Fatti:
A.
A._ è proprietaria dei fondi n. 49 (9'405 m2) e 4758 (13'121 m2) di Bellinzona; B.B._AG di quello n. 5644 (11'275 m2), percorso da via dei Gaggini che corre perpendicolarmente a via Pierino Tatti. Secondo il piano regolatore comunale (PR) approvato dal Consiglio di Stato il 18 maggio 1977, poi integrato da diverse varianti, tra cui una del 3 novembre 1987, che attribuiva il fondo n. 5644 alla zona AP/EP - magazzini per materiale linea, le particelle erano attribuite alla zona residenziale.
Nel quadro della revisione generale del PR, il 6 luglio 1999 il Consiglio comunale ha inserito il fondo n. 4758 nella zona C - residenziale semi-intensiva, come la parte a ovest di via dei Gaggini del fondo n. 5644, mentre quella a est, unitamente al fondo n. 49, è stata inserita nella zona EP n. 671 Swisscom.
B.
In seguito a varie procedure, di cui si dirà, e dopo aver sospeso il previsto azzonamento dei tre fondi in particolare per il superamento dei valori limite d'immissione, con risoluzione del 23 dicembre 2015 il Governo, adito da tre cittadini, ha negato l'approvazione di una variante adottata il 14 ottobre 2013 dal Consiglio comunale, che prevedeva l'attribuzione dei fondi n. 49 e n. 5644 alla zona amministrativa, rispettivamente a quella residenziale Tatti e la fascia non azzonata di quello n. 4758 alla zona residenziale semi-intensiva C. Ha ritenuto che il comparto fosse privo di destinazione pianificatoria e completamente esterno al territorio già largamente edificato: si trattava inoltre di un ampliamento della zona edificabile di circa 22'500 m2, non compensato da una equivalente riduzione di superficie fabbricabile in conformità a quanto prescritto dagli art. 38a LPT (RS 700) e 52a della relativa ordinanza (OPT; RS 700.1). Adito dal Comune di Bellinzona e da A._, che chiedevano di approvare la variante, confermata in seguito a un referendum anche in votazione popolare, il Tribunale cantonale amministrativo ne ha respinto i ricorsi.
C.
Avverso questa decisione il Comune di Bellinzona presenta un ricorso in materia di diritto pubblico e un ricorso sussidiario in materia costituzionale al Tribunale federale. Chiede di annullarla e di approvare la citata variante del PR, subordinatamente di rinviare gli atti alla Corte cantonale, eventualmente al Governo, per nuovo giudizio.
Non è stato ordinato uno scambio di scritti, ma è stato richiamato l'incarto cantonale.

Diritto:
1.
1.1. Il Tribunale federale esamina d'ufficio l'ammissibilità dei ricorsi sottopostigli (<ref-ruling> consid. 1).
1.2. Presentato tempestivamente contro una decisione finale dell'ultima istanza cantonale in materia pianificatoria, il ricorso in materia di diritto pubblico è ammissibile sotto il profilo degli art. 82 lett. a, 86 cpv. 1 lett. d, 90 e 100 cpv. 1 LTF (<ref-ruling> consid. 1.1 pag. 411).
Il ricorso sussidiario in materia costituzionale, fondato anch'esso sull'autonomia comunale, è quindi inammissibile.
1.3. Nella misura in cui il ricorrente chiede l'annullamento del dispositivo n. 2 della decisione impugnata, relativo alla tassa di giustizia posta a carico di A._, mentre esso ne è stato esentato, la conclusione, proposta nel mero interesse di terzi, è inammissibile.
1.4. Il ricorrente fonda rettamente la sua legittimazione a ricorrere sull'art. 89 cpv. 2 lett. c LTF, secondo cui i Comuni sono legittimati a insorgere se fanno valere la violazione di garanzie loro conferite dalla Costituzione cantonale o da quella federale. È questo il caso per la garanzia della loro autonomia, sancita dagli <ref-law> e 16 cpv. 2 Cost./TI.
Il Comune fruisce di autonomia tutelabile in quelle materie che la legislazione cantonale non regola esaurientemente, ma lascia completamente o in parte al relativo ordinamento comunale, conferendogli una notevole libertà di decisione (<ref-ruling> consid. 2.3.2 pag. 278; <ref-ruling> consid. 7.2 pag. 133 seg.). Il Comune ticinese beneficia in linea di principio nel campo edilizio e della pianificazione del territorio di un ampio margine di decisione e di apprezzamento, che la giurisprudenza fa rientrare nell'autonomia tutelabile, in particolare nell'allestimento del proprio piano regolatore, nell'adozione delle relative norme di attuazione, nozione sostituita con quella di regolamento edilizio con l'entrata in vigore della legge ticinese del 21 giugno 2011 sullo sviluppo territoriale (LST), nonché nella loro applicazione (<ref-ruling> consid. 3.5 e rinvii pag. 31).
In un ricorso fondato sull'autonomia comunale, questa garanzia dev'essere invocata in maniera sufficientemente motivata (<ref-law>; DTF <ref-ruling> consid. 7.1 pag. 133; sentenza 1C_373/2016 del 7 novembre 2016 consid. 6).
1.5. Quando il ricorrente, come in concreto, invoca l'arbitrio nell'accertamento dei fatti e nella valutazione delle prove, poiché ciò equivale a sostenere che i fatti sono stati accertati in violazione dell'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 2.4 pag. 313), il Tribunale federale, in applicazione dell'<ref-law>, esamina le censure soltanto se siano state esplicitamente sollevate e motivate in modo chiaro e preciso (<ref-ruling> consid. 1.2.2 pag. 286). Esso fonda in effetti il suo ragionamento giuridico sui fatti accertati dall'autorità inferiore (<ref-law>). Può scostarsene solo se tale accertamento è stato eseguito in violazione del diritto ai sensi dell'<ref-law> o in modo manifestamente inesatto, ovvero arbitrario (<ref-ruling> consid. 6 pag. 358; <ref-ruling> consid. 1.6 pag. 24). Anche questa censura necessita di una motivazione qualificata (<ref-ruling> consid. 2.2 pag. 23).
2.
2.1. La Corte cantonale ha ricordato che secondo l'art. 15 vLPT nel tenore in vigore sino al 30 aprile 2014, le zone edificabili comprendevano i terreni idonei all'edificazione che erano già stati edificati in larga misura (lett. a) e quelli prevedibilmente necessari e urbanizzati entro 15 anni (lett. b). Un terreno che adempiva queste esigenze era di massima attribuito alla zona edificabile a meno che, dopo una ponderazione globale degli interessi pubblici e privati, in applicazione dei principi e degli scopi degli art. 1 e 3 LPT dovesse esserne escluso.
Ha ritenuto, rettamente come ancora si vedrà, che nella fattispecie decisiva è tuttavia l'entrata in vigore, il 1° maggio 2014, della revisione parziale della LPT del 15 giugno 2012, il cui nuovo art. 15 stabilisce, tra l'altro, che le zone edificabili vanno definite in modo da soddisfare il fabbisogno prevedibile per 15 anni (cpv. 1) e che quelle sovradimensionate devono essere ridotte (cpv. 2); secondo il suo capoverso 4, un terreno può essere assegnato a una zona edificabile se è idoneo all'edificazione (lett. a), sarà prevedibilmente necessario all'edificazione, urbanizzato ed edificato entro 15 anni, anche in caso di sfruttamento coerente delle riserve interne d'utilizzazione delle zone edificabili esistenti (lett. b), la sua disponibilità è garantita sul piano giuridico (lett. d) e l'assegnazione consente di attuare quanto disposto nel piano direttore (lett. e). Ha rilevato che questa revisione ha inasprito i requisiti necessari per includere nuovi terreni in zona edificabile, al fine di arginare l'espansione disordinata degli insediamenti nel territorio e migliorare la protezione delle superfici coltive. Ha poi osservato che il nuovo art. 8a cpv. 1 LPT prevede, tra l'altro, che i piani direttori debbano specificare le dimensioni complessive delle superfici insediative e la loro distribuzione nel Cantone.
A titolo abbondanziale si può rilevare che pure l'art. 15 LPT, nella versione in vigore fino al 30 aprile 2014, e la relativa prassi già imponeva la riduzione delle zone edificabili sovradimensionate (<ref-ruling> consid. 4.3 e rinvii pag. 31; <ref-ruling> consid. 7 pag. 211). L'art. 15 cpv. 2 LPT, in vigore dal 1° maggio 2014, che ha in sostanza codificato la giurisprudenza e ha inasprito la previgente legislazione, dispone espressamente che le zone edificabili sovradimensionate devono essere ridotte. Trattasi di norma intesa a evitare l'ampliamento delle zone edificabili nell'attesa delle pianificazioni direttrici, direttamente applicabile (<ref-ruling> consid. 2 e 2.2 pag. 395 e 397).
2.2. L'art. 38a LPT disciplina il regime transitorio della modifica della LPT del 15 giugno 2012, come già notato entrata in vigore il 1° maggio 2014 (RU 2014 899). Esso prevede che i Cantoni adattano i propri piani direttori ai requisiti di cui agli art. 8 e 8a cpv. 1 LPT entro cinque anni dall'entrata in vigore della modifica (cpv. 1). Fino all'approvazione dell'adattamento del piano direttore da parte del Consiglio federale non è consentito al Cantone interessato aumentare la superficie complessiva delle zone edificabili delimitate con decisione passata in giudicato (cpv. 2).
L'art. 38a LPT è concretato dall'<ref-law>, secondo cui se al momento dell'entrata in vigore della modifica del 2 aprile 2014 è pendente un ricorso contro la decisione dell'autorità cantonale secondo l'articolo 26 LPT concernente l'approvazione di un azzonamento, l'articolo 38a capoverso 2 LPT non si applica all'azzonamento quando il ricorso non porta né a un riesame né ad una correzione materiale parziale della decisione di approvazione oppure se è stato intentato in modo temerario (cpv. 1). Durante il periodo transitorio di cui all'articolo 38a cpv. 2 LPT, possono pertanto essere approvati azzonamenti soltanto se dall'entrata in vigore di detta disposizione (ossia dal 1° maggio 2014) nel Cantone viene dezonata almeno la stessa superficie oppure il dezonamento è effettuato nel quadro della stessa decisione (cpv. 2 lett. a; su queste disposizioni transitorie vedi <ref-ruling> consid. 2.1; sentenza 1C_365/2015 del 9 dicembre 2015 consid. 4). Il Tribunale federale ha avuto modo di precisare che l'art. 38a cpv. 2 LPT risponde a un interesse pubblico preponderante e di massima dev'essere applicato immediatamente anche alle cause pendenti dinanzi alle autorità cantonali di ultima istanza, a prescindere dalla formulazione poco chiara dell'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 2 e 3 pag. 396 segg.).
Secondo l'<ref-law>, durante il periodo transitorio di cui all'art. 38a cpv. 2 LPT possono essere approvati azzonamenti soltanto se, dall'entrata in vigore della disposizione, nel Cantone viene dezonata almeno la stessa superficie oppure il dezonamento è effettuato nel quadro della stessa decisione (lett. a), sono delimitate zone destinate a utilizzazioni pubbliche nelle quali il cantone pianifica la realizzazione di infrastrutture molto importanti e urgenti (lett. b), oppure sono delimitate altre zone d'importanza cantonale che si rivelano urgentemente necessarie e se, in sede di approvazione di cui all'art. 26 LPT, è stata definita e cautelata la superficie da dezonare; l'obbligo di dezonamento decade se, secondo il piano direttore, non è necessario adempiervi (lett. c).
2.3. La Corte cantonale ha rilevato che in concreto l'azzonamento residenziale dei tre fondi era stato previsto nel piano regolatore approvato dal Consiglio di Stato con risoluzione del 18 maggio 1977, nella quale si ribadiva che secondo l'art. 35 cpv. 1 lett. b LPT i comuni erano tenuti a elaborare piani d'utilizzazione conformi ai principi della pianificazione del territorio al più tardi entro il 31 dicembre 1987. Ha osservato che per quelli esistenti prima dell'entrata in vigore della LPT, la legge non ne ha previsto l'abrogazione, nemmeno laddove essi non erano conformi ai relativi principi (cfr. art. 35 cpv. 3 LPT). Entro il 31 dicembre 1987, doveva tuttavia essere esaminata la loro conformità col diritto federale e, se del caso, essere posti in consonanza con esso, laddove la riduzione di zone edificabili sovradimensionate assumeva primaria importanza. Ne ha dedotto che in ogni modo, in assenza di un siffatto esame, la decorrenza del termine di cui all'<ref-law> ha comportato, per effetto della forza derogatoria del diritto federale, che per quanto concerne la delimitazione della zona edificabile i piani di utilizzazione del vecchio regime hanno perso la loro validità dal 1° gennaio 1988. A partire da questa data, la zona edificabile comprendeva il "comprensorio già largamente edificato" fino all'allestimento di un piano di utilizzazione conforme ai principi della LPT.
2.4. Ha stabilito che il PR approvato nel 1977 ha perso la sua validità per quanto attiene alla delimitazione delle zone edificabili il 1° gennaio 1988, ciò che il Comune non contestava. Non ha per contro condiviso la tesi del Comune secondo cui la variante relativa al fondo n. 5644, approvata dal Governo con risoluzione del 3 novembre 1987 che l'attribuiva alla zona AP/EP - magazzini per materiale linea, avrebbe decretato il suo carattere edificabile, ritenuto che la scadenza del termine di cui all'art. 35 cpv. 1 lett. b LPT comportava la decadenza dei PR non conformi alla LPT, inclusi i relativi adattamenti e modifiche. Ha poi ricordato ch'essa, nella sua decisione del 7 novembre 2002 (incarto n. 90.2001.82 consid. 4.4), aveva già stabilito che il piano regolatore di Bellinzona, approvato dal Consiglio di Stato il 16 ottobre 2001, era il primo a poter essere ritenuto conforme alla LPT.
Riguardo agli azzonamenti previsti da quest'ultimo PR, ha osservato ch'esso prevedeva l'assegnazione della parte ad ovest di via dei Gaggini del fondo n. 5644 alla zona C residenziale semi-intensiva e di quella ad est, unitamente all'intero fondo n. 49, alla zona EP n. 671 Swisscom. Anche il fondo n. 4758 veniva attribuito alla Zona C residenziale semi-intensiva. In sede di approvazione il Consiglio di Stato ha tuttavia negato la sanzione a gran parte delle zone edificabili ubicate lungo gli assi stradali principali per motivi attinenti all'applicazione della OIF. Secondo il suo allegato 31 rientravano in questi comparti anche il fondo n. 49, circa 3/4 di quello n. 5644 e la fascia profonda circa 45 m da via Tatti del fondo n. 4758. Ha quindi ritenuto manifesto che l'azzonamento di 3/4 del fondo n. 5644 non è stato approvato, vuoi perché inserito in zona C, esposta a inquinamento fonico, vuoi perché, per la parte inserita in zona EP, il Governo, in evasione del ricorso presentato dall'allora proprietaria, aveva richiesto l'elaborazione di una variante, motivo per cui è stato attribuito nei comparti non approvati di cui all'allegato 31, ciò che vale pure per la fascia profonda circa 45 m a contatto con via Tatti del fondo n. 4758, inserita in zona C e riportata nell'allegato 31.
Ha ritenuto più delicata l'analisi del regime pianificatorio relativo al fondo n. 49, che secondo il piano delle attrezzature pubbliche e relativo allegato delle NAPR, adottato dal Consiglio comunale il 6 luglio 1999, risultava vincolato come EP n. 671 Swisscom, con un indice di edificabilità pari a 4, un'area verde del 30 % e un'altezza di 16.50 m. Interpretando la risoluzione governativa del 16 ottobre 2001, la Corte cantonale ha concluso che la sua inclusione nell'allegato 31 sarebbe frutto di una svista, motivo per cui con detta risoluzione l'unico azzonamento approvato, rispettivamente l'unica valida attribuzione alla zona edificabile era quella relativa al fondo n. 49, la pianificazione successiva, sospesa a più riprese, non avendo mutato questa situazione.
2.5. I giudici cantonali hanno quindi ritenuto che fino all'attribuzione dei fondi n. 49 e n. 5644 alla zona amministrativa Tatti (AT), rispettivamente alla zona residenziale Tatti (RT), e fino all'inserimento della fascia del fondo n. 4758 a contatto con via Tatti in zona residenziale semi-intensiva C, operati con la nota variante, solo il fondo n. 49 possedeva la qualità di superficie edificabile, mentre le porzioni dei fondi n. 5644 e n. 4758, per circa complessivi 13'000 m2, attribuite dal piano regolatore approvato nel 1977 alla zona residenziale, l'hanno definitivamente persa il 1° gennaio 1988. Hanno aggiunto che, anche nell'ipotesi sostenuta dal Comune secondo cui i fondi appartenessero al "comprensorio già largamente edificato" ai sensi dell'art. 36 cpv. 3 LPT, fattispecie peraltro non ravvisabile anche perché la delimitazione delle zone sussidiarie dell'art. 36 cpv. 3 LPT sarebbe terminata con l'entrata in vigore del piano d'utilizzazione conforme ai principi della LPT, ossia in concreto al 16 ottobre 2001 con la risoluzione di approvazione governativa che ha nondimeno negato la sanzione all'azzonamento (edificabile) previsto per i due fondi.
La Corte cantonale ha accertato che al 1° maggio 2014 la variante litigiosa era pendente per approvazione, per cui è applicabile l'art. 38a LPT e di conseguenza ogni nuovo azzonamento può essere approvato unicamente se è compensato con un dezonamento di una superficie equivalente nel Cantone. Ha ritenuto che gli atti della variante, elaborati prima dell'entrata in vigore di questa modifica, non affrontano questo aspetto, né si è in presenza di una delle fattispecie previste dall'art. 52a cpv. 2 lett. b e c OPT; l'ampliamento della zona edificabile, anche se riferibile solo ai fondi n. 5644 e 4758 per una superficie complessiva di circa 13'000 m2, non può quindi essere avallato, siccome non risulta che verrebbe compensato.
3.
3.1. Il ricorrente, prevalendosi della sua autonomia, fa valere che le autorità di ricorso non avrebbero applicato correttamente il diritto materiale determinante, segnatamente gli art. 15, 36 cpv. 2, 38a LPT e 52a cpv. 2 lett. b e c OPT. Con particolare riguardo a queste due ultime norme, disattende che se invero dispone di un'importante autonomia nel definire il contenuto del PR e nella delimitazione di nuove zone edificabili, esso deve nondimeno rispettare le esigenze imposte dal diritto federale, segnatamente quelle degli art. 38a LPT e 52a OPT: non gli è pertanto possibile aumentare le zone edificabili senza procedere a dezonarne almeno la stessa superficie nel quadro della stessa decisione (<ref-ruling> consid. 2 e 3 pag. 421 seg.). Ora, il ricorrente neppure sostiene d'aver proceduto in tal senso. In siffatte circostanze, la critica mossa alla Corte cantonale d'aver sostituito il suo apprezzamento a quello del Comune e d'aver pertanto leso l'art. 2 cpv. 3 LPT, secondo cui le autorità incaricate di compiti pianificatori badano di lasciare alle autorità loro subordinate il margine di apprezzamento necessario per adempiere i loro compiti, è chiaramente priva di fondamento, constatato ch'essa ha semplicemente applicato, correttamente, il diritto federale, senza quindi nessuna violazione sia del principio di proporzionalità sia del divieto dell'arbitrio.
3.2. Certo, il ricorrente si diffonde sulla cronologia dei progetti di PR insistendo sul fatto che con la risoluzione del 16 ottobre 2001 il Consiglio di Stato non avrebbe voluto escludere i terreni in esame dalla zona edificabile, considerato che si trattava essenzialmente di problematiche legate all'OIF. Precisa, che in seguito è stata allestita una perizia fonica tuttavia ritenuta non conclusiva dal Governo, che con risoluzione del 21 dicembre 2004 non ha quindi approvato il nuovo azzonamento, scelta confermata su ricorso del Comune dall'allora Tribunale della pianificazione. Sottolinea poi che con risoluzione del 19 settembre 2007 il Governo, riguardo alle particelle in esame, rilevava che la loro pianificazione doveva essere formalmente coordinata con il progetto di semisvincolo autostradale. Questi accenni sono ininfluenti: decisivo essendo il fatto che quelle più estese, prima dell'entrata in vigore delle nuove norme federali, non erano attribuite alla zona edificabile.
Il Comune richiama poi il Masterplan del 2009, che dimostrerebbe la volontà delle parti di porre basi qualitative per future costruzioni, il piano di indirizzo del 2010, una Convenzione tra il Cantone e il Comune dell'ottobre 2011 per giungere a una variante di piano regolatore condivisa, il nuovo piano di indirizzo del 2012, un progetto di C.B._ e infine l'adozione, il 14 ottobre 2013, da parte del Legislativo comunale della variante di piano regolatore confermata su referendum nella votazione popolare del 9 febbraio 2014. Ciò nulla muta al fatto che prima il Governo, adito con due ricorsi, e la Corte cantonale poi, rettamente, non hanno approvato la variante, che rientra manifestamente nel campo di applicazione degli art. 38a LPT e 52a OPT. Il rilievo che sarebbe difficile immaginare la non edificabilità per la parte rimanente, non edificata, della particella n. 5644 e quella dei restanti circa 4'000 m2 della n. 4758, non approvata dal Consiglio di Stato, poiché comprometterebbe un'edificabilità razionale e armoniosa dell'intero fondo, non impone chiaramente di non applicare dette norme nel caso di specie.
Al riguardo giova del resto rilevare che la Corte cantonale, come già in precedenti cause concernenti il Cantone Ticino, ha correttamente applicato le nuove norme federali (sentenze 1C_541/2016 del 27 febbraio 2017 consid. 2 e 3 e 1C_386/2015 dell'8 dicembre 2015 consid. 2, vedi anche sentenza 1C_490/2014 del 27 ottobre 2015 consid. 2.3 e 3).
Anche l'assunto ricorsuale secondo cui si tratterrebbe di una superficie complessiva di "soli" circa 13'200 m2 non è decisivo, ricordato il noto sovradimensionamento delle zone edificabili nel Cantone Ticino (<ref-ruling> consid. 2.6 pag. 595; <ref-ruling> consid. 3 pag. 399).
Neppure l'accenno a una disparità di trattamento con fondi attigui regge, visto ch'essi sono stati attribuiti alla zona edificabile prima dell'entrata in vigore delle menzionate norme federali.
3.3. La Corte cantonale ha stabilito che all'epoca determinante solo la particella n. 49 possedeva la qualità di superficie edificabile, motivo per cui tale destinazione, sulla quale si diffonde il ricorso, non è litigiosa.
Il ricorrente osserva che nel Comune la zona edificabile delimitata dal piano regolatore del 1973 è decaduta dal 1° gennaio 1988, deducendone che secondo l'art. 36 cpv. 3 LPT, in tale ipotesi, il comprensorio già largamente edificato varrebbe quale zona edificabile per quanto solo "provvisoria". Adduce che si tratterrebbe di un cosiddetto spazio vuoto tra le costruzioni ("Baulücke"; sul tema vedi <ref-ruling> consid. 4.2 pag. 223; <ref-ruling> consid. 2.1-2.4) e che la variante, chiudendo tali spazi, perseguirebbe anche lo scopo di densificare gli insediamenti. Al riguardo si limita tuttavia a richiamare sentenze precedenti all'entrata in vigore delle citate nuove norme federali, senza tentare di spiegare perché nella fattispecie si potrebbe rinunciare a dezonare almeno la superficie in questione. Con riferimento all'applicazione delle nuove norme federali, il ricorrente osserva soltanto, in maniera invero speciosa, che gli azzonamenti sarebbero stati sospesi da parte del Governo.
Il Comune sostiene poi, a torto, che la conclusione della Corte cantonale, secondo cui solo la particella n. 49 possedeva la qualità di superficie edificabile mentre le altre l'avevano persa il 1° gennaio 1988, sarebbe sproporzionata, perché per lo meno avrebbe dovuto essere approvata la variante in esame limitatamente a questo fondo. La destinazione pianificatoria di detta particella dovrà se del caso essere esaminata definitivamente nel contesto di una domanda di costruzione.
Insistendo sul fatto che le autorità cantonali non avrebbero mai dubitato della vocazione edilizia dei fondi interessati dalla causa in un comprensorio già largamente edificato, il ricorrente disattende che, prima dell'entrata in vigore delle nuove citate norme federali, questi fondi non erano stati definitivamente attributi alla zona edificabile, ciò che era decisivo. La generica critica di un accertamento inesatto dei fatti in tale ambito (<ref-law>) è quindi priva di consistenza, ritenuto del resto che gli accertamenti di fatto posti a fondamento dell'impugnato giudizio non sono contestati con la necessaria motivazione qualificata (<ref-ruling> consid. 1.2 pag. 380; <ref-ruling> consid. 2.2 pag. 23) e neppure risultano essere arbitrari (su questa nozione vedi <ref-ruling> consid. 2), per cui sono vincolanti per il Tribunale federale (art. 97 cpv. 1 e 105 cpv. 1 LTF).
4.
In quanto ammissibile il ricorso dev'essere pertanto respinto. Non si prelevano spese giudiziarie (<ref-law>).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1.
Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è respinto.
2.
Non si prelevano spese giudiziarie.
3.
Comunicazione alle parti, rispettivamente al loro patrocinatore, al Consiglio di Stato e al Tribunale amministrativo del Cantone Ticino.