Fatti:
A.
Il 19 febbraio 2016 il Consiglio di Stato del Cantone Ticino ha indetto un pubblico concorso d'architettura, sottoposto al Concordato intercantonale sugli appalti pubblici del 25 novembre 1994/15 marzo 2001 (CIAP; RL/TI 730.500) e impostato secondo la procedura selettiva, per aggiudicare la progettazione del restauro di Villa Cristina, della ristrutturazione e dell'ampliamento della cantina del vino e della sistemazione paesaggistica degli spazi esterni dell'Istituto agrario cantonale di Mezzana (FU 16/2016 pag. 1548). Nella prima fase del concorso ("Fase 1") era prevista la selezione degli architetti idonei (cfr. punti 2.5.1 e 2.6.1 Allegato A alla Documentazione di gara, di seguito: Allegato A), da invitare nella fase successiva ("Fase 2"), che consisteva nello sviluppo del progetto architettonico. In questa seconda fase di progetto, la documentazione di gara prevedeva anche la costituzione di un "gruppo interdisciplinare" composto, oltre che dall'architetto selezionato, da un ingegnere civile, un ingegnere RCVS, un ingegnere elettrotecnico, un fisico della costruzione e un architetto paesaggista, le cui competenze coprissero le singole componenti progettuali previste (cfr. 2.5.2 e 2.6.2 Allegato A). Per gli ingegneri specialisti, quest'ultimo punto della documentazione di gara poneva poi una serie di requisiti specifici in relazione al domicilio civile o professionale, alla loro iscrizione al Registro professionale nonché ai titoli in loro possesso.
Riguardo all'aggiudicazione del mandato, il punto 2.10 dell'Allegato A prevedeva quanto segue:
"L'ente promotore, in linea di principio, è vincolato alla raccomandazione della giuria.
L'ente promotore si riserva il diritto di aggiudicare singolarmente le successive fasi di progettazione, appalto e realizzazione.
Le prestazioni di direzione lavori non sono oggetto del presente concorso e verranno assegnate successivamente.
Prima di procedere alla delibera del mandato di progettazione, l'ente promotore chiederà ai membri del gruppo di lavoro aggiudicatario la presentazione delle dichiarazioni descritte al punto 5.1.5 Dichiarazioni. Inoltre tutti i membri del gruppo dovranno presentare la rispettiva iscrizione all'OTIA.
(...)
La mancata presentazione da parte dell'architetto della documentazione richiesta nei termini assegnati dall'ente promotore comporta l'esclusione dalla procedura dell'intero gruppo di lavoro mentre la mancata presentazione delle dichiarazioni da parte di un progettista specialista comporta la sua sola esclusione. Esso verrà sostituito da un progettista scelto dal committente mediante procedura prevista dalla legge.
L'ente promotore si riserva il diritto di non aggiudicare parte delle prestazioni ed esigere la collaborazione con professionisti di provata esperienza, qualora il team di progetto non disponesse della necessaria competenza tecnica e organizzativa per la realizzazione dell'opera (...)."
B.
Su trentacinque concorrenti, il Consiglio di Stato ne ha selezionati dieci per la partecipazione alla seconda fase, tra cui lo studio dell'arch. B._. I dieci prescelti hanno in seguito costituito altrettanti gruppi interdisciplinari e inoltrato il proprio progetto in forma anonima. La giuria preposta ha valutato i progetti e stilato una graduatoria assegnando il primo premio al progetto denominato C._. Questo era guidato dall'arch. B._ e, tra gli specialisti, contemplava la partecipazione della A._ SA per la parte di ingegneria civile.
C.
Preso atto del rapporto della giuria, sentiti i preavvisi della Sezione della logistica e della Divisione della formazione professionale e raccolta la proposta del Dipartimento delle finanze e dell'economia, il 27 giugno 2017 il Consiglio di Stato ha emanato due decisioni separate. Con la prima, ha aggiudicato all'arch. B._ le opere di sua pertinenza e al consorzio formato da questi, dallo studio D._, dalla E._ SA e da F._ SA le prestazioni attinenti alle rispettive specializzazioni. Con la seconda, richiamato in particolare il punto 2.10 dell'Allegato A (dove veniva riservata la facoltà del committente di non aggiudicare parte delle prestazioni qualora il team di progetto non disponesse della necessaria competenza tecnica e organizzativa per la realizzazione delle opere), ha invece statuito di non deliberare le prestazioni da ingegnere civile al gruppo interdisciplinare del progetto C._, cioè alla A._ SA, figura di riferimento per le prestazioni in questione, precisando che sarebbero state oggetto di una procedura separata.
D.
Il 12 luglio 2017 la A._ SA ha impugnato la seconda decisione davanti al Tribunale cantonale amministrativo, chiedendo che venisse annullata e che la commessa le fosse aggiudicata. Ha in sostanza contestato l'esistenza di motivi per negarle l'aggiudicazione delle prestazioni di ingegnere civile, sottolineando che la sua offerta era conforme ai criteri posti dal concorso e che, d'altro lato, le sue competenze tecniche e organizzative andavano riconosciute.
E.
Con giudizio del 31 luglio 2018, la Corte cantonale ha confermato che, pur tenendo conto dell'eccezionalità che una simile decisione deve sempre avere, la rinuncia ad aggiudicare le opere di ingegnere civile alla A._ SA rientrava nella libertà di apprezzamento dell'ente appaltante ed era conforme ai principi applicabili in materia, ritenuto anche che questo si era esplicitamente riservato tale facoltà negli atti di gara.
In sostanza, i giudici cantonali hanno ritenuto che i problemi sorti su un altro cantiere (la nuova sede della scuola media di X._) per delle presunte gravi lacune organizzative, gestionali e di progettazione in capo alla A._ SA fossero tali da giustificare che il committente ritenesse quest'ultima inidonea ad assumere la commessa. Secondo loro, nelle more della procedura civile in corso dinnanzi alla Pretura di Bellinzona tra le due parti e a prescinderne dall'esito, i ritardi accumulati sul cantiere di X._, l'impossibilità di trovare una soluzione concordata e affidabile rispetto ai problemi sorti, i provvedimenti incisivi che il Cantone aveva dovuto adottare per farvi fronte, tra cui la rescissione del contratto con la A._ SA, costituivano elementi concreti su cui lo Stato poteva legittimamente fondare la propria decisione di non aggiudicare la commessa, senza incorrere in un uso scorretto del proprio potere di apprezzamento.
F.
Il 13 settembre 2018 la A._ SA ha inoltrato dinnanzi al Tribunale federale un ricorso in materia di diritto pubblico, da trattare in subordine quale ricorso sussidiario in materia costituzionale, contro la sentenza cantonale. Chiede, previo conferimento dell'effetto sospensivo, in via principale che "la risoluzione n. 2922 del 27 giugno 2017 con la quale il Consiglio di Stato non ha aggiudicato le prestazioni da ingegnere civile alla spettabile A._ SA, Y._" sia annullata e che "al gruppo interdisciplinare C._ (...) e a lei in qualità di figura di riferimento per le prestazioni da ingegnere civile, vengano aggiudicate anche tali prestazioni". In via subordinata, qualora nel frattempo il mandato fosse già stato deliberato ad altri, chiede invece che sia constatata "l'illegalità della risoluzione n. 2922 del 27 giugno 2017 con la quale il Consiglio di Stato non ha aggiudicato le prestazioni da ingegnere civile alla spettabile A._ SA (...) ". Adduce in sostanza che la decisione impugnata violerebbe la garanzia della libertà economica, il principio di buona fede, il diritto di essere sentiti, sarebbe priva di base legale nonché inficiata d'arbitraria.
Chiamati ad esprimersi, il Tribunale cantonale amministrativo si è riconfermato nelle motivazioni e nelle conclusioni della propria sentenza mentre il committente ha contestato le allegazioni della ricorrente. Il Dipartimento del territorio, Ufficio di vigilanza sulle commesse pubbliche, non si è espresso. Le parti sono in seguito state invitate a depositare una replica e una duplica, con le quali hanno confermato le proprie posizioni.
Con decreto presidenziale dell'11 ottobre 2018 è stata respinta l'istanza di conferimento dell'effetto sospensivo al ricorso.

Diritto:
1.
Il Tribunale federale esamina d'ufficio e con piena cognizione di causa la propria competenza (<ref-law>), nonché l'ammissibilità dei gravami che gli vengono sottoposti (<ref-ruling> consid. 1; <ref-ruling> consid. 1; <ref-ruling> consid. 2 e rispettivi rinvii).
2.
La ricorrente ha presentato un ricorso in materia di diritto pubblico da trattare in subordine quale ricorso sussidiario in materia costituzionale.
2.1. In ambito di commesse pubbliche, il ricorso in materia di diritto pubblico è ammissibile solo alla duplice condizione che il valore dell'appalto raggiunga le soglie previste dall'art. 83 lett. f n. 2 LTF e, cumulativamente, che la fattispecie sollevi una questione di diritto di importanza fondamentale giusta l'art. 83 lett. f n. 1 LTF (<ref-ruling> consid. 1.2 e riferimenti). Incombe alla parte ricorrente (<ref-law>) dimostrare l'adempimento di queste due condizioni, pena l'inammissibilità dell'impugnativa (<ref-ruling> consid. 1.2.2.1 e richiami), a meno che la questione di principio si imponga con evidenza (<ref-ruling> consid. 1.2 e rinvii). L'esistenza di una questione di diritto d'importanza fondamentale, apprezzata in funzione del contenuto della controversia sottoposta al Tribunale federale, va ammessa in modo restrittivo (<ref-ruling> consid. 1.4 e rinvii) e non è data quando si tratta unicamente di applicare al caso concreto i principi sviluppati dalla giurisprudenza (sentenza 2C_748/2019 del 21 febbraio 2020 consid. 2.2 e richiami).
2.2. La ricorrente si limita ad addurre che la mancata aggiudicazione delle opere sarebbe il frutto di un'applicazione arbitraria e scioccante delle disposizioni cantonali pertinenti. Non dimostra l'esistenza di una questione giuridica di principio in materia di commesse pubbliche che, in effetti, il presente caso non solleva. Il ricorso in materia di diritto pubblico si rivela quindi inammissibile senza che sia necessario verificare se siano raggiunte le soglie stabilite dall'art. 83 lett. f n. 2 LTF.
3.
3.1. Interposta tempestivamente (combinati art. 117 e 100 cpv. 1 LTF) contro una decisione finale (art. 117 e art. 90 LTF) pronunciata da un'autorità cantonale di ultima istanza con natura di tribunale superiore (art. 114 e art. 86 cpv. 1 lett. d e cpv. 2 LTF), l'impugnativa è invece di principio ammissibile quale ricorso sussidiario in materia costituzionale (art. 113 segg. e <ref-law>).
3.2. A questo stadio del procedimento una precisazione riguardo all'oggetto del ricorso si impone. In effetti, se nell'intestazione figurante sulla prima pagina della sua memoria ricorsuale la ricorrente ha dichiarato d'impugnare la decisione del Tribunale cantonale amministrativo del 31 luglio 2018, nel "dispositivo di giudizio" ha invece chiesto l'annullamento, subordinatamente che venga constatata l'illegalità della decisione emanata in prima istanza, con susseguente aggiudicazione delle prestazioni da ingegnere civile al gruppo C._ e alla A._ SA.
Orbene, davanti al Tribunale federale, oggetto d'impugnazione può essere unicamente la decisione di ultima istanza. Occorre quindi convenire con il committente che, nella misura in cui la ricorrente chiede l'annullamento della decisione di prima istanza, il suo ricorso dovrebbe di principio essere dichiarato inammissibile. Tuttavia, a seguito delle censure sollevate al riguardo da quest'ultimo, con la replica la ricorrente ha corretto le proprie conclusioni, chiedendo in via principale l'annullamento della sentenza cantonale e l'aggiudicazione delle prestazioni da ingegnere civile al gruppo C._ e a sé stessa e, in via subordinata, l'annullamento della decisione di ultima istanza e la constatazione dell'illegalità della risoluzione del Consiglio di Stato. Per prassi costante con la replica la parte ricorrente non è ammessa a presentare conclusioni che avrebbe potuto formulare già con l'atto di ricorso (<ref-ruling> consid. 2.2) né estendere il proprio ricorso a degli atti che inizialmente non erano stati impugnati (<ref-ruling> consid. 1d/aa). D'altra parte, in presenza di ambiguità o incongruenze interne tra parti diverse di un ricorso, occorre interpretarne le conclusioni alla luce delle motivazioni contenute nel testo (BERNARD CORBOZ, in: Commentaire de la LTF, 2a ed., 2014, n. 8 all'art. 107) senza porre esigenze eccessivamente formalistiche. Nel concreto caso, nonostante il "dispositivo di giudizio" a pagina 2 del ricorso sia formulato in maniera inequivocabilmente errata, risulta evidente che l'errore sia stato frutto di un "copia e incolla" dalla memoria del ricorso cantonale. Dall'intestazione del ricorso e dall'insieme della sua motivazione emerge infatti chiaramente che la ricorrente intendeva postulare l'annullamento del giudizio della Corte cantonale e la sua riforma nel senso che la decisione di prima istanza venisse annullata. In definitiva, comunque, la questione può rimanere indecisa poiché, come si vedrà, il ricorso si rivela ad ogni modo infondato.
3.3. Per il resto, è pacifica la legittimazione ad agire della ricorrente, che in sede cantonale si è vista confermare dal Tribunale cantonale amministrativo la mancata delibera delle opere da ingegnere civile litigiose ed ha partecipato alla procedura dinnanzi all'autorità precedente (<ref-law>; sentenze 2D_21/2018 del 19 febbraio 2019 consid. 2 e 2D_74/2010 del 31 maggio 2011 consid. 1.2; JEAN-MAURICE FRÉSARD, in: Commentaire de la LTF, 2a ed., 2014, n. 6 segg. all'art. 115).
4.
4.1. Con il ricorso sussidiario in materia costituzionale può essere censurata solo la violazione dei diritti costituzionali (<ref-law>), il cui rispetto non è esaminato d'ufficio (<ref-law>, a cui rinvia l'<ref-law>). Ciò significa che la parte ricorrente deve spiegare in modo chiaro e dettagliato, alla luce dei considerandi della sentenza impugnata, quali diritti costituzionali sarebbero stati violati (<ref-ruling> consid. 2.2 con rinvii; sentenza 2C_1170/2016 e 2D_55/2016 del 6 febbraio 2018 consid. 2 con richiami). Nell'ambito delle commesse pubbliche, è esclusa sia la semplice censura relativa ad una scorretta applicazione del diritto cantonale o intercantonale, sia quella relativa alla violazione dei principi di trasparenza e parità di trattamento degli offerenti, che sottendono tale normativa e ai quali non può essere riconosciuto il rango di garanzia costituzionale autonoma. Può per contro essere censurata un'applicazione arbitraria del diritto cantonale o intercantonale degli acquisti pubblici, poiché gli offerenti dispongono di un interesse giuridicamente protetto a che la corrispondente legislazione venga rispettata (sentenza 2C_748/2019 già citata, consid. 3.3 con rimandi); occorre in tal caso far valere, sempre rispettando le suddette esigenze accresciute di motivazione, che l'errata applicazione del diritto cantonale da parte dell'autorità precedente comporti una violazione dei diritti costituzionali, segnatamente del divieto di arbitrio (<ref-law>).
4.2. Per quanto riguarda i fatti, il Tribunale federale fonda il suo ragionamento giuridico sull'accertamento svolto dall'autorità inferiore (<ref-law>). Esso può scostarsene solo se tale accertamento è stato eseguito in violazione di un diritto costituzionale (art. 118 cpv. 2 in relazione con l'<ref-law>), ciò che la parte ricorrente deve dimostrare in modo chiaro e dettagliato, conformemente alle qualificate esigenze di motivazione richieste dall'art. 106 cpv. 2 (cui rinvia l'<ref-law>; cfr. supra consid. 4.1). Se ciò non avviene, il Tribunale federale non può tener conto di uno stato di fatto divergente da quello esposto nella sentenza impugnata (sentenza 2D_24/2019 del 10 febbraio 2020 consid. 2.2 e richiami). Nella fattispecie, la ricorrente invoca un accertamento manifestamente inesatto dei fatti in relazione alla violazione del suo diritto di essere sentita, censura che sarà esaminata in seguito (infra consid. 5). Nella misura in cui invece essa si limita ad esporre e ribadire diffusamente gli avvenimenti legati allo svolgimento e alla gestione dei lavori sul cantiere della scuola media di X._, ad opporre cioè la propria versione dei fatti a quella della Corte cantonale, senza sostanziare la violazione di un diritto costituzionale al riguardo, la critica ha carattere puramente appellatorio e sfugge pertanto ad un esame di merito. Ne discende che al riguardo i fatti che risultano dal giudizio querelato vincolano il Tribunale federale (<ref-law>).
5.
5.1. Secondo la ricorrente, la sentenza impugnata riprenderebbe i fatti determinanti relativi al precedente del cantiere della scuola media di X._ in modo parziale e senza che questi fossero corroborati da riscontri probatori effettivi. In aggiunta, i suoi argomenti relativi ai fatti constatati nell'ambito di quella procedura civile non sarebbero stati debitamente considerati, di modo che la Corte cantonale sarebbe pervenuta a conclusioni errate e scioccanti riguardo a sue asserite colpe o errori gravi, poi posti a fondamento della rinuncia all'aggiudicazione della commessa da parte del Cantone nella presente procedura. Essa ne deduce quindi una violazione del suo diritto di essere sentita.
5.2. Questa censura deve essere esaminata prioritariamente, poiché il diritto di essere sentito ha natura formale e la sua lesione comporta di regola l'annullamento della decisione impugnata indipendentemente dalla fondatezza del gravame nel merito (<ref-ruling> consid. 3.1 e rinvii).
5.3. Il contenuto del diritto di essere sentito è determinato in primo luogo dalle norme cantonali, non invocate dalla ricorrente, ragione per cui la censura va esclusivamente esaminata alla luce dell'<ref-law>, il cui rispetto è verificato dal Tribunale federale con pieno potere d'esame (<ref-ruling> consid. 2.2). Tale diritto comprende più aspetti. Tra questi, anche quello ad una motivazione sufficiente. Esso non impone tuttavia di esporre e discutere tutti i fatti, i mezzi di prova e le censure formulati; basta che dalla decisione impugnata emergano i motivi su cui l'autorità fonda il suo ragionamento (<ref-ruling> consid. 4.2 e rinvii).
5.4. La ricorrente si dilunga nell'esporre una serie di dettagli relativi alla gestione del cantiere di X._ ed alla ripartizione delle responsabilità operative tra l'ingegnere e il carpentiere per la posa delle travi della palestra, nonché all'affidabilità delle perizie esperite in quella procedura civile. Conclude adducendo che i rimproveri che le sono stati mossi riguardo a presunti errori gravi, mancanze e ritardi su quel cantiere sarebbero totalmente infondati e che quindi il committente li avrebbe a torto considerati alla stregua di gravi motivi suscettibili di giustificare la sua esclusione dall'appalto oggetto della presente procedura. Essa tuttavia non illustra precisamente quali sono i fatti e le argomentazioni che il Tribunale cantonale amministrativo non avrebbe considerato, violando così il suo diritto di essere sentita. E nemmeno si confronta con la sentenza impugnata per evidenziare quali prove pertinenti le sarebbero state negate. Invero, nella procedura riguardante l'appalto ora litigioso, l'interessata ha beneficiato di molte occasioni per esprimersi anche in merito a quanto accaduto nel cantiere di X._. Inoltre, una volta integrati gli atti anche con il relativo incarto della procedura civile pendente dinanzi alla Pretura di Bellinzona, il Tribunale amministrativo cantonale ha dato atto di aver tenuto conto delle relative argomentazioni avanzate da quest'ultima, prendendo ampiamente posizione al riguardo. Più della metà della sentenza impugnata si confronta infatti dettagliatamente con la dinamica dei fatti che ne è emersa, giungendo infine alla conclusione che, al di là delle responsabilità di ciascuno, vi erano effettivamente "elementi concreti per concludere che il rapporto di fiducia tra stazione appaltante e ingegnere si è rotto in seguito a circostanze oggettivamente serie"e che tali circostanze potevano oggettivamente "costituire elementi concreti sui quali fondare la propria decisione" di ritenere la ricorrente inidonea , "senza incorrere in un uso scorretto del proprio potere di apprezzamento" (vedasi sentenza impugnata pag. 14 seg.).
Sulla base di quanto precede, come lo dimostra del resto anche la prolissità degli allegati della presente procedura, risulta che la decisione impugnata ha fornito alla ricorrente sufficienti appigli per prendere posizione in cognizione di causa sul ragionamento operato dai Giudici cantonali. D'altra parte i documenti, quali gli accordi conclusi tra le parti e l'assicurazione a titolo di liquidazione bonale della vertenza giudiziaria del cantiere di X._, che sono stati prodotti solo dinanzi a questa Corte con l'allegato di replica, non potevano essere presi in considerazione dal Tribunale cantonale amministrativo, siccome conclusi posteriormente alla sentenza impugnata, Al di là della loro ammissibilità (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 2.1 e richiamo), gli stessi, per loro natura, non dimostrano comunque alcunché nemmeno in relazione all'accertamento dei fatti.
5.5. La censura relativa alla violazione del diritto di essere sentito si rivela pertanto infondata e come tale va respinta. Essa mira in realtà a contestare gli argomenti addotti dalla Corte cantonale e a dimostrarne il carattere arbitrario. Ora, tale critica, nella misura in cui soddisfi le esigenze accresciute di motivazione (<ref-law>), va esaminata nel merito e non in relazione al diritto di essere sentito.
6.
6.1. La ricorrente fa valere innanzitutto una violazione della libertà economica (<ref-law>). A suo avviso, il provvedimento statale che ha sancito la sua esclusione dal concorso la discriminerebbe rispetto agli altri concorrenti, costituirebbe una restrizione non proporzionale della sua libertà economica siccome lei sarebbe esclusa "da qualsiasi gara di appalto pubblico sine die " a causa di un unico precedente, non comprovato e comunque riguardante un problema tecnico specifico al progetto di X._ (appoggio e aggancio delle travi della palestra), che nulla ha a che vedere con il progetto della presente procedura.
6.2. Quando, in maniera conforme alla normativa in materia di commesse pubbliche, che mira tra l'altro alla concretizzazione effettiva della libertà economica degli offerenti, l'entità aggiudicatrice risolve di interrompere la procedura di aggiudicazione nei confronti di un'impresa, la libertà economica di quest'ultima non è violata. Le affermazioni della ricorrente, secondo cui escluderla da questo concorso sarebbe discriminatorio e pregiudicherebbe anche la possibilità di partecipare in futuro ad ulteriori procedure d'appalto poiché la condannerebbe "alla gogna" "senza possibilità di appello", costituiscono mere speculazioni che non trovano alcun fondamento obiettivo nella decisione impugnata. Le prolisse argomentazioni della ricorrente sono tutte in definitiva riconducibili alla critica di una scorretta e arbitraria applicazione della legge cantonale sulle commesse pubbliche (ed in particolare dei motivi di interruzione parziale della procedura). In questa misura, e per quanto soddisfi i requisiti di motivazione (<ref-law>), la censura verrà esaminata in seguito. Per il resto, essa è infondata e va quindi respinta.
7.
7.1.
La ricorrente lamenta poi una violazione del principio della buona fede e della trasparenza. Sottolinea che, con gli art. 13 lett. i CIAP e 55 del regolamento di applicazione della legge sulle commesse pubbliche e del concordato intercantonale sugli appalti pubblici del 12 settembre 2006 (RLCPubb/CIAP; RL/TI 730.110), il legislatore ha inteso circoscrivere il potere di apprezzamento del committente anche al fine di tutelare la buona fede nei suoi rapporti precontrattuali con gli offerenti. Ritiene che la sua esclusione sarebbe arbitraria poiché non terrebbe conto dei titoli professionali, delle competenze ed esperienze indiscusse del titolare dell'impresa, che avrebbero reso quest'ultima idonea all'aggiudicazione. Aggiunge che, anche per questa ragione, la sua esclusione non si giustificherebbe nemmeno tenendo conto della clausola prevista nella documentazione di gara in cui il committente si riservava il diritto di non aggiudicare parte delle prestazioni e di esigere la collaborazione con professionisti di provata esperienza.
7.2. L'art. 9 in fine Cost. istituisce un diritto fondamentale del cittadino ad essere trattato secondo il principio della buona fede da parte degli organi dello Stato (<ref-ruling> consid. 8.3.1). Esso tutela in particolare la fiducia riposta in un'informazione ricevuta dall'autorità o in un suo determinato comportamento suscettibile di destare un'aspettativa legittima, quando l'autorità sia intervenuta in una situazione concreta riguardo a determinate persone, quand'essa era competente a rilasciare l'informazione o il cittadino poteva ritenerla competente in base a fondati motivi, quando affidandosi all'esattezza dell'informazione, egli abbia preso delle disposizioni non reversibili senza subire un pregiudizio e quando non siano intervenuti mutamenti legislativi posteriori al rilascio dell'informazione stessa (<ref-ruling> consid. 3.6.2; <ref-ruling> consid. 2.5.1 e rispettivi rinvii).
7.3. La ricorrente si limita ad invocare in via generale la buona fede e la trasparenza nelle procedure d'appalto, senza sostanziarne (<ref-law>) una specifica violazione nel contesto della gara. In particolare, non formula critiche che vadano oltre al mero rimprovero secondo cui l'interruzione dell'aggiudicazione non sarebbe in concreto giustificata dai gravi motivi richiesti dalle disposizioni di diritto cantonale e intercantonale (disposizioni che, sia detto per inciso, a loro volta già incarnano anche il principio della buona fede, nella misura in cui sono intese ad evitare che l'autorità ricorra ad un'interruzione in maniera manipolatoria). Così, anche in questo frangente, le censure con le quali essa lamenta il carattere insostenibile della decisione di non aggiudicazione, a suo avviso "frutto di un'espansione illecita del potere discrezionale dell'autorità giudicante", si confondono con quella di arbitrio. Per quanto non sfuggano ad un esame di merito a causa del loro carattere appellatorio e della loro insufficiente motivazione (<ref-law>), quindi, anch'esse saranno affrontate insieme all'esame dell'applicazione del diritto delle commesse pubbliche dal profilo dell'arbitrio.
8.
8.1. Secondo la ricorrente, siccome l'art. 13 lett. i CIAP e l'art. 55 RLCPubb/CIAP prevedono che l'interruzione e la ripetizione della procedura di aggiudicazione possono aver luogo solo per gravi motivi e che, nel concreto caso, i gravi motivi non sussistono, la decisione che le nega l'aggiudicazione non si fonderebbe su una base legale e sarebbe il frutto di un abuso di potere risultante da un superamento del potere discrezionale riservato dalla legge al committente. Ora, la lamentata mancanza di una base legale sulla quale fondare la decisione di esclusione si confonde, in realtà, con la censura d'arbitrio, ragione per cui resta quindi da esaminare soltanto quest'ultima critica.
8.2. Il Tribunale federale riesamina l'interpretazione e l'applicazione di una disposizione di diritto cantonale dal punto di vista limitato dell'arbitrio. Esso si scosta dalla soluzione adottata dalla precedente istanza soltanto se questa appare insostenibile, in manifesta contraddizione con la situazione reale, priva di appigli oggettivi e in violazione di un diritto certo (<ref-ruling> consid. 6.1 e rinvii), circostanze che tocca al ricorrente dimostrare (<ref-ruling> consid. 3.2 e richiamo) con un'argomentazione conforme agli art. 106 cpv. 2 e 117 LTF. Inoltre non basta che i motivi della decisione criticata siano insostenibili; occorre anche che questa sia arbitraria nel suo risultato. Se l'interpretazione data al diritto cantonale dall'istanza precedente non è irragionevole o manifestamente contraria al senso e allo scopo della disposizione o della legislazione applicate, essa viene quindi confermata e ciò anche se un'altra soluzione fosse concepibile o perfino preferibile (<ref-ruling> consid. 7.1, I 170 consid. 7.3 e rispettivi riferimenti).
Al riguardo va ricordato che la Corte cantonale disponeva di un potere d'esame limitato che le permetteva di verificare i fatti solo sotto il ristretto profilo dell'arbitrio, per non interferire indebitamente nel margine di apprezzamento conferito all'ente aggiudicatore in materia di commesse pubbliche, (<ref-ruling> consid. 3 e riferimenti; vedasi anche 143 II 120 consid. 7.2 e richiami). Ora, siccome tale potere è analogo a quello di cui fruisce il Tribunale federale in questo ambito, questa Corte non si limita a esaminare sotto il profilo dell'arbitrio se l'autorità precedente abbia commesso arbitrio. Per evitare la cosiddetta duplice limitazione del potere di esame ("Willkür im Quadrat", "arbitre au carré"), essa esamina liberamente il modo in cui l'autorità cantonale di ultima istanza ha fatto uso del suo potere di cognizione limitato (sentenze 5A_703/2019 del 27 aprile 2020 consid. 2.2.2; 2D_26/2019 del 3 settembre 2019 consid. 4.1 e 2D_9/2019 del 22 luglio 2019 consid. 3.3 e rispettivi rinvii).
8.3. Il Tribunale cantonale amministrativo ha qualificato la decisione del Consiglio di Stato (di non deliberare le prestazioni d'ingegnere civile alla ricorrente e affidare le opere con una procedura separata) alla stregua di un'interruzione (parziale) della procedura d'aggiudicazione ai sensi degli art. 13 lett. i CIAP e 55 RLCPubb. Ci si può chiedere se non si tratti piuttosto di un'aggiudicazione parziale scaturita dall'esclusione dal consorzio di un concorrente non idoneo, in ragione del fatto che tutti i membri di un consorzio devono soddisfare le condizioni di partecipazione e i criteri di idoneità (MARTIN BEYELER, Der Geltungsanspruch des Vergaberechts, 2012, n. 1480). Nel concreto caso, fondandosi su una clausola esplicita preannunciata nella documentazione di gara e ripresa testualmente nella decisione (BEYELER, op. cit., n. 1547 e 2101 segg.), l'ente aggiudicatore ha considerato che la ricorrente non disponesse "delle necessarie competenze tecniche e organizzative segnatamente in ambito di gestione di progetto, delle risorse e dei contratti per le prestazioni da ingegneria civile" (vedasi decisione del Consiglio di Stato del 27 giugno 2017, pag. 1). La questione può tuttavia rimanere indecisa, poiché ad ogni modo, per i motivi esposti di seguito, la sentenza impugnata non risulta inficiata d'arbitrio e dev'essere pertanto confermata.
Ai sensi dell'art. 13 lett. i CIAP, le disposizioni cantonali d'esecuzione garantiscono la limitazione dell'interruzione e della ripetizione della procedura di aggiudicazione per gravi motivi. Questa esigenza corrisponde all'inciso previsto all'art. XIII par. 4 lett. b dell'Accordo riveduto sugli appalti pubblici concluso il 15 aprile 1994 (AAP; RS 0.632.231.422), secondo cui dopo l'apertura delle offerte l'entità aggiudicatrice deve di principio aggiudicare l'appalto, tranne quando decida di non concluderlo "per ragioni di interesse pubblico" (<ref-ruling> consid. 6.1; sentenza 2P.34/2007 dell'8 maggio 2007 consid. 6.1). Il diritto cantonale ticinese ha concretizzato tale disposto prevedendo all'art. 55 RLCPubb/TI una lista esemplificativa ("in particolare") di "motivi sufficienti" per i quali il committente può interrompere la procedura di aggiudicazione; tra questi figura la costellazione nella quale nessuna offerta adempia i criteri tecnici e le altre esigenze fissati nei documenti di gara (lett. b).
8.4. Secondo la giurisprudenza del Tribunale federale, l'interruzione e la ripetizione della procedura sono possibili solo a titolo eccezionale e costituiscono l' ultima ratio. Un simile approccio restrittivo si giustifica per il fatto che, quando mette in atto una procedura di appalto pubblico, l'autorità aggiudicatrice deve di principio assicurare ad ogni offerente una reale possibilità di venir scelto in funzione delle esigenze poste dal bando, cosa che non avviene quando essa interrompe la procedura senza aver aggiudicato il mercato (<ref-ruling> consid. 6.1 e riferimenti dottrinali, segnatamente GALLI/MOSER/LANG/STEINER, Praxis des öffentlichen Beschaffungsrechts, 3aed., 2013, n. 799 pag. 353; per gli appalti assoggettati al diritto federale, cfr. <ref-ruling> consid. 2.3). D'altro canto, la formula potestativa ed esemplificativa adottata dai testi di legge in questo contesto implica che l'entità aggiudicatrice goda di un certo margine di apprezzamento nel valutare la presenza di fondati motivi e le conseguenze che intende trarne. Tale libertà è nondimeno limitata dall'esigenza di rispettare la buona fede e i principi generali che reggono le procedure degli appalti pubblici, segnatamente il divieto delle discriminazioni tra offerenti, la proporzionalità, la trasparenza e il divieto di modificare il mercato (<ref-ruling> consid. 6.4). In sostanza, la regolamentazione descritta è intesa a impedire che l'autorità aggiudicatrice ricorra ad un'interruzione senza motivi validi, perseguendo finalità meramente manipolatorie, ad esempio per discriminare un concorrente, ciò che costituirebbe un abuso di diritto (MARTIN BEYELER, Überlegungen zum Abbruch von Vergabeverfahren, in: AJP 2005 784 pag. 789 seg.).
8.5. Nel concreto caso, le argomentazioni sollevate dalla ricorrente non sono atte a dimostrare un'applicazione arbitraria di tali principi da parte del Tribunale cantonale amministrativo. Dai documenti di gara emerge, come già rilevato più volte, che il committente si era esplicitamente riservato tale possibilità. Esso ha quindi rispettato il principio della trasparenza e della buona fede, come pure il divieto di modificare indebitamente il mercato (BEYELER, op. cit., n. 1547). Ora, a prescindere dall'esito reale che avrebbe poi avuto il contenzioso relativo al cantiere della scuola media di X._, che non spettava al Tribunale amministrativo cantonale chiarire in questa procedura, non è arbitrario concludere che la sussistenza di una procedura civile assai complessa tra le parti costituisca un grave motivo suscettibile di indurre l'ente appaltante a non più riconoscere nella ricorrente le necessarie competenze tecniche e organizzative. È del resto naturale concludere che, indipendentemente dalle rispettive responsabilità, una simile vertenza - che ha fatto emergere profondi dissidi e differenti visioni sulle modalità di gestione di un grosso cantiere e pure sulle scelte tecniche, di progettazione e di esecuzione, effettuate dalla ricorrente in corso d'opera - possa aver compromesso la considerazione delle competenze e la fiducia nei confronti della ricorrente da parte dell'ente appaltante. Alla luce di tutte queste valutazioni, l'argomentazione della Corte cantonale non appare manifestamente insostenibile, né gravemente lesiva di una norma o di un principio giuridico indiscusso, ma al contrario è del tutto difendibile, per cui le tesi della ricorrente si rivelano infondate e come tale vanno respinte.
9.
9.1. Visto quanto precede, il ricorso in materia di diritto pubblico è inammissibile, mentre il ricorso sussidiario in materia costituzionale dev'essere respinto.
9.2. Le spese giudiziarie seguono la soccombenza (<ref-law>) e sono quindi poste a carico della ricorrente. Non sono assegnate ripetibili ad autorità vincenti (<ref-law>).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1.
Il ricorso in materia di diritto pubblico è inammissibile.
2.
Il ricorso sussidiario in materia costituzionale è respinto.
3.
Le spese giudiziarie di fr. 3'000.-- sono poste a carico della ricorrente.
4.
Comunicazione al patrocinatore della ricorrente, all'Ufficio di vigilanza sulle commesse pubbliche del Dipartimento del territorio, al Consiglio di Stato e al Tribunale amministrativo del Cantone Ticino.