Faits :
A.
La société X._ SA est inscrite au registre du commerce du canton de Vaud. Son but consiste en l'acquisition, la gestion, l'exploitation et le commerce de tout bien mobilier et immobilier. Son capital-actions, d'une valeur nominale de 300'000 fr. (300 actions nominatives à 1'000 fr.), est entièrement libéré. Il est exclusivement détenu par un résident des Iles Caïman. Selon son bilan au 31 décembre 2008, la société intéressée était propriétaire d'une parcelle sise à Lausanne d'une valeur de 6'000'000 francs.
Entre 2008 et 2009, l'actionnaire unique de la société X._ SA précité a vendu l'entier de ses actions à la société Y._ SA, également inscrite au registre du commerce du canton de Vaud. La société X._ SA a ensuite vendu (par contrat du 18 février 2009 exécuté le 31 mars 2009) l'immeuble dont elle était propriétaire à une résidente suisse pour un montant de 11'500'000 francs.
Le 26 novembre 2012, la société X._ SA a déclaré à l'Administration fédérale des contributions (ci-après: l'Administration fédérale) la distribution d'un dividende de 5'000'000 fr. décidée par son assemblée générale des actionnaires le 5 octobre 2012 pour l'exercice commercial 2011, dont l'échéance a été fixée au 31 octobre 2012. Elle a en outre demandé l'autorisation d'exécuter son obligation fiscale en matière d'impôt anticipé au moyen de la procédure de déclaration.
B.
Par décision du 29 juillet 2014, l'Administration fédérale a rejeté la demande d'exécuter l'obligation fiscale au moyen de la procédure de déclaration. Elle a ordonné à la société X._ SA de s'acquitter d'un montant d'impôt anticipé de 1'750'000 fr. (35% de 5'000'000 fr. de dividende), plus intérêts moratoires de 5% l'an, en fixant l'échéance de la prestation au 31 mars 2009 et l'échéance de l'impôt au 30 avril 2009. Elle a en outre reconnu Z._, administrateur unique et liquidateur de fait de la société X._ SA, comme étant solidairement responsable avec celle-ci du paiement de l'impôt anticipé, des intérêts moratoires et des frais dus. Les sociétés X._ SA et Y._ SA ont formé réclamation contre cette décision le 11 septembre 2014. Par décision sur réclamation du 30 septembre 2016, l'Administration fédérale a confirmé sa décision initiale, fixant toutefois nouvellement le montant de l'impôt à 1'840'184 fr. 85 en le calculant non plus sur le montant du dividende versé, mais sur celui de l'excédent de liquidation (35% de 5'257'671 fr. 02). La société X._ SA a contesté ce prononcé auprès du Tribunal administratif fédéral le 2 novembre 2016. Celui-ci, par arrêt du 17 avril 2018, a rejeté le recours.
C.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public, la société X._ SA demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, de réformer l'arrêt du 17 avril 2018 du Tribunal administratif fédéral en admettant l'application de la procédure de déclaration; subsidiairement d'annuler l'arrêt précité et de renvoyer la cause à l'autorité précédente pour nouvelle décision dans le sens des considérants; plus subsidiairement pour que celle-ci fixe l'échéance de la prestation imposable en 2012 et se prononce sur le droit au remboursement dans le sens des considérants.
Le Tribunal administratif fédéral se réfère intégralement à son arrêt. L'Administration fédérale conclut au rejet du recours. Dans des observations finales, la société X._ SA confirme ses conclusions.

Considérant en droit :
1.
Le présent recours en matière de droit public est dirigé contre une décision finale (<ref-law>) rendue dans une cause de droit public (<ref-law>) par le Tribunal administratif fédéral (<ref-law>) en matière d'impôt anticipé, soit un domaine qui ne tombe sous aucun des cas d'exceptions mentionnés à l'<ref-law>. La voie du recours en matière de droit public est donc en principe ouverte. Le recours a en outre été déposé en temps utile (<ref-law>) et dans les formes prescrites (<ref-law>). La recourante, partie à la procédure précédente, est particulièrement touchée par la décision attaquée, qui confirme le refus d'appliquer la procédure de déclaration à laquelle elle prétend, et a ainsi un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification. La qualité pour recourir doit partant lui être reconnue (<ref-law>) et il convient donc d'entrer en matière.
2.
Le Tribunal fédéral statue en principe sur la base des faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>), sous réserve des cas prévus à l'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 4.4.3 p. 156). Le recourant ne peut critiquer les constatations de fait ressortant de la décision attaquée que si celles-ci ont été effectuées en violation du droit au sens de l'<ref-law> ou de manière manifestement inexacte, c'est-à-dire arbitraire, et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 6 p. 358). Conformément à l'<ref-law>, le recourant doit expliquer de manière circonstanciée en quoi ces conditions seraient réalisées. Les faits et les critiques invoqués de manière appellatoire sont irrecevables (<ref-ruling> consid. 6.3 p. 375). Par ailleurs, aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut en principe être présenté devant le Tribunal fédéral (<ref-law>).
3.
3.1. Le Tribunal administratif fédéral a retenu, de manière à lier le Tribunal fédéral (<ref-law>; cf. consid. 2 ci-dessus), que l'actionnariat de la recourante a été cédé par un résident des Iles Caïman à la société Y._ SA, société sise en Suisse, pour un montant de 3'056'000 fr. (contrat du 19 novembre 2008, exécuté le 15 janvier 2009). L'immeuble de la recourante (figurant au bilan au 31 décembre 2009 pour une valeur de 6'000'000 fr.; fonds d'amortissement sur immeuble: 511'670 fr.) a été vendu un mois plus tard à une résidente suisse pour un montant de 11'500'000 fr. (contrat du 18 février 2009, exécuté le 31 mars 2009). Au 31 décembre 2009, le bénéfice sur la vente de cet immeuble (5'436'511 fr. 60), le bénéfice net de l'exercice (4'345'101 fr. 15) et le compte "débiteur actionnaire c/c chirographaire" (5'554'871 fr. 85) indiquent des montants relativement comparables entre eux, étant précisé que ces postes se montaient à 0 fr., 177'928 fr. 85, respectivement 0 fr. lors de l'exercice précédent. Appréciant les moyens de preuve à sa disposition, le Tribunal administratif fédéral a encore retenu qu'un montant de 5'554'871 fr. 85 a été mis à disposition de la société Y._ SA à la date de l'exécution du contrat de vente de l'immeuble, le 31 mars 2009. L'autorité précédente a aussi constaté qu'il n'y avait pas eu de procédure formelle de dissolution de la société recourante et qu'une telle procédure n'était pas envisagée. Elle a toutefois retenu que le montant de 5'000'000 fr. de dividende ne trouvait aucune correspondance dans un bénéfice de 80'823 fr. pour l'année commerciale 2011. Elle a en conséquent retenu que le dividende de 5'000'000 fr. provenait de la vente de l'immeuble, qui a permis de dégager un bénéfice lors de l'exercice 2009 reporté sur l'exercice 2011, et non d'une quelconque autre activité de la société recourante. Suite à la vente de l'immeuble, il ne ressortait pratiquement aucune activité des comptes de la recourante pour les années 2009 à 2015. Le Tribunal administratif fédéral a également constaté que la société Y._ SA disait avoir entamé, dès le 19 novembre 2008, des démarches en vue "de la vente de la société immobilière ou de son immeuble d'exploitation".
3.2. Sur la base des faits présentés ci-dessus, le Tribunal administratif fédéral a jugé que l'exécution de la prestation imposable par une déclaration de cette prestation au sens de l'art. 20 al. 1 de la loi du 13 octobre 1965 sur l'impôt anticipé (LIA; RS 642.21) était inadmissible, l'obligation fiscale ne pouvant être exécutée que par le paiement de l'impôt. Il a exclu la procédure de déclaration en confirmant, après un examen sommaire, les doutes de l'Administration fédérale quant au remboursement de l'impôt en raison d'un potentiel cas d'évasion fiscale. Le Tribunal administratif fédéral a par ailleurs confirmé que la vente de l'immeuble constituait une liquidation de fait de la société recourante et que l'impôt devait donc être calculé sur l'excédant de liquidation, c'est-à-dire 5'257'671 fr. 02, des intérêts moratoires de 5% l'an étant dus dès le 30 avril 2009.
3.3. Pour sa part, la recourante est d'avis que l'Administration fédérale et, à sa suite, le Tribunal administratif fédéral ne peuvent pas se contenter de n'examiner que sommairement l'existence d'un droit de la bénéficiaire de la prestation imposable au remboursement de l'impôt. Elle estime que cet examen doit être complet et que l'Administration fédérale doit se prononcer définitivement sur ce droit, ce d'autant plus lorsque, comme en l'espèce, elle dispose de l'ensemble des éléments pour lui permettre de statuer. La recourante est également d'avis que, dans la présente cause, il n'est aucunement question d'un cas d'évasion fiscale, faute notamment de caractère insolite de l'opération de vente de son capital-actions par un résident étranger à une société suisse et de motivation uniquement fiscale de cette opération. La recourante conteste en outre toute situation de liquidation de fait, dès lors que le produit de la vente de l'immeuble n'a pas été directement distribué aux actionnaires, mais était à disposition pour d'éventuels investissements.
3.4. Le litige porte donc sur le point de savoir si la recourante peut prétendre à l'application de la procédure de déclaration ou si elle doit s'acquitter de l'impôt anticipé. Dans cette seconde hypothèse, il conviendra encore de déterminer le montant de l'impôt et son échéance. Il faut également relever que l'éventuelle responsabilité solidaire de l'administrateur unique et liquidateur de fait de la société pour le paiement de l'impôt anticipé n'a pas été remise en cause, ni devant le Tribunal administratif fédéral (cf. consid. 4.2.2 de l'arrêt entrepris), ni devant le Tribunal fédéral, l'intéressé n'ayant du reste pas recouru. Cette question ne fait par conséquent pas l'objet du présent litige.
4.
Aux termes de l'<ref-law>, les art. 16 al. 2 biset 20 LIA sont aussi applicables aux faits qui, comme en l'espèce, se sont produits avant l'entrée en vigueur de la modification du 30 septembre 2016 (soit le 15 février 2017; RO 2017 497). Les créances fiscales ou les créances d'intérêts moratoires n'étant ni prescrites, ni entrées en force avant le 1 er janvier 2011, l'exception de l'<ref-law>, qui exclut l'application des art. 16 al. 2 biset 20 LIA pour ces deux cas de figure, ne s'applique pas à la présente cause.
5.
5.1. La Confédération perçoit un impôt anticipé sur les revenus de capitaux mobiliers, les gains faits dans les loteries et les prestations d'assurances; dans les cas prévus par la loi, la déclaration de la prestation imposable remplace le paiement de l'impôt (<ref-law>). La Confédération, ou le canton pour le compte de la Confédération, rembourse l'impôt anticipé, conformément à la présente loi, au bénéficiaire de la prestation diminuée de l'impôt (<ref-law>). Le remboursement est inadmissible dans tous les cas où il pourrait permettre d'éluder un impôt (<ref-law>).
5.2. L'impôt anticipé sur les revenus de capitaux mobiliers a pour objet les intérêts, rentes, participations aux bénéfices et tous autres rendements des actions, parts sociales sur des sociétés à responsabilité limitée, des sociétés coopératives, des bons de participation ou des bons de jouissance, émis par une personne domiciliée en Suisse (<ref-law>). Sont en particulier des rendements imposables, les dividendes, bonis, actions gratuites, bons de participation gratuits, excédents de liquidation ou autres prestations de ce genre (cf. art. 20 al. 1 de l'ordonnance du 19 décembre 1966 sur l'impôt anticipé [OIA; RS 642.211]). La notion de "domicilié en Suisse" est définie à l'<ref-law>. Est contribuable le débiteur de la prestation imposable (<ref-law>). Pour les revenus de capitaux mobiliers et les gains faits dans les loteries, l'impôt s'élève à 35% (<ref-law>).
5.3. L'impôt anticipé poursuit des buts différents selon que le destinataire de la prestation imposable est, ou non, domicilié en Suisse (ou y a, ou non, son siège). Dans le premier cas, l'impôt anticipé est remboursé aux contribuables qui déclarent les rendements soumis à l'impôt ordinaire; il a alors un but de garantie parce qu'il tend à décourager le contribuable de soustraire à l'impôt ordinaire les montants frappés par l'impôt anticipé. Dans le deuxième cas, il poursuit un but fiscal, puisque les bénéficiaires de prestations imposables qui résident à l'étranger sont privés du droit au remboursement de l'impôt, sous réserve de l'application d'une convention de double imposition (cf. <ref-ruling> consid. 2.2 p. 450 et les références citées). L'impôt anticipé peut également poursuivre un but fiscal pour les personnes domiciliées en Suisse, à savoir lorsque les conditions matérielles à un remboursement ne sont pas réunies (arrêts 2C_597/2016 du 10 août 2017 consid. 2.4; 2C_404/2015 du 15 septembre 2016 consid. 2.3).
5.4. Conformément à l'<ref-law>, l'obligation fiscale est exécutée soit par le paiement de l'impôt (<ref-law>), soit par la déclaration de la prestation imposable (art. 19 et 20 LIA).
5.4.1. A teneur de l'art. 20 al. 1 et 2 LIA, s'il apparaît que le paiement de l'impôt sur les revenus de capitaux mobiliers entraînerait des complications inutiles ou des rigueurs manifestes, le contribuable peut être autorisé à exécuter son obligation fiscale par une déclaration de la prestation imposable. Le Conseil fédéral définit les cas dans lesquels la procédure de déclaration est admise. La procédure de déclaration doit être admise en particulier pour les dividendes et les prestations appréciables en argent versés au sein d'un groupe suisse ou international.
5.4.2. L'<ref-law> prévoit les cas dans lesquelles la société peut être autorisée, à sa demande, à exécuter son obligation fiscale par une déclaration de la prestation imposable. La société de capitaux, la société coopérative, le placement collectif de capitaux ou la collectivité publique au sens de l'<ref-law> qui détient directement au moins 20% du capital d'une société de capitaux ou d'une société coopérative peut, au moyen d'un formulaire officiel, ordonner à cette société de lui verser ses dividendes sans déduire l'impôt anticipé (<ref-law>). De son côté, la société assujettie à l'impôt complète la demande et l'envoie spontanément à l'Administration fédérale des contributions dans les 30 jours suivant l'échéance des dividendes avec le formulaire officiel à joindre au compte annuel (art. 26a al. 2 phr. 1 OIA). La procédure de déclaration est admissible seulement s'il est établi que la société de capitaux, la société coopérative, le placement collectif de capitaux ou la collectivité publique à qui l'impôt anticipé devrait être transféré aurait droit au remboursement de cet impôt d'après la loi ou l'ordonnance (<ref-law>).
5.5. Selon la jurisprudence du Tribunal fédéral, il y a évasion fiscale: a) lorsque la forme juridique choisie par le contribuable apparaît comme insolite, inappropriée ou étrange, en tout cas inadaptée au but économique poursuivi (élément objectif), b) lorsqu'il y a lieu d'admettre que ce choix a été arbitrairement exercé uniquement dans le but d'économiser des impôts qui seraient dus si les rapports de droit étaient aménagés de façon appropriée (élément subjectif), c) lorsque le procédé choisi conduirait effectivement à une notable économie d'impôt dans la mesure où il serait accepté par l'autorité fiscale (élément effectif; sur la signification de ces conditions, cf. <ref-ruling> consid. 4.1 p. 243 ss et les références citées).
6.
6.1. Dans un premier grief, la recourante est d'avis que lors de l'examen du droit à la procédure de déclaration, l'Administration fédérale et le Tribunal administratif fédéral ne pouvaient pas se contenter de ne traiter que sommairement la question du droit au remboursement de l'impôt. Selon elle, l'<ref-law> représente une lex specialis par rapport à l'<ref-law>, dès lors que cette première disposition ne traite que des cas de dividendes versés au sein d'un groupe suisse. Après avoir relevé que la jurisprudence constante du Tribunal fédéral prévoit un examen sommaire du droit au remboursement, elle mentionne que cette jurisprudence a été développée en relation avec l'<ref-law> dans des cas où il existait plusieurs actionnaires, en l'occurrence des personnes physiques. Puisque dans de tels cas, c'est le canton qui doit examiner le droit au remboursement (cf. <ref-law>), l'examen sommaire par l'Administration fédérale se justifie. En revanche, la recourante estime que lorsque, comme en l'espèce, l'Administration fédérale dispose de tous les éléments pour statuer et que la cause concerne deux personnes morales (cf. <ref-law>), cette autorité ne saurait se contenter de procéder à un examen sommaire du droit au remboursement.
6.2. La recourante ne peut toutefois être suivie. Comme l'a déjà jugé le Tribunal fédéral dans une cause semblable à la présente (cf. arrêt 2C_597/2016 du 10 août 2017), c'est-à-dire dans laquelle il était question de prestations soumises à l'impôt anticipé entre deux sociétés sises en Suisse, l'Administration fédérale doit se limiter à examiner s'il existe des doutes sur le droit au remboursement (examen sommaire). En effet, dans l'impôt anticipé, il convient de différencier la phase de la perception de l'impôt de celle de son remboursement. Alors que lors de la perception (que ce soit par le paiement de l'impôt ou par la déclaration de la prestation imposable), c'est le débiteur de la prestation imposable qui est concerné, l'éventuel remboursement de l'impôt anticipé n'intéresse en premier lieu que le destinataire de la prestation imposée. Or, ces deux phases connaissent des voies de droit distinctes. C'est pour cette raison que, dans le cadre de la procédure de déclaration, l'Administration fédérale ne peut examiner le droit au remboursement qu'à titre provisoire, sans rendre de décision définitive sur cette question. L'Administration fédérale doit par conséquent se limiter à un examen sommaire du droit au remboursement. Dans l'éventualité où ce droit ne peut pas sans autre être reconnu ou s'il subsiste des doutes sérieux quant à son existence, la procédure de déclaration doit être exclue (cf. arrêts 2C_597/2016 du 10 août 2017 consid. 2.5.3; 2C_689/2011 du 23 novembre 2012 consid. 2.4.1). C'est par conséquent à juste titre que l'Administration fédérale et le Tribunal administratif fédéral se sont limités à un examen sommaire du droit au remboursement de l'impôt anticipé.
6.3. Il convient encore de contrôler que, dans le cas d'espèce, il existait bien un doute suffisant pour exclure la procédure de déclaration. A ce propos, la recourante explique, en procédant à un examen complet du droit au remboursement de l'impôt, qu'il n'est nullement question d'un cas d'évasion fiscale.
6.3.1. En l'occurrence, il faut rappeler que les actions de la recourante, dont la valeur nominale se montait à 300'000 fr., étaient entièrement détenues par une personne domiciliée dans les Iles Caïman, pays avec lequel la Suisse n'a pas conclu de convention de double imposition, avant d'être cédées à une société suisse pour 3'056'000 francs. Un mois après cette transaction, la société recourante a procédé à la vente de son immeuble pour un montant de 11'500'000 francs. Ce montant a, selon la recourante, en particulier été utilisé pour rembourser la dette hypothécaire de 4'425'000 fr. grevant l'immeuble et le solde a été placé sur un compte-courant actionnaire. Plus de trois ans après cette transaction, en octobre 2012, et alors que la société n'a pratiquement plus eu d'activité depuis 2009, son assemblée générale a décidé de verser un dividende de 5'000'000 fr. à son actionnaire pour l'exercice commercial 2011.
6.3.2. Le droit au remboursement de l'impôt anticipé est soumis à la réalisation des conditions des <ref-law>. D'après l'<ref-law>, l'ayant droit peut demander le remboursement de l'impôt anticipé sur les revenus de capitaux mobiliers retenus à sa charge par le débiteur s'il avait à l'échéance de la prestation imposable le droit de jouissance sur les valeurs qui ont produit le rendement soumis à l'impôt. Si l'ayant droit est une personne physique, elle doit en outre être domiciliée en Suisse à l'échéance de la prestation imposable (<ref-law>), s'il s'agit d'une personne morale, elle doit à cette même échéance y avoir son siège (<ref-law>). Toutefois, comme on l'a déjà vu (cf. consid. 5.1 ci-dessus), le remboursement est inadmissible dans tous les cas où il pourrait permettre d'éluder un impôt (<ref-law>). D'une manière générale, la question de l'évasion fiscale au sens de l'<ref-law> se pose dès qu'une personne domiciliée à l'étranger - pour laquelle l'impôt anticipé correspond à une charge fiscale définitive - vend ses droits de participation dans une société suisse en vue de la prochaine liquidation de cette société à une personne physique domiciliée en Suisse ou à une personne morale dont le siège est en Suisse afin d'obtenir néanmoins le remboursement de l'impôt anticipé (arrêt 2C_551/2009 du 13 avril 2010 consid. 3.3 et les références citées).
6.3.3. Pour pouvoir examiner l'application de cette jurisprudence 2C_551/2009 à la présente cause, il convient en premier lieu de se demander si, ensuite de la vente des actions de la recourante par leur détenteur domicilié aux Iles Caïman à une société suisse en 2009, la recourante a été liquidée, plus particulièrement si elle a fait l'objet d'une liquidation de fait, dès lors qu'aucune liquidation formelle n'est intervenue.
Il y a liquidation de fait lorsqu'une société cède ses actifs principaux sans réinvestir les fonds obtenus en contrepartie. Dans ce contexte, il n'est pas nécessaire que tous les actifs soient soustraits à la société. Celle-ci peut également être liquidée de fait lorsqu'il lui reste des actifs, mais que sa substance économique lui est retirée. On est en présence d'une liquidation assujettie à l'impôt également lorsque la société procède à des actes juridiques dont la conséquence économique correspond, dans son résultat, à une liquidation. Une décision ou la volonté des organes de liquider la société n'est pas nécessaire pour considérer qu'une liquidation a eu lieu lorsque le résultat revient à constater que tel est le cas. La loi sur l'impôt anticipé comprend de la sorte tous les actes de disposition au moyen desquels une partie de la fortune de la société est remise aux actionnaires (arrêt 2C_499/2011 du 9 juillet 2012 consid. 5.2 et les références citées).
La recourante explique à ce propos qu'il n'est pas question d'un cas de liquidation de fait car, si l'immeuble a été vendu en 2009, le produit de cette vente n'a été distribué aux actionnaires qu'en 2012. Jusqu'au moment de la décision de verser un dividende, l'argent était donc à sa disposition pour être réinvesti, par exemple dans d'autres projets immobiliers.
En l'occurrence, il n'est pas contesté que l'immeuble vendu en 2009 constituait pratiquement l'unique actif de la société. Par cette vente, la recourante a donc aliéné sa seule source de revenu. Le fait qu'elle n'ait quasiment plus eu aucune activité durant les années 2010 à 2012 tend à le démontrer. Comme l'a à juste titre relevé le Tribunal administratif fédéral, le fait que la vente de l'immeuble soit antérieure d'environ trois ans au versement du dividende en 2012 ne permet pas de retenir que le produit de la vente n'était pas destiné à l'actionnaire déjà en 2009. Au contraire, il faut rappeler que la recourante a déclaré devant l'autorité précédente avoir entamé, dès le 19 novembre 2008, des démarches en vue " de la vente de la société immobilière ou de son immeuble d'exploitation " et que le montant du dividende versé en 2012 est du même ordre de grandeur que le bénéfice issu de la vente de l'immeuble en 2009. Ces éléments permettent d'admettre l'existence d'une liquidation de fait. On doit donc retenir en résumé que le fait d'avoir vendu l'unique actif de la société et d'avoir placé le bénéfice de cette vente sur un compte-courant actionnaire, sans y toucher pendant environ trois ans avant de verser un dividende d'un montant correspondant, constitue en réalité une liquidation de fait de la société.
6.3.4. Le caractère de liquidation de fait ayant été admis à juste titre par l'autorité précédente, on peut donc également reconnaître l'existence d'un doute quant au droit au remboursement de l'impôt. La situation en cause, c'est-à-dire la vente, par un résident étranger n'ayant pas le droit de se voir rembourser l'impôt anticipé, de participations dans une société à une société suisse et la liquidation subséquente de la première par la seconde, l'immeuble qui représentait le seul actif de la société ayant été vendu un mois plus tard, constitue une situation dans laquelle le doute quant à l'inadmissibilité du remboursement de l'impôt en raison d'une éventuelle évasion fiscale est suffisant pour refuser l'application de la procédure de déclaration. Le grief de la recourante sur ce point doit en conséquent être écarté.
6.3.5. Il convient de souligner que le refus de la procédure de déclaration ne signifie pas que le droit au remboursement est exclu. Il appartient seulement à celui qui s'en prévaut de démontrer, dans la procédure de remboursement ultérieure, que les conditions en sont remplies (arrêt 2C_551/2009 du 13 avril 2010 consid. 3.2).
7.
Il convient encore d'examiner si l'autorité précédente à correctement déterminé l'objet, le montant et le moment de la prestation sur lequel a été calculé l'impôt.
7.1. L'excédent de liquidation versé aux actionnaires constitue une prestation appréciable en argent au sens de l'<ref-law> (cf. <ref-law>; consid. 5.2 ci-dessus). Ce terme recouvre toutes les prestations faites aux actionnaires ou à leurs proches dans le cadre de la procédure ordinaire de liquidation, pour autant qu'il ne s'agisse pas du remboursement du capital nominal (cf. arrêts 2C_499/2011 du 9 juillet 2012 consid. 5.2; 2C_813/2010 du 10 mai 2011 consid. 3.1). Selon une pratique constante, l'impôt anticipé sur l'excédent de liquidation n'est pas seulement dû lorsque la société est formellement dissoute, mais également lorsqu'elle est liquidée de fait en raison de l'abandon de ses actifs, comme c'est le cas en l'espèce (cf. consid. 6.3.3 ci-dessus; cf. <ref-ruling> consid. 9c p. 280 et les références citées). La créance fiscale prend naissance au moment où échoit la prestation imposable (<ref-law>). S'il n'est pas possible de déterminer ce moment, elle prendra alors naissance au moment où la décision de verser un montant déterminé aux actionnaires a été prise ou, à défaut, au moment où le versement est intervenu (arrêt 2C_499/2011 du 9 juillet 2012 consid. 5.2 et les références citées).
7.2. En l'occurrence, la recourante estime que l'impôt doit être calculé sur le dividende versé en 2012 et pas sur l'excédent de liquidation. Elle ne conteste en revanche pas la façon dont le Tribunal administratif fédéral a calculé l'excédent de liquidation.
En premier lieu, on doit relever que c'est à raison que l'autorité précédente a calculé l'impôt sur l'excédent de liquidation intervenu à la suite de la vente de l'immeuble en mars 2009 et pas sur le dividende versé en 2012. En effet, un cas de liquidation de fait ayant été admis compte tenu de la conséquence juridique de la vente de l'immeuble en 2009 (cf. consid. 6.3.3 ci-dessus), le dividende ne constituait en réalité que la façon dont la société a remis à son actionnaire une partie de sa fortune. Qu'elle ait versé ce montant en 2012 et non pas directement à la suite de la vente de l'immeuble en 2009 n'est pas pertinent, l'argent ayant été mis de côté sur un compte-courant actionnaire pour être distribué et pas, comme l'affirme la recourante, pour être réinvesti. C'est donc à juste titre que le Tribunal administratif fédéral a retenu le moment du début de la liquidation, c'est-à-dire celui où intervient l'acte ne pouvant pas être considéré comme étant un acte commercial ordinaire, mais devant être rétrospectivement considéré comme un acte vidant la société de sa substance, pour calculer l'excédent de liquidation (cf. arrêt 2C_868/2010 du 19 avril 2011 consid. 4.1 et 4.5 et les références citées). Pour ce faire, celui-ci s'est fondé sur la jurisprudence du Tribunal fédéral (arrêt 2C_499/2011 du 9 juillet 2012 consid. 5.6). Il a ainsi " repris le total de l'actif au 31 décembre 2008 pour y soustraire les dettes de tiers et y ajouter le bénéfice net de l'exercice 2009 pour arriver au produit de liquidation, dont le capital-actions a été soustrait à son tour ". Une telle façon de procéder ne saurait être critiquée, puisque l'excédent de liquidation comprend toutes les prestations faites par une société dissoute aux actionnaires (ou à leur proches) qui ne constituent pas un remboursement de capital. L'excédent imposable résulte de la différence entre la valeur réelle des actifs et le montant des passifs y compris le capital-actions de la société au début des opérations de liquidation (arrêt 2C_551/2009 du 13 avril 2010 consid. 2.2 et les références citées).
7.3. En se fondant sur les éléments qui précèdent, c'est sans violer le droit fédéral que l'autorité précédente a retenu un excédent de liquidation de 5'257'671 fr. 02 (valeur des actifs de 6'870'497 fr. 32, moins des dettes de 1'312'826 fr. 30, moins le capital social de 300'000 fr.) et, partant, un montant d'impôt anticipé de 1'840'184 fr. 85 (35% du montant de l'excédent de liquidation; cf. <ref-law>). C'est en outre également à juste titre qu'en application de l'art. 16 al. 1 let. c LIA, en relation avec l'art. 1 al. 1 de l'ordonnance du 29 novembre 1996 sur l'intérêt moratoire en matière d'impôt anticipé (RS 642.212), elle a arrêté un intérêt moratoire de 5% l'an dès le 30 avril 2009.
8.
Sur le vu de ce qui précède, le recours est rejeté. Succombant, la recourante doit supporter les frais judiciaires (<ref-law>). Il n'est pas alloué de dépens (art. 68 al. 1 et 3 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 15'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3.
Le présent arrêt est communiqué aux mandataires de la recourante, à l'Administration fédérale des contributions et à la Cour I du Tribunal administratif fédéral.
Lausanne, le 5 octobre 2018
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Seiler
Le Greffier : Tissot-Daguette