Faits :
A.
A.a. Par contrat du 31 août 1988, X1._, qui a été reprise au 1er janvier 1994 par X._ (ci-après: la banque ou la demanderesse), a accordé à six personnes, soit B._, C._, D._, A._, E._ et F._ (ci-après: les emprunteurs ou les défendeurs), en tant que débiteurs solidaires, un prêt à terme fixe de 4'075'000 fr., garanti par nantissement de trois cédules hypothécaires au porteur de 2'400'000 fr., 600'000 fr. et 1'075'000 fr. grevant trois unités d'étages (correspondant à deux appartements avec cave) d'un immeuble à Genève dans lesquelles les débiteurs exerçaient la profession d'avocat. La durée du prêt était de un an, renouvelable d'année en année par tacite reconduction.
Le prêt portait intérêts à " 5,25% l'an net, variable selon les conditions du marché ".
Un amortissement de 80'000 fr. par année, la première fois trois ans après décaissement des fonds était convenu (<ref-law>).
L'art. 9 des conditions générales de la banque signées par les emprunteurs et appliquées par la cour cantonale concerne les " Comptes courants " et prévoit l'envoi au client pour signature d'un bien-trouvé, qui, même s'il n'est pas renvoyé signé à la banque, vaut reconnaissance d'un bien-trouvé tacite faute de réclamation dans les 10 jours.
En vertu de l'art. 5 des conditions spéciales de la banque, " dans le cas où la banque devrait exercer une poursuite, ainsi que dans les cas de demeure du ou d'un titulaire, les intérêts seront dus à un taux supérieur de 2% au taux en vigueur à ce moment, commission payable en sus, ce à partir du dernier règlement ".
Le prêt était géré sous compte n° K... (ci-après: le prêt K ou le compte K).
A.b. Le codébiteur F._ est décédé en 1993 et sa succession, répudiée, a été déclarée en faillite le 16 mars 1994. La succession n'a pas été assignée en justice dans la présente procédure.
B.
B.a. Le 10 juillet 1998, la banque a dénoncé le prêt K au remboursement intégral et sommé les débiteurs solidaires de lui rembourser le montant de 4'296'552 fr. au 30 juillet 1998.
Selon le document intitulé " Échelle d'intérêts " du compte K et annexé au courrier de dénonciation du prêt K, le montant de 4'296'552 fr. se décomposait en un montant en capital de 3'930'000 fr. et un montant en intérêts de 366'552 fr. Il mentionnait un taux d'intérêt de 5,75% jusqu'au 30 juillet 1998 et un taux de pénalité de 0,5%.
Le 8 octobre 1998, la banque a également dénoncé au remboursement les cédules hypothécaires, puis a introduit, le 12 novembre 1999, contre chacun des emprunteurs une poursuite en réalisation de gage immobilier. Ceux-ci ont fait opposition aux commandements de payer.
B.b. Le 4 avril 2000, la banque et les emprunteurs ont conclu un accord intitulé " Convention et reconnaissance de dette ", par lequel ceux-ci ont reconnu expressément et irrévocablement devoir à la banque les montants de 3'930'000 fr. au titre de capital et de 629'528 fr. 40 à titre d'intérêts, les deux montants dus au 29 février 2000, sur le prêt hypothécaire K.
Dans son préambule (ch. 3), cet accord indique: " En date du 10 juillet 1998, [la banque] a dénoncé au remboursement pour le 30 juillet 1998, faute de règlement à cette date des échéances dues, le prêt hypothécaire [K], en capital, intérêts (dont le taux applicable à ce compte à cette date et ultérieurement est de 5,75% et 0,50% de pénalité) et frais " (<ref-law>). Cet accord n'entraînait pas de novation au sens de l'<ref-law>.
Selon diverses clauses de remboursement du prêt prévues par cet accord, le cours des intérêts était suspendu à certaines conditions, dont la vente des appartements en propriété par étages dans certains délais. Si les conditions n'étaient pas respectées, la banque reprenait l'ensemble de ses droits avec effet rétroactif, y compris le cours des intérêts.
Le premier appartement a été vendu hors délai, mais par amendement du 23 juillet 2001 à l'accord du 4 avril 2000, la suspension des intérêts a été prorogée rétroactivement jusqu'à cette première date et pour une période supplémentaire de trois mois dans la perspective de la vente du second appartement.
Celui-ci n'a pas été vendu dans le délai au 23 octobre 2001, mais le 16 janvier 2003.
Dans l'intervalle, différents actes dans la poursuite en réalisation de gage ont eu lieu.
Le 13 octobre 2004, la banque a formé une réquisition de poursuite ordinaire contre chacun des emprunteurs pour un montant de 324'083 fr. 75 avec intérêts à 7,75% dès le 1er janvier 2003, poursuites qui ont été ensuite retirées dans le cadre de tentatives de résolution amiable du litige. Celles-ci sont toutefois demeurées infructueuses.
C.
Le 30 septembre 2011, la banque a ouvert action en paiement contre les cinq codébiteurs, concluant à leur condamnation au paiement des montants de 324'083 fr. 05 avec intérêts à 5,75% l'an dès le 24 août 2011 (solde du prêt hypothécaire K) et de 180'111 fr. 30 avec intérêts à 5% l'an dès le 26 septembre 2011 (frais de retard).
Les quatre premiers débiteurs ont conclu au rejet de la demande alors que le cinquième, E._, a indiqué vouloir rester étranger à la procédure concernant le principe et la quotité de la créance et a formé une demande récursoire contre ses quatre codébiteurs solidaires, concluant à ce qu'ils soient condamnés à le relever de toute condamnation à son encontre.
La procédure a été limitée à la demande principale, par ordonnance du 21 octobre 2013.
La banque a produit divers extraits et relevés du compte K. Elle a produit également un relevé expurgé dont il ressort que 16 montants avaient été versés sur le compte K entre le 10 avril 2000 et le 21 janvier 2003. Pour se conformer à l'ordonnance de preuves du tribunal de première instance, elle a encore produit l'ensemble des documents qu'elle était parvenue à réunir, ainsi qu'un tableau récapitulatif (dans lequel un des seize versements, de 19'560 fr., avait été omis).
Les seize montants effectivement versés sont les suivants:
- 10 avril 2000: 12'000 fr. - 18 avril 2000: 175'000 fr. - 19 avril 2000: 290'000 fr. - 20 avril 2000: 10'000 fr. - 21 avril 2000: 19'560 fr. - 26 avril 2000: 10'000 fr. - 2 mai 2000: 15'000 fr. - 26 juillet 2000: 22'000 fr. - 30 septembre 2000: 11'900 fr. - 1er décembre 2000: 11'000 fr. - 9 février 2001: 11'500 fr. - 3 avril 2001: total intermédiaire 11'300 fr. 599'260 fr. - 30 mai 2001: 1'740'440 fr. - 1er juin 2001: 198'000 fr. - 31 décembre 2001: 75'849 fr. - 21 janvier 2003: total 2'200'000 fr. 4'813'549 fr.
Les défendeurs ont objecté que ces documents étaient pour certains lacunaires et pour d'autres incompréhensibles, car illisibles ou partiellement caviardés, qu'ils ne pouvaient retracer l'origine et la destination des mouvements du compte et n'y retrouvaient pas la trace des loyers payés par différents locataires.
La requête d'expertise judiciaire qu'ils ont présentée a été rejetée dans la mesure où une telle expertise ne pouvait pas porter sur des questions relevant du droit et de l'interprétation des contrats.
Le tribunal de première instance a rejeté la demande de la banque, par jugement du 25 janvier 2017. En bref, il a considéré que le taux d'intérêt appliqué par la banque postérieurement à la résiliation du prêt était excessif, celle-ci n'ayant pas fait bénéficier les emprunteurs des baisses de taux auxquelles ils pouvaient prétendre; il s'ensuivait que les calculs sur lesquels reposait sa créance étaient erronés et qu'il était impossible de déterminer le montant de celle-ci, à supposer qu'une telle créance existât.
Statuant sur appel de la banque le 5 décembre 2017, la Chambre civile de la Cour de justice du canton de Genève a réformé le premier jugement et condamné les cinq défendeurs, conjointement et solidairement, à payer à la banque les montants de 292'057 fr. avec intérêts à 5,75% l'an dès le 30 septembre 2011 (solde sur le capital du prêt K encore dû au 30 septembre 2011) et de 157'081 fr. avec intérêts à 5% l'an dès la même date (solde sur les intérêts au 30 septembre 2011). Elle a retourné la cause au tribunal de première instance pour examen des prétentions récursoires du codébiteur E._. Se limitant aux seuls griefs soulevés, la cour a argumenté en deux étapes:
Dans une première étape, la cour cantonale a examiné quel était le taux des intérêts applicable dès la résiliation du prêt le 10 juillet 1998 avec effet au 30 juillet 1998 et postérieurement à l'accord du 4 avril 2000 et l'a arrêté à 6,25%, soit 5,75% d'intérêts et 0,5 % de pénalité. Elle s'est fondée pour le dire sur l'échelle d'intérêts du compte K qui accompagnait le courrier de résiliation du prêt du 10 juillet 1998 et sur l'accord du 4 avril 2000. Essentiellement, elle a retenu, par interprétation de la volonté subjective des parties, que celles-ci étaient tombées d'accord pour appliquer le taux d'intérêts de 6,25%, plutôt que le taux conventionnel variable majoré de 2%. Dans une seconde étape, elle a examiné les montants versés par les emprunteurs et les soldes dus sur le capital et sur les intérêts et a conclu que, faute pour les défendeurs d'avoir apporté la preuve de l'inexactitude des montants reconnus dans l'accord du 4 avril 2000, ces montants constituent la base de calcul et la référence pour l'existence d'éventuelles sommes encore dues pour la période antérieure à l'accord du 4 avril 2000 et mutatis mutandis pour la période postérieure à cet accord. En droit, elle a considéré que les emprunteurs supportent le fardeau de la preuve du remboursement du montant prêté et des intérêts, mais, seulement si le prêteur rend vraisemblable une violation de l'obligation ou une exécution incomplète.
Ainsi, pour la période antérieure à l'accord du 4 avril 2000, elle a retenu que, par cette convention les défendeurs ont reconnu devoir à la banque les montants de 3'930'000 fr. en capital et de 629'528 fr. 40 au titre des intérêts, tous montants dus au 29 février 2000, que cette convention n'emportait toutefois pas novation et que, partant, cette reconnaissance de dette ne privait pas les emprunteurs de la possibilité de démontrer que les montants reconnus n'étaient pas ou pas entièrement dus. Or, selon elle, les défendeurs n'ont pas démontré qu'ils auraient effectué des remboursements ou des versements qui n'auraient pas été comptabilisés par la banque, ni n'ont démontré que les intérêts facturés dans cette convention seraient erronés; en tous les cas, les défendeurs n'ont pas contesté les différents relevés qui leur ont été adressés par la banque et ils sont donc réputés en avoir accepté la teneur. Si la banque a tenu la comptabilité des opérations relatives au prêt litigieux, elle a rendu vraisemblable que les défendeurs ne s'étaient qu'incomplètement acquittés de leurs obligations, de sorte que les emprunteurs supportaient le fardeau de la preuve de leur libération. La banque a suffisamment collaboré à la preuve en produisant différents relevés; il appartenait aux emprunteurs de conserver la date de tous les versements qu'ils allèguent avoir effectués pour pouvoir les prouver.
En ce qui concerne la période postérieure à l'accord du 4 avril 2000, elle a retenu que les défendeurs n'ont pas démontré s'être acquittés d'autres montants que ceux admis par la banque, que des montants versés, au titre de loyers, par des tiers n'ont pas été établis et que le fait que la banque ait omis de comptabiliser un versement ne permet pas de retenir que les défendeurs ne pouvaient vérifier les sommes effectivement dues, ni qu'aucune valeur ne puisse être accordée aux indications de la banque.
Enfin, la cour cantonale a procédé au calcul des montants encore dus, compte tenu des versements (dont les prix de vente) effectués après le 29 février 2000: elle a affecté prioritairement les versements au paiement des intérêts conformément à l'<ref-law>, et arrêté les soldes dus à 292'057 fr. en capital et 157'081 fr. au titre d'intérêts. Elle y a ajouté des intérêts à 5,75% sur le capital et des intérêts à 5% sur la créance d'intérêts dès la date de la demande en justice.
D.
Contre cet arrêt, la codébitrice solidaire, A._, a interjeté un recours en matière civile le 31 janvier 2018, concluant à sa réforme en ce sens, principalement, que la demande de la banque soit rejetée et, subsidiairement que l'arrêt soit annulé et la cause renvoyée à la cour cantonale pour nouvelle décision dans le sens des considérants. Elle invoque la violation de l'<ref-law>, des art. 1 et 104 CO (dans la fixation du taux d'intérêt), de l'<ref-law> (prise en compte de la pénalité de retard), de l'<ref-law> (intérêt composé) et, à titre subsidiaire, la violation des art. 104 et 105 CO (ajout des intérêts moratoires au capital pour le calcul des intérêts).
La banque intimée conclut au rejet du recours. La cour cantonale se réfère aux considérants de son arrêt. Les parties intéressées à la procédure ont été invitées à se déterminer: trois codébiteurs, qui ont recouru à titre principal (affaire 4A_73/2018), ont indiqué qu'ils n'avaient pas d'observations à formuler, alors que le codébiteur E._ a déposé des observations.

Considérant en droit :
1.
1.1. L'arrêt attaqué ayant été notifié à la recourante le 20 décembre 2017, pendant les féries de Noël (art. 46 al. 1 let. c LTF), son recours du 31 janvier 2018 a été déposé en temps utile (<ref-law>). Interjeté par la défenderesse qui a succombé dans ses conclusions libératoires (<ref-law>) et dirigé contre un arrêt final (<ref-law>) rendu sur appel par le tribunal supérieur du canton de Genève (<ref-law>) dans une contestation civile (<ref-law>) dont la valeur litigieuse dépasse 30'000 fr. (<ref-law>), le recours en matière civile est recevable au regard de ces dispositions.
1.2. La banque prêteuse a ouvert action contre les emprunteurs, qui sont ses débiteurs solidaires sur le plan du droit matériel (<ref-law>). Les emprunteurs forment une consorité simple passive au sens de l'<ref-law>, puisqu'ils auraient pu être assignés en justice séparément les uns des autres. Les consorts simples demeurent indépendants les uns des autres (<ref-law>) : l'attitude de l'un d'eux, notamment son recours, demeure sans influence sur la situation juridique des autres (Fabienne Hohl, Procédure civile, 2e éd. 2016, T. I, n. 969; Leuenberger/Uffer-Tobler, Schweizerisches Zivilprozessrecht, 2e éd 2016, n. 3.48; Isaak Meier, Schweizerisches Zivilprozessrecht, 2010, p. 169 in fine). Ainsi, même si le juge rend un seul jugement contre tous les consorts simples, son jugement contient matériellement autant de décisions qu'il y a de consorts simples. Dès lors, par exemple, si deux codéfendeurs sont condamnés solidairement, qu'un seul d'entre eux interjette recours et qu'il est libéré par l'autorité de recours, l'autre débiteur se retrouve seul condamné. Il en va de même lorsque les deux codéfendeurs recourent, mais que le recours de l'un d'eux est totalement ou partiellement irrecevable, voire rejeté en tout ou en partie, contrairement à celui de l'autre recourant (arrêt 4A_495/2007 du 12 janvier 2009 consid. 3.3; cf. Hohl, op. cit., n. 2374).
Il en découle que les griefs articulés par la recourante dans le présent recours (4A_69/2018) doivent être analysés séparément de ceux présentés par ses codébiteurs solidaires dans l'affaire 4A_73/2018. Bien qu'ils soient considérés comme des parties intéressées à la présente procédure, les codébiteurs solidaires ne peuvent pas bénéficier des griefs formulés par la recourante. Les griefs que le codébiteur E._ soulève dans ses observations ne peuvent être pris en considération.
En l'espèce, il ne se justifie pas de joindre les recours, tout en les traitant séparément, dès lors que les griefs qui sont formulés dans l'un et dans l'autre recours ne sont pas les mêmes.
1.3. Dans la mesure où la recourante se réfère à l'état de fait du premier jugement, qu'elle estime être plus complet, sans formuler de griefs satisfaisant aux exigences des art. 97 al. 1 et 106 al. 2 LTF et 9 Cst., il n'en sera pas tenu compte.
Le Tribunal fédéral a toutefois précisé d'office certains faits, pertinents pour la solution du litige, conformément à l'<ref-law>.
2.
2.1. Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>). Il ne peut s'en écarter que si ces faits ont été établis de façon manifestement inexacte - ce qui correspond à la notion d'arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (<ref-ruling> consid. 4.1.2; <ref-ruling> consid. 5.1) - ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> (<ref-law>), et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (<ref-law>).
Concernant l'appréciation des preuves, le Tribunal fédéral n'intervient, du chef de l'art. 9 Cst., que si le juge du fait n'a manifestement pas compris le sens et la portée d'un moyen de preuve, a omis sans raisons objectives de tenir compte des preuves pertinentes ou a effectué, sur la base des éléments recueillis, des déductions insoutenables (<ref-ruling> consid. 4.2; <ref-ruling> consid. 4.2; <ref-ruling> consid. 4.3; <ref-ruling> consid. 1.4.3; <ref-ruling> consid. 2.1).
La critique de l'état de fait retenu est soumise au principe strict de l'allégation énoncé par l'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 2.3 p. 266 et les références). La partie qui entend attaquer les faits constatés par l'autorité précédente doit expliquer clairement et de manière circonstanciée en quoi ces conditions seraient réalisées (<ref-ruling> consid. 1.3.1 p. 18 et les références). Si la critique ne satisfait pas à ces exigences, les allégations relatives à un état de fait qui s'écarterait de celui de la décision attaquée ne pourront pas être prises en considération (<ref-ruling> consid. 1.3.1 p. 18). Les critiques de nature appellatoires sont irrecevables (<ref-ruling> consid. 1.3 p. 261 s.).
Le complètement de l'état de fait ne relève pas de l'arbitraire - un fait non constaté ne peut pas être arbitraire, c'est-à-dire constaté de manière insoutenable -, mais si un fait omis est juridiquement pertinent, le recourant peut obtenir qu'il soit constaté s'il démontre qu'en vertu des règles de la procédure civile, l'autorité précédente aurait objectivement pu en tenir compte et s'il désigne précisément les allégués et les offres de preuves qu'il lui avait présentés, avec référence aux pièces du dossier (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 2).
2.2. Sous réserve de la violation des droits constitutionnels (<ref-law>), le Tribunal fédéral applique le droit d'office (<ref-law>). Il n'est toutefois lié ni par les motifs invoqués par les parties, ni par l'argumentation juridique retenue par l'autorité cantonale; il peut donc admettre le recours pour d'autres motifs que ceux invoqués par le recourant, comme il peut le rejeter en opérant une substitution de motifs (<ref-ruling> consid. 1.4 et l'arrêt cité).
3.
Dans la mesure où on peut raisonnablement les comprendre, les griefs de la recourante seront traités ci-dessous en suivant la logique des questions qui se posent dans une telle affaire.
4.
Il s'impose en premier lieu de clarifier la relation juridique liant les emprunteurs et la banque et donc de qualifier le contrat conclu le 31 août 1988, qui est le fondement de la dette de base.
4.1.
4.1.1. Dans la pratique bancaire, le prêt en espèces ( Darlehen) est appelé avance à terme fixe ( fester Vorschuss) ou crédit ferme ( Festkredit). Son montant est fixe et il doit être remboursé soit à une échéance fixe, soit ensuite de résiliation. Le contrat constitue une reconnaissance de dette au sens de l'<ref-law> pour le remboursement du prêt pour autant que le débiteur ne conteste pas avoir reçu la somme prêtée. Ce prêt est soumis aux règles des art. 312 à 318 CO (Schärer/Maurenbrecher, Commentaire bâlois, 6e éd. 2015, n. 25 ad <ref-law>; Boemle et al., Geld-, Bank- und Finanzmarkt-Lexikon der Schweiz, 2002, p. 285 et 431; Abegg et al., Schweizerisches Bankenrecht, 2012, p. 137-138; Abegg et al., Manuel du droit bancaire suisse, traduction française, 2005, p. 120-121; Guggenheim/Guggenheim, Les contrats de la pratique bancaire suisse, 5e éd. 2014, n. 989).
Ce prêt peut être assorti de différentes garanties.
Il incombe au prêteur d'apporter la preuve du taux d'intérêt applicable (Bovet/Richa, Commentaire romand, 2e éd. 2012, n. 3 ad <ref-law>).
Il appartient à l'emprunteur de prouver qu'il a remboursé sa dette. Le fardeau de la preuve de l'exécution est en effet à la charge du débiteur (<ref-law>; Fabienne H ohl, Commentaire romand, 2e éd. 2012, n. 4 ad Intro. art. 68-83). Il n'y a pas lieu d'examiner plus avant la question de savoir si la banque devrait, dans un premier temps, rendre vraisemblable que les emprunteurs ne se sont qu'incomplètement acquittés de leurs obligations, comme l'a retenu la cour cantonale, pour les motifs qui suivent.
4.1.2. Le prêt doit être distingué du crédit en compte courant ( Kontokorrentkredit), dont le montant est variable, car celui-ci est déterminé par le preneur du crédit qui peut, dans la limite qui lui est fixée, effectuer des retraits et devenir débiteur de la banque (<ref-ruling> consid. 2; <ref-ruling> consid. 2.2.1; Boemle et al., op. cit., p. 285 et 675; Guggenheim/Guggenheim, op. cit., n. 988). Le crédit en compte courant est un contrat innommé. Le contrat d'ouverture de crédit en compte courant ne constitue pas une reconnaissance de dette au sens de l'<ref-law>, ni pour la limite de crédit, ni pour le solde passif du compte, puisque son montant est évolutif (<ref-ruling> consid. 4.2).
Les retraits et les remboursements sont comptabilisés en compte courant; les prétentions et contre-prétentions s'éteignent par compensation, si bien qu'une nouvelle dette prend naissance à concurrence du solde. Il y a novation lorsque le solde du compte a été arrêté et reconnu dans un bien-trouvé ( Richtigbefund) (<ref-law>); les parties peuvent aussi convenir d'une reconnaissance tacite du solde (ATF <ref-ruling> consid. 2.2.1 et 2.2.2 et les arrêts et références cités).
L'interdiction de l'anatocisme (<ref-law>) n'est pas applicable aux crédits en compte courant lorsque les intérêts sont devenus, par novation, des éléments du capital (<ref-law>); si tel n'est pas le cas, les intérêts ne peuvent pas eux-mêmes porter intérêts (ATF <ref-ruling> consid. 2.2.3).
L'effet novatoire du bien-trouvé n'empêche toutefois pas de tenir compte par la suite de postes non comptabilisés par inadvertance ou erreur lors du calcul du solde du compte courant. Le débiteur garde la faculté de prouver qu'en réalité la dette reconnue n'existe pas. Car celui qui reconnaît une dette ne le fait que dans l'idée, reconnaissable pour le destinataire, que cette dette existe. Par conséquent, on doit présumer que, dans le rapport de compte courant, les parties qui reconnaissent le solde n'entendent pas, ce faisant, renoncer à tenir compte de postes non comptabilisés par inadvertance. Si le créancier réclame le paiement du solde du compte courant, le débiteur peut donc faire valoir, nonobstant la reconnaissance dudit solde, que le poste en question doit entrer dans le calcul du solde (<ref-ruling> consid. 6 p. 86).
Le créancier du solde du compte courant qui veut obtenir la mainlevée provisoire doit être au bénéfice d'un bien-trouvé ( Richtigbefund) signé de la part du débiteur, lequel vaut reconnaissance de dette au sens de l'<ref-law> (<ref-ruling>; arrêt 5A_477/2011 du 10 octobre 2011 consid. 4.3.3.).
4.1.3. En l'espèce, selon les constatations de l'arrêt attaqué, les parties ont conclu le 31 août 1998 un contrat intitulé " prêt à terme fixe " pour un montant de 4'075'000 fr. La durée du prêt était d'un an, renouvelable d'année en année par reconduction tacite. Le taux d'intérêt était fixé à 5,25% l'an net, variable selon les conditions du marché, et l'amortissement était de 80'000 fr. par année, la première fois trois ans après décaissement des fonds.
Il s'agit donc bien d'un prêt au sens des <ref-law>, et non d'un crédit en compte courant. Il incombe dès lors aux débiteurs, qui ne contestent pas avoir reçu le montant prêté de prouver son remboursement.
Contrairement à ce qu'a retenu la cour cantonale, l'art. 9 des conditions générales de la banque relatif aux comptes courants et au bien-trouvé tacite, ne s'applique donc pas en tant que tel.
5.
Vu la " convention et reconnaissance de dette " du 4 avril 2000, qui comprend trois parties, à savoir un préambule (I.), une reconnaissance de dette (II.) et une convention de remboursement (III.), il faut examiner en deuxième lieu la nature et les effets de la reconnaissance de dette (II.).
5.1. Aux termes de l'<ref-law>, la reconnaissance d'une dette est valable, même si elle n'énonce pas la cause de l'obligation.
La reconnaissance de dette présente deux aspects:
Premièrement, du point de vue matériel, la reconnaissance de dette renferme une promesse de payer et, partant, donne naissance à une dette ( Anerkennungsschuld) dont le contenu est identique à celui de la dette reconnue ( anerkannte Schuld), de sorte que le créancier peut désormais se fonder sur cette seule reconnaissance pour réclamer le paiement au débiteur; il n'en demeure pas moins que la validité de cette dette demeure subordonnée à la validité de la dette primitive, qui devait exister au moment de la reconnaissance de dette (cf. notamment Gauch/Schluep/Schmid, Schweizerisches Obligationenrecht, Allgemeiner Teil, T. I, 10e éd. 2014, n. 1181).
Deuxièmement, du point de vue de la preuve, le créancier qui produit la reconnaissance de dette n'a pas à prouver la cause de sa créance, ni la réalisation d'autres conditions que celles qui sont indiquées dans cet acte. L'<ref-law> n'a toutefois pas d'incidence sur l'existence matérielle de l'obligation du débiteur, mais a seulement pour effet de renverser le fardeau de la preuve: il appartient en effet au débiteur qui conteste la dette d'établir quelle est la cause de l'obligation et de démontrer que cette cause n'est pas valable, par exemple parce que le rapport juridique à la base de la reconnaissance est inexistant, nul (art. 19 et 20 CO), invalidé ou simulé (<ref-law>). Il peut de manière générale se prévaloir de toutes les objections et exceptions (exécution, remise de dette, exception de l'inexécution, prescription, etc.) qui sont dirigées contre la dette reconnue (<ref-ruling> consid. 3.2; <ref-ruling> consid. 4a; <ref-ruling> consid. 4a; <ref-ruling> consid. 6; cf. notamment Gauch/Schluep/Schmid, op. cit., n. 1183).
Il s'ensuit que, comme la reconnaissance de l'exactitude du solde d'un crédit en compte courant (bien-trouvé; Richtigbefund), la reconnaissance de dette de l'<ref-law> n'exclut pas de tenir compte par la suite de postes omis par inadvertance lors du calcul du solde dû. La déclaration faite par le débiteur qui était dans l'erreur ne le lie pas. Il importe peu que la reconnaissance soit abstraite, car elle peut aussi être annulée si le déclarant établit la cause de l'obligation et le vice de celle-ci (<ref-ruling> consid. 1 p. 26 et l'arrêt cité).
5.2. En l'espèce, la partie " reconnaissance de dette " de l'accord du 4 avril 2000 contient une reconnaissance de dette au sens de l'<ref-law> puisque les emprunteurs ont reconnu expressément et irrévocablement devoir à la banque les montants de 3'930'000 fr. en capital et de 629'528 fr. 40 au titre des intérêts, deux montants arrêtés au 29 février 2000. Cette reconnaissance est causale puisque, dans son préambule, elle se réfère au contrat de prêt du 31 août 1988 du montant de 4'075'000 fr., garanti par trois cédules hypothécaires, lequel a été dénoncé par la banque le 10 juillet 1998 avec effet au 30 juillet 1998. Comme elle le précise expressément, la reconnaissance n'emporte pas novation de la dette reconnue (<ref-law>).
En vertu de cette reconnaissance de dette au sens de l'<ref-law>, qui emporte par elle-même renversement du fardeau de la preuve, il incombe aux emprunteurs de prouver qu'ils ne doivent pas les montants qui y sont mentionnés, en démontrant que les montants reconnus ne sont pas ou pas entièrement dus parce qu'il y a eu erreur lors du calcul des soldes.
6.
En troisième lieu, il faut examiner le grief de violation de l'<ref-law> soulevé par la recourante. Sous ce titre, celle-ci reproche à la cour cantonale d'avoir calculé que le solde en capital était de 292'057 fr. au 21 janvier 2003.
6.1. La cour cantonale, qui a appliqué l'<ref-law>, aux termes duquel le débiteur ne peut imputer un paiement partiel sur le capital qu'en tant qu'il n'est pas en retard pour les intérêts ou les frais, a affecté prioritairement les versements prouvés au paiement de la dette d'intérêts.
6.2. Selon la recourante, comme la banque n'a indiqué que dans son tableau récapitulatif en fin de procédure de première instance comment elle a imputé les versements sur la créance en capital et sur celle en intérêts, tous les versements auraient dû être imputés sur le capital dès lors que la créance d'intérêts était entièrement soldée après la vente de la première part d'étage.
6.3.
6.3.1. Pour peu qu'on la comprenne, la recourante semble vouloir soutenir que la dette en capital de 3'930'000 fr. et la dette d'intérêts de 629'528 fr. 40 seraient deux dettes distinctes, auxquelles s'appliqueraient les art. 86 et 87 CO, faute de déclaration d'imputation de la part du débiteur et faute d'indication d'imputation dans la quittance de la part de la banque. Une telle conception ne saurait toutefois être suivie: la dette d'intérêts ne saurait être considérée comme une seconde dette, ce d'autant que les parties ont expressément exclu la novation dans leur accord du 4 avril 2000. On ne se trouve pas en présence d'une pluralité de dettes au sens des art. 86-87 CO. L'imputation des versements sur la dette d'intérêts est donc bien soumise à l'<ref-law>, comme l'a retenu la cour cantonale.
6.3.2. Il n'est pas possible de suivre les calculs chiffrés que la recourante effectue dans son recours, de sorte que ceux-ci doivent être déclarés irrecevables, faute de motivation suffisante dans l'écriture elle-même (<ref-law>). D'ailleurs, la recourante semble oublier que le cours des intérêts sur le prêt a été seulement suspendu par l'accord du 4 avril 2000 (partie III. ch. 6), puis par l'amendement du 23 avril 2001 pendant la période du 4 avril 2000 au 23 octobre 2001. Faute pour les codébiteurs d'avoir respecté les conditions de la suspension, c'est-à-dire la vente du second appartement dans le délai au 23 octobre 2001, la banque a repris l'ensemble de ses droits avec effet rétroactif, y compris le cours des intérêts. Il s'ensuit que le calcul rétroactif effectué par la cour cantonale en pages 16-17 consid. 3.2.2 et l'affectation des versements en priorité sur la dette d'intérêts respecte aussi bien l'accord du 4 avril 2000 que l'<ref-law>.
A supposer que la recourante essaie d'exposer que ses versements (599'260 fr. + 75'849 fr.) et la vente des deux appartements (1'740'440 fr. + 198'000 fr. + 2'200'000 fr.) suffisaient à rembourser la dette en capital et la dette en intérêts reconnues (3'930'000 fr. + 629'528 fr. 40), qu'elle ne devrait qu'un intérêt moratoire à 5% l'an pour la période du 30 mai 2001 au 21 janvier 2003 de 157'686 fr. (dont on ignore comment il a été calculé), elle oublie que son non-respect des conditions de l'accord du 4 avril 2000 et de son amendement autorisait la banque à reprendre " l'ensemble de ses droits avec effet rétroactif, y compris le cours des intérêts " conformément à l'accord du 4 avril 2000. Or, le calcul effectué par la cour cantonale tient précisément compte de ce calcul rétroactif des intérêts - la question du taux applicable à l'intérêt moratoire étant réservée (cf. consid. 7 ci-après) - et de l'imputation prioritaire des versements sur la dette d'intérêts conformément à l'<ref-law>.
Il n'y a pas lieu d'entrer en matière sur le grief soulevé par la partie intéressée E._ dans ses observations, puisqu'il n'est qu'un consort simple qui avait manifesté en première instance déjà son intention de rester étranger à la procédure principale et qu'il n'a donc interjeté ni un appel ni un recours principal au Tribunal fédéral.
Pour le surplus, il ne résulte pas des faits de l'arrêt attaqué que les défendeurs auraient allégué une violation fautive de ses devoirs par la banque, ayant entraîné un dommage, en ce qui concerne l'envoi de relevés de compte après la dénonciation du prêt, et la recourante ne démontre pas où elle aurait allégué et prouvé les conditions d'une telle responsabilité (<ref-law>).
7.
En quatrième lieu, il faut examiner le taux de l'intérêt moratoire applicable. La recourante soutient que, pour la période antérieure à l'accord du 4 avril 2000, il n'est pas possible de considérer qu'un intérêt moratoire de 6,25% l'an reposerait sur un accord des parties et donc que la cour cantonale a violé les art. 1 et 104 CO; selon elle, l'intérêt moratoire dû en vertu de l'<ref-law> est l'intérêt variable prévu contractuellement, dont la banque n'a jamais communiqué l'adaptation. Pour la période postérieure à l'accord du 4 avril 2000, il n'y a pas eu de relevés périodiques " fondés sur un accord ". Elle déduit de l'<ref-ruling> que si le débiteur en demeure ne peut pas profiter de conditions plus favorables que celles qu'il a acceptées contractuellement, le créancier ne doit pas non plus bénéficier de conditions plus favorables du seul fait qu'il a résilié le contrat. Pour l'intimée, la cour cantonale a eu raison d'admettre une volonté concordante d'arrêter le taux des intérêts à 6,25% l'an, et rien ne permet de retenir que les parties voulaient appliquer durant cette période un taux variable majoré de 2%; l'argument de la validité du taux de 6,25% sous l'angle des conditions du marché n'a été utilisé que par surabondance par la cour cantonale.
7.1. Aux termes de l'<ref-law>, le débiteur qui est en demeure pour le paiement d'une somme d'argent doit l'intérêt moratoire à 5% l'an, même si un taux inférieur avait été fixé pour l'intérêt conventionnel (al. 1); si le contrat stipule, directement ou sous la forme d'une provision de banque périodique, un intérêt supérieur à 5%, cet intérêt plus élevé peut également être exigé du débiteur en demeure (al. 2).
7.1.1. L'<ref-law> est de droit dispositif (<ref-ruling> consid. 3d; <ref-ruling> consid. 3b). En l'absence de disposition contractuelle sur le taux de l'intérêt moratoire (i.e dû en cas de demeure), le taux forfaitaire de 5% prévu par cette disposition est applicable (ATF <ref-ruling> consid. 3b; cf. LUC Thévenoz, Commentaire romand, 2e éd. 2012, n. 13 ad <ref-law>). Il appartient au créancier de prouver la dérogation à la règle de l'<ref-law>.
Il ne faut pas confondre le taux conventionnel de l'intérêt moratoire (i.e. en cas de demeure) avec le taux d'intérêt conventionnel dû indépendamment de toute demeure, que l'<ref-law> déclare applicable s'il est supérieur à 5%. Selon la jurisprudence, si la dette portait déjà intérêt avant la demeure à un taux supérieur au taux légal, c'est ce taux conventionnel qui s'applique à titre de taux de l'intérêt moratoire, car le débiteur ne doit pas pouvoir profiter de conditions plus favorables que celles qu'il a acceptées en concluant le contrat, du seul fait qu'il est en demeure (<ref-ruling> consid. 5.1; <ref-ruling> consid. 7.1 p. 319; arrêt 4A_204/2009 du 10 septembre 2009 consid. 2). Il incombe au créancier d'établir ce taux conventionnel supérieur (Tercier/Pichonnaz, Le droit des obligations, 5e éd. 2012, n. 1296).
Le taux de l'intérêt moratoire prévu tant à l'<ref-law> qu'à l'<ref-law> est fixe et ne tient pas compte des fluctuations des taux d'intérêt liées au marché (ATF <ref-ruling> consid. 7.1; cf. TERCIER/PICHONNAZ, loc. cit., n. 1296).
Si ni la preuve d'un intérêt moratoire conventionnel (en dérogation à l'<ref-law>), ni la preuve d'un intérêt conventionnel supérieur à 5% (au sens de l'<ref-law>) ne sont apportées par le créancier, l'intérêt moratoire légal de 5% est applicable en vertu de l'<ref-law>.
7.2. La cour cantonale a retenu que le taux de 6,25% l'an était applicable au prêt " pour la période postérieure " à sa résiliation (i.e. dès le 30 juillet 1998) et pour la période postérieure à l'accord du 4 avril 2000 (i.e dès le 29 février 2000) et, partant, elle l'a appliqué à l'intérêt moratoire. Elle a justifié ce taux d'intérêt moratoire par une double motivation.
A titre principal, elle a considéré que la banque avait communiqué à deux reprises aux emprunteurs que ce taux s'élevait à 5,75% plus 0,5% de pénalité, ce à quoi ceux-ci ne s'étaient pas opposés. Tout d'abord, ce taux figurait dans l'échelle d'intérêts du compte K accompagnant la résiliation du prêt du 10 juillet 1998, qui pouvait être assimilée à un relevé de compte tenu pour approuvé, faute de réclamation. Ensuite et surtout, l'accord du 4 avril 2000 rappelait en préambule (ch. 3) que lors de la dénonciation du prêt le 10 juillet 1998 pour le 30 juillet 1998, le taux d'intérêt applicable " à cette date et ultérieurement était de 5,75% et 0,50% de pénalité ". La cour cantonale en a déduit que les parties ont ainsi manifesté de manière concordante leur volonté d'appliquer définitivement ce taux pour la période postérieure à la résiliation, plutôt que d'appliquer un taux variable majoré de 2% comme le prévoyait le contrat initial; selon elle, il résulte de ce ch. 3 du préambule un accord bilatéral des parties, et non une simple reconnaissance unilatérale de dette de la part des emprunteurs.
A titre subsidiaire, à supposer qu'il ne s'agisse que d'une reconnaissance de dette et que les défendeurs pourraient remettre en cause ce taux reconnu, elle a considéré que le taux de 6,25% n'apparaît pas incompatible avec le contrat de prêt et qu'il n'est pas excessif car le taux hypothécaire s'élevait alors à 4,25%, de sorte qu'en y ajoutant 2%, on obtenait un taux identique à celui reconnu.
7.3. On peine à suivre la motivation principale de la cour cantonale, fondée sur l'<ref-law>, de même que sa motivation subsidiaire en tant qu'elle admet une " reconnaissance de dette " dont le taux devrait valoir pour l'avenir. On ne comprend pas non plus l'argumentation développée par la recourante " pour la période qui a précédé l'accord du 4 avril 2000 " et " pour la période suivant l'accord du 4 avril 2000 ".
7.3.1. En ce qui concerne le taux de l'intérêt moratoire applicable à l'avenir, soit pour la période postérieure au 29 février 2000 (date prise en compte dans l'accord du 4 avril 2000), il ressort toutefois de la motivation de la recourante qu'elle considère que le préambule de cet accord ne refléterait que l'opinion de la banque, qu'il n'en résulterait pas que le taux est désormais fixé à 6,25%, mais simplement que les intérêts ayant couru jusqu'ici ont été calculés à ce taux, que cette convention n'avait pas pour objet de fixer les montants dus pour l'avenir (mais de suspendre le cours des intérêts pour donner aux défendeurs du temps pour vendre leurs immeubles) et donc qu'il n'y a pas eu d'accord des parties sur un taux de 6,25%.
Dans sa motivation principale, la cour cantonale a déduit un accord réel des parties aussi pour l'avenir sur la base du ch. 3 du préambule de l'accord du 4 avril 2000, ledit accord comprenant, comme on l'a vu trois parties. Le ch. 3 de la partie intitulée " préambule " stipule:
" En date du 10 juillet 1998, [la banque] a dénoncé au remboursement pour le 30 juillet 1998, faute de règlement à cette date des échéances dues, le prêt hypothécaire [K], en capital, intérêts (dont le taux applicable à ce compte à cette date et ultérieurement est de 5,75% et 0,50% de pénalité) et frais ".
Or, contrairement à l'opinion de la cour cantonale, on ne peut déduire, sans arbitraire, de la simple constatation contenue dans le préambule de cet accord et du seul terme " ultérieurement " figurant dans une parenthèse, que les emprunteurs auraient accepté conventionnellement que le taux de 6,25% l'an s'applique pour l'avenir comme intérêt moratoire en dérogation à l'art. 5 des conditions générales.
Un taux conventionnel supérieur à 5% au sens de l'<ref-law> n'a pas été établi par la créancière, le taux conventionnel prévu par le contrat de prêt étant d'ailleurs variable selon les conditions du marché.
Le taux dérogatoire de l'intérêt moratoire prévu par l'art. 5 des conditions générales, fixé à 2% en sus du " taux en vigueur à ce moment ", est également variable en ce sens qu'en cas de demeure est dû le taux conventionnel majoré de 2%. Or, ce taux variable n'a pas été établi et l'intimée ne s'en prévaut d'ailleurs pas dans sa réponse au recours.
Il s'ensuit que, à compter du 29 février 2000, c'est le taux légal de 5% de l'<ref-law> qui s'applique. L'arrêt sera donc réformé dans ce sens.
7.3.2. En revanche, pour la période antérieure à l'accord du 4 avril 2000, la recourante échoue à démontrer que, pour ce qui concerne la créance d'intérêts reconnue de 629'528 fr. 40, le taux de 6,25% l'an appliqué n'aurait pas été reconnu par elle et serait erroné. En effet, non seulement le taux déjà indiqué dans l'échelle d'intérêts du 10 juillet 1998 lui était rappelé dans le préambule de l'accord du 4 avril 2000, mais elle ne critique pas la seconde motivation, subsidiaire, de la cour cantonale, si ce n'est pour affirmer qu'elle affaiblit sa motivation principale. Elle ne démontre toutefois pas que le taux hypothécaire aurait été constaté arbitrairement et, partant, que le chiffre de 6,25% serait insoutenable. Dans la mesure où elle soutient que l'intérêt conventionnel variable - moins élevé - serait applicable en vertu de l'<ref-law>, elle méconnaît que selon le système de la loi, seul l'intérêt conventionnel supérieur à 5% est visé par l'<ref-law> et qu'à défaut, c'est le taux légal qui s'applique à l'intérêt moratoire. La banque a donc droit à des intérêts moratoires, puisqu'elle en a réclamé, et ce au taux légal de 5%.
Pour le reste, on ne saurait déduire quoi que ce soit dans le sens de la recourante de l'<ref-ruling>.
Il sied de relever pour le surplus que, selon l'arrêt attaqué, les défendeurs ne remettaient pas en cause le taux d'intérêt appliqué pour le calcul des intérêts avant la résiliation du prêt le 10 juillet 1998.
8.
Il s'ensuit que les montants arrêtés dans la reconnaissance de dette du 4 avril 2000 (valeur au 29 février 2000) sont bien reconnus, mais que le taux de l'intérêt moratoire applicable ultérieurement (i.e. pour l'avenir) est de 5%. Les calculs effectués par la cour cantonale en pages 16 et 17, qui ne sont pas critiqués en tant que tels par la recourante, doivent être modifiés pour tenir compte de ce taux d'intérêt moratoire de 5% comme suit:
- au 29 février 2000: 3'930'000 fr. en capital et 629'528 fr. en intérêts - au 29 mai 2001: 3'930'000 fr. en capital et 274'816 fr. en intérêts (soit 629'528 fr. d'intérêts au 29 février 2000, 244'548 fr. d'intérêts à 5% sur 3'930'000 fr. du 1er mars 2000 au 29 mai 2001, moins 599'260 fr. versés du 1er mars 2000 au 29 mai 2001); - au 30 mai 2001: 2'464'914 fr. en capital et 0 fr. d'intérêts (soit 3'930'000 fr. - 1'465'086 fr., solde du versement de 1'740'440 fr. après affectation de 274'816 fr. au paiement des intérêts dus au 29 mai 2001 et de 538 fr. au paiement des intérêts à 5% du 30 mai au 1er juin 2001 sur 3'930'000 fr.); - au 1er juin 2001: 2'267'589 fr. en capital et 0 fr. d'intérêts (soit 2'464'914 fr. - 197'325 fr., solde du versement de 198'000 fr. le 1er juin 2001 après affectation de 675 fr. au paiement des intérêts à 5% du 30 mai au 1er juin 2011 sur 2'464'914 fr.); - au 31 décembre 2001: 2'257'917 fr. en capital et 0 fr. d'intérêts (soit 66'177 fr. d'intérêts à 5% sur 2'267'589 fr. du 1er juin au 31 décembre 2001, moins 75'849 fr. versés le 31 décembre 2001); - au 21 janvier 2003: 176'999 fr. en capital et 0 fr. d'intérêts (soit 2'257'917 fr. - 2'080'918 fr., solde du versement de 2'200'000 fr. après affectation de 119'082 fr. au paiement des intérêts à 5% sur 2'257'917 fr. du 1er janvier 2002 au 21 janvier 2003); - au 30 septembre 2011: 176'999 fr. en capital et 76'932 fr. d'intérêts (soit 76'932 fr. d'intérêts à 5% sur 176'999 fr. du 22 janvier 2003 au 30 septembre 2011).
Il en découle qu'au 30 septembre 2011, jour du dépôt de la demande, la créance en capital de la banque était de 176'999 fr. et celle en intérêts de 76'932 fr. et que toutes deux portent intérêt moratoire à 5% l'an dès cette date.
Le grief de la recourante concernant la prise en compte d'une pénalité de retard de 0,5% en violation de l'<ref-law> est sans objet dès lors que c'est le taux légal de l'intérêt moratoire de 5% qui est appliqué.
Quant à son grief de violation de l'<ref-law> (interdiction de l'anatocisme), il repose sur un autre calcul que celui effectué par la cour cantonale: le grief de la recourante selon lequel le capital aurait été entièrement remboursé au moment de la vente du second appartement a été rejeté (cf. consid. 6 ci-dessus); celui concernant l'admission d'un rapport de compte courant au sens de l'<ref-law> et la valeur des relevés d'un tel compte qui emportent novation (<ref-law>) est sans objet (cf. consid. 4 ci-dessus); quant au solde de la créance d'intérêts, constatée par jugement, il peut porter intérêt moratoire dès la date de dépôt de la demande en justice (<ref-law>).
9.
Au vu de ce qui précède, le recours doit être partiellement admis et l'arrêt attaqué réformé en ce sens que la recourante est condamnée solidairement avec ses codébiteurs à payer à l'intimée les montants de 176'999 fr. avec intérêts à 5% l'an dès le 30 septembre 2011 et de 76'932 fr. avec intérêts à 5% l'an dès le 30 septembre 2011. Compte tenu du fait que les montants alloués par la cour cantonale de 292'057 fr. + 177'081 fr. (= 449'138 fr.) sont réduits à 176'999 fr. et 76'932 fr (= 253'931 fr.) environ de moitié, les frais judiciaires seront répartis par moitié et les dépens compensés.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est partiellement admis et l'arrêt attaqué est réformé en ce sens que la recourante est condamnée solidairement avec ses codébiteurs solidaires à payer à l'intimée les montants de 176'999 fr. avec intérêts à 5% l'an dès le 30 septembre 2011 et de 76'932 fr. avec intérêts à 5% l'an dès le 30 septembre 2011.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 7'500 fr., sont mis pour 3'750 fr. à la charge de la recourante et pour 3'750 fr. à la charge de l'intimée.
3.
Les dépens sont compensés.
4.
La cause est renvoyée à l'autorité précédente pour nouvelle décision sur les frais et dépens de la procédure cantonale et pour suite de la procédure sur la demande récursoire.
5.
Le présent arrêt est communiqué aux parties principales et aux parties intéressées, ainsi qu'à la Cour de justice du canton de Genève, Chambre civile.
Lausanne, le 12 février 2019
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente : Kiss
La Greffière : Schmidt