Faits :
A.
A.a. Par contrat de bail à ferme agricole du 28 octobre 2016, A._ (ci-après: le père, le défendeur ou le recourant) a remis à bail à son fils, B._ (ci-après: le fils, le requérant ou l'intimé), son domaine agricole sis xxx, à.... Le bail a été conclu pour la période du 1er janvier 2017 au 31 décembre 2025. Le fermage est fixé à 18'000 fr. par an, payable en deux acomptes.
Le 22 mars 2017, le fils a payé à son père un montant de 18'500 fr., versement dont la cause est litigieuse en procédure.
A.b. Le 18 septembre 2020, le père, par l'intermédiaire de son avocat, a mis son fils en demeure de lui payer le fermage impayé de l'année 2017 par 13'800 fr. (hors intérêts) jusqu'au 31 mars 2021, faute de quoi le bail sera résilié.
B.
Le 15 octobre 2020, le fils a introduit une requête de protection dans les cas clairs aux fins de faire constater qu'il avait entièrement payé le fermage de l'année 2017 et que, partant, la mise en demeure du 18 septembre 2020 est nulle et ne déploie aucun effet.
Par décision du 19 février 2021, la Présidente du Tribunal des baux à loyer et à ferme du Tribunal de première instance du canton du Jura a admis l'action et prononcé que la mise en demeure du 18 septembre 2020 ne produit aucun effet.
Statuant par arrêt du 7 mai 2021, la Cour civile du Tribunal cantonal du canton du Jura a rejeté l'appel du père défendeur. Les motifs en seront exposés dans la mesure utile dans l'argumentation en droit.
C.
Contre cet arrêt, qui lui a été notifié le 17 mai 2021, le père défendeur a interjeté un recours en matière civile et un recours constitutionnel subsidiaire au Tribunal fédéral le 16 juin 2021. Il conclut à sa réforme, en ce sens qu'il est constaté que le fermage pour l'année 2017 n'a pas été payé par le requérant, que la mise en demeure du 18 septembre 2020 déploie donc ses effets et que la requête en protection dans les cas clairs du 15 octobre 2020 est déclarée irrecevable; subsidiairement, il conclut à l'annulation de l'arrêt attaqué et au renvoi de la cause à l'autorité cantonale pour nouvelle décision dans le sens des considérants. Il prend les mêmes conclusions à l'appui de son recours constitutionnel subsidiaire.
Le fils intimé conclut au rejet tant du recours en matière civile que du recours constitutionnel, dans la mesure où ils sont recevables.
La cour cantonale conclut au rejet du recours, dans la mesure où il est recevable.
Le recourant a déposé de brèves observations complémentaires.

Considérant en droit :
1.
1.1. La présente action intentée par le fermier au bénéfice d'un bail à ferme agricole s'analyse comme une action en constatation de l'inefficacité de la résiliation notifiée par le bailleur le 18 septembre 2020 (cf. consid. 3 ci-dessous). Lorsqu'une résiliation de bail est contestée, la valeur litigieuse pour la recevabilité du recours au Tribunal fédéral (<ref-law>) se détermine en fonction de la date à laquelle prendrait fin le bail en cas d'inefficacité, de nullité ou d'annulation du congé (<ref-ruling> consid. 1.2.2.3; arrêt 4A_501/2011 du 15 novembre 2011 consid. 1.1). La valeur litigieuse équivaut donc au loyer dû jusqu'à la première échéance pour laquelle un congé ordinaire pourrait être donné si la résiliation n'est pas valable. Dès lors qu'en l'espèce, le bail se termine au plus tôt le 31 décembre 2025 et que le fermage annuel s'élève à 18'000 fr., la valeur litigieuse atteint le seuil de 30'000 fr. (art. 74 al. 1 let. a a contrario et let. b LTF).
Interjeté en temps utile (<ref-law>) par la partie qui a succombé dans ses conclusions (<ref-law>) contre une décision finale (<ref-law>) prise sur recours par le tribunal supérieur du canton du Jura (<ref-law>), le recours en matière civile est recevable. Il s'ensuit que le recours constitutionnel est irrecevable (<ref-law>).
1.2. L'exposé du contexte du litige entre père et fils ainsi qu'entre les parents, sur lequel s'étend longuement le recourant, ne saurait être pris en considération dès lors qu'il s'agit de faits nouveaux irrecevables dans un recours au Tribunal fédéral (<ref-law>).
2.
Saisi d'un recours en matière civile, le Tribunal fédéral revoit librement (<ref-law>) si les conditions de l'<ref-law> (<ref-law>) sont réalisées, l'<ref-law> n'étant pas applicable (<ref-ruling> consid. 3.2).
Lorsque la cour cantonale est entrée en matière et a considéré que l'état de fait était prouvé, il appartient au recourant de démontrer l'arbitraire de son appréciation des preuves et de son appréciation anticipée d'autres preuves (art. 97 al. 1 et <ref-law> et art. 9 Cst.), ou une autre violation du droit au sens de l'<ref-law> (<ref-law>), de façon à ce qu'il puisse être déduit que la première condition de l'<ref-law>, soit un état de fait qui pouvait être immédiatement prouvé (let. a), n'était pas remplie (cf. EVA BACHOFNER, Die Mieterausweisung, 2019, p. 395 ss n. 701 ss).
Concernant l'appréciation des preuves et leur appréciation anticipée, le Tribunal fédéral n'intervient, du chef de l'arbitraire (<ref-law> et art. 9 Cst.), que si le juge du fait n'a manifestement pas compris le sens et la portée d'un moyen de preuve, a omis sans raisons objectives de tenir compte des preuves pertinentes ou a effectué, sur la base des éléments recueillis, des déductions insoutenables (<ref-ruling> consid. 4.2; <ref-ruling> consid. 4.2; <ref-ruling> consid. 4.3; <ref-ruling> consid. 1.4.3; <ref-ruling> consid. 2.1). Il ne suffit pas qu'une appréciation différente puisse être tenue pour également concevable, ou apparaisse même préférable (<ref-ruling> consid. 7.3 et les arrêts cités).
La critique de l'état de fait retenu est soumise au principe strict de l'allégation énoncé par l'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 2.3 et les arrêts cités). La partie qui entend attaquer les faits constatés par l'autorité précédente doit expliquer clairement et de manière circonstanciée en quoi ces conditions seraient réalisées (<ref-ruling> consid. 1.3.1 et les arrêts cités). Les critiques de nature appellatoire sont irrecevables (<ref-ruling> consid. 1.3).
3.
Aux termes de l'art. 21 al. 1 de la loi fédérale du 4 octobre 1985 sur le bail à ferme agricole (LBFA; RS 221.213.2), si, durant le bail, le fermier est en demeure pour le paiement du fermage, le bailleur peut lui signifier par écrit qu'à défaut de paiement dans les six mois, le bail sera résilié à ce terme.
3.1. Cette disposition est un cas particulier de demeure qualifiée du fermier agricole (<ref-law>), présentant des différences tant par rapport aux dispositions générales des <ref-law> sur la résiliation ensuite de demeure du débiteur que par rapport aux dispositions sur la demeure du locataire ou du fermier dans les baux à loyer ou à ferme des art. 257d et 282 CO (<ref-law>; BENNO STUDER, in Das landwirtschaftliche Pachtrecht, 2e éd. 2014, n. 431 ad <ref-law>; cf. STUDER/KOLLER, in Basler Kommentar, 7e éd. 2020, nos 3a-3b ad <ref-law>).
La commination de payer dans les six mois avec la menace qu'à défaut de paiement, le bail sera résilié au terme de ce délai est une résiliation conditionnelle du bail. Il s'agit donc d'une manifestation de volonté unilatérale du bailleur, sujette à réception (STUDER, op. cit., n. 439 ad <ref-law>) et qui a un effet formateur. En effet, contrairement au régime des art. 257d et 282 CO, le bail est résilié à l'échéance du délai, sans qu'un nouvel acte de la part du bailleur ne soit nécessaire, si le fermier ne paie pas (STUDER, op. cit., n. 440-441 ad <ref-law>; sur le changement de système en droit du bail du Code des obligations, cf. <ref-ruling> consid. 3a; sur l'ancien régime de l'art. 265 al. 1 aCO et la résiliation conditionnelle, cf. EMIL SCHMID, Zürcher Kommentar, 1977, no 12 ad art. 265 aCO).
Si cette résiliation conditionnelle ne satisfait pas aux exigences légales et contractuelles, elle est inefficace (ou dénuée d'effet; unwirksam; sur l'inefficacité et la nullité des résiliations, cf. <ref-ruling> consid. 1c/aa). Tel est le cas lorsque la résiliation est motivée par le défaut de paiement du fermage alors qu'en réalité le fermage a été payé (ibid.). Le fermier peut faire constater en tout temps son inefficacité (<ref-law>).
3.2. Lorsque le fermier agricole ouvre action en constatation de l'inefficacité de la résiliation conditionnelle (<ref-law>) en utilisant la procédure de protection dans les cas clairs de l'<ref-law>, la résiliation ne peut être déclarée sans effet que si les deux conditions de cette disposition sont réalisées.
3.2.1. Premièrement, l'état de fait n'est pas litigieux ou il est susceptible d'être immédiatement prouvé. L'état de fait n'est pas litigieux lorsqu'il n'est pas contesté par le défendeur; il est susceptible d'être immédiatement prouvé lorsque les faits peuvent être établis sans retard et sans trop de frais. En règle générale, la preuve est rapportée par la production de titres, conformément à l'<ref-law>. La preuve n'est pas facilitée: le demandeur doit ainsi apporter la preuve certaine ( voller Beweis) des faits justifiant sa prétention; la simple vraisemblance ( Glaubhaftmachen) ne suffit pas. Si le défendeur fait valoir des objections et exceptions motivées et concluantes ( substanziiert und schlüssig), qui ne peuvent être écartées immédiatement et qui sont de nature à ébranler la conviction du juge, la procédure du cas clair est irrecevable (<ref-ruling> consid. 3.1; <ref-ruling> consid. 3.2; <ref-ruling> consid. 5.1.1 et les arrêts cités).
3.2.2. Secondement, la situation juridique est claire. C'est le cas lorsque l'application de la norme au cas concret s'impose de façon évidente au regard du texte légal ou sur la base d'une doctrine et d'une jurisprudence éprouvées (<ref-ruling> consid. 3.1; <ref-ruling> consid. 2.1.2, 620 consid. 5.1.1, 728 consid. 3.3). En règle générale (cf. toutefois arrêt 4A_185/2017 du 15 juin 2017 consid. 5.4 et les références citées), la situation juridique n'est pas claire si l'application d'une norme nécessite l'exercice d'un certain pouvoir d'appréciation de la part du juge ou que celui-ci doit rendre une décision en équité, en tenant compte des circonstances concrètes de l'espèce (<ref-ruling> consid. 3.1; <ref-ruling> consid. 3.2; <ref-ruling> consid. 2.1.2; arrêt 4A_273/2012 du 30 octobre 2012 consid. 5.1.2, non publié in ATF <ref-ruling>).
3.3. En l'espèce, le point litigieux - la validité ou l'inefficacité de la résiliation conditionnelle du 18 septembre 2020 - repose exclusivement sur le sort de la question de fait suivante: le fermier requérant a-t-il payé le fermage de l'année 2017 en versant 18'500 fr. le 22 mars 2017 ou, comme le soutient le bailleur et défendeur, le fermage n'a-t-il pas été payé, le montant de 18'500 fr. correspondant à un prêt que le fermier aurait accordé au bailleur pour qu'il puisse acquérir le domaine de X._.
3.3.1. La cour cantonale a constaté que la juge de première instance avait retenu que le fils avait crédité le montant de 18'500 fr. sur le compte de son père le 22 mars 2017, montant qui apparaît dans le bilan annuel du père, établi par sa fiduciaire le 9 août 2019, sous la rubrique " Pachtzinseinnahmen " et dans sa comptabilité sous " Pachtzins B._ ". La juge de première instance n'a donc pas été convaincue par le défendeur, qui affirmait que ce document n'était pas valable et qui a produit un nouveau bilan de la même fiduciaire daté du 29 janvier 2021; elle a considéré que celui-ci avait manifestement été établi pour les besoins de la cause.
La cour cantonale a constaté que le fils requérant avait produit un extrait de compte attestant du versement de la somme de 18'500 fr. le 22 mars 2017, soit un montant supérieur de 500 fr. au montant du fermage dû, ainsi qu'un bilan daté du 9 août 2019 et émanant de la fiduciaire du père, comptabilisant ce paiement comme fermage. Elle a jugé que le requérant avait expliqué de manière convaincante qu'il avait accepté d'avancer la date du paiement du fermage parce que son père avait besoin de liquidités pour acquérir le domaine de X._.
Elle a écarté l'objection du défendeur, qui soutenait que le paiement de son fils avait en réalité été effectué à titre de prêt pour lui permettre d'acquérir le domaine de X._. Elle a constaté que le défendeur n'avait produit aucun document attestant d'un prêt en sus du fermage, qu'il était plus que douteux que, d'un côté, le fils eût consenti un prêt, étant déjà débiteur de sommes importantes à l'égard de son père, et que, de l'autre, il eût renoncé à s'acquitter du fermage en courant le risque d'une résiliation de son bail. Elle a donc estimé que la version du bilan établi en 2021 par la fiduciaire du père, qui diffère de la version du bilan établi en 2019 par la même fiduciaire, avait été établi pour les besoins de la cause, une manipulation de la version électronique du bilan par le requérant n'ayant pas été prouvée.
La cour cantonale en a déduit que l'état de fait était ainsi établi par les pièces produites, les objections non motivées du défendeur ne suffisant pas à ébranler le caractère convaincant de la présentation des faits du requérant.
3.3.2. La cour cantonale s'est ainsi déclarée convaincue par les pièces produites et par l'interrogatoire des parties, de sorte qu'il n'y avait pas lieu de procéder à l'administration d'autres moyens de preuve.
Pour convaincre que les conditions de l'<ref-law> n'étaient pas remplies, le recourant devait démontrer l'arbitraire de l'appréciation des preuves de la cour cantonale et l'arbitraire de l'appréciation anticipée des autres moyens de preuve qu'il aurait requis, en ce sens que la cour cantonale ne pouvait pas refuser de les administrer parce qu'ils étaient de nature à renverser le résultat de son appréciation faite sur la base des moyens administrés.
Or, le recourant ne s'en prend pas à l'appréciation selon laquelle le versement du fermage de 18'500 fr. par le fermier est prouvé par titre alors que l'existence du prétendu prêt n'est pas documentée. Il ne critique pas non plus l'appréciation des interrogatoires des parties, la cour cantonale ayant, d'une part, été convaincue par le fait que le fils avait avancé la date du paiement du fermage pour que son père disposât des liquidités nécessaires à l'achat du domaine de X._ et ayant, d'autre part, écarté le prétendu prêt du fils à son père dès lors que le premier était déjà débiteur de sommes importantes à l'égard du second. Cela suffit déjà à sceller le sort du présent recours.
La seule critique du recourant consiste à soutenir, en invoquant pêle-mêle les art. 177-178 CPC, 8 CC et 86-87 CO, que la comptabilité datée de 2019, établie par sa fiduciaire et produite par le requérant, ne serait qu'une version provisoire, tandis que la comptabilité datée de 2021 produite par lui serait la version définitive et la seule valable. Il ne démontre toutefois pas l'arbitraire de l'appréciation de la cour cantonale, qui s'est déclarée convaincue que la version de 2021, établie par la propre fiduciaire du défendeur selon les directives de son mandant, l'avait été pour les besoins de la cause, et a ainsi considéré comme superflu tout témoignage de la fiduciaire. Dès lors que le versement et sa cause ont été déterminés, il ne saurait y avoir de violation des <ref-law> et 86-87 CO. Il n'y a pas lieu d'examiner plus avant la nature de la comptabilité.
4.
Enfin, en tant que le recourant fait valoir que la procédure de protection dans les cas clairs l'empêcherait d'exercer un droit formateur, force est de constater qu'il méconnaît que, dans le système de l'<ref-law>, il a déjà notifié une résiliation - conditionnelle - le 18 septembre 2020 et que celle-ci a été déclarée inefficace (ou sans effet) par décision du premier juge, laquelle a été confirmée en appel et devient définitive avec le rejet, dans la mesure de sa recevabilité, du présent recours. La résiliation qu'il aurait notifiée par la suite, soit le 15 avril 2021, ne repose sur rien, dans la mesure où elle n'est pas conforme au système de l'<ref-law>.
Lorsqu'il se plaint de la formulation des conclusions de la demande (" Dire et constater que le fermage [...] est entièrement payé et que partant, la mise en demeure [...] est nulle et ne déploie aucun effet [...] "), soutenant qu'elles auraient dû faire l'objet d'une procédure de preuve à futur, il méconnaît que la première partie de ces conclusions a été écartée puisque, dans son dispositif, la première juge n'a pas statué sur ce fait - le paiement -, mais qu'elle a statué sur la seconde partie de ces conclusions et a prononcé que la mise en demeure du 18 septembre 2020 était sans effet juridique, autrement dit qu'elle était inefficace.
5.
Au vu de ce qui précède, le recours en matière civile doit être rejeté dans la faible mesure de sa recevabilité, frais judiciaires et dépens à la charge de son auteur (art. 66 al. 1 et 68 al. 1 et 2 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours constitutionnel est irrecevable.
2.
Le recours en matière civile est rejeté dans la mesure où il est recevable.
3.
Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 fr., sont mis à la charge du recourant.
4.
Le recourant versera à l'intimé un montant de 2'500 fr. à titre de dépens.
5.
Le présent arrêt est communiqué aux mandataires des parties et à la Cour civile du Tribunal cantonal du canton du Jura.
Lausanne, le 15 décembre 2021
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente : Hohl
Le Greffier : Douzals