Sachverhalt:
A.
Auf Strafklage von A._ hin eröffnete die Staatsanwaltschaft des Kantons Luzern eine Strafuntersuchung gegen B._ wegen des Verdachts einer Vergewaltigung. Am 19. Juli 2018 unterzeichnete die Privatklägerin gegenüber der (mit den Ermittlungen befassten) Luzerner Kantonspolizei eine "Einverständniserklärung für die Datensicherung ab Mobiltelefon und deren Verwendung für Strafuntersuchungszwecke". In der Folge wurden Aufzeichnungen (darunter abgerufene Chat-Auszüge bzw. Whatsapp-Nachrichten) auf dem Smartphone der Privatklägerin sichergestellt und durchsucht. Die Kantonspolizei wertete die durchsuchten Aufzeichnungen aus und erstattete am 21. Juli 2018 einen dokumentierten Durchsuchungsbericht (Foto-Protokoll) über untersuchungsrelevante Internet-Kommunikationen der Privatklägerin vor und nach der beanzeigten Straftat. Gleichentags wurde ihr das Smartphone wieder ausgehändigt.
B.
Mit Schreiben an die Staatsanwaltschaft vom 8. Oktober 2018 beantragte die (unterdessen anwaltlich verbeiständete) Privatklägerin unter Berufung auf ein Verwertungsverbot die Entfernung der bereits durchsuchten Aufzeichnungen bzw. des polizeilichen Auswertungsberichtes aus den Akten. Sie machte geltend, es befänden sich darin Informationen, welche ihre Privat- und Intimsphäre tangierten. Am 29. Oktober 2018 stellte die Staatsanwaltschaft beim kantonalen Zwangsmassnahmengericht ein Gesuch um "Entsiegelung" der fraglichen Aufzeichnungen. Mit Entscheid vom 27. November 2018 hiess das Zwangsmassnahmengericht des Kantons Luzern, Einzelrichter (ZMG), das "Entsiegelungsgesuch" gut, indem es sieben (bereits durchsuchte) Chat-Auszüge an die Staatsanwaltschaft "zur Durchsuchung frei" gab.
C.
Gegen den Entscheid des ZMG gelangte die Privatklägerin mit Beschwerde vom 14. Januar 2019 an das Bundesgericht. Sie beantragt die Aufhebung des angefochtenen Entscheides und die Entfernung der gesicherten Aufzeichnungen (Chat-Auszüge) aus den Akten.
Das ZMG liess sich am 17. Januar 2019 vernehmen. Von der Staatsanwaltschaft ist innert Frist keine Stellungnahme eingegangen. Am 5. Februar 2019 bewilligte das Bundesgericht das Gesuch um aufschiebende Wirkung der Beschwerde. Der Beschuldigte beantragt mit Vernehmlassung vom 11. Februar 2019 die Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten ist. Eine Replik ist (innert der auf 4. März 2019 angesetzten Frist) nicht eingegangen.

Erwägungen:
1.
Zunächst ist der Streitgegenstand des angefochtenen Entscheides zu klären:
1.1. Verfügt die Staatsanwaltschaft eine Sicherstellung von Aufzeichnungen, um diese zu durchsuchen, kann der betroffene Inhaber oder die Inhaberin ein Siegelungsbegehren stellen. Falls die Staatsanwaltschaft an der Durchsuchung der sichergestellten und gesiegelten Aufzeichnungen festhält, hat sie beim Zwangsmassnahmengericht (ZMG) innert gesetzlicher Frist ein Entsiegelungsgesuch zu stellen. Das ZMG prüft, ob schutzwürdige Geheimnisinteressen einer Durchsuchung durch die Staatsanwaltschaft entgegen stehen (Art. 246-248 StPO). Die Inhaberin oder der Inhaber hat das Siegelungsbegehren unverzüglich (nach Sicherstellung der zu durchsuchenden Aufzeichnungen) zu stellen. Unterbleibt ein rechtzeitiges Siegelungsbegehren, darf die Staatsanwaltschaft die sichergestellten oder edierten Aufzeichnungen durchsuchen und über die weitere gesetzmässige Verwendung entscheiden. Insbesondere kann die Untersuchungsbehörde die Aufzeichnungen förmlich als Beweismittel beschlagnahmen (<ref-law>) oder einen Durchsuchungsbericht (Art. 246 f. i.V.m. Art. 195 und Art. 312 StPO) erstellen lassen (<ref-ruling> E. 2 S. 76-81 mit Hinweisen).
1.2. Im vorliegenden Fall hat die Staatsanwaltschaft die Durchsuchung der sichergestellten Aufzeichnungen verfügt und bereits rechtskräftig vollzogen. Die Beschwerdeführerin hat bei der Sicherstellung kein Siegelungsbegehren (unverzüglich) gestellt. Vielmehr hat sie am 19. Juli 2018 ausdrücklich schriftlich erklärt, sie sei mit der Durchsuchung der fraglichen Aufzeichnungen auf ihrem Mobiltelefon einverstanden. In der Folge liess die Staatsanwaltschaft die Aufzeichnungen zu Beweiszwecken durchsuchen und auswerten. Die Kantonspolizei erstellte am 21. Juli 2018 einen bilddokumentierten schriftlichen Untersuchungsbericht über beweisrelevante (bereits abgerufene) Internet-Kommunikationen der Privatklägerin. Gleichentags wurde ihr das Smartphone wieder retourniert. Am 8. Oktober 2018 stellte ihre Rechtsvertreterin ein Aktenentfernungsgesuch. Unter Berufung auf ein Beweisverwertungsverbot verlangte sie ausdrücklich die Entfernung der (bereits durchsuchten) Aufzeichnungen aus den Akten (vgl. Art. 141 Abs. 2 und Abs. 5 i.V.m. 264 Abs. 1 lit. b StPO). Die kantonalen Strafbehörden interpretierten das Aktenentfernungsgesuch als (zulässiges) nachträgliches "Siegelungsbegehren". Die Vorinstanz hiess das staatsanwaltliche "Entsiegelungsgesuch" vom 29. Oktober 2018 gut, indem sie sieben Chat-Auszüge "zur Durchsuchung frei" gab.
1.3. Wie sich aus den nachfolgenden Erwägungen ergibt, kann offen bleiben, ob hier ein gültiges (nachträgliches) "Siegelungsbegehren" vorliegt und ob - trotz der bereits erfolgten Durchsuchung der fraglichen Aufzeichnungen - überhaupt noch ein richterliches "Entsiegelungsverfahren" durchzuführen war. Die Sachurteilsvoraussetzungen der Beschwerde in Strafsachen (<ref-law>) sind jedenfalls nicht erfüllt, gleichviel, ob der vorliegende Fall als Aktenentfernungs- oder als Entsiegelungssache einzustufen ist.
2.
2.1. Die Beschwerde in Strafsachen gegen Entsiegelungsentscheide der Zwangsmassnahmengerichte ist nur zulässig, wenn der betroffenen Partei wegen eines Eingriffs in ihre rechtlich geschützten Geheimnisinteressen ein nicht wieder gutzumachender Rechtsnachteil droht (<ref-law> i.V.m. <ref-law>; <ref-ruling> E. 1 S. 244; <ref-ruling> E. 1.1-1.2 S. 291 f. mit Hinweisen; nicht amtl. publ. E. 1 von <ref-ruling>, E. 2.1 von <ref-ruling>, und E. 2 von <ref-ruling>; s.a. <ref-ruling> E. 4.4 und E. 5 S. 82 ff.; <ref-ruling> E. 3.2 S. 32; <ref-ruling> E. 6.1 S. 227 f.). Diese Sachurteilsvoraussetzungen sind in der Beschwerdeschrift ausreichend zu substanziieren, soweit sie nicht offensichtlich erfüllt erscheinen (Art. 42 Abs. 1-2 BGG; <ref-ruling> E. 1.1 S. 4 f.; 284 E. 2.3 S. 287; 289 E. 1.3 S. 292; je mit Hinweisen).
2.2. Die Beschwerdeführerin hat in ihrem Aktenentfernungsgesuch vom 8. Oktober 2018 zwar geltend gemacht, in den sichergestellten Aufzeichnungen befänden sich Informationen, welche ihre Privat- und Intimsphäre tangierten (<ref-law> i.V.m. <ref-law>). Die Staatsanwaltschaft hat die fraglichen Aufzeichnungen jedoch bereits durchsucht und darüber einen polizeilichen Bericht erstellen lassen. Es ist nicht dargetan, wie ein entsprechender Einblick der Untersuchungsbehörden in die Geheimsphäre durch einen für die Beschwerdeführerin günstigeren Entsiegelungsentscheid noch nachträglich verhindert werden könnte. Diesbezüglich droht der Beschwerdeführerin kein nicht wieder gutzumachender Rechtsnachteil (<ref-law> i.V.m. <ref-law>).
Soweit die Beschwerdeführerin weiter argumentiert, andere Strafbehörden, etwa das erkennende Strafgericht, sollten aus Geheimnisschutzgründen keine Einsicht in die durchsuchten Aufzeichnungen bzw. in den Polizeibericht erhalten, zielt ihr Rechtsstandpunkt, wie schon ihr förmliches Gesuch vom 8. Oktober 2018, auf einen Aktenentfernungs antrag.
2.3. Zum analogen Ergebnis führt die Prüfung der Sachurteilsvoraussetzung des nicht wieder gutzumachenden Rechtsnachteils, wenn der vorliegende Fall als Aktenentfernungssache eingestuft würde (<ref-law> i.V.m. <ref-law>).
2.4. Der alleinige Umstand, dass ein Beweismittel, dessen Verwertbarkeit bestritten wird, in den Akten bleibt, stellt grundsätzlich keinen Nachteil rechtlicher Natur dar, da die betroffene Partei ihren Einwand bis zum Abschluss des Strafverfahrens erneut vorbringen kann. Sie kann die Frage der Verwertbarkeit des Beweismittels namentlich dem Sachrichter unterbreiten (<ref-law>). Von diesem kann erwartet werden, dass er in der Lage ist, die unzulässigen Beweise von den zulässigen zu unterscheiden und sich bei der Würdigung ausschliesslich auf Letztere zu stützen. Die Parteien können das Urteil des Sachrichters in der Folge mit Berufung anfechten (<ref-law>) und die Angelegenheit nötigenfalls auch noch an das Bundesgericht weiterziehen (BGE <ref-ruling> E. 1.2 S. 291 f.; 284 E. 2.2 S. 287; <ref-ruling> E. 1.6 und 1.7 S. 134 f.).
Von dieser Regel bestehen gewisse Ausnahmen. Eine solche liegt insbesondere vor, wenn das Gesetz ausdrücklich die sofortige Rückgabe aus den Akten bzw. Vernichtung rechtswidriger Beweise vorsieht (vgl. z.B. Art. 271 Abs. 3, Art. 277 und Art. 289 Abs. 6 StPO). Ebenso verhält es sich, wenn aufgrund des Gesetzes oder der Umstände des Einzelfalles die Rechtswidrigkeit des Beweismittels ohne Weiteres feststeht. Derartige Umstände können nur angenommen werden, wenn die betroffene Partei ein besonders gewichtiges rechtlich geschütztes Interesse an der unverzüglichen Feststellung der Unverwertbarkeit des Beweises geltend macht (BGE <ref-ruling> E. 1.3 S. 292; 284 E. 2.3 S. 287). Auch die betreffenden Sachurteilsvoraussetzungen sind in der Beschwerdeschrift ausreichend zu substanziieren, soweit sie nicht offensichtlich erfüllt erscheinen (Art. 42 Abs. 1-2 BGG; <ref-ruling> E. 1.1 S. 4 f.; 284 E. 2.3 S. 287; 289 E. 1.3 S. 292; je mit Hinweisen).
2.5. Im vorliegenden Fall hat die Staatsanwaltschaft die fraglichen Aufzeichnungen bereits durchsucht und einen Untersuchungsbericht (gesetzeskonform) erstellen lassen (Art. 246 f. i.V.m. Art. 195 und 312 StPO). Über die weitere Beweisverwertung - unter angemessener Wahrung allfälliger überwiegender Privatgeheimnisse der Beschwerdeführerin - hat (im Falle einer Anklage) das erkennende Strafgericht zu entscheiden. Der Beschwerdeführerin steht es nötigenfalls frei, ihre diesbezüglichen Einwände dem zuständigen Gericht vorzulegen (Art. 339 Abs. 2 lit. d i.V.m. Art. 108 Abs. 1 lit. b, Art. 141 Abs. 2 und <ref-law>). Ein offensichtliches Beweisverwertungsverbot (vgl. Art. 140 f. i.V.m. <ref-law>), das ausnahmsweise schon im Untersuchungsverfahren unverzüglich durchzusetzen wäre, ist hier nicht dargetan.
2.6. Auf die Beschwerde ist mangels drohenden nicht wieder gutzumachenden Rechtsnachteils (<ref-law>) nicht einzutreten.
3.
Auf die Beschwerde ist nicht einzutreten.
Die Beschwerdeführerin stellt ein Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege. Da die gesetzlichen Voraussetzungen erfüllt sind (und insbesondere die finanzielle Bedürftigkeit der Gesuchstellerin ausreichend dargelegt erscheint), ist das Gesuch zu bewilligen (<ref-law>). Dem anwaltlich vertretenen privaten Beschwerdegegner ist eine angemessene Parteientschädigung zuzusprechen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2.
Der Beschwerdeführerin wird die unentgeltliche Rechtspflege gewährt:
2.1. Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
2.2. Rechtsanwältin Katrin Humbel wird als unentgeltliche Rechtsvertreterin ernannt und für das bundesgerichtliche Verfahren aus der Bundesgerichtskasse mit einem Honorar von Fr. 1'500.-- (pauschal, inkl. MWST) entschädigt.
3.
Die Beschwerdeführerin hat dem privaten Beschwerdegegner eine Parteientschädigung von Fr. 2'000.-- (pauschal, inkl. MWST) zu entrichten.
4.
Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten und dem Zwangsmassnahmengericht des Kantons Luzern, Einzelrichter, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 2. August 2019
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Chaix
Der Gerichtsschreiber: Forster