Faits :
A.
A._ est propriétaire de la parcelle n° 67 du registre foncier de la commune de Bussy-sur-Moudon, sise au chemin bbb. Colloquée en zone agricole selon le Règlement sur le Plan général d'affectation et la police des constructions de la commune de Bussy-sur-Moudon, du 31 octobre 1996 (ci-après: le RPGA ou le règlement communal), cette parcelle est en outre sise en "zone d'habitat traditionnellement dispersé" définie par le Plan directeur cantonal approuvé par le Conseil fédéral le 18 juin 2008 (PDCn et plus récemment: 4 ème adaptation du PDCn approuvée par le Conseil fédéral le 31 janvier 2018, mesure C23). A._ n'est pas exploitante agricole.
D'une surface de 7'452 m 2, ce bien-fonds supporte un bâtiment d'habitation de 180 m 2, le solde étant en nature de place-jardin pour 355 m 2et de pré-champ pour 6'917 m 2. Le bâtiment n'a plus d'usage agricole depuis les années 1960. Le bâtiment est longé au nord-ouest par une cour, bordé à l'ouest par une terrasse et un potager. Le bâtiment est occupé, d'ouest en est, par un appartement, puis par une partie atelier et chaufferie, la partie est étant constituée d'un garage, longé à l'est par une voie d'accès partant du chemin bbb. Le bâtiment d'habitation porte la note 4 au recensement architectural, depuis le 7 septembre 1994. Il ressort des photographies prises cette année-là que la façade était à l'époque revêtue d'un crépi blanc. Un hangar à machines était accolé au bâtiment, à l'est, comprenant une entrée du côté du chemin public et une entrée du côté sud-est. Les façades de la partie hangar étaient en bois et la toiture à un pan.
B.
En 2003, A._ a requis l'autorisation de faire des travaux de transformation de son bâtiment. Il s'agissait notamment d'étendre, dans les volumes existants, des surfaces habitables par la création d'un séjour et d'un sanitaire au rez-de-chaussée, et la création d'une salle de bain à l'étage. Le 4 février 2003, le Service de l'aménagement du territoire du canton de Vaud (le SAT, devenu le Service du développement territorial, le SDT) a précisé que, dans le calcul du potentiel d'agrandissement, les anciennes surfaces agricoles (grange, écurie, fenil, atelier, remise, etc.) n'étaient pas prises en compte. Le Service précité retenait en l'occurrence des surfaces habitables de 116.86 m 2et des surfaces annexes de 32.49 m 2, permettant un agrandissement de 70.12 m 2et de 19.49 m 2 pour les surfaces annexes. Dans une lettre du 18 mars 2003, le Service cantonal a notamment exposé que la reconstruction du hangar à machines sous forme de garage, de même que les locaux de stockage et de galetas nouvellement réalisés dans l'ancienne partie rurale du bâtiment ne pouvaient pas être admis; il a expliqué que le potentiel d'augmentation à disposition était aujourd'hui dépassé. Il a ajouté que ces locaux pouvaient être en revanche utilisés en l'état pour du stockage, à condition de n'avoir aucun lien direct avec le logement projeté.
Le 11 juin 2003, la Centrale des autorisations CAMAC du Département des infrastructures et des ressources humaines du canton de Vaud a établi une synthèse des autorisations spéciales cantonales et des préavis des services cantonaux concernés par le projet, dans laquelle le SAT a autorisé les travaux prévus.
C.
En avril 2016, A._, sous la plume de son ingénieur géomètre, a contacté le Service cantonal du développement territorial pour lui présenter un nouveau projet de transformation de son bâtiment. Le SDT a alors constaté l'existence de travaux non autorisés. Dans un courriel du 28 avril 2016, le SDT a relevé en particulier que les façades de la ferme avaient été recouvertes d'un crépi jaune vif et que les volets avaient été désinstallés, alors que la synthèse CAMAC ne comprenait pas d'autorisation en ce sens; en outre, le couvert à machines agricoles avait été fermé et était apparemment utilisé en tant que garage; l'aménagement de ce garage avait entraîné la création d'une nouvelle zone de circulation au nord-est et au sud-est du bâtiment; l'existence d'une fenêtre supplémentaire avait en outre été aménagée sur la façade sud-est.
A._ s'est déterminée le 13 juin 2016, faisant valoir que le crépi jaune avait été posé entre 2005 et 2006, avec autorisation orale du Municipal des bâtiments; les volets avaient été retirés au début des travaux de rénovation en 2003, mais il avait été prévu de les remplacer; la transformation du couvert agricole en garage avait été réalisée en 2008; la même année, une chambre à coucher supplémentaire avait été créée, pour laquelle une fenêtre supplémentaire avait été percée. A._ a en outre précisé que l'accès au garage était déjà existant sous la forme d'un empierrement, invisible en raison de la végétation, dès lors que la voie d'accès n'était plus utilisée depuis la fin de l'exploitation agricole dans les années 1960; la pose d'un "tout-venant" avait été réalisée en 2003, durant les travaux de rénovation. A._ a joint à ses déterminations une lettre de la Municipalité du 31 mai 2016, dans laquelle cette autorité confirmait qu'elle avait connaissance du remplacement de la paroi nord en bois par un mur en brique. A._ a aussi produit les plans d'architecte datés du 11 avril 2003 sur lesquels les modifications en cause avaient été reportées.
Le 15 septembre 2016, le SDT a transmis à l'intéressée un projet de décision concernant les travaux effectués sans autorisation, prévoyant notamment que le garage devrait être modifié pour retrouver la volumétrie d'origine de l'ancien hangar à machines agricoles, et que les voies d'accès au garage devraient être réduites pour que l'accès ne se fasse que par le côté nord-ouest directement situé le long du domaine public. Il lui a imparti un délai pour se déterminer, ce qu'elle a fait le 10 octobre 2016. A cette occasion elle a notamment indiqué que "ce couvert agricole se trouvait dans un état de délabrement tel qu'il ne pouvait être maintenu sans représenter un danger pour les enfants notamment".
Après qu'une rencontre a eu lieu avec A._ et son époux le 7 décembre 2016, le SDT a rendu la décision suivante, le 22 mars 2017:
" A. Travaux tolérés
1. Les travaux suivants ne peuvent pas être régularisés mais sont tolérés par souci de proportionnalité:
- Le changement de couleur des façades par la pose d'un crépi jaune vif.
- Le changement d'affectation de l'ancien hangar à machines agricoles en garage.
B. Demande de régularisation
2. Un dossier de demande de permis de construire concernant la création d'une chambre supplémentaire dans le volume de la ferme et la réalisation d'une fenêtre donnant sur cette chambre doit être soumis à la commune en vue de sa mise à l'enquête publique.
3. Le dossier devra être remis dans un délai au 31 août 2017.
4. Le projet devra comprendre un plan de situation et les plans d'architecte, conformément aux dispositions légales (art. 69 RLATC).
5. Le dossier suivra la procédure prévue aux art. 108 ss LATC, qui comprend une demande d'autorisation cantonale spéciale au SDT. Le dossier peut également être soumis au SDT pour préavis avant l'enquête publique. A défaut d'une demande d'autorisation de construire ou si celle-ci ne respecte pas les considérants de la présente décision, les travaux ne pourront pas être régularisés à l'issue de cette procédure et feront l'objet d'une décision de remise en état.
C. Mesures de remise en état des lieux
6. Les travaux suivants ne peuvent pas être régularisés et devront être remis en état:
- De nouveaux volets (de couleur brune) devront être posés en remplacement des volets verts déposés lors des travaux effectués en 2003.
- Le garage devra être modifié et réduit pour retrouver la volumétrie d'origine de l'ancien hangar à machines agricoles.
- Les voies d'accès au garage devront être réduites pour que l'accès ne se fasse que par le côté nord-ouest directement situé le long du domaine public.
D. Autres mesures
7. Une mention sera inscrite par notre service au Registre foncier précisant qu'en cas de détérioration ou de destruction, volontaire ou involontaire, du crépi jaune vif revêtant les façades du bâtiment ECA n° 83a, celui-ci ne pourra être remplacé mais devra être d'une teinte proche de la couleur blanche d'origine. En outre, cette mention précisera qu'en cas de destruction volontaire ou involontaire du garage situé sur la façade nord-ouest du bâtiment ECA n° 83a, ce volume ne pourra être utilisé que pour son affectation d'origine, soit pour du stockage.
8. L'éventuelle régularisation des constructions mentionnées sous let. B ci-dessus sera conditionnelle à la mention au Registre foncier de la charge d'habiter à l'année le logement sis sur la parcelle n° 67 de Bussy-sur-Moudon.
9. Un délai au 30 juin 2017 est imparti à la propriétaire pour procéder aux mesures de remise en état ordonnées sous ch. 6 ci-dessus.
10. Une séance de constat sera fixée, sur place, le 7 juillet 2017, à 9h00, en présence de la propriétaire. Cette séance sera conduite par le SDT. L'autorité communale est invitée à s'y faire représenter.
E. Exécution forcée
11. Au cas où les exigences formulées ci-dessus ne seraient pas remplies dans le délai prescrit, le département devra rendre une décision d'exécution par substitution et déposer contre la propriétaire une dénonciation pénale, selon l'art. 130 al. 2 in fine LATC. L'inscription d'une hypothèque légale en garantie des frais engagés sera requise."
D.
A._ a interjeté un recours contre la décision du 22 mars 2017 auprès de la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal du canton de Vaud (ci-après: le Tribunal cantonal). Celle-ci a procédé à une inspection locale le 9 novembre 2017. Par arrêt du 30 août 2018, le Tribunal cantonal a admis partiellement le recours, a réformé la décision du 22 mars 2017 en ce sens que la lettre C.6 point 2 est annulée et la lettre C.6. point 3 est réformée comme suit: les voies d'accès au garage devront être réduites à la largeur de passage d'un véhicule privé.
E.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public, l'Office fédéral du développement territorial demande au Tribunal fédéral d'annuler l'arrêt du 30 août 2018 en tant qu'il renonce à la suppression de travaux ou d'affectations non autorisés et non autorisables, de réformer la décision du 22 mars 2017 en ce sens que la suppression de tous les travaux et affectations non autorisés et non autorisables est ordonnée et que la suppression totale du garage notamment est ordonnée.
Le Tribunal cantonal renonce à se déterminer et se réfère aux considérants de son arrêt. Le Service du développement territorial renvoie à sa décision et s'en remet à justice pour le surplus. La Municipalité de Bussy-sur Moudon conclut au rejet du recours. L'intimée conclut à l'irrecevabilité de la conclusion du recours relative à la suppression totale du garage et à son rejet pour le reste. Un second échange d'écritures a eu lieu, au terme duquel les parties ont maintenu leurs positions. L'intimée a déposé d'ultimes observations le 13 mars 2019.

Considérant en droit :
1.
Dirigé contre un jugement pris en dernière instance cantonale (art. 86 al. 1 let. d LTF) dans le domaine du droit public des constructions et de l'aménagement du territoire (<ref-law>), le recours est en principe recevable comme recours en matière de droit public conformément aux <ref-law>, aucune des exceptions prévues à l'<ref-law> n'étant réalisée.
1.1. L'Office fédéral du développement territorial a la qualité pour recourir (<ref-law> en relation avec l'art. 48 al. 4 de l'ordonnance du 28 juin 2000 sur l'aménagement du territoire [OAT; RS 700.1]). Les conditions de légitimation de l'<ref-law>, en particulier la participation à la procédure devant l'instance précédente (<ref-law>), ne sont pas applicables au recours des autorités fédérales (cf. <ref-ruling> consid. 1.2 p. 363 et les arrêts et références cités). C'est pourquoi celles-ci ne sont pas soumises aux restrictions de l'objet du litige dans la procédure cantonale et sont habilitées, dans les limites de leur droit de recours, à déposer des conclusions nouvelles; elles peuvent en particulier requérir une reformatio in peius de la décision de première instance (cf. <ref-ruling> consid. 1.2 p. 363 s.), dont le contenu n'est porté à leur connaissance qu'après le jugement de la dernière instance cantonale (cf. art. 1 let. c et art. 2 let. d de l'ordonnance du 8 novembre 2006 concernant la notification des décisions cantonales de dernière instance en matière de droit public [RS 173.110.47]). Il s'ensuit que, dans le cas particulier, la conclusion tendant à ce que le rétablissement de l'état conforme au droit soit ordonné, sous la forme de la suppression totale du garage, est recevable.
Le droit d'être entendu de l'intéressée doit toutefois être respecté (art. 29 al. 2 Cst.; arrêts 1C_276/2016 du 2 juin 2017 consid. 1; 1C_189/2008 du 8 juillet 2008 consid. 1.2). En l'occurrence, l'intimée s'est déterminée sur le recours, ce qui satisfait à cette exigence.
1.2. En réponse au recours, l'intimée fait aussi valoir une série de griefs à l'encontre de l'arrêt attaqué (droit d'être entendu, application de l'<ref-law>, bonne foi). Faute d'avoir elle-même recouru contre cet arrêt, qui confirme l'impossibilité d'une régularisation en l'état actuel, l'intimée ne saurait revenir sur l'ensemble des questions qui y ont été définitivement réglées, et ne peut que répondre aux griefs de l'autorité recourante relatifs au rétablissement d'une situation conforme au droit.
2.
Il n'est pas contesté que la transformation du hangar en garage et la modification du chemin d'accès y relatif ne peuvent être régularisées en application des art. 24c LAT, 39 al. 1 et 42 OAT.
L'Office fédéral recourant critique la pesée des intérêts effectuée par le Tribunal cantonal et le SDT dans le cadre de l'application du principe de la proportionnalité. Il demande une reformatio in peius, en ce sens que le garage et les travaux d'accès à celui-ci, non autorisés et non autorisables, soient supprimés intégralement.
2.1. Lorsque des constructions ou des installations illicites sont réalisées en dehors de la zone à bâtir, le droit fédéral exige en principe que soit rétabli un état conforme au droit. Le principe de la séparation de l'espace bâti et non bâti, qui préserve différents intérêts publics, est de rang constitutionnel; il fait partie intégrante de la notion d'utilisation mesurée du sol de l'art. 75 al. 1 Cst. (cf. Message du Conseil fédéral du 20 janvier 2010 relatif à une révision partielle de la LAT, FF 2010 964 ch. 1.2.1 et 973 ch. 2.1; arrêts 1C_176/2016 du 10 mai 2017 consid. 7.1; 1C_109/2014 du 4 mars 2015 consid. 6.5; RUDOLF MUGGLI, Commentaire pratique LAT: construire hors zone à bâtir, 2017, n. 1 et 16 ad remarques préliminaires relatives aux art. 24 à 24e et 37a LAT; WALDMANN/HÄNNI, Handkommentar RPG, 2006, n. 14 ad art. 1 LAT; BRAHIER/PERRITAZ, LAT révisée, dézonage et indemnisation des propriétaires, 2015, p. 74; cf. également art. 14 al. 2, 16 al. 1, 22 al. 2 let. a et 24 ss LAT). Cette séparation doit par conséquent, en dehors des exceptions prévues par la loi, demeurer d'application stricte (<ref-ruling> consid. 6.4 p. 40; arrêt 1A.301/2000 du 28 mai 2001 consid. 6c publié in ZBl 2002 p. 364). Si des constructions illégales, contraires au droit de l'aménagement du territoire, sont indéfiniment tolérées en dehors de la zone constructible, le principe de la séparation du bâti et du non-bâti est remis en question et un comportement contraire au droit s'en trouve récompensé. S'ajoute à cela que la remise en état poursuit encore d'autres intérêts publics, à savoir la limitation du nombre et des dimensions des constructions en zone agricole (cf. <ref-ruling> consid. 6.4 p. 40; <ref-ruling> consid. 6b p. 225; arrêt 1A.301/2000 du 28 mai 2001 consid. 6c in ZBl 2002 p. 364) ainsi que le respect du principe de l'égalité devant la loi (arrêt 1C_276/2016 du 2 juin 2017 consid. 3.3).
C'est pourquoi, en règle générale, les constructions érigées sans droit en zone agricole doivent être supprimées, à moins que - à titre exceptionnel - l'écart constaté par rapport à ce qu'admet le droit se révèle mineur et qu'une remise en état ne soit pas dans l'intérêt public. La jurisprudence réserve encore les situations dans lesquelles le bénéficiaire de l'autorisation de construire frappée de nullité pouvait de bonne foi se croire autorisé à construire (<ref-ruling> consid. 6 p. 364 s.; <ref-ruling> consid. 6 p. 35).
2.2. En l'occurrence, il ressort du dossier que le hangar d'origine comportait deux ouvertures, alors que le garage qui le remplace ne comporte qu'une seule ouverture en façade sud. A la différence du hangar initial qui était en bois, le garage est en brique. Enfin, aux dires de la propriétaire, la toiture a été rehaussée de l'ordre de 0.70 m. Selon les photographies et les plans, la construction actuelle a supprimé les décrochements existants, créant ainsi une certaine unité de l'ensemble du bâtiment.
Le SDT a considéré que l'intérêt public à rétablir un état conforme au droit devait l'emporter sur l'intérêt privé de la propriétaire. Il a pris en compte le fait que la propriétaire avait mis sciemment l'autorité devant le fait accompli et ne pouvait se prévaloir de sa bonne foi. Il a ajouté que l'intérêt public à limiter l'assiette des dégagements et des voies d'accès en zone agricole et à faire respecter la séparation des milieux bâtis et non bâtis devait l'emporter. Il a ordonné la modification du garage et sa réduction pour retrouver la volumétrie d'origine de l'ancien hangar à machines agricoles.
Quant au Tribunal cantonal, il s'est fondé sur son inspection locale pour constater que le bâtiment comportait l'aspect tripartite des anciens bâtiments agricoles; celui-ci devrait être renforcé par le bardage en bois recouvrant le garage pour conserver l'aspect d'origine, prévu par la propriétaire. Il a ajouté que, malgré le rehaussement de la toiture et l'augmentation de son volume, le garage conservait un caractère d'annexe par rapport au bâtiment principal. Il a ainsi considéré que l'appréciation du SDT quant à l'ordre de remise en état du garage apparaissait disproportionnée, ce d'autant plus que la nouvelle affectation du garage était tolérée. Il a réformé la décision du SDT en ce sens que la remise en état du garage est annulée et que les voies d'accès au garage devront être réduites à la largeur de passage d'un véhicule privée.
L'Office fédéral recourant soutient au contraire qu'à partir du moment où le garage ne peut être autorisé a posteriori, il y a lieu d'ordonner sa démolition, ce d'autant plus que l'ancien hangar agricole était inutilisable. Il estime que l'écart constaté par rapport à ce qu'admet le droit n'est pas mineur. Il relève qu'il s'agit d'une nouvelle construction d'une surface de l'ordre de 52 m2 dépassant largement ce qui peut être admis au regard du droit et que la remise en état relève d'un intérêt public important à plusieurs égards. Il souligne encore que le SAT avait attiré l'attention de la propriétaire en 2003 sur le fait qu'un tel garage ne pourrait pas être autorisé.
L'intimée soutient pour sa part que la démolition du garage serait contraire au principe de la proportionnalité, compte tenu du fait que la modification du hangar n'est pas importante et de ce que le coût de la remise en état s'élèverait à 100'000 francs.
2.3. En l'occurrence, les travaux de transformation effectués sur le hangar litigieux situé en zone agricole ont pour conséquence de tolérer une nouvelle construction non agricole hors de la zone à bâtir; de par leur portée, ils ne sauraient être qualifiés de dérogation mineure au principe de séparation des zones constructibles et non constructibles (art. 75 al. 1 Cst. et 1 al. 1 LAT).
En outre, les intérêts publics lésés justifient le dommage que la remise en état causerait à la propriétaire. En effet, les règles relatives à la délimitation de la zone à bâtir, respectivement à la prohibition de construire hors des zones à bâtir, répondent à une préoccupation centrale de l'aménagement du territoire (art. 75 al. 1 Cst., 1 al. 1 LAT); l'intérêt public sur lequel elles sont fondées ne peut qu'être qualifié d'important. Il l'emporte sur l'intérêt privé purement financier de la propriétaire à s'opposer au rétablissement d'une situation conforme au droit (arrêts 1C_482/2017 du 26 février 2018 consid. 2.6.2; 1C_276/2016 du 2 juin 2017 consid. 3.3), même si l'intimée fait valoir que les frais de remise en état s'élèveraient à plus de 100'000 francs. Un tel motif financier ne saurait en soi faire échec à l'inconstructibilité de principe de la zone agricole.
Par ailleurs, l'intimée ne pouvait de bonne foi se croire autorisée à construire. Il n'est en effet pas contesté que vu les échanges entre le SAT et la propriétaire en 2003, celle-ci ne pouvait ignorer que les travaux réalisés hors de la zone à bâtir étaient soumis à autorisation spéciale de l'autorité cantonale. En particulier, par courrier du 18 mars 2003, le SAT avait expressément attiré l'attention de la propriétaire sur le fait que la transformation du hangar en garage excéderait le potentiel d'augmentation et que ce local pourrait être utilisé en l'état pour du stockage, à condition de n'avoir aucun lien avec le logement projeté.
De plus, l'intimée soutient que la démolition de cette annexe ferait perdre au bâtiment son identité, soit un bâtiment formé de trois corps, à l'instar de nombreuses fermes du canton de Vaud. S'agissant de l'atteinte à l'aspect tripartite de l'ancienne ferme, l'Office fédéral recourant soutient au contraire qu'il ressort du dossier que le bâtiment principal comportait, avant la rénovation, les trois parties de la ferme vaudoise traditionnelle et que le couvert n'était qu'une annexe qui n'avait rien à voir avec cette tripartie; en supprimant l'annexe, à savoir le garage, on ne supprimerait donc pas une partie de l'ancienne ferme tripartite. Cette argumentation peut être suivie. Le maintien du hangar n'est au demeurant pas imposé pour ses qualités historiques et architecturales, puisque le bâtiment en question ne porte que la note 4 (objet bien intégré) au recensement architectural.
Pour le reste, l'intimée soutient à tort que la modification du hangar conduirait à une augmentation peu importante de la surface (de 0.66 m 2) et du volume (de 10 m 3), puisque la création d'un garage, à la place d'un ancien couvert agricole, a pour conséquence d'augmenter la surface de 52,2 m 2.
S'ajoute à cela que le délai de péremption de trente ans auquel est soumise, selon la jurisprudence, la remise en état n'est pas échu en l'espèce (cf. <ref-ruling> consid. 6.3 p. 39; arrêt 1C_318/2013 du 10 décembre 2013 consid. 4.1.2 in SJ 2014 I 280 et les références citées).
2.4. Il résulte de ce qui précède que l'atteinte portée au principe cardinal de la séparation du territoire bâti et non bâti doit être qualifiée d'importante et que les intérêts privés de la propriétaire ne sauraient faire obstacle à la remise en état. Les instances précédentes ne pouvaient, sauf à violer le droit fédéral, renoncer au rétablissement d'une situation conforme au droit, s'agissant du garage et de son accès.
3.
Il s'ensuit que le recours de l'Office fédéral du développement territorial doit être admis. L'arrêt attaqué et la décision du SDT du 22 mars 2017 sont annulés, en tant qu'ils renoncent à la suppression du garage litigieux et de son accès. La cause est sur ce point renvoyée au SDT afin qu'il ordonne la suppression de cet ouvrage et en fixe les modalités, notamment s'agissant de la remise en état du sol.
Les frais judiciaires sont mis à la charge de l'intimée, qui succombe (<ref-law>). Il n'est pas alloué de dépens (<ref-law>). Il convient de renvoyer le dossier à la cour cantonale pour nouvelle décision sur les frais et dépens de la procédure cantonale.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est admis. La décision du 22 mars 2017 et l'arrêt attaqué sont annulés en tant qu'ils renoncent à la suppression du garage et à son accès; la cause est renvoyée au Service du développement territorial pour nouvelle décision au sens des considérants. La cause est renvoyée à la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal du canton de Vaud pour nouvelle décision sur les frais et dépens cantonaux.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 3'000 fr., sont mis à la charge de l'intimée.
3.
Le présent arrêt est communiqué à l'Office fédéral du développement territorial, au mandataire de l'intimée, à la Municipalité de Bussy-sur-Moudon, au Service du développement territorial et à la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal du canton de Vaud.
Lausanne, le 15 juillet 2019
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Chaix
La Greffière : Tornay Schaller