Sachverhalt:
A.
B._ (Arbeitnehmer, Kläger, Beschwerdegegner) war mit Wirkung ab 1. Januar 2002 als Chief Financial Officer (CFO) und als Mitglied der operativen Geschäftsleitung der Aa._ Gruppe tätig. Diese bestand aus der Aa2._ AG; deren Aktien wurden vollumfänglich von der Aa1._ AG gehalten. Vollumfängliche Aktionärin der Aa1._ AG war sodann die Aa._ Holding AG mit zwischengeschalteter Aa._ Europe Ltd.
Formelle Arbeitgeberin war zunächst die Aa1._ AG. Im Jahre 2003 wurde das Arbeitsverhältnis auf die Aa2._ AG übertragen. Am 6. März 2006 wurde der Arbeitsvertrag insofern geändert, als dem Arbeitnehmer bei Auflösung des Arbeitsverhältnisses seitens der Arbeitgeberin vor dem 1. März 2009 eine Abfindung in der Höhe von zwei Jahresgrundgehältern geschuldet war. Am 11. Dezember 2006 wurde dem Arbeitnehmer auf den 31. Dezember 2007 gekündigt und er wurde sofort freigestellt. Die Parteien stritten sich in der Folge über den Abfindungsanspruch von zwei Jahresgehältern und darüber, welches Ersatzeinkommen sich der Arbeitnehmer an den Lohnfortzahlungsanspruch während der Kündigungsfrist anrechnen lassen muss. Die Arbeitgeberin verlangte ihrerseits vom Kläger die Rückzahlung von EUR 180'000.-- für von diesem zu Unrecht bezogene Darlehenszinsen.
2008 fusionierten die Aa1._ AG und die Aa2._ AG und firmierten neu unter Aa1._ AG (Beklagte, Beschwerdeführerin).
B.
B.a. Mit Klage vom 15. Februar 2007 beim Bezirksgericht Uster und im Laufe des Verfahrens abgeändertem Rechtsbegehren verlangte der Kläger, die Beklagte sei zu verpflichten, ihm den Betrag von Fr. 500'000.-- zuzüglich Zins von 5 % seit dem 22. Januar 2007 sowie den Betrag von Fr. 37'334.90.-- zuzüglich Zins von 5 % seit dem 31. März 2007 sowie den Betrag von Fr. 123'742.15.-- zuzüglich Zins von 5 % seit dem 31. Oktober 2007 zu bezahlen.
Die Beklagte erhob Widerklage und beantragte, der Kläger sei zu verpflichten, ihr den Betrag von EUR 180'000.-- zuzüglich Zins zu 5 % seit 2. März 2007 zu bezahlen.
Mit Urteil und Beschluss vom 23. Mai 2016 wies das Bezirksgericht die Hauptklage ab und schützte die Widerklage im Umfang von EUR 55'081.40 nebst Zins.
B.b. Gegen dieses Urteil erhob der Kläger Berufung beim Obergericht des Kantons Zürich und beantragte im Wesentlichen, die Beklagte sei zu verpflichten, ihm Fr. 500'000.-- plus Zins zu 5 % seit dem 22. Januar 2007 sowie Fr. 37'334.90 plus 5 % Zins seit dem 31. März 2007 sowie Fr. 114'903.40 plus Zins von 5 % seit dem 31. Oktober 2007 zu bezahlen. Die Widerklage sei abzuweisen.
Die Beklagte trug auf Abweisung der Berufung an und verlangte mit Anschlussberufung die Gutheissung ihrer Widerklage sowie eine Änderung der Kostensprüche.
Mit Urteil vom 19. Oktober 2017 schützte das Obergericht die Berufung des Klägers teilweise und verpflichtete die Beklagte, dem Kläger Fr. 432'872.30 nebst Zins zu 5 % seit dem 12. Juni 2007 zu bezahlen. Im Übrigen wies es die Klage ab. Die Widerklage schrieb es ab. Das Obergericht stellte fest, dass dem Kläger die Abgangsentschädigung von Fr. 500'000.-- grundsätzlich zustehe, sowie ein Betrag von Fr. 152'238.30 für Lohnfortzahlung, insgesamt somit Fr. 652'238.30. Andererseits sei ein Rückerstattungsanspruch der Beklagten über EUR 180'000.-- ebenfalls zu bejahen, was umgerechnet zum Kurs von Fr. 1.2187 einen Betrag von Fr. 219'366.-- ergebe. Würden diese jeweiligen Guthaben verrechnet, ergebe sich ein Betrag von Fr. 432'872.30 zugunsten des Klägers. Aufgrund der Berücksichtigung des Rückerstattungsanspruchs von EUR 180'000.-- im Rahmen der Verrechnung sei diese Forderung, die auch mit Widerklage geltend gemacht worden sei, erloschen. Die Widerklage sei deshalb abzuschreiben.
C.
Mit Beschwerde in Zivilsachen vom 4. Dezember 2017 beantragt die Beklagte dem Bundesgericht im Wesentlichen, die Klage sei abzuweisen und die Widerklage im Betrag von EUR 180'000.-- nebst Zins zu 5 % seit dem 2. März 2007 gutzuheissen. Die Kosten seien dementsprechend dem Beschwerdegegner aufzuerlegen und dieser zu einer vollumfänglichen Parteientschädigung zu verpflichten.
Der Beschwerdegegner trägt auf Abweisung der Beschwerde an, soweit darauf einzutreten ist. Das Obergericht hat auf Vernehmlassung verzichtet.
Mit Präsidialverfügung vom 9. Januar 2018 wurde der Beschwerde die aufschiebende Wirkung erteilt.

Erwägungen:
1.
1.1. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Mit Blick auf die allgemeinen Begründungsanforderungen an eine Beschwerde (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG) behandelt es aber grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind; es ist jedenfalls nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu untersuchen, wenn diese vor Bundesgericht nicht mehr vorgetragen werden (<ref-ruling> E. 2 S. 88 f. mit Hinweisen). Unerlässlich ist im Hinblick auf <ref-law>, dass die Beschwerde auf die Begründung des angefochtenen Entscheids eingeht und im Einzelnen aufzeigt, worin eine Verletzung von Bundesrecht liegen soll. Die beschwerdeführende Partei soll in der Beschwerdeschrift nicht bloss die Rechtsstandpunkte, die sie im kantonalen Verfahren eingenommen hat, erneut bekräftigen, sondern mit ihrer Kritik an den als rechtsfehlerhaft erachteten Erwägungen der Vorinstanz ansetzen (<ref-ruling> E. 2 S. 89, 115 E. 2 S. 116). Erfüllt eine Beschwerde diese Anforderungen nicht, ist darauf nicht einzutreten.
1.2. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Dazu gehören sowohl die Feststellungen über den streitgegenständlichen Lebenssachverhalt als auch jene über den Ablauf des vor- und erstinstanzlichen Verfahrens, also die Feststellungen über den Prozesssachverhalt (<ref-ruling> E. 1.3.1 S. 17 f. mit Hinweisen). Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law>). "Offensichtlich unrichtig" bedeutet dabei "willkürlich" (<ref-ruling> E. 2 S. 117, 264 E. 2.3 S. 266). Überdies muss die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein können (<ref-law>).
2.
Die Beschwerdeführerin beantragt in ihrem Rechtsbegehren die vollumfängliche Abweisung der Klage. Sie äussert sich aber in der Beschwerdebegründung mit keinem Wort zu dem von der Vorinstanz geschützten Lohnfortzahlungsanspruch von Fr. 152'238.30. Damit hat es sein Bewenden (vgl. E. 1.1 hiervor).
Der Beschwerdegegner hat keine Beschwerde erhoben und anerkennt den von der Vorinstanz bejahten Rückerstattungsanspruch der Beschwerdeführerin über EUR 180'000.-- ausdrücklich.
3.
Zu beurteilen bleibt damit die Abgangsentschädigung über Fr. 500'000.--. Die Vereinbarung vom 6. März 2006 betreffend die Abgangsentschädigung wurde seitens der Arbeitgeberin, der Aa2._ AG, durch C._, Director of Human Ressources, sowie D._ als CEO unterschrieben. C._ verfügte über eine Zeichnungsberechtigung zu zweien, D._ war (einziger) Verwaltungsrat der Aa2._ AG sowie der Aa1._ AG. D._ und der Kläger waren zudem die einzigen Verwaltungsräte der Holding. Eine gleichlautende Klausel wurde am selben Tag zugunsten von D._ im Rahmen von dessen Arbeitsvertrag mit der Aa2._ AG vereinbart. Dieses Dokument unterschrieben wiederum C._ und der Beschwerdegegner für die Arbeitgeberin. D._ verzichtete in der Folge auf die Abgangsentschädigung in Bezug auf seine Person.
Zum Kontext dieser Verträge stellte die Vorinstanz fest:
3.1. E._ AG einerseits sowie D._ und der Beschwerdegegner andererseits schlossen am 26. Januar 2006 einen Aktienkaufvertrag (Stock Purchase Agreement). Vertragsgegenstand waren die von E._ AG gehaltenen Aktien der Holding sowie ein Darlehen der E._ AG an die Holding. Die massgeblichen Passagen des Vertrages lauten wie folgt:
"1.1.1. Sale and Purchase of Shares: Subject to the terms and conditions defined herein, Seller hereby agrees to sell to Purchasers [D._/ Beschwerdegegner] and Purchasers agree to buy jointly from Seller 4'364'486 shares of the Company [Holding] with a nominal value of CHF 1.50 each, ('the Shares').
1.1.1. Sale of Loan. Subject to the terms and conditions defined herein, Seller hereby agrees to sell to Purchasers and Purchasers agree to buy jointly from Seller a partially subordinated loan granted by Seller to the Company in a total amount of CHF 24'562'849 plus accrued interests since July 1, 2005, ('the Loan').
1.1.2. Purchase Price. The total Purchase Price for the Shares and the Loan pursuant to art. 1.1 and 1.2 of this Agreement amounts to EUR 1.00".
Zum Darlehen wurde in Art. 3.3 angemerkt, dass den Käufern (insbesondere) bekannt sei, dass die Holding nicht über die Mittel verfüge, um das Darlehen zurückzuzahlen und dass die Holding und ihre Konzerngesellschaften finanziell und betrieblich restrukturiert werden müssten. Sodann wurde in Art. 5 festgehalten, die Käufer würden sofort nach Vertragsabschluss "full responsibility for the Company's management and operations " übernehmen.
3.2. Am gleichen Tag und als Anhang zum Aktienkaufvertrag schlossen D._ und der Beschwerdegegner einerseits und die Ab._ International Corporation einen Optionsvertrag (Option Agreement regarding the change of party in the Stock Purchase Agreement). Dieser lautete:
"1.1. The Transferee [Ab._ International Corporation] shall have the right to replace Transferors [D._/Beschwerdegegner] as a party to the Stock Purchase Agreement between E._ AG and Transferors, dated January 26, 2006, as attached as Schedule 1. This right can be exercised until February 27, 2007, by the Transferee by giving written notice to the Transferors. However, if assets in an amount of Euro 8'000'000 have not been purchased from Aa1._ AG and paid for by the Transferee or one of its affiliates until February 27, 2006, this right shall laps after such date.
2. If Transferee exercises such right, it will replace Transferors as a contractual party to the Stock Purchase Agreement, dated January 26, 2006, and will assume all rights, obligations and liabilities, whether known or unknown, thereunder. Transferee agrees and declares in the sense of a real contract in favour of a third person ('echter Vertrag zugunsten eines Dritten') in the sense of art. 112 para. 2 of the Swiss Code of obligations to be bound by all of the provisions of the contracts as if it had been an original party thereto".
Ab._ International Corporation übte die Option am 6. November 2006 aus und kaufte vom Beschwerdegegner am gleichen Tag 95'794 Aktien der Holding zum Preis von Euro 1'285'000.--.
3.3. Vor der Ergänzung der Arbeitsverträge am 6. März 2006 fand am 2. März 2006 eine ausserordentliche Generalversammlung der Arbeitgeberin (Aa2._ AG) in Anwesenheit von D._ als deren Verwaltungsrat und dem Beschwerdegegner als Vertreter aller Aktien statt. Einziges Traktandum war die Anpassung der Arbeitsverträge von D._ und dem Beschwerdegegner; diese wurde einstimmig genehmigt.
3.4. Am 15. Juni 2006 unterzeichneten der Beschwerdegegner und D._ sodann eine Bürgschaftsverpflichtung für einen Kredit an die Aa1._ AG im Höchstbetrag von Fr. 390'000.--.
4.
Die Vorinstanz erwog, zwar habe beim Abschluss der Änderungsverträge vom 6. März 2006 kein eigentliches Selbstkontrahieren vorgelegen, da für beide Parteien verschiedene Personen gehandelt hätten. Die Regeln zum Selbstkontrahieren seien aber nach dem Urteil des Bundesgerichts 4C.25/2005 vom 15. August 2005 (teilweise publ. in <ref-ruling>) analog anzuwenden, wenn auf Seiten der Gesellschaft ein Konflikt zwischen den Interessen der Gesellschaft und jenen des handelnden Organs vorliege. Das sei hier der Fall, weil D._ und der Beschwerdegegner bei ihren jeweiligen Änderungsverträgen gegenseitig voneinander abhängig gewesen seien. Deshalb hätten die Verträge durch ein übergeordnetes Organ, nämlich die Generalversammlung der Arbeitgeberin genehmigt werden müssen. Diesbezüglich stellte die Vorinstanz fest, da D._ im massgeblichen Zeitpunkt einziger Verwaltungsrat der Alleinaktionärin (Aa1._ AG) gewesen sei, habe er den Beschwerdegegner rechtsgültig zur Vertretung aller Aktien an der Generalversammlung der Aa2._ AG vom 2. März 2006 ermächtigen können. Unabhängig von den Ausführungen der Beschwerdeführerin, der Beschwerdegegner habe nichts zur Vertretung sämtlicher Aktien der Aa2._ AG behauptet, könne auch ohne förmliche Ermächtigung auf die Vertretungsbefugnis des Beschwerdegegners geschlossen werden, nämlich gestützt auf das von D._ mitunterzeichnete Generalversammlungsprotokoll. Der Beschwerdegegner habe somit alle Aktien vertreten. Unter vertretungsrechtlichen Gesichtspunkten sei deshalb davon auszugehen, dass durch den Beschluss der Generalversammlung die Ergänzung des Arbeitsvertrages mit dem Beschwerdegegner vom 6. März 2006 genehmigt worden sei. Dass die Generalversammlung nicht mit unabhängigen Personen besetzt gewesen sei, sei gemäss der bundesgerichtlichen Rechtsprechung (Urteil 4C.25/2005 vom 15. August 2005) kein Hinderungsgrund; auch in diesem Präjudiz habe die genehmigende General- bzw. Universalversammlung aus den gleichen Personen bestanden, die gleichzeitig die vertragschliessenden Verwaltungsräte gewesen seien. Liege ein gültiger Beschluss der Generalversammlung vor, brauche auf die konzernrechtliche Betrachtung, auf die sich der Beschwerdegegner berufe, nicht eingegangen zu werden.
In einem weiteren Punkt verneinte die Vorinstanz das Bestehen eines Treuhandvertrages zwischen dem Beschwerdegegner (und D._) und der Ab._ International Corporation während der Latenzzeit, also bis zur Ausübung der Option durch Ab._ International Corporation.
Schliesslich begründete die Vorinstanz ausführlich in einem abschliessenden Punkt, weshalb ihres Erachtens die Vertragsergänzung betreffend Abgangsentschädigung (auch) im Interesse der Beschwerdeführerin lag, ohne diese Ausführungen allerdings in einen rechtlichen Rahmen zu stellen. Auf einen zur Verrechnung gestellten Anspruch aus aktienrechtlicher Verantwortlichkeit ging sie nicht weiter ein, da dieser vor der Erstinstanz nur unsubstanziiert vorgebracht worden sei.
5.
5.1. Nach herrschender Lehre und ständiger Rechtsprechung des Bundesgerichts ist das Kontrahieren eines Vertreters mit sich selbst grundsätzlich unzulässig, weil es regelmässig zu Interessenkollisionen führt und somit vom Gesellschaftszweck nicht erfasst wird. Selbstkontrahieren hat deshalb die Ungültigkeit des betreffenden Rechtsgeschäftes zur Folge, es sei denn, die Gefahr einer Benachteiligung des Vertretenen sei nach der Natur des Geschäftes ausgeschlossen oder der Vertretene habe den Vertreter zum Vertragsabschluss mit sich selbst besonders ermächtigt bzw. das Geschäft nachträglich genehmigt. Dies gilt auch für die gesetzliche Vertretung juristischer Personen durch ihre Organe. Auch in diesem Fall bedarf es einer besonderen Ermächtigung oder einer nachträglichen Genehmigung durch ein über- oder nebengeordnetes Organ, wenn die Gefahr einer Benachteiligung besteht (<ref-ruling> E. 2 S. 333 f.; <ref-ruling> E. 3a S. 363 f.).
Das Bundesgericht wendet diese Rechtsprechung unter Vorbehalt des Schutzes gutgläubiger Dritter auch auf Fälle an, wo nicht eigentliches Selbstkontrahieren, jedoch sonst ein Konflikt zwischen den Interessen der juristischen Person und den handelnden Organen vorliegt. Denn grundsätzlich ist davon auszugehen, dass die Vertretungsbefugnis nach dem mutmasslichen Willen der juristischen Person stillschweigend jene Geschäfte ausschliesst, welche sich als interessen- bzw. pflichtwidriges Vertreterhandeln erweisen (BGE <ref-ruling> E. 3a S. 363 f.; Urteil 4A_195/2014 und 4A_197/2014 vom 27. November 2014, E. 6.1, nicht publ. in <ref-ruling>; zit. Urteil 4C.25/2005 E. 1.1, nicht publ. in: <ref-ruling>; vgl. auch Urteil 4A_55/2017 vom 16. Juni 2017 E. 5.2.1). Ein Schutzbedürfnis (der vertretenen Gesellschaft) entfällt aber, wenn der mit sich selbst kontrahierende Vertreter zugleich Alleinaktionär ist, da unter diesen Umständen zwingend zu folgern ist, der Abschluss des betreffenden Geschäfts entspreche zugleich dem Willen der Generalversammlung und werde deshalb von der Vertretungsmacht des Organs gedeckt (BGE <ref-ruling> E. 5a S. 366; Urteil 4C.93/2007 vom 13. August 2007 E. 2.2).
5.2. Die Beschwerdeführerin legt einlässlich dar, weshalb keine Genehmigung der Vereinbarungen über die Abgangsentschädigung vorliege. Es handle sich um ein Insichgeschäft, da sich D._ und der Beschwerdegegner "über's Kreuz" begünstigt hätten; ein solches sei vom Gesellschaftszweck nicht erfasst. Keine der Parteien, insbesondere auch nicht der Beschwerdegegner hätten im kantonalen Verfahren behauptet, die damalige Alleinaktionärin Aa1._ AG habe mittels eines Beschlusses ihres Verwaltungsrates rechtsgültig über die Vertretung ihrer Aktien in der Generalversammlung der Tochtergesellschaft Aa2._ AG beschlossen. Indem die Vorinstanz wegen der Unterzeichnung des Protokolls der Generalversammlung vom 2. März 2006 auf eine formlose Ermächtigung geschlossen habe, habe sie die Verhandlungsmaxime gemäss <ref-law> und den Anspruch auf rechtliches Gehör (<ref-law>) verletzt. Auch in materieller Hinsicht könne mit dem Beschluss der Generalversammlung keine gültige Ermächtigung zur Einräumung der strittigen Abgangsentschädigungen vorgelegen haben. Denn seit einem entsprechenden Beschluss der Holding im Oktober 2005 habe ein Zinsmoratorium bestanden. Durften aufgrund der angespannten Ertrags- und Liquiditätslage keine Zinsen mehr bezahlt werden, so gelte dies umso mehr für die Abgangsentschädigung. Indem die Vorinstanz gleichzeitig die vom Beschwerdegegner bezogenen Zinsen über EUR 180'000.-- als unrechtmässig qualifizierte, habe sie widersprüchlich argumentiert und damit den Anspruch auf rechtliches Gehör verletzt.
5.3.
5.3.1. Vorerst ist festzuhalten, dass es hier nicht um den (vertretungsrechtlichen) Aspekt des Schutzes eines (gutgläubigen) Dritten geht.
Die Vorinstanz ging wie dargelegt (E. 5.2 hiervor) davon aus, dass die Ergänzung des Arbeitsvertrages ein Insichgeschäft war und eine Ermächtigung durch die Generalversammlung als übergeordnetes Organ erfordert hätte. Darauf bezieht sich die Beschwerdeführerin. Damit berücksichtigt sie aber nicht die Tatsache, dass die sich "über's Kreuz" begünstigenden Personen der Änderungsverträge nach den für das Bundesgericht verbindlichen Feststellungen (vgl. E. 1.2 hiervor) der Vorinstanz die alleinigen Eigentümer der Holding waren und diese insgesamt alle Tochter- und Enkelgesellschaften zu hundert Prozent besass. Die Situation ist damit vergleichbar jener eines Alleinaktionärs. Es fehlt an gegenläufigen Interessen. Gemäss BGE <ref-ruling> (vgl. oben E. 5.1) bedarf es in einem solchen Fall keiner zusätzlichen Ermächtigung durch ein übergeordnetes Organ bzw. eine solche wird stillschweigend angenommen. Das bezieht sich sowohl auf die Generalversammlung der Enkelgesellschaft - hier also der Arbeitgeberin - wie auf die Generalversammlung der Muttergesellschaft (Aa1._ AG). Die Rügen der Beschwerdeführerin, die sich auf die fehlende Ermächtigung des Verwaltungsrates der Muttergesellschaft durch deren Generalversammlung beziehen, sind daher nicht entscheidend.
5.3.2. BGE <ref-ruling> ist in der Lehre teilweise auf Kritik gestossen. Mit diesem Entscheid wich das Bundesgericht von einer früheren Rechtsprechung ab (BGE 50 II 168), in welcher es auch die Interessen von Gesellschaftsgläubigern als erheblich erachtete. Es erwog, namentlich in Anlehnung an ZOBL (DIETER ZOBL, Probleme der organschaftlichen Vertretungsmacht, ZBJV 125/1989, S. 289 ff., 312), den Gesellschaftsgläubigern stünden mit den paulianischen Anfechtungsklagen (<ref-law>) und der Verantwortlichkeitsklage gegenüber Verwaltungsräten (<ref-law>) andere Rechtsbehelfe zur Durchsetzung ihrer Ansprüche zur Verfügung. Demgegenüber ist nach verschiedenen Lehrmeinungen der Hinweis auf die paulianischen Anfechtungsmöglichkeiten und Verantwortlichkeitsansprüche fragwürdig, denn damit seien die Gläubiger schlechter geschützt als mit einer direkten materiellen Ungültigkeit des fraglichen Geschäfts (WALTER A. STOFFEL/MICHEL HEINZMANN, Interessendurchgriff?, in: von der Crone und andere [Hrsg.], Festschrift für Peter Forstmoser zum 60. Geburtstag, 2003, S. 199 ff., 208 f.; PIERRE TERCIER/WALTER A. STOFFEL, Das Gesellschaftsrecht 2000/2001, SZW 2001, S. 282 ff., 286 f.; BETTINA STUTZ/HANS CASPAR VON DER CRONE, Kontrolle von Interessenkonflikten im Aktienrecht, SZW 2003 S. 102 ff., 109 und bei Fn. 67) bzw. ein solches Vertretungshandeln könne die Gesellschaft und damit das Haftungssubstrat der Gläubiger schädigen (HENRY PETER/FRANCESCA CAVADINI, in: Commentaire romand, Code des obligations II, 2 Aufl. 2017, N. 10b zu <ref-law>). Darüber hinaus sei die Argumentation auch unlogisch, denn sie setze voraus, dass die Nichtberücksichtigung der Gläubigerinteressen durch den Verwaltungsrat beim Selbstkontrahieren oder anderen Handlungen im Interessenkonflikt zwar pflichtwidrig sein könne, der Verwaltungsrat jedoch unter dem Gesichtswinkel der Vertretungsmacht bzw. des Handelns im Gesellschaftsinteresse nicht gehalten sei, Gläubigerinteressen zu berücksichtigen (DOROTHEA HERREN, Harmonie und Kollision beim verwaltungsrätlichen Umgang mit den Gesellschaftsinteressen, AJP 2015, S. 203 ff., 206 f.).
Ein anderer Teil der Lehre stimmt BGE <ref-ruling> zu bzw. teilt die dort vertretene Auffassung (PETER BÖCKLI, Schweizer Aktienrecht, 4. Aufl. 2009, S. 1783, § 13 Rz. 607 f.; PETER JUNG, Insichgeschäfte im Gesellschaftsrecht oder vom gefahrlosen Umgang mit sich selbst, in: Peter V. Kunz und andere [Hrsg.], Entwicklungen im Gesellschaftsrecht VI, 2011, S. 273 ff., 283 f.; ANSGAR SCHOTT, Insichgeschäft und Interessenkonflikt, 2002, S. 246 f.; ROLF WATTER, Verdeckte Gewinnausschüttungen bei Aktiengesellschaften: Die zivil- und handelsrechtliche Sicht, in: Verdeckte Gewinnausschüttungen, Neuhaus und andere [Hrsg.], Schriftenreihe der Treuhandkammer Bd. 150, 1997, S. 137 ff., 146 und 156 f.; CHRISTOPH B. BÜHLER, in: Zürcher Kommentar, 3. Aufl. 2018, N. 10 zu <ref-law> bei Fn. 39; LUKAS GLANZMANN, in: Jolanta Kren Kostkiewicz und andere [Hrsg.], OR Kommentar, 3. Aufl. 2016, N. 2 zu <ref-law> [wobei Letztere beide von einer Vermutung der Genehmigung bzw. Ermächtigung durch die Generalversammlung sprechen]; wohl auch URS BERTSCHINGER, Aktienrechtliche Verantwortlichkeit: Weisungen des Alleinaktionärs an die Verwaltungsräte schliessen Anspruch der Gesellschaft aus, SZW 2000, S. 197 ff., 199. Referierend: PETER FORSTMOSER/CHRISTIAN CHRISTEN, Entwicklungen im Gesellschaftsrecht - Handelsgesellschaften und Genossenschaften - und im Wertpapierrecht, SJZ 2000, 467 f.).
Würde man im Sinn der BGE <ref-ruling> kritisierenden Lehre am Erfordernis einer Ermächtigung durch ein übergeordnetes Organ auch bei fehlendem Interessengegensatz zwischen Aktionären und handelnden Organen festhalten, würde dies auf ein rein fiktives Erfordernis hinauslaufen. Mit der ausdrücklichen Zulassung der Einpersonengesellschaft durch <ref-law> und der Regelung gemäss <ref-law> betreffend Verträgen zwischen der Gesellschaft und ihrem Vertreter (Schrifterfordernis), die im Rahmen der (kleinen) Aktienrechtsreform als Teil der Revision des GmbH-Rechts mit Wirkung ab 1. Januar 2008 eingefügt wurden, hat der Gesetzgeber bestätigt, dass Insichgeschäfte unter vertretungsrechtlichen Gesichtspunkten nicht grundsätzlich unzulässig sind. Dabei ist hervorzuheben, dass der Vorentwurf zu <ref-law> das Erfordernis der Schriftlichkeit explizit für Verträge zwischen einem Alleinaktionär und der von diesem vertretenen Gesellschaft vorgesehen hatte. Diese Regelung war in den Vernehmlassungen begrüsst, jedoch als zu spezifisch empfunden worden, weshalb nun alle Insichgeschäfte und nicht nur jene der Einpersonengesellschaften erfasst werden (Botschaft vom 19. Dezember 2001 zur Revision des Obligationenrechts [GmbH-Recht sowie Anpassungen im Aktien-, Genossenschafts-, Handelsregister- und Firmenrecht], BBl 2001 3148, 3230). Auch angesichts dieser auf den vorliegenden Fall in zeitlicher Hinsicht zwar noch nicht anwendbaren Gesetzgebung, die aber hinsichtlich der Einpersonengesellschaft die mit BGE <ref-ruling> getroffenen Wertungen bestätigt, besteht für das Bundesgericht kein Anlass, von diesem Präjudiz abzuweichen.
Zusammenfassend ist festzustellen, dass die Beschwerdeführerin beim Abschluss der Änderungsverträge vom 6. März 2006 gültig vertreten war.
6.
Eine andere Frage ist, ob die Abgangsentschädigung wegen ihres Inhalts gesellschaftsrechtlich unzulässig ist.
6.1. Die Beschwerdeführerin macht geltend, die Vertragsänderung vom 6. März 2006 sei ein eigentlicher "Goldener Fallschirm" und nicht im Interesse der Gesellschaft gewesen. Die vorinstanzliche Beurteilung der Interessenlage sei willkürlich und die Vorinstanz habe damit ihren Anspruch auf rechtliches Gehör verletzt. Eine solche (interessenwidrige) Vereinbarung sei auch aktienrechtlich unzulässig, weil sie der wirtschaftlichen Zweckverfolgung der Aktiengesellschaft widerspreche. Die Vorinstanz verhalte sich widersprüchlich, wenn sie die Vereinbarung der Abgangsentschädigung als gültig erachte, gleichzeitig aber davon ausgehe, der Beschwerdegegner sei wegen der angespannten Liquiditätslage nicht befugt gewesen, Darlehenszinsen über EUR 180'000.-- zu kassieren. Der Entscheid verletze auch <ref-law>, denn gemäss dieser Bestimmung habe der Verwaltungsrat in einer angespannten finanziellen Situation wie vorliegend Sanierungsmassnahmen zu treffen und nicht liquide Mittel zu verschleudern.
6.2. Der Beschwerdegegner hält dem entgegen, vorinstanzlich habe die Beschwerdeführerin nie behauptet, die Abgangsentschädigung sei ausserhalb des Zwecks der Gesellschaft gelegen und damit aktienrechtlich unzulässig. Sie habe nur argumentiert, die Abgangsentschädigung sei nicht rechtsgültig vereinbart worden, weil ein Insichgeschäft ohne gültige Genehmigung durch die Generalversammlung vorgelegen habe. Auch auf <ref-law> habe sie sich vorinstanzlich nicht berufen. Mangels materiellem Durchlaufen des Instanzenzugs könne daher auf diese Rügen nicht eingetreten werden.
Für die Rügen, die dem Bundesgericht vorgetragen werden, muss der kantonale Instanzenzug ausgeschöpft worden sein; und zwar nicht nur formell, sondern auch materiell, indem die Rügen soweit möglich schon vor Vorinstanz vorgebracht werden müssen (<ref-ruling> E. 1.1 S. 293; Urteile des Bundesgerichts 4A_647/2015 und 4A_649/2015 vom 11. August 2016 E. 5.2.2, nicht publ. in <ref-ruling>; je mit Hinweisen). Eine neue rechtliche Argumentation ist demgegenüber vor Bundesgericht zulässig unter der Voraussetzung, dass sie sich im Rahmen des von der Vorinstanz festgestellten Sachverhalts bewegt (<ref-ruling> E. 4.4 S. 34 mit Hinweisen; zit. Urteile 4A_647/2015 und 4A_649/2015 E. 5.2.2). Daraus folgt, dass die Rechtsfrage zwar zu behandeln ist, dies aber gestützt auf die Sachverhaltsfeststellungen der Vorinstanz. Solche liegen hier insofern vor, als sich die Vorinstanz eingehend zur Interessenlage äusserte, ohne diese Ausführungen allerdings rechtlich einzuordnen.
6.3. Abgangsentschädigungen sind oft an Kontrollwechsel gebunden (DANIEL DAENIKER/ALEXANDER NIKITINE, Golden Handshakes, Golden Parachutes und ähnliche Vereinbarungen bei M & A-Transaktionen, in: Rudolf Tschäni [Hrsg.], Mergers & Acquisitions IX, 2007, S. 127). Entsprechend bestand für Übernahmesituationen börsenkotierter Aktiengesellschaften bereits im Zeitpunkt der vorliegenden Transaktionen gemäss aArt. 35 Abs. 2 lit. c der Verordnung der Übernahmekommission vom 21. Juli 1997 über öffentliche Kaufangebote (UEV-UEK, SR 954.195.1) ein Verbot für den Abschluss von Verträgen mit Mitgliedern des Verwaltungsrats oder der obersten Geschäftsleitung, welche "unüblich hohe Entschädigungen für den Fall des Ausscheidens aus der Gesellschaft" vorsahen.
Vorliegend sind börsenrechtliche Regeln nicht anwendbar. Die Interessenlage ist aber derjenigen in einer eigentlichen Übernahmesituation insofern vergleichbar, als wegen der eingeräumten Kaufoption ein Machtwechsel unmittelbar drohte, womit auch die Position des Beschwerdegegners bedroht war. In der Lehre wird denn auch die Auffassung vertreten, dass "Goldene Fallschirme", mit denen Verwaltungsräten oder dem Management sehr hohe Abgangsentschädigungen zugestanden werden, nicht nur börsen-, sondern auch aktienrechtlich unzulässig sind, da sie gegen das Gesellschaftsinteresse (<ref-law>) verstossen (BÖCKLI, a.a.O., S. 845 f., § 7 Rz. 222 ff., v.a. Rz. 227 und S. 1634, § 13 Rz. 252; ROLAND MÜLLER/LORENZ LIPP/ADRIAN PLÜSS, Der Verwaltungsrat, 4. Aufl. 2014, S. 537 i.V.m. S. 530 f.; INES PÖSCHEL, in: Basler Kommentar Verordnung gegen übermässige Vergütungen bei börsenkotierten Aktiengesellschaften [VegüV], 2015, N. 25 zu <ref-law>; BEAT BRECHBÜHL, Goldene Fallschirme oder silberne Brücken?, in: SJZ 100/2004 S. 32 ff., 34).
Inwieweit dieser Auffassung grundsätzlich zu folgen ist, muss hier nicht entschieden werden, denn vorliegend ist wieder die besondere Situation zu beachten, dass die Vereinbarung der Abgangsentschädigungen einen Anspruch der beiden Alleinaktionäre begründete. Analog der vertretungsrechtlichen Beurteilung in BGE <ref-ruling> ist deshalb das Gesellschaftsinteresse mit dem Interesse der beiden Alleinaktionäre gleichzusetzen. Die Vereinbarung der Abgangsentschädigung kann somit auch nicht allgemein wegen Verstoss gegen Gesellschaftsinteressen gestützt auf <ref-law> als ungültig qualifiziert werden.
Ob sich die Vorinstanz widersprüchlich verhielt, wenn sie die Vereinbarung der Abgangsentschädigung schützte, gleichzeitig aber davon ausging, der Beschwerdegegner sei wegen der angespannten Liquiditätslage nicht befugt gewesen, Darlehenszinsen über EUR 180'000.-- zu kassieren, muss ebenfalls nicht geprüft werden, da der Beschwerdegegner das vorinstanzliche Urteil betreffend den Rückforderungsanspruch der Beschwerdeführerin über EUR 180' 000.-- nicht angefochten hat.
6.4. In der Lehre wird weiter darauf hingewiesen, dass ein Eigengeschäft, mit dem sich ein Vertreter der Gesellschaft selber begünstigt, als "Griff in die Gesellschaftskasse" allenfalls eine unstatthafte verdeckte Gewinnausschüttung (Art. 678 f. OR) oder Kapitalrückgewähr (<ref-law>) beinhalten kann, was das fragliche Geschäft nichtig macht (PETER BÖCKLI, Insichgeschäfte und Interessenkonflikte im Verwaltungsrat: Heutige Rechtslage und Blick auf den kommenden Art. 717a E-OR, GesKR 2012, S. 354 ff., 357; PETER BÖCKLI, Schweizer Aktienrecht, a.a.O., S. 848, § 7 N. 230; MARTIN WERNLI/MARCO A. RIZZI, in: Basler Kommentar Obligationenrecht II, 5. Aufl. 2016, N. 19 zu <ref-law>).
Dass der Änderungsvertrag bzw. dessen Genehmigung durch die Generalversammlung geradezu nichtig im Sinn von <ref-law> gewesen wäre, weil er "die Grundstrukturen der Aktiengesellschaft (...) oder die Bestimmungen zum Kapitalschutz" missachtet bzw. verletzt hätte, macht die Beschwerdeführerin mit ihren Vorbringen (vgl. E. 6.1 hiervor) nicht - jedenfalls nicht rechtsgenüglich - geltend. Ihr Hinweis auf <ref-law>, der die Pflichten des Verwaltungsrats bei Unterbilanz und Überschuldung regelt, ist unsubstanziiert. Abgesehen davon fehlen Sachverhaltsfeststellungen dazu im angefochtenen Entscheid (vgl. E. 1.2 hiervor), sodass das Bundesgericht diese Frage ohnehin nicht prüfen könnte (vgl. E. 6.2 hiervor). Das Gleiche gilt für eine mögliche Begründung der Unzulässigkeit der Abgangsentschädigung gestützt auf <ref-law>.
7.
Die Beschwerdeführerin beruft sich schliesslich erneut auf ein vertraglich begründetes Treuhandverhältnis zwischen dem Beschwerdegegner und der Ab._ International Corporation. Aufgrund der Formulierung in Ziffer 2 des Optionsvertrages ( "[...] as if it had been an orginal party thereto") sei Ab._ International Corporation rückwirkend per 26. Januar 2006 in den Aktienkaufvertrag eingetreten. Deshalb sei der Beschwerdegegner nicht autorisiert gewesen, Verfügungen zum Nachteil einzelner Gruppengesellschaften wie auch der Aa._ Gruppe gesamthaft oder zum Nachteil der Ab._ International Corporation zu treffen.
7.1. Die Vorinstanz erwog, weder aus dem Aktienkaufvertrag noch aus dem Optionsvertrag könne auf ein Treuhandverhältnis geschlossen werden. Die Beschwerdeführerin gehe offenbar von einer Rückwirkung der mit der Option erwirkten Gestaltungswirkung aus, was der Text des Optionsvertrags denn auch nahelege, wo davon die Rede sei, dass Ab._ International Corporation D._ und den Beschwerdegegner als vertragsschliessende Partei im Aktienkaufvertrag vom 26. Januar 2006 ersetze. Entscheidend sei jedoch, dass sich Ab._ International Corporation vertraglich keine Rechte während der Latenzzeit ausbedungen, sondern lediglich die Ausübung der Option vor dem 27. Februar 2007 vorbehalten habe.
7.2. Die Optionsvereinbarung, auf welche sich die Beschwerdeführerin stützt, wurde mit der Ab._ International Corporation abgeschlossen. Wenn daraus gewisse vertragliche Verhaltenspflichten (z.B. Unterlassen zusätzlicher Verpflichtungen, welche die Optionsausübung erschweren könnten) abgeleitet werden könnten, wäre dies gegenüber der Vertragspartnerin Ab._ International Corporation. Diese ist aber nicht Partei des vorliegenden Verfahrens und die Beschwerdeführerin äussert sich nicht dazu, weshalb sie selber sich nun auf diese Ansprüche berufen könnte. Darauf ist somit nicht weiter einzugehen.
8.
Die Beschwerde ist abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Bei diesem Ausgang des Verfahrens wird die Beschwerdeführerin kosten- und entschädigungspflichtig.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 8'500.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3.
Die Beschwerdeführerin hat die Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 9'500.-- zu entschädigen.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Zürich, I. Zivilkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 22. August 2018
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Kiss
Der Gerichtsschreiber: Gross