Faits :
A.
A.a. Les époux A._, tous deux nés en 1948, se sont mariés le 20 juillet 1979. Par contrat de mariage, passé le 11 juillet 1979 devant notaire, les parties ont soumis leur union au régime de la séparation de biens. Elles sont les parents de deux enfants, nés l'un en 1979 et l'autre en 1985.
A.b. Les époux se sont séparés au cours de l'année 2007 selon A.A._ et durant l'année 2000 selon B.A._. Ils sont toutefois encore tous deux domiciliés dans la maison familiale sise au chemin D._ à U._ (GE) et ont tous deux déclaré continuer à y habiter, B.A._ indiquant dormir occasionnellement chez sa compagne et A.A._ habiter partiellement depuis 2009 dans un appartement lui appartenant à V._ (France).
A.c. Les faits suivants ont été retenus en instance cantonale:
A.c.a. A.A._ a travaillé à E._ jusqu'à la naissance du premier enfant du couple. Elle a ensuite effectué un stage d'avocat puis travaillé comme collaboratrice à mi-temps au sein d'une étude pour un salaire de l'ordre 2'500 fr. par mois jusqu'en 1989. En 1990, elle s'est mise à son compte. Elle a allégué avoir arrêté le volet judiciaire de son activité en 1998. Elle a estimé les revenus tirés de son activité d'indépendante, exercée à mi-temps depuis le début, ce que conteste B.A._ qui fait valoir qu'elle a toujours travaillé à plein temps, ainsi que des revenus tirés de biens immobiliers lui appartenant mis en location, à 3'000 fr. par mois au total. Elle affirme avoir cessé toute activité professionnelle depuis le 21 février 2010 à la suite d'un accident.
Depuis le 1er janvier 2012, elle perçoit une rente simple AVS de 2'162 fr. par mois.
A teneur de la taxation fiscale de A.A._ pour l'année 2006, sa fortune mobilière s'élevait à 169'218 fr. Aucun document actualisé n'a été produit.
A.A._ est seule propriétaire de plusieurs biens immobiliers situés en Allemagne, en Suisse et en France, dont les valeurs vénales ont été fixées sur la base d'expertises judiciaires.
A.c.b. B.A._ a mené l'essentiel de sa carrière professionnelle en qualité de salarié au sein de C._. Depuis le 1er août 2010, il est à la retraite. Il perçoit depuis lors, de son institution de prévoyance, une rente mensuelle nette de 8'977 fr. 85 et une rente AVS d'un montant de 2'340 fr. Il réalise également un revenu accessoire qu'il estime à 375 fr. par mois tiré de son activité de juge assesseur auprès du F._.
Il ressort de l'attestation émise par la caisse de pension de B.A._ que le montant de la prestation de libre passage ayant donné droit à la rente précitée s'élevait à 1'604'730 fr. jusqu'au 31 juillet 2010, dont 1'567'383 fr. (au plus) acquis pendant le mariage.
Selon son avis de taxation pour l'année 2008, la fortune mobilière de B.A._ était de 804'323 fr., montant qui incluait deux prêts octroyés aux enfants du couple pour un montant total de 368'216 fr. Aucun document actualisé n'a été produit.
En 2014, le capital 3ème pilier de 175'000 fr. accumulé par B.A._ a été versé sur ses comptes titres.
A.c.c.
A.c.c.a. Le 31 octobre 1980, les époux ont acquis au prix de 250'000 fr. en copropriété à raison d'une moitié chacun l'immeuble D._ à U._ (GE), qui est devenu le domicile familial.
L'achat de cet immeuble a été notamment financé par des emprunts contractés conjointement et solidairement par les parties, soit un prêt hypothécaire de 80'000 fr., dont le solde s'élève à 60'200 fr., et un prêt de 50'000 fr. auprès du père de B.A._ remboursé à hauteur de 22'958 fr. par les parties et de 27'042 fr. par B.A._, ce montant ayant été porté en déduction de la part successorale à la mort de son père en 2004. Le solde du financement, par 120'000 fr., avait été réglé de manière inégale par les parties, A.A._ ayant financé l'acquisition de la part de copropriété de son époux à raison de 42'500 fr.
L'immeuble possédait deux dépôts en annexe qui ont été loués de nombreuses années par les parties, les loyers perçus étant déposés sur le compte personnel de B.A._. Les loyers ainsi encaissés étaient utilisés pour payer les intérêts hypothécaires et les amortissements de l'emprunt relatif à l'immeuble, dont chacun des époux devait s'acquitter au prorata de ses revenus.
A.c.c.b. Les parties ont également été copropriétaires d'un immeuble à W._ (Vaud). Ce bien a été vendu en 1998 et le bénéfice a été partagé par moitié entre les parties (116'358 fr. chacun) par le notaire ayant instrumenté la vente, après déduction du solde de l'emprunt hypothécaire. En mai 2000, B.A._ a versé à A.A._ une somme de 3'480 fr. 25 au titre de " solde W._ " et "Dép. fin Adm. Impôts Lausanne 1 ".
B.
B.a.
B.a.a. Le 6 octobre 2009, B.A._ a saisi le Tribunal de première instance de Genève (ci-après: tribunal) d'une demande unilatérale en divorce, principe auquel A.A._ a acquiescé.
S'agissant des effets accessoires du divorce encore litigieux, A.A._ a notamment conclu au partage par moitié des prestations de sortie LPP et des avoirs de 3ème pilier accumulés par B.A._, subsidiairement au versement d'une indemnité équitable, et à ce que la liquidation des autres effets patrimoniaux soit réservée.
Dans son mémoire de réponse du 16 mars 2010, B.A._ a conclu, sur ces mêmes points, à ce qu'il soit dit qu'il n'y avait pas lieu au partage des avoirs de prévoyance professionnelle des parties et à ce que la pleine et entière propriété de l'immeuble D._ lui soit attribuée, ainsi que les droits et obligations y afférents.
A l'audience du tribunal du 27 avril 2010, A.A._ a déclaré souhaiter que l'immeuble D._ soit vendu, cas échéant que B.A._ lui rachète sa part de copropriété.
Dans ses écritures déposées le 17 mai 2010, A.A._ a repris ses conclusions tendant à la vente du bien immobilier copropriété des parties et en partage des avoirs de prévoyance professionnelle et de 3èm e pilier de B.A._. Elle a nouvellement conclu, à ce que le tribunal dise et constate qu'elle dispose à l'encontre de B.A._ de diverses créances d'un montant total de 553'000 fr., sous réserve d'amplification, portant intérêts à diverses dates.
B.a.b. Par jugement du 24 juin 2010, le tribunal a prononcé le divorce des parties (ch. 5), a réservé le sort de l'immeuble D._, copropriété des époux (ch. 6), a condamné B.A._ à verser à A.A._ une somme de 706'332 fr. 50 à titre d'indemnité équitable au sens de l'art. 124 CC (ch. 7), a dit que B.A._ ne devait aucune contribution d'entretien post-divorce à A.A._ (ch. 8) et que, sous réserve de l'immeuble précité, les rapports patrimoniaux des parties pouvaient être considérés comme liquidés (ch. 9), a débouté les parties de leurs conclusions tendant à l'octroi d'une indemnité équitable au sens de l'art. 165 CC (ch. 10), a compensé les dépens (ch. 11) et a débouté les parties de toutes autres conclusions (ch. 12).
B.a.c. Par arrêt du 13 mai 2011, statuant sur les appels croisés des parties, la Cour de justice du canton de Genève (ci-après: cour de justice) a annulé les chiffres 6 à 9, 11 et 12 du dispositif du jugement et a renvoyé la cause au tribunal pour complément d'instruction et nouvelle décision.
B.b.
B.b.a. Après l'échec d'une médiation, puis d'une conciliation pour mettre fin à leur litige, A.A._ a conclu le 15 novembre 2013 à ce que B.A._ soit condamné à lui verser:
- 90'000 fr. plus intérêts à 5% dès le 1er janvier 1986 à titre de remboursements des loyers que son ex-époux aurait encaissés pendant onze ans provenant de la location de deux dépôts situés dans la villa conjugale,
- 200'000 fr. plus intérêts à 5% dès le 1er janvier 1992 à titre de remboursement de la moitié des loyers que son ex-époux aurait encaissés pendant douze ans provenant de la location de la villa à W._, ainsi que la moitié du bénéfice sur la vente de cette villa qu'il aurait gardé par-devers lui,
- 240'000 fr. plus intérêts à 5% dès le 1er janvier 1994 à titre de remboursement des cotisations sociales (parts employé LPP) le concernant que celui-ci aurait "débitées des comptes-courants du ménage " dès 1980,
- 91'300 fr. plus intérêts à 5% dès le 1er janvier 2004 à titre de remboursement du paiement en capital LPP le concernant (rachats) que celui-ci aurait "débité des comptes-courants du ménage ",
- 87'500 fr. plus intérêts à 5% dès le 1er janvier 1996 à titre de remboursement de la moitié des cotisations au 3ème pilier que celui-ci aurait " débitées des comptes-courants du ménage ",
- 163'628 fr. plus intérêts à 5% dès le 1er janvier 2004 à titre de remboursement de la créance pour la répartition des frais du ménage et l'entretien de la famille,
- 140'000 fr. plus intérêts à 5% dès le 1er janvier 1996 à titre de remboursement des intérêts, des amortissements et des frais et travaux de rénovation payés par elle pour la maison familiale depuis 1981,
- 30'000 fr. plus intérêts à 5% dès le 1er janvier 1996 à titre de remboursement des frais de gestion des locations encaissées par son ex-époux et
- 120'000 fr. plus intérêts à 5% dès le 1er juin 2009 à titre de remboursement du dommage causé à la valeur locative de la maison familiale depuis le début de la procédure en divorce par des prétendus agissements abusifs et illicites de son ex-époux depuis au moins janvier 2007.
Elle a conclu à ce que le tribunal lui attribue la part de copropriété de B.A._ sur l'immeuble D._, avec remise de la dette hypothécaire restante au moment du jugement, et à ce qu'il soit dit que la valeur de la part de copropriété de B.A._, qui devait être établie par le tribunal, serait compensée à due concurrence avec les créances susmentionnées. Elle a également conclu à ce que le mobilier garnissant le domicile conjugal lui soit attribué, à l'exception des affaires personnelles de B.A._, et à ce qu'une indemnité équitable de 792'369 fr. 50 avec intérêts à 5% l'an dès le 1er juillet 2010 lui soit versée, sous réserve d'amplification.
B.b.b. Par ordonnance du 29 avril 2014, le tribunal a condamné B.A._ à verser à A.A._ la somme de 4'500 fr. à titre de provisio ad litem.
B.b.c. Dans ses conclusions du 30 septembre 2014, B.A._ a principalement conclu à ce que la part de copropriété de A.A._ sur l'immeuble D._ lui soit attribuée, à ce qu'il lui soit donné acte de son engagement de verser une soulte à A.A._ pour l'attribution du bien immobilier, le montant devant être fixé après administration des preuves, à ce qu'il soit ordonné à A.A._ de reprendre à sa seule charge la dette hypothécaire de l'immeuble à hauteur de 30'100 fr., à ce que le mobilier garnissant la villa lui soit attribué, à ce que A.A._ soit condamnée à lui verser 7'148 fr. au titre des intérêts hypothécaires, et à ce qu'il soit dit qu'aucune contribution d'entretien entre époux n'est due et qu'il n'y a pas lieu au partage des avoirs de prévoyance professionnelle.
B.b.d. A l'issue de l'administration des preuves, A.A._ a sollicité des mesures probatoires supplémentaires, à savoir l'audition de témoins - non désignés - et la mise en oeuvre, s'agissant des créances qu'elle réclamait, d'une expertise de la comptabilité de B.A._.
B.b.e. Par jugement du 12 novembre 2019, le tribunal a attribué à B.A._ la pleine propriété de l'immeuble sis chemin D._ à U._ (ch. 1), a ordonné au Conservateur du Registre foncier de Genève de transférer à B.A._ la part de copropriété de A.A._ sur la parcelle en cause aux frais de ce dernier (ch. 2), dit que B.A._ reprendrait à son seul nom et à sa seule charge le prêt hypothécaire grevant ledit bien immobilier auprès de Banque Migros (ch. 3), a condamné B.A._ à verser à A.A._ le montant de 818'879 fr. (ch. 4), a attribué à B.A._ la propriété de l'ensemble des biens mobiliers garnissant la villa conjugale (ch. 5), a condamné B.A._ à verser à A.A._ le montant de 10'000 fr. (ch. 6), dit que moyennant bonne et fidèle exécution des dispositions qui précédaient, les parties avaient liquidé leurs rapports patrimoniaux et n'avaient plus de prétentions à faire valoir l'une envers l'autre de ce chef (ch. 7), dit qu'il n'y avait pas lieu à partage des prétentions découlant de la prévoyance professionnelle (ch. 8), et dit qu'il ne serait pas alloué de contribution d'entretien post-divorce (ch. 9).
B.c.
B.c.a. A.A._ a appelé de ce jugement auprès de la cour de justice. Elle a conclu à ce que la pleine propriété de l'immeuble D._ lui soit attribuée, à ce qu'il soit ordonné au Conservateur du Registre foncier de Genève de lui transférer la part de copropriété de B.A._ sur cet immeuble à ses frais, à ce que B.A._ soit condamné à libérer le domicile familial de tous ses biens et à lui remettre toutes les clés afférentes dès l'entrée en force du jugement, sous la menace de la peine prévue à l'art. 292 CP, à ce qu'il soit dit qu'elle reprendra à son seul nom et à sa seule charge le prêt hypothécaire grevant ledit bien immobilier auprès de Banque Migros, à ce qu'elle soit condamnée à verser à B.A._ le montant de 334'728 fr. 75 au titre de désintéressement de sa part de copropriété, à ce qu'il soit dit qu'elle est propriétaire de l'ensemble des biens mobiliers garnissant la villa à l'exception des biens personnels de B.A._ se trouvant dans une chambre fermée à clé, à ce que B.A._ soit condamné à lui verser la somme de 636'118 fr. 68 avec intérêts à 5% l'an dès le 24 juin 2010 au titre de liquidation des rapports patrimoniaux, soit :
- 44'670 fr. à titre de remboursement des loyers que son ex-époux aurait encaissés pendant onze ans provenant de la location de deux dépôts situés dans la villa conjugale,
- 215'040 fr. à titre de remboursement de la moitié des loyers que son ex-époux aurait encaissés pendant douze ans provenant de la location de la villa à W._, dont ils étaient copropriétaires jusqu'en 2004,
- 76'043 fr. à titre de remboursement des cotisations sociales (parts employé LPP) le concernant que B.A._ aurait " débitées des comptes-courants du ménage " dès 1980,
- 93'848 fr. à titre de remboursement du paiement en capital LPP le concernant (rachats) que celui-ci aurait " débité des comptes-courants du ménage ",
- 42'889 fr. 68 fr. à titre de remboursement de la moitié des cotisations au 3ème pilier que celui-ci aurait " débitées des comptes-courants du ménage ",
- 163'628 fr. à titre de remboursement de la créance pour la répartition des frais du ménage et l'entretien de la famille.
Elle a conclu à ce que les créances respectives soient compensées, à ce qu'il soit dit que moyennant une bonne et fidèle exécution de ce qui précède, les parties auront liquidé leurs rapports patrimoniaux et n'auront plus de prétentions à faire valoir l'une envers l'autre de ce chef, à ce que le partage des avoirs de prévoyance professionnelle acquis au cours du mariage soit ordonné, la caisse de prévoyance de B.A._ devant en conséquence transférer un montant de 727'100 fr. sur son compte courant auprès de la Banque cantonale de Genève.
B.c.b. Par arrêt du 3 novembre 2020, expédié le 19 suivant, la cour de justice a complété le chiffre 5 du dispositif de ce jugement, en ce sens que A.A._ sera autorisée à reprendre ses effets personnels et ceux liés à son ancienne activité professionnelle sis dans l'immeuble chemin D._ à U._ (GE). Elle a confirmé le jugement pour le surplus et débouté les parties de toutes autres conclusions.
C.
Par acte posté le 12 janvier 2021, A.A._ interjette un recours en matière civile contre cet arrêt devant le Tribunal fédéral. Elle conclut principalement à sa réforme, en ce sens que la pleine propriété de l'immeuble D._ lui soit attribuée (ch. 2), à ce qu'il soit ordonné au Conservateur du Registre foncier de Genève de lui transférer la part de copropriété de B.A._ sur cet immeuble à ses frais (ch. 3), à ce que B.A._ soit condamné à libérer le domicile familial de tous ses biens et à lui remettre toutes les clés y afférentes dès l'entrée en force du jugement, sous la menace de la peine prévue à l'art. 292 CP (ch. 4), à ce qu'il soit dit qu'elle reprendra à son seul nom et à sa seule charge le prêt hypothécaire grevant ledit bien immobilier auprès de Banque Migros (ch. 5), à ce qu'elle soit condamnée à verser à B.A._ le montant de 674'344 fr. 325 ( sic) au titre de désintéressement de sa part de copropriété (ch. 6), à ce qu'il soit dit qu'elle est propriétaire de l'ensemble des biens mobiliers garnissant la villa à l'exception des biens personnels de B.A._ se trouvant dans une chambre fermée à clé (ch. 7), à ce que B.A._ soit condamné à lui verser la somme de 636'118 fr. 68 avec intérêts à 5% l'an dès le prononcé du divorce, soit le 24 juin 2010, au titre de liquidation des rapports patrimoniaux (ch. 8), à ce que les créances respectives des parties soient compensées (ch. 9), à ce qu'il soit dit que moyennant une bonne et fidèle exécution des dispositions qui précèdent, les parties auront liquidé leurs rapports patrimoniaux et n'auront plus de prétentions à faire valoir l'une envers l'autre de ce chef (ch. 10), à ce que le partage par moitié des avoirs de prévoyance professionnelle accumulés par B.A._ pendant leur mariage soit ordonné (ch. 11) et, en conséquence, à ce qu'il soit ordonné à la CAP Prévoyance à Genève de transférer le montant de 774'024 fr. par débit du compte de B.A._ sur son compte courant n° xxxxxxxx auprès de la Banque cantonale de Genève (ch. 12). Subsidiairement, elle conclut à l'annulation de l'arrêt attaqué (ch. 13) et au renvoi de la cause à l'autorité cantonale pour nouvelle décision au sens des considérants (ch. 14). En substance, elle se plaint d'arbitraire (art. 9 Cst.) dans l'établissement des faits, de la violation de l'art. 4 CC en lien avec les art. 251 et 165 al. 2 CC, des art. 122, 123 al. 1 et 124b CC, et de l'art. 40 aLPC/GE.
Des observations n'ont pas été requises.

Considérant en droit :
1.
Le recours a été déposé en temps utile (art. 100 al. 1 LTF) contre une décision finale (art. 90 LTF) prise par une juridiction cantonale de dernière instance statuant sur recours (art. 75 LTF), dans une affaire civile (art. 72 al. 1 LTF) de nature pécuniaire dont la valeur litigieuse est supérieure à 30'000 fr. (art. 74 al. 1 let. b LTF). La recourante, qui a succombé devant l'autorité précédente, a qualité pour recourir (art. 76 al. 1 LTF).
2.
2.1.
2.1.1. Le recours en matière civile peut être formé pour violation du droit, tel qu'il est délimité par les art. 95 s. LTF. Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (art. 106 al. 1 LTF). Cela étant, eu égard à l'exigence de motivation contenue à l'art. 42 al. 1 et 2 LTF, il n'examine en principe que les griefs soulevés; il n'est pas tenu de traiter, à l'instar d'une autorité de première instance, toutes les questions juridiques qui pourraient se poser, lorsque celles-ci ne sont plus discutées devant lui (<ref-ruling> consid. 2.4 et les références). Le recourant doit par conséquent discuter les motifs de la décision entreprise et indiquer précisément en quoi il estime que l'autorité précédente a méconnu le droit (<ref-ruling> consid. 1.7.1; <ref-ruling> consid. 2.4 et la référence). Le Tribunal fédéral ne connaît par ailleurs de la violation de droits fondamentaux que si un tel grief a été expressément invoqué et motivé de façon claire et détaillée par le recourant (" principe d'allégation ", art. 106 al. 2 LTF; <ref-ruling> consid. 2.1; <ref-ruling> consid. 5.1; <ref-ruling> consid. 2.1). Les critiques de nature appellatoire sont irrecevables (<ref-ruling> consid. 1.1; <ref-ruling> consid. 2.4 et les références).
2.1.2. Le Tribunal fédéral examine sous l'angle restreint de l'arbitraire (art. 9 Cst.) l'interprétation et l'application des règles du droit cantonal autres que constitutionnelles (<ref-ruling> consid. 5.4; <ref-ruling> consid. 2.2; <ref-ruling> consid. 3), de sorte que le grief de la recourante relatif à la violation de l'aLPC/GE doit être déclaré d'emblée irrecevable, faute de toute critique d'arbitraire dûment motivée.
2.1.3. L'autorité cantonale a déclaré irrecevables en application de l'art. 317 al. 2 CPC les conclusions de la recourante en tant qu'elles allaient au-delà des sommes réclamées pour les mêmes postes devant le juge de première instance, soit 215'040 fr. au lieu de 200'000 fr. réclamés pour les loyers de la maison de W._ et 93'848 fr. au lieu de 91'300 fr. pour le rachat de la LPP avec les comptes du ménage. Or, à sa conclusion n° 8, la recourante reprend le montant total auquel elle a conclu devant l'autorité cantonale, qui comprenait les deux postes précités, sans toutefois s'attaquer à la motivation de l'arrêt attaqué sur ce point, de sorte que sa conclusion n° 8 est irrecevable en tant qu'elle excède les montants pour lesquels l'autorité cantonale a considéré recevables les conclusions de la recourante.
2.2. Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF). Il ne peut s'en écarter que si ceux-ci ont été constatés de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (art. 105 al. 2 LTF), et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1 LTF). Le recourant qui soutient que les faits ont été établis d'une manière manifestement inexacte, c'est-à-dire arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (<ref-ruling> consid. 6.7; <ref-ruling> consid. 2.2 et la référence), doit satisfaire au principe d'allégation susmentionné (art. 106 al. 2 LTF; cf. supra consid. 2.1). Une critique des faits qui ne satisfait pas à cette exigence est irrecevable (<ref-ruling> consid. 1.1).
2.3. Toute conclusion nouvelle est irrecevable (art. 99 al. 2 LTF). Tel est le sort à réserver à la conclusion n° 12 du recours, en tant qu'elle va au-delà du montant de 727'100 fr. réclamé devant l'instance cantonale au titre de partage par moitié des avoirs de prévoyance professionnelle.
3.
3.1. L'autorité cantonale a d'abord statué sur l'attribution de l'immeuble D._.
Elle a retenu que les deux parties étaient toujours officiellement domiciliées dans l'immeuble, mais qu'aucune n'avait prouvé y vivre de manière constante. En outre, la recourante n'exerçait plus d'activité lucrative de sorte qu'elle ne pouvait se prévaloir de l'existence de son ancien bureau dans l'immeuble pour en réclamer l'attribution. Elle n'avait par ailleurs pas prouvé avoir pris une part décisive dans l'acquisition de ce bien, étant relevé qu'elle faisait valoir cet argument pour la première fois en appel. Le fait pour la recourante d'avoir réalisé des travaux à l'intérieur de la maison, ce qu'elle n'avait au demeurant pas prouvé, ne suffisait pas à retenir qu'elle possédait un intérêt particulier pour la villa. Enfin, compte tenu du fait que les parties étaient copropriétaires par moitié, c'était à tort que la recourante faisait valoir avoir contribué financièrement de manière plus importante que l'intimé à cette acquisition. En revanche, contrairement à la recourante qui désirait que le bien immobilier fût vendu dans ses premières conclusions, l'intimé avait souhaité dès le début de la procédure que ce bien lui fût attribué afin d'être conservé pour les enfants. Le fait que la recourante n'ait souhaité que tardivement au cours de la procédure que le bien immobilier lui soit attribué permettait de tenir pour relatif son attachement à celui-ci. Sur la base de ces éléments, l'autorité cantonale a jugé que l'intimé avait un intérêt prépondérant à se voir attribuer la part de copropriété de la recourante.
Elle a ajouté que, pour la première fois en appel, la recourante faisait valoir que l'intimé ne disposerait pas des moyens financiers pour lui racheter sa part de copropriété. Il n'était toutefois pas contesté que l'intimé disposait d'une fortune de 800'000 fr. en 2009. Certes, environ 350'000 fr. étaient constitués d'une créance qu'il détenait envers ses enfants mais l'intimé pouvait demander une augmentation de l'hypothèque, qui n'était actuellement que de 60'000 fr., compte tenu de ses rentes de 10'000 fr. par mois. Selon la cour cantonale, il faisait également peu de doute que la banque accepterait la reprise de l'hypothèque vu son faible montant et la bonne capacité financière de l'intimé. Enfin, l'intimé disposait depuis 2014 de titres acquis pour 175'000 fr. avec l'argent provenant de son 3ème pilier, qu'il pourrait, si nécessaire, réaliser. Par conséquent, elle a jugé que l'intimé disposait des moyens financiers pour s'acquitter de la soulte due à la recourante pour sa part de copropriété.
3.2. L'autorité cantonale s'est ensuite saisie du grief portant sur la valeur de cet immeuble et le moment où celle-ci devait être arrêtée.
Elle a jugé que la valeur actuelle, et non celle qui prévalait au jour du divorce, devait être prise en considération, c'est-à-dire celle retenue par les experts compte tenu des prix constatés en 2019, soit 1'640'000 fr. A titre de motivation, elle a exposé que le régime matrimonial de la séparation de biens ne connaissait pas de liquidation proprement dite, de sorte qu'en tout état, les biens disputés par les conjoints devaient être estimés à leur valeur vénale au moment où il était " tranché du litige selon les règles ordinaires ". En outre, seule la valeur vénale actuelle devait être prise en considération puisque le conjoint désintéressé ne devait pas recevoir une soulte inférieure à celle qu'il aurait perçue en cas de vente du bien à un tiers au prix du marché.
3.3. L'autorité cantonale a par ailleurs déterminé la soulte que l'intimé devait verser à la recourante pour racheter sa part de copropriété en fonction de l'élément de calcul contesté.
Elle a jugé que la recourante se méprenait lorsqu'elle prétendait au partage de la plus-value de la valeur de la copropriété en proportion des apports de chacune des parties puisque celles-ci étaient copropriétaires pour moitié chacune du bien litigieux, et que, compte tenu de la séparation de biens des parties, il fallait partager la plus-value conjoncturelle par moitié entre elles. Elle a ensuite retenu que la recourante avait prouvé avoir reçu 50'000 DM en 1979 et 47'114 fr. 35 en septembre 1980, mais non avoir utilisé la totalité de cet argent pour l'achat de sa part du bien immobilier, de sorte qu'il fallait limiter la participation de la recourante au montant de 85'000 fr. admis par l'intimé. Elle a également retenu que la recourante n'avait pas prouvé que l'intimé aurait répercuté la somme de 27'042 fr. à la charge du ménage, la note manuscrite à laquelle la recourante se référait étant insuffisante à le prouver compte tenu de sa nature. Au vu des autres éléments de calcul pertinents, elle a confirmé, à la suite du premier juge, que le montant dû par l'intimé à la recourante pour le rachat de sa part de copropriété était de 818'879 fr. en sus de la reprise de la totalité de l'emprunt hypothécaire de 60'200 fr.
3.4. L'autorité cantonale a encore statué sur l'attribution des meubles garnissant l'immeuble D._.
Elle a retenu que la recourante s'était limitée à dresser une liste non exhaustive des biens garnissant l'immeuble sans toutefois prouver les avoir acquis avec ses deniers personnels. Il fallait donc admettre qu'ils étaient copropriété des parties, étant précisé que la recourante ne critiquait pas la décision du premier juge d'attribuer ces biens à la partie conservant la propriété de l'immeuble les abritant, ni la quotité de la soulte à verser pour la part de copropriété de ces biens mobiliers. Il y avait donc uniquement lieu d'autoriser la recourante à récupérer ses effets personnels ainsi que les biens ayant eu un lien direct avec l'exercice de son activité professionnelle (dossiers, matériel de bureau), la décision attaquée étant complétée sur ce point.
3.5. L'autorité cantonale a ensuite statué sur le paiement de différentes créances que la recourante réclamait à l'intimé, soit des montants que ce dernier lui aurait fait payer dans le cadre des " frais du ménage " - la répercussion de ses cotisations sociales, le rachat de sa LPP, le paiement de ses cotisations 3ème pilier -, ainsi que la moitié du solde du " compte commun " au moment du divorce.
Elle a retenu qu'on ignorait si les comptes manuscrits élaborés par l'intimé, sur lesquels la recourante fondait ses prétentions, reflétaient la réalité des flux d'argent entre les parties puisque la recourante n'avait pas prouvé avoir versé le moindre argent à l'intimé. A cela s'ajoutait que les documents étaient difficilement compréhensibles et il ne pouvait être tenu compte de l'analyse de ceux-ci qui avait été effectuée par une fiduciaire à la demande de la recourante s'agissant de simples conclusions tirées de documents non probants et difficilement compréhensibles. Par conséquent, nul n'était besoin d'exiger de l'intimé qu'il produise l'ensemble de ses comptes manuscrits puisque la recourante devait en premier lieu prouver avoir versé l'argent dont elle réclamait le remboursement, ce qu'elle n'avait pas fait. Il en allait de même de l'audition de témoins, que l'appelante ne sollicitait plus en appel. L'autorité cantonale a par ailleurs établi que l'intimé avait versé en 2010 à la recourante le solde du compte ayant recueilli les loyers de la location de W._, étant précisé que la recourante n'avait jamais contesté le montant reçu, de sorte qu'il fallait retenir que l'intimé avait versé à la recourante ce qui lui revenait à ce titre. Enfin, elle a admis que les parties étaient cobailleresses des dépôts de l'immeuble D._, que l'intimé avait perçu l'ensemble des loyers relatifs à ces locations et qu'il les avait utilisés pour payer les intérêts hypothécaires et les amortissements de l'emprunt relatif à cet immeuble, étant précisé que la recourante ne faisait pas valoir que les montants des loyers encaissés pendant onze années auraient été supérieurs aux frais hypothécaires acquittés pour l'immeuble, de sorte qu'elle échouait à prouver que l'intimé aurait gardé par devers lui des loyers lui revenant pour moitié.
3.6. Enfin, l'autorité cantonale s'est saisie des griefs relatifs au refus de partager les avoirs de prévoyance professionnelle accumulés par l'intimé au cours du mariage.
Elle a établi que l'intimé avait accumulé des avoirs de prévoyance professionnelle de 1'604'730 fr. au 31 juillet 2010, dont 1'567'383 fr. acquis pendant le mariage. Il s'était également constitué un 3ème pilier d'environ 175'000 fr. Pour sa part, la recourante n'avait accumulé que 19'335 fr. d'avoirs de prévoyance professionnelle pendant la période où elle était salariée. Durant toute la période où elle avait exercé comme avocate indépendante, elle avait fait le choix de ne pas continuer à cotiser à un deuxième ou troisième pilier, préférant placer l'argent qu'elle aurait pu y consacrer dans le domaine immobilier. Elle n'avait en effet pas acquis des immeubles pour les occuper mais acheté des immeubles locatifs à des fins de rendement. Elle avait donc volontairement choisi de renoncer à se constituer une prévoyance ordinaire pour préférer investir dans l'immobilier. Il pouvait donc être retenu que le patrimoine immobilier de la recourante constituait une forme de prévoyance qui aurait pu trouver son équivalent dans un deuxième ou un troisième pilier.
L'autorité cantonale a considéré que l'intimé avait été mis au bénéfice d'une rente AVS de 2'340 fr. par mois et d'une rente mensuelle nette de 8'977 fr. 85 de son institution de prévoyance, qu'il serait seul propriétaire de l'immeuble familial mais ne disposerait plus d'aucune autre fortune. Pour sa part, la recourante disposait d'une rente AVS équivalente à celle de l'intimé et d'un parc immobilier important d'une valeur de plusieurs millions de francs, soit 2'713'000 fr. au moment du dépôt de la demande en divorce, que la recourante n'aurait pas à partager avec l'intimé. En conséquence, si l'on devait partager les avoirs de l'intimé, celui-ci ne disposerait plus que d'une rente de 4'500 fr. par mois alors que la recourante percevrait non seulement une rente mais continuerait de bénéficier de son parc immobilier. L'autorité cantonale a considéré que, dans ces conditions, le partage par moitié de l'avoir de libre passage accumulé par l'intimé conduirait à un résultat manifestement inéquitable.
3.7. L'autorité cantonale a encore jugé que, alors que la décision condamnant l'intimé à verser à la recourante une provisio ad litem de 4'500 fr. avait été prononcée en avril 2014, la recourante faisait valoir pour la première fois dans le cadre de l'appel qu'elle n'aurait jamais reçu ce montant, sans expliquer pourquoi elle n'avait pas articulé ce fait devant le tribunal. Elle a donc jugé qu'il s'agissait d'un fait nouveau irrecevable.
4.
La recourante se plaint d'établissement arbitraire des faits (art. 9 Cst.) relatifs à sa fortune, au financement de l'acquisition de l'immeuble D._, des travaux qu'elle a effectués dans cet immeuble, aux différentes créances qu'elle fait valoir contre l'intimé, aux loyers perçus par l'intimé sur la location de la villa de W._, et sur l'absence de versement de la provisio ad litem.
4.1. La recourante affirme qu'elle n'a jamais reçu le montant dû à titre de provisio ad litem, sans s'en prendre à l'argumentation en droit de l'autorité cantonale selon lequel ce fait devait être considéré comme nouveau au sens de l'art. 317 al.1 CPC.
Son grief de fait est dès lors irrecevable. On ne peut en effet reprocher à l'autorité cantonale d'avoir mal établi des faits qu'elle a jugé irrecevables pour des motifs de procédure.
4.2. La recourante reproche à l'autorité cantonale d'avoir ignoré qu'elle avait acquis ses biens immobiliers au moyen de l'épargne accumulée avant le mariage, de sorte qu'on ne pourrait se fonder sur cette fortune pour exclure le partage par moitié.
Toutefois, à l'appui de sa critique, la recourante se borne à soutenir qu'elle disposait d'un patrimoine important avant le mariage, qu'elle ne chiffre précisément qu'à hauteur de 94'000 fr., alors que l'autorité cantonale, pour retenir l'inéquité du partage des avoirs de prévoyance, a retenu une fortune immobilière de 2'713'000 fr. en tenant encore compte d'une diminution de 30% de la valeur des biens et alors même que la recourante ne loue pas l'entier de ses immeubles libres. La recourante ne parvient pas à démontrer l'arbitraire de l'établissement des faits de l'arrêt attaqué sur ce point, vu qu'elle ne chiffre même pas de manière précise la fortune qu'elle aurait accumulée avant le mariage, étant précisé qu'il n'appartient pas au Tribunal fédéral de fouiller le dossier pour rechercher les éléments pertinents qui ressortiraient des pièces énumérées par la recourante.
4.3. La recourante fait grief à l'autorité cantonale d'avoir retenu qu'elle n'avait pas établi avoir utilisé la totalité de l'argent reçu en 1979 et 1980 pour financer l'acquisition de la villa familiale. Elle ne fait toutefois qu'opposer à cette constatation " qu'on voit mal pour quelle autre raison " elle aurait sollicité le versement de ces fonds à " une date si proche de l'acquisition du bien immobilier ". Cette formulation, qui ne repose que sur des suppositions, est purement appellatoire, et le grief d'arbitraire irrecevable sur ce point, étant en outre précisé qu'il ne ressort pas de l'arrêt attaqué que le versement de 50'000 DM était le résultat d'une sollicitation précise de la part de la recourante auprès de sa soeur débitrice d'un prêt, ce qui réduit d'autant la pertinence de son argumentation sur le lien nécessaire à faire entre ce versement et l'acquisition du bien immobilier.
4.4. La recourante reproche à l'autorité cantonale d'avoir fait fi des pièces qu'elle a produites pour démontrer son investissement de 140'000 fr. pour réparer la villa familiale.
Outre que la recourante se borne à citer en bloc des numéros de pièces à l'appui de son propos sans en décrire le contenu, ce qui suffit déjà à déclarer sa critique irrecevable tant elle est imprécise, il ne ressort pas de l'arrêt attaqué qu'elle ait soulevé un grief de fait en lien avec cet investissement, celui-ci étant seulement qualifié de dénué de pertinence pour juger de l'attribution de la villa. En tant que la recourante ne se plaint pas de la violation de son droit d'être entendue sur ce point, le grief doit être déclaré irrecevable, faute d'épuisement matériel des instances (art. 75 LTF; cf. <ref-ruling> consid. 2.2.2; <ref-ruling> consid. 1.1; <ref-ruling> consid. 2.1-2.2; arrêt 5A_302/2020 du 12 juillet 2021 consid. 2.4 et les références).
4.5. La recourante reproche à l'autorité cantonale son appréciation des comptes manuscrits élaborés par l'intimé sur lesquels elle fonde diverses prétentions à l'égard de celui-ci. Elle oppose aux juges précédents de ne pas avoir considéré que ces manuscrits reflétaient la réalité alors qu'ils avaient été rédigé par l'intimé et qu'elle avait allégué que, si elle n'avait pas pu démontrer un quelconque versement, c'était en raison du fait que chaque conjoint effectuait lui-même ses paiements et que l'intimé procédait ensuite à leur comptabilisation, augmentant ses propres dépenses et diminuant les siennes. Elle ajoute que l'autorité cantonale a admis ne pas comprendre la comptabilité réalisée, de sorte qu'il faudrait en déduire qu'elle ne l'avait pas examinée. Elle considère arbitraire l'argument selon lequel les comptes manuscrits étaient difficilement compréhensibles vu qu'elle avait eu recours à une expertise comptable précisément pour en faciliter la compréhension par les magistrats de première et seconde instances.
Une telle argumentation est irrecevable: tout d'abord, l'autorité a précisément apprécié la valeur probante du moyen offert par la recourante pour retenir que celle-ci était inexistante; ensuite, l'expertise comptable produite par la recourante ne vaut que comme simple allégué de partie, et non comme moyen de preuve (cf. <ref-ruling> consid. 2.5.2), de sorte que l'argumentation de la recourante qui se base sur celle-ci n'est pas pertinente pour juger de l'appréciation arbitraire des preuves.
4.6. La recourante reproche enfin à l'autorité cantonale d'avoir établi arbitrairement les faits en lien avec les loyers perçus par l'intimé sur lesquels elle fait valoir une prétention en remboursement.
S'agissant des loyers perçus de location de la villa de W._, l'autorité cantonale a retenu que la recourante n'avait pas contesté le montant reçu par l'intimé en 2010 à titre de solde des comptes. Or, savoir si et dans quelle mesure un fait est contesté est une question qui relève de la constatation des faits et la recourante ne soulève aucune critique sur son défaut de contestation. Elle se borne à soutenir avoir prouvé le montant de 430'080 fr. que l'intimé aurait conservé et avoir admis avoir reçu un montant de 116'358 fr. en remboursement de fonds propres investis. De tels arguments ne visent pas à démontrer que la recourante avait contesté les faits précités, alors que l'autorité cantonale lui reprochait son omission à cet égard, de sorte que la critique est irrecevable.
S'agissant des loyers perçus sur la location de deux dépôts dans la villa familiale D._, dans la mesure où la critique de la recourante repose à nouveau sur la pièce 310 qui correspond selon elle à son expertise privée, elle est irrecevable pour les motifs précités sur l'absence de valeur probante de ce document. Pour le reste, en avançant avoir prouvé que le montant des loyers perçus était de 89'340 fr., et non de 44'670 fr., la recourante ne s'en prend pas à la partie décisive de la motivation de l'arrêt attaqué, soit que la constatation selon laquelle la recourante a elle-même évalué à 44'670 fr. le montant des loyers encaissés durant 11 ans. En conséquence, cette partie de sa critique est aussi irrecevable.
5.
La recourante se plaint de la violation de l'art. 4 CC en lien avec les art. 251 et 165 al. 2 CC en tant que l'immeuble D._, qui constituait le domicile conjugal, a été attribué à l'intimé.
5.1. En cas de séparation de biens, lorsqu'un bien est en copropriété, un époux peut demander que ce bien lui soit attribué entièrement s'il justifie d'un intérêt prépondérant, à charge de désintéresser son conjoint (art. 251 CC). Selon la jurisprudence, un intérêt prépondérant peut revêtir diverses formes. Il faut que l'époux requérant puisse se prévaloir d'une relation particulièrement étroite avec le bien litigieux, quels qu'en soient les motifs. L'intérêt prépondérant consistera par exemple dans le fait que l'époux requérant a pris une part décisive à l'acquisition du bien commun, qu'il manifeste un intérêt particulier pour ce bien, que le bien a été apporté par lui au mariage ou qu'il s'agit d'un bien de l'entreprise dont il s'occupe (<ref-ruling> consid. 2).
Le juge doit procéder à une pesée de l'intérêt (art. 4 CC), que le Tribunal fédéral ne revoit qu'avec réserve, n'intervenant que si le juge cantonal a tenu compte d'éléments qui ne jouaient aucun rôle ou a négligé des circonstances importantes (<ref-ruling> consid. 3a; <ref-ruling> consid. 2; arrêts 5A_24/2017 du 15 mai 2017 consid. 5.2; 5A_600/2010 du 5 janvier 2011 consid. 4.1, publié in SJ 2011 p. 245 et FamPra.ch 2011 p. 417; cf. aussi: <ref-ruling> consid. 3.2.5 et les références).
5.2. En l'espèce, la recourante oppose tout d'abord à l'autorité cantonale de n'avoir pas tenu compte de six éléments démontrant son intérêt prépondérant manifeste à l'attribution du bien. Or, soit l'autorité cantonale a retenu le contraire ou ne fait pas mention de tels éléments sans que la recourante invoque le caractère arbitraire des constatations ou omissions de faits (occupation sans discontinuité du logement, dépôt de toutes les affaires personnelles, souhait d'y vivre et de partager le logement séparé en plusieurs appartements, propriété de l'entier du mobilier garnissant la villa), soit la recourante n'a pas démontré le caractère arbitraire des constatations de fait contraires dans son grief précédent (cf. supra consid. 4; réalisation de nombreux travaux, participation plus large que l'intimé au financement du bien). En conséquence, dans la mesure où la recourante reproche, dans son argumentation en droit, à l'autorité cantonale de n'avoir pas retenu ces éléments, celle-ci doit être rejetée.
Ensuite, la recourante fait grief à l'autorité cantonale de n'avoir pas tenu compte du fait qu'elle utilise les bureaux de l'immeuble pour gérer ses biens immobiliers. Toutefois, la recourante reconnaît elle-même avoir cessé de travailler, de sorte que cette activité de gestion ne peut être qu'une source accessoire de revenus. Dans tous les cas, même si on retenait l'existence d'une telle activité exercée dans la villa, il n'apparaîtrait pas contraire à l'art. 4 CC de ne pas en avoir tenu compte, vu qu'elle peut aisément s'exercer ailleurs, notamment dans l'un des autres immeubles de la recourante.
La recourante reproche aussi à l'autorité cantonale de n'avoir pas retenu l'incohérence des allégués de l'intimé sur le temps passé effectivement dans la villa familiale. Cet argument n'est pas pertinent non plus, étant donné que, même si l'on retenait que l'intimé passait plus de temps chez son amie que dans la maison où la recourante ne conteste pas qu'il y dormait néanmoins, il n'en demeure pas moins qu'il est aussi établi que, pour sa part, la recourante habitait partiellement depuis 2009 dans son appartement de V._ et ne faisait que prendre ses repas de midi dans la villa familiale, de sorte qu'il n'est nullement démontré que la recourante passait pour sa part plus régulièrement que l'intimé des nuits dans la villa.
Enfin, les derniers arguments de la recourante ne sont nullement convaincants, dans la mesure où ils seraient même recevables: en tant qu'elle oppose à l'autorité cantonale d'avoir considéré comme décisif la volonté de l'intimé exprimée dès le début de la procédure de se voir attribuer la villa, elle omet de tenir compte qu'il ressort de l'arrêt attaqué qu'elle a pour sa part conclu en audience du 27 avril 2010 qu'elle souhaitait que l'immeuble soit vendu, qu'elle a repris ces conclusions à titre principal dans son mémoire du 17 mai 2010, et que ce n'est que le 15 novembre 2013, suite au renvoi de la cause au premier juge, qu'elle a conclu à l'attribution du bien en sa faveur; en tant qu'elle soutient qu'il faut tenir compte des nombreuses créances qu'elle a contre son époux, elle se fonde à nouveau sur des faits dont elle n'a pas démontré l'établissement arbitraire. Enfin, son argument sur le caractère invraisemblable de l'augmentation de l'hypothèque pour permettre à l'intimé de lui racheter sa part de copropriété n'est formulé que sous forme d'hypothèse.
Au vu de ce qui précède, la recourante ne démontre pas que l'autorité cantonale aurait abusé de son pouvoir d'appréciation dans l'application de l'art. 251 CC en attribuant la villa familiale à l'intimé. Quant à l'art. 165 al. 2 CC, non seulement l'autorité cantonale a jugé dans son précédent arrêt de renvoi du 13 mai 2011 que cette norme ne s'appliquait pas vu son entrée en vigueur au 1er janvier 1988, mais la recourante ne motive pas son recours sur la pertinence de cette norme.
6.
Dans son dernier grief, la recourante se plaint de la violation des art. 122, 123 al. 1 et 124b CC. Elle fonde toutefois à nouveau son argumentation sur des faits relatifs à la constitution de son patrimoine immobilier dont elle n'a pas démontré le caractère arbitraire (cf. supra consid. 4), de sorte que son grief doit être rejeté.
7.
En définitive, le recours est rejeté dans la mesure de sa recevabilité, aux frais de son auteur (art. 66 al. 1 LTF). Il n'y a pas lieu d'allouer de dépens à l'intimé qui n'a pas été invité à répondre (art. 68 al. 1 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté dans la mesure de sa recevabilité.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 4'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Chambre civile de la Cour de justice du canton de Genève.
Lausanne, le 27 septembre 2021
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Herrmann
La Greffière : Achtari