Erwägungen:
1.
A._ erstattete am 30. Oktober 2017 "Strafanzeige/Privatklage" gegen die Präsidentin des Kantonsgerichts Nidwalden wegen Begünstigung und Amtsmissbrauchs. Am 2. November 2017 reichte er eine weitere "Strafanzeige/Privatklage" gegen die Kantonsgerichtspräsidentin sowie überdies gegen zwei Kantonsrichter wegen Begünstigung und Amtsmissbrauchs ein. Schliesslich reichte er am 27. November 2017 eine dritte "Strafanzeige/Privatklage" gegen die drei Gerichtspersonen wegen Amtsmissbrauchs ein. In sämtlichen Strafanzeigen ersuchte A._ sinngemäss um Ausstand der Staatsanwaltschaft Nidwalden.
2.
Die Staatsanwaltschaft Nidwalden überwies das Ausstandsgesuch an die Beschwerdeabteilung in Strafsachen des Obergerichts Nidwalden, welche mit Beschluss vom 23. Januar 2018 das Ausstandsgesuch abwies. Zur Begründung führte die Beschwerdeabteilung zusammenfassend aus, dass pauschale Ausstandsgesuche gegen eine Behörde als Ganzes grundsätzlich nicht zulässig seien. Einzig bezüglich der Kantonsgerichtspräsidentin liege eine Begründung vor, nämlich dass diese als Zwangsmassnahmenrichterin in einem engen Auftrags- bzw. Abhängigkeitsverhältnis zur Staatsanwaltschaft stehe. Das behauptete Auftrags- und Abhängigkeitsverhältnis sei indessen nicht ersichtlich. Das Ausstandsgesuch ziele letztlich bloss auf eine Lahmlegung der Staatsanwaltschaft.
3.
A._ führt mit Eingabe vom 9. März 2018 Beschwerde in Strafsachen gegen den Beschluss der Beschwerdeabteilung in Strafsachen des Obergerichts Nidwalden vom 23. Januar 2018. Das Bundesgericht verzichtet auf die Einholung von Vernehmlassungen.
4.
Nach <ref-law> ist in der Begründung einer Beschwerde in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Entscheid Recht verletzt. Die Bestimmungen von <ref-law> nennen die vor Bundesgericht zulässigen Beschwerdegründe. Hinsichtlich der Verletzung von Grundrechten gilt der in <ref-law> verankerte Grundsatz der Rechtsanwendung von Amtes wegen nicht; insofern besteht eine qualifizierte Rügepflicht (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1.4.1 S. 53, 65 E. 1.3.1 S. 68 mit Hinweisen). Es obliegt dem Beschwerdeführer namentlich darzulegen, inwiefern der angefochtene Entscheid gegen die gerügten Grundrechte verstossen soll.
Der Beschwerdeführer vermag mit seinen Ausführungen nicht nachvollziehbar aufzuzeigen, dass die Beschwerdeabteilung in Strafsachen sein Ausstandsgesuch rechtswidrig behandelt hätte. Die Beschwerdeabteilung in Strafsachen legte in ihrer Begründung ausführlich dar, weshalb das Verhältnis zwischen Zwangsmassnahmengericht und Staatsanwaltschaft zu keinem Ausstandsgrund führe. Damit setzt sich der Beschwerdeführer nicht rechtsgenüglich auseinander und legt nicht dar, inwiefern die Begründung der Beschwerdeabteilung in Strafsachen bzw. deren Beschluss selbst rechts- bzw. verfassungswidrig sein soll. Die Beschwerde genügt den gesetzlichen Formerfordernissen offensichtlich nicht, weshalb auf sie im vereinfachten Verfahren nach <ref-law> nicht einzutreten ist.
5.
Angesichts der Aussichtslosigkeit des Verfahrens ist dem Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege nicht zu entsprechen (<ref-law>). Indessen ist davon abzusehen, für das bundesgerichtliche Verfahren Kosten zu erheben (<ref-law>).

Demnach erkennt der Präsident:
1.
Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2.
Das Gesuch um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege wird abgewiesen.
3.
Es werden keine Kosten erhoben.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Nidwalden, Beschwerdeabteilung in Strafsachen, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 14. März 2018
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Merkli
Der Gerichtsschreiber: Pfäffli