Fatti:
A.
Il 15 ottobre 2014 le ditte F._ SA, E._ SA e H._, al quale è subentrato la G._ Sagl, hanno chiesto al Municipio di Stabio il permesso per costruire tre palazzine residenziali, composte da un piano interrato e da quattro piani fuori terra, ubicate su tre fondi contermini di un comparto disciplinato dal piano particolareggiato Falcette (PPF), site in un settore di protezione delle acque sotterranee (Au). Al piano interrato è prevista anche un'autorimessa con 48 posteggi, che unisce i tre stabili. I fondi figurano nell'Inventario degli insediamenti svizzeri da proteggere d'importanza nazionale (ISOS).
B.
Alla domanda si sono opposti A.A._, C._ e D._, proprietari di fondi confinanti o vicini, nonché B.A._, titolare di un diritto di abitazione. Il 5 maggio 2015 gli istanti hanno inoltrato una variante riduttiva concernente la sistemazione esterna, che non è stata oggetto di alcuna formalità. Raccolto l'avviso favorevole dei Servizi generali del Dipartimento del territorio e respinte le opposizioni, il 29 maggio 2015 il Municipio ha rilasciato la licenza edilizia a determinate condizioni e a titolo di precario riguardo a certe opere site nell'area interessata dal nuovo piano viario. Con decisione del 22 marzo 2016 il Consiglio di Stato ha respinto i ricorsi inoltrati dai vicini. Adito da questi ultimi, con giudizio del 7 settembre 2017 il Tribunale cantonale amministrativo ne ha respinto il ricorso ai sensi dei considerandi, ritenendo, segnatamente riguardo alla protezione delle acque sotterranee, che se del caso spetta ai beneficiari della licenza edilizia effettuare ulteriori approfondimenti, richiedendo all'occorrenza, prima dell'inizio dei lavori, l'autorizzazione di natura temporanea, fornendo all'autorità le necessarie informazioni.
C.
Avverso questa decisione i vicini presentano un ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale. Chiedono, concesso al gravame l'effetto sospensivo, di annullare la decisione impugnata, nonché quella governativa e municipale; in via subordinata postulano di rinviare gli atti alla Corte cantonale per nuovo giudizio dopo aver esperito ulteriori accertamenti.
Il Consiglio di Stato e il Municipio si rimettono al giudizio del Tribunale federale, l'Ufficio delle domande di costruzione propone di respingere il ricorso, adducendo che le lacune segnalate dai ricorrenti sarebbero state sanate dinanzi alla Corte cantonale. Quest'ultima rileva che se i ricorrenti avessero fornito prima un documento prodotto solo dinanzi al Tribunale federale, avrebbe deciso diversamente, rimettendosi quindi al giudizio del Tribunale federale. Le opponenti concludono per la reiezione del gravame.
Con decreto presidenziale del 14 novembre 2017 al ricorso è stato conferito effetto sospensivo.

Diritto:
1.
1.1. L'ammissibilità del ricorso sotto il profilo degli art. 82 lett. a, 86 cpv. 1 lett. d e 100 cpv. 1 LTF è pacifica. La legittimazione dei ricorrenti quali vicini è data (<ref-ruling> consid. 2.1 pag. 52 e rinvii), a maggior ragione visto che potrebbero essere interessati da un eventuale abbassamento della falda durante l'esecuzione dei lavori.
1.2. Secondo l'art. 42 cpv. 1 e 2 LTF, il gravame dev'essere motivato in modo sufficiente, spiegando nei motivi perché l'atto impugnato viola il diritto. Il Tribunale federale esamina in linea di principio solo le censure sollevate (<ref-ruling> consid. 1.7.1 pag. 106). Quando i ricorrenti, come in concreto, invocano la violazione di diritti costituzionali, nonché l'arbitrio nell'accertamento dei fatti e nella valutazione delle prove, poiché ciò equivale a sostenere che i fatti sono stati accertati in violazione dell'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 2.4 pag. 313), il Tribunale federale, in applicazione dell'<ref-law>, esamina le censure soltanto se siano state esplicitamente sollevate e motivate in modo chiaro e preciso (<ref-ruling> consid. 1.2.2 pag. 286). Di massima, esso non è tenuto a esaminare, come un'autorità di prima istanza, tutte le questioni giuridiche che si pongono, se queste non sono sollevate dinanzi ad esso (<ref-ruling> consid. 1.3 pag. 380; <ref-ruling> consid. 2.3 pag. 24).
1.3. Il Tribunale federale fonda il suo ragionamento giuridico sui fatti accertati dall'autorità inferiore (<ref-law>). Esso può scostarsene solo se tale accertamento è stato eseguito in violazione del diritto ai sensi dell'<ref-law> o in modo manifestamente inesatto, ovvero arbitrario (<ref-ruling> consid. 4.2 pag. 560; sulla nozione di arbitrio vedi <ref-ruling> consid. 2.2 pag. 72). Come si vedrà, nella fattispecie i ricorrenti dimostrano che i fatti posti a fondamento dell'impugnato giudizio sono stati accertati in modo manifestamente inesatto, per cui non sono vincolanti per il Tribunale federale (<ref-ruling> consid. 4.2 pag. 12; <ref-ruling> consid. 1.2 pag. 187).
2.
2.1. I giudici cantonali hanno dapprima respinto la censura secondo cui il piano regolatore e il PPF, risalenti al 2002 rispettivamente al 1997, sarebbero superati, poiché, sebbene la normativa cantonale ne preveda la verifica ogni dieci anni, ciò non implica che decorso tale termine il piano non sarebbe più applicabile. Hanno ritenuto che in concreto non sono ravvisabili eccezioni che permetterebbero di criticare la legittimità del piano, non solo al momento della sua adozione ma anche nel quadro del rilascio della licenza edilizia. I ricorrenti, disattendendo il loro obbligo di motivazione (<ref-law>), non si confrontano con questi argomenti, decisivi e corretti (vedi, oltre alla dottrina e prassi citata, sentenza 1C_326/2016 del 7 dicembre 2017 consid. 5.1 e riferimenti, destinata a pubblicazione; <ref-ruling> consid. 2 e 3).
2.2. Né essi, adducendo in maniera del tutto generica e appellatoria che il contestato progetto non promuoverebbe né valorizzerebbe la qualità d'insieme del paesaggio, anzi deturperebbe la collina di San Rocco, dimostrano l'arbitrarietà del preteso mancato rispetto della clausola estetica positiva prevista dall'art. 94 cpv. 2 (recte: 104 cpv. 2) della legge ticinese sullo sviluppo territoriale del 21 giugno 2011 (LST), per il quale le costruzioni devono inserirsi nel paesaggio in maniera ordinata e armoniosa. Essi non dimostrano che nella fattispecie si sarebbe in presenza di un caso estremo giustificante un'eccezione al principio, ritenuto dai giudici cantonali, secondo cui il progetto dev'essere approvato perché rispetta le prescrizioni della zona, rilevato pure che l'inserimento dei fondi nell'ISOS non ha di massima una portata diretta nel contesto dell'esame di una domanda di costruzione (cfr. <ref-ruling> consid. 2.1 pag. 212 seg.; LORENZO ANASTASI/DAVIDE SOCCHI, La protezione del patrimonio costruito, con particolare riferimento all'inventario ISOS, in: RtiD I-2013 pag.327 segg., 350 seg. e 359).
3.
3.1. La Corte cantonale ha confermato il criticato rilascio di una deroga da parte del Municipio riguardo alla linea di arretramento dell'autorimessa interrata, ritenendo l'eccezionalità della presenza della falda freatica in combinazione con le ulteriori limitazioni imposte dai parametri edificatori per l'edificazione dei fondi, in particolare con le linee di allineamento e di arretramento.
3.2. Riguardo alla falda freatica, occorre rilevare che l'art. 19 della Legge federale del 24 gennaio 1991 sulla protezione delle acque (LPAc; RS 814.20) impone ai Cantoni di delimitare i settori di protezione delle acque a seconda dei pericoli che minacciano quelle superficiali e sotterranee, ritenuto che le prescrizioni necessarie sono emanate dal Consiglio federale (cpv. 1). I Cantoni designano i settori particolarmente minacciati, descritti nell'allegato 4 numero 111, tra i quali rientra il settore di protezione Au per la tutela delle acque sotterranee utilizzabili (art. 29 cpv. 1 lett. a dell'Ordinanza del 28 ottobre 1998 sulla protezione delle acque, OPAc; RS 814.201), che comprende da un lato le acque sotterranee utilizzabili in quanto tali, cioè quelle presenti in quantità tale che possa entrare in linea di conto un loro sfruttamento e che rispettino, eventualmente dopo l'impiego di metodi semplici di preparazione, le esigenze della legislazione sulle derrate alimentari in materia di acqua potabile e, dall'altro, la zona limitrofa necessaria alla loro protezione. La costruzione e la modificazione di edifici e impianti, come pure l'esecuzione di lavori di scavo, di sterro e simili nei settori particolarmente minacciati necessitano quindi, qualora costituiscano un potenziale pericolo per le acque, di un'autorizzazione cantonale (<ref-law>). Secondo l'<ref-law>, quest'ultima è in particolare necessaria per le costruzioni sotterranee, gli impianti che danneggiano gli strati di copertura o il sostrato impermeabile, le utilizzazioni di acque sotterranee (comprese quelle per scopi di riscaldamento o di raffreddamento), i drenaggi e le irrigazioni permanenti, gli scoprimenti della falda freatica e le perforazioni (lett. a-g).
3.3. La Corte cantonale a ragione ha rilevato che anche l'abbassamento temporaneo delle acque sotterranee durante la fase di cantiere è sottoposto ad autorizzazione. Ha ricordato che chi costruisce o modifica impianti in settori particolarmente minacciati deve adottare le misure di protezione delle acque imposte dalle circostanze, in particolare quelle di cui all'allegato 4 numero 2 (<ref-law>) e che spetta al richiedente dimostrare che le esigenze relative a tale tutela sono soddisfatte, presentando la necessaria documentazione, all'occorrenza munita di indagini idrogeologiche (<ref-law>). L'autorità accorda l'autorizzazione se con l'imposizione di oneri e condizioni é possibile garantire una sufficiente protezione delle acque (art. 32 cpv. 4 OPac). Secondo la cifra 211 cpv. 2 dell'allegato 4 OPAc, nel settore dl protezione delle acque Au non è permessa la costruzione di impianti situati al di sotto del livello medio della falda freatica: l'autorità può concedere deroghe nella misura in cui la capacità di deflusso delle acque sotterranee è ridotta del 10 % al massimo rispetto allo stato naturale, norma che concreta l'<ref-law>, secondo cui le costruzioni non devono ridurre in modo considerevole e permanente la capacità della falda e Io scorrimento delle acque sotterranee sfruttabili.
Ne ha dedotto che non tutti gli edifici e gli impianti siti in un settore particolarmente minacciato - quale è il settore di protezione Au - sono soggetti a un'autorizzazione cantonale ai sensi dell'<ref-law>, ma solo gli interventi che presentano un potenziale pericolo. Richiamando l'<ref-law>, ha stabilito che ai fini dell'obbligo di autorizzazione non è decisiva la natura dell'opera (sotterranea o meno), ma piuttosto la questione di sapere se per importanza e profondità essa rappresenti un rischio per gli strati di copertura della falda o, più in generale, delle acque sotterranee, per cui occorre valutare anche il livello della falda giusta la cifra 211 cpv. 2 dell'allegato 4 OPAc.
Ha poi rilevato che l'art. 1 cpv. 1 della legge ticinese del 10 ottobre 2005 sul coordinamento delle procedure (Lcoord) disciplina i casi in cui la costruzione o la trasformazione di un edificio o di un impianto necessiti decisioni di più autorità. Tra le decisioni che vanno coordinate con il permesso di costruzione, la cui procedura di rilascio funge da procedura direttrice (art. 3 cpv. 3 Lcoord), figura l'autorizzazione ai sensi dell'art. 19 cpv. 2 LPac.
Ha rilevato che per il progetto edilizio litigioso, essendo previsto in un settore di protezione delle acque sotterranee Au, spettava agli istanti in licenza dimostrare che le esigenze relative alla protezione delle acque erano soddisfatte, presentando la necessaria documentazione (<ref-law>). Incombeva d'altra parte all'autorità cantonale competente verificare la compatibilità delle progettate costruzioni con il settore di protezione e decidere se vi fossero gli estremi per esentarle da un'autorizzazione ai sensi dell'art. 19 cpv. 2 LPac o autorizzarle, se del caso imponendo oneri e condizioni suscettibili di garantire una sufficiente protezione delle acque (art. 32 cpv. 4 LPac). Ha ritenuto, rettamente, che entrambi hanno disatteso i rispettivi compiti, poiché da un lato gli atti annessi alla domanda di costruzione sono silenti su questo aspetto e dall'altro il Dipartimento si è limitato a preavvisare favorevolmente il concetto di smaltimento delle acque e a dare indicazioni sul trattamento di quelle derivanti dall'attività di cantiere. Ne ha concluso, a ragione, che nessuna verifica è stata effettuata prima del rilascio della licenza edilizia, concessa sulla base di una documentazione e di un avviso cantonale lacunosi.
3.4. In maniera difficilmente comprensibile, la Corte cantonale non ha però rinviato la causa alle autorità precedenti allo scopo di completare o acquisire agli atti la documentazione mancante. Ha osservato che dinanzi al Governo gli istanti hanno inoltrato una valutazione geologica e idrogeologica del sito (perizia CGA), che tuttavia non trattava tanto questioni riconducibili alla protezione delle acque, ma la deroga inerente al parziale sconfinamento dell'autorimessa nell'area libera da costruzioni. Da questo studio risulta che si è in presenza di acqua di falda, con quantitativi importanti, a partire da 3.9 m circa dall'attuale piano destinato a campagna nella zona centrale del progetto, rilevando che la quota della falda potrebbe nondimeno subire ampie escursioni. Lo studio indica che il valore medio di soggiacenza della falda sia da stimarsi tra -3.5 e -5 m dall'attuale livello del terreno naturale, per cui lo scavo di un solo piano interrato fino a -2.5 m potrebbe non interessarla, non rendendo pertanto necessaria la progettazione di un sistema di abbassamento artificiale della stessa o la realizzazione di pali che andrebbero a interferire con le acque di falda o creare interazioni con quelle termali, pure presenti nel sottosuolo. Valutata l'ampia escursione di quota registrata in un pozzo vicino, dovrebbero comunque essere previsti eventuali sistemi temporanei di emungimento.
I giudici cantonali hanno poi chiesto alla Sezione della protezione dell'aria, dell'acqua e del suolo (SPAAS) e per essa all'Ufficio della protezione delle acque e dell'approvvigionamento idrico (UPAAI) di determinarsi sulla citata perizia. In un primo tempo I'UPAAI si è limitato a segnalare l'esigenza di integrarla con approfondimenti supplementari, da presentare per approvazione prima dell'inizio dei lavori. Tale onere era da inserire nelle condizioni della licenza edilizia, soluzione accettata dai beneficiari della stessa ma avversata dai vicini, per i quali gli approfondimenti dovevano essere presentati prima del rilascio della licenza. Invitato a fornire ulteriori precisazioni, I'UPAAI ha osservato che tra il livello massimo della falda e la quota della campagna vi sono 4.6 m di differenza, mentre la distanza dal livello medio della falda raggiunge 13.1 m. Ha precisato che, secondo la prassi, non è necessaria un'autorizzazione cantonale se Io scavo si situa al di sopra della quota massima della falda. Se per contro essa va al di sotto, sussiste la probabilità concreta che in caso di forti precipitazioni la falda possa essere scoperta: in tal caso è necessaria un'autorizzazione per procedere al suo abbassamento temporaneo, misura di natura esecutiva legata allo scavo, imponendosi di esaminare la possibilità di concedere un'autorizzazione in deroga secondo la cifra 211 cpv. 2 dell'allegato 4 OPAc. Rilevato che secondo i piani la platea del piano interrato sarebbe situata a -3.2 m di profondità, I'UPAAI ha indicato che, anche tenuto conto di un margine di tolleranza di 1 m per le opere di scavo, si arriverebbe a -4.2 m di profondità, ovvero a una quota (= 348.8 mslm) di poco superiore al livello massimo della falda (= 348.4 mslm), per cui non sarebbe necessaria un'autorizzazione cantonale. L'UPAAI ha spiegato che in quest'area vi è tuttavia un secondo circuito idrogeologico, legato alle sorgenti che alimentano le terme di Stabio, che potrebbe dar luogo, in caso di interazione con l'acquifero del Laveggio (primo circuito), a fenomeni artesiani (falda in pressione). Sarebbe pertanto opportuno prima dell'inizio dei lavori effettuare ulteriori approfondimenti.
3.5. La Corte cantonale ha osservato che sulla base di questi dati la distanza tra il piano della campagna e il livello massimo della falda sarebbe pari a 4.6 m, dato compatibile con quello della citata perizia, secondo la quale il valore medio di soggiacenza della falda si situerebbe tra -3.5 e -5 m da quel piano. La distanza dal livello medio della falda è invece di 13.1 m, mentre nel punto di maggiore profondità la platea del piano interrato raggiunge -3.2 m dal piano della campagna, situandosi quindi, come afferma anche l'UPAAI, con un "buon margine (+ 1.4 m) " al di sopra del livello massimo della falda. Ha quindi ritenuto che il progetto litigioso non costituirebbe un pericolo potenziale per le acque sotterranee e non necessiterebbe di un'autorizzazione cantonale. Ha considerato che né sarebbero necessarie misurazioni o valutazioni della percentuale di ostacolo al deflusso della falda né un'autorizzazione per il suo temporaneo abbassamento, considerato che si tratterebbe di autorizzare un provvedimento concernente la fase esecutiva (cantiere), che esulerebbe dalla procedura di coordinamento e di rilascio della licenza edilizia: non occorrerebbe quindi chiedere agli istanti d'integrare la domanda di costruzione con ulteriori studi idrogeologici. Riprendendo le suggestioni delI'UPAAI, ha nondimeno precisato che spetta loro effettuare gli opportuni approfondimenti e richiedere, semmai prima dell'inizio dei lavori, l'autorizzazione di natura temporanea fornendo all'autorità competente tutte le informazioni necessarie.
3.6. I ricorrenti adducono che le misurazioni dell'UPAAI sarebbero state effettuate non sui fondi litigiosi, ma nelle loro vicinanze. Si tratterebbe inoltre di calcoli manifestamente imprecisi, ripresi tali e quali dalla Corte cantonale che si fonda sulla quota del piano della campagna di 353,0 mslm e non su quella corrispondente al punto +/- 0.00 del progetto, che neppure è indicata; questione sulla quale non si è espressa. Tale quota corrisponderebbe invero a 349.072 mslm, per cui gli scavi raggiungerebbero quella di circa 345.8 mslm e verrebbe a situarsi a quella dell'autorimessa a circa 346.8 mslm, quindi al di sotto della quota massima della falda di 348.4 mslm. Essi richiamano poi alcuni stralci della perizia CGA, che al loro dire dimostrerebbero l'infondatezza delle conclusioni della Corte cantonale.
Adducono che la sentenza impugnata violerebbe gli <ref-law> e 32 cpv. 2 OPac, perché le costruzioni litigiose dovrebbero essere subordinate al preliminare ottenimento dell'autorizzazione cantonale. Aggiungono che, in ogni modo, la licenza edilizia è sprovvista di precisi oneri e condizioni concernenti la protezione delle acque sotterranee, soprattutto per l'evenienza in cui durante le operazioni di scavo vi fossero contatti con la falda, che presenta ampie escursioni di quote. Occorrerebbe pertanto programmare previamente misure di controllo e di intervento. Gli approfondimenti richiesti dall'UPAAI dovrebbero essere approvati e attuati prima dell'inizio dei lavori, inserendo questo onere nelle condizioni della licenza edilizia. Ritengono poi arbitraria anche la tesi secondo cui l'autorizzazione per l'abbassamento temporaneo della falda sarebbe una misura esecutiva. Queste censure adempiono le esigenze di motivazione (<ref-law>), ritenuto che il quesito di sapere se le opponenti hanno fornito la dimostrazione di cui all'<ref-law> costituisce una questione di diritto (sentenza 1C_482/2012 del 14 maggio 2014 consid. 2.5, in: RDAF 2015 pag. 370).
3.7. Nella risposta le opponenti rilevano che il progetto edilizio è già stato oggetto di una precedente procedura (sentenza 52.2013.481 del 26 marzo 2015 del Tribunale cantonale amministrativo), nell'ambito della quale i vicini non avrebbero sollevato la questione della falda.
Questo rilievo, come pure la critica che anche nel corso della procedura in esame essi non l'hanno addotta con l'opposizione, ma soltanto dinanzi alle autorità di ricorso, sono privi di fondamento, rilevato che il diritto cantonale prevede espressamente che nei ricorsi al Consiglio di Stato e al Tribunale cantonale amministrativo si possono addurre fatti nuovi e proporre nuovi mezzi di prova (art. 70 cpv. 2 della Legge ticinese sulla procedura amministrativa del 24 settembre 2013, LPAmm). Le opponenti, accennando al loro obbligo di effettuare i necessari approfondimenti (sulla responsabilità dei proprietari di fondi giusta l'<ref-law> per inondazioni consecutive a una risalita della falda freatica vedi <ref-ruling>), disattendono pure che, come rettamente ritenuto nella decisione impugnata, spettava loro e non ai vicini (e neppure alla Corte cantonale) assolvere l'onere della prova producendo un incarto completo, comprensivo delle necessarie indagini idrogeologiche, a sostegno della domanda di costruzione (vedi <ref-law>). Devono di conseguenza assumersi le conseguenze della loro inadempienza e le lungaggini procedurali che ne sono derivate.
Riguardo alla questione, da chiarire ulteriormente, della quota +/- 0.00 del progetto, gli istanti in licenza si limitano ad addurre, senza precisare oltre tale assunto, ch'essa risulterebbe dagli atti e che si tratterebbe di una elucubrazione dei ricorrenti, pur riconoscendo che la situazione morfologica dei fondi oggetto della perizia CGA è diversa dalla loro, rilevando semplicemente che dovrebbero essere valutati i valori medi e non esasperati quelli massimi, non essendo certo che si renderebbe necessario un abbassamento della falda.
Con questi accenni chiaramente non dimostrano che si sarebbe in presenza di un accertamento dei fatti completo e non arbitrario. In effetti, nelle osservazioni del 28 luglio 2017 inoltrate alla Corte cantonale, la SPAAS precisa che ad eccezione del dato concernente la quota della campagna, i valori massimi e medi indicati sono frutto di interpolazioni ottenute a partire da misurazioni effettuate su sondaggi e piezometri situati nelle vicinanze: l'errore associatovi può raggiungere 1.5 m, sebbene ragionevolmente si potrebbe ritenere ch'essi "in prima approssimazione" siano affidabili. Rilevato che la presenza delle sorgenti che alimentano le terme di Stabio, ossia di acque la cui presenza è irregolare e non facilmente prevedibile, essa ritiene nondimeno opportuno effettuare i necessari approfondimenti prima dell'inizio dei lavori.
3.8. Certo, il documento C relativo al protocollo punti fissi e al calcolo della quota +/- 00, prodotto dai ricorrenti solo dinanzi al Tribunale federale, costituisce di massima un inammissibile nuovo mezzo di prova (<ref-law>; DTF <ref-ruling> consid. 1.2 pag. 23; <ref-ruling> consid. 7.2; <ref-ruling> consid. 2.1 e 2.2 pag. 343 seg.), ciò che vale anche per le perizie concernente i fatti (<ref-ruling> consid. 2.3 pag. 220; <ref-ruling> consid. 4.2 pag. 235; sul valore di perizie di parte cfr. <ref-ruling> consid. 6.2 pag. 373). La questione non dev'essere comunque esaminata oltre, come neppure quella inerente alle osservazioni della Corte cantonale, secondo cui se tale documento fosse stato presentato prima, non essendoci motivi per dubitare della correttezza dei dati del geometra, essa verosimilmente avrebbe deciso diversamente e possibilmente concluso che la platea del piano interrato si situerebbe al di sotto del livello massimo della falda indicato dall'UPAAI imponendo l'ottenimento di un'autorizzazione ai sensi dell'<ref-law> e quella per l'abbassamento temporaneo della falda durante lo scavo.
Il diritto federale deve infatti essere applicato d'ufficio, ciò che può avvenire soltanto sulla base di un accertamento dei fatti certo, esatto e completo. Non spetta chiaramente al Tribunale federale, né spettava alla Corte cantonale, rettificarli e completarli d'ufficio, ciò che potrebbe comportare l'imposizione di ulteriori condizioni nel permesso di costruzione o addirittura modifiche del progetto edilizio e non solo l'eventuale ottenimento dell'autorizzazione litigiosa, questioni sulle quali se del caso dovrebbero potersi esprimere anche altri vicini. Considerata l'ampiezza del progetto, che prevede la realizzazione di un'autorimessa interrata con 48 posteggi in un settore di protezione delle acque sotterranee, l'autorizzazione dev'essere richiesta prima dell'inizio dei lavori, poiché la loro sorveglianza e il modo concreto di procedere devono essere previamente fissati, anche considerato che si può essere in presenza di un compito della Confederazione (sentenza 1C_482/2012, citata, consid. 2.7 e 3.5) e non di meri lavori esecutivi di cantiere, come a torto ritenuto dalla Corte cantonale. Al riguardo giova ricordare che neppure a quest'ultima è permesso modificare direttamente un progetto edilizio su aspetti significativi, in particolare riguardo alla concessione di eventuali deroghe (sentenze 1C_338/2015 del 4 maggio 2016 consid. 3 e 4, in: RtiD I-2017 n. 14 pag. 105, 1C_207/2010 del 21 aprile 2011 consid. 4.3 e 5, in: RtiD II-2011 n. 13 pag. 59 e 1C_118/2008 del 5 settembre 2008 consid. 3.3). Vista l'incompletezza della documentazione necessaria, che avrebbe dovuta essere prodotta dalle opponenti (<ref-law>), in questo stadio della procedura non occorre invitare l'Ufficio federale dell'ambiente a esprimersi sulla problematica, per nulla chiara, della protezione delle acque sotterranee.
4.
4.1.
Il ricorso, in quanto ammissibile, dev'essere pertanto accolto. La sentenza impugnata è annullata e la causa rinviata al Tribunale cantonale amministrativo per nuovo giudizio.
4.2. Le spese giudiziarie di fr. 3'000.-- sono poste a carico delle opponenti (<ref-law>). Non si attribuiscono ripetibili ai ricorrenti, che non si sono avvalsi dell'assistenza di un legale e non hanno richiesto, né dimostrato la sussistenza di circostanze particolari che giustificherebbero d'accordare loro un'indennità per ulteriori spese necessarie causate dalla procedura (<ref-law> e art. 1 e 11 del regolamento del 31 marzo 2006 sulle spese ripetibili accordate alla parte vincente e sull'indennità per il patrocinio d'ufficio nelle procedure davanti al Tribunale federale, RS 173.110.210.3).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1.
Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è accolto e la sentenza del 7 settembre 2017 del Tribunale cantonale amministrativo è annullata. La causa è rinviata alla Corte cantonale per un nuovo giudizio.
2.
Le spese giudiziarie di fr. 3'000.-- sono poste a carico delle opponenti. Non si attribuiscono ripetibili della sede federale.
3.
Comunicazione ai patrocinatori rispettivamente al rappresentante delle parti, al Municipio di Stabio, al Dipartimento del territorio, Ufficio delle domande di costruzione, al Consiglio di Stato e al Tribunale amministrativo del Cantone Ticino.