Sachverhalt:
A.
Die A._ S.A. mit Sitz in U._ (VD; die Steuerpflichtige) verfügte 2012 über Betriebsstätten in den Kantonen Luzern und Zürich. Ausserdem gehörten ihr Kapitalanlageliegenschaften in V._ (ZH). Am 21. Juni 2012 veräusserte sie die Kapitalanlageliegenschaften in V._ für insgesamt Fr. 44'175'230.--.
Im Kanton Waadt wurde die Steuerpflichtige am 27. April 2014 für die Steuerperiode 2012 mit einem steuerbaren Gewinn von Fr. 22'609'000.-- (Reingewinn Fr. 23'956'792.-- abzüglich Verlustvortrag von Fr. 1'347'770.-- = Fr. 22'609'022.--) veranlagt, der in den Kanton Zürich ausgeschieden wurde. Die Steuerverwaltung des Kantons Waadt ging bei einem Grundstückgewinn gemäss Erfolgsrechnung von Fr. 42'168'111.-- von einem Betriebsverlust von Fr. 18'211'208.-- aus (Reingewinn Fr. 23'956'792.-- abzüglich Grundstückgewinn von Fr. 42'168'111.-- = - Fr. 18'211'319.--).
Die Kommission für Grundsteuern der Stadt V._ auferlegte der Steuerpflichtigen im Zusammenhang mit den Grundstückverkäufen in V._ am 9. Juli 2015 eine Grundstückgewinnsteuer von Fr. 4'516'500.--. Sie legte der Veranlagung einen steuerbaren Grundstückgewinn von Fr. 22'609'022.-- zugrunde, der sich wie folgt zusammensetzte:
1 Erlös Fr. 44'175'230.-- 2 Anlagekosten (Verkehrswert vor 20 Jahren; Verrechnung Verlust aus Verkauf einer der beiden Liegenschaften; Diverse Kosten Handänderung) Fr. - 20'560'510.-- 3 Grundstückgewinn gemäss Zürcher Grundstückgewinnsteuerrecht 23'614'720.-- 4 Steuerbarer Gewinn gemäss Veranlagung Hauptsteuerdomizil (VD), dem Kanton Zürich zugewiesen 22'609'022.-- 5 Differenz 3 und 4 1'005'698.-- 6 Steuerbarer Grundstückgewinn Kanton Zürich (3 - 5) 22'609'022.--
B.
Am 23. Februar 2016 wies die Kommission für Grundsteuern der Stadt V._ eine Einsprache der Steuerpflichtigen gegen die Veranlagung ab. Die dagegen von der Steuerpflichtigen erhobenen Rechtsmittel blieben erfolglos. Am 29. März 2017 wies das Steuerrekursgericht des Kantons Zürich einen Rekurs gegen den Einspracheentscheid ab. Am 21. März 2018 wies sodann das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 2. Abteilung, eine von der Steuerpflichtigen gegen den Entscheid des Steuerrekursgerichts erhobene Beschwerde ab.
C.
Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 9. Mai 2018 beantragt die Steuerpflichtige, der Entscheid des Verwaltungsgerichts des Kantons Zürich sei aufzuheben und der steuerbare Grundstückgewinn auf Fr. 4'055'742.--, eventualiter auf Fr. 12'661'692.-- festzulegen. Das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, das Kantonale Steueramt Zürich und die Kommission für Grundsteuern der Stadt V._ schliessen auf Abweisung der Beschwerde, die ersteren beiden, soweit darauf einzutreten sei. Die eidgenössische Steuerverwaltung hat auf eine Stellungnahme verzichtet.

Erwägungen:
1.
1.1. Das angefochtene Urteil ist ein kantonal letztinstanzlicher Entscheid eines oberen Gerichts in einer Angelegenheit des öffentlichen Rechts, die unter keinen der Ausschlussgründe von <ref-law> fällt. Die Steuerpflichtige ist zur Beschwerde legitimiert (<ref-law>). Auf das frist- und formgerecht eingereichte Rechtsmittel ist einzutreten.
1.2. Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann unter anderem die Verletzung von Bundesrecht gerügt werden (<ref-law>). Die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem Recht (<ref-law>) prüft das Bundesgericht nicht von Amtes wegen, sondern nur insoweit, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und substanziiert begründet worden ist. Dabei ist klar und detailliert anhand der Erwägungen des angefochtenen Entscheids darzulegen, inwiefern die angerufenen Rechte verletzt worden sein sollen (<ref-law>; vgl. <ref-ruling> E. 1.4.1 S. 53; <ref-ruling> E. 1.2 S. 234; <ref-ruling> E. 2.2 S. 246; <ref-ruling> E. 1.4.2 S. 254; je mit Hinweisen).
2.
2.1. Art. 12 Abs. 4 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (StHG; SR 642.14) räumt den Kantonen ausdrücklich die Möglichkeit ein, die Grundstückgewinnsteuer auch auf Gewinnen aus der Veräusserung von Geschäftsvermögen zu erheben. Die Kantone sind frei, ob sie Kapitalgewinne auf Liegenschaften des Geschäftsvermögens nach dem dualistischen System mit der allgemeinen Einkommens- und Gewinnsteuer oder nach dem monistischen System mit der besonderen Grundstückgewinnsteuer erfassen wollen (Art. 12 Abs. 4 StHG; <ref-ruling> E. 2.1 u. 2.2 S. 384 f. m.w.H.; Urteil 2C_230/2017 vom 26. Januar 2018 E. 2.1). Der Kanton Zürich folgt dem monistischen System. Die zürcherische Grundstückgewinnsteuer (§ 216 ff. des Steuergesetzes vom 8. Juni 1997 [StG-ZH; LS 631.1]) erfasst einheitlich sowohl private als auch geschäftliche Grundstückgewinne. Sie nimmt die bei der Veräusserung von Geschäftsvermögen erzielten Grundstückgewinne von der Einkommens- bzw. Gewinnsteuer aus.
2.2. Der Grundstückgewinnsteuer unterliegen gemäss Art. 12 Abs. 1 StHG Gewinne bei der Veräusserung eines Grundstücks, soweit der Erlös die Anlagekosten (Erwerbspreis oder Ersatzwert zuzüglich Aufwendungen) übersteigt. Das Gesetz führt die massgeblichen Rechtsbegriffe - "Erlös", "Anlagekosten" und "Ersatzwert" - nicht näher aus und überlässt daher den Kantonen bei der Umschreibung des steuerbaren Gewinns einen gewissen Gestaltungsspielraum. Insofern stellt sich das kantonale Grundstückgewinnsteuerrecht als kantonales Recht dar (Art. 1 Abs. 3 StHG; vgl. u.a. <ref-ruling> E. 3.1 u. 3.3 S. 387 f. m.w.H.). Die Kantone haben aber bei der Umschreibung des Steuerobjekts und dessen Bemessung den harmonisierungsrechtlichen Rahmen zu beachten. Entsprechend wird der Gestaltungsspielraum eingeschränkt, besonders mit Blick darauf, dass Grundstückgewinn- und Einkommens- bzw. Gewinnsteuer eng miteinander verbunden sind (vgl. <ref-ruling> E. 4.1 S. 388 f. m.w.H.).
2.3. Den Kantonen wird die Möglichkeit eingeräumt, den Begriff des Ersatzwerts in zeitlicher Hinsicht, beispielsweise aus Praktikabilitätsgründen, zu definieren und damit den Erwerbspreis abzulösen. Diese im StHG vorgesehene Möglichkeit bringt es mit sich, dass realisierte Mehrwerte in einem gewissen Umfang (im Rahmen der Differenz zwischen Erwerbspreis und Ersatzwert) nicht besteuert werden, es somit zu einer grundsätzlich verpönten (teilweisen) Steuerbefreiung kommt (Bericht der Expertenkommission zur Prüfung des Einsatzes des Steuerrechts für wohnungs- und bodenpolitische Ziele, Bern 1994, S. 147; die Expertenkommission empfahl, aus praktischen Überlegungen [Aufbewahrung von Unterlagen durch die Steuerpflichtigen und die Steuerbehörden] dennoch einen Ersatzwert beizubehalten, die Frist für einen solchen indessen auf dreissig Jahre auszudehnen). Auch bei einer zeitlichen Begrenzung der Bemessung des Grundstückgewinns bleibt dieser die sachliche Bemessungsgrundlage: Mit dem "Ersatzwert" werden die Gestehungskosten zu einem bestimmten, vom kantonalen Gesetzgeber festzulegenden Zeitpunkt gesetzlich fingiert. Dabei ist der Ersatzwert harmonisierungsrechtlich als wirtschaftlicher Begriff zu verstehen und so zu bestimmen, dass er jenen Wert zum Ausdruck bringt, der dem Erwerbspreis zum gesetzlich festgelegten Zeitpunkt entspricht (vgl. zum Ganzen das Urteil 2C_77/2013 vom 6. Mai 2013 E. 5.2 in: StE 2013 B 44.12.3 Nr. 7). Während gewisse Kantone zu diesem Zweck an den damaligen Verkehrswert des Grundstücks anknüpfen, stellen andere auf den Vermögenssteuerwert ab (vgl. Urteil 2C_540/2017 vom 10. September 2018 E. 2.3, in: StE 2018 B 44.12.3 Nr. 8).
2.4. Der Kanton Zürich sieht für die Bestimmung des Grundstückgewinns als Differenz zwischen dem Veräusserungserlös und den Anlagekosten (Erwerbspreis oder Ersatzwert zuzüglich Aufwendungen) bei einem mehr als 20 Jahre zurückliegenden Erwerb ein Wahlrecht des Steuerpflichtigen vor, welcher anstelle des Erwerbspreises als Ersatzwert den Verkehrswert des Grundstücks vor zwanzig Jahren in Anrechnung bringen kann (§ 220 Abs. 2 StG-ZH; es handelt sich um eine Berechtigung des Steuerpflichtigen, nicht um eine Verpflichtung; vgl. Felix Richner/Walter Frei/Stefan Kaufmann/Hans Ulrich Meuter, Kommentar zum Zürcher Steuergesetz, 3. Aufl., 2013, § 220 N 115; Urteil 2C_705/2011 vom 26. April 2012 E. 4.3.3). Die Regelung wirkt sich zugunsten der steuerpflichtigen Person aus, welche den jeweils niedrigeren Wert in Anrechnung bringt. Hier hat die Berücksichtigung des Verkehrswerts vor zwanzig Jahren unbestrittenermassen dazu geführt, dass der Grundstückgewinn viel niedriger als der handelsrechtlich ermittelte Grundstückgewinn ausfiel.
3.
3.1. Als Folge der Berücksichtigung des Verkehrswerts vor 20 Jahren blieb im vorliegenden Fall ein erheblicher Teil des handelsrechtlichen Grundstückgewinns unbesteuert. Die Beschwerdeführerin ist indessen der Auffassung, die zürcherischen Behörden hätten die ihnen im interkantonalen Verhältnis zustehende Besteuerungsbefugnis überschritten, indem sie den gesamten durch die Steuerbehörden des Kantons Waadt - unter Berücksichtigung des handelsrechtlichen Grundstückgewinns, aber auch unter Berücksichtigung des Betriebsverlusts - dem Kanton Zürich zugewiesenen Gewinn mit der Grundstückgewinnsteuer erfasst hätten. Auf diese Weise werde, je nach Betrachtungsweise, entweder zu Unrecht der nach zürcherischem Recht aufgrund der Regelung von § 220 Abs. 2 StG-ZH freigestellte Teil des Wertzuwachsgewinns mit der Grundstückgewinnsteuer erfasst oder der im Kanton Waadt erzielte Betriebsverlust nicht berücksichtigt. Darin liege eine Verletzung des Doppelbesteuerungsverbots.
3.2. Ein Verstoss gegen das Verbot der interkantonalen Doppelbesteuerung im Sinne von <ref-law> liegt vor, wenn ein Steuersubjekt von zwei oder mehreren Kantonen (Steuerhoheiten) für das gleiche Steuerobjekt und dieselbe Steuerperiode zur Besteuerung herangezogen wird (aktuelle Doppelbesteuerung) oder wenn ein Kanton in Verletzung der geltenden Kollisionsnormen seine Steuerhoheit überschreitet und eine Steuer erhebt, die einem anderen Kanton zusteht (virtuelle Doppelbesteuerung; <ref-ruling> E. 2.3.1 S. 117 f.; Urteil 2C_873/2017 vom 15. November 2018 E. 2.1). Ausserdem darf ein Kanton ein Steuersubjekt grundsätzlich nicht deshalb stärker belasten, weil es nicht im vollen Umfang seiner Steuerhoheit untersteht, sondern zufolge seiner territorialen Beziehungen auch in einem anderen Kanton steuerpflichtig ist (Schlechterstellungsverbot; <ref-ruling> E. 2.3.1 S. 117 f.; interdiction du traitement fiscal discriminatoire; vgl. <ref-ruling> E. 7.2 S. 240).
Nicht nur mit Rücksicht auf das Verbot der interkantonalen Doppelbesteuerung, sondern auch gestützt auf das Gebot der Besteuerung nach der wirtschaftlichen Leistungsfähigkeit (<ref-law>; zur doppelten Anspruchsgrundlage <ref-ruling> E. 4.3 S. 15) muss insbesondere der Grundstückkanton einen Betriebsverlust, den eine interkantonale Unternehmung (einschliesslich Versicherungs- und Immobiliengesellschaften) bzw. ein Liegenschaftenhändler oder ein Generalbauunternehmen im Sitzkanton und/oder einem Betriebsstättekanton erleidet, auf den ihm objektmässig zustehenden Wertzuwachsgewinn aus der Veräusserung von Betriebsliegenschaften anrechnen (<ref-ruling> E. 2.3.2 S. 118).
3.3.
3.3.1. Die Beschwerdeführerin ermittelt zunächst rechnerisch den nach ihrer Darstellung steuerfreien Wertzuwachsgewinn, indem sie den gesamten Grundstückgewinn gemäss Buchhaltung von (recte) Fr. 42'168'111.-- dem nach zürcherischem innerkantonalem Steuerrecht steuerbaren Grundstückgewinn von Fr. 23'614'720.-- gegenüberstellt (Fr. 42'168'111.-- abzüglich Fr. 23'614'720.-- = steuerfreier Wertzuwachsgewinn gemäss Darstellung der Beschwerdeführerin von [recte] Fr. 18'553'391.--). Sie ist der Auffassung, dieser Betrag müsse von dem gemäss der Steuerausscheidung des Kantons Waadt dem Kanton Zürich zugewiesenen Gewinn von Fr. 22'609'022.-- in Abzug gebracht werden und auf diese Weise der steuerbare Grundstückgewinn ermittelt werden (Fr. 22'609'222.-- abzüglich Fr. 18'553'391.-- = Fr. 4'055'831.-- steuerbarer Grundstückgewinn).
Die Beschwerdeführerin verkennt, dass die Zugrundelegung des Verkehrswerts von vor 20 Jahren bei der Berechnung des Grundstückgewinns - obwohl sie sich so auswirkt - kein vom Kanton Zürich gewährtes Steuerprivileg darstellt, sondern damit lediglich aus Praktikabilitätsgründen auf einen Ersatzwert abgestellt wird (vgl. Richner/Frei/Kaufmann/Meuter, a.a.O., N 113 zu § 220). Dementsprechend fällt es ausser Betracht, bei einem interkantonalen Unternehmen wie der Beschwerdeführerin den aufgrund des Abstellens auf den Ersatzwert faktisch bei der Grundstückgewinnsteuer unberücksichtigten Teil eines Grundstückgewinns vom für Zwecke der Gewinnbesteuerung ermittelten der Steuerausscheidung zugrunde gelegten Gesamtgewinn, soweit er dem Kanton Zürich zuzuweisen ist (vgl. dazu die vom Kanton Waadt vorgenommene Steuerausscheidung und <ref-ruling> E. 3.3.1 und 3.3.2 S. 122), zur Ermittlung des steuerbaren Grundstückgewinns zum Abzug zu bringen. Das von der Grundsteuerkommission der Stadt V._ gewählte Vorgehen führt offensichtlich zu keiner Doppelbesteuerung: Bei einer Gesamtbetrachtung des von der Beschwerdeführerin im Jahr 2011 erzielten Gewinns von Fr. 23'076'966.-- und unter Berücksichtigung des Verlustvortrags von Fr. 1'347'770.-- hat der Kanton Waadt für Zwecke der Gewinnsteuer einen steuerbaren Reingewinn von Fr. 22'609'022.-- ermittelt und diesen vollumfänglich dem Kanton Zürich zur Besteuerung zugewiesen. Die Kommission für Grundsteuern des Kantons Zürich hat sodann genau in diesem Umfang einen Grundstückgewinn angenommen.
3.3.2. Alternativ ist die Beschwerdeführerin der Auffassung, es müsse vom nach zürcherischem Recht ermittelten Grundstückgewinn der Betriebsverlust und hernach auch der Verlustvortrag zum Abzug zugelassen werden, so dass sich ebenfalls ein Grundstückgewinn von lediglich Fr. 4'055'742.-- ergebe (Fr. 23'614'720.-- abzüglich Fr. 18'211'208.-- sowie abzüglich Fr. 1'347'770.-- = Fr. 4'055'742.--).
Auch insoweit ist nicht erkennbar, inwiefern im von der Kommission für Grundsteuern gewählten Vorgehen eine aktuelle oder virtuelle Doppelbesteuerung liegen soll. Gemäss der bundesgerichtlichen Rechtsprechung (<ref-ruling> E. 3.3.1 und 3.3.2 S. 122, Urteil 2C_230/2017 vom 26. Januar 2018 E. 3.1.2) entspricht das Vorgehen der waadtländischen Behörden, welches im Übrigen auch auf Ebene der Bundessteuer Anwendung findet (Art. 58 Abs. 1 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer [DBG; SR 642.11), den harmonisierungsrechtlichen Vorgaben (Art. 24 Abs. 1 i.V.m. Art. 12 Abs. 1 StHG). Der Kanton Waadt hat damit dem Prinzip der Massgeblichkeit der Handelsbilanz entsprochen ("le principe de l'autorité du bilan commercial ou de déterminance"; <ref-ruling> E. 6.2 S. 360 f.; <ref-ruling> E. 3.1 S. 92; <ref-ruling> E. 2.2 S. 177 f.; <ref-ruling> E. 2c S. 115). Nicht bestritten und deswegen nicht weiter zu prüfen sind der in der Steuerperiode 2012 eingetretene Betriebsverlust (Fr. 18'211'208.--) und der aus Vorperioden stammende Verlust von Fr. 1'347'770.--. Ebenso bundesrechtskonform zog die Steuerverwaltung des Kantons Waadt für die Zwecke der interkantonalen Steuerausscheidung einen Gesamtgewinn von Fr. 23'956'702.-- (einschliesslich eines Grundstückgewinns gemäss Erfolgsrechnung von Fr. 42'168'111.--, welcher gemäss dem Massgeblichkeitsprinzip für die Gewinnsteuer und deren Ausscheidung zu berücksichtigen war, wenngleich der Grundstückgewinn am Ort der gelegenen Sache als Folge der Massgeblichkeit eines Ersatzwerts viel niedriger ausfiel) heran. Eine Konsequenz der von den waadtländischen Behörden verfolgten Ausscheidungsmethode besteht naturgemäss darin, dass der Betriebsverlust vollständig berücksichtigt wird und ebenso Vorjahresverluste voll in die Gewinnausscheidung einfliessen, die entsprechenden Betreffnisse indessen im Kanton Zürich als dem Kanton, in dem ein Grundstückgewinn erzielt wurde, bei der Bemessung des der Grundstückgewinnsteuer unterliegenden Gewinns keine (volle) Berücksichtigung mehr finden. Dem Verbot der Doppelbesteuerung und der daraus abgeleiteten Unzulässigkeit von Ausscheidungsverlusten ist indessen vollumfänglich Genüge getan, solange auf diese Weise nicht mehr als der gesamte Gewinn zur Besteuerung gelangt, d. h. wenn der Kanton, in dem ein Grundstückgewinn erzielt wurde und dem wie hier allein Gewinn zur Gewinnbesteuerung zugewiesen wird, nicht mehr als den ihm zugewiesenen Gewinn besteuert. Damit ist das Entstehen eines Ausscheidungsverlusts ausgeschlossen. In diesem - und nur in diesem Sinn - wirkt sich die Ausscheidung der Gewinnsteuer auch auf den Grundstückgewinnsteuerkanton aus. Unter dem Gesichtswinkel des Verbots der aktuellen oder virtuellen interkantonalen Doppelbesteuerung (<ref-law>) ginge es indessen offensichtlich zu weit, wenn bei der Bemessung des Grundstückgewinns aufgrund eines Ersatzwerts, wie die Beschwerdeführerin dies verlangt, Betriebsverluste (und Vorjahresverluste), welche bereits in die Gewinnsteuerausscheidung eingeflossen sind, zusätzlich auch noch bei der Grundstückgewinnsteuer in Anschlag gebracht würden.
4.
4.1. Fragen kann sich höchstens, ob die Beschwerdeführerin durch die Besteuerung eines Grundstückgewinns von Fr. 22'609'022.-- gegenüber einem nur im Kanton Zürich Steuerpflichtigen diskriminiert wird, d. h. ob sie durch die angefochtene Besteuerung deshalb stärker belastet wird, weil sie nicht im vollen Umfang der Steuerhoheit des Kantons Zürich untersteht, sondern zufolge ihrer territorialen Beziehungen auch im Kanton Waadt steuerpflichtig ist (Schlechterstellungsverbot; <ref-ruling> E. 2.3.1. S. 117 f.; interdiction du traitement fiscal discriminatoire; vgl. <ref-ruling> E. 7.2 S. 240).
4.2. Die Beschwerdeführerin führt in diesem Zusammenhang aus, bei einem rein innerkantonalen Unternehmen werde der steuerfreie Wertzuwachsgewinn gemäss § 220 Abs. 2 StG-ZH nicht mit Betriebsverlusten bzw. Vorjahresverlusten verrechnet. Dies bedeute, dass bei ihr, wäre sie ein innerkantonales Unternehmen, zwar eine etwas höhere Grundstückgewinnsteuerlast anfalle (für die Grundstückgewinnsteuer massgeblicher Gewinn von Fr. 23'614'720.-- statt Fr. 22'609'022.--). Dafür blieben bei der Gewinnsteuer die gesamten Betriebsverluste (Fr. 18'211'208.-- für die Steuerperiode 2012 sowie Vorjahresverluste von Fr. 1'347'770.--) erhalten und könnten während sieben Jahren für eine Verrechnung mit zukünftigem Betriebsgewinn verwendet werden. Basierend auf einem Gewinnsteuersatz für die Kantons- und Gemeindesteuern von rund 15 % würde allein dem Verlust aus dem Jahr 2012 ein Wert von rund Fr. 2.7 Mio. zukommen. Einen solchen Nachteil müsse ein rein zürcherisches Unternehmen nicht tragen (Beschwerdeschrift, S. 10 Ziff. 53).
4.3.
4.3.1. Die Kommission für Grundsteuern der Stadt V._ weist zutreffend darauf hin, dass die von der Beschwerdeführerin beanstandete Benachteiligung nicht etwa die hier streitige Grundstückgewinnsteuer betrifft, sondern die Gewinnsteuer: Das Zürcher Grundstückgewinnsteuerrecht kennt zwar, wie die Beschwerdeführerin richtig ausführt, keine Verlustverrechnung (vgl. Urteil 2C_230/2017 vom 26. Januar 2018 E. 2.3.1 m.w.H. Inzwischen hat der Zürcher Gesetzgeber eine neue Bestimmung ins Steuergesetz aufgenommen, welche die Anrechnung von Betriebsverlusten, soweit diese bei der Gewinnsteuer nicht verrechnet werden konnten, erlaubt [§ 224a StG-ZH, OS 73 583; die Bestimmung ist am 1. Januar 2019 in Kraft getreten und auf Handänderungen nach diesem Zeitpunkt anwendbar]; vgl. hierzu Urteil 2C_851/2018 vom 15. Februar 2019, zur Publikation vorgesehen). Bei der Grundstückgewinnsteuer nicht verrechenbare Betriebsverluste und Verlustvorträge innerkantonaler Unternehmen bleiben nach dem hier noch anwendbaren Recht dafür bei der Gewinnsteuer verrechenbar. Es ist deshalb nicht zu übersehen, dass die Beschwerdeführerin insgesamt - obwohl der 2012 erzielte Betriebsverlust und der Verlustvortrag im Rahmen der interkantonalen Verlustausscheidung des Kantons Waadt berücksichtigt und (wenn auch nur teilweise) bei der Berechnung des steuerbaren Grundstückgewinns in Anschlag gebracht wurden - in Zukunft, anders als ein innerkantonales Unternehmen, bei der Gewinnsteuer keinen Verlust mehr wird geltend machen können.
4.3.2. Es fällt aber entgegen der Auffassung der Beschwerdeführerin ausser Betracht, dem Umstand, dass sie - anders als ein rein innerkantonales Unternehmen - im Zusammenhang mit der Veranlagung der Grundstückgewinnsteuer einen Verlustvortrag bei der Gewinnsteuer "verliert", durch eine gesetzlich nicht vorgesehene (teilweise) Berücksichtigung von Betriebsverlust und Verlustvortrag bei der Grundstückgewinnsteuer Rechnung zu tragen. Ein solches Vorgehen scheidet auch deshalb aus, weil es bei der Veranlagung der Grundstückgewinnsteuer zu einer gesetzlich nicht vorgesehenen Bevorteilung der Beschwerdeführerin gegenüber innerkantonalen Unternehmen führen würde; dies zumal auch deshalb, weil - wie die Beschwerdeführerin selbst darlegt - der effektive Gewinnsteuersatz erheblich unter demjenigen der Grundstückgewinnsteuer liegt.
4.3.3. Zudem ist der von der Beschwerdeführerin beanstandete Nachteil als Konsequenz des Vorrangs der Gewinnsteuerausscheidung bei interkantonalen Unternehmen hinzunehmen. Die neuere Rechtsprechung des Bundesgerichts, welche die Entstehung sog. Ausscheidungsverluste bei Liegenschaftsveräusserungen im interkantonalen Verhältnis ausschliesst (<ref-ruling> E. 2.3.2 S. 118 m.w.H.), knüpft systembedingt an den handelsrechtlichen, für die Einkommens- und Gewinnsteuer massgeblichen Gewinn an. Auf diese Weise wird gewährleistet, dass es zu keinen Ausscheidungsverlusten kommt, und gleichzeitig den harmonisierungsrechtlichen Vorgaben entsprochen (<ref-ruling> E. 3.3.1 und 3.3.2 S. 122 f.). Bei einer Gesamtbetrachtung - von Einkommens- und Gewinnsteuer einer- und Grundstückgewinnsteuer andererseits - wird auf dieses Weise stets der gesamte von einem Unternehmen erzielte Gewinn berücksichtigt und gleichzeitig eine Überbesteuerung (der Liegenschaftsgewinne) vermieden.
Ausfluss dieses Vorrangs der Gewinnsteuerausscheidung ist, dass beim Auseinanderfallen des handelsrechtlichen Gewinns aus einer Grundstücksveräusserung und des aufgrund eines Ersatzwerts ermittelten (geringeren) Grundstückgewinns Situationen auftreten können, bei denen ein interkantonales Unternehmen bei einer Gesamtbetrachtung von Sitzkanton und Liegenschaftskanton mehr Steuern zu entrichten hat als ein rein innerkantonales Unternehmen: Eine solche Konstellation hatte das Bundesgericht bereits in <ref-ruling> zu beurteilen: Während der Kanton Zürich wegen der Berücksichtigung des Ersatzwerts das Vorliegen eines steuerbaren Grundstückgewinns verneinte, bezog der Kanton Graubünden als Sitzkanton in seine Gewinnsteuerausscheidung den handelsrechtlichen Gewinn aus der Grundstückveräusserung im Kanton Zürich ein. Das führte dazu, dass es bei der Gewinnsteuer zu einer Verrechnung von Betriebsverlust und bestehendem Verlustvortrag kam. Wäre das Unternehmen allein im Kanton Zürich steuerpflichtig gewesen, wäre es nicht zu dieser Verlustverrechnung gekommen und die Verluste wären auch in künftigen Steuerperioden noch bei der Gewinnsteuer verrechenbar gewesen. Das Bundesgericht verneinte in diesem Fall das Vorliegen einer virtuellen Doppelbesteuerung sowie einer Verletzung des Schlechterstellungsverbots für den Sitzkanton (<ref-ruling> E. 3 S. 122 ff.).
Auch hier führt die Berücksichtigung des Betriebsverlusts sowie des Verlustvortrags im Rahmen der Steuerausscheidung im Sitzkanton dazu, dass für die Beschwerdeführerin keine Möglichkeit zur Verlustverrechnung mehr besteht. Wäre sie ein rein innerkantonales Unternehmen, würden Betriebsverlust und Verlustvortrag zwar bei der Bemessung des der Grundstückgewinnsteuer unterliegenden Gewinns nicht berücksichtigt, hingegen blieben sie für die Gewinnsteuer in vollem Umfang erhalten. Darin liegt indessen keine von <ref-law> verpönte Diskriminierung des interkantonalen Unternehmens. Dieses Ergebnis ist vielmehr notwendiger Ausfluss dessen, dass im Rahmen der Bemessung des steuerbaren Gewinns im Sitzkanton nach den bundesrechtlichen Vorgaben der gesamte handelsrechtliche Gewinn aus den Grundstückveräusserungen berücksichtigt und auf diese Weise auch die Entstehung von Ausscheidungsverlusten vermieden wird. Dies führt entgegen der Auffassung der Beschwerdeführerin zu keiner Schlechterstellung gegenüber den nur im Kanton Steuerpflichtigen (bei denen eine Verrechnung von Betriebsverlusten mit Grundstückgewinnen ausgeschlossen ist). Vielmehr kommt darin nur zum Ausdruck, dass die Tragweite des Heranziehens eines Ersatzwerts für die Bestimmung der Höhe des der Grundstückgewinnsteuer unterliegenden Gewinns auf die Grundstückgewinnsteuer beschränkt ist (so im Ergebnis auch schon das Urteil 2C_230/2017 vom 26. Januar 2018 E. 2.4).
5.
Soweit die Beschwerdeführerin schliesslich geltend macht, die mit dem angefochtenen Entscheid geschützte Grundstückgewinnsteuerveranlagung führe zu einer Besteuerung, welche den Grundsatz der Besteuerung nach der wirtschaftlichen Leistungsfähigkeit (<ref-law>) verletze, ist bereits zweifelhaft, ob das entsprechende Vorbringen ausreichend substanziiert ist (<ref-law>). Die Frage kann offenbleiben, weil sich die Beschwerdeführerin darauf beschränkt geltend zu machen, es sei äusserst stossend, wenn sie trotz eines wirtschaftlich schwierigen Umfelds und einer mehrjährigen Verlustsituation definitiv Grundstückgewinnsteuern von rund Fr. 4.5 Mio. bezahlen müsse (vgl. Beschwerdeschrift, S. 11 Rz 59 und S. 9 Rz 47). In der Auferlegung von Grundstückgewinnsteuern von rund Fr. 4.5 Mio. liegt offensichtlich keine Verletzung des Leistungsfähigkeitsprinzips: Sämtliche Betriebsverluste der Beschwerdeführerin wurden im Rahmen der Gewinnsteuerausscheidung des Kantons Waadt berücksichtigt und zum Teil - soweit der in den Kanton Zürich ausgeschiedene (gesamte) steuerbare Reingewinn geringer ausfällt als der nach zürcherischem Recht ermittelte Grundstückgewinn (Fr. 23'614'720.-- abzüglich Fr. 22'609'022.-- = Fr. 1'005'698.--) - auch bei der Bemessung der Grundstückgewinnsteuer berücksichtigt. Inwiefern darin eine dem Leistungsfähigkeitsprinzip zuwider laufende Besteuerung liegen soll, ist nicht erkennbar. Die Beschwerde erweist sich damit auch insoweit als unbegründet und ist daher abzuweisen.
6.
Ausgangsgemäss hat die Beschwerdeführerin die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens zu tragen (Art. 65 und 66 BGG). Der obsiegenden Stadt V._ und dem Kanton Zürich, die in ihrem amtlichen Wirkungskreis obsiegen, ist keine Parteientschädigung zuzusprechen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen.
2.
Die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens von Fr. 25'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3.
Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten, dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 2. Abteilung, und der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 13. Mai 2019
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Seiler
Der Gerichtsschreiber: Seiler