Sachverhalt:
A.
A._ fuhr am 13. März 2017 mit seinem Personenwagen von Frankreich in die Schweiz ein. Er wurde beim Grenzübergang Basel-St. Louis angehalten und kontrolliert.
Im Leerraum des Beifahrerairbags wurde ein Geheimversteck gefunden. Dieses mass in der Länge 50 cm, in der Breite 20 cm und in der Tiefe 15 cm.
Die Eidgenössische Zollverwaltung testete den Personenwagen mit einem Sprengstoff- und Drogenspurendetektionsgerät (Itemiser). Der Test ergab, dass der Personenwagen mit Betäubungsmitteln kontaminiert war. Konkret ergab sich im Kofferraum ein THC-Wert von 3.08, auf der Rückbank ein THC-Wert von 2.05 und ein Heroinwert von 1.74, an der Mittelkonsole ein Kokainwert von 1.66, auf dem Beifahrersitz ein Kokainwert von 1.04, ein Cathinwert von 3.22 und ein Metamphetaminwert von 2.56 sowie am Handschuhfach ein Kokainwert von 2.99. Beim Geheimversteck fand sich ein Kokainwert von 3.41, bei dessen Zugang ein Kokainwert von 1.66 sowie beim offenen Versteck ein Kokainwert von 2.28. Beim Fahrersitz am Lenkrad wurde zudem ein Paracetamolwert von 2.25 festgestellt.
A._ wies im Nacken Spuren von Noscapin mit einem Wert von 4.26 auf. In seinen Hosentaschen wurden ein Kokainwert von 1.64 und ein Noscapinwert von 1.41 festgestellt. Der Beifahrer und Cousin von A._ war an den Händen mit einem Kokainwert von 3.22 und am Nacken mit einem Noscapinwert von 1.11 kontaminiert. In seinen Hosentaschen fanden sich ebenfalls Kokainkontaminierungen von 3.64. Diese Ergebnisse wurden in qualitativer Hinsicht durch einen forensisch-chemischen Abschlussbericht des Instituts für Rechtsmedizin der Universität Bern bestätigt. Drogen wurden keine gefunden.
A._ trug bei der Kontrolle Bargeld verschiedener Währungen auf sich, unter anderem Fr. 5'000.-- und EUR 1'320.--. Zum Zweck seiner Reise gab er an, er besitze in U._ und V._ Diskotheken. Seine Frau und seine beiden Kinder würden in V._ wohnen. Er wolle sie für zwei Tage besuchen, bevor er nach U._ zurückkehre.
Den Personenwagen habe er vor zwei bis drei Monaten in Slowenien für ungefähr EUR 25'000.-- gekauft. Die Fahrzeugpapiere seien noch nicht umgeschrieben worden. Weitere Abklärungen ergaben, dass der Beifahrer wegen Widerhandlungen gegen das BetmG im RIPOL zur Verhaftung ausgeschrieben war. Die Eidgenössische Zollverwaltung stellte den Personenwagen vorläufig sicher.
B.
Mit Einziehungsbescheid vom 24. Januar 2018 verfügte das Kommando Grenzwachtkorps der Eidgenössischen Zollverwaltung, dass der Personenwagen definitiv eingezogen wird.
Am 26. Januar 2018 erhob A._ Einsprache, worauf der zuständige Vizedirektor der Eidgenössischen Zollverwaltung den Einziehungsbescheid am 19. Juli 2019 bestätigte.
C.
Am 22. Juli 2019 stellte A._ ein Begehren um gerichtliche Beurteilung der Einziehungsverfügung. Am 4. August 2020 fand vor dem Regionalgericht Oberland die Hauptverhandlung statt.
Mit Urteil vom 28. August 2020 erkannte das Regionalgericht, dass der beschlagnahmte Personenwagen an A._ herauszugeben sei. Dessen Zivilklage auf Schadenersatz hiess es dem Grundsatz nach gut und verwies ihn im Übrigen auf den Zivilweg.
D.
Gegen dieses Urteil erhob die Eidgenössische Zollverwaltung Beschwerde beim Obergericht des Kantons Bern.
In der Folge erstattete das Obergericht bei der Staatsanwaltschaft des Kantons Basel-Stadt Strafanzeige gegen A._ wegen Widerhandlungen gegen das Betäubungsmittelgesetz. Das Beschwerdeverfahren wurde sistiert. Nachdem die Staatsanwaltschaft die Strafanzeige am 10. Dezember 2020 mittels Nichtanhandnahme erledigt hatte, wurde die Sistierung aufgehoben.
Mit Beschluss vom 28. Januar 2021 hiess das Obergericht die Beschwerde der Eidgenössischen Zollverwaltung gut und hob das Urteil des Regionalgerichts vom 28. August 2020 auf. Es beschloss, der Personenwagen sei in seinen Originalzustand zurückzubauen (Dispositiv-Ziffer 1). Das mit dem Rückbau zu beauftragende Unternehmen werde nach Rechtskraft des Beschlusses bestimmt (Dispositiv-Ziffer 2). Nach Vorliegen der Offerte über die Kosten des Rückbaus werde A._ Frist angesetzt zur Stellungnahme, ob er eine Herausgabe des Personenwagens unter Belastung der Rückbaukosten oder eine Verwertung des Personenwagens unter Auszahlung des Nettoerlöses bevorzuge. A._ werde für die Rückbaukosten einen Vorschuss zu bezahlen haben. Leiste er den Vorschuss nicht fristgemäss, werde der Personenwagen zwecks Vernichtung eingezogen (Dispositiv-Ziffer 3). Auf die Zivilforderung von A._ trat das Obergericht nicht ein (Dispositiv-Ziffer 4). Es auferlegte A._ die regionalgerichtlichen Verfahrenskosten von Fr. 1'286.-- (Dispositiv-Ziffer 5) und die Kosten des Beschwerdeverfahrens von Fr. 1'600.-- (Dispositiv-Ziffer 6). Entschädigungen wurden keine ausgerichtet (Dispositiv-Ziffern 7 und 8).
E.
A._ beantragt mit Beschwerde in Strafsachen, der obergerichtliche Beschluss vom 28. Januar 2021 sei aufzuheben. Der Personenwagen sei ihm herauszugeben, eventualiter sei das Geheimversteck unbrauchbar zu machen. Seine Zivilklage auf Schadenersatz sei dem Grundsatz nach gutzuheissen. A._ ersucht nachträglich um unentgeltliche Rechtspflege und Rechtsverbeiständung.
Das Gesuch von A._ um Sistierung und um aufschiebende Wirkung wurde am 25. Februar 2021 präsidialiter abgewiesen, soweit es nicht ohnehin gegenstandslos war.

Erwägungen:
1.
Der Beschwerdeführer verlangt die Herausgabe des Personenwagens. Er wirft der Vorinstanz vor, sie habe den Sachverhalt willkürlich festgestellt und <ref-law> verletzt.
2.
2.1. Die Eidgenössische Zollverwaltung hat den ordnungsgemässen Verkehr von Personen und Waren über die Zollgrenze zu gewährleisten und zur inneren Sicherheit des Landes und zum Schutz der Bevölkerung beizutragen. Namentlich kann sie Gegenstände und Vermögenswerte vorläufig sicherstellen, wenn die Gegenstände und Vermögenswerte voraussichtlich einzuziehen sind. Sie kann eine selbstständige Einziehung von Gegenständen und Vermögenswerten nach den Art. 69 und 70 StGB anordnen (Art. 100 Abs. 1 und Art. 104 Abs. 1 lit. b und Abs. 4 des Zollgesetzes vom 18. März 2005 [ZG; SR 631.0]). Das Verfahren richtet sich nach Art. 66 des Bundesgesetzes vom 22. März 1974 über das Verwaltungsstrafrecht (VStrR; SR 313.0). Kommt es in einem solchen Verfahren zu einer gerichtlichen Beurteilung, können gegen Entscheide der kantonalen Gerichte die Rechtsmittel der StPO ergriffen werden (Art. 80 Abs. 1 VStrR). Soweit die Art. 73-81 VStrR nichts anderes bestimmen, gelten für das Verfahren vor den kantonalen Gerichten die entsprechenden Vorschriften der StPO (Art. 82 VStrR).
2.2. Gemäss <ref-law> verfügt das Gericht ohne Rücksicht auf die Strafbarkeit einer bestimmten Person die Einziehung von Gegenständen, die zur Begehung einer Straftat gedient haben oder bestimmt waren oder die durch eine Straftat hervorgebracht worden sind, wenn diese Gegenstände die Sicherheit von Menschen, die Sittlichkeit oder die öffentliche Ordnung gefährden (Abs. 1). Das Gericht kann anordnen, dass die eingezogenen Gegenstände unbrauchbar gemacht oder vernichtet werden (Abs. 2).
2.3. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Die Sachverhaltsfeststellung kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law>). Offensichtlich unrichtig ist die Sachverhaltsfeststellung, wenn sie willkürlich ist (<ref-ruling> E. 1.3.1 S. 253 mit Hinweis; zum Willkürbegriff: <ref-ruling> E. 2.3.1 und 141 IV 369 E. 6.3). Die Willkürrüge muss explizit vorgebracht und substanziiert begründet werden (<ref-law>). Auf ungenügend begründete Rügen oder allgemeine appellatorische Kritik am angefochtenen Entscheid tritt das Bundesgericht nicht ein (<ref-ruling> E. 1.1; <ref-ruling> E. 4.4; je mit Hinweisen).
3.
Die Vorinstanz kommt zum Schluss, die Herausgabe des Personenwagens in seinem aktuellen Zustand falle ausser Betracht, da die Voraussetzungen von <ref-law> grundsätzlich erfüllt seien. Allerdings sei eine Vernichtung des Personenwagens unverhältnismässig. Daher sei der Personenwagen in seinen rechtmässigen Zustand zurückzuversetzen, indem das Geheimversteck samt elektronischem Schliessmechanismus vollständig entfernt wird.
4.
Der Beschwerdeführer rügt zunächst, die Sicherungseinziehung zu Lasten einer Drittperson sei ausgeschlossen, wenn diese gutgläubig sei. Zudem gelte im Einziehungsverfahren die Unschuldsvermutung.
Die Rüge ist unbegründet. Der Beschwerdeführer scheint zu verkennen, dass die Sicherungseinziehung ein Verfahren gegen Sachen oder Werte darstellt, weshalb eine schuldhafte Tatbegehung nie vorausgesetzt ist (<ref-ruling> E. 4.1; <ref-ruling> E. 2; Urteil 6S.68/2004 vom 9. August 2005 E. 11.2.1; vgl. auch Entscheide des EGMR in Sachen Butler gegen Vereinigtes Königreich vom 27. Juni 2002 sowie Phillips gegen Vereinigtes Königreich vom 5. Juli 2001). Dementsprechend kann die Sicherungseinziehung entgegen einer anderslautenden Lehrmeinung auch gegenüber Drittpersonen angeordnet werden, ohne dass ihnen böser Glaube nachgewiesen werden muss (Marc Thommen, in: Kommentar Kriminelles Vermögen, Kriminelle Organisationen, 2018, N. 197 zu <ref-law>). Zwar hat der Staat sämtliche Voraussetzungen für eine Einziehung bei der Drittperson zu beweisen, doch kann sich die Drittperson im Einziehungsverfahren nicht auf die Unschuldsvermutung berufen (Urteile 6B_285/2018 vom 17. Mai 2019 E. 1.4.3; 6B_220/2018 vom 12. April 2018 E. 5; 6B_925/2009 vom 11. März 2010 E. 5.3; zu Art. 59 aStGB: Urteil 6P.117/2005 und 6S.363/2005 vom 8. Februar 2006 E. 2.3).
5.
Der Beschwerdeführer stellt eine Anlasstat und einen Deliktskonnex in Abrede.
5.1. Die Sicherungseinziehung befasst sich mit der Einziehung von Gegenständen, die einen Konnex zu einer Straftat aufweisen und angesichts ihrer Gefährdung für öffentliche Rechtsgüter ihrem Inhaber entzogen werden sollen. Die Sicherungseinziehung hat keinen Strafcharakter, sondern ist eine sachliche Massnahme zum Schutz der Allgemeinheit vor rechtsgutgefährdender Verwendung gefährlicher Gegenstände.
Die einzuziehenden Gegenstände müssen somit einen Bezug zu einer Straftat (Anlasstat) aufweisen, indem sie zur Begehung der Straftat gedient haben oder bestimmt waren (Tatwerkzeuge) oder durch die Straftat hervorgebracht worden sind (Tatprodukte). Zwischen der Anlasstat und den einzuziehenden Gegenständen muss ein hinreichender konkreter Bezug gegeben sein. Die blosse allgemeine Bestimmung oder Eignung von Gegenständen zu eventueller deliktischer Verwendung genügt nicht, um eine Einziehung zu rechtfertigen (<ref-ruling> E. 4.2; <ref-ruling> E. 2).
Das Gericht hat die Voraussetzungen der Einziehung nach den üblichen strafprozessualen Regeln betreffend Sachverhaltsfeststellung und Beweiswürdigung zu ermitteln. Bei einer Vielzahl von Straftaten dürfen an die Beweislast des Staates jedoch keine allzu rigorosen Anforderungen gestellt werden. Bilden die begangenen Straftaten eine Einheit, ist nur, aber immerhin, ein Zusammenhang mit dem deliktischen Gesamtverhalten, nicht aber mit konkreten Einzeltaten nachzu-weisen (Urteil 6B_474/2016 vom 6. Februar 2017 E. 3.1 mit Hinweisen).
5.2. Die Vorinstanz bejaht zu Recht eine Anlasstat und einen Deliktskonnex.
Im Personenwagen des Beschwerdeführers wurden Kontaminationswerte verschiedener Drogen von 1.04 bis 3.41 gemessen, wobei gemäss Vorinstanz eine Verwechslung der Testresultate ausgeschlossen ist. Es ist nicht willkürlich, wenn die Vorinstanz angesichts dieser Werte eine zufällige Kontamination ausschliesst. Die Vorinstanz berücksichtigt, dass im Personenwagen neben Kokain auch Heroin, Metamphetamin und THC aufgespürt wurden, und zwar an diversen Stellen, insbesondere im Kofferraum, auf der Rückbank, auf dem Beifahrersitz und im Geheimversteck. Dies alles spricht gegen eine zufällige Kontamination, die umso unwahrscheinlicher erscheint, als es sich um einen privaten Personenwagen handelt. Wie die Vorinstanz zutreffend ergänzt, war der Personenwagen nicht nur mit Betäubungsmitteln, sondern auch mit dem gängigen Streckmittel Paracetamol kontaminiert. Der Wert betrug beim Fahrersitz am Lenkrad 2.25. Zudem wiesen der Beschwerdeführer selbst sowie sein Beifahrer signifikante Spuren von Noscapin und Kokain auf, letzteres namentlich in den Hosentaschen. Dass die Rückstande in den Hosentaschen von Banknoten stammen sollen, ist in der Tat unwahrscheinlich. Die Vorinstanz durfte willkürfrei davon ausgehen, dass der Beschwerdeführer und der Beifahrer mit den betreffenden Stoffen in direkten Kontakt gekommen waren. Die Vorinstanz merkt zudem an, dass der Beschwerdeführer in seiner schriftlichen Stellungnahme vom 5. September 2017 selbst angab, in der Vergangenheit mit Drogen zu tun gehabt zu haben.
Die vorinstanzliche Beweiswürdigung steht auch in Einklang mit dem Urteil 6B_220/2018 vom 12. April 2018. Dort ging es um kontaminierte Banknoten, deren Kokainwerte zwischen 3.4 und 5.61 lagen. Das Bundesgericht schützte die vorinstanzliche Annahme, dass angesichts dieser Kontaminierung davon auszugehen sei, die Banknoten stammten mit grosser Wahrscheinlichkeit aus dem Drogengeschäft.
Im vorliegenden Fall waren Vergleichsmessungen etwa mit Taxis oder öffentlichen Verkehrsmitteln angesichts der hohen Werte obsolet. Die Kontamination bildet offensichtlich ein gewichtiges Indiz, dass mit dem Personenwagen Drogen transportiert wurden. Der Beschwerdeführer trägt vor, er sei Mitinhaber eines Nachtclubs in U._ und arbeite auch dort. Er zähle mehrmals pro Woche den Bargeldumsatz und bringe diesen zur Bank. Gelegentlich würden auch Gäste des Nachtclubs in seinem privaten Personenwagen nach Hause gebracht. Daher überrasche es nicht, wenn der Personenwagen mit Betäubungsmitteln und Paracetamol kontaminiert sei. Diese appellatorischen Ausführungen lassen die vorinstanzliche Sachverhaltsfeststellungen keinesfalls als willkürlich erscheinen.
Unbegründet ist ferner das Vorbringen des Beschwerdeführers, die Vorinstanz habe nicht erklärt, welche Relevanz die Spuren von Noscapin haben sollen. Die Vorinstanz wies darauf hin, dass Noscapin ein natürlicher Bestandteil von Schlafmohn sei. Mehr gab es dazu nicht zu erklären.
Es ist auch nicht willkürlich, dass die Vorinstanz im Geheimversteck ein weiteres Indiz für eine Anlasstat erblickt. Ganz im Gegenteil drängt sich dieser Schluss geradezu auf.
Darüber hinaus erwähnt die Vorinstanz das Bargeld verschiedener Währungen, das beim Beschwerdeführer gefunden wurde. Dazu erklärte der Beschwerdeführer, in der Diskothek in U._ werde mit Euro, US-Dollar, Schweizerfranken und in weiteren Währungen bezahlt. Es ist nicht willkürlich, wenn die Vorinstanz diese Erklärung als wenig überzeugend einstuft, zumal unklar bleibt, weshalb der Beschwerdeführer bei einem zweitägigen Besuch seiner Familie in der Schweiz so hohe Bargeldbeträge mit sich führen sollte, und erst noch in derart ausgefallenen Währungen wie der bosnischen konvertiblen Mark.
Zudem wertet die Vorinstanz zu Recht als auffällig, dass der Beschwerdeführer zum Ziel seiner Reise widersprüchliche Angaben gemacht habe. Gegenüber den Zollbehörden habe er angegeben, er wolle nach U._ zurückkehren. In seiner schriftlichen Stellungnahme habe er dagegen verlauten lassen, er habe nach dem Besuch seiner Tochter nach W._ weiterreisen wollen.
Schliesslich berücksichtigt die Vorinstanz, dass der Beschwerdeführer mit seinem Cousin unterwegs war, der wegen Widerhandlungen gegen das BetmG zur Verhaftung ausgeschrieben war. Es ist zwar möglich, dass der Beschwerdeführer davon nichts wusste. Dennoch fällt dieser Umstand im Gesamtkontext negativ ins Gewicht.
Aus alledem folgt, dass die Vorinstanz willkürfrei erstellte, dass sich im Personenwagen ein Geheimversteck befindet und dass der Personenwagen in direkten Kontakt mit verschiedenen Betäubungsmitteln kam. Daraus folgert sie ohne Willkür, dass verschiedene Betäubungsmittel im Personenwagen zumindest gelagert und allenfalls sogar befördert, eingeführt, ausgeführt oder durchgeführt wurden (Art. 19. Abs. 1 lit. b BetmG).
Der Beschwerdeführer unterstellt der Vorinstanz Stimmungsmache. Davon kann angesichts der sorgfältigen Sachverhaltsfeststellung keine Rede sein.
Nach dem Gesagten liegt eine Anlasstat samt Deliktkonnex vor. Ob der Beschwerdeführer damit etwas zu tun hatte, ist unerheblich, da die Sicherungseinziehung eine objektbezogene Massnahme ist. Die Person des Beschwerdeführers spielt nur eine Rolle, wenn es um die Frage geht, ob der Personenwagen in seinen Händen eine künftige Gefährdung darstellt (vgl. E. 6 hiernach) und ob die Einziehung verhältnismässig ist (vgl. E. 7 hiernach).
6.
Der Beschwerdeführer wendet sich gegen die vorinstanzliche Gefährlichkeitsprognose.
6.1. Neben dem Deliktskonnex wird zusätzlich eine konkrete künftige Gefährdung verlangt. Das Gericht hat im Sinne einer Gefährdungsprognose zu prüfen, ob es hinreichend wahrscheinlich ist, dass der Gegenstand in der Hand des Eigentümers zukünftig die Sicherheit von Menschen, die Sittlichkeit oder die öffentliche Ordnung gefährdet (<ref-ruling> E. 3.3.1; <ref-ruling> E. 2).
6.2. Es ist nicht zu beanstanden, dass die Gefährlichkeitsprognose der Vorinstanz zu Lasten des Beschwerdeführers ausfällt.
In der Tat fällt das Geheimversteck bei der Gefährlichkeitsprognose stark zu Lasten des Beschwerdeführers ins Gewicht. Es ist nicht willkürlich, wenn die Vorinstanz annimmt, der Einbau des Geheimverstecks dürfte einen beträchtlichen Aufwand verursacht haben. Ebenso durfte die Vorinstanz annehmen, dass der Verwendungszweck illegaler Natur ist. Betrachtet man die erhebliche Kontamination mit verschiedenen Drogen, liegt dies gar auf der Hand, zumal kein anderer Zweck für das Geheimversteck ersichtlich ist. Die Vorinstanz betont zu Recht, es sei unwahrscheinlich, dass jemand den Aufwand zum Einbau eines ausgeklügelten Verstecks an Stelle eines Beifahrerairbags auf sich nimmt, ohne das Versteck danach zu benutzen. Zudem erwägt die Vorinstanz überzeugend, dass eine sicherheitsrelevante Vorrichtung wie ein Airbag kaum entfernt würde, nur um legale Ware zu verstecken. Dies alles spricht dafür, dass der Personenwagen auch in Zukunft für illegale Zwecke verwendet werden könnte.
Angesichts der Gesamtumstände durfte die Vorinstanz auch zu Lasten des Beschwerdeführers würdigen, dass sein Beifahrer und Cousin wegen Widerhandlungen gegen das BetmG zur Verhaftung ausgeschrieben war. Zudem waren der Beschwerdeführer und der Beifahrer mit Noscapin und Kokain kontaminiert. Der Beschwerdeführer will nichts davon gewusst haben, dass sein Cousin wegen Betäubungsmitteldelikten gesucht wurde. Freilich weist diese isolierte Behauptung die vorinstanzliche Sachverhaltsfeststellung nicht als willkürlich aus.
Dies alles drängt in der Gesamtwürdigung den Schluss auf, dass der Beschwerdeführer den Personenwagen bei einer Rückgabe für das Lagern oder den Transport von Drogen verwenden oder ihn einer Drittperson zu diesem Zweck zur Verfügung stellen würde. Die Vorinstanz weist zu Recht auf das Volumen des Geheimverstecks von immerhin 15 Litern hin. Darin können bedeutende Mengen an Betäubungsmitteln transportiert werden. Das Gefährdungspotential ist erheblich, weshalb vom Personenwagen eine Gefährdung für die Gesundheit von Menschen und die öffentliche Ordnung ausgeht, die eine Einziehung rechtfertigt.
7.
Der Beschwerdeführer macht eine Verletzung des Verhältnismässigkeitsgrundsatzes und des Legalitätsprinzips geltend.
7.1. Die Sicherungseinziehung stellt einen Eingriff in die Eigentumsgarantie nach <ref-law> dar und untersteht daher dem Grundsatz der Verhältnismässigkeit (<ref-law>). Die Einziehung muss deshalb vorab zur Erreichung des Sicherungszwecks geeignet sein. Diese Zwecktauglichkeit kann insbesondere bei problemloser Wiederbeschaffungsmöglichkeit in Frage stehen. Gemäss dem Prinzip der Subsidiarität darf der Eingriff zudem nicht weiter reichen, als es der Sicherungszweck gebietet (<ref-ruling> E. 4.5; <ref-ruling> E. 3.3.1 mit Hinweisen). Soweit die Verwertung des Gegenstands möglich ist, ist eine Vernichtung nicht erforderlich. Schliesslich muss die Einziehung verhältnismässig im engeren Sinne sein, das heisst zwischen dem anvisierten Ziel der Sicherung und dem Eingriff in das Eigentum des Betroffenen muss ein vernünftiges Verhältnis bestehen. Daran kann es fehlen, wenn der Gegenstand sehr wertvoll, die weiterbestehende Gefährdung dagegen gering ist. Je grösser und wahrscheinlicher die Gefährdung, desto eher ist die Einziehung mithin verhältnismässig (Urteil 6B_748/2008 vom 16. Februar 2009 E. 4.4 mit Hinweisen).
Wo mildere Massnahmen wie die Unbrauchbarmachung einem Gegenstand seine Gefährlichkeit nehmen, ist die Einziehung zur Vernichtung nicht erforderlich und fällt damit ausser Betracht (Urteil 6B_356/2010 vom 14. Juli 2010 E. 2.7; zu <ref-law>: BGE <ref-ruling> E. 3.3.3).
7.2. Die Vorinstanz erwägt, der Einbau eines Geheimverstecks verursache einen erheblichen Aufwand. Eine Wiederbeschaffung sei daher mit Schwierigkeiten verbunden. Die Einziehung sei deshalb geeignet, das Lagern oder den Transport von Betäubungsmitteln zu verhindern.
Allerdings scheitere die von der Eidgenössischen Zollverwaltung im Hauptantrag verlangte Vernichtung des Personenwagens an der Voraussetzung der Erforderlichkeit. Im Sinne einer milderen Massnahme könne der Personenwagen nämlich durch eine Fachwerkstatt in seinen Originalzustand zurückgebaut werden, wobei die Kosten des Rückbaus vom Beschwerdeführer zu tragen seien.
7.3. Die Rügen des Beschwerdeführers sind unbegründet.
Der Grundsatz der Verhältnismässigkeit ist nicht verletzt, wenn die Vorinstanz den Rückbau des Personenwagens in seinen Originalzustand anordnet, zumal dem Beschwerdeführer die Wahl eröffnet wird zwischen der Herausgabe des Personenwagens unter Belastung der Rückbaukosten und der Verwertung des Personenwagens unter Auszahlung des Nettoerlöses. Damit wird dem Grundsatz der Verhältnismässigkeit im engen Sinn Rechnung getragen, wie die Vorinstanz zutreffend ausführt.
Gemäss BGE <ref-ruling> E. 4.1 darf der mutmassliche Erlös nicht von vornherein in einem offensichtlichen Missverhältnis zu den vorab zu deckenden Aufbewahrungs- und Verwertungskosten stehen. Entgegen den Vorbringen des Beschwerdeführers durfte die Vorinstanz diese Erwägung heranziehen, auch wenn es im betreffenden Bundesgerichtsentscheid um die Aufbewahrungs- und Verwertungskosten von Waffen ging. Denn auch bei der vorliegenden Verwertung gilt, dass nur der Nettoerlös an den Beschwerdeführer herauszugeben ist, während die Kosten der Verwertung zu seinen Lasten gehen.
Es liegt auf der Hand, dass <ref-law> den Rückbau eines Personenwagens unter Beauftragung einer Fachwerkstatt nicht explizit nennt. Freilich ist diese Massnahme dennoch durch das Gesetz gedeckt, zumal <ref-law> ausdrücklich bestimmt, das Gericht könne anordnen, dass die eingezogenen Gegenstände unbrauchbar gemacht oder vernichtet werden. Von einer Verletzung des Legalitätsprinzips kann keine Rede sein.
Ebenfalls unbegründet ist das Vorbringen des Beschwerdeführers, die Vorinstanz verstosse gegen die Wirtschaftsfreiheit gemäss <ref-law>, indem sie den Rückbau bei einer noch zu bestimmenden Fachwerkstatt anordne. Gleiches gilt, wenn der Beschwerdeführer ausführt, es sei Sache der slowenischen Behörden zu prüfen, ob ein Fahrzeug verkehrstauglich sei, den gesetzlichen Vorschriften entspreche und zugelassen werden könne.
Aus dem Gesagten folgt, dass der Beschwerdeführer den Eingriff in seine Eigentumsrechte hinzunehmen hat, da die öffentlichen Interessen an der Sicherheit und Gesundheit von Menschen überwiegen.
8.
Der Beschwerdeführer hält seine Zivilklage auf Schadenersatz aufrecht.
Wie bereits die Vorinstanz zutreffend erwog, macht der Beschwerdeführer einen Staatshaftungsanspruch geltend, wenn er verlangt, dass die Eidgenössische Zollverwaltung dem Grundsatz nach zu Schadenersatz zu verpflichten sei. Allerdings ist es ausgeschlossen, im Strafverfahren adhäsionsweise Staatshaftungsansprüche geltend zu machen (<ref-ruling> E. 1.2.4; <ref-ruling> E. 2.2 f.; Urteil 6B_907/2019 vom 15. Januar 2020 E. 2), weshalb die Vorinstanz darauf zu Recht nicht eintrat.
9.
Schliesslich beanstandet der Beschwerdeführer die vorinstanzliche Kostenverteilung. Allerdings trägt er zur Begründung im Wesentlichen bloss vor, dass in der Sache anders zu entscheiden wäre. Da dies nicht zutrifft, ist auf seine Rüge nicht näher einzugehen.
10.
Die Beschwerde ist abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Ausgangsgemäss trägt der Beschwerdeführer die Gerichtskosten, da sein Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege infolge Aussichtslosigkeit abzuweisen ist. Den finanziellen Verhältnissen des Beschwerdeführers ist bei der Kostenfestsetzung Rechnung zu tragen (Art. 65 und Art. 66 Abs. 1 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf eingetreten wird.
2.
Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird abgewiesen.
3.
Der Beschwerdeführer trägt die Gerichtskosten von Fr. 1'200.--.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Bern, Beschwerdekammer in Strafsachen, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 26. Mai 2021
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Jacquemoud-Rossari
Der Gerichtsschreiber: Matt