Erwägungen:
1.
Die Staatsanwaltschaft Baden erhob mit Anklageschriften vom 21. Dezember 2015 Anklage gegen A._ und zwei weitere Personen. A._ wurde wegen qualifizierten Raubes (Art. 140 Ziff. 1 und 2 StGB), falschen Zeugnisses, versuchter Begünstigung und Sachbeschädigung angeklagt. Das Bezirksgericht Baden sprach mit Urteilen vom 22. September 2016 die drei Angeschuldigten unter anderem des einfachen Raubes im Sinne von <ref-law> schuldig und bestrafte dabei A._ mit einer Freiheitsstrafe von vier Jahren. Gegen das Urteil des Bezirksgerichts Baden erhob A._ Berufung. Die Staatsanwaltschaft Baden erhob Anschlussberufung und beantragte, der Angeschuldigte sei nicht des einfachen Raubes, sondern des qualifizierten Raubes im Sinne von Art. 140 Ziff. 1 und 3 StGB schuldig zu sprechen. Das Obergericht des Kantons Aargau hob mit Beschluss vom 6. März 2018 die Urteile des Bezirksgerichts Baden vom 22. September 2016 betreffend die drei Angeschuldigten auf und wies die Angelegenheit im Sinne der Erwägungen zur Neubeurteilung an das Bezirksgericht Baden zurück. Das Obergericht verband die Aufhebung der Urteile mit der Weisung an die Vorinstanz, eine mögliche Tatverwirklichung des qualifizierten Raubes in den Varianten des Art. 140 Ziff. 1 und 3 und Art. 140 Ziff. 1 und 4 StGB zu prüfen. Um eine Überprüfung zu ermöglichen, habe die Vorinstanz der Staatsanwaltschaft Gelegenheit zu geben, die Anklage zu ändern bzw. zu ergänzen.
2.
A._ führt mit Eingabe vom 7. Mai 2018 Beschwerde in Strafsachen gegen den Beschluss des Obergerichts des Kantons Aargau vom 6. März 2018. Das Bundesgericht verzichtet auf die Einholung von Vernehmlassungen.
3.
3.1. Rückweisungsentscheide, mit denen die Sache zur neuen Entscheidung an die Vorinstanzen zurückgewiesen wird, schliessen das Verfahren nicht ab und sind daher grundsätzlich samt der darin getroffenen Regelung über Verfahrenskosten und Parteientschädigungen Zwischenentscheide, die - von hier nicht gegebenen Ausnahmen gemäss <ref-law> abgesehen - nur unter den Voraussetzungen von <ref-law> beim Bundesgericht angefochten werden können.
3.2. Die Beschwerde gegen den vorliegend selbständig eröffneten Zwischenentscheid ist nur zulässig, wenn dieser einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken kann (<ref-law>). <ref-law> ist im Strafrecht im Allgemeinen nicht anwendbar (<ref-ruling> E. 1.1 S. 291), ausserdem sind die entsprechenden Voraussetzungen vorliegend auch nicht gegeben. Die Eintretensvoraussetzungen von <ref-law> sollen das Bundesgericht entlasten, dieses soll sich möglichst nur einmal mit einer Sache befassen (<ref-ruling> E. 1.3.2 S. 34). Ist die Beschwerde gegen einen Zwischenentscheid gemäss <ref-law> nicht zulässig oder wurde von ihr kein Gebrauch gemacht, bleibt der Zwischenentscheid im Rahmen einer Beschwerde gegen den Endentscheid anfechtbar, sofern er sich auf dessen Inhalt auswirkt (<ref-law>).
3.3. Nach konstanter Rechtsprechung hat der Beschwerdeführer im Einzelnen darzulegen, inwiefern die Beschwerdevoraussetzungen nach <ref-law> erfüllt sind, ansonsten auf die Beschwerde mangels hinreichender Begründung nicht einzutreten ist (<ref-ruling> E. 1.1; <ref-ruling> E. 4; je mit Hinweisen). Bei blossen Rückweisungsentscheiden fehlt es in der Regel an einem nicht wieder gutzumachenden Nachteil im Sinne von <ref-law>. Es muss sich um einen Nachteil rechtlicher Natur handeln. Ein derartiger Nachteil liegt vor, wenn er auch durch einen für den Beschwerdeführer günstigen späteren End- oder anderen Entscheid nicht mehr behoben werden kann (<ref-ruling> E. 1 S. 291). In der blossen Verlängerung oder Verteuerung des Verfahrens liegt grundsätzlich kein Nachteil im Sinne von <ref-law> (<ref-ruling> E. 1.4 S. 24 f.).
3.4. Der Beschwerdeführer macht geltend, mit dem angefochtenen Beschluss sei das Berufungsverfahren unter Missachtung elementarster Verfahrensregeln beendet worden. Dadurch habe er das Recht auf Rückzug seiner Berufung verloren. Es komme hinzu, dass über sein Begehren, die Anschlussberufung der Staatsanwaltschaft als unzulässig zurückzuweisen, nicht entschieden worden es. Es sei daher unklar, ob das Verschlechterungsverbot gemäss <ref-law> im fortzuführenden Verfahren noch zu beachten sei.
Der Beschwerdeführer kann nach der angeordneten Neubeurteilung das Urteil des Bezirksgerichts Baden mit Berufung anfechten und die Angelegenheit schliesslich an das Bundesgericht weiterziehen. Spätestens vor Bundesgericht kann der Beschwerdeführer seine Rügen gegen den Rückweisungsbeschluss erneut vorbringen (<ref-law>). Es ist somit nicht ersichtlich, inwiefern der angefochtene Beschluss einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken kann.
3.5. Da die Beschwerdevoraussetzungen von <ref-law> offensichtlich nicht vorliegen, ist im vereinfachten Verfahren nach <ref-law> auf die Beschwerde nicht einzutreten.
4.
Angesichts der Aussichtslosigkeit des Verfahrens ist dem Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege und Beiordnung eines Rechtsbeistands nicht zu entsprechen (<ref-law>). Auf eine Kostenauflage kann indessen verzichtet werden (<ref-law>).

Demnach erkennt der Präsident:
1.
Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2.
Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird abgewiesen.
3.
Es werden keine Kosten erhoben.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien, der Staatsanwaltschaft Baden und dem Obergericht des Kantons Aargau, Strafgericht, 1. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 15. Mai 2018
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Merkli
Der Gerichtsschreiber: Pfäffli