Faits :
A.
A._, ressortissant sénégalais né en 1972, est entré en Suisse en octobre 2002 pour y effectuer des études d'ingénierie. Le 9 décembre 2005, il a épousé B._, ressortissante suisse née en 1976.
Le 9 décembre 2008, A._ a introduit une demande de naturalisation facilitée fondée sur son mariage.
Le 21 août 2010, il a signé avec son épouse une déclaration écrite aux termes de laquelle ils confirmaient vivre en communauté conjugale effective et stable, résider à la même adresse et n'envisager ni séparation, ni divorce.
Par décision du 29 septembre 2010, l'Office fédéral des migrations (ci-après : ODM et, depuis le 1er janvier 2015, le Secrétariat d'Etat aux migrants, ci-après : SEM), a accordé la naturalisation facilitée à A._.
Le 1er novembre 2010, les époux ont cessé de faire ménage commun. Le 12 janvier 2011, A._ a eu un fils avec une autre femme que son épouse. Le 31 juillet 2013 il a eu, avec cette même femme, une fille.
Par jugement du 7 octobre 2013, le divorce de A._ et B._ a été prononcé.
B.
Le 12 octobre 2017, le SEM a informé A._ de l'ouverture d'une procédure en annulation de sa naturalisation facilitée, compte tenu notamment de la brève période écoulée entre sa naturalisation, la naissance de ses deux enfants conçus avec une autre femme et son divorce prononcé le 7 octobre 2013.
Dans le cadre de cette procédure, A._ a souligné qu'avant leur séparation de fait, intervenue le 1er novembre 2010, les époux avaient toujours fait ménage commun et formé une communauté conjugale effective et stable durant de nombreuses années. Tel était notamment le cas au moment de la signature de la déclaration précitée du 21 août 2010. Entendue par la police de la ville de U._, son ex-épouse a déclaré qu'elle n'était pas en mesure d'indiquer à quelle date précise avaient débuté les difficultés conjugales, dès lors qu'il s'agissait d'un lent processus et que divers facteurs avaient joué un rôle, en particulier l'impossibilité pour A._ de s'intégrer dans le marché du travail helvétique, dans son domaine de formation. Elle a admis que leur union ne pouvait plus être qualifiée de stable et orientée vers l'avenir au moment de la naturalisation. Elle a indiqué qu'en novembre 2010, elle et A._ avaient pris des domiciles séparés, tout en passant régulièrement du temps ensemble dans le but de déterminer si la poursuite de leur communauté conjugale était possible, la séparation définitive n'étant intervenue qu'une année plus tard.
Par décision du 18 avril 2018, le SEM a prononcé, avec l'assentiment des autorités cantonales fribourgeoises compétentes, l'annulation de la naturalisation facilitée accordée à A._. Le SEM a notamment constaté qu'il ressortait du jugement de divorce du 7 octobre 2013 que les époux étaient confrontés à des difficultés conjugales depuis le mois d'août 2010.
C.
Par arrêt du 19 décembre 2018, la Cour VI du Tribunal administratif fédéral a rejeté le recours formé par A._ contre la décision du 18 avril 2018.
La Cour VI a en particulier considéré que l'enchaînement chronologique rapide des événements fondait la présomption que les liens conjugaux ne présentaient pas la stabilité et l'intensité requises par la loi et la jurisprudence au moment de la décision de naturalisation facilitée. A._ n'avait de plus pas fait valoir un événement extraordinaire survenu après l'octroi de dite naturalisation susceptible de renverser la présomption précitée, ni rendu vraisemblable qu'il ignorait la gravité de ses difficultés conjugales lorsqu'il avait fait la déclaration concernant la stabilité de sa communauté conjugale, respectivement au moment de l'acquisition de la naturalisation facilitée. Il n'existait pas de circonstances exceptionnelles justifiant de s'abstenir d'annuler la naturalisation facilitée.
D.
A._ forme un recours en matière de droit public auprès du Tribunal fédéral contre cette décision, concluant, avec suite de frais et dépens, à son annulation.
Le Tribunal administratif fédéral a renoncé à prendre position. Le SEM a observé que le recours ne contenait aucun élément propre à démontrer une violation du droit fédéral ou l'établissement inexact d'un point de fait. L'intéressé n'a pas déposé d'autres écritures.
E.
Par ordonnance du 26 février 2019, le Président de la Ire Cour de droit public a admis la requête d'effet suspensif déposée par A._.

Considérant en droit :
1.
Dirigé contre la décision du Tribunal administratif fédéral, qui confirme l'annulation de la naturalisation facilitée accordée au recourant, le recours est recevable comme recours en matière de droit public (art. 82 let. a et 86 al. 1 let. a LTF). Le motif d'exclusion de l'art. 83 let. b LTF n'entre pas en ligne de compte, dès lors qu'il s'agit en l'espèce de la naturalisation facilitée et non de la naturalisation ordinaire. Pour le surplus, le recourant a la qualité pour recourir au sens de l'art. 89 al. 1 LTF et les conditions formelles de recevabilité sont remplies. Il y a lieu d'entrer en matière.
2.
L'entrée en vigueur, au 1 er janvier 2018, de la nouvelle loi sur la nationalité suisse du 20 juin 2014 (LN; RS 141.0) a entraîné l'abrogation de la loi fédérale du 29 septembre 1952 sur l'acquisition et la perte de la nationalité suisse (aLN), conformément à l'art. 49 LN (en relation avec le ch. I de son annexe). En vertu de la réglementation transitoire prévue par l'art. 50 al. 1 LN, l'acquisition et la perte de la nationalité suisse sont régies par le droit en vigueur au moment où le fait déterminant s'est produit. Dans la présente cause, les faits se sont déroulés sous l'empire de l'ancien droit, de sorte que l'aLN s'applique.
3.
Dans un grief d'ordre formel qu'il convient d'examiner en premier lieu, le recourant se plaint d'une violation de son droit d'être entendu. Il reproche à l'autorité précédente d'avoir refusé d'entendre son ex-épouse d'une part, la mère de ses enfants d'autre part, respectivement de ne pas avoir pris en considération leurs déclarations écrites.
3.1. Tel qu'il est garanti par l'art. 29 al. 2 Cst., le droit d'être entendu comprend en particulier le droit pour le justiciable de participer à l'administration des preuves, d'en prendre connaissance et de se déterminer à leur propos (<ref-ruling> consid. 3.1 p. 434). Cette garantie constitutionnelle n'empêche pas l'autorité de mettre un terme à l'instruction lorsque les preuves administrées lui ont permis de former sa conviction et que, procédant d'une manière non arbitraire à une appréciation anticipée des preuves qui lui sont encore proposées, elle a la certitude qu'elles ne pourraient l'amener à modifier son opinion. Un tel refus d'instruire ne viole le droit d'être entendu des parties que si l'appréciation anticipée de la portée du moyen de preuve proposé est entachée d'arbitraire (<ref-ruling> consid. 3.1.3 p. 435; <ref-ruling> consid. 6.3.1 p. 299).
Une exigence de motivation accrue prévaut pour la violation des droits constitutionnels tels que la prohibition de l'arbitraire. Selon le principe d'allégation, la partie recourante doit expliquer de façon circonstanciée où réside l'arbitraire (art. 106 al. 2 LTF; cf. <ref-ruling> consid. 5.1 p. 41).
3.2. Le recourant ne motive aucunement son grief de violation de son droit d'être entendu s'agissant des auditions requises par lui et refusées. Son grief est à cet égard irrecevable. Il apparaît au demeurant infondé, l'autorité précédente ayant sans arbitraire considéré l'état de fait suffisamment établi au vu des nombreuses pièces au dossier.
Pour le surplus, l'appréciation faite de celles-ci par l'autorité précédente n'est pas propre à fonder un grief de violation du droit d'être entendu.
4.
Sur le fond, le recourant se plaint d'une mauvaise application de l'art. 41 al. 1 aLN et, dans ce cadre, d'une appréciation des preuves et d'une constatation des faits arbitraires. Il conteste la présomption retenue par l'autorité précédente selon laquelle la communauté conjugale n'était pas stable et orientée vers l'avenir au moment de la naturalisation facilitée. A titre subsidiaire, il estime être parvenu à la renverser.
4.1. Conformément à l'art. 41 al. 1 aLN, le SEM peut, avec l'assentiment de l'autorité du canton d'origine, annuler la naturalisation facilitée obtenue par des déclarations mensongères ou par la dissimulation de faits essentiels.
Pour qu'une naturalisation facilitée soit annulée, il ne suffit pas qu'elle ait été accordée alors que l'une ou l'autre de ses conditions n'était pas remplie. Il faut qu'elle ait été acquise grâce à un comportement déloyal et trompeur. S'il n'est point besoin que ce comportement soit constitutif d'une escroquerie au sens du droit pénal, il est nécessaire que l'intéressé ait donné sciemment de fausses informations à l'autorité ou qu'il l'ait délibérément laissée dans l'erreur sur des faits qu'il savait essentiels (<ref-ruling> consid. 2.2 p. 67). Tel est notamment le cas si le requérant déclare vivre en communauté stable avec son conjoint alors qu'il envisage de se séparer une fois obtenue la naturalisation facilitée. Peu importe que son mariage se soit ou non déroulé jusqu'ici de manière harmonieuse (cf. arrêts du Tribunal fédéral 1C_161/2018 du 18 février 2019 consid. 4.1; 1C_436/2018 du 9 janvier 2019 consid. 4.1 et les arrêts cités).
La nature potestative de l'art. 41 al. 1 aLN confère une certaine liberté d'appréciation à l'autorité compétente, qui doit toutefois s'abstenir de tout abus dans l'exercice de celle-ci. Commet un abus de son pouvoir d'appréciation l'autorité qui se fonde sur des critères inappropriés, ne tient pas compte de circonstances pertinentes ou rend une décision arbitraire, contraire au but de la loi ou au principe de la proportionnalité (<ref-ruling> consid. 3.1 p. 403).
D'après la jurisprudence, la notion de communauté conjugale au sens de l'art. 27 al. 1 let. c aLN suppose non seulement l'existence formelle d'un mariage, mais encore une véritable communauté de vie des conjoints. Tel est le cas s'il existe une volonté commune et intacte de ceux-ci de maintenir une union conjugale stable (<ref-ruling> consid. 2 p. 165; <ref-ruling> consid. 2 p. 484). Cette condition doit être remplie tant au moment de la demande de naturalisation facilitée qu'au moment de la décision en découlant (cf. <ref-ruling> consid. 2.1 p. 67; <ref-ruling> consid. 2 p. 165). Une séparation survenue peu après l'octroi de la naturalisation constitue un indice de l'absence de cette volonté lors de l'obtention de la citoyenneté suisse (<ref-ruling> consid. 2 p. 165; <ref-ruling> consid. 2 p. 484). Le Tribunal fédéral a toutefois admis exceptionnellement l'existence d'une communauté de vie aux sens de l'art. 27 aLN lorsque les époux ont cessé d'avoir un domicile unique, pour autant que la création de domiciles séparés repose sur des motifs plausibles et que la stabilité du mariage ne soit manifestement pas en cause (<ref-ruling> consid. 2b p. 51; arrêt du Tribunal fédéral 1C_119/2017 du 19 mai 2017 consid. 2.2.1).
4.2. La procédure administrative fédérale est régie par le principe de la libre appréciation des preuves (art. 40 de la loi fédérale de procédure civile fédérale du 4 décembre 1947 [PCF; RS 273], applicable par renvoi de l'art. 19 PA [RS 172.021]). Ce principe vaut également devant le Tribunal administratif fédéral (art. 37 LTAF [RS 173.32]). L'administration supporte le fardeau de la preuve lorsque la décision intervient, comme en l'espèce, au détriment de l'administré. Cela étant, la jurisprudence admet dans certaines circonstances que l'autorité puisse se fonder sur une présomption. C'est notamment le cas pour établir que le conjoint naturalisé a menti lorsqu'il a déclaré former une union stable, dans la mesure où il s'agit d'un fait psychique lié à des éléments relevant de la sphère intime, souvent inconnus de l'administration et difficiles à prouver (<ref-ruling> consid. 3 p. 166; <ref-ruling> consid. 3.2 p. 485 s.). Partant, si l'enchaînement rapide des événements fonde la présomption de fait que la naturalisation a été obtenue frauduleusement, il incombe alors à l'administré de renverser cette présomption en raison, non seulement de son devoir de collaborer à l'établissement des faits (art. 13 PA; cf. <ref-ruling> consid. 3 p. 166; <ref-ruling> consid. 3.2 p. 115 s.), mais encore de son propre intérêt (ATF <ref-ruling> consid. 3.2 p. 485 s.). Par enchaînement rapide des événements, la jurisprudence entend une période de plusieurs mois, voire d'une année, mais ne dépassant pas deux ans (arrêts du Tribunal fédéral 1C_466/2018 du 15 janvier 2019 consid. 5.3; 1C_377/2017 du 12 octobre 2017 consid. 2.1.2).
S'agissant d'une présomption de fait, qui ressortit à l'appréciation des preuves et ne modifie pas le fardeau de la preuve (cf. <ref-ruling> consid. 3 p. 166), l'administré n'a pas besoin, pour la renverser, de rapporter la preuve contraire du fait présumé, à savoir faire acquérir à l'autorité la certitude qu'il n'a pas menti. Il suffit qu'il parvienne à faire admettre l'existence d'une possibilité raisonnable qu'il n'ait pas menti en déclarant former une communauté stable avec son conjoint. Il peut le faire en rendant vraisemblable, soit la survenance d'un événement extraordinaire susceptible d'expliquer une détérioration rapide du lien conjugal, soit l'absence de conscience de la gravité de ses problèmes de couple et, ainsi, l'existence d'une véritable volonté de maintenir une union stable avec son conjoint lorsqu'il a signé la déclaration (<ref-ruling> consid. 3 p. 165 s. et les arrêts cités).
4.3. En l'espèce, le Tribunal administratif fédéral a considéré que le court laps de temps séparant la déclaration commune (21 août 2010), l'octroi de la naturalisation facilitée (29 septembre 2010) et la séparation de fait des époux (1er novembre 2010) était de nature à fonder la présomption de fait que la communauté conjugale des époux n'était plus stable et orientée vers l'avenir au moment de la décision de naturalisation. Elle a ensuite constaté que la création de domiciles séparés était au moins partiellement due aux importants différends conjugaux rencontrés par les époux et que la stabilité du mariage était mise en cause, si bien qu'elle a refusé de considérer que la communauté conjugale au sens de l'art. 27 et 28 aLN avait subsisté après la fin du ménage commun.
L'autorité précédente a de plus relevé que la présomption précitée serait également acquise si on devait suivre l'argumentation du recourant selon laquelle la séparation déterminante ne serait survenue qu'en novembre 2011. En effet, seuls treize mois sépareraient alors l'octroi de la naturalisation facilitée et la séparation définitive alléguée par le recourant.
4.4. Quoi qu'en dise le recourant, ces éléments sont propres à fonder la présomption que sa naturalisation a été obtenue frauduleusement, la séparation des époux étant intervenue un mois, au mieux treize mois seulement après l'octroi de la naturalisation facilitée (cf. arrêts du Tribunal fédéral 1C_23/2019 du 3 avril 2019 consid. 3.3 [treize mois entre la décision et la séparation]; 1C_796/2013 du 13 mars 2014 consid. 3.2 [vingt mois entre la décision et la séparation]; 1C_172/2012 du 11 mai 2012 consid. 2.3 [idem]).
Conformément à la jurisprudence précitée, il s'agit donc uniquement de déterminer si le recourant est parvenu à faire admettre l'existence d'une possibilité raisonnable qu'il n'ait pas menti en déclarant former, durant la procédure de naturalisation facilitée, une communauté stable avec son ex-épouse.
Le recourant invoque à cet égard que la séparation en novembre 2010 était due uniquement à des impératifs professionnels de son ex-épouse et qu'une requête commune de divorce n'a été déposée qu'en août 2013. Une communauté conjugale stable entre les époux aurait dès lors persisté jusqu'à cette date, malgré l'absence de domicile commun.
Selon les déclarations écrites de son ex-épouse, que le recourant reproche à l'autorité précédente de n'avoir pas retenues, la cessation de leur vie commune, le 1er novembre 2010, a été motivée par leurs problèmes conjugaux. Le lieu où l'ex-épouse du recourant a choisi d'habiter, ensuite de cette décision, est donc ici sans pertinence. A cela s'ajoute que le recourant passe sous silence que les époux se sont définitivement séparés une année après, soit treize mois seulement après la décision de naturalisation facilitée. Dans ces conditions, que le recourant et son ex-femme n'aient ouvert action en divorce qu'en août 2013 est sans portée, cela d'autant plus dans la mesure où le recourant a vécu avant le mois d'août 2013 avec la mère de son premier enfant - selon déclaration de cette dernière dont le recourant demande la prise en compte - et eu avec elle un second enfant en juillet 2013. Dans ces conditions, il était exclu de retenir l'existence d'une communauté conjugale stable au-delà du 1er novembre 2010 et rien ne pouvait être tiré des éléments invoqués pour la période antérieure à cette date.
Le recourant allègue également, admettant des crises dans son couple à partir du mois d'août 2010, que celles-ci auraient été causées par des difficultés professionnelles rencontrées par chacun d'eux et que le couple aurait fait appel à un thérapeute, sans préciser quand, ni les résultats de dites consultations. Il indique aussi avoir revu son épouse après la fin de la vie commune en novembre 2010. Il souligne n'avoir appris la grossesse de la mère de son fils que quelques jours avant sa naissance, le 12 janvier 2011. Ces éléments, même établis, ne rendent pas vraisemblable qu'au moment de la signature de la déclaration commune, respectivement de la décision de naturalisation facilitée, l'harmonie existait toujours au sein du couple au point d'envisager la continuation de leur vie maritale pour une période durable. Ils ne constituent pas non plus des éléments extraordinaires qui auraient précipité la fin de son union, respectivement qui permettraient de penser que le recourant n'avait pas conscience durant la procédure de naturalisation facilitée de la détérioration de sa relation conjugale.
4.5. En définitive, force est de constater que le recourant n'est pas parvenu à renverser la présomption que sa naturalisation a été obtenue frauduleusement. Par conséquent, les conditions d'application de l'art. 41 aLN sont réunies et le Tribunal administratif fédéral n'a pas violé le droit fédéral en confirmant l'annulation de la naturalisation facilitée qui avait été octroyée au recourant.
5.
Il s'ensuit que le recours est rejeté.
Le recourant qui succombe supporte les frais de la présente procédure (art. 66 al. 1 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 francs, sont mis à la charge du recourant.
3.
Le présent arrêt est communiqué au recourant, au Secrétariat d'Etat aux migrations et au Tribunal administratif fédéral, Cour VI.
Lausanne, le 2 mai 2019
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Chaix
La Greffière : Cherpillod