Sachverhalt:
A.
A.a. Am 11. Dezember 2018 stellte die B._ AG, mit Sitz in U._ und Domizil in V._, das Gesuch um Nachlassstundung. Die Nachlassschuldnerin war in der Software/IT-Branche tätig und beschäftigte 70 Mitarbeiter.
A.b. Mit Verfügung vom 13. Dezember 2018 bewilligte das Regionalgericht Bern-Mittelland als Nachlassgericht die provisorische Stundung für zwei Monate (bis am 12. Februar 2019). Das Nachlassgericht setzte als provisorischen Sachwalter C._ ein und ordnete den Verzicht auf die öffentliche Bekanntmachung bzw. die "stille Stundung" an.
A.c. Am 19. Dezember 2018 gelangte der Sachwalter an das Nachlassgericht. Er beantragte insbesondere, dass die Nachlassschuldnerin zu ermächtigen sei, die Aktien (100 %) der am 7. Dezember 2018 gegründeten Tochtergesellschaft zu verkaufen, und bestimmte Aktiven und Passiven auf die Tochtergesellschaft zu übertragen. Der Sachwalter erläuterte das bereits im Stundungsgesuch präsentierte, ohne seine Mitwirkung entwickelte, weit ausgereifte Sanierungskonzept mit Veräusserung des laufenden Betriebes.
A.d. Mit Verfügung vom 19. Dezember 2018 nahm das Nachlassgericht vom Antrag des Sachwalters inklusive Beilagen Kenntnis und ermächtigte die Nachlassschuldnerin, 100 % der Aktien ihrer neu gegründeten Tochtergesellschaft (B._ [Switzerland AG], mit Sitz in W._ und Domizil in X._, auch als "D._" bezeichnet) an die E._ AG zum Preis von Fr. 1,3 Mio. (gemäss Vertragsentwurf vom 18. Dezember 2018) zu verkaufen. Weiter wurde die Nachlassschuldnerin ermächtigt, ausgewählte Aktiven und Passiven auf diese Auffanggesellschaft zu übertragen und mit dieser einen Geschäftsführungsvertrag betreffend Fortführung von ausgewählten Projekten, Übernahme von Verträgen bzw. Kundenbeziehungen und Angestellten abzuschliessen. Das Nachlassgericht eröffnete den Entscheid der Nachlassschuldnerin und dem Sachwalter und verzichtete mit Hinweis auf die stille Stundung auf die Publikation.
A.e. Am 29. Januar 2019 ordnete das Nachlassgericht die Verlängerung der provisorischen Stundung um weitere zwei Monate (bis am 12. April 2019) an.
A.f. Am 2. April 2019 fand die Gerichtsverhandlung zum Entscheid über die definitive Stundung statt. Nach dem Bericht des Sachwalters bestand Aussicht auf Abschluss eines Nachlassvertrages mit Vermögensabtretung, weshalb die definitive Stundung zu gewähren sei. Die A._ AG als Gläubigerin sprach sich gegen die Bewilligung der definitiven Stundung bzw. für den Widerruf der provisorischen Stundung sowie der Verkaufsermächtigungen (vom 19. Dezember 2018) aus.
A.g. Mit Entscheid vom 2. April 2019 (begründet am 9. Mai 2019) bewilligte das Nachlassgericht die definitive Nachlassstundung für die Dauer von sechs Monaten (bis am 2. Oktober 2019) und setzte den bereits bestellten Sachwalter definitiv ein.
B.
B.a. Gegen die definitive Stundung erhob die A._ AG Beschwerde beim Obergericht des Kantons Bern. Sie verlangte im Wesentlichen die Feststellung der Nichtigkeit der Verfügungen des Nachlassgerichts (provisorische und definitive Stundung, Ermächtigung zum Verkauf des Anlagevermögens). Eventualiter beantragte sie die Aufhebung der definitiven Stundung bzw. die Absetzung des Sachwalters.
B.b. Mit Entscheid vom 16. September 2019 hiess das Obergericht die Beschwerde teilweise gut. Es hob die (gemäss Ziff. 1-3 des erstinstanzlichen Entscheid-Dispositivs) gewährte definitive Nachlassstundung auf (Entscheid-Dispositiv Ziff. 1) und eröffnete mit Wirkung vom gleichen Tag (16. September 2019), 10.00 Uhr, über die Nachlassschuldnerin gestützt auf <ref-law> den Konkurs (Entscheid-Dispositiv Ziff. 2). Im Übrigen wies es die Beschwerde ab (Entscheid-Dispositiv Ziff. 3).
C.
Mit Eingabe vom 17. Oktober 2019 erhob die A._ AG Beschwerde in Zivilsachen. Die Beschwerdeführerin verlangt die Abänderung des obergerichtlichen Entscheides (in Dispositiv-Ziff. 2) dahingehend, dass der Konkurs über die B._ AG bereits per 13. Dezember 2018 (Datum des erstinstanzlichen Entscheides über das Nachlassgesuch) zu eröffnen sei (Rechtsbegehren Ziff. 1). Sie verlangt die Feststellung der Nichtigkeit der Verfügungen des Nachlassgerichts vom 13. Dezember 2018 (provisorische Nachlassstundung), vom 19. Dezember 2018 (Ermächtigung zum Verkauf von Anlagevermögen) und vom 29. Januar 2019 (Verlängerung der provisorischen Stundung) (Rechtsbegehren Ziff. 2), eventuell sei die betreffende Ermächtigung zu verweigern (Rechtsbegehren Ziff. 3). Subeventualiter sei die Sache zu neuem Entscheid an die Vorinstanz zurückzuweisen (Rechtsbegehren Ziff. 4). Schliesslich verlangt sie, dass die Prozesskosten im obergerichtlichen Verfahren nicht hälftig, sondern vollumfänglich zu ihren Gunsten zu verteilen seien (Rechtsbegehren Ziff. 5, 6).
Die B._ AG in Liquidation (Beschwerdegegnerin) beantragt, auf die Beschwerde sei nicht einzutreten; eventualiter sei diese abzuweisen. Die Beschwerdeführerin und die Beschwerdegegnerin haben re- bzw. dupliziert. Das Obergericht hat auf eine Vernehmlassung verzichtet, ebenso das Nachlassgericht.

Erwägungen:
1.
1.1. Angefochten ist der Entscheid des Obergerichts als Rechtsmittelinstanz, welches über die Beschwerde über die definitive Nachlassstundung entschieden hat. Der Entscheid unterliegt unabhängig eines Streitwertes der Beschwerde in Zivilsachen (Art. 72 Abs. 2 lit. a, Art. 74 Abs. 2 lit. d BGG). Die Beschwerdeführerin ist als Gläubigerin vom obergerichtlichen Entscheid hinreichend berührt, um Beschwerde in Zivilsachen zu führen (<ref-law>).
1.2. Die Entscheidung, mit welcher der Richter die definitive Stundung nicht bewilligt und von Amtes wegen den Konkurs eröffnet (<ref-law>), ist ebenso wenig eine provisorische Massnahme im Sinne von <ref-law> wie die Konkurseröffnung zufolge Nichtbewilligung der provisorischen Stundung (<ref-law>; <ref-ruling> E. 2.3, 2.4; Urteil 5A_495/2016 vom 11. November 2016 E. 1.2). Das Gleiche gilt für den Ermächtigungsentscheid des Nachlassgerichts (<ref-law>), weil in endgültiger Weise darüber entschieden wird, ob Handlungen des Nachlassschuldners zwangsvollstreckungsrechtlich beachtlich sind (STOFFEL/CHABLOZ, Voies d'exécution, 3. Aufl. 2016, § 12 Rz. 112, sowie E. 4.3.1 a.E.).
1.3. Mit der vorliegenden Beschwerde gegen den Endentscheid (<ref-law>) kann insbesondere die Verletzung von Bundesrecht gerügt werden (<ref-law>). In der Beschwerde ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Entscheid Recht verletzt (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1.2). Die Verletzung verfassungsmässiger Rechte ist ebenfalls zu begründen, wobei hier das Rügeprinzip gilt (106 Abs. 2 BGG; <ref-ruling> E. 2.4). Soweit die Beschwerdeführerin dem Obergericht eine Verletzung der Begründungspflicht (<ref-law>; <ref-ruling> E. 6.1) vorwirft, weil es ihre Argumente nicht berücksichtigt habe, laufen ihre Vorbringen auf die Rüge einer Rechtsverletzung hinaus.
1.4. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Neue Tatsachen und Beweismittel sind nur zulässig, soweit der vorinstanzliche Entscheid dazu Anlass gibt (<ref-law>).
2.
Das Obergericht hat (mit Hinweis auf <ref-law>) festgehalten, dass gegen die Bewilligung und Verlängerung der provisorischen Stundung vom 13. Dezember 2018 bzw. 29. Januar 2019 laut Gesetz kein Rechtsmittel gegeben sei, und die Nichtigkeit dieser Gerichtsentscheide verneint. Was den Ermächtigungsentscheid des Nachlassgerichts (<ref-law>) vom 19. Dezember 2019 betrifft, hat es offen gelassen, ob ein Gläubiger überhaupt zur Anfechtung legitimiert sei; Nichtigkeit liege jedenfalls nicht vor und liesse sich als Rechtsfolge nicht rechtfertigen. Sodann stelle die Bewilligung der definitiven Stundung am 2. April 2019 keinen nichtigen Gerichtsentscheid dar. Hingegen hat das Obergericht der Beschwerdeführerin Recht gegeben und die Aussicht auf eine Sanierung oder den Abschluss eines Nachlassvertrags verneint und daher die definitive Stundung verweigert und von Amtes wegen - per Datum des Rechtsmittelentscheides - gestützt auf <ref-law> den Konkurs eröffnet.
3.
Anlass zur vorliegenden Beschwerde gibt der Entscheid über die definitive Nachlassstundung, die vom Obergericht mangels Aussicht auf Erfolg verweigert wurde und zur Eröffnung des Konkurses über die Nachlassschuldnerin führte.
3.1. Die Beschwerdeführerin als Gläubigerin wirft dem Obergericht vor, die Nichtigkeit von Entscheiden des Nachlassgerichts über die provisorische Stundung und deren Verlängerung verkannt zu haben. Das Obergericht habe Recht verletzt, weil es den Konkurs nicht per 13. Dezember 2018 bzw. nicht sofort gemäss <ref-law>, sondern erst mit der Verweigerung der definitiven Stundung eröffnet habe.
3.1.1. Das Nachlassverfahren kann durch Gesuch des Schuldners eingeleitet werden (<ref-law>). Das Nachlassgericht bewilligt unverzüglich eine provisorische Stundung und trifft von Amtes wegen weitere Massnahmen, die zur Erhaltung des schuldnerischen Vermögens notwendig sind. Die provisorische Stundung kann vom Nachlassgericht auf Antrag verlängert werden. Besteht offensichtlich keine Aussicht auf Sanierung oder Bestätigung eines Nachlassvertrages, so eröffnet das Nachlassgericht von Amtes wegen den Konkurs (Art. 293a Abs. 1 und 3 SchKG). Die Bewilligung der provisorischen Stundung ist nicht anfechtbar (<ref-law>), ebenso wenig die Verlängerung (UMBACH-SPAHN/KESSELBACH/FINK, in: Schulthess Kommentar SchKG, 2017, N. 10 zu <ref-law>). Die Nichtanfechtbarkeit dieser Entscheide des Nachlassgerichts schliesst indes nicht aus, dass sie mit Nichtigkeitsmängeln behaftet sein könnten.
3.1.2. Nach der Rechtsprechung sind fehlerhafte Entscheide nichtig, wenn der ihnen anhaftende Mangel besonders schwer ist, wenn er sich als offensichtlich oder zumindest leicht erkennbar erweist und die Rechtssicherheit durch die Annahme der Nichtigkeit nicht ernsthaft gefährdet wird. Inhaltliche Mängel einer Entscheidung führen nur ausnahmsweise zur Nichtigkeit. Als Nichtigkeitsgründe fallen vorab funktionelle und sachliche Unzuständigkeit der entscheidenden Behörde sowie krasse Verfahrensfehler in Betracht (<ref-ruling> E. 4; HOHL, Procédure civile, Bd. II, 2. Aufl. 2010, § 9 Rz. 546 ff.). Fehlt einer Entscheidung in diesem Sinne jegliche Rechtsverbindlichkeit, so ist dies durch jede Behörde, die mit der Sache befasst ist, jederzeit und von Amtes wegen zu beachten (<ref-ruling> E. 3.1).
3.1.3. Aufgrund der am 1. Januar 2014 in Kraft getretenen Änderung des SchKG (AS 2013 4111) ist das gerichtliche Nachlassverfahren neu geordnet worden. Unter anderem ist der Zugang zur Nachlassstundung und zum Nachlassvertrag in verschiedener Weise erleichtert worden (JEANDIN, Les nouveautés du droit de l'assainissement, in: Gesellschaftsrecht und Notar/La société au fil du temps, 2016, S. 325). Insbesondere ist nach Einleitung des Nachlassverfahrens immer zunächst eine provisorische und dann erst eine definitive Nachlassstundung zu prüfen (vgl. HUNKELER, in: Kurzkommentar SchKG, 2. Aufl. 2014, N. 24 f. vor Art. 293-336 SchKG). Während für die definitive Stundung "Aussicht auf Sanierung oder Bestätigung eines Nachlassvertrages" erforderlich ist (Art. 294 Abs. 1 und 2 SchKG), d.h. ein Gelingen der Sanierung erwartet werden darf bzw. ein Nachlassvertrag realistische Chancen hat (HUNKELER, a.a.O., N. 6, 8, 13 zu <ref-law>), ist die provisorische Stundung einzig zu verweigern und der Konkurs zu eröffnen, wenn "offensichtlich keine Aussicht" auf Sanierung oder Bestätigung eines Nachlassvertrages besteht (<ref-law>). An die Bewilligung der provisorischen Stundung sind keine hohen Anforderungen zu stellen (Botschaft vom 8. September 2010 zur Änderung des SchKG [Sanierungsrecht], BBl 2010 6480 Ziff. 2.7). Sie ist zu bewilligen, sofern nicht von Beginn an klar erkennbar ist, dass keine Aussichten auf eine Sanierung oder Bestätigung eines Nachlassvertrages bestehen (Urteil 5A_495/2016 vom 11. November 2016 E. 3.1). Nur in aussichtslosen bzw. hoffnungslosen Fällen soll das Nachlassgericht keine provisorische Stundung bewilligen, wobei zur Beurteilung ein Ermessen besteht (HUNKELER, a.a.O., N. 20, 21 zu <ref-law>; JEANDIN, a.a.O., S. 326).
3.1.4. Die Beschwerdeführerin leitet aus dem Umstand, dass die Vorinstanz ihre Beschwerde gegen die definitive Nachlassstundung gutgeheissen hat und das Vorgehen des Nachlassgerichts an keiner Stelle (positiv) "als korrekt" bezeichnet habe, die Nichtigkeit der provisorischen Nachlassstundung ab. Entgegen der Auffassung der Beschwerdeführerin kann aus der Aufhebung der definitiven Stundung durch das Obergericht nicht abgeleitet werden, dass die Gewährung der provisorischen Stundung nichtig wäre, denn es sind wie dargelegt unterschiedliche Kriterien massgebend. Wohl trifft zu, dass das Obergericht die provisorische Stundung (mit Blick auf die Bestätigung eines Nachlassvertrages) kritisiert hat, weil das Nachlassgericht einer Forderung "etwas näher hätte auf den Grund gehen müssen". Es durfte indes berücksichtigen, dass der Entscheid über die provisorische Stundung ein Ermessensentscheid ist, mit dem hoffnungslose bzw. aussichtslose Fälle abzugrenzen sind. Dass das Obergericht einen inhaltlich derart schweren und offensichtlichen - und zur Nichtigkeit führenden - Mangel übergangen habe, ist nicht ersichtlich. Die Beschwerdeführerin führt vergeblich aus, das Nachlassgericht habe "durchgewinkt", was die Nachlassschuldnerin wollte, weshalb "faktisch eine Kompetenzverschiebung" auf eine private Stelle stattgefunden habe.
3.1.5. Ebenso wenig liegen Nichtigkeitsmängel in der Anwendung des Untersuchungsgrundsatzes (Art. 251 Abs. 1 lit. a, Art. 255 Abs. 1 lit. a ZPO) vor, welcher für das Nachlassgericht zur Bewilligung der provisorischen Stundung gilt. Wenn die Beschwerdeführerin im Wesentlichen ausführt, dass sie hätte angehört werden müssen, übergeht sie das Ermessen, über welches das Nachlassgericht verfügt, wenn es "unverzüglich" (<ref-law>) und ohne Anhörung der Gläubiger zu entscheiden hat (Botschaft, a.a.O., 6480 Ziff. 2.7). Daran ändert nichts, dass die Anhörung nicht ausgeschlossen ist (HUNKELER, a.a.O., N. 10, 12 zu <ref-law>). Sodann geht der Hinweis der Beschwerdeführerin auf <ref-law> ("nichtige Verfügungen") fehl, weil diese Bestimmung die Befugnis zum Eingreifen der Aufsichtsbehörden nach <ref-law> regelt, welche das (Nachlass-) Gericht nicht betrifft (Urteil 5A_647/2013 vom 27. Februar 2014 E. 4.2.1). Die Beschwerdeführerin irrt schliesslich, zufolge Nichtigkeit der Bewilligung (sowie Verlängerung) der provisorischen Stundung hätte das Nachlassgericht den Konkurs sofort eröffnen müssen.
3.2. Die Beschwerdeführerin wendet sich im Weiteren nicht gegen die vorinstanzliche Verweigerung der definitiven Stundung und die Konkurseröffnung, sondern gegen deren Datum.
3.2.1. Besteht (bei Ablauf der provisorischen Stundung) keine Aussicht auf Sanierung oder Bestätigung des Nachlassvertrages, so eröffnet das Gericht von Amtes wegen den Konkurs (<ref-law>). Zu diesem Ergebnis ist das Obergericht gekommen, weshalb es den Konkurs eröffnet hat, und zwar ( ex nunc) per Datum seines Entscheides.
3.2.2. Es ist nicht zu übersehen, dass die Beschwerde gegen die definitive Nachlassstundung ex lege keine aufschiebende Wirkung hat (<ref-law>), und die Bewilligung (und Verlängerung) der provisorischen Stundung überhaupt nicht anfechtbar ist (<ref-law>). Die Ausgestaltung macht deutlich, dass mit der Bewilligung der (nicht anfechtbaren) provisorischen und (im Rechtsmittelverfahren in ihrer Wirkung nicht aufhaltbaren) definitiven Stundung ein Verfahren ausgelöst wird, welches in Etappen fortgesetzt wird und mit Wirkungen verbunden ist, deren Aufhebung schwer praktikabel ist. Dies legt nahe, dass die Aufhebung der Nachlassstundung - nicht nur bei Gelingen der Sanierung vor Ablauf der Stundung (<ref-law>), sondern auch beim von Amtes wegen zu eröffnenden Konkurs - ex nunc wirkt (vgl. HUNKELER, a.a.O., N. 11 zu <ref-law>; MABILLARD, in: SZZP 2015 S. 540 f., "im Grundsatz"). Wenn das Obergericht den Konkurs auf Beschwerde hin auf den Zeitpunkt seines Entscheides (16. September 2019) eröffnet hat, ist dies nicht zu beanstanden.
4.
Weiter kritisiert die Beschwerdeführerin die Verfügung vom 19. Dezember 2018, mit welchem das Nachlassgericht während der provisorischen Stundung die Ermächtigung zu Verfügungen der Nachlassschuldnerin erteilte. Konkret ermächtigte das Nachlassgericht während der provisorischen Stundung gestützt auf den Antrag und Bericht des Sachwalters die Nachlassschuldnerin, den laufenden Betrieb zu verkaufen (durch Verkauf von 100 % der Aktien ihrer neu gegründeten Tochtergesellschaft an eine Dritte und Übertragung ausgewählter Aktiven und Passiven auf diese Auffanggesellschaft).
4.1. Die Beschwerdeführerin rügt als Rechtsverletzung (auch von Verfahrensrechten wie Art. 29 Abs. 1 und 2 BV), dass das Obergericht sich darauf beschränkt habe, lediglich die Nichtigkeit der Ermächtigung des Nachlassgerichts zum Verkauf von Anlagevermögen zu prüfen, anstatt ihre dagegen erhobene Beschwerde (Eingabe vom 22. Juli 2019) zu behandeln. Die Ermächtigungsverfügung sei ihr nicht gehörig eröffnet worden, und die Kenntnisgabe durch den Sachwalter (am 28. Februar 2019) habe keine fristauslösende Wirkung gehabt. Die Beschwerdegegnerin bestreitet die Möglichkeit der Beschwerdeführung.
4.2. Gemäss <ref-law> können ohne Ermächtigung des Nachlassgerichts oder des Gläubigerausschusses während der Stundung nicht (mehr) in rechtsgültiger Weise Teile des Anlagevermögens veräussert oder belastet, Pfänder bestellt, Bürgschaften eingegangen oder unentgeltliche Verfügungen getroffen werden. Das Bundesgericht hat sich mit der Anfechtbarkeit der mit der SchKG-Revision von 1994/1997 eingeführten gerichtlichen Ermächtigung (soweit ersichtlich) noch nicht befasst. In der kantonalen Rechtsprechung wird die Möglichkeit zur Beschwerde nach ZPO von Seiten des Gläubigers verneint (Urteil ZK 19 442 des Obergerichts des Kantons Bern vom 7. November 2019, CAN 2020 Nr. 38 S. 109).
4.3. Ob die Beschwerdeführerin die - vom Obergericht im angefochtenen Entscheid (noch) offengelassene - Möglichkeit zur Beschwerde hat, ist im Folgenden zu erörtern.
4.3.1. Während der Nachlassstundung kann Anlagevermögen (<ref-law>) oder ein ganzer Betrieb verkauft werden (vgl. <ref-law>). Dies ist namentlich dann von Bedeutung, wenn die Verkaufsverhandlungen in fortgeschrittenem Stadium sind und von einer sofortigen Veräusserung ein besseres Ergebnis für die Gläubiger zu erwarten ist (<ref-ruling> E. 3.2; VOLLMAR, in: Basler Kommentar, Bundesgesetz über Schuldbetreibung und Konkurs, 2. Aufl. 2010, N. 17, 19 zu <ref-law>). Daran hat die Revision des Sanierungsrechts nichts geändert und dies gilt auch für die provisorische Stundung (UMBACH-SPAHN/KESSELBACH/BURKHALTER, in: Schulthess Kommentar SchKG, 2017, N. 11 zu <ref-law>; HUNKELER/SCHÖNMANN, in: Klagen und Rechtsbehelfe im Schuldbetreibungs- und Konkursrecht, 2017, Rz. 11.64). Allerdings ist die Ermächtigung des Nachlassgerichts oder des Gläubigerausschusses notwendig, andernfalls kann nicht mehr "in rechtsgültiger Weise" Anlagevermögen oder das Unternehmen veräussert werden (HUNKELER, a.a.O., N. 14 zu <ref-law>). Ohne die Ermächtigung ist das Rechtsgeschäft zwar zivilrechtlich gültig, aber zwangsvollstreckungsrechtlich unbeachtlich (u.a. VOLLMAR, a.a.O., N. 14 zu <ref-law>; STOFFEL/CHABLOZ, a.a.O., § 12 Rz. 112).
4.3.2. Am Verfahren zur Ermächtigung hat sich mit der Revision des Sanierungsrechts nichts wirklich geändert (JEANDIN, a.a.O., S. 333, Fn 66). Die Bestimmung über die richterliche Ermächtigung sieht in <ref-law> kein Rechtsmittel vor (GANI, in: Commentaire romand, Poursuite et faillite, 2005, N. 17 zu <ref-law>). Der Weiterzug an ein oberes kantonales Nachlassgericht ist aber möglich (LORANDI, Genehmigungsbedürftige Geschäfte während der Nachlassstundung [<ref-law>], ZZZ 2004 S. 100). Ermächtigungsentscheide unterliegen damit der Beschwerde nach <ref-law> (UMBACH-SPAHN/KESSELBACH/BOSSART, in: Schulthess Kommentar SchKG, 2017, N. 15 zu Art. 298; HUNKELER, a.a.O., N. 38 zu <ref-law>). Ob der Ermächtigungsentscheid mit der definitiven Stundung kombiniert wird (vgl. HUNKELER/SCHÖNMANN, in: Klagen, a.a.O., Rz. 11.40, 11.76), oder (wie hier) während der provisorischen Stundung getroffen wird, ändert nichts daran, dass die Beschwerdelegitimation zu klären ist. Zur Beschwerde gemäss <ref-law> ist notwendig, dass der Beschwerdeführer beschwert, d.h. unmittelbar betroffen ist (STAEHELIN/ STAEHELIN/GROLIMUND, Zivilprozessrecht, 3. Aufl. 2019, § 26 Rz. 30).
4.3.3. Die Nachlassstundung soll den Schuldner vor dem Angriff der Gläubiger schützen, damit er in Ruhe unter Aufsicht des Sachwalters die notwendigen Schritte zur Sanierung oder Ausarbeitung eines Nachlassvertrages unternehmen kann (JEANDIN, a.a.O., S. 333; vgl. HARI, Assainissement d'un débiteur: le sursis provisoire et le rôle du commissaire, Jusletter 29. Mai 2017, Rz. 12). Der Schuldner kann (anders als im Konkurs) während der Stundung seine Geschäftstätigkeit grundsätzlich weiterführen und ist im Rahmen der erlaubten Tätigkeit bzw. gestützt auf die richterliche Ermächtigung befugt (Art. 298 Abs. 1 und 2 SchKG), über sein Vermögen zu verfügen (<ref-ruling> E. 3.2; HARI, a.a.O., Rz. 14). Die gerichtliche Zustimmung gemäss <ref-law> bezieht sich auf den Schuldner; Gegenstand der gerichtlichen Genehmigung ist eine Rechtshandlung des Schuldners (LORANDI, a.a.O., S. 92, 98). Bereits vor Inkrafttreten des neuen Sanierungsrechts wurde die Legitimation der Gläubiger zur Anfechtung des gerichtlichen Ermächtigungsentscheides verneint, weil sie dadurch nur mittelbar tangiert sind, indem der Deckungsgrad ihrer Forderung beeinflusst werden kann (LORANDI, a.a.O., S. 101). In diesem Sinne kann nach der Lehre daher nur vom Schuldner Beschwerde gemäss <ref-law> erhoben werden, wenn diesem entgegen dessen Antrag (oder dem Antrag des Sachwalters) einer Veräusserung oder Belastung von Anlagevermögen nicht (oder nur teilweise) bewilligt wurde; die Legitimation der Gläubiger zur Beschwerde gegen den gutheissenden Ermächtigungsentscheid wird verneint (HUNKELER/ SCHÖNMANN, in: Klagen, a.a.O., Rz. 11.69, 11.80; VANDEBROEK/HUNKELER, Übertragende Sanierung unter dem neuen Sanierungsrecht [...], SJZ 2017 S. 399).
4.3.4. Der Umstand, dass die Gläubiger keine Mitentscheidungsrechte während der Nachlassstundung betreffend Vermögensdispositionen haben (u.a. VOLLMAR, in: Basler Kommentar, Bundesgesetz über Schuldbetreibung und Konkurs, 2. Aufl. 2010, N. 20 zu Art. 298; LORANDI, a.a.O., S. 92), wurde bereits vor Beginn der Ausarbeitung der Revision des Sanierungsrechts kritisiert (vgl. KRAMPF, Swissair-Ausverkauf: Die Rolle des Nachlassrichters, Jusletter 3. März 2003, Rz. 4, 7, 9; MARCHAND/HARI, Le sursis concordataire [...], in: Mélanges Ruedin, 2006, S. 114). Mit der Revision wurde die Mitwirkung der Gläubiger verstärkt, indem ein repräsentativer Gläubigerausschuss mit Informations- und Aufsichtsrechten und Ermächtigungsbefugnis (<ref-law>) eingesetzt werden kann, jedoch fakultativ und erst während der definitiven Stundung (<ref-law>), oder bei verlängerter definitiver Stundung eine ausserordentliche Gläubigerversammlung einzuberufen ist (<ref-law>; Botschaft, a.a.O., 6461 Ziff. 1.4.1, 6484 f. Ziff. 2.8). Zudem kann die provisorische Stundung ohne Information der Gläubiger - "still", wie im vorliegenden Fall - stattfinden, um die Ruhe vor den Gläubigern zu gewähren, und weil der Überblick über die Gläubiger noch fehlt (Botschaft, a.a.O., 6482 Ziff. 2.7, 6484 Ziff. 2.8). Hingegen ist zum Verkauf von Anlagevermögen weder eine Anhörungspflicht noch ein Recht der Gläubiger (oder Dritter) zur Anhörung bzw. Mitwirkung oder zum Höhergebot (vgl. im Konkurs, <ref-law>) vorgeschrieben (VANDEBROEK/ HUNKELER, a.a.O., S. 398). Ein Gläubiger ist zum Antrag auf Veräusserung von Anlagevermögen nach <ref-law> nicht berechtigt, und das Verfahren richtet sich nicht gegen die Gläubiger (HUNKELER/SCHÖNMANN, in: Klagen, a.a.O., Rz. 11.72 f.), weil der Schuldner im Stundungsverfahren über sein Vermögen grundsätzlich verfügen kann. Insoweit ist nicht ersichtlich, dass eine Legitimation der Gläubiger bestehen soll, den Ermächtigungsentscheid anzufechten, wie in der Lehre und vom Obergericht im erwähnten, späteren Urteil (in E. 13, 15) zutreffend gefolgert wird. Entgegen der Meinung der Beschwerdeführerin hat das Obergericht im Ergebnis keine Beschwerdemöglichkeit zur Anfechtung des Ermächtigungsentscheides übergangen.
4.4. Die Beschwerdeführerin beruft sich auf die Nichtigkeit des Ermächtigungsentscheides. Der Ausschluss der Pauliana sei nur gerechtfertigt, wenn im Rahmen der Ermächtigung nach <ref-law> keine Nichtigkeit vorliege, sondern alles "mit rechten Dingen zu- und hergehe", was nicht der Fall sei, wenn u.a. ohne Prüfung am gleichen Tag eine komplexe Transaktion genehmigt werde.
4.4.1. Gemäss <ref-law> sind Rechtshandlungen, die während einer Nachlassstundung stattgefunden haben, nicht anfechtbar, sofern sie von einem Nachlassgericht oder von einem Gläubigerausschuss (<ref-law>) genehmigt worden sind. Die Bestimmung wurde mit der Revision des Sanierungsrechts eingeführt, um (in Abkehr von der bisherigen Rechtslage) eine für die Sanierungspraxis äusserst hinderliche Rechtsunsicherheit zu beheben (Botschaft, a.a.O., 6476 Ziff. 2.6; BOVEY, L'action révocatoire, JdT 2018 II S. 58). Es wird davon ausgegangen, dass der vom Nachlassrichter oder Gläubigerausschuss genehmigte Verkauf die Interessen der Gläubiger bestmöglichst berücksichtigt (vgl. HUNKELER/SCHÖNMANN, in: Klagen, a.a.O., Rz. 11.78; KREN KOSTKIEWICZ, Schuldbetreibungs- & Konkursrecht, 3. Aufl. 2018, Rz. 1831). Nicht ausgeschlossen ist, dass ein Ermächtigungsentscheid an derart schweren inhaltlichen Mängeln leiden kann, welche die Nichtigkeitsfolge nach sich zieht (E. 3.1.2).
4.4.2. Der Beschwerdeführerin geht es darum, eine Anfechtungsklage zu erheben. Dazu müsste sie sich einen Anfechtungsanspruch abtreten lassen, auf dessen Geltendmachung die Gläubigergesamtheit verzichtet hat (<ref-law>); mit der Sache befasst wäre der Anfechtungsrichter. Ob sie ein genügendes Interesse hat, um sich innerhalb zulässiger Beschwerdeführung (vgl. <ref-ruling> E. 3) auf die Nichtigkeit des Ermächtigungsentscheides - d.h. auf die ungehinderte Anfechtungsklage - zu berufen, ist nicht weiter zu erörtern. Von Anhaltspunkten zur Nichtigkeit kann hier ohnehin keine Rede sein, wie sich aus dem Folgenden ergibt.
4.4.3. Im konkreten Fall hat sich das Nachlassgericht zur Frage der Ermächtigung auf den Antrag (samt Beilagen) des provisorischen Sachwalters abgestützt, wie aus seinem Entscheid zur Ermächtigung und zur definitiven Stundung hervorgeht. Der Sachwalter erläuterte, dass der Nachlassschuldnerin durch den Verkauf direkt Fr. 1,3 Mio. cash zufliessen, wobei das Angebot zum Kauf bis zum 21. Dezember 2018 befristet sei. Es bestehe zeitliche Dringlichkeit, da mit der verspäteten Lohnauszahlung Vertrauen und Goodwill verloren gehe. Das Kaufangebot sei aus mehreren Angeboten hervorgegangen, wobei für das Bieterverfahren in sachgerechter Weise eine Spezialistin beigezogen worden sei. Der Sachwalter erläuterte die Angemessenheit des höchstangebotenen Preises und verglich im Einzelnen das Sanierungsprojekt mit der Alternative "Konkurs" aus Gläubigersicht. Da der gesamte Goodwill der Nachlassschuldnerin in der Tochtergesellschaft aufgefangen sei, könne dieser durch den Verkauf der Auffanggesellschaft versilbert werden. Mit der Ermächtigung zur Veräusserung könne unter Umständen eine Dividende zugunsten der Nachlassgläubiger nicht ausgeschlossen werden. Ausgeschlossen sei, dass in einem unmittelbaren Konkurs ein gleichwertiges Ergebnis erzielt werden könne, und selbst bei einem nachfolgenden Konkurs hätte die Aktivmasse flüssige Mittel von Fr. 1,3 Mio. dazugewonnen.
4.4.4. Das Nachlassgericht hat vorliegend nach der Bewilligung der Stundung und gestützt auf den begründeten Antrag des Sachwalters und dessen Prüfung, was die Vorteilhaftigkeit für die Gläubiger betrifft, entschieden. Sodann hat der Sachwalter die zeitliche Dringlichkeit gerechtfertigt und diese dem Nachlassgericht erläutert. Dass das Nachlassgericht gestützt auf das bereits im Nachlassgesuch bezeichnete Vorgehen und die Analyse des (unstrittig qualifizierten) Sachwalters von vornherein nicht in der Lage gewesen sein soll, sich innert Wochenfrist ein genügend fundiertes Bild über das zu genehmigende Geschäft zu machen (Verkauf eines Informatikunternehmens mit 70 Mitarbeitern), ist nicht ersichtlich. Sodann ist mit Blick auf das durchgeführte Bieterverfahren mit mehreren Angeboten nicht nachvollziehbar, inwieweit die Beschwerdeführerin eine Unsicherheit betreffend den angemessenen Preis darlegen will, welche die Nichtigkeit rechtfertigen soll. Ausser Frage steht weiter, dass das mit der Ermächtigungsfrage befasste Gericht die allfällige Nähe des Erwerbers zum Nachlassschuldner berücksichtigen soll (vgl. JEANNERET, Prepack Insolvency: le bonheur est dans le "pre", AnwR 2010 S. 162; LORANDI, a.a.O., S. 95, 105). Dass im konkreten Fall eine Nähe zur Erwerberin (E._ AG) in offensichtlicher und schwerer Weise verkannt worden wäre, steht nicht zur Debatte.
4.5. Entgegen der Auffassung der Beschwerdeführerin bestehen keine Anhaltspunkte, welche den Schluss erlauben, dass das Obergericht einen schweren und offensichtlichen Mangel oder eine krasse Verfahrensverletzung und damit die Nichtigkeit der Ermächtigung des Nachlassgerichts (Verfügung vom 19. Dezember 2019) übergangen habe.
5.
Nach dem Dargelegten ist nicht zu beanstanden, wenn das Obergericht die Nichtigkeit der Verfügungen des Nachlassgerichts vom 13. Dezember 2018 und vom 29. Januar 2019 (provisorische Nachlassstundung bzw. Verlängerung) sowie vom 19. Dezember 2018 (Ermächtigung zum Verkauf) verneint hat. Auch der Eventualantrag, die betreffende Ermächtigung sei zu verweigern, geht fehl.
6.
Die Beschwerdeführerin rügt schliesslich eine fehlerhafte Verteilung der zweitinstanzlichen Prozesskosten, weil das Obergericht diese nicht vollumfänglich zu ihren Gunsten verteilt hat, sondern übergehe, dass sie (mit der Konkurseröffnung) "grossmehrheitlich" gewonnen habe.
6.1. Das Obergericht hat erwogen, dass das Unterliegen in den Hauptanträgen (auf Feststellung der Nichtigkeit der vom Nachlassgericht in der provisorischen Stundung getroffenen Verfügungen) und das Obsiegen im Eventualantrag (Aufhebung der definitiven Stundung) die hälftige Teilung der Prozesskosten rechtfertige, weil Haupt- bzw. Eventualantrag mehr oder minder gleiches Gewicht zukomme.
6.2. Das Vorbringen der Beschwerdeführerin geht fehl. Die Regel von <ref-law>, wonach im Falle des nicht vollständigen Obsiegens einer Partei die Prozesskosten nach dem Verfahrensausgang zu verteilen sind, räumt dem Gericht ein weites Ermessen ein. Es kann dabei insbesondere auch das Gewicht der einzelnen Rechtsbegehren berücksichtigen (STAEHELIN/STAEHELIN/GROLIMUND, a.a.O., § 16 Rz. 35). Inwiefern die konkrete Kostenverteilung ein Eingreifen in das Ermessen der kantonalen Instanz rechtfertigen würde, wird nicht dargetan.
7.
Der Beschwerde ist kein Erfolg beschieden. Bei diesem Ausgang des Verfahrens wird die Beschwerdeführerin kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 Abs. 1, Art. 68 Abs. 1 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 20'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3.
Die Beschwerdeführerin hat die Beschwerdegegnerin mit Fr. 20'000.-- zu entschädigen.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Bern, 2. Zivilkammer, sowie dem Regionalgericht Bern-Mittelland, Zivilabteilung, dem Betreibungsamt Bern-Mittelland, Dienststelle Mittelland, dem Konkursamt Bern-Mittelland, Dienststelle Mittelland, dem Grundbuchamt Bern-Mittelland und dem Handelsregisteramt des Kantons Bern schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 18. März 2021
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Herrmann
Der Gerichtsschreiber: Levante