Faits :
A.
A.a. A._ SA, dont une société soeur, A1._ SA, est active dans le domaine de la formation, a pour administrateur unique C._.
B._, active notamment dans l'organisation de conférences et de concerts, dont D._ est le président, était propriétaire de deux immeubles, sis sur la commune de..., dans lesquels se trouvait le cinéma E._, depuis le 23 juillet 2010.
A.b. Par acte passé devant notaire le 26 septembre 2016, qui reprenait pour l'essentiel un contrat de vente à terme signé précédemment, A._ SA, en qualité de promettant-acquéreur (ci-après: l'acquéresse, la demanderesse ou la recourante), a signé avec B._, en qualité de promettant-vendeur (ci-après: la venderesse, la défenderesse ou l'intimée), une promesse de vente et d'achat assortie d'un droit d'emption (ci-après: la promesse de vente) portant sur les deux immeubles par laquelle la première s'engageait à les acquérir d'ici au 30 septembre 2019. Le prix de vente était fixé à 3'230'000 fr. pour les immeubles et 170'000 fr. pour le matériel inventorié, soit au total 3'400'000 fr. En particulier, un premier acompte de 340'000 fr. était payable avant la signature de la promesse, et un montant de 1'080'000 fr. devait être payé à la venderesse par tranches mensuelles de 30'000 fr. (36 mensualités, du 31 octobre 2016 au 30 septembre 2019), le solde étant dû le jour de la signature de l'acte de vente. Par avenant du 28 septembre 2016, les parties ont modifié ces modalités de paiement en ce sens que le montant total des acomptes à verser était réduit de 1'080'000 fr. à 720'000 fr. et les acomptes mensuels de 30'000 fr. à 20'000 fr., le solde du prix à verser à la signature de la vente étant de ce fait augmenté à 2'340'000 fr.
L'acte notarié réglemente les conséquences de son inexécution par les parties, soit du refus de signer l'acte de vente. Ainsi, l'art. 5 al. 1 prévoit notamment une peine conventionnelle de 340'000 fr. à charge de la partie fautive; quant à l'art. 5 al. 3, il dispose qu'en cas d'inexécution du promettant-acquéreur, ce dernier ne pourrait pas demander le remboursement des acomptes versés ou une indemnité pour les travaux réalisés sur les biens immobiliers.
L'acquéresse a versé l'acompte de 340'000 fr. sur le compte du notaire le 27 septembre 2016. Elle a en outre versé trois acomptes de 20'000 fr. chacun.
A.c. Un litige est survenu entre les parties au sujet de l'utilisation des locaux.
Selon la promesse de vente, l'acquéresse entrait en possession et jouissance des immeubles promis-vendus à la signature de la promesse, leur occupation étant consentie à bien plaire. La société-soeur de l'acquéresse a engagé le président de la venderesse en qualité de chargé du développement commercial et administratif pour un salaire mensuel brut de 3'500 fr., à compter du 1er novembre 2016.
Celle-ci l'a licencié pour le 27 janvier 2017.
La cour cantonale a retenu qu'il n'a pas été établi que l'acquéresse avait été privée de l'utilisation principale des locaux, respectivement que la venderesse avait effectué une utilisation excessive des locaux en louant, dès 2017, ceux-ci à des tiers pour son propre compte. La recourante ne le conteste pas.
A.d. Les parties se sont rencontrées le 30 janvier 2017. Un échange de courriels s'en est suivi. La cour cantonale a analysé les trois courriels des 30 et 31 janvier 2017 comme une offre de la venderesse de renoncer, sans pénalité, à la promesse de vente, une contre-offre de l'acquéresse subordonnant la renonciation à l'obtention d'un délai de remboursement et à la signature d'un engagement devant notaire, et une nouvelle contre-offre (contre-contre-offre) de la venderesse exigeant que le délai de remboursement coïncide avec la date indéterminée de la revente des immeubles et l'obtention d'un délai de réflexion supplémentaire de trois mois avant d'opter pour ce scénario.
Les représentants des parties et la courtière se sont rencontrés une nouvelle fois le 3 février 2017. Une solution y a été trouvée en ce sens que l'acquéresse devait continuer à payer à la venderesse le montant de 20'000 fr. par mois, déductible du prix de vente, conformément à la promesse de vente; l'acquéresse devait s'occuper de tous les événements dans ce lieu et le président de la venderesse ne devait plus intervenir. Les représentants des parties se sont serré la main à l'issue de la discussion.
Par courriel du 13 février 2017, adressé aux représentants des parties, la courtière a résumé l'accord intervenu lors de la réunion du 3 février 2017, ce que l'acquéresse a refusé de confirmer par courriel du 13 février 2017. La cour cantonale a retenu que le refus de l'acquéresse de confirmer son accord oral du 3 février 2017 ne remettait pas celui-ci en cause, les arguments pour lesquels elle refusait de donner confirmation étaient sans pertinence.
A.e. L'acquéresse n'a pas versé l'acompte de 20'000 fr. dû le 31 janvier 2017, ainsi que les charges mensuelles de 3'500 fr. en moyenne.
B.
B.a. Le 12 avril 2018, par requête de conciliation, puis, à la suite de l'échec de celle-ci, le 13 juillet 2018, par demande adressée au Tribunal de première instance du canton de Genève, l'acquéresse a ouvert action contre la venderesse, concluant au paiement du montant de 400'000 fr., à titre de remboursement des acomptes payés, et du montant de 340'000 fr., à titre de peine conventionnelle, montants portant tous deux intérêts à 6 % l'an dès le 31 janvier 2017; elle a également requis la mainlevée définitive de l'opposition formée par la venderesse au commandement de payer qu'elle lui avait fait notifier.
La promettante-venderesse a conclu au rejet de la demande, invoquant l'exception d'inexécution de la promesse par l'acquéresse selon l'art. 5 al. 3 de la promesse de vente.
Par jugement du 4 décembre 2019, le tribunal de première instance a condamné la défenderesse à payer à la demanderesse le montant de 400'000 fr. avec intérêts à 5 % l'an dès le 23 février 2017 et prononcé la mainlevée définitive de l'opposition formée par celle-là au commandement de payer, à concurrence de ce montant. Il a retenu que les parties s'étaient entendues pour mettre fin à la promesse sans pénalité, l'acquéresse ayant accepté l'offre du 30 janvier 2017 de la venderesse le 31 janvier 2017, et que, bien qu'elle ait accordé un délai pour le remboursement sans en préciser la durée, celui-ci n'était pas aussi essentiel qu'elle le prétendait, de sorte qu'elle avait aussi renoncé à une peine conventionnelle.
B.b. Statuant le 13 octobre 2020, la Chambre civile de la Cour de justice du canton de Genève a admis l'appel de la défenderesse et, réformant le premier jugement, a rejeté la demande de la demanderesse, se basant sur l'accord sur le maintien de la promesse de vente, convenu par les parties lors de la réunion du 3 février 2017. Conformément à l'art. 5 al. 3 de la promesse de vente, elle a donc considéré que l'acquéresse ne pouvait pas solliciter le remboursement par la venderesse des acomptes qu'elle avait versés et a rejeté sa prétention en remboursement du montant de 400'000 fr. avec intérêts.
C.
Contre cet arrêt, qui lui a été notifié le 10 novembre 2020, l'acquéresse demanderesse a interjeté un recours en matière civile au Tribunal fédéral le 10 décembre 2020, concluant à sa réforme en ce sens que la venderesse défenderesse soit condamnée à lui payer le montant de 400'000 fr. avec intérêts à 5 % l'an dès le 23 février 2017 et que soit prononcée la mainlevée définitive de l'opposition formée par la défenderesse au commandement de payer qu'elle lui avait fait notifier. Elle invoque un établissement arbitraire des faits et une omission de faits, puis soutient que les parties se sont entendues pour renoncer à la promesse de vente sans pénalité, la date du remboursement n'étant pas un élément essentiel, qu'elle a accepté l'offre de la venderesse du 30 janvier 2017, le délai de remboursement n'étant pas une condition essentielle et que le tribunal cantonal a imaginé un accord oral du 3 février 2017.
La venderesse intimée conclut au rejet du recours dans la mesure de sa recevabilité. Elle s'en rapporte à l'appréciation du Tribunal fédéral en ce qui concerne la recevabilité du recours.
L'acquéresse a encore déposé de brèves observations et la venderesse a renoncé à dupliquer.
La cour cantonale se réfère aux considérants de son arrêt.

Considérant en droit :
1.
Interjeté en temps utile (<ref-law>) par la demanderesse qui a succombé dans ses conclusions (<ref-law>) contre une décision finale (<ref-law>), prise sur appel par le tribunal supérieur du canton de Genève (<ref-law>), dans une affaire civile (<ref-law>), dont la valeur litigieuse atteint le seuil de 30'000 fr. (<ref-law>), le recours en matière civile est recevable.
2.
2.1. Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>). Il ne peut s'en écarter que si ces faits ont été établis de façon manifestement inexacte - ce qui correspond à la notion d'arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (<ref-ruling> consid. 4.1.2; <ref-ruling> consid. 5.1) - ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> (<ref-law>), et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (<ref-law>).
Concernant l'appréciation des preuves, le Tribunal fédéral n'intervient, du chef de l'art. 9 Cst., que si le juge du fait n'a manifestement pas compris le sens et la portée d'un moyen de preuve, a omis sans raisons objectives de tenir compte des preuves pertinentes ou a effectué, sur la base des éléments recueillis, des déductions insoutenables (<ref-ruling> consid. 4.2; <ref-ruling> consid. 4.2; <ref-ruling> consid. 4.3).
La critique de l'état de fait retenu est soumise au principe strict de l'allégation énoncé par l'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 2.3 et les références). La partie qui entend attaquer les faits constatés par l'autorité précédente doit expliquer clairement et de manière circonstanciée en quoi ces conditions seraient réalisées (<ref-ruling> consid. 1.3.1 et les références). Si la critique ne satisfait pas à ces exigences, les allégations relatives à un état de fait qui s'écarterait de celui de la décision attaquée ne pourront pas être prises en considération (<ref-ruling> consid. 1.3.1). Les critiques de nature appellatoire sont irrecevables (<ref-ruling> consid. 1.3).
Le complètement de l'état de fait ne relève pas de l'arbitraire; un fait non constaté ne peut pas être arbitraire, c'est-à-dire constaté de manière insoutenable. Mais si un fait omis est juridiquement pertinent, le recourant peut obtenir qu'il soit constaté s'il démontre qu'en vertu des règles de la procédure civile, l'autorité précédente aurait objectivement pu en tenir compte et s'il désigne précisément les allégués et les offres de preuves qu'il lui avait présentés, avec référence aux pièces du dossier (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 2).
2.2. Sous réserve de la violation des droits constitutionnels (<ref-law>), le Tribunal fédéral applique le droit d'office (<ref-law>) à l'état de fait constaté dans l'arrêt cantonal ou, cas échéant, à l'état de fait qu'il aura rectifié. Il n'est toutefois lié ni par les motifs invoqués par les parties, ni par l'argumentation juridique retenue par l'autorité cantonale; il peut donc admettre le recours pour d'autres motifs que ceux invoqués par le recourant, comme il peut le rejeter en procédant à une substitution de motifs (<ref-ruling> consid. 1.4 et l'arrêt cité).
3.
Les parties divergent sur la question de savoir si elles ont renoncé ou non, sans pénalité, à l'exécution de la promesse de vente, soit, premièrement, sur l'interprétation à donner à leur entretien du 30 janvier 2017 et à leur échange de courriels des 30 et 31 janvier 2017, soit, deuxièmement, sur l'interprétation à donner à leur réunion du 3 février 2017 et au courriel de confirmation de la courtière du 13 février 2017.
Il s'impose d'examiner d'abord cette dernière interprétation, dès lors qu'elle rendrait la première sans objet, un accord postérieur supplantant nécessairement les discussions antérieures.
4.
En ce qui concerne la réunion du 3 février 2017, la cour cantonale a retenu que les parties se sont entendues, par accord oral, sur le maintien de la promesse de vente, l'acquéresse s'engageant à continuer à payer les acomptes mensuels de 20'000 fr., déductibles du prix de vente. L'acquéresse recourante soutient que la cour cantonale a commis l'arbitraire en imaginant un tel accord oral, alors que la venderesse intimée partage l'avis de la cour cantonale.
4.1. En droit suisse des contrats, la question de savoir si les parties ont conclu un accord est soumise au principe de la priorité de la volonté subjective sur la volonté objective (<ref-ruling> consid. 5.2.1; <ref-ruling> consid. 2b).
Lorsque les parties se sont exprimées de manière concordante (échange de manifestations de volonté concordantes; übereinstimmende Willenserklärungen), qu'elles se sont effectivement comprises et, partant, ont voulu se lier, il y a accord de fait ( tatsächlicher Konsens); si au contraire, alors qu'elles se sont comprises, elles ne sont pas parvenues à s'entendre, ce dont elles étaient d'emblée conscientes, il y a un désaccord patent ( offener Dissens) et le contrat n'est pas conclu (<ref-ruling> consid. 5.2.1).
Subsidiairement, si les parties se sont exprimées de manière concordante, mais que l'une ou les deux n'ont pas compris la volonté interne de l'autre, ce dont elles n'étaient pas conscientes dès le début, il y a désaccord latent ( versteckter Dissens) et le contrat est conclu dans le sens objectif que l'on peut donner à leurs déclarations de volonté selon le principe de la confiance; en pareil cas, l'accord est de droit (ou normatif) (<ref-ruling> consid. 5.2.1; <ref-ruling> consid. 2b; Gauch/Schluep/Schmid, Schweizerisches Obligationenrecht, Allgemeiner Teil, vol. I, 11e éd. 2020, n. 308 ss).
4.2.
4.2.1. En procédure, le juge doit donc rechercher, dans un premier temps, la réelle et commune intention des parties (interprétation subjective), le cas échéant empiriquement, sur la base d'indices. Constituent des indices en ce sens non seulement la teneur des déclarations de volonté - écrites ou orales -, mais encore le contexte général, soit toutes les circonstances permettant de découvrir la volonté réelle des parties, qu'il s'agisse de déclarations antérieures à la conclusion du contrat ou de faits postérieurs à celle-ci, en particulier le comportement ultérieur des parties établissant quelles étaient à l'époque les conceptions des contractants eux-mêmes (<ref-ruling> consid. 5.2.2 et les arrêts cités).
L'appréciation de ces indices concrets par le juge, selon son expérience générale de la vie, relève du fait. Si le juge parvient à la conclusion que les parties se sont comprises ou, au contraire, qu'elles ne se sont pas comprises, il s'agit de constatations de fait qui lient le Tribunal fédéral (<ref-law>), à moins qu'elles ne soient manifestement inexactes (art. 97 al. 1 et 105 al. 2 LTF), c'est-à-dire arbitraires au sens de l'art. 9 Cst. (<ref-ruling> consid. 5.2.2 et les arrêts cités).
4.2.2. Si le juge ne parvient pas à déterminer la volonté réelle et commune des parties - parce que les preuves font défaut ou ne sont pas concluantes - ou s'il constate qu'une partie n'a pas compris la volonté exprimée par l'autre à l'époque de la conclusion du contrat - ce qui ne ressort pas déjà du simple fait qu'elle l'affirme en procédure, mais doit résulter de l'administration des preuves -, il doit recourir à l'interprétation normative (ou objective), à savoir rechercher leur volonté objective, en déterminant le sens que, d'après les règles de la bonne foi, chacune d'elles pouvait et devait raisonnablement prêter aux déclarations de volonté de l'autre. Il s'agit d'une interprétation selon le principe de la confiance (<ref-ruling> consid. 5.2.3 et les arrêts cités).
L'interprétation selon le principe de la confiance consiste à rechercher comment chacune des parties pouvait et devait comprendre de bonne foi les déclarations de l'autre, en fonction du contexte dans lequel elles ont traité. Même s'il est apparemment clair, le sens d'un texte écrit n'est pas forcément déterminant, de sorte que l'interprétation purement littérale est prohibée; en effet, lorsque la teneur d'un texte paraît limpide à première vue, il peut résulter d'autres éléments du contrat, du but poursuivi par les parties ou d'autres circonstances que le texte ne restitue pas exactement le sens de l'accord conclu. Cependant, il n'y a pas lieu de s'écarter du sens littéral d'un texte lorsqu'il n'y a aucune raison sérieuse de penser que celui-ci ne corresponde pas à la volonté ainsi exprimée (<ref-ruling> consid. 5.2 et les arrêts cités). D'après le principe de la confiance, la volonté interne de s'engager du déclarant n'est pas seule déterminante; une obligation à sa charge peut découler de son comportement, dont l'autre partie pouvait, de bonne foi, déduire une volonté de s'engager. Ce principe permet ainsi d'imputer à une partie le sens objectif de sa déclaration ou de son comportement, même si celui-ci ne correspond pas à sa volonté intime (<ref-ruling> consid. 5.2.3; <ref-ruling> consid. 3.2 et les arrêts cités).
La détermination de la volonté objective des parties, selon le principe de la confiance, est une question de droit, que le Tribunal fédéral examine librement; pour la trancher, il faut cependant se fonder sur le contenu des manifestations de volonté et sur les circonstances, lesquelles relèvent du fait. Les circonstances déterminantes à cet égard sont uniquement celles qui ont précédé ou accompagné la manifestation de volonté, mais non pas les événements postérieurs (<ref-ruling> consid. 5.2.3; <ref-ruling> consid. 2.2.1 et les arrêts cités).
4.2.3. De cette jurisprudence, on peut mettre en évidence les points suivants:
1° La distinction du fait et du droit et son importance pour les juges et pour le pouvoir d'examen du Tribunal fédéral saisi d'un recours en matière civile.
La volonté réelle ressortit au fait et la volonté objective relève du droit. Puisque la volonté réelle ressortit au fait, dans sa critique, le recourant doit démontrer l'arbitraire de l'appréciation des preuves effectuée par la cour cantonale, conformément aux art. 97 al. 1 et 106 al. 2 LTF ( Rügeprinzip) (cf. supra consid. 2.1); en revanche, comme la volonté objective ressortit au droit, elle peut être revue librement par le Tribunal fédéral conformément au principe de l'application du droit d'office (<ref-law>), une motivation du recours conforme à l'<ref-law> étant suffisante ( Begründungspflicht) (sur cette dernière obligation de motiver, cf. <ref-ruling> consid. 2; sur la distinction entre ces deux obligations, cf. <ref-ruling> consid. 1.4; arrêts 5A_129/2007 du 28 juin 2007 consid. 1.4; 5A_92/2007 du 8 juin 2007 consid. 4.1).
2° Le principe de la priorité de la volonté subjective, qui est imposé par l'<ref-law>.
Le principe en lui-même relève du droit (cf. infra 7° et consid. 4.2.6 in fine), mais la détermination de la volonté réelle dans le cas d'espèce relève du fait.
Le juge recherche donc la volonté réelle en priorité, ce qui présuppose que les faits et moyens de preuve propres à l'établir aient été présentés par les parties conformément aux règles de procédure du CPC (art. 221 al. 1 let. d et e, 222 al. 2, 229 et 317 al. 1 CPC).
Si le juge parvient à établir la volonté réelle des parties, qu'il s'agisse d'un accord de fait ou d'un désaccord patent, il s'arrête là. La seule chose que peut tenter le recourant dans son recours en matière civile est de démontrer l'arbitraire de cette constatation de la volonté réelle par la cour cantonale (art. 97 al. 1 et 106 al. 2 LTF; 9 Cst.).
3° Le principe de la subsidiarité de l'interprétation objective.
Il est exclu de procéder à l'interprétation du contrat selon le principe de la confiance si la volonté réelle des parties a pu être établie, que ce soit dans le sens d'un accord de fait ou d'un désaccord patent (arrêt 4A_58/2018 du 28 août 2018 consid. 3.4).
4° Pour l'interprétation selon le principe de la confiance, seules sont déterminantes les circonstances qui ont précédé ou accompagné la manifestation de volonté.
En effet, seules doivent être prises en considération pour déterminer la volonté objective les circonstances que les parties connaissaient ou pouvaient connaître au moment où le contrat est venu à chef (<ref-ruling> consid. 6).
5° Lorsque la cour cantonale a tenu compte de faits postérieurs à la conclusion du contrat, par exemple du comportement ultérieur des parties, pour interpréter leur volonté, elle a en réalité constaté leur volonté réelle, laquelle lie le Tribunal fédéral (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 6).
6° Lorsque la cour cantonale apprécie les preuves selon son expérience générale de la vie, ce d'autant plus lorsqu'elle se base aussi sur des faits postérieurs (cf. supra 5°), et qu'elle parvient à une conviction quant à l'existence d'un accord, on en déduit qu'elle a procédé à l'interprétation de la volonté réelle. Lorsqu'elle utilise les termes de " selon la bonne foi " pour qualifier la compréhension de la déclaration du déclarant par le destinataire, on en déduit en principe qu'elle a procédé à une interprétation selon le principe de la confiance; il n'est toutefois pas exclu que, même en l'absence de ces termes, sa motivation doive être analysée comme une interprétation objective.
7° Le principe même de la priorité de l'interprétation subjective, qui est imposé par l'<ref-law>, relève du droit. Si la cour cantonale ne recherche pas la volonté réelle et saute immédiatement à l'interprétation de la volonté objective, elle viole ce principe (ATF <ref-ruling> consid. 2b; cf. également <ref-ruling> consid. 5.2.1).
4.2.4. A l'occasion d'un recours dans lequel le recourant insistait sur la violation de la règle sur le fardeau de la preuve de l'<ref-law>, en ce sens que le tribunal aurait dû mettre l'échec de la preuve de la volonté réelle des parties à la charge du demandeur, conformément à cette disposition légale, le Tribunal fédéral a eu l'occasion de préciser qu'en cas d'échec de la preuve de la volonté réelle, la règle sur le fardeau de la preuve de l'<ref-law> ne s'applique pas (arrêts 4A_141/2018 du 4 septembre 2018 consid. 5.1.3; 4A_58/2018 précité consid. 3.1; 4A_610/2017 du 29 mai 2018 consid. 4.1 et 4.2.2; 4A_290/2017 du 12 mars 2018 consid. 5.1 et 5.4). Autrement dit, si la cour cantonale ne parvient à aucun résultat par appréciation des preuves, ni positif (accord de fait), ni négatif (désaccord patent), c'est-à-dire qu'elle ne sait pas si les parties se sont entendues ou non, elle ne peut pas s'arrêter là et mettre l'échec de la preuve à la charge du demandeur. Elle doit encore rechercher si le contrat doit néanmoins être considéré comme conclu selon le principe de la confiance (accord de droit) : en effet, même si une partie, en son for intérieur, n'a pas voulu le contrat, celui-ci doit être considéré comme conclu lorsque le destinataire pouvait comprendre de bonne foi, au regard de toutes les circonstances concrètes, la déclaration de cette partie comme voulant conclure le contrat (cf. les mêmes arrêts; cf. aussi Bernard CORBOZ, La réception du contrat par le juge: la qualification, l'interprétation et le complètement, in Le contrat dans tous ses états, 2004, p. 272). C'est ce qu'exprime la jurisprudence en disant que " le principe de la confiance permet ainsi d'imputer à une partie le sens objectif de sa déclaration ou de son comportement, même si celui-ci ne correspond pas à sa volonté intime ".
Il s'ensuit que la règle sur le fardeau de la preuve de l'<ref-law> ne joue de rôle que dans l'établissement des circonstances concrètes nécessaires pour procéder à l'interprétation, qu'il s'agisse d'ailleurs des éléments de fait nécessaires pour l'interprétation subjective ou pour l'interprétation objective (cf. les mêmes arrêts).
4.2.5. Selon la doctrine, l'<ref-law> impose la recherche de la volonté réelle des parties, sans s'arrêter aux expressions ou dénominations inexactes dont elles ont pu se servir. Il vise à protéger la volonté des parties si elle est commune (Gauch/Schluep/Schmid, op. cit., n. 1001 ss et 1200).
Le principe de la confiance découle de l'<ref-law> en relation avec l'<ref-law>. Il vise la protection de la sécurité des transactions ( Verkehrssicherheit) (Gauch/Schluep/Schmid, op. cit., n. 211 et 1226; Hausheer/Jaun, Die Einleitungsartikel des ZGB, 2003, n° 27 s. ad <ref-law>; Robert Patry, Le principe de la confiance et la formation du contrat en droit suisse, 1953, p. 159 ss; Christoph Müller, Berner Kommentar, 2018, nos 162 et 168 ad <ref-law>; Schönenberger/Jäggi, Zürcher Kommentar, 3e éd. 1973, nos 201 ss ad <ref-law>). L'adoption de ce principe résulte du choix que le Tribunal fédéral a fait (cf. ATF 34 II 523 consid. 3) parmi les théories doctrinales qui avaient cours à l'époque, le législateur n'ayant tranché entre celles-ci ni en 1881, ni en 1911 (Kramer/Schmidlin, Berner Kommentar, 1986, n° 40 ad <ref-law>; Gauch/Schluep/Schmid, op. cit., n. 207). Ainsi, selon la théorie de la volonté (Willenstheorie), la déclaration ne lie son auteur que si elle est conforme à la volonté intime de celui-ci, ce qui favorise par trop le déclarant au détriment du destinataire (même si, dans ce système, l'auteur pouvait être tenu à réparation, s'il avait commis une faute ou une négligence en créant ou en laissant se créer une apparence de volonté, envers le destinataire qui aurait subi un dommage pour s'être fié au sens déclaré) (Pierre Engel, Traité des obligations en droit suisse, 2e éd. 1997, p. 215; Hausheer/Jaun, op. cit., n° 25 ad <ref-law>; Müller, op. cit., n° 143 ad <ref-law>). Selon la théorie de la déclaration (Erklärungstheorie), le déclarant est lié selon le sens objectif de sa déclaration, que toute personne devrait inférer d'une telle déclaration, et ce même s'il n'est pas conforme à sa volonté, système qui favorise trop le destinataire (Engel, op. cit., p. 216; Hausheer/Jaun, op. cit., n° 25 ad <ref-law>; Müller, op. cit., n° 142 ad <ref-law>). En adoptant la théorie de la confiance (appelé actuellement principe de la confiance; Vertrauensprinzip), le Tribunal fédéral a adopté une solution médiane: il protège le destinataire (non comme un tiers quelconque), mais seulement dans le sens que celui-ci a pu et dû attribuer de bonne foi à la déclaration du déclarant et en tenant compte de toutes les circonstances concrètes (Engel, op. cit., p. 216 s.).
4.2.6. En résumé et en simplifiant, on peut dire que lorsque le sens voulu par le déclarant coïncide avec le sens compris par le destinataire, la volonté réelle est établie: si les parties se sont entendues, il y a accord de fait et, si elles ne se sont pas entendues, il y a désaccord (patent). Le juge sait ce que les deux parties ont voulu et si leurs volontés concordent ou non, l'<ref-law> disposant qu'il ne doit pas s'arrêter aux expressions ou dénominations inexactes dont les parties ont pu se servir; il en découle que si le destinataire sait ce que veut vraiment le déclarant, il ne peut pas se prévaloir du sens (inexact) déclaré par celui-ci.
En revanche, lorsque la volonté réelle et commune des parties n'a pas pu être établie, que le juge ne sait pas si elles étaient d'accord ou en désaccord, il doit alors se demander si le sens déclaré lie son auteur selon le sens que le destinataire pouvait et devait lui attribuer de bonne foi et en tenant compte de toutes les circonstances concrètes, conformément au principe de la confiance (<ref-law> en relation avec l'<ref-law>), et ce dans le but d'assurer la sécurité des transactions.
Contrairement à ce qu'un auteur a cru récemment déceler à la lecture de quatre arrêts de la Cour de céans (Arnaud Nussbaumer, L'interprétation des contrats et le fardeau de la preuve, RDS 140/2021 I p. 47 ss), le Tribunal fédéral n'a pas changé de jurisprudence. La volonté réelle des parties doit toujours être examinée en premier lieu par le juge (<ref-law>), par appréciation des preuves (<ref-law>); elle est une question de fait, dont la correction ne peut être obtenue du Tribunal fédéral que si la détermination qu'en a faite la cour cantonale se révèle arbitraire (art. 97 al. 1 et 106 al. 2 LTF en relation avec l'art. 9 Cst.). La volonté objective, selon le principe de la confiance, ne doit être examinée qu'à titre subsidiaire, si la volonté réelle des parties ne peut pas être établie. L'analyse faite par cet auteur sur la base d'une citation tronquée de l'<ref-ruling> consid. 5.2.3 et de l'invocation de l'<ref-ruling> consid. 4b/aa, également sur la base d'une citation tronquée (puisqu'il omet " Der Vorrang der empirischen oder subjektiven vor der normativen oder objektivierten Vertragsauslegung, ergibt sich aus <ref-law> als Auslegungsregel. Die Verletzung dieses Grundsatzes kann deshalb mit der Berufung gerügt werden ") méconnaît que, dans ce dernier arrêt, le Tribunal fédéral a examiné, dans le recours en réforme dont il était saisi (qui était ouvert uniquement pour violation du droit fédéral; art. 43 ss aOJ), la violation du principe de la priorité de la volonté subjective sur la volonté objective, la violation de ce principe étant une question de droit, qui se déduit de l'<ref-law>; la violation de ce principe peut d'ailleurs être invoquée de la même manière dans le recours en matière civile des <ref-law>. Autrement dit, lorsque la cour cantonale saute la première étape, celle de la détermination de la volonté subjective, et passe directement à la seconde, celle de la détermination de la volonté objective - ce qui était la situation de base dans l'<ref-ruling> -, elle viole le principe de la priorité de la volonté subjective; dans sa critique, le recourant doit donc démontrer qu'il a allégué les faits pertinents passés sous silence, en désignant précisément les allégués et les offres de preuves qu'il avait présentés, avec référence aux pièces du dossier, pour établir la volonté réelle, volonté réelle qui divergerait de la volonté objective établie par la cour cantonale, ce qui, cas échéant, nécessitera en principe un renvoi de la cause à la cour cantonale pour complètement de l'état de fait et son appréciation (sur la volonté réelle).
4.3.
4.3.1. En l'espèce, il ressort des faits constatés que les représentants des parties et la courtière se sont rencontrés une nouvelle fois le 3 février 2017. La cour cantonale a retenu, sur la base du témoignage de la courtière, qu'une solution a été trouvée en ce sens que l'acquéresse devait continuer à payer à la venderesse le montant de 20'000 fr. par mois, déductible du prix de vente, conformément à la promesse de vente; l'acquéresse devait s'occuper de tous les événements dans ce lieu et le président de la venderesse ne devait plus intervenir. Les représentants des parties se sont serré la main à l'issue de la discussion. Sur la base de ces faits, la cour cantonale a constaté, dans la partie " en droit " de son arrêt, que les parties se sont entendues sur le maintien de la promesse de vente, la venderesse ne devant plus intervenir dans l'organisation d'événements dans les locaux (utilisation exclusive des locaux) et l'acquéresse s'engageant à continuer à payer les acomptes mensuels déductibles du prix de vente, et que l'absence de confirmation écrite de cet accord intervenu oralement le 3 février 2017 ne permettait pas de le remettre en cause. La cour cantonale a en effet écarté les arguments avancés par l'acquéresse par courriel du 13 février 2017 pour refuser cette confirmation.
Ce faisant, par appréciation des preuves, soit du témoignage de la courtière, la cour cantonale a déterminé la volonté concordante et réelle des parties. A cela, il sied d'ajouter les éléments postérieurs retenus également par la cour cantonale que sont, premièrement, le fait que l'acquéresse n'a pas été privée de l'utilisation des locaux, dont l'utilisation exclusive lui avait été accordée le 3 février 2017, deuxièmement, le fait que la venderesse a mis l'acquéresse en demeure de payer la mensualité du mois de janvier le 7 février 2017 et, troisièmement, le fait que l'acquéresse n'a jamais fait radier l'annotation du droit d'emption en sa faveur, de sorte que les immeubles n'ont été vendus à un tiers qu'après l'expiration de celui-ci.
C'est par conséquent bien un accord oral que la cour cantonale a retenu, en précisant qu'il ne pouvait être remis en cause. On peut mentionner encore le courriel du 13 février 2017 de la courtière par lequel la courtière a confirmé l'entrevue du 3 février 2017 et duquel il ressort que celle-ci a invité les représentants des parties à confirmer les quatre points " convenus entre les deux parties, lors de la séance du 3 février 2017 ", dont le fait que l'acquéresse " continuera à payer [le montant] de 20'000 fr. par mois, déductible du prix de vente, voir la promesse de vente signée le 26 septembre 2016 à l'étude de Me [...] ".
4.3.2. On ne peut donc pas suivre la conclusion de la cour cantonale qui, après avoir constaté un accord oral sur le maintien de la promesse de vente, qui ne peut être remis en cause, croit pouvoir conclure qu'il n'y avait pas de volonté concordante parce que " [la venderesse] avait la volonté de maintenir la promesse, tandis que [l'acquéresse] souhaitait en réalité s'en défaire ". Cette conclusion est en contradiction avec la constatation de l'accord oral et résulte d'une méconnaissance de la notion de volonté réelle.
Quant aux griefs de la recourante, ils ne démontrent pas l'arbitraire de la constatation de cet accord oral. Bien qu'elle reproche à la cour cantonale d'avoir " versé [...] dans l'arbitraire en imaginant qu'un accord oral [...] serait intervenu entre les parties le 3 février 2017 ", ses critiques s'épuisent dans des affirmations, dont aucune ne permet de démontrer un arbitraire: ainsi, premièrement, elle se contente d'affirmer que l'accord est intervenu " ensuite des efforts de la courtière qui tentait vainement de sauver sa commission perdue sur la vente annulée "; deuxièmement, elle soutient que rien ne permet d'établir la teneur d'un prétendu accord du 3 février 2017, puisqu'elle a contesté le courriel de la courtière, et, troisièmement que rien n'indique que les parties auraient effectivement " renoncé à la renonciation du 30 janvier 2017 ". Enfin, lorsqu'elle se prévaut, quatrièmement, du fait que la venderesse a donné un second mandat de courtage à la courtière à fin janvier 2017 et que ce fait a été omis, la recourante ne s'en prend pas à la motivation de la cour cantonale, qui a constaté que la venderesse a cherché de nouveaux acquéreurs et a sollicité de l'acquéresse la radiation du droit d'emption, mais qui a considéré que ces faits ne sauraient être préjudiciables à celle-ci dès lors qu'ils sont intervenus plusieurs mois après l'inexécution de la promesse par l'acquéresse; elle ne démontre pas non plus en quoi cet élément serait pertinent dès lors que, si la venderesse pouvait envisager que l'acquéresse ne veuille plus conclure la vente, cela ne signifie pas encore qu'elle l'aurait libérée de ses obligations découlant de la promesse de vente.
La volonté réelle et commune des parties ayant été établie, il était donc exclu de procéder à l'interprétation de la conclusion du contrat selon le principe de la confiance.
Comme on l'a vu (cf. supra consid. 3), la promesse ayant été maintenue par accord de fait le 3 février 2017, il est superflu d'examiner l'échange de courriels des 30 et 31 janvier 2017; au demeurant, la recourante ne s'en prend pas, pour en démontrer l'arbitraire, à l'appréciation de la cour cantonale, selon laquelle " la volonté réelle de [la venderesse] de résilier la promesse apparaissait douteuse, ce que [l'acquéresse] ne pouvait ignorer ", se contentant d'affirmer qu'elle se considérait comme libérée, que les modalités de remboursement des acomptes étaient secondaires et qu'elle avait accepté l'offre de la venderesse de renonciation à la promesse sans pénalité. Quant à ses griefs d'omission de faits, ils doivent être rejetés, ces faits n'étant pas pertinents pour le sort du litige.
5.
Il s'ensuit que le recours doit être rejeté dans la mesure où il est recevable, aux frais et dépens de son auteur (art. 66 al. 1 et 68 al. 1 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 7'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3.
La recourante versera à l'intimée une indemnité de 8'000 fr. à titre de dépens.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour de justice du canton de Genève, Chambre civile.
Lausanne, le 22 octobre 2021
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente : Hohl
La Greffière : Raetz