Faits :
A.
A.a. A._, né en 1957, a travaillé en qualité de maçon auprès de B._ SA. Il était à ce titre assuré obligatoirement contre le risque d'accident auprès de la Caisse nationale suisse d'assurance en cas d'accidents (CNA). Le 16 février 1980, il a été victime d'un accident en jouant au football, qui a entraîné une entorse du genou droit. La CNA a pris en charge le cas. Ensuite de plusieurs interventions chirurgicales, l'intéressé a repris son activité professionnelle jusqu'en 1989, puis a travaillé pour divers employeurs avant de fonder sa propre entreprise de maçonnerie en 2000. En 2002, il a annoncé une rechute sous forme d'une gonarthrose et n'a plus exercé d'activité professionnelle depuis lors.
A.b. Par décision du 2 septembre 2015, la CNA a alloué à l'assuré une rente d'invalidité fondée sur un taux de 14 % à compter du 1er septembre 2015 ainsi qu'une indemnité pour atteinte à l'intégrité (IPAI) correspondant à un taux de 27 %. En 2016, ensuite d'une expertise mise en oeuvre par l'assurance-invalidité, la prothèse du genou droit de l'intéressé a été remplacée par une prothèse d'un autre type; la CNA, admettant une rechute, a pris en charge l'intervention. L'assureur a confirmé sa décision du 2 septembre 2015 par décision sur opposition du 17 août 2016. Par jugement du 23 octobre 2017, la Cour des assurances sociales du Tribunal cantonal de la République et canton du Jura (ci-après: la Cour des assurances sociales) a admis le recours formé par l'assuré contre cette décision sur opposition et a renvoyé la cause à la CNA pour instruction complémentaire et nouvelle décision au sens des considérants, au motif que l'état de santé de l'assuré n'était pas stabilisé au moment où la décision sur opposition avait été rendue.
A.c. Sur la base d'un nouvel examen final effectué par le docteur C._, spécialiste en médecine interne générale, la CNA a, par décision du 4 juillet 2018 confirmée sur opposition le 18 mars 2019, octroyé à l'assuré une rente d'invalidité fondée sur un taux de 18 % dès le 1er mars 2018 et calculée en tenant compte d'un gain assuré de 51'733 fr. Le taux retenu résultait de la comparaison d'un revenu sans invalidité évalué à 79'040 fr. avec un revenu d'invalide de 64'945 fr. fixé sur la base des chiffres du niveau de compétence 2 de l'Enquête suisse sur la structure des salaires (ESS), en tenant compte d'un abattement de 10 % en raison des limitations fonctionnelles de l'assuré qui était réputé en mesure d'exercer une activité adaptée sous certaines conditions. Une IPAI fixée sur un taux de 36,68 % lui a par ailleurs été allouée.
B.
Saisie d'un recours de l'assuré contre la décision sur opposition en tant qu'elle portait sur la rente d'invalidité, la Cour des assurances sociales l'a partiellement admis par jugement du 9 juin 2020. Elle a réformé la décision en ce sens que l'assuré avait droit à une rente d'invalidité fondée sur un taux de 57 % - compte tenu d'un revenu sans invalidité de 141'424 fr. 65 et d'un revenu d'invalide de 60'276 fr. 90 fixé ensuite d'un abattement de 15 % - et calculée sur la base d'un gain assuré de 65'984 fr. 20. La cause a été renvoyée à la CNA pour qu'elle procède au calcul du montant de la rente.
C.
La CNA interjette un recours en matière de droit public contre ce jugement, en concluant à sa réforme en ce sens que l'assuré ait droit à une rente d'invalidité fondée sur un taux de 55 % (compte tenu d'un abattement de 10 %) et calculée sur la base d'un gain assuré de 51'733 fr.
L'intimé et la cour cantonale concluent au rejet du recours. L'Office fédéral de la santé publique a renoncé à se déterminer.

Considérant en droit :
1.
1.1. Le recours en matière de droit public (<ref-law>) est recevable contre les décisions qui mettent fin à la procédure (<ref-law>), contre les décisions partielles (<ref-law>) ainsi que contre les décisions préjudicielles et incidentes qui sont notifiées séparément et qui portent sur la compétence ou sur une demande de récusation (<ref-law>). Selon l'<ref-law>, les autres décisions préjudicielles et incidentes notifiées séparément peuvent faire l'objet d'un recours si elles peuvent causer un préjudice irréparable (let. a) ou si l'admission du recours peut conduire immédiatement à une décision finale qui permet d'éviter une procédure probatoire longue et coûteuse (let. b).
1.2. Les jugements qui renvoient la cause à l'autorité inférieure constituent des décisions incidentes car ils ne mettent pas fin à la procédure (<ref-ruling> consid. 1.2 p. 23 s.; <ref-ruling> consid. 1.3 p. 127; <ref-ruling> consid. 4 p. 480 ss). En revanche, lorsque l'autorité inférieure à laquelle la cause est renvoyée ne dispose plus d'aucune marge de manoeuvre parce que le renvoi ne porte que sur l'exécution (par simple calcul) des injonctions de l'autorité supérieure, le jugement constitue matériellement une décision finale (<ref-ruling> consid. 2.1 p. 45; <ref-ruling> consid. 1.4 p. 254 et les références). Tel étant le cas en l'espèce, le recours, déposé dans le délai (<ref-law>) et la forme (<ref-law>) prévus par la loi, est donc recevable.
2.
2.1. Le litige porte sur le point de savoir si la juridiction cantonale a violé le droit fédéral en fixant le taux d'abattement à prendre en considération dans le calcul du revenu d'invalide ainsi que le montant du gain assuré fondant le calcul du montant de la rente d'invalidité.
2.2. S'agissant d'une procédure concernant l'octroi de prestations en espèces de l'assurance-accidents, le Tribunal fédéral n'est pas lié par les faits établis par la juridiction précédente (<ref-law>).
3.
3.1. Selon l'<ref-law>, les prestations d'assurance sont allouées en cas d'accident professionnel, d'accident non professionnel et de maladie professionnelle. Si l'assuré est invalide (<ref-law> [RS 830.1]) à 10 % au moins ensuite d'un accident, il a droit à une rente d'invalidité (<ref-law>). Pour évaluer le taux d'invalidité, le revenu que l'assuré aurait pu obtenir s'il n'était pas invalide est comparé avec celui qu'il pourrait obtenir en exerçant l'activité qui peut raisonnablement être exigée de lui après les traitements et les mesures de réadaptation, sur un marché du travail équilibré (<ref-law>; méthode ordinaire de la comparaison des revenus).
3.2. Le revenu d'invalide doit être évalué avant tout en fonction de la situation professionnelle concrète de l'assuré. En l'absence d'un revenu effectivement réalisé - soit lorsque la personne assurée, après la survenance de l'atteinte à la santé, n'a pas repris d'activité lucrative ou alors aucune activité normalement exigible -, le revenu d'invalide peut être évalué sur la base de salaires fondés sur les données statistiques résultant de l'ESS ou sur les données salariales résultant des descriptions de postes de travail (DPT) établies par la CNA (<ref-ruling> consid. 2.3 p. 593 s.; <ref-ruling> consid. 5.2 p. 301). Aux fins de déterminer le revenu d'invalide, les salaires fixés sur la base des données statistiques de l'ESS peuvent à certaines conditions faire l'objet d'un abattement de 25 % au plus (<ref-ruling> consid. 4.2.3 p. 481 s.; <ref-ruling> consid. 5b/aa-cc p. 79 s.).
3.2.1. La mesure dans laquelle les salaires ressortant des statistiques doivent être réduits dépend de l'ensemble des circonstances personnelles et professionnelles du cas particulier (limitations liées au handicap, âge, années de service, nationalité/catégorie d'autorisation de séjour et taux d'occupation). Il n'y a pas lieu de procéder à des déductions distinctes pour chacun des facteurs entrant en considération. Il faut bien plutôt procéder à une évaluation globale, dans les limites du pouvoir d'appréciation, des effets de ces facteurs sur le revenu d'invalide, compte tenu de l'ensemble des circonstances du cas concret (ATF <ref-ruling> précité consid. 5b/bb p. 80; arrêts 8C_175/2020 du 22 septembre 2020 consid. 3.3; 8C_766/2017 du 30 juillet 2018 consid. 8.3.1).
3.2.2. L'étendue de l'abattement justifié dans un cas concret constitue une question typique relevant du pouvoir d'appréciation, qui est soumise à l'examen du juge de dernière instance uniquement si la juridiction cantonale a exercé son pouvoir d'appréciation de manière contraire au droit, soit si elle a commis un excès positif ("Ermessensüberschreitung") ou négatif ("Ermessensunterschreitung") de son pouvoir d'appréciation ou a abusé ("Ermessensmissbrauch") de celui-ci (<ref-ruling> consid. 4.2 p. 20; <ref-ruling> consid. 5.1 p. 72 s.), notamment en retenant des critères inappropriés, en ne tenant pas compte de circonstances pertinentes, en ne procédant pas à un examen complet des circonstances pertinentes ou en n'usant pas de critères objectifs (<ref-ruling> consid. 2.1 p. 181; <ref-ruling> consid. 1.2 p. 180).
3.2.3. Contrairement au pouvoir d'examen du Tribunal fédéral, celui de l'autorité judiciaire de première instance n'est pas limité dans ce contexte à la violation du droit (y compris l'excès ou l'abus du pouvoir d'appréciation), mais s'étend également à l'opportunité de la décision administrative ("Angemessenheitskontrolle"). En ce qui concerne l'opportunité de la décision en cause, l'examen porte sur le point de savoir si une autre solution que celle que l'autorité, dans un cas concret, a adoptée dans l'exercice de son pouvoir d'appréciation et en respectant les principes généraux du droit n'aurait pas été plus judicieuse quant à son résultat. A cet égard, le juge des assurances sociales ne peut pas, sans motif pertinent, substituer sa propre appréciation à celle de l'administration; il doit s'appuyer sur des circonstances de nature à faire apparaître sa propre appréciation comme la mieux appropriée (ATF <ref-ruling> précité consid. 5.2 p. 73 et l'arrêt cité).
3.3. Selon l'<ref-law>, les indemnités journalières et les rentes sont calculées d'après le gain assuré (al. 1); est déterminant pour le calcul des rentes le salaire que l'assuré a gagné durant l'année qui a précédé l'accident (al. 2, deuxième phrase; cf. également l'art. 22 al. 4, première phrase, OLAA [RS 832.202]). Le Conseil fédéral édicte des prescriptions sur le gain assuré pris en considération dans des cas spéciaux (al. 3). Faisant usage de cette délégation de compétence, le Conseil fédéral a édicté l'<ref-law> sous le titre marginal "Salaire déterminant pour les rentes dans des cas spéciaux". Selon l'<ref-law>, lorsque le droit à la rente naît plus de cinq ans après l'accident ou l'apparition de la maladie professionnelle, le salaire déterminant est celui que l'assuré aurait reçu, pendant l'année qui précède l'ouverture du droit à la rente, s'il n'avait pas été victime de l'accident ou de la maladie professionnelle, à condition toutefois que ce salaire soit plus élevé que celui qu'il touchait juste avant la survenance de l'accident ou l'apparition de la maladie professionnelle.
4.
Il convient de se pencher dans un premier temps sur la question du taux d'abattement applicable au salaire issu des données de l'ESS.
4.1.
4.1.1. Dans sa décision sur opposition, la recourante a fixé le revenu d'invalide en se référant aux statistiques de l'ESS et en prenant comme base les chiffres du niveau de compétence 2. Elle a procédé à un abattement de 10 % tenant compte des limitations fonctionnelles (concernant la position, la montée et la descente répétées d'escaliers ainsi que l'utilisation d'échelles) de l'intimé, en précisant que ce taux se justifiait "pour les cas - comme celui en l'espèce - ou même dans une activité légère non qualifiée, il subsist[ait] des limitations (...) ", pour aboutir à un revenu d'invalide de 64'945 fr.
4.1.2. Les juges cantonaux ont relevé que l'intimé était âgé de 60 ans et demi au moment déterminant et qu'il présentait des limitations fonctionnelles objectives dans les activités adaptées. Il n'avait plus exercé d'activité professionnelle depuis 2002 et avait dès lors été éloigné du marché du travail depuis presque 20 ans. En outre, il avait toujours travaillé dans le même secteur d'activité et n'avait aucune expérience dans les emplois qualifiés correspondant au niveau de compétence 2. Compte tenu des difficultés de réadaptation dans un emploi qualifié cumulées à ses limitations fonctionnelles, il convenait de procéder à un abattement de 15 %. Le revenu d'invalide s'élevait ainsi à 60'276 fr. 90. Mis en rapport avec le revenu sans invalidité de 141'424 fr. 65, il en découlait un taux d'invalidité de 57 %.
4.1.3. La recourante reproche à la juridiction cantonale d'avoir fixé le taux d'abattement en violation du droit fédéral. Les premiers juges auraient en effet retenu un critère inapproprié en prenant en considération les "difficultés de réadaptation" de l'intimé. Il en irait également ainsi du "long éloignement du marché du travail", qui ne constituerait pas un facteur pouvant être pris en compte. A ce titre, la dernière activité professionnelle de l'intimé n'avait duré que deux ans, ce qui ne saurait justifier un désavantage salarial par rapport aux autres employés du niveau de compétence 2. Au demeurant, le critère de l'éloignement du marché du travail aurait été pris en compte sur la base d'une constatation incomplète et erronée des faits; comme en attesteraient certaines pièces du dossier, les mesures de réadaptation mises en oeuvre par l'assurance-invalidité se seraient soldées par un échec en raison d'un manque de motivation de l'assuré et non à cause de conséquences accidentelles.
4.2. La recourante a retenu un taux d'abattement de 10 % en tenant compte uniquement des limitations fonctionnelles de l'intimé et en faisant référence à la pratique en matière d'activité non qualifiée. Pour les assurés dont sont exigibles des activités non qualifiées, à savoir du niveau de compétence 1 (tâches physiques ou manuelles simples), le salaire statistique est effectivement suffisamment représentatif de ce qu'ils seraient en mesure de réaliser en tant qu'invalides dès lors qu'il recouvre un large éventail d'activités variées et non qualifiées, ne requérant pas d'expérience professionnelle spécifique, ni de formation particulière, si ce n'est une phase initiale d'adaptation et d'apprentissage (arrêt 8C_175/2020 précité consid. 4.2). En d'autres termes, il n'y a pas lieu de prendre en considération d'autres critères d'abattement que celui des limitations fonctionnelles dans les cas où des activités non qualifiées sont exigibles de l'assuré. Le niveau de compétence 2, que la recourante a elle-même retenu, recouvre toutefois des emplois qualifiés, ce dont elle n'a pas tenu compte pour fixer le taux d'abattement. Dès lors que la cour cantonale a confirmé la prise en compte du niveau de compétence 2 et qu'elle a constaté que l'intimé n'avait aucune expérience dans les emplois qualifiés correspondant à ce niveau de compétence - ce qui n'est en soi pas contesté par la recourante -, on ne voit pas en quoi les juges cantonaux auraient commis un excès ou un abus de leur pouvoir d'appréciation (cf. consid. 3.2.2 supra) en augmentant pour ce motif le taux d'abattement de 10 à 15 %. L'appréciation de la cour cantonale apparaît d'autant moins critiquable que la recourante avait opéré un abattement de 10 % en considération d'une "activité légère non qualifiée" (cf. consid. 4.1.1 supra). Enfin, les pièces citées dans le recours ne permettent pas de retenir que l'absence d'une activité professionnelle depuis 2002 serait imputable à un manque de motivation de l'assuré. Le grief de la recourante s'avérant ainsi mal fondé, le revenu d'invalide ainsi que, par voie de conséquence, le taux d'invalidité retenus par la juridiction cantonale doivent être confirmés.
5.
Il sied dans un second temps d'examiner la question du gain assuré.
5.1.
5.1.1. Dans sa décision sur opposition, la recourante a retenu que l'intimé avait perçu une rémunération de 22'370 fr. durant l'année ayant précédé l'accident (du 16 février 1979 au 15 février 1980). Après indexation et adaptation à la période de calcul déterminante (du 1er mars 2017 au 28 février 2018 selon l'<ref-law>), il en résultait un gain annuel assuré de 51'733 fr.
5.1.2. Relevant que la recourante n'avait pas indiqué sur quelle pièce elle s'était basée pour retenir la rémunération de 22'370 fr. perçue durant l'année précédent l'accident, la cour cantonale s'est fondée sur la rémunération ressortant de la déclaration d'accident remplie par l'employeur, qui faisait état d'un revenu mensuel de 2100 fr., d'une allocation pour enfant de 65 fr. et d'un 13e salaire correspondant à 8 % du salaire; on aboutissait à un montant de 27'996 fr. Après indexation et adaptation à la période déterminante, le gain annuel assuré était de 65'984 fr. 20.
5.1.3. La recourante précise avoir calculé la rémunération perçue entre le 16 février 1979 et le 15 février 1980 sur la base de l'extrait de compte individuel de l'intimé, qui attestait de revenus déclarés de 23'000 fr. en 1979 et de 17'950 fr. en 1980; au prorata des jours de travail (319 jours en 1979 et 46 jours en 1980), on obtenait une rémunération de 22'370 fr. En présence de l'extrait de compte individuel qui se trouvait au dossier, les premiers juges auraient statué en violation du droit (<ref-law> et art. 61 let. c LPGA) en retenant une rémunération de 27'996 fr. sur l'année ayant précédé l'accident, dès lors qu'ils se seraient fondés pour ce faire sur le seul salaire annoncé par l'employeur, lequel n'était pas confirmé par pièce et était de surcroît infirmé par l'extrait de compte individuel qui attestait du salaire effectivement versé.
5.2. La critique de la recourante est justifiée. La force probante de la déclaration d'accident du 1er mars 1980 est faible en tant qu'elle porte sur la rémunération de l'intimé. Les données manuscrites inscrites par l'employeur sont peu lisibles, comportent une rature (le salaire mensuel a été corrigé) et sont peu claires voire incohérentes (une allocation journalière de 2450 fr. est évoquée). De surcroît, la période à laquelle le salaire se rapporte n'est pas précisée. Il convenait ainsi de se fonder, comme l'a fait la recourante, sur l'extrait de compte individuel de l'intimé, qui figure au dossier et dont la valeur probante apparaît supérieure à celle de la déclaration d'accident. Cet extrait émane en effet de la caisse de compensation et détaille les revenus précis pris en compte par la caisse chaque année, entre 1975 et 2000. Cela étant, c'est à raison que l'intimé souligne que son revenu déclaré pour l'ensemble de l'année 1980 a été "artificiellement tiré vers le bas" par le fait qu'il s'est retrouvé pendant plusieurs mois au bénéfice d'indemnités journalières. Dès lors, il convient par défaut de se baser uniquement sur le revenu de l'année 1979 pour déterminer le salaire annuel ayant précédé l'accident, à savoir 23'000 fr. Après indexation tenant compte de l'évolution des salaires (T39, hommes: 23'000 + 5.2 %, puis + 6.2, 7.1, 3.8, 2.7, 3.1, 3.5, 2.3, 3.4, 5.9, 7.2, 4.9, 2.6, 1.5, 1.1, 1.2, 0.4, 0.7, 0.1, 1.2, 2.5, 1.6, 1.3, 0.9, 0.9, 1.1, 1.6, 2.2, 2.1, 0.7, 1.0, 0.8, 0.8, 0.7, 0.3, 0.6 et 0.4 %), il en résulte un gain annuel assuré de 54'209 fr. 05.
6.
Il s'ensuit que le recours doit être partiellement admis en ce sens que le gain assuré est fixé à 54'209 fr. 05 (cf. consid. 5.2 supra). Le taux de 57 % sur lequel se fonde la rente d'invalidité, fixé par la juridiction cantonale, doit en revanche être confirmé (cf. consid. 4.2 supra).
7.
Vu l'issue du litige, les frais judiciaires seront répartis par moitié entre les parties (<ref-law>). En outre, l'intimé a droit à des dépens réduits (<ref-law>). La cause sera renvoyée à l'autorité cantonale pour nouvelle décision sur les dépens de la procédure précédente (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est partiellement admis. Le jugement de la Cour des assurances sociales du Tribunal cantonal de la République et canton du Jura du 9 juin 2020 est réformé en ce sens que A._ a droit dès le 1 er mars 2018 à une rente d'invalidité fondée sur un taux de 57 % et un gain annuel assuré de 54'209 fr. 05. Le recours est rejeté pour le surplus.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 800 fr., sont mis pour 400 fr. à la charge de la recourante et pour 400 fr. à la charge de l'intimé.
3.
La recourante versera à l'intimé la somme de 1400 fr. à titre de dépens pour la procédure devant le Tribunal fédéral.
4.
La cause est renvoyée à la Cour des assurances du Tribunal cantonal de la République et canton du Jura pour nouvelle décision sur les dépens de la procédure antérieure.
5.
Le présent arrêt est communiqué aux parties, à la Cour des assurances du Tribunal cantonal de la République et canton du Jura et à l'Office fédéral de la santé publique.
Lucerne, le 15 février 2021
Au nom de la Ire Cour de droit social
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Maillard
Le Greffier : Ourny