Faits :
A.
A.a. Par contrat hypothécaire cadre n° aaaaaa, signé le 26 février 2013, B._ SA (ci-après : B._) a octroyé à A._ un prêt hypothécaire de 4'300'000 fr., divisé en deux tranches à taux fixe de 2'000'000 fr. et 2'300'000 fr. L'échéance des deux tranches était prévue au 30 juin 2021, le paiement des intérêts étant semestriel au 30 juin et 31 décembre de chaque année. Les taux d'intérêts étaient de 2,90% l'an pour la tranche de 2'000'000 fr. et de 2,84% l'an pour la tranche de 2'300'000 fr. Il était précisé dans la convention de produit annexée au contrat relative à la tranche de 2'300'000 fr. que, pour cette tranche, il s'agissait d'un transfert d'un prêt accordé précédemment.
Le contrat hypothécaire cadre prévoyait que la créancière détenait ou acquérait la propriété d'une cédule hypothécaire au porteur de 1 er rang datée du 12 juillet 2011 de 2'000'000 fr., d'une cédule hypothécaire au porteur de 2 ème rang datée du 12 février 2007 de 1'540'000 fr. et d'une cédule hypothécaire au porteur en 2 èmeet parité de rang datée du 19 avril 2011 de 760'000 fr. Ces cédules grevaient la parcelle 2382 n° s 11 et 39 de la Commune de U._, à savoir un appartement en PPE sis route C._ à U._, propriété de A._.
Les conditions générales de B._ pour les prêts hypothécaires, version 11-2012, faisaient partie intégrante du contrat.
A.b.
A.b.a. Par courrier du 29 septembre 2016, B._ a mis en demeure A._ de lui verser, dans les dix jours, la somme de 72'410 fr. représentant les intérêts semestriels au 30 juin 2016, majorés des intérêts moratoires pour retard de paiement.
Le paiement requis n'étant pas intervenu, B._ a intenté à l'encontre de A._ une poursuite en réalisation d'un gage immobilier portant sur la somme de 72'410 fr. plus intérêts.
Le commandement de payer mentionnait comme titre de mainlevée les cédules hypothécaires au porteur de 2'000'000 fr. du 12 juillet 2011 en 1er rang, de 1'540'000 fr. du 12 février 2007 en 2 ème rang et parité de rang, et de 760'000 fr. du 19 avril 2011 en 2 ème rang et parité de rang, grevant les feuillets 2382-11 et 2382-39 de la Commune de U._, section V._.
A.b.b. A._ n'a pas fait opposition au commandement de payer précité, qui lui a été notifié le 21 novembre 2016. B._ a reçu de l'Office des poursuites de Genève (ci-après: office) la totalité du montant déduit en poursuite, par le biais du produit de la gérance légale mise en place par l'office.
A.c.
A.c.a. Par courrier du 24 octobre 2016, B._ a dénoncé le prêt hypothécaire pour le 30 avril 2017, en précisant que les cédules hypothécaires des 12 juillet 2011 (2'000'000 fr.) et 26 février 2013 (1'540'000 fr. et 780'000 fr.) étaient également dénoncées pour la même date.
Par courrier du 23 mai 2017, B._ a indiqué à A._ que le total dû au 30 avril 2017 était de 5'066'927 fr., comprenant 4'300'000 fr. en capital, 164'351 fr. 10 d'intérêts, 28'666 fr. 70 d'intérêts de retard, 572'909 fr. de pénalité de résiliation anticipée et 1'000 fr. de frais de l'office.
A.c.b. Sur réquisition de B._, l'office a notifié le 29 août 2017 à A._ un commandement de payer, poursuite en réalisation d'un gage immobilier n° bb bbbbbb b, portant sur les montants suivants (6 postes), augmentés de l'intérêt moratoire à 5% dès le 10 juin 2017 :
- 4'300'000 fr. à titre de " Capital des cédules hypothécaires au porteur de CHF 2'000'000.- du 12.07.2011 en 1er rang, de CHF 1'540'000.- du 12.02.2007 en 2 ème rang et parité de rang et CHF 760'000.- du 19.04.2011 en 2 ème rang et parité de rang grevant la parcelle 2382 feuillets 2382-11 et 2382-39 de la commune de U._, Section V._ " (poste 1);
- 572'909 fr. à titre de " Pénalité : résiliation anticipée avant échéance contractuelle du 30.06.2021 " (poste 2);
- 48'333 fr. 35 à titre d'intérêts hypothécaires aux 31 décembre 2016 et 30 avril 2017 à 2,90% sur 2'000'000 fr. (poste 3);
- 54'893 fr. 35 à titre d'intérêts hypothécaires aux 31 décembre 2016 et 30 avril 2017 à 2,84% sur 2'300'000 fr. (poste 4);
- 8'333 fr. 35 à titre d'" intérêts moratoires sur retard selon CGA 0,5% du capital " de 2'000'000 fr. (poste 5);
- 9'583 fr. 35 à titre d'" intérêts moratoires sur retard selon CGA 0,5% du capital " de 2'300'000 fr. (poste 6).
A._ a formé opposition audit commandement de payer.
B.
B.a.
B.a.a. Par acte expédié le 21 décembre 2017 au Tribunal de première instance de Genève (ci-après: tribunal), B._ a requis la mainlevée provisoire de l'opposition au commandement de payer précité.
Elle a produit les cédules hypothécaires suivantes:
- une cédule hypothécaire au porteur n° 2011/002983 de 2'000'000 fr. établie le 12 juillet 2011;
- une cédule hypothécaire au porteur n° 2013-2979 de 760'000 fr., établie le 26 février 2013, remplaçant une cédule n° 2010-4856; et
- une cédule hypothécaire au porteur n° 2013-2980 de 1'540'000 fr. établie le 26 février 2013, remplaçant une cédule n° 2007-171.
Les trois cédules susmentionnées indiquent que le créancier, lors de la délivrance, est le porteur et qu'un droit de gage collectif sur les immeubles PPE 2382-11 et PPE 2389-39 de la commune de U._-V._ est constitué en garantie du capital et des intérêts, conformément aux dispositions du code civil (<ref-law>).
B.a.b. Lors de l'audience du 5 mars 2018, A._ a fait valoir notamment que le numéro des trois cédules hypothécaires produites ne figurait pas dans le commandement de payer. B._ a alors exposé qu'à l'origine, A._ avait contracté deux prêts hypothécaires auprès d'elle avec différentes cédules hypothécaires. Pour l'un, l'objet du gage immobilier était l'appartement de la route C._ et pour l'autre, un appartement sis à la rue ( recte : avenue) D._. A._ avait souhaité vendre ce second logement rapidement. Pour lui éviter des pénalités importantes, elle avait accepté que les cédules hypothécaires en lien avec le second appartement soient reportées sur le premier prêt. Ainsi, le second immeuble en question avait été dégrevé des anciennes cédules et le deuxième prêt avait été reporté sur l'appartement de la route C._.
A._ n'a pas contesté les déclarations de B._ au sujet du dégrèvement et de l'extension des cédules hypothécaires de 1'540'000 fr. et de 760'000 fr.
B.a.c. Par jugement du 20 mars 2018, le tribunal a prononcé la mainlevée provisoire de l'opposition formée par A._ au commandement de payer, poursuite en réalisation d'un gage immobilier n° bb bbbbbb b, qui lui avait été notifié le 29 août 2017.
B.b.
B.b.a. Par acte expédié le 10 avril 2018 à la Cour de justice du canton de Genève (ci-après: cour), A._ a recouru contre ce jugement. Il a conclu à ce que la cour déclare fondée son opposition au commandement de payer, déboute B._ de toutes ses conclusions et dise en conséquence que la poursuite n° bb bbbbbb b n'ira pas sa voie.
B.b.b. Par arrêt du 19 juin 2017 ( recte : 2018), expédié le 6 juillet 2018, la cour a partiellement admis le recours et annulé le jugement attaqué dans la mesure où il prononçait la mainlevée provisoire à concurrence de la somme de 572'909 fr. avec intérêts à 5% dès le 10 juin 2017 (poste n° 2 du commandement de payer portant sur une pénalité en raison de la résiliation anticipée).
C.
Par acte posté le 10 septembre 2018, A._ interjette un recours en matière civile contre cet arrêt devant le Tribunal fédéral. Il conclut principalement à sa réforme en ce sens que son opposition au commandement de payer dans la poursuite n° bb bbbbbb b est déclarée fondée et que, en conséquence, cette poursuite n'ira pas sa voie. Subsidiairement, il conclut à son annulation. En substance, il invoque la violation des <ref-law> et 254 CPC. Il soutient aussi que l'arrêt attaqué ne satisfait pas aux exigences de l'<ref-law>.
Invitée à déposer des observations, l'intimée conclut principalement au rejet du recours et subsidiairement au prononcé de la mainlevée sur un montant de 2'000'000 fr. ainsi que 48'333 fr. 35 à titre d'intérêts hypothécaires et 8'333 fr. 35 à titre d'intérêts moratoires et frais de poursuite. L'autorité cantonale s'est référée aux considérants de l'arrêt attaqué.
Le recourant a répliqué spontanément en persistant dans ses conclusions. L'intimée a dupliqué spontanément en persistant également dans ses conclusions.
D.
Par ordonnance présidentielle du 27 septembre 2018, l'effet suspensif a été attribué au recours.

Considérant en droit :
1.
Le recours a été déposé en temps utile (art. 46 al. 1 let. b et 100 al. 1 LTF) à l'encontre d'une décision finale (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 1.1) rendue en matière de poursuite pour dettes (<ref-law>, en relation avec l'<ref-law>) par le tribunal supérieur d'un canton ayant statué sur recours (art. 75 al. 1 et 2 LTF); la valeur litigieuse de 30'000 fr. est atteinte (<ref-law>). Le recourant, qui a succombé devant la juridiction précédente, a qualité pour recourir (<ref-law>).
2.
2.1. Le recours en matière civile peut être interjeté pour violation du droit, tel qu'il est délimité par les art. 95 et 96 LTF. Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (<ref-law>), sans être lié ni par les moyens des parties ni par les motifs de l'autorité cantonale (<ref-ruling> consid. 1.3; <ref-ruling> consid. 1.4). Cela ne signifie pas qu'il examine, comme le ferait un juge de première instance, toutes les questions juridiques qui pourraient se poser. Compte tenu de l'obligation de motiver imposée par l'<ref-law>, il ne traite que les questions qui sont soulevées devant lui par les parties, à moins que la violation du droit ne soit manifeste (<ref-ruling> consid. 2; <ref-ruling> consid. 2; <ref-ruling> consid. 2.2). La partie recourante doit par conséquent critiquer les motifs de la décision entreprise et indiquer précisément en quoi il estime que l'autorité précédente a méconnu le droit (ATF <ref-ruling> consid. 2).
Par exception à la règle selon laquelle il applique le droit d'office, le Tribunal fédéral ne peut entrer en matière sur la violation d'un droit constitutionnel ou sur une question relevant du droit cantonal que si le grief a été expressément soulevé et motivé de façon claire et détaillée. La partie recourante doit donc indiquer quelle disposition constitutionnelle ou légale a été violée et démontrer, par une argumentation précise, en quoi consiste la violation (" principe d'allégation ", <ref-law>; <ref-ruling> consid. 1.2.2; <ref-ruling> consid. 3.3). Les critiques de nature appellatoire sont irrecevables (<ref-ruling> consid. 2.4).
2.2. Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>); le recourant ne peut critiquer les constatations de fait que si elles ont été établies de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'<ref-law>, et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (<ref-law>). Le recourant qui entend se plaindre d'un établissement manifestement inexact - c'est-à-dire arbitraire (art. 9 Cst.; <ref-ruling> consid. 4.1.2; <ref-ruling> consid. 1.5) - des faits doit se conformer au principe d'allégation sus-indiqué (cf. supra consid. 2.1), étant rappelé que l'appréciation des preuves ne se révèle arbitraire que si le juge n'a manifestement pas compris le sens et la portée d'un moyen de preuve, s'il a omis, sans raison sérieuse, de tenir compte d'une preuve propre à modifier la décision attaquée ou encore si, sur la base des éléments recueillis, il a effectué des déductions insoutenables (<ref-ruling> consid. 4.2 et les références); les critiques appellatoires sont irrecevables (<ref-ruling> consid. 2.3 et les références).
3.
Le recourant fait grief à l'autorité cantonale d'avoir violé l'<ref-law>. Selon lui, la décision ne comporte aucune discussion des pièces produites par les parties et il n'y a pas de correspondance entre un fait et une pièce. Il considère que l'état de fait est dès lors incompatible avec les exigences de cette norme.
3.1. L'<ref-law> s'adresse aux autorités qui précèdent le Tribunal fédéral et se recoupe avec le droit à une motivation suffisante, tel qu'il découle du droit d'être entendu garanti par les art. 29 al. 2 Cst. et 6 par. 1 CEDH, de sorte que la critique du recourant ne sera examinée que sous cet angle (arrêt 5A_998/2018 du 25 février 2019 consid. 3.1).
Selon la jurisprudence, la motivation doit permettre au destinataire de comprendre la décision et de la contester utilement s'il y a lieu et à l'autorité de recours d'exercer son contrôle. Une décision doit ainsi clairement exposer sur quel état de fait le tribunal s'est fondé et quelles réflexions juridiques il en a tiré, de manière à ce que l'intéressé puisse se rendre compte de la portée de celle-ci et l'attaquer en connaissance de cause (<ref-ruling> consid. 1.2.1; <ref-ruling> consid. 2.2).
3.2. En l'espèce, l'arrêt attaqué ne procède manifestement à aucune violation du droit d'être entendu. En effet, on comprend parfaitement la chronologie des évènements et les faits que l'autorité cantonale a retenus des pièces du dossier, soit notamment le contrat hypothécaire et ses conditions générales, les cédules hypothécaires, le commandement de payer, ainsi que des déclarations des parties en audience devant le premier juge. Il résulte d'ailleurs de la motivation de son acte que le recourant a parfaitement été en mesure de saisir ce que l'autorité précédente a en définitive retenu sur les points de fait décisifs et, sur cette base, d'attaquer valablement la décision attaquée. Le moyen doit en conséquence être écarté.
4.
4.1. L'autorité cantonale a établi en fait qu'en relation avec les dates des cédules hypothécaires, l'intimée avait déclaré en audience devant le premier juge que, à l'origine, le recourant avait contracté deux prêts hypothécaires auprès d'elle, avec différentes cédules hypothécaires. Pour l'un, l'objet du gage immobilier était l'appartement de la route C._ et pour l'autre un appartement sis à l'avenue D._. Le débiteur avait souhaité vendre ce second logement rapidement. Pour lui éviter des pénalités importantes, l'intimée avait accepté que les cédules hypothécaires en lien avec le second appartement soient reportées sur le premier prêt. Ainsi, le second immeuble en question avait été dégrevé des anciennes cédules et le deuxième prêt avait été reporté sur l'appartement de la route C._. L'autorité cantonale a relevé que le recourant n'avait pas contesté les déclarations de l'intimée au sujet du dégrèvement et de l'extension des cédules hypothécaires de 1'540'000 fr. et de 760'000 fr.
En droit, l'autorité cantonale a tout d'abord jugé qu'il résultait des explications fournies par l'intimée lors de l'audience du tribunal de première instance, non contestées par le recourant, que les cédules hypothécaires des 12 février 2007 et 18 avril 2011 avaient été reportées sur les parts de copropriété par étages précitées. Les deux cédules litigieuses indiquaient d'ailleurs qu'elles remplaçaient des anciennes cédules. De plus, la tranche de prêt de 2'300'000 fr. représentait un transfert de prêt. Ainsi, le recourant pouvait et devait comprendre que les trois cédules hypothécaires concernées étaient celles émises respectivement le 12 juillet 2011 et le 26 février 2013. Il admettait d'ailleurs que les deux cédules litigieuses n'existaient plus. L'autorité cantonale a ajouté à cet égard que le recourant n'avait de plus pas fait opposition au commandement de payer qui lui avait été notifié le 21 novembre 2016, en relation avec les intérêts hypothécaires semestriels et les intérêts moratoires au 30 juin 2016, alors même que ce commandement de payer mentionnait, outre la cédule du 12 juillet 2011, les deux cédules hypothécaires annulées et remplacées par celles délivrées le jour de la signature du contrat de prêt. Elle en a ainsi conclu qu'il y avait identité entre les prétentions déduites en poursuite et les titres produits.
Ensuite, l'autorité cantonale a considéré qu'en acceptant la clause contenue dans l'art. 3 par. 4 des conditions générales intégrées au contrat de prêt, le recourant avait reconnu la dette personnelle incorporée dans les cédules hypothécaires transférées à l'intimée à titre de sûretés. Le contrat hypothécaire prévoyait donc expressément le transfert des cédules aux fins de garantie, clause contresignée par le recourant, qui se reconnaissait ainsi débiteur des titres cédés à la créancière.
En revanche, l'autorité cantonale a retenu que, dans la mesure où la créance de 572'909 fr., figurant au poste n° 2 du commandement de payer, n'était pas instrumentée dans les titres, les cédules hypothécaires ne valaient pas titre de mainlevée pour la créance désignée comme pénalité.
4.2. Le recourant se plaint de la violation des <ref-law> et 254 CPC.
Tout d'abord, il soutient que, dans la procédure de mainlevée, seule la production de titres est admise; or, l'autorité cantonale a établi non sur la base de titres mais sur celle des déclarations de l'intimée des éléments essentiels de la cause, notamment que deux des cédules avaient été reportées sur ses parts de copropriété par étages.
Ensuite, il invoque l'absence d'identité entre les prétentions déduites en poursuite et les titres produits. A cet égard, il soutient que l'intimée n'a produit aucun extrait du registre foncier ni aucun document permettant d'établir la propriété et les gages actuels sur les parts de copropriété de sorte que l'autorité cantonale ne pouvait pas retenir que les cédules déduites en poursuite grevaient actuellement les parts de copropriété lui appartenant. Il souligne que les cédules mentionnées dans le commandement de payer et les copies de celles produites à l'appui de la requête de mainlevée présentent des différences, soit que la réquisition de poursuite désigne des cédules établies le 19 avril 2011 et 12 février 2007 sans indication de numéro alors que celles produites ont été établies le 26 février 2013 et portent les numéros 2013/2979 et 2013/2980; pour la dernière cédule, il précise que la réquisition de poursuite ne mentionne aucun numéro de cédule alors que celle produite, établie le 12 juillet 2011, porte le numéro 2011/002983 de sorte que l'on ne peut pas déterminer s'il n'y en a qu'une ou plusieurs du même montant établies le même jour. Il ajoute que l'autorité cantonale a retenu qu'il devait comprendre que les cédules concernées étaient celles émises les 12 juillet 2011 et 26 février 2013, alors que non seulement cette question n'est pas pertinente mais que, dans tous les cas, ce constat est en contradiction avec les pièces du dossier. Le recourant avance sur ce point qu'il n'est pas possible, sur la base des documents produits par l'intimée, de comprendre que les cédules datées du 26 février 2013 remplacent celles des 12 février 2007 et 18 avril 2011 vu que la poursuite n'indique pas le numéro des cédules et que le contrat hypothécaire daté du 26 février 2013 ne mentionne que les cédules de 2007 et 2011. Il ajoute encore que s'il admet effectivement que ces deux cédules n'existent plus, cette constatation doit uniquement conduire à admettre que la poursuite doit être recommencée sur la base du gage existant, et que le fait qu'il n'ait pas fait opposition dans la poursuite visant les intérêts hypothécaires ne peut emporter reconnaissance d'un droit quelconque de sa part.
Enfin, le recourant soutient que, conformément à l'<ref-ruling>, la poursuivante aurait dû produire une copie légalisée de l'acte constitutif dans lequel la dette était reconnue. Il estime que c'est à tort que l'autorité cantonale a retenu qu'une convention de sûretés signée par lui suffisait à cet égard. Il ajoute que le prétendu accord de sûretés ne mentionne que les cédules de 2007 et 2011, dont deux ont été annulées, et non les cédules de 2013. Selon lui, c'est donc aussi à tort que l'autorité cantonale a retenu l'existence d'un accord de sûretés dès lors que le contrat hypothécaire n'incorpore pas l'acte de cession des cédules aux fins de garantie, le texte même de la clause " Garanties " indiquant que la cession résulte d'un autre document, à conclure dans le futur. S'agissant de l'art. 3 par. 4 des conditions générales, il soutient que l'interprétation de l'autorité cantonale est erronée étant donné que, par cette clause, le débiteur s'engage à reconnaître les droits des créanciers gagistes antérieurs au prêteur. Il conclut qu'aucune pièce du dossier ne le lie aux cédules produites, ni celles-ci ni le contrat hypothécaire n'établissant l'identité du débiteur des cédules hypothécaires dont l'intimée se prévaut.
5.
La première question qui se pose est celle des moyens de preuve sur lesquels le juge de la mainlevée peut se fonder pour établir si le poursuivant est au bénéfice d'un titre de mainlevée provisoire.
5.1. En vertu de l'<ref-law>, le créancier dont la poursuite se fonde sur une reconnaissance de dette constatée par acte authentique ou sous seing privé peut requérir la mainlevée provisoire (al. 1); le juge la prononce si le débiteur ne rend pas immédiatement vraisemblable sa libération (al. 2).
La procédure de mainlevée provisoire est une procédure sur pièces ( Urkundenprozess), dont le but n'est pas de constater la réalité de la créance en poursuite, mais l'existence d'un titre exécutoire. Le juge de la mainlevée examine uniquement la force probante du titre produit par le poursuivant, sa nature formelle, et lui attribue force exécutoire si le poursuivi ne rend pas immédiatement vraisemblables ses moyens libératoires (<ref-ruling> consid. 4.1).
La procédure de mainlevée provisoire n'a un caractère sommaire au sens propre (sur cette notion: <ref-ruling> consid. 4.3.2 et les références) qu'en ce qui concerne les objections, que le débiteur a seulement à rendre vraisemblables, en principe par titre (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 4.1; <ref-ruling> consid. 4.1.2), d'autres moyens de preuves immédiatement disponibles n'étant pas exclus (<ref-ruling> consid 4.1.2). Il est inhérent à l'objet de la procédure de mainlevée que les moyens de preuve que le créancier peut faire valoir pour obtenir la mainlevée sont limités à certains titres définis par la loi (art. 80 al. 1 et 82 al. 1 LP; STOFFEL/CHABLOZ, Voies d'exécution, 3ème éd., 2016, § 4 n°85). Ce n'est que pour les moyens libératoires du débiteur que d'autres moyens de preuve que le titre ne sont pas exclus, la nature même du moyen libératoire invoqué pouvant toutefois exiger la preuve par titre (arrêt 5A_467/2015 du 25 août 2016 consid. 4.5.3, publié in SJ 2016 I p. 481 et RtiD 2017 I p. 733 [objection de compensation]). Le poursuivant ne peut donc pas convaincre le juge qu'il bénéficie d'une reconnaissance de dette valant titre de mainlevée en offrant d'autres preuves que ce titre lui-même, notamment son interrogatoire ou un témoignage.
5.2. En l'espèce, en tant que l'autorité cantonale s'est fondée sur les déclarations de l'intimée en audience devant le premier juge en relation avec les dates des cédules hypothécaires (cf. supra B.a.b) et sur le fait que le recourant n'avait pas fait opposition au commandement de payer qui lui avait été notifié le 21 novembre 2016 concernant les intérêts hypothécaires et moratoires pour retenir que l'intimée est au bénéfice d'un titre de mainlevée provisoire, elle a violé l'<ref-law>. De tels moyens de preuve ne peuvent pas pallier l'absence d'une reconnaissance de dette revêtant les caractéristiques d'un titre de mainlevée, qui doit obligatoirement être produit pour obtenir la mainlevée de l'opposition.
Il reste toutefois à déterminer si l'autorité cantonale pouvait parvenir à ce même résultat sur la base des seuls documents produits par l'intimée devant le premier juge, étant précisé que le recourant conteste l'existence d'un tel titre en raison du défaut d'identité entre les cédules produites à l'appui de la requête de mainlevée et celles mentionnées dans le commandement de payer.
6.
La seconde question qui se pose est ainsi celle de savoir si la poursuivante a produit un titre valant reconnaissance de dette, notamment quant à l'identité entre les prétentions déduites en poursuite et les documents produits.
6.1.
6.1.1. Le commandement de payer doit contenir les indications prescrites par la loi. A teneur des art. 69 al. 2 ch. 1 et 67 al. 1 ch. 4 LP, il s'agit, entre autres indications, du titre, soit par exemple un jugement ou un contrat, et de la date de la créance ou, à défaut, de la cause de l'obligation, soit la source de l'obligation (arrêt 5A_169/2009 du 3 novembre 2009 consid. 2.1).
L'une des fonctions des indications contenues dans le commandement de payer est de répondre à un besoin de clarté et d'individualiser la prétention réclamée par voie d'exécution afin que le poursuivi puisse prendre position (<ref-ruling> consid. 2.2.2 et les références; arrêts 5A_8/2016 du 21 juin 2016 consid. 4.2; 5A_1001/2015 du 22 juin 2016 consid. 5.3.2, publié in BlSchK 2018 p. 4). Toute périphrase relative à la cause de la créance, qui permet au poursuivi, conjointement avec les autres indications figurant sur le commandement de payer, de reconnaître la somme déduite en poursuite, suffit. En d'autres termes, le poursuivi ne doit pas être obligé de faire opposition pour obtenir, dans une procédure de mainlevée subséquente ou un procès en reconnaissance de dette, les renseignements sur la créance qui lui est réclamée. Lorsque la cause de la créance est reconnaissable pour le poursuivi en raison de l'ensemble de rapports étroits qu'il connaît, il suffit que la cause de la créance soit exprimée succinctement en vertu du principe de la bonne foi, qui doit aussi être observé dans le droit de l'exécution forcée (<ref-ruling> consid. 2a et b; arrêt 5A_169/2009 précité).
6.1.2. Pour que la mainlevée provisoire soit prononcée (<ref-law>), il faut que le poursuivant soit au bénéfice d'une reconnaissance de dette qui, outre les caractéristiques relatives à l'obligation de payer du débiteur, réunisse les trois identités, soit l'identité entre le poursuivant et le créancier désigné dans ce titre, l'identité entre le poursuivi et le débiteur désigné, et l'identité entre la prétention déduite en poursuite et le titre qui lui est présenté (<ref-ruling> consid. 4.1.1; arrêt 5A_58/2015 du 28 avril 2015 consid. 3, non publié aux <ref-ruling>).
Le juge de la mainlevée statue sur l'existence de ce titre de mainlevée au sens de l'<ref-law> et sur la vraisemblance des moyens libératoires du débiteur; il ne prononcera pas la mainlevée, notamment, s'il y a absence manifeste d'identité entre la créance et le titre (arrêt 5A_169/2009 du 3 novembre 2009 consid. 2.1 et les références). Ainsi, si le montant est dû en vertu d'un autre titre que celui indiqué dans le commandement de payer, la mainlevée doit être rejetée (arrêt 5A_1001/2015 du 22 juin 2016 consid. 5.3.2, publié in BlSchK 2018 p. 4). En revanche, il ne lui appartient pas de vérifier si le créancier, le débiteur ou la créance sont désignés correctement dans le commandement de payer (arrêt 5A_169/2009 précité).
6.1.3. Comme dit précédemment, la procédure de mainlevée n'a un caractère sommaire au sens propre qu'en ce qui concerne les moyens libératoires du débiteur (cf. supra consid. 5.1). Par conséquent, s'agissant de l'existence du titre de mainlevée, l'application de la procédure sommaire (<ref-law>) n'implique pas en soi un abaissement du degré de la preuve à la simple vraisemblance. Le degré de preuve requis est donc, à cet égard, celui de la preuve stricte (<ref-ruling> consid. 4.1.4).
Par ailleurs, la procédure de mainlevée d'opposition est soumise à la maxime des débats (<ref-law>, <ref-law> a contrario; arrêt 5A_734/2018 du 4 décembre 2018 consid. 4.3.5 et les références). En conséquence, chaque partie doit contester les faits allégués par sa partie adverse.
La question de savoir si et dans quelle mesure un fait est contesté est une question qui relève de la constatation des faits. Le défendeur peut en principe se contenter de contester les faits allégués, puisqu'il n'est pas chargé du fardeau de la preuve. Dans certaines circonstances exceptionnelles, il est toutefois possible d'exiger du défendeur qu'il concrétise sa contestation (charge de la motivation de la contestation), de façon que le demandeur puisse savoir quels allégués précis sont contestés et, partant, puisse faire administrer la preuve dont le fardeau lui incombe; plus les allégués du demandeur sont motivés, plus les exigences de contestation de ceux-ci par la partie adverse sont élevées (arrêt 4A_487/2018 du 30 janvier 2019 consid. 4.2.1 et les références).
6.1.4. Dans la poursuite en réalisation de gage immobilier pour la créance abstraite, la cédule hypothécaire au porteur, en tant que titre public (<ref-law>), est une reconnaissance de dette au sens de l'<ref-law> et vaut titre de mainlevée pour toute la créance instrumentée dans le titre (<ref-ruling> consid. 3; arrêt 5A_734/2018 précité consid. 4.3.2 et les autres références). En effet, le débiteur s'engage non seulement à ne pas exécuter la prestation sans la présentation du titre (clause papier-valeur simple), mais encore à reconnaître que toute personne détenant le titre sera considérée par lui comme l'ayant droit (clause papier-valeur qualifiée au porteur; <ref-law>; arrêt 5A_226/2007 du 20 novembre 2007 consid. 5.1).
6.2. En l'espèce, l'autorité cantonale n'a pas méconnu la notion de titre de mainlevée provisoire, étant donné qu'elle a jugé que l'identité entre la créance mise en poursuite et la créance ressortant de la reconnaissance de dette en faisait partie. La seule question qui se pose est donc de savoir, si, par appréciation du titre, soit du moyen de preuve admissible, on peut admettre que c'est sans arbitraire que l'autorité cantonale a retenu cette identité. Or, selon le commandement de payer, l'intimée a mis en poursuite les créances garanties par des cédules hypothécaires au porteur de 2'000'000 fr. du 12 juillet 2011 en 1er rang, de 1'540'000 fr. et 760'000 fr. des 12 février 2007 et 19 avril 2011 en 2ème rang et parité de rang, grevant la parcelle 2382 feuillets 2382-11 et 2382-39 de la Commune de U._; toutes les créances sont chiffrées, en capital et intérêts, notamment le capital de 4'300'000 fr. équivalant au montant total des cédules. En procédure de mainlevée, l'intimée a produit trois cédules hypothécaires au porteur de montants identiques à ceux indiqués dans le commandement de payer, grevant, au même rang, les parcelles qui y sont mentionnées. La seule différence entre les éléments ressortant des titres produits et du commandement de payer est que, pour deux des cédules hypothécaires, les dates ne correspondent pas, en tant que le commandement de payer indique celles des 12 février 2007 et 19 avril 2011 et les titres celle du 26 février 2013. Toutefois, il est également indiqué dans chaque cédule produite que celle-ci remplace une autre cédule identifiable par un numéro. Enfin, le recourant n'a pas contesté, alors qu'il était tenu de le faire, l'identité du titre en alléguant que l'intimée serait détentrice, sur sa parcelle 2382 de la Commune de U._, d'autres cédules hypothécaires de mêmes montants et de même rang que celles produites, de sorte qu'elle aurait mis en poursuite d'autres créances abstraites que celles ressortant des cédules produites. Au vu de ces éléments, il n'est donc pas arbitraire de retenir que l'identité entre les créances déduites en poursuite et celles reconnues dans les titres est établie.
Il suit de là que les griefs de la violation des <ref-law> et 9 Cst. dans l'établissement des faits doivent être rejetés, pour autant que recevables.
7.
La dernière question qui se pose est celle de savoir quel titre doit encore produire la poursuivante en sus de la cédule hypothécaire au porteur pour obtenir la mainlevée provisoire.
7.1. Pour qu'il puisse valablement se prévaloir de la créance abstraite dans une poursuite en réalisation de gage immobilier, le créancier poursuivant doit être le détenteur de la cédule hypothécaire et le débiteur de cette cédule inscrit sur le titre produit ou, à tout le moins, faut-il que le débiteur poursuivi reconnaisse sa qualité de débiteur de la cédule ou que cette qualité résulte de l'acte de cession de propriété de la cédule qu'il a signé. Ainsi, si la cédule hypothécaire ne comporte pas l'indication du débiteur, le créancier ne pourra obtenir la mainlevée provisoire que s'il produit une autre reconnaissance de dette, soit une copie légalisée de l'acte constitutif conservé au registre foncier contre le premier débiteur cédulaire ou la convention de sûretés contresignée dans laquelle le poursuivi se reconnaît débiteur de la cédule cédée à titre de sûretés (<ref-ruling> consid. 4; <ref-ruling> consid. 3; <ref-ruling> consid. 2.5; STEINAUER, La cédule hypothécaire, 2016, n° 10 ad <ref-law>). A moins que sa possession ne soit suspecte ou équivoque, le détenteur d'une cédule hypothécaire au porteur qui s'en prétend propriétaire - même à titre fiduciaire - est présumé en avoir acquis la propriété en vertu de l'<ref-law> et, partant, être titulaire de la créance, garantie par gage immobilier, incorporée dans le papier-valeur. En cas de transfert, l'acquéreur devient titulaire de la cédule hypothécaire, c'est-à-dire de la créance cédulaire et du droit de gage qui la garantit. Le transfert d'une cédule au porteur s'effectue par le biais d'un titre d'acquisition (généralement un contrat de transfert), valable sans forme particulière (arrêt 5A_734/2018 du 4 décembre 2018 consid. 4.3.3. et 4.3.4 et les références).
7.2. En l'espèce, le recourant se méprend sur les conditions posées par la jurisprudence pour obtenir la mainlevée provisoire dans la poursuite en réalisation de gage pour la créance cédulaire et le gage immobilier. Lorsque le débiteur ne figure pas sur la cédule sur papier, une convention de sûretés contresignée par le poursuivi produite en parallèle suffit au poursuivant pour obtenir la mainlevée provisoire. Si aucun changement de débiteur n'est intervenu depuis l'établissement de la cédule, le créancier peut également, comme alternative, se procurer en mains du registre foncier une copie certifiée conforme de l'acte de gage qui contient la reconnaissance de dette.
Pour le reste, le recourant ne fait que soit reprendre sa critique précédemment rejetée selon laquelle le contrat ne se réfère qu'aux cédules annulées, soit présenter une critique purement appellatoire à l'encontre des constatations de fait de l'autorité cantonale, selon lesquelles le contrat hypothécaire produit prévoit le transfert des cédules aux fins de garantie. Il ne fait en effet qu'opposer sa propre analyse à celle de l'autorité cantonale. En outre, dans la mesure où le recourant prétend que l'interprétation objective du contrat doit conduire à retenir le contraire, il se méprend sur le rôle du juge de la mainlevée provisoire qui n'a précisément pas à procéder à l'interprétation de la volonté des parties (cf. not. ATF <ref-ruling> consid. 4.3.3; arrêt 5A_450/2012 du 23 janvier 2013 consid. 3.2, publié in SJ 2013 I p. 345).
Il suit de là que, sous cet aspect également, les griefs de violation des <ref-law> et 9 Cst. dans l'établissement des faits doivent être rejetés, pour autant que recevables.
8.
Vu ce qui précède, le recours doit être rejeté dans la mesure où il est recevable. Le recourant, qui succombe, supportera les frais de la procédure (<ref-law>). Il versera en outre des dépens à l'intimée (art. 68 al. 1 et 2 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 15'000 fr., sont mis à la charge du recourant.
3.
Une indemnité de 17'000 fr., à verser à l'intimée à titre de dépens, est mise à la charge du recourant.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Chambre civile de la Cour de justice du canton de Genève.
Lausanne, le 1er avril 2019
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Herrmann
La Greffière : Achtari