Sachverhalt:
A.
Am 25. September 2012/13. März 2013 genehmigte der Regierungsrat des Kantons Uri das Schutz- und Nutzungskonzept Erneuerbare Energien im Kanton Uri (SNEE). Das Konzept bestimmt unter anderem bei der Wasserkraftnutzung, welche Gewässer künftig grundsätzlich nutzbar sind, und legt davon ausgeschlossene Schutzzonen oder -landschaften fest. Nicht aufgeführte Gewässer dürfen, mit Ausnahme von Kleinstwasserkraftwerken und ähnlichen Anlagen, künftig nicht mehr genutzt werden.
B.
Mit Publikation im Amtsblatt Nr. 8 vom 26. Februar 2016 legte der Regierungsrat das Reglement über den Schutz der Gewässer im Gebiet Uri Nord zwischen dem Urnersee und Erstfeld öffentlich auf. Dagegen erhob A._ Einsprache mit dem Antrag, das Reglement nicht zu erlassen. Dieses verstosse gegen das Schutz- und Nutzungskonzept. Hintergrund der Einsprache ist ein seit Januar 2010 hängiges Konzessionsgesuch von A._ für ein Kleinwasserkraftwerk, mit denen der Balmerbach, der Niemerstafelbach und die beiden Bäche zwischen Vorderen und Hinteren Rustigen genutzt werden sollen. Diese vier Bäche sollen nunmehr jedoch nach Art. 2 Abs. 1 des Reglements als Objekt Nr. 3 unter Schutz gestellt werden. Mit Beschluss vom 23. August 2016 wies der Regierungsrat die Einsprache ab, soweit er darauf eintrat.
C.
Mit als Verwaltungsgerichtsbeschwerde bezeichneter Eingabe an das Obergericht des Kantons Uri beantragt A._, den Beschluss des Regierungsrats aufzuheben und das Reglement über den Schutz der Gewässer im Gebiet Uri Nord zwischen dem Urnersee und Erstfeld nicht zu erlassen. Zur Begründung macht er im Wesentlichen geltend, das Schutzreglement widerspreche dem Schutz- und Nutzungskonzept und der Regierungsrat verhalte sich widersprüchlich und willkürlich und verletze seine Informationspflicht.
Das Obergericht trat am 24. November 2017 auf die Verwaltungsgerichtsbeschwerde nicht ein und überwies die Sache zuständigkeitshalber dem Bundesgericht. A._ focht diesen Entscheid nicht an.
In ihrer Vernehmlassung vom 8. Januar 2018 an das Bundesgericht hält die Justizdirektion für den Regierungsrat des Kantons Uri fest, beim angefochtenen Reglement handle es sich "nicht um einen Rechtserlass im eigentlichen Sinne"; es sei Sache des Bundesgerichts, über die Möglichkeit der Anfechtung des Reglements beim Bundesgericht zu entscheiden. Im Übrigen verzichtete die Justizdirektion auf eine Stellungnahme.
Weitere Rechtsschriften gingen beim Bundesgericht nicht mehr ein.

Erwägungen:
1.
1.1. Formell behandelt der angefochtene Beschluss lediglich die Einsprache des Beschwerdeführers. Dies erfolgt jedoch im Rahmen eines Verfahrens um Erlass von Schutzmassnahmen. Mit der Abweisung der Einsprache bestätigt der Regierungsrat somit die Rechtmässigkeit seines eigenen Reglements, was vom Beschwerdeführer in Frage gestellt wird. Anfechtungsobjekt bildet lediglich dieser Beschluss vom 23. August 2016. Nicht angefochten und daher nicht Streitgegenstand ist hingen der Nichteintretens- und Überweisungsentscheid des Obergerichts vom 24. November 2017.
1.2. Das Bundesgericht prüft seine Zuständigkeit und die (weiteren) Eintretensvoraussetzungen von Amtes wegen und mit freier Kognition (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1 S. 44 mit Hinweisen).
1.3. Nach <ref-law> beurteilt das Bundesgericht Beschwerden gegen kantonale Erlasse. Die Beschwerde ist gemäss <ref-law> unmittelbar an das Bundesgericht zulässig, sofern kein kantonales Rechtsmittel ergriffen werden kann. Im Übrigen sind Beschwerden an das Bundesgericht gegen kantonale Hoheitsakte, abgesehen von weiteren, hier nicht interessierenden Sonderfällen wie insbesondere der Stimmrechtsbeschwerde (vgl. <ref-law>), nur zulässig gegen Entscheide letzter kantonaler Instanzen, sofern diese nicht beim Bundesverwaltungsgericht angefochten werden können (<ref-law>). Dafür müssen die Kantone als unmittelbare Vorinstanzen des Bundesgerichts obere Gerichte einsetzen, soweit nicht nach einem anderen Bundesgesetz Entscheide anderer richterlicher Behörden der Beschwerde an das Bundesgericht unterliegen (<ref-law>).
2.
2.1. Der Regierungsrat stellt in Frage, ob es sich beim angefochtenen Beschluss um einen anfechtbaren Erlass handelt. Nach Art. 10 Abs. 1 des Gesetzes über den Natur- und Heimatschutz vom 18. Oktober 1987 des Kantons Uri (RB 10.5101; nachfolgend: NHG/UR) erlässt der Regierungsrat Schutzmassnahmen für Schutzobjekte von nationaler und regionaler Bedeutung. Schutzmassnahmen für ein bestimmtes Gebiet sind gemäss <ref-law> nach den Vorschriften des Planungs- und Baugesetzes vom 13. Juni 2010 des Kantons Uri (RB 40.1111; nachfolgend: PBG) über den Erlass von Quartierplänen oder als Bestandteil eines Zonenplans zu treffen. Sie sind daher während 30 Tagen öffentlich aufzulegen und es kann dagegen schriftlich Einsprache erhoben werden (vgl. Art. 43 und Art. 55 PBG).
2.2. Die Rechtsnatur des angefochtenen Reglements erscheint auf den ersten Blick nicht eindeutig. Äusserlich nimmt es die Form einer allgemeinverbindlichen Regelung an; materiell weist es aber auch individuell-konkrete Bezüge auf. Deswegen sieht <ref-law>/UR für entsprechende Schutzmassnahmen wohl die Übernahme der Verfahrensvorschriften für Quartierpläne oder Zonenplanteile vor. Das Reglement ist auch nicht eine rein interne Verwaltungsverordnung, sondern hat Aussenwirkungen auf die Rechtsstellung von Privaten, was im Übrigen das Einspracheverfahren zusätzlich rechtfertigt. Das Reglement lässt sich inhaltlich als Sammelverfügung für 13 einzeln bezeichnete Gewässer verstehen, für die übereinstimmende konkrete Schutzmassnahmen festgelegt werden. Dass sich das Reglement mit mehreren Gewässern in einem geografisch einheitlichen Gebiet (Uri Nord) befasst, macht es noch nicht zu einem Erlass oder Plan. Im Ergebnis handelt es sich vielmehr um die Zusammenführung von 13 Schutzobjekten im gleichen Gebiet Uri Nord. Mit Blick auf die einzelnen Verfügungen stellt die so verstandene Sammelverfügung eine Allgemeinverfügung mit generell-konkretem Inhalt dar. Als solche ist sie anfechtbar, wenn sie ohne zusätzliche konkretisierende Anordnung einer Behörde angewendet und vollzogen werden kann (vgl. BERNHARD WALDMANN, in: Niggli/Uebersax/Wiprächtiger [Hrsg.], Bundesgerichtsgesetz, Basler Kommentar, 2. Aufl., 2011, N. 10 und 11a zu Art. 82). Das vorliegende Reglement erfüllt diese Voraussetzung, weshalb es eine Allgemeinverfügung und nicht einen Erlass darstellt. Nach <ref-law> ist daher als Vorinstanz des Bundesgerichts ein oberes Gericht erforderlich; eine Ausnahmesituation liegt nicht vor.
2.3. Das angefochtene Reglement könnte allenfalls auch als Planungsmassnahme verstanden werden. Auch diesfalls träfe es jedoch keine generell-abstrakte, sondern eine generell-konkrete Regelung, hier eine Schutzzone gemäss Art. 17 RPG. Von Bundesrechts wegen wäre dagegen ein kantonales Rechtsmittel vorzusehen (vgl. Art. 33 Abs. 2 RPG) und es bräuchte ebenfalls eine gerichtliche Vorinstanz gemäss <ref-law>.
2.4. Angefochten ist direkt das Reglement des Regierungsrates. Weder gab es dagegen ein kantonales Rechtsmittel noch handelt es sich bei der Vorinstanz um ein Gericht. Das Bundesgericht ist damit für die Streitsache im heutigen Stadium funktionell unzuständig (Art. 82 lit. a i.V.m. Art. 86 Abs. 1 und 2 BGG). Diese ist daher zur weiteren Behandlung an das Obergericht des Kantons Uri zurückzuweisen.
3.
Angesichts der Unzuständigkeit des Bundesgerichts ist auf die Beschwerde nicht einzutreten. Die Sache geht zur weiteren Behandlung zurück an das Obergericht des Kantons Uri.
Angesichts der Umstände des vorliegenden Falles rechtfertigt es sich, von der Erhebung von Kosten abzusehen (vgl. Art. 66 Abs. 1). Da dem Beschwerdeführer im bundesgerichtlichen Verfahren kein Zusatzaufwand entstanden ist, braucht über die Zusprechung einer Parteientschädigung für das vorliegende bundesgerichtliche Verfahren nicht entschieden zu werden.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2.
Die Streitsache wird zur weiteren Behandlung an das Obergericht des Kantons Uri überwiesen.
3.
Es werden keine Kosten erhoben.
4.
Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, dem Regierungsrat des Kantons Uri und dem Obergericht des Kantons Uri, Verwaltungsrechtliche Abteilung, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 20. August 2018
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Merkli
Der Gerichtsschreiber: Uebersax