Fatti:
A.
Con decisione del 21 agosto 2019 il Consiglio di Stato del Cantone Ticino ha escluso la B1._ SpA (nel frattempo assorbita dalla B2._ SpA, ora A._) dalla partecipazione a tutti i concorsi pubblici per un periodo di dodici mesi e le ha inflitto una pena pecuniaria di fr. 153'000.--, in relazione alla cessione o subappalto senza autorizzazione delle opere specialistiche di insonorizzazione per l'impianto di ventilazione (eseguite da C._ per euro 35'000), e per le prestazioni di progettazione e direzione lavori da parte di B1._ (per un importo di fr. 2'232'578.--). Detta decisione è stata pronunciata in base all'art. 45 cpv. 2 lett. a e b della legge ticinese del 20 febbraio 2001 sulle commesse pubbliche (LCPubb/TI, RL/TI 730.100), nella versione in vigore fino al 31 dicembre 2019, che sanziona una cessione parziale o totale del contratto (lett. a) rispettivamente un subappalto (lett. b) senza l'accordo del committente.
Adito su ricorso del 25 settembre 2019 della A._, con sentenza del 4 gennaio 2021 il Tribunale amministrativo del Cantone Ticino ha parzialmente accolto il gravame annullando l'esclusione e riducendo la pena pecuniaria a fr. 120'000.--.
B.
Con ricorso in materia di diritto pubblico e ricorso sussidiario in materia costituzionale del 18 febbraio 2021 la A._ si è rivolta al Tribunale federale chiedendo che, in riforma della pronuncia cantonale, la pena pecuniaria sia annullata o, in subordine, sia ridotta a fr. 1'000.--. Domanda inoltre il conferimento dell'effetto sospensivo al gravame.
Chiamato ad esprimersi, il Tribunale amministrativo ticinese si è riferito alle motivazioni e alle conclusioni della propria sentenza. Ad essa ha fatto in sostanza rinvio anche l'Ufficio di vigilanza sulle commesse pubbliche, che ha domandato che il gravame sia respinto nella misura della sua ammissibilità. Con decreto presidenziale del 9 marzo 2021 l'istanza di conferimento dell'effetto sospensivo è stata accolta.

Diritto:
1.
Il Tribunale federale esamina d'ufficio e con piena cognizione la propria competenza (<ref-law>) e l'ammissibilità del rimedio proposto (<ref-ruling> consid. 1.1).
1.1. Il giudizio impugnato si fonda sull'art. 45 vLCPubb/TI, nella versione in vigore fino al 31 dicembre 2019, e costituisce pertanto una decisione in ambito di acquisti pubblici ai sensi dell'art. 83 lett. f LTF (<ref-ruling> consid. 2.2; sentenza 2C_155/2021 e 157/2021 del 14 dicembre 2021, destinata alla pubblicazione, consid. 1.3).
Salvo eccezioni qui non determinanti, in tale contesto il ricorso in materia di diritto pubblico è ammissibile solo se il valore dell'appalto raggiunge quelli previsti dall'art. 83 lett. f n. 2 LTF e, cumulativamente, se il caso pone una questione di diritto di importanza fondamentale giusta l'art. 83 lett. f n. 1 LTF (<ref-ruling> consid. 1.2; sentenza 2C_155/2021 e 157/2021 del 14 dicembre 2021 consid. 1.3.1, dal quale risulta per altro che, contrariamente a quanto considerato nell'impugnativa, le due condizioni indicate dall'art. 83 lett. f LTF continuano ad essere cumulative anche dopo il 1° gennaio 2021). Se esse non sono adempiute, resta da verificare se sia aperta la via del ricorso sussidiario in materia costituzionale.
1.2. L'esistenza di una questione giuridica di importanza fondamentale ai sensi dell'art. 83 lett. f n. 1 LTF va ammessa in maniera restrittiva.
Per ritenere adempiuto questo presupposto non basta che il Tribunale federale non si sia mai pronunciato sulla domanda posta; occorre piuttosto che il problema giuridico sollevato sia suscettibile di ripresentarsi nei medesimi termini in svariati casi analoghi, per cui la sua soluzione può fungere da riferimento per la prassi; la questione aperta o controversa, che dev'essere inerente al regime giuridico in materia di acquisti pubblici, deve inoltre avere portata tale da richiedere un chiarimento da parte della più alta istanza federale (<ref-ruling> consid. 1.4.1; <ref-ruling> consid. 1.2 e 138 I 143 consid. 1.1.2).
1.3. Una simile questione, che la ricorrente ravvisa nella necessità di riesaminare la giurisprudenza in materia e quindi di considerare la pena pecuniaria prevista dall'art. 45 vLCPubb/TI quale sanzione di natura penale invece che amministrativa, con conseguente applicazione del principio societas delinquere non poteste dei termini di prescrizione previsti dall'art. 109 del codice penale svizzero del 21 dicembre 1937 (CP; RS 311.0), non è però data.
In effetti, in merito a tale aspetto il Tribunale federale non solo si era già espresso nella <ref-ruling> (consid. 1.1), ma ha nel frattempo anche indicato che non vi sono motivi per tornare sulla propria decisione. Come emerge dalla sentenza 2C_155/2021 e 157/2021 del 14 dicembre 2021 (consid. 4.5), la natura amministrativa della pena pecuniaria prevista dall'art. 45 vLCPubb/TI è stata infatti riconfermata ancora di recente. Inoltre, sempre in tale giudizio (consid. 4.6) questa Corte ha anche riconosciuto la sostenibilità della prassi cantonale secondo cui l'azione sanzionatoria si prescrive in cinque anni, analogamente a quanto previsto dall'art. 49a cpv. 3 della legge federale del 6 ottobre 1995 sui cartelli e altre limitazioni della concorrenza (LCart; RS 251), di modo che una questione di diritto di importanza fondamentale non può essere ravvisata nemmeno in relazione all'aspetto della prescrizione che, insieme al principio societas delinquere non potest, è del resto evocato come ulteriore questione di importanza fondamentale solo in subordine, "quale conseguenza della natura penale della pena pecuniaria".
1.4. Giustificato non sarebbe d'altra parte neppure basarsi sull'esistenza di una questione di diritto d'importanza fondamentale al momento dell'inoltro del ricorso, come viene fatto in relazione a casi di assistenza amministrativa internazionale in materia fiscale (<ref-law>; sentenze 2C_310/2020 del 1° dicembre 2020 consid. 1.2 e 2C_216/2015 dell'8 novembre 2015 consid. 1.3.2).
1.4.1. In effetti, questa prassi dipende dal fatto che in ambito di assistenza amministrativa internazionale in materia fiscale il Tribunale federale deve rendere una decisione di non entrata in materia al più tardi entro 15 giorni dalla chiusura di un eventuale scambio di scritti (<ref-law>), e che la verifica dell'esistenza di una questione di importanza fondamentale non può andare oltre tale termine, nemmeno quando la medesima questione sollevata con il ricorso in esame risulta essere già pendente, perché oggetto di una procedura più avanzata.
1.4.2. L'adozione di una simile prassi non si giustifica tuttavia nella fattispecie, perché nell'ambito degli appalti pubblici una norma simile all'<ref-law> non esiste. Di conseguenza, per valutare l'ammissibilità del ricorso in materia di diritto pubblico, il Tribunale federale esamina l'esistenza di una questione giuridica di importanza fondamentale ai sensi dell'art. 83 cpv. 1 lett. f n. 1 LTF al momento in cui decide, tenendo così conto anche della giurisprudenza resa posteriormente all'inoltro del ricorso, quando la causa era già pendente.
1.5. Non vertendo l'impugnativa su una questione giuridica di importanza fondamentale ai sensi dell'art. 83 lett. f n. 1 LTF, poiché il Tribunale federale si è pronunciato in merito il 14 dicembre 2021, il ricorso in materia di diritto pubblico è pertanto inammissibile, a prescindere dal raggiungimento dei valori soglia dell'art. 83 lett. f n. 2 LTF.
Rivolta contro una decisione finale (art. 117 in relazione con l'<ref-law>) di un tribunale cantonale di ultima istanza (art. 114 e art. 86 cpv. 1 lett. d e cpv. 2 LTF), inoltrata nei termini (art. 117 in relazione con l'<ref-law>) e presentata da persona legittimata a ricorrere (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 2.3), essa va per contro trattata quale ricorso sussidiario in materia costituzionale.
2.
2.1. Con ricorso sussidiario in materia costituzionale è possibile censurare unicamente la violazione di diritti costituzionali (<ref-law>). Il rispetto di tali diritti non è inoltre esaminato d'ufficio, perché occorre che chi ricorre specifichi quali diritti ritiene lesi ed esponga le sue censure in modo chiaro, circostanziato ed esaustivo (art. 117 in relazione con l'<ref-law>; sentenze 2D_2/2021 del 7 ottobre 2021 consid. 2.1 e 2C_964/2020 del 25 agosto 2021 consid. 2). Critiche non conformi a tali criteri non possono quindi essere approfondite. Limitata è anche la possibilità di contestare l'accertamento dei fatti. Di principio, il Tribunale federale fonda la sua sentenza sui fatti stabiliti dall'autorità inferiore (<ref-law>); può rettificare o completare i relativi accertamenti se sono stati svolti in violazione del diritto ai sensi dell'<ref-law> (<ref-law>).
2.2. Nella fattispecie, l'insorgente ritiene che il giudizio impugnato contrasti a vario titolo sia con l'<ref-law>, che garantisce la parità di trattamento, sia con l'<ref-law>, che vieta l'arbitrio. Tali censure, non sempre motivate in maniera conforme all'art. 117 in relazione con l'<ref-law>, verranno affrontate nei considerandi successivi. Altri riferimenti alla Costituzione federale non vanno per contro approfonditi perché risultano solo accennati e sfuggono quindi a priori a un esame di questa Corte. Stessa cosa vale per il semplice richiamo a norme del diritto cantonale, poiché la loro violazione non rientra tra le censure proponibili in questa sede (<ref-law>). Dato che non vengono messi in discussione, con una motivazione che ne dimostri un accertamento arbitrario o altrimenti lesivo di un diritto costituzionale, i fatti che emergono dal giudizio impugnato vincolano inoltre il Tribunale federale (<ref-law>).
3.
Come già osservato, con sentenza del 4 gennaio 2021 la Corte cantonale ha parzialmente accolto il gravame davanti ad essa interposto.
Per quanto qui di rilievo, respinta una serie di censure di natura formale, nel suo giudizio ha infatti constatato: (a) che il principio della non retroattività non era stato leso (consid. 3); (b) che la sanzione in discussione aveva natura amministrativa e non penale (consid. 4); (c) che alla fattispecie poteva essere applicato in via analogica l'art. 49a cpv. 3 lett. c LCart e che, in base a questa norma, il termine di cinque anni per l'azione sanzionatoria non era ancora scaduto (consid. 5); (d) che le norme che impongono di raccogliere l'autorizzazione scritta del committente per il subappalto di secondo grado o per la sostituzione del subappaltatore erano state violate (consid. 6-9); (e) che nel rispetto del principio della proporzionalità occorreva però annullare l'esclusione alla partecipazione ai concorsi pubblici e ridurre la pena pecuniaria a fr. 120'000.--, pari a circa il 5 % del valore delle prestazioni interessate (consid. 10-11); (f) che nella procedura in discussione era stata anche garantita la parità di trattamento (consid. 13).
4.
4.1. Innanzitutto, richiamandosi all'<ref-law>, l'insorgente si lamenta dell'arbitrarietà del giudizio impugnato in merito a più aspetti. Una prima serie di critiche in tal senso concerne infatti: (a) la qualifica della pena pecuniaria quale sanzione amministrativa invece che quale sanzione penale, con conseguente rinuncia ad applicare "i principi che reggono il diritto penale materiale e procedurale"; (b) l'applicazione analogica dell'<ref-law>, secondo cui l'azione sanzionatoria si prescrive in cinque anni; (c) il fatto che la Corte cantonale non abbia riconosciuto l'intervento della prescrizione in corso di procedura; (d) la mancata applicazione del principio della lex mitior.
4.2. Una decisione è arbitraria quando non si fonda su motivi seri e oggettivi o appare priva di senso o di scopo rispettivamente è in manifesta contraddizione con la situazione di fatto, è gravemente lesiva di una norma o di un principio giuridico chiaro e indiscusso, oppure urta in modo scioccante il sentimento di giustizia ed equità (<ref-ruling> consid. 7.3; <ref-ruling> consid. 4.1 e 134 II 124 consid. 4.1).
Per violare l'<ref-law> l'arbitrio dev'essere dato sia a livello di motivazione che di risultato. II semplice fatto che una soluzione diversa da quella adottata dall'autorità precedente potrebbe entrare in linea di conto o sarebbe addirittura preferibile non costituisce arbitrio (<ref-ruling> consid. 5.4; 170 consid. 7.3, 113 consid. 7.1).
4.3. Contrariamente a quanto sostenuto nell'impugnativa, l'arbitrio non è tuttavia dato rispettivamente dimostrato in relazione a nessuno dei quattro aspetti in discussione (precedente p.to 4.1 lett. a-d).
4.3.1. Come indicato nella sentenza 2C_155/2021 e 157/2021 del 14 dicembre 2021 (consid. 4.5), la qualifica della pena pecuniaria prevista dall'art. 45 vLCPubb/TI, in vigore fino al 31 dicembre 2019 e qui determinante, quale sanzione amministrativa con carattere penale e non quale sanzione penale non è infatti arbitraria: né alla luce di un'interpretazione della norma stessa e della giurisprudenza ad essa relativa (consid. 4.5.1 e 4.5.2), né alla luce della revisione cui è stata sottoposta di recente la LCPubb/TI, quindi del nuovo diritto cantonale, in vigore dal 1° gennaio 2020 (consid. 4.5.3), né infine alla luce della dottrina o della parallela legislazione federale e intercantonale (consid. 4.5.4).
4.3.2. Sempre come indicato nella sentenza 2C_155/2021 e 157/2021 del 14 dicembre 2021 (consid. 4.6), arbitrario non è d'altra parte nemmeno il richiamo in via analogica all'<ref-law> per rispondere alla questione della prescrizione dell'azione sanzionatoria, poiché esso si giustifica sia in considerazione del fatto che la pena pecuniaria in discussione ha natura analoga a quella comminata dall'<ref-law>, sia in considerazione del fatto che giurisprudenza e dottrina tendono in generale a considerare che, in assenza di disposizioni contrarie, il termine di prescrizione nel diritto amministrativo debba essere di una durata di cinque anni (consid. 4.6.1 e 4.6.2).
4.3.3. Ricordato che l'esistenza di altre soluzioni possibili non dimostra l'arbitrio, nel giudizio 2C_155/2021 e 157/2021 del 14 dicembre 2021 (consid. 4.6.1 e 4.7) questa Corte ha nel contempo osservato che, siccome l'<ref-law> fissa il decorso dei cinque anni a partire dal momento in cui "la limitazione della concorrenza ha cessato di esplicare i suoi effetti", sostenibile è anche far partire la decorrenza dei cinque anni dalla fine dell'illecito, come fatto pure nella fattispecie (giudizio impugnato, consid. 5.2) e ad altra conclusione non porta d'altra parte il richiamo agli art. 6 e 7 della Convenzione europea del 4 novembre 1950 per la salvaguardia dei diritti dell'uomo e delle libertà fondamentali (CEDU; RS 0.101), con contestuale pretesa di applicazione alla fattispecie dell'<ref-law>. In effetti, il riferimento a tali disposti convenzionali si limita in sostanza alla loro menzione, ciò che non basta (art. 117 in relazione con l'<ref-law>; precedente consid. 2).
4.3.4. Infine, a un'ammissione di una lesione del divieto d'arbitrio non conduce il richiamo al principio della lex mitior, in ragione del fatto che, dal 1° gennaio 2020, l'art. 45b LCPubb/TI prevede la possibilità di comminare una multa massima di fr. 50'000.--. Il corrispettivo dell'art. 45 cpv. 1 e 3 vLCPubb/TI, in vigore fino al 31 dicembre 2019 e qui applicato, non è infatti l'art. 45b LCPubb/TI, bensì l'art. 45a cpv. 1 LCPubb/TI (sentenza 2C_155/2021 e 157/2021 del 14 dicembre 2021 consid. 4.5.3). Al pari dell'art. 45 cpv. 1 e 3 vLCPubb/TI, l'art. 45a cpv. 1 LCPubb/TI continua inoltre a prevedere che - in caso di gravi violazioni - il contravventore venga sanzionato con una pena pecuniaria che può raggiungere il 20 % del valore della commessa rispettivamente con l'esclusione da ogni aggiudicazione per un massimo di cinque anni.
5.
Mirando ad un controllo incidente del diritto cantonale, la ricorrente fa quindi valere una lesione del diritto alla parità di trattamento garantito dall'<ref-law>
5.1. Una norma disattende il principio della parità di trattamento garantito dall'<ref-law> quando, tra casi simili, fa distinzioni che nessun ragionevole motivo in relazione alla situazione da regolare giustifica di fare o sottopone ad un regime identico situazioni che presentano tra loro differenze rilevanti e di natura tale da rendere necessario un trattamento diverso (<ref-ruling> consid. 4.2.1; <ref-ruling> consid. 3.3; <ref-ruling> consid. 3.3.2 e <ref-ruling> consid. 4.1).
L'ingiustificata uguaglianza rispettivamente disparità di trattamento devono riferirsi ad un aspetto sostanziale. Trascurato non va poi che esse possono comunque essere legittimate dagli scopi perseguiti dal legislatore (<ref-ruling> consid. 9.5; <ref-ruling> consid. 4.3.2 e <ref-ruling> consid. 3.3.2) e che - in generale - quest'ultimo dispone di ampio spazio di manovra (<ref-ruling> consid. 4.2.1; <ref-ruling> consid. 3.3 e <ref-ruling> consid. 4.1).
5.2. Anche in relazione a questa seconda censura, l'opinione dell'insorgente non può essere tuttavia condivisa.
5.2.1. Come indicato dal Tribunale amministrativo ticinese nel considerando 1.1 del proprio giudizio, la pena pecuniaria in discussione è stata infatti decisa in base all'art. 45 vLCPubb/TI, in vigore fino al 31 dicembre 2019, poiché così prevedeva la disposizione transitoria della modifica della LCPubb/TI decisa dal Gran Consiglio ticinese il 10 aprile 2017 e relativa anche al nuovo art. 45a LCPubb, in vigore dal 1° gennaio 2020 (cfr. bollettino ufficiale delle leggi e degli atti esecutivi del Cantone Ticino del 14 giugno 2019 pag. 211 segg.). Un'eventuale critica volta a lamentare l'applicazione dell'art. 45 vLCPubb/TI, invece del nuovo diritto entrato in vigore il 1° gennaio 2020, doveva quindi necessariamente passare attraverso un confronto con detta disposizione transitoria, prevista ad hoc dal legislatore cantonale. Ciò però non avviene, perché la ricorrente si limita a considerare che l'applicazione del diritto "abrogato" sarebbe frutto di "un errore" del Tribunale amministrativo per poi richiamarsi alla formula lex posterior derogat legi priori.
5.2.2. D'altra parte, riguardo alla norma di riferimento, che è l'art. 45 vLCPubb/TI, e alla sua applicazione in casu, una lesione del diritto alla parità di trattamento non viene sostanziata. In effetti, il discorso che la ricorrente svolge in relazione all'<ref-law> si basa essenzialmente sul nuovo diritto (art. 45a e art. 45b LCPubb/TI, in vigore dal 1° gennaio 2020), che non è qui tuttavia applicabile. Nella misura in cui essa sembra anche voler fare un paragone tra l'art. 45 cpv. 1 vLCpubb/TI, in vigore fino al 31 dicembre 2019, e l'art. 45b LCPubb/TI, in vigore dal 1° gennaio 2020, non è inoltre dato comprendere che rilevanza possa avere il confronto. In effetti, il corrispettivo dell'art. 45 vLCPubb/TI, applicato in casu, è il nuovo art. 45a LCPubb/TI - che, per inciso, continua a considerare la violazione della disciplina in materia di subappalto tra i casi suscettibili di una sanzione amministrativa -, non l'art. 45b LCPubb/TI, e la censura non è ulteriormente motivata (art. 117 in relazione con l'<ref-law>).
6.
Sempre riferendosi al diritto alla parità di trattamento (<ref-law>), la ricorrente si lamenta in parallelo della mancata pronuncia di una sanzione anche nei confronti del committente.
In questo caso, la critica è indirizzata contro i contenuti del considerando 13 del giudizio impugnato, nel quale i Giudici ticinesi hanno già respinto la medesima censura, osservando che per il committente valgono disposizioni legali diverse.
6.1. Una decisione disattende il diritto alla parità di trattamento sancito dall'<ref-law> quando, tra casi simili, fa distinzioni che nessun fatto importante giustifica di fare o sottopone a un regime identico situazioni che presentano tra loro delle differenze rilevanti e di natura tale da rendere necessario un trattamento diverso (<ref-ruling> consid. 6.1; sentenza 2C_1037/2020 del 25 maggio 2021 consid. 5.2).
6.2. Una volta di più, la censura esposta non dimostra tuttavia l'incostituzionalità della sentenza querelata.
6.2.1. Come rilevato dai Giudici ticinesi, le norme che disciplinano la sanzione dei contravventori che, al pari dell'insorgente, appartengono alla categoria delle ditte coinvolte in un appalto, e quelle che regolano la possibilità di sanzionare i committenti sono in effetti diverse (per la situazione fino al 31 dicembre 2019, qui determinante, cfr. l'art. 45 [contravventori, ditte come la ricorrente] rispettivamente gli art. 45a e 45b vLCPubb/TI [committenti o loro membri e ausiliari], cui rinvia anche il considerando 13 del giudizio impugnato). Già da una lettura di questi disposti non può inoltre sfuggire che l'art. 45a vLCPubb/TI è formulato in maniera potestativa e richiede l'intenzionalità, mentre ciò non è il caso per la sanzione pecuniaria prevista dall'art. 45 vLCPubb TI, qui applicato.
6.2.2. D'altra parte, preso atto della risposta ottenuta dalla Corte cantonale nel considerando 13 del querelato giudizio, l'insorgente non ha nemmeno formulato critiche che mirano a un controllo incidente delle differenti regole menzionate (da un lato, l'art. 45 vLCPubb/TI; d'altro lato, gli art. 45a e 45b vLCPubb/TI) e, in questo contesto, a un loro confronto nell'ottica dell'<ref-law>, di modo che anche tale aspetto non va approfondito (art. 117 in relazione con l'<ref-law>).
7.
7.1. Infine, secondo la ricorrente la decisione impugnata violerebbe di nuovo l'<ref-law> a causa della sproporzione della pena pecuniaria di fr. 120'000.-- che le è stata irrogata dai Giudici ticinesi.
Con questa seconda serie di critiche d'arbitrio, essa rileva infatti: (a) che il divieto di subappalto di secondo grado vige solo dal 13 marzo 2012 (art. 36 cpv. 2 del regolamento del 12 settembre 2006 di applicazione della legge sulle commesse pubbliche e del concordato intercantonale sugli appalti pubblici [RLCPubb/TI; RL/TI 730.110]) e anche la facoltà di irrogare una pena pecuniaria fino al 20 % del valore della commessa (art. 45 cpv. 1 e 3 vLCPubb) vige solo dal 13 dicembre 2011, ovvero da dopo la conclusione dei contratti di appalto e subappalto relativi alla commessa; (b) che pure la responsabilità di chi ha ottenuto un subappalto è data unicamente dal 13 luglio 2012 (art. 36 cpv. 2 seconda frase RLCPubb), e che anche tale aspetto avrebbe quindi dovuto rientrare nella commisurazione della pena; (c) che lecito non era nemmeno "compensare" l'annullamento dell'esclusione dalla partecipazione a tutti i concorsi pubblici per un periodo di dodici mesi con una pena pecuniaria così alta; (d) che, dopo avere indicato di volere considerare che i responsabili della committente non erano completamente all'oscuro dell'intervento non autorizzato sul cantiere, i Giudici cantonali non vi hanno proceduto perché, nell'ambito della commisurazione della pena, tale aspetto non è stato più evocato; (e) che la sanzione massima per i committenti e per chi intenzionalmente procede a un subappalto non autorizzato è di fr. 20'000.-- (art. 45a cpv. 2 LCPubb/TI) rispettivamente fr. 50'000.-- (art. 45b LCPubb/TI) di modo che l'arbitrio della pena pecuniaria irrogata è evidente anche sotto questo profilo; (f) che le lesioni ascritte alla ricorrente sono di forma, mentre non sono in discussione la competenza, la perizia e il rispetto dei requisiti richiesti dalla LCPubb/TI da parte delle ditte del gruppo B._.
7.2. Pure in questo caso l'arbitrio, nel senso indicato nel considerando 4.2, non è tuttavia dato rispettivamente dimostrato in relazione a nessuno dei sei aspetti in discussione (precedente p.to 7.1 lett. a-f).
7.2.1. In effetti, l'applicabilità dell'art. 45 cpv. 1 vLCPubb/TI, nella versione in vigore dal 13 dicembre 2011, che prevede la sanzione pecuniaria, è stata già ammessa dai Giudici ticinesi, spiegandone le ragioni (giudizio impugnato, consid. 3) e - con il semplice richiamo all'<ref-law>, al principio della legalità e all'art. 47 LCPubb/TI - la ricorrente non dimostra l'insostenibilità di questa conclusione.
D'altra parte, dal considerando 9.4 del giudizio impugnato risulta anche che, a conferma della sanzione, la Corte cantonale non ha posto il divieto del subappalto di cui all'art. 36 RLCPubb/TI, in vigore dal 13 marzo 2012, bensì la violazione delle norme che impongono di raccogliere l'autorizzazione scritta del committente per il subappalto di secondo grado o per la sostituzione del subappaltatore, ovvero per la fattispecie prevista dall'art. 45 cpv. 2 lett. b vLCpubb/TI, in vigore dal 2001 (cfr. bollettino ufficiale delle leggi e degli atti esecutivi del Cantone Ticino del 27 aprile 2001 pag. 91 segg.), e dall'art. 51 cpv. 5 RLCPubb/TI, abrogato solo a partire dal 1° gennaio 2020. Le critiche d'arbitrio (a) e (b) esposte nel considerando 7.1 vanno quindi respinte.
7.2.2. Come detto, stessa cosa vale però per le censure (c) e (d). L'asserita volontà della Corte cantonale di "compensare" l'annullamento dell'esclusione dalla partecipazione a tutti i concorsi pubblici per un periodo di dodici mesi con una pena pecuniaria alta è infatti frutto di una mera interpretazione dell'insorgente, che non trova riscontri concreti nella querelata sentenza.
È inoltre vero che, dopo avere evocato tale aspetto nel considerando 10.3 del giudizio impugnato, nel successivo considerando 11 la Corte cantonale non parla più espressamente del fatto che i responsabili della committente non erano completamente all'oscuro dell'intervento non autorizzato sul cantiere. Altrettanto vero è però che nel considerando 11 - nel quale giunge ad annullare l'esclusione dalla partecipazione a tutti i concorsi pubblici per un periodo di dodici mesi e ad abbassare la pena pecuniaria da fr. 153'000.-- a fr. 120'000.-- - essa rileva che la ponderazione in merito all'entità della sanzione da irrogare è frutto di "tutti gli elementi oggettivi e soggettivi, a favore e contro la ricorrente" esaminati sin lì e nella valutazione complessiva svolta dai Giudici ticinesi risulta quindi ricadere anche tale aspetto.
7.2.3. Infine, a dimostrare l'insostenibilità del giudizio impugnato non portano le critiche (e) e (f), con cui la ricorrente sottolinea: da un lato, che la sanzione massima per i committenti e per chi intenzionalmente procede a un subappalto non autorizzato è di fr. 20'000.-- rispettivamente fr. 50'000.-- (art. 45a cpv. 2 e art. 45b LCPubb/TI, in vigore dal 1° gennaio 2020); d'altro lato, che le violazioni che le vengono ascritte sono solo di forma.
La facoltà di infliggere una pena pecuniaria di un importo fino al 20 % del valore della commessa risulta infatti sia dall'art. 45 cpv. 1 e 3 vLCPubb/TI, in vigore fino al 31 dicembre 2019 e applicata alla fattispecie, sia dall'art. 45a cpv. 1 LCPubb/TI, in vigore dal 1° gennaio 2020. Per il resto, il confronto tra tali norme e quelle relative alla sanzione dei committenti (art. 45a cpv. 2 e art. 45b LCPubb/TI, in vigore dal 1° gennaio 2020) si esaurisce nell'esposizione di considerazioni che non sono atte a mettere in discussione il sistema sanzionatorio previsto dal diritto ticinese (art. 117 in relazione con l'<ref-law>). Inoltre, il subappalto senza l'accordo del committente, che è in casu rimproverato alla ricorrente (giudizio impugnato, consid. 9.4), rientra espressamente tra le violazioni che il legislatore ticinese ha definito come gravi (art. 45 cpv. 1 e 2 lett. b vLCPubb/TI).
8.
Per quanto precede, il ricorso in materia di diritto pubblico è inammissibile e il ricorso sussidiario in materia costituzionale è respinto, sia per quanto riguarda la conclusione principale che per quanto attiene alla conclusione subordinata. Le spese giudiziarie seguono la soccombenza e vanno quindi poste a carico della ricorrente (<ref-law>); non sono dovute ripetibili (<ref-law>).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1.
Il ricorso in materia di diritto pubblico è inammissibile.
2.
Il ricorso sussidiario in materia costituzionale è respinto.
3.
Le spese giudiziarie di fr. 5'000.-- sono poste a carico della ricorrente.
4.
Comunicazione al patrocinatore della ricorrente, al Consiglio di Stato, per il tramite dell'Ufficio di vigilanza sulle commesse pubbliche, e al Tribunale amministrativo del Cantone Ticino.