Sachverhalt:
A.
Die 1963 geborene A._ ist gelernte biochemische Technikerin und Molekularbiologin, arbeitete zuletzt aber seit Februar 2002 in einem Pensum von 100 % als Tramführerin. Am 20. Oktober 2014 meldete sie sich unter Hinweis auf Arthrose resp. eine Verkalkung der Schultern bei der Invalidenversicherung zum Leistungsbezug an. Die IV-Stelle des Kantons Zürich klärte in der Folge die medizinische und erwerbliche Situation ab und erteilte am 27. April 2016 Kostengutsprache für persönlichen Support am Arbeitsplatz vom 1. Mai bis 30. Oktober 2016, welchen sie am 20. Oktober 2016 um drei Monate bis 31. Januar 2017 verlängerte. Nachdem die Versicherte wieder - in einem reduzierten Arbeitspensum - ihrer angestammten Tätigkeit beim bisherigen Arbeitgeber hatte nachgehen können, teilte ihr die IV-Stelle mit Schreiben vom 6. Februar 2017 mit, dass der Arbeitsplatzerhalt abgeschlossen und der Rentenanspruch geprüft werde. Nach durchgeführtem Vorbescheidverfahren sprach sie der Versicherten mit Verfügung vom 11. Januar 2018 bei einem Invaliditätsgrad von 41 % eine Viertelsrente ab 1. Februar 2017 zu.
B.
Die dagegen erhobene Beschwerde wies das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich mit Entscheid vom 2. Juli 2019 ab.
C.
Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten lässt A._ beantragen, der angefochtene Entscheid sei aufzuheben und es seien ihr die gesetzlichen Leistungen, insbesondere eine höhere Rente, zuzusprechen. Eventualiter sei die Angelegenheit zur Neubeurteilung an die IV-Stelle zurückzuweisen.
Während die IV-Stelle auf Abweisung der Beschwerde schliesst, verzichtet das Bundesamt für Sozialversicherungen (BSV) auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1.
1.1. Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann eine Rechtsverletzung nach Art. 95 f. BGG gerügt werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG). Dennoch prüft es - offensichtliche Fehler vorbehalten - nur die in seinem Verfahren gerügten Rechtsmängel (Art. 42 Abs. 1 f. BGG; <ref-ruling> E. 2.2.1 S. 389). Es legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1 BGG). Es kann ihre Sachverhaltsfeststellung von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Verfahrensausgang entscheidend sein kann (Art. 97 Abs. 1, Art. 105 Abs. 2 BGG).
1.2. Neue Tatsachen und Beweismittel dürfen im bundesgerichtlichen Verfahren nur soweit vorgebracht werden, als erst der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gibt (Art. 99 Abs. 1 BGG), was in der Beschwerde näher darzulegen ist (<ref-ruling> E. 3 S. 395). Tatsachen oder Beweismittel, die sich erst nach dem angefochtenen Entscheid ereignet haben oder entstanden sind (sog. echte Noven), können nicht durch dieses Erkenntnis veranlasst worden sein und sind deshalb von vornherein unzulässig (<ref-ruling> E. 1.2 S. 22 f. mit Hinweisen; <ref-ruling> E. 3.2.2.2 S. 548). Der letztinstanzlich aufgelegte Bericht der Vertrauensärztin der Pensionskasse, Dr. med. B._, Fachärztin FMH für Physikalische Medizin und Rehabilitation, datiert vom 11. Januar 2017 und damit vor dem angefochtenen Entscheid. Er umfasst insgesamt elf Seiten und ist in zwei Teile gegliedert. Teil A (Seiten 1-7) äussert sich unter anderem zu den Diagnosen, zur Zwischenanamnese und zur Prognose. Teil B (Seiten 8-11) richtet sich an den Arbeitgeber und befasst sich insbesondere mit der Arbeitsfähigkeit bezogen auf die bisherige und jede andere Tätigkeit. In den IV-Akten, die dem kantonalen Gericht zur Verfügung standen, befand sich der besagte Bericht ebenfalls, allerdings nur Teil A (Seiten 1-7). Beim Teil B, der erstmals vor Bundesgericht aufgelegt wird, handelt es sich somit um ein unechtes Novum. Die Beschwerdeführerin erläutert nicht, warum sie den vollständigen Arztbericht nicht bereits im kantonalen Verfahren präsentiert hat und weshalb erst der vorinstanzliche Entscheid Anlass für seine Einreichung gegeben haben soll (Art. 99 Abs. 1 BGG; <ref-ruling> E. 2.2 S. 196). Der vorinstanzliche Verfahrensausgang allein bildet noch keinen hinreichenden Anlass im Sinne von Art. 99 Abs. 1 BGG für die Zulässigkeit von unechten Noven, die bereits im kantonalen Verfahren ohne Weiteres hätten vorgebracht werden können (<ref-ruling> E. 1.2 S. 22 f.). Dem Rechtsvertreter der Beschwerdeführerin hätte die Unvollständigkeit des Arztberichts bereits früher auffallen müssen. So ersuchte er am 18. April 2017 bei der IV-Stelle um Akteneinsicht, welche ihm in der Folge gewährt wurde (vgl. Schreiben der IV-Stelle vom 24. April 2017). Zudem und vor allem nahm er in seiner Replik im kantonalen Verfahren explizit auf den vertrauensärztlichen Bericht vom 11. Januar 2017 Bezug. Dabei hätte er bemerken müssen, dass in den IV-Akten nicht der komplette Bericht erfasst war. Folglich hätte er die fehlenden Seiten bereits im kantonalen Verfahren einreichen können. Mithin bleiben die Seiten 8 bis 11 vorliegend unbeachtlich.
2.
2.1. Streitig und zu prüfen ist, ob die Vorinstanz Bundesrecht verletzte, indem sie der Beschwerdeführerin in Bestätigung der Verfügung der IV-Stelle vom 11. Januar 2018 eine Viertelsrente zusprach.
2.2. Die Vorinstanz hat die massgebenden Bestimmungen und Grundsätze über die Begriffe der Invalidität (Art. 8 Abs. 1 ATSG in Verbindung mit Art. 4 Abs. 1 IVG) und der Erwerbsunfähigkeit (Art. 7 Abs. 1 und 2 ATSG), den Anspruch auf eine Invalidenrente (Art. 28 Abs. 1 und 2 IVG) sowie die Ermittlung des Invaliditätsgrades nach der allgemeinen Methode des Einkommensvergleichs (Art. 28a Abs. 1 IVG; Art. 16 ATSG), namentlich die Feststellung des Validen- (<ref-ruling> E. 3.1 S. 58; <ref-ruling> E. 5.1 S. 300; <ref-ruling> E. 4.1 S. 325) und des Invalideneinkommens (<ref-ruling> E. 4.2.2 S. 302; <ref-ruling> E. 2.5.7 S. 188; <ref-ruling> E. 2.3 S. 593), zutreffend dargelegt. Darauf wird verwiesen.
3.
3.1. Das kantonale Gericht kam nach Würdigung der medizinischen Akten zum Schluss, dass die Beschwerdeführerin in ihrer bisherigen Tätigkeit als Tramführerin ab 1. Februar 2017 zu 50 % arbeitsfähig sei. In jeder anderen körperlich leichten, wechselbelastenden Tätigkeit ohne Zwangspositionen (Stehen; Sitzen) von mehr als 20 Minuten, ohne Heben von Lasten von mehr als ca. sechs bis acht Kilogramm sowie ohne ständiges festes Greifen und Halten mit beiden Händen bestehe eine vollständige Arbeitsfähigkeit. Es ermittelte sodann ausgehend von der zuletzt ausgeübten Tätigkeit als Tramführerin ein Valideneinkommen von Fr. 93'341.-. Das Invalideneinkommen berechnete es - wie zuvor bereits die IV-Stelle - anhand von statistischen Werten. Gestützt auf die Tabelle TA1 der Schweizerischen Lohnstrukturerhebung des Bundesamtes für Statistik (LSE) des Jahres 2014, Total Frauen, Kompetenzniveau 2, resultierte für das Jahr 2017 - unter Berücksichtigung eines Abzugs von 10 % - ein Invalideneinkommen von Fr. 55'065.-. Aus der Gegenüberstellung der beiden Vergleichseinkommen ergab sich eine Erwerbseinbusse von Fr. 38'276.-, entsprechend einem Invaliditätsgrad von 41 %.
3.2. Die Beschwerdeführerin geht ebenfalls von einer 50%igen Arbeitsfähigkeit für die Tätigkeit als Tramführerin und dem vom kantonalen Gericht ermittelten Valideneinkommen aus. Hingegen rügt sie die vorinstanzliche Feststellung einer 100%igen Arbeitsfähigkeit für leidensangepasste Tätigkeiten als offensichtlich unrichtig und willkürlich. Zudem hätten die IV-Stelle und die Vorinstanz den Untersuchungsgrundsatz (Art. 43 Abs. 1 und Art. 61 lit. c ATSG i.V.m. Art. 6 Ziff. 1 EMRK) verletzt. Aus dem Bericht der Vertrauensärztin der Pensionskasse vom 11. Januar 2017 gehe klar hervor, dass die 50%ige Arbeitsunfähigkeit nicht nur für die bisherige Tätigkeit als Tramführerin, sondern auch in Bezug auf jede andere Tätigkeit gelte. Unabhängig davon sei bei der Berechnung des Invalideneinkommens anstelle von Tabellenwerten die konkrete Erwerbssituation zu berücksichtigen, zumal bei der bisherigen Arbeitgeberin ein besonders stabiles Arbeitsverhältnis vorliege, kein Soziallohn ausgerichtet werde und sie die ihr verbliebene Arbeitsfähigkeit in zumutbarer Weise voll ausschöpfe. Ausgehend vom effektiv erzielten Lohn von Fr. 42'496.06 resultiere ein Invaliditätsgrad von 54 %, was einem Anspruch auf eine halbe Rente entspreche.
4.
4.1. Mit ihren Vorbringen vermag die Beschwerdeführerin die vorinstanzliche Feststellung einer 100%igen Arbeitsfähigkeit in einer leidensangepassten Tätigkeit nicht als offensichtlich unrichtig erscheinen zu lassen.
4.1.1. Soweit sie sich auf den Verlaufsbericht der Dr. med. B._ vom 11. Januar 2017 (Seiten 8-11) beruft, ist darauf nicht weiter einzugehen, da es sich dabei um ein unzulässiges Novum handelt (vgl. E. 1.2 hiervor).
4.1.2. Sodann stellte die Vorinstanz bei ihrer Beurteilung im Wesentlichen auf die frühere Einschätzung der Vertrauensärztin der Pensionskasse, Dr. med. B._, ab. Diese hielt in ihrem Bericht vom 29. Juni 2015 folgende Diagnosen fest: Polyarthralgien (beide Schultern, Handgelenke, MCP, Oberschenkel links mehr als rechts, OSG), Status nach Schulterarthroskopie rechts, komplexe craniocervikale Übergangsanomalie mit asymmetrischer, partieller Fusion C0/1 beidseits sowie Fusion interkorporell und posterolateral C2/3, degenerative Veränderungen im subfusionellen Segment C3/4 links mit schwerer ossärer Stenose links. Sie führte aus, es bestehe eine unerklärliche, unkontrollierbare Schmerzsituation, welche sich nicht vollständig mit den bildgebenden Befunden erklären lasse. Die Vertrauensärztin attestierte der Versicherten eine vorübergehende 100%ige Arbeitsunfähigkeit für die bisherige Tätigkeit. Sie verneinte aber eine Erwerbsunfähigkeit und erachtete eine leichte, wechselhafte Tätigkeit ohne Zwangspositionen und ohne Heben von Lasten ab sofort für zumutbar. Diese Einschätzung in Bezug auf eine angepasste Tätigkeit bestätigte sie im Untersuchungsbericht vom 18. November 2015. In ihrem Bericht vom 30. März 2016 diagnostizierte Dr. med. B._ neu ein lumbospondylogenes Schmerzsyndrom (LSS) resp. ein lumboradikuläres Schmerzsyndrom (LRS) links bei breitbasiger Bandscheibenprotrusion mit Kontakt zur Nervenwurzel S1 links recessal. Die Ärztin äusserte sich nicht mehr zur Arbeitsfähigkeit bezogen auf eine adaptierte Tätigkeit, stellte diesbezüglich aber eine gute Prognose. Aus ihrer Stellungnahme vom 11. Januar 2017 ergibt sich schliesslich, dass sich die Situation der Beschwerdeführerin nicht weiter stabilisiert habe und diese wieder über stärkere Schmerzen klage. Die Vertrauensärztin hielt fest, es sei prognostisch in Bezug auf die bisherige Tätigkeit nicht damit zu rechnen, dass die Versicherte wieder mehr als die aktuellen 50 % werde arbeiten können. Zur Prognose für andere Tätigkeiten äusserte sie sich nicht.
4.1.3. Im Wesentlichen gestützt auf die erwähnten Berichte der Dr. med. B._ ging der RAD-Arzt Dr. med. C._, Facharzt für Orthopädische Chirurgie und Traumatologie des Bewegungsapparates, von einer 100%igen Arbeitsfähigkeit für adaptierte Tätigkeiten ab dem Zeitpunkt der vertrauensärztlichen Untersuchung am 25. Juni 2015 aus (vgl. Stellungnahme vom 16. März 2017).
4.1.4. Hinsichtlich des psychischen Gesundheitszustands hielt das kantonale Gericht fest, dass sich der Bericht des behandelnden Psychiaters, Dr. med. D._, Facharzt FMH für Psychiatrie und Psychotherapie, vom 5. September 2017 lediglich zur Arbeitsfähigkeit in der bisherigen Tätigkeit äussere. Er vermöge die Beurteilung der Dr. med. B._ nicht in Zweifel zu ziehen.
4.1.5. Die Vorinstanz hat die vorhandenen Beweise gewürdigt und gestützt darauf festgestellt, dass die Beschwerdeführerin in einer leidensangepassten Tätigkeit zu 100 % arbeitsfähig wäre. Inwiefern sie dabei in Willkür verfallen sein soll, wird beschwerdeweise nicht rechtsgenüglich dargetan und ist mit Blick auf die vorangehenden Ausführungen auch nicht ersichtlich. Im Übrigen machte die Versicherte im kantonalen Beschwerdeverfahren - wie auch zuvor im Verwaltungsverfahren - nicht geltend, sie sei selbst in einer angepassten Tätigkeit lediglich eingeschränkt arbeitsfähig. Insoweit bestand für die Vorinstanz auch kein Anlass zu weiteren Abklärungen. Damit liegt weder eine Verletzung des Untersuchungsgrundsatzes (Art. 61 lit. c ATSG) noch des Grundsatzes der Waffengleichheit (Art. 6 EMRK) oder des Gebots des fairen Verfahrens nach Art. 9 BV resp. Art. 6 Ziff. 1 EMRK vor.
4.2. Nach dem Gesagten hat es bei der vorinstanzlichen Feststellung einer 100%igen Arbeitsfähigkeit für leidensangepasste Tätigkeiten sein Bewenden.
5.
Zu prüfen bleibt, ob das kantonale Gericht im Rahmen des Einkommensvergleichs das Invalideneinkommen zu Recht ausgehend von statistischen Werten berechnet hat oder es auf das von der Beschwerdeführerin als Tramführerin in einem 50 %-Pensum bei der bisherigen Arbeitgeberin effektiv erzielte Einkommen hätte abstellen müssen.
5.1. Für die Festsetzung des Invalideneinkommens ist nach der Rechtsprechung primär von der beruflich-erwerblichen Situation auszugehen, in welcher die versicherte Person konkret steht. Übt sie nach Eintritt der Invalidität eine Erwerbstätigkeit aus, bei der - kumulativ - besonders stabile Arbeitsverhältnisse gegeben sind und anzunehmen ist, dass sie die ihr verbleibende Arbeitsfähigkeit in zumutbarer Weise voll ausschöpft, und erscheint zudem das Einkommen aus der Arbeitsleistung als angemessen und nicht als Soziallohn, gilt grundsätzlich der tatsächlich erzielte Verdienst als Invalidenlohn. Ist kein solches tatsächlich erzieltes Erwerbseinkommen gegeben, namentlich weil die versicherte Person nach Eintritt des Gesundheitsschadens keine oder jedenfalls keine ihr an sich zumutbare neue Erwerbstätigkeit aufgenommen hat, so können nach der Rechtsprechung insbesondere die Tabellen der LSE herangezogen werden (statt vieler: <ref-ruling> E. 2.2 S. 296 f; <ref-ruling> E. 2.3 S. 593 f.).
Die Frage, ob Tabellenlöhne anwendbar sind, ist eine frei überprüfbare Rechtsfrage (Urteil 9C_752/2017 vom 31. Juli 2018 E. 3.2 mit Hinweis).
5.2. Das kantonale Gericht stellte fest, dass es sich bei der aktuellen Anstellung der Beschwerdeführerin bei der bisherigen Arbeitgeberin in einem 50 %-Pensum um ein besonders stabiles Arbeitsverhältnis handle. Zudem habe die Arbeitgeberin bestätigt, dass der erzielte Lohn der Arbeitsleistung entspreche, mithin kein Soziallohn ausbezahlt werde. Indessen verwerte die Versicherte die ihr verbliebene Arbeitsfähigkeit nicht in zumutbarer Weise. Gemäss den Dres. med. C._ und B._ bestehe in einer angepassten Tätigkeit eine vollständige Arbeitsfähigkeit. Damit schöpfe die Beschwerdeführerin die ihr verbliebene zumutbare Erwerbsfähigkeit pensumsmässig nicht aus, weshalb das als Tramführerin erzielte Erwerbseinkommen nicht als Invalideneinkommen angerechnet werden könne.
5.3. Dieser Auffassung der Vorinstanz ist mit Blick auf das medizinische Zumutbarkeitsprofil (vgl. E. 3.1 hiervor), das eine vollzeitliche Erwerbstätigkeit in adaptierter Tätigkeit zuliesse, beizupflichten, weshalb nicht auf das Einkommen als Tramführerin abgestellt werden kann (vgl. Urteile 8C_543/2019 vom 25. Oktober 2019 E. 5.4; 8C_407/2018 vom 3. Juni 2019 E. 5.3; 8C_109/2018 vom 8. November 2018 E. 4.3.2; 8C_325/2018 vom 11. September 2018 E. 4.3.1; 9C_508/2016 vom 21. November 2016 E. 5.2; SVR 2012 UV Nr. 3 S. 9, 8C_237/2011 E. 2.3 und 2.4). Bei dieser Tätigkeit handelt es sich denn auch nicht um eine leidensangepasste Arbeit, da das Führen eines Trams eine statische Haltung erfordert und die Tätigkeit vorwiegend sitzend ausgeübt wird mit wenigen Entlastungsmöglichkeiten, wie die Vorinstanz verbindlich feststellte. Entsprechend gingen etwa die Ärzte der Klinik E._ von einer Arbeitsfähigkeit in der bisherigen Tätigkeit von maximal 50 % mit einer verminderten Leistungsfähigkeit (eine zusätzliche Pause von mindestens 15 Minuten) aus. Auf statistische Durchschnittswerte ist hier umso mehr abzustellen, als eine erhebliche Diskrepanz zwischen dem tatsächlich ausgeübten Pensum (50 %) und der medizinisch zumutbaren Arbeitstätigkeit (100 %) besteht (vgl. Urteil 8C_775/2014 vom 19. Februar 2015 E. 4.3.4.2 in fine). Soweit die Beschwerdeführerin vorbringt, die Umschreibung "Ausschöpfung der verbliebenen Arbeitsfähigkeit in zumutbarer Weise" beziehe sich einzig auf die tatsächlich ausgeübte Tätigkeit, kann ihr nicht gefolgt werden. Vielmehr ist die versicherte Person im Rahmen der ihr obliegenden Schadenminderungspflicht gehalten, andere zumutbare Stellen in Betracht zu ziehen, welche - wie hier - die erwerbliche Verwertung ihrer Arbeitsfähigkeit besser gewährleisten. Die Anforderungen an die im gesamten Gebiet der Sozialversicherung geltende Schadenminderungspflicht (<ref-ruling> E. 3.2 S. 461) sind dort strenger zu beurteilen, wo eine erhöhte Inanspruchnahme der Invalidenversicherung in Frage steht, namentlich wenn der Verzicht auf schadenmindernde Vorkehren Rentenleistungen auslöst (SVR 2014 IV Nr. 37 S. 130, 8C_7/2014 E. 8.1 mit Hinweisen). Das Kriterium der "voll ausgeschöpften Restarbeitsfähigkeit" soll im Übrigen nicht den Interessen der versicherten Person, sondern denjenigen der Invalidenversicherung dienen, indem sich die versicherte Person nicht auf ein tieferes Einkommen berufen kann, während ihr die Erzielung eines höheren zumutbar wäre (Urteil 9C_720/2012 vom 11. Februar 2013 E. 2.3.2).
5.4. Im hier zu beurteilenden Fall vermöchte die Beschwerdeführerin in einer angepassten Tätigkeit ein Einkommen zu erzielen (Fr. 55'065.-; vgl. E. 5.5 hiernach), das um mehr als Fr. 12'000.- höher liegt als dasjenige, das sie im Rahmen der aktuell ausgeübten Tätigkeit verdient (Fr. 42'496.06). Angesichts der Schadenminderungspflicht, die auch gebieten kann, dass die versicherte Person eine neue Stelle sucht, einen Berufswechsel vornimmt oder ihren Betrieb für die Annahme einer unselbstständigen Anstellung aufgibt (SVR 2017 IV Nr. 6 S. 15, 9C_644/2015 E. 4.3 mit Hinweisen; Urteil 8C_543/2019 vom 25. Oktober 2019 E. 5.5 in fine), ist hier das im Rahmen einer Verweisungstätigkeit erzielbare höhere Invalideneinkommen massgebend. Im Übrigen macht die Beschwerdeführerin nicht geltend, dass ihr ein Berufswechsel nicht zumutbar wäre. Solches ist auch nicht offensichtlich, weshalb auf Weiterungen verzichtet werden kann.
5.5. Nach dem Gesagten hat die Vorinstanz kein Bundesrecht verletzt, als sie das Invalideneinkommen anhand von Tabellenlöhnen ermittelte. Von einer Änderung der Rechtsprechung kann mit Blick auf die oben zitierten Urteile des Bundesgerichts - entgegen der Ansicht der Beschwerdeführerin - nicht die Rede sein. Die konkrete Berechnung des Invalideneinkommens wird von ihr im Übrigen nicht weiter bestritten. Da auch keine offenkundigen Fehler ersichtlich sind, hat es beim von der Vorinstanz ermittelten Invalideneinkommen von Fr. 55'065.- (vgl. E. 3.1 hiervor) sein Bewenden.
6.
Die Gegenüberstellung des unbestritten gebliebenen Valideneinkommens von Fr. 93'341.- und des Invalideneinkommens von Fr. 55'065.- ergibt einen Invaliditätsgrad von 41 %. Die Vorinstanz hat die Verfügung der IV-Stelle vom 11. Januar 2018 demnach zu Recht bestätigt. Die Beschwerde ist abzuweisen.
7.
Das Verfahren ist kostenpflichtig. Die unterliegende Versicherte hat die Gerichtskosten zu tragen (Art. 66 Abs. 1 BGG). Für eine neue Regelung der Kosten- und Entschädigungsfolgen im vorinstanzlichen Verfahren besteht kein Anlass.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 800.- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3.
Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 22. November 2019
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Maillard
Der Gerichtsschreiber: Wüest