Sachverhalt:
A.
A.a. A.A._ (geb. 1963) und B.A._ (geb. 1959) sind verheiratet und Eltern zweier volljähriger Kinder. Die Eheleute haben sich getrennt.
A.b. Am 19. Dezember 2016 leitete A.A._ ein Eheschutzverfahren ein. Mit Urteil vom 9. Oktober 2017 sprach das Einzelgericht am Bezirksgericht Meilen - soweit noch relevant - der Ehefrau Unterhaltsbeiträge zu, und zwar jeweils monatlich Fr. 5'358.-- vom 1. Oktober 2016 bis 31. Dezember 2017 (sic), Fr. 4'434.-- vom 1. Januar 2017 bis 31. Januar 2017, Fr. 6'083.-- vom 1. Februar 2017 bis 30. September 2017 und Fr. 6'540.-- für die Zeit ab 1. Oktober 2017.
B.
In teilweiser Gutheissung der gegen diesen Entscheid vom Ehemann ergriffenen Berufung setzte das Obergericht des Kantons Zürich mit Urteil vom 6. März 2018 die monatlich geschuldeten Unterhaltsbeiträge in Anwendung der sog. zweistufigen Methode (Existenzminimumsberechnung mit hälftiger Überschussverteilung) wie folgt fest: Fr. 3'386.-- vom 1. Oktober 2016 bis 31. Dezember 2016, Fr. 2'461.-- vom 1. Januar 2017 bis 31. Januar 2017, Fr. 4'111.-- vom 1. Februar 2017 bis 30. September 2017 und Fr. 4'568.-- für die Zeit ab 1. Oktober 2017. Es legte seinem Urteil ein monatliches Nettoeinkommen des Ehemannes von Fr. 10'960.-- sowie ein solches der Ehefrau von Fr. 3'300.-- (bis Ende Dezember 2016), Fr. 5'150.-- (Januar 2017) bzw. Fr. 1'850.-- (ab Februar 2017) zugrunde und stellte auf einen Bedarf des Ehemannes von Fr. 4'953.-- und einen solchen der Ehefrau von Fr. 4'066.-- (bis September 2017) bzw. Fr. 4'979.-- (ab Oktober 2017) ab.
C.
Mit Beschwerde vom 19. April 2018 gelangt A.A._ an das Bundesgericht, dem sie beantragt, die Unterhaltsbeiträge entsprechend dem Urteil des Bezirksgerichts Meilen festzusetzen; alles unter Kosten- und Entschädigungsfolgen.
Das Bundesgericht hat die kantonalen Akten eingeholt. B.A._ beantragt mit Vernehmlassung vom 17. Juli 2018 die Abweisung der Beschwerde unter Kosten- und Entschädigungsfolge, worauf A.A._ am 13. September 2018 replizierte. Die Vorinstanz hat auf eine Stellungnahme verzichtet.

Erwägungen:
1.
1.1. Die Beschwerde richtet sich gegen den Endentscheid (<ref-law>) einer letzten kantonalen Instanz (<ref-law>) in einer Eheschutzsache. Vor Bundesgericht steht nur die Unterhaltsfrage und damit eine vermögensrechtliche Zivilsache im Streit (<ref-law>). Der erforderliche Streitwert von Fr. 30'000.-- ist erreicht (Art. 74 Abs. 1 lit. b i.V.m. <ref-law>). Die Beschwerdeführerin ist gemäss <ref-law> zur Beschwerde berechtigt und die Beschwerdefrist ist eingehalten (Art. 100 Abs. 1 i.V.m. <ref-law>). Auf die Beschwerde ist unter Vorbehalt der nachfolgenden Ausführungen einzutreten.
1.2. Eheschutzentscheide stellen vorsorgliche Massnahmen im Sinn von <ref-law> dar (<ref-ruling> E. 5.1), weshalb einzig die Verletzung verfassungsmässiger Rechte gerügt werden kann. Es ist mithin nicht nur in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt (<ref-law>), was eine Auseinandersetzung mit der Begründung des angefochtenen Entscheides erfordert (<ref-ruling> E. 2), sondern es kommt überdies das strenge Rügeprinzip gemäss <ref-law> zum Tragen (<ref-ruling> E. 3.2).
Wird eine Verletzung des Willkürverbots geltend gemacht (vgl. zu diesem <ref-ruling> E. 4.4; <ref-ruling> E. 2.1), reicht es nicht aus, die Lage aus der eigenen Sicht darzulegen und den davon abweichenden angefochtenen Entscheid als willkürlich zu bezeichnen. Es ist im Einzelnen darzutun, inwiefern das kantonale Gericht willkürlich entschieden haben soll und der angefochtene Entscheid deshalb an einem qualifizierten und offensichtlichen Mangel leidet (<ref-ruling> E. 1.4.1; <ref-ruling> E. 2.2 mit Hinweis). Willkür liegt indes nicht bereits dann vor, wenn der angefochtene Entscheid sich nur in der Begründung als unhaltbar erweisen sollte; eine Aufhebung rechtfertigt sich vielmehr erst dann, wenn er auch im Ergebnis verfassungswidrig ist (<ref-ruling> E. 2.2; <ref-ruling> E. 2.4; <ref-ruling> E. 5.4; je mit Hinweisen). Auf ungenügend begründete Rügen und rein appellatorische Kritik am angefochtenen Entscheid tritt das Bundesgericht nicht ein (<ref-ruling> E. 2.4; <ref-ruling> E. 2.3 mit Hinweisen; <ref-ruling> E. 2.2 mit Hinweis).
Dreht sich der Rechtsstreit um die Unterhaltsfestsetzung, gilt es zu beachten, dass der Richter in verschiedener Hinsicht auf sein Ermessen verwiesen ist (<ref-law>; <ref-ruling> E. 3a), wobei vorliegend der Willkürmassstab entscheidend bleibt.
1.3. Das Bundesgericht ist grundsätzlich an den Sachverhalt gebunden, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Eine Berichtigung oder Ergänzung der Sachverhaltsfeststellung kommt nur infrage, soweit die kantonale Instanz verfassungsmässige Rechte - namentlich das Willkürverbot - verletzt hat (<ref-ruling> E. 4.1), was die rechtsuchende Partei wiederum in der Beschwerde explizit vorbringen und substanziiert begründen muss (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1.3.1). Ausserdem ist aufzuzeigen, inwiefern die Behebung der aufgezeigten Mängel für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-ruling> E. 1.3.1 mit Hinweisen).
1.4. Mit der Beschwerde in Zivilsachen darf der Beschwerdeführer keine neuen Tatsachen und Beweismittel vorbringen, es sei denn, erst der Entscheid der Vorinstanz habe dazu Anlass gegeben (<ref-law>). Diese Voraussetzung ist von vornherein nicht erfüllt, soweit eine Tatsache sich zwar auf das vorinstanzliche Prozessthema bezieht, jedoch erst nach dem Zeitpunkt eingetreten ist, in welchem sie im vorinstanzlichen Verfahren letztmals hätte berücksichtigt werden können. Solch "echte" Noven sind im bundesgerichtlichen Verfahren unzulässig. Gleiches gilt auch für Beweismittel, die erst nach dem angefochtenen Entscheid erstellt wurden (<ref-ruling> E. 3.1.2 mit Hinweis).
2.
Zusammengefasst basieren die Unterhaltsbeiträge auf folgenden Tatsachenfeststellungen und Erwägungen: das Nettoeinkommen des Ehemannes belaufe sich auf Fr. 131'500.-- pro Jahr bzw. Fr. 10'960.-- pro Monat (E. 1.9 S. 17 des angefochtenen Entscheids); für die Berechnung der Unterhaltsbeiträge sei die sog. zweistufige Methode (Existenzminimumsberechnung mit hälftiger Überschussverteilung) anzuwenden (E. 3 S. 17 ff.); der Ehefrau sei für die Zeit bis Ende Dezember 2016 ein Einkommen von Fr. 3'300.--, für Januar 2017 von Fr. 5'150.-- und ab Februar 2017 von Fr. 1'850.-- anzurechnen (E. 2 S. 17); der Bedarf der Ehefrau belaufe sich für die Zeit bis 30. September 2017 auf Fr. 4'066.--, danach auf Fr. 4'979.-- (E. 4 S. 20); der Bedarf des Ehemannes sei unter Berücksichtigung von Fahrspesen von Fr. 324.-- (E. 5.3 S. 22 ff.) auf Fr. 4'953.-- festzulegen (E. 5.4 S. 24); der jeweilige Überschuss sei hälftig zu teilen; daraus würden die in lit. B hiervor aufgeführten Unterhaltsbeiträge resultieren (E. 6.3 S. 25).
3.
Zunächst bestreitet die Ehefrau die Höhe des anrechenbaren Einkommens des Ehemannes.
3.1. Das Obergericht erwog, der Ehemann beherrsche die GmbH, von welcher er angestellt ist, so dass dessen Einkommen so zu bestimmen sei, wie wenn er selbständig erwerbend wäre (E. 1.4 S. 7 des angefochtenen Entscheids). Basierend auf dem Durchschnitt der Erträge in den Jahren 2015 (Fr. 460'000.--), 2016 (Fr. 270'000.--) und 2017 (Fr. 320'000.--) sei von einem künftigen Ertragspotential der Gesellschaft von Fr. 350'000.-- auszugehen (E. 1.7.4 S. 12). In der Regel könne vom Unterhaltspflichtigen kein Arbeitspensum von mehr als 100 % erwartet werden. Von diesem Grundsatz könne zwar abgewichen werden, wenn die Möglichkeit einer Nebenbeschäftigung tatsächlich bestehe und diese dem Unterhaltspflichtigen auch zugemutet werden könne. Letzteres hänge von den persönlichen Verhältnissen ab, namentlich vom Alter und der bisherigen Lebensführung. Vorliegend sei belegt, dass der Ehemann ab Oktober 2016 bis Ende Januar 2017 nur zu 50 % arbeitsfähig war und anschliessend während dreieinhalb Wochen unter anderem wegen Erschöpfungssymptomen und chronischer Schlafstörungen behandelt wurde. Wohl habe er seinen eigenen Angaben zufolge ab August 2017 wieder 65 Stunden pro Monat ( recte: pro Woche) gearbeitet, sei aber ab Ende Oktober 2017 während vier Wochen wiederum nur zu 50 % arbeitsfähig gewesen. Vor diesem Hintergrund sei ihm mehr als eine 100 %-Tätigkeit, konkret 45 Stunden pro Woche, nicht zuzumuten, womit auch die wöchentliche Höchstarbeitszeit für white-collar worker nach <ref-law> erreicht werde (E. 1.8.3 S. 14 f.). Basierend auf einem durchschnittlichen Stundenansatz von Fr. 170.--, 38 verrechenbaren Stunden pro Woche (entsprechend 85 % der dem Ehemann zumutbaren Arbeitszeit) und insgesamt 230 Arbeitstagen pro Jahr könne die GmbH zukünftig Honorare von rund Fr. 297'000.-- erwirtschaften. Nach Hinzurechnung von separat verrechenbaren Fahrspesen und Laborkosten im Betrag von Fr. 40'000.-- belaufe sich das Honorarpotenzial der Gesellschaft auf Fr. 337'000.-- pro Jahr (E. 1.8.4 S. 15). Beim Betriebsaufwand sei es gerechtfertigt, auf den Durchschnittswert des in den Jahren 2015 und 2016 angefallenen Aufwandes abzustellen, mithin Fr. 96'500.--, zumal der Ehemann bei seiner Schätzung von Fr. 80'000.-- von deutlich geringeren Erträgen ausgegangen sei. Weiter sei der Personalaufwand für die Lebenspartnerin des Ehemannes zu berücksichtigen, die ihn anstelle der Ehefrau bei der Administration unterstütze. Er betrage bei einem monatlichen Nettolohn von rund Fr. 3'350.-- unter Berücksichtigung der Sozialversicherungsbeiträge und des BVG jährlich geschätzt Fr. 45'000.--. Ebenso seien Sozialversicherungsbeiträge für AHV/IV/EO, FAK und ALV (Fr. 26'420.--) sowie BVG (Fr. 37'580.--) auf dem Gewinn zu berücksichtigen. Damit verbleibe dem Ehemann ein Nettolohn von Fr. 131'500.-- pro Jahr bzw. Fr. 10'960.-- pro Monat (E. 1.9 S. 16 f.).
3.2. Die Ehefrau trennt ihre Vorbringen nicht nach Sachverhalts- und Rechtsrügen. Überdies erfolgen die Sachverhaltsrügen über weite Strecken in appellatorischer Weise und gehen die rechtlichen Ausführungen zum Teil an den Erwägungen des angefochtenen Entscheids vorbei. Appellatorisch vorgetragen ist zunächst der Einwand, die von der Vorinstanz für das anrechenbare Einkommen bestimmte massgebende Zeitperiode sei sachverhaltswidrig und willkürlich und sie widerspreche der ständigen bundesgerichtlichen Rechtsprechung zum Einkommen von Selbständigerwerbenden, wonach von einem Durchschnitt des in den letzten drei bis fünf Jahren vor der Trennung erwirtschafteten Einkommens auszugehen sei. Sie ist sodann der Meinung, der Ehemann könne weiterhin 65 Stunden pro Woche arbeiten. Indes setzt sie sich mit keinem Wort mit der tatsächlichen Feststellung auseinander, wonach der Ehemann wohl ausgeführt habe, ab August 2017 wieder 65 Stunden pro Woche gearbeitet zu haben, in der Folge aber ab Ende Oktober 2017 während vier Wochen wiederum nur zu 50 % arbeitsfähig gewesen sei. Es erscheint jedenfalls nicht unhaltbar, dem Ehemann aus gesundheitlichen Gründen nicht mehr als eine übliche vollzeitliche Erwerbstätigkeit zuzumuten. Der Einwand, der Ehemann sei kein "white collar worker" und unterstehe keinen arbeitsgesetzlichen Arbeitszeitvorschriften, geht damit an der Sache vorbei. Die Behauptung, der Ehemann sei in der glücklichen Lage, seine Zeit, die er für die Aufträge verwende, 1:1 zu verrechnen, beschlägt eine Tatfrage, die sich nicht aus den für das Bundesgericht verbindlichen Sachverhaltsfeststellungen der Vorinstanz ergibt (<ref-law>), mithin neu und daher unbeachtlich ist (<ref-law>). Soweit die Ehefrau sich gegen die Berücksichtigung eines Betriebsaufwandes von Fr. 96'500.-- wendet, weil der Ehemann selber von geschätzten Fr. 80'000.-- ausgegangen sei, blendet sie aus, dass das Obergericht vom zugestandenen Betrag abwich, weil der Ehemann bei seinen Berechnungen von deutlich tieferen Erträgen (konkret Fr. 176'250.--) ausgegangen sei. Wenn das Obergericht dem Ehemann Erträge prognostiziert, die sich knapp unter dem Durchschnitt der Erträge in den Jahren 2015, 2016 und 2017 bewegen, scheint die Berücksichtigung eines Betriebsaufwandes, der dem Durchschnittswert des in den Jahren 2015 und 2016 angefallenen Aufwandes entspricht, jedenfalls nicht unhaltbar zu sein. Schliesslich wendet sich die Ehefrau gegen die Berücksichtigung eines Personalaufwandes von Fr. 45'000.-- für die Lebenspartnerin des Ehemannes (das Obergericht berücksichtige denselben Lohn, welchen sie, die Ehefrau, erhalten habe, obwohl der Ehemann selber ausgeführt habe, dieser sei branchenunüblich und nur aus Gründen der Sozialversicherung und Steuern so hoch ausgefallen; die Lebenspartnerin erledige weder die Buchhaltung noch den Jahresabschluss; die Lebenspartnerin sei als Praxisassistentin ausgebildet und arbeite in einer Kinderarztpraxis; sie könne daher gar nicht in dem Umfang arbeiten, der einen Lohn von Fr. 3'350.-- rechtfertige; so viel Arbeit sei gar nicht vorhanden; sie selber habe mit einem Anstellungsvolumen von 23 % auch die Buchhaltung und den Jahresabschluss erledigen können). Ihre Argumentation basiert wiederum auf Tatsachen, die sich nicht aus dem angefochtenen Entscheid ergeben; darauf ist nicht weiter einzugehen. Schliesslich ist auf die in der Beschwerde verstreut ohne sachbezogene Rügen vorgebrachten Gehörsrügen nicht einzutreten. Nach dem Ausgeführten gelingt es der Ehefrau nicht, die tatsächlichen und rechtlichen Erwägungen, welche das Obergericht im Zusammenhang mit der Ermittlung des Einkommens des Ehemannes getätigt hat, als willkürlich auszuweisen.
4.
Sodann bestreitet die Ehefrau die Berücksichtigung von Fahrspesen von Fr. 324.-- im Bedarf des Ehemannes.
4.1. Das Bezirksgericht erwog, der Ehemann benötige sein Auto zwar für den Arbeitsweg, aber er könne die dafür anfallenden Kosten gemäss seinen eigenen Vorbringen über sein Geschäft abwickeln, weshalb in seinem Bedarf keine Auslagen für Fahrkosten zu berücksichtigen seien.
4.2. Dieser Feststellung widersprach das Obergericht mit Hinweis darauf, dass der Ehemann vor Bezirksgericht lediglich ausgeführt habe, er benütze sein Privatauto für den Arbeitsweg und nur das Benzin für den Geschäftsanteil des Fahrzeugs laufe über die Gesellschaft (E. 5.3.3 S. 22 des angefochtenen Entscheids), weshalb es nicht zutreffe, dass jener vorgebracht habe, er könne nicht nur die Auslagen für Geschäftsfahrten, sondern auch diejenigen für den Arbeitsweg über das Geschäft abrechnen. Daher erscheine glaubhaft, dass der Ehemann die Fahrten für den Arbeitsweg korrekt nicht über die Gesellschaft abrechnete. Folglich seien die von ihm vor Bezirksgericht geltend gemachten Auslagen in der Höhe von Fr. 324.-- (= 22 km/Tag à 70 Rp. x 21 Arbeitstage) für den Arbeitsweg im Bedarf anzurechnen (E. 5.3.5 S. 23 f.). Bei alledem qualifizierte das Obergericht die Behauptung der Ehefrau, die Parteien hätten sowohl während des Zusammen- als auch des Getrenntlebens die Kosten beider Fahrzeuge über die Geschäftsbuchhaltung abgewickelt, als neues und damit unzulässiges Vorbringen.
4.3. Die Ehefrau trägt vor, der Ehemann habe vor Bezirksgericht zu Protokoll gegeben, dass die Auslagen für das Geschäftsfahrzeug über die Gesellschaft abgerechnet würden. Sie verweist dabei auf act. 45 Ziff. 31 des erstinstanzlichen Verfahrens. Sie selber habe diese Aussage vor Vorinstanz (gemeint aber: vor Bezirksgericht) bestätigt und ausgeführt, dass sämtliche Kosten für das Geschäftsfahrzeug jeweils über die Buchhaltung abgerechnet worden seien (act. 20 N 75). Vor dem Hintergrund, dass der Ehemann selbständig erwerbend und es gerichtsnotorisch sei, dass die finanzielle Verflechtung zwischen Unternehmerhaushalt und Unternehmung gross und intensiv ist, sei es willkürlich, wenn das Obergericht von einer Glaubhaftmachung ausgehe. Ausserdem habe es der Ehemann in der Hand gehabt, seine Behauptung mit entsprechenden Buchhaltungsunterlagen zu belegen, was er nicht getan habe. Diese Unterlassung könne nur dahin ausgelegt werden, dass die Behauptung des Ehemannes nicht glaubwürdig sei. Schliesslich habe sie die Ausführungen des Ehemanns entgegen der Auffassung des Obergerichts vor Bezirksgericht bestritten; sie verweist dabei auf E. 5.4.7.1 des erstinstanzlichen Urteils. In diesem Punkt habe die Vorinstanz den Sachverhalt aktenwidrig festgestellt.
4.4. Streitig ist, was genau der Ehemann zugestanden haben soll. An der von der Ehefrau angegebenen Stelle (act. 45 Ziff. 31 des erstinstanzlichen Verfahrens) führte der Ehemann aus, "[s]ein Telefon [laufe] über die GmbH und die Verpflegung auf Arbeitsfahrten sowie das Benzin für den Geschäftsanteil des Fahrzeugs." Damit ist dem Obergericht keine Willkür vorzuwerfen, wenn es feststellte, von einem Zugeständnis, es würden sämtliche Fahrzeugkosten über die Gesellschaft abgewickelt, könne keine Rede sein. Insofern die Ehefrau die Beweiswürdigung hinterfragt (das Obergericht habe diese Tatsachenbehauptung nicht für glaubhaft halten dürfen), begnügt sie sich mit appellatorischer Kritik; dem Prozessgegner vorzuwerfen, nicht näher bestimmte Beweismittel nicht vorgelegt zu haben, genügt nicht, um Willkür in der Beweiswürdigung zu belegen. Ausserdem behauptet die Ehefrau nicht, mittels geeigneter Beweisanträge an der Sachverhaltsfeststellung mitgewirkt zu haben, wie es ihr im Rahmen der sozialen Untersuchungsmaxime obliegen würde (<ref-law>; vgl. <ref-ruling> E. 2.3.1 f.). Bei diesem Ergebnis läuft der Einwand, das Obergericht sei zu Unrecht davon ausgegangen, die Ehefrau habe die Tatsachenbehauptungen des Ehemanns nicht bestritten, ins Leere.
5.
Im Ergebnis erweist sich die Beschwerde als unbegründet und ist abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Die Ehefrau unterliegt und wird damit kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 Abs. 1 sowie Art. 68 Abs. 1 und 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 4'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3.
Die Beschwerdeführerin hat den Beschwerdegegner für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 3'500.-- zu entschädigen.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Zürich, I. Zivilkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 21. September 2018
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: von Werdt
Die Gerichtsschreiberin: Gutzwiller