Sachverhalt:
A.
A.a. Am 19. März 2007 verurteilte das Obergericht des Kantons Zürich X._ wegen mehrfachen versuchten Mordes und weiterer Straftaten zu 12 Jahren Freiheitsstrafe (unter Anrechnung der ausgestandenen Untersuchungshaft und des vorzeitigen Strafvollzugs) sowie zu Fr. 500.-- Busse. Dem Schuldspruch lag im Wesentlichen zugrunde, dass X._ am 3. September 2005 mit seinem Sturmgewehr zahlreiche Schüsse aus seinem Zimmer durch die Fenster der gegenüberliegenden Liegenschaft abgegeben hatte. Er verletzte eine Person durch Projektilsplitter lebensgefährlich und eine weitere Person nicht lebensgefährlich.
Das Obergericht hatte eine Verwahrung gemäss aArt. 43 Ziff. 1 Abs. 2 StGB gestützt auf ein psychiatrisches Gutachten von Dr. med. A._ vom 21. Juni 2006 geprüft und war dabei zum Schluss gekommen, X._ wohne eine gewisse Gefährlichkeit inne. Es könne aber nicht gesagt werden, dass es sich bei ihm um einen hochgefährlichen Täter handle, der keiner Behandlung zugänglich sei. Auch wenn letztlich ein deutlich erhöhtes Rückfallrisiko anzunehmen sei, rechtfertige sich seine Verwahrung als Ersttäter nicht.
A.b. Das Bundesgericht wies die von der Staatsanwaltschaft erhobene Beschwerde in Strafsachen ab, mit welcher diese eventualiter die Verwahrung (oder eine ambulante Massnahme) beantragt hatte (Urteil 6B_347/2007 vom 29. November 2007, publ. in <ref-ruling>).
Es erwog, der revidierte Allgemeine Teil des StGB sei am 1. Januar 2007 in Kraft getreten. Ziff. 2 Abs. 1 der Schlussbestimmung sehe die rückwirkende Anwendung des neuen Massnahmenrechts für verurteilte wie für noch nicht beurteilte Täter vor. Die nachträgliche Anordnung der Verwahrung nach <ref-law> sei aber gemäss Ziff. 2 Abs. 1 lit. a der Schlussbestimmung nur zulässig, wenn die Verwahrung auch gemäss aArt. 42 oder 43 Ziff. 1 Abs. 2 StGB möglich gewesen wäre (<ref-ruling> E. 3.1 S. 124). Das Rückwirkungsverbot erlange für die Verwahrung Gültigkeit (<ref-ruling> E. 3.3.3 S. 129). Das (anzuwendende) neue Recht erweise sich aber weder hinsichtlich der Anordnung noch der Entlassung als strenger als das alte Recht. Damit stehe Ziff. 2 Abs. 1 der Schlussbestimmungen nicht im Widerspruch zu Art. 7 Abs. 1 EMRK und Art. 15 Abs. 1 UNO-Pakt II. Der Verzicht auf die Verwahrung sei indes auch gemäss <ref-law> nicht zu beanstanden (<ref-ruling> E. 3.4.4 S. 131).
B.
Am 13. Dezember 2017 ersuchte die Staatsanwaltschaft IV beim Obergericht um nachträgliche Anordnung der Verwahrung nach <ref-law> und beantragte die Anordnung von Sicherheitshaft (<ref-law>) bis zum Vorliegen des rechtskräftigen Entscheids (Ende des Strafvollzugs am 17. Dezember 2017). Das Obergericht wies den Antrag auf Sicherheitshaft mit Präsidialverfügung am 15. Dezember 2017 ab.
Das Bundesgericht hob auf Beschwerde der Staatsanwaltschaft die Präsidialverfügung auf und wies die Sache zur Anordnung von Sicherheitshaft zurück (Urteil 1B_548/2017 vom 29. Januar 2018 E. 3.1). Mit Präsidialverfügung vom 30. Januar 2018 wurde X._ in Sicherheitshaft versetzt. Er wurde am 1. Februar 2018 inhaftiert.
Am 6. Juni 2018 hiess das Obergericht des Kantons Zürich das Gesuch um nachträgliche Anordnung der Verwahrung vom 13. Dezember 2017 gut, hob das Strafurteil vom 19. März 2007 auf und wies die Sache im Sinne der Erwägungen zur neuen Behandlung und Beurteilung an das Bezirksgericht Hinwil.
C.
X._ beantragt mit Beschwerde in Strafsachen, die Eingabe als Beschwerde in Strafsachen entgegenzunehmen (Ziff. 1), den vorinstanzlichen Beschluss aufzuheben, das Gesuch um nachträgliche Verwahrung (Revision) abzuweisen, eventualiter die Sache zur Vervollständigung der Sachverhaltsabklärung und weiteren Beweiserhebung zurückzuweisen und die Vorinstanz anzuweisen, die Sache gestützt auf das Revisionsrecht nach <ref-law> zu behandeln, ihn per sofort aus der Sicherheitshaft zu entlassen, ihm pro Hafttag seit dem 1. Februar 2018 bis zum Entscheiddatum eine Genugtuung von Fr. 300.-- (zzgl. Zins) zuzusprechen sowie eventualiter ihm die unentgeltliche Rechtspflege (und Verbeiständung) zu bewilligen.

Erwägungen:
1.
1.1. Der Beschwerdeführer beantragt, das eingereichte Rechtsmittel als Beschwerde in Strafsachen entgegenzunehmen, eventualiter als altrechtliche eidgenössische Nichtigkeitsbeschwerde und subeventualiter als subsidiäre staatsrechtliche Beschwerde (Ziff. 1; oben Bst. C). Aus anwaltlicher Vorsicht werde eine altrechtliche kantonale Nichtigkeitsbeschwerde eingereicht mit dem Antrag auf Sistierung bis zum bundesgerichtlichen Entscheid (Beschwerde S. 8). Nach dem Zustellungsschreiben des Obergerichts an das Bundesgericht vom 18. Juli 2018 ist bei der I. Strafkammer des Obergerichts eine kantonale Nichtigkeitsbeschwerde hängig. Das Vorgehen ist durch die vorinstanzlichen Erwägungen bedingt.
1.2. Die Vorinstanz nimmt an, <ref-law> sei anwendbar. Sie bezieht sich dazu auf <ref-ruling> (oben Bst. A.b; Beschluss S. 5). Gemäss <ref-law> sei übergangsrechtlich für die Anwendbarkeit des alten oder neuen Prozessrechts das erstinstanzliche Entscheiddatum ausschlaggebend (<ref-ruling> E. 1.1 S. 221). Daher müsse die aStPO/ZH und das Gerichtsverfassungsgesetz (GVG/ZH) zur Anwendung gelangen (Beschluss S. 6).
Die Vorinstanz prüft die Sachfrage im Bewilligungsverfahren gestützt auf das als neues Beweismittel eingereichte psychiatrische Gutachten von Dr. med. B._ vom 4. Mai 2015 (Beschluss S. 8). Die darin belegten neuen Tatsachen seien geeignet, eine Verwahrung zu begründen (Beschluss S. 26). Sie habe die Sach- und Beweislage nicht abschliessend zu klären (Beschluss S. 7).
Die Vorinstanz kommt zum Ergebnis, da die Revisionsgründe gemäss <ref-law> gegeben seien, sei das Revisionsgesuch gutzuheissen. Für die Revision zu Ungunsten des Betroffenen sehe § 448 aStPO/ZH eine Rückweisung an die Staatsanwaltschaft vor. Davon sei abzusehen und <ref-law> anzuwenden (Urteil 6B_41/2012 vom 28. Juni 2012 E. 1.1). Die Aktenlage erlaube keinen sofortigen Entscheid. Es werde noch eingehender abzuklären sein, ob und inwieweit die Voraussetzungen für eine Verwahrung erfüllt seien. Das Sachurteil sei von der I. Strafkammer des Obergerichts mit geschworenengerichtlicher Kompetenz und als erste Instanz gefällt worden. Diese Behörde sei mit Inkrafttreten der StPO abgeschafft worden. Daher sei die Sache gemäss <ref-law> an das örtlich zuständige Bezirksgericht zurückzuweisen (Beschluss S. 27 f.).
1.3. <ref-law> normiert einen bundesrechtlichen Revisionsgrund und verweist für die Zuständigkeit und das Verfahren auf die Regeln, die für die Wiederaufnahme gelten, und damit im Zeitpunkt der Inkraftsetzung auf das damalige kantonale Verfahrensrecht.
Die StPO trat am 1. Januar 2011 in Kraft und war mithin bei Erlass von <ref-law> nicht in Kraft. <ref-law> wurde auf den 1. Januar 2007 in Kraft gesetzt (AS 2006 3544) und ist inzwischen nicht an die StPO angepasst worden; es werden weder die Revision im Sinne von <ref-law> noch die Art. 363-365 StPO in <ref-law> genannt (Urteil 1B_548/2017 vom 29. Januar 2018 E. 1.1). <ref-law> verweist nicht auf <ref-law>, der die Kantone verpflichtet, wegen erheblicher Tatsachen oder Beweismittel, die dem Gericht zur Zeit des früheren Verfahrens nicht bekannt waren, die Wiederaufnahme des Verfahrens zu Gunsten des Verurteilten zu gestatten. Die StPO gestattet die Revision in melius vel peius (<ref-law>; Urteil 6B_41/2012 vom 28. Juni 2012 E. 1.1).
Die Botschaft zur Änderung des Strafgesetzbuches [...] vom 29. Juni 2005 (BBl 2005 4689) bezeichnet die nachträgliche Verwahrung nach dem Wortlaut von <ref-law> als "Revision zu Ungunsten des Verurteilten" und betrachtet sie unter zwei Voraussetzungen als zulässig: Es sei erstens eine gesetzliche Grundlage notwendig, welche die nachträgliche Anordnung einer härteren Sanktion ausdrücklich vorsehe; und zweitens bedürfe es neuer Tatsachen und Beweismittel, die belegen, dass die Voraussetzungen für die härtere Sanktion schon im Zeitpunkt des ersten Urteils bestanden haben, ohne dass das Gericht davon Kenntnis haben konnte (Botschaft a.a.O., S. 4714). <ref-law> bildet nach dem ausdrücklichen Willen des Gesetzgebers die notwendige Grundlage für die nachträgliche Verwahrung.
Verfahrensrechtlich verweist Art. 65 Abs. 2 letzter Satz StGB auf die Regeln, die für die Wiederaufnahme gelten und damit für die Zeit bis zum 31. Dezember 2010 auf die Revisionsbestimmungen in den kantonalen Prozessordnungen und für die Zeit nach Inkrafttreten der StPO in zeitgemässer Auslegung nach der ratio legis und dem heutigen Stand der Gesetzgebung hinsichtlich Zuständigkeit und Verfahren auf die Regeln von <ref-law> (Urteil 6B_896/2014 vom 16. Dezember 2015 E. 4.6 publ. in: Pra 2016 Nr. 34 S. 302 sowie Urteil 6B_597/2012 vom 28. Mai 2013 E. 2.3.3; zu letzterem Urteil der Revisionsentscheid 6F_8/2018 vom 22. Mai 2018 zum Urteil der Dritten Kammer des EGMR vom 9. Januar 2018 in der Affaire Kadusic c. Suisse, Req. 43977/13).
1.4. Die Vorinstanz stützt sich übergangsrechtlich auf <ref-law> (oben E. 1.2). Nach dieser Bestimmung werden die Rechtsmittel bei Entscheiden, die vor Inkrafttreten dieses Gesetzes gefällt worden waren, nach dem bisherigen Recht, von den bisher zuständigen Behörden, beurteilt. Die Revision ist ein Rechtsmittel im Sinne dieser Bestimmung, was Probleme stellt, wenn eine Behörde nach Jahren nicht mehr existiert (Urteil 6B_41/2012 vom 28. Juni 2012 E. 1.1).
Das zu beurteilende Revisionsverfahren wurde am 13. Dezember 2017 eingeleitet (oben Bst. B). Es handelt sich mithin nicht um ein Rechtsmittelverfahren im Sinne von <ref-law>. Gemäss <ref-law> werden selbstständige nachträgliche Entscheide des Gerichts nach Inkrafttreten dieses Gesetzes von der Strafbehörde gefällt, die nach diesem Gesetz für das erstinstanzliche Urteil zuständig gewesen wäre. Die Bestimmung regelt die Zuständigkeit für das Hauptverfahren im Sinne von <ref-law>, während für das Bewilligungsverfahren das Berufungsgericht zuständig ist (Art. 411 Abs. 1 und <ref-law>).
Im Urteil 1B_548/2017 vom 29. Januar 2018 E. 3.1 wies die I. öffentlich-rechtliche Abteilung im Rahmen dieses Revisionsverfahrens (oben Bst. B) darauf hin, das Verfahren bei selbstständigen nachträglichen Massnahmenentscheiden (insb. Art. 64 i.V.m. <ref-law>) richte sich nach der StPO.
1.5. Zusammenfassend ergibt sich: <ref-law> ist auch auf Täter anwendbar, die vor dem Inkrafttreten der Revision am 1. Januar 2007 eine Straftat begangen haben oder verurteilt wurden (STEFAN HEIMGARTNER, in: StGB/JStG, 20. Aufl. 2018, N. 2 zu <ref-law>). Die nachträgliche Verwahrung war bereits nach dem früheren Recht zulässig (<ref-ruling> E. 3b S. 105 und E. 3c S. 106). <ref-law> bildet die bundesrechtliche Grundlage für die Anordnung der nachträglichen Verwahrung. <ref-law> verweist für die gerichtliche Zuständigkeit und das Verfahren nach dem Inkrafttreten der StPO am 1. Januar 2011 auf die <ref-law>. Das Revisionsverfahren ist nach den Regeln der StPO durchzuführen.
1.6. Die Vorinstanz führt das Bewilligungsverfahren unter ergänzender Heranziehung der StPO und im Übrigen gestützt auf das frühere kantonale Recht durch (oben E. 1.2), welches sich ebenfalls in zwei Phasen gliedert (Urteil 6B_947/2017 vom 14. Februar 2018 E. 1.1 und 1.3; zu <ref-law> Urteil 6B_1186/2017 vom 22. Dezember 2017 E. 1.1). Die Vorinstanz bejaht einen Revisionsgrund, sieht aber die Aktenlage nicht als liquid und weist die Sache an das Bezirksgericht (<ref-law>). Eine Rückweisung an die Staatsanwaltschaft im Sinne von <ref-law> kam nicht in Betracht.
Dass die Vorinstanz das Verfahren im Rahmen des kantonalen Rechts durchführte, führt nicht bereits zur Gutheissung der Beschwerde, da das kantonale Revisionsverfahren weitgehend dem Verfahren der StPO entspricht (Urteil 6B_947/2017 vom 14. Februar 2018 E. 1.1). Gemäss <ref-law> nimmt das Berufungsgericht in einem schriftlichen Verfahren (lediglich) eine vorläufige Prüfung des Revisionsgesuchs vor. Erachtet es die Revisionsgründe als gegeben, so weist es die Sache zur neuen Behandlung und Beurteilung zurück oder entscheidet selber, sofern es die Aktenlage erlaubt (Art. 413 Abs. 2 lit. a und b StPO). Unter dieser Voraussetzung ist die Sache weder zur Vervollständigung der Sachverhaltsabklärung und weiteren Beweiserhebung an die Vorinstanz zurückzuweisen (Urteil 6B_596/2017 vom 5. Oktober 2017 E. 2) noch die Vorinstanz anzuweisen, die Sache gestützt auf das Revisionsrecht nach <ref-law> (neu) zu behandeln. Auf diesen Antrag (oben Bst. C) ist nicht einzutreten.
Diese bundesrechtlich konstituierte Rechtslage führt zu der weiteren Konsequenz, dass die altrechtliche kantonale Nichtigkeitsbeschwerde an das (abgeschaffte) Kassationsgericht und damit heute an eine Abteilung des Obergerichts nicht mehr gegeben ist. Auf die Sistierungsfrage (oben E. 1.1) ist nicht einzutreten.
2.
2.1. Das Beschwerdeverfahren vor Bundesgericht wird seit dem Inkrafttreten des Bundesgerichtsgesetzes (BGG) am 1. Januar 2007 ausschliesslich durch das BGG geregelt. Im Bereich des Strafrechts ist die Beschwerde in Strafsachen gemäss <ref-law> das zulässige Rechtsmittel. Insoweit sind die altrechtliche eidgenössische Nichtigkeisbeschwerde wie die frühere staatsrechtliche Beschwerde (oben E. 1.1) von vornherein nicht mehr gegeben.
2.2. Die Beschwerde in Strafsachen ist gegen verfahrensabschliessende Endentscheide letzter kantonaler Instanzen (Art. 80 Abs. 1 i.V.m. <ref-law>) und damit auch im Rahmen einer nachträglichen Verwahrung zulässig (vgl. Urteil 6B_404/2011 vom 2. März 2012 betreffend eine Revision im Sinne von <ref-law>, die im Kanton Zürich noch nach kantonalem Recht einschliesslich der kantonalen Rechtsmittel durchgeführt worden war; auf die diesbezügliche Beschwerde in Strafsachen gegen den Endentscheid des Obergerichts [und den Zwischenentscheid des Kassationsgerichts] trat das Bundesgericht ohne weiteres ein).
2.3. Der vorinstanzliche Beschluss schliesst das Verfahren nicht ab, sondern weist die Sache im Gegenteil an die Erstinstanz (Bezirksgericht) zur Prüfung einer nachträglichen Verwahrung gemäss <ref-law> i.V.m. <ref-law>. Es handelt sich mithin um einen Zwischenentscheid.
Ein Zwischenentscheid ist gemäss <ref-law> mit Beschwerde in Strafsachen nur anfechtbar, wenn er einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken kann (lit. a) oder wenn die Gutheissung der Beschwerde sofort einen Endentscheid herbeiführen und damit einen bedeutenden Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren ersparen würde (lit. b). Der nicht wiedergutzumachende Nachteil gemäss <ref-law> muss rechtlicher Natur sein, was voraussetzt, dass er sich auch mit einem späteren günstigen Endentscheid nicht oder nicht gänzlich beseitigen lässt (<ref-ruling> E. 1.2.1 S. 382; <ref-ruling> E. 2.2 S. 287). Dagegen reichen rein tatsächliche Nachteile wie die Verfahrensverlängerung oder -verteuerung nicht aus (<ref-ruling> E. 1.2.1 S. 382; <ref-ruling> E. 4 S. 141). Letztinstanzliche kantonale Rückweisungsentscheide bewirken in der Regel keinen nicht wiedergutzumachenden Nachteil im Sinne von <ref-law> (BGE <ref-ruling> E. 4 S. 141). Eine Ausnahme von dieser Regel sieht die Rechtsprechung vor, wenn eine Behörde durch einen Rückweisungsentscheid gezwungen würde, einer von ihr als falsch erachteten Weisung Folge zu leisten (Urteil 6B_845/2015 vom 1. Februar 2016 E. 1.2.2, nicht publ. in <ref-ruling>). In casu wird das Bezirksgericht nicht angewiesen, die Verwahrung gemäss <ref-law> anzuordnen; die Vorinstanz weist die Sache (nur) "zur neuen Behandlung und Beurteilung zurück" (<ref-law>). Strafprozessuale Zwischenentscheide sind nur ausnahmsweise und restriktiv anfechtbar (<ref-ruling> E. 3.2 S. 292). Dies gilt ebenso im Rahmen von <ref-law> (vgl. Urteil 6B_594/2018 vom 14. Juni 2018 E. 2).
Sind die Voraussetzungen von Art. 93 Abs. 1 lit. a und b BGG nicht gegeben, tritt das Bundesgericht auf Zwischenentscheide wie den vorliegenden revisionsrechtlichen Bewilligungsentscheid in konstanter Rechtsprechung nicht ein (Urteile 6B_52/2011 vom 9. März 2011 und 6B_1186/2017 vom 22. Dezember 2017).
3.
Das zu beurteilende Verfahren wirft augenscheinlich die Frage auf, ob der vorinstanzliche Bewilligungsbeschluss nicht in offensichtlicher Verkennung der bundesrechtlichen Revisionsvoraussetzungen im Sinne von <ref-law> ergangen ist.
3.1. Die Revision im Sinne von <ref-law> ist an vier Voraussetzungen geknüpft (dazu Urteil 6B_404/2011 vom 2. März 2012 E. 2.2 [dieser Bewilligungsentscheid und der entsprechende Sachentscheid Urteil 6B_896/2014 vom 16. Dezember 2015 sind vor dem EGMR angefochten und rechtshängig]; HEIMGARTNER, a.a.O., N. 8 zu <ref-law>). Nach der Rechtsprechung kann die nachträgliche Verwahrung in Durchbrechung der Rechtskraft des Strafurteils gemäss <ref-law> gestützt auf ein neues Gutachten nur sehr restriktiv angeordnet werden (Urteil 6B_1192/2016 vom 9. November 2017 E. 4 mit Hinweisen, nicht publ. in <ref-ruling>). Die Revision kommt ausschliesslich aufgrund von Tatsachen oder Beweismitteln in Betracht, die im Zeitpunkt der Verurteilung bereits bestanden haben, ohne dass das Gericht davon Kenntnis haben konnte. Es geht um Fakten, die für das Gericht objektiv unmöglich erkennbar waren (Urteil 6B_404/2011 vom 2. März 2012 E. 2.2.2 mit Hinweis auf <ref-ruling> E. 5.1.2 S. 66 f. sowie MARIANNE HEER, Basler Kommentar, Schweizerische Strafprozessordnung, 2. Aufl. 2014, N. 40 zu <ref-law>, und FELIX BOMMER, Nachträgliche Verwahrung als Revision zulasten des Verurteilten, Zur Revisibilität von Prognoseentscheidungen, in: Festschrift für Franz Riklin, Basel 2007, S. 66). Die Revision im Sinne von <ref-law> kann bundesrechtlich normiert somit nur unter restriktiveren Bedingungen erfolgen, als dies bei der ordentlichen Revision nach den <ref-law> der Fall wäre (HEER, a.a.O.).
Wie BOMMER (a.a.O., S. 65) nachweist, setzt die Revision eine "Unerkennbarkeit" voraus. Dies ist nach dem Wortlaut des Gesetzes (" ohne dass das Gericht davon Kenntnis haben konnte ") eindeutig, denn <ref-law> setzt damit voraus, dass dem Gericht das Vorliegen der Voraussetzungen der Verwahrung nicht bekannt sein konnte. Wie der Autor ausführt, scheiden damit bereits sämtliche Fälle aus, in denen solche bekannt waren, vom Gericht aber nicht entsprechend gewürdigt worden sind, so bei der Ablehnung einer beantragten Verwahrung. Damit entfällt die Neuheit der Tatsache oder des Beweismittels. Nur wo verwahrungsbegründende Tatsachen kein Thema des ersten Verfahrens gebildet hatten, bleibt die Anwendung von <ref-law> denkbar, sofern diese Unterlassung nicht in die Verantwortung des Gerichts fällt (BOMMER, a.a.O., S. 66). In analoger Weise können im Rahmen von <ref-law> Tatsachen oder Beweismittel, die dem urteilenden Gericht bereits zur Beurteilung vorlagen und deshalb Gegenstand der richterlichen Überlegungen waren, aufgrund der Sperrwirkung von "ne bis in idem" nicht erneut eingebracht werden (<ref-ruling> E. 2.3 S. 310). Da die Bedingungen der nachträglichen Verwahrung schon im Zeitpunkt des Strafurteils erfüllt sein müssen, lässt sich dieses nicht mit der Revision nachträglich der Entwicklung des Insassen während des Vollzugs anpassen (<ref-ruling> E. 5.1.3 S. 68: "Le juge de la révision ne doit pas adapter un jugement entré en force à un autre état de fait [...]"). Die Frage schliesslich, ob aufgrund der damaligen verwahrungsrelevanten Tatsachen eine Verwahrung anzuordnen gewesen wäre, betrifft die Rechtsanwendung und bildet keine Revisionstatsache.
3.2. In casu waren die verwahrungsbegründenden Tatsachen Thema des Strafverfahrens. Die Gerichte hatten die beantragte Verwahrung beurteilt und abgelehnt (oben Bst. A.a und A.b). Sämtliche Verwahrungsvoraussetzungen bildeten Gegenstand des Strafverfahrens. Ein neues Gutachten, welches nur eine andere Meinung vertritt, indem es bei der Evaluation der Psychopathie auf eine vom Gerichtsgutachten abweichende Diagnose oder Prognose schliesst ("conclut à une appréciation différente"), begründet keinen Revisionsgrund (Urteil 6B_1192/2016 vom 9. November 2017 E. 4). Die Revisionsvoraussetzungen sind nicht realisiert.
3.3. Der vorinstanzliche Bewilligungs- und Rückweisungsbeschluss verletzt die bundesrechtlichen Voraussetzungen von <ref-law>. Gemäss <ref-law> ist die Beschwerde gegen selbstständig eröffnete Zwischenentscheide zulässig, wenn die Gutheissung der Beschwerde sofort einen Endentscheid herbeiführen und damit einen bedeutenden Aufwand an Zeit und Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren ersparen würde. Das ist hier der Fall. Der angefochtene Zwischenentscheid ist aufzuheben.
4.
Der Beschwerdeführer hält abschliessend fest, ausgangsgemäss sei er per sofort aus der Sicherheitshaft zu entlassen (Beschwerde S. 32).
Die I. öffentlich-rechtliche Abteilung des Bundesgerichts hatte die Sache zur Anordnung von Sicherheitshaft zurückgewiesen (oben Bst. B). Sie schloss im Urteil 1B_548/2017 vom 29. Januar 2018 E. 6.8 lediglich im Rahmen einer sicherheitshaftrechtlichen Prüfung "nicht mit hinreichender Sicherheit schon jetzt" aus, dass die Verwahrung angeordnet werden könnte. Das ist nun ausgeschlossen. Die Vorinstanz geht gestützt auf das neue Gutachten, eine Stellungnahme der Fachkommission und ein Gutachten der KESB von einer hohen Rückfallgefahr aus (Beschluss S. 22). Sie hatte jedoch zuvor die beantragte Sicherheitshaft präsidialiter abgelehnt (oben Bst. B).
Mit der Beschwerdeeinreichung geht die vollzugsrechtliche Zuständigkeit nicht an das Bundesgericht über (<ref-ruling> E. 3 S. 164; Urteil 6B_453/2018 vom 4. Juni 2018 E. 2.2 und 2.3). Das Bundesgericht kann aber in der vorliegenden Konstellation die Vorinstanz anweisen, den Beschwerdeführer aus der Sicherheitshaft zu entlassen (<ref-ruling> E. 4.3 S. 167, nicht publiziertes Dispositiv). Indes ist auf den ausgangsgemäss begründeten Antrag auf Entlassung aus der Sicherheitshaft und das Genugtuungsbegehren nicht einzutreten (oben Bst. C). Die Vorinstanz wird die Modalitäten der Entlassung, das Genugtuungsbegehren und die Kostenfolgen zu beurteilen haben.
5.
Die Beschwerde ist aufgrund der Beurteilung einer reinen Rechtsfrage nach der Parömie "iura novit curia" gutzuheissen. Das Beschleunigungsgebot zwingt angesichts der Inhaftierung des Beschwerdeführers nach dem Strafvollzug (oben Bst. B) auf eine beförderliche Behandlung. Auf eine Vernehmlassung ist zu verzichten.
6.
Die Beschwerde ist gutzuheissen, soweit darauf eingetreten werden kann. Der angefochtene Beschluss ist aufzuheben und die Sache zu neuer Entscheidung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Damit ist das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege gegenstandslos geworden. Der Kanton Zürich ist zu verpflichten, dem Beschwerdeführer eine Parteientschädigung auszurichten (<ref-law>). Die Entschädigung ist praxisgemäss dem Anwalt in analoger Anwendung von <ref-law> zuzusprechen. Es sind keine Kosten zu erheben.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird gutgeheissen, soweit darauf einzutreten ist, der Beschluss des Obergerichts des Kantons Zürich, II. Strafkammer, vom 6. Juni 2018 wird aufgehoben und die Sache zu neuer Entscheidung an die Vorinstanz zurückgewiesen.
2.
Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
3.
Rechtsanwalt Stephan Bernard wird aus der Bundesgerichtskasse eine Entschädigung von Fr. 3'000.-- ausgerichtet.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Zürich, II. Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 14. August 2018
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Denys
Der Gerichtsschreiber: Briw