Sachverhalt:
A.
Am 10. März und 18. April 2011 erhob B._ gegen A._ Strafantrag sowie Straf- und Zivilklage. Sie machte geltend, er habe sie und ihr Umfeld seit dem 6. Juli 2010 belästigt, indem er beharrlich Kontakt zu ihr gesucht habe, obwohl sie ihm deutlich mitgeteilt habe, dass sie dies nicht mehr wolle.
B.
Mit Strafbefehl vom 30. August 2011 sprach die Staatsanwaltschaft Abteilung 3 Sursee A._ der mehrfachen üblen Nachrede und des Missbrauchs einer Fernmeldeanlage schuldig. In der gleichen Verfügung stellte sie die Untersuchung wegen Drohung, Nötigung und Verleumdung ein. Sie auferlegte A._ die gesamten Verfahrenskosten und verweigerte ihm für den eingestellten Verfahrensteil eine Entschädigung.
A._ erhob Einsprache gegen den Strafbefehl. Die Einstellung wurde rechtskräftig.
C.
C.a. Mit Strafbefehl vom 7. August 2015 sprach die Staatsanwaltschaft Abteilung 3 Sursee A._ der mehrfachen üblen Nachrede und des Ungehorsams gegen eine amtliche Verfügung schuldig. In der gleichen Verfügung stellte sie die Untersuchung wegen Missbrauchs einer Fernmeldeanlage infolge Verjährung ein. Sie überband A._ die gesamten Verfahrenskosten und sprach ihm für den eingestellten Teil des Verfahrens eine Entschädigung, nicht aber eine Genugtuung oder einen Auslagenersatz zu. A._ erhob gegen die Verurteilung Einsprache und führte gegen die Einstellung Beschwerde. Diese wies das Kantonsgericht Luzern am 21. Dezember 2015 ab, soweit es darauf eintrat (Verfahren KG 2N 15 111). Das Bundesgericht hiess die Beschwerde von A._ am 2. Mai 2016 insoweit gut, als es die Sache hinsichtlich der Auflage von Verfahrenskosten zur Begründung an die Vorinstanz zurückwies. Im Übrigen wies es die Beschwerde ab (Urteil 6B_129/2016).
C.b. Mit Beschluss vom 6. Juli 2016 hiess das Kantonsgericht die Beschwerde gut, soweit sie noch zu beurteilen war, und wies die Sache zur neuen Entscheidung über die Kosten im Untersuchungsverfahren an die Staatsanwaltschaft zurück. Die Kosten des Neubeurteilungsverfahrens nahm es auf die Staatskasse und sprach A._ eine Parteientschädigung zu. Hingegen auferlegte es ihm für das erste Beschwerdeverfahren (KG 2N 15 111) eine reduzierte Gebühr von Fr. 800.-- sowie die Kosten seiner Verteidigung. Die dagegen geführte Beschwerde in Strafsachen hiess das Bundesgericht am 2. Juni 2017 insoweit gut, als es die Vorinstanz verpflichtete, die mit der Kostenauflage zusammenhängenden Aufwendungen des beschwerdeführerischen Anwalts auszuscheiden und ihm für das erste Beschwerdeverfahren eine angemessene Parteientschädigung auszurichten. Im Übrigen wies es die Beschwerde ab, soweit es darauf eintrat (Urteil 6B_1040/2016).
C.c. Im zweiten Neubeurteilungsverfahren hiess das Kantonsgericht die Beschwerde am 10. Juli 2017 gut, soweit sie noch zu beurteilen war, und wies die Sache wiederum zur neuen Entscheidung über die Kosten im Untersuchungsverfahren an die Staatsanwaltschaft zurück. Es nahm die Kosten für die beiden Neubeurteilungsverfahren auf die Staatskasse und sprach A._ eine Parteientschädigung zu. Die Kosten für das Beschwerdeverfahren (KG 2N 15 111) auferlegte es im Umfang von Fr. 1'200.-- A._ und entschädigte ihn mit Fr. 754.40.
D.
Mit Verfügung vom 14. Mai 2018 stellte die Staatsanwaltschaft die Strafuntersuchung gegen A._ wegen mehrfacher übler Nachrede und Ungehorsams gegen eine amtliche Verfügung infolge Verjährung ein (Ziff. 1). Sie auferlegte die Gebühren und Auslagen im Umfang von 70%, ausmachend Fr. 7'277.45, A._ (Ziff. 2), entschädigte diesen im Umfang von 30% für seinen Rechtsvertreter, ausmachend Fr. 2'400.-- (Ziff. 3), verweigerte ihm jedoch eine Entschädigung für wirtschaftliche Einbussen sowie eine Genugtuung (Ziff. 4). Ferner verpflichtete sie ihn, B._ eine Anwaltskostenentschädigung von Fr. 10'072.95 zu bezahlen (Ziff. 5). B._ auferlegte sie keine Verfahrenskosten (Ziff. 6).
Hiergegen erhob A._ Beschwerde beim Kantonsgericht Luzern mit den Anträgen, Ziff. 2-6 der Einstellungsverfügung seien aufzuheben, es seien sämtliche Kosten zu Lasten des Staates zu verlegen, ihm sei eine Parteientschädigung von 100 Stunden zu Fr. 230.--, eine Genugtuung von Fr. 100'000.-- sowie eine Entschädigung aufgrund von Stellenverlust von Fr. 3'050'000.-- zu Lasten des Staates auszurichten. Die Strafuntersuchung wegen Missbrauchs einer Fernmeldeanlage sei einzustellen.
E.
Das Kantonsgericht Luzern hiess die Beschwerde am 22. November 2018 teilweise gut, hob Ziff. 2, 3 und 5 der Einstellungsverfügung vom 14. Mai 2018 auf. Es setzte die Gebühren auf Fr. 5'000.-- fest, auferlegte hiervon 20% A._ und schrieb die restlichen 80% sowie die Auslagen zu Lasten des Staates ab. Die Entschädigung für die Wahlverteidigung von A._ setzte es pauschal auf Fr. 8'000.-- fest, wovon diesem 80% vom Staat zu entschädigen seien. Es verpflichtete A._, B._ Fr. 2'878.-- als Anwaltskostenentschädigung zu bezahlen. Im Übrigen wies das Kantonsgericht die Beschwerde ab. Die auf Fr. 3'000.-- festgesetzte Gebühr des Beschwerdeverfahrens auferlegte es im Umfang von Fr. 2'100.-- A._ und entschädigte diesen mit Fr. 900.--. B._ sprach es keine Parteikostenentschädigung zu.
F.
A._ beantragt mit Beschwerde in Strafsachen, der kantonsgerichtliche Beschluss sei aufzuheben (a). Die beim Kantonsgericht beantragte Erstattung von Anwaltskosten, Genugtuung und Entschädigung sei gutzuheissen (b), ihm seien zudem eine Genugtuung in Höhe von Fr. 20'000.-- (c), eine Entschädigung von Fr. 5'000.-- für die während 51⁄2 Jahren beschlagnahmten elektronischen Gerätschaften (d) und ein pauschaler Ersatz der Anwaltskosten von Fr. 5'000.-- für den mit Strafbefehl vom 30. August 2011 rechtskräftig eingestellten Verfahrensteil wegen Drohung und Nötigung auszurichten (e). Eventualiter sei die Sache zur erneuten Bearbeitung an die Staatsanwaltschaft zurückzuweisen, verbunden mit der Auflage, für die Bearbeitung einen ausserordentlichen Staatsanwalt der Romandie einzusetzen, der keinerlei Verbindung zu der Justiz des Kantons Luzern habe (e [recte: f]).
G.
Das Kantonsgericht, die Oberstaatsanwaltschaft des Kantons Luzern und B._ beantragen, die Beschwerde sei abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. A._ repliziert.
H.
Der Instruktionsrichter der Strafrechtlichen Abteilung wies das Sistierungsgesuch von A._ mit Verfügung vom 13. November 2019 ab.

Erwägungen:
1.
1.1. Soweit der Beschwerdeführer in seiner ausführlichen Replik Neues vorbringt und seine Anträge ergänzt, ist darauf nicht einzutreten (vgl. Art. 99 Abs. 2 und Art. 100 Abs. 1 BGG). Die Replik dient nicht dazu, das in der Beschwerde nicht Vorgebrachte nachzutragen, worauf er bereits in der Verfügung vom 13. November 2019 hingewiesen wurde.
1.2. Anfechtungsobjekt im bundesgerichtlichen Verfahren ist alleine der letztinstanzliche kantonale Entscheid (<ref-law>). Vor Kantonsgericht beantragte der Beschwerdeführer eine Entschädigung für seine Anwaltskosten von 100 Stunden zu Fr. 230.--, eine Entschädigung für seine wirtschaftlichen Einbussen von Fr. 3'050'000.-- sowie eine Genugtuung für seine gesundheitlichen Beeinträchtigungen von Fr. 100'000.--, was er auch vor Bundesgericht verlangt (vgl. Beschwerde Rechtsbegehren b). Soweit er darüber hinausgehend eine Genugtuung von Fr. 20'000.--, eine Entschädigung aufgrund der Beschlagnahmungen von Fr. 5'000.-- und eine Entschädigung für seine Anwaltskosten in einem rechtskräftig eingestellten Verfahrensteil von Fr. 5'000.-- beantragt, ist darauf nicht einzutreten. Diese Begehren stellt der Beschwerdeführer erstmals vor Bundesgericht, was unzulässig ist (<ref-law>). Auf diesbezügliche Ausführungen in der Beschwerde ist nicht einzugehen. Gleiches gilt, soweit der Beschwerdeführer einen im gleichen Strafverfahren in anderem Zusammenhang ergangenen Beschluss des Kantonsgerichts mit der Verfahrensnummer 2N 12 32 kritisiert. Dieser bildet nicht Gegenstand des vorinstanzlichen Entscheids und damit auch nicht des bundesgerichtlichen Verfahrens.
1.3. Hinsichtlich des bereits rechtskräftig eingestellten Vorwurfs des Missbrauchs einer Fernmeldeanlage ist zu berücksichtigen, dass das Bundesgericht im Urteil 6B_129/2016 vom 2. Mai 2016 die Anträge des Beschwerdeführers um Ausrichtung einer höheren Entschädigung, einer Genugtuung und von Auslagenersatz abwies und das Kantonsgericht mit Beschluss vom 10. Juli 2017 lediglich die die Kosten betreffende Ziff. 3 des Strafbefehls vom 7. August 2015 aufhob sowie die Sache einzig in diesem Punkt zur neuen Entscheidung an die Staatsanwaltschaft zurückschickte (vgl. lit. C.c). Damit war nur noch über die Verlegung der Verfahrenskosten zu entscheiden. Die auf diesen Vorwurf entfallenden Kosten, die gemäss dem vorinstanzlichen Beschluss 70% der gesamten Verfahrenskosten ausmachen, hat die Staatsanwaltschaft zu Lasten des Staates abgeschrieben. Folglich fehlt es dem Beschwerdeführer im Zusammenhang mit dem rechtskräftig eingestellten Vorwurf des Missbrauchs einer Fernmeldeanlage an der Beschwer. Soweit er in Beschwerde und Replik über mehrere Seiten hinweg die diesen Vorwurf betreffende Verfahrensführung kritisiert und daraus einen Entschädigungsanspruch, insbesondere wegen Verletzung des Beschleunigungsgebots ableitet, ist darauf nicht weiter einzugehen.
2.
Der Beschwerdeführer macht geltend, die zwei namentlich genannten Kantonsrichter sowie der Gerichtsschreiber seien mit einer Ausnahme bei allen ihn betreffenden Verfahren in der Gerichtsbesetzung gewesen, was gegen <ref-law> und Art. 6 Ziff. 1 EMRK verstosse. Die Vorinstanz habe mit dem willkürlichen, materiell falschen Beschluss im Verfahren 2N 12 32 die Grundlage für das Strafverfahren gegen ihn wegen Verstosses gegen eine amtliche Verfügung geschaffen. Die Vorinstanz sei in dieser Besetzung also vorbefasst gewesen.
Nach <ref-law>, Art. 6 Ziff. 1 EMRK und Art. 14 Abs. 1 UNO-Pakt II hat jede Person Anspruch darauf, dass ihre Sache von einem unparteiischen, unvoreingenommenen und unbefangenen Richter ohne Einwirken sachfremder Umstände entschieden wird. Dies soll zu der für einen korrekten und fairen Prozess erforderlichen Offenheit des Verfahrens beitragen und ein gerechtes Urteil ermöglichen (<ref-ruling> E. 2.2 S. 242, 271 E. 8.4 S. 273 ff., 326 E. 5.1 S. 328; <ref-ruling> E. 4.1 S. 222 f.; <ref-ruling> E. 2.1 S. 229; je mit Hinweisen). Die grundrechtliche Garantie wird in <ref-law> konkretisiert (<ref-ruling> E. 3.2 S. 74; <ref-ruling> E. 4.2.1 S. 428; je mit Hinweisen). Will eine Partei den Ausstand einer in einer Strafbehörde tätigen Person verlangen, so hat sie der Verfahrensleitung ohne Verzug ein entsprechendes Gesuch zu stellen, sobald sie vom Ausstandsgrund Kenntnis hat; die den Ausstand begründenden Tatsachen sind glaubhaft zu machen (<ref-law>). Nach der Praxis des Bundesgerichts sind Ausstandsgründe in der Regel innert etwa einer Woche geltend zu machen; ein Zuwarten während mehrerer Wochen ist hingegen nicht zulässig (Urteile 1B_149/2019 vom 3. September 2019 E. 2.3; 1B_357/2013 vom 24. Januar 2014 E. 5.3.3; 1B_499/2012 vom 7. November 2012 E. 2.3; je mit Hinweisen).
Gemäss seinem Vorbringen wusste der Beschwerdeführer, dass die Beschwerdeverfahren bei der Vorinstanz mehrheitlich durch die beiden von ihm genannten Kantonsrichter und den Gerichtsschreiber beurteilt worden waren. Er hätte daher bereits im vorinstanzlichen Verfahren den Ausstand dieser Personen beantragen müssen. Dass er ein Ablehnungsgesuch gestellt hätte, macht er nicht geltend und ergibt sich auch nicht aus dem vorinstanzlichen Beschluss. Sein allfälliger Anspruch ist daher verwirkt (vgl. <ref-ruling> E. 8.4.3 S. 275; <ref-ruling> E. 2.2 S. 3 f.; <ref-ruling> E. 3.4 S. 211; siehe bereits Urteile 6B_1040/2016 vom 2. Juni 2017 E. 1.3; 6B_129/2016 vom 2. Mai 2016 E. 6.3).
3.
3.1. Der Beschwerdeführer rügt wiederholt das Beschleunigungsgebot als verletzt. Er legt ausführlich dar, wie das Verfahren aus seiner Sicht hätte zügiger vorangetrieben werden können, und kritisiert, dass dieses erst zweieinhalb Jahre nach Eintritt der Verfolgungsverjährung eingestellt wurde.
3.2. Die Vorinstanz erwägt, es sei nicht ersichtlich, dass die Staatsanwaltschaft für Verfahrensverzögerungen oder gar unverhältnismässig lange Verfahrensunterbrüche verantwortlich sei. Vielmehr habe der Beschwerdeführer prozessuale Handlungen vorgenommen, die das Verfahren verzögert hätten. Er habe wiederholt den Anwalt gewechselt, gegen verschiedene Entscheide der Strafbehörden Rechtsmittel eingelegt, diverse Ausstandsbegehren gestellt und Strafanzeigen gegen die Strafverfolgungsbehörden sowie verschiedene Personen eingereicht. Des Weiteren habe er zahlreiche Termine verschoben, Fristen verlängert und sich geweigert, an verschiedenen Einvernahmen teilzunehmen. Durch sein Verhalten habe er Einvernahmen veranlasst und verlängert. Ferner habe die Verteidigung unaufgefordert Eingaben verfasst, die teilweise ohne Belang und in diesem Ausmass unnötig gewesen seien. Dieses Verhalten habe den Eintritt der Verjährung verursacht. Zwar sei das Verfahren nicht umgehend nach Eintritt der Verjährung, sondern erst drei Jahre später eingestellt worden. Dies könne der Staatsanwaltschaft jedoch nicht vorgeworfen werden, da mehrere vom Beschwerdeführer geführte Beschwerden pendent gewesen seien und die Staatsanwaltschaft die Entscheide der angerufenen Instanzen habe abwarten müssen. Es liege somit kein Verstoss gegen das Beschleunigungsgebot im Sinne von <ref-law> vor (Beschluss S. 5 ff.).
3.3. Das Beschleunigungsgebot (<ref-law>, <ref-law> und Art. 6 Ziff. 1 EMRK) verpflichtet die Behörden, das Strafverfahren voranzutreiben, um die beschuldigte Person nicht unnötig über die gegen sie erhobenen Vorwürfe im Ungewissen zu lassen. Es gilt für das ganze Verfahren. Welche Verfahrensdauer angemessen ist, hängt von den konkreten Umständen ab, die in ihrer Gesamtheit zu würdigen sind. Kriterien sind etwa die Schwere des Tatvorwurfs, die Komplexität des Sachverhalts, die gebotenen Untersuchungshandlungen, die Schwierigkeit und Dringlichkeit der Sache, das Verhalten der Behörden und dasjenige der beschuldigten Person sowie die Zumutbarkeit für diese. Es ist im Sinne einer Gesamtbetrachtung zu prüfen, ob die Strafbehörden das Verfahren innert angemessener Frist geführt haben. Als krasse Zeitlücke, welche eine Sanktion aufdrängt, gilt etwa eine Untätigkeit von 13 oder 14 Monaten im Stadium der Untersuchung, eine Frist von vier Jahren für den Entscheid über eine Beschwerde gegen eine Anklagehandlung oder eine Frist von zehn oder elfeinhalb Monaten für die Weiterleitung eines Falles an die Beschwerdeinstanz (vgl. <ref-ruling> E. 1.8.2 S. 61, 373 E. 1.3.1 S. 377; <ref-ruling> E. 8 S. 170; Urteile 6B_441/2019 vom 12. September 2019 E. 3.1; 6B_175/2018 vom 23. November 2018 E. 2.2; je mit Hinweisen).
3.4. In seinen Ausführungen setzt sich der Beschwerdeführer nicht mit der Begründung der Vorinstanz auseinander und zeigt nicht auf, inwiefern diese Bundesrecht verletzt. Dies ist denn auch nicht ersichtlich. Dem Beschwerdeführer ist zuzustimmen, dass das Verfahren, das im Frühling 2011 eröffnet und im Frühling 2018 eingestellt wurde, angesichts der zu beurteilenden Vorwürfe sehr lange dauerte. Allerdings legt die Vorinstanz überzeugend dar, dass sich das Strafverfahren aus verschiedenen Verfahren gegen den Beschwerdeführer sowie aufgrund dessen Anzeigen gegen die Strafverfolgungsbehörden und das Kantonsgericht zusammensetzt. Auch zeigt die Vorinstanz nachvollziehbar auf, dass der Beschwerdeführer die Verfahrensverzögerungen zu verantworten hat und die Staatsanwaltschaft nach Eintritt der Verjährung verschiedene Entscheide der Rechtsmittelinstanzen abwarten musste, bis sie das Verfahren einstellen konnte (vgl. lit. C). Abschliessend ist festzustellen, dass das Verfahren zwar ausserordentlich lange dauerte, dies jedoch nicht auf die Untätigkeit der Strafverfolgungsbehörden zurückzuführen ist. Eine Verletzung des Beschleunigungsgebots ist nicht ersichtlich.
4.
4.1. Der Beschwerdeführer wendet sich gegen die vorinstanzliche Kostenauflage für den Vorwurf der mehrfachen üblen Nachrede im Umfang von 20% der gesamten Verfahrenskosten. In diesem Punkt stellt er zwar keinen formellen Antrag, aus der Begründung seiner Beschwerde ergibt sich jedoch, dass seines Erachtens sämtliche Kosten dem Staat aufzuerlegen seien. Er rügt eine Verletzung von <ref-law> und Art. 6 EMRK. Ferner setze die Kostenauflage voraus, dass die ehrverletzende Behauptung objektiv unwahr sei, was von der Anklagebehörde nie untersucht worden sei.
4.2. Die in der Einstellungsverfügung verlegten Kosten umfassen die Vorwürfe der mehrfachen üblen Nachrede, des Ungehorsams gegen eine amtliche Verfügung und des Missbrauchs einer Fernmeldeanlage. Während die Staatsanwaltschaft dem Beschwerdeführer bezüglich der beiden letztgenannten Tatbestände kein prozessuales Verschulden vorwirft, auferlegt sie ihm die auf den Vorwurf der mehrfachen üblen Nachrede entfallenden Verfahrenskosten gestützt auf <ref-law> (Einstellungsverfügung vom 14. Mai 2018). Die Vorinstanz bestätigt diese Kostenauflage und gelangt zum Schluss, auf den Vorwurf entfielen 20% der gesamten Verfahrenskosten. Sie erwägt, der Beschwerdeführer habe in zwei E-Mails an verschiedene Personen die Persönlichkeit der Beschwerdegegnerin 2 widerrechtlich verletzt. Sein Verhalten sei natürlich sowie adäquat kausal für die Eröffnung des Strafverfahrens und die dadurch verursachten Kosten gewesen. Die in diesem Zusammenhang entstandenen Verfahrenskosten seien gestützt auf <ref-law> dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (Beschluss S. 11 ff.). Da er im Umfang von 20% kostenpflichtig sei, habe er der Beschwerdegegnerin 2 20% der Kosten ihrer Anwältin, ausmachend Fr. 2'878.--, zu bezahlen (Beschluss S. 21).
4.3. Gemäss <ref-law> trägt die beschuldigte Person die Verfahrenskosten, wenn sie verurteilt wird. Wird das Verfahren eingestellt oder die beschuldigte Person freigesprochen, so können ihr die Verfahrenskosten ganz oder teilweise auferlegt werden, wenn sie rechtswidrig und schuldhaft die Einleitung des Verfahrens bewirkt oder dessen Durchführung erschwert hat (<ref-law>). Die Privatklägerschaft hat gestützt auf <ref-law> gegenüber der beschuldigten Person Anspruch auf angemessene Entschädigung für notwendige Aufwendungen im Verfahren, wenn die beschuldigte Person nach <ref-law> kostenpflichtig ist. Das Verhalten einer beschuldigten Person ist widerrechtlich, wenn es klar gegen Normen der Rechtsordnung verstösst, die sie direkt oder indirekt zu einem bestimmten Tun oder Unterlassen verpflichten (vgl. <ref-law>). Vorausgesetzt sind regelmässig qualifiziert rechtswidrige, rechtsgenüglich nachgewiesene Verstösse. Die Verfahrenskosten müssen mit dem zivilrechtlich vorwerfbaren Verhalten in einem adäquat-kausalen Zusammenhang stehen (<ref-ruling> E. 2.2 S. 205; Urteil 6B_290/2018 vom 19. Februar 2019 E. 3.1 mit Hinweisen).
Nach der Rechtsprechung verstösst eine Kostenauflage bei Freispruch oder Einstellung des Verfahrens gegen die Unschuldsvermutung (<ref-law>, <ref-law> und Art. 6 Ziff. 2 EMRK), wenn der beschuldigten Person in der Begründung des Kostenentscheids direkt oder indirekt vorgeworfen wird, es treffe sie ein strafrechtliches Verschulden. Damit käme die Kostenauflage einer Verdachtsstrafe gleich. Dagegen ist es mit Verfassung und Konvention vereinbar, einer nicht verurteilten beschuldigten Person die Kosten zu überbinden, wenn sie in zivilrechtlich vorwerfbarer Weise, d.h. im Sinne einer analogen Anwendung der sich aus <ref-law> ergebenden Grundsätze, eine geschriebene oder ungeschriebene Verhaltensnorm, die sich aus der Gesamtheit der schweizerischen Rechtsordnung ergeben kann, klar verletzt und dadurch das Strafverfahren veranlasst oder dessen Durchführung erschwert hat. In tatsächlicher Hinsicht darf sich die Kostenauflage nur auf unbestrittene oder bereits klar nachgewiesene Umstände stützen.
Eine solche Kostenauflage kann sich auch auf <ref-law> stützen. Nach dieser Bestimmung kann derjenige, der in seiner Persönlichkeit widerrechtlich verletzt wird, zu seinem Schutz gegen jeden, der an der Verletzung mitwirkt, das Gericht anrufen (Abs. 1). Widerrechtlich ist eine Verletzung, wenn sie nicht durch Einwilligung des Verletzten, durch ein überwiegendes privates oder öffentliches Interesse oder durch Gesetz gerechtfertigt ist (Abs. 2). Vom Gesetzeswortlaut her ist jede Persönlichkeitsverletzung widerrechtlich, wenn kein Rechtfertigungsgrund besteht. Praxisgemäss ist in zwei Schritten zu prüfen, ob (1.) eine Persönlichkeitsverletzung und (2.) ein Rechtfertigungsgrund vorliegt (<ref-ruling> E. 2.2.1 S. 413; Urteil 6B_1172/2016 vom 29. August 2017 E. 1.3; je mit Hinweisen). Die Persönlichkeitsrechte werden durch Angriffe auf die physische und die psychische Integrität verletzt. Darunter fällt auch ein Verhalten, das andere terrorisiert und verängstigt und diese in ihrem seelischen Wohlbefinden gefährdet bzw. erheblich stört. Allerdings kann nicht jede noch so geringfügige Beeinträchtigung der Persönlichkeit als rechtlich relevante Verletzung verstanden werden. Die Verletzung muss eine gewisse Intensität erreichen. Auf die subjektive Empfindlichkeit des Betroffenen kommt es dabei nicht an. Für die Beurteilung der Schwere des Eingriffs ist ein objektiver Massstab anzulegen (Urteile 6B_552/2017 vom 18. Januar 2018 E. 1.2; 6B_414/2016 vom 29. Juli 2016 E. 2.4.1; 6B_1130/2014 vom 8. Juni 2015 E. 3.1; 6B_990/2013 vom 10. Juni 2014 E. 1.2).
<ref-law> ist als Kann-Vorschrift ausgestaltet, sodass der Vorinstanz ein Ermessen zusteht. Das Bundesgericht schreitet nur mit Zurückhaltung ein (Urteile 6B_925/2018 vom 7. März 2019 E. 1.3; 6B_1200/2017 vom 4. Juni 2018 E. 4.5.2).
4.4. Der Beschwerdeführer bestreitet nicht, die beiden E-Mails mit den von der Vorinstanz als ehrverletzend qualifizierten Äusserungen verfasst zu haben. Insofern ist von einem unbestrittenen Sachverhalt auszugehen. Soweit der Beschwerdeführer geltend macht, er sei in strafrechtlicher Hinsicht vom Vorwurf von Ehrverletzungsdelikten freigesprochen worden, weshalb es keinen Grund gebe, über zivilrechtliche Ansprüche anders zu entscheiden, verkennt er zweierlei: Einerseits wurde er nicht freigesprochen, sondern das Verfahren wegen mehrfacher übler Nachrede wurde infolge Verjährung eingestellt. Andererseits handelt es sich bei der Kostenauflage gestützt auf ein zivilrechtliches Verschulden nicht um zivilrechtliche Ansprüche, weshalb es auch irrelevant ist, dass zwischen der Beschwerdegegnerin 2 und dem Beschwerdeführer ein Zivilverfahren hängig ist beziehungsweise war. Zutreffend ist jedoch, dass dem Beschwerdeführer durch die Kostenauflage kein strafrechtlicher Vorwurf gemacht werden darf. Das Bundesgericht hat in einem ähnlich gelagerten Fall entschieden, dass die Unschuldsvermutung nicht verletzt ist, wenn das Gericht einen Sachverhalt feststellt, der sich unter Umständen auch unter den Tatbestand von <ref-law> subsumieren liesse, da es nicht die strafrechtliche Relevanz der Äusserungen prüfte, sondern beurteilte, ob die vormals beschuldigte Person ein zivilrechtliches Verschulden traf (Urteil 6B_1172/2016 vom 29. August 2017 E. 1.6). Gleiches gilt für den vorliegend zu beurteilenden Fall.
4.5. Hinsichtlich der E-Mail vom 7. Januar 2011 an zwei Arbeitskollegen beziehungsweise Vorgesetzte der Beschwerdegegnerin 2 sowie diese selbst gelangt die Vorinstanz zum Schluss, der Beschwerdeführer habe ausgedrückt, er betrachte die Beschwerdegegnerin 2 als eine Person, deren Verhalten auf Symptome hinweise, die auf die Erkrankung an einer emotionalen instabilen Persönlichkeitsstörung (Borderline Typ) rückschliessen liessen. In objektiver Betrachtung der Aussage sei davon auszugehen, dass er sie als eine psychisch kranke Person habe darstellen wollen. Der Beschwerdeführer bestreitet diese Interpretation seiner Aussage vor Bundesgericht nicht mehr. Bezüglich der zweiten E-Mail vom 23. Januar 2012 an die Vertreterin der Beschwerdegegnerin 2 und den damaligen Verteidiger des Beschwerdeführers führt die Vorinstanz aus, der Beschwerdeführer habe unter anderem geschrieben, dass die Beschwerdegegnerin 2 nicht immer moralisch einwandfrei handle - z.B. soll sie über fast ein Jahr hinweg versucht haben, neue Sexual- und/oder Lebenspartner unter wechselnden, aber immer bewusst falschen Angaben über ihre Person im Internet zu akquirieren. Weiter finde sich der Satz "egal wo gerade sich B._ aufhält - oder mit welchem Chefarzt sie gerade eine Affäre hat". Die Vorinstanz erwägt, bei objektiver Betrachtung dieser Aussagen sei ohne Weiteres erkennbar, dass der Beschwerdeführer den Ruf der Beschwerdegegnerin 2, eine ehrbare Person zu sein, gegenüber ihrer Anwältin und seinem Verteidiger habe beschmutzen wollen, indem er in der E-Mail verschiedene Hinweise betreffend das Sexualleben der Beschwerdegegnerin 2 gemacht habe.
Die vorinstanzliche Einschätzung, der Beschwerdeführer habe mit den beiden E-Mails die Persönlichkeit der Beschwerdegegnerin 2 widerrechtlich verletzt, ist nicht zu beanstanden. Entgegen dem Einwand des Beschwerdeführers war die Vorinstanz nicht verpflichtet, abzuklären, ob seine Behauptungen wahr sind. Mit den vorgenannten Äusserungen unterstellte der Beschwerdeführer der Beschwerdegegnerin 2 einerseits eine psychische Krankheit und andererseits Promiskuität. Er verbreitete folglich Informationen aus dem Geheimbereich der Beschwerdegegnerin 2, was unabhängig von der Frage, ob diese wahr sind, das Recht auf Achtung der Privatsphäre und damit die Persönlichkeit der Beschwerdegegnerin 2 verletzt (vgl. <ref-ruling> E. 4.1 S. 643 f.; <ref-ruling> E. 3.2 S. 645; <ref-ruling> E. 3.1 S. 531; Urteil 5A_195/2016 vom 4. Juli 2016 E. 5.1 mit Hinweisen; ANDREAS MEILI, in: Basler Kommentar, Zivilgesetzbuch, Bd. I, 6. Aufl. 2018, N. 23 ff. zu <ref-law>). Wie die Vorinstanz zutreffend festhält und der Beschwerdeführer vor Bundesgericht nicht mehr bestreitet, ist die Persönlichkeitsverletzung mangels Rechtfertigungsgrund auch widerrechtlich. Ebenso wenig ist zu beanstanden, dass die Vorinstanz zum Schluss gelangt, die persönlichkeitsverletzenden Äusserungen des Beschwerdeführers seien natürlich und adäquat kausal für die Eröffnung des Strafverfahrens und die Verfahrenskosten.
4.6. Soweit der Beschwerdeführer die Höhe der ihm auferlegten Kosten kritisiert, sind seine Vorbringen unbegründet. Die Vorinstanz erwägt, die Staatsanwaltschaft habe eingeräumt, in der Einstellungsverfügung die Verfahrenskosten falsch zugeordnet zu haben. Richtigerweise seien 20% der gesamten Kosten dem Vorwurf der mehrfachen üblen Nachrede zuzuordnen, 10% stünden im Zusammenhang mit dem Vorwurf des Ungehorsams gegen eine amtliche Verfügung und 70% seien bezüglich des Vorwurfs des Missbrauchs einer Fernmeldeanlage angefallen. Die Vorinstanz gelangt zum Schluss, dass diese Aufteilung nicht zu beanstanden sei. Die drei Vorwürfe liessen sich betreffend Aufschlüsselung der Kosten auseinanderhalten. Zwar gehe es an sich um beanzeigtes Stalking-Verhalten, jedoch stünden die zur Last gelegten Straftaten nicht in einem engen und direkten Zusammenhang. Entsprechend seien nicht alle Untersuchungshandlungen hinsichtlich jedes Vorwurfs notwendig gewesen. Der Beschwerdeführer habe daher 20% der Kosten und Auslagen zu tragen; die verbleibenden 80% seien dem Staat aufzuerlegen. Mit seinen Einwänden, die Staatsanwaltschaft habe ihn noch zu weiteren Ehrverletzungsvorwürfen befragt und ein Teil der Verfahrenskosten sei entstanden, weil die Staatsanwaltschaft erfolglos versucht habe, ihm ein strafrechtlich relevantes Verhalten nachzuweisen, vermag der Beschwerdeführer nicht aufzuzeigen, dass die Vorinstanz bei der Festsetzung der Verfahrenskosten ihr Ermessen verletzt.
4.7. Zusammengefasst verletzt die Vorinstanz kein Bundesrecht, wenn sie dem Beschwerdeführer die auf den Vorwurf der mehrfachen üblen Nachrede entfallenden Verfahrenskosten sowie Auslagen auferlegt und auf 20% der gesamten Kosten beziehungsweise Auslagen festsetzt. Obwohl der Beschwerdeführer diesbezüglich weder einen Antrag stellt noch in der Begründung seiner Beschwerde darauf eingeht, ist der Vollständigkeit halber festzustellen, dass auch die vorinstanzliche Verpflichtung nicht zu beanstanden ist, der Beschwerdeführer habe der Beschwerdegegnerin 2 gestützt auf <ref-law> 20% ihrer notwendigen Aufwendungen im Verfahren zu ersetzen (vgl. Beschluss S. 21).
5.
5.1. Der Beschwerdeführer kritisiert, dass die Vorinstanz die Entschädigung für seinen Verteidiger kürzte und seine Anträge hinsichtlich Entschädigung für wirtschaftliche Einbussen sowie Genugtuung aufgrund gesundheitlicher Beeinträchtigungen abwies.
5.2.
5.2.1. Wird die beschuldigte Person ganz oder teilweise freigesprochen oder wird das Verfahren gegen sie eingestellt, so hat sie gemäss Art. 429 Abs. 1 lit. a-c StPO Anspruch auf Entschädigung ihrer Aufwendungen für die angemessene Ausübung ihrer Verfahrensrechte, auf Entschädigung der wirtschaftlichen Einbussen, die ihr aus ihrer notwendigen Beteiligung am Strafverfahren entstanden sind, sowie auf eine Genugtuung für besonders schwere Verletzungen ihrer persönlichen Verhältnisse, insbesondere bei Freiheitsentzug.
5.2.2. Zu den Aufwendungen im Sinne von <ref-law> zählen in erster Linie die Kosten der frei gewählten Verteidigung, wenn der Beistand angesichts der tatsächlichen oder rechtlichen Komplexität des Falls geboten war. Nicht jeder Aufwand, der im Strafverfahren entstanden ist, ist jedoch zu entschädigen. Sowohl der Beizug eines Verteidigers als auch der von diesem betriebene Aufwand müssen sich als angemessen erweisen (<ref-ruling> E. 3.1.2 S. 167 ff.; <ref-ruling> E. 2.3.4 S. 203; Urteile 6B_1136/2018 vom 28. Februar 2019 E. 1.1.1; 6B_1389/2016 vom 16. Oktober 2017 E. 2.2.1). Der zu entschädigende Aufwand muss in einem vernünftigen Verhältnis zur erbrachten Leistung stehen (Urteile 6B_129/2016 vom 2. Mai 2016 E. 2.2; 6B_360/2014 vom 30. Oktober 2014 E. 3.3, nicht publ. in: <ref-ruling>). Nicht zu entschädigen sind nutzlose, überflüssige und verfahrensfremde Aufwendungen (<ref-ruling> E. 4b S. 25; Urteile 6B_129/2016 vom 2. Mai 2016 E. 2.2; 6B_360/2014 vom 30. Oktober 2014 E. 3.3, nicht publ. in: <ref-ruling>). Als Massstab für die Beantwortung der Frage, welcher Aufwand für eine angemessene Verteidigung im Strafverfahren nötig ist, hat der erfahrene Anwalt zu gelten, der im Bereich des materiellen Strafrechts sowie des Strafprozessrechts über fundierte Kenntnisse verfügt und deshalb seine Leistungen von Anfang an zielgerichtet sowie effizient erbringen kann (Urteile 6B_1389/2016 vom 16. Oktober 2017 E. 2.2.1; 6B_824/2016 vom 10. April 2017 E. 18.3.1 mit Hinweis, nicht publ. in: <ref-ruling>).
Das Bundesgericht prüft die Anwendung von <ref-law> frei. Es auferlegt sich indessen eine gewisse Zurückhaltung gegenüber der vorinstanzlichen Einschätzung, insbesondere hinsichtlich der Frage, welcher Aufwand der Verteidigung im konkreten Fall noch als angemessen zu bezeichnen ist (<ref-ruling> E. 2.1 S. 47, 163 E. 3.2.1 S. 169; <ref-ruling> E. 2.3.6 S. 204). Es ist in erster Linie Aufgabe der Strafbehörden, die Angemessenheit anwaltlicher Bemühungen zu beurteilen, wobei sie über ein beträchtliches Ermessen verfügen. Das Bundesgericht schreitet nur ein, wenn der Ermessensspielraum klarerweise überschritten wurde und die Festsetzung des Honorars ausserhalb jeden vernünftigen Verhältnisses zu den vom Anwalt geleisteten Diensten steht (vgl. zur amtlichen Verteidigung: <ref-ruling> E. 3.2 S. 126 f.; Urteile 6B_363/2017 vom 21. März 2018 E. 3.2.2; 6B_981/2017 vom 7. Februar 2018 E. 4.3.2; 6B_1189/2016 vom 16. November 2017 E. 2.3.2; je mit Hinweisen).
5.2.3. Ein durch den Verlust einer Arbeitsstelle entstandener Schaden ist gestützt auf <ref-law> grundsätzlich zu entschädigen, sofern dieser mit dem Strafverfahren in einem adäquaten Kausalzusammenhang steht (<ref-ruling> E. 1.3.4 S. 243).
5.2.4. Nebst der Haft können auch weitere Verfahrenshandlungen oder Umstände wie etwa familiäre oder berufliche Konsequenzen oder die ausserordentliche Länge des Strafverfahrens eine schwere Verletzung der persönlichen Verhältnisse im Sinne von <ref-law> begründen. Hingegen genügt die mit jedem Strafverfahren grundsätzlich einhergehende psychische Belastung nicht für die Zusprechung einer Genugtuung. Die Verletzung muss schwerwiegend sein (<ref-ruling> E. 3.1 S. 341 mit Hinweis).
5.2.5. Gemäss <ref-law> muss die Strafbehörde den Entschädigungsanspruch von Amtes wegen prüfen. Daraus folgt, dass sie die Partei zu der Frage mindestens anzuhören und gegebenenfalls gemäss <ref-law> aufzufordern hat, ihre Ansprüche zu beziffern und zu belegen (<ref-ruling> E. 1.3.1 S. 209 mit Hinweisen). Aus <ref-law> geht nicht hervor, dass die Strafbehörde im Sinne des Untersuchungsgrundsatzes nach <ref-law> alle für die Beurteilung des Entschädigungsanspruchs bedeutsamen Tatsachen von Amtes wegen abzuklären hat (vgl. <ref-ruling> E. 1.3.1 S. 240; Urteile 6B_669/2018 vom 1. April 2019 E. 2.3; 6B_552/2018 vom 27. Dezember 2018 E. 1.3; 6B_632/2017 vom 22. Februar 2018 E. 2.3; je mit Hinweisen). Es obliegt der beschuldigten Person, ihre Ansprüche zu begründen und auch zu belegen. Dies entspricht der zivilrechtlichen Regel, wonach wer Schadenersatz beansprucht, den Schaden zu beweisen hat (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1.1 S. 240 mit Hinweisen).
5.2.6. Die Strafbehörde kann die Entschädigung oder Genugtuung namentlich herabsetzen oder verweigern, wenn die beschuldigte Person rechtswidrig und schuldhaft die Einleitung des Verfahrens bewirkt oder dessen Durchführung erschwert hat (<ref-law>). Die Grundsätze zur Auflage von Verfahrenskosten trotz Freispruch oder Verfahrenseinstellung gemäss <ref-law> gelten auch bei der Beurteilung, ob eine Entschädigung oder Genugtuung im Sinne von <ref-law> herabzusetzen oder zu verweigern ist. Der Kostenentscheid präjudiziert die Entschädigungsfrage. Bei Auferlegung der Kosten ist grundsätzlich keine Entschädigung auszurichten. Umgekehrt hat die beschuldigte Person Anspruch auf Entschädigung, soweit die Kosten von der Staatskasse übernommen werden (<ref-ruling> E. 2.4.2 S. 357 mit Hinweisen).
5.3.
5.3.1. Der Beschwerdeführer rügt, die Vorinstanz verstosse gegen das Willkürverbot, indem sie die Kürzung der Parteientschädigung durch die Staatsanwaltschaft bestätige. Die Behauptung, dass er auf ein Wortprotokoll bestanden habe, treffe nicht zu. Allerdings habe er mit Hilfe seines Verteidigers für eine präzise und richtige Protokollierung kämpfen müssen, was nach den Einvernahmen zu einem zusätzlichen Aufwand von einer halben bis zu einer Stunde geführt habe. Die Vorinstanz bleibe eine nachvollziehbare Begründung für die Kürzung schuldig. Sie verfalle in Willkür, wenn sie erwäge, der Aufwand der Vertreterin der Beschwerdegegnerin 2 könne nicht mit dem Aufwand seines Verteidigers verglichen werden.
5.3.2. Die Vorinstanz erachtet grundsätzlich als unbestritten, dass der Beschwerdeführer Anspruch auf Entschädigung seiner Aufwendungen für die angemessene Ausübung seiner Verfahrensrechte im Sinne von <ref-law> hat. Vorliegend sei jedoch die Höhe der Parteientschädigung umstritten. Während der Beschwerdeführer eine Parteientschädigung von 100 Stunden zu Fr. 230.-- verlange, erachte die Staatsanwaltschaft einen Gesamtaufwand von 30 Stunden als angemessen. Die Vorinstanz erwägt, vorliegend handle es sich um kein Verfahren von aussergewöhnlichem Umfang oder einer Vielzahl von Tatbeständen. Die Strafsache sei von mittlerer Komplexität. Der überdurchschnittliche Umfang der Strafsache, die keine nennenswerten rechtlichen Schwierigkeiten aufweise, sei überwiegend auf die Vorgehensweise des Beschwerdeführers im Verfahren zurückzuführen. Die dem Beschwerdeführer in der Einstellungsverfügung zugesprochene Parteientschädigung von Fr. 8'000.-- liege innerhalb des Gebührenrahmens und werde damit begründet, dass er selbst die Länge des Prozesses beziehungsweise die vielen Arbeitsstunden verursacht habe. Hinzukomme, dass er vier verschiedene Anwälte zeitverschieden beigezogen habe, ohne einen plausiblen Grund dafür gehabt zu haben. Er habe zahlreiche Beschwerden, Ausstandsbegehren und Strafanzeigen eingereicht sowie um zahlreiche Terminverschiebungen ersucht, die eine speditive Führung der Untersuchung erheblich erschwert hätten. Darüber hinaus habe die Verteidigung unaufgefordert Eingaben verfasst, die teilweise ohne Belang und in diesem Ausmass unnötig gewesen seien. Dies und das Verhalten des Beschwerdeführers während der Einvernahmen mit ausschweifenden Aussagen, obwohl er aufgefordert worden sei, nur die gestellten Fragen zu beantworten, hätten zu einer Verzögerung des Prozesses sowie zu unnötigem Aufwand und damit verbundenen Kosten geführt. Ferner seien die Kostennoten des Beschwerdeführers bezüglich Aufwand nicht hinreichend substanziiert. Die Staatsanwaltschaft erachte den geltend gemachten Aufwand zu Recht als deutlich übersetzt. Das von ihr festgesetzte Honorar von pauschal Fr. 8'000.-- (inkl. Auslagen und Mehrwertsteuer) erscheine angemessen. Entgegen dem Einwand des Beschwerdeführers liessen sich dessen Kostennoten und jene der Beschwerdegegnerin 2 aufgrund der unterschiedlichen Prozessinteressen und -strategien nicht direkt vergleichen. Jedenfalls könne der Beschwerdegegnerin 2 und ihrer Anwältin nicht vorgeworfen werden, sie hätten das Strafverfahren gegen den Beschwerdeführer unnötig verzögert. Die lange Dauer der Einvernahmen und die weiteren Verfahrensverzögerungen durch den Beschwerdeführer stünden in keinem ursächlichen Zusammenhang mit der Anwältin und/oder der Beschwerdegegnerin 2. Die Beschwerdegegnerin 2 beziehungsweise deren Anwältin seien berechtigt gewesen, den ihrerseits im Strafverfahren entstandenen Aufwand in Rechnung zu stellen (Beschluss S. 17 ff.).
5.3.3. Die Vorinstanz erachtet den geltend gemachten Aufwand zu Recht für übersetzt. Nicht zu beanstanden ist, wenn sie und die Staatsanwaltschaft ausführen, der Beschwerdeführer habe mit seinem Verhalten das Verfahren verzögert und unnötigen Aufwand verursacht, wofür nicht der Staat aufzukommen habe, weshalb die geforderte Entschädigung zu kürzen sei (vgl. bereits Urteil 6B_129/2016 vom 2. Mai 2016 E. 2.3 f.). Allerdings ist es dem Bundesgericht aus nachfolgenden Gründen nicht möglich zu prüfen, ob die von der Vorinstanz bestätigte Kürzung der Entschädigung innerhalb ihres beträchtlichen Ermessens liegt.
Hinsichtlich der Kürzung der für die Einvernahmen aufgewendeten Zeit hält die Vorinstanz zunächst zutreffend fest, das Bundesgericht habe im Urteil 6B_129/2016 vom 2. Mai 2016 mit Blick auf das beträchtliche Ermessen der Vorinstanz nicht beanstandet, dass die Entschädigung des Beschwerdeführers unter anderem gekürzt wurde, weil sein auflehnendes Verhalten primär Anlass für die zahlreichen Einvernahmen gewesen sei. Dabei ist jedoch zu berücksichtigen, dass es im genannten Urteil lediglich um einen Teil der Entschädigung ging, dem damals angefochtenen Beschluss keine konkreten Zahlen zu entnehmen waren und auch der Beschwerdegegnerin 2 lediglich sechs Stunden des geltend gemachten Aufwands ihrer Rechtsvertretung entschädigt wurden.
Im Weiteren verweist die Vorinstanz auf die Begründung in der Einstellungsverfügung. Diese erscheint jedoch widersprüchlich. Die Staatsanwaltschaft hält einleitend zum Entschädigungspunkt fest, nach dem Grundsatz, dass die Entschädigungsregelung der Kostenregelung folgt, habe der Staat entsprechend der Kostenregelung von den Entschädigungen zu Gunsten des Beschwerdeführers für die Verfahrensteile des Missbrauchs einer Fernmeldeanlage und des Ungehorsams gegen eine amtliche Verfügung einen Anteil von 30% zu tragen. Es folgen theoretische Ausführungen, welche Ausgaben zu entschädigen seien. Im Weiteren erwägt die Staatsanwaltschaft in den Verfahrensteilen betreffend Missbrauch einer Fernmeldeanlage und Ungehorsams gegen eine amtliche Verfügung dürfte der Beizug aufgrund der Komplexität des Gesamtverfahrens angemessen gewesen sein und sei grundsätzlich nicht in Frage zu stellen. Es folgen Ausführungen zum Prozessverhalten des Beschwerdeführers. Zusammenfassend hält die Staatsanwaltschaft fest, die Aufwendungen der Verteidigung wegen Missbrauchs einer Fernmeldeanlage und Ungehorsams gegen eine amtliche Verfügung ständen in keinem vernünftigen Verhältnis für eine angemessene Ausübung der Verfahrensrechte. Namentlich hätten lediglich gewisse, explizit bezeichnete Einvernahmen, den Themenkomplex des Tatbestands der üblen Nachrede betroffen. Zum Themenbereich des Ungehorsams gegen eine amtliche Verfügung hätten keine Einvernahmen stattgefunden. Insgesamt hätten die Einvernahmen, welche dem relevanten Themenkomplex zugeordnet werden könnten, zirka 20 Stunden gedauert. Dazu kämen Anreisezeiten (anteilsmässig) von zirka drei Stunden. Auch unter Berücksichtigung der anderen notwendigen Aufwendungen dürfte der tatsächlich notwendige Aufwand nicht mehr als 30 Stunden betragen haben. Eine zielgerichtete und effiziente Verteidigung wäre ohne die mehrfachen Anwaltswechsel und das Verhalten des Beschwerdeführers mit 30 Stunden ohne Weiteres möglich gewesen (Einstellungsverfügung S. 5 ff.). Bis hierhin lassen die Ausführungen der Staatsanwaltschaft darauf schliessen, dass die von ihr als entschädigungspflichtiger Aufwand bezeichneten 30 Stunden die Aufwendungen der Verteidigung die Vorwürfe des Missbrauchs einer Fernmeldeanlage und des Ungehorsams gegen eine amtliche Verfügung, gemäss damaliger Einschätzung der Staatsanwaltschaft also 30% des Gesamtaufwands, betreffen. Einzig der Hinweis, dass lediglich gewisse Einvernahmen den Themenkomplex des Tatbestands der üblen Nachrede betroffen haben, verwirrt in diesem Zusammenhang.
In der Folge gelangt die Staatsanwaltschaft jedoch zum Schluss, dass sich aufgrund der Gesamtwürdigung aller Umstände ein Honorar für die nötigen Aufwände von pauschal Fr. 8'000.-- (inkl. Auslagen und Mehrwertsteuer) als angemessen erweise. Davon habe der Beschwerdeführer 70%, somit Fr. 5'600.-- selbst zu tragen. Die restlichen 30%, mithin Fr. 2'400.--, gingen zu Lasten des Staates. Abschliessend hält sie fest, dass dem Beschwerdeführer hiervon bereits Fr. 1'598.40 ausbezahlt worden seien (Beschluss S. 20; Einstellungsverfügung S. 8). Letztlich scheint sie also den angemessenen Aufwand für das ganze Verfahren auf 30 Stunden beziehungsweise pauschal Fr. 8'000.-- festzusetzen. Dies widerspricht den zitierten Erwägungen.
Die Vorinstanz ergänzt darauf hin, dass in den Kostennoten konkret sechs Einvernahmen mit einer Gesamtdauer von 29.25 Stunden (inkl. Besprechungen und Reisezeit) ausgewiesen seien. Würden für die Besprechungen und Reisezeit insgesamt neun Stunden abgezogen, gehe dies mit den von der Staatsanwaltschaft angenommenen 20 Stunden für die Dauer der Einvernahmen auf. Würden die Reisezeit für die sechs Einvernahmen und die weiteren notwendigen Aufwendungen für eine zielgerichtete und effiziente Verteidigung berücksichtigt, erscheine das von der Staatsanwaltschaft festgesetzte Honorar von pauschal Fr. 8'000.-- (inkl. Auslagen und Mehrwertsteuer) als angemessen (Beschluss S. 20). Dabei lässt die Vorinstanz unberücksichtigt, dass insgesamt 13 Einvernahmen mit einer Gesamtdauer von 42.5 Stunden aktenkundig sind, bei denen der jeweilige Verteidiger des Beschwerdeführers gemäss den Protokollen anwesend war (kantonale Akten, act. 2/1 ff.). Der Beschwerdeführer wurde vereinzelt ermahnt, sich kurz zu halten. Dennoch muss die Vorinstanz begründen, inwiefern und in welchem (zeitlichen) Umfang der Beschwerdeführer die Einvernahmen unnötig verursacht hat. Dabei hat sie zu berücksichtigen, dass der Staatsanwaltschaft und nicht dem Beschwerdeführer die Verfahrensleitung obliegt, womit diese entscheidet, ob eine Einvernahme durchgeführt wird und wie lange diese dauert, beziehungsweise den Beschwerdeführer darüber aufzuklären hat, dass er unnötig verursachte Kosten allenfalls selbst zu tragen hat.
Begründet ist sodann die Kritik des Beschwerdeführers an der vorinstanzlichen Feststellung, die Kostennoten der Vertreter des Beschwerdeführers und der Beschwerdegegnerin 2 liessen sich nicht direkt vergleichen. Zwar trifft es zu, dass sie nicht die gleichen Prozessinteressen haben. Ebenso wenig ist zu beanstanden, dass die Staatsanwaltschaft die Kostennote der Anwältin der Beschwerdegegnerin 2 nicht kürzte, da Letztere das Verfahren nicht unnötig verzögerte. Jedoch wendet der Beschwerdeführer zutreffend ein, dass die Rechtsvertreterin der Beschwerdegegnerin 2 erst nach dem Verteidiger mandatiert wurde und nicht an allen Einvernahmen teilnahm, sowie jener Rechtsschriften verfassen musste, die bei dieser nicht anfielen.
Angesichts der massiven Kürzung der Anwaltsentschädigung muss die Vorinstanz zumindest bezüglich der Einvernahmen aufzeigen, dass und in welchem Umfang diese unnötigerweise durch den Beschwerdeführer verursacht wurden und daher nicht zu entschädigen sind. Auch hat sie darzulegen, in welchem Umfang sie den übrigen Aufwand (Besprechungen, Rechtsschriften, Telefonate etc.) als angemessen und entschädigungspflichtig erachtet. Es steht ihr frei, die einzelnen Aufwendungen beziehungsweise Einvernahmen auf die verschiedenen Themenkomplexe aufzuteilen und insofern von der prozentualen Verteilung, wie sie bei den Kosten vorgenommen wurde, abzusehen. Ferner wird sie eine allfällige Differenz zur genehmigten Kostennote der Anwältin der Beschwerdegegnerin 2 über Fr. 14'389.90 (inkl. Auslagen und Mehrwertsteuer) begründen müssen. Die Beschwerde erweist sich in diesem Punkt als begründet.
5.4. Der Beschwerdeführer wendet sich gegen die Verweigerung einer Entschädigung für wirtschaftliche Einbussen und kritisiert die vorinstanzliche Begründung als widersprüchlich sowie ungenügend.
Die Vorinstanz erwägt, der Beschwerdeführer mache geltend, er habe seine Arbeitsstelle im Jahr 2011 verloren und danach aufgrund der Beschlagnahmungen vergeblich versucht, eine selbstständige Tätigkeit aufzubauen. Überdies sei er für die Wahl in einen Verwaltungsrat vorgesehen gewesen, die wegen des hängigen Strafverfahrens gescheitert sei. Insgesamt mache er einen Schaden von Fr. 3'050'000.-- geltend. Es sei weder aktenkundig noch belegt, dass der Beschwerdeführer seine damalige Arbeitsstelle wegen des hängigen Strafverfahrens verloren habe. Die fehlende Dokumentation treffe auch auf seine Behauptung hinsichtlich der Wahl in einen Verwaltungsrat zu. Es sei nicht nachvollziehbar, aus welchen Gründen der Beschwerdeführer realistische Erfolgschancen für diese Wahl gehabt hätte. Im besagten Gremium nähmen zur Zeit schweizerische Staatsangehörige mit tiefer Verwurzelung und Kenntnissen in Wirtschaft, Politik sowie Gewerkschaften Einsitz. Jegliche Kausalität zwischen der Einleitung des Strafverfahrens gegen den Beschwerdeführer und dessen behaupteter Nichtwahl in den besagten Verwaltungsrat fehle. Seine Schadenersatzforderung lasse sich durch nichts Sachliches rechtfertigen, weshalb sein Begehren als unbegründet abzuweisen sei (Beschluss S. 24).
Der Beschwerdeführer macht zunächst geltend, er habe stets ausgesagt, dass er seine Arbeitsstelle wegen des Strafverfahrens verloren habe. Damit zeigt er jedoch nicht auf, dass die vorinstanzliche Einschätzung, wonach die Kausalität zwischen dem Stellenverlust und dem Strafverfahren nicht belegt sei, unzutreffend ist. Gleiches gilt hinsichtlich der nicht erfolgten Wahl als Verwaltungsrat. Er beschränkt sich darauf, darzulegen, dass die vorinstanzlichen Ausführungen zur Wahlwahrscheinlichkeit beziehungsweise zum Profil der derzeitigen Verwaltungsräte des besagten Gremiums nicht überzeugten. Jedoch setzt er sich nicht mit der vorinstanzlichen Begründung auseinander, wonach er auch in diesem Punkt den von ihm geltend gemachten Schaden nicht belege. Insgesamt legt der Beschwerdeführer nicht dar, dass die Vorinstanz Bundesrecht verletzt, indem sie zum Schluss gelangt, dass der von ihm gestützt auf <ref-law> geltend gemachte Schadenersatz nicht genügend belegt ist.
5.5.
5.5.1. Hinsichtlich der von ihm begehrten Genugtuung aufgrund gesundheitlicher Beeinträchtigungen wirft der Beschwerdeführer der Vorinstanz vor, sie habe willkürlich nur jene Arztzeugnisse aufgeführt, die den Kausalzusammenhang zwischen seinen gesundheitlichen Einschränkungen und dem Strafverfahren nicht aufzeigten.
5.5.2. Die Vorinstanz erwägt zunächst, der Beschwerdeführer begründe nicht ausreichend, dass die angebliche Persönlichkeitsverletzung die erforderliche Schwere erreicht habe. Ebenso wenig ergebe sich diese aus den Akten. Die Arztzeugnisse würden lediglich aufzeigen, dass der Beschwerdeführer für eine gewisse Zeit aus gesundheitlichen Gründen arbeits- beziehungsweise verhandlungsunfähig gewesen sei, weshalb die angesetzten Einvernahmen hätten verschoben werden müssen. Hingegen ergebe sich daraus nicht, welcher Art die Erkrankung gewesen sei und ob diese durch das Strafverfahren veranlasst worden sei. Es fehle am Kausalzusammenhang zwischen Strafverfahren und Erkrankung, die zur Arbeitsunfähigkeit geführt haben solle. Selbst wenn ein natürlicher Kausalzusammenhang belegt wäre, müsste ein adäquater Kausalzusammenhang verneint werden, da das Strafverfahren wegen der beanzeigten Vorwürfe nach dem gewöhnlichen Lauf der Dinge nicht geeignet gewesen sei, eine Arbeitsunfähigkeit des Beschwerdeführers herbeizuführen. Hinzu komme, dass die Staatsanwaltschaft dessen Angaben nicht habe überprüfen können, da er die Namen seiner Ärzte nicht bekannt gegeben habe und diese nicht vom Arztgeheimnis entbunden habe. Schliesslich verkenne die Staatsanwaltschaft die lange Verfahrensdauer nicht, jedoch sei diese auf die Verfahrensverzögerungen des Beschwerdeführers zurückzuführen, sodass er seine allfällige Erkrankung selbst zu verantworten habe. Insgesamt habe das lange Strafverfahren die persönlichen Verhältnisse des Beschwerdeführers nicht in einer Schwere tangiert, welche die Ausrichtung einer Genugtuung gestützt auf <ref-law> rechtfertigen würde (Beschluss S. 26 f.).
5.5.3. Der vorinstanzliche Schluss, der Beschwerdeführer habe seine gesundheitliche Beeinträchtigung, deren Zusammenhang mit dem Strafverfahren sowie die daraus resultierende Arbeitsunfähigkeit nicht genügend belegt, ist bundesrechtskonform. Das Bundesgericht hat den Beschwerdeführer bereits im Urteil 6B_129/2016 vom 2. Mai 2016 darauf hingewiesen, dass er den anspruchsbegründenden Sachverhalt mit hinreichender Bestimmtheit darlegen und der Vorinstanz diejenigen Angaben liefern muss, die es ihr erlauben, weitere Erkundigungen einzuholen (a.a.O., E. 4.4). Der Beschwerdeführer hat sich jedoch lediglich darauf beschränkt, seinen angeblichen Genugtuungsanspruch zu behaupten und die Vorinstanz aufgefordert, einen Arztbericht sowie ein psychiatrisches Gutachten einzuholen (Akten Vorinstanz, act. 1 S. 15 f.). Es ist nicht zu beanstanden, dass die Vorinstanz auf diese Beweisanträge nicht einging. Vielmehr wäre es am Beschwerdeführer gewesen, einen Bericht seiner behandelnden Ärzte einzureichen, zumal er diese nicht vom Arztgeheimnis entbunden hatte (vgl. Beschluss S. 26). Soweit der Beschwerdeführer geltend macht, die Vorinstanz habe willkürlich nicht alle Arztzeugnisse berücksichtigt und seine Beschwerde vor Bundesgericht mit weiteren Schreiben dokumentiert, ist darauf nicht weiter einzugehen. Der Beschwerdeführer zeigt nicht auf, dass er diese Schreiben im kantonalen Verfahren bereits eingereicht hatte, und es ist nicht Aufgabe des Bundesgerichts, die umfangreichen Akten nach allfälligen weiteren Arztzeugnissen zu durchsuchen. Insofern belegt der Beschwerdeführer seine Willkürrüge beziehungsweise die implizite Gehörsverletzungsrüge nicht genügend. Legt der Beschwerdeführer die aus den Jahren 2013, 2014, 2015 und 2017 stammenden Schreiben erstmals vor Bundesgericht ins Recht, können sie nicht berücksichtigt werden. Er hätte die Dokumente bereits im kantonalen Verfahren zu den Akten geben müssen, weil sie für den Nachweis eines Genugtuungsanspruchs relevant sein könnten (<ref-law>; <ref-ruling> E. 2 S. 312 f.).
Schliesslich ist auch die vorinstanzliche Einschätzung bundesrechtskonform, der Beschwerdeführer sei durch die überlange Verfahrensdauer, die er weitgehend selbst zu verantworten habe, in seinen persönlichen Verhältnissen nicht in einer rechtserheblichen Schwere tangiert.
Insgesamt ist damit nicht belegt, dass das verhältnismässig lange Strafverfahren den Beschwerdeführer in seinen persönlichen Verhältnissen besonders schwer verletzte (vgl. E. 5.2.4).
6.
Die Beschwerde ist teilweise gutzuheissen, der angefochtene Beschluss aufzuheben und die Sache zur neuen Beurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Im Übrigen ist die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist.
Angesichts seiner umfangreichen und weitschweifigen Eingaben rechtfertigt es sich, den Beschwerdeführer darauf hinzuweisen, dass im neuen Verfahren vor der Vorinstanz nur noch die Höhe der Entschädigung für seinen Rechtsvertreter und damit verbunden die Kosten- und Entschädigungsfolgen der Beschwerdeverfahren Verfahrensgegenstand sein werden. Alle weiteren vom Beschwerdeführer thematisierten Punkte werden mit vorliegendem Entscheid abschliessend beurteilt.
Der Beschwerdeführer und die Beschwerdegegnerin 2 tragen die Kosten des Verfahrens grundsätzlich im Ausmass ihres Unterliegens, während dem Kanton Luzern keine Kosten aufzuerlegen sind (Art. 66 Abs. 1 und 4 BGG). Die Beschwerdegegnerin 2 beantragt zwar formell die Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei, bringt jedoch in ihrer Vernehmlassung zum Ausdruck, dass sich diese einzig auf die ihr zugesprochene Parteientschädigung bezieht (Dispositiv-Ziff. 1.5 des Beschlusses). Da es bei dieser Parteientschädigung bleibt (E. 4.7), obsiegt die Beschwerdegegnerin 2, womit ihr keine Kosten aufzuerlegen sind und der Beschwerdeführer sie für das bundesgerichtliche Verfahren zu entschädigen hat (Art. 66 Abs. 1 und Art. 68 Abs. 1 sowie 2 BGG). Der Beschwerdeführer hat während des bundesgerichtlichen Verfahrens einen Anwalt mandatiert, womit er grundsätzlich Anspruch auf eine Parteientschädigung hat. Dabei ist jedoch zu berücksichtigen, dass er sowohl die Beschwerde als auch das Sistierungsgesuch und die Replik eigenhändig verfasste. Hierfür ist er nicht zu entschädigen, da er keine besonderen Verhältnisse oder Auslagen geltend macht, die eine Entschädigung rechtfertigen könnten (vgl. <ref-ruling> E. 4b S. 207; <ref-ruling> E. 5b S. 519 f.). Der Aufwand des Rechtsvertreters beschränkt sich auf vier kurze Schreiben betreffend Akteneinsicht und Fristverlängerung. Der Kanton Luzern hat dem Beschwerdeführer eine reduzierte Parteientschädigung von Fr. 100.-- auszurichten (Art. 68 Abs. 1 und 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird teilweise gutgeheissen, der Beschluss des Kantonsgerichts Luzern vom 22. November 2018 aufgehoben und die Sache zur neuen Beurteilung an die Vorinstanz zurückgewiesen. Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen, soweit darauf eingetreten werden kann.
2.
Der Beschwerdeführer trägt reduzierte Gerichtskosten im Umfang von Fr. 2'500.--.
3.
Der Beschwerdeführer hat der Beschwerdegegnerin 2 eine Parteientschädigung von Fr. 800.-- auszurichten.
4.
Der Kanton Luzern hat den Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 100.-- zu entschädigen.
5.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Kantonsgericht Luzern, 1. Abteilung, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 19. Dezember 2019
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Denys
Die Gerichtsschreiberin: Andres