Fatti:
A.
Dopo un iter che non occorre riassumere, il 19 novembre/9 dicembre 2015 la A._ AG ha impugnato davanti al Tribunale amministrativo ticinese una decisione del 4 novembre precedente, con la quale il Consiglio di Stato del Cantone Ticino l'aveva esclusa dalla partecipazione a tutti i concorsi pubblici pe r un periodo di sei mesi e le aveva inflitto una pena pecuniaria di 6'500.--, dopo averle rimproverato la violazione del divieto di subappalto, rispettivamente la sua attuazione senza l'accordo del committente. Detta decisione era stata pronunciata in base dell'art. 45 cpv. 2 lett. a e b della legge ticinese del 20 febbraio 2001 sulle commesse pubbliche (LCPubb/TI, RL/TI/730.100), nella versione in vigore fino al 31 dicembre 2019, che sanziona una cessione parziale o totale del contratto (lett. a) rispettivamente un subappalto (lett. b) senza l'accordo del committente.
Il 15 novembre 2016 la Corte cantonale ha respinto i gravami davanti ad essa interposti, confermando la decisione di prima istanza. Constatata una violazione del diritto di essere sentiti, con giudizio del 7 giugno 2018 il Tribunale federale ha tuttavia annullato tale pronuncia e rinviato la causa ai Giudici ticinesi, per ulteriore esame della fattispecie (cfr. incarto 2C_1184/2016).
B.
Tornato in possesso degli atti, il Tribunale cantonale amministrativo ha sospeso la procedura nell'attesa di nuove decisioni di prima istanza nei confronti di altri possibili contravventori implicati nell'appalto e fino a quel momento non sanzionati.
Riattivata la causa, con sentenza del 4 gennaio 2021 ha quindi parzialmente accolto i ricorsi della A._ AG, decidendo: da un lato, che l'esclusione dalla partecipazione a tutti i concorsi pubblici per un periodo di sei mesi andava annullata; d'altro lato, che la pena pecuniaria era da ridurre da fr. 6'500.-- a fr. 3'000.--.
C.
Con ricorso in materia di diritto pubblico e ricorso sussidiario in materia costituzionale del 18 febbraio 2021 la A._ SA si è nuovamente rivolta al Tribunale federale chiedendo che, in riforma della pronuncia cantonale, la pena pecuniaria sia annullata o, in subordine, sia ulteriormente ridotta a fr. 100.--.
Chiamato ad esprimersi, il Tribunale amministrativo ticinese si è riferito alle motivazioni e alle conclusioni della propria sentenza. Ad essa ha fatto in sostanza rinvio anche l'Ufficio di vigilanza sulle commesse pubbliche, che ha domandato che il gravame sia respinto nella misura della sua ammissibilità.

Diritto:
1.
Il Tribunale federale esamina d'ufficio e con piena cognizione la propria competenza (<ref-law>) e l'ammissibilità del rimedio proposto (<ref-ruling> consid. 1.1).
1.1. Il giudizio impugnato si fonda sull'art. 45 vLCPubb/TI, nella versione in vigore fino al 31 dicembre 2019, e costituisce pertanto una decisione in ambito di acquisti pubblici ai sensi dell'art. 83 lett. f LTF (<ref-ruling> consid. 2.2; sentenza 2C_155/2021 e 157/2021 del 14 dicembre 202, destinata alla pubblicazione, consid. 1.3).
Salvo eccezioni qui non determinanti, in tale contesto il ricorso in materia di diritto pubblico è ammissibile solo se il valore dell'appalto raggiunge quelli previsti dall'art. 83 lett. f n. 2 LTF e, cumulativamente, se il caso pone una questione di diritto di importanza fondamentale giusta l'art. 83 lett. f n. 1 LTF (<ref-ruling> consid. 1.2; sentenza 2C_155/2021 e 157/2021 del 14 dicembre 2021 consid. 1.3.1, dal quale risulta per altro che, contrariamente a quanto considerato nell'impugnativa, le due condizioni indicate dall'art. 83 lett. f LTF continuano ad essere cumulative anche dopo il 1° gennaio 2021). Se esse non sono adempiute, resta da verificare se sia aperta la via del ricorso sussidiario in materia costituzionale.
1.2. L'esistenza di una questione giuridica di importanza fondamentale ai sensi dell'art. 83 lett. f n. 1 LTF va ammessa in maniera restrittiva.
Per ritenere adempiuto questo presupposto non basta che il Tribunale federale non si sia mai pronunciato sulla domanda posta; occorre piuttosto che il problema giuridico sollevato sia suscettibile di ripresentarsi nei medesimi termini in svariati casi analoghi, per cui la sua soluzione può fungere da riferimento per la prassi; la questione aperta o controversa, che dev'essere inerente al regime giuridico in materia di acquisti pubblici, deve inoltre avere portata tale da richiedere un chiarimento da parte della più alta istanza federale (<ref-ruling> consid. 1.4.1; <ref-ruling> consid. 1.2 e 138 I 143 consid. 1.1.2).
1.3. Una simile questione, che la ricorrente ravvisa nella necessità di riesaminare la giurisprudenza in materia e quindi di considerare la pena pecuniaria prevista dall'art. 45 vLCPubb/TI quale sanzione di natura penale invece che amministrativa, con conseguente applicazione del principio societas delinquere non poteste dei termini di prescrizione previsti dall'art. 109 del codice penale svizzero del 21 dicembre 1937 (CP; RS 311.0), non è però data.
In effetti, in merito a tale aspetto il Tribunale federale non solo si era già espresso nella <ref-ruling> (consid. 1.1), ma ha nel frattempo anche indicato che non vi sono motivi per tornare sulla propria decisione. Come emerge dalla sentenza 2C_155/2021 e 157/2021 del 14 dicembre 2021 (consid. 4.5), la natura amministrativa della pena pecuniaria prevista dall'art. 45 vLCPubb/TI è stata infatti riconfermata ancora di recente. Inoltre, sempre in tale giudizio (consid. 4.6) questa Corte ha anche riconosciuto la sostenibilità della prassi cantonale secondo cui l'azione sanzionatoria si prescrive in cinque anni, analogamente a quanto previsto dall'art. 49a cpv. 3 della legge federale del 6 ottobre 1995 sui cartelli e altre limitazioni della concorrenza (LCart; RS 251), di modo che una questione di diritto di importanza fondamentale non può essere ravvisata nemmeno in relazione all'aspetto della prescrizione che, insieme al principio societas delinquere non potest, è del resto evocato come ulteriore questione di importanza fondamentale solo in subordine, "quale conseguenza della natura penale della pena pecuniaria".
1.4. Giustificato non sarebbe d'altra parte neppure basarsi sull'esistenza di una questione di diritto d'importanza fondamentale al momento dell'inoltro del ricorso, come viene fatto in relazione a casi di assistenza amministrativa internazionale in materia fiscale (<ref-law>; sentenze 2C_310/2020 del 1° dicembre 2020 consid. 1.2 e 2C_216/2015 dell'8 novembre 2015 consid. 1.3.2).
1.4.1. In effetti, questa prassi dipende dal fatto che in ambito di assistenza amministrativa internazionale in materia fiscale il Tribunale federale deve rendere una decisione di non entrata in materia al più tardi entro 15 giorni dalla chiusura di un eventuale scambio di scritti (<ref-law>), e che la verifica dell'esistenza di una questione di importanza fondamentale non può andare oltre tale termine, nemmeno quando la medesima questione sollevata con il ricorso in esame risulta essere già pendente, perché oggetto di una procedura più avanzata.
1.4.2. L'adozione di una simile prassi non si giustifica tuttavia nella fattispecie, perché nell'ambito degli appalti pubblici una norma simile all'<ref-law> non esiste. Di conseguenza, per valutare l'ammissibilità del ricorso in materia di diritto pubblico, il Tribunale federale esamina l'esistenza di una questione giuridica di importanza fondamentale ai sensi dell'art. 83 cpv. 1 lett. f n. 1 LTF al momento in cui decide, tenendo così conto anche della giurisprudenza resa posteriormente all'inoltro del ricorso, quando la causa era già pendente.
1.5. Non vertendo l'impugnativa su una questione giuridica di importanza fondamentale ai sensi dell'art. 83 lett. f n. 1 LTF, poiché il Tribunale federale si è pronunciato in merito il 14 dicembre 2021, il ricorso in materia di diritto pubblico è pertanto inammissibile, a prescindere dal raggiungimento dei valori soglia dell'art. 83 lett. f n. 2 LTF.
Rivolta contro una decisione finale (art. 117 in relazione con l'<ref-law>) di un tribunale cantonale di ultima istanza (art. 114 e art. 86 cpv. 1 lett. d e cpv. 2 LTF), inoltrata nei termini (art. 117 in relazione con l'<ref-law>) e presentata da persona legittimata a ricorrere (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 2.3), essa va per contro trattata quale ricorso sussidiario in materia costituzionale.
1.6. Con questo rimedio è possibile censurare unicamente la violazione di diritti costituzionali (<ref-law>).
Il rispetto di tali diritti non è inoltre esaminato d'ufficio, perché occorre che chi ricorre specifichi quali diritti ritiene lesi ed esponga le sue censure in modo chiaro, circostanziato ed esaustivo (art. 117 in relazione con l'<ref-law>; sentenze 2D_2/2021 del 7 ottobre 2021 consid. 2.1 e 2C_964/2020 del 25 agosto 2021 consid. 2). Critiche non conformi a tali criteri non possono quindi essere approfondite.
2.
Con una censura formale, da esaminare in via prioritaria (<ref-ruling> consid. 3), l'insorgente denuncia una violazione del suo diritto di essere sentita (<ref-law>). Lamenta infatti il mancato esame delle contestazioni riguardanti "l'innegabile natura penale delle sanzioni amministrative previste dall'art. 45 vLCPubb/TI che erano state esposte nel ricorso del 9 dicembre 2015 (...) e nel ricorso sussidiario in materia costituzionale del 29 dicembre 2016" al Tribunale federale.
2.1. Dall'<ref-law> si deducono diverse garanzie, tra le quali il diritto ad una decisione motivata. Per giurisprudenza costante, la motivazione di una decisione è sufficiente quando una parte è messa in condizione di rendersi conto della portata del provvedimento che la concerne e di poterlo impugnare con cognizione di causa (<ref-ruling> consid. 5.2 e <ref-ruling> consid. 4.2).
Dal punto di vista formale, l'<ref-law> è rispettato anche se la motivazione è implicita, risulta dai diversi considerandi componenti la decisione, o da rinvii (sentenze 2C_115/2019 del 21 aprile 2020 consid. 4.1 e 2C_583/2017 del 18 dicembre 2017 consid. 5.2.1).
2.2. Nella fattispecie, una violazione dell'<ref-law> non è data. Il riferimento alla <ref-ruling>, nella quale il Tribunale federale ha confermato la natura amministrativa e non penale della sanzione in discussione, è infatti contenuto già nel considerando 1.2 della sentenza impugnata, di modo che anche la posizione della Corte cantonale dev'essere considerata chiara ab initio.
Nel contempo, va aggiunto: da un lato, che le critiche di natura formale, relative alla mancata presa in considerazione di argomenti contenuti nei ricorsi del 19 novembre/9 dicembre 2015 al Tribunale cantonale amministrativo, sono state trattate nella sentenza 2C_1184/2016 (ivi, consid. 4.2 segg.) e che se la ricorrente ne aveva di ulteriori doveva farle valere sempre nella procedura che è sfociata in tale giudizio; d'altro lato che, nella misura in cui l'insorgente si duole del mancato esame di argomenti contenuti nel ricorso sussidiario in materia costituzionale del 29 dicembre 2016, conclusosi con la sentenza 2C_1184/2016 del 7 giugno 2018, il rimprovero è parimenti infondato, perché tale atto era rivolto al Tribunale federale non alla Corte cantonale.
3.
Mirando ad un controllo incidente del diritto cantonale, la ricorrente fa quindi valere una lesione del diritto alla parità di trattamento garantito dall'<ref-law>
3.1. Una norma disattende il principio della parità di trattamento garantito dall'<ref-law> quando, tra casi simili, fa distinzioni che nessun ragionevole motivo in relazione alla situazione da regolare giustifica di fare o sottopone ad un regime identico situazioni che presentano tra loro differenze rilevanti e di natura tale da rendere necessario un trattamento diverso (<ref-ruling> consid. 4.2.1; <ref-ruling> consid. 3.3; <ref-ruling> consid. 3.3.2 e <ref-ruling> consid. 4.1).
L'ingiustificata uguaglianza rispettivamente disparità di trattamento devono riferirsi ad un aspetto sostanziale. Trascurato non va poi che esse possono comunque essere legittimate dagli scopi perseguiti dal legislatore (<ref-ruling> consid. 9.5; <ref-ruling> consid. 4.3.2 e <ref-ruling> consid. 3.3.2) e che - in generale - quest'ultimo dispone di ampio spazio di manovra (<ref-ruling> consid. 4.2.1; <ref-ruling> consid. 3.3 e <ref-ruling> consid. 4.1).
3.2. Anche in relazione a questa seconda censura, l'opinione dell'insorgente non può essere tuttavia condivisa.
3.2.1. Come indicato dal Tribunale amministrativo ticinese nel considerando 1.1 del proprio giudizio, la pena pecuniaria in discussione è stata infatti decisa in base all'art. 45 vLCPubb/TI, in vigore fino al 31 dicembre 2019, poiché così prevedeva la disposizione transitoria della modifica della LCPubb/TI decisa dal Gran Consiglio ticinese il 10 aprile 2017 e relativa anche al nuovo art. 45a LCPubb, in vigore dal 1° gennaio 2020 (cfr. bollettino ufficiale delle leggi e degli atti esecutivi del Cantone Ticino del 14 giugno 2019 pag. 211 segg.). Un'eventuale critica volta a lamentare l'applicazione dell'art. 45 vLCPubb/TI, invece del nuovo diritto entrato in vigore il 1° gennaio 2020, doveva quindi necessariamente passare attraverso un confronto con detta disposizione transitoria, prevista ad hoc dal legislatore cantonale. Ciò però non avviene, perché la ricorrente si limita a considerare che l'applicazione del diritto "abrogato" sarebbe frutto di "un errore" del Tribunale amministrativo per poi richiamarsi alla formula lex posterior derogat legi priori.
3.2.2. D'altra parte, riguardo alla norma di riferimento, che è l'art. 45 vLCPubb/TI, e alla sua applicazione in casu, una lesione del diritto alla parità di trattamento non viene sostanziata. In effetti, il discorso che la ricorrente svolge in relazione all'<ref-law> si basa essenzialmente sul nuovo diritto (art. 45a e art. 45b LCPubb/TI, in vigore dal 1° gennaio 2020), che non è qui tuttavia applicabile. Nella misura in cui essa sembra anche voler fare un paragone tra l'art. 45 cpv. 1 vLCpubb/TI, in vigore fino al 31 dicembre 2019, e l'art. 45b LCPubb/TI, in vigore dal 1° gennaio 2020, non è inoltre dato comprendere che rilevanza possa avere il confronto. In effetti, il corrispettivo dell'art. 45 vLCPubb/TI, applicato in casu, è il nuovo art. 45a LCPubb/TI - che, per inciso, continua a considerare la violazione della disciplina in materia di subappalto tra i casi suscettibili di una sanzione amministrativa - non l'art. 45b LCPubb/TI, e la censura non è ulteriormente motivata (art. 117 in relazione con l'<ref-law>).
4.
Infine, secondo la ricorrente la decisione impugnata violerebbe pure il divieto d'arbitrio garantito dall'<ref-law> dato che sarebbe "gravemente lesiva di una norma indiscussa" e "sproporzionata".
In questo contesto l'insorgente rileva infatti: da un lato che se, come accertato nel giudizio impugnato (consid. 4.4), la maggior parte delle sue prestazioni sono state svolte prima che il subappalto di secondo grado fosse vietato dalla legge, essa poteva essere sanzionata unicamente per quella parte di lavori svolta "posteriormente all'entrata in vigore della norma punitiva" (principio della non retroattività, <ref-law>); d'altro lato che, essendo sanzionabili solo prestazioni pari ad un valore di fr. 6'120.70 una pena pecuniaria di fr. 3'000.--, che rappresenta il 49,01 % di detto valore, è manifestamente eccessiva e non va quindi tutelata.
4.1. Una decisione è arbitraria quando non si fonda su motivi seri e oggettivi o appare priva di senso o di scopo rispettivamente è in manifesta contraddizione con la situazione di fatto, è gravemente lesiva di una norma o di un principio giuridico chiaro e indiscusso, oppure urta in modo scioccante il sentimento di giustizia ed equità (<ref-ruling> consid. 7.3; <ref-ruling> consid. 4.1 e 134 II 124 consid. 4.1).
Per ledere l'<ref-law> l'arbitrio dev'essere dato sia a livello di motivazione che di risultato. II semplice fatto che una soluzione diversa da quella adottata dall'autorità precedente potrebbe entrare in linea di conto o sarebbe addirittura preferibile non costituisce arbitrio (<ref-ruling> consid. 5.4; 170 consid. 7.3, 113 consid. 7.1).
4.2. Pure con riferimento alle critiche d'arbitrio in esso contenute, il ricorso è destinato tuttavia all'insuccesso.
4.2.1. Dal considerando 4.4 della querelata sentenza, al quale la ricorrente rinvia a sostegno della sua prima critica, risulta infatti chiaramente che i Giudici ticinesi non hanno confermato la pena pecuniaria pronunciata nei suoi confronti a causa della lesione del divieto del subappalto del subappalto, introdotto solo dal 13 marzo 2012, bensì per non avere "sottoscritto un contratto e raccolto l'autorizzazione del committente", ovvero per la fattispecie prevista dall'art. 45 cpv. 2 lett. b vLCpubb/TI fin dall'entrata in vigore della legge nel 2001 (precedente consid. A; cfr. bollettino ufficiale delle leggi e degli atti esecutivi del Cantone Ticino del 27 aprile 2001 pag. 91 segg.).
4.2.2. D'altra parte, siccome pure la seconda critica d'arbitrio si basa sull'errato assunto che determinante per la sanzione sia il divieto del subappalto del subappalto, quindi solo i lavori svolti dal 13 marzo 2012 (per un importo di fr. 6'120.70), anche il riferimento al fatto che la sanzione sarebbe pari al 49,01 % delle prestazioni eseguite non può essere condiviso. Come infatti risulta dagli accertamenti contenuti nei considerandi 4.4 e 5.4 del giudizio impugnato, con cui l'impugnativa non si confronta, il valore complessivo dei lavori non annunciati al committente è di fr. 60'875.-- e la sanzione di 3'000.-- non corrisponde quindi al 49.01 % bensì al 4.5 % degli stessi. Sulla base di tali accertamenti, che vincolano il Tribunale federale (<ref-law>), pure questa ulteriore censura d'arbitrio va pertanto respinta.
5.
Per quanto precede, il ricorso in materia di diritto pubblico è inammissibile e il ricorso sussidiario in materia costituzionale è respinto, sia per quanto riguarda la conclusione principale che per quanto attiene alla conclusione subordinata. Le spese giudiziarie seguono la soccombenza e vanno quindi poste a carico della ricorrente (<ref-law>); non sono dovute ripetibili (<ref-law>).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1.
Il ricorso in materia di diritto pubblico è inammissibile.
2.
Il ricorso sussidiario in materia costituzionale è respinto.
3.
Le spese giudiziarie di fr. 2'000.-- sono poste a carico della ricorrente.
4.
Comunicazione al patrocinatore della ricorrente, al Consiglio di Stato, per il tramite dell'Ufficio di vigilanza sulle commesse pubbliche, e al Tribunale amministrativo del Cantone Ticino.