Sachverhalt:
A.
Das Bezirksgericht Kulm sprach X._ mit Urteil vom 15. März 2016 von den Vorwürfen der Misswirtschaft, der mehrfachen ungetreuen Geschäftsbesorgung und der Unterlassung der Buchführung frei. Es erklärte ihn des Betrugs (Art. 146 Abs. 1 StGB), der mehrfachen Urkundenfälschung (Art. 251 Ziff. 1 StGB), der mehrfachen Erschleichung einer falschen Beurkundung (Art. 253 StGB), des Vergehens gegen das Bundesgesetz über die Alters- und Hinterlassenenversicherung gemäss Art. 87 AHVG, des Vergehens gegen das Bundesgesetz über die direkte Bundessteuer gemäss Art. 187 DBG, der groben Verletzung der Verkehrsregeln (Art. 90 Abs. 2 SVG) sowie der mehrfachen Nichtabgabe von Ausweisen und/oder Kontrollschildern (Art. 97 Abs. 1 lit. b SVG) schuldig und verurteilte ihn, teilweise als Zusatzstrafe zum Strafbefehl des Bezirksamtes Kulm vom 19. Juli 2010, zu einer bedingten Freiheitsstrafe von 20 Monaten, einer bedingten Geldstrafe von 60 Tagessätzen zu Fr. 100.-- und einer Busse von Fr. 1'500.--. Es verpflichtete X._ zudem, der A._ AG Fr. 83'119.80 zu bezahlen. Die übrigen Zivilkläger verwies es mit ihren Forderungen auf den Zivilweg. Die Staatsanwaltschaft und X._ erhoben gegen dieses Urteil Berufung.
Das Obergericht des Kantons Aargau bestätigte am 29. Januar 2018 die erstinstanzlichen Schuldsprüche und die Zivilforderung der A._ AG. Es sprach X._ zusätzlich der Misswirtschaft (Art. 165 Ziff. 1 StGB), der ungetreuen Geschäftsbesorgung (Art. 158 Ziff. 1 StGB) und der Unterlassung der Buchführung (Art. 166 StGB) schuldig und verurteilte ihn, teilweise als Zusatzstrafe zum Strafbefehl vom 19. Juli 2010, zu einer Freiheitsstrafe von 36 Monaten, davon 24 Monate mit bedingtem Vollzug, und einer bedingten Geldstrafe von 175 Tagessätzen zu Fr. 100.--.
B.
X._ beantragt mit Beschwerde in Strafsachen, er sei von den Vorwürfen des Betrugs, der mehrfachen Urkundenfälschung, der mehrfachen Erschleichung einer falschen Beurkundung, der Misswirtschaft, der mehrfachen ungetreuen Geschäftsbesorgung und der Unterlassung der Buchführung freizusprechen und für die übrigen Straftaten angemessen zu bestrafen, unter Gewährung des bedingten Strafvollzugs.

Erwägungen:
1.
1.1. Der Beschwerdeführer wendet sich gegen die Schuldsprüche wegen Urkundenfälschung und Betrugs zum Nachteil der Beschwerdegegnerin 2. Er rügt, er habe keine Kenntnis von der Fälschung seines Betreibungsregisterauszugs gehabt und diese nicht gewollt. B._ habe ihm gesagt, er könne ihm auch mit offenen Betreibungen einen Kredit vermitteln. Er habe selber keine Erfahrung im Kreditgeschäft gehabt und B._ vertraut. Die Lohnabrechnungen der C._ GmbH für August bis November 2011 habe er zwar selber erstellt. Diese seien inhaltlich jedoch nicht falsch gewesen, da er noch bis Ende 2011 für die C._ GmbH gearbeitet und Einkommen von dieser bezogen habe, auch wenn die Zahlungen unregelmässig und nicht an den in den Quittungen erwähnten Zeitpunkten geflossen seien. Sein Verhalten sei nicht arglistig gewesen. Die Beschwerdegegnerin 2 sei verpflichtet gewesen, vor der Kreditvergabe die Zentralstelle für Kreditinformation (ZEK) zu konsultieren. Der ZEK-Auszug vom 1. Dezember 2011 mit dem Bonitätscode 04 divergiere mit dem unwahren Betreibungsregisterauszug. Die Beschwerdegegnerin 2 habe daher entweder vor der Kreditvergabe keinen ZEK-Auszug eingeholt oder ihm trotz negativer Bonität im ZEK-Auszug Kredit gewährt. Hätte er die Beschwerdegegnerin 2 tatsächlich täuschen wollen, hätte er auch den ZEK-Auszug vorgängig eingeholt und gefälscht.
1.2. Die Feststellung des Sachverhalts kann vor Bundesgericht nur gerügt werden, wenn sie willkürlich im Sinne von Art. 9 BV ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (Art. 97 Abs. 1 und Art. 105 Abs. 1 BGG; <ref-ruling> E. 1.1 S. 503, 241 E. 2.3.1 S. 244). Willkür liegt vor, wenn die vorinstanzliche Beweiswürdigung schlechterdings unhaltbar ist, d.h. wenn die Behörde in ihrem Entscheid von Tatsachen ausgeht, die mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch stehen oder auf einem offenkundigen Fehler beruhen. Dass eine andere Lösung ebenfalls möglich erscheint, genügt nicht (<ref-ruling> E. 2.3.1 S. 244; <ref-ruling> E. 6.3 S. 375; je mit Hinweisen). Dem Grundsatz "in dubio pro reo" kommt in seiner Funktion als Beweiswürdigungsregel im Verfahren vor Bundesgericht keine über das Willkürverbot von Art. 9 BV hinausgehende Bedeutung zu (<ref-ruling> E. 1.1 S. 503; <ref-ruling> E. 7 S. 82; Urteil 6B_804/2017 vom 23. Mai 2018 E. 2.2.3.3, zur Publikation vorgesehen).
Die Rüge der Willkür muss in der Beschwerde explizit vorgebracht und substanziiert begründet werden (Art. 106 Abs. 2 BGG; <ref-ruling> E. 1.1 S. 503). In der Beschwerde muss im Einzelnen dargelegt werden, inwiefern der angefochtene Entscheid an einem qualifizierten und offensichtlichen Mangel leidet. Auf eine rein appellatorische Kritik am angefochtenen Entscheid tritt das Bundesgericht nicht ein (<ref-ruling> E. 4.4 S. 354 f.; <ref-ruling> E. 2.4 S. 368; <ref-ruling> E. 6.3 S. 375; je mit Hinweisen).
1.3. Was der Täter wusste, wollte und in Kauf nahm, betrifft sogenannte innere Tatsachen und damit Tatfragen. Solche prüft das Bundesgericht nur unter dem Gesichtspunkt der Willkür (BGE <ref-ruling> E. 6.3 S. 375). Der Beschwerdeführer gestand ein, die Lohnabrechnungen für die Monate August bis November 2011 selber erstellt zu haben. Die Vorinstanz geht davon aus, dieser habe auch um die Fälschung des Betreibungsregisterauszugs gewusst sowie um die falschen Angaben im Kreditantrag und im Berechnungsblatt der Kreditfähigkeitsprüfung, welche von ihm unterzeichnet wurden. Der Beschwerdeführer trägt nichts vor, das die vorinstanzliche Sachverhaltsfeststellung als schlechterdings unhaltbar erscheinen lassen könnte. Seine Vorbringen erschöpfen sich in einer unzulässigen appellatorischen Kritik an der Beweiswürdigung der Vorinstanz. Darauf ist nicht einzutreten.
1.4.
1.4.1. Den Tatbestand der Urkundenfälschung gemäss Art. 251 Ziff. 1 StGB erfüllt, wer in der Absicht, jemanden am Vermögen oder an andern Rechten zu schädigen oder sich oder einem andern einen unrechtmässigen Vorteil zu verschaffen (Abs. 1), eine Urkunde fälscht oder verfälscht, die echte Unterschrift oder das echte Handzeichen eines andern zur Herstellung einer unechten Urkunde benützt oder eine rechtlich erhebliche Tatsache unrichtig beurkundet oder beurkunden lässt (Abs. 2) oder eine Urkunde dieser Art zur Täuschung gebraucht (Abs. 3).
Art. 251 Ziff. 1 Abs. 2 StGB erfasst die Urkundenfälschung im engeren Sinne und die Falschbeurkundung. Urkundenfälschung im engeren Sinne ist das Herstellen einer unechten Urkunde. Eine Urkunde ist unecht, wenn deren wirklicher Urheber nicht mit dem aus ihr ersichtlichen Aussteller übereinstimmt bzw. wenn sie den Anschein erweckt, sie rühre von einem anderen als ihrem tatsächlichen Urheber her (<ref-ruling> E. 2.3.1 S. 169; <ref-ruling> E. 1.1.1 S. 268; je mit Hinweisen; Urteil 6B_1128/2016 vom 15. Februar 2017 E. 2.2, nicht publ. in: <ref-ruling>).
1.4.2. Die Lohnausweise der C._ GmbH für die Monate August bis November 2011 waren gefälscht, da sie nicht von der C._ GmbH, sondern vom Beschwerdeführer persönlich erstellt wurden. Darüber hinaus waren sie auch inhaltlich unwahr (vgl. Urteil 6B_163/2016 vom 25. Mai 2016 E. 3.3.2). Daran ändert nichts, dass auch nach Mai 2011 noch unregelmässig Gelder für Abschluss- bzw. Übergabearbeiten von der C._ GmbH an den Beschwerdeführer flossen. Der Schuldspruch wegen Urkundenfälschung verstösst nicht gegen Bundesrecht.
1.4.3. Die Vorinstanz geht auch bezüglich des gefälschten Betreibungsregisterauszugs zu Recht von einer Urkundenfälschung im engeren Sinne aus, da das ganze Dokument inkl. Stempel und Unterschrift neu erstellt wurde (vgl. angefochtenes Urteil E. 2.2.2 S. 21). Der Beschwerdeführer fertigte den Betreibungsregisterauszug zwar nicht selber an. Er übergab B._ jedoch den Originalbetreibungsregisterauszug. Die Vorinstanz stellt willkürfrei und somit verbindlich fest, der Beschwerdeführer habe zumindest damit gerechnet, dass der Betreibungsregisterauszug zwecks Täuschung der Beschwerdegegnerin 2 gefälscht würde. Der gefälschte Betreibungsregisterauszug lag denn auch dem vom Beschwerdeführer unterzeichneten Kreditantrag bei, in welchem der Beschwerdeführer wahrheitswidrig angab, er habe keine Betreibungen. Die Vorinstanz ging daher zu Recht von einem mittäterschaftlichen Zusammenwirken aus und sprach den Beschwerdeführer auch insofern der Urkundenfälschung im Sinne von Art. 251 Ziff. 1 StGB schuldig.
1.5.
1.5.1. Den Tatbestand des Betrugs im Sinne von Art. 146 Abs. 1 StGB erfüllt u.a., wer in der Absicht, sich oder einen andern unrechtmässig zu bereichern, jemanden durch Vorspiegelung oder Unterdrückung von Tatsachen arglistig irreführt und so den Irrenden zu einem Verhalten bestimmt, wodurch dieser sich selbst oder einen andern am Vermögen schädigt.
Arglist im Sinne von Art. 146 Abs. 1 StGB ist nach ständiger Rechtsprechung gegeben, wenn der Täter ein ganzes Lügengebäude errichtet oder sich besonderer Machenschaften oder Kniffe bedient. Bei einfachen falschen Angaben ist das Merkmal erfüllt, wenn deren Überprüfung nicht oder nur mit besonderer Mühe möglich oder nicht zumutbar ist, sowie dann, wenn der Täter den Getäuschten von der möglichen Überprüfung abhält oder nach den Umständen voraussieht, dass dieser die Überprüfung der Angaben aufgrund eines besonderen Vertrauensverhältnisses unterlassen werde. Arglist scheidet aus, wenn der Getäuschte den Irrtum mit einem Mindestmass an Aufmerksamkeit hätte vermeiden können (zum Ganzen <ref-ruling> E. 2.2.2 S. 154 f.; <ref-ruling> E. 5.2 S. 79 ff. mit Hinweisen). Eine mit gefälschten Urkunden verübte Täuschung ist grundsätzlich arglistig, da im geschäftlichen Verkehr grundsätzlich auf die Echtheit von Urkunden vertraut werden darf. Urkunden wird gerade wegen ihrer Beweisbestimmung ein höheres Vertrauen entgegengebracht (<ref-ruling> E. 4.4.3 S. 264 mit Hinweisen). Anders kann es sich verhalten, wenn sich aus den vorgelegten Urkunden selbst ernsthafte Anhaltspunkte für deren Unechtheit ergeben (Urteile 6B_1455/2017 vom 6. Juli 2018 E. 3.2; 6B_163/2016 vom 25. Mai 2016 E. 3.4.2; 6B_447/2012 vom 28. Februar 2013 E. 2.3).
1.5.2. Der Beschwerdeführer täuschte die Beschwerdegegnerin 2 mittels gefälschter Urkunden. Diese prüfte entgegen der Kritik des Beschwerdeführers dessen Kreditfähigkeit. Sie kam ihren Pflichten im Sinne von Art. 28 des Bundesgesetzes vom 23. März 2001 über den Konsumkredit (KKG; SR 221.214.1) demnach nach. Hierfür durfte sie sich grundsätzlich auf die Angaben des Beschwerdeführers verlassen (vgl. Art. 31 Abs. 1 Satz 1 KKG), welcher im Kreditantrag und im Berechnungsblatt der Kreditfähigkeitsprüfung falsche Angaben zu seinen Betreibungen, zu seinem Lohn und zu seinen familiären Verhältnissen machte. Zusätzlich stellte die Beschwerdegegnerin 2 auf den Betreibungsregisterauszug sowie die vom Beschwerdeführer eingereichten Lohnabrechnungen ab, wie dies in Art. 31 Abs. 1 Satz 2 KKG vorgesehen ist. Sie verlangte vom Beschwerdeführer zudem Lohnquittungen sowie eine Bestätigung des Arbeitgebers, dass der Lohn in bar bezahlt wird. Sie durfte sich dabei auf die Echtheit und Unverfälschtheit der eingereichten Unterlagen verlassen (vgl. Urteile 6B_1455/2017 vom 6. Juli 2018 E. 3.3; 6B_777/2017 vom 8. Februar 2018 E. 2.5). Der Beschwerdeführer behauptet nicht, die Beschwerdegegnerin 2 hätte erkennen müssen, dass der ihr unterbreitete Betreibungsregisterauszug gefälscht war. Nicht zu hören ist der Beschwerdeführer, soweit er geltend macht, die laufenden Betreibungen seien aus dem ZEK-Auszug vom 1. Dezember 2011 ersichtlich gewesen. Dies kann dem erwähnten ZEK-Auszug so nicht entnommen werden. Darauf steht für den noch bis Januar 2013 laufenden Kredit mit einem Restsaldo von Fr. 5'232.-- vielmehr der Bonitätscode 00 und für den bereits per Juli 2010 zurückbezahlten Kredit der Bonitätscode 02 (vgl. kant. Akten, Verfahren ST.2013.21, BO 1 act. 56). Offensichtlich unbegründet ist zudem der Einwand, der ZEK-Auszug vom 1. Dezember 2011 sei nicht von der Beschwerdegegnerin 2 ediert worden. Das Dokument wurde klarerweise von der Beschwerdegegnerin 2 am 1. Dezember 2011 ausgedruckt, welche die Datenbank an diesem Tag um das neue Kreditgesuch ergänzte.
1.5.3. Die rechtliche Würdigung der Vorinstanz als Betrug im Sinne von Art. 146 Abs. 1 StGB zum Nachteil der Beschwerdegegnerin 2 ist nicht zu beanstanden.
2.
2.1. Der Beschwerdeführer macht weiter geltend, er habe dem Notar nicht vorenthalten, dass der Mercedes-Benz, den er anlässlich der Gründung der D._ AG als Sacheinlage in diese eingebracht habe, nicht in seinem Eigentum stand, sondern geleast war. Die Akten würden genügend Hinweise enthalten, dass diese Ansicht zumindest ebenso vertretbar sei wie eine bewusste Täuschung der Urkundsperson. Er habe nicht gewusst, dass ein geleastes Fahrzeug nicht Gegenstand einer Sacheinlage sein könne.
2.2. Der Beschwerdeführer schloss im August 2004 einen Leasingvertrag über einen Mercedes-Benz ab. Die Vorinstanz erwägt, er habe gewusst, dass das Fahrzeug nicht in seinem Eigentum, sondern demjenigen der Leasinggesellschaft stand, jeder Halterwechsel über die Leasinggesellschaft erfolgen musste und seine Bestätigung im Sacheinlagevertrag vom 2. Dezember 2004, wonach er Alleineigentümer des Fahrzeugs sei, demnach falsch war. Aufgrund seiner Aus- und Weiterbildung sowie seiner Tätigkeit als Treuhänder habe er auch Kenntnis von der grundsätzlichen Bedeutung und Funktion von Sacheinlagen gehabt und davon, welche Gegenstände dafür qualifiziert waren. Er habe gewusst, dass der geleaste Mercedes-Benz nicht Gegenstand einer Sacheinlage sein konnte. Er habe damit gerechnet, dass sich der Notar für die öffentliche Beurkundung auf den Sacheinlagevertrag und die Prüfungsbestätigung des unabhängigen Treuhänders, wonach das Fahrzeug im Alleineigentum des Beschwerdeführers stand, verlassen und den dem Sacheinlagevertrag beigelegten Fahrzeugausweis mit dem Eintrag "Halterwechsel verboten" nicht genauer anschauen werde. Er habe diesen wissentlich und willentlich über die Eigentumsverhältnisse am Mercedes-Benz getäuscht (angefochtenes Urteil E. 4.4 S. 29).
2.3. Der Beschwerdeführer zeigt auch insofern nicht auf, weshalb die vorinstanzliche Beweiswürdigung geradezu willkürlich sein könnte. Er behauptet denn auch nicht, diese sei offensichtlich unhaltbar, sondern er beruft sich im Wesentlichen auf den Grundsatz "in dubio pro reo" als Beweiswürdigungsregel, indem er geltend macht, eine andere Würdigung sei ebenfalls möglich und im Zweifelsfall sei auf den für ihn günstigeren Sachverhalt abzustellen. Dies genügt nach ständiger Rechtsprechung für die Annahme von Willkür nicht. Die vorinstanzlichen Schuldsprüche wegen Urkundenfälschung (Art. 251 Ziff. 1 StGB) und Erschleichung einer falschen Beurkundung (Art. 253 StGB) sind nicht zu beanstanden.
3.
3.1. Der Beschwerdeführer ficht sodann den Schuldspruch wegen Misswirtschaft an. Er rügt, die Vorinstanz werfe ihm zu Unrecht vor, er habe bereits Ende 2009 begründete Besorgnis für eine Überschuldung der E._ AG gehabt und hätte daher eine Zwischenbilanz erstellen müssen. Per Herbst 2009 sei als Sanierungsmassnahme ein Personalabbau beschlossen worden, die laufenden Bauprojekte seien fortgeschritten und er habe zwecks Überbrückung der Liquiditätsprobleme auch privat Gelder in die E._ AG eingeschossen. Er habe Ende 2009 nicht davon ausgehen müssen, dass die Gesellschaft in absehbarer Zeit überschuldet sein werde.
3.2.
3.2.1. Den Tatbestand der Misswirtschaft nach Art. 165 Ziff. 1 StGB erfüllt, wer als Schuldner, in anderer Weise als durch Gläubigerschädigung durch Vermögensverminderung nach Art. 164 StGB, durch Misswirtschaft, namentlich durch ungenügende Kapitalausstattung, unverhältnismässigen Aufwand, gewagte Spekulationen, leichtsinniges Gewähren oder Benützen von Kredit, Verschleudern von Vermögenswerten oder arge Nachlässigkeit in der Berufsausübung oder Vermögensverwaltung, seine Überschuldung herbeiführt oder verschlimmert, seine Zahlungsunfähigkeit herbeiführt oder im Bewusstsein seiner Zahlungsunfähigkeit seine Vermögenslage verschlimmert, wenn über ihn der Konkurs eröffnet oder gegen ihn ein Verlustschein ausgestellt worden ist.
3.2.2. Der Verwaltungsrat einer Aktiengesellschaft muss gemäss Art. 725 Abs. 2 Satz 1 OR eine Zwischenbilanz erstellen und diese einem zugelassenen Revisor zur Prüfung vorlegen, wenn begründete Besorgnis einer Überschuldung besteht. Ergibt sich aus der Zwischenbilanz, dass die Forderungen der Gesellschaftsgläubiger weder zu Fortführungs- noch zu Veräusserungswerten gedeckt sind, so hat der Verwaltungsrat den Richter zu benachrichtigen, sofern nicht Gesellschaftsgläubiger im Ausmass dieser Unterdeckung im Rang hinter alle anderen Gesellschaftsgläubiger zurücktreten (Art. 725 Abs. 2 Satz 2 und 3 OR). Die Rechtsprechung bejaht eine nachlässige Berufsausübung im Sinne von Art. 165 Ziff. 1 StGB, wenn gesetzliche Bestimmungen der Unternehmensführung missachtet werden. Dazu gehören insbesondere die Vernachlässigung der Rechnungslegung oder die Verletzung der Pflicht des Verwaltungsrats einer Aktiengesellschaft gemäss Art. 725 Abs. 2 OR, den Richter im Falle der Überschuldung zu benachrichtigen (<ref-ruling> E. 7.3 S. 54; Urteile 6B_748/2017 vom 30. Mai 2018 E. 3.2.2; 6B_1103/2017 vom 7. August 2018 E. 1.2.1; 6B_492/2009 vom 18. Januar 2010 E. 2.2). Zwischen der Bankrotthandlung im Sinne von Art. 165 StGB und der Vermögenseinbusse muss ein Kausalzusammenhang bestehen (Urteil 6B_748/2017 vom 30. Mai 2018 E. 3.2.2 mit Hinweisen).
3.3. Die Vorinstanz sprach den Beschwerdeführer der Misswirtschaft durch Konkursverschleppung schuldig. Über die E._ AG wurde am 21. Juli 2010 der Konkurs eröffnet. Das Konkursverfahren wurde am 13. Oktober 2010 mangels Aktiven eingestellt. Die Vorinstanz erwägt u.a., die E._ AG habe bereits im Frühjahr 2009 erste Liquiditätsprobleme gehabt. Die Betreibungen hätten Mitte Mai 2009 begonnen und sich ab November 2009 gehäuft. Der Beschwerdeführer habe seit mindestens September 2009 um die schwierige finanzielle Situation der E._ AG gewusst und bereits Ende 2009 begründete Besorgnis für eine Überschuldung gehabt. Er hätte daher eine Zwischenbilanz erstellen und die Überschuldungsanzeige spätestens Ende Februar 2010 einreichen müssen. Ihm habe der Überblick über die finanziellen Verhältnisse der E._ AG gefehlt. Deshalb könnten seine allfälligen Investitionen auch nicht als seriöse Sanierungsmassnahmen angesehen werden. Hätte der Beschwerdeführer rechtzeitig eine Zwischenbilanz erstellt, hätte er die finanzielle Lage der E._ AG erkennen und rechtzeitig die Bilanz deponieren können. Daraus hätte eine grössere Konkursmasse resultiert. Ob der Beschwerdeführer wie behauptet im Jahre 2010 über Fr. 200'000.-- in die E._ AG einbrachte, sei fraglich. Ein entsprechender Kapitalfluss sei nicht belegt. Jedenfalls ändere dies nichts daran, dass der Beschwerdeführer insgesamt die Zahlungsunfähigkeit herbeigeführt und derart verschlimmert habe, dass das Konkursverfahren mangels Aktiven habe eingestellt und die Konkursgebühren hätten abgeschrieben werden müssen. Die Überschuldung und die offenen Betreibungen seien bis zur Konkurseröffnung angewachsen (angefochtenes Urteil S. 33-37).
3.4. Der Beschwerdeführer setzt sich mit den finanziellen Verhältnissen der E._ AG Ende 2009 nicht ansatzweise auseinander. Er bestreitet zudem nicht, dass er um die Liquiditätsprobleme und die laufenden Betreibungen wusste. Die Vorinstanz geht daher willkürfrei davon aus, dieser habe Ende 2009 begründete Besorgnis für eine Überschuldung gehabt. Um sich einen genauen Überblick über die finanziellen Verhältnisse der E._ AG zu verschaffen, hätte er daher unabhängig von den angeblich getroffenen Sanierungsmassnahmen eine Zwischenbilanz erstellen müssen, was er nicht tat.
Der Verwaltungsrat kann nach der Rechtsprechung bei Überschuldung die Benachrichtigung des Richters für eine kurze Zeitspanne aufschieben, wenn begründete und konkrete Aussichten auf eine kurzfristig realisierbare, dauerhafte finanzielle Sanierung der Gesellschaft bestehen. Übertriebene Erwartungen oder vage Hoffnungen reichen nicht aus (vgl. dazu etwa <ref-ruling> E. 5.1 S. 573; <ref-ruling> E. 5a S. 113; Urteile 6B_1107/2017 vom 1. Juni 2018 E. 2.6.4; 6B_985/2016 vom 27. Februar 2017 E. 4.2.1). Dass diese Voraussetzungen vorliegend erfüllt waren, ist weder dargetan noch ersichtlich. Der Beschwerdeführer behauptet nicht, mittels des beschlossenen Personalabbaus und der von ihm angeblich privat (wohl als Darlehen) zur Verfügung gestellten Gelder sei entgegen der Vorinstanz die Überschuldung der E._ AG beseitigt worden. Die angeblichen Sanierungsmassnahmen entbanden ihn daher nicht von der Pflicht zur Benachrichtigung des Richters. Die Vorinstanz legt zudem dar, dass zwischen der Bankrotthandlung und der Verschlimmerung der Überschuldung ein Kausalzusammenhang besteht. Sie bejaht ausgehend von ihren willkürfreien und damit verbindlichen Sachverhaltsfeststellungen zutreffend auch den subjektiven Tatbestand. Der Schuldspruch wegen Misswirtschaft im Sinne von Art. 165 Ziff. 1 StGB verstösst nicht gegen Bundesrecht. Die Beschwerde ist auch in diesem Punkt unbegründet.
3.5. Die Vorinstanz brachte hinsichtlich der Unterlassung der Buchführung Art. 166 StGB als lex specialis zur Anwendung (vgl. nachfolgend E. 4) und sie liess die Verletzung der Buchführungspflicht im Rahmen von Art. 165 StGB unberücksichtigt (vgl. angefochtenes Urteil E. 8.2.1 S. 53), was der Beschwerdeführer nicht beanstandet. An der Sache vorbei geht daher dessen Kritik, die Unterlassung der Buchführung / Vernachlässigung der Rechnungslegung falle nicht unter den Tatbestand der Misswirtschaft (Beschwerde S. 31).
4.
4.1. Hinsichtlich des Schuldspruchs wegen Unterlassung der Buchführung im Sinne von Art. 166 StGB rügt der Beschwerdeführer, es liege kein Taterfolg im Sinne von Art. 166 StGB vor. Die Vermögenslage der E._ AG sei durch die nicht gesetzeskonforme Buchhaltung nicht derart verschleiert worden, dass die Gläubiger beim Konkurs der Gesellschaft abstrakt gefährdet worden seien. Die Vorinstanz verkenne auch, dass er den Tatbestand nach Abschluss des Konkursverfahrens bis zur Löschung der E._ AG im Handelsregister mangels eines Kausalzusammenhangs objektiv gar nicht mehr habe erfüllen können. Aktenwidrig sei zudem, dass die Verletzung der Buchführungspflicht bereits bei der Gründung der Gesellschaft begonnen habe. Weiter habe er entgegen der Vorinstanz nie den Willen gehabt, die Vermögenslage der E._ AG zu verschleiern. Er habe daher nicht vorsätzlich gehandelt. Schliesslich widerspreche es dem Gerechtigkeitsempfinden, dass nur er, nicht aber F._ wegen Unterlassung der Buchführung angeklagt worden sei, obschon dieser bis zum 11. November 2009 ebenfalls als Verwaltungsrat der E._ AG eingetragen gewesen sei.
4.2. Die Vorinstanz wirft dem Beschwerdeführer vor, die Buchführung der E._ AG sei von Anfang an, d.h. seit der Gesellschaftsgründung im Jahre 2007, ungenügend gewesen. Es habe zu seinen üblichen Geschäftsgebaren gehört, seine Geschäfte nicht mit einer nachvollziehbaren Buchführung zu dokumentieren (angefochtenes Urteil E. 7.3 S. 52 und E. 9.3.5 S. 60). Der Beschwerdeführer sei aufgrund seiner Ausbildung und seiner langjährigen Tätigkeit im Treuhandbereich als Inhaber von zwei auf diesem Gebiet tätigen Gesellschaften kaufmännisch versiert und mit der Buchführung und den Pflichten als Verwaltungsrat vertraut gewesen. Er habe gewusst, dass er der Buchführung ungenügend nachgekommen und die Vermögenslage dadurch verschleiert worden sei, und er habe dies zumindest in Kauf genommen (angefochtenes Urteil E. 7.4 S. 53).
4.3. Die Vorinstanz legt willkürfrei dar, weshalb die Buchhaltung der E._ AG trotz der per 31. Dezember 2008 existierenden Bilanz sowie Erfolgsrechnung auch für die Zeit bis Ende 2008 nicht gesetzeskonform war und die vom Beschwerdeführer nachträglich in Auftrag gegebene Kapitalflussrechnung nicht als nahezu vollständig betrachtet werden kann. Unbegründet ist auch die übrige Kritik des Beschwerdeführers betreffend die Tatzeit. Die Vorinstanz geht von einem Deliktszeitraum von über drei Jahren aus, gerechnet ab der Gründung der E._ AG im Februar 2007 (angefochtenes Urteil E. 9.3.5 S. 60). Sie stellt demnach nicht auf den Deliktszeitraum gemäss Anklageschrift von fast vier Jahren (19.02.2007 bis 26.01.2011) ab. Ebenfalls nicht zu beanstanden sind die Feststellungen der Vorinstanz zum subjektiven Tatbestand. Der Beschwerdeführer trägt nichts vor, das die vorinstanzliche Beweiswürdigung als willkürlich erscheinen lassen könnte. Dessen Kritik ist unbegründet, soweit sie den gesetzlichen Begründungsanforderungen überhaupt zu genügen vermag.
4.4. Nicht zu hören ist der Beschwerdeführer, soweit er den beantragten Freispruch damit begründet, dass für die Zeit bis zum 11. November 2009 auch der zweite Verwaltungsrat wegen Unterlassung der Buchführung im Sinne von Art. 166 StGB hätte belangt werden müssen. Die Rechtsprechung hat wiederholt betont, dass eine falsche Rechtsanwendung im einen Fall keinen Anspruch darauf begründet, im anderen Fall ebenfalls von der Gesetzesnorm abweichend behandelt zu werden (<ref-ruling> E. 3.3 S. 194; Urteil 6B_28/2018 vom 7. August 2018 E. 5.3). Selbst wenn F._ ebenfalls wegen Unterlassung der Buchführung hätte belangt werden müssen, was jedoch in keiner Weise erstellt ist und vom Beschwerdeführer auch nicht näher begründet wird, müsste dies daher nicht zum Freispruch des Beschwerdeführers von diesem Vorwurf führen.
4.5. Der Schuldspruch wegen Unterlassung der Buchführung im Sinne von Art. 166 StGB verstösst nicht gegen Bundesrecht.
5.
5.1. Der Beschwerdeführer bestreitet zudem, namens der E._ AG grundlos Zahlungen an die D._ AG, die G._ AG und sich selber getätigt zu haben. Er macht hierfür im Wesentlichen geltend, den Zahlungen an die D._ AG und ihn selbst seien Vorleistungen seinerseits in gleicher Höhe gegenübergestanden. Die Zahlung an die G._ AG von Fr. 34'000.-- sei aus zahlungstechnischen Gründen erfolgt, weil die Mitarbeiter der E._ AG am Bankschalter kein Bargeld mehr bekommen hätten. Die Fr. 34'000.-- seien gleichentags an die E._ AG zurückgeflossen, auch wenn der Beleg für die Rückvergütung nicht verbucht worden sei. Die Aktenlage spreche nicht zwingend gegen seine Darstellung.
5.2. Die Vorinstanz sprach den Beschwerdeführer der ungetreuen Geschäftsbesorgung schuldig, weil er in der Zeit von Januar 2008 bis August 2009 ab dem Geschäftskonto der E._ AG grundlos insgesamt Fr. 159'329.-- an die ihm wirtschaftlich zuzurechnende D._ AG, insgesamt Fr. 29'000.-- an die ebenfalls ihm gehörende G._ AG und insgesamt Fr. 254'245.-- an sich persönlich überwies.
Eine willkürliche Beweiswürdigung ist erneut weder ersichtlich noch substanziiert dargetan. Der Beschwerdeführer behauptet beispielsweise, bei den Zahlungen der E._ AG an die D._ AG in der Zeit von Januar 2008 bis Juli 2009 handle es sich um Rückzahlungen des Darlehens von Fr. 158'700.--, welches er in den Jahren 2007/2008 als Vorinvestition über die von ihm kontrollierte D._ AG privat in die E._ AG eingebracht habe. Die Vorinstanz legt dazu u.a. dar, es gebe keinerlei Hinweise in den Akten, dass dieses Geld auch tatsächlich geflossen sei. Der Beschwerdeführer berufe sich nicht auf Rechnungen oder Kontoauszüge, sondern auf eigenhändig erstellte, undatierte Aufstellungen. Geldflüsse von über Fr. 100'000.-- in bar seien mehr als aussergewöhnlich. Ebenso aussergewöhnlich sei, dass der angebliche Geldfluss bei der E._ AG nachträglich auf zwei verschiedene Arten verbucht worden sei und die Einträge datumsmässig nicht mit der Erklärung des Beschwerdeführers betreffend die angeblich in den Jahren 2007/2008 getätigten Vorinvestitionen übereinstimmen würden. Auch die Buchhaltung der D._ AG spreche gegen entsprechende Vorinvestitionen derselben. Weiter habe weder die D._ AG noch der Beschwerdeführer über eine entsprechende Summe verfügt. Letzterer habe angegeben, das Geld für die Vorinvestitionen von Privatpersonen erhalten zu haben. Entgegen seiner Ankündigung habe er jedoch nie eine entsprechende Namensliste eingereicht (angefochtenes Urteil S. 40-44).
5.3. Der Beschwerdeführer setzt sich damit - wie auch mit der Beweiswürdigung der Vorinstanz betreffend die übrigen Zahlungen - nicht rechtsgenügend auseinander. Er stellt wie bereits vor der Vorinstanz durch nichts belegte Behauptungen auf und will sich hierfür zu Nutzen machen, dass die Buchhaltung der E._ AG nicht ordnungsgemäss geführt wurde. Damit vermag er keine Willkür darzutun. Die Vorinstanz nimmt ausführlich auf die Akten Bezug. Sie begründet überzeugend, weshalb sie zur Auffassung gelangt, die beanstandeten Zahlungen des Beschwerdeführers an die D._ AG, die G._ AG und sich selber seien nicht geschuldet gewesen. Sie berücksichtigt dabei nicht nur, dass Buchhaltungsbelege für die vom Beschwerdeführer zu seiner Entlastung behaupteten Vorleistungen und Rückvergütungen fehlen, sondern sie würdigt auch zahlreiche weitere Indizien, die gegen dessen unbelegten Behauptungen sprechen.
5.4. Der Beschwerdeführer zahlte am 9. März und 1. April 2010 namens der G._ AG insgesamt Fr. 35'000.-- an die E._ AG zurück. Nach der Rechtsprechung reicht auch im Rahmen von Art. 158 Ziff. 1 StGB eine vorübergehende Schädigung aus (vgl. Urteile 6B_959/2017 vom 29. März 2018 E. 3.4.1; 6B_382/2017 vom 2. Februar 2018 E. 3.1; 6B_1016/2015 vom 26. Januar 2017 E. 3.3.3; 6B_491/2012 vom 18. April 2013 E. 1.3.1, nicht publ. in: <ref-ruling>). Die Vorinstanz brachte den zurückerstatteten Betrag dennoch von der Deliktssumme in Abzug und sprach den Beschwerdeführer insofern daher nicht der ungetreuen Geschäftsbesorgung schuldig. Nicht zu beanstanden ist entgegen der Kritik des Beschwerdeführers (vgl. Beschwerde Ziff. 7.16 S. 39), wenn sie trotz dieser Rückerstattung eines Teils der unrechtmässigen Zahlungen zum Schluss gelangt, der Beschwerdeführer habe bezüglich der nicht zurückerstatteten Vermögenswerte mit dem Wissen und Willen gehandelt, die G._ AG durch die ungerechtfertigten Zahlungen zu schädigen und sich bzw. die von ihm beherrschten Gesellschaften unrechtmässig zu bereichern.
5.5. Die Vorinstanz sprach den Beschwerdeführer gestützt auf ihre willkürfreien und damit verbindlichen Sachverhaltsfeststellungen zu Recht der ungetreuen Geschäftsbesorgung gemäss Art. 158 Ziff. 1 StGB schuldig.
6.
Die Beschwerde ist nach dem Gesagten abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Die Gerichtskosten sind dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Aargau, Strafgericht, 1. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 9. Januar 2019
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Denys
Die Gerichtsschreiberin: Unseld