Sachverhalt:
A.
A._ wurde der Führerausweis zwischen 2010 und 2016 dreimal entzogen. Mit Verfügung vom 2. Juli 2010 wurde ein Warnungsentzug für drei Monate wegen einer schweren Widerhandlung i.S.v. <ref-law> angeordnet. Mit Verfügung vom 23. August 2011 wurde ein Warnungsentzug für drei Monate als Gesamtmassnahme wegen einer schweren Widerhandlung i.S.v. <ref-law> angeordnet. Mit Verfügung vom 14. August 2015 wurde ein Warnungsentzug für einen Monat als Gesamtmassnahme wegen einer mittelschweren Widerhandlung i.S.v. <ref-law> angeordnet.
B.
Am 13. Januar 2017 überschritt A._ um 01.02 Uhr morgens im Flüelertunnel, Autostrasse A4, mit einem Lieferwagen die signalisierte Höchstgeschwindigkeit von 80 km/h um 28 km/h nach Abzug einer Sicherheitsmarge von 4 km/h. Mit Strafbefehl vom 10. Februar 2017 bestrafte ihn die Staatsanwaltschaft Uri wegen einfacher Verletzung der Verkehrsregeln mit einer Busse von Fr. 600.--. Gegen den Strafbefehl wurde keine Einsprache erhoben.
C.
Mit Verfügung vom 29. Mai 2017 ordnete das Verkehrssicherheitszentrum OW/NW den Entzug der Fahrberechtigung von A._ auf unbestimmte Zeit mit einer Sperrfrist von zwei Jahren ab dem 20. April 2017 an. Die dagegen erhobene Einsprache wies das Verkehrssicherheitszentrum OW/NW mit Entscheid vom 4. Juli 2017 ab. Gegen diesen Entscheid führte A._ Beschwerde ans Verwaltungsgericht Nidwalden, welches diese mit Entscheid vom 28. Februar 2018 abwies.
D.
Mit Eingabe vom 28. Juni 2018 führt A._ Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht. Er beantragt die Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheids sowie die Einstellung des Administrativverfahrens ohne Erlass einer Massnahme. Eventualiter sei die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen, subeventualiter sei der vorinstanzliche Entscheid aufzuheben und ein Führerausweisentzug für die Dauer von einem Monat ab dem 20. April 2017 zu verfügen. Für das bundesgerichtliche Verfahren stellt der Beschwerdeführer ein Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege inklusive unentgeltlicher Verbeiständung.
Die Vorinstanz und das Verkehrssicherheitszentrum haben auf eine Vernehmlassung verzichtet. Das ASTRA beantragt unter Hinweis auf den angefochtenen Entscheid die Abweisung der Beschwerde.

Erwägungen:
1.
1.1. Angefochten ist ein kantonal letztinstanzlicher Endentscheid über einen Führerausweisentzug. Auf dem Gebiet der strassenverkehrsrechtlichen Administrativverfahren steht grundsätzlich die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten offen (<ref-law>). Ein Ausnahmegrund nach <ref-law> ist nicht gegeben. Da die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen zu keinen Bemerkungen Anlass geben, ist auf die Beschwerde vorbehältlich zulässiger und genügend begründeter Rügen (Art. 42 Abs. 2 und <ref-law>) einzutreten.
1.2. Das Bundesgericht wendet das Bundesrecht grundsätzlich von Amtes wegen an (<ref-law>). Gemäss <ref-law> prüft es die Verletzung von Grundrechten jedoch nur insofern, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist. Das bedeutet, dass das Bundesgericht insoweit nur klar und detailliert erhobene und soweit möglich belegte Rügen prüft, während es auf rein appellatorische Kritik am angefochtenen Entscheid nicht eintritt (<ref-ruling> E. 1.1 S. 503; <ref-ruling> E. 2.4 S. 368; je mit Hinweisen). Wird eine Verletzung des Willkürverbots geltend gemacht, muss im Einzelnen dargelegt werden, inwiefern der angefochtene Entscheid an einem qualifizierten und offensichtlichen Mangel leidet (<ref-ruling> E. 1.4.1 S. 53 mit Hinweisen).
2.
2.1. Der Beschwerdeführer bringt vor, er habe sich in einem Sachverhaltsirrtum über die zulässige Höchstgeschwindigkeit im Flüelertunnel befunden. Aufgrund der Signalisation habe er davon ausgehen dürfen, dass er sich auf einer Autostrasse mit der üblichen Höchstgeschwindigkeit von 100 km/h befunden habe. In diesem Zusammenhang rügt der Beschwerdeführer, die Vorinstanz habe den massgeblichen Sachverhalt unrichtig und unvollständig festgestellt. Insbesondere hätte die Beschilderung am Ort der Geschwindigkeitsüberschreitung näher abgeklärt werden müssen. Hätte die Vorinstanz nähere Abklärungen vorgenommen, so hätte sie nach Auffassung des Beschwerdeführers feststellen können, dass er sich trotz pflichtgemässer Sorgfalt beim Durchfahren des Flüelertunnels in einem Sachverhaltsirrtum befunden habe.
2.2. Im rechtskräftigen Strafbefehl vom 10. Februar 2017 hielt die Staatsanwaltschaft Uri fest, der Beschwerdeführer habe die signalisierte Höchstgeschwindigkeit von 80 km/h zwar nicht absichtlich, aber dennoch pflichtwidrig überschritten. Demzufolge ging sie davon aus, dass er die entsprechende Signalisation bei pflichtgemässer Aufmerksamkeit hätte wahrnehmen können und müssen. Obwohl der Beschwerdeführer, gegen den in der Vergangenheit bereits mehrere Warnungsentzüge verfügt wurden, um die Einleitung eines Administrativverfahrens wissen musste, hat er auf eine Geltendmachung seiner Verteidigungsrechte im Strafverfahren verzichtet und gegen den Strafbefehl keine Einsprache erhoben. Unter diesen Umständen durften das Verkehrssicherheitszentrum sowie die Vorinstanz auf die Abnahme weiterer Beweise verzichten und ohne weitere Abklärungen davon ausgehen, der Beschwerdeführer hätte die signalisierte Höchstgeschwindigkeit von 80 km/h bei pflichtgemässer Aufmerksamkeit wahrnehmen können und müssen (vgl. <ref-ruling> E. 3c/aa S. 103; Urteil 1C_33/2018 vom 6. Juli 2018 E. 3.2 mit Hinweisen).
3.
Das Verkehrssicherheitszentrum und die Vorinstanz qualifizierten die Geschwindigkeitsüberschreitung vom 13. Januar 2017 als mittelschwere Widerhandlung i.S.v. <ref-law>. Aufgrund der gegen den Beschwerdeführer verhängten Ausweisentzüge der vergangenen zehn Jahre bejahten sie das Vorliegen der Voraussetzungen eines Führerausweisentzugs auf unbestimmte Zeit mit einer Sperrfrist von zwei Jahren gemäss <ref-law>.
3.1. Gemäss <ref-law> wird der Lernfahr- oder Führerausweis nach einer mittelschweren Widerhandlung auf unbestimmte Zeit, mindestens aber für zwei Jahre entzogen, wenn in den vorangegangenen zehn Jahren der Ausweis dreimal wegen mindestens mittelschweren Widerhandlungen entzogen war, ausser die betroffene Person hat während mindestens fünf Jahren nach Ablauf eines Ausweisentzugs keine Widerhandlung begangen, für die eine Administrativmassnahme ausgesprochen wurde. Ein auf unbestimmte Zeit entzogener Ausweis kann unter den Voraussetzungen von <ref-law> wiedererteilt werden.
3.2. Der Beschwerdeführer bringt zunächst vor, die Qualifikation der vorliegend zu beurteilenden Geschwindigkeitsüberschreitung als mittelschwere Widerhandlung i.S.v. <ref-law> verletze Bundesrecht. Zwar liege die Geschwindigkeitsüberschreitung im von der Rechtsprechung definierten Bereich, bei dem ausserorts und auf Autostrassen von einer mittelschweren Widerhandlung auszugehen sei, doch seien vorliegend die konkreten Umstände des Einzelfalles in Betracht zu ziehen.
Gemäss bundesgerichtlicher Rechtsprechung liegt ausserorts und auf Autostrassen bei einer Geschwindigkeitsüberschreitung im Bereich von 26 bis 29 km/h eine mittelschwere Widerhandlung i.S.v. <ref-law> vor (<ref-ruling> S. 263 E. 2c). Die vorliegend zu beurteilende Überschreitung von 28 km/h ist somit als mittelschwer einzustufen. Die Rechtsprechung sieht die Entzugsbehörde auch in Fällen des erwähnten Geschwindigkeitsbereichs verpflichtet, das Ausmass der Gefährdung und des Verschuldens abzuklären und zu gewichten, damit sie entscheiden kann, ob allenfalls von einer schweren oder ausnahmsweise von einer leichten Widerhandlung auszugehen ist (<ref-ruling> S. 101 E. 2c). Vorliegend sind indessen keine Umstände ersichtlich, welche die Beurteilung der Widerhandlung als mittelschwer i.S.v. <ref-law> in Zweifel zu ziehen vermögen. Insbesondere ist nicht davon auszugehen, der Beschwerdeführer habe aufgrund besonderer Umstände die signalisierte Höchstgeschwindigkeit von 80 km/h nicht wahrnehmen können bzw. müssen (vgl. E. 2.2 hiervor).
3.3. Der Beschwerdeführer rügt sodann, die Vorinstanz verfalle in Willkür, indem sie die Verfügung vom 14. August 2015 und den damit angeordneten Warnungsentzug berücksichtigt und deshalb die Anwendung von <ref-law> im vorliegenden Fall bejaht habe. Namentlich bringt er vor, die diesen Warnungsentzug begründenden Vorfälle hätten nicht als mittelschwere Widerhandlung i.S.v. <ref-law> qualifiziert werden dürfen.
Gemäss der ständigen Praxis des Bundesgerichts ist ein Entscheid willkürlich, wenn er offensichtlich unhaltbar ist, mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht, eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz krass verletzt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft. Das Bundesgericht hebt einen Entscheid jedoch nur auf, wenn nicht bloss die Begründung, sondern auch das Ergebnis unhaltbar ist; dass eine andere Lösung ebenfalls als vertretbar oder gar zutreffender erscheint, genügt nicht (<ref-ruling> E. 3.4 S. 53; <ref-ruling> E. 2.1 S. 18 f.; je mit Hinweisen).
Die in Rechtskraft erwachsene Verfügung vom 14. August 2015 qualifizierte eine Reihe von Vorfällen gesamthaft als mittelschwere Widerhandlung i.S.v. <ref-law>. Das Verkehrssicherheitszentrum und die Vorinstanz verfielen nicht in Willkür, indem sie diesen rechtskräftigen und vollzogenen Warnungsentzug bei der Ermittlung der Dauer des vorliegend anzuordnenden Führerausweisentzugs nach <ref-law> berücksichtigten. Eine Nichtberücksichtigung dieses Führerausweisentzugs wäre allenfalls bei Nichtigkeit der ihm zugrundeliegenden Verfügung denkbar. Es ist indessen weder dargetan noch ersichtlich, weshalb die Verfügung vom 14. August 2015 nichtig sein sollte (vgl. zu den hohen Anforderungen an die Nichtigkeit von Verfügungen <ref-ruling> E. 3.1 S. 503 mit Hinweisen).
3.4. Nachdem dem Beschwerdeführer in den vorangegangenen zehn Jahren der Führerausweis dreimal wegen einer mindestens mittelschweren Widerhandlung entzogen war, war ihm der Führerausweis nach der am 13. Januar 2017 begangenen mittelschweren Widerhandlung in Anwendung von <ref-law> auf unbestimmte Zeit mit einer Sperrfrist von zwei Jahren zu entziehen.
4.
Der Beschwerdeführer rügt ferner, dass ein derartiger Führerausweisentzug von mindestens 24 Monaten Dauer einen unverhältnismässigen Eingriff in seine persönliche Freiheit und insbesondere die Wirtschaftsfreiheit darstelle, der ihm die Ausübung seines Berufes als Taxifahrer verunmögliche. Insbesondere sei zu berücksichtigen, dass es in den vergangenen Jahren lediglich einmal zu einer tatsächlichen Beeinträchtigung von Rechten Dritter gekommen sei und die blosse abstrakte Gefährdung von Rechtsgütern den durch den Führerausweisentzug erfolgenden Grundrechtseingriff nicht zu rechtfertigen vermöge.
Die gegenüber dem Beschwerdeführer als Berufschauffeur angeordnete Massnahme stellt einen Eingriff in seine persönliche Freiheit sowie in die Wirtschaftsfreiheit dar. Sie beruht indessen auf einer genügenden gesetzlichen Grundlage im Sinne von <ref-law> (vgl. E. 3 hiervor). An der Fernhaltung des Beschwerdeführers vom Strassenverkehr besteht mit Blick auf die Sicherheit der Verkehrsteilnehmer sodann ein öffentliches Interesse (vgl. <ref-law> sowie <ref-ruling> E. 3.3.3 S. 225 f.). Das Gebot der Verhältnismässigkeit (<ref-law>) verlangt, dass eine behördliche Massnahme für das Erreichen des im öffentlichen Interesse liegenden Ziels geeignet und erforderlich ist und sich für die Betroffenen in Anbetracht der Schwere der Grundrechtseinschränkung als zumutbar erweist (<ref-ruling> E. 3.1 S. 151). In Konkretisierung des Verhältnismässigkeitsprinzips sind nach <ref-law> bei der Festsetzung der Dauer des Lernfahr- oder Führerausweisentzugs zwar die Umstände des Einzelfalls zu berücksichtigen, namentlich die Gefährdung der Verkehrssicherheit, das Verschulden, der Leumund als Motorfahrzeugführer sowie die berufliche Notwendigkeit, ein Motorfahrzeug zu führen. Gemäss <ref-law> darf jedoch die Mindestentzugsdauer von einer hier nicht anwendbaren Ausnahme abgesehen nicht unterschritten werden.
Der von der Vorinstanz bestätigte Führerausweisentzug ist geeignet, den Beschwerdeführer von weiteren Widerhandlungen abzuhalten. Eine mildere Massnahme, die der Erreichung dieses Ziels dienlich wäre, ist nicht ersichtlich, zumal die in der Vergangenheit erfolgten Warnungsentzüge den Beschwerdeführer nicht von weiteren Widerhandlungen abzuhalten vermochten. Obwohl der Führerausweisentzug den Beschwerdeführer als Berufschauffeur schwer trifft, ist er ihm nach der vom Gesetzgeber selber in den <ref-law> getroffenen - und für das Bundesgericht verbindlichen (<ref-law>) - Konkretisierung des Verhältnismässigkeitsprinzips auch zumutbar. Soweit die Rüge der Verletzung verfassungsmässiger Rechte vom Beschwerdeführer ausreichend begründet wird (vgl. <ref-law>), ist sie nach dem Gesagten abzuweisen.
5.
Die Beschwerde ist abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist, zumal die gesamte Verfahrensdauer von weniger als zwei Jahren bei einem vorgelagerten Strafbefehlsverfahren und einem Administrativverfahren über drei Instanzen keineswegs als übermässig lang erscheint. Damit würde der Beschwerdeführer grundsätzlich kostenpflichtig (vgl. <ref-law>). Er hat indessen ein Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung gestellt, welches abzuweisen ist, da die Beschwerde als von vornherein aussichtslos bezeichnet werden muss (vgl. Art. 64 Abs. 1 und 2 BGG). Angesichts der Verfahrensumstände und der beengten finanziellen Verhältnisse des Beschwerdeführers kann aber ausnahmsweise auf eine Gerichtsgebühr verzichtet werden.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.
Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird abgewiesen.
3.
Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Nidwalden, Verwaltungsabteilung, und dem Bundesamt für Strassen, Sekretariat Administrativmassnahmen, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 30. Oktober 2018
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Merkli
Der Gerichtsschreiber: Mattle