Sachverhalt:
A.
Die B._ AG und die C._ AG, (nachfolgend: Klägerinnen, Beschwerdeführerinnen), zusammen die ARGE A._ bildend, schlossen mit der D._ AG (nachfolgend: Beklagte, Beschwerdegegnerin) im Oktober 2009 einen Werkvertrag ab. Darin verpflichteten sie sich, die Baumeisterarbeiten bezüglich einer aus insgesamt 118 Wohneinheiten bestehenden Überbauung auszuführen. Als Werkpreis wurde pauschal Fr. 13,8 Mio. (exkl. MWST) resp. Fr. 14,484 Mio. (inkl. MWST) vereinbart. Nach Beendigung der Arbeiten machten die Klägerinnen noch offene Werklohnforderungen geltend, die sie insbesondere mit Bestellungsänderungen und Bauablaufstörungen begründeten. In einem gewissen Umfang anerkannte die Beklagte diese Forderungen, verrechnete sie aber mit eigenen strittigen Forderungen aus dem Werkvertrag.
B.
B.a. Mit Klage vom 17. Dezember 2014 beim Handelsgericht des Kantons Zürich beantragten die Klägerinnen, die Beklagte sei kostenfällig zu verpflichten, ihnen Fr. 4'876'889.80 nebst 10 % Zins zu bezahlen. Das Handelsgericht erachtete eine Gesamtforderung der Klägerinnen von Fr. 825'799.55 als berechtigt. Von den Forderungen, welche die Beklagte zur Verrechnung brachte, erachtete es zwei im Gesamtbetrag von Fr. 256'684.90 als ausgewiesen. Es hiess die Klage daher mit Urteil vom 31. Januar 2017 teilweise gut, und zwar im Umfang von Fr. 569'114.65 nebst 5 % Zins.
B.b. In der Folge erhoben die Klägerinnen Beschwerde in Zivilsachen ans Bundesgericht und beantragten im Wesentlichen, das Urteil des Handelsgerichts sei kostenfällig aufzuheben und die Klage im Umfang von Fr. 4'876'889.80 nebst 5 % Zins gutzuheissen; eventualiter sei die Streitsache zur Neubeurteilung an das Handelsgericht zurückzuweisen.
Mit Urteil 4A_125/2017 vom 20. November 2017 (teilweise publ. in: <ref-ruling>) hiess das Bundesgericht die Beschwerde teilweise gut, hob das angefochtene Urteil auf und wies die Sache an das Handelsgericht zurück. Zu beurteilen war die Frage, wie der Preis für einseitige Bestellungsänderungen bei einem Werkvertrag mit Pauschalpreis, welcher der SIA-Norm 118 untersteht, zu bestimmen ist. Es entschied, der Preis sei - entgegen der Ansicht des Handelsgerichts - auch dann in sinngemässer Anwendung von Art. 89 SIA-Norm 118 zu bestimmen, wenn sich die Parteien nicht auf einen Mehrpreis geeinigt hätten. Entsprechend sei zur Bestimmung der Nachtragspreise grundsätzlich auf die allgemeinen Marktpreise im Zeitpunkt der Bestellungsänderungen abzustellen. Ausgefüllte Leistungsverzeichnisse u.ä. würden dabei als Hilfsmittel dienen und seien zu berücksichtigen. Das Gericht habe bei der Festsetzung der Nachtragspreise einen Ermessensentscheid zu treffen und die Nachtragspreise sachgerecht und mit Augenmass zu bestimmen. Soweit das Handelsgericht die Mehrforderungen einzig mit der Begründung abgewiesen habe, es fehle an den erforderlichen rechtserheblichen Behauptungen bezüglich der Berechnung der Mehrforderungen, da der effektive Aufwand nachzuweisen gewesen wäre, sei der angefochtene Entscheid aufzuheben und zur neuen Beurteilung an das Handelsgericht zurückzuweisen (<ref-ruling> E. 4.4 S. 546 ff.).
B.c. Am 29. Juni 2018 fällte das Handelsgericht sein neues Urteil. Es wies die Klage im Mehrbetrag (zu den bereits rechtskräftig zugesprochenen Fr. 569'114.65 nebst Zins) erneut ab. Es war der Ansicht, die Mehrforderungen der Klägerinnen seien ungenügend substanziiert. Zudem erachtete es die Rückforderbarkeit hinsichtlich der von der Beklagten zur Verrechnung gestellten Zahlung in der Höhe von Fr. 216'000.-- als erfüllt.
C.
Mit Beschwerde in Zivilsachen beantragen die Beschwerdeführerinnen, das Urteil des Handelsgerichts aufzuheben und die Klage im Mehrbetrag im Umfang von Fr. 2'635'705.45 nebst 5 % Zins gutzuheissen, eventualiter sei die Streitsache zur Neubeurteilung an das Handelsgericht zurückzuweisen. Die Beschwerdegegnerin beantragt, die Beschwerde abzuweisen.

Erwägungen:
1.
Die Beschwerde richtet sich gegen den Endentscheid (<ref-law>) eines kantonalen Gerichts, das in einer Zivilsache (<ref-law>) die Anträge der Beschwerdeführerinnen abgewiesen hat (<ref-law>). Die Vorinstanz hat als einzige kantonale Instanz entschieden (<ref-law> i.V.m. <ref-law>), weshalb die Beschwerde in Zivilsachen unabhängig von der Erreichung der Streitwertgrenze von <ref-law> zulässig ist (<ref-law>).
Auf die Beschwerde ist - vorbehältlich einer hinreichenden Begründung - einzutreten.
2.
Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Dazu gehören sowohl die Feststellungen über den streitgegenständlichen Lebenssachverhalt als auch jene über den Ablauf des vor- und erstinstanzlichen Verfahrens, also die Feststellungen über den Prozesssachverhalt (<ref-ruling> E. 1.3.1 mit Hinweisen). Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law>). "Offensichtlich unrichtig" bedeutet dabei "willkürlich" (<ref-ruling> E. 2 S. 117; <ref-ruling> E. 1.5). Überdies muss die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein können (<ref-law>).
Für eine Kritik am festgestellten Sachverhalt gilt das strenge Rügeprinzip von <ref-law> (<ref-ruling> E. 2.3 S. 266 mit Hinweisen). Die Partei, welche die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz anfechten will, muss klar und substanziiert aufzeigen, inwiefern diese Voraussetzungen erfüllt sein sollen (<ref-ruling> E. 1.3.1 S. 18 mit Hinweisen). Wenn sie den Sachverhalt ergänzen will, hat sie zudem mit präzisen Aktenhinweisen darzulegen, dass sie entsprechende rechtsrelevante Tatsachen und taugliche Beweismittel bereits bei den Vorinstanzen prozesskonform eingebracht hat (<ref-ruling> E. 2 S. 90). Genügt die Kritik diesen Anforderungen nicht, können Vorbringen mit Bezug auf einen Sachverhalt, der vom angefochtenen Entscheid abweicht, nicht berücksichtigt werden (<ref-ruling> E. 1.3.1 S. 18).
3.
Nach allgemeinen Grundsätzen des Bundesrechts bindet ein bundesgerichtlicher Rückweisungsentscheid sowohl das Bundesgericht selbst wie die Vorinstanz (<ref-ruling> E. 5.3.3 S. 222 f.; <ref-ruling> E. 2.1 S. 335; je mit Hinweisen). Im Falle eines Rückweisungsentscheids hat die mit der Neubeurteilung befasste kantonale Instanz nach ständiger Rechtsprechung die rechtliche Beurteilung, mit der die Rückweisung begründet wird, ihrer Entscheidung zugrunde zu legen. Wegen dieser Bindung der Gerichte ist es diesen wie auch den Parteien verwehrt, die Sache unter rechtlichen Gesichtspunkten zu prüfen, die im Rückweisungsentscheid ausdrücklich abgelehnt oder überhaupt nicht in Erwägung gezogen w orden sind (BGE <ref-ruling> E. 2 und E. 2.1 S. 335 f. mit Hinweisen). Wird die Sache zur Ergänzung des Sachverhalts zurückgewiesen, so bedeutet dies nicht, dass auf jegliche verbindliche Sachverhaltsfeststellungen zurückgekommen werden könnte (vgl. BGE <ref-ruling> E. 2 und E. 2.1 S. 335 f. mit Hinweisen). Vielmehr beschränkt sich die Neubeurteilung auf den Rahmen und die Elemente des Sachverhalts, zu deren Klärung die Sache im Rückweisungsentscheid zurückgewiesen wurde (<ref-ruling> E. 5.2 S. 94 mit Hinweisen).
4.
4.1. Der von den Beschwerdeführerinnen vor Bundesgericht noch geltend gemachte Betrag von Fr. 2'635'705.45 setzt sich aus mehreren Forderungen zusammen, die unterschiedliche Grundlagen haben:
- Fr. 1'425'705.45 (brutto, exkl. MWST) beruhen auf Mehrforderungen zufolge Bestellungsänderungen bzw. besonderen Verhältnissen gemäss Art. 58 Abs. 2 SIA-Norm 118. Von den ursprünglich 22 verschiedenen Zusatzleistungen sind nunmehr noch Forderungen aus 6 Zusatzleistungen (teilweise) strittig. Es handelt sich um die Mehrforderungen Nr. 4, 5, 8, 11, 15 und 22, wobei die Beschwerdegegnerin die Mehrforderungen Nr. 5, 8, 11 und 22 jeweils teilweise anerkannte.
- Fr. 994'000.-- (brutto, exkl. MWST) betreffen Mehrforderungen zufolge Bauablaufstörungen. Hier haben die Beschwerdeführerinnen ursprünglich sieben Störungspositionen unterschieden. Davon sind vor Bundesgericht noch 3 Positionen strittig. Es handelt sich um die Positionen 2, 3 und 6.
- Fr. 216'000.-- (inkl. MWST) betreffen eine von der Beschwerdegegnerin zur Verrechnung gebrachte Forderung.
4.2. Die Vorinstanz hielt zusammenfassend fest, die Beschwerdeführerinnen hätten für ihre geltend gemachten Mehrforderungen sowohl ihre Mehrleistungen als auch die Kalkulationsgrundlagen zur Bildung der Nachtragspreise substanziiert zu behaupten und zu beweisen. Dem kämen sie indessen - auch unter Einbezug der verbindlichen rechtlichen Erwägungen im Rückweisungsentscheid - nicht nach.
4.3. Die Beschwerdeführerinnen rügen, die Vorinstanz hätte nach dem Rückweisungsentscheid den Parteien zunächst das rechtliche Gehör gewähren und erst dann ein neues Sachurteil fällen dürfen. So hätten die Beschwerdeführerinnen darlegen können, dass es in der Baubranche keine präzise, allgemein verbindliche Marktpreise mehr gebe, es dem Schweizerischen Baumeisterverband aus wettbewerbsrechtlichen Gründen verboten sei, Richtlinien bzw. Bandbreiten von Regie- und/ oder Marktpreisen zu ermitteln und die ermessensweise Ermittlung von Marktpreisen einzig durch Bestellung eines gerichtlichen Sachverständigen vorgenommen werden könne.
4.3.1. Hebt das Bundesgericht den angefochtenen Entscheid auf und weist es die Sache an die Vorinstanz zurück, so nimmt das kantonale Verfahren vor der Vorinstanz dort seinen Fortgang, wo es sich befand, bevor die Vorinstanz ihren (ersten) Entscheid fällte. Die Schriftsätze, welche die Parteien bis dahin eingereicht hatten, bleiben gültig (Urteil 2C_499/2013 vom 18. Dezember 2013 E. 3.2). Ob die kantonale Instanz den Parteien in dieser Situation das rechtliche Gehör gewähren und beispielsweise einen weiteren Schriftenwechsel anordnen muss, bestimmt sich praxisgemäss je nach dem Inhalt des Rückweisungsentscheids im konkreten Fall. Allgemein erscheint eine erneute Anhörung dann als notwendig, wenn der Sachverhalt ergänzt wird, wenn der kantonalen Instanz ein weiter Ermessensspielraum bleibt oder wenn die rechtliche Beurteilung im bundesgerichtlichen Rückweisungsentscheid derart vom angefochtenen Entscheid abweicht, dass im Neubeurteilungsverfahren von einer grundsätzlich neuen Lage ausgegangen werden muss (Urteile 6B_545/2010 vom 16. November 2010 E. 3.3 und 5P.387/2006 vom 16. April 2007 E. 2.3.1; je mit Hinweisen; vgl. auch <ref-ruling> E. 2e S. 139).
4.3.2. Die Rüge der Beschwerdeführerinnen geht fehl. Auch wenn im Rückweisungsentscheid der Vorinstanz bei der Bestimmung der Nachtragspreise in der Tat ein grosser Ermessensspielraum eingeräumt und eine in der Lehre umstrittene Frage geklärt wurde, ergibt sich daraus nicht von selbst, dass die Vorinstanz zu Unrecht auf eine weitere Anhörung der Parteien verzichtet hat. So ist im vorliegenden Fall nicht ersichtlich, weshalb die Parteien dazu hätten angehört werden müssen, "wie sich ein Ermessensentscheid bezüglich allgemeiner Marktpreise ihrer Auffassung nach fällen lässt". Wenn die Beschwerdeführerinnen ausführen, sie hätten dann geltend gemacht, die ermessensweise Ermittlung von Marktpreisen könne einzig durch Bestellung eines gerichtlichen Sachverständigen vorgenommen werden, überzeugt dies schon allein deshalb nicht, weil sie bereits in ihren Rechtsschriften mehrfach eine gerichtliche Expertise beantragt haben. Es erschliesst sich auch nicht, inwiefern es hätte entscheidend sein sollen, dass es in der Baubranche behaupteterweise an präzisen, allgemein verbindlichen Marktpreisen fehle und es dem Schweizerischen Baumeisterverband aus wettbewerbsrechtlichen Gründen verboten sei, Richtlinien von Regie- und/oder Marktpreisen zu ermitteln.
Es sind die Ausführungen des Bundesgerichts im Rückweisungsentscheid zur Bestimmung der Nachtragspreise für Bestellungsänderungen bei Werkverträgen mit Pauschalpreis in Erinnerung zu rufen. Das Bundesgericht hielt fest, es sei grundsätzlich auf die allgemeinen Marktpreise im Zeitpunkt der Bestellungsänderung abzustellen. Infolgedessen sei vorbehältlich einer anderslautenden Vereinbarung nicht von einer Preisfortschreibung auszugehen (<ref-ruling> E. 4.4.4.2 S. 551). Dies bedeute aber freilich nicht, dass deshalb ein ausgefülltes Leistungsverzeichnis oder Preisanalysen von vornherein unbeachtlich wären, insbesondere wenn diese dem Bauherrn bekannt gewesen seien. Der Bauherr habe den Werkvertrag mit diesem Unternehmer abgeschlossen, was dafür spreche, dass dessen Preise im Zeitpunkt der Offertstellung konkurrenzfähig gewesen seien. Ohne anderslautende Anhaltspunkte dürften diese Preis auch zu einem späteren Zeitpunkt noch als konkurrenzfähig - und damit einen allgemeinen Marktpreis reflektierend - zu betrachten sein. Solche Unterlagen seien daher im Rahmen der gerichtlichen Bildung der Nachtragspreise sehr wohl zu berücksichtigen und könnten als Hilfsmittel dazu dienen, etwa indem sie mangels anderer Anhaltspunkte als Indizien für die allgemeinen Marktpreise verstanden würden, auch wenn als Grundsatz nicht von einer Preisfortschreibung auszugehen sei (<ref-ruling> E. 4.4.4.2 S. 552). Bei der Bestimmung der Nachtragspreise anhand der nicht näher konkretisierten "allgemeinen Marktpreise", könne es nicht das Ziel sein, das einzig richtige Ergebnis zu ermitteln, da es ein solches gar nicht erst geben dürfte. Das Gericht habe infolgedessen einen Ermessensentscheid zu treffen und dabei alle Preiselemente zu berücksichtigen, die aufgrund der Parteibehauptungen vorhanden seien. Das Gericht habe dieses Ermessen pflichtgemäss wahrzunehmen und die Nachtragspreise sachgerecht und mit Augenmass zu bestimmen (<ref-ruling> E. 4.4.4.3 S. 553). Diese Preisbestimmung setze zunächst voraus, dass die zusätzlichen Leistungen behauptet seien (und auch bewiesen werden könnten). Ferner müssten Behauptungen vorliegen, die dem Gericht ermöglichen würden, die Nachtragspreise für diese Leistungen in Ausübung seines Ermessens zu bestimmen, wobei grundsätzlich die Marktpreise im Zeitpunkt der Bestellungsänderung massgeblich seien (<ref-ruling> E. 4.4.4.3 S. 554).
Die Vorinstanz war somit nicht verpflichtet, den Parteien erneut das rechtliche Gehör zu gewähren.
5.
Umstritten sind zwischen den Parteien die von den Beschwerdeführerinnen geltend gemachten Mehrforderungen für die Zusatzleistungen Nr. 4, 5, 8, 11, 15 und 22.
5.1. Bei der Mehrforderung Nr. 4 in der Höhe von Fr. 298'767.15 handelt es sich um eine Forderung für den behaupteten Mehrverbrauch von Beton für die Werkleitungen und die Kanalisation.
5.1.1. Die Vorinstanz hielt fest, die Beschwerdeführerinnen hätten die Existenz und den Umfang ihrer geltend gemachten Mehrleistungen (mithin das Mehrausmass) substanziiert zu behaupten und zu beweisen. Sie brächten vor, bei der Erstellung der Werkleitungen sei ein Mehrausmass von 21.25 m3 und bei der Erstellung der Kanalisationsgräben ein solches von 2'447.9 m3 angefallen; das Mehrausmass betreffend die Werkleitungen würde sich aus den Lieferscheinen ergeben. Um welche Lieferscheine es sich handle, sei allerdings nicht ersichtlich. Stattdessen brächten sie in pauschaler Weise und erst im Rahmen einer Aufzählung am Schluss des entsprechenden Sachverhaltskomplexes vor, " Lieferscheine, Rechnungen etc., welche primär einem Experten zur Bestimmung/Prüfung des Quantitativs dienen ", würden auf erstes Verlangen des Gerichts nachgereicht. Dies genüge dem Erfordernis eines formgerechten Beweisantrags nicht. Zum beantragten Zeugen (E._) würden sie zwar ausführen, "[dieser habe] das Ausmass im Detail erfasst." Wenn sie ihn danach - nach mehreren strittigen Tatsachenbehauptungen - unter pauschalen Aufzählung sämtlicher Beweismittel als Zeugen aufführen würden, stelle dies kein formgerechter Beweisantrag dar. Ohnehin lasse sich allein mit dem Zeugen, der auch nur für die Tatsachenbehauptung "Erfassung des Ausmasses im Detail" seine Erwähnung gefunden habe, der Beweis des tatsächlichen Ausmasses nicht erbringen. Betreffend ihrer Behauptung, bei der Erstellung der Kanalisationsgräben sei ein Mehrmass von 2'447.9 m3 angefallen, fehle es bereits an formgerecht angebotenen Beweismitteln. Auf die Ausmasszusammenstellung sei nämlich lediglich im Rahmen der behaupteten gesamten Betonmengen verwiesen worden. Ohnehin liesse sich damit der Beweis des tatsächlichen Mehrausmasses nicht erbringen. Was die übrigen am Schluss des entsprechenden Sachverhaltskomplexes aufgezählten Beweismittel betreffe, so liessen sich diese - ohne Eigeninterpretation des Gerichts - den einzelnen Behauptungen nicht zuordnen.
5.1.2.
5.1.2.1. Die Beschwerdeführerinnen machen geltend, die Ausführungen der Vorinstanz seien aktenwidrig bzw. überspitzt formalistisch. Die Beweisanträge seien formgerecht gestellt worden.
5.1.2.2. Ein Beweismittel ist nur dann als formgerecht angeboten zu betrachten, wenn sich die Beweisofferte eindeutig der damit zu beweisenden Tatsachenbehauptung zuordnen lässt und umgekehrt. In der Regel sind die einzelnen Beweisofferten unmittelbar im Anschluss an die Tatsachenbehauptung aufzuführen, die damit bewiesen werden sollen. Dies ergibt sich ohne weiteres aus dem Wortlaut der Bestimmung von Art. 152 Abs. 1 i.V.m. <ref-law>. (Recht auf Abnahme von Beweismittel bei " Bezeichnung der einzelnen Beweismittel zu den behaupteten Tatsachen "; Urteile 4A_487/2015 vom 6. Januar 2016 E. 5.2; 4A_452/2013 vom 31. März 2014 E. 2.1; 4A_56/2013 vom 4. Juni 2013 E.4.4 mit Hinweisen).
5.1.2.3. Die Beschwerdeführerinnen haben in ihren Rechtsschriften nicht nach jedem Abschnitt einen zusätzlichen Einschub mit Beweisofferten erstellt. Dies schadet solange nicht, als sich die Beweisofferte und die zu beweisenden Tatsachenbehauptungen zweifelsfrei zuordnen lassen. Dies ist jedenfalls dann der Fall, wenn die Beschwerdeführerinnen in Klammerbemerkungen unzweideutig und klar verständlich auf die entsprechende Beweisofferte verweisen.
Die Beschwerdeführerinnen machen in der in ihrer Beschwerde zitierten Stelle der Replik geltend, das Mehrausmass an Mager- und Geröllbeton für die Werkleitungen betrage 21.25m3. Polier E._ habe das Ausmass im Detail erfasst. Auf der gleichen Seite in der Replik offerieren sie die Befragung von E._ als Zeugen. Damit ist die zu beweisende Tatsachenbehauptung der Beweisofferte zweifelsfrei zugeordnet. Es verletzt Bundesrecht, wenn die Vorinstanz ausführt, es fehle diesbezüglich an einem formgerechten Beweisantrag. Dies gilt ebenso für die offerierte Zeugenbefragung betreffend dem Mehrausmass der Kanalisation. Ebenso genügt es den Anforderungen an einen formgerechten Beweisantrag, wenn sie unter Verweis auf die offerierte Urkunde ("Ausmasszusammenstellung der Mager- und Sickerbetonlieferungen [act. 3/27]") ausführen, es seien nicht wie ausgeschrieben 1'108m3 Mager- und Geröllbeton verbaut worden, sondern 3'499.15m3. Hingegen ist es nicht ausreichend, wenn sie pauschal ausführen, " (...) die Klägerinnen [Beschwerdeführerinnen] reichen noch die einzelnen Rechnungen für die Lieferungen, woraus Daten und Mengen der jeweiligen Lieferungen hervorgehen ins Recht". Die Beschwerdeführerinnen nehmen damit Bezug auf die als Sammelbeilage (act. 22/95) eingereichten Rechnungen. Dabei handelt es sich um seitenweise verschiedene Rechnungen mit zahlreichen unterschiedlichen Positionen. Diese Rechnungen sind nur zusammen mit der Ausmasszusammenstellung (act. 3/27) überhaupt (ansatzweise) nachvollziehbar. Nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung ist der Behauptungs- und Substanziierungslast im Prinzip in den Rechtsschriften nachzukommen. Der blosse pauschale Verweis auf Beilagen genügt in aller Regel nicht. Es geht darum, dass nicht das Gericht und die Gegenpartei aus den Beilagen die Sachdarstellung zusammensuchen müssen. Es ist nicht an ihnen, Beilagen danach zu durchforsten, ob sich daraus etwas zu Gunsten der behauptungsbelasteten Partei ableiten lässt (Urteil 4A_443/2017 vom 30. April 2018 E. 2.2.1 mit Hinweisen). Das bedeutet zwar nicht, dass es nicht ausnahmsweise zulässig sein kann, den Substanziierungsobliegenheiten durch Verweis auf eine Beilage nachzukommen, dafür genügt es aber nicht, dass in den Beilagen - auf die verwiesen wird - die verlangten Informationen in irgendeiner Form vorhanden sind. Es muss auch ein problemloser Zugriff darauf gewährleistet sein, und es darf kein Interpretationsspielraum bestehen. Der entsprechende Verweis in der Rechtsschrift muss spezifisch ein bestimmtes Aktenstück nennen und aus dem Verweis muss selbst klar werden, welche Teile des Aktenstücks als Parteibehauptung gelten sollen (zit. Urteil 4A_443/2017 E. 2.2.2). Diesen Anforderungen genügen die Beschwerdeführerinnen nicht.
5.1.3. Die Beschwerdeführerinnen rügen, die Beschwerdegegnerin habe die Mehrmengen gar nicht bestritten. Die Vorinstanz beschränke sich auf die Lieferscheine, obwohl es auf diese gar nicht ankomme.
Die Rüge geht fehl. Die Vorinstanz stellte fest, die Beschwerdegegnerin habe ausgeführt, die Beschwerdeführerinnen hätten die Mehrausmasse der Werkleitungen sowie der Kanalisationsgräben nicht näher dargelegt, weshalb diese unsubstanziierten Behauptungen bestritten würden. Die Beschwerdeführerinnen rügen diese Feststellung der Vorinstanz nicht rechtsgenügend (vgl. hiervor E. 2) als offensichtlich unrichtig. Sie ist daher für das Bundesgericht verbindlich. Im Übrigen hat die Beschwerdegegnerin die Ausführungen der Beschwerdeführerinnen in ihrer Klageantwort bestritten und in ihrer Duplik an der Bestreitung festgehalten.
5.1.4. Mit der Eventualbegründung der Vorinstanz, wonach sich alleine mit dem Zeugen E._ bzw. der Ausmasszusammenstellung, der Beweis des tatsächlichen Mehrausmasses ohnehin nicht erbringen lasse (vgl. hiervor E. 5.1.1), setzen sich die Beschwerdeführerinnen in ihrer Beschwerde nicht auseinander. Damit hat es bei der Eventualbegründung der Vorinstanz sein Bewenden. Die Schlussfolgerung der Vorinstanz, die behaupteten und bestrittenen Mehrausmasse seinen nicht bewiesen worden bzw. hätten nicht bewiesen werden können, sodass sich die Mehrforderung Nr. 4 als unbegründet erweise, verletzt somit kein Bundesrecht.
5.2. Die Mehrforderung Nr. 5 in der Höhe von Fr. 63'887.60 betrifft behauptete Mehrkosten für 18 Füllproben bei den Kanalisationsleitungen. Die Beschwerdegegnerin hat unter dieser Position eine Mehrforderung im Betrag von Fr. 14'400.-- anerkannt, worüber bereits rechtskräftig entschieden worden ist.
5.2.1. Die Vorinstanz hielt fest, hinsichtlich der über die Anerkennung hinaus geltend gemachten Forderung könne offengelassen werden, ob überhaupt ein Anspruch auf Mehrvergütung bestehe, da es den behauptungs- und beweisbelasteten Beschwerdeführerinnen nicht gelinge, die Kalkulationsgrundlage zur Bildung der Nachtragspreise hinreichend darzulegen.
Die Beschwerdeführerinnen würden Mehrkosten von Fr. 4.65 pro Laufmeter unter dem Titel "Etappenweises Einbringen Füllbeton" behaupten. Sie würden allerdings - wie die Beschwerdegegnerin zutreffend ausführe - nicht darlegen, wie sie Fr. 3.70 für die Löhne und Fr. 0.90 für den Inventaranteil berechnen würden. Angaben, welche es erlauben würden, zu überprüfen, ob dieser Laufmeterpreis - unter Berücksichtigung der ursprünglichen Kostengrundlage - als allgemeiner Marktpreis herangezogen werden könne, würden gänzlich fehlen. Gleiches gelte hinsichtlich der behaupteten Verdoppelung des Arbeitsaufwandes pro m3 Hüllbeton von 0.25h/ m3 auf 0.5h/ m3. Worauf sich die Beschwerdeführerinnen hierbei stützen würden, sei weder dargetan noch ersichtlich. Betreffend das "Kühlen der Kanalisationsleitungen" würden sie sodann Mehrkosten von Fr. 11.50 pro Laufmeter Leitung behaupten. Aber auch diesbezüglich fehlten Angaben, worauf sich dieser Preis stütze bzw. wie sich dieser berechne. Der pauschale Verweis auf das Privatgutachten genüge hierfür nicht. Dem Gericht sei es verwehrt, eine unvollständige Behauptung aufgrund der Beilagen zu ergänzen. Ohnehin lasse sich dem Privatgutachten keine Begründung der Kalkulationsgrundlage entnehmen.
Auch aus der Berechnung des anerkannten Betrages von Fr. 14'400.-- lasse sich nichts zu Gunsten der Beschwerdeführerinnen ableiten. Der anerkannte Betrag basiere auf einer anderen Kostengrundlage als der bestrittene. Zudem sei auch diesbezüglich die Kalkulationsgrundlage nicht dargetan. Ohnehin liege die Anerkennung einer Forderung grundsätzlich in der Disposition der Parteien. Im Bestreitungsfall sei aber eine Anspruchsprüfung durch das Gericht vorzunehmen.
Demnach fehle es an rechtserheblichen Tatsachen im Zusammenhang mit den Mehrkosten Nr. 5. Dieser Mangel lasse sich auch nicht mittels eines Beweisverfahrens beheben. Da die Kalkulationsgrundlage fehle, sei es dem Gericht nicht möglich, eine Festsetzung der Nachtragspreise nach Ermessen vorzunehmen.
5.2.2. Die Beschwerdeführerinnen rügen eine Verletzung der Bindungswirkung des Rückweisungsentscheides. Es sei nicht nachvollziehbar, welche konkreten Angaben die Vorinstanz für die Vornahme eines Ermessensentscheids hinsichtlich der Marktpreise noch benötigen würde, zumal sie einen erheblichen Ermessensspielraum habe. Sie hätten genügend Behauptungen aufgestellt, damit die Vorinstanz in Ausübung ihres Ermessens (allenfalls mittels der beantragten Expertise) die Nachtragspreise unter Berücksichtigung der Marktpreise hätte bestimmen können.
Das im Rückweisungsentscheid der Vorinstanz eingeräumte Ermessen entbindet die Beschwerdeführerinnen nicht davor, substanziierte Behauptungen aufzustellen, welche es der Vorinstanz erlauben, die Nachtragspreise im Zeitpunkt der Bestellungsänderung zu bestimmen. Die Beschwerdeführerinnen haben aber - wie sie in ihrer Beschwerde zu Recht geltend machen - bereits in ihrer Klage ausgeführt: "Der beantragte Experte wird bestätigen, dass der Mehrpreis von Fr. 4.65 pro Laufmeter infolge der durch die Füllproben notwendig gewordene Etappierung angemessen ist resp. dem Wert der Arbeit und der Aufwendungen entspricht, sowie dass dieser Preis - soweit vorhanden - auf der Kostengrundlage des Werkvertrages basiert." Das Gleiche gilt für den Mehrpreis von Fr. 11.50 pro Laufmeter Leitung. Anders als der Mehrpreis von Fr. 11.50 wurde der Mehrpreis von Fr. 4.65 zudem in Lohn- und Inventarkosten aufgeschlüsselt. Die Kostengrundlage kann, auch wenn bei der Preisbestimmung nicht von einer Preisfortschreibung auszugehen ist, als Indiz für die Marktkonformität eines Preises gelten (vgl. hiervor E. 4.3.2). Die Beschwerdeführerinnen hätten dafür jedoch darlegen müssen (z.B. mittels entsprechender Verweise), inwieweit die geltend gemachten Ansätze für Inventar und Arbeit auf der Kostengrundlage des Werkvertrages basieren. Es reicht nicht aus, bloss pauschal zu behaupten, diese basierten - soweit vorhanden - auf der Kostengrundlage des Werkvertrages und ein Experte werde dies bestätigen. Nur mit konkretem Verweis auf die Kostengrundlage des Werkvertrages wäre es der Beschwerdegegnerin möglich und zumutbar gewesen, die Behauptung der Beschwerdeführerinnen, substanziiert zu bestreiten, indem sie z.B. darlegt hätte, dass sich die Lohn- bzw. Inventarkosten seit dem Abschluss des Werkvertrages erheblich verändert haben.
5.2.3. Die Beschwerdeführerinnen rügen weiter, die Vorinstanz erachte den Verweis auf das Privatgutachten zu Unrecht als ungenügend. Sie hätten die Mehrpreise von Fr. 4.65 bzw. Fr. 11.50 pro Laufmeter Kanalisation in die Rechtsschrift aufgenommen und ergänzend - mit Angaben der Seitenzahlen - auf das Privatgutachten verwiesen. Dass die " Kalkulationsgrundlage n" darin nicht vorhanden seien, werde bestritten und sei im Übrigen für die Bestimmung eines ermessensweisen Nachtragspreises auch unerheblich.
Es kann offenbleiben, ob vorliegend der Verweis auf das Privatgutachten den Substanziierungsanforderungen genügt. Die Beschwerdeführerinnen legen in ihrer Beschwerde ohnehin nicht dar, wie im Privatgutachten die Preise von Fr. 4.65 bzw. Fr. 11.50 pro Laufmeter berechnet bzw. ermittelt werden. Dies ergibt sich im Übrigen auch nicht - jedenfalls nicht hinreichend klar - aus S. 39 ff. des Privatgutachtens, worauf die Beschwerdeführerinnen verweisen.
5.2.4. Die Beschwerdeführerinnen rügen weiter, sie hätten im Übrigen insbesondere zum Mehrvergütungsquantitativ formgerecht eine gerichtliche Expertise beantragt. Die Vorinstanz hätte, unter Umständen auch mit Hilfe des gerichtlichen Sachverständigen, prüfen müssen, ob die von ihnen aufgestellte Nachtragsforderungen marktgerecht seien.
Die Vorinstanz hat zu Recht festgehalten, eine gerichtliche Expertise diene nur dazu, hinreichend substanziierte Tatsachenbehauptungen, die eine geltend gemachte Mehrleistung begründen würden, in tatsächlicher Hinsicht zu prüfen. Fehlt es an substanziierten Behauptungen, kann dies nicht durch einen Beweisantrag nachgeholt werden.
5.2.5. Die Beschwerdeführerinnen rügen schliesslich, die Beschwerdegegnerin habe anerkannt, dass die Durchführung der Füllproben eine vergütungspflichtige Zusatzleistung sei. Durch die teilweise Anerkennung habe die Beschwerdegegnerin unmissverständlich zum Ausdruck gebracht, dass sie die Forderung dem Grunde nach nicht bestreite, sondern lediglich das geltend gemachte Quantitativ. Indem die Vorinstanz eine über Fr. 14'400.-- hinausgehende Mehrforderung infolge fehlender Kalkulationsgrundlage abweise, missachte sie die Wirkungen einer teilweisen Forderungsanerkennung.
Soweit die Beschwerdeführerinnen rügen, die Beschwerdegegnerin habe nicht bestritten, dass das etappenweise Einbringen des Hüllbetons Mehraufwand zur Folge gehabt hätte, trifft dies nicht zu. Die Beschwerdegegnerin hat dies in ihrer Klageantwort bestritten. Inwiefern eine teilweise Forderungsanerkennung dazu führen sollte, dass sie die Kalkulationsgrundlage nicht mehr zu substanziieren hätten, legen die Beschwerdeführerinnen nicht dar und ist auch nicht ersichtlich. Eine Schuldanerkennung bewirkt die Umkehr der Beweislast für die anerkannte Forderung (vgl. Urteil 4A_459/2013 vom 22. Januar 2014 E. 3.3), nicht aber für darüber hinausgehende Forderungen.
5.2.6. Die Feststellung der Vorinstanz, wonach hinsichtlich der über die Anerkennung hinaus geltend gemachten Mehrforderung Nr. 5 offengelassen werden könne, ob überhaupt ein Anspruch auf Mehrvergütung bestehe, da es den Beschwerdeführerinnen nicht gelinge, die Kalkulationsgrundlagen hinreichend darzulegen, verletzt somit kein Bundesrecht.
5.3. Die Mehrforderung Nr. 8 in der Höhe von Fr. 89'863.20 betrifft Mehrkosten für Balkonplatten in mehrseitigem Gefälle. Die Beschwerdegegnerin hat diesbezüglich eine Forderung von Fr. 28'216.70 anerkannt, worüber bereits rechtskräftig entschieden worden ist. Die Beschwerdeführerinnen hatten drei Unterpositionen unterschieden. Es handelt sich um Mehrforderungen betr. mehrseitig geneigten Balkonuntersichten (behaupteter Mehrpreis Fr. 12.-- pro m2), Mehrforderungen betr. auf- und absteigenden Deckenrandschalungen (behaupteter Mehrpreis Fr. 5.05 pro Laufmeter; entschieden) sowie Mehrforderungen betr. mehrseitig geneigter Balkonoberflächen (behaupteter Mehrpreis Fr. 4.50 pro m2).
5.3.1. Die Vorinstanz hielt fest, hinsichtlich der über die Anerkennung hinaus geltend gemachten Mehrforderung könne offenbleiben, ob überhaupt ein Anspruch auf Mehrvergütung bestehen würde, da es den Beschwerdeführerinnen nicht gelinge, die Kalkulationsgrundlage zur Bildung der Nachtragspreise hinreichend darzulegen. Sie würden unter dem Titel "Mehrseitig geneigte Balkonuntersichten" einen Anspruch auf Mehrvergütung basierend auf einem Mehrpreis von Fr. 12.-- pro m2 geltend machen. Diesem Mehrpreis liege behaupteterweise ein zeitlicher Mehraufwand von 50 % zugrunde. Sie würden aber nicht darlegen, woraus sich dieser Mehraufwand ergebe. Sodann würden sie mit einem von der Beschwerdegegnerin bestrittenen Mehrpreis von Fr. 4.50 pro m2 rechnen, der sich aus der Preisdifferenz von Fr. 10.-- pro m3 zwischen den Positionen 721.104 und 721.301 ergebe. Nachvollziehbar sei dieser Schritt - allein mit den Ausführungen in den Rechtsschriften - nicht. Es gehe zudem nicht an, dass das Gericht eine unvollständige Behauptung anhand der Beilagen ergänzen müsse. Der Mehrpreis von Fr. 4.50 sei daher nicht hinreichend dargetan. Sie könnten auch nicht einwenden, die Beschwerdegegnerin habe den Mehrpreis aufgrund ihrer Anerkennung bestätigt. Einzig bestätigt habe die Beschwerdegegnerin - wenn überhaupt - einen Mehrpreis von Fr. 5.05 pro Laufmeter hinsichtlich der "auf- und abste igender Deckenrandschalungen ", nicht aber hinsichtlich der übrigen Positionen, namentlich der " mehrseitig geneigten Balkonuntersichten ". Demnach fehle es an rechtserheblichen Tatsachen im Zusammenhang mit den geforderten Mehrkosten. Dieser Mangel lasse sich auch mittels eines Beweisverfahrens nicht beheben. Da die Kalkulationsgrundlagen fehlen würden, sei es dem Gericht nicht möglich, eine Festsetzung des Nachtragspreises nach Ermessen vorzunehmen. Die geltend gemachte Forderung erweise sich damit im Fr. 28'216.70 übersteigenden Betrag als unbegründet.
5.3.2. Soweit die Beschwerdeführerinnen eine Verletzung der Bindungswirkung des Rückweisungsentscheides geltend machen, kann auf die Ausführungen in E. 5.2.2 verwiesen werden. Der Rückweisungsentscheid entbindet die Beschwerdeführerinnen nicht davor, substanziierte Behauptungen zur Kalkulationsgrundlage aufzustellen.
5.3.3. Die Beschwerdeführerinnen rügen, entgegen der Vorinstanz sei die dargelegte Bildung des Marktpreises von Fr. 4.50 pro m2 für die Mehrforderung für mehrseitig geneigte Balkonoberflächen ohne Weiteres nachvollziehbar und ausreichend. Die Beschwerdegegnerin hätte diese Ausführungen denn auch nicht ausreichend bestritten.
Die Rüge trifft zu. Die Beschwerdeführerinnen legen in ihrer Beschwerde mit Aktenverweis dar, sie hätten in ihrer Klage ausgeführt: " Er [der Mehrpreis von Fr. 4.50 pro m2] lässt sich aus der Preisdifferenz von CH 10.00 pro m3 zwischen den Pos. 721.104 (einseitig geneigter Beton für Stärken von 0.41-0.5 m) und Pos. 721.301 (mehrseitig geneigter Beton für Stärken von 0.41-0.5 m) herleiten. Multipliziert man diesen Betrag mit der mittleren Deckenstärke von 0.45 m, ergibt sich ein Einheitspreis von CHF 4.50 pro m2 Fläche." Damit haben die Beschwerdeführerinnen den behaupteten Mehrpreis von Fr. 4.50 hinsichtlich der Mehrforderung betreffend mehrseitig geneigten Balkonoberflächen - entgegen der Vorinstanz - ausreichend substanziiert. Es ist nicht ersichtlich, welche zusätzlichen Angaben die Beschwerdeführerinnen noch hätten machen können. Indes legen die Beschwerdeführerinnen in ihrer Beschwerde nicht (jedenfalls nicht rechtsgenüglich) dar, dass sie auch den Mehrpreis von Fr. 12.-- pro m2 für die mehrseitig geneigten Balkonuntersichten substanziiert behauptet hätten (vgl. dazu auch E. 5.3.6 hiernach).
5.3.4. Die Beschwerdeführerinnen machen sodann geltend, die Vorinstanz habe durch eine ungenügende Begründung ihr Anspruch auf rechtliches Gehör verletzt. Sie hätten unter dem Titel Mehrforderung Nr. 8 drei unterschiedliche Mehrforderungen geltend gemacht, nämlich Fr. 57'444.-- für mehrseitig geneigte Balkonunterschichten (Mehrpreis Fr. 12 pro m2), Fr. 10'877.-- für auf- und absteigende Deckenrandschalungen (dieser Anspruch sei vollumfänglich anerkannt worden) sowie Fr. 21'541.50 für mehrseitig geneigte Balkonoberflächen (Mehrpreis Fr. 4.50 pro m2). Die Vorinstanz vermische diese Bereiche vollständig und behaupte lediglich zu den einzelnen Kostenelementen, diese seien nicht rechtsgenügend substanziiert worden.
Die Begründung der Vorinstanz ist in der Tat sehr knapp und die drei Bereiche sind im vorinstanzlichen Entscheid nicht mit letzter Konsequenz auseinander gehalten. Eine sachgerechte Anfechtung (vgl. <ref-ruling> E. 4.3.2 S. 436; <ref-ruling> E. 3.2.4 S. 41; je mit Hinweisen) war aber für die Beschwerdeführerinnen dennoch insofern möglich, als die Vorinstanz jeweils mit Bezugnahme auf die Darstellung der Beschwerdeführerinnen in ihren Rechtsschriften ausführt, welche der jeweiligen Kostenelemente ungenügend substanziiert seien. Daher war für die Beschwerdeführerinnen dennoch nac hvollziehbar, welche Kostenelemente (Mehrpreise) hinsichtlich welcher der drei unter Mehrforderung Nr. 8 zusammengefassten Mehrforderungen, die Vorinstanz als ungenügend substanziiert erachtet.
5.3.5. Die Beschwerdeführerinnen rügen, sie hätten zum Mehrvergütungsquantitativ sowie zur Angemessenheit der Nachtragsforderung eine gerichtliche Expertise beantragt. Die Vorinstanz stelle überhöhte Anforderungen an die Substanziierung und behaupte zu Unrecht, dass ihr die Grundlagen für einen Ermessensentscheid fehlen würden. Die Vorinstanz hätte mit den Behauptungen und dem beantragten Gutachten prüfen können, ob die von den Beschwerdeführerinnen aufgestellten Nachtragsforderungen marktgerecht seien.
Wenn die Beschwerdeführerinnen einen Mehrpreis von Fr. 4.50 für die mehrseitig geneigten Balkonoberflächen behaupten und anschliessend ausführen, der gerichtliche Experte werde dies bestätigen sowie als Beweis eine gerichtliche Expertise (zu den angefallenen Mehrmengen und zur Angemessenheit der Preise) offerieren, ist die Expertise zu den Mehrpreisen formgerecht beantragt. Die Rüge trifft zu.
5.3.6. Die Beschwerdeführerinnen rügen die Feststellung der Vorinstanz als aktenwidrig, wonach die Beschwerdegegnerin lediglich einen Mehrpreis von Fr. 5.05 anerkannt haben soll. Die Beschwerdegegnerin habe in ihrer Klageantwort anerkannt, dass die Beschwerdeführerinnen einen Anspruch von Fr. 3.50 pro m2 für das mehrseitige Gefälle der Untersicht auf 4'954 m2 - insgesamt Fr. 17'399.-- hätten. Ebenfalls anerkannt worden sei ein Anspruch für die Anpassung der Deckenstirnen von Fr. 5.05 pro m2, insgesamt Fr. 10'877.70. Die Beschwerdegegnerin habe weitere Mehrkostenforderungen abgelehnt mit dem Hinweis auf NPK 241, Position 812.301, welche die entsprechende Leistung bereits enthalte. Mit der Bestreitung von Marktpreisen habe das nichts zu tun.
Die Feststellung der Vorinstanz ist in der Tat aktenwidrig. Die Beschwerdegegnerin hat an der von den Beschwerdeführerinnen angegebenen Stelle ausgeführt: "Die Beklagte [Beschwerdegegnerin] anerkennt einen Anspruch der Klägerinnen [Beschwerdeführerinnen] für Mehrkostenforderungen im Umfang von Fr. 28'216.70 (exkl. MWSt.) Weitere Ansprüche der Klägerinnen weist die Beklagte jedoch zurück. (...) Konkret anerkennt die Beklagte [Beschwerdegegnerin] einen Anspruch von 4'954 m2 zu einem Preis von Fr. 3.50 pro m2 für das mehrseitige Gefälle der Untersicht, insgesamt Fr. 17'339.00 sowie für die Anpassungen der Deckenstirnen einen Anspruch von 2'154 m zu einem Preis von Fr. 5.05 pro m, insgesamt Fr. 10'877.70. Weitere Ansprüche, wie den Beton im Gefälle abziehen, werden abgelehnt. Dieser Punkt ist in NPK 241, Pos. 812.301 enthalten". Die Beschwerdegegnerin hat damit auch für die Mehrforderung hinsichtlich dem mehrseitigen Gefälle der Balkonuntersicht einen Mehrpreis von Fr. 3.50 pro m2 anerkannt (nicht aber einen solchen von Fr. 12.-- pro m2). Soweit die Beschwerdeführerinnen darüber hinausgehend aus der teilweisen Anerkennung der Mehrkostenforderung Nr. 8 durch die Beschwerdegegnerin eine Anerkennung der Kalkulationsgrundlagen ableiten wollen, kann auf die Ausführungen in E. 5.2.5 hiervor verwiesen werden. Im Übrigen machen die Beschwerdeführerinnen in ihrer Rechtsschrift selbst geltend, die Mehrforderung Nr. 8 bestehe aus mehreren Teilforderungen mit unterschiedlichen Kalkulationsgrundlagen, sodass erst Recht nicht ersichtlich ist, weshalb sich aus einer Anerkennung eines Teils dieser Forderungen die Anerkennung der Kalkulationsgrundlagen für sämtliche Teilforderungen ergeben sollte.
5.3.7. Die Feststellung der Vorinstanz, wonach hinsichtlich der über die Anerkennung hinaus geltend gemachten Mehrforderung Nr. 8 offengelassen werden könne, ob überhaupt ein Anspruch auf Mehrvergütung bestehen würde, da es den Beschwerdeführerinnen nicht gelinge, die Kalkulationsgrundlagen hinreichend darzulegen, verletzt hinsichtlich dem Mehrpreis von Fr. 4.50 pro m2 Bundesrecht. Hinsichtlich dem Mehrpreis von Fr. 12.-- pro m2 ist zu beachten, dass die Beschwerdegegnerin einen Mehrpreis von Fr. 3.50 pro m2 (nicht aber einen solchen von Fr. 12.--) anerkannt hat.
5.4. Die Mehrforderung Nr. 11 in der Höhe von Fr. 486'203.25 betrifft geltend gemachte Mehrkosten im Zusammenhang mit einem behaupteterweise nachträglich angeordneten Spriesskonzept. Ein Teil der Forderung im Umfang von Fr. 56'580.-- wurde durch die Beschwerdegegnerin anerkannt, darüber ist bereits rechtskräftig entschieden worden.
5.4.1. Die Vorinstanz hielt fest, hinsichtlich der im darüber hinausgehenden Umfang geltend gemachten Mehrforderung von Fr. 429'623.25 gelinge es den Beschwerdeführerinnen nicht, die Kalkulationsgrundlagen zur Bildung der Nachtragspreise zu substanziieren.
Die Beschwerdeführerinnen würden unter dem Titel "Längeres Schalen" einen Mehrpreis von Fr. 1.50 pro m 2 geltend machen. Grundlagen seien 25 % mehr Inventarkosten. Sie würden aber nicht ausführen, woraus sich diese 25 % mehr Inventarkosten ergäben. Eine Begründung fehle, sodass der geltend gemachte Einheitspreiszuschlag nicht hinreichend dargetan sei. Weiter würden sie unter dem Titel " Ein- und Ausbau Notspriessungen " einen Mehrpreis von Fr. 9.45 pro m 2 geltend machen. Grundlage hierfür sei, dass der Aufwand für den Ein- und Ausbau der Notspriessungen in Koordination mit dem gleichzeitig auszuführenden Ausschalen einen Drittel des Aufwandes für die Deckenschalung betrage. Nach der Bestreitung durch die Beschwerdegegnerin hätten sie ausführen müssen, woraus sich dieser Drittel ergebe, was sie nicht tun würden, sodass der geltend gemachte Mehrpreis nicht substanziiert sei. Schliesslich würden sie unter dem Titel " Vorhalten Notspriessung " einen Mehrpreis von Fr. 3.15 pro m 2 geltend machen. Nachdem die Beschwerdegegnerin diesen Mehrpreis bestritten habe, wäre es an den Beschwerdeführerinnen gewesen, die geltend gemachten Fr. 0.07 pro m 2 und die Vorhaltedauer von 1.5 Monaten zu erläutern. Der behauptete Mehrpreis sei somit nicht hinreichend dargetan. Auch aus der Anerkennung im Umfang von Fr. 56'580.-- lasse sich nichts zu ihren Gunsten ableiten, da bezüglich des Mehrpreises von Fr. 2.50 pro m 2, welcher diesem Schuldbekenntnis zugrunde liege - und welchen sie nicht gelten lassen wollen - ebenso nähere Angaben (bezüglich Kostengrundlage) fehlten.
Insgesamt fehle es somit an rechtserheblichen Tatsachen im Zusammenhang mit den von den Beschwerdeführerinnen geforderten Mehrkosten, für die sie behauptungs- und beweisbelastet seien. Dieser Mangel lasse sich auch nicht mittels der beantragten Expertise beheben. Die geltend gemachte Mehrforderung in der Höhe von Fr. 429'623.25 sei demnach nicht hinreichend dargetan. Es könne offengelassen werden, ob überhaupt ein Anspruch auf Mehrvergütung bestehen würde.
5.4.2. Die Beschwerdeführerinnen rügen, sie hätten ausreichende Behauptungen aufgestellt, damit die Vorinstanz in Ausübung ihres Ermessens die Nachtragspreise hätte bestimmen können. Sie hätten den Mehrpreis in Einzeltatsachen gegliedert und zum Beweis gestellt. Die Vorinstanz habe die Bindungswirkung des Rückweisungsentscheids verletzt. Die geforderte präzisere Darlegung der 25 % höheren Inventarkosten sei ebenso wenig notwendig gewesen wie Ausführungen dazu, weshalb der Ein- und Ausbau der Notspriessungen rund einen Drittel des Aufwandes für die Deckenschalung betrage.
Die Beschwerdeführerinnen unterscheiden unter der Mehrforderung Nr. 11 drei verschiedene Positionen im Zusammenhang mit einen behaupteterweise nachträglich angeordneten Spriesskonzept, nämlich "Längeres Schalen", "Ein- und Ausbau Notspriessungen" und "Vorhalten Notspriessung". Es ist zu prüfen, ob die Beschwerdeführerinnen vor der Vorinstanz genügende Behauptungen zu den Kalkulationselementen gemacht haben. An den von den Beschwerdeführerinnen angegebenen Stellen ihrer Rechtsschriften haben die Beschwerdeführerinnen betreffend dem "Ein- und Ausbau Notspriessungen" ausgeführt, dass der Aufwand dafür einen Drittel des Aufwandes für die Deckenschalung betrage. Sie haben aber nicht ausgeführt, woraus sich dieser Drittel ergibt. Sie haben insbesondere nicht geltend gemacht, dass es sich dabei um Schätzwerte handelt, die auf Erfahrungswerte in der Praxis beruhen, wie sie nun in der Beschwerde ausführen. Das Gleiche gilt für die geltend gemachten 25 % höheren Inventarkosten betreffend die Position "Längeres Schalen"; auch hier legen die Beschwerdeführerinnen an den von ihnen zitierten Stellen nicht dar, wie sich diese berechnen bzw. dass diese auf Erfahrungswerten beruhen. Hinsichtlich der Feststellung der Vorinstanz, dass die Vorhaltedauer von 1.5 Monaten (Position "Vorhalten Notspriessung") nicht hinreichend substanziiert worden sei, fehlt es bereits an einer hinreichenden Rüge (vgl. hiervor E. 2). Das Gericht darf nicht aus mehreren Seiten in der Klage bzw. Replik heraussuchen, welche Tatsachen zu den Kalkulationsgrundlagen die Beschwerdeführerinnen angeblich behauptet hätten.
5.4.3. Die Beschwerdeführerinnen legen nicht dar, dass sie - entgegen der Feststellungen der Vorinstanz - substanziierte Behauptungen zu den Kalkulationsgrundlagen gemacht hätten (vgl. hiervor E. 5.4.2). Fehlt es an substanziierten Behauptungen, ist unbeachtlich, dass die Beschwerdeführerinnen eine gerichtlich Expertise beantragt haben. Mit einem Beweisantrag können keinerlei Behauptungen nachgeholt werden. Damit kann offenbleiben, ob die Expertise betreffend Mehrforderung Nr. 11 überhaupt formgültig beantragt wurde.
5.4.4. Die Beschwerdeführerinnen machen geltend, die Beschwerdegegnerin habe eine Forderung in der Höhe von Fr. 56'580.-- anerkannt mit dem Hinweis, dies sei der marktübliche Preis. Damit habe die Beschwerdegegnerin zum Ausdruck gebracht, dass sie die Forderung dem Grunde nach nicht bestreite, sondern lediglich im Quantitativ. Indem die Vorinstanz eine über diesen Betrag hinausgehende Forderung der Beschwerdeführerinnen wegen " fehlenden Kalkulationsgrundlagen " zur Festsetzung des marktüblichen Preises abweise, missachte sie die Wirkungen einer teilweisen Forderungsanerkennung.
An der von den Beschwerdeführerinnen zitierten Stelle in der Klageantwort unter dem Titel "Flächenspriessung unter Decken und Kragplatten" führt die Beschwerdegegnerin aus: "Die Beklagte [Beschwerdegegnerin] hat aber aus Kulanz sowie im Bestreben, die Nachtragsforderungen der Klägerin [Beschwerdeführerinnen] zu bereinigen, im Nachtrag 11 einer Kostenübernahme von Fr. 56'580.-- zugestimmt (22'632 m2 zu Fr. 2.50, marktüblicher Preis) ". Die Beschwerdegegnerin hat damit zwar einen marktüblichen Preis von Fr. 2.50 für die Unterspriessung von Decken und Kragplatten anerkannt. Die Beschwerdeführerinnen legen aber nicht dar und es ist auch nicht ersichtlich, auf welche der drei von ihnen unterschiedenen Positionen (Längeres Schalen, Ein- und Ausbau Notspriessungen und Vorhalten Notspriessungen) sich dieser marktübliche Preis von Fr. 2.50 bezieht. Die Beschwerdeführerinnen selbst haben betreffend keiner dieser Positionen einen marktüblichen Preis von Fr. 2.50 behauptet. Jedenfalls kann aus der Formulierung in der Klageantwort nicht abgeleitet werden, die Beschwerdegegnerin hätte betreffend allen drei Positionen je einen marktüblichen Preis von Fr. 2.50 anerkannt.
5.4.5. Die Feststellung der Vorinstanz, die Mehrforderung Nr. 11 sei nicht hinreichend dargetan und daher unbegründet, verletzt somit kein Bundesrecht.
5.5. Unter der Mehrforderung Nr. 15 in der Höhe von Fr. 219'410.95 machen die Beschwerdeführerinnen Mehrkosten dafür geltend, dass sie nachträglich einerseits weniger Mauerwerk (anstelle von Betonwänden) und andererseits breitere Backsteinwände hätten erstellen müssen.
5.5.1. Die Vorinstanz hielt fest, die Beschwerdeführerinnen würden ausführen, der offerierte Werkpreis von Fr. 14'848'800.-- sei an die Bedingung geknüpft gewesen, dass mindestens 5'000 m2 Wand im Mauerwerk (anstelle von Beton) hätten ausgeführt werden können. Soweit die Kosteneinsparung nicht tatsächlich hätte realisiert werden können, hätte sie auf den Werkpreis aufgerechnet werden sollen. Dies sei anlässlich einer Besprechung vom 9. Oktober 2009 sogar noch zwischen den Parteien (auf Seiten der Beschwerdeführerinnen vertreten durch die Kalkulatoren F._ und H._) diskutiert worden. Dass das " Angebot BKP 211" vom 7. Oktober 2009 Vertragsbestandteil bilde, sei bereits in der Auftragsbestätigung vom 9. Oktober 2009 der Beschwerdegegnerin so festgehalten. Und gemäss Ziff. 2.2 des Vorspanns zum Werkvertrag bilde das " (Bereinigte) Angebot des Unternehmers " Vertragsbestandteil. Die Beschwerdegegnerin bestreite dies und mache geltend, die Beschwerdeführerinnen würden nicht plausibel und nachvollziehbar darlegen, weshalb sie im Rahmen der Offertkalkulation auf diese Bedingung hätten vertrauen dürfen. Des Weiteren würden sie sich nicht auf ihre " Allgemeinen Präzisierungen " sowie Angebotsgrundlagen berufen können, da es sich dabei nicht um Vertragsbestandteile handle. Eine entsprechende Vereinbarung sei auch nie getroffen worden. Eine solche Vereinbarung hätte in die Vertragsunterlagen aufgenommen werden müssen, was aber nicht geschehen sei.
Die Vorinstanz entschied, es gelinge den beweisbelasteten Beschwerdeführerinnen nicht, die behauptete "vereinbarte Bedingung" hinreichend darzutun. Es sei nicht ersichtlich, wer seitens der Beschwerdegegnerin anlässlich der Besprechung vom 9. Oktober 2009 hierüber diskutiert hätte. Auch hinsichtlich der behaupteten Anfrage der Beschwerdegegnerin zum Kosteneinsparungspotential lasse sich weder das Datum noch die für die Beschwerdegegnerin handelnde Person entnehmen. Dies wäre aber für ein substanziiertes Bestreiten erforderlich gewesen. Mangels Behauptung der konkreten Umstände sei der behauptete Vertragsinhalt nicht hinreichend dargetan. Ein Beweisverfahren entfalle. Die geltend gemachte Mehrforderung erweise sich als unbegründet. Im Übrigen deute der Vorspann zum Werkvertrag, Ziff. 2.2 mit "Bereinigte[s] Angebot des Unternehmers (ohne eigene Vertragsbedingungen) ", vielmehr darauf hin, dass der Werkvertrag nicht unter der von den Beschwerdeführerinnen geltend gemachten Bedingung abgeschlossen worden sei. Zudem wäre es sehr erstaunlich, wenn ein professionelles Bauunternehmen einen derart detaillierten Vertrag abschliessen würde, ohne über einen solchen Punkt eine im Vertrag ersichtliche Regelung getroffen zu haben.
5.5.2. Die Beschwerdeführerinnen rügen, die Argumentation der Vorinstanz ziele an der Sache vorbei. Die Vorinstanz gehe im Wesentlichen auf die Besprechung vom 9. Oktober 2009 ein und werfe ihnen diesbezüglich eine ungenügende Substanziierung vor. Diese Besprechung sei aber gar nicht relevant. Sie hätten in ihrer Replik und Klage ausgeführt, ihrer Offerte vom 7. Oktober sei das Dokument " Allgemeine Präzisierungen sowie Angebotsgrundlagen [Angebot BKP 211] " (act. 3/44) beigelegen, das mit Annahme der Offerte Vertragsbestandteil geworden sei.
Die Beschwerdeführerinnen haben vor der Vorinstanz das Dokument "Allgemeine Präzisierungen sowie Angebotsgrundlagen" datierend vom 7. Oktober 2009 sowie eine E-Mail vom 7. Oktober 2009 von Herrn F._ an Herr G._ (act. 3/44) als Beweismittel eingereicht und substanziiert behauptet, dieses Dokument enthalte den entsprechenden Vorbehalt. Im entsprechenden Dokument steht: "Dem Angebot geht die Annahme voraus, das mind. 5000m2 Wand der Grundlage Pauschalisierungsplänen, in Mauerwerk BN oder KN anstelle Betonwand ausgeführt werden kann". Die Beschwerdeführerinnen haben geltend gemacht, die Auftragsbestätigung (act. 3/2) halte explizit fest, der Auftrag würde gestützt auf das Angebot vom 7. Oktober 2009 erteilt. Die Präzisierungen (act. 3/44) hätten einen Bestandteil dieser Offerte gebildet. Es ist daher nicht ersichtlich, weshalb die Präzisierungen (act. 3/44) nicht Vertragsbestandteil hätten bilden sollen, zumal auch der Vorspann zum Werkvertrag in Ziffer 2.2 (Rangordnung) explizit das " (Bereinigte[s]) Angebot des Unternehmers (ohne eigene Vertragsbedingungen) " als Vertragsbestandteil aufführt. Die Beschwerdegegnerin legt denn auch nicht substanziiert dar, weshalb die Präzisierungen nicht Vertragsbestandteil bilden sollten. Der Hinweis "ohne eigene Vertragsbedingungen" in der zitierten Stelle im Vorspann zum Werkvertrag deutet - entgegen der Vorinstanz und der Beschwerdegegnerin - nicht daraufhin, sondern ist vielmehr so zu verstehen, dass damit die AGB ausgeschlossen werden sollten. Die Bedingung hinsichtlich der Ausführung des Mauerwerks ist somit Vertragsinhalt geworden. Es verletzt daher Bundesrecht, wenn die Vorinstanz davon ausgeht, dieser Nachweis sei nicht erbracht, weil gewisse Umstände betreffend die Besprechung vom 9. Oktober 2009, welche von den Beschwerdeführerinnen nur ergänzend angeführt wird, nicht substanziiert seien.
5.5.3. Nach dem Gesagten ist das vorinstanzliche Urteil betreffend Mehrforderung Nr. 15 aufzuheben und zur Durchführung eines Beweisverfahrens zum verlangten Quantitativ (die Beschwerdeführerinnen verlangen Fr. 219'410.95 dafür, dass 5000 m2 in Beton statt in Mauerwerk ausgeführt wurden) an die Vorinstanz zurückzuweisen.
5.6. Die Mehrforderung Nr. 22 in der Höhe von Fr. 361'770.-- betrifft Mehrkosten für das behauptete längere Vorhalten der Installationen (Baustelleneinrichtung) infolge der Verzögerung der Erstellung der 8 Mehrfamilienhäuser (nachfolgend: MFH) und der 7 Doppeleinfamilienhäuser (nachfolgend: DEFH) aufgrund der qualitativen und ausführungstechnischen Projektänderungen. Die Beschwerdegegnerin hat unter dieser Position eine Mehrforderung im Betrag von Fr. 11'630.-- anerkannt, worüber bereits rechtskräftig entschieden worden ist.
5.6.1. Die Vorinstanz hielt fest, hinsichtlich der über die Anerkennung hinaus geltend gemachten Mehrforderung könne offengelassen werden, ob überhaupt ein Anspruch auf Mehrvergütung bestehe, da es den behauptungs- und beweisbelasteten Beschwerdeführerinnen nicht gelinge, die Existenz und den Umfang der Mehrleistungen zu substanziieren.
Die Beschwerdeführerinnen würden geltend machen, bei der Erstellung der MFH seien Verzögerungen entstanden von durchschnittlich 34 Mehrarbeitstagen (nachfolgend: AT) und bei den DEFH von 8 AT. Die Beschwerdegegnerin weise diese Behauptung zu Recht als unsubstanziiert zurück. Die Beschwerdeführerinnen würden auf die in Rz. 90 ihrer Klageschrift aufgeführte Tabelle verweisen. Ausführungen zu den einzelnen Positionen fehlten indessen gänzlich. Ein allgemeiner Verweis auf das "Ist-Bauprogramm" oder das Privatgutachten reiche für eine hinreichende Darlegung der geltend gemachten AT nicht aus. Ohnehin fehlten auch im Privatgutachten entsprechende Behauptungen. Die bestrittene Behauptung einer theoretischen Gesamtverzögerung von 167 AT erweise sich als nicht substanziiert. Ebenso fehlten Ausführungen hinsichtlich der behaupteten und bestrittenen tatsächlichen Projektverzögerung von 80 AT. Ungenügend sei im Weiteren auch der pauschale Verweis auf das "Soll-Bauprogramm" ohne auszuführen, welche Optimierungsmassnahmen überhaupt getroffen worden seien. Auch die Fertigstellung bis am 17. Oktober 2010 lasse sich daraus nicht entnehmen. Insgesamt sei daher bereits die behauptete Gesamtverzögerung von 1.33 Monaten, mit welcher die Beschwerdeführerinnen ihren Mehrvergütungsanspruch berechnen würden, nicht hinreichend dargetan. Gleiches gelte hinsichtlich der geltend gemachten Verzögerung bei den Kanalisations- und Werkleitungsarbeiten von 203.5 AT. Die Beschwerdeführerinnen würden auch aus der anerkannten Mehrforderung im Umfang von Fr. 11'630.-- nichts zu ihren Gunsten ableiten können. Des Weiteren hätten sie es versäumt, formgültig Beweismittel zu offerieren. Es genüge nicht, am Schluss eines Sachverhaltskomplexes noch alle denkbaren Beweismittel aufzuzählen. Auch gehe es nicht an, mit allgemeinen stichwortartigen Begriffen in einer Klammer für alle in diesem Zusammenhang stehenden Tatsachenbehauptungen ein Gutachten zu offerieren.
Demnach fehle es an rechtserheblichen Tatsachen im Zusammenhang mit den von den Beschwerdeführerinnen geforderten Mehrleistungen. Dieses Versäumnis lasse sich auch nicht durch eine Expertise nachholen, zumal hierfür ohnehin kein formgerechter Beweisantrag vorliege. Die geltend gemachte Mehrforderung erweise sich somit als unbegründet.
5.6.2. Die Beschwerdeführerinnen rügen, die Vorinstanz stelle überhöhte Anforderungen an die Substanziierung.
Die Beschwerdeführerinnen machen in der Beschwerde ausführlich geltend, inwiefern sie das zeitliche Bau-Soll substanziiert dargelegt hätten. Dies ist jedoch irrelevant, wenn sie in ihren erstinstanzlichen Rechtsschriften nicht auch das zeitliche Bau-Ist ausreichend substanziiert haben. Denn nur wenn auch das Bau-Ist substanziiert behauptet wurde, lässt sich die von den Beschwerdeführerinnen geltend gemachte zeitliche Verzögerung überhaupt nachvollziehen. Die Vorinstanz hielt jedoch fest, die geltend gemachten Mehrarbeitstage seien unsubstanziiert, ein allgemeiner Verweis auf das "Ist-Bauprogramm" oder das Privatgutachten reiche nicht aus. Die Beschwerdeführerinnen machen geltend, sie hätten - entgegen der Vorinstanz - die Tabelle in Rz. 90 der Klageschrift ausreichend präzis erläutert. Sie zeigen aber nicht rechtsgenügend mit Aktenhinweis auf, wo in der Klageschrift sie dies getan hätten. In Rz. 90 der Klage findet sich jedenfalls nur die entsprechende Tabelle ohne Erläuterung. Die Vorinstanz macht zu Recht geltend, es reiche für eine hinreichende Darlegung der Mehrarbeitstage nicht aus, auf das Privatgutachten zu verweisen. Zwar verweist die Tabelle jeweils auf konkrete Ziffern im Privatgutachten, zumindest die Grundzüge der Berechnung für die geltend gemachten Mehrarbeitstage pro Position, das heisst insbesondere der Vergleich von Bau-Soll und Bau-Ist pro Position hätten die Beschwerdeführerinnen aber in den Rechtsschriften selbst darlegen müssen. Das Bau-Ist lässt sich aber aus der Tabelle nicht herauslesen. Auch der Einwand der Beschwerdeführerinnen, sie hätten in den vorinstanzlichen Rechtsschriften ausreichend beschrieben "was tatsächlich ausgeführt werden musste (Bau-Ist) " geht fehl. An der geltend gemachten Stelle ist das Bau-Ist pro Position (die Tabelle unterscheidet 20 Positionen) jedenfalls nicht dargetan. Pauschale Verweise auf das Ist-Bauprogramm reichen dafür nicht. Die Beschwerdeführerinnen vermögen daher nicht darzutun, dass sie die geltend gemachte zeitliche Verzögerung - entgegen der Vorinstanz - hinreichend substanziiert haben. Bei diesem Ergebnis kann offenbleiben, ob die entsprechenden Beweismittel formgerecht beantragt worden sind.
Soweit die Beschwerdeführerinnen aus der Anerkennung eines Teils der Forderung ableiten wollen, die Beschwerdegegnerin hätte zum Ausdruck gebracht, sie bestreite die Forderung dem Grunde nach nicht, geht die Rüge fehl. Es kann diesbezüglich auf die Ausführungen in E. 5.2.5 verwiesen werden.
5.6.3. Die Vorinstanz durfte somit ohne Verletzung von Bundesrecht davon ausgehen, die geltend gemachte Mehrforderung Nr. 22 erweise sich als unbegründet.
6.
Umstritten sind sodann die Mehrforderungen aus Bauablaufstörungen Nr. 2, 3 und 6.
6.1. Die Mehrforderung aus Bauablaufstörung Nr. 2 in der Höhe von Fr. 408'000.-- betrifft geltend gemachte Mehrkosten für längeren Ressourceneinsatz von zeitabhängigem Personal.
6.1.1. Die Vorinstanz hielt fest, die Beschwerdeführerinnen würden die geltend gemachten Mehrkosten durch Multiplikation des behaupteten Mehreinsatzes an Mannmonaten mit den angeblichen Monatskosten errechnen. Abgesehen davon, dass bereits nicht nachvollziehbar sei, wie sich die Monatskosten berechnen bzw. herleiten würden, halte auch der Mehreinsatz an Mannmonaten den Substanziierungsanforderungen nicht stand. Eine Beurteilung der behaupteten Mehrleistung sei somit gar nicht möglich. Sodann würden die Beschwerdeführerinnen Verzögerungen des Bauprojektes von 1.33 Monaten geltend machen. Damit nähmen sie wohl Bezug auf die im Rahmen der Mehrforderung Nr. 22 behauptete Gesamtverzögerung. Allerdings sei bereits unter jener Position die Gesamtverzögerung nicht hinreichend dargetan. Entsprechend seien auch die Berechnungen, welche auf dieser Gesamtverzögerung basieren würden, nicht hinreichend dargetan.
Auch eine von den Beschwerdeführerinnen verlangte sinngemässe Anwendung von <ref-law> komme aber nicht in Frage, da sich in ihren Rechtsschriften keinerlei Ausführungen dazu fänden, inwiefern es ihnen unmöglich und unzumutbar gewesen sei, ihre angeblichen Mehrleistungen exakt darzulegen. Es sei nicht ersichtlich, weshalb und inwiefern der Nachweis des konkreten Schadens- bzw. Mehraufwands unmöglich sein soll, und diese Unmöglichkeit - wie die Beschwerdeführerinnen geltend machen würden - im Verantwortungsbereich der Beschwerdegegnerin liege. Im Übrigen hätten die Beschwerdeführerinnen selbst bei sinngemässer Anwendung von <ref-law> die Berechnungsgrundlagen ihrer behaupteten Mehrleistungen hinreichend darlegen müssen, was sie nicht getan hätten.
Insgesamt fehle es demnach an grundlegenden Angaben zu rechtserheblichen Tatsachen im Zusammenhang mit den behaupteten Mehrleistungen. Die geltend gemachte Mehrforderung sei damit unbegründet.
6.1.2. Die von den Beschwerdeführerinnen behaupteten Verzögerungen des Bauprojekts von insgesamt 1.33 Monaten sind - wie die Vorinstanz zu Recht festgehalten hat - nicht ausreichend substanziiert (vgl. hiervor E. 5.6.2). Demnach fehlt es der Mehrforderung, soweit sie auf die zeitliche Verzögerung und dem damit zusammenhängenden Mehreinsatz von Personal basiert - wie die Vorinstanz zu Recht festhält - von vornherein an einer Basis. Zudem zeigen die Beschwerdeführerinnen in ihrer Beschwerde ohnehin nicht rechtsgenügend auf, dass sie die Grundlagen zur Kalkulation der Auslastung des Personals substanziiert dargelegt hätten, oder inwieweit die Vorinstanz diesbezüglich überhöhte Anforderungen an die Substanziierung gestellt hat. Auch soweit die Beschwerdeführerinnen eine Verletzung von <ref-law> rügen, geht die Rüge fehl. Sie zeigen in ihrer Beschwerde nicht auf, dass sie substanziiert darlegt hätten, inwiefern die Voraussetzungen von <ref-law> erfüllt wären; namentlich dass es ihnen hinsichtlich der konkreten Bauablaufstörung nicht möglich gewesen wäre, den konkreten Schaden bzw. Mehraufwand nachzuweisen. Die Behauptung, die Beschwerdegegnerin habe ein Chaos angerichtet, reicht dafür nicht. Ebensowenig ausreichend sind Ausführungen allgemeiner Natur zur Anwendung von <ref-law> bei Bauablaufstörungen.
6.1.3. Die Vorinstanz konnte somit ohne Verletzung von Bundesrecht davon ausgehen, die Mehrforderung aus Bauablaufstörung Nr. 2 sei unbegründet.
6.2. Die Mehrforderung aus Bauablaufstörung Nr. 3 in der Höhe von Fr. 554'000.-- betrifft Mehrkosten für den längeren Ressourceneinsatz von Inventar.
6.2.1. Die Vorinstanz hielt fest, die Beschwerdeführerinnen würden - mit Verweis auf die geltend gemachte Zusatzleistung Nr. 22 (vgl. hiervor E. 5.6) - Verzögerungen des Bauprojekts von 1.33 Monaten geltend machen. Allerdings sei bereits die unter jener Position vorgebrachte Gesamtverzögerung von 1.33 Monaten nicht hinreichend dargetan worden. Entsprechend seien auch die Zahlen, welche auf dieser Gesamtverzögerung für die Berechnung des längeren Ressourceneinsatzes des gesamten Inventars basieren würden, nicht hinreichend dargetan.
6.2.2. Soweit die Beschwerdeführerinnen auf ihre Ausführungen zur Mehrforderung aus Bauablaufstörung Nr. 2 bzw. Mehrkostenforderung 22 verweisen, erübrigen sich zusätzliche Ausführungen und kann auf das dort Gesagte verwiesen werden (vgl. hiervor E. 6.1 und E. 5.6). Damit ist mit der Vorinstanz davon auszugehen, die zeitliche Verzögerung sei nicht hinreichend dargetan. Damit braucht auf die Rüge der Beschwerdeführerinnen, dass die Vorinstanz auch überhöhte Anforderungen an die Substanziierung der Preiskomponenten gestellt habe, nicht mehr eingegangen zu werden.
6.2.3. Die Vorinstanz durfte somit ohne Verletzung von Bundesrecht davon ausgehen, die Mehrforderung aus Bauablaufstörung Nr. 3 erweise sich als unbegründet.
6.3. Die Mehrforderung aus Bauablaufstörung Nr. 6 in der Höhe von Fr. 32'000.-- betrifft den Feststellungsmehraufwand. Über den behaupteten internen Aufwand von Fr. 18'000.-- wurde im Rückweisungsentscheid bereits rechtskräftig entschieden. Umstritten bleiben die Kosten für das Privatgutachten in der Höhe von Fr. 32'000.--. Hierzu hielt das Bundesgericht im Rückweisungsentscheid fest, die Vorinstanz habe sich zur Frage zu äussern, welche Tatsachen ihrer Ansicht nach hätten erstellt sein müssen, um gestützt hierauf die Notwendigkeit beurteilen zu können (zit. 4A_125/2017 E. 6.2.4.2, nicht publ. in: <ref-ruling>).
6.3.1. Die Vorinstanz hielt fest, über die Notwendigkeit des Privatgutachtens hätten sich die Beschwerdeführerinnen dahingehend geäussert, dass sich sowohl in tatsächlicher als auch in rechtlicher Sicht komplexe Fragen gestellt hätten und ohne die Ergebnisse des Gutachtens gar keine Klage hätte ausgearbeitet werden können. Die Beschwerdegegnerin mache dagegen geltend, die Beschwerdeführerinnen hätten nicht dargelegt, inwiefern sie nicht selber in der Lage gewesen seien, ihre Mehrkosten zu beschreiben, obwohl sie an vorderster Front auf der Baustelle tätig gewesen seien.
Die Vorinstanz sah den Einwand der Beschwerdegegnerin als berechtigt an. Die pauschalen Behauptungen zur Notwendigkeit des Gutachtens würden bereits den Substanziierungsanforderungen nicht genügen. Nicht ausgeführt worden sei, für welche konkreten Fragen denn überhaupt die Zuhilfenahme externer Gutachter notwendig gewesen sei. Auch hätten die Beschwerdeführerinnen darlegen müssen, inwiefern die beauftragten Gutachter besser qualifiziert gewesen seien, die entsprechenden Fragen zu beantworten. Sie hätten nicht hinreichend konkret dargetan, weshalb sie nicht in der Lage gewesen seien, welche tatsächlichen und rechtlichen Fragen selbst abzuklären, und inwiefern die Privatgutachter zur Eruierung dieser Ergebnisse besser geeignet gewesen seien. Die Beschwerdeführerinnen hätten darlegen müssen, inwiefern die beigezogenen externen Gutachter besser qualifiziert gewesen seien, als die Beschwerdeführerinnen, bei denen es sich um professionelle Bauunternehmungen handelt. Die Notwendigkeit zur Erstellung eines Privatgutachtens sei daher nicht hinreichend dargetan und die Mehrforderung daher unbegründet.
6.3.2. Die Beschwerdeführerinnen rügen, sie hätten sich durchaus mit der Frage auseinandergesetzt, weshalb ein Privatgutachten notwendig gewesen sei. Welche konkreten Fragen das Gutachten zu beantworten gehabt habe, ergebe sich aus dem eingereichten Gutachten bzw. den zahlreichen Verweisen darauf in den Rechtsschriften. Es sei gerichtsnotorisch, dass externe baubetriebliche Experten (hier ein dipl. Baumeister und eine Frau Dr. dipl. Ing. ETH) die Mehrvergütungsansprüche objektiver und fundierter herleiten könnten als ihre Mitarbeiter.
Die Beschwerdeführerinnen haben - wie sich bereits aus der Beschwerdeschrift ergibt - an mehreren Stellen ihrer Rechtsschriften auf das aus zwei Teilen bestehende Privatgutachten verwiesen. Damit ist ersichtlich, welche Fragen die Gutachterin zu beantworten hatte. Die Vorinstanz überspannt diesbezüglich die Anforderungen an die Substanziierung. Die Vorinstanz hielt aber weiter auch fest, die Beschwerdeführerinnen als professionelle Bauunternehmen, die auf der Baustelle tätig gewesen seien, hätten substanziiert darlegen müssen, inwiefern die Zuhilfenahme eines externen Gutachters notwendig gewesen sein soll. Dies trifft zu. Bei Laien liegt die Notwendigkeit eines externen Gutachters in Bauprozessen oftmals auf der Hand. So hat das Bundesgericht in 4A_692/2015 die Ansicht des Handelsgerichts gestützt, wonach bei umfangreicheren vermuteten Mängeln im Baubereich Laien das Vorliegen von Mängeln kaum eigenständig feststellen könnten und auf Unterstützung durch fachkundige Personen angewiesen seien (Urteil 4A_692/2015 vom 1. März 2017 E. 6.1.3, nicht publ. in: <ref-ruling>). Bei professionellen Unternehmern/Bestellern ist die Notwendigkeit des Beizuges eines externen Experten hingegen (zumindest) nicht naheliegend. Daher hätten die Beschwerdeführerinnen substanziiert darlegen müssen, weshalb der Beizug eines externen Gutachters im vorliegenden Fall notwendig gewesen wäre. Die Beschwerdeführerinnen zeigen in ihrer Beschwerde aber nicht rechtsgenüglich auf, dass sie dies getan hätten. Sie durften sich nicht mit der pauschalen Behauptung begnügen, es sei gerichtsnotorisch, dass externe baubetriebliche Experten die Mehrvergütungsansprüche objektiver herleiten können als sie selbst.
6.3.3. Die Vorinstanz durfte somit ohne Verletzung von Bundesrecht davon ausgehen, die Mehrforderung aus Bauablaufstörung Nr. 6 hinsichtlich der Kosten für das Privatgutachten erweise sich als unbegründet.
7.
7.1. Umstritten ist schliesslich die von der Beschwerdegegnerin zur Verrechnung gestellte Zahlung vom 2. Mai 2011 in der Höhe von Fr. 216'000.-- (inkl. MWST [Fr. 200'000.-- netto]). Streitig ist zwischen den Parteien, ob die Beschwerdegegnerin ihre unbestrittenermassen geleistete Zahlung in der Höhe von Fr. 200'000.-- zur Verrechnung bringen durfte. Dies hängt davon ab, ob die Zahlung als rückforderbare Akontozahlung ohne Anerkennungscharakter zu qualifizieren ist - wie die Beschwerdegegnerin argumentiert - oder im Gegenteil die Ansicht der Beschwerdeführerinnen zutrifft, dass es sich dabei um eine definitive Teilzahlung für anerkannte Kosten des " gestörten Bauablaufs " handelt.
7.1.1. Das Bundesgericht hielt im Rückweisungsentscheid fest, es sei entscheidend, ob es sich bei dieser Zahlung um eine Akontozahlung handle. Dies bestimme sich nach der Vereinbarung der Parteien. Die Beschwerdegegnerin, die eine Rückzahlung von den Beschwerdeführerinnen verlangt habe, müsse die Tatsachen beweisen, auf die sich ein solcher Rückforderungsanspruch abstütze; nicht die Beschwerdeführerinnen hätten zu beweisen, dass sie diesen Betrag nicht zurückerstatten müssten. Ein vertraglicher Rückzahlungsanspruch der Beschwerdegegnerin bestehe dann, wenn eine Akontozahlung vereinbart worden sei (der keine Forderung in entsprechender Höhe entgegenstehe - was von den Beschwerdeführerinnen zu beweisen wäre). Da die Beschwerdegegnerin ausgeführt habe, sie habe die Zahlung einzig aus Kulanz geleistet, falle eine irrtümlich oder unfreiwillig vorgenommene Zahlung und damit ein Anspruch aus ungerechtfertigter Bereicherung ausser Betracht (zit. Urteil 4A_125/2017 E. 7.3, nicht publ. in: <ref-ruling>).
7.1.2. Die Vorinstanz hielt fest, zunächst sei zu prüfen, ob es sich bei der Zahlung vom 2. Mai 2011 um eine Akontozahlung handle, wofür die Beschwerdegegnerin die Behauptungs- und Beweislast trage. Die Beschwerdegegnerin fordere den von ihr geleisteten Betrag in der Höhe von Fr. 216'000.-- (inkl. MWST) zurück und stelle diesen zur Verrechnung. Hierzu führe sie aus, es habe sich bei der Zahlung vom 2. Mai 2011 von Fr. 200'000.-- (exkl. MWST) um eine Akontozahlung gehandelt. Da ohnehin in diesem Zeitpunkt noch Akontozahlungen ausgestanden hätten, sei es für sie nicht von Bedeutung gewesen, unter welchem Titel die Zahlung erfolgt sei, da sie ohnehin als unpräjudiziell bezeichnet worden sei. Die Zahlung sei nicht gerechtfertigt gewesen und habe einzig auf Kulanz basiert. Eine Anerkennung der Schuld habe schon deshalb nicht erfolgen können, weil sie damals gar nicht im Besitz der notwendigen Unterlagen gewesen sei, welche eine Bauablaufstörung aufgezeigt hätten. Sie habe stets darauf beharrt, die Zahlung erfolge einzig, um die Zusammenarbeit nicht zu gefährden. Die Beschwerdeführerinnen brächten dagegen vor, bei der geleisteten Zahlung habe es sich um eine Abschlags- und nicht um eine Akontozahlung gehandelt. Die Rechnung sei als normale Rechnung und nicht als Akontorechnung gestellt worden.
Die Vorinstanz erwog, in den von F._ (damaliger zuständiger Projektleiter der Beschwerdeführerinnen) verfassten und von ihm unterzeichneten Schreiben vom 6. April 2011 stehe wörtlich: "Dafür, dass Sie sich bereit erklärt haben für unsere Mehrforderungen eine Akontozahlung in der Höhe von Fr. 200'000.-- zu leisten, bedanken wir uns (...) ". Und weiter "[d]ie Zahlung von Fr. 200'000.-- betrachten wir als Akontozahlung (...) ". Aus diesem Schreiben gehe unmissverständlich hervor, dass es sich nach der Meinung von F._ bei der Zahlung um eine Akontozahlung gehandelt habe. Dies habe er mit dem entsprechenden Schreiben gegenüber der Beschwerdegegnerin auch kundgetan. F._ habe als Hilfsperson für die Beschwerdeführerin 1 gehandelt. Die Beschwerdeführerinnen, welche dieser Auffassung nicht widersprochen hätten, müssten sich dies entgegenhalten lassen. Gründe, weshalb F._ von einer falschen Annahme ausgegangen sei, seien überhaupt nicht vorgebracht worden und auch nicht ersichtlich. Mithin sei von einem Konsens auszugehen, dass es sich um eine Akontozahlung gehandelt habe. Da es sich um eine Akontozahlung handle, sei der Rückforderungsanspruch betreffend der zu viel geleisteten Akontozahlung vertraglicher Natur. Da die Beschwerdeführerinnen auch nicht geltend machen würden, die Zahlung sei zur Begleichung einer konkreten anderen Schuld erfolgt, könne die Zahlung folglich zur Verrechnung gestellt werden.
7.1.3.
7.1.3.1. Die Beschwerdeführerinnen rügen, die Vorinstanz habe die von ihnen bereits in der Replik vorgebrachten Argumente und Beweismittel völlig unberücksichtigt gelassen.
7.1.3.2. Das Bundesgericht wies bereits im Rückweisungsentscheid daraufhin, die Parteien hätten zur Natur der Zahlung und ihrem Hintergrund Behauptungen aufgestellt und Beweismittel angerufen (zit. 4A_125/2017 E. 7.3, nicht publ. in: <ref-ruling>). Mit diesen Behauptungen und Beweismitteln setzt sich die Vorinstanz nicht auseinander. Die Beschwerdeführerinnen haben namentlich geltend gemacht, die Rechnung vom 23. März 2011 (act. 11/21) sei unter dem Titel "gestörter Bauablauf" fakturiert worden. Die Rechnung sei als normale Rechnung gestellt worden und Proteste durch die Beschwerdegegnerin seien nicht erfolgt. Die Argumente der Beschwerdegegnerin, sie habe die Rechnung "einzig aus Kulanz" bzw. "ohne Präjudiz" bezahlt, seien unzutreffend und weder in der Zahlungsanweisung (act. 11/20) noch im Mailverkehr (act. 11/22) belegt. Die Vorinstanz beschränkt sich in ihren Ausführungen auf das Schreiben vom 6. April 2011 von F._ (act. 11/5). Aus der Begründung der Vorinstanz ist nicht ersichtlich, ob sie sich mit den Behauptungen und Beweismitteln der Beschwerdeführerinnen überhaupt auseinandergesetzt hat, erst recht nicht wie sie diese gewürdigt hat. Damit fehlt es bereits an einer ausreichenden Begründung, welche den Beschwerdeführerinnen eine sachgerechte Anfechtung ermöglichen würde (vgl. <ref-ruling> E. 4.1 S. 88 mit Hinweisen). Jedenfalls wäre es willkürlich - ohne jegliche (antizipierte) Würdigung der übrigen Beweise - einzig auf das Schreiben von F._ (act. 11/5) abzustellen (vgl. <ref-ruling> E. 1b S. 30 mit Hinweisen).
7.1.4. Das angefochtene Urteil ist in diesem Punkt (Verrechnungsforderung) aufzuheben und zur neuen Begründung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
8.
Die Beschwerde ist demnach teilweise gutzuheissen und das vorinstanzliche Urteil ist bezüglich Ziffer 1 (soweit die Klage im Mehrbetrag abweisend), Ziffer 2 und Ziffer 3 aufzuheben. Die Sache ist zur neuen Beurteilung der noch offenen Mehrforderungen Nr. 8 sowie Nr. 15 zufolge Bestellungsänderungen bzw. besonderen Verhältnissen (siehe E. 5.3 und E. 5.5), sowie der zur Verrechnung gestellten Rückforderung von Fr. 216'000.-- (E. 7) an die Vorinstanz zurückzuweisen. Im Übrigen ist die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist.
Bei diesem Ausgang des Verfahrens rechtfertigt es sich, die Kosten den Beschwerdeführerinnen unter solidarischer Haftbarkeit zu 4/5 und der Beschwerdegegnerin zu 1/5 aufzuerlegen. Die Beschwerdeführerinnen haben der Beschwerdegegnerin unter solidarischer Haftbarkeit eine Parteientschädigung im Umfang von Fr. 16'800.-- zu bezahlen.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird teilweise gutgeheissen. Der angefochtene Entscheid wird bezüglich Ziffer 1 (soweit die Klage im Mehrbetrag abweisend), Ziffer 2 und Ziffer 3 aufgehoben und zur neuen Entscheidung an die Vorinstanz zurückgewiesen. Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 19'000.-- werden unter solidarischer Haftbarkeit zu Fr. 15'200.-- den Beschwerdeführerinnen und zu Fr. 3'800.-- der Beschwerdegegnerin auferlegt.
3.
Die Beschwerdeführerinnen haben die Beschwerdegegnerin unter solidarischer Haftbarkeit für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 16'800.-- zu entschädigen.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Handelsgericht des Kantons Zürich schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 20. März 2019
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Kiss
Der Gerichtsschreiber: Gross