Sachverhalt:
A.
A._ ist Eigentümer des 1'915 m2 grossen Grundstücks Nr. 2416W, Grundbuch Wil. Die Baukommission Wil erteilte ihm mit Beschluss vom 16. November 2011 die Baubewilligung für den Bau eines Mehrfamilienhauses (MFH 1) mit fünf Wohnungen und Tiefgarage auf dem Grundstück Nr. 2416W. Am 29. August 2012 erteilte sie ihm die Bewilligung für die Erstellung eines zweiten Mehrfamilienhauses (MFH 2) mit fünf Wohnungen ebenfalls auf dem Grundstück Nr. 2416W. Darin wurde festgestellt, dass damit die Ausnutzung von Grundstück Nr. 2416W vollständig ausgeschöpft sei. Mit Verfügung vom 21. Dezember 2012 bewilligte die Baukommission Projektänderungen. Diese Verfügung erwuchs in Rechtskraft. Am 13. Januar 2014 erlaubte die Baukommission weitere Projektänderungen. Diese Bewilligung wurde vom Baudepartement des Kantons St. Gallen am 16. Mai 2014 auf Rekurs hin jedoch aufgehoben, was das Verwaltungsgericht des Kantons St. Gallen am 28. Juni 2016 bestätigte. Dieser Entscheid des Verwaltungsgerichts erwuchs in Rechtskraft.
Am 15. Dezember 2016 ersuchte A._ erneut um Bewilligung von Projektänderungen an den MFH 1 und 2. Die Baukommission erteilte die ersuchte Baubewilligung am 8. Mai 2017 und wies eine von B.D._ und C.D._ dagegen erhobene Einsprache ab. Das Baudepartement hiess den von den unterlegenen Einsprechern gegen die Baubewilligung vom 8. Mai 2017 erhobenen Rekurs mit Entscheid vom 24. August 2018 im Sinne der Erwägungen gut und hob die Baubewilligung vollumfänglich auf. Am 13. Mai 2019 wies das Verwaltungsgericht die von A._ dagegen erhobene Beschwerde ab. Das Bundesgericht bestätigte den vorinstanzlichen Entscheid und wies die Beschwerde von A._ am 3. Juni 2020 ebenfalls ab (Urteil 1C_336/2019).
Währenddessen reichte A._ am 15. Januar 2019 ein weiteres Projektänderungsgesuch betreffend das MFH 2 ein. Die dagegen von B.D._ und C.D._ erhobene Einsprache hiess die Baukommission am 29. April 2019 gut. Zur Begründung führte sie aus, das Projektänderungsgesuch sehe vor, die von den Rechtsmittelinstanzen bestätigte Überschreitung der anrechenbaren Geschossfläche (aGF) um 14,42 m2 zu korrigieren (vgl. Urteil 1C_336/2019 vom 3. Juni 2020), was grundsätzlich bewilligungsfähig sei. Indes würden die eingereichten Pläne nicht mehr mit den am 8. Mai 2017 genehmigten Plänen übereinstimmen. Die damals vorgesehene Rückversetzung der westlichen Aussenwände auf den Ebenen 3 und 4 bei MFH 2 und die Vergrösserung der (nicht anrechenbaren) Technikräume der MFH 1 und MFH 2 seien nicht mehr in den Korrekturplänen enthalten. Folglich werde die geplante Verkleinerung der aGF um 14,42 m2 gleichzeitig durch die Plananpassungen wieder aufgehoben und die zulässige Bruttogeschossfläche überschritten. Das Projektänderungsgesuch könne daher nicht bewilligt werden. Gegen diesen Entscheid gelangte A._ an das Baudepartement, welches den Rekurs am 9. September 2019 abwies. Die dagegen von A._ erhobene Beschwerde wies das Verwaltungsgericht am 28. Mai 2020 ab.
B.
Mit Eingabe vom 25. Februar 2020 führt A._ Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht. Er beantragt, den Entscheid des Verwaltungsgerichts vom 28. Mai 2020 aufzuheben. Die Streitsache sei zur neuen Entscheidung an die Vorinstanz bzw. die Baukommission zurückzuweisen. Diese sei anzuweisen, die Bewilligung des Korrekturgesuchs vom 15. Januar 2019 auf Basis der Pläne (bewilligt am 8. Mai 2017) zu erteilen. Eventualiter sei Ziff. 3 des Entscheiddispositivs aufzuheben, wonach er die Beschwerdegegner für das Beschwerdeverfahren ausseramtlich mit Fr. 4'000.-- zzgl. Barauslagen von Fr. 160.-- und Mehrwertsteuer zu entschädigen habe.
Das Verwaltungsgericht beantragt, die Beschwerde abzuweisen. Die Beschwerdegegner beantragen ebenfalls die Abweisung der Beschwerde. Der Beschwerdeführer nimmt erneut Stellung und hält an seinen Anträgen fest.

Erwägungen:
1.
1.1. Angefochten ist ein kantonal letztinstanzlicher Endentscheid über die Bewilligungsfähigkeit einer Baute. Dagegen steht die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten offen (vgl. Art. 82 lit. a, Art. 86 Abs. 1 lit. d und Abs. 2 sowie Art. 90 BGG). Der Beschwerdeführer hat am vorinstanzlichen Verfahren teilgenommen, ist als Baugesuchsteller durch den angefochtenen Entscheid auch materiell beschwert und damit nach <ref-law> zur Beschwerde legitimiert. Da auch die übrigen Eintretensvoraussetzungen erfüllt sind, ist auf die Beschwerde grundsätzlich einzutreten.
1.2. Nicht darauf einzutreten ist hingegen, soweit der Beschwerdeführer eine offensichtlich unrichtige Sachverhaltsfeststellung geltend macht. Seine Rüge, wonach die Baukommission hätte erkennen müssen, dass er falsch genehmigte Pläne in Umlauf brachte, was die Vorinstanz zu Unrecht nicht zur Aufhebung des angefochtenen Entscheids veranlasst habe, stellt keine Sachverhaltsfrage dar. Dies gilt auch für die vom Beschwerdeführer gerügte vorinstanzliche Feststellung, er hätte seinerseits den Fehler der von ihm falsch eingereichten Pläne erkennen müssen. Wer den Fehler hätte erkennen müssen bzw. wem dieser anzurechnen ist, ist eine Rechtsfrage (vgl. E. 2 hiernach). Es ist mithin vom vorinstanzlich festgestellten Sachverhalt auszugehen (<ref-law>).
1.3. Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann geltend gemacht werden, der angefochtene Entscheid verletze Bundesrecht, Völkerrecht oder kantonale verfassungsmässige Rechte (Art. 95 lit. a, b und c BGG). Die Verletzung des übrigen kantonalen Rechts kann abgesehen von hier nicht relevanten Ausnahmen gemäss Art. 95 lit. c und d BGG vor Bundesgericht nicht gerügt werden; zulässig ist jedoch die Rüge, die Anwendung dieses Rechts führe zu einer Verletzung von Bundesrecht, namentlich des verfassungsmässigen Willkürverbots (<ref-ruling> E. 3.1.3 S. 14 mit Hinweis).
Nach der ständigen Praxis des Bundesgerichts liegt Willkür vor, wenn der angefochtene Entscheid offensichtlich unhaltbar ist, mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht, eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz krass verletzt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft. Das Bundesgericht hebt einen Entscheid jedoch nur auf, wenn nicht bloss die Begründung, sondern auch das Ergebnis unhaltbar ist. Dass eine andere Lösung ebenfalls als vertretbar oder gar zutreffender erscheint, genügt nicht (<ref-ruling> E. 3.1 S. 372; Urteil 1C_363/2020 vom 30. November 2020 E. 3.4; je mit Hinweisen).
2.
Der vorliegenden Streitsache liegen zwei Fehler der Baukommission zugrunde, welche gemäss den vorinstanzlichen Feststellungen unbestritten sind. Zum einen hatte die Baukommission im Zusammenhang mit der vom Beschwerdeführer angestrebten Projektänderung vom 15. Dezember 2016, welche in die Baubewilligung vom 8. Mai 2017 mündete, aus Versehen die dem Projektänderungsgesuch zuerst zugrunde liegenden Pläne der Grundrisse Ebene 2, 3 und 4 vom 5. Januar 2017 mit dem Genehmigungsvermerk "von der Baukommission genehmigt" versehen. Dies obschon die Pläne aufgrund einer Überschreitung der aGF überarbeitet wurden. Die revidierten Pläne der Grundrisse Ebene 2, 3 und 4 vom 5. April 2017 sahen neu eine Rückversetzung der westlichen Aussenwände auf den Ebenen 3 und 4 bei MFH 2 sowie eine zusätzliche Vergrösserung der nicht anrechenbaren Technikräume der MFH 1 und MFH 2 vor. Mithin entsprachen lediglich letztere Pläne dem Stand der Baubewilligung vom 8. Mai 2017, weshalb nur diese mit dem Genehmigungsstempel der Baukommission hätten versehen werden dürfen. Zum anderen ist unbestritten, dass die Baukommission dem Beschwerdeführer die Baubewilligung vom 8. Mai 2017 irrtümlicherweise zusammen mit den versehentlich gestempelten Plänen Grundrisse Ebene 2, 3 und 4 vom 5. Januar 2017 statt mit den massgeblichen Plänen vom 5. April 2017 zugestellt hatte. In der Folge stützte sich der Beschwerdeführer bei seinem Projektänderungsgesuch vom 15. Januar 2019 auf die Pläne vom 5. Januar 2017.
2.1. Die Vorinstanz erwog, der Beschwerdeführer hätte bei der Einreichung seines Projektänderungsgesuchs vom 15. Januar 2019 indes nicht auf die offenbar versehentlich falsch gestempelten Pläne vertrauen dürfen. Zur Begründung führt sie aus, die Baubewilligung vom 8. Mai 2017 enthalte einen ausdrücklichen Hinweis auf die massgeblichen Revisionspläne vom 5. April 2017. Als sachverständiger Bauherr und Architekt, der sowohl die Pläne vom 5. Januar 2017 als auch die revidierten Pläne vom 5. April 2017 erstellt und der Baubewilligungsbehörde eingereicht habe, hätte er das Versehen der Baukommission erkennen müssen. Er habe folglich wissen müssen, dass bei einem Abstellen auf die Pläne vom 5. Januar 2017 im Rahmen der Projektänderung vom 15. Januar 2019 die höchstzulässige aGF überschritten werde. Das Projektänderungsgesuch vom 15. Januar 2019 sei daher zu Recht nicht bewilligt worden.
2.2. Der Beschwerdeführer wendet dagegen ein, die kantonalen Behörden hätten seinen Fehler erkennen müssen und sein "Korrektur-Baugesuch" vom 15. Januar 2019 nach Massgabe der tatsächlich genehmigten Pläne vom 5. April 2017 neu prüfen und bewilligen müssen. Dies umso mehr, als die Baukommission seinen Irrtum verschuldet habe, indem sie ihm die zu Unrecht mit einem Genehmigungsvermerk versehenen falschen Pläne vom 5. Januar 2017 zugestellt habe. Die Behörden seien gemäss Art. 12 des Gesetzes vom 16. Mai 1965 über die Verwaltungsrechtspflege des Kantons St. Gallen (sGS 951.1; VRP/SG) verpflichtet, den Sachverhalt von Amtes wegen zu ermitteln. Sie hätten ihn folglich auf den Mangel hinweisen und ihm Gelegenheit bieten müssen, diesen Mangel zu beheben. Dies sei in Art. 48 Abs. 2 und Art. 50 Abs. 2 i.V.m. Art. 64 VRP/SG so für das Rekursverfahren und das Beschwerdeverfahren vorgesehen. Indem die kantonalen Behörden dies aber unterlassen hätten, hätten sie das kantonale Recht nicht bzw. krass falsch angewendet. Zudem sei es überspitzt formalistisch und unverhältnismässig, dass einzig aufgrund der von ihm unbemerkt falsch eingereichten Pläne das Projektänderungsgesuch verweigert worden sei.
3.
3.1. Nach Art. 12 Abs. 1 VRP/SG ermittelt die Behörde oder das von ihr beauftragte Verwaltungsorgan den Sachverhalt und erhebt die Beweise von Amtes wegen durch Befragen von Beteiligten Auskunftspersonen und Zeugen, durch Beizug von Urkunden, Amtsberichten und Sachverständigen, durch Augenschein sowie auf andere geeignete Weise. Sind zur Wahrung des öffentlichen Interesses keine besonderen Erhebungen nötig, so sind nur die von den Beteiligten angebotenen und die leicht zugänglichen Beweise über erhebliche Tatsachen aufzunehmen (Abs. 2).
3.2. Beim Baubewilligungsverfahren handelt es sich um ein Mitwirkungsverfahren. Der Bauherr ist grundsätzlich für die Einreichung der Baupläne bzw. der erforderlichen Unterlagen verantwortlich. Es ist seine Aufgabe, den Prüfungsgegenstand, vorliegend das Projektänderungsgesuch vom 15. Januar 2019, so klar und eindeutig zu definieren, dass ein Irrtum der Behörde vernünftigerweise ausgeschlossen werden kann. Es liegt mithin in seinem Zuständigkeits- und Machtbereich, die korrekten Pläne einzureichen oder sich nach den korrekten Plänen zu erkundigen, wenn er feststellen sollte, dass er diese gar nicht besitzt.
Dass die kantonalen Behörden davon ausgingen, der Beschwerdeführer berufe sich tatsächlich auf die Pläne vom 5. Januar 2017, kann jedenfalls nicht als geradezu stossend beurteilt werden. So wäre es auch denkbar, dass sich der Beschwerdeführer tatsächlich auf diese Pläne stützen wollte, um die in den revidierten Plänen vom 5. April 2017 vorgesehenen Änderungen zu umgehen bzw. nicht ausführen zu müssen. Bei seinem Einwand, wonach "es ja nicht so sei, dass er Rechte aus den falschen Plänen ableiten wolle", handelt es sich schliesslich einzig um eine unbelegte (Schutz-) Behauptung.
Indem die kantonalen Behörden dem Projektänderungsgesuch vom 15. Januar 2019 die vom Beschwerdeführer eingereichten Pläne zugrunde legten, setzten sie sich im Übrigen auch nicht darüber hinweg, was der Beschwerdeführer "ausdrücklich zum Umfang und Gegenstand seines Projektänderungsgesuchs bestimmt hat", wie von ihm behauptet. Nach dem Gesagten kann den kantonalen Behörden jedenfalls nicht der Vorwurf gemacht werden, sie hätten Art. 12 VRP/SG willkürlich angewandt, indem sie auf eine Rückfrage beim Beschwerdeführer bzw. auf einen Hinweis betreffend die von ihm eingereichten falschen Pläne verzichtet haben.
3.3. Nichts zu seinen Gunsten kann der Beschwerdeführer aus dem Einwand ableiten, er habe seinem Projektänderungsgesuch vom 15. Januar 2019 unbemerkt die falschen Pläne zugrunde gelegt, weil ihm die Baukommission fälschlicherweise diese statt der genehmigten Pläne zugestellt habe. Wie die Vorinstanz zutreffend erwog, wird in der Baubewilligung vom 8. Mai 2017 unter D) Ziff. 1 S. 22 ausdrücklich festgehalten, dass für die von den Änderungen betroffenen Grundrisse der Ebenen 2, 3 und 4 die Revisionspläne vom 5. April 2017 massgeblich sind. Dass dennoch auch überholte Pläne dieser Ebenen vom 5. Januar 2017 mit dem Genehmigungsvermerk versehen wurden, ändert folglich nichts daran, dass aus der Bewilligung vom 8. Mai 2017 klar hervorgeht, dass einzig die revidierten Pläne vom 5. April 2017 für die Grundrisse der Ebenen 2, 3 und 4 massgeblich sind. Die Pläne und der Text der Baubewilligung bilden eine Einheit. Durch den ausdrücklichen Hinweis im Text der Bewilligung war - für den fachkundigen bzw. fachkundig vertretenen Beschwerdeführer - klar ersichtlich, dass nur die Pläne vom 5. April 2017 gemeint sein konnten.
Dem Beschwerdeführer hätte bei der gebotenen Aufmerksamkeit und Sorgfalt bei Erhalt der Bewilligung vom 8. Mai 2017, spätestens jedoch bei der Einreichung des Projektänderungsgesuchs vom 15. Januar 2019 auffallen müssen, dass ihm die überholten Pläne zugestellt wurden und diese zu Unrecht mit dem Genehmigungsstempel versehen worden waren. Dafür spricht insbesondere auch, dass er bzw. das von ihm beauftragte Architekturbüro die Pläne selbst erstellt hat. Sodann waren die mit den Plänen vom 5. April 2017 vorgenommenen Änderungen der Grundrisse auf den Ebenen 2, 3 und 4 ausdrücklich Gegenstand des damals laufenden Verfahrens. Dem Beschwerdeführer war mithin bewusst, dass Änderungen an den Plänen vom 5. Januar 2017 vorgenommen wurden, damit das damalige Projektänderungsgesuch überhaupt bewilligt werden konnte. Wenn er sich nun darauf beruft, es sei ihm nicht aufgefallen, dass er dann fälschlicherweise doch die alten - zwar mit Genehmigungsvermerk versehenen - Pläne zugestellt erhalten habe, entbindet ihn dies nicht von seiner Verantwortlichkeit. Ein Blick auf die Pläne hätte ausgereicht, um den Mangel zu erkennen. Nichts zu seinen Gunsten kann er aus dem Umstand ableiten, wonach die Pläne nur "kleinschriftig" mit dem Datum vom 5. Januar 2017 versehen gewesen seien. Selbst von einem über 80-jährigen Beschwerdeführer bzw. zumindest von dessen Architekten hätte erwartet werden können, dass der Fehler erkannt wird. Daran ändert auch nichts, dass die Pläne damals für den Beschwerdeführer angeblich "noch nicht massgeblich und von untergeordneter Bedeutung" gewesen seien, da die Bewilligung vom 8. Mai 2017 angefochten worden sei. Ebenso unbehelflich ist daher sein Einwand, er habe das Projektänderungsgesuch erst 20 Monate nach Erhalt der falschen Pläne eingereicht.
Schliesslich hat es sich der Beschwerdeführer selbst zuzuschreiben, dass er beim streitgegenständlichen Projekt über zahlreiche bewilligte Projekt-, Projektänderungs-, Umgebungs-, Wärmedämmungs- und beinahe unzählige Detailpläne verfügt. Er selbst hat die diversen Projektänderungsgesuche eingereicht und ist dafür verantwortlich, den Überblick zu behalten bzw. sich diesen (wieder) zu verschaffen, wenn er ein neues Projektänderungsgesuch einreicht.
3.4. Es mag folglich zwar streng sein, dass die Vorinstanz die Abweisung des Baugesuchs trotz der unbestrittenen Fehler der Baukommission schützte; als geradezu willkürlich, "lebensfremd" oder überspitzt formalistisch kann ihre Folgerung jedoch nicht bezeichnet werden. Dass eine andere Lösung ebenfalls als vertretbar oder gar zutreffender erscheint, genügt für die Annahme von Willkür nicht (vgl. E. 1.3 hiervor).
Im Übrigen ist ohnehin fraglich, inwiefern die Pläne vom 5. Januar 2017 bzw. vom 5. April 2017 überhaupt noch als Grundlage für ein Projektänderungsgesuch herangezogen werden können, ist die Baubewilligung vom 8. Mai 2017 doch rechtskräftig aufgehoben worden (vgl. Sachverhalt A., zweiter Absatz).
4.
Ebenfalls nicht gefolgt werden kann dem Beschwerdeführer, wenn er weiter geltend macht, die vorinstanzliche Kostenregelung sei willkürlich bzw. verletze den Grundsatz der Verhältnismässigkeit. Die Anwendung von kantonalem Recht durch die Vorinstanz kann das Bundesgericht lediglich unter Willkürgesichtspunkten prüfen (vgl. E. 1.3 hiervor). Die Vorinstanz hat dargelegt, dass sie mit Blick auf vergleichbare Verfahren und unter Berücksichtigung der konkreten Verhältnisse eine Parteikostenentschädigung in der Höhe von Fr. 4'000.-- als angemessen erachte. Soweit der Beschwerdeführer dagegen einwendet, der Aufwand der privaten Beschwerdegegner habe sich im Beschwerdeverfahren auf eine einzige und zudem äusserst kurze Vernehmlassung beschränkt und es ergebe sich nicht ansatzweise ein Aufwand von 16 Arbeitsstunden, gelingt es ihm jedenfalls nicht, rechtsgenüglich aufzuzeigen, inwiefern die Vorinstanz Art. 98 VRP/SG (ausseramtliche Kosten) geradezu willkürlich angewandt haben soll.
5.
Nach dem Gesagten ist die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Bei diesem Ausgang des Verfahrens sind die Gerichtskosten dem unterliegenden Beschwerdeführer aufzuerlegen (<ref-law>). Dieser hat den privaten Beschwerdegegnern eine angemessene Parteientschädigung auszurichten (Art. 68 Abs. 1 und 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 4'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3.
Der Beschwerdeführer hat die privaten Beschwerdegegner für das bundesgerichtliche Verfahren mit insgesamt Fr. 4'000.-- zu entschädigen.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien, der Politischen Gemeinde Wil, dem Baudepartement des Kantons St. Gallen und dem Verwaltungsgericht des Kantons St. Gallen, Abteilung I, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 17. März 2021
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Kneubühler
Die Gerichtsschreiberin: Sauthier