Fatti:
A.
A.a. A._, nato nel 2016, è affetto dalla nascita da alcune infermità congenite per le quali l'Ufficio assicurazione invalidità del Cantone Ticino (di seguito: UAI) lo ha posto al beneficio di diversi provvedimenti sanitari e mezzi ausiliari, nonché di sedute di fisioterapia ed ergoterapia. L'assicurato è in particolare affetto da una stenosi ipertrofica del piloro (n. 273 dell'elenco delle infermità congenite contenuto nell'allegato all'ordinanza sulle infermità congenite, OIC [di seguito: elenco OIC]; RS 831.232.21), di leggeri disturbi motori (n. 395 elenco OIC) e di epilessia congenita (n. 387 elenco OIC).
A.b. Il 23 dicembre 2018, A._ ha chiesto all'UAI di prendere a carico i costi relativi alla cura della paresi cerebrale insorta dopo un intervento chirurgico effettuato l'8 aprile 2018 presso l'ospedale C._. Dopo avere interpellato il pediatra curante, dott. D._ (rapporto del 7 gennaio 2019), e il proprio servizio medico (rapporti del 10 e 29 gennaio, 14 marzo 2019 del dott. E._), con decisione del 16 aprile 2019 l'UAI ha respinto la domanda. L'UAI ha ritenuto che i costi in questione non potevano essere assunti poiché la paralisi cerebrale non costituiva un'infermità congenita (n. 390 dell'elenco OIC). Inoltre, lo stato patologico di questa affezione non era sufficientemente stabilizzato per potere mettere i costi a carico dell'assicurazione per l'invalidità nell'ambito dei provvedimenti sanitari.
B.
Adito su ricorso dell'interessato, con giudizio del 20 dicembre 2019, il Tribunale delle assicurazioni del Cantone Ticino lo ha accolto e ha condannato l'UAI ad assumere i costi sanitari ex <ref-law> per il trattamento della paresi cerebrale.
C.
L'UAI inoltra un ricorso in materia di diritto pubblico presso il Tribunale federale cui chiede di annullare il giudizio del 20 dicembre 2019 e di confermare la sua decisione del 16 aprile 2019. L'insorgente presenta nel contempo anche istanza di concessione dell'effetto sospensivo.
Invitati a pronunciarsi sul ricorso e sull'effetto sospensivo, l'Ufficio federale delle assicurazioni sociali ha rinunciato mentre l'opponente ha proposto di respingerli.

Diritto:
1.
Il ricorso in materia di diritto pubblico può essere presentato per violazione del diritto, così come stabilito dagli art. 95 e 96 LTF. Il Tribunale federale esamina d'ufficio l'applicazione del diritto federale (<ref-law>), non essendo vincolato né dagli argomenti sollevati nel ricorso né dai motivi addotti dall'autorità precedente. Quanto ai fatti, in linea di principio il Tribunale federale fonda il suo ragionamento giuridico sugli accertamenti fattuali operati dall'autorità inferiore (<ref-law>) e vi si può scostare solo se è stato effettuato in modo manifestamente inesatto o in violazione del diritto nel senso dell'<ref-law>, a condizione che l'eliminazione dell'asserito vizio possa influire in maniera determinante sull'esito della causa (<ref-law>).
2.
L'oggetto del contendere è sapere se le cure in relazione alla paralisi cerebrale di cui è affetto A._ possono essere prese a carico dall'assicurazione per l'invalidità a titolo di provvedimenti sanitari ai sensi dell'<ref-law>. Tenuto conto della motivazione del giudizio cantonale e dei motivi del ricorso, non è più litigioso che detti provvedimenti non possono essere rimborsati dall'assicurazione per l'invalidità nell'ambito delle infermità congenite (<ref-law>, infermità n. 390 elenco OIC).
3.
Nei considerandi del giudizio impugnato, il Tribunale cantonale ha già esposto in modo dettagliato le norme legali applicabili (art. 5 cpv. 2 e 12 LAI, <ref-law>,<ref-law>), rammentando tra gli altri i presupposti per avere diritto a un provvedimento sanitario ai sensi dell'<ref-law> e la relativa giurisprudenza (<ref-ruling> consid. 4.2 pag. 21 e sentenza I 436/05 del 10 novembre 2006 consid. 3.1 - 3.4, v. anche sentenze 9C_452/2014 del 29 ottobre 2014 consid. 2.1 e 8C_53/2013 del 14 giugno 2013 consid. 3.2 e 7.1). A tale esposizione può essere fatto riferimento e prestata adesione.
4.
4.1. Il Tribunale cantonale ha preso atto di diversi pareri medici depositati durante la procedura cantonale, in particolare di quelli del servizio medico dell'UAI (rapporti del 14 maggio, 11 giugno, 23 settembre e 11 ottobre 2019 del dott. E._), e quelli del pediatra curante, dott. D._ (rapporti del 27 maggio e 7 ottobre 2019). Alla luce di questi referti valetudinari, in particolare di quello del 7 ottobre 2019 del pediatra curante, il quale aveva messo in evidenza che le cure seguite avevano lo scopo di migliorare la capacità di camminare e di favorire pertanto un futuro inserimento nel mondo professionale, i primi giudici hanno ritenuto che le condizioni per avere diritto ai provvedimenti sanitari erano adempiute.
4.2. L'UAI fa valere che il giudizio cantonale viola l'<ref-law>, che subordina il riconoscimento di provvedimenti sanitari al fatto che la situazione patologica si sia stabilizzata. Le cure di cui si chiede il rimborso non sarebbero inoltre destinate a migliorare l'integrazione professionale dell'assicurato, ma alla mera valutazione del suo stato clinico, ciò che esula dal campo di applicazione di detta disposizione.
4.3. L'opponente propone di respingere il ricorso, osservando in particolare che le cure richieste, come accertato dai primi giudici, sono volte a migliorare la sua capacità di camminare (aumentando p. es. il suo equilibrio) e pertanto anche la sua futura capacità di guadagno.
5.
5.1. Preliminarmente va precisato che le misure richieste per la cura della paresi cerebrale, qui litigiose, concernono essenzialmente il rimborso di diverse visite e controlli specialistici (prevalentemente neurologici) cui viene regolarmente sottoposto l'assicurato (cfr. rapporti del 7 gennaio 2019 del dott. D._ e del 14 maggio e 11 giugno 2019 del dott. E._). Le spese per le cure di fisioterapia e di ergoterapia non sono invece litigiose, perché prese a carico dall'assicurazione per l'invalidità nell'ambito dei provvedimenti sanitari già riconosciuti (v. decisioni dell'UAI del 12 febbraio 2019).
5.2. Ai sensi dell'<ref-law> sono ritenuti provvedimenti sanitari, secondo l'<ref-law>, in particolare "gli interventi chirurgici, fisioterapeutici e psicoterapeutici, intesi a sopprimere o ad attenuare i postumi d'una infermità congenita, d'una malattia o d'un infortunio - caratterizzati da una diminuzione della motilità del corpo, delle facoltà sensoriali o delle capacità di contatto - per migliorare in modo duraturo e notevole la capacità di guadagno o la capacità di svolgere mansioni consuete oppure preservare tale capacità da una diminuzione importante. I provvedimenti devono essere considerati come indicati secondo le conoscenze mediche esperimentate, e permettere d'integrare l'assicurato in modo semplice e adeguato" (cpv. 1). "Per le paralisi e le turbe funzionali della motilità, i provvedimenti sanitari previsti nel cpv. 1 sono assunti a partire dal momento in cui, sul fondamento delle attuali conoscenze mediche esperimentate, la cura dell'affezione primaria è, in via generale, considerata come terminata, o non ha che un'importanza secondaria." (...) (cpv. 2). "Se, trattandosi di paralisi e altre turbe funzionali della motilità, sono eseguiti provvedimenti fisioterapeutici nell'ambito dei provvedimenti sanitari secondo il cpv. 1, il diritto a detti provvedimenti sussiste fin tanto che con essi la capacità funzionale, da cui dipende la capacità di guadagno o la capacità di svolgere mansioni consuete, può essere migliorata" (cpv. 3).
In proposito la giurisprudenza e la dottrina hanno avuto modo di precisare che l'<ref-law> e l'<ref-law> stabiliscono una delimitazione legale tra l'assicurazione per l'invalidità e le altre assicurazioni sociali (v. <ref-ruling> consid. 1 pag. 81; MICHEL VALTERIO, Droit de l'assurance-vieillesse et survivants [AVS] et de l'assurance-invalidité [AI], 2011, n. 1411, pag. 388; HANS-JAKOB MOSIMANN, in Frey/Mosimann/Bollinger, AHVG/IVG Kommentar 2018, n. 1 ad art. 12 con riferimenti giurisprudenziali). L'<ref-law> permette segnatamente di derogare al principio secondo il quale i trattamenti volti a curare le conseguenze di queste patologie non sono di regola a carico dell'assicurazione per l'invalidità, bensì sono di competenza dell'assicurazione malattie o di quella contro gli infortuni. Detto altrimenti, si tratta di disposizioni speciali che prevalgono sui principi generali per la delimitazione del trattamento di malattia e d'infortunio nell'ambito delle misure d'integrazione dell'assicurazione per l'invalidità (MEYER/REICHMUTH, Rechtsprechung des Bundesgerichts zum IVG, 3 ed. 2014, n. 7 ad art. 12).Nella misura in cui le indagini specialistiche, i controlli e le consulenze - quindi nessun vero trattamento terapeutico - soddisfano i presupposti dell'<ref-law>, ovvero sono rivolti all'integrazione, sono semplici e conformi a tale scopo, sono da considerare come provvedimenti sanitari nel senso dell'<ref-law>.
5.3. Nel contesto dell'<ref-law>, l'assicurato ha diritto ai provvedimenti sanitari destinati all'integrazione professionale e atti a migliorare, in modo duraturo e sostanziale, la capacità di guadagno o a evitare una diminuzione sostanziale di tale capacità, ma non quelli che riguardano la cura vera e propria del male. Per gli assicurati minorenni che non svolgono attività lucrativa, nonostante il carattere ancora momentaneamente labile dell'affezione, è possibile che l'assicurazione per l'invalidità prenda a carico dei provvedimenti senza i quali si otterrebbe - non immediatamente -una guarigione incompiuta o sussisterebbe un difetto stabile, difficilmente correggibile, pregiudicante la formazione professionale e/o la capacità di guadagno. La questione di sapere se il successo integrativo sarà durevole e sostanziale, dev'essere esaminata secondo una prognosi medica sulla base della situazione fattuale quale si presenta prima del provvedimento in discussione. Tale prognosi, oltre a lasciare prevedere che senza l'intervento verrebbe a verificarsi un danno permanente in un prossimo futuro, deve nel contempo anche fare presagire che grazie ad esso sarà possibile raggiungere uno stato di stabilità in grado di garantire premesse notevolmente migliori per la formazione futura e per la capacità lucrativa (consid. 3 e le referenze citate).
5.4.
5.4.1. Nella fattispecie, le cure di cui viene chiesto il rimborso all'assicurazione per l'invalidità concernono i costi di alcune visite specialistiche (consid. 5.1 sopracitato). Secondo le costatazioni del Tribunale cantonale, che si è basato sul rapporto del 7 gennaio 2019 del pediatra curante, la prognosi rimane incerta.Del resto l'assicurato continua ad avere necessità di sottoporsi a controlli regolari, anche se meno ravvicinati nel tempo, come risulta dall'enumerazione dei certificati medici ripresi dal Tribunale cantonale. Nel corso della visita presso i dott.F._ e dott.G._ dell'ospedale pediatrico di U._, è stata riscontrata una debolezza muscolare con difficoltà a mantenere l'equilibrio. Pertanto è stato consigliato di lasciare il Rollator e di passare alla bicicletta per migliorare la forza e l'equilibrio (rapporto del 7 ottobre 2019 del dott. D._). I giudici cantonali hanno dedotto da questo certificato che migliorando la capacità di camminare si potrà migliorare in futuro anche la capacità di seguire una formazione professionale e in definitiva la capacità lavorativa.
Ora, come osservato dal dott. E._ nel suo rapporto dell'11 ottobre 2019, questi controlli servono ad adeguare la cura e a correggerla per permettere di curare la paralisi cerebrale e i suoi effetti. Lo scopodi queste visite specialistiche è di tendere a un miglioramento dello stato di salute della persona.Il fatto di avere consigliato, nel corso della visita, di cambiare il mezzo ausiliario per permettere di facilitare la capacità di camminare, è indiscutibilmente in relazione con un futuro inserimento professionale come accertato dal Tribunale cantonale. Del resto, l'UAI ha posto l'assicurato al beneficio di misure di ergoterapia e fisioterapia ambulatoriale, riconoscendo in tal modo la necessità di procedere in futuro a una integrazione professionale. Il fatto che la prognosi sia incerta non può mettere in discussione che il miglioramento della capacità di camminare migliorerà la capacità di guadagno dell'assicurato.
5.4.2. Per quanto precede, si deve concludere che i controlli e le visite specialistiche in relazione alla paralisi cerebrale, messi in atto nel caso di specie, sono destinatiall'integrazione professionale in quanto tale e adempiono pertanto le esigenze dell'<ref-law>. La tesi dell'insorgente è quindi infondata.
6.
L'emanazione di questa sentenza rende priva d'oggetto la domanda di conferimento dell'effetto sospensivo formulata dal ricorrente.
7.
Le spese giudiziarie, che seguono la soccombenza, devono essere poste a carico dell'insorgente (<ref-law>). L'opponente ha diritto alle spese ripetibili (<ref-law>).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1.
Il ricorso è respinto.
2.
Le spese giudiziarie di fr. 500.- sono poste a carico del ricorrente.
3.
Il ricorrente verserà all'opponente la somma di fr. 2800.- a titolo di ripetibili per la procedura innanzi al Tribunale federale.
4.
Comunicazione alle parti, al Tribunale delle assicurazioni del Cantone Ticino e all'Ufficio federale delle assicurazioni sociali.