Sachverhalt:
A.
Die B._ AG beabsichtigt, mit dem Gestaltungsplan "Nidwalden AirPark" das bestehende, ca. 90'000 m2 grosse Industrieareal im Grenzbereich der Gemeinden Ennetbürgen und Stans zu einem themenorientierten Industriepark weiterzuentwickeln. Das Gestaltungsplangebiet liegt in der Industriezone neben dem Militärflugplatz Buochs. Es umfasst die Parzellen Nrn. 397, 414 und 1251 der Gemeinde Ennetbürgen sowie die Parzellen Nrn. 467, 1419 und 1420 der Gemeinde Stans. Primär sollen Betriebe angesiedelt werden, die ihre Wertschöpfung im Bereich der Luftfahrtindustrie generieren.
Der Gestaltungsplan wurde im Amtsblatt des Kantons Nidwalden Nr. 27 vom 1. Juli 2015 öffentlich ausgeschrieben. Innert der Auflagefrist erhob die Korporation A._ eine Einwendung. Sie ist Eigentümerin der direkt an den Perimeter des Gestaltungsplans angrenzenden Parzellen Nrn. 117 und 419 in Ennetbürgen. Eine in der Folge durchgeführte Einigungsverhandlung blieb erfolglos. Mit Entscheid vom 3. bzw. 4. Oktober 2016 wiesen die Gemeinderäte von Ennetbürgen und Stans die Einwendung ab, genehmigten den Gestaltungsplan und legten diesen der Baudirektion des Kantons Nidwalden zur Genehmigung vor. Dagegen erhob die Korporation A._ Verwaltungsbeschwerde bei der Baudirektion. Diese wies mit Entscheid vom 30. Oktober 2017 die Beschwerde ab und genehmigte den Gestaltungsplan gleichentags mit separatem Beschluss.
Mit Entscheid vom 28. Mai 2018 wies das Verwaltungsgericht des Kantons Nidwalden eine von der Korporation A._ dagegen erhobene Beschwerde ab, soweit es darauf eintrat.
B.
Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht vom 17. Dezember 2018 beantragt die Korporation A._, der Entscheid des Verwaltungsgerichts sowie die vorangehenden Entscheide der Baudirektion und der Gemeinderäte von Ennetbürgen und Stans seien aufzuheben. Eventualiter sei die Sache zur Neubeurteilung an das Verwaltungsgericht, subeventualiter an die Baudirektion, subsubeventualiter an die beiden Gemeinderäte zurückzuweisen.
Das Verwaltungsgericht hat auf eine Stellungnahme verzichtet. Die B._ AG und die Gemeinderäte von Ennetbürgen und Stans beantragen, die Beschwerde sei abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. Die Baudirektion schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Das ebenfalls zur Vernehmlassung eingeladene Bundesamt für Umwelt (BAFU) hält fest, der angefochtene Entscheid stehe in Einklang mit der Umweltschutzgesetzgebung des Bundes. Die Beschwerdeführerin hält in ihrer Stellungnahme dazu an ihren Anträgen fest, dasselbe tun die Beschwerdegegnerin und die Gemeinderäte von Ennetbürgen und Stans in ihrer Replik.

Erwägungen:
1.
1.1. Beim angefochtenen Entscheid handelt es sich um einen kantonal letztinstanzlichen Endentscheid über die Genehmigung eines Gestaltungsplans, gegen den die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten offensteht (Art. 82 ff. und Art. 90 BGG). Die Beschwerdeführerin hat am vorinstanzlichen Verfahren teilgenommen, ist als Eigentümerin von direkt an den Gestaltungsplanperimeter angrenzenden Grundstücken vom angefochtenen Entscheid besonders berührt und hat ein schutzwürdiges Interesse an dessen Aufhebung oder Änderung (<ref-law>). Der angefochtene Entscheid wurde der Beschwerdeführerin am 15. November 2018 zugestellt. Die Beschwerdefrist von 30 Tagen wurde somit eingehalten (<ref-law>).
1.2. Unzulässig ist der Antrag der Beschwerdeführerin, auch die Entscheide der Baudirektion und der Gemeinderäte von Stans und Ennetbürgen seien aufzuheben. Diese sind durch den Entscheid des Verwaltungsgerichts ersetzt worden (Devolutiveffekt) und gelten als inhaltlich mitangefochten (<ref-ruling> E. 1.2 S. 543; <ref-ruling> E. 1.4 S. 144; je mit Hinweis).
1.3. Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann insbesondere die Verletzung von Bundesrecht - einschliesslich Überschreitung oder Missbrauch des Ermessens - gerügt werden (<ref-law>). Das Bundesgericht wendet das Bundesrecht grundsätzlich von Amtes wegen an (<ref-law>). Die Verletzung von Grundrechten - einschliesslich die willkürliche Anwendung von kantonalem und kommunalem Recht - prüft es dagegen nur insoweit, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und genügend begründet worden ist (<ref-law>). Dabei gelten qualifizierte Begründungsanforderungen (<ref-ruling> E. 1.4.2 S. 254 mit Hinweisen). Soweit diese nicht eingehalten sind, ist auf die Rügen nicht einzutreten. Gleiches gilt, soweit die Begründung - entgegen <ref-law> - erst nach Ablauf der Beschwerdefrist (in der Replik oder späteren Eingaben) nachgeschoben wurde.
Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat, sofern dieser nicht offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (Art. 105 und <ref-law>). Neue Tatsachen und Beweismittel können nur so weit vorgebracht werden, als erst der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gibt (<ref-law>). Echte Noven, d.h. Tatsachen, die erst nach dem angefochtenen Entscheid entstanden sind, sind im Verfahren vor Bundesgericht grundsätzlich unbeachtlich (<ref-ruling> E. 3.1.2 S. 123 mit Hinweisen).
2.
2.1. Die Beschwerdeführerin ist der Auffassung, der Erlass des Gestaltungsplans bedürfe zwingend einer Umweltverträglichkeitsprüfung (UVP). Ein Teil des Areals liege innerhalb des Flugplatzperimeters gemäss Sachplan Infrastruktur Luftfahrt (SIL). In diesem Bereich sei ein "Freiraum für Industrie-Helikopterlandeplatz" vorgesehen. Dies stelle eine Erweiterung des Flugplatzes dar, weil damit zusätzliche Flugbewegungen möglich würden. Insofern liege eine Änderung des Flugplatzes als bestehende, UVP-pflichtige Anlage im Sinne von Art. 2 der Verordnung vom 19. Oktober 1988 über die Umweltverträglichkeitsprüfung (UVPV; SR 814.011) vor. Zudem bestehe zwischen dem Nidwalden AirPark und dem Flugplatz Buochs ein enger räumlicher und funktionaler Zusammenhang. Es handle sich um eine Gesamtanlage, die als solche gemäss <ref-law> (SR 814.01) der UVP-Pflicht unterstehe. Der funktionale Zusammenhang ergebe sich daraus, dass zwei Frei- und Abstellbereiche vorgesehen seien, die im Speziellen als Abstellfläche für Fluggeräte dienten. Beim einen handle es sich um den erwähnten Helikopterlandeplatz. Es sei notorisch, dass bereits heute zwei aviatisch tätige Unternehmen Mieterinnen von Räumlichkeiten auf dem Gestaltungsplanareal seien und den Flugplatz Buochs mit Flugzeugen benützten. Das Verwaltungsgericht habe insofern den Sachverhalt tatsachenwidrig festgestellt. Zudem habe es das rechtliche Gehör verletzt, weil es sich nicht einmal ansatzweise mit den aktuellen Nutzungsverhältnissen auseinandergesetzt habe. Ausserdem liege auch der Zugang zum Industrieareal innerhalb des Flugplatzperimeters gemäss SIL. Dieser Zugangsbereich bilde Teil des Rollwegsystems des Fluplatzes.
Weiter ist die Beschwerdeführerin der Auffassung, es sei als neue Tatsache zu berücksichtigen, dass die Airport C._ AG ein Gesuch zur Umnutzung des Militärflugplatzes in ein rein ziviles Flugfeld beantragt habe. Die öffentliche Auflage habe bereits stattgefunden. Selbst die Airport C._ AG bezeichne Teile des Gestaltungsplans im Rahmen ihres Umnutzungsgesuchs als zukünftigen Tarmac mit Abstell- und Betankungsplatz.
2.2. Das Verwaltungsgericht führt aus, es bestehe zwar zwischen dem Gestaltungsplan und dem Flugplatz eine räumliche Nähe, jedoch keine Identität zwischen den Bauherrschaften und Betriebsträgern. Eine gemeinsame Planung, Organisation oder Zwecksetzung sei nicht ersichtlich. Gemäss Art. 1 Abs. 1 der Sonderbauvorschriften vom 22. Mai 2015 (SBV) solle auf dem Gestaltungsplanareal ein Industriepark entstehen und nicht etwa ein Flugfeld oder ein Flughafen. Primär sollten zwar Betriebe angesiedelt werden, die ihre Wertschöpfung im Bereich der Luftfahrtindustrie generierten. Wie die effektive Nutzung letztlich aussehe bzw. welche Betriebe sich ansiedelten, sei jedoch zum jetzigen Zeitpunkt noch ungewiss. Die Nutzung des Flugplatzes Buochs sei denn auch nicht zwingender Bestandteil des vorliegenden Gestaltungsplans, und der bestehende Flugplatz müsse weder zwingend umgebaut noch erweitert oder im Betrieb geändert werden. Mithin setze die Genehmigung des Gestaltungsplans Nidwalden AirPark auch nicht eine Anpassung des Betriebsreglements des Flugplatzes Buochs voraus. Für zusätzliche Flugbewegungen würde es im Übrigen die Genehmigung des Bundesamts für Zivilluftfahrt (BAZL) brauchen und allfällige Gesuche wären über den Flugplatzbetreiber einzureichen. Zwar liege der südöstliche Teil des Areals innerhalb des Flugplatzperimeters gemäss SIL und gemäss Art. 5 Abs. 1 SBV könnten in diesem Bereich Bauten und Anlagen erstellt werden, die ganz oder überwiegend dem Flugbetrieb dienten (Flugplatzanlagen). Jedoch verkenne die Beschwerdeführerin, dass es sich dabei lediglich um eine Kannvorschrift handle und keineswegs nur Anlagen errichtet werden dürften, die dem Flugplatzbetrieb dienten. So stellten denn auch der im Gestaltungsplan ausgeschiedene Frei- und Abstellbereich mit möglicher Realisierung eines Helikopterlandeplatzes sowie das geplante Parkhaus im Flugplatzperimeter SIL keine Erweiterung des Flugplatzes dar, die in Bezug auf den Flugplatz einer Änderung im Sinne von <ref-law> gleichkomme und infolgedessen der UVP-Pflicht unterstehe. Des Weiteren sei die Planung der beiden Betreiber auch nicht aufeinander abgestimmt oder koordiniert. Es mangle an einem organisatorischen Zusammengehen beider Betreiber und es finde kein gemeinsamer Auftritt nach aussen statt. Im Übrigen wäre eine UVP im jetzigen Zeitpunkt ohnehin wenig sinnvoll, sei doch die konkrete Nutzung innerhalb des Gestaltungsplanperimeters noch nicht bekannt.
Die Beschwerdegegnerin, die beteiligten Gemeinderäte und das BAFU haben sich diesen Ausführungen der Vorinstanz im Wesentlichen angeschlossen.
2.3. Auf die Rüge der Beschwerdeführerin, das Verwaltungsgericht habe das rechtliche Gehör verletzt (<ref-law>), weil es sich nicht mit den aktuellen Nutzungsverhältnissen auseinandergesetzt habe, ist mangels hinreichender Begründung nicht einzutreten (<ref-law>). Die Beschwerdeführerin müsste insofern darlegen, dass sie im vorinstanzlichen Verfahren entsprechende Argumente vorgetragen hatte, die das Verwaltungsgericht in der Folge überging. Dies tut sie jedoch nicht. Weiter ist auch nicht erkennbar, inwiefern das Verwaltungsgericht den Sachverhalt tatsachenwidrig festgestellt haben soll (<ref-law>). Dass es nicht im Detail auf die derzeitigen Nutzungsverhältnisse einging, kann nicht einer unzutreffenden Sachverhaltsfeststellung gleichgesetzt werden. Nicht einzutreten ist schliesslich auch auf die neuen Vorbringen im Zusammenhang mit der Umnutzung des Flugplatzes Buochs. Zum einen bildet diese Umnutzung vorliegend nicht Verfahrensgegenstand, zum andern handelt es sich dabei um unzulässige neue Tatsachen und Beweismittel, da zu deren Vorbringen nicht erst der angefochtene Entscheid Anlass gegeben hat (<ref-law>).
2.4. Nach <ref-law> unterliegen Änderungen von UVP-pflichtigen Anlagen ebenfalls der UVP, wenn sie wesentliche Umbauten, Erweiterungen oder Betriebsänderungen betreffen und über die Änderung im Verfahren entschieden wird, das bei neuen Anlagen für die Prüfung massgeblich ist. Nach der Rechtsprechung ist eine Änderung im Sinne von Art. 2 Abs. 1 UVP wesentlich, wenn die der Anlage zuzurechnenden Umweltbelastungen eine ins Gewicht fallende Änderung erfahren können (siehe im Einzelnen <ref-ruling> E. 6.2 S. 198 f. mit Hinweisen). Ob die mit dem Gestaltungsplan Nidwalden AirPark verbundenen Umweltbelastungen dem Flugplatz Buochs zuzurechnen sind, beurteilt sich danach, ob der Gestaltungsplan und der Flugplatz unter umweltschutzrechtlichen Gesichtspunkten als Gesamtanlage zu qualifizieren sind. Dies ist im Folgenden unter Berücksichtigung aller relevanten Umstände und nicht nur mit Blick auf den von der Beschwerdeführerin erwähnten Helikopterlandeplatz zu untersuchen.
3.
3.1. Bevor eine Behörde über die Planung, Errichtung oder Änderung von Anlagen entscheidet, prüft sie möglichst frühzeitig die Umweltverträglichkeit (<ref-law>). Wer eine Anlage, die der Umweltverträglichkeitsprüfung untersteht, planen, errichten oder ändern will, muss der zuständigen Behörde einen Umweltverträglichkeitsbericht unterbreiten. Dieser bildet die Grundlage der UVP (<ref-law>).
Gemäss <ref-law> werden Einwirkungen sowohl einzeln als auch gesamthaft und nach ihrem Zusammenwirken beurteilt. Das dieser Bestimmung zugrunde liegende Prinzip der ganzheitlichen Betrachtungsweise verlangt - insbesondere für den Bereich der Emissionsbegrenzung - eine gesamthafte Beurteilung aller Anlagen, die aufgrund ihres räumlichen, zeitlichen und funktionalen Zusammenhangs als Gesamtanlage erscheinen. Daraus folgt, dass die UVP-Pflicht sich auf alle Teile erstrecken muss, die zusammen eine Gesamtanlage in diesem Sinne bilden. Ob zwischen verschiedenen Vorhaben der erforderliche Zusammenhang im Sinne von <ref-law> gegeben ist, ist eine Rechtsfrage, die das Bundesgericht frei prüft (zum Ganzen: zur Publ. vorgesehenes Urteil 1C_308/2018 vom 9. Oktober 2019 E. 3.4 mit Hinweisen).
3.2. Die Erfordernisse des räumlichen und des funktionalen Zusammenhangs für die Annahme einer Gesamtanlage gelten kumulativ (a.a.O. E. 3.5 mit Hinweis).
Ein enger räumlicher Zusammenhang wurde in der bundesgerichtlichen Praxis beispielsweise verneint in Bezug auf ein Möbelhaus und ein Warenlager, bei dem die Kunden die gekauften Artikel abholen konnten, weil letzteres mehr als einen Kilometer von ersterem entfernt geplant war (Urteil 1C_381/2012 vom 4. Juni 2013 E. 2.3). Bejaht wurde er dagegen zwischen sogenannten Off-Airport-Parkplätzen und dem Flughafen Zürich, soweit die Betreiber der Parkplätze am Flughafen über eine eigene Infrastruktur, wie Umschlag-Parkplätze und Schalter, verfügten, um Flugpassagieren ein Valet-Parking anbieten zu können; dies unabhängig von der Distanz der Parkierungsanlagen zum Flughafen (zur Publ. vorgesehenes Urteil 1C_308/2018 vom 9. Oktober 2019 E. 5.1).
Für die Annahme eines engen funktionalen Zusammenhangs müssen sich die einzelnen Teile derart ergänzen, dass sie gemeinsam eine betriebliche Einheit bilden oder bilden könnten. Der Einheitscharakter von verschiedenen Vorhaben, die von unterschiedlichen Bauherrschaften errichtet werden, kann nicht leichthin angenommen werden, da das Umweltschutzgesetz keine planerische, sondern nur eine projektbezogene UVP kennt. Gemeinsame umwelt- und planungsrechtliche Vorgaben der Behörden (z.B. Pflicht zur Beteiligung an einem Parkleitsystem) genügen nicht. Eine Gesamtanlage kann in der Regel nur angenommen werden, wenn zwei (oder mehrere) Einzelanlagen zumindest in Teilbereichen zusammenwirken, und zwar über das hinaus, was durch behördliche Auflagen umwelt- oder planungsrechtlicher Natur geboten ist (anders kann es sich bei wettbewerbsrechtlichen Vorgaben verhalten: a.a.O., E. 5.1). Gehören die Einzelanlagen demselben Eigentümer bzw. Betreiber oder besteht eine gemeinsame Organisation oder Planung, so kann ein funktionaler Zusammenhang eher angenommen werden, im gegenteiligen Fall dagegen kaum (Urteil 1C_228/2018 vom 18. Juli 2019 E. 8.2 mit Hinweisen). Ein gemeinschaftliches Auftreten kann als Indiz berücksichtigt werden (zum Ganzen: zur Publ. vorgesehenes Urteil 1C_308/2018 vom 9. Oktober 2019 E. 3.5 mit Hinweisen).
3.3. Der enge räumliche Zusammenhang zwischen dem Gestaltungsplanperimeter und dem Flughafen Buochs ist vorliegend klar gegeben. Die beiden grenzen direkt aneinander. Umstritten ist dagegen, ob auch ein enger funktionaler Zusammenhang besteht.
Wie die Beschwerdeführerin zu Recht vorbringt, spricht für einen derartigen Zusammenhang sowohl der Umstand, dass ein Teil des Areals im Flugplatzperimeter gemäss SIL liegt, als auch der in Art. 2 Abs. 2 SBV verankerte Zweck, primär Betriebe anzusiedeln, die ihre Wertschöpfung im Bereich der Luftfahrtindustrie haben. Im Flugplatzperimeter liegt weiter der Zugang "Verkehrsbereich Luftfahrzeuge", der als Verbindung zwischen dem Flugplatz und dem Industriepark zum orientierenden Inhalt des Gestaltungsplans gehört.
Diese Gegebenheiten sind jedoch nicht ausschlaggebend. Das Verwaltungsgericht hat, wie bereits erwähnt, zunächst festgestellt, dass zwischen den Bauherrschaften und Betriebsträgern keine Identität besteht, und ist gestützt auf die oben dargelegte Rechtsprechung zu Recht davon ausgegangen, dass somit der Einheitscharakter von Flugplatz und Gestaltungsplan nicht leichthin angenommen werden kann. Weiter sollen im geplanten Industriepark zwar primär Betriebe mit einem Bezug zur Luftfahrt angesiedelt werden, jedoch ist dies keineswegs zwingend. Die tatsächliche künftige Nutzung ist insofern vielmehr offen. Das gilt auch bezüglich desjenigen Teils des Gestaltungsplanareals, der im Flugplatzperimeter liegt. Wie aus Art. 5 Abs. 3 SBV hervorgeht, können dort auch Bauten und Anlagen, welche nicht ganz oder überwiegend dem Flugplatzbetrieb dienen, errichtet werden. Derartige Nebenanlagen werden in Art. 2 lit. f der Verordnung vom 23. November 1994 über die Infrastruktur der Luftfahrt (VIL; SR 748.131.1) definiert als Bauten und Anlagen auf Flugplätzen, die nicht zu den Flugplatzanlagen gehören (vgl. auch <ref-law>). Dass gegenwärtig zwei aviatisch tätige Unternehmen Räumlichkeiten im Gestaltungsplangebiet gemietet haben sollen, ändert daran nichts, denn eine bestehende Nutzung führt nicht dazu, dass der Gestaltungsplan, der eine solche Nutzung selbst nicht zwingend vorsieht, als Einheit mit dem Flugplatz zu qualifizieren wäre. Im Übrigen handelt es sich bei diesem erstmals im bundesgerichtlichen Verfahren angeführten Vorbringen um eine unzulässige neue Tatsache (<ref-law>), die entgegen der Auffassung der Beschwerdeführerin auch nicht als notorisch, d.h. allgemein bekannt, gelten kann (vgl. Urteil 1C_228/2018 vom 18. Juli 2019 E. 8.4).
Unzutreffend ist weiter, es erfolge eine Erweiterung des Flugplatzes, weil zusätzliche Flugbewegungen möglich würden. Zwar wird auf dem Gestaltungsplan der eine der beiden Frei- und Abstellbereiche als Helikopterlandeplatz bezeichnet, jedoch geht aus der Planlegende ohne Weiteres hervor, dass einzig die Nutzung als Frei- und Abstellbereich zwingender Planinhalt bildet. Wie das BAFU zudem zutreffend ausführt, wird mit dem Gestaltungsplan luftfahrtrechtlich ohnehin kein Helikopterlandeplatz bewilligt und werden deshalb auch keine zusätzlichen Flugbewegungen ermöglicht. Lediglich orientierender Natur ist im Übrigen auch der Eintrag des Zugangs "Verkehrsbereich Luftfahrzeuge" auf dem Gestaltungsplan. Die Beschwerdeführerin selbst macht diesbezüglich an anderer Stelle zudem geltend, diese Erschliessungsmöglichkeit sei nicht realisierbar, weil sie (als Eigentümerin der dafür beanspruchten Parzelle) darin nicht einwilligen werde.
Der vorinstanzlichen Feststellung, es fehle an einem gemeinsamen Auftritt der beiden Betreiber und ihre Planung sei auch sonst nicht aufeinander abgestimmt, vermag die Beschwerdeführerin schliesslich nichts entgegenzuhalten. In Berücksichtigung sämtlicher dargelegten Umstände und insbesondere der offenen Zwecksetzung des Gestaltungsplans ist deshalb nicht von einem engen funktionalen Zusammenhang und somit nicht von einer Gesamtanlage auszugehen. Der Gestaltungsplan stellt deshalb keine Änderung des Flugplatzes Buochs dar. Da die Beschwerdeführerin zudem nicht geltend macht, der Gestaltungsplan unterliege für sich allein betrachtet der UVP-Pflicht, erweist sich ihre Kritik in diesem Punkt als unbegründet.
Ergänzend ist darauf hinzuweisen, dass das Verwaltungsgericht zu Recht festgehalten hat, eine UVP wäre im jetzigen Zeitpunkt kaum sinnvoll, weil die konkrete Nutzung im Gestaltungsplanperimeter noch nicht bekannt sei. Tatsächlich ist nicht ersichtlich, inwiefern die Auswirkungen auf die Umwelt ohne ein konkretes Projekt umfassend untersucht werden könnten (vgl. Urteil 1A.133/2003 vom 15. April 2004 E. 2, in: URP 2004 S. 351).
4.
4.1. Art. 17 Abs. 4 SBV sieht vor, dass die Lüftungsanlagen aus der zentralen Grundwasserbohrung mit Kälte ohne Kompressorenenergie zu beschicken sind (Teilsatz 1). Zudem wird präzisiert, dass dazu eine wasserrechtliche Verleihung notwendig sei (Teilsatz 2). Die Beschwerdeführerin rügt in dieser Hinsicht eine Verletzung des Vorsorgeprinzips sowie "Rechtswidrigkeit". Sie macht unter Berufung auf das Urteil 1A.197/2001 vom 18. April 2002 geltend, dass bereits zum Zeitpunkt der Bewilligung des Gestaltungsplans Sicherheit darüber bestehen müsse, dass die Realisierung der Anlage möglich sei. Deshalb müsse auch der für die Wasserverleihung unerlässliche Bericht zu den Wasserentnahmen vorliegen. Gemäss der geologisch-hydrogeologischen Beurteilung der D._ AG sei die Machbarkeit jedoch nicht gesichert.
4.2. Im von der Beschwerdeführerin zitierten Urteil legte das Bundesgericht dar, dass es sich beim Gestaltungsplan um ein Institut des kantonalen Rechts handle und es grundsätzlich keine bundesrechtlichen Vorgaben zu dessen Detaillierungsgrad gebe. Mit Blick auf die damals umstrittene Erschliessung hielt es fest, es werde im Baubewilligungsverfahren zu prüfen sein, ob diese tatsächlich und rechtlich realisiert sei. Anders wäre höchstens zu entscheiden, wenn die im Gestaltungsplan vorgesehene Erschliessung von vornherein als nicht realisierbar bezeichnet werden müsste, was nicht der Fall sei (a.a.O., E. 4.2 f. mit Hinweisen, bestätigt in Urteil 1C_163/2011 vom 15. Juni 2012 E. 3.1).
4.3. Die Beschwerdeführerin legt nicht dar, dass im vorliegenden Fall die zentrale Grundwasserbohrung nicht realisierbar wäre. Solches geht insbesondere auch nicht aus der von ihr erwähnten geologisch-hydrogeologischen Beurteilung hervor. Das BAFU hält fest, eine gewässerschutzkonforme Ausführung der Lüftungsanlage sei seines Erachtens aufgrund der zur Verfügung stehenden Dokumente möglich. Zudem macht die Beschwerdeführerin nicht geltend, dass die kantonalrechtlichen Anforderungen an den Gestaltungsplan nicht erfüllt wären bzw. der vorinstanzliche Entscheid in dieser Hinsicht willkürlich wäre (<ref-law>). Die Berufung auf "Rechtswidrigkeit" genügt insofern den Anforderungen an die Begründung der Beschwerdeschrift nicht (Art. 42 Abs. 2 und <ref-law>). Sodann ist auch nicht nachvollziehbar, inwiefern die Beschränkung der Festlegungen im Gestaltungsplan auf die Rahmenbedingungen, die bei späteren Baubewilligungsgesuchen zu berücksichtigen sind, mit dem Vorsorgeprinzip (<ref-law>) unvereinbar sein sollte. Wie bereits dargelegt, wird die wasserrechtliche Verleihung in Art. 17 Abs. 4 SBV ausdrücklich vorbehalten. Die Rüge der Beschwerdeführerin erweist sich somit als unbegründet, soweit darauf einzutreten ist.
5.
5.1. Die Beschwerdeführerin kritisiert, es seien keine Abklärungen zum Thema Lärm durchgeführt worden. Sie sei aufgrund der öffentlichen Auflage des Umnutzungsgesuchs zum Flugplatz Buochs in den Besitz einer Lärmprognose gelangt. Aus dieser gehe hervor, dass im Gestaltungsplangebiet Lärmbelastungen bestünden, die sogar die Alarmwerte überschreiten. Gestützt auf Art. 36 der Lärmschutz-Verordnung vom 15. Dezember 1986 (LSV; SR 814.41) hätten deshalb die Aussenlärmimmissionen ermittelt werden müssen.
5.2. Das Verwaltungsgericht ging im angefochtenen Entscheid auf den Lärmschutz nicht ein, da die Beschwerdeführerin diesen im vorinstanzlichen Verfahren nicht thematisiert hatte. Das BAFU hält fest, mangels Einheitscharakter stelle der Gestaltungsplan Nidwalden AirPark nicht eine Änderung des Flugplatzes Buochs als bestehender ortsfester Anlage im Sinne von <ref-law> dar. Aus Art. 7 und Art. 40 Abs. 2 LSV ergebe sich, dass bei der Beurteilung neuer ortsfester Anlagen hinsichtlich der Einhaltung der Planungswerte ausschliesslich Lärmbelastungen zu berücksichtigen seien, die von der neuen Anlage allein verursacht würden. Im vorliegenden Fall habe der Nachweis der Einhaltung der Planungswerte im Baubewilligungsverfahren zu erfolgen, da der Gestaltungsplan mangels genügend detaillierter Angaben nicht als Grundlage für eine Lärmprognose herangezogen werden könne. Im Rahmen der Gestaltungsplanung reiche es, wenn die Einhaltung der Planungswerte als plausibel erscheine, wovon vorliegend ausgegangen werden könne.
5.3. Bei der von der Beschwerdeführerin vorgelegten Lärmprognose handelt es sich um ein neues Beweismittel. Da nicht erst der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gegeben hat, ist es gemäss <ref-law> unzulässig. An der rechtlichen Beurteilung hätte die Lärmprognose zudem ohnehin nichts geändert, da, wie nachfolgend aufzuzeigen ist, die Rüge der Beschwerdeführerin unbesehen einer Überschreitung der Alarmwerte auf dem Gestaltungsplangebiet unbegründet ist.
5.4. Gemäss <ref-law> dürfen Baubewilligungen für neue Gebäude, die dem längeren Aufenthalt von Personen dienen, in lärmbelasteten Gebieten grundsätzlich nur erteilt werden, wenn die Immissionsgrenzwerte nicht überschritten werden (Abs. 1) oder wenn die Räume zweckmässig angeordnet und die allenfalls notwendigen zusätzlichen Schallschutzmassnahmen getroffen werden (Abs. 2). <ref-law> sieht zudem vor, dass ortsfeste Anlagen nur errichtet werden dürfen, wenn die durch diese Anlagen allein erzeugten Lärmimmissionen die Planungswerte in der Umgebung nicht überschreiten; die Bewilligungsbehörde kann eine Lärmprognose verlangen. Abs. 2 dieser Bestimmung erlaubt unter gewissen Voraussetzungen Erleichterungen.
Das Bundesgericht hat in seiner Rechtsprechung zu <ref-law> dargelegt, dass sich die Bestimmung nach ihrem Wortlaut auf das Baubewilligungsverfahren und nicht auf das Quartierplanverfahren bezieht. Es ist ausreichend, wenn im Quartierplanverfahren nachgewiesen wird, dass es unter Einhaltung der Vorgaben des Quartierplans grundsätzlich möglich ist, die geplante Anlage so auszugestalten, dass sie den lärmrechtlichen Anforderungen entspricht (Urteil 1C_695/2017 vom 22. Februar 2019 E. 8, in: URP 2019 S. 371). Entsprechend verhält es sich unter dem Titel von <ref-law> hinsichtlich des Nachweises der Planungswerte: Dieser erfolgt im Baubewilligungsverfahren, wenn die Quartierplanung mangels genügend detaillierter Angaben noch keine Beurteilung zulässt. Es genügt auch insofern, wenn die Einhaltung der Planungswerte möglich erscheint (a.a.O., E. 10 mit Hinweis).
Die Angaben des Gestaltungsplans Nidwalden AirPark sind nicht hinreichend detailliert, dass eine umfassende lärmrechtliche Beurteilung möglich wäre. Diese hat deshalb im Baubewilligungsverfahren zu erfolgen. Es reicht somit aus, wenn es unter Einhaltung der Vorgaben des Gestaltungsplans grundsätzlich möglich ist, die geplante Anlage so auszugestalten, dass sie den lärmrechtlichen Anforderungen entspricht. Das BAFU als Lärmfachstelle des Bundes bejaht dies und für das Bundesgericht besteht kein Anlass, von dieser Einschätzung abzuweichen, zumal die Beschwerdeführerin in ihrer Beschwerdeschrift nicht darlegt, weshalb es sich anders verhalten sollte.
6.
6.1. Die Beschwerdeführerin ist schliesslich der Auffassung, es bestehe keine hinreichende Erschliessung. Es bedürfe einer "aviatischen Haupterschliessung" zum Flugplatz Buochs. Eine solche sei rechtlich nicht gesichert, dies entgegen dem als orientierender Planinhalt aufgeführten Zugang "Verkehrsbereich Luftfahrzeuge". Der angefochtene Entscheid verletze Art. 19 RPG, das Rechtsgleichheitsgebot und das Willkürverbot.
6.2. Wie im Rahmen der Ausführungen zur Frage der UVP-Pflicht dargelegt, ist die konkrete Nutzung des Gestaltungsplangebiets noch ungewiss und eine Wertschöpfung im Bereich der Luftfahrt nicht zwingend erforderlich. Im Übrigen ist eine solche Wertschöpfung auch keineswegs untrennbar mit dem Verschieben von Luftfahrzeugen verbunden, sondern kann durchaus auf andere Weise erfolgen. Das Verwaltungsgericht konnte deshalb willkürfrei davon ausgehen, dass eine Anbindung des Gestaltungsplans an den Flugplatz nicht erforderlich sei. Eine unzureichende Erschliessung ist in dieser Hinsicht nicht erkennbar. Die Rüge der Beschwerdeführerin ist unbegründet.
7.
Die Beschwerde ist aus diesen Erwägungen abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist.
Bei diesem Verfahrensausgang sind die Gerichtskosten der Beschwerdeführerin aufzuerlegen (<ref-law>). Die Beschwerdeführerin hat der Beschwerdegegnerin eine angemessene Parteientschädigung auszurichten (Art. 68 Abs. 1 und 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 4'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3.
Die Beschwerdeführerin hat die Beschwerdegegnerin mit Fr. 5'000.-- zu entschädigen.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien, dem Gemeinderat Ennetbürgen, dem Gemeinderat Stans, der Baudirektion des Kantons Nidwalden, dem Verwaltungsgericht des Kantons Nidwalden, Verwaltungsabteilung, und dem Bundesamt für Umwelt schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 14. November 2019
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Chaix
Der Gerichtsschreiber: Dold