Faits :
A.
A.a. Par décision de mesures superprovisionnelles du 11 juin 2013, le juge III du district de Sierre a, sur requête de B._ SA, ordonné l'inscription provisoire d'une hypothèque légale des artisans et entrepreneurs à concurrence de 40'818 fr. 90, plus intérêts à 5% dès le 6 mai 2013, sur la parcelle n° xxx, plan n° yyy, de la commune de U._ (VS), propriété de A._. L'inscription y relative a été portée au journal le même jour.
A.b. Par lettre du 17 juillet 2013, la notaire C._ a informé le juge de district que le défendeur avait " constitué une propriété par étages sur la parcelle No xxx, sise sur la Commune de U._ " et que " [l]'hypothèque légale provisoire [...] avait été reportée, sans répartition de gage, sur toutes les unités d'étages [nos aaa à fff] ". Ce courrier a été communiqué aux avocats respectifs des parties le 18 juillet 2013.
A.c. Par prononcé du 17 septembre 2013, " l'annotation de l'inscription provisoire d'hypothèque légale ordonnée et opérée le 11 juin 2013 par le registre foncier de Sierre " a été confirmée, un délai échéant au 13 janvier 2014 étant fixé à la société requérante pour ouvrir action au fond faute de quoi l'inscription provisoire serait radiée.
A.d. Le 6 décembre 2013, B._ SA a saisi le Tribunal du district de Sierre d'une demande dirigée contre A._, concluant notamment à ce que soit ordonnée l'inscription définitive de l'hypothèque légale des artisans et entrepreneurs sur la parcelle n° xxx, plan n° yyy, de la commune de U._, à concurrence de 40'818 fr. 90, plus intérêts à 5% dès le 6 mai 2013, et à ce que le Conservateur du registre foncier de Sierre soit chargé de procéder à ladite inscription.
A.e. Par jugement du 13 septembre 2018, le juge II du district de Sierre a notamment ordonné au profit de la demanderesse l'inscription définitive d'une hypothèque légale des artisans et entrepreneurs d'un montant de 40'818 fr. 90 plus intérêts, répartie comme il suit sur les unités d'étages (PPE) de la parcelle de base n° xxx, plan n° yyy de la commune de U._: 2'041 fr. à charge de la PPE aaa, 50 o/oo; 5'061 fr. 50 à charge de la PPE bbb, 124 o/oo; 5'633 fr. à charge de la PPE ccc, 138 o/oo; 7'143 fr. 30 à charge de la PPE ddd, 175 o/oo; 5'959 fr. 50 à charge de la PPE eee, 146 o/oo; 14'980 fr. 60 à charge de la PPE fff, 367 o/oo.
A.f. Par jugement du 30 juin 2021, expédié le 7 juillet 2021, la Cour civile II du Tribunal cantonal du canton du Valais a rejeté l'appel du défendeur et a intégralement confirmé la décision entreprise.
B.
Par acte posté le 20 août 2021, A._ exerce un recours en matière civile au Tribunal fédéral contre le jugement du 30 juin 2021. Il conclut à sa réforme en ce sens que la demande est rejetée et que la radiation des hypothèques annotées provisoirement en faveur de l'intimée est ordonnée. Subsidiairement, il sollicite le renvoi de la cause à l'autorité précédente pour nouvelle décision dans le sens des considérants.
L'intimée propose le rejet du recours. La cour cantonale s'est référée aux considérants de son jugement.

Considérant en droit :
1.
Le recours est dirigé contre une décision finale (art. 90 LTF) rendue en matière civile (art. 72 al. 1 LTF) par un tribunal supérieur institué comme autorité cantonale de dernière instance, lequel a statué sur recours (art. 75 LTF). La cause atteint la valeur litigieuse de 30'000 fr. ouvrant le recours en matière civile (art. 74 al. 1 let. b LTF). Le recourant, qui a succombé dans ses conclusions libératoires, a la qualité pour recourir (art. 76 al. 1 LTF). Déposé dans le délai (art. 100 al. 1 et 46 al. 1 let. b LTF) et la forme (art. 42 al. 1 LTF) prévus par la loi, le recours est en principe recevable au regard des dispositions qui précèdent.
2.
2.1. Le recours en matière civile peut être formé pour violation du droit, tel qu'il est délimité par les art. 95 s. LTF. Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (art. 106 al. 1 LTF). Cela étant, eu égard à l'exigence de motivation contenue à l'art. 42 al. 1 et 2 LTF, il n'examine en principe que les griefs soulevés (<ref-ruling> consid. 2.4 et les références). Le recourant doit par conséquent discuter les motifs de la décision entreprise et indiquer précisément en quoi il estime que l'autorité précédente a méconnu le droit (<ref-ruling> consid. 1.7.1; <ref-ruling> consid. 2.4 et la référence). Le Tribunal fédéral ne connaît par ailleurs de la violation de droits fondamentaux que si un tel grief a été expressément invoqué et motivé de façon claire et détaillée par le recourant (" principe d'allégation ", art. 106 al. 2 LTF; <ref-ruling> consid. 2.1; <ref-ruling> consid. 5.1).
2.2. Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF). Il ne peut s'en écarter que si ceux-ci ont été constatés de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (art. 105 al. 2 LTF), et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1 LTF). Le recourant qui soutient que les faits ont été établis d'une manière manifestement inexacte, c'est-à-dire arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (<ref-ruling> consid. 2.2; <ref-ruling> consid. 6.7; <ref-ruling> consid. 2.2 et la référence), doit satisfaire au principe d'allégation susmentionné (art. 106 al. 2 LTF; cf. supra consid. 2.1). Une critique des faits qui ne satisfait pas à cette exigence est irrecevable (<ref-ruling> consid. 4.1.2 et les références; <ref-ruling> consid. 1.1).
3.
Le recourant se plaint d'une violation des art. 56 et 58 al. 1 CPC en tant que la cour cantonale a confirmé que le juge de district pouvait, nonobstant les conclusions de la demande, d'office répartir le montant du gage entre les unités d'étages et ordonner l'inscription définitive de l'hypothèque légale sur celles-ci.
3.1. L'art. 58 al. 1 CPC prévoit que le tribunal ne peut accorder à une partie ni plus ni autre chose que ce qui est demandé, ni moins que ce qui est reconnu par la partie adverse ( ne eat iudex ultra petita partium). Il s'agit là de la conséquence principale de la maxime de disposition, qui est l'expression en procédure du principe de l'autonomie privée. Il appartient aux parties, et à elles seules, de décider si elles veulent initier un procès et ce qu'elles entendent y réclamer ou reconnaître (arrêts 5A_88/2020 du 11 février 2021 consid. 8.3; 4A_329/2020 du 10 février 2021 consid. 4.2; 4A_563/2019 du 14 juillet 2020 consid. 4.2 non publié in <ref-ruling>; 5A_249/2018 du 13 décembre 2018 consid. 4.2 et les références). En d'autres termes, le tribunal est lié par les conclusions prises par les parties (<ref-ruling> consid. 1.4.5; arrêts 4A_428/2018 du 29 août 2019 consid. 4.2.1; 5A_249/2018 précité consid. 4.2).
3.2. Après avoir rappelé la teneur du courrier de la notaire C._ du 17 juillet 2013 (cf. supra let. A.b), la cour cantonale a constaté qu'il ressortait de la déclaration des charges jointe à l'appel que l'hypothèque légale provisoire de 40'818 fr. 90 grevait chaque unité d'étages. Ce report de l'hypothèque légale de la parcelle de base sur les unités d'étages avait été opéré par le conservateur du registre foncier sans avoir obtenu au préalable l'accord de l'intimée, ce qui constituait un acte illicite entachant ledit report de nullité. Cela étant, le juge de district n'avait pas violé la maxime de disposition (art. 58 al. 1 CPC) en ordonnant la répartition du gage sur les unités d'étages, même si l'intimée avait toujours conclu à ce que l'hypothèque légale grève à titre définitif la seule parcelle de base. En effet, au vu des particularités de l'espèce, il aurait de toute manière appartenu au juge de district d'interpeller l'intéressée (art. 56 CPC) - fût-elle représentée par un mandataire professionnel - en lui donnant l'occasion de modifier ses conclusions dans le sens d'une répartition du gage sur les unités d'étages.
3.3. Le recourant relève que l'intimée n'avait jamais sollicité l'inscription de l'hypothèque sur les unités d'étages. Ce nonobstant, le juge de district avait réparti le montant du gage entre celles-ci au prorata des millièmes et ordonné l'inscription définitive de l'hypothèque sur les unités d'étages. La cour cantonale ne pouvait pas confirmer ce procédé, critiqué en appel, dès lors qu'il revenait à attribuer à l'intimée autre chose que ce qu'elle demandait, à savoir l'inscription de l'hypothèque sur la parcelle de base. C'était en vain que la cour cantonale avait tenté d'éviter cet écueil en invoquant l'art. 56 CPC, inapplicable en l'espèce. En effet, l'intimée, assistée d'un avocat, avait reçu du tribunal de district le courrier de la notaire annonçant que le droit de gage annoté provisoirement avait été reporté sur les unités d'étages. Appliquer l'art. 56 CPC au cas d'espèce aurait pour conséquence d'outrepasser le but de cette disposition, qui est d'éviter qu'une partie ne perde son droit en raison de son inexpérience. La cour cantonale ne pouvait en outre pas faire comme si le juge de district avait interpellé l'intimée et supposer qu'elle eût alors modifié ses conclusions.
3.4. La critique est fondée. Selon la jurisprudence, le juge saisi d'une demande tendant à l'inscription d'une hypothèque légale sur l'immeuble de base alors que les parts d'étages sont déjà grevées n'est, conformément à la maxime de disposition, pas autorisé à répartir d'office le droit de gage sur les parts d'étages mais doit débouter l'entrepreneur de ses conclusions (arrêt 5A_299/2014 du 11 juillet 2014 consid. 2 et 4, publié in RNRF 2016 p. 136; arrêt de l' Handelsgericht de Zurich du 17 septembre 2018 (HE180379), consid. 2; VALENTIN PICCININ, La propriété par étages en procès, 2015, n° 271 p. 132). Contrairement à ce qu'a considéré la cour cantonale, l'intimée n'aurait pas pu, sur interpellation du juge de district, modifier ses conclusions dans le sens d'une répartition du gage sur les parts d'étages. En effet, si, avant la constitution de la propriété par étages, l'entrepreneur réalise des travaux puis requiert et obtient l'inscription provisoire de l'hypothèque sur l'immeuble de base, il ne peut pas demander que l'inscription définitive soit opérée sur chacune des parts d'étages à concurrence d'une fraction déterminée de la créance, l'immeuble grevé devant être le même tant pour l'inscription provisoire que pour l'inscription définitive (<ref-ruling> consid. 2b et 2c/bb; PICCININ, op. cit., loc. cit. et les références).
Il suit de là que le grief de violation de la maxime de disposition est bien fondé. Dès lors qu'il est établi que l'hypothèque légale provisoire de 40'818 fr. 90 grève chaque part d'étages suite au report opéré au registre foncier en juillet 2013, le premier juge ne pouvait que rejeter la demande du 6 décembre 2013 et ordonner la radiation de dite hypothèque. Le fait que les juges cantonaux aient estimé que le report de l'hypothèque sur les parts d'étages était nul faute d'avoir reçu au préalable l'accord de l'intimée n'y change rien, dans la mesure où il n'apparaît pas (art. 105 al. 1 LTF; cf. supra consid. 2.2) que celle-ci aurait réagi au courrier de la notaire C._ - qui lui a été communiqué le 18 juillet 2013 - informant le juge de district du report.
L'admission du présent grief rend inutile d'examiner encore celui tiré de la violation de l'art. 839 al. 2 CC.
4.
En définitive, le recours est admis, l'arrêt attaqué annulé et réformé en ce sens que la demande déposée par l'intimée le 6 décembre 2013 devant le Tribunal du district de Sierre est rejetée et qu'il est ordonné au Conservateur du registre foncier de Sierre de radier l'inscription provisoire de l'hypothèque légale des artisans et entrepreneurs telle qu'opérée le 11 juin 2013 sur la parcelle de base puis reportée sur les unités d'étages nos aaa à fff.
L'intimée, qui succombe, supportera les frais judiciaires (art. 66 al. 1 LTF) et versera en outre des dépens au recourant (art. 68 al. 1 et 2 LTF). La cause est renvoyée à l'autorité cantonale pour qu'elle se prononce à nouveau sur les frais et dépens de la procédure antérieure (cf. art. 67 et 68 al. 5 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est admis. L'arrêt attaqué est annulé et réformé en ce sens que la demande déposée par l'intimée le 6 décembre 2013 devant le Tribunal du district de Sierre est rejetée et qu'il est ordonné au Conservateur du registre foncier de Sierre de radier l'inscription provisoire de l'hypothèque légale des artisans et entrepreneurs telle qu'opérée le 11 juin 2013 (PJ zzz) sur la parcelle n° xxx, plan n° yyy, de la Commune de U._, puis reportée sur les unités d'étages nos aaa à fff, d'un montant de 40'818 fr. 90 avec intérêts à 5% l'an dès le 6 mai 2013, en faveur de B._ SA.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 2'500 fr., sont mis à la charge de l'intimée.
3.
Une indemnité de 3'000 fr., à verser au recourant à titre de dépens, est mise à la charge de l'intimée.
4.
La cause est renvoyée à l'autorité précédente pour nouvelle décision sur les frais et dépens de la procédure cantonale.
5.
Le présent arrêt est communiqué aux parties, à la Cour civile II du Tribunal cantonal du canton du Valais et au Registre foncier de Sierre.
Lausanne, le 15 novembre 2021
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Herrmann
La Greffière : Feinberg