Sachverhalt:
A.
Die Alpgenossenschaft A._ (Beschwerdeführerin) ist Eigentümerin des Grundstücks U._ Gbbl.-Nr. ttt, einer Alp mit einer Ausdehnung von 9'778'301 m2 (A._-Alp). B._ (Beschwerdegegner) ist Eigentümer des Grundstücks U._ Gbbl.-Nr. uuu, welches sich inmitten des Areals von Nr. ttt befindet.
Der Urgrossvater des Beschwerdegegners erwarb das Grundstück Nr. uuu im Jahre 1891 von der Beschwerdeführerin. 1892 erstellte er darauf das heute noch bestehende Hotel A._-Alp. Mit Kaufvertrag vom 11. Mai 1990 übernahm der Beschwerdegegner das Grundstück von seiner Tante, wobei der Halt der Liegenschaft mit 71,59 Aren verurkundet wurde. Im Sommer 2010 wurden die Grundstücke erstmals für das schweizerische Grundbuch vermessen. Dabei wurde für das Grundstück des Beschwerdegegners ein Halt von 6'685 m2ermittelt. In der Folge kam es zum Streit über die Grundstücksgrenze und -fläche der Grundstücke Nrn. uuu bzw. Nr. ttt im Bereich des Gebäudes Nr. vvv sowie über das Bestehen von Baurechten. Der Beschwerdegegner war mit der gezogenen Grenze längs der Steinmauer um das Grundstück Nr. uuu nicht einverstanden. Diese Grenzziehung hatte zur Folge, dass das von ihm genutzte Gebäude Nr. vvv (Massenlager/Rossstall/Sennhütte) auf die Parzelle der Beschwerdeführerin zu liegen kam. Nach seiner Ansicht gehört das Gebäude Nr. vvv inkl. Umschwung zu seiner Parzelle, woraus ein zusätzlicher Halt seines Grundstücks von 472 m2 resultiert. Die Beschwerdeführerin bestritt nicht, dass der Beschwerdegegner das Gebäude nutzen darf. Sie war aber der Ansicht, dass der Boden unter und um das Gebäude Nr. vvv ihr gehöre und dem Beschwerdegegner am Gebäude nur ein nicht eingetragenes, entgeltliches Baurecht zustehe. Sodann drehte sich der Streit um diverse Gebäude (Nrn. www, xxx und yyy; Schweineställe bzw. Schweine- und Hühnerstall, Kiosk), die zwar dem Beschwerdegegner gehören, aber auf dem Land der Beschwerdeführerin stehen. Der Beschwerdegegner verlangte die Einräumung von Baurechten.
Nachdem die Parteien zu keiner Einigung gekommen waren, hielt die Bauverwaltung U._ mit Verfügung vom 19. November 2012 fest, dass die Eigentumsfrage an den bestehenden bzw. zu errichtenden Baurechten nicht habe geklärt werden können und erklärte überdies die Grundstücksgrenzen für strittig.
B.
Am 7. Oktober 2013 klagte der Beschwerdegegner beim Regionalgericht Oberland gegen die Beschwerdeführerin. Mit Rechtsbegehren 2 verlangte er, die Beschwerdeführerin sei zu verpflichten, ihm gegenüber "einen Halt des Grundstückes U._ Gbbl. Nr. uuu von 472 m2 (umfassend insbesondere das Gebäude vvv) anzuerkennen." Eventualiter verlangte er die Einräumung eines Baurechts an dieser Fläche. Des Weiteren verlangte er unter anderem, ihm zwei Baurechte einzuräumen (betreffend einerseits die zwei Schweineställe, Gebäude Nr. www und xxx, und andererseits den Kiosk, Gebäude Nr. yyy). Die Beschwerdeführerin schloss mit Klageantwort vom 6. Januar 2014 auf Klageabweisung, soweit darauf eingetreten werden könne. Insbesondere hielt sie Rechtsbegehren 2 für nicht genügend präzise.
Im Verlauf des Verfahrens zog der Beschwerdegegner sein Begehren auf Einräumung eines Baurechts am Kiosk zurück. Im Schlussvortrag fasste der Beschwerdegegner sein Rechtsbegehren 2 dergestalt, dass er verlangte, die Beschwerdeführerin sei zu verurteilen, ihm gegenüber "einen Halt des Grundstückes U._ Gbbl. Nr. uuu von zusätzlichen 472 m2 (umfassend insbesondere das Gebäude vvv, total Halt 7'157 m2) anzuerkennen mit einem Grenzverlauf gemäss Entwurf Planbeilage Nr. zzz des Nachführungsgeometers vom 21.3.2016." Die Beschwerdeführerin ging von einer unzulässigen Klageänderung aus.
Mit Entscheid vom 12. Mai 2016 hiess das Regionalgericht die Klage - soweit nachfolgend von Interesse - gut. Es verurteilte die Beschwerdeführerin, die verlangten Modifikationen betreffend Fläche und Grenze des Grundstücks Nr. uuu anzuerkennen. Ausserdem verpflichtete es die Beschwerdeführerin, dem Beschwerdegegner ein Baurecht (hinsichtlich der Gebäude Nrn. www und xxx) einzuräumen. Das Regionalgericht ordnete an, dass der Entscheid die erforderlichen Willenserklärungen der Beschwerdeführerin ersetze, und es erliess Umsetzungsanweisungen an den Geometer und das Grundbuchamt.
C.
Gegen diesen Entscheid erhob die Beschwerdeführerin am 16. September 2016 Berufung an das Obergericht des Kantons Bern. Sie ersuchte sinngemäss um Abweisung der Klage. Der Beschwerdegegner erhob Anschlussberufung hinsichtlich der Tragung der Grundbuchgebühren, der Geometer- und der Gerichtskosten.
Mit Entscheid vom 6. April 2017 bestätigte das Obergericht den Entscheid des Regionalgerichts. Es verurteilte somit die Beschwerdeführerin anzuerkennen, dass das Grundstück Nr. uuu einen Halt von 6'685 m2 zuzüglich 472 m2, total 7'157 m2, aufweist und insbesondere das Gebäude Nr. vvv umfasst, und dass die Grundstücksgrenze gemäss Entwurf Planbeilage zur Planänderung U._ Nr. zzz des Nachführungsgeometers verläuft. Zudem verurteilte es die Beschwerdeführerin, dem Beschwerdegegner ein Baurecht für die Gebäude Nrn. www und xxx einzuräumen. Das Obergericht ordnete ausserdem an, dass der vorliegende Entscheid die Willenserklärungen der Beschwerdeführerin ersetze, und es erliess Umsetzungsanordnungen an den Geometer und das Grundbuchamt. Die Anschlussberufung wies es hinsichtlich der Geometerkosten und der Grundbuchgebühren ab, hingegen korrigierte es die erstinstanzliche Kostenregelung teilweise zugunsten des Beschwerdegegners.
D.
Am 22. Mai 2017 hat die Beschwerdeführerin gegen diesen Entscheid Beschwerde in Zivilsachen an das Bundesgericht erhoben. Sie verlangt die Aufhebung des angefochtenen Entscheids hinsichtlich der Verurteilung zur Anerkennung der Fläche und der Grenze des Grundstücks Nr. uuu (inkl. der entsprechenden Vollzugsanordnungen) und der erst- und zweitinstanzlichen Kostenfolgen. Die Sache sei an das Obergericht zurückzuweisen.
Das Bundesgericht hat die Akten beigezogen, aber keine Vernehmlassungen eingeholt.

Erwägungen:
1.
Die Beschwerde in Zivilsachen ist grundsätzlich zulässig (Art. 72 Abs. 1, Art. 74 Abs. 1 lit. b, Art. 75, Art. 76, Art. 90, Art. 100 Abs. 1 i.V.m. <ref-law>).
Mit Beschwerde in Zivilsachen können Rechtsverletzungen gemäss Art. 95 f. BGG geltend gemacht werden. Zwar wendet das Bundesgericht das Recht grundsätzlich von Amtes wegen an (<ref-law>; vgl. für Ausnahmen Abs. 2 dieser Norm) und prüft mit freier Kognition, ob der angefochtene Entscheid Recht verletzt. Es befasst sich aber nur mit formell ausreichend begründeten Rügen (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1.1 S. 104 f.; <ref-ruling> E. 1.3 S. 584 mit Hinweisen). In der Begründung ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt. Die Begründung muss sachbezogen sein und sich auf den Streitgegenstand beziehen und beschränken; die beschwerdeführende Partei hat in gezielter Auseinandersetzung mit den für das Ergebnis des angefochtenen Entscheides massgeblichen Erwägungen plausibel aufzuzeigen, welche Rechte bzw. Rechtsnormen die Vorinstanz verletzt haben soll (<ref-ruling> E. 2 S. 88 f.; <ref-ruling> E. 2 S. 116).
Der vorinstanzlich festgestellte Sachverhalt ist für das Bundesgericht grundsätzlich verbindlich (<ref-law>). Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn die Feststellung offensichtlich unrichtig - d.h. willkürlich (<ref-ruling> E. 1.5 S. 130 mit Hinweis) - ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht und die Behebung des Mangels für den Verfahrensausgang entscheidend sein kann (<ref-law>). Will die beschwerdeführende Partei die Sachverhaltsfeststellungen der Vorinstanz anfechten, muss sie darlegen, inwiefern die genannten Voraussetzungen erfüllt sein sollen (<ref-ruling> E. 4.2 S. 234; <ref-ruling> E. 5.1 S. 356). Bei der Rüge der offensichtlich unrichtigen Sachverhaltsfeststellung gilt das strenge Rügeprinzip (<ref-law>) und es ist demnach anhand der Erwägungen des angefochtenen Entscheids klar und detailliert darzulegen, inwiefern die vorinstanzliche Sachverhaltsfeststellung willkürlich sein soll. Demzufolge genügt es nicht, einen von den tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz abweichenden Sachverhalt zu behaupten. Auf solche rein appellatorische Kritik am Sachverhalt tritt das Bundesgericht nicht ein (<ref-ruling> E. 1.4.2 und 1.4.3 S. 254 f.; <ref-ruling> E. 2.2 S. 246; <ref-ruling> E. 5.1 S. 356).
2.
Vor Bundesgericht sind einzig noch prozessuale Fragen rund um die Ausdehnung und Grenzziehung des Grundstücks Nr. uuu strittig. Ausdrücklich nicht mehr Gegenstand des Verfahrens ist die Erteilung eines Baurechts hinsichtlich der Gebäude Nrn. www und xxx. Die Kostenfolgen sind schliesslich nicht selbständig angefochten, sondern bloss in Abhängigkeit vom Ausgang der Hauptsache.
2.1. Die Beschwerdeführerin macht geltend, es sei <ref-law> verletzt worden, indem das Obergericht die Modifikation von Rechtsbegehren 2 des Beschwerdegegners anlässlich seines Schlussvortrages zugelassen und nicht als verspätete Klageänderung qualifiziert habe. Zudem habe das Obergericht die vom Beschwerdegegner eingereichte Eigentumsklage (<ref-law>) als Grenzscheidungsklage (<ref-law>) behandelt und dem Beschwerdegegner mehr bzw. anderes zugesprochen, als er verlangt habe, was eine Verletzung der Dispositionsmaxime darstelle (<ref-law>).
2.2. Bereits im Berufungsverfahren ist die Beschwerdeführerin von einer unzulässigen Klageänderung ausgegangen. Das Obergericht hat dazu erwogen, der Streitgegenstand sei den Parteien seit langem bekannt gewesen. Worüber gestritten werde, ergebe sich insbesondere auch aus der Verfügung des Kantonsgeometers. Danach seien sich die Parteien über die Grenze im Bereich des "Rossstalls" uneins und der Beschwerdegegner spreche die Bodenfläche unter diesem Gebäude inkl. zudienendem Umschwung als seiner Parzelle zugehörig an. Die örtlichen Verhältnisse und der Streitgegenstand seien den Parteien bestens bekannt gewesen. Nicht einmal ein Augenschein sei nötig gewesen, weil alle gewusst hätten, worum es ging. Es möge nun sein, dass die (ursprünglichen) Rechtsbegehren des Beschwerdegegners nicht unbesehen zu einem vollstreckbaren Urteil hätten erhoben werden können. Zusammen mit der Begründung und den Klagebeilagen sei aber deutlich genug gewesen, was verlangt worden sei. Allenfalls hätte ein Verweis im Antrag auf den Plan in Klagebeilage 23 klärend gewirkt. Dieser der Klage beiliegende Plan habe aber auch ohne Verweis genügt, um das Begehren des Beschwerdeführers unmissverständlich darzulegen. Auch das Regionalgericht habe verstanden, worum es ging.
Anlässlich des zweiten Parteivortrags habe der Beschwerdegegner sein Rechtsbegehren mit dem Wort "zusätzlich" ergänzt und auf die Planbeilage des Nachführungsgeometers verwiesen. Am Inhalt der Anträge habe sich aber dadurch nichts geändert. Der Beschwerdegegner habe nur den vom Gericht in Auftrag gegebenen Geometerplan genutzt, der die Situation veranschaulicht habe. Zu Recht habe das Regionalgericht darin keine Klageänderung gesehen.
Für das Obergericht hing die Schwierigkeit bei der Formulierung der Anträge mit den Unsicherheiten über die Rechtsnatur der Klage zusammen.
Das Obergericht ging im Einklang mit dem Regionalgericht von einer Grenzfeststellungsklage im Sinne einer Eigentumsklage (<ref-law>) aus (unter Bezugnahme auf Urteil 5A_769/2011 vom 2. März 2012 E. 3.1, in: ZBGR 95/2014 S. 107). Die Ersterhebung der Grenze werde nur von einer Partei (dem Beschwerdegegner) bestritten, welche zudem das Eigentum bis zu einer bestimmten Grenze beanspruche. Dies spreche gegen eine Grenzscheidungsklage. Beim Eigentumsfeststellungsanspruch werde nicht die Feststellung einer ungewissen, nicht beweisbaren Grenze verlangt, sondern ein gerichtlicher Entscheid über die Eigentumszuständigkeit an einem strittigen Liegenschaftsteil.
Das Obergericht hat sodann erwogen, im Normalfall brauche für Immobilien keine Eigentumsklage erhoben zu werden, weil sich das Eigentum aus dem Grundbuch ergebe. Sei jedoch (wie hier) auch die Grenze umstritten, könne nicht einfach ein bestimmtes, durch das Grundbuch quantifiziertes Grundstück herausverlangt werden, sondern müsse vorab die Gestalt des beanspruchten Eigentums (Lage, Ausdehnung) dargetan werden. Anders als im Normalfall der Eigentumsklage sei deshalb nicht nur ein Herausgabeanspruch zu beurteilen, sondern es müsse vorab der streitige Eigentumsanspruch geklärt bzw. umfangmässig festgestellt werden. Gleichzeitig sei die Grenze des Grundstücks Nr. uuu umstritten und müsse festgelegt werden. Gerade dafür seien die Parteien von den Behörden an das Zivilgericht verwiesen worden. Der Streit drehe sich folglich auch um den richtigen Grenzverlauf, da im Grundbuch der Vermerk "strittige Grenze" wieder gelöscht werden soll. Gehe man von einer Eigentumsklage aus, so schwängen doch Elemente einer Grenzscheidungsklage mit.
Entspreche der Grenzverlauf nicht der Vermarkung, müsse das Gericht den richtigen Verlauf präzise festsetzen und dafür sorgen, dass die Umsetzung des Entscheides problemlos möglich sei. Dies mache Vorarbeiten und zusätzliche Unterlagen notwendig. Der Entscheid müsse für die mit der Umsetzung betrauten Behörden verständlich formuliert werden, und zwar einerlei wie geschickt oder ungeschickt die Anträge der Parteien gestellt gewesen seien. Die für die grundbuchlichen Verfügungen notwendigen Anordnungen müssten getroffen werden. Daran bestehe nicht nur ein privates, sondern auch ein öffentliches Interesse. In solchen Fällen könne von den Parteien nicht verlangt werden, sämtliche für die Umsetzung nötigen Dokumentationen von Anfang an beizubringen und in den Rechtsbegehren zu erwähnen. Es liege deshalb in der Natur der Sache, dass hier das Rechtsbegehren nicht unbesehen zum Urteil erhoben werden könne. Auf jeden Fall sei der Beschwerdeführerin klar gewesen, was der Beschwerdegegner wollte, so dass ihre Verteidigungsmöglichkeiten nicht beschnitten worden seien.
2.3. Die Beschwerdeführerin hält diesen Erwägungen nichts Stichhaltiges entgegen.
2.3.1. Zunächst ist nicht zu beanstanden, wenn die Vorinstanzen nicht vom Vorliegen einer Klageänderung ausgegangen sind.
Eine Klageänderung im Sinne von Art. 227 und 230 ZPO liegt vor, wenn entweder ein bis anhin geltend gemachter Rechtsschutzanspruch geändert oder ein neuer Rechtsschutzanspruch geltend gemacht wird (Urteil 4A_439/2014 vom 16. Februar 2015 E. 5.4.3.1, in: SZZP 2015 S. 233). Der Inhalt eines Rechtsschutzanspruchs ergibt sich aus dem Klage- oder Rechtsbegehren und dem behaupteten Tatsachenfundament, auf das sich das Begehren stützt (<ref-ruling> E. 3.2.3 S. 131 mit Hinweisen).
Das Obergericht hat dargelegt, dass das ursprüngliche Rechtsbegehren des Beschwerdegegners mit dem anlässlich des zweiten Parteivortrags neu formulierten Begehren übereinstimmt. Es hat dazu das ursprünglich gestellte Begehren anhand der von Anfang an dazu gegebenen Begründung ausgelegt. Zugleich hat es damit den aus Begehren und behaupteten Tatsachen gebildeten und geltend gemachten Rechtsschutzanspruch festgestellt. Dieses Vorgehen ist nicht zu beanstanden, denn Rechtsbegehren sind im Lichte ihrer Begründung auszulegen (<ref-ruling> E. 6.2 S. 622 mit Hinweisen). Daran ändert entgegen der Ansicht der Beschwerdeführerin nichts, dass der Beschwerdegegner anwaltlich vertreten war. Inwiefern die Vorinstanzen das ursprüngliche Begehren falsch ausgelegt hätten, legt die Beschwerdeführerin nicht dar. Insbesondere bestreitet sie nicht, dass sowohl ihr selber wie auch dem Regionalgericht von Anfang an klar war, was Gegenstand des Rechtsstreites ist.
Nach einem allgemeinen Rechtsgrundsatz ist das Rechtsbegehren so bestimmt zu formulieren, dass es bei Gutheissung der Klage zum Urteil erhoben werden kann (<ref-ruling> E. 4.3 S. 619). Dieses Erfordernis ist jedoch kein Selbstzweck, sondern soll in erster Linie die Gegenpartei darüber informieren, gegen was sie sich verteidigen muss (Wahrung des rechtlichen Gehörs). Für das Gericht muss sodann klar sein, was aufgrund des Dispositionsgrundsatzes Streitgegenstand ist, woraus sich auch die materielle Rechtskraft des Entscheids ergibt (Urteil 4A_686/2014 vom 3. Juni 2015 E. 4.3.1). Nach den Erwägungen des Obergerichts erfüllte der ursprüngliche Antrag des Beschwerdegegners (im Verbund mit der Begründung und der den Parteien bekannten Vorgeschichte) - ungeachtet der allenfalls ungeschickten Formulierung - genau diese Hauptzwecke. Wie bereits gesagt, wird von der Beschwerdeführerin nicht infrage gestellt, dass ihr von Anfang an klar war, worum gestritten wurde.
Zu den konkreten Abweichungen zwischen dem in der Klage formulierten Antrag und dem gemäss Schlussvortrag umformulierten Antrag ist im Einzelnen Folgendes anzumerken: Der reine Wortlaut des ursprünglichen Rechtsbegehrens 2 (oben lit. B) könnte darauf hindeuten, dass der Beschwerdegegner einen Gesamtumfang seines Grundstücks Nr. uuu von bloss 472 m2 geltend machen wollte. Die Beschwerdeführerin behauptet jedoch selber nicht, der Beschwerdegegner habe ursprünglich tatsächlich einen solchen, angesichts der Umstände offensichtlich widersinnigen Antrag stellen wollen. Vielmehr war von Anfang an klar, dass der Beschwerdegegner eine zusätzliche Fläche zu Eigentum verlangte. Dies lässt sich bereits insofern dem Wortlaut des ursprünglichen Antrags entnehmen, als der Beschwerdegegner die Fläche von 472 m2 auf das Gebäude Nr. vvv bezog. Was den im neu formulierten Antrag eingefügten Verweis auf die Plangrundlagen betrifft, so setzt sich die Beschwerdeführerin nicht damit auseinander, dass der Beschwerdegegner bereits seiner Klage einen Plan beigelegt habe. Dass der Beschwerdegegner mit der Klage einen solchen Plan eingereicht hat, stellt eine auf den Prozessablauf bezogene Sachverhaltsfeststellung des Obergerichts dar. Die Beschwerdeführerin beschränkt sich auf die blosse Behauptung, der Beschwerdegegner habe auf keinen Plan verwiesen, was den Begründungsanforderungen für eine Sachverhaltsrüge nicht genügt (oben E. 1). Die Beschwerdeführerin macht sodann nicht geltend, dass der Plan des Nachführungsgeometers, auf den der Beschwerdegegner in seinem Schlussvortrag neu verwies, diesbezüglich einen anderen Inhalt aufweisen würde, als der Plan, auf den er mit der Klage verwiesen hatte. Damit ist insgesamt nicht ersichtlich, inwiefern durch die Neuformulierung des Rechtsbegehrens 2 im Schlussvortrag der Beschwerdegegner mehr oder anderes verlangt hätte als mit der Klage. Eine Klageänderung liegt somit nicht vor. Ebenso liegt in diesem Zusammenhang keine Verletzung der Dispositionsmaxime (<ref-law>) vor.
2.3.2. Nicht zutreffend ist sodann der Einwand, die Grenzfeststellungs- und die Grenzscheidungsklage seien insoweit unzulässig vermengt worden, als das Obergericht zwar von einer Eigentumsfeststellungsklage spreche, die Klage aber als Grenzscheidungsklage behandelt habe.
Die Vorinstanzen haben sich für die Abgrenzung der beiden Klagen ausdrücklich an der bundesgerichtlichen Rechtsprechung orientiert (Urteil 5A_769/2011 vom 2. März 2012 E. 3.1, in: ZBGR 95/2014 S. 107; zum Ganzen auch PAUL TSCHÜMPERLIN, Grenze und Grenzstreitigkeiten im Sachenrecht, 1984, S. 161 ff. und S. 173 ff.). Die Eigentumsfeststellungsklage dient ebenso der Grenzfeststellung wie die Grenzscheidungsklage. Im Unterschied zu dieser ändert bei der Eigentumsfeststellungsklage nur das Klagefundament. Während bei der Eigentumsfeststellungsklage die räumliche Ausdehnung des Eigentums nachgewiesen werden muss, woraus sich dann als Reflexwirkung die Lage der Grenze ergibt, erlaubt es die Grenzscheidungsklage, die Lage einer ungewissen Grenze durch richterliches Urteil festsetzen zu lassen. Daraus ergibt sich ein unterschiedliches Anwendungsgebiet für die beiden Klagen. Wer sein Eigentum in einem umstrittenen Grenzbereich genau nachweisen kann, wird zur Eigentumsklage greifen, weil er damit die Feststellung seines Eigentums oder die Herausgabe eines Stückes Land innerhalb genau umrissener Grenzen verlangen kann. Wer diesen Beweis hingegen nicht leisten kann, wird zur Grenzscheidungsklage greifen, wobei er in Kauf nehmen muss, dass das Gericht die Grenze innerhalb des ungewissen Grenzraumes nach freiem Ermessen - d.h. gemäss <ref-law> unter Würdigung aller Umstände nach Recht und Billigkeit - selber zieht. Wesentlich aber ist, dass bei beiden Klagen am Schluss feststeht, wo die Grenze verläuft. Beide Klagen sind somit - je nach den konkreten Umständen - gleichermassen geeignet, bei einem Grenzstreit den Grenzverlauf festzulegen und damit die Voraussetzung für dessen Vermarkung zu schaffen (Urteil P.3021/1986 vom 11. Juli 1986 E. 2b; vgl. TSCHÜMPERLIN, a.a.O., S. 177 ff.).
Der Behandlung der Einwände der Beschwerdeführerin ist vorauszuschicken, dass der Beschwerdegegner sein Rechtsbegehren 2 als Leistungsklage auf Abgabe einer Willenserklärung abgefasst hat. Das Obergericht hat erwogen, es hätte die Ausdehnung des Grundstücks im Dispositiv direkt feststellen können, sah dann aber keinen Anlass, von der bereits vom Regionalgericht vorgegebenen Konstruktion des Dispositivs (Verurteilung zur Abgabe einer Willenserklärung und Ersetzung derselben durch das Urteil) abzuweichen. Dass es in der Sache - trotz der Formulierung der Klage auf Abgabe einer Willenserklärung - um eine Eigentumsfeststellungsklage geht, wird von der Beschwerdeführerin nicht bestritten. Sie geht aber davon aus, der Beschwerdegegner habe einzig eine Eigentumsfeststellungsklage erhoben, die vom Obergericht dann zu Unrecht als Grenzscheidungsklage behandelt worden sei.
Soweit die Beschwerdeführerin davon auszugehen scheint, die Eigentumsfeststellungsklage könne nicht der Festsetzung einer Grenze dienen, geht sie fehl. Nach dem soeben Gesagten dient auch die Eigentumsfeststellungsklage reflexweise der Bestimmung einer Grenze. Sodann scheint die Beschwerdeführerin davon auszugehen, dass bei einer Eigentumsfeststellungsklage der Nachführungsgeometer nicht mit der Erstellung von Urkunden, Plänen und Vermarkungen und das Grundbuchamt nicht mit der Vornahme von Bereinigungen hätte beauftragt werden dürfen oder dass hierfür zumindest Parteianträge nötig gewesen wären. Da auch die Eigentumsfeststellungsklage zur Bestimmung einer Grenze führen kann, ist nicht ersichtlich, weshalb solche Massnahmen ausgeschlossen sein sollen. Ausserdem hat das Obergericht eingehend begründet, weshalb die Ausführungsanordnungen - und zwar auch ohne ausdrücklichen Parteiantrag - notwendig seien. Diesbezüglich ist Folgendes anzumerken: Eine Funktion von Rechtsbegehren - neben den bereits behandelten (oben E. 2.3.1) - besteht darin, dass das zum Urteilsspruch erhobene Rechtsbegehren eine Zwangsvollstreckung ermöglichen soll, ohne dass daraus eine Fortsetzung des Streits im Vollstreckungsverfahren zu erwarten ist. Da das Vollstreckungsrecht als Teil des Prozessrechts aber dienende Funktion hat und das Zivilprozessrecht darauf ausgerichtet ist, dem materiellen Recht zum Durchbruch zu verhelfen, hängt es von den Besonderheiten des anzuwendenden materiellen Rechts ab, welche Anforderungen an die Bestimmtheit des Rechtsbegehrens zu stellen sind (Urteil 4A_686/2014 vom 3. Juni 2015 E. 4.3.1). Wie es sich damit bei Eigentums- und Grenzscheidungsklagen im allgemeinen oder hier im besonderen verhält, braucht jedoch nicht untersucht zu werden. Mit den eingehenden Erwägungen des Obergerichts zur Notwendigkeit, solche Vollzugsanordnungen - auch ohne Antrag - zu treffen, setzt sich die Beschwerdeführerin nämlich nicht auseinander. Eine Verletzung der Dispositionsmaxime (<ref-law>) ist damit weder genügend dargetan noch ersichtlich. Im Übrigen übergeht die Beschwerdeführerin bei alldem, dass das Obergericht die Begehren bzw. die Klage nach objektiven Kriterien ausgelegt und erkannt hat, dass es sich nicht nur um eine Eigentumsfeststellungsklage handle, sondern eben auch Elemente einer Grenzscheidungsklage mit im Spiel seien.
Die Beschwerdeführerin ist schliesslich der Ansicht, dass die beiden Klagearten auch insofern vermengt worden seien, als das Beweismass unzulässigerweise auf dasjenige der Grenzscheidungsklage reduziert worden sei. Das Obergericht hat das Beweismass jedoch grundsätzlich nicht reduziert. Vielmehr hat der Beschwerdegegner sein Eigentum an der beanspruchten Fläche nach der ausführlichen Beweiswürdigung des Obergerichts bewiesen. Dabei wurde das Regelbeweismass und nicht ein in irgendeiner Weise reduziertes Beweismass angewandt. Das Obergericht hat einzig festgehalten, dass dem Beschwerdegegner der Beweis für sein Eigentum gelingen könne, obwohl der genaue Grenzverlauf unklar bleibe. Diesfalls dürfe für den Nachweis der Grenze nicht dasselbe Beweismass verlangt werden wie für den Eigentumsanspruch. Es wäre nicht zu rechtfertigen, das Eigentum allein deshalb zu verweigern, weil der genaue Grenzverlauf nicht bewiesen werden könne. Analog zur Grenzscheidungsklage habe das Gericht diesfalls die Grenze selber festzulegen. Diese Überlegungen sind nicht zu beanstanden. Sie spiegeln gerade wider, dass die vorliegende Klage auch Elemente einer Grenzscheidungsklage aufweist (vgl. ARTHUR MEIER-HAYOZ, Berner Kommentar, 3. Aufl. 1964, N. 22 zu <ref-law>). Konkret bedeutet dies, dass dem Beschwerdegegner zwar der Beweis gelungen ist, dass ihm eine zusätzliche Fläche von 472 m2 unter und neben dem Gebäude Nr. vvv zu Eigentum zusteht, dass aber über den genauen Verlauf der Grenze Unsicherheiten bestehen geblieben sind. Die Ergebnisse der Beweiswürdigung und der in diesem Zusammenhang angestellten rechtlichen Überlegungen werden von der Beschwerdeführerin nicht bestritten. Es ist nun ohne weiteres möglich, die beiden Klagearten zu kombinieren (vgl. Urteil 5A_769/2011 vom 2. März 2012 E. 3.1, in: ZBGR 95/2014 S. 107). Dabei ist nicht erforderlich, dass der Kläger die beiden Klagen ausdrücklich als solche bezeichnet, sondern es kann auch durch Auslegung ermittelt werden, welches der genaue Inhalt der Klage ist (vgl. oben E. 2.3.1). Die Beschwerde ist demnach auch in diesem Punkt unbegründet.
2.4. Die Beschwerde ist somit abzuweisen, soweit auf sie eingetreten werden kann.
3.
Bei diesem Ausgang des Verfahrens trägt die Beschwerdeführerin die Gerichtskosten (<ref-law>). Dem Beschwerdegegner sind keine zu entschädigenden Aufwendungen entstanden.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 4'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Bern, 2. Zivilkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 23. Mai 2018
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: von Werdt
Der Gerichtsschreiber: Zingg