'une prévenue (la recourante) à l'audition d'un coprévenu (l'intimé [GUNHILD Godenzi, in Donatsch/Hansjakob/Lieber (édit.), Kommentar zur Schweizerischen Strafprozessordnung, 2e éd. 2014, n° 26 ad <ref-law>]), entendu dans le cadre d'une même procédure (Thormann/Mégevand, op. cit., n° 15 ad <ref-law>; Schmid/Jositsch, op. cit., n°16 ad <ref-law>; Häring, op. cit., n° 23 ad <ref-law>, auteurs relevant que cette disposition pourrait en revanche trouver application si le co-auteur était entendu dans une instruction menée en parallèle).
En ce qui concerne ensuite la lettre a, elle permet l'exclusion dans les cas où la personne citée à comparaître pourrait craindre de dire la vérité et se montrer exhaustive en présence de certains intervenants ou d'un accompagnant (Moreillon/Parein-Reymond, op. cit., n° 15 ad <ref-law>). Tel peut notamment être le cas d'un mineur accompagné de son/ses parent (s) ou de la victime se faisant accompagner d'une personne de confiance (Thormann/Mégevand, op. cit., n° 13 ad <ref-law>; Schmid/Jositsch, op. cit., n° 13 ad <ref-law>; Moreillon/Parein-Reymond, op. cit., n° 15 ad <ref-law>; Häring, op. cit., n° 22a ad <ref-law>; cf. le Message du Conseil fédéral du 21 décembre 2005 relatif à l'unification du droit de la procédure pénale [FF 2006 1057, p. 1166]).
Selon une partie de la doctrine, l'exclusion d'un prévenu lors de l'audition d'un coprévenu ne saurait intervenir en application de l'<ref-law>; pour éviter toute forme d'influence, dont l'intimidation, certains auteurs renvoient dans une telle configuration aux art. 108 al. 1 let. a, 149, 150 et 63 CPP. Certes, le fait que la présence d'un prévenu soit de nature à exercer une certaine pression sur le comparant lorsque celui-ci s'apprête à faire des déclarations à charge ne saurait suffire à fonder une collision d'intérêts justifiant l'application de l'<ref-law> (NIKLAUS OBERHOLZER, Grundzüge des Strafprozessrechts, 4e éd. 2020, n° 898 p. 281 s.; Thormann/Mégevand, op. cit., n° 16 ad <ref-law>; Jeanneret/Kuhn, Précis de procédure pénale, 2e éd. 2018, n° 12'006 p. 275; Godenzi, op. cit., n° 25 ad <ref-law>).
Pour sa part, le Tribunal fédéral a constaté qu'une telle collision d'intérêts ne résultait pas de la seule qualité de coprévenu du comparant (<ref-ruling> consid. 5.5.6 p. 38; Guisan, op. cit., ad II/A/4 p. 41). Il n'a en revanche pas exclu de manière générale, notamment en présence d'autres circonstances, l'application de cette disposition. De telles circonstances peuvent exister lorsque, en raison des relations unissant les prévenus en cause, la seule présence de l'un peut suffire pour influencer l'autre (cf. certaines hiérarchies familiales ou de clan); lorsque de telles hypothèses sont manifestement réalisées, on ne saurait attendre un comportement actif au sens de l'<ref-law> ou des indices concrets d'abus du droit de participer.
En tout état de cause, les circonstances permettant l'exclusion d'un prévenu lors de l'audition d'un coprévenu doivent être examinées avec rigueur et ne sauraient entrer en considération pour limiter les droits de participation qu'avec une extrême retenue.
3.4.2. La cour cantonale a relevé que le déroulement de l'audience du 13 août 2019 apportait la preuve - pour le moins à ce stade du dossier - qu'il fallait considérer qu'un lien de dépendance entre l'intimé et la recourante existait, dans le sens que la seconde avait une forme d'emprise sur le premier; cela découlait des rapports d'expertise psychiatriques relatifs aux deux prévenus relevant la "forte emprise" de la recourante (rapport d'expertise de l'intimé), la tentative de celle-ci de "contrôler et dominer l'entretien et la relation avec son interlocuteur", une façon de créer une "dépendance émotionnelle" avec les victimes de ses infractions et ses "caractéristiques dominantes" (rapport relatif à la recourante). Selon l'autorité précédente, ces éléments permettaient de retenir l'hypothèse d'une collision d'intérêts au sens de l'<ref-law> et, partant, de limiter le droit de la recourante de participer personnellement aux futures auditions de l'intimé (cf. consid. 3d p. 12 s. de l'arrêt entrepris).
Eu égard aux circonstances très particulières du cas d'espèce, ce raisonnement ne prête pas le flanc à la critique. Le statut procédural de coprévenu de l'intimé ne suffit certes pas pour exclure la recourante en l'espèce des auditions du précité. Ce n'est d'ailleurs pas pour ce motif que l'autorité précédente a confirmé l'exclusion de la recourante, mais en raison de l'influence que celle-ci paraît avoir sur l'intimé. Dans le cas d'espèce, cela ne correspond pas à de simples pressions que tout comparant subit en cas de déclarations à charge. En effet, l'emprise de la recourante sur l'intimé a été relevée dans les deux expertises psychiatriques effectuées au cours de la procédure, lesquelles ont indiqué sa tendance à la manipulation. Sur la base de ces éléments qui ne constituent pas des déclarations - subjectives - de parties, il ne peut ainsi être exclu que la recourante - y compris par sa seule présence - puisse influencer les propos de l'intimé afin qu'il minimise le rôle de celle-ci dans les infractions qui leur sont reprochées; l'intimé semble d'ailleurs avoir déjà fait des déclarations dans ce sens dans un premier temps au cours de l'enquête. Partant, vu la collision d'intérêts patente existant en l'occurrence, il se justifie de limiter temporairement les droits de participation de la recourante en l'excluant des auditions de l'intimé (<ref-law>).
3.5. La recourante conteste encore la proportionnalité de cette mesure au motif que l'éventuel lien de dépendance existant ne présenterait pas l'intensité nécessaire permettant d'étayer la thèse d'une possible influence de sa part du seul fait de sa présence.
Lors de l'examen de ce principe, la juridiction précédente a retenu qu'au vu du déroulement de l'audience du 13 août 2019 et de la dépendance dans laquelle l'intimé semblait se trouver par rapport à la recourante, il était quasiment certain que l'intimé ne ferait pas davantage de déclarations si la recourante se trouvait derrière un paravent ou dans un local séparé en cas de vidéoconférence; dans ces deux situations, elle était en mesure d'entendre les déclarations effectuées, ce qui semblait empêcher l'intimé de répondre aux questions. La cour cantonale a relevé que le droit d'être entendue de la recourante était garanti par la présence de son avocat, ainsi que pour son droit d'accéder à toutes les pièces du dossier; de plus, le Ministère public avait expressément réservé la possibilité d'une confrontation (cf. consid. 3e p. 13 du jugement entrepris).
Cette appréciation peut également être confirmée. Le déroulement de l'audition du 13 août 2019 tend à confirmer le fait que la présence de la recourante est susceptible d'entraver l'intimé dans sa faculté de répondre au cours de l'instruction; il ne s'agit ainsi pas d'une pure hypothèse. On ne saurait dès lors exiger de la direction de la procédure qu'elle essaie tous les autres moyens possibles, puis en constate les échecs avant de prendre les mesures nécessaires afin d'assurer le bon déroulement des auditions; un tel mode de procéder entraverait l'avancement de l'enquête et contreviendrait ainsi aux principes d'économie de procédure et de célérité. La restriction ordonnée ne saurait d'ailleurs perdurer au-delà du nécessaire et le droit d'être entendue de la recourante doit être respecté (Häring, op. cit., n° 24 ad <ref-law>), ce que semble avoir d'ores et déjà garanti le Ministère public (cf. la présence de l'avocat aux auditions, ainsi que l'absence de limitation du droit de demander une audition de confrontation - sur les modalités de celle-ci, voir notamment arrêt 6B_1385/2019 du 27 février 2020 consid. 1.1 -et d'obtenir un accès à l'ensemble du dossier). En tout état de cause, si tel ne devait pas être le cas, il resterait à la recourante la possibilité de faire valoir ses droits devant le juge du fond, notamment en invoquant la violation de ceux-ci (cf. <ref-law>).
4.
Il s'ensuit que le recours est rejeté.
La recourante a demandé l'assistance judiciaire (<ref-law>). Son recours n'était pas d'emblée dénué de chances de succès et, par conséquent, cette requête doit être admise. Il y a donc lieu de désigner Me Xavier-Marcel Copt en tant qu'avocat d'office et de lui allouer une indemnité à titre d'honoraires, qui seront supportés par la caisse du Tribunal fédéral. Il n'est pas perçu de frais judiciaires. L'intimé, qui obtient gain de cause avec un avocat, a droit à des dépens à la charge de la recourante (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté.
2.
La requête d'assistance judiciaire est admise. Me Xavier-Marcel Copt est désigné en tant qu'avocat d'office de la recourante et une indemnité de 1'500 fr. lui est allouée à titre d'honoraires, à payer par la caisse du Tribunal fédéral. Il n'est pas perçu de frais judiciaires.
3.
Une indemnité de dépens, fixée à 1'000 fr., est allouée à l'intimé à la charge de la recourante.
4.
Le présent arrêt est communiqué au mandataire de la recourante, au Ministère public de la République et canton de Neuchâtel - Parquet régional de La Chaux-de-Fonds -, au conseil de l'intimé et à l'Autorité de recours en matière pénale du Tribunal cantonal de la République et canton de Neuchâtel.
Lausanne, le 19 mai 2020
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Chaix
La Greffière : Kropf