Sachverhalt:
A.
Die A._ betreibt an der X._strasse "..." in Kloten auf den Parzellen Kat.-Nrn. 5577 und 5578 seit ca. 2002 ohne Bewilligung eine Recycling-Umschlag- und Sammelstation. Am 25. Juli 2016 reichte sie ein (unter Mitwirkung der Stadt Kloten und der zuständigen kantonalen Ämter überarbeitetes) Baugesuch betreffend Abbruch, Anbau, Umbau und Nutzungsänderung der gewerblich genutzten Bauten des in der Landwirtschaftszone gelegenen früheren Kieswerks ein. Mit Gesamtverfügung vom 29. Dezember 2016 erteilte die Baudirektion des Kantons Zürich die raumplanungsrechtliche und die naturschutzrechtliche Bewilligung unter diversen Nebenbestimmungen. Sie wurde der A._ zusammen mit der Baubewilligung der Stadt Kloten vom 17. Januar 2017 eröffnet.
Am 7. Dezember 2017 hiess das Baurekursgericht des Kantons Zürich den dagegen erhobenen Rekurs von Pro Natura - Schweizerischer Bund für Naturschutz (Schweiz) und der Pro Natura Zürich gut und wies die Sache an die Vorinstanzen zur Fortsetzung des Verfahrens im Sinne der Erwägungen zurück. Das Baurekursgericht war zum Schluss gekommen, das Amphibienlaichgebiet von nationaler Bedeutung im Bereich des ehemaligen Kieswerks sei ungenügend berücksichtigt worden. Die dagegen von der A._ erhobene Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich am 4. Oktober 2018 ab, soweit es darauf eintrat.
B.
Mit Eingabe vom 13. November 2018 führt die A._ Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht. Sie beantragt, der angefochtene Entscheid vom 4. Oktober 2018 sei aufzuheben. Bezüglich des Areals Gwärfi, Kloten, sei mittels Urteil der Bestandesschutz der bestehenden Gebäude sowie der heutigen Nutzung als Recycling-Umschlag- und Sammelstation festzustellen. Eventualiter seien die baurechtlichen Bewilligungen vom 17. Januar 2017 und vom 29. Dezember 2016 des Stadtrats Kloten sowie der Baudirektion des Kantons Zürich zu bestätigen. Subeventualiter sei der angefochtene Entscheid aufzuheben und die Sache an die Vorinstanz zurückzuweisen. Die Vorinstanz sei anzuweisen, den Entscheid des Baurekursgerichts des Kantons Zürich vom 7. Dezember 2017 insofern aufzuheben, als damit dem Stadtrat sowie der Baudirektion in den Erwägungen 7.7 bis 7.9 konkrete Anweisungen für einen Entscheid in der Sache gegeben werden und der Pro Natura Schweiz eine Parteientschädigung zugesprochen werde.
Pro Natura Schweiz (Beschwerdegegnerin 1) und Pro Natura Zürich (Beschwerdegegnerin 2) beantragen die Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei. Das Verwaltungsgericht verzichtet auf eine Stellungnahme. Das Bundesamt für Raumentwicklung beantragt die Abweisung der Beschwerde. Das Bundesamt für Umwelt (BAFU) machte insbesondere Ausführungen zur Vereinbarkeit der Recyclinganlage mit den Schutzzielen der Amphibienlaichgebiete-Verordnung. Die Stadt Kloten verzichtet auf eine Stellungnahme. Die Baudirektion nimmt Stellung und verweist auf den Mitbericht des Amtes für Landschaft und Natur des Kantons Zürich. Dieses hielt fest, dem Gwärfi Areal könne keine industriell-gewerbliche Nutzung unterstellt werden, selbst wenn möglicherweise früher einmal Haushaltskehricht in anderen Kiesgruben deponiert worden sei. Weiter treffe es nicht zu, das auf dem Gwärfi Areal nie Kies abgebaut worden sei. Die Beschwerdegegnerinnen und Beschwerdeführerin halten an ihren Anträgen fest.
C.
Mit Präsidialverfügung vom 11. Dezember 2018 wies das Bundesgericht das Begehren um aufschiebende Wirkung der Beschwerde ab.

Erwägungen:
1.
1.1. Angefochten ist ein kantonal letztinstanzlicher Entscheid des Verwaltungsgerichts im Bereich des Baurechts, dagegen steht grundsätzlich die Beschwerde an das Bundesgericht offen (Art. 82 f. BGG, <ref-ruling> E. 2 S. 356). Die Beschwerdeführerin ist Eigentümerin der Bauten und Anlagen auf dem Gwärfi-Areal und ist als Baugesuchstellerin zur Beschwerde befugt (<ref-law>). Fraglich ist allerdings, ob es sich beim angefochtenen Entscheid um einen Endentscheid (<ref-law>) oder einen Zwischenentscheid (<ref-law>) handelt.
1.2. Die Beschwerdeführerin ist der Auffassung, es handle sich um einen Endentscheid. Selbst wenn aber von einem Zwischenentscheid ausgegangen würde, läge ihrer Ansicht nach ein zulässiges Anfechtungsobjekt vor. Das Baurekursgericht habe der Baudirektion konkrete Anweisungen erteilt und Feststellungen gemacht, welche Letzterer praktisch keine Entscheidungsfreiheit mehr belassen würden. Es sei davon auszugehen, dass die Baudirektion bzw. der Stadtrat die gemachten Anweisungen bereits während des Verfahrens umsetzen werden, was je nach Ausgestaltung ihren Betrieb schwerwiegend beeinträchtigen könne, weshalb ihr ein nicht wiedergutzumachender Nachteil drohe. Bei einer Gutheissung der Beschwerde, d.h. der Feststellung des Bestandesschutzes der bestehenden Gebäude und Nutzung bzw. Bestätigung der baurechtlichen Bewilligungen, könne ein sofortiger Entscheid in der Sache herbeigeführt werden.
1.3. Die Beschwerdegegnerinnen bringen dagegen vor, der vorinstanzliche Entscheid betreffend Feststellung möge allenfalls einen Endentscheid darstellen. Fraglich sei diesbezüglich allerdings, ob ein schutzwürdiges Interesse an der Feststellung betreffend Bestandesschutz bestehe. Soweit die Vorinstanz die Sache zurückgewiesen habe und den Rückweisungsentscheid des Baurekursgerichts bestätigt habe, handle es sich indessen um einen grundsätzlich nicht anfechtbaren Zwischenentscheid. Da keine konkreten Nachteile ersichtlich seien, sei auf den Eventual- und den Subeventualantrag nicht einzutreten.
1.4. Die Vorinstanz wies die Beschwerde ab und bestätigte damit den Rückweisungsentscheid des Baurekursgerichts. Dabei hielt sie fest, das Objekt müsse vorweg abgegrenzt werden, damit überprüft werden könne, ob es mit dem Schutzziel der Amphibienlaichgebiete-Verordnung vereinbar sei. Nichtsdestotrotz prüfte sie aber die Voraussetzungen einer allfälligen Bewilligung und stellte fest, es sei fraglich, ob die Recyclinganlage mit dem Schutzziel der genannten Verordnung vereinbar sei. Insofern behandelt sie die wesentlichen Grundsatzfragen der Bewilligungspflicht und der Voraussetzungen einer Bewilligung im angefochtenen Entscheid selbst. Beim angefochtenen Entscheid ist gemäss bundesgerichtlicher Rechtsprechung daher von einem Endentscheid auszugehen (vgl. <ref-ruling> E. 1.2 S. 148; Urteile 2C_44/2018 vom 31. Januar 2020 E. 1.2.1, zur Publikation vorgesehen; 1C_572/2018 vom 31. Oktober 2019 E. 1.3; je mit Hinweisen).
2.
2.1. Die Beschwerdeführerin ist alsdann der Auffassung, die Vorinstanz habe die Legitimation der Beschwerdegegnerin 1 zu Unrecht unter Berufung auf den Vertrauensschutz bejaht. Seit <ref-ruling> seien gesamtschweizerische ideelle Vereinigungen gehalten, an kantonalen und eidgenössischen Einsprache- und Beschwerdeverfahren von Anfang an teilzunehmen. Der vorliegend fehlende Hinweis auf die Vertretungsverhältnisse vor dem Baurekursgericht sei als Versäumnis der Beschwerdegegnerinnen zu qualifizieren. Aus diesem Grund hätte auf den Rekurs der Beschwerdegegnerin 1 nicht eingetreten und ihr auch keine Parteientschädigung zugesprochen werden dürfen.
2.2. Diesen Ausführungen kann nicht gefolgt werden. Es ist nicht zu beanstanden, wenn die Vorinstanz die Beschwerdelegitimation der Beschwerdegegnerin 1 aufgrund des Vertrauensschutzes anerkannt hat. Die Vorinstanz hat zu Recht festgehalten, die Beschwerdegegnerin 1 habe nicht mit einer Praxisänderung des Baurekursgerichts, welches bisher keinen ausdrücklichen Hinweis auf das Vertretungsverhältnis verlangte, rechnen müssen. Gemäss den zutreffenden vorinstanzlichen Feststellungen hat die Beschwerdegegnerin 1 das Begehren um Zustellung des baurechtlichen Entscheids (vgl. § 315 des Zürcherischen Planungs- und Baugesetzes vom 7. September 1975 [PBG; LS 700.1]; <ref-ruling> E. 3b S. 229) gestellt, bevor die Praxisänderung, deren Rechtmässigkeit von den Parteien nicht beanstandet wird, erging. Daran ändert auch ihr Verweis auf <ref-ruling> nichts, da damals ein bundesrechtliches Verfahren vor eidgenössischen Behörden Verfahrensgegenstand war. Es kann im Übrigen auf die Erwägung der Vorinstanz (E. 2 des angefochtenen Entscheids) verwiesen werden.
3.
3.1. Vorliegend ist unbestritten, dass die streitbetroffenen Gebäude und Anlagen des ehemaligen Kieswerks Gwärfi auf den beiden Grundstücken Kat.-Nrn. 5577 und 5578 bereits seit ca. 2002 ohne Bewilligung vollständig als Recycling-Umschlag- und Sammelstation genutzt werden. Umstritten ist indessen, ob diese Umnutzung baubewilligungspflichtig ist.
3.2. Die Vorinstanz erwog, der Antrag der Beschwerdeführerin auf Feststellung des Bestandesschutzes sei in dem Sinne zu verstehen, dass das Fehlen der Bau- bzw. Ausnahmebewilligungspflicht festzustellen sei. Insofern wies sie ihre Beschwerde ab. Sie hielt fest, die Recyclinganlage der Beschwerdeführerin befinde sich in der Landwirtschaftszone und werde gewerblich genutzt, folglich sei sie nicht zonenkonform und bedürfe einer Ausnahmebewilligung i.S.v. Art. 24 bzw. Art. 37a RPG. Die Beschwerdeführerin verkenne die Tragweite des Bestandesschutzes, wenn sie aus der angeblich unveränderten Benutzung des Areals das Gegenteil ableiten wolle.
3.3. Die Beschwerdeführerin rügt demgegenüber, die Vorinstanz habe den Sachverhalt offensichtlich falsch dargestellt, wenn sie eine bewilligungspflichtige Zweckänderung bejaht habe. Diese Feststellung stehe im klaren Widerspruch zu den Akten und sei unhaltbar. Es liege keine Nutzungs- oder Zweckänderung des Betriebsareals Gwärfi vor. Die bestehenden Nutzungen lägen im Rahmen der früher erteilten Bewilligungen und würden Bestandesschutz geniessen. Es sei weder ein Baugesuch noch eine Baubewilligung erforderlich, weshalb sie stets beantragt habe, der Bestandesschutz der bestehenden Gebäude und deren Nutzung als Recycling-Umschlag- und Sammelstation sei gerichtlich festzustellen.
3.4. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den von der Vorinstanz festgestellten Sachverhalt zugrunde (<ref-law>), es sei denn, dieser sei offensichtlich unrichtig oder beruhe auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> (vgl. Art. 97 Abs. 1 und Art. 105 Abs. 2 BGG).
3.5. Wie den vorinstanzlichen Feststellungen und den Akten entnommen werden kann, wurde im Jahr 1946 die erste Baubewilligung für das Kieswerk erteilt. Seither wurden diverse Ergänzungen und Erweiterungen bewilligt (u.a. für die Errichtung eines Beton-Mischturms, eines WC- und Waschraumcontainers etc.). Die Vorinstanz führte aus, dass auf dem Areal von ca. 1930 bis 1960 Kies abgebaut und aufbereitet und das Gelände später bis ca. 1980 als Betonfabrik genutzt wurde. In den Folgejahren habe das Gwärfi Areal sodann als Werkareal und Betriebszentrum für einen Transportbetrieb gedient und sei ab ca. 2002 für den heutigen Recyclingbetrieb umgenutzt worden. Es habe sich folglich um verschiedenartige Nutzungen gehandelt, die zeitlich nicht direkt aufeinander gefolgt seien. Soweit die Beschwerdeführerin darin keine Umnutzung bzw. Zweckänderung erkennen will, kann ihr nicht gefolgt werden. Daran ändert auch ihr Einwand nichts, wonach die Nutzung seit jeher gleich gelagert gewesen sei und stets Tätigkeiten im "Abfall- und Entsorgungsbereich" stattgefunden hätten. Dies trifft wie aufgezeigt nicht zu, zumal die Ablagerung und Sortierung des Naturprodukts Kies ohnehin nicht mit dem Recycling von Siedlungsabfällen bzw. Elektroschrott, der von aussen herangeführt wird, verglichen werden kann. Diese Nutzungen ziehen völlig anders gelagerte mögliche Auswirkungen auf die Umwelt nach sich. Die Änderung von einem Kies- und Betonwerk zu einer Recycling-Umschlag- und Sammelstation entspricht wie von der Vorinstanz zu Recht erwogen einer vollständigen Zweckänderung, welche bewilligungspflichtig ist. Die diesbezüglichen Ausführungen sind nicht zu beanstanden.
Es ist sodann offensichtlich, dass die Nutzung der Recycling-Umschlag- und Sammelstation keiner in der Landwirtschaftszone zugelassenen Nutzung entspricht. Landwirtschaftszonen sollen gemäss Art. 16 Abs. 1 RPG der langfristigen Sicherung der Ernährungsbasis des Landes, der Erhaltung der Landschaft und des Erholungsraums oder dem ökologischen Ausgleich dienen und entsprechend ihren verschiedenen Funktionen von Überbauungen weitgehend freigehalten werden. Diesen Zielen widerspricht die vorliegend umstrittene Recyclinganlage in der Landwirtschaftszone diametral. Da eine solche Anlage in der Regel nicht standortgebunden ist, ist sie in der Bauzone zu errichten, wie dies im Übrigen auch der Richtplan des Kantons Zürich ausdrücklich vorschreibt. Demgemäss sind Anlagen für die Behandlung und das Rezyklieren von Siedlungs- und Betriebsabfällen grundsätzlich innerhalb des Siedlungsgebiets zu realisieren (vgl. Richtplan des Kantons Zürich, Stand 22. Oktober 2018, Ziff. 5.7.2).
Dem Baugesuch der Beschwerdeführerin kann sodann entnommen werden, dass neben der Nutzungsänderung auch ein An- bzw. Umbau sowie ein Abbruch geplant ist bzw. nachträglich bewilligt werden sollen. Wenn die Vorinstanz insofern festhielt, diese baulichen Änderungen hätten auch dann nicht ohne Bewilligung durchgeführt werden dürfen, wenn die Nutzung tatsächlich unverändert geblieben wäre, trifft dies ebenfalls zu und ist nicht zu beanstanden. Die Rüge der falschen Sachverhaltsfeststellung erweist sich unter diesen Umständen als unbegründet.
4.
Nachdem feststeht, dass eine bewilligungspflichtige Zweckänderung vorliegt, gilt es zu prüfen, ob eine Bewilligung nachträglich erteilt werden kann.
4.1. Das Gwärfi Areal liegt wie erwähnt in der Landwirtschaftszone. Betroffen sind mithin zonenfremde gewerbliche Bauten ausserhalb der Bauzone. Demzufolge fällt eine Bewilligung für eine zonenkonforme Anlage nach Art. 22 Abs. 2 RPG ausser Betracht. Für nicht zonenkonforme Vorhaben ist eine Ausnahmebewilligung nach Art. 24 f. RPG erforderlich. Art. 37a RPG und <ref-law> (SR 700.1) enthalten spezielle Regelungen für den Besitzstandesschutz von altrechtlichen gewerblichen Bauten und Anlagen in der Landwirtschaftszone. Diese gehen in ihrem Anwendungsbereich den allgemeinen Bestimmungen nach Art. 24a RPG und <ref-law> vor und sind deshalb vorab zu prüfen.
Gemäss Art. 37a RPG regelt der Bundesrat, unter welchen Voraussetzungen Zweckänderungen gewerblich genutzter Bauten und Anlagen zulässig sind, die vor dem 1. Januar 1980 erstellt wurden oder seither als Folge von Änderungen der Nutzungspläne zonenwidrig geworden sind. Diesem Auftrag ist der Bundesrat in <ref-law> nachgekommen. <ref-law> bestimmt, dass Zweckänderungen und Erweiterungen von zonenwidrig gewordenen gewerblichen Bauten und Anlagen bewilligt werden können, wenn die Baute oder Anlage rechtmässig erstellt oder geändert worden ist (lit. a), keine wesentlichen neuen Auswirkungen auf Raum und Umwelt entstehen (lit. b) und die neue Nutzung nach keinem anderen Bundeserlass unzulässig ist (lit. c). Weiter müssen die Anforderungen nach <ref-law>, die als "gemeinsame Bestimmungen" auf alle im 6. Abschnitt geregelten Bauten und Anlagen ausserhalb der Bauzone Anwendung finden, kumulativ erfüllt sein. Insbesondere dürfen der nachgesuchten Änderung bzw. Erweiterung keine überwiegenden Interessen der Raumplanung entgegenstehen (<ref-law>). Dies setzt eine Gesamtbetrachtung und eine umfassende Interessenabwägung voraus (vgl. Urteil 1C_655/2015 vom 16. November 2016 E. 3). Die in Art. 37a RPG und <ref-law> vorgesehene erweiterte Besitzstandsgarantie steht mithin unter dem Vorbehalt, dass ihr keine wichtigen Anliegen der Raumplanung bzw. überwiegende Interessen entgegenstehen.
4.2. Das streitbetroffene Gwärfi Areal liegt indessen nicht nur in der Landwirtschaftszone, sondern bildet seit 2001 ein Amphibienlaichgebiet und ist als ortsfestes Objekt im Bundesinventar der Amphibienlaichgebiete von nationaler Bedeutung (IANB), welches die bedeutendsten und wichtigsten Fortpflanzungsgebiete der gefährdeten Amphibien bezeichnet, aufgenommen (vgl. Anhang 1 der AlgV, Nr. ZH506 "Lehmgrube beim Gwerfihölzli"). Teile des Geländes gehören ausserdem einem Kiesbiotop an, das im Inventar der Natur- und Landschaftsschutzgebiete von überkommunaler Bedeutung im Kanton Zürich (Natur- und Landschaftsschutzinventar 1980) eingetragen ist.
4.3. Gemäss <ref-law> ist der Bund zuständig für den Erlass von Vorschriften zum Schutz der Tier- und Pflanzenwelt und zur Erhaltung ihrer Lebensräume in der natürlichen Vielfalt. Er schützt bedrohte Arten vor dem Aussterben (vgl. Art. 18 ff. des Bundesgesetzes über den Natur- und Heimatschutz vom 1. Juli 1966 [NHG; SR 451]). <ref-law> hält fest, dass der Bundesrat nach Anhören der Kantone die Biotope von nationaler Bedeutung bezeichnet. Er bestimmt die Lage dieser Biotope und legt die Schutzziele fest. Mit Erlass des Bundesinventars IANB und der dazugehörigen Verordnung über den Schutz der Amphibienlaichgebiete von nationaler Bedeutung vom 15. Juni 2001 (Amphibienlaichgebiete-Verordnung, AlgV; SR 451.34) ist der Bundesrat seiner diesbezüglichen gesetzlichen Verpflichtung nachgekommen.
Bestandteil der Verordnung ist auch die Umschreibung der Objekte im IANB gemäss den Anhängen 1 und 2 (Art. 1 Abs. 3 AlgV). Dazu gehören insbesondere die ortsfesten Objekte. Diese umfassen das Laichgewässer und angrenzende natürliche und naturnahe Flächen (Bereich A) sowie weitere Landlebensräume und Wanderkorridore (Bereich B) der Amphibien (Art. 2 AlgV). Gemäss Art. 5 AlgV legen die Kantone nach Anhörung der Grundeigentümerschaft und der Nutzungsberechtigten den genauen Grenzverlauf der ortsfesten Objekte fest. Ist diese Abgrenzung noch nicht erfolgt, so trifft die kantonale Behörde auf Antrag eine Feststellungsverfügung über die Zugehörigkeit eines Grundstücks zu einem Objekt (Art. 5 Abs. 3 AlgV). Gemäss dem in Art. 6 AlgV verankerten Schutzziel sind die ortsfesten Objekte in ihrer Qualität und Eignung als Amphibienlaichgebiete sowie als Stützpunkte für das langfristige Überleben und die Wiederansiedlung gefährdeter Amphibienarten ungeschmälert zu erhalten. Art. 7 AlgV regelt die zulässigen Abweichungen vom Schutzziel. Nach Art. 8 Abs. 1 Satz 1 AlgV treffen die Kantone nach Anhören der Grundeigentümerschaft und der Nutzungsberechtigten die zur Erreichung des Schutzziels geeigneten Schutz- und Unterhaltsmassnahmen. Die Massnahmen nach den Art. 5 Abs. 1 und 2 sowie Art. 8 müssen innert sieben Jahren nach Aufnahme der Objekte in Anhang 1 oder 2 getroffen werden (Art. 9 AlgV). Solange die Kantone keine Schutz- und Unterhaltsmassnahmen getroffen haben, haben sie gemäss Art. 10 AlgV mit geeigneten Sofortmassnahmen dafür zu sorgen, dass sich der Zustand der ortsfesten Objekte nicht verschlechtert und die Funktionsfähigkeit der Wanderobjekte erhalten bleibt. Die Kantone haben dafür zu sorgen, dass bestehende Beeinträchtigungen von Objekten bei jeder sich bietenden Gelegenheit soweit möglich beseitigt werden. Bei Wanderobjekten werden dabei die Vereinbarungen nach Art. 5 Abs. 2 berücksichtigt (Art. 11 AlgV).
4.4. Das BAFU führt in seiner Vernehmlassung aus, das vorliegende ortsfeste Objekt Nr. ZH506 sei 2001 in das IANB aufgenommen worden und umfasse im Bereich A eine Fläche von 4,58 ha und im Bereich B eine Fläche von 7,86 ha. Gemäss dem Objektblatt des IANB befinde sich das streitbetroffene Werkgelände vollumfänglich im Bereich A, wo dem Naturschutz strikter Vorrang vor anderen Nutzungen einzuräumen sei. Zumindest dieser Bereich sei durch kommunale oder kantonale, grundeigentümerverbindliche Schutzzonen oder andere geeignete Massnahmen zu schützen. Der Kanton, der den genauen Grenzverlauf noch nicht festgelegt habe, habe bisher auch keine Schutzmassnahmen i.S.v. Art. 8 Abs. 1 AlgV festgelegt, obwohl die in Art. 9 AlgV bestimmte Frist von sieben Jahren inzwischen seit mehr als 10 Jahren verstrichen sei. Zudem habe er davon abgesehen, eine Feststellungsverfügung i.S.v. Art. 5 Abs. 3 AlgV zu treffen. Der Grenzverlauf eines Objekts von nationaler Bedeutung werde indessen durch den im Kartenausschnitt des Objektblatts (Massstab 1:25'000) vorgesehenen Perimeter und damit durch Bundesrecht bestimmt. Obschon die parzellenscharfe Abgrenzung durch die Kantone zu erfolgen habe, hätten sich diese an die Vorgaben im Inventar zu halten, weshalb ihr Beurteilungsspielraum begrenzt sei. Da die umstrittene Werkanlage innerhalb des Bundesperimeters liege, könne die Überprüfung, ob die umstrittene Bewilligung mit den Schutzzielen nach Art. 6 AlgV vereinbar sei, vorgenommen werden, auch wenn die parzellenscharfe Abgrenzung durch den Kanton noch nicht erfolgt sei.
4.5. Für das Bundesgericht besteht vorliegend kein Grund, von diesen überzeugenden und nachvollziehbaren Ausführungen des BAFU abzuweichen. Nicht gefolgt werden kann daher der Auffassung der Beschwerdeführerin, wonach die Festlegung des Grenzverlaufs bereits mit der Aufnahme des Objekts in das kantonale Natur- und Landschaftsschutzinventar 1980 von überkommunaler Bedeutung erfolgt sei, welches den Perimeter des Naturschutzgebiets praktisch um den Betrieb herum auf die Parzelle Nr. 5576 festlege und die Gebäude auf den Parzellen Nr. 5577 und 5578 nicht innerhalb dieses Schutzgebiets liegen würden. Dem kantonalen Inventar kann zwar entnommen werden, dass das Werkgelände lediglich im Norden grössere Teile des Kiesbiotops beschlägt; dies ist aber vorliegend nicht ausschlaggebend. Stattdessen ist, wie vom BAFU zutreffend ausgeführt, auf das neuere Bundesinventar von 2001 abzustellen, wonach das Werkareal innerhalb des Bereichs A des Schutzgebiets liegt. Der anderslautenden Behauptung der Beschwerdeführerin kann insofern nicht gefolgt werden, zumal sie nicht vorbringt, der angefochtene Entscheid beruhe in diesem Punkt auf einer fehlerhaften Sachverhaltsfeststellung. Ebenfalls unbehelflich ist auch ihr Einwand, die Erwägungen und Nebenbestimmungen der erstinstanzlichen Verfügung könnten als implizite Festlegung des Grenzverlaufs bzw. von Schutz- und Unterhaltsmassnahmen nach Art. 8 AlgV betrachtet werden. Dies trifft nach dem Gesagten nicht zu.
4.6. Sodann stellt das BAFU zu Recht fest, der für den Schutz und die Pflege des IANB-Objekts zuständige Kanton hätte den genauen Grenzverlauf des ortsfesten Objekts gemäss Art. 5 Abs. 1 AlgV längstens festlegen müssen. Dieser hat in den letzten Jahren seit Aufnahme des Areals ins IANB nicht nur dessen Grenzverlauf nicht festgelegt, sondern darüber hinaus weder zur Erreichung des Schutzziels geeignete Schutz- und Unterhaltsmassnahmen getroffen (Art. 8 AlgV) noch Sofortmassnahmen ergriffen, damit sich der Zustand des ortsfesten Objekts nicht verschlechtert hätte (Art. 10 AlgV). Obschon der Kanton einen Gestaltungsspielraum bei der Umsetzung dieser Massnahmen (gehabt) hätte, blieb er untätig und liess die Beschwerdeführerin bei der Erweiterung ihrer Recyclinganlage, welche im Gegensatz zum ehemaligen Kieswerk nicht zur Erhaltung des Amphibienlaichgebiets beiträgt, gewähren. Dieses erhebliche Vollzugsdefizit kann indessen, insbesondere unter Berücksichtigung des Umstands, dass sich die umstrittene Recyclinganlage gemäss dem Kartenausschnitt des Objektblatts des IANB inmitten des Schutzgebiets, im Bereich A, befindet, wo der Naturschutz strikten Vorrang vor anderen Nutzungen hat (Art. 2 AlgV; Vollzugshilfe zum IANB, herausgegeben vom Bundesamt für Umwelt, Wald und Landschaft [BUWAL heute BAFU], 2002, Ziff. 2.1, S. 11), nicht länger hingenommen werden. Es gilt zu vermeiden, dass die Qualität des Biotops von nationaler Bedeutung weiter abnimmt und damit die Gefahr besteht, dass die stark gefährdeten und seltenen Amphibienarten, für welche das inventarisierte Gebiet überlebenswichtig ist, daraus verschwinden.
Im Hinblick auf eine schutzzielgerechte Erhaltung des IANB-Objekts und die Verhinderung weiterer Beeinträchtigungen des Schutzobjekts, hat daher, trotz der noch fehlenden parzellenscharfen Abgrenzung, eine sofortige Überprüfung der Baubewilligungsfähigkeit der Recyclinganlage zu erfolgen. Eine Rückweisung der Sache zur vorgängigen detaillierten Abgrenzung des Schutzobjekts würde das Verfahren unnötig in die Länge ziehen und dem vordringlichen Handlungsbedarf bzw. dem Schutzgedanken zuwiderlaufen. In diesem Zusammenhang hat das BAFU im Übrigen berechtigterweise darauf hingewiesen, dass der den Kantonen bei der Abgrenzung der Objekte zur Verfügung stehende Spielraum ohnehin gering und ihre Aufgabe darauf beschränkt sei, den Perimeter des geschützten Gebiets parzellenscharf oder in anderer eindeutiger Weise festzulegen, wobei sie sich an die Vorgaben des Bundesinventars zu halten hätten. Schliesslich kann, um dem in Art. 10 AlgV statuierten Verschlechterungsverbot gerecht zu werden, bei der Prüfung von Baugesuchen, bis zur definitiven Festlegung des Schutzobjekts bzw. bis zur parzellenscharfen Abgrenzung, eine grosszügige Ausdehnung zugrunde gelegt werden, um so negative Präjudizien zu vermeiden sowie bauliche Massnahmen und Zweckänderungen zu unterbinden, welche die ausstehende Bezeichnung bzw. Abgrenzung des Schutzobjekts beeinflussen könnten (vgl. <ref-ruling> E. 10.7 S. 258 f. mit Hinweisen).
Dies bedeutet indessen nicht, dass somit eine Abgrenzung durch den Kanton i.S.v. Art. 5 AlgV obsolet wird. Dieser ist nach wie vor verpflichtet, den Grenzverlauf festzulegen. Einzig zur Beantwortung der vorliegenden Streitfrage kann vorerst aufgrund der hohen Schutzbedürftigkeit des gemäss dem Objektblatt im Bereich A liegenden Areals und der bisherigen Verzögerung im Hinblick auf allfällige Schutzmassnahmen nicht länger zugewartet werden, bis eine parzellenscharfe Abgrenzung vorliegt. Entgegen der Ansicht der Vorinstanz und des Baurekursgerichts ist daher auf eine Rückweisung zu weiteren Abklärungen bzw. zur Festlegung des Grenzverlaufs des Objekts zu verzichten.
5.
Zu prüfen bleibt daher, ob der Recyclinganlage keine überwiegenden Interessen entgegenstehen bzw. sie mit den Schutzzielen gemäss Art. 6 AlgV vereinbar ist, was von der Vorinstanz im angefochtenen Entscheid in Frage gestellt wurde.
5.1. Gemäss dem in Art. 6 AlgV verankerten Schutzziel sind die ortsfesten Objekte in ihrer Qualität und Eignung als Amphibienlaichgebiete sowie als Stützpunkte für das langfristige Überleben und die Wiederansiedlung gefährdeter Amphibienarten ungeschmälert zu erhalten. Das Inventar der Amphibienlaichgebiete von nationaler Bedeutung dient dazu, die wichtigsten Lebensräume der Amphibien zu sichern (vgl. Rote Liste der gefährdeten Amphibien der Schweiz, BUWAL, 2005, S. 7). Die Aufnahme eines Objekts in das Inventar bedeutet mithin, dass die ortsfesten Objekte ungeschmälert erhalten werden sollen.
Wie bereits festgehalten, liegen die umstrittenen Bauten im Bereich A. Dort hat der Naturschutz strikten Vorrang vor anderen Nutzungen. Diese dürfen dem Schutzziel nicht widersprechen bzw. müssen diesem dienen (vgl. E. 4.6 hiervor). Zum Schutzziel gehören speziell die Erhaltung und Förderung des Objekts als Amphibienlaichgebiet, der Amphibienpopulationen, die den Wert des Objekts begründen, sowie des Objekts als Element im Lebensraumverbund (vgl. Bedeutung und Rechtswirkung des Inventars, in: Datenbeschrieb zum Bundesinventar der Amphibienlaichgebiete von nationaler Bedeutung, herausgegeben vom BAFU, S. 5). Der Objektbeschreibung lässt sich entnehmen, dass auf dem Gwärfi Areal mit den Gelbbauchunken (Bombina variegata), den Geburtshelferkröten (Alytes obstetricans) und den Kreuzkröten (Epidalea calamita) drei Amphibienarten vorhanden und von der Umnutzung betroffen sind, die auf der Roten Liste der gefährdeten Amphibien der Schweiz stehen und die stark gefährdet sind, d.h. für welche ein sehr grosses Risiko besteht, dass sie in unmittelbarer Zukunft in der Natur aussterben werden. Weiter umfasst das betroffene Gebiet auch Bestände von Erdkröten (Bufo bufo), die verletzlich sind, mithin ein hohes Risiko besteht, dass sie in unmittelbarer Zukunft in der Natur aussterben (vgl. Rote Liste der gefährdeten Amphibien der Schweiz, BUWAL, 2005, S. 35 und 42). Das BAFU weist in seiner Stellungnahme zu Recht darauf hin, dass die Gelbbauchunken, Geburtshelferkröten und Kreuzkröten in der Liste der National Prioritären Arten als Arten mit klarem Massnahmebedarf aufgeführt sind (vgl. Digitale Liste der National Prioritären Arten, BAFU, 2019, abrufbar unter https://www.bafu.admin.ch/bafu/de/home/ themen/biodiversitaet / publikationen-studien/publikationen/liste-national-prioritaeren-arten. html). Insofern besteht ein sehr grosses öffentliches Interesse an der ungeschmälerten Erhaltung des noch vorhandenen Lebensraums dieser Arten auf dem Gwärfi-Areal, bevor dieser unwiederbringlich zerstört und die bedrohten Amphibienarten aussterben werden.
Während das ehemalige Kieswerk zur Erhaltung der Laichgebiete beigetragen hat und diese Nutzung für die Eignung und Erhaltung des Amphibienlaichgebiets verantwortlich war, d.h. Nutzung und Schutz parallel und die Nutzung mit der nötigen Rücksicht auf die Schutzinteressen der Amphibien weitergeführt werden konnten (vgl. Vollzugshilfe BUWAL S. 11), überlässt die heutige, intensive Nutzung durch die Recyclinganlage den z.T. stark vom Aussterben bedrohten Amphibien keinen ausreichenden Lebensraum mehr und wirkt sich negativ auf den Bereich A des Schutzgebiets aus. Ein Vergleich der aktenkundigen Luftbilder aus dem Jahr 2005/2006 und 2014-2016 lässt erkennen, dass die gewerbliche Nutzung weiter ausgedehnt wurde und den Amphibien immer weniger Fläche zur Verfügung steht. Diese Ausdehnung bzw. insbesondere die damit verbundenen neuen negativen Auswirkungen auf das Biotop, wie die versiegelten Böden und das Befahren des Werkgeländes aufgrund der von aussen herangeführten Abfälle, stellen eine erhebliche Gefahr für die besonders geschützten Amphibien dar. Diesbezüglich ist auch nicht entscheidend, ob im Vergleich zur Nutzung als Kies- und Betonwerk nunmehr tatsächlich weniger Fahrten zu erwarten seien bzw. stattfänden, wie die Beschwerdeführerin behauptet, ohne irgendwelche Beweise hierfür zu erbringen. Die besonders hohe Schutzwürdigkeit des Amphibienlaichgebiets auf dem streitbetroffenen Areal wird durch den in den letzten Jahren ohne die erforderlichen Bewilligungen für die Nutzungsänderungen und Erweiterungen immer ausgedehnteren industriell-gewerblichen Betrieb auf dem Gelände unterlaufen, mit gravierenden Folgen für Natur und Biodiversität. So schrumpfte die Fläche der Feuchtgebiete als Lebensraum der Amphibien in den letzten 100 Jahren auf weniger als ein Zehntel zusammen, weshalb die (zumindest teilweise) noch erhaltenen Lebensräume gesichert werden sollten (vgl. Ausgangslage, in: Datenbeschrieb zum Bundesinventar der Amphibienlaichgebiete von nationaler Bedeutung, herausgegeben vom BAFU, S. 5). Indessen nehmen nicht nur die Lebensraumqualität ab, sondern auch die Amphibienbestände in den nationalen Objekten. So verschwand in den letzten zehn Jahren im Schnitt eine stark gefährdete Amphibienart aus jedem IANB-Objekt (vgl. https://www.bafu.admin.ch/bafu/de/home/themen/biodiversitaet/fachinformationen/massnahmen-zur-erhaltung-und-foerderung-der-biodiversitaet/oekologische-infrastruktur/biotope-von-nationaler-bedeutung/amphibienlaichgebiete.html).
Der vordringlichen Sicherung der Lebensräume und der Amphibienarten widerspricht die Umnutzung eines Betriebs in einem Schutzgebiet als Recycling-Umschlag und Sammelstation, wo Altmetalle, Glas, Karton, PET etc. getrennt, sortiert, gelagert und anschliessend der Wiederverwertung zugeführt werden. Sie steht im Widerspruch zum Schutzziel nach Art. 6 AlgV, wonach die Qualität und Eignung des Amphibienlaichgebiets für das langfristige Überleben und die Wiederansiedlung der vorliegend z.T. stark gefährdeten Amphibien ungeschmälert zu erhalten ist. Damit das Biotop seine wichtige ökologische Funktion wahrnehmen kann, muss es in einem guten Zustand erhalten werden. Einer weiteren Verschlechterung der Qualität der Laichgewässer und Landleberäume der vom Aussterben bedrohten Amphibien muss mit geeigneten Mitteln entgegengewirkt werden. Dass eine Recyclinganlage in einem Naturschutzgebiet von nationaler Bedeutung, wie von der Vorinstanz und dem Baurekursgericht festgestellt, gerade nichts zum Schutz bzw. zur Erhaltung der Laichgebiete und der Amphibienarten beiträgt, ist offenkundig. Die negativen Auswirkungen der zonenfremden und nicht standortgebundenen Anlage auf das Biotop von nationaler Bedeutung sind gravierend. Es ist mit dem Bundesrecht unvereinbar, dass eine solche Anlage über Jahre hinweg in einem besonders schützenswerten und wertvollen Gebiet, das massgeblich zur Erhaltung der Biodiversität beiträgt und in welchem dem Naturschutz strikter Vorrang vor anderen Nutzungen einzuräumen ist, geduldet wurde. An der ungeschmälerten Erhaltung dieses Gebiets und der darin vorkommenden geschützten, z.T. stark gefährdeten Arten besteht ein überwiegendes öffentliches Interesse, welches nicht länger von den rein wirtschaftlichen Nutzungsinteressen beeinträchtigt werden darf.
5.2. Nach dem Dargelegten stellt die streitige Recyclinganlage keine zulässige, bewilligungsfähige Umnutzung im Sinne von Art. 37a RPG und <ref-law> dar. Die Schutzverträglichkeit der Recyclinganlage mit dem Amphibienlaichgebiet ist zu verneinen. Der Umnutzung stehen überwiegende Interessen des Naturschutzes im Sinne von <ref-law> entgegen. Ein Weiterbetrieb als Recyclinganlage verstösst gegen Bundesrecht und ist - auch mit Blick auf die bereits entstandenen Schäden bzw. Beeinträchtigungen des Amphibienlaichgebiets - nicht (länger) verantwortbar. Das von der Beschwerdeführerin eingereichte Baugesuch kann nicht bewilligt werden, zumal vorliegend auch keine Abweichung vom Schutzziel in Frage kommt. Gemäss Art. 7 AlgV wäre eine solche bei ortsfesten Objekten nur zulässig, wenn das Vorhaben standortgebunden ist und einem überwiegenden öffentlichen Interesse dient, das ebenfalls von nationaler Bedeutung ist. Diese Anforderungen sind vorliegend, wie bereits von der Vorinstanz mit Hinweis auf Art. 24 lit. a RPG festgehalten, klarerweise nicht erfüllt: eine Recyclinganlage ist nicht auf einen Standort ausserhalb der Bauzone angewiesen und grundsätzlich innerhalb des Siedlungsgebiets zu realisieren (vgl. E. 3.5 hiervor). Es wird Aufgabe der zuständigen Bewilligungsbehörde sein, über die Herstellung des rechtmässigen Zustands zu entscheiden.
5.3. Liegen die Voraussetzungen von Art. 37a RPG i.V.m. <ref-law> nicht vor, wird sodann mit der Verweigerung einer Ausnahmebewilligung, entgegen der Behauptung der Beschwerdeführerin, auch ihre Eigentumsgarantie nicht verletzt.
6.
Demzufolge ist die Beschwerde abzuweisen und die strittige Baubewilligung zu verweigern. Bei diesem Ausgang des Verfahrens sind die Gerichtskosten der unterliegenden Beschwerdeführerin aufzuerlegen (<ref-law>). Diese hat den privaten Beschwerdegegnerinnen eine angemessene Parteientschädigung auszurichten (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen und die Baubewilligung vom 29. Dezember 2016 aufgehoben. Die Sache wird zur Neuverlegung der Kosten- und Entschädigungsfolgen des kantonalen Verfahrens an die Vorinstanz sowie zur Prüfung der Wiederherstellung des rechtmässigen Zustands an die Baudirektion zurückgewiesen.
2.
Die Gerichtskosten für das bundesgerichtliche Verfahren von Fr. 4'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3.
Die Beschwerdeführerin hat die Beschwerdegegnerinnen für das bundesgerichtliche Verfahren mit insgesamt Fr. 4'000.-- zu entschädigen.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien, dem Stadtrat Kloten, der Baudirektion des Kantons Zürich, dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 3. Abteilung, 3. Kammer, dem Bundesamt für Umwelt und dem Bundesamt für Raumentwicklung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 16. April 2020
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Chaix
Die Gerichtsschreiberin: Sauthier