Sachverhalt:
A.
Die A._ AG führt auf der Parzelle 1688 an der Industriestrasse 15 in Kleindöttingen (Gemeinde Böttstein) einen Betrieb zur Verarbeitung und Zwischenlagerung von Holzabfällen. Die Abteilung für Umwelt des Departements Bau, Verkehr und Umwelt (BVU) des Kantons Aargau hatte ihr am 21. Dezember 2012 dafür die abfallrechtliche Bewilligung erteilt und gleichzeitig die Betriebszeiten auf Montag bis Freitag, von 7 bis 12 Uhr und von 13 bis 17 Uhr beschränkt.
Da die A._ AG in der Folge weitere Holzabfälle sowie Garten- und Grünabfälle verarbeiten wollte, stellte sie dem BVU ein Gesuch um eine entsprechende Bewilligungserweiterung. Dabei beantragte sie auch, die Betriebszeiten zu verlängern. Mit Verfügung vom 22. Dezember 2014 erweiterte die Abteilung für Umwelt des BVU ihre am 21. Dezember 2012 erteilte Bewilligung, hob jedoch die damals festgelegten Betriebszeiten ersatzlos auf. Zur Begründung führte sie aus, Betriebszeiten könnten nicht in einer abfallrechtlichen Bewilligung geregelt werden, sondern müssten Gegenstand eines Baubewilligungs- bzw. Sanierungsverfahrens sein.
Am 2. Februar 2015 erliess der Gemeinderat Böttstein gegenüber der A._ AG eine Sanierungsverfügung aus Lärmschutzgründen. Er beschränkte mit sofortiger Wirkung die Betriebszeiten auf Montag bis Freitag, von 7 bis 12 Uhr und von 13 bis 17 Uhr. Weiter setzte er der A._ AG eine Frist bis Ende März für das Einreichen eines Baugesuchs für die Erweiterung dieser Betriebszeiten, die andernfalls definitiv gelten sollten.
Eine von der A._ AG dagegen erhobene Verwaltungsbeschwerde hiess die Rechtsabteilung des BVU am 24. Dezember 2015 teilweise gut. Für den Altholzschredder legte sie Betriebszeiten von Montag bis Freitag, von 7 bis 12 Uhr und von 13 bis 18.30 Uhr fest, während sie weitere Tätigkeiten auch am Samstag von 8 bis 12 Uhr zuliess.
Dagegen erhob die A._ AG Verwaltungsgerichtsbeschwerde. Mit Urteil vom 1. Februar 2017 wies das Verwaltungsgericht des Kantons Aargau das Rechtsmittel ab.
B.
Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ans Bundesgericht vom 7. April 2017 beantragt die A._ AG, das Urteil des Verwaltungsgerichts aufzuheben und am Samstagmorgen auch den Betrieb des Schredders zuzulassen.
Das BVU und das Verwaltungsgericht beantragen die Abweisung der Beschwerde. Die Gemeinde beantragt, die Beschwerde sei abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. Das ebenfalls zur Vernehmlassung eingeladene Bundesamt für Umwelt (BAFU) kommt zum Schluss, dass der angefochtene Entscheid mit der Umweltschutzgesetzgebung des Bundes vereinbar ist. Die Beschwerdeführerin hält in ihrer Stellungnahme dazu an ihren Anträgen und Rechtsauffassungen fest.

Erwägungen:
1.
1.1. Angefochten ist ein letztinstanzlicher kantonaler Entscheid in einer öffentlich-rechtlichen Angelegenheit (Art. 82 lit. a und Art. 86 Abs. 1 lit. d BGG). Die Beschwerdeführerin hat am vorinstanzlichen Verfahren teilgenommen und ist als Adressatin der lärmschutzrechtlichen Anordnungen zur Beschwerdeführung berechtigt (<ref-law>). Auf ihre Beschwerde ist einzutreten.
1.2. Während die Beschwerdeführerin im vorinstanzlichen Verfahren noch verlangt hatte, die Betriebszeitenbeschränkung vollumfänglich aufzuheben, verlangt sie im bundesgerichtlichen Verfahren nur noch, dass ihr am Samstagmorgen (von 7 bis 12 Uhr) auch der Betrieb des Schredders zu erlauben sei. Der Prozessgegenstand ist auf diese Frage beschränkt.
2.
2.1. Die Beschwerdeführerin bringt vor, die Anlage bestehe unbestrittenermassen bereits seit 1962 und sei nicht wesentlich geändert worden. Sie halte die Immissionsgrenzwerte ein, was ebenfalls unbestritten sei. Deshalb bestehe gemäss <ref-law> (SR 814.01) keine Sanierungspflicht.
2.2. Die Bestimmungen über die Sanierung (<ref-law>) beziehen sich auf Anlagen, die älter sind als die Vorschriften, denen sie nicht genügen (sogenannte nachträgliche Fehlerhaftigkeit; Urteil 1C_177/2011 vom 9. Februar 2012 E. 4.2 mit Hinweisen, in: URP 2012 S. 315). Vorliegend ist unstrittig, dass der Betrieb der Beschwerdeführerin (inkl. Halle und Schredder) schon vor dem Inkrafttreten des Umweltschutzgesetzes am 1. Januar 1985 existierte. Zudem ist nicht von einer wesentlichen Änderung auszugehen. Damit untersteht die Anlage nicht den Vorschriften für Neuanlagen (<ref-law>, Art. 7 der Lärmschutzverordnung vom 15. Dezember 1986 [LSV; SR 814.41]). Indessen gehören zu den Vorschriften im Sinne von <ref-law> auch die in Art. 11 Abs. 2 und 3 USG enthaltenen Bestimmungen. Danach sind Emissionen im Rahmen der Vorsorge unabhängig von der bestehenden Umweltbelastung so weit zu begrenzen, als dies technisch und betrieblich möglich und wirtschaftlich tragbar ist (Abs. 2). Wenn feststeht oder zu erwarten ist, dass die Einwirkungen unter Berücksichtigung der bestehenden Umweltbelastung schädlich oder lästig werden, sind die Emissionsbegrenzungen zu verschärfen (Abs. 3). Solche Begrenzungen werden gemäss <ref-law> durch Verordnungen oder, soweit diese nichts vorsehen, durch unmittelbar auf das Umweltschutzgesetz abgestützte Verfügungen vorgeschrieben. Daran ändert nichts, dass <ref-law> die Sanierungspflicht nur für jene bestehenden ortsfesten Anlagen vorsieht, welche wesentlich zur Überschreitung der Immissionsgrenzwerte beitragen (zum Ganzen: <ref-ruling> E. 2b S. 367 f.). Schutzmassnahmen nach <ref-law> sind somit nicht erst zu ergreifen, wenn die Umweltbelastung schädlich oder lästig wird bzw. die Immissionsgrenzwerte (vgl. für Lärm: <ref-law>) überschritten werden (<ref-ruling> E. 4.1 S. 36 mit Hinweisen).
2.3. Als Zwischenergebnis ist festzuhalten, dass das von der Beschwerdeführerin angeführte Argument, die Immissionsgrenzwerte würden eingehalten, der Sanierungspflicht nicht entgegensteht. Es ist deshalb im Folgenden zu untersuchen, ob die Vorinstanz gestützt auf das Vorsorgeprinzip die Betriebszeiten für den Altholzschredder auf Montag bis Freitag beschränken durfte.
3.
3.1. Das Verwaltungsgericht führte aus, die Einhaltung der angeordneten Betriebszeiten sei technisch und betrieblich ohne Weiteres möglich. Aufgrund einer Abwägung der in Frage stehenden Interessen kam es zudem zum Schluss, die Beschränkung sei auch wirtschaftlich tragbar und verhältnismässig. Ob der Schredder von Montag bis Freitag oder auch am Samstag in Betrieb sei, habe zwar (bei unveränderten 1'100 Betriebsstunden pro Jahr) offenbar auf den Beurteilungspegel nur einen kleinen Einfluss (+/- 0.2 dB[A]). Doch sei der Altholzschredder die dominierende Lärmquelle, weshalb mit dem Verzicht auf dessen Betrieb an Samstagen ein lärmarmer Tag ermöglicht werde. Direkt an die Betriebsliegenschaft grenze die Spezialzone Aarelandschaft mit der Empfindlichkeitsstufe II. Die Spezialzone diene der Freizeit und Erholung sowie der Landwirtschaft und dem Naturschutz. Der fragliche Bereich gehöre zudem zum Perimeter des Schutzgebiets Klingnauer Stausee und Umgebung. Dabei handle es sich um ein beliebtes Naherholungsgebiet. Des Weiteren hätten auch die Bewohner der (Wohn-) Liegenschaft Stauseestrasse 101, welche ca. 100 m vom Schredder entfernt in der Spezialzone Aarelandschaft liege, ein Interesse an Ruhe. Die Beschwerdeführerin habe ihrerseits vorgebracht, dass am Samstag die Anlieferung von Material nicht im Vordergrund stehe, weshalb es ihr praktisch ausschliesslich möglich sei, das Betriebsareal aufzuräumen. Durch die Anordnung, am Samstag den Altholzschredder nicht zu betreiben, werde sie somit nicht erheblich eingeschränkt.
3.2. Die Beschwerdeführerin bestätigt, dass der Schredder 1'100 Stunden jährlich in Betrieb sein müsse, um das bewilligte Altholzvolumen zu verarbeiten. Sie macht jedoch geltend, der dadurch verursachte Lärm würde nicht reduziert, sondern lediglich zeitlich verlegt, wenn Betriebszeiten fixiert würden. 1'100 Betriebsstunden ergäben rund 138 volle Arbeitstage zu 8 Stunden. Gehe man davon aus, dass das Jahr etwa 300 Werktage (inkl. Samstage) aufweise, so sei die Maschine rechnerisch betrachtet nicht einmal an jedem zweiten Werktag in Betrieb. Es bestünden also ohnehin genügend lärmarme Tage. Zudem gebe es keine Rechtsgrundlage, die es rechtfertigen würde, den Samstag anders zu behandeln als die anderen Werktage. Zu berücksichtigen sei auch, dass lärmverursachende Freizeitbeschränkungen erlaubt und den übrigen Gewerbebetrieben in der Arbeitszone die Samstagstätigkeit nicht untersagt sei. Dass dem Holzverarbeitungsbetrieb "B._" die gleichen Betriebszeiten auferlegt worden seien, wie die Vorinstanz festhalte, sei bisher unbelegt geblieben. Zudem sei die Vorinstanz auch nicht auf das Argument eingegangen, das Gebiet sei mit Lärm vorbelastet. Zu den lärmverursachenden Anlagen gehöre insbesondere ein gemeindeeigenes, lautes Wasserpumpwerk. Hinsichtlich des Schredder-Lärms sei ausser Acht gelassen worden, dass der Messstandort an der Stauseestrasse 101 80 m vom Schredder entfernt liege, der Fussweg in der Spezialzone Aarelandschaft dagegen gut 111 m. Auf dem Fussweg resultiere deshalb, wenn überhaupt, nur noch auf ein paar Metern eine Überschreitung des Planungswerts. In diesem Zusammenhang bestreite sie zudem, dass die von den Vorinstanzen angewendete Pegelkorrektur K3 von 4 dB (A) für die Impulshaltigkeit des Lärms angemessen sei. Die Wohnnutzung an der Stauseestrasse 101 sei zudem mittlerweile aufgegeben worden. Offenbar wollten die Käuferinnen der Liegenschaft, BirdLife Schweiz und BirdLife Aargau, dort ein Naturzentrum schaffen. Dafür gebe es kein Ruhebedürfnis, vielmehr seien neue Lärmimmissionen zu erwarten.
Weiter bringt die Beschwerdeführerin vor, für ihren Betrieb sei sie darauf angewiesen, auf dem relativ kleinen Areal das während der Woche angelieferte Material, das nicht habe verarbeitet werden können, aufzuräumen. Dafür brauche sie den Schredder. Ansonsten müsste sie das Material zunächst verschieben, um es während der darauffolgenden Woche zu schreddern. Das führe zu sinnlosen Arbeitsschritten und verursache mehr Lärm, da dafür der Pneulader verwendet werden müsse. Das Verbot, den Schredder am Samstagmorgen laufen zu lassen, bedeute in der Praxis ein gänzliches Betriebsverbot. Ein solches sei angesichts der Lärmvorbelastung auch mit dem Rechtsgleichheitsgebot nicht vereinbar. Es gehe nicht an, nur selektiv bei einzelnen Betrieben einzugreifen. Ihre Rechtsvorgängerinnen seien denn auch nie einer Sanierungspflicht unterworfen worden, obwohl damals der Betrieb deutlich lärmiger gewesen sei. Durch Einzelverfügungen lasse sich das Lärmproblem nicht lösen. Vielmehr bedürfe es der normativen Umsetzung, bspw. durch die Festlegung von Schwellenwerten auf Veordnungsebene.
3.3.
3.3.1. Wenn die Beschwerdeführerin die Bedeutung einer Lärmreduktion auf ihrem Betrieb mit Hinweis auf andere Lärmquellen relativiert, übersieht sie, dass die Prüfung vorsorglicher emissionsbegrenzender Massnahmen nach <ref-law> unabhängig von der bestehenden Umweltbelastung zu erfolgen hat. Das Konzept dieser Bestimmung basiert zudem auf einer Einzelbetrachtung jeder Anlage, was in den Voraussetzungen der technischen und betrieblichen Möglichkeit und wirtschaftlichen Tragbarkeit zum Ausdruck kommt, die nur gestützt auf die konkreten Umstände geprüft werden können. Eine rechtsungleiche Behandlung lässt sich daraus bzw. aus der bestehenden Lärmbelastung nicht ableiten. <ref-law> sieht im Übrigen ausdrücklich vor, dass Emissionsbegrenzungen durch Verordnungen oder, soweit diese nichts vorsehen, durch unmittelbar auf dieses Gesetz abgestützte Verfügungen vorgeschrieben werden. Schliesslich kann die Beschwerdeführerin aus ihrem Vorbringen, gegenüber ihren Rechtsvorgängerinnen sei trotz lärmigerer Anlagen keine Sanierung verfügt worden, nicht ableiten, dass ihr gegenüber umweltschutzrechtlich angezeigte Massnahmen nicht ergriffen werden dürften. Auch ist ihr Vorbringen, es sei nicht belegt worden, dass dem Holzverarbeitungsbetrieb "B._" die gleichen Betriebszeiten auferlegt worden seien, nicht geeignet, die Sachverhaltsfeststellungen der Vorinstanz in diesem Punkt als willkürlich erscheinen zu lassen (<ref-law>).
3.3.2. Zum Argument, die Pegelkorrektur K3 im Sinne von Ziff. 33 Abs. 3 des Anhangs 6 zur LSV sei mit 4 dB (A) zu hoch bemessen worden, hat das Verwaltungsgericht festgehalten, der betreffende Wert sei von einer Fachperson mittels Gehör ermittelt worden. Von deren Einschätzung sei nicht leichthin abzuweichen. Abgesehen davon würde selbst bei Annahme einer Pegelkorrektur K3 von 2 dB (A) der Planungswert am Tag noch um 1 dB (A) überschritten. Die Kritik der Beschwerdeführerin lässt diese Feststellungen nicht als bundesrechtswidrig erscheinen. Zudem bestreitet sie nicht, dass selbst bei Annahme des tieferen Korrekturwerts noch eine Überschreitung des Planungswerts resultierte.
3.3.3. Dem sinngemäss vorgebrachten Einwand, das Verbot der Verwendung des Schredders am Samstagmorgen bewirke keine wahrnehmbare Lärmreduktion, ist entgegenzuhalten, dass die Schaffung lärmarmer Zeiten für das Wohlbefinden der Bevölkerung (<ref-law>) durchaus von Bedeutung ist, selbst wenn sich die zeitliche "Umverteilung" des Lärms auf den Beurteilungspegel Lr nicht massgeblich auswirkt. Das Verwaltungsgericht hat in nachvollziehbarer Weise dargelegt, dass das Naherholungsgebiet entlang des Klingnauer Stausees insbesondere am Samstag, wenn ein grosser Teil der Bevölkerung frei hat, von Erholungssuchenden gerne aufgesucht wird. Es sind damit weniger Personen vom Lärm des Schredders der Beschwerdeführerin betroffen, wenn dieser ausschliesslich von Montag bis Freitag betrieben wird.
3.3.4. Hinzu kommt, dass nicht ersichtlich ist, inwiefern die Beschwerdeführerin durch die Beschränkung des Betriebs des Schredders auf Montag bis Freitag in ihrer Betriebsorganisation massgeblich beeinträchtigt werden sollte. Das BAFU hat in seiner Vernehmlassung vorgerechnet, dass es bei fünf Werktagen pro Woche und 250 pro Jahr sowie bei Betriebszeiten von 10,5 Stunden täglich und einem maximalen Bedarf für den Schredder während 1'100 Stunden jährlich ausreichen würde, den Schredder während weniger als der Hälfte eines Betriebstags laufen zu lassen. Warum unter diesen Umständen unbearbeitete Altholzhaufen entstehen, die am Samstagmorgen geschreddert werden müssten, ist nicht ersichtlich und wird von der Beschwerdeführerin auch in ihrer Replik nicht aufgezeigt.
3.3.5. Das Verwaltungsgericht hat aus diesen Gründen kein Bundesrecht verletzt, wenn es das Verbot, am Samstag den Schredder zu benutzen, als technisch und betrieblich möglich und wirtschaftlich tragbar erachtete.
4.
Die Beschwerde ist abzuweisen.
Bei diesem Verfahrensausgang sind die Gerichtskosten der Beschwerdeführerin aufzuerlegen (<ref-law>). Es ist keine Parteientschädigung zuzusprechen (Art. 68 Abs. 1-3 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3.
Es wird keine Parteientschädigung zugesprochen.
4.
Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin, dem Gemeinderat Böttstein, dem Departement Bau, Verkehr und Umwelt, dem Verwaltungsgericht des Kantons Aargau, 3. Kammer, und dem Bundesamt für Umwelt schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 16. Januar 2018
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Merkli
Der Gerichtsschreiber: Dold