Faits :
A.
A.a. A._ a souscrit auprès de Patria Société mutuelle suisse d'assurances sur la vie (devenue entre-temps: Helvetia Compagnie Suisse d'Assurances sur la vie SA; ci-après: Helvetia) une police d'assurance sur la vie mixte (n° xxx) le 3 janvier 1992. Le contrat d'assurance, qui arrive à échéance le 1 er janvier 2020, prévoit le versement d'une prime annuelle d'un montant de 4'626 fr. La prestation de l'assureur consiste dans le versement d'un capital de 125'000 fr. à l'échéance du contrat si la personne assurée est en vie ou à la date de son décès s'il survient antérieurement. Le contrat prévoit également, en cas d'incapacité de gain de la personne assurée, le versement d'une rente trimestrielle de 4'500 fr. ainsi que la libération du paiement des primes.
A.b. A la suite de la décision de l'Office de l'assurance-invalidité du canton de Neuchâtel (ci-après: l'office AI) du 3 décembre 1996, selon laquelle l'assuré avait droit à une rente entière de l'assurance-invalidité dès le 1er octobre 1995, Helvetia a versé à A._ une rente trimestrielle pour perte de gain dès le 1er octobre 1996. Elle l'a également libéré du paiement des primes.
Après que l'office AI a supprimé le droit de l'assuré à des prestations de l'assurance-invalidité (décision du 28 février 2003), ce que celui-ci a contesté, Helvetia a cessé le versement de la rente dès le 30 novembre 2004 et demandé le versement de la prime pour la période du 1 er décembre 2004 au 31 mars 2005. Après sommation, Helvetia a indiqué à A._ que son contrat serait transformé en une assurance libérée du service des primes avec un capital assuré réduit, avec annulation des prestations complémentaires.
Par jugement du 16 février 2009, le Tribunal administratif de la République et canton de Neuchâtel, Cour des assurances sociales, a maintenu le droit de l'assuré à une rente entière de l'assurance-invalidité. Le 10 juillet 2012, A._ a, en se fondant sur ce jugement, ouvert action contre Helvetia pour obtenir, d'une part, la poursuite du versement de la rente trimestrielle de perte de gain au-delà du 1 er décembre 2004 et, d'autre part, la somme de 126'000 fr. avec intérêts à 5 % l'an à partir du 18 août 2011. Statuant le 19 mai 2015, le Tribunal cantonal de la République et canton de Neuchâtel, Cour de droit public, a partiellement admis la demande, condamné l'assureur à poursuivre le versement de la rente trimestrielle de perte de gain de 4'500 fr. au-delà du 10 juillet 2007 et renvoyé le dossier à l'assureur afin qu'il procède au calcul du montant des créances dues avec intérêts à 5 % dès le 18 août 2011.
Par correspondance du 25 juin 2015, Helvetia a libéré A._ du paiement des primes du contrat d'assurance dès le 1er juillet 2007. Elle lui a ensuite versé un montant de 159'450 fr. 95, correspondant à une rente de perte de gain à 100 % à compter du 1er juillet 2007 (144'000 fr.), avec intérêts à 5 % dès le 18 août 2011 (27'760 fr.), sous déduction de la prime annuelle non acquittée du 1er décembre 2004 au 30 juin 2007 (12'309 fr. 05). Après un échange de correspondance, l'assureur a maintenu, d'une part, que les primes non encaissées prétéritaient le capital assuré et, d'autre part, qu'il ne lui appartenait pas de supporter le montant correspondant de 12'309 fr. 05.
B.
Le 8 avril 2016, A._ a introduit une action contre Helvetia devant le Tribunal cantonal de la République et canton de Neuchâtel, Cour de droit public, en concluant à ce qu'il soit libéré du paiement des primes pour la période allant du 1 er décembre 2004 au 30 juin 2007 et à ce que l'assureur soit condamné à lui verser la somme de 12'309 fr. 05, avec intérêts à 5 % dès le 1 er février 2016. Dans sa réponse, Helvetia a conclu au rejet de l'action et demandé à ce qu'il soit constaté, à titre principal, que la valeur de rachat de la police d'assurance n° xxx s'élèvait à 102'624 fr. 55 au 1 er juillet 2016 et, à titre subsidiaire, à ce qu'elle soit en droit de compenser la somme de 12'309 fr. 05 avec toute créance actuelle ou future qu'elle a ou aura avec le demandeur. Par jugement du 20 janvier 2017, le Tribunal cantonal a admis la demande et condamné Helvetia à verser au preneur d'assurance la somme de 12'309 fr. 05, avec intérêts à 5 % dès le 1 er février 2016.
C.
Helvetia forme un recours en matière de droit public contre ce jugement dont elle demande l'annulation. Elle conclut principalement à ce qu'il soit constaté que la prestation de libération du paiement des primes du 1 er décembre 2004 au 10 juillet 2007 est prescrite et à ce qu'elle soit autorisée à réduire les valeurs et prestations de la police n° xxx "en conséquence". Subsidiairement, elle conclut au renvoi de la cause à l'autorité précédente pour nouvel examen au sens des considérants.
L'assuré conclut au rejet du recours, tandis que l'Office fédéral des assurances sociales a renoncé à se déterminer.

Considérant en droit :
1.
Le litige concerne une prétention fondée sur un contrat d'"assurance de prévoyance liée selon l'<ref-law>". La IIe Cour de droit social du Tribunal fédéral est compétente pour connaître en dernière instance des litiges en matière de prévoyance individuelle liée (<ref-law> en corrélation avec les <ref-law> et 1 al. 1 let. a OPP 3 [RS 831.461.3], 82 let. a LTF et 35 let. e du règlement du 20 novembre 2006 du Tribunal fédéral [RTF; RS 173.110.131]).
2.
En tant que la recourante conclut à la constatation de la prescription de la prestation de libération du paiement des primes du 1er décembre 2004 au 10 juillet 2007 découlant de la police n° xxx, elle prend une conclusion préjudicielle, c'est-à-dire un grief qui pourrait constituer un motif de réforme de la décision entreprise. Cette conclusion est irrecevable car elle a un caractère préparatoire et est contenue dans la conclusion en annulation. Ensuite, la conclusion tendant à ce que Helvetia soit autorisée à réduire les valeurs et prestations de la police n° xxx "en conséquence" est irrecevable. L'assureur n'a en effet aucun intérêt digne de protection à obtenir une telle constatation qui est à ce stade prématurée (cf. <ref-ruling> consid. 2.2 p. 379; arrêt 5A_408/2016 du 21 juillet 2017 consid. 5.1). Les droits et obligations relatifs au versement d'un capital ("assurance principale") devront cas échéant être discutés au moment de l'exigibilité de la prestation (au 1er janvier 2020) par le biais, si nécessaire, d'une action en exécution du contrat d'assurance. Il n'y a dès lors pas lieu d'examiner les griefs de la recourante tirés d'une "lacune de primes" et des effets de celle-ci.
De plus, la recourante conclut à l'annulation du jugement attaqué. Ce faisant, elle méconnaît le fait que le recours en matière de droit public est une voie de réforme et non de cassation (<ref-law>). A la lecture du recours, on comprend toutefois qu'elle requiert en substance que la décision entreprise soit réformée en ce sens que la demande en paiement est rejetée, motif pris qu'elle est en droit d'invoquer une contre-créance correspondant au montant des primes non encaissées du 1 er décembre 2004 au 30 juin 2007. Dans la mesure où il est recevable, le recours est dès lors admissible (cf. <ref-ruling> consid. 1.3 p. 317; <ref-ruling> consid. 1.2 p. 135).
3.
Le recours en matière de droit public peut être interjeté pour violation du droit, tel qu'il est délimité par les art. 95 et 96 LTF. Le Tribunal fédéral n'est limité ni par les arguments soulevés dans le recours ni par la motivation retenue par l'autorité précédente; il peut admettre un recours pour un autre motif que ceux qui ont été invoqués et il peut rejeter un recours en adoptant une argumentation différente de celle de l'autorité précédente (<ref-ruling> consid. 1.2 p. 120).
4.
Le litige porte sur le bien-fondé de la condamnation de la recourante au versement en faveur de l'intimé de la somme de 12'309 fr. 05, avec intérêts à 5 % dès le 1 er février 2016, fondée sur la libération de celui-ci du paiement des primes à partir du 1 er décembre 2004.
5.
La juridiction cantonale a condamné Helvetia au versement d'un montant de 12'309 fr. 05 en faveur de l'intimé, avec intérêts à 5 % dès le 1 er février 2016. La cour cantonale a, en se fondant sur le jugement du 19 mai 2015, constaté qu'elle avait déjà traité la question de la libération des primes en retenant qu'il appartenait à Helvetia de respecter ses engagements et de libérer l'assuré du service des primes au-delà du 1 er décembre 2004. Aussi, en vertu de l'autorité de la chose jugée dont le jugement du 19 mai 2015 était dotée, l'assurance ne pouvait réduire les prestations arriérées ou encore les intérêts moratoires dus en invoquant une quelconque compensation. Au demeurant, Helvetia ne s'était nullement prévalue de la prescription lors de la procédure précédente.
6.
Helvetia invoque tout d'abord une violation du principe de l'autorité de la chose jugée. Elle fait valoir que le point de la prescription de la libération du paiement des primes du 1 er décembre 2004 au 10 juillet 2007 n'a pas été tranché dans le jugement du 19 mai 2015 et que c'est dès lors à tort que l'autorité précédente a refusé de se prononcer. L'intimé conteste ce point de vue.
6.1. Le Tribunal fédéral revoit librement s'il y a autorité de la chose jugée (<ref-ruling> consid. 2.2 p. 213; <ref-ruling> consid. I/1a p. 271), sur la base des faits constatés par l'autorité précédente.
6.1.1. L'autorité de la chose jugée (ou force de chose jugée au sens matériel) interdit de remettre en cause, dans une nouvelle procédure, entre les mêmes parties, une prétention identique qui a été définitivement jugée (<ref-ruling> consid. 2.1 p. 212 et les références). Il y a identité de l'objet du litige quand, dans l'un et l'autre procès, les parties soumettent au tribunal la même prétention, en reprenant les mêmes conclusions et en se basant sur le même complexe de faits (<ref-ruling> consid. 3.2.3 p. 130; <ref-ruling> consid. 2a p. 743). L'identité de l'objet du litige s'entend au sens matériel; il n'est pas nécessaire, ni même déterminant que les conclusions soient formulées de manière identique (<ref-ruling> consid. 2.1 p. 213; <ref-ruling> consid. 3b p. 286; <ref-ruling> consid. 2a p. 18; <ref-ruling> consid. 4a p. 477). L'identité de l'objet s'étend en outre à tous les faits qui font partie du complexe de faits, y compris les faits dont le juge n'a pas pu tenir compte parce qu'ils n'ont pas été allégués, qu'ils ne l'ont pas été selon les formes et à temps ou qu'ils n'ont pas été suffisamment motivés (<ref-ruling> consid. 3.1; <ref-ruling> consid. 2b et 3).
6.1.2. Les constatations de fait du jugement attaqué déterminent quelles sont les conclusions formées dans la procédure pendante. Cependant, pour savoir si ces conclusions ont été définitivement tranchées dans un jugement précédent, il convient de se fonder non pas sur les constatations du prononcé attaqué mais sur le jugement précédent, dont le dispositif définit l'étendue de la chose jugée au sens matériel. L'autorité de la chose jugée est limitée au seul dispositif du jugement. Pour connaître le sens et la portée exacte du dispositif, il faut parfois se référer aux considérants en droit du jugement (<ref-ruling> consid. 2.2 p. 213; arrêt 8C_816/2015 du 12 septembre 2016 consid. 3.1 et les références).
6.1.3. L'absence d'autorité de la chose jugée est une condition de recevabilité de la nouvelle conclusion. Si le juge admet l'exception de chose jugée, il doit alors déclarer cette conclusion irrecevable (ATF <ref-ruling> consid. 2 p. 477 et les références; <ref-ruling> consid. 4 p. 159).
6.2. Le jugement du 19 mai 2015 portait en l'espèce sur le droit de l'intimé à une rente de perte de gain de la prévoyance liée découlant de la police d'assurance n° xxx à compter du 1 er décembre 2004. La juridiction cantonale avait en effet partiellement donné gain de cause à A._, qui demandait exclusivement la poursuite du versement de la rente trimestrielle de perte de gain.
Au regard des conclusions de l'intimé dans la nouvelle procédure, le litige soumis aux premiers juges portait en revanche sur son droit à la libération du paiement des primes. Conformément au contrat du 3 janvier 1992 et, en particulier, au ch. 2.5.3 des conditions générales d'assurance (CGA) auxquelles renvoie le contrat (consid. 7.1.2 ci-après), il s'agit d'une autre prétention d'assurance, respectivement d'une autre obligation contractuelle de l'assureur que la rente (voir arrêt 4A_451/2015 du 26 février 2016 consid. 5.2). Par conséquent, contrairement aux considérations des premiers juges, il n'y a pas identité entre les prétentions en cause. L'autorité de la chose jugée étant limitée au seul dispositif de la décision, qui ne renvoyait en l'espèce pas à ses considérants, seule la prestation de rente avait par ailleurs été définitivement tranchée dans le jugement du 19 mai 2015. Le fait que les premiers juges avaient déjà retenu qu'il "appartenait à [Helvetia] de libérer [l'assuré] du paiement des primes au-delà du 1 er décembre 2004" dans le jugement du 19 mai 2015 (consid. 4) n'est par conséquent pas déterminant. Le premier jugement ne liait en effet pas le tribunal saisi de la nouvelle action, ni quant aux constatations de fait, ni quant à la solution donnée aux questions de droit. Il s'ensuit que la juridiction cantonale ne pouvait pas opposer aux parties l'autorité de la chose jugée du jugement du 19 mai 2015 et aurait dû se prononcer, d'une part, sur les prétentions de l'intimé et, d'autre part, sur les objections de la recourante liées à la compensation.
7.
Comme l'état de fait est suffisamment clair au regard des pièces au dossier (cf. <ref-ruling> consid. 4.1 p. 366) et peut être constaté d'office par la Cour de céans en vertu de l'<ref-law>, il y a lieu d'examiner si l'intimé était en droit d'être libéré du paiement des primes du contrat d'assurance n° xxx à compter du 1 er décembre 2004.
7.1.
7.1.1. Selon l'<ref-law>, si la prime n'est pas payée à l'échéance ou dans le délai de grâce accordé par le contrat, le débiteur doit être sommé par écrit, à ses frais, d'en effectuer le paiement dans les quatorze jours à partir de l'envoi de la sommation. La sommation doit rappeler les conséquences du retard (al. 1); si la sommation reste sans effet, l'obligation de l'assureur est suspendue à partir de l'expiration du délai légal (al. 3), sous réserve de l'art. 93 de la loi (al. 4). Aux termes de cette disposition, si le paiement des primes cesse après que l'assurance a été en vigueur pendant trois ans au moins, la valeur de réduction est due; l'assureur doit fixer, suivant les prescriptions de la présente loi, la valeur de réduction, et aussi, pour les assurances susceptibles de rachat, la valeur de rachat; il en doit donner sur demande communication à l'ayant droit (al. 1); si l'assurance est susceptible de rachat, l'ayant droit peut, dans les six semaines après qu'il a reçu cette communication, demander le rachat au lieu de la réduction (al. 2).
7.1.2. Les dispositions pertinentes des conditions générales d'assurance (CGA) auxquelles renvoie le contrat du 3 janvier 1992 sont les suivantes:
2.5 Prestations en cas d'incapacité de gain
2.5.3 Libération du paiement des primes
Le droit à la libération du paiement des primes en cas d'incapacité de gain existe à partir du moment où l'assuré a atteint l'âge de 15 ans révolus. Après la fin de l'année d'assurance au cours de laquelle l'assuré a atteint l'âge de 65 ans révolus, le droit à la libération du paiement des primes en cas d'incapacité de gain ne subsiste que dans la proportion acquise avant cette date. (...)
3. Primes
3.1 Les divers genres de primes
La prime est soit une prime annuelle, soit une prime unique. La prime annuelle peut également être acquittée par fractions mensuelles, trimestrielles ou semestrielles, moyennant le supplément prévu dans les tarifs.
3.2 Échéance et restitution
Les primes, resp. les fractions de primes, sont payables à l'avance dans un délai d'un mois après leur échéance. (...)
3.3 Conséquences du retard
Si une prime n'est pas acquittée dans le délai imparti, Patria somme le preneur d'effectuer le paiement des arriérés dans les 14 jours qui suivent l'envoi de la sommation. Si à l'expiration de ce délai supplémentaire, la prime n'a pas été acquittée, l'assurance est transformée en une assurance libérée du paiement des primes pour autant que les primes aient été acquittées pour au moins trois ans ou 1 /10 de la durée du contrat et que l'assurance ait une valeur de réduction; si ces conditions ne sont pas remplies, l'assurance s'éteint.
Si une prime unique n'est pas acquittée dans le délai imparti, des intérêts moratoires dont le montant est à fixer par Patria sont dus.
3.4 Remise en vigueur
Si une assurance a été transformée ou s'est éteinte pour cause de non-paiement des primes, elle peut être remise en vigueur dans les six mois qui suivent l'échéance de la première prime impayée, sans autre formalité que le paiement de toutes les sommes en retard. Passé ce délai, la remise en vigueur n'est possible qu'avec le consentement de Patria et qu'aux conditions qu'elle aura posées.
7.2. Les art. 20 et 93 LCA - ainsi qu'en l'espèce le ch. 3.3 CGA - règlent les conséquences de la demeure du preneur d'assurance et, partant, supposent que celui-ci soit débiteur de la prime réclamée. Selon la jurisprudence, si l'assureur procède conformément aux dispositions de la LCA citées, mais qu'il apparaît ensuite que la prime n'était pas due, notamment parce que le preneur devait en être exonéré en vertu d'une clause contractuelle, les conséquences du retard sont dénuées d'effet juridique, et la police initiale demeure en vigueur dans toute son étendue (arrêts 4A_134/2015 du 14 septembre 2015 consid. 3.2.3 et 5C.130/2000 du 4 janvier 2001 consid. 3a).
7.3. Selon les faits constatés par la juridiction cantonale, les parties s'accordent aujourd'hui sur le fait que l'intimé était en incapacité de gain de 100 % depuis le 1 er décembre 2004, sans interruption. En conséquence et selon le contrat du 3 janvier 1992, en relation avec le chiffre 2.5 CGA, l'assuré était libéré du paiement des primes, celles-ci incombant à l'assurance. Il s'ensuit que la recourante ne peut pas se prévaloir des conséquences de la demeure de l'intimé, lesquelles étaient dénuées d'effet juridique, et la police initiale est en vigueur dans toute son étendue. Aussi, dans la mesure où l'intimé était libéré du paiement des primes à compter du 1 er décembre 2004, la recourante n'était pas en droit de lui opposer une créance se rapportant à celles-ci.
Dans ce cadre, Helvetia se prévaut en particulier en vain de la prescription "du droit de [l'assuré] de réclamer à [Helvetia] la libération du paiement des primes du 1 er décembre 2004 au 10 juillet 2007". Comme l'intimé était libéré du paiement des primes pour cette période et qu'il ne s'en est pas acquittées, la prestation en libération a été exécutée, de sorte que l'exception de prescription n'a plus d'objet.
En conclusion, la juridiction cantonale aurait dû admettre l'action intentée par l'intimé contre l'assureur en tant qu'elle concernait la libération du paiement des primes du 1 er décembre 2004 au 10 juillet 2007.
8.
Dans un second grief, Helvetia reproche à la juridiction cantonale de l'avoir condamnée à verser deux fois la somme de 12'309 fr. 05, ce que conteste l'intimé.
8.1. Dans le jugement du 19 mai 2015, l'autorité précédente a considéré que l'intimé pouvait prétendre une rente de perte de gain découlant de la police d'assurance n° xxx dès le 10 juillet 2007, compte tenu de la prescription quinquennale prévue par les conditions générales d'assurance. Aussi, selon le décompte produit au dossier, qui n'est pas remis en cause par les parties, Helvetia est tenue de s'acquitter en faveur de l'intimé d'un montant de 171'760 fr., correspondant à une rente de perte de gain à 100 % à compter du 1er juillet 2007 (144'000 fr.), avec intérêts à 5 % dès le 18 août 2011 (27'760 fr.).
8.2. Dans la présente procédure, A._ a demandé à ce que l'assureur soit condamné à lui verser la somme de 12'309 fr. 05, correspondant au solde litigieux de la créance découlant du jugement du 19 mai 2015. Or, comme on l'a vu (consid. 7.3 supra), cette créance a été reconnue par la juridiction cantonale dans son premier jugement, selon lequel Helvetia était condamnée à poursuivre le versement de la rente au-delà du 10 juillet 2007.
Dans ces circonstances, en jugeant que la conclusion en paiement de la somme de 12'309 fr. 05 devait être admise en raison de l'autorité de la chose jugée de son précédent jugement, l'autorité de première instance a prononcé une décision matériellement fausse. L'assureur était en effet déjà tenu de verser à l'intimé le montant de 12'309 fr. 05, en vertu du jugement du 19 mai 2015 - qui constitue pour celui-ci un titre de mainlevée définitive (<ref-law>) -, et il ne saurait être condamné à s'acquitter à nouveau de ce même montant. La seule conséquence possible de l'autorité de la chose jugée du jugement du 19 mai 2015 quant aux prestations de rente était par conséquent l'irrecevabilité de la conclusion en paiement (consid. 6.1.3 supra). Il suffisait de constater que la recourante ne pouvait opposer en compensation le montant de 12'309 fr. 05 à l'intimé (consid. 7.3 supra).
9.
Ensuite des considérations qui précèdent, le recours doit être partiellement admis dans la mesure où il est recevable. Le jugement du 20 janvier 2017 est réformé en ce sens que la demande du 8 avril 2016 est partiellement admise: il est constaté que A._ est libéré du paiement des primes de la police d'assurance n° xxx dès le 1er décembre 2004, étant précisé que Helvetia n'était pas en droit de lui opposer en compensation le montant de 12'309 fr. 05 à titre de primes non payées; la demande est irrecevable pour le surplus.
10.
Les frais judiciaires sont répartis par moitié entre les parties (<ref-law>). En tant qu'elle succombe partiellement, la recourante versera à l'intimé des dépens correspondants (art. 68 al. 1, 2 ème phrase, LTF), pour la procédure fédérale et cantonale (<ref-law>). Pour sa part, même si elle obtient partiellement gain de cause, la recourante n'a pas droit à une indemnité de dépens (<ref-law>). Il n'y a en effet pas lieu de revenir sur la jurisprudence, maintes fois confirmée, selon laquelle aucuns dépens ne sont alloués à une institution de la prévoyance liée - indépendamment de la forme de son organisation - lorsqu'elle obtient gain de cause dans l'exercice de ses attributions officielles (cf. arrêts 9C_18/2016 du 7 octobre 2016 consid. 8, 9C_867/2014 du 11 août 2015 consid. 5, non publié aux <ref-ruling> et 9C_523/2013 du 28 janvier 2014 consid. 6, non publié aux <ref-ruling>, mais in SVR 2014 BVG n° 32 p. 120). L'argumentation de la recourante ne met en évidence aucun élément qui justifierait de modifier cette jurisprudence (sur les conditions d'un changement de jurisprudence, <ref-ruling> consid. 6.1 p. 313).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est partiellement admis dans la mesure où il est recevable. Le dispositif de la décision du Tribunal cantonal de la République et canton de Neuchâtel, Cour de droit public, du 20 janvier 2017 est réformé comme suit:
1. La demande du 8 avril 2016 est partiellement admise, en ce sens qu'il est constaté que A._ est libéré du paiement des primes de la police d'assurance n° xxx dès le 1 er décembre 2004; la demande est irrecevable pour le surplus.
2. Il est statué sans frais.
Le recours est rejeté pour le surplus.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 1'200 fr. pour la procédure devant le Tribunal fédéral, sont mis pour 600 fr. à la charge de la recourante et pour 600 fr. à la charge de l'intimé.
3.
La recourante versera à l'intimé la somme de 3'000 fr. à titre de dépens pour la procédure devant le Tribunal fédéral et pour la procédure antérieure.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux parties, au Tribunal cantonal de la République et canton de Neuchâtel, Cour de droit public, et à l'Office fédéral des assurances sociales.
Lucerne, le 19 janvier 2018
Au nom de la IIe Cour de droit social
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente : Pfiffner
Le Greffier : Bleicker