Faits :
A.
Par décision du 27 mai 2020, la Direction de la sécurité du canton de Berne a rejeté le recours interjeté par A._ contre la décision rendue le 25 mars 2020 par la Section de la probation et de l'exécution des sanctions pénales (SPESP). Par cette décision, la SPESP a prolongé le placement de A._ en mesure de sûreté particulière pour une durée de trois mois.
B.
Par décision du 27 juillet 2020, la 2e Chambre pénale de la Cour suprême du canton de Berne a rejeté, dans la mesure de sa recevabilité, le recours interjeté par A._ contre la décision rendue le 27 mai 2020 par la Direction de la sécurité.
C.
A._ forme un recours en matière pénale au Tribunal fédéral à l'encontre de la décision de la 2e Chambre pénale de la Cour suprême. Il conclut principalement, avec suite de frais et dépens, à ce qu'il soit constaté l'illégalité de la prolongation de la mesure de sûreté pour une durée de trois mois. Subsidiairement, il conclut à l'annulation de la décision attaquée et au renvoi de la cause à l'autorité précédente pour nouvelle décision. Il sollicite par ailleurs le bénéfice de l'assistance judiciaire.

Considérant en droit :
1.
Le recours en matière pénale est recevable à l'encontre des décisions sur l'exécution de peines et de mesures (<ref-law>).
1.1. Selon l'<ref-law>, a qualité pour former un recours en matière pénale quiconque a pris part à la procédure devant l'autorité précédente ou a été privé de la possibilité de le faire (let. a) et a un intérêt juridique à l'annulation ou à la modification de la décision attaquée (let. b). De jurisprudence constante, cet intérêt doit être actuel et pratique. De cette manière, les tribunaux sont assurés de trancher uniquement des questions concrètes et non de prendre des décisions à caractère théorique, ce qui répond à un souci d'économie de procédure (<ref-ruling> consid. 2.3.1 p. 84 s.; <ref-ruling> consid. 1.3.1 p. 77; <ref-ruling> consid. 1.3 p. 276).
Selon la jurisprudence, lorsque la détention a pris fin, il n'y a en règle générale plus d'intérêt pratique et actuel à traiter un recours contre cette dernière. Cependant, dans des circonstances particulières, il se justifie d'examiner le recours au fond malgré la libération du recourant (ATF <ref-ruling> consid. 1.3 p. 276). Il en va notamment ainsi lorsque le recourant se plaint d'une violation de l'art. 5 CEDH (<ref-ruling> consid. 4.3.3 p. 302) et requiert une indemnité pour détention illicite (arrêts 6B_939/2019 du 17 septembre 2019 consid 1.1; 6B_362/2019 du 21 mai 2019 consid. 1.1; 6B_955/2018 du 9 novembre 2018 consid. 1.2.).
Le recourant, dont la mesure de sûreté a été levée, n'a plus d'intérêt actuel et pratique à l'admission de son recours. Par ailleurs, il ne prétend pas - au moyen d'une argumentation topique (cf. <ref-law>; <ref-ruling> consid. 4.3.4 p. 302) -, que l'exécution de la mesure aurait pu entraîner une violation de l'art. 5 CEDH, ni ne requiert une quelconque indemnité à cet égard.
1.2. Le Tribunal fédéral fait exceptionnellement abstraction de l'exigence d'un intérêt actuel lorsque la contestation peut se reproduire en tout temps dans des circonstances identiques ou analogues, que sa nature ne permet pas de la trancher avant qu'elle perde son actualité et que, en raison de sa portée de principe, il existe un intérêt public suffisamment important à la solution de la question litigieuse (<ref-ruling> consid. 1.3.1 p. 143; <ref-ruling> consid. 1.3.3 p. 78; <ref-ruling> consid. 1.1 p. 208; <ref-ruling> consid. 1.3.1 p. 25; <ref-ruling> consid. 1.1 p. 103).
Dans la mesure où le recourant est toujours incarcéré, on ne peut exclure qu'une nouvelle mesure de sûreté particulière soit prononcée contre lui et exécutée dans les mêmes conditions. Comme par ailleurs ce type de mesure est en règle générale d'une durée relativement courte, le Tribunal fédéral ne pourrait jamais se prononcer à ce propos si on s'en tenait strictement à l'exigence de l'intérêt actuel, étant encore précisé que le recours contre une mesure de sûreté particulière ordonnée en vertu de l'art. 35 de la loi bernoise d'exécution judiciaire (LEJ/BE; RSB 341.1) est en principe dépourvu d'effet suspensif (art. 50 al. 2 let. a LEJ/BE).
Cela étant, le recourant n'explique nullement en quoi son recours soulève une question de principe. On peine en effet à discerner un tel intérêt de portée générale, puisqu'il s'agit essentiellement de savoir si, compte tenu des éléments de fait propres au recourant, l'isolement cellulaire prononcé à son encontre était conforme au droit fédéral et conventionnel. Seule la question de savoir si le prononcé, pour une durée de trois mois, d'une mesure de sûreté particulière repose sur une base légale suffisante ne relève pas à proprement parler du cas d'espèce. Il est ainsi douteux qu'il existe en l'espèce un intérêt public suffisamment important à l'examen de la cause. La question peut cependant rester ouverte dès lors que le recours est irrecevable pour d'autres motifs, respectivement mal fondé, comme cela découle de ce qui suit.
2.
Le recourant reproche à la cour cantonale d'avoir violé son droit d'être entendu en ne motivant pas suffisamment sa décision. Elle n'avait pas expliqué pourquoi elle ne croyait pas ses allégations en rapport avec son agression par les gardiens. Elle n'avait pas non plus motivé la durée de la mesure prononcée à son encontre.
2.1. L'obligation de motiver, telle qu'elle découle du droit d'être entendu (art. 29 al. 2 Cst.; cf. aussi art. 3 al. 2 let. c et 107 CPP), est respectée lorsque le juge mentionne, au moins brièvement, les motifs qui l'ont guidé et sur lesquels il a fondé sa décision, de manière à ce que l'intéressé puisse se rendre compte de la portée de celle-ci et l'attaquer en connaissance de cause (<ref-ruling> consid. 3.4.3 p. 46; <ref-ruling> consid. 1.3.1 p. 253; <ref-ruling> consid. 2.2 p. 183). Il n'a toutefois pas l'obligation d'exposer et de discuter tous les faits, moyens de preuve et griefs invoqués par les parties, mais peut au contraire se limiter à ceux qui lui paraissent pertinents (<ref-ruling> consid. 4.2 p. 157; <ref-ruling> consid. 2.2 p. 183). La motivation peut être implicite et résulter des différents considérants de la décision (<ref-ruling> consid. 3.2.1 p. 565).
2.2. La cour cantonale a considéré que l'objet de la présente décision était limité à la question de savoir si la prolongation de la mesure de sûreté particulière envers le recourant avait été prononcée à juste titre. Dans ce cadre, il ne lui incombait pas d'instruire la question de l'agression dont le recourant prétendait avoir été victime en prison. Elle s'est ainsi limitée à l'examen des questions qui lui semblaient pertinentes, ce dont on ne saurait lui faire grief au regard de ce qui suit (cf. consid. 3.2 infra). Par ailleurs, la cour cantonale a expliqué pourquoi la mesure de sûreté particulière de trois mois était conforme au droit. Elle l'a notamment jugée proportionnée, eu égard à sa durée (cf. consid. 5.2 infra). Partant, il n'apparaît pas que la décision attaquée souffre d'un défaut de motivation. Supposé recevable, le grief du recourant est rejeté.
3.
Le recourant se plaint d'arbitraire dans l'établissement des faits.
3.1. Le Tribunal fédéral n'est pas une autorité d'appel, auprès de laquelle les faits pourraient être rediscutés librement. Il est lié par les constatations de fait de la décision entreprise (<ref-law>), à moins qu'elles n'aient été établies en violation du droit ou de manière manifestement inexacte au sens des art. 97 al. 1 et 105 al. 2 LTF, à savoir, pour l'essentiel, de façon arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. Une décision n'est pas arbitraire du seul fait qu'elle apparaît discutable ou même critiquable; il faut qu'elle soit manifestement insoutenable et cela non seulement dans sa motivation mais aussi dans son résultat (<ref-ruling> consid. 1.1 p. 155 s.; <ref-ruling> consid. 2.3.1 p. 244). En matière d'appréciation des preuves et d'établissement des faits, il n'y a arbitraire que lorsque l'autorité ne prend pas en compte, sans aucune raison sérieuse, un élément de preuve propre à modifier la décision, lorsqu'elle se trompe manifestement sur son sens et sa portée, ou encore lorsque, en se fondant sur les éléments recueillis, elle en tire des conclusions insoutenables (<ref-ruling> consid. 1.1 p. 155 s.; <ref-ruling> consid. 1.1 p. 503). Le Tribunal fédéral n'entre ainsi pas en matière sur les critiques de nature appellatoire (<ref-ruling> consid. 1.1 p. 155 s.; <ref-ruling> consid. 2.4 p. 368).
3.2. Le recourant reproche à la cour cantonale d'avoir écarté sa version des faits. Or il n'est pas suffisant, sous l'angle des exigences de motivation accrues rappelée ci-dessus, de nier avoir menacé les collaboratrices de la SPESP sans indiquer pour quelle raison celles-ci, qui ont soutenu le contraire, ne seraient pas crédibles. De même le recourant ne saurait-il se contenter d'affirmer qu'il n'a pas adopté une attitude menaçante et agressive sans expliquer en quoi les pièces du dossier auxquelles il se réfère démontrent le caractère insoutenable de l'établissement des faits sur ce point. Sa critique s'épuise ainsi en une discussion appellatoire.
De surcroît, le recourant estime l'état de fait cantonal arbitraire essentiellement parce qu'il ne retient pas qu'il a été victime d'une agression par les gardiens de la prison. Or il n'est pas contesté qu'une altercation a eu lieu entre le recourant et les gardiens de la prison. Cependant, la décision de mesure de sûreté particulière, objet du litige, n'est pas fondée sur cet incident particulier, mais sur son comportement de manière générale depuis son incarcération, que ce soit envers ses codétenus ou les membres du personnel de la prison, et sur son absence de prise de conscience à l'issue de la première mesure de sûreté particulière de 14 jours, le recourant ayant encore proféré des menaces à l'encontre des collaboratrices de la SPESP. L'ensemble de ces éléments faisaient craindre que le recourant ne constitue une menace pour la sécurité de tiers. Aussi l'argumentation du recourant tendant à faire constater qu'il a été victime de violences est sans incidence sur le sort de la cause (cf. <ref-law>). ll en va de même lorsque le recourant fait grief à la cour cantonale d'avoir omis de constater que la mesure de sûreté particulière a été levée en date du 10 avril 2020 alors qu'elle aurait dû prendre fin le 27 juin 2020; à supposer que cela soit exact, on ne voit pas en quoi la correction de ce vice influe sur le sort du litige.
Pour l'ensemble de ces motifs, le grief tiré d'une violation de l'interdiction de l'arbitraire est irrecevable.
4.
Le recourant se plaint d'une application arbitraire de l'art. 35 LEJ/BE.
4.1. L'application du droit cantonal ne peut être critiquée à l'appui d'un recours au Tribunal fédéral que s'il en résulte une violation du droit fédéral au sens de l'<ref-law>, soit notamment de la garantie constitutionnelle fédérale contre l'arbitraire (art. 9 Cst.).
L'art. 35 LEJ/BE prévoit que la direction de l'établissement d'exécution peut ordonner des mesures de sûreté particulières lorsqu'il existe un risque élevé que la personne détenue s'évade ou un risque qu'elle commette des actes de violence sur des tiers, sur elle-même ou sur des objets (al. 1). Peuvent en particulier être ordonnés à titre de mesure de sûreté particulière (al. 2) : la consignation de la personne dans sa cellule, dans une cellule vide ou dans une cellule de sûreté équipée à cet effet pour une durée maximale de 14 jours (let. a); la confiscation de pièces du mobilier, d'objets d'usage courant ou de vêtements dont il est à craindre qu'ils soient utilisés abusivement (let. b); le changement de cellule (let. c) et l'emploi de contentions dans le but de protéger la personne détenue (let. d). L'autorité de placement peut ordonner le transfert dans une section de sûreté renforcée pour les motifs visés à l'alinéa 1 ou la détention cellulaire pour les motifs mentionnés dans le CP, pour une durée maximale de six mois (al. 3). Le transfert dans un autre établissement d'exécution est réservé (al. 4). Les mesures de sûreté particulière ne peuvent durer qu'aussi longtemps qu'un motif contraignant les justifie (al. 5).
4.2. Le recourant soutient qu'à teneur de l'art. 35 al. 2 let. a LEJ/BE, la mesure de consignation peut être ordonnée pour une durée de 14 jours. La mesure ordonnée en l'espèce, d'une durée de trois mois, résultait par conséquent d'une application arbitraire de la loi.
Le recourant se méprend sur la base légale qui fonde sa mesure. Il ne s'agit pas d'une consignation au sens de l'art. 35 al. 2 let. a LEJ/BE, mais d'une détention cellulaire fondée sur les <ref-law> et 35 al. 3 LEJ/BE. Elle a d'ailleurs été prise par la SPESP, et non par la direction de l'établissement pénitentiaire. Conformément à l'art. 35 al. 3 LEJ/BE, la durée maximale de la mesure est de six mois. Partant, la décision de prolongation de la mesure de sûreté particulière pour une durée de trois mois ne résulte pas d'une application arbitraire du droit cantonal.
5.
Le recourant se prévaut d'une restriction inadmissible de ses droits fondamentaux. Il invoque en particulier les art. 3 CEDH et 10 Cst.
5.1. La torture ou tout autre traitement ou peine cruels, inhumains ou dégradants sont interdits (art. 3 CEDH). Pour tomber sous le coup de l'art. 3 CEDH, un traitement doit atteindre un minimum de gravité. L'appréciation de ce minimum dépend de l'ensemble des données de la cause et notamment de la nature et du contexte du traitement ainsi que de sa durée, de ses effets physiques ou mentaux ainsi que, parfois, du sexe, de l'âge et de l'état de santé de la personne concernée. Dans cette perspective, il ne suffit pas que le traitement comporte des aspects désagréables (arrêt de la Cour européenne des droits de l'Homme du 8 juin 1999, affaire Antonio Messina c. Italie, chif. 1). Un isolement sensoriel complet combiné à un isolement social total peut détruire la personnalité et constituer une forme de traitement inhumain qui ne saurait se justifier par les exigences de la sécurité ou toute autre raison. En revanche, l'interdiction de contacts avec d'autres détenus pour des raisons de sécurité, de discipline et de protection ne constitue pas en elle-même une forme de peine ou traitement inhumains (arrêts de la Cour européenne des droits de l'Homme Ramirez Sanchez c. France du 4 juillet 2006, chif. 117 ss; Antonio Messina c. Italie du 8 juin 1999, chif. 1, cités dans l'<ref-ruling> consid. 3.2.1 p. 226).
L'isolement constitue également une atteinte à la liberté personnelle, de sorte qu'il doit reposer sur une base légale, être ordonné dans l'intérêt public et respecter le principe de la proportionnalité (cf. art. 36 Cst.). Ce dernier principe exige que les mesures coercitives prises par les autorités soient propres à atteindre le but visé, justifié par un intérêt public prépondérant, et qu'elles soient nécessaires et raisonnables pour la personne concernée. Une mesure restrictive est notamment disproportionnée si une mesure plus douce est à même de produire le résultat escompté. L'atteinte, dans ses aspects matériel, spatial, temporel et personnel, ne doit pas être plus rigoureuse que nécessaire.
5.2. En l'espèce, le recourant n'a pas subi un isolement sensoriel, ni un isolement social absolu. En revanche, il a été soumis à un isolement social relatif, dans la mesure où il n'était plus autorisé à côtoyer d'autres détenus (cf. <ref-law> et 35 al. 3 LEJ/BE). Le recourant n'allègue pas avoir subi des effets physiques ou psychologiques préjudiciables du fait de son isolement. En outre, il soutient que la mesure n'a effectivement duré qu'une quinzaine de jours. Dans ces conditions, le traitement dont se plaint le recourant n'atteint pas le minimum nécessaire de gravité pour tomber sous le coup de l'art. 3 CEDH, étant encore précisé qu'il ne se plaint pas des conditions effectives de la détention cellulaire (cf. Viredaz/Vallotton, Code pénal I, Commentaire romand, 2009, n° 9 ad <ref-law>) et n'invoque pas à ce titre de violation de la disposition précitée. Le grief est dès lors infondé.
L'<ref-law> prévoit que la détention cellulaire sous la forme de l'isolement ininterrompu d'avec les autres détenus peut être ordonnée pour protéger le détenu ou des tiers. Cette disposition, en lien avec l'art. 35 LEJ/BE, constitue une base légale formelle suffisante pour le prononcé d'un isolement notamment en cas de dangerosité du détenu. La mesure répond en outre à un intérêt public prépondérant, le recourant présentant un danger pour la sécurité de tierces personnes. En ce qui concerne le principe de proportionnalité, la cour cantonale a constaté que depuis son incarcération, le recourant avait adopté de manière régulière un comportement agressif et menaçant, que ce soit envers ses codétenus ou les membres du personnel de la prison. Malgré plusieurs sanctions disciplinaires et un changement d'environnement (le recourant ayant séjourné pour un temps à l'établissement pénitentiaire de B._, d'abord dans une section fermée puis dans une section ouverte), le comportement du recourant ne s'était pas modifié. Il avait persisté dans son attitude agressive, tant verbalement que physiquement. Par la suite, aucune prise de conscience n'avait été constatée, raison pour laquelle la prison régionale de C._ avait demandé à la SPESP la prolongation de la mesure de sûreté particulière pour une durée de trois mois.
L'argumentation du recourant est irrecevable dans la mesure où elle s'écarte des faits constatés sans en démontrer le caractère arbitraire. Compte tenu des éléments relevés par la cour cantonale quant au comportement du recourant, notamment le risque de commission d'actes de violence, et au regard de la durée limitée de la mesure, le principe de proportionnalité n'a pas été violé. Le grief est par conséquent infondé.
6.
Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable. Il n'était cependant pas dénué de toute chance de succès. En outre, la nécessité pour l'intéressé de recourir aux services d'un avocat ne fait pas de doute. L'assistance judiciaire doit par conséquent être accordée au recourant, qui ne dispose pas de ressources suffisantes (art. 64 al. 1 et 2 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2.
La demande d'assistance judiciaire est admise. Me Julian Burkhalter est désigné en qualité de conseil d'office de A._ et une indemnité de 3'000 fr. lui est allouée à titre d'honoraires, à payer par la caisse du Tribunal fédéral.
3.
Il est statué sans frais.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour suprême du canton de Berne, 2e Chambre pénale.
Lausanne, le 12 novembre 2020
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Denys
La Greffière : Musy