Fatti:
A.
Con atto di accusa del 22 gennaio 2015 il Ministero pubblico della Confederazione (MPC) ha promosso l'accusa dinanzi alla Corte penale del Tribunale penale federale (TPF) nei confronti, tra gli altri, di B._, per i titoli di ripetuto riciclaggio di denaro aggravato, usura, conseguimento fraudolento di una falsa attestazione e ripetuta infrazione aggravata alla legge federale sugli stupefacenti.
B.
Dopo lo svolgimento del pubblico dibattimento, con sentenza del 29 agosto 2016, intimata alle parti il 26 luglio 2017, la Corte penale del TPF ha disposto l'abbandono del procedimento penale per il titolo di ripetuto riciclaggio di denaro aggravato e per una fattispecie concernente l'imputazione di usura, prosciogliendolo poi da tutti i restanti capi di accusa. La Corte penale del TPF ha posto le spese procedurali a carico della Confederazione ed ha fissato in fr. 191'682.60 la retribuzione del difensore d'ufficio, importo pure a carico della Confederazione. Ha infine riconosciuto all'imputato prosciolto un indennizzo di fr. 98'572.--, oltre interessi del 5 % dal 19 maggio 2016, per le spese legali precedenti la nomina del difensore d'ufficio e di fr. 130'000.--, oltre interessi del 5 % dal 10 aprile 2009, a titolo di riparazione del torto morale.
C.
B._ impugna questa sentenza con un ricorso in materia penale del 14 settembre 2017 al Tribunale federale, chiedendo di annullare il dispositivo sull'indennità e di riconoscergli un importo di fr. 213'600.--, oltre interessi del 5 % dal 5 gennaio 2006, a titolo di riparazione del torto morale per la carcerazione preventiva subita, di fr. 13'200.--, oltre interessi del 5 % dal 18 maggio 2008, quale riparazione del torto morale per le misure sostitutive della carcerazione e di fr. 153'231.17, oltre interessi del 5 % dal 14 febbraio 2007, per il risarcimento delle spese di patrocinio prima della nomina del difensore d'ufficio. In via subordinata chiede l'annullamento del dispositivo impugnato e il rinvio degli atti alla precedente istanza per un nuovo giudizio sull'ammontare dell'indennizzo e della riparazione del torto morale. Il ricorrente fa valere la violazione del diritto di essere sentito, del divieto dell'arbitrio e dell'<ref-law>.
D.
La Corte penale del TPF si riconferma nella propria sentenza e si rimette al giudizio del Tribunale federale. Il MPC comunica di rinunciare a presentare osservazioni al ricorso.

Diritto:
1.
1.1. Le pretese d'indennità previste dall'art. 429 cpv. 1 lett. a-c CPP fanno parte del giudizio penale e rientrano quindi nelle decisioni pronunciate in materia penale giusta l'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 1). Rivolto contro una sentenza finale (<ref-law>), emanata dalla Corte penale del TPF (<ref-law>), il gravame è tempestivo (art. 100 cpv. 1 in relazione con l'<ref-law>) e di principio ammissibile. La legittimazione a ricorrere giusta l'art. 81 cpv. 1 lett. a e b n. 1 LTF è data.
1.2. Secondo l'<ref-law>, il procedimento dinanzi al Tribunale federale si svolge di regola nella lingua ufficiale della decisione impugnata, che nella fattispecie è quella italiana, anche se il gravame è in modo ammissibile steso in tedesco.
2.
2.1. Nell'ambito di un ricorso al Tribunale federale non possono di principio essere addotti fatti e mezzi di prova nuovi. Giusta l'<ref-law>, un'eccezione a questa regola è possibile soltanto se ne dà motivo la decisione dell'autorità inferiore. Rientrano segnatamente in questa eccezione fatti e mezzi di prova che si riferiscono alla regolarità della procedura dinanzi all'istanza precedente (per esempio nel caso di una violazione del diritto di essere sentito durante l'istruzione) o che sono determinanti per l'ammissibilità del ricorso al Tribunale federale (per esempio la data della notificazione della decisione impugnata), oppure ancora che sono di rilievo per contestare un'argomentazione oggettivamente imprevedibile per le parti prima di ricevere il giudizio. Per contro, il ricorrente non può allegare dei fatti o produrre dei mezzi di prova nuovi che ha omesso di addurre o di presentare dinanzi alla precedente istanza. Per contestare gli accertamenti contenuti nella sentenza impugnata, egli non può fondarsi su fatti o mezzi di prova nuovi, che avrebbe potuto esporre già dinanzi a detta autorità e della cui pertinenza avrebbe potuto avvedersi. La possibilità di presentare fatti o prove nuove dinanzi al Tribunale federale è eccezionale e non serve a correggere omissioni precedenti (sentenza 5A_291/2013 del 27 gennaio 2014 consid. 2.2 e rinvii).
2.2. I fatti addotti dal ricorrente soltanto in questa sede al fine di sostanziare le sue pretese d'indennità, che, come sarà esposto nei considerandi seguenti, avrebbero dovuto essere comprovate già dinanzi alla precedente istanza, sono nuovi e come tali inammissibili nell'ambito della procedura ricorsuale in esame. In effetti, la Corte penale del TPF non è entrata nel merito di determinate pretese avanzate dal ricorrente, siccome non le ha ritenute sufficientemente sostanziate né motivate. Al riguardo, l'oggetto del litigio dinanzi al Tribunale federale è pertanto circoscritto alla questione di sapere se i precedenti giudici hanno violato o meno il diritto, segnatamente l'<ref-law>, ritenendo non dimostrate tali pretese e rifiutandosi quindi di vagliarle nel merito. Le censure materiali sollevate per la prima volta con il ricorso al Tribunale federale sono di conseguenza inammissibili, esulando dal tema litigioso e disattendendo il requisito dell'esaurimento delle vie di ricorso (<ref-law>).
3.
3.1. Il ricorrente rimprovera alla Corte penale del TPF di avere violato l'<ref-law>, per non averlo invitato ad ulteriormente sostanziare le pretese di risarcimento del danno e di riparazione del torto morale esposte. Adduce che i precedenti giudici avrebbero dovuto chiarire d'ufficio le circostanze suscettibili di avere aggravato il torto morale in relazione con la carcerazione preventiva, in particolare con riferimento alle condizioni di carcerazione disumane, che lo avrebbero portato a mettere in atto uno sciopero della fame. Secondo il ricorrente, omettendo di approfondire la fattispecie sotto questo profilo, la Corte penale del TPF avrebbe altresì accertato i fatti in modo manifestamente inesatto (<ref-law>) e disatteso il proprio obbligo di motivazione del giudizio (<ref-law>).
3.2. Giusta l'<ref-law>, se è pienamente o parzialmente assolto o se il procedimento nei suoi confronti è abbandonato, l'imputato ha diritto a un'indennità per le spese sostenute ai fini di un adeguato esercizio dei suoi diritti procedurali (lett. a); un'indennità per il danno economico risultante dalla partecipazione necessaria al procedimento penale (lett. b); una riparazione del torto morale per lesioni particolarmente gravi dei suoi interessi personali, segnatamente in caso di privazione della libertà (lett. c). L'<ref-law> prevede che l'autorità esamini d'ufficio le pretese dell'imputato e possa invitarlo a quantificarle e a comprovarle.
Questa normativa fonda una responsabilità causale dello Stato, il quale è tenuto a risarcire l'integralità del danno che è in un rapporto causale ai sensi del diritto della responsabilità civile con il procedimento penale. L'ammontare del danno economico deve essere calcolato secondo le regole del diritto civile. L'autorità penale non è tenuta a chiarire d'ufficio tutti i fatti rilevanti per il giudizio sulle pretese d'indennità. In virtù dell'<ref-law> deve perlomeno sentire l'imputato sulla questione dell'indennizzo in caso di proscioglimento e, se del caso, invitarlo a quantificare ed a comprovare le sue pretese. Spetta alla persona imputata motivare e dimostrare le sue richieste, ciò che corrisponde alla regola del diritto civile secondo cui chi pretende il risarcimento di un danno ne deve fornire la prova (<ref-law>). Soltanto quando non può essere provato l'importo preciso del danno, esso è stabilito dal prudente criterio del giudice avuto riguardo all'andamento ordinario delle cose e alle misure prese dal danneggiato. La facilitazione della prova prevista da questa disposizione deve essere applicata in modo restrittivo (<ref-ruling> consid. 1.3.1 e riferimenti). L'<ref-law> non apre la possibilità di chiedere al giudice, senza fornire precise indicazioni, di pronunciare un risarcimento discrezionale (<ref-ruling> consid. 4.3.1; <ref-ruling> consid. 5.1).
3.3. Il procedimento penale nei confronti del ricorrente è stato avviato dal MPC nel dicembre del 2002, prima quindi dell'entrata in vigore del CPP, il 1° gennaio 2011. La precedente istanza ha fondato l'intera indennità sulla base dell'<ref-law>. Sulla questione del diritto transitorio in questa materia, il Tribunale federale ha avuto modo di precisare che le pretese d'indennità per il danno economico e per la riparazione del torto morale, sono di massima rette dal diritto materiale applicabile nel momento in cui sono stati svolti gli atti procedurali litigiosi. Ha comunque riservato il caso in cui, nell'evenienza di atti di procedura eseguiti sia sulla base del nuovo diritto sia su quella del diritto previgente, potrebbe eccezionalmente giustificarsi, per motivi di semplificazione, di applicare esclusivamente il nuovo diritto, nella misura in cui esso non sia più sfavorevole all'interessato (<ref-ruling> consid. 1.4 e riferimenti).
Il ricorrente non sostiene che la Corte penale del TPF avrebbe applicato a torto il CPP alle pretese da lui avanzate. Né risulta che l'applicazione dell'<ref-law> all'insieme della richiesta d'indennizzo gli sia più sfavorevole rispetto al diritto previgente. Anche sotto l'egida della previgente legge federale sulla procedura penale, del 15 giugno 1934 (PP), il riconoscimento all'imputato assolto di un'indennità giusta gli art. 176 e 122 PP presupponeva che questi sostanziasse e dimostrasse il danno di cui chiedeva il risarcimento (cfr. <ref-ruling> consid. 4b; sentenza 6B_215/2007 del 2 maggio 2008 consid. 6). In concreto, l'applicazione del CPP al complesso delle pretese avanzate dal ricorrente può quindi essere ritenuta giustificata, in particolare in considerazione della durata del procedimento, per ragioni di semplificazione della procedura.
3.4. Nella fattispecie, già il 30 marzo 2016 il TPF ha invitato il ricorrente, conformemente all'<ref-law>, a quantificare ed a comprovare le proprie pretese d'indennità. In sede di dibattimento, svoltosi dal 17 al 23 maggio 2016, il suo precedente patrocinatore ha presentato il 19 maggio 2016 una richiesta d'indennizzo, elencando le seguenti pretese: fr. 213'000.-- "per 1'065 di carcere preventivo sofferto", fr. 14'600.-- "per 730 giorni di misure sostitutive alla carcerazione preventiva", fr. 30'000.-- "per torto morale dovuto alla carcerazione in condizioni disumane che ha condotto allo sciopero della fame e della sete", fr. 153'231.17 "come nota d'onorario come patrocinatore di fiducia prima della nomina come difensore d'ufficio"e fr. 180'000.-- "per mancato guadagno". L'interessato ha allegato alla domanda unicamente una specifica delle prestazioni legali, ma non ha minimamente sostanziato e comprovato le ulteriori pretese avanzate. Dal verbale del dibattimento risulta che, pur riservandosi di sviluppare in seguito le richieste, l'allora patrocinatore del ricorrente non si è più espresso in merito, segnatamente non lo ha fatto in sede di duplica (cfr. verbale del dibattimento, pag. 920.017 e 920.027-28). A ragione la precedente istanza ha quindi ritenuto in particolare che la pretesa di fr. 30'000.--, riferita a non meglio precisate "condizioni disumane" di carcerazione, e quella di fr. 180'000.--, relativa a un generico mancato guadagno, non erano state sufficientemente sostanziate e motivate. Ciò è del resto riconosciuto anche dal ricorrente, secondo cui sarebbe spettato ai precedenti giudici eseguire approfondimenti d'ufficio al riguardo o quantomeno invitarlo a fornire ulteriori chiarimenti. A torto. L'onere della prova del danno incombeva al ricorrente, che avrebbe dovuto documentare e basare le pretese su fatti precisi, dimostrando nella misura del possibile tutte le circostanze che fondavano il danno e che potevano permettere o quantomeno facilitare la sua determinazione. Egli disponeva di un tempo sufficiente per procedere in tal senso, ritenuto che, come visto, la Corte penale del TPF lo aveva invitato con largo anticipo a sostanziare le proprie pretese d'indennità. Contrariamente all'opinione del ricorrente, la precedente autorità giudiziaria non era tenuta a renderlo ulteriormente attento della necessità di adempiere al suo onere probatorio. Rettamente ha quindi respinto le suddette pretese di risarcimento del danno materiale, siccome non documentate. I fatti esposti dal ricorrente per sostanziarle in questa sede, in particolare riguardo all'asserita illiceità delle condizioni di carcerazione costituiscono una completazione tardiva delle stesse e sono di conseguenza inammissibili in applicazione dell'<ref-law> (cfr. consid. 2).
4.
4.1. Quanto alla pretesa, ai sensi dell'<ref-law>, di fr. 153'231.17 per la difesa da parte del precedente patrocinatore di fiducia, prima della nomina come difensore d'ufficio, la Corte penale del TPF ha accertato che la nota d'onorario (relativa agli anni dal 2004 al 2007) allegata alla citata richiesta del 19 maggio 2016 faceva stato di fr. 134'050.-- a titolo di onorari, di fr. 8'358.15 a titolo di spese e di fr. 10'823.02 per l'IVA. Ha tuttavia rilevato che, per il 2004, erano semplicemente indicati gli importi di fr. 76'385.-- a titolo di onorari e di fr. 4'464.75 a titolo di spese, senza alcun dettaglio o spiegazione riguardo alle prestazioni eseguite. Invero nella specifica figurano, sempre per l'anno 2004, anche fr. 3'251.50 per "esborsi", parimenti imprecisati. La Corte penale del TPF ha constatato che il patrocinatore aveva applicato una tariffa oraria di fr. 300.--, superiore a quella di 230.-- riconosciuta dalla prassi del TPF resa in applicazione dell'art. 12 cpv. 1 del regolamento del TPF sulle spese, gli emolumenti, le ripetibili e le indennità della procedura penale federale, del 31 agosto 2010 (RSPPF; RS 173.713.162). Ha inoltre osservato che il difensore non aveva distinto le prestazioni legali dalle trasferte, per le quali secondo la prassi è applicata una tariffa oraria di fr. 200.--. I precedenti giudici hanno quindi eseguito una tassazione della nota d'onorario secondo apprezzamento, sulla base di una valutazione dell'impegno profuso dal legale e della tariffa oraria applicabile nella procedura penale federale. Hanno riconosciuto al ricorrente fr. 80'000.-- a titolo di onorario, oltre alle spese di fr. 8'358.15 e agli esborsi di fr. 3'251.50, nonché l'IVA di fr. 6'962.33. Sull'indennizzo complessivo di fr. 98'572.-- hanno poi stabilito un interesse del 5 % dal 19 maggio 2016.
4.2. Il ricorrente sostiene che la Corte penale del TPF avrebbe stabilito l'onorario in fr. 80'000.-- senza addurre una motivazione che poteva essere seguita. Ritiene ch'essa avrebbe piuttosto dovuto sollecitare il patrocinatore a produrre una nota d'onorario dettagliata delle prestazioni eseguite nell'anno 2004 e ad esporre separatamente il dispendio relativo alle trasferte. Secondo il ricorrente, soltanto qualora il legale non avesse dato seguito a quest'ingiunzione, la Corte penale del TPF avrebbe potuto fissare l'onorario secondo libero apprezzamento ai sensi dell'<ref-law>. Le rimprovera inoltre di non avere sufficientemente motivato la decurtazione dell'onorario e postula il riconoscimento degli interessi a partire dal 14 febbraio 2007, quando il precedente patrocinatore è stato nominato difensore d'ufficio.
4.3. Determinare se il ricorso a un avvocato costituisca un esercizio adeguato dei diritti procedurali dell'imputato e se possa di conseguenza essergli riconosciuta un'indennità per le spese della difesa secondo l'<ref-law> è una questione che concerne l'applicazione del diritto federale e che il Tribunale federale esamina di principio liberamente. Si impone tuttavia un certo riserbo quando si tratta di statuire sulla valutazione eseguita dalla precedente istanza, in particolare riguardo alla determinazione del dispendio adeguato all'attività del patrocinatore nel singolo caso (cfr. <ref-ruling> consid. 2.1, 163 consid. 3.2.1 e rispettivi rinvii).
4.4. Trattandosi in concreto di una procedura penale federale, la Corte penale del TPF ha rettamente valutato le spese di patrocinio sulla base del proprio regolamento, che all'<ref-law> prevede un'indennità oraria da fr. 200.-- a fr. 300.-- (cfr. <ref-ruling> consid. 3.1). L'<ref-law> prevede che se l'avvocato non presenta alcuna nota delle spese entro la conclusione dell'udienza finale o entro un termine fissato da chi dirige il procedimento oppure, nelle procedure davanti alla Corte dei reclami penali, al più tardi al momento dell'inoltro dell'unica o ultima memoria, il giudice fissa l'onorario secondo libero apprezzamento. Come visto, la precedentemente istanza ha invitato il ricorrente a quantificare e comprovare le proprie pretese, tant'è che il suo patrocinatore ha effettivamente presentato la nota d'onorario, che tuttavia forniva i dettagli delle prestazioni soltanto per gli anni 2005, 2006 e 2007. In tali circostanze, non può essere oggettivamente rimproverato ai precedenti giudici di avere ecceduto o abusato del loro potere di apprezzamento, per avere determinato l'onorario relativo all'anno 2004 sulla base di una valutazione complessiva, che teneva conto di un rapporto ragionevole con le prestazioni dettagliate eseguite negli anni successivi, la cui rimunerazione è stata nondimeno corretta sulla base di una tariffa oraria di fr. 230.-- (rispettivamente di fr. 200.-- per le trasferte), conformemente alla prassi del TPF (cfr. <ref-ruling> consid. 3.1.1).
Peraltro, il ricorrente non contesta la riduzione della tariffa oraria dai fr. 300.-- esposti dal patrocinatore ai fr. 230.--/200.-- riconosciuti dal TPF e non spiega con una motivazione puntuale, rispettosa delle esigenze dell'<ref-law>, perché l'indennità riconosciuta a titolo di spese di patrocinio sarebbe irragionevole, siccome non terrebbe conto della complessità e delle difficoltà della causa. Disattende inoltre che la precedente istanza ha ammesso la totalità delle spese e degli esborsi indicati nella nota d'onorario (fr. 11'609.65), comprensivi di quelli riferiti all'anno 2004. Parimenti da respingere è la richiesta di fare decorrere gli interessi dalla data di nomina del difensore d'ufficio. Il Tribunale federale ha infatti avuto modo di precisare che l'indennità giusta l'<ref-law> non costituisce una posta del danno risarcibile, ma concerne il rimborso delle spese ripetibili all'imputato, sicché, contrariamente al caso della lett. c di questa disposizione, non è produttiva d'interessi (cfr. <ref-ruling> consid. 2.2.4 pag. 499).
5.
5.1. Il ricorrente critica l'ammontare dell'indennità riconosciuta a titolo di riparazione del torto morale. Rimprovera alla precedente istanza di non avere tenuto conto delle conseguenze che la lunga durata della carcerazione preventiva ha avuto sulla sua vita familiare, in particolare per l'impossibilità di vedere crescere i suoi figli. Sostiene di avere subito un trauma di cui soffrirebbe tutt'ora. Ritiene che la giurisprudenza del Tribunale federale secondo cui nel caso di lunghi periodi di detenzione occorrerebbe ridurre l'ammontare dell'indennità giornaliera, sarebbe inapplicabile nel caso di una carcerazione di 1'068 giorni come quella da lui subita. Il ricorrente ribadisce inoltre di essere stato sottoposto a condizioni di carcerazione illecite, in particolare di essere stato messo in stato di isolamento e di non avere per lungo tempo potuto esercitare un'attività lavorativa o avere contatti con l'esterno. Adduce che non gli sarebbe stata prestata assistenza medica nemmeno dopo nove giorni di sciopero della fame. A suo dire, costituirebbero inoltre fattori aggravanti della lesione della personalità sia la gravità delle accuse promosse nei suoi confronti sia il fatto che la privazione della libertà personale a causa di un ricorso del Ministero pubblico sarebbe continuata per ulteriori venti giorni dopo l'accoglimento della sua domanda di scarcerazione. Inoltre, egli sarebbe stato nuovamente arrestato per errore il 21 maggio 2009 presso la dogana di X.X._, verosimilmente a causa di un precedente ordine di arresto non revocato. Accenna altresì al risalto dato al procedimento dai mass media, che l'avrebbero descritto come capo di un'organizzazione criminale. Alla luce di queste circostanze, il ricorrente ritiene giustificata quale riparazione del torto morale per i 1'068 giorni di carcerazione preventiva subita un'indennità giornaliera di fr. 200.-- (per complessivi fr. 213'600.--) e di fr. 20.-- al giorno per i 660 giorni di misure sostitutive (per complessivi fr. 13'200.--).
5.2. Giusta l'art. 429 cpv. 1 lett. c CPP, l'imputato prosciolto ha diritto a una riparazione del torto morale per lesioni particolarmente gravi dei suoi interessi personali, segnatamente in caso di privazione della libertà. Il versamento di un'indennità a questo titolo presuppone di massima una lesione della personalità analoga a quella richiesta nell'ambito dell'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 3.1). La fissazione della riparazione del torto morale costituisce una decisione secondo equità, fondata di principio sull'apprezzamento e sulla ponderazione delle concrete circostanze del caso. Essa deve essere determinata in funzione della gravità della lesione della personalità, tenendo conto di tutte le circostanze di fatto, segnatamente del pregiudizio all'integrità fisica e psichica, della reputazione di colui che si pretende leso, nonché della sua situazione familiare e professionale (<ref-ruling> consid. 2.2.2; <ref-ruling> consid. 5.1).
Un'indennità per torto morale è di principio riconosciuta quando l'imputato è stato sottoposto alla carcerazione preventiva o di sicurezza. Anche un arresto oppure una perquisizione eseguiti in pubblico o che hanno avuto un'ampia risonanza mediatica, così come una durata molto lunga della procedura o un'esposizione rilevante nei media, possono costituire una lesione grave della personalità. Ciò vale pure per le conseguenze familiari, professionali o politiche di un procedimento penale e per le affermazioni lesive della personalità che potrebbero essere diffuse dalle autorità penali nel corso dell'inchiesta. Non possono per contro essere presi in considerazione i disagi generalmente connessi ad ogni perseguimento penale, come l'aggravio a livello psichico che un simile procedimento di norma comporta per la persona interessata (<ref-ruling> consid. 3.1). Spetta al richiedente dimostrare la lesione subita e provare in particolare le circostanze dalle quali si possa dedurre la sua grave sofferenza morale (<ref-ruling> consid. 4.1; <ref-ruling> consid. 7a; <ref-ruling> consid. 2b).
Secondo la giurisprudenza, un'indennità di fr. 200.-- al giorno in caso di una carcerazione ingiustificata di breve durata è di massima adeguata nella misura in cui non siano realizzate circostanze particolari che potrebbero fondare il versamento di un importo inferiore o superiore. Il tasso giornaliero costituisce un criterio che permette di stabilire un ordine di grandezza per il torto morale. Occorre in seguito correggere questo importo tenendo conto delle particolarità del caso, quali la durata della detenzione, le conseguenze del procedimento sulla sfera personale dell'imputato prosciolto o la gravità dei fatti addebitati. Quando la carcerazione ingiustificata si estende su un lungo periodo non è appropriato un aumento lineare dell'importo riconosciuto nei casi di detenzioni più brevi, siccome l'evento dell'arresto e della privazione della libertà personale al fine di valutare la lesione subita dalla persona incarcerata è comunque rilevante tanto quanto l'elemento della durata. Quando la durata della carcerazione raggiunge diversi mesi, come regola generale si giustifica quindi di ridurre l'importo giornaliero dell'indennità (<ref-ruling> consid. 3.1; sentenza 6B_909/2015 del 22 giugno 2016 consid. 2.2.1).
La fissazione della riparazione del torto morale è una questione di apprezzamento, di modo che il Tribunale federale interviene con riserbo. Lo fa in particolare solo se l'istanza precedente ha ecceduto nel proprio potere di apprezzamento, fondandosi su considerazioni estranee alla disposizione applicabile, omettendo di tenere conto di elementi pertinenti o ancora fissando un indennizzo iniquo, siccome manifestamente troppo esiguo o troppo elevato (<ref-ruling> consid. 3.1 e rinvii).
5.3. La Corte penale del TPF ha accertato che il ricorrente è stato sottoposto a 1'068 giorni di carcerazione preventiva e a 660 giorni di misure sostitutive, quali il sequestro dei documenti d'identità, il divieto di lasciare il territorio svizzero e l'obbligo di presentarsi due volte la settimana presso un posto di polizia. Gli ha riconosciuto secondo l'art. 429 cpv. 1 lett. c CPP un'indennità giornaliera di fr. 100.-- per i 1'068 giorni di carcerazione ingiustificata, pari a complessivi fr. 106'800.--. Ha poi aumentato questo importo a fr. 130'000.-- in considerazione delle misure sostitutive adottate successivamente alla scarcerazione e della durata della procedura. Ha fissato gli interessi su detto importo al 5 % a partire dalla fine delle misure sostitutive, vale a dire dal 10 aprile 2009.
5.4. Come visto, i fatti addotti dal ricorrente soltanto in questa sede allo scopo di motivare la pretesa a titolo di torto morale sono tardivi e in quanto tali inammissibili (cfr. consid. 2). Dinanzi alla precedente istanza, il ricorrente non ha sostanziato una particolare gravità della lesione della sua personalità. Certo, egli ha subito un lungo periodo di carcerazione preventiva e le imputazioni prospettate nei suoi confronti erano gravi. Gli spettava tuttavia dimostrare quali effetti concreti il procedimento penale ha avuto sulla sua persona. Egli non ha precisato, né comprovato sulla base di certificati medici le sue sofferenze fisiche o psichiche. Pure in questa sede accenna ad un trauma, senza però dimostrare di essere stato afflitto nella sua salute in modo tale da dovere ammettere una lesione soggettivamente grave della sua personalità. Accennando genericamente alle restrizioni dei contatti con l'esterno durante la carcerazione preventiva, il ricorrente non sostanzia condizioni di carcerazione illecite, tali da rendere ravvisabile un trattamento inumano o degradante ai sensi dell'art. 3 CEDU. Né egli dimostra eventuali problemi nella sua sfera familiare fondandosi su accertamenti specifici contenuti nella sentenza impugnata e vincolanti per il Tribunale federale (cfr. <ref-law>).
Il ricorrente postula il versamento di un'indennità giornaliera di fr. 200.-- quale riparazione del torto morale per i 1'068 giorni di carcerazione preventiva ingiustificata e di fr. 20.-- al giorno per i 660 giorni di misure sostitutive. Tuttavia, come è stato esposto, un'indennità di fr. 200.-- al giorno è di principio applicabile soltanto nel caso di una detenzione di breve durata. In concreto, trattandosi di lungo periodo di carcerazione, la Corte penale del TPF poteva scostarsi da tale importo di riferimento e fondarsi su una base d'indennizzo di fr. 100.-- al giorno (cfr. sentenza 6B_909/2015, citata, consid. 2.2.2 e 2.2.3). I precedenti giudici hanno inoltre tenuto conto delle misure sostitutive alle quali il ricorrente è stato sottoposto dopo la scarcerazione, il risalto mediatico dato alla vicenda e la lunga durata della procedura aumentando di fr. 23'200.-- l'indennizzo di fr. 106'800.--, riconoscendogli a questo titolo una riparazione di complessivi fr. 130'000.--. Alla luce di quanto esposto, considerato che il ricorrente non aveva sostanziato le sue pretese, in particolare per quanto concerne eventuali fattori aggravanti il torto morale, egli non dimostra con una motivazione conforme alle esigenze dell'<ref-law> che la Corte penale del TPF avrebbe abusato o ecceduto nel suo potere di apprezzamento o si sarebbe fondata su considerazioni estranee alle disposizioni applicabili alla fattispecie.
6.
6.1. Il ricorrente contesta la decorrenza dell'interesse sulla riparazione del torto morale, stabilita nella sentenza impugnata soltanto a partire dall'ultimo giorno delle misure sostitutive (10 aprile 2009). Sostiene che questo modo di procedere non sarebbe conforme alla giurisprudenza del Tribunale federale.
6.2. La censura è fondata. Secondo la costante giurisprudenza, nel danno rientra l'interesse a partire dal momento in cui si verifica l'evento dannoso. L'interesse del danno corre fino al pagamento del risarcimento e mira a collocare l'avente diritto nella posizione che avrebbe se la sua pretesa fosse soddisfatta il giorno dell'atto illecito, rispettivamente al momento del suo effetto economico. Anche sulle riparazioni del torto morale devono essere corrisposti interessi a partire dall'evento dannoso. Come per l'interesse del danno, l'interesse sulla riparazione del torto morale dal momento in cui si verifica la lesione persegue lo scopo di porre il creditore nella situazione in cui si troverebbe se il risarcimento gli fosse versato già al momento della lesione della personalità, rispettivamente al verificarsi del danno morale. L'interesse fa parte della riparazione, la quale deve essere integralmente garantita alla persona danneggiata indipendentemente dalla durata della procedura fino alla fissazione definitiva dell'indennità, rispettivamente fino al pagamento della stessa. L'interesse deve compensare la mancata disponibilità dell'uso del capitale per il periodo tra la realizzazione dell'atto dannoso, rispettivamente i suoi effetti sulla personalità della vittima, e il versamento. Giusta l'<ref-law>, il tasso d'interesse è del 5 %. Secondo la giurisprudenza, il momento della privazione della libertà personale costituisce, nel caso di una riparazione del torto morale ai sensi dell'art. 429 cpv. 1 lett. c CPP per una carcerazione preventiva ingiustificata, l'evento dannoso che dà luogo alla corresponsione di interessi (cfr. sentenza 6B_1404/2016 del 13 giugno 2017 consid. 2.2 e riferimenti).
6.3. La decisione impugnata, che riconosce gli interessi sull'indennità per la riparazione del torto morale soltanto a partire dalla fine delle misure restrittive della libertà personale, disattende l'esposta giurisprudenza. Dinanzi alla Corte penale del TPF il ricorrente non si è limitato a chiedere genericamente "un'adeguata indennità" a titolo di riparazione del torto morale, ma ha quantificato la pretesa ed ha esplicitamente chiesto il riconoscimento di interessi del 5 %. Non si può pertanto ritenere che vi abbia rinunciato (cfr., per il caso di una rinuncia, sentenza 6B_632/2017 del 22 febbraio 2018 consid. 2.4). La precedente istanza dovrà quindi nuovamente statuire su questo aspetto.
7.
7.1. Ne segue che, in quanto ammissibile, il ricorso deve essere parzialmente accolto, limitatamente alla questione degli interessi sulla riparazione del torto morale. Il dispositivo n. 5 del punto I della sentenza impugnata deve quindi essere annullato e la causa deve essere rinviata al TPF per un nuovo giudizio su questi interessi.
7.2. Una parte delle spese giudiziarie è posta a carico del ricorrente, in considerazione della sua prevalente soccombenza (<ref-law>). Non si prelevano per contro spese giudiziarie a carico del MPC (<ref-law>). Al ricorrente, parzialmente vincente in questa procedura, deve essere riconosciuta, a carico della Confederazione, un'indennità ridotta a titolo di ripetibili di questa sede (cfr. <ref-law>).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1.
Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è parzialmente accolto. Il dispositivo n. 5 del punto I della sentenza emanata il 29 agosto 2016 dalla Corte penale del TPF è annullato nella misura in cui concerne gli interessi sulla riparazione del torto morale. La causa è rinviata al TPF per un nuovo giudizio nel senso dei considerandi.
2.
Le spese giudiziarie di fr. 2'000.-- sono poste a carico del ricorrente.
3.
La Confederazione (Ministero pubblico) verserà al ricorrente un'indennità di fr. 1'000.-- a titolo di ripetibili di questa sede.
4.
Comunicazione alla patrocinatrice del ricorrente, al Ministero pubblico della Confederazione e alla Corte penale del Tribunale penale federale.