Faits :
A.
Les parcelles n os 3'938 et 5'458 de la commune de Veyrier, appartiennent à la Caisse de prévoyance M._. La parcelle n o 5'458 jouxte au nord la route de Veyrier, entre le chemin des Beaux-Champs à l'ouest - correspondant pour partie à la parcelle n° 4'517, dépendance de sept parcelles, parmi lesquelles les parcelles n os 3'938 et 5'458 - et la route de Vessy à l'est. La parcelle n o 3'938 se trouve immédiatement au nord de la parcelle n o 5'458, entre les mêmes chemins. Ces bien-fonds font partie du lieu-dit "Les Grands-Esserts", lequel était initialement colloqué en zone agricole.
Déjà identifié dans le Plan directeur cantonal 2015 (ci-après: PDCant) établi en 2001 (mise à jour en 2006 et 2010) comme un site propice à l'urbanisation, le lieu-dit "Les Grands-Esserts" a été inscrit comme un secteur stratégique dont l'urbanisation doit contribuer significativement à l'atteinte des objectifs du PDCant 2030 (adopté le 20 septembre 2013 par le Grand Conseil et approuvé le 29 avril 2015 par le Conseil fédéral); le projet des Grands-Esserts figure parmi les grands projets (GP) engagés prioritairement selon le PDCant 2030 (fiche P03). Pour permettre sa réalisation, a été adoptée le 14 septembre 2012 la loi n o 10'925 modifiant les limites de zones sur le territoire de la commune de Veyrier (création d'une zone de développement 3 et de deux zones de bois et forêts au lieu-dit "Vessy, Les Grands-Esserts").
Le 3 mai 2012, l'Etat de Genève - représenté par le conseiller d'Etat en charge du Département des constructions et des technologies de l'information (devenu le Département de l'aménagement, du logement et de l'énergie [DALE]) - et la Commune de Veyrier ont conclu un accord relatif à l'urbanisation des Grands-Esserts (ci-après: l'accord de 2012). Cette urbanisation devait intervenir en deux phases, la première phase - échelonnée en trois étapes entre 2016 et 2026 - portait sur la réalisation de 80'000 m 2 de surface brute de plancher (cf. ch. 2 de l'accord de 2012).
B.
Sur cette base, le DALE a élaboré un avant-projet de PLQ n o 29'983-542 portant sur la partie nord de la parcelle n o 3'938, la partie sud de la parcelle n o 5'458 et la partie de la parcelle n o 4'517 se trouvant le long de cette zone. Cet avant-projet de PLQ était accompagné d'un concept énergétique territorial portant sur le GP des Grands-Esserts (ci-après : le concept énergétique territorial), ainsi que d'avant-projets de règlement de quartier et de rapport explicatif, accompagné de deux annexes (notice d'impact sur l'environnement [ci-après: NIE] et rapport sur la mobilité du GP des Grands-Esserts [ci-après: le rapport mobilité]); le 2 décembre 2015, la NIE, désormais intitulée comme portant sur le PLQ Maison de Vessy, a été finalisée.
Cet avant-projet de PLQ concernait la pièce urbaine (ci-après: PU) Maison de Vessy (n o 1) vouée à accueillir 230 logements (PLQ Maison de Vessy), l'une des huit PU du GP des Grands-Esserts, qui fait l'objet de la présente contestation. La PU Beaux-Champs (n o 2) destinée à comporter un centre commercial et 80 logements, était sise au sud de la PU Maison de Vessy, le long de la route de Veyrier. La PU Ferme (n o 6), qui concernait 120 logements, se trouvait au nord de la PU Maison de Vessy. Les autres PU se situaient de l'autre côté de la route de Vessy: Salève (n o 3; 190 logements), Nant (n o 4, divisée en n os 4.1 et 4.2; respectivement 180 et 120 logements), Arve (n o 7; 160 logements), Lisière (n o 5; 120 logements) et École. Le PLQ Maison de Vessy devait constituer le premier PLQ de la première phase du GP des Grands-Esserts, divisée en cinq PLQ (PU n os 1, 2, 3, 4.1 et 6).
Le 16 mars 2015, le Conseil administratif de la Commune, sous la signature de son maire de l'époque, s'est opposé à l'avant-projet de PLQ Maison de Vessy et a entre autres demandé l'établissement d'une étude d'impact sur l'environnement (ci-après: EIE). Par préavis du 6 juillet 2015, le secteur en matière d'EIE du service de l'environnement et des risques majeurs (SERMA - secteur EIE), rattaché au Département de l'environnement, des transports et de l'agriculture (DETA), s'est prononcé favorablement sur l'avant-projet de PLQ, après avoir constaté que les modifications demandées dans ses précédents préavis (des 27 avril 2015 et 26 juin 2015) avaient été intégrées de manière adéquate dans le projet. Ce préavis couvrait l'ensemble des domaines environnementaux - parmi lesquels le trafic, la mobilité et la protection contre le bruit - devant être traités dans le cadre d'une NIE. Le 10 novembre 2015, le Conseil municipal de la Commune a préavisé favorablement le projet de PLQ Maison de Vessy, sous six conditions.
C.
Le projet de PLQ Maison de Vessy a été soumis à une enquête publique (du 10 juillet au 4 septembre 2015), puis à une procédure d'opposition (du 11 décembre 2015 au 25 janvier 2016). Par arrêté du 27 avril 2016, publié dans la Feuille d'avis officielle du canton de Genève (FAO) du 29 avril 2016, le Conseil d'Etat a approuvé - en l'absence des conseillers d'Etat en charges du DALE et du DETA - le PLQ Maison de Vessy. Par arrêté séparé du même jour, il a rejeté les oppositions qui avaient été formées par C._, D.D._ et E.D._, F._, G._, H.H._ et I.H._, J._, K._ et L._ (ci-après: C._ et consorts) ainsi que par A.A._ et B.A._.
C._ et consorts, d'une part, ainsi que A.A._ et B.A._, d'autre part, ont formé recours contre les deux arrêtés du 27 avril 2016 auprès de la Chambre administrative de la Cour de justice du canton de Genève. Après avoir effectué une inspection locale le 25 novembre 2016, la Chambre administrative a, par arrêt du 20 mars 2018, rejeté les recours déposés par les recourants précités.
D.
Dans l'intervalle, le Conseil d'Etat a constaté l'aboutissement d'une initiative populaire communale veyrite "Pour un développement cohérent et responsable des Grands Esserts!" (ci-après: l'initiative), lancée le 15 décembre 2014 qui demandait notamment que le Conseil municipal de Veyrier exerce son droit d'initiative pour l'adoption d'un unique PLQ régissant l'intégralité du périmètre concerné par la première étape de la première phase du GP des Grands-Esserts. Par arrêt du 30 août 2017, la Chambre constitutionnelle de la Cour de justice (ci-après: la Chambre constitutionnelle) a partiellement admis le recours déposé par le comité d'initiative contre la délibération du Conseil municipal de Veyrier du 24 janvier 2017 et a annulé celle-ci dans la mesure où elle comportait le refus de concrétiser l'initiative acceptée, par le biais d'un seul PLQ englobant les PU Maison de Vessy et Beaux-Champs; la Commune de Veyrier était invitée par la Chambre constitutionnelle à s'atteler à l'élaboration d'un seul projet de PLQ pour ledit périmètre. Faisant suite à cet arrêt, le Conseil municipal de Veyrier a, par délibération du 10 octobre 2017, décidé notamment d'engager toutes les démarches utiles afin de présenter un PLQ unique pour les PU Maison de Vessy et Beaux-Champs dans la mesure du possible en liaison avec le DALE et en concertation avec les investisseurs institutionnels intéressés à développer le périmètre des Grands-Esserts.
Entretemps, le projet de PLQ portant sur la PU Ferme (ci-après: PLQ Ferme) a fait l'objet d'une enquête publique du 20 mai au 20 juin 2016, puis d'une procédure d'opposition. Quant au projet de PLQ portant sur la PU Beaux-Champs (ci-après: PLQ Beaux-Champs), il a été soumis à une enquête publique du 7 mars au 7 avril 2017.
E.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public, A.A._ et B.A._ (cause 1C_228/2018) ainsi que C._ et consorts (cause 1C_229/2018) demandent au Tribunal fédéral principalement d'annuler l'arrêt du 20 mars 2018 de la Chambre administrative de la Cour de justice, ainsi que les arrêtés du 27 avril 2016 du Conseil d'Etat et, à titre subsidiaire, de renvoyer la cause à l'instance précédente pour nouvelle décision. Ils se plaignent entre autres d'une violation de leur droit d'être entendus, de violations de la loi fédérale du 7 octobre 1983 sur la protection de l'environnement (LPE; RS 814.01), de l'ordonnance du 19 octobre 1988 relative à l'étude de l'impact sur l'environnement (OEIE; RS 814.011) et de l'ordonnance du 15 décembre 1986 sur la protection contre le bruit (OPB, RS 814.41).
La Chambre administrative précise n'avoir aucune observation à formuler au sujet des recours et persiste dans les considérants de son arrêt. Le Conseil d'Etat - par l'intermédiaire du Département du territoire [DT; anciennement DALE] -, la Caisse de prévoyance M._ et l'Office fédéral de l'environnement (OFEV) concluent au rejet des recours. L'Office fédéral du développement territorial (ODT) renonce à se prononcer. Les recourants se prononcent sur les écritures des parties. La Caisse de prévoyance M._ et le Conseil d'Etat déposent d'ultimes observations, tout comme les recourants.

Considérant en droit :
1.
Les deux recours sont dirigés contre un même arrêt et comportent des conclusions et motifs identiques. Il se justifie dès lors, par économie de procédure, de joindre les causes 1C_228/2018 et 1C_229/2018 afin qu'il soit statuer sur les deux recours dans un seul arrêt.
2.
Dirigé contre une décision finale (art. 90 LTF) prise en dernière instance cantonale (art. 86 al. 1 let. d LTF) dans le domaine du droit public de l'aménagement du territoire (art. 82 let. a LTF), le recours est en principe recevable comme recours en matière de droit public selon les art. 82 ss LTF, aucune des exceptions prévues à l'art. 83 LTF n'étant réalisée.
La Chambre administrative a reconnu la qualité pour recourir à L._. Vu la proximité de son bien-fonds avec les parcelles concernées par la planification litigieuse et les griefs soulevés, il peut se prévaloir d'un intérêt digne de protection à l'annulation de l'arrêt attaqué. Il a donc la qualité pour recourir au sens de l'art. 89 al. 1 LTF. Dans ces circonstances, la question de la qualité pour recourir des autres recourants qui ont soulevé les mêmes griefs peut demeurer indécise, tout comme elle l'a été devant la Chambre administrative.
Les autres conditions de recevabilité sont au surplus réunies, si bien qu'il y a lieu d'entrer en matière.
3.
Conformément à l'art. 99 al. 1 LTF, aucun fait nouveau ou preuve nouvelle ne peut être présenté à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente. Dès lors, les pièces nouvelles produites par les recourants sont irrecevables et il n'en sera pas tenu compte.
4.
Le mémoire de recours doit contenir les conclusions et les motifs à l'appui de celles-ci (art. 42 al. 1 LTF). Les motifs doivent exposer succinctement en quoi l'acte attaqué viole le droit (art. 42 al. 2 LTF). Selon la jurisprudence, un mémoire de recours ne satisfait pas aux exigences minimales fixées à l'art. 42 al. 2 LTF lorsque sa motivation reprend mot pour mot l'argumentation déjà développée devant la juridiction inférieure et que, partant, le recourant ne discute pas les motifs de la décision entreprise et n'indique pas - même succinctement - en quoi ceux-ci méconnaissent le droit selon lui (<ref-ruling> consid. 1.2 p. 308 s.; <ref-ruling> consid. 2.3 p. 247). Les griefs de violation des droits fondamentaux et des dispositions de droit cantonal sont en outre soumis à des exigences de motivation accrues de l'art. 106 al. 2 LTF ("principe d'allégation"). Le recourant doit alors mentionner les principes constitutionnels qui n'auraient pas été respectés et expliquer de manière claire et précise en quoi ces principes auraient été violés; de même, il doit citer les dispositions du droit cantonal dont il se prévaut et démontrer en quoi ces dispositions auraient été appliquées arbitrairement ou d'une autre manière contraire au droit (cf. <ref-ruling> consid. 2.1 p. 372; <ref-ruling> consid. 1.3 p. 41).
Le Tribunal fédéral conduit son raisonnement juridique sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF), à moins que ceux-ci n'aient été établis de façon manifestement inexacte - c'est-à-dire arbitraire - ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (art. 105 al. 2 LTF). Si le recourant entend s'écarter des constatations de fait de l'autorité précédente, il doit expliquer de manière circonstanciée en quoi les conditions de l'art. 105 al. 2 LTF seraient réalisées et la correction du vice susceptible d'influer sur le sort de la cause (cf. art. 97 al. 1 et 106 al. 2 LTF). Le Tribunal fédéral n'entre pas en matière sur des critiques de type appellatoire portant sur l'état de fait ou sur l'appréciation des preuves (cf. <ref-ruling> consid. 2.3 p. 266).
5.
Les recourants reproche à la Chambre administrative d'avoir violé leur droit d'être entendus découlant de l'art. 29 al. 2 Cst. en tant qu'elle aurait refusé de procéder à leur audition personnelle, mais également d'exiger la production de l'intégralité des procès-verbaux des séances du comité de pilotage (COPIL) de 1 à 6.
5.1. Le droit d'être entendu garanti par l'art. 29 al. 2 Cst. comprend notamment le droit pour l'intéressé de s'exprimer sur les éléments pertinents avant qu'une décision ne soit prise touchant sa situation juridique, de produire des preuves pertinentes, d'obtenir qu'il soit donné suite à ses offres de preuves pertinentes, de participer à l'administration des preuves essentielles ou à tout le moins de s'exprimer sur son résultat, lorsque cela est de nature à influer sur la décision à rendre (<ref-ruling> consid. 7.2.2.1 p. 103; <ref-ruling> consid. 3.2 p. 67; <ref-ruling> consid. 2.3 p. 222 s.). L'autorité peut cependant renoncer à procéder à des mesures d'instruction lorsque les preuves administrées lui ont permis de forger sa conviction et que, procédant d'une manière non arbitraire à une appréciation anticipée des preuves qui lui sont encore proposées, elle a la certitude que ces dernières ne pourraient l'amener à modifier son opinion (<ref-ruling> consid. 6.3.1 p. 299). Ce refus d'instruire ne viole ainsi le droit d'être entendu des parties que si l'appréciation anticipée de la pertinence du moyen de preuve offert, à laquelle le juge a procédé, est entachée d'arbitraire (<ref-ruling> consid. 3.3 p. 64 et les références citées). Dans ce contexte, la partie recourante est soumise aux exigences accrues de motivation de l'art. 106 al. 2 LTF (cf. consid. 4 ci-dessus).
5.2. En l'occurrence, les recourants se plaignent en vain du fait qu'ils n'auraient pas été auditionnés personnellement par la Chambre administrative. Outre le fait qu'ils n'expliquent pas ce que cette audition aurait pu apporter de plus par rapport aux faits pertinents résultant du dossier, ils méconnaissent que les garanties minimales de l'art. 29 al. 2 Cst. en la matière ne confèrent pas, de façon générale, le droit d'être entendu oralement par l'autorité appelée à statuer (<ref-ruling> consid. 9.6.1 p. 76; <ref-ruling> consid. 5.3 p. 148). Ils ne font en outre pas valoir que le droit cantonal leur offrirait une protection plus étendue, en imposant une telle audition personnelle. La critique apparaît d'ailleurs d'autant moins fondée que les recourants ont eu l'occasion de s'exprimer oralement - en étant présents ou représentés - lors de l'inspection locale, puis de l'audience de plaidoiries. Quoi qu'il en soit, les recourants ont eu l'occasion de s'exprimer par écrit dans la présente affaire, ce qui suffit à respecter leur droit d'être entendus tel qu'il résulte de l'art. 29 al. 2 Cst.
5.3. Les recourants critiquent le fait qu'ils n'ont pas pu consulter les procès-verbaux complets des séances du COPIL, lesquels auraient permis de connaître les motifs ayant encouragé les autorités à procéder à la scission du PLQ des Grands-Esserts en trois PU; ils souhaitent ainsi démontrer que le COPIL a ordonné la césure du projet en trois PLQ pour se soustraire délibérément à l'obligation de conduire une EIE.
Leur grief peut être écarté. En effet, la cour cantonale a constaté que le dossier de la cause comprenait des extraits de procès-verbaux de deux séances du COPIL, notamment celle durant laquelle la décision de procéder par le biais de plusieurs PLQ avait été prise, ce que les recourants ne contestent pas. Or, cet extrait ne témoigne d'aucune volonté des membres du COPIL d'éluder les règles relatives à l'EIE. Quoi qu'il en soit, les recourants ne démontrent pas en quoi ces pièces seraient déterminantes pour l'issue du litige, étant en particulier relevé que le projet litigieux ne comporte pas, comme exposé ci-dessous (cf. consid. 8), de construction soumise à une EIE.
6.
Invoquant une violation de l'art. 29 al. 1 Cst., les recourants soutiennent que les conseillers d'Etat genevois en charge du DALE et du DETA auraient dû se récuser formellement, et non pas simplement ne pas participer à la séance ayant eu pour objet l'adoption des arrêtés litigieux.
6.1. L'art. 29 al. 1 Cst. dispose que toute personne a droit, dans une procédure judiciaire ou administrative, à ce que sa cause soit traitée équitablement. Selon la jurisprudence, ce droit permet notamment d'exiger la récusation des membres d'une autorité administrative dont la situation ou le comportement sont de nature à faire naître un doute sur leur indépendance ou leur impartialité; il tend à éviter que des circonstances extérieures à l'affaire ne puissent influencer une décision en faveur ou au détriment de la personne concernée. La récusation peut s'imposer même si une prévention effective du membre de l'autorité visée n'est pas établie, car une disposition interne de sa part ne peut guère être prouvée; il suffit que les circonstances donnent l'apparence de la prévention et fassent redouter une activité partiale. Cependant, seules des circonstances constatées objectivement doivent être prises en considération; les impressions purement individuelles d'une des personnes impliquées ne sont pas décisives (cf. <ref-ruling> consid. 3.2.1 p. 124; arrêt 2C_931/2015 du 12 octobre 2016 consid. 5.1).
De manière générale, les dispositions sur la récusation sont moins sévères pour les membres des autorités administratives que pour les autorités judiciaires. Contrairement à l'art. 30 al. 1 Cst., l'art. 29 al. 1 Cst. n'impose pas l'indépendance et l'impartialité comme maxime d'organisation. En règle générale, les prises de position qui s'inscrivent dans l'exercice normal des fonctions gouvernementales, administratives ou de gestion, ou dans les attributions normales de l'autorité partie à la procédure, ne permettent pas, dès lors que l'autorité s'exprime avec la réserve nécessaire, de conclure à l'apparence de la partialité et ne sauraient justifier une récusation, au risque sinon de vider de son sens la procédure administrative (<ref-ruling> consid. 5.2 p. 330.; <ref-ruling> consid. 5.2 p. 452 et les références citées). Une autorité, ou l'un de ses membres, a en revanche le devoir de se récuser lorsqu'elle dispose d'un intérêt personnel dans l'affaire à traiter, qu'elle manifeste expressément son antipathie envers l'une des parties ou s'est forgée une opinion inébranlable avant même d'avoir pris connaissance de tous les faits pertinents de la cause (cf. arrêt 2C_931/2015 du 12 octobre 2016 consid. 5.1 et les références citées).
6.2. En l'espèce, selon les constatations de fait des juges cantonaux non contestées par les recourants et qui lient le Tribunal fédéral (cf. consid. 4 ci-dessus), les conseillers d'Etat en charge du DALE et du DETA n'ont pas participé à la prise de décision relative aux oppositions des recourants et ils n'ont plus participé à la procédure d'adoption du PLQ contesté à compter du moment où ces derniers et leurs conseils ont commencé à participer à ladite procédure. Pour ce premier motif, le grief portant sur la récusation des conseillers d'Etat peut être écarté puisqu'il est sans objet.
Au demeurant, l'instance précédente a considéré que les recourants n'avaient pas établi l'existence de motifs de récusation à l'encontre des deux conseillers d'Etat concernés. Les recourants contestent cette appréciation. Ils se contentent cependant sur ce point d'affirmer, sans étayer leur critique, qu'ils avaient un "passé houleux avec l'un des conseils soussignés, ayant été appelés à se déterminer dans le cadre d'une procédure disciplinaire se rapportant à son ancienne fonction de maire de la Commune de Veyrier". Or, à l'instar de l'instance précédente, force est de constater que les recourants ne donnent aucune indication sur la nature des motifs ayant amené les conseillers d'Etat à se récuser dans ladite procédure disciplinaire et qu'ils ne démontrent a fortiori pas que ces motifs impliqueraient également l'existence d'une prévention dans le cadre de la procédure d'adoption des arrêtés litigieux. Pour le surplus, quoi qu'en pensent les recourants, la décision des deux conseillers d'Etat de s'abstenir de participer à l'adoption des arrêtés litigieux ne saurait en soi constituer la preuve de l'existence d'un motif de récusation. Il n'est dans ces circonstances pas déterminant que le conseiller d'Etat en cause ait signé, pour le DALE qui représente le Conseil d'Etat, les observations devant le Tribunal fédéral.
6.3. Les recourants mentionnent également brièvement l'art. 15 LPA/GE. Ils n'invoquent toutefois pas le grief d'arbitraire dans l'application du droit cantonal et leur critique ne satisfait manifestement pas aux exigences de motivation découlant de l'art. 106 al. 2 LTF. Elle est dès lors irrecevable (cf. consid. 4 ci-dessus).
7.
Les recourants se plaignent ensuite d'une violation du principe de coordination ancré à l'art. 25a LAT en tant que l'instance précédente aurait refusé de suspendre la présente procédure jusqu'à la mise en oeuvre de l'initiative communale prévoyant un PLQ unique pour la PU Beaux-Champs et Maison de Vessy; ils affirment que l'adoption d'un PLQ unique serait déjà en cours de concrétisation, vu la délibération du Conseil municipal du 10 octobre 2017.
7.1. L'art. 25a LAT énonce, à ses al. 1 à 3, des principes en matière de coordination lorsque l'implantation ou la transformation d'une construction ou d'une installation nécessite des décisions émanant de plusieurs autorités. Une autorité chargée de la coordination doit en particulier veiller à ce que toutes les pièces du dossier de demande d'autorisation soient mises simultanément à l'enquête publique (art. 25a al. 2 let. b LAT) et à ce qu'il y ait une concordance matérielle des décisions ainsi que, en règle générale, une notification commune ou simultanée (art. 25a al. 2 let. d LAT); ces décisions ne doivent pas être contradictoires (art. 25a al. 3 LAT). Ces principes ont été conçus pour être mis en oeuvre au stade de l'autorisation de construire; la loi prévoit cependant qu'ils sont applicables par analogie à la procédure des plans d'affectation (art. 25a al. 4 LAT). Enfin, la loi ne tend pas à une coordination maximale, mais doit assurer une coordination suffisante (cf. arrêt 1C_309/2013 du 4 juillet 2013 consid. 3.3.1; ARNOLD MARTI, Commentaire LAT, 2010, n. 23 ad art. 25a LAT).
En vertu de ce principe de la coordination des procédures, l'autorité de planification doit aussi prendre en compte, dans le cadre de l'adoption d'un plan partiel d'affectation ou d'un plan de quartier, tous les éléments déterminants du point de vue de la protection de l'environnement et de l'aménagement du territoire qui sont objectivement en relation les uns avec les autres, notamment ceux qui se trouvent dans une relation si étroite qu'ils ne peuvent être appliqués de manière indépendante (<ref-ruling> consid. 2a p. 93; arrêt 1C_163/2011 du 15 juin 2012 consid. 3.1).
7.2. Dans son arrêt, l'instance précédente a refusé la suspension de la procédure d'adoption du PLQ Maison de Vessy, en application de l'art. 14 LPA. Selon cette disposition, lorsque le sort d'une procédure administrative dépend de la solution d'une question de nature civile, pénale ou administrative relevant de la compétence d'une autre autorité et faisant l'objet d'une procédure pendante devant ladite autorité, la suspension de la procédure administrative peut, le cas échéant, être prononcée jusqu'à droit connu sur ces questions.
L'instance précédente a tout d'abord exposé de manière détaillée le déroulement de la procédure d'adoption des PLQ, précisant notamment que, dans le canton de Genève, les autorités communales n'avaient pas la compétence d'adopter les PLQ, laquelle était du ressort du Conseil d'Etat (cf. art. 6 de la loi générale sur les zones de développement [LGZD; RS/GE L 1 35]). L'instance précédente a ensuite relevé qu'il ressortait de l'arrêt de la Chambre constitutionnelle - instance compétente en matière de droits politiques - que l'initiative populaire municipale tendant à l'adoption d'un PLQ ne saurait étendre les compétences communales en matière d'adoption de PLQ; cette initiative n'impliquait pas de modification des différentes étapes d'un PLQ, mais plaçait la Commune concernée dans la position de celle qui sollicitait du Conseil d'Etat l'adoption d'un PLQ. Selon la Chambre constitutionnelle, l'initiative contraignait uniquement la Commune à initier une procédure pour l'adoption d'un nouveau PLQ (cf. art. 5A al. 2 LGDZ), mais ne bloquait pas la poursuite de la procédure d'adoption des PLQ des Grands-Esserts, ni ne faisait obstacle à la mise en oeuvre des PLQ adoptés. La Chambre administrative a fait siennes ces considérations et a retenu que la procédure faisant suite à l'initiative populaire constituait une procédure administrative distincte, relevant de la compétence non pas d'une autre mais de la même autorité d'adoption - soit le Conseil d'Etat -, qui n'était pas même encore pendante devant cette dernière autorité et dont l'issue dépendait des différentes étapes applicables en cas d'élaboration d'un PLQ par une Commune. Il ne s'agissait dès lors pas d'une question préjudicielle au sens de l'art. 14 LPA, de sorte qu'il ne se justifiait pas de suspendre ladite procédure.
7.3. En l'occurrence, les recourants ne soulèvent pas le grief d'arbitraire dans l'application du droit cantonal, en particulier de l'art. 14 LPA. Ils se plaignent en revanche d'une violation du principe de coordination. Leur critique est cependant vaine. En effet, appliqué par analogie à un plan d'affectation en vertu de l'art. 25 al. 4 LAT, ce principe suppose que ce plan - qui constitue lui-même déjà un instrument de coordination (MARTI, op. cit., n. 42 ad art. 25a LAT) - tienne compte de l'ensemble des problématiques susceptibles de se présenter (cf. <ref-ruling> consid. 2a p. 93; arrêt 1C_163/2011 du 15 juin 2012 consid. 3). Or, la procédure d'adoption du PLQ litigieux est distincte et indépendante de la procédure d'adoption d'un seul PLQ pour les PU Maison de Vessy et Beaux-Champs, initiée par le Conseil municipal à la suite de l'approbation de l'initiative populaire. L'issue - au demeurant incertaine - de cette nouvelle procédure n'est en effet pas nécessaire à l'examen de l'objet en cause, soit l'adoption du PLQ Maison de Vessy; il n'est pas à proprement parler question de coordonner ces deux procédures. En outre, il sied de relever que l'initiative populaire municipale et les délibérations du Conseil municipal qui la concrétisent ne lient que les autorités communales et non pas les autorités cantonales, en particulier le Conseil d'Etat chargé d'adopter ou non les plans. Dans les deux cas, la décision d'approbation des PLQ appartient en fin de compte au Conseil d'Etat. Pour les mêmes motifs notamment, le principe "d'économie de procédure", également invoqué par les recourants, ne saurait faire obstacle à la poursuite de la procédure litigieuse. Enfin, la question de savoir quels seraient les effets de ce nouveau plan - s'il venait à être adopté - sur le PLQ litigieux apparaît prématurée et n'a pas à être résolue en l'espèce.
Sur ces points, la décision attaquée ne consacre aucune application arbitraire du droit cantonal ni de violation du droit fédéral.
8.
Les recourants reprochent ensuite à l'instance précédente d'avoir violé le droit fédéral en considérant que le projet ne nécessitait pas la mise en oeuvre d'une EIE. Selon eux, celle-ci s'imposait à plusieurs titres.
8.1. Dans l'arrêt entrepris, l'instance précédente a considéré - à l'instar du secteur EIE du SERMA qui avait effectué un examen approfondi du dossier - que le PLQ litigieux ne comprenait pas d'installation soumise à une EIE selon l'annexe à l'OEIE. Elle a confirmé que le parc de stationnement et la modification de la route de Veyrier projetés ne nécessitaient pas une EIE; par ailleurs, le projet ne prévoyait aucune installation de traitement des déchets ou d'épuration des eaux usées visée par l'annexe à l'OEIE.
8.2. En vertu de l'art. 10a LPE, avant de prendre une décision sur la planification et la construction ou la modification d'installations pouvant affecter sensiblement l'environnement, l'autorité apprécie le plus tôt possible leur compatibilité avec les exigences de la protection de l'environnement (al. 1). Doivent faire l'objet d'une étude de l'impact sur l'environnement (étude d'impact) les installations susceptibles d'affecter sensiblement l'environnement, au point que le respect des dispositions en matière d'environnement ne pourra probablement être garanti que par des mesures spécifiques au projet ou au site (al. 2). Conformément à l'art. 10a al. 3 LPE, le Conseil fédéral a désigné ces installations dans l'annexe à l'OEIE (cf. art. 1 OEIE; <ref-ruling> consid. 4.1 p. 269). En font notamment partie les parcs de stationnement (terrain ou bâtiment) pour plus de cinq cents voitures (ch. 11.4 annexe OEIE), les routes nationales (ch. 11.1 annexe OEIE), les routes principales aménagées avec l'aide de la Confédération (ch. 11.2 annexe OEIE), les autres routes à grand débit et autres routes principales (ch. 11.3 annexe OEIE), les installations de traitement des déchets destinées au tri ou au traitement physique de plus de 10'000 t de déchets par an (let. a), destinées au traitement biologique de plus de 5'000 t de déchets par an (let. b), destinées au traitement thermique ou chimique de plus de 1'000 t de déchets par an (let. c; ch. 40.7 annexe OEIE), ainsi que les installations d'épuration des eaux usées d'une capacité supérieure à 20'000 équivalents-habitants (ch. 40.9 annexe OEIE).
Selon la jurisprudence, des ouvrages distincts doivent être considérés comme des éléments d'une installation unique, et donc assujettis à une étude d'impact globale, lorsqu'ils atteignent ensemble le seuil déterminant pour une telle étude et s'il existe entre eux un lien fonctionnel et spatial étroit. Encore faut-il que la réalisation de ces éléments soit prévue de manière concomitante et coordonnée (cf. <ref-ruling> consid. 7a p. 82; arrêts 1A.110/2006 du 19 avril 2007 consid. 2.2 in DEP 2007 p. 485 et RDAF 2008 I 548; 1A. 270/1996 du 25 juin 1997 consid. 3 in RDAF 1998 I 98; en dernier lieu: 1C_467/2018 du 3 mai 2019 consid. 4.3). Un rapport fonctionnel étroit ne peut guère exister, entre les divers ouvrages, si leurs promoteurs n'agissent pas de concert, avec une organisation ou un but communs (cf. <ref-ruling> consid. 3.2; arrêt 1A.270/1996 précité consid. 3; cf. ANDRÉ JOMINI, Commentaire LPE, n. 30 ad art. 10a LPE).
8.3. Dans une argumentation confuse, les recourants soutiennent que le projet litigieux serait soumis à une EIE en raison du lien spatial et fonctionnel entre les trois PU. Ils soutiennent que l'instance précédente ne pouvait pas se limiter à la question de l'examen des parkings; les recourants relèvent à ce titre qu'il ressort de la NIE que certains éléments ont été analysés sur la base de la seule PU Maison de Vessy alors que d'autres, comme le bruit et l'air, ont été appréhendés en fonction de l'ensemble des PLQ planifiés. Ils voient dans la NIE, en particulier au regard de l'analyse du bruit et de l'air, la reconnaissance de l'existence d'un lien spatial et fonctionnel entre les trois PU. Les recourants ajoutent qu'en scindant le projet en trois PLQ distincts, les autorités auraient souhaité se soustraire à l'obligation de réaliser une EIE.
Comme relevé par l'instance précédente, la législation prévoit la soumission à une EIE d'une installation telle qu'elle la définit, et non pas d'un PLQ déterminé, contrairement à ce que pensent les recourants. Ainsi, un parc de stationnement répondant à la notion du ch. 11.4 de l'annexe à l'OEIE, telle que précisée par la jurisprudence, est une installation soumise à une EIE, indépendamment de savoir si ce parc est situé sur un ou plusieurs PLQ. L'instance précédente a à juste titre souligné que la scission en plusieurs PLQ ne permettait sous cet angle et en tant que telle aucunement d'éluder l'EIE.
8.4. Selon le ch. 11.4 de l'annexe à l'OEIE, une EIE doit être réalisée pour les parcs de stationnement de plus de 500 voitures. Il ressort de l'arrêt entrepris que le PLQ litigieux (Maison de Vessy) prévoit 230 places de stationnement pour voitures pour les habitants des logements, 5 pour les activités et 62 pour le public, soit un total de 322 [recte: 297] places de parc. Le parc de stationnement prévu pour les usagers n'atteint donc pas le seuil de 500 places prévu par l'annexe à l'OEIE. Les recourants soutiennent cependant qu'il faudrait tenir compte de l'ensemble des places de stationnement prévues pour les trois PLQ, de sorte que le seuil en question serait manifestement atteint avec près de 700 places projetées; en effet, selon l'arrêt entrepris, les PLQ Beaux-Champs et Ferme comprennent respectivement 262 (60 pour les habitants, 134 pour les visiteurs des commerces, 68 pour les employés des commerces et activités) et 129 places de stationnement (117 pour les habitants et 12 pour les visiteurs).
Contrairement à ce qu'affirment les recourants, l'instance précédente n'a pas nié l'existence d'un lien spatial entre les différents parcs de stationnement. Elle a en revanche considéré que le lien fonctionnel entre les parcs de stationnement des PU Beaux-Champs, Maison de Vessy et Ferme faisait défaut, de sorte qu'ils ne devaient pas être considérés comme formant ensemble une installation au sens du ch. 11.4 de l'annexe à l'OEIE. Sur ce point, l'instance précédente a retenu que les places de stationnement des trois PU avaient des cercles d'utilisateurs différents, servant chacun aux usagers (habitants, employés et visiteurs) des immeubles de la PU concernée: le parc de stationnement de la PU Beaux-Champs était majoritairement destiné aux visiteurs du centre commercial qui y était prévu, tandis que ceux des PU Maison de Vessy et Ferme étaient en majeure partie destinés à leurs habitants respectifs. L'instance précédente a de plus ajouté que le dossier tendait à indiquer l'existence de porteurs de projets différents pour les PLQ Beaux-Champs, Ferme et Maison de Vessy, sans qu'une organisation ou un objectif commun ait pu être établi.
A l'appui de leur critique, les recourants se contentent d'affirmer de manière péremptoire que "les trois PU doivent être considérées comme un unique ensemble s'agissant des places de stationnement, en ce qu'elles permettent les allées et venues de nombreux véhicules, lesquels transiteront". Cette critique n'est manifestement pas de nature à remettre en cause l'appréciation de l'instance précédente. Compte tenu des constatations de fait précitées (cercle d'utilisateurs différent; absence d'objectif ou d'organisation communs des porteurs de projets; accès distinct au parking) non contestées par les recourants et qui lient le Tribunal fédéral (cf. consid. 4 ci-dessus), l'instance précédente pouvait, au vu de la jurisprudence exposée ci-dessus (consid. 8.2), nier l'existence d'un lien fonctionnel entre les parcs de stationnement et considérer que ceux-ci ne formaient pas ensemble une installation soumise à une EIE.
Les recourants se prévalent en vain dans leur réplique de divers PLQ (PLQ Grange-Collomb; PLQ Le Rolliet) pour lesquels une EIE aurait été réalisée bien que, selon eux, aucun lien fonctionnel n'existerait entre les diverses infrastructures. Cette argumentation - soulevée en outre tardivement au stade de la réplique - est irrecevable dès lors qu'elle repose sur des éléments de fait qui n'ont pas été établis par l'instance précédente et qui - quoi qu'en pensent les intéressés - ne constituent pas des faits notoires. Au demeurant, le fait que le canton aurait exigé des EIE dans des cas qui n'en nécessitaient pas, ne serait pas déterminant. Une prétendue pratique cantonale contraire au droit fédéral en matière de soumission à une EIE ne lierait de toute manière pas le Tribunal fédéral.
8.5. L'instance précédente a ensuite examiné si les autorités étaient obligées d'effectuer une EIE en application du ch. 11.3 de l'annexe à l'OEIE, les recourants ayant affirmé que la route de Veyrier serait radicalement modifiée par le projet. Selon cette disposition, les routes à grand débit et autres routes principales (RGD et RP) sont soumises à une EIE.
L'instance précédente a constaté que le Conseil d'Etat - qui bénéficie d'une certaine latitude pour définir une route à grand débit (cf. arrêt 1A.194/2003 du 4 mai 2004 consid. 3.1) - a considéré en se référant notamment à la jurisprudence zurichoise (arrêt du Verwaltungsgericht du 29 mars 2001 in DEP 2001 p. 1107 consid. 3b), que la route de Veyrier constituait déjà une route à grand débit; selon cette jurisprudence cantonale, constituent des RGD ou RP au sens du ch. 11.3 de l'annexe à l'OEIE, d'une part, les routes qui sont conçues comme telles sur le plan de la construction et, d'autre part, celles sur lesquelles le trafic horaire excédera probablement le nombre de 500 véhicules privés par heure (cf. arrêt du Verwaltungsgericht du 29 mars 2001 in DEP 2001 p. 1107 consid. 3b). Pour l'instance précédente, l'appréciation du Conseil d'Etat était cohérente tant avec le fait qu'il s'agissait d'une route cantonale de réseau primaire, qu'avec les données de la NIE s'agissant du trafic journalier moyen (TJM) sur la route de Veyrier en 2012. Les recourants semblent d'ailleurs admettre dans leur écriture que la route de Veyrier constitue déjà une RDG puisqu'ils affirment "que les routes de Veyrier et Vessy atteignent largement le seuil de 500 voitures par heure établi par les autorités zurichoises afin de qualifier une route de route à grand débit au sens du n° 11.3 OEIE". Il n'y a dès lors pas lieu de s'écarter de cette constatation.
Les recourants se méprennent cependant lorsqu'ils affirment qu'une EIE s'imposait puisqu'il s'agit d'une RDG au sens du ch. 11.3 de l'annexe à l'OEIE. En effet, si la construction d'une nouvelle RDG est soumise à une EIE (art. 1 OEIE), la modification d'une route (existante) de ce type ne l'est, conformément à l'art. 2 al. 1 OEIE, que si elle consiste en une transformation ou un agrandissement considérables de l'installation, ou si elle change notablement son mode d'exploitation (let. a); et si elle doit être autorisée dans le cadre de la procédure qui serait décisive s'il s'agissait de construire l'installation (let. b).
Pour déterminer si la modification est considérable ou notable au sens de l'art. 2 al. 1 OEIE, il faut se fonder sur les effets qu'elle entraîne sur l'environnement et non pas sur l'ampleur des travaux à mettre en oeuvre pour réaliser la modification (volume de construction) (cf. JOMINI, op. cit., n. 56 ad art. 10a LPE; cf. également arrêt 1C_409/2008 du 8 avril 2009 consid. 2.2 non publié in <ref-ruling>). Or, sur ce point, l'instance précédente a, à l'instar du secteur EIE du SERMA et du Conseil d'Etat, considéré qu'il n'y avait pas de changement notable du mode d'exploitation de la route de Veyrier. Elle a en particulier relevé que le Conseil d'Etat avait, sur la base des données chiffrées ressortant de la NIE et du rapport de mobilité - données non contestées par les recourants -, retenu que l'augmentation de trafic journalier ne provoquait pas d'augmentation perceptible du niveau d'émission sonore. L'OFEV s'est rallié à cette appréciation dans ses observations sur le recours. Il n'y a en l'occurrence pas lieu de s'écarter de cette appréciation des autorités spécialisées, appréciation dont les recourants ne cherchent d'ailleurs absolument pas à démontrer le caractère erroné.
8.6. Les recourants font ensuite grief à l'instance précédente d'avoir fait une application trop restrictive des chiffres 40.7 et 40.9 de l'annexe à l'OEIE; à leurs yeux, il serait notoire que l'installation de près de 2'000 habitants pour la seule première phase d'urbanisation des Grands-Esserts aura un impact en matière de déchets produits et d'eaux usées. Les recourants ne contestent cependant pas que de telles installations spécifiques visées par l'annexe à l'OEIE ne sont pas prévues dans le secteur litigieux. Dans ces conditions, l'instance précédente pouvait retenir qu'il n'y avait pas, sous cet angle, d'obligation de procéder à une EIE.
8.7. Cela étant, le fait que le projet litigieux n'est pas soumis à une telle obligation ne le dispense cependant pas de respecter les prescriptions matérielles sur la protection de l'environnement (cf. art. 4 OEIE; <ref-ruling> consid. 3b/aa in fine p. 302). Les recourants se plaignent d'ailleurs d'une violation du droit matériel, laquelle est examinée ci-dessous.
9.
Les recourants se plaignent d'une application arbitraire de l'art. 14 de la loi cantonale sur les constructions et les installations diverses (LCI; RS/GE L 5 05), à teneur duquel l'autorisation de construire peut être refusée lorsqu'une construction ou une installation peut être la cause d'inconvénients graves pour les usagers, le voisinage ou le public (let. a) ou peut créer, par sa nature, sa situation ou le trafic que provoque sa destination ou son exploitation, un danger ou une gêne durable pour la circulation (let. e). Les recourants soulignent que les axes routiers délimitant le périmètre des 3 PLQ sont déjà saturés, de sorte que la création de 430 logements, de bureaux et d'un centre commercial ne pourra que créer une gêne durable pour la circulation routière et accroître le risque de dangers liés au trafic.
9.1. Le Tribunal fédéral ne revoit l'interprétation et l'application du droit cantonal et communal que sous l'angle de l'arbitraire. Une décision est arbitraire lorsqu'elle viole gravement une norme ou un principe juridique clair et indiscuté, ou lorsqu'elle contredit d'une manière choquante le sentiment de la justice et de l'équité. Le Tribunal fédéral n'a pas à déterminer quelle est l'interprétation correcte que l'autorité cantonale aurait dû donner des dispositions applicables; il doit uniquement examiner si l'interprétation qui a été faite est défendable. Par conséquent, si celle-ci ne se révèle pas déraisonnable ou manifestement contraire au sens et au but de la disposition ou de la législation cantonale en cause, elle sera confirmée, même si une autre solution paraît également concevable, voire préférable. De plus, il ne suffit pas que les motifs de la décision attaquée soient insoutenables, encore faut-il que cette dernière soit arbitraire dans son résultat (<ref-ruling> consid. 2.1 p. 18). Dans ce contexte, le recourant est soumis aux exigences accrues de motivation de l'art. 106 al. 2 LTF (cf. consid. 4 ci-dessus)
9.2. La cour cantonale a considéré que les recourants n'avaient pas démontré l'existence d'inconvénients graves ou d'une gêne durable pour la circulation. Elle a certes constaté que le réseau routier était fortement chargé et qu'il avait atteint sa limite de capacité (cf. NIE point 4.4.1.1). Elle a toutefois relevé qu'un concept de mobilité avait été adopté, lequel prévoyait toute une série de mesures - qu'elle a en partie énumérées - en matière de transports individuels motorisés, de transports publics et d'aménagement en faveur des modes doux (cf. arrêt entrepris consid. 13c; cf également rapport explicatif point 4.7), et elle a constaté que, selon l'analyse des spécialistes, grâce à la mise en place de ces mesures, les flux induits par le PLQ s'intégreraient dans le fonctionnement du réseau local et viendraient pour partie remplacer le trafic de transit et donc que la variation du TJM ne serait que peu sensible (cf. arrêt entrepris consid. 13c; cf. aussi NIE points 4.4.2.2 et 5.4.5; résumé et principales conclusions du rapport mobilité). Ces spécialistes relevaient en outre, qu'avec les mesures de mobilité proposées, le quartier des Grands-Esserts créerait une situation bien plus favorable qu'en cas de continuation tendancielle du développement urbain, avec un report des habitants loin du centre de l'agglomération et la voiture comme seule possibilité de déplacement, ce qui générerait une augmentation du trafic pendulaire dans les communes (cf. résumé et principales conclusions du rapport mobilité).
A l'appui de leur critique, les recourants soutiennent que les mesures d'accompagnement à l'augmentation de trafic prévisible ne seraient pas suffisantes pour prévenir la création de danger ou d'une gêne durable, estimant que la NIE se contenterait d'énumérer de vagues mesures sans donner de planning ou expliquer leur fonctionnalité; ils font en particulier remarquer que 430 logements, des bureaux, un centre commercial et des centaines de places de stationnement sont prévues. Ce faisant, les recourants ne font qu'opposer leur propre appréciation à celle de l'instance précédente, sans démontrer en quoi celle-ci serait manifestement insoutenable ou contraire au sens et au but de l'art. 14 LCI. Leur critique est dès lors irrecevable, faute de satisfaire aux exigences accrues de motivation. Cela étant, au vu des études précitées et des conclusions des spécialistes, il n'était pas insoutenable d'admettre que le projet n'occasionnerait pas de gêne durable pour la circulation.
10.
Enfin, dans un ultime moyen, les recourants se plaignent de violations de l'OPB. Ils soutiennent que la NIE ne comportait pas les éléments nécessaires à l'examen du respect des règles en matière de protection contre le bruit.
Dans l'arrêt entrepris, la cour cantonale a relevé qu'une analyse approfondie de la problématique du bruit avait été opérée dans le cadre de l'adoption du PLQ litigieux, la NIE (établie sur une base volontaire et annexée au rapport explicatif du PLQ) traitant spécifiquement de cette question à son point 5.4. Le secteur EIE du SERMA avait également procédé a un examen détaillé de cette problématique, à l'occasion de ses préavis successifs. La cour cantonale a ensuite exposé de manière détaillée pour quels motifs il n'y avait pas lieu de s'écarter de la conclusion de l'autorité technique consultative selon laquelle le PLQ, le règlement de quartier et la NIE contenaient les éléments nécessaires au respect de l'OPB.
En l'espèce, dans leurs écritures, les recourants ne discutent pas la motivation de l'arrêt entrepris, mais se contentent de reprendre mot pour mot l'argumentation présentée devant le Conseil d'Etat. Une telle critique est ainsi irrecevable, faute d'être suffisamment motivée (cf. <ref-ruling> consid. 1.2 p. 308 s.; <ref-ruling> consid. 2.1-2.3; cf. consid. 4 ci-dessus). Cela étant, il peut être renvoyé aux considérants explicites et convaincants de l'instance précédente sur ce point (art. 109 al. 3 LTF).
11.
Les considérants qui précèdent conduisent au rejet des recours dans la mesure de leur recevabilité, aux frais des recourants qui succombent (art. 65 et 66 al. 1 LTF). Le montant sera fixé de manière globale pour les deux causes. L'intimée, soit la Caisse de prévoyance M._, qui obtient gain de cause avec l'assistance d'un avocat, a droit à des dépens, à la charge des recourants (art. 68 al. 1 et 2 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Les causes 1C_228/2018 et 1C_229/2018 sont jointes.
2.
Les recours sont rejetés dans la mesure où ils sont recevables.
3.
Les frais judiciaires, arrêtés à 6'000 francs, sont mis à la charge des recourants, pris solidairement entre eux.
4.
Les dépens suivants sont alloués à l'intimée la Caisse de prévoyance M._:
4.1. 2'000 fr. à la charge solidaire de A.A._ et B.A._ (cause 1C_228/2018);
4.2. 2'000 fr. à la charge solidaire de C._ et consorts (cause 1C_229/2018).
5.
Le présent arrêt est communiqué aux mandataires des parties, au Conseil d'Etat de la République et canton de Genève, à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre administrative, à l'Office fédéral du développement territorial et à l'Office fédéral de l'environnement.
Lausanne, le 18 juillet 2019
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Chaix
La Greffière : Arn