Faits :
A.
Les deux couples de demandeurs sont locataires de logements dans un complexe immobilier, comprenant 19 bâtiments locatifs (149 logements, 4 surfaces commerciales et 4 dépôts) et deux parkings souterrains à Rolle, qui a été construit en deux étapes entre mars 2004 et fin septembre 2007 pour la première (en ce qui concerne l'appartement) et de mi-mai 2006 à septembre 2007 (en ce qui concerne la villa). La société A._ SA en est devenue propriétaire ensuite de fusion le 9 décembre 2009.
A.a. Les locataires B._ et C._ (ci-après: les locataires ou les demandeurs de l'appartement) ont pris à bail un appartement de 4 pièces au 1er étage d'une surface de 97,23 m2 à compter du 1er octobre 2014, par contrat du 4 septembre 2014. Le loyer initial convenu est de 2'300 fr. par mois, auquel s'ajoutent un acompte de 150 fr. pour le chauffage, l'eau chaude et les frais accessoires, ainsi qu'un acompte de 35 fr. pour frais divers. Selon la formule officielle de notification du loyer lors de la conclusion d'un nouveau bail du même jour, le précédent locataire payait un loyer de 2'300 fr. dès le 1er août 2011 et des acomptes de 150 fr. et 35 fr.; il y était indiqué que le loyer se situe dans les limites des loyers usuels du quartier. Précédemment encore, dès le 1er juillet 2005, le loyer était de 2'200 fr., avec acomptes de 115 fr. et 35 fr.
Cet appartement se situe dans l'un des bâtiments qui borde une place aménagée. Il comprend un balcon dallé avec vue sur le lac et les Alpes françaises. L'une des chambres donne sur une place aménagée.
A.b. Les locataires D._ et E._ ont pris à bail une villa mitoyenne de 5,5 pièces de 152,6 m2. Le loyer initial convenu est de 3'000 fr. (recte: 3'009 fr.) par mois, auquel s'ajoute un acompte de 250 fr. pour le chauffage, l'eau chaude et les frais accessoires. Selon la formule officielle, le locataire précédent payait le même loyer depuis le 1er juillet 2011; la hausse éventuelle était motivée par la mention que le loyer se situe dans les limites des loyers usuels du quartier. Antérieurement encore, le loyer s'élevait à 2'750 fr. depuis le 15 octobre 2007.
Cette villa est située au centre d'un petit bâtiment. Elle comprend une terrasse privative dallée, suivie d'un espace herbeux non privatif. La suite parentale donne sur une seconde terrasse dallée privative.
B.
Les locataires ont contesté leur loyer initial par requête déposée devant la Commission de conciliation en matière de baux à loyer du district de Nyon, puis, ayant refusé la proposition de jugement qui leur a été faite et ayant obtenu une autorisation de procéder, ils ont déposé leurs demandes devant le Tribunal des baux du canton de Vaud le 19 janvier 2015, respectivement le 13 septembre 2017.
Requérant que le loyer soit fixé sur la base du rendement net, les locataires de l'appartement concluent, dans leurs dernières conclusions, à ce que le loyer initial soit réduit de 2'300 fr. à 1'000 fr. et les locataires de la villa mitoyenne concluent à ce que leur loyer soit réduit de 3'009 fr. à 1'509 fr. Les locataires de l'appartement contestent en outre devoir supporter d'autres frais accessoires, plus précisément les frais d'eau froide et taxes d'épuration qui ont été mis à leur charge et qu'ils ont acquittés.
La bailleresse a conclu au rejet des demandes.
Ayant joint les causes, le Tribunal des baux a procédé à l'inspection des objets litigieux le 1er novembre 2018.
Par jugement du 8 mars 2019, le Tribunal des baux du canton de Vaud a notamment fixé le loyer initial de l'appartement à 1'098 fr. dès le 1er octobre 2014, ordonnant la restitution du trop-perçu, et décidé que seuls les frais de chauffage et d'eau chaude pouvaient être facturés aux locataires, ordonnant la restitution des frais payés à tort. Il a fixé le loyer initial de la villa mitoyenne à 1'610 fr. dès le 1er avril 2017 et ordonné la restitution du trop-perçu.
Statuant le 21 avril 2020, la Cour d'appel civile du Tribunal cantonal du canton de Vaud a rejeté l'appel de la bailleresse et confirmé le jugement attaqué.
C.
Contre cet arrêt qui lui a été notifié le 1er mai 2020, la bailleresse a interjeté un recours en matière civile le 28 mai 2020, concluant à sa réforme en ce sens que, en substance, le loyer initial des locataires de l'appartement soit fixé à 2'300 fr. par mois et qu'ils doivent supporter les frais d'eau froide et taxes d'épuration, et que le loyer initial des locataires de la villa mitoyenne soit fixé à 3'009 fr. par mois. Subsidiairement, elle conclut à l'annulation de l'arrêt cantonal et au renvoi de la cause au Tribunal des baux pour nouveau jugement dans le sens des considérants et à la cour cantonale également avec la même invitation (sic).
Les locataires intimés concluent au rejet du recours dans la mesure où il est recevable.
La bailleresse recourante a déposé des observations, auxquelles les locataires intimés ont déclaré n'avoir rien à ajouter.

Considérant en droit :
1.
Interjeté en temps utile (<ref-law>) par la bailleresse qui a succombé dans ses conclusions (art. 76 a. 1 LTF) et dirigé contre un arrêt final (<ref-law>) rendu sur appel par un tribunal cantonal supérieur (<ref-law>) dans une affaire de contestation du loyer initial du bail (<ref-law>), dont la valeur litigieuse atteint le seuil de 15'000 fr. requis en matière de bail à loyer (<ref-law>), le recours en matière civile est recevable au regard de ces dispositions.
2.
Le Tribunal fédéral applique le droit d'office ( <ref-law>). Toutefois, compte tenu de l'obligation de motiver qui incombe au recourant en vertu de l'<ref-law>, il n'examine pas, comme le ferait un juge de première instance, toutes les questions juridiques qui pourraient se poser, mais uniquement celles qui sont soulevées devant lui (<ref-ruling> consid. 2 p. 88; <ref-ruling> consid. 5; <ref-ruling> consid. 1.3 p. 584), à moins que la violation du droit ne soit manifeste (<ref-ruling> consid. 2 p. 116; arrêt 5A_621/2013 du 20 novembre 2014 consid. 2.2, non publié aux <ref-ruling>). Dès lors qu'une question est soulevée, le Tribunal fédéral entre en matière, mais il n'est lié ni par les motifs invoqués par les parties, ni par l'argumentation juridique retenue par l'autorité cantonale; il peut donc admettre le recours pour d'autres motifs que ceux invoqués par le recourant, comme il peut le rejeter en procédant à une substitution de motifs (<ref-ruling> consid. 1.4 et l'arrêt cité).
3.
3.1. La cour cantonale a examiné les seuls griefs de la bailleresse appelante, au nombre de six.
Premièrement, elle a considéré que le sort des prétendus faits omis est lié à celui des moyens de droit, et que ceux-là s'avèrent non pertinents au regard de ceux-ci.
Deuxièmement, elle a estimé qu'il n'y avait pas lieu de s'écarter de la jurisprudence sur la priorité du critère du rendement net de l'<ref-law> par rapport à celui des loyers usuels de la localité ou du quartier de l'<ref-law>.
Troisièmement, elle a estimé que la ventilation du rendement net entre les différents logements du complexe pouvait être effectué sur la base de la clé de répartition qu'est la surface habitable par m2, écartant les griefs de la bailleresse à cet égard.
Quatrièmement, bien qu'elle ait constaté que la bailleresse n'avait produit qu'une partie infime des pièces requises, elle a jugé que les pièces prises en considération par le tribunal pour calculer le rendement net étaient suffisantes, de sorte que le recours à des statistiques n'entrait pas en ligne de compte.
Cinquièmement, elle a jugé qu'il n'était pas possible de substituer aux coûts d'investissement des valeurs abstraites et que les valeurs prises en considération pour l'appréciation du prix de revient du complexe immobilier n'étaient pas critiquées, ni non plus les pourcentages retenus pour calculer le rendement net de l'appartement et de la villa.
Enfin, sixièmement, elle a écarté le grief relatif aux frais accessoires de l'appartement.
3.2. Du recours de 107 pages, dont la plus grande part ne satisfait pas aux exigences de motivation des griefs de droit (art. 42 al. 1 et 2 LTF), respectivement à celles des griefs de fait et de droit constitutionnel (<ref-law>) et dont la lecture est fastidieuse, la Cour de céans retient que la bailleresse recourante invoque l'absence de prise en considération des loyers payés par les précédents locataires des objets loués (lesquels avaient été fixés sur la base des loyers du marché, et non du rendement net) en violation d'une liste de dispositions constitutionnelles, l'interprétation des notions de loyer abusif et de rendement excessif en violation d'une liste de dispositions constitutionnelles, un établissement de fait lacunaire (<ref-law>), l'absence de prédominance de l'<ref-law> sur l'<ref-law>, l'absence de prise en compte dans la fixation du loyer des spécificités et caractéristiques des objets loués, le fait qu'aucune violation de son devoir de collaboration ne lui est imputable, la prise en compte de valeurs irréalistes pour l'appréciation du prix de revient, la lésion au vu de la prestation fournie par elle aux locataires et, s'agissant du seul appartement, le refus d'admettre que des frais accessoires, en sus des frais de chauffage et d'eau chaude ont été valablement mis à la charge des locataires.
3.3. Les intimés estiment que les conditions d'un changement de jurisprudence s'agissant du critère de la priorité de l'art. 269 sur l'<ref-law> ne sont pas remplies.
4.
Dans deux griefs, portant des titres différents, la bailleresse recourante critique en réalité la méthode suivie par la jurisprudence pour contrôler si le loyer initial convenu était abusif (le 1er pour interprétation inconstitutionnelle de la notion de loyer abusif au sens des art. 269-269a CO et le 2ème pour absence de prédominance de l'art. 269 sur l'<ref-law>). En effet, elle requiert un changement de la jurisprudence adoptée dans l'<ref-ruling>, soit de la priorité du critère des coûts sur le critère des loyers usuels.
4.1. Contrairement à ce qu'affirme la recourante, on ne saurait reprocher à la cour cantonale de n'avoir pas motivé sa décision, celle-ci ayant consacré 4 pages à expliquer pourquoi elle s'en tenait à la jurisprudence de l'<ref-ruling>. Le grief de violation de l'art. 29 al. 2 Cst. et de l'<ref-law> (cf. à ce sujet, entre autres, l'<ref-ruling> consid. 4.1) doit donc être rejeté.
4.2. Avant d'examiner la question de la priorité des critères, il s'impose de rappeler les règles légales et les principes jurisprudentiels applicables en cas de contestation du loyer initial.
4.2.1. En vertu de l'<ref-law>, le locataire peut contester le loyer initial qu'il estime abusif au sens des art. 269 et 269a CO. Selon l'<ref-law>, le loyer est abusif lorsqu'il permet au bailleur d'obtenir un rendement excessif de la chose louée et selon l'<ref-law>, il est présumé non abusif lorsqu'il se situe dans les limites des loyers usuels dans la localité ou dans le quartier.
Le contrôle de l'admissibilité du loyer initial ne peut s'effectuer qu'à l'aide de la méthode absolue, laquelle sert à vérifier concrètement que le loyer ne procure pas un rendement excessif au bailleur compte tenu des frais qu'il doit supporter ou des prix du marché. Dans l'application de la méthode absolue, les deux critères absolus que sont le critère du rendement net (fondé sur les coûts) et le critère des loyers du marché (i.e. les loyers comparatifs appliqués dans la localité ou le quartier) sont antinomiques, et partant exclusifs l'un de l'autre. Ainsi, le critère fondé sur un calcul concret et individuel du coût (soit le rendement net) ne peut pas être mélangé avec des facteurs liés au marché, tel qu'une valeur objectivée de l'immeuble (<ref-ruling> consid. 3.1.2 p. 15; <ref-ruling> consid. 2 p. 242; arrêts 4A_581/2018 du 9 juillet 2019 consid. 3.1.1; 4A_191/2018 du 26 mars 2018 consid. 3.1; 4A_400/2017 du 13 septembre 2018 consid. 2.1 non publié à l'<ref-ruling>; 4A_645/2011 du 27 janvier 2012 consid. 3.2).
4.2.2. Le critère absolu du rendement net de l'<ref-law> se base sur le rendement net des fonds propres investis. Le loyer doit, d'une part, offrir un rendement raisonnable par rapport aux fonds propres investis et, d'autre part, couvrir les charges immobilières (<ref-ruling> consid. 6.3 et les références citées). Le loyer est ainsi contrôlé sur la base de la situation financière de la chose louée à un moment donné, sans égard aux accords antérieurs passés avec le locataire, lesquels ne sont pris en considération que dans l'application de la méthode relative (arrêts 4A_581/2018 précité consid. 3.1.1; 4A_191/2018 précité consid. 3.1; 4A_239/2018 du 19 février 2019 consid. 5.2; sur la méthode de calcul du rendement net, cf. consid. 5.1 ci-dessous).
4.2.3. Le critère absolu des loyers usuels de la localité ou du quartier de l'<ref-law> est fondé sur les loyers du marché. L'<ref-law> [RS 221.213.11] détermine les loyers déterminants pour le calcul de ceux-là: il s'agit des loyers de logements comparables à la chose louée quant à l'emplacement, la dimension, l'équipement, l'état et l'année de construction (al. 1), à l'exclusion des loyers découlant du fait qu'un bailleur ou un groupe de bailleurs domine le marché (al. 3). Les statistiques officielles doivent être prises en considération (al. 4). Ces prescriptions correspondent à celles de l'ancien droit, qui figuraient à l'art. 15 al. 1 let. a AMSL (seul le critère de la dimension y a été expressément ajouté; cf. <ref-ruling> consid. 4 p. 319 et la référence à la doctrine).
La preuve des loyers usuels dans la localité ou le quartier (<ref-law>) peut être dès lors apportée au moyen de deux méthodes (cf. art. 11 al. 1 et 4 OBLF; cf. <ref-ruling> consid. 2.2.1 p. 572; arrêt 4A_400/2017 précité consid. 2.2.2).
4.2.3.1. Premièrement, il est possible de se baser sur des logements de comparaison, lesquels doivent être au nombre minimal de cinq et présenter, pour l'essentiel, les mêmes caractéristiques que le logement litigieux quant à l'emplacement, la dimension, l'équipement, l'état et l'année de construction, tout en tenant compte de l'évolution récente de leurs loyers au regard du taux hypothécaire et de l'indice suisse des prix à la consommation (IPC) (<ref-ruling> consid. 2.2.1 p. 572 et consid. 2.2.3 p. 574; arrêt 4A_400/2017 précité consid. 2.2.2 et 2.2.2.2). L'<ref-law> prescrit d'exclure les loyers découlant du fait qu'un bailleur ou un groupe de bailleurs domine le marché.
4.2.3.2. Deuxièmement, le juge peut appliquer la méthode des statistiques officielles (<ref-law>). Celles-ci doivent satisfaire aux exigences de l'<ref-law>, et partant contenir des données chiffrées suffisamment différenciées et dûment établies sur les critères précités (<ref-ruling> consid. 2.2.1 p. 572 et consid. 2.2.2; arrêt 4A_400/2017 précité consid. 2.2.2.1).
4.3. Depuis l'<ref-ruling> consid. 2, qui reprend la jurisprudence rendue sous l'empire de l'AMSL et dont la portée avait encore été étendue en ce sens que le moyen de défense du locataire fondé sur le rendement exagéré de la chose louée devait pouvoir être invoqué sans qu'il ait à démontrer la présence d'indices d'abus (<ref-ruling>, p. 168 et 123 III 76 consid. 4c p. 83), le Tribunal fédéral a adopté le principe de la priorité du critère absolu du rendement net (<ref-law>) sur celui des loyers usuels de la localité ou du quartier (<ref-law>), en ce sens que le locataire peut toujours tenter de prouver que le loyer permet au bailleur d'obtenir un rendement excessif.
Dans cet arrêt, le Tribunal fédéral a considéré qu'il résulte du texte même de l'<ref-law> que cette disposition pose des présomptions. Les exceptions qui y sont prévues ne sont que subsidiaires, en ce sens qu'elles ne déploient leurs effets que si le demandeur ne parvient pas à renverser la présomption légale, en l'occurrence de la let. a en prouvant que le loyer est abusif au sens de l'<ref-law>, soit selon le critère du rendement net. Ce n'est donc qu'en cas d'échec du renversement de la présomption ou en cas de difficulté ou d'impossibilité de déterminer le caractère excessif du rendement net, notamment lorsqu'il s'agit d'immeubles anciens, qu'il pourra être fait application du critère des loyers usuels de la localité ou du quartier. Cette jurisprudence n'a ensuite plus varié (cf. les nombreux arrêts cités dans l'arrêt 4A_276/2011 cité ci-après au consid. 5.2.1 in fine).
Dans l'arrêt 4A_276/2011 du 11 octobre 2011 consid. 5, publié in JdT 2012 II 113, constatant que l'<ref-ruling> avait soulevé des critiques, l'une d'elles étant que la prééminence donnée au critère du rendement net irait contre la lettre de la loi et la volonté du législateur, le Tribunal fédéral a relevé qu'il est communément admis qu'il existe un antagonisme de fond entre le critère des coûts et celui du marché, chacun répondant à une philosophie différente (avec référence notamment aux <ref-ruling> consid. 3a et 117 II 452 consid. 4a, qui parlent de tension entre les deux critères), qu'il s'est penché à maintes reprises sur le rapport entre ces deux critères de fixation, en se référant aux travaux législatifs, et que, vu la difficulté à coordonner ces deux critères, le législateur a cherché une solution pour finalement se résoudre au statu quo. Le Tribunal fédéral a donc adopté une solution en accord avec les travaux législatifs, faisant une exception pour les immeubles anciens pour lesquels les pièces comptables pour calculer le rendement net n'existent souvent plus ou font apparaître que les montants ne sont plus en phase avec la réalité économique. Le Tribunal fédéral a ainsi rejeté le recours au motif qu'il n'existait pas de motifs objectifs sérieux qui justifiaient de modifier la jurisprudence consacrée à l'<ref-ruling> (consid. 5.4).
Cette jurisprudence a été reprise, sans discussion, dans les arrêts ultérieurs. L'<ref-ruling> a ensuite précisé ce qu'il faut entendre par immeuble ancien: est ancien un immeuble dont la construction ou la dernière acquisition est de 30 ans au moins au début du bail (consid. 3).
4.4. En l'espèce, les conditions strictes posées pour un changement de jurisprudence ne sont pas remplies (<ref-ruling> consid. 2 p. 177; <ref-ruling> consid. 3).
En effet, la bailleresse recourante qui est représentée par le même mandataire que celui qui avait rédigé le recours dans l'affaire 4A_276/2011, ne se prévaut d'aucun nouveau motif sérieux qui imposerait de procéder à un nouvel examen et d'écarter le principe de la priorité du rendement net. Ainsi, elle reprend sa propre interprétation littérale, historique et systématique des art. 269 et 269a CO pour contester toute priorité du critère du rendement net fondé sur les coûts par rapport au critère des loyers usuels fondés sur les loyers du marché, mais elle ne discute pas la motivation de l'arrêt 4A_276/2011 consid. 5.4, dans lequel le Tribunal fédéral a relevé s'être penché sur ces deux critères de fixation antagonistes, et avoir tranché en faveur de la solution qui est en accord avec les travaux législatifs.
Elle ne critique pas non plus le fait que l'<ref-law> institue des présomptions légales, qui, conformément à leur définition (qui ne sont pas des fictions) peuvent être renversées par la preuve du contraire.
Lorsque la recourante soutient qu'une interprétation conforme à la Constitution doit conduire à mettre sur pied d'égalité le loyer fondé sur les coûts et le loyer du marché et que le contrôle du rendement excessif ne doit se faire qu'en cas d'indices d'abus caractérisé (par ex. seulement en cas de hausse de plus de 10% par rapport au loyer du précédent locataire), elle préconise d'en revenir à la jurisprudence antérieure des <ref-ruling> consid. 1a et 112 II 149 consid. 1c, qui ne permettait au juge de s'écarter de la présomption légale de l'<ref-law> (qui a succédé à l'art. 15 al. 1 let. b et d AMSL) que si le locataire démontrait la présence d'indices d'abus (par ex. l'absence de toute adaptation des loyers lors des différentes baisses du taux de l'intérêt hypothécaire). Ce faisant, elle ne remet pas réellement en cause la priorité de l'<ref-law> sur l'<ref-law>, mais entend la subordonner à une condition de façon à rendre plus difficile son invocation.
Or, puisque les deux critères sont antagonistes, il est inévitable que l'un doive prévaloir sur l'autre; or, le critère des loyers usuels ne saurait prévaloir sur celui des coûts, dès lors qu'il serait choquant que le locataire puisse invoquer les loyers usuels pour contester le loyer convenu lorsque le loyer usuel ne garantirait pas un rendement équitable au bailleur.
En tant que la bailleresse propose subsidiairement de prendre en compte la valeur réaliste de l'immeuble (soit le prix du marché actuel pour acquérir un bien équivalent permettant une rentabilité plus élevée, tenant compte ainsi de ce qu'elle qualifie de " coût d'opportunité ", qui correspondrait aux loyers usuels de statistiques non officielles), elle méconnaît que le calcul fondé sur les coûts ne peut pas être mélangé avec des facteurs liés au marché, puisque ces deux critères sont antinomiques.
Au demeurant, en tant qu'elle veut prendre pour référence les statistiques communales, elle méconnaît que celles-ci ne satisfont pas aux exigences de statistiques officielles au sens de l'<ref-law>.
Enfin, elle ne soutient pas que l'appartement et la villa en cause seraient des immeubles anciens, ni ne conteste la jurisprudence qui a fixé à plus de 30 ans la durée déterminante pour la qualification d'immeuble ancien.
Pour le reste, il n'appartient pas au Tribunal fédéral de remettre en cause le système de couplage des loyers avec le taux hypothécaire de référence voulu par le législateur, quand bien même ce dernier terme ne figure pas dans le texte légal (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 3.2.3). Il ne lui appartient pas non plus d'instaurer un contrôle des loyers de façon à maintenir une égalité entre les locataires de logements comparables, respectivement de bailleurs propriétaires d'immeubles comparables, ni d'assurer la rationalité du marché immobilier.
Au vu de ce qui précède, il est superflu d'examiner les autres griefs d'omission de faits et d'absence de prise en considération des loyers payés par les précédents locataires.
5.
La bailleresse recourante critique ensuite le calcul du rendement net effectué par les instances cantonales en soulevant quatre griefs.
5.1. Il s'impose de rappeler préalablement les principes et le calcul du rendement net développés par la jurisprudence.
Le calcul du rendement net au sens de l'<ref-law> s'effectue sur la base de la situation financière de la chose louée à un moment donné. Seul est déterminant le rendement de la chose louée, soit celui du logement ou du local commercial en cause, à l'exclusion du rendement de l'immeuble entier, voire d'un groupe d'immeubles (<ref-ruling> consid. 2d; <ref-ruling> consid. 6c). En effet, en cas de disparité entre les loyers des différents appartements ou locaux, résultant par exemple de hausses de loyers intervenues à l'occasion de changements successifs de locataires ou à la suite de rénovations de certains logements, le calcul du rendement sur l'immeuble entier conduirait à des résultats choquants. Dans la pratique toutefois, comme les comptes sont établis pour l'immeuble entier, on commence par déterminer la situation financière de l'immeuble et ce n'est qu'ensuite qu'on ventile le résultat appartement par appartement selon une clé de répartition (arrêt 4A_239/2018 du 19 février 2019 consid. 5.2 et la référence).
Conformément à la jurisprudence, il y a lieu de procéder en 7 étapes pour déterminer le rendement net (arrêt 4A_239/2018 précité consid. 5.2.2) et de tenir compte désormais des deux changements que le Tribunal fédéral vient d'y apporter dans son arrêt 4A_554/2019 du 26 octobre 2020 consid. 8, destiné à la publication:
1° Il faut déterminer tous les coûts d'investissement effectifs (ou le prix de revient) de l'immeuble.
2° Il faut en déduire les fonds empruntés (fonds étrangers), ce qui permet d'obtenir le montant des fonds propres investis.
3° Le 100% des fonds propres investis doit être réévalué pour tenir compte du renchérissement (art. 269a let. e CO), par adaptation au coût de la vie selon l'indice suisse des prix à la consommation (arrêt 4A_554/2019 précité consid. 8.3).
4° Il y a lieu d'appliquer à ces fonds propres investis réévalués le taux de rendement admissible de 2% en sus du taux hypothécaire de référence lorsque celui-ci est égal ou inférieur à 2% (arrêt 4A_554/2019 précité consid. 8.4).
5° Au rendement admissible des fonds propres ainsi obtenu, il faut ajouter les charges immobilières.
6° Il s'agit ensuite de ventiler ce résultat appartement par appartement pour obtenir le loyer admissible de la chose louée en cause.
7° Il faut enfin comparer le loyer admissible pour la chose louée ainsi obtenu avec le loyer actuel, ce qui permettra de déterminer si une majoration du loyer était possible ou non.
5.2. La bailleresse recourante reproche tout d'abord à la cour cantonale d'avoir pris en compte des valeurs irréalistes, sans rapport avec la réalité économique, pour l'appréciation du prix de revient du complexe immobilier (1ère étape).
5.2.1. Pour déterminer les coûts d'investissement effectifs (ou le prix de revient) de l'immeuble, il convient de prendre en compte le prix d'acquisition et le coût de la construction ou le prix d'achat de l'immeuble construit, ainsi que les travaux à plus-value (à l'exclusion des coûts d'entretien, qui sont intégrés dans les charges, cf. <ref-ruling> consid. 6.6). Il n'est pas possible de substituer aux coûts d'investissement d'autres valeurs plus ou moins abstraites, telles que la valeur vénale de l'immeuble, sa valeur fiscale ou sa valeur d'assurance-incendie, celles-ci se référant à des valeurs objectives liées au marché et non aux coûts concrets (<ref-ruling> consid. 2.1; <ref-ruling> consid. 3b p. 259 s.). Un prix d'achat manifestement exagéré doit être réduit au prix normal (cf. art. 269 in fine CO et <ref-law>; arrêt 4A_465/2015 du 1er mars 2016 consid. 4.2; <ref-ruling> consid 2b). La jurisprudence admet également un correctif au prix d'acquisition lorsque le bailleur a acquis le bien à un prix préférentiel, par exemple dans le cadre d'une donation mixte, au motif que l'avantage consenti à celui-ci est destiné exclusivement à le favoriser lui, et non pas ses locataires (arrêt 4A_645/2011 du 27 janvier 2012 consid. 3.4.4 et les arrêts cités).
5.2.2. La cour cantonale a jugé qu'il n'était pas possible de substituer aux coûts d'investissement des valeurs abstraites et que les valeurs prises en considération par le tribunal pour l'appréciation du prix de revient du complexe immobilier n'étaient pas critiquées.
C'est à raison que la cour cantonale s'est basée sur les coûts d'investissement effectifs, et non sur la valeur vénale ou sur la valeur correspondant au prix actuel du marché.
5.3. Il y a toutefois lieu d'admettre qu'en se plaignant de valeurs irréalistes, de loyers dérisoires ne correspondant plus à la valeur de la mise à disposition des objets loués, de lésion au vu de la prestation qu'elle fournit, la recourante conteste implicitement la revalorisation, limitée à 40%, du prix de revient investi par elle lors de la construction entre 2004 et 2007 (3e étape) et le taux de rendement admissible de seulement 0,5% en sus du taux hypothécaire de référence (4e étape) pris en considération dans les calculs du tribunal.
La cause sera donc renvoyée à la cour cantonale pour effectuer le calcul du rendement net en tenant compte du changement de jurisprudence sur ces deux points introduit par l'arrêt 4A_554/2019 consid. 8.3 et 8.4, destiné à la publication, soit en déterminant le rendement net par la revalorisation des fonds propres investis à 100% (et non à 40%) et l'application à ceux-ci d'un taux de rendement admissible de 2% (et non 0,5%) en sus du taux hypothécaire de référence lorsque celui-ci est égal ou inférieur à 2%.
5.4. Pour ventiler le rendement admissible sur les deux objets litigieux (6e étape), la cour cantonale a tout d'abord retenu que le tribunal n'a pas constaté de grandes différences de qualité entre les différents logements, que les avantages de la villa mitoyenne résidaient essentiellement dans des surfaces supplémentaires en terrasse et jardin, lesquelles ne figuraient pas dans l'état locatif et dont la bailleresse n'avait pas tenu compte dans la fixation des loyers. Puis, elle a constaté que les premiers juges se sont basés sur l'état locatif, qui contient comme seule clé de répartition la surface habitable par m2 et ne tient aucun compte des autres caractéristiques et spécificités des deux objets litigieux, et elle a reproché à la bailleresse de n'avoir pas démontré l'existence d'une autre clé de répartition qui tiendrait compte d'autres facteurs.
La recourante ne démontre pas en quoi la cour cantonale aurait procédé à des constatations arbitraires ou aurait violé le droit.
En effet, selon la jurisprudence, il appartient au locataire qui conteste le loyer initial d'apporter la preuve que le loyer convenu procure au bailleur un rendement excessif. Mais, selon les principes généraux tirés des règles de la bonne foi, la partie qui n'a pas la charge de la preuve (soit le bailleur) doit néanmoins collaborer loyalement à l'administration des preuves et fournir les éléments qu'elle est seule à détenir (<ref-ruling> consid. 2.1; arrêts 4A_461/2015 du 15 février 2016 consid. 3.2 et 3.3; 4A_17/2017 du 7 septembre 2017 consid. 2.2 et les arrêts qui y sont cités). Il appartenait donc bien à la bailleresse de fournir la clé de répartition qu'elle voulait voir appliquer si elle n'était pas d'accord avec celle résultant de l'état locatif qu'elle avait elle-même appliquée pour la mise en location.
Ainsi, lorsqu'elle soutient qu'il aurait fallu prendre en compte les spécificités et les caractéristiques des deux objets, la recourante méconnaît non seulement que c'est le critère des m2 qu'elle a utilisé pour la mise en location, mais encore que la cour cantonale a mis à sa charge le défaut d'établissement d'une autre clé de répartition. Ce n'est ni le tribunal, ni la cour cantonale " qui ont changé la règle du jeu ", mais bien la bailleresse qui avait la charge de fournir les éléments nécessaires au calcul de rendement conformément à une jurisprudence bien établie et qui a violé son devoir de collaboration. Elle ne saurait donc reprocher à la cour cantonale d'avoir ventilé le rendement admissible sur la base du seul critère fourni par elle, soit la surface habitable par m2. C'est ainsi à tort que la recourante soutient qu'un calcul de rendement était impossible.
On relève en outre que si elle a elle-même fixé les loyers sur la base des surfaces des logements, elle n'a donc pas tenu compte ni des spécificités des différents logements, ni des coûts différents d'acquisition des terrains, de sorte qu'elle ne saurait légitimement reprocher à la cour cantonale d'avoir procédé comme elle dans la ventilation du rendement admissible.
Il s'ensuit le rejet de ce grief dans la mesure où il est recevable. Il est par conséquent superflu d'examiner les griefs d'omission de faits en relation avec ce point de droit.
6.
En tant que la bailleresse recourante soutient de manière générale qu'aucune violation de son devoir de collaboration dans l'établissement du rendement net ne lui est imputable, son grief est sans objet dès lors que la cour cantonale a considéré que les pièces prises en considération par le tribunal étaient suffisantes pour calculer le rendement net. Est réservée la violation de son devoir de collaboration admise en relation avec la clé de répartition du rendement admissible entre les différents logements, dont le sort a été scellé au consid. 5.4 ci-dessus.
7.
En ce qui concerne les frais accessoires de l'appartement, les locataires ont admis que les frais de chauffage et d'eau chaude étaient à leur charge en tant que frais accessoires au sens du ch. 3.3 du contrat. En revanche, ils ont contesté que d'autres frais accessoires, en l'occurrence les frais d'eau froide et les taxes d'épuration, puissent être mis à leur charge. Dans son dispositif, le tribunal des baux a admis que seuls les frais de chauffage et d'eau chaude peuvent être facturés aux locataires en sus du loyer net (ch. III) et ordonné la restitution du montant de 1'956 fr. 75 payé à tort pour l'eau froide et les taxes d'épuration pour la période du 1er octobre 2014 au 28 février 2019 (ch. IV), ce que la cour cantonale a confirmé.
7.1. Les frais accessoires en rapport avec l'usage de la chose louée ne sont à la charge du locataire que si cela a été convenu spécialement (art. 257a al. 1-2 CO); à défaut de convention, les frais accessoires sont compris dans le loyer (<ref-ruling> consid. 2a/aa).
Selon la jurisprudence, l'<ref-law> exige que les parties indiquent de manière suffisamment précise dans le contrat lui-même quels frais accessoires sont mis à la charge du locataire, en en détaillant les postes effectifs. Le locataire doit pouvoir comprendre facilement quels sont les postes qui lui seront facturés en plus du loyer net; ceux-ci doivent être décrits clairement et précisément dans le contrat (<ref-ruling> consid. 4.3). Même si la liste n'est pas formulée de manière exhaustive, les charges qui y sont mentionnées sont dues car le locataire peut comprendre facilement les postes qui lui seront facturés en sus du loyer (arrêt 4A_719/2016, du 31 août 2017 consid. 2.2.1 et la référence).
7.2. La cour cantonale a considéré que les clauses 5.1 et 5.2 du contrat de bail ne satisfont pas aux exigences de précision et de clarté posées par la jurisprudence. D'une part, les postes de frais ne sont pas exhaustifs et ces deux clauses s'apparentent à une annexe standardisée - à laquelle la jurisprudence a dénié la valeur de convention au sens de l'art. 257a l. 2 CO -. D'autre part, chaque clause comporte un poste de " taxes publiques actuelles et futures ", qui n'est pas précisé de manière exhaustive et qui, en tant que des taxes futures sont prévues, permettrait au bailleur de mettre de nouveaux frais, inexistants au moment de la conclusion du contrat, à la charge du locataire; de surcroît, il ne serait pas clair que les taxes en question soient liées à l'usage de la chose louée. La cour cantonale en a conclu que les clauses 5.1 et 5.2 ne constituent pas un accord au sens de l'<ref-law> et a confirmé leur nullité.
7.3. La recourante considère que ce raisonnement de la cour cantonale est réducteur et n'est donc pas correct. Elle estime que le fait que la taxe d'épuration figure dans la clause 5.1 sous la rubrique " taxes publiques actuelles et futures " est claire et qu'il est notoire qu'elle n'est jamais incluse dans le loyer. Quant aux frais d'eau froide, ils constituent le premier poste de la clause 5.2.
7.4. En l'espèce, les listes de charges et frais accessoires, qui mentionnent les postes de frais d'eau froide ainsi que de taxes d'épuration des eaux, sont expressément mentionnées dans le contrat que les parties ont signé. Bien que ces listes de charges ne soient pas exhaustives, les intimés pouvaient aisément comprendre que les deux postes litigieux allaient leur être facturés. C'est donc à tort que les autorités précédentes ont considéré que ces frais n'étaient pas à la charge des locataires et ont prononcé la restitution du trop-perçu.
Par conséquent le grief de la recourante doit être admis.
8. Au vu des considérants qui précèdent, le recours doit donc être admis, l'arrêt attaqué annulé et la cause renvoyée à la cour cantonale pour nouvelle décision dans le sens des considérants. Dès lors que la majeure partie des griefs de la recourante sont rejetés pour autant que recevables et que le recours est admis en raison du changement de de la jurisprudence en matière de calcul du rendement net, il se justifie de répartir les frais judiciaires par moitié entre les parties et de compenser les dépens (art. 66 al. 1 et 68 al. 1 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est admis, l'arrêt attaqué est annulé et la cause est renvoyée à la cour cantonale pour nouvelle décision dans le sens des considérants.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 7'000 fr., sont mis par moitié à la charge des locataires, débiteurs solidaires, et de la bailleresse.
3.
Les dépens sont compensés.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et au Tribunal cantonal du canton de Vaud, Cour d'appel civile.
Lausanne, le 13 janvier 2021
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente : Hohl
Le Greffier : Botteron