Faits :
A.
A la suite de communications des 17 mars et 23 avril 2015 du Bureau de communication en matière de blanchiment d'argent - lui-même saisi par la banque A._ SA après l'identification d'opérations insolites notamment sur des comptes gérés par la société X._ -, le Ministère public de la République et canton de Genève instruit une enquête contre différentes personnes, dont les animateurs de la société susmentionnée, pour abus de confiance (<ref-law>), escroquerie (<ref-law>), gestion déloyale (<ref-law>), blanchiment d'argent (<ref-law>) et défaut de vigilance en matière d'opérations financières et droit de communication (<ref-law>).
Par lettre du 26 mai 2016, B._, entendu jusqu'alors en tant que témoin, a été convoqué en qualité de prévenu d'infraction à l'<ref-law>, sans mention de la période pénale, en lien avec les sociétés C._ Limited, D._ Limited, E._ Limited, F._ Limited, G._ Limited et H._ Limited. Figure au procès-verbal de l'audition du 26 juillet 2016 la mention suivante : "Les parties plaignantes admises à la procédure n'ont pas cette qualité en ce qui concerne les infractions reprochées ce jour à M. B._. L'attention de ce dernier est toutefois attirée sur le fait qu'un nombre considérable d'infractions ont été commises entre 2009 et 2015. Il a la qualité de prévenu pour certaines d'entre elles. Il a la qualité de personne appelée à donner des renseignements, respectivement de témoin, pour d'autres. Dès lors que, pour des motifs organisationnels évidents, toutes ces infractions sont instruites dans la même procédure, M. B._ se voit conférer le statut qui lui est procéduralement le plus favorable".
Le Procureur a ordonné, le 1er décembre 2016, à A._ SA de déposer l'intégralité des courriers électroniques (entrants, sortants et annexes) de B._ pour la période courant du 1er mai 2008 au 16 avril 2015, précisant que le tri serait effectué par les soins du ministère public. Le 19 suivant, B._, par le biais de son conseil, a demandé la mise sous scellés des éléments concernés par l'ordre de dépôt, vu l'assiette disproportionnée de celui-ci et le contenu privé de certains des courriers électroniques, ajoutant se tenir à disposition pour trier la documentation en concertation avec le Procureur. A._ SA a remis, le 20 décembre 2016, au Ministère public un disque dur externe, protégé par un mot de passe, et a demandé la mise sous scellés aux motifs que le support contiendrait des secrets de la banque, des données personnelles de ses clients et employés - non visés par la procédure -, ainsi que des communications étrangères à la cause; de plus, la période visée était pour partie antérieure aux premiers faits pénalement relevants et B._ n'avait été mis en prévention, au regard de l'<ref-law>, que s'agissant de quelques comptes définis. Le Ministère public a lancé une procédure de consultation des parties le 21 décembre 2016 s'agissant de la demande de mise sous scellés, respectivement sur la procédure à venir de levée de cette mesure. Par requête du 3 janvier 2017, le Procureur a conclu à la levée sans qu'il soit procédé à un quelconque tri des données; à titre subsidiaire, il a requis à être autorisé à participer à toute procédure de tri qui serait ordonnée, à inviter B._ et A._ SA à désigner précisément les pièces sur lesquelles les scellés devraient être maintenus, à être autorisé à consulter et à se déterminer sur ces documents, puis à ordonner la levée des scellés sur le support informatique joint au courrier de A._ SA le 20 décembre 2016.
Le 26 mai 2017, l'instruction pénale contre B._ a été étendue aux chefs de prévention de complicité d'escroquerie (art. 146 et 25 CP), ainsi que de blanchiment d'argent (<ref-law>) pour des actes commis le 1er avril 2014 s'agissant de transactions concernant le fonds I._ entre F._ Limited et R._ Limited, J._ Foundation, K._ Inc., L._ Limited, M._ Limited, N._ Limited, Q._ SA, P._ SA et O._ Limited.
B.
B.a. Par ordonnance du 10 février 2017, le Tribunal des mesures de contrainte de la République et canton de Genève (Tmc) a rejeté la demande du Ministère public du 3 janvier 2017 tendant à une levée en bloc des scellés, ainsi que celle visant à participer au tri des pièces. Le recours déposé contre cette décision a été déclaré irrecevable le 17 mars 2017 par le Tribunal fédéral, faute de préjudice irréparable (cause 1B_92/2017).
B.b. Le 14 février 2017, le Tmc a reçu le mot de passe du disque dur.
Par courrier du 24 mars 2017, le conseil de A._ SA a relevé que 73'600 éléments avaient été identifiés par tri selon des critères de recherches issus de la procédure (par exemple : X._, Y._, clients et prévenus parties à la procédure, numéros de comptes, etc.), ceux-ci pouvant ainsi être remis volontairement au Ministère public; en revanche, pour les autres éléments - contenus sur trois supports distincts -, la requête de levée des scellés devait être rejetée : le premier concernait B._, contenant des données de nature privée (5500); le deuxième traitait d'échanges avec des avocats (700), hormis les communications avec Me Z._, avocat d'une des parties lésées qui pouvaient donc être produites; et le troisième contenait des éléments sans aucun rapport avec la procédure en cours (160'500), étant cependant relevé que, si le périmètre de l'ordre de dépôt était large - étant ainsi impossible d'analyser le contenu du troisième disque élément par élément -, la banque, malgré des recherche déjà étendues, était prête à élargir son examen sur la base d'autres critères proposés en respect des secrets légitimes et du principe de proportionnalité.
Le 25 mars 2017, le Ministère public a persisté dans ses conclusions pour l'entier des supports informatiques remis. Le 28 suivant, le Procureur, ainsi que A._ SA ont encore déposé des déterminations complémentaires.
La banque a transmis, le 4 avril 2017, au Ministère public un disque dur contenant des échanges par courriers électroniques de B._ pour la période courant du 1er mai 2008 au 16 avril 2015, déterminés selon les critères identifiés par l'établissement dans ses lettres des 15 et 22 mars 2017.
B._ a déposé des observations le 23 juin 2017, concluant au rejet de la demande de levée de scellés et à la restitution des données relevant de sa sphère privée, couvertes par le secret professionnel de l'avocat ou étrangères à la procédure; il a en particulier soutenu que le Procureur était déjà nanti d'éléments potentiellement utiles à la manifestation de la vérité et que sa demande violait le principe de proportionnalité.
B.c. Le 3 novembre 2017, le Tmc a ordonné la levée des scellés sur 149 éléments de messagerie identifiés sur le support n° 3 et leur transmission au Ministère public (ch. 1); la levée des scellés sur 8 autres éléments de messagerie identifiés sur le support n° 3 a également été ordonnée, ainsi que leur transmission sous format papier et après caviardage des éléments étrangers à la procédure (ch. 2). Le tribunal a imparti un délai à A._ SA au 17 novembre 2017 pour indiquer les éléments du support n° 3 ne pouvant faire l'objet d'une décision de levée des scellés et pour motiver précisément le refus (ch. 3), ainsi que pour lui indiquer les mots de passe nécessaires à la lecture des trois messages en l'état non consultables (ch. 4); un même délai a été fixé au Ministère public pour remettre au tribunal les mots-clés utiles (ch. 5). Le Tmc a déclaré que le total des 157 messages - respectivement 160 messages après remise des mots de passe attendus - seraient remis au Ministère public à l'issue du délai de recours au Tribunal fédéral et, s'il y a recours, selon la décision prise par ce dernier (ch. 6). Le Tmc a enfin rejeté les demandes du Ministère public s'agissant de la consultation des pièces, ainsi que de sa participation à la procédure de tri (ch. 7).
Le tribunal a retenu l'existence de soupçons de la commission d'infractions notamment à l'encontre de B._ pour défaut de vigilance en matière d'opérations financières; celui-ci, en tant qu'employé de A._ SA, était en charge du suivi des comptes gérés par X._ depuis mai 2008 et jusqu'à sa suspension au printemps 2015 et l'instruction visait notamment à établir les responsabilités pénales au sein de l'entité susmentionnée. Le Tmc a ensuite relevé que tant la banque que son ex-employé avaient volontairement remis au Ministère public de nombreuses données, triées en particulier selon les personnes, sociétés ou numéros de comptes qui apparaissaient dans la procédure; ils avaient également demandé plusieurs fois au Procureur de fournir des mots-clés permettant de compléter les recherches informatiques. Relevant la perte de maîtrise par le Ministère public de la gestion du contenu des documents mis sous scellés, le tribunal a ensuite constaté que, dans ses déterminations, le Procureur s'en était tenu à sa position, à savoir la levée intégrale des scellés, sans procéder à un tri et sans fournir de mots-clés. Faute d'information, le Tmc avait dès lors consulté les supports et rendu une décision séparée concernant les supports n° 1 et n° 2.
S'agissant du support n° 3, le Tmc a constaté que A._ SA s'était limité à indiquer que son contenu concernait des éléments sans aucun rapport avec la procédure, mais que, compte tenu du volume (160'500 communications), il n'était pas possible d'en proposer une analyse élément par élément; ce faisant, la banque n'avait pas satisfait à son obligation de collaboration. Faute également d'indication du Ministère public d'élément de recherche précis, le tribunal ne pouvait que difficilement accomplir sa mission. Il avait cependant procédé à l'analyse du premier des huit sous-dossiers d'export, contenus dans le premier des trente dossiers d'export, en se basant uniquement sur le critère de l'utilité potentielle. Selon ses constatations, sur les 594 messages examinés, la levée des scellés pouvait être ordonnée intégralement sur 149 et avec caviardage des tiers non impliqués sur 8 éléments; 3 éléments - protégés par un mot de passe - n'étaient pas consultables, mais seraient traités dès réception du code. Pour le surplus, le Tmc a retenu que A._ SA devait procéder à un traitement nettement plus attentif ainsi que diligent - étant de plus au bénéfice d'un logiciel de tri et de recherche performant - et indiquer en substance précisément les éléments ne pouvant faire l'objet de la levée des scellés et/ou devant être caviardés; le Ministère public était également invité à transmettre une liste de mots-clés pertinents, respectivement selon le fil de l'instruction et la découverte d'éléments concrets, demander un nouveau tri.
C.
Par acte daté du 6 décembre 2017, le Ministère public forme un recours en matière pénale contre cette ordonnance, concluant à son annulation, à la levée intégrale des scellés apposés sur le support n° 3 et à sa remise en ses mains. A titre subsidiaire, il demande la levée intégrale des scellés apposés sur les 591 messages analysés par le Tmc et à leur remise en ses mains en format électronique original. Encore plus subsidiairement, il sollicite (i) l'obtention d'une copie complète du dossier de la procédure conduite devant le Tmc - ou pour le moins d'une copie des déterminations de B._ du 23 juin 2017, ainsi que de ses éventuelles annexes, et de celles déposées par A._ SA avec ses observations du 28 mars 2017 -, (ii) l'autorisation de se déterminer sur les documents procéduraux qu'il n'a pas pu consulter jusqu'alors, (iii) son admission à la procédure de tri des données du support n° 3 - à tout le moins sur les 591 messages analysés par le Tmc -, notamment lors de séances de tri dans les locaux du Tribunal fédéral et (iv), une fois ce processus accompli, le droit de se déterminer sur la levée des scellés, (v) la levée de ceux-ci sur les pièces non couvertes par un motif au sens de l'<ref-law> et (vi) leur remise en format électronique original.
A._ SA a conclu à l'irrecevabilité du recours, subsidiairement à son rejet. Quant à B._, il a conclu à l'irrecevabilité du recours et s'en est remis à justice sur le fond; il a cependant relevé qu'il n'avait pas été mis en possession des données en cause. Le Tmc n'a pas formulé d'observations, mentionnant que son dossier comportait la liste - numérotée - des mots-clés remis par le Ministère public le 16 novembre 2017. Le 31 janvier 2018, ce dernier a persisté dans ses conclusions.

Considérant en droit :
1.
Le Tribunal fédéral examine d'office sa compétence (<ref-law>) et contrôle librement la recevabilité des recours qui lui sont soumis (<ref-ruling> consid. 1 p. 358).
1.1. Conformément à l'art. 393 al. 1 let. c CPP, un recours n'est ouvert contre les décisions du Tmc que dans les cas prévus par ledit code. Aux termes de l'<ref-law>, cette juridiction statue définitivement sur la demande de levée des scellés au stade de la procédure préliminaire. Le code ne prévoit pas de recours cantonal contre les autres décisions rendues par le Tmc dans le cadre de la procédure de levée des scellés. La voie du recours en matière pénale au Tribunal fédéral est ainsi en principe directement ouverte contre de tels prononcés (art. 80 al. 2 in fine LTF; <ref-ruling> consid. 1 p. 465).
1.2. Le ministère public dispose en principe de la qualité pour recourir contre une décision maintenant partiellement ou intégralement des scellés (cf. art. 81 al. 1 let. a et b ch. 3 LTF; arrêts 1B_401/2017 du 6 mars 2018 consid. 1; 1B_297/2016 du 23 novembre 2016 consid. 1.1 et les arrêts cités).
1.3. Ne mettant pas un terme à la procédure pénale, la décision attaquée est de nature incidente. Le recours en matière pénale contre une telle décision n'est dès lors recevable qu'aux conditions de l'<ref-law>, soit en présence d'un préjudice irréparable (<ref-ruling> consid. 1 p. 465).
1.3.1. En matière d'administration des preuves, un tel préjudice doit être reconnu au ministère public lorsque, sans les moyens de preuve en cause, l'accusation risque d'être entravée au point de rendre impossible ou, à tout le moins, particulièrement difficile, la continuation de la procédure pénale. Tel n'est cependant pas le cas si le ministère public dispose d'autres mesures d'instruction pour continuer la procédure et, le cas échéant, rendre une ordonnance de mise en accusation. Il appartient dans tous les cas au ministère public d'alléguer et de démontrer la réalisation des conditions d'application de l'<ref-law> pour que son recours au Tribunal fédéral soit recevable (<ref-ruling> consid. 1.4 p. 292, 284 consid. 2.4 p. 287 s.). Il n'en va pas différemment en matière de levée des scellés (arrêts 1B_433/2017 du 21 mars 2018 consid. 1.8; 1B_401/2017 du 6 mars 2018 consid. 1; 1B_297/2016 du 23 novembre 2016 consid. 1.2; 1B_249/2015 du 30 mai 2016 consid. 2 non publié aux <ref-ruling>).
En particulier, ne causent pas de préjudice irréparable au sens de l'<ref-law> les décisions qui déterminent la procédure de tri car la question de la levée des scellés et de son ampleur n'est pas encore tranchée et ne le sera qu'ultérieurement (arrêt 1B_92/2017 du 17 mars 2017 et les arrêts cités).
1.3.2. En l'espèce, le Tmc a expliqué n'avoir examiné qu'un des 8 sous-dossiers dans le premier des 30 dossiers, soit 594 messages.
Il s'ensuit que pour 29 dossiers et les 7 autres sous-dossier contenus dans le dossier d'export examiné, aucune décision de levée ou de maintien des scellés n'a encore été prise; la décision entreprise tend uniquement à cet égard à organiser les modalités de la poursuite de l'instruction, notamment en invitant les parties à compléter en substance leurs explications (cf. ch. 3 et 5 du dispositif de l'ordonnance attaquée). Le recourant ne subit par conséquent aucun préjudice irréparable qu'un prononcé ultérieur ne pourrait pas réparer.
S'agissant du sous-dossier consulté, le recourant a obtenu la levée intégrale des scellés sur 149 éléments, ne subissant ainsi aucun préjudice irréparable sur ce point, dans la mesure d'ailleurs où il disposerait encore d'un intérêt juridiquement protégé - notamment actuel - à l'annulation ou à la modification de l'ordonnance attaquée sur cette question. L'autorité précédente a ensuite ordonné la levée partielle des scellés sur huit éléments (caviardage). Le recourant ne soulève aucune argumentation tendant à démontrer que cette limitation entraînerait d'importantes difficultés pour la poursuite de l'instruction (cf. <ref-law>). Un préjudice irréparable n'est pas non plus d'emblée manifeste, dès lors que la restriction ordonnée ne concerne en l'état que huit éléments. Le Tmc a enfin relevé qu'il n'avait pas pu consulter trois messages, ceux-ci étant protégés par un mot de passe; il a en conséquence imparti un délai à la banque intimée pour le lui fournir (cf. ch. 4 du dispositif de l'ordonnance attaquée). Contrairement à ce qui pourrait être compris à la lecture du prononcé entrepris, la question de la levée ou du maintien des scellés sur ces trois éléments n'est pas définitivement tranchée et devra faire l'objet d'une prochaine décision de la part du Tmc. Soutenir l'inverse exclurait toute possibilité de recours pour les parties concernées, que ce soit contre la levée - intégrale ou partielle - ou le maintien des scellés. Il s'ensuit que dans le cadre de la présente procédure, le recourant ne subit aussi aucun préjudice irréparable s'agissant de ces trois éléments, qui n'ont pas été écartés définitivement du dossier d'instruction.
En ce qui concerne enfin les autres éléments contenus dans le sous-dossier consulté (594 [total des messages compris dans le sous-dossier] - 149 [scellés levés] - 8 [scellés levés partiellement] = 437), le recourant soutient que le Tmc aurait refusé - certes implicitement - la levée des scellés sur ceux-ci. Le Tmc n'a toutefois pas ordonné la restitution de ce sous-dossier. Il a en outre retenu que le "troisième support de données devait faire l'objet d'un traitement nettement plus attentif et diligent de la part" de la banque intimée. Le Tmc a encore imparti à la banque intimée un délai pour compléter ses recherches pour "les éléments du support n° 3", respectivement au recourant pour produire une liste de mots-clés. Cela suffit pour comprendre que l'examen du Tmc, notamment en fonction des nouveaux critères qui lui seront transmis, portera sur l'ensemble des éléments figurant sur le support n° 3, à l'exception uniquement des 157 éléments pour lesquels la levée des scellés a été ordonnée intégralement ou partiellement. Pour ce même motif, le grief en lien avec un défaut de motivation sur les raisons ayant permis au Tmc d'écarter les 437 autres communications tombe à faux.
Partant, en l'état, le recourant ne subit aucun préjudice irréparable et le recours est irrecevable.
1.4. Dans la mesure où le recourant se plaint de violations de ses droits de partie, il y a toutefois lieu d'entrer en matière sur ce grief d'ordre formel (<ref-ruling> consid. 1.1 p. 5).
2.
Le recourant soutient que le Tmc l'aurait empêché de consulter le dossier de la procédure de levée des scellés.
Ce grief peut cependant, dans le cas d'espèce, être écarté. En effet, si tout échange d'écritures n'est pas d'emblée exclu, l'absence de transmission d'une partie ou de l'intégralité des observations déposées par ceux ayant sollicité la mise sous scellés résulte toutefois de la nature particulière de cette procédure. Celle-ci tend à assurer - temporairement au moins - que le contenu des pièces placées sous scellés, respectivement en conséquence celui des observations et/ou annexes y faisant référence, ne soit pas transmis aux autorités de poursuite pénale, dont fait partie le recourant (cf. <ref-law>; <ref-ruling> consid. 3.2.1 p. 376). Ce dernier ne conteste d'ailleurs pas avoir eu connaissance notamment des déterminations de la banque intimée, soit la détentrice des données placées sous scellés.
C'est le lieu également de rappeler qu'une participation d'un représentant du ministère public à la procédure de tri des pièces - coopération qui doit tendre avant tout à indiquer à l'autorité de tri des critères de recherche, notamment quant à la pertinence potentielle des pièces pour l'instruction - ne lui confère aucun droit de vérifier lui-même chaque document avant que l'autorité judiciaire ne se prononce. Une telle façon de procéder tendrait à contourner de manière inadmissible la protection voulue par la procédure de mise sous scellés. En tout état de cause, lorsque la pose de scellés a été requise, il n'appartient plus au ministère public d'examiner le bien-fondé des secrets et motifs invoqués par les requérants, constatation qui permet au demeurant de douter de la pertinence de la procédure de consultation effectuée par le recourant préalablement au dépôt de sa demande de levée des scellés.
Pour ces mêmes motifs, les requêtes du recourant tendant à l'obtention du dossier du Tmc, ainsi qu'à la mise en oeuvre d'un tri au cours de la procédure fédérale peuvent être rejetées.
3.
Il s'ensuit que le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
Il n'y a pas lieu de percevoir de frais judiciaires (<ref-law>). Les intimés, qui obtiennent gain de cause avec l'assistance d'un avocat, ont chacun droit à des dépens à la charge de la République et canton de Genève (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2.
Une indemnité de dépens, fixée à 2'000 fr., est allouée à l'intimé A._ SA à la charge de la République et canton de Genève.
3.
Une indemnité de dépens, fixée à 2'000 fr., est allouée à l'intimé B._ à la charge de la République et canton de Genève.
4.
Il n'est pas perçu de frais judiciaires.
5.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et au Tribunal des mesures de contrainte de la République et canton de Genève.
Lausanne, le 4 mai 2018
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Juge présidant : Karlen
La Greffière : Kropf