Fatti:
A.
Nel mese di maggio 2000, la B._ Sagl, nel frattempo fallita, ha chiesto all'allora Municipio di Claro di rilasciarle la licenza edilizia per la formazione di un deposito per materiale per un'impresa di costruzioni sul fondo n. 1658, attribuito dal previgente piano regolatore del 1975 alla zona industriale J2. Il progetto prevedeva la posa di una recinzione in rete metallica lungo il perimetro del fondo e di collocare, senza indicarne il numero, l'ubicazione e il dimensionamento, alcune baracche al suo interno e una sosta per il macchinario. Il 6 ottobre 2000, il Municipio ha rilasciato la licenza per la recinzione. In seguito, sul fondo sono state realizzate alcune baracche e depositati in maniera disordinata macchinari, materiali per l'edilizia e container, poi sostituiti da una struttura unica (magazzino).
B.
Esprimendosi sul progetto di revisione del piano regolatore del 2003, approvato parzialmente, il Consiglio di Stato ha stabilito che quello vigente aveva perso la sua validità poiché contrario alla LPT e che, fino all'approvazione della revisione, la zona edificabile sarebbe stata costituita dal territorio già largamente edificato. Il 18 marzo 2008 il Governo non ha approvato l'attribuzione di quest'area alla zona R3, invitando il Comune a elaborare una variante, suggerendone l'assegnazione alla zona agricola. Nell'ottobre/dicembre 2014, il Consiglio comunale ha adottato la variante, tuttora in via di approvazione, che inserisce il fondo n. 1658, acquistato nel marzo 2011 da A._, nelle superfici per l'avvicendamento colturale (SAC).
C.
L'8 settembre 2011 il Municipio ha intimato al nuovo proprietario un ordine di sospensione dei lavori volti a realizzare una struttura metallica a uso capannone. Dopo aver chiesto nel 2012 un permesso parzialmente in sanatoria per le istallazioni realizzate e per due nuove tettoie, domanda poi ritirata, il 26 giugno 2013 il proprietario ha chiesto il permesso di poter costruire un magazzino di circa 100 m2, destinato a sostituire i vecchi fabbricati. Alla domanda si è opposto un vicino. Il 19 dicembre 2013 il Municipio ha rilasciato il permesso, licenza annullata il 29 aprile 2014 dal Governo cantonale, decisione confermata il 12 novembre 2014 dal Tribunale cantonale amministrativo. Il 6 novembre 2014 il Municipio ha inflitto al proprietario una multa di fr. 2'250.-- per la posa senza permesso di un capannone; l'11 novembre 2014 ha ordinato inoltre la sospensione dei lavori volti all'edificazione di un magazzino, provvedimenti tutelati dal Consiglio di Stato.
D.
L'8 ottobre 2015 il Municipio, accertata la realizzazione di un deposito per impresa di costruzione, ha ordinato al proprietario di demolire tutte le opere esistenti sul fondo. Adito da quest'ultimo, con decisione del 22 giugno 2016 il Consiglio di Stato ha annullato il provvedimento e rinviato gli atti al Municipio affinché esiga l'inoltro di una domanda di costruzione in sanatoria, adottando se del caso un nuovo ordine di ripristino. Con giudizio del 20 dicembre 2018 il Tribunale cantonale amministrativo ha accolto un ricorso del Comune di Claro, al quale è subentrato quello di Bellinzona in seguito alla loro aggregazione, e annullato la decisione governativa, confermando l'ordine di demolizione municipale.
E.
Avverso questa sentenza A._ inoltra un ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale. Chiede, concesso al gravame l'effetto sospensivo in via supercautelare e cautelare, in via principale, di accertare la nullità della decisione impugnata, subordinatamente di riformularla nel senso di accertare la legalità materiale delle costruzioni e di non ordinarne la demolizione, in via ancor più subordinata, di annullare la decisione impugnata e di rinviare la causa a una istanza inferiore per nuovo accertamento dei fatti.
Non è stato ordinato uno scambio di scritti, ma è stato richiamato l'incarto cantonale. Al ricorso è stato conferito l'effetto sospensivo in via supercautelare.

Diritto:
1.
1.1. Inoltrato tempestivamente contro una decisione finale dell'ultima istanza cantonale in ambito edilizio, il ricorso in materia di diritto pubblico è di massima ammissibile sotto il profilo degli art. 82 lett. a, art. 86 cpv. 1 lett. d e <ref-law>. La legittimazione del ricorrente è pacifica.
1.2. Secondo l'art. 42 cpv. 1 e 2 LTF, il gravame dev'essere motivato in modo sufficiente, spiegando nei motivi perché l'atto impugnato viola il diritto. Il Tribunale federale esamina in linea di principio solo le censure sollevate (<ref-ruling> consid. 1.7.1 pag. 106). Quando il ricorrente, come in concreto, invoca la violazione di diritti costituzionali (diritto di essere sentito, buona fede), il Tribunale federale, in applicazione dell'<ref-law>, esamina le censure soltanto se siano state esplicitamente sollevate e motivate in modo chiaro e preciso (<ref-ruling> consid. 1.2 e 1.3 pag. 380).
1.3. Il Tribunale federale fonda il suo ragionamento giuridico sui fatti accertati dall'autorità inferiore (<ref-law>). Esso può scostarsene solo se tale accertamento è stato eseguito in violazione del diritto ai sensi dell'<ref-law> o in modo manifestamente inesatto, ovvero arbitrario (<ref-ruling> consid. 6 pag. 358).
2.
Il ricorrente adduce la nullità della decisione impugnata poiché al suo dire la Corte cantonale non era competente per esaminare nel merito il gravame sottopostole dal Comune. Accenna, in maniera del tutto generica, al fatto che la tempestività di quel ricorso non sarebbe stata manifesta, chiedendo che la Corte cantonale si esprima in merito.
Nella decisione impugnata è stata accertata la tempestività del rimedio esperito, e il ricorrente neppure sostiene d'aver sollevato dubbi al riguardo nelle sue osservazioni e nella replica. Neppure nel ricorso in esame egli tenta di spiegare su quali circostanze fattuali si fonderebbe tale assunto, inammissibile per carenza di motivazione (<ref-law>).
3.
3.1. Critica poi che, applicando la legge ticinese sulla procedura amministrativa del 24 settembre 2013 (LPAmm), sebbene si trattasse di una decisione incidentale, la Corte cantonale ha nondimeno esaminato il ricorso del Comune nel merito, motivo per cui la sua decisione sarebbe nulla.
3.2. Ora, una decisione è nulla soltanto quando è affetta da un vizio particolarmente grave e manifesto, che sia riconoscibile con evidenza o perlomeno con una certa facilità. L'accertamento della nullità non deve inoltre mettere in pericolo in modo serio la sicurezza del diritto. Quali motivi di nullità entrano innanzitutto in considerazione gravi errori di procedura, come per esempio l'incompetenza dell'autorità giudicante, mentre gli errori nel merito della decisione provocano solo raramente la nullità dell'atto (cfr. <ref-ruling> consid. 11.2 pag. 260; <ref-ruling> consid. 3.1 pag. 503).
3.3. Nella fattispecie, la Corte cantonale ha rilevato che la decisione con la quale il Consiglio di Stato ha annullato l'ordine di demolizione e rinviato gli atti al Municipio affinché completi gli accertamenti circa la legalità dei manufatti litigiosi e statuisca di nuovo nel merito, costituisce una decisione incidentale. Ha ritenuto che anche per le decisioni rette dalla LPAmm, che prevede una disciplina analoga a quella prevista dall'<ref-law> (RS 172.021) e dall'<ref-law>, occorre riferirsi alla prassi del Tribunale federale relativa a quest'ultima norma. Ha stabilito che secondo la LPAmm, tranne quelle relative alla competenza e a domande di ricusazione (art. 66 cpv. 1 LPAmm), le decisioni con cui l'istanza di ricorso rinvia la causa all'istanza inferiore per nuovo giudizio devono essere considerate di massima di natura incidentale: possono pertanto essere impugnate dinanzi ad essa unicamente alle condizioni previste dall'art. 66 cpv. 2 LPAmm, segnatamente quando l'accoglimento del ricorso comporterebbe immediatamente una decisione finale, consentendo di evitare una procedura probatoria defatigante e dispendiosa (lett. b).
I giudici cantonali hanno osservato che la decisione governativa di rinvio non causa al Municipio un pregiudizio irreparabile. Hanno poi rilevato che non sussiste alcuna necessità di far esperire ulteriori accertamenti e di pretendere l'inoltro di una domanda di costruzione in sanatoria, poiché il contrasto dei manufatti con il diritto materiale è già stato accertato nel loro precedente giudizio del 12 novembre 2014 ed è comunque manifesto; il ripristino di una situazione conforme al diritto rappresenta quindi l'unica soluzione praticabile per rispettare il diritto federale. L'accoglimento del ricorso del Comune comporterebbe quindi immediatamente una decisione finale ed eviterebbe ulteriori accertamenti e decisioni suscettibili di dar luogo a nuovi ricorsi, il cui esito negativo appare scontato. Ne ha concluso che, sebbene di carattere incidentale, la decisione governativa può essere impugnata a titolo indipendente.
3.4. Il ricorrente nemmeno sostiene che la Corte cantonale avrebbe applicato in maniera arbitraria l'art. 66 cpv. 2 LPAmm. Ciò non è del resto ravvisabile, visto che la criticata interpretazione è chiaramente sostenibile e la soluzione adottata non è arbitraria neppure nel risultato (<ref-ruling> consid. 2 pag. 146; <ref-ruling> consid. 7.1 pag. 124).
Egli si limita infatti a osservare, erratamente visto che la Corte cantonale ha esaminato il gravame nel merito, che la conclusione della Corte cantonale obbligherebbe il Tribunale federale a fungere da seconda istanza in materia pianificatoria. Osserva poi che la giurisprudenza federale sull'impugnabilità delle decisioni incidentali non sarebbe applicabile a un ordine di demolizione, perché lo priverebbe della possibilità di essere sentito da un'istanza cantonale. Anche questo rilievo è privo di pertinenza, rilevato che il ricorrente ha potuto esprimersi, nelle osservazioni e in replica, sul gravame del Comune. L'accenno a una pretesa violazione del diritto di essere sentito nell'ambito della precedente sentenza del Tribunale cantonale amministrativo è inammissibile poiché tardiva, visto ch'egli ha rinunciato a impugnarla. Nel caso in esame, anche sotto il profilo del diritto di essere sentito, la Corte cantonale ha del resto rettamente stabilito che si può prescindere da un rinvio della causa all'autorità comunale, ciò che avrebbe comportato solo un inutile formalismo (<ref-ruling> consid. 2.8.1 pag. 226; <ref-ruling> consid. 2.2 pag. 204).
3.5. Il ricorrente sostiene di avvalersi, peraltro a torto come si vedrà, di nuovi mezzi di prova, adducendo, senza tuttavia dimostrarlo, che ne avrebbe dato motivo la sentenza impugnata (<ref-law>). Ora, nell'ambito di un ricorso al Tribunale federale non possono di principio essere addotti fatti e mezzi di prova nuovi, in particolare nova in senso proprio (<ref-ruling> consid. 1.2 pag. 23).
Egli, rilevato che avrebbe un interesse degno di protezione a evitare elevati costi di demolizione e a poter continuare l'attività commerciale per la quale il fondo è tuttora utilizzato, adduce ch'esso sarebbe ubicato in una zona dove vigerebbe una totale incertezza pianificatoria. Al riguardo rinvia, in maniera inammissibile ritenuto che la motivazione dev'essere contenuta nell'atto di ricorso medesimo (<ref-ruling> consid. 1.2.3 pag. 286), in gran parte agli allegati precedenti. In tale ambito egli si diffonde del resto in maniera inutilmente prolissa sul fatto che il suo fondo sarebbe ubicato in una "zona dove vige totale incertezza pianificatoria". Come già accertato nella citata sentenza del 12 novembre 2014, esso non è più attribuito a una zona industriale né edificabile. La variante di piano regolatore adottata dal Consiglio comunale di Claro nell'ottobre/dicembre 2014, tuttora in via di approvazione, lo inserisce nelle superfici per l'avvicendamento colturale. Contrariamente all'assunto ricorsuale, l'aggregazione intervenuta nel frattempo, come le generiche ipotesi circa un'attribuzione futura del suo fondo a una zona edificabile, nulla mutano al riguardo (sulla riduzione delle zone edificabili sovradimensionate e sulle restrittive condizioni per nuovi azzonamenti cfr. la sentenza 1C_345/2018 del 5 novembre 2018 consid. 2). L'assunto di una violazione del principio della buona fede in relazione alle congetture ricorsuali sul futuro pianificatorio del fondo in esame è quindi privo di fondamento.
4.
4.1. Nel merito, la Corte cantonale ha osservato che giusta l'art. 43 cpv. 1 della legge edilizia cantonale del 13 marzo 1991 (LE), il Municipio ordina la demolizione o la rettifica delle opere in contrasto con la legge, tranne il caso in cui le differenze siano minime e senza importanza per l'interesse pubblico. Ha ricordato che il principio della legalità e quello dell'uguaglianza esigono che le costruzioni realizzate senza autorizzazione e che sono in contrasto col diritto materiale, devono essere rettificate o demolite, poiché altrimenti sarebbe premiata l'inosservanza della legge, ciò che vale a maggior ragione fuori della zona edificabile; in caso contrario sarebbe infatti vanificato il principio basilare della separazione del territorio edificato da quello inedificato (al riguardo vedi sentenza 1C_276/2016 del 2 giugno 2017 consid. 3).
I giudici cantonali hanno accertato che l'ordine di demolizione concerne tutte le costruzioni esistenti sul fondo in esame, quelle censite a registro fondiario nonché quelle presenti, ma non censite, poiché realizzate senza permesso più recentemente. Ne hanno dedotto che le strutture da eliminare sono sufficientemente identificate/identificabili, essendo inoltre state indicate dal Comune nel suo gravame, che ha prodotto un'immagine aerea del fondo, evidenziandole. Hanno aggiunto che tali manufatti sono riconoscibili anche negativamente, nella misura in cui dall'ordine è escluso soltanto ciò che è coperto dall'autorizzazione rilasciata nel 2000, ossia la recinzione. Ne hanno concluso che per queste strutture l'ordine di ripristino è corretto, poiché la sussistenza di una violazione materiale è già stata accertata mediante la loro precedente decisione passata in giudicato; laddove non lo fosse, hanno ritenuto che l'illegalità materiale è comunque manifesta, motivo per cui non vi è ragione di avviare una (nuova) procedura di rilascio di una licenza in sanatoria, poiché tali opere non potrebbero in ogni modo essere autorizzate a posteriori. Ciò varrebbe in particolare per il magazzino sostitutivo realizzato nonostante gli ordini di sospensione dei lavori, senza peraltro eliminare i manufatti ch'esso avrebbe dovuto sostituire e che il ricorrente si era impegnato a smantellare. Hanno poi specificato compiutamente, per ogni opera realizzata, perché, viste le gravi e ripetute violazioni materiali, esse non potevano essere auto-rizzate a posteriori.
Hanno stabilito infatti che al ricorrente non giova invocare il principio dell'affidamento, considerato che la gran parte dei manufatti risalgono al periodo successivo al momento in cui il fondo è stato estromesso dalla zona edificabile e che la loro realizzazione ha avuto luogo nonostante gli avvertimenti e gli ordini di sospensione dei lavori pronunciati dall'autorità comunale. A ciò nulla muta il tempo trascorso, visto che non sono passati 30 anni dalla loro realizzazione (<ref-ruling> consid. 6.3 pag. 39). Alla loro rimozione non si oppongono inoltre particolari problemi tecnici e i relativi oneri finanziari, l'interesse a non premiare detti abusi essendo prevalente (al riguardo vedi sentenza 1C_215/2014 dell'11 dicembre 2014 consid. 3.6). Hanno aggiunto, rettamente, che l'irrogazione di una semplice sanzione pecuniaria, misura sussidiaria prevista dal diritto cantonale, è inconciliabile con il diritto federale che disciplina in maniera esaustiva gli interventi fuori della zona edificabile (sentenza 1C_400/2015 del 2 ottobre 2015 consid. 3.3). Ne hanno concluso, visto che i rimproverati interventi sono tutt'altro che irrilevanti, che l'ordine di demolizione è corretto e giustificato da importanti interessi pubblici e privati.
4.2. Al riguardo il ricorrente si limita a criticare in maniera generica l'accertamento dei fatti posto a fondamento dell'impugnato giudizio, insistendo sugli antefatti procedurali inerenti alle domande di costruzione, in parte non approvate o ritirate. L'accenno al fatto che non sarebbe prevista alcuna clausola volta alla rimozione dei manufatti amovibili, asseritamente non specificatamente indicati nell'ordine di demolizione, tra i quali un cancello, è ininfluente, ritenuto che al di fuori della zona edificabile il deposito, peraltro non autorizzato, di macchinari e manufatti che non hanno, come quelli in esame, alcuna relazione con la destinazione della zona è notoriamente vietato; chi pone l'autorità di fronte al fatto compiuto deve quindi aspettarsi che, di fronte agli inconvenienti derivanti all'interessato da un ordine di demolizione, prevalga il ripristino di una situazione conforme al diritto, ciò che non viola il principio di proporzionalità (<ref-ruling> consid. 6.4 pag. 39 seg.).
Il ricorrente sostiene d'altra parte che la decisione impugnata sarebbe lesiva del suo diritto di essere sentito (<ref-law>) poiché carente nella motivazione relativa all'accertamento dei fatti. La stessa adempie infatti chiaramente le esigenze poste all'invocata garanzia (<ref-ruling> consid. 4.3; <ref-ruling> consid. 1.3.1).
Per di più, nella misura in cui il ricorrente adduce un accertamento incompleto dei fatti rilevanti, egli parrebbe disattendere che non ha impugnato la precedente sentenza del 12 novembre 2014. Nella stessa è stato infatti ritenuto che i fatti rilevanti non erano controversi. Al riguardo, giova rilevare che l'<ref-law> impone ai partecipanti a un processo di agire secondo il principio della buona fede, regola applicabile segnatamente anche ai diritti procedurali delle parti. Ne segue che una parte che si accorge o, adottando la necessaria diligenza, dovrebbe accorgersi che una regola di procedura sarebbe al suo dire stata violata a suo scapito, non può lasciar seguire il corso della procedura senza reagire, per esempio, allo scopo di riservarsi la possibilità d'invocare in un secondo tempo, come nella fattispecie, un motivo di censura quando il giudizio successivo gli sia sfavorevole. Siffatte misure dilatorie sono inammissibili (<ref-ruling> consid. 3.4.2 pag. 406). Né il ricorrente si confronta con le opere da demolire dettagliatamente indicate nella contestata sentenza, ragione per cui l'accertamento dei fatti, corretto e per nulla arbitrario, è vincolante per il Tribunale federale. In siffatte circostanze, la Corte cantonale, sulla base di un apprezzamento anticipato delle prove non arbitrario, poteva rinunciare a esperire il sopralluogo chiesto dal ricorrente (<ref-ruling> consid. 3.3 pag. 64), senza violare il suo diritto di essere sentito (<ref-ruling> consid. 4.1 pag. 72).
4.3. Il ricorrente misconosce inoltre che non si tratta del resto di una questione d'accertamento dei fatti, ma piuttosto dell'applicazione delle norme che disciplinano le costruzioni fuori della zona edificabile: in tale ambito egli, disattendendo il suo obbligo di motivazione (<ref-law>), neppure tenta di spiegare perché le conclusioni dei giudici cantonali, secondo cui la sussistenza di una violazione materiale è già stata accertata nella loro precedente sentenza, mentre che per le opere rimanenti l'illegalità materiale è manifesta, sarebbe lesiva del diritto. Ora, quando la decisione impugnata, come in concreto, si fonda su diverse motivazioni indipendenti e di per sé sufficienti per definire l'esito della causa, il ricorrente è tenuto, pena l'inammissibilità, a dimostrare che ognuna di esse viola il diritto (<ref-ruling> consid. 2.4 in fine pag. 368; <ref-ruling> consid. 4.1.4 pag. 100).
5.
In quanto ammissibile, il ricorso dev'essere pertanto respinto. Le spese seguono la soccombenza (<ref-law>).
L'emanazione del presente giudizio rende priva di oggetto la domanda di effetto sospensivo.

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1.
Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è respinto.
2.
Le spese giudiziarie di fr. 4'000.-- sono poste a carico del ricorrente.
3.
Comunicazione ai patrocinatori delle parti, al Dipartimento del territorio, Ufficio delle domande di costruzione, al Consiglio di Stato, al Tribunale amministrativo del Cantone Ticino e all'Ufficio federale dello sviluppo territoriale.