Faits :
A.
A.a. La Fondation C._ (ci-après: Fondation) est une fondation au sens des <ref-law>. Elle a entre autres pour but de venir en aide, notamment en soutenant leur formation, à des enfants et des adolescents, à de jeunes adultes méritants ou victimes de mauvais traitements ou de détresse durant leur enfance.
B._ et A._ sont membres du Conseil de la Fondation depuis 2009, E._ et F._ depuis 2013.
A.b. Par acte du 17 mai 2016, l'Autorité de surveillance LPP et des fondations de Suisse occidentale (ci-après: As-So) a pris des mesures de surveillance à l'égard de la Fondation, notamment en nommant un commissaire.
A.c. Par décision du 6 juillet 2017, la Fondation a été soumise à la surveillance de la Confédération.
B.
B.a.
B.a.a. Par décision du 3 août 2017, le Département fédéral de l'intérieur DFI, Secrétariat général SG-DFI, Surveillance fédérale des fondations (ci-après: autorité inférieure) a relevé l'ancien commissaire de sa fonction dans la Fondation et nommé à sa place D._, avec droit de signature individuel. Il a maintenu les membres du Conseil de fondation dans leurs fonctions et dit qu'ils assuraient conjointement avec le commissaire la gestion courante de la fondation. Il a obligé les membres du Conseil de fondation et de son organe de révision à collaborer avec le commissaire de la Fondation et à s'abstenir de toute action susceptible d'entraver sa mission. Il a précisé que, en particulier, ils étaient tenus de respecter ses décisions, de solliciter son accord préalable pour toute décision susceptible d'engager la Fondation, de lui garantir l'accès aux locaux ainsi qu'aux documents et renseignements nécessaires ou utiles à l'accomplissement de sa mission. Enfin, il a restitué un droit de signature collectif à deux avec le commissaire à B._, précisant qu'aucun autre membre du Conseil de fondation ne détenait de droit de signature.
B.a.b. Par acte du 13 août 2017, la Fondation, le Conseil de fondation de la Fondation (ci-après: Conseil de fondation), B._ et A._ ont déposé un recours contre cette décision auprès du Tribunal administratif fédéral (ci-après: TAF; cause B-4483/2017).
B.a.c. Le 13 octobre 2017, le commissaire D._ a déposé auprès de l'autorité inférieure un rapport préliminaire présentant ses activités depuis son instauration (août 2017), accompagné de pièces.
B.b.
B.b.a. Par courrier du 21 avril 2018, les recourants ont déposé devant le TAF une demande de mesures provisionnelles, demandant notamment qu'interdiction soit faite au commissaire de prendre toute décision qui excéderait la simple gestion courante de la Fondation et à ce qu'ordre lui soit donné de rendre son rapport d'audit dans un délai de 30 jours.
Par ordonnance du 3 mai 2018, rappelant que l'effet dévolutif du recours était limité à l'objet du litige (en l'occurrence essentiellement la nomination d'un commissaire), le TAF a transmis le courrier des recourants à l'autorité inférieure comme objet de sa compétence, à savoir une plainte à l'autorité de surveillance.
B.b.b. Par acte du 13 juin 2018 (cause B-3464/2018), les recourants ont attaqué une prise de position du 11 juin 2018 de l'autorité inférieure autorisant le commissaire à tenter une négociation en vue de vendre les parts du domaine de G._, le classement de leur plainte transmise à l'autorité inférieure comme objet de sa compétence, ainsi qu'une modification au sens de l'<ref-law> de la décision attaquée dans la cause B-4483/2017, en ce sens qu'il conviendrait de constater que celle-ci n'existerait plus matériellement.
B.c.
B.c.a. Par décision du 10 juillet 2018, l'autorité inférieure a définitivement révoqué de leur fonction, avec effet immédiat, les membres du Conseil de fondation, B._, A._, E._ et F._, leurs droits de signature étant définitivement retirés, requis le préposé au Registre du commerce du Canton de Vaud de radier de son registre, avec effet immédiat, les membres du Conseil de fondation précités, ainsi que les pouvoirs de signature de B._, ordonné à ces personnes de remettre sans délai au commissaire tout bien, document ou autre élément appartenant à la Fondation, ainsi que tout élément permettant d'accéder auxdits biens ou documents, qui seraient encore en leur possession, et dit que D._ demeurait commissaire de la Fondation, avec droit de signature individuel, l'adresse de celle-ci restant chez lui.
B.c.b. Par acte du 16 juillet 2018, les recourants précités ainsi que E._ et F._, en leur nom et au nom du Conseil de fondation et de la Fondation intimée elle-même ont déposé un recours contre la décision du 10 juillet 2018 auprès du TAF (cause B-4118/2018). Au fond, ils ont conclu, principalement, à ce qu'il soit constaté que cette décision viole la loi fédérale sur la procédure administrative et qu'elle est par conséquent totalement nulle, respectivement de nul effet, et, subsidiairement, à son annulation.
B.c.c. Par arrêt du 25 juillet 2018 (5A_616/2018), le Tribunal fédéral a déclaré irrecevable le recours déposé par A._ et B._ pour déni de justice contre le TAF.
Il a retenu qu'il ressortait de la décision du 10 juillet 2018 de l'autorité inférieure (cf. B.c.a), que tous les membres du Conseil de fondation, en particulier B._ et A._, avaient été définitivement révoqués de leur fonction au sein de la Fondation. En conséquence, s'agissant des deux autres causes pendantes, il a jugé que, à supposer que les deux recourants obtinssent gain de cause devant lui, partant que le TAF fût invité à statuer sur les deux recours dont il avait été saisis, les deux recourants n'auraient été, quoi qu'il en fût, pas en mesure de participer auxdites procédures devant le TAF, en raison de leur révocation du Conseil de fondation faisant l'objet des procédures devant le TAF. Il s'ensuivait que l'exigence d'un intérêt actuel au recours n'était pas satisfaite (<ref-law>).
B.c.d. Faisant suite à l'ordonnance du TAF du 3 mai 2018 - rendue dans une procédure incidente de recours contre une décision du 1 er mars 2018 du Secrétariat général du DFI rejetant une demande de récusation des " agentes " de l'autorité inférieure en charge du dossier de la Fondation que les recourants avaient déposée en février 2018 -, l'autorité inférieure et le commissaire ont complété leur dossier auprès du TAF.
Par ordonnance du 24 juillet 2018, le TAF a porté à la connaissance des recourants les pièces nouvellement déposées par l'autorité inférieure.
Par décision incidente du 22 août 2018, le TAF a transmis aux recourants les pièces qu'ils avaient demandées et la partie non contestée du dossier du commissaire, sous la forme d'une clé USB.
Cette décision incidente a été exécutée le 3 septembre 2018, l'autorité inférieure et la Fondation intimée n'ayant pas manifesté auprès du TAF, dans le délai qui leur était imparti, leur intention de la contester.
B.c.e. Les recourants ont complété à trois reprises leur recours du 16 juillet 2018 devant le TAF, les 23 août 2018, 12 septembre 2018 et 4 octobre 2018 dans le cadre de leurs déterminations complémentaires sur la question de la restitution de l'effet suspensif au recours.
C.
Par arrêt du 5 octobre 2018, le TAF a joint les causes B-4483/2017 (B.a), B-3464/2018 (B.b) et B-4118/2018 (B.c), puis a rejeté le recours dans la cause B-4118/2018 et a rayé du rôle les deux autres causes devenues sans objet.
D.
Par acte posté le 8 novembre 2018, A._, B._, E._, F._ et le Conseil de fondation de la Fondation C._ exercent un recours en matière civile contre cet arrêt. Ils concluent à ce qu'il soit annulé, puis à la disjonction de toutes les causes et au renvoi de celles-ci au TAF pour instructions complémentaires séparées et nouvelles décisions. En substance, ils se plaignent de la violation de leur droit d'être entendu et d'arbitraire dans l'établissement des faits.
Des observations n'ont pas été requises.
E.
Par ordonnance du 4 décembre 2018, la requête de mesures provisionnelles, dont celle d'effet suspensif, des recourants a été rejetée.

Considérant en droit :
1.
1.1. La décision entreprise est une décision finale (<ref-law>), qui concerne la surveillance d'une fondation. Elle est donc sujette au recours en matière civile (art. 72 al. 2 let. b ch. 4 LTF). La valeur litigieuse de cette affaire de nature pécuniaire (<ref-ruling> consid. 1.3; arrêt 5A_97/2018 du 10 septembre 2018 consid. 1.1, non publié aux <ref-ruling>) peut être estimée comme étant supérieure à 30'000 fr., vu le patrimoine de la Fondation et les difficultés de gestion relevées (art. 51 al. 2 et 74 al. 1 let. b LTF); la décision querellée a par ailleurs été rendue par le TAF (<ref-law>) et les recourants ont agi à temps (<ref-law>).
1.2. La qualité pour recourir des recourants 1 à 4 doit être reconnue, en tant que membres du Conseil de fondation (arrêt 5A.19/2000 du 25 juillet 2000 consid. 1b), toutefois seulement à B._ et A._ pour les décisions dans les causes B-4483/2017 et B-3464/2018 dont ils sont les uniques destinataires (<ref-law>).
En revanche, celle du Conseil de fondation doit être refusée et, en conséquence, le recours déclaré d'emblée irrecevable en ce qui le concerne. En effet, en tant qu'organe de la Fondation intimée (art. 83CC en lien avec l'art. 7 let. a des Statuts de la Fondation du 28 octobre 2015), il ne peut d'emblée pas recourir comme tel; il peut seulement ester en justice au nom de la fondation pour autant qu'il en ait les pouvoirs. Or, en vertu de la décision du 3 août 2017, seul le commissaire en bénéficie, en vertu de sa signature individuelle, ou alors les membres du Conseil de fondation mais en vertu de l'accord du commissaire qui fait ici défaut.
1.3. En principe, les conclusions ne peuvent pas être uniquement cassatoires comme le Tribunal fédéral est doté d'un pouvoir réformatoire général (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 1.2.2). Il est toutefois admis que le recours ne contienne que des conclusions se limitant à demander l'annulation de l'arrêt attaqué à condition que le Tribunal fédéral ne puisse de toute manière pas statuer sur le fond en cas d'admission du recours (<ref-ruling> consid. 1.3).
En l'occurrence, les recourants demandent la réforme de l'arrêt attaqué uniquement quant à la décision incidente de jonction des causes. Ils se bornent sinon à demander l'annulation de l'arrêt attaqué et le renvoi de la cause pour nouvelles instructions et décisions séparées. Ils soutiennent toutefois que les vices formels dont souffre la décision entreprise sont si graves qu'ils font obstacle à un examen des griefs de fond. Dans une telle situation, force est de constater que leur recours est recevable. Les recourants, qui soutiennent eux-mêmes qu'ils n'argumentent pas de manière exhaustive leurs griefs matériels, doivent toutefois se laisser opposer leur propre discours, de sorte que la partie de leur recours consacrée au fond de la cause doit en revanche être déclarée irrecevable (cf. <ref-law>).
2.
2.1. Le recours en matière civile peut être formé pour violation du droit, tel qu'il est délimité par les art. 95 s. LTF. Le Tribunal fédéral ne connaît de la violation des droits fondamentaux que si de tels griefs ont été invoqués et motivés par le recourant (" principe d'allégation ", <ref-law>), c'est-à-dire s'ils ont été expressément soulevés et exposés de façon claire et détaillée (<ref-ruling> consid. 2.1; <ref-ruling> consid. 2.4). Les critiques de nature appellatoire sont irrecevables (<ref-ruling> consid. 1.3.1 et la référence).
2.2. Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits constatés dans la décision attaquée (<ref-law>). Il peut rectifier ou compléter d'office les constatations de l'autorité précédente si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte, c'est-à-dire arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (<ref-ruling> consid. 2.2 et la référence), ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> (<ref-law>), et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (<ref-law>). Le recourant qui soutient que les faits ont été établis d'une manière manifestement inexacte doit satisfaire au principe d'allégation susmentionné (<ref-law>; cf. supra consid. 2.1).
Au vu de ce qui précède, la partie intitulée " Faits " du recours doit être déclarée irrecevable. Les recourants y dénoncent certes que les faits essentiels de la cause ont été ignorés par le TAF. Ils se bornent toutefois à cet effet à ajouter, avant de présenter leur récit qui ne comporte pour sa part aucune référence à une quelconque pièce, que les " documents les étayant figur[aient] au dossier de la procédure ". Cette argumentation ne répond manifestement pas aux exigences du principe d'allégation.
3.
Les recourants se plaignent de la violation de l'<ref-law> en invoquant que l'effet dévolutif attaché à leur premier recours dirigé contre la décision du 3 août 2017 n'a pas été respecté.
3.1.
3.1.1. Dans une motivation principale, le TAF a jugé que l'objet des décisions des 3 août 2017 (institution d'un commissaire et limitation des pouvoirs de gestion des membres du Conseil de fondation) et 10 juillet 2018 (révocation de la fonction de membres du Conseil de fondation) n'était pas le même, de sorte qu'il fallait considérer cette dernière comme une nouvelle décision, étant précisé que la modification de la mission du commissaire qui s'y trouvait n'appartenait pas à l'objet du litige en tant que tel. Dans une motivation subsidiaire, le TAF a jugé que, même si on devait considérer que l'objet du litige était le même dans les deux décisions, il fallait prendre en considération que les faits qui avaient donné lieu à la révocation n'avaient été connus qu'après la décision du 3 août 2017.
3.1.2. Les recourants argumentent que l'<ref-law> a été violé parce qu'ils n'ont pas été consultés avant que le TAF ne rende sa décision et parce que le rapport du commissaire de juin 2018 ne leur a pas été formellement notifié. Ils soutiennent ensuite que le TAF n'a pas correctement appliqué les principes régissant l'effet dévolutif du recours au motif qu'une nouvelle décision de l'autorité inférieure n'est possible que si elle est plus favorable.
3.2. En vertu de l'<ref-law>, le recours auprès du TAF a plein effet dévolutif. La compétence de statuer sur la décision attaquée passe ainsi en principe à l'autorité de recours, dont la décision se substitue aux prononcés antérieurs (<ref-ruling> consid. 4.2). L'autorité inférieure perd donc la maîtrise de l'objet du litige et cela également s'agissant des points de fait susceptibles de fonder une décision. Il en découle en principe qu'elle n'a plus, dès ce moment, la faculté de procéder à des mesures d'instruction nouvelles ou complémentaires (<ref-ruling> consid. 2b/aa). L'<ref-law> atténue toutefois cet effet. Il autorise l'autorité inférieure à procéder à un nouvel examen de la décision attaquée, jusqu'à l'envoi de sa réponse, voire, selon la jurisprudence, jusqu'à la fin des échanges d'écritures (<ref-ruling> consid. 4.2). La norme sert l'économie de procédure en permettant à l'autorité inférieure de corriger sa décision qui lui paraît erronée à la lumière du recours. Une reconsidération de la décision attaquée en défaveur du recourant est en revanche interdite (<ref-ruling> consid. 2b/bb).
3.3. En l'espèce, en tant que les recourants reprochent au TAF de ne pas les avoir consultés avant de rendre sa décision, ils se méprennent sur le sens de leur propre grief. En effet, cette critique relève du droit d'être entendu (art. 29 al. 2 Cst.), et non d'une mauvaise application de l'effet dévolutif. Formulée toutefois de manière lapidaire sans aucun argument substantiel, elle ne répond pas aux réquisits du principe d'allégation (cf. supra consid. 2.1) et est irrecevable. En tant qu'ils lui font grief de s'être à tort fondé sur une pratique relative à l'effet dévolutif - soit que l'autorité inférieure peut reconsidérer sa décision même après l'envoi de sa réponse -, ils se méprennent sur la motivation de la décision: le TAF a cité cette pratique en lien avec le droit de l'autorité inférieure de corriger sa propre décision, à condition que la correction n'entraîne pas de désavantage pour le recourant au sens de l'<ref-law>. Or, dans son argumentation principale qui suffit à évacuer le grief et que les recourants n'attaquent pas (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 4.1.4), le TAF a jugé que la décision du 10 juillet 2018 n'était pas une reconsidération de la décision attaquée, mais une nouvelle décision qui respectait l'effet dévolutif en tant qu'elle avait un autre objet que celle du 3 août 2017.
Il suit de là que le grief de violation de l'effet dévolutif doit être rejeté.
4.
Les recourants se plaignent de la violation de leur droit d'être entendu (art. 29 al. 2 Cst.).
4.1. Le TAF a constaté que l'autorité inférieure avait violé le droit d'être entendu des recourants en ne leur communiquant pas, avant la notification de sa décision du 10 juillet 2018, le rapport complémentaire du commissaire du 13 juin 2018 alors qu'elle s'en était servi. Il a toutefois considéré que cette violation était guérie devant lui, étant donné que, avant le premier échange d'écritures, les recourants avaient eu accès à ce document qu'ils avaient annexé avec des commentaires à leur recours du 16 juillet 2018 et qu'ils avaient pu, dans le délai de recours, se déterminer abondamment à son sujet; ils avaient même complété leur argumentation dans la suite de la procédure de recours. S'agissant de celle-ci, le TAF a relevé que par les ordonnances du 24 juillet 2018, ainsi que par la décision incidente du 22 juillet 2018, exécutée par l'ordonnance du 3 septembre 2018, comme par l'ordonnance du 1 er octobre 2018, les recourants avaient eu accès à toutes les pièces déposées devant lui par l'autorité inférieure et le commissaire de la Fondation intimée. Il a exposé leur avoir transmis par poste toutes les pièces pertinentes pour la procédure dont ils avaient, dès lors, connaissance. Il a ajouté que les recourants ne motivaient pas leur requête du 4 octobre 2018 de venir consulter le dossier au siège du TAF, en n'exposant pas les motifs pour lesquels l'accès physique total qui leur avait été accordé serait insuffisant, de sorte qu'il a rejeté cette requête. Enfin, le TAF a constaté que les recourants avaient complété leur argumentation au fond à l'occasion de trois prises de position concernant la restitution de l'effet suspensif au recours, qu'ils n'avaient pas demandé à s'exprimer davantage dans leur dernière prise de position du 4 octobre 2018, qu'ils ne l'avaient pas fait non plus depuis la réception des réponses au fond de l'autorité inférieure et de la Fondation intimée en date du 18 septembre 2018, de sorte qu'il a considéré qu'il était en état de rendre son jugement final dans le respect du droit d'être entendu des recourants.
4.2.
4.2.1. Compris comme l'un des aspects de la notion générale de procès équitable au sens de l'art. 29 Cst., le droit d'être entendu garantit notamment au justiciable le droit de s'expliquer avant qu'une décision ne soit prise à son détriment, d'avoir accès au dossier, de prendre connaissance de toute argumentation présentée au tribunal et de se déterminer à son propos (<ref-ruling> consid. 3.3; <ref-ruling> consid. 3.2; <ref-ruling> consid. 2.1; <ref-ruling> consid. 2.3.3; <ref-ruling> consid. 2.3.1).
Il est du devoir du tribunal de garantir aux parties un droit de réplique effectif dans chaque cas particulier (sur cette notion, cf. <ref-ruling> consid. 4.1.1; arrêt 9C_843/2018 du 7 janvier 2019 et les références). Toute prise de position ou pièce nouvelle versée au dossier doit dès lors être communiquée aux parties pour leur permettre de décider si elles veulent ou non faire usage de leur faculté de se déterminer (ATF <ref-ruling> consid. 3.2 et les références; arrêt 5D_81/2015 du 4 avril 2016 consid. 2.3.2 et les références). Pour que le droit de réplique soit garanti, il faut que le tribunal laisse un laps de temps suffisant à la partie concernée, entre la remise de la prise de position ou des pièces nouvelles et le prononcé de sa décision, pour qu'elle ait la possibilité de déposer des observations si elle l'estime nécessaire à la défense de ses intérêts (<ref-ruling> consid. 4.1.1 et les références). A cet égard, le Tribunal fédéral considère qu'un délai inférieur à dix jours ne suffit pas à garantir l'exercice du droit de répliquer, tandis qu'un délai supérieur à vingt jours permet, en l'absence de réaction, d'inférer qu'il a été renoncé au droit de répliquer (arrêts 5A_967/2018 du 28 janvier 2019 consid. 3.1.1 et les références).
Le droit d'être entendu est une garantie constitutionnelle de caractère formel, dont la violation entraîne en principe l'annulation de la décision attaquée, indépendamment des chances de succès du recours sur le fond (<ref-ruling> consid. 2.8.1 et les références). Cependant, ce droit n'est pas une fin en soi; il constitue un moyen d'éviter qu'une procédure judiciaire ne débouche sur un jugement vicié en raison de la violation du droit des parties de participer à la procédure, notamment à l'administration des preuves. Ainsi, lorsqu'on ne voit pas quelle influence la violation de ce droit a pu avoir sur la procédure, il n'y a pas lieu d'annuler la décision attaquée. Il incombe au recourant d'indiquer quels arguments il aurait fait valoir dans la procédure et en quoi ceux-ci auraient été pertinents (arrêt 4A_453/2016 du 16 février 2017 consid. 4.2.3). A défaut de cette démonstration, en effet, le renvoi de la cause à l'autorité précédente en raison de cette seule violation constituerait une vaine formalité et conduirait seulement à prolonger inutilement la procédure (<ref-ruling> consid. 1.4.1; arrêt 5A_998/2018 du 25 février 2019 consid. 5.1 et les autres références).
La violation du droit d'être entendu peut être réparée lorsque la partie lésée a la possibilité de s'exprimer devant une autorité de recours jouissant d'un plein pouvoir d'examen. Une telle réparation doit toutefois rester l'exception et n'est admissible, en principe, que dans l'hypothèse d'une atteinte qui n'est pas particulièrement grave aux droits procéduraux de la partie lésée. Une réparation de la violation du droit d'être entendu peut également se justifier, même en présence d'un vice grave, lorsque le renvoi constituerait une vaine formalité et aboutirait à un allongement inutile de la procédure, ce qui serait incompatible avec l'intérêt de la partie concernée à ce que sa cause soit tranchée dans un délai raisonnable (<ref-ruling> consid. 2.8.1 et les références).
4.2.2. En l'espèce, s'agissant de la première série de griefs (chiffre 5, p. 17 ss) par lesquels les recourants critiquent l'instruction menée par l'autorité inférieure, ceux-ci doivent être déclarés irrecevables, le recours devant être dirigé contre l'arrêt du TAF (<ref-law>). En tant que les recourants prétendent ensuite que le TAF ne pouvait pas guérir la violation du droit d'être entendu, ils présentent une critique totalement appellatoire qui doit en conséquence être déclarée irrecevable. En effet, ils ne font que dénoncer en termes vagues le fait que l'autorité inférieure leur aurait systématiquement dénié leurs droits de partie à la procédure, n'aurait pas mené l'instruction en contradictoire, et que ces vices formels portent sur des faits cruciaux, sans donner une quelconque explication quant aux violations et aux faits en cause. Cela étant, ils s'étendent sur le défaut de notification par l'autorité inférieure du rapport du commissaire du 13 juin 2018 en soutenant que le fait qu'ils aient, en fin de compte, obtenu ce rapport ne guérit pas l'atteinte à leurs droits de partie. Ils n'attaquent toutefois pas de cette façon la motivation du TAF sur ce point, qui a considéré que, les recourants ayant pu critiquer ce rapport dans le recours déjà et ensuite aussi compéter leur argumentation, la violation était guérie. Enfin, en tant que les recourants semblent soutenir que le TAF aurait dû formellement les inviter à se prononcer sur ce rapport en leur fixant un délai sans toutefois exposer qu'ils n'auraient même pas bénéficié de dix jours au moins pour se déterminer spontanément, ils se méprennent sur la portée et le contenu du droit de réplique.
S'agissant de leur seconde série de griefs, en tant que les recourants invoquent des problèmes de santé de l'un d'eux, il s'agit d'un fait nouveau irrecevable (<ref-law>), puisqu'il ne ressort pas de l'état de fait attaqué et que les recourants ne prétendent pas l'avoir allégué et offert de prouver devant le TAF. Pour le reste, dans la mesure où la critique des recourants est dirigée à nouveau contre la manière de procéder de l'autorité inférieure ou consiste en réalité à s'en prendre de manière appellatoire à l'appréciation des preuves, vu que les recourants ne font qu'opposer leur propre interprétation à l'appréciation du TAF, elle est irrecevable. Enfin, lorsque les recourants critiquent la lenteur avec laquelle l'autorité inférieure aurait, selon eux, remis au TAF les pièces que celui-ci avait requises et prétendent qu'ils n'auraient, pour cette raison, pas bénéficié du temps nécessaire pour se déterminer tout en reconnaissant eux-mêmes qu'un mois et demi s'était écoulé avant que le TAF ne statue, ils ne démontrent pas la violation de leur droit de réplique.
Il suit de là que le grief de violation du droit d'être entendu doit être rejeté, dans la mesure où il est recevable.
5.
Soulevant le grief d'arbitraire, les recourants reprochent encore au TAF de n'avoir pas pris de mesures d'instruction dans la procédure du recours formé contre la décision du 10 juillet 2018 et contre la décision du 3 août 2017, de n'avoir pas établi les faits en contradictoire dans cette dernière procédure, d'avoir pris une décision sur la base d'un dossier incomplet et d'avoir établi les faits de manière incomplète.
5.1. Le TAF a jugé que les requêtes de preuve, notamment celles en lien avec le dossier de la Fiduciaire H._ SA, devaient être rejetées. Il a considéré, par une appréciation anticipée des preuves, notamment au vu des trois rapports du commissaire de la Fondation intimée, que ces pièces n'étaient pas de nature à le faire changer l'appréciation issue de l'administration des autres preuves.
5.2.
5.2.1. Le droit d'être entendu garanti par l'art. 29 al. 2 Cst. comprend notamment le droit pour l'intéressé de produire des preuves pertinentes, d'obtenir qu'il soit donné suite à ses offres de preuves pertinentes et de participer à l'administration des preuves essentielles ou à tout le moins de s'exprimer sur son résultat, lorsque cela est de nature à influer sur la décision à rendre (<ref-ruling> consid. 2.3 et les références). Cependant, l'autorité peut renoncer à procéder à des mesures d'instruction lorsque les preuves administrées lui ont permis de forger sa conviction et que, procédant d'une manière non arbitraire à une appréciation anticipée des preuves qui lui sont encore proposées, elle a la certitude que ces dernières ne pourraient l'amener à modifier son opinion (<ref-ruling> consid. 6.3.1). Le refus d'une mesure probatoire par appréciation anticipée des preuves ne peut être remis en cause devant le Tribunal fédéral qu'en invoquant l'arbitraire (art. 9 Cst.) de manière claire et détaillée (cf. supra consid. 2.2; <ref-ruling> consid. 6.3.1). En matière d'appréciation des preuves et d'établissement des faits, il n'y a arbitraire que lorsque l'autorité ne prend pas en compte, sans aucune raison sérieuse, un élément de preuve propre à modifier la décision, lorsqu'elle se trompe manifestement sur son sens et sa portée, ou encore lorsque, en se fondant sur les éléments recueillis, elle en tire des conclusions insoutenables (<ref-ruling> consid. 1.1 et les références).
5.2.2. En l'espèce, il ressort des pièces de la cause que l'autorité inférieure a constitué un seul dossier pour l'ensemble des procédures concernant la surveillance de la Fondation intimée. Le TAF a ordonné à l'autorité inférieure et au commissaire de mettre à jour le dossier la dernière fois le 18 mai 2018. Il a communiqué ces pièces aux recourants par ordonnances du 24 juillet 2018. Il a également autorisé l'accès à certaines pièces sensibles, par décision incidente du 22 août 2018, qui a été exécutée le 3 septembre 2018. Il ressort également des faits que la Fondation intimée a déposé sa réponse au fond dans la cause B-4118/2018 le 12 septembre 2018, qu'elle y a renvoyé pour l'essentiel aux trois rapports du commissaire et constaté que les recourants n'apportaient aucun élément nouveau; il en ressort également que l'autorité inférieure a déposé sa réponse au fond le 13 septembre 2018, qu'elle y a rejeté les griefs formels des recourants et renoncé à se déterminer sur les griefs au fond à ce stade. Ces deux réponses ont été transmises aux recourants par ordonnance du 17 septembre 2018 notifiée le lendemain; il en ressort enfin que les recourants ont complété à trois reprises leur recours devant le TAF, les 23 août 2018, 12 septembre 2018 et 4 octobre 2018.
Les recourants ne s'attaquent pas à l'appréciation anticipée des preuves à laquelle le TAF a procédé. Aux constatations qui précèdent, ils ne font qu'opposer des affirmations contraires sans citer, par une référence précise à leurs écritures, une quelconque offre de preuves qu'ils auraient produite pour démontrer celles-ci, soit qu'ils n'auraient pas reçu un courrier du 12 juillet 2018 ni eu accès à toutes les pièces justificatives, que le TAF n'aurait pas demandé le dossier à l'autorité inférieure, qu'il n'aurait pas requis la mise à jour du dossier après le 15 juin 2018, qu'il n'aurait pris aucune mesure d'instruction et qu'ils ne pouvaient pas s'imaginer, sans interpellation du TAF, qu'ils devaient spontanément déposer des déterminations complètes et détaillées, notamment qu'il serait contraire au droit d'être entendu de leur opposer certains griefs sans les avoir interpellés auparavant. Ils citent ensuite un certain nombre de pièces qui ne figureraient pas au dossier, toutefois à nouveau sans prétendre les avoir produites ou avoir demandé leur production, et, surtout, sans exposer précisément en quoi leur contenu influencerait le sort du litige de façon à ce que leur omission fasse apparaître la décision comme arbitraire dans son résultat. Ils reprochent ensuite au TAF de n'avoir pas pris en compte les faits antérieurs au 3 août 2017, encore une fois sans exposer de quels faits il s'agit, ni démontrer qu'ils auraient demandé l'administration de preuves concernant ces faits. Ils affirment enfin que le commissaire de la Fondation intimée aurait échangé de longs téléphones avec le greffier responsable du dossier sans que ces échanges ne fassent l'objet de notes écrites au dossier mais dont on peut, selon eux, déduire l'existence en mettant en parallèle les notes d'honoraires du commissaire et les " chronos " du dossier du TAF. De manière totalement contradictoire aux ordonnances rendues par le TAF et sans préciser qu'ils n'auraient pas pu se déterminer sur les rapports dans leurs recours ou dans les nombreux compléments qu'ils y ont apporté, ils affirment enfin encore une fois que les rapports du commissaire ne leur ont jamais été formellement transmis, qu'ils n'ont pas été invités à se déterminer à leur propos et que les pièces annexées à ces rapports ne leur ont jamais été notifiées. Outre qu'elle est manifestement appellatoire tant elle procède par de vagues affirmations générales, cette critique ignore aussi manifestement les principes régissant le droit de réplique, étant également rappelé, en lien avec le droit d'être entendu, que le juge n'a pas à aviser spécialement une partie du caractère décisif d'un élément de fait sur lequel il s'apprête à fonder sa décision, pour autant que celui-ci ait été allégué et prouvé selon les règles (<ref-ruling> consid. 2b; arrêt 5A_434/2015 du 21 août 2015 consid. 4.2.1, publié in SJ 2016 I p. 49).
Il suit de là que, appellatoires, les griefs des recourants doivent être déclarés irrecevables.
6.
Les recourants font enfin grief au TAF d'avoir joint les causes B-4483/2017, B-3464/2018 et B-4118/2018. Formellement, ils lui reprochent d'avoir violé leur droit d'être entendu en ne les invitant pas à se déterminer sur la jonction et en déclarant leur recours dirigé contre la décision du 3 août 2017 sans objet, les privant ainsi du contrôle matériel de cette première décision. Matériellement, ils soutiennent que, les causes ne réunissant pas les mêmes parties, la jonction est illégale.
L'objet de la cause B-4118/2018 est la qualité de membres du Conseil de fondation des recourants. Les griefs qui ont été traités et rejetés précédemment (cf. consid. 3 à 5) concernent tous celle-ci. En outre, les recourants ne soulèvent aucun grief contre la motivation de l'arrêt attaqué qui a considéré que, révoqués de leur qualité de membres du Conseil de fondation dans la cause B-4118/2018, les recourants ont perdu leur qualité pour recourir dans les causes B-4483/2017 et B-3464/2018, de sorte que leurs recours dans celles-ci doivent être rayés du rôle (cf. consid. 14 de l'arrêt attaqué). Il suit de là que les recourants n'ont plus d'intérêt à attaquer la jonction de ces causes qui ont, en fin de compte, été rayées du rôle, étant précisé que les conditions de recevabilité du recours ne sont pas modifiées par cette mesure, que l'arrêt notifié concerne toutes les parties au demeurant représentées par le même mandataire devant le TAF et que la clôture de la procédure par la radiation du rôle ne dépend pas de la jonction mais de la perte de la qualité pour recourir.
7.
En définitive, le recours interjeté par le recourant n° 5 est irrecevable. Le recours interjeté par les recourants n° s 1 à 4 doit être rejeté, dans la faible mesure de sa recevabilité. Les frais judiciaires, arrêtés à 8'000 fr., sont mis solidairement à charge des recourants, qui succombent (<ref-law>). Ceux-ci verseront aussi solidairement des dépens à hauteur de 500 fr. à la Fondation intimée, invitée à se déterminer sur la requête d'effet suspensif (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours interjeté par le recourant n° 5 est irrecevable.
2.
Le recours interjeté par les recourants n° s 1 à 4 est rejeté, dans la mesure où il est recevable.
3.
Les frais judiciaires, arrêtés à 8'000 fr., sont mis solidairement à charge des recourants.
4.
Les recourants verseront solidairement à la Fondation C._ le montant de 500 fr. à titre de dépens.
5.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour II du Tribunal administratif fédéral.
Lausanne, le 6 mai 2019
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Herrmann
La Greffière : Achtari