Faits :
A.
A.a. A._ était employé depuis octobre 1993 par la société B._ SA en qualité de magasinier; il était à ce titre assuré de manière obligatoire contre le risque d'accident auprès de la Caisse nationale suisse d'assurance en cas d'accidents (ci-après: CNA).
Le 9 mai 2017, alors qu'il se rendait au travail avec son vélo électrique, il s'est fait percuter par une voiture à la sortie d'un giratoire. L'accident s'est soldé par une fracture complexe du tibia proximal gauche type Schatzker VI et une fracture diaphysaire du péroné proximal, traitée par ostéosynthèse le 18 mai 2017. L'ablation du matériel d'ostéosynthèse a été effectuée les 1er août et 6 octobre 2017. En raison du développement d'une pseudarthrose du tibia gauche, le patient a été opéré à l'hôpital C._ le 26 mars 2018. Deux longs séjours à la clinique romande de réadaptation (CRR) ont été nécessaires.
A.b. Le 15 avril 2019, le docteur D._, spécialiste FMH en chirurgie orthopédique et médecin d'arrondissement de la CNA, a procédé au bilan final et a constaté que depuis le dernier contrôle en mars 2019, la fracture était consolidée et son état stabilisé. S'agissant de la capacité de travail, il a indiqué que toute activité sortant du cadre d'une activité sédentaire stricte n'était plus exigible; en revanche, dans une activité adaptée, l'assuré disposait d'une pleine capacité de travail, sans limitation de temps ni de rendement. Après avoir procédé aux éclaircissements sur le plan économique, la CNA a rendu le 2 juillet 2019 une décision par laquelle elle a reconnu à l'assuré le droit à une indemnité pour atteinte à l'intégrité (IPAI) d'un taux de 30 %; par contre, elle a nié le droit à une rente d'invalidité, au motif qu'il n'existait pas de diminution notable de la capacité de gain due à l'accident. Cette décision a été confirmée sur opposition le 5 septembre 2019.
B.
Par arrêt du 4 septembre 2020, la Cour des assurances sociales du tribunal cantonal vaudois a partiellement admis le recours formé par l'assuré contre cette décision, qu'elle a réformée en ce sens que celui-ci avait droit à une rente d'invalidité fondée sur un taux d'invalidité de 11 %.
C.
La CNA interjette un recours en matière de droit public contre cet arrêt, en concluant à sa réforme dans le sens de la confirmation de sa décision sur opposition du 5 septembre 2019.
L'intimé conclut au rejet du recours, tandis que l'Office fédéral de la santé publique a renoncé à se déterminer.

Considérant en droit :
1.
Le recours est dirigé contre un arrêt final (<ref-law>) rendu en matière de droit public (<ref-law>) par une autorité cantonale de dernière instance (art. 86 al. 1 let. d LTF). Il a été déposé dans le délai (<ref-law>) et la forme (<ref-law>) prévus par la loi. Il est donc recevable.
2.
2.1. Au vu de l'arrêt attaqué et des conclusions de la recourante, le litige porte sur le droit de l'intimé à une rente d'invalidité, plus précisément sur le taux d'abattement à prendre en considération pour fixer le revenu hypothétique d'invalide.
2.2. Le recours en matière de droit public peut être formé pour violation du droit, tel qu'il est délimité par les art. 95 et 96 LTF. Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (<ref-law>) et n'est limité ni par les arguments de la partie recourante, ni par la motivation de l'autorité précédente. Cela étant, le Tribunal fédéral n'examine en principe que les griefs invoqués, compte tenu de l'exigence de motivation prévue à l'<ref-law>.
2.3. La présente procédure porte sur l'octroi ou le refus de prestations en espèces de l'assurance-accidents, de sorte que le Tribunal fédéral n'est pas lié par l'état de fait constaté par la juridiction précédente (art. 97 al. 2 et art. 105 al. 3 LTF).
3.
3.1. Selon l'<ref-law>, les prestations d'assurance sont allouées en cas d'accident professionnel, d'accident non professionnel et de maladie professionnelle. Si l'assuré est invalide (<ref-law> [RS 830.1]) à 10 % au moins ensuite d'un accident, il a droit à une rente d'invalidité (<ref-law>). Pour évaluer le taux d'invalidité, le revenu que l'assuré aurait pu obtenir s'il n'était pas invalide est comparé avec celui qu'il pourrait obtenir en exerçant l'activité qui peut raisonnablement être exigée de lui après les traitements et les mesures de réadaptation, sur un marché du travail équilibré (<ref-law>; méthode ordinaire de la comparaison des revenus).
3.2. Le revenu d'invalide doit être évalué avant tout en fonction de la situation professionnelle concrète de l'assuré. En l'absence d'un revenu effectivement réalisé - soit lorsque la personne assurée, après la survenance de l'atteinte à la santé, n'a pas repris d'activité lucrative ou alors aucune activité normalement exigible -, le revenu d'invalide peut être évalué sur la base de salaires fondés sur les données statistiques résultant de l'ESS. Aux fins de déterminer le revenu d'invalide, les salaires fixés sur la base des données statistiques de l'ESS peuvent à certaines conditions faire l'objet d'un abattement de 25 % au plus (<ref-ruling> consid. 4.2.3; <ref-ruling> consid. 5b/aa- cc).
3.3. La mesure dans laquelle les salaires ressortant des statistiques doivent être réduits dépend de l'ensemble des circonstances personnelles et professionnelles du cas particulier (limitations liées au handicap, âge, années de service, nationalité/catégorie d'autorisation de séjour et taux d'occupation). Il n'y a pas lieu de procéder à des déductions distinctes pour chacun des facteurs entrant en considération. Il faut bien plutôt procéder à une évaluation globale, dans les limites du pouvoir d'appréciation, des effets de ces facteurs sur le revenu d'invalide, compte tenu de l'ensemble des circonstances du cas concret (ATF <ref-ruling> précité consid. 5b/bb; arrêt 8C_476/2020 du 15 février 2021 consid. 3.2.1).
3.4. Contrairement au pouvoir d'examen du Tribunal fédéral, celui de l'autorité judiciaire de première instance n'est pas limité dans ce contexte à la violation du droit (y compris l'excès ou l'abus du pouvoir d'appréciation), mais s'étend également à l'opportunité de la décision administrative ("Angemessenheitskontrolle"). En ce qui concerne l'opportunité de la décision en cause, l'examen porte sur le point de savoir si une autre solution que celle que l'autorité, dans un cas concret, a adoptée dans l'exercice de son pouvoir d'appréciation et en respectant les principes généraux du droit n'aurait pas été plus judicieuse quant à son résultat. A cet égard, le juge des assurances sociales ne peut pas, sans motif pertinent, substituer sa propre appréciation à celle de l'administration; il doit s'appuyer sur des circonstances de nature à faire apparaître sa propre appréciation comme la mieux appropriée (<ref-ruling> consid. 5.2 et l'arrêt cité).
4.
4.1. Dans sa décision sur opposition, la recourante a fixé le revenu d'invalide en se référant aux salaires statistiques de l'ESS 2016, Table TA1, Total Hommes, niveau de compétence 1, soit un montant mensuel de 5340 fr., qu'elle a adapté à la durée normale du travail en Suisse (41,7 heures) ainsi qu'à l'évolution des salaires nominaux jusqu'en 2019, pour obtenir un revenu annuel de 67'743 fr. De ce montant, elle a déduit 10 % au titre d'abattement pour les limitations fonctionnelles de l'assuré, qui était astreint à exercer une activité sédentaire, ramenant ainsi le revenu d'invalide au montant de 60'968 fr. 70. La comparaison de ce revenu avec le revenu présumable sans invalidité de 65'000 fr. faisait apparaître un taux d'invalidité de 6,20 %.
4.2. La cour cantonale a considéré que le taux d'abattement de 10 % retenu par la recourante au titre des seules limitations fonctionnelles paraissait déjà en soi discutable en raison de leur impact concret global; ainsi, une liberté de mouvement grandement restreinte en termes de périmètre de marche, une gonarthrose évolutive, une surcharge pondérale et des oedèmes en surcharges mécaniques relativisaient sérieusement l'exercice effectif du travail que l'assuré serait théoriquement à même d'effectuer. Relevant qu'au moment déterminant de l'ouverture du droit à la rente (le 15 avril 2019), l'intimé devait être considéré comme un assuré d'un âge avancé au sens de la jurisprudence (soit 62 ans), les premiers juges ont retenu que le facteur âge s'avérait également pertinent pour la question de l'abattement. D'après eux, l'<ref-law> ne trouvait en l'occurrence pas application, dans la mesure où c'étaient les séquelles accidentelles et les limitations fonctionnelles induites par les atteintes à la santé qui grevaient au premier plan la capacité de gain de l'intimé. A cela s'ajoutait l'absence de formation reconnue et d'expérience professionnelle utile autre que celle dans l'activité exercée depuis 1993 auprès du même employeur, qui ne pouvait plus être reprise. Considérant que l'intimé ne bénéficiait concrètement plus d'une capacité d'adaptation professionnelle susceptible de compenser les désavantages compétitifs liés à son âge dans le secteur des emplois non qualifiés sur un marché équilibré du travail, la cour cantonale a retenu qu'un taux d'abattement global de 15 % s'avérait approprié pour fixer le revenu d'invalide de l'intimé, qui ascendait dès lors à 57'581 fr. 55. La comparaison de ce revenu avec un revenu de valide de 65'000 fr. faisait apparaître un taux d'invalidité de 11,44 %, arrondi à 11 %.
5.
La recourante reproche à la juridiction cantonale d'avoir fixé le taux d'abattement en violation du droit fédéral.
5.1.
5.1.1. S'agissant d'abord des limitations fonctionnelles, la recourante fait grief aux premiers juges d'avoir retenu des éléments non pertinents, respectivement des critères qui avaient déjà été pris en compte, soit une liberté de mouvement grandement restreinte en termes de périmètre de marche, une gonarthrose évolutive, une surcharge pondérale induite par l'absence de mobilité et des oedèmes en surcharges mécaniques.
5.1.2. Dans son rapport du 18 avril 2019, le docteur D._ a indiqué qu'en raison des limitations fonctionnelles définitives, l'intimé était en mesure d'exercer à plein temps et rendement une activité strictement sédentaire. Pour parvenir à cette conclusion, le médecin d'arrondissement a notamment tenu compte des plaintes de l'intimé (oedème lors des surcharges mécaniques, périmètre de marche limité à 200 mètres) ainsi que des constatations objectives (fracture consolidée, pseudarthrose). En appréciant les atteintes à la santé dans leur globalité, les premiers juges ont considéré que les limitations fonctionnelles énoncées prétéritaient manifestement l'intimé face à un employeur potentiel sur le marché du travail, où il était avant tout question de rendement. En d'autres termes, les premiers juges semblent remettre en question l'exigibilité médicale décrite plus haut. Dans la mesure où ils n'ont néanmoins pas remis en cause un abattement de 10 % au titre des seules limitations fonctionnelles, ce point reste sans influence sur l'issue du litige.
5.2.
5.2.1. La recourante reproche ensuite à la cour cantonale d'avoir tenu compte du facteur âge dans la détermination du revenu d'invalide. En se référant au tableau TA9_b de l'ESS 2018, elle fait valoir que l'âge n'aurait pas d'influence négative sur le salaire de personnes en charge de postes ne requérant pas de formation, comme c'est ici le cas. De plus, d'après la jurisprudence du Tribunal fédéral, il serait constant que dans le domaine des activités simples envisagées (niveau de compétence 1), les effets pénalisants au niveau salarial induits par l'âge ne peuvent pas être considérés comme suffisamment établis. Quand bien même ce serait le cas, la recourante estime que l'effet pénalisant dû à l'âge serait compensé par l'expérience professionnelle de l'intimé de plusieurs années dans une activité composée à 50 % de gestion de stock sur un poste informatique.
5.2.2. Dans l'arrêt 8C_227/2017 du 17 mai 2018, le Tribunal fédéral a rappelé que l'âge d'un assuré ne constituait pas en soi un facteur de réduction du salaire statistique. Autrement dit, il ne suffisait pas de constater qu'un assuré avait dépassé la cinquantaine au moment déterminant du droit à la rente pour que cette circonstance justifie de procéder à un abattement. Il a en outre insisté sur le point que l'effet de l'âge combiné avec un handicap devait faire l'objet d'un examen dans le cas concret, les possibles effets pénalisants au niveau salarial induits par cette constellation aux yeux d'un potentiel employeur pouvant être compensés par d'autres éléments personnels ou professionnels, tels que la formation et l'expérience professionnelle de l'assuré concerné. Dans le cas qui lui était soumis d'un assuré âgé de 59 ans au moment déterminant, le Tribunal fédéral a constaté qu'après la cessation d'activité de son ancien employeur, l'assuré avait accompli plusieurs missions temporaires alors qu'il était au chômage, de sorte qu'on pouvait admettre qu'il disposait d'une certaine capacité d'adaptation sur le plan professionnel, susceptible le cas échéant de compenser les désavantages compétitifs liés à son âge, surtout dans le domaine des emplois non qualifiés qui étaient, en règle générale, disponibles indépendamment de l'âge de l'intéressé sur le marché du travail équilibré. Dans un cas précédent (arrêt 8C_439/2017 du 6 octobre 2017, publié in: SVR 2018 UV n° 15 p. 50 et SZS 2018 p. 676), le Tribunal fédéral était arrivé à la même conclusion chez un assuré âgé de 62 ans qui disposait d'une formation de mécanicien en machines et qui avait travaillé de nombreuses années comme préposé à l'épuration.
5.2.3. En l'espèce, la cour cantonale a considéré qu'à l'âge avancé de l'intimé s'ajoutaient non seulement la persistance d'atteintes à la santé évolutives, mais également l'absence d'une formation reconnue ainsi qu'une expérience professionnelle qui se limitait à celle dans l'activité exercée depuis 1993 auprès du même employeur, qui ne pouvait plus être reprise. Elle en a conclu que l'intéressé ne bénéficiait concrètement plus d'une capacité d'adaptation professionnelle susceptible de compenser les désavantages compétitifs liés à son âge, ceci sur un marché du travail équilibré, même dans le secteur des emplois non qualifiés qui était le sien.
5.2.4. Ce raisonnement ne peut toutefois être confirmé. A l'instar de la recourante, il y a lieu de constater que les effets pénalisants au niveau salarial induits par l'âge ne peuvent pas être considérés comme suffisamment établis. Il ressort en effet du dossier que l'expérience professionnelle de l'intimé ne se limite pas à celle d'un magasinier. Son activité auprès de son dernier employeur était en réalité composée à 50 % d'un travail informatique destiné à gérer le stock et à faire l'inventaire. Cela étant, il sied d'admettre que l'intimé dispose d'une certaine capacité d'adaptation sur le plan professionnel susceptible, le cas échéant, de compenser les désavantages compétitifs liés à son âge, surtout dans le domaine des emplois non qualifiés qui sont, en règle générale, disponibles indépendamment de l'âge de l'intéressé sur le marché équilibré du travail (<ref-ruling> consid. 7.2.1; arrêt 8C_175/2020 du 22 septembre 2020 consid. 4.2 et la référence citée).
5.2.5. Il s'ensuit que la cour cantonale n'avait pas de motif pertinent pour substituer son appréciation à celle de la CNA. Dans ces conditions, il n'est pas nécessaire de décider si l'âge d'un assuré constitue un critère susceptible de justifier un abattement sur le salaire statistique dans le domaine de l'assurance-accidents obligatoire compte tenu de la réglementation particulière de l'<ref-law>, question laissée ouverte par le Tribunal fédéral dans plusieurs arrêts récents (en dernier lieu: arrêt 8C_500/2020 du 9 décembre 2020 consid. 3.3.2.3).
6.
Le recours doit donc être admis, l'arrêt cantonal annulé et la décision litigieuse confirmée en tant qu'elle ne reconnaît pas le droit de l'intimé à une rente d'invalidité. L'intimé, qui succombe, supportera les frais judiciaires (<ref-law>). Bien qu'elle obtienne gain de cause, la recourante n'a pas droit à des dépens (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est admis. L'arrêt du Tribunal cantonal du canton de Vaud, Cour des assurances sociales, du 4 septembre 2020 est annulé et la décision sur opposition de la Caisse nationale suisse d'assurance en cas d'accidents (CNA) du 5 septembre 2019 confirmée.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 800 fr., sont mis à la charge de l'intimé.
3.
Le présent arrêt est communiqué aux parties, à la Cour des assurances sociales du Tribunal cantonal du canton de Vaud et à l'Office fédéral de la santé publique.
Lucerne, le 16 juin 2021
Au nom de la Ire Cour de droit social
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Maillard
La Greffière : Elmiger-Necipoglu