Sachverhalt:
A.
A.a. Die Baukommission Fällanden erteilte der A._ AG (im Folgenden: Bauherrin) am 22. November 2018 eine Bewilligung (im Folgenden: Stammbaubewilligung) für die Erstellung eines Mehrfamilien- und Reihenfamilienhauses auf den Parzellen Kat.-Nrn. 5103 und 5104, U._strasse "..." und "...", in Pfaffhausen-Fällanden. Die Parzellen liegen in der dreigeschossigen Wohnzone W3D.
Die Stammbaubewilligung erwuchs in Rechtskraft.
A.b. Mit einer 1. Abänderungsbewilligung vom 16. Januar 2020 wurden im Sinne der Erwägungen insbesondere die Einreichung und Bewilligung geänderter Pläne bezüglich "Gestaltung auf der Nordseite des Gebäudes", "Terraingestaltung auf der Südseite", "detaillierter Umgebungsplan mit detaillierter Pflanzliste" sowie "Detailplan zur Spielplatzgestaltung und -ausrüstung" vorbehalten. In den Erwägungen führte die Baubewilligungsbehörde dabei namentlich aus, auf grosse Terrainveränderungen sei so weit wie möglich zu verzichten. Ferner erklärte sie, vor Baubeginn sei ein detaillierter, unter Beizug eines ausgewiesenen Fachmannes ausgearbeiteter Umgebungsplan bewilligen zu lassen.
Die 1. Abänderungsbewilligung blieb unangefochten und erwuchs damit in Rechtskraft.
A.c. Mit einer 2. Abänderungsbewilligung vom 8. April 2020 wurde wiederum namentlich die Bewilligung eines detaillierten Umgebungsplans vorbehalten. Die Baubewilligungsbehörde machte dabei insbesondere folgende Auflagen:
- Die abweisende Umgebungsgestaltung auf der Nordseite ist grundsätzlich zu überarbeiten, damit eine befriedigende Gesamtwirkung und eine gute Integration in den Kontext des Quartiers erreicht werden kann.
- Entlang der Westfassade sind Aufschüttungen auf ein Minimum zu reduzieren. Die Höhendifferenz zwischen dem Terrain entlang der Grundstücksgrenze von Kat.-Nr. 4860 und dem internen Fussweg ist statt mit einer Mauer natürlich zu gestalten.
- Der Spielplatz ist kindergerecht zu gestalten (siehe Leitfaden "Grundlagen für kinderfreundliche Wohnumfelder" der Fachstelle SpielRaum).
- Die Abgrabungen auf der Südseite sind auf ein notwendiges Minimum zu reduzieren.
- Die Aussenraumflächen bei den EG-Wohnungen sind zu überarbeiten.
- Auf reine Rasenflächen ist so weit wie möglich zu verzichten.
- Für die Bepflanzung sind standortgerechte und einheimische Pflanzen vorzusehen.
A.d. Mit einer 3. Abänderungsbewilligung vom 30. April 2020 wurde das (teilweise revidierte) Farb- und Materialkonzept unter neuen Auflagen bewilligt.
B.
Gegen die 2. und 3. Abänderungsbewilligung erhob die Bauherrin mit Eingaben vom 20. April und 26. Mai 2020 je einen Rekurs. Das Baurekursgericht des Kantons Zürich vereinigte die beiden Verfahren. Mit Entscheid vom 16. September 2020 wies es den Rekurs gegen die 2. Abänderungsbewilligung ab, soweit es ihn nicht als gegenstandslos abschrieb. Zugleich hiess das Baurekursgericht den Rekurs gegen die 3. Abänderungsbewilligung teilweise gut und hob eine Auflage betreffend die Farbwahl der Fassaden auf. Im Übrigen wies es den letzteren Rekurs ab.
C.
Gegen diesen Entscheid erhob die Bauherrin am 23. September 2020 Beschwerde an das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich. Mit Urteil vom 16. Dezember 2020 (versandt am 20. Januar 2021) hiess das Verwaltungsgericht die Beschwerde teilweise gut. Es hob die Auflagen auf, auf der Südseite die Abgrabungen auf ein notwendiges Minimum zu reduzieren, die Aussenraumflächen zu überarbeiten und soweit wie möglich auf reine Rasenflächen zu verzichten. Ferner passte es die Auflage zur Bepflanzung an. Im Übrigen wies das Verwaltungsgericht die Beschwerde ab, soweit es darauf eintrat.
D.
Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 11. Februar 2021 (Datum des Poststempels) beantragt die Bauherrin sinngemäss, unter entsprechender teilweiser Aufhebung des angefochtenen Urteils und der 2. Abänderungsbewilligung vom 8. April 2020 sei die Baufreigabe zu erteilen, und zwar unter Bewilligung der Pläne "Umgebung/Erdgeschoss" und "Umgebung", des Farb- und Materialkonzepts sowie der Pflanzliste Umgebung vom 5. Februar 2020. Ferner verlangt die Beschwerdeführerin eine volle Parteientschädigung für die Verfahren vor dem Baurekursgericht und dem Verwaltungsgericht.
Die Baukommission und das Verwaltungsgericht beantragen, die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei.

Erwägungen:
1.
1.1. Mit dem angefochtenen Entscheid wurde definitiv über eine bestimmte Projektkorrektur entschieden und das Verfahren mithin abgeschlossen. Damit liegt ein kantonal letztinstanzlicher Endentscheid im Bereich des Baurechts vor. Dagegen steht die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten grundsätzlich offen (<ref-law>; <ref-ruling> E. 2 S. 356; Urteil 1C_313/2019 vom 28. April 2020 E. 1.1).
1.2. Die Beschwerdeführerin war am vorinstanzlichen Verfahren beteiligt, ist als Bauherrin vom angefochtenen Entscheid unmittelbar betroffen und unbestrittenermassen zur Beschwerde legitimiert (vgl. <ref-law>).
1.3. Unzulässig ist der Antrag der Beschwerdeführerin, die 2. Abänderungsbewilligung vom 8. April 2020 sei teilweise aufzuheben. Diese Bewilligung ist durch den Entscheid des Verwaltungsgerichts ersetzt worden (Devolutiveffekt) und gilt als inhaltlich mitangefochten (<ref-ruling> E. 1.2 S. 543; <ref-ruling> E. 1.4 S. 144; je mit Hinweis).
1.4. Die Beschwerde ist nur im Rahmen des Streitgegenstands zulässig. Dieser wird durch den Gegenstand des angefochtenen Entscheids und durch die Parteibegehren bestimmt (<ref-ruling> E. 3.3 S. 189); neue Anträge, welche den Streitgegenstand ausweiten, sind vor Bundesgericht unzulässig (<ref-law>).
Das Farb- und Materialkonzept bildete keinen Gegenstand des vorinstanzlichen Verfahrens, da der Entscheid des Baurekursgerichts insoweit nicht angefochten wurde (vgl. E. 2.2 des angefochtenen Urteils). Das im vorliegenden Verfahren gestellte Begehren, das Farb- und Material-Konzept vom 5. Februar 2020 zu bewilligen, liegt somit ausserhalb des Streitgegenstands und ist folglich nicht zulässig. Auf die Beschwerde ist daher insoweit nicht einzutreten.
1.5. Die Beschwerdeführerin beantragt auch, die Pflanzliste Umgebung vom 5. Februar 2020 sei zu bewilligen.
Mit dem angefochtenen Urteil wurde eine von der Baukommission gemachte Auflage, für die Bepflanzung einheimische Pflanzen vorzusehen, aufgehoben. Zugleich wurde die Auflage, standortgerechte Pflanzen zu verwenden, eingeschränkt. Letztere Auflage gilt nach dem angefochtenen Urteil nur noch soweit, als sich die Anforderung, standortgerechte Pflanzen zu verwenden, mit dem Erfordernis des Nachweises einer hinsichtlich der Bepflanzung befriedigenden Umgebungsgestaltung nach § 238 Abs. 1 und 3 des Planungs- und Baugesetzes des Kantons Zürich vom 7. September 1975 (PBG/ZH; LS 700.1) deckt.
Nach <ref-law> ist in der Begründung einer Beschwerde in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Entscheid Recht verletzt. Die Beschwerdeführerin legt nicht dar, inwiefern die genannten Anordnungen der Vorinstanz zur Bepflanzung Recht verletzen sollen. Auch zeigt sie nicht auf, weshalb die Vorinstanz die erwähnte Pflanzliste hätte bewilligen müssen. Soweit mit der Beschwerde die Bewilligung dieser Pflanzliste beantragt wird, fehlt es damit an einer sachbezogenen Beschwerdebegründung und ist folglich auf das Rechtsmittel nicht einzutreten.
1.6. Die übrigen Prozessvoraussetzungen geben zu keinen Bemerkungen Anlass. Mit den vorgenannten Einschränkungen (E. 1.3-1.5) ist auf die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten einzutreten.
1.7. Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann geltend gemacht werden, der angefochtene Entscheid verletze Bundesrecht, Völkerrecht oder kantonale verfassungsmässige Rechte (Art. 95 lit. a, b und c BGG). Die Verletzung des übrigen kantonalen Rechts kann, abgesehen von hier nicht relevanten Ausnahmen gemäss Art. 95 lit. c und d BGG, vor Bundesgericht nicht gerügt werden; zulässig ist jedoch die Rüge, die Anwendung dieses Rechts führe zu einer Verletzung von Bundesrecht, namentlich des verfassungsmässigen Willkürverbots von <ref-law> (<ref-ruling> E. 3.1.3 S. 14 mit Hinweis).
Nach der ständigen Praxis des Bundesgerichts liegt Willkür vor, wenn der angefochtene Entscheid offensichtlich unhaltbar ist, mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht, eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz krass verletzt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft. Das Bundesgericht hebt einen Entscheid jedoch nur auf, wenn nicht bloss die Begründung, sondern auch das Ergebnis unhaltbar ist. Dass eine andere Lösung ebenfalls als vertretbar oder gar zutreffender erscheint, genügt nicht (<ref-ruling> E. 3.1 S. 372; Urteil 1C_363/2020 vom 30. November 2020 E. 3.4; je mit Hinweisen).
1.8. Nach <ref-law> legt das Bundesgericht seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Abs. 1). Es kann diese Sachverhaltsfeststellung von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (Abs. 2). Von der beschwerdeführenden Person kann die Feststellung des Sachverhalts wiederum nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig, d.h. willkürlich (<ref-law>) ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (vgl. <ref-law>). Eine entsprechende Rüge ist substantiiert vorzubringen (<ref-law> i.V.m. <ref-law>).
Neue Tatsachen und Beweismittel dürfen nur soweit vorgebracht werden, als erst der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gibt (<ref-law>). Der vorinstanzliche Verfahrensausgang allein bildet noch keinen hinreichenden Anlass für die Zulässigkeit von unechten Noven, die bereits im kantonalen Verfahren ohne Weiteres hätten vorgebracht werden können (<ref-ruling> E. 1.2 S. 22 f.).
2.
2.1. Die Vorinstanz prüfte im angefochtenen Urteil, ob der Umgebungsplan gemäss dem 2. Abänderungsgesuch zu bewilligen gewesen wäre. Sie erwog diesbezüglich insbesondere, mit der Stammbaubewilligung vom 22. November 2018 seien grundsätzlich nur die Geländeveränderungen unmittelbar an den Hausfassadenerlaubt worden. Als bewilligt gelten könnten damit nur die Abgrabungen und Aufschüttungen an den Fassaden sowie die mit der südlichen Fassadenabgrabung zusammenhängende Abgrabung, die 1 m nicht überschreitet. Entgegen der Auffassung der Beschwerdeführerin seien mit der Stammbaubewilligung nicht sämtliche von ihr geplanten Aufschüttungen und Abgrabungen erlaubt worden.
2.2. Vor dem Bundesgericht macht die Beschwerdeführerin geltend, namentlich aufgrund des Wortlautes der Stammbewilligung und aufgrund eingereichter Pläne vom 24. August 2018 habe sie nach Treu und Glauben davon ausgehen können, dass die Aufschüttungen auf der Nord- und Westseiteexplizit bewilligt worden seien. Letzteres ergebe sich auch daraus, dass mit den Auflagen in der Stammbewilligung betreffend den Umgebungsplan nur "Detaillierungen" verlangt worden seien. Sinngemäss bringt die Beschwerdeführerin auch vor, bei den geforderten "Detaillierungen" sei es nicht um Abgrabungen oder Aufschüttungen gegangen.
3.
3.1. Der formellen und materiellen Rechtskraft einer Verfügung oder eines Urteils zugänglich ist einzig die Entscheidformel (das Dispositiv); die Rechtskraft erstreckt sich hingegen nicht auf die Sachverhaltsfeststellungen oder die Erwägungen zur Rechtslage (die Motive). Aus diesem Grund kann nur das Dispositiv Bindungswirkung entfalten (vgl. <ref-ruling> S. 120 E. 2.4.2 mit Hinweisen). Verweist das Dispositiv auf die Erwägungen, nehmen diese jedoch an der Rechtsverbindlichkeit teil (Urteile 8C_652/2019 vom 18. Februar 2020 E. 3.3.2; 2C_826/2016 vom 6. April 2018 E. 6.2 mit Hinweis; vgl. zur Bedeutung der Entscheidbegründung für den genauen Sinn, die Natur und die genaue Tragweite des Dispositivs auch <ref-ruling> S. 195 E. 4a mit Hinweisen; Urteil 1C_480/2018 vom 28. August 2019 E. 3.3.3).
3.2. Mit der unangefochten gebliebenen und damit in Rechtskraft erwachsenen 1. Abänderungsbewilligung wurde "im Sinne der Erwägungen" die Auflage gemacht, geänderte Pläne (namentlich) bezüglich "Gestaltung auf der Nordseite des Gebäudes" und bezüglich "detaillierter Umgebungsplan mit detaillierter Pflanzliste" einzureichen und bewilligen zu lassen. In den Erwägungen wurde dabei insbesondere festgehalten, auf grosse Terrainveränderungen sei so weit wie möglich zu verzichten. Damit wurde mit der 1. Abänderungsbewilligung rechtsverbindlich angeordnet, dass Terrainveränderungen zu reduzieren und (noch) zu bewilligen sind.
Bei dieser Sachlage kann es keine Rolle spielen, ob mit der Stammbaubewilligung Aufschüttungen auf der Nord- und Westseite gestattet worden sind. Die entsprechende Anordnung wäre nämlich gegebenenfalls durch die genannte, rechtskräftige Anordnung der 1. Abänderungsbewilligung ersetzt worden. Gegen die hier streitbetroffenen, die Nord- und Westseite betreffenden Auflagen in der 2. Abänderungsbewilligung lässt sich somit nicht mehr einwenden, bereits mit der Stammbaubewilligung seien Aufschüttungen auf der Nord- und Westseite gestattet worden.
3.3. In diesem Zusammenhang lässt sich auch aus dem Grundsatz von Treu und Glauben (vgl. Art. 5 Abs. 3 und <ref-law>) nichts zugunsten der Beschwerdeführerin ableiten:
Als Verbot widersprüchlichen Verhaltens und des Rechtsmissbrauchs untersagt der Grundsatz von Treu und Glauben (<ref-law>) zwar sowohl den Behörden wie auch den Privaten, sich in ihren öffentlichrechtlichen Rechtsbeziehungen widersprüchlich oder rechtsmissbräuchlich zu verhalten (<ref-ruling> E. 4.3 S. 69; <ref-ruling> E. 7.1 S. 403). Auch verleiht der Grundsatz von Treu und Glauben einer Person gemäss <ref-law> Anspruch auf Schutz des berechtigten Vertrauens in das Handeln staatlicher Behörden (vgl. <ref-ruling> E. 5.1.1 S. 110; <ref-ruling> E. 2.5.1 S. 72 f.; Urteil 1C_240/2020 vom 26. Februar 2021 E. 5.3).
Dass die Baukommission gegen den Grundsatz von Treu und Glauben verstossen habe, indem sie sich über eine mit der Stammbaubewilligung erteilte Erlaubnis der Aufschüttungen auf der Nord- und Westseite hinweggesetzt habe, hätte die Beschwerdeführerin aber bereits mittels Anfechtung der 1. Abänderungsbewilligung geltend machen müssen. Ihre erst jetzt erhobene entsprechende Rüge erweist sich als unzulässig.
4.
Die Beschwerdeführerin macht - wie schon im Verfahren vor der Vorinstanz - geltend, sie habe bereits mit einem Umgebungsplan vom 20. November 2019 alle massgebenden Auflagen der Stammbaubewilligung erfüllt.
Damit stösst die Beschwerdeführerin ins Leere, und zwar ebenfalls aufgrund der Rechtskraft der 1. Abänderungsbewilligung. Die Rüge, anstelle der unter Auflagen erteilten Bewilligung der 1. Abänderungspläne hätte infolge Erfüllung der Auflagen der Stammbaubewilligung die Baufreigabe erteilt werden müssen, wäre (gleichermassen) im Rahmen einer Anfechtung der 1. Abänderungsbewilligung vorzubringen gewesen. Dass die Beschwerdeführerin die entsprechende Verfügung unangefochten in Rechtskraft erwachsen liess, ist ihr vorliegend nach Treu und Glauben umso mehr entgegenzuhalten, als das Verfahren auf Erteilung der 1. Abänderungsbewilligung auf ihr Ersuchen hin durchgeführt wurde.
5.
5.1. Streitig ist sodann insbesondere, ob der Beschwerdeführerin mit der 2. Abänderungsbewilligung gestützt auf § 238 Abs. 1 PBG/ZH die Auflage gemacht werden durfte, die Umgebungsgestaltung auf der Nordseite grundsätzlich zu überarbeiten. Gemäss dieser Bestimmung sind Bauten, Anlagen und Umschwung für sich und in ihrem Zusammenhang mit der baulichen und landschaftlichen Umgebung im Ganzen und in ihren einzelnen Teilen so zu gestalten, dass eine befriedigende Gesamtwirkung erreicht wird.
5.2. In der rechtskräftigen Bewilligung der 1. Abänderungspläne wurde festgehalten, dass die Gestaltung der Nordseite als sehr unbefriedigend empfunden werde und mit einem Fachmann für Aussengestaltung nochmals überarbeitet werden müsse. Gemäss den Feststellungen der Vorinstanz reichte die Beschwerdeführerin daraufhin nur einen marginal veränderten Umgebungsplan und neue Schnitte ein.
Die Vorinstanz bezeichnete es mit Blick auf die Pläne und Schnitte sowie die Visualisierung als nachvollziehbar, dass die Baubewilligungsbehörde "eine sterile Gestaltung des nördlichen Aussenraumes" beanstandet habe. Mit Blick auf die Anforderungen von § 238 Abs. 1 PBG/ZH habe die Baubewilligungsbehörde damit die Überarbeitung der "abweisenden Umgebungsgestaltung" verlangen dürfen.
5.3. Die Beschwerdeführerin macht geltend, die Vorinstanz habe § 238 Abs. 1 PBG/ZH in willkürlicher Weise angewendet, indem sie die Nordseite hinsichtlich der Umgebungsgestaltung als unbefriedigend qualifiziert habe. Eine befriedigende Gesamtwirkung werde vorliegend erreicht. Denn es würden zum Schutz der Auffüllung und der Rampe "gemäss Auflagen der V._" (bzw. der "..."), die am 3. Juli 2018 telefonisch besprochen worden seien, die im Quartier üblichen Granit-Quadersteine verwendet. Es sei den anlässlich des Augenscheins vom 5. August 2020 an der U._strasse "..." und "..." gemachten Fotos, einem Foto aus google Streetview an der U._strasse "..." und dem Farb- und Materialkonzept Umgebung vom 5. Februar 2020 zu entnehmen, dass diese Granit-Quadersteine quartierüblich seien und deren Verwendung für die Nordseite geplant sei.
5.4. § 238 Abs. 1 PBG/ZH stellt eine positive ästhetische Generalklausel dar. Sie verbietet nicht bloss eine Verunstaltung, sondern verlangt eine positive Gestaltung. Die Beurteilung, ob mit einem Bauvorhaben eine befriedigende bzw. gute Gesamtwirkung erreicht wird, hat nicht nach subjektivem Empfinden, sondern nach objektiven Massstäben und mit nachvollziehbarer Begründung zu erfolgen; dabei ist eine umfassende Würdigung aller massgeblichen Gesichtspunkte vorzunehmen (Urteil 1C_635/2018 vom 31. März 2020 E. 3.2).
Aus den Plänen und der Visualisierung, welche von der Vorinstanz herangezogen wurden, ist ersichtlich, dass an der Nordfassade eine Natursteinmauer errichtet werden soll (vgl. Akten Vorinstanz, act. 9/13.6.1 und act. 9/13.9.4). Gemäss dem Farb-/Material-Konzept Umgebung vom 5. Februar 2020, das nicht mehr im Streit liegt, sollen für diese Mauer Granit-Quadersteine mit einer Grösse von je 50 x 50 cm verwendet werden (vgl. Akten Vorinstanz, act. 9/13.9.6, S. 1). Es bestehen keine Anhaltspunkte, dass die Vorinstanz bei ihrem Entscheid betreffend die befriedigende Gesamtwirkung im Sinne von § 238 Abs. 1 PBG/ZH nicht berücksichtigt hätte, dass solche Granit-Quadersteine zum Einsatz kommen werden.
Selbst wenn die vorgesehenen Granit-Quadersteine quartierüblich sein sollten, ist die Vorinstanz in vertretbarer Weise zum Schluss gelangt, dass die von der Beschwerdeführerin geplante Gestaltung der Nordseite nicht mit einer befriedigenden Gesamtwirkung im Sinne von § 238 Abs. 1 PBG/ZH verbunden und deshalb eine grundsätzliche Überarbeitung dieser Umgebungsgestaltung geboten ist. Denn schon ein Blick auf die von der Vorinstanz genannte Visualisierung (Akten Vorinstanz, act. 9/13.6.3) zeigt, dass die Natursteinmauer auf der Nordseite aufgrund ihrer Länge und Höhe dominant und abweisend wirkt.
Nach dem Gesagten hat die Vorinstanz eine den Anforderungen gemäss § 238 Abs. 1 PBG/ZH genügende Einordnung des Bauprojekts in Bezug auf dessen Nordseite in bundesrechtskonformer Weise verneint. Eine willkürliche Anwendung kantonalen Rechts ist insoweit nicht gegeben.
6.
In Frage steht sodann die in der 2. Abänderungsbewilligung unter Hinweis auf den Leitfaden "Grundlagen für kinderfreundliche Wohnumfelder" der Fachstelle SpielRaum gemachte Auflage, den Spielplatz kindergerecht zu gestalten.
Im angefochtenen Urteil hielt die Vorinstanz dazu insbesondere fest, es sei nicht zu beanstanden, dass die Baubewilligungsbehörde die blosse Aneinanderreihung von Spiel-Gerätschaften nicht als Spielfläche im Sinne des kommunalen Rechts habe genügen lassen. Die Beschwerdeführerin habe sich offensichtlich nicht mit den Vorgaben der Fachstelle SpielRaum auseinandergesetzt.
Die Beschwerdeführerin rügt zwar, das Verwaltungsgericht habe ihr in unhaltbarer Weise vorgehalten, sich nicht mit den Vorgaben der Fachstelle SpielRaum auseinandergesetzt zu haben. Sie geht aber nicht in einer den Begründungsanforderungen (<ref-law>; vgl. vorne E. 1.5) genügenden Weise auf die vorinstanzlichen Ausführungen zur ungenügenden Anordnung der Spiel-Gerätschaften ein. Vielmehr beschränkt sie sich auf die Behauptung, den Spielplatz entsprechend den Vorgaben der Fachstelle SpielRaum geplant zu haben, und auf eine Aufzählung der von ihr eingeplanten Spielangebote. Auf ihre erwähnte Rüge ist damit nicht weiter einzugehen.
7.
7.1. Die Vorinstanz hat mit dem angefochtenen Urteil auch eine Auflage in der 2. Abänderungsbewilligung vom 8. April 2020 bestätigt, wonach die Höhendifferenz zwischen dem Terrain entlang der Grundstücksgrenze von Kat.-Nr. 4860 und dem internen Fussweg statt mit einer Mauer natürlich zu gestalten sei. Ihrer Auffassung nach kann bezüglich dieser ein- bis dreistufigen Mauer nicht von einer befriedigenden Gesamtwirkung im Sinne von § 238 Abs. 1 PBG/ZH ausgegangen werden, weil sie in ihrer Höhe zwischen 2,3 m und 0,6 m variiere und damit mit einem sehr unruhigen Erscheinungsbild verbunden sei.
7.2. Die Beschwerdeführerin macht diesbezüglich geltend, die Mauer sei bereits mit einer Vereinbarung vom 11. Dezember 2018, welche mit der Nachbarin geschlossen worden sei, bewilligt worden. Ferner bringt sie vor, die Mauer berühre kein öffentliches Interesse, da sie von der Strasse her nicht sichtbar sei. Im Übrigen seien auf den Stammbaubewilligungsplänen bereits Natursteinverbauungen auf der Westseite mit einer Treppe gegen Norden ersichtlich gewesen. Damit sei dieser Teil der Mauer auch mit der Stammbaubewilligung nach Treu und Glauben erlaubt worden. Die Mauer sei überdies bereits im Plan Umgebung/Erdgeschoss vom 20. November 2019 aufgeführt gewesen. Weil die Mauer (dennoch) im Dispositiv der 1. Abänderungsbewilligung nicht genannt worden sei, müsse diese (bzw. die geplante Westseite) jedenfalls mit dieser Bewilligung als erlaubt gelten. Die Vorinstanz habe den Grundsatz des Vertrauensschutzes verletzt, indem sie über diesen Umstand hinweggesehen habe.
7.3.
7.3.1. Soweit sich die Beschwerdeführerin auf eine mit der Nachbarin abgeschlossene Vereinbarung aus dem Jahr 2018 beruft, macht sie ein unechtes Novum geltend. Sie legt dabei nicht dar und es ist auch nicht ersichtlich, inwiefern erst das angefochtene Urteil dazu Anlass gegeben haben soll, sich auf diese Tatsache zu berufen. Die Vereinbarung bzw. die angebliche Einwilligung der Nachbarin zur Errichtung der Mauer ist daher im Folgenden nicht zu berücksichtigen (vgl. vorne E. 1.8).
Ebenso wenig zu berücksichtigen ist die behauptete Tatsache, dass die in Frage stehende Mauer von der Strasse her nicht sichtbar sein werde. Denn auch diese Tatsache wurde ohne ersichtlichen Grund erst im bundesgerichtlichen Verfahren geltend gemacht (vgl. vorne E. 1.8).
7.3.2. Gemäss den Feststellungen im angefochtenen Urteil wurde die Mauer erst im Rahmen der Abänderungspläne vorgesehen. In den Stammbaubewilligungsplänen war stattdessen gemäss den Feststellungen der Vorinstanz eine Böschung verzeichnet. Dass in diesen Plänen am nördlichen Ende der Westseite eine Treppe und auf der Nordseite hinter dieser Treppe eine Naturstein-Böschung vorgesehen waren (vgl. dazu Akten Vorinstanz, act. 9/13.3 und act. 9/13.3.5), ändert daran nichts. Der Beschwerdeführerin kann somit nicht gefolgt werden, soweit sie behauptet, ein Teil der Mauer sei nach Treu und Glauben bereits mit der Stammbaubewilligung bewilligt worden.
Da die streitbetroffene Mauer erst mit den Bauplänen vom 5. Februar 2020 erstmals projektiert worden ist, kann die Beschwerdeführerin sodann aus dem Umstand, dass diese Mauer bzw. die Westseite im Dispositiv der 1. Abänderungsbewilligung nicht ausdrücklich erwähnt wurde, nichts ableiten. Insbesondere konnte sie aufgrund dieser Bewilligung, welche vom 16. Januar 2020 datiert, nicht berechtigterweise darauf vertrauen, dass die Mauer als genehmigt gilt.
Soweit die Beschwerdeführerin gestützt auf die Stammbaubewilligung und/oder die 1. Abänderungsbewilligung vom 16. Januar 2020 sinngemäss einen Anspruch auf Vertrauensschutz (<ref-law>) ableiten will, stösst sie vor diesem Hintergrund ins Leere.
7.3.3. Im Übrigen bringt die Beschwerdeführerin nichts vor, was die vorinstanzliche Beurteilung, wonach die Mauer keine den Vorgaben von § 238 Abs. 1 PBG/ZH genügende Gestaltung aufweist, als willkürlich erscheinen lässt.
8.
Das Urteil der Vorinstanz ist damit, soweit es die noch streitigen Auflagen der 2. Abänderungsbewilligung betrifft, nicht zu beanstanden. Es folgt daraus, dass auch die Verweigerung der Baufreigabe keine willkürliche Anwendung des kantonalen Rechts darstellt (vgl. § 326 PBGZH). Die Beschwerde ist somit, soweit darauf einzutreten ist, abzuweisen.
Gemäss <ref-law> kann das Bundesgericht die Parteientschädigung des kantonalen Verfahrens nur modifizieren, wenn es auch den angefochtenen Entscheid in der Sache selber ändert (vgl. Urteile 1C_483/2020 vom 25. März 2021 E. 5; 1G_3/2019 vom 15. August 2019 E. 3). Da Letzteres nicht der Fall ist, bleibt es in Bezug auf die Entschädigungsfolgen der kantonalen Rechtsmittelverfahren bei dem vom Baurekursgericht und von der Vorinstanz Angeordneten.
9.
Bei diesem Verfahrensausgang hat die Beschwerdeführerin die Gerichtskosten zu tragen (<ref-law>). Die kommunale Baubewilligungsbehörde hat keinen Anspruch auf Ausrichtung einer Parteientschädigung (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 4'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3.
Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin, der Baukommission Fällanden und dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 1. Abteilung, 1. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 14. Juni 2021
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Kneubühler
Der Gerichtsschreiber: König