Sachverhalt:
A.
A.A._ (geb. 1983) ist Staatsangehöriger von Nordmazedonien. Am 11. November 2013 heiratete er in der Schweiz die Schweizer Bürgerin B.A._ (geb. 1968), worauf er im Rahmen des Familiennachzugs eine Aufenthaltsbewilligung erhielt. Am 30. Juni 2014 reichte B.A._ beim Bezirksgericht Kriens ein Eheschutzgesuch ein und beantragte die Aufhebung des gemeinsamen ehelichen Haushalts. Anlässlich der Gerichtsverhandlung vom 2. September 2014 erklärte A.A._, damit nicht einverstanden zu sein. Mit Entscheid vom 15. Oktober 2014 berechtigte das Bezirksgericht Kriens die Ehegatten A._ weiterhin und für unbestimmte Zeit getrennt zu leben.
In der Folge nahmen B.A._ und A.A._ die Haushaltsgemeinschaft wieder auf und teilten dem Bezirksgericht Kriens mit Schreiben vom 6. November 2014 mit, dass sie den Trennungsentscheid annullieren und ihre Trennung "zurückziehen" wollen. Am 13. November 2014 informierte sie der zuständige Bezirksrichter schriftlich darüber, dass das Verfahren betreffend Eheschutzmassnahmen abgeschlossen worden sei und eine Annullierung nicht möglich sei. Zudem müsse der rechtskräftige Entscheid auch dem Amt für Migration des Kantons Luzern weitergeleitet werden. Die im Entscheid getroffenen Anordnungen würden jedoch bei einem erneuten Zusammenwohnen der Ehegatten automatisch wieder aufgehoben. Allenfalls müssten B.A._ und A.A._ dem Amt für Migration mitteilen, dass sie das Zusammenleben wieder aufgenommen hätten.
B.
In der Folge prüfte das Amt für Migration fremdenpolizeiliche Massnahmen gegen A.A._ und am 15. Januar 2015 fand eine Befragung von B.A._ statt. Zweck dieser Anhörung war es, alle Angaben zu sammeln, die eine Beurteilung des Gesuchs um Verlängerung der Aufenthaltsbewilligung von A.A._ ermöglichten. Anlässlich dieser Befragung teilte B.A._ mit, dass A.A._ seit ungefähr Anfang November 2014 wieder bei ihr wohne. In der Folge wurde die Aufenthaltsbewilligung von A.A._ bis zum 11. November 2016 verlängert.
Am 23. Dezember 2016 zog B.A._ aus der gemeinsamen ehelichen Wohnung aus und mit Verfügung vom 27. Dezember 2018 lehnte es das Amt für Migration des Kantons Luzern ab, die Aufenthaltsbewilligung von A.A._ zu verlängern und wies ihn unter Ansetzung einer Ausreisefrist aus der Schweiz weg. Die gegen diese Verfügung erhobene Verwaltungsbeschwerde wies das Justiz- und Sicherheitsdepartement des Kantons Luzern (JSD) mit Entscheid vom 1. Mai 2019ab und setzte eine neue Ausreisefrist an. Die gegen den Entscheid des JSD erhobene Beschwerde beim Kantonsgericht Luzern wies dieses mit Urteil vom 6. April 2020 ab und setzte eine neue Ausreisefrist auf den 31. August 2020 an.
C.
A.A._ gelangt mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht. Er beantragt, das Urteil des Kantonsgerichts Luzern sei aufzuheben. Seine Aufenthaltsbewilligung sei zu verlängern und seine Ausweisung zu widerrufen. Eventualiter sei die Sache im Sinne der Erwägungen an die Vorinstanz zurückzuweisen. Der Abteilungspräsident legte der Beschwerde am 18. Mai 2020 antragsgemäss aufschiebende Wirkung bei.
Das Kantonsgericht des Kantons Luzern verzichtet auf eine Vernehmlassung und beantragt die Abweisung der Beschwerde. Das Amt für Migration des Kantons Luzern, das Justiz- und Sicherheitsdepartement des Kantons Luzern sowie das Staatssekretariat für Migration verzichten auf eine Stellungnahme.
Der Beschwerdeführer ersucht nachträglich um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege.

Erwägungen:
1.
1.1. Angefochten ist ein kantonal letztinstanzlicher Endentscheid in einer Angelegenheit des öffentlichen Rechts, der grundsätzlich der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten unterliegt (vgl. <ref-law>, <ref-law>, <ref-law>). Indessen ist auf dem Gebiet des Ausländerrechts die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten gegen Entscheide betreffend ausländerrechtliche Bewilligungen nur zulässig, wenn das Bundesrecht oder das Völkerrecht einen Anspruch auf die Bewilligung einräumt (<ref-law> e contrario). Für das Eintreten genügt, wenn die betroffene Person in vertretbarer Weise dartut, dass potenziell ein solcher Anspruch besteht (<ref-ruling> E. 1.1 S. 179 f., 497 E. 3.3 S. 500 f.).
1.2. Der Beschwerdeführer beruft sich in vertretbarer Weise auf einen Bewilligungsanspruch gestützt auf <ref-law> (SR 142.20; bis 31. Dezember 2018 AuG), so dass insoweit die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten zulässig ist. Ob der geltend gemachte Anspruch tatsächlich besteht, ist Sache der materiellen Beurteilung. Da der Beschwerdeführer als Adressat des angefochtenen Entscheids gemäss <ref-law> zur Erhebung der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten legitimiert ist und die Beschwerde frist- und formgerecht eingereicht wurde (vgl. Art. 42 und 100 Abs. 1 BGG), ist darauf einzutreten.
1.3. Gemäss <ref-law> sind Rechtsschriften in einer Amtssprache abzufassen. Das Verfahren vor dem Bundesgericht wird gemäss <ref-law> in einer der Amtssprachen (Deutsch, Französisch, Italienisch, Rumantsch Grischun) geführt, in der Regel in der Sprache des angefochtenen Entscheids. Dem Beschwerdeführer steht es frei, seine Eingabe in der Amtssprache seiner Wahl zu verfassen, die nicht notwendigerweise mit der Verfahrenssprache des vorinstanzlichen Verfahrens übereinstimmen muss (Urteil 2C_237/2013 vom 27. März 2013 E. 1.2 mit Hinweis). Der Beschwerdeführer hat seine Eingabe in französischer Sprache verfasst. Dies ist nach dem Gesagten zulässig. Vorliegend ist indes Deutsch die Verfahrenssprache, sodass das Urteil in dieser Sprache ergeht.
1.4. Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann eine Rechtsverletzung nach Art. 95 und Art. 96 BGG gerügt werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es ist folglich weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden (<ref-ruling> E. 3 S. 415). In Bezug auf die Verletzung von Grundrechten gilt eine qualifizierte Rüge- und Substanziierungspflicht (<ref-law>; <ref-ruling> E. 2.2 S. 232; <ref-ruling> E. 2.5 S. 314).
1.5. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den von der Vorinstanz festgestellten Sachverhalt zu Grunde (<ref-law>), es sei denn, dieser sei offensichtlich unrichtig oder beruhe auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> (<ref-law>). Gemäss <ref-law> kann die Feststellung des Sachverhalts und damit auch die Beweiswürdigung gerügt werden, wenn die Sachverhaltsfeststellung offensichtlich unrichtig, d.h. willkürlich ist (<ref-law>) oder auf einer Rechtsverletzung beruht und die Behebung des Mangels für den Verfahrensausgang entscheidend sein kann (<ref-ruling> E. 4.1.2 S. 62). Die Beweiswürdigung erweist sich als willkürlich, wenn sie offensichtlich unhaltbar oder aktenwidrig ist oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft, das Gericht Sinn und Tragweite eines Beweismittels offensichtlich verkannt hat, wenn es ohne sachlichen Grund ein wichtiges oder entscheidwesentliches Beweismittel unberücksichtigt gelassen oder wenn es auf Grundlage der festgestellten Tatsachen unhaltbare Schlussfolgerungen gezogen hat (<ref-ruling> E. 3.3.4 S. 123; <ref-ruling> E. 4.1.2 S. 62 mit weiteren Hinweisen).
2.
Die Aufenthaltsbewilligung war dem Beschwerdeführer gestützt auf <ref-law> erteilt worden, wonach ausländische Ehegatten von Schweizer Bürgerinnen Anspruch auf Erteilung und Verlängerung der Aufenthaltsbewilligung haben, wenn sie mit diesen zusammenwohnen. Nach Auflösung der Ehe besteht dieser Anspruch weiter, wenn die Ehegemeinschaft mindestens drei Jahre gedauert hat und eine erfolgreiche Integration besteht (<ref-law>) oder wichtige persönliche Gründe einen weiteren Aufenthalt in der Schweiz erforderlich machen (<ref-law>).
2.1. Der Beschwerdeführer macht geltend, er habe gemäss <ref-law> Anspruch auf Verlängerung der Aufenthaltsbewilligung.
2.1.1. Die Ehegemeinschaft habe von der Heirat am 11. November 2013 bis zur definitiven Trennung am 23. Dezember 2016 gedauert. Zwar hätten die Ehegatten vom 18. August 2014 bis anfangs November 2014 die Haushaltsgemeinschaft aufgegeben, jedoch habe die Ehegemeinschaft trotz räumlicher Trennung weiterbestanden, da bei beiden Ehegatten weiterhin ein Ehewillen vorhanden gewesen sei. Das Erfordernis der Dreijahresfrist sei damit erfüllt.
2.1.2. Für die Anrechnung der dreijährigen Frist gemäss <ref-law> ist auf die in der Schweiz gelebte Ehegemeinschaft abzustellen (<ref-ruling> E. 4.1 S. 348; <ref-ruling> E. 3.5.1 S. 294; <ref-ruling> E. 3.3 S. 117 ff.). Massgeblicher Zeitpunkt für die retrospektive Berechnung der Dauer der ehelichen Gemeinschaft ist in der Regel die Aufgabe der Haushaltsgemeinschaft (BGE <ref-ruling> E. 3.2 S. 117). Eine (relevante) Ehegemeinschaft liegt vor, solange die eheliche Beziehung tatsächlich gelebt wird und ein gegenseitiger Ehewille besteht (<ref-ruling> E. 2 S. 231). Mehrere Phasen des Zusammenlebens, unterbrochen durch Trennungsphasen, können bei der Berechnung der Dreijahresfrist addiert werden, sofern die ernsthafte Weiterführung der Ehegemeinschaft noch beabsichtigt wird (vgl. <ref-ruling> E. 4.5.2 S. 351 mit Hinweisen). Die Frist nach <ref-law> gilt absolut; bereits das Fehlen weniger Wochen oder Tage schliesst den Anspruch auf Verlängerung der Aufenthaltsbewilligung aus (Urteil 2C_281/2017 vom 26. März 2018 E.2.2 mit Hinweisen).
2.1.3. Die Vorinstanz ist davon ausgegangen, dass die Ehegatten vom 11. November 2013 bis zum 30. Juni 2014 und von Anfang November 2014 bis zum 23. November 2016 und somit insgesamt zwei Jahre und 9.5 Monate zusammengelebt haben. Während der Trennungsphase habe die eheliche Gemeinschaft nicht fortbestanden, weshalb diese bei der Berechnung der Ehedauer im Sinne von <ref-law> nicht mitberücksichtigt werden könne. Dabei ist die Dauer der zweiten Phase des Zusammenlebens unbestritten, während seitens des Beschwerdeführers der Beginn der Trennungsphase auf den 18. August 2014 datiert wird und er zudem geltend macht, die (kürzere) Trennungsphase sei bei der Berechnung der relevanten Ehedauer miteinzubeziehen. Wie bereits die Vorinstanz zutreffend erwogen hat, würde - selbst wenn zugunsten des Beschwerdeführers davon ausgegangen wird, dass die Trennungsphase erst am 18. August 2014 begonnen hat - sich die Dauer der ehelichen Gemeinschaft nur auf 2 Jahre und 11 Monate belaufen und die Dreijahresfrist wäre nicht erfüllt.
2.2. Es ist somit vorliegend massgebend, ob die Trennungsphase, ungeachtet ihrer Länge, bei der Berechnung der relevanten Ehedauer mitberücksichtigt werden kann.
2.2.1. Ausnahmen vom Erfordernis des ehelichen Zusammenlebens lässt das Gesetz gemäss <ref-law> nur zu, wenn das Getrenntleben auf wichtigen Gründen beruht und die Familiengemeinschaft als solche andauert (zum Verhältnis von Art. 42 Abs. 1 und <ref-law> vgl. die Urteile des Bundesgerichts 2C_647/2010 vom 10. Februar 2011 und 2C_781/2010 vom 16. Februar 2010). Bei einem Getrenntleben der Ehegatten ist jedoch nicht leichthin von einer fortbestehenden Ehegemeinschaft auszugehen. Nach Art. 76 der Verordnung vom 24. Oktober 2007 über Zulassung, Aufenthalt und Erwerbstätigkeit (VZAE; SR 142.201) können namentlich berufliche Verpflichtungen oder erhebliche familiäre Probleme ein Absehen vom Erfordernis des Zusammenwohnens rechtfertigen. Die Gründe müssen objektivierbar sein und ein gewisses Gewicht aufweisen. Entsprechende Nachweise für das Fortbestehen der Ehe sind durch die Ehegatten beizubringen, da es dabei um Umstände aus ihrem Lebensbereich geht, die sie besser kennen als die Behörden. Insofern trifft die Ehegatten bei der Abklärung des Sachverhalts im Rahmen von <ref-law> eine besondere Mitwirkungspflicht (vgl. <ref-law>; <ref-ruling> E. 3.2 S. 485 f.; Urteil 2C_211/2016 vom 23. Februar 2017 E. 3.3.2 mit Hinweisen). Ein wichtiger Grund liegt desto eher vor, je weniger die Ehegatten auf die Situation des Getrenntlebens Einfluss nehmen können, ohne einen grossen Nachteil in Kauf nehmen zu müssen (Urteil 2C_432/2016 vom 26. Januar 2018 E. 5.3.1 mit Hinweisen). Ein freiwilliger Entscheid für ein "living apart together" für sich allein genommen stellt dagegen praxisgemäss keinen wichtigen Grund im Sinne von <ref-law> dar (Urteil 2C_545/2017 vom 8. Juni 2018 E. 4.3.1).
2.2.2. Der Beschwerdeführer bestreitet nicht, dass er während der fraglichen Zeitdauer nicht ständig mit seiner Ehefrau zusammengewohnt hat, die Ehe sei aber weiterhin gelebt worden. Die Anordnung der Eheschutzmassnahmen würden den Erhalt der Ehe bezwecken und dementsprechend würden sie belegen, dass zu diesem Zeitpunkt noch ein Ehewillen bestanden habe. Ausserdem hätten die Ehegatten erst ab dem 18. August 2014 getrennt gelebt und die Trennungsphase habe somit nur ungefähr 2.5 Monate gedauert. Praxisgemäss sei es wiederum möglich, dass eine Trennung mit einer Dauer von weniger als drei Monaten die Anforderungen von <ref-law> erfüllen könne, insbesondere wenn sie wie vorliegend durch medizinische Gründe indiziert gewesen sei. Die Ehefrau habe zum Zeitpunkt der Trennung unter schweren psychischen Problemen gelitten und sei nicht in der Lage gewesen, das Zusammenleben mit dem Beschwerdeführer aufrechtzuerhalten. Auch der Beschwerdeführer selbst habe aufgrund der schwierigen familiären Situation unter psychischen Problem gelitten und sei vom 7. September 2016 bis zum 31. Oktober 2016 arbeitsunfähig gewesen. Der Wille zum Zusammenleben sei bei der Gattin während der Zeit der Trennung nicht erloschen gewesen, sondern das Getrenntleben sei aufgrund der Fakten notwendig gewesen. Im Nachhinein habe die Phase der Trennung einen positiven Effekt auf die Ehe gehabt und den Willen zum Zusammenleben gestärkt. Dementsprechend hätten die Ehegatten die Ehe ab November 2014 nochmals über zwei Jahre bis zur endgültigen Trennung am 23. Dezember 2016 gelebt.
2.2.3. Die Vorinstanz ging hingegen davon aus, dass insbesondere aufgrund der Aussagen und Feststellungen des Bezirksgerichts Kriens, welches den Trennungswunsch der Ehefrau zum Zeitpunkt des Entscheides als gefestigt und unverrückbar ansah, bei der Ehefrau angenommen werden könne, dass ihr damaliger Ehewille spätestens mit der Einreichung des Gesuchs um Eheschutz und der darin beantragten Aufhebung des gemeinsamen Haushalts am 30. Juni 2014 erloschen sei.
2.2.4. Mit seiner pauschalen Behauptung, der Ehewille habe während der Trennung weiterhin bestanden, vermag der Beschwerdeführer die Einschätzung der Vorinstanz nicht als offensichtlich falsch erscheinen zu lassen. Aufgrund seiner umfassenden Mitwirkungspflicht wäre es an ihm gelegen, den Nachweis für eine weiterhin gelebte Ehegemeinschaft beizubringen, wobei rein freundschaftliche Kontakte, auch zwei oder drei Mal die Woche, für die Annahme einer gelebten Beziehung nicht ausreichen (Urteil 2C_575/2009 vom 1. Juni 2010 E. 3.6 f.). Zwar bringt der Beschwerdeführer vor, er habe sich mit seiner Ehefrau auch während der Trennung regelmässig getroffen, vermag diese Zusammenkünfte aber nicht weiter zu belegen, beispielsweise mit gemeinsamen Rechnungen, Stellungnahmen gemeinsamer Freunde oder dem Besuch einer Ehetherapie (MARC SPESCHA, in: Spescha et al. [Hrsg.], Kommentar Migrationsrecht, 5. Aufl. 2019, N. 3 zu <ref-law>).
Hinsichtlich der geltend gemachten psychischen Erkrankung verkennt das Bundesgericht wiederum nicht, dass eine Beziehung dadurch stark belastet werden kann und sich deshalb im Einzelfall eine vorübergehende Trennung aufdrängen kann, ohne dass dies bereits ein Scheitern der Ehe bedeuten muss. Der Beschwerdeführer bringt jedoch auch diesbezüglich keine Hinweise und keine fachlichen Belege dafür bei, dass es der Ehefrau des Beschwerdeführers tatsächlich aufgrund ihrer psychischen Erkrankung verunmöglicht war, mit ihm zusammenzuwohnen und die Ehe während dieses Zeitraums weiter Bestand gehabt hätte (vgl. Urteil 2C_211/2016 vom 23. Februar 2017 E. 3.3.2). Die Ehefrau lebte während der Trennung alleine in der ehelichen Wohnung oder hielt sich bei ihrem Vater auf und weilte nicht in einer Klinik oder in einem ähnlichen betreuten Rahmen (vgl. Urteil 2C_140/2011 vom 15. Juni 2011 E. 3.2). Die psychische Gesundheit des Beschwerdeführers wiederum war erst im Herbst 2016 beeinträchtigt und lässt keine Rückschlüsse auf die Trennungsphase im Jahre 2014 zu.
2.2.5. Folglich ist in Übereinstimmung mit der Vorinstanz davon ausgehend, dass bei der Ehefrau des Beschwerdeführers ab Einreichung des Gesuchs um Aufhebung des gemeinsamen Haushalts kein Ehewille mehr bestand, zumal die Ehefrau in der Verhandlung vor dem Bezirksgericht Kriens am 2. September 2014 bestätigte, dass sie zu diesem Zeitpunkt der Trennung einen neuen Partner hatte. Ohnehin kann bei einem richterlich angeordneten Getrenntleben (Eheschutz) normalerweise nicht davon ausgegangen werden, dass die eheliche Gemeinschaft noch gelebt wird, selbst wenn das Zusammenleben später wieder aufgenommen wird (vgl. Urteil 2C_140/2011 vom 15. Juni 2011 E. 3.2). Dementsprechend dauerte die Ehegemeinschaft vom 11. November 2013 bis zum 30. Juni 2014 und von anfangs November 2014 bis zum 23. Dezember 2016, was insgesamt 33.5 Monate ergibt.
2.3. Damit ist die Voraussetzung der Dreijahresfrist von <ref-law> nicht erfüllt und der Beschwerdeführer kann aus dieser Bestimmung keinen Anspruch auf eine Aufenthaltsbewilligung ableiten kann.
2.4. Im Weiteren macht der Beschwerdeführer einen nachehelichen Härtefall gemäss <ref-law> geltend, da er Opfer ehelicher Gewalt geworden sei. Auch in dieser Hinsicht trifft ihn bei den Feststellungen des Sachverhalts eine weitreichende Mitwirkungspflicht (vgl. hierzu 138 II 229 E. 3.2.3; <ref-ruling> E. 2b S. 365).
2.4.1. Die ausländische Person muss die eheliche Gewalt bzw. häusliche Oppression und deren Schwere in geeigneter Weise glaubhaft machen (Arztberichte oder psychiatrische Gutachten, Polizeirapporte, Berichte/Einschätzungen von Fachstellen [Frauenhäuser, Opferhilfe usw.], glaubwürdige Zeugenaussagen von weiteren Angehörigen oder Nachbarn). In diesem Fall trifft die Bewilligungs- bzw. die Beschwerdeinstanz im Rahmen der Untersuchungsmaxime eine eigenständige Abklärungspflicht. Allgemein gehaltene Behauptungen oder Hinweise auf punktuelle Spannungen genügen hierzu nicht; wird häusliche Gewalt in Form psychischer Oppression behauptet, muss vielmehr die Systematik der Misshandlung bzw. deren zeitliches Andauern und die daraus entstehende subjektive Belastung objektiv nachvollziehbar konkretisiert und beweismässig unterlegt werden (vgl. <ref-ruling> E. 3.2.3).
2.4.2. Die behaupteten Messerattacken seiner Ehefrau am Ende ihrer Beziehung stützen sich jedoch alleine auf die wenig präzisen Aussagen des Beschwerdeführers selbst und wurden erst im ausländerrechtlichen Verfahren lange nach dem angeblichen Tatzeitpunkt vorgebracht. Der Beschwerdeführer kann damit nicht glaubhaft machen, dass er häusliche Gewalt im Sinne der Rechtsprechung zu <ref-law> erlitten hätte und es besteht auch gestützt auf diese Bestimmungen kein Aufenthaltsrecht.
3.
Nach dem Ausgeführten ist die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten abzuweisen. Da sich die Beschwerde nicht als aussichtslos erweist und der Beschwerdeführer bedürftig ist, kann die beantragte unentgeltliche Rechtspflege bewilligt und auf die Erhebung von Gerichtskosten verzichtet werden (<ref-law>). Eine Entschädigung an den Rechtsvertreter fällt nicht in Betracht, da dieser nicht Anwalt ist (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen.
2.
Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege für das bundesgerichtliche Verfahren wird gutgeheissen. Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
3.
Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten, dem Kantonsgericht Luzern, 4. Abteilung, und dem Staatssekretariat für Migration schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 24. Juli 2020
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Seiler
Der Gerichtsschreiber: Mösching