Sachverhalt:
A.
A._ meldete sich am 24. September 2014 bei der Invalidenversicherung zum Leistungsbezug an. Er gab an, vom Oktober 1998 bis 1. Mai 2010 im Land B._ gelebt zu haben. Danach habe er vom 15. Juni 2011 bis zum 31. Mai 2013 in Afrika gearbeitet. Kurz nach seiner Rückkehr habe er am 3. Juni 2013 im Rahmen einer Malariaerkrankung ein Multiorganversagen erlitten. Die IV-Stelle Bern liess den Gesundheitszustand des Versicherten bei der Ärztliches Begutachtungsinstitut GmbH (nachfolgend: ABI) abklären. Die Expertise datiert vom 9. Januar 2017. Mit Verfügung vom 23. Februar 2018 sprach ihm die IV-Stelle ab März 2015 eine ganze sowie ab Oktober 2015 eine halbe Invalidenrente zu und verneinte einen Rentenanspruch ab Oktober 2016.
B.
Das Verwaltungsgericht des Kantons Bern wies mit Entscheid vom 5. Juli 2018 eine gegen die Verfügung vom 23. Februar 2018 geführte Beschwerde ab.
C.
A._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen und beantragen, in Aufhebung des kantonalen Entscheides sei ihm ab Juli 2014 eine höhere, unbefristete Rente zuzusprechen. Im Weiteren ersucht er um Gewährung der unentgeltlichen Prozessführung.
Die IV-Stelle schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Das Verwaltungsgericht und das Bundesamt für Sozialversicherungen verzichten auf Vernehmlassung.

Erwägungen:
1.
1.1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann wegen Rechtsverletzungen gemäss Art. 95 und 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG). Es ist folglich weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann sie mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen. Immerhin prüft das Bundesgericht, unter Berücksichtigung der allgemeinen Pflicht zur Begründung der Beschwerde (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG), grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind (<ref-ruling> E. 1 S. 236 mit Hinweisen).
1.2. Das Bundesgericht kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht (Art. 105 Abs. 2 BGG). Überdies muss die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein (Art. 97 Abs. 1 BGG).
2.
Streitig ist, ob die Vorinstanz zu Recht bestätigte, dass der Beschwerdeführer ab Oktober 2015 nur noch Anspruch auf eine halbe Rente und ab Oktober 2016 überhaupt keinen Rentenanspruch mehr habe. Dabei beanstandet der Versicherte lediglich den Einkommensvergleich, respektive die Festsetzung des Valideneinkommens. Unbestritten ist hingegen die zumutbare Arbeitsfähigkeit von 50 % ab Juli 2015 und von 70 % ab Juli 2016.
Entgegen dem Antrag auf einen Rentenbeginn ab Juli 2014 wird ein solcher in der Beschwerde mit keinem Wort begründet, weshalb auf dieses Begehren nicht weiter einzugehen ist (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG).
3.
Die Vorinstanz erwog, der Beschwerdeführer habe eine Lehre als Autoelektriker abgeschlossen und zwischen 1980 und 1998 verschiedene Firmen besessen, bevor er ins Land B._ ausgewandert sei. Dort sei er bis im Jahre 2010 als Freelancer im Aufbau von Energiesystemen tätig gewesen und habe Pasta produziert. Nach seiner Rückkehr in die Schweiz im Jahre 2010 habe er bis im Juni 2011 keine beitragspflichtige Tätigkeit ausgeübt. In der Folge habe er zwischen Juni 2011 bis 2013 ("richtig wohl: 2012") in Afrika in der Entwicklungszusammenarbeit gearbeitet und sich dabei um die Infrastruktur von Spitälern gekümmert. Aus den Akten ergäben sich es keine hinreichend konkreten Hinweise, dass er nach seiner darauf folgenden Rückkehr in die Schweiz tatsächlich, wie behauptet, eine Beratungsfirma gegründet hätte. Es seien daher keine zuverlässigen Rückschlüsse auf den hypothetischen Einkommensverlauf möglich, womit das Valideneinkommen auf Grund statistischer Werte (Tabellenlöhne gemäss der Lohnstrukturerhebung des Bundesamts für Statistik [LSE] 2012) zu ermitteln sei. Auch nach Beendigung seines Einsatzes in Afrika könne er ab Februar 2012 bis zum Ausbruch der Erkrankung im Juni 2013 keine beitragspflichtige Beschäftigung nachweisen, weshalb auf das Kompetenzniveau 1 der Tabellenlöhne abzustellen sei. Da auch das Invalideneinkommen auf derselben Grundlage zu bestimmen sei, erübrige sich eine ziffernmässig Ermittlung der Vergleichseinkommen. Es bestehe kein triftiger Grund, den von der Verwaltung gewährten leidensbedingten Abzug von 10 % zu erhöhen.
4.
4.1. Nach der Rechtsprechung ist bei der Ermittlung des Valideneinkommens entscheidend, was die versicherte Person im massgebenden Zeitpunkt aufgrund ihrer beruflichen Fähigkeiten und persönlichen Umstände nach dem Beweisgrad der überwiegenden Wahrscheinlichkeit ohne Gesundheitsschaden mutmasslich verdient hätte. Dabei ist in der Regel am zuletzt erzielten, nötigenfalls der Teuerung und der realen Einkommensentwicklung angepassten Lohn anzuknüpfen, da es empirischer Erfahrung entspricht, dass die bisherige Tätigkeit ohne Gesundheitsschaden fortgesetzt worden wäre; Ausnahmen müssen mit überwiegender Wahrscheinlichkeit erstellt sein (<ref-ruling> E. 3.3.2 S. 30 mit Hinweisen).
Da die Invaliditätsbemessung der voraussichtlich bleibenden oder längere Zeit dauernden Erwerbsunfähigkeit zu entsprechen hat (vgl. Art. 8 Abs. 1 ATSG), ist auch die berufliche Weiterentwicklung zu berücksichtigen, die eine versicherte Person normalerweise vollzogen hätte; dazu ist allerdings erforderlich, dass konkrete Anhaltspunkte dafür bestehen, dass ohne gesundheitliche Beeinträchtigung ein beruflicher Aufstieg und ein entsprechend höheres Einkommen tatsächlich realisiert worden wären. Blosse Absichtserklärungen genügen nicht. Vielmehr muss die Absicht, beruflich weiterzukommen, bereits durch konkrete Schritte wie Kursbesuche, Aufnahme eines Studiums etc. kundgetan worden sein (Urteil 9C_368/2017 vom 3. August 2017 E. 4.1 mit Hinweisen).
4.2.
4.2.1. Der Beschwerdeführer rügt vorerst eine aktenwidrige Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz bezüglich seines Lebenslaufes. Entgegen dem kantonalen Gericht, welches unter anderem aufgrund fehlender Einträge im individuellen Konto davon ausgehe, dass er bereits im Februar 2012 von Afrika in die Schweiz zurückgekehrt, hier aber keinerlei Erwerbstätigkeit nachgegangen sei (vgl. E. 4.3.1 und 4.3.3 des angefochtenen Entscheides), sei er ab Juni 2011 bis zum 31. Mai 2013 in Afrika tätig gewesen.
4.2.2. Tatsächlich hatte der Beschwerdeführer bereits im Meldeformular zur Früherfassung vom 18. August 2014 angegeben, dass er ab Februar 2012 als selbstständiger Consultant für eine deutsche Organisation in Afrika gearbeitet habe. Auch der Anmeldung zum Leistungsbezug ist zu entnehmen, dass er bis am 31. Mai 2013 in Afrika weilte und dort zuletzt selbstständigerwerbend war. Dieselben Angaben machte er auch in der Anmeldung für Hilfsmittel vom 15. Februar 2016 und gegenüber den Gutachtern der ABI. Schliesslich konnte der Beschwerdeführer auch einen Zusammenarbeits-Vertrag als Freelancer mit der deutschen Organisation und Zahlungen dieser Organisation im Betrage von insgesamt Euro 33'192.94 in der Zeit vom 23. April 2012 bis 18. September 2012 nachweisen. Damit hat er belegt, dass er nach seinem bis Ende Januar 2011 dauernden Engagement für die in der Schweiz ansässige und damit beitragspflichtige Organisation C._ entgegen der vorinstanzlichen Feststellung tatsächlich in Afrika weiterhin erwerbstätig war.
4.2.3. Zwar hatte das kantonale Gericht unter anderem aufgrund der angenommenen fehlenden Erwerbstätigkeit nach der Tätigkeit für die Organisation C._ geschlossen, dass es dem Beschwerdeführer auch als Gesunder schwer gefallen wäre, nach jahrelangem Auslandsaufenthalt und ohne die für den hiesigen Arbeitsmarkt relevanten Fähigkeiten eine Stelle mit einem Lohn über dem Kompetenzniveau 1 zu finden. Die fehlerhafte Akteninterpretation bezüglich einer Erwerbstätigkeit nach Januar 2012 allein bietet jedoch keinen genügenden Anlass, die vorinstanzliche Feststellung, auch als Gesunder hätte der Beschwerdeführer nach seiner Rückkehr in die Schweiz ab Juni 2013 kein höheres Einkommen als jenes gemäss dem Kompetenzniveau 1 erzielen können, als bundesrechtswidrig erscheinen zu lassen. Einerseits ist dabei zu berücksichtigen, dass die Vorinstanz bei der Festsetzung des Valideneinkommens nicht nur den genannten Umstand, sondern die gesamte Erwerbs- und Lohnsituation der vergangenen Jahre sowie die Tatsache berücksichtigte, dass der Beschwerdeführer nach jahrelanger Auslandabwesenheit nun (weitgehend) ohne die für den hiesigen Arbeitsmarkt relevanten Fähigkeiten eine Stelle suchen müsse. Zudem liegt dem Entscheid über einen hypothetischen Karriereverlauf naturgemäss ein gewisses Ermessen zu Grunde. Das gilt umso mehr in einem Fall wie dem vorliegenden, bei welchem der Versicherte genau in jenem Moment erkrankte, als er von einem Auslandsaufenthalt zurückkehrte und eine ganz neue Tätigkeit hätte aufnehmen müssen. Irgendwelche Belege für die offenbar geplante Tätigkeit als selbstständiger Berater liegen nicht vor. Letztinstanzlich wird auch nicht mehr gerügt, dass das Valideneinkommen aufgrund der LSE bestimmt wurde. Dass das kantonale Gericht sein Ermessen bezüglich der Festsetzung der Höhe des Valideneinkommens für den aus dem Ausland zurückgekehrten Beschwerdeführer rechtsfehlerhaft ausgeübt hätte, wird denn auch nicht geltend gemacht.
4.2.4. Selbst wenn vom Kompetenzniveau 2 ausgegangen würde, würde dies am Resultat nichts ändern. Denn die Vorinstanz hat zu Recht darauf verzichtet, den Invaliditätsgrad aufgrund konkreter Einkommenszahlen zu bestimmen, nachdem sowohl das Validen- wie auch das Invalideneinkommen auf derselben Tabellenposition beruhen. Dies ist angesichts des im ABI-Gutachten beschriebenen Zumutbarkeitsprofils nicht zu beanstanden. Demnach sind dem Beschwerdeführer Tätigkeiten mit längerem Stehen oder Gehen sowie Anforderungen an das Gleichgewichtsvermögen nicht mehr zumutbar. Am geeignetsten ist eine körperlich leichte, vorwiegend sitzende Arbeit. Aus psychiatrischer Sicht besteht keine Einschränkung der Arbeitsfähigkeit. Indessen ist eine Tätigkeit mit hoher kognitiver Flexibilität nicht mehr zumutbar. Trotz dieser Limitierungen sind demnach auch Tätigkeiten gemäss Kompetenzniveau 2 ("praktische Tätigkeiten wie Verkauf/Pflege/Datenverarbeitung und Administration/Bedienen von Maschinen und elektronischen Geräten/Sicherheitsdienst/Fahrdienst") weiterhin zumutbar.
4.2.5. Entgegen der Auffassung des Beschwerdeführers ist nicht ersichtlich, inwiefern sich ein Abstützen auf das Kompetenzniveau 3 rechtfertigen sollte. Der vom Versicherten geltend gemachte Umstand, dass er geschäftlich immer sehr erfolgreich gewesen sei, reicht dafür jedenfalls nicht aus, weshalb auch nicht weiter darauf einzugehen ist. Damit besteht selbst dann kein höherer Invaliditätsgrad, wenn auch das Valideneinkommen - wie in der Beschwerde ausgeführt - mit Hilfe dieses Kompetenzniveaus bestimmt würde.
4.2.6. Nach dem Gesagten ist mit der Vorinstanz für die Ermittlung der Vergleichseinkommen auf dieselbe Tabellenposition abzustellen. Es bleibt damit bei der vom kantonalen Gericht bestätigten abgestuften befristeten Invalidenrente. Die Beschwerde ist abzuweisen.
5.
Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend trägt der Beschwerdeführer die Gerichtskosten (Art. 66 Abs. 1 BGG). Die unentgeltliche Rechtspflege kann ihm diesbezüglich gewährt werden (Art. 64 Abs. 1 BGG). Der Beschwerdeführer hat der Bundesgerichtskasse Ersatz zu leisten, wenn er später dazu in der Lage ist (Art. 64 Abs. 4 BGG). Über die Bestellung eines unentgeltlichen Rechtsbeistandes im Sinne von Art. 64 Abs. 2 BGG ist indes nicht zu befinden, da als solche nur patentierte Anwältinnen und Anwälte zugelassen sind.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 800.- werden dem Beschwerdeführer auferlegt, indes vorläufig auf die Bundesgerichtskasse genommen.
3.
Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Bern und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 12. März 2019
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Maillard
Die Gerichtsschreiberin: Schüpfer