Sachverhalt:
A.
A.a. Die Gemeinde Zernez erteilte der A._ AG mit Entscheid vom 27. August 2012 die Baubewilligung für die Errichtung eines Sammelplatzes zur Annahme, Zwischenlagerung und Weiterleitung von Altholz, Schrott und Sperrgut. In der Baubewilligung wurde als Auflage festgehalten, das gesammelte Material dürfe vor Ort nur in Mulden (und nicht am Boden) zum Weitertransport gelagert, nicht aber verarbeitet oder aufbereitet werden. Mit Verfügung vom 28. Juni 2013 erhielt die A._ AG vom Amt für Natur und Umwelt des Kantons Graubünden die für den Betrieb des Sammelplatzes zusätzlich erforderliche abfallrechtliche Betriebsbewilligung des Kantons. Allerdings war auch nach der kantonalen Betriebsbewilligung nur die Entgegennahme und Zwischenlagerung der anfallenden Bauabfälle erlaubt. Eine Sortierung oder Behandlung der Abfälle vor Ort war nicht zulässig. Die kantonale Betriebsbewilligung war befristet bis zum 31. Dezember 2018.
A.b. Am 13. Dezember 2018 beantragte die A._ AG bei der Gemeinde Zernez die Verlängerung der am 31. Dezember 2018 auslaufenden kantonalen Betriebsbewilligung. Gleichentags stellte sie zudem ein Gesuch für die Ausweitung des Abfallsammelplatzes mittels einer Altholzschredderanlage. Die Gemeinde leitete beide Gesuche an das Amt für Natur und Umwelt weiter. Dieses führte am 16. Januar 2019 einen Augenschein im Beisein aller Verfahrensbeteiligten durch, woraufhin es der A._ AG mit Verfügung vom 21. Januar 2019 die abfallrechtliche Betriebsbewilligung unter Auflagen bis zum 31. März 2024 verlängerte. Betreffend die beantragte Ausweitung des Betriebs mittels eines Altholzschredders hielt das Amt fest, die kantonale Betriebsbewilligung für den Sammelplatz werde gestützt auf die kommunale Baubewilligung vom 27. August 2012 erteilt. Gemäss dieser sei es untersagt, die eingesammelten Abfälle vor Ort aufzubereiten. Die ersuchte Ausweitung der Betriebsbewilligung könne deshalb nicht erteilt werden.
A.c. In Übereinstimmung mit der abfallrechtlichen Betriebsbewilligung des Kantons verlängerte die Gemeinde Zernez der A._ AG mit Entscheid vom 21. Januar 2019 die kommunale Bewilligung für den Betrieb des Abfallsammelplatzes ebenfalls bis zum 31. März 2024. Die kantonale Betriebsbewilligung ist dabei integraler Bestandteil der kommunalen Bewilligung. Mit gleichem Entscheid verweigerte die Gemeinde der A._ AG die Ausweitung des Abfallsammelplatzes mittels einer Schredderanlage. Zur Begründung führte sie im Wesentlichen aus, die Weiterverarbeitung bzw. Aufbereitung des anfallenden Altholzes widerspreche den Auflagen der Baubewilligung vom 27. August 2012 und sei in der kommunalen Gewerbezone überdies nicht zonenkonform und damit nicht bewilligungsfähig. In der Gewerbezone seien nur Produktionsbetriebe zulässig, nicht jedoch Betriebe die Abbruchmaterialien aufbereiten. Für solche Aufbereitungsarbeiten habe die Gemeinde eigens eine Materialaufbereitungszone ausgeschieden.
B.
Die A._ AG erhob am 20. Februar 2019 beim Erziehungs-, Kultur- und Umweltschutzdepartement des Kantons Graubünden Beschwerde gegen die Verfügung des Amts für Natur und Umwelt vom 21. Januar 2019. Gegen den Entscheid der Gemeinde Zernez vom 13. Februar 2019 erhob sie am 14. März 2019 Beschwerde beim Verwaltungsgericht des Kantons Graubünden mit dem Antrag, der kommunale Entscheid sei insoweit aufzuheben, als dass er ihr die Bewilligung für die Zerkleinerung der eingesammelten Altholzabfälle mittels Schredderanlage verweigere. Zwecks koordinierter Entscheidfällung vereinigte das Verwaltungsgericht im Einverständnis der Parteien am 6. Mai 2020 das bei ihm hängige Beschwerdeverfahren mit demjenigen vor dem Erziehungs-, Kultur- und Umweltschutzdepartement. Mit Urteil vom 12. Mai 2020 wies es die Beschwerden ab.
C.
Mit Eingabe vom 25. Juni 2020 führt die A._ AG Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten. Sie beantragt, das Urteil des Verwaltungsgerichts vom 12. Mai 2020 sei aufzuheben und die Sache sei zur Durchführung eines ordentlichen Baubewilligungsverfahrens sowie zur Neubeurteilung im Sinne der Erwägungen an die Gemeinde Zernez zurückzuweisen.
Das Verwaltungsgericht sowie die Gemeinde Zernez beantragen die Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten ist. Das vom Bundesgericht zur Stellungnahme eingeladene Amt für Natur und Umwelt des Kantons Graubünden stellt keine Verfahrensanträge. Es äussert sich jedoch zu den umweltrechtlichen Belangen der geplanten Schredderanlage und weist darauf hin, dass es für die Beurteilung der Zonenkonformität der ersuchten Betriebserweiterung nicht zuständig sei.

Erwägungen:
1.
Angefochten ist ein kantonal letztinstanzlicher Endentscheid über die Bewilligungsfähigkeit (Zonenkonformität) eines Bauvorhabens. Dagegen steht die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten grundsätzlich offen (vgl. <ref-law>; <ref-ruling> E. 2 S. 356). Die Beschwerdeführerin hat am vorinstanzlichen Verfahren teilgenommen und ist als Baugesuchstellerin berechtigt, Beschwerde beim Bundesgericht zu erheben (<ref-law>). Die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen geben zu keinen Bemerkungen Anlass, weshalb auf die Beschwerde grundsätzlich einzutreten ist.
2.
Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann insbesondere die Verletzung von Bundesrecht gerügt werden (<ref-law>). Das Bundesgericht wendet dieses von Amtes wegen an (<ref-law>), prüft die bei ihm angefochtenen Entscheide aber grundsätzlich nur auf Rechtsverletzungen hin, welche der Beschwerdeführer vorbringt und begründet (vgl. <ref-law>). Erhöhte Anforderungen an die Begründung gelten, soweit die Verletzung von Grundrechten gerügt wird (<ref-law>). Die Anwendung von kantonalem Recht überprüft das Bundesgericht grundsätzlich nur auf Willkür und bloss insoweit, als eine solche Rüge in der Beschwerde präzis vorgebracht und begründet wird (<ref-law> i.V.m. <ref-law> und <ref-law>). Es legt seinem Urteil den von der Vorinstanz festgestellten Sachverhalt zugrunde (<ref-law>), es sei denn, dieser sei offensichtlich unrichtig oder beruhe auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> (Art. 97 Abs. 1 und <ref-law>).
3.
Die Beschwerdeführerin erhebt gegen den angefochtenen Entscheid mehrere formelle Rügen, die vorab zu behandeln sind.
3.1. Sie wirft der Vorinstanz vor, sie habe die Zonenwidrigkeit der geplanten Betriebserweiterung im Wesentlichen nur mit einem Verweis bzw. der Wiederholung der diesbezüglichen Ausführungen der Gemeinde Zernez begründet. Damit habe sie gegen die aus <ref-law> abgeleitete Begründungspflicht verstossen. Einen weiteren Verstoss gegen ihren Anspruch auf ein faires Verfahren und auf rechtliches Gehör (Art. 29 Abs. 1 und 2 BV) sieht die Beschwerdeführerin zudem darin, dass die Vorinstanz den Entscheid der Gemeinde Zernez geschützt habe, obwohl diese die Zonenkonformität ihres Bauvorhabens ohne die Durchführung eines ordentlichen Baubewilligungsverfahrens (inkl. Projektauflage und Einspracheverfahren) direkt verneinte. Dadurch sei es ihr verwehrt worden, zur Auslegung der streitgegenständlichen Bestimmungen des Baugesetzes der Gemeinde Zernez vom 29. November 2006 (BauG/Zernez) hinreichend Stellung zu nehmen. Zudem sei ihr damit auch der Rechtsweg gekürzt worden.
3.2. Zum Anspruch auf rechtliches Gehör nach <ref-law> zählt insbesondere im Sinne einer verfassungsmässigen Mindestgarantie (dazu <ref-ruling> E. 2.2 S. 504 f. mit Hinweisen) das Recht einer Person, sich vor Erlass eines in ihre Rechtsstellung eingreifenden Entscheids zur Sache zu äussern und mit erheblichen Beweisanträgen gehört zu werden (vgl. <ref-ruling> E. 3.1 S. 370 f. mit Hinweisen). Ausserdem verlangt das rechtliche Gehör, dass die Behörde die Vorbringen der Parteien tatsächlich hört, prüft und in der Entscheidfindung berücksichtigt. Die Begründung muss deshalb zumindest kurz die wesentlichen Überlegungen nennen, von denen sich das Gericht hat leiten lassen und auf die es seinen Entscheid stützt. Dagegen wird nicht verlangt, dass sich die Begründung mit allen Parteistandpunkten einlässlich auseinandersetzt und jedes einzelne Vorbringen ausdrücklich widerlegt; es genügt, wenn der Entscheid gegebenenfalls sachgerecht angefochten werden kann (<ref-ruling> E. 3.6 S. 337 f.; <ref-ruling> E. 6.2 S. 274).
3.3. Obwohl die Vorinstanz die Zonenwidrigkeit der Betriebsausweitung des Abfallsammelplatzes weitestgehend mittels Wiedergabe der diesbezüglichen Ausführungen der Gemeinde Zernez begründet hat (E. 2.3 und E. 2.5.3 f. des angefochtenen Entscheids), ist sie ihrer Begründungspflicht ausreichend nachgekommen. Durch die Wiederholung der kommunalen Erwägungen bringt sie nachvollziehbar zum Ausdruck, dass sie die Zonenkonformität der Betriebserweiterung aus denselben Überlegungen wie die Gemeinde Zernez verneint. Damit sind die Überlegungen von denen sich die Vorinstanz hat leiten lassen erkennbar, sodass sich die Beschwerdeführerin über die Tragweite des Entscheids Rechenschaft geben und ihn in voller Kenntnis der Sache an das Bundesgericht weiterziehen konnte (vgl. BGE <ref-ruling> E. 6.2 S. 274; Urteil 1C_350/2014 vom 13. Oktober 2015 E. 2.4). Unter diesen Umständen ist eine Verletzung der aus dem Anspruch auf rechtliches Gehör abgeleiteten Begründungspflicht zu verneinen.
3.4. Hinsichtlich der weiteren Gehörsrügen ist festzuhalten, dass das Amt für Natur und Umwelt im vorliegenden Fall am 16. Januar 2019 einen Augenschein im Beisein aller Verfahrensbeteiligten durchführte, da die Zonenkonformität der geplanten Betriebserweiterung sowohl im kommunalen Baubewilligungsverfahren wie auch im kantonalen Betriebsbewilligungsverfahren streitig war. Zudem erfolgte im vorinstanzlichen Verfahren ein doppelter Schriftenwechsel. Inwieweit es der Beschwerdeführerin bei dieser Ausgangslage nicht möglich gewesen sein soll, sich hinreichend zur Sache zu äussern, ist nicht ersichtlich und wird auch nicht substanziiert (vgl. vorne E. 2) dargetan. Damit wurde der Beschwerdeführerin auch insoweit das rechtliche Gehör gewährt.
3.5. Wenn die Gemeinde Zernez sodann das Bauvorhaben der Beschwerdeführerin gestützt auf die kommunale Bauordnung als nicht zonenkonform erachtete, war sie auch nicht gehalten, ein ordentliches Baubewilligungsverfahren einzuleiten bzw. dieses fortzuführen und durfte sogleich einen abweisenden Entscheid fällen. Dies ergibt sich bereits aus Art. 22 Abs. 2 lit. a RPG (SR 700), nach welchem eine Baubewilligung nur erteilt werden darf, wenn die Baute oder Anlage dem Zweck der Nutzungszone entspricht. Entgegen der Auffassung der Beschwerdeführerin führt das Vorgehen der Gemeinde auch zu keiner Verkürzung des Rechtswegs und damit zu keiner Verletzung der Rechtsweggarantie nach <ref-law>. Gemäss <ref-law> hat grundsätzlich jede Person bei Rechtsstreitigkeiten Anspruch auf Beurteilung durch eine richterliche Behörde. Es wird damit garantiert, dass eine betroffene Person ein Gericht mit freier Rechts- und Sachverhaltsprüfung anrufen kann, wobei die üblichen prozessualen Formerfordernisse der Garantie nicht entgegenstehen (<ref-ruling> E. 4.2 S. 411; <ref-ruling> E. 5.3 S. 404; je mit Hinweisen). Dieser gerichtliche Rechtsschutz ist der Beschwerdeführerin zur Verfügung gestanden. Sie konnte ihre Anliegen einer gerichtlichen Behörde mit umfassender Überprüfungskompetenz, nämlich dem Verwaltungsgericht des Kantons Graubünden, zum Entscheid unterbreiten (vgl. Art. 51 des Gesetzes über die Verwaltungsrechtspflege des Kantons Graubünden vom 31. August 2006 [VRG/GR; BR 370.100]). Eine doppelte gerichtliche Überprüfung einer Streitsache gewährt <ref-law> - anders als <ref-law> für den strafrechtlichen Bereich - nicht (Urteil 1C_123/2015 vom 3. Juni 2015 E. 2.5).
3.6. Zusammengefasst dringen die formellen Rügen der Beschwerdeführerin nicht durch.
4.
4.1. In materieller Hinsicht ist strittig, ob die angestrebte Erweiterung des Abfallsammelplatzes mittels einer Altholzschredderanlage in der kommunalen Gewerbezone zonenkonform und damit bewilligungsfähig ist. Die Vorinstanz hat diese Frage, wie vor ihr bereits die Gemeinde Zernez, verneint. Mit Hinweis auf die ihrer Ansicht nach nicht zu beanstandenden Erwägungen der Gemeinde hat sie ausgeführt, gemäss Art. 22 Abs. 1 BauG/Zernez seien in der Gewerbezone nur Produktionsbetriebe zulässig. Nach kommunalem Verständnis sei der Begriff der Produktion so zu verstehen, als damit alle Arbeitsvorgänge gemeint seien, mit denen durch ein Mischen von Komponenten oder durch die Verarbeitung eines bestehenden Produkts ein neues oder anderes Erzeugnis entstehe. Im Gegensatz dazu stelle die Veränderung eines Materials mittels chemischer oder mechanischer Einwirkung einen Vorgang der Materialaufbereitung dar. Die Zerkleinerung von Alt- und Abbruchholz mittels einer Schredderanlage sei im Lichte dieser kommunalen Praxis keine Produktion, sondern eine Materialaufbereitung und sei deshalb zonenwidrig. Für Arbeitsvorgänge der Materialaufbereitung stelle die Gemeinde Zernez eine Materialaufbereitungszone zur Verfügung (E. 2.3 und 2.5.3 f. des angefochtenen Entscheids).
4.2. Die Beschwerdeführerin wendet dagegen ein, die Vorinstanzen hätten keine sachlichen Gründe genannt, warum die Zerkleinerung von Alt- und Abbruchholz keinen Produktionsvorgang darstellen solle und die Schredderanlage deshalb zonenwidrig sei. Zudem gebe es keine hinreichende gesetzliche Grundlage für die von der Gemeinde und der Vorinstanz getroffene Unterscheidung zwischen Produktions- und Verarbeitungsbetrieben. Es sei deshalb willkürlich, wenn die Vorinstanzen in der Gewerbezone die Produktion von Material als zulässig erachten, die Materialaufbereitung hingegen nicht. Überdies sei der Hinweis der Gemeinde, wonach die Zerkleinerung des Altholzes in der Materialaufbereitungszone zonenkonform sei unzutreffend, da diese gemäss dem Wortlaut von Art. 23 Abs. 1 BauG/Zernez nur für gesteinsähnliche Materialien bestimmt sei. Die Vorinstanz verfalle deshalb in Willkür (<ref-law>), wenn sie die enge Gesetzesauslegung von Art. 22 Abs. 1 BauG/Zernez durch die Gemeinde schütze und ihr die Ausweitung des Sammelplatzes mittels einer Schredderanlage verweigere.
4.3.
4.3.1. Die vorinstanzliche Beurteilung der Zonenkonformität einer Anlage innerhalb der Bauzone gestützt auf kommunales Recht überprüft das Bundesgericht nur auf Willkür (Urteile 1C_219/2018 vom 9. November 2018 E. 7.2; 1C_383/2014 vom 2. Oktober 2015 E. 2.3.2). Nach ständiger bundesgerichtlicher Rechtsprechung ist ein Entscheid willkürlich im Sinne von <ref-law>, wenn er offensichtlich unhaltbar ist, mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht, eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz krass verletzt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft. Das Bundesgericht hebt einen Entscheid jedoch nur auf, wenn nicht bloss die Begründung, sondern auch das Ergebnis unhaltbar ist; dass eine andere Lösung ebenfalls als vertretbar oder gar zutreffender erscheint, genügt nicht (<ref-ruling> E. 5.8 S. 143; <ref-ruling> E. 4.2 S. 516; je mit Hinweisen).
4.3.2. Art. 22 BauG/Zernez schreibt vor, dass die Gewerbezone für Produktionsbetriebe bestimmt ist (Abs. 1). In der Gewerbezone dürfen zudem zonenwidrige Bauten und Anlagen, die vor dem 1. Januar 2004 erstellt wurden, nur unterhalten, aber nicht ausgebaut und erweitert werden. Für damit verbundene zonenwidrige Nutzungen gilt die Bestandesgarantie (Abs. 3). Die Materialaufbereitungszone gemäss Art. 23 BauG/Zernez ist vorgesehen für Bauten, Anlagen und die Zwischenlagerung von Materialien im Zusammenhang mit der Gewinnung und Aufbereitung von Kies, der Aufbereitung von Heissmischgut und Beton, der Wiederaufbereitung von Abbruchmaterialien wie Beton, Mörtel, Belag und anderer wiederverwendbarer Materialien (Abs.1).
4.3.3. Soweit die Beschwerdeführerin überhaupt eine den erhöhten Begründungsanforderungen (vorne E. 2) genügende Willkürrüge erhebt, ist sie unbegründet. Die baurechtliche Grundordnung der Gemeinde Zernez unterscheidet nach dem Ausgeführten klar zwischen einer Gewerbezone, die für Produktionsbetriebe bestimmt ist, und einer Materialaufbereitungszone, die unter anderem für Anlagen vorgesehen ist, die der Wiederaufbereitung von einer nicht abschliessenden Aufzählung wiederverwendbaren Materialien dienen. Entgegen der Auffassung der Beschwerdeführerin ist der Wortlaut von Art. 23 Abs. 1 BauG/Zernez offen formuliert und umfasst damit nicht nur die Wiederaufbereitung gesteinsähnlicher Materialien, sondern auch jene von weiteren wiederverwendbaren Werkstoffen. Dass die Gemeinde Zernez auch Abbruch- und Altholz als wiederverwendbare Werkstoffe betrachtet ist jedenfalls unter dem Gesichtswinkel der Willkür nicht zu beanstanden. Die kommunale Bewilligungspraxis kann sich damit auf eine hinreichende gesetzliche Grundlage stützen.
4.3.4. Wenn die Gemeinde Zernez sodann nebst der Gewerbezone eigens eine Materialaufbereitungszone ausgeschieden hat, erweist es sich auch nicht als offensichtlich unhaltbar, die genannten Nutzungszonen im Rahmen einer engen Auslegung des Begriffs des Produktionsbetriebs klar voneinander abzugrenzen. Vor dem Hintergrund, dass den Gemeinden bei der Handhabung von selbständigem kommunalem Recht rechtsprechungsgemäss zudem ein gewisser Beurteilungsspielraum zusteht, ist es deshalb nicht zu beanstanden, wenn die Vorinstanz die eher restriktive Bewilligungspraxis der Gemeinde Zernez schützte (vgl. Urteile 1C_226/2019 vom 24. April 2020 E. 3.4; 1C_499/2015 vom 7. Dezember 2015 E. 3.4). Dass eine grosszügigere Auslegung des Begriffs des Produktionsbetriebs, wie von der Beschwerdeführerin vorgeschlagen, ebenfalls denkbar und gegebenenfalls sogar zweckmässiger wäre, steht nicht in Frage. Mit ihren diesbezüglichen Vorbringen vermag die Beschwerdeführerin jedoch einzig aufzuzeigen, dass eine andere Lösung ebenfalls vertretbar gewesen wäre, nicht aber, dass die gegenteiligen Entscheide der Gemeinde Zernez sowie des Verwaltungsgerichts geradezu willkürlich sind (vgl. vorne E. 4.3.1).
4.4. Die Folgerung der Vorinstanzen, das geplante Vorhaben sei nicht zonenkonform, beruht demnach nicht auf einer willkürlichen Auslegung und Anwendung des einschlägigen kommunalen Rechts. Die Verletzung von kantonalem Recht macht die Beschwerdeführerin nicht geltend. Der angefochtene Entscheid ist damit mangels Zonenkonformität des geplanten Vorhabens zu schützen.
5.
5.1. Die Beschwerdeführerin rügt schliesslich einen Verstoss gegen das Rechtsgleichheitsgebot nach <ref-law>. Wie schon im vorinstanzlichen Verfahren macht sie zusammenfassend geltend, in der Gewerbezone der Gemeinde Zernez gebe es mehrere Unternehmen, die entsprechend der von der Gemeinde verwendeten Definition des Produktionsbegriffs gemäss Art. 22 BauG/Zernez ebenfalls nicht zonenkonform seien. Namentlich betreibe die Gemeinde in der Gewerbezone eine eigene Sägerei, in welcher sich eine Holzschredderanlage für die Herstellung von Brennholz befinde. Die Gemeinde verhalte sich damit widersprüchlich und wende das kommunale Baugesetz nicht in jedem Fall gleich an, wenn sie diese Unternehmen als zonenkonform erachte und deren Betriebsausweitungen bewilligt habe, die Erweiterung ihres Betriebs mittels Schredderanlage hingegen nicht. Die Beschwerdeführerin beruft sich mit diesen Vorbringen auf den Grundsatz der Gleichbehandlung im Unrecht.
5.2. Nach ständiger bundesgerichtlicher Rechtsprechung kann sich ein Rechtsuchender der korrekten Rechtsanwendung in seinem Fall grundsätzlich nicht mit dem Argument entziehen, das Recht sei in anderen Fällen falsch oder gar nicht angewendet worden. Weicht die Behörde jedoch nicht nur in einem oder in einigen Fällen, sondern in ständiger Praxis vom Gesetz ab, und gibt sie zu erkennen, dass sie auch in Zukunft nicht gesetzeskonform entscheiden werde, so kann der Bürger gestützt auf <ref-law> verlangen, gleich behandelt, d.h. ebenfalls gesetzwidrig begünstigt zu werden. Nur wenn eine Behörde nicht gewillt ist, eine rechtswidrige Praxis aufzugeben, überwiegt das Interesse an der Gleichbehandlung der Betroffenen gegenüber demjenigen an der Gesetzmässigkeit. Äussert sich die Behörde nicht über ihre Absicht, so ist anzunehmen, sie werde aufgrund der Erwägungen des bundesgerichtlichen Urteils zu einer gesetzmässigen Praxis übergehen (<ref-ruling> E. 5.3.1 S. 112 mit Hinweisen).
5.3.
5.3.1. Wie bereits die Vorinstanz zutreffend in Erwägung gezogen hat, kann der Gemeinde Zernez nicht vorgeworfen werden, sie habe Art. 22 Abs. 1 BauG/Zernez in anderen Fällen anders oder falsch angewandt. Zunächst konnte die Gemeinde im vorinstanzlichen Verfahren eine einheitliche Bewilligungspraxis belegen. So hat sie beispielsweise in einem vergleichbaren Fall einer Gesuchstellerin das Vorbrechen von Betonabbruchmaterial in der Gewerbezone ebenfalls mit der Begründung verweigert, gemäss kommunaler Praxis handle es sich dabei nicht um einen Produktionsvorgang. Hingegen bewilligte sie den Betrieb einer Betonmischanlage, da dabei durch die Vermischung verschiedener Materialien ein neues Produkt entstehe.
5.3.2. Auch aus der in der Gewerbezone gelegenen gemeindeeigenen Sägerei ergibt sich keine rechtsungleiche Behandlung der Beschwerdeführerin. Nach der verbindlichen Feststellung der Vorinstanz (vgl. vorne E. 2) wurde die von der Gemeinde Zernez betriebene Sägerei vor dem 1. Januar 2004 erstellt. Sie geniesst damit gestützt auf Art. 22 Abs. 3 BauG/Zernez Bestandesschutz. Im Gegensatz dazu datiert die Baubewilligung des Abfallsammelplatzes der Beschwerdeführerin vom 27. August 2012. Die beiden Sachverhalte können somit nicht miteinander verglichen werden, weswegen die Vorinstanz auch insoweit eine rechtsungleiche Behandlung im Sinne von <ref-law> zu Recht verneinte (vgl. <ref-ruling> E. 5.1.1 S. 115). Daran ändert auch das Vorbringen der Beschwerdeführerin nichts, der Bestandesschutz der Sägerei erstrecke sich nur auf das Sägereigebäude bzw. den Sägereibetrieb, nicht aber auf die dortige Holzschnitzelanlage, da diese höchstens zehn Jahre alt sei. Mit diesen allgemeinen und in zeitlicher Hinsicht unbelegten Angaben vermag die Beschwerdeführerin nicht darzutun, dass die vorinstanzliche Rechtsauffassung, wonach die Sägerei aufgrund ihres Baujahrs gemäss Art. 22 Abs. 3 BauG/Zernez Bestandesschutz geniesse, offensichtlich unhaltbar ist (vgl. vorne E. 4.3.1).
5.3.3. Wenn die Beschwerdeführerin sodann im bundesgerichtlichen Verfahren erstmalig weitere ortsansässige Unternehmen nennt, die ihrer Ansicht nach nicht unter den Begriff des Produktionsbetriebs im Sinne von Art. 22 Abs. 1 BauG/Zernez fallen, kann sie daraus ebenfalls nichts zu ihren Gunsten ableiten. Einerseits handelt es sich bei diesem Vorbringen um eine neue Tatsache im Sinne von <ref-law>. Die Beschwerdeführerin wäre somit gehalten gewesen aufzuzeigen, warum die Berücksichtigung dieses Sachverhaltsumstandes im bundesgerichtlichen Verfahren ausnahmsweise zulässig sein sollte (vgl. <ref-ruling> E. 1.2 S. 22 f.). Andererseits sind die wiederum vage gehaltenen und unbelegten Darstellungen nicht geeignet, eine rechtsungleiche Behandlung im genannten Sinn nachzuweisen (vgl. vorne E. 5.2). Weder ist bekannt, ob die genannten Unternehmen gegebenenfalls Bestandesschutz geniessen, noch ist abschliessend nachgewiesen, welche Produkte und Dienstleistungen diese Gewerbebetriebe herstellen bzw. anbieten.
5.4. Die Beschwerdeführerin kann sich damit nicht auf das Gebot der Gleichbehandlung im Unrecht berufen.
6.
Die Beschwerde erweist sich nach dem Dargelegten als unbegründet und ist abzuweisen. Bei diesem Ausgang des Verfahrens sind die Gerichtskosten der unterliegenden Beschwerdeführerin aufzuerlegen (<ref-law>). Die in ihrem amtlichen Wirkungskreis obsiegende Gemeinde Zernez hat keinen Anspruch auf eine Parteientschädigung (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 4'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3.
Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin, der Gemeinde Zernez, dem Amt für Natur und Umwelt des Kantons Graubünden und dem Verwaltungsgericht des Kantons Graubünden, 5. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 16. Februar 2021
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Kneubühler
Der Gerichtsschreiber: Hahn