Sachverhalt:
A.
B._ (Klägerin, Beschwerdegegnerin) ist Aktionärin der A._ AG (Beklagte, Beschwerdeführerin) und hält 96 von deren 400 Namenaktien.
B.
Mit Klage vom 28. Mai 2018 leitete die Klägerin ein Verfahren beim Handelsgericht des Kantons Zürich ein. Sie beantragte in ihrem Hauptbegehren, den Organen der Beklagten sei unter Strafandrohung nach <ref-law> zu befehlen, der Klägerin wahlweise (a) 96 Namenaktien der Beklagten über je Fr. 1'000.-- nominal im Sinne eines Wertpapiers oder (b) ein Zertifikat über das Eigentum an 96 Namenaktien der Beklagten über je Fr. 1'000.-- nominal im Sinne eines Wertpapiers auszuhändigen. Sie machte geltend, sie begehre die Aushändigung ihrer Aktien als Wertpapiere. Dadurch werde die Verkehrsfähigkeit ihrer Beteiligung sichergestellt und deren Veräusserung ermöglicht.
Mit Urteil vom 2. Dezember 2020 kam das Handelsgericht zum Schluss, dass grundsätzlich ein gesetzlicher Anspruch auf Aushändigung der Aktien in wertpapiermässiger Form bestehe, ausser der Anspruch werde in den Statuten der Gesellschaft ausdrücklich ausgeschlossen. Da in den Statuten der beklagten Gesellschaft dieser Anspruch der Aktionäre nicht abbedungen werde, habe die Klägerin einen Anspruch auf wertpapiermässige Verbriefung ihrer Mitgliedschaft. Entsprechend hiess das Handelsgericht die Klage gut und verpflichtete die Organe der Beklagten unter Androhung der Bestrafung nach <ref-law> im Widerhandlungsfall, der Klägerin wahlweise 96 Namenaktien der Beklagten im Sinne eines Wertpapiers oder ein Zertifikat über das Eigentum an 96 Namenaktien der Beklagten im Sinne eines Wertpapiers auszuhändigen.
C.
Dagegen erhob die Beschwerdeführerin Beschwerde in Zivilsachen an das Bundesgericht. Sie beantragte, das Urteil des Handelsgerichts sei aufzuheben und auf die Klage sei nicht einzutreten oder diese sei vollumfänglich abzuweisen. Eventualiter sei die Sache zur Neubeurteilung an das Handelsgericht zurückzuweisen.
Die Beschwerdegegnerin begehrte, die Beschwerde sei abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. Die Vorinstanz verzichtete auf Vernehmlassung.
Mit Präsidialverfügung vom 10. März 2021 wurde der Beschwerde die aufschiebende Wirkung erteilt.

Erwägungen:
1.
Die Sachurteilsvoraussetzungen sind erfüllt und geben zu keinen Bemerkungen Anlass. Unter Vorbehalt einer rechtsgenüglichen Begründung (Art. 42 Abs. 2 und Art. 106 Abs. 2 BGG; vgl. Erwägung 2) ist daher auf die Beschwerde einzutreten.
2.
Mit Beschwerde in Zivilsachen können Rechtsverletzungen nach Art. 95 und 96 BGG gerügt werden. Die Beschwerde ist hinreichend zu begründen, andernfalls wird darauf nicht eingetreten (<ref-ruling> E. 2.1). In der Beschwerdeschrift ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt (<ref-law>). Unerlässlich ist, dass die Beschwerde auf die Begründung des angefochtenen Entscheids eingeht und im Einzelnen aufzeigt, worin eine Verletzung von Bundesrecht liegt. Die beschwerdeführende Partei soll in der Beschwerdeschrift nicht bloss die Rechtsstandpunkte, die sie im kantonalen Verfahren eingenommen hat, erneut bekräftigen, sondern mit ihrer Kritik an den als rechtsfehlerhaft erachteten Erwägungen der Vorinstanz ansetzen (<ref-ruling> E. 2 S. 89, 115 E. 2 S. 116).
3.
Die Beschwerdeführerin stellt sich auf den Standpunkt, dass entgegen der Vorinstanz weder ein gesetzlicher noch ein statutarischer Anspruch der Beschwerdegegnerin auf Ausgabe der Aktien als Wertpapier bestehe. Ein Anspruch auf eine wertpapiermässige Verbriefung bestünde nur dann, wenn die Statuten dies explizit vorsehen würden, was in casu nicht der Fall sei. Nach aktienrechtlichen Grundsätzen müsse die Verbriefung der Mitgliedschaft auch nicht in einem Wertpapier erfolgen. Es genüge eine gewöhnliche Beweisurkunde, mit welcher der Aktionär seine Rechte dartun könne. Es sei auch nicht ersichtlich, inwiefern der Aktionär zwecks Ausübung seiner Rechte auf eine Verbriefung der Mitgliedschaft in einem Wertpapier angewiesen sei. Bei Publikumsgesellschaften und kleinen Gesellschaften mit wenigen Aktionären werde daher häufig auf die Verurkundung verzichtet. Das gelte auch hier, da es sich bei der Beschwerdeführerin um eine Gesellschaft mit nur drei Aktionären handle (Beschwerdegegnerin und ihre beiden Brüder). Zusätzlich sei die Übertragung der Aktien der Beschwerdeführerin durch eine Vinkulierung eingeschränkt. Indem die Vorinstanz einen Anspruch der Beschwerdegegnerin auf Aushändigung ihrer Aktien in wertpapiermässiger Form bejaht habe, habe sie <ref-law> verletzt.
4.
Vor Bundesgericht ist strittig, ob die Beschwerdegegnerin als Aktionärin der Beschwerdeführerin einen Anspruch auf die wertpapiermässige Verbriefung ihrer Mitgliedschaft hat.
4.1. Im Obligationenrecht ist diese Frage nicht geregelt. Das Bundesgericht hat im Jahre 1957 im Zusammenhang mit der Ausstellung von neuen Inhaberaktien als Ersatz für die in den Kriegswirren zerstörten Urkunden erwogen, dass die Gesellschaft ihrer "Pflicht zur Verurkundung dieser Rechte" nachgekommen sei (<ref-ruling> E. 5). Das Bundesgericht ging in diesem Entscheid somit von einer Pflicht zur Verurkundung der Mitgliedschaftsrechte bei der Aktiengesellschaft aus, ohne dies aber weiter zu begründen. Bereits zuvor hat das Bundesgericht festgehalten, dass der Zeichner der Aktien "in der Regel" berechtigt sei, dass ihm für die ihm gebührenden Aktienrechte "Aktienbriefe ausgefolgt werden" (BGE 15 I 619 E. 3 S. 625).
4.2. In der Lehre ist die Frage seit langem umstritten, wobei grundsätzlich zwei Auffassungen ausgemacht werden können.
4.2.1. Die eine Lehrmeinung bejaht einen gesetzlichen Anspruch des Aktionärs auf wertpapiermässige Verbriefung, der aber nach der überwiegenden Meinung statutarisch wegbedungen werden kann (Hans Caspar von der Crone, Aktienrecht, 2. Aufl. 2020, Rz. 294; Peter Jung, Zürcher Kommentar, 2. Aufl. 2016, N. 73 und N. 87 zu <ref-law>; Carl Baudenbacher, Basler Kommentar, Obligationenrecht II, 5. Aufl. 2016, N. 4 zu <ref-law>; Martin Waldburger, in: Vito Roberto / Hans Rudolf Trüeb [Hrsg.], Handkommentar zum Schweizer Privatrecht, 3. Aufl. 2016, N. 8 f. zu <ref-law>; Christoph von Greyerz, Die Aktiengesellschaft, in: Schweizerisches Privatrecht, Band VIII/2, 1982, S. 144; Wolfhart F. Bürgi, Zürcher Kommentar, 1957, N. 22 zu Vorb. zu Art. 683 - 687 OR; Alfred Siegwart, Zürcher Kommentar, 1945, N. 44 zu <ref-law>), wobei über die Art und Weise der Wegbedingung verschiedene Auffassungen bestehen (vgl. Philip Spoerlé, Die Inhaberaktie, 2015, Rz. 119 ff. mit weiteren Hinweisen).
Ein Teil der älteren Lehre geht demgegenüber davon aus, dass dieser Anspruch des Aktionärs in den Statuten nicht abbedungen werden kann (Fritz von Steiger, Das Recht der Aktiengesellschaft in der Schweiz, 4. Aufl. 1970, S. 21 und S. 176). Auch in der neueren Lehre wird dies für Inhaberaktien vertreten und erklärt, dass die Gesellschaft verpflichtet sei, Inhaberpapiere auszugeben (Carlo Lombardini, Commentaire Romand, Code des obligations II, 2. Aufl. 2017, N. 21 f. zu <ref-law>; Peter Böckli, Schweizer Aktienrecht, 4. Aufl. 2009, § 4 N. 123 f.).
4.2.2. Die andere Lehrmeinung verneint einen (gesetzlichen) Anspruch auf Ausgabe eines Wertpapiers (Lukas Morscher, in: Jolanta Kren Kostkiewicz et al [Hrsg.], OR Kommentar, 3. Aufl. 2016, N. 5 zu <ref-law>; Adrian Plüss, in: Jeannette K. Wibmer, Aktienrecht - Kommentar, 2016, N. 14 zu <ref-law>; Peter Forstmoser / Arthur Meier-Hayoz / Peter Nobel, Schweizerisches Aktienrecht, 1996, § 43 N. 4). Weder aus dem Aktienrecht noch aus dem Wertpapierrecht noch aus einer anderen privatrechtlichen Grundlage ergebe sich eine Pflicht, die aktienrechtliche Mitgliedschaft in einem Wertpapier zu verkörpern. Ein solcher Anspruch könne jedoch durch eine statutarische Regelung gewährt werden oder sich allenfalls aus innergesellschaftlicher Usanz ergeben (Peter Forstmoser / Thomas Lörtscher, Namenaktien mit aufgeschobenem Titeldruck, SAG 2/1987, S. 50 ff. S. 51 f.).
4.2.3. Die herrschende Lehre ist damit zumindest für Namenaktien, um welche es in casu geht, im Prinzip einig, dass kein zwingendes Recht auf Verbriefung der Mitgliedschaft besteht. Umstritten bleibt nur, ob der Anspruch auf wertpapiermässige Verbriefung grundsätzlich besteht und in den Statuten wegbedungen werden kann, oder ob er umgekehrt erst durch eine Regelung in den Statuten entsteht.
4.3.
4.3.1. Unbestrittenermassen hat der Aktionär gegenüber der Aktiengesellschaft Anspruch auf eine Bescheinigung seiner Aktionärsstellung, mit der er seine Mitgliedschaftsrechte dartun kann (Arthur Meier-Hayoz / Peter Forstmoser / Rolf Sethe, Schweizerisches Gesellschaftsrecht, 12. Aufl. 2018, § 16 N. 386). Dieser Anspruch auf Ausstellung einer gewöhnlichen Beweisurkunde ist unentziehbar (Böckli, a.a.O., § 4 N. 123). Die wertpapiermässige Verbriefung des Mitgliedschaftsrechts der Aktiengesellschaft ist demgegenüber kein zwingendes Erfordernis für die Entstehung, die Geltendmachung oder die Übertragung der Mitgliedschaft (<ref-ruling> E. 4 S. 454; 48 II 395 E. 3 S. 402; 15 I 619 E. 3 S. 625; BSK-Baudenbacher, a.a.O., N. 2 zu <ref-law>). Entsprechend verzichten in der Praxis Gesellschaften seit jeher und häufig auf die Verbriefung (Arthur Meier-Hayoz/Hans Caspar von der Crone, Wertpapierrecht, 3. Aufl. 2018, Rz. 1017; ZK-Siegwart, a.a.O., N. 40 zu <ref-law>).
4.3.2. Dennoch ist die wertpapiermässige Verurkundung der Mitgliedschaft der Regelfall, von welchem das Gesetz für die Aktiengesellschaft ausgeht (von der Crone, a.a.O., Rz. 276, Rz. 281 und Rz. 294; Meier-Hayoz/Forstmoser/Sethe, a.a.O., § 16 N. 388; BSK-Baudenbacher, a.a.O., N. 2 zu <ref-law>; von Greyerz, a.a.O., S. 144). So bestimmt beispielsweise <ref-law>, dass die Übertragung von Namenaktien durch Übergabe des indossierten Aktientitels und damit nach den Regeln für Ordrepapiere erfolgt, während es für Inhaberaktien stillschweigend von der Anwendung der Bestimmungen zum Inhaberpapier ausgeht (von der Crone, a.a.O, Rz. 276). Daraus ist zu schliessen, dass das Gesetz dem Aktionär (zumindest implizit) einen Anspruch auf Verbriefung seiner Mitgliedschaft gewähren will (Spoerlé, a.a.O., Rz. 131).
Dieses Konzept der grundsätzlichen Verurkundung in einem Wertpapier korreliert auch mit der für die Aktiengesellschaft charakteristischen Unpersönlichkeit und leichten Übertragbarkeit der Mitgliedschaft (Forstmoser/Meier-Hayoz/Nobel, a.a.O., § 43 N. 18). Ebenso spricht die für die Aktiengesellschaft typische Verkehrsfähigkeit der Aktionärsstellung für die Verbriefung in einem Wertpapier. Solange nämlich die aktienrechtliche Mitgliedschaft nicht in einem Wertpapier verbrieft ist, ist sie durch Zession zu übertragen, bei der grundsätzlich kein Verkehrsschutz mit Bezug auf den Erwerb besteht (von der Crone, a.a.O., Rz. 282).
Vor diesem Hintergrund ist davon auszugehen, dass der Aktionär im Prinzip einen gesetzlichen Anspruch auf wertpapiermässige Verbriefung seiner Mitgliedschaftsrechte hat.
4.3.3. Da die Verbriefung in einem Wertpapier für die Entstehung, Geltendmachung und Übertragung der aktienrechtlichen Mitgliedschaft nicht unerlässlich ist (Erwägung 4.3.1), muss es der Aktiengesellschaft freistehen, dieses Recht der Aktionäre in den Statuten ausdrücklich auszuschliessen. Das gilt zumindest für Namenaktien, um die es vorliegend geht. Durch eine privatautonome Regelung in den Statuten der Aktiengesellschaft lässt sich auch den jeweiligen konkreten Umständen der einzelnen Gesellschaft am besten Rechnung tragen. Insbesondere kann damit auf Stufe der einzelnen Aktiengesellschaft auf das von der Beschwerdeführerin geltend gemachte Anliegen eingegangen werden, dass es etwa bei kleineren, personenbezogenen Aktiengesellschaften oftmals nicht dem Bedürfnis der Aktionäre entspricht, ihre Mitgliedschaftsrechte in ein Wertpapier zu kleiden.
Wie der gesetzliche Anspruch auf Ausgabe der Aktien als Wertpapier in den Statuten im Einzelnen abzubedingen ist, muss hier nicht entschieden werden, da eine solche statutarische Regelung in casu vollständig fehlt, wie nachher noch gezeigt wird (Erwägung 5).
4.4. Am grundsätzlichen Anspruch des Aktionärs auf Ausgabe eines Wertpapiers ändert auch das neue Aktienrecht nichts. Wie im geltenden Recht gibt es im revidierten Aktienrecht keine Bestimmung, die den Anspruch des Aktionärs, die Verbriefung seiner Mitgliedschaftsrechte in einem Wertpapier zu fordern, explizit regelt.
Wie die Beschwerdeführerin aber zu Recht erklärt, wurde im kommenden Aktienrecht die Bestimmung von <ref-law> angepasst. Im geltenden Recht bestimmt <ref-law>, dass die Aktientitel durch mindestens ein Mitglied des Verwaltungsrates unterschrieben sein müssen. Im revidierten Aktienrecht wird demgegenüber neu Folgendes bestimmt: "Werden Aktientitel ausgegeben, so müssen sie von mindestens einem Mitglied des Verwaltungsrats unterschrieben sein". Im Gegensatz zum geltenden Recht ist die Ausgabe von Aktientiteln in einem Konditionalsatz enthalten, womit nach der Botschaft des Bundesrats klargestellt werden soll, dass Aktiengesellschaften nicht verpflichtet sind, Aktientitel auszugeben. Der Aktionär könne hingegen weiterhin die Erstellung einer Beweisurkunde verlangen (Botschaft vom 23. November 2016 zur Änderung des Obligationenrechts [Aktienrecht], BBl 2017, S. 399 ff., S. 484; ohne weitere Diskussion in den Räten: AB NR 2018 S. 1112 f., AB SR 2019 S. 492 ff.).
Wie die Vorinstanz zutreffend erwog, wird damit die hier strittige Frage nicht beantwortet. In Art. 622 Abs. 5 revOR wird nur bestätigt, was ohnehin im geltenden Recht bereits prinzipiell gilt, nämlich, dass kein zwingender Anspruch des Aktionärs auf eine wertpapiermässige Verbriefung besteht (dazu oben Erwägung 4.2.3). Ob der Aktionär einen gesetzlichen Anspruch hat, der statutarisch wegbedungen werden kann, oder ob dieser Anspruch erst durch eine statutarische Regelung entsteht, regelt auch das revidierte Aktienrecht nicht. Mit der Neuformulierung von <ref-law> wurde an der bisherigen Konzeption somit nichts geändert.
4.5. Zusammenfassend haben Aktionäre somit einen gesetzlichen Anspruch darauf, dass ihre Mitgliedschaftsrechte in einem Wertpapier verbrieft werden. Dieser grundsätzliche Anspruch kann zumindest bei Namenaktien in den Statuten ausgeschlossen werden.
4.6. Die entsprechende Auffassung der Vorinstanz ist damit nicht zu beanstanden und die dagegen erhobenen Rügen der Beschwerdeführerin sind unbegründet.
Wie es sich mit dem Anspruch der Beschwerdegegnerin verhalten würde, wenn die Aktiengesellschaft Bucheffekten ausgegeben hätte, braucht hier nicht beurteilt zu werden, da nach den Feststellungen der Vorinstanz keine solche Effekten ausstehend sind.
5.
5.1. Die Vorinstanz prüfte sodann, was die Statuten der Beschwerdeführerin zur Verbriefung der Mitgliedschaft bestimmten. Art. 3 der Statuten der Beschwerdeführerin lasse der Gesellschaft die Wahl, ob sie anstelle von einzelnen Aktien Zertifikate ausstelle. Dem Wortlaut des Artikels sei jedoch nicht zu entnehmen, ob es sich dabei um Wertpapiere oder um reine Beweisurkunden handeln müsse, denn weder der Begriff "Aktie" noch der Begriff "Zertifikat" sage etwas über die Ausgestaltung der Urkunden aus. Die Statuten räumten der Beschwerdeführerin bloss die Wahl ein, den Aktionären ein (Sammel) zertifikat statt Einzeltitel auszugeben. Zur Frage, ob die Aktien in Form von Wertpapieren oder als blosse Beweisurkunden auszugeben seien, schwiegen die Statuten. Es sei der Beschwerdegegnerin darin zuzustimmen, dass in den Statuten der Anspruch der Aktionäre, die Aushändigung ihrer Aktien in Form von Wertpapieren zu verlangen, nicht abbedungen worden sei. Die Beschwerdeführerin habe keine Anhaltspunkte genannt, anhand welcher eine vom mutmasslichen Willen abweichende tatsächliche Willensübereinstimmung festgestellt werden könnte. Insbesondere lasse sich aus dem Umstand, dass bis anhin weder die Beschwerdegegnerin noch andere Verwaltungsräte der Beschwerdeführerin die Ausgabe von Wertpapieren angeregt hätten, nichts zugunsten der Beschwerdeführerin ableiten. Dies beweise keineswegs, dass die Genannten davon ausgegangen seien, dass eine Aushändigung von Wertpapieren statutarisch ausgeschlossen worden wäre. Der grundsätzlich bestehende Anspruch der Beschwerdegegnerin, die Aushändigung von wertpapiermässigen Aktien bzw. Zertifikaten zu verlangen, sei daher in den Statuten der Beschwerdeführerin nicht wegbedungen worden.
5.2. Dagegen rügt die Beschwerdeführerin, die Vorinstanz habe nicht von der Auslegungsbedürftigkeit der Statuten ausgehen dürfen. Die Beschwerdeführerin habe schon in ihrer Klageantwort, act. 15 Rz. 101, ausdrücklich festgehalten, dass "anstelle von Aktien ein blosses Zertifikat, also eine Bescheinigung der Aktionärsstellung ausgestellt werden" könne. Die Beschwerdegegnerin habe dazu in der Replik, act. 35 Rz. 31, insbesondere festgehalten: "... zutreffend daher act. 15 Rz. 101". Die Vorinstanz habe verkannt, dass die Beschwerdegegnerin damit den Vortrag der Beschwerdeführerin anerkannt habe, wonach unter einem Zertifikat nach Art. 3 der Statuten eine blosse Beweisurkunde zu verstehen sei. Ein übereinstimmendes Verständnis der Parteien sei damit belegt. Die Vorinstanz sei damit weder gehalten noch berechtigt gewesen, den Begriff "Zertifikat" gemäss Art. 3 der Statuten anders auszulegen als die Parteien selbst. Indem das Handelsgericht dennoch eine Auslegung vorgenommen habe, habe es die Verhandlungsmaxime nach <ref-law> und den Anspruch der Beschwerdeführerin auf rechtliches Gehör verletzt sowie eine tatsächliche Willensübereinstimmung willkürlich nicht festgestellt.
5.3. Diese Rüge geht fehl, denn die Beschwerdeführerin gibt in ihrer Beschwerde die Ausführungen der Beschwerdegegnerin im vorinstanzlichen Verfahren nur unvollständig wieder. Die Beschwerdegegnerin führte in ihrer Replikschrift Rz. 31 nämlich Folgendes aus: "Eine statutarische Aufhebung des Rechts der Klägerin auf Verbriefung ihrer Aktien in einem Wertpapier wird jedoch zu Recht nicht geltend gemacht. Im Gegenteil: Die Statuten sehen in Artikel 3 die Ausgabe der Aktien in zwei Varianten ausdrücklich vor (act. 3/9; zutreffend daher act. 15 Rz. 101)."
Es mag damit zwar zutreffen, dass die Beschwerdegegnerin in der Klammerbemerkung auf die Ausführungen der Beschwerdeführerin in der Klageantwort verwies und diese als zutreffend bezeichnete. Wie sich aus dem Zusammenhang und aus der Formulierung von Rz. 31 ("Ausgabe der Aktien in zwei Varianten") aber zweifelsfrei ergibt, anerkannte die Beschwerdegegnerin diesbezüglich einzig, dass Art. 3 der Statuten zwei Varianten der "Ausgabe" vorsieht, nämlich die "Ausgabe" von "Aktien" und von "Zertifikaten". Sie anerkannte damit aber mitnichten, dass der Begriff "Zertifikat" in den Statuten im Sinne einer blossen Beweisurkunde zu verstehen wäre. Vielmehr stellte sich die Beschwerdegegnerin in ihren Rechtsschriften durchgehend auf den Standpunkt, dass ihr die Aktien in Form von Wertpapieren auszuhändigen seien. Die Rügen der Beschwerdeführerin sind unbegründet.
5.4. Die vorinstanzliche Statutenauslegung nach dem Vertrauensprinzip wird von der Beschwerdeführerin nicht beanstandet, zumindest nicht hinreichend (Erwägung 2).
Es bleibt damit bei der Statutenauslegung der Vorinstanz, wonach der grundsätzlich bestehende Anspruch der Beschwerdegegnerin, die Aushändigung von Wertpapieren zu verlangen, in den Statuten nicht abbedungen wurde. Damit hat die Beschwerdegegnerin einen Anspruch auf wertpapiermässige Verbriefung ihrer Mitgliedschaft.
Bei dieser Sachlage braucht auf die Ausführungen der Beschwerdegegnerin nicht eingegangen zu werden, wonach die Beschwerdeführerin ihren Anspruch auf wertpapiermässige Verbriefung vorprozessual anerkannt habe und sich der Anspruch auch "direkt aus den Statuten" ergebe.
6.
6.1. Die Vorinstanz bejahte ein Rechtsschutzinteresse der Beschwerdegegnerin an der Beurteilung ihrer Klage. Dagegen wiederholt die Beschwerdeführerin vorab ihren bereits von der Vorinstanz verworfenen Standpunkt, dass die Beschwerdegegnerin kein praktisches Interesse an der Aushändigung der Aktien in Wertpapierform habe. Die Beschwerdeführerin setzt sich aber diesbezüglich nicht rechtsgenüglich mit den vorinstanzlichen Erwägungen auseinander, noch legt sie hinreichend dar (Erwägung 2), inwiefern Art. 59 und Art. 60 ZPO verletzt sein sollen. Darauf ist nicht einzutreten.
6.2. Im Weiteren macht die Beschwerdeführerin geltend, dass der Aktionärsbindungsvertrag entgegen der Auffassung der Vorinstanz für die Beurteilung des Rechtsschutzinteresses eine "wesentliche Rolle" spiele, weil die Verkehrsfähigkeit der Aktien durch den Aktionärsbindungsvertrag weitgehend eingeschränkt sei.
Bereits die Vorinstanz legte dar, dass die Beschwerdeführerin nicht Partei des Aktionärsbindungsvertrages zwischen der Beschwerdegegnerin und den übrigen Aktionären der Beschwerdeführerin sei und sie daher keine Rechte aus diesem Vertrag ableiten könne. Das stellt die Beschwerdeführerin vor Bundesgericht zu Recht nicht in Frage. Im Übrigen lässt sich die zwischen den Aktionären vertraglich vereinbarte Beschränkung der "Verkehrsfähigkeit der Aktien" einem potenziellen Drittkäufer der Aktien nicht entgegenhalten. Inwiefern vor diesem Hintergrund der abgeschlossene Aktionärsbindungsvertrag das Rechtsschutzinteresse der Beschwerdegegnerin an der vorliegenden Klage entfallen liesse, ist daher nicht dargetan.
6.3. Die Beschwerdeführerin bringt vor, die Vorinstanz habe sich bei der Beurteilung des Rechtsschutzinteresses nicht mit der Tatsache auseinandergesetzt, dass die Namenaktien vinkuliert seien. Damit habe sie Art. 59 und Art. 60 ZPO verletzt.
Auch diese Rüge geht fehl: Entgegen der Auffassung der Beschwerdeführerin gab die Vorinstanz diesen Standpunkt sehr wohl in ihren Erwägungen zum Rechtsschutzinteresse wieder (angefochtener Entscheid E. I.3.1 S. 8) und berücksichtigte dieses Element damit in ihrem Entscheid. Im Übrigen macht die Beschwerdeführerin vor Bundesgericht nicht geltend, zumindest nicht hinreichend (Erwägung 2), dass die Vinkulierung der Namenaktien das Rechtsschutzinteresse der Beschwerdegegnerin an ihrer vorliegenden Klage gänzlich entfallen lassen würde, sodass dies nicht zu beurteilen ist. Immerhin kann aber festgehalten werden, dass eine Vinkulierung die Veräusserung der Namenaktien nicht in jedem Fall gänzlich verunmöglicht, sondern der Gesellschaft nur erlaubt, die Übertragung der Aktien bei Vorliegen eines in den Statuten genannten wichtigen Grunds abzulehnen oder die Aktien zum wirklichen Wert zu übernehmen (<ref-law>).
7.
Die Beschwerdeführerin machte bereits vor der Vorinstanz geltend, dass aufgrund eines rechtmissbräuchlichen Verhaltens der Beschwerdegegnerin nicht auf die Klage einzutreten sei. Die Vorinstanz prüfte diesen Vorwurf im Einzelnen (angefochtenes Urteil E. I.6 S. 12 - 14) und kam zum Schluss, dass in der vorliegenden Klageanhebung durch die Beschwerdegegnerin kein missbräuchliches Verhalten zu sehen sei.
Diese Erwägungen vermag die Beschwerdeführerin vor Bundesgericht nicht als bundesrechtswidrig auszuweisen.
7.1. Die Beschwerdeführerin moniert diesbezüglich, sie habe im vorinstanzlichen Verfahren ausgeführt, dass die Beschwerdegegnerin gegenüber der Beschwerdegegnerin in ihren E-Mails zunächst nur die Aushändigung eines "Zertifikats" gewünscht habe und die Beschwerdegegnerin den Zusatz "im Sinne eines Wertpapiers" erst mit der Klage eingebracht habe. Auf diese wesentlichen Umstände im Zusammenhang mit der Begründung des Rechtsmissbrauchs sei die Vorinstanz nicht eingegangen, sondern sie habe einseitig auf die unzutreffenden Behauptungen der Beschwerdegegnerin abgestellt. Die vorinstanzliche Begründung sei aktenwidrig oder sie gebe den Sachverhalt zumindest unzulässig verkürzt wieder.
Der Vorwurf der Aktenwidrigkeit geht fehl: Den hier strittigen E-Mailverkehr gab die Vorinstanz in ihrer Sachverhaltsübersicht, S. 5 im angefochtenen Urteil, korrekt wieder. Es mag zwar sein, dass die Beschwerdegegnerin in ihren E-Mails bloss von einen "Zertifikat" sprach, und nicht ausdrücklich davon, dass sie von der Beschwerdegegnerin die Ausstellung von Aktien "im Sinne eines Wertpapiers" fordere. Aus diesen E-Mails geht aber hervor, dass die Beschwerdegegnerin nicht eine blosse Bescheinigung ihrer Aktionärsstellung verlangte, sondern die Aushändigung eines Aktienzertifikats, also die Verbriefung einer Mehrzahl von Aktien in einem einzigen Wertpapier (vgl. <ref-ruling> E. 3), zumal sie ausdrücklich nochmals die Ausstellung eines "Zertifikats" forderte, nachdem ihr die Beschwerdeführerin eine blosse Bescheinigung der Aktionärsstellung ausgestellt hatte.
Nach dem Ausgeführten ist nicht zu beanstanden, wenn die Vorinstanz die E-Mail-Kommunikation zwischen den Parteien so interpretierte, dass die Beschwerdegegnerin bereits vor der Einleitung des Prozesses die Ausstellung eines Wertpapiers verlangte. Entsprechend ist der Vorinstanz auch kein Vorwurf zu machen, wenn sie in der Folge erwog, die Beschwerdegegnerin habe ihren behaupteten Anspruch auf Aushändigung der Wertpapiere vor Klageeinleitung mehrfach gegenüber der Beschwerdeführerin geltend gemacht. Damit ist auch der Rüge der Boden entzogen, wonach die Vorinstanz nicht beachtet habe, dass die Beschwerdegegnerin erst in der Klageschrift die Ausstellung eines Wertpapiers gefordert habe.
7.2.
7.2.1. Die Beschwerdeführerin macht sodann geltend, sie habe in der Klageantwort Ausführungen zu den Parteien, zu den Beteiligungsverhältnissen an der C._ Gruppe, zur Historie der Familienstreitigkeiten, zu den von der Beschwerdegegnerin gegen die Beschwerdeführerin und deren Verwaltungsräte und an die Beschwerdeführerin gerichteten Begehren sowie zum weiteren Verhalten der Beschwerdegegnerin gemacht. Diese Ausführungen seien in der Replik unbestritten geblieben, weshalb all diese Tatsachenbehauptungen als anerkannt zu gelten haben. Nachdem die von der Beschwerdeführerin zum rechtsmissbräuchlichen Verhalten der Beschwerdegegnerin gemachten "Tatsachenbehauptungen (Kampagne, Belästigungseffekt, Kommerzialisierung der eigenen Rechtsposition) " unbestritten geblieben seien, sei die von der Vorinstanz vorgenommene Subsumtion, dass vorliegend in der Klageanhebung durch die Beschwerdegegnerin kein rechtsmissbräuchliches Verhalten zu sehen sei, unhaltbar. Insbesondere die Ausführungen des Handelsgerichts, dass auch die von der Beschwerdeführerin behauptete Kommerzialisierung der Klage nicht ersichtlich sei, stelle vor dem Hintergrund der diesbezüglichen unbestrittenen Tatsachenbehauptungen der Beschwerdeführerin eine Verletzung des Verhandlungsgrundsatzes nach <ref-law> dar.
7.2.2. Die Beschwerdeführerin legt vor Bundesgericht zwar dar, dass die Beschwerdegegnerin ihre generellen Ausführungen zum Hintergrund der Streitigkeit nicht bestritten habe. Sie zeigt hingegen nicht hinreichend auf, dass die Beschwerdegegnerin im vorinstanzlichen Verfahren ihre Tatsachenbehauptungen zur "Kampagne, Belästigungseffekt und Kommerzialisierung der eigenen Rechtspositionen" nicht bestritten oder ausdrücklich anerkannt hätte. Entsprechend ist auch weder dargetan, oder ersichtlich, inwiefern die Vorinstanz bezüglich der von der Beschwerdeführerin behaupteten Kommerzialisierung der Klage von einem unbestrittenen Sachverhalt hätte ausgehen sollen. Die Rüge der Verletzung von <ref-law> ist unbegründet.
7.3.
7.3.1. Die Beschwerdeführerin rügt, die Vorinstanz habe den Hintergrund der Klage der Beschwerdegegnerin "schlicht ignoriert". Indem die Vorinstanz den vorliegend strittigen Anspruch isoliert beurteilt habe, anstatt das gesamte Verhalten der Beschwerdegegnerin in ihre Überlegungen einzubeziehen, habe sie <ref-law>, Art. 52, 59 und 60 ZPO verletzt.
7.3.2. Vor der Vorinstanz behauptete die Beschwerdeführerin im Zusammenhang mit dem von ihr geltend gemachten "prozessualen Rechtsmissbrauch" zusammengefasst, dass die Beschwerdegegnerin eine Kampagne gegen die Beschwerdeführerin und deren Organe führe. Insbesondere führe sie auch den vorliegenden Prozess nur, um Dank des dadurch erzielten Belästigungseffektes ihres Vorgehens zu erreichen, dass sich die übrigen Aktionäre der Beschwerdeführerin bereit erklärten, der Beschwerdegegnerin ihre Beteiligung an der C._ Gruppe und der Beschwerdeführerin zu einem möglichst hohen Kaufpreis abzunehmen. Dies stelle eine Kommerzialisierung der eigenen Rechtsposition dar und verstosse gegen das Rechtsmissbrauchsverbot (vorinstanzliche Duplikschrift; act. 42 Rz. 45 - 53).
Die Vorinstanz gab diesen Standpunkt der Beschwerdeführerin im angefochtenen Urteil wieder (angefochtenes Urteil E. I.6.1 S. 12 f.). Sie beurteilte damit auch die Rechtsmissbräuchlichkeit der vorliegenden Klage nicht "isoliert", sondern beachtete die bisherigen von der Beschwerdegegnerin initiierten Verfahrensschritte, welche von der Beschwerdeführerin als "Kampagne" bezeichnet werden. Im Übrigen ist zu beachten, dass sich die Beschwerdeführerin vor der Vorinstanz bezüglich der von ihr geltend gemachten "Kampagne" der Beschwerdegegnerin "insbesondere" darauf berief, die Rechtsmissbräuchlichkeit ergebe sich aus dem "Belästigungseffekt" und der damit beabsichtigten Kommerzialisierung der Rechtsposition. Auf diese Punkte ging die Vorinstanz im Einzelnen ein, verwarf sie aber (dazu unten Erwägung 7.4.3). Die Vorinstanz hat somit die Vorbringen der Beschwerdeführerin bezüglich des von ihr behaupteten "Belästigungseffekts" und der von ihr geltend gemachten Kommerzialisierung der Rechtsposition nicht ignoriert.
7.4.
7.4.1. Die Beschwerdeführerin rügt, es sei unzutreffend, wenn die Vorinstanz davon ausgehe, sie habe bezüglich der von ihr geltend gemachten Kommerzialisierung die finanzielle oder anderweitig gelagerte Zwangslage nicht aufgezeigt. Die Beschwerdeführerin habe dargelegt, dass aufgrund der angekündigten Verletzung des Aktionärsbindungsvertrages sowie der Ausstellung und der Hinterlegung der Titel den Aktionären und der Gesellschaft Kosten entstehen würden. Weitere, und wohl noch erheblichere Kosten würden auf die Beschwerdeführerin zukommen, wenn sie im Zusammenhang mit den vorprogrammierten Aktionärsstreitigkeiten in weitere Verfahren einbezogen werde. Dabei übersehe die Vorinstanz auch, dass eine eigentliche Zwangslage der Beschwerdeführerin oder ihrer Aktionäre keineswegs erforderlich sei, um von einem missbräuchlichen Verhalten der Beschwerdegegnerin auszugehen. Es genüge, dass die Beschwerdegegnerin das Klagerecht zweckwidrig einsetze, die Beschwerdeführerin schädigen wolle und ihr Verhalten schikanös sei. All dies sei hier der Fall. Die Vorinstanz habe dies mit ihrer rudimentären Begründung übersehen.
7.4.2. Entgegen der Auffassung der Beschwerdeführerin hat die Vorinstanz ihre Vorbringen, wonach die Beschwerdegegnerin eine Kampagne führe, um der Beschwerdeführerin und deren Organe "maximale Kosten und administrativen Aufwand zu verursachen", nicht übersehen. Vielmehr gab die Vorinstanz im angefochtenen Entscheid diese Vorbringen ausdrücklich wieder (angefochtener Entscheid E. I.6.1 S. 12 f.). Sie verwarf aber das Argument der Beschwerdeführerin und erwog, dass das wertpapiermässige Verbriefen der Mitgliedschaft der Beschwerdeführerin nur einen sehr geringfügigen Aufwand verursachen würde.
Das vermag die Beschwerdeführerin nicht als bundesrechtswidrig auszuweisen, indem sie bloss ohne Weiteres behauptet, dass ihr durch die Verletzung des Aktionärsbindungsvertrages und die Hinterlegung der Titel "Kosten" entstehen würden, ohne aber weiter darzulegen (Erwägung 2), worin diese Kosten bestünden und inwiefern gestützt auf diese Umstände die Klageeinleitung rechtsmissbräuchlich wäre. Ebenso unbehelflich ist es, wenn die Beschwerdeführerin hinsichtlich der Kosten über zukünftige Verfahren und den diesbezüglich zu erwartenden Kosten spekuliert. Die Rechtsmissbräuchlichkeit beurteilt sich aufgrund der konkret bestehenden Umstände des Einzelfalls, und nicht aufgrund von allenfalls möglichen Szenarien in der Zukunft.
7.4.3. Die Vorinstanz verwarf auch mit einleuchtenden Überlegungen das Vorbringen der Beschwerdeführerin, die Beschwerdegegnerin wollte ihre Rechtsposition kommerzialisieren: Sie kam zum Schluss, die Klage der Beschwerdegegnerin sei nicht geeignet, die Beschwerdeführerin zur Gewährung von Sondervorteilen zu veranlassen. Namentlich leuchte nicht ein, weshalb die übrigen Aktionäre sich zur Abwehr der Klage dazu gezwungen sehen könnten, der Beschwerdegegnerin ihre Beteiligung an der Beschwerdeführerin zu einem besonders hohen Preis abzukaufen. Denn es sei nicht darlegt worden, inwiefern das vorliegende Verfahren oder eine mögliche Klagegutheissung die Beschwerdeführerin oder ihre Aktionäre in eine finanzielle oder anderweitig gelagerte Zwangslage bringen könnte.
Das widerlegt die Beschwerdeführerin nicht. Weder begründet sie, dass ihr - entgegen der Auffassung der Vorinstanz - die Gutheissung der Klage nicht einen nur sehr geringfügigen Aufwand verursachen würde, noch vermag sie nachvollziehbar zu erklären, weshalb die übrigen Aktionäre zur Abwehr der Klage genötigt sein sollen, der klagenden Beschwerdegegnerin ihre Beteiligung an der Beschwerdeführerin zu einem besonders hohen Preis abzukaufen. Ohnehin verliert die Beschwerdeführerin aus den Augen, dass die anderen Aktionäre mit der vorliegenden Klage nicht ins Recht gefasst werden. Auch wenn es nicht geradezu einer eigentlichen Zwangslage bedürfte, ist in keiner Weise dargetan, dass die Beschwerdegegnerin mit ihrer Klage die ins Recht gefasste Beschwerdeführerin schädigen oder schikanieren will. Vielmehr scheint umgekehrt nicht leicht nachvollziehbar, weshalb die Beschwerdeführerin dem Anspruch der Beschwerdegegnerin auf wertpapiermässige Verbriefung der Aktien partout nicht nachkommen will.
7.5. Die Beschwerdeführerin bringt schliesslich vor, es sei die "Kampagne" der Beschwerdegegnerin bzw. die Gesamtheit der Umstände, welche den Rechtsmissbrauch belegen würden. Alle bisherigen Klagen sowie die Strafanzeige der Beschwerdegegnerin seien gescheitert, und zwar teilweise ausdrücklich wegen Rechtsmissbrauch. Die Beschwerdeführerin versuche vor diesem Hintergrund geradezu krampfhaft nach einem weiteren möglichen Anspruch, den sie vielleicht durchsetzen könnte, um endlich ein Erfolgserlebnis zu haben, und zwar unabhängig eines konkreten Nutzens. Diesen Anspruch glaube sie in der Aushändigung von Aktien (zertifikaten) gefunden zu haben.
Dass die Beschwerdeführerin dies vorinstanzlich im Zusammenhang mit dem von ihr behaupteten "prozessualen Rechtsmissbrauch" rechtsgenüglich geltend gemacht hätte, ist im angefochtenen Entscheid nicht festgestellt und im Übrigen auch nicht ersichtlich. Es scheint daher schon fraglich, ob auf dieses Vorbringen vor Bundesgericht überhaupt einzutreten wäre (vgl. <ref-ruling> E. 1.1).
Unabhängig davon führt der Umstand, dass frühere Verfahren der Beschwerdegegnerin erfolglos waren oder sogar als rechtsmissbräuchlich qualifiziert wurden, noch nicht zwingend dazu, dass die vorliegende Klage der Beschwerdegegnerin rechtsmissbräuchlich wäre. Vielmehr ist für jedes Verfahren einzeln zu prüfen, ob aufgrund der gesamten Umstände des konkreten Einzelfalls die Klageanhebung als rechtsmissbräuchlich zu qualifizieren ist. Inwiefern der Umstand, dass die früheren von der Beschwerdegegnerin eingeleiteten Verfahren gescheitert sind bzw. als rechtsmissbräuchlich eingestuft wurden, die vorliegend konkret zu beurteilende Klage bezüglich Aushändigung von Aktien der Beschwerdeführerin als Wertpapiere rechtsmissbräuchlich erscheinen liesse, zeigt die Beschwerdeführerin mit ihren pauschalen Vorbringen nicht nachvollziehbar auf (Erwägung 2).
7.6. Die Vorinstanz hat nach dem Ausgeführten den Rechtsmissbrauch zu Recht verneint.
8.
Die Vorinstanz ging im angefochtenen Entscheid eingehend auf die Frage der Bestimmtheit des Rechtsbegehrens der Beschwerdegegnerin ein und kam zum Schluss, dass das Rechtsbegehren rechtsgenüglich bestimmt sei (angefochtener Entscheid E. I.5 S. 9 - 12).
Dagegen wiederholt die Beschwerdeführerin bloss ihren bereits vor der Vorinstanz vertretenen Standpunkt, dass sie die Aushändigung der Aktien nicht erfüllen könne, weshalb das Rechtsbegehren den Anforderungen des Bestimmtheitsgebots nicht genüge, und bezeichnet den vorinstanzlichen Entscheid diesbezüglich als "unhaltbar". Sie geht mit ihren Ausführungen aber nicht hinreichend auf die ausführlichen Erwägungen der Vorinstanz ein (Erwägung 2), geschweige denn legt sie rechtsgenüglich dar, inwiefern die Vorinstanz <ref-law> verletzt hätte.
Das Gleiche gilt, wenn die Beschwerdeführerin im selben Zusammenhang der Vorinstanz vorwirft, dass sie Partei für die Beschwerdegegnerin ergriffen und dieser mehr zugesprochen habe, als sie verlangt habe, womit <ref-law> und <ref-law> verletzt seien. Auch diesbezüglich setzt sie sich nicht hinreichend mit den Erwägungen der Vorinstanz auseinander (Erwägung 2), noch zeigt sie rechtsgenüglich auf, inwiefern diese mit ihren nachvollziehbaren Erwägungen die genannten Bestimmungen verletzt haben soll.
9.
Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend wird die Beschwerdeführerin kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 Abs. 1 und Art. 68 Abs. 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 2'500.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3.
Die Beschwerdeführerin hat die Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 3'000.-- zu entschädigen.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Handelsgericht des Kantons Zürich schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 9. August 2021
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Hohl
Der Gerichtsschreiber: Brugger