Faits :
A.
A.a. Par courrier du 17 septembre 2009, A._ SA (ci-après : la défenderesse), société immobilière intervenant en qualité d' " entreprise générale " dont C._ est l'administrateur unique, a adjugé à B._ SA, entreprise de construction (ci-après : l'entreprise de construction ou la demanderesse) dont G._ est administrateur et D._ directrice, des travaux de construction (fouilles, pose de béton armé et maçonnerie) dans le cadre de la réalisation d'un lotissement, pour un montant de 3'781'815 fr.70. Ce courrier, contresigné le 12 août 2010 par l'entreprise de construction, prévoit que les " travaux s'exécuteront en très étroite collaboration avec E._, direction des travaux et le bureau d'ingénieur F._ SA ".
Le 15 décembre 2010, l'entreprise de construction a remis à C._ une facture de 4'055'800 fr. Après rabais, escompte et déduction des acomptes déjà payés, il subsistait un solde de 387'800 fr. Après le paiement de deux autres acomptes (janvier et avril 2011) et la prise en compte d'une note de crédit, le solde a été réduit à 29'800 fr. (première facture).
Le 11 octobre 2011, l'entreprise de construction a adressé à C._ une facture distincte (seconde facture) pour les derniers travaux commandés, exécutés entre décembre 2010 et septembre 2011, selon une description figurant dans un " rapport de régie ". Cette seconde facture s'élevait, après rabais et escompte, à 25'967 fr.75.
A.b. Par courrier du 3 novembre 2011, C._ a informé l'entreprise de construction que la seconde facture était soumise au directeur des travaux " pour analyse ". S'agissant de la première facture, contestée, il ajoutait en outre " avoir retenu le paiement de 29'800 francs ", précisant que cette " retenue " compensait les différentes créances dont la défenderesse était titulaire (à l'encontre de l'entreprise de construction) et qui reposaient sur diverses causes: montants surfacturés par l'entreprise (celle-ci ayant mal estimé les coûts), frais de pénalités prétendument versés par la défenderesse aux acquéreurs d'immeubles pour des retards globaux dont l'entreprise est partiellement responsable, coûts supplémentaires causés par la suppression imparfaite de divers défauts par l'entreprise, etc.
A.c. Le 21 novembre 2011, la directrice de l'entreprise de construction et le directeur des travaux (pour la défenderesse) ont tenu une séance. Un tableau (contenant un décompte) a alors été signé. Chacune des parties en fait une lecture différente :
- selon la demanderesse, ce document vaut reconnaissance, par la direction des travaux, de 141'058 fr.35 de travaux en régie (après imputation d'un rabais), ce qui emporterait ratification de tous les montants facturés par l'entreprise de construction (et, partant, justifierait notamment la facture de 29'800 fr.);
- selon la défenderesse, ce décompte n'est en réalité qu'un " récapitulatif " (qui ne vaut nullement reconnaissance des chiffres y figurant) ne servant qu'à " ventiler les travaux effectués [en régie] entre les différents intervenants, pour déterminer à qui étaient imputables les bons de régie ".
A.d. Par courrier du 2 décembre 2011, l'avocat de l'entreprise de construction s'est adressé à la société défenderesse (le contenu ne résultant toutefois pas du dossier cantonal). Dans sa réponse du 9 décembre 2011, C._, en tant que représentant de cette dernière société, a relevé que " seul le contenu de la facture du 11 octobre a été valablement clarifié et accepté " et qu'après une nouvelle réduction, cette facture serait payée dans les jours suivants à raison de 20'027 fr., ce qui a été fait. Il confirmait sa position sur la retenue de 29'800 fr.
B.
B.a. Le 19 décembre 2011, l'entreprise de construction (demanderesse) a ouvert action contre la défenderesse. La conciliation ayant échoué, elle a conclu, le 17 février 2012, à ce que celle-ci lui paie le montant de 32'394 fr.75, constitué, selon elle, du solde de 29'800 fr. (confirmé par le tableau du 21 novembre 2011) et du solde impayé de la facture du 11 octobre 2011 (d'un montant de 25'967 fr.75), soit après déduction des rabais (3'346 fr.) et de l'acompte déjà versé (20'027 fr.), un montant de 2'594 fr.75.
Le 21 mai 2012, la défenderesse a conclu au rejet intégral de la demande et, reconventionnellement, au paiement de 146'634 fr. Elle a justifié ce montant en alléguant notamment des facturations erronées pour certains postes, des cas de double facturation pour d'autres postes, des erreurs de calcul (volumes de matériaux), ainsi que des pénalités dont elle a dû s'acquitter en raison de retards partiellement imputables à la demanderesse.
La demanderesse a confirmé les conclusions de sa demande et conclu au rejet de la demande reconventionnelle.
Le 16 novembre 2012, la défenderesse a réduit ses conclusions à 138'984 fr.
Une expertise judiciaire a été ordonnée. Le 25 février 2015, l'expert a délivré un rapport et, le 25 novembre 2015, un rapport complémentaire. Il y sera fait référence dans la mesure où cela s'avère nécessaire pour trancher le litige.
B.b. Par jugement du 21 juin 2016, le Tribunal régional du Littoral et du Val-de-Travers a admis intégralement la demande principale et rejeté la demande reconventionnelle.
B.c. Par arrêt du 13 mai 2019, la Cour d'appel civile du Tribunal cantonal neuchâtelois a admis très partiellement l'appel formé par la défenderesse et, réformant le jugement précédent, condamné celle-ci à verser à la demanderesse la somme de 20'673 fr.15, intérêts en sus. Elle a confirmé le jugement attaqué pour le surplus (rejet de la demande reconventionnelle).
C.
Contre cet arrêt cantonal, la défenderesse exerce un recours en matière civile au Tribunal fédéral. Elle conclut à sa réforme en ce sens que la demande soit intégralement rejetée et que, sur demande reconventionnelle, la demanderesse soit condamnée à lui payer le montant de 31'384 fr.25 (soit 5'042 fr.25 pour les frais de transports, 17'592 fr. pour la facturation excessive des terrassements et 8'750 fr. pour les pénalités de retard), intérêts en sus. Subsidiairement, elle conclut à ce que la cause soit renvoyée à l'autorité cantonale pour nouvelle décision. La recourante reproche à la cour précédente d'avoir violé les art. 4 et 8 CC, les art. 14, 52 et 157 CPC, les art. 372 à 374 CO, les art. 9 et 29 Cst., ainsi que l'art. 6 CEDH.
L'intimée conclut au rejet du recours dans la mesure de sa recevabilité.
La cour cantonale a également indiqué que, dans la mesure où il était recevable, le recours lui paraissait infondé.
La recourante a encore déposé des observations.

Considérant en droit :
1.
Interjeté en temps utile (art. 100 al. 1 et 45 al. 1 LTF) par la défenderesse qui a (partiellement) succombé dans ses conclusions libératoires et en paiement (<ref-law>) contre une décision finale (<ref-law>) rendue sur appel par le tribunal supérieur du canton (<ref-law>) dans une affaire civile (<ref-law>) dont la valeur litigieuse dépasse 30'000 fr. (<ref-law>), le recours en matière civile est recevable.
2.
2.1. En matière de constatation des faits et d'appréciation des preuves, le Tribunal fédéral n'intervient, du chef de l'art. 9 Cst., que si le juge du fait n'a manifestement pas compris le sens et la portée d'un moyen de preuve, a omis sans motifs objectifs de tenir compte de preuves pertinentes ou a opéré, sur la base des éléments recueillis, des déductions insoutenables (<ref-ruling> consid. 4.2; <ref-ruling> consid. 4.3; <ref-ruling> consid. 2.1); encore faut-il que la correction du vice soit susceptible d'influer sur le sort de la cause (<ref-law>).
La recourante reprend, aux pages 2 à 8 de son mémoire, les " faits allégués dans son mémoire d'appel ". Elle n'affirme toutefois pas que l'état de fait dressé par l'autorité cantonale serait arbitraire (art. 9 Cst.), ni a fortiori n'explique, en fournissant une motivation circonstanciée, en quoi cela serait le cas. Il n'y a dès lors pas lieu de s'écarter des constatations cantonales.
Le juge apprécie librement la force probante d'une expertise. Dans le domaine des connaissances professionnelles particulières de l'expert, il ne peut toutefois s'écarter de son opinion que pour des motifs importants qu'il lui incombe d'indiquer, par exemple lorsque le rapport d'expertise présente des contradictions ou attribue un sens ou une portée inexacts aux documents et déclarations auxquels il se réfère (<ref-ruling> consid. 6.1; <ref-ruling> consid. 4.3.1 et les arrêts cités).
2.2. Sous réserve de la violation des droits constitutionnels (<ref-law>), le Tribunal fédéral applique le droit d'office (<ref-law>). Il n'est toutefois lié ni par les motifs invoqués par les parties, ni par l'argumentation juridique retenue par l'autorité cantonale; il peut donc admettre le recours pour d'autres motifs que ceux invoqués par le recourant, comme il peut le rejeter en opérant une substitution de motifs (<ref-ruling> consid. 1.4 et l'arrêt cité).
3.
Les critiques soulevées par la recourante appellent l'examen des deux étapes successives ayant conduit la cour cantonale à admettre (partiellement) la demande principale de l'entreprise de construction et à rejeter intégralement celle, reconventionnelle, de son adverse partie.
Dans une première étape, il s'agira donc de revenir sur les prétentions de la demanderesse (cf. infra consid. 4).
Dans une seconde étape, il conviendra de se pencher sur les prétentions (reconventionnelles) émises par la défenderesse (cf. infra consid. 6), limitées par la cour cantonale au montant de 29'800 fr. (cf. infra consid. 5).
4.
S'agissant des prétentions de la demanderesse (32'394 fr.75), les juges précédents ont considéré que les parties n'avaient pas respecté les prescriptions convenues entre elles concernant la présentation et la signature des bons de régie, que la demanderesse ne pouvait donc valablement s'y référer, que le tableau (décompte) signé le 21 novembre 2011 par les représentants de chacune des parties ne constituait pas la preuve d'un " accord global " sur les divers postes chiffrés y figurant, que l'absence d'un tel accord n'emportait toutefois pas automatiquement le rejet des prétentions de la demanderesse, que la défenderesse n'a en effet jamais prétendu que les travaux commandés n'auraient pas été effectués et qu'elle a admis que la facturation correspondait " à ce que les parties [avaient] prévu dans leurs conditions générales ", qu'elle n'a jamais clairement désigné les points sur lesquels la facturation serait excessive et, en conclusion sur cette prétention, que la défenderesse pouvait être reconnue débitrice de la demanderesse pour un montant de 32'394 fr.75 (arrêt entrepris consid. 5).
La défenderesse recourante ne remet pas en cause le fait que les travaux ayant donné lieu aux factures contestées ont été commandés et effectivement réalisés. Elle insiste par contre sur le fait que les bons de régie n'ont pas été signés, ce qui exclurait d'emblée le droit à la rémunération de la demanderesse intimée.
4.1. La recourante invoque tout d'abord une violation du droit d'être entendu (art. 29 al. 2 Cst.) sous l'angle de son droit à obtenir à une décision motivée (acte de recours p. 15). Selon elle, la cour cantonale a failli à son devoir de motivation en ne se prononçant pas clairement sur la validité des bons de régie et sur l'argumentation qu'elle a pourtant fournie en appel selon laquelle la somme réclamée par la demanderesse ne serait pas due.
La jurisprudence a déduit du droit d'être entendu garanti par l'art. 29 al. 2 Cst. notamment l'obligation pour l'autorité de motiver sa décision, de telle manière que son destinataire puisse en saisir la portée et l'attaquer s'il y a lieu en connaissance de cause (<ref-ruling> consid. 4.1 p. 88; <ref-ruling> consid. 3.1 p. 377). Le juge n'a cependant pas l'obligation de s'exprimer, dans sa décision, sur tous les faits et tous les arguments juridiques qui ont été présentés; il peut se limiter à exposer les éléments essentiels qui l'ont guidé dans sa décision (<ref-ruling> consid. 3.3.1 p. 677; <ref-ruling> consid. 4.1 p. 88).
En l'occurrence, il résulte de l'arrêt cantonal que les juges précédents ont admis la demande principale au motif que la défenderesse avait reconnu que la facturation correspondait " à ce que les parties [avaient] prévu dans leurs conditions générales " et qu'elle n'avait pas indiqué en quoi la facturation serait excessive.
En conséquence, la motivation présentée est suffisante pour comprendre la décision attaquée et il n'y a pas de violation du droit à une décision motivée. Savoir si la motivation est convaincante est une question différente (cf. infra consid. 4.2).
4.2.
4.2.1. Il est usuel dans la construction de faire signer par le maître, ou son représentant, des rapports de régie (sur le constat, cf. arrêt 4C.227/2002 du 24 janvier 2003 consid. 4; TERCIER/BIERI/CARRON, Les contrats spéciaux, 5e éd. 2016, n. 4039 p. 557) Les rapports de régie servent un but purement probatoire. Le fait qu'un rapport de régie ne soit pas signé n'exclut dès lors pas le droit à la rémunération de l'entreprise de construction, mais le prive simplement de la présomption d'exactitude attachée à un rapport de régie signé (cf. arrêt 4C.227/2002 précité consid. 4; TERCIER/BIERI/CARRON, op. cit., n. 4039 p. 557).
4.2.2. En l'espèce, l'argument de la défenderesse selon lequel l'absence de signature sur les bons de régie l'autorisait à refuser de payer l'intégralité des montants revendiqués par la demanderesse, pour autant qu'il soit recevable (la motivation ne permettant pas d'identifier clairement en quoi le raisonnement des juges cantonaux violerait le droit), apparaît d'emblée mal fondé. L'avis pour le moins radical (selon lequel l'absence de signature des bons de régie exclurait toute rémunération) professé par la recourante conduirait d'ailleurs à des résultats choquants : il autoriserait le maître de l'ouvrage (ici : la défenderesse) - même s'il est établi qu'il a commandé les travaux, que ceux-ci ont effectivement été réalisés et que l'entreprise de construction parvient à justifier, preuves à l'appui, l'importance des prestations qu'elle a effectuées - à ne verser aucune rémunération à l'entreprise de construction, au (seul) motif qu'il n'a pas signé (volontairement ou non) les bons de régie (cf. <ref-ruling> consid. 1).
S'agissant de la preuve du montant des prestations réalisées par la demanderesse, il n'est pas nécessaire d'examiner - comme le voudrait l'intimée en invoquant la négation arbitraire d'un accord de fait (<ref-law>) - si le tableau (nommé " décompte ") signé par les représentants des parties le 21 novembre 2011 est l'expression de leurs manifestations de volonté concordantes visant la reconnaissance effective des sommes figurant dans le décompte. De même, il n'y a pas lieu de s'arrêter sur l'éventuelle existence d'un " désaccord latent " - qui impliquerait de procéder à l'interprétation objective des volontés exprimées par les parties dans ce tableau - qui, de l'avis de l'intimée, lui serait aussi favorable (réponse p. 6 in fine). Il résulte en effet des constatations cantonales, qui lient le Tribunal fédéral (<ref-law>), que la défenderesse est de toute façon bel et bien débitrice de ces montants, comme on va le voir.
Premièrement, la recourante reconnaît elle-même implicitement sa qualité de débitrice puisque, même si elle affirme être en droit de refuser - au motif que les bons de régie n'ont pas été signés - le paiement de tous les travaux réalisés faisant l'objet de bons (soit un montant de 143'006 fr.90), elle s'est acquittée spontanément de la majeure partie de ce montant, refusant de payer uniquement la somme de 32'394 fr.75.
A cet égard, le fait que la demanderesse lui aurait " caché " certains travaux réalisés en régie ne lui est d'aucune aide. Ce (prétendu) fait ne résulte pas des constatations cantonales et il ne saurait dès lors être pris en compte dans la procédure fédérale (<ref-law>). C'est également en vain que la recourante tente de tirer argument des conclusions de l'expert qui, donnant son avis sur les montants réclamés, les qualifie d'indus. L'expert ne s'est ainsi pas limité à se prononcer dans son domaine de compétence sur des éléments de fait, mais, allant au-delà de son mandat, il a entrepris une appréciation juridique, qui appartient au seul juge.
Deuxièmement, force est de constater que la recourante ne remet pas en cause que les travaux ayant donné lieu aux factures ont été commandés et qu'ils ont été effectivement réalisés. En réalité, sa critique ne porte pas sur le montant des factures, mais - comme on l'a vu - elle se limite à exclure, automatiquement et de manière générale, tout paiement au (seul) motif que les bons de régie n'ont pas été signés. Cela étant, elle ne conteste pas le montant de 32'394 fr.75 en tant que tel.
On rappellera en outre que ce dernier chiffre figure dans un tableau réalisé et signé par le directeur des travaux de la défenderesse, ainsi que par la directrice de la demanderesse. Ce tableau mentionne explicitement, selon leur nature, les travaux et désigne, pour chacun d'eux, leur prix. A cet égard, indépendamment de l'existence (ou de l'absence) d'un accord sur ces montants (cf. supra 2e par. du considérant), il demeure que ceux-ci ont été inscrits dans le tableau par le directeur des travaux, qu'ils désignent précisément et clairement les travaux concernés et que, tout au long de la procédure, la défenderesse n'a jamais expliqué en quoi ces montants - qui lui ont été communiqués puisqu'elle a pris connaissance du tableau, sur lequel elle a même apposé sa signature - ne correspondraient pas à la réalité ou en quoi ils seraient excessifs.
S'agissant de la critique selon laquelle les bons de régie n'auraient pas dû être remis à la direction des travaux, mais directement à la défenderesse, elle est hors de propos. Elle vise exclusivement la question des bons de régie (et les conséquences liées à l'absence de signature de ces bons), qui n'est plus discutée ici. En l'occurrence, la question est de savoir si, indépendamment de ces bons, la demanderesse est parvenue à prouver la réalité des travaux commandés et les montants qui ont été facturés pour ceux-ci. A cet égard, il est patent que le tableau, établi par le directeur des travaux, devait être pris en compte puisque c'est ce dernier qui signait tous les documents utiles pour le chantier (notamment les procès-verbaux), qu'il avait lui-même élaboré ce tableau (décompte) et qu'il l'a signé, aux côtés de la directrice de la demanderesse ( cf. arrêt 4C.57/1999 du 15 mai 2000 consid. 4).
4.3. Toutes les critiques soulevées par la recourante (dans le cadre des griefs tirés de la violation des art. 372 à 374 CO et de l'art. 29 al. 2 Cst.) se révèlent dès lors infondées, dans la mesure de leur recevabilité (certaines d'entre elles ne répondant pas aux exigences de motivation posées par l'<ref-law>).
5.
En ce qui concerne les prétentions (reconventionnelles) de la défenderesse, la cour cantonale les a limitées en ce sens qu'elle a considéré qu'elles ne pouvaient être examinées qu'à concurrence du montant de 29'800 fr., soit le solde contesté par la défenderesse dans son courrier du 3 novembre 2011, et que toute prétention supplémentaire contreviendrait au principe de la bonne foi.
La recourante critique ce raisonnement en relevant que la demanderesse ne lui a jamais explicitement reproché d'avoir violé le principe de la bonne foi, que la cour cantonale a tranché la question sans fournir aucune référence (loi, jurisprudence ou doctrine) et qu'elle a ainsi violé les art. 14 et 52 CPC et " par là-même " son droit d'être entendue garanti par l'art. 29 Cst. et l'art. 6 CEDH.
En l'espèce, il n'est pas nécessaire de contrôler si c'est à bon droit que l'autorité cantonale a considéré que la défenderesse ne pouvait se prévaloir d'une créance allant au-delà de 29'800 fr. Les magistrats cantonaux ont en effet pris la peine d'examiner une par une toutes les prétentions émises par la défenderesse; au terme de leur examen, ils ont retenu que la créance dont celle-ci était titulaire était largement inférieure au solde de 29'800 fr. et, comme on le verra, le raisonnement des juges précédents ne prête pas le flanc à la critique (cf. infra consid. 6).
La critique (qui repose sur la prétendue violation des art. 14 et 52 CPC, de l'art. 29 al. 2 et de l'art. 6 CEDH) tombe dès lors à faux.
6.
S'agissant des postes (encore litigieux) sur lesquels portent les prétentions reconventionnelles de la défenderesse, la cour cantonale a admis qu'elle avait droit à 5'042 fr.25 pour des frais de transports, à 6'679 fr.35 (sur les 17'592 fr. réclamés par la défenderesse) pour des erreurs de facturations portant sur les terrassements et qu'elle n'avait droit à aucune indemnité pour les prétendues pénalités de retard (d'un montant de 8'750 fr.) qu'elle a versées, selon ses allégations, aux acquéreurs des immeubles. La cour cantonale a compensé la créance de l'intimée (32'394 fr.75) avec les créances de la recourante (5'042 fr.25 + 6'679 fr.35) et condamné celle-ci à verser à celle-là le montant total de 20'673 fr.15.
La recourante revient sur les trois postes objets de ces prétentions, reprochant à la cour cantonale d'avoir tenu un raisonnement contraire au droit.
6.1. La recourante ne remet pas en cause le montant de 5'042 fr.25 retenu par la cour cantonale, mais elle considère que celui-ci ne doit pas être déduit de la créance que l'intimée possède à son encontre. Selon elle, l'intimée doit lui verser le montant de sa dette (y compris la somme de 5'042 fr.25). Elle explique que les prétentions invoquées par chaque partie ne sont pas liées et que la cour cantonale ne pouvait pas compenser le montant de 5'042 fr.25 (réclamé à titre reconventionnel) avec la créance dont la demanderesse est titulaire.
Si la cour cantonale ne présente aucune motivation spécifique portant sur la compensation, on ne saurait néanmoins lui reprocher d'avoir, au terme de son examen, déduit de la créance principale (32'394 fr.75) de la demanderesse la créance totale de 11'721 fr.60 (5'042 fr.25 + 6'679 fr.35) que possède la défenderesse à son encontre. La défenderesse oublie qu'elle s'était prévalue de l'exception de compensation (<ref-law>). Il résulte en effet des constatations cantonales qu'elle a informé la demanderesse qu'elle " retenait " le paiement de 29'800 fr., au motif qu'elle entendait " totalement compenser " les créances de la demanderesse avec celles dont elle était elle-même titulaire (pénalités de retard, etc.), manifestant ainsi clairement son intention de compenser. Comme l'exercice de tout droit formateur, la déclaration de compensation de la défenderesse est en principe irrévocable (arrêt 4A_344/2018 du 27 février 2019 consid. 3.2.1). On ne voit donc pas comment elle pourrait aujourd'hui revenir sur cette déclaration afin d'obtenir le remboursement de sa créance (indépendamment de la compensation).
Le moyen est infondé.
6.2. S'agissant des pénalités de retard, la recourante ne prétend pas que les parties auraient convenu d'une peine conventionnelle pour les cas de retard sur le chantier. Il lui incombait dès lors de prouver son dommage.
Pour ce poste, la recourante semble ignorer qu'il ne s'agit pas (plus) d'examiner la seule relation existant entre la défenderesse et la demanderesse (comme cela est le cas pour la question d'une éventuelle surfacturation, qui pourrait être analysée par l'expert), mais bien de prouver que la défenderesse a dû verser des indemnités aux acquéreurs de l'immeuble (ce qu'elle doit prouver par des pièces), ce qui a diminué son patrimoine et que ce dommage a été causé par le retard dont l'entreprise de construction est responsable.
Déterminer l'existence et la quotité du dommage est une question de fait que le Tribunal fédéral n'est habilité à revoir qu'aux conditions strictes posées par les art. 97 al. 1 et 106 al. 2 LTF. En l'espèce, la recourante ne se conforme pas à ces exigences puisqu'elle n'invoque pas l'arbitraire (art. 9 Cst.) et qu'elle ne fournit aucune motivation sous cet angle qui permettrait de comprendre en quoi l'autorité cantonale aurait rendu une décision insoutenable en retenant que la défenderesse n'a pas apporté la preuve d'un dommage.
On ne peut suivre la recourante lorsqu'elle soutient - en observant, sans que l'on en comprenne vraiment la raison, qu'il n'existe pas de hiérarchie légale entre les moyens de preuve autorisés (cf. <ref-law>) - que seul l'expert aurait pu chiffrer son dommage. Les prétendues pénalités de retard qui lui auraient été facturées par ses clients (acquéreurs des immeubles) ne pouvaient en effet être prouvées qu'à l'aide de pièces (prétentions des clients envoyées à la défenderesse). Or, les documents fournis par celle-ci ne permettent pas de comprendre les montants qui auraient été réclamés par les clients au titre de pénalités de retard. Force est en outre de constater que l'arrêt cantonal ne contient aucun élément qui permettrait d'établir l'existence d'un lien de causalité naturelle entre les éventuels retards imputables à la demanderesse et leurs conséquences sur la livraison des immeubles aux clients de la défenderesse.
Cela étant, c'est aussi en vain que la recourante soutient que, vu la complexité du dossier, l'autorité précédente aurait dû fixer le dommage en équité (<ref-law>).
Le moyen, tiré de la violation des art. 4 et 8 CC, ainsi que de l'<ref-law>, est infondé.
6.3. S'agissant enfin de la facturation des terrassements, la recourante maintient sa prétention de 17'592 fr. Elle omet toutefois de prendre en compte que, pour ce poste, la cour précédente lui a déjà alloué les montants de 812 fr.75, 4'169 fr.50 et 1'697 fr.10, soit une somme de 6'679 fr.35. S'agissant du montant (solde) encore litigieux (10'912 fr.65), elle critique le raisonnement de la cour cantonale en se bornant à reprendre des passages de son appel cantonal, à discuter de l'appréciation des preuves - en présentant des extraits de l'expertise et du rapport complémentaire - sans se prévaloir de la violation de l'interdiction de l'arbitraire et à affirmer, sans toutefois le motiver en respectant les exigences strictes posées par les art. 97 al. 1 et 106 al. 2 LTF, que les explications des juges précédents sont " alambiquées " et que leur argumentation n'a " rien de convaincante et est même choquante ".
Le moyen est irrecevable.
7.
Il résulte des considérations qui précèdent que le recours en matière civile doit être rejeté dans la mesure où il est recevable.
Les frais et les dépens sont mis à la charge de la recourante, qui succombe (art. 66 al. 1 et 68 al. 1 et 2 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 2'500 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3.
La recourante versera à l'intimée une indemnité de 3'000 fr. à titre de dépens.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et au Tribunal cantonal du canton de Neuchâtel, Cour d'appel civile.
Lausanne, le 17 avril 2020
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente : Kiss
Le Greffier : Piaget