Fatti:
A.
Il 14 aprile 2016 il Procuratore generale (PG) ha promosso davanti alla Pretura penale di Bellinzona l'accusa nei confronti dell'Ente ospedaliero cantonale (EOC) per lesioni colpose gravi, subordinatamente lesioni colpose semplici (art. 125 cpv. 2 sub. 125 cpv. 1 CP nonché art. 102 cpv. 1 CP relativo alla responsabilità dell'impresa). Ha ritenuto che, il 19 dicembre 2013, presso il Servizio di Radiologia dell'Ospedale Regionale di Lugano, Sede Ospedale Civico, a causa di un'errata manipolazione effettuata da un operatore sanitario, la cui identità non ha potuto essere determinata, sono stati contagiati con il virus dell'epatite C dei pazienti, poi costituitisi accusatori privati.
B.
Dopo l'apertura del dibattimento del 20 settembre 2016, l'EOC ha chiesto la ricusazione dei periti giudiziari, domanda respinta in ultima istanza dal Tribunale federale con sentenza 1B_433/2016 del 17 gennaio 2017. Con giudizio del 21 novembre 2016, il Giudice della Pretura penale Siro Quadri, in applicazione dell'art. 102 cpv. 1 CP, ha dichiarato l'EOC autore colpevole di lesioni colpose gravi, condannandolo a una multa di fr. 60'000.-- e al pagamento delle spese giudiziarie, riconoscendo indennizzi a favore degli accusatori privati.
C.
Con giudizio del 10 novembre 2017, la Corte di appello e di revisione penale (CARP), adita dall'EOC, ne ha accolto l'appello, annullando la decisione impugnata e rinviando la causa alla Pretura penale, affinché proceda ai sensi dei considerandi. Ha ritenuto che l'atto di accusa descrive il deficit organizzativo come una violazione della norma ISO 9001:2000, senza specificare tuttavia in cosa consisterebbe il dovere di diligente organizzazione da essa previsto, ciò che comporterebbe una lesione dell'art. 325 cpv. 1 lett. f CPP e del principio accusatorio (art. 9 CPP). Sussisterebbe quindi un'arbitraria contraddizione, lesiva dell'obbligo di motivazione, fra la condanna e la sua motivazione. Con sentenza 1B_467/2017 del 20 dicembre 2017 il Tribunale federale ha dichiarato inammissibile un ricorso presentato dall'EOC contro questa decisione di rinvio.
D.
Con decreto dell'8 marzo 2018 il giudice Siro Quadri ha rinviato l'atto di accusa al pubblico ministero affinché lo rettificasse e lo completasse. Il 23 aprile 2018, il PG ha riproposto l'accusa davanti alla Pretura penale. Con decisione del 29 novembre 2018 il giudice Siro Quadri ha respinto un'istanza dell'EOC volta all'assunzione di prove. Il 9 luglio 2019 ha aperto il dibattimento. Dopo ch'egli ha respinto alcune questioni pregiudiziali sollevate dall'EOC, in particolare quelle volte a invalidare il nuovo atto di accusa e all'accertamento della pretesa intervenuta prescrizione dell'azione penale, l'EOC ha chiesto la ricusazione del pretore, il quale l'ha trasmessa, per competenza, alla Corte dei reclami penali del Tribunale d'appello (CRP). Terminato il contraddittorio e chiuso il dibattimento, con decisione del 31 luglio 2019 il giudice ha dichiarato l'EOC autore colpevole di lesioni colpose gravi, condannandolo a una multa di fr. 60'000.-- e a indennizzi ai danneggiati. L'EOC ha annunciato appello. Con sentenza del 14 ottobre 2019, la CRP ha accolto l'istanza di ricusazione.
E.
Avverso quest'ultima sentenza il PP presenta un ricorso in materia penale al Tribunale federale, chiedendo di annullarla.
Il giudice ricusato e la CRP non presentano osservazioni al gravame e si rimettono al giudizio del Tribunale federale. C._ non si è espresso, A._, senza formulare particolari osservazioni, aderisce al ricorso, B._ propone di accoglierlo, mentre l'EOC conclude per la sua reiezione.

Diritto:
1.
Diretto contro una decisione incidentale adottata dall'autorità cantonale di ultima istanza, notificata separatamente e riguardante una domanda di ricusazione, il ricorso, tempestivo e concernente una causa in materia penale, è sotto questo profilo ammissibile (art. 78 cpv. 1, 80 cpv. 1 e 92 cpv. 1 LTF). La legittimazione del ricorrente è pacifica (art. 81 cpv. 1 lett. b n. 3 LTF).
2.
2.1. Il ricorrente contesta la tempestività della domanda di ricusazione.
Secondo l'art. 58 cpv. 1 CPP, la parte che intende chiedere la ricusazione di una persona che opera in seno a un'autorità penale deve presentare senza indugio la relativa domanda a chi dirige il procedimento non appena è a conoscenza del motivo di ricusazione: deve inoltre rendere verosimili i fatti su cui la fonda. Secondo la prassi, occorre agire nei giorni immediatamente seguenti alla conoscenza del motivo, di regola entro circa una settimana (sentenze 1B_469/2019 del 21 novembre 2019 consid. 2.1, 1B_149/2019 del 3 settembre 2019 consid. 2.3 e 1B_47/2019 del 20 febbraio 2019 consid. 3.3). La tardività della domanda comporta la decadenza del diritto di prevalersi ulteriormente del motivo di ricusa invocato (<ref-ruling> consid. 4.3 pag. 69 seg.; <ref-ruling> consid. 8.4.3 e rinvii; <ref-ruling> consid. 2.2 pag. 4). È infatti contrario alle regole della buona fede e al divieto dell'abuso di diritto mantenere in riserva la critica per poi sollevarla solo successivamente, qualora l'esito della procedura sia sfavorevole o l'interessato si renda conto che l'istruzione non segue il corso desiderato (<ref-ruling> consid. 3.2.1 pag. 124 seg.; <ref-ruling> consid. 3.2.2 pag. 69; sentenza 1B_307/2019 del 2 agosto 2019 consid. 3.1).
2.2. L'EOC ha chiesto la ricusa del giudice in data 9 luglio 2019, dopo aver sentito, nell'ambito del dibattimento, le sue motivazioni sulla reiezione delle domande pregiudiziali. Ciò poiché il giudice aveva precedentemente accettato il nuovo atto di accusa, al dire dell'istante modificato dal PG in maniera asseritamente contraria al rinvio vincolante della CARP, segnatamente su "istruzioni" del giudice che aveva richiamato anche la legge ticinese del 18 aprile 1989 sulla promozione della salute e il coordinamento sanitario (LSan). La CRP ha osservato che chi dirige il procedimento vaglia se l'atto di accusa e il fascicolo sono stati allestiti regolarmente (art. 329 cpv. 1 lett. a CPP), esame che non sfocia in una decisione impugnabile (<ref-ruling> consid. 1.5.4 pag. 33). Ha aggiunto che le parti possono proporre istanze pregiudiziali e incidentali all'inizio del dibattimento (art. 339 cpv. 2 CPP), sulle quali il giudice, udite le parti, decide senza indugio (art. 339 cpv. 3 CPP). Ha reputato tempestiva la domanda di ricusazione presentata dopo che, aperto il dibattimento, il giudice aveva respinto le questioni pregiudiziali sollevate dall'EOC, ritenendo che solo in quel momento per l'istante sarebbe "emerso in modo evidente rispettivamente si sarebbe rafforzato in modo importante il motivo di ricusazione". Ha osservato infatti che, sebbene già il decreto dell'8 marzo 2018, mediante il quale il giudice ha rinviato gli atti al pubblico ministero contenesse il riferimento non solo alla norma ISO 9001:2000, ma anche alla LSan, lo stesso non era impugnabile, contrariamente a quanto indicato dal giudice; ha rilevato che anche il nuovo atto di accusa del 23 aprile 2018 non era impugnabile (art. 324 cpv. 2 CPP).
2.3. La tesi non regge. La Corte cantonale parrebbe confondere in effetti la questione dell'impugnabilità di determinate decisioni con un rimedio di diritto con la facoltà di presentare senza indugio in qualsiasi momento, quando la parte ha conoscenza di un motivo di ricusazione, la relativa istanza. La tempestività di una domanda di ricusa non è infatti connessa all'impugnabilità di una decisione, né ai relativi termini di ricorso. Il fatto che l'esame dell'atto d'accusa, l'adozione del decreto con il quale il Pretore ha rinviato la causa al PG e l'emanazione del nuovo atto di accusa non sfocino in decisioni impugnabili è quindi ininfluente per ciò che attiene alla tempestività della domanda di ricusa.
Il ricorrente sottolinea, a ragione, che l'EOC era a conoscenza dei motivi posti a fondamento dell'istanza già mesi prima del suo inoltro. Sottolinea parimenti che all'EOC era noto da mesi che, in applicazione degli art. 330 e segg. CPP, il Pretore stava inequivocabilmente preparando l'indizione del dibattimento sulla base del criticato nuovo atto di accusa del 23 aprile 2018, segnatamente con l'assegnazione del termine per le istanze probatorie del 31 agosto 2018 e le relative proroghe, con il decreto sulle prove del 29 novembre 2018, con le citazioni a comparire al dibattimento del 17 dicembre 2018 e le numerose susseguenti decisioni di rinvio. Per l'EOC, patrocinato da legali, era in effetti palese che chi dirige il procedimento adotta le disposizioni necessarie per il dibattimento soltanto dopo aver deciso l'entrata nel merito dell'accusa (art. 330 cpv. 1 CPP).
2.4. La domanda di ricusa si fonda principalmente sul criticato rinvio, avvenuto in data 3 marzo 2018, dell'atto di accusa al PG, poiché il giudice, richiamando anche la LSan (normativa peraltro già posta a fondamento della prima sentenza di condanna, poi annullata, quindi già nota al pubblico ministero), non si sarebbe asseritamente conformato alle istruzioni della CARP. L'istanza si basa inoltre sul fatto che il giudice, sebbene, al dire dell'EOC, nel nuovo atto di accusa sarebbe intervenuta una modifica sostanziale della descrizione dei fatti e dei comportamenti ad esso imputati, estesi a norme della LSan che non sarebbero state oggetto del rinvio disposto dalla CARP, ne ha nondimeno ammesso la validità. Nella domanda si censurano inoltre asseriti gravi errori procedurali, in particolare la carente motivazione della sentenza di condanna, annullata dalla CARP.
Ora, questi fatti erano noti all'opponente mesi prima dell'inoltro della domanda di ricusa. Esso è tuttavia rimasto passivo sino alla reiezione delle sue istanze pregiudiziali e incidentali. Come visto, la circostanza che l'emanazione del nuovo atto di accusa non è impugnabile è irrilevante. La stessa conclusione s'impone alla luce dell'accenno dell'istante al fatto che le "istruzioni" sull'applicazione della LSan, che il giudice avrebbe impartito al PG, avrebbero, al suo dire, anche potuto essere ignorate dal pubblico ministero, il che avrebbe comportato la decadenza di uno dei motivi posti a fondamento della domanda di ricusa. Spetta infatti all'istante assumere le conseguenze della sua scelta difensiva e dei relativi tatticismi e ipotesi sul futuro agire delle parti al processo, in particolare riguardo alla formulazione del nuovo atto di accusa da parte del PG e la decisione sulle questioni pregiudiziali da parte del giudice. Come rettamente rilevato dal ricorrente, in virtù del principio della buona fede il motivo di ricusazione dev'essere fatto valere prima del prossimo atto procedurale, onde escludere tatticismi (MAURO MINI, in: Commentario CPP, n. 4 ad art. 58).
2.5. La tesi della CRP, secondo cui con le istanze pregiudiziali e incidentali presentate il 9 luglio 2019 i patrocinatori dell'istante avrebbero inteso fornire al giudice la possibilità di "riesaminare" la conformità del suo decreto dell'8 marzo 2018 e dell'atto di accusa, e soltanto dopo la reiezione delle stesse si sarebbero "convinti" della sua asserita predeterminata intenzione di condannare l'EOC sulla base della LSan, non può essere seguita. Essa disattende infatti la citata prassi, secondo cui è contrario alle regole della buona fede mantenere in riserva determinate critiche per poi addurre una pretesa imparzialità del giudice qualora l'esito della procedura, nella fattispecie la reiezione delle questioni pregiudiziali, sia sfavorevole all'istante.
2.6. Il ricorrente fa valere, a ragione, che il motivo principale della domanda di ricusa attiene all'accettazione del nuovo atto di accusa del 23 aprile 2018 da parte del giudice, motivo noto da oltre un anno all'opponente, essendo palese che il giudice poteva preparare e indire il dibattimento soltanto dopo aver esaminato e ammesso di entrare nel merito dell'accusa (art. 329 segg. CPP). Ora, come correttamente sostenuto dal ricorrente, con l'assegnazione dei termini per l'inoltro di eventuali istanze probatorie del 31 agosto 2018, nella quale richiamava il nuovo atto di accusa, dopo esame ex art. 329 CPP, il giudice comunicava che avrebbe diretto il dibattimento. Il ricorrente sottolinea, rettamente, che, indirizzando espressamente la richiesta probatoria del 19 ottobre 2018 al giudice Siro Quadri, l'EOC, sebbene a conoscenza del criticato rinvio dell'accusa, dell'esame del nuovo atto di accusa e della direzione del dibattimento da parte dello stesso magistrato, non lo ha tempestivamente ricusato. L'EOC ha per contro tatticamente atteso l'esame delle questioni pregiudiziali, nell'aspettativa che il giudice accogliesse quella dell'asserita intervenuta prescrizione e mutasse il proprio giudizio sulla validità dell'atto di accusa. La mancata realizzazione di siffatte aspettative e supposizioni nulla muta alla tardività della domanda di ricusazione (sentenze 1B_469/2019, citata, consid. 2.3 e 1B_149/2019, citata, consid. 3). Il generico rilievo della CRP, secondo cui solo in quel momento per l'EOC sarebbe emerso in modo "evidente" il noto motivo di ricusa, chiaramente non regge. L'inoltro di una tale domanda non presuppone infatti la certezza della fondatezza del motivo di ricusa, essendo sufficiente rendere verosimili i fatti su cui essa si fonda (art. 58 cpv. 1 CPP), noti da mesi all'istante. La domanda di ricusa, manifestamente tardiva, era quindi irricevibile e non doveva essere esaminata nel merito.
3.
Ne segue che il ricorso dev'essere accolto e la decisione impugnata annullata. Le spese e le ripetibili, per B._ che si è espresso sul gravame chiedendone l'accoglimento, seguono la soccombenza (art. 66 cpv. 1 e 68 cpv. 1 LTF). Non si assegnano ripetibili al ricorrente, che ha vinto la causa nell'esercizio delle sue attribuzioni ufficiali (art. 68 cpv. 3 LTF).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1.
Il ricorso è accolto e la decisione emanata dalla Corte dei reclami penali del Tribunale d'appello del Cantone Ticino il 14 ottobre 2019 è annullata.
2.
Le spese giudiziarie di fr. 2'000.-- sono poste a carico dell'Ente Ospedaliero Cantonale, che rifonderà a B._ un'indennità di fr. 2'000.-- per ripetibili della sede federale.
3.
Comunicazione alle parti, rispettivamente ai loro patrocinatori, e alla Corte dei reclami penali del Tribunale d'appello del Cantone Ticino.