Sachverhalt:
A.
A.a. Mit Verfügung vom 1. Juli 2010 sprach die IV-Stelle des Kantons Aargau dem 1969 geborenen A._ gestützt auf ein polydisziplinäres Gutachten der Ärztlichen Begutachtungsinstitut GmbH (ABI), Basel, vom 16. März 2009 für die Zeit vom 1. Oktober 2005 bis 31. Januar 2006 eine Viertelsrente und vom 1. Februar 2006 bis 31. Mai 2007 eine befristete ganze Invalidenrente zu. Die dagegen erhobene Beschwerde wies das Versicherungsgericht des Kantons Aargau mit Entscheid vom 27. Januar 2011 ab. Auf die hiergegen geführte Beschwerde trat das Bundesgericht nicht ein (Urteil 8C_248/2011 vom 12. April 2011).
A.b. Mit Schreiben vom 24. Mai 2012 meldete sich A._ unter Hinweis auf eine zwischenzeitlich eingetretene gesundheitliche Verschlechterung erneut bei der Invalidenversicherung zum Leistungsbezug an. Ein erster Nichteintretensentscheid der IV-Stelle vom 21. November 2012 hob das Versicherungsgericht des Kantons Aargau mit Entscheid vom 28. März 2013 auf. Es wies die Sache zur Durchführung eines Vorbescheidverfahrens und zum anschliessenden Erlass einer neuen Verfügung an die Verwaltung zurück. Mit Verfügung vom 17. Januar 2014 trat die IV-Stelle nach durchgeführtem Vorbescheidverfahren wiederum nicht auf die Neuanmeldung des A._ ein. Das Versicherungsgericht des Kantons Aargau hob auch diesen Verwaltungsakt auf und wies die Sache an die IV-Stelle zurück, damit sie auf die Neuanmeldung eintrete und materiell über die Rentenfrage entscheide (Entscheid vom 5. Dezember 2014).
A.c. Die IV-Stelle holte in der Folge Berichte der behandelnden Ärzte ein und veranlasste eine bidisziplinäre (orthopädisch/psychiatrisch) Begutachtung durch die Academy of Swiss Insurance (asim), Universitätsspital Basel (Expertise vom 14. März 2016). Mit Vorbescheid vom 30. Mai 2016 stellte sie A._ die Abweisung des Leistungsgesuchs bei einem Invaliditätsgrad von 21 % in Aussicht. Daran hielt sie mit Verfügung vom 16. Juni 2017 fest.
B.
Die hiergegen erhobene Beschwerde hiess das Versicherungsgericht des Kantons Aargau - nach Einholung einer Stellungnahme der asim vom 26. März 2018 - mit Entscheid vom 12. Juli 2018 teilweise gut, hob die Verfügung vom 16. Juni 2017 auf und sprach A._ ab dem 1. November 2012 eine Viertelsrente zu.
C.
Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beantragt die IV-Stelle, der angefochtene Entscheid sei aufzuheben und die Verfügung vom 16. Juni 2017 zu bestätigen. Eventualiter sei festzustellen, dass ein Invaliditätsgrad von 39 % bestehe. Zudem sei der Beschwerde aufschiebende Wirkung zu erteilen.
A._ lässt Abweisung der Beschwerde beantragen. Eventualiter sei der angefochtene Entscheid aufzuheben und eine neutrale Begutachtung anzuordnen. Das Bundesamt für Sozialversicherungen (BSV) verzichtet auf eine Vernehmlassung.
D.
Das Bundesgericht erteilte der Beschwerde der IV-Stelle am 11. Oktober 2018 aufschiebende Wirkung.

Erwägungen:
1.
Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann unter anderem die Verletzung von Bundesrecht gerügt werden (<ref-law>). Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law>). Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law>).
Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Indes prüft es, unter Berücksichtigung der allgemeinen Begründungspflicht der Beschwerde (vgl. <ref-law>), grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind (<ref-ruling> E. 1 S. 236).
2.
2.1. Das kantonale Gericht hat die gesetzlichen Bestimmungen und die von der Rechtsprechung entwickelten Grundsätze, namentlich zur - analog der Rentenrevision nach <ref-law> vorzunehmenden - Überprüfung des Anspruchs auf eine Invalidenrente im Zuge einer Neuanmeldung (<ref-ruling> E. 5.3 S. 112; <ref-ruling> E. 3 S. 132 f.; <ref-ruling> E. 2.3 S. 10 f.) sowie zum Beweiswert und zur Beweiswürdigung ärztlicher Berichte und Gutachten (<ref-ruling> E. 6.2.2 S. 269; <ref-ruling> E. 5.1 S. 232; <ref-ruling> E. 3 S. 352 mit Hinweisen), zutreffend dargelegt. Darauf wird verwiesen.
2.2. Bei den gerichtlichen Feststellungen zum Gesundheitszustand und zur Arbeitsfähigkeit bzw. deren Veränderung in einem bestimmten Zeitraum handelt es sich grundsätzlich um Entscheidungen über Tatfragen. Gleiches gilt für die konkrete Beweiswürdigung. Dagegen sind die Beachtung des Untersuchungsgrundsatzes und der Beweiswürdigungsregeln Rechtsfragen, die das Bundesgericht im Rahmen der den Parteien obliegenden Begründungs- bzw. Rügepflicht frei prüft (statt vieler: Urteil 9C_457/2014 vom 16. Juni 2015 E. 1.2, nicht publ. in: <ref-ruling>, aber in: SVR 2016 BVG Nr. 11 S. 47).
3.
Streitig und zu prüfen ist, ob die Vorinstanz Bundesrecht verletzte, als sie - von einer Verschlechterung des Gesundheitszustandes und einer Arbeitsfähigkeit von 70 % ausgehend - dem Versicherten mit Wirkung ab 1. November 2012 eine Viertelsrente zusprach (ermittelter Invaliditätsgrad: gerundet 40 %).
4.
4.1. Das kantonale Gericht mass dem asim-Gutachten vom 14. März 2016 vollen Beweiswert bei. Gestützt darauf stehe fest, dass der Beschwerdeführer aus somatischen Gründen in der angestammten Tätigkeit zu 100 % und in einer leidensangepassten Tätigkeit zu 30 % arbeitsunfähig sei. Aufgrund der Ausführungen des orthopädischen Gutachters Prof. Dr. med. C._, Facharzt FMH für Orthopädische Chirurgie und Traumatologie des Bewegungsapparates, sei sodann davon auszugehen, dass die Einschätzung bereits ab dem Zeitpunkt der Neuanmeldung des Versicherten am 24. Mai 2012 Geltung habe. Hinsichtlich der Voraussetzung einer wesentlichen Veränderung seit der Verfügung vom 1. Juli 2010 führte die Vorinstanz aus, zwar hätten die Gutachter festgehalten, dass sich der Gesundheitszustand des Beschwerdeführers seit dem ABI-Gutachten vom 16. März 2009 trotz der neuen Befunde im Bereich der HWS und der linken Schulter insofern nicht wesentlich verändert habe, als der daraus resultierenden - ausschliesslich qualitativen - Einschränkung der Arbeitsfähigkeit mit dem schon von den ABI-Ärzten definierten Belastbarkeitsprofil einer Verweistätigkeit vollumfänglich Rechnung getragen werde. Der asim-Expertise seien jedoch klar neue Befunde mit Auswirkungen auf die Arbeitsfähigkeit - namentlich im Bereich der linken Schulter - zu entnehmen. Insofern liege nicht bloss eine andere Beurteilung desselben Sachverhalts, sondern eine wesentliche Veränderung des Gesundheitszustands und damit ein Revisionsgrund im Sinne von <ref-law> vor, womit der Rentenanspruch frei zu prüfen sei. Ausgehend von einem Valideneinkommen von Fr. 75'732.80 und einem Invalideneinkommen von Fr. 45'624.- berechnete das kantonale Gericht schliesslich einen Invaliditätsgrad von 39,76 % per November 2012, was unter Berücksichtigung der Rundungsregeln einen Anspruch auf eine Viertelsrente bedeutete.
4.2. Die Beschwerdeführerin rügt eine offensichtlich unrichtige Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz. Der Schluss auf eine wesentliche Veränderung des Gesundheitszustands sei unhaltbar. Der orthopädische Gutachter der asim habe sich ausdrücklich mit den neu diagnostizierten Leiden (u.a. degenerative Veränderungen der Halswirbelsäule [HWS] und eine Impingementsymptomatik der linken Schulter) auseinandergesetzt und sei zum Ergebnis gekommen, dass sich der Gesundheitszustand des Beschwerdeführers im Vergleich zum ABI-Gutachten im Jahre 2009 nicht entscheidend verändert habe. Diese Feststellung habe er in der von der Vorinstanz eingeholten Stellungnahme vom 26. März 2018 nicht revidiert oder angepasst. Bei der gutachterlich attestierten Arbeitsunfähigkeit von 30 % handle es sich somit lediglich um eine revisonsrechtlich unbeachtliche andere Beurteilung desselben Sachverhalts. Sodann habe das kantonale Gericht übersehen, dass eine allfällige wesentliche Veränderung des Gesundheitszustands erstmals im Gutachten vom 14. März 2016 resp. im orthopädischen Fachgutachten vom 4. Dezember 2015 festgestellt worden sei. Aus den medizinischen Akten ergebe sich kein Hinweis dafür, dass die Impingementsymptomatik der Schulter links, welche die Vorinstanz als die wesentliche Veränderung bezeichnet habe, bereits früher bestanden habe. Folglich sei davon auszugehen, dass die Veränderung mit überwiegender Wahrscheinlichkeit frühestens auf den Zeitpunkt der Begutachtung eingetreten sei und der Einkommensvergleich dementsprechend auf diesen Zeitpunkt hin vorzunehmen sei. Selbst bei Annahme einer 30%igen Arbeitsunfähigkeit ergebe sich für das Jahr 2015 ein rentenausschliessender Invaliditätsgrad von gerundet 39 %.
5.
5.1. Die Gutachter der asim hielten in ihrer bidisziplinären Beurteilung fest, aus orthopädischer Sicht liessen sich degenerative Veränderungen im Bereich der unteren HWS, der linken Schulter, beider Hüften und im Fuss links objektivieren. Aufgrund der erhobenen Befunde seien dem Exploranden seine angestammten Tätigkeiten als Kran- und Baggerführer wie auch als Bauarbeiter nicht mehr zumutbar. Hingegen seien die objektivierbaren Befunde nicht derart ausgeprägt, dass sie in einer adaptierten Tätigkeit zu einer Einschränkung der Arbeitsfähigkeit führen würden. Aus psychiatrischer Sicht könne keine Diagnose mit Einfluss auf die Arbeitsfähigkeit gestellt werden. Insgesamt habe sich somit der Gesundheitszustand des Versicherten im Vergleich zum Gutachten des ABI im Jahr 2009 nicht entscheidend verändert. Auch wenn nun neu degenerative Veränderungen der HWS, eine Impingementsymptomatik der linken Schulter und weitere in der orthopädischen Diagnoseliste aufgeführte Veränderungen nachweisbar seien, würden diese nur zu einer Unzumutbarkeit für körperlich schwere und mittelschwere Tätigkeiten führen, wohingegen in einer körperlich leichten, adaptierten Tätigkeit nach wie vor eine volle Arbeitsfähigkeit bestehe. Weiter führten die Experten aus, seit der Begutachtung im ABI habe sich im bisherigen zeitlichen Verlauf keine andersartige Einschätzung der Arbeitsfähigkeit ergeben. Die Frage, ob es seit der Verfügung vom 1. Juli 2010 aufgrund von Veränderungen des Gesundheitszustands zu Verbesserungen oder Verschlechterungen der Arbeitsfähigkeit für angepasste Tätigkeiten gekommen sei, verneinten die Gutachter.
5.2. Im orthopädischen Fachgutachten vom 4. Dezember 2015 hielt Prof. Dr. med. C._ indessen fest, für leichte körperliche Arbeiten, wechselseitig belastend, hauptsächlich sitzend, teilweise stehend, teilweise gehend, ohne die Notwendigkeit in Zwangspositionen arbeiten zu müssen und ohne Gewichte über 10 kg tragen zu müssen, ohne die Notwendigkeit auf unebenem Gelände, Treppen oder Leitern gehen zu müssen und ohne Notwendigkeit, Überkopfarbeiten durchführen zu müssen, sei der Explorand aus rein orthopädischer Sicht zu 70 % arbeitsfähig. Die Reduktion der Arbeitsfähigkeit beruhe dabei auf einem vermehrten Pausenbedarf zur Vermeidung der Exazerbation der Beschwerdesymptomatik. Somit stehe man im Einklang mit der Einschätzung der Vorgutachter im Jahr 2009, welche eine Arbeitsfähigkeit von 70 % aufgrund der körperlichen Beschwerden festgelegt hätten. Prof. Dr. med. C._ merkte an, dass sich die Diagnoseliste zwar von derjenigen im ABI-Gutachten unterscheide, die klinischen Befunde im Bereich der HWS, Lendenwirbelsäule (LWS), der Hüfte links, dem Knie links und dem Fuss links würden aber nicht wesentlich voneinander abweichen. Warum die klinischen Befunde in der Diagnoseliste im ABI-Gutachten nicht aufgeführt worden seien, könne nicht erklärt werden.
6.
6.1. Nach dem Gesagten hat Prof. Dr. med. C._ mehrfach unmissverständlich bestätigt, dass sich der Gesundheitszustand des Beschwerdeführers im Vergleich zur Verfügung vom 1. Juli 2010 resp. zum ABI-Gutachten im Jahr 2009 nicht wesentlich verändert hat. Damit ist die vorinstanzliche Feststellung einer Verschlechterung des Gesundheitszustands im massgebenden Vergleichszeitraum unhaltbar (vgl. E. 1 hiervor). Daran ändert nichts, dass Prof. Dr. med. C._ mit Schreiben vom 26. März 2018 den Widerspruch zwischen der im Gesamtgutachten attestierten 100%igen Arbeitsfähigkeit in einer angepassten Tätigkeit und der von ihm im orthopädischen Teilgutachten bescheinigten 30%igen Arbeitsunfähigkeit in einer Verweistätigkeit damit erklärte, in der gesamtmedizinischen Einschätzung sei der erhöhte Pausenbedarf versehentlich nicht entsprechend berücksichtigt worden und folglich fälschlicherweise eine voll zumutbare Arbeitsfähigkeit bescheinigt worden. Wie die Beschwerdeführerin zu Recht vorbringt, hat Prof. Dr. med. C._ seine Beurteilung betreffend Veränderung des Gesundheitszustands nicht revidiert. Die 30%ige Arbeitsunfähigkeit begründete er mit einem vermehrten Pausenbedarf zur Vermeidung der Exazerbation der Beschwerdesymptomatik. Dass der vermehrte Pausenbedarf auf eine gesundheitliche Verschlechterung zurückzuführen wäre, ergibt sich aus dem asim-Gutachten nicht. Wenn Prof. Dr. med. C._ in seinem Teilgutachten in der irrtümlichen Annahme, die ABI-Gutachter hätten eine 70%ige Arbeitsfähigkeit festgelegt, selber auch eine 70%ige Arbeitsfähigkeit attestierte und er dann im Gesamtgutachten in der (richtigen) Annahme, im ABI-Gutachten sei eine 100%ige Arbeitsfähigkeit festgelegt worden, (versehentlich) ebenfalls eine 100%ige Arbeitsfähigkeit attestierte, so kann dies letztlich nur so verstanden werden, dass er in zeitlicher Hinsicht einen unveränderten Verlauf der Arbeitsfähigkeit zeichnen wollte. Soweit die Vorinstanz in den von Prof. Dr. med. C._ neu erhobenen Befunden, insbesondere betreffend die linke Schulter, eine wesentliche Veränderung des Gesundheitszustands des Beschwerdeführers erblickt, steht dies in klarem Widerspruch zur Beurteilung im orthopädischen Fachgutachten vom 4. Dezember 2015, wonach sich die aktuell erhobenen klinischen Befunde von denjenigen im ABI-Gutachten nicht wesentlich unterscheiden würden, wie auch zur gesamtmedizinischen Einschätzung, gemäss welcher sich der Gesundheitszustand im Vergleich zum ABI-Gutachten im Jahr 2009 nicht entscheidend verändert habe. In diesem Zusammenhang sei darauf hingewiesen, dass rechtsprechungsgemäss nicht bereits "irgendeine" Veränderung des Sachverhalts für eine Rentenanpassung genügt. Auch eine hinzugetretene oder weggefallene Diagnose stellt nicht per se einen Revisionsgrund dar, da damit das quantitative Element der (erheblichen) Gesundheitsverbesserung oder -verschlechterung nicht zwingend ausgewiesen ist (BGE <ref-ruling> E. 5.2 S. 12).
6.2. Nach dem Gesagten ist eine relevante Gesundheitsverschlechterung, d.h. eine solche, die den Rentenanspruch berührt (vgl. BGE <ref-ruling> E. 5.2; Urteil 9C_754/2014 vom 11. Juni 2015 E. 4.2), nicht ausgewiesen. Bei der Einschätzung einer 70%igen Arbeitsfähigkeit des Prof. Dr. med. C._ handelt es sich vielmehr lediglich um eine andere Beurteilung eines im Wesentlichen unverändert gebliebenen Sachverhalts, was im revisionsrechtlichen Kontext unbeachtlich ist (BGE <ref-ruling> E. 2.3 S. 10 f. mit Hinweisen). Weil es damit an einem Revisions- resp. Neuanmeldungsgrund fehlt, bleibt kein Raum für eine in rechtlicher und tatsächlicher Hinsicht umfassende Prüfung des Rentenanspruchs. Somit war die am 16. Juni 2017 verfügte Leistungsabweisung rechtens. Die Beschwerde ist begründet.
7.
An diesem Ergebnis vermögen auch die Vorbringen des Beschwerdegegners in seiner Vernehmlassung nichts zu ändern. Soweit er den Beweiswert des asim-Gutachtens bestreitet und eine Arbeitsunfähigkeit von mindestens 50 % geltend macht, ist festzuhalten, dass die Vorinstanz seine Kritik einlässlich und mit zutreffender Begründung entkräftet hat. Dabei hat es sein Bewenden, zumal sich der Beschwerdegegner mit den entsprechenden Erwägungen nicht ansatzweise auseinandersetzt. Seine Ausführungen betreffend Veränderung des Gesundheitszustands sind ebenfalls nicht stichhaltig, ist doch nicht ersichtlich, worin er eine wesentliche Verschlechterung erblickt.
8.
Dem Verfahrensausgang entsprechend sind die Gerichtskosten dem unterliegenden Beschwerdegegner aufzuerlegen (<ref-law>). Die obsiegende Beschwerdeführerin hat keinen Anspruch auf eine Parteientschädigung (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird gutgeheissen. Der Entscheid des Versicherungsgerichts des Kantons Aargau vom 12. Juli 2018 wird aufgehoben und die Verfügung der IV-Stelle des Kantons Aargau vom 16. Juni 2017 bestätigt.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 800.- werden dem Beschwerdegegner auferlegt.
3.
Die Sache wird zur Neuverlegung der Kosten des vorangegangenen Verfahrens an das Versicherungsgericht des Kantons Aargau zurückgewiesen.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien, dem Versicherungsgericht des Kantons Aargau, dem Bundesamt für Sozialversicherungen und der Sammelstiftung D._ schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 26. November 2018
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Maillard
Der Gerichtsschreiber: Wüest