Der Präsident zieht in Erwägung:
1.
Das Obergericht des Kantons Aargau trat mit Entscheid vom 31. August 2018 auf eine Beschwerde nicht ein, weil sie den Begründungsanforderungen von Art. 396 Abs. 1 und Art. 385 Abs. 1 StPO nicht genügte und der Beschwerdeführer auch innert der ihm angesetzten Nachfrist keine den gesetzlichen Anforderungen genügende Beschwerdeschrift einreichte (<ref-law>). Das Obergericht trat auf die Beschwerde auch deswegen nicht ein, weil der Beschwerdeführer die von ihm verlangte Kostensicherheit innert Frist nicht leistete (<ref-law>).
Der Beschwerdeführer wendet sich an das Bundesgericht.
2.
Gemäss <ref-law> ist in der Beschwerdebegründung in gedrängter Form unter Bezugnahme auf den angefochtenen Entscheid darzulegen, inwiefern dieser Recht verletzt.
3.
Im vorliegenden Verfahren kann es nur um die Frage gehen, ob das Obergericht im kantonalen Beschwerdeverfahren zu Unrecht auf die Beschwerde gegen die Nichtanhandnahmeverfügung nicht eingetreten ist. Damit befasst sich der Beschwerdeführer vor Bundesgericht indessen nicht. Er schildert vielmehr die materielle Seite der Angelegenheit aus seiner Sicht, wozu sich das Bundesgericht nicht äussern kann. Aus der Beschwerde ergibt sich mithin nicht, inwiefern das Obergericht mit seinem Nichteintretensentscheid gegen das geltende Recht im Sinne von <ref-law> verstossen haben könnte. Soweit der Beschwerdeführer die vom Obergericht auf <ref-law> gestützte Kostenauflage beanstandet, zeigt er ebenfalls nicht auf, was daran gegen Bundesrecht verstossen könnte. Die dem Beschwerdeführer mit der Nichtanhandnahmeverfügung auferlegten Kosten sind schliesslich nicht Gegenstand des vorliegenden Verfahrens; die dagegen gerichteten Beanstandungen des Beschwerdeführers können daher durch das Bundesgericht nicht beurteilt werden. Die Beschwerde genügt den Begründungsanforderungen nicht (<ref-law>). Darauf ist im Verfahren nach <ref-law> nicht einzutreten.
4.
Auf eine Kostenauflage ist ausnahmsweise zu verzichten (<ref-law>).

Demnach erkennt der Präsident:
1.
Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2.
Es werden keine Kosten erhoben.
3.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Aargau, Beschwerdekammer in Strafsachen, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 15. Oktober 2018
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Denys
Die Gerichtsschreiberin: Arquint Hill