Faits :
A.
Le 6 mai 2014, la banque B.G._ SA a déposé plainte pénale contre un de ses employés, C._, gestionnaire de fortune, pour gestion déloyale, abus de confiance, faux dans les titres, puis selon un complément de plainte, blanchiment d'argent. C._ a été mis en prévention pour ces chefs d'infraction le 27 mai 2014; il lui était reproché d'avoir, alors qu'il gérait les avoirs de plusieurs clients n'ayant pas octroyé de mandat de gestion à la banque susmentionnée, commis de nombreuses malversations entre 2010 et 2014. En septembre 2014, les chefs de prévention ont été étendus à celui d'escroquerie.
Lors de l'audition du 25 septembre 2014, C._ a notamment expliqué avoir effectué, le 20 décembre 2012, un virement bancaire de 330'000 fr. du compte 1 sans l'accord de sa titulaire - D._ - en faveur du compte détenu par la société E._ SA - entité derrière laquelle se trouvait A._ - auprès de l'établissement bancaire F._ Ldt; pour ce faire, C._ aurait établi un faux contrat, ainsi que de faux relevés de compte. Selon ses déclarations, ce transfert visait à rembourser un prêt d'un montant identique accordé par A._, emprunt effectué pour compléter l'acquisition d'un appartement à U._.
Par ordonnance du 11 décembre 2017, le Ministère public de la République et canton de Genève a ordonné le séquestre des avoirs, à hauteur de 330'000 fr., détenus par A._ auprès de la banque B._ SA, ainsi que la saisie des documents d'ouverture, les relevés de compte, l'état des avoirs et du dossier "titres" y relatifs. Cette décision a été notifiée à la banque le 14 décembre 2017 et celle-ci a transmis cette information à l'intéressé.
B.
Le 3 mai 2018, la Chambre pénale de recours de la Cour de justice de la République et canton de Genève a rejeté le recours formé par A._ contre cette ordonnance.
C.
Par acte du 4 juin 2018, A._ forme un recours en matière pénale contre cet arrêt, concluant à son annulation, à la levée immédiate du séquestre et au renvoi de la cause à l'autorité précédente pour qu'elle fixe le montant de l'indemnité due au sens de l'<ref-law>. A titre subsidiaire, il demande le renvoi de la cause à la cour cantonale afin qu'elle statue à nouveau dans le sens des considérants.
Le Ministère public a conclu à l'irrecevabilité du recours, subsidiairement à son rejet. Quant à l'autorité précédente, elle s'est référée à ses considérants et a produit son dossier, ainsi que les vingt-six classeurs fédéraux de la procédure. Le 9 juillet 2018, le recourant a persisté dans ses conclusions et a invoqué une violation de son droit d'être entendu, n'ayant pas eu accès aux classeurs susmentionnés.

Considérant en droit :
1.
L'arrêt attaqué, qui confirme le maintien du séquestre sur des valeurs patrimoniales est un prononcé rendu en matière pénale au sens de l'<ref-law>. En tant que titulaire des avoirs saisis, le recourant peut se prévaloir d'un intérêt juridique à obtenir l'annulation ou la modification de cette décision, de sorte qu'il dispose de la qualité pour recourir au sens de l'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 1.3 p. 282 s.; <ref-ruling> consid. 1a p. 148). Le séquestre pénal est une décision à caractère incident et le recours n'est donc recevable que si l'acte attaqué est susceptible de causer un préjudice irréparable (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 2.3 p. 60). Tel est le cas lorsque le détenteur se trouve privé temporairement de la libre disposition des biens et/ou valeurs saisis (<ref-ruling> consid. 1 p. 131); cette condition est par ailleurs remplie peu importe la quotité séquestrée et/ou le montant des autres avoirs dont peut disposer en sus le recourant. Pour le surplus, le recours a été formé en temps utile (<ref-law>) contre une décision rendue en dernière instance cantonale (<ref-law>) et les conclusions présentées sont recevables au regard de l'<ref-law>, de sorte qu'il y a lieu d'entrer en matière.
2.
Devant le Tribunal fédéral, le Ministère public produit un tableau récapitulatif du cheminement allégué suivi par les fonds litigieux. Cette pièce ne tend pas à contester la recevabilité du recours et n'est pas datée. Le Procureur ne prétend pas non plus qu'elle aurait figuré au dossier cantonal de recours et que le recourant y aurait eu accès. Partant, il s'agit d'une pièce nouvelle et elle est irrecevable (<ref-law>).
3.
Le recourant se prévaut de violations de son droit d'être entendu, notamment en substance sous l'angle de son droit d'accès au dossier.
Il reproche tout d'abord à l'autorité précédente d'avoir écarté ce même grief soulevé à l'encontre du Ministère public (cf. consid. 2 de l'arrêt attaqué). A cet égard, la cour cantonale a constaté que le Procureur n'avait effectivement pas joint les documents auxquels il faisait référence dans ses observations. Elle a cependant relevé que le recourant ne s'était pas plaint formellement d'une violation de son droit d'être entendu à ce sujet. En tout état, la juridiction précédente a considéré que les pièces bancaires citées concernaient des comptes détenus par le recourant lui-même ou par sa société, de sorte qu'elles lui étaient accessibles. Ce raisonnement peut être confirmé. En effet, le recourant ne conteste pas être le détenteur de la société E._ SA (cf. en particulier ad C2 p. 3 de son mémoire) et a pu produire devant l'instance précédente à l'appui de son mémoire de recours certains relevés du compte bancaire n° 2 détenu auprès de l'établissement bancaire F._ par E._ SA afin d'étayer sa thèse (cf. pièces 2 ss des annexes produites devant le Tribunal cantonal).
Dans ses observations complémentaires, le recourant se plaint en substance de ne pas avoir eu accès aux vingt-six classeurs produits par la cour cantonale à la suite de son recours au Tribunal fédéral. Il s'agit essentiellement des pièces de l'instruction pénale ouverte à l'encontre du prévenu C._ et non pas du recourant. Celui-ci ne dispose dès lors des droits de partie - dont celui d'avoir accès au dossier - que dans la mesure nécessaire à la sauvegarde de ses intérêts (art. 105 al. 1 let. f et 2 CPP), notamment dans le cadre du séquestre pénal faisant l'objet de la présente procédure. Or, que ce soit dans son mémoire de recours ou dans ses observations complémentaires, le recourant ne fait pas état d'un considérant de la décision attaquée qui ferait référence à des éléments ou à des pièces dont il n'aurait pas eu connaissance ou qui ne se trouveraient pas à sa disposition par d'autres biais (cf. ci-dessus). Par conséquent, le grief de violation du droit d'être entendu soulevé contre la cour cantonale - dans la mesure d'ailleurs où il ne serait pas tardif - peut également être écarté.
4.
Le recourant ne remet pas en cause le fait qu'à un moment donné et à la suite peut-être de plusieurs virements, l'argent litigieux a été versé sur le compte faisant l'objet du séquestre (cf. consid. 3.3 p. 8 de l'arrêt attaqué).
Invoquant des violations de l'<ref-law>, ainsi que de l'art. 70 al. 1 et 2 CP, le recourant reproche en revanche à l'autorité précédente d'avoir confirmé le séquestre, à hauteur de 330'000 fr., de son compte bancaire. A cet égard, il soutient en substance que les soupçons de la commission d'une infraction ne seraient pas suffisants pour justifier la mesure de contrainte prononcée à son encontre. Il prétend également que les versements litigieux reçus en 2012 constitueraient le remboursement du prêt accordé en 2011 au prévenu, contre-prestation qui exclurait toute confiscation, respectivement tout séquestre afin de garantir celle-ci.
4.1. Dans le cadre de l'examen d'un séquestre conservatoire, l'autorité statue sous l'angle de la vraisemblance, examinant des prétentions encore incertaines. Le séquestre pénal est en effet une mesure conservatoire provisoire destinée à préserver les objets ou valeurs qui peuvent servir de moyens de preuve, que le juge du fond pourrait être amené à confisquer ou à restituer au lésé, ou qui pourraient servir à l'exécution d'une créance compensatrice (<ref-law> et 71 al. 3 CP). L'autorité doit pouvoir statuer rapidement (cf. <ref-law>), ce qui exclut qu'elle résolve des questions juridiques complexes ou qu'elle attende d'être renseignée de manière exacte et complète sur les faits avant d'agir (<ref-ruling> consid. 3.2 p. 364).
Un séquestre est proportionné lorsqu'il porte sur des avoirs dont on peut admettre en particulier qu'ils pourront être vraisemblablement confisqués en application du droit pénal. Tant que l'instruction n'est pas achevée et que subsiste une probabilité de confiscation, de créance compensatrice ou d'une allocation au lésé, la mesure conservatoire doit être maintenue (<ref-ruling> consid. 3.2 p. 364). L'intégralité des fonds doit demeurer à disposition de la justice aussi longtemps qu'il existe un doute sur la part de ceux-ci qui pourrait provenir d'une activité criminelle (arrêt 1B_426/2017 du 28 février 2018 consid. 3.1 et l'arrêt cité). Les probabilités d'une confiscation, respectivement du prononcé d'une créance compensatrice, doivent cependant se renforcer au cours de l'instruction (<ref-ruling> consid. 4 p. 96; arrêt 1B_426/2017 du 28 février 2018 consid. 3.1 et l'arrêt cité). Un séquestre peut en effet apparaître disproportionné lorsque la procédure dans laquelle il s'inscrit s'éternise sans motifs suffisants (<ref-ruling> consid. 11.6 p. 247). En outre, pour respecter le principe de proportionnalité, l'étendue du séquestre doit rester en rapport avec le produit de l'infraction poursuivie (<ref-ruling> consid. 6 p. 336).
4.2. Selon l'<ref-law>, la confiscation n'est pas prononcée lorsqu'un tiers a acquis les valeurs dans l'ignorance des faits qui l'auraient justifiée, et cela dans la mesure où il a fourni une contre-prestation adéquate ou si la confiscation se révèle d'une rigueur excessive.
Selon la jurisprudence, les règles sur la confiscation doivent être appliquées de manière restrictive lorsque des tiers non enrichis sont concernés (arrêts 1B_426/2017 du 28 février 2018 consid. 3.2; 1B_3/2014 du 5 février 2014 consid. 3.2 publié in RtiD 2014 II 227). L'esprit et le but de la confiscation excluent en effet que la mesure puisse porter préjudice à des valeurs acquises de bonne foi dans le cadre d'un acte juridique conforme à la loi (<ref-ruling> consid. 2b/bb p. 178 s.).
Les deux conditions posées à l'<ref-law> sont cumulatives. Si elles ne sont pas réalisées, la confiscation peut être prononcée alors même que le tiers a conclu une transaction en soi légitime, mais a été payé avec le produit d'une infraction. Le tiers ne doit pas avoir rendu plus difficile l'identification de l'origine et de la découverte des actifs d'origine criminelle ou leur confiscation. Pour qu'un séquestre puisse être refusé à ce stade de la procédure en application de l'<ref-law>, il faut qu'une confiscation soit d'emblée et indubitablement exclue, respectivement que la bonne foi du tiers soit clairement et définitivement établie. La notion de bonne foi pénale du tiers porte sur l'ignorance des faits qui justifieraient la confiscation, soit de son caractère de récompense ou de produit d'une infraction. Selon la jurisprudence, elle ne se rapporte pas à la notion civile consacrée à l'<ref-law>. La confiscation ne peut ainsi pas être prononcée si le tiers sait simplement qu'une procédure pénale a été ouverte contre son partenaire commercial, mais ne dispose pas d'informations particulières. Il faut que le tiers ait une connaissance certaine des faits qui auraient justifié la confiscation ou, à tout le moins, considère leur existence comme sérieusement possible, soit qu'il connaisse les infractions d'où provenaient les valeurs ou, du moins, ait eu des indices sérieux que les valeurs provenaient d'une infraction. En d'autres termes, la confiscation à l'égard d'un tiers ne sera possible que si celui-ci a une connaissance - correspondant au dol éventuel - des faits justifiant la confiscation. La violation d'un devoir de diligence ou d'un devoir de se renseigner ne suffit pas pour exclure la bonne foi du tiers. S'agissant ensuite de la seconde condition, soit la contre-prestation, elle doit avoir été fournie avant que le tiers ne reçoive les valeurs d'origine illégale. C'est en tenant compte de toutes les circonstances du cas d'espèce qu'il faut décider si une contre-prestation adéquate existe, sans se limiter à une appréciation de pur droit civil (arrêt 1B_22/2017 du 24 mars 2017 consid. 3.1 et l'arrêt cité). En particulier, elle n'est pas adéquate lorsque les valeurs patrimoniales ont été remises à titre gratuit (arrêt 1B_426/2017 du 28 février 2018 consid. 3.2 et les arrêts cités).
4.3. S'agissant tout d'abord de l'existence de soupçons suffisants de la commission d'une infraction (<ref-law>), le recourant ne conteste plus le fait que le transfert des 330'000 fr. opéré par le prévenu depuis le compte de D._ sur celui de sa société paraît avoir été effectué sans autorisation de la précitée et par le biais de faux contrats, ce qui, ainsi que l'a retenu l'autorité précédente, pourrait être constitutif des infractions réprimées par les art. 138, 146, 158 et/ou 251 CP (cf. consid. 3.3 p. 8 de l'arrêt attaqué).
Le recourant soutient en revanche que ces éléments étaient connus dès 2014 et que ses avoirs n'ont pourtant été séquestrés qu'en 2017, ce qui démontrerait l'extrême faiblesse de ces soupçons et, par conséquent, la violation du principe de proportionnalité. On peine à voir en quoi cette chronologie démontrerait à elle seule dans le cas d'espèce l'insuffisance des soupçons de la commission d'infractions. Il faut d'ailleurs rappeler que les éléments susmentionnés ne semblent pas remis en cause par le prévenu. Dans la mesure où ce laps de temps n'aurait pas été utilisé afin d'établir le cheminement des avoirs litigieux, on pourrait tout au plus reprocher au Ministère public d'avoir agi tardivement, ce qui ne semble pas d'emblée contraire aux intérêts du recourant. Dénué de pertinence, ce grief peut être écarté.
4.4. Lors de l'examen de l'éventuelle application de l'<ref-law>, la cour cantonale a estimé que le recourant avait uniquement produit des extraits de compte attestant du versement de 380'000 fr. à un notaire en lien avec un appartement sis à U._. Elle a ensuite relevé que le prétendu prêt - certes confirmé par les déclarations du prévenu - n'avait pas été attesté par des documents écrits; or, compte tenu des rapports ténus que le recourant prétendait entretenir avec le prévenu et le montant en jeu, il paraissait surprenant qu'il n'existe pas un contrat, ou à tout le moins une reconnaissance de dette écrite. Selon la juridiction précédente, ces circonstances permettaient de considérer qu'à ce stade, la preuve de la contre-prestation adéquate n'avait pas été apportée et la probabilité d'une confiscation ou d'une allocation au lésé subsistait, ce qui justifiait le séquestre.
La cour cantonale a donc en substance retenu qu'il n'existait en l'état aucun lien entre le paiement de 380'000 fr. et celui de 330'000 francs. Ce raisonnement ne peut toutefois être suivi. Certes, les circonstances entourant le premier versement - notamment sous l'angle des relations existant entre les deux intéressés et qui pourraient peut-être expliquer le défaut de forme écrite et/ou de contrôle au moment des versements de juin et décembre 2012, ce qui n'a pas été examiné - ne sont pas établies. Lors de l'examen de la condition de la contre-prestation adéquate, cela ne suffit toutefois pas pour l'exclure eu égard aux déclarations tenues par le prévenu et aux éléments apportés par pièces par le recourant. Le prévenu a ainsi expliqué, en septembre 2014, le prélèvement indu de 330'000 fr. par la nécessité de rembourser un prêt octroyé par la société du recourant afin d'acquérir un bien immobilier à U._; ce montant a été versé en décembre 2012 sur le compte de la société du recourant. Or, ce même compte avait été débité en février 2011 de 380'000 fr. en faveur d'un notaire valaisan; le libellé de l'ordre mentionnait en particulier un appartement à U._, ainsi que le nom du prévenu. De plus, en juin 2012, ce même compte a été crédité d'un autre montant; la somme de celui-ci et de celui de décembre 2012 correspond à quelques francs près au montant du versement initial (49'988 fr. [le 15 juin 2012] + 330'000 fr. [le 20 décembre 2012] = 379'988 fr.).
Au regard de l'ensemble de ces éléments (dont les motifs invoqués, l'utilisation d'un seul et même compte du point de vue du prétendu prêteur, les montants des virements en cause, ainsi que la chronologie rapprochée de ceux-ci), un lien entre le versement de février 2011 et celui de décembre 2012 peut être retenu, le premier apparaissant comme la contre-prestation adéquate du second. La cour cantonale viole donc le droit fédéral en considérant que la preuve de celle-ci n'a pas été apportée et l'arrêt attaqué doit être annulé sur ce point.
4.5. L'<ref-law> présuppose encore que la personne ait été dans l'ignorance des faits qui justifieraient la confiscation. La question de la bonne foi du recourant, notamment à la réception des versements litigieux, n'a pas été examinée par l'autorité cantonale et il y a donc lieu de lui renvoyer la cause pour qu'elle procède à cet examen.
Cela étant et vu la motivation brièvement retenue par l'autorité cantonale en lien avec le versement direct à la société du recourant du produit de l'infraction (cf. consid. 4.3 p. 10 de l'arrêt entrepris), il y a lieu de préciser que la condition de la bonne foi ne saurait être exclue pour ce seul motif; le type d'acquisition des valeurs patrimoniales litigieuses constitue uniquement un des critères à prendre en compte lors de cet examen (arrêt 1B_365/2012 du 10 septembre 2012 consid. 3.3 publié in SJ 2013 I 13; voir également dans ce sens, le commentaire de cet arrêt par BERNARD BERTOSSA, in SJ 2013 I 17).
5.
Au regard de l'issue du litige, la conclusion tendant au renvoi de la cause pour l'examen d'une éventuelle indemnité au sens de l'<ref-law> est sans objet.
6.
Le recours est partiellement admis. L'arrêt attaqué est annulé dans la mesure où il considère que le recourant n'a pas apporté la preuve d'une contre-prestation adéquate et la cause est renvoyée à l'autorité précédente pour qu'elle examine l'éventuelle réalisation de la seconde condition posée à l'<ref-law>. Dans l'intervalle, le séquestre des 330'000 fr. détenus sur le compte du recourant auprès de la banque B._ SA est maintenu.
Le recourant obtient partiellement gain de cause avec l'assistance d'un avocat. Il a droit à des dépens à la charge de la République et canton de Genève (<ref-law>); dès lors que le recours est admis sur la question principale, il n'y a pas lieu de réduire cette indemnité. Pour ce même motif notamment, il n'y a pas lieu de percevoir de frais judiciaires (art. 66 al. 1 et 4 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est partiellement admis. L'arrêt du 3 mai 2018 de la Chambre pénale de recours de la Cour de justice de la République et canton de Genève est annulé dans la mesure où il considère que le recourant n'a pas apporté la preuve d'une contre-prestation adéquate et la cause est renvoyée à l'autorité précédente pour qu'elle examine l'éventuelle réalisation de la seconde condition posée à l'<ref-law>. Dans l'intervalle, le séquestre des 330'000 fr. détenus sur le compte du recourant auprès de la banque B._ SA est maintenu.
2.
Une indemnité de dépens, fixée à 2'500 fr., est allouée au recourant à la charge de la République et canton de Genève.
3.
Il n'est pas perçu de frais judiciaires.
4.
Le présent arrêt est communiqué au mandataire du recourant, au Ministère public de la République et canton de Genève et à la Chambre pénale de recours de la Cour de justice de la République et canton de Genève.
Lausanne, le 26 septembre 2018
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Merkli
La Greffière : Kropf