Faits :
A.
L'entreprise A._ SA a pour projet d'ouvrir une carrière sur la parcelle n° 1368 de Courgenay, sise en zone de forêt et propriété de la commune, pour en extraire 300'000 m3 de matériaux calcaires massifs. Un plan spécial "Carrière de l'Alombre aux Vaches" et une demande d'autorisation de défrichement ont été mis à l'enquête publique du 15 avril au 14 mai 2015. La société B._ SA y a formé opposition.
L'assemblée communale de la Commune mixte de Courgenay a approuvé le plan spécial et les prescriptions s'y rapportant le 28 septembre 2015. Le 14 décembre 2015, le Service cantonal jurassien du développement territorial (SDT) a approuvé le plan spécial ainsi que les prescriptions y relatives et a rejeté l'opposition, précisant que l'autorisation de défrichement du Département cantonal de l'environnement et de l'équipement du 26 novembre 2015 faisait partie intégrante de la décision d'approbation, ses conditions et charges devant être scrupuleusement suivies.
B.
Statuant sur recours de B._ SA, à qui elle a reconnu la qualité pour recourir, la Cour administrative du Tribunal cantonal de la République et Canton du Jura a annulé la décision d'approbation du plan spécial litigieux. Elle a en substance considéré que la planification directrice cantonale sur laquelle se basait la planification spéciale litigieuse était obsolète, de sorte qu'elle devait être révisée avant qu'un plan spécial puisse être adopté; en outre, l'activité prévue avait une incidence spatiale telle qu'il ne pouvait être renoncé à une planification sectorielle directrice en amont.
C.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public, A._ SA demande au Tribunal fédéral d'annuler, sous suite de frais et dépens, l'arrêt cantonal et de confirmer la décision d'approbation du SDT avec renvoi de la cause à la cour cantonale pour nouvelle décision sur les frais et dépens cantonaux.
La cour cantonale conclut au rejet du recours. Le SDT se rallie aux conclusions de la recourante. La commune indique soutenir le projet litigieux. L'intimée se détermine et conclut au rejet du recours dans la mesure de sa recevabilité. Consultés, l'Office fédéral de l'environnement dépose des observations et l'Office fédéral du développement territorial propose le rejet du recours. Dans de nouveaux échanges d'écritures, les parties et le SDT se déterminent plus amplement et persistent dans leurs conclusions.

Considérant en droit :
1.
Dirigé contre une décision finale (<ref-law>) prise en dernière instance cantonale (art. 86 al. 1 let. d LTF) dans une cause relevant du droit de l'aménagement du territoire (<ref-law> et 34 al. 1 de la loi fédérale sur l'aménagement du territoire [LAT; RS 700]), le recours est en principe recevable comme recours en matière de droit public, aucune des exceptions prévues à l'<ref-law> n'étant réalisée. La recourante a pris part à la procédure devant l'instance cantonale; elle est particulièrement atteinte par l'arrêt attaqué et a un intérêt digne de protection à sa modification, le plan spécial et l'autorisation de défricher tendant à la réalisation d'une carrière dont elle aurait été l'exploitante. Elle a ainsi qualité pour recourir au sens de l'<ref-law>.
Les autres conditions de recevabilité sont réunies si bien qu'il y a lieu d'entrer en matière sur le recours.
2.
Dans un premier grief, la recourante reproche à la cour cantonale d'avoir reconnu à l'intimée la qualité pour contester le projet litigieux. Elle se plaint d'une application arbitraire des règles de droit cantonal relatives à la qualité pour recourir.
2.1. Sous réserve des cas visés à l'art. 95 let. c à e LTF, la violation du droit cantonal ou communal ne constitue pas un motif de recours. Il est néanmoins possible de faire valoir que l'application des dispositions cantonales ou communales consacre une violation d'une norme de droit fédéral au sens de l'<ref-law>, telle que l'art. 9 Cst. garantissant la protection contre l'arbitraire (<ref-ruling> consid. 2.2 p. 69; <ref-ruling> consid. 3 p. 351). Appelé à revoir l'application faite d'une norme cantonale ou communale sous l'angle de l'arbitraire, le Tribunal fédéral ne s'écarte de la solution retenue que si celle-ci apparaît insoutenable ou en contradiction manifeste avec la situation effective, ou encore si elle a été adoptée sans motifs objectifs et en violation d'un droit certain. En outre, il ne suffit pas que les motifs de la décision critiquée soient insoutenables, encore faut-il que celle-ci soit arbitraire dans son résultat. Si l'application de la loi défendue par l'autorité cantonale ne se révèle pas déraisonnable ou manifestement contraire au sens et au but de la disposition ou de la législation en cause, cette interprétation sera confirmée, même si une autre solution - éventuellement plus judicieuse - paraît possible (<ref-ruling> consid. 2.1 p. 168; <ref-ruling> consid. 4.3 p. 319; <ref-ruling> consid. 6.1 p. 379).
A teneur de l'art. 120 let. a de la loi jurassienne du 30 novembre 1978 de procédure et de juridiction administrative et constitutionnelle (Code de procédure administrative; CPA; RS/JU 175.1), a qualité pour recourir devant la juridiction administrative quiconque est particulièrement atteint par la décision attaquée et a un intérêt digne de protection à ce qu'elle soit annulée ou modifiée.
2.2. La cour cantonale s'est référée à la jurisprudence fédérale pour définir l'intérêt digne de protection fondant la qualité pour recourir par devant elle. Sur cette base, elle a considéré que la société opposante B._ SA disposait d'un intérêt digne de protection à deux titres: d'une part en tant que voisine et "co-utilisatrice responsable" du chemin d'accès à la carrière projetée, lequel allait, en cas d'admission du projet, faire l'objet d'une utilisation accrue par la nouvelle exploitante; d'autre part en tant qu'entreprise de la même branche économique que l'activité projetée se trouvant dans une situation particulière dans l'affaire en cause, vu la limitation des besoins cantonaux en matériaux pierreux - et donc les effets directs sur sa propre activité de l'octroi d'une concession épuisant le quota de ces besoins cantonaux.
La recourante s'en prend tout d'abord à la qualité pour agir de B._ SA en tant que voisine. Selon la recourante, le tracé de la route ne devra pas être revu, aucune place d'évitement ne devra être créée et seule une légère intensification du trafic (16 mouvements de poids lourds par jour) devrait avoir lieu. Ces éléments, cumulés au fait que la société opposante n'est pas propriétaire du chemin, feraient que la situation de celle-ci ne serait nullement péjorée. Elle ne serait ainsi pas particulièrement touchée par l'arrêt attaqué.
Au stade de la recevabilité du recours cantonal, il n'est pas arbitraire de s'en tenir à la vraisemblance s'agissant de l'exigence d'un intérêt digne de protection. En l'occurrence, savoir si les nouvelles contraintes de trafic sur la route concernée vont réellement péjorer ou non la situation de l'opposante n'a pas à être tranché avec la même certitude que s'il s'agissait d'une question de fond. Selon l'état de fait de l'arrêt attaqué, l'opposante fait un usage accru de la route en raison de sa propre exploitation de deux sites d'extraction de matériaux. Jugeant qu'il était ainsi probable que l'accès aux sites de l'opposante puisse se voir péjoré et que celle-ci pouvait ainsi être touchée par la décision attaquée plus que quiconque, les premiers juges n'ont pas fait preuve d'arbitraire en considérant qu'il y avait lieu d'entrer en matière, la question de savoir si une telle atteinte était avérée, cas échéant admissible relevant d'un examen de fond.
Vu ce qui précède, il n'y a pas lieu d'examiner le second motif (alternatif) pour lequel la cour cantonale avait reconnu à l'opposante la qualité pour recourir.
3.
Sur le fond, la recourante n'expose pas expressément quelles violations légales elle entend faire valoir. Evoquant l'art. 9 LAT auquel les premiers juges se sont référés, on comprend qu'elle se plaint du non-respect de cette disposition. En substance, elle conteste leur appréciation du caractère obsolète de la planification directrice cantonale en matière de carrières et gravières. La recourante se plaint en outre d'un raisonnement biaisé des premiers juges, dès lors qu'ils auraient considéré à tort que le projet consistait en l'exploitation d'une nouvelle carrière, alors qu'il s'agirait simplement de l'agrandissement d'une carrière existante - à savoir celle exploitée sur deux sites par l'opposante.
3.1. Pour celles de leurs tâches dont l'accomplissement a des effets sur l'organisation du territoire, la Confédération, les cantons et les communes établissent des plans d'aménagement en veillant à les faire concorder (art. 2 al. 1 LAT). L'art. 8 al. 1 LAT impose à tous les cantons d'établir un plan directeur dans lequel ils précisent au moins le cours que doit suivre l'aménagement de leur territoire (let. a), la façon de coordonner les activités qui ont des effets sur l'organisation du territoire, afin d'atteindre le développement souhaité (let. b); une liste de priorités et les moyens à mettre en oeuvre (let. c). L'art. 8 al. 2 LAT précise que les projets qui ont des incidences importantes sur le territoire et l'environnement doivent avoir été prévus dans le plan directeur. Selon l'art. 9 LAT, les plans directeurs ont force obligatoire pour les autorités (al. 1); lorsque les circonstances se sont modifiées, que de nouvelles tâches se présentent, ou qu'il est possible de trouver une meilleure solution d'ensemble aux problèmes de l'aménagement, les plans directeurs feront l'objet des adaptations nécessaires (al. 2); ils seront réexaminés intégralement tous les dix ans et, au besoin, remaniés (al. 3). Ce réexamen intégral a lieu en principe (en allemand: "in der Regel"). Si les circonstances l'exigent, il peut se révéler nécessaire d'y procéder avant que ce délai ne soit écoulé (DFJP/OFAT, Etude relative à la loi fédérale sur l'aménagement du territoire, 1981, n° 23 ad art. 9 LAT). L'injonction d'adaptation de l'al. 2 s'adresse à toutes les autorités à l'égard desquelles le plan a force obligatoire ( Ibidem, n° 18 ad art. 9 LAT).
Le Tribunal fédéral s'impose une certaine retenue lorsqu'il s'agit de tenir compte de circonstances locales, d'aspects techniques ou de trancher de pures questions d'appréciation (<ref-ruling> consid. 3.2.2 p. 165; <ref-ruling> consid. 5.2 p. 62; <ref-ruling> consid. 5 p. 167).
3.2. Selon les constatations de la cour cantonale, la planification cantonale en matière de carrières et de gravières repose sur le plan sectoriel de 1993 et a été "confirmée" en 2005 par l'approbation de la fiche 5.13 du plan directeur. Depuis, cette fiche a fait l'objet d'une adaptation mineure en 2011. A ce titre, la recourante s'obstine, tout au long de ses écritures, à affirmer que la fiche 5.13 a été examinée par les autorités fédérales en 2015. On ne saurait la suivre sur ce point, la décision du DETEC du 20 mai 2015 d'approbation des adaptations 2011-2012 indiquant que la modification apportée à la fiche 5.13 est considérée comme une mise à jour au sens de l'<ref-law> dont la Confédération prend connaissance. Le rapport d'examen de l'ARE précise qu'il s'agit de corrections concernant la partie explicative et non contraignante du plan directeur ou visant à actualiser ou préciser certains éléments ponctuels du plan directeur (ARE, Plan directeur - Canton du Jura - Approbation des adaptations 2011 et 2012, ch. 4.6 p. 22). A l'instar de la cour cantonale, on ne saurait ainsi considérer qu'un réexamen formel et matériel de la planification cantonale en ce domaine aurait eu lieu à cette occasion.
Certes, en 2007, la Confédération a approuvé un plan directeur remanié en 2005. Cela étant, le rapport d'examen établi à cette occasion par l'ARE indique précisément que le plan sectoriel des carrières et gravières est celui établi en 1993. En d'autres termes, au jour où la planification litigieuse a été mise à l'enquête, si le plan directeur n'avait pas été révisé depuis dix ans d'un point de vue formel, son contenu quant à lui datait en réalité de plus de vingt ans auparavant. C'est ainsi à juste titre que la cour cantonale a retenu que la planification directrice était restée inchangée en la matière depuis plus de vingt ans.
Durant ce temps, selon les faits retenus par les premiers juges les circonstances ont sensiblement changé, principalement en raison de l'achèvement de la construction de l'autoroute A16: d'une part, vu la meilleure accessibilité des différentes régions du canton, de sorte qu'il n'y a plus lieu d'appréhender la planification des carrières à l'échelle des districts, et, d'autre part, vu la diminution drastique des besoins en matériaux pierreux dont l'ouvrage autoroutier conditionnait auparavant fortement les estimations.
Dans son grief, la recourante se contente d'exposer que compte tenu des approbations fédérales de 2007 et 2015, la planification directrice n'est pas obsolète. Ce faisant, elle limite son appréciation des faits à des aspects formels et méconnaît totalement la réalité matérielle de la planification sectorielle concernée. Le SDT indique que la clause du besoin est réévaluée chaque année en fonction de la moyenne annuelle d'extraction des quinze années précédentes, de sorte qu'elle ne serait jamais obsolète. Il concède que l'achèvement de l'autoroute A16 génère une baisse des besoins en matériaux pierreux, mais expose que "d'autres grands projets pourraient nécessiter des besoins dans le futur, certes moins conséquents", sans toutefois donner d'exemple concret. A suivre le SDT, dès lors que les besoins sont réévalués chaque année sur la base des quinze précédentes, la planification serait continuellement à jour, ce d'autant que la clause du besoin est appréciée lors de l'examen du projet concret. Une telle pratique n'est certes pas dénuée d'intérêt. En revanche, considérer qu'elle supplée à toute obligation de revoir périodiquement la planification directrice dans son ensemble va précisément à l'encontre des prescriptions contenues à l'art. 9 al. 2 et 3 LAT. En effet, une telle manière d'envisager la problématique des carrières revient à limiter l'examen à des données chiffrées basiques qui relèvent du passé uniquement, sans vue d'ensemble sur le plan géographique et sans aucune évaluation des besoins futurs à plus long terme.
Il y a donc lieu de suivre l'appréciation de la cour cantonale qui a jugé qu'il n'était pas possible de se fonder sur la planification directrice cantonale, dépassée et obsolète, pour justifier la création de la nouvelle carrière. Une procédure de révision du plan directeur cantonal se révèle être un préalable impératif à l'adoption d'un plan spécial en ce sens.
A ce stade, il est ainsi inutile de trancher, comme le fait valoir l'intimée, la question de savoir si l'exploitation prévue par le plan spécial constitue l'ouverture d'une nouvelle carrière ou l'extension d'une carrière existante, ni celle de savoir si les besoins ont été correctement évalués. Il n'y a en effet pas lieu de procéder à un examen du bien-fondé de la planification litigieuse puisque l'appréciation de la cour cantonale selon laquelle une planification directrice s'impose en amont, avant toute nouvelle planification spéciale, doit être confirmée.
4.
Dans une argumentation nouvelle, présentée lors de ses remarques finales, la recourante fait valoir que l'arrêt attaqué violerait le principe de la proportionnalité au motif que l'annulation du plan spécial ne serait ni nécessaire, ni apte à atteindre le but escompté, ni raisonnablement exigible. Elle ne servirait aucun intérêt public, dès lors que la carrière serait préexistante.
S'agissant d'un grief dénonçant la violation du droit fondamental à la liberté économique - que le Tribunal n'examine pas d'office (<ref-law>) - celui-ci devait être invoqué et motivé dans l'acte de recours, conformément aux exigences de l'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 1.2.3 p. 286; <ref-ruling> consid. 2.2 p. 19; <ref-ruling> consid. 1.7 p. 162). Tel n'ayant pas été le cas, il est irrecevable.
Quoi qu'il en soit, contrairement à ce qu'affirme la recourante, il existe un intérêt public certain à une gestion rationnelle du secteur d'activité en cause qui va plus loin que le seul contrôle de l'ouverture de nouveaux sites selon des critères autres que l'atteinte déjà portée à un site existant (répartition des sites, type de matériaux, quantité extractible en fonction des besoins, etc.).
5.
La recourante fait ensuite valoir que, contrairement à ce qu'a retenu la cour cantonale, le plan spécial litigieux satisferait aux exigences de la LAT. L'arrêt attaqué aborde cette question sous un angle subsidiaire, retenant que, même s'il fallait considérer que le plan litigieux ne nécessite pas d'adaptation préalable du plan directeur cantonal, les sites d'extraction en activité couvrent d'ores et déjà les besoins tels qu'établis par cette planification directrice, de sorte que l'ouverture d'un nouveau site serait contraire aux principes de la LAT.
Dans la mesure où la nécessité de procéder à une adaptation de la planification directrice est confirmée, il serait prématuré de se livrer à un examen de la compatibilité du projet avec l'exigence déduite du droit fédéral d'une utilisation judicieuse et mesurée du sol.
6.
Il en va de même du grief de la recourante relatif à la réalisation des conditions à la délivrance d'une autorisation de défricher. Non seulement la question ne se pose pas de manière concrète tant que la planification directrice n'aura pas été revue. Mais en outre, la cour cantonale n'a pas véritablement examiné ce grief dans le détail, indiquant en quelque sorte à titre superfétatoire qu'il était douteux que l'autorisation de défricher respecte la pesée des intérêts prescrite par la législation forestière. Cet élément n'a ainsi pas à être examiné ici.
7.
Il résulte de ce qui précède que le recours doit être rejeté et l'arrêt cantonal confirmé. La recourante, qui succombe, s'acquittera des frais de justice (<ref-law>) et versera des dépens à l'intimée, qui a agi par l'intermédiaire d'un avocat (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 3'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3.
La recourante versera à l'intimée une indemnité de 3'000 fr. à titre de dépens.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux mandataires des parties, à la Commune mixte de Courgenay, au Service du développement territorial de la République et canton du Jura, au Tribunal cantonal de la République et canton du Jura, Cour administrative, à l'Office fédéral de l'environnement et à l'Office fédéral du développement territorial.
Lausanne, le 22 juin 2018
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Merkli
La Greffière : Sidi-Ali