Erwägungen:
1.
Die Beschwerdeführerin erstattete am 27. November 2012 Strafanzeige gegen den Beschwerdegegner und eine weitere Person bzw. weitere Beteiligte v.a. wegen ungetreuer Geschäftsbesorgung, betrügerischen Konkurses, Gläubigerschädigung, Fälschens/Unterdrückens von Urkunden und falschen Zeugnisses.
Die Beschwerdegegnerin erhob in der deswegen gegen den Beschwerdegegner geführten Strafuntersuchung am 20. Februar 2018 Anklage wegen mehrfacher ungetreuer Geschäftsbesorgung mit Bereicherungsabsicht, Misswirtschaft, mehrfacher Gläubigerschädigung durch Vermögensverminderung, mehrfacher Urkundenfälschung, Pfändungsbetrugs und Verfügung über mit Beschlag belegte Vermögenswerte. Hinsichtlich der Vorwürfe (a) der mehrfachen Unterlassung der Buchführung, (b) der ordnungswidrigen Führung der Geschäftsbücher und (c) der Gläubigerbevorzugung erliess die Beschwerdegegnerin gleichentags eine Einstellungsverfügung.
Die Beschwerdeführerin beantragte in ihrer Beschwerde beim Obergericht des Kantons Aargau, die Einstellungsverfügung sei soweit sie Punkt c betreffe, Reifenrückführung sowie Zahlung an B._ GmbH, im Deliktsbetrag von Fr. 2,7 Mio., begangen im Herbst 2007 und abgeschlossen im Frühjahr 2008, aufzuheben. Mit Entscheid vom 14. Juni 2018 trat das Obergericht nicht auf diese Beschwerde ein.
Die Beschwerdeführerin beantragt mit Beschwerde in Strafsachen, der obergerichtliche Entscheid sei aufzuheben. Die Sache sei zur Erhebung der Anklage an die Beschwerdegegnerin evtl. zur neuen Entscheidung an das Obergericht zurückzuweisen.
2.
Die Privatklägerschaft ist nach Art. 81 Abs. 1 lit. a und b Ziff. 5 BGG zur Beschwerde in Strafsachen berechtigt, wenn sie vor der Vorinstanz am Verfahren teilgenommen oder keine Möglichkeit zur Teilnahme erhalten hat und wenn sich der angefochtene Entscheid auf die Beurteilung ihrer Zivilansprüche auswirken kann. Unbekümmert um die fehlende Legitimation in der Sache selbst kann die Privatklägerschaft mit Beschwerde in Strafsachen eine Verletzung ihrer Parteirechte rügen, die ihr nach dem Verfahrensrecht, der Bundesverfassung oder der EMRK zustehen und deren Missachtung auf eine formelle Rechtsverweigerung hinausläuft. Zulässig sind nur Rügen, die von der Prüfung der Sache getrennt werden können. Das erforderliche rechtlich geschützte Interesse ergibt sich diesfalls aus der Berechtigung, am Verfahren teilzunehmen (sog. "Star-Praxis"; <ref-ruling> E. 1.1 S. 5; <ref-ruling> E. 1.3 S. 80; je mit Hinweisen).
Die Beschwerdeführerin macht geltend, die Vorinstanz sei zu Unrecht nicht auf ihre Beschwerde eingetreten. Die Beschwerdeführerin ist daher zur Beschwerde in Strafsachen legitimiert.
3.
Jede Partei, die ein rechtlich geschütztes Interesse an der Aufhebung oder Änderung eines Entscheids hat, kann ein Rechtsmittel ergreifen (<ref-law>). Partei ist namentlich die Privatklägerschaft (<ref-law>). Als Privatklägerschaft gilt die geschädigte Person, die ausdrücklich erklärt, sich am Strafverfahren als Straf- oder Zivilkläger zu beteiligen (<ref-law>). Geschädigt ist, wer durch die Straftat in seinen Rechten unmittelbar verletzt worden ist (<ref-law>). In seinen Rechten unmittelbar verletzt ist, wer Träger des durch die missachtete Strafnorm geschützten oder zumindest mitgeschützten Rechtsgutes ist (<ref-ruling> E. 3.2 S. 157).
Bei Vermögensdelikten zum Nachteil einer Aktiengesellschaft sind nach der Rechtsprechung weder die Aktionäre noch die Gesellschaftsgläubiger unmittelbar verletzt und somit geschädigt im Sinne von <ref-law> (siehe etwa <ref-ruling> E. 3.3.1 S. 158; Urteile 6B_1315/2015 vom 9. August 2016 E. 1.2.1; 6B_187/2016 vom 17. Juni 2016 E. 1.3; je mit Hinweisen). An dieser Rechtsprechung ist festzuhalten. Entgegen der Auffassung der Beschwerdeführerin ändert daran nichts, dass durch den inkriminierten Betrug zwar die Gesellschaft getäuscht worden sei, diese aber keinen Schaden erlitten habe, weil sich deren Aktiven und Passiven durch das dem Beschwerdegegner angelastete Verhalten gleichmässig verkleinert hätten, dieses aber die Gesellschaftsgläubiger benachteiligt habe. Der vorinstanzliche Nichteintretensentscheid verletzt kein Bundesrecht. Es kann auf die zutreffenden Erwägungen der Vorinstanz verwiesen werden (Entscheid S. 4 f. E. 1.2). Anzumerken ist lediglich, dass die Beschwerdeführerin sinngemäss selber ausführt, dass kein Schaden im Sinne von <ref-law> vorliegt, sie sich zugleich aber auf den Standpunkt stellt, die Vorinstanz beende mit ihrem Nichteintretensentscheid zu Unrecht das Strafverfahren betreffend den Tatbestand des Betruges.
Durch allfällige Konkursdelikte wäre die Beschwerdeführerin unmittelbar geschädigt (<ref-ruling> E. 3.3.2 S. 158 mit Hinweis). Somit wäre sie zwar berechtigt gewesen, ein Rechtsmittel gegen die Einstellungsverfügung zu erheben. Indes macht die Beschwerdeführerin weder geltend, die Vorinstanz spreche ihr in diesem Punkt zu Unrecht keine Parteistellung zu, noch beanstandet sie, dass das Verfahren betreffend Gläubigerbevorzugung wegen Eintritts der Verfolgungsverjährung eingestellt wurde.
4.
Die Beschwerde ist im Verfahren nach <ref-law> abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Die Gerichtskosten sind der Beschwerdeführerin aufzuerlegen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Aargau, Beschwerdekammer in Strafsachen, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 13. Dezember 2018
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Denys
Die Gerichtsschreiberin: Pasquini