Sachverhalt:
A.
Die A._ AG reichte dem Gemeinderat Niederwil am 19. August 2013 ein Baugesuch für den Einbau von zwei Dachflächenfenstern bei ihrer Liegenschaft auf Parzelle Nr. 302 in Niederwil ein. Anlässlich des in der Folge durchgeführten Augenscheins wurden diverse bauliche Veränderungen im Innenbereich der Liegenschaft festgestellt. Die A._ AG wurde daraufhin zur Einreichung ergänzender Unterlagen aufgefordert. Mit Entscheid vom 2. Dezember 2013 lehnte der Gemeinderat Niederwil das Baugesuch für den Umbau des Einfamilienhauses als von vornherein nicht bewilligungsfähig ab, mit dem Hinweis, dass trotzdem die Durchführung des ordentlichen Verfahrens verlangt werden könne. Für die Dachflächenfenster behielt er das nachträgliche Baubewilligungsverfahren vor.
Am 18. Dezember 2013 verlangte die A._ AG die Durchführung des ordentlichen Verfahrens. Mit Entscheid vom 22. August 2016 erteilte der Gemeinderat Niederwil der A._ AG nachträglich die nachgesuchte Baubewilligung für den Einbau der Dachflächenfenster, verweigerte sie jedoch für den Einbau von zwölf Zimmern. Er verpflichtete die A._ AG, innert sechs Monaten seit Rechtskraft des Entscheids den rechtmässigen Zustand bezüglich der zwölf eingebauten Zimmer (Brandschutz und Pflichtparkplätze) herzustellen, wozu ein Baugesuch einzureichen sei. Andernfalls sei ihr die Nutzung der zwölf eingebauten Zimmer zu Wohnzwecken nach Ablauf von vier Monaten nach Eintritt der Rechtskraft des Entscheids verboten.
Dagegen erhob die A._ AG am 26. September 2016 Beschwerde beim Departement Bau, Verkehr und Umwelt (BVU) des Kantons Aargau, welches die Beschwerde mit Entscheid vom 9. August 2017 teilweise guthiess, die Frist zur Herstellung des rechtmässigen Zustands auf zehn Monate nach Rechtskraft des Entscheids festlegte und das Nutzungsverbot an den darauffolgenden, nächstmöglichen ortsüblichen Kündigungstermin knüpfte.
Diesen Entscheid focht die A._ AG mit Beschwerde vom 14. September 2017 beim Verwaltungsgericht des Kantons Aargau an. Dieses wies die Beschwerde mit Urteil vom 24. Mai 2018 ab.
B.
Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 2. Juli 2018 gelangt die A._ AG ans Bundesgericht und beantragt im Wesentlichen die Aufhebung des verwaltungsgerichtlichen Urteils sowie die Rückweisung der Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz.
Das BVU sowie das Verwaltungsgericht verzichteten auf eine Vernehmlassung, während der Gemeinderat Niederwil beantragt, die Beschwerde sei abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. Die Beschwerdeführerin hält im Rahmen ihrer Stellungnahme an ihren bisherigen Ausführungen fest.

Erwägungen:
1.
1.1. Gegen den kantonal letztinstanzlichen Endentscheid des Verwaltungsgerichts des Kantons Aargau im Bereich des Baurechts steht grundsätzlich die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht offen (vgl. Art. 82 lit. a, Art. 86 Abs. 1 lit. d und Abs. 2 sowie Art. 90 BGG). Die Beschwerdeführerin nahm am vorinstanzlichen Verfahren teil und ist als Grundeigentümerin des betroffenen Grundstücks und Adressatin des angefochtenen Urteils gemäss <ref-law> zur Beschwerde legitimiert. Da auch die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen gegeben sind, ist auf die Beschwerde grundsätzlich einzutreten.
1.2. Die Beschwerdeführerin rügt die Verletzung der Interkantonalen Vereinbarung vom 23. Oktober 1998 zum Abbau technischer Handelshemmnisse (IVTH; SAR 950.050) und der gestützt darauf erlassenen Vorschriften bezüglich Anforderungen an Bauwerke.
1.2.1. Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann insbesondere die Verletzung von Bundesrecht und von interkantonalem Recht gerügt werden (Art. 95 lit. a und e BGG). Zum interkantonalen Recht in diesem Sinne zählen namentlich interkantonale Vereinbarungen und die von interkantonalen Organen erlassenen rechtsetzenden Bestimmungen (Urteile 2C_345/2014 vom 23. September 2014 E. 1.4.1; 8C_451/2013 vom 20. November 2013 E. 2.2; je mit Hinweisen).
1.2.2. Die IVTH wurde am 23. Oktober 1998 von der Konferenz der Kantonsregierungen beschlossen und ist für den Kanton Aargau am 4. Februar 2003 in Kraft getreten. Gemäss Art. 6 Abs. 1 IVTH erlässt das Interkantonale Organ (im Folgenden: IOTH ["Interkantonales Organ Technische Handelshemmnisse"]) Vorschriften über Anforderungen an Bauwerke, soweit der Erlass dieser Vorschriften nicht in den Kompetenzbereich des Bundes fällt und es sich zum Abbau technischer Handelshemmnisse als notwendig erweist. Diese Vorschriften sind für die Kantone verbindlich (Art. 6 Abs. 3 IVTH). Vorbehalten bleiben die kantonalen oder kommunalen Vorschriften über den Orts- und Landschaftsschutz sowie die Denkmalpflege (Art. 6 Abs. 4 IVTH).
Das IOTH erklärte am 18. September 2014 die revidierten Brandschutzvorschriften für verbindlich und setzte sie auf den 1. Januar 2015 in Kraft. Die Brandschutzvorschriften bestehen aus der Brandschutznorm und den Brandschutzrichtlinien (Art. 4 Abs. 1 der Brandschutznorm), wobei die Brandschutznorm den Rahmen für den allgemeinen, baulichen, technischen und organisatorischen sowie den damit verbundenen abwehrenden Brandschutz sowie die geltenden Sicherheitsstandards setzt (Art. 5 der Brandschutznorm). Die Brandschutzrichtlinien ergänzen die in der Brandschutznorm gesetzten Vorgaben mit detaillierten Anforderungen und Massnahmen (Art. 6 der Brandschutznorm). Die Brandschutzvorschriften sind direkt anwendbar und gehen entgegenstehendem kantonalem Recht vor (Urteile 2C_301/2015 vom 3. November 2015 E. 2.2; 1C_340/2015 vom 16. März 2016 E. 7.1; 1C_395/2013 vom 21. Januar 2014 E. 2.1; je mit Hinweisen; vgl. auch § 1 Abs. 1 der Brandschutzverordnung des Kantons Aargau vom 23. März 2005 [BSV; SAR 585.113]).
1.2.3. Soweit die Beschwerdeführerin eine Verletzung der IVTH und der gestützt darauf von der IOTH erlassenen Bestimmungen rügt, ist die Beschwerde mithin zulässig.
2.
Wird eine Verletzung interkantonalen Rechts geltend gemacht, verfügt das Bundesgericht über volle Kognition. Die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht prüft das Bundesgericht jedoch nur insoweit, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (<ref-law>). In der Beschwerde ist klar und detailliert anhand der Erwägungen des angefochtenen Entscheids darzulegen, inwiefern die entsprechenden Rechtsnormen verletzt worden sein sollen (<ref-ruling> E. 1.3 S. 41 mit Hinweisen).
3.
Die Beschwerdeführerin macht gestützt auf Art. 2 der Brandschutznorm geltend, dass kein Einbau von zwölf neuen Wohnungen vorliege und die Wohnnutzung offensichtlich unverändert geblieben sei. Würde für die vorgenommenen Veränderungen die Einhaltung der Regeln für Neubauten verlangt, würde nicht nur Art. 2 Abs. 2 der Brandschutznorm, sondern auch das Verhältnismässigkeitsprinzip verletzt.
3.1. Art. 2 der Brandschutznorm bestimmt den Geltungsbereich der Brandschutzvorschriften. Gemäss Abs. 1 dieser Bestimmung gelten die Brandschutzvorschriften für neu zu errichtende Bauten und Anlagen sowie für solche Fahrnisbauten sinngemäss. Bestehende Bauten und Anlagen sind gemäss Abs. 2 verhältnismässig an die Brandschutzvorschriften anzupassen, wenn wesentliche bauliche oder betriebliche Veränderungen, Erweiterungen oder Nutzungsänderungen vorgenommen werden (lit. a); die Gefahr für Personen besonders gross ist (lit. b).
3.2. Entgegen den Ausführungen der Beschwerdeführerin ging die Vorinstanz nicht von einer neu zu errichtenden, sondern von einer bestehenden Baute aus. Wie der Umbau der Liegenschaft dabei umschrieben wird, ist aus rechtlicher Sicht nicht von Belang. Jedenfalls ist in der Bezeichnung des Umbaus als "Einbau von zwölf neuen Zimmern" keine offensichtlich unrichtige oder willkürliche Sachverhaltsfeststellung (<ref-law>) zu erblicken, wie dies die Beschwerdeführerin geltend macht. Dies umso weniger, als sich diese Bezeichnung vorliegend nicht auf die rechtliche Qualifikation der Baute im Sinne von Art. 2 der Brandschutznorm auswirkte. Dass vorliegend ein Tatbestand gemäss Art. 2 Abs. 2 der Brandschutznorm gegeben ist, wird von der Beschwerdeführerin nicht bestritten.
4.
Weiter bringt die Beschwerdeführerin vor, dass vorab Geschosse als Brandabschnitte auszubilden seien. Ein einzelnes Zimmer ohne Sanitäreinrichtung könne nicht als Wohnung qualifiziert werden, für die ein eigener Brandabschnitt zu erstellen sei. Es widerspreche den Brandschutzvorschriften, wenn nicht auf die bauliche Ausbildung und die Nutzung abgestellt werde, sondern darauf, wie die einzelnen Zimmer einer Wohnung vermietet würden.
4.1. Gemäss Art. 31 der Brandschutznorm sind Brandabschnitte Bereiche von Bauten und Anlagen, die durch brandabschnittsbildende Bauteile voneinander getrennt sind (Abs. 2). Brandabschnittsbildende Bauteile sind raumabschliessende Bauteile wie Brandmauern, brandabschnittsbildende Wände und Decken, Brandschutzabschlüsse und Abschottungen; sie müssen den Durchgang von Feuer, Wärme und Rauch begrenzen (Abs. 3). Die Brandabschnittsbildung in Bauten und Anlagen richtet sich nach deren Bauart, Lage, Ausdehnung, Gebäudegeometrie und Nutzung (Art. 34 der Brandschutznorm; vgl. auch Ziff. 3.1.2 der Brandschutzrichtlinie 15-15). Wohnungen sind als separate Brandabschnitte zu erstellen (Ziff. 3.7.3 Abs. 2 der Brandschutzrichtlinie 15-15).
Massgebend ist somit, was aus brandschutzrechtlicher Sicht als "Wohnung" zu betrachten ist. In den Brandschutzvorschriften selber ist dieser Begriff nicht definiert.
4.2. Vorliegend handelt es sich um eine Liegenschaft mit drei Geschossen und einem Untergeschoss. Vor dem Umbau verfügte sie über eine Wohnung im Erdgeschoss und eine Wohnung im Ober- und Dachgeschoss. Im Zuge der Umbau- bzw. Umgestaltungsarbeiten liess die Beschwerdeführerin die Küchen der beiden Wohnungen entfernen und durch den Ausbau drei bestehender und den Einbau acht neuer Zwischenwände in jedem der drei Geschosse vier Zimmer erstellen. Nach dem Umbau umfasst nun jedes der drei Stockwerke vier Zimmer und ein Etagen-Bad/WC. Küchen sind in der Liegenschaft keine mehr vorhanden. Ebenso fehlt es an gemeinschaftlichen Wohnräumen. Wie aus dem vorinstanzlichen Urteil hervorgeht, werden die Zimmer einzeln vermietet.
Vor diesem Hintergrund erscheint es als unzutreffend, ein Stockwerk als eine Wohnung zu bezeichnen, fehlen doch für eine Wohnung mit mehreren Zimmern charakteristische Nutzungsbereiche wie ein separater Koch- und Essbereich, der im Fall einer Wohngemeinschaft von den Bewohnern der Zimmer gemeinschaftlich genutzt werden könnte. Es ist davon auszugehen, dass die Bewohner der einzelnen Zimmer - mangels anderweitiger Kochmöglichkeiten im Haus - in ihren Zimmern auch kochen und essen. Die vorinstanzliche Würdigung, wonach die zwölf Zimmer als Wohnungen im Sinne der Brandschutzvorschriften zu betrachten und damit als separate Brandabschnitte zu erstellen sind, ist daher nicht zu beanstanden. Daran ändern auch die Vorbringen der Beschwerdeführerin nichts, wonach die Distanz zum vertikalen Fluchtweg weniger als 20 m betragen soll oder die einzelnen Zimmer eines Geschosses weder über einen eigenen Eingang ab dem Treppenhaus noch über ein eigenes Badezimmer verfügen. Im Übrigen weist die Liegenschaft nach ihrem Umbau Ähnlichkeiten mit einem Beherbergungsbetrieb im Sinne der Brandschutzvorschriften auf, bei welchen die Gäste-, Insassen-, Patienten- und Personalzimmer ebenfalls als Brandabschnitte zu erstellen sind (Ziff. 3.7.8 der Brandschutzrichtlinie 15-15). Ausserdem vertritt auch die Aargauische Gebäudeversicherung (AGV) in ihrem Bericht vom 28. März 2017 diese Auffassung.
Die von den Vorinstanzen, namentlich dem Gemeinderat Niederwil, vorgenommene Auslegung des Begriffs der "Wohnung" gemäss Ziffer 3.7.3 Abs. 2 der Brandschutzrichtlinie 15-15 und die Subsumierung des vorliegenden Sachverhalts unter diese Norm sind demnach nicht zu beanstanden. Von einem nicht pflichtgemäss ausgeübten Ermessen des Gemeinderats kann -entgegen der von der Beschwerdeführerin vertretenen Auffassung - keine Rede sein. Ebensowenig ist vorliegend ein Verstoss gegen das Verhältnismässigkeitsprinzip ersichtlich, wenn nicht nur eine bloss geschossweise Erstellung von Brandabschnitten verlangt wird.
5.
Die Beschwerdeführerin macht sodann geltend, mit den baulichen Anforderungen in brandschutzrechtlicher Hinsicht würden nicht herkömmliche Wohngemeinschaften diskriminiert.
Unabhängig davon, ob unter den gegebenen Umständen überhaupt von einer Wohngemeinschaft gesprochen werden kann, sind erhöhte bauliche Anforderungen aus brandschutzrechtlichen Gründen vorliegend sachlich gerechtfertigt: Aufgrund einer fehlenden Küche werden die Mieter voraussichtlich in ihren Zimmern individuelle Kochmöglichkeiten schaffen und verwenden, womit von jedem einzelnen Zimmer eine Brandgefahr ausgeht. Dies stellt gegenüber einer Liegenschaft, in welcher den Mietern eine brandschutzkonforme Küche zur Verfügung steht, ein erhöhtes Brandrisiko dar. Mithin rechtfertigen sich erhöhte bauliche Anforderungen aufgrund des überwiegenden öffentlichen Interesses am Brandschutz und ist dabei nicht die Mieterschaft, sondern vielmehr die ihr zur Verfügung gestellte Wohninfrastruktur entscheidend. Ein Verstoss gegen die Rechtsgleichheit (<ref-law>) ist damit nicht ersichtlich.
Auf die weiteren von der Beschwerdeführerin geltend gemachten Grundrechtsverletzungen des Anspruchs auf rechtliches Gehör (<ref-law>), der persönlichen Freiheit (<ref-law>), des Schutzes der Privatsphäre (<ref-law>), der Glaubens- und Gewissensfreiheit (<ref-law>), der Vereinigungsfreiheit (<ref-law>) und der Niederlassungsfreiheit (<ref-law>) ist mangels rechtsgenüglicher Begründung (<ref-law>) nicht einzugehen.
6.
Nach dem Ausgeführten ist die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann.
Bei diesem Ausgang des Verfahrens sind die Gerichtskosten der unterliegenden Beschwerdeführerin aufzuerlegen (<ref-law>). Es ist keine Parteientschädigung zuzusprechen (Art. 68 Abs. 1-3 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 4'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3.
Es wird keine Parteientschädigung zugesprochen.
4.
Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin, dem Gemeinderat Niederwil, dem Departement Bau, Verkehr und Umwelt des Kantons Aargau, und dem Verwaltungsgericht des Kantons Aargau, 3. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 12. April 2019
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Chaix
Die Gerichtsschreiberin: Dambeck