Erwägungen:
1.
Am 14. März 2020 erstattete A._ Strafanzeige gegen die Gefängnisleiterin B._, die Staatsanwältin Françoise Stadelmann und unbekannte Gefängnismitarbeiter wegen versuchter Tötung etc. Ein "Killers-Squad-Männerring" sei am 3. März 2020 im Auftrag von B._ und Françoise Stadelmann in seine Zelle gestürmt, habe ihn geschlagen und verletzt. Die Gefängnisleiterin B._ habe sich nicht um seine Verletzungen gekümmert, und die Staatsanwaltschaft habe Beugehaft gegen ihn verhängt.
Am 13. Mai 2020 überwies die Staatsanwaltschaft II des Kantons Zürich die Akten ans Obergericht des Kantons Zürich mit dem Antrag, über die Erteilung bzw. Nichterteilung der Ermächtigung zur Durchführung einer Strafuntersuchung zu entscheiden.
Mit Beschluss vom 25. August 2020 erteilte das Obergericht der Staatsanwaltschaft die Ermächtigung zur Eröffnung eines Strafverfahrens gegen unbekannte Gefängnismitarbeiter, nicht aber gegen B._ und Françoise Stadelmann.
Mit Beschwerde vom 19. September 2020 beantragt A._, diesen Entscheid teilweise aufzuheben und der Staatsanwaltschaft die Ermächtigung zur Eröffnung eines Strafverfahrens gegen B._ und Françoise Stadelmann zu erteilen. Ausserdem ersucht er um unentgeltliche Rechtspflege.
Vernehmlassungen wurden keine eingeholt.
2.
Nach Art. 7 Abs. 2 lit. b StPO i.V.m. § 148 des Zürcher Gerichtsorganisationsgesetzes vom 10. Mai 2010 (GOG) entscheidet das Obergericht über die Eröffnung oder Nichtanhandnahme einer Strafuntersuchung gegen Beamte im Sinn von Art. 110 Abs. 3 StGB wegen im Amt begangener Vergehen oder Verbrechen. Mit dem angefochtenen Entscheid hat es das Obergericht abgelehnt, die Staatsanwaltschaft zur Strafverfolgung der Staatsanwältin und der Gefängnisleiterin, beides Beamtinnen im Sinne dieser Bestimmung, zu ermächtigen. Damit fehlt es an einer Prozessvoraussetzung für die Durchführung des Strafverfahrens, womit das Verfahren abgeschlossen ist. Angefochten ist damit ein Endentscheid (Art. 90 BGG) einer letzten kantonalen Instanz (Art. 86 Abs. 1 lit. d BGG), gegen den nach der Rechtsprechung die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten zulässig ist (<ref-ruling> E. 1.3.1). Der Beschwerdeführer, der am kantonalen Verfahren als Partei beteiligt war und dessen Strafanzeige nicht mehr weiterbehandelt werden kann, ist als Geschädigter, der allenfalls Zivilansprüche geltend machen könnte (Art. 115, Art. 118 und Art. 122 Abs. 1 i.V.m. Art. 104 Abs. 1 lit. b StPO), befugt, sie zu erheben (Art. 89 Abs. 1 BGG).
Das Obergericht hat im angefochtenen Entscheid erwogen, der Einsatzarzt des Gefängnisses Pfäffikon habe in einem Schreiben vom 25. März 2020 festgehalten, er habe den Beschwerdeführer am 3. März 2020 behandelt; dieser sei in eine Tätlichkeit verwickelt gewesen und habe über Schmerzen an der Schulter, am Kopf und am Ellenbogen geklagt. Aufgrund dieses ärztlichen Befundes und der Darstellung des Beschwerdeführers sei damit nicht auszuschliessen, dass er durch eine unbekannte Täterschaft verletzt worden sei. Irgendwelche Hinweise, dass der Angriff im Auftrag von B._ und Françoise Stadelmann erfolgt sei, ergäben sich weder aus der Strafanzeige noch den übrigen Akten. Es treffe auch nicht zu, dass ihm am 3. März 2020 eine ärztliche Behandlung verweigert worden sei, und die Behauptung, er sei unrechtmässig in Haft, sei nicht nachvollziehbar. Da somit eine Straftat - Körperverletzung - durch eine unbekannte Täterschaft nicht ausgeschlossen werden könne, sei die Ermächtigung zur Eröffnung eines Strafverfahrens gegen Unbekannt bzw. unbekannte Gefängismitarbeiter zu erteilen. Da keine objektive Hinweise für eine Täterschaft von B._ und Françoise Stadelmann vorlägen, sei die Ermächtigung zu ihrer strafrechtlichen Verfolgung dagegen nicht zu erteilen.
Der Beschwerdeführer setzt sich mit dem angefochtenen Entscheid nicht sachgerecht auseinander und legt unter Verletzung seiner gesetzlichen Begründungspflicht (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG; BGE 135 III 127 E. 1.6 S. 130; <ref-ruling> E. 2.1; <ref-ruling> E. 3.2; Urteil 1C_486/2014 vom 27. April 2016 E. 1.4) nicht dar, inwiefern das Obergericht mit der Weigerung, die Ermächtigung zur strafrechtlichen Verfolgung der Gefängnisleiterin und der Staatsanwältin zu erteilen, Bundesrecht verletzt haben könnte. Das ist auch nicht ersichtlich. Auf die Beschwerde ist im vereinfachten Verfahren nicht einzutreten, wobei auf die Erhebung von Gerichtskosten verzichtet werden kann. Damit wird das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege gegenstandslos.

Demnach erkennt der Präsident:
1.
Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2.
Es werden keine Kosten erhoben.
3.
Dieses Urteil wird den Parteien, der Staatsanwaltschaft II des Kantons Zürich, der Oberstaatsanwaltschaft des Kantons Zürich und dem Obergericht des Kantons Zürich, III. Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 30. Oktober 2020
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Chaix
Der Gerichtsschreiber: Störi