Sachverhalt:
A.
Das Bezirksgericht Muri sprach X._ mit Urteil vom 24. Februar 2016 der mehrfachen Pornografie (<ref-law>), der mehrfachen Nötigung (<ref-law>) zum Nachteil von A._, der mehrfachen Drohung (<ref-law>) / Nötigung (<ref-law>) zum Nachteil von D._, der mehrfachen Verletzung des Geheim- oder Privatbereichs durch Aufnahmegeräte (<ref-law>) zum Nachteil von C._ und A._, der mehrfachen Vergewaltigung (<ref-law>) / sexuellen Nötigung (<ref-law>) zum Nachteil von A._, der mehrfachen sexuellen Handlungen mit einem Kind (<ref-law>) zum Nachteil von B._ und der mehrfachen Verletzung der Fürsorge- oder Erziehungspflicht (<ref-law>) schuldig. Es verurteilte ihn zu einer Freiheitsstrafe von sechs Jahren sowie einer bedingten Geldstrafe von 360 Tagessätzen zu Fr. 30.-- und ordnete eine vollzugsbegleitende ambulante Massnahme (<ref-law>) an. Vom Vorwurf der mehrfachen Pornografie in Bezug auf Gegenstände, welche menschliche Ausscheidungen zum Inhalt haben, sowie vom Vorwurf der sexuellen Nötigung zum Nachteil von C._ sprach es ihn frei. Es verpflichtete X._, C._, A._ und B._ eine Genugtuung von Fr. 3'000.--, Fr. 20'000.-- bzw. Fr. 6'000.-- zu bezahlen. Die Verfahrenskosten auferlegte es X._, mit Ausnahme der Kosten der unentgeltlichen Verbeiständung der Privatklägerinnen und der Kosten seiner amtlichen Verteidigung. Es verpflichtete diesen, dem Kanton Aargau die Kosten für die unentgeltliche Verbeiständung der Privatklägerinnen und für seine amtliche Verteidigung zurückzuzahlen, sobald es seine wirtschaftlichen Verhältnisse erlauben. X._ erhob gegen dieses Urteil Berufung.
B.
B.a. Mit Urteil vom 6. September 2017 stellte das Obergericht des Kantons Aargau das Verfahren bezüglich des Vorwurfs der Verletzung des Geheim- oder Privatbereichs durch Aufnahmegeräte zum Nachteil von C._ sowie in weiteren Anklagepunkten betreffend Vorwürfe der Pornografie, der mehrfachen Drohung und der mehrfachen Nötigung, je für die Zeit vor dem 24. Februar 2009, zufolge Eintritts der Verjährung ein. Zudem sprach es X._ zusätzlich zu den bereits erstinstanzlich erfolgten Freisprüchen vom Vorwurf der Verletzung der Fürsorge- oder Erziehungspflicht frei. Es erklärte X._ der mehrfachen Pornografie, der mehrfachen versuchten Nötigung zum Nachteil von A._, der versuchten Drohung sowie der versuchten Nötigung zum Nachteil von D._, der Verletzung des Geheim- oder Privatbereichs durch Aufnahmegeräte zum Nachteil von A._, der mehrfachen Vergewaltigung sowie der mehrfachen sexuellen Nötigung zum Nachteil von A._ und der mehrfachen sexuellen Handlungen mit einem Kind zum Nachteil von B._ schuldig. Es verurteilte ihn zu einer Freiheitsstrafe von 5 Jahren und einer bedingten Geldstrafe von 200 Tagessätzen zu Fr. 10.-- und ordnete eine vollzugsbegleitende ambulante Massnahme an. Es verpflichtete X._, A._ eine Genugtuung von Fr. 20'000.-- und B._ eine Genugtuung von Fr. 6'000.-- zu bezahlen.
Die obergerichtlichen Verfahrenskosten auferlegte es X._ zu 3/4 (mit Ausnahme der Kosten der unentgeltlichen Verbeiständung der Privatklägerinnen und der Kosten der amtlichen Verteidigung) und es verpflichtete ihn, dem Obergericht 3/4 der Entschädigung an seinen amtlichen Verteidiger sowie 3/4 der Entschädigung der unentgeltlichen Vertreterin von A._ für das Berufungsverfahren zurückzuzahlen, sobald es seine wirtschaftlichen Verhältnisse erlauben. Die erstinstanzlichen Verfahrenskosten (mit Ausnahme der Kosten der unentgeltlichen Verbeiständung der Privatklägerinnen und der Kosten der amtlichen Verteidigung) auferlegte es X._ zu 4/5. Es verpflichtete diesen, dem Bezirksgericht Muri je 4/5 der Kosten seiner amtlichen Verteidigung sowie der unentgeltlichen Vertretung von C._, A._ und B._ für das erstinstanzliche Verfahren zurückzuerstatten, sobald es seine wirtschaftlichen Verhältnisse erlauben. Mit Ergänzungsurteil vom 26. Oktober 2017 befand das Obergericht zudem über die Entschädigung der unentgeltlichen Vertreterinnen von C._ und B._ für das Berufungsverfahren. Es verpflichtete X._, dem Obergericht die Entschädigung an die unentgeltliche Vertreterin von B._ zurückzuzahlen, sobald es seine wirtschaftlichen Verhältnisse erlauben. Die Entschädigung der unentgeltlichen Vertreterin von C._ nahm es definitiv auf die Gerichtskasse.
B.b. Das Obergericht des Kantons Aargau hält für erwiesen, dass X._ seine damalige Partnerin A._ am 8. Juni 2010 mittels GHB (Gamma-Hydroxybuttersäure) zum Widerstand unfähig machte und anschliessend sexuelle Handlungen an ihr vornahm, indem er u.a. seine Hand in ihre Vagina einführte und den Geschlechtsverkehr an ihr vollzog. X._ habe die sexuellen Handlungen und den Geschlechtsverkehr heimlich gefilmt. In der Nacht vom 30. auf den 31. Januar 2011 habe er die inzwischen von ihm getrennte A._ nach einem Restaurantbesuch mit dem gemeinsamen Sohn mittels GHB und Alkohol zum Widerstand unfähig gemacht. Anschliessend habe er Geschlechts- und Analverkehr mit ihr gehabt. Zudem habe er an zwei Sonntagen die damals 9-jährige B._ nachts in deren Bett aufgesucht, mit einem Gegenstand (mutmasslich ein Fiebermesser) an deren Vagina herumgespielt und den Gegenstand schliesslich auch eingeführt. B._ stellte sich schlafend, da sie Angst vor X._ hatte.
C.
X._ beantragt mit Beschwerde in Strafsachen, das Urteil vom 6. September 2017 sei aufzuheben und er sei von den Vorwürfen der mehrfachen Vergewaltigung und der mehrfachen sexuellen Nötigung zum Nachteil von A._ sowie vom Vorwurf der mehrfachen sexuellen Handlungen mit einem Kind zum Nachteil von B._ freizusprechen. Er ficht sodann die ihm vom Obergericht auferlegte Pflicht zur Rückerstattung von 4/5 der Kosten der unentgeltlichen Verbeiständung von C._ für das erstinstanzliche Verfahren an. X._ ersucht um unentgeltliche Rechtspflege.
D.
Das Obergericht und die Staatsanwaltschaft verzichteten auf eine Stellungnahme.

Erwägungen:
1.
1.1. Der Beschwerdeführer rügt bezüglich des Vorfalls vom 8. Juni 2010 eine willkürliche Beweiswürdigung und eine Verletzung der Begründungspflicht. Er bestreitet, der Beschwerdegegnerin 2 GHB verabreicht zu haben. Die Vorinstanz habe die Videoaufzeichnung einseitig und unvollständig ausgewertet. Sie gehe zu Unrecht davon aus, die Beschwerdegegnerin 2 habe bei Minute 00:54 gemurmelt, "sie sehe nichts", obschon sie relativ deutlich gesprochen habe. Falsch sei auch, dass sie weder Arme noch Oberkörper bewegt habe, als er sie ausgezogen habe, und ab Minute 13:48 sehr passiv und teilnahmslos wirke. Die Vorinstanz blende zudem die über 11 Minuten zwischen 02:41 und 13:48 aus, während welchen die Beschwerdegegnerin 2 keineswegs passiv und völlig teilnahmslos gewesen sei. Sie lasse weiter unberücksichtigt, dass die Beschwerdegegnerin 2, nachdem sie den Vorfall vom 30./31. Januar 2011 zur Anzeige gebracht habe, lediglich die Nacht des 4. August 2010 erwähnt habe, in welcher ihr K.O.-Tropfen hätten verabreicht worden sein können, jedoch keine weiteren Vorfälle. Diese habe auch über keinerlei Beschwerden geklagt, welche auf die Verabreichung von Substanzen hinweisen würden.
1.2. Die Feststellung des Sachverhalts kann vor Bundesgericht nur gerügt werden, wenn sie willkürlich im Sinne von <ref-law> ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (Art. 97 Abs. 1 und Art. 105 Abs. 1 BGG; <ref-ruling> E. 1.1 S. 503, 241 E. 2.3.1 S. 244). Willkür liegt vor, wenn die vorinstanzliche Beweiswürdigung schlechterdings unhaltbar ist, d.h. wenn die Behörde in ihrem Entscheid von Tatsachen ausgeht, die mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch stehen oder auf einem offenkundigen Fehler beruhen. Dass eine andere Lösung ebenfalls möglich erscheint, genügt nicht (<ref-ruling> E. 2.3.1 S. 244; <ref-ruling> E. 6.3 S. 375; je mit Hinweisen).
Die Rüge der Willkür muss in der Beschwerde explizit vorgebracht und substanziiert begründet werden (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1.1 S. 503). In der Beschwerde muss im Einzelnen dargelegt werden, inwiefern der angefochtene Entscheid an einem qualifizierten und offensichtlichen Mangel leidet. Auf eine rein appellatorische Kritik am angefochtenen Entscheid, wie sie z.B. im Berufungsverfahren vor einer Instanz mit voller Kognition vorgebracht werden kann, tritt das Bundesgericht nicht ein (<ref-ruling> E. 4.4 S. 354 f.; <ref-ruling> E. 2.4 S. 368; <ref-ruling> E. 6.3 S. 375; je mit Hinweisen).
1.3. Die Vorinstanz geht davon aus, der Beschwerdeführer habe die Beschwerdegegnerin 2 am 8. Juni 2010 heimlich gefilmt (angefochtenes Urteil E. 5.2.3 S. 29 f.). Sie erwägt zusammengefasst, die Videoaufzeichnung der sexuellen Handlungen vom 8. Juni 2010 zeige eine mehrheitlich teilnahmslose Beschwerdegegnerin 2, welche schläfrig und benommen wirke und im Gegensatz zum deutlich verständlich sprechenden Beschwerdeführer schwammig kommuniziere. Obwohl das Video 27 Minuten dauere, ändere sich der Zustand der Beschwerdegegnerin 2 im Laufe des Geschlechtsverkehrs nicht. Die Begründung des Beschwerdeführers, die Beschwerdegegnerin 2 sei müde gewesen und sie habe an diesem Tag vor dem Sex einen Mittagsschlaf gemacht, erscheine nicht glaubhaft. Die auffällige, andauernde Passivität und Immobilität lasse keinen anderen Schluss zu, als dass sich die Beschwerdegegnerin 2 zum Zeitpunkt des Geschlechtsverkehrs physisch in keinem normalen Wachzustand befunden haben könne. Dafür spreche insbesondere, dass sie auch beim Einführen einer ganzen Faust in ihre Vagina keinerlei Reaktion zeige. Nach ihren glaubhaften Angaben sei dies keine übliche Sexualpraktik gewesen. Dass es sich bei den Vorgängen auf dem Video nicht um "normalen" Geschlechtsverkehr gehandelt habe, habe auch der Beschwerdeführer bestätigt. Die Aussagen des Beschwerdeführers in Kombination mit der von ihm heruntergeladenen Pornografie (5177 Bilder von betäubten Frauen, an welchen sexuelle Handlungen vorgenommen würden) würden zeigen, dass die Passivität seiner Partnerin ihn offensichtlich in sexuelle Erregung versetze. So sage er zu Beginn des Videos zur Beschwerdegegnerin 2 "Jetzt werden wir ja gleich sehen, ob wir Sex haben" (2:32). In der Folge nehme er während 27 Minuten Handlungen an ihr vor. Für das Vorliegen spezieller Umstände spreche weiter, dass der Beschwerdeführer an diesem Tag eine Videoaufnahme erstellt habe. Anders lasse sich nicht erklären, dass er den nach seinem eigenen Urteil "schlechten" Geschlechtsverkehr hätte filmen sollen. Die Vorinstanz würdigt zudem, dass sich der Beschwerdeführer in der Vergangenheit mit der Beschaffung und Herstellung von K.O.-Tropfen beschäftigte und ein entsprechendes Interesse auch zugab (angefochtenes Urteil E. 6.1.5 S. 32 f.).
1.4. Die vorinstanzlichen Erwägungen lassen keine Willkür erkennen. Die Vorinstanz stellt auf die ihres Erachtens glaubhaften Aussagen der Beschwerdegegnerin 2 ab, welche angab, sie habe keinerlei Erinnerung an die sexuellen Handlungen vom 8. Juni 2010, sie könne sich ihren Zustand auf der Videoaufzeichnung nicht erklären, die Praktiken, die der Beschwerdeführer an ihr ausführe (Fisting), seien vorher noch nie praktiziert worden und sie hätte auch nie ihre Einwilligung dazu gegeben (vgl. angefochtenes Urteil E. 6.1.3 S. 30 f.). Der Beschwerdeführer bestreitet nicht, dass sich die Beschwerdegegnerin 2 auf der Videoaufzeichnung auffällig passiv und mehrheitlich teilnahmslos verhält und einen schläfrigen Eindruck macht. Er machte im kantonalen Verfahren selber geltend, diese wirke müde und sie halte ihm einfach den "Arsch" hin (vgl. angefochtenes Urteil S. 33) bzw. ihre Aussprache sei teilweise undeutlich und sie mache einen müden und teilnahmslosen Eindruck (vgl. kantonale Akten, Berufungsbegründung S. 13). Eine willkürliche Würdigung der Videoaufzeichnung durch die Vorinstanz ist daher nicht ersichtlich. Die Vorinstanz behauptet nicht, die Beschwerdegegnerin 2 zeige auf der Videoaufzeichnung keinerlei Regung, sie habe geschlafen oder sie sei bewusstlos gewesen. Nach der von der Vorinstanz beschriebenen Wirkung von GHB, wie sie sich aus dem Faktenblatt des Bundesamtes für Gesundheit vom Juni 2015 ergibt (vgl. angefochtenes Urteil S. 43), führt die Droge nicht zwingend zur Bewusstlosigkeit, sondern bei entsprechender Dosierung lediglich zur Verminderung des Bewusstseins bzw. zu einer dämpfenden Wirkung auf das Zentralnervensystem, d.h. zu Müdigkeit und Entspannung. Dass sich die Beschwerdegegnerin 2 auf der Videoaufzeichnung nicht durchwegs reglos verhält, spricht entgegen der Kritik des Beschwerdeführers daher nicht gegen eine Verabreichung von GHB. Vergewaltigungsopfer leisten bei einer Verabreichung von GHB typischerweise keinen Widerstand, da sie mit der Droge - welcher auch eine aphrodisierende Wirkung zugeschrieben wird (vgl. angefochtenes Urteil S. 43) - gefügig gemacht werden. Daraus, dass auf der Videoaufzeichnung keine abweisenden Reaktionen der Beschwerdegegnerin 2 ersichtlich sind, lässt sich entgegen der Kritik des Beschwerdeführers und der Minderheit der Vorinstanz daher ebenfalls nicht ableiten, diese sei mit den sexuellen Handlungen einverstanden gewesen. Der Beschwerdeführer konsumierte im grossen Rahmen Pornografie mit betäubten Frauen und er interessierte sich für GHB, was gemäss den willkürfreien Erwägungen der Vorinstanz ebenfalls für die Tatversion der Beschwerdegegnerin 2 spricht.
Nicht zu entlasten vermag den Beschwerdeführer, dass die Beschwerdegegnerin 2 selber keine Erinnerung an einen am 8. Juni 2010 erlittenen Filmriss oder Beschwerden hatte, die mit der Verabreichung von GHB in Verbindung hätten gebracht werden können. Dies lässt sich damit erklären, dass sich die Beschwerdegegnerin 2 vor den sexuellen Handlungen vom 8. Juni 2010 zum Mittagsschaf hinlegte und nach den sexuellen Handlungen wieder aufwachte, weshalb ihr vor der Sichtung der vom Beschwerdeführer am 8. Juni 2010 heimlich erstellten Videoaufzeichnung keine Gedächtnislücke auffiel (vgl. erstinstanzliches Urteil E. 5.8 S. 42 f.) und sie allfällige körperliche Beschwerden nicht mit einer Verabreichung von GHB in Verbindung brachte. Der Beschwerdeführer machte im vorinstanzlichen Verfahren geltend, die Beschwerdegegnerin 2 habe an jenem Tag einen Mittagsschlaf gemacht und sei dabei von ihm geweckt worden, weil er Sex mit ihr haben wollte (vgl. kantonale Akten, Berufungsbegründung S. 13).
1.5. Der angefochtene Entscheid ist entgegen der Kritik des Beschwerdeführers ausreichend begründet. Das rechtliche Gehör nach <ref-law> verlangt, dass die Behörde die Vorbringen des von einem Entscheid in seiner Rechtsstellung Betroffenen auch tatsächlich hört, prüft und in seiner Entscheidfindung berücksichtigt. Nicht erforderlich ist hingegen, dass sie sich mit allen Parteistandpunkten einlässlich auseinandersetzt und jedes einzelne Vorbringen ausdrücklich widerlegt. Sie darf sich vielmehr auf die für den Entscheid wesentlichen Punkte beschränken (<ref-ruling> E. 1.3.1 S. 253 mit Hinweis).
1.6. Der Schuldspruch wegen Vergewaltigung und sexueller Nötigung, begangen am 8. Juni 2010 zum Nachteil der Beschwerdegegnerin 2, verstösst nicht gegen Bundesrecht.
2.
2.1. Bezüglich des Vorfalls vom 30./31. Januar 2011 beanstandet der Beschwerdeführer, die Beschwerdegegnerin 2 habe den Filmriss aufgrund von Alkohol und nicht wegen einer Verabreichung von GHB durch ihn erlitten. Die Vorinstanz gehe fälschlicherweise davon aus, diese habe an jenem Abend lediglich vier Gin Tonics konsumiert. Sie führe zudem aktenwidrig aus, der Zeuge E._ habe anlässlich der Berufungsverhandlung keine aktiven Erinnerungen mehr an die Vorfälle vom 30./31. Januar 2011 gehabt. Die Beschwerdegegnerin 2 habe sich am 30. Januar 2011 spätestens gegen 19 Uhr in einem aphrodisierten Zustand befunden und ein "übergeiles Verhalten" an den Tag gelegt. Bis zum Eintritt der Symptome einer Überdosierung seien aber nochmals mehr als vier Stunden vergangen. Insgesamt seien von der angeblichen Abgabe des GHB bis zur angeblichen Widerstandsunfähigkeit 7 bis 8 Stunden verstrichen. Um diese zeitliche Spannweite zu erklären, müsste er der Beschwerdegegnerin 2 während vieler Stunden immer wieder GHB verabreicht haben. Dies werde jedoch weder von der Staatsanwaltschaft behauptet, noch wäre er zu einer derart fein abgestuften Dosierung in der Lage gewesen. Die Vorinstanz sei darauf zu Unrecht nicht eingegangen. Die Anklage lasse einzig eine Abgabe von K.O.-Tropfen vor oder während des Restaurantbesuchs als denkbar erscheinen, da die Beschwerdegegnerin 2 dort einen Filmriss erlitten haben wolle. Dies schliesse mit Blick auf die Wirkungsweise von K.O.-Tropfen jedoch aus, dass sie Stunden später beim vorgeworfenen Vorfall zum Widerstand unfähig gewesen wäre. Weshalb die Mehrheit der Vorinstanz dieser Minderheitsauffassung nicht folge, könne dem angefochtenen Entscheid nicht entnommen werden.
2.2. Die Vorinstanz hält den von der Beschwerdegegnerin 2 geltend gemachten Filmriss nach dem Restaurantbesuch als erstellt. Sie stützt sich hierfür auf die Aussagen der Beschwerdegegnerin 2, deren SMS vom 31. Januar 2011 sowie den Umstand, dass diese die am Abend des 30. Januar 2011 getroffenen Vereinbarungen (Mittagessen mit einer Freundin und Übergabe ihres Sohnes zum Hüten am darauf folgenden Tag) nicht wahrnahm. Den vorinstanzlichen Ausführungen kann zudem entnommen werden, dass die Beschwerdegegnerin 2 ihre Beziehung zum Beschwerdeführer im Tatzeitpunkt für beendet betrachtete und dass sie keinen Geschlechtsverkehr mehr mit ihm haben wollte, was sie sowohl dem Beschwerdeführer als auch Dritten kommuniziert hatte. Gestützt auf die Aussagen des Beschwerdeführers, von E._ (Mitbewohner der Beschwerdegegnerin 2) und dessen Freundin geht die Vorinstanz weiter davon aus, die Beschwerdegegnerin 2 habe nach dem Restaurantbesuch ein aussergewöhnliches Verhalten an den Tag gelegt, indem sie zunächst ungewöhnlich offen und aufgedreht gewesen sei und später ihren Mitbewohner vom Obergeschoss her verzweifelt um Hilfe gerufen sowie längere Zeit geschrien habe, als ob sie Schmerzen habe. Sie sei zudem körperlich stark eingeschränkt gewesen und habe sich übergeben müssen. Auch sei es später zu einem heftigen, verbalen Streit zwischen dem Beschwerdeführer und der Beschwerdegegnerin 2 gekommen. Die Beschwerdegegnerin 2 hatte nach dem Vorfall vom 30./31. Januar 2011 zudem Verletzungen an den Handgelenken und Knien und sie blutete aus dem Anus, was der Beschwerdeführer anlässlich der vorinstanzlichen Berufungsverhandlung darauf zurückführte, dass er ihr eine Massageöl-Flasche habe einführen wollen (angefochtenes Urteil S. 37 und 43).
Die Vorinstanz erwägt, die Beschwerdegegnerin 2 sei an jenem Abend nicht mehr in der Lage gewesen, ihre Einwilligung zum Geschlechtsverkehr mit dem Beschwerdeführer zu geben (angefochtenes Urteil S. 42). Sie habe im durchschnittlichen, risikoarmen Bereich regelmässig Alkohol konsumiert und sei entsprechend an alkoholische Getränke gewöhnt und mit deren Wirkung auf ihren Körper vertraut gewesen. Dass der erlittene Filmriss und die körperlichen Ausfälle von den vier Gin Tonics herrührten, sei abwegig. Die beschriebenen Symptome (Erbrechen, überzeichnetes, vulgäres Verhalten, geistige Blockierung) würden sehr wohl zu einer Einnahme von K.O.-Tropfen passen. Da der Beschwerdeführer solche Substanzen bereits zum Einsatz gebracht habe und er offensichtlich sexuelle Fantasien betäubter Frauen hege, erscheine es als naheliegend, dass er der Beschwerdegegnerin 2 auch am Abend des 30. Januar 2011 etwas verabreicht habe, um sie für seine sexuellen Wünsche gefügig zu machen (angefochtenes Urteil S. 43 f.).
2.3. Der Beschwerdeführer vermag nicht aufzuzeigen, was an den vorinstanzlichen Erwägungen offensichtlich unhaltbar sein könnte. Er gibt die Aussagen der Beschwerdegegnerin 2 falsch wieder, wenn er behauptet, diese habe gemäss eigenen Angaben vor dem Nachtessen drei Gläser Gin Tonic und im Restaurant ein Glas Wein sowie zwei weitere Gläser Gin Tonic konsumiert (Beschwerde S. 13). Die Beschwerdegegnerin 2 gab vielmehr an, sie habe zwischen ca. 14.30 und 16.55 Uhr bei sich zuhause 2-3 Gin Tonics à 3 dl getrunken und im Restaurant kurz nach 17 Uhr nochmals einen Gin Tonic sowie je einen Schluck von zwei verschiedenen Weinen probiert. Sie präzisierte zudem, sie trinke den Gin Tonic nicht stark, sie sei im Zeitpunkt des Restaurantbesuchs nicht betrunken gewesen und hätte sich auch noch fahrfähig gefühlt (vgl. kant. Akten, act. 540 ff.), was die Vorinstanz als glaubhaft einstufen durfte, zumal der Restaurantbesuch mit einem Kleinkind stattfand. Die Vorinstanz verfällt daher nicht in Willkür, wenn sie zur Überzeugung gelangt, der Filmriss der Beschwerdegegnerin 2 im Verlaufe des Restaurantbesuchs, deren ungewöhnliches, ausgelassenes Verhalten unmittelbar nach dem Restaurantbesuch und das spätere Erbrechen seien nicht ausschliesslich auf den Alkoholkonsum zurückzuführen, sondern auch auf die Verabreichung von GHB.
Die Vorinstanz zitiert entgegen der Kritik des Beschwerdeführers auch die Aussagen des Zeugen E._ korrekt. Nicht zu beanstanden ist, wenn sie auf dessen ausführlichen Erstaussagen vom 1. Februar 2011 abstellt, da sich dieser anlässlich der Berufungsverhandlung vom 6. September 2017 grossmehrheitlich nicht mehr an die Ereignisse vom 30./31. Januar 2011 erinnern konnte.
Unbegründet ist zudem der Einwand des Beschwerdeführers, der angeklagte Sachverhalt lasse sich nur erklären, wenn er der Beschwerdegegnerin 2 während vieler Stunden immer wieder (d.h. mehr als ein oder zweimal) GHB verabreicht hätte. Nicht nachvollziehbar ist in diesem Zusammenhang insbesondere, worauf dieser seine Behauptung stützt, zwischen der angeblichen Abgabe des GHB und den sexuellen Handlungen seien 7 bis 8 Stunden verstrichen. Solches kann den vom Beschwerdeführer zitierten Aussagen von E._ nicht entnommen werden (vgl. angefochtenes Urteil S. 39). Der Beschwerdeführer setzt sich auch nicht substanziiert mit der Wirkungsweise von GHB, kombiniert mit Alkohol, auseinander. Er übergeht, dass ihm vorgeworfen wird, die Beschwerdegegnerin 2 mittels GHB und Alkohol (dem von ihm mitgebrachten Gin) zum Widerstand unfähig gemacht zu haben. Aus dem angefochtenen Entscheid geht diesbezüglich hervor, dass die Beschwerdeführerin 2 bei ihrer Rückkehr vom Restaurantbesuch unter Drogeneinfluss stand und aufgrund ihres aussergewöhnlichen Zustands nicht mehr in der Lage war, ihren Alkoholkonsum zu kontrollieren, wie sie dies ohne die Verabreichung der Droge getan hätte. Selbst wenn die Beschwerdegegnerin 2 nach dem Restaurantbesuch, wie in der Beschwerde behauptet, noch eine grössere Menge Alkohol konsumiert hätte, vermöchte dies den Beschwerdeführer daher nicht zu entlasten.
2.4. Der angefochtene Entscheid ist auch insofern ausreichend begründet. Die Vorinstanz war nicht verpflichtet, sich mit der darin wiedergegebenen Minderheitsmeinung explizit auseinanderzusetzen. Diese blendet wie der Beschwerdeführer aus, dass am besagten Abend auch Alkohol im Spiel war. Die Rügen des Beschwerdeführers sind unbegründet, soweit sie den gesetzlichen Begründungsanforderungen überhaupt zu genügen vermögen.
3.
3.1. Der Beschwerdeführer ficht den Schuldspruch wegen sexuellen Handlungen mit einem Kind an. Er macht geltend, es lägen starke Hinweise für eine Instruktion der Beschwerdegegnerin 3 durch ihre Mutter (die Beschwerdegegnerin 2) vor. Dafür spreche auch der zeitliche Konnex der Strafanzeige. Die Beschwerdegegnerin 2 habe nur gerade 11 Tage, nachdem ihr die Einstellung des Strafverfahrens wegen Vergewaltigung und Schändung in Aussicht gestellt worden sei, neue Vorwürfe gegen ihn erhoben. Die Aussagen der Beschwerdegegnerinnen 2 und 3 würden sich zudem teilweise widersprechen. Widersprüche gebe es auch bezüglich der Umstände, unter denen die Beschwerdegegnerin 2 von den angeblichen Übergriffen gegen die Beschwerdegegnerin 3 Kenntnis erhalten haben wolle. Die Vorinstanz sei auf seine Einwände zu Unrecht nicht eingegangen.
3.2. Die Rügen des Beschwerdeführers erschöpfen sich in einer unzulässigen appellatorischen Kritik. Die Beschwerdegegnerin 3 weinte zeitweise während der Einvernahme und die Befragung war ihr sichtlich unangenehm. Die Vorinstanz legt überzeugend dar, dass ein zehnjähriges Kind nicht in der Lage ist, eine nicht erlebnisbasierte Geschichte zu erzählen und sich dabei in weinerliche Ausbrüche zu flüchten, um Widersprüche in seinen Aussagen zu überspielen. Sie durfte die Aussagen der Beschwerdegegnerin 3 ohne Willkür als glaubhaft und deren Verhalten als nachvollziehbar einstufen. Die von der Beschwerdegegnerin 3 geschilderten Vorgänge passen gemäss der Vorinstanz auch zu den pädosexuellen Neigungen des Beschwerdeführers, bei welchem über achttausend Bilder mit kinderpornografischem Inhalt sichergestellt wurden (vgl. angefochtenes Urteil S. 46). Die Vorinstanz erwägt unter Hinweis auf das erstinstanzliche Urteil zudem, es lägen keine Anzeichen dafür vor, dass die Beschwerdegegnerin 3 von ihrer Mutter instruiert oder manipuliert worden wäre. Diese habe sich vielmehr erst auf wiederholtes Anraten ihrer Rechtsanwältin dazu entschieden, auch wegen sexueller Handlungen mit Kindern Anzeige zu erstatten, da sie ihre Tochter nicht diesem Stress habe aussetzen wollen (vgl. erstinstanzliches Urteil S. 57). Der Beschwerdeführer setzt sich damit zu Unrecht nicht auseinander. Er vermag nicht aufzuzeigen, was an der vorinstanzlichen Würdigung offensichtlich unhaltbar sein könnte. Der angefochtene Entscheid ist entgegen der Kritik des Beschwerdeführers auch in diesem Punkt ausreichend begründet.
4.
4.1. Der Beschwerdeführer rügt schliesslich eine Verletzung von <ref-law>. Die Vorinstanz habe ihn trotz der zweitinstanzlich erfolgten Einstellung des Strafverfahrens wegen Verletzung des Geheim- oder Privatbereichs durch Aufnahmegeräte zum Nachteil von C._ und dem bereits erstinstanzlich erfolgten Freispruch vom Vorwurf der sexuellen Nötigung zum Nachteil von C._ verpflichtet, dem Staat 4/5 der Kosten von Fr. 2'310.90 für deren unentgeltliche Rechtsvertretung im erstinstanzlichen Verfahren zurückzuerstatten, sobald es seine wirtschaftlichen Verhältnisse erlauben.
4.2.
4.2.1. Das Bezirksgericht verpflichtete den Beschwerdeführer, die Kosten der unentgeltlichen Verbeiständung von C._ vollständig zurückzuzahlen, sobald es seine wirtschaftlichen Verhältnisse erlauben (vgl. Dispositiv-Ziff. 9.2 des erstinstanzlichen Urteils). Es unterliess es entgegen der Rechtsprechung (vgl. <ref-ruling>) jedoch, im Urteil vom 24. Februar 2016 über die Kostennoten der unentgeltlichen Rechtsvertreterinnen der Privatklägerinnen zu befinden. Es erwog, darüber sei mit separater Verfügung zu entscheiden (erstinstanzliches Urteil E. 17 S. 72). Auch eine solche Verfügung erging bezüglich der Rechtsvertreterin von C._ allerdings nie, sondern das Bezirksgericht überwies deren Kostennote an das Obergericht (vgl. angefochtenes Urteil E. 12.2.2 S. 59 f.).
4.2.2. Das Obergericht hatte (aufgrund der zweitinstanzlich erfolgten, verjährungsbedingten Teileinstellung und der zusätzlichen Freisprüche) neu über die erstinstanzlichen Verfahrenskosten zu befinden (vgl. <ref-law>; angefochtenes Urteil E. 12.2.1 f. S. 59 f.). Es führt dazu im Wesentlichen aus, wenngleich das Verfahren zufolge Eintritts der Verjährung teilweise einzustellen sei, so habe der Beschwerdeführer die damit in Zusammenhang stehenden Untersuchungshandlungen dennoch verursacht und daher auch die entsprechenden Kosten zu tragen. Bezüglich der Freisprüche liessen sich keine spezifischen Untersuchungshandlungen ausscheiden, die der Beschwerdeführer nicht zu tragen hätte. Bei einer gesamthaften Betrachtungsweise rechtfertige es sich unter Berücksichtigung der Gewichtung der Vorwürfe, dem Beschwerdeführer 4/5 der erstinstanzlichen Kosten aufzuerlegen. Der Rückforderungsanspruch des Staates für die dem amtlichen Verteidiger und den unentgeltlichen Rechtsvertreterinnen der Privatklägerinnen auszurichtenden Entschädigungen sei damit ebenfalls auf 4/5 zu beschränken (angefochtenes Urteil E. 12.2.2 S. 59 f.). Es setzte die Entschädigung der unentgeltlichen Vertreterin von C._ für das erstinstanzliche Verfahren auf Fr. 2'310.90 fest und verpflichtete den Beschwerdeführer "ausgangsgemäss" zur Rückzahlung dieser Entschädigung im Umfang von 4/5, sobald es seine wirtschaftlichen Verhältnisse zulassen (angefochtenes Urteil E. 12.2.4 S. 60).
4.3. Die Verfahrenskosten setzen sich zusammen aus den Gebühren zur Deckung des Aufwands und den Auslagen im konkreten Straffall (<ref-law>). Auslagen sind u.a. Kosten für die amtliche Verteidigung und unentgeltliche Verbeiständung (<ref-law>). Die beschuldigte Person trägt die Verfahrenskosten, wenn sie verurteilt wird. Ausgenommen sind die Kosten für die amtliche Verteidigung; vorbehalten bleibt <ref-law> (<ref-law>). Die Kosten für die unentgeltliche Verbeiständung der Privatklägerschaft trägt die verurteilte Person ebenfalls nur, wenn sie sich in günstigen wirtschaftlichen Verhältnissen befindet (<ref-law>). Nach der Rechtsprechung kann der Staat die Kosten für die unentgeltliche Verbeiständung der Privatklägerschaft von der beschuldigten Person jedoch unter den gleichen Voraussetzungen zurückfordern, wie jene für die amtliche Verteidigung (vgl. Art. 426 Abs. 1 i.V.m. <ref-law>). Ist die verurteilte Person bedürftig, sind daher auch die Kosten der unentgeltlichen Verbeiständung der Privatklägerschaft unter Vorbehalt der Rückzahlungspflicht gemäss <ref-law> einstweilen auf die Gerichtskasse zu nehmen (Urteile 6B_1279/2015 vom 14. April 2016 E. 6; 6B_123/2014 vom 2. Dezember 2014 E. 6.3 mit Hinweisen, nicht publ. in: <ref-ruling>).
Der beschuldigten Person können die Verfahrenskosten zudem trotz Einstellung des Strafverfahrens oder Freispruchs ganz oder teilweise auferlegt werden, wenn sie rechtswidrig und schuldhaft die Einleitung des Verfahrens bewirkt oder dessen Durchführung erschwert hat (<ref-law>).
4.4.
4.4.1. Die Vorinstanz ging insoweit falsch vor, als bei Strafverfahren mit mehreren Sachverhaltskomplexen, mehreren, unterschiedlich betroffenen Privatklägern sowie Teilfreisprüchen oder Teileinstellungen grundsätzlich bezüglich aller Kostenpositionen (Gerichtsgebühr, Kosten für Gutachten, Untersuchungskosten, Kosten der unentgeltlichen Verbeiständung der Privatkläger etc.) gesondert geprüft werden muss, ob diese der beschuldigten Person ganz oder teilweise aufzuerlegen bzw. auf die Staatskasse zu nehmen sind. Die Vorinstanz nahm zu Unrecht keine solche Beurteilung vor, sondern auferlegte dem Beschwerdeführer angesichts des Teilfreispruchs sämtliche erstinstanzlichen Kosten zu 4/5. Weder dargetan noch ersichtlich ist allerdings, dass sich dies im konkreten Fall zuungunsten des Beschwerdeführers ausgewirkt hätte. Dieser profitierte von der zu Unrecht erfolgten Gesamtbeurteilung etwa insofern, als er bei günstigen wirtschaftlichen Verhältnissen trotz der Schuldsprüche zum Nachteil der Beschwerdegegnerinnen 2 und 3 lediglich 4/5 der Kosten für deren unentgeltliche Verbeiständung im erstinstanzlichen Verfahren von Fr. 22'869.20 bzw. Fr. 3'624.40 zurückerstatten muss (vgl. angefochtenes Urteil E. 12.2.5 und 12.2.6 S. 61), dies obschon diese Kosten einzig vom Beschwerdeführer verursacht wurden. Nicht nachvollziehbar ist, weshalb der Beschwerdeführer von der Vorinstanz im Umfang von 1 / 5 von der Rückerstattungspflicht befreit wurde, weil es in anderen Sachverhaltskomplexen betreffend andere Geschädigte zu einem Teilfreispruch kam. Auch die Kosten des Gutachtens von Fr. 14'818.95 wurden dem Beschwerdeführer gemäss dem angefochtenen Entscheid lediglich zu 4/5 auferlegt, obschon diese unabhängig von den Tatvorwürfen, bezüglich welcher ein Freispruch erfolgte, anfielen und gegenüber dem Beschwerdeführer auch eine vollzugsbegleitende ambulante Massnahme im Sinne von <ref-law> angeordnet wurde. Bereits dies wiegt die Kosten von Fr. 1'848.72 (4/5 von Fr. 2'310.90) auf, welche vom Beschwerdeführer bei korrektem Vorgehen der Vorinstanz in Berücksichtigung des Freispruchs vom Vorwurf der sexuellen Nötigung zum Nachteil von C._ möglicherweise nicht in diesem Umfang hätten zurückverlangt werden können. Insgesamt kam dem Beschwerdeführer die von der Vorinstanz zu Unrecht vorgenommene Gesamtbeurteilung daher zugute. Da das Verschlechterungsverbot (Verbot der reformatio in peius) auch im Verfahren vor dem Bundesgericht gilt (vgl. <ref-law>; Urteile 8C_685/2011 vom 25. September 2012 E. 7.6; 6B_165/2011 vom 19. Juli 2011 E. 3.1 mit Hinweisen), kann davon abgesehen werden, die Angelegenheit im Kostenpunkt zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
4.4.2. Im Übrigen begründet die Vorinstanz, weshalb der Beschwerdeführer trotz der zweitinstanzlich erfolgten Einstellung des Strafverfahrens wegen Verletzung des Geheim- oder Privatbereichs durch Aufnahmegeräte zum Nachteil von C._ die erstinstanzlichen Verfahrenskosten zu tragen hat. Der Beschwerdeführer setzt sich damit nicht auseinander. Er bestreitet auch nicht, dass er im Oktober 2008 bei sich zuhause heimlich den Genitalbereich der damals 14-jährigen C._ beim Urinieren filmte, was zur Anklage vom 25. März 2014 wegen Verletzung des Geheim- oder Privatbereichs durch Aufnahmegeräte führte.
4.4.3. Eine Verletzung von <ref-law> ist entgegen der Kritik des Beschwerdeführers nicht ersichtlich. Wurde der Privatklägerschaft wie vorliegend ein unentgeltlicher Rechtsbeistand bestellt und musste sie daher nicht selber für die Kosten ihrer Rechtsvertretung aufkommen, ist ihr kein Schaden entstanden und sie hat keinen Anspruch auf eine Entschädigung nach <ref-law> (Urteil 6B_1292/2016 vom 2. Oktober 2017 E. 3.1 mit Hinweisen). Die Vorinstanz brachte diese Bestimmung daher zu Recht nicht zur Anwendung.
5.
Die Verpflichtung zur Rückerstattung der Entschädigung der unentgeltlichen Vertreterin der Beschwerdegegnerin 3 für das Berufungsverfahren von Fr. 1'100.-- gemäss Ergänzungsurteil der Vorinstanz vom 26. Oktober 2017 ficht der Beschwerdeführer nur für den Fall an, dass es im vorliegenden Verfahren zu einem Freispruch vom Vorwurf der sexuellen Handlungen mit einem Kind kommt (vgl. Beschwerdeergänzung). Da es beim Schuldspruch bleibt, braucht darauf nicht weiter eingegangen zu werden.
6.
Die Beschwerde ist abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Bei diesem Ausgang des Verfahrens hat der Beschwerdeführer die Gerichtskosten zu tragen (<ref-law>). Sein Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege ist abzuweisen, weil die Beschwerde von vornherein aussichtslos war (vgl. <ref-law>). Der finanziellen Lage des Beschwerdeführers ist mit herabgesetzten Gerichtskosten Rechnung zu tragen (<ref-law>).
Den Beschwerdegegnerinnen 2 und 3 ist keine Entschädigung zuzusprechen, da sie im bundesgerichtlichen Verfahren nicht zur Stellungnahme aufgefordert wurden und ihnen somit keine Umtriebe entstanden sind.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.
Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird abgewiesen.
3.
Die Gerichtskosten von Fr. 1'200.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Aargau, Strafgericht, 1. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 24. September 2018
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Denys
Die Gerichtsschreiberin: Unseld