Sachverhalt:
A.
A.a. A._, geboren 1960, meldete sich im Oktober 2007 bei der Invalidenversicherung zum Leistungsbezug an. Mit Verfügung vom 7. Oktober 2011 sprach ihm die IV-Stelle des Kantons St. Gallen gestützt auf die Gutachten der Klinik B._ vom 30. Dezember 2008 und vom 31. März 2011 ab 1. Januar 2008 eine ganze Invalidenrente bei einem Invaliditätsgrad von 93 % zu.
A.b. Nachdem Hinweise eingegangen waren, wonach es A._ gesundheitlich nicht so schlecht wie angenommen gehe, nahm die IV-Stelle medizinische und berufliche Abklärungen vor und zog die Akten eines strafrechtlichen Verfahrens bei, welches die von A._ mitbenutzte Garagenwerkstatt betraf. Gestützt auf das polydisziplinäre (rheumatologisch, psychiatrisch, neuropsychologisch) Gutachten des Instituts C._, Institut für interdisziplinäre Begutachtung, vom 6. Oktober 2015 verfügte sie am 25. April 2016 die Aufhebung der Invalidenrente.
B.
A._ liess dagegen Beschwerde einreichen. Das Versicherungsgericht des Kantons St. Gallen holte das bidisziplinäre (psychiatrisch, neuropsychologisch) Gutachten der asim, Versicherungsmedizin/Begutachtung, Universitätsspital Basel, vom 31. Dezember 2017 ein. Gestützt darauf hob es in teilweiser Gutheissung der Beschwerde die Verfügung vom 25. April 2016 mit Entscheid vom 6. September 2018 auf und setzte die ganze Rente von A._ per 1. Juni 2016 auf eine halbe Invalidenrente herab.
C.
Die IV-Stelle führt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten mit dem Antrag, es sei der vorinstanzliche Entscheid vom 6. September 2018 aufzuheben und die Verfügung vom 25. April 2016 so zu korrigieren, dass diese die Verfügung vom 7. Oktober 2011 revisionsweise aufhebe und A._ von Beginn weg ein Rentenanspruch abgesprochen werde. Eventualiter sei die Verfügung vom 25. April 2016 zu bestätigen; subeventualiter sei die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Zudem sei der Beschwerde die aufschiebende Wirkung zu erteilen.
A._ lässt auf Abweisung der Beschwerde schliessen. Das Bundesamt für Sozialversicherungen verzichtet auf eine Vernehmlassung.
D.
Mit Urteil 8C_781/2018 vom 19. November 2018 trat das Bundesgericht auf die von A._ dagegen erhobene Beschwerde mangels rechtsgenüglicher Begründung nicht ein.
E.
Mit Verfügung vom 26. Februar 2019 sprach das Bundesgericht der Beschwerde der IV-Stelle die aufschiebende Wirkung zu.

Erwägungen:
1.
1.1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann wegen Rechtsverletzungen gemäss Art. 95 und 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es ist folglich weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann sie mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen. Immerhin prüft das Bundesgericht, unter Berücksichtigung der allgemeinen Pflicht zur Begründung der Beschwerde (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG), grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind (<ref-ruling> E. 1 S. 236 mit Hinweisen).
1.2. Das Bundesgericht kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law>). Überdies muss die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein (<ref-law>). Neue Tatsachen und Beweismittel dürfen nur so weit vorgebracht werden, als erst der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gibt (<ref-law>).
Die beschwerdeführende Partei, welche die Sachverhaltsfeststellungen der Vorinstanz anfechten will, muss substanziiert darlegen, inwiefern die Voraussetzungen einer Ausnahme gemäss <ref-law> gegeben sind und das Verfahren bei rechtskonformer Ermittlung des Sachverhalts anders ausgegangen wäre; andernfalls kann ein Sachverhalt, der vom im angefochtenen Entscheid festgestellten abweicht, nicht berücksichtigt werden (<ref-ruling> E. 1.3.1 S. 18 mit Hinweisen).
1.3. Bei den vorinstanzlichen Feststellungen zum Gesundheitszustand und zur Arbeitsfähigkeit der versicherten Person handelt es sich grundsätzlich um Entscheidungen über eine Tatfrage (<ref-ruling> E. 3.2 S. 397 ff.), welche das Bundesgericht seiner Urteilsfindung zugrunde zu legen hat (E. 1.2). Die konkrete Beweiswürdigung stellt ebenfalls eine Tatfrage dar. Dagegen ist die Beachtung des Untersuchungsgrundsatzes und der Beweiswürdigungsregeln Rechtsfrage (<ref-ruling> E. 3.2 und 4 S. 397 ff.; Urteil I 865/06 vom 12. Oktober 2007 E. 4 mit Hinweisen), die das Bundesgericht im Rahmen der den Parteien obliegenden Begründungs- bzw. Rügepflicht (<ref-law> und <ref-law>; <ref-ruling> E. 1.4.1 und 1.4.2 S. 254) frei überprüfen kann (<ref-law>).
2.
Streitig ist, ob die Vorinstanz zu Recht die ganze Invalidenrente auf eine halbe herabgesetzt hat. Vor Bundesgericht ist hingegen das Vorliegen eines Revisionsgrundes unbestritten, so dass der Invaliditätsgrad auf der Grundlage eines richtig und vollständig festgestellten Sachverhaltes neu und ohne Bindung an frühere Invaliditätsschätzungen zu ermitteln ist (<ref-ruling> E. 2.3 S. 11).
3.
3.1. Nach <ref-law> stellt das kantonale Gericht unter Mitwirkung der Parteien die für den Entscheid erheblichen Tatsachen fest; es erhebt die notwendigen Beweise und ist in der Beweiswürdigung frei.
3.2. Hinsichtlich des Beweiswertes eines Arztberichtes ist entscheidend, ob dieser für die streitigen Belange umfassend ist, auf allseitigen Untersuchungen beruht, auch die geklagten Beschwerden berücksichtigt, in Kenntnis der Vorakten (Anamnese) abgegeben worden ist, in der Beurteilung der medizinischen Zusammenhänge sowie der medizinischen Situation einleuchtet und ob die Schlussfolgerungen der Experten begründet sind (<ref-ruling> E. 5.1 S. 232; <ref-ruling> E. 3a S. 352 mit Hinweis).
3.3. Bei Gerichtsgutachten weicht das Gericht nach der Praxis nicht ohne zwingende Gründe von der Einschätzung der medizinischen Fachleute ab, deren Aufgabe es ist, ihre Fachkenntnisse der Gerichtsbarkeit zur Verfügung zu stellen, um einen bestimmten Sachverhalt medizinisch zu erfassen. Ein Grund zum Abweichen kann vorliegen, wenn die Gerichtsexpertise widersprüchlich ist oder wenn ein vom Gericht eingeholtes Obergutachten in überzeugender Weise zu andern Schlussfolgerungen gelangt. Abweichende Beurteilung kann ferner gerechtfertigt sein, wenn gegensätzliche Meinungsäusserungen anderer Fachleute dem Gericht als triftig genug erscheinen, die Schlüssigkeit des Gerichtsgutachtens in Frage zu stellen, sei es, dass es die Überprüfung durch eine weitere Fachperson im Rahmen einer Oberexpertise für angezeigt hält, sei es, dass es ohne eine solche vom Ergebnis des Gerichtsgutachtens abweichende Schlussfolgerungen zieht (BGE <ref-ruling> E. 3b/aa S. 352).
4.
4.1. Die IV-Stelle rügt eine Verletzung des Untersuchungsgrundsatzes nach <ref-law> durch die Vorinstanz, da diese einfach auf das Gerichtsgutachten abgestellt und notwendige Abklärungen hinsichtlich der geltend gemachten Erwerbstätigkeit unterlassen habe. Das Ausserachtlassen dieser Tätigkeit trotz Hinweisen (Ausüben einer handwerklichen Tätigkeit; verschmutzte Hände; Unterhalten eines "Büdeli") bedeute ein Ausserachtlassen einer wichtigen Ressource. Die IV-Stelle verweist auch auf Widersprüchlichkeiten im Gutachten zum Schweregrad der psychischen Störung, zur Aggravation und den Beweislastregeln sowie bei der Einschätzung der Arbeitsfähigkeit.
4.2. Zur optimal angepassten Tätigkeit äussert sich der psychiatrische Teilgutachter, Dr. med. D._, Facharzt für Psychiatrie und Psychotherapie, auf S. 50 des Gerichtsgutachten wie folgt: "Optimal angepasst wäre aus psychiatrischer Sicht für den Exploranden eine Tätigkeit mit klar definierten Aufgaben ohne Führungsaufgaben, die nicht in einem interaktiven Team stattfindet und die von einem wohlwollend agierenden, verständnisvollen Vorgesetzten supervisiert wird (aus Sicht des Referenten entsteht hier durchaus eine gewisse Nähe zu einem geschützten Arbeitsplatz). Hier sind alle Tätigkeiten denkbar, die den Fähigkeiten des Exploranden entsprechen, beispielsweise mechanische Arbeiten oder die Durchführung anderer technischer Arbeitsschritte. Aus Sicht des Referenten ist der Explorand für komplexere Kundenkontakte nicht geeignet, einfache Kundenkontakte (zum Beispiel Herausgabe von Material) wären aber durchaus denkbar. Bei einer selbstständigen Tätigkeit in einer Werkstatt wären die Anforderungen eines angepassten Arbeitsplatzes optimal erfüllt." Weiter vorne (S. 22) hält Dr. med. D._ zur Selbstbehauptungsfähigkeit fest, der Explorand sei durchaus in der Lage, sich in den anfallenden Alltagsaktivitäten gegenüber anderen zu behaupten, was insbesondere für ein "grobes" Umfeld wie zum Beispiel im Bereich des Schrotthandels gelte. Bezüglich der Kontaktfähigkeit zu Dritten und der Gruppenfähigkeit schreibt er (ebenfalls auf S. 22), auch im Rahmen des zur Diskussion stehenden Handels mit Autoteilen/Autos in selbstständiger Tätigkeit könnten aus psychiatrischer Sicht keine wesentlichen Einbussen gesehen werden.
Dr. med. D._ hält zu der sowohl im Rahmen der neuropsychologischen Abklärung als auch bereits 2015 anlässlich der psychiatrischen und neuropsychologischen Begutachtung durch das Institut C._ festgestellten Aggravation auf S. 46 fest: "Ressourcen deuten sich in der Tätigkeit des Exploranden im Werkstattbereich an, die jedoch nicht in ihrer Quantität und Qualität gutachterlich ausreichend eingesehen werden können.... Aus Sicht des Referenten ist davon auszugehen, dass die Aktivitäten des Exploranden in der Werkstatt nicht den angegebenen Aktivitäten entsprechen. Er kann hier beispielsweise deutliche 'Male' körperlicher Aktivität (wie üblich bei Tätigkeiten in der Werkstatt) an verschiedenen Stellen des Körpers mit Schwärzungen unter den Fingernägeln etc. nicht plausibilisieren." Auf S. 48 führt er aus: "Unabhängig von der Frage, inwieweit diese Aggravation sich über die Persönlichkeitsstörung erklärt, ist es dem Gutachter nicht möglich, vom Exploranden ausreichend valide Angaben über sein tatsächliches Funktionsniveau zu erhalten." Auf S. 49 schreibt er: "In einer selbstständigen, nicht angestellten Tätigkeit (zum Beispiel im Bereich der eigenen Werkstatt) kann aus Sicht des Referenten aus psychiatrischer Sicht durchaus auch eine höhere Arbeitsfähigkeit vorliegen, aber nicht mit einer gutachterlich ausreichenden Sicherheit quantifiziert werden. Der Explorand profitiert hier in der selbstständigen Tätigkeit von den höheren Freiheitsgraden in der Arbeitsgestaltung und der vergleichsweise fehlenden Notwendigkeit, sich unterzuordnen, wobei der Explorand (in einer Werkstatt) auch seinem Hang zu manueller Arbeit folgen kann. Aber auch hier ist die Quantifizierung für den Referenten schwierig, da der Explorand seine aktuellen Tätigkeiten wenig glaubhaft und offensichtlich verzerrt sowohl bezüglich der Art der durchgeführten Arbeiten, als auch der Zeitdauer der Tätigkeiten im Werkstattbereich angibt. Insgesamt wird aus Sicht des Referenten die Arbeitsfähigkeit optimal angepasst bei ca. 50 % eingeschätzt."
4.3. Die IV-Stelle rügt zu Recht, es sei widersprüchlich, wenn Dr. med. D._ in einer allgemein formulierten angepassten Tätigkeit von einer zumutbaren Arbeitsfähigkeit von 50 % (S. 48) und bei der als optimal angepasst qualifizierten selbstständigen Tätigkeit in der (Auto-) Werkstatt von einer höheren zumutbaren Arbeitsfähigkeit ausgeht (S. 49), letztere aber ebenfalls mit 50 % veranschlagt (S. 49).
Weiter macht die IV-Stelle (wie schon mit Schreiben vom 5. Mai 2017 im Rahmen der Vergabe des Gerichtsgutachtens) zu Recht geltend, Dr. med. D._ berücksichtige "atypische fremdanamnestische Quellen" unzureichend. So stellt Dr. med. D._ zwar fest, es sei nicht möglich, valide Angaben über das tatsächliche Funktionsniveau zu erhalten (S. 48), unterlässt es aber die in den Akten vorhandenen diesbezüglichen Aussagen, namentlich im Rahmen des Strafverfahrens getätigte, aber auch die Ergebnisse der übrigen beruflichen Abklärungen durch die IV-Stelle in seine Beurteilung miteinzubeziehen.
Ebenfalls zutreffend ist der Einwand der IV-Stelle, es bestünden erhebliche Unsicherheiten resp. Widersprüche. Den Schweregrad beurteilt Dr. med. D._ auf S. 38 als mittelgradig bis fraglich schwergradig, relativiert dies aber unter demselben Abschnitt auf S. 39 auf eine "allenfalls mittelgradige Störung". Dem Versicherten wird verschiedentlich in beachtlichem Masse Aggravation attestiert, die nach Ansicht des Dr. med. D._ auch, aber nicht nur, krankheitsbedingt sei; schätzungsweise schliesst er auf eine zumutbare Arbeitsfähigkeit in einer angepassten Tätigkeit von 50 %. Er gibt keine einlässliche und nachvollziehbare Begründung ab, weshalb angesichts der doch beachtlichen Aggravation, welche nach der Rechtsprechung (<ref-ruling> E. 2.2 S. 287) einen Ausschlussgrund darstellt, dennoch eine zumutbare Arbeitsfähigkeit von bloss 50 % vorliegen soll.
Weiter grenzt das Gerichtsgutachten die im massgeblichen Zeitpunkt (hier April 2016; <ref-ruling> E. 2.1 S. 243) vorliegenden Leiden nicht von jenen im Begutachtungszeitpunkt (Juni 2017) ab. So übernimmt Dr. med. D._ die somatischen Diagnosen der behandelnden Ärzte ohne Weiteres (S. 24 seines Teilgutachtens) und schreibt diesen einen gewissen Einfluss auf die Leistungsfähigkeit zu (S. 33 und insbesondere S. 39, wo er eine somatische Komorbidität feststellt). Dabei übersieht er, dass die somatischen Beschwerden erst 2017 und damit in einem vorliegend nicht massgeblichen Zeitpunkt behandelt worden sind. Zudem fehlt ihm als Psychiater die Fachkenntnis, um Aussagen zum somatischen Gesundheitszustand zu machen. Er hat aber als federführender Gutachter keinen Beizug eines entsprechenden Facharztes veranlasst, sondern verweist lediglich auf die Berichte der behandelnden Kardiologen und Pneumologen. Dies reicht nicht aus, um dem Anspruch an ein allseitiges und umfassendes Gutachten zu genügen.
4.4. Angesichts dieser ins Gewicht fallenden Unzulänglichkeiten des Gerichtsgutachten hat die Vorinstanz den Untersuchungsgrundsatz (<ref-law>) verletzt, indem sie keine weiteren Abklärungen hinsichtlich der zentralen strittigen Frage der zumutbaren Erwerbstätigkeit unter Berücksichtigung der Beschäftigung des Versicherten in seiner Werkstatt veranlasst hat. Nebst der Einholung eines (polydisziplinären) Obergutachtens oder der Ergänzung des Gerichtsgutachtens wäre etwa an den Beizug von Fachpersonen der beruflichen Integration und Berufsberatung (<ref-ruling> E. 3.2 S. 196 mit Hinweis) oder im vorliegenden Fall die Berücksichtigung der Strafakten in Zusammenhang mit der Autowerkstatt (so verweist auch Dr. med. D._ auf S. 32 f. auf die Einvernahmeprotokolle, welche nähere Angaben zum inkonsistenten Aussageverhalten des Versicherten bringen, ohne diese bei der Beurteilung der zumutbaren Arbeitsfähigkeit miteinzubeziehen) zu denken. Sollte sie im Rahmen der antizipierten Beweiswürdigung zum Schluss kommen, dass auch zusätzliche Beweisvorkehren die strittige Frage der zumutbaren Erwerbstätigkeit nicht zu beantworten vermögen, müsste sie diese Frage im Sinne der massgebenden Beweisregeln, wonach von der Validität der versicherten Personen auszugehen ist und die versicherte Person den Nachweis der Einschränkungen zu erbringen hat (<ref-ruling> E. 3.7.2 S. 296, bestätigt mit <ref-ruling> E. 4.3 S. 110), prüfen.
Daran ändert auch die Berufung des Versicherten auf das Urteil 8C_110/2012 vom 16. November 2012 (publiziert in SVR 2013 UV Nr. 6 S. 21) nichts. Dort ging es um Leistungen der Unfallversicherung und es wird bezüglich der Aussage in E. 2, der Versicherungsträger habe die erhebliche Änderung des Invaliditätsgrades nachzuweisen, auf RKUV 1994 Nr. U 206 S. 326 E. 3b verwiesen, welcher seinerseits besagt, dass der Unfallversicherer das Dahinfallen der natürlichen Kausalität als Aufhebungsgrund der Invalidenrente nachzuweisen habe. Der Versicherte kann somit für das Invalidenversicherungsverfahren nichts zu seinen Gunsten daraus ableiten und es bleibt hinsichtlich der Rentenrevision nach <ref-law> beim mehrfach bestätigten Grundsatz, dass bei Vorliegen eines Revisionsgrundes der Anspruch auf eine Invalidenrente in rechtlicher und tatsächlicher Hinsicht umfassend und ohne Bindung an frühere Beurteilungen zu prüfen ist (<ref-ruling> E. 2.3 S. 11).
5.
5.1. Nach dem Gesagten kann entgegen den vorinstanzlichen Ausführungen für die hier strittigen Belange nicht ohne weitere Abklärungen auf das Gerichtsgutachten abgestellt werden. In diesem Zusammenhang ist darauf hinzuweisen, dass auch für das kantonale Gericht Administrativgutachten verbindlich sind, sofern nicht konkrete Indizien gegen die Zuverlässigkeit der Expertise sprechen (BGE <ref-ruling> E. 3b/bb S. 353; vgl. auch <ref-ruling> E. 4.4 S. 470 sowie Urteil 9C_609/2018 vom 6. März 2019 E. 3.2.2). Dazu bedarf es, dass die Vorinstanz sich zuerst mit den im betreffenden Fall bei den Akten befindlichen medizinischen Berichten auseinandersetzt und folglich begründet, weshalb nicht auf ein nach <ref-law> eingeholtes Administrativgutachten abgestellt werden kann, bevor es ein Gerichtsgutachten anordnet. Andernfalls setzt es sich dem Vorwurf aus, mit dem Gerichtsgutachten lediglich eine unzulässige second opinion einzuholen (Urteil 9C_609/2018 vom 6. März 2019 E. 3.6).
5.2. Den vorinstanzlichen Erwägungen ist nicht zu entnehmen, weshalb es sich aufdrängte, das Gerichtsgutachten einzuholen. So fehlt sowohl im angefochtenen Entscheid wie auch in der Anordnung des Gerichtsgutachtens vom 31. März 2017 und der Stellungnahme des Gerichts vom 18. Mai 2017 zu den Einwänden der IV-Stelle zur Begutachtung jegliche Begründung, weshalb auf das Administrativgutachten nicht sollte abgestellt werden können. Die blosse Erwähnung in der vorinstanzlichen E. 5.3, das Administrativgutachten sei nicht nachvollziehbar, resp. die Aussage im Schreiben vom 18. Mai 2017, das Gericht halte den medizinischen Sachverhalt nicht für spruchreif, genügen jedenfalls weder den Minimalanforderungen von <ref-law> noch jenen von <ref-law> (vgl. dazu Urteil 8C_983/2012 vom 8. Mai 2013 E. 4) an eine Begründung. Im Folgenden ist deshalb zu prüfen, ob die Sache nicht unter Zugrundelegung des aktenkundigen Administrativgutachtens des Instituts C._ vom 6. Oktober 2015 beurteilt werden kann, bevor die Sache zur Einholung eines weiteren Gutachtens oder anderer Beweiserhebungen zurückgewiesen wird.
6.
6.1. Vor Vorinstanz beanstandete der Versicherte das Administrativgutachten des Instituts C._ vom 6. Oktober 2015 in mehrfacher Hinsicht. So rügte er, angesichts des Berichts des behandelnden Dr. med. E._, Facharzt für Psychiatrie und Psychotherapie, habe aus psychiatrischer Sicht keine Veranlassung für eine Abklärung bestanden. Zudem gehe der psychiatrische Teilgutachter, Dr. med. F._, Facharzt für Psychiatrie und Psychotherapie, von der unzulässigen Prämisse aus, die Vorwürfe bezüglich der Beschäftigung mit den Autos seien wahr. Auch stünden die Einschätzungen des Dr. med. F._ denen des langjährigen behandelnden Arztes diametral entgegen. Angesichts dessen sei nicht nachvollziehbar, weshalb Dr. med. F._ mit dem behandelnden Arzt nicht Kontakt aufgenommen habe. Weiter genüge das Gutachten den Erfordernissen der Vollständigkeit und Nachvollziehbarkeit nicht. Die lapidare Feststellung, der Versicherte habe ohne gravierende Beschwerden oder Symptome dem Gespräch folgen können, reiche nicht als Begründung. Alsdann fehle es an einer Auseinandersetzung mit den Diagnosen des behandelnden Arztes. Es sei eventualiter ein Obergutachten einzuholen.
6.2. Der Versicherte rügt zu Recht eine fehlende Auseinandersetzung des Dr. med. F._ mit den Diagnosen des behandelnden Arztes; vor allem aber mangelt es an einer Diskussion seiner abweichenden Meinung zu den vorangegangenen Begutachtungen durch die Klinik B._ aus den Jahren 2008 und 2011, die Grundlage der Rentenzusprache bildeten. Angesichts der grossen Diskrepanz in der Einschätzung des psychischen Gesundheitszustandes ist zudem die sehr knappe Begründung des Dr. med. F._ für jegliches Fehlen eines psychischen Leidens bei dem zuvor als schwer beeinträchtigt beurteilten Versicherten weder nachvollziehbar noch überzeugend. Die Vorinstanz hat daher im Ergebnis zu Recht nicht auf das Administrativgutachten abgestellt.
6.3. Nach dem Gesagten ist die Sache an die Vorinstanz zurückzuweisen, damit sie - allenfalls unter Veranlassung weiterer medizinischer Abklärungen oder Einholung von Auskünften von Fachpersonen der beruflichen Integration/Berufsberatung, jedenfalls aber unter Berücksichtigung der aktenkundigen beruflichen Abklärungen der IV-Stelle - über die Beschwerde neu entscheide (vgl. E. 4.4).
Bei diesem Ausgang des Verfahrens ist es verfrüht, über die Kostenverlegung des von der Vorinstanz ohne jegliche Begründung in Auftrag gegebenen und den Anforderungen der Rechtsprechung nicht genügenden Gerichtsgutachtens zu entscheiden.
Weiter kann angesichts des Verfahrensstandes die von der IV-Stelle im Rahmen des rechtlichen Gehörs zum Gerichtsgutachten aufgeworfene Frage einer allfälligen prozessualen Revision offen bleiben, da zuerst der massgebende medizinische Sachverhalt ermittelt werden muss.
7.
Das Verfahren ist kostenpflichtig. Der unterliegende Versicherte hat die Gerichtskosten zu tragen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird teilweise gutgeheissen und der Entscheid des Versicherungsgerichts des Kantons St. Gallen vom 6. September 2018 aufgehoben. Die Sache wird zu neuer Entscheidung an die Vorinstanz zurückgewiesen. Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 800.- werden dem Beschwerdegegner auferlegt.
3.
Dieses Urteil wird den Parteien, dem Versicherungsgericht des Kantons St. Gallen und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 9. Mai 2019
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Maillard
Die Gerichtsschreiberin: Riedi Hunold