Sachverhalt:
A.
Die A._ AG wurde 2006 (unter anderem Namen) vom damaligen Alleinaktionär C._ gegründet. 2009 verlegte die Gesellschaft ihren Sitz von Zürich nach Stans, unter gleichzeitiger Änderung der Firma und des Zwecks (neu: Erbringung von Dienstleistungen aller Art, namentlich Beratung, Planung, Ausbildung im Steuer-, Finanz-, Vorsorge-, Treuhand- und Rechtswesen). Am 2. Februar 2010 erfolgte die Umfirmierung in A._ AG.
Am 1. September 2010 gründete C._ als einziger Gesellschafter und Geschäftsführer die Schwestergesellschaft B._ GmbH (nachfolgend B._ AG; seit 11. Dezember 2019: B._ AG) mit Domizil an gleicher Adresse wie die A._ AG in Stans. Gleichentags schlossen die A._ AG und die B._ AG eine Vereinbarung, in der sich die B._ AG namentlich dazu verpflichtete, für die A._ AG im Inland und Ausland Kunden zu gewinnen, die strategische Führung zu besorgen, das unternehmerische Risiko zu tragen, dafür besorgt zu sein, dass die A._ AG über die notwendigen liquiden Mittel verfüge, sowie ihr ein Nutzungsrecht am Namen und Logo A._ einzuräumen. Die dafür von der A._ AG geschuldete Entschädigung orientierte sich pauschal an den Umsätzen bzw. am Reingewinn der A._ AG (Reinertrag der A._ AG abzüglich einer Marge von 1.5% des Honorarertrages [ohne Fremdleistungen]).
Am 22. September 2010 liess die A._ AG eine Zweigniederlassung an der U._ in Zürich eintragen, wo sie für ihre Mitarbeitenden Büroräumlichkeiten angemietet hatte. Am 20. März 2012 verlegten die A._ AG und die B._ AG ihre statutarischen Sitze von ihrem gemeinsamen früheren Domizil in Stans in von der B._ AG angemietete Räumlichkeiten (282 m2) an einer anderen Adresse in Stans. Im Kanton Nidwalden wurde die A._ AG für die Steuerperioden 2012 bzw. 2013 mit einem satzbestimmenden/steuerbaren Gewinn von Fr. 54'000.--/Fr. 24'200.-- bzw. Fr. 64'500.--/Fr. 30'900.-- veranlagt. Dabei wurden 2012 Gewinnanteile von Fr. 5'300.-- bzw. Fr. 24'500.-- und 2013 solche von Fr. 4'600.-- bzw. Fr. 29'000.-- in die Kantone Zug und Zürich ausgeschieden.
Im Rahmen einer bei der A._ AG vom kantonalen Steueramt Zürich durchgeführten Buchprüfung forderte der Revisor die Gesellschaft auf, anhand von Unterlagen den Nachweis der geschäftsmässigen Begründetheit der an die B._ AG bezahlten Fremdhonorare (2012: Fr. 706'927.--, 2013: Fr. 875'551.--) zu erbringen. Nachdem der Revisor auch nach Erlass einer Mahnung zur Auffassung gelangt war, die A._ AG habe den geforderten Nachweis nicht erbracht, rechnete die Steuerkommissärin in den Einschätzungsentscheiden zu den Staats- und Gemeindesteuern für die Steuerperioden 1.1. - 31.12.2012 und 1.1. - 31.12.2013 namentlich den durch die B._ AG in Rechnung gestellten Honoraraufwand auf.
B.
Auf Einsprache der A._ AG hin reduzierte die Steuerkommissärin die Aufrechnung für an die B._ AG bezahlte Honorare im Rahmen einer Schätzung nach pflichtgemässem Ermessen, indem sie die steuerlich akzeptierte Entschädigung an die B._ AG mit je Fr. 200'000.-- für beide Steuerperioden schätzte; hingegen rechnete sie zusätzlich an die B._ AG bezahlte Lizenzgebühren von Fr. 87'296.-- (2012) bzw. Fr. 99'546.-- (2013) auf. Für die Betriebsstätte Zug wurde eine Steuerausscheidung vorgenommen, während auf eine Gewinnausscheidung in den Sitzkanton verzichtet wurde mit der Begründung, dass sich dort keine Arbeitsplätze befunden hätten. Einen Rekurs der A._ AG gegen die Einspracheentscheide wies das Steuerrekursgericht des Kantons Zürich am 26. Februar 2019, soweit hier erheblich, unter Berücksichtigung zusätzlicher Steuerrückstellungen für beide Steuerperioden ab. Eine Beschwerde der A._ AG gegen diesen Entscheid blieb erfolglos. Am 16. Dezember 2020 wies das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, die Beschwerde ab, soweit es darauf eintrat.
C.
Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 10. Februar 2021 beantragen die A._ AG, die B._ AG und C._, den angefochtenen Entscheid aufzuheben und den im Kanton Zürich steuerbaren Reingewinn der A._ AG auf Fr. 47'486.70 (2012) bzw. Fr. 56'707.70 (2013) festzulegen; zudem seien die im Kanton Nidwalden ergangenen Veranlagungen für die Steuerperioden 2012 und 2013 aufzuheben, die damit verbundene interkantonale Doppelbesteuerung zu beseitigen und der Kanton Nidwalden anzuweisen, die entrichteten Kantons- und Gemeindesteuern des Kantons Nidwalden 2012 und 2013 zurückzuerstatten. Eventualiter wird beantragt, die Veranlagungen des Kantonalen Steueramts Nidwalden betreffend die B._ AG der Steuerperioden 2012 und 2013 aufzuheben, den steuerbaren Gewinn der B._ AG auf je Fr. 0.-- festzulegen, die damit verbundene interkantonale Doppelbesteuerung zu beseitigen sowie den Kanton Nidwalden anzuweisen, die entrichteten Kantons- und Gemeindesteuern des Kantons Nidwalden zurückzuerstatten. Zudem seien die Einkommenssteuerveranlagungen von C._ im Kanton Schwyz der Jahre 2012 und 2013 aufzuheben, soweit diese Lohnzahlungen der B._ AG an ihn betreffen.
Das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 2. Abteilung, und das kantonale Steueramt Zürich schliessen auf Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei. Die Steuerverwaltung Schwyz schliesst auf Nichteintreten auf die Beschwerde, soweit mit dieser die Aufhebung von Einkommenssteuerveranlagungen des Kantons Schwyz betreffend C._ beantragt wird. Das kantonale Steueramt Nidwalden hat sich nicht vernehmen lassen. Die Eidgenössische Steuerverwaltung schliesst mit Bezug auf die Aufrechnungen bei den Staats- und Gemeindesteuern des Kantons Zürich auf Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei; hinsichtlich der Thematik der interkantonalen Doppelbesteuerung verzichtet sie auf eine Stellungnahme zur Beschwerde. In einer unverlangt eingereichten Replik vom 20. Mai 2021 halten die Beschwerdeführer an ihren Anträgen fest.

Erwägungen:
1.
Das Bundesgericht prüft seine Zuständigkeit und die weiteren Eintretensvoraussetzungen von Amtes wegen (<ref-law>) und mit freier Kognition (<ref-ruling> E. 1; <ref-ruling> E. 1).
1.1. Die Voraussetzungen der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten sind erfüllt (Art. 82 lit. a, Art. 83 e contrario, Art. 86 Abs. 1 lit. d und Abs. 2, Art. 89 Abs. 1 BGG in Verbindung mit Art. 73 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden [StHG; SR 642.14], Art. 90 und Art. 100 Abs. 1 BGG). Auf die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ist unter Vorbehalt des Folgenden einzutreten.
1.2. In den vorinstanzlichen Verfahren ging es allein um die Steuerpflicht der A._ AG bzw. den dieser in den beiden infrage stehenden Steuerperioden zurechenbaren steuerbaren Reingewinn. Sie allein ist denn auch vom Entscheid der Vorinstanz in ihren rechtlich geschützten Interessen betroffen und zur Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten legitimiert. Soweit auch ihre Schwestergesellschaft und ihr Aktionär gegen den Entscheid der Vorinstanz Beschwerde erheben, ist daher auf die Beschwerde nicht einzutreten.
1.3. Nach <ref-law> ist die Beschwerde gegen kantonale Entscheide zulässig, wenn sie im Kanton letztinstanzlich sind und dagegen die Beschwerde an das Bundesverwaltungsgericht nicht offensteht. Grundsätzlich muss es sich um einen Entscheid eines oberen kantonalen Gerichts handeln, sofern das Bundesrecht die Beschwerde an das Bundesgericht nicht für Entscheide anderer richterlicher Behörden vorsieht (<ref-law>). Gemäss bundesgerichtlicher Rechtsprechung kann bei Beschwerden wegen interkantonaler Doppelbesteuerung jedoch zusammen mit einem letztinstanzlichen Entscheid des einen Kantons die bereits rechtskräftige Veranlagung des anderen Kantons für dieselbe Steuerperiode mitangefochten werden, obwohl es sich dabei nicht um ein letztinstanzliches Urteil im Sinne von <ref-law> handelt. Der Instanzenzug muss also nur, aber immerhin in einem Kanton durchlaufen werden (<ref-ruling> E. 1.7; <ref-ruling> E. 2.4; <ref-ruling> E. 2.4; Urteil 2C_522/2019 vom 20. August 2020 E. 1.2; vgl. <ref-law>; Botschaft vom 28. Februar 2001 zur Totalrevision der Bundesrechtspflege, BBl 2001 4326). Die Veranlagungsverfügungen der Steuerverwaltung Nidwalden betreffend die Beschwerdeführerin 1 vom 30. September 2014 und vom 31. März 2016 betreffend die Steuerperioden 1.1. - 31.12.2012 und 1.1. - 31.12.2013 gelten deshalb als durch die Beschwerdeführerin 1 mitangefochten.
1.4. Die Beschwerdeführerin 2 verlangt eventualiter die Aufhebung der sie betreffenden Veranlagungen des Kantons Nidwalden für die Steuerperioden 2012 und 2013. Sie macht geltend, als Schwestergesellschaften seien sie und die Beschwerdeführerin 1 wirtschaftlich so eng verbunden, dass praxisgemäss eine unzulässige interkantonale Doppelbesteuerung vorliegen könne, obschon das Kriterium der Subjektidentität nicht erfüllt sei. Sie beruft sich für ihren Standpunkt auf zwei Urteile des Bundesgerichts (<ref-ruling>; Urteil 2P.168/1998 vom 9. Juli 1999, in: StE 1999 A 24.34 Nr. 3, StR 54/1999 S. 679).
1.4.1. In <ref-ruling> erwog das Bundesgericht, dass auf das Kriterium der Subjektidentität im Rahmen von Art. 46 Abs. 2 aBV (<ref-law>) allenfalls zu verzichten ist, wenn eine Gesellschaft ihrer Schwestergesellschaft einen Vorteil zuwendet, bei der zuwendenden Gesellschaft dieser Vorteil als verdeckte Gewinnausschüttung steuerlich aufgerechnet wird und die Empfängerin in ihrem Sitzkanton für den aufgerechneten Vorteil ebenfalls besteuert wird. Die Doppelbesteuerung muss jedoch aktuell und nicht bloss virtuell sein, das heisst, die Empfängerin muss für den empfangenen Vorteil bereits veranlagt worden sein. Zudem bezweifelte das Bundesgericht, dass es an ihm sein kann, als einzige Rekursinstanz die erforderlichen Untersuchungen vorzunehmen, um den steuerbaren Gewinn der Schwestergesellschaft zu beziffern (<ref-ruling> E. 3g). Im konkreten Fall hatte sich die Doppelbesteuerung nicht aktualisiert, sodass das Bundesgericht letztlich nicht zu entscheiden brauchte, ob die Schwestergesellschaft gegen die Veranlagung des Sitzkantons Beschwerde führen konnte (vgl. <ref-ruling> E. 5a; vgl. auch Urteil 2P.168/1998 vom 9. Juli 1999 E. 1b/ee, in: StE 1999 A 24.34 Nr. 3, StR 54/1999 S. 679, wo es zusätzlich an der Objektidentität fehlte).
1.4.2. Seither hat sich die Rechtslage geändert: Das am 1. Januar 2007 in Kraft getretene BGG verlangt im Unterschied zu Art. 86 Abs. 2 des Bundesgesetzes vom 16. Dezember 1943 über die Organisation der Bundesrechtspflege (OG; AS 60 271) auch in interkantonalen Doppelbesteuerungssachen, dass der Instanzenzug zumindest in einem Kanton ausgeschöpft wird (vgl. oben E. 1.3). Diese Änderung stand im Einklang mit einem der wichtigsten Ziele der Bundesrechtspflegereform, das Bundesgericht zu entlasten und deshalb nicht als erste richterliche Behörde tätig werden zu lassen; bevor es angerufen werden kann, soll zuvor immer mindestens ein Gericht über die Streitsache entschieden haben, was mit einer gewissen Filterwirkung verbunden ist und dem Bundesgericht aufwändige Sachverhaltsabklärungen ersparen soll (vgl. zum Ganzen BGE <ref-ruling> E. 2; <ref-ruling> E. 2.3).
1.4.3. Vor dem Hintergrund dieser geänderten Rechtslage wiegen die Bedenken, die das Bundesgericht in <ref-ruling> bezüglich der Zulässigkeit einer Beschwerde einer Schwestergesellschaft gegen ihren eigenen, nicht letztinstanzlichen Veranlagungsentscheid bereits unter altem Recht geäussert hatte, noch schwerer als bereits unter altem Recht. Es kann nicht am Bundesgericht sein, als erste Rekursinstanz die Veranlagung einer Gesellschaft zu prüfen, die von einem angefochtenen Urteil einer letzten kantonalen Instanz bloss mittelbar betroffen ist und selbst nirgends den Instanzenzug durchlaufen hat.
Um den Rechtsschutz für eng verbundene Gesellschaften nicht zu beeinträchtigen und ihr verfassungsmässiges Recht aus <ref-law> nicht zu vereiteln, ist indessen zu gewährleisten, dass die bevorteilte Schwestergesellschaft ihre eigene Veranlagung anfechten und dort eine sogenannte Gegenberichtigung verlangen kann, sofern effektiv eine interkantonale Doppelbesteuerung vorliegt. Keine Probleme stellen sich diesbezüglich, solange die Veranlagung der bevorteilten Schwestergesellschaft noch nicht in Rechtskraft erwachsen ist und ihr der ordentliche Rechtsmittelweg noch offensteht. Ist die Veranlagung der bevorteilten Schwestergesellschaft bereits rechtskräftig, kann sie in Revision gezogen werden. Die Aufrechnung bei der zuwendenden Gesellschaft (sog. Primärberichtigung) bedeutet für die Veranlagung der bevorteilten Schwestergesellschaft nämlich eine erhebliche Tatsache im Sinne von Art. 51 Abs. 1 lit. a StHG, die sie im ordentlichen Verfahren nicht hätte geltend machen können. Denn erst die aus der Aufrechnung resultierende aktuelle und nicht wie ansonsten im interkantonalen Steuerrecht üblich bereits die virtuelle Doppelbesteuerung verleiht der bevorteilten Schwestergesellschaft einen Anspruch aus <ref-law> (<ref-ruling> E. 3g; vgl. BRUNNER/SEILER, in: Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht, Interkantonales Steuerrecht, 2. Aufl. 2021, § 46 N. 6).
1.4.4. Für den vorliegenden Fall ergibt sich aus dem Gesagten, dass auf die Beschwerde der Beschwerdeführerin 2 gegen die Veranlagungen des Kantons Nidwalden nicht einzutreten ist. Ob diese Veranlagungen zusammen mit den Veranlagungen der Beschwerdeführerin 1 durch den Kanton Zürich eine interkantonale Doppelbesteuerung gemäss <ref-law> bedeuten, braucht an dieser Stelle nicht beurteilt zu werden. Ebensowenig braucht vertieft geprüft zu werden, ob die Beschwerdeführerin 2 die Anforderungen für eine Revision ihrer Veranlagung im Kanton Nidwalden erfüllt oder ihr und der Beschwerdeführerin 1 allenfalls missbräuchliches Verhalten vorzuwerfen ist (vgl. dazu BRUNNER/SEILER, a.a.O., § 46 N. 6).
1.5. Ebenfalls nicht einzutreten ist schliesslich auf die Beschwerde des Beschwerdeführers 3 gegen die ihn betreffenden Veranlagungen des Kantons Schwyz. Die Lohnzahlungen, die er von der Beschwerdeführerin 2 erhalten hat und für die er von seinem damaligen Wohnsitzkanton Schwyz veranlagt worden ist, sind offensichtlich nicht dasselbe Steuerobjekt wie die Zahlungen der Beschwerdeführerin 1 an die Beschwerdeführerin 2, die Gegenstand des Urteils des Verwaltungsgerichts des Kantons Zürich sind. Auch der Beschwerdeführer 3 zieht dies nicht ernsthaft in Zweifel. Vielmehr macht er geltend, dass er als Alleinaktionär der Beschwerdeführerin 1 wegen der Dreieckstheorie eine Aufrechnung einer verdeckten Gewinnausschüttung zu befürchten habe, obschon er dieses Geld bereits als Lohn versteuert habe. Zum heutigen Zeitpunkt ist es jedoch reine Spekulation, ob es jemals zu einer solchen Aufrechnung kommt. Zudem besteht bestenfalls ein mittelbarer Zusammenhang zwischen dem letztinstanzlichen Urteil des Verwaltungsgerichts Zürich und der angeblichen Doppelbesteuerung. Dies genügt offensichtlich nicht, um den Beschwerdeführer 3 davon zu entbinden, den kantonalen Instanzenzug auszuschöpfen.
2.
2.1. Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten können Rechtsverletzungen nach Art. 95 und 96 BGG geltend gemacht werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es ist daher weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann die Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann eine Beschwerde mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (Motivsubstitution; <ref-ruling> E. 1; <ref-ruling> E. 3; Urteil 2C_987/2020 vom 22. Juni 2021 E. 2.1). Soweit das kantonale Recht durch das Bundesrecht harmonisiert ist, prüft das Bundesgericht seine Anwendung gleich wie Bundesrecht; die Anwendung des nicht-harmonisierten, autonomen kantonalen Rechts prüft es hingegen bloss auf Verletzung des Willkürverbots und anderer verfassungsmässiger Rechte (<ref-ruling> E. 2.1; <ref-ruling> E. 2). In Bezug auf die Verletzung verfassungsmässiger Rechte gilt nach <ref-law> eine gesteigerte Rüge- und Substanziierungspflicht (<ref-ruling> E. 1.2.2; <ref-ruling> E. 2.2; <ref-ruling> E. 1.6).
2.2. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law>). "Offensichtlich unrichtig" bedeutet dabei "willkürlich" (<ref-ruling> E. 2). Die beschwerdeführende Partei kann die Feststellung des Sachverhalts unter den gleichen Voraussetzungen beanstanden, wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law>). Sie hat deshalb substanziiert darzulegen, weswegen diese Voraussetzungen gegeben sein sollen; wird sie dieser Anforderung nicht gerecht, bleibt es beim vorinstanzlich festgestellten Sachverhalt (<ref-ruling> E. 1.3.1).
3.
3.1. Die Beschwerdeführerin 1 macht zunächst geltend, die Voraussetzungen für eine Schätzung ihrer Aufwendungen für von der B._ AG empfangene Leistungen nach pflichtgemässem Ermessen seien gar nicht erfüllt gewesen, so dass sich diese schon deshalb als unrechtmässig erweise. Entgegen der Vorinstanz sei der Sachverhalt schon vor der Auflage des Steuerkommissärs klar erstellt gewesen. Eine allfällige Nichtbeantwortung von Informationsanfragen müsse daher folgenlos bleiben, soweit die relevanten Tatsachen in der Substanz bereits erstellt seien. Das Steuerrekursgericht habe festgestellt, dass C._ und D._ in solch einem Ausmass mit massgebenden wertschöpfenden Beiträgen für die Beschwerdeführerin 1 tätig gewesen seien, dass sie sogar ihren Ort der tatsächlichen Verwaltung in Zürich gehabt habe. Es habe zudem festgehalten, dass C._ und D._ von insgesamt jährlich 4'400 Arbeitsstunden je rund 1'000 Stunden im Namen der Beschwerdeführerin 1 persönlich operativ Kunden von dieser beraten hätten und diese Leistungen den Kunden denn auch unbestrittenermassen durch die Beschwerdeführerin 1 in Rechnung gestellt worden seien. Es sei daher widersprüchlich und es liege eine widersprüchliche Tatsachenwürdigung vor, wenn das Verwaltungsgericht andererseits im Zusammenhang mit der Anfechtung der Ermessenseinschätzung annehme, es sei nicht ausreichend nachgewiesen, inwiefern die Beschwerdeführerin 1 aufgrund des Managementvertrags mit der B._ AG vergütungsfähige Leistungen erhalten habe.
3.2.
3.2.1. Gemäss Art. 24 Abs. 1 StHG unterliegt der Gewinnsteuer der gesamte Reingewinn, wozu insbesondere auch der der Erfolgsrechnung belastete, geschäftsmässig nicht begründete Aufwand zählt (Art. 24 Abs. 1 lit. a StHG; vgl. auch Art. 58 Abs. 1 lit. b des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer [DBG; SR 642.11] und § 64 Abs. 1 Ziff. 2 des Steuergesetzes [des Kantons Zürich] vom 8. Juni 1997 [StG/ZH; LS 631.1], wonach dem Saldo der Erfolgsrechnung alle vor dessen Berechnung ausgeschiedenen Teile des Geschäftsergebnisses hinzuzurechnen sind, die nicht zur Deckung geschäftsmässig begründeten Aufwands verwendet werden). Daraus ergibt sich e contrario, dass generell (nur) jener Aufwand steuerlich abzugsfähig ist, der geschäftsmässig begründet ist (vgl. Urteil 2C_987/2020 vom 22. Juni 2021 E. 3.1 m.H.).
3.2.2. Die Frage, ob ein Aufwand geschäftsmässig begründet ist, beurteilt sich in der Regel danach, ob er kaufmännisch angemessen ist (vgl. Urteile 2C_151/2017 / 2C_152/2017 / 2C_178/2017 / 2C_179/2017 vom 16. Dezember 2019 E. 2.6, nicht publ. in <ref-ruling>, aber in: StE 2020 B 11.3 Nr. 31; 2C_414/2019 vom 14. November 2019 E. 4.3). Kaufmännisch angemessen und demnach geschäftsmässig begründet sind Kosten, wenn sie aus unternehmungswirtschaftlicher Sicht vertretbar erscheinen; nach der Rechtsprechung sind Aufwendungen dann geschäftsmässig begründet, wenn sie mit dem erzielten Erwerb unternehmungswirtschaftlich in einem unmittelbaren und direkten (organischen) Zusammenhang stehen (<ref-ruling> E. 3c; 113 lb 114 E. 2c; Urteil 2C_717/2018 vom 24. Januar 2020 E. 5.2 m.H.). Somit muss alles, was nach kaufmännischer Auffassung in guten Treuen zum Kreis der Unkosten gerechnet werden kann, steuerlich als geschäftsmässig begründet anerkannt werden. Dabei spielt es keine Rolle, ob ein Betrieb auch ohne den infrage stehenden Aufwand ausgekommen wäre und ob dieser Aufwand im Sinne einer rationellen und gewinnorientierten Betriebsführung zweckmässig war (vgl. auch <ref-ruling>; Urteil 2C_795/2015, 796/2015 vom 3. Mai 2016 E. 2.2 m.H.).
3.2.3. Von der rechtlichen Qualifikation von Aufwendungen als geschäftsmässig begründet zu unterscheiden ist die Frage von deren Nachweis. Dieser obliegt, da es um steuermindernde Tatsachen geht, dem Steuerpflichtigen (vgl. <ref-ruling> E. 7.2). Während es hinsichtlich der steuerrechtlichen Anerkennung eines verbuchten Aufwands als geschäftsmässig begründet grundsätzlich nicht Sache der Steuerbehörden ist, dessen Zweckmässigkeit in Frage zu stellen (vgl. vorangehende E. 3.2.2), bleibt es hinsichtlich der Frage, ob und in welchem Umfang tatsächlich entsprechende Aufwendungen entstanden sind (namentlich ob mit solchen Aufwendungen der steuerpflichtigen Person tatsächlich zugeflossene Leistungen "eingekauft" wurden), bei der Beweislastverteilung gemäss der Normentheorie, d.h. im Fall der Beweislosigkeit trägt die steuerpflichtige Person deren Folgen.
3.2.4. Abgaberechtlich ist im Übrigen vom Handelsrecht auszugehen, namentlich von den Regeln zur kaufmännischen Buchführung und Rechnungslegung (<ref-law> in der Fassung vom 23. Dezember 2011 [nachfolgend: OR 2011], in Kraft seit 1. Januar 2013 [AS 2012 6679]). Das Massgeblichkeitsprinzip (principe de l'autorité du bilan commercial ou de déterminance; <ref-ruling> E. 7.1) findet in § 64 Abs. 1 Ziff. 1 und § 18 Abs. 4 StG/ZH eine ausdrückliche gesetzliche Grundlage. Ihm zufolge bildet die handelsrechtskonform erstellte Jahresrechnung (Art. 959 ff. OR 2011) den Ausgangspunkt für die steuerliche Bemessung von Gewinn und Kapital. Sie bindet neben der Veranlagungsbehörde auch die steuerpflichtige Person; diese muss sich darauf behaften lassen. Vorbehalten bleiben die Korrekturen aufgrund besonderer Vorschriften, mit welchen das Abgaberecht bewusst vom Handelsrecht abweicht (Urteil 2C_1059/2019 vom 1. Dezember 2020 E. 3.1.1, zur Publikation vorgesehen, in: StE 2021 B 23.44.2 Nr. 9, m.H.).
Auch insoweit gilt indessen wiederum: Ob ein verbuchter Aufwand als geschäftsmässig begründet zu qualifizieren ist, richtet sich, abgesehen von steuerrechtlichen Korrekturnormen, nach den einschlägigen handelsrechtlichen Normen. Ob und in welchem Ausmass einer Aufwandbuchung tatsächlich Aufwendungen entsprechen, ist hingegen eine Frage der Beweiswürdigung, welche die Steuerbehörde nach Ausschöpfung der ihr obliegenden Untersuchungspflicht vorzunehmen hat.
3.2.5. Mit Blick auf die allfällige Vornahme einer Ermessenseinschätzung mit Bezug auf Aufwendungen gilt schliesslich, dass für diese steuermindernde Tatsachen die steuerpflichtige Person die objektive Beweislast trägt. Lässt sich trotz der gebotenen Untersuchungsmassnahmen der Steuerbehörde (vgl. dazu Urteil 2C_211/2021 / 2C_212/2021 vom 8. Juni 2021 E. 5.1.1 m.H.) nicht feststellen, ob die Aufwendungen überhaupt angefallen sind, so ist ein Beweislastentscheid zulasten der steuerpflichtigen Person zu fällen. Wenn hingegen feststeht, dass Aufwendungen getätigt wurden, und einzig ihr Umfang nicht festgestellt werden kann, ist dieser Umfang pflichtgemäss zu schätzen (vgl. Peter Locher, Kommentar zum DBG, III. Teil, 2015, Einleitung zu Art. 122 ff., N. 37).
3.3.
3.3.1. Hier bezog die Beschwerdeführerin 1 gemäss ihrer Buchhaltung von ihrer Schwestergesellschaft im Geschäftsjahr 2012 Leistungen für Fr. 706'927.-- und 2013 für Fr. 875'551.--, wobei der steueramtliche Revisor anlässlich der Revision der Jahresrechnungen 2012 und 2013 der Beschwerdeführerin 1 feststellte, dass jegliche aussagekräftigen Belege für die angeblich bezogenen Leistungen fehlten. Bei dieser Sachlage ist es auch unter Geltung des Massgeblichkeitsprinzips nicht zu beanstanden, dass der Revisor im Hinblick auf den tatsächlichen Nachweis der von der Schwestergesellschaft bezogenen Leistungen, deren Bezahlung sich für die Beschwerdeführerin 1 steuermindernd auswirkte, genaueren Aufschluss über die erhaltenen Leistungen verlangte. Wenn die Beschwerdeführerin 1 in der Folge keinerlei Aufschluss über die konkret von der B._ AG bezogenen Leistungen gab und auch im Einspracheverfahren bloss auf den völlig unspezifischen Inhalt des zwischen der B._ AG und ihr abgeschlossenen Managementvertrags und die darin enthaltene pauschale Entgeltslösung (Reinertrag der Beschwerdeführerin 1 abzüglich einer Marge von 1.5% des Honorarertrages [ohne Fremdleistungen]) verwies, so kam sie damit jedenfalls der ihr obliegenden Mitwirkungspflicht zur Sachverhaltsaufklärung im Veranlagungsverfahren nur völlig unzureichend nach.
3.3.2. Entgegen der Auffassung der Beschwerdeführerin 1 erschien der Sachverhalt - Vorliegen und Umfang der von der Beschwerdeführerin 1 von der B._ AG bezogenen Fremdleistungen - auch keineswegs aufgrund des Umstands als geklärt, dass C._ und D._ in erheblichem Umfang direkt Leistungen an Kunden der Beschwerdeführerin 1 erbracht haben. Bereits das Steuerrekursgericht hat in diesem Zusammenhang hervorgehoben, dass C._ und D._ in erheblichem Umfang Leistungen für Kunden der Beschwerdeführerin 1 erbracht haben, welche diesen direkt in Rechnung gestellt wurden, und dass diese Art der Leistungserbringung im Managementvertrag mit der B._ AG nicht vorgesehen war (vgl. Urteil des Steuerrekursgerichts, S. 19: "je rund 1'000 Stunden im Namen der Pflichtigen persönlich operativ Kunden der Pflichtigen beraten"). Erbrachten C._ und D._ aber in erheblichem Umfang direkt Leistungen an Kunden der Beschwerdeführerin 1, welche diese auch direkt - und nicht via einen Leistungsbezug ihrerseits von der B._ AG für Leistungen von C._ und D._ - ihren Kunden verrechnete, so kann jedenfalls mit Bezug auf diese Arbeitsleistungen der beiden genannten Personen, auch wenn sie ihr Gehalt von der B._ AG und nicht von der Beschwerdeführerin 1 bezogen, kein Leistungsbezug von der B._ AG vorliegen. Auch aus dem Umstand dieser Kundenleistungen kann keineswegs der Schluss gezogen werden, dadurch seien in erheblichem Umfang Leistungsbezüge der Beschwerdeführerin 1 von der B._ AG belegt. Im Gegenteil: Zumindest in dem Umfang, in dem C._ und D._ direkt Leistungen an Kunden der Beschwerdeführerin 1 erbrachten und die Beschwerdeführerin 1 die entsprechenden Entgelte direkt von ihren Kunden vereinnahmte, fehlte von vornherein jegliche Veranlassung für Zahlungen an die B._ AG für von dieser angeblich an die Beschwerdeführerin 1 erbrachte Leistungen.
3.3.3. Nach dem Gesagten war der Sachverhalt trotz Ausschöpfens der Untersuchungsmittel seitens des Steueramts illiquid geblieben, sodass ein Beweislastentscheid oder zumindest eine Ermessensveranlagung hinsichtlich der Leistungen der B._ AG an die Beschwerdeführerin 1 angebracht war.
4.
Kein Erfolg ist der Beschwerde auch beschieden, soweit die Beschwerdeführerin damit der Sache nach geltend macht, die von der Vorinstanz geschützte Ermessenseinschätzung hinsichtlich der Leistungsbezüge von der B._ AG sei offensichtlich unrichtig bzw. die Vorinstanz habe zu Unrecht die offensichtliche Unrichtigkeit der Ermessenseinschätzung verneint.
4.1. Gemäss § 140 Abs. 2 StG/ZH (vgl. auch Art. 48 Abs. 2 StHG und <ref-law>) kann die steuerpflichtige natürliche oder juristische Person eine Veranlagungsverfügung, die vollständig (Ermessensveranlagung i.e.S.) oder teilweise (Ermessenszuschlag) aufgrund pflichtgemässen Ermessens ergangen ist, einzig mit der Begründung anfechten, die Veranlagung sei offensichtlich unrichtig. Der Unrichtigkeitsnachweis ist umfassend anzutreten. Die steuerpflichtige Person kann hierzu entweder weitere Beweismittel nachreichen, wodurch die Untersuchungspflicht der kantonalen Behörden wiederauflebt, oder aber aufzeigen, dass die angefochtene Veranlagungsverfügung offensichtlich übersetzt ist. Das Bundesgericht prüft das Ergebnis einer Aufrechnung, Bewertung oder Schätzung aber nur zurückhaltend, das heisst auf offensichtliche Fehler und Irrtümer hin. Es schreitet daher nur bei groben methodischen oder rechnerischen Fehlern ein, was regelmässig auf den Nachweis der Willkür hinausläuft. Dies alles trifft in gleicher Weise auf das kantonale Beschwerdeverfahren zu (Urteil 2C_684/2019 vom 11. November 2020 E. 3.2.3 m.H.).
4.2. Nicht zu beanstanden ist zunächst, dass die Vorinstanz die bei ihr erstmals eingereichten zusätzlichen Beweismittel (u.a. Listen, die angeblich der Beschwerdeführerin 1 verrechnete Stunden von C._ und D._ beweisen sollen) im Hinblick auf den der Beschwerdeführerin 1 obliegenden Nachweis der offensichtlichen Unrichtigkeit der ermessenweise aufgerechneten Aufwendungen (Art. 48 Abs. 2 StHG) nicht berücksichtigt hat.
Vor dem Verwaltungsgericht Zürich als zweiter verwaltungsunabhängiger kantonaler Instanz (Art. 50 Abs. 3 StHG) gilt grundsätzlich ein Verbot tatsächlicher Noven. Danach sind (wie gemäss <ref-law>) neue tatsächliche Vorbringen und Beweismittel nur zulässig, soweit erst der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gibt (vgl. dazu <ref-ruling> sowie RICHNER/FREI/KAUFMANN/ROHNER, Kommentar zum Zürcher Steuergesetz, 4. Aufl. 2021, § 153 StG Rz. 46). Hier stand spätestens mit dem Einspracheentscheid fest, dass die Steuerkommissärin - im Gegensatz zum Veranlagungsentscheid, in dem noch sämtliche Entschädigungen der Beschwerdeführerin 1 an die B._ AG für (angeblich) von dieser erbrachte Leistungen aufgerechnet worden waren - einen Teil der von der B._ AG an die Beschwerdeführerin 1 verrechneten Leistungen als geschäftsmässig begründet betrachtet und diesen für beide Jahre auf Fr. 200'000.-- geschätzt hatte. Unter diesen Umständen hätte die Beschwerdeführerin 1 den ihr obliegenden Nachweis der offensichtlichen Unrichtigkeit dieser Schätzung spätestens im Rekursverfahren vor Steuerrekursgericht mit allen ihr zur Verfügung stehenden Beweismitteln antreten müssen. Es ist daher nicht zu beanstanden, wenn die Vorinstanz die ihr im verwaltungsgerichtlichen Beschwerdeverfahren zusätzlich vorgelegten Beweismittel unbeachtet gelassen hat.
4.3.
4.3.1. Die Beschwerdeführerin 1 macht weiter geltend, schon aufgrund der Erhebungen im Veranlagungs- und Einspracheverfahren erweise sich die von der Steuerkommissärin vorgenommene (teilweise) Ermessensveranlagung als offensichtlich unrichtig. Vor den Tatsacheninstanzen sei detailliert dargelegt worden, dass die für die beiden bei der B._ AG mit Vollzeitpensen angestellten zwei Personen übliche Entgelte verrechnet worden seien. Bereits deshalb seien die gebuchten Aufwendungen der Beschwerdeführerin 1 als geschäftsmässig begründet zum Abzug zuzulassen. Dass die der Ermessenseinschätzung zugrundeliegende Entschädigung von je Fr. 100'000.-- offensichtlich unrichtig sei, bestätige im Übrigen schon die einfache Anrechnung des Stundenansatzes von Fr. 100.-- bei einer solchen Annahme, der etwa der Hälfte des Stundenansatzes eines Substituten im Raum Zürich entspreche, weshalb sich die Ermessenseinschätzung als offensichtlich unrichtig erweise.
4.3.2. Zunächst ändert der Umstand, dass die B._ AG mit C._ und D._ zwei Personen angestellt hatte, die auch direkt für Kunden der Beschwerdeführerin 1 Leistungen erbrachten, und dass für diese Leistungen (branchen-) übliche Entgelte verrechnet wurden, nichts daran, dass auch im Einsprache- und Rekursverfahren kein irgendwie gearteter Nachweis für die von der B._ AG an die Beschwerdeführerin 1 erbrachten Leistungen geleistet wurde. N<chdem die Steuerkommissärin, anders als noch zuvor im Einschätzungsverfahren, im Einspracheverfahren zur Auffassung gelangt war, die B._ AG habe in einem, allerdings dem Umfang nach nicht nachgewiesenen Rahmen Leistungen an die Beschwerdeführerin 1 erbracht, blieb ihr somit nichts Anderes übrig, als den Umfang dieser Leistungen zu schätzen.
Die Beschwerdeführerin 1 geht offenbar davon aus, die Steuerkommissärin habe - auf der Grundlage, dass die beiden für die B._ AG tätigen C._ und D._ je im Umfang von etwa 1'000 Stunden jährlich direkt Leistungen an Kunden der Beschwerdeführerin 1 erbracht haben - die restliche, von diesen beiden Personen erbrachte verrechenbare Arbeitszeit der B._ AG zugerechnet bzw. in diesem Umfang Leistungen der B._ AG an die Beschwerdeführerin 1 unter Zugrundelegung eines Stundensatzes von Fr. 100.-- geschätzt. Dafür, dass die Steuerkommissärin so vorgegangen wäre, fehlen indessen jegliche Anhaltspunkte in den Akten. Die Steuerkommissärin hat vielmehr offensichtlich den als geschäftsmässig begründet anerkannten Umfang der Leistungen der B._ AG an die Beschwerdeführerin 1 bzw. das dafür von dieser an die B._ AG geleistete Entgelt pauschal geschätzt (vgl. Einspracheentscheide, S. 7 Ziff. 5 in fine). Dieses Vorgehen ist entgegen der Auffassung der Beschwerdeführerin 1 unter Zugrundelegung des dargelegten Massstabs, wonach nur grobe methodische oder rechnerische Fehler einer Schätzung zur Annahme deren offensichtlicher Unrichtigkeit führen, nicht zu beanstanden. Vielmehr erweist es sich angesichts des gänzlichen Fehlens verlässlicher Anhaltspunkte für den Umfang der von der B._ AG an die Beschwerdeführerin 1 erbrachten Leistungen, ohne weiteres als nachvollziehbar, dass die Steuerkommissärin eine pauschale Schätzung vornahm.
Ebenso ist nicht erkennbar, inwiefern ihre Schätzung mit angenommenen Leistungen von Fr. 200'000.-- offensichtlich zu tief ausgefallen sein soll, steht doch entgegen der Auffassung der Beschwerdeführerin 1 keineswegs fest, dass die von der B._ AG angestellten C._ und D._ ihre Arbeitskraft, soweit sie nicht direkt für Kunden der Beschwerdeführerin 1 eingesetzt wurde, ausschliesslich für Leistungen einsetzten, welche die B._ AG der Beschwerdeführerin 1 erbrachte. Von einer offensichtlich unrichtigen bzw. willkürlichen Schätzung der geschäftsmässig begründeten Aufwendungen der Beschwerdeführerin 1 im Zusammenhang mit ihr von der B._ AG erbrachten Leistungen kann mithin keine Rede sei, so dass es auch dem Umfang nach bei der von der Vorinstanz geschützten teilweisen Ermessensveranlagung der Beschwerdeführerin 1 bleibt.
5.
Zu prüfen bleibt der Antrag der Beschwerdeführerin 1, wonach die im Kanton Nidwalden ergangenen Veranlagungen für die Steuerperioden 2012 und 2013 aufzuheben seien, die damit verbundene interkantonale Doppelbesteuerung zu beseitigen und die Kantonale Steuerverwaltung Nidwalden anzuweisen sei, die entrichteten Kantons- und Gemeindesteuern des Kantons Nidwalden 2012 und 2013 zurückzuerstatten.
5.1. Die Vorinstanz hat in Anknüpfung an die tatsächlichen Feststellungen des Steuerrekursgerichts ausgeführt, die betriebliche Tätigkeit der Beschwerdeführerin 1 sei im Wesentlichen in Zürich abgewickelt worden, nebst einer zeitweiligen kleinen Betriebsstätte in Zug. Die Beschwerdeführerin 1 habe in den bisherigen Verfahren auch nie substanziiert geltend gemacht, C._ und D._ hätten ihre geschäftsführenden Funktionen als Verwaltungsräte regelmässig in Stans vorgenommen. Gemäss den unwidersprochenen tatsächlichen Feststellungen des Steuerrekursgerichts erscheine unter Berücksichtigung der Arbeitswege und der grosszügigen Büroräumlichkeiten in Zürich die Annahme abwegig, die beiden Verwaltungsräte der Beschwerdeführerin 1 hätten ihre Geschäftsführungsaufgaben in einem kleinen Einzelbüro in Stans erledigt. Dass trotz der Verwaltungsratstätigkeit und der Präsenz von leitenden Angestellten in der Zürcher Zweigniederlassung die tatsächliche Verwaltung im Auftragsverhältnis von Dritten andernorts ausgeübt worden sei, sei überdies kaum denkbar.
5.2. Gestützt auf diese Feststellungen kam die Vorinstanz zum Schluss, die Beschwerdeführerin habe ihre tatsächliche Verwaltung im Kanton Zürich gehabt. Sie sei dem Kanton Zürich persönlich zugehörig gewesen (§ 55 StG/ZH; vgl. auch Art. 20 Abs. 1 StHG) und habe dort ihr Hauptsteuerdomizil. Dies steht im Einklang mit der bundesgerichtlichen Rechtsprechung, wonach bei einem Konflikt zwischen verschiedenen Kantonen mit Bezug auf die Steuerhoheit wegen persönlicher Zugehörigkeit einer juristischen Person das Hauptsteuerdomizil am Ort der tatsächlichen Verwaltung liegt (Urteil 2C_522/2019 vom 20. August 2020 E. 2.2, in: StE 2021 A 24.22 Nr. 7, m.H.). Die im bundesgerichtlichen Verfahren zur Vernehmlassung eingeladene Steuerverwaltung des Kantons Nidwalden hat sich zur Frage der interkantonalen Doppelbesteuerung nicht vernehmen lassen, so dass mangels Bestreitung der tatsächlichen Grundlagen des mit Bezug auf die doppelbesteuerungsrechtliche Zuordnung der Steuerhoheit kraft persönlicher Zugehörigkeit nicht zu beanstandenden Entscheids der Vorinstanz davon ausgegangen werden darf, dass diese unbestrittenen Feststellungen zutreffen.
Das gleiche Ergebnis ergibt sich mit Blick auf die Annahme der Vorinstanz, wonach mangels einer ernsthaften, quantitativ bzw. qualitativ wesentlichen Geschäftstätigkeit durch die Mitarbeitenden der Beschwerdeführerin 1 in Stans und des zusätzlichen Umstands, dass die Beschwerdeführerin 1 im vorinstanzlichen Verfahren nicht geltend machte, lokalisierbare Einkünfte in Stans erzielt zu haben, die Ausscheidung eines Teils der von der Beschwerdeführerin 1 erzielten Gewinns in den Kanton Nidwalden zu Recht verweigert wurde. Auch dazu hat sich die Steuerverwaltung des Kantons Nidwalden nicht vernehmen lassen, so dass auch insoweit davon ausgegangen werden darf, die Vorinstanz habe zu Recht das Vorliegen eines Neben- oder Spezialsteuerdomizils im Kanton Nidwalden für die hier betroffenen Steuerperioden verneint.
5.3. Das führt, zumal auch eine Verwirkung des Rechts der Beschwerdeführerin 1 zur Anfechtung der (rechtskräftigen) Veranlagungen des Kantons Nidwalden nicht in Frage steht (vgl. dazu Urteil 2C_522/2019 vom 20. August 2020 E. 4, zur Publikation vorgesehen, in: StE 2021 A 24.22 Nr. 7, m.H), zur Gutheissung des Antrags der Beschwerdeführerin 1, mit dem sie die ersatzlose Aufhebung der sie betreffenden Veranlagungen des Kantons Nidwalden für die Steuerperioden 2012 und 2013 beantragt.
6.
6.1. Nach dem Gesagten erweist sich die Beschwerde der Beschwerdeführerin 1 gegen das Urteil der Vorinstanz, welches allein den Kanton Zürich betrifft, als unbegründet und ist abzuweisen. Dagegen ist die Beschwerde der Beschwerdeführerin 1 mit Bezug auf den Kanton Nidwalden gutzuheissen; die Veranlagungsverfügungen des Kantons Nidwalden für die Zeiträume 1.1. - 31.12.2012 und 1.1. - 31.12.2013 sind aufzuheben, da insoweit ein Verstoss gegen <ref-law> vorliegt. Die bereits bezahlten Steuern sind der Beschwerdeführerin 1 zurückzuerstatten.
Auf die Beschwerden des Beschwerdeführers 2 und der Beschwerdeführerin 3 ist nicht einzutreten (vgl. oben E. 1.4 und 1.5).
6.2. Die Beschwerdeführerin 2 und der Beschwerdeführer 3 unterliegen vollständig. Die Beschwerdeführerin 1 unterliegt, soweit sich ihre Beschwerde gegen den Kanton Zürich richtet, obsiegt jedoch mit ihrem Antrag gegen den Kanton Nidwalden. Bei diesem Verfahrensausgang sind die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens zu je einem Drittel der Beschwerdeführerin 2 und dem Beschwerdeführer 3 sowie zu je einem Sechstel der Beschwerdeführerin 1 und dem Kanton Nidwalden aufzuerlegen (<ref-law>). Die Beschwerdeführerinnen und der Beschwerdeführer haften solidarisch (<ref-law>). Den Kantonen Schwyz und Zürich als obsiegenden Parteien steht nach <ref-law> keine Parteientschädigung zu.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Auf die Beschwerden der Beschwerdeführerin 2 und des Beschwerdeführers 3 wird nicht eingetreten.
2.
Die Beschwerde der Beschwerdeführerin 1 gegen den Kanton Zürich wird abgewiesen.
3.
Die Beschwerde der Beschwerdeführerin 1 gegen den Kanton Nidwalden wird gutgeheissen. Die Veranlagungen des Steueramts des Kantons Nidwalden vom 30. September 2014 betreffend Kantons- und Gemeindesteuern 2012 und vom 31. März 2016 betreffend Kantons- und Gemeindesteuern 2013 werden aufgehoben. Der Kanton Nidwalden wird angewiesen, die bereits bezogenen Steuern zurückzuerstatten.
4.
Die Gerichtskosten von Fr. 6'000.-- werden zu Fr. 1'000.-- der Beschwerdeführerin 1, zu je Fr. 2'000.-- der Beschwerdeführerin 2 und dem Beschwerdeführer 3, jeweils unter solidarischer Haftung, und zu Fr. 1'000.-- dem Kanton Nidwalden auferlegt.
5.
Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten, dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 2. Abteilung, und der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 25. August 2021
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Seiler
Der Gerichtsschreiber: Brunner