Sachverhalt:
A.
Das Obergericht Zürich sprach A.A._ mit Urteil vom 10. Dezember 2018 der qualifizierten einfachen Körperverletzung schuldig und verurteilte ihn zu einer bedingten Geldstrafe von 150 Tagessätzen zu je Fr. 30.-- unter Ansetzung einer Probezeit von zwei Jahren. Das Bundesgericht hiess die von A.A._ dagegen erhobene Beschwerde mit Urteil 6B_212/2019 vom 15. Mai 2019 gut und wies die Sache zur neuen Entscheidung an das Obergericht zurück.
B.
Das Obergericht sprach A.A._ mit Urteil vom 11. Juni 2020 vom Vorwurf der qualifizierten einfachen Körperverletzung frei. Den Antrag von A.A._ auf Zusprechung einer Entschädigung von Fr. 126'000.-- wies das Obergericht ab. Es sprach ihm Fr. 17'400.-- als Genugtuung zu. Die Kosten der Untersuchung von Fr. 6'011.80 auferlegte es zur Hälfte A.A._. Die Kosten des erstinstanzlichen Verfahrens von Fr. 1'200.-- nahm das Obergericht auf die Gerichtskasse. Die Kosten des ersten Berufungsverfahrens von Fr. 3'000.-- auferlegte es zu 1/5 A.A._. Für die anwaltliche Verteidigung sprach das Obergericht A.A._ eine Prozessentschädigung von Fr. 12'330.60 zu.
C.
A.A._ führt Beschwerde in Strafsachen. Er beantragt, das Urteil des Obergerichts sei hinsichtlich der ihm auferlegten Untersuchungskosten und der Kosten des ersten Berufungsverfahrens aufzuheben und die Kosten seien vollumfänglich auf die Gerichtskasse zu nehmen. Ferner sei das Urteil des Obergerichts hinsichtlich der zugesprochenen Prozessentschädigung für die anwaltliche Verteidigung aufzuheben und ihm sei eine Prozessentschädigung in der Höhe von Fr. 56'436.40 zuzusprechen. Schliesslich sei das Urteil der Vorinstanz hinsichtlich der Abweisung seines Antrags auf Zusprechung einer Entschädigung aufzuheben und ihm sei eine Entschädigung in der Höhe von Fr. 126'000.-- zuzusprechen. Eventualiter beantragt er, das Urteil des Obergerichts sei in den genannten Punkten aufzuheben und zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
D.
Das Obergericht und die Oberstaatsanwaltschaft des Kantons Zürich haben auf eine Vernehmlassung verzichtet.

Erwägungen:
1.
1.1. Der Beschwerdeführer macht geltend, die Vorinstanz habe <ref-law> verletzt, indem sie ihm die Kosten der Untersuchung zur Hälfte auferlegt habe. Er bestreitet, dass zwischen seiner angeblichen zivilrechtlichen Verantwortlichkeit und der Einleitung der Strafuntersuchung ein adäquater Kausalzusammenhang bestehe. Indem die Vorinstanz trotz Freispruch davon ausgegangen sei, dass er das Strafverfahren veranlasst habe, verletze sie zudem die in <ref-law> und <ref-law> verankerte Unschuldsvermutung.
1.2. Nach <ref-law> können der beschuldigten Person die Verfahrenskosten trotz Einstellung des Verfahrens ganz oder teilweise auferlegt werden, wenn sie rechtswidrig und schuldhaft die Einleitung des Verfahrens bewirkt oder dessen Durchführung erschwert hat. Es handelt sich um eine zivilrechtlichen Grundsätzen angenäherte Haftung für fehlerhaftes Verhalten, durch das die Einleitung oder Erschwerung eines Strafverfahrens verursacht wurde. Die Kostenüberbindung stellt mithin eine Haftung prozessualer Natur für die Mehrbeanspruchung der Untersuchungsorgane und die dadurch entstandenen Kosten dar (Urteile 6B_665/2020 vom 22. September 2021 E. 2.2.1; 6B_1328/2019 vom 14. Oktober 2020 E. 3.2.2; je mit Hinweisen). Das Verhalten eines Angeschuldigten ist dann als widerrechtlich zu qualifizieren, wenn es in klarer Weise gegen Normen der Rechtsordnung verstösst, die ihn direkt oder indirekt zu einem bestimmten Tun oder Unterlassen verpflichten (vgl. <ref-law>). Die Untersuchungs- respektive Verfahrenskosten müssen adäquat kausal auf das zivilrechtlich vorwerfbare Verhalten zurückzuführen sein (<ref-ruling> E. 2.2 S. 205; Urteile 6B_1328/2019 vom 14. Oktober 2020 E. 3.2.2; 6B_660/2020 vom 9. September 2020 E. 1.3; 6B_290/2018 vom 19. Februar 2019 E. 3.1; je mit Hinweisen).
Nach der Rechtsprechung des Bundesgerichts verstösst eine Kostenauflage bei Freispruch oder Einstellung des Verfahrens gegen die Unschuldsvermutung (<ref-law>, <ref-law> und Art. 6 Ziff. 2 EMRK), wenn der beschuldigten Person in der Begründung des Kostenentscheids direkt oder indirekt vorgeworfen wird, es treffe sie ein strafrechtliches Verschulden. Damit käme die Kostenauflage einer Verdachtsstrafe gleich. Dagegen ist es mit Verfassung und Konvention vereinbar, einer nicht verurteilten beschuldigten Person die Kosten zu überbinden, wenn sie in zivilrechtlich vorwerfbarer Weise, d.h. im Sinne einer analogen Anwendung der sich aus <ref-law> ergebenden Grundsätze, eine geschriebene oder ungeschriebene Verhaltensnorm, die sich aus der Gesamtheit der schweizerischen Rechtsordnung ergeben kann, klar verletzt und dadurch das Strafverfahren veranlasst oder dessen Durchführung erschwert hat. In tatsächlicher Hinsicht darf sich die Kostenauflage nur auf unbestrittene oder bereits klar nachgewiesene Umstände stützen (<ref-ruling> E. 2.2; <ref-ruling> E. 3b S. 155; Urteile 6B_665/2020 vom 22. September 2021 E. 2.2.3; 6B_761/2020 vom 4. Mai 2021 E. 7.1; 6B_660/2020 vom 9. September 2020 E. 1.3; mit Hinweisen).
Das Bundesgericht prüft frei, ob der Kostenentscheid direkt oder indirekt den Vorwurf strafrechtlicher Schuld enthält und ob die beschuldigte Person in zivilrechtlich vorwerfbarer Weise gegen geschriebene oder ungeschriebene Verhaltensnormen klar verstossen und dadurch das Strafverfahren veranlasst hat (Urteile 6B_665/2020 vom 22. September 2021 E. 2.2.3; 6B_660/2020 vom 9. September 2020 E. 1.3; mit Hinweisen). Lediglich unter Willkürgesichtspunkten prüft es hingegen die diesbezüglichen Sachverhaltsfeststellungen (vgl. <ref-law>).
Die Rüge der Verletzung von Grundrechten (einschliesslich Willkür bei der Sachverhaltsfeststellung) muss in der Beschwerde anhand des angefochtenen Entscheids präzise vorgebracht und substanziiert begründet werden, anderenfalls darauf nicht eingetreten wird (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1.2 S. 301; <ref-ruling> E. 1.1; mit Hinweisen).
1.3. Die Vorinstanz erwägt, die schwer demente und hoch pflegebedürftige B._ habe während der Vornahme von Pflegeleistungen durch den Beschwerdeführer in seiner Funktion als auszubildender Fachmann Gesundheit EFZ am 20. März 2013 im Pflegezentrum U._ eine Brandverletzung erlitten. Der Beschwerdeführer habe den Vorfall beziehungsweise die Brandverletzung nicht gemeldet und den Eintrag im Erfassungssystem "EasyDok" unvollständig vorgenommen. Dies entspreche einem treu- und sorgfaltswidrigen Verhalten als Pflegeperson. In der Anklage wegen qualifizierter einfacher Körperverletzung habe ein Freispruch zu ergehen und für die Strafverfolgung der fahrlässigen Tatbegehung liege kein gültiger Strafantrag vor. Vor diesem Hintergrund rechtfertige es sich, die Hälfte der Untersuchungskosten dem Beschwerdeführer aufzuerlegen.
1.4. Der Beschwerdeführer wendet ein, das Strafverfahren sei aufgrund der Entdeckung der Verletzungen durch den Ehemann von B._ beziehungsweise der darauffolgenden Entdeckung von zusätzlichen Hämatomen durch das Plegezentrum eingeleitet worden. Nicht kausal für die Einleitung der Untersuchung sei gewesen, dass er die von ihm angeblich verursachten Verletzungen im Erfassungssystem "EasyDoc" nicht richtig erfasst beziehungsweise die Verletzungen nicht gemeldet habe. Der Ehemann von B._ habe von der fehlenden Meldung mangels Zugriff auf das interne Erfassungssystem nicht wissen können, womit der adäquate Kausalzusammenhang zwischen der angeblichen zivilrechtlichen Verantwortlichkeit und der Einleitung der Strafuntersuchung nicht gegeben sei. Entgegen den Vorbringen des Beschwerdeführers ist es vorliegend für die Frage, ob er rechtswidrig oder schuldhaft die Einleitung des Verfahrens bewirkt hat, nicht ausschlaggebend, wer die Verletzungen von B._ entdeckt und der Polizei gemeldet hat. Massgebend ist, unter welchen Umständen die Verletzungen verursacht sowie nicht pflichtgemäss gemeldet und behandelt worden sind. In diesem Zusammenhang wies die Vorinstanz zurecht darauf hin, dass die behandlungsbedürftigen Verletzungen von B._ in Anwesenheit des Beschwerdeführers entstanden sind und der Beschwerdeführer diese entgegen seiner Pflicht als Pflegeperson nicht richtig erfasst und gemeldet hat. Entgegen den Ausführungen des Beschwerdeführers stellt die Vorinstanz hinsichtlich des zivilrechtlich vorwerfbaren Verhaltens nicht einzig auf die unterlassene Eintragung im Erfassungssystem "EasyDok", sondern auf die gesamthaft dargelegte Verhaltensweise des Beschwerdeführers im Zusammenhang mit der Verletzung von B._ ab. Es ist vor diesem Hintergrund nicht zu beanstanden, dass die Vorinstanz das dargelegte Verhalten des Beschwerdeführers als kausal für die Verfahrenseinleitung erachtet hat.
Ferner bringt der Beschwerdeführer vor, es lasse sich nicht ausschliessen, dass die Meldung von Hämatomen, die nicht im Zusammenhang mit den Vorwürfen gegen ihn stehen würden, (mit-) ursächlich für die Einleitung der Untersuchung gewesen sei. Damit weicht er von den vorinstanzlichen Sachverhaltsfestellungen ab, ohne Willkür geltend zu machen. Der Beschwerdeführer genügt mit seiner Kritik den Begründungsanforderungen gemäss <ref-law> nicht, weswegen darauf nicht einzutreten ist. Schliesslich liegt entgegen den Vorbringen des Beschwerdeführers keine Verletzung der Unschuldsvermutung vor, da die Vorinstanz dem Beschwerdeführer mit dem dargelegten Verhalten ein zivil- und kein strafrechtliches Verschulden vorgeworfen hat. Die geltend gemachten Rechtsverletzungen sind zu verneinen.
2.
2.1. Der Beschwerdeführer macht geltend, die Vorinstanz habe <ref-law> verletzt, indem sie ihm die Kosten des ersten Berufungsverfahrens zu 1/5 auferlegt habe. Die Vorinstanz habe die Kosten des erstinstanzlichen Verfahrens mit der Begründung auf die Gerichtskasse genommen, dass keine Anklage wegen qualifizierter einfacher Körperverletzung gegen den Beschwerdeführer habe erhoben werden dürfen. Er vertritt den Standpunkt, dass es ohne das erstinstanzliche Verfahren kein Berufungsverfahren hätte geben dürfen und er nicht hätte unterliegen können, weswegen ihm die Kosten des Berufungsverfahrens nicht aufzuerlegen seien. Zudem macht er geltend, die Vorinstanz habe die Begründungspflicht nach <ref-law> verletzt.
2.2. <ref-law> regelt die Kostentragungspflicht im Rechtsmittelverfahren. Nach <ref-law> tragen die Parteien die Kosten des Rechtsmittelverfahrens nach Massgabe ihres Obsiegens oder Unterliegens. Ob beziehungsweise inwieweit eine Partei im Sinne dieser Bestimmung obsiegt oder unterliegt, hängt davon ab, in welchem Ausmass ihre vor der zweiten Instanz gestellten Anträge gutgeheissen werden (Urteile 6B_460/2020 vom 10. März 2021 E. 10.3.1; 6B_701/2019 vom 17. Dezember 2020 E. 2.3; 6B_744/2020 vom 26. Oktober 2020 E. 4.2).
Bei der Regelung der Kosten- und Entschädigungsfolgen verfügt das Sachgericht über einen weiten Ermessensspielraum. Da das Sachgericht am besten in der Lage ist, die Angemessenheit der Kostenverteilung zu beurteilen, auferlegt sich das Bundesgericht eine gewisse Zurückhaltung. Es schreitet nur ein, wenn das Sachgericht den ihm zustehenden weiten Ermessensspielraum überschritten hat (Urteile 6B_460/2020 vom 10. März 2021 E. 10.3.3; 6B_744/2020 vom 26. Oktober 2020 E. 4.2; 6B_601/2019 vom 31. Oktober 2019 E. 2.2; je mit Hinweisen).
2.3. Die Vorinstanz erwägt, der Beschwerdeführer habe mit dem Freispruch vom Vorwurf der qualifizierten einfachen Körperverletzung in der Hauptsache obsiegt. Mit seinen Anträgen auf Zusprechung von Entschädigung und Genugtuung sei er jedoch mehrheitlich unterlegen. Entsprechend rechtfertige es sich, ihm 1/5 der Kosten des ersten Berufungsverfahrens aufzuerlegen. Eine Kostenerhebung für das zweite Berufungsverfahren falle ausser Ansatz.
2.4. Die Vorinstanz berücksichtigte, dass das Unterliegen des Beschwerdeführers lediglich Nebenpunkte betraf. Mit dem von ihr festgelegten Verteilungsschlüssel liegt sie im Rahmen ihres Ermessensspielraums. Wenn der Beschwerdeführer die Kostenauferlegung mit Hinweis auf das erstinstanzliche Verfahren beanstandet, verkennt er, dass die Kostenauferlegung im Berufungsverfahren nicht wie im erstinstanzlichen Verfahren von seinem Freispruch abhängig ist (vgl. <ref-law>), sondern gemäss <ref-law> nach Massgabe des Obsiegens und Unterliegens erfolgt. Die Rüge des Beschwerdeführers erweist sich als unbegründet.
3.
3.1. Der Beschwerdeführer beanstandet, dass die Vorinstanz ihm lediglich Fr. 12'330.60 anstatt Fr. 63'174.50 für die anwaltliche Verteidigung zugesprochen hat und rügt in diesem Zusammenhang eine Verletzung von <ref-law>, <ref-law>, seines rechtlichen Gehörs (<ref-law> und Art. 6 EMRK), dem Grundsatz von Treu und Glauben (<ref-law> und <ref-law>) und eine willkürliche Anwendung von kantonalem Recht (<ref-law>).
3.2.
3.2.1. Wird die beschuldigte Person ganz oder teilweise freigesprochen oder wird das Verfahren gegen sie eingestellt, so hat sie gemäss <ref-law> Anspruch auf Entschädigung ihrer Aufwendungen für die angemessene Ausübung ihrer Verfahrensrechte. Unter die Aufwendungen nach <ref-law> fallen zum einen die Kosten der Wahlverteidigung, sofern der Beizug eines Anwalts angesichts der tatsächlichen oder rechtlichen Komplexität des Falls geboten war. Zum anderen können bei besonderen Verhältnissen auch die eigenen Auslagen der Partei entschädigt werden (<ref-ruling> E. 1.3 S. 335; <ref-ruling> E. 1.3.1; Urteil 6B_171/2020 vom 8. Oktober 2020 E. 3.3; mit Hinweisen). Das Bundesgericht prüft die Auslegung von <ref-law> frei. Es auferlegt sich indessen eine gewisse Zurückhaltung gegenüber der vorinstanzlichen Einschätzung, insbesondere hinsichtlich der Frage, welcher Aufwand der Verteidigung im konkreten Fall noch als angemessen zu bezeichnen ist (<ref-ruling> E. 3.2.1; 45 E. 2.1). Es ist in erster Linie Aufgabe der Strafbehörden, die Angemessenheit anwaltlicher Bemühungen zu beurteilen, wobei sie über ein beträchtliches Ermessen verfügen. Das Bundesgericht schreitet nur ein, wenn der Ermessensspielraum klarerweise überschritten wurde und die Festsetzung des Honorars ausserhalb jeden vernünftigen Verhältnisses zu den vom Anwalt geleisteten Diensten steht (Urteil 6B_249/2021 vom 13. September 2021 E. 6.2; 6B_1004/2019 vom 11. März 2020 E. 4.1.2; je mit Hinweisen).
Gemäss <ref-law> muss die Strafbehörde den Entschädigungsanspruch von Amtes wegen prüfen. Dies bedeutet indessen nicht, dass die Strafbehörde im Sinne des Untersuchungsgrundsatzes von <ref-law> alle für die Beurteilung des Entschädigungsanspruchs bedeutsamen Tatsachen von Amtes wegen abzuklären hat. Sie hat aber die Parteien zur Frage mindestens anzuhören und gegebenenfalls gemäss <ref-law> aufzufordern, ihre Ansprüche zu beziffern und zu belegen (<ref-ruling> E. 1.3; <ref-ruling> E. 1.3.1). Die beschuldigte Person trifft insofern eine Mitwirkungspflicht. Fordert die Behörde die beschuldigte Person auf, ihre Ansprüche zu beziffern und reagiert diese nicht, kann gemäss konstanter bundesgerichtlicher Rechtsprechung von einem Verzicht auf eine Entschädigung ausgegangen werden (<ref-ruling> E. 1.3; Urteil 6B_171/2020 vom 8. Oktober 2020 E. 3.3).
3.2.2. Die Strafbehörde kann die Entschädigung oder Genugtuung namentlich herabsetzen oder verweigern, wenn die beschuldigte Person rechtswidrig und schuldhaft die Einleitung des Verfahrens bewirkt oder dessen Durchführung erschwert hat (<ref-law>). Die Grundsätze zur Auflage von Verfahrenskosten trotz Freispruch oder Verfahrenseinstellung gemäss <ref-law> gelten auch bei der Beurteilung, ob eine Entschädigung oder Genugtuung im Sinne von <ref-law> herabzusetzen oder zu verweigern ist. Der Kostenentscheid präjudiziert die Entschädigungsfrage. Bei Auferlegung der Kosten ist grundsätzlich keine Entschädigung auszurichten. Umgekehrt hat die beschuldigte Person Anspruch auf Entschädigung, soweit die Kosten von der Staatskasse übernommen werden (<ref-ruling> E. 2.4.2 S. 357; Urteile 6B_2/2021 vom 25. Juni 2021 E. 1.1.1; 6B_1090/2020 vom 1. April 2021 E. 2.1.2; je mit Hinweisen).
Entschädigungsansprüche im Rechtsmittelverfahren richten sich gemäss <ref-law> nach den Bestimmungen von Art. 429-434 StPO und damit nach dem Ausgang des Rechtsmittelverfahrens (<ref-ruling> E. 3.2.2 S. 170; Urteil 6B_950/2020 vom 25. November 2020 E. 2.3.4; mit Hinweisen). Ob beziehungsweise inwieweit eine Partei im Sinne dieser Bestimmung obsiegt oder unterliegt, hängt davon ab, in welchem Ausmass ihre vor der zweiten Instanz gestellten Anträge gutgeheissen werden (Urteile 6B_950/2020 vom 25. November 2020 E. 2.3.4; 6B_1344/2019 vom 11. März 2020 E. 2.2 mit Hinweis).
3.3. Die Vorinstanz erwägt, der Beschwerdeführer habe zur Bezifferung der geltend gemachten Honorarforderung eine Auflistung der Honorarnoten eingereicht, wobei als Beleg einzig die Honorarnote "Noch nicht verrechnete Leistungen" angefügt gewesen sei. Im Übrigen sei der Beschwerdeführer davon ausgegangen, dass die entsprechenden Honorarnoten in den Verfahrensakten aufzufinden seien. Die aufgelisteten Honorarnoten vom 3. Januar 2019 und 5. April 2019 seien in den Verfahrensakten jedoch nicht vorhanden gewesen. Deswegen hätten die geltend gemachten Beträge von Fr. 6'755.70 und Fr. 6'500.55 nicht nachvollzogen und überprüft werden können. Auch in zeitlicher Hinsicht seien diese Beträge nicht einzuordnen gewesen, zumal ihr Urteil der Vorinstanz am 10. Dezember 2018 und die Rückweisung durch das Bundesgericht am 15. Mai 2019 erfolgt seien. Die Honorarnote vom 10. Dezember 2018, welche den Aufwand für die gleichentags stattgefundene Berufungsverhandlung offen lies, ergänzte die Vorinstanz um einen für die Verhandlung geschätzten Aufwand von 4,5 Stunden. Belegt und nachvollziehbar sei eine Honorarforderung in der Höhe von insgesamt Fr. 55'164.65.
Für das Untersuchungsverfahren erachtete es die Vorinstanz als gerechtfertigt, den Beschwerdeführer für die Hälfte der angefallenen anwaltlichen Vertretungskosten zu entschädigen. Dies begründete sie damit, dass der Beschwerdeführer mit seinem Verhalten Anlass zur Eröffnung des Strafverfahrens gegeben habe (oben E. 1.3). Daraus resultiere für das Untersuchungsverfahren eine Entschädigungsforderung des Beschwerdeführers von Fr. 10'947.95.
Für das erstinstanzliche Verfahren sei dem Beschwerdeführer infolge des Freispruchs ein voller Entschädigungsanspruch zuzusprechen. Die Honorarforderung von Fr. 12'335.55 für die Erstellung des Plädoyers und des Aktenstudiums erweise sich mit 27 Stunden jedoch als zu hoch. Der Verteidiger des Beschwerdeführers sei seit Beginn der Strafuntersuchung mandatiert und mit den Akten von überschaubarem Umfang bestens vertraut gewesen. Demnach sei der Aufwand auf 20 Stunden festzusetzen und die Honorarforderung um Fr. 2'329.55 unter Anpassung des Stundenansatzes auf Fr. 300.-- an die auf der Honorarrechnung aufgeführten Person zu kürzen. Der Beschwerdeführer sei für die angefallenen Kosten der Verteidigung mit Fr. 10'006.-- zu entschädigen.
Für das erste Berufungsverfahren seien die Aufwendungen des Beschwerdeführers im Umfang von Fr. 6'161.25 antragsgemäss zu entschädigen. Für das zweite Berufungsverfahren sei die geltend gemachte Honorarforderung von Fr. 12'110.85 deutlich zu hoch und der Aufwand von 30 Stunden für die zweite Berufungsbegründung unverhältnismässig gewesen. Die Ausführungen der Verteidigung in der Berufungsbegründung seien unter Berücksichtigung der thematischen Begrenzung durch das bundesgerichtliche Rückweisungsurteil nur im Umfang von 6,5 Seiten relevant gewesen und die Entschädigungs- und Genugtuungsansprüche seien lediglich in der Höhe anzupassen gewesen. Demnach sei ein Aufwand von zehn Stunden als angemessen zu erachten. Gerechnet mit einem Stundenansatz von Fr. 350.-- zuzügl. 3 % Spesen und MwSt. ergebe dies einen Betrag von Fr. 3'882.60.
Die Vorinstanz erwägt, dass sich demnach die zu entschädigenden Aufwendungen der erbetenen Verteidigung auf Fr. 30'997.30 [recte: Fr. 30'997.80] belaufen würden. Bei genauer Durchsicht falle jedoch auf, dass die Rechnungsstellung grösstenteils an den Vater des Beschwerdeführers, B.A._, erfolgt sei. Entsprechend sei davon auszugehen, dass dieser für die Forderungen aufgekommen sei, wobei nicht klar sei, ob B.A._ den Betrag vom Beschwerdeführer zurückgefordert habe. Zu diesem Umstand habe sich der Beschwerdeführer nicht geäussert, obwohl er die Beweislast trage. Bei dieser unklaren Sachlage seien die Honorarrechnungen, welche an B.A._ gestellt worden seien, dem Beschwerdeführer nicht zu entschädigen. Daraus ergebe sich eine zu entschädigende Aufwendung der anwaltlichen Verteidigung von Fr. 12'330.60.
3.4. Der Beschwerdeführer beanstandet zunächst, die Vorinstanz habe ihn nicht auf die fehlenden Honorarnoten hingewiesen und damit <ref-law> sowie sein rechtliches Gehör nach <ref-law> und Art. 6 EMRK sowie den Grundsatz von Treu und Glauben nach <ref-law> und <ref-law> verletzt. Im Wissen um die Existenz weiterer Aufwendungen sei die Vorinstanz gehalten gewesen, ihm eine Nachfrist anzusetzen, damit er seine Honorarforderungen hätte belegen könne. Unbestritten ist, dass die Vorinstanz dem Beschwerdeführer Gelegenheit gab, seine Honorarforderung vor ihrem Entscheid geltend zu machen. Der Beschwerdeführer hat die von ihm geltend gemachte Honorarforderung jedoch unvollständig belegt und ist damit seiner Mitwirkungspflicht nach <ref-law> nicht hinreichend nachgekommen. Die Vorinstanz ist nicht gehalten, den Beschwerdeführer angesichts unklarer Honorarnoten zu ergänzenden Erläuterungen einzuladen (vgl. Urteile 6B_1183/2017 vom 24. April 2018 E. 3.5; 6B_796/2016 vom 15. Mai 2017 E. 2.1.6). Dass die Vorinstanz von einem (impliziten) Verzicht ausgegangen ist, verletzt auch nicht das Verbot des überspitzten Formalismus. Nicht jede prozessuale Formstrenge steht im Widerspruch zu <ref-law> (<ref-ruling> E. 1.4 S. 337; <ref-ruling> E. 2.4.2 S. 11; mit Hinweisen). Überspitzter Formalismus ist nur gegeben, wenn die strikte Anwendung der Formvorschriften durch keine schutzwürdigen Interessen gerechtfertigt ist, zum blossen Selbstzweck wird und die Verwirklichung des materiellen Rechts in unhaltbarer Weise erschwert oder verhindert (BGE <ref-ruling> E. 2.4.2 S. 11 mit Hinweisen). Der anwaltlich vertretene Beschwerdeführer hatte Gelegenheit, seine Honorarforderung vor dem Entscheid der Vorinstanz geltend zu machen und die Honorarrechnungen einzureichen, beschränkte sich aber im Wesentlich darauf, betreffend die Honorarforderungen auf die Akten zu verweisen. Die Vorinstanz war nicht gehalten, ihm angesichts der in den Akten fehlenden Honorarnoten eine Nachfrist anzusetzen. Angesichts dessen erübrigt es sich, auf seine Kritik einzugehen, wonach die Honorarnote vom 5. April 2019 zeitlich habe zugeordnet werden können. Die geltend gemachten Rechtsverletzungen sind zu verneinen.
Bei der vom Beschwerdeführer vor Bundesgericht eingereichten Honorarnote vom 5. April 2019 handelt es sich um ein nach <ref-law> unzulässiges Novum (vgl. <ref-ruling> E. 1.2 S. 23 mit Hinweisen). Darauf ist nicht einzugehen.
3.5. Der Beschwerdeführer bringt vor, die Vorinstanz habe mit der Kürzung der Honorarforderung für das Untersuchungsverfahren um die Hälfte eine nicht nachvollziehbare Pauschalisierung und Mischrechnung vorgenommen. Dadurch habe sie ihre Begründungspflicht nach <ref-law> verletzt und gegen <ref-law> in Verbindung mit § 16 Abs. 1 beziehungsweise §§ 17 f. der Verordnung des Obergerichts des Kantons Zürich vom 8. September 2010 über die Anwaltsgebühren (AnwGebV; LS 215.3) verstossen. Nach diesen Bestimmungen sei der Zeitaufwand im Vorverfahren nicht pauschal zu entschädigen, weswegen eine willkürliche Anwendung kantonalen Rechts zu rügen sei.
Die Vorinstanz hat auf die Honorarforderungen des Beschwerdeführers abgestellt und diese in der Folge um die Hälfte gekürzt. Damit hat sie entgegen den Vorbringen des Beschwerdeführers keine Pauschalisierung vorgenommen, sondern die konkret gestellte Honorarforderung um den ihrer Ansicht nach dem Verschulden des Beschwerdeführers entsprechenden Anteil gekürzt. Inwiefern darin eine Verletzung der vom Beschwerdeführer vorgebrachten Bestimmungen zu erkennen sein soll, ergibt sich aus seinen Vorbringen nicht. Im Übrigen ist betreffend die Bemessung des Anwaltshonorars mittels Pauschalen nach § 17 AnwGebV auf das Urteil 6B_1278/2020 vom 27. August 2021 E. 6.4 zu verweisen, wonach die Bemessung des Anwaltshonorars mittels Pauschalen nicht ausgeschlossen ist. Sofern der Beschwerdeführer in diesem Zusammenhang bestreitet, dass sein Verhalten adäquat-kausal für die Verfahrenseinleitung gewesen sei und sich auf eine Verletzung der Unschuldsvermutung nach <ref-law> und <ref-law> beruft, ist auf die Erwägungen im Zusammenhang mit der dem Beschwerdeführer zur Hälfte auferlegten Kosten des Untersuchungsverfahrens zu verweisen (vgl. oben E. 1.4).
3.6. Der Beschwerdeführer beanstandet, die ihm von der Vorinstanz für das zweite Berufungsverfahren zugesprochene Entschädigung sei angesichts der sich aus dem Urteil des Bundesgerichts ergebenden Schwierigkeiten unverhältnismässig tief und mit der anwaltlichen Sorgfaltspflicht nach <ref-law> nicht vereinbar. Dabei verkennt der Beschwerdeführer, dass es nicht Aufgabe des Bundesgerichts ist, die Angemessenheit der geltend gemachten Aufwände im Detail zu überprüfen. Inwiefern die ausgesprochene Entschädigung zu seinen tatsächlichen Aufwänden in einem krassen Missverhältnis stehen sollte, geht aus seinen Ausführungen nicht hinreichend hervor. Die Vorinstanz hat nachvollziehbar dargelegt, dass der Prozessgegenstand im zweiten Berufungsverfahren beschränkt war und sich die Relevanz der Berufungsschrift im Wesentlichen auf die Ausführungen zum Erfordernis des Strafantrages beschränkte. Dass eine anderweitige Beurteilung des nötigen Aufwands möglich gewesen wäre, reicht für die Annahme eines klaren Ermessensmissbrauchs nicht aus. Die vom Beschwerdeführer geltend gemachte Ermessensverletzung ist zu verneinen. Entgegen seiner Kritik ist in den vorinstanzlichen Erwägungen auch keine Verletzung der Begründungspflicht zu erkennen. Die Vorinstanz hat nachvollziehbar dargelegt, aus welchen Gründen sie einen Aufwand von zehn Stunden als angemessen erachtete.
3.7. Der Beschwerdeführer beanstandet, die Vorinstanz habe seine Honorarforderung in der Höhe von Fr. 12'330.60 aufgrund der Rechnungsstellung an B.A._ unter Verletzung von <ref-law> in Verbindung mit <ref-law> gekürzt. Zudem habe die Vorinstanz sein rechtliches Gehör verletzt und treuwidrig gehandelt, indem sie ihn diesbezüglich nicht zu einer Stellungnahme eingeladen habe. Es sei üblich, dass Honorarrechnungen von Dritten und nicht von der Klientschaft selbst bezahlt werden und an die bezahlende Drittperson adressiert werden. Dies gelte insbesondere innerhalb von familiären Verhältnissen wie vorliegend zwischen Vater und Sohn aufgrund der in Art. 272 und Art. 276 ZGB verankerten Unterstützungs- und Unterhaltspflicht, die bis zum Abschluss einer angemessenen Erstausbildung andauere. Dessen ungeachtet komme es nicht darauf an, wer die Rechnung beglichen habe und an wen sie adressiert worden sei. Die Frage, ob der Vater die Kosten von seinem Sohn vergütet erhalten habe, sei nicht relevant. Dass der Aufwand im Zusammenhang mit der Verteidigung des Beschwerdeführers gestanden sei, gehe aus allen Honorarnoten hervor.
Das Bundesgericht hat sich bereits mit der Frage der Entschädigung der Verteidigungskosten, welche eine Drittperson bezahlt hat, auseinandergesetzt. Im Zusammenhang mit der Kostentragung durch eine Rechtsschutzversicherung hat das Bundesgericht festgehalten, dass die Verweigerung einer Entschädigung der beschuldigten Person bei Verfahrenseinstellung alleine deswegen, weil sie über eine Rechtsschutzversicherung verfügt, gegen <ref-law> verstösst (<ref-ruling> E. 2.3 f.; mit Hinweisen; vgl. für das Sozialversicherungsrecht <ref-ruling> E. 3 und 122 V 278 E. 3.e.aa; vgl. für das Zivilrecht <ref-ruling> E. 3 S. 296; je mit Hinweisen). Unter Berücksichtigung dieser Rechtsprechung kam das Bundesgericht zum Schluss, dass eine Entschädigung auch dann nicht zu verweigern ist, wenn der Arbeitgeber die Verteidigungskosten der beschuldigten Person übernommen hat (Urteil 6B_695/2017 vom 26. April 2018 E. 3.3.2). Weswegen etwas anderes für die von B.A._, dem Vater des Beschwerdeführers, gemäss Honorarrechnungen übernommenen Verteidigungskosten gelten soll, ist nicht ersichtlich. Demnach ist die Entschädigung der Verteidigungskosten nicht mit der Begründung zu verweigern, die Verteidigungskosten seien von einer Drittperson bezahlt worden. Schliesslich ist die Entschädigung der Verteidigungskosten, welche eine Drittperson bezahlt hat, auch nicht davon abhängig, ob die Drittperson die entstandenen Kosten von der beschuldigten Person zurückgefordert hat (vgl. <ref-ruling> E. 2 S. 43 ff.; vgl. Urteil 6B_695/2017 vom 26. April 2018 E. 3.3.2). Die geltend gemachte Verletzung von <ref-law> ist insofern zu bejahen und dem Beschwerdeführer ist die Entschädigung für die Verteidigungskosten nicht mit der Begründung zu verweigern, es sei nicht dargelegt, dass B.A._ diese vom Beschwerdeführer zurückgefordert habe.
3.8. Schliesslich beantragt der Beschwerdeführer für das vorhergehend vor Bundesgericht geführte Beschwerdeverfahren 6B_212/2019 eine Entschädigung in der Höhe von Fr. 6'500.55. Das Bundesgericht hat mit Urteil 6B_212/2019 vom 15. Mai 2019 den Entschädigungsanspruch des Beschwerdeführers beurteilt und ihm eine Entschädigung in der Höhe von Fr. 3'000.-- zugesprochen. Der Beschwerdeführer ist nicht befugt, im vorliegenden Verfahren eine zusätzliche Entschädigung für das Verfahren 6B_212/2019 geltend zu machen, weswegen auf seinen Antrag nicht einzutreten ist.
4.
4.1. Der Beschwerdeführer macht geltend, die Vorinstanz habe <ref-law> verletzt, indem sie ihm keine Entschädigung für seine wirtschaftlichen Einbussen zugesprochen habe.
4.2. Wird die beschuldigte Person ganz oder teilweise freigesprochen oder wird das Verfahren gegen sie eingestellt, so hat sie Anspruch auf Entschädigung der wirtschaftlichen Einbussen, die ihr aus ihrer notwendigen Beteiligung am Strafverfahren entstanden sind (<ref-law>). Ein durch den Verlust einer Arbeitsstelle entstandener Schaden ist gestützt auf <ref-law> grundsätzlich zu entschädigen, sofern dieser mit dem Strafverfahren in einem adäquaten Kausalzusammenhang steht (<ref-ruling> E. 1.3.4; Urteil 6B_4/2019 vom 19. Dezember 2019 E. 5.2.3; mit Hinweisen).
4.3. Die Vorinstanz erwägt, es sei davon auszugehen, dass das vorliegende Strafverfahren Hauptursache für den Verlust der Lehrstelle des Beschwerdeführers gewesen sei. Der Beschwerdeführer mache geltend, dass er von 2013 bis 2018 unter Annahme einer erfolgreichen Lehrabschlussprüfung ein durchschnittliches Einkommen von ungefähr Fr. 56'000.-- verdient hätte. Dazu habe er einzig einen Auszug aus der Webseite www.lohncheck.ch eingereicht. Ferner habe er die Steuerberechnungsgrundlagen für die Jahre 2014 und 2015 eingereicht, wobei diese Einschätzungen nach pflichtgemässen Ermessen erfolgt seien. Für das Jahr 2014 sei ein satzbestimmendes Einkommen von Fr. 26'000.-- und im Jahr 2015 eines von Fr. 35'000.-- angenommen worden. Für die Jahre 2017 und 2018 seien die Steuerrechnungen der Staats- und Gemeindesteuern eingereicht worden. Im Jahr 2018 habe die Steuerrechnung doppelt so viel betragen, was darauf schliessen lasse, dass das Einkommen um einiges höher ausgefallen sei. Diese Unterlagen seien jedoch nicht geeignet, dass durchschnittlich erzielte Einkommen des Beschwerdeführers für die Jahre 2013 bis 2018 hinreichend und nachvollziehbar zu belegen. Es bleibe unklar, was der Beschwerdeführer effektiv mit "Gelegenheitsarbeiten" in diesen Jahren verdient habe und welche Stellensuchbemühungen im Rahmen seiner Schadensminderungspflicht er unternommen habe. Dass der Beschwerdeführer in den Jahren 2013 bis 2018 tatsächlich Fr. 56'000.-- pro Jahr habe verdienen können, sei ebenfalls nicht genügend substantiiert beziehungsweise glaubhaft gemacht worden. Der Lehrabschluss sei für Sommer 2013 vorgesehen gewesen, weswegen die Annahme eines Lohnes von Fr. 56'000.-- für das Jahr 2013 bereits deswegen fraglich sei. Es sei nicht möglich, anhand der beigebrachten Unterlagen die wirtschaftlichen Einbussen aufgrund des Strafverfahrens des Beschwerdeführers zu bestimmen und die Entschädigungsforderung in der Höhe von Fr. 126'000.-- sei vollumfänglich abzuweisen.
4.4. Der Beschwerdeführer macht betreffend seines geltend gemachten Anspruchs auf Entschädigung seiner wirtschaftlichen Einbussen geltend, mit den Steuerunterlagen für die Jahre 2014 und 2015 habe er seinen Erwerb nachgewiesen. Für die weiteren Zeitperioden reicht er zusätzliche Unterlagen mit der Begründung ein, erst der Entscheid der Vorinstanz habe Anlass zur Einreichung dieser Unterlagen Anlass gegeben. Die Vorinstanz hat zutreffend festgehalten, dass sich den eingereichten Unterlagen das von ihm von 2013 bis 2018 erzielte Einkommen nicht entnehmen lässt. Die für das Jahr 2014 und 2015 eingereichten Schlussrechnungen basieren auf einer Ermessenseinschätzung, welche bei fehlender Erfüllung der Verfahrenspflichten oder mangels Einreichung zuverlässiger Unterlagen vorgenommen wird (vgl. § 139 Abs. 2 des Steuergesetzes des Kantons Zürich vom 8. Juni 1997 [StG/ZH; LS 631.1]). Aus den für die Jahre 2017 und 2018 eingereichten Schlussrechnungen geht lediglich der geschuldete Saldo, nicht aber die Berechnungsgrundlage beziehungsweise das erzielte Einkommen des Beschwerdeführers hervor. Mangels hinreichender Nachweise zum erzielten Einkommen ging die Vorinstanz zu Recht davon aus, dass sich die wirtschaftlichen Einbussen nicht berechnen lassen. Insofern erübrigt es sich, auf die Frage einzugehen, mit welchen Belegen der zu erwartende Lohn nachzuweisen gewesen wäre oder inwiefern der Beschwerdeführer seiner Schadensminderungspflicht durch allfällige Bemühungen um eine neue Stelle nachgekommen ist. Die geltend gemachte Verletzung von <ref-law> ist zu verneinen. Ebenfalls als unbegründet erweist sich die gerügte Verletzung von <ref-law>, zumal die Vorinstanz die für den Entschädigungsanspruch bedeutsamen Tatsachen nicht von Amtes wegen abzuklären hat (vgl. oben E. 3.2.1).
Soweit der Beschwerdeführer weitere Unterlagen einreicht, handelt es sich um nach <ref-law> unzulässige Noven. Der vorinstanzliche Verfahrensausgang allein bildet keinen hinreichenden Anlass im Sinne von <ref-law> für die Zulässigkeit von unechten Noven, die bereits im kantonalen Verfahren ohne Weiteres hätten vorgebracht werden können (<ref-ruling> E. 1.2 S. 23). Der Beschwerdeführer legt nicht dar, dass die erstmals vor Bundesgericht eingereichten Unterlagen nicht bereits im kantonalen Verfahren hätten vorgebracht werden können.
5.
Die Beschwerde ist teilweise gutzuheissen, das vorinstanzliche Urteil aufzuheben und die Sache zur neuen Entscheidung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Im Übrigen ist die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann.
Die Gerichtskosten sind dem Beschwerdeführer im Umfang seines Unterliegens aufzuerlegen (<ref-law>). Der Kanton Zürich trägt keine Verfahrenskosten (<ref-law>), hat jedoch den Beschwerdeführer angemessen zu entschädigen, soweit dieser obsiegt (Art. 68 Abs. 1 und 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird teilweise gutgeheissen, das Urteil des Obergerichts des Kantons Zürich vom 11. Juni 2020 aufgehoben und die Sache zu neuer Entscheidung an die Vorinstanz zurückgewiesen. Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.
Die Gerichtskosten werden im Umfang von Fr. 2'000.-- dem Beschwerdeführer auferlegt.
3.
Der Kanton Zürich hat dem Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren eine Parteientschädigung von Fr. 1'000.-- zu bezahlen.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Zürich, I. Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 18. November 2021
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Jacquemoud-Rossari
Die Gerichtsschreiberin: Bianchi