Sachverhalt:
A.
A._ wird zusammengefasst vorgeworfen, er habe wissentlich gegen die Einreisevorschriften verstossen. Auf sein Asylgesuch wurde nicht eingetreten bzw. die dagegen erhobene Beschwerde vom Bundesverwaltungsgericht mit Urteil vom 1. September 2017 abgewiesen. Trotz durch das Staatssekretariat für Migration (SEM) angesetzter Ausreisefrist bis am 25. Oktober 2017 habe A._ die Schweiz nicht verlassen und sei hier verblieben. Weiter wird ihm vorgeworfen, er habe sich während seines mehrjährigen Aufenthaltes in der Schweiz zu keinem Zeitpunkt darum bemüht, bei der iranischen Vertretung in der Schweiz Ausweispapiere zu beschaffen, obwohl er gewusst habe, dass er dazu verpflichtet gewesen wäre.
B.
Das Bezirksgericht Bülach stellte das Verfahren betreffend die rechtswidrige Einreise und den rechtswidrigen Aufenthalt am 26. November 2019 ein. Es sprach A._ der Widerhandlung gegen das Bundesgesetz vom 16. Dezember 2005 über die Ausländerinnen und Ausländer und über die Integration (Ausländer- und Integrationsgesetz, AIG; SR 142.20; vor dem 1. Januar 2019: Bundesgesetz über die Ausländerinnen und Ausländer, Ausländergesetz, AuG) d urch Verletzung der Mitwirkungspflicht zur Beschaffung von Ausweispapieren i.S.v. Art. 120 Abs. 1 lit. e i.V.m. <ref-law> schuldig und verurteilte ihn zu einer Busse von Fr. 150.--.
Auf Berufung hin stellte das Obergericht des Kantons Zürich mit Urteil vom 29. September 2020 die teilweise Rechtskraft des Urteils des Bezirksgerichts Bülach vom 26. November 2019 fest. Es sprach A._ der Widerhandlung gegen das Ausländergesetz i.S.v. Art. 120 Abs. 1 lit. e i.V.m. Art. 90 lit. c AuG schuldig und verurteilte ihn ebenfalls zu einer Busse von Fr. 150.--.
C.
A._ beantragt mit Beschwerde in Strafsachen, das Urteil des Obergerichts des Kantons Zürich vom 29. September 2020 sei aufzuheben und er sei von Schuld und Strafe freizusprechen. Der Kanton Zürich sei zu verpflichten, ihm eine Genugtuung von Fr. 600.--, zuzüglich 5 % Zins ab 15. Mai 2018 auf dem Betrage von Fr. 200.-- und ab dem 8. Dezember 2018 auf dem Betrage von Fr. 400.--, zu bezahlen. Zur Neuregelung der Kosten- und Entschädigungsfolgen des kantonalen Verfahrens sei die Sache an die Vorinstanz zurückzuweisen. Zudem stellt A._ ein Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege.
D.
Die Oberstaatsanwaltschaft des Kantons Zürich sowie das Obergericht des Kantons Zürich verzichten auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1.
1.1. Der Beschwerdeführer rügt, der angefochtene Schuldspruch i.S.v. Art. 120 Abs. 1 lit. e i.V.m. Art. 90 lit. c AuG verletze den Grundsatz "nulla poena sine lege" (<ref-law>). <ref-law> sei auf ihn nicht anwendbar. Art. 8 Abs. 4 des Asylgesetzes vom 26. Juni 1998 (AsylG; SR 142.31) gehe bei Personen, die im Rahmen eines Asylverfahrens rechtskräftig weggewiesen worden seien, <ref-law> als lex specialis i.S.v. <ref-law> vor. Das AsylG stelle eine Widerhandlung gegen <ref-law> nicht unter Strafe. Eine Bestrafung des Beschwerdeführers gestützt auf Art. 120 Abs. 1 lit. e i.V.m. <ref-law> sei nicht zulässig.
1.2. Die Vorinstanz stützt sich in ihrer rechtlichen Würdigung auf Art. 120 Abs. 1 lit. e bzw. Art. 90 lit. c AuG. Sie stellt sich auf den Standpunkt, das den Beschwerdeführer betreffende Asylverfahren habe mit dem Ergehen des rechtskräftigen Wegweisungsentscheids des Bundesverwaltungsgerichts vom 1. September 2017 als abgeschlossen zu gelten und der Vollzug der Wegweisung eines abgewiesenen Asylsuchenden sei Regelungsgegenstand des AuG und nicht des AsylG. Vor diesem Hintergrund sei das AuG und mithin auch die in dessen Art. 90 lit. c geregelte Mitwirkungspflicht bei der Beschaffung von Ausweispapieren auf den Beschwerdeführer anwendbar.
1.3. Eine Strafe oder Massnahme darf nur wegen einer Tat verhängt werden, die das Gesetz ausdrücklich unter Strafe stellt (<ref-law>). Der Grundsatz der Legalität ("nulla poena sine lege") ist ebenfalls in Art. 7 EMRK ausdrücklich verankert. Er ist verletzt, wenn jemand wegen eines Verhaltens strafrechtlich verfolgt wird, das im Gesetz überhaupt nicht als strafbar bezeichnet wird; wenn das Gericht ein Verhalten unter eine Strafnorm subsumiert, unter welche es auch bei weitestgehender Auslegung der Bestimmung nach den massgebenden Grundsätzen nicht subsumiert werden kann; oder wenn jemand in Anwendung einer Strafbestimmung verfolgt wird, die rechtlich keinen Bestand hat (<ref-ruling> E. 2.2; <ref-ruling> E. 4.1; je mit Hinweisen; Urteil 6B_384/2020 vom 23. August 2021 E. 1.3.1, zur Publ. vorgesehen).
1.4.
1.4.1. Die Vorinstanz beurteilt den vorliegenden Sachverhalt unter Anwendung des AuG und stützt den Schuldspruch wegen Widerhandlung gegen das Ausländergesetz durch die Verletzung der Mitwirkungspflicht zur Beschaffung von Reisepapieren auf Art. 120 Abs. 1 lit. e i.V.m. Art. 90 lit. c AuG. Sie bringt vor, der Deliktszeitraum der Verletzung von Mitwirkungspflichten bei der Beschaffung von Ausweispapieren könne einzig den Zeitraum seit dem Ergehen des (rechtskräftigen) Wegweisungsentscheids am 1. September 2017 bis zur ersten polizeilichen Einvernahme am 7. Dezember 2018 betreffen. Damit habe der Beschwerdeführer das ihm zur Last gelegte Verhalten noch vor Inkrafttreten des AIG (1. Januar 2019) begangen. Das neue Recht erweise sich nicht als milder, weshalb das AuG zur Anwendung gelange. Die Anwendung des AuG wird vom Beschwerdeführer nicht gerügt und ist auch nicht zu beanstanden, sind die Bestimmungen in Art. 120 Abs. 1 lit. e und Art. 90 lit. c AuG inhaltlich doch deckungsgleich mit Art. 120 Abs. 1 lit. e und <ref-law>.
1.4.2. Das AuG gilt für Ausländerinnen und Ausländer, soweit keine anderen Bestimmungen des Bundesrechts oder von der Schweiz abgeschlossene völkerrechtliche Verträge zur Anwendung kommen (Art. 2 Abs. 1 AuG). Bestimmungen in anderen Bundesgesetzen haben demnach Vorrang vor den Regelungen des AuG. Dies betrifft in der Praxis insbesondere das AsylG. Für die Asylgewährung und die Rechtsstellung von Flüchtlingen in der Schweiz sowie den vorübergehenden Schutz von Schutzbedürftigen sind die Regelungen des AsylG massgebend und gehen den Bestimmungen des AuG (heute: AIG) vor (<ref-law>). Es gilt der Grundsatz der Ausschliesslichkeit des Asylverfahrens. Ab Einreichung des Asylgesuches bis zur Ausreise nach einer rechtskräftig angeordneten Wegweisung, nach einem Rückzug des Asylgesuches oder bis zur Anordnung einer Ersatzmassnahme bei nicht durchführbarem Vollzug kann eine asylsuchende Person kein Verfahren um Erteilung einer ausländerrechtlichen Aufenthaltsbewilligung einleiten, ausser es bestehe ein Anspruch auf deren Erteilung (<ref-law>; zum Ganzen vgl. CARONI/SCHEIBER/PREISIG/ ZOETEWEIJ, Migrationsrecht, 4. Aufl. 2018, S. 137).
1.4.3. Für Ausländerinnen und Ausländer besteht im Asyl- und Wegweisungsverfahren eine gesetzliche Verpflichtung, an der Feststellung des Sachverhaltes mitzuwirken (<ref-law>). Nach Vorliegen eines vollziehbaren Wegweisungsentscheides sind die betroffenen Personen verpflichtet, bei der Beschaffung gültiger Reisepapiere mitzuwirken (<ref-law>). Diese spezifische Mitwirkungspflicht setzt somit erst mit Rechtskraft des Wegweisungsentscheids ein (CONSTANTIN HRUSCHKA, in: Spescha/Zünd/Bolzli/ Hruschka/de Weck [Hrsg.], Kommentar Migrationsrecht, 5. Aufl. 2019, N. 11 zu <ref-law> mit Hinweis auf BVGE 2011/28 E. 3.3.4).
Auch das Ausländergesetz enthält in Art. 90 eine Mitwirkungspflicht. Ausländerinnen und Ausländer sowie an Verfahren nach dem AuG beteiligte Dritte sind verpflichtet, an der Feststellung des für die Anwendung des AuG massgebenden Sachverhalts mitzuwirken. Sie müssen insbesondere Ausweispapiere (Art. 89 AuG) beschaffen oder bei deren Beschaffung durch die Behörden mitwirken (Art. 90 lit. c AuG). Eine vorsätzliche oder fahrlässige Verletzung der Mitwirkungspflicht zur Beschaffung der Ausweispapiere i.S.v. Art. 90 lit. c AuG wird mit Busse bestraft (Art. 120 Abs. 1 lit. e AuG).
Die Mitwirkungspflicht zur Beschaffung von Reisepapieren i.S.v. <ref-law> geht für einen rechtskräftig weggewiesenen Asylsuchenden derjenigen aus Art. 90 lit. c AuG vor (Art. 2 Abs. 1 AuG; E. 1.4.2 oben).
1.4.4. Das AsylG enthält für die Verletzung der in <ref-law> festgehaltenen Mitwirkungspflicht keine Sanktionsmöglichkeit. Mit Busse bestraft wird gemäss <ref-law> lediglich, wer die Auskunftspflicht verletzt, indem er wissentlich unwahre Angaben macht oder eine Auskunft verweigert (lit. a), sich einer von der zuständigen Stelle angeordneten Kontrolle widersetzt oder diese in anderer Weise verunmöglicht (lit. b), als asylsuchende Person einzig mit der Absicht, subjektive Nachfluchtgründe i.S.v. <ref-law> zu schaffen, öffentliche politische Tätigkeiten in der Schweiz entfaltet (lit. c) oder zu einer Straftat i.S.v. lit. c Hilfe geleistet hat, insbesondere durch Planung und Organisation (lit. d). Hingegen kann eine Verletzung der Mitwirkungspflicht i.S.v. <ref-law> zu Zwangsmassnahmen im Ausländerrecht Anlass geben. So kann zur Sicherung des Vollzugs eines erstinstanzlichen Weg- oder Ausweisungsentscheids oder einer erstinstanzlichen Landesverweisung eine ausländische Person in Ausschaffungshaft genommen werden, wenn konkrete Anzeichen befürchten lassen, dass sie sich der Ausschaffung bzw. Wegweisung entziehen will, insbesondere weil sie der Mitwirkungspflicht nach Art. 90 lit. c AuG bzw. <ref-law> nicht nachkommt (Art. 76 Abs. 1 lit. b Ziff. 3 AuG; HRUSCHKA, a.a.O., N. 12 zu <ref-law> mit Hinweis auf <ref-ruling> E. 3; Botschaft vom 13. Mai 1998 zum Bundesbeschluss über dringliche Massnahmen im Asyl- und Ausländerbereich, BBl 1998 3229 f. Ziff. 2.1, nachfolgend Botschaft; vgl. SIMON SCHÄDLER, Die Mitwirkungspflicht im Asylverfahren, in: AJP 6/2021 S. 794 mit Hinweis). Dies deckt sich mit dem Ziel der Mitwirkungspflicht aus <ref-law>, dass nach einem negativen Ausgang des Asylverfahrens die Rückführung der ausländischen Person in ihren Heimatstaat nicht dadurch verzögert oder verhindert wird, indem sie die notwendige Mitwirkung zum Erlangen von Reisepapieren unterlässt (Botschaft, a.a.O., 3229 Ziff. 2.1; vgl. HRUSCHKA, a.a.O., N. 11 zu <ref-law> mit Hinweis auf die Rechtsprechung des EuGH).
1.5. Das vorinstanzliche Urteil verletzt Bundesrecht.
1.5.1. Der Beschwerdeführer ist am 5. November 2015 in die Schweiz eingereist. Auf sein Asylgesuch wurde am 26. Juni 2017 nicht eingetreten und die dagegen erhobene Beschwerde wies das Bundesverwaltungsgericht am 1. September 2017 ab. Dem Beschwerdeführer wurde am 27. September 2017 eine Ausreisefrist bis 25. Oktober 2017 angesetzt, welche er nicht wahrnahm. Bei besagtem Entscheid des Bundesverwaltungsgerichts handelt es sich um einen rechtskräftigen und damit vollziehbaren Wegweisungsentscheid. Der angeklagte Sachverhalt liegt im Anwendungsbereich des AsylG (<ref-law>), welches demnach grundsätzlich Vorrang vor dem AuG geniesst (vgl. Art. 2 Abs. 1 AuG; vgl. oben E. 1.4.3).
1.5.2. Die Vorinstanz stellt sich auf den Standpunkt, das den Beschwerdeführer betreffende Asylverfahren habe mit dem Ergehen des rechtskräftigen Wegweisungsentscheids des Bundesverwaltungsgerichts vom 1. September 2017 als abgeschlossen zu gelten und der Vollzug der Wegweisung eines abgewiesenen Asylsuchenden sei Regelungsgegenstand des AuG (heute: AIG) und nicht des AsylG. Dabei übersieht sie, wie dies der Beschwerdeführer zu Recht vorbringt, dass die in <ref-law> enthaltene Mitwirkungspflicht gemäss dem Wortlaut dieser Bestimmung gerade erst dann zum Zug kommt, wenn bereits ein vollziehbarer Wegweisungsentscheid im Asylverfahren vorliegt. Eine Verpflichtung zur Beschaffung von Reisepapieren oder Identitätsdokumenten beim Heimatstaat besteht während des laufenden Asylverfahrens nicht, da es mit dem Grundsatz von Treu und Glauben gemäss <ref-law> und <ref-law> nicht vereinbar wäre, von einer asylsuchenden Person eine Handlung zu verlangen, die einen Grund für einen Widerruf darstellen könnte (HRUSCHKA, a.a.O., N. 3 zu <ref-law> mit Hinweis auf BVGE 2011/28 E. 3.3.4).
Die Argumentation der Vorinstanz ist in dieser Hinsicht nicht stichhaltig. Zwar ist ihr insoweit beizupflichten, als das AuG für den Vollzug eines rechtskräftigen Wegweisungsentscheids teilweise zur Anwendung gelangt. Wird das Asylgesuch abgelehnt oder nicht darauf eingetreten, so verfügt das SEM in der Regel die Wegweisung aus der Schweiz und ordnet den Vollzug an. Im Übrigen finden für die Anordnung des Vollzugs der Wegweisung die Art. 83 f. des AuG (heute: AIG) Anwendung (<ref-law>). Art. 83 f. AuG regeln die Anordnung sowie die Beendigung der vorläufigen Aufnahme; eine allgemeine Verweisung auf das AuG (heute: AIG), und insbesondere auf dessen Strafbestimmungen i.S.v. Art. 120 AuG sowie dessen Mitwirkungspflicht i.S.v. Art. 90 lit. c AuG, findet sich im AsylG (weder in der bis zum 1. Januar 2019 noch in der heute geltenden Fassung) hingegen nicht.
Der Beschwerdeführer beanstandet zudem zu Recht auch die Erwägung der Vorinstanz, wonach nicht ersichtlich sei, inwiefern ein rechtskräftig weggewiesener, sich illegal in der Schweiz aufhaltender Asylsuchender anders zu behandeln sei als ein Ausländer ohne gültigen Aufenthaltstitel. Die Vorinstanz setzt sich weder mit dem Zweck noch mit den Unterschieden und Gemeinsamkeiten dieser beiden Bestimmungen auseinander, sondern belässt es bei einer blossen Darlegung ihrer eigenen Auffassung. Darauf ist nicht näher einzugehen. Überdies übersieht die Vorinstanz, dass das Bundesgericht im zitierten Urteil 6B_1055/2017 vom 9. November 2017 zwar eine Bestrafung eines rechtskräftig weggewiesenen Asylsuchenden nach Art. 120 Abs. 1 lit. e i.V.m. Art. 90 lit. c AuG nicht beanstandet hat, dieser Entscheidung jedoch keine Auseinandersetzung mit der sich hier konkret stellenden Frage der Anwendbarkeit von Art. 120 Abs. 1 lit. e i.V.m. Art. 90 lit. c AuG auf rechtskräftig weggewiesene Asylsuchende zugrunde lag, sondern es dabei die Unmöglichkeit der Beschaffung der Ausweispapiere zu behandeln hatte.
1.5.3. Zusammenfassend besteht gestützt auf den verbindlich festgestellten Sachverhalt (<ref-law>) zwar für den Beschwerdeführer als mit Urteil des Bundesverwaltungsgerichts vom 1. September 2017 rechtskräftig weggewiesenen Asylsuchenden eine Mitwirkungspflicht bei der Beschaffung von Reisepapieren i.S.v. <ref-law>, jedoch stellt das AsylG eine Verletzung dieser Pflicht nicht unter Strafe. Art. 120 Abs. 1 lit. e i.V.m. Art. 90 lit. c AuG kommt vorliegend nicht zur Anwendung. Der darauf gestützte Schuldspruch zum Nachteil des Beschwerdeführers verletzt das Legalitätsprinzip. Er ist aufzuheben.
2.
Die Beschwerde ist gutzuheissen. Bei diesem Verfahrensausgang erübrigt es sich, auf die übrigen Rügen und Vorbringen des Beschwerdeführers einzugehen. Das Urteil des Obergerichts des Kantons Zürich vom 29. September 2020 ist aufzuheben. Der Beschwerdeführer ist vom Vorwurf der Widerhandlung gegen das AuG i.S.v. Art. 120 Abs. 1 lit. e i.V.m. Art. 90 lit. c AuG freizusprechen. Im Übrigen ist die Sache zur Neuregelung der Kosten- und Entschädigungsfolgen sowie der weiteren Nebenfolgen des kantonalen Verfahrens an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Bei diesem Ausgang des Verfahrens sind keine Gerichtskosten zu erheben (<ref-law>). Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung wird gegenstandslos. Der Kanton Zürich hat den Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren zu entschädigen (<ref-law>). Die Entschädigung ist praxisgemäss an seinen Rechtsvertreter auszurichten.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird gutgeheissen und das Urteil des Obergerichts des Kantons Zürich, II. Strafkammer, vom 29. September 2020 wird aufgehoben.
2.
Der Beschwerdeführer wird vom Vorwurf der Widerhandlung gegen das AuG i.S.v. Art. 120 Abs. 1 lit. e i.V.m. Art. 90 lit. c AuG freigesprochen und die Sache zur Neuregelung der Kosten- und Entschädigungsfolgen sowie der weiteren Nebenfolgen des kantonalen Verfahrens an die Vorinstanz zurückgewiesen.
3.
Es werden keine Kosten erhoben.
4.
Der Kanton Zürich hat dem Rechtsvertreter des Beschwerdeführers, Rechtsanwalt Peter Niederöst, für das bundesgerichtliche Verfahren eine Entschädigung von Fr. 3'000.-- auszurichten.
5.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Zürich, II. Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 28. März 2022
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Jacquemoud-Rossari
Die Gerichtsschreiberin: Erb