Sachverhalt:
A.
Das Bundesamt für Zivilluftfahrt (BAZL) legte mit Verfügung vom 27. Januar 2015 die zulässigen Lärmimmissionen für den Flughafen Zürich gemäss Art. 37a der Lärmschutz-Verordnung vom 15. Dezember 1986 (LSV, SR 814.41) fest, gestützt auf die gemäss Empa-Bericht vom 11. Januar 2013 berechneten Lärmbelastungskurven. Aufgrund der gleichzeitig gewährten Sanierungserleichterungen wurde die Flughafen Zürich AG (FZAG) verpflichtet, dem BAZL ein Schallschutzprogramm zur Genehmigung einzureichen, welches alle Gebiete umfasse, in denen die Immissionsgrenzwerte gemäss LSV überschritten sind.
Dies tat die FZAG am 22. Juni 2015 in Form des "Schallschutzprogramms 2015". Dieses bestimmt die zu treffenden Schallschutzmassnahmen und enthält einen Vorgehens- und Zeitplan. Dagegen erhoben verschiedene Personen und Organisationen Einsprache, darunter auch die politische Gemeinde Neerach.
Das BAZL genehmigte das Schallschutzprogramm 2015 mit Verfügung vom 6. Dezember 2016 unter Auflagen.
B.
Gegen die Verfügung des BAZL erhob die politische Gemeinde Neerach am 18. Januar 2017 Beschwerde beim Bundesverwaltungsgericht. Sie beantragte die Aufhebung der Verfügung, eventualiter die Rückweisung an die Vorinstanz. Subeventualiter sei die angefochtene Verfügung mit folgenden Ergänzungen zu versehen:
1. Die Neeracher Dorfteile "Rigi", "Zelgli", "Häldeli", "Tuttli" und "Grund" seien parzellenscharf in den Schallschutz-Perimeter aufzunehmen. Eventualiter seien einzelne Teile davon in den Perimeter aufzunehmen, namentlich die von (vorzeitig) abdrehenden Flugzeugen erfassten Dorfteile, der im ansteigenden Gelände liegende Dorfteil, jeweils ganze Strassenzüge und Häusergruppen, soweit diese in der angefochtenen Verfügung bereits teilweise im Perimeter einbezogen sind.
2. Die Auflage in Dispositiv-Ziffer 3.1 der Verfügung sei wie folgt zu ergänzen: "Dabei ist den Bedürfnissen der betroffenen Gemeinden im Hinblick auf eine Totalrevision der Nutzungsplanung (Bau- und Zonenordnung) Rechnung zu tragen".
Mit Urteil vom 12. Dezember 2017 trat das Bundesverwaltungsgericht auf die Beschwerde nicht ein.
C.
Dagegen hat die Gemeinde Neerach am 17. Januar 2018 (Poststempel) Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beim Bundesgericht erhoben. Sie beantragt, der angefochtene Entscheid sei aufzuheben und das Bundesverwaltungsgericht sei anzuweisen, die Legitimation der Gemeinde Neerach zu bejahen und auf deren Beschwerde vom 18. Januar 2017 einzutreten.
D.
Die FZAG und das BAZL schliessen auf Abweisung der Beschwerde. Das Bundesverwaltungsgericht verweist auf den angefochtenen Entscheid und hat keine weiteren Bemerkungen anzubringen.
Die Gemeinde hält in der Replik an ihren Anträgen und der Begründung fest.

Erwägungen:
1.
Gegen den Nichteintretensentscheid des Bundesverwaltungsgerichts steht grundsätzlich die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ans Bundesgericht offen (Art. 82 lit. a, 86 Abs. 1 lit. a und 90 BGG). Die Beschwerdeführerin ist als Partei des vorinstanzlichen Verfahrens, auf deren Anträge nicht eingetreten wurde, zur Beschwerde legitimiert (<ref-law>). Auf die rechtzeitig erhobene Beschwerde ist daher grundsätzlich einzutreten.
Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann insbesondere die Verletzung von Bundesrecht - einschliesslich Überschreitung oder Missbrauch des Ermessens - gerügt werden (<ref-law>). Das Bundesgericht wendet das Bundesrecht grundsätzlich von Amtes wegen an (<ref-law>). Die Verletzung von Grundrechten (einschliesslich die willkürliche Anwendung von kantonalem Recht) prüft es dagegen nur insoweit, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und genügend begründet worden ist (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1.4.2 S. 254 mit Hinweisen).
2.
Das Bundesverwaltungsgericht trat auf den Antrag, gewisse Neeracher Dorfteile in den Schallschutzperimeter aufzunehmen, nicht ein, weil Streitgegenstand nur Schallschutzmassnahmen innerhalb des bereits rechtskräftig, mit Verfügung des BAZL vom 27. Januar 2015, festgelegten Perimeters sei. Aus dem gleichen Grund sei auch auf die Eventualanträge im Zusammenhang mit der Raumplanung und allfälliger Totalrevisionen der Nutzungsplanung nicht einzutreten, die ebenfalls nicht zum Streitgegenstand gehörten.
Die Beschwerdeführerin macht (allerdings in anderem Zusammenhang) geltend, der Schallschutzperimeter sei erst durch die Genehmigung des Schallschutzprogramms 2015 parzellenscharf festgelegt worden. Dies trifft grundsätzlich zu: Die Abgrenzung des Schallschutzperimeters bestimmt sich nicht einzig nach den Lärmkurven, sondern es werden auch örtliche Gegebenheiten berücksichtigt (z.B. Gebäudegruppen, Geländekanten, Bauzonengrenzen; vgl. <ref-ruling> E. 48 b S. 593); dementsprechend wurde im Schallschutzprogramm 2015 z.T. vom Lärmkurvenverlauf abgewichen, um raumplanerisch sinnvolle bzw. im Gelände nachvollziehbare Grenzlinien zu erzielen (sog. "Franselung"; vgl. Disp.-Ziff. 2.1 und E. 11.1 der angefochtenen Verfügung). Allerdings legt die Beschwerdeführerin nicht dar, inwiefern sich ihre Anträge auf solche, im Schallschutzprogramm 2015 noch zulässigen, Detailkorrekturen beschränkten.
3.
Im Übrigen verneinte das Bundesverwaltungsgericht die Beschwerdebefugnis der Gemeinde nach <ref-law>: Die in der angefochtenen Verfügung genehmigten Schallschutzmassnahmen berührten lediglich die davon betroffenen Grundeigentümer und Anwohner. Die Gemeinde habe ausdrücklich eingeräumt, nicht als Grundeigentümerin, wie eine Private, betroffen zu sein. Sie werde durch die angefochtene Verfügung auch nicht in spezifischen öffentlichen Anliegen oder in ihren hoheitlichen Befugnissen tangiert.
3.1. Die Beschwerdeführerin wendet ein, sie sei in ihrer hoheitlichen Planungspflicht, insbesondere bei Erlass der Bau- und Zonenordnung, von den Schallschutzmassnahmen betroffen. Die Ausgestaltung des Schallschutzprogramms habe Konsequenzen für die Attraktivität Neerachs als Wohnort und wirke sich auf alle planerischen Fragen, aber auch auf die Steuereinnahmen und damit verbunden auf Infrastruktur und Dienstleistungen der Gemeinde aus. Im Übrigen sei sie nach ständiger Rechtsprechung befugt, die Lärmschutzinteressen ihrer Einwohner zu vertreten; dies ergebe sich auch aus <ref-law>. Mit ihrem Begehren um Ausdehnung des Schallschutzperimeters verfolge sie wirtschaftliche Interessen der Einwohner Neerachs; dies sei vom Bundesverwaltungsgericht ausdrücklich anerkannt worden (in den Erwägungen zur Kostenpflicht). Ergänzend verweist sie auf <ref-law>: Sei der Bund bei seinem Handeln verpflichtet, die möglichen Auswirkungen auf die Gemeinden zu beachten, müssten diese auch befugt sein, die Verletzung dieser Pflicht gerichtlich geltend zu machen, ansonsten <ref-law> "toter Buchstaben" bleibe.
3.2. Nach <ref-law> ist zur Beschwerde berechtigt, wer vor der Vorinstanz am Verfahren teilgenommen hat oder keine Möglichkeit zur Teilnahme erhalten hat, durch die angefochtene Verfügung besonders berührt ist und ein schutzwürdiges Interesse an deren Aufhebung oder Änderung hat. Nach Abs. 2 sind ferner Personen, Organisationen und Behörden zur Beschwerde berechtigt, denen ein anderes Bundesgesetz dieses Recht einräumt.
Die Formulierung in <ref-law> stimmt mit derjenigen in <ref-law> überein, weshalb auf die bundesgerichtliche Rechtsprechung zur Legitimation vor Bundesgericht zurückgegriffen werden kann. Danach ist diese Regelung in erster Linie auf Privatpersonen zugeschnitten. Ein Gemeinwesen kann sich jedoch darauf stützen, wenn es durch einen hoheitlichen Akt gleich oder ähnlich wie eine Privatperson (z.B. als Grundeigentümer) betroffen ist oder aber in spezifischer Weise in der Wahrnehmung einer hoheitlichen Aufgabe betroffen wird und nicht nur das Interesse an der richtigen Rechtsanwendung geltend macht. Allerdings sind Gemeinwesen gestützt auf die allgemeine Legitimationsklausel von <ref-law> nur restriktiv zur Beschwerdeführung zur Durchsetzung hoheitlicher Anliegen zuzulassen; hierfür wird eine erhebliche Betroffenheit in wichtigen öffentlichen Interessen vorausgesetzt (<ref-ruling> E. 2.1 S. 164; <ref-ruling> E. 1.2.2 S. 93 f.; <ref-ruling> E. 4.1 S. 329 f.; <ref-ruling> E. 2.1.1 S. 508 f.; je mit Hinweisen).
Die Beschwerdebefugnis der Gemeinde ist insbesondere in Sachbereichen zu bejahen, in denen sie über einen erheblichen Entscheidungsspielraum verfügt. Gemäss <ref-law> ist die Gemeinde befugt, die Verletzung ihrer verfassungsrechtlich gewährleisteten Autonomie mit Beschwerde vor Bundesgericht vorzubringen. <ref-law> sieht zwar keine spezielle Autonomiebeschwerde vor, jedoch ist eine Gemeinde gestützt auf <ref-law> zur Beschwerde befugt, wenn sich eine auf Bundesrecht gestützte Verfügung erheblich auf ein von ihr autonom zu wahrendes Interesse auswirkt (KÖLZ/HÄNER/ BERTSCHI, Verwaltungsverfahren und Verwaltungsrechtspflege des Bundes, 3. Aufl., N. 976; HÄNER, in: Auer/Müller/Schindler, VwVG-Kommentar, Bern 2008, Art. 48 N. 24). Die Gemeinde kann diesfalls auch eine Verletzung der sich aus Art. 50 Abs. 2 und 3 BV ergebenden Pflicht zur Rücksichtnahme auf kommunale Belange geltend machen.
3.3. Im Bereich des Umweltschutzrechts bejahte das Bundesgericht die Beschwerdebefugnis von Gemeinwesen z.B. zum Schutz des Grundwassers (<ref-ruling> E. 1.2 S. 139) oder gegen drohende Lärm- oder Schadstoffimmissionen, die einen Grossteil der Einwohner unmittelbar betreffen können (<ref-ruling> E. 4.3.3 S. 759). Gemeinden im Umkreis eines Flughafens oder -platzes sind nach ständiger Rechtsprechung befugt, sich für den Immissionsschutz ihrer Einwohner einzusetzen (vgl. <ref-ruling> E. 3b S. 304; Urteil 1C_372/ 2009 E. 1.2 mit Hinweisen; Urteile des BVGer A-709/2016 vom 23. November 2017 E. 1.2.1 und A-2415/2016 vom 16. Oktober 2017 E. 1.2.4, je mit Hinweisen). In aller Regel sind die Gemeinden auch als Trägerinnen der Baupolizeikompetenz und der kommunalen Raumplanung vom Fluglärm betroffen, der gemäss Art. 22 und 24 USG zu Einzonungs-, Erschliessungs- oder Bauverboten führen kann (vgl. Urteile 1C_456/2009 vom 5. August 2010 E. 1.2, in: URP 2010 S. 736; 1C_318/2010 vom 13. Dezember 2010 E. 1.3, in: URP 2011 S. 129; RDAF 2012 I S. 486).
Im Urteil A-2575/2013 vom 17. September 2014 (E. 1.2) bejahte das Bundesverwaltungsgericht die Beschwerdebefugnis der Stadt Zürich zur Durchsetzung von Schallschutzauflagen für ein Nationalstrassen-Ausführungsprojekt: Es erwog, die Stadt sei einerseits als Eigentümerin zweier Liegenschaften in unmittelbarer Nähe zum Verkehrskorridor wie ein Privater betroffen. Darüber hinaus mache sie mit der Forderung nach passiven Schallschutzmassnahmen ein schutzwürdiges öffentliches Interesse geltend, sei doch im Wohngebiet Grünau ein nicht unbeachtlicher Teil der Bevölkerung der Stadt Zürich von den Emissionen der Nationalstrasse betroffen. Entsprechend verfüge die Beschwerdeführerin auch als Trägerin öffentlicher Aufgaben über die geforderte Beziehungsnähe zur Streitsache.
3.4. Vorliegend geht es nicht mehr um die zulässigen Immissionen des Flughafens Zürich noch um die Grundsatzfrage, ob und in welchen Gebieten passiver Schallschutz geboten ist. Das vom BAZL genehmigte Schallschutzkonzept 2015 regelt vielmehr Fragen der Umsetzung, namentlich die Art der Schallschutzmassnahmen (Schallschutzfenster, Lüftungen oder alternativ Fensterschliessmechanismen, Kostenbeteiligung bei Sanierungen), den Vorgehens- und Zeitplan sowie die parzellenscharfe Abgrenzung im Grenzbereich (oben E. 2.2). Es ist nicht ersichtlich und wird von der Beschwerdeführerin auch nicht dargelegt, inwiefern sich dies nachteilig auf wichtige öffentliche Belange der Gemeinde Neerach auswirken und insbesondere die kommunale Bau- und Zonenordnung negativ präjudizieren könnte. Die von der Beschwerdeführerin genannten indirekten Auswirkungen auf Gemeindeattraktivität und -finanzen sind zu vage, um ein schutzwürdiges Interesse begründen zu können (vgl. ISABELLE HÄNER, Die Beteiligten im Verwaltungsverfahren und Verwaltungsprozess, Zürich 2000, Rz. 897).
3.5. <ref-law> ermächtigt die Gemeinden, gegen Verfügungen der kantonalen und der Bundesbehörden in Anwendung des USG die Rechtsmittel des eidgenössischen und kantonalen Rechts zu ergreifen, "sofern sie dadurch berührt werden und ein schutzwürdiges Interesse an der Aufhebung oder Änderung haben". Diese Umschreibung der Beschwerdebefugnis entspricht der Formulierung in <ref-law> bzw. <ref-law>, weshalb <ref-law> überwiegend keine eigenständige Bedeutung zugeschrieben wird (GRIFFEL/RAUSCH, Kommentar zur Umweltschutzgesetz, Ergänzungsband zur 2. Aufl., Art. 57 N. 1 und N. 6; LORETAN, USG-Kommentar, Stand März 2002, Art. 57 N. 1: "Erinnerungsfunktion"; KÖLZ/HÄNER/BERTSCHI, a.a.O., N. 987; GRODECKI/PETERS, Commentaire LPE, Bern 2010, Art. 57 N. 6 und 23, qualifizieren <ref-law> zwar als besonderes Beschwerderecht, räumen aber ein, dass sich kaum ein Fall finden lasse, in der eine Gemeinde ihre Beschwerdebefugnis auf <ref-law> stützen könne, ohne zugleich nach <ref-law> zur Beschwerde befugt zu sein).
Durfte das Bundesverwaltungsgericht nach dem oben Gesagten ein besonderes Berührtsein und ein schutzwürdiges eigenes Interesse der Gemeinde an der Aufhebung oder Änderung des Schallschutzprogramms 2015 verneinen, ist die Gemeinde auch nicht zur Beschwerde nach <ref-law> legitimiert.
4.
Die Beschwerde ist somit abzuweisen. Bei diesem Ausgang des Verfahrens sind keine Kosten zu erheben (<ref-law>). Die FZAG nimmt als Betreiberin des Landesflughafens Zürich öffentliche Aufgaben wahr und hat daher keinen Anspruch auf eine Parteientschädigung (<ref-law>; vgl. Urteil 1C_126/2015 vom 5. November 2015 E. 8).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen.
2.
Es werden keine Kosten erhoben.
3.
Es werden keine Parteientschädigungen zugesprochen.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien, dem Bundesamt für Zivilluftfahrt (BAZL) und dem Bundesverwaltungsgericht, Abteilung I, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 11. Mai 2018
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Merkli
Die Gerichtsschreiberin: Gerber