Faits :
A.
A.a. E._ (ci-après: l'employé, le demandeur, l'intimé) a travaillé auprès de A._ Sàrl, B._ SA, C._ Sàrl, et D._ SA (ci-après ensemble: les employeuses, les défenderesses, les recourantes). L'employé a été engagé pour une durée indéterminée sur la base d'un contrat avec A._ signé le 31 août 2010, en tant que chef de cuisine pour un salaire mensuel brut de 6'000 fr. Le temps de travail hebdomadaire était de 42 heures. Le contrat prévoyait l'obligation pour l'employé d'effectuer des heures supplémentaires, lesquelles devaient être compensées par du temps libre ou payées. Lorsque les heures supplémentaires faisaient l'objet d'un décompte par l'établissement, que le solde des heures supplémentaires était communiqué mensuellement par écrit à l'employé et que le paiement intervenait au plus tard avec le versement du dernier salaire, celles-ci étaient payées à 100%. Si ces conditions n'étaient pas remplies, les heures supplémentaires devaient impérativement être rémunérées à hauteur de 125 % du salaire brut.
Lorsque le salaire brut était au minimum de 6'750 fr. par mois, le contrat prévoyait la possibilité de convenir par écrit d'une autre règle concernant les heures supplémentaires. Les parties pouvaient alors préciser dans le contrat, en cochant la case appropriée, que dans ces conditions, " les heures supplémentaires [n'étaient] pas indemnisées ". Les parties n'ont pas coché cette case.
Dès le mois d'octobre 2010, le salaire mensuel de l'employé a été augmenté à 7'000 fr. brut par mois.
A.b. Par contrat de travail du 1er juin 2011, l'employé a été engagé par B._ à compter de cette date, pour une durée indéterminée, en qualité de chef de cuisine, pour 18 heures hebdomadaires représentant un taux de 40%. Selon le contrat, l'employé travaillait du lundi au jeudi.
A compter du mois de juin 2011, le salaire mensuel brut de l'employé auprès de A._, treizième salaire compris, a été diminué pour être porté à 4'292 fr.
A.c. Par contrat de travail du 1er septembre 2012, l'employé a été engagé par C._ à compter de cette date pour une durée indéterminée, en qualité de chef de cuisine responsable achats, pour un salaire mensuel brut de 2'076 fr. et un treizième salaire mensuel brut de 172 fr. 92, pour 13h30 de travail hebdomadaires, représentant un taux d'activité de 30%. Le contrat prévoyait que l'employé travaillait du lundi au vendredi.
Tant le contrat de B._ que celui de C._ reprenaient les dispositions précitées du contrat de A._, relativement aux heures supplémentaires.
Par avenant du 1er septembre 2012, le taux d'activité de l'employé auprès de A._ a été fixé à 40% pour un salaire mensuel brut de 4'604 fr. 17.
A.d. Par contrat du 1er mai 2015, l'employé a été engagé par D._ à compter de cette date, pour une durée indéterminée, en qualité de chef exécutif, moyennant un salaire mensuel brut de 3'500 fr. et un treizième salaire mensuel brut de 291 fr. 55 pour 10h30 de travail hebdomadaires, représentant un taux d'activité de 25%. Le contrat prévoyait que l'employé travaillait du mardi au vendredi. Les mêmes dispositions que pour les contrats auprès des autres employeuses relatives aux heures supplémentaires ont été prévues.
Par avenant du 1er mai 2015, le taux d'activité de l'employé auprès de B._ a été réduit à 20% pour un salaire de 3'466 fr. 55 brut, treizième salaire compris. Le même jour, un avenant du contrat avec C._ a été signé pour porter son taux à 15%. Le salaire s'élevait à 2'247 fr. 85, treizième salaire compris.
A.e. Dans tous les restaurants, l'employé avait une position dirigeante. Il gérait l'ensemble du personnel des quatre restaurants dont il était l'employé, les commandes, l'élaboration des cartes et des menus. Il engageait la plupart, sinon tous les collaborateurs.
Le lieu principal d'activité de l'employé était au restaurant de A._, même s'il se rendait également dans les autres établissements.
A.f. Il existait un système de relevé des heures supplémentaires pour chaque employé mais pas pour E._, bien qu'une fiche était également à sa disposition. Les autres employés étaient soit indemnisés pour leurs heures supplémentaires, soit bénéficiaient d'un congé compensatoire.
A.g. Par courriers du 19 novembre 2015, les employeuses ont résilié les contrats de travail de l'employé avec effet pour A._ au 31 janvier 2016, et pour les autres au 31 décembre 2015.
B.
A la suite de l'échec de la conciliation et la délivrance d'une autorisation de procéder, l'employé a introduit une demande en paiement le 17 octobre 2016 dirigée contre les défenderesses, et concluant, pour ce qui est encore litigieux à ce stade, au paiement de 82'568 fr. 01 brut par A._, de 47'552 fr. 63 brut par B._, de 22'119 fr. 56 brut par C._ et de 3'795 fr. 04 brut par D._ 100 Plus à titre d'indemnisation des heures supplémentaires.
Les défenderesses ont conclu au déboutement du demandeur de toutes ses conclusions.
Par jugement du 24 avril 2020, le Tribunal a débouté le demandeur des fins de sa demande, a mis les frais à sa charge et n'a pas alloué de dépens.
Statuant sur appel de l'employé, la Chambre des prud'hommes de la Cour de justice du canton de Genève a annulé l'arrêt entrepris et a condamné les employeuses à payer les heures supplémentaires de l'employé à hauteur de trois heures supplémentaires par semaine sur toute la période durant laquelle il a travaillé pour elles, soit à 24'845 fr. 98 brut par A._, à 13'569 fr. 47 brut par B._, à 7'011 fr. 51 brut par C._ et à 2'155 fr. 66 brut par D._.
En substance, la cour cantonale a retenu sur la base de témoignages, que l'employé avait effectué en moyenne trois heures supplémentaires hebdomadaires entre 2013 et 2015, et, entre 2010 et 2012, à défaut de témoignage, elle a estimé en équité sur la base de l'art. 42 al. 2 CO, que l'employé avait également fourni trois heures supplémentaires hebdomadaires. La cour cantonale a considéré que les différents contrats de travail formaient un tout et avaient pour seul but de répartir la charge salariale de l'employé en fonction des prestations que chacune des employeuses recevait, et que ceux-ci prévoyaient que l'employé pouvait prétendre à la rémunération de ses heures supplémentaires.
C.
Contre cet arrêt qui leur a été notifié le 24 mars 2021, les employeuses ont interjeté un recours en matière civile au Tribunal fédéral le 10 mai 2021. Elles concluent principalement à son annulation, et, subsidiairement dans le cas où le Tribunal fédéral reconnaîtrait à l'employé un droit au paiement d'heures supplémentaires, à ce qu'elles soient intégralement mises à charge de A._.
L'intimé conclut au rejet du recours.
La cour cantonale se réfère à ses considérants.

Considérant en droit :
1.
Interjeté en temps utile (art. 100 al. 1 LTF et 46 al. 1 let. a LTF) par les parties qui ont succombé dans leurs conclusions (art. 76 al. 1 LTF), dirigé contre un arrêt final (art. 90 LTF) rendu sur appel par un tribunal cantonal supérieur (art. 75 LTF) dans une affaire de droit du travail (art. 72 al. 1 LTF), dont la valeur litigieuse atteint le seuil de 15'000 fr. requis en la matière (art. 74 al. 1 let. a LTF), le recours en matière civile est recevable au regard de ces dispositions.
2.
2.1. Le recours en matière civile peut être exercé pour violation du droit fédéral (art. 95 let. a LTF), y compris le droit constitutionnel (<ref-ruling> consid. 2.1; <ref-ruling> consid. 2.4). Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (art. 106 al. 1 LTF). Compte tenu de l'exigence de motivation contenue à l'art. 42 al. 1 et 2 LTF, sous peine d'irrecevabilité (art. 108 al. 1 let. b LTF), le Tribunal fédéral n'examine en principe que les griefs invoqués, sauf en cas d'erreurs juridiques manifestes. Il n'est pas tenu de traiter, comme le ferait une autorité de première instance, toutes les questions juridiques qui pourraient se poser, lorsque celles-ci ne sont plus discutées devant lui (<ref-ruling> consid. 2, 115 consid. 2; <ref-ruling> consid. 1.3). Par exception à la règle selon laquelle il applique le droit d'office, il n'examine la violation d'un droit constitutionnel que si le grief a été invoqué et motivé de façon détaillée (art. 106 al. 2 LTF; <ref-ruling> consid. 2.3; <ref-ruling> consid. 1.3; <ref-ruling> consid. 1.4 in fine).
2.2. Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF). Relèvent de ces faits tant les constatations relatives aux circonstances touchant l'objet du litige que celles concernant le déroulement de la procédure conduite devant l'instance précédente et en première instance, c'est-à-dire les constatations ayant trait aux faits procéduraux (<ref-ruling> consid. 1.3.1 et les références citées). Le Tribunal fédéral ne peut rectifier ou compléter les constatations de l'autorité précédente que si elles sont manifestement inexactes, c'est-à-dire arbitraires (<ref-ruling> consid. 1.3.1; <ref-ruling> consid. 2; <ref-ruling> consid. 1.5) ou ont été établies en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (art. 105 al. 2 LTF). Encore faut-il que la correction du vice soit susceptible d'influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1 LTF).
3.
Les recourantes contestent que l'intimé ait droit au paiement d'heures supplémentaires. Elles estiment que la cour cantonale a déterminé l'existence et la quotité du dommage en équité alors que les conditions de l'art. 42 al. 2 CO n'étaient pas remplies. Elles reprochent à la cour cantonale d'avoir constaté l'existence et la quotité du dommage de manière manifestement inexacte (art. 9 Cst.), et de l'avoir retenu en violation de l'art. 8 CC.
4.
Il convient en premier lieu de traiter ensemble des griefs relatifs au fardeau de la preuve (art. 8 CC) ainsi qu'à la détermination de l'existence et de la quotité du dommage en équité (art. 42 al. 2 CO).
Les recourantes se plaignent sous le titre de la violation de l'art. 8 CC et de l'art. 42 al. 2 CO que la cour cantonale ne pouvait alléger le fardeau de la preuve de l'intimé en application de l'art. 42 al. 2 CO, que s'il était clairement prouvé, et non simplement rendu vraisemblable, que le travail excédait l'horaire normal dans une mesure déterminable; or cette condition faisait défaut. Sous l'angle de l'art. 8 CC, les recourantes soutiennent que l'intimé n'a pas apporté la preuve de l'existence de ses heures supplémentaires et qu'il aurait dû en supporter l'échec. En particulier, durant la période du 1er août 2010 au 31 décembre 2013, aucune preuve des heures supplémentaires n'avait été apportée, en raison du fait qu'aucun des témoins affirmant que l'intimé effectuait des heures supplémentaires ne travaillait auprès des recourantes à cette période.
4.1. Selon l'art. 8 CC, chaque partie doit, si la loi ne prescrit le contraire, prouver les faits qu'elle allègue pour en déduire son droit. En l'absence de disposition spéciale contraire, l'art. 8 CC répartit le fardeau de la preuve et détermine quelle partie doit assumer les conséquences de l'échec de la preuve (<ref-ruling> consid. 2.6). S'il convient en principe de rapporter la preuve stricte d'un allégué, la certitude absolue n'est pas requise; de légers doutes peuvent subsister (cf. <ref-ruling> consid. 3.2; cf. <ref-ruling> consid. 2.2.1). Une réduction du degré de preuve, notamment à la vraisemblance prépondérante, présuppose qu'une preuve stricte n'est pas possible ou ne peut pas être exigée en raison de la nature de l'affaire (<ref-ruling> consid. 3.2, 128 III 271 consid. 2b). L'abaissement du degré de preuve ne doit pas conduire en fin de compte à un renversement du fardeau de la preuve. La partie chargée de la preuve doit alléguer et prouver, dans la mesure du possible et du raisonnable, toutes les circonstances qui plaident en faveur de la réalisation des faits allégués (arrêt 4A_338/2011 du 14 décembre 2011 consid. 2.1).
4.2. En ce qui concerne l'accomplissement d'heures supplémentaires, le fardeau de la preuve incombe au travailleur. Il doit donc prouver que, sur instruction ou du moins dans l'intérêt de l'employeur, il a consacré plus de temps que ce qui était convenu contractuellement ou habituellement (<ref-ruling> consid. 2, cf. aussi <ref-ruling> consid. 4b). Lorsqu'il est très difficile voire impossible d'apporter la preuve stricte du dommage, le juge le détermine équitablement en considération du cours ordinaire des choses et des mesures prises par la partie lésée (art. 42 al. 2 CO). La détermination en équité s'applique aussi bien à la preuve de l'existence du dommage qu'à celle de l'étendue de celui-ci (<ref-ruling> consid. 3.1, arrêt 4A_298/2012 du 31 juillet 2012 consid. 3.1).
4.3. Les recourantes soutiennent à tort que la cour cantonale aurait violé les règles sur le fardeau de la preuve.
En ce qui concerne la période de 2013 à 2015, la cour cantonale a établi les faits sur la base de nombreux témoignages. Les recourantes ne peuvent être suivies lorsqu'elles soutiennent que la cour cantonale a admis l'existence et le nombre d'heures supplémentaires sans preuve.
Ce ne peut être que pour la période du 1er août 2010 au 31 décembre 2012 que, faute de preuve, la cour cantonale a déterminé l'existence et le nombre d'heures supplémentaires en équité. Le surplus de temps de travail par rapport à ce qui a été convenu contractuellement ou à ce qui est habituel ne peut régulièrement pas être prouvé avec une certitude totale, hormis notamment les cas dans lesquels les employés timbrent leur temps de travail. Il est en effet typique, et pas seulement dans le cas d'espèce, que les propres notes (ou "contrôles d'heures") de l'employé, lorsqu'elles ne sont pas contresignées par l'employeur, ne permettent pas d'apporter cette preuve; il s'agit en fin de compte d'affirmations d'une partie (arrêt 4A_338/2011 du 14 décembre 2011 consid. 2.3). Contrairement à l'avis des recourantes, il y avait donc bien lieu de s'écarter de la règle de la preuve stricte en l'espèce et pour cette période, puisque la preuve de l'ampleur des heures supplémentaires n'a pas pu être apportée autrement que par les déclarations de l'employé. Les conditions d'application de l'art. 42 al. 2 CO sont dès lors remplies sur cette période.
Le grief de violation de l'art. 8 CC et de l'art. 42 al. 2 CO est dès lors mal fondé. Il reste à examiner si la cour cantonale a commis l'arbitraire dans la constatation des faits nécessaires pour déterminer si ces heures supplémentaires devaient être rémunérées en vertu du contrat.
5.
Sous le titre de la violation de l'art. 9 Cst., les recourantes reprochent d'abord à la cour cantonale (1) d'avoir procédé à une constatation arbitraire des circonstances à la lumière desquelles elle a procédé à une interprétation objective des contrats pour parvenir à la conclusion que l'intimé pouvait comprendre que ses heures supplémentaires seraient indemnisées.
Elles reprochent ensuite à la cour cantonale (2) d'avoir versé dans l'arbitraire lorsqu'elle a établi la volonté subjective des cocontractants dans la détermination du nombre d'heures hebdomadaires régulières à effectuer par l'intimé, pour en déduire qu'il fournissait trois heures supplémentaires hebdomadaires.
Enfin, elles reprochent subsidiairement à la cour cantonale (3) d'avoir ventilé les heures supplémentaires auprès de toutes les recourantes au prorata du taux d'engagement de l'intimé auprès de chacune d'entre elles, plutôt que de les attribuer à A._ où l'intimé effectuait habituellement son travail.
5.1. En droit suisse des contrats, la question de savoir si les parties ont conclu un accord est soumise au principe de la priorité de la volonté subjective sur la volonté objective (<ref-ruling> consid. 5.2.1; <ref-ruling> consid. 2b).
Lorsque les parties se sont exprimées de manière concordante (échange de manifestations de volonté concordantes; übereinstimmende Willenserklärungen), qu'elles se sont effectivement comprises et, partant, ont voulu se lier, il y a accord de fait (tatsächlicher Konsens); si au contraire, alors qu'elles se sont comprises, elles ne sont pas parvenues à s'entendre, ce dont elles étaient d'emblée conscientes, il y a un désaccord patent (offener Dissens) et le contrat n'est pas conclu (<ref-ruling> consid. 5.2.1).
Subsidiairement, si les parties se sont exprimées de manière concordante, mais que l'une ou les deux n'ont pas compris la volonté interne de l'autre, ce dont elles n'étaient pas conscientes dès le début, il y a désaccord latent (versteckter Dissens) et le contrat est conclu dans le sens objectif que l'on peut donner à leurs déclarations de volonté selon le principe de la confiance; en pareil cas, l'accord est de droit (ou normatif) (<ref-ruling> consid. 5.2.1; <ref-ruling> consid. 2b; GAUCH/SCHLUEP/SCHMID, Schweizerisches Obligationenrecht, Allgemeiner Teil, vol. I, 11e éd. 2020, n. 308 ss).
5.2.
5.2.1. En procédure, le juge doit donc rechercher, dans un premier temps, la réelle et commune intention des parties (interprétation subjective), le cas échéant empiriquement, sur la base d'indices. Constituent des indices en ce sens non seulement la teneur des déclarations de volonté - écrites ou orales -, mais encore le contexte général, soit toutes les circonstances permettant de découvrir la volonté réelle des parties, qu'il s'agisse de déclarations antérieures à la conclusion du contrat ou de faits postérieurs à celle-ci, en particulier le comportement ultérieur des parties établissant quelles étaient à l'époque les conceptions des contractants eux-mêmes (<ref-ruling> consid. 5.2.2 et les arrêts cités).
L'appréciation de ces indices concrets par le juge, selon son expérience générale de la vie, relève du fait. Si le juge parvient à la conclusion que les parties se sont comprises ou, au contraire, qu'elles ne se sont pas comprises, il s'agit de constatations de fait qui lient le Tribunal fédéral (art. 105 al. 1 LTF), à moins qu'elles ne soient manifestement inexactes (art. 97 al. 1 et 105 al. 2 LTF), c'est-à-dire arbitraires au sens de l'art. 9 Cst. (<ref-ruling> consid. 5.2.2 et les arrêts cités).
5.2.2. Si le juge ne parvient pas à déterminer la volonté réelle et commune des parties - parce que les preuves font défaut ou ne sont pas concluantes - ou s'il constate qu'une partie n'a pas compris la volonté exprimée par l'autre à l'époque de la conclusion du contrat - ce qui ne ressort pas déjà du simple fait qu'elle l'affirme en procédure, mais doit résulter de l'administration des preuves -, il doit recourir à l'interprétation normative (ou objective), à savoir rechercher leur volonté objective, en déterminant le sens que, d'après les règles de la bonne foi, chacune d'elles pouvait et devait raisonnablement prêter aux déclarations de volonté de l'autre. Il s'agit d'une interprétation selon le principe de la confiance (<ref-ruling> consid. 5.2.3 et les arrêts cités).
L'interprétation selon le principe de la confiance consiste à rechercher comment chacune des parties pouvait et devait comprendre de bonne foi les déclarations de l'autre, en fonction du contexte dans lequel elles ont traité. Même s'il est apparemment clair, le sens d'un texte écrit n'est pas forcément déterminant, de sorte que l'interprétation purement littérale est prohibée; en effet, lorsque la teneur d'un texte paraît limpide à première vue, il peut résulter d'autres éléments du contrat, du but poursuivi par les parties ou d'autres circonstances que le texte ne restitue pas exactement le sens de l'accord conclu. Cependant, il n'y a pas lieu de s'écarter du sens littéral d'un texte lorsqu'il n'y a aucune raison sérieuse de penser que celui-ci ne corresponde pas à la volonté ainsi exprimée (<ref-ruling> consid. 5.2 et les arrêts cités). D'après le principe de la confiance, la volonté interne de s'engager du déclarant n'est pas seule déterminante; une obligation à sa charge peut découler de son comportement, dont l'autre partie pouvait, de bonne foi, déduire une volonté de s'engager. Ce principe permet ainsi d'imputer à une partie le sens objectif de sa déclaration ou de son comportement, même si celui-ci ne correspond pas à sa volonté intime (<ref-ruling> consid. 5.2.3; <ref-ruling> consid. 3.2 et les arrêts cités).
La détermination de la volonté objective des parties, selon le principe de la confiance, est une question de droit, que le Tribunal fédéral examine librement; pour la trancher, il faut cependant se fonder sur le contenu des manifestations de volonté et sur les circonstances, lesquelles relèvent du fait. Les circonstances déterminantes à cet égard sont uniquement celles qui ont précédé ou accompagné la manifestation de volonté, mais non pas les événements postérieurs (<ref-ruling> consid. 5.2.3; <ref-ruling> consid. 2.2.1 et les arrêts cités).
5.3.
5.3.1. Premièrement, en ce qui concerne la rémunération contractuelle des heures supplémentaires effectuées, les recourantes reprochent à la cour cantonale de n'avoir pas tenu compte de l'ensemble des circonstances du cas d'espèce, en particulier du salaire élevé de l'intimé au regard des usages dans le domaine de la restauration. Elles soutiennent également que la case excluant la rémunération des heures supplémentaires n'était pas cochée en raison du fait que chaque contrat devait être traité individuellement et que dans ce cas, aucun des contrats ne prévoyait une rémunération atteignant le seuil de salaire de 6'750 fr. mensuel qui donnait droit à une rémunération des heures supplémentaires. Les conditions du paiement d'heures supplémentaires n'étant de toute façon pas remplies, selon les recourantes, il n'était donc pas nécessaire de cocher la case excluant le paiement de celles-ci.
5.3.2. En l'espèce, la cour cantonale a considéré que les volontés subjectives des parties sur ce point spécifique à l'époque de la conclusion du contrat n'avaient pas pu être démontrées, et a procédé à une interprétation objective des clauses. La cour cantonale a conclu qu'en application de l'interprétation objective, il pouvait être compris par l'intimé que ses heures supplémentaires seraient indemnisées à 125% du salaire brut.
Son interprétation objective s'est fondée d'abord sur le fait que même si le contrat contient des références à la Convention collective de travail pour l'hôtellerie-restauration (CCNT) qui ne trouve pas application directement à l'intimé en raison de son statut de cadre, le contrat possédait un sens indépendant. De ses clauses, l'intimé pouvait comprendre qu'il pouvait compenser ses heures supplémentaires par du temps libre, mais que la rémunération en argent de ces heures n'était pas pour autant exclue.
La cour cantonale s'est ensuite fondée sur le fait que le contrat, dont la rédaction était maladroite, se référait à la CCNT pour soumettre la rémunération des heures supplémentaires à 100% du salaire à des conditions qui n'étaient soit pas applicables à l'intimé, soit pas réunies. Ceci ne devait, aux yeux de la cour cantonale, laisser aucun doute quant au fait que les heures supplémentaires devaient alors être rémunérées à 125% du salaire brut.
Enfin la cour cantonale a constaté qu'une case excluant une telle rémunération n'avait pas été cochée par les parties, ce que l'intimé pouvait comprendre comme lui donnant le droit d'obtenir le paiement de ses heures supplémentaires. Considérant les contrats comme formant un tout et ne servant qu'à répartir la charge salariale entre les différents restaurants, la cour cantonale a considéré que le montant de salaire mensuel de 6'750 fr. était atteint.
5.3.3. L'examen de la cour cantonale ne prête pas le flan à la critique. Par sa démarche, la cour cantonale a recouru à des éléments d'interprétation de la volonté objective des parties.
Les griefs des recourantes ne démontrent pas l'arbitraire de la constatation des circonstances entourant l'échange des manifestations de volonté. Elles reprochent certes à la cour cantonale d'avoir commis l'arbitraire, en retenant que les parties avaient évoqué la question des heures supplémentaires et avaient convenu de ne pas les indemniser. Elles reprochent également à la cour cantonale d'avoir écarté de manière arbitraire l'argument des recourantes selon lequel les parties n'avaient pas coché la case excluant la rémunération des heures supplémentaires en raison du fait que les conditions de la rémunération n'étaient de toute façon pas remplies. Toutefois leurs critiques s'épuisent dans des affirmations, dont aucune ne permet de démontrer un arbitraire. Elles ne démontrent pas en quoi il serait évident que l'état de fait dressé ne correspond pas au résultat de l'administration des preuves. En tous les cas, les recourantes ne satisfont pas au devoir d'allégation en raison du fait qu'elles n'expliquent pas clairement ni de manière circonstanciée en quoi les faits retenus par la cour cantonale ne correspondent pas aux preuves administrées. Les critiques adressées à l'encontre de l'arrêt attaqué sont essentiellement appellatoires.
Pour le surplus, l'interprétation objective elle-même est une question de droit et les recourantes ne démontrent aucune violation du droit par la cour cantonale. Ce moyen de leur grief est donc irrecevable.
5.4.
5.4.1. Deuxièmement, en ce qui concerne la détermination du nombre d'heures de travail à effectuer selon les contrats et la détermination du nombre d'heures effectif réalisé par l'intimé, les recourantes contestent l'établissement des faits par la cour cantonale en ce qu'elle n'aurait pas tenu compte des circonstances dans lesquelles les parties ont échangé leurs manifestations de volonté sur ce point. Elles soutiennent que la cour cantonale aurait dû constater que l'ensemble des contrats liant l'intimé prévoyait une durée de travail moyenne hebdomadaire de 49h30 à un taux d'activité de 110%, soit 45 heures par semaine rapportées sur un taux de 100%. Elles reprochent à la cour cantonale d'avoir considéré qu'un tel taux devait être le fruit d'une erreur et que les parties avaient certainement voulu prévoir une durée hebdomadaire de 42 heures.
5.4.2. En l'espèce, la cour cantonale sur la question du nombre d'heures hebdomadaires à effectuer, a considéré qu'elle avait pu établir la volonté subjective des parties, laquelle ressortit aux faits. Elle a examiné la lettre du contrat de base du 31 août 2010, lequel était resté en vigueur mais avait été complété par des avenants, pour en déduire que la durée hebdomadaire de travail était de 42 heures. Le dernier contrat signé le 1er mai 2015 prévoyait un taux d'occupation de 25% pour 10h30 hebdomadaires, soit un pensum de 42 heures hebdomadaires également. La cour cantonale a recouru à des moyens complémentaires pour déterminer la compréhension qu'en ont eu les parties. En particulier, elle a établi le comportement ultérieur de l'intimé par l'examen de plusieurs témoignages pour déterminer que celui-ci fournissait 45 heures de travail hebdomadaires en étant conscient d'effectuer environ trois heures supplémentaires, pour lesquelles il comptait être rémunéré. Elle a considéré que les avenants signés entre le contrat du 31 août 2010 et le contrat du 1er mai 2015 comptaient en tout 45 heures par erreur, ce d'autant plus que les parties n'avaient jamais allégué avoir voulu changer la durée de travail dans le cours des relations contractuelles.
5.4.3. Les recourantes ne démontrent pas en quoi la cour cantonale aurait versé dans l'arbitraire en tenant compte de ce qu'elles ont elles-mêmes formulé dans le contrat de base de l'engagement de l'intimé, ni en quoi la cour cantonale aurait arbitrairement tenu compte d'un témoignage plutôt que d'une autre preuve ou offre de preuve qu'elles auraient fournie. Au demeurant, au vu des nombreux avenants successifs prévoyant une répartition du travail morcelée entre les différentes recourantes, il n'apparaît pas arbitraire de considérer que le contrat de base était correct et que les avenants étaient entachés d'erreur. Le moyen tiré de l'arbitraire dans l'établissement des volontés subjectives des parties est donc irrecevable.
5.5.
5.5.1. Troisièmement concernant la répartition des heures supplémentaires entre les différentes recourantes, celles-ci soutiennent que la cour cantonale a arbitrairement considéré qu'elles devaient être attribuées à chacune des recourantes en fonction du taux d'activité que l'intimé effectuait pour chacune d'elles. Au contraire, elles soutiennent que comme l'intimé effectuait son travail principalement auprès de A._, il convenait d'attribuer les heures supplémentaires à cette recourante uniquement.
5.5.2. En l'espèce, la cour cantonale a considéré que les différents contrats de travail signés étaient identiques et ne visaient qu'un seul et même emploi et avaient manifestement pour rôle de répartir la charge salariale de l'intimé entre les différents établissements. Elle a également retenu que l'intimé effectuait son travail au restaurant détenu par A._, mais qu'il avait pour fonction de gérer l'ensemble de la brigade des quatre restaurants dont il était l'employé, les commandes, l'élaboration des cartes et des menus. En outre, il engageait la plupart des collaborateurs des quatre restaurants.
Par conséquent, la cour cantonale a considéré que les heures supplémentaires effectuées devaient être réparties entre toutes les recourantes en fonction du taux d'activité auquel l'intimé était affecté auprès de chacune d'elle.
5.5.3. Les recourantes estiment que les éventuelles heures supplémentaires n'ont pu qu'être effectuées pour le compte de A._ en raison du fait que l'intimé déployait son activité depuis l'établissement de cette recourante. Elles reconnaissent pourtant que l'intimé réalisait toutes ses préparations au restaurant de A._, qu'il répartissait ensuite entre les restaurants des autres recourantes.
Les recourantes se contentent de s'en prendre à la motivation de la cour cantonale par une critique toute générale sans soutenir ni a fortiori démontrer que les faits auraient été établis arbitrairement par la cour cantonale. Elles se bornent à affirmer que l'appréciation de la cour cantonale est inexacte sans toutefois indiquer pourquoi ni en faire la démonstration. Elles ne démontrent surtout pas en quoi les heures supplémentaires devraient être mises au compte de A._ alors que l'employé y déployait une activité pour toutes les recourantes.
Au demeurant, en tant qu'il est admis que l'intimé réalisait dans un restaurant des préparations qu'il distribuait ensuite dans les restaurants des autres recourantes, et qu'il supervisait l'équipe complète travaillant dans tous les établissements des recourantes, il ne paraît pas arbitraire de ventiler les heures supplémentaires entre chacune des recourantes en fonction du taux d'activité auquel elles employaient l'intimé.
5.6. Le grief de l'établissement manifestement inexact des faits est rejeté dans la mesure où il est recevable.
6.
Au vu de ce qui précède, le recours doit être rejeté dans la mesure où il est recevable. Les recourantes prendront en charge solidairement entre elles les frais de la procédure. Elles verseront, également solidairement entre elles, une indemnité de dépens à l'intimé (art. 66 al. 1 et 68 al. 1-2 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 2'500 fr., sont mis à la charge des recourantes solidairement entre elles.
3.
Les recourantes, débitrices solidaires, verseront à l'intimé une indemnité de dépens de 3'000 fr.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux mandataires des parties et à la Chambre des prud'hommes de la Cour de justice du canton de Genève.
Lausanne, le 21 décembre 2021
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente : Hohl
Le Greffier : Botteron