Sachverhalt:
A.
Am 1. Juli 2014 entzog das Verkehrsamt des Kantons Schwyz A._ vorsorglich den Führerausweis auf unbestimmte Zeit, da er bereits zum dritten Mal in betrunkenem Zustand ein Fahrzeug gelenkt hatte. Bei der verkehrsmedizinischen Begutachtung vom 7. Oktober 2014 durch das Institut für Rechtsmedizin (IRM) Zürich wurde eine verkehrsrelevante Alkoholproblematik festgestellt und die Fahreignung von A._ verneint. Mit Sicherungsentzugsverfügung vom 4. Dezember 2014 machte das Verkehrsamt die Wiedererteilung des Führerausweises von der Erfüllung verschiedener Auflagen abhängig, wozu insbesondere eine mindestens 6-monatige Alkoholtotalabstinenz und eine erneute verkehrsmedizinische Kontrolluntersuchung inkl. Haaranalyse gehörte.
Gestützt auf den verkehrsmedizinischen Bericht des IRM vom 26. Juni 2015, welcher die Fahreignung von A._ unter Auflagen wieder bejahte, ordnete das Verkehrsamt mit Verfügung vom 3. September 2015 die Wiederaushändigung des Führerausweises nach Ablauf der Sperrfrist unter Einhaltung einer Alkoholtotalabstinenz an. Mit Verfügung vom 19. Februar 2016 wurde die Fahreignung unter Einhaltung der andauernden Alkoholtotalabstinenz mit erneuter Kontrolluntersuchung inkl. Haaranalyse bejaht. Nach Ablauf der Sperrfrist erhielt A._ am 11. März 2016 seinen Führerausweis zurück.
Mit Verfügung vom 30. August 2016 lockerte das Verkehrsamt die Auflagen und bejahte die Fahreignung unter der Bedingung, dass A._ folgende Auflagen einzuhalten habe: eine Alkohol-Fahrabstinenz, ein sog. soziales Alkoholtrinkverhalten, d.h. nur gelegentlicher und nicht übermässiger Alkoholkonsum sowie eine Kontrolluntersuchung inkl. Haaranalyse im Dezember 2016. Gleichzeitig wurde ihm angedroht, dass bei Missachtung der Auflagen der Führerausweis sofort entzogen werde.
Bei der am 18. Januar 2017 durchgeführten chemisch-toxikologischen Haaranalyse auf Ethylglucuronid (EtG) wurde ein Wert im Haar von über 100 pg/mg nachgewiesen. Da dieses Resultat gemäss Gutachter nicht mit den Auflagen vereinbar ist, verneinte er die Fahreignung.
Das Verkehrsamt entzog daraufhin A._ mit Verfügung vom 16. Februar 2017 den Führerausweis mit Wirkung ab 23. Februar 2017 auf unbestimmte Zeit. Diese Verfügung focht A._ am 9. März 2017 beim Verwaltungsgericht des Kantons Schwyz an, welches die Beschwerde mit Urteil vom 28. Juni 2017 abwies.
B.
Mit Eingabe vom 14. September 2017 führt A._ Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht. Er beantragt, der Entscheid der Vorinstanz sei aufzuheben und der Führerausweis sei ihm ohne Auflagen zurückzugeben. Eventualiter sei ihm der Führerausweis unter der Auflage einer Alkoholtotalabstinenz bis zum Ausgang des von der Vorinstanz durchzuführenden Beweisverfahrens auszuhändigen.
Sowohl das Verwaltungsgericht als auch das Bundesamt für Strassen ASTRA beantragen, die Beschwerde sei abzuweisen. Der Beschwerdeführer hielt mit Eingabe vom 1. März 2018 an seinen Anträgen fest. Das Verkehrsamt liess sich nicht vernehmen.

Erwägungen:
1.
Angefochten ist ein kantonal letztinstanzlicher Entscheid über eine Administrativmassnahme gegen einen Fahrzeuglenker. Dagegen steht die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten nach <ref-law> offen; ein Ausnahmegrund ist nicht gegeben (<ref-law>). Die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen sind erfüllt, weshalb auf die Beschwerde einzutreten ist.
2.
2.1. Nach <ref-law> müssen Motorfahrzeugführer über Fahreignung und Fahrkompetenz verfügen. Für die Fahreignung ist unter anderem erforderlich, dass der Motorfahrzeugführer frei von einer Sucht ist, die das sichere Führen von Motorfahrzeugen beeinträchtigt (<ref-law>). Der Führerausweis ist zu entziehen, wenn festgestellt wird, dass die gesetzlichen Voraussetzungen zur Erteilung nicht oder nicht mehr bestehen (<ref-law>). Insbesondere wird einer Person der Führerausweis zwingend auf unbestimmte Zeit entzogen, wenn ihre körperliche und geistige Leistungsfähigkeit nicht oder nicht mehr ausreicht, um ein Motorfahrzeug sicher zu führen, oder sie an einer Sucht leidet, welche die Fahreignung ausschliesst (Art. 16d Abs. 1 lit. a und b SVG). Diesfalls kann der Ausweisentzug selbst ohne Vorliegen einer konkreten Widerhandlung gegen die Strassenverkehrsregeln erfolgen (vgl. BGE 133 I 331 E. 9.1 S. 351 f.). Sicherungsentzüge dienen der Gewährleistung der Verkehrssicherheit; in den entsprechenden Verfahren gilt die Unschuldsvermutung nicht (<ref-ruling> E. 6 S. 339).
Gemäss <ref-law> kann der auf unbestimmte Zeit entzogene Führerausweis bedingt und unter Auflagen wiedererteilt werden, wenn eine allfällige gesetzliche oder verfügte Sperrfrist abgelaufen ist und die betroffene Person die Behebung des Mangels nachweist, der die Fahreignung ausgeschlossen hat. Missachtet aber die betroffene Person die Auflagen oder missbraucht sie in anderer Weise das in sie gesetzte Vertrauen, so ist der Ausweis nach <ref-law> wieder zu entziehen.
2.2. Der Beschwerdeführer ist der Ansicht, der Führerausweisentzug sei zu Unrecht erfolgt. Er bestreitet, dass er gegen die Auflage des sozialen Alkoholtrinkverhaltens verstossen habe. Sowohl seine Leberwerte, die sich im Normalbereich befänden, als auch die Aussagen seiner behandelnden Ärztin würden bestätigen, dass er sich an die Auflage gehalten habe. Er ist der Auffassung, die Haarprobe stelle keine geeignete Messmethode dar, um einen moderaten Alkoholkonsum zu überprüfen. Das Bundesgericht habe sich bisher lediglich mit der Frage befasst, ob die Haaranalyse geeignet sei, die totale Alkoholabstinenz zu prüfen, nicht aber damit, ob die Methode alleine auch geeignet sei, einen moderaten Alkoholkonsum nachzuweisen. Er nimmt Bezug auf diverse Zeitschriften- und Zeitungsartikel und bringt vor, die Haaranalyse könne aus verschiedenen Gründen falsch sein, weshalb nicht einzig darauf abgestellt werden dürfe. Indem die Vorinstanz sich nicht mit den von ihm vorgebrachten Beweismitteln auseinandergesetzt und seine persönlichen Verhältnisse nicht umfassend abgeklärt habe, habe sie sein rechtliches Gehör verletzt. Sie hätte seiner Ansicht nach nicht alleine auf den zu hohen EtG-Wert abstellen dürfen, um eine Verletzung der Auflage zu begründen. Sie habe dabei ignoriert, dass diese Haarmessung falsch sein müsse und stütze sich blind darauf. Darüber hinaus sei der Sicherungsentzug nicht verhältnismässig, da er beruflich auf den Führerausweis angewiesen sei und es mildere Massnahmen gegeben hätte.
2.3.
2.3.1. Das rechtliche Gehör nach <ref-law> verlangt, dass die Behörde die Vorbringen des vom Entscheid in seiner Rechtsstellung Betroffenen auch tatsächlich hört, prüft und in der Entscheidfindung berücksichtigt. Daraus folgt die Verpflichtung der Behörde, ihren Entscheid zu begründen. Dabei ist es nicht erforderlich, dass sie sich mit allen Parteistandpunkten einlässlich auseinandersetzt und jedes einzelne Vorbringen ausdrücklich widerlegt. Vielmehr kann sie sich auf die für den Entscheid wesentlichen Punkte beschränken. Die Begründung muss so abgefasst sein, dass sich der Betroffene über die Tragweite des Entscheids Rechenschaft geben und ihn in voller Kenntnis der Sache an die höhere Instanz weiterziehen kann. In diesem Sinne müssen wenigstens kurz die Überlegungen genannt werden, von denen sich die Behörde hat leiten lassen und auf die sich ihr Entscheid stützt (vgl. <ref-ruling> E. 5.2 S. 70 f.; zur Publ. vorgesehenes Urteil 1B_517/2017 vom 13. März 2018 E. 3.2; je mit Hinweisen).
2.3.2. Die Vorinstanz legt dar, der Führerausweis sei dem Beschwerdeführer unter der Auflage der Einhaltung eines sozialen Alkoholtrinkverhaltens wieder erteilt worden. Gegen diese Auflage habe er vorliegend verstossen. Daran ändere auch der Bericht der Hausärztin vom 3. April 2017 nichts, wonach er nicht exzessiv und chronisch Alkohol konsumiere. Gemäss der Auflage in der Verfügung vom 30. August 2016 sei ihm ein gelegentlicher und nicht übermässiger Alkoholkonsum gestattet worden. Der anlässlich der Untersuchung vom 18. Januar 2017 festgestellte EtG-Wert von > 100 pg/mg lasse sich aber nicht mit einem moderaten Alkoholtrinkverhalten vereinbaren. Diesbezüglich könne der Beschwerdeführer auch aus der geltend gemachten Messunsicherheit von +/- 25 % nichts zu seinen Gunsten ableiten. Es seien keine Anhaltspunkte ersichtlich, welche das Gericht dazu veranlassen würden, ein zusätzliches Gutachten in Auftrag zu geben, zumal in absehbarer Zeit ohnehin eine erneute verkehrsmedizinische Untersuchung vorgesehen sei. Bei dieser Untersuchung könne der Beschwerdeführer dann auch den Einwand, dass er an einer Hypertriglyceridämie leide, vorbringen, da sich diese seines Erachtens auf die Haaranalytik auswirken könne. Im Übrigen sei auch sein Einwand, die Anordnungen seien unverhältnismässig, abzuweisen. Dass gegen Auflagen verstossende Fahrzeuglenker mit mehreren Trunkenheitsfahrten vom allgemeinen Verkehr ferngehalten werden, gehe den beruflichen Mobilitätsbedürfnissen dieser Lenker vor.
2.3.3. Diese Ausführungen der Vorinstanz sind ausreichend und genügen der Begründungspflicht gemäss <ref-law>. Ob sie zutreffen, ist eine inhaltliche Frage (vgl. dazu sogleich E. 3).
3.
3.1. Die Vorinstanz hat bei ihrem Entscheid massgeblich auf das verkehrsmedizinische Gutachten des IRM vom 18. Januar 2017 abgestellt, welches die Fahreignung des Beschwerdeführers aufgrund des festgestellten EtG-Werts und des daraus abzulesenden Alkoholüberkonsums verneint hatte.
3.2. Gemäss dem genannten Gutachten hat die chemisch-toxikologische Untersuchung der beim Beschwerdeführer am 18. Januar 2017 entnommenen Kopfhaare für den Zeitraum von Mitte September 2016 bis Januar 2017 eine EtG-Konzentration von > 100 pg/mg Haare ergeben.
Die bundesgerichtliche Rechtsprechung anerkennt die Haaranalyse als geeignetes Mittel sowohl zum Nachweis eines übermässigen Alkoholkonsums als auch der Einhaltung einer Abstinenzverpflichtung (<ref-ruling> E. 3 S. 337 f. mit Hinweisen). Biochemische Analyseresultate von Haarproben betreffend das Trinkalkohol-Stoffwechselprodukt EtG erlauben objektive Rückschlüsse auf den Alkoholkonsum eines Probanden während einer bestimmten Zeit (vgl. Schweizerische Gesellschaft für Rechtsmedizin, Arbeitsgruppe Haaranalytik, Bestimmung von Ethylglucuronid [EtG] in Haarproben, Version 2017, Ziff. 3.1). Die Haaranalyse gibt direkten Aufschluss über den Alkoholkonsum. Nach dem Alkoholgenuss wird das Abbauprodukt EtG im Haar eingelagert und erlaubt über ein grösseres Zeitfenster (als bei einer Blutuntersuchung) Aussagen über den erfolgten Konsum. Die festgestellte EtG-Konzentration korreliert mit der aufgenommenen Menge an Trinkalkohol. Aufgrund des Kopfhaar-Längenwachstums von rund einem Zentimeter pro Monat lassen sich Aussagen über den Alkoholkonsum während der entsprechenden Zeit vor der Haarentnahme machen. EtG-Werte ab 7 pg/mg, aber unterhalb von 30 pg/mg sprechen für einen moderaten, darüber liegende Werte (> 30 pg/mg) für einen übermässigen Alkoholkonsum (<ref-ruling> E. 3 S. 337 mit Hinweisen, und E. 7 S. 340).
Die beim Beschwerdeführer gemessene EtG-Konzentration von > 100 pg/mg liegt mithin, auch unter Berücksichtigung einer Messunsicherheit von +/- 25 %, weit über dieser von der Rechtsprechung und Lehre anerkannten Grenze des moderaten Konsums.
3.3. Der Beschwerdeführer ist der Auffassung, das Bundesgericht anerkenne in <ref-ruling> eine Messunsicherheit lediglich betreffend die Überprüfung einer Alkoholabstinenz. Wie es sich mit der Bemessung bei einem Alkoholüberkonsum verhalte, habe es nicht festgehalten. Aus diesem Grund habe sich die Vorinstanz vorliegend nicht auf die Messunsicherheit von +/- 25 % berufen dürfen. Dem ist nicht zuzustimmen. Das Bundesgericht hat in diesem Urteil die Messunsicherheit von +/- 25 % allgemein und unabhängig davon anerkannt, ob die Haaranalyse dazu dient festzustellen, dass jemand gar keinen Alkohol konsumiert hat, oder die konsumierte Menge zu ermitteln (a.a.O., E. 5. f. S. 338 f.). Mithin ist vorliegend unter Berücksichtigung der Messunsicherheit von einem EtG-Wert zwischen 75 pg/mg bis 125 pg/mg auszugehen, womit ein Nachweis für einen übermässigen Alkoholkonsum vorliegt.
3.4.
3.4.1. Das Bundesgericht weicht nicht ohne triftigen Grund von einer Haaranalyse ab, die in einem dafür vorgesehenen Labor durchgeführt wurde. Ein Abweichen ist nur zulässig, wenn die Glaubwürdigkeit des Gutachtens durch die Umstände ernsthaft erschüttert ist (<ref-ruling> E. 3 S. 338 mit Hinweis). Das Abstellen auf eine nicht schlüssige Expertise bzw. der Verzicht auf die gebotenen zusätzlichen Beweiserhebungen kann gegen das Verbot willkürlicher Beweiswürdigung (<ref-law>) verstossen (statt vieler <ref-ruling> E. 4.2.3 S. 391 mit Hinweisen).
3.4.2. Der Beschwerdeführer bringt keine Gründe vor, welche die Glaubwürdigkeit des Gutachtens ernsthaft erschüttern würden. Aus den diversen eingereichten Berichten kann er nichts zu seinen Gunsten ableiten. Er legt nicht ausreichend dar, warum das Gutachten vom 18. Januar 2017 falsch und die Haaranalyse nicht lege artis durchgeführt worden sein soll. Insbesondere unterlässt er es, die geltend gemachte Hypertriglyceridämie näher zu belegen und ihren Einfluss auf das Analyseresultat darzulegen.
3.4.3. Nicht abzustellen ist zudem auf seine Argumentation, seine Leberwerte seien im Normalbereich, was ebenfalls dafür spreche, dass er die Auflage eingehalten habe. Zwar trifft es zu, dass sich das Bundesgericht in früheren Entscheiden zur Bestimmung des Alkoholkonsums auf die Leberwerte gestützt hat. Der Carbohydrate Deficient Transferrin (CDT) -Wert ist jedoch auf die Aussage beschränkt, dass in den vorangegangenen mindestens zwei bis drei Wochen ein regelmässiger und praktisch täglicher Alkoholkonsum von zumindest 50-60 Gramm erfolgte (<ref-ruling> E. 6.2.1 S. 90 mit Hinweisen). Mit der Haaranalyse steht ein neues, geeignetes Mittel zur Verfügung, mit dem der Alkoholkonsum über einen längeren Zeitraum zurückverfolgt werden kann (vgl. E. 3.2).
3.4.4. Keine Aussagekraft kommt auch dem Bericht der behandelnden Ärztin zu, wonach sich aus den Blutwerten seit der Totalabstinenz des Beschwerdeführers von Oktober 2014 bis August 2016 keine Hinweise auf einen chronischen und akuten Alkoholmissbrauch ergeben. Ein solcher Vorwurf steht vorliegend nicht im Raum.
3.5. Der Beschwerdeführer macht weiter geltend, er habe aktuell weder gegen eine Verkehrsregel verstossen, noch sei er beim Lenken eines Fahrzeuges im angetrunkenen Zustand angetroffen worden. Mit dieser Rüge dringt er nicht durch. <ref-law> sieht ausdrücklich vor, dass bei Missachtung einer Auflage, vorliegend des sozialen Alkoholtrinkverhaltens, der Führerausweis wieder entzogen wird. Eine Trunkenheitsfahrt oder ein anderer Verstoss gegen eine Verkehrsregel wird hierfür nicht vorausgesetzt. Der erneute Sicherungsentzug bezweckt, die zu befürchtende Gefährdung der Verkehrssicherheit durch einen ungeeigneten Fahrzeugführer in der Zukunft zu verhindern und wird allein aus Gründen der Verkehrssicherheit angeordnet. Er knüpft - im Gegensatz zum Warnungsentzug - gerade nicht an ein strafrechtlich vorwerfbares schuldhaftes Verhalten, sondern an die fehlende Fahreignung an (<ref-ruling> E. 9.1 S. 351; Urteil 1C_147/2017 vom 22. Juni 2017 E. 3.6 mit Hinweisen). Inwiefern der Führerausweisentzug aus anderen Gründen nicht verhältnismässig sein soll, ist nicht ersichtlich. Soweit der Beschwerdeführer geltend macht, beruflich auf den Führerausweis angewiesen zu sein, kann er nichts zu seinen Gunsten ableiten. Er hat es sich selbst zuzuschreiben, dass ihm der Führerausweis wieder entzogen wurde.
3.6. Zusammenfassend ist festzuhalten, dass die Vorinstanz gestützt auf die erwähnten Erkenntnisse der EtG-Analyse zu Recht zum Schluss kam, der Beschwerdeführer habe die am 30. August 2016 verfügte Auflage eines sozialen Alkoholtrinkverhaltens nicht eingehalten, weshalb der erneute Führerausweisentzug angeordnet wurde. Sie durfte deshalb auf weitere Beweismassnahmen verzichten, ohne das Willkürverbot zu verletzen.
4.
Die Beschwerde erweist sich nach dem Gesagten als unbegründet und ist abzuweisen.
Bei diesem Verfahrensausgang wird der unterliegende Beschwerdeführer kostenpflichtig (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3.
Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, dem Verkehrsamt des Kantons Schwyz, dem Verwaltungsgericht des Kantons Schwyz, Kammer III, und dem Bundesamt für Strassen, Sekretariat Administrativmassnahmen, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 9. Mai 2018
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Merkli
Die Gerichtsschreiberin: Sauthier