Faits :
A.
A.B._ et B.B._ sont propriétaires de la parcelle n° 2044 du registre foncier de la commune de Grandfontaine, sise en zone à bâtir centre A (CA) au sens du règlement communal sur les constructions (RCC) approuvé le 11 mai 2011 par le Service de l'aménagement du territoire du canton du Jura. Ce bien-fonds, de forme triangulaire, est ceinturé d'une haie sur les côtés ouest et nord-est.
Par décision du 21 août 2018, la Section des permis de construire du canton du Jura a délivré à A.B._ et B.B._ un permis de construire sur la parcelle précitée une maison familiale - avec poêle, velux, pompe à chaleur externe, couvert à voitures et atelier de bricolage/remise de jardin en annexe, pergola climatique -, sous réserve du respect des directives contenues dans les autorisations délivrées. A titre de conditions, il est en particulier indiqué que la largeur sur la route de la place en bitume sera de 10 m au maximum et qu'une arborisation sera conservée de part et d'autre de la largeur sur la route de la place bitumée permettant de limiter la présence visuelle de cette surface bitumée. Ces deux conditions découlent de la prise de position du 22 mars 2018 de la sous-commission de la Commission des paysages et des sites du Département de l'environnement du canton du Jura (ci-après: CPS) qui a préavisé, dans cette mesure positivement, le projet. Il convient de préciser que, dans un premier temps, la CPS avait émis un préavis défavorable, avant que les constructeurs retravaillent le projet en conséquence.
Par décision du même jour, la Section des permis de construire a rejeté l'opposition de A._, propriétaire d'une parcelle voisine. Elle a encore ratifié la décision de l'autorité communale du 3 novembre 2017 accordant une dérogation à l'art. 71 al. 3 RCC concernant la réalisation d'une terrasse bioclimatique à toit plat.
A._ a recouru contre la décision du 21 août 2018 auprès de la Juge administrative du Tribunal de première instance du canton du Jura. Après avoir procédé à une inspection des lieux ainsi qu'à l'audition des parties et de la Commission des paysages et des sites, celle-ci a rejeté le recours, dans la mesure de sa recevabilité, par jugement du 19 mars 2019.
B.
Par arrêt du 6 novembre 2019, la Cour administrative du Tribunal cantonal du canton du Jura (ci-après: le Tribunal cantonal) a rejeté le recours déposé par A._ contre le jugement du 19 mars 2019.
C.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public, A._ demande principalement au Tribunal fédéral d'annuler l'arrêt du 6 novembre 2019 et la décision du 21 août 2018 et de constater que la parcelle n° 2044 ne peut demeurer en zone à bâtir et doit être déclassée en zone agricole. Elle conclut subsidiairement au renvoi de la cause au Tribunal de première instance.
Par ordonnance du 17 janvier 2020, le Juge présidant de la Ire Cour de droit public a admis la requête d'effet suspensif, présentée par la recourante.
Par décision du 21 septembre 2020, le Département de l'environnement du canton du Jura a approuvé la planification cantonale des zones réservées, mise à l'enquête publique le 20 février 2020: la parcelle n° 2044 ne figure pas parmi les 17 parcelles sises dans la commune de Grandfontaine classées en zones réservées.
Invités à se déterminer, les intimés ont conclu à l'irrecevabilité du recours, voire à son rejet. La Section des permis de construire a conclu au rejet du recours. L'Office fédéral de l'environnement (OFEV) et l'Office fédéral du développement territorial (ARE) ont déposé des observations. Un deuxième et un troisième échanges d'écritures ont eu lieu, au terme desquels les parties ont maintenu leurs positions respectives.

Considérant en droit :
1.
Dirigé contre une décision finale (<ref-law>) prise en dernière instance cantonale (art. 86 al. 1 let. d LTF) dans le domaine du droit public des constructions (<ref-law>), le recours en matière de droit public est en principe recevable, aucune des exceptions prévues à l'<ref-law> n'étant réalisée. La recourante a pris part à la procédure de recours devant le Tribunal cantonal. En tant que propriétaire d'une parcelle directement voisine du projet litigieux, elle est particulièrement touchée par l'arrêt attaqué et peut ainsi se prévaloir d'un intérêt digne de protection à son annulation (<ref-ruling> consid. 2.1 p. 218). Elle a donc en principe qualité pour agir au sens de l'<ref-law>.
Les autres conditions de recevabilité du recours en matière de droit public étant remplies, il convient d'entrer en matière.
2.
Dans un grief d'ordre formel, la recourante se plaint d'un établissement inexact des faits (<ref-law>).
Le Tribunal fédéral statue en principe sur la base des faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>), sous réserve des cas prévus à l'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 4.4.3 p. 156). La recourante ne peut critiquer les constatations de fait ressortant de la décision attaquée que si celles-ci ont été effectuées en violation du droit au sens de l'<ref-law> ou de manière manifestement inexacte, c'est-à-dire arbitraire, et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 6 p. 358).
La recourante reproche à l'instance précédente d'avoir retenu que la haie qui ceinture presque de manière continue la parcelle n° 2044 ne pouvait a priori servir de lieu de nidification pour la chouette Chevêche. Elle soutient aussi qu'il est erroné d'affirmer que la parcelle litigieuse serait entourée par des bâtiments déjà construits. Ces éléments sont cependant sans incidence sur l'issue du litige (voir infra consid. 3.6.2 et 4.2.2).
Le grief d'établissement inexact des faits doit donc être rejeté.
3.
Sur le fond, la recourante fait d'abord grief au Tribunal cantonal de violer l'art. 18 de la loi fédérale du 1 er juillet 1966 sur la protection de la nature et du paysage (LPN; RS 451) et l'art. 14 de l'ordonnance du 16 janvier 1991 sur la protection de la nature et du paysage (OPN; RS 451.1), qui imposeraient de protéger la haie sise sur la parcelle litigieuse.
3.1. En vertu de l'art. 78 al. 4 Cst., la Confédération est autorisée à légiférer sur la protection de la faune et de la flore et sur le maintien de leur milieu naturel dans sa diversité. L'<ref-law> dispose que la disparition d'espèces animales et végétales indigènes doit être prévenue par le maintien d'un espace vital suffisamment étendu (biotopes), ainsi que par d'autres mesures appropriées.
L'<ref-law> énumère les biotopes qu'il y a lieu de protéger tout particulièrement: les rives, les roselières et les marais, les associations forestières rares, les haies, les bosquets, les pelouses sèches et autres milieux qui jouent un rôle dans l'équilibre naturel ou présentent des conditions particulièrement favorables pour les biocénoses. La notion de biotope se rapporte à un espace vital suffisamment étendu, exerçant une certaine fonction (<ref-ruling> consid. 2b/bb p. 163 s. et la jurisprudence citée; arrêt 1C_739/2013 du 17 juin 2015 consid. 5.1 in RDAF 2016 I 357 et in DEP 2015 724).
La législation fédérale contient des prescriptions spéciales pour les biotopes d'importance nationale (cf. <ref-law>, art. 16 et 17 OPN); ces dispositions ne sont manifestement pas applicables en l'espèce. Les cantons doivent cependant aussi veiller à la protection et à l'entretien des biotopes d'importance régionale et locale (<ref-law>). La protection des biotopes d'importance régionale et locale ancrée à l'<ref-law> est une tâche fédérale déléguée aux cantons par la Confédération (<ref-ruling> consid. 2.2 p. 223; NINA DAJCAR, in Keller/Zufferey/Fahrländer, Kommentar NHG, 2 ème éd., 2019, N 5 ad <ref-law>).
Les critères déterminants pour qualifier les biotopes sont ceux de l'art. 14 al. 3 et 6 OPN. Selon l'art. 14 al. 3 OPN, les biotopes sont désignés comme étant dignes de protection notamment sur la base des espèces végétales et animales rares et menacées, énumérées dans les Listes rouges publiées ou reconnues par l'OFEV (let. d) et d'autres critères, tels que les exigences des espèces migratrices ou la connexion des sites fréquentés par les espèces (let. e).
3.2. L'<ref-law> prévoit que si, tous intérêts pris en compte, il est impossible d'éviter des atteintes d'ordre technique aux biotopes dignes de protection, l'auteur de l'atteinte doit veiller à prendre des mesures particulières pour en assurer la meilleure protection possible, la reconstitution ou, à défaut, le remplacement adéquat. L'alinéa 1ter exige, une fois le caractère digne de protection reconnu au biotope, qu'une pesée générale de tous les intérêts soit effectuée. Si, sur cette base, le biotope ne l'emporte pas, il peut être décidé de lui porter atteinte. Dans un tel cas, il faut en assurer la meilleure protection possible, la reconstitution ou le remplacement adéquat (cf. art. 14 al. 7 OPN; ALEXANDRA GERBER, Protection des biotopes et compensation écologique en territoire urbanisé, DEP 2018 p. 503 ch. 2 et p. 505 s. ch. 4).
Aux termes de l'art. 14 al. 6 OPN, une atteinte d'ordre technique qui peut entraîner la détérioration de biotopes dignes de protection ne peut être autorisée que si elle s'impose à l'endroit prévu et qu'elle correspond à un intérêt prépondérant. Pour l'évaluation du biotope lors de la pesée des intérêts, outre le fait qu'il soit digne de protection selon l'al. 3, sont notamment déterminantes son importance pour les espèces végétales et animales protégées, menacées et rares (let. a), son rôle dans l'équilibre naturel (let. b), son importance pour la connexion des biotopes entre eux (let. c) et sa particularité ou son caractère typique (let. d).
3.3. Dans le canton du Jura, l'art. 7 let. c de la loi du 16 juin 2010 sur la protection de la nature et du paysage (LPNP; RS/JU 451) prévoit que les monuments naturels peuvent faire l'objet d'une mesure de protection. L'art. 8 al. 2 LPNP précise que les monuments naturels sont des objets botaniques, comprenant notamment les groupes d'arbres et d'arbustes (bosquets) ainsi que les haies. Une procédure de mise sous protection par l'établissement d'inventaires est prévue (art. 12 ss LPNP). En outre, les mesures nécessaires à la protection des objets d'importance locale sont prises par les communes dans le cadre de leur plan d'aménagement local (art. 12 al. 2 LPNP).
Nonobstant ces procédures, l'art. 39 al. 1 LPNP dispose que les haies et bosquets situés hors de la zone à bâtir sont protégés et doivent subsister dans leur vocation naturelle et paysagère. Il en découle dès lors que les haies hors de la zone à bâtir sont protégées, même si elles ne sont pas expressément mentionnées dans un inventaire et quelle que soit leur valeur écologique (RJJ 2010 p. 219 consid. 5.3).
3.4. Dans la commune de Grandfontaine, dans le cadre de la protection du patrimoine naturel communal, l'art. 17 al. 1 RCC prévoit que les surfaces et objets désignés par le plan de zones sont protégés de manière spécifique selon les indications du RCC. L'art. 18 RCC rappelle qu'en vertu des législations fédérale et cantonale sur la protection de la nature et de la chasse, toutes les haies et tous les bosquets situés sur le territoire communal en zone agricole sont protégés (al. 1). A l'intérieur des autres zones, sont sous la surveillance de l'autorité communale, les haies et les bosquets mentionnés au plan de zones (al. 2).
3.5. En l'occurrence, dans un premier temps, le Tribunal cantonal a relevé que la parcelle litigieuse se situait dans un site d'importance régionale selon l'ISOS mais était située en dehors du périmètre de sauvegarde des sites bâtis. Il a jugé que les haies situées à l'intérieur de la zone à bâtir n'étaient pas protégées ipso facto par la loi cantonale (art. 39 al. 1 LPNP) et que, par conséquent, il appartenait aux communes de désigner les haies dignes de protection au sein de la zone à bâtir, dans le cadre de leur plan d'aménagement local. La cour cantonale a alors constaté que la haie litigieuse n'était pas mentionnée dans le plan d'affectation communal et ne faisait dès lors l'objet d'aucune protection particulière en vertu de l'art. 18 al. 2 RCC: les dispositions réglementaires de la zone à bâtir centre A ne prévoyaient aucune mesure particulière relative à la sauvegarde, à la protection et au maintien de la haie.
Dans un second temps, l'instance précédente a considéré que la construction d'un accès d'une largeur de 10 m maximum au milieu de la haie située au nord-est et bordant la route communale ne constituait pas une violation du règlement communal. Elle a rappelé que la Commission cantonale des paysages et des sites avait préavisé positivement la construction d'un accès bitumé de 10 m maximum, estimant que celle-ci n'entamait pas la préservation de la haie. Elle a ajouté que l'autorité communale devait par ailleurs pouvoir bénéficier d'une marge d'appréciation quant à l'aménagement de ses espaces publics: or celle-ci avait favorablement préavisé le projet. Le Tribunal cantonal a encore relevé que l'Office de l'environnement du canton du Jura se contentait de préciser que le plan d'aménagement des abords devait respecter l'art. 62 RCC relatif aux aménagements extérieurs, sans imposer une exigence en lien avec la préservation de la haie. Il a souligné aussi que la Section des permis de construire avait confirmé, après avoir consulté l'Office cantonal de l'environnement, que la chouette Chevêche, inféodée aux vergers à haute tige, n'était pas présente sur la parcelle litigieuse. Il a considéré enfin que, même si tel devait être le cas, la haie était maintenue en partie, de telle sorte que sa nidification ne serait pas remise en cause.
3.6. Le Tribunal cantonal a considéré à tort que la question de la protection de la haie devait être examinée uniquement à l'aune des dispositions de droit cantonal et communal applicables par le renvoi de l'<ref-law>. Il y a en effet lieu de prendre en considération les dispositions de droit fédéral qui revêtent une portée propre et qui sont d'application directe (Karin Sidi-Ali, La protection des biotopes en droit suisse - Etude de droit matériel, thèse, 2008, p. 97). L'obligation de protéger les biotopes d'importance régionale et locale découle directement et impérativement du droit fédéral (cf. <ref-ruling> consid. 9.2 p. 274; <ref-ruling> consid. 2.2 p. 223; <ref-ruling> consid. 2b/bb p. 163 s.).
Par ailleurs, l'<ref-law> n'exige pas que les biotopes dignes de protection soient formellement désignés. Il est en revanche possible de déterminer leur existence et leur emplacement lors de la procédure de planification ou encore au stade de l'autorisation de construire (arrêt 1A.173/2001 du 26 avril 2002 consid. 4.3 in ZBl 2003 166 et DEP 2002 468 et les références citées; SIDI-ALI, op. cit., p. 102; cf. aussi GERBER, op. cit., p. 504 ch. 2).
3.6.1. Pour l'Office fédéral de l'environnement, la parcelle litigieuse abrite un grand nombre de vieux arbres âgés à grand potentiel de cavités naturelles propices à la nidification de la chouette Chevêche et de plusieurs autres espèces spécialisées; elle s'inscrit dans un réseau de haies et d'arbres clairsemés qui relient une grande partie de la surface de la commune, représentant un reste du paysage bocager traditionnel. L'OFEV soutient que la haie - tout comme la parcelle dans sa globalité - sont d'une certaine importance pour le maintien à Grandfontaine de la chouette Chevêche, espèce rare et menacée, dont la conservation devrait être traitée avec une priorité élevée. Il affirme avoir connaissance de trois couvées confirmées, en 2018 à Grandfontaine et expose que la parcelle litigieuse fait partie du territoire de chasse de ces trois couples nicheurs.
Au contraire, pour l'Office cantonal de l'environnement, la haie en question ne présente pas les qualités requises pour permettre la nidification de la chouette Chevêche car il s'agit d'une haie monospécifique composée exclusivement de charmes présentant des anciennes traces d'écimage et ne comportant aucune cavité propice à l'espèce.
3.6.2. Plusieurs éléments plaident en faveur de la qualification de la haie litigieuse comme digne de protection au sens des <ref-law> et 14 al. 3 let. d OPN. Il est ainsi admis que la présence de la chouette Chevêche, espèce rare figurant sur la Liste rouge des oiseaux nicheurs établie par l'OFEV en 2010 dans la catégorie "en danger", est référencée dans le périmètre de Grandfontaine. Les avis de l'Office fédéral de l'environnement et de l'Office cantonal de l'environnement divergent cependant quant à la qualité de la haie litigieuse pour la nidification de ce rapace.
Il faut toutefois tenir compte d'autres paramètres. D'abord, le règlement communal a placé la parcelle litigieuse en zone constructible en 2011. Or, comme le relève à juste titre l'OFEV, lorsqu'il s'agit de protéger des biotopes à l'intérieur de la zone à bâtir, il convient de prendre en considération les intérêts à une utilisation à des fins de construction conforme au plan de zone en vigueur (<ref-ruling> consid. 5g p. 213), de même que l'intérêt à la sécurité du droit (arrêt 1A.113/2005 du 17 janvier 2006 consid. 1.2).
Ensuite, la situation est particulière en l'espèce car la haie est conservée sur un linéaire qui correspond aux 5/6 de sa longueur initiale, soit à plus de 83 %: la suppression de la haie a été limitée à 10 m.
S'ajoute à cela que le côté nord-est de la haie borde la route communale et que son côté ouest jouxte la maison de la recourante, de sorte que la haie ne se trouve pas dans un environnement naturel exempt de construction et d'installation.
Enfin, lorsqu'il s'agit de biotopes d'importance régionale et locale (<ref-law>), les cantons disposent d'une importante marge d'appréciation pour déterminer quels sont les "espaces vitaux suffisamment étendus" dignes de protection, car le droit fédéral ne prévoit pas - comme il le fait notamment pour les forêts (cf. art. 3 de la loi fédérale du 4 octobre 1991 sur les forêts [LFo; RS 921.0]) ou pour la végétation des rives (<ref-law>) - la protection de l'ensemble des biotopes (<ref-ruling> consid. 2.3 p. 223; <ref-ruling> consid. 2a/bb p. 163). En effet, l'imprécision de la notion d' "espace vital suffisamment étendu" et la diversité des situations rencontrées au niveau cantonal - élément jouant un rôle capital dans l'appréciation de l'importance régionale et locale d'un biotope - font qu'il est impossible de dégager directement du droit fédéral un concept uniforme d'espace vital digne de protection, applicable de la même manière à l'ensemble du territoire de la Confédération et ne laissant ainsi aux cantons aucune marge d'appréciation. Sinon, les biotopes d'importance régionale et locale bénéficieraient d'une plus grande protection que ceux d'importance nationale, qui ne sont protégés, eux, qu'après avoir été inventoriés comme tels par le Conseil fédéral (<ref-law>) (<ref-ruling> p. 212).
Dans ce contexte, le Tribunal fédéral examine librement si les cantons remplissent correctement la tâche fédérale qui leur a été déléguée. Toutefois, il laisse aux autorités cantonales une marge de manoeuvre dans l'interprétation et l'application de concepts juridiques indéterminés (à l'instar des notions juridiques indéterminées contenues dans l'<ref-law> "qui jouent un rôle dans l'équilibre naturel" et "qui présentent des conditions particulièrement favorables pour les biocénoses"). Par conséquent, le Tribunal fédéral fait preuve de retenue lorsqu'il s'agit de déterminer si l'habitat en question doit être qualifié de "biotope d'importance régionale ou locale". En particulier, le Tribunal fédéral tient compte du fait que les autorités cantonales et communales ont une meilleure connaissance et une meilleure vue d'ensemble des circonstances locales (<ref-ruling> consid. 3d p. 490; arrêts 1A.143/2006 du 20 décembre 2006 consid. 4.1 et 1A.29/2003 du 9 juillet 2003 consid. 5.1; NINA DAJCAR, in Keller/Zufferey/Fahrländer, Kommentar NHG, 2ème éd., 2019, N 6 ad <ref-law>).
Au vu de ce qui précède, il convient de respecter la marge de manoeuvre dont a disposé le canton, au stade de l'autorisation de construire, lorsque, tenant compte de tous les éléments de fait et de tous les intérêts en jeu, il a décidé que la suppression de 10 m de la haie litigieuse située en bordure de la route communale ne portait pas atteinte aux objectifs de protection prévus aux <ref-law>. Cela se justifie ici d'autant plus que le canton a bénéficié d'une excellente connaissance des lieux. En effet, après s'être rendue sur place, la Commission des paysages et des sites avait, en janvier 2018, formulé un préavis négatif et demandé aux constructeurs de revoir leur projet en conservant et en valorisant les éléments végétaux existants. Elle a par la suite accordé son préavis positif au projet modifié, à condition que seuls 10 m de la haie soient supprimés. Elle a enfin participé à l'inspection locale organisée par la Juge administrative du Tribunal de première instance, en mars 2019.
Pour ces différents motifs, du fait de la retenue que s'impose le Tribunal fédéral dans l'examen des circonstances locales, la cour cantonale n'a pas violé les <ref-law> et 14 OPN, en confirmant la suppression de 10 m de haie en bordure de la route communale.
4.
La recourante reproche ensuite au Tribunal cantonal de refuser de réexaminer le plan d'affectation local de Grandfontaine et ainsi de violer l'art. 21 al. 2 LAT (contrôle préjudiciel des plans), le principe de concentration (art. 1 al. 2 let. abis LAT) et l'impératif de réduction des zones à bâtir surdimensionnées (art. 15 al. 2 LAT).
4.1. Selon la jurisprudence, le contrôle incident ou préjudiciel d'un plan d'affectation dans le cadre d'une procédure relative à un acte d'application est en principe exclu. Un tel contrôle est néanmoins admis, à titre exceptionnel, lorsque les conditions d'un réexamen des plans au sens notamment de l'art. 21 al. 2 LAT sont réunies (cf. <ref-ruling> consid. 5.1 p. 44; <ref-ruling> consid. 12c p. 346). Aux termes de l'art. 21 al. 2 LAT, lorsque les circonstances se sont sensiblement modifiées, les plans d'affectation feront l'objet des adaptations nécessaires; une modification sensible des circonstances au sens de l'art. 21 al. 2 LAT peut être purement factuelle (modifications topographiques, mouvements démographiques, changement de comportements, développement économique, évolution des besoins de transport, situation des finances publiques, menace sur un paysage ou un site, modification des conditions d'équipement), mais également d'ordre juridique, comme une modification législative, une révision du plan directeur ou même une évolution de la jurisprudence (cf. <ref-ruling> consid. 5.1 p. 44 s. et les références citées; <ref-ruling> consid. 6b p. 105).
4.1.1. L'art. 21 al. 2 LAT prévoit un examen en deux étapes: la première déterminera si les circonstances se sont sensiblement modifiées au point de justifier un réexamen du plan: si le besoin s'en fait réellement sentir, il sera adapté, dans une seconde étape (cf. <ref-ruling> consid. 5.1 p. 44 s.; <ref-ruling> consid. 3 p. 29 et la référence à Peter Karlen, Stabilität und Wandel in der Zonenplanung, PBG-aktuell 4/1994 p. 8 ss; arrêt 1C_222/2019 du 4 septembre 2020 consid. 4.1.1).
L'art. 21 al. 2 LAT exprime un compromis entre la nécessité de l'adaptation régulière des plans, d'une part, et l'exigence de la sécurité du droit, d'autre part. Cette disposition tend à assurer à la planification une certaine stabilité, sans laquelle les plans d'aménagement ne peuvent remplir leur fonction. La stabilité des plans est un aspect du principe, plus général, de la sécurité du droit, qui doit permettre aux propriétaires fonciers, comme aux autorités chargées de mettre en oeuvre la planification, de compter sur la pérennité des plans d'affectation. Ceux-ci doivent toutefois être révisés lorsque les circonstances déterminantes se sont modifiées depuis leur adoption (<ref-ruling> consid. 4.2 p. 413; <ref-ruling> consid. 4.2 p. 198 et les arrêts cités; arrêt 1C_98/2018 du 7 mars 2019 consid. 5.1 in DEP 2019 340).
Le Tribunal fédéral examine librement cette question, en s'imposant néanmoins une certaine retenue lorsqu'il s'agit de circonstances locales ou de trancher de pures questions d'appréciation (<ref-ruling> consid. 4.2.1 p. 173; <ref-ruling> consid. 3a p. 366).
4.1.2. La réduction de zones à bâtir surdimensionnées relève d'un intérêt public important (cf. <ref-ruling> consid. 5.2 p. 45; <ref-ruling> consid. 4.2 p. 198 s. et la référence à l'<ref-ruling> consid. 2c p. 233), susceptible d'avoir, sur le principe, le pas sur l'intérêt public à la stabilité des plans ainsi que sur les intérêts privés des propriétaires concernés (cf. <ref-ruling> consid. 5.2 p. 45; arrêt 1P.139/1992 du 20 décembre 1993 consid. 7e et les arrêts cités). La réalisation de cet objectif, expressément prévu par la novelle du 15 juin 2012 (art. 15 al. 2 LAT), entrée en vigueur le 1 er mai 2014, ne saurait cependant constituer le seul critère pertinent pour déterminer la nécessité d'entrer en matière sur une demande de révision d'un plan d'affectation, dans le cadre d'une procédure d'autorisation de construire (cf. arrêt 1C_387/2016 du 1 er mai 2017 consid. 4.4).
En effet, le régime transitoire de l'art. 38a al. 2 LAT ne prohibe pas la mise en oeuvre de planifications d'affectation existantes conformes à la LAT ni ne préjuge des parcelles qui seront concernées par le redimensionnement de la zone à bâtir; ce choix relève dans une large mesure du pouvoir d'appréciation des autorités locales de planification (cf. art. 2 al. 3 LAT et art. 2 et 3 OAT) (<ref-ruling> consid. 5.2 p. 45 s. et la jurisprudence citée; arrêt 1C_598/2019 du 19 juin 2020 consid. 2.1).
Dès lors, pour que l'entrée en vigueur de la novelle du 15 juin 2012 puisse justifier un contrôle préjudiciel de la planification, il faut que s'y ajoutent d'autres circonstances, notamment la localisation de la parcelle par rapport à la zone à bâtir existante, le niveau d'équipement de la parcelle et la date d'entrée en vigueur du plan d'affectation (<ref-ruling> consid. 5.2 p. 45 s. et la jurisprudence citée).
4.2. En l'espèce, il n'est pas contesté que la zone à bâtir de la commune de Grandfontaine est surdimensionnée. La présence d'une zone à bâtir dépassant les besoins des 15 ans à venir n'est cependant, à elle seule, pas suffisante pour justifier un contrôle incident de la planification en vigueur et, plus spécialement à remettre en cause le caractère constructible de la parcelle en question.
4.2.1. La recourante fait d'abord valoir que l'adoption du plan directeur cantonal par le Conseil fédéral a été conditionnée à une réduction rapide et massive de la zone à bâtir du canton. Il est vrai que le plan directeur cantonal révisé a été approuvé par le Conseil fédéral le 1 er mai 2019 avec plusieurs réserves, dont notamment l'exigence de réduire rapidement les zones à bâtir non construites dévolues à l'habitat (réduction de 230 hectares des zones à bâtir non construites d'ici 2030). Il a été précisé que les régions concernées avaient jusqu'au 31 décembre 2021 pour élaborer un plan directeur régional et les communes jusqu'au 31 décembre 2024 pour réviser leur plan d'aménagement local. Le Conseil fédéral a en outre conditionné son approbation à la création de zones réservées cantonales sur les secteurs de zones dévolues à l'habitat susceptibles de devoir faire l'objet d'une réduction, que le canton devait mettre à l'enquête au plus tard lors du premier trimestre 2020. Par décision du 21 septembre 2020, le Département de l'environnement du canton du Jura a approuvé la mise en zones réservées de 17 parcelles de la commune de Grandfontaine: il apparaît cependant - indépendamment de la recevabilité de cette pièce nouvelle (<ref-law>) - que la parcelle n° 2044 n'y figure pas. Quoi qu'en dise la recourante, le document du Service du développement territorial cantonal qui classe, en 2015, la parcelle en question en degré de priorité 2 parmi les parcelles susceptibles d'être dézonées perd ainsi de sa pertinence, ce d'autant plus qu'il s'agissait de "priorité 2" et non pas de "priorité 1".
Il y a encore lieu de prendre en compte le fait que lors de l'approbation du plan directeur cantonal révisé par le Conseil fédéral en mai 2019, la procédure de permis litigieuse était en cours depuis octobre 2017. L'Office du développement territorial cantonal souligne en outre que, dans le cadre de son approbation du plan directeur cantonal, afin de garantir le redimensionnement des zones à bâtir des communes surdimensionnées, la Confédération n'a pas exigé une surveillance des permis de construire, comme elle l'a par exemple demandé à d'autres cantons; elle y a expressément renoncé dans le cadre d'échanges avec le canton du Jura.
Par ailleurs, comme l'a retenu la cour cantonale, le plan d'aménagement local de Grandfontaine a été approuvé le 11 mai 2011 et peut donc être qualifié de récent: il avait 6 ans au moment du dépôt de la demande de permis litigieuse et l'horizon des 15 ans prévu à l'art. 15 LAT n'était de loin pas atteint. L'autorité communale a certes adressé aux propriétaires fonciers un courrier le 28 décembre 2017, indiquant que le plan d'aménagement local devra être modifié au plus tard en 2022, afin de correspondre aux exigences d'un nouveau plan directeur régional et que cette modification impliquera le déclassement en zone agricole de certaines parcelles. Cependant, la procédure de permis de construire était déjà en cours à ce moment et l'autorité communale a préavisé positivement le projet des recourants, considérant ainsi que la parcelle litigieuse n'était pas sujette au redimensionnement de la zone à bâtir. Ce choix, qui relève dans une large mesure de son pouvoir d'appréciation, doit être respecté.
4.2.2. La recourante estime ensuite que la situation spatiale de la parcelle n° 2044 constituerait une modification sensible des circonstances au sens de l'art. 21 al. 2 LAT. Elle soutient que son développement contreviendrait au principe du développement du milieu bâti vers l'intérieur.
On peut suivre la recourante lorsqu'elle soutient que la parcelle n'est "pas bordée de toute part de terrains construits". En effet, au nord de la parcelle litigieuse, de l'autre côté de la route, se trouvent des parcelles en zone agricole et au sud-ouest se situe un bien-fonds sis dans le périmètre de protection des vergers. Il n'en demeure pas moins que le bien-fonds en question est entouré au nord-ouest par la parcelle n° 454 sur laquelle se trouve la maison de la recourante et au sud-est par le bien-fonds n° 2023 sur lequel est construit une villa. La parcelle litigieuse se situe de surcroît sur une langue de terrain d'ores et déjà bâtie bordant la route communale "Sur Chenal" en direction du nord-ouest, qui permet la jonction entre le centre historique du village et le quartier situé au nord, assurant ainsi une continuité du bâti. Comme le relève la recourante, la parcelle litigieuse se trouve à la limite nord-ouest de la zone de centre A. Dans la mesure où cette zone jouxte la zone d'habitation A (HA) qui est aussi constructible, cela n'a cependant aucune incidence. Quoiqu'en dise l'Office fédéral du développement territorial, la parcelle en question dispose en outre d'un accès routier puisqu'elle se trouve au bord de la route communale. La parcelle litigieuse, qui se trouve déjà à l'intérieur du tissu bâti et en bordure de route, ne constitue ainsi pas une petite zone constructible isolée, de sorte qu'il ne s'impose pas a priori d'en exclure toute construction.
S'ajoute à cela que, comme le relèvent le Tribunal cantonal et l'Office du développement territorial cantonal, la restitution à la zone agricole de cette parcelle triangulaire ceinturée d'une haie ne paraît pas fondée, d'un point de vue urbanistique.
4.3. Aussi n'apparaît-il pas évident, au regard non seulement de la localisation de la parcelle qui se situe entre deux parcelles construites le long d'une route, mais aussi de ce qu'elle ne figure pas parmi les zones réservées approuvées par le canton en septembre 2020, à supposer cet aspect du recours recevable (<ref-law>), que la parcelle des intimés doive être exclue de la zone à bâtir; il n'y a partant pas lieu d'interférer dans le processus de planification locale, pour lequel les autorités communales bénéficient d'un large pouvoir d'appréciation (cf. supra consid. 4.1.2). Le Tribunal cantonal n'a ainsi violé ni les art. 21 al. 2 et 15 al. 2 LAT, ni le principe de concentration (art. 1 al. 2 let. abis LAT), en renonçant à procéder à un contrôle préjudiciel du plan d'affectation communal.
5.
Il s'ensuit que le recours est rejeté aux frais de la recourante, qui succombe (art. 65 et 66 al. 1 LTF). Elle versera en outre une indemnité de dépens aux intimés, qui ont procédé avec l'aide d'un mandataire professionnel (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 4'000 francs, sont mis à la charge de la recourante.
3.
Une indemnité de dépens de 4'000 francs est allouée aux intimés à la charge de la recourante.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux mandataires de la recourante et des intimés, à la Section des permis de construire du canton du Jura, à la Cour administrative du Tribunal cantonal du canton du Jura, à l'Office fédéral de l'environnement et à l'Office fédéral du développement territorial.
Lausanne, le 15 décembre 2020
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Chaix
La Greffière : Tornay Schaller