Faits :
A.
A.a. B._ S.A. est une société active dans l'exploitation de discothèques, de cafés et de restaurants, ainsi que dans la prise de participation dans tous commerces ou sociétés. Les frères C._ et D._ en sont les administrateurs, disposant chacun d'une signature individuelle.
A._ SA a pour but l'acquisition, la détention, la gestion et la vente de participations dans tous types de sociétés. E._ en est l'administrateur unique.
C._ et D._ d'une part, et E._ d'autre part, sont en relation d'affaires depuis plusieurs années. Ils détiennent des sociétés en commun, par l'intermédiaire notamment de leurs sociétés respectives, aux fins d'exploiter des établissements de restauration et de divertissement. B._ S.A. et A._ SA sont ainsi impliquées dans plusieurs sociétés dans lesquelles il existe des flux de capitaux. Elles détiennent notamment, aux côtés d'une société tierce, l'actionnariat de G._ SA, laquelle détient 100 % de H._ SA, sociétés dont l'administrateur unique est E._.
A.b. Au printemps 2016, B._ S.A. et A._ SA ont souhaité constituer la société I._ SA afin d'exploiter un restaurant du même nom.
Devant le tribunal de première instance, les parties ont toutes deux confirmé que chacune des fondatrices s'était engagée à investir 50'000 fr. au titre d'apports en contrepartie de 50 % des actions de la future société. Il a ainsi été convenu, à tout le moins dans un premier temps, que l'investissement se ferait par un versement en espèces afin de libérer le capital-actions de la société en formation.
A.c. Par courriel du 22 juin 2016 adressé à E._ et son frère F._, C._ a exposé les actes préparatoires nécessaires à la constitution de I._ SA. Figurait notamment le versement de 50'000 fr. par A._ SA sur le compte de consignation de la société en formation, les 50'000 fr. restants étant versés par B._ S.A.
A.d. Le 11 juillet 2016, B._ S.A. a versé la totalité des fonds pour la constitution de I._ SA, soit 100'000 fr., sur le compte de consignation de la société en formation.
C._ a déclaré avoir avancé la somme de 50'000 fr. pour le compte de A._ SA afin de pouvoir aller de l'avant dans la création de la nouvelle société.
A.e. Par acte constitutif du 29 juillet 2016, B._ S.A. et A._ SA ont fondé la société I._ SA. A teneur de l'acte notarié, chacune des fondatrices déclarait souscrire 50 % du capital-actions, soit 50 actions nominatives liées de 1'000 fr., et confirmait avoir versé 1'000 fr. pour chaque action souscrite. Les frères C._ et D._, et E._ et F._, ont été nommés administrateurs, les premiers disposant d'une signature collective à deux et les seconds ne disposant d'aucune signature.
A.f. A la suite de la constitution de la société, C._ a demandé à plusieurs reprises, notamment par courriels, que les frères E._ et F._ versent l'investissement convenu au nom de A._ SA. En particulier, il leur a reproché de ne pas avoir payé leur part de 50'000 fr. au moment de la création de la société.
Par courriel du 16 novembre 2016, C._ a indiqué qu'en vue d'une bonne gouvernance et ce pour l'ensemble des sociétés, des " arrangements internes " ne pouvaient être acceptés pour trouver un accord concernant d'éventuelles autres sociétés, telles que I._ SA. En réponse à plusieurs demandes en ce sens de A._ SA, il a précisé que les fonds de G._ SA ne pouvaient en aucun cas être utilisés, même à titre temporaire, pour une autre société anonyme, par exemple pour la création de I._ SA.
A._ SA n'a pas répondu.
Les frères C._ et D._ se sont par la suite lancés seuls dans le projet de I._ SA.
A.g. Par courrier du 21 septembre 2017, B._ S.A. a requis de A._ SA le paiement de 50'000 fr. dans un délai de six semaines. Elle a indiqué que les parties étaient liées par un contrat de prêt conclu oralement dans le cadre de la souscription, respectivement de la libération du capital-actions de I._ SA.
Faute d'accord, B._ S.A. a fait notifier à A._ SA un commandement de payer la somme de 50'000 fr. avec intérêts (poursuite n° xxx). A._ SA a formé opposition totale.
B.
B.a. Le 27 juillet 2018, au bénéfice d'une autorisation de procéder, B._ S.A. a saisi le Tribunal de première instance du canton de Genève d'une demande dirigée contre A._ SA en vue d'obtenir le paiement du montant de 50'000 fr. avec intérêts. Elle a également conclu, en substance, au prononcé définitif de la mainlevée de l'opposition formée au commandement de payer précité.
Lors des audiences de débats principaux, A._ SA a admis ne pas avoir versé l'argent prévu, car elle souhaitait compenser le montant convenu avec une créance qu'elle détenait envers B._ S.A., liée à la société H._ SA. Elle a concédé ne pas avoir fait valoir cette créance par écrit avant le litige. Elle a affirmé avoir informé B._ S.A. qu'elle entendait compenser le montant dû pour l'actionnariat avec cette créance, ce qui a été contesté par B._ S.A.
Le témoin J._, en charge de la comptabilité de B._ S.A. et de I._ SA, a déclaré qu'il n'était pas au courant d'une éventuelle compensation, même si on lui en avait parlé indirectement. Il ne connaissait pas les modalités en lien avec le versement de la mise de départ de 100'000 fr. Dans les comptes de B._ S.A. figurait une créance de 50'000 fr. à l'encontre de A._ SA, ainsi qu'une dette de 184'800 fr. vis-à-vis de A._ SA. Cette dette portait la mention " Reclassement montant dû pour achat... " et datait de plusieurs années. Il n'y avait pas de pièce justifiant cette dette, laquelle restait provisionnée en tant que telle par prudence.
Par jugement du 5 mai 2020, le tribunal a condamné A._ SA à verser à B._ S.A. la somme de 50'000 fr. avec intérêts et a prononcé à due concurrence la mainlevée définitive de l'opposition formée au commandement de payer.
B.b. Statuant le 2 février 2021, la Chambre civile de la Cour de justice du canton de Genève a rejeté l'appel formé par A._ SA et a confirmé le jugement attaqué.
C.
A._ SA (ci-après: la recourante) a exercé un recours en matière civile au Tribunal fédéral, en concluant en substance à l'annulation de l'arrêt attaqué, à ce qu'il soit dit que la poursuite n° xxx n'irait pas sa voie, et à ce que B._ S.A. (ci-après: l'intimée) soit déboutée de ses conclusions en remboursement du prétendu contrat de prêt.
L'intimée et l'autorité précédente n'ont pas été invitées à se déterminer.

Considérant en droit :
1.
Les conditions de recevabilité du recours en matière civile sont réalisées sur le principe, notamment celles afférentes à la valeur litigieuse minimale de 30'000 fr. (<ref-law>) et au délai de recours (<ref-law>).
2.
2.1. Le recours peut être formé pour violation du droit fédéral (<ref-law>). Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (<ref-law>). Eu égard, toutefois, à l'exigence de motivation qu'impose l'<ref-law>, sous peine d'irrecevabilité (<ref-law>), il n'examine que les griefs invoqués, sauf en cas d'erreurs juridiques manifestes (<ref-ruling> consid. 2). Le recourant doit discuter les motifs de la décision entreprise et indiquer précisément en quoi il estime que l'autorité précédente a méconnu le droit (<ref-ruling> consid. 2).
2.2. Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>). Il ne peut rectifier ou compléter les constatations de l'autorité précédente que si elles sont manifestement inexactes ou découlent d'une violation du droit au sens de l'<ref-law> (<ref-law>). " Manifestement inexactes " signifie ici " arbitraires " (<ref-ruling> consid. 2; <ref-ruling> consid. 1.5). Encore faut-il que la correction du vice soit susceptible d'influer sur le sort de la cause (<ref-law>).
La critique de l'état de fait retenu est soumise au principe strict de l'allégation énoncé par l'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 2.3 et les références). La partie qui entend attaquer les faits constatés par l'autorité précédente doit expliquer clairement et de manière circonstanciée en quoi les conditions précitées seraient réalisées. Si la critique ne satisfait pas à ces exigences, les allégations relatives à un état de fait qui s'écarterait de celui de la décision attaquée ne pourront pas être prises en considération (<ref-ruling> consid. 1.3.1 et les références citées).
En matière d'appréciation des preuves, il y a arbitraire lorsque l'autorité ne prend pas en compte, sans aucune raison sérieuse, un élément de preuve propre à modifier la décision, lorsqu'elle se trompe manifestement sur son sens et sa portée, ou encore lorsque, en se fondant sur les éléments recueillis, elle en tire des constatations insoutenables. L'arbitraire ne résulte pas du seul fait qu'une autre solution serait envisageable, voire préférable (<ref-ruling> consid. 4.2).
3.
La recourante reproche à la cour cantonale d'avoir retenu l'existence d'un contrat de prêt la liant à l'intimée. Elle fait valoir une violation des art. 1, 6, 18 et 312 CO.
3.1. Selon l'<ref-law>, le contrat est parfait lorsque les parties ont, réciproquement et d'une manière concordante, manifesté leur volonté. Les parties doivent s'être mises d'accord sur tous les éléments essentiels du contrat, faute de quoi celui-ci n'est pas venu à chef (<ref-ruling> consid. 3d et les références citées; arrêt 4A_69/2019 du 27 septembre 2019 consid. 3.1).
Le prêt de consommation est un contrat par lequel le prêteur s'oblige à transférer notamment la propriété d'une somme d'argent à l'emprunteur, à charge pour ce dernier de lui en rendre autant de même espèce (<ref-law>).
D'entente entre les parties, le prêteur pourra exécuter son obligation de manière indirecte en opérant un paiement en mains d'un tiers, tel un créancier de l'emprunteur (arrêt 4A_17/2009 du 14 avril 2009 consid. 4.1; MAURENBRECHER/SCHÄRER, in Basler Kommentar, Obligationenrecht, vol. I, 7e éd. 2020, n° 7 ad <ref-law>).
3.2. Pour déterminer si un contrat a été conclu, quels en sont les cocontractants et quel en est le contenu, le juge doit interpréter les manifestations de volonté des parties (<ref-ruling> consid. 5.2; arrêt 4A_379/2018 du 3 avril 2019 consid. 3.1 et les références citées).
Selon les règles d'interprétation des contrats déduites de l'<ref-law>, le juge doit tout d'abord rechercher la réelle et commune intention des parties (interprétation subjective), le cas échéant empiriquement, sur la base d'indices. Constituent des indices en ce sens non seulement la teneur des déclarations de volonté - écrites ou orales -, mais encore le contexte général, soit toutes les circonstances permettant de découvrir la volonté réelle des parties, qu'il s'agisse de déclarations antérieures à la conclusion du contrat ou de faits postérieurs à celle-ci, en particulier le comportement ultérieur des parties établissant quelles étaient à l'époque les conceptions des contractants eux-mêmes. L'appréciation de ces indices concrets par le juge, selon son expérience générale de la vie, relève du fait. Si le juge parvient à la conclusion que les parties se sont comprises ou, au contraire, qu'elles ne se sont pas comprises, il s'agit de constatations de fait qui lient le Tribunal fédéral, à moins qu'elles ne soient manifestement inexactes (<ref-ruling> consid. 5.2.2 et les références).
Si le juge ne parvient pas à déterminer la volonté réelle et commune des parties, il doit interpréter leurs comportements selon le principe de la confiance (interprétation objective), à savoir rechercher leur volonté objective, en déterminant le sens que, d'après les règles de la bonne foi, chacune d'elles pouvait et devait raisonnablement prêter aux déclarations de volonté de l'autre. La détermination de la volonté objective des parties, selon le principe de la confiance, est une question de droit (<ref-ruling> consid. 5.2.3 et les références).
4.
En l'espèce, la cour cantonale a retenu que les parties avaient, dans un premier temps, l'intention réelle et concordante de verser chacune 50'000 fr. pour créer la société I._ SA. C'était toutefois B._ S.A. qui avait versé l'entier des 100'000 fr. Selon l'instance précédente, plusieurs éléments tendaient à démontrer que les parties n'avaient pas d'intention commune, à aucun moment, de réduire une quelconque créance de A._ SA en guise de son apport pour constituer la nouvelle société.
En particulier, l'existence de la créance invoquée en compensation n'était pas suffisamment alléguée, ni établie. A cet égard, le témoin J._ avait déclaré que cette créance ne reposait sur aucun contrat ou autre justificatif, mais était conservée dans les passifs de B._ S.A par simple mesure de précaution. En outre, B._ S.A. avait indiqué par courriel que les " arrangements internes " entre les différentes sociétés détenues par les parties étaient exclus; si des discussions avaient ainsi pu avoir lieu concernant d'autres modalités de financement du capital-actions de la société en création, il fallait admettre que celles-ci n'avaient pas abouti. Partant, le fait que B._ S.A. détienne dans ses comptes une dette à l'égard de A._ SA ou que J._ ait entendu parler, indirectement, d'une éventuelle compensation lors de la création de I._ SA, ne suffisait pas pour retenir que les parties étaient convenues de réduire ladite dette en lieu et place du versement en espèces de A._ SA. De plus, B._ S.A. avait sollicité à plusieurs reprises de A._ SA le versement du montant de 50'000 fr., sans que cette dernière ne fasse valoir qu'elle s'en était acquittée sous la forme d'une réduction de sa créance. Si une telle compensation avait été convenue, A._ SA n'aurait pas manqué de le rappeler à la partie adverse. Il n'existait d'ailleurs pas la moindre trace, avant la procédure judiciaire, d'une volonté de compenser une créance. Bien que A._ SA ait déclaré en audience en avoir informé l'intimée, ce fait était contesté et n'était pas étayé par une preuve. Enfin, on ne saurait inférer de l'acte notarié du 29 juillet 2016 une reconnaissance des parties de ce qu'elles s'étaient toutes les deux acquittées des montants dus à titre de libération du capital-actions de la société créée. La teneur de l'acte n'excluait pas que B._ S.A. ait pu avancer la part de A._ SA.
La cour cantonale a ainsi retenu que l'accord initial des parties demeurait pleinement valable. Dès lors, le versement de 50'000 fr. opéré par B._ S.A. pour le compte de A._ SA avait été consenti à titre d'avance, respectivement de prêt.
5.
La recourante conteste cette appréciation. En premier lieu, elle soutient que l'intimée avait pris l'initiative unilatérale de verser les 100'000 fr. et que J._ n'avait pas connaissance des modalités en lien avec le versement de cette somme, de sorte qu'il n'existait aucun contrat de prêt. Dans un deuxième moyen, elle fait valoir que ce même témoin avait déclaré qu'on lui avait parlé indirectement d'une éventuelle compensation et que la recourante était au bénéfice d'une créance envers l'intimée. Celle-ci ressortait des pièces comptables de l'intimée. La recourante ajoute qu'elle s'est prévalue, tant dans son for intérieur que vis-à-vis de l'intimée, d'une compensation découlant de leurs relations d'affaires. Elle n'avait ainsi pas la volonté de conclure un contrat de prêt puisqu'elle souhaitait faire valoir une compensation à l'égard de l'intimée. Par un troisième grief, la recourante allègue qu'en signant l'acte authentique du 29 juillet 2016, les parties avaient confirmé qu'elles s'étaient d'ores et déjà chacune acquittée des montants dus à titre de libération du capital-actions de I._ SA.
6.
6.1. Tout d'abord, savoir si la recourante a prouvé l'existence de la créance invoquée en compensation et de sa déclaration de compensation est une pure question d'appréciation des preuves, que le Tribunal fédéral ne peut revoir que sous l'angle restreint de l'arbitraire (art. 9 Cst.). Encore faut-il que la recourante présente à ce sujet une argumentation précise (<ref-law>). Or, dans son recours, l'intéressée n'invoque pas l'arbitraire et ne parvient pas à démontrer que les juges précédents auraient sombré dans l'arbitraire en retenant qu'elle n'avait pas prouvé les éléments précités.
6.2. Ensuite, en lien avec l'acte notarié, la recourante s'est contentée de reprendre sur ce point la brève argumentation qu'elle avait formulée dans son appel. Elle ne critique pas les considérations que les juges précédents ont développées à cet égard. Ainsi, elle ne satisfait pas aux exigences de motivation prévalant devant le Tribunal fédéral (cf. <ref-law>; consid. 2.1 supra).
6.3. Enfin, et surtout, force est de constater que les magistrats cantonaux sont parvenus à déterminer la volonté subjective des parties sans avoir dû recourir à la théorie de la confiance, puisque, au terme de l'appréciation des preuves, ils n'ont pas indiqué avoir échoué à déterminer leur volonté réelle ou être arrivés à la conclusion qu'une partie n'avait pas compris la volonté exprimée par l'autre à l'époque de la conclusion du contrat (arrêts 4A_553/2020 du 16 février 2021 consid. 4.6; 4A_379/2018 du 3 avril 2019 consid. 3.2). Il incombait ainsi à la recourante de démontrer l'arbitraire (art. 9 Cst.) de leurs constatations. Or, la recourante s'est contentée d'opposer sa propre appréciation à celle des juges précédents, sans parvenir à démontrer un tel arbitraire. Elle ne l'a d'ailleurs même pas invoqué.
7.
Les juges cantonaux ont encore statué sur la question de savoir si A._ SA pouvait se prévaloir, en dehors de l'accord des parties, de la compensation pour éteindre son obligation de paiement. A cet égard, ils ont retenu qu'elle n'avait pas apporté de preuve s'agissant d'une déclaration de compensation qu'elle aurait faite à l'intimée avant le début de la procédure, et qu'elle n'avait pas non plus formulé une telle déclaration dans ses écritures. Au surplus, la créance alléguée en compensation n'était pas suffisamment alléguée, ni a fortiori établie. Ainsi, A._ SA demeurait débitrice du montant de 50'000 fr. envers l'intimée.
La recourante ne s'en prend pas expressément à la motivation de la cour cantonale relative à cette question. Quoi qu'il en soit, les quelques éléments qu'elle a fournis dans son argumentation visant à nier l'existence d'un contrat de prêt ne sont pas suffisants (cf. consid. 6.1 supra).
8.
En définitive, le recours doit être rejeté, dans la mesure où il est recevable.
La recourante, qui succombe, prendra en charge les frais judiciaires (<ref-law>). En revanche, elle n'aura pas à indemniser l'intimée, puisque celle-ci n'a pas été invitée à déposer une réponse.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté, dans la mesure où il est recevable.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 2'500 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Chambre civile de la Cour de justice du canton de Genève.
Lausanne, le 6 septembre 2021
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente : Hohl
La Greffière : Raetz