Sachverhalt:
A.
Anlässlich seiner Sitzung vom 30. August 2017 verabschiedete der Bundesrat das Netznutzungskonzept zum Ausbauschritt 2025 der Eisenbahninfrastruktur (fortan auch: Netznutzungskonzept, NNK) gemäss Art. 9b Abs. 1 des Eisenbahngesetzes vom 20. Dezember 1957 (EBG; SR 742.101).
Gestützt darauf erstellten die Infrastrukturbetreiberinnen die Netznutzungspläne (fortan auch: NNP) für die Fahrplanjahre 2019, 2021 und 2024 und unterbreiteten sie dem Bundesamt für Verkehr (BAV), das sie mit als Allgemeinverfügung bezeichnetem Entscheid vom 15. Januar 2018 gemäss <ref-law> genehmigte (BBl 2018 582).
B.
Mit gemeinsamer Eingabe vom 27. Februar 2018 erhoben der Kanton Zürich, der Zürcher Verkehrsverbund (ZVV) und die Stadt Bülach gegen die Verfügung vom 15. Januar 2018 Beschwerde an das Bundesverwaltungsgericht.
Sie beantragten unter anderem die Aufhebung der Verfügung vom 15. Januar 2018 betreffend Genehmigung der Netznutzungspläne für die Jahre 2019, 2021 und 2024, soweit darin der S-Bahnlinie S 3 in den Hauptverkehrszeiten im Abschnitt Zürich Hardbrücke-Bülach kein Halbstundentakt gesichert wurde (Netznutzungspläne 2019, 2021 und 2024, Ziff. 4.70, Zürich Oerlikon-Schaffhausen). Weiter verlangten sie, das BAV im Sinne einer vorsorglichen Massnahme anzuweisen, dem ZVV bzw. dem von ihm beauftragten Transportunternehmen ab 9. Dezember 2018 (Fahrplanwechsel 2019) für die Dauer des Verfahrens die Benutzung der Trassen im Abschnitt Zürich Hardbrücke-Bülach (S 3) im Halbstundentakt zu ermöglichen.
Mit Zwischenverfügung des Instruktionsrichters vom 5. Juli 2018 hiess das Bundesverwaltungsgericht das Gesuch um Anordnung vorsorglicher Massnahmen gut, soweit es darauf eintrat, und sicherte dem Personenverkehr ab 9. Dezember 2018 bis zu seinem Entscheid in der Hauptsache die für den Halbstundentakt zu den Hauptverkehrszeiten im Abschnitt Zürich Hardbrücke-Bülach (S-Bahnlinie S 3) erforderliche Anzahl Trassen als Mindestkapazität zu (Dispositiv-Ziff. 1). Das Begehren des BAV, der Beschwerde die aufschiebende Wirkung zu entziehen, wies es ab (Dispositiv-Ziff. 2 Satz 1). Gleichzeitig stellte es fest, in welchem Umfang die Netznutzungspläne für die Jahre 2019, 2021 und 2024 in Rechtskraft erwachsen sind (Dispositiv-Ziff. 2 Satz 2). Zudem traf der Instruktionsrichter des Bundesverwaltungsgerichts weitere, hier nicht näher interessierende Anordnungen im Hinblick auf die Weiterführung des Hauptverfahrens (Dispositiv-Ziff. 3-10).
C.
Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 6. August 2018 beantragt das Eidgenössische Departement für Umwelt, Verkehr, Energie und Kommunikation (UVEK) die Aufhebung der Zwischenverfügung vom 5. Juli 2018 (Antrag Ziff. 1). Ausserdem ersucht es im bundesgerichtlichen Verfahren um aufschiebende Wirkung (Antrag Ziff. 2).
Der Kanton Zürich, der ZVV und die Stadt Bülach beantragen die Beschwerde abzuweisen, soweit auf sie einzutreten ist, und dem Gesuch um aufschiebende Wirkung nicht zu entsprechen. Weiter verlangen sie die Beschwerdeführerin zu verpflichten, die gesamten Akten aus dem Verfügungsverfahren einzureichen.
Das zur Vernehmlassung eingeladene Bundesverwaltungsgericht verweist auf seine Zwischenverfügung vom 5. Juli 2018 und vertritt die Auffassung, dass der Beschwerde keine aufschiebende Wirkung zu gewähren sei. Die im vorinstanzlichen Verfahren beigeladene Schweizerische Bundesbahnen SBB Cargo AG teilt mit, dass die angeordnete Massnahme, auch wenn sie nur vorsorglich erfolgte, die Planungssicherheit beeinträchtige und der geplante Güterverkehr auf der streitbetroffenen Trasse ab dem Fahrplanwechsel daher nicht mehr angeboten werden könne. Sie werde sich auf das vor dem Bundesverwaltungsgericht hängige Hauptverfahren konzentrieren, unterstütze aber die Ausführungen des UVEK in seiner Beschwerde an das Bundesgericht.
Das UVEK liess sich zu den eingeholten Stellungnahmen nicht vernehmen.

Erwägungen:
1.
Das Bundesgericht prüft seine Zuständigkeit und die weiteren Eintretensvoraussetzungen von Amtes wegen (<ref-law>) und mit freier Kognition (<ref-ruling> E. 1 S. 116).
1.1. Mit der Zwischenverfügung vom 5. Juli 2018 angefochten ist ein Entscheid des Bundesverwaltungsgerichts in einer Angelegenheit des öffentlichen Rechts (Art. 82 lit. a, Art. 86 Abs. 1 lit. a BGG), gegen den die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten unter dem Blickwinkel von <ref-law> zulässig ist, zumal sich der Streit in der Hauptsache nicht um eine Verfügung im Zusammenhang mit einem Ausschreibungsverfahren für bestellte Verkehrsangebote im Sinne von Art. 32i des Bundesgesetzes vom 20. März 2009 über die Personenbeförderung (Personenbeförderungsgesetz, PBG; SR 745.1) dreht (Art. 83 lit. f bis BGG). Die Beschwerde wurde fristgerecht eingereicht (<ref-law>) und entspricht unter Vorbehalt einer in allen Teilen rechtsgenüglichen Begründung der gesetzlich vorgeschriebenen Form (vgl. Art. 42 Abs. 1 und Abs. 2, <ref-law>).
1.2. Gemäss <ref-law> sind die Departemente des Bundes zur Beschwerde an das Bundesgericht berechtigt, wenn der angefochtene Akt die Bundesgesetzgebung in ihrem Aufgabenbereich verletzen kann. Das Beschwerderecht der Bundesbehörden dient dazu, den Vollzug des Bundesrechts in den Kantonen und in der Bundesverwaltung zu überwachen und dessen richtige und einheitliche Anwendung - wenn nötig letztinstanzlich durch das Bundesgericht - sicherzustellen (<ref-ruling> E. 1.3.1 S. 326; <ref-ruling> E. 1.2 S. 363; <ref-ruling> E. 1.2.1 S. 341 f.). Ein darüber hinausgehendes spezifisches schutzwürdiges (öffentliches) Interesse setzt das Beschwerderecht der Bundesbehörden nicht voraus. Allerdings darf die Behördenbeschwerde nicht allein der Beantwortung einer vom konkreten Fall losgelösten abstrakten Frage des objektiven Rechts dienen, an der kein aktuelles und praktisches Interesse besteht (vgl. BGE <ref-ruling> E. 1.2.1 S. 341 f.; Urteile 2C_776/2016 vom 17. Juli 2017 E. 3.4; 2C_49/2009 vom 27. April 2009 E. 1).
1.2.1. Zuständig für die streitbetroffene Genehmigung von Netznutzungsplänen ist gemäss <ref-law> das BAV, das im Sinne von Art. 2 Abs. 2 und Art. 43 Abs. 3 des Regierungs- und Verwaltungsorganisationsgesetzes vom 21. März 1997 (RVOG; SR 172.010) dem UVEK zugehört (vgl. auch Anhang I lit. B Ziff. VII 1.2 der Regierungs- und Verwaltungsorganisationsverordnung vom 25. November 1998 [RVOV; SR 172.101.1]; Art. 6 Abs. 1 der Organisationsverordnung vom 6. Dezember 1999 für das UVEK [OV-UVEK, SR 172.217.1]). Die Genehmigung von Netznutzungsplänen bewegt sich damit im Sinne von <ref-law> im Aufgabenbereich des UVEK als übergeordneter Verwaltungsbehörde des BAV. Nach dem Grundsatz der Einheit des Verfahrens (vgl. dazu Urteil 2C_315/2018 vom 28. Juni 2018 E. 1.1 mit Hinweisen) gilt dies gleichermassen für Zwischenentscheide in diesem Zusammenhang.
1.2.2. Im vorliegenden Verfahren stellt sich die konkrete Frage, ob das Bundesverwaltungsgericht die vorsorgliche Trassenreservation für die Verkehrsarten Güterverkehr und Regionalverkehr in einem bestimmten Streckenabschnitt zutreffend vorgenommen hat. Ungeachtet der Mitteilung der Schweizerische Bundesbahnen SBB Cargo AG, wonach sie den ursprünglich geplanten Verkehr ab dem Fahrplanwechsel aufgrund fehlender Planungssicherheit nicht mehr durchführen werde, besteht an der Beantwortung der Frage weiterhin ein aktuelles Interesse, da sich die vorsorgliche Anordnung zum Netznutzungsplan auch auf die Zuteilung von Trassen zur Durchführung nicht regelmässiger Fahrten und andere Eisenbahnverkehrsunternehmen auswirken kann (vgl. <ref-law>; Art. 11 Abs. 2 und Abs. 3, Art. 12 der Eisenbahn-Netzzugangsverordnung vom 25. November 1998 [NZV; SR 742.122]). Das UVEK ist folglich zur Beschwerde berechtigt.
1.3. Die angefochtene Zwischenverfügung bringt das vorinstanzliche Verfahren nicht zum Abschluss. Im Hinblick auf den Netznutzungsplan regelt sie lediglich die bis zum Entscheid des Bundesverwaltungsgerichts in der Hauptsache für den Personenverkehr während der Hauptverkehrszeit zu reservierende Mindestkapazität auf einem bestimmten Streckenabschnitt. Entgegen dem diesbezüglich nicht restlos klaren Standpunkt des UVEK handelt es sich bei der angefochtenen Verfügung somit um einen Zwischenentscheid im Sinne von <ref-law> und nicht um einen Teilentscheid gemäss <ref-law> (vgl. <ref-ruling> E. 1.2 S. 79; <ref-ruling> E. 1.1 S. 327 f.; Urteil 2C_547/2015 vom 7. Januar 2016 E. 1.2). Dieser ist nur anfechtbar, wenn er einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken kann (<ref-law>) oder wenn die Gutheissung der Beschwerde sofort einen Endentscheid herbeiführen und damit einen bedeutenden Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren ersparen würde (<ref-law>). Letzteres trifft hier offensichtlich nicht zu.
1.3.1. Zu prüfen bleibt, ob die angefochtene Verfügung einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil im Sinne von <ref-law> bewirken kann. Das ist der Fall, wenn der Nachteil auch mit einem für die beschwerdeführende Partei günstigen Endentscheid nicht oder nicht vollständig behebbar ist (vgl. <ref-ruling> E. 2.2 S. 800 f.; <ref-ruling> E. 1.2 S. 80; <ref-ruling> E. 1.2.1 S. 170 f.; je mit Hinweisen). Dabei muss nicht feststehen, dass der Nachteil tatsächlich eintritt; die Möglichkeit dazu genügt (vgl. <ref-ruling> E. 2.2 S. 801; <ref-ruling> E. 2.1 S. 191). Die blosse Verlängerung oder Verteuerung des Verfahrens führt unter dem Blickwinkel von <ref-law> grundsätzlich nicht zur Zulässigkeit der Beschwerde (vgl. <ref-ruling> E. 1.4 S. 24 f.; <ref-ruling> E. 1.2.1 S. 171). Soweit die Voraussetzung von <ref-law> nicht offensichtlich erfüllt ist, hat die beschwerdeführende Partei im Rahmen ihrer Begründungspflicht (<ref-law>) darzutun, dass ihr ein nicht wiedergutzumachender Nachteil droht (vgl. <ref-ruling> E. 1.3 S. 525; <ref-ruling> E. 1.1 S. 329; Urteil 2C_547/2015 vom 7. Januar 2016 E. 1.2).
1.3.2. Nach seinen Beschwerdeanträgen ficht das UVEK die Zwischenverfügung des Bundesverwaltungsgerichts integral an. Im Zusammenhang mit Ziff. 3-10 im Dispositiv des angefochtenen Entscheids macht es allerdings keine Ausführungen zum drohenden Eintritt eines nicht wiedergutzumachenden Nachteils im Sinne von <ref-law>. Ein solcher liegt auch nicht auf der Hand, sodass sich die Beschwerde insoweit als unzulässig erweist. Dasselbe gilt, soweit die Vorinstanz Feststellungen über den Umfang getroffen hat, in dem die Netznutzungspläne für die Jahre 2019, 2021 und 2024 in Rechtskraft erwachsen sind (Ziff. 2 Satz 2 im Dispositiv).
1.3.3. Im Hinblick auf die vom Bundesverwaltungsgericht angeordnete vorsorgliche Massnahme (Ziff. 1 im Dispositiv) und den verweigerten Entzug der aufschiebenden Wirkung (Ziff. 2 Satz 1 im Dispositiv) führt das UVEK aus, dass für das Fahrplanjahr 2019 in willkürlicher Weise ein rechtswidriger Zustand geschaffen werde. Durch den Wegfall der Güterverkehrsstrasse während der Dauer der vorsorglichen Massnahme würden die Besteller von Güterzügen ihre Logistik "vermutlich dauerhaft" auf die Strasse verlegen. Zudem müsse damit gerechnet werden, dass sich die Beschwerdegegnerinnen künftig darauf berufen würden, beim zusätzlichen S-Bahn-Zug handle es sich um ein bestehendes Angebot. Ein solches könne erfahrungsgemäss "kaum mehr aus der Welt geschafft werden". Weiter werde mit der vorinstanzlichen Verfügung die gesetzgeberische Absicht, dem Güterverkehr und der bahnaffinen Industrie langfristig Planungssicherheit und Investitionsschutz zu gewähren, grundsätzlich in Frage gestellt.
1.3.4. Die wenig substanziierten Ausführungen des UVEK führen nicht zwingend zum Schluss, dass der angefochtene Entscheid einen nicht wieder gutzumachender Nachteil bewirken kann. Ob die Voraussetzung von <ref-law> erfüllt ist, kann mit Blick auf die nachstehenden Erwägungen aber ohnehin dahingestellt bleiben.
2.
2.1. Die Beschwerde richtet sich gegen einen Entscheid über vorsorgliche Massnahmen, wobei die Beschwerdegründe auf die Verletzung verfassungsmässiger Rechte beschränkt sind (<ref-law>). Auf die Verletzung verfassungsmässiger Rechte hin kann das Bundesgericht einen angefochtenen Entscheid indes nur überprüfen, wenn eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (<ref-law>). Die beschwerdeführende Partei hat klar und detailliert anhand der Erwägungen des angefochtenen Entscheids darzulegen, inwiefern die angerufenen Verfassungsbestimmungen verletzt worden sein sollen (sog. qualifizierte Rügepflicht, vgl. <ref-ruling> E. 2.1 S. 372; Urteil 2C_1021/2016 / 2D_39/2016 vom 18. Juli 2017 E. 5.1 [nicht publ. in: <ref-ruling>]; je mit Hinweisen).
2.2. Seinem Urteil legt das Bundesgericht den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). In Verfahren gegen Entscheide über vorsorgliche Massnahmen kann es die Sachverhaltsfeststellungen der Vorinstanz nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig sind oder soweit die Unrichtigkeit auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (vgl. <ref-law>).
3.
Mit der angefochtenen Zwischenverfügung greift das Bundesverwaltungsgericht auf Antrag des Kantons Zürich, des ZVV und der Stadt Bülach bis zum Entscheid in der Hauptsache zeitlich und örtlich begrenzt in die Gestaltung des Netznutzungsplans ein. Es sichert dem Regionalverkehr zulasten des Güterverkehrs jene Mindestkapazität an Trassen, die einen Halbstundentakt der S-Bahnlinie S 3 im Abschnitt Zürich Hardbrücke-Bülach ermöglicht.
3.1. Mit der Beschwerdeberechtigung des Kantons Zürich, des ZVV und der Stadt Bülach hat sich das Bundesverwaltungsgericht im Rahmen des vorsorglichen Massnahmeverfahrens nicht eingehend auseinandergesetzt. Es verwies auf deren Beschwerdelegitimation nach <ref-law> (SR 172.021), die unbestritten geblieben sei, ohne allerdings die spezialgesetzliche Norm zu bezeichnen, auf die sich die beschwerdeführenden Parteien im Verfahren vor dem Bundesverwaltungsgericht gemäss der genannten Bestimmung berufen können. Wie es sich damit verhält, ist im vorliegenden Verfahren keiner näheren Betrachtung zugänglich, da sich das UVEK entsprechender Rügen enthält (vgl. <ref-law>; E. 2.1 hiervor).
3.2. Hingegen rügt das UVEK in verschiedener Hinsicht eine willkürliche Anwendung der Gesetzgebung über die Nutzung der Eisenbahninfrastruktur, die mittels verschiedener Instrumente geregelt wird und die es hier kurz darzustellen gilt.
3.2.1. Im Netznutzungskonzept legt der Bundesrat die Anzahl der Trassen pro Modellstunde fest, die für jede Verkehrsart mindestens zu reservieren sind (<ref-law>; Art. 19a Abs. 1 der Verordnung über die Konzessionierung, Planung und Finanzierung der Bahninfrastruktur [KPFV; SR 742.120]), wobei als Trasse örtlich und zeitlich bestimmte Fahrwege gelten (vgl. <ref-law>). Das Netznutzungskonzept unterscheidet bei der Trassennutzung nach den Verkehrsarten Personenverkehr, regionaler Personenverkehr, Gütertransport und weitere Verkehrsarten (z.B. Autoverlad; <ref-law>) und kann festlegen, dass ausgewählte Trassen wechselweise durch verschiedene Verkehrsarten genutzt werden können (<ref-law> ["Hybridtrassen"]). Das Netznutzungskonzept ist ein Instrument zur langfristigen Kapazitätssicherung (vgl. Botschaft vom 30. April 2014 zur Totalrevision des Gütertransportgesetzes, BBl 2014 3827 ff., 3935 Ziff. 2.6 [Botschaft zum GütG]). Bei Bedarf passt der Bundesrat das Netznutzungskonzept den veränderten Bedingungen an (<ref-law>). Anpassungen von beschränkter Tragweite soll nach <ref-law> auch das BAV vornehmen können.
Die Festlegung des Netznutzungskonzepts erfolgt unter Berücksichtigung verschiedener Gesichtspunkte. Einzubeziehen sind namentlich die Zwecke der von Bund, Kantonen und Privaten getätigten oder beschlossenen Investitionen für den Eisenbahnverkehr (<ref-law>), die Bedürfnisse nach abgestimmten Transportketten im Personenverkehr und im Gütertransport (<ref-law>), die Kapazitäten, die für die Befriedigung der erwarteten Nachfrage im Personenverkehr und im Gütertransport erforderlich sind (<ref-law>), sowie die Ermöglichung einer wirtschaftlichen Abwicklung des Personenverkehrs und des Gütertransports auf der Schiene (<ref-law>). Das Netznutzungskonzept stützt sich dabei unter anderem auf die beschlossenen Ausbauschritte (<ref-law>). Verbindlich ist es ist für die Infrastrukturbetreiberinnen und die Behörden (<ref-law>).
3.2.2. Die Netznutzungspläne werden von den Infrastrukturbetreiberinnen für jedes der sechs Jahre vor dem jeweiligen Fahrplanjahr erstellt. Sie konkretisieren darin das Netznutzungskonzept und halten insbesondere die Verteilung der Trassen auf die Verkehrsarten im Tages- und Wochenverlauf fest (<ref-law>; <ref-law>). Namentlich enthalten die Netznutzungspläne eine Netzgrafik (<ref-law>), die für die einzelnen Verkehrsarten in den Modellstunden reservierten Mindestkapazitäten (<ref-law>) und Kapazitäten für nicht geplante Nachfrage (<ref-law>). Sie bedürfen der Genehmigung durch das BAV (<ref-law>).
3.2.3. Die Zuteilung konkreter Trassenerfolgt durch die Infrastrukturbetreiberinnen (vgl. <ref-law>; <ref-law>) und hat diskriminierungsfrei zu erfolgen (vgl. <ref-law>; <ref-law>). Sie stützt sich auf den geltenden Netznutzungsplan (vgl. <ref-law>; <ref-law>). Will die Infrastrukturbetreiberin eine freigebliebene, für eine andere Verkehrsart reservierte Trasse für ein regelmässiges Angebot des Personenverkehrs zuteilen, bedarf sie einer Genehmigung des BAV (<ref-law>). Für den Fall, dass bei der Trassenzuteilung Bestellkonflikte auftreten, sehen <ref-law> und Art. 8 f. der Verordnung des BAV vom 14. Mai 2012 über den Eisenbahn-Netzzugang (SR 742.122.4) einen Konfliktregelungsmechanismus vor.
3.3. Das UVEK bringt vor, dass die vom Bundesverwaltungsgericht angeordnete vorsorgliche Massnahme in willkürlicher Weise gegen die verbindlichen Vorgaben des Netznutzungskonzepts verstosse. Mit der angefochtenen Zwischenverfügung setze sich die Vorinstanz über das von <ref-law> vorgegebene System von Netznutzungskonzept, Netznutzungsplan und konkreter Trassenvergabe hinweg. Der Bundesrat habe im Netznutzungskonzept verbindliche Vorgaben über die Mindestkapazitäten für den Personen- und Güterverkehr definiert. Davon dürfe nicht abgewichen werden.
Willkür in der Rechtsanwendung im Sinne von <ref-law> liegt vor, wenn der angefochtene Entscheid offensichtlich unhaltbar ist, mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht, eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz krass verletzt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft. Das Bundesgericht hebt einen Entscheid nicht auf, wenn bloss die Begründung, nicht aber das Ergebnis unhaltbar ist. Dass eine andere Lösung als die getroffene ebenfalls vertretbar oder sogar zutreffender erscheint, begründet für sich noch keine Willkür (vgl. <ref-ruling> E. 4.3 S. 380; <ref-ruling> E. 5 S. 280 f.; je mit Hinweisen).
3.3.1. Da das Netznutzungskonzept vom Bundesrat festgelegt wird (<ref-law>), fällt eine direkte (selbständige) Anfechtung mit Blick auf <ref-law> grundsätzlich ausser Betracht. Aus welchem Grund eine vorfrageweise Überprüfung des Netznutzungskonzepts - ähnlich wie bei bundesrätlichen Verordnungen, Inventaren oder Sachplänen - im konkreten Anwendungsfall unzulässig sein sollte (vgl. <ref-law> e contrario), wird vom UVEK nicht näher begründet und ist auch nicht ersichtlich (vgl. <ref-ruling> E. 4.1 S. 508 f. mit Hinweisen). Zwar sehen die gesetzlichen Bestimmungen mit Blick auf Art. 9b Abs. 3 erster Halbsatz EBG sowie <ref-law>, der das Netznutzungskonzept für die Infrastrukturbetreiberinnen und die Behörden verbindlich erklärt, grundsätzlich keine Abweichungen zwischen Netznutzungskonzept und Netznutzungsplan vor. Das Netznutzungskonzept kann für die Erstellung der Netznutzungspläne jedoch nur insoweit massgebend sein, als es sich an den gesetzlich vorgegebenen Rahmen hält (vgl. <ref-law>; <ref-law>), was im konkreten Anwendungsfall nach dem soeben Dargelegten einer gerichtlichen Überprüfung zugänglich ist.
3.3.2. Das Netznutzungskonzept kann bei veränderten Bedingungen angepasst werden (<ref-law>; Botschaft zum GütG, BBl 2014 3891 Ziff. 1.2.3.1). Soweit die entsprechenden Änderungen von beschränkter Tragweite sind, soll sie nach <ref-law> das BAV vornehmen können (vgl. zum Ganzen auch E. 3.2.1 hiervor). Unter dem beschränkten Blickwinkel der Verletzung verfassungsmässiger Rechte (<ref-law>) ist das Netznutzungskonzept somit durchaus gewissen Veränderungen zugänglich. Das gilt umso mehr, als seine rechtliche Verbindlichkeit nach der ausdrücklichen Vorschrift von <ref-law> auf Infrastrukturbetreiberinnen und Behörden beschränkt ist. Die punktuelle Änderung eines angefochtenen Netznutzungsplans im Rahmen vorsorglicher Massnahmen, die nach Darstellung des UVEK vom Netznutzungskonzept abweichen, erscheint bei dieser Ausgangslage nicht von vornherein ausgeschlossen.
3.4. Nach Auffassung des UVEK verkennt das Bundesverwaltungsgericht, dass die frühere Prioritätenordnung bei der Trassenzuteilung zugunsten des Personenverkehrs mit der Totalrevision des Bundesgesetzes vom 25. September 2015 über den Gütertransport durch Bahn- und Schiffahrtsunternehmen (Gütertransportgesetz, GütG; SR 742.41) aufgegeben worden sei. Wesentlich sei die Sicherung einer Trasse pro Stunde und Richtung für den Güterverkehr, was im Netznutzungskonzept abgebildet werde. Die Vorinstanz nehme mit ihrer Vorgehensweise eine Interessenabwägung vor, die der gesetzlichen Regelung zu Netznutzungskonzept und -plan im Umfang der einer Verkehrsart zugewiesenen Trassenkapazität widerspreche. Dieses Vorgehen stelle eine willkürliche Anwendung von <ref-law> und der zugehörigen Ausführungserlasse dar.
3.4.1. Dem vertakteten Personenverkehr kam bei der Gewährung des Netzzugangs nach <ref-law> in der Fassung vom 1. Januar 1999 (AS 1998 2835) der Vorrang zu (vgl. auch Botschaft zum GütG, BBl 2014 3842 Ziff. 1.1.2.3). Die genannte Bestimmung wurde mit dem Inkrafttreten des Gütertransportgesetzes am 1. Januar 2017 aufgehoben (AS 2016 1853; 1855), was auf den gesetzgeberischen Willen zurückzuführen ist, die schweizerische Eisenbahninfrastruktur für die Personenbeförderung und den Gütertransport gleichberechtigt weiterzuentwickeln (Botschaft zum GütG, BBl 2014 3891 Ziff. 1.2.3.1). Unter Beachtung der im vorliegenden Verfahren erforderlichen Prüfungsdichte (vgl. E. 2.1 hiervor) erscheint der Standpunkt des UVEK weiter zutreffend, wonach bei der Vergabe konkreter Trassen im Umfang von im rechtskräftigen Netznutzungsplan festgesetzten Mindestkapazitäten (vgl. E. 3.2 hiervor) zwischen den verschiedenen Verkehrsarten zugunsten der Planungssicherheit auf eine Interessenabwägung zu verzichten ist.
3.4.2. Allerdings ist zu beachten, dass die Netznutzungspläne im hier interessierenden Umfang aufgrund ihrer Anfechtung durch die Beschwerdegegner noch nicht in Rechtskraft erwachsen sind. Weiter haben sich die Netznutzungspläne am Netznutzungskonzept zu orientieren (vgl. <ref-law>), das der Bundesrat nach Massgabe der in <ref-law> genannten Kriterien festlegen muss. Für die verschiedenen Verkehrsarten können die in <ref-law> genannten Aspekte je für sich und auch im Verhältnis zu den übrigen Kriterien gegenläufige Anforderungen an das Netznutzungskonzept stellen. So können etwa die Bedürfnisse nach abgestimmten Transportketten im Personenverkehr und Gütertransport (<ref-law>) zu Zielkonflikten führen. Das gilt ebenso für die erwartete Nachfrage im Personenverkehr und Gütertransport, soweit sie die verfügbaren Kapazitäten übersteigt (<ref-law>) oder das Kriterium der wirtschaftlichen Abwicklung von Personen- und Güterverkehr auf der Schiene (<ref-law>). Nicht ausgeschlossen ist auch, dass die Zwecke der von Bund, Kantonen und Privaten getätigten oder beschlossenen Investitionen für den Eisenbahnverkehr gewisse Defizite bei der gegenseitigen Abstimmung aufweisen (<ref-law>). Eine Interessenabwägung im Verhältnis zwischen den verschiedenen Verkehrsarten des Eisenbahnverkehrs scheint daher jedenfalls auf der Planungsebene des Netznutzungskonzepts (vgl. E. 3.2.1 hiervor) unumgänglich.
3.4.3. Indem die Vorinstanz nach Darstellung des UVEK mit der angefochtenen Zwischenverfügung vom Netznutzungskonzept abweicht, nimmt sie - inhaltlich und zeitlich auf die vorsorgliche Anordnung beschränkt - zugleich eine Interessenabwägung vor, die jener des Bundesrats im Rahmen der Festlegung des Netznutzungskonzepts nicht in jeder Hinsicht entspricht. Allein darin liegt jedoch wie gezeigt noch keine Willkür (vgl. E. 3.3 hiervor). Angesichts dessen müsste das UVEK aufgrund seiner qualifizierten Rügepflicht (vgl. E. 2.1 hiervor) konkret und detailliert unter Einbezug der Kriterien nach <ref-law> und <ref-law> nachweisen, dass die vom Bundesverwaltungsgericht vorgenommene Interessenabwägung im Ergebnis schlechterdings unhaltbar ist (vgl. E. 3.3 hiervor), was ihm jedoch nicht gelingt. Namentlich ist aufgrund der Ausführungen des UVEK nicht schlüssig dargetan, dass der angefochtene, in seiner Tragweite beschränkte Zwischenentscheid geeignet ist, die mit der Totalrevision des Gütertransportgesetzes angestrebte, ausgeglichenere Behandlung von Güter- und Personenverkehr unmittelbar in Frage zu stellen.
3.4.4. Unter dem Gesichtspunkt des Willkürverbots nicht ersichtlich ist des Weiteren, aufgrund welcher Überlegungen die Sicherung mindestens einer Trasse pro Stunde und Richtung für den Güterverkehr aus den Vorgaben von <ref-law> bzw. <ref-law> und dem darauf basierenden Netznutzungskonzept ausnahmslos geboten sein soll. Das UVEK zeigt nicht substanziiert auf, inwieweit der angefochtene Entscheid in willkürlicher Weise den getätigten Investitionen (<ref-law>), der Kapazitätsplanung (<ref-law>) oder dem Bedürfnis nach abgestimmten Transportketten im Gütertransport (<ref-law>) widerspricht, die Grundlage für das Netznutzungskonzept bilden. Das gilt umso mehr, als die streitbetroffene Trasse im Netznutzungskonzept selbst nach der Darstellung des UVEK als Hybridtrasse im Sinne von <ref-law> bezeichnet wurde, was grundsätzlich eine wechselseitige Nutzung durch verschiedene Verkehrsarten des Eisenbahnverkehrs zuliesse. Die Zuteilung von Hybridtrassen an eine Verkehrsart verschiebt sich in diesem Fall auf die nachgelagerte Ebene des Netznutzungsplans (vgl. auch BAV, Netznutzungskonzept und Netznutzungsplan. Erläuterungen zu den einzelnen Bestimmungen, September 2016, S. 4; abrufbar unter <www.bav.admin.ch> unter Medienmitteilungen). Wieso die streitbetroffene Trasse nicht bereits im Netznutzungskonzept dem Güterverkehr zugeteilt wurde, obwohl nach dessen übrigen Vorgaben gemäss der Darstellung des UVEK gar kein Spielraum mehr für eine andere Gestaltung der Netznutzungspläne bestanden haben soll, wird in der Beschwerde nicht substanziiert aufgezeigt. Unter diesen Umständen liegt im Ergebnis keine offensichtlich unhaltbare Rechtsanwendung durch die Vorinstanz vor.
3.5. Nichts anderes ergibt sich mit Blick auf die Rüge des UVEK, das Bundesverwaltungsgericht greife willkürlich in das Ermessen des BAV ein. Im Rahmen der in <ref-law> festgelegten Kriterien kommt dem Bundesrat bei der Festlegung des Netznutzungskonzepts zweifellos ein nicht unerheblicher Planungsspielraum zu. Dieser ist von den Gerichten im konkreten Anwendungsfall ebenso zu respektieren wie das dem BAV verbleibende Ermessen als Genehmigungsinstanz für die Netznutzungspläne (<ref-law>; vgl. <ref-ruling> E. 4.1 S. 508 f.; <ref-ruling> E. 3 S. 39 f.). Selbst in Bereichen, in denen es sich bei den Vorinstanzen des Bundesverwaltungsgerichts um gesetzlich vorgesehene unabhängige Fachinstanzen mit besonderen Fachkenntnissen handelt und die Gerichte nur bei triftigen Gründen von der Beurteilung durch die zuständige Fachbehörde abweichen, steht das Gebot einer Respektierung dieses technischen Ermessens unter dem Vorbehalt sorgfältiger und umfassender Abklärungen sowie einer Prüfung aller wesentlichen Gesichtspunkte (vgl. <ref-ruling> E. 4.5.1 S. 466 mit Hinweisen). Ob die Behörden im Zusammenhang mit den Instrumenten des Netznutzungskonzepts und des Netznutzungsplans über ein technisches Ermessen im Sinne dieser Rechtsprechung verfügen, in das nur mit besonderer Zurückhaltung eingegriffen werden darf, muss an dieser Stelle nicht näher geprüft werden. Im Rahmen seiner qualifizierten Rügepflicht (vgl. E. 2.1 hiervor) weist das UVEK nicht konkret nach, welche Abklärungen und Gesichtspunkte den Planungsinstrumenten zugrunde liegen, die dem BAV als Grundlage für die streitbetroffene Verfügung dienten. Eine Gutheissung der Beschwerde wegen eines willkürlichen Eingriffs in das pflichtgemäss ausgeübte behördliche Ermessen durch das Bundesverwaltungsgericht scheidet daher aus.
4.
Nach dem Dargelegten ist die Beschwerde abzuweisen, soweit auf sie eingetreten werden kann. Das Gesuch des UVEK um Erteilung der aufschiebenden Wirkung wird mit diesem instanzabschliessenden Urteil gegenstandslos. Keine Folge ist bei diesem Verfahrensausgang dem Antrag der Beschwerdegegner zu geben, die gesamten Akten aus dem Verfügungsverfahren einzureichen. Gerichtskosten werden nicht erhoben (<ref-law>). Parteientschädigungen sind nicht geschuldet (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit auf sie einzutreten ist.
2.
Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
3.
Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten und dem Bundesverwaltungsgericht, Abteilung I, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 28. September 2018
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Seiler
Der Gerichtsschreiber: Fellmann