Faits :
A.
Depuis 2016, le Ministère public central du canton de Vaud mène une enquête d'une certaine ampleur en lien avec l'obtention indue d'indemnités en cas d'insolvabilité au détriment de la Caisse cantonale de chômage. Cette procédure vise les employeurs de seize sociétés, ainsi que des collaborateurs du syndicat B._, dont notamment A._ (PE16.009100-BEB).
Quant aux quelque trois cents employés ayant perçu les indemnités litigieuses, ils font l'objet de procédures pénales distinctes afin de déterminer une éventuelle participation de leur part dans le processus délictueux. Dans le cadre des investigations y relatives et afin de prendre en compte le caractère hors norme de l'enquête - notamment vu le nombre de personnes concernées -, des modalités particulières on été mises en oeuvre afin de satisfaire aux exigences en matière de défense, ainsi que de participation à l'administration des preuves. En particulier, le Ministère public a informé les avocats des parties, par courrier du 20 juillet 2017, que " Lors de l'interpellation d'un employé par la police, celle-ci avertira uniquement le conseil de l'employeur concerné. A supposer une mise en cause d'un prévenu de la présente procédure [PE16.009100-BEB] , l'audition sera interrompue et l'avocat du mis en cause avisé. Si cet avocat fait valoir son droit de participer à l'audition, une heure lui sera laissée pour se présenter ou envoyer un collaborateur ".
Un des employés bénéficiaires des indemnités, C._, a fait l'objet de la procédure P_2 et, dans ce cadre, a été entendu le 11 octobre 2017; l'avocat de l'employeur en cause a immédiatement été avisé, mais a renoncé à faire usage de son droit de participation. Une copie du procès-verbal de cette séance a été versée au dossier de la cause PE16.009100-BEB (pièce n° 714).
Par requête du 31 mai 2018, A._ a sollicité, à titre principal, la répétition et le retranchement de l'audition de C._ et, subsidiairement, la jonction de la cause principale PE16.009100-BEB avec les dossiers concernant les employés, demandes rejetées le 14 juin 2018 par le Ministère public. S'agissant de la requête principale, le Procureur a en substance considéré que les déclarations mentionnant A._ ne le mettaient pas formellement en cause et que ce dernier n'avait aucun droit de participation ou de répétition, n'étant pas partie à la procédure ouverte contre C._; il bénéficiait en revanche d'un droit à la confrontation. En ce qui concernait ensuite la demande subsidiaire, le Ministère public a reconnu que les faits examinés dans l'ensemble des procédures relevaient d'un contexte général commun, devant cependant être distingué le comportement reproché aux employeurs et aux collaborateurs du syndicat B._ de celui éventuellement adopté par les employés; l'infraction peut-être commise par ces derniers était le pendant de celle imputable à leur patron, tel l'achat par un toxicomane de drogues à la suite de la vente par un dealer; la jonction des causes paraissait aussi sur un plan procédural compliquée dès lors que le Ministère public interviendrait aux débats, situation relevant dès lors d'un cas de défense obligatoire. Le Procureur a enfin relevé que les critiques émises contre les modalités particulières d'audition n'étaient formulées qu'une année après leur mise en oeuvre et alors que plus de cent employés avaient déjà été entendus.
B.
Le 29 juin 2018, la Chambre des recours pénale du Tribunal cantonal vaudois a rejeté le recours intenté par A._ contre cette décision. Elle a considéré que le Ministère public avait des motifs objectifs et pertinents de ne pas joindre les causes (consid. 2.3). Elle a ensuite relevé le défaut de qualité de partie du prévenu A._ dans la cause ouverte contre l'employé C._, le premier bénéficiant cependant d'un droit à la confrontation, ce qui suffisait à sauvegarder les droits de la défense et lui permettait, le cas échéant, de contester les propos susceptibles d'être retenus à sa charge (consid. 3.2.3).
C.
Par acte du 19 septembre 2018, A._ forme un recours en matière pénale contre cet arrêt, concluant en substance à la répétition et au retranchement de l'audition de C._ et à l'admission de son conseil à toutes les auditions des employés entendus. A titre subsidiaire, il demande, en sus de la première conclusion susmentionnée, la jonction de toutes les procédures distinctes dirigées contre les employés concernés par la présente cause et, plus subsidiairement encore, le renvoi de la cause à l'autorité précédente pour nouvelle décision. Le recourant sollicite également l'octroi de l'assistance judiciaire.
La cour cantonale a renoncé à se déterminer. Quant au Ministère public, il a conclu au rejet du recours dans la mesure de sa recevabilité. Le 15 octobre 2018, le recourant a produit des pièces attestant de sa situation financière et, le 19 novembre suivant, il a persisté dans ses conclusions. Le Ministère public s'est encore brièvement déterminé le 27 novembre 2018, écriture qui a été communiquée au recourant.

Considérant en droit :
1.
Le Tribunal fédéral examine d'office sa compétence (<ref-law>) et contrôle librement la recevabilité des recours qui lui sont soumis (<ref-ruling> consid. 1 p. 358).
1.1. L'arrêt attaqué a été rendu par une autorité cantonale statuant en tant que dernière instance cantonale (<ref-law>) dans le cadre d'une procédure pénale. Le recours a été déposé en temps utile (<ref-law>) et, par conséquent, la voie du recours en matière pénale est en principe ouverte (<ref-law>).
1.2. S'agissant d'une décision ne mettant pas un terme à la procédure pénale, elle revêt un caractère incident et le recours n'est recevable qu'aux conditions de l'<ref-law>, l'hypothèse prévue à l'<ref-law> n'entrant pas en considération dans le cas d'espèce.
En matière pénale, le préjudice irréparable au sens de la disposition susmentionnée se rapporte à un dommage de nature juridique qui ne puisse pas être réparé ultérieurement par un jugement final ou une autre décision favorable au recourant (<ref-ruling> consid. 1.3.1 p. 130).
1.3. Sur le fond, l'arrêt entrepris confirme tout d'abord le refus du Ministère public de joindre la procédure principale (P16.0091.00-BEB) - dans laquelle le recourant est prévenu - à celles ouvertes afin d'entendre, respectivement de mettre en prévention, les employés ayant touché les indemnités litigieuses (cf. consid. 2.3 p. 8 s.).
En règle générale, les décisions du Ministère public refusant de joindre des procédures ne sont pas susceptibles de causer un préjudice irréparable. En effet, la jonction - respectivement la disjonction - de procédure prévue à l'<ref-law> porte sur une problématique que les parties peuvent à nouveau soulever à titre de réquisition à la suite de l'avis de la clôture de l'instruction (<ref-law>) et/ou en tant que question préjudicielle à l'ouverture des débats (<ref-law>), de sorte que l'éventuel dommage qui pourrait en résulter peut être réparé ultérieurement (arrêts 1B_428/2018 du 7 novembre 2018 consid. 1.2; 1B_8/2017 du 12 janvier 2017 consid. 2; 1B_226/2015 du 20 janvier 2016 consid. 1.2.1 et les arrêts cités).
Aucune circonstance particulière ne permet en l'occurrence de s'écarter de cette jurisprudence. Le recourant ne prétend d'ailleurs pas que sa requête de jonction des causes et/ou les griefs invoqués pour la motiver - en lien principalement avec l'unité de la procédure au sens de l'<ref-law> - ne pourraient pas être répétés ultérieurement. Au regard des éléments qui suivent (cf. consid. 1.4 ci-dessous), cette situation ne péjore pas non plus ses droits en matière de participation à l'administration des preuves. Sous cet angle, le recours est donc irrecevable, faute de préjudice irréparable.
1.4. L'arrêt attaqué confirme ensuite le refus de retirer du dossier PE16.009100-BEB le procès-verbal de l'audition de l'employé entendu dans la cause pénale parallèle P_2, respectivement d'ordonner sa répétition (cf. consid. 3.2.3 p. 10 s.). Au regard de l'argumentation développée au fond, on comprend que le recourant conteste en substance la licéité de ce moyen de preuve, dont il allègue qu'il aurait été obtenu en violation de ses droits de participation à l'administration des preuves (<ref-law>).
De jurisprudence constante, le seul fait qu'un moyen de preuve dont la validité est contestée demeure au dossier ne constitue en principe pas un préjudice irréparable, dès lors qu'il est possible de renouveler ce grief jusqu'à la clôture définitive de la procédure. En particulier, la question de la légalité des moyens de preuve peut être soumise au juge du fond (art. 339 al. 2 let. d CPP), autorité dont il peut être attendu qu'elle soit en mesure de faire la distinction entre les moyens de preuve licites et ceux qui ne le seraient pas, puis de fonder son appréciation en conséquence. Les motifs retenus par le juge de première instance peuvent ensuite être contestés dans le cadre d'un appel (cf. <ref-law>) et, en dernier ressort, le prévenu peut remettre en cause ce jugement devant le Tribunal fédéral (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 1.3.1 p. 130 s.).
Cette règle comporte certes des exceptions. Toutefois, le recourant ne se prévaut d'aucune disposition légale qui imposerait la restitution ou la destruction immédiate des preuves qu'il prétend être illicites (cf. par exemple art. 248, 271 al. 3, 277 et 289 al. 6 CPP; <ref-ruling> consid. 1.3.1 p. 131). L'<ref-law> - dans la mesure où cette disposition serait applicable - prévoit d'ailleurs uniquement que les preuves administrées en violation de l'<ref-law> ne sont pas exploitables à la charge de la partie qui n'était pas présente (<ref-ruling> consid. 1.6.1 p. 459; <ref-ruling> consid. 5.4.1 p. 34).
Le caractère illicite du procès-verbal en cause et/ou de sa production au dossier pénal concernant le recourant ne paraît pas non plus s'imposer d'emblée au regard des circonstances particulières du cas d'espèce (<ref-ruling> consid. 1.3.1 p. 131). En effet, le droit de participer à l'administration des preuves d'un prévenu ne s'étend pas aux procédures conduites séparément contre d'autres prévenus (<ref-ruling> consid. 4.5 p. 229 s.; <ref-ruling> consid. 1.2.3 p. 176); le recourant ne peut ainsi pas se prévaloir d'une violation de ce droit pour soutenir que ce moyen de preuve serait illicite et que son maintien au dossier constituerait dès lors en substance un préjudice irréparable (ATF <ref-ruling> consid. 1 p. 27). Il n'est pas non plus contraire au droit fédéral de faire verser à un dossier pénal des pièces provenant d'autres procédures pénales; les déclarations figurant dans les secondes ne peuvent cependant être utilisées à charge dans la première procédure que dans la mesure où le prévenu mis en cause a eu au moins une fois l'occasion de les contester et de poser des questions au (x) prévenu (s) - entendu (s) alors en tant que personne (s) appelée (s) à donner des renseignements (art. 178 let. f CPP) - les ayant effectuées dans les autres causes (<ref-ruling> consid. 4.5 p. 230; <ref-ruling> consid. 1.3 p. 176). Le recourant ne conteste pas que ce droit à la confrontation lui est reconnu. Il ne fait cependant pas état de circonstance (s) spécifique (s) qui permettrai (en) t de considérer que, dans le cas d'espèce, cette possibilité ne suffirait pas à garantir les droits de la défense; il ne prétend notamment pas avoir eu des liens particuliers - par exemple antérieurs aux versements litigieux - avec l'employé entendu en cause. On ne voit enfin pas ce qui empêcherait le recourant de réitérer, le cas échéant, ses requêtes, notamment devant le juge du fond.
Partant, faute de préjudice irréparable, le recours est également irrecevable sous ce second angle.
2.
Il s'ensuit que le recours est irrecevable.
Le recourant a demandé l'octroi de l'assistance judiciaire (<ref-law>). Vu la motivation retenue, le recours était d'emblée dénué de chances de succès et cette requête doit être rejetée. Le recourant supporte dès lors les frais judiciaires (<ref-law>); vu sa situation financière, ceux-ci seront exceptionnellement réduits. Il n'y a pas lieu d'allouer de dépens (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est irrecevable.
2.
La requête d'assistance judiciaire est rejetée.
3.
Les frais judiciaires, arrêtés à 1'000 fr., sont mis à la charge du recourant.
4.
Le présent arrêt est communiqué au mandataire du recourant, au Ministère public central du canton de Vaud et à la Chambre des recours pénale du Tribunal cantonal du canton de Vaud.
Lausanne, le 17 janvier 2019
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Chaix
La Greffière : Kropf