Sachverhalt:
A.
A.a. Die A._ AG mit Sitz in U._ (Beklagte, Beschwerdeführerin) bezweckt die Herstellung und den Vertrieb von Ultraschallgeräten, insbesondere Schweissgeräten für Kunststoffe und Metalle sowie die zugehörigen Automatisierungen. Sie gehört zur amerikanischen D._ Inc. USA, die von E._ (Konzerninhaber) beherrscht wird. Der D._ Inc. USA unterstehen neben der A._ AG auch andere Firmen, die im Bereich der Schweisstechnik tätig sind, wie die F._ AG mit Sitz in V._, Deutschland, die G._ SA France und die H._ España SA sowie verschiedene Unternehmen, welche unter der Bezeichnung X._ tätig sind.
A.b. B._ (Kläger, Beschwerdegegner) wurde mit Arbeitsvertrag vom 8. November 2007 als "Managing Director" und im Oktober/November 2008 ohne Anpassung des schriftlichen Arbeitsvertrages als "Chairman of the European Group I._" sowie Geschäftsführer bei der Beklagten angestellt. Im Schweizerischen Handelsregister war der Kläger ab 21. November 2007 als Mitglied des Verwaltungsrates und Direktor der Beklagten und ab 28. November 2008 als Präsident des Verwaltungsrates der Beklagten sowie der A._ Holding AG eingetragen.
A.c. Mit E-Mail des Konzerninhabers vom 22. August 2009 beziehungsweise mit Schreiben der Beklagten vom 24. August 2009 wurde der Kläger fristlos entlassen, weil er eigenmächtig das Logo der Beklagten geändert hatte, indem er ein in der Unternehmensgruppe bereits verwendetes Logo ebenfalls für die Beklagte benutzte.
B.
B.a. Der Kläger erachtete die fristlose Entlassung als ungerechtfertigt und klagte mit Weisung des Friedensrichteramtes Romanshorn am 3. Dezember 2009 beim Bezirksgericht Arbon gegen die Beklagte auf Zahlung von Fr. 483'347.35 zuzüglich Zins, wobei er die Forderung in der Klagebegründung auf Fr. 467'721.85 reduzierte.
Das Bezirksgericht Arbon wies die Klage mit Urteil vom 30. April 2010 ab, weil die fristlose Entlassung aus wichtigen Gründen erfolgt sei.
Hiergegen erhob der Kläger Berufung beim Obergericht des Kantons Thurgau. Dieses sprach mit Zwischenentscheid vom 3. März 2011 (Entscheid 1) der Pflichtverletzung durch die eigenmächtige Logoänderung die - eine fristlose Kündigung rechtfertigende - objektive Schwere ab und wies das Verfahren zur weiteren materiellen Beurteilung an die Vorinstanz zurück, da die Beklagte neben dem Logowechsel zwei weitere Gründe für die fristlose Kündigung geltend machte. Einerseits brachte die Beklagte vor, mit dem Gebrauch des neuen Logos seien überdies Markenrechte verletzt worden. Andererseits wurde dem Kläger vorgeworfen, der mit seinem engen Freund C._ abgeschlossene Arbeitsvertrag habe gegen jegliche unternehmerische Vernunft und sämtliche Interessen der G._ SA France verstossen.
Das Bundesgericht trat auf die von der Beklagten gegen den obergerichtlichen Entscheid 1 erhobene Beschwerde in Zivilsachen mit Urteil vom 13. Oktober 2011 nicht ein (Verfahren 4A_496/2011).
B.b. Nach durchgeführtem Beweisverfahren wies das Bezirksgericht Arbon die Klage mit Urteil vom 11. Februar 2013 ab, da die nachgeschobenen Gründe der Markenrechtsverletzung und des Vertragsabschlusses mit C._ jeweils zur fristlosen Kündigung berechtigt hätten.
Das vom Kläger erneut angerufene Obergericht des Kantons Thurgau erachtete mit Zwischenentscheid vom 25. Februar 2014 (Entscheid 2) das Nachschieben des Grundes betreffend den Vertragsabschluss mit C._ als unzulässig, da er nicht gleicher Art sei. Die Markenrechtsverletzung betrachtete es als objektiv nicht schwer genug, um eine fristlose Kündigung zu rechtfertigen und wies das Verfahren zur weiteren materiellen Beurteilung an die Vorinstanz zurück.
Das Bundesgericht trat mit Entscheid vom 30. September 2014 auf eine gegen die Entscheide 1 und 2 des Obergerichts erhobene Beschwerde in Zivilsachen nicht ein (Verfahren 4A_316/2014).
B.c. In der Folge schrieb das Bezirksgericht Arbon das Verfahren mit Urteil vom 21. September 2015 aufgrund Teilrückzugs durch den Kläger im Umfang vom Fr. 15'625.15 ab und verpflichtete die Beklagte zur Zahlung von Fr. 221'876.50 brutto zuzüglich Zins, abzüglich allfällig geschuldeter und nachweislich bezahlter Sozialversicherungsabgaben, weil es unter Berücksichtigung der Weisungen des Obergerichts des Kantons Thurgau die Entlassung nunmehr als ungerechtfertigt betrachtete.
Das Obergericht des Kantons Thurgau wies die von der Beklagten gegen diesen Entscheid erhobene Berufung mit Urteil vom 29. November 2016 (Entscheid 3) ab und verpflichtete sie unter teilweiser Gutheissung der Anschlussberufung des Klägers zur Zahlung von brutto Fr. 242'709.85 zuzüglich 5% Zins seit dem 25. August 2009, abzüglich allfällig geschuldeter und nachweislich bezahlter Sozialversicherungsabgaben. Das Obergericht erachtete angesichts eines unterdessen ergangenen Bundesgerichtsentscheids (<ref-ruling> E. 4.3) das Nachschieben des Kündigungsgrundes aufgrund des Vertragsschlusses mit C._ trotz fehlender Ähnlichkeit mit dem ursprünglich geltend gemachten Kündigungsgrund der Logoänderung als zulässig. Es beurteilte jedoch die Pflichtverletzung selbst unter Berücksichtigung des weiteren geltend gemachten Kündigungsgrundes, der angeblichen Markenrechtsverletzung, als objektiv nicht schwer genug, um die fristlose Entlassung zu rechtfertigen.
C.
Die Beklagte beantragt mit Beschwerde in Zivilsachen, die Entscheide 1-3 des Obergerichts des Kantons Thurgau seien aufzuheben und die Klage sei abzuweisen. Eventualiter sei die Streitsache zur Abnahme des Beweises betreffend Verbot der Logoänderung und zu neuer Entscheidung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Der Beschwerdegegner beantragt die Abweisung der Beschwerde. Die Vorinstanz hat auf Vernehmlassung verzichtet.
D.
Mit Verfügung vom 4. Oktober 2017 wurde das Gesuch um Erteilung der aufschiebenden Wirkung abgewiesen.

Erwägungen:
1.
Das Bundesgericht prüft von Amtes wegen und mit freier Kognition, ob ein Rechtsmittel zulässig ist (<ref-law>; <ref-ruling> E. 2.1 mit Hinweisen).
Die Beschwerde richtet sich gegen einen verfahrensabschliessenden Entscheid (<ref-law>) einer letzten kantonalen Instanz, die in einer Zivilsache entschieden hat (Art. 72 Abs. 1 und Art. 75 Abs. 1 BGG) sowie gegen zwei Zwischenentscheide im Sinne von <ref-law>, die zusammen mit dem Endentscheid anfechtbar sind, soweit sie sich auf dessen Inhalt auswirken (<ref-law>).
Die Streitwertgrenze für die Beschwerde in Zivilsachen ist erreicht (Art. 74 Abs. 1 lit. b i.V.m. <ref-law>). Die Rechtsbegehren der Beschwerdeführerin sind im kantonalen Verfahren nicht geschützt worden (<ref-law>) und die Beschwerde erging fristgerecht (<ref-law>). Auf die Beschwerde in Zivilsachen ist somit einzutreten.
2.
Die Beschwerdeführerin rügt eine unvollständige und damit unrichtige Sachverhaltsfeststellung sowie eine Verletzung des Beweisanspruches nach <ref-law> bzw. nach der damals geltenden ZPO des Kantons Thurgau, weil die Vorinstanz über die durch die Verwaltungsräte E._, J._ und K._ mehrfach ausgesprochenen mündlichen Weisungen, die Logoänderung sei zu unterlassen, nie Beweis abgenommen habe. Sollte sich der angefochtene Entscheid ausgehend vom festgestellten Sachverhalt der Vorinstanz als rechtsfehlerhaft erweisen, erübrigt es sich, auf die Sachverhaltsrügen einzugehen.
3.
Die Beschwerdeführerin rügt, die Vorinstanz habe <ref-law> verletzt, indem sie die vom Beschwerdegegner eigenständig vorgenommene Logoänderung nicht als unübertragbare Aufgabe des gesamten Verwaltungsrates betrachtete.
3.1. Dem Verwaltungsrat steht als unübertragbare und unentziehbare Aufgabe die Oberleitung der Gesellschaft zu (<ref-law>). Bei der Oberleitung handelt es sich um eine mittel- und langfristige Planung der Unternehmensstrategie. Die Führung der Gesellschaft als Ganzes ist von der Führung einzelner Geschäfte der Gesellschaft abzugrenzen, welche aufgrund ihrer operativen Natur nach <ref-law> an einzelne Mitglieder übertragen werden können (ausführlich hierzu KATJA ROTH PELLANDA, Organisation des Verwaltungsrates, 2007, S. 225 ff. mit zahlreichen Hinweisen; vgl. auch PETER BÖCKLI, Schweizer Aktienrecht, 4. Auflage 2009, § 13 RZ. 306 f.; ROLF WATTER/KATJA ROTH PELLANDA, in: Basler Kommentar, Obligationenrecht, 6. Aufl. 2015, N. 4 ff. zu <ref-law>; ERIC HOMBURGER, Zürcher Kommentar, Obligationenrecht, 1997, N. 532 zu <ref-law>).
3.2. Eine Logoänderung zieht erhebliche Auswirkungen nach sich und ist mit beträchtlichen Kosten verbunden. Wie der Beschwerdegegner selbst eingesteht, ist das Logo einer Gesellschaft denn auch Teil ihrer Corporate Identity. Der Vorinstanz ist insoweit zu folgen, als sie ausführt, das Logo betreffe nicht alle Aspekte der Corporate Identity. Entgegen ihrer Ansicht beschlägt es indessen keinen untergeordneten, sondern einen wesentlichen Teil der Corporate Identity; tritt eine Gesellschaft doch unter diesem Zeichen im Verkehr gegen innen und aussen auf. Sie wird unter diesem Zeichen von den Personen, mit denen sie in Kontakt tritt, wahrgenommen und identifiziert. Die Gestaltung ihres identifizierenden Zeichens betrifft denn auch die Gesellschaft als Ganzes. Der Entscheid bezüglich Änderung des Logos stellt keine bloss operative Geschäftsführungsaufgabe dar, welche an den Beschwerdegegner hätte übertragen werden können (vgl. <ref-law>). Es handelt sich vielmehr um einen strategischen Unternehmensentscheid, der unter die Oberleitung der Gesellschaft im Sinne von <ref-law> fällt und dem Gesamtverwaltungsrat nicht entzogen werden kann.
3.3. Entgegen der Ansicht der Vorinstanz stand es dem gesamten Verwaltungsrat als zuständiges Organ zu, die Art des Auftretens der Gesellschaft zu bestimmen. Dieses Organ (und weder der Beschwerdegegner noch die Vorinstanz) ist kompetent darüber zu befinden, ob ein Wechsel des Logos wirtschaftlich begründet erscheint. Der Beschwerdegegner als ein Mitglied des Verwaltungsrats der Beschwerdeführerin - und sei es als deren Präsident - war nicht befugt, allein über die Logoänderung zu entscheiden. Es hätte an ihm gelegen, eine Sitzung einzuberufen (<ref-law>), sodass der Verwaltungsrat, dem im massgeblichen Zeitpunkt gemäss Handelsregisterauszug neben dem Beschwerdegegner und dem Konzerninhaber, K._, J._ und L._ angehörten, darüber hätte abstimmen können.
3.4. Der Vorinstanz kann auch nicht gefolgt werden, wenn sie annimmt, der Beschwerdegegner habe das Logo (in Missachtung der gesetzlichen Organkompetenzen) ändern können, weil er zum "Chef" der europäischen "Group I._" ernannt worden war, zu der neben der Beschwerdeführerin noch zwei weitere Gesellschaften gehörten. Denn die Vorinstanz hält zusammengefasst fest, es gehe aus dem E-Mail-Verkehr mit dem Konzerninhaber hervor, dass dieser sich - zumindest einstweilen - ausdrücklich gegen die Änderung des Logos ausgesprochen hatte. Dass die Beschwerdeführerin in einen Konzern integriert ist, ändert daher nichts daran, dass der Beschwerdegegner ohne Beschluss des Gesamtverwaltungsrats nicht befugt war, ihr Logo zu ändern.
4.
Die Beschwerdeführerin rügt eine Verletzung von <ref-law>, weil die Vorinstanz die eigenmächtige Logoänderung des Beschwerdegegners nicht als einen wichtigen Grund betrachtete, der die fristlose Kündigung gerechtfertigt hätte.
4.1. Nach <ref-law> kann der Arbeitgeber wie der Arbeitnehmer das Arbeitsverhältnis aus wichtigen Gründen jederzeit fristlos auflösen (Abs. 1). Als wichtiger Grund gilt jeder Umstand, bei dessen Vorhandensein dem Kündigenden nach Treu und Glauben die Fortsetzung des Arbeitsverhältnisses nicht mehr zugemutet werden darf (Abs. 2). Über das Vorhandensein solcher Umstände entscheidet das Gericht nach seinem Ermessen (Abs. 3 OR). Derartige Ermessensentscheide überprüft das Bundesgericht an sich frei. Es übt dabei aber Zurückhaltung und schreitet nur unter bestimmten Voraussetzungen ein; so wenn die Vorinstanz grundlos von in Lehre und Rechtsprechung anerkannten Grundsätzen abgewichen ist (vgl. <ref-ruling> E. 4.1 S. 32, 213 E. 3.1 S. 220; je mit Hinweisen). Indem die Vorinstanz den Beschwerdegegner als kompetent erachtete, alleine über die Logoänderung zu entscheiden, ist sie in Verletzung von Bundesrecht von in Lehre und Rechtsprechung anerkannten Grundsätzen abgewichen.
4.2. Nach der Rechtsprechung zu <ref-law> ist eine fristlose Kündigung durch den Arbeitgeber nur bei besonders schweren Verfehlungen des Arbeitnehmers gerechtfertigt. Diese müssen einerseits objektiv geeignet sein, die für das Arbeitsverhältnis wesentliche Vertrauensgrundlage zu zerstören oder zumindest so tiefgreifend zu erschüttern, dass dem Arbeitgeber die Fortsetzung des Vertrags nicht mehr zuzumuten ist, und anderseits auch tatsächlich dazu geführt haben. Sind die Verfehlungen weniger schwerwiegend, müssen sie trotz Verwarnung wiederholt vorgekommen sein (<ref-ruling> E. 4.2 S. 579; <ref-ruling> E. 4.1 S. 31, 213 E. 3.1).
Die Treuepflicht des Arbeitnehmers (<ref-law>) gilt für leitende Angestellte in erhöhtem Masse, weshalb eine Verletzung dieser Pflicht durch solche Angestellte schwerer wiegt (<ref-ruling> E. 4.1 S. 31; <ref-ruling> E. 2c S. 89; <ref-ruling> E. 1). Ob die dem Arbeitnehmer vorgeworfene Pflichtverletzung die erforderliche Schwere erreicht, lässt sich nicht allgemein sagen, sondern hängt von den konkreten Umständen des Einzelfalles ab (<ref-ruling> E. 4.2 S. 580; <ref-ruling> E. 1a S. 155; je mit Hinweisen).
4.3. Der Beschwerdegegner war sowohl Verwaltungsratspräsident als auch Arbeitnehmer der Beschwerdeführerin und hatte somit einerseits die Treuepflicht als Organ, andererseits diejenige als Arbeitnehmer zu erfüllen (<ref-ruling> E. 3.1 S. 412 mit Hinweisen; vgl. auch <ref-ruling> E. 2.1 S. 217; <ref-ruling> E. 1a/aa S. 132 f.). Mit der eigenmächtigen Umsetzung der Logo-Änderung (Verwendung des neuen Logos auf einer Visitenkarte und auf einem Flyer) hat er sowohl seine organschaftlichen Kompetenzen überschritten als auch seine arbeitsvertraglichen Pflichten verletzt. Denn seine arbeitsvertraglichen Pflichten umfassten ohne Weiteres auch die Beachtung der gesetzlichen und statuarischen Vorgaben.
Der Beschwerdegegner hat das Logo nicht nur geändert, ohne eine Sitzung einzuberufen (<ref-law>), um das formelle Einverständnis des Verwaltungsrates im Rahmen eines Mehrheitsbeschlusses (<ref-law>) einzuholen, sondern er hat das geradezu im Wissen um die im Verwaltungsrat vertretene mehrheitlich ablehnende Haltung getan. Damit verletzte er seine arbeitsvertragliche Treuepflicht auf objektiv schwerwiegende Art und Weise. Denn dass zumindest drei der vier übrigen Verwaltungsratsmitglieder der Beschwerdeführerin mit der Änderung des Logos nicht einverstanden waren, bemerkt der Beschwerdegegner in der Antwort selbst. Er legt dar, dass neben dem diesbezüglich ablehnend eingestellten E._ als Konzerninhaber auch K._ ihm gegenüber Bedenken geäussert habe und J._ ihm geraten habe, das Logo nicht zu verwenden.
4.4. Die Kompetenzüberschreitung kann entgegen der Ansicht der Vorinstanz nicht damit gerechtfertigt werden, dass der Beschwerdegegner von seiner Idee überzeugt war und diese als wirtschaftlich gerechtfertigt erachtete. Vielmehr wiegt die Pflichtverletzung umso schwerer, als der Beschwerdegegner, der offenbar Mühe mit der ablehnenden Haltung der anderen Entscheidungsträger hatte, die Logoänderung eigenständig im Wissen durchführte, dass nicht nur der Konzerninhaber, sondern die Mehrheit der Verwaltungsratsmitglieder der Beschwerdeführerin die Logoänderung ablehnten und kaum ihr Einverständnis in einer ordentlich einberufenen Sitzung erklärt hätten. Diese gravierende Verletzung der arbeitsvertraglichen Pflichten führte zum Verlust der erforderlichen Vertrauensgrundlage (<ref-law>) und berechtigte die Beschwerdeführerin objektiv umso mehr zur fristlosen Vertragsauflösung, als der Beschwerdegegner in leitender Stellung eine erhöhte Vertrauensstellung innehatte. Die Vorinstanz hat den wichtigen Grund zur fristlosen Kündigung des Arbeitsverhältnisses durch die Beschwerdeführerin zu Unrecht verneint. Weil die Beschwerde bereits aus diesem Grund gutzuheissen ist, erübrigt es sich, die weiteren Vorwürfe (Markenrechtsverletzung und Vertragsschluss mit C._) zu prüfen.
5.
Die Beschwerde ist gutzuheissen und die angefochtenen Entscheide der Vorinstanz sind aufzuheben. Da der Beschwerdegegner in der Beschwerdeantwort mit keinem Wort vorbringt, inwiefern ihm selbst bei gerechtfertigter ausserordentlicher Kündigung Entschädigungsansprüche gegenüber der Beschwerdeführerin zustehen würden (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG; <ref-ruling> E. 2 S. 116 mit Hinweis), ist seine Klage abzuweisen.
Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend wird der Beschwerdegegner kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 Abs. 1 und Art. 68 Abs. 1 und 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird gutgeheissen, die Entscheide des Obergerichts des Kantons Thurgau vom 3. März 2011, vom 25. Februar 2014 und vom 29. November 2016 werden aufgehoben und die Klage des Beschwerdegegners wird abgewiesen.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 6'000.-- für das bundesgerichtliche Verfahren werden dem Beschwerdegegner auferlegt.
3.
Der Beschwerdegegner hat die Beschwerdeführerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 7'000.-- zu entschädigen.
4.
Die Sache wird zur Regelung der Kosten- und Entschädigungsfolgen für das kantonale Verfahren an das Obergericht des Kantons Thurgau zurückgewiesen.
5.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Thurgau schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 23. Januar 2018
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Kiss
Der Gerichtsschreiber: Hug