Sachverhalt:
A.
Der 1957 geborene A._ meldete sich am 18. März 2002 bei der Invalidenversicherung zum Leistungsbezug an. Die IV-Stelle des Kantons Zürich wies das Leistungsbegehren mit Verfügung vom 17. Januar 2005 ab. Am 13. November 2008 meldete sich der Versicherte erneut bei der IV-Stelle an. Nachdem die Verwaltung bei der MEDAS Zentralschweiz ein polydisziplinäres Gutachten vom 30. September 2009 eingeholt hatte, verneinte sie einen Rentenanspruch mit Verfügung vom 13. Dezember 2010. Die dagegen erhobene Beschwerde wies das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich mit Entscheid vom 26. März 2012 ab.
Am 12. Dezember 2013 meldete sich A._ ein weiteres Mal bei der Invalidenversicherung zum Leistungsbezug an. Die IV-Stelle gab bei der Zentrum für Interdisziplinäre Medizinische Begutachtungen AG (ZIMB) ein Gutachten in Auftrag (Expertise vom 26. August 2014). In der Folge holte die Verwaltung diverse ärztliche Berichte ein und veranlasste bei der ZIMB AG ein Verlaufsgutachten, welches am 20. Juli 2016 erstattet wurde. Nach durchgeführtem Vorbescheidverfahren verneinte die IV-Stelle einen Rentenanspruch mit Verfügung vom 31. Januar 2017.
B.
Die von A._ dagegen erhobene Beschwerde wies das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich mit Entscheid vom 9. November 2018 ab.
C.
A._ führt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten und beantragt unter Aufhebung des kantonalen Entscheids rückwirkend ab 1. Juni 2015 eine ganze Invalidenrente. Eventualiter macht er geltend, die Sache sei an die Vorinstanz zurückzuweisen, damit diese entweder auf der Grundlage des polydisziplinären Gutachtens der ZIMB AG vom 20. Juli 2016 über den Anspruch auf eine Rente neu entscheide oder vorab ein polydisziplinäres Gerichtsgutachten einhole und anschliessend über den Rentenanspruch neu befinde.
Die IV-Stelle schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Das Bundesamt für Sozialversicherungen verzichtet auf eine Stellungnahme.

Erwägungen:
1.
1.1. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann unter anderem die Verletzung von Bundesrecht gerügt werden (<ref-law>), die Feststellung des Sachverhalts nur, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law>). Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Es kann deren Sachverhaltsfeststellung von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law>).
1.2. Aufgrund der Bindung an die vorinstanzliche Sachverhaltsfeststellung sowie des strengen Verbots echter Noven (E. 1.1; <ref-law>) hat das Bundesgericht grundsätzlich keine Beweise abzunehmen oder Tatsachen festzustellen, über die sich die Vorinstanz nicht ausgesprochen hat (vgl. statt vieler Urteil 6B_457/2018 vom 2. Juli 2018 E. 3.2). Dem Antrag auf Partei- und Zeugenbefragung kann deshalb von vornherein nicht stattgegeben werden, unabhängig davon, ob sie dem Beweis alter oder (unzulässigerweise) neuer Behauptungen dienen (Urteil 9C_281/2018 vom 9. Oktober 2018 E. 1.4).
2.
Streitig und zu prüfen ist, ob die Vorinstanz Bundesrecht verletzte, indem sie einen Anspruch des Beschwerdeführers auf eine Rente der Invalidenversicherung verneinte.
2.1. Das kantonale Gericht legte die diesbezüglich massgebenden Rechtsgrundlagen zutreffend dar. Es betrifft dies namentlich die Bestimmungen und Grundsätze zu den Begriffen der Invalidität (<ref-law> in Verbindung mit <ref-law> und der Erwerbsunfähigkeit (<ref-law>) sowie zu den bei der Neuanmeldung anwendbaren Revisionsregeln (Art. 87 Abs. 3 in Verbindung mit Abs. 2 IVV; <ref-law>) und die dazu ergangene Rechtsprechung, wonach - bei Glaubhaftmachung einer Änderung des Invaliditätsgrades in anspruchserheblicher Weise - analog wie bei einem Revisionsfall nach <ref-law> vorzugehen ist (<ref-ruling> E. 2.3 S. 10 f.; <ref-ruling> E. 5 S. 110 ff.; <ref-ruling> E. 3.2.3 S. 77, 343 E. 3.5 S. 349; <ref-ruling> E. 3a S. 198). Darauf wird verwiesen.
2.2. Ob einer versicherungsmedizinischen Expertise oder einem ärztlichen Bericht Beweiswert zukommt, stellt eine frei überprüfbare Rechtsfrage dar (Urteil 9C_872/2018 vom 25. März 2019 E. 5.1 mit Hinweis). Diese ist zu bejahen, wenn der Bericht für die streitigen Belange umfassend ist, auf allseitigen Untersuchungen beruht, auch die geklagten Beschwerden berücksichtigt, in Kenntnis der Vorakten (Anamnese) abgegeben worden ist, in der Beurteilung der medizinischen Zusammenhänge sowie der medizinischen Situation einleuchtet und die Schlussfolgerungen der Experten begründet sind (<ref-ruling> E. 5.1 S. 232; <ref-ruling> E. 3 S. 352 ff. mit Hinweis). Den von Versicherungsträgern im Verfahren nach <ref-law> eingeholten, den Anforderungen der Rechtsprechung entsprechenden Gutachten externer Spezialärzte (Administrativgutachten) darf voller Beweiswert zuerkannt werden, solange "nicht konkrete Indizien gegen die Zuverlässigkeit" der Expertise sprechen (<ref-ruling> E. 4.4 S. 470; u.a. Urteil 9C_86/2018 vom 20. August 2018 E. 5.1 mit Hinweis).
3.
Prozessthema im vorinstanzlichen Verfahren war die Frage, ob sich der Gesundheitszustand des Versicherten im massgebenden Vergleichszeitraum zwischen dem Entscheid des Sozialversicherungsgerichts Zürich vom 26. März 2012, wobei die Verfügung vom 13. Dezember 2010 Grenze der richterlichen Überprüfungsbefugnis bildete (<ref-ruling> E. 3.1.1 S. 220 mit Hinweis), und der Verfügung vom 31. Januar 2017 in revisionsrechtlich erheblicher Weise veränderte.
3.1.
3.1.1. Das kantonale Gericht stellte fest, mit Entscheid vom 26. März 2012 habe es sich auf das Gutachten der MEDAS Zentralschweiz vom 30. September 2009 gestützt und sei von einer 100%-igen Arbeitsfähigkeit des Beschwerdeführers in seiner angestammten Tätigkeit ausgegangen.
3.1.2. Im Rahmen der Neuanmeldung des Versicherten am 12. Dezember 2013 gab die IV-Stelle bei der ZIMB AG ein interdisziplinäres Gutachten in Auftrag. Die Explorationen erfolgten im Mai sowie Anfang Juni 2014 (Gutachten vom 26. August 2014). Laut vorinstanzlichen Feststellungen attestierten die Experten dem Beschwerdeführer in der angestammten Tätigkeit keine Arbeitsunfähigkeit. Ende Juni und Mitte Oktober 2014 erlitt der Versicherte zwei Unfälle, woraufhin die Beschwerdegegnerin wiederum bei der ZIMB AG ein Verlaufsgutachten in Auftrag gab (Expertise vom 20. Juli 2016). Die begutachtenden Ärzte berichteten, es liege nun eine 100%-ige Arbeitsunfähigkeit in sämtlichen Tätigkeiten vor.
3.2. Das Sozialversicherungsgericht kam zum Schluss, die Einschätzung im Verlaufsgutachten der ZIMB AG vom 20. Juli 2016, wonach nunmehr eine relevante gesundheitliche Verschlechterung eingetreten sein solle, lasse sich nicht aufrechterhalten.
Dies begründete die Vorinstanz damit, dass in psychiatrischer Hinsicht zwar neue Leiden diagnostiziert worden seien (Neurasthenie, Anpassungsstörung, Angst und depressive Reaktion gemischt sowie dissoziative Bewegungsstörung). Es lägen jedoch trotz dieser neu gestellten Diagnosen keine Anzeichen dafür vor, dass sich die Auswirkungen der psychischen Erkrankungen auf die Leistungsfähigkeit verändert hätten.
Im Weiteren stellte das kantonale Gericht fest, somatisch seien die Experten von einer Limitation der biomechanischen Funktion des rechten Schultergelenks und der Halswirbelsäule ausgegangen. Daraus hätten diese gefolgert, dass der Beschwerdeführer für eine mehr als gelegentlich mittelschwere körperliche Arbeit nicht mehr arbeitsfähig sei. Hingegen könne der Versicherte gemäss Gutachter der ZIMB AG in einer leidensadaptierten Tätigkeit in einem vollen Pensum quantitativ 80 % leisten. Das Sozialversicherungsgericht erkannte, auch diese im Anschluss an den Unfall vom 26. Juni 2014 entwickelten somatischen Beschwerden der rechten Schulter seien nicht geeignet, eine relevante Änderung des Invaliditätsgrades zu bewirken, da diese Einschränkungen ohne Relevanz für die Arbeitsfähigkeit des Beschwerdeführers in seiner angestammte Tätigkeit seien, handle es sich hierbei doch um eine leichte, allenfalls selten mittelschwere Tätigkeit.
3.3. Der Versicherte bringt dagegen unter anderem vor, das Verlaufsgutachten der ZIMB AG genüge den durch die Rechtsprechung aufgestellten Anforderungen an den Beweiswert. So sei auch der Regionale Ärztliche Dienst (RAD) davon ausgegangen, dass diese Expertise umfassend und schlüssig sei. Wenn die Vorinstanz der Ansicht gewesen wäre, der rechtserhebliche Sachverhalt lasse sich nicht gestützt auf das Gutachten der ZIMB AG vom 20. Juli 2016 beurteilen, hätte sie ein neues Gutachten veranlassen müssen. Indem sie eigene, laienhafte Betrachtungen und Schlussfolgerungen in Bezug auf die medizinische Situation getätigt habe, habe sie Bundesrecht verletzt.
4.
Zu prüfen ist, ob das Verlaufsgutachten der ZIMB AG vom 20. Juli 2016 beweiskräftig ist (vgl. E. 2.2 oben).
4.1.
4.1.1. Dr. med. B._, FMH für Orthopädische Chirurgie und Traumatologie des Bewegungsapparates, berichtete in seinem Teilgutachten, seit dem Unfallereignis vom 26. Juni 2014 bestehe beim Versicherten eine Bewegungseinschränkung im Bereich des rechten Schultergelenks. Der Beschwerdeführer sei unter Wahrung von qualitativen Schonkriterien in einer leidensadaptierten, körperlich leichten bis gelegentlich mittelschweren, wechselbelastenden, optimal angepassten Tätigkeit mit einem vollen Pensum quantitativ 80 % arbeitsfähig. Diese Einschränkung von 20 % ergebe sich aufgrund der reduzierten Belastbarkeit und Durchhaltefähigkeit, der vermehrten Pausen sowie der reduzierten Arbeitsschnelligkeit und gelte sowohl für die angestammte als auch für eine adaptierte Tätigkeit.
4.1.2. Frau med. pract. C._, Fachärztin für Psychiatrie und Psychotherapie FMH, führte in ihrem Teilgutachten aus, psychopathologisch habe der Beschwerdeführer leidend, mit subdepressiver Stimmung gewirkt. Seine Gedanken hätten sich inhaltlich um die Schmerzsymptomatik gekreist. Hinsichtlich seiner Körperfunktionen, denen er sich hilflos ausgeliefert fühle, habe er sich ängstlich und sorgenvoll gezeigt. Bedingt durch die sieben Wochen nach dem Unfall im Oktober 2014 plötzlich aufgetretene Alopecia areata universalis habe der Beschwerdeführer aktuell Mühe, sich an sein verändertes Äusseres sowie an die veränderte Wirkung im Umfeld anzupassen, sodass eine "Anpassungsstörung, Angst und depressive Reaktion gemischt" attestiert werden könne. Eine derart gravierende körperliche Veränderung könne als belastendes Lebensereignis bezeichnet werden und rufe bei sowieso schon vorhandener Vulnerabilität eine zusätzliche fluktuierende depressive Stimmung, Ängste und Sorgen hervor.
Med. pract. C._ berichtete weiter, das Zustandsbild des Versicherten habe sich gegenüber der letzten Beurteilung deutlich verschlechtert. Er selbst habe ein ausschliesslich somatisches Krankheitskonzept und benötige eine lange stationäre psychosomatische Behandlung. Erst hierdurch wäre mit einer gewissen Verbesserung zu rechnen.
4.1.3. Interdisziplinär kamen die Gutachter zum Schluss, retrospektiv habe sich der Gesundheitszustand des Beschwerdeführers seit der letzten interdisziplinären Begutachtung durch die ZIMB AG im Mai/Juni 2014 sowohl körperlich als auch psychisch deutlich verschlechtert. Aktuell bestehe aufgrund der gestellten psychiatrischen Diagnosen eine volle Arbeitsunfähigkeit für alle Tätigkeitsbereiche.
4.2. Die Experten der ZIMB AG legten im Gutachten vom 20. Juli 2016 einleuchtend dar, weshalb sich der Gesundheitszustand aus medizinischer Sicht seit ihrer letzten Begutachtung veränderte. So konnten sie die Verschlechterung auf die Unfallereignisse des Beschwerdeführers im Juni und Oktober 2014 zurückführen. Sie gaben ihre Einschätzung insbesondere in Kenntnis ihres Gutachtens aus dem Jahr 2014 sowie der übrigen Vorakten ab. Anders lautende ärztliche Berichte, die nach dem 20. Juli 2016 datieren und Zweifel an dieser Einschätzung zu begründen vermöchten, sind nicht aktenkundig. So ging denn auch der RAD davon aus, dass in Anlehnung an dieses Gutachten spätestens seit dem Unfallereignis vom 26. Juni 2014 von einer Gesundheitsverschlechterung auszugehen sei. Nach dem Gesagten genügt das Verlaufsgutachten vom 20. Juli 2016 somit zumindest in Bezug auf die hier entscheidende Frage nach einer erheblichen Veränderung den Anforderungen an die Beweiskraft (E. 2.2 oben).
4.3. Indem die Vorinstanz von der Expertise der ZIMB AG vom 20. Juli 2016, welche explizit eine Gesundheitsverschlechterung seit dem Unfallereignis vom 26. Juni 2014 konstatierte, abwich und ohne schlüssige Begründung eigene Feststellungen zur Frage nach einer Gesundheitsveränderung traf, verletzte sie Bundesrecht.
4.4. Eine anspruchsrelevante Veränderung des Sachverhalts im Sinne ihrer Eignung, zu einer abweichenden Beurteilung des Rentenanspruchs zu führen (vgl. <ref-ruling> E. 5.3 S. 13), liegt hier in Anlehnung an das Gutachten der ZIMB AG vom 20. Juli 2016 mit Blick auf das Gesagte vor. Ist ein Revisionsgrund gegeben, ist der Invaliditätsgrad auf der Grundlage eines richtig und vollständig festgestellten Sachverhalts neu und ohne Bindung an frühere Invaliditätsschätzungen zu ermitteln (<ref-ruling> E. 6.1 S. 13). Hierfür ist die Sache an das kantonale Gericht zurückzuweisen.
5.
5.1. Die Rückweisung der Sache an die Vorinstanz gilt für die Frage der Auferlegung der Gerichtskosten wie auch der Parteientschädigung als vollständiges Obsiegen im Sinne von <ref-law> sowie <ref-law>, unabhängig davon, ob sie beantragt oder ob das entsprechende Begehren im Haupt- oder im Eventualantrag gestellt wird (<ref-ruling> E. 6.1 S. 235; u.a. Urteil 9C_309/2017 vom 13. Juli 2017 E. 5 mit Hinweis).
5.2. Im vorliegenden Fall ist keine besondere sachverhaltliche oder rechtliche Komplexität auszumachen, weshalb kein Anlass besteht, von dem vom Bundesgericht in derartigen Fällen praxisgemäss festgesetzten Entschädigungsbetrag von Fr. 2'800.- abzuweichen. Damit erübrigt es sich, dem Beschwerdeführer, wie beantragt, eine Frist zur Einreichung einer Kostennote anzusetzen.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird teilweise gutgeheissen. Der Entscheid des Sozialversicherungsgerichts des Kantons Zürich vom 9. November 2018 wird aufgehoben. Die Sache wird zu neuer Entscheidung im Sinne der Erwägungen an die Vorinstanz zurückgewiesen. Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 800.- werden der Beschwerdegegnerin auferlegt.
3.
Die Beschwerdegegnerin hat den Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2'800.- zu entschädigen.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 14. Juni 2019
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Das präsidierende Mitglied: Meyer
Die Gerichtsschreiberin: Huber