Fatti:
A.
Il 19 dicembre 2017 il Dipartimento federale della difesa, della protezione della popolazione e dello sport (DDPS) ha notificato a A._, nato nel 1987, la disdetta in via ordinaria dal rapporto di lavoro con effetto 30 aprile 2018 a causa di mancanze nelle prestazioni o nel comportamento.
B.
B.a. Contro la decisione del DDPS A._ ha presentato ricorso al Tribunale amministrativo federale, postulando l'annullamento della disdetta.
B.b. La giudice dell'istruzione del Tribunale amministrativo federale, Corte I, ha respinto con decisione incidentale del 18 aprile 2018 la domanda di effetto sospensivo.
B.c. Il 2 maggio 2018 A._ ha chiesto la ricusazione della giudice dell'istruzione. Con decisione incidentale del 25 giugno 2018, in assenza della giudice interessata, il Tribunale amministrativo federale, Corte I, ha respinto la domanda di ricusazione.
C.
A._ presenta un ricorso in materia di diritto al Tribunale federale, chiedendo che la decisione incidentale del 25 giugno 2018 sia annullata e sia accolta la domanda di ricusazione contro la giudice dell'istruzione.
Non sono state chieste osservazioni al ricorso.

Diritto:
1.
1.1. È pacifico il carattere di decisione incidentale sulla ricusazione dell'atto impugnato (<ref-law>). Secondo il principio dell'unità del procedimento, il ricorso contro decisioni incidentali emesse separatamente è possibile soltanto se la via di ricorso è aperta anche contro la decisione finale (<ref-ruling> consid. 3 pag. 143). La controversia di merito riguardante la disdetta del rapporto di impiego può essere ritenuta di natura pecuniaria (sentenza 8C_79/2016 del 30 giugno 2017 consid. 1.2, non pubblicato in <ref-ruling>). L'esclusione di cui all'art. 83 lett. g LTF non entra in linea di conto.
1.2. Secondo l'<ref-law> un ricorso è ammissibile solo se il valore litigioso è superiore a fr. 15'000.-. Di regola, nei casi in cui la LTF prevede un valore litigioso minimo per ammettere un ricorso, il valore litigioso deve essere indicato nel giudizio precedente con i rimedi giuridici (art. 112 cpv. 1 lett. d LTF). Nella fattispecie, questa indicazione non è contenuta esplicitamente nella decisione impugnata e il ricorrente dà sostanzialmente per scontato l'adempimento di questo presupposto processuale. Appare tuttavia evidente che nel caso concreto una disdetta del rapporto d'impiego a tempo indeterminato, vertendo la controversia potenzialmente sul salario su di mesi o anni, il limite di fr. 15'000.- è ampiamente superato (<ref-law>). La condizione dell'<ref-law> può quindi essere ritenuta adempiuta.
1.3. Il ricorso in materia di diritto pubblico può essere presentato per violazione del diritto, conformemente a quanto stabilito dagli art. 95 e 96 LTF. Pur applicando d'ufficio il diritto (<ref-law>), tenuto conto dell'esigenza di motivazione posta dall'art. 42 cpv. 1 e 2 LTF, il Tribunale federale esamina solamente le censure sollevate (<ref-ruling> consid. 2.2 pag. 550), mentre non è tenuto a vagliare, come lo farebbe un'autorità di prima istanza, tutte le questioni giuridiche che si pongono, se queste ultime non sono (più) presentate in sede federale (<ref-ruling> consid. 1.4.1 pag. 254). Per quanto attiene invece all'accertamento e all'apprezzamento dei fatti operati dal giudice precedente, esso può essere censurato unicamente se è avvenuto in modo manifestamente inesatto, ovvero arbitrario (<ref-ruling> consid. 4.3 pag. 62), oppure in violazione del diritto ai sensi dell'<ref-law> e se l'eliminazione del vizio può essere determinante per l'esito del procedimento (<ref-law>).
1.4. Nella misura in cui il ricorso censura un accertamento manifestamente inesatto dei fatti, la critica è inammissibile. Il ricorrente si limita genericamente a censurare "lacune nell'accertamento dei fatti", senza motivare conformemente alle esigenze (art. 42 cpv. 2 e 106 cpv. 2 LTF).
2.
2.1. Il Tribunale amministrativo federale, dopo aver illustrato lo svolgimento del processo, nonché le disposizioni e la prassi ritenute applicabili, ha ricordato che la ricusa di un giudice riveste carattere eccezionale. In tale evenienza l'istante deve rendere verosimile, producendo elementi concreti, l'esistenza di circostanze proprie a suscitare l'apparenza di prevenzione e a far nascere il rischio di parzialità. La Corte federale di primo grado ha sottolineato che il semplice fatto di aver emanato una decisione sfavorevole ad una parte nell'ambito di una procedura anteriore non costituisce un motivo di ricusazione. Ciò vale anche nel quadro dell'emanazione di una decisione di misure cautelari. Il Tribunale amministrativo federale ha osservato che l'istante tendeva più che altro a rimettere in discussione la precedente decisione incidentale del 18 aprile 2018 (lett. B.b). In ogni caso, i precedenti giudici hanno rimproverato in primo luogo all'istante di non aver presentato ricorso contro quella decisione. In secondo luogo, la giudice dell'istruzione ha provveduto a un esame della questione in maniera dubativa, lasciando spazio anche all'ipotesi avversa.
2.2. Il ricorrente, riassunti gli antefatti della controversia principale, ha ripercorso tutta la procedura di ricusazione e ha ricordato le normative costituzionali in materia. Nella fattispecie, il ricorrente ritiene che la giudice dell'istruzione è andata ben oltre un esame di semplice verosimiglianza. A mente del ricorrente un primo motivo per confortare la ricusa consiste nel non aver considerato i fatti, limitandosi a prendere per assodate le circostanze presentate dall'amministrazione. La seconda ragione consiste nella stringatissima valutazione del la giudice dell'istruzione, resa senza soppesare i singoli interessi contrapposti. Ella avrebbe proceduto a un giudizio del tutto errato.
3.
3.1. Gli <ref-law> e 6 § 1 CEDU stabiliscono che ogni persona ha diritto a essere giudicata da un tribunale fondato sulla legge, competente nel merito, indipendente e imparziale. Questo principio è violato quando - obiettivamente - nei confronti di giudice risultano circostanze che comportano una parvenza di parzialità e un rischio di prevenzione (<ref-ruling> consid. 3.2.1 pag. 179 con riferimenti). Tali circostanze possono risiedere in un determinato comportamento del magistrato interessato o nel ruolo assunto per aspetti di natura funzionale od organizzative. Perché una domanda di ricusazione possa essere accolta, non è necessario che la persona interessata sia effettivamente prevenuta. È sufficiente che a una disamina oggettiva della situazione emergano circostanze tali da far sorgere una parvenza di parzialità e prevenzione. In altre parole, si deve garantire che il processo nell'ottica di tutte le parti rimanga aperto (<ref-ruling> consid. 5.1 pag. 328 seg.; <ref-ruling> consid. 6.2 pag. 6).
3.2. In linea di principio, errori di procedura o di apprezzamento compiuti da un magistrato non sono sufficienti per dimostrare oggettivamente una parvenza di prevenzione. Soltanto errori particolarmente importanti e ripetuti, che devono essere considerati come gravi violazioni dei doveri di servizio, possono portare alla ricusazione. Ancorché alcuni atti si possano dimostrare errati, le misure inerenti al normale esercizio della funzione non permettono di sospettare il giudice di parzialità. Occorre ricordare inoltre che compete alle autorità di ricorso competenti di constatare ed eventualmente correggere gli errori compiuti. Infatti, non è il giudice competente per decidere sulla ricusa che deve valutare la procedura alla stregua di un'autorità di vigilanza. In definitiva, è di massima improprio giustificare una domanda di ricusazione con errori di procedura o di apprezzamento (<ref-ruling> consid. 2.3 pag. 146 seg.; <ref-ruling> consid. 3c pag. 124; <ref-ruling> consid. 3a pag. 138; <ref-ruling> consid. 5b pag. 20; <ref-ruling> consid. 3b/bb pag. 158).
3.3. Impropriamente il ricorrente tenta di far riesaminare una decisione resa precedentemente nell'ambito di una procedura di ricusa. Sicuramente la sola decisione incidentale del 18 aprile 2018, quand'anche errata, non è sufficiente a costruire una domanda di ricusazione. Le censure ricorsuali, del tutto infondate, peccano oltretutto di una contraddizione di fondo: da un lato si rimprovera alla giudice dell'istruzione di essersi pronunciata sui fatti in questione, ma da un altro lato ci si duole di una motivazione laconica. A ciò si aggiunga che il ricorrente non ha nemmeno tentato di presentare, seppur tenendo conto di uno spazio di manovra ristretto (art. 93 cpv. 1 lett. a e 98 LTF), un ricorso al Tribunale federale. Per quanto sia possibile ora procedere a un esame sostanziale della decisione del 18 aprile 2018, la stessa non sembra essere insostenibile. Tutt'altro, la magistrata ha proceduto, come doveva, sommariamente a valutare il caso, avendo presente che il legislatore ha stabilito il principio di non prevedere alcun effetto sospensivo (<ref-law>). In tale sistema, il ricorrente pare dimenticare che l'assenza di effetto sospensivo è la regola, mentre una diversa decisione è l'eccezione.
4.
Ne segue che il ricorso deve essere respinto, nella misura della sua ammissibilità. Le spese giudiziarie seguono la soccombenza (<ref-law>).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1.
Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è respinto.
2.
Le spese giudiziarie di fr. 1'000.- sono poste a carico del ricorrente.
3.
Comunicazione alle parti e alla Base logistica dell'esercito BLEs.