Sachverhalt:
A.
A.a. Der 1963 geborene A._ war Schaler bei der B._ GmbH. Am 27. Juni 2008 verletzte er sich an der rechten Hand; gleichentags wurde er im Spital C._ operiert. Am 17. November 2008 meldete er sich bei der IV-Stelle des Kantons Zürich zum Leistungsbezug an. Am 9. Februar 2009 wurde der Versicherte im Spital C._ erneut an der rechten Hand operiert (Narbenkorrektur mit Schmetterlingsplastik in der 2. Fingerkommissur). Die IV-Stelle sprach ihm mit Verfügungen vom 15. März 2011 ab 1. Juni 2009 eine ganze Invalidenrente und ab 1. April 2010 eine Viertelsrente zu. Auf seine Beschwerde hin hob das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich die Verfügung bezüglich des Rentenanspruchs ab 1. April 2010 auf und wies die Sache an die IV-Stelle zurück, damit sie, nach erfolgter Abklärung im Sinne der Erwägungen, darüber neu verfüge (Entscheid vom 26. Juni 2012). Diese holte u. a. ein Gutachten des Ärztlichen Begutachtungsinstituts (ABI) GmbH, Basel, vom 6. Februar 2014 ein. Mit Verfügung vom 19. Juni 2014 verneinte sie den Rentenanspruch ab 1. April 2010, da der Invaliditätsgrad bloss 10 % betrage. Dies bestätigte das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich mit Entscheid vom 21. Dezember 2015. Auf Beschwerde des Versicherten hin hob das Bundesgericht diesen Entscheid auf und wies die Sache an die Vorinstanz zurück. Es verpflichtete sie, ihm Gelegenheit zum Beschwerderückzug zu geben. Im Übrigen wies es die Beschwerde ab (Urteil 8C_37/2016 vom 8. Juli 2016). Mit Beschluss vom 2. August 2016 setzte das kantonale Gericht dem Versicherten eine Frist von 20 Tagen an, um zu erklären, ob er an der Beschwerde vom 11. April 2011 gegen die Verfügung der IV-Stelle vom 15. März 2011 festhalte, und wenn ja, mit welchem Rechtsbegehren und mit welcher Begründung. Mit Eingabe vom 5. August 2016 zog der Versicherte die Beschwerde zurück, weshalb das kantonale Gericht den Prozess als erledigt abschrieb.
A.b. Mit Verfügung vom 5. April 2017 hob die IV-Stelle diejenige vom 15. März 2011 betreffend Zusprache einer Viertelrente ab 1. April 2010 wiedererwägungsweise auf und stellte die Invalidenrente nach Zustellung der erstgenannten Verfügung auf Ende des folgenden Monats ein.
B.
Die hiergegen geführte Beschwerde wies das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich ab, soweit es darauf eintrat (Entscheid vom 19. September 2018).
C.
Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beantragt der Versicherte, in Aufhebung des kantonalen Entscheides seien ihm die gesetzlichen Leistungen nach IVG zu gewähren; eventuell sei die Sache zur Neuabklärung und anschliessenden Leistungsneufestlegung an die Vorinstanz zurückzuweisen; es sei ihm die unentgeltliche Rechtspflege zu gewähren.
Die IV-Stelle schliesst auf Abweisung der Beschwerde, wobei sie auf eine Stellungnahme verzichtet. Das Bundesamt für Sozialversicherungen verzichtet auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1.
Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann eine Rechtsverletzung nach Art. 95 f. BGG gerügt werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Dennoch prüft es - offensichtliche Fehler vorbehalten - nur die in seinem Verfahren gerügten Rechtsmängel (Art. 42 Abs. 1 f. BGG; <ref-ruling> E. 2.2.1 S. 389). Es legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Es kann ihre Sachverhaltsfeststellung von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Verfahrensausgang entscheidend sein kann (Art. 97 Abs. 1, Art. 105 Abs. 2 BGG). Rechtsfragen sind die vollständige Feststellung erheblicher Tatsachen, die Beachtung des Untersuchungsgrundsatzes bzw. der Beweiswürdigungsregeln nach <ref-law> und der Anforderungen an den Beweiswert von Arztberichten (<ref-ruling> E. 5.1 S. 232). Bei den aufgrund dieser Berichte getroffenen Feststellungen zum Gesundheitszustand und zur Arbeitsfähigkeit und bei der konkreten Beweiswürdigung geht es um Sachverhaltsfragen (nicht publ. E. 1 des Urteils <ref-ruling>).
2.
Das kantonale Gericht hat die rechtlichen Grundlagen betreffend die Wiedererwägung formell rechtskräftiger Verfügungen (<ref-law>) richtig dargelegt. Darauf wird verwiesen.
3.
3.1. Streitig und zu prüfen ist, ob das kantonale Gericht zu Recht die mit Verfügung vom 5. April 2017 erfolgte Aufhebung der Invalidenrente in Bejahung der Wiedererwägungsvoraussetzungen nach <ref-law> bestätigte.
3.2. Die Vorinstanz erwog im Wesentlichen, die am 15. März 2011 erfolgte Zusprache einer Viertelsrente ab 1. April 2010 habe auf der Beurteilung des Dr. med. D._, Facharzt FMH für Chirurgie, Kreisarzt, Schweizerische Unfallversicherungsanstalt (Suva), vom 1. Februar 2010 beruht. Die IV-Stelle sei damals von einer 75%igen Arbeitsfähigkeit des Beschwerdeführers ab Februar 2010 ausgegangen und habe einen Invaliditätsgrad von 40 % ermittelt. Gemäss kantonalem Gerichtsentscheid vom 21. Dezember 2015 sei jedoch für die Zeit ab Februar 2010 auf das ABI-Gutachten vom 6. Februar 2014 abzustellen, wonach er in einer leidensangepassten Tätigkeit zu 100 % arbeitsfähig gewesen sei; dies habe das Bundesgericht mit Urteil 8C_37/2016 vom 8. Juli 2016 E. 4.2.4 bestätigt. Der Bericht des Dr. med. D._ vom 1. Februar 2010, laut dem er in sämtlichen Tätigkeiten auf zwei Stunden Pausen pro Tag angewiesen gewesen sei, sei nicht nachvollziehbar, da ihm auch Tätigkeiten ohne Einsatz der rechten Hand zur Verfügung gestanden hätten. Folglich sei dieser Bericht nicht beweistauglich gewesen. Die Stellungnahme des Dr. med. E._, Facharzt für Orthopädische Chirurgie, Regionaler Ärztlicher Dienst (RAD) der IV-Stelle, vom 12. April 2010, wonach der Versicherte in angepasster Tätigkeit zu 75 % arbeitsfähig gewesen sei, sei nicht schlüssig gewesen. Denn abgesehen davon, dass er den Beschwerdeführer nicht untersucht habe, habe er die 25%ige Arbeitsunfähigkeit wohl einfach auf die von Dr. med. D._ attestierte Pausennotwendigkeit zurückgeführt. Da aber jeder Arbeitnehmer gemäss Arbeitsgesetz bei einer Arbeitszeit von mehr als sieben Stunden pro Tag eine mindestens halbstündige Pause einlegen müsse, ergäbe sich aus dem Bericht des Dr. med. D._ bloss ein zusätzlicher Pausenbedarf von 1 1/2 Stunden bzw. eine Arbeitsfähigkeit von mehr als 80 %. Somit habe die mit Verfügung vom 15. März 2011 erfolgte Bejahung einer Viertelsrente ab 1. April 2010 auf keiner nachvollziehbaren ärztlichen Einschätzung beruht. Die Unterlassung weiterer Abklärungen habe somit in klarer Weise den Untersuchungsgrundsatz verletzt, weshalb diese Rentenzusprache zweifellos unrichtig gewesen sei. Auch gestützt auf die damals von der IV-Stelle dem Einkommensvergleich zugrunde gelegten hypothetischen Einkommen habe kein Rentenanspruch bestanden. Denn bei einem Valideneinkommen von Fr. 58'203.60 und einem Invalideneinkommen von Fr. 35'239.- habe ein Invaliditätsgrad von bloss 39 % resultiert. Da die Berichtigung der Verfügung vom 15. März 2011 von erheblicher Bedeutung sei, sei sie wiedererwägungsweise aufzuheben. Wie das kantonale Gericht mit Entscheid vom 21. Dezember 2015 und das Bundesgericht mit Urteil 8C_37/2016 vom 8. Juli 2016 E. 4.2.4 festgestellt hätten, sei der Versicherte gestützt auf das ABI-Gutachten vom 6. Februar 2014 in einer behinderungsangepassten Tätigkeit zu 100 % arbeitsfähig, womit er ein rentenausschliessendes Einkommen erzielen könne. Da keine zwischenzeitliche Änderung des Gesundheitszustandes aktenkundig sei, sei die Renteneinstellung auf das Ende des auf die Zustellung der Verfügung der IV-Stelle vom 5. April 2017 folgenden Monats rechtens.
4.
Der Versicherungsträger kann durch Wiedererwägung auf formell rechtskräftige Verfügungen zurückkommen, wenn diese zweifellos unrichtig sind und ihre Berichtigung von erheblicher Bedeutung ist (<ref-law>). Es darf - vor dem Hintergrund der damaligen Rechtslage einschliesslich der geltenden Rechtspraxis (<ref-ruling> E. 2.1 S. 149) - kein vernünftiger Zweifel an der (von Beginn weg bestehenden) Unrichtigkeit der Verfügung bestehen. Eine Leistungszusprache ist in der Regel als zweifellos unrichtig anzusehen, wenn sie aufgrund falscher Rechtsregeln erfolgte oder wenn massgebliche Bestimmungen nicht oder unrichtig angewendet wurden. Darunter fällt insbesondere eine auf klarer Verletzung des Untersuchungsgrundsatzes (<ref-law>) beruhende unvollständige Sachverhaltsabklärung (Urteil 8C_682/2018 vom 21. Februar 2019 E. 3.2).
Soweit ermessensgeprägte Teile der Anspruchsprüfung vor dem Hintergrund der Sach- und Rechtslage einschliesslich der Rechtspraxis im Zeitpunkt der rechtskräftigen Leistungszusprache in vertretbarer Weise beurteilt wurden, scheidet eine zweifellose Unrichtigkeit aus (<ref-ruling> E. 5.2 S. 414 f.). Bei deren Annahme im Bereich der invaliditätsmässigen Leistungsvoraussetzungen ist daher Zurückhaltung geboten (SVR 2011 IV Nr. 71 S. 213, 9C_994/2010 E. 3.2.1). Ansonsten würde die Wiedererwägung zum Instrument einer voraussetzungslosen Neuprüfung des Anspruchs, was sich nicht mit dem Wesen der Rechtsbeständigkeit formell zugesprochener Dauerleistungen verträgt (Urteil 9C_860/2017 vom 20. Dezember 2018 E. 2.1 mit Hinweisen).
5.
5.1. Der Beschwerdeführer macht als Erstes im Wesentlichen geltend, die Dres. med. D._ und E._ seien Fachärzte im vorliegend relevanten Gebiet. Ersterer habe ihn auch untersucht und sei im Besitz sämtlicher medizinischer Vorakten gewesen. Es sei zwar korrekt, dass Dr. med. D._ nicht explizit ausgeführt habe, weshalb zwei Stunden Pause pro Tag notwendig gewesen seien. Dies habe sich jedoch aus seinen übrigen Ausführungen ergeben. Laut Dr. med. D._ habe er an erheblichen Beschwerden gelitten (Dig II-IV der rechten dominanten Hand, Ellbogen, Schulter, schmerzhafte Bewegungseinschränkung im Bericht der Langfinger, funktioneller Einhänder, dominante Hand selten als Haltehand einsetzbar). Die Pausenbedürftigkeit sei wegen dieser Beschwerden als notwendig erachtet worden, freilich vor dem Hintergrund, dass er seinen dominanten Arm ausreichend schone bzw. nicht überlaste. Es sei somit nicht ersichtlich, weshalb die Schlussfolgerung des Dr. med. D._ ohne Zweifel unrichtig gewesen sein soll. Ansonsten hätte sich auch Dr. med. E._ dieser Beurteilung nicht ohne Weiteres angeschlossen. Entgegen der Vorinstanz habe sich die Einschätzung der Dres. med. D._ und E._ auf die massgebende tägliche Arbeitszeit (acht Stunden) bezogen. Allfällige Pausen, die der Arbeitnehmer mache oder aufgrund zwingender gesetzlicher Bestimmungen oder betrieblicher Anordnungen machen müsse und die nicht zur Arbeitszeit zählten, könnten deshalb bei der Beurteilung der Arbeitsfähigkeit nicht berücksichtigt werden. Folgerichtig seien Dr. med. E._ und auch die Suva von einer 75%igen Arbeitsfähigkeit ausgegangen. Bei der schweren Verletzung der rechten Hand des Beschwerdeführers bestehe medizinischerseits ein gewisser Ermessensspielraum hinsichtlich deren Einsetzbarkeit in einer angepassten Tätigkeit und der Pausenbedürftigkeit. Dies gelte um so mehr, als er eine solche Arbeit nie ausgeführt habe und deshalb nur Annahmen möglich gewesen seien.
5.2.
5.2.1. Dr. med. D._ führte in seinen Berichten vom 1. Februar 2010 aus, beim Beschwerdeführer bestünden eine persistierende Funktionseinschränkung und chronische Schmerzen an der rechten dominanten Hand mit/bei Status nach Fräsenverletzung im Bereich des MCP II sowie ein therapierefrektäres Schulter-Armsyndrom nach komplexem regionalem Schmerzsyndrom (CRPS) I. Die rechte Hand sei nach einem CRPS kaum mehr einsatzfähig. Vor allem Zeige- bis Ringfinger seien extrem berührungsempfindlich. Aufgrund der ausgeprägten Allodynie bestehe eine weitgehende Funktionslosigkeit. Die Beschwerden im Bereich des Ellbogens und der Schulter seien hingegen geringgradig. Limitierend sei die schmerzhafte Bewegungseinschränkung im Bereich der Langfinger.
5.2.2. Nach der Rechtsprechung - die auch im Verfügungszeitpunkt am 15. März 2011 galt - bestehen auf dem massgebenden ausgeglichenen Arbeitsmarkt (<ref-law>) genügend realistische Betätigungsmöglichkeiten für Personen, die funktionell als Einarmige zu betrachten sind und überdies nur noch leichte Arbeit verrichten können (Urteile 8C_37/2016 vom 8. Juli 2016 E. 5.1.2 und 9C_396/2014 vom 15. April 2015 E. 5.2). Zu denken ist an einfache Überwachungs-, Prüf- und Kontrolltätigkeiten sowie an die Bedienung von (halb-) automatischen Maschinen oder Produktionseinheiten, die keinen Einsatz des nicht mehr funktionstüchtigen Armes oder der nicht mehr einsetzbaren Hand voraussetzen (Urteil 9C_304/2018 vom 5. November 2018 E. 5.2.2). Der Vorinstanz ist beizupflichten, dass die Einschätzung des Dr. med. D._ vom 1. Februar 2010, wonach der Beschwerdeführer in sämtlichen - mithin auch in solchen - Tätigkeiten auf zwei Stunden Pausen pro Tag angewiesen gewesen sei, nicht ohne Weiteres nachvollziehbar ist. Insofern liegt keine offensichtlich unrichtige Tatsachenfeststellung der Vorinstanz vor, zumal der Kreisarzt seine Auffassung nicht medizinisch fundiert begründete, sondern lediglich pauschal auf die Beschwerden des Versicherten verwies. Unter diesen Umständen hätte die IV-Stelle eine berufliche Abklärung oder eine Evaluation der funktionellen Leistungsfähigkeit (EFL) veranlassen müssen.
Weiter ist festzuhalten, dass im Rahmen des von Dr. med. D._ diagnostizierten CRPS apparative Untersuchungen - wie Röntgen, Szintigraphie, Ninhydrintest oder Thermographie - angezeigt gewesen wären (vgl. Urteil 8C_705/2017 vom 13. März 2018 E. 5.2). Dr. med. D._ nahm entsprechende Untersuchungen nicht vor und verwies auch nicht auf solche anderer Arztpersonen.
Aus der Stellungnahme des Dr. med. E._ vom 12. April 2010 kann der Beschwerdeführer unter den gegebenen Umständen nichts zu seinem Gunsten ableiten, zumal er von ihm nicht untersucht wurde.
5.2.3. Insgesamt ändern die Einwände des Beschwerdeführers nichts daran, dass die medizinische Aktenlage vor dem Erlass der Verfügung vom 15. März 2011 hinsichtlich seiner Arbeits (un) fähigkeit gemäss nicht offensichtlich unrichtiger vorinstanzlicher Feststellung unklar war. Dem kantonalen Gericht ist somit beizupflichten, dass die IV-Stelle damals nicht ohne weitere Abklärungen von 25%iger Arbeitsunfähigkeit in einer leidensangepassten Tätigkeit hätte ausgehen dürfen. Die Zusprache einer Viertelsrente beruhte somit auf einer klar unvollständigen Sachverhaltsabklärung und wurde daher - da zweifellos unrichtig - zu Recht in Wiedererwägung gezogen (vgl. zudem E. 6.2 hiernach; siehe auch Urteil 8C_682/2018 E. 5.2).
6.
6.1. Der Beschwerdeführer rügt weiter, die IV-Stelle sei mit Verfügung vom 15. März 2011 entgegen der Vorinstanz nicht von einem Invalideneinkommen von Fr. 35'239.- ausgegangen. Vielmehr habe sie das von der Suva im Einspracheentscheid vom 9. August 2010 gestützt auf die massgebenden LSE-Tabellen korrekt ermittelte Invalideneinkommen von Fr. 34'934.- übernommen. Dieses habe die IV-Stelle dem Valideneinkommen von Fr. 58'204.- gegenübergestellt, was einen Invaliditätsgrad von 39.96 % bzw. gerundet von 40 % ergeben habe. Auch diesbezüglich sei eine offensichtliche Unrichtigkeit der Verfügung vom 15. März 2011 nicht ersichtlich.
6.2. Die Verfügung der IV-Stelle vom 15. März 2011 ist hinsichtlich des Einkommensvergleichs widersprüchlich. An einer Stelle ging sie nämlich aufgrund der Verfügung der Suva vom 19. März 2010 von einem Invalideneinkommen von Fr. 35'239.- aus. An anderer Stelle veranschlagte die IV-Stelle entsprechend dem Einspracheentscheid der Suva vom 9. August 2010 ein Invalideneinkommen von Fr. 34'394.-. In beiden Fällen berechnete sie verglichen mit dem Valideneinkommen einen Invaliditätsgrad von 40 %. Indessen ergibt das Invalideneinkommen von Fr. 35'239.- verglichen mit dem damals ermittelten Valideneinkommen von gerundet Fr. 58'204.- einen Invaliditätsgrad von 39.456 % bzw. gerundet 39 %, was keinen Rentenanspruch begründete (<ref-law>; zur Rundung vgl. <ref-ruling>).
Die IV-Stelle verwies in der Verfügung vom 15. März 2011 somit bloss auf die beiden von der Suva vorgenommenen divergierenden Einkommensvergleiche, wovon einer invalidenversicherungsrechtlich keinen Rentenanspruch begründete. Sie hätte somit nicht in beiden Fällen von einem gerundet 40%igen Invaliditätsgrad ausgehen dürfen, sondern das Invalideneinkommen selber korrekt bestimmen und gestützt hierauf den Invaliditätsgrad ermitteln müssen. Dies gilt um so mehr, als der Grenzbereich des in <ref-law> festgelegten Invaliditätsgrades von 40 % in Frage stand, der erreicht sein musste, um den Rentenanspruch des Beschwerdeführers überhaupt zu begründen (<ref-ruling> E. 3.3 S. 123). Auch in diesem Fehlen eines sachgerecht durchgeführten Einkommensvergleichs kann zumindest ein Indiz für zweifellose Unrichtigkeit erblickt werden (vgl. Urteil I 222/02 vom 19. Dezember 2002 E. 4.1), nach dessen Relevanz nach der bereits festgestellten klaren Verletzung des Untersuchungsgrundsatzes (vgl. E. 5.2.2 f.) nicht weiter zu fragen ist.
7.
Da auch das Erfordernis der erheblichen Bedeutung erfüllt ist (<ref-ruling> E. 4.4 S. 87), waren die Voraussetzungen für eine Rentenprüfung ex nunc et pro futuro gegeben. Dabei war der Invaliditätsgrad im Zeitpunkt der strittigen Verfügung vom 5. April 2017 auf der Grundlage eines richtig und vollständig festgestellten Sachverhalts zu ermitteln (<ref-ruling> E. 4.4.1 S. 108; <ref-ruling>; vgl. Urteil 8C_682/2018 E. 5.2).
Die vorinstanzliche Verneinung des Rentenanspruchs ab Ende des auf die Zustellung der Verfügung der IV-Stelle vom 5. April 2017 folgenden Monats wird vom Beschwerdeführer nicht bestritten und erscheint auch nicht als offensichtlich unrichtig. Weiterungen hierzu erübrigen sich somit.
8.
Der unterliegende Beschwerdeführer trägt die Gerichtskosten (<ref-law>). Die unentgeltliche Rechtspflege kann ihm gewährt werden (<ref-law>). Er hat der Bundesgerichtskasse Ersatz zu leisten, wenn er später dazu in der Lage ist (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen.
2.
Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird gutgeheissen. Rechtsanwalt Silvio Riesen wird als unentgeltlicher Anwalt des Beschwerdeführers bestellt.
3.
Die Gerichtskosten von Fr. 800.- werden dem Beschwerdeführer auferlegt, indes vorläufig auf die Bundesgerichtskasse genommen.
4.
Dem Rechtsvertreter des Beschwerdeführers wird aus der Bundesgerichtskasse eine Entschädigung von Fr. 2'800.- ausgerichtet.
5.
Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 1. April 2019
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Maillard
Der Gerichtsschreiber: Jancar