Sachverhalt:
A.
Mit Strafbefehl vom 28. Juli 2017 sprach die Staatsanwaltschaft Lenzburg-Aarau X._ der fahrlässigen einfachen Körperverletzung zum Nachteil von A._ (Zivil- und Strafkläger) schuldig und verurteilte ihn zu einer bedingten Geldstrafe von 30 Tagessätzen à Fr. 40.-- und einer Busse von Fr. 600.--. In Ziffer 3 des Strafbefehlsdispositivs auferlegte die Staatsanwaltschaft die Verfahrenskosten in Höhe von Fr. 2'010.-- X._ und brachte den folgenden Vermerk an: "Über Auslagen, die nach Erlass des vorliegenden Strafbefehls eingehen, wird separat verfügt."
Gegen den Strafbefehl vom 28. Juli 2017 erhob der Zivil- und Strafkläger Einsprache. Die Staatsanwaltschaft hielt am Strafbefehl fest und überwies die Akten dem Bezirksgericht Aarau. Dieses trat mit Präsidialverfügung vom 27. Februar 2019 auf die Einsprache nicht ein.
B.
Am 27. März 2019 verfügte die Staatsanwaltschaft eine "Ergänzung zum Strafbefehl vom 28. Juli 2017 und Urteil des Bezirksgerichts Aarau vom 27. Februar 2019" (nachfolgend: Ergänzung zum Strafbefehl) und auferlegte X._ die nachträglich in Rechnung gestellten Auslagen für ein Gutachten in der Höhe von Fr. 700.--. In der Rechtsmittelbelehrung der Ergänzung zum Strafbefehl hielt die Staatsanwaltschaft fest: "Gegen den Strafbefehl können nach <ref-law> die beschuldigte Person und weitere Betroffene bei der Staatsanwaltschaft innert 10 Tagen schriftlich Einsprache erheben."
Am 17. April 2019 verfügte die Staatsanwaltschaft unter Beilage der vom 27. März 2019 datierenden Ergänzung zum Strafbefehl die "Überweisung eines Strafbefehls ans Gericht". Darin führte die Staatsanwaltschaft aus, X._ habe mit Eingabe vom 5. April 2019 Einsprache gegen die am 27. März 2019 erfolgte Ergänzung zum Strafbefehl erhoben, habe jedoch zugleich geltend gemacht, entgegen der Rechtsmittelbelehrung sei die Kostenauflage nicht mittels Einsprache, sondern mittels Beschwerde anzufechten.
Am 11. April 2019 erhob X._ gegen die Ergänzung zum Strafbefehl Beschwerde ans Obergericht des Kantons Aargau und begründete die Ergreifung dieses Rechtsmittels damit, dass der Entscheid der Staatsanwaltschaft vom 27. März 2019 entweder als eine Verfügung im Sinne von <ref-law> oder als ein nachträglicher Entscheid im Sinne von <ref-law> zu betrachten und beides mit Beschwerde und nicht mit Einsprache anzufechten sei. Mit Entscheid vom 21. Mai 2019 trat die Vizepräsidentin des Obergerichts des Kantons Aargau auf die Beschwerde nicht ein.
C.
Mit Beschwerde in Strafsachen beantragt X._, der Entscheid des Obergerichts des Kantons Aargau vom 21. Mai 2019 sei aufzuheben und die Sache sei zur materiellen Beurteilung an das Obergericht zurückzuweisen.

Erwägungen:
1.
Da die Beschwerde an das Bundesgericht ein reformatorisches Rechtsmittel ist (<ref-law>), muss auch das Rechtsbegehren grundsätzlich reformatorisch gestellt werden; ein blosser Antrag auf Rückweisung ist nicht zulässig, ausser wenn das Bundesgericht ohnehin nicht reformatorisch entscheiden könnte, so beispielsweise, wenn geltend gemacht wird, die Vorinstanz sei zu Unrecht auf das kantonale Rechtsmittel nicht eingetreten (<ref-ruling> E. 2). Dies ist vorliegend der Fall. Der Beschwerdeführer rügt in seiner Beschwerde, die Vorinstanz sei zu Unrecht auf seine Beschwerde nicht eingetreten. Der allein auf Rückweisung lautende Antrag ist damit nicht zu beanstanden und auf die Beschwerde ist einzutreten.
2.
2.1. Der Beschwerdeführer rügt die Verletzung von Bundesrecht, "namentlich von Art. 81 Abs. 4 i.V.m. <ref-law>". Ein Kostenvorbehalt im Entscheiddispositiv habe nicht dessen Unvollständigkeit zur Folge, weshalb das Dispositiv einem Ergänzungsentscheid im Sinne von <ref-law> und somit auch einer Berichtigung nicht zugänglich sei. Indem die Vorinstanz hievon ausgehe, verletzte sie Bundesrecht. Um <ref-law> anwenden zu können, müsse ein Fehler im Ausdruck und nicht ein solcher in der Willensbildung vorliegen. Falsch sei die Annahme der Vorinstanz, mit der Ergänzung des Strafbefehls vom 27. März 2019 sei der Strafbefehl vom 28. Juli 2017 nicht korrigiert, sondern einzig um damals noch nicht bekannte Kosten ergänzt worden. Ein Berichtigungsentscheid nach <ref-law> könne nur ergehen, wenn ein zulässiger Kostenvorbehalt angebracht worden sei. Dies sei vorliegend nicht der Fall. Ebenso berufe sich die Vorinstanz zu Unrecht auf <ref-law>, wonach in einem Strafbefehl ergangene Kostenentscheide mit Einsprache anzufechten seien. Vorliegend handle es sich beim Entscheid vom 27. März 2019 nicht um eine Vervollständigung des ursprünglichen Strafbefehls, sondern um eine "neuerliche Verwaltungshandlung in Form einer Verfügung i.S.v. <ref-law>" und Verfügungen der Staatsanwaltschaft seien mit Beschwerde anzufechten.
2.2. Die Vorinstanz hält fest, die Beantwortung der Frage, ob die vom 27. März 2019 datierende Ergänzung des ursprünglichen Strafbefehls mit Einsprache oder mit Beschwerde anzufechten sei, hänge von der Rechtsnatur des angefochtenen Entscheids ab. Die Staatsanwaltschaft habe den Strafbefehl vom 28. Juli 2017 mit einem Vorbehalt in Bezug auf noch nicht feststehende Auslagen versehen und so zum Ausdruck gebracht, dass der gefällte Kostenentscheid womöglich unvollständig sei, weil er nicht alle zu tragenden Kosten enthalte. Die von Thomas Domeisen (in: Basler Kommentar zur StPO, 2. Aufl. 2014, N. 6 zu Art. 421) vertretene Auffassung, wonach ein Kostenvorbehalt in einem Endentscheid zulässig sei und ein mit einem Kostenvorbehalt versehenes Entscheiddispositiv - weil unvollständig - einem Ergänzungsentscheid im Sinne von <ref-law> zugänglich sei, erscheine zutreffend. Entgegen der Behauptung des Beschwerdeführers gehe es nicht darum, einen auf einer fehlerhaften Willensbildung beruhenden und deshalb fehlerhaften Kostenentscheid zu korrigieren. Vielmehr werde der Kostenentscheid einzig um die beim Erlass des Strafbefehls am 28. Juli 2017 noch nicht bekannten (aber vorbehaltenen) Kosten ergänzt. Ein in einem Strafbefehl ergangener Kostenentscheid sei auch dann mit Einsprache anzufechten, wenn es einzig um die Kostenhöhe gehe, was sich aus <ref-law> ergebe. Es stehe fest, dass die Staatsanwaltschaft ihren Entscheid vom 27. März 2019 als einen Ergänzungsentscheid im Sinne von <ref-law> und nicht als eine anderweitige Verfügung gemäss <ref-law> erlassen habe. Demnach unterliege der angefochtene Entscheid der Einsprache und nicht der Beschwerde. Ob die Staatsanwaltschaft die Kosten im angefochtenen Ergänzungsentscheid tatsächlich gültig verlegt habe, sei eine im Einspracheverfahren zu klärende Frage.
2.3.
2.3.1. Die Beschwerde ist zulässig gegen Verfügungen und Verfahrenshandlungen von Polizei, Staatsanwaltschaft und Übertretungsbehörden (<ref-law>). Die Beschwerde hat als das (subsidiäre) Rechtsmittel dann zurückzutreten, wenn die Strafprozessordnung andere Rechtsbehelfe zur Verfügung stellt oder andere Rechtsschutzbestimmungen vorsieht (Patrick Guidon, in: Basler Kommentar zur StPO, 2. Aufl. 2014, N. 11 zu Art. 393; Andreas Keller, in: Donatsch/Hansjakob/Lieber [Hrsg.], Kommentar zur Schweizerischen Strafprozessordnung [StPO], 2. Aufl. 2014, N. 18 zu Art. 393). Dies ist namentlich beim Erlass eines Strafbefehls der Fall, welcher mittels Einsprache anzufechten ist (<ref-law>). Die Einsprache kann auch nur gegen die Regelung der Kosten- und Entschädigungsfolgen erhoben werden (<ref-law>). Gegen den Strafbefehl als Ganzes oder gegen die allein angefochtene Regelung der Kosten- und Entschädigungsfolgen stehen den zur Einsprache berechtigten Personen ausser der Einsprache keine anderen Rechtsbehelfe oder Rechtsmittel (wie z.B. die Beschwerde nach <ref-law>) offen (Michael Daphinoff, Das Strafbefehlsverfahren in der Schweizerischen Strafprozessordnung, 2012, S. 553).
2.3.2. Grundsätzlich sind die Kosten- und Entschädigungsfolgen im Endentscheid festzulegen (<ref-law>). Als Endentscheid gilt auch der Strafbefehl (Art. 416 i.V.m. <ref-law>). Gemäss <ref-law> hat dieser auch die Regelung der Kosten- und Entschädigungsfolgen zu enthalten. Gemäss Lehre (Thomas Domeisen, in: Basler Kommentar zur StPO, 2. Aufl. 2014, N. 6 zu Art. 421) und der kantonalen Rechtsprechung (Entscheid des Obergerichts des Kantons Zürich, UH130006 vom 10. April 2013) ist in Fällen, in denen eine Gebühr, Auslage oder Entschädigung nicht schon beim Fällen des Endentscheids, sondern erst nachträglich ermittelt werden kann, ein entsprechender Vorbehalt im Endentscheid anzubringen. Ein solches Dispositiv des Endentscheids sei unvollständig und der entsprechende Betrag sei später in einem Berichtigungsentscheid gemäss <ref-law> festzusetzen. Gemäss Rechtsprechung des Bundesgerichts ist ein unvollständiges Dispositiv gestützt auf <ref-law> zu ergänzen (Urteil 6B_15/2019 vom 15. Mai 2019 E. 4). Das ergänzte Urteilsdispositiv ist den Parteien zu eröffnen (<ref-law>) und es steht ihnen dagegen das gleiche Rechtsmittel zur Verfügung wie gegen den ursprünglichen Entscheid.
2.3.3. Vorliegend auferlegte die Staatsanwaltschaft dem Beschwerdeführer die beim Erlass des Strafbefehls vom 28. Juli 2017 bekannten Verfahrenskosten von CHF 2'010.-- und brachte zugleich den Vermerk an, dass über Auslagen, die nach Erlass des Strafbefehls eingehen, separat verfügt werde. Entgegen der Ansicht des Beschwerdeführers geht es vorliegend nicht darum, einen auf einer fehlerhaften Willensbildung beruhenden Kostenentscheid zu korrigieren, sondern allein darum, diesen zu ergänzen. Die Kosten für das Gutachten waren am 28. Juli 2017 noch nicht bekannt, datiert doch die entsprechende Rechnung über CHF 700.-- vom 19. Januar 2018. Zu Recht hält die Vorinstanz fest, dass durch den Vorbehalt zum Ausdruck gebracht wurde, dass die Regelung der Kostenfolgen in Dispositivziffer 3 des Strafbefehls unvollständig ist. Ein unvollständiges Urteilsdispositiv ist in Anwendung von <ref-law> zu ergänzen (Urteil 6B_15/2019 vom 15. Mai 2019 E. 4).
2.3.4. Als unbehelflich erweist sich der Einwand des Beschwerdeführers, der Entscheid vom 27. März 2019 stelle einen selbständigen Verwaltungsakt dar und unterläge daher der Beschwerde. Die von der Vorinstanz gemachte Feststellung, wonach es sich beim Entscheid der Staatsanwaltschaft vom 27. März 2019 um eine Ergänzung zum Strafbefehl vom 28. Juli 2017 handelt, ist nicht zu beanstanden. Entsprechendes ergibt sich nicht nur aus dem Titel des angefochtenen Entscheids ("Ergänzung zum Strafbefehl vom..."), sondern auch aus dessen materiellem Inhalt ("Die nachträglich in Rechnung gestellten Auslagen werden dem Beschuldigten zur Bezahlung auferlegt"). Doch auch bei einer Qualifikation als "selbständiger Verwaltungsakt" handelte es sich beim Entscheid vom 27. März 2019 um einen sich auf einen früher erlassenen Strafbefehl beziehenden Kostenentscheid der Staatsanwaltschaft und als solcher ist dieser allein mit der Einsprache (und nicht mit der Beschwerde) anzufechten, denn sämtliche von der Staatsanwaltschaft im Zusammenhang mit dem Strafbefehlsverfahren erlassenen Entscheide sind ausschliesslich mit dem Rechtsmittel der Einsprache anzufechten. Dies gilt auch für Kostenentscheide, welche selbständig mit Einsprache angefochten werden können (<ref-law>).
Indem die Vorinstanz auf das vom Beschwerdeführer erhobene Rechtsmittel der Beschwerde gegen einen im Zusammenhang mit einem Strafbefehlsverfahren erlassenen Kostenentscheid nicht eintritt, verletzt sie das Bundesrecht nicht.
3.
Die Beschwerde ist abzuweisen. Die Gerichtskosten sind ausgangsgemäss dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Aargau, Beschwerdekammer in Strafsachen, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 9. August 2019
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Denys
Der Gerichtsschreiber: Weber