Faits :
A.
A.a. Les époux A.X._ et B.X._ sont contribuables jurassiens. Depuis le mois de février 2005, A.X._ a exploité un commerce de vente de matériel satellite. Dans ce contexte, il a mis en place un système de partage de carte ("card sharing"), qui permettait à ses clients de regarder sans abonnement officiel des chaînes de télévision cryptées et payantes détenues par Société Y._ et par Z._. Pour ce faire, les clients achetaient à A.X._ des appareils ("Dreambox") qu'il avait modifiés pour qu'ils puissent recevoir ces chaînes au travers de la dizaine d'abonnements qu'il avait lui-même contractés. ll disposait pour cela d'un serveur auquel ses clients se connectaient. Ces derniers lui payaient un abonnement, dont le coût était inférieur au prix d'un abonnement officiel. La vente des appareils Dreambox a représenté environ 70% du chiffre d'affaires de A.X._.
A.X._ tenait une comptabilité en bonne et due forme et a remis en annexe à ses déclarations fiscales 2006 à 2009 des bilans et des comptes de pertes et profits (<ref-law>).
A.b. Y._ et Z._ ont déposé une plainte pénale à l'encontre de A.X._ le 12 juin 2007. Des mesures d'instruction ont été entreprises par le juge en charge du dossier dès l'été 2007 (<ref-law>). A.X._ a coupé l'accès au serveur permettant aux clients d'accéder aux chaînes à la fin du mois de janvier 2008 (<ref-law>).
Le 10 décembre 2010, A.X._ a été condamné pénalement en première instance et astreint à verser aux parties plaignantes une indemnité en remise du gain (<ref-law>). Il a fait appel de ce jugement auprès de la Cour pénale du Tribunal cantonal de la République et canton du Jura qui, le 14 juin 2011, a déclaré A.X._ coupable de l'infraction de fabrication et de mise sur le marché d'équipements servant à décoder frauduleusement des services cryptés (art. 150 bis du Code pénal suisse [CP]; RS 311.0) et d'infraction à la loi fédérale sur les droits d'auteurs (LDA; RS 231.1). Cette Cour a par ailleurs confirmé que A.X._ devait verser aux parties plaignantes une indemnité au titre de remise du gain, fixée à 98'435 fr. 80.
A.X._ a recouru contre ce jugement auprès du Tribunal fédéral qui a admis le recours, l'infraction à l'art. 150 bis CP étant prescrite et les conditions des infractions à la LDA n'étant pas réalisées. Le Tribunal fédéral a par ailleurs renvoyé la cause à l'instance précédente pour qu'elle statue à nouveau sur les prétentions civiles des parties plaignantes (arrêt 6B_584/2011 du 11 octobre 2012, partiellement publié in <ref-ruling>).
Statuant sur renvoi le 27 juin 2013, la Cour pénale du Tribunal cantonal a condamné A.X._ à restituer aux parties plaignantes les gains perçus, à hauteur de 63'472 fr. 55, avec intérêt à 5% dès le 10 décembre 2010. L'obligation de restitution était fondée sur l'art. 423 du Code des obligations (CO; RS 220). A.X._ a recouru en vain contre ce jugement auprès du Tribunal fédéral (arrêt 6B_819/2013 du 27 mars 2014).
B.
Le 1 er juillet 2011, le Service des contributions du canton du Jura a procédé à la taxation des époux X._ pour les périodes fiscales 2006 à 2009. Le revenu imposable des époux comportait la rubrique "activité accessoire indépendante", qui s'élevait à 28'053 fr. en 2006, à 27'092 fr. en 2007, à 1'836 fr. en 2008 et à 4'389 fr. en 2009 (<ref-law>).
Par réclamations du 28 juillet 2011, A.X._ a demandé au Service cantonal qu'il déduise de son revenu l'indemnité en remise de gain à laquelle il avait été condamné (<ref-law>). La réclamation a été rejetée (décisions sur réclamation du 5 octobre 2012).
Le 31 octobre 2012, les contribuables ont déposé un recours contre les décisions sur réclamation auprès de la Commission cantonale des recours en matière d'impôts (ci-après: la Commission des recours), qui l'a rejeté le 22 juin 2016. Contre cette décision, les intéressés ont recouru auprès de la Cour administrative du Tribunal cantonal du canton du Jura (ci-après: le Tribunal cantonal), précisant ne contester que l'impôt cantonal, communal et ecclésiastique (ci-après: impôt d'Etat).
Par arrêt du 10 avril 2017, le Tribunal cantonal a constaté l'entrée en force de la décision de la Commission des recours s'agissant de l'impôt fédéral direct et rejeté le recours s'agissant de l'impôt d'Etat, au motif que l'indemnité de 63'472 fr. 55 ne pouvait pas constituer une charge déductible du revenu.
C.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public, A.X._ et B.X._ demandent au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, d'annuler la décision du Tribunal cantonal du 10 avril 2017, de dire que l'indemnité de 63'472 fr. 55 constitue une charge commerciale déductible et, partant, de renvoyer la cause au Service cantonal pour nouvelles décisions de taxation dans le sens des considérants.
Le Tribunal cantonal et l'Administration fédérale des contributions concluent au rejet du recours et à la confirmation de l'arrêt attaqué. Le Service des contributions a déposé une réponse, concluant au rejet du recours et à la confirmation de ses décisions de taxation. Les recourants ont déposé d'ultimes observations.

Considérant en droit :
1.
La décision attaquée, qui porte sur l'impôt d'Etat du canton du Jura, est finale (<ref-law>) et a été rendue en dernière instance cantonale par un tribunal supérieur (art. 86 al. 1 let. d et al. 2 LTF), dans une cause de droit public (<ref-law>) qui ne tombe sous le coup d'aucune des exceptions prévues à l'<ref-law>. La voie du recours en matière de droit public est donc ouverte. La définition des frais déductibles de l'activité lucrative indépendante au sens des impôts cantonaux et communaux est une matière harmonisée à l'art. 10 de la loi fédérale du décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes [LHID; RS 642.14]) et l'<ref-law> confirme cette voie de droit.
Le recours a par ailleurs été déposé en temps utile compte tenu des féries (cf. art. 46 al. 1 let. a et 100 al. 1 LTF) et dans les formes prescrites (cf. <ref-law>) par les destinataires de la décision attaquée, qui ont qualité pour recourir (cf. <ref-law>). Il convient donc d'entrer en matière.
2.
D'après l'<ref-law>, le Tribunal fédéral applique le droit d'office. Conformément à l'<ref-law>, il ne connaît de la violation des droits fondamentaux ainsi que celle de dispositions de droit cantonal et intercantonal que si ce grief a été invoqué et motivé par le recourant, à savoir exposé de manière claire et détaillée (cf. <ref-ruling> consid. 1.7.2 p. 106; <ref-ruling> consid. 1.3 p. 1). Le Tribunal fédéral revoit toutefois librement la conformité du droit cantonal harmonisé et sa mise en pratique par les instances cantonales aux dispositions de la LHID lorsque les dispositions de cette loi ne laissent pas de marge de manoeuvre aux cantons, comme tel est le cas de la question des frais justifiés par l'usage commercial ou professionnel (arrêt 2C_107/2017 du 6 décembre 2017 consid. 3.1 et les références).
3.
3.1. Pour statuer, le Tribunal fédéral se fonde sur les faits constatés par l'autorité précédente (<ref-law>), à moins que ceux-ci n'aient été établis de façon manifestement inexacte - notion qui correspond à celle d'arbitraire (<ref-ruling> consid. 2.3.1 p. 244) - ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> (<ref-law>), et pour autant que la correction du vice soit susceptible d'influer sur le sort de la cause (cf. <ref-law>), ce que la partie recourante doit démontrer d'une manière circonstanciée, conformément aux exigences de l'<ref-law>. A défaut, il n'est pas possible de tenir compte d'un état de fait divergeant de celui qui est contenu dans l'acte attaqué (<ref-ruling> consid. 2.3 p. 266; <ref-ruling> consid. 5.1 p. 356).
3.2. Invoquant l'<ref-law>, les recourants font valoir que l'instance précédente a arbitrairement omis de tenir compte du fait que les chaînes de Y._ et de Z._ n'étaient pas commercialisées en Suisse à l'époque des faits et qu'elle en a tiré la conclusion arbitraire selon laquelle le recourant 1 avait manqué de diligence dans l'exploitation de son entreprise en s'abstenant de demander une autorisation à leurs propriétaires.
Cette constatation de fait n'est pas décisive pour l'issue du recours (cf. infra consid. 4 à 6). Au demeurant, l'affirmation des recourants est en contradiction avec ce que le Tribunal fédéral a constaté dans l'arrêt 6B_584/2011 précité concernant le recourant 1, à savoir que les parties plaignantes proposaient des abonnements à Y._ en Suisse depuis 1996 (cf. consid. B.a de l'arrêt). Le grief tiré de l'<ref-law> est partant rejeté.
Au surplus, dans la mesure où les recourants fondent leur recours sur des faits qui ne ressortent pas de l'arrêt attaqué sans se plaindre d'une constatation manifestement inexacte ou arbitraire, la Cour de céans n'en tiendra pas compte.
4.
Le litige porte sur le point de savoir si l'indemnité en remise du gain de 63'472 fr. 55 fr. que le recourant 1 a été condamné à payer en vertu de l'<ref-law> en 2014 est déductible du revenu de l'activité indépendante qu'il a réalisé au cours des périodes fiscales 2006 à 2009 litigieuses. Est seul en jeu l'impôt d'Etat, l'instance précédente ayant constaté l'entrée en force des décisions de taxation s'agissant de l'impôt fédéral direct.
4.1. Les juges précédents ont retenu que cette indemnité ne pouvait pas constituer une charge justifiée par l'usage commercial déductible au sens de l'art. 25 de la loi d'impôt jurassienne (LI; RS/JU 641.11; cf. <ref-law>). Pour parvenir à cette conclusion, ils ont appliqué au cas d'espèce la jurisprudence rendue en matière de versements en dommages-intérêts, selon laquelle de tels paiements ne sont déductibles du revenu de l'activité lucrative que s'ils résultent du risque propre à l'activité exercée, mais pas lorsqu'ils ont été causés par un manquement personnel du contribuable. En l'espèce, comme A.X._ avait réalisé les conditions de l'infraction punie à l'art. 150 bis CP, même s'il avait échappé à une condamnation en raison de la prescription, l'indemnité au titre de remise du gain qu'il avait dû payer résultait d'un comportement pénalement répréhensible, ce qui excluait sa déductibilité. La même conclusion s'imposait si l'on admettait que le paiement de cette indemnité ne résultait pas d'un comportement pénalement répréhensible. Elle était fondée sur l'<ref-law>, dont la réalisation supposait la commission d'un acte illicite (gestion dans l'intérêt du gérant et non du maître). Or, A.X._ aurait pu éviter de devoir la verser s'il s'était abstenu de pratiquer le "card sharing" ou s'il avait obtenu des autorisations de la part des propriétaires des chaînes. Le risque d'être astreint à réparation n'était donc pas indissociable de son activité lucrative et le dommage qu'il avait causé aux plaignants l'avait donc bien été par ses manquements personnels. Enfin, les indemnités litigieuses ne pouvaient pas non plus être assimilées à des sanctions financières visant à réduire le bénéfice sans caractère pénal, dont le Tribunal fédéral avait admis le caractère déductible dans l'arrêt 2C_916/2014 du 26 septembre 2016.
4.2. Les recourants font valoir que ce raisonnement viole l'art. 25 LI. Ils soutiennent que le risque pour le recourant 1 d'être astreint au paiement de dommages-intérêts était inhérent à l'activité de "card sharing" qu'il avait pratiquée, qui représentait l'essentiel de son activité lucrative, et que l'indemnité pour remise de gain à laquelle il avait été astreint ne présentait aucun caractère pénal. La déductibilité de cette indemnité résultait aussi de l'arrêt 2C_916/2014 du 26 septembre 2016 précité. Au surplus, imposer les recourants sur des revenus que le recourant 1 avait dû restituer s'avérait contraire au principe d'imposition selon la capacité économique exprimé à l'art. 127 al. 2 Cst.
4.3. Dans sa réponse, le Service des contributions soutient en substance que la pratique du "card sharing" n'entrait pas dans le cadre de l'activité de vente de matériel satellite que A.X._ avait fait inscrire au registre du commerce et que, partant, la déductibilité de l'indemnité qui en avait découlé était exclue. A titre subsidiaire, il relève que la condamnation définitive au paiement de l'indemnité est intervenue par l'arrêt du Tribunal fédéral du 27 mars 2014, de sorte cette indemnité ne pouvait pas être déduite du revenu des périodes fiscales 2006 à 2009 (application du principe de périodicité). La seule possibilité d'envisager une déduction attribuable aux périodes litigieuses eût été la constitution de provisions. Or, le recourant 1 n'en avait comptabilisé aucune dans les comptes commerciaux des exercices concernés.
5.
Le paiement de l'indemnité en remise du gain à laquelle le recourant 1 a été condamné est fondée sur l'<ref-law>, qui traite de la gestion d'affaires dans l'intérêt du gérant. L'indemnité en remise du gain prévu par l'<ref-law> vise à obliger le gérant à restituer au maître le gain qu'il a réalisé de mauvaise foi en s'immisçant sans droit dans ses affaires, pour éviter qu'il ne puisse conserver les profits tirés de son activité illicite (cf. arrêt 6B_819/2013 du 27 mars 2014 consid. 6.1 et 7.1; ANNE HÉRITIER LACHAT, in Commentaire Romand, Code des obligations I, 2e éd. 2012, n° 3 ad <ref-law>). Le maître peut ainsi demander la restitution du profit illégitime réalisé par le gérant (cf. <ref-ruling> consid. 4 p. 424 s.; arrêts 4A_211/2016 du 7 juillet 2016 consid. 2; 4A_456/2010 du 18 avril 2011 consid. 4).
Les questions, litigieuses, de savoir si le versement d'une telle indemnité constitue une charge justifiée par l'usage commercial déductible et si la jurisprudence rendue en matière de dommages-intérêts ou dans le contexte des sanctions financières non pénales est applicable au cas d'espèce peuvent rester ouvertes en l'espèce, pour les raisons exposées ci-après.
6.
Dans le cadre de son activité indépendante, A.X._ tenait une comptabilité bonne et due forme, et il a produit à l'appui de ses déclarations fiscales des bilans et des comptes de pertes et profits. Or, la tenue d'une comptabilité en bonne et due forme a des conséquences sur l'établissement de son revenu imposable en lien avec son activité lucrative indépendante:
6.1. En droit cantonal jurassien comme en droit fédéral (cf. le renvoi à l'<ref-law> figurant à l'<ref-law>), la détermination du bénéfice net imposable des contribuables tenant une comptabilité en bonne et due forme s'effectue selon les règles applicables aux personnes morales (application du principe d'autorité du bilan commercial). Cela ressort expressément de l'art. 16 al. 3 LI, qui renvoie à l'art. 70 LI consacré à l'établissement du bénéfice des personnes morales (cf. aussi, au sujet de l'application du principe d'autorité du bilan commercial aux indépendants qui tiennent une comptabilité dans la LHID, MARKUS REICH/JULIA VON AH, in Kommentar zum Bundesgesetz über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden [StHG], 3e éd. 2017, n° 23 ad art. 8 StHG). Selon le principe d'autorité du bilan commercial, les comptes établis conformément aux règles du droit commercial lient les autorités fiscales, à moins que le droit fiscal ne prévoie des règles correctrices particulières. L'autorité du bilan commercial tombe en revanche lorsque des normes impératives du droit commercial sont violées ou que des normes fiscales correctrices l'exigent (<ref-ruling> consid. 3 p. 85; <ref-ruling> consid. 6.2 p. 359 s.). Le principe d'autorité du bilan lie non seulement l'autorité fiscale, mais également le contribuable lui-même, qui est tenu par sa comptabilité (autorité formelle du droit comptable, cf. ROBERT DANON, in Commentaire romand, Commentaire de la loi sur l'impôt fédéral direct, 2 e éd. 2016, n° 74 ad art. 57-58 LIFD).
6.2. Les frais liés à une activité lucrative indépendante, justifiés par l'usage commercial ou professionnel, sont déductibles. Les provisions en font partie (art. 25 al. 1 let. a et 27 LI). Selon l'art. 27 al. 1 LI (cf. <ref-law> et art. 29 al. 1 let. a et b LIFD en droit fédéral), des provisions peuvent être constituées pour les engagements d'un montant encore indéterminé ainsi que pour les risques de pertes imminentes qui existent au terme de l'exercice. L'institution de la provision est notamment utilisée pour réduire le bénéfice de l'exercice en cours si le montant d'une dépense ou d'une perte réelle ou au moins probable n'est pas encore connu, mais ne sera pas réalisé avant une période ultérieure (<ref-ruling> consid. 5.1 p. 87).
6.3. L'admissibilité d'une provision au plan fiscal suppose la réalisation de deux conditions cumulatives. Il faut d'une part qu'elle soit justifiée par l'usage commercial et d'autre part qu'elle ait été dûment comptabilisée (REICH/ZÜGER/BETSCHART, in Kommentar zum Bundesgesetz über die direkte Bundessteuer [DBG], 2e éd. 2017, n° 7 ss ad art. 29 DBG; REICH/VON AH, in op. cit., n° 20 ad art. 10 StHG; DANON, in op. cit., n° 9 ad <ref-law>).
Si une provision n'a pas été comptabilisée, sa prise en compte au plan fiscal est en principe exclue. Selon LOCHER, l'admission au plan fiscal d'une provision non comptabilisée doit néanmoins intervenir si cette absence de comptabilisation viole une norme impérative du droit commercial (PETER LOCHER, Kommentar zum DBG, I. Teil, 2004, n° 17 ad <ref-law>; cf. aussi JÜRG STOLL, Die Rückstellung im Handels- und Steuerrecht, 1992, p. 231). Une telle correction du bilan ("Bilanzberichtigung") ne peut toutefois être admise qu'à titre exceptionnel, étant donné la liberté d'appréciation du contribuable (cf. REICH/ZÜGER/BETSCHART, in op. cit., n° 7 ad art. 29 DBG). Le Tribunal fédéral a par ailleurs récemment souligné qu'une correction du bilan ne pouvait pas intervenir pour compenser une omission comptable imputable au contribuable (arrêt 2C_784/2017 du 8 mars 2018 consid. 7.3; cf. aussi arrêt 2C_29/2012 du 16 août 2012 consid. 2.1, in RF 67/2012 p. 756, où le Tribunal fédéral a jugé qu'il fallait faire preuve de la plus grande retenue lorsque des corrections de bilan ont un but fiscal). Il a en revanche admis qu'il fallait corriger une provision pour impôt qui avait bien été comptabilisée, mais qui était devenue insuffisante en raison d'une reprise effectuée dans le bénéfice imposable (<ref-ruling> consid. 5.5 p. 89 s.; cf. aussi arrêt 2C_662/2014 du 25 avril 2015 consid. 6.5, in RDAF 2015 II 267).
6.4. En l'espèce, le recourant 1 a fait face à une plainte pénale déposée contre lui par Y._ et par Z._ en juin 2007, en raison de son activité de "card sharing". Des mesures d'instruction ont été effectuées dès l'automne 2007 par le magistrat en charge du dossier. Le recourant 1 ne nie par ailleurs pas qu'il était conscient que son activité de card sharing était risquée et qu'il était exposé à restitution. Il insiste du reste dans son recours sur le fait qu'il savait qu'il était exposé à un risque de restitution (recours p. 10: " le risque considéré au cas particulier est celui d'être astreint à dédommager l'entreprise émettrice des programmes par satellite. Il est inhérent à l'activité déployée "). Dans ces circonstances, le recourant devait faire apparaître ce risque inhérent dans sa comptabilité par la comptabilisation d'une provision, ce qu'il n'a jamais fait, ni en 2006, ni postérieurement, et ce alors même qu'il a été confronté concrètement à une plainte pénale et à des conclusions civiles en restitution du gain dès 2007. Faute de comptabilisation, il n'est pas nécessaire de trancher le point de savoir si de telles provisions auraient été admises comme charges justifiées par l'usage commercial pour chacune des périodes fiscales litigieuses.
6.5. Les recourants font valoir en vain que ne pas tenir compte de la restitution du revenu serait contraire au principe d'imposition selon la capacité économique (art. 127 al. 2 Cst.) et que l'application de cette disposition justifierait une "modification" du bilan des exercices 2006 à 2009. En effet, lorsque le principe d'autorité du bilan commercial s'applique, il est déjà tenu compte du principe d'imposition selon la capacité économique en ce sens que (toutes) les dépenses fondées commercialement peuvent être comptabilisées au compte de résultat (cf. <ref-ruling> consid. 7.1 p. 22). Il incombait ainsi au recourant 1 de faire valoir une provision dans ses bilans en lien avec une activité l'exposant au risque concret de devoir rembourser le revenu réalisé. Le principe d'imposition selon la capacité économique ne permet pas de pallier cette absence de comptabilisation. Au demeurant, il n'est pas exclu que le recourant 1 puisse déduire l'indemnité payée en 2014, si les conditions sont réunies, en particulier s'il exerçait encore son activité lucrative indépendante (cf. arrêt 2C_189/2016 du 13 février 2017 consid. 6.4.2, in RDAF 2017 II 446) et si le paiement de cette indemnité peut être admise comme charge justifiée par l'usage commercial. Ce point n'a toutefois pas à être examiné dans la présente procédure, qui ne concerne que les périodes fiscales 2006 à 2009.
7.
Ce qui précède conduit au rejet du recours. L'arrêt attaqué est confirmé par substitution de motifs (sur ce point, cf. <ref-ruling> consid. 3 p. 415; <ref-ruling> consid. 2.2 p. 540).
Succombant, les recourants doit supporter les frais judiciaires, solidairement entre eux (art 66 al. 1 et 5 LTF). Il ne sera pas alloué de dépens (art. 68 al. 1 et 3 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 fr., sont mis à la charge des recourants, solidairement entre eux.
3.
Le présent arrêt est communiqué au mandataire des recourants, au Service des contributions du canton du Jura, au Tribunal cantonal de la République et canton du Jura, Cour administrative, et à l'Administration fédérale des contributions.
Lausanne, le 17 septembre 2018
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Seiler
La Greffière : Vuadens