Faits :
A.
Par jugement du 5 décembre 2016, le Tribunal criminel de l'arrondissement de l'Est vaudois a condamné X._ pour brigandage qualifié, dommages à la propriété et vol d'usage à une peine privative de liberté de six ans, sous déduction de 26 jours de détention extraditionnelle, 142 jours de détention provisoire et 69 jours d'exécution anticipée de peine, l'a maintenu en exécution anticipée de peine, a pris acte de la reconnaissance de dette signée par X._ en faveur de A._, a donné acte de leurs réserves civiles à la bijouterie B._, C._ et D._, a statué sur les séquestres, frais et l'indemnité du défenseur d'office.
B.
Par jugement du 13 juin 2017, la Cour d'appel pénale du Tribunal cantonal vaudois a très partiellement admis l'appel formé par X._ en ce sens qu'il n'a pas donné acte de leurs réserves civiles à C._ et D._ mais uniquement à la bijouterie B._. Il a, en outre, rejeté l'appel joint du ministère public.
En bref, il ressort les éléments suivants du jugement attaqué.
Le 15 janvier 2015, entre 11h41 et 11h43, à E._, agissant de concert, X._, Y._ et Z._ ont dérobé, au préjudice de la bijouterie B._, des montres et bijoux d'une valeur totale de 606'869 fr. (prix d'achat), sous la menace d'une arme à feu.
Après s'être rendus sur place au volant d'une voiture de marque F._ qu'ils avaient dérobée ensemble la veille à G._ au préjudice de A._, les intéressés se sont dirigés vers la bijouterie B._ à E._. A cet endroit, alors que X._ et Y._ étaient restés à l'écart, Z._, portant un béret et des lunettes, une barbe et une sacoche, s'est présenté devant la porte du commerce. Une fois la porte déverrouillée par le personnel de la bijouterie, ce dernier est entré, immédiatement suivi par ses comparses, X._ prenant soin de bloquer la porte avec une cale pour faciliter leur fuite. Z._ a alors exhibé une arme à feu, réelle et chargée, avec laquelle il a menacé le personnel présent, à savoir C._, directrice du commerce et D._, horloger venu d'une succursale de H._ pour récupérer divers articles et une employée. Après les avoir contraints à rester à l'écart derrière le bureau administratif, Z._ a rejoint ses comparses et a entrepris, comme eux, de briser les vitrines pour s'emparer des bijoux et montres. A un moment donné, alors que Z._ tapait contre une vitrine avec son pistolet, une douille est tombée au sol, laquelle a été ramassée par X._ lorsqu'il quittait la bijouterie. Deux minutes après leur entrée dans le commerce, les intéressés ont pris la fuite avec leur butin. Le butin a ensuite été remis à tout le moins en partie, à I._, connu par les autorités serbes pour être un important receleur. Le mode opératoire utilisé par les intéressés correspond à celui de la mouvance criminelle internationale des " Pink Panthers ".
Les trois protagonistes ont en outre loué deux appartements, via la plateforme Airbnb, qui ont servi de logements de repli avant et après la commission des faits, soit un appartement à G._ du 9 au 19 janvier 2015 et un studio à E._ du 7 au 17 janvier 2015.
Le 5 février 2015, la police autrichienne a interpellé quatre individus, dont I._, lesquels étaient en tractations pour le rachat de divers articles volés, dont 18 montres de marques J._ et K._ provenant du butin de la bijouterie B._, à qui elles ont pu être restituées, pour la plupart endommagées.
X._ est né en Serbie, pays dont il est ressortissant. Il a suivi la scolarité obligatoire et a une formation de technicien en circulation routière. Il est père d'un enfant né en 2005. Il a déclaré avoir travaillé comme coiffeur et dans le commerce de voitures. Ses casiers judiciaires suisse et autrichien sont vierges. Il ressort des fichiers de police de son pays pour vols aggravés, vols de véhicule, lésions corporelles graves et port illégal d'armes et d'explosifs.
C.
X._ forme un recours en matière pénale au Tribunal fédéral contre le jugement du 13 juin 2017. Il conclut, avec suite de frais et dépens, principalement à sa réforme en ce sens qu'il est condamné à une peine privative de liberté qui n'excède pas quatre ans, subsidiairement que le jugement attaqué est annulé et la cause renvoyée à l'autorité précédente pour nouveau jugement au sens des considérants. Il requiert par ailleurs l'assistance judiciaire.

Considérant en droit :
1.
Le recourant se plaint d'une violation de la maxime d'accusation et de son droit d'être entendu.
1.1. Le principe de l'accusation est consacré à l'<ref-law>, mais découle aussi des art. 29 al. 2 Cst., 32 al. 2 Cst. et 6 par. 1 et 3 let. a et b CEDH. Selon ce principe, l'acte d'accusation définit l'objet du procès (fonction de délimitation). Il doit décrire les infractions qui sont imputées au prévenu de façon suffisamment précise pour lui permettre d'apprécier, sur les plans subjectif et objectif, les reproches qui lui sont faits (<ref-ruling> consid. 3.4.1 p. 142 s.). Le principe d'accusation vise également à protéger le droit à une défense effective et le droit d'être entendu (fonction d'information). Le contenu de l'acte d'accusation doit ainsi permettre au prévenu de s'expliquer et préparer efficacement sa défense (<ref-ruling> consid. 3.4.1 p. 142 s.; <ref-ruling> consid. 6.2 p. 244 s. et les références citées).
Les <ref-law> règlent la mise en accusation, en particulier le contenu strict de l'acte d'accusation. Selon l'<ref-law>, l'acte d'accusation désigne notamment les actes reprochés au prévenu, le lieu, la date et l'heure de leur commission ainsi que leurs conséquences et le mode de procéder de l'auteur (let. f); les infractions réalisées et les dispositions légales applicables de l'avis du ministère public (let. g). En d'autres termes, l'acte d'accusation doit contenir les faits qui, de l'avis du ministère public, correspondent à tous les éléments constitutifs de l'infraction reprochée à l'accusé. Le tribunal est lié par l'état de fait décrit dans l'acte d'accusation, mais peut s'écarter de l'appréciation juridique qu'en fait le ministère public (<ref-law>), à condition d'en informer les parties présentes et de les inviter à se prononcer (<ref-law>). Il peut toutefois retenir dans son jugement des faits ou des circonstances complémentaires, lorsque ceux-ci sont secondaires et n'ont aucune influence sur l'appréciation juridique (arrêt 6B_947/2015 du 29 juin 2017 consid. 7.1 et les références citées). La description des faits reprochés dans l'acte d'accusation doit être la plus brève possible (art. 325 al. 1 let. f CPP). Celui-ci ne poursuit pas le but de justifier ni de prouver le bien-fondé des allégations du ministère public, qui sont discutées lors des débats. Aussi, le ministère public ne doit-il pas y faire mention des preuves ou des considérations tendant à corroborer les faits (arrêt 6B_947/2015 précité consid. 7.1 et les références citées).
1.2. Dans le cadre de l'examen du degré de participation du recourant, la cour cantonale a retenu que celui-ci avait participé à tous les stades décisifs menant au brigandage, à savoir l'attribution des rôles, les repérages des lieux et l'exécution proprement dite du brigandage. Il avait en effet rencontré ses comparses à plusieurs reprises en Serbie. A ces occasions, le rôle de chacun avait été défini et il avait été convenu que le recourant devrait briser les présentoirs des montres de la marque L._ et s'en emparer, ce qu'il avait fait. Il avait expliqué avoir participé aux repérages de la bijouterie quelques jours avant le 15 janvier 2015 et c'était lui qui avait dérobé le véhicule avec lequel il s'était rendu avec ses comparses sur les lieux du brigandage. Son rôle avait été par conséquent déterminant et il ne faisait aucun doute qu'il avait agi en qualité de coauteur.
1.3. Le recourant soutient que les éléments retenus par la cour cantonale ne figureraient pas dans l'acte d'accusation, celui-ci se contentant de décrire la manière dont s'était déroulé le brigandage sans qu'aucune référence ne soit faite aux actes préparatoires, qu'il s'agisse de la répartition des tâches, des repérages des lieux ou des rencontres préalables entre les prévenus. Le recourant reproche également à la cour cantonale d'avoir retenu qu'il avait été recruté en Serbie, qu'il était venu en Suisse dans l'unique but de commettre un brigandage et qu'il s'était " calmement " emparé du butin, ces éléments ne figurant pas non plus dans l'acte d'accusation.
Comme le relève lui-même le recourant, l'acte d'accusation contient une description de la manière dont s'est déroulé le brigandage. Il contient ainsi les faits qui correspondent à tous les éléments constitutifs de l'infraction reprochée au recourant, répondant de cette manière aux exigences de l'art. 325 al. 1 let. f et g CPP. En revanche, il n'est pas nécessaire que l'acte d'accusation contienne l'ensemble des circonstances qui ressortent des pièces du dossier, ni que l'ensemble des circonstances retenues par le tribunal figure dans l'acte d'accusation, sans quoi le jugement ne pourrait constituer qu'une copie de cet acte. En l'occurrence, les faits auxquels se réfère le recourant sont de simples éléments contextuels dont l'acte d'accusation pouvait faire abstraction. Ils ressortent par ailleurs du dossier de la cause si bien que le recourant pouvait se défendre utilement. Par conséquent, la cour cantonale n'a pas violé le principe de l'accusation en les retenant et le grief du recourant doit être rejeté.
2.
Invoquant l'<ref-law>, le recourant fait grief à la cour cantonale d'avoir refusé d'ordonner l'audition de Y._.
2.1. Selon l'<ref-law>, la procédure de recours se fonde sur les preuves administrées pendant la procédure préliminaire et la procédure de première instance. L'<ref-law> règle les preuves complémentaires. Ainsi, la juridiction de recours administre, d'office ou à la demande d'une partie, les preuves complémentaires nécessaires au traitement du recours. Conformément à l'<ref-law>, il n'y a pas lieu d'administrer des preuves sur des faits non pertinents, notoires, connus de l'autorité ou déjà suffisamment prouvés. Cette disposition codifie, pour la procédure pénale, la règle jurisprudentielle déduite de l'art. 29 al. 2 Cst. en matière d'appréciation anticipée des preuves (arrêts 6B_948/2017 du 8 mars 2017 consid. 2.1; 6B_458/2017 du 8 février 2018 consid. 1.1). Le refus d'instruire ne viole ainsi le droit d'être entendu des parties que si l'appréciation anticipée de la pertinence du moyen de preuve offert, à laquelle le juge a procédé, est entachée d'arbitraire (<ref-ruling> consid. 3.3 p. 64 et les références citées).
2.2. En substance, il ressort du jugement attaqué que la Présidente de l'autorité précédente a rejeté, par avis du 14 mars 2017, la mesure d'instruction tendant à l'audition de Y._ au motif que cette réquisition ne répondait pas aux conditions de l'<ref-law> et n'était, au surplus, pas pertinente. Le recourant a réitéré sa requête en audience. La cour cantonale a refusé d'y donner suite considérant que l'audition requise n'était pas nécessaire au jugement de la cause, dès lors que le recourant ne contestait pas les faits.
2.3. Le recourant soutient que c'est à tort que la cour cantonale aurait retenu qu'il ne contestait pas les faits. Il ressortirait de sa déclaration d'appel qu'il aurait contesté son degré de participation à l'infraction ainsi que les faits relatifs à ses antécédents.
Il ressort de la déclaration d'appel du recourant, et en particulier du passage auquel il se réfère, qu'il a contesté la quotité de la peine qui lui a été infligée. Dans ce cadre, il a exposé deux autres affaires dans lesquelles des peines inférieures à la sienne auraient été prononcées. Il a ensuite indiqué qu'il n'aurait jamais été condamné hormis pour des faits liés à une dispute conjugale. L'inspecteur en charge de l'affaire aurait déclaré, qu'à sa connaissance, le recourant n'avait pas participé à d'autres brigandages et qu'il avait fourni des informations précises sur le déroulement du brigandage, ce qui était rare de la part d'un participant à une telle infraction. La déclaration d'appel se poursuit dans les termes suivants: " Enfin, il faut tenir compte du degré de participation de M. X._ à l'infraction. Au vu de son rôle et de l'avantage financier qu'il a pu retirer de l'infraction, il faut reconnaître qu'il a davantage agi comme complice que comme coauteur de l'infraction ". S'il est exact que le recourant a contesté ses antécédents, on ne distingue pas, et le recourant ne l'expose pas, ce que Y._ aurait pu déclarer à ce sujet, de sorte que le recourant ne démontre pas en quoi l'appréciation de la cour cantonale quant à l'absence de pertinence du moyen de preuve serait arbitraire. Quant à son degré de participation, tel que formulé dans sa déclaration d'appel, son grief semble porter sur l'appréciation juridique des notions de complice et de coauteur plutôt que sur la contestation des faits. Dans cette mesure, l'appréciation de la cour cantonale n'apparaît pas arbitraire. Quoi qu'il en soit, le recourant ne démontre de toute façon pas en quoi l'appréciation anticipée de la pertinence du moyen de preuve à laquelle a procédé la cour cantonale serait arbitraire. En effet, il se contente d'exposer sa propre appréciation des éléments de preuve et des faits, si bien que son argumentation se réduit à une critique purement appellatoire, partant irrecevable. Le grief du recourant doit être rejeté dans la mesure où il est recevable.
3.
Le recourant reproche à la cour cantonale d'avoir refusé de retrancher la pièce 7 du dossier cantonal.
3.1. Il ressort du jugement attaqué que la pièce 7 est une " fiche de pièce à conviction " relative à un DVD contenant les images de vidéo-surveillance de la bijouterie ayant fait l'objet du brigandage. En substance, la cour cantonale a exposé que le recourant avait fait valoir que cette fiche ne serait pas signée de sorte qu'elle ne respecterait pas la forme écrite imposée par l'<ref-law>. La cour cantonale a relevé que le DVD litigieux, versé au dossier par la partie plaignante, avait fait l'objet d'une fiche de pièce à conviction. Toute pièce à conviction ne faisait pas nécessairement l'objet d'un séquestre probatoire au sens de l'<ref-law> et ne constituait ainsi pas une mesure de contrainte. Dans la mesure où le DVD n'avait pas été séquestré, le procureur n'avait pas l'obligation de rendre une ordonnance écrite au sens de l'<ref-law>. Il n'existait en outre aucune obligation légale qui aurait imposé à l'autorité de poursuite de prononcer un séquestre sur cet objet. L'absence de signature sur la fiche enregistrée sous pièce 7 n'avait aucune incidence et le DVD avait ainsi valablement été versé au dossier. La cour cantonale a ajouté qu'au surplus, le recourant avait admis l'intégralité des faits. Dans l'hypothèse où le DVD aurait dû être retranché du dossier, la condamnation du recourant aurait reposé sur suffisamment d'éléments au dossier, notamment les déclarations des témoins, de sorte que le prétendu vice aurait de toute manière été sans portée.
3.2. La décision de la cour cantonale est fondée sur une double motivation. Lorsque la décision attaquée comporte plusieurs motivations indépendantes, alternatives ou subsidiaires, toutes suffisantes pour sceller le sort de la cause, la partie recourante doit, sous peine d'irrecevabilité, démontrer que chacune d'elles est contraire au droit (<ref-ruling> consid. 4.1.4 p. 100; <ref-ruling> consid. 6.3 p. 120 s.). En l'occurrence, le recourant s'en prend à la première motivation soutenant que l'absence de signature sur la fiche de pièce à conviction violerait l'exigence de forme écrite selon l'<ref-law>. En revanche, il ne conteste pas la seconde. En particulier, il ne démontre pas en quoi il était arbitraire de considérer que les autres éléments du dossier suffisaient à établir les faits retenus à son encontre. Faute de discuter les deux pans de la motivation cantonale, le grief du recourant ne répond pas aux exigences de motivation des art. 42 al. 2 et 106 al. 2 LTF; partant il est irrecevable.
4.
Invoquant les art. 6 et 10 al. 2 CPP, le recourant conteste l'appréciation des preuves et l'établissement des faits. En particulier, le recourant conteste avoir appartenu à l'organisation criminelle des " Pink Panthers ".
4.1. Le Tribunal fédéral est lié par les faits retenus par l'arrêt entrepris (<ref-law>), sous les réserves découlant des art. 97 al. 1 et 105 al. 2 LTF, soit pour l'essentiel de l'arbitraire (art. 9 Cst.; sur cette notion v. <ref-ruling> consid. 2.3.1 p. 244; <ref-ruling> consid. 6.1 p. 205) dans la constatation des faits. Le Tribunal fédéral ne connaît de la violation des droits fondamentaux que si ce moyen est invoqué et motivé par le recourant (<ref-law>), c'est-à-dire s'il a été expressément soulevé et exposé de manière claire et détaillée (<ref-ruling> consid. 2.4 p. 368 et les références citées). Les critiques de nature appellatoire sont irrecevables (<ref-ruling> consid. 2.4 p. 368 et les références citées).
Le grief de violation du principe de libre appréciation des preuves qu'articule le recourant, en invoquant en particulier l'<ref-law>, n'a pas de portée propre par rapport au grief d'arbitraire, dès lors que l'établissement des faits et l'appréciation des preuves ne sont revus que sous cet angle par le Tribunal fédéral (cf. art. 97 al. 1 et 105 al. 1 et 2 LTF et les références citées supra).
4.2. En substance, dans le cadre de la fixation de la peine, la cour cantonale a notamment retenu que le recourant appartenait à une mouvance criminelle internationale spécialisée dans le vol à main armée de bijouterie. Cet élément de fait n'ayant pas été contesté par le recourant, la cour cantonale s'est référée à la motivation des premiers juges. A cet égard, il ressort du jugement du 5 décembre 2016 que les juges de première instance ont estimé que les éléments figurant au dossier permettaient de retenir que le recourant avait intégré une telle mouvance. Le recourant avait été recruté dans son pays, il savait pour quels motifs il venait en Suisse et son rôle était bien défini, de même que tous les aspects opérationnels, soit l'hébergement avant et après le braquage, les voies de fuite, les repérages dans et autour de la bijouterie. Le mode opératoire durant le casse comme l'utilisation d'une arme réelle et chargée et le professionnalisme du recourant et de ses comparses, ainsi que l'écoulement du butin portaient la signature de la mouvance " Pink Panthers " (jugement du 5 décembre 2016, p. 29).
4.3. Le recourant ne s'en prend pas à cette motivation. Il se contente de prétendre que la cour cantonale aurait omis certains éléments et de les énumérer. Ce faisant, il ne fait que présenter sa propre appréciation des éléments de preuve et des faits sans démontrer en quoi celle de la cour cantonale serait insoutenable. Purement appellatoire, son grief est irrecevable.
5.
Le recourant soutient que le ministère public aurait violé le principe de la bonne foi en requérant une peine privative de liberté de sept ans alors que dans le cadre d'une procédure simplifiée, il aurait proposé au recourant une peine de quatre ans et demi. En outre, le ministère public aurait violé son obligation de consigner en retranchant les pièces relatives à la procédure simplifiée du dossier pénal.
5.1. Aux termes de l'art. 5 al. 3 Cst., les organes de l'État et les particuliers doivent agir de manière conforme aux règles de la bonne foi. De ce principe général découle notamment le droit fondamental du particulier à la protection de sa bonne foi dans ses relations avec l'État, consacré à l'art. 9 in fine Cst., dont le Tribunal fédéral contrôle librement le respect (<ref-ruling> consid. 8.3.1 p. 53 et les références citées). Le principe de la bonne foi est également concrétisé à l'<ref-law> et concerne, en procédure pénale, non seulement les autorités pénales mais, le cas échéant, les différentes parties, y compris le prévenu (<ref-ruling> consid. 3.2 p. 121).
5.2. La procédure simplifiée est régie par les articles 358 ss CPP.
5.2.1. Jusqu'à la mise en accusation, le prévenu qui a reconnu les faits déterminants pour l'appréciation juridique ainsi que, au moins dans leur principe, les prétentions civiles peut demander l'exécution d'une procédure simplifiée au ministère public (358 al. 1 CPP). La procédure simplifiée est exclue lorsque le ministère public requiert une peine privative de liberté supérieure à cinq ans (358 al. 2 CPP). Le ministère public statue sur l'ouverture de la procédure simplifiée (cf. <ref-law>) et en informe les parties (cf. <ref-law>). Il dresse ensuite l'acte d'accusation, qui doit contenir les éléments énumérés à l'art. 360 al. 1 let. a à h CPP, qu'il notifie aux parties. Celles-ci doivent déclarer, dans un délai de dix jours, si elles l'acceptent ou si elles le rejettent (cf. <ref-law>). Si les parties l'acceptent, le ministère public le transmet avec le dossier au tribunal de première instance (cf. <ref-law>). Si une partie rejette l'acte d'accusation, le ministère public engage une procédure préliminaire ordinaire (<ref-law>). Dans le cas d'une acceptation par toutes les parties, le tribunal de première instance tient des débats conformément à l'<ref-law>. Il examine ensuite si les conditions permettant de rendre le jugement selon la procédure simplifiée sont réunies ou non, conformément à l'art. 361 al. 1 et 2 CPP. Si tel n'est pas le cas, le tribunal transmet le dossier au ministère public pour qu'il engage une procédure préliminaire ordinaire (cf. <ref-law>). Dans ce cas, les déclarations faites par les parties dans la perspective de la procédure simplifiée ne sont pas exploitables dans la procédure ordinaire qui pourrait suivre (<ref-law>). Selon le Message, cela concerne tant les aveux du prévenu que les déclarations du ministère public concernant les infractions retenues contre le prévenu ou encore la renonciation à continuer de poursuivre des infractions déterminées, que les arrangements transactionnels avec la partie plaignante lorsqu'ils ont été passés dans la perspective de la procédure simplifiée. Ces déclarations ne lient donc plus les parties et ne sont pas exploitables (Message du 21 décembre 2005 relatif à l'unification du droit de la procédure pénale, FF 2006 1281, ch. 2.8.3; ci-après: Message CPP). Il en va de même de la proposition de peine du ministère public, sur laquelle peut également porter la négociation.
5.2.2. La loi ne règle pas la question du sort des déclarations faites dans le cadre de la procédure simplifiée lorsque celle-ci échoue à un stade antérieur à la décision du tribunal de première instance. Avec la doctrine, il convient d'admettre que l'<ref-law> doit s'appliquer par analogie, notamment lorsque la procédure simplifiée est engagée mais n'aboutit pas à un stade antérieur à l'examen par le tribunal (SCHMID/JOSITSCH, Schweizerische Strafprozessordnung, Praxiskommentar, 3 e éd. 2018, n° 15 ad <ref-law> et n° 11 ad <ref-law>; GREINER/JAGGI, in Basler Kommentar, Schweizerische Strafprozessordnung, 2 e éd. 2014, n° 42 ad <ref-law>; CHRISTIAN SCHWARZENEGGER, in Kommentar zur Schweizerischen Strafprozessordnung [StPO], Donatsch/Hansjakob/Lieber [éd.], 2 e éd. 2014, n° 13 ad <ref-law> et n° 9 ad <ref-law>; OLIVIER THORMANN, Das abgekürzte (?) Vorverfahren, ein abgekürztes Vademecum für die Staatsanwaltschaft, Forumpoenale 2011 p. 231 ss, p. 236; MIRIAM MAZOU, La procédure simplifiée dans le nouveau Code de procédure pénale: principes et difficultés, RDS 130/2011 p. 1 ss, p. 17; YVAN JEANNERET, Les procédures spéciales dans le Code de procédure pénale suisse, in La procédure pénale fédérale, Renate Pfister-Liechti [éd.], 2010, p. 137 ss, p. 178; FELIX BOMMER, Abgekürztes Verfahren und Plea Bargaining im Vergleich, RDS 128/2009 II p. 5 ss, p. 19; ANDRÉ KUHN, La procédure pénale suisse selon le CPP unifié, RDS 128/2009 II p. 125 ss, p. 168; ALINE BREGUET, La procédure simplifiée dans le CPP: un réel progrès?, in Jusletter 16 mars 2009, n° 74 ss, p. 8 ss; KUHN/ PERRIER, Quelques points problématiques du Code de procédure pénale suisse, in Jusletter 22 septembre 2008, n° 25, p. 5; JOSITSCH/BISCHOFF, Das abgekürzte Verfahren, in Festschrift für Franz Riklin, 2007, p. 429 ss. p. 433). Cette interprétation est conforme au but de l'institution de la procédure simplifiée. Celle-ci implique que les parties et le ministère public parviennent à un accord après des négociations. Pour que ces négociations soient les plus libres possibles et qu'elles aient un maximum de chance d'aboutir, chaque partie doit pouvoir compter sur le fait qu'une fois la procédure simplifiée engagée, ses déclarations ne seront pas utilisées en cas d'échec de ces négociations, à quel que stade qu'intervienne cet échec.
5.2.3. Selon l'<ref-law>, les déclarations faites par les parties dans la perspective de la procédure simplifiée ne sont pas exploitables dans la procédure ordinaire qui pourrait suivre. Ce qu'il convient de faire des pièces du dossier contenant de telles déclarations n'est pas réglé par les articles traitant de la procédure simplifiée. En revanche, dans les dispositions générales de la partie du code consacrée aux moyens de preuves, l'<ref-law> traite de " l'exploitation des moyens de preuves obtenus illégalement ". L'<ref-law> règle le sort de ces moyens de preuve. Ainsi, les pièces relatives aux moyens de preuves non exploitables doivent être retirées du dossier pénal, conservées à part jusqu'à la clôture définitive de la procédure, puis détruites.
La question du sort des pièces du dossier contenant les déclarations visées à l'<ref-law> est controversée en doctrine. Une auteure est d'avis que ces déclarations devraient être immédiatement détruites en cas d'échec de la procédure simplifiée (MIRIAM MAZOU, op. cit., p. 18).
La majorité de la doctrine soutient que les pièces visées par l'<ref-law> doivent être retirées du dossier pénal et conservées à part jusqu'à la clôture définitive de la procédure (SCHMID/JOSITSCH, op. cit., n° 11 ad <ref-law>; MOREILLON/PAREIN-REYMOND, Petit commentaire du Code de procédure pénale, 2 e éd. 2016, n° 19 ad <ref-law>; GREINER/JAGGI, op. cit., n° 33 ad <ref-law>; CHRISTIAN SCHWARZENEGGER, op. cit., n° 9 ad <ref-law>; PIQUEREZ/MACALUSO, Procédure pénale suisse, 3 e éd. 2011, n° 1605; OLIVIER THORMANN, op. cit., p. 236; YVAN JEANNERET, op. cit., p. 178; FELIX BOMMER, op. cit., p. 19 s.). Une grande partie de ces auteurs se fonde sur l'<ref-law> qui dispose que les pièces relatives aux moyens de preuves non exploitables doivent être retirées du dossier pénal, conservées à part jusqu'à la clôture définitive de la procédure, puis détruites. Toutefois, la destruction des pièces à la clôture de la procédure n'est pas unanimement reprise par la doctrine. Certains auteurs, bien qu'ils se réfèrent à l'<ref-law>, n'indiquent pas qu'une telle destruction devrait avoir lieu (SCHMID/JOSITSCH, op. cit., n° 11 ad <ref-law>; MOREILLON/PAREIN-REYMOND, op. cit., n° 19 ad <ref-law>; CHRISTIAN SCHWARZENEGGER, op. cit., n° 9 ad <ref-law>), D'autres, en revanche, reprennent l'entier de l'<ref-law> (OLIVIER THORMANN, op. cit., p. 236; YVAN JEANNERET, op. cit., p. 178; FELIX BOMMER, op. cit., p. 19 s.). Quant à GREINER/JAGGI, ils estiment que l'<ref-law> ne concernerait que les preuves administrées en violation des art. 140 et 141 al. 2 CPP (se référant au Message CPP, FF 2006 1163), tout en soutenant tout de même l'idée du retrait du dossier pénal et de la conservation à part des pièces relatives à la procédure simplifiée (GREINER/JAGGI, op. cit., n° 33 ad <ref-law>, note 67).
L'application de l'<ref-law> aux pièces visées par l'<ref-law> doit être approuvée. Selon l'<ref-law>, ne sont en aucun cas exploitables les preuves administrées en violation de l'<ref-law> ainsi que les preuves dont le code dispose qu'elles ne sont pas exploitables. L'<ref-law> prévoit que les preuves qui ont été administrées d'une manière illicite ou en violation de règles de validité par les autorités pénales ne sont pas exploitables, à moins que leur exploitation soit indispensable pour élucider des infractions graves. Quant aux al. 3 et 4, ils traitent du sort des preuves administrées en violation de prescription d'ordre (al. 3) et des preuves dérivées (al. 4). Aux termes de l'<ref-law>, cette disposition vise à régler le sort des " preuves non exploitables ". Ainsi, le texte de cette norme ne prévoit pas que son application serait limitée à l'un ou l'autre type de preuves inexploitables. Qui plus est, du point de vue systématique, cette règle fait l'objet d'un cinquième alinéa d'une disposition qui vise à définir les preuves qui sont exploitables ou non. En traitant du sort des preuves non exploitables, il est dans la logique de cette systématique que l'alinéa 5 se réfère aux preuves non exploitables, telles qu'elles sont définies par tous les alinéas précédents. Enfin, on ne distingue pas pour quel motif la loi aurait prévu le sort de preuves inexploitables pour certains motifs et serait restée muette sur le sort des preuves inexploitables pour d'autres motifs. S'il est certes exacte que le Message CPP se réfère aux art. 140 et 141 al. 2 CPP (art. 138 et 139 al. 2 du Projet CPP), on ne peut en inférer qu'il convient de limiter l'application de l'<ref-law> aux moyens de preuves visés par les art. 140 et 141 al. 2 CPP. Bien plutôt l'<ref-law> doit s'appliquer à toutes les preuves inexploitables, quel que soit le motif pour lequel elles le sont. L'<ref-law> prévoyant que les déclarations faites dans la perspective de la procédure simplifiée ne sont pas exploitables, il s'agit d'un cas où la loi dispose qu'une preuve est inexploitable au sens de l'art. 141 al. 1, 2 e phrase CPP. Par conséquent, l'<ref-law> est applicable au sort des pièces visées par l'<ref-law>.
5.3. Il ressort du dossier cantonal (<ref-law>), qu'en date du 15 juin 2016, à la suite de la demande du recourant, le ministère public a accepté la mise en oeuvre de la procédure simplifiée (décision d'exécution de la procédure simplifiée du 15 juin 2016). Le 21 juillet 2016, il a constaté que la procédure simplifiée n'avait pas abouti (décision du 21 juillet 2016).
5.4. Le recourant prétend que le ministère public aurait eu un comportement contraire à la bonne foi en requérant sept ans de peine privative de liberté alors que la peine envisagée dans le cadre de la procédure simplifiée était de moins de quatre ans et demi. Aucune mesure d'instruction n'aurait été menée entre le constat de l'échec de la procédure simplifiée et la mise en accusation du recourant, ni aucun nouveau fait révélé. En substance, rien ne justifierait l'écart entre la peine proposée dans le cadre de la procédure simplifiée, la peine requise et la peine prononcée. En outre, le ministère public aurait violé son obligation de tout consigner dès lors que les pièces relatives à la procédure simplifiée ne se trouveraient pas dans le dossier de la cause.
5.4.1. A l'appui de son grief, le recourant produit un procès-verbal de son audition du 21 juillet 2016 qui permettrait d'établir la peine proposée par le ministère public dans le cadre de la procédure simplifiée. Une mention, inscrite à la main, accompagnée du sceau du ministère public et de la signature du procureur, figure sur cette pièce et indique " procédure simplifiée n'ayant pas abouti. Retranchée du dossier ". Par ailleurs, ce procès-verbal ne figure pas dans le dossier cantonal qui comporte toutefois une chemise scellée, sur laquelle il est indiqué " Procédure simplifiée, ne doit pas être ouvert, confidentiel " (<ref-law>).
Les négociations dont se prévaut le recourant sont intervenues après l'ouverture formelle de la procédure simplifiée. Point n'est donc besoin de trancher ici ce qu'il adviendrait des négociations menées avant l'ouverture formelle de la procédure simplifiée. Comme exposé (cf. supra consid. 5.2.2), l'<ref-law> est applicable aux négociations dont se prévaut le recourant, même si l'échec de la procédure simplifiée est intervenu durant la procédure préliminaire, soit avant les débats de première instance. Ainsi, la proposition de peine émanant du ministère public n'est pas exploitable. Cela signifie que le recourant ne peut pas s'en prévaloir et qu'elle ne lie pas le ministère public. Dès lors qu'il n'était pas lié par sa proposition, le ministère public n'a pas eu un comportement contraire à la bonne foi, en requérant une peine plus élevée que celle envisagée dans le cadre de la procédure simplifiée. En effet, lorsque la négociation vise précisément la peine, il est normal que la proposition du ministère public dans le cadre de la procédure simplifiée soit inférieure à la peine qu'il aurait requise dans le cadre d'une procédure ordinaire, sans quoi la négociation n'aurait pas de sens. En cas de retour à une procédure ordinaire, le ministère public est libre de requérir une peine plus sévère, même en l'absence d'éléments nouveaux au dossier. Enfin, le procès-verbal du 21 juillet 2016 produit par le recourant étant inexploitable en application de l'<ref-law>, il n'est pas besoin de trancher le point de savoir s'il s'agit d'une pièce nouvelle, partant irrecevable, au sens de l'<ref-law>, étant précisé qu'il ne figure pas dans les pièces du dossier. Le grief du recourant doit être rejeté.
5.4.2. Le recourant se plaint de l'absence des pièces relatives à la procédure simplifiée du dossier de la cause. La pratique consistant à retirer les pièces relatives à la procédure simplifiée du dossier et à les conserver à part en cas d'échec de cette procédure doit être approuvée. Elle est conforme à l'<ref-law>, applicable aux pièces visées par l'<ref-law> (cf. supra consid. 5.2.3). En outre, la séparation de ces pièces permet d'opérer la distinction entre les pièces qui sont exploitables de celles qui ne le sont pas. Leur conservation jusqu'à la clôture permet en outre un contrôle de la question de leur exploitabilité par les autorités successives. Enfin, en cas d'échec de la procédure simplifiée, une reprise ultérieure de cette procédure n'est pas exclue (cf. Message CPP, ch. 2.8.3 p. 1280). La conservation des pièces permet au besoin, de les réintégrer au dossier en cas de reprise de la procédure simplifiée. Les autorités cantonales n'ont ainsi pas violé le droit fédéral en conservant à part, dans une chemise scellée, les pièces relatives à la procédure simplifiée et le grief du recourant doit être rejeté.
6.
Le recourant conteste la peine infligée.
6.1. Selon l'<ref-law>, le juge fixe la peine d'après la culpabilité de l'auteur. Celle-ci doit être évaluée en fonction de tous les éléments objectifs pertinents, qui ont trait à l'acte lui-même, à savoir notamment la gravité de la lésion, le caractère répréhensible de l'acte et son mode d'exécution ( objektive Tatkomponente); du point de vue subjectif, sont pris en compte l'intensité de la volonté délictuelle ainsi que les motivations et les buts de l'auteur ( subjektive Tatkomponente). A ces composantes de la culpabilité, il faut ajouter les facteurs liés à l'auteur lui-même ( Täterkomponente), à savoir les antécédents (judiciaires et non judiciaires), la réputation, la situation personnelle (état de santé, âge, obligations familiales, situation professionnelle, risque de récidive, etc.), la vulnérabilité face à la peine, de même que le comportement après l'acte et au cours de la procédure pénale (<ref-ruling> consid. 6.1.1 p. 66 s.; <ref-ruling> consid. 5 p. 57 ss; <ref-ruling> consid. 2.1 p. 19 s.).
L'<ref-law> confère un large pouvoir d'appréciation au juge. Par conséquent, celui-ci ne viole le droit fédéral en fixant la peine que s'il sort du cadre légal, s'il se fonde sur des critères étrangers à l'<ref-law>, s'il omet de prendre en considération des éléments d'appréciation prévus par cette disposition ou, enfin, si la peine qu'il prononce est exagérément sévère ou clémente au point de constituer un abus du pouvoir d'appréciation (ATF <ref-ruling> consid. 5.6 p. 61; <ref-ruling> consid. 5.3.1, p. 134 s. et les arrêts cités). L'exercice de ce contrôle suppose que le juge exprime, dans sa décision, les éléments essentiels relatifs à l'acte ou à l'auteur qu'il prend en compte, de manière à ce que l'on puisse constater que tous les aspects pertinents ont été pris en considération et comment ils ont été appréciés, que ce soit dans un sens aggravant ou atténuant (<ref-law>). Il peut passer sous silence les éléments qui, sans abus du pouvoir d'appréciation, lui apparaissent non pertinents ou d'une importance mineure. La motivation doit cependant justifier la peine prononcée, en permettant de suivre le raisonnement adopté (<ref-ruling> consid. 1.2.2 p. 246; <ref-ruling> consid. 2.1 p. 20). Cependant, le juge n'est pas tenu d'exprimer en chiffres ou en pourcentages l'importance qu'il accorde à chacun des éléments qu'il cite (ATF <ref-ruling> consid. 5.6 p. 61).
6.2. Dans le cadre de la fixation de la peine, la cour cantonale a notamment retenu, comme élément à charge, que le recourant avait été condamné en Serbie pour des vols aggravés, des vols de véhicule, des lésions corporelles graves et un port illégal d'armes et d'explosifs.
6.3. Le recourant conteste avoir des antécédents en Serbie. Le seul document faisant référence à des antécédents serait un courrier du ministère public serbe (pièce 66 du dossier cantonal) qui aurait toutefois été mal traduit, comme cela aurait été relevé par l'interprète présente lors de l'audition du recourant le 4 mai 2016. En outre, le recourant aurait lui-même produit des pièces établissant que les poursuites le concernant avaient été abandonnées ou étaient prescrites.
Il semble ressortir de la pièce 66/3, soit de la traduction du courrier du Bureau du Procureur pour le crime organisé serbe du 4 février 2016, que deux inscriptions figureraient au casier judiciaire du recourant, l'une mentionnant qu'il a été " enregistré " en 2001 pour vol aggravé et saisie de véhicules au sens du Code pénal de la République de Serbie, l'autre mentionnant qu'il a été " condamné " en 2008 pour lésions corporelles graves. Toutefois, il ressort du procès-verbal de l'audition du recourant du 4 mai 2016 que l'interprète présente lors de cette audition a indiqué que la traduction ne semblait pas exacte et que le texte à traduire ne permettait pas de savoir à quoi le recourant avait été condamné pour chaque cas. En outre, figurent au dossier cantonal sous pièces 73/1 et 73/2 deux décisions de tribunaux serbes et leur traduction indiquant, pour l'une, que le procureur renonce aux poursuites s'agissant des infractions de vol aggravé et de tentative de vol aggravé et, pour l'autre, que le délai de prescription est atteint s'agissant d'une infraction de vol de véhicule. Le jugement attaqué n'évoque pas ces éléments, si bien que l'on ne sait pas si la cour cantonale en a pris connaissance et de quelle manière elle les a appréciés. Dès lors, la cour cantonale n'a pas procédé à une appréciation complète des moyens de preuve pertinents qui lui étaient soumis de sorte qu'elle a arbitrairement établi les faits. La décision est en outre arbitraire dans son résultat dans la mesure où la cour cantonale a tenu compte de ces antécédents comme un élément à charge dans le cadre de la fixation de la peine. Par conséquent, il convient d'annuler le jugement attaqué pour que la cour cantonale réexamine la question des antécédents du recourant et qu'elle fixe à nouveau la peine.
Au vu de ce qui précède, les autres griefs du recourant quant à la fixation de la peine deviennent sans objet.
7.
Le recourant fait grief à la cour cantonale de ne pas avoir statué à nouveau sur les frais de première instance, en violation de l'<ref-law>.
7.1. En application de l'<ref-law>, si, à la suite d'un recours, l'autorité de recours rend elle-même une nouvelle décision, elle se prononce également sur les frais fixés par l'autorité inférieure.
7.2. Contrairement à ce qu'affirme le recourant, la cour cantonale a bien statué sur les frais fixés en première instance. En effet, le chiffre II du dispositif du jugement attaqué contient le dispositif, tel que modifié par la cour cantonale, du jugement de première instance, dans lequel il est statué sur les frais. S'il est certes exact que la cour cantonale n'a pas développé ce point dans les considérants de son jugement, on comprend de ce dispositif qu'elle a confirmé la mise des frais de première instance à la charge du recourant, tel que l'avait prévu l'autorité de première instance. La cour cantonale s'est par conséquent prononcée sur les frais de première instance au sens de l'<ref-law>.
Le recourant se plaint uniquement de ce que la cour cantonale n'aurait pas statué sur les frais. Sur le fond, le recourant ne formule aucun grief sur le maintien de la répartition des frais de première instance tel que décidé par les premiers juges, si bien qu'il apparaît douteux que son grief réponde aux exigences minimales de motivation de l'<ref-law>. Quoi qu'il en soit, l'appel du recourant n'a été admis que très partiellement par la cour cantonale. Le jugement de première instance n'a été modifié que sur la question des conclusions civiles. Ce jugement donnait acte de leurs réserves civiles à C._, D._ et la bijouterie B._. La cour cantonale a toutefois constaté que D._ avait renoncé à prendre des conclusions civiles et que C._ avait agi pour la bijouterie B._ et pas en son nom propre. La cour cantonale a ainsi modifié le jugement de première instance en ce sens qu'il était donné acte de ses réserves civiles uniquement à la bijouterie B._. Il n'apparaît pas que le fait de donner acte de leurs réserves civiles à C._ et D._ ait engendré des frais de procédure distincts. Le recourant ne le prétend d'ailleurs pas. Par conséquent, la cour cantonale n'a pas non plus violé l'<ref-law> en confirmant la répartition des frais de première instance tel que statué dans le jugement de première instance.
8.
Au vu de ce qui précède, le recours doit être partiellement admis, le jugement attaqué annulé et la cause renvoyée à l'autorité précédente pour nouvelle décision au sens des considérants. Pour le surplus, il est rejeté dans la mesure où il est recevable. Le recourant a requis l'assistance judiciaire. Cette requête est sans objet dans la mesure où il obtient gain de cause et peut, à ce titre, prétendre à des dépens réduits de la part du canton de Vaud (art. 64 al. 2 et 68 al. 1 LTF). Bien que rejeté pour le surplus, le recours n'était pas dénué de chances de succès et la situation économique du recourant justifie l'octroi de l'assistance judiciaire (<ref-law>). La complexité de la cause et les intérêts en jeu permettent qu'un avocat d'office lui soit désigné et indemnisé par la caisse du tribunal (<ref-law>). Il n'y a pas lieu de prélever des frais (art. 66 al. 1 et 4 LTF).
Dès lors que l'admission du recours porte sur une insuffisance de l'état de fait, il peut être procédé au renvoi sans ordonner préalablement un échange d'écritures (cf. <ref-ruling> consid. 3.4.2 p. 296).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est partiellement admis, le jugement attaqué annulé et la cause renvoyée à l'autorité cantonale pour nouvelle décision. Pour le surplus, le recours est rejeté, dans la mesure où il est recevable.
2.
Il n'est pas perçu de frais judiciaires.
3.
La demande d'assistance judiciaire du recourant est admise, dans la mesure où elle n'est pas sans objet. Me Pierre-Alain Killias, avocat à Lausanne, lui est désigné comme avocat d'office et une indemnité de 2'000 fr., supportée par la caisse du Tribunal fédéral, lui est allouée à titre d'honoraires.
4.
Une indemnité de 1000 fr., à verser au conseil du recourant à titre de dépens, est mise à la charge du canton de Vaud.
5.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour d'appel pénale du Tribunal cantonal du canton de Vaud, ainsi qu'aux parties plaignantes de la procédure cantonale.
Lausanne, le 25 avril 2018
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Denys
La Greffière : Livet