Faits :
A.
Le 18 juin 1990, la société en nom collectif Z1._, qui deviendra, après plusieurs modifications, Z._ SA (ci-après: la bailleresse ou la demanderesse) et X1._ SA, qui deviendra, par suite de modification de sa raison sociale, X._ SA (ci-après: X._, la locataire ou la défenderesse) ont conclu trois contrats, dont notamment l'un porte sur la remise à bail de l'hôtel... à A._ et un autre sur le restaurant desservant le complexe....
Le bail de l'hôtel était d'une durée ferme de 20 ans, à compter de la fin des travaux de construction intervenue le 1er mai 1992, durée qui a été réduite par la suite au 31 décembre 2011. Le loyer initial était de 900'000 fr. par an et a été progressivement indexé pour atteindre 983'341 fr. 45 du 1er octobre 2003 au 31 décembre 2007 et 1'031'550 fr. en 2008.
B.
Une première procédure en paiement intentée par la bailleresse le 31 mai 2005 contre la locataire devant le juge des districts de Martigny et St-Maurice, concluant à ce que la locataire soit condamnée à lui payer le montant de 13'266 fr. 95 avec intérêts à 5% l'an dès le 23 janvier 2005, a fait l'objet d'une demande reconventionnelle de la part de la locataire. Celle-ci a pris notamment les conclusions suivantes:
" 3. Le contrat de bail à loyer conclu le 18 juin 1990 entre la société Z._ SA (anc. SNC Z1._) et la société X._ AG (anc. X1._ AG) est modifié comme suit:
a. Le loyer annuel est réduit à Fr. 490'000.- à compter du 26 avril 2006 et jusqu'à la fin du contrat de bail.
b. L'at. (sic) 7 concernant les devoirs d'entretien est annulé.
En ce sens, Z._ SA est condamnée à verser en mains de X._ AG la part du loyer excédant Fr. 490'000.- par année savoir depuis mai 2006:
- Fr. 328'894.30 (983'341.45 - 490'000.- / 12 mois x 8 mois), pour 2006, avec intérêts à 5% l'an dès le 31 décembre 2006
- Fr. 493'341.45 (983'341.45 - 490'000.-), pour 2007 avec intérêts à 5% dès le 31 décembre 2007
- Fr. 541'155.90 (1'031'155.90 - 490'000.-), pour 2008 avec intérêts à 5% dès le 31 décembre 2008
- Fr. 571'929.20 (1'061'929.20 - 490'000.-), pour 2009 avec intérêts à 5% dès le 31 décembre 2009
- Fr. 571'929.20 (1'061'929.20 - 490'000.-), pour 2010 avec intérêts à 5% dès le 31 décembre 2010
- Fr. 119'151.90 (1'061'929.20 - 490'000.- / 12 mois x 2,5 mois), pour 2011 avec intérêts à 5% dès le 15 mars 2011
4. Les loyers payés en trop depuis la résiliation du contrat de bail relatif au restaurant au 30 septembre 2003 sont restitués à concurrence de Fr. 1'274'465.80 (du 30.09.03 au 30.04.06 : 31 x 41'111.80 = 1'274'465.80) avec intérêt moratoire à 5% l'an à compter du 26 avril 2006.
5. La société Z._ SA est condamnée à verser en mains de Z._ AG la somme de Fr. 600'000.- à titre de réparation des défauts de la chose pour la période du 26 avril 2001 au 30 septembre 2003, avec intérêts moratoires à 5% l'an dès le 26 avril 2006. "
La bailleresse a fait valoir qu'elle était prête à entreprendre des travaux de rénovation dès le mois de mars 2007, mais qu'elle n'avait pas pu y procéder en raison de l'opposition de la locataire, qui a demandé que des experts déterminent l'état actuel de l'hôtel avant qu'il ne soit procédé aux travaux.
L'expert judiciaire L._ désigné par le juge de districts a constaté différents défauts le 13 juin 2008. L'expert judiciaire M._ SA, qui s'est adjoint N._ SA, a constaté de son côté que l'hôtel n'ayant pas été rénové depuis sa construction, d'importants travaux étaient nécessaires. Selon ces experts, avec un coût de construction arrêté à 12'300'000 fr., la bailleresse aurait dû consacrer 246'000 fr. par an pour maintenir la chose louée dans l'état approprié à l'usage commercial convenu, voire la moitié de ce montant du fait que l'entretien était à la charge de la locataire, ce qui n'avait pas été le cas.
Par jugement du 31 janvier 2013, le juge de districts a admis la demande et condamné la locataire à payer à la bailleresse le montant de 13'266 fr. 95 avec intérêts à 5% l'an dès le 23 janvier 2005 (ch. 1). Il a admis partiellement la reconvention, condamné la bailleresse à payer à la locataire le montant de 429'402 fr. 86 avec intérêts à 5% l'an dès le 1er juin 2006 (ch. 2). Après compensation, un montant (arrondi) de 415'240 fr. avec intérêts à 5% l'an dès le 1er juin 2006 restait dû à la locataire (ch. 3). Le juge a rejeté toutes autres ou plus amples prétentions (ch. 4).
Statuant sur appel de la locataire le 24 septembre 2014, la Cour civile I du Tribunal cantonal valaisan a constaté l'entrée en force des ch. 1, 2 et 3 du premier jugement, a réformé le ch. 4 en condamnant la bailleresse à payer à la locataire deux montants supplémentaires de 457'253 fr. avec intérêts à 5% l'an dès le 1er juin 2006 et de 480'681 fr. avec intérêts à 5% l'an dès le 22 août 2012, lesquels correspondent à des réductions de loyer, le premier pour la période du 1er octobre 2003 au 26 avril 2006 et le second à raison de 295'002 fr. pour la période du 27 avril 2006 au 31 décembre 2007 et à raison de 185'679 fr. pour l'année 2008, et a rejeté, dans la mesure de leur recevabilité, toutes autres et plus amples prétentions résultant de la demande reconventionnelle.
Le recours en matière civile interjeté par la seule bailleresse a été rejeté, dans la mesure où il était recevable, par arrêt du Tribunal fédéral du 24 mars 2015 (arrêt 4A_621/2014).
C.
Une nouvelle action en réduction de loyer a été introduite par la locataire contre la bailleresse par requête de conciliation adressée à la Commission cantonale de conciliation en matière de bail à loyer du canton du Valais le 17 juillet 2015. La locataire a conclu à ce que la bailleresse soit condamnée à lui verser le montant de 422'647 fr. 50 avec intérêts à 5% l'an dès le 1er janvier 2009 à titre de réduction de loyer pour la période (du 1er janvier) 2009 au 15 mars 2011. Après échec de la conciliation et délivrance de l'autorisation de procéder, la locataire a déposé sa demande devant le juge des districts de Martigny et St-Maurice le 12 novembre 2015, réduisant ses conclusions au paiement de 421'859 fr. 90 avec intérêts à 5% l'an dès le 1er janvier 2009, toujours au titre de réduction de loyer pour la période sus-indiquée.
La bailleresse a conclu à l'irrecevabilité de la demande et, subsidiairement, à son rejet.
La procédure a été limitée à la question de la recevabilité de l'action.
Par jugement du 24 février 2017, le juge de districts a déclaré la demande de la locataire irrecevable, au motif qu'il y avait identité d'objets entre la précédente procédure introduite le 31 mai 2005 et la présente demande.
Statuant sur appel de la locataire par arrêt du 15 février 2018, la Cour civile I du Tribunal cantonal du canton du Valais l'a rejeté et a confirmé le jugement attaqué.
D.
Contre cet arrêt, la locataire a interjeté un recours en matière civile au Tribunal fédéral, concluant à sa réforme en ce sens que sa demande du 12 novembre 2015 soit déclarée recevable. Elle invoque en substance la violation du principe de disposition et du principe de l'autorité de la chose jugée.
Ni la bailleresse ni la cour cantonale n'ont été invitées à répondre.

Considérant en droit :
1.
Interjeté en temps utile (<ref-law>) par la locataire qui a succombé dans ses conclusions (<ref-law>) contre une décision finale (<ref-law>) rendue sur appel par le tribunal supérieur du canton (<ref-law>) et confirmant une décision d'irrecevabilité de sa demande en justice dans son action en réduction de loyer pour défauts de la chose louée, dont la valeur litigieuse est supérieure à 15'000 fr. (art. 72 al. 1 et 74 al. 1 let. a LTF), le recours en matière civile est recevable au regard de ces dispositions.
2.
2.1. Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>). Relèvent de ces faits tant les constatations relatives aux circonstances touchant l'objet du litige que celles concernant le déroulement de la procédure conduite devant l'instance précédente et en première instance, c'est-à-dire les constatations ayant trait aux faits procéduraux (<ref-ruling> consid. 1.3.1 et les références). Le Tribunal fédéral ne peut rectifier les constatations de l'autorité précédente que si elles sont manifestement inexactes, c'est-à-dire arbitraires (<ref-ruling> consid. 2 p. 117; <ref-ruling> consid. 1.5). Encore faut-il que la correction du vice soit susceptible d'influer sur le sort de la cause (<ref-law>).
2.2. Sous réserve de la violation des droits constitutionnels (<ref-law>), le Tribunal fédéral applique le droit d'office (<ref-law>). Il n'est toutefois lié ni par les motifs invoqués par les parties, ni par l'argumentation juridique retenue par l'autorité cantonale; il peut donc admettre le recours pour d'autres motifs que ceux invoqués par le recourant, comme il peut le rejeter en opérant une substitution de motifs (ATF <ref-ruling> consid. 1.4 et l'arrêt cité).
2.3. L'identité entre la prétention tranchée dans la précédente décision et la prétention réclamée par la nouvelle demande, qui fonde l'exception de l'autorité de la chose jugée (art. 59 al. 2 let. e CPC) est une question de droit, que le Tribunal fédéral examine librement et d'office (<ref-law>). Pour déterminer s'il y a identité, il faut toutefois se baser sur les constatations de fait de l'arrêt cantonal présentement attaqué (<ref-law>) au sujet du contenu tant de la précédente décision que de la nouvelle demande.
3.
3.1. Traitant le premier grief soulevé par la locataire, qui portait sur la violation du principe de disposition par la Cour d'appel dans son arrêt du 24 septembre 2014 et la substitution de motifs erronée effectuée par celle-ci, la cour cantonale a (curieusement) examiné si la conclusion n° 3 de la demande reconventionnelle était précisée dans son objet, à quoi elle a répondu par la négative, et, partant, a considéré que la Cour d'appel n'avait pas violé le principe de disposition en allouant les deux montants supplémentaires, d'un montant total inférieur à dite conclusion, et que la substitution de motifs que celle-ci avait effectuée n'était pas infondée, les défauts ne justifiant pas l'application de la clausula rebus sic stantibus, mais bien une réduction de loyer selon les art. 258 s. CO, arrêtée à 18% pour la période du 1er octobre 2003 au 31 décembre 2008. Elle a ajouté (à raison) que si la locataire avait voulu contester la substitution de motifs, elle aurait dû interjeter un recours en matière civile au Tribunal fédéral contre ce prononcé.
Pour déterminer ensuite si les prétentions sont identiques, la cour cantonale a examiné quelles étaient les prétentions tranchées par la Cour d'appel dans son arrêt du 24 septembre 2014: elle a constaté que la conclusion n°4 de la reconvention concerne le restaurant et non l'hôtel; que le premier jugement a admis partiellement la conclusion n° 5 en son ch. 2 pour un montant de 429'402 fr. 86 avec intérêts au titre de réduction de loyer pour les défauts durant la période du 26 avril 2001 au 30 septembre 2003 - point non remis en cause en appel -; et que, réformant le premier jugement sur la conclusion n° 3 qui couvre la période de mai 2006 au 15 mars 2011, la Cour d'appel l'a admise partiellement par substitution de motifs au ch. 4 de son dispositif, condamnant la bailleresse au remboursement de deux montants supplémentaires au titre de réduction de loyer pour défauts jusqu'au 31 décembre 2008, mais l'a rejetée, faute de preuve, pour la période du 1er janvier 2009 au 15 mars 2011: sur ce rejet, elle a retenu que s'il est établi que les défauts " ont subsisté jusqu'à la fin de l'année 2008 ", " en revanche, le dossier ne permet pas de déterminer sur quels objets précis les rénovations ont porté, ni à quelles dates précises elles ont débuté et ont été achevées "; " on ignore dès lors quels défauts ont subsisté, et jusqu'à quelles dates, après la fin de l'année 2008 de telle sorte que leur incidence sur une réduction du loyer dès 2009 ne peut être estimée "; " il n'est pas possible d'évaluer la réduction éventuellement échelonnée à laquelle il conviendrait de procéder "; " il suit qu'une réduction du loyer n'entre en considération que jusqu'à la fin de l'année 2008 ". La cour cantonale a encore précisé que la locataire n'avait pas formé une action partielle, mais une action pour toute la période du bail, du 26 avril 2001 au 15 mars 2011. Elle en a conclu qu'il y avait identité entre la nouvelle demande et le rejet de la prétention en réduction, faute de preuve, pour la période 2009 à 2011.
3.2. La locataire recourante reproche aux juges cantonaux d'avoir violé le principe de disposition au motif que la Cour d'appel se serait écartée des moyens des parties et aurait procédé à une substitution de motifs inadmissible, grief qu'elle reprend sous le titre de violation des principes relatifs à l'autorité de la chose jugée. Elle soutient enfin qu'elle n'aurait eu aucun intérêt à recourir contre l'arrêt d'appel du 24 septembre 2014.
4.
4.1. En vertu de l'art. 59 al. 2 let. e CPC en relation avec l'<ref-law>, le tribunal n'entre pas en matière sur la nouvelle demande lorsque le litige a déjà fait l'objet d'une décision entrée en force. Il s'agit là de l'effet de l'autorité de la chose jugée attachée à la décision qui est entrée en force de chose jugée formelle; la partie adverse doit soulever l'exception de l'autorité de la chose jugée (res judicata), mais le juge peut aussi en tenir compte d'office (<ref-law>).
Pour que l'exception de l'autorité de la chose jugée soit admise, il faut que la prétention qui est invoquée dans le nouveau procès (ou qui est l'objet de la question préjudicielle qui doit y être tranchée) soit identique à celle qui a fait l'objet de la précédente décision. Cela nécessite de comparer le contenu de la décision revêtue de l'autorité de la chose jugée avec l' objet de la nouvelle demande.
En principe, l'autorité de la chose jugée ne s'attache qu'au seul dispositif de la décision, qui a statué matériellement sur la prétention (<ref-ruling> consid. 4a). Toutefois, pour connaître le sens exact et la portée précise du dispositif de la décision, il faut souvent en examiner les motifs qui permettent de savoir quel a été l'objet de la demande et ce sur quoi le juge s'est réellement prononcé (<ref-ruling> consid. 2a in fine); en effet, lorsque le demandeur a réclamé une somme d'argent, il ne résulte pas du dispositif quelle prétention matérielle il a fait valoir. L'autorité de la chose jugée s'étend à tous les faits faisant partie de la cause, y compris les faits et preuves dont le juge n'a pas pu tenir compte parce qu'ils n'ont pas été allégués régulièrement et en temps utile (arrêt 4A_66/2016 du 22 août 2016 consid. 4.1.1; <ref-ruling> consid. 3b). L'autorité de la chose jugée est un principe de droit matériel, et non de procédure, pour toutes les prétentions de droit privé fédéral (arrêt 4A_568/2013 du 16 avril 2014 consid. 2.2; <ref-ruling> consid. 2 et les arrêts cités).
L'objet de la nouvelle demande est délimité par les conclusions et par le complexe de faits invoqué à l'appui de celles-ci; la cause juridique n'est pas déterminante, le juge appliquant le droit d'office (<ref-law>) (<ref-ruling> consid. 3.2.3; <ref-ruling> consid. 4.3.1). Lorsque le demandeur réclame une somme d'argent, il faut se reporter aux motifs de la demande.
L'identité entre la prétention tranchée dans la précédente décision et la prétention réclamée par la nouvelle demande, qui fonde l'exception de l'autorité de la chose jugée, ne doit pas s'entendre d'un point de vue grammatical, mais matériel (<ref-ruling> consid. 3.2.3 in fine; <ref-ruling> consid. 2a).
4.2. Il n'est pas contesté que la nouvelle demande de la locataire porte sur le remboursement de 421'859 fr. 90 avec intérêts à 5% l'an dès le 1er janvier 2009, que celle-ci fonde sur une prétention en réduction de loyer pour défauts de l'hôtel pour la période du 1er janvier 2009 au 15 mars 2011.
Le litige porte ainsi sur l'identité de cette prétention avec l'une ou l'autre de celles qui ont été jugées, dans la première procédure, sur reconvention de la locataire, par jugement du juge de districts du 31 janvier 2013, entré partiellement en force puis réformé par arrêt de la Cour d'appel du 24 septembre 2014.
4.2.1. A la simple lecture de l'arrêt cantonal et du recours, il n'est pas aisé de savoir quelles conclusions, chefs de dispositif et donc quelles prétentions de l'arrêt du 24 septembre 2014 sont litigieuses. Un examen plus poussé permet de retenir que sont exclusivement en cause les conclusions n°s 3, 4 et 5 de la reconvention de la locataire qui ont été traitées par la cour cantonale et qui ont donné lieu aux ch. 2 et 4 du dispositif de l'arrêt du 24 septembre 2014.
On peut d'emblée constater que la conclusion n° 4 a été écartée car elle concerne le restaurant (et non l'hôtel) et que le sort de la conclusion n° 5 a été définitivement scellé par jugement du juge de districts du 31 janvier 2013, repris au ch. 2 du dispositif de l'arrêt du 24 septembre 2014, la locataire ayant obtenu la condamnation de la bailleresse au paiement du montant de 429'402 fr. 86 avec intérêts à 5% l'an dès le 1er juin 2006, au titre de la réduction de loyer (de 18%) pour défauts pour la période du 26 avril 2001 au 30 septembre 2003. La locataire recourante n'y revient pas.
Seule demeure donc en cause la conclusion n° 3 de la reconvention de la locataire qui a été tranchée au ch. 4 du dispositif de l'arrêt du 24 septembre 2014, les motifs en étant exposés aux consid. 4, 4.3.2 et 4.3.4 en p. 21 et 22 de l'arrêt du 15 février 2018, et dont la recourante soutient qu'ils violent premièrement le principe de disposition et deuxièmement l'autorité de la chose jugée.
4.2.2. Dans son premier grief, la locataire recourante soutient qu'il faut " étudier le principe de disposition pour délimiter l'objet du litige ayant précédemment opposé les parties ", à savoir dans la première procédure, sur sa demande reconventionelle. Elle invoque que la Cour d'appel a, dans son arrêt du 24 septembre 2014, violé les règles du principe de disposition. Elle soutient en effet qu'elle a pris des conclusions en modification du loyer de mai 2006 à mars 2011 dans sa conclusion n° 3 et qu'elle n'a pris des conclusions en réduction du loyer pour défauts que dans sa conclusion n° 5 pour la période du 26 avril 2001 au 30 septembre 2003. Elle en déduit que la cour d'appel a traité d'une réduction pour défauts pour une période qui n'était pas en cause (du 1er octobre 2003 au 31 décembre 2008) et que la Cour d'appel ne pouvait donc pas statuer sur de telles prétentions par substitution de motifs. On en tire la conclusion que la recourante soutient implicitement qu'elle n'a donc jamais pris de conclusions en réduction pour défauts de l'hôtel loué du 1er janvier 2009 au 15 mars 2011 et que la Cour d'appel ne pouvait donc statuer sur celles-ci.
4.2.2.1. Manifestement, la recourante ignore qu'un arrêt d'appel (i.e. celui du 24 septembre 2014) ne peut être attaqué, pour se plaindre de violation du principe de disposition (<ref-law>) et pour critiquer la substitution de motifs opérée par la Cour d'appel, que par un recours en matière civile au Tribunal fédéral (si les conditions de recevabilité, notamment quant à la valeur litigieuse, de ce recours sont remplies; <ref-law>) et que, faute de recours, il entre en force de chose jugée formelle et, par suite, est revêtu de l'autorité de la chose jugée. C'est aussi à tort que la cour cantonale a d'abord examiné la violation du principe de disposition soulevée par l'appelante, avant de retenir finalement qu'elle aurait dû interjeter un recours au Tribunal fédéral contre l'arrêt d'appel.
Lorsque, dans un dernier grief, la locataire recourante soutient qu'elle ne pouvait pas attaquer l'arrêt d'appel du 24 septembre 2014, parce qu'elle n'avait pas un intérêt digne de protection (<ref-law>) à obtenir une motivation " plus juste ", elle méconnaît que la Cour d'appel a statué sur sa prétention en réduction de loyer pour défauts pour la période du 1er janvier 2009 au 15 mars 2011 en rejetant, dans la mesure de leur recevabilité, dans son dispositif toutes autres ou plus amples prétentions résultant de la demande reconventionnelle et qu'il lui appartenait donc de contester ce rejet pour la période susmentionnée par un recours au Tribunal fédéral (comme elle essaie de le faire maintenant, à l'occasion de l'arrêt rendu sur sa nouvelle demande, pour violation du principe de disposition de l'<ref-law>).
4.2.2.2. Il s'agit donc uniquement d'examiner sur quelles prétentions matérielles la Cour d'appel a statué dans son arrêt du 24 septembre 2014, et non, comme le croit la recourante, d'examiner si la Cour d'appel s'est écartée des conclusions qualifiées de la reconvention et a violé le principe de disposition en procédant à une substitution de motifs. Pour déterminer quelles prétentions ont été tranchées dans l'arrêt revêtu de l'autorité de la chose jugée du 24 septembre 2014, il faut se baser sur les constatations de fait retenues à ce propos dans l'arrêt du 15 février 2018 (cf. consid. 2.3 ci-dessus).
Or, il en ressort de la manière la plus claire que la Cour d'appel a admis partiellement la conclusion n° 3 de la reconvention (qui couvre la période du 26 avril 2006 au 15 mars 2011) par substitution de motifs au ch. 4 de son dispositif, condamnant la bailleresse au remboursement de deux montants supplémentaires au titre de réduction de loyer pour défauts (du 1er octobre 2003) jusqu'au 31 décembre 2008, mais qu'elle l'a rejetée pour le surplus, soit pour la période du 1er janvier 2009 au 15 mars 2011, faute de preuve: s'" il est établi que [les défauts] ont subsisté jusqu'à la fin de l'année 2008 ", " en revanche, le dossier ne permet pas de déterminer sur quels objets précis les rénovations ont porté, ni à quelles dates précises elles ont débuté et ont été achevées "; " on ignore dès lors quels défauts ont subsisté, et jusqu'à quelles dates, après la fin de l'année 2008 de telle sorte que leur incidence sur une réduction du loyer dès 2009 ne peut être estimée "; " il n'est pas possible d'évaluer la réduction éventuellement échelonnée à laquelle il conviendrait de procéder "; " il suit qu'une réduction du loyer n'entre en considération que jusqu'à la fin de l'année 2008 ".
4.2.3. Dans son deuxième grief relatif aux principes relatifs à l'autorité de la chose jugée, la recourante ne fait en réalité que revenir, pratiquement dans les mêmes termes que dans son premier grief, sur la prétention tranchée, sur la base de la conclusion n° 3 de sa reconvention, par substitution de motifs par la Cour d'appel, dont elle déduit qu'elle ne pouvait pas " rejeter [sa] prétention (action) en réduction de loyers pour défauts pour la période s'étendant au-delà du 31 décembre 2008 ", en d'autres termes pour la période du 1er janvier 2009 au 15 mars 2011. Ce grief peut donc être rejeté par renvoi à ce qui a été dit au considérant précédent.
4.3. Il s'ensuit qu'il y a bien identité entre la prétention de la nouvelle demande et la prétention en réduction pour défauts rejetée, faute de preuve, par l'arrêt du 24 septembre 2014.
L'irrecevabilité de la demande prononcée par la cour cantonale doit donc être confirmée par substitution des motifs qui précèdent.
5.
Le recours doit être rejeté, aux frais de la recourante (<ref-law>). L'intimée n'ayant pas été invitée à répondre, il ne sera pas alloué de dépens.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 7'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3.
Il n'est pas alloué de dépens.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Ière Cour civile du Tribunal cantonal du canton du Valais.
Lausanne, le 12 juillet 2018
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente : Kiss
La Greffière : Schmidt