Sachverhalt:
A.
Das Obergericht des Kantons Bern sprach X._ am 24. Juni 2014 in Bestätigung des Urteils des Kollegialgerichts Bern-Mittelland vom 27. September 2013 wegen qualifizierter Erpressung, versuchter qualifizierter Erpressung, mehrfacher versuchter Nötigung, mehrfacher Freiheitsberaubung, einfacher Körperverletzung zum Nachteil eines Wehrlosen und Raubes schuldig. Es verurteilte ihn unter Berücksichtigung der rechtskräftigen erstinstanzlichen Schuldsprüche wegen mehrfacher versuchter Erpressung, Widerhandlung gegen das Betäubungsmittelgesetz, teilweise mengenmässig qualifiziert begangen, sowie Widerhandlung gegen das Waffengesetz zu einer Freiheitsstrafe von 61⁄2 Jahren und einer Busse von Fr. 200.--. Es ordnete eine stationäre therapeutische Massnahme gemäss <ref-law> an.
Die gegen das obergerichtliche Urteil erhobene Beschwerde von X._ hiess das Bundesgericht am 8. April 2015 teilweise gut (Urteil 6B_884/2014).
B.
Das Obergericht sprach X._ am 7. Juni 2017 erneut wegen qualifizierter Erpressung, versuchter qualifizierter Erpressung, mehrfacher versuchter Nötigung, mehrfacher Freiheitsberaubung, einfacher Körperverletzung zum Nachteil eines Wehrlosen sowie Raubes schuldig. Es verurteilte ihn in Berücksichtigung der erstinstanzlichen Schuldsprüche zu einer Freiheitsstrafe von 61⁄2 Jahren und einer Busse von Fr. 200.--. Es ordnete wiederum eine stationäre therapeutische Massnahme gemäss <ref-law> an und stellte fest, dass diese am 2. Oktober 2012 vorzeitig angetreten worden ist.
Am 18. Januar 2018 wies das Bundesgericht die von X._ gegen das obergerichtliche Urteil vom 7. Juni 2017 geführte Beschwerde in Strafsachen ab, soweit es darauf eintrat (Urteil 6B_1287/2017).
C.
Die Bewährungs- und Vollzugsdienste des Kantons Bern (BVD) stellten am 16. Februar 2018 beim Regionalgericht Bern-Mittelland Antrag auf Verlängerung der angeordneten Massnahme gemäss <ref-law>. Das kantonale Zwangsmassnahmengericht ordnete am 18. April 2018 auf Antrag des Regionalgerichts Sicherheitshaft per 2. Oktober 2017 an und befristete diese bis zum 1. Juni 2018. Es verlängerte die Sicherheitshaft am 24. Mai 2018 bis zum 24. Juli 2018.
Das Regionalgericht verlängerte die stationäre therapeutische Massnahme gemäss <ref-law> am 12. Juni 2018 um fünf Jahre, rückwirkend ab dem 2. Oktober 2017. Dagegen erhob X._ Beschwerde.
Das Obergericht stellte mit Beschluss vom 12. September 2018 zunächst fest, dass die Haft des Verurteilten während der Dauer vom 18. Januar 2018 bis zum 18. April 2018 nicht auf einem richterlichen Entscheid beruhte, der die gesetzlichen Anforderungen gemäss <ref-law> und Art. 5 Ziff. 1 EMRK erfüllte. In teilweiser Gutheissung der Beschwerde verlängerte es die stationäre therapeutische Massnahme gemäss <ref-law> bis am 31. März 2019. Soweit weitergehend wies es die Beschwerde ab.
D.
X._ beantragt mit Beschwerde in Strafsachen sinngemäss, das obergerichtliche Urteil sei aufzuheben, von einer Verlängerung der stationären therapeutischen Massnahme gemäss <ref-law> sei abzusehen und er sei sofort zu entlassen. Ferner sei festzustellen, dass sein Freiheitsentzug seit dem 18. Januar 2018 rechtswidrig sei, da er <ref-law> sowie Art. 5 Ziff. 1 EMRK verletze. Er ersucht um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung und beantragt, seiner Beschwerde sei aufschiebende Wirkung zu gewähren.
E.
Der Präsident der Strafrechtlichen Abteilung des Bundesgerichts stellte mit Verfügung vom 1. November 2018 fest, dass der Beschwerde von Gesetzes wegen aufschiebende Wirkung zukomme (vgl. <ref-law>), womit das Gesuch von X._ gegenstandslos sei. Jedoch entzog er auf entsprechenden Antrag der Generalstaatsanwaltschaft des Kantons Bern der Beschwerde die aufschiebende Wirkung.
Am 11. Dezember 2018 wies der Instruktionsrichter das Gesuch von X._ um Wiedererwägung der Verfügung vom 1. November 2018 und um Gewährung der aufschiebenden Wirkung ab.

Erwägungen:
1.
1.1. Anfechtungsgegenstand ist vorliegend ein letztinstanzlich kantonaler Beschluss, worin im Rahmen eines selbständigen nachträglichen Entscheids gemäss <ref-law> über die Verlängerung einer stationären therapeutischen Massnahme gemäss <ref-law> befunden wird. Es handelt sich um eine Strafsache, gegen welche die Beschwerde in Strafsachen zulässig ist (<ref-law>).
1.2. Während die Vorinstanz davon ausgeht, die Vollzugsbehörde (BVD) habe rechtzeitig um Verlängerung der Massnahme ersucht und deren Voraussetzungen lägen vor, macht der Beschwerdeführer zusammengefasst geltend, die BVD hätten das Verlängerungsgesuch erst nach Ablauf der fünfjährigen Frist gemäss <ref-law> gestellt, womit die ursprünglich angeordnete Massnahme ausgelaufen sei. Da er auch die angeordnete Freiheitsstrafe von 61⁄2 Jahren verbüsst habe, sei er sofort in Freiheit zu entlassen. Selbst wenn von einem rechtzeitig erfolgten Verlängerungsantrag auszugehen wäre, würden die Voraussetzungen für eine Verlängerung der stationären therapeutischen Massnahme gemäss <ref-law> nicht vorliegen und eine solche wäre nicht verhältnismässig. Zudem verneine die Vorinstanz zu Unrecht eine Rechtsverweigerung durch das erstinstanzliche Gericht; dieses hätte vor der Verlängerung gestützt auf <ref-law> zunächst prüfen müssen, ob die Voraussetzungen für die Aufhebung der Massnahme gemäss <ref-law> vorlägen. Schliesslich verletze seine Unterbringung in der IKS Bostadel Art. 5 EMRK.
1.3. Die von der Vorinstanz und dem Beschwerdeführer aufgeworfenen Fragen hinsichtlich der Rechtzeitigkeit des Verlängerungsantrags sowie der Rechtmässigkeit der Massnahmenverlängerung setzen zunächst voraus, dass sich vorliegend die Frage einer Verlängerung überhaupt stellt, das heisst, die fünfjährige Frist gemäss <ref-law> demnächst abläuft beziehungsweise bereits abgelaufen ist. Diesbezüglich geht die Vorinstanz gestützt auf ihre Rechtsprechung davon aus, dass die Fünfjahresfrist am 2. Oktober 2012 mit dem vorzeitigen Massnahmenantritt des Beschwerdeführers begann und am 1. Oktober 2017 abgelaufen ist.
Das Bundesgericht setzte sich in einem kürzlich ergangenen Urteil, dem ebenfalls ein Beschluss der Vorinstanz zugrunde lag, ausführlich mit der Frage auseinander, wann die Fünfjahresfrist gemäss <ref-law> beziehungsweise eine richterlich festgesetzte Frist zu laufen beginnt. Es entschied, dass für den Fristenlauf auf das Datum des in Rechtskraft erwachsenen Anordnungsentscheids abzustellen ist, wenn die Massnahme nicht aus der Freiheit heraus angetreten wird (ausführlich Urteil 6B_691/2018 vom 19. Dezember 2018 E. 2, insbesondere E. 2.6 f., E. 3, zur Publikation vorgesehen). Das Bundesgericht rief zudem in Erinnerung, dass die Behörden das Gesuch um Verlängerung der Massnahme rechtzeitig, das heisst, vor Ablauf der Fünfjahresfrist gemäss <ref-law> stellen müssen. Der Verlängerungsentscheid müsse auf einer möglichst breiten und aussagekräftigen Beurteilungsgrundlage basieren sowie den Verhältnissen im Zeitpunkt nach Ablauf der Massnahmendauer gemäss Erstanordnung Rechnung tragen. Es sei daher nicht zu beanstanden, wenn das Verlängerungsverfahren erst gegen Ende der maximal möglichen Dauer der stationären Massnahme eingeleitet werde. Im konkreten Fall beurteilte das Bundesgericht den mehr als ein Jahr vor Ablauf der Fünfjahresfrist erfolgten Antrag auf Verlängerung zwar als eher verfrüht, angesichts der konkreten Umstände jedoch im Ergebnis nicht zu beanstanden (a.a.O., E. 2.9 mit Hinweisen).
1.4. Im vorliegend zu beurteilenden Fall wurde die stationäre therapeutische Massnahme gemäss <ref-law> mit Urteil der Vorinstanz vom 7. Juni 2017 erstmals rechtskräftig angeordnet. Dieses Urteil wurde mit dem bundesgerichtlichen Urteil vom 18. Januar 2018 vollstreckbar. Folglich begann die Fünfjahresfrist gemäss <ref-law> am 7. Juni 2017 zu laufen und endet am 6. Juni 2022. Es erscheint offensichtlich und bedarf daher keiner weiteren Begründung, dass das Verlängerungsverfahren (Antrag auf Verlängerung: 16. Februar 2018; erstinstanzliche Verlängerung: 12. Juni 2018; zweitinstanzliche Verlängerung: 12. September 2018) zu früh eingeleitet wurde und die Gerichte ihrem Verlängerungsentscheid nicht die Verhältnisse nach Ablauf der Fünfjahresfrist gemäss Erstanordnung zugrunde legten beziehungsweise zugrunde legen konnten (vgl. Urteil 6B_691/2018 vom 19. Dezember 2018 E. 2.9.2, zur Publikation vorgesehen). Damit verletzen sie <ref-law>. Da die Fünfjahresfrist gemäss <ref-law> noch bis zum 6. Juni 2022 läuft, bildet nach wie vor der Anordnungsentscheid vom 7. Juni 2017 die Grundlage für den Freiheitsentzug des Beschwerdeführers. Folglich erscheint auch die vorinstanzliche Feststellung, die Haft des Beschwerdeführers habe während der Dauer vom 18. Januar 2018 bis zum 18. April 2018 nicht auf einem richterlichen Entscheid beruht, der die gesetzlichen Anforderungen gemäss <ref-law> und Art. 5 Ziff. 1 EMRK erfüllte, überflüssig.
Da das Verlängerungsverfahren in Verletzung von <ref-law> verfrüht erfolgte, fehlt es vorliegend bereits an den zeitlichen Voraussetzungen für eine Verlängerung der stationären therapeutischen Massnahme. Der vorinstanzliche Beschluss ist daher aufzuheben, ohne dass die Rügen des Beschwerdeführers inhaltlich zu prüfen sind. Damit ist auch die Frage, ob seine derzeitige Unterbringung EMRK-konform ist, nicht Gegenstand des vorliegenden Verfahrens. Bei dieser Ausgangslage kann auf die Einholung von Vernehmlassungen verzichtet werden (vgl. <ref-ruling> E. 3.4.2 S. 296 i.f.; Urteil 6B_1076/2016 vom 12. Januar 2017 E. 4 mit Hinweisen). Die Vorinstanz wird über die Auferlegung der Kosten und Entschädigungen, die weitestgehend durch das unnötige Verlängerungsverfahren von den kantonalen Behörden verschuldet wurden, zu befinden haben.
2.
Die Beschwerde ist im Sinne der Erwägungen insofern teilweise gutzuheissen, als dass der vorinstanzliche Beschluss vom 12. September 2018 aufgehoben und die Sache zur neuen Entscheidung an die Vorinstanz zurückgewiesen wird.
Es sind keine Kosten zu erheben (Art. 66 Abs. 3 und 4 BGG). Der Kanton Bern hat dem Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren eine angemessene Entschädigung zu bezahlen (Art. 68 Abs. 4 i.V.m. <ref-law>). Diese ist praxisgemäss seiner Rechtsvertreterin auszurichten. Damit wird sein Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung gegenstandslos.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird teilweise gutgeheissen, der Beschluss des Obergerichts des Kantons Bern vom 12. September 2018 aufgehoben und die Sache zu neuer Entscheidung an die Vorinstanz zurückgewiesen.
2.
Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
3.
Der Kanton Bern hat der Rechtsvertreterin des Beschwerdeführers, Rechtsanwältin Kathrin Gruber, für das bundesgerichtliche Verfahren eine Entschädigung von Fr. 3'000.-- zu bezahlen.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Bern, Beschwerdekammer in Strafsachen, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 17. Januar 2019
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Denys
Die Gerichtsschreiberin: Andres