Sachverhalt:
A.
Aufgrund einer Strafanzeige wegen übler Nachrede bzw. Verleumdung, Drohung, versuchter Nötigung und Verletzung des Bundesgesetzes gegen den unlauteren Wettbewerb (UWG; SR 241) eröffnete die Staatsanwaltschaft des Kantons Freiburg unter der Leitung von Staatsanwalt Jean-Luc Mooser eine Untersuchung (F 15 10644) gegen A._. Nach der Einvernahme vom 7. Juni 2016 stellte A._ am 3. September 2016 seinerseits eine Strafanzeige gegen den Strafkläger und dessen Rechtsanwalt wegen Nötigung, versuchter Erpressung und Drohung, übler Nachrede sowie Verleumdung (F 16 8360 / F 16 8361). Dies aufgrund einer Äusserung des Rechtsvertreters des Strafklägers, wonach A._ unter Umständen mit dem Verlust seiner Aufenthaltsbewilligung B zu rechnen habe, wenn es nicht zu dem angestrebten Vergleich komme.
Mit Schreiben vom 7. Februar 2018 trat Staatsanwalt Jean-Luc Mooser aufgrund seiner Zeugeneigenschaft betreffend den Vorfall anlässlich der Einvernahme vom 7. Juni 2016 in den Verfahren F 16 8360 / F 16 8361 in den Ausstand. Im Verfahren F 15 10644 erliess er am 14. Februar 2018 einen Strafbefehl und sprach A._ der üblen Nachrede, der Drohung, der versuchten Nötigung sowie der Verletzung des UWG schuldig. Dagegen erhob dieser mit Eingabe vom 16. Februar 2018 Einsprache.
Am 15. bzw. 24. Februar 2018 stellte A._ ein Ausstandsgesuch gegen den zuständigen Staatsanwalt Jean-Luc Mooser betreffend das Verfahren F 15 10644. Dieser übermittelte das Ausstandsgesuch mit Schreiben vom 5. April 2018 zum Entscheid an das Kantonsgericht des Kantons Freiburg und beantragte, auf das Gesuch sei nicht einzutreten, eventualiter sei es abzuweisen. Mit Entscheid vom 4. Juni 2018 wies das Kantonsgericht das Ausstandsgesuch ab, soweit es darauf eintrat.
B.
Mit Beschwerde in Strafsachen an das Bundesgericht vom 6. Juli 2018 beantragt A._ vorab, das Beschwerdeverfahren sei auf Deutsch durchzuführen. Sodann sei der Entscheid des Kantonsgerichts vom 4. Juni 2018 aufzuheben und die Befangenheit von Staatsanwalt Jean-Luc Mooser festzustellen. Weiter beantragt er, die Amtshandlungen, an denen Staatsanwalt Jean-Luc Mooser mitgewirkt habe, seien aufzuheben und zu wiederholen. Eventualiter sei die Sache zur Neubeurteilung an das Kantonsgericht zurückzuweisen. Im Übrigen ersucht der Beschwerdeführer um unentgeltliche Rechtspflege.
Der Beschwerdegegner hat auf eine Vernehmlassung verzichtet und beantragt, die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. Das Kantonsgericht verzichtet ebenfalls auf eine Vernehmlassung. Der Beschwerdeführer nahm dazu Stellung.

Erwägungen:
1.
1.1. Gemäss <ref-law> wird das bundesgerichtliche Verfahren in einer der Amtssprachen geführt, in der Regel in der Sprache des angefochtenen Entscheids. Zwar wurde der angefochtene Entscheid auf Französisch verfasst, vorliegend rechtfertigt es sich aber, von dieser Regel abzuweichen, da der Beschwerdeführer kein Französisch spricht. Das bundesgerichtliche Urteil ergeht deshalb in deutscher Sprache.
1.2. Beim angefochtenen Urteil handelt es sich um einen selbständig eröffneten Zwischenentscheid über ein Ausstandsbegehren in einer Strafsache (Art. 78 Abs. 1 und Art. 92 Abs. 1 BGG). Das Kantonsgericht hat als letzte und einzige kantonale Instanz entschieden (<ref-law> i.V.m. <ref-law>). Der Beschwerdeführer ist gemäss <ref-law> zur Beschwerde befugt. Die weiteren Sachurteilsvoraussetzungen geben zu keinen Bemerkungen Anlass, weshalb auf die Beschwerde grundsätzlich einzutreten ist.
1.3. Der Beschwerdeführer erhebt in seiner 28-seitigen Beschwerdeschrift etliche Vorwürfe und Rügen, unterlässt es grösstenteils jedoch aufzuzeigen, inwiefern die Vorinstanz im Einzelnen Bundesrecht verletzt haben soll; vielmehr belässt er es beim Behaupten und übt unzulässige appellatorische Kritik. Soweit im Folgenden auf seine Ausführungen nicht eingegangen wird, sind sie für die Entscheidfindung offensichtlich rechtlich nicht relevant. Darauf ist nicht einzutreten.
2.
2.1. Die Vorinstanz erwog im angefochtenen Entscheid, die vom Beschwerdeführer geltend gemachten angeblichen Ausstandsgründe seien grösstenteils verspätet. Im Übrigen seien die vorgebrachten Befangenheitsrügen ohnehin unbegründet. Der Beschwerdeführer habe keine Argumente vorgebracht, welche den Anschein der Befangenheit begründen würden, weshalb das Ausstandsgesuch abzuweisen sei.
2.2. Der Beschwerdeführer ist hingegen der Auffassung, die Vorinstanz habe Art. 3 Abs. 2 lit. c, Art. 56 lit. b, Art. 59 Abs. 1 lit. b, Art. 140 Abs. 1, <ref-law>, <ref-law>, Art. 6 Abs. 1 und Abs. 3 lit. d EMRK verletzt, indem sie den Ausstand des Beschwerdegegners nicht angeordnet habe. Zu seiner Begründung bringt er im Wesentlichen vor, der Beschwerdegegner sei aufgrund seiner Zeugeneigenschaft im Fall F 15 10644 befangen bzw. voreingenommen. Dafür sprächen weiter die Umstände, wonach der Beschwerdegegner nicht geprüft habe, ob das Einvernahmeprotokoll vom 7. Juni 2016 verwertbar sei, absichtlich entlastende Beweise nicht beachtet und sich im Strafbefehl vom 14. Februar 2018 unangebracht geäussert habe. Nicht beachtlich sei, dass die Vorinstanz betreffend diverser Rügen davon ausgehe, diese seien verspätet eingereicht worden. Selbst wenn angeblich gewisse Rügen verspätet seien, würden sie das "Musterverhalten" des Beschwerdegegners aufzeigen und auf systematische Fehler im Verfahren hinweisen, womit der Anschein der Voreingenommenheit wegen besonders krasser oder wiederholter Fehler vorliege.
2.3. Wie sich aus den nachfolgenden Erwägungen ergibt, braucht die Frage, ob diverse der geltend gemachten Ausstandsgründe als verspätet und verwirkt anzusehen sind (vgl. <ref-law>; <ref-ruling> E. 4.3 S. 69 mit Hinweisen), nicht weiter vertieft zu werden. Selbst wenn dies verneint würde, wäre das Ausstandsgesuch jedenfalls materiell abzuweisen, soweit es ausreichend substanziiert erscheint.
3.
3.1. <ref-law> zählt verschiedene Gründe auf, die zum Ausstand von in einer Strafbehörde tätigen Person führen. Dies trifft namentlich dann zu, wenn sie in einer anderen Stellung, insbesondere als Mitglied einer Behörde, als Rechtsbeistand einer Partei, als Sachverständige oder Sachverständiger, als Zeugin oder Zeuge, in der gleichen Sache tätig war (<ref-law>). <ref-law> konkretisiert die Verfassungsbestimmung von <ref-law> (für nicht richterliche Behörden) und von <ref-law> (für richterliche Behörden) sowie von Art. 6 Ziff. 1 EMRK.
3.2. Gemäss <ref-law> leitet die Staatsanwaltschaft das Verfahren bis zur Anklageerhebung. Sie gewährleistet insoweit eine gesetzmässige und geordnete Durchführung des Verfahrens (<ref-law>). Sie untersucht die belastenden und entlastenden Umstände mit gleicher Sorgfalt (<ref-law>). Zwar verfügt sie bei ihren Ermittlungen über eine gewisse Freiheit. Sie ist jedoch zu Zurückhaltung verpflichtet. Sie hat sich jeden unlauteren Vorgehens zu enthalten und sowohl die belastenden als auch die entlastenden Umstände zu untersuchen. Sie darf keine Partei zum Nachteil einer anderen bevorteilen (<ref-ruling> E. 2.2.1 S. 145 mit Hinweisen). Fehlerhafte Verfügungen und Verfahrenshandlungen des Staatsanwalts begründen für sich keinen Anschein der Voreingenommenheit. Anders verhält es sich, wenn besonders krasse oder wiederholte Irrtümer vorliegen, die eine schwere Verletzung der Amtspflichten darstellen (<ref-ruling> E. 3.2.2 S. 180 mit Hinweisen). Nach Erhebung der Anklage wird die Staatsanwaltschaft wie die beschuldigte Person und die Privatklägerschaft zur Partei (<ref-law>; <ref-ruling> E. 3.2.2 S. 179 f.).
4.
4.1. Die wichtigste Begebenheit, aus welcher der Beschwerdeführer einen Anschein der Befangenheit des Beschwerdegegners herleiten will, ist dessen angebliche Zeugeneigenschaft im Verfahren F 15 10644. Der Beschwerdeführer bringt sinngemäss vor, der Beschwerdegegner sei Zeuge, wie der Rechtsvertreter des Strafklägers ihn anlässlich der Einvernahme vom 7. Juni 2016 "bedroht" habe, indem er ihm den Verlust seiner Aufenthaltsbewilligung B in Aussicht gestellt habe, sofern er den Vergleich nicht annehme. Dadurch sei er in seiner "Denkfähigkeit und Willensfreiheit" beeinträchtigt worden. Aufgrund dieser Aussagen sei das Einvernahmeprotokoll gemäss <ref-law> in Verbindung mit <ref-law> unverwertbar.
4.2. Dem ist nicht zuzustimmen. - Die Vorinstanz ist zu Recht davon ausgegangen, der Beschwerdegegner besitze im Verfahren F 15 10644 nicht die Eigenschaft eines Zeugen. Ihre Ausführungen, wonach ansonsten die Möglichkeit eröffnet würde, die Zusammensetzung der Behörde zu beeinflussen, indem eine Strafanzeige gegen die andere Partei wegen Tatsachen erstattet werde, welche sich während der Einvernahme ereignet hätten, wobei die Mitglieder der Behörde als Zeugen zitiert würden, sind nicht zu beanstanden. Was der Beschwerdeführer dagegen vorbringt, überzeugt nicht. So leuchtet nicht ein, inwiefern die Zeugeneigenschaft des Beschwerdegegners in den anderen Verfahren (F 16 8360 / F 16 8361) der Wahrheitsfindung im Verfahren F 15 10644 dienen sollte. In letzterem steht die Strafbarkeit des Beschwerdeführers wegen übler Nachrede bzw. Verleumdung etc. zur Debatte und nicht die angebliche Drohung durch den Rechtsvertreter des Strafklägers.
4.3. Weiter handelt es sich auch bei der Aussage des Rechtsvertreters des Strafklägers ohnehin nicht um eine unzulässige Drohung, welche zur Unverwertbarkeit des Einvernahmeprotokolls gemäss <ref-law> führen würde. Zutreffende Belehrungen über die Konsequenz eines bestimmten Verhaltens sind keine Drohungen (vgl. WOLFGANG WOHLERS, in: Kommentar zur Schweizerischen Strafprozessordnung, 2. Aufl. 2014, N. 7 zu <ref-law>). Weder der Umstand, wonach der Beschwerdegegner "nichts unternommen habe, um den Beschwerdeführer vor dieser rechtswidrigen Beeinflussung zu schützen" noch die Tatsache, dass er das Einvernahmeprotokoll nicht als unverwertbar bezeichnet habe, erwecken daher dessen Anschein einer Befangenheit. Der Beschwerdegegner war nach dem Gesagten, entgegen der Behauptung des Beschwerdeführers, diesbezüglich auch nicht gehalten, automatisch eine strafrechtliche Untersuchung einzuleiten. Im Übrigen bleibt die Prüfung der Verwertbarkeit von Beweismitteln sowie die Beweiswürdigung dem Sachgericht vorbehalten.
4.4. Soweit der Beschwerdeführer rügt, es liege ein Ausstandsgrund vor, da der Beschwerdegegner seine Strafanzeigen vom 3. September 2016 an die Hand genommen und eine "zeitlang geführt" habe, obschon er aufgrund seiner Zeugeneigenschaft befangen gewesen sei, ist er ebenfalls nicht zu hören. Der Beschwerdegegner ist unterdessen betreffend die beiden Verfahren (F 16 8360 / F 16 8361) in den Ausstand getreten. Für das vorliegende Verfahren kann der Beschwerdeführer daraus jedoch nichts zu seinen Gunsten - d.h. nichts, das den kritisierten Staatsanwalt befangen erscheinen liesse - ableiten. Wie die Vorinstanz zu Recht festgehalten hat, handelt es sich bei den Dossiers F 15 10644, F 16 8360 und F 16 8361 um getrennte Verfahren, welche zwar miteinander verwandt sind, aber auf unterschiedlichen Tatsachen beruhen und zum Teil unterschiedliche Personen betreffen.
5.
Auch die übrigen Vorbringen des Beschwerdeführers sind nicht geeignet, den Beschwerdegegner als befangen erscheinen zu lassen:
5.1. Das vom Beschwerdeführer als weiterer Ausstandsgrund vorgebrachte Argument, der Beschwerdegegner habe absichtlich entlastende Beweise nicht beachtet, ist vorliegend unbehelflich. Prozessuale Rechtsfehler sind in erster Linie im Rechtsmittelverfahren zu rügen und vermögen in der Regel keinen hinreichenden Anschein der Befangenheit zu begründen (vgl. E. 3.2 hiervor).
5.2. Ebenfalls nicht zielführend sind die Ausführungen des Beschwerdeführers im Zusammenhang mit der angeblich "erniedrigenden" Strafe und den "unangebrachten Äusserungen" des Beschwerdegegners im Strafbefehl vom 14. Februar 2018. Der Inhalt des Strafbefehls lässt nicht auf Befangenheit des Beschwerdegegners schliessen. Inwiefern der Beschwerdegegner sich durch den Strafbefehl am Beschwerdeführer habe rächen und ihn erniedrigen wollen, vermag der Beschwerdeführer nicht rechtsgenüglich darzutun und ist auch nicht ersichtlich.
5.3. Nicht zu beanstanden ist sodann, dass die Vorinstanz festhielt, der Umstand, wonach der Beschwerdegegner kein Strafverfahren eröffnet habe, obschon angeblich Hinweise für eine Verletzung fremder Urheberrechte durch den Strafkläger vorgelegen hätten, lege keinen Ausstandsgrund dar. Das Vorbringen des Beschwerdeführers, die diesbezügliche Untätigkeit erschüttere sein Vertrauen in die Staatsanwaltschaft als unvoreingenommene Institution, ist unbehelflich. Es ist nicht ersichtlich, inwiefern der Beschwerdegegner durch die Nichtanhandnahme der Verfahren befangen sein soll. Die Vorinstanz hat nachvollziehbar dargelegt, weshalb dem Beschwerdegegner nicht vorgeworfen werden könne, dass er kein Verfahren wegen einer angeblichen Verletzung des UWG durch den Strafkläger eröffnet habe. So sei zwischen den Parteien insbesondere eine aussergerichtliche Einigung zur Debatte gestanden und der Beschwerdeführer habe - im Gegensatz zu den Strafanzeigen wegen der versuchten Erpressung, Nötigung etc. in den Verfahren F 16 8360, F 16 8361 - auch nie eine Strafanzeige erstattet.
5.4. Eine Befangenheit lässt sich ebenso wenig aus der Bekanntschaft zwischen dem Beschwerdegegner und dem ehemaligen Rechtsvertreter des Beschwerdeführers ableiten. Lediglich die gemeinsame Tätigkeit in der Prüfungskommission für die Anwaltskandidaten des Kantons Freiburg begründet keinen Anschein der Voreingenommenheit des Beschwerdegegners. Den Akten können keine Anhaltspunkte entnommen werden, wonach der Beschwerdegegner, wie vom Beschwerdeführer behauptet, seine Verbindung zum ehemaligen Rechtsvertreter des Beschwerdeführers hätte benutzen können, um seinem angeblichen Ziel, der Abschreibung des Verfahrens durch Vergleich, zum Durchbruch zu verhelfen. Auch diese Rüge ist unbegründet.
5.5. Die vom Beschwerdeführer gerügten systematischen Fehler des Beschwerdegegners sind nicht ersichtlich. Sein Versuch, daraus einen Anschein der Voreingenommenheit wegen besonders krasser oder wiederholter Fehler abzuleiten, misslingt. Bei objektiver Betrachtungsweise lassen die Handlungen bzw. gerügten Unterlassungen des Beschwerdegegners weder eine Pflichtwidrigkeit noch eine Begünstigung der Gegenpartei erkennen.
Der Beschwerdeführer vermag weiter nicht darzutun, dass beim Beschwerdegegner der Anschein der Befangenheit im Sinne von <ref-law> bestünde. Namentlich gibt es keinerlei Hinweise auf Feindschaft oder auf sonstige Umstände, die ein faires Verfahren gegenüber dem Beschwerdeführer in Frage stellen würden.
5.6. Zusammenfassend ist daher festzuhalten, dass durch die diversen vom Beschwerdeführer gerügten Umstände, kein objektiver Anschein der Befangenheit des Beschwerdegegners aufgezeigt wurde und ein solcher auch nicht erkennbar ist. Nach dem Gesagten hält die Ansicht der Vorinstanz, es liege kein Ausstandsgrund vor, vor dem Bundesrecht stand.
6.
Soweit der Beschwerdeführer weiter rügt, die Vorinstanz habe sein rechtliches Gehör verletzt, indem sie ihm die Kosten für das vorinstanzliche Verfahren auferlegt habe, obschon er die unentgeltliche Rechtspflege beantragt habe, ist er nicht zu hören. Den Akten kann kein entsprechendes Gesuch des Beschwerdeführers entnommen werden. Im Ausstandsgesuch vom 24. Februar 2018 hat er lediglich beantragt, dass sämtliche Verfahrens- und Parteikosten dem Kanton aufzuerlegen seien. Ein solches Begehren stellt kein Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege dar. Im Übrigen ist seine Auffassung, wonach die Vorinstanz eine Stellungnahme zur Prozessarmut hätte einfordern müssen, ohnehin nicht zutreffend. Es liegt in erster Linie am Beschwerdeführer, aufzuzeigen, weshalb er bedürftig ist. Eine Verletzung des rechtlichen Gehörs ist nicht ersichtlich.
7.
Die Beschwerde erweist sich als unbegründet und ist abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Das Gesuch des Beschwerdeführers um unentgeltliche Rechtspflege ist abzuweisen, da er sich weder zu seinen Vermögensverhältnissen äussert noch seine Bedürftigkeit belegt (<ref-law>). Damit sind die Gerichtskosten dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.
Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird abgewiesen.
3.
Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Kantonsgericht Freiburg, Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 2. November 2018
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Merkli
Die Gerichtsschreiberin: Sauthier