Fatti:
A.
Con sentenza del 29 dicembre 2017, la Corte penale del Tribunale penale federale (TPF) ha riconosciuto B._ autore colpevole di partecipazione a un'organizzazione criminale, di ripetuto riciclaggio di denaro, nonché di ripetuto inganno nei confronti dell'autorità, e A._ autore colpevole di riciclaggio di denaro aggravato, di ripetuta falsità in documenti, nonché di ripetuto inganno nei confronti dell'autorità. Il TPF ha contestualmente ordinato, per quanto qui di rilievo, la confisca, tra l'altro, della quota di comproprietà di 50/100 del fondo RFD iii di b._, di spettanza di D3._ (dispositivo n. III 1.2), del 50 % di spettanza di D3._ dei valori patrimoniali presenti, al momento del passaggio in giudicato della sentenza, sulla relazione mmm intestata a B._, A._ e D3._ presso P._ SA (dispositivo n. III 1.6) e sul conto hhh intestato a "Y._ SA, RFD iii b._" presso Z._ SA (dispositivo n. III 1.9).
B.
D3._ impugna il dispositivo n. III 1.2 di questa sentenza con un ricorso in materia penale al Tribunale federale. Lamentando una violazione del diritto di essere sentito a causa della mancata possibilità di partecipare al procedimento dinanzi al TPF, postula l'annullamento del precitato punto del dispositivo e il rinvio della causa all'autorità precedente per nuovo giudizio.
Invitati a esprimersi sul ricorso, il TPF ne propone l'accoglimento nella misura necessaria all'implementazione del diritto di essere sentito, mentre il Ministero pubblico della Confederazione (MPC) chiede che sia dichiarato inammissibile, rispettivamente sia respinto. L'insorgente ha replicato, riconfermandosi nelle sue conclusioni ricorsuali e postulando il beneficio del gratuito patrocinio.
Con decreto presidenziale del 19 dicembre 2018, al ricorso è stato conferito effetto sospensivo in relazione al dispositivo n. III 1.2 della sentenza impugnata.

Diritto:
1.
Il Tribunale federale esamina d'ufficio e con cognizione piena l'ammissibilità del rimedio esperito (<ref-ruling> consid. 1).
1.1. La legge sul Tribunale federale si applica ai procedimenti promossi dinanzi al Tribunale federale dopo la sua entrata in vigore; ai procedimenti su ricorso si applica soltanto se la decisione impugnata è stata pronunciata dopo la sua entrata in vigore (<ref-law>). Questa norma transitoria non disciplina unicamente i rapporti tra la LTF e le previgenti disposizioni procedurali della Confederazione, ma vale anche in caso di modifiche delle disposizioni della stessa LTF (sentenza 6B_1108/2013 del 25 marzo 2014 consid. 2.1.3 con rinvii). Di conseguenza, il nuovo <ref-law>, in vigore dal 1° gennaio 2019, si applica unicamente alle decisioni emanate dopo il 31 dicembre 2018. La sentenza impugnata è stata pronunciata prima di tale data dalla Corte penale del Tribunale penale federale e può essere oggetto di ricorso dinanzi al Tribunale federale in virtù del vecchio <ref-law> (RU 2006 1205; v. pure mutatis mutandis sentenza 6B_523/2019 del 4 giugno 2019 consid. 1, in RtiD 2020 II pag. 243).
1.2. La decisione contestata costituisce una decisione finale (<ref-law>) pronunciata in materia penale ed è di conseguenza impugnabile con un ricorso in materia penale giusta gli art. 78 segg. LTF.
1.3. Secondo l'<ref-law>, ha diritto di interporre ricorso in materia penale chi ha partecipato al procedimento dinanzi all'autorità inferiore o è stato privato della possibilità di farlo (lett. a) e ha un interesse giuridicamente protetto all'annullamento o alla modifica della decisione impugnata (lett. b). Trattasi di condizioni cumulative (<ref-ruling> consid. 1.3) : la prima di natura formale, la seconda di natura sostanziale. Con riferimento alla privazione della possibilità di partecipare al procedimento di cui all'<ref-law>, è sufficiente che la persona interessata sia stata di fatto impedita di partecipare al procedimento, per esempio a causa della mancata comunicazione di una decisione (v. <ref-ruling> consid. 1.1.1).
L'<ref-law> fornisce una definizione generale della legittimazione a ricorrere in materia penale e una lista esemplificativa dei casi ordinari in cui la condizione dell'interesse giuridico a inoltrare il ricorso è di regola adempiuta (<ref-ruling> consid. 1.3). Quand'anche non esplicitamente menzionato dall'<ref-law>, il Tribunale federale ha già avuto modo di riconoscere un interesse giuridicamente protetto al titolare dei beni oggetto di una misura di confisca (<ref-ruling> consid. 1.3).
In quanto comproprietario di un fondo confiscato, il ricorrente dispone di un interesse a contestare la misura pronunciata. Egli non ha partecipato al procedimento dinanzi all'autorità precedente, ciò di cui si duole in questa sede. Sembrerebbe che la decisione impugnata gli sia stata notificata a dibattimento avvenuto, senza che gli sia stata concessa la possibilità di esprimersi in merito alla confisca, malgrado dovesse essere considerato un terzo aggravato da atti procedurali e quindi parte al procedimento. Alla luce di queste circostanze, non può essergli negata la legittimazione ricorsuale a causa della sua mancata partecipazione al procedimento dinanzi al TPF (v. <ref-ruling> consid. 2.3).
2.
2.1. Il ricorrente si duole della violazione del suo diritto di essere sentito, nella misura in cui il TPF non gli avrebbe concesso la possibilità di esprimersi in merito alla prospettata confisca di beni di sua spettanza.
2.2. Il MPC evidenzia di aver disposto nei confronti dell'insorgente un decreto di non luogo a procedere dettato da motivi di opportunità, mantenendo il sequestro sulla quota dell'immobile di cui il ricorrente è comproprietario sino alla definizione della vertenza giudiziaria che vedeva ancora coinvolti B._ e A._. Il decreto sarebbe stato validamente e direttamente notificato all'interessato, che sarebbe pertanto stato consapevole del mantenimento del sequestro, ossia di una misura prodromica a una successiva richiesta di confisca. Se lo avesse ritenuto opportuno, continua il MPC, egli avrebbe potuto impugnare il decreto di non luogo a procedere, ciò che non avrebbe fatto, oppure esercitare i propri diritti di terzo aggravato nel procedimento penale in parola. Sennonché, si sarebbe completamente disinteressato delle sorti di questo procedimento, malgrado il sequestro ancora in essere. Per il MPC, dunque, sarebbe tardivo e contrario alla buona fede adire ora il Tribunale federale per dolersi della violazione del diritto di essere sentito e della garanzia della proprietà. Rileva poi che, alla luce dei fatti accertati dal TPF, i beni in concreto confiscati sarebbero solo formalmente e fittiziamente intestati all'insorgente. La misura ordinata dall'autorità precedente non lederebbe di conseguenza alcun diritto del ricorrente e dovrebbe essere tutelata.
2.3.
2.3.1. Il diritto di essere sentito, garantito dall'<ref-law> e sancito dall'<ref-law>, assicura alle parti la facoltà di esprimersi prima che sia presa una decisione che le tocca nella loro situazione giuridica e comprende il diritto di consultare gli atti, di offrire mezzi di prova su punti rilevanti e di partecipare alla loro assunzione o perlomeno di potersi esprimere sui risultati, in quanto possano influire sul giudizio che dovrà essere adottato (<ref-ruling> consid. 3.1.1).
Nell'ambito del diritto penale e della sua attuazione procedurale, lo Stato può utilizzare i mezzi coercitivi più incisivi per garantire l'osservanza degli obiettivi da esso perseguiti. Il CPP pone quindi tra i "principi del diritto processuale penale" il rispetto della dignità umana e la correttezza, sanciti dall'<ref-law>, all'inizio della codificazione. Quale concretizzazione di questi principi, l'<ref-law> prevede che le autorità penali si attengano segnatamente al principio della buona fede (lett. a), al divieto dell'abuso di diritto (lett. b), all'imperativo di garantire parità ed equità di trattamento a tutti i partecipanti al procedimento e di accordare loro il diritto di essere sentiti (lett. c), al divieto di utilizzare metodi probatori lesivi della dignità umana (lett. d) (<ref-ruling> consid. 3.3).
Giusta l'<ref-law>, organi dello Stato, autorità e privati agiscono secondo il principio della buona fede. Da questo principio generale discende in particolare il diritto fondamentale dell'individuo alla protezione della sua buona fede nelle sue relazioni con lo Stato, consacrato dall'art. 9 in fine Cost., di cui il Tribunale federale esamina con cognizione piena il rispetto. Nel procedimento penale, il principio della buona fede, ripreso dall'<ref-law>, concerne sia le autorità penali sia le altre parti al procedimento penale (<ref-ruling>74 consid. 1.10.1).
2.3.2. L'art. 105 cpv. 1 lett. f CPP annovera tra i partecipanti al procedimento anche il terzo aggravato da atti procedurali. Questi, se direttamente leso nei suoi diritti, fruisce dei diritti procedurali spettanti alle parti, nella misura necessaria alla tutela dei suoi interessi (<ref-law>). Il terzo toccato da una proposta di confisca è legittimato a partecipare al dibattimento o a presentare proprie richieste scritte se non compare personalmente (art. 338 cpv. 2 e 3 CPP; v. sentenza 6B_68/2018 del 7 novembre 2018 consid. 2.3.1).
Una volta promossa l'accusa, chi dirige il procedimento fissa la data, l'ora e il luogo del dibattimento e cita a comparire le parti, nonché i testimoni, le persone informate sui fatti e i periti che devono essere interrogati (<ref-law>). Fruendo dei diritti procedurali spettanti alle parti (<ref-law>), il terzo toccato da una proposta di confisca dev'essere a sua volta destinatario di una citazione a comparire, affinché possa esercitare il suo diritto di essere sentito.
2.3.3. L'insorgente non ha partecipato al dibattimento e non ha presentato richieste scritte, malgrado avesse per legge la possibilità di farlo in quanto terzo aggravato da un sequestro nell'ottica di una possibile confisca. Non risulta tuttavia che sia stato invitato a prendere parte al dibattimento. Contrariamente a quanto sostiene il MPC, non spettava certo al lui manifestarsi sua sponte per far valere i propri diritti, bensì all'autorità penale procedere agli incombenti previsti dal CPP, ciò su cui egli poteva e doveva confidare. Del resto, lo stesso TPF riconosce che il diritto di essere sentito "non è stato reso operante per ciò che attiene al ricorrente". Il MPC non può poi essere seguito laddove intravvede un suo disinteresse per le sorti del procedimento. Questo potrebbe tutt'al più essere il caso, qualora, benché regolarmente citato, non si fosse presentato al dibattimento, non si fosse fatto rappresentare e non avesse presentato delle richieste scritte (v. <ref-law>). Come però rilevato nella sua replica, non è in concreto possibile imputare all'insorgente una violazione del principio della buona fede nell'avvalersi del suo diritto di essere sentito, atteso che non gli è stata concessa la possibilità di esprimersi e far valere le proprie ragioni.
Nel pronunciare la confisca dei beni dell'insorgente, ignorando la sua veste di terzo aggravato da atti procedurali, il TPF ha pertanto violato il suo diritto di essere sentito. Su questo punto il ricorso si rivela fondato.
3.
Richiamandosi alla <ref-ruling>, il ricorrente sostiene che, dopo l'emanazione del decreto di non luogo a procedere nei suoi confronti, una procedura di confisca indipendente non sarebbe più stata possibile.
Disattende però che la confisca contestata non è stata ordinata nel contesto di una procedura indipendente di confisca giusta gli art. 376 segg. CPP, bensì nell'ambito di un procedimento penale condotto nei confronti di B._ e A._. Di regola, se decreta il non luogo a procedere, il pubblico ministero deve pronunciarsi sulla confisca (art. 310 cpv. 2 e 320 cpv. 2 CPP; <ref-ruling> consid. 2.1). Benché nei confronti del ricorrente vi sia stato un decreto di non luogo a procedere, il procedimento ha continuato il suo corso nei confronti degli altri imputati, di modo che risulta ancora possibile in quest'ambito ordinare una confisca, accordando all'insorgente i diritti connessi alla sua veste di terzo aggravato (v. mutatis mutandis sentenza 1B_660/2020 del 25 marzo 2021 consid. 2.2).
Dal momento che non è data l'impossibilità di pronunciare la confisca, come preteso, si giustifica di rinviare la causa al TPF affinché si ripronunci sulla misura dopo aver accordato al ricorrente la facoltà di esercitare il suo diritto di essere sentito.
4.
Ne segue che il ricorso dev'essere accolto. Conformemente alle conclusioni ricorsuali (<ref-law>), il dispositivo n. III 1.2 della sentenza impugnata dev'essere annullato e la causa rinviata all'autorità precedente per nuovo giudizio.
Non si prelevano spese giudiziarie (art. 66 cpv. 1 e 4 LTF).
Risultando vincente, il ricorrente ha diritto a un'indennità a titolo di ripetibili a carico della Confederazione (<ref-law>), ciò che rende priva d'oggetto la domanda di gratuito patrocinio.

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1.
Il ricorso è accolto. La sentenza impugnata è annullata limitatamente al n. III 1.2 del dispositivo e la causa rinviata alla Corte penale del Tribunale penale federale per nuovo giudizio.
2.
Non si prelevano spese giudiziarie.
3.
La Confederazione (Ministero pubblico della Confederazione) verserà al patrocinatore del ricorrente un'indennità di fr. 3'000.-- a titolo di ripetibili della procedura innanzi al Tribunale federale.
4.
Comunicazione al patrocinatore del ricorrente, al Ministero pubblico della Confederazione e alla Corte penale del Tribunale penale federale.