Faits :
A.
A._ (ci-après: la recourante, la défenderesse) est un constructeur de véhicules automobiles basé en.... Elle vend des véhicules neufs et des pièces détachées ou d'origine des marques xxx et yyy. Environ 80% des pièces détachées vendues par A._ sont fabriqués par des équipementiers qui sont des sociétés tierces, indépendantes de A._. Les 20% restants des pièces détachées sont fabriqués par A._ elle-même. La vente des pièces détachées est réalisée par le biais de concessionnaires et distributeurs locaux agréés. Ceux-ci signent avec A._ des contrats leur permettant d'avoir accès aux produits des marques précitées et leur interdisant toute transaction avec des distributeurs non-membres du réseau de distribution sélectif, mais non avec des réparateurs indépendants.
B._ SA (ci-après: l'intimée, la demanderesse) est un grossiste multimarques basé en Suisse, qui n'est pas membre du réseau de distribution sélectif de A._, et qui achète des pièces détachées automobiles et les vend sur tout le territoire suisse à des réparateurs indépendants.
Jusqu'en novembre 2017, B._ achetait des pièces détachées des marques xxx et yyy auprès de distributeurs agréés en... et en... aux prix appliqués dans ces pays. Depuis lors, elle n'a plus pu se fournir auprès d'eux, en application des clauses contractuelles liant les distributeurs à A._. B._ s'est ensuite fournie pour un temps auprès de distributeurs agréés en Suisse, qui lui ont finalement opposé un refus fondé sur les mêmes obligations contractuelles envers A._.
B.
Par demande du 14 mars 2018 déposée devant le Tribunal cantonal du canton de Fribourg, B._ a ouvert une action en conclusion d'un contrat fondée sur le droit de la concurrence contre A._, par laquelle elle a conclu en dernier lieu et en substance, à ce que:
(I.) A._ reprenne la vente de ses produits de pièces détachées (pièces de rechange d'origine) de véhicules automobiles à B._ aux mêmes conditions que celles dont elle bénéficiait antérieurement, ou à tout le moins aux mêmes conditions que celles dont bénéficient les autres distributeurs indépendants de pièces détachées dans l'Union européenne, soit aux prix courants (catalogue) de chaque pays concerné moins rabais usuel pour vente à un professionnel fonction du volume d'achats.
(II.) A._ communique à son réseau de concessionnaires et distributeurs agréés sur le marché de l'Union européenne, qu'ils sont désormais tenus d'accepter avec effet immédiat de vendre leurs produits à B._, en particulier les pièces détachées (pièces de rechange d'origine) aux mêmes conditions que celles dont elle bénéficiait antérieurement ou à tout le moins aux mêmes conditions que celles dont bénéficient les autres distributeurs indépendants de pièces détachées en Union européenne, soit aux prix courants de chaque pays concerné moins rabais pour vente à un professionnel fonction du volume d'achats.
(III.) Sur présentation de l'arrêt à intervenir, B._ pourra obtenir de A._ et de tout distributeur et concessionnaire agréé la vente de pièces détachées aux conditions précitées.
(IV.) A._ transmet à B._ la liste exhaustive de tous les fabricants de pièces de rechange d'origine qui ne sont pas directement produites par A._ et ses filiales.
(V.) A._ verse à B._ une somme de 160'000 fr. à titre de dommages et intérêts.
La défenderesse a conclu principalement à l'irrecevabilité des conclusions I. à IV. ainsi qu'au rejet de la conclusion V., subsidiairement, au rejet de toutes les conclusions.
La cour cantonale a limité la procédure en vertu de l'<ref-law> à la question de l'existence d'une entrave illicite à la concurrence par la défenderesse et a réservé la conclusion en dommages-intérêts.
Par arrêt du 5 mars 2021, la cour cantonale a jugé irrecevable la deuxième partie de la conclusion I. pour ce qui a trait aux conditions de vente des pièces détachées, faute pour la demanderesse d'avoir précisé, dans ses conclusions, les points essentiels du contrat dont la conclusion était demandée. Elle n'a jugé recevable que la première partie de cette conclusion, pour ce qui a trait à l'obligation de la défenderesse de vendre des pièces détachées à la demanderesse.
La cour cantonale a jugé irrecevable la conclusion II., en ce qu'elle tendait à imposer à la défenderesse d'informer des tiers que ceux-ci étaient tenus d'adopter un comportement, ce qui lui a paru inexécutable en cas d'admission, en raison du fait que l'effet d'un jugement ne s'étend pas aux tiers qui ne sont pas parties à la procédure.
Elle a jugé irrecevable la conclusion III. en ce qu'elle ne faisait que formuler le droit de la demanderesse d'obtenir l'exécution forcée du jugement portant sur ses conclusions précédentes.
Elle a jugé recevable la conclusion IV.
Au fond, statuant sur la première conclusion, première partie, la cour cantonale a scindé le comportement litigieux de A._ en deux avec, d'une part, la vente du 80% des pièces détachées, produites par des équipementiers tiers, et distribuées par un réseau de distribution sélectif, et, d'autre part, le 20% restant des pièces détachées produites par A._ elle-même ou ses filiales détenues à 100%, également distribuées par son réseau de distribution sélectif.
Pour le premier comportement, elle a retenu que A._ était liée par un accord en matière de concurrence avec ses distributeurs, qui leur interdisait la vente des pièces hors du réseau de distribution. La cour cantonale l'a jugé licite, car justifié par des motifs d'efficacité économique, en se fondant sur la communication de la Commission de la concurrence (COMCO), concernant l'appréciation des accords verticaux dans le secteur automobile du 29 juin 2015 (CommAuto). A._ était donc légitimée à vendre les 80% de pièces produites par les équipementiers via son réseau de distribution sélectif. Sous cet angle, la cour cantonale a par conséquent rejeté la conclusion IV. de la demanderesse tendant à ce que la défenderesse transmette la liste de tous les fabricants de pièces détachées.
Pour le second comportement, la cour cantonale s'est également fondée sur la CommAuto pour en déduire que le refus de A._, de fournir directement à B._ - et non par son réseau de distribution sélectif - les quelque 20% de pièces détachées qu'elle fabriquait elle-même, devait être qualifié d'atteinte qualitativement grave à la concurrence. Elle a partiellement admis la conclusion I., première partie et a condamné la défenderesse à vendre ces pièces détachées à la demanderesse en vertu de l'<ref-law>.
C.
Contre cet arrêt qui lui a été notifié le 10 mars 2021, la défenderesse a interjeté un recours en matière civile au Tribunal fédéral le 26 avril 2021. Elle conclut principalement à son annulation et à sa réforme en ce sens que la première partie de la conclusion I. de la demanderesse soit rejetée, soit que A._ ne soit pas condamnée à vendre les pièces détachées en question à B._. Subsidiairement, elle conclut au renvoi de la cause à la cour cantonale pour nouvelle décision dans le sens des considérants. Elle se plaint d'une violation de l'<ref-law>, ainsi que du droit constitutionnel fribourgeois.
L'intimée conclut à l'irrecevabilité du recours, subsidiairement en propose le rejet.
La recourante a encore déposé des observations sur la réponse de l'intimée.
La cour cantonale n'a pas formulé d'observations.
Par ordonnance présidentielle du 10 juin 2021, la présidente de la Ie Cour de droit civil a rejeté la requête d'effet suspensif.

Considérant en droit :
1.
1.1. Interjeté en temps utile (<ref-law>) par la partie qui a succombé dans ses conclusions (<ref-law>), dans une affaire traitant de droit de la concurrence (<ref-law> et art. 31 al. 1 let. e RTF) et rendue par un tribunal cantonal statuant en instance unique (<ref-law> et <ref-law>), le recours en matière civile est recevable au regard de ces dispositions sans égard à la valeur litigieuse (<ref-law>).
Dirigé contre une décision incidente (<ref-law>), ne portant que sur la question de l'existence d'un accord illicite en matière de concurrence et réservant le sort des conclusions en dommages-intérêts à un traitement ultérieur, le recours immédiat n'est recevable que lorsque la décision incidente est susceptible de causer un préjudice irréparable (let. a), ou lorsque l'admission du recours peut conduire immédiatement à une décision finale permettant d'éviter une procédure probatoire longue et coûteuse (let. b).
1.2. La recourante soutient à juste titre qu'une décision admettant le recours mettrait un terme à l'instance, constituant ainsi une décision finale. Il y a lieu d'admettre qu'en l'espèce elle éviterait une procédure probatoire longue et coûteuse portant sur la détermination du dommage subi par l'intimée ainsi que sur le lien de causalité entre l'entrave illicite et le dommage.
2.
2.1. Le recours en matière civile peut être exercé pour violation du droit fédéral (<ref-law>), y compris le droit constitutionnel (<ref-ruling> consid. 2.1; <ref-ruling> consid. 2.4). Saisi d'un recours en matière civile, le Tribunal fédéral applique le droit d'office (<ref-law>). Cela ne signifie pas que le Tribunal fédéral examine, comme le ferait un juge de première instance, toutes les questions juridiques qui pourraient se poser. Compte tenu de l'obligation de motiver imposée par l'<ref-law>, il ne traite que les questions qui sont soulevées devant lui par les parties, à moins que la violation du droit ne soit manifeste (<ref-ruling> consid. 2; arrêts 4A_508/2016 du 16 juin 2017 consid. 2.2, non publié aux <ref-ruling>; 4A_357/2015 du 4 décembre 2015 consid. 1.4).
2.2. Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>). Relèvent de ces faits tant les constatations relatives aux circonstances touchant l'objet du litige que celles concernant le déroulement de la procédure conduite devant l'instance précédente et en première instance, c'est-à-dire les constatations ayant trait aux faits procéduraux (<ref-ruling> consid. 1.3.1 et les références citées). Le Tribunal fédéral ne peut rectifier ou compléter les constatations de l'autorité précédente que si elles sont manifestement inexactes, c'est-à-dire arbitraires (<ref-ruling> consid. 2; <ref-ruling> consid. 1.5) ou ont été établies en violation du droit au sens de l'<ref-law> (<ref-law>). Encore faut-il que la correction du vice soit susceptible d'influer sur le sort de la cause (<ref-law>).
3.
La recourante invoque la violation du droit fédéral en ce sens que la cour cantonale aurait retenu à tort l'existence d'une restriction illicite à la concurrence pour la condamner à la conclusion d'un contrat portant sur la vente de pièces de rechange en tant qu'elles font partie des 20% de pièces qu'elle fabrique elle-même ou par ses filiales détenues à 100%. Sous le titre intitulé " champ d'application de la LCart ", la recourante conteste en réalité l'application que la cour cantonale fait de la CommAuto et l'existence d'un accord en matière de concurrence (<ref-law>).
3.1. Le droit suisse de la concurrence vise à protéger la concurrence en tant qu'institution permettant d'entrer librement sur le marché (Message du 23 novembre 1994 concernant la LCart, FF 1994 472 s., p. 505; VALENTIN BOTTERON, Le contrôle des concentrations d'entreprises, 2021, n° 101, p. 26; DUCREY/ZURKINDEN, Das schweizerische Kartellrecht, in Allgemeines Aussenwirtschafts- und Binnenmarktrecht, SBVR vol. XI, 2007, p. 597 ss n° 7; TERCIER/MARTENET, Commentaire romand, 2e éd. 2013, n° 25 ad <ref-law>). Il est fondé sur le mandat constitutionnel de l'art. 96 Cst. qui charge la Confédération de lutter contre les " conséquences dommageables des [...] formes de limitation de la concurrence ". La Loi sur les cartels (LCart) proscrit ainsi notamment les pratiques d'entreprises décrites aux art. 5 et 7 LCart, soit les accords illicites (<ref-law>) et les abus de position dominante (<ref-law>). Toutes les restrictions à la concurrence ne sont donc pas interdites, mais seulement celles qui sont illicites au sens de ces dispositions. A ce titre, le volet privé du droit de la concurrence (<ref-law>) permet notamment à la personne qu'une restriction illicite à la concurrence entrave dans l'accès à la concurrence ou l'exercice de celle-ci, d'obtenir la cessation ou la suppression du trouble qu'elle subit (<ref-law>).
Pour assurer la suppression ou la cessation de l'entrave, le juge peut, à la requête du demandeur, prononcer notamment la nullité des contrats en tout ou en partie (<ref-law>), ou condamner celui qui est à l'origine de l'entrave à la concurrence de conclure avec celui qui la subit, des contrats conformes au marché et aux conditions usuelles de la branche (<ref-law>).
3.2. Sont prohibés notamment les accords illicites en matière de concurrence au sens de l'<ref-law>.
3.2.1. Premièrement, il doit s'agir d'accords en matière de concurrence selon l'<ref-law>.
Aux termes de l'<ref-law>, les accords en matière de concurrence sont les conventions avec ou sans force obligatoire ainsi que les pratiques concertées d'entreprises occupant des échelons du marché identiques ou différents, dans la mesure où elles visent ou entraînent une restriction à la concurrence. Pour correspondre à la notion d'accord en matière de concurrence au sens de l'<ref-law>, deux conditions doivent être remplies: d'une part, l'existence d'un accord et, d'autre part, le fait que le but ou l'effet de celui-ci soit de restreindre la concurrence (<ref-ruling> consid. 6.4).
En ce qui concerne en particulier la première de ces deux conditions, l'accord doit lier deux entreprises distinctes au moins, occupant des échelons du marché identiques ou différents (<ref-ruling> consid. 6.4.1; AMSTUTZ/CARRON/REINERT, Commentaire romand, 2e éd 2013, n° 15 ad <ref-law>; BÉATRICE HURNI, L'action civile en droit de la concurrence, p. 233; REINERT, Basler Kommentar, 2e éd 2022, n° 1 ad <ref-law>). Les accords entre une filiale et la société mère qui la détient à 100%, ne sont pas inclus dans la définition d'un accord en matière de concurrence (AMSTUTZ/CARRON/REINERT, op. cit., n° 15 ad <ref-law>; BÉATRICE HURNI, op. cit., p. 234; REINERT, op. cit., n° 360 ad <ref-law>). L'accord entre plusieurs entreprises peut n'imposer des obligations qu'à une seule d'entre elles, dans la mesure où la débitrice des obligations les accepte, même si elle doit le faire à contre-coeur (AMSTUTZ/CARRON/REINERT, op. cit., n° 16 et 121 ad <ref-law>).
3.2.2. Deuxièmement, ces accords doivent être illicites au sens de l'<ref-law>.
Aux termes de l'<ref-law>, les accords en matière de concurrence qui affectent de manière notable la concurrence sur le marché de certains biens ou services et qui ne sont pas justifiés par des motifs d'efficacité économique sont illicites. Les accords en matière de concurrence qui conduisent à la suppression d'une concurrence efficace sont illicites indépendamment de toute justification par des motifs d'efficacité économique.
Les conditions auxquelles des accords en matière de concurrence sont en règle générale réputés justifiés par des motifs d'efficacité économique, peuvent être fixées par voie d'ordonnances ou de communications (<ref-law>). Dans le secteur automobile, la COMCO a adopté dans ce sens la " communication concernant l'appréciation des accords verticaux dans le secteur automobile ", par décision du 29 juin 2015 (CommAuto).
3.3. Pour sanctionner le refus de la recourante de fournir directement à l'intimée les pièces de rechange parmi les quelque 20% de pièces détachées qu'elle fabrique elle-même ou dans ses filiales détenues à 100%, la cour cantonale s'est fondée sur l'art. 16 let. g CommAuto. Cette disposition prévoit que la restriction, pour les fabricants de pièces de rechange, d'appareils de réparation, d'équipements de diagnostic ou d'autres équipements, de la possibilité de vendre ces marchandises aux membres d'un réseau de distribution à des opérateurs indépendants ou à des utilisateurs finaux, constitue une atteinte qualitativement grave à la concurrence. La cour cantonale a conclu que ces conditions étaient remplies en l'espèce.
Cela ne suffit pas.
3.4.
3.4.1. En effet, il n'y a pas d'accord entre A._ et ses filiales détenues à 100%; dès lors qu'elles appartiennent au même groupe, elles ne peuvent conclure un accord en matière de concurrence au sens de l'<ref-law>.
Qu'en est-il de l'accord entre A._ et ses fournisseurs, qui est un accord en matière de concurrence, mais dont la cour cantonale a jugé qu'il était justifié par des motifs d'efficacité économique pour ce qui a trait à la mise en place d'un réseau de distribution sélectif? La cour cantonale a retenu que B._ n'a pas prouvé que cet accord interdirait à A._ de vendre les pièces qu'elle fabrique elle-même ou par ses filiales détenues à 100% à des tiers non agréés. Il en découle que si la recourante ne vend pas de produits à l'intimée, ce n'est pas en vertu d'un accord illicite en matière de concurrence qui le lui imposerait.
3.4.2. Autrement dit, comme le soutient la recourante, il n'est pas établi qu'elle soit partie à un accord en matière de concurrence qui l'empêche de livrer des produits à l'intimée, de sorte que les conditions de l'<ref-law> ne sont pas remplies. Par conséquent, la première condition de l'<ref-law> ne l'est pas non plus. Il n'existe donc pas d'atteinte illicite à la concurrence, de sorte que l'action en conclusion du contrat des art. 12 et 13 LCart formée par la demanderesse ne peut qu'être rejetée.
Aucune autre restriction illicite à la concurrence n'a fait l'objet du litige ou été retenue par la cour cantonale.
4.
Le grief fondé sur l'application de la LCart doit être admis. Il est superflu d'examiner le grief de la recourante fondé sur le droit constitutionnel fribourgeois, qui tend à obtenir le même résultat.
5.
Au vu de ce qui précède, le recours doit être admis. L'arrêt attaqué est réformé en ce sens que la conclusion I. de B._, première partie, qui consiste à condamner A._ à lui vendre sans intermédiaire les 20% de pièces détachées qu'elle fabrique elle-même ou par ses filiales détenues à 100%, est rejetée. La recourante obtient gain de cause, de sorte que l'intimée supportera les frais de la présente procédure (<ref-law>) et lui versera une indemnité pour ses frais d'avocat (art. 68 al. 1 et 2 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est admis et l'arrêt attaqué est réformé en ce sens que l'obligation de A._ de vendre à B._ 20% des pièces détachées qu'elle fabrique elle-même ou via ses filiales détenues à 100% est supprimée.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 10'000 fr. sont mis à la charge de l'intimée.
3.
L'intimée versera à la recourante une indemnité de 12'000 fr. à titre de dépens.
4.
La cause est renvoyée à la IIe Cour d'appel civil du Tribunal cantonal de l'Etat de Fribourg pour nouvelle décision sur les frais et dépens de la procédure cantonale.
5.
Le présent arrêt est communiqué aux mandataires des parties et à la IIe Cour d'appel civil du Tribunal cantonal de l'Etat de Fribourg.
Lausanne, le 18 janvier 2022
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente : Hohl
Le Greffier : Botteron