Faits:
A.
A.a. Le 13 mai 2016, Z._ a saisi le Tribunal des prud'hommes du canton de Genève d'une demande en paiement dirigée contre les sociétés B.X._ SA, sise à Genève, et A.X._ BV, sise à... aux Pays-Bas. Il concluait à ce que ces deux sociétés soient condamnées solidairement à lui payer une somme estimée en l'état à 6'373'907 USD, à titre de rémunération variable, de contre-valeur de son portefeuille d'actions attribuées selon le plan d'intéressement «... Participation Plan », et de dividendes dus sur les actions de ce portefeuille.
Le demandeur a produit un document intitulé «A.X._ BV -... Participation Plan» du 27 septembre 2013, contenant une clause d'élection de for en faveur des tribunaux néerlandais.
A.b. Par ordonnance du 9 juin 2016, le Tribunal a imparti aux deux défenderesses un délai de trente jours pour déposer une réponse.
B.
B.a. Par requête du 27 juin 2016, les défenderesses ont demandé au Tribunal d'annuler cette ordonnance et de limiter dans un premier temps l'instruction de la cause à la question de sa compétence pour connaître des conclusions dirigées contre la défenderesse néerlandaise. Dans la mesure où aucune relation de travail ne liait celle-ci au demandeur, les défenderesses ne voyaient pas de motif de déroger à la clause d'élection de for en faveur des tribunaux néerlandais.
B.b. Après avoir recueilli les déterminations du demandeur, le tribunal prud'homal a rejeté cette requête.
La Chambre des prud'hommes de la Cour de justice genevoise a annulé cette décision pour violation du droit d'être entendu; les défenderesses n'avaient pas eu l'occasion de se prononcer sur les déterminations de la partie adverse.
B.c. Après cet arrêt de renvoi, les défenderesses se sont déterminées dans une écriture du 4 mai 2017. Elles ont pris des conclusions visant à ce que le Tribunal des prud'hommes soit déclaré incompétent et à ce que la demande dirigée contre la défenderesse néerlandaise soit déclarée irrecevable.
Le demandeur a conclu à l'irrecevabilité des conclusions prises le 4 mai 2017 et au rejet de la requête du 27 juin 2016 visant à limiter l'instruction à la question de la compétence.
B.d. Statuant à nouveau par ordonnance du 17 juillet 2017, le Tribunal des prud'hommes a rejeté la requête du 27 juin 2016 et a imparti aux défenderesses un délai de 30 jours pour déposer une réponse.
Le Tribunal a rappelé qu'il était compétent pour connaître des litiges découlant d'un contrat de travail au sens du titre dixième du Code des obligations (art. 1 al. 1 let. a de la Loi genevoise sur le Tribunal des prud'hommes; RS/GE E 3 10); par conséquent, l'existence d'un contrat de travail était un fait doublement pertinent, tant pour la compétence du tribunal que pour le bien-fondé de l'action au fond. Le Tribunal a également cité les art. 19 et 21 de la Convention de Lugano concernant la compétence judiciaire, la reconnaissance et l'exécution des décisions en matière civile et commerciale (CL; RS 0.275.12). Il a conclu que sa compétence à raison de la matière « ne saurait être contestée à ce stade»: le demandeur avait allégué de façon suffisante l'existence d'un contrat de travail avec la défenderesse néerlandaise. Quant à la compétence ratione loci, elle ne justifiait pas de limiter l'instruction de la présente cause; le rattachement au tribunal saisi pouvait en effet s'effectuer par le lieu où le demandeur accomplissait habituellement son travail, soit à Genève. Enfin, le Tribunal a ajouté que même si son incompétence à l'égard de la défenderesse néerlandaise devait être constatée à l'issue d'une instruction limitée à cette question, l'ensemble des conclusions prises par le demandeur devraient tout de même être l'objet de l'instruction, puisque celui-ci avait assigné solidairement les deux sociétés pour toutes ses conclusions principales. Quant aux moyens de preuves proposés, visant à l'audition de 17 témoins, ils ne seraient de toute façon pas rejetés comme ils étaient invoqués pour toutes les conclusions principales, et restaient de ce fait pertinents pour l'instruction de la cause.
B.e. La défenderesse néerlandaise a interjeté un appel, subsidiairement un recours à l'encontre de cette décision.
La Cour de justice a jugé que la décision attaquée n'était pas une décision incidente sur la compétence susceptible d'un appel (art. 237 et 308 al. 1 let. a CPC), mais une ordonnance d'instruction sujette à recours pour autant qu'elle puisse causer un préjudice difficilement réparable à la défenderesse néerlandaise (<ref-law>).
En l'occurrence, le premier juge n'avait pas statué sur sa compétence, qu'il n'avait ni retenue ni déclinée, mais avait renvoyé l'examen de cette question au jugement à intervenir sur le fond du litige, au terme de l'instruction à mener. En refusant de limiter l'instruction à la seule question de sa compétence, le premier juge avait rendu une ordonnance d'instruction non susceptible de causer un préjudice difficilement réparable. Certes, la défenderesse néerlandaise était ainsi contrainte de participer au procès jusqu'au terme de l'instruction, qui s'annonçait longue au regard de la complexité des faits allégués et des nombreux témoins invoqués, dont plusieurs étaient domiciliés à l'étranger. Toutefois, sa participation à la procédure, si elle s'en tenait à une défense fondée sur l'incompétence des tribunaux genevois, ne devrait pas engendrer de frais supplémentaires à ceux résultant d'une instruction limitée à cette question. Qui plus est, elle comparaissait par les mêmes avocats que l'autre défenderesse, et selon toute vraisemblance, elle devrait soutenir la même position sur le fond du litige. Enfin, l'accroissement des frais de procédure ne constituait pas par principe un préjudice difficilement réparable en raison de l'absence d'allocation de dépens en matière prud'homale. Partant, le recours devait être déclaré irrecevable.
La Cour de justice a encore ajouté que la procédure de recours portait uniquement sur l'opportunité de limiter l'instruction à la question de la compétence, sollicitée par requête du 27 juin 2016. Les conclusions prises le 4 mai 2017, visant à ce que le Tribunal se déclare incompétent, excédaient le cadre procédural défini par la requête initiale, de sorte qu'il n'y avait pas à entrer en matière. La cour cantonale s'est référée à cet égard à l'<ref-ruling> (consid. 4.4.2).
C.
La défenderesse néerlandaise (ci-après: la recourante) a saisi le Tribunal fédéral d'un recours en matière civile visant principalement à ce que «la juridiction des Prud'hommes du canton de Genève» soit déclarée incompétente pour connaître des conclusions prises à son encontre par le demandeur, et à ce que ces conclusions soient déclarées irrecevables. A titre subsidiaire, elle a requis que l'appel ou le recours soit déclaré recevable et la cause renvoyée à l'autorité précédente pour instruire la question de la compétence.
La recourante a en outre sollicité l'effet suspensif, qui a été refusé par ordonnance du 9 mai 2018 au motif que le recours apparaissait dénué de toutes chances de succès.
Par courrier du 15 mai 2018, la recourante a demandé de reconsidérer la décision sur effet suspensif.
Le demandeur (ci-après: l'intimé), l'autre défenderesse (partie concernée) et l'autorité précédente n'ont pas été invités à se déterminer.

Considérant en droit :
1.
Se pose la question de la recevabilité du recours au regard de la décision attaquée.
Celle-ci n'est manifestement pas une décision finale au sens de l'<ref-law>, dès lors qu'elle ne met pas fin à la procédure principale (cf. <ref-ruling> consid. 1.1; arrêt 4A_542/2009 du 27 avril 2010 consid. 3).
La recourante plaide qu'il s'agit d'une décision concernant la compétence (<ref-law>), subsidiairement d'une décision incidente susceptible de lui causer un préjudice irréparable (<ref-law>). Dans les deux cas, le recours immédiat serait ainsi ouvert.
Il convient au préalable de rappeler les principes relatifs aux dispositions précitées, ainsi que quelques éléments concernant la théorie des faits à double pertinence, mentionnée dans les décisions cantonales.
2.
2.1. A teneur de l'<ref-law>, les décisions préjudicielles et incidentes qui sont notifiées séparément et qui portent sur la compétence (ou sur une demande de récusation) peuvent faire l'objet d'un recours.
La loi requiert que la décision soit notifiée séparément, et donc indépendamment du jugement au fond (YVES DONZALLAZ, Loi sur le Tribunal fédéral, 2008, n° 3298). Il n'est pas nécessaire qu'un point du dispositif soit consacré expressément à la compétence; il suffit qu'on puisse déduire de ladite décision que l'autorité a tranché la question de sa compétence (arrêts 4A_222/2017 du 8 mai 2018 consid. 1; 4A_388/2015 du 19 avril 2016 consid. 2).
Encore faut-il que cette question soit effectivement et définitivement tranchée (cf. <ref-ruling> consid. 2.2, dans une procédure pénale; <ref-ruling> consid. 3.2, en matière d'arbitrage; arrêt 4A_328/2009 du 30 septembre 2009 consid. 2.3, dans une procédure provisionnelle).
2.2. L'<ref-law> autorise le recours immédiat contre les autres décisions préjudicielles ou incidentes notifiées séparément si elles peuvent causer un préjudice irréparable.
La partie recourante doit être exposée à un préjudice de nature juridique. Tel est le cas lorsqu'une décision finale même favorable au recourant ne le ferait pas disparaître entièrement, comme dans l'hypothèse où la décision incidente contestée ne pourrait plus être attaquée avec la décision finale, rendant ainsi impossible le contrôle par le Tribunal fédéral. Un dommage économique ou de pur fait, tel que la prolongation de la procédure et l'accroissement des frais de celle-ci, n'est pas considéré comme un préjudice irréparable (<ref-ruling> consid. 2.2). Cette condition s'apprécie par rapport à la décision de première instance, et non par rapport à la décision d'irrecevabilité du recours rendue par le tribunal supérieur (<ref-ruling> consid. 1.2).
2.3. Lorsqu'il statue d'entrée de cause sur sa compétence, le juge doit tout d'abord déterminer si le ou les faits pertinents de la disposition légale applicable sont des faits simples ou des faits doublement pertinents; les exigences de preuve, à ce stade de la procédure (décision d'entrée en matière), sont en effet différentes pour les uns et les autres.
Les faits sont de pertinence simple lorsqu'ils ne sont déterminants que pour la compétence. Ils doivent être prouvés d'entrée de cause, lorsque la partie défenderesse soulève l'exception de déclinatoire en contestant les allégués du demandeur.
Les faits sont doublement pertinents ou de double pertinence lorsqu'ils sont déterminants tant pour la compétence du tribunal que pour le bien-fondé de l'action. A titre d'exemples, on peut citer la commission d'un acte illicite ou l'existence d'un contrat de travail (<ref-ruling> consid. 5.2 p. 298; <ref-ruling> consid. 2.3 in fine).
Au stade de l'examen et de la décision sur la compétence, qui ont lieu d'entrée de cause, les faits doublement pertinents n'ont pas à être prouvés; le juge examine sa compétence sur la base des allégués, moyens et conclusions du demandeur, sans tenir compte des objections de la partie défenderesse. L'administration des preuves sur les faits doublement pertinents est renvoyée à la phase du procès au cours de laquelle est examiné le bien-fondé de la prétention au fond. Si, à ce stade ultérieur, le tribunal se rend compte que sa compétence n'est en réalité pas donnée, il ne peut rendre un nouveau jugement sur sa compétence, mais doit alors rejeter la demande par un jugement au fond, revêtu de l'autorité de chose jugée. Cette théorie de la double pertinence ne dispense pas le tribunal d'examiner d'entrée de cause si les faits doublement pertinents allégués par le demandeur - censés établis - sont concluants ( schlüssig) et permettent juridiquement de fonder sa compétence (arrêt 4A_573/2015 du 3 mai 2016 consid. 5.2; <ref-ruling> consid. 5.2).
Il est fait exception à l'application de la théorie de la double pertinence en cas d'abus de droit de la part du demandeur, par exemple lorsque la demande est présentée sous une forme destinée à en déguiser la nature véritable ou lorsque les allégués sont manifestement faux. (<ref-ruling> consid. 5.3; <ref-ruling> consid. 4 p. 488). Ladite théorie n'est pas non plus applicable lorsque la compétence d'un tribunal arbitral est contestée, ou lorsque la question de l'immunité de juridiction est invoquée par un Etat (<ref-ruling> consid. 2.2 p. 465; <ref-ruling> consid. 5.3).
3.
3.1. La recourante reproche à l'autorité précédente d'avoir méconnu la portée de l'ordonnance du Tribunal des prud'hommes, qui aurait en réalité reconnu sa compétence et rejeté de ce fait l'exception d'incompétence. Le recours immédiat de l'<ref-law> serait ainsi ouvert.
3.2. Le Tribunal des prud'hommes, selon le droit genevois, connaît des litiges découlant d'un contrat de travail (cf. let. B.d supra). Il était en l'occurrence saisi par la recourante d'une requête visant à limiter la procédure à la question de la compétence (<ref-law>; cf. aussi <ref-law>). Il s'agissait ainsi d'obtenir une décision séparée sur la compétence, à l'issue d'une instruction complète mais limitée à cette question. Le Tribunal a refusé d'y donner suite, considérant en substance que cette question était trop liée aux faits de la cause pour être jugée séparément.
Ce faisant, le premier juge a signifié qu'il refusait de rendre une décision séparée sur la compétence. Il a certes relevé que sa compétence n'était pas contestable à ce stade, mais on ne saurait y voir une décision « définitive» concernant la compétence qui ouvrirait la voie d'un recours immédiat. Alors que la demande pose des questions complexes, le tribunal prud'homal s'est prononcé sommairement sur cette question pour justifier son refus de limiter la procédure, mesure qui ne lui paraissait pas opportune sous l'angle de l'économie de la procédure. Il a considéré qu'il était en présence de faits à double pertinence et paraissait à ce stade compétent. Toutefois, il ne s'est pas livré à une analyse complète de sa compétence, qui aurait impliqué d'examiner de façon plus approfondie si les allégués du demandeur permettaient de façon concluante d'inférer juridiquement l'existence d'une prétention contre la recourante relevant de la juridiction des prud'hommes (cf. arrêt précité 4A_573/2015 consid. 5.2.2; <ref-ruling> consid. 6.1). La recourante, au demeurant, n'avait pas soulevé l'exception d'incompétence, mais requis de procéder à une instruction complète limitée à cette question. Après le premier arrêt de renvoi de la Cour de justice, elle a certes pris des conclusions visant à faire constater l'incompétence du tribunal prud'homal, mais la Cour de justice les a déclarées irrecevables (cf. supra let. B.e in fine), sans que la recourante ne développe une argumentation expliquant en quoi l'analyse présentée serait erronée.
La décision doit ainsi bel et bien s'analyser comme un refus de limiter la procédure à la question de la compétence, et partant comme un refus de statuer par une décision séparée sur la compétence.
4.
4.1. La recourante plaide que les juges genevois auraient commis un déni de justice ouvrant sans autre la voie du recours immédiat, respectivement que le refus de rendre une décision sur la compétence serait susceptible de lui causer un préjudice irréparable (<ref-law>).
4.2. Dans des circonstances bien particulières, le Tribunal fédéral renonce à l'exigence d'un préjudice irréparable lorsque la partie recourante expose et rend vraisemblable que la décision contestée entraînera un déni de justice ou un retard injustifié (<ref-ruling> consid. 1.4; arrêt 4A_559/2017 du 20 novembre 2017 consid. 3.2.2). Il n'y a cependant pas déni de justice, au sens de l'art. 29 al. 1 Cst, du seul fait que les juges cantonaux, interprétant les dispositions pertinentes du code de procédure civile, arrivent à la conclusion que la voie de l'appel n'est pas ouverte contre la décision attaquée et que celle du recours ne l'est pas non plus, faute d'un préjudice difficilement réparable (arrêt 4A_712/2011 du 13 février 2012 consid. 4.2). Ce dernier point est précisément opposable à la recourante: l'autorité précédente n'a pas nié l'existence d'une voie de recours, mais a considéré que les conditions de recevabilité de l'appel et du recours stricto sensu n'étaient pas réalisées dans le cas concret. De même, il a déjà été précisé que la prétendue omission de traiter un grief est une question exorbitante de la recevabilité du recours et ne justifie pas de déroger à l'exigence d'un préjudice irréparable (arrêt précité 4A_559/2017 consid. 3.2.2). L'argumentation de la recourante est donc également inopérante de ce point de vue.
4.3. La recourante prétend subir un préjudice juridique irréparable du fait qu'elle est contrainte d'attendre une décision au fond pour que soit éventuellement constatée l'incompétence du juge saisi; elle serait ainsi privée du for contractuellement fixé aux Pays-Bas.
Si l'autorité saisie devait s'avérer incompétente, elle devrait rejeter la demande dirigée contre la recourante avec autorité de chose jugée; ce procédé, prévu en raison de l'imbrication de la question de la compétence avec celle du litige au fond, est considéré comme justifié dans son résultat, dès lors que le demandeur qui choisit d'ouvrir action à un certain for n'a pas un intérêt à pouvoir, en cas d'échec, porter l'action à un autre for (cf. arrêt précité 4A_573/2015 consid. 5.2.1; <ref-ruling> consid. 5.2 p. 299 in fine et 300).
Il est vrai que la théorie des faits doublement pertinents permet au juge de statuer d'entrée de cause sur la compétence, tout en le dispensant de contrôler certaines conditions (<ref-ruling> consid. 5.2 p. 299). Cela ne signifie pas encore que le justiciable ait un droit à obtenir une décision séparée sur la compétence (cf. NOËLLE KAISER JOB, in Basler Kommentar, 3e éd. 2017, n° 20 in fine ad <ref-law>; MARKUS KRIECH, in Schweizerische Zivilprozessordnung [ZPO], BRUNNER ET ALII [ÉD.], 2e éd. 2016, n° 5 ad <ref-law>; apparemment aussi dans ce sens en présence de faits à double pertinence, FRANÇOIS BOHNET, in Code de procédure civile commenté, 2011, n° 32 ad art. 59 et n° 11 ad <ref-law>; contra, semble-t-il, ISAAK MEIER, Schweizerisches Zivilprozessrecht, 2010, qui paraît déduire un tel droit de l'<ref-law>). Sans doute faut-il réserver des exceptions dans lesquelles une décision séparée sur la compétence s'impose. La doctrine évoque le cas du défendeur exposé à un préjudice difficilement réparable ou irréparable, ou se prévalant de l'immunité de juridiction (cf. FELIX UHLMANN, in Basler Kommentar, 2e éd. 2011, n° 5 ad <ref-law>; BOHNET, op. cit., nos 6 et 11 ad <ref-law>). Il suffit en l'occurrence de constater que la recourante ne justifie pas de circonstances particulières susceptibles de fonder un droit à obtenir une décision séparée sur la compétence. Elle développe une argumentation inopérante en lien avec le Règlement dit «Bruxelles Ibis» du Parlement européen, évoquant une situation de deux juridictions simultanément saisies, dont rien n'indique qu'elle soit réalisée en l'espèce.
En bref, le risque de préjudice irréparable n'est pas démontré.
4.4. Enfin, la recourante ne prétend pas que les conditions de l'<ref-law> seraient réalisées, en ce sens que l'admission de son recours pourrait conduire immédiatement à une décision finale permettant d'éviter une procédure probatoire longue et coûteuse. Ceci clôt toute discussion.
5.
En définitive, le recours se révèle manifestement irrecevable. Par conséquent, il peut être fait usage de la procédure simplifiée (<ref-law>).
L'arrêt final prive d'objet la demande de reconsidérer la décision sur effet suspensif.
La recourante supportera les frais de la présente procédure (<ref-law>).
Aucuns dépens ne sont dus à l'intimé, qui n'a pas eu à se déterminer.

Par ces motifs, la Présidente prononce :
1.
Le recours est irrecevable.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 1'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3.
Le présent arrêt est communiqué aux parties, à la Cour de justice du canton de Genève et, pour information, à la défenderesse B.X._ SA.
Lausanne, le 7 juin 2018
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La présidente: Kiss
La greffière: Monti