Fatti:
A.
Con sentenza del 29 dicembre 2017, intimata il 27 giugno 2018, la Corte penale del Tribunale penale federale (TPF) ha riconosciuto B._ autore colpevole di partecipazione a un'organizzazione criminale, di ripetuto riciclaggio di denaro, nonché di ripetuto inganno nei confronti dell'autorità, e A._ autore colpevole di riciclaggio di denaro aggravato, di ripetuta falsità in documenti, nonché di ripetuto inganno nei confronti dell'autorità. Il TPF ha contestualmente ordinato la confisca, tra l'altro, dei valori patrimoniali presenti, al momento del passaggio in giudicato della sentenza, sul conto hhh intestato a "Y._ SA, RFD iii b._", presso Z._ SA, in particolare il 30 % di tali valori di spettanza di B._ (dispositivo n. III 1.8), il 50 % di spettanza di D3._ (dispositivo n. III 1.9) e il 10 % di spettanza di A._ (dispositivo n. III 2.3).
B.
Contro questo giudizio, Y._ SA si aggrava al Tribunale federale con un ricorso in materia penale, lamentando la mancata possibilità di partecipare al procedimento dinanzi al TPF. Postula, previa concessione dell'effetto sospensivo al gravame, l'annullamento dei dispositivi n. III 1.8, III 1.9 e III 2.3 e il rinvio della causa all'autorità di prime cure per nuova decisione.
Invitati a esprimersi sul ricorso, il TPF propone di accoglierlo nella misura necessaria all'implementazione del diritto di essere sentito, mentre il Ministero pubblico della Confederazione (MPC) chiede che sia dichiarato inammissibile, rispettivamente sia respinto. L'insorgente ha replicato, riconfermandosi nelle sue conclusioni ricorsuali.
Con decreto presidenziale del 25 settembre 2018, la domanda di effetto sospensivo è stata respinta.

Diritto:
1.
Il Tribunale federale esamina d'ufficio e con cognizione piena l'ammissibilità del rimedio esperito (<ref-ruling> consid. 1).
1.1. La legge sul Tribunale federale si applica ai procedimenti promossi dinanzi al Tribunale federale dopo la sua entrata in vigore; ai procedimenti su ricorso si applica soltanto se la decisione impugnata è stata pronunciata dopo la sua entrata in vigore (art. 132 cpv. 1 LTF). Questa norma transitoria non disciplina unicamente i rapporti tra la LTF e le previgenti disposizioni procedurali della Confederazione, ma vale anche in caso di modifiche delle disposizioni della stessa LTF (sentenza 6B_1108/2013 del 25 marzo 2014 consid. 2.1.3 con rinvii). Di conseguenza, il nuovo art. 80 cpv. 1 LTF, in vigore dal 1° gennaio 2019, si applica unicamente alle decisioni emanate dopo il 31 dicembre 2018. La sentenza impugnata è stata pronunciata prima di tale data dalla Corte penale del Tribunale penale federale e può essere oggetto di ricorso dinanzi al Tribunale federale in virtù del vecchio art. 80 cpv. 1 LTF (RU 2006 1205; v. pure mutatis mutandis sentenza 6B_523/2019 del 4 giugno 2019 consid. 1, in RtiD 2020 II pag. 243).
1.2. Oggetto dell'impugnativa è una decisione finale (art. 90 LTF) resa in materia penale. La via del ricorso in materia penale giusta gli art. 78 segg. LTF è dunque aperta.
1.3.
1.3.1. Secondo l'art. 81 cpv. 1 LTF, ha diritto di interporre ricorso in materia penale chi ha partecipato al procedimento dinanzi all'autorità inferiore o è stato privato della possibilità di farlo (lett. a) e ha un interesse giuridicamente protetto all'annullamento o alla modifica della decisione impugnata (lett. b). Trattasi di condizioni cumulative (<ref-ruling> consid. 1.3) : la prima di natura formale, la seconda di natura sostanziale. Con riferimento alla privazione della possibilità di partecipare al procedimento di cui all'art. 81 cpv. 1 lett. a LTF, è sufficiente che la persona interessata sia stata di fatto impedita di partecipare al procedimento, per esempio a causa della mancata comunicazione di una decisione (v. <ref-ruling> consid. 1.1.1).
L'art. 81 cpv. 1 LTF fornisce una definizione generale della legittimazione a ricorrere in materia penale e una lista esemplificativa dei casi ordinari in cui la condizione dell'interesse giuridico a inoltrare il ricorso è di regola adempiuta (<ref-ruling> consid. 1.3). Quand'anche non esplicitamente menzionato dall'art. 81 cpv. 1 LTF, il Tribunale federale ha già avuto modo di riconoscere un interesse giuridicamente protetto al titolare dei beni oggetto di una misura di confisca (<ref-ruling> consid. 1.3).
L'interesse a ricorrere esatto dalla LTF dev'essere attuale e pratico. La persona che non è concretamente lesa dalla decisione impugnata non è dunque legittimata a impugnarla (<ref-ruling> consid. 2.3.1; <ref-ruling> consid. 1.3.1).
1.3.2. In ragione della confisca del conto a lei intestato ordinata dal TPF, la ricorrente adduce di essere lesa nella garanzia della proprietà sancita dall'art. 26 Cost., oltre che nella garanzia della protezione della sua sfera privata giusta gli art. 13 Cost. e 8 CEDU per "il grave danno d'immagine, di onorabilità e credito commerciale che ne deriva".
In quanto titolare del conto confiscato, in linea di principio l'insorgente disporrebbe di un interesse giuridicamente protetto ai sensi dell'art. 81 cpv. 1 lett. b LTF. Sennonché, dalla sua replica emerge che il conto in parola non è più in essere, il saldo essendo stato trasferito a una società terza insieme alla gestione del fondo RFD iii a b._ con il nullaosta del MPC, ben sei mesi prima della promozione dell'accusa nei confronti di B._ e A._. Tra i documenti allegati alla replica figura poi anche la conferma di Z._ SA dell'avvenuta chiusura del conto in questione datata 16 marzo 2017, precedente quindi all'emanazione della sentenza impugnata. La stessa ricorrente sostiene peraltro che la posizione di terzo aggravato avrebbe dovuto essere conferita all'altra società, avendo l'integrale disponibilità del fondo. Appare dunque che la confisca contestata concerne un conto che non esiste più e dunque valori patrimoniali di cui l'insorgente non è più titolare. In simili circostanze, essa difetta di un interesse attuale e pratico al ricorso. A ciò nulla muta l'addotto danno d'immagine. La posizione di terzo aggravato da atti procedurali, a cui il CPP riconosce la veste di parte (v. art. 105 cpv. 1 lett. f e cpv. 2 nonché art. 338 CPP), non è infatti funzionale alla tutela dell'invocata sfera privata, bensì alla garanzia della proprietà e simili. L'insorgente difetta dunque della legittimazione a contestare il merito della sentenza impugnata.
1.3.3. Indipendentemente dalla legittimazione nel merito, la giurisprudenza riconosce la possibilità di censurare la violazione di garanzie procedurali che il diritto conferisce alle parti, nella misura in cui tale inosservanza equivalga a un diniego di giustizia formale (v. <ref-ruling> consid. 2; <ref-ruling> consid. 1.1; <ref-ruling> consid. 2). In questa evenienza, l'interesse giuridicamente protetto all'annullamento della decisione impugnata richiesto dall'art. 81 cpv. 1 lett. b LTF non si fonda su aspetti di merito, bensì sul diritto di partecipare alla procedura (<ref-ruling> consid. 1.3).
Benché la ricorrente si dolga del suo mancato coinvolgimento nel procedimento dinanzi al TPF e della violazione del diritto di essere sentito, essa in realtà non dispone di alcun diritto di parte. Infatti, dal momento che la confisca concerne beni che non sono più intestati all'insorgente, questa non può essere considerata un terzo aggravato da atti procedurali ai sensi dell'art. 105 cpv. 1 lett. f CPP e non aveva né ha pertanto alcun diritto di partecipare alla procedura.
2.
Ne segue che il ricorso dev'essere dichiarato inammissibile.
Le spese giudiziarie dovrebbero essere poste a carico della ricorrente. Considerate però le circostanze particolari del caso, si rinuncia eccezionalmente alle stesse (art. 66 cpv. 1 LTF).
Non si giustifica di accordare ripetibili al MPC, benché parte vincente (art. 68 cpv. 2 LTF).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1.
Il ricorso è inammissibile.
2.
Non si prelevano spese giudiziarie.
3.
Comunicazione alle parti e alla Corte penale del Tribunale penale federale.