Faits :
A.
Par ordonnance pénale rendue le 25 janvier 2018, le Ministère public du canton de Genève a déclaré X._ coupable d'infractions aux art. 19 al. 1 let. c et d LStup, 115 al. 1 let. c aLEtr et 286 al. 1 CP. Il lui a infligé une peine privative de liberté de 70 jours, une peine pécuniaire de 20 jours-amende et a révoqué un précédent sursis.
Le 2 février 2018, X._ a formé opposition. Par ordonnance du 27 février 2018, le ministère public a décidé de maintenir l'ordonnance pénale et a transmis le dossier au Tribunal de police du canton de Genève.
B.
Par mandat de comparution du 14 août 2018, le Tribunal de police a convoqué X._, personnellement, à son domicile élu chez son conseil, à une audience fixée au 24 septembre 2018 à 9h00.
Par courrier du 20 septembre 2018, le conseil de X._ a sollicité le report de l'audience au motif qu'il n'avait pas réussi à joindre son client pour l'informer de l'audience.
Dans sa réponse du même jour, le Tribunal de police a indiqué que les conséquences de la possible absence du prévenu seraient débattues à l'audience, laquelle était dès lors maintenue.
Par courrier du lendemain adressé au Tribunal de police, le conseil de X._ l'a informé qu'il serait excusé à l'audience par son avocate stagiaire, qui solliciterait une attestation de plaidoirie.
C.
Par ordonnance du 24 septembre 2018, le Tribunal de police a constaté le défaut de X._ à l'audience du même jour, dit que l'opposition qu'il avait formée le 2 février 2018 était réputée retirée et que l'ordonnance pénale du 25 janvier 2018 était assimilée à un jugement entré en force.
D.
Par arrêt du 8 novembre 2018, la Chambre pénale de recours de la Cour de justice du canton de Genève a déclaré le recours de X._ à l'encontre de l'ordonnance précitée irrecevable et a renvoyé la cause au Tribunal de police pour raison de compétence.
E.
X._ forme un recours en matière pénale au Tribunal fédéral contre l'arrêt du 8 novembre 2018. Il conclut, avec suite de frais et dépens, à son annulation et, principalement, à la recevabilité de son recours cantonal. Subsidiairement, il conclut à ce qu'il soit dit que l'opposition du 2 février 2018 n'est pas réputée retirée, à la constatation de la violation de l'art. 6 par. 1 phr. 1 et 2 et par. 3 let. c CEDH et de l'art. 2 du protocole additionnel n° 7 à la CEDH. En tout état, il sollicite le renvoi de la cause au Tribunal de police pour suite de la procédure. Il requiert par ailleurs le bénéfice de l'assistance judiciaire.
F.
Invités à se déterminer sur le recours, la cour cantonale et le ministère public se sont référés à l'arrêt entrepris.

Considérant en droit :
1.
Le Tribunal fédéral examine d'office et librement la recevabilité des recours qui lui sont soumis.
Le recours en matière pénale est recevable contre les décisions qui mettent fin à la procédure (<ref-law>), les décisions partielles (<ref-law>) ainsi que les décisions préjudicielles et incidentes qui portent sur la compétence ou une demande de récusation (<ref-law>), respectivement qui répondent aux conditions posées par l'<ref-law>. L'<ref-law> - en tant qu'il s'attache à la "compétence" - vise les décisions dans lesquelles l'autorité tranche la question de sa compétence pour statuer sur tout ou partie des conclusions qui lui sont soumises. Cette disposition concerne par ailleurs exclusivement l'hypothèse où l'autorité communique une décision aux parties avant de rendre la décision finale (arrêt 6B_161/2019 du 6 mars 2019 consid. 1.1).
1.1. Saisie du recours de l'intéressé à l'encontre de l'ordonnance du Tribunal de police constatant le défaut de ce dernier à l'audience, le retrait de l'opposition et l'entrée en force de l'ordonnance pénale, la cour cantonale a retenu qu'il convenait tout d'abord d'examiner si les motifs invoqués à l'appui du recours ressortaient de sa compétence. Elle a relevé que selon l'<ref-law>, si l'opposant à l'ordonnance pénale fait défaut aux débats sans être excusé et sans se faire représenter, son opposition est réputée retirée. En l'occurrence, il n'était pas contesté que le recourant et son conseil n'avaient pas comparu à l'audience du 24 septembre 2018 à 9h00, l'avocate stagiaire de l'Etude s'étant présentée devant la salle d'audience avec 17 minutes de retard, croyant que l'audience était fixée à 9h30 au lieu de 9h00. La cour cantonale d'en conclure que " [P] artant, le Tribunal de police ne pouvait statuer autrement qu'il l'a fait par l'ordonnance querellée ". La cour cantonale a ensuite rappelé le contenu des art. 93 et 94 CPP et constaté qu'en l'espèce, le recourant alléguait avoir été empêché sans sa faute de comparaître devant le Tribunal de police. Puisque seule cette autorité était compétente pour connaître de la restitution de délai au sens de l'<ref-law>, la cause devait lui être transmise à cette fin. Aussi, dans le dispositif de sa décision, la cour cantonale déclare-t-elle le recours de l'intéressé irrecevable et transmet-elle le dossier au Tribunal de police pour raison de compétence.
1.2. Dans l'arrêt attaqué, la cour cantonale annonce tout d'abord examiner sa compétence, puis retient, après s'être référée au contenu de l'<ref-law> et avoir constaté le défaut du recourant et de son conseil à l'audience, que " [...] le Tribunal de police ne pouvait statuer autrement qu'il l'a fait par l'ordonnance querellée ". Elle considère enfin qu'elle n'est pas compétente pour se prononcer sur une demande de restitution de délai et conclut à l'irrecevabilité du recours.
En se déterminant sur le bien-fondé de l'ordonnance querellée, la cour cantonale a écarté les griefs soulevés par le recourant à l'encontre de l'application de l'<ref-law> au cas d'espèce (en particulier: p. 14 à 19 du recours cantonal) et ainsi statué sur le fond. Elle aurait dès lors dû rejeter le recours en tant qu'il critiquait l'application de l'<ref-law> et le déclarer irrecevable pour le surplus, c'est-à-dire sur la demande de restitution de délai.
La décision attaquée est susceptible de recours en tant qu'elle confirme l'ordonnance du Tribunal de police, puisqu'il s'agit d'une décision finale. Elle l'est également, en vertu de l'<ref-law>, en tant qu'elle constate l'incompétence de la cour cantonale pour statuer sur la demande de restitution de délai et renvoie la cause au tribunal de première instance comme objet de sa compétence.
2.
A l'encontre du constat d'irrecevabilité, le recourant fait valoir que la cour cantonale aurait dû se déclarer compétente pour se saisir de son recours contre l'ordonnance du Tribunal de police, lequel ne se limitait pas à requérir la restitution du délai au sens de l'<ref-law>, mais annonçait des griefs de mauvaise application des art. 93 et 356 al. 4 CPP.
Cette critique est sans objet dès lors que la cour cantonale n'a pas dénié sa compétence pour connaître de l'application de l'<ref-law> (consid. 1 supra). Le recourant ne fait au surplus valoir aucun grief à l'encontre de la décision d'irrecevabilité circonscrite à la question de la restitution du délai. Au demeurant, la cour cantonale était fondée à se déclarer incompétente pour traiter d'une demande de restitution du délai et à renvoyer la cause au tribunal de première instance (cf. <ref-law>).
3.
A l'encontre de la décision de la cour cantonale confirmant l'ordonnance du Tribunal de police, le recourant soutient que, bien que lui-même ait été absent à l'audience, son conseil aurait dû être autorisé à le représenter, de sorte qu'un défaut au sens des art. 93 et 356 al. 4 CPP n'aurait pas dû être constaté.
3.1. Dans le cadre de l'opposition à l'ordonnance pénale, l'<ref-law> précise que si l'opposant fait défaut aux débats sans être excusé et sans se faire représenter, son opposition est réputée retirée. Cette disposition consacre une fiction légale de retrait de l'opposition en cas de défaut injustifié, à l'instar de l'<ref-law>, auquel elle correspond (<ref-ruling> consid. 3.1 p. 160 et 3.5 p. 162).
Eu égard aux spécificités de la procédure de l'ordonnance pénale, l'<ref-law> doit être interprété à la lumière de la garantie constitutionnelle (art. 29a Cst.) et conventionnelle (art. 6 par. 1 CEDH) de l'accès au juge, dont l'opposition (<ref-law>) vise à assurer le respect en conférant à la personne concernée la faculté de soumettre sa cause à l'examen d'un tribunal (cf. <ref-ruling> consid. 3.1 p. 159 s. et 3.4 p. 161 s.; <ref-ruling> consid. 2.3 p. 84 et 2.6 p. 86; arrêts 6B_365/2018 du 5 juillet 2018 consid. 3.1; 6B_802/2017 du 24 janvier 2018 consid. 2.1). En ce sens, la fiction de retrait de l'opposition consacrée par l'<ref-law> ne s'applique que si l'opposant a effectivement eu connaissance de la citation à comparaître et des conséquences du défaut. La fiction légale du retrait ne peut en outre s'appliquer que si l'on peut déduire de bonne foi (<ref-law>) du défaut non excusé un désintérêt pour la suite de la procédure, lorsque l'opposant a conscience des conséquences de son omission et renonce à ses droits en connaissance de cause (<ref-ruling> consid. 3.1 p. 159 s. et consid. 3.3 p. 161; <ref-ruling> consid. 2.3 p. 84 et consid. 2.5 p. 85; arrêts 6B_1297/2018 du 6 février 2019 consid. 1.1; 6B_365/2018 précité consid. 3.1; 6B_413/2018 du 7 juin 2018 consid. 3; 6B_802/2017 précité consid. 2.1). Demeurent réservés les cas d'abus de droit (<ref-ruling> consid. 3.4 p. 162; <ref-ruling> consid. 2.7 p. 86).
Lorsque la direction de la procédure a exigé la présence du prévenu, la fiction du retrait déduite de l'<ref-law> vaut même lorsque le prévenu ne comparaît pas et seul son avocat se présente (cf. arrêts 6B_1297/2018 précité consid. 1.1; 6B_802/2017 précité consid. 2.3; 6B_167/2017 du 25 juillet 2017 consid. 2.2.1).
3.2. Il n'est pas contesté que le recourant ne s'est pas présenté à l'audience du Tribunal de police, alors que sa présence avait été requise par le biais d'un mandat de comparution (<ref-law>; cf. arrêt 6B_1297/2018 précité consid. 1.1). Il y a donc bien eu défaut, la présence - ou l'absence - de son avocat à l'audience n'y changeant rien (consid. 3.1 2ème par. supra). Ce grief est dès lors sans fondement.
Autre est la question de savoir si, en dépit du défaut non excusé, on pouvait déduire un désintérêt du recourant pour la suite de la procédure et constater le retrait de l'opposition. Elle n'a pas besoin d'être examinée ici, compte tenu de ce qui suit.
4.
Selon le recourant, son conseil aurait dû être autorisé à faire valoir les arguments de la défense, et cela même s'il était arrivé en retard à l'audience. En effet, il aurait pu démontrer que les conditions d'une fiction de retrait de l'opposition n'étaient pas réalisées, en particulier parce que l'intérêt du recourant pour la procédure était toujours présent. Le refus d'entendre le conseil du recourant sur les raisons de l'absence de ce dernier à l'audience et d'instruire sur cette question consacre une violation de l'art. 6 par. 3 let. c CEDH sur le droit à être défendu par un avocat et de l'<ref-law> sur la maxime d'instruction.
4.1. A teneur de l'art. 6 par. 3 let. c CEDH, tout accusé a droit à se défendre lui-même ou avoir l'assistance d'un défenseur de son choix et, s'il n'a pas les moyens de rémunérer un défenseur, pouvoir être assisté gratuitement par un avocat d'office, lorsque les intérêts de la justice l'exigent. La jurisprudence déduit de cette disposition que le défenseur de la personne accusée a le droit de participer aux débats principaux ou d'appel (<ref-ruling> consid. 3.1 p. 191). L'accusé qui, bien que dûment convoqué, ne comparaît pas sans excuse valable à l'audience, ne saurait être privé du droit d'être représenté efficacement par un conseil lors de cette audience (<ref-ruling> consid. 3a p. 216).
Selon l'<ref-law> applicable à la procédure par défaut, le défenseur est autorisé à plaider. Le prévenu absent bénéficie ainsi des mêmes droits procéduraux que s'il était présent (Jeanneret/Kuhn, Précis de procédure pénale, 3e éd. 2018, n° 17085 p. 569). Il doit en aller de même lorsque le défaut intervient dans la procédure d'opposition à l'ordonnance pénale.
Il s'ensuit que l'absence du recourant ne constituait pas un obstacle à ce que son défenseur participe à l'audience. Ce dernier pouvait en particulier tenter de démontrer qu'en dépit de l'absence de son client, les conditions de la fiction du retrait d'opposition n'étaient pas réunies. C'est d'ailleurs ce qui avait été prévu par le Tribunal de police, qui avait indiqué par courrier au conseil du recourant que les conséquences de l'éventuelle absence du prévenu seraient débattues lors de l'audience.
Il reste donc à déterminer si, en confirmant que le Tribunal de police pouvait refuser au conseil du recourant de participer à l'audience en raison de son retard, la cour cantonale a porté atteinte d'une manière inadmissible aux droits procéduraux du recourant.
4.2.
4.2.1. Il y a formalisme excessif, constitutif d'un déni de justice formel prohibé par l'art. 29 al. 1 Cst., lorsque la stricte application des règles de procédure ne se justifie par aucun intérêt digne de protection, devient une fin en soi et complique de manière insoutenable la réalisation du droit matériel ou entrave de manière inadmissible l'accès aux tribunaux (<ref-ruling> consid. 1.3.2 p. 304; <ref-ruling> consid. 2.4.2 p. 11; <ref-ruling> consid. 2.1 p. 9). En tant que l'interdiction du formalisme excessif sanctionne un comportement répréhensible de l'autorité dans ses relations avec le justiciable, elle poursuit le même but que le principe de la bonne foi (art. 5 al. 3 et 9 Cst.; <ref-law>).
Dans une affaire jugée sous l'angle de l'ancien code de procédure lucernois qui prévoyait que le défaut était constaté après un retard d'un quart d'heure (" Respektviertelstunde "), le Tribunal fédéral a retenu que l'autorité cantonale avait fait preuve de formalisme excessif en constatant le défaut compte tenu du retard de 57 minutes du prévenu et de son conseil à l'audience. Le Tribunal fédéral a considéré qu'il fallait tenir compte de l'ensemble des circonstances de la procédure. Dans le cas d'espèce, la bonne marche de la justice n'avait pas été entravée par le retard du prévenu et de son conseil puisque le président du tribunal avait pris contact avec ce dernier par téléphone, avait attendu leur arrivée et avait tenu une audience contradictoire sur la question du défaut. Dans ces circonstances, aucun intérêt digne de protection ne commandait de prononcer un défaut plutôt que de conduire le procès comme prévu (arrêt 1P.853/2005 du 3 mars 2006 consid. 1).
L'avant-projet du Code de procédure pénale prévoyait, à son article 104 al. 4, qu'une partie s'était dûment présentée à une audience si elle comparaissait au plus tard une heure après l'ouverture des débats (voir aussi: Rapport explicatif relatif à l'avant-projet d'un code de procédure pénale suisse, Berne 2001, p. 76). Cet élément a toutefois suscité de nombreuses critiques dans le cadre de la procédure de consultation, plusieurs participants considérant que cette "marge de tolérance" était trop longue (Synthèse des résultats de la procédure de consultation relative aux avant-projets de code de procédure pénale suisse et de loi fédérale régissant la procédure pénale applicable aux mineurs de l'Office fédéral de la justice, Berne, février 2003, p. 33). La disposition en question n'a donc pas été incluse dans le projet du Conseil fédéral.
Selon une partie de la doctrine, le défaut peut être constaté quelques minutes seulement après le début de l'audience, sous réserve de l'interdiction du formalisme excessif (Schmid/Jositsch, Praxiskommentar StPO, 3ème éd. 2018, n° 1 ad <ref-law>; Moreillon/Parein-Reymond, Petit commentaire, Code de procédure pénale, 2ème éd. 2016, n° 2 ad <ref-law>; Daniela Brüschweiler, in Kommentar zur Schweizerischen Strafprozessordnung StPO, in Donatsch/Hansjakob/ Lieber, 2ème éd. 2014, n° 1 ad <ref-law>; Daniel Stoll, in Commentaire romand, Code de procédure pénale suisse, 2011, n° 8 ad <ref-law>). Selon Pitteloud, il n'est pas admissible de constater le défaut si une partie a " quelques petites minutes de retard ", mais il ne serait pas normal de ne pas sanctionner un gros retard (Jo Pitteloud, Code de procédure pénale suisse, 2012, n° 215 ad <ref-law>). Riedo postule qu'un retard d'un quart d'heure doit rester sans conséquence, à condition qu'il ne soit pas délibéré et ne relève pas d'un abus de droit. Inversement, il serait déraisonnable d'imposer un retard non excusé de plus d'une heure aux autorités judiciaires et aux autres parties à la procédure (Christoph Riedo, in Basler Kommentar, Schweizerische Strafprozessordnung, 2ème éd. 2014, n° 11 ad <ref-law>). Lorsque le retard est de 15 à 60 minutes, il appartient à l'autorité compétente de déterminer dans chaque cas individuel si les conséquences juridiques découlant du retard semblent proportionnées compte tenu des circonstances générales et de l'ampleur du retard (idem).
Il ressort de ce qui précède qu'il n'est pas possible de déterminer un délai absolu à partir duquel le retard de la partie ou de l'avocat devrait nécessairement conduire à lui refuser le droit de participer à l'audience. Il convient bien plutôt d'examiner, au regard de l'ensemble des circonstances du cas d'espèce, si un intérêt digne de protection commande d'appliquer strictement les conséquences juridiques tirées du non-respect de l'horaire fixé. Le Tribunal fédéral examine la question avec retenue et se limitera, cas échéant, à constater un abus du pouvoir d'appréciation dont dispose l'autorité cantonale en la matière, lorsque la stricte application des règles de procédure ne se justifie par aucun intérêt digne de protection.
4.2.2. In casu, le dernier jour ouvrable avant l'audience, le conseil du recourant avait informé le Tribunal de police qu'il serait excusé à l'audience par son avocate stagiaire, qui demanderait une attestation de plaidoirie, cela quand bien même il n'avait pas pu informer son client de la tenue de l'audience. L'avocate stagiaire s'est présentée devant la salle d'audience avec 17 minutes de retard, croyant que l'audience était fixée à 9h30 au lieu de 9h00. Elle avait émis le souhait de parler au Président du Tribunal qui était encore dans la salle d'audience ainsi que sa greffière, l'audience suivante étant agendée à 10h00. Elle s'était excusée pour son retard et avait demandé à pouvoir plaider, ce qui lui avait été refusé, le défaut de son client ayant déjà été constaté (arrêt attaqué, En fait, D.a, p. 3).
Le Tribunal de police savait que l'avocate stagiaire de l'Etude du conseil du recourant avait prévu de se rendre à l'audience du lundi 24 septembre 2018 indépendamment de la présence de son client, puisque cela avait été confirmé le vendredi précédant. L'intéressée s'est présentée avec un retard de 17 minutes. Sans être négligeable, ce retard n'est pas non plus important. La bonne marche de la justice n'aurait pas été entravée par la tenue de l'audience puisque le Président et sa greffière étaient toujours dans la salle d'audience lorsque l'avocate stagiaire est arrivée et qu'ils disposaient encore de plus de 40 minutes avant l'audience suivante. Il faut également garder à l'esprit les conséquences sévères, pour le recourant, de l'application de la fiction légale selon l'<ref-law>, aspect sur lequel l'avocate stagiaire n'a pas été admise à présenter des arguments. Partant, en refusant au conseil du recourant le droit de plaider et en constatant qu'il n'avait pas comparu à l'audience compte tenu de son retard, le Tribunal de police avait fait preuve de formalisme excessif, ce que la cour cantonale aurait dû constater.
Le bien-fondé de ce grief de nature formelle commande l'admission du recours et le renvoi de la cause à la cour cantonale. Les autres griefs soulevés par le recourant sont sans objet.
5.
Le recourant qui obtient gain de cause peut prétendre à des dépens pour la procédure devant le Tribunal fédéral (<ref-law>). Sa demande d'assistance judiciaire est dès lors sans objet. Il est statué sans frais (art. 66 al. 1 et 4 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est admis. L'arrêt attaqué est annulé et la cause est renvoyée à l'autorité précédente pour nouvelle décision.
2.
Il n'est pas perçu de frais judiciaires.
3.
Le canton de Genève versera au recourant une indemnité de 3'000 fr. à titre de dépens pour la procédure devant le Tribunal fédéral.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre pénale de recours.
Lausanne, le 21 mars 2019
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Denys
La Greffière: Musy