Sachverhalt:
A.
Bei der A._ AG (Klägerin; Beschwerdeführerin) handelt es sich um eine Aktiengesellschaft, die namentlich den Betrieb eines Luftfahrtunternehmens zur Personen- und Frachtbeförderung bezweckt. Die B._ AG (Beklagte; Beschwerdegegnerin) ist eine Aktiengesellschaft, deren Zweck insbesondere in der Organisation, Durchführung sowie Vermittlung von Reisen besteht. Die Parteien schlossen am 24. September 2014 einen als "Aircraft Charter Agreement" bzw. "Charterrahmenvertrag" bezeichneten Vertrag und am 28. Mai 2015 einen als "Aircraft Charter Agreement" bzw. "Zusatzvereinbarung zum Flug - Charter - Rahmenvertrag" betitelten Vertrag ab. Mit letzterer Vereinbarung wurde die Anzahl der durch die Klägerin im Grundsatz zu erbringenden Flüge auf 518 Flüge festgelegt.
Von diesen 518 Flügen wurden schliesslich im Sommer 2015 deren 48 nicht durch die Klägerin, sondern durch die C._ AG, eine Drittgesellschaft, durchgeführt. Dies veranlasste die Beklagte zur Kündigung des Charterrahmenvertrages samt Zusatzvereinbarung per 31. Oktober 2015.
B.
Am 4. September 2015 reichte die Klägerin Klage am Handelsgericht des Kantons Zürich ein. Sie begehrte es sei festzustellen, dass der Charterrahmenvertrag samt Zusatzvereinbarung über den 31. Oktober 2015 hinaus in Kraft sei, eventualiter, dass dessen Kündigung unwirksam sei. Alles unter Kosten- und Entschädigungsfolgen zu Lasten der Beklagten (Rechtsbegehren Ziff. 1 - 3). Am 5. Oktober 2016 reichte sie zusätzlich auf dem Wege der Klageänderung bzw. Klageergänzung eine Forderungsklage über Fr. 6'699'061.25 samt Zins zu 5 % ein (Rechtsbegehren Ziff. 4).
Mit Urteil und Beschluss vom 28. November 2017 wies das Handelsgericht die Klage ab und schrieb gleichzeitig verschiedenste Verfahrensanträge der Klägerin zufolge Gegenstandslosigkeit ab.
C.
Mit Beschwerde in Zivilsachen vom 15. Dezember 2017, fristgerecht ergänzt am 22. Januar 2018, begehrt die Beschwerdeführerin, das Urteil des Handelsgerichts sei aufzuheben. Die Rechtsbegehren Ziff. 1 - 3 seien gutzuheissen, mit Bezug auf Rechtsbegehren Ziff. 4 sei die Sache zur Fortsetzung des Verfahrens an die Vorinstanz zurückzuweisen. Eventualiter sei die Sache als Ganzes zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Die Beschwerdegegnerin beantragt, die Beschwerde sei abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. Die Vorinstanz verzichtete auf Vernehmlassung.
Die Parteien replizierten und duplizierten.
Mit Präsidialverfügung vom 25. Januar 2018 wurde das Gesuch um Erteilung der aufschiebenden Wirkung abgewiesen.

Erwägungen:
1.
Das angefochtene Urteil des Handelsgerichts ist ein Endentscheid (<ref-law>) einer einzigen kantonalen Instanz im Sinne von <ref-law>. Dagegen steht die Beschwerde in Zivilsachen offen, gemäss <ref-law> unabhängig vom Streitwert (<ref-ruling> E. 1.2; <ref-ruling> E. 1.1, 2 E. 1.2.2). Unter Vorbehalt einer rechtsgenüglichen Begründung (Art. 42 Abs. 2 und Art. 106 Abs. 2 BGG) ist daher auf die Beschwerde einzutreten.
2.
Die Beschwerdegegnerin kündigte den zwischen den Parteien bestehenden Charterrahmenvertrag samt Zusatzvereinbarung. Die Zulässigkeit dieser Kündigung ist zwischen den Parteien umstritten und bildet den Kern des vorliegenden Rechtsstreites. Die Parteien vertreten diesbezüglich die folgenden Standpunkte:
Die Beschwerdegegnerin begründete die Kündigung damit, die Beschwerdeführerin habe weniger als 95 % der geschuldeten 518 Flüge mit eigenen Flugzeugen geflogen. Dies habe sie gestützt auf Ziffer 16.3 lit. b des Charterrahmenvertrages zur ausserordentlichen Kündigung berechtigt.
Die Beschwerdeführerin beruft sich demgegenüber darauf, dass die Voraussetzungen für eine ausserordentliche Kündigung nicht erfüllt gewesen seien. Sie macht vor Bundesgericht geltend, die von einer Drittgesellschaft durchgeführten 48 Flüge dürften für die Berechnung des Schwellenwerts von 95 % nicht mitgezählt werden. Dies ergebe sich aus dem in Ziffer 3.2 des Charterrahmenvertrages vereinbarten "Slotvorbehalt". Ohne passenden Slot - also einer Zeitnische, innerhalb welcher die Flughafeninfrastruktur eines Flughafens zum Starten und Landen verwendet werden dürfe - sei die Durchführung der 48 Flüge durch sie nicht geschuldet.
3.
Die Vorinstanz kam diesbezüglich in einer "Hauptbegründung" zusammengefasst zum Schluss, dass die Behauptungen der Beschwerdeführerin hinsichtlich der Verfügbarkeit der Slots ungenügend seien: Selbst unter der Annahme eines vereinbarten Slotvorbehalts vermöge die Beschwerdeführerin nicht darzutun, dass sie keine passenden Slots habe erhältlich machen können. Damit sei die Durchführung der 48 Flüge selbst bei einem vereinbarten Slotvorbehalt durch sie geschuldet. Die Kündigung der Beschwerdegegnerin erweise sich demnach als zulässig, da die Beschwerdeführerin die geschuldeten Flüge nicht selber geflogen habe, womit der ausserordentliche Kündigungsgrund greife.
In einer "Eventualbegründung" prüfte die Vorinstanz, ob überhaupt ein Slotvorbehalt zwischen den Parteien vereinbart wurde. Die Vorinstanz kam diesbezüglich zusammengefasst zum Ergebnis, dass kein Slotvorbehalt vereinbart worden sei. Die Kündigung der Beschwerdegegnerin erweise sich aufgrund der Nichtdurchführung der 48 Flüge als zulässig und die Klage sei damit auch mit dieser "Eventualbegründung" abzuweisen.
4.
4.1. Die Beschwerdeführerin bringt gegen die "Eventualbegründung" vor, die Vertragsauslegung der Vorinstanz beruhe auf einer "objektiven Betrachtung". Die Vorinstanz habe keinen übereinstimmenden wirklichen Willen festgestellt, sondern habe einzelne missverständliche Formulierungen verwendet, die eine subjektive Auslegung suggerierten. So habe sie lediglich den Wortlaut beschrieben und ausgeführt, dass auch Unübliches vereinbart werden könne. Mit dem inneren Willen habe sich die Vorinstanz aber gar nicht befasst. Auch bei der Entstehungsgeschichte befasse sich die Vorinstanz nicht mit dem übereinstimmenden wirklichen Willen der Parteien. Ihre Erwägung beruhe auf einer objektiven Betrachtung und stelle nicht auf einen gegenüber der Beschwerdegegnerin geäusserten inneren Willen ab, sondern beschreibe lediglich deren angebliches Erklärungsverhalten. Die Vertragsauslegung könne daher als Rechtsfrage vom Bundesgericht frei geprüft werden.
4.2. Dieser Ansicht der Beschwerdeführerin kann nicht gefolgt werden: Wie die Beschwerdegegnerin zutreffend ausführt, finden sich im vorinstanzlichen Urteil keine Anhaltspunkte, dass die Vorinstanz bezüglich der Frage des Slotvorbehalts eine objektivierte Auslegung nach dem Vertrauensprinzip vorgenommen hätte. So erwähnt die Vorinstanz, abgesehen davon, dass sie eine Argumentation der Beschwerdeführerin verwirft und diesbezüglich erwähnt, dass dieses Vorbringen der Beschwerdeführerin "auf der letzten Stufe der objektiven Vertragsauslegung zu berücksichtigen" wäre, weder die Auslegung nach dem Vertrauensprinzip noch einen normativen bzw. rechtlichen Konsens. Aus der Entscheidbegründung des vorinstanzlichen Urteils ist sodann nicht ersichtlich, dass die Vorinstanz die Erklärungen der Parteien nach dem Vertrauensprinzip interpretiert hätte, mithin so, wie die Erklärung von der Adressatin nach ihrem Wortlaut und Zusammenhang sowie den gesamten Umständen nach Treu und Glauben verstanden werden durfte und musste (vgl. <ref-ruling> E. 1.2.2).
Im Gegenteil erwog die Vorinstanz nach Darlegung des Wortlautes von Ziffer 3.2 des Charterrahmenvertrages, dass wenn man sich "im Rahmen dieser subjektiven Vertragsauslegung weiter auf die Entstehungsgeschichte ab[stütze]", ersichtlich sei, dass kein Slotvorbehalt vereinbart worden sei. Die Vorinstanz stellte in diesem Zusammenhang weiter fest, dass die Parteien durch Streichen der Passagen "weitergehende Abänderungsrechte der [Beschwerdeführerin] ausgeschlossen" haben. Sie legte sodann dar, dass die subjektive Erwartungshaltung einer Vertragspartei noch keinen "tatsächlichen Konsens" begründen würde. Immerhin habe die Beschwerdeführerin "erkannt", dass die Anwälte der Beschwerdegegnerin "fast den gesamten Vertrag neu und vermeintlich besser formuliert hatten". Mit ihrer Unterschrift bzw. ihrem Akzept des Gegenantrags der Beschwerdegegnerin seien die Abänderungsrechte des Flugprogramms zu ihren Gunsten vertraglich ausgeschlossen worden. Kurzum gelte, was ausdrücklich gestrichen wurde, könne über die Mittel der Vertragsauslegung nicht wieder als "natürlicher Konsens" der Parteien rekonstruiert werden. Die Vorinstanz legte schliesslich dar, dass auch die systematische Auslegung und die "vorgenommene Risikoverteilung" diese Betrachtungsweise stützten. Als Ergebnis stellte die Vorinstanz fest: "Es existiert kein Slotvorbehalt" bzw. sie erwog als "Zwischenfazit", dass kein Slotvorbehalt vereinbart worden sei.
Die Vorinstanz ging nach dem Gesagten explizit von einer "subjektiven Vertragsauslegung" aus und sprach von einem "natürlichen" bzw. "tatsächlichen" Konsens. Es handelt sich entgegen der Auffassung der Beschwerdeführerin nicht bloss um einzelne missverständliche Formulierungen, die eine subjektive Auslegung suggerierten. Vielmehr stützte sich die Vorinstanz vor allem auf die Entstehungsgeschichte des Vertrags und kam im Rahmen einer Beweiswürdigung zum Schluss, dass die Behauptung der Beschwerdegegnerin, dass gerade kein Slotvorbehalt vereinbart wurde, zutreffe. Sie kam damit zu einem Beweisergebnis und stellte fest, dass es dem übereinstimmenden wirklichen Willen der Parteien entsprochen habe, keinen Slotvorbehalt zu vereinbaren. Es ist demnach von einer von der Vorinstanz festgestellten tatsächlichen Willensübereinstimmung der Parteien auszugehen.
4.3. Diese subjektive Vertragsauslegung beruht auf Beweiswürdigung, die vorbehältlich der Ausnahmen von Art. 97 und 105 BGG der bundesgerichtlichen Überprüfung entzogen ist (<ref-ruling> E. 5.2.1; <ref-ruling> E. 3.1; <ref-ruling> E. 4.1 S. 611). Diese Beweiswürdigung beanstandet die Beschwerdeführerin vor Bundesgericht nicht hinreichend. Vielmehr beschränkt sie sich darauf, pauschal zu behaupten, dass die Vorinstanz keinen tatsächlichen Konsens festgestellt habe, die Vertragsauslegung der Vorinstanz auf einer "objektivierten Betrachtung" beruhe und legt dar, dass es sich um eine "[b]undesrechtswidrige objektivierte Vertragsauslegung" handle. Diesen Ausführungen ist kein Erfolg beschieden.
Es bleibt damit bei der vorinstanzlichen Feststellung, dass zwischen den Parteien kein Slotvorbehalt vereinbart worden ist. Ist kein Slotvorbehalt vereinbart, braucht nicht beurteilt zu werden, ob bei einem vereinbarten Slotvorbehalt überhaupt passende Slots verfügbar gewesen wären. Entsprechend braucht auf diese Erwägungen der Vorinstanz (die "Hauptbegründung") und auf die dagegen vorgebrachte Kritik der Beschwerdeführerin nicht eingegangen zu werden.
5.
5.1. Unabhängig von der Kündigung durch die Beschwerdegegnerin fordert die Beschwerdeführerin unter dem Stichwort "Forderungsgruppe 2" Vergütungen gewisser, unter dem Sommerflugplan 2015 durchgeführter, jedoch (noch) nicht bezahlter Flüge von der Beschwerdegegnerin ein.
Die Vorinstanz stellt diesbezüglich fest, die Beschwerdegegnerin bestreite diese Ansprüche. Nach dem Standpunkt der Beschwerdegegnerin ergebe sich "[n]ach korrekter Ab- und Verrechnung" sogar ein Guthaben zu ihren Gunsten. Die Vorinstanz erwog sodann, die Beschwerdeführerin habe anlässlich der Hauptverhandlung vom 31. Mai 2017 pauschal auf ihre Behauptungen in der Klageschrift verwiesen. Sie bestreite insbesondere nicht die detaillierte Abrechnung der Beschwerdegegnerin für die fragliche Zeitperiode. Diese habe daher als unbestritten zu gelten. [Die Vorinstanz gibt anschliessend die zusammenfassende, tabellarische Abrechnung der Beschwerdegegnerin wieder]. Aufgrund des positiven Saldos zu gunsten der Beschwerdegegnerin habe die Beschwerdeführerin aber keinen Anspruch auf die unter dem Stichwort "Forderungsgruppe 2" geltend gemachten Forderungen.
5.2. Dagegen bringt die Beschwerdeführerin vor, die Vorinstanz habe die Grundsätze der Bestreitungslast verletzt. Sie sei nicht verpflichtet, eine Bestreitung der Gegenpartei ihrerseits zu bestreiten. Ihr könnte höchstens die Last auferlegt werden, ihren eigenen Tatsachenvortrag - angesichts von substanziierten Bestreitungen durch die Gegenseite - zusätzlich zu substanziieren. Die Vorinstanz werfe ihr jedoch nicht ungenügende Substantiierung von Behauptungen vor, sondern gehe irrtümlich davon aus, sie treffe als beweis- und behauptungsbelastete Klägerin eine Pflicht zu substanziiertem Bestreiten. Die Vorinstanz verletze damit den Verhandlungsgrundsatz (<ref-law>) und insbesondere die daraus abgeleiteten Grundsätze zur Behauptungs- und Bestreitungslast, die Regeln zur Beweislastverteilung (<ref-law>, <ref-law>), das Recht auf Beweis (<ref-law>) sowie den Anspruch auf rechtliches Gehör.
5.3. Nach <ref-law> hat, wo es das Gesetz nicht anders bestimmt, derjenige das Vorhandensein einer behaupteten Tatsache zu beweisen, der aus ihr Rechte ableitet. Demgemäss hat die Partei, die einen Anspruch geltend macht, die rechtsbegründenden Tatsachen zu beweisen, während die Beweislast für die rechtsaufhebenden bzw. rechtsvernichtenden oder rechtshindernden Tatsachen bei der Partei liegt, die den Untergang des Anspruchs behauptet oder dessen Entstehung oder Durchsetzbarkeit bestreitet (<ref-ruling> E. 3.1 S. 242).
Inwieweit Tatsachen zu behaupten und zu substanziieren sind, ergibt sich einerseits aus den Tatbestandsmerkmalen der angerufenen Norm und anderseits aus dem prozessualen Verhalten der Gegenpartei (<ref-ruling> E. 2b S. 368; Urteil 4A_443/2017 vom 30. April 2018 E. 2; je mit Hinweisen). Eine Tatsachenbehauptung hat nicht alle Einzelheiten zu enthalten. Es genügt, wenn die Tatsachen, die unter die das Begehren stützenden Normen zu subsumieren sind, in einer den Gewohnheiten des Lebens entsprechenden Weise in ihren wesentlichen Zügen oder Umrissen behauptet werden (<ref-ruling> E. 3.4.2 S. 328; Urteil 4A_195/2014 vom 27. November 2014 E. 7.3.2, nicht publ. in <ref-ruling>). Ein solchermassen vollständiger Tatsachenvortrag wird als schlüssig bezeichnet, da er bei Unterstellung, er sei wahr, den Schluss auf die anbegehrte Rechtsfolge zulässt. Bestreitet die Gegenseite den schlüssigen Tatsachenvortrag der behauptungsbelasteten Partei, greift eine über die Behauptungslast hinausgehende Substanziierungslast. Die Vorbringen sind diesfalls nicht nur in den Grundzügen, sondern in Einzeltatsachen zergliedert so umfassend und klar darzulegen, dass darüber Beweis abgenommen oder dagegen der Gegenbeweis angetreten werden kann (<ref-ruling> E. 2b S. 368; Urteil 4A_195/2014 vom 27. November 2014 E. 7.3.2, nicht publ. in <ref-ruling>; je mit Hinweisen).
5.4. Unbestritten ist, dass die Beschwerdeführerin die Behauptungs- und Beweislast bezüglich dem Bestand der von ihr unter dem Stichwort "Forderungsgruppe 2" geltend gemachten Forderungen trägt. Die Vorinstanz stellte bezüglich dieser Forderungen der Beschwerdeführerin fest, dass die Beschwerdegegnerin diese bestritt, was die Beschwerdeführerin vor Bundesgericht nicht beanstandet. Da die Beschwerdegegnerin diese Forderungen bestritt, griff die über die Behauptungslast hinausgehende Substanziierungslast. Die Beschwerdeführerin hatte mithin ihre Ansprüche aus der "Forderungsgruppe 2" weiter zu substanziieren, wie sie vor Bundesgericht denn auch zu Recht anerkennt.
Nach den verbindlichen Feststellungen der Vorinstanz, welche die Beschwerdeführerin nicht hinreichend in Frage stellt, erhob die Beschwerdegegnerin in diesem Zusammenhang sodann "Verrechnung" und erklärte, dass sich "sogar ein Guthaben zu ihren Gunsten" ergebe. Für den Bestand dieser Verrechnungsforderung trägt nicht die Beschwerdeführerin, sondern die Beschwerdegegnerin die Behauptungs- und Beweislast (vgl. <ref-ruling> E. 4.3 S. 28; Urteil 4A_423/2017 vom 15. November 2017 E. 3.4). Es lag entsprechend an der Beschwerdeführerin den Bestand der gegnerischen Verrechnungsforderung zu bestreiten. Es trifft die Beschwerdeführerin diesbezüglich, entgegen ihrer Ansicht, die Bestreitungslast.
Vor diesem Hintergrund erwog die Vorinstanz, dass die Beschwerdeführerin anlässlich der Hauptverhandlung bloss "pauschal auf ihre Behauptungen in der Klageschrift" verwiesen habe. Aus dem Zusammenhang ergibt sich, zumindest implizit, dass die Vorinstanz der Auffassung war, dass die Beschwerdeführerin ihre eigene von der Beschwerdegegnerin bestrittene Forderung bezüglich der sogenannten "Forderungsgruppe 2" nicht rechtsgenüglich substanziiert und die gegnerische Verrechnungsforderung nicht bestritten habe. Für letztes erwog die Vorinstanz denn auch, dass die Beschwerdeführerin "insbesondere" die detaillierte beklagtische Abrechnung für die fragliche Zeitperiode nicht "bestritt" und diese daher als "unbestritten zu gelten" habe. Die Vorinstanz verletzte damit weder den Verhandlungsgrundsatz noch die Regeln der Beweislastverteilung. Inwiefern das Recht auf Beweis und der Anspruch auf rechtliches Gehör verletzt wären, legt die Beschwerdeführerin nicht hinreichend dar und ist auch nicht ersichtlich.
Die Beschwerdeführerin macht in der nach Ablauf der Beschwerdefrist eingereichten "Stellungnahme zur Beschwerdeantwort" schliesslich geltend, sie habe vor der Vorinstanz ihre Forderung genügend substanziiert bzw. die Forderung der Beschwerdegegnerin bestritten. Da bereits der angefochtene Entscheid zu diesen Vorbringen Anlass gegeben hat, sind sie mit Blick auf die Frist zur Beschwerdebegründung (<ref-law>) verspätet, dient doch die Beschwerdereplik nicht dazu, Versäumnisse in der Beschwerdeschrift nachzuholen (vgl. <ref-ruling> E. 2.2).
6.
Nach dem Gesagten ist die Beschwerde abzuweisen, soweit auf sie eingetreten werden kann. Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend wird die Beschwerdeführerin kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 Abs. 1 und Art. 68 Abs. 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 185'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3.
Die Beschwerdeführerin hat die Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 235'000.-- zu entschädigen.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Handelsgericht des Kantons Zürich schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 28. Mai 2018
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Kiss
Der Gerichtsschreiber: Brugger