Fatti:
A.
Con contratto del 7 marzo 2008 la D._SA ha locato alla società semplice facente capo alla famiglia B._, alla quale è in seguito succeduta la B.C._SA, 266 posteggi a Mendrisio, per la pigione annua di fr. 520.-- l'uno. A seguito della cancellazione da parte della locatrice della scritta " C._SA " dalla pavimentazione dei posteggi, tra i contraenti sono sorte divergenze per determinare se, a norma di contratto, l'uso dei posteggi locati fosse riservato esclusivamente al centro commerciale C._ oppure fosse da esercitare in comune con altri conduttori, in particolare con i magazzini G._. Dopo che aveva chiesto invano alla locatrice di ripristinare la scritta cancellata, a partire dal secondo trimestre 2013 la conduttrice ha iniziato a depositare presso l'Ufficio di conciliazione la pigione relativa ai posteggi litigiosi (fr. 20'779.20 al trimestre).
B.
Il 25 aprile 2013 la conduttrice ha chiesto al Pretore di Mendrisio Nord di ordinare alla locatrice il ripristino della scritta, di essere esentata dall'obbligo di pagare la pigione per 149 posteggi finché l'ordine sarebbe stato eseguito, che fossero liberate a suo favore le pigioni depositate, e che la convenuta fosse condannata a risarcirle il danno di fr. 20'000.-- e a rilasciarle la delega per potersi prevalere del divieto giudiziale di posteggio secondo l'<ref-law>.
Nel corso del processo di prima istanza il patrimonio della D._SA è stato trasferito alla E._AG, che è subentrata nella parte di convenuta. Il 1° luglio 2016 la E._AG è stata a sua volta radiata dal registro di commercio, dopo che attivi e passivi erano stati ripresi per fusione dalla F._AG. Il memoriale conclusivo di parte convenuta è però stato presentato il 4 luglio 2016 ancora dalla E._AG.
C.
Il Pretore ha statuito con sentenza dell'11 luglio 2016. Ha osservato preliminarmente di non potere prendere in considerazione il memoriale conclusivo della E._AG, poiché la fusione aveva comportato una successione a titolo universale, privando quella società della capacità di essere parte secondo l'<ref-law>, e causato la sua sostituzione nel processo. Nel merito il Pretore ha accolto parzialmente la petizione: ha ordinato alla F._AG il ripristino della scritta " C._ ", eventualmente affiancata dal marchio di altri conduttori; ha accordato una riduzione della pigione del 35 % fino all'esecuzione dell'ordine, poi del 20 % fintanto che perdurerà " l'uso promiscuo " dei posteggi; ha liberato il 35 % delle pigioni depositate; e ha ingiunto alla locatrice di consegnare alla conduttrice una copia conforme all'originale della decisione di divieto di posteggio pronunciata dal Giudice di pace del Circolo di Mendrisio.
Il 28 febbraio 2018 la II Camera civile del Tribunale di appello del Cantone Ticino ha respinto, nella misura in cui lo ha ritenuto ricevibile, l'appello della locatrice, che nel frattempo aveva di nuovo cambiato la ragione sociale in A._AG.
D.
La A._AG insorge davanti al Tribunale federale con ricorso in materia civile del 16 aprile 2018, con il quale chiede che la sentenza impugnata sia riformata con la reiezione della petizione oppure, in via subordinata, che sia annullata e che gli atti siano ritornati alla Corte cantonale per nuovo giudizio.
La B.C._SA propone di respingere il ricorso con risposta del 30 maggio 2018. L'autorità cantonale non ha preso posizione.

Diritto:
1.
Il ricorso, presentato tempestivamente (combinati art. 46 cpv. 1 lett. a e 100 cpv. 1 LTF) dalla parte soccombente nella procedura cantonale (<ref-law>) e volto contro una sentenza finale (<ref-law>) emanata su ricorso dall'autorità ticinese di ultima istanza (<ref-law>) in una causa civile in materia di diritto della locazione con valore litigioso superiore a fr. 15'000.-- (art. 72 cpv. 1 e 74 cpv. 1 lett. a LTF), è ammissibile.
2.
Davanti al Tribunale di appello la ricorrente aveva contestato la mancata considerazione del suo memoriale conclusivo da parte del Pretore, prevalendosi del divieto di formalismo eccessivo. Aveva sostenuto che la successione a titolo universale verificatasi con la fusione societaria aveva avuto per legge l'effetto di sostituire la F._AG nella posizione processuale della E._AG, per cui l'atto scritto presentato da quest'ultima era viziato soltanto da un errore evidente di designazione delle parti, che poteva essere sanato.
Nel ricorso al Tribunale federale la ricorrente rimprovera all'autorità cantonale, dal "profilo procedurale", di non essersi "minimamente pronunciata" su tale censura d'appello e ritiene che il ricorso debba essere accolto già per questo motivo.
2.1. Sebbene non lo dica espressamente, la ricorrente lamenta un difetto di motivazione della sentenza impugnata. La questione è retta dall'<ref-law> (cfr. anche l'art. 238 lett. g CPC). La norma va interpretata secondo i principi che la giurisprudenza ha dedotto dall'<ref-law> Il giudice deve motivare le decisioni in modo tale da permettere alle parti di impugnarle con cognizione di causa. Non deve necessariamente pronunciarsi in modo esplicito ed esaustivo su tutti gli argomenti sollevati dalle parti; è sufficiente che spieghi almeno brevemente le argomentazioni decisive che l'hanno indotto a decidere in un senso piuttosto che in un altro. Il grado di precisione delle spiegazioni dipende dalla natura e dalle circostanze particolari della vertenza (sentenze 5A_886/2017 del 20 marzo 2018 consid. 4.2.1; 4A_223/2016 del 29 luglio 2016 consid. 5 e rinvii).
2.2. La Corte cantonale ricorda di passaggio, nei considerandi di fatto, che il Pretore non aveva tenuto conto del memoriale conclusivo della parte convenuta, ma non esamina affatto le censure che questa aveva formulato contro lo stralcio dell'atto; la sentenza impugnata non contiene nessun accenno a tale riguardo.
L'omissione contravviene all'obbligo di motivazione del quale si è detto. La facoltà delle parti di esprimersi sull'esito dell'assunzione delle prove e sul merito della lite nella fase finale del processo è una componente essenziale del diritto di essere sentiti garantito dall'<ref-law> (FRANCESCO TREZZINI, in Commentario pratico al diritto processuale civile svizzero, 2017, vol. 2, n. 1 ad <ref-law>; DANIEL WILLISEGGER, Commento basilese, Schweizerische Zivilprozessordnung, 3aed. 2017, n. 2 ad <ref-law>). La Corte cantonale non poteva perciò ignorare le contestazioni dell'appellante.
2.3. La giurisprudenza ha precisato che il diritto di essere sentiti, nonostante il suo carattere formale, non è fine a sé stesso; il suo esercizio deve servire a evitare l'emanazione di giudizi viziati a causa della violazione del diritto delle parti di partecipare alla procedura, in particolare all'assunzione delle prove. Di conseguenza, se non è ravvisabile l'influenza che la lesione del diritto di essere sentiti potrebbe avere avuto sulla procedura, non sussiste un interesse per l'annullamento della decisione (<ref-ruling> consid. 1.4.1 pag. 386, con rinvii).
Nel caso in esame questo interesse è insito nel fatto che, in forza degli <ref-law> e 53 cpv. 1 CPC, la ricorrente doveva essere messa nella condizione di conoscere la posizione della Corte d'appello riguardo alle censure di formalismo eccessivo mosse contro il Pretore, a prescindere dalla loro fondatezza. Esse vertevano su di un aspetto come detto essenziale del processo civile ed erano peraltro state formulate in modo molto chiaro nell'atto di appello.
3.
La censura di violazione del diritto di essere sentiti è pertanto fondata. In ragione del carattere formale della garanzia, la sentenza cantonale va annullata senza che sia necessario esaminare le censure di merito. Gli oneri processuali seguono la soccombenza (art. 66 cpv. 1 e 68 cpv. 1 LTF).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1.
Il ricorso è accolto. La sentenza impugnata è annullata e la causa è ritornata al Tribunale di appello ticinese per nuova decisione.
2.
Le spese giudiziarie di fr. 5'000.-- sono poste a carico dell'opponente, che rifonderà alla ricorrente fr. 6'000.-- a titolo di ripetibili per la procedura innanzi al Tribunale federale.
3.
Comunicazione ai patrocinatori delle parti e alla II Camera civile del Tribunale d'appello del Cantone Ticino.