Sachverhalt:
A.
Der statutarische Sitz der A._ GmbH (ab November 2014: A._ AG) wurde am 19. Dezember 2013 von U._/ZH nach V._/NW verlegt. Dennoch ging das Kantonale Steueramt Zürich für die gesamte Periode 2013 davon aus, dass die Pflichtige ihre tatsächliche Verwaltung und somit ihr Hauptsteuerdomizil weiterhin in U._ hatte. Dasselbe nahm es für das Steuerjahr 2014 an, für das die Gesellschaft im Kanton Nidwalden ihre Steuererklärung einreichte, dort rechtskräftig veranlagt wurde und die geschuldeten Steuern vorbehaltlos bezahlte.
B.
Gegen die Veranlagung des Kantonalen Steueramtes Zürich für 2014 erhob die A._ AG erfolglos Einsprache und danach die ihr auf kantonaler Ebene verfügbaren Rechtsmittel, zuletzt Beschwerde an das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich (Urteil vom 30. Januar 2019).
C.
Die A._ AG hat am 18. März 2019 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beim Bundesgericht eingereicht. Sie beantragt, den Einschätzungsentscheid des Kantonalen Steueramts Zürich vom 8. September 2017 für die Periode 2014 aufzuheben. Eventualiter seien die rechtskräftigen Veranlagungsverfügungen des Kantons Nidwalden für die Kantons- und Gemeindesteuern desselben Steuerjahres aufzuheben; auch sei der Kanton Nidwalden zu verpflichten, die für 2014 bezahlten Steuerbeträge zurückzuerstatten. Subeventualiter sei die Sache zur Neubeurteilung an das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich zurückzuweisen.
D.
Das Kantonale Steueramt Zürich und das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich beantragen, die Beschwerde gegenüber dem Urteil vom 30. Januar 2019 abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. Die Steuerverwaltung des Kantons Nidwalden schliesst auf Gutheissung des Hauptantrags und Abweisung der Eventualanträge. Die Eidgenössische Steuerverwaltung hat darauf verzichtet, einen Antrag zu stellen.
E.
Mit Replik vom 20. Juni 2019 hat die A._ AG an ihren Rechtsstandpunkten festgehalten.

Erwägungen:
1.
1.1. Die Beschwerde richtet sich gegen den verfahrensabschliessenden Entscheid einer letzten kantonalen Instanz in einer Angelegenheit des öffentlichen Rechts. Die Voraussetzungen der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten sind erfüllt (Art. 82 lit. a, Art. 83, Art. 86 Abs. 1 lit. d und Abs. 2, Art. 89 Abs. 1, Art. 90 BGG i.V.m. Art. 73 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden [StHG; SR 642.14]), weshalb auf die Beschwerde - mit nachfolgender Präzisierung (E. 1.3) - einzutreten ist.
1.2. Gemäss bundesgerichtlicher Rechtsprechung kann bei Beschwerden wegen interkantonaler Doppelbesteuerung auch eine allenfalls bereits rechtskräftige Veranlagung eines anderen Kantons für dieselbe Steuerperiode mitangefochten werden, obwohl es sich dabei nicht um ein letztinstanzliches Urteil im Sinne von <ref-law> handelt. Der Instanzenzug muss nur in einem Kanton durchlaufen werden (<ref-ruling> E. 1.7 S. 379; <ref-ruling> E. 2.4 S. 306 f.; <ref-ruling> E. 2.4 S. 312 f.; vgl. <ref-law>). Vorliegend sind deshalb die Veranlagungsverfügungen der kantonalen Steuerverwaltung Nidwalden vom 30. Juni 2015 betreffend die beiden Halbjahre der Steuerperiode 2014 zulässigerweise mitangefochten.
1.3. Der Hauptantrag gegenüber dem Kanton Zürich ist in der Beschwerdeschrift so formuliert, dass nur um die Aufhebung des Einschätzungsentscheids des Kantonalen Steueramts Zürich vom 8. September 2017 ersucht wird. Dieser Entscheid ist jedoch, wie der Einspracheentscheid und der Rekursentscheid des kantonalen Steuerrekursgerichts, durch das verwaltungsgerichtliche Urteil vom 30. Januar 2019 ersetzt worden, das vor Bundesgericht allein angefochten werden kann (sog. Devolutiveffekt; vgl. u.a. <ref-ruling> E. 1.4 S. 144).
Diese Formulierung des Hauptantrags stellt jedoch ein offensichtliches Versehen dar. Der fachkundige und in der Beschwerdeführung vor Bundesgericht erfahrene Rechtsvertreter macht in der übrigen Beschwerdeschrift (vgl. dazu insb. Ziff. 2 S. 4) deutlich, dass gegenüber dem Kanton Zürich in Wirklichkeit um die Aufhebung des verwaltungsgerichtlichen Urteils ersucht wird. In diesem Sinne kann auf die Beschwerde vollumfänglich eingetreten werden.
1.4. Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann insbesondere die Verletzung von Bundes- und Völkerrecht gerügt werden (Art. 95 lit. a und b BGG). Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law>).
2.
2.1. Gemäss <ref-law> ist die interkantonale Doppelbesteuerung untersagt. Eine gegen diese Norm verstossende Doppelbesteuerung liegt namentlich dann vor, wenn eine steuerpflichtige Person - wie hier - von zwei oder mehreren Kantonen für das gleiche Steuerobjekt und für die gleiche Zeit zu Steuern herangezogen wird (aktuelle Doppelbesteuerung).
2.2. Juristische Personen sind nach Art. 20 Abs. 1 StHG und § 55 des Steuergesetzes des Kantons Zürich vom 8. Juni 1997 (StG/ZH) steuerpflichtig, wenn sich ihr Sitz oder ihre tatsächliche Verwaltung im Kanton befindet.
2.2.1. Dabei sind die Verhältnisse am Ende der Steuerperiode massgebend (Art. 22 Abs. 1 Satz 2 StHG). Sitz der juristischen Person ist der Ort, den die Statuten als Sitz bezeichnen (vgl. <ref-law>). Aufgrund der Bestimmung von Art. 20 Abs. 1 StHG kann es zu Fällen kommen, wo sowohl der Sitzkanton als auch der Kanton der tatsächlichen Verwaltung die Steuerpflicht aufgrund persönlicher Zugehörigkeit, d.h. das Hauptsteuerdomizil, beanspruchen. Dieser Konflikt ist nach den Regeln zu lösen, welche die Praxis zum interkantonalen Steuerrecht entwickelt hat.
2.2.2. Nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung zu <ref-law> befindet sich das Hauptsteuerdomizil einer juristischen Person im interkantonalen Verhältnis grundsätzlich an ihrem durch die Statuten und den Handelsregistereintrag bestimmten Sitz. Auf diesen zivilrechtlichen Sitz wird jedoch dann nicht abgestellt, wenn ihm in einem anderen Kanton ein Ort gegenübersteht, an dem die normalerweise am statutarischen Sitz sich abspielende Geschäftsführung und Verwaltung, d.h. die leitende Tätigkeit, in Wirklichkeit vor sich geht. In solchen Fällen wird der Ort der effektiven Leitung bzw. Verwaltung als Steuerdomizil betrachtet. Entscheidend sind die gesamten Umstände des Einzelfalls (Urteil 2C_259/2009 vom 22. Dezember 2009 E. 2.1 m.w.H.).
2.2.3. In Bezug auf die Beweisführung und den relevanten Zeitpunkt gilt das Folgende: Der steuerrechtliche (Wohn-) Sitz als steuerbegründende Tatsache ist grundsätzlich von der Steuerbehörde nachzuweisen. Der Pflichtigen kann allerdings der Gegenbeweis für die von ihr behauptete subjektive Steuerpflicht an einem neuen Ort auferlegt werden, wenn die von der Steuerbehörde angenommene bisherige subjektive Steuerpflicht als sehr wahrscheinlich gilt (Urteil 2C_183/2007 vom 15. Oktober 2007 E. 3.2).
3.
3.1. Gemäss den verbindlichen Sachverhaltsfeststellungen der Vorinstanz konnte eine Verlegung der tatsächlichen Verwaltung bzw. von wesentlicher Geschäftsinfrastruktur oder gar Personal vom ursprünglichen Sitzkanton Zürich in den Kanton Nidwalden weder gegen Ende der Periode 2013 noch im Laufe des hier massgeblichen Steuerjahres 2014 angenommen werden.
3.1.1. Für 2013 ist unangefochten in Rechtskraft erwachsen, dass der Sitz der Beschwerdeführerin in V._ für 2013 nicht anerkannt werden konnte, weil sie dort bloss einen formellen Sitz bzw. ein reines "Briefkastendomizil" hatte. Eine wirkliche Geschäftstätigkeit am Ort war ebenso wenig ausgewiesen wie Lohn für irgendwelche Mitarbeiter, die am Ort des neuen Unternehmenssitzes gearbeitet hätten. Für die Beschwerdeführerin aktiv geworden waren allem Anschein nach nur zwei Gesellschafter, deren jeweiliger Wohnsitz jedoch in beiden Fällen im Kanton Zürich gelegen war. Damit stand in Einklang, dass die Beschwerdeführerin in V._ nur einen "Arbeitsplatz inkl. Domizil Service" für Fr. 500.-- pro Monat mietete. Zudem hatte sie den Mietvertrag, die Kundenadressen sowie die Nachweise über die zurückgelegten Fahrkilometer der Gesellschafter nach V._ nicht eingereicht.
3.1.2. An dieser Sachlage änderte sich für das Steuerjahr 2014 gemäss der Vorinstanz nichts. Die Beschwerdeführerin reichte immer noch keine Dokumente ein, die auf einen tatsächlichen Sitz in V._ hinweisen würden (z.B Rechnungen für Strom oder Heizung, Arbeitsaufwand von Personal, tatsächliche Geschäftstätigkeit der Gesellschafter in V._).
3.2. Was die Beschwerdeführerin dagegen einwendet, vermag ein anderes Ergebnis nicht zu rechtfertigen.
3.2.1. Damit die Faktenfeststellungen des Verwaltungsgerichts für das Bundesgericht nicht verbindlich wären, müsste die Beschwerdeführerin dartun können, dass die vorinstanzliche Sachverhaltsermittlung bzw. Beweiswürdigung als geradezu offensichtlich unrichtig einzustufen wäre (vgl. oben E. 1.4). Das ist ihr in keiner Weise gelungen. Unzureichend ist insbesondere ihr Argument, sie sei im Online-Marketing tätig, mit einem entsprechend "papierlosen" Büro und bloss virtuellen Kundenkontakten; dafür brauche es keine teure Büroinfrastruktur mit grosszügigen Sitzungszimmern.
Das vermag jedoch nicht die vorinstanzliche Feststellung zu erschüttern, dass überhaupt jegliche tatsächliche Geschäftstätigkeit in V._ während der Periode 2014 unzureichend nachgewiesen war, in welch kargen und beschränkten Räumlichkeiten auch immer. Deshalb konnte die Sitzverlegung nicht anerkannt werden.
3.2.2. Weiter argumentiert die Beschwerdeführerin, eine interkantonale Doppelbesteuerung könne nur dann hingenommen werden, wenn die umstrittene Sitzverlegung rechtsmissbräuchlich erfolgt sei; das sei hier nicht der Fall; namentlich habe sie gegenüber den Steuerbehörden jederzeit transparent kommuniziert.
Diesem Argument kann in doppelter Hinsicht nicht gefolgt werden (abgesehen von der unzutreffenden Berufung auf eine andersweitige Aussage des Bundesgerichts im Urteil 2C_655/2016 vom 17. Juli 2017) : Einerseits geht es hier nur darum, dass das Verwaltungsgericht den Besteuerungsanspruch des Kantons Zürich gegenüber der Beschwerdeführerin zu Recht bestätigt hat, weil eine tatsächliche Geschäftstätigkeit in V._ ungenügend nachgewiesen und das Hauptsteuerdomizil weiterhin in U._ anzunehmen war. Andererseits hat die Beschwerdeführerin insbesondere den Zürcher Steuerbehörden gegenüber nur ungenügend transparent kommuniziert und namentlich angeforderte Unterlagen nicht eingereicht; deshalb hat das Verwaltungsgericht urteilen dürfen, dass die Periode 2014 keine massgeblichen Unterschiede im Vergleich zum Vorjahr aufwies; in V._ bestand ein bloss formeller Sitz, d.h. ein Briefkasten-Domizil; das könnte auch als rechtsmissbräuchliche Sitzverlegung qualifiziert werden.
3.2.3. Ebenso wenig ist ersichtlich, wie der durch die Vorinstanz aus ihrer Beweiswürdigung gezogene rechtliche Schluss, das Hauptsteuerdomizil der Gesellschaft habe sich für 2014 weiterhin im Kanton Zürich befunden, gegen Bundesrecht verstossen würde. Das angefochtene Urteil kann somit nur bestätigt werden.
3.3. Es besteht auch kein Grund, die Sache - im Sinne des Subeventualantrags (vgl. oben Sachverhalt/C.) - zur Neubeurteilung an das Verwaltungsgericht zurückzuweisen.
4.
Der Kanton Nidwalden macht geltend, die Beschwerdeführerin habe ihr Beschwerderecht verwirkt, indem sie sich dort in Kenntnis des konkurrenzierenden Steueranspruchs des Kantons Zürich für die Periode 2014 rechtskräftig besteuern liess und die dortige Steuerrechnung vorbehaltlos bezahlte.
4.1. Gemäss der bundesgerichtlichen Rechtsprechung verwirkt die steuerpflichtige Person das Recht zur Anfechtung der Veranlagung eines Kantons, wenn sie ihre dortige Steuerpflicht in Kenntnis des kollidierenden Steueranspruchs eines andern Kantons vorbehaltlos anerkennt, indem sie sich etwa ausdrücklich oder stillschweigend der Veranlagung unterwirft, die Steuererklärung abgibt, auf eine Einsprache oder weitere Rechtsmittel verzichtet und den veranlagten Steuerbetrag bezahlt. Die Verwirkung kann sich auch daraus ergeben, dass der Pflichtige im Veranlagungsverfahren seiner Mitwirkungspflicht nicht nachkommt, z.B. wenn er die verlangte Steuererklärung, die Bilanz und Erfolgsrechnung sowie die Belege seiner Buchhaltung nicht einreicht oder andere für die Bemessung und die Ausscheidung der Steuerfaktoren notwendige Angaben verweigert, so dass zur Ermessensveranlagung geschritten werden muss (<ref-ruling> E. 3.3.3 S. 278; <ref-ruling> E. 2d S. 267).
4.2. Die Steuerverwaltung des Kantons Nidwalden hebt folgenden - seitens der Beschwerdeführerin unbestritten gebliebenen - zeitlichen Ablauf hervor: Am 23. Juni 2015 liess das Kantonale Steueramt Zürich der Gesellschaft eine Steuererklärung für 2014 zukommen und machte deutlich, dass deren tatsächliche Verwaltung und somit das Hauptsteuerdomizil nach der Aufassung des Amtes sich weiterhin im Kanton Zürich befand. Am 30. Juni 2015 veranlagte die Steuerverwaltung des Kantons Nidwalden die Beschwerdeführerin für die Kantons- und Gemeindesteuern 2014. Die durch diese Veranlagung festgelegte Steuerschuld beglich die Beschwerdeführerin umgehend und vorbehaltlos.
4.3. Unter den gegebenen Umständen hat die Beschwerdeführerin ihre Steuerschuld im Kanton Nidwalden in Kenntnis des kollidierenden Besteuerungsanspruchs des Kantons Zürich und ohne den erforderlichen Vorbehalt beglichen und somit ihr Beschwerderecht gegenüber ihrem behauptet neuen Sitzkanton für die Kantons- und Gemeindesteuern von 2014 verwirkt. Was sie dagegen einwendet, vermag ein anderes Ergebnis nicht zu rechtfertigen.
4.3.1. Vorab macht sie geltend, die bundesgerichtliche Rechtsprechung zur Verwirkung des Beschwerderechts werde in der Lehre kritisiert (vgl. dazu u.a. das Bundesgerichtsurteil 2C_655/2016 vom 17. Juli 2017 E. 2.3.3, mit Hinweis auf verschiedene Lehrmeinungen). Die Kritik sei insbesondere dann angebracht, wenn es sich - wie hier - um juristische Laien handle, die ohne den Beistand eines fachkundigen Rechtsvertreters die Komplexitäten des interkantonalen Steuerrechts nicht überblicken und sich somit auch nicht darauf ausrichten könnten.
Das Bundesgericht hat seine Praxis jüngst bestätigt (Urteil 2C_539/2017 vom 7. Februar 2019 E. 5) und es als treuwidrig bezeichnet, wenn ein Steuerpflichtiger in Kenntnis des kollidierenden Steueranspruchs eines anderen Kantons den veranlagenden Kanton nicht einmal darüber informiert (zitiertes Urteil E. 5.4). Das ist auch unter den Umständen dieses Falles sachgerecht. Dafür muss nicht einmal näher nachgeprüft werden, ob in der Geschäftsleitung oder im Verwaltungsrat der Gesellschaft fachkundige Juristen waren (bzw. sind), welche die Beschwerdeführerin hinsichtlich der steuerrechtlichen Aspekte und Folgen der geplanten Sitzverlegung hätten beraten können bzw. müssen.
Fraglos hatte die von der Beschwerdeführerin vorgenommene Sitzverlegung eine vielleicht nicht ausschliesslich, aber doch wesentlich steuerberzogene Komponente. Sie zielte klarerweise (auch) darauf ab, die von der Gesellschaft gegenüber dem Gemeinwesen zu entrichtenden Abgaben zu minimieren. Gesamthaft war die Verlegung eine prioritär strategische, ganz wesentliche Geschäftsentscheidung von beträchtlicher finanzieller und behördenbezogener Tragweite. Für einen derart wichtigen strategischen Schritt die rechtlichen Auswirkungen gänzlich ungeprüft gelassen zu haben (z.B. durch den externen Beizug eines steuerrechtlichen Experten), ist unter dem Gesichtspunkt einer sorgfältigen und vorausschauenden Geschäftsführung kaum nachvollziehbar.
Verlegt wurde nicht die tatsächliche Verwaltung oder die wirkliche Geschäftstätigkeit (vgl. oben E. 3). Realistischerweise konnte die Beschwerdeführerin nicht davon ausgehen, dass dieses Auseinanderklaffen zwischen dem neuen formellen Sitz und der wirklichen Geschäftstätigkeit den Steuerbehörden des Wegzugkantons entgehen bzw. von ihnen einfach so hingenommen würde. Weiter hatte die Beschwerdeführerin anzunehmen, dass es für den sich ergebenden Kompetenzkonflikt zwischen den Steuerbehörden der Kantone Zürich und Nidwalden rechtliche Regeln gab, an die sich auch die steuerpflichtige Gesellschaft im Verfahren zwingend zu halten haben würde. Um all das hat sich die Unternehmensführung überhaupt nicht gekümmert. Ihr Verhalten hat sich als falsch herausgestellt und zu rechtlichen Auswirkungen geführt, die nun auf die Gesellschaft zurückfallen.
4.3.2. Ebenso wenig kann vorgebracht werden, die bundesgerichtliche Rechtsprechung führe für ein letztlich geringfügiges Ungenügen (bzw. für die blosse Unkenntnis einer weder erkennbaren noch vorausschaubaren rechtlichen Regelung) zu einer unverhältnismässig harten Bestrafung, nämlich einer massiven Steuerschuld in zwei verschiedenen Kantonen für dieselbe Periode, was geradezu modellhaft und grundlegend dem Verbot interkantonaler Doppelbesteuerung zuwiderlaufe.
Eine zweifache Steuerpflicht stellt zwar unbestreitbar eine schwere finanzielle Belastung für ein Unternehmen wie dasjenige der Beschwerdeführerin dar. Um sich diese Belastung zu ersparen, hätte sie sich unter den konkreten Umständen nicht einmal die gegebenenfalls kostspieligen Fachdienste eines steuerrechtlichen Spezialisten (vgl. oben E. 4.3.1) beiziehen müssen. Vielmehr wäre es im spezifischen Einzelfall einfach gewesen, durch einen einzigen Telefonanruf bei einer der beteiligten und auskunftspflichtigen Steuerbehörden das Notwendige in Erfahrung zu bringen. So hätte sie sich nach Erhalt der zürcherischen Steuererklärung und - nur eine Woche danach - der nidwaldnischen Veranlagungsverfügungen z.B. bei der Steuerverwaltung des zweitgenannten Kantons erkundigen können, was sie nun in dieser Situation konkret zu machen habe. Dass sie einen solchen Telefonanruf unterlassen hat, muss sie nun mit den besagten Auswirkungen auf sich nehmen.
4.3.3. Auch kann sie nicht argumentieren, eine Bezahlung der Steuerschuld bloss unter Vorbehalt sei im Gesetz gar nicht vorgesehen. Nicht stichhaltig ist ausserdem der Vorwurf, die beteiligten Steuerbehörden hätten sich treuwidrig verhalten und das berechtigte Vertrauen der Beschwerdeführerin bitter enttäuscht. Vielmehr hat zu gelten, dass die Beschwerdeführerin eine bloss formelle (wenn nicht sogar rechtsmissbräuchliche) Sitzverlegung vollzogen und sich nicht darum gekümmert hat, die sich dabei möglicherweise ergebenden Rechtsprobleme und deren Auswirkungen abzuklären. Darauf muss sie sich nun behaften lassen.
5.
5.1. Nach dem Gesagten ist die Beschwerde gegenüber dem Kanton Zürich abzuweisen (vgl. oben E. 2 u. 3). Dasselbe gilt aber auch gegenüber dem Kanton Nidwalden, da die Beschwerdeführerin ihr Recht verwirkt hat, die dort gegen sie ergangene Veranlagung anzufechten und die vorbehaltlos bezahlten Steuern zurückzufordern (vgl. oben E. 4).
5.2. Bei diesem Ausgang des Verfahrens wird die Beschwerdeführerin kostenpflichtig (vgl. Art. 65 f. BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 5'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3.
Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin, dem Kantonalen Steueramt Zürich, der Steuerverwaltung des Kantons Nidwalden, dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 2. Abteilung, und der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 13. September 2019
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Das präsidierende Mitglied: Zünd
Der Gerichtsschreiber: Matter