Fatti:
A.
La A._ SA è una società attiva nella consulenza e messa a disposizione di servizi relativi all'organizzazione e alla gestione di imprese in particolare nel settore bancario. B._ è stato alle sue dipendenze a partire dal 1° marzo 2012 in qualità di vice direttore, capo del back office, con un salario annuo lordo di fr. 130'000.-- per 42 ore settimanali. Il contratto di lavoro prevedeva che le ore supplementari sarebbero state compensate soltanto in determinati casi.
B.
Il 21 febbraio 2014 B._ è stato licenziato con effetto al 30 aprile 2014 ed è stato esonerato dal prestare lavoro. Il 22 giugno 2014 ha chiesto alla datrice di lavoro il pagamento di un numero importante di ore di lavoro supplementari e straordinarie. Poiché la società non ha dato seguito alla richiesta, con petizione dell'8 dicembre 2014 ha avviato contro la stessa una causa civile dinanzi alla Pretura di Lugano, per un importo complessivo di fr. 67'667.--, oltre interessi. La pretesa era basata sulle registrazioni delle ore lavorative nel programma "time-sheet" aziendale, compilato elettronicamente dallo stesso lavoratore e da lui prodotto in causa. Dopo una serie di atti che non occorre qui evocare, con sentenza del 10 novembre 2016 il Pretore ha parzialmente accolto la petizione, condannando la datrice di lavoro a pagare al dipendente fr. 64'414.40, oltre interessi.
C.
Il 18 novembre 2016 la A._ SA ha presentato una denuncia penale nei confronti di B._, per i titoli di truffa e di falsità in documenti, con riferimento alle registrazioni da lui effettuate sul "time-sheet" prodotto nella causa civile. Secondo la denunciante, il lavoratore avrebbe modificato determinate registrazioni dopo la notifica della disdetta del rapporto di lavoro, aggiungendovi delle ore lavorative in realtà non eseguite.
D.
Il 12 dicembre 2016 la datrice di lavoro ha impugnato la sentenza del Pretore dinanzi alla seconda Camera civile del Tribunale d'appello, che con decisione del 21 febbraio 2017 in accoglimento di una domanda processuale dell'appellante, ha sospeso la procedura di appello in attesa dell'esito del procedimento penale.
E.
Dopo avere richiamato l'incarto della causa civile, con decisione del 6 marzo 2017 il Procuratore pubblico (PP) ha decretato il non luogo a procedere, ritenendo non adempiuti gli elementi costitutivi di reato.
F.
Contro il decreto di non luogo a procedere la A._ SA ha presentato un reclamo alla Corte dei reclami penali del Tribunale d'appello (CRP), che lo ha respinto con sentenza del 23 giugno 2017. La Corte cantonale, giustificando la rinuncia del PP ad assumere ulteriori prove, ha ritenuto che "ci siano state delle ore di lavoro supplementari / straordinarie e dei problemi di registrazione delle stesse; circostanza, questa, che conferma più la tesi del denunciato". Ha di conseguenza confermato il decreto di non luogo a procedere.
G.
La A._ SA impugna questa sentenza con un ricorso in materia penale del 4 settembre 2017 al Tribunale federale, chiedendo di annullarla. Postula inoltre di annullare il decreto di non luogo a procedere e di ordinare al PP di aprire l'istruzione penale. La ricorrente fa valere la violazione del principio "in dubio pro duriore" e degli art. 309 e 310 CPP.
H.
La Corte cantonale si rimette al giudizio del Tribunale federale, mentre il Ministero pubblico e l'opponente chiedono di respingere il ricorso.

Diritto:
1.
1.1. La decisione impugnata conferma il decreto di non luogo a procedere e pone quindi fine al procedimento penale. Si tratta di una decisione finale pronunciata in materia penale da un'autorità cantonale di ultima istanza, contro la quale è ammissibile il ricorso in materia penale (art. 78 cpv. 1, 80 cpv. 1 e 90 LTF). Il ricorso è tempestivo (art. 100 cpv. 1 LTF in relazione con l'art. 46 cpv. 1 lett. b LTF).
1.2. La legittimazione ricorsuale giusta l'art. 81 cpv. 1 lett. b n. 5 LTF può essere ammessa, giacché la ricorrente, accusatrice privata che ha partecipato alla procedura dinanzi alla precedente istanza, contesta le pretese civili del denunciato. La causa civile è del resto stata sospesa dal giudice competente in attesa della conclusione del procedimento penale. La sentenza qui impugnata può quindi influire sulla decisione relativa alle pretese pecuniarie della controparte. In questa configurazione particolare, si comprende che la ricorrente intende prevalersi del danno in cui incorre in relazione con le pretese di pagamento dell'opponente, da lei contestate. D'altra parte, non risulta che il procedimento penale sia stato avviato dalla ricorrente soltanto per assumere con maggiore celerità ed a spese dello Stato prove di principio esperibili anche nella causa civile.
2.
2.1. La ricorrente lamenta la violazione dell'art. 310 CPP e del principio "in dubio pro duriore". Rileva che nell'interrogatorio dinanzi al Pretore aggiunto, l'opponente aveva dichiarato di avere registrato nel "time-sheet" quotidianamente, o entro due o tre giorni, le ore supplementari eseguite. Adduce che, da un'indagine interna, sarebbe tuttavia emerso che determinate registrazioni, a partire dalla fine di ottobre del 2013, sarebbero state modificate o iscritte soltanto all'inizio di marzo del 2014, dopo la notifica del licenziamento. Secondo la ricorrente, esisterebbero quindi perlomeno dei dubbi sulla correttezza delle modifiche apportate dal denunciato nel "time-sheet" dopo il suo licenziamento, sicché in applicazione del citato principio si giustificherebbe di aprire l'istruzione penale. Sostiene che, malgrado le contestazioni da lei sollevate riguardo agli specifici periodi che sarebbero stati oggetto di modifiche dei tempi di lavoro, il denunciato non avrebbe sostanziato le ore supplementari effettivamente svolte, limitandosi a produrre scambi di corrispondenza elettronica. La ricorrente evidenzia di avere prodotto con la denuncia penale un rapporto attestante ben 131 attività che sarebbero state registrate o modificate dal denunciato nel periodo successivo al licenziamento e su cui si fonderebbero le sue pretese di pagamento. Ritiene che questa circostanza costituirebbe un indizio più che sufficiente a sostegno del reato di falsità in documenti e della conseguente truffa, ciò che avrebbe imposto al PP di aprire l'istruzione penale, eseguendo ulteriori indagini quali l'interrogatorio dell'estensore del suddetto rapporto e degli ex colleghi di lavoro del denunciato. Ravvisa nella mancata presa in considerazione di questi aspetti altresì un apprezzamento anticipato delle prove arbitrario.
2.2. Giusta l'art. 309 cpv. 1 lett. a CPP, il pubblico ministero apre l'istruzione se da informazioni o rapporti della polizia, da una denuncia o da propri accertamenti emergono sufficienti indizi di reato. Rinuncia per contro ad aprire l'istruzione se emana immediatamente un decreto di non luogo a procedere o un decreto di accusa (art. 309 cpv. 4 CPP). Il decreto di non luogo a procedere è in particolare disposto dal pubblico ministero non appena, sulla base della denuncia o dopo una procedura preliminare limitata alle investigazioni della polizia (cfr. art. 300 cpv. 1 e 306 seg. CPP), risulti che gli elementi costitutivi di reato o i presupposti processuali non sono adempiuti (art. 310 cpv. 1 lett. a CPP). Un decreto di non luogo a procedere può giustificarsi anche quando gli indizi sono manifestamente insufficienti e nessun atto d'inchiesta consente di portare elementi utili al perseguimento penale.
La questione di sapere se il pubblico ministero possa rinunciare ad aprire l'istruzione penale deve essere vagliata sulla base del principio "in dubio pro duriore", che deriva dal principio della legalità (art. 5 cpv. 1 Cost. e 2 cpv. 2 CPP in relazione con gli art. 319 cpv. 1 e 324 CPP; <ref-ruling> consid. 4.2). Esso significa che, di massima, un non luogo a procedere o un abbandono non possono essere decretati dal pubblico ministero se non quando appaia chiaramente che i fatti non sono punibili o le condizioni per il perseguimento penale non sono adempiute. In questo ambito, il pubblico ministero e l'autorità di ricorso dispongono di un potere di apprezzamento che il Tribunale federale esamina con ritegno. Per contro, la procedura deve di massima essere continuata quando una condanna appaia più verosimile che un'assoluzione o quando le probabilità di assoluzione e di condanna appaiono equivalenti, in particolare in presenza di un reato grave. Questo principio vale anche per l'autorità giudiziaria incaricata di esaminare la decisione di abbandono del procedimento penale (<ref-ruling> consid. 2.2.1; <ref-ruling> consid. 4.1, 86 consid. 4.1.1 e 4.1.).
2.3. Sia in sede cantonale sia dinanzi a questa Corte la ricorrente ha specificato quali erano le registrazioni da lei ritenute sospette sulla base di un confronto tra il "time-sheet" prodotto dal denunciato nella causa civile e quello secondario recuperato da un backup eseguito il 28 febbraio 2014. Ha segnatamente elencato i giorni dal 27 al 31 ottobre 2013 e quelli del 1°, 4, 15 e 29 novembre 2013, relativamente ai quali i dati già registrati sono stati modificati dal denunciato il 3 e il 6 marzo 2014, dopo la disdetta del rapporto di lavoro. Ha inoltre indicato i periodi dal 5 al 31 dicembre 2013, nonché dal 1° gennaio 2014 all'11 marzo 2014, che sarebbero stati oggetto di nuove registrazioni di ore lavorative da parte del denunciato soltanto all'inizio di marzo del 2014. La ricorrente ha in particolare ritenuto sospette 42 ore di lavoro registrate il 6 marzo 2014, che non figurerebbero nel "time-sheet" recuperato, ove sarebbero state registrate unicamente delle vacanze.
2.4. Nella sentenza impugnata, la Corte cantonale ha genericamente rilevato che la documentazione prodotta dal denunciato in sede civile e penale dimostrerebbe ch'egli avrebbe effettivamente svolto delle ore di lavoro supplementare, anche se registrate soltanto dopo il suo licenziamento. La CRP al riguardo ha richiamato i "print screen" dei messaggi di posta elettronica da lui inviati alla responsabile della gestione del personale della ricorrente, con cui egli ha notificato lo svolgimento di ore lavorative supplementari o ne ha sollecitato la registrazione. La precedente istanza ha rilevato che la ricorrente era pertanto a conoscenza dell'esecuzione di ore lavorative supplementari e che non ha sollevato contestazioni alle comunicazioni del dipendente. Ha quindi concluso che era stato svolto del lavoro supplementare o straordinario e che vi sarebbero stati dei problemi di registrazione, ciò che "conferma più la tesi del denunciato".
Risulta quindi che la Corte cantonale non si è confrontata circostanziatamente con le puntuali contestazioni della ricorrente riguardo ai giorni oggetto di registrazioni sospette, ma si è limitata ad opporre in modo generico lo svolgimento di imprecisate attività lavorative straordinarie da parte del denunciato. Rinviando in blocco alla documentazione prodotta dall'opponente in sede civile e penale, la CRP non ha poi specificato a quali atti dell'incarto si riferiva e per quali ragioni essi comportavano l'infondatezza delle esposte contestazioni. In virtù del diritto delle parti di essere sentite (art. 29 cpv. 2 Cost., art. 3 cpv. 2 lett. c CPP), l'autorità era tenuta a confrontarsi con le censure sollevate ed esaminarle seriamente, dando atto di questo esame nella motivazione della sua decisione (<ref-ruling> consid. 1.3.1; <ref-ruling> consid. 2.2; <ref-ruling> consid. 5.1).
Richiamando in modo generico l'esistenza di messaggi di posta elettronica all'indirizzo della responsabile della gestione del personale, che attestano in generale lo svolgimento di ore supplementari, la CRP disattende che in concreto ad essere litigiosa è la correttezza di determinate registrazioni, che sono state eseguite o modificate dal denunciato successivamente, dopo la fine del rapporto di lavoro, e che non sarebbero state approvate dalla datrice di lavoro. D'altra parte, concludendo che le circostanze della fattispecie confermerebbero più la tesi del denunciato rispetto a quella della ricorrente, la Corte cantonale ha perlomeno implicitamente riconosciuto che la situazione non è chiara e non è stata delucidata. La precedente istanza non ha quindi accertato l'adempimento delle condizioni per emanare un decreto di non luogo a procedere, né ha escluso possibili indizi di reato (cfr. art. 309 cpv. 1 lett. a CPP, art. 310 CPP). In particolare non ha stabilito che gli elementi costitutivi dei reati o i presupposti processuali non sono adempiuti (cfr. art. 310 cpv. 1 lett. CPP). Il fatto che l'opponente in determinate occasioni abbia svolto delle ore lavorative supplementari, non consente di per sé di escludere dubbi sulla veridicità del contenuto del "time-sheet" e pertanto su una possibile irregolarità delle registrazioni oggetto della denuncia penale, da lui modificate all'insaputa della ricorrente dopo la disdetta del rapporto di lavoro. Ora, qualora la situazione probatoria o giuridica permanga dubbia, come è il caso in concreto, occorre continuare il procedimento penale (cfr. <ref-ruling> consid. 2.2.1 e rinvii).
2.5. Alla luce di quanto esposto, confermando il decreto di non luogo a procedere, la Corte cantonale ha disatteso l'art. 310 CPP e il principio "in dubio pro duriore", non essendo allo stadio attuale ancora del tutto chiaro che i fatti non sono punibili o che le condizioni per il perseguimento penale non sono adempiute.
3.
Ne segue che il ricorso deve essere accolto. La sentenza impugnata è annullata e la causa è rinviata alla CRP, affinché statuisca nuovamente sul gravame. Le spese giudiziarie e le ripetibili seguono la soccombenza e sono quindi poste a carico dell'opponente privato (art. 66 cpv. 1 e art. 68 cpv. 1 LTF).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1.
Il ricorso è accolto. La sentenza emanata il 23 giugno 2017 dalla Corte dei reclami penali del Tribunale d'appello è annullata e la causa le è rinviata per un nuovo giudizio.
2.
Le spese giudiziarie di fr. 3'000.-- sono poste a carico dell'opponente, che rifonderà alla ricorrente un'indennità di fr. 3'000.-- a titolo di ripetibili della sede federale.
3.
Comunicazione ai patrocinatori delle parti, al Ministero pubblico e alla Corte dei reclami penali del Tribunale d'appello del Cantone Ticino.