Faits :
A.
A.a. Le 30 avril 2016, C._ SA et B._SA ont conclu deux contrats de sous-location portant sur des locaux de 75 m2 [recte: 76 m2] et 239 m2 situés, respectivement, au rez-de-chaussée et au 2ème étage des immeubles sis [rue... x et y] à U._. Le loyer annuel à charge de B._ SA a été fixé à 14'758 fr. plus une participation à la consommation électrique forfaitaire de 1'680 fr. par an et un acompte provisionnel pour frais de chauffage, d'eau chaude et de climatisation de 1'500 fr., respectivement à 78'930 fr. plus un acompte provisionnel pour frais de chauffage, d'eau chaude et de climatisation de 7'200 fr.
A.b. Par contrat de partenariat du 3 mai 2016, une collaboration a été mise en place par les parties permettant l'exploitation par la sous-locataire, B._ SA, d'un institut de soins paramédicaux. Le contrat prévoyait notamment l'exécution de travaux de rénovation et d'aménagement des locaux par B._ SA, lesquels devaient faire l'objet d'un accord de C._ SA et de la bailleresse principale. Les parties ont par ailleurs convenu d'un " droit d'entrée " à verser par B._ SA à raison de deux tranches de 125'000 fr., la première " à la signature de la présente dès réception de l'acceptation formelle des baux de sous-location par la régie " et la seconde " au plus tard le 31 août 2016". Il était stipulé que " [le] non-respect des délais et/ou des montants prévus dans le cadre du droit d'entrée aura pour effet de rendre la présente convention caduque. Dans ce cas, C._ SA se réserve le droit de conserver et/ou d'exiger de D._ SA [B._ SA] le montant initial du droit d'entrée de 125'000.- CHF et ce à titre de dédit et/ou de pénalité. " (clause IX ch. 3 " Droit d'entrée ").
A.c. Par courrier du 15 juillet 2016, C._ SA a réclamé à B._ SA le paiement de la première tranche de 125'000 fr. du droit d'entrée, dès lors que les contrats de sous-location avaient été approuvés par la bailleresse principale. Le 20 juillet suivant, C._ SA a confirmé à B._ SA qu'elle ferait tout ce qui est en son pouvoir afin que ses baux, et par conséquent ceux de sous-location, soient prolongés au-delà de leur échéance actuelle et a derechef réclamé le paiement du montant contractuellement convenu.
A.d. Par courrier recommandé et courriel du 25 juillet 2016, C._ SA a constaté que le montant de 125'000 fr. prévu par le contrat de partenariat n'avait pas été versé et que des travaux importants avaient été entrepris dans les locaux en cause, sans autorisation de la bailleresse principale, contrairement à ce qui avait été prévu contractuellement. Elle invitait B._ SA à lui faire parvenir le détail des travaux et la sommait de les faire cesser immédiatement tant que les autorisations de la bailleresse principale n'étaient pas délivrées, de verser la première tranche de 125'000 fr. du droit d'entrée et de faire préparer les garanties de loyer ainsi qu'une garantie bancaire pour la seconde tranche du droit d'entrée de 125'000 fr., payable le 1er septembre 2016.
A.e. Par courrier du 30 août 2016, C._ SA a invité B._ SA à verser la seconde tranche de 125'000 fr. du droit d'entrée, de s'acquitter mensuellement dès le mois de septembre 2016 des loyers de 7'177 fr. 50 ([78'930 + 7'200] : 12) et de 1'494 fr. 85 ([14'758 + 1'680 + 1'500] : 12), de constituer les garanties de loyer, par 19'732 fr. et 5'534 fr., et de verser la première tranche du droit d'entrée, par 125'000 fr.
B.
B.a. Le 24 août 2016, C._ SA ayant procédé au changement des cylindres, B._ SA a saisi le Tribunal des baux et loyers du canton de Genève d'une requête de mesures superprovisionnelles et provisionnelles, concluant notamment à ce qu'ordre soit donné à C._ SA de lui permettre de réintégrer immédiatement les locaux en cause. Après avoir refusé les mesures provisionnelles le 25 août 2016, puis tenu audience le 1er septembre 2016, le Tribunal des baux et loyers a, par ordonnance du 2 septembre 2016, ordonné à C._ SA de restituer immédiatement à B._ SA la possession exclusive des locaux de 239 m2 situés au 2ème étage de l'immeuble sis [rue... y] à U._. Le 14 septembre 2016, C._ SA a formé un appel contre cette ordonnance devant la Chambre des baux et loyers de la Cour de justice du canton de Genève, concluant au rejet de la requête de mesures provisionnelles.
B.b. Par courrier du 20 septembre 2016, le conseil de B._ SA a indiqué à celui de C._ SA que, par son appel du 14 septembre 2016, sa cliente s'opposait à la restitution des locaux en cause, ce qui constituait un refus de fournir sa prestation essentielle des contrats de sous-location et de partenariat, et a déclaré résoudre, en application de l'<ref-law>, tous les contrats des 30 avril et 3 mai 2016 et réserver sa demande en remboursement de son dommage lié à l'inexécution.
B.c. Par arrêt du 21 décembre 2016, la Chambre des baux et loyers a annulé l'ordonnance de mesures provisionnelles du 2 septembre 2016 et constaté que la procédure était devenue sans objet, dès lors que par courrier du 20 septembre 2016, B._ SA avait résolu les contrats de sous-location en application de l'<ref-law> et avait restitué les clés le 22 septembre 2016, renonçant par là à solliciter la restitution des locaux litigieux.
C.
C.a. Le 17 mars 2017, à la réquisition de C._ SA, l'Office des poursuites du district de la Broye-Vully a notifié à B._ SA, dans la poursuite n° xxxxxxx, un commandement de payer les sommes de 1) 125'000 fr. avec intérêt à 5% l'an dès le 31 mai 2016 de 2) 125'000 fr. avec intérêt à 5% l'an dès le 31 août 2016, de 3) 7'177 fr. 60 [recte: 7'177 fr. 50] avec intérêt à 5% l'an dès le 1er septembre 2016, de 4) 1'494 fr. 85 avec intérêt à 5% l'an dès le 1er septembre 2016, de 5) 7'177 fr. 50 avec intérêt à 5% l'an dès le 1er octobre 2016, de 6) 1'494 fr. 85 avec intérêt à 5% l'an dès le 1er octobre 2016, de 7) 7'177 fr. 50 avec intérêt à 5% l'an dès le 1er novembre 2016, de 8) 1'494 fr. 85 avec intérêt à 5% l'an dès le 1er novembre 2016, de 9) 7'177 fr. 50 avec intérêt à 5% l'an dès le 1er décembre 2016 et de 10) 1'594 fr. 85 avec intérêt à 5% l'an dès le 1er décembre 2016.
Comme titre de la créance ou cause de l'obligation, la poursuivante a invoqué les loyers et charges dus selon les contrats de sous-location du 30 avril 2016 ainsi que le droit d'entrée dû selon le contrat de partenariat du 3 mai 2016.
La poursuivie a formé opposition totale.
C.b. Le même jour, toujours à la réquisition de C._ SA, l'Office des poursuites du district de la Broye-Vully a notifié à B._ SA, dans la poursuite n° yyyyyyy, un commandement de payer les sommes de 1) 7'177 fr. 50 avec intérêt à 5% l'an dès le 1er janvier 2017, de 2) 1'494 fr. 85 avec intérêt à 5% l'an dès le 1er janvier 2017, de 3) 7'177 fr. 50 avec intérêt à 5% l'an dès le 1er février 2017, de 4) 1'494 fr. 85 avec intérêt à 5% l'an dès le 1er février 2017, de 5) 7'177 fr. 30 (sic) avec intérêt à 5% l'an dès le 1er mars 2017 et de 6) 1'494 fr. 85 avec intérêt à 5% l'an dès le 1er mars 2017.
Les contrats de sous-location du 30 avril 2016 étaient indiqués comme titre de la créance ou cause de l'obligation.
La poursuivie a formé opposition totale.
C.c. Par acte du 13 avril 2017, la poursuivante a requis du Juge de paix du district de la Broye-Vully qu'il prononce la mainlevée provisoire des oppositions.
C.d. Par prononcé du 29 août 2017, dont les motifs ont été adressés aux parties le 7 mars 2018, le Juge de paix a rejeté la requête de mainlevée (I), a fixé les frais judiciaires à 660 fr. (II), les a mis à la charge de la poursuivante (III) et a alloué à la poursuivie des dépens, fixés à 4'000 fr. (IV).
C.e. Par acte du 19 mars 2018, A._ SA, anciennement C._ SA, a recouru contre ce prononcé en concluant à son annulation et à ce que la mainlevée provisoire des oppositions soit prononcée.
Dans sa réponse du 18 mai 2018, l'intimée a notamment conclu au rejet du recours dans la mesure de sa recevabilité.
C.f. Par arrêt du 3 septembre 2018, expédié le 14 suivant, la Cour des poursuites et faillites du Tribunal cantonal vaudois a rejeté le recours et confirmé le prononcé attaqué.
D.
Par acte posté le 16 octobre 2018, A._ SA exerce un recours en matière civile contre l'arrêt du 3 septembre 2018. Elle conclut à son annulation et à sa réforme en ce sens que les oppositions formées par B._ SA aux commandements de payer nos xxxxxxx et yyyyyyy de l'Office des poursuites du district de la Broye-Vully sont levées provisoirement à due concurrence. Subsidiairement, elle sollicite la réforme de l'arrêt entrepris en ce sens que l'opposition formée par B._ SA au commandement de payer n° xxxxxxx est levée provisoirement à concurrence de 125'000 fr. avec intérêts à 5% l'an dès le 31 mai 2016.
Invitée à se déterminer, l'intimée conclut à l'irrecevabilité du recours, subsidiairement à son rejet. La cour cantonale s'est référée aux considérants de son arrêt.
La recourante a répliqué par acte du 14 février 2019, persistant dans ses conclusions.
Par courrier du 28 février 2019, l'intimée a informé le Tribunal de céans qu'elle n'avait aucune observation à formuler sur la réplique du 14 février 2019.

Considérant en droit :
1.
Le recours a été déposé en temps utile (<ref-law>) à l'encontre d'une décision finale (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 1.1) rendue en matière de poursuite pour dettes (<ref-law>, en relation avec l'<ref-law>) par le tribunal supérieur d'un canton ayant statué sur recours (art. 75 al. 1 et 2 LTF); la valeur litigieuse de 30'000 fr. est atteinte (<ref-law>). Le recourant, qui a succombé devant la juridiction précédente, a qualité pour recourir (<ref-law>).
2.
2.1. Le recours en matière civile peut être formé pour violation du droit, tel qu'il est délimité par les art. 95 s. LTF. Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (<ref-law>). Cela étant, eu égard à l'exigence de motivation contenue à l'art. 42 al. 1 et 2 LTF, il n'examine en principe que les griefs soulevés (<ref-ruling> consid. 2.4 et les références). La partie recourante doit par conséquent discuter les motifs de la décision entreprise et indiquer précisément en quoi elle estime que l'autorité précédente a méconnu le droit. Il n'est pas indispensable que cette partie désigne précisément les dispositions légales ou les principes non écrits qu'elle tient pour violés; il est toutefois indispensable qu'à la lecture de son exposé, on comprenne clairement quelles règles ont été prétendument transgressées (<ref-ruling> consid. 2). Il doit exister un lien entre la motivation du recours et la décision attaquée. La partie recourante doit se déterminer par rapport aux considérants de l'arrêt entrepris; il ne peut se contenter de reprendre presque mot pour mot l'argumentation formée devant l'autorité cantonale (<ref-ruling> consid. 2; <ref-ruling> consid. 2.1 et 2.3). Le Tribunal fédéral ne connaît par ailleurs de la violation de droits fondamentaux que si un tel grief a été expressément invoqué et motivé de façon claire et détaillée par le recourant (" principe d'allégation ", <ref-law>; <ref-ruling> consid. 1.2.2; <ref-ruling> consid. 2.1; <ref-ruling> consid. 2.4).
2.2.
2.2.1. Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>). Les constatations de fait ne peuvent être critiquées que si elles ont été établies de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'<ref-law>, et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (<ref-law>). Le recourant qui entend se plaindre d'un établissement manifestement inexact - c'est-à-dire arbitraire (art. 9 Cst.; <ref-ruling> consid. 4.1.2; <ref-ruling> consid. 1.5) - des faits doit se conformer au principe d'allégation sus-indiqué (cf. supra consid. 2.1); les critiques appellatoires sont irrecevables (<ref-ruling> consid. 2.3 et les références).
Par ailleurs, pour être recevable, un grief portant sur l'établissement des faits doit avoir été précédemment soumis à l'instance de recours cantonale, conformément au principe de l'épuisement des instances cantonales (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 1.1), à défaut de quoi le moyen est considéré comme nouveau et, partant, irrecevable (arrêts 5A_788/2017 du 2 juillet 2018 consid. 2.2.1 et les références, non publié aux <ref-ruling>; 5A_308/2016 du 7 octobre 2016 consid. 2.2 et les références).
2.2.2. En l'occurrence, la recourante critique l'état de fait cantonal au motif qu'il omet de préciser que le bail de sous-location des locaux situés dans l'immeuble sis [rue... y] avait été formellement accepté en date du 31 mai 2016 (recours, let. B ch. 1). Alors que la décision de première instance ne retient pas non plus ce fait, il apparaît qu'un tel moyen n'a pas été valablement soulevé devant la cour cantonale (cf. recours cantonal, chap. IV.A (" Constatation manifestement inexacte des faits "), ch. 1-3 p. 13-16), ce qui le rend d'emblée irrecevable conformément au principe de l'épuisement des instances cantonales (cf. supra consid. 2.2.1). Pour le même motif, il ne sera pas tenu compte des éléments de fait que la recourante entend tirer des propos tenus par les parties lors de l'audience de mesures provisionnelles du Tribunal des baux et loyers (recours, let. B ch. 2 et 3 p. 5).
3.
La recourante fait grief à la cour cantonale d'avoir arbitrairement apprécié les preuves, en retenant que les parties n'avaient pas renoncé à la clause de caducité prévue dans le contrat de partenariat (clause IX ch. 3; cf. supra let. A.b).
3.1. Concernant l'appréciation des preuves, le Tribunal fédéral n'intervient, du chef de l'art. 9 Cst., que si le juge du fait n'a manifestement pas compris le sens et la portée d'un moyen de preuve, a omis sans raisons objectives de tenir compte des preuves pertinentes ou a effectué, sur la base des éléments recueillis, des déductions insoutenables (<ref-ruling> consid. 2.3 et les arrêts cités; <ref-ruling> consid. 4.3; <ref-ruling> consid. 2.1). Lorsque le recourant s'en prend à l'appréciation des preuves, sa critique est soumise au principe strict de l'allégation énoncé par l'<ref-law> (cf. supra consid. 2.1).
3.2. La cour cantonale a jugé que la recourante ne pouvait être suivie dans sa thèse selon laquelle les parties avaient renoncé par actes concluants à la clause de caducité prévue dans le contrat de partenariat en poursuivant leurs relations après le 31 mai 2016. En effet, la caducité était aussi prévue en cas de non-paiement ou de paiement hors délai - c'est-à-dire après le 31 août 2016 - du complément au droit d'entrée. Autrement dit, le fait que la recourante ait accepté de remettre les clés des locaux à l'intimée et lui ait permis - du moins dans un premier temps - d'y faire des travaux, n'impliquait pas qu'elle ait renoncé à se prévaloir de la caducité, au cas où le chiffre 3 [de la clause IX] du contrat [de partenariat] sur le droit d'entrée n'était pas respecté. Au stade de la vraisemblance, il y avait lieu d'admettre que les contrats de sous-location et de partenariat - qui étaient interdépendants - étaient caducs. C'était donc à juste titre que la mainlevée avait été refusée.
3.3. La recourante considère que le raisonnement de la cour cantonale est insoutenable et "entre en contradiction flagrante avec les éléments factuels établis par la procédure et l'arrêt attaqué ". Vu le comportement qu'elles avaient adopté après la conclusion des contrats de sous-location et de partenariat, soit la poursuite de leurs relations contractuelles, la cour cantonale aurait dû retenir que les parties avaient renoncé par actes concluants à la clause de caducité prévue dans le contrat de partenariat. S'agissant plus particulièrement de la période postérieure au 31 août 2016, il fallait constater que les parties n'avaient jamais invoqué la caducité des contrats ni même évoqué cette possibilité, manifestant au contraire leur volonté claire de poursuivre dans la voie de l'exécution des contrats litigieux. Par conséquent, ceux-ci existaient toujours et valaient titre de mainlevée.
Force est toutefois de constater que, ce faisant, la recourante ne fait que reprendre l'argumentation qu'elle a déjà présentée sans succès dans ses écritures cantonales (cf. not. recours cantonal, p. 19). Certes, elle la développe en indiquant plus précisément les pièces du dossier qu'elle estime pertinentes à la lumière de l'interprétation qu'il conviendrait selon elle d'en donner. Cet exercice, qui aurait pu et dû être fait devant la juridiction précédente, consiste en définitive pour la recourante à opposer sa propre lecture du dossier à celle des juges cantonaux. Une telle démarche est toutefois impropre à valablement fonder un grief d'appréciation arbitraire des preuves eu égard aux exigences strictes découlant du principe d'allégation susmentionné (cf. supra consid. 2.1). Le Tribunal fédéral n'est en effet pas une cour d'appel. S'il entre parfois en matière sur des griefs concernant l'appréciation des preuves, c'est seulement si le recourant établit la réalisation des conditions commandant de s'écarter du raisonnement suivi par les juges cantonaux (cf. supra consid. 3.1), ce que la recourante ne parvient en l'occurrence pas à faire. Le moyen est irrecevable.
4.
La recourante se plaint encore d'une violation des <ref-law> et 18 al. 1 CO en tant que la cour cantonale a refusé d'admettre que la clause IX ch. 3 du contrat de partenariat (cf. supra let. A.b) valait reconnaissance de dette pour la somme de 125'000 fr. Selon elle, la volonté de l'intimée de payer une peine conventionnelle d'un tel montant était clairement établie et résultait du contrat de partenariat dont elle avait accepté les clauses par sa signature.
4.1.
4.1.1. Conformément à l'<ref-law>, le créancier dont la poursuite se fonde sur une reconnaissance de dette constatée par acte authentique ou sous seing privé peut requérir la mainlevée provisoire.
Constitue une reconnaissance de dette au sens de cette disposition, en particulier, l'acte sous seing privé, signé par le poursuivi - ou son représentant -, d'où ressort sa volonté de payer au poursuivant, sans réserve ni condition, une somme d'argent déterminée, ou aisément déterminable, et exigible (<ref-ruling> consid. 2.3.1 et les références; arrêt 5A_1017/2017 du 12 septembre 2018 consid. 4.1.1, destiné à la publication); elle peut résulter du rapprochement de plusieurs pièces, dans la mesure où ses éléments nécessaires en résultent (<ref-ruling> consid. 2.3.1; <ref-ruling> consid. 4.1; <ref-ruling> consid. 3.1 et les références).
Le contrat écrit stipulant une peine conventionnelle (<ref-law>) constitue, avec la preuve de l'inexécution de la prestation promise, une reconnaissance de dette (arrêt 5A_734/2009 du 2 février 2010 consid. 3.1 et les références; cf. ég. arrêt 5A_169/2009 du 3 novembre 2009 consid. 3; VEUILLET, in La mainlevée de l'opposition, 2017, n° 149 ad <ref-law> et les références; STAEHELIN, Basler Kommentar, SchKG I, 2ème éd. 2010, n° 110 ad <ref-law>).
4.1.2. La procédure de mainlevée provisoire, ou définitive, est une procédure sur pièces ( Urkundenprozess), dont le but n'est pas de constater la réalité de la créance en poursuite, mais l'existence d'un titre exécutoire: le créancier ne peut motiver sa requête qu'en produisant le titre et la production de cette pièce, considérée en vertu de son contenu, de son origine et des caractéristiques extérieures comme un tel titre, suffit pour que la mainlevée soit prononcée si le débiteur n'oppose pas et ne rend pas immédiatement vraisemblables ses moyens libératoires. Le juge de la mainlevée provisoire examine seulement la force probante du titre produit par le créancier, sa nature formelle - et non la validité de la créance - et lui attribue force exécutoire (<ref-ruling> consid. 4.1). Il doit vérifier d'office notamment l'existence matérielle d'une reconnaissance de dette, l'identité entre le poursuivant et le créancier désigné dans ce titre, l'identité entre le poursuivi et le débiteur désigné et l'identité entre la prétention déduite en poursuite et la dette reconnue (<ref-ruling> consid. 4.1.1 et les références).
De jurisprudence constante, la procédure de mainlevée, qu'elle soit provisoire ou définitive, est un incident de la poursuite. La décision qui accorde ou refuse la mainlevée est une pure décision d'exécution forcée dont le seul objet est de dire si la poursuite peut continuer ou si le créancier est renvoyé à agir par la voie d'un procès ordinaire. En d'autres termes, le prononcé de mainlevée ne sortit que des effets de droit des poursuites (<ref-ruling> consid. 3) et ne fonde pas l'exception de chose jugée ( res iudicata) quant à l'existence de la créance (<ref-ruling> consid. 2.3). La décision du juge de la mainlevée ne prive donc pas les parties du droit de soumettre à nouveau la question litigieuse au juge ordinaire (art. 79 et 83 al. 2 LP; <ref-ruling> consid. 3.2; arrêt 5A_434/2015 du 21 août 2015 consid. 6.1.1, publié in SJ 2016 I 49).
4.1.3. Le juge de la mainlevée ne peut procéder qu'à l'interprétation objective du titre fondée sur le principe de la confiance. Il ne peut prendre en compte que les éléments intrinsèques au titre, à l'exclusion des éléments extrinsèques qui échappent à son pouvoir d'examen (arrêts 5A_1017/2017 précité consid. 4.3.3; 5A_741/2013 du 3 avril 2014 consid. 3.1.1; VEUILLET, op. cit., n° 35 ad <ref-law> et les autres arrêts cités; cf. ég. <ref-ruling> consid. 4.4.3).
Si le sens ou l'interprétation du titre de mainlevée invoqué est source de doutes ou si la reconnaissance de dette ne ressort que d'actes concluants, la mainlevée provisoire doit être refusée. La volonté du poursuivi doit ressortir clairement des pièces produites, à défaut de quoi elle ne peut être déterminée que par le juge du fond (arrêt 5A_735/2012 du 17 avril 2013 consid. 2 et la référence; STAEHELIN, op. cit., n° 21 ad <ref-law>).
4.2. En l'espèce, la cour cantonale a constaté qu'il n'était pas contesté que l'intimée n'avait pas versé les deux tranches de 125'000 fr. du droit d'entrée, alors que les conditions auxquelles étaient soumis ces versements apparaissaient remplies (acceptation des baux de sous-location par la régie et terme du 31 août 2016 échu). La clause litigieuse prévoyait la caducité automatique du contrat, et non un droit exclusif de la recourante à le résoudre ou le résilier. Telle qu'elle était rédigée, il apparaissait qu'elle ne permettait pas à la recourante de contraindre l'intimée à l'exécution du contrat. En d'autres termes, le contrat de partenariat ne valait pas titre à la mainlevée, faute de reconnaissance de dette ferme de l'intimée, car la sanction du non-paiement ne résidait pas dans une dette mais dans la fin du partenariat. La cour cantonale a encore jugé que même la deuxième phrase de la clause litigieuse (" se réserve le droit d'exiger ") ne pouvait être interprétée de bonne foi comme une reconnaissance de dette au sens de l'<ref-law>; en effet, cette phrase n'était pas une déclaration par laquelle l'intimée exprimait sa volonté de payer une peine conventionnelle.
4.3. La recourante considère qu'il est évident qu'en signant le contrat de partenariat tel que libellé, l'intimée acceptait, pour le cas où le contrat deviendrait caduc par sa faute, soit que la recourante conserve par-devers elle le montant du droit d'entrée qu'elle aurait par hypothèse déjà versé, soit qu'elle doive lui verser ce montant à titre de dédit et/ou de pénalité. Or, le défaut d'exécution par l'intimée de ses obligations financières dans le cadre du droit d'entrée était établi. Il apparaissait dès lors pour le moins choquant de considérer que la clause relative à la peine conventionnelle ne valait pas reconnaissance de dette.
4.4. La recourante a échoué à infirmer le constat selon lequel le non-paiement du droit d'entrée a entraîné la caducité du contrat de partenariat, celui-ci n'obligeant dès lors plus l'intimée. Il convient ainsi d'admettre avec la cour cantonale qu'elle ne peut plus se prévaloir de ce contrat comme titre de mainlevée dans ses clauses relatives à l'obligation de l'intimée de payer un droit d'entrée. Reste à savoir s'il en va de même s'agissant de la clause prévoyant que " [d] ans ce cas, C._ SA se réserve le droit de conserver et/ou d'exiger de D._ SA [B._ SA] le montant initial du droit d'entrée de 125'000.- CHF et ce à titre de dédit et/ou de pénalité " (cf. supra let. A.b). Il s'agit là prima facie d'une clause pénale (<ref-law>), par laquelle les parties ont prévu non seulement le principe d'une peine conventionnelle à payer par l'intimée à la recourante, mais également son montant. Compte tenu de la caducité du contrat de partenariat, cet accord, signé par l'intimée, ne peut toutefois valoir reconnaissance de dette que pour autant qu'il en ressorte objectivement qu'il est indépendant des prétentions que la recourante pouvait faire valoir en vertu dudit contrat. La clause pénale est en effet en principe une clause accessoire du contrat principal: elle est au service de l'obligation principale, qu'elle renforce (arrêts 4A_653/2016 du 20 octobre 2017 consid. 3.1; 4A_573/2016 du 19 septembre 2017 consid. 6.1.1; MOOSER, Commentaire romand, Code des obligations I, 2ème éd. 2012, n° 1 ad <ref-law>; EHRAT/WIDMER, in Basler Kommentar, OR I, 6ème éd. 2015, n° 3 s. ad <ref-law>). Les parties demeurent toutefois libres de prévoir des stipulations contraires dans le but de conférer un caractère indépendant à la clause pénale, évitant ainsi qu'elle suive le sort de l'obligation principale (EHRAT/WIDMER, op. cit., n° 4 in fine ad <ref-law> et n° 9 ad <ref-law>; cf. ég. <ref-ruling> consid. 5.3).
En l'occurrence, il faut donc rechercher, par une interprétation objective, quel sens chacune des parties pouvait et devait raisonnablement prêter à la clause pénale litigieuse. Or, contrairement à ce que la cour cantonale semble avoir considéré, le texte de celle-ci est clair. Interprétée en tenant compte des termes utilisés, elle signifie objectivement qu'en cas de caducité du contrat, la recourante demeure en droit de réclamer paiement d'une peine conventionnelle de 125'000 fr., ce que l'intimée a expressément accepté en signant le contrat. Au stade de la mainlevée, le caractère indépendant de la clause pénale ne saurait, objectivement, faire de doute. Dans sa réponse, l'intimée ne soutient du reste aucune autre interprétation. Partant, dans la mesure où l'interprétation objective de la clause pénale invoquée par la recourante ne pouvait, à ce stade, être source d'une quelconque incertitude, c'est à tort que la cour cantonale a refusé de voir dans le contrat de partenariat, tel qu'invoqué en lien avec la clause pénale qu'il contient, un titre à la mainlevée provisoire.
Dans la mesure où l'intimée ne prétend pas que la peine conventionnelle de 125'000 fr. serait manifestement exagérée - ce qui pourrait, le cas échéant, conduire à la réduction de son montant voire au rejet de la requête de mainlevée (cf. arrêt 5A_114/2014 du 24 juillet 2014 consid. 3.4 et 3.5 [laissé ouvert], publié in BlSchK 2015 p. 9) -, il y a lieu d'admettre que la mainlevée aurait dû être provisoirement accordée à concurrence de ce montant. La recourante demande en outre un intérêt moratoire de 5% depuis le 31 mai 2016, date qui correspondrait, selon elle, à l'acceptation de la sous-location des locaux sis [rue... y]. Une telle acceptation à cette date ne ressort toutefois pas des faits constatés par la cour cantonale (cf. arrêt attaqué, p. 8 s.), lesquels échappent au grief d'arbitraire soulevé par la recourante (cf. supra consid. 2.2.2), et est de surcroît contestée par l'intimée (cf. réponse, p. 4). Quant à la date du 8 juin 2016 évoquée à titre subsidiaire par la recourante dans le corps de son acte (recours, p. 11), il résulte des faits de l'arrêt attaqué (p. 9) qu'elle ne concerne que les locaux sis au rez-de-chaussée, à savoir ceux situés à la [rue... x], et non les deux locaux objets des contrats de sous-location. Elle est de plus également contestée par l'intimée (réponse, loc. cit.). Dans ces conditions, la mainlevée ne peut être accordée de ce chef.
5.
En définitive, le recours doit être partiellement admis et l'arrêt attaqué réformé en ce sens que la mainlevée provisoire de l'opposition faite au commandement de payer n° xxxxxxx est accordée à concurrence de 125'000 fr.
Compte tenu du sort de la cause, la recourante n'obtenant gain de cause que dans la mesure de sa conclusion subsidiaire, les frais judiciaires sont mis pour moitié à la charge de chacune des parties et les dépens sont compensés (art. 66 al. 1 et 68 al. 1 et 2 LTF).
L'affaire sera par ailleurs renvoyée à la cour cantonale pour qu'elle se prononce à nouveau sur les frais et les dépens de la procédure cantonale (cf. art. 67 et 68 al. 5 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est partiellement admis et l'arrêt attaqué est réformé en ce sens que la mainlevée provisoire de l'opposition formée par l'intimée au commandement de payer, poursuite n° xxxxxxx, de l'Office des poursuites du district de la Broye-Vully, est accordée à concurrence de la somme de 125'000 fr. Le recours est rejeté pour le surplus.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 6'500 fr., sont mis pour 3'250 fr. à la charge de la recourante et pour 3'250 fr. à la charge de l'intimée.
3.
Les dépens sont compensés
4.
La cause est renvoyée à la cour cantonale pour nouvelle décision sur les frais et les dépens de la procédure cantonale.
5.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour des poursuites et faillites du Tribunal cantonal vaudois.
Lausanne, le 4 mars 2019
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Herrmann
La Greffière : Hildbrand