Fatti:
A.
Il cittadino portoghese A._ è nato in Svizzera nel... ed è stato posto a beneficio di un permesso di domicilio.
Durante il suo soggiorno nel nostro Paese, ha occupato le autorità amministrative e penali a più riprese, subendo ammonimenti e condanne. In parallelo a quelle inflittegli in Svizzera, ha a carico una condanna anche nel proprio Paese d'origine.
B.
Richiamandosi a ragioni di ordine pubblico, con decisione del 21 novembre 2017 la Sezione della popolazione del Dipartimento delle istituzioni del Cantone Ticino ha revocato a A._ il permesso di soggiorno di cui disponeva, assegnandogli un termine per lasciare il territorio elvetico.
Chiamato ad esprimersi, il Consiglio di Stato ticinese ha confermato la decisione di revoca per motivi di ordine pubblico (26 settembre 2018). Con sentenza del 29 gennaio 2020, il Tribunale cantonale amministrativo non ha invece esaminato l'aspetto della revoca, poiché ha constatato che, dopo l'inoltro del ricorso del 31 ottobre 2018 contro la decisione governativa, il permesso in questione era decaduto, a causa di un'assenza all'estero di oltre sei mesi (estradizione verso il Portogallo avvenuta il 12 dicembre 2018; fine dell'espiazione della pena prevista per il 28 giugno 2020).
C.
Con ricorso in materia di diritto pubblico del 3 marzo 2020, A._ domanda al Tribunale federale che il giudizio della Corte cantonale sia annullato e l'incarto rinviato alla stessa, affinché si esprima sul ricorso del 28 (recte: 31) ottobre 2018, con il quale veniva chiesto di confermare la validità del permesso di soggiorno.
In corso di procedura, il Tribunale amministrativo ticinese si è riconfermato nella propria sentenza. Ad essa ha rinviato anche la Sezione della popolazione. Il Consiglio di Stato si è invece rimesso al giudizio del Tribunale federale.

Diritto:
1.
1.1. L'impugnativa è stata presentata nei termini (<ref-law>) contro una decisione finale di un tribunale superiore (art. 86 cpv. 1 lett. d e 2, <ref-law>) e da persona legittimata in tal senso (<ref-law>). Concernendo la decadenza di un permesso di domicilio, che avrebbe altrimenti ancora effetti giuridici, essa sfugge anche alla clausola di cui all'art. 83 lett. c n. 2 LTF, di modo che può essere trattata quale ricorso ordinario in materia di diritto pubblico (art. 83 segg. LTF; <ref-ruling> consid. 1.2.1 pag. 4).
1.2. Di principio, Il Tribunale federale applica il diritto federale d'ufficio (<ref-law>). Esigenze più severe valgono però in relazione alla lesione di diritti fondamentali, che va denunciata con precisione (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 1.4.2 pag. 254). Per quanto riguarda i fatti, il Tribunale federale fonda il suo ragionamento sull'accertamento svolto dall'autorità inferiore (<ref-law>). Può scostarsene se è stato eseguito in violazione del diritto ai sensi dell'<ref-law> o in modo manifestamente inesatto, ovvero arbitrario (<ref-ruling> consid. 4.2 pag. 560).
2.
2.1. Secondo gli accertamenti che risultano dal giudizio impugnato, che vincolano il Tribunale federale (<ref-law>), con decisione del 27 novembre 2018, trasmessa anche all'Ufficio cantonale della migrazione (cfr. risposta del 30 novembre 2018 alla Corte cantonale), il Giudice dei provvedimenti coercitivi ha concesso al ricorrente la liberazione condizionale, affinché egli potesse essere estradato in Portogallo per scontare la pena comminatagli dalle autorità del suo Paese.
Sempre dalla querelata sentenza emerge che l'estradizione ha avuto luogo il 12 dicembre 2018, ovvero il giorno successivo alla liberazione condizionale, e che la pena sarebbe giunta a termine il 28 giugno 2020.
2.2. Tenuto conto di tale situazione e, in particolare, del fatto che l'insorgente era assente dalla Svizzera da ben oltre sei mesi rispettivamente che egli non aveva né annunciato alle autorità migratorie ticinesi la sua prolungata assenza né formulato per tempo una richiesta di mantenimento del permesso di soggiorno, la Corte cantonale ha constatato che il permesso dello stesso era decaduto e non era quindi più necessario pronunciarsi sulla sua revoca.
Pur non contestando di soggiornare all'estero da più di sei mesi, l'insorgente ritiene invece che il ricorso inoltrato il 31 ottobre 2018 davanti al Tribunale amministrativo contro la revoca valga anche quale richiesta di mantenimento del permesso rispettivamente che nel caso che ci occupa la decadenza del permesso non potesse intervenire.
3.
3.1. Il permesso di domicilio è di durata illimitata e non è vincolato a condizioni (<ref-law>); esso può però decadere (<ref-law>) o essere revocato (<ref-law>). La decadenza interviene - tra l'altro - al momento della notifica della partenza (<ref-law>), oppure con il trascorrere di sei mesi da quando lo straniero ha lasciato la Svizzera senza domandare il mantenimento del permesso (<ref-law>).
In relazione all'<ref-law>, l'art. 79 dell'ordinanza sull'ammissione, il soggiorno e l'attività lucrativa del 24 ottobre 2007 [OASA; RS 142.201] precisa che la domanda di mantenimento del permesso di domicilio va presentata prima dello scadere del termine.
3.2. Siccome la questione non è regolata nell'ALC, i motivi di revoca previsti dalla LStrI valgono anche per la revoca di un permesso di domicilio UE/AELS (art. 23 cpv. 2 dell'ordinanza del 22 maggio 2002 sull'introduzione della libera circolazione delle persone [OLCP; RS 142.203]; sentenza 2C_837/2017 del 15 giugno 2018 consid. 5.1). In simile contesto, hanno ciò nondimeno rilievo l'art. 5 allegato I ALC e, più in generale, le disposizioni dell'ALC più favorevoli rispetto al diritto interno (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 5.3 pag. 125 seg.).
Giusta gli art. 6 cpv. 5, 12 cpv. 5 e 24 cpv. 6 allegato I ALC, l'unico soggiorno all'estero superiore a sei mesi che non fa decadere un permesso è invece quello giustificato dall'assolvimento di obblighi militari (sentenze 2C_56/2019 del 29 aprile 2019 consid. 3.1 e 2C_732/2017 del 19 settembre 2017 consid. 3).
4.
4.1. Nella fattispecie l'insorgente è stato estradato in Portogallo il 12 dicembre 2018, quando davanti alla Corte cantonale era già pendente il ricorso contro la decisione di revoca, per scontare una pena con termine il 28 giugno 2020. Non trovandosi all'estero per assolvere degli obblighi militari, egli non può quindi dedurre nessun diritto al mantenimento del permesso sulla base dell'accordo sulla libera circolazione delle persone.
Resta però da chiedersi se, nelle circostanze evocate nel giudizio impugnato rispettivamente che emergono dall'incarto, sia corretto negargli anche la possibilità di riferirsi al diritto interno, che riconosce la possibilità di domandare il mantenimento del permesso entro sei mesi dalla partenza all'estero (<ref-law>).
4.2. Nel querelato giudizio, il Tribunale amministrativo ticinese giunge come detto a concludere che le condizioni per un richiamo dell'<ref-law> a favore dell'insorgente non sono date.
Indicando che, in base all'<ref-law>, i servizi competenti per il trattamento delle notificazioni dell'arrivo e della partenza vanno designati dai Cantoni e che nel Cantone Ticino tale competenza è conferita alla Sezione della popolazione del Dipartimento delle istituzioni, rileva infatti che l'insorgente non si è mai rivolto a dette autorità, come l'<ref-law> prevede di fare. Nel contempo, aggiunge che, anche a voler prescindere da tale aspetto (competenza delle autorità di prima istanza e non di quella di ricorso), l'insorgente non ha nemmeno informato spontaneamente della sua estradizione la Corte cantonale, che ne ha avuto conoscenza solo in fase istruttoria.
4.3. La conclusione tratta dai Giudici ticinesi e qui riassunta non può essere tuttavia condivisa.
4.3.1. Come indicato nel loro giudizio, vero è che il fatto che il ricorrente si trovasse all'estero per scontare una pena non ha di per sé nessun rilievo specifico in quanto, per giurisprudenza costante, una decadenza del permesso di soggiorno può intervenire anche in questi casi (sentenze 2C_56/2019 del 29 aprile 2019 consid. 3.1; 2C_819/2016 del 14 novembre 2016 consid. 2.1 e 2C_461/2012 del 7 novembre 2012 consid. 2.4.1). Nella fattispecie, di rilievo è però un altro aspetto, e cioè che il 12 dicembre 2018, al momento in cui l'insorgente è stato estradato in Portogallo, il suo permesso di domicilio era stato da tempo revocato e la questione si trovava - sempre da tempo - sub iudice, per verificare se la revoca fosse conforme alla legge.
4.3.2. In simili circostanze, la mancata presentazione di una richiesta di mantenimento del permesso di domicilio davanti alla Sezione della popolazione non può infatti essergli rimproverata poiché, in virtù dei ricorsi interposti, la competenza in merito alle sorti del permesso di domicilio in questione non era più della prima istanza, bensì della massima Corte cantonale (al riguardo, cfr. anche l'art. 74 della legge sulla procedura amministrativa del 24 settembre 2013 [LPamm/TI; RL/TI 165.100] in cui, fatta salva la possibilità di riconsiderazione dell'originaria decisione a favore dell'amministrato, è espressamente ancorato il principio dell'effetto devolutivo, sia per i ricorsi al Consiglio di Stato che per quelli al Tribunale cantonale amministrativo).
4.3.3. D'altra parte, dalla sentenza querelata rispettivamente dagli atti componenti l'incarto, emerge che: a) una copia della decisione del 27 novembre 2018, con la quale il Giudice dei provvedimenti coercitivi ha concesso al ricorrente la liberazione condizionale ai fini dell'estradizione a far tempo dall'11 dicembre 2018, è stata immediatamente trasmessa anche alla Sezione della popolazione; b) già nella risposta al ricorso inoltrata davanti al Tribunale amministrativo ticinese, che porta la data del 30 novembre 2018, la Sezione della popolazione ha fatto riferimento a tale decisione, inviandone a sua volta copia alla Corte cantonale; c) nella replica, redatta il 21 gennaio 2019 quando già si trovava in Portogallo da oltre un mese, l'insorgente ha osservato - senza ambiguità su questo punto - che egli si riconfermava nelle conclusioni presentate con il ricorso, quindi nella richiesta di annullare la revoca e confermare la validità del permesso.
4.3.4. Stando così le cose, risulta di conseguenza altrettanto chiaro che le intenzioni del ricorrente in merito alla volontà di mantenimento del suo permesso sono state in casu manifestate a sufficienza, anche nel senso dell'<ref-law>, che per la richiesta di mantenimento del permesso non prevede del resto il rispetto di nessuna forma qualificata. In effetti, e al più tardi al momento dell'inoltro della replica del 21 gennaio 2019, doveva essere evidente a tutti i soggetti coinvolti nella procedura - Tribunale amministrativo compreso, presso il quale la procedura era pendente - che A._ intendeva rientrare in possesso del proprio permesso di domicilio, beneficiandone pure in futuro.
5.
5.1. Per quanto precede, il ricorso è accolto, la sentenza del 29 gennaio 2020 del Tribunale cantonale amministrativo annullata e l'incarto rinviato a quest'ultimo per nuovo giudizio. In questo contesto, esso dovrà in primo luogo verificare se le condizioni per confermare una revoca del permesso siano date; in caso affermativo, anche il suo mantenimento non entrerebbe infatti in discussione. In caso negativo (condizioni per la revoca non date), e sempre che l'insorgente non sia nel frattempo già tornato in Svizzera, gli concederà invece di mantenere il permesso, così come previsto dall'<ref-law> (sentenza 2C_461/2012 del 7 novembre 2012 consid. 2.4.1).
5.2. Per giurisprudenza, il rinvio dell'incarto all'istanza inferiore per procedere a un nuovo esame della fattispecie con esito aperto comporta che chi ricorre sia considerato vincente (sentenze 2C_127/2019 del 15 novembre 2019 consid. 5.2; 2C_249/2011 del 3 febbraio 2012 consid. 6 e 2C_60/2011 del 12 maggio 2011 consid. 2.4).
5.3. Soccombente, lo Stato del Cantone Ticino è dispensato dal pagamento delle spese giudiziarie (<ref-law>); esso deve però corrispondere al ricorrente, patrocinato da un avvocato, un'indennità per ripetibili per la sede federale (art. 68 cpv. 1 e 2 LTF).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1.
Il ricorso è accolto, la sentenza del 29 gennaio 2020 è annullata e la causa rinviata al Tribunale amministrativo del Cantone Ticino per nuovo giudizio, nel senso dei considerandi.
2.
Non vengono prelevate spese.
3.
Lo Stato del Cantone Ticino verserà al ricorrente un'indennità di fr. 2'500.-- per ripetibili della sede federale.
4.
Comunicazione al patrocinatore del ricorrente, alla Sezione della popolazione del Dipartimento delle istituzioni, al Consiglio di Stato e al Tribunale amministrativo del Cantone Ticino, nonché alla Segreteria di Stato della migrazione.