Sachverhalt:
A.
B._ (Kläger; Beschwerdegegner) war von April 2006 bis August 2015 Verwaltungsrat der A._ AG (Beklagte; Beschwerdeführerin) und ab Januar 2011 Verwaltungsratspräsident. Im Oktober 2008 war er als Leiter eines ERP/IT-Projekts eingesetzt worden. Mit Schreiben vom 7. Oktober 2014 erklärte der Kläger seinen sofortigen Rücktritt als Verwaltungsratspräsident. Weiter führte er aus, er stelle seine Beratertätigkeit und Projektarbeit mit sofortiger Wirkung ein, da seine im Zusammenhang mit dem Projekt gestellten Rechnungen nicht bezahlt würden.
Am 14./19. November 2014 schlossen die Parteien folgende Vereinbarung:
"Präambel
Zum Abschluss der strittigen Punkte zwischen den Parteien schliessen sie folgende Vereinbarung.
Vereinbarung
Vereinbarung
1. Aufgrund der angespannten Liquiditätslage beider Parteien einigen sich diese auf folgenden Abrechnungsmodus:
2014 30.11 CHF 20'000.00 31.12 CHF 30'000.00 2015 31.01 CHF 20'000.00 28.02 CHF 20'000.00 31.03 CHF 20'000.00 30.04 CHF 20'000.00 31.05 CHF 20'000.00 30.06 CHF 20'000.00 Total CHF 170'000.00
2. Die dann noch verbleibenden Honoraransprüche B._s gegenüber A._ werden auf CHF 940'000.00 per Saldo aller Ansprüche festgelegt.
2. Die dann noch verbleibenden Honoraransprüche B._s gegenüber A._ werden auf CHF 940'000.00 per Saldo aller Ansprüche festgelegt.
3. Bis Ende Mai 2015 verständigen sich die Parteien über die weiteren Monatsraten. Diese sollen zwischen CHF 10'000.00 und CHF 20'000.00 liegen."
B.
Gestützt auf diese Vereinbarung erhob der Kläger am 10. Mai 2017 beim Gerichtspräsidium des Bezirksgerichts Lenzburg Teilklage über Fr. 30'000.--, entsprechend der in Ziffer 1 der Vereinbarung erwähnten Zahlungstranche von Fr. 20'000.-- für März 2015 sowie der Hälfte der Zahlungstranche für April 2015 von ebenfalls Fr. 20'000.--.
B.a. Am 5. März 2015 hiess das Bezirksgericht die Teilklage gut (Dispositivziffer 1).
B.b. Die gegen diesen Entscheid erhobene Berufung wies das Obergericht des Kantons Aargau am 29. September 2020 ab. Es fasste aber die Dispositivziffer 1 von Amtes wegen neu, da sie nicht festhalte, zu welcher Leistung die Beklagte verpflichtet wird, und weil die geltend gemachte Forderung inzwischen gepfändet worden war:
" 1.
In Gutheissung der Klage wird die Beklagte verpflichtet, dem Kläger Fr. 30'000.00 nebst Zins zu 5 % seit 1. August 2015 zu bezahlen. Die Zahlung kann befreiend nur an das Betreibungsamt U._ erfolgen (Betreibungs-Nr. xxx). "
Das Obergericht kam zum Schluss, selbst wenn der Vertragswille der Beklagten, wie diese behauptet, tatsächlich einzig auf den Abschluss einer Vereinbarung über Abzahlungsmodalitäten (mit Nennung eines Maximalbetrags) gerichtet gewesen wäre, habe der Kläger die (von der Beklagten aufgesetzte) Vereinbarung nach dem Vertrauensprinzip so verstehen dürfen, dass ihm die Beklagte - dem eindeutigen Wortlaut entsprechend - eine Forderung von insgesamt Fr. 1'110'000.-- zugestand. Die Einwände der Beklagten (mangelnde Vertretungsbefugnis der handelnden Organe, Erklärungs- oder Grundlagenirrtum, Übervorteilung, Pflicht zur Rückerstattung von ungerechtfertigt bezogener Leistungen nach Art. 678 OR, Verstoss gegen das Rückerstattungsverbot des einbezahlten Aktienkapitals nach Art. 680 Abs. 2 OR) erachtete das Obergericht als nicht stichhaltig, im Wesentlichen weil die Beklagte nicht alle Voraussetzungen hinreichend substanziiert behauptet habe, die dafür erfüllt sein müssten.
C.
Mit Beschwerde in Zivilsachen beantragt die Beklagte dem Bundesgericht im Wesentlichen, die Klage abzuweisen. Ihrem Gesuch um aufschiebende Wirkung entsprach das Bundesgericht mit Verfügung vom 19. März 2021. Der Beschwerdegegner schliesst auf kostenfällige Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei, und reicht eine Honorarnote über Fr. 5'987.70 ein, während das Obergericht auf eine Stellungnahme verzichtet. Die Parteien haben unaufgefordert eine Beschwerdereplik und -duplik eingereicht.

Erwägungen:
1.
Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG). Es prüft aber unter Berücksichtigung der allgemeinen Begründungsanforderungen (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG) grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind (<ref-ruling> E. 2, 115 E. 2). Die Beschwerde ist hinreichend zu begründen, andernfalls wird darauf nicht eingetreten. Unerlässlich ist im Hinblick auf Art. 42 Abs. 2 BGG, dass die Beschwerde auf die Begründung des angefochtenen Entscheids eingeht und im Einzelnen aufzeigt, worin eine Verletzung von Bundesrecht liegt. Die beschwerdeführende Partei soll in der Beschwerdeschrift nicht bloss die Rechtsstandpunkte, die sie im kantonalen Verfahren eingenommen hat, erneut bekräftigen, sondern mit ihrer Kritik an den als rechtsfehlerhaft erachteten Erwägungen der Vorinstanz ansetzen (<ref-ruling> E. 2 mit Hinweis).
1.1. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1 BGG). Dazu gehören sowohl die Feststellungen über den streitgegenständlichen Lebenssachverhalt als auch jene über den Ablauf des vor- und erstinstanzlichen Verfahrens, also die Feststellungen über den Prozesssachverhalt (<ref-ruling> E. 1.3.1 mit Hinweisen). Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht (Art. 105 Abs. 2 BGG). "Offensichtlich unrichtig" bedeutet dabei "willkürlich" (<ref-ruling> E. 2.3.1; <ref-ruling> E. 2, 264 E. 2.3). Überdies muss die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein können (Art. 97 Abs. 1 BGG).
1.1.1. Willkürlich ist ein Entscheid nach konstanter Rechtsprechung nicht schon dann, wenn eine andere Lösung ebenfalls vertretbar erscheint oder gar vorzuziehen wäre. Das Bundesgericht hebt einen kantonalen Entscheid wegen Willkür vielmehr nur auf, wenn er offensichtlich unhaltbar ist, mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht, eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz krass verletzt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft. Dabei genügt es nicht, wenn sich nur die Begründung des angefochtenen Entscheides als unhaltbar erweist. Eine Aufhebung rechtfertigt sich nur dann, wenn der Entscheid auch im Ergebnis verfassungswidrig ist (<ref-ruling> E. 4.1; <ref-ruling> E. 2.1).
1.1.2. Eine Sachverhaltsfeststellung bzw. Beweiswürdigung erweist sich als willkürlich, wenn das Gericht Sinn und Tragweite eines Beweismittels offensichtlich verkannt hat, wenn es ohne sachlichen Grund ein wichtiges und entscheidwesentliches Beweismittel unberücksichtigt gelassen oder wenn es auf der Grundlage der festgestellten Tatsachen unhaltbare Schlussfolgerungen gezogen hat. Dass die von Sachgerichten gezogenen Schlüsse nicht mit der eigenen Darstellung der beschwerdeführenden Partei übereinstimmen, belegt keine Willkür (<ref-ruling> E. 2.3 mit Hinweisen).
1.2. Für eine Kritik am festgestellten Sachverhalt gilt das strenge Rügeprinzip von Art. 106 Abs. 2 BGG (<ref-ruling> E. 2.3 mit Hinweisen). Die Partei, welche die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz anfechten will, muss klar und substanziiert aufzeigen, inwiefern die in E. 1.1 - 1.1.2 hiervor genannten Voraussetzungen erfüllt sein sollen (<ref-ruling> E. 1.3.1 mit Hinweisen). Wenn sie den Sachverhalt ergänzen will, hat sie zudem mit präzisen Aktenhinweisen darzulegen, dass sie entsprechende rechtsrelevante Tatsachen und taugliche Beweismittel bereits bei den Vorinstanzen prozesskonform eingebracht hat (<ref-ruling> E. 2 mit Hinweisen). Genügt die Kritik diesen Anforderungen nicht, können Vorbringen mit Bezug auf einen Sachverhalt, der vom angefochtenen Entscheid abweicht, nicht berücksichtigt werden (<ref-ruling> E. 1.3.1).
2.
Die Vorinstanz ging davon aus, bei den gemäss Ziff. 1 der Vereinbarung monatlich zu bezahlenden Beträgen handle es sich nicht um mehrere Einzelforderungen, sondern um Beträge, mit denen eine vergleichsweise festgesetzte Gesamtforderung abgezahlt werden sollte. Daher sei die Teilklage gutzuheissen, wenn der Beschwerdegegner insgesamt noch mindestens Fr. 30'000.-- fordern könne unabhängig von der Höhe der allfälligen Restforderung (die Beschwerdeführerin hat dem Beschwerdegegner gemäss ihren Angaben in der Klageantwort für das ERP-Projekt schon rund Fr. 950'000.-- gezahlt).
2.1. Nach Ansicht der Beschwerdeführerin hat der Beschwerdegegner gestützt auf die Vereinbarung eineinhalb genau bezeichnete Raten einer Gesamtforderung geltend gemacht. Die Beschwerdeführerin habe unter anderem die Nichtigkeit der Vereinbarung geltend gemacht. Unterstelle man, die Vereinbarung sei teilweise nichtig, gehe es nicht an, die Klage über einen Teilbetrag vollumfänglich gutzuheissen. Vielmehr entspreche es dem hypothetischen Parteiwillen, dass die Teilnichtigkeit sämtliche (definierten und noch nicht definierten) Raten im gleichen Verhältnis betreffe und somit auch die konkret eingeklagten Raten. Werde die Nichtigkeit/Ungültigkeit der Vereinbarung teilweise bejaht, dürfe die Frage, in welchem Ausmass dies der Fall sei, entgegen der Vorinstanz nicht offengelassen werden.
2.2. Der von der Beschwerdeführerin aufgeworfenen Frage kann nur Bedeutung zukommen, falls von einer Teilnichtigkeit auszugehen wäre. Ihre Argumentation vermag aber ohnehin bereits im Grundsatz nicht zu überzeugen: In Ziffer 1 der Vereinbarung wird auf die "angespannte Liquiditätslage" beider Parteien eingegangen. Die Beschwerdeführerin verweist in ihrer Beschwerde selbst unter Anderem auf die Sitzungen des Verwaltungsrates, an denen die an den Beschwerdegegner zu leistenden Raten ein Thema gewesen seien, und auf die Protokolle der Sitzungen. Im Verwaltungsratsprotokoll vom 14. Oktober 2014 wird an der angegebenen Stelle unter anderm festgehalten: "Herr B._ möchte eine kontinuierliche Fortzahlung auf seine Rechnungen. Nach Beschluss des Verwaltungsrats sollen mind. 10k, je nach Finanzlage bis 20k pro Monat bezahlt werden." Vor diesem Hintergrund ist nicht davon auszugehen, es hätte dem hypothetischen Parteiwillen entsprochen, dass eine Teilnichtigkeit sämtliche Raten im gleichen Verhältnis betreffe - denn dies würde in Bezug auf die angespannte Liquiditätslage des Beschwerdegegners keine Abhilfe schaffen und könnte dazu führen, dass die einzelnen Raten unter das vom Verwaltungsrat ins Auge gefasste Minimum von Fr. 10'000.-- fallen. Mit Blick auf die angespannte Liquiditätslage beider Parteien und damit auch des Beschwerdegegners ist vielmehr mit der Vorinstanz davon auszugehen, nach dem hypothetischen Parteiwillen wäre die Schuld, auch wenn sie kleiner sein sollte als in der Vereinbarung angenommen, entsprechend den vereinbarten Raten abzuzahlen, bis der tatsächlich geschuldete Betrag erreicht ist. Besteht eine den eingeklagten Betrag erreichende Restschuld, ist die Teilklage mithin gutzuheissen, ohne dass zu prüfen wäre, ob die Restforderung den eingeklagten Betrag nicht nur erreicht, sondern übertrifft. Ohnehin bilden Gegenstand der Beurteilung nur die eingeklagten (Teil-) Raten, auch wenn dazu die Vereinbarung vom 14./ 19. November 2014 als Ganzes auszulegen ist. Nur über die eingeklagten Raten wird rechtskräftig entschieden.
3.
Die Vorinstanz legte die von der Beschwerdeführerin verfasste Vereinbarung nach dem Wortlaut sowie nach ihrer Systematik aus und kam zum Ergebnis, die Parteien hätten sich - entgegen der von der Beschwerdeführerin vertretenen Auffassung - nicht nur auf einen Abzahlungsmodus mit Maximalbetrag (bei einer betraglich noch offenen Gesamtforderung) geeinigt. Vielmehr werde die Höhe der Gesamtforderung vorbehaltlos auf Fr. 1'110'000.-- veranschlagt (Fr. 170'000.-- gemäss Ziffer 1 und zusätzlich Fr. 940'000.-- gemäss der eine ausdrückliche Saldoklausel enthaltenden Ziffer 2). Ein Vorbehalt finde sich einzig hinsichtlich des Abzahlungsmodus für den Restbetrag von Fr. 940'000.--, der nach den von der Beklagten bis Ende Juni 2015 zu erbringenden monatlichen Ratenzahlungen im Umfang von insgesamt Fr. 170'000.-- verbleiben würde. Die Vereinbarung sei offenbar von Dr. C._, einem Rechtsanwalt, entworfen worden. Dieser hätte die Vereinbarung mit an Sicherheit grenzender Wahrscheinlichkeit anders verfasst, wenn sie den von der Beschwerdeführerin behaupteten Inhalt gehabt hätte. Die Sachdarstellung der Beschwerdeführerin hinsichtlich der Umstände, die zum Abschluss der Vereinbarung geführt hätten, sei nicht konsistent:
Einerseits argumentiere die Beschwerdeführerin, sie habe mangels Kenntnis des Umfangs der vom Beschwerdegegner erbrachten Leistungen nur eine Vereinbarung über den vorläufigen Abzahlungsmodus abgeschlossen. Erwarte man aber vom Vertragspartner noch eine gesetzeskonforme Abrechnung, bringe man dies in einer schriftlichen Vereinbarung über die provisorische Abzahlungsordnung zum Ausdruck und verzichte jedenfalls darauf, die Gesamtforderung vorbehaltlos zu beziffern.
Andererseits habe die Beschwerdeführerin in der Klageantwort ausgeführt, der vom Beschwerdegegner "zu jenem Zeitpunkt" geforderte "Betrag" sei aufgrund der damals vom Beschwerdegegner eingenommenen Vertrauensstellung und mangels Kenntnis über alle relevanten Tatsachen nicht angezweifelt worden. Gerade wenn ein Schuldner die vom Gläubiger genannte, aber an sich ungenügend belegte Honorarforderung nicht anzweifele, mache eine Vereinbarung, wie sie die Parteien am 14./19. November 2014 geschlossen hätten (Einigung über Forderung mit Saldoklausel mit Abzahlungsmodus), Sinn. Dies gelte umso mehr, als der Kläger eine Restforderung von Fr. 1'465'110.74 behauptet hatte, und mit dem Vergleich eine Reduktion der Forderung um 25 % erfolgt sei. Dadurch, dass ein Schuldner in einer solchen Situation keinen Vorbehalt anbringe, sondern im Gegenteil eine Saldoklausel aufnehme, gebe er dem Gläubiger zu erkennen, dass er vergleichsweise auf die Abrechnung verzichte.
3.1. Die Beschwerdeführerin rügt eine offensichtlich unvollständige Sachverhaltsfeststellung.
3.1.1. Die Vereinbarung sei zwischen zwei Verwaltungsratssitzungen unterzeichnet worden. An diesen Sitzungen seien die an den Beschwerdegegner zu leistenden Raten ein Thema gewesen, nicht aber dessen Gesamtforderung. Er habe anlässlich der Verwaltungsratssitzung vom Dezember 2014 ausdrücklich zu Protokoll gegeben, er sei an der Oktober-Sitzung betreffend Beschlussfassung über die Ratenhöhe in den Ausstand getreten. Der Verwaltungsrat der Beschwerdeführerin habe sich offensichtlich veranlasst gesehen, Diskussionen über die an den Beschwerdegegner zu zahlenden Raten protokollarisch festzuhalten. Angesichts dessen sei es nicht nachvollziehbar, dass der Beschwerdegegner und die Herren D._ sowie E._ zwischen den Sitzungen vom Oktober und Dezember einen Vertrag geschlossen haben sollten, der inhaltlich weit über das an der Sitzung vom Oktober durch den Verwaltungsrat Beschlossene hinausgehe, davon aber in den Sitzungsprotokollen keine Rede sei, während an der Dezember-Sitzung der Ausstand des Beschwerdegegners zum Beschluss über die Ratenhöhe im Protokoll festgehalten werde.
3.1.2. Die Sitzungsprotokolle seien für den Ausgang des Verfahrens mehrfach relevant. Einerseits zeigten sie auf, dass der übereinstimmende Wille der Parteien nicht auf den Abschluss eines Vergleichsvertrags unter definitivem Verzicht auf eine Rechenschaftsablegung durch den Beschwerdegegner, sondern auf eine Regelung der Ratenhöhe gerichtet gewesen sei. Die Sitzungsprotokolle seien sowohl bei der Ermittlung des tatsächlichen als auch des normativen Konsenses zu berücksichtigen. Sie seien ausserdem von Bedeutung als klares Indiz für das tatsächliche Verständnis der Vereinbarung auf Seiten der Beschwerdeführerin für die Frage eines Erklärungsirrtums und für die Frage der Vertretungsbefugnis. Aus den Protokollen ergebe sich, dass eine Genehmigung eines Vergleichsabschlusses nicht vorgelegen habe. Diese wäre aber notwendig gewesen, da der Vertragsabschluss nicht im Interesse der Beschwerdeführerin gelegen habe und somit einer Genehmigung durch den Gesamtverwaltungsrat (wenn nicht sogar durch die Generalversammlung) bedurft hätte.
3.2. Im Protokoll der Verwaltungsratssitzung vom 19. Dezember 2014 findet sich an der von der Beschwerdeführerin angegebenen Stelle folgender Eintrag: " Das Protokoll der 123. Verwaltungsratssitzung vom 14. Ok tober 2014 in V._ wird mit der folgenden Erg ä nzung ge nehmigt: Es wird festgehalten, dass Herr B._ wä hrend der Behandlung der A conto Zahlungen zu seinen Gunsten (siehe, T raktandum 2) nicht an wesend war. [...]". Das Protokoll vom 14. Oktober 2014 betrifft wie bereits dargelegt (vgl. E. 2.2 hiervor) die Ratenhöhe.
3.2.1. Die Beschwerdeführerin legt dem Bundesgericht einfach ihre eigene Interpretation der Protokolleinträge vor. Das ist unzulässige appellatorische Kritik an der Beweiswürdigung der Vorinstanz. Ungenügend wäre die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz nur, wenn die von der Beschwerdeführerin gezogenen Schlüsse bei willkürfreier Würdigung der Beweismittel zwingend aus diesen abgeleitet werden müssten. Dies ist nicht der Fall. Die Frage, inwieweit das zweite Protokoll für die Auslegung nach dem Vertrauensprinzip überhaupt berücksichtigt werden darf, muss nicht vertieft behandelt werden (nachträgliches Parteiverhalten hat entgegen der Auffassung der Beschwerdeführerin nach ständiger Rechtsprechung [vgl. <ref-ruling> E. 5.2.3; <ref-ruling> E. 2.2.1; <ref-ruling> E. 3.1] bei der Vertragsauslegung nach dem Vertrauensprinzip ausser Betracht zu bleiben; die Verwaltungsratssitzung vom 19. Dezember 2014 erfolgte zwar nach Vertragsschluss - allerdings betrifft die Protokollberichtigung Umstände, die sich vor Vertragsschluss zugetragen haben).
3.2.2. Aus der Tatsache, dass über die Höhe der Gesamtforderung nicht diskutiert wurde, kann die Beschwerdeführerin nichts ableiten, da zu jenem Zeitpunkt der geforderte Betrag ohnehin nicht angezweifelt wurde, wie die Beschwerdeführerin selbst ausführt, und sich aus dem angefochtenen Entscheid ergibt (vgl. E. 3 hiervor). Die Rüge, die Vorinstanz habe nicht berücksichtigt, dass die Forderung des Beschwerdegegners zum Zeitpunkt des Vertragsabschlusses grundsätzlich unbestritten gewesen sei, ist offensichtlich unbegründet. Unter dieser Prämisse erübrigt sich aber eine diesbezügliche Diskussion ebenso wie der Vorbehalt einer Kontrolle in der geschlossenen Vereinbarung.
3.2.3. Unter dieser Prämisse widerspricht die abgeschlossene Vereinbarung sowohl aus der Sicht der für die Gesellschaft Handelnden wie auch des Gesamtverwaltungsrates nicht dem Interesse der Gesellschaft: Der nicht angezweifelte Betrag wird darin nach den Feststellungen der Vorinstanz um 25 % zu Gunsten der Gesellschaft reduziert. Weshalb die Vertreter der Gesellschaft nicht befugt gewesen sein sollten, ein aus ihrer Sicht derart vorteilhaftes Geschäft für die Gesellschaft abzuschliessen, ist nicht ersichtlich. Die von der Beschwerdeführerin vertretene Auslegung (Festsetzung eines Maximalbetrages unter Vorbehalt einer Kontrolle) wäre für sie nur vorteilhafter, wenn die Kontrolle ergäbe, dass der geforderte Betrag überrissen war. Damit rechnete der Verwaltungsrat aber nach den eigenen Vorbringen der Beschwerdeführerin nicht. Es ist nicht gesagt, dass der Beschwerdegegner in Bezug auf einen Maximalbetrag vorbehältlich der Rechenschaftsablegung zu denselben Zugeständnissen bereit gewesen wäre. Eine allenfalls mangelhafte Dokumentation der Leistungen des Beschwerdegegners, auf die sich die Beschwerdeführerin beruft, hätte vielleicht Anlass zu derartigen Zweifeln geben können. Da sie dies aber nicht getan hat, lässt sich daraus weder in tatsächlicher Hinsicht noch für die Auslegung nach dem Vertrauensprinzip etwas zu Gunsten der Beschwerdeführerin ableiten.
3.2.4. Daraus, dass im zweiten Protokoll die geschlossene Vereinbarung nicht erwähnt wird, wohl aber auf das Protokoll der Sitzung vor Abschluss der Vereinbarung Bezug genommen wird, folgt nicht zwingend, was die Beschwerdeführerin daraus abzuleiten sucht: Im Vergleich wird die Höhe der Schuld definitiv fixiert. Es bestand insoweit weder Raum noch Anlass für weitere Diskussionen. Dagegen bestand im Rahmen der Genehmigung des Protokolls Anlass, allfällige Unklarheiten zu beseitigen.
3.3. Die Rüge der Beschwerdeführerin erweist sich als unbegründet, ein Erklärungsirrtum ist nicht dargetan. Auch wenn der Anwalt, der die Vereinbarung nach Angabe eines der Unterzeichnenden entworfen hat, erklärte, die Vereinbarung sei "ohne Präjudiz, ohne Anerkennung einer Rechtspflicht" zu verstehen gewesen, bedeutet dies nicht, dass es offensichtlich unhaltbar wäre, diese Behauptung nicht als erstellt zu erachten, zumal gerade von einem Anwalt zu erwarten wäre, dass er diesfalls statt einer Saldoklausel einen Hinweis auf den unpräjudiziellen Charakter angefügt hätte. Die Beschwerdeführerin übt unzulässige appellatorische Kritik an der Beweiswürdigung der Vorinstanz.
3.4. Dass sich ein Vergleich im Nachhinein allenfalls als für die Gesellschaft ungünstig erweist, ändert nichts an der Vertretungsbefugnis ihrer Organe zum Abschluss eines solchen, welche die Beschwerdeführerin im Grundsatz selbst anerkennt. Selbst wenn die Forderung der Gegenpartei auf einer nicht überprüften und nicht überprüfbaren Excel-Tabelle beruhen und mit Fr. 1,4 Millionen über 10 % der Bilanzsumme der Beschwerdeführerin entsprechen sollte, durfte der Beschwerdegegner davon ausgehen, die handelnden Organe seien befugt, einen Vergleich abzuschliessen, mit dem der Gesellschaft Zahlungsbedingungen zugestanden wurden und eine Reduktion der Forderung um 25 % einherging. Es lag in der Verantwortlichkeit der handelnden Organe zu entscheiden, ob sie über hinreichende Informationen für den Abschluss eines Geschäfts von der gegebenen Tragweite verfügten. Das beschlägt nicht ihre Vertretungsmacht.
3.5. Nicht einzutreten ist auf die Ausführungen zum vom Gesetzgeber verpönten pauschalen Vorabverzicht auf die Rechenschaftsablegung, wodurch der von Art. 400 OR angestrebte Schutz des Auftraggebers ausgehöhlt würde. Der Beschwerdegegner hatte seine Leistungen erbracht und die Beschwerdeführerin konnte beurteilen, ob sie die Begründetheit des geforderten Betrages hinreichend abschätzen konnte, um den Vergleich abzuschliessen (Anerkennung eines um 25 % reduzierten Betrages und Vereinbarung der zu zahlenden Raten im Gegenzug zum Verzicht auf eine vorgängige Rechenschaftsablegung). Von einem pauschalen Vorabverzicht kann keine Rede sein.
3.6. An der Sache vorbei gehen die Mutmassungen der Beschwerdeführerin darüber, woraus die Vorinstanz auf den Verzicht auf die Rechenschaftsablegung geschlossen haben könnte. Die Vorinstanz hält klar fest, dass sie dies daraus schliesst, dass die Beschwerdeführerin, ohne einen Vorbehalt anzubringen, die Saldoklausel unterzeichnet hat. Dieser Schluss ist nach Treu und Glauben nicht zu beanstanden. Hätte die Beschwerdeführerin den tatsächlich geschuldeten Betrag nach erfolgter Rechenschaftsablegung überprüfen wollen, ergäbe die in die Vereinbarung aufgenommene Passage "Die dann noch verbleibenden Honoraransprüche B._s gegenüber A._ werden auf CHF 940'000.00 per Saldo aller Ansprüche festgelegt." keinerlei Sinn.
3.7. Die Auslegung der Vorinstanz nach dem Vertrauensprinzip ist angesichts des klaren Wortlautes nicht zu beanstanden. Wenn die Vereinbarung "Zum Abschluss der strittigen Punkte zwischen den Parteien" geschlossen wurde, durfte der Beschwerdegegner nach Treu und Glauben davon ausgehen, dass es sich bei den strittigen Punkten um die in der Vereinbarung geregelten handle, einschliesslich der "dann noch verbleibenden Honoraransprüche", die per Saldo aller Ansprüche auf Fr. 940'000.-- festgesetzt wurden. Ein Abschluss der strittigen Punkte per Saldo aller Ansprüche steht einem Vorbehalt der Pflicht zur Abrechnung entgegen.
4.
Damit verbleibt einzig die Frage, welche Konsequenzen es zeitigt, wenn sich nachträglich herausstellt, dass die Beschwerdeführerin den geforderten Betrag allenfalls zu Unrecht nicht angezweifelt hat und die Forderung des Beschwerdegegners vielleicht nicht gerechtfertigt war. In diesem Zusammenhang könnten sich allenfalls die Fragen des Grundlagenirrtums, der Übervorteilung, einer Pflicht zur Rückerstattung von ungerechtfertigt bezogenen Leistungen nach Art. 678 OR oder eines Verstosses gegen das Rückerstattungsverbot des einbezahlten Aktienkapitals nach Art. 680 Abs. 2 OR stellen, auf die sich die Beschwerdeführerin im kantonalen Verfahren und zum Teil auch vor Bundesgericht berufen hat.
4.1. Auf diese Fragen braucht indessen nicht eingegangen zu werden.
4.1.1. Nach dem angefochtenen Entscheid hat die Beschwerdeführerin im Behauptungsverfahren zwar vorgebracht, die Mangelhaftigkeit der klägerischen Leistungen sei nach und nach zutage getreten und erstmals im Frühjahr 2015 seien grobe Mängel festgestellt worden. Eine Bezeichnung der festgestellten Mängel sei indes unterblieben. Der Beschwerdegegner hielt dem nach den Feststellungen der Vorinstanz in der Replik entgegen, die Hauptteile des ERP-Systems seien ab 1. Oktober 2013 produktiv gewesen, wobei die einzelnen Module des ERP einwandfrei funktioniert hätten; soweit erstmals im Frühjahr 2015 und damit Jahre nach Einführung des ERP-Systems Probleme mit dem System aufgetreten sein sollten, was bestritten werde, wäre dies nicht auf die Arbeit des Beschwerdegegners zurückzuführen, die tadellos gewesen sei. Auf diese Einwendungen hin habe die Beschwerdeführerin nur noch ausgeführt, das ERP-System sei in vielen Teilen nicht funktionsfähig gewesen, was dem Beschwerdegegner anzulasten sei; das System sei von ihr so übernommen worden, wie es von ihm zurückgelassen worden sei, dies bedeute mit schwerwiegenden Mängeln. Eine Spezifikation der Mängel sei aber erneut unterblieben. Nach Ansicht der Vorinstanz reicht es bei dieser Behauptungslage nicht aus, dass die Beschwerdeführerin ein Gutachten zur Frage nach dem Ist-Zustand des ERP-Systems per Ende 2014/Anfang 2015 und dem vom Kläger geschaffenen Wert beantrage. Denn Beweise seien nur über ausreichend substanziierte Behauptungen abzunehmen.
4.1.2. Mit Blick auf Art. 678 OR hielt die Vorinstanz fest, die Beschwerdeführerin habe das offensichtliche Missverhältnis zur Gegenleistung nachzuweisen. Sie habe aber nicht dargelegt, inwiefern eine solche Äquivalenzstörung vorliege.
4.2. Eine Tatsachenbehauptung hat nicht alle Einzelheiten zu enthalten. Es genügt, wenn die Tatsachen, die unter die das Begehren stützenden Normen zu subsumieren sind, in einer den Gewohnheiten des Lebens entsprechenden Weise in ihren wesentlichen Zügen oder Umrissen behauptet werden. Immerhin muss die Tatsachenbehauptung so konkret formuliert sein, dass ein substanziiertes Bestreiten möglich ist oder der Gegenbeweis angetreten werden kann (<ref-ruling> E. 3.4.2; Urteil des Bundesgerichts 4A_601/2020 vom 11. Mai 2021 E. 4.1; je mit Hinweis). Behauptungen sind hinreichend, wenn sie unter der Annahme, sie seien bewiesen, einen Sachverhalt ergeben, den das Gericht den entsprechenden Gesetzesnormen zuordnen und gestützt darauf die Forderung zusprechen kann (<ref-ruling> E. 8.2 S. 206 mit Hinweis).
4.2.1. Soweit der Prozessgegner den schlüssigen Tatsachenvortrag der behauptungsbelasteten Partei bestreitet, greift eine über die Behauptungslast hinausgehende Substanziierungslast. Die Vorbringen sind diesfalls nicht nur in den Grundzügen, sondern in Einzeltatsachen zergliedert so umfassend und klar darzulegen, dass darüber Beweis abgenommen oder dagegen der Gegenbeweis angetreten werden kann (<ref-ruling> E. 5.2.1.1 S. 523; <ref-ruling> E. 2b S. 368 mit Hinweisen; vgl. Urteile des Bundesgerichts 4A_446/2020 vom 8. März 2021 E. 2.1; 4A_443/2017 vom 30. April 2018 E. 2.1).
4.2.2. Bestreitungen sind so konkret zu halten, dass sich bestimmen lässt, welche einzelnen Behauptungen des Klägers damit bestritten werden; die Bestreitung muss ihrem Zweck entsprechend so konkret sein, dass die Gegenpartei weiss, welche einzelne Tatsachenbehauptung sie beweisen muss (vgl. Art. 222 Abs. 2 ZPO; <ref-ruling> E. 2.6 S. 438 mit Hinweisen).
4.2.3. Das Erfordernis der Behauptung und der Bestreitung dient der Eingrenzung des Beweisthemas (vgl. HANS PETER WALTER, in: Berner Kommentar, 2012, N. 182 und 191 zu Art. 8 ZGB), da grundsätzlich nur über bestrittene Behauptungen Beweis geführt werden muss (Art. 150 Abs. 1 ZPO; FABIENNE HOHL, Procédure civile, Bd. I, 2. Aufl. 2016, S. 210 Rz. 1277), und schafft andererseits die Voraussetzungen für eine sachgerechte Beweisführung und den Subsumtionsvorgang in der Rechtsfindung (vgl. WALTER, a.a.O., N. 202 zu Art. 8 ZGB; HOHL, a.a.O., S. 208 Rz. 1264 und S. 211 f. Rz. 1281; und zum Ganzen: zit. Urteile 4A_601/2020 E. 4.1; 4A_446/2020 E. 2.3). Die Obliegenheit zur Substanziierung ist dem Beweisverfahren vorgelagert und hat dieses gleichsam zu ermöglichen. Das Beweisverfahren darf nicht dazu dienen, fehlende Behauptungen zu ersetzen (<ref-ruling> E. 2.1; zit. Urteil 4A_446/2020 E. 2.3).
4.2.4. Diese Regeln gelten auch im vereinfachten Verfahren, das für vermögensrechtliche Streitigkeiten bis zu einem Streitwert von Fr. 30'000.-- zur Anwendung gelangt. Die Pflicht, durch entsprechende Fragen darauf hinzuwirken, dass die Parteien ungenügende Angaben zum Sachverhalt ergänzen und die Beweismittel bezeichnen (Art. 247 Abs. 1 ZPO), zielt im Wesentlichen darauf ab, prozessunerfahrenen Parteien eine selbständige Prozessführung zu ermöglichen. Die anwaltlich vertretene Beschwerdeführerin kann daraus nichts ableiten (vgl. Urteil des Bundesgerichts 5A_211/2017 vom 24. Juli 2017 E. 3.1.3.2 mit Hinweis). Sogar wenn das Gericht den Sachverhalt von Amtes wegen feststellen müsste (Art. 247 Abs. 2 ZPO), hätte es sich bei anwaltlich vertretenen Parteien grundsätzlich Zurückhaltung aufzuerlegen wie in einem ordentlichen Verfahren (<ref-ruling> E. 2.3.1 mit Hinweisen; vgl. auch Urteile des Bundesgerichts 4A_184/2020 vom 15. Juli 2020 E. 1.4; 4A_477/2018 vom 16. Juli 2019 E. 3.4.1).
4.3. Was die Beschwerdeführerin gegen die Argumentation der Vorinstanz anführt, verfängt vor diesem Hintergrund nicht.
4.3.1. Die Beschwerdeführerin behauptet, sie habe vor der Erstinstanz die Offensichtlichkeit der Äquivalenzstörung dargelegt. Sie ergebe sich aus dem Umstand, dass - nach Auffassung der Vorinstanz - die Beschwerdeführerin einen Vergleich unter Verzicht auf eine Rechenschaftsablegung getroffen habe, ohne vom Beschwerdegegner zuvor einen genügenden Nachweis über seine Leistungen erhalten zu haben. Diese Äquivalenzstörung sei offensichtlich. Sie rühre nicht von der tatsächlichen Diskrepanz zwischen Leistung und Gegenleistung her - welche allerdings ebenfalls gegeben sei - sondern schlichtweg aus dem Umstand, dass bei einer Auslegung der Vereinbarung im Sinne der Vorinstanz eine Forderungsanerkennung über eine Million ohne eine Überprüfung der Forderungsbasis erfolgt sei.
Die Beschwerdeführerin verkennt, dass die Rechenschaftsablegung nur eine Möglichkeit ist, die geltend gemachte Forderung zu überprüfen. In den meisten Fällen lässt die erbrachte Leistung selbst bereits einen Schluss auf die Berechtigung der dafür gestellten Forderungen zu, auch ohne detaillierte Rechenschaftsablegung. Ein offensichtliches Missverhältnis ist nicht dargetan. Dass die tatsächlich erbrachte Leistung keinerlei derartige Schlüsse zuliess, zeigt die Beschwerdeführerin nicht auf. Sie macht geltend, es seien Mängel aufgetreten. Auch in Bezug auf diese Mängel zeigt die Beschwerdeführerin aber nicht auf, dass sie substanziiert behauptet hätte, wann welche Mängel aufgetreten seien.
4.3.2. Besteht tatsächlich keine Äquivalenzstörung zwischen der erbrachten Leistung und dem dafür erbrachten Entgelt und war die Leistung nicht mangelhaft (oder wurde solches nicht rechtsgenüglich behauptet oder nachgewiesen), kommt Art. 678 Abs. 2 OR nicht zum Zuge. Auch kann in der Zahlung keine Rückerstattung des einbezahlten Aktienkapitals gesehen werden (Art. 680 Abs. 2 OR). Durch die Zahlung wird, sofern keine Äquivalenzstörung oder Mängel nachgewiesen sind, eine berechtigte Forderung getilgt. Insoweit scheidet auch ein Grundlagenirrtum aus.
4.3.3. Die Beschwerdeführerin macht geltend, sie habe sich nicht über die Höhe der Forderungen geirrt, sondern darüber, dass die Leistungen des Beschwerdegegners entgegen ihrer Annahme nicht gut gewesen seien und mutmasslich auch nicht in dem Umfang tatsächlich erbracht worden seien, den der Beschwerdegegner im Herbst 2014 in einer Excel-Tabelle angegeben habe, welche die Basis für den Abschluss der hier umstrittenen Vereinbarung gebildet habe. Erst der Beizug von Experten habe es möglich gemacht, die grosse Diskrepanz zwischen den Leistungen des Beschwerdegegners und der von ihm geltend gemachten Forderung zu erkennen.
4.3.3.1. Die Beschwerdeführerin zitiert zwar aus von ihr eingereichten Gutachten (aus finanzieller Sicht "in den Sand gesetzt", Kosten sind "massiv überhöht", "ein Musterbeispiel eines Flickwerks, eine Grossbaustelle, schlicht ein Desaster und Debakel", "elementare Fehler resp. Verfehlungen") und behauptet, die Dokumente belegten, dass die vermeintlich vergleichsweise vereinbarte Summe in keinem Verhältnis zu den Leistungen des Beschwerdegegners stehe, womit der Vereinbarung die notwendige Grundlage fehle. Zudem sei mit den Dokumenten nachgewiesen, dass die Leistungen des Beschwerdegegners mangelhaft gewesen seien. Damit zeigt sie aber nicht rechtsgenüglich auf, dass sie im Einzelnen behauptet hätte, welche Mängel konkret aufgetreten sind und inwiefern die empfangene Leistung konkret in einem offensichtlichen Missverhältnis zum bezahlten Preis steht. Ferner legt sie auch vor Bundesgericht nicht nachvollziehbar dar, inwiefern sie für eine weitere Substanziierung auf Fachwissen angewiesen wäre, über das sie im Behauptungsstadium noch nicht verfügt hätte, zumal sie sich auf Gutachten beruft. Zwar kann von der behauptungsbelasteten Partei vernünftigerweise nicht verlangt werden, dass sie vor der Durchführung eines Beweisverfahrens die entscheidrelevanten technischen Aspekte bis ins letzte Detail darlegt, würde dies doch die gerichtliche Durchsetzung der Ansprüche faktisch verunmöglichen. Jedenfalls kann aber verlangt werden, dass die Partei darlegt, inwiefern ihr das notwendige Fachwissen für hinreichend substanziierte Behauptungen oder Bestreitungen fehlt (zit. Urteil 4A_601/2020 E. 4.2.2).
4.4. Damit scheitern die Einwände der Beschwerdeführerin jedenfalls an der mangelnden Substanziierung. Es muss nicht darauf eingegangen werden, ob die Beschwerdeführerin aus diesen trotz der Saldoklausel etwas ableiten könnte und ob bei einer Äquivalenzstörung nur der überschiessende Teil zurückzuzahlen ist, wie die Vorinstanz annimmt.
5.
Die Beschwerde ist insgesamt abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend wird die Beschwerdeführerin kosten- und entschädigungspflichtig. Die vom Beschwerdegegner eingereichte Kostennote übersteigt den Betrag, den das Bundesgericht mit Blick auf den Streitwert praxisgemäss als Parteientschädigung zuspricht. Der Beschwerdegegner verweist auf die hohe Bedeutung der Streitigkeit für die Durchsetzung des restlichen Forderungsbetrages und den Umfang der Beschwerdeschrift. Indessen wurde nur der eingeklagte Teilbetrag rechtskräftig beurteilt, so dass insoweit einer allfälligen Restforderung für die Parteientschädigung keine Bedeutung zukommen kann. Hier kommt hinzu, dass für das Prozessergebnis ungenügende Behauptungen eine Rolle spielten, was eine allfällige Wirkung als Präjudiz einschränkt. Die Beschwerdeschrift mag umfangreich sein. Angesichts des klaren Wortlauts der Vereinbarung, der weitgehend unzulässigen appellatorischen Kritik der Beschwerdeführerin und der Tatsache, dass der Vorwurf der ungenügenden Behauptungen in der Beschwerde nicht rechtsgenüglich widerlegt wird, so dass sich viele der aufgeworfenen Fragen gar nicht stellen, wäre objektiv für die Beschwerdeantwort kein besonderer Aufwand notwendig gewesen. Die Parteientschädigung ist daher praxisgemäss dem Streitwert entsprechend festzulegen.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3.
Die Beschwerdeführerin hat den Beschwerdegegner für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2'500.-- zu entschädigen.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Aargau, Zivilgericht, 1. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 9. September 2021
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Hohl
Der Gerichtsschreiber: Luczak