Sachverhalt:
A.
Mit Beschluss vom 15. Juni 2016 erteilte die Bausektion der Stadt Zürich der Erbengemeinschaft A. A._ die nachträgliche Baubewilligung für die Nutzungsänderung eines Parkplatzes mit 21 Abstellplätzen auf dem Grundstück Kat.-Nr. WD8942 am X._weg. Die Bewilligung wurde mit der Auflage erteilt, innert 60 Tagen ab Rechtskraft dieses Beschlusses die folgende öffentlich-rechtliche Eigentumsbeschränkung im Grundbuch anmerken zu lassen: "21 Autoabstellplätze auf der Parzelle Kat.-Nr. WD8942 mit entsprechendem Zufahrts- und Zugangsrecht gelten als Abstellplätze für die Parzelle Kat.-Nr. WD8418. Deren rechtliche oder tatsächliche Aufhebung bedarf der Zustimmung der Baubehörde (Art. 4 f. PPV, § 321 Abs. 2 PBG)."
Mit gleichzeitig eröffneter Verfügung vom 26. April 2016 erteilte die Baudirektion des Kantons Zürich eine Ausnahmebewilligung gemäss Art. 24c RPG (SR 700). Dies unter der Nebenbestimmung, dass die 21 Abstellplätze ausschliesslich dem Hotel Y._ dienen und nicht anderweitig vermietet werden dürfen.
Hiergegen erhob die aus B. A._ und C. A._ bestehende Erbengemeinschschaft A. A._ Rekurs an das Baurekursgericht, welches das Rechtsmittel am 16. Dezember 2016 abwies.
B.
Mit Urteil vom 13. Juli 2017 wies das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich die Beschwerde der Erbengemeinschaft A. A._ dagegen ab, soweit es darauf eintrat.
C.
Die Erbengemeinschaft A. A._ führt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten mit dem Antrag, das Urteil des Verwaltungsgerichts aufzuheben.
Die Baudirektion schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Das Verwaltungsgericht und die Bausektion der Stadt Zürich beantragen, die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. Das Bundesamt für Raumentwicklung (ARE) hat auf eine Stellungnahme verzichtet.

Erwägungen:
1.
1.1. Angefochten ist ein kantonal letztinstanzlicher Endentscheid über eine baurechtliche Bewilligung (Art. 82 lit. a, Art. 86 Abs. 1 lit. d und Art. 90 BGG). Dagegen steht die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten offen; ein Ausschlussgrund nach <ref-law> liegt nicht vor.
1.2.
1.2.1. Zur Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ist nach <ref-law> berechtigt, wer vor der Vorinstanz am Verfahren teilgenommen oder keine Möglichkeit zur Teilnahme erhalten hat (lit. a), durch den angefochtenen Entscheid oder Erlass besonders berührt ist (lit. b), und zudem ein schutzwürdiges Interesse an dessen Aufhebung oder Änderung hat (lit. c).
1.2.2. Die Stadt Zürich bestreitet die Beschwerdebefugnis der Beschwerdeführer und auch das Verwaltungsgericht sprach ihnen diese ab. Sie hätten die Zuweisung der Abstellplätze zum Y._ in ihrem Gesuch um Erteilung einer neuen Baubewilligung vom November 2015 zumindest sinngemäss selber beantragt. Wenn sie diese nun anfechten würden, erscheine dies treuwidrig sowie widersprüchlich und entbehre eines schutzwürdigen Interesses.
1.2.3. Die Beschwerdeführer halten entgegen, sie hätten das betreffende Baugesuch nur eingereicht, weil das Amt für Baubewilligungen der Stadt Zürich dies fälschlicherweise von ihnen verlangt habe.
1.2.4. Gemäss den insoweit unbestrittenen Erwägungen der Vorinstanz wurden die Abstellplätze Ende der 1960er-Jahre erstellt und eine vertragliche Regelung mit der Stadt Zürich dokumentiert ihr Bestehen. Demnach hatte die Stadt Zürich Kenntnis davon, dass die Parkplätze gebaut wurden, bevor mit dem Inkrafttreten des Planungs- und Baugesetzes des Kantons Zürich vom 7. September 1975 (PBG; LS 700.1) am 1. April 1976 eine entsprechende Bewilligungspflicht eingeführt wurde. So ist denn auch nicht strittig, dass diese unter die Besitzstandsgarantie fallen; das Amt für Baubewilligungen der Stadt Zürich hätte dies ebenfalls wissen können bzw. müssen. Dennoch forderte es die Beschwerdeführer mit Schreiben vom 11. September 2015 auf, die Parkplätze abzubrechen, oder deren Bestandesgarantie nachzuweisen und mitzuteilen, für welchen Zweck diese nach der Auflösung der Dienstbarkeit mit dem Hotel Z._ verwendet werden sollten, oder dafür ein Baugesuch einzureichen. Demnach hat die Stadt Zürich die Einreichung des Baugesuchs in der vorgelegten Form veranlasst. Unter diesen Umständen erscheint das Vorgehen der Beschwerdeführer nicht als treuwidrig oder widersprüchlich. Folglich haben diese ein schutzwürdiges Interesse an der Anfechtung der Baubewilligung vom 15. Juni 2016 und damit auch des angefochtenen Urteils.
Die Beschwerdeführer haben ferner am vorinstanzlichen Verfahren teilgenommen (<ref-law>) und sind als Eigentümer der streitgegenständlichen Parkplätze vom angefochtenen Entscheid besonders berührt. Sie sind somit zur Beschwerdeführung berechtigt.
2.
2.1. Die Beschwerdeführer rügen eine willkürliche Sachverhaltsfeststellung. Die vorinstanzliche Erwägung, wonach die Parkplätze bereits zum Zeitpunkt ihrer Errichtung rechtlich eine - im Hinblick auf eine Hauptnutzung - dienende Funktion hatten und in ihrer Nutzung nicht frei gewesen seien, treffe offensichtlich nicht zu. Richtig sei vielmehr, dass die Bestandesgarantie für die Parkplätze auch deren freie Nutzung durch die Eigentümer beinhalte.
2.2. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den vorinstanzlich festgestellten Sachverhalt zugrunde (<ref-law>), den es nur berichtigen oder ergänzen kann, wenn er offensichtlich unrichtig, d.h. willkürlich ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (Art. 97 Abs. 1 und Art. 105 Abs. 2 BGG; <ref-ruling> E. 4.2 S. 234 mit Hinweisen). Die Sachverhaltsfeststellung kann nur gerügt werden, wenn sie auf diese Weise rechtsfehlerhaft ist und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law>).
Ein Urteil, dem es an den für die Prüfung der Gesetzesanwendung notwendigen tatsächlichen Grundlagen fehlt, ist bundesrechtswidrig. Der insofern lückenhaft festgestellte Sachverhalt beruht in diesem Fall auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law>. Mit der Wesentlichkeit der nicht vorhandenen Angaben geht zudem einher, dass die Behebung dieses Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann. Eine in der Weise unvollständige Sachverhaltsfeststellung ist deshalb unrichtig im Sinne von <ref-law>. Der angefochtene Entscheid ist diesfalls aufzuheben und die Sache gemäss <ref-law> zur ergänzenden Tatsachenfeststellung und neuen Beurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen (vgl. zum Ganzen <ref-ruling> E. 3.4.2 S. 295 f. mit Hinweisen).
2.3. Die Vorinstanz führt aus, auf den streitbetroffenen Grundstücken habe seit 1964 ein Bauverbot bestanden. Danach habe keine Überbauung erfolgen dürfen, mit Ausnahme der "Erstellung einer Parkanlage, einschliesslich eines Schwimmbassins, zwei Tennisplätzen und der damit verbundenen unterirdischen Räumlichkeiten". Somit seien die Parkplätze bereits bei ihrer Errichtung im Zusammenhang mit den erwähnten Anlagen gestanden und hätten nicht frei genutzt werden dürfen. Demnach hätten diese vom Zeitpunkt ihrer Entstehung an eine dienende Funktion gehabt. Folglich beinhalte die Bestandesgarantie nicht deren freie Nutzung. Später hätten die Parkplätze aufgrund einer privatrechtlichen Dienstbarkeit dem auf dem westlich benachbarten Grundstück stehenden Z._ als Besucherparkplätze gedient. Nachdem das Z._ mit einer Tiefgarage ergänzt worden sei, sei diese gelöscht worden. Dadurch sei die Verbindung zwischen den Abstellplätzen und einer bestimmten Grundstücksnutzung unterbrochen worden. Mit der Löschung der Dienstbarkeit sei somit eine Änderung der Benutzung vonstatten gegangen, was eine Neuzuweisung der Parkplätze erforderlich gemacht habe. Es sei nicht zu beanstanden, dass dafür ein Verfahren eingeleitet und durchgeführt worden sei.
2.4. Die 21 Parkplätze liegen unbestrittenermassen in einer Freihaltezone, auf welche Art. 24 ff. RPG Anwendung finden (§ 40 PBG), und bilden eine bestimmungsgemäss nutzbare, nicht mehr zonenkonforme Anlage, die in ihrem Bestand grundsätzlich geschützt ist (Art. 24c Abs. 1 RPG). Strittig und zu prüfen ist, ob der Bestandesschutz sich auch auf die freie und selbständige Nutzung der Abstellplätze erstreckt. Dazu ist auf den Stand der Gesetzgebung und die tatsächlichen Verhältnisse im für die Anwendbarkeit des Art. 24c RPG massgeblichen Zeitpunkt abzustellen. Dies ist derjenige der Zuweisung zum Nichtbaugebiet (vgl. Art. 42 Abs. 2 der Raumplanungsverordnung vom 28. Juni 2000 [RPV; SR 700.1]), wozu in der Regel auf das Inkrafttreten des eidgenössischen Gewässerschutzgesetzes am 1. Juli 1972 abgestellt wird (vgl. Urteil 1C_464/2016 vom 7. Juni 2017 E. 3.2 mit Hinweis).
Die Vorinstanz leitet aus dem Bauverbot von 1964 ab, die Parkplätze hätten im massgeblichen Zeitpunkt den darin genannten Anlagen gedient. Wie aus den Akten hervorgeht, wurde das Bauverbot jedoch mittels einer zivilrechtlichen Dienstbarkeit begründet, weshalb es nur privatrechtliche Wirkungen erzeugen kann. Daher steht der Stadt Zürich frei, zu dessen Geltendmachung den Zivilweg zu beschreiten. In öffentlich-rechtlicher Hinsicht vermag das Bauverbot den 21 Parkplätzen hingegen keinen dienenden Zweck zu begründen. Die Vorinstanz durfte den Bestandesschutz der Parkplätze nicht allein gestützt auf diesen Umstand auf eine dienende Funktion beschränken.
Aus den weiteren tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz geht nicht schlüssig hervor, ob im massgeblichen Zeitpunkt eine rechtliche Verbindung zwischen den Parkplätzen und einer bestimmten Hauptnutzung bestand oder nicht. In dieser Hinsicht unerheblich ist namentlich die erst im Jahre 2000 erfolgte Zuweisung zum Hotel Z._. Auch aus den übrigen dem Bundesgericht vorliegenden Akten ergeben sich keine relevanten Aufschlüsse dazu. Bei dieser Sachlage erweist es sich als unmöglich, zu beurteilen, ob der Bestandesschutz sich auf die freie Nutzung der 21 Parkplätze erstreckt. Die Sachverhaltsfeststellungen sind insoweit lückenhaft.
2.5. Die Beschwerde ist gutzuheissen und die Sache zur Vornahme ergänzender Abklärungen und zur Neubeurteilung im Sinne der vorstehenden Erwägungen an die Vorinstanz zurückzuweisen.
3.
Bei diesem Verfahrensausgang sind für das bundesgerichtliche Verfahren keine Gerichtskosten zu erheben (Art. 66 Abs. 1 und 4 BGG). Die Stadt Zürich hat die Beschwerdeführer für das Verfahren vor dem Bundesgericht zu entschädigen (Art. 68 Abs. 1 und 2 BGG). Das Verwaltungsgericht wird mit dem neuen Entscheid auch über die Kosten und Entschädigungen im vorinstanzlichen Verfahren neu zu befinden haben.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird gutgeheissen und der Entscheid des Verwaltungsgerichts des Kantons Zürich vom 13. Juli 2017 aufgehoben. Die Sache wird zu neuer Beurteilung im Sinne der Erwägungen an das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich zurückgewiesen.
2.
Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
3.
Die Stadt Zürich hat den Beschwerdeführern für das Verfahren vor dem Bundesgericht eine Parteientschädigung von insgesamt Fr. 3'000.-- zu bezahlen.
4.
Dieses Urteil wird den Beschwerdeführern, der Bausektion der Stadt Zürich, der Baudirektion des Kantons Zürich, dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 1. Abteilung, 1. Kammer, und dem Bundesamt für Raumentwicklung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 25. Oktober 2018
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Merkli
Der Gerichtsschreiber: Schoch