Sachverhalt:
A.
Die Staatsanwaltschaft Zofingen-Kulm führte eine Strafuntersuchung gegen X._ wegen mehrfacher Tätlichkeiten, mehrfacher Nötigung sowie mehrfacher Vergewaltigung zum Nachteil seiner Ehefrau A._. Am 3. November 2016 ersuchte A._ um die Sistierung des Verfahrens nach <ref-law> wegen mehrfachen Tätlichkeiten und mehrfacher Nötigung, woraufhin die Staatsanwaltschaft das Strafverfahren in diesem Umfang am 31. November 2016 sistierte. Am 5. Dezember 2016 sistierte die Staatsanwaltschaft das Strafverfahren hinsichtlich des Verdachts auf mehrfache Vergewaltigung.
X._ beantragte am 30. Mai 2017 eine Entschädigung für die amtliche Verteidigung in der Höhe von Fr. 4'536.-- sowie eine Genugtuung für die vom 28. Oktober bis 4. November 2016 andauernde Haft in der Höhe von Fr. 1'400.--.
B.
Mit Verfügung vom 18. Oktober 2017 stellte die Staatsanwaltschaft das Verfahren ein (Dispositiv-Ziff. 1) und auferlegte X._ die Verfahrenskosten in Anwendung von <ref-law> (Dispositiv-Ziff. 2). Sie sprach ihm in Anwendung von <ref-law> keine Entschädigung oder Genugtuung zu (Dispositiv-Ziff. 3). Der amtlichen Verteidigung sprach sie die beantragte Entschädigung von Fr. 4'536.-- zu (Dispositiv-Ziff. 4). Die Oberstaatsanwaltschaft des Kantons Aargau genehmigte die Einstellungsverfügung am 23. Oktober 2017.
C.
Das Obergericht des Kantons Aargau wies die von X._ gegen die Auferlegung der Verfahrenskosten (Einstellungsverfügung, Dispositiv-Ziff. 2) und Verweigerung einer Entschädigung oder Genugtuung (Einstellungsverfügung, Dispositiv-Ziff. 3) erhobene Beschwerde mit Entschluss vom 27. März 2018 ab, soweit es darauf eintrat. Es auferlegte X._ die Kosten des Beschwerdeverfahrens in der Höhe von Fr. 1'040.-- und sprach der amtlichen Verteidigung für das Beschwerdeverfahren eine Entschädigung von Fr. 445.-- zu.
D.
X._ führt Beschwerde in Strafsachen. Er beantragt, der Entscheid des Obergerichts und die Dispositiv-Ziff. 2 und 3 der Einstellungsverfügung der Staatsanwaltschaft seien aufzuheben. Die Verfahrenskosten seien auf die Staatskasse zu nehmen und es sei ihm für die sieben Tage Untersuchungshaft eine Genugtuung von Fr. 1'400.-- zuzusprechen. Er ersucht um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung.
E.
Das Obergericht und die Oberstaatsanwaltschaft des Kantons Aargau haben auf eine Vernehmlassung verzichtet.

Erwägungen:
1.
Der Beschwerdeführer rügt eine Verletzung von <ref-law>.
1.1. Die Beschwerdeinstanz beurteilt Beschwerden gegen Verfahrenshandlungen der Staatsanwaltschaft (<ref-law>). Ist die Beschwerdeinstanz ein Kollegialgericht, so beurteilt gemäss <ref-law> deren Verfahrensleitung die Beschwerde allein, wenn diese zum Gegenstand ausschliesslich Übertretungen (lit. a) oder die wirtschaftlichen Nebenfolgen eines Entscheides bei einem strittigen Betrag von nicht mehr als Fr. 5'000.-- (lit. b) hat.
Im Kanton Aargau wurde als Beschwerdeinstanz ein Kollegialgericht eingesetzt (§ 65 Abs. 2 des Gerichtsorganisationsgesetzes des Kantons Aargau vom 6. Dezember 2011 [GOG/AG; SAR 155.200] i.V.m. § 10 und Anhang 1 Ziff. 2 Abs. 5 der Geschäftsordnung des Obergerichts des Kantons Aargau vom 21. November 2012 [Geschäftsordnung/AG; GKA 155.200.3.101]). Gemäss § 65 Abs. 2 GOG/AG i.V.m. § 10 und Anhang 1 Ziff. 2 Abs. 5 lit. c Geschäftsordnung/AG beurteilt die Verfahrensleitung der Beschwerdekammer in Strafsachen Beschwerden nach <ref-law>.
Die in <ref-law> vorgesehene Zuständigkeit der Verfahrensleitung bezweckt die Verfahrensvereinfachung für Beschwerdesachen von geringfügiger Bedeutung (Urteil 6B_177/2016 vom 18. April 2016 E. 4; Botschaft zur Vereinheitlichung des Strafprozessrechts vom 21. Dezember 2005, BBl 2006 1085, 1312 Ziff. 2.9.2). Zu den wirtschaftlichen Nebenfolgen im Sinne von <ref-law> zählen die Verfahrenskosten gemäss <ref-law>, Entschädigung und Genugtuung gemäss <ref-law>, die Einziehung von Vermögenswerten gemäss <ref-law> sowie die Entschädigung der amtlichen Verteidigung gemäss <ref-law> und des unentgeltlichen Rechtsbeistandes gemäss Art. 138 Abs. 1 i.V.m. <ref-law> (PATRICK GUIDON, in: Basler Kommentar StPO, 2. Aufl., Basel 2014, Art. 395 N. 5).
1.2. Der Beschwerdeführer macht geltend, der für die Zuständigkeit der Verfahrensleitung massgebende Betrag der wirtschaftlichen Nebenfolgen des angefochtenen Entscheids überschreite die vorgesehene Limite von Fr. 5'000.--. Der Betrag setze sich aus dem Honorar seines amtlichen Verteidigers von Fr. 4'536.-- für das Untersuchungsverfahren sowie Fr. 445.-- für das Beschwerdeverfahren, der Genugtuungsforderung von Fr. 1'400.--, den Kosten für das vorinstanzliche Verfahren von Fr. 1'040.-- sowie den weiteren gemäss Einstellungsverfügung unbezifferten Verfahrenskosten zusammen.
1.3. Die Vorinstanz erwägt, es gehe im Beschwerdeverfahren um die Verweigerung der Ausrichtung einer Genugtuung in der Höhe von Fr. 1'400.-- sowie die dem Beschwerdeführer auferlegten Verfahrenskosten. Es sei auch unter Berücksichtigung der unbezifferten Verfahrenskosten bei vernünftiger Betrachtung von einem strittigen Betrag der wirtschaftlichen Nebenfolgen von nicht mehr als Fr. 5'000.-- insgesamt auszugehen, womit die Verfahrensleitung nach <ref-law> zuständig sei.
1.4.
1.4.1. Der Beschwerdeführer hat die der amtlichen Verteidigung zugesprochene Entschädigung in der Höhe von Fr. 4'536.-- vor der Vorinstanz nicht angefochten, womit Dispositiv-Ziff. 4 der Einstellungsverfügung in Rechtskraft erwachsen ist. Der Betrag von Fr. 4'536.-- ist nicht Beschwerdegegenstand im Sinne von <ref-law> und demnach bei der Berechnung des strittigen Betrages der wirtschaftlichen Nebenfolgen entgegen den Ausführungen des Beschwerdeführers nicht von Bedeutung.
1.4.2. Ebenfalls nicht zu folgen ist dem Beschwerdeführer, wenn er vorbringt, die Kosten des Beschwerdeverfahrens sowie die Entschädigung der amtlichen Verteidigung für das Beschwerdeverfahren seien zu berücksichtigen. Die Zuständigkeit der Verfahrensleitung ergibt sich aus den wirtschaftlichen Nebenfolgen des mit Beschwerde nach <ref-law> angefochtenen Entscheides und nicht aus den wirtschaftlichen Nebenfolgen des Beschwerdeverfahrens. Insofern sind die Kosten des Beschwerdeverfahrens in der Höhe von Fr. 1'040.-- sowie die Entschädigung der amtlichen Verteidigung für das Beschwerdeverfahren in der Höhe von Fr. 445.-- bei der Berechnung der betraglichen Limite von Fr. 5'000.-- nicht von Bedeutung.
1.5. Die Staatsanwaltschaft hat dem Beschwerdeführer mit Einstellungsverfügung vom 18. Oktober 2017 die Verfahrenskosten auferlegt, diese aber nicht beziffert. Die Höhe der Verfahrenskosten ist indes im Hinblick auf die Bestimmung der einzelrichterlichen Zuständigkeit nach <ref-law> von Bedeutung. Gemäss <ref-law> legen die Strafbehörden im Endentscheid die Kostenfolgen fest. Die Kosten- und Entschädigungsfolgen sind in das Urteils- bzw. das Entscheiddispositiv aufzunehmen (Art. 320 Abs. 1 i.V.m. 81 Abs. 4 lit. b StPO; <ref-ruling> E. 1.3.2 S. 209).
Werden die Verfahrenskosten der beschuldigten Partei auferlegt, genügt es nicht, wenn die Vorinstanz angesichts deren fehlenden Bezifferung ohne weitere Begründung festhält, bei vernünftiger Betrachtung sei von einem strittigen Betrag der wirtschaftlichen Nebenfolgen von nicht mehr als Fr. 5'000.-- insgesamt auszugehen und damit eine eigene pauschale Kostenschätzung vornimmt (vorne E. 1.2). Aufgrund des Verfahrensgangs, insbesondere der forensisch-klinischen Untersuchung vom 28. Oktober 2016 und dem rechtsmedizinischen Gutachten vom 28. November 2016, ist es auch nicht geradezu offensichtlich, dass die Verfahrenskosten die vorgesehene Limite von Fr. 5'000.-- nicht überschreiten. Die Begründung der Vorinstanz lässt keine sachgemässe Überprüfung der Frage, ob die strittigen wirtschaftlichen Nebenfolgen der Einstellungsverfügung die betragliche Limite von Fr. 5'000.-- überschreiten, zu. Die dem Beschwerdeführer auferlegten Verfahrenskosten sind demnach durch die Staatsanwaltschaft zu beziffern.
Nach dem Gesagten erübrigt sich eine Auseinandersetzung mit den weiteren Vorbringen des Beschwerdeführers.
2.
Die Beschwerde ist gutzuheissen, das vorinstanzliche Urteil aufzuheben und die Sache zu neuer Beurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Es sind keine Gerichtskosten zu erheben (Art. 66 Abs. 1 und 4 BGG). Der Kanton Aargau hat den Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren angemessen zu entschädigen (Art. 68 Abs. 1 und 2 BGG). Die Entschädigung ist praxisgemäss seinem Rechtsvertreter auszurichten. Damit wird das Gesuch des Beschwerdeführers um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung gegenstandslos.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird gutgeheissen, der Entscheid des Obergerichts des Kantons Aargau vom 27. März 2018 aufgehoben und die Sache zu neuer Beurteilung an das Obergericht zurückgewiesen.
2.
Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
3.
Der Kanton Aargau hat dem Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren eine Parteientschädigung von Fr. 3'000.-- zu bezahlen.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Aargau, Beschwerdekammer in Strafsachen, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 2. November 2018
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Denys
Die Gerichtsschreiberin: Bianchi