Faits :
A.
Par ordonnance pénale du 28 novembre 2014, le Ministère public du canton de Fribourg a reconnu X._ coupable d'infraction à l'art. 117 al. 2 de la Loi fédérale sur les étrangers (LEtr; RS 142. 20; occuper un ou plusieurs étrangers sans autorisation, en cas de récidive, période du 1er janvier 2008 au 2 septembre 2014). Il l'a condamné à une peine pécuniaire de 160 jours-amende à 110 fr. le jour-amende, sans sursis, peine partiellement complémentaire à celle prononcée le 11 mars 2010 par le Gerichtskreis VIII Bern-Laupen. En outre, le sursis accordé à X._ le 16 mai 2011 par le Ministère public du canton de Fribourg a été révoqué et le prévenu a été astreint à exécuter un travail d'intérêt général de 80 heures. X._ a fait opposition à cette ordonnance pénale.
B.
Par jugement du 22 décembre 2016, la Juge de police de l'arrondissement de la Gruyère a reconnu X._ coupable de contravention à la LEtr (emploi d'un étranger sans autorisation par négligence; art. 117 al. 3 LEtr) et l'a condamné au paiement d'une amende de 3'000 francs. La Juge de police l'a en revanche acquitté du chef de prévention prévu à l'art. 117 al. 2 LEtr et n'a pas révoqué le sursis octroyé le 16 mai 2011 par le Ministère public du canton de Fribourg.
C.
Par arrêt du 14 mai 2018, la Cour d'appel pénale du Tribunal cantonal du canton de Fribourg a partiellement admis le recours du Ministère public et reconnu X._ coupable de délit contre la loi fédérale sur les étrangers (occuper un ou plusieurs étrangers sans autorisation, en cas de récidive, pour la période du 1er janvier 2008 au 2 septembre 2014 (faits retenus dans l'ordonnance pénale du 28 novembre 2014). Elle l'a condamné à une peine pécuniaire de 140 jours-amende au taux de 250 fr. le jour-amende, sans sursis, peine partiellement complémentaire à celle de 20 jours-amende prononcée le 11 mars 2010 par le Gerichtskreis VIII Bern-Laupen. Elle n'a pas révoqué le sursis octroyé le 16 mai 2011 par le Ministère public du canton de Fribourg.
En substance, la Cour d'appel pénale du Tribunal cantonal a retenu qu'en sa qualité d'associé gérant de la société A._ Sàrl, X._ avait employé B._ sans que celui-ci ne soit autorisé à exercer une activité lucrative en Suisse, durant la période du 1er janvier 2008 au 2 septembre 2014.
D.
X._ forme un recours en matière pénale au Tribunal fédéral contre l'arrêt du 14 mai 2018, en concluant à sa réforme en ce sens qu'il est acquitté du chef de prévention de délit contre la LEtr, qu'il est reconnu coupable de contravention à la LEtr, qu'il est condamné au paiement d'une amende de 3'000 fr., que les frais de la procédure d'appel ainsi que de la présente procédure sont mis à la charge de l'Etat de Fribourg et qu'une indemnité de 2'500 fr. lui est allouée à titre de dépens pour la procédure devant le Tribunal fédéral et mise à la charge de l'Etat de Fribourg.
E.
Invités à se déterminer sur le recours, la cour cantonale et le ministère public ont renoncé à présenter des observations.

Considérant en droit :
1.
Le recourant fait grief à la cour cantonale d'avoir établi les faits de manière manifestement inexacte (<ref-law>) et d'avoir violé le principe " in dubio pro reo ". Il invoque également la violation des art. 91 al. 1 et 117 al. 2 LEtr, la cour cantonale ayant retenu à tort qu'il avait agi par dol éventuel.
2.
2.1. Le Tribunal fédéral n'est pas une autorité d'appel, auprès de laquelle les faits pourraient être rediscutés librement. Il est lié par les constatations de fait de la décision entreprise (<ref-law>), à moins qu'elles n'aient été établies en violation du droit ou de manière manifestement inexacte au sens des art. 97 al. 1 et 105 al. 2 LTF, à savoir, pour l'essentiel, de façon arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. Une décision n'est pas arbitraire du seul fait qu'elle apparaît discutable ou même critiquable; il faut qu'elle soit manifestement insoutenable et cela non seulement dans sa motivation mais aussi dans son résultat (<ref-ruling> consid. 2.3.1 p. 244). En matière d'appréciation des preuves et d'établissement des faits, il n'y a arbitraire que lorsque l'autorité ne prend pas en compte, sans aucune raison sérieuse, un élément de preuve propre à modifier la décision, lorsqu'elle se trompe manifestement sur son sens et sa portée, ou encore lorsque, en se fondant sur les éléments recueillis, elle en tire des conclusions insoutenables (<ref-ruling> consid. 1.1 p. 503; <ref-ruling> consid. 2.3 p. 266 et les références citées). Le Tribunal fédéral n'entre ainsi pas en matière sur les critiques de nature appellatoire (<ref-ruling> consid. 2.4 p. 368). La présomption d'innocence, garantie par les <ref-law>, 32 al. 1 Cst., 14 par. 2 Pacte ONU II et 6 par. 2 CEDH, ainsi que son corollaire, le principe "in dubio pro reo", concernent tant le fardeau de la preuve que l'appréciation des preuves (<ref-ruling> consid. 2a p. 40 s.). Lorsque, comme en l'espèce, l'appréciation des preuves et la constatation des faits sont critiquées en référence au principe "in dubio pro reo", celui-ci n'a pas de portée plus large que l'interdiction de l'arbitraire (<ref-ruling> consid. 1.1 p. 503; arrêt 6B_804/2017 du 23 mai 2018 consid. 2.2.3.3 [destiné à la publication].
2.2. Selon l'art. 91 al. 1 LEtr, avant d'engager un étranger, l'employeur doit s'assurer qu'il est autorisé à exercer une activité lucrative en Suisse en examinant son titre de séjour ou en se renseignant auprès des autorités compétentes. Aux termes de l'art. 117 al. 1 LEtr, quiconque, intentionnellement, emploie un étranger qui n'est pas autorisé à exercer une activité lucrative en Suisse ou a recours, en Suisse, à une prestation de services transfrontaliers d'une personne qui n'a pas l'autorisation requise est puni d'une peine privative de liberté d'un an au plus ou d'une peine pécuniaire. Dans les cas graves, la peine sera une peine privative de liberté de trois ans au plus ou une peine pécuniaire. En cas de peine privative de liberté, une peine pécuniaire est également prononcée. Selon l'art. 117 al. 2 LEtr, quiconque, ayant fait l'objet d'une condamnation exécutoire en vertu de l'al. 1, contrevient de nouveau, dans les cinq années suivantes, à l'al. 1, est puni d'une peine privative de liberté de trois ans au plus ou d'une peine pécuniaire. En cas de peine privative de liberté, une peine pécuniaire est également prononcée.
2.3. Déterminer ce qu'une personne a su, envisagé, voulu ou accepté relève des constatations de faits (<ref-ruling> consid. 12 p. 152; <ref-ruling> consid. 6.3 p. 375); est en revanche une question de droit celle de savoir si l'autorité cantonale s'est fondée sur une juste conception du dol éventuel et si elle l'a correctement appliquée au vu des éléments retenus (<ref-ruling> consid. 2.3.2 p. 156). Il y a dol éventuel lorsque l'auteur envisage le résultat dommageable, mais agit néanmoins, même s'il ne le souhaite pas, parce qu'il s'en accommode pour le cas où il se produirait (<ref-ruling> consid. 4.2.3 p. 4). Parmi les éléments extérieurs permettant de conclure que l'auteur s'est accommodé du résultat dommageable pour le cas où il se produirait figurent notamment la probabilité, connue par l'auteur, de la réalisation du risque et l'importance de la violation du devoir de prudence. Plus celles-ci sont grandes, plus sera fondée la conclusion que l'auteur, malgré d'éventuelles dénégations, avait accepté l'éventualité de la réalisation du résultat dommageable (<ref-ruling> consid. 8.4.1 p. 84). Ainsi, le dol éventuel peut notamment être retenu lorsque la réalisation du résultat devait paraître suffisamment vraisemblable à l'auteur pour que son comportement ne puisse raisonnablement être interprété que comme une acceptation de ce risque (<ref-ruling> consid. 4.2.3 p. 4; <ref-ruling> consid. 5.3 p. 226).
3.
3.1. La cour cantonale a retenu que, le 2 septembre 2014, B._ a été contrôlé par la police cantonale alors qu'il était passager d'un véhicule appartenant à la société A._ Sàrl. Il s'est identifié au moyen d'une carte d'identité kosovare mais n'a pas été en mesure de présenter aux agents de police un titre de séjour et leur a déclaré se trouver illégalement en Suisse. Il a précisé qu'il se trouvait et travaillait illégalement en Suisse depuis 1997, qu'il était employé de la société A._ Sàrl depuis septembre 2006 et gagnait à ce titre 4'500 fr. net par mois.
Le même jour, la police cantonale a auditionné X._, qui a admis avoir engagé B._ le 1er septembre 2006, tout en affirmant ne pas être au courant que son employé ne possédait pas de titre de séjour valable. Il a déclaré qu'il n'avait jamais demandé à B._ de présenter son autorisation de séjour puisque ce dernier avait déjà travaillé à la laiterie de C._ avant qu'il ne l'engage et qu'il pensait donc qu'il disposait d'un tel titre. X._ a indiqué qu'il lui versait un salaire de 4'400 fr. brut par mois, les assurances et l'impôt à la source étant déduits.
Cela étant, X._ a ensuite motivé son opposition à l'ordonnance pénale en indiquant que lors de l'engagement de B._, ce dernier lui avait présenté une autorisation de séjour ainsi qu'une autorisation d'exercer une activité lucrative. B._ avait de plus toujours présenté son autorisation de séjour renouvelée, la dernière étant valable jusqu'au 4 décembre 2013. Il a ajouté que toutes les charges sociales concernant cet employé, dont il a produit les pièces justificatives, avaient toujours été acquittées. Il a également produit la copie d'un titre de séjour au nom de B._ valable jusqu'au 4 décembre 2013, en indiquant qu'il devait s'agir d'un faux, mais qu'il n'avait pas pu déceler la falsification.
A l'issue de son appréciation des moyens de preuve, la cour cantonale a privilégié les premières déclarations du recourant et a écarté la version des faits présentée à l'appui de son opposition. Elle a considéré que le recourant n'avait jamais eu en sa possession, avant l'interpellation de son employé, une copie d'une quelconque autorisation émanant de la police des étrangers et qu'il ne s'était jamais assuré, conformément aux exigences légales, qu'il était en situation régulière.
3.2. Pour le recourant, la cour cantonale se fonde sur de pures suppositions, sans aucun élément concret, lorsqu'elle affirme que si B._ avait été en possession d'un permis falsifié, même avec une date échue, il se serait empressé de le présenter aux policiers qui l'ont contrôlé. Le recourant n'avait pas pu fabriquer ou faire fabriquer un faux titre de séjour entre le moment de son interpellation en septembre 2014 et son opposition à l'ordonnance pénale formée le 12 décembre 2014, ce d'autant plus qu'il ne pouvait pas s'imaginer être condamné par le ministère public le 28 novembre 2014. Ses premières déclarations à la police s'expliquaient par le stress de l'audition et par les manquements administratifs dans son entreprise, et la cour cantonale n'aurait pas dû les juger plus crédibles que sa version des faits ultérieure. C'était par ailleurs à tort que l'autorité précédente lui reprochait d'avoir éludé la question de la Juge de police qui lui demandait d'expliquer son revirement par rapport à ses premières déclarations. Il ne saurait lui être reproché de n'avoir pas pu produire tous les faux permis de séjour présentés par B._, car il était logique que seule la dernière autorisation de séjour demeure dans le dossier administratif de l'employé et, en tout les cas, il appartenait à l'accusation d'établir qu'il n'avait jamais disposé de ces autorisations. La cour cantonale n'avait pas suffisamment tenu compte du fait qu'il payait toutes les charges sociales afférant à son employé et lui versait un salaire conforme aux exigences de la convention collective de travail, de sorte qu'il n'avait aucun intérêt à employer une personne qu'il savait être dans une situation irrégulière. Enfin, elle avait omis de prendre en considération le fait qu'un employé du recourant avait déclaré, à la question de savoir si B._ avait une autorisation de séjour, que " Normalement Monsieur X._ nous demande toujours ça " (cf. pièce n° 28).
3.3. Le recourant allègue des faits qui ne ressortent pas de la décision cantonale sans démontrer l'arbitraire de leur omission, par exemple lorsqu'il se limite à affirmer que ses premières déclarations s'expliquaient par le stress et des manquements administratifs, ou encore qu'il ne s'attendait pas à une condamnation du ministère public. De manière générale, l'argumentation présentée tend essentiellement à substituer une appréciation différente de celle de l'autorité précédente. Ces griefs sont appellatoires, partant irrecevables dans cette mesure.
Au demeurant, il y a lieu de considérer ce qui suit.
3.3.1. La cour cantonale a observé à titre préliminaire que selon son expérience, les premières déclarations d'une personne étaient généralement plus proches de la réalité, et que les personnes, par la suite, après s'être rendu compte des enjeux de tel ou tel élément pour le sort du litige, tentaient de revenir sur les premières déclarations ou de les modifier afin de servir leur cause. Contrairement à ce qu'avance le recourant, les faits qu'enseigne l'expérience générale de la vie n'ont pas à être établis par des preuves figurant au dossier, de sorte que cette observation ne renverse pas le fardeau de la preuve (cf. 6B_860/2010 du 6 décembre 2010 consid. 1.2). Pour le reste, la cour cantonale a précisé, avec raison, que cette constatation basée sur l'expérience n'évitait pas au juge d'examiner dans chaque cause avec soin les différentes déclarations et les autres preuves afin d'établir la réalité des faits. A cet égard, elle a relevé que lors de son audition à la police, le recourant n'avait pas simplement déclaré qu'il ne savait pas ou ne se souvenait pas de la situation et devait d'abord contrôler dans ses dossiers administratifs ce qu'il en était, mais avait au contraire expliqué qu'il n'avait jamais demandé à B._ de lui présenter son permis de séjour car il pensait celui-ci en règle dès lors qu'il avait précédemment travaillé à la laiterie de C._. La cour cantonale pouvait retenir que les détails que le recourant avait fournis à l'appui de ses premières déclarations rendaient celles-ci d'autant plus crédibles. De plus, lors de son audition devant la Juge de police, le recourant n'a pas expliqué pourquoi il revenait sur sa première version, indiquant uniquement bien se souvenir du titre de séjour que lui avait toujours présenté son employé (pièce n° 31).
3.3.2. Si, comme l'affirme le recourant, B._ avait toujours présenté des titres de séjour depuis son engagement auprès de A._ Sàrl, on s'étonne que le recourant n'ait pas été en mesure de produire un titre de séjour avec une date de validité correspondant au moment de son engagement, ou alors, s'il détruit ces documents au fur et à mesure comme il le soutient, un titre en cours de validité.
Le recourant a produit une copie d'une autorisation de séjour au nom de B._ indiquant une validité du 5 décembre 2012 au 4 décembre 2013, dont il n'est pas contesté qu'il s'agit d'un faux. Si le recourant soutient que cette pièce lui avait été remise par son employé sans qu'il ne décèle la falsification, il n'a toutefois pas fourni d'explications plausibles permettant de comprendre pourquoi il avait attendu sa condamnation par ordonnance pénale pour produire ce document devant une autorité. En effet, comme la cour cantonale l'a constaté, le recourant alléguait certes dans son opposition s'être rendu quelques jours après son audition au poste de police de D._ afin de présenter la photocopie de ce faux permis, mais aucune trace de ce passage ne figurait dans le rapport de police, et notamment aucune copie de la pièce prétendument présentée par le recourant n'avait été versée au dossier. Au surplus, le caractère falsifié de ce document est manifeste; il est rédigé en partie en français et en partie en allemand, n'indique pas la nationalité de son titulaire et porte en grands caractères le nom de " B._ ", le nom de famille de l'intéressé n'étant pas écrit en entier (pièce n° 10023). Ce document ne saurait dès lors suffire à démontrer que le recourant avait vérifié le statut légal de son employé selon les exigences de l'art. 91 al.1 LEtr.
3.3.3. La cour cantonale a relevé que des considérations autres que financières ont pu motiver le recourant à employer B._ en dépit de son absence de statut légal en Suisse, tels un lien d'amitié, une longue collaboration ou encore de très bonnes qualités professionnelles. Elle pouvait en déduire, sans arbitraire, qu'il n'était pas déterminant que le recourant ait déclaré son employé aux autorités fiscales ainsi qu'aux assurances sociales et l'ait rémunéré conformément à la convention collective. Le témoignage de E._, employé du recourant, n'était pas davantage décisif, celui-ci ne s'étant pas exprimé sur le cas de B._.
Pour le reste, le fait que B._ ait travaillé auparavant chez un autre employeur ne dispensait pas le recourant de procéder aux vérifications qu'impose l'art. 91 LEtr, qui prévoit que l'employeur examine le titre de séjour ou se renseigne auprès des autorités compétentes. Le recourant soutient encore que ses précédentes condamnations sous l'angle de l'art. 117 LEtr constituaient des cas particuliers, différents de celui d'espèce. Cela n'est toutefois pertinent, la cour cantonale ayant tenu compte de ces antécédents non pour retenir que le recourant serait coutumier des faits reprochés, mais pour lui imputer la connaissance de ses obligations prévues par la LEtr, ce qu'il ne conteste au demeurant pas.
3.3.4. En définitive, compte tenu de ce qui précède, il n'était pas insoutenable de retenir que le recourant ne s'était jamais assuré que son employé avait le droit d'exercer une activité lucrative. Mal fondés, les griefs d'arbitraire et de violation de la présomption d'innocence sont rejetés dans la mesure où ils sont recevables.
La cour cantonale n'a pas non plus méconnu la notion de dol éventuel en retenant une violation intentionnelle de l'art. 117 LEtr. En effet, en ne procédant pas aux vérifications d'usage exigées par l'art. 91 al. 1 LEtr alors qu'il savait que son employé n'était pas de nationalité suisse, le recourant n'a pu que tenir pour possible la réalisation de l'infraction et s'en était accommodé pour le cas où elle se réaliserait.
4.
Le recours doit être rejeté dans la mesure où il est recevable. Le recourant, qui succombe, supportera les frais judiciaires (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 3'000 francs, sont mis à la charge du recourant.
3.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et au Tribunal cantonal de l'Etat de Fribourg, Cour d'appel pénal.
Lausanne, le 10 septembre 2018
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Denys
La Greffière : Musy