Sachverhalt:
A.
A._ (geb. 1954; nachfolgend: der Steuerpflichtige) hatte in der hier interessierenden Steuerperiode 2012 steuerrechtlichen Wohnsitz in U._/BE, wo sich auch der Sitz der A._ AG (nachfolgend: die Gesellschaft) befindet, für die er als Geschäftsführer unselbständig erwerbstätig ist. Die Gesellschaft ist Eigentümerin des ebenfalls am Ort gelegenen bebauten Grundstücks Nr. xxx, dessen Eigenmietwert sich auf Fr. 14'550.-- belief. Die Gesellschaft vermietete dem Steuerpflichtigen das Objekt zum Mietzins von Fr. 10'860.--.
B.
Der Steuerpflichtige deklarierte in seiner Steuererklärung zur Steuerperiode 2012 steuerbare Einkünfte von Fr. 30'153.-- und ein Reinvermögen von Fr. 61'603.--. Bei Veranlagung der Steuerperiode 2012 rechnete die Steuerverwaltung des Kantons Bern (KSTV/BE) auf Ebene des Steuerpflichtigen, soweit hier interessierend, zum einen die Mietzinsdifferenz von Fr. 3'690.-- (Fr. 14'550.-- abzüglich Fr. 10'860.--) auf. Zum andern nahm sie in den Veranlagungsverfügungen vom 22. Mai 2017 einen Ermessenszuschlag von Fr. 6'000.-- vor. Anlass hierzu gab der Umstand, dass die Vermögensrechnung nach der üblichen kombinierten Methode (Vermögensentwicklung und Privataufwand) zum Fehlbetrag von Fr. 11'473.-- geführt hatte. Die Einsprachen des Steuerpflichtigen blieben erfolglos (Einspracheentscheide vom 5. September 2017), ebenso wie seine Rechtsmittel an die Steuerrekurskommission des Kantons Bern (Entscheide vom 26. Januar 2018).
C.
Dagegen gelangte der Steuerpflichtige an das Verwaltungsgericht des Kantons Bern, welches die Beschwerden mit einzelrichterlichem Entscheid 100.2018.43 / 100.2018.44 vom 20. Dezember 2018 abwies.
D.
Mit Eingabe vom 16. Januar 2019 erhebt der Steuerpflichtige beim Bundesgericht Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten. Er beantragt die Aufhebung des angefochtenen Entscheids und die Neuveranlagung unter Ausschluss der Aufrechnungen von Fr. 9'690.--.
E.
Der Abteilungspräsident als Instruktionsrichter (<ref-law> [SR 173.110]) hat von Instruktionsmassnahmen - namentlich von einem Schriftenwechsel (<ref-law>) - abgesehen.

Erwägungen:
1.
1.1. Die Voraussetzungen der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten sind erfüllt (Art. 82 lit. a, Art. 83 e contrario, Art. 86 Abs. 1 lit. d und Abs. 2, Art. 89 Abs. 1, Art. 90 und Art. 100 Abs. 1 BGG in Verbindung mit <ref-law> [SR 642.11] und Art. 73 StHG [SR 642.14]). Auf die Beschwerde ist einzutreten.
1.2. Das Bundesgericht prüft das Bundesrecht von Amtes wegen (<ref-law>; <ref-ruling> E. 2.3 S. 23 f.) und mit uneingeschränkter (voller) Kognition (<ref-law>; <ref-ruling> E. 5.1 S. 319).
1.3. Im Unterschied zum Bundesgesetzesrecht geht das Bundesgericht der angeblichen Verletzung verfassungsmässiger Individualrechte (unter Einschluss der Grundrechte) nur nach, falls und soweit eine solche Rüge in der Beschwerde überhaupt vorgebracht und ausreichend begründet worden ist (<ref-law>; qualifizierte Rüge- und Begründungsobliegenheit; <ref-ruling> E. 5.1 S. 319).
1.4. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1.2 S. 175).
I. Direkte Bundessteuer
2.
2.1. Nach den für das Bundesgericht verbindlichen Feststellungen der Vorinstanz (<ref-law>; vorne E. 1.4) überliess die Gesellschaft in der Steuerperiode 2012 dem Steuerpflichtigen, ihrem Geschäftsführer, Wohnraum zum persönlichen Gebrauch. Bei einem Eigenmietwert von Fr. 14'550.-- erhob die Gesellschaft einen Mietzins von Fr. 10'860.--. Festgestellt ist weiter, dass die Veranlagungsbehörde die Differenz von Fr. 3'690.-- aufrechnete und dadurch dem Vorzugsmietzins Rechnung trug.
2.2.
2.2.1. Die Vorinstanz stellt die Rechtslage zutreffend dar. Der Steuerpflichtige ist Arbeitnehmer der Gesellschaft, weshalb <ref-law> zum Tragen kommt. Als Einkommen aus unselbständiger Erwerbstätigkeit sind danach alle Einkünfte aus dem privatrechtlichen Arbeitsverhältnis steuerbar, dies mit Einschluss der Nebeneinkünfte. Naturalbezüge bilden in gleicher Weise wie Geld Lohnbestandteile (Urteil 2A.381/2006 vom 29. November 2006 E. 2.1) und sind ebenso nach ihrem Marktwert zu bemessen (<ref-law>; Urteil 2C_757/2015 / 2C_758/2015 vom 8. Dezember 2016 E. 5.1; PETER LOCHER, Kommentar zum DBG, I. Teil, 2001, N. 61 f. zu <ref-law>).
2.2.2. Vermietet der Arbeitgeber Wohnraum an einen Arbeitnehmer, hat dies zu Drittkonditionen zu geschehen. Haben der Arbeitgeber und der Arbeitnehmer einen gegenüber dem ortsüblichen Mietzins niedrigeren Betrag vereinbart (sog. Arbeitnehmermietzins), so stellt die Differenz auf Ebene des Arbeitnehmers eine steuerbare Einkunft aus unselbständiger Erwerbstätigkeit dar (Art. 17 Abs. 1 in Verbindung mit <ref-law>). Dies ergibt sich deklaratorisch auch aus dem Merkblatt N2/2007 über die Bewertung von Verpflegung und Unterkunft von Unselbständigerwerbenden (dazu YVES NOËL, in: Yves Noël/ Florence Aubry Girardin [Hrsg.], Commentaire romand zum LIFD [nachfolgend: Comm. LIFD], 2. Aufl. 2017, N. 58 zu <ref-law>), einer Verwaltungsverordnung der Eidgenössischen Steuerverwaltung (ESTV).
2.2.3. Was der Steuerpflichtige dagegen vorbringt, überzeugt nicht. So beruft er sich im Wesentlichen auf das Urteil 2A.535/2003 vom 28. Januar 2005 (ASA 76 S. 204, RDAF 2005 II S. 2019, StR 60/2005 S. 500, StE 2005 B 25.2 Nr. 7). Darin war das Bundesgericht zum Schluss gelangt, wenn die Eigentümerin ihr Einfamilienhaus an eines ihrer Kinder zu einem Vorzugsmietzins vermiete, habe sie direktsteuerlich die Differenz zwischen dem tatsächlich vereinnahmten Mietzins und dem höheren Eigenmietwert mangels gesetzlicher Grundlage nicht als Einkommen zu versteuern. Zum vorliegenden Fall ergeben sich nicht zu übersehende Unterschiede.
2.2.4. So ging es damals zwar ebenfalls um einen Vorzugsmietzins, aber nicht in der Form eines Arbeitnehmer-, sondern eines Verwandtenmietzinses (dazu NICOLAS MERLINO, in: Comm. LIFD, N. 44 zu <ref-law>; BERNHARD ZWAHLEN/ALBERTO LISSI, in: Martin Zweifel/ Michael Beusch [Hrsg.], Kommentar zum DBG, 3. Aufl. 2017, N. 9 zu <ref-law>), der nicht zwangsläufig denselben Regeln folgt. Vor allem aber hatte das Bundesgericht einzig die Frage zu beantworten, ob auf Ebene der Vermieterschaft ein Ertrag aus unbeweglichem Vermögen nacherfasst werden müsse (Art. 21 Abs. 1 lit. a und b DBG), während es hier ausschliesslich um die Mieterschaft geht. Mithin war damals nicht zu beurteilen, ob auf Ebene der Tochter, die nicht Arbeitnehmerin der Mutter war, eine Differenz aufzurechnen sei. Anders als in der damaligen Konstellation besteht vorliegend eine klare gesetzliche Grundlage, die zur Aufrechnung führt (Art. 17 Abs. 1 in Verbindung mit <ref-law>).
2.3.
2.3.1. Nach den für das Bundesgericht verbindlichen Feststellungen der Vorinstanz hat der Steuerpflichtige die Steuererklärung ausgefüllt, dabei steuerbare Einkünfte von Fr. 30'153.-- deklariert und die Steuererklärung auch eingereicht. Anlass für den Ermessenszuschlag gab damit keine Verletzung der formellen und materiellen Mitwirkungspflichten (allgemein dazu <ref-law>), die dazu führte, dass die Steuerfaktoren mangels zuverlässiger Unterlagen nicht einwandfrei ermittelt werden konnten (<ref-law>; zum "und" statt dem vom Gesetz verwendeten "oder" Urteil 2C_554/2018 vom 21. Dezember 2018 E. 3.3 mit Hinweisen). Der Ermessenszuschlag war vielmehr die Folge dessen, dass die KSTV/BE bei Wahrnehmung der ihr obliegenden Untersuchungspflicht (<ref-law>) eine Vermögensrechnung vorgenommen hatte und dabei zu einem Fehlbetrag von rund Fr. 11'500.-- gelangt war. Vom Fehlbetrag rechnete sie rund die Hälfte, Fr. 6'000.--, auf.
2.3.2. Diese Sachlage hat Auswirkungen auf die Beweisführung: Steuerbegründende und steuererhöhende Tatsachen hat die Veranlagungsbehörde, steuermindernde und steuerausschliessende Tatsachen die steuerpflichtige Person zu beweisen (Normentheorie; <ref-ruling> E. 3.8.2 S. 508). Zu verlangen ist, dass die Veranlagungsbehörde nach erfolgter Beweiswürdigung und aufgrund objektiver Gesichtspunkte mit "an Sicherheit grenzender Wahrscheinlichkeit" vom Vorliegen eines rechtserheblichen Sachumstandes überzeugt ist (PETER LOCHER, Kommentar zum DBG, III. Teil, 2015, N. 28 der Einführung zu <ref-law>). Die erforderliche Überzeugung kann auf Indizien beruhen und bedingt keinen direkten Beweis (zum Ganzen Urteil 2C_647/2018 vom 29. November 2018 E. 3.2, in: ASA 87 S. 437). Der steuerpflichtigen Person obliegt diesfalls kein Unrichtigkeitsnachweis (<ref-law>), wie er gemäss <ref-law> herrscht und dort zur Umkehr der Beweislast führt (so ausdrücklich <ref-law>; Urteil 2C_973/2018 vom 9. Januar 2019 E. 2.2). Will sie die Aufrechnung anfechten, kann sie den Gegenbeweis antreten, ohne grobe methodische oder rechnerische Fehler der Ermessensbetätigung nachweisen zu müssen, was regelmässig auf den Nachweis der Willkür hinausläuft.
2.3.3. Auch im Fall einer üblichen Aufrechnung, die als solche durch kein Fehlverhalten der steuerpflichtigen Person veranlasst ist, kann die Veranlagungsbehörde einen Ermessenszuschlag vornehmen. Dies ergibt sich ohne Weiteres aus der behördlichen Untersuchungspflicht (<ref-law>) und findet im Gesetz keine weitere Erwähnung. Dabei ist es der Veranlagungsbehörde unbenommen, bei ihrer pflichtgemässen Schätzung in Analogie zu <ref-law> Erfahrungszahlen, Vermögensentwicklung und Lebensaufwand der steuerpflichtigen Person zu berücksichtigen.
2.3.4. Nach den für das Bundesgericht verbindlichen vorinstanzlichen Feststellungen deklarierte der Steuerpflichtige, wie erwähnt, für die Steuerperiode 2012 steuerbare Einkünfte von Fr. 30'153.-- und ein Reinvermögen von Fr. 61'603.--, das die Veranlagungsbehörde auf Fr. 73'378.-- anhob. In der Vorperiode hatte das steuerbare Vermögen Fr. 66'912.-- betragen. Daraus ergibt sich, allerdings bezogen auf das steuerbare Vermögen (und nicht das Bruttovermögen), eine Zunahme von Fr. 6'466.--. Das Bruttovermögen wuchs, wie die Vorinstanz festhält und was der Steuerpflichtige nicht spezifisch bestreitet, im selben Zeitraum um Fr. 8'756.-- an. Dem stellte die KSTV/BE die kalkulatorisch zur Verfügung stehenden Mittel von Fr. 33'696.-- (deklarierte Einkünfte, Aufrechnung von Lohnbestandteilen und Ermessenszuschlag von Fr. 6'000.-- abzüglich der Gewinnungskosten und der bezahlten Steuern von Fr. 1'720.--) gegenüber. Von diesen subtrahierte sie die Lebenshaltungskosten (Fr. 14'000.-- gemäss Bundesamt für Statistik), die Wohnungsmiete und den Privatanteil am Geschäftsfahrzeug. Dies führte, unter Berücksichtigung des Ermessenszuschlags von Fr. 6'000.--, zum Fehlbetrag von Fr. 11'473.-- und in der Folge zum Ermessenszuschlag von Fr. 6'000.--.
2.3.5. Der Steuerpflichtige beschränkt sich in Bezug auf den Ermessenszuschlag weitgehend auf die Feststellung, er lebe seit Jahren am Rande des betreibungsrechtlichen Existenzminimums, nachdem es in den 1990er Jahren bei Verwertung von Grundstücken zu erheblichen Verlusten gekommen sei. Dieselbe Steuerverwaltung des Kantons Bern, die ihn deswegen betreibe, nehme nun einen Ermessenszuschlag vor. Es gehe letztlich nur darum, "die maroden Kantonsfinanzen zu optimieren". Selbst wenn der Steuerpflichtige, wie dargelegt, nicht auf den Unrichtigkeitsnachweis verwiesen ist, sondern den weniger spezifischen Gegenbeweis anzutreten hat, gelingt es ihm nicht, die ausführlichen und nachvollziehbaren Überlegungen der KSTV/BE als ganz oder zumindest teilweise fehlerhaft darzustellen.
2.3.6. Es darf zwar nicht übersehen werden, dass der Steuerpflichtige vorbringt, am Existenzminimum zu leben und daher sparsam leben zu müssen. Die Veranlagungsbehörde ist aber von jährlichen Lebenshaltungskosten von lediglich Fr. 14'000.-- ausgegangen, wofür sie sich auf die Erhebungen des Bundesamts für Statistik stützte. Selbst bei ausserordentlich sparsamer Lebensweise dürfte dies nicht überrissen sein, entspricht dies doch einem monatlichen Verbrauch von bloss Fr. 1'170.--. Die Veranlagungsbehörde berücksichtigte weiter die Wohnungsmiete und den Privatanteil am Geschäftsfahrzeug. Das Vorgehen der Veranlagungsbehörde ist nicht zu beanstanden, zumal der Steuerpflichtige zu Bestand und Höhe des Ermessenszuschlags kaum Ausführungen macht.
2.4. Die Beschwerde erweist sich als unbegründet. Sie ist abzuweisen.
II. Staats- und Gemeindesteuern des Kantons Bern
3.
Das harmonisierte Steuerrecht von Kantonen und Gemeinden entspricht im hier interessierenden Bereich in allen Teilen dem DBG. In der Folge stimmt das Steuergesetz (des Kantons Bern) vom 21. Mai 2000 (StG/BE; BSG 661.11) mit dem StHG überein, weshalb auf die Ausführungen zur direkten Bundessteuer verwiesen werden kann. Die Beschwerde ist auch im harmonisierten kantonalrechtlichen Bereich unbegründet und abzuweisen.
III. Kosten und Entschädigungen
4.
Nach dem Unterliegerprinzip (<ref-law>) sind die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens dem Steuerpflichtigen aufzuerlegen. Mit Blick auf die finanziellen Verhältnisse erscheint es gerechtfertigt, eine reduzierte Gerichtsgebühr auszusprechen (<ref-law>). Dem Kanton Bern, der in seinem amtlichen Wirkungskreis obsiegt, steht keine Entschädigung zu (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde betreffend die direkte Bundessteuer wird abgewiesen.
2.
Die Beschwerde betreffend die Staats- und Gemeindesteuern des Kantons Bern wird abgewiesen.
3.
Die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens von Fr. 1'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
4.
Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten, dem Verwaltungsgericht des Kantons Bern, Verwaltungsrechtliche Abteilung, Einzelrichter, und der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 1. Februar 2019
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Seiler
Der Gerichtsschreiber: Kocher