Faits :
A.
A.a. Le 21 janvier 2014, M.Z._ a pris à bail un appartement de 2,5 pièces à Marin-Epagnier à compter du 1er février 2014. Le bail est d'une durée indéterminée, et peut être résilié pour chaque fin de mois (sauf décembre), moyennant un délai de résiliation de 3 mois. Le loyer mensuel est de 1'130 fr., auquel s'ajoute un acompte de 51 fr. pour le chauffage et un montant forfaitaire de 19 fr. pour l'eau chaude.
Ce contrat de 13 pages ne prévoit pas que le locataire est tenu d'occuper personnellement l'objet loué. La sous-location est soumise aux conditions de l'<ref-law>; il est précisé que la sous-location n'est autorisée que pour une durée limitée, expressément convenue avec le bailleur, et à la condition que le locataire principal envisage de réintégrer le logement au terme de celle-ci (art. 10.2 du contrat; <ref-law>).
A.b. Lorsqu'il a signé la demande de location, le locataire a coché la case indiquant qu'il occuperait personnellement le logement. Il ressort des faits retenus par la cour cantonale qu'au moment de la conclusion du contrat, le locataire a pris cet appartement en raison de difficultés conjugales, qu'il avait réellement l'intention de l'occuper personnellement et que c'est bien lui qui a emménagé en février 2014. Il n'a pas pris cet appartement pour y loger sa fille. Il n'a dissimulé aucun élément et a répondu au questionnaire selon sa situation personnelle de l'époque.
A.c. Le 30 octobre 2015, ayant appris que deux personnes supplémentaires occupaient l'appartement, la bailleresse a requis des explications de la part du locataire. Celui-ci lui a répondu par pli du 9 février 2016 que l'appartement avait toujours été occupé par une seule personne et qu'en l'occurrence c'était sa fille C.Z._ qui y logeait depuis le 1er juillet 2015. Il continuait toutefois à s'acquitter du loyer, puisque sa fille était en apprentissage. Quant à la deuxième personne aperçue, il devait s'agir du copain de sa fille, qui ne faisait que rendre visite de temps à autre à celle-ci.
Ayant constaté que le locataire disposait d'une autre adresse, dont elle déduisait qu'il ne souhaitait pas réintégrer l'appartement, la bailleresse lui a reproché d'avoir procédé à une substitution de locataire non admise et lui a fixé un délai pour réintégrer l'appartement, faute de quoi le bail serait résilié.
A.d. Le 15 septembre 2016, la bailleresse a résilié le contrat de bail de manière anticipée pour le 31 octobre 2016 (<ref-law>).
B.
Le locataire a contesté le congé par requête de conciliation, puis, après échec de celle-ci, a déposé sa demande en justice devant le Tribunal civil du Littoral et du Val-de Travers le 25 novembre 2016, concluant à la constatation de la nullité, respectivement de l'inefficacité de la résiliation du bail.
Par jugement du 26 juin 2018, le tribunal a constaté que la résiliation du bail était inefficace et ne déployait aucun effet. Il a retenu en fait que le locataire n'occupait pas actuellement l'appartement, mais qu'il continuait à payer le loyer, en conservait une clé et envisageait de retourner y vivre en cas de péjoration des relations avec son épouse. Il avait conclu ce contrat en raison de difficultés conjugales.
En appel, la bailleresse a notamment contesté que le locataire ait encore un intérêt au contrat de bail, la vague possibilité de réintégrer un jour l'objet loué ne suffisant pas pour justifier le maintien d'une sous-location ou d'un prêt à usage.
Statuant le 30 novembre 2018, la Cour d'appel civile du tribunal cantonal du canton de Neuchâtel a rejeté l'appel de la bailleresse.
Examinant tout d'abord si le contrat de bail conclu par les parties oblige le locataire à occuper personnellement l'appartement, la cour cantonale a considéré, en se basant sur l'<ref-ruling>, que tel n'est pas le cas, le contrat de 13 pages ne le prévoyant pas. Elle a exclu que cette obligation puisse se déduire du fait que le locataire a coché, dans sa demande de location, la case indiquant qu'il occuperait le logement personnellement. Ce faisant, celui-ci n'a pas accepté une obligation précontractuelle, mais a seulement manifesté son intention d'occuper personnellement le logement, sans pour autant accepter de restreindre le cercle des personnes pouvant résider dans l'appartement; en effet, une telle obligation, pour être valable, aurait dû figurer en toutes lettres dans le contrat lui-même. Le locataire n'a donc pas violé une obligation contractuelle en autorisant sa fille à résider dans son appartement pour une durée prolongée.
Puis, examinant si le locataire aurait dû prouver son intérêt à réintégrer un jour l'appartement loué, elle a considéré que la cession de l'usage à titre gratuit n'est pas soumise aux règles du bail, mais du prêt à usage; elle a jugé que si l'<ref-ruling>, qui vaut pour le frère et l'ami du locataire, n'autorise pas une soumission du prêt aux règles du bail, même par analogie, cela doit valoir aussi pour le prêt à la fille du locataire. Elle a exclu qu'en matière de prêt à usage, il puisse y avoir une substitution indue de locataires.
C.
Contre cet arrêt, la bailleresse a interjeté un recours en matière civile au Tribunal fédéral, concluant à sa réforme en ce sens que la demande déposée par le locataire soit rejetée et que le congé qu'elle a signifié à celui-ci soit validé.
Le demandeur intimé conclut au rejet du recours. La cour cantonale se réfère aux considérants de son arrêt.
La recourante a encore déposé des observations.

Considérant en droit :
1.
Interjeté en temps utile (art. 100 al. 1 et 45 al. 1 LTF) par la bailleresse qui a succombé dans ses conclusions (<ref-law>) contre une décision finale (<ref-law>), prise sur appel par le tribunal supérieur du canton de Neuchâtel (<ref-law>), dans une affaire de bail (<ref-law>), dont la valeur litigieuse atteint le seuil de 15'000 fr. requis en cette matière (<ref-law>), le recours en matière civile est recevable.
2.
S ous réserve de la violation des droits constitutionnels (<ref-law>), le Tribunal fédéral applique le droit d'office (<ref-law>). Il n'est toutefois lié ni par les motifs invoqués par les parties, ni par l'argumentation juridique retenue par l'autorité cantonale; il peut donc admettre le recours pour d'autres motifs que ceux invoqués par le recourant, comme il peut le rejeter en opérant une substitution de motifs (<ref-ruling> consid. 1.4 et l'arrêt cité).
3.
Aux termes de l'<ref-law>, lorsque le maintien du bail est devenu insupportable pour le bailleur ou les personnes habitant la maison parce que le locataire, nonobstant une protestation écrite du bailleur, persiste à enfreindre son devoir de diligence ou à manquer d'égards envers les voisins, le bailleur peut résilier le contrat avec effet immédiat; les baux d'habitation et de locaux commerciaux peuvent être résiliés moyennant un délai de congé minimum de 30 jours pour la fin d'un mois.
3.1. Cette disposition est applicable en cas de non-respect par le locataire de ses obligations contractuelles en rapport avec l'usage de la chose louée, lequel est constitutif d'une violation de son devoir de diligence (<ref-ruling> consid. 5; arrêt 4A_644/2011 du 10 février 2012 consid. 3.2 et les arrêts cités).
Selon la jurisprudence, la liberté contractuelle permet aux parties de déterminer librement l'objet de leur accord, dans les limites de la loi (<ref-law>). Ainsi, l'usage pour lequel la chose est louée est déterminé par la convention des parties, soit expressément, soit tacitement (par ex. par l'utilisation adoptée pendant longtemps par le locataire sans opposition du bailleur qui en avait connaissance). L'usage convenu se détermine ainsi prioritairement sur la base du libellé du bail et de celui de ses annexes, qui peuvent prévoir la destination des locaux ( Gebrauchszweck; par ex. comme habitation, dépôt, bureau, atelier) ou la manière dont la chose louée doit être utilisée ( Gebrauchsmodalitäten; par ex. le cercle des utilisateurs de celle-ci). Si le bail et ses annexes ne précisent pas clairement l'usage convenu, celui-ci doit être dégagé à partir des règles régissant l'interprétation des contrats (<ref-ruling> consid. 3.1.1).
3.2. La cour cantonale s'est fondée sur cette jurisprudence pour admettre, implicitement, que le locataire peut s'engager à utiliser personnellement le logement loué. Elle a toutefois jugé que tel n'était pas le cas en l'espèce vu l'interprétation qu'elle a donnée au contrat de bail conclu en relation avec la demande de location signée par le futur locataire. La bailleresse recourante critique cette interprétation du contrat.
3.3. Dans l'<ref-ruling>, le Tribunal fédéral a en réalité traité de la question de l'hébergement de tiers par le locataire qui continue d'occuper l'appartement pendant les week-end. En effet, il y était question d'un locataire, qui, six ans après le début de son bail, avait pris un second appartement près de son lieu de travail, puis, tout en utilisant lui-même l'appartement litigieux les week-end, en avait remis gratuitement l'usage à son frère pendant la semaine, puis plus tard encore à un de ses amis qui était sans emploi et qui cohabitait désormais avec lui les week-end. Le Tribunal fédéral a considéré que, sauf nuisances pour le voisinage au sens de l'<ref-law>, cet hébergement ne pouvait pas justifier une résiliation anticipée.
4.
La remise de l'usage de la chose louée à un tiers par le locataire s'effectue principalement sous forme de sous-location, de prêt à usage ou d'hébergement.
4.1. La sous-location est réglementée spécialement à l'<ref-law>. Il s'agit d'un contrat par lequel le locataire cède, moyennant le paiement d'un loyer, l'usage de la chose louée à un tiers (le sous-locataire) avec le consentement du bailleur (<ref-law>). Le bailleur ne peut refuser son consentement que dans les hypothèses visées par l'<ref-law>, à savoir en cas de refus de communiquer les conditions de la sous-location (let. a); lorsque les conditions de la sous-location sont abusives par rapport à celles du bail principal (let. b); si la sous-location présente pour le bailleur des inconvénients majeurs (let. c).
Selon la jurisprudence, le locataire qui sous-loue le logement remis à bail sans requérir le consentement du bailleur s'expose à une résiliation anticipée du contrat (<ref-law>) lorsque le bailleur aurait disposé d'un motif valable au sens de l'<ref-law> pour s'opposer à la sous-location (<ref-ruling> consid. 3.1 in fine). De même, le locataire qui sous-loue le logement sans y être autorisé alors qu'il a perdu toute idée de reprendre un jour l'usage de celui-ci, procède en réalité à une substitution de locataires par la voie détournée de la sous-location, ce qui l'expose à une résiliation anticipée (<ref-law>) (<ref-ruling> consid. 2.4). Il a également été jugé, dans le cadre d'une action en annulation d'un congé ordinaire (art. 271-271a CO), que le locataire, qui sous-loue alors qu'il n'a plus que la vague possibilité d'user à nouveau lui-même de la chose louée, commet un abus de droit (<ref-law>) (<ref-ruling> consid. 2.2; arrêts 4A_556/2015 du 3 mai 2016 consid. 3; 4A_316/2015 du 9 octobre 2015 consid. 2; 4A_367/2010 du 4 octobre 2010 consid. 2.1); il s'ensuit qu'il ne peut pas obtenir l'annulation du congé ordinaire qui lui a été signifié par le bailleur, le congé n'étant pas contraire à la bonne foi (<ref-ruling> consid. 2.2).
La jurisprudence distingue encore la sous-location totale de la sous-location partielle (arrêt 4A_227/2017 du 5 septembre 2017 consid. 4.2).
4.2. Le prêt à usage d'un logement se distingue de la location par le fait que la cession de l'usage a lieu à titre gratuit (<ref-law>; TERCIER/BIERI/CARRON, Les contrats spéciaux, 5e éd. 2016, n. 2453). Si la durée du prêt a été déterminée par un terme, une durée ou l'usage convenu, les parties sont liées par cet accord et le prêteur ne peut réclamer sa chose de façon anticipée qu'aux conditions de l'<ref-law>. Si la durée du prêt ne peut pas être déterminée, ni par la convention des parties ni par l'usage convenu, le prêteur peut réclamer la chose en tout temps, sans avoir à justifier de circonstances particulières (<ref-law>) (<ref-ruling> consid. 2h, qui concerne la cession gratuite de l'usage d'une villa pour l'exploitation d'un centre ouvert à la population, destiné à promouvoir et encourager des activités culturelles et sociales).
Le prêt à usage consenti par le locataire en faveur d'un sous-occupant n'est pas soumis à la règle de la sous-location de l'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 3.2.3). Selon certains auteurs, le prêt est en soi admissible puisque cette mise à disposition gratuite ne présente en principe pas d'inconvénients pour le bailleur et ne constitue pas un usage violant le devoir de diligence (<ref-law>; TERCIER/BIERI/CARRON, op. cit., n. 1839, apparemment sans restriction), alors que, pour d'autres auteurs, il peut être exclu conventionnellement, contrairement à ce qui vaut pour la sous-location (HIGI/WILDISEN, in Zürcher Kommentar, 5e éd. 2019, n. 12 ad <ref-law>; MARCO GIAVARINI, Urteil des Bundesgerichts 4A_47/2010 vom 6. April 2010 [<ref-ruling>], MRA 2010 p. 206). En outre, la règle de l'<ref-law> pourrait être appliquée par analogie au prêt au sous-occupant, dès lors que l'intérêt du bailleur ne dépend pas de la question de savoir si la mise à disposition, totale ou partielle, en faveur du tiers, est gratuite ou non, mais qu'il a un intérêt à savoir à qui l'usage est remis et à connaître les conditions de cette mise à disposition et si elle lui cause des inconvénients (HIGI, op. cit., n. 12 ad <ref-law>; GIAVARINI, op. cit., p. 205-206). Par conséquent, le bailleur pourrait résilier le bail de manière anticipée si le prêt gratuit entraînait une suroccupation de l'appartement ou une utilisation non conforme de la chose louée (<ref-law>) (THOMAS KOLLER, Die mietrechtliche Rechtsprechung des Bundesgerichts im Jahr 2010, RSJB 2011 p. 976).
4.3. Il est admis en doctrine que l'usage normal d'un logement implique le droit pour le locataire d'y héberger notamment son conjoint, son partenaire, son concubin, ses enfants, ainsi que d'autres proches, comme par exemple des amis (DAVID LACHAT, in Le droit du bail à loyer, 2019, n° 1.3.9 p. 59; DANIEL REUDT, in Das schweizerische Mietrecht, SVIT-Kommentar, 4e éd. 2018, n° 15 ad <ref-law>). Un tel hébergement n'est ni une sous-location, ni un prêt à usage. Dans l'<ref-ruling>, le Tribunal fédéral a admis l'hébergement d'un frère et d'un ami par le locataire, qui continue d'occuper l'appartement durant les week-end, considérant qu'un tel hébergement ne pouvait pas justifier une résiliation anticipée, à moins de nuisances pour le voisinage au sens de l'<ref-law>. Ce faisant, le Tribunal fédéral n'a toutefois ni défini la notion d'hébergement, ni distingué selon que le locataire continuait ou non à utiliser aussi lui-même le logement.
L'hébergement d'un enfant par son père, même si celui-ci n'occupe pas lui-même le logement, relève du droit de la filiation. En vertu de l'<ref-law>, les père et mère doivent pourvoir à l'entretien de l'enfant et assumer, par conséquent, les frais de son éducation, de sa formation et des mesures prises pour le protéger. Conformément à l'<ref-law>, cette obligation s'étend au-delà de la majorité de l'enfant si celui-ci n'a pas encore de formation appropriée, dans la mesure où les circonstances permettent de l'exiger d'eux. Par entretien, il faut entendre non seulement les frais de nourriture et d'éducation, mais aussi les frais d'hébergement ( Unterkunft). Il s'ensuit que l'hébergement d'un enfant ne constitue ni une sous-location, ni un contrat de prêt. Lorsque le père met à disposition de son enfant un appartement dont il est locataire, il fait un usage normal de la chose louée. Il n'y a pas de contrat entre eux, mais une obligation légale du père envers l'enfant.
La situation est évidemment autre lorsque le locataire héberge des tiers en n'occupant plus du tout le logement et en n'étant pas susceptible de l'occuper dans un avenir prévisible, situation qui pourrait constituer un détournement des règles sur la sous-location, respectivement sur l'utilisation conforme de la chose louée.
4.4. En l'espèce, le locataire qui a laissé l'usage du logement à un tiers est un père et le tiers bénéficiaire est sa fille, qui, au jour déterminant de la résiliation du bail du 15 septembre 2016, était encore en apprentissage.
La question de l'hébergement d'un enfant en apprentissage ne ressortit ni au droit du bail, ni au droit du prêt à usage, mais au droit de la filiation. Il n'y a ni contrat de sous-location, ni contrat de prêt entre le père et sa fille. Le devoir d'entretien du père, qui s'étend à l'hébergement de l'enfant, est soumis à l'<ref-law>. L'hébergement de cet enfant entre ainsi dans l'usage normal de la chose louée par le père locataire.
C'est ainsi à tort que la bailleresse recourante soutient que l'on est en présence d'une sous-location inadmissible, qu'il y aurait substitution de locataire, que le père locataire lui imposerait sa fille comme sous-locataire, ce qui mettrait en péril son droit au paiement du loyer, puisque le père ne serait plus qu'un garant ou une caution déguisée. C'est également à tort que la recourante soutient, subsidiairement, que même s'il s'agissait d'un prêt à usage, il y aurait lieu d'appliquer les règles de la sous-location. N'ayant en l'état qu'un seul locataire en la personne du père, la bailleresse n'a pas perdu la maîtrise de l'objet loué de façon illimitée.
Il découle de ce qui précède que, à moins que le locataire et les personnes qu'il héberge n'aient manqué d'égards envers les voisins - ce qui n'a pas été allégué et n'est pas l'objet du présent litige -, la bailleresse ne pouvait être fondée à invoquer l'<ref-law>.
5.
Il s'ensuit qu'il est superflu de statuer sur la seconde question soulevée par la recourante, à savoir celle portant sur l'interprétation du contrat à la lumière de la demande de location en relation avec l'engagement du locataire à utiliser personnellement le logement. En effet, dès lors que le père locataire héberge sa fille, il est censé faire un usage normal du logement loué, soit un usage personnel de celui-ci puisqu'il n'y a aucune sous-location, ni contrat de prêt entre lui et sa fille.
Est réservée la situation qui prévaudra lorsque l'enfant aura terminé sa formation et sera indépendante financièrement.
6.
Au vu de ce qui précède, le recours doit être rejeté par substitution de motifs. Les frais et dépens de la procédure sont mis à la charge de la bailleresse recourante, qui succombe (art. 66 al. 1 et 68 al. 1 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3.
La recourante versera à l'intimé une indemnité de 2'500 fr. à titre de dépens.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et au Tribunal cantonal du canton de Neuchâtel, Cour d'appel civile.
Lausanne, le 23 juillet 2019
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente : Kiss
La Greffière : Schmidt