Faits :
A.
Par décision du 7 avril 2017, la Direction de la police et des affaires militaires du canton de Berne (ci-après: POM) a rejeté le recours de X._ contre la décision rendue le 2 juin 2016 par l'Office de la privation de liberté et des mesures d'encadrement (ci-après: OPLE) de la Section de l'application des peines et mesures (ci-après: SAPEM). Cette décision refusait notamment d'écarter du dossier l'expertise psychiatrique de la Dresse A._ et son complément ainsi que le transfert de X._ en section ordinaire de l'Etablissement pénitentiaire de B._. Par la même décision, le recours interjeté par X._ contre la décision rendue le 9 août 2016 par la SAPEM ordonnant la poursuite de la détention de X._ dans la section de sécurité xxx de l'Etablissement pénitentiaire de B._ a également été rejeté.
B.
Par décision du 31 octobre 2017, la 2ème Chambre pénale de la Cour suprême du canton de Berne a rejeté le recours interjeté par X._ contre la décision rendue le 7 avril 2017 par la POM relative au refus d'écarter une expertise psychiatrique du dossier ainsi qu'au refus de transfert en section ordinaire de l'Établissement pénitentiaire de B._ et à la poursuite de la détention dans la section de sécurité xxx de l'Établissement pénitentiaire de B._.
En substance, les faits retenus par la cour cantonale sont les suivants.
Une mesure d'internement prononcée contre X._ a été formellement mise en application par la Cour de justice de Genève par décision du 23 septembre 2002. X._ a été placé dans différents établissements pénitentiaires jusqu'en 2012, étant précisé que la poursuite de la mesure selon les <ref-law> a été ordonnée le 5 février 2008 par le Tribunal de l'arrondissement judiciaire de Courtelary-Moutier-La Neuveville. Le 5 mai 2012, alors qu'il avait été placé dans la section d'intégration de l'Etablissement pénitentiaire de B._, X._ a demandé son transfert dans la section yyy des Etablissements de C._, ce que l'OPLE a refusé par décision du 3 juin 2012. Dans sa décision du 28 février 2014, la POM a admis le recours déposé par X._ contre cette décision et ordonné son placement dans la section yyy des Etablissements de C._ en vue de l'application de la mesure d'internement dont il faisait l'objet. Ce placement a été remis en question par l'autorité d'exécution du fait que X._ pouvait se retrouver seul avec des collaboratrices travaillant dans cette section, situation inconnue jusque-là de ladite autorité. Par courrier du 2 juin 2014, la Direction des Etablissements de C._ a informé la SAPEM que, pour des raisons de sécurité, X._ serait déplacé en régime ordinaire desdits établissements le 10 juin 2014, à la suite d'un téléphone de la responsable des risques auprès de la SAPEM qui avait demandé si du personnel féminin travaillait dans ladite section et qui avait rendu le chef de la section attentif au fait qu'il fallait exclure tout risque à l'égard du personnel de sexe féminin de la section yyy.
Le 30 juin 2015, la SAPEM a mandaté la Dresse A._ pour établir une expertise psychiatrique de X._, afin de disposer d'une expertise psychiatrique actuelle et de pouvoir planifier la suite de l'exécution de la mesure d'internement. Celui-ci a été transféré temporairement, du 3 au 9 novembre 2015, à l'Etablissement pénitentiaire de B._ afin que l'expertise puisse se poursuivre sans vitre de protection.
Dans l'expertise du 17 novembre 2015, la Dresse A._ a notamment constaté qu'il existait actuellement " un risque de récidive structurel élevé pour les délits sexuels et pour l'homicide chez l'expertisé ainsi que des risques intra muros ". La SAPEM est parvenue à la conclusion que dans le milieu où se trouvait X._ aux Etablissements de C._, il n'était pas possible de mettre en place les mesures de sécurité adaptées aux risques mentionnés dans l'expertise psychiatrique de la Dresse A._ et que seule la section de sécurité zzz de l'Etablissement pénitentiaire de B._ offrait la sécurité nécessaire afin d'éviter les risques invoqués. X._ a donc été placé temporairement dans la section de sécurité zzz, pour une durée de trois mois, le temps de procéder aux clarifications supplémentaires quant au placement adéquat de l'intéressé. A la suite des recommandations de la Dresse A._, X._ a été déplacé dans la section de sécurité xxx de l'Etablissement pénitentiaire de B._, le complément d'expertise du 26 janvier 2016 indiquant que ce déplacement était sans risque étant donné que X._ n'aurait pas de contact avec des femmes dans cette section. Par décision du 8 février 2016, la SAPEM a ordonné le placement de X._ pour une durée de six mois dans la section de sécurité xxx de l'Etablissement pénitentiaire de B._ en précisant que le séjour dans cette section serait réexaminé tous les six mois.
Par décision du 9 août 2016, après avoir entendu l'intéressé qui s'est opposé à son maintien dans la section xxx, la SAPEM a prolongé de six mois son placement dans ladite section, en précisant que ce placement devait être revu tous les six mois.
C.
X._ interjette un recours en matière pénale contre la décision de la cour cantonale du 31 octobre 2017. Il conclut, avec suite de frais et dépens, principalement, à l'annulation de cette décision, à ce que l'expertise psychiatrique de la Dresse A._ du 17 novembre 2015 et son complément du 26 janvier 2016 soient écartés du dossier, à ce que son transfert dans la section ordinaire de l'Etablissement pénitentiaire de B._ soit ordonné, et à ce qu'au besoin, une nouvelle expertise soit ordonnée. Il sollicite par ailleurs le bénéfice de l'assistance judiciaire.

Considérant en droit :
1.
L'arrêt attaqué porte sur l'exécution d'une mesure, de sorte que la voie du recours en matière pénale est ouverte (cf. <ref-law>).
2.
Le recourant mentionne une violation de l'art. 9 Cst.
2.1. Le Tribunal fédéral n'est pas une autorité d'appel, auprès de laquelle les faits pourraient être rediscutés librement. Il est lié par les constatations de fait de la décision entreprise (cf. <ref-law>), à moins qu'elles n'aient été établies en violation du droit ou de manière manifestement inexacte au sens des art. 97 al. 1 et 105 al. 2 LTF, soit pour l'essentiel de façon arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. La notion d'arbitraire a été rappelée récemment dans l'arrêt publié aux <ref-ruling> consid. 4.3 p. 380, auquel on peut se référer. Le Tribunal fédéral n'entre en matière sur les moyens fondés sur la violation de droits fondamentaux, dont l'interdiction de l'arbitraire, que s'ils ont été invoqués et motivés de manière précise (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 2.4 p. 368). Les critiques de nature appellatoire sont irrecevables (<ref-ruling> consid. 2.4 p. 368 et les références citées).
2.2. Dans la première partie de son écriture, le recourant présente, sur plus de neuf pages, son propre exposé des faits et des étapes de la procédure. Il n'indique, ni ne démontre, en quoi les constatations de l'autorité précédente seraient manifestement inexactes ou arbitraires, de sorte qu'il ne développe aucune argumentation remplissant les exigences de motivation (cf. <ref-law>). Les allégués de fait qui ne ressortent pas de la décision entreprise sont dès lors irrecevables.
3.
Le recourant conteste la validité de l'expertise psychiatrique de la Dresse A._ et son complément. Il conclut à ce que ceux-ci soient écartés du dossier. Il se plaint d'une violation de l'art. 56 let. f CPP.
3.1. L'art. 56 let. f CPP - applicable aux experts en vertu du renvoi de l'<ref-law> -, prévoit que toute personne exerçant une fonction au sein d'une autorité pénale est récusable "lorsque d'autres motifs, notamment un rapport d'amitié étroit ou d'inimitié avec une partie ou son conseil, sont de nature à le rendre suspect de prévention". Cette disposition a la portée d'une clause générale recouvrant tous les motifs de récusation non expressément prévus aux lettres précédentes (<ref-ruling> consid. 3.2 p. 74; <ref-ruling> consid. 3.2.1 p. 179 et les arrêts cités). Elle concrétise les droits déduits de l'art. 29 al. 1 Cst. garantissant l'équité du procès et assure au justiciable une protection équivalente à celle de l'art. 30 al. 1 Cst. s'agissant des exigences d'impartialité et d'indépendance requises d'un expert. Les parties à une procédure ont donc le droit d'exiger la récusation d'un expert dont la situation ou le comportement sont de nature à faire naître un doute sur son impartialité. Cette garantie tend notamment à éviter que des circonstances extérieures à la cause puissent influencer une appréciation en faveur ou au détriment d'une partie. Elle n'impose pas la récusation seulement lorsqu'une prévention effective est établie, car une disposition interne de l'expert ne peut guère être prouvée; il suffit que les circonstances donnent l'apparence de la prévention et fassent redouter une activité partiale (<ref-ruling> consid. 2.1.1 p. 436; <ref-ruling> consid. 2.1 p. 144; arrêt 1B_110/2017 du 18 avril 2017 consid. 3.1).
3.2. La récusation doit être demandée sans délai, dès que la partie a connaissance du motif de récusation, c'est-à-dire dans les jours qui suivent la connaissance de la cause de récusation (cf. <ref-law>; arrêt 1B_362/2015 du 10 décembre 2015 consid. 2.1 et les arrêts cités), sous peine de déchéance (<ref-ruling> consid. 8.4.3 p. 275 et les arrêts cités). Il est en effet contraire aux règles de la bonne foi de garder ce moyen en réserve pour ne l'invoquer qu'en cas d'issue défavorable ou lorsque l'intéressé se serait rendu compte que l'instruction ne suivait pas le cours désiré (<ref-ruling> consid. 3.2.1 p. 124; arrêt 6B_1238/2016 du 25 septembre 2017 consid. 4.1).
En l'espèce, le recourant soutient - sans autre précision - que ce n'est qu'au moment de la mise à disposition du dossier officiel qu'il a pu se rendre compte qu'un " lien privilégié existait très probablement entre l'experte et son mandant ". La question de savoir si le grief de prévention de l'expert a été soulevé de manière tardive peut demeurer indécise vu l'issue du recours.
3.3. Le recourant soutient d'abord qu'un " lien d'amitié " existerait entre l'experte et Mme D._, la représentante de la SAPEM. Il reproche à celle-ci d'avoir écrit, dans un email du 22 août 2014 adressé à son avocat, " qu'elle avait choisi " la Dresse A._ pour effectuer la nouvelle expertise du recourant. La cour cantonale explique de façon convaincante que si la formulation utilisée était maladroite, il fallait comprendre que Mme D._ était chargée de trouver un expert pour réaliser l'expertise psychiatrique du recourant. Au demeurant, comme le relève à juste titre la cour cantonale, si le recourant considérait que cette façon de s'exprimer devait faire présumer un rapport de dépendance avec la SAPEM, il aurait dû soulever ce grief immédiatement. Au contraire, par courrier du 20 juillet 2015, son défenseur a informé la SAPEM qu'il n'avait aucun motif de récusation à faire valoir contre l'experte proposée.
Le recourant soutient ensuite qu'il ressort du dossier que la SAPEM a contacté la Dresse A._ pour l'informer qu'elle devait prendre des précautions particulières avec le recourant. Dans un email du 9 septembre 2015, la SAPEM a indiqué à l'experte: " Lors d'une expertise, à aucun moment tu ne dois prendre un risque qui pourrait compromettre ta sécurité ". Le recourant estime que le tutoiement entre la représentante de la SAPEM et la Dresse A._ n'est pas acceptable. Il ressort de l'arrêt attaqué que les raisons du tutoiement entre ces deux personnes ne reposent pas sur des liens d'amitié mais datent de leur rencontre dans le cadre d'une formation et que le tutoiement est très répandu dans le milieu professionnel suisse alémanique. Dans ces conditions, on ne saurait déduire du simple tutoiement qu'il existait un rapport d'amitié entre l'experte et la représentante de la SAPEM.
3.4. Le recourant soutient qu'en raison des mesures de sécurité mises en place - soit le fait que le premier entretien entre le recourant et l'experte s'est déroulé derrière une vitre de protection -, un " rapport normal " ne se serait pas créé entre l'experte et le recourant, dans la mesure où celui-ci aurait cru, à tort, que c'était l'experte qui avait exigé que l'entretien se déroule dans ces conditions, ce qui n'avait jamais été le cas par le passé avec d'autres experts. C'était pour cette raison que le recourant aurait été " insultant à l'égard de l'experte " et qu'un " climat de défiance " se serait instauré. Ce raisonnement ne saurait être suivi. En effet, un seul entretien a dû être effectué avec une vitre de protection, les autres s'étant déroulés à l'Etablissement pénitentiaire de B._ où un agent de sécurité pouvait être présent. On relèvera par ailleurs que le recourant souligne lui-même dans son recours qu'il avait précisé qu'il était disposé à continuer de participer au processus d'expertise et donc de nouveau rencontrer la Dresse A._, pour autant que les entretiens ne se fassent pas derrière une vitre de sécurité (cf. mémoire de recours, p. 11). Par conséquent, le recourant ne saurait être suivi lorsqu'il affirme qu'un " climat de défiance " s'était instauré et que l'objectivité totale de l'experte ne pouvait plus être garantie.
Le recourant soutient ensuite que l'experte aurait été influencée dans son rapport par les consignes de sécurité que la SAPEM lui avait données, à savoir que le recourant était un délinquant à haut risque dont l'évasion devait être évitée à tout prix en précisant qu'un facteur de risque résidait dans la délinquance sexuelle de celui-ci et dans une grande probabilité de récidive. Cette argumentation n'emporte pas conviction. En effet, il ressort de l'arrêt attaqué qu'à la suite de cette mise en garde, l'experte a simplement demandé quelles étaient les mesures de sécurité prises habituellement lorsque le recourant recevait des visites. Ce n'est pas elle qui a demandé que l'entretien se déroule derrière une vitre de protection. En outre, dans la mesure où l'experte avait été mandatée, elle pouvait avoir accès au dossier dont il ressortait que le recourant présentait un risque de récidive notamment dans la délinquance sexuelle (décision attaquée, p. 13). Enfin, la cour cantonale a jugé que l'experte avait effectué un examen psychiatrique du recourant en procédant à une analyse circonstanciée fondée sur une méthodologie sérieuse. Le recourant ne démontre pas que tel ne serait pas le cas.
3.5. Il découle de ce qui précède que le recourant ne soulève aucun motif pertinent qui justifierait d'écarter l'expertise et son complément. Il n'existe par ailleurs pas de motif de récusation de l'experte au sens de l'art. 56 let. f CPP.
4.
Le recourant s'en prend aux conclusions de l'expertise et à la décision ordonnant la poursuite de sa détention dans la division de sécurité xxx de l'Etablissement pénitentiaire de B._, respectivement au refus de le transférer dans la section ordinaire.
4.1. Comme tous les autres moyens de preuve, les expertises sont soumises à la libre appréciation du juge. Celui-ci ne peut cependant pas s'écarter d'une expertise sans motifs pertinents. Il doit examiner, en se fondant sur les autres moyens de preuve administrés et sur les arguments des parties, si de sérieuses objections font obstacle au caractère probant des conclusions de l'expertise. En se fondant sur une expertise non concluante, le juge peut tomber dans l'arbitraire. Tel peut être le cas si l'expert n'a pas répondu aux questions posées, si ses conclusions sont contradictoires ou si, de toute autre façon, l'expertise est entachée de défauts à ce point évidents et reconnaissables, même sans connaissances spécifiques, que le juge ne pouvait tout simplement pas les ignorer (<ref-ruling> consid. 6.1 p. 373 et les références citées).
4.2. La cour cantonale a jugé que l'experte avait expliqué de manière cohérente et convaincante pour quels motifs elle arrivait à la conclusion selon laquelle, en raison de sa personnalité avec éléments antisociaux et psychopathes et dans le contexte du trouble du sadisme sexuel, le recourant présentait un risque élevé non seulement pour les femmes en dehors de l'établissement pénitentiaire, mais également pour les personnes de sexe féminin au sein de l'établissement. Le recourant ne devait dès lors pas être autorisé à se retrouver seul avec du personnel de sexe féminin. Dans ces conditions, son placement dans la division de sécurité xxx se justifiait dans la mesure où, dans cette section, le recourant n'aurait pas de contacts avec des femmes.
4.3. Le recourant souligne qu'aucune autre expertise effectuée jusqu'alors ne laisse entendre que le recourant présenterait un danger à l'égard du personnel féminin dans un établissement pénitencier. Il soutient que c'est la SAPEM qui a laissé entendre pour la première fois en 2014 qu'il serait particulièrement dangereux pour les femmes. Cet argument n'est pas convaincant.
D'une part, si les experts précédents ont souligné le caractère manipulateur du recourant et son trouble de personnalité dyssociale et le risque de nouveau passage à l'acte sous forme de viol, voire de meurtre, ils n'ont cependant pas été interrogés sur la question précise de savoir si le recourant présentait un danger à l'égard du personnel féminin dans un établissement pénitentiaire. On relèvera - à l'instar de la cour cantonale - que le recourant lui-même a demandé à ce qu'une question complémentaire relative à sa dangerosité à l'égard du personnel féminin en milieu carcéral soit posée à l'experte, de sorte qu'il ne saurait ensuite lui reprocher d'avoir abordé cette question.
D'autre part, il ressort de l'arrêt attaqué que de nombreux " problèmes " sont survenus dans les relations que le recourant a nouées dans le cadre de sa vie carcérale avec la gente féminine en raison de ses traits de personnalité psychopathique se manifestant par un charme superficiel dissimulant une grande habilité pour la manipulation avec une empathie extrêmement réduite. Un certain nombre de ces " problèmes " ont été constatés après la dernière expertise du recourant, établie en 2007, ce qui explique également pourquoi l'experte a abordé la question des risques pour le personnel féminin et qu'elle a ainsi confirmé les soupçons de la SAPEM. En effet, il ressort de l'arrêt entrepris que le recourant a été condamné en 2012 par ordonnance pénale du Ministère public de l'arrondissement du Nord vaudois pour lésions corporelles simples qualifiées et violence ou menace contre les autorités et les fonctionnaires. Selon cette ordonnance, lors d'une tentative d'évasion, le recourant a placé un tesson de bouteille sur la gorge de E._, son accompagnatrice, puis a annoncé un " changement de programme " et a donné l'ordre à l'agent de détention d'arrêter le véhicule. Le recourant a pu prendre la fuite après avoir blessé E._ à la main et au poignet gauche. En outre, dans un rapport du 26 juin 2013, la direction des Etablissements de F._ a exprimé de l'inquiétude quant à la manière dont le recourant s'était approché physiquement de la psychologue de l'établissement dans un couloir reculé et du fait qu'il avait expliqué à la personne qui lui donnait des cours d'allemand qu'il savait où elle habitait, n'ayant eu aucun problème à se renseigner grâce à un ordinateur.
Parmi les autres " problèmes " mentionnés, il ressort notamment de l'arrêt entrepris qu'en 2006, le recourant est parvenu à déstabiliser sa professeure de français, puis a laissé traîner dans sa cellule des " mots doux " écrits par celle-ci, ce qui a provoqué une enquête ayant mené à son licenciement. En 2007, le recourant est parvenu à convaincre une autre pensionnaire du foyer mixte à l'accompagner dans sa chambre pour le raser. Comme elle a refusé de rester avec lui une fois l'opération terminée, il a essayé de la retenir par le bras et lui a volé son sac et sa jaquette. Enfin, on relèvera que le recourant a déjà par le passé commis des infractions graves contre le personnel de sexe féminin, étant donné qu'il a notamment violé son ancienne thérapeute en 1988, durant un congé.
4.4. L'argument du recourant selon lequel il a été marié pendant huit ans et a pu librement voir son épouse, dans un parloir intime, cinq fois par année, sans qu'il ne soit arrivé quelque chose à celle-ci n'est pas pertinent. De même, c'est en vain qu'il soutient qu'il " n'a jamais eu le moindre problème avec des femmes depuis 2007 ". Tout d'abord, son " évasion violente " en 2011 et les deux incidents dénoncés dans le rapport du 26 juin 2013 de la direction des Etablissements de F._ démontrent que cette affirmation est inexacte. En outre, la cour cantonale n'a pas déduit des conclusions de l'experte que le recourant avait systématiquement mis en danger tous les membres féminins du personnel des Etablissements pénitentiaires dans lesquels il a séjourné. Pour se rallier aux conclusions de l'expertise selon lesquelles le recourant ne devrait pas être autorisé à se trouver seul avec du personnel de sexe féminin, la cour cantonale a considéré que les conclusions de l'expertise et de son complément étaient pertinentes et qu'aucun motif ne justifiait de douter de leurs résultats parfaitement cohérents. Elle a également tenu compte du comportement passé du recourant, qui a conduit à la commission d'infractions parfois graves, et du trouble de la personnalité antisociale avec caractéristiques psychopathes ainsi que du trouble du sadisme sexuel diagnostiqués chez le recourant et du fait que les perspectives thérapeutiques étaient extrêmement incertaines et ne pouvaient pas compenser le risque structurel élevé pour les délits sexuels et pour l'homicide.
4.5. Il découle de ce qui précède que, compte tenu de l'ensemble des éléments du dossier, la cour cantonale n'a pas violé le droit fédéral en se ralliant aux conclusions de l'expertise du 17 novembre 2015 et au complément d'expertise du 26 janvier 2016.
5.
Le recourant estime ensuite que son placement dans la division de sécurité xxx de l'Etablissement pénitentiaire de B._, respectivement le refus d'ordonner son transfert immédiat dans la section ordinaire de l'Etablissement pénitentiaire de B._, le privant notamment de visites dans la salle prévue à cet effet, viole le principe de proportionnalité prévu à l'<ref-law>, ainsi que la décision du 29 novembre 2013 du Concordat de la Suisse du nord-ouest et de la Suisse centrale sur l'exécution des peines et des mesures (ci-après: Concordat) et l'art. 3 CEDH garantissant des conditions de détention humaines à toute personne privée de liberté. Il se plaint du fait que les conditions de l'exécution de son internement se sont durcies.
5.1. Aux termes de l'<ref-law>, les cantons créent et exploitent les établissements et les sections d'établissements nécessaires à l'exécution des peines en milieu ouvert et fermé et à l'accueil des détenus en semi-détention ou travaillant à l'extérieur (al. 1). Ils peuvent également aménager des sections distinctes pour certains groupes de détenus, comme les femmes, les détenus de classes d'âge déterminées, ceux qui subissent de très longues ou de très courtes peines, qui exigent une prise en charge ou un traitement particuliers ou qui reçoivent une formation ou un perfectionnement (al. 2). Selon la décision du Concordat du 29 novembre 2013, le placement en régime de sécurité est autorisé pour la sécurité de la personne détenue ou de tiers, pour grave danger de fuite et pour graves perturbations de la tranquillité ou de l'ordre de l'institution par la personne détenue, ces trois conditions étant alternatives.
5.2. En l'espèce, le recourant se contente d'invoquer une violation de l'art. 3 CEDH et de la décision du Concordat du 29 novembre 2013, sans toutefois fournir de motivation suffisante au regard des art. 42 al. 1 et 106 al. 2 LTF, de sorte que ces griefs sont irrecevables.
5.3. En ce qui concerne le principe de la proportionnalité, le recourant soutient que l' " absence totale de problèmes à l'égard d'autres détenus, aussi bien masculin que féminin, depuis 2007, hormis l'évasion de juin 2011 ", pèse plus lourd dans la pesée des intérêts que le risque " abstrait " de " dérapage " à l'égard d'une femme, retenu par la cour cantonale. On relèvera, d'une part, que les deux incidents dénoncés dans le rapport du 26 juin 2013 de la direction des Etablissements de F._ démontrent que cette affirmation est inexacte. D'autre part, le recourant minimise " l'évasion ", étant rappelé que, dans le cadre de celle-ci, il a été condamné pénalement pour lésions corporelles simples qualifiées commises sur son accompagnatrice et violence ou menace contre les autorités et les fonctionnaires. Par ailleurs, il convient de relever qu'après avoir initialement été placé dans la division de sécurité zzz, le recourant a été transféré dans la section xxx où il n'est pas isolé et a la possibilité d'avoir des contacts avec d'autres détenus, ainsi que de travailler et de passer du temps libre dans un petit groupe de huit personnes. Enfin, conformément à la décision du Concordat du 29 novembre 2013, le séjour en section de sécurité doit être réexaminé tous les six mois. Dans ces conditions, la cour cantonale n'a pas violé le principe de la proportionnalité en ordonnant son placement dans la division de sécurité xxx de l'Etablissement pénitentiaire de B._, respectivement en refusant d'ordonner son transfert immédiat dans la section ordinaire de l'Etablissement pénitentiaire de B._.
6.
Il résulte de ce qui précède que le recours doit être rejeté dans la mesure où il est recevable. Comme les conclusions étaient vouées à l'échec, l'assistance judiciaire ne peut être accordée (<ref-law>). Le recourant, qui succombe, supportera les frais de justice (<ref-law>), dont le montant sera toutefois fixé en tenant compte de sa situation financière, laquelle n'apparaît pas favorable.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2.
La demande d'assistance judiciaire est rejetée.
3.
Les frais judiciaires, arrêtés à 1'200 fr., sont mis à la charge du recourant.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour suprême du canton de Berne, 2ème Chambre pénale.
Lausanne, le 18 juin 2018
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Denys
La Greffière : Thalmann