Erwägungen:
1.
1.1. A._ erhob beim Verwaltungsgericht des Kantons Bern Beschwerde betreffend Beitrag an die Tierseuchenkasse. Mit Verfügung vom 26. Juli 2019 wurde er aufgefordert, bis zum 13. August 2019 einen Kostenvorschuss von Fr. 1'000.-- auf das Postkonto des Gerichts einzuzahlen. Nachdem er diesen Betrag nicht überwiesen, sondern stattdessen ein selbst erstelltes "Zahlungsinstrument" eingereicht hatte, wurde ihm am 22. August 2019 eine Nachfrist bis 2. September 2019 angesetzt unter der Androhung des Nichteintretens auf die Beschwerde. In der Folge stellte sich A._ auf den Standpunkt, dass er den Vorschuss durch sein "Zahlungsinstrument" geleistet habe, und hielt an dieser Auffassung trotz schriftlicher Belehrung des Abteilungspräsidenten vom 28. August 2019 fest. Mit Urteil vom 5. September 2019 trat das Verwaltungsgericht auf die Beschwerde nicht ein.
1.2. Mit Beschwerde vom 3. Oktober 2019 beantragt A._ dem Bundesgericht, das angefochtene Urteil sei für nichtig zu erklären. Das Bundesgericht hat weder die vorinstanzlichen Akten eingeholt noch andere Instruktionsmassnahmen verfügt.
2.
2.1. Gemäss Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG haben Rechtsschriften unter anderem die Begehren und deren Begründung zu enthalten, wobei in der Begründung in gedrängter Form darzulegen ist, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt. <ref-law> nennen dabei die zulässigen Rügegründe. Das Bundesgericht prüft die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht nur insofern, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (<ref-law>).
2.2. Streitgegenstand vor Bundesgericht ist, ob die Vorinstanz das vom Beschwerdeführer selbst erstellte Zahlungsmittel zur Begleichung des Kostenvorschusses zu Recht nicht akzeptiert hat. Im Kern geht es um die Anwendung von kantonalem Prozessrecht. Der über weite Strecken unverständlichen Beschwerde lässt sich nicht entnehmen, welche kantonalen oder bundesrechtlichen Bestimmungen das Verwaltungsgericht durch den Nichteintretensentscheid angeblich verletzt haben soll. Dasselbe gilt, soweit der Beschwerdeführer die seiner Ansicht nach ungenügende Unterschrift des Einzelrichters beanstandet und sich dabei auf "internationale Richtlinien" beruft. Die Beschwerde enthält offensichtlich keine hinreichende Begründung, weshalb darauf im Verfahren nach <ref-law> nicht einzutreten ist.
3.
Die Gerichtskosten sind dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (<ref-law>).

Demnach erkennt der Präsident:
1.
Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 300.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3.
Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten und dem Verwaltungsgericht des Kantons Bern, Verwaltungsrechtliche Abteilung, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 22. Oktober 2019
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Seiler
Der Gerichtsschreiber: Businger