Faits :
A.
A.a. Le 6 décembre 2013, la Radio Télévision Suisse RTS 1 (ci-après: RTS) a diffusé, dans le cadre de l'émission " 19:30 Le Journal " (ci-après: le 19:30) un reportage consacré à " l'affaire Giroud ", qui se penchait sur les démêlés fiscaux et le soupçon d'escroquerie contre Dominique Giroud et sa société Giroud Vins SA (désormais: Barwerttafeln SA), dans le commerce de vins, dont ils étaient prévenus dans deux procédures. Le 17 octobre 2014, l'Autorité indépendante d'examen des plaintes en matière de radio-télévision (ci-après: l'Autorité de plainte) a rejeté la plainte formée par Dominique Giroud contre ce reportage, relevant toutefois qu'il s'agissait d'un cas limite. Par arrêt 2C_255/2015 du 1er mars 2016, le Tribunal fédéral a confirmé la décision du 17 octobre 2014, tout en qualifiant également le cas de limite.
A.b. Le 22 janvier 2015, la RTS a diffusé, dans le cadre de l'émission " Temps Présent ", un reportage de 52 minutes intitulé " Affaire Giroud, du vin en eaux troubles ".
Le reportage est introduit par ces mots par le présentateur de l'émission:
---..] Ce soir, nous vous proposons une enquête particulièrement difficile qui a nécessité beaucoup de temps et de soin. Pendant des mois, Pietro Boschetti et Philippe Mach ont débroussaillé l'obscur marché du vin suisse. L'affaire Dominique Giroud, ce vigneron valaisan qui a défrayé la chronique pour fraude fiscale, a jeté une lumière crue sur les dysfonctionnements des contrôles du vin, ce qui jette un doute général sur la qualité du vin que nous achetons. Alors que faut-il retenir de toute cette affaire, surtout quand on est consommateur ? Vous allez voir des documents inédits qui en disent long sur les drôles de pratiques de certains vignerons, pas tous heureusement ".
Le présentateur ajoute:
" A Temps Présent, nous donnons la parole à toutes les parties concernées, surtout quand elles sont mises en accusation. C'est ce que nous avons fait avec Dominique Giroud lui-même, qui a refusé toute interview. Son porte-parole, Marc Comina, après de longues négociations, nous a donné une interview. Nous lui avons offert de visionner, avant diffusion, les extraits que nous avions choisis au montage. Après cette projection, il nous a demandé de retirer complétement sa participation au reportage, ce que nous avons fait avec regret. Nous avons cependant tenté de restituer au mieux la position de Dominique Giroud ".
Le reportage débute par le commentaire de la voix off qui relève que:
" Dominique Giroud a été soupçonné d'avoir illégalement coupé du St-Saphorin avec du Fendant. Des soupçons relayés par tous les médias du pays. L'enquête vient d'être classée par la justice vaudoise ".
Ce commentaire est complété par un extrait de l'interview de Marc Comina qui avait été diffusée lors du " 19:30 " du 3 décembre 2014. Marc Comina y déclare :
" Dominique Giroud n'a jamais été accusé par aucun tribunal, aucun procureur, aucun juge pour ses activités oenologiques ".
La voix off poursuit en affirmant que:
---..] Pourtant, les impôts lui réclament plus de neuf millions de francs. Dans un rapport couvert par le secret fiscal de l'Administration fédérale des contributions que nous avons pu consulter, Dominique Giroud a avoué avoir caché des millions de francs aux impôts, fabriqué des fausses factures et acheté des vendanges au noir. Ce document [...] jette une lumière crue sur les étranges pratiques de Dominique Giroud dans le commerce du vin. [...] L'affaire Giroud est révélatrice d'un marché hors contrôle. Aujourd'hui, le système de surveillance est fondamentalement remis en cause. Et cette histoire-là ne fait que commencer ".
La voix off rappelle ensuite que:
---..] En une quinzaine d'années à peine, il [Dominique Giroud] construit un véritable empire grâce au commerce du vin. Mais la saga de Dominique Giroud commence aussi à l'Eglise intégriste d'Ecône en Valais. Fidèle parmi les fidèles, Dominique Giroud s'est illustré à la fin des années 1990 par une violente campagne d'affichage contre trois politiciennes valaisannes favorables au libre choix des femmes face à l'avortement ".
Un extrait de l'émission " Temps Présent " datée de l'année 2001 est alors diffusé, dans lequel Dominique Giroud s'exprime sur l'avortement. La voix off poursuit en affirmant que:
" Quelques temps plus tard, rebelote : Dominique Giroud part en croisade contre l'organisation d'une GayPride à Sion. Et toujours dans le même style imagé du prédicateur moralisant ".
Un extrait de l'émission " Mise au Point " de 2001 est diffusé, dans lequel Dominique Giroud prend position sur l'homosexualité. Des anciennes images de Dominique Giroud sortant d'une église ou communiant et des images de croix sont montrées à l'écran. La voix off relève que:
" Ces événements font de Dominique Giroud un personnage public et controversé en Suisse romande. Ses fortes convictions religieuses ne l'ont pourtant pas empêché de frauder le fisc. Mais aussi de jouer avec certains commandements les plus sacrés du métier de vigneron ".
Le reportage enchaîne en expliquant les différentes problématiques vini-viticoles que pose " l'affaire Giroud " en les présentant en sept volets intitulés " commandements ". Le premier d'entre eux, dénommé " Le vin, sans excès tu couperas ", évoque les coupages de vin excessifs reprochés à Dominique Giroud et à sa société. Le deuxième, " La police du vin tu respecteras ", aborde la thématique du contrôle du commerce des vins en Suisse, en particulier la comptabilité de cave. Le troisième, " L'origine de ton vin jamais tu ne cacheras ", évoque le manque de transparence concernant les mentions figurant sur les étiquettes des bouteilles de vin vendues dans le commerce. Le quatrième, " Point de raisins au noir tu ne vinifieras ", évoque les lacunes qui affectent le système de surveillance dans toute la chaîne de production du vin, de la vigne à la mise en bouteille. Le cinquième, " Point de factures fausses tu ne produiras ", aborde la thématique des fraudes fiscales commises par Dominique Giroud et sa société. Il contient une interview d'Yves Steiner, ancien journaliste de la RTS. Le sixième, " Tous tes comptes à ton réviseur tu présenteras ", s'interroge sur les liens entre Dominique Giroud et Maurice Tornay, ancien réviseur de la société Giroud Vins SA et alors Conseiller d'Etat valaisan et, le dernier, " Tes impôts et amendes à la communauté tu paieras ", rappelle le montant d'impôt réclamé à Dominique Giroud par les autorités fiscales et son engagement à l'honorer. A la fin de ce septième " commandement ", le reportage présente un extrait du rapport de la Division des affaires pénales et enquêtes de l'Administration fédérale des contributions du 27 août 2013, dans lequel il est indiqué:
" On relèvera le cynisme égocentrique de Dominique Giroud. [...] Le besoin de reconnaissance, de pouvoir et de domination de Dominique Giroud, son aversion pour l'autorité en général et celle du fisc en particulier l'ont poussé à commettre sans vergogne les infractions décrites dans le présent rapport ".
Le reportage se termine, comme il a commencé, par les mêmes images de Dominique Giroud à l'église ou en train de communier, et par le commentaire de la voix off qualifiant Dominique Giroud de " prédicateur d'une morale rigoriste ", sur les paroles " When you walk with Jesus " tirées d'un titre de Tom Waits.
A.c. Le 8 février 2015, l'émission " 19:30 " a diffusé un reportage intitulé " Christian Constantin est arrivé déguisé en Napoléon au gala du FC Sion ". Dominique Giroud avait fait une brève apparition sur scène au cours de cette traditionnelle soirée de soutien au club de football, comportant des spectacles de sketches auxquels plusieurs humoristes et personnalités participent. Le 15 février 2015, l'émission " Mise au Point " a diffusé un reportage résumant le reportage du 8 février du " 19:30 " et l'apparition de Dominique Giroud lors du gala.
A.d. A la suite de l'échec de la procédure de médiation instituée par la loi en cas de réclamation au sujet du contenu des émissions, Dominique Giroud et sa société ont formé une plainte auprès de l'Autorité de plainte contre les reportages des 22 janvier, 8 et 15 février 2015, faisant valoir qu'au vu de l'orientation donnée aux reportages, Dominique Giroud était d'emblée présenté aux téléspectateurs moyens comme une personne peu recommandable aux pratiques douteuses et que la RTS leur avait sciemment caché des informations essentielles de nature à apporter un éclairage objectif et neutre.
B.
Par décision du 25 août 2016, expédiée le 21 décembre 2016, l'Autorité de plainte a admis la plainte en tant qu'elle portait sur le reportage de " Temps Présent " du 22 janvier 2015 (chiffre 1 du dispositif de la décision). Elle a en revanche rejeté la plainte en tant qu'elle portait sur les reportages du " 19:30 " du 8 février 2015 et de " Mise au Point " du 15 février 2015 (chiffres 2 et 3 de la décision).
C.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public, la RTS demande au Tribunal fédéral d'annuler le chiffre 1 de la décision du 25 août 2016 de l'Autorité de plainte, de la confirmer pour le surplus et de rejeter la plainte déposée contre le reportage du 22 janvier 2015 de " Temps Présent "; subsidiairement, de renvoyer la cause à l'Autorité de surveillance pour nouvelle décision dans le sens des considérants.
L'autorité intimée s'est déterminée sur le recours et a conclu à son rejet. Il en va de même de Dominique Giroud et de Barwerttafeln SA.

Considérant en droit :
1.
L'acte attaqué est une décision finale (<ref-law>) concernant le contenu d'une émission rédactionnelle (art. 95 al. 3 let. a de la loi fédérale du 24 mars 2006 sur la radio et la télévision [LRTV; RS 784.40]), rendue par l'Autorité de plainte (art. 86 al. 1 let. c LTF et 99 LRTV) dans une cause de droit public (<ref-law>) ne tombant pas sous le coup des exceptions de l'<ref-law>. La voie du recours en matière de droit public est donc ouverte.
Le recours a été déposé en temps utile compte tenu des féries (art. 46 let. c et 100 al. 1 LTF) et dans les formes requises (<ref-law>), par la RTS qui, en tant que diffuseur de l'émission litigieuse, a qualité pour agir au sens de l'<ref-law> (cf. arrêts 2C_494/2015 du 22 décembre 2015 consid. 1; 2C_1246/2012 du 12 avril 2013 consid. 1.1 et les références; cf. aussi <ref-ruling> consid. 1.1 p. 255). Il convient donc d'entrer en matière.
2.
2.1. Saisi d'un recours en matière de droit public, le Tribunal fédéral applique le droit d'office (<ref-law>). Toutefois, il n'examine la violation de droits fondamentaux que si ce grief a été invoqué et motivé par le recourant (cf. <ref-law>). L'acte de recours doit alors, pour que le grief soit examiné, contenir un exposé succinct des droits et principes constitutionnels violés et préciser de manière claire et détaillée en quoi consiste la violation (cf. <ref-ruling> consid. 1.3 p. 41; <ref-ruling> consid. 2.2 p. 232).
2.2. Pour statuer, le Tribunal fédéral se fonde sur les faits constatés par l'autorité précédente (<ref-law>), à moins que ceux-ci n'aient été établis de façon manifestement inexacte - notion qui correspond à celle d'arbitraire (<ref-ruling> consid. 2.3.1 p. 244; <ref-ruling> consid. 2 p. 117) - ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> (<ref-law>), et pour autant que la correction du vice soit susceptible d'influer sur le sort de la cause (cf. <ref-law>). Si le recourant entend s'écarter des constatations de fait de l'autorité précédente, il doit expliquer de manière circonstanciée, conformément aux exigences de motivation de l'<ref-law>, en quoi les conditions d'une exception prévue par l'<ref-law> seraient réalisées. Sinon, il n'est pas possible de tenir compte d'un état de fait divergeant de celui qui est contenu dans l'acte attaqué (<ref-ruling> consid. 1.2 p. 34; <ref-ruling> consid. 5.1 p. 356). Par ailleurs, aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut en principe être présenté devant le Tribunal de céans (<ref-law>).
Sous le titre " Faits ", la recourante consacre pas moins de 44 pages sur les 79 que compte son mémoire de recours à présenter sa propre version des événements, sous forme d'allégués accompagnés d'offres de preuve, sans invoquer ni a fortiori démontrer en quoi les faits auraient été établis de façon manifestement inexacte, confondant ainsi le Tribunal fédéral avec une instance d'appel (cf. les principes rappelés à l'arrêt 2C_ 255/2015 précité consid. 1.2 rendu entre les mêmes parties). Il n'en sera partant pas tenu compte pour l'examen en droit. Il en va de même des allégués de fait et des offres de preuves qui figurent dans les déterminations de Dominique Giroud et de Barwerttafeln SA.
Seules les critiques concernant les faits remplissant les exigences précitées seront examinées.
3.
3.1. Invoquant l'<ref-law>, la recourante soutient que l'autorité intimée a constaté de manière manifestement inexacte, soit arbitraire (art. 9 Cst.), les faits en affirmant que le journaliste Yves Steiner, interviewé dans le reportage, avait été inculpé à la suite d'une plainte pénale déposée par Dominique Giroud, et qu'il existait un contentieux personnel entre les deux hommes. Elle affirme qu'Yves Steiner n'a jamais été inculpé en lien avec une plainte pénale de Dominique Giroud. En retenant le contraire, l'autorité précédente aurait tiré la conclusion erronée que la recourante aurait manqué d'objectivité et de transparence en n'informant pas les téléspectateurs de cette inculpation. Cet élément serait propre à justifier l'annulation de la décision entreprise.
3.2. Lorsque le recourant s'en prend à l'appréciation des preuves et à l'établissement des faits, la décision n'est arbitraire que si le juge n'a manifestement pas compris le sens et la portée d'un moyen de preuve, s'il a omis, sans raison sérieuse, de tenir compte d'un moyen important propre à modifier la décision attaquée ou encore si, sur la base des éléments recueillis, il a procédé à des déductions insoutenables (cf. <ref-ruling> consid. 2.3 p. 266; <ref-ruling> consid. 4.2 p. 560; <ref-ruling> consid. 4.3 p. 62). Il faut que ces constatations arbitraires de fait aient une influence sur le résultat de la décision (cf. <ref-ruling> consid. 1.2.2 p. 252).
3.3. En l'occurrence, il apparaît qu'Yves Steiner n'a effectivement jamais été inculpé à la suite d'une plainte pénale de Dominique Giroud. L'Autorité de plainte admet avoir utilisé ce terme de manière maladroite dans la décision entreprise (déterminations, p. 2), et Dominique Giroud ne soutient pas non plus qu'Yves Steiner aurait été inculpé à la suite d'une plainte qu'il aurait déposée contre lui (déterminations, p. 34 s.). Cela étant, il n'est pas contesté que Dominique Giroud avait déposé une plainte contre Yves Steiner. On ne voit donc pas que l'autorité précédente soit tombée dans l'arbitraire en retenant qu'il existait un conflit personnel entre les deux hommes. En outre, le fait que l'autorité précédente se soit trompée en évoquant une inculpation n'est de toute manière pas suffisant pour aboutir à l'annulation de la décision entreprise, qui repose sur plusieurs autres griefs à l'encontre du reportage (cf. infra consid. 4). La mention erronée d'une inculpation était donc impropre à influer sur le sort de la décision. Le grief tiré de l'<ref-law> est partant rejeté.
4.
Le litige porte sur le point de savoir si c'est à bon droit que l'Autorité de plainte a jugé que le reportage de " Temps Présent " intitulé " Affaire Giroud, du vin en eaux troubles ", diffusé le 22 janvier 2015, a violé le droit des programmes et en particulier l'<ref-law>.
4.1. Aux termes de l'<ref-law>, les émissions rédactionnelles ayant un contenu informatif doivent présenter les événements de manière fidèle et permettre au public de se faire sa propre opinion. Les vues personnelles et les commentaires doivent être identifiables comme tels.
Selon la jurisprudence, la loi soumet les programmes à une obligation d'objectivité. Le téléspectateur doit pouvoir se faire l'idée la plus juste possible des faits et opinions rapportés et être à même de se forger son propre avis. Il y a notamment violation du devoir d'objectivité si, au moyen d'éléments factuels prétendument objectifs mais en réalité lacunaires, l'opinion ou l'avis du journaliste est présenté au téléspectateur en tant que vérité (absolue); l'impossibilité de se faire une image pertinente d'une situation donnée peut également résulter de ce que des circonstances essentielles ont été passées sous silence dans l'émission (cf. <ref-ruling> consid. 3.1 p. 344 s.; <ref-ruling> consid. 3.3.1 p. 6; <ref-ruling> consid. 2.1 p. 256; arrêts 2C_406/2017 du 27 novembre 2017 consid. 2.2; 2C_255/2015 du 1er mars 2016 consid. 4.2 et les arrêts cités).
La jurisprudence a précisé que les dispositions légales relatives aux programmes n'excluaient ni les prises de position ou les critiques du concepteur de programmes ni le journalisme engagé, par lequel le journaliste se fait l'avocat d'une thèse et émet des critiques spécialement acerbes. Dans un tel cas, le diffuseur n'est toutefois pas dispensé de garder une certaine distance par rapport au résultat de ses propres recherches et de présenter les sujets de manière équitable, même si cela est susceptible de fragiliser la thèse soutenue dans le reportage ou de faire apparaître le sujet sous un autre angle que celui qui est désiré (arrêt 2C_406/2017 précité consid. 2.3 et les références, notamment à l'<ref-ruling> consid. 3.2 p. 345). En d'autres termes, l'exigence de transparence demeure et l'émission, prise dans son ensemble, ne doit pas être manipulatrice (cf. ATF <ref-ruling> consid. 3.3.1 p. 6; arrêts précités 2C_406/2017 consid. 2.1; 2C_255/2015 consid. 4.2). Les exigences à respecter à cet égard doivent être établies dans le cas d'espèce au vu de l'ensemble des circonstances, en particulier en fonction du caractère et des particularités de l'émission ainsi que des connaissances préalables du public. Ces exigences sont d'autant plus élevées que le sujet traité est délicat (ATF <ref-ruling> consid. 3.3.1 p. 6; <ref-ruling> consid. 2.1 p. 292; <ref-ruling> consid. 2.2 p. 257), ou que les critiques sont importantes (arrêts 2C_255/2016 précité consid. 4.2; 2C_862/2008 du 1er mai 2009 consid. 5).
Les exigences de diligence journalistique impliquent aussi qu'une personne, une entreprise ou une autorité qui aurait été violemment attaquée doit pouvoir faire entendre son point de vue. Si l'intéressé refuse de collaborer à l'émission dans laquelle il est mis en cause, il incombe au journaliste d'informer les téléspectateurs sur la diversité des opinions en la matière (cf. <ref-ruling> consid. 3b p. 171; arrêt 2C_255/2015 précité consid. 4.2 et les références). Le réalisateur doit donc veiller à ce que le point de vue de l'absent soit exposé de manière suffisante (arrêt 2C_862/2008 précité consid. 5).
La jurisprudence rappelle aussi que seul le respect des règles en matière de radiodiffusion fait l'objet de la surveillance de l'Autorité de plainte. Il n'appartient pas à cette dernière de statuer sur d'éventuelles atteintes à la personnalité, qui relèvent de la compétence des tribunaux civils et pénaux ordinaires (cf. <ref-ruling> consid 6.2 et 6.3 p. 262 s.; arrêts 2C_182/2013 25 septembre 2013 consid. 6.2.3 in fine, in RtiD 2014 I 286; 5A_341/2013 du 9 septembre 2013 consid. 5.3; 2C_402/2013 du 20 août 2013 consid. 4.2.2 et 4.3).
Pour tenir compte de l'autonomie du diffuseur, une intervention dans le cadre de la surveillance des programmes ne se justifie pas du seul fait qu'une émission n'est pas satisfaisante à tous égards, mais seulement lorsque, prise dans son ensemble, elle viole les exigences minimales quant au contenu des programmes figurant à l'<ref-law> (ATF <ref-ruling> consid. 2.2 p. 293; <ref-ruling> consid. 3.2 p. 259; <ref-ruling> consid. 4a p. 479; arrêt 2C_494/2015 du 22 décembre 2015 consid. 4). C'est donc l'impression d'ensemble donnée par une émission qui est déterminante.
4.2. En l'espèce, l'Autorité de plainte constate que le reportage a lourdement insisté sur les fortes convictions religieuses de Dominique Giroud et ses activités passées, alors qu'il s'agissait de faits anciens dénués de tout lien avec le thème annoncé du reportage, à savoir une enquête sur le marché du vin suisse et les dysfonctionnements du système suisse de contrôle des vins. Le reportage avait également focalisé de manière excessive l'attention du public sur les infractions fiscales commises par Dominique Giroud, alors qu'une telle insistance n'était pas justifiée au regard du thème annoncé du reportage, même si c'était le volet fiscal de l'affaire Giroud qui avait permis de mettre au jour des dysfonctionnements dans le système de contrôle du marché des vins. Par ailleurs, le reportage passait sous silence des faits essentiels à la bonne compréhension du public. La recourante avait ainsi omis de mentionner que les pratiques cantonales de l'époque en matière de coupage de vins pouvaient s'écarter du taux limite de 15% prévu dans la législation fédérale, ce qui aurait permis de relativiser la gravité des coupages excessifs reprochés à Dominique Giroud. Elle avait aussi omis de préciser que ces coupages excessifs portaient sur une faible quantité (5%) des volumes encavés et elle n'avait pas non plus expliqué pour quelles raisons le chimiste cantonal valaisan n'avait pas dénoncé l'intéressé. Le reportage n'avait pas non plus indiqué si Dominique Giroud était le seul vigneron suisse à avoir parfois dépassé le taux de 15%, s'étant limité à rapporter des cas d'infractions mineures de vignerons valaisans et vaudois, qui avaient été rendus publics. L'Autorité de plainte reproche aussi à la recourante d'avoir uniquement mentionné que Dominique Giroud n'avait pas tenu de comptabilité de cave durant 7 mois et qu'il n'avait pas été sanctionné pour cela, sans ajouter que la Commission fédérale de contrôle du commerce des vins avait finalement obtenu cette comptabilité, qu'elle lui avait adressé une " sévère mise en garde " et qu'au demeurant, des entreprises vinicoles étaient épinglées chaque année par cette autorité en raison d'une comptabilité de cave incomplète, fausse, voire absente.
La décision entreprise relève également que la recourante aurait dû signaler aux téléspectateurs qu'Yves Steiner, le journaliste interviewé durant le reportage, avait été inculpé suite à une plainte de Dominique Giroud et que les deux hommes avaient un contentieux personnel. Enfin, elle retient que la RTS n'avait pas veillé à exposer de manière suffisante les raisons de la rétractation de Marc Comina ni n'avait présenté le point de vue de Dominique Giroud avec ses meilleurs arguments pour répondre aux reproches formulés à son encontre.
En définitive, l'Autorité de plainte conclut que le reportage ne s'est pas limité à décrire les liens de " l'affaire Giroud " avec les dysfonctionnements dans le système de la surveillance des vins en Suisse, mais qu'il a aussi porté un jugement moral, personnel et professionnel à l'encontre de Dominique Giroud. Ce jugement était de nature à influencer de manière déterminante l'impression générale du public sur l'intéressé. De plus, le reportage s'est avéré tendancieux, puisqu'il s'est concentré uniquement sur des aspects négatifs concernant Dominique Giroud. Ces manquements ont empêché le public de se faire sa propre opinion sur Dominique Giroud et les faits reprochés. En outre, les devoirs essentiels de diligence journalistique n'ont pas été respectés, dans la mesure où le point de vue de Dominique Giroud n'a pas été adéquatement présenté.
4.3. La recourante conteste que le reportage ait contrevenu à l'<ref-law>, reproche à l'Autorité de plainte d'avoir violé son autonomie garantie aux art. 6 et 97 LRTV et soutient que l'Autorité précédente a formulé à l'encontre du reportage des griefs relevant du droit de la personnalité. De manière générale, elle soutient que le caractère emblématique et exemplaire de l'affaire Giroud justifiait l'angle choisi. Elle relève que la mise en relation des convictions religieuses de Dominique Giroud avec les infractions fiscales qu'il avait commises était pertinente au regard du thème de l'émission. Il en allait de même du rappel détaillé des infractions fiscales commises par l'intéressé, car c'étaient elles qui avaient permis de mettre au jour les dysfonctionnements dans le système suisse de contrôle des vins. Concernant la question du respect des règles en matière de coupage, la recourante admet que des pratiques cantonales ont pu s'écarter du droit fédéral, mais ajoute que celles-ci ne pouvaient pas déroger au droit fédéral limitant à 15% la possibilité de couper le vins. L'angle choisi par la rédaction de " Temps présent " n'avait du reste pas pour objectif de présenter un panorama de toutes les règles ni d'expliquer en détail toutes les pratiques oenologiques, une certaine simplification étant indispensable pour rendre un sujet complexe compréhensible. Il était ainsi justifié de mettre l'accent sur l'affaire Giroud, qui présentait indubitablement un caractère exceptionnel et emblématique. Le reportage avait au demeurant donné le nom de vignerons qui avaient fait l'objet d'enquêtes similaires et dont le nom avait été rendu public, mais ces cas étaient sans commune mesure avec la gravité des faits reprochés à Dominique Giroud.
S'agissant de l'absence de comptabilité de cave durant 7 mois, la recourante souligne en particulier que la Commission fédérale des vins n'avait pas pu vérifier l'exactitude de la comptabilité finalement remise, faute de document comptable existant. La mise en garde sévère qu'elle avait adressée à Dominique Giroud ne constituait pas une sanction, de sorte que l'on ne pouvait pas lui reprocher de ne pas avoir dit dans le reportage que l'intéressé avait été sanctionné par cette autorité.
Concernant Yves Steiner, elle est d'avis qu'elle n'était pas tenue de communiquer au public qu'il existait un conflit personnel entre les deux hommes, l'intéressé n'ayant du reste jamais été inculpé en lien avec une plainte déposée par Dominique Giroud.
Enfin, elle souligne que la décision entreprise revient à rendre très difficile le traitement de problématiques générales par le biais de cas particuliers et qu'elle lui impose de relativiser systématiquement tous les manquements prêtés à une personne apparaissant dans un reportage.
5.
Sur la base des faits constatés dans la décision entreprise, on ne peut reprocher à l'Autorité de plainte d'avoir considéré que le reportage en cause n'a pas respecté le principe de la présentation fidèle des événements et qu'il a violé l'<ref-law>.
5.1. Ce reportage a été annoncé aux téléspectateurs comme présentant le résultat d'une enquête particulièrement difficile sur le marché suisse des vins. Le but du reportage consistait à présenter le résultat de cette enquête, à savoir l'existence de dysfonctionnements affectant le système suisse de surveillance du secteur vini-viticole, que l'affaire Giroud avait permis de mettre au jour. Les téléspectateurs pouvaient donc s'attendre à une présentation fidèle et complète de la situation en Suisse. Or, selon les faits constatés dans la décision entreprise, et qui lient le Tribunal fédéral (<ref-law>), le reportage a personnalisé cette problématique en se focalisant sur Dominique Giroud, de manière tendancieuse, comme exposé ci-après. Or, s'il n'est pas contesté que l'affaire Giroud présente un caractère emblématique, ce caractère ne dispensait pas la recourante de présenter les faits de manière complète et fidèle sur le sujet annoncé, ce qu'elle n'a pas fait en l'espèce.
5.2. Il faut d'abord souligner qu'alors même que le reportage a été présenté comme une enquête sur le marché suisse du vin, aucune mention n'est faite du résultat de cette enquête dans d'autres cantons suisses. Le reportage se focalise ainsi sur Dominique Giroud, sans indiquer s'il a été le seul vigneron suisse à avoir gravement dépassé le pourcentage maximal prévu par la législation fédérale en matière de coupage de vins. Selon les faits constatés, le reportage se limite à rapporter des cas d'infractions mineures commises par des vignerons valaisans et vaudois, qui avaient déjà été rendus publics, et avant tout pour mettre en exergue, par contraste, la gravité des infractions commises par Dominique Giroud (décision entreprise consid. 7.4.2).
5.3. Comme le souligne la décision entreprise, le reportage s'est ainsi d'emblée focalisé sur Dominique Giroud, en mettant l'accent sur des aspects personnels de sa vie. Le début du reportage rappelle ainsi les fortes convictions religieuses de Dominique Giroud qui, " fidèle parmi les fidèles " de l'Eglise intégriste d'Écône en Valais, s'est fait connaître à la fin des années 1990 par une violente campagne d'affichage anti-avortement puis par son combat contre les homosexuels et l'organisation d'une Gay Pride à Sion. Ce rappel des faits en début de reportage a été illustré par des extraits d'interviews que Dominique Giroud avait accordés à la RTS en 2001, dans laquelle il prenait position sur l'avortement et sur l'homosexualité.
Or on ne voit pas, et la recourante ne l'explique du reste pas, en quoi l'opinion de Dominique Giroud sur l'avortement ou l'homosexualité aurait un quelconque lien avec le sujet du reportage, à savoir le marché suisse des vins et sa surveillance. C'est à juste titre que l'autorité précédente a retenu qu'en évoquant les convictions de Dominique Giroud sur ces deux sujets, la recourante avait donné au public une image d'emblée négative de l'intéressé, de manière gratuite et sans prendre la peine de préciser qu'il n'avait plus fait état publiquement de ses convictions sur ces sujets depuis des années (cf. décision attaquée consid. 7.2.1).
Le reportage ne s'est pas limité à rappeler les positions de Dominique Giroud sur l'homosexualité et l'avortement. Tout au long de l'émission, il s'est attaché à mettre en évidence une incohérence alléguée entre son appartenance au mouvement d'Écône et le fait qu'il avait commis des infractions fiscales. D'anciennes images de Dominique Giroud sortant de l'église ou en train de communier, ou des vues de croix ont ainsi été diffusées en début de reportage. Au cours du reportage, la voix off a souligné que les fortes convictions religieuses de Dominique Giroud ne l'avaient pas empêché de frauder le fisc, ni " de jouer avec certains commandements les plus sacrés du métier de vigneron ". Le reportage, construit en sept " commandements " du vigneron, s'est terminé, comme il avait commencé, par les mêmes images de Dominique Giroud à l'église ou en train de communier, et par le commentaire de la voix off qualifiant Dominique Giroud de " prédicateur d'une morale rigoriste ", sur les paroles " When you walk with Jesus " d'une chanson.
On ne voit pas non plus quel est le lien entre la pratique religieuse de Dominique Giroud et le sujet du reportage. La recourante soutient le contraire en invoquant l'arrêt 2C_255/2015. Il est vrai que, dans cet arrêt, qui portait sur un reportage de la RTS sur l'affaire Giroud (cf. supra consid. A.a), le Tribunal fédéral a laissé ouverte la question de savoir si le public possédait un intérêt légitime à ce que les activités passées de Dominique Giroud en lien avec ses convictions personnelles soient confrontées aux soustractions fiscales commises (cf. consid. 4.4.1 de l'arrêt). Cette question, qui pouvait se poser dans le cadre d'un reportage consacré expressément à Dominique Giroud, ne se pose en revanche pas dans les mêmes termes dans le cas du reportage litigieux, consacré au marché suisse des vins et aux défaillances dans le système suisse de contrôle de ce marché.
N'en déplaise à la recourante, qui prétend qu'il s'agissait là d'un simple choix rédactionnel, la construction du reportage en " commandements " a aussi participé de l'entreprise visant à présenter Dominique Giroud comme un être aux pratiques peu compatibles avec la morale dont il se prévaut. Il ne fait en effet pas de doute que cette construction a été volontairement choisie pour évoquer chez les téléspectateurs moyens les dix Commandements de la bible, dans le but de souligner, de manière détournée (voire ironique), le décalage allégué entre les convictions religieuses de Dominique Giroud, censées l'inciter au respect des lois, et son comportement réel.
L'autorité précédente n'a donc pas violé le droit fédéral en retenant que la recourante s'était érigée en juge moral de Dominique Giroud et qu'elle avait jeté le discrédit sur sa personne. Un tel procédé, gratuit dans le contexte du reportage consacré au contrôle du marché suisse des vins, n'est pas admissible venant d'un service public et c'est à bon droit que l'Autorité de plainte y a discerné une violation de l'<ref-law>.
5.4. La décision entreprise n'est pas non plus critiquable en tant qu'elle retient que le reportage a excessivement mis en avant les infractions fiscales commises par Dominique Giroud.
Il n'est pas contesté que c'est par le biais de ces infractions fiscales que des défaillances dans le système de contrôle des vins on pu être mises au jour et que l'affaire Giroud s'est singularisée par son ampleur. Il n'était donc pas problématique en soi d'évoquer les infractions fiscales commises par Dominique Giroud, de rappeler que les fausses factures qu'il avait établies avaient aussi pour but de camoufler ses pratiques en matière d'achat de raisin " au noir ", ou de souligner que " les soustractions commises ont permis de pénétrer in fine le marché du vin avec des marges plus basses " (décision entreprise consid. 7.3). Ce qui est problématique, au regard du droit des programmes, est la manière dont l'évocation du volet fiscal de l'affaire Giroud a été effectuée. Le reportage présente de manière récurrente Dominique Giroud comme un être sans scrupules et va même jusqu'à mettre en exergue un passage du rapport de l'Administration fédérale des contributions qui évoque le "cynisme égocentrique de Dominique Giroud ", son " besoin de reconnaissance, de pouvoir et de domination ", son "aversion pour l'autorité en général et celle du fisc en particulier ".
Dans ces circonstances, le point de savoir si c'est à juste titre ou non que l'autorité précédente a retenu que le reportage insistait également trop sur le volet fiscal parce que celui-ci avait été clos par la justice vaudoise en juillet 2014, ce que conteste la recourante, est secondaire au regard des manquements observés.
5.5. On ne peut pas non plus reprocher à l'autorité précédente d'avoir retenu des manquements dans les passages du reportage relatifs aux coupages des vins.
Selon les faits constatés, le reportage ne précise ainsi pas qu'il a existé des pratiques cantonales divergentes en matière de coupage par rapport à la norme fédérale limitant le coupage à 15%, ni n'indique que les coupages excessifs reprochés à Dominique Giroud portaient sur une faible quantité (5%) du total encavé. La recourante n'explique pas les motifs de ces omissions. Elle n'explique pas davantage pour quelles raisons, alors que son reportage portait sur le contrôle suisse en matière de vins, elle n'a pas mené une enquête sur la situation qui prévalait dans d'autres cantons. Elle se limite à insister sur le caractère emblématique et exemplaire du cas Dominique Giroud et à rappeler qu'elle a donné le nom de vignerons, valaisans ou vaudois qui avaient été rendus publics. Enfin, elle allègue qu'il ne faut pas confondre les règles en matière de coupage de vin de celles qui concernent l'assemblage de vins, mais n'en tire aucun grief compréhensible contre la décision entreprise.
5.6. S'agissant du volet du reportage consacré à la comptabilité de cave, il incombait aussi à la recourante de présenter les faits de manière fidèle en précisant que Dominique Giroud avait finalement présenté une comptabilité à la Commission fédérale des vins et qu'il avait fait l'objet d'une mise en garde de cette autorité. En se limitant à dire que Dominique Giroud n'avait pas rendu de comptabilité et qu'il n'avait pas été sanctionné pour cela, le reportage laisse entendre que l'intéressé a bénéficié d'un traitement avantageux. La recourante n'explique pas non plus pourquoi elle a omis de signaler que, chaque année, des entreprises vinicoles sont épinglées en raison d'irrégularités dans leur comptabilité de cave (décision attaquée consid. 7.4.3 in fine). Sur ce point également, l'autorité précédente était fondée à considérer que la RTS avait éludé des éléments essentiels pour la compréhension du public, qui n'a pas pu se faire une opinion correcte sur l'absence de comptabilité de cave. A nouveau, le point de savoir si, sur ce point également, l'affaire Giroud se distinguait par son ampleur ne dispensait pas la recourante de fournir une information complète.
5.7. Concernant l'interview du journaliste Yves Steiner, l'appréciation de l'autorité précédente, selon laquelle il incombait à la recourante d'informer le public, en vertu de son devoir de transparence, de l'existence d'un conflit personnel entre cette personne et Dominique Giroud en lien avec le dépôt d'une plainte pénale, n'est pas critiquable, même si l'autorité précédente a retenu à tort qu'Yves Steiner avait été inculpé (cf. supra consid. 3).
5.8. Concernant finalement la rétractation de M. Comina qui, après avoir accepté d'être interviewé, a renoncé à ce que son interview soit diffusée dans le reportage, la décision entreprise retient que ni les propos du présentateur de l'émission faisant état de cette rétractation, ni les extraits d'interventions télévisées passées de Marc Comina n'avaient permis au public de saisir correctement le point de vue de Dominique Giroud. Comme le souligne l'autorité précédente, un bref résumé du courriel que Marc Comina avait adressé à la RTS le 17 décembre 2014 aurait déjà suffi pour expliquer que, selon Dominique Giroud, les faits étaient présentés de manière tendancieuse. L'argumentation de la recourante, selon laquelle le motif principal du désistement de Marc Comina était lié à la stratégie globale de communication visant à présenter Dominique Giroud comme une victime expiatoire de médias peu scrupuleux, est appellatoire et ne dispensait de toute manière pas la recourante de communiquer aux téléspectateurs le point de vue de Dominique Giroud.
5.9. Il découle de ce qui précède que l'autorité précédente n'a pas violé le droit des programmes ni l'autonomie du diffuseur en parvenant à la conclusion que le reportage du 22 janvier 2015 de " Temps Présent " avait violé l'<ref-law>. L'impression d'ensemble donnée par le reportage est celle d'un document à charge, qui met volontairement l'accent sur une personne en la présentant d'emblée et constamment sous un angle moralisateur et jugeant, au motif, si ce n'est au prétexte, que son cas est emblématique et exemplaire. Dans ces circonstances, les quelques autres griefs que la recourante formule à l'encontre de la décision entreprise ne sont pas de nature à remettre en cause le constat de violation de l'<ref-law>. Il en va ainsi du fait que l'Autorité de plainte aurait excédé son rôle quand elle relève que le reportage aurait dû mentionner les qualités du vin de Dominique Giroud, qui avait été primé à plus de 300 reprises (décision entreprise, consid. 7.5.5), ou qu'on ne pouvait reprocher à la recourante d'avoir tu les motifs pour lesquels le chimiste cantonal n'avait pas dénoncé Dominique Giroud aux autorités, puisque que cette personne avait toujours refusé de communiquer sur ce point.
On ne voit pas non plus que le fait que les téléspectateurs connaissaient déjà Dominique Giroud aurait dû conduire l'autorité précédente à minimiser ou à annuler le constat de violation de l'<ref-law>. Il s'agit là au contraire d'une violation d'autant plus nette qu'en l'occurrence, les convictions personnelles de l'intéressé n'avaient aucun lien avec le thème annoncé du reportage et que ce dernier a passé sous silence des éléments de nature à aboutir à une relativisation de certains faits.
6.
La recourante voit également dans la décision entreprise une violation de l'art. 10 CEDH, qui vise à garantir la liberté des médias.
6.1. Elle discerne trois violations de l'art. 10 CEDH. Premièrement, l'Autorité de plainte serait partie à tort de l'idée que le reportage du 22 janvier 2015 de " Temps Présent " était la seule source d'information du public, alors que ce n'était pas le cas. La libre formation de l'opinion du public ne dépendait pas uniquement de l'information diffusée par le reportage litigieux, mais des nombreux autres médias qui avaient traité de l'affaire. Deuxièmement, l'autorité précédente se serait immiscée dans la liberté et l'autonomie rédactionnelles des journalistes en retenant que la mention des convictions religieuses dans le reportage n'était pas nécessaire. Troisièmement, en reprochant à la recourante de ne pas avoir présenté le point de vue de Dominique Giroud, la décision entreprise avait pour effet de permettre à une personne d'empêcher la diffusion d'un reportage en refusant d'y participer, lui conférant ainsi de facto un droit de veto.
6.2. Ces reproches sont infondés. S'agissant du premier grief, la recourante se limite à formuler une hypothèse en soutenant que l'Autorité de plainte " semble " partir de l'idée que l'émission du 22 janvier 2015 était la seule source d'information du public. Quoi qu'il en soit, on ne voit pas que le fait que d'autres médias aient consacré des reportages ou des articles à Dominique Giroud dispensait la recourante de présenter un reportage conforme aux règles du droit des programmes. S'agissant du deuxième grief, il peut être renvoyé au consid. 5 ci-dessus, qui aboutit à la conclusion que l'autorité précédente ne s'est pas immiscée dans la liberté et l'autonomie rédactionnelles des journalistes, en particulier en lien avec la présentation des convictions religieuses de Dominique Giroud. Finalement, on ne perçoit pas en quoi la décision entreprise aurait pour effet d'empêcher la diffusion d'un reportage si la personne qui y est visée refuse de s'exprimer. Il suffit, en pareille situation, que le journaliste veille à ce que le point de vue de l'absent soit exposé de manière suffisante, ce que la décision entreprise rappelle.
6.3. Le grief de violation de l'art. 10 CEDH est partant infondé.
7.
Ce qui précède conduit au rejet du recours.
Il n'y a pas lieu de percevoir des frais judiciaires, la recourante agissant, dans le domaine rédactionnel, dans le cadre de l'exercice de son attribution officielle (cf. <ref-law>; arrêt 2C_335/2007 du 25 octobre 2007 consid. 5 et les références). Les intimés, qui ont été représentés par un avocat dans la procédure devant le Tribunal fédéral et qui se sont déterminés, ont droit à des dépens (art. 68 al. 1 et 2 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté.
2.
Il n'est pas perçu de frais judiciaires.
3.
Un montant de 2'500 fr. est alloué aux intimés à titre de dépens.
4.
Le présent arrêt est communiqué au mandataire de la recourante, au mandataire des intimés et à l'Autorité indépendante d'examen des plaintes en matière de radio-télévision.
Lausanne, le 15 février 2018
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Seiler
La Greffière : Vuadens