Faits :
A.
La Société Immobilière A._ SA est propriétaire d'une parcelle de 58'527 m 2 affectée à la zone villas sur la commune de Pregny-Chambésy. Cette parcelle est concernée par le plan directeur de quartier "Jardin des Nations", adopté par le Conseil d'Etat du canton de Genève le 23 mars 2005; elle est intégrée dans le projet appelé "Cours des Nobel", lequel tend à créer une large allée arborée destinée à la mobilité douce entre la route de Ferney, l'OMS et le village de Pregny.
Par décision du 25 mars 2015, le Département de l'aménagement, du logement et de l'énergie (ci-après: DALE) a délivré à A._ SA l'autorisation définitive de construire lui permettant la création d'aménagements extérieurs. Les plans déposés comprenaient une bande de terrain hachurée en vert, le long de la limite sud-est de la parcelle, et portant la mention "Cours des Nobel". La condition n° 7 de cette autorisation prévoyait que "l'inscription de la servitude de passage par le Cours des Nobel devra être inscrite au registre foncier avant l'ouverture du chantier".
Le 23 juillet 2015, A._ SA a transmis au DALE un avis d'ouverture du chantier. Le Département a alors fixé un délai de dix jours à la requérante pour se prononcer sur le respect de la condition n° 7 de l'autorisation de construire. Le 16 octobre 2015, A._ SA a répondu qu'elle n'avait entrepris que des travaux sans lien avec le Cours des Nobel. Après plusieurs échanges de lettres, le Département a, par décision du 18 mai 2016, infligé à A._ SA d'une part, et à son conseil d'autre part, une amende administrative de 500 fr. Il a aussi imparti un délai de trente jours à la société pour fournir les documents concernant l'inscription de la servitude objet de la condition n° 7 de l'autorisation de construire. Par jugement du 22 décembre 2016, le Tribunal administratif de première instance (TAPI) a annulé l'amende infligée à la société, considérant que l'infraction avait été commise par son conseil, destinataire de l'injonction. En revanche, l'ordre de production n'était pas nul et ne dépendait pas de la réalisation de tous les aménagements autorisés. A._ SA a recouru en vain contre ce jugement auprès de la Chambre administrative de la Cour de justice genevoise, puis auprès du Tribunal fédéral (arrêt 1C_474/2017 du 13 décembre 2017).
B.
Le 9 mai 2019, le département (devenu entretemps le Département du territoire) a ordonné à la société de faire inscrire la servitude de passage dans un délai de 60 jours. Il lui a en outre infligé une amende de 1'000 fr. pour non-respect de la condition n° 7 de l'autorisation de construire. Sur recours de la société, cette amende a été confirmée par le TAPI, puis par arrêt de la Chambre administrative du 29 septembre 2020. La recourante avait demandé en vain l'accès au dossier de la procédure relative à la parcelle voisine n° 2'181 afin de démontrer une inégalité de traitement, mais les informations fournies par les parties étaient suffisantes pour se prononcer à ce propos. Le droit cantonal permettait d'assortir l'autorisation de conditions, et le non-respect de celles-ci constituait une infraction au sens de l'art. 137 de la loi genevoise du 14 avril 1988 sur les constructions et les installations diverses (LCI, RS/GE L 5 05). L'amende reposait donc sur une base légale suffisante. La société n'avait entrepris aucune des démarches qui lui incombaient afin de faire inscrire la servitude requise. Dans le cas de la parcelle voisine, l'obligation d'inscrire une servitude n'était prévue qu'à l'achèvement des travaux, de sorte qu'il n'y avait pas d'inégalité de traitement.
C.
Agissant le 9 novembre 2020 par la voie du recours en matière de droit public, A._SA demande au Tribunal fédéral d'annuler l'arrêt cantonal ainsi que la décision du 9 mai 2019.
La Chambre administrative se réfère à son arrêt. Le Département du territoire conclut au rejet du recours. Dans ses dernières écritures, la recourante persiste dans ses griefs et ses conclusions.

Considérant en droit :
1.
Dirigé contre une décision finale (art. 90 LTF) prise en dernière instance cantonale (art. 86 al. 1 let. d LTF) dans le domaine du droit public des constructions (art. 82 let. a LTF), le recours est en principe recevable comme recours en matière de droit public selon les art. 82 ss LTF, aucune des exceptions prévues à l'art. 83 LTF n'étant réalisée. La recourante a pris part à la procédure de recours devant la Cour de justice. En tant que propriétaire faisant l'objet d'une amende administrative, elle est particulièrement touchée par l'arrêt attaqué et peut ainsi se prévaloir d'un intérêt digne de protection à l'annulation de l'arrêt attaqué. Elle a dès lors qualité pour recourir au sens de l'art. 89 al. 1 LTF.
Les autres conditions de recevabilité sont au surplus réunies, si bien qu'il y a lieu d'entrer en matière.
2.
Invoquant l'interdiction de l'arbitraire, la recourante estime que l'amende administrative ne reposerait pas sur une base légale: aucune disposition du droit cantonal (notamment pas l'art. 13 du règlement d'application de la LCI - RCI, RS/GE L 5 05.01 - invoqué par le département) ne permettrait au département de subordonner la délivrance d'une autorisation de construire à l'inscription d'une servitude avant l'ouverture du chantier. Aucune des dispositions de la LCI mentionnées par la cour cantonale (art. 15, 16, 20, 23, 24, 27, 88, ainsi que 46 et 71, 7 et 153 LCI) ne permettrait d'imposer une telle condition. De telles servitudes relèveraient exclusivement du droit privé.
2.1. Le principe de la légalité consacré à l'art. 5 al. 1 Cst. exige de façon générale que l'ensemble de l'activité étatique se fonde sur la loi et repose ainsi sur une base légale. L'exigence de la base légale signifie que les actes étatiques doivent trouver leur fondement dans une loi au sens matériel, qui soit suffisamment précise et déterminée et qui émane de l'autorité constitutionnellement compétente. L'exigence de précision de la norme (ou de densité normative) est relative et varie selon les domaines. Elle dépend notamment de la gravité des atteintes qu'elle comporte aux droits fondamentaux (<ref-ruling> consid. 6.5.1 p. 29 s.; arrêt 2C_134/2018 du 24 septembre 2018 consid. 4.1 et les références citées). Hormis en matière pénale et dans le domaine fiscal, le principe de la légalité ne constitue pas un droit constitutionnel distinct, mais uniquement un principe constitutionnel. Le recours en matière de droit public permet de se plaindre directement d'une violation de ce principe, au même titre que du principe de la proportionnalité ancré à l'art. 5 al. 2 Cst. (<ref-ruling> consid. 6.2.1 p. 63; arrêt 1C_292/2019 du 12 mai 2020 consid. 4.1). Toutefois, dans l'application du droit cantonal, à part les restrictions des droits fondamentaux (art. 36 al. 1 Cst.), le Tribunal fédéral n'intervient en cas de violation du principe de la légalité que si la mesure de droit cantonal viole simultanément l'interdiction de l'arbitraire (<ref-ruling> consid. 4 p. 156 ss; arrêts 1C_557/2019 du 21 avril 2020 consid. 2.1; 2C_342/2019 du 11 octobre 2019 consid. 5.1; 2C_613/2017 du 16 avril 2018 consid. 3.2). Il en va de même s'agissant d'une violation du principe de la proportionnalité constatée dans le cadre de l'application du droit cantonal (<ref-ruling> consid. 5.3.2 p. 7; arrêt 8C_392/2019 du 24 août 2020 consid. 4.3.2).
Une décision est arbitraire lorsqu'elle viole gravement une norme ou un principe juridique clair et indiscuté, ou lorsqu'elle contredit d'une manière choquante le sentiment de la justice et de l'équité. Le Tribunal fédéral n'a pas à déterminer quelle est l'interprétation correcte que l'autorité cantonale aurait dû donner des dispositions applicables; il doit uniquement examiner si l'interprétation qui a été faite est défendable. Par conséquent, si celle-ci ne se révèle pas déraisonnable ou manifestement contraire au sens et au but de la disposition ou de la législation cantonale en cause, elle sera confirmée, même si une autre solution paraît également concevable, voire préférable. De plus, il ne suffit pas que les motifs de la décision attaquée soient insoutenables, encore faut-il que cette dernière soit arbitraire dans son résultat (<ref-ruling> consid. 5.4 p. 326 s.; <ref-ruling> consid. 4.1 p. 566; <ref-ruling> consid. 4.3 p. 319).
2.2. Aux termes de l'art. 137 al. 1 LCI, est passible d'une amende administrative de 100 fr. à 150'000 fr. tout contrevenant à la LCI (let. a), aux règlements et aux arrêtés édictés en vertu de cette loi (let. b) ainsi qu'aux ordres donnés par le Département dans les limites de la LCI des règlements et arrêtés édictés en vertu de celle-ci (let. c). Contrairement à ce que soutient la recourante, la dernière partie de cette disposition permet de sanctionner une violation d'une condition posée dans une autorisation de construire exécutoire, dès lors que l'on peut sans arbitraire y voir un "ordre donné par le département". Comme cela résulte également de cette disposition, l'ordre en question doit être posé dans les limites de la loi et de ses dispositions d'exécution. Ainsi comprise, la disposition en question offre un degré de précision suffisant au regard des exigences découlant du principe de la légalité, en particulier en terme de prévisibilité de la sanction (arrêt 1C_557/2019 du 21 avril 2020 consid. 2.4).
2.3. L'argumentation de la recourante revient à remettre en cause la condition n° 7 dont était assortie l'autorisation du 25 mars 2015. Cette question a toutefois déjà été jugée dans la procédure précédente: dans son arrêt 1C_474/2017 du 13 décembre 2017, le Tribunal fédéral a considéré que la clause en question constituait une charge et que, dès lors que le département compétent pouvait refuser l'autorisation de construire, il pouvait également, même sans base légale expresse, l'assortir d'une telle charge pour autant que cela respecte les principes d'intérêt public et de proportionnalité, et qu'il y ait un certain rapport avec l'objet de la décision (consid. 3). Dès lors que l'autorisation de construire était entrée en force, faute pour la recourante d'avoir contesté en temps utile la charge dont elle était assortie, seule une éventuelle nullité permettait de remettre en cause cette dernière. La cour de céans a considéré que l'autorisation de construire avait été délivrée par l'autorité compétente et que la charge en question reposait sur un motif d'intérêt public tenant à la création d'une allée destinée à la mobilité douce. Il n'y avait pas de motif de nullité.
2.4. Dans la mesure où la clause n° 7 grevant l'autorisation de construire est entrée en force, et en l'absence de tout motif de nullité, on peut sans arbitraire y voir un "ordre" valablement donné par le département, au sens de l'art 137 LCI. La recourante ne saurait contester qu'une telle clause a été formulée "dans les limites de la loi et de ses dispositions d'exécution": comme cela est relevé ci-dessus, il s'agissait, par la création d'une servitude de passage, de garantir la réalisation d'une voie verte prévue dans le plan directeur de quartier "Jardin des Nations", soit un instrument de planification ayant force obligatoire pour les autorités (<ref-ruling> consid. 4.3). La charge en question avait dès lors pour objet la mise en oeuvre, sur la parcelle de la recourante, d'une mesure de planification répondant, comme on l'a vu, à un intérêt public. Elle fait partie des clauses accessoires dont peut être assortie une autorisation de construire, même sans base légale expresse. Les dispositions du droit cantonal mentionnées dans l'arrêt attaqué ne constituent que des exemples de telles clauses, et l'argumentation de la recourante en rapport avec ces différentes dispositions tombe dès lors à faux. La création d'une servitude relève certes du droit privé, mais cela n'empêche pas non plus de l'imposer en tant que charge dans une autorisation de construire.
Sur le vu de ce qui précède, le grief tiré du principe de la légalité doit être rejeté.
3.
A titre subsidiaire, la recourante invoque le principe d'égalité de traitement (art. 8 Cst.). Elle relève que la parcelle voisine n° 2181 était également concernée par la création de la voie verte, mais que les travaux ont pu être achevés sur cette parcelle sans qu'aucune servitude n'ait été constituée par le propriétaire.
3.1. Une décision ou un arrêté viole le principe de l'égalité de traitement consacré à l'art. 8 al. 1 Cst. lorsqu'il établit des distinctions juridiques qui ne se justifient par aucun motif raisonnable au regard de la situation de fait à réglementer ou qu'il omet de faire des distinctions qui s'imposent au vu des circonstances, c'est-à-dire lorsque ce qui est semblable n'est pas traité de manière identique et ce qui est dissemblable ne l'est pas de manière différente. Il faut que le traitement différent ou semblable injustifié se rapporte à une situation de fait importante (<ref-ruling> consid. 6.1 et les références).
3.2. Comme le relève la cour cantonale, au contraire de celle accordée à la recourante, l'autorisation délivrée pour la parcelle n° 2'181 ne prévoyait pas de délai pour l'inscription de la servitude de passage, celle-ci devant avoir lieu à l'achèvement des travaux. Dans la mesure où les décisions rendues à ce sujet sont définitives, la recourante ne saurait se plaindre d'une inégalité de traitement entachant ces autorisations de construire. Cela étant, au stade de la sanction, les deux situations, soumises à des régimes juridiques différents, ne sauraient être considérées comme comparables, le département n'ayant d'ailleurs pas exclu de sanctionner le propriétaire voisin au cas où la servitude exigée ne serait finalement pas inscrite. Le grief doit lui aussi être écarté.
4.
Sur le vu de ce qui précède, le recours est rejeté. Conformément à l'art. 66 al. 1 LTF, les frais judiciaires sont mis à la charge de la recourante qui succombe. Il n'y a pas lieu d'allouer de dépens (cf. art. 68 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3.
Le présent arrêt est communiqué au mandataire de la recourante, au Département du territoire de la République et canton de Genève et à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre administrative.
Lausanne, le 21 juin 2021
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Kneubühler
Le Greffier : Kurz