Faits :
A.
B.A._, ressortissante du Pakistan née en 1992, est arrivée en Suisse le 30 juin 2009. Elle a bénéficié d'une autorisation de séjour avec activité lucrative destinée aux membres de la famille de fonctionnaires des organisations intergouvernementales ou de membres des représentations étrangères (permis Ci), car son père était diplomate à Genève. Le 15 avril 2013, elle a sollicité une autorisation de séjour auprès de l'Office cantonal de la population et des migrations du canton de Genève (ci-après: l'Office cantonal), afin de rester à Genève étudier et travailler après le retour de son père au Pakistan, prévu en juillet 2013.
A.A._, né en 1981, également ressortissant du Pakistan,est a rrivé en Suisse le 15 juin 2011. Par décision du 2 avril 2013, entrée en force, l'Office cantonal a refusé de lui délivrer une autorisation de séjour pour études. Les 29 juillet et 22 août 2013, A.A._ a requis une attestation en vue de son mariage avec B.A._.
Le 11 décembre 2013est née la première enfant du couple, C.A._.
Par décisions du 5 janvier 2015, l'Office cantonal a refusé d'octroyer une autorisation de séjour à B.A._ pour études et à A.A._en vue du mariageet a prononcé le renvoi de Suisse de la famille. B.A._ et A.A._ ont recouru auprès du Tribunal administratif de première instance de la République et canton de Genève (ci-après: le Tribunal administratif de première instance) contre ce prononcé.
Le 5 janvier 2016 est née la deuxième enfant du couple, D.A._.
Le 18 juillet 2016, B.A._et A.A._ se sont mariés à Genève.
Le 18 novembre 2016, le Tribunal administratif de première instance a rejeté leur recours contre les décision s du Service cantonal du 5 janvier 2015. Les époux A._ ont recouru contre ce jugement auprès de la Chambre administrative de la Cour de justice de la République et canton de Genève (ci-après: la Cour de justice).
Le 9 octobre 2018 est née la troisième enfant du couple, E.A._.
Par arrêt du 8 octobre 2019, la Cour de justice a partiellement admis le recourset renvoyé la cause au Tribunal administratif de première instance pour nouvel examen de l'exécutabilité du renvoi, en lien avec le caractère punissable au Pakistan des relations intimes entretenues avant le mariage, et nouveau jugement.
B.
B.a. A la suite de l'arrêt de renvoi de la Cour de justice, le Tribunal administratif de première instance a requis, par le biais de l'Office cantonal, des informations de la part du Secrétariat d'Etat aux migrations (ci-après: le SEM) et de l' A mbassade de Suisse au Pakistan (ci-après: l'Ambassade) quant aux risques concrets encourus par les époux A._en cas de retour dans leur pays d'origine du fait d'avoir entretenu des relations sexuelles avant leur mariage civil.
L'Office cantonal lui a fait parvenir plusieurs documents.
D'après un courrier du 12 mars 2020 du SEM, son service " A nalyse sur les pays" n'avait pas connaissance d'une application régulière de la disposition du code pénal pakistanais réprimant l'infraction de "fornication" d'une peine privative de liberté jusqu'à cinq ans et d'une amende de PKR 10'000, ni de cas concrets de personnes qui auraient été concernées par cette disposition à leur retour au Pakistan.
Selon un avis du domaine de direction asile du SEM du 11 mars 2020, l'Ordonnance Zina sur la fornication étaiten revanche toujours appliquée comme partie intégrante de l'Ordonnance Hodood (droit islamique). L'Ordonnance Zina sanctionnait de manière générale les relations sexuelles avant mariage de châtiments corporels draconiens. L'existence d'un enfant illégitime représentait un problème social et juridique important au Pakistan. Néanmoins, des tribunaux pakistanais avaient mentionné dans des arrêts récents l'importance particulière de la présomption d'une union légitime dans le droit islamique. En cas de doute, il convenait de se prononcer en faveur de la légitimité de l'union. Dans l'éventualité où une union conjugale n'aurait pas été conclue en présence d'un officier d'état civil musulman, la preuve pouvait être apportée par des témoins oculaires ou par le comportement du couple, en particulier du mari s'il considérait sa compagne comme étant son épouse et assumait son entretien. Une longue vie commune fondait également la présomption d'une union légitime valable et la légitimité des enfants. Celui qui prétendait à l'inexistence d'une union véritable devait le prouver.
Selon le même document, le code pénal pakistanais punissait le crime d'honneur. Le Parlement pakistanais avait également adopté en octobre 2016 une loi "anti-crime d'honneur" qui prévoyait des sanctions lourdes. La mise en oeuvre de ces dispositions légales restait néanmoins difficile en raison de la structure profondément patriarcale de la société pakistanaise. L'auteur d'un crime d'honneur et la victime appartenaient souvent à la même famille et le premier était protégé par celle-ci.
Selon les indications fournies par un avocat de confiance à l' A mbassade de Suisse, qui se référait à une disposition du code pénal pakistanais réprimant l'adultère, il existait une loi punissant les personnes ayant eu des relations sexuelles sans être mariées, mais elle n'était appliquée qu'en cas de flagrant délit. Un homme et une femme vivant ensemble et ayant des enfants étaient présumés être mari et femme ou légalement mariés. Une preuve de mariage était rarement requise. Toutefois, si un couple ou une famille diffusait des informations sur une relation avant l'union, l'homme et la femme concernés risquaient d'être poursuivis. Admettre avoir entretenu des relations illicites et donné naissance à des enfants à la suite de telles relations pouvait mettre en danger la vie des intéressés.
D'après l' A mbassade, les parents de B.A._ n'auraient jamais laissé leur fille, qui était âgée de moins de 21 ans lorsqu'ils étaient repartis au Pakistan en juillet 2013, seule célibataire et enceinte sans la considérer comme "mariée". Le père de l'intéressée, employé de l'Etat, aurait perdu son emploi et l a famille sa bonne réputation. Il existait des possibilités de mariage religieux pour les musulmans à Genève.
Selon un document élaboré par l'Office français de protection des réfugiés et apatrides du 5 mars 2018intitulé "les femmes adultères", le processus d'islamisation du système juridique pakistanais s'était renforcé en 1979 avec les ordonnances Hudood, dont les dispositions sanctionnaient notamment le viol et l'adultère (ordonnance Zina). L'infraction de "Zina" était commise par un homme et une femme qui avaient délibérément une relation sexuelle sans être mariésentre eux. Hors adultère, lo rsque les individus en cause étaient des musulmans, l'infraction était passible d'un châtiment corporel de cent coups de fouet, exécuté dans un lieu public. En 2006, la loi dite "Protection of Women Act" avait été adoptée et avait modifié le code pénal pakistanais et l'ordonnance Zina. Celle-ci demeurait appliquée.
B.b. Par jugement du 4 février 2021, le Tribunal administratif de première instance a rejeté le recours, retenant que le renvoi de la famille A._ était licite.
Par arrêt du 8 juin 2021, la Cour de justice a rejeté le recours des époux A._et de leurs enfants formé contre ce jugement.
C.
B.A._ et A.A._ (ci-après: la recourante 1 et le recourant 2), agissant en leur nom et pour le compte de leurs enfants mineures C.A._, D.A._ et E.A._, forment un recours en matière de droit public au Tribunal fédéral. Ils concluent, sous suite de frais et dépens, à l'annulation de l'arrêt de la Cour de justice du 8 juin 2021 et, principalement, à ce qu'il soit constaté que leur renvoi vers le Pakistan est illicite et à ce qu'une demande d'admission provisoire soit adressée au SEM. Subsidiairement, ils concluent au renvoi de la cause à la Cour de justice pour nouvelle décision. Ils sollicitent l'effet suspensif, l'octroi de l'assistance judiciaire et la désignation de leur conseil comme défenseur d'office.
Par ordonnance présidentielle du 14 juillet 2021, le Tribunal fédéral a accordé l'effet suspensif au recours. Il a par ailleurs renoncé provisoirement, le 15 juillet 2021, à percevoir une avance de frais.
La Cour de justice s'en rapporte à justice quant à la recevabilité du recours et persiste dans les considérants et le dispositif de son arrêt. L'Office cantonal s'en remet à justice quant à la recevabilité du recours et relève qu'il n'y a aucun motif en l'état de s'écarter des avis fondant l'arrêt de la Cour de justice. Après un examen au fond, le SEM conclut à l'irrecevabilité du recours. Les époux A._ et leurs enfants ont déposé des observations, en persistant dans leurs conclusions.

Considérant en droit :
1.
Le Tribunal fédéral examine d'office sa compétence (art. 29 al. 1 LTF) et contrôle librement la recevabilité des recours qui lui sont soumis (<ref-ruling> consid. 1; <ref-ruling> consid. 1).
1.1. L'arrêt entrepris confirme la licéité du renvoi de Suisse des recourants et retient que leur situation ne relève pas d'un cas de rigueur.
Le recours en matière de droit public est irrecevable contre les décisions en matière de droit des étrangers qui concernent le renvoi (art. 83 let. c ch. 4 LTF). Il est également irrecevable en ce qui concerne le refus d'une autorisation pour cas de rigueur, car l'art. 30 al. 1 let. b LEI (RS 142.20), qui règle de manière générale les situations de rigueur, ne confère aucun droit et relève des dérogations aux conditions d'admission, expressément exclues de la voie du recours en matière de droit public (cf. art. 83 let. c ch. 5 LTF; cf. arrêt 2C_580/2021 du 4 octobre 2021 consid. 1.2). Il s'ensuit que le présent recours ne peut être reçu en qualité de recours en matière de droit public (cf. arrêt 2D_14/2018 du 13 août 2018 consid. 1.1).
1.2. Seule entre en considération en l'espèce la voie du recours constitutionnel subsidiaire (cf. art. 113 LTF). Les recourants n'ont pas formé, même à titre subsidiaire, un tel recours. L'intitulé erroné du recours ne nuit cependant pas à son auteur, pour autant que les conditions de recevabilité du recours qui aurait dû être interjeté soient réunies (cf. <ref-ruling> consid. 1.1).
1.3. Dans la mesure où elle a été rendue, comme en l'espèce, par une autorité cantonale de dernière instance (cf. art. 113 LTF), une décision en lien avec l'exécution du renvoi peut, sur le principe, être attaquée par la voie du recours constitutionnel subsidiaire (cf. <ref-ruling> consid. 1.1).
1.4. A qualité pour former un recours constitutionnel subsidiaire quiconque a pris part à la procédure devant l'autorité précédente ou a été privé de le faire (art. 115 let. a LTF) et a un intérêt juridique à l'annulation ou à la modification de la décision attaquée (art. 115 let. b LTF). Le recours constitutionnel subsidiaire ne peut être formé que pour violation des droits constitutionnels (art. 116 LTF).
Dans le cadre du recours constitutionnel subsidiaire dirigé contre une décision de renvoi, seule peut être invoquée la violation de droits constitutionnels spécifiques (protection de la vie humaine, protection contre les traitements cruels, inhumains ou dégradants, etc.) ou la violation de droits de parties dont le manquement équivaut à un déni de justice (<ref-ruling> consid. 1 à 3; arrêts 2D_14/2018 du 13 août 2018 consid. 1.2; 2C_990/2017 du 6 août 2018 consid. 1.5). Toutefois, lorsque sont en cause des droits constitutionnels spécifiques, il est également possible d'alléguer que la décision attaquée méconnaît l'interdiction de l'arbitraire ou le principe d'égalité de traitement (cf. arrêt 2D_14/2018 du 13 août 2018 consid. 1.2).
En l'occurrence, les recourants font valoir de manière défendable que leur renvoi serait contraire à l'interdiction de la torture, ainsi que des peines ou traitements inhumains ou dégradants consacrée notamment à l'art. 3 CEDH. Ils ont partant un intérêt juridique à l'annulation ou à la modification de l'arrêt attaqué et disposent de la qualité pour recourir.
1.5. Le recours, dirigé contre une décision finale (art. 90 et 117 LTF), a en outre été déposé en temps utile (art. 100 al. 1 et 117 LTF) et dans les formes prescrites (art. 42 al. 1 et 2 LTF). Il est donc recevable en tant que recours constitutionnel subsidiaire.
2.
2.1. Le recours constitutionnel subsidiaire ne peut être formé que pour violation des droits constitutionnels (art. 116 LTF). La violation de droits fondamentaux doit être invoquée et motivée de façon détaillée, c'est-à-dire que l'acte de recours doit, pour qu'il soit entré en matière sur le grief, contenir un exposé succinct des droits constitutionnels ou des principes juridiques violés et préciser de façon circonstanciée en quoi consiste la violation (art. 106 al. 2 et 117 LTF; <ref-ruling> consid. 2.1, IV 73 consid. 4.1.2; <ref-ruling> consid. 2.1).
2.2. En l'occurrence, les recourants reprochent à plusieurs reprises à la Cour de justice de ne pas les avoir auditionnés, mais n'invoquent pas la violation du droit d'être entendu garanti à l'art. 29 al. 2 Cst., ni ne formulent un grief qui réponde aux exigences de l'art. 106 al. 2 LTF. Cela étant, même admissible, le grief devrait de toute façon être rejeté. Le droit d'être entendu ne garantit en effet en principe pas le droit d'être entendu oralement (<ref-ruling> consid. 9.6.1) et les recourants ne contestent pas avoir pu s'exprimer par écrit, ni n'expliquent ce que leur audition aurait apporté de plus.
3.
3.1. Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 118 al. 1 LTF). Il peut rectifier ou compléter les constatations de cette autorité si les faits ont été établis en violation des droits constitutionnels (art. 118 al. 2 et 116 LTF), ce qu'il appartient à la partie recourante d'exposer et de démontrer de manière claire et circonstanciée (cf. supra consid. 2.1). Aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente (art. 99 al. 1 et 117 LTF).
3.2. En l'espèce, la Cour de céans ne peut pas prendre en compte le courrier que le recourant 2 aurait reçu de sa soeur le 5 juillet 2021, soit postérieurement à l'arrêt entrepris. Elle ne peut pas non plus prendre en considération les pièces produites avec les observations et destinées à prouver que ce courrier a été rédigé par la soeur du recourant.
4.
En substance, la Cour de justice a retenu que les époux A._ étaient théoriquement exposés notamment aux peines prévues par les dispositions de l'ordonnance Zina réprimant les relations sexuelles hors mariage en cas de retour au Pakistan. Elle a cependant considéré que le risque de traitements contraires à l'art. 3 CEDH n'était en l'espèce pas concret et réel. Sur ce point, elle a relevé qu'il n'était pas démontré que les familles des recourants les avaient exclus et ne les soutenaient pas. Elle a aussi noté qu'il existait des indices qu'un mariage religieux avait été conclu et que rien au dossier ne venait appuyer la thèse des recourants selon laquelle les autorités pakistanaises les poursuivraient. Elle a également considéré qu'il n'était pas démontré que lesdites autorités ne pouvaient pas assurer la protection des recourants en cas de persécution de la part d'extrémistes religieux et que rien au dossier ne permettait de soutenir que la menace de ces derniers était concrète. Les recourants n'avaient en outre pas démontré que la présomption de mariage religieux ne s'appliquerait pas à leur situation. La Cour de justice a enfin relevé que la possibilité d'un "refuge interne" au Pakistan apparaissait comme une alternative crédible au cas où les recourants seraient exposés à la menace d'extrémistes ou de leurs familles. Sur le vu de ces éléments, elle a confirmé que le renvoi était licite. Par ailleurs, la Cour de justice a considéré que la situation de la famille ne relevait pas d'un cas de rigueur.
5.
Les recourants se plaignent d'arbitraire dans l'appréciation des preuves.
5.1. En matière d'appréciation des preuves et d'établissement des faits, il n'y a arbitraire que lorsque l'autorité ne prend pas en compte, sans aucune raison sérieuse, un élément de preuve propre à modifier la décision, lorsqu'elle se trompe manifestement sur son sens et sa portée, ou encore lorsque, en se fondant sur les éléments recueillis, elle en tire des constatations insoutenables (<ref-ruling> consid. 2.3.1; <ref-ruling> consid. 4.4; <ref-ruling> consid. 4.2).
5.2. Les recourants font valoir que la Cour de justice est tombée dans l'arbitraire en considérant qu'ils n'avaient pas démontré l'exclusion de la part de leurs familles respectives et en tirant des conclusions hâtives quant à l'existence d'un mariage religieux.
5.2.1. Les recourants répètent devant le Tribunal fédéral que leurs familles respectives réprouvent leur relation. Ils n'apportent toutefois aucun élément factuel propre à étayer leurs dires et à démontrer l'arbitraire des constatations de la Cour de justice. Le courrier que le recourant 2 dit avoir reçu de sa soeur le 5 juillet 2021 et destiné à démontrer la désapprobation familiale, ainsi que le risque que les recourants soient "punis" pour leur comportement, ne peut pas être pris en considération (cf. supra consid. 3.2). Quoi qu'il en soit, on s'étonne que, depuis 2013, il n'y ait aucune trace d'échange écrit entre les recourants et leurs familles respectives au sujet de la situation et susceptibles de confirmer la réprobation familiale alléguée. En l'absence d'indices propres à étayer les dires des recourants, on ne saurait reprocher à la Cour de justice d'être tombée dans l'arbitraire en retenant qu'il n'était pas démontré que les familles respectives des recourants les avaient exclus.
5.2.2. En ce qui concerne le mariage religieux, la Cour de justice a relevé que l'existence d'une telle union était vraisemblable, car la famille de la recourante 1, repartie en juillet 2013 au Pakistan, ne l'aurait autrement pas laissée rester seule avec le recourant 2 et déjà enceinte de son premier enfant. Les recourants ne démontrent pas en quoi déduire de ces événements qu'un mariage religieux a vraisemblablement été conclu serait insoutenable. C'est à tort que les recourants prétendent qu'ils devaient apporter une preuve négative. Ils auraient en effet pu fournir des éléments propres à remettre en cause les indices retenus par les autorités pour conclure qu'un mariage religieux avait été conclu, ce qu'ils n'ont pas fait. Ils n'ont en particulier pas contesté que la famille de la recourante 1 était au courant de sa relation avec le recourant 2 et de sa grossesse, ni fait valoir que celle-ci aurait toléré la situation sans qu'un mariage religieux n'ait été conclu. Ils n'ont pas non plus allégué, ni démontré que la recourante 1 serait restée en Suisse en 2013 malgré le désaccord profond de sa famille. La circonstance qu'un mariage musulman nécessite des témoins et l'accord du tuteur de la mariée ne démontre par ailleurs pas que l'appréciation de la Cour de justice au sujet de la vraisemblance d'un mariage religieux soit arbitraire. L'appréciation de la Cour de justice n'étant pas insoutenable, la critique des recourants est rejetée.
5.3. Les recourants reprochent à la Cour de justice d'avoir retenu qu'ils n'avaient pas démontré que les autorités pakistanaises ne pourraient pas les protéger des extrémistes religieux.
Le point de savoir si les autorités pakistanaise auraient la volonté et seraient en mesure de protéger les recourants n'a pas besoin d'être tranché en l'espèce, car une menace concrète de la part des extrémistes religieux n'est pas établie (cf. infra consid. 6.6). Une correction des faits sur ce point n'aurait donc pas d'incidence sur l'issue du litige, ce qui conduit à écarter le grief (cf. art. 97 al. 1 in fine LTF).
5.4. Sur le vu de ce qui précède, le grief tiré d'un établissement des faits arbitraire doit être rejeté.
6.
Les recourants dénoncent la violation de l'art. 83 al. 3 LEI et de l'art. 3 CEDH. Ils allèguent que les recourants 1 et 2, mariés civilement en Suisse le 18 juillet 2016, après la naissance de leurs deux premières filles, s'exposeraient en cas de retour au Pakistan à des sanctions corporelles draconiennes du fait de leurs rapports intimes hors mariage, voire à un danger de mort en raison de la menace des extrémistes religieux.
6.1. En vertu de l'art. 83 al. 3 LEI, l'exécution n'est pas licite lorsque le renvoi de l'étranger dans son Etat d'origine, dans son Etat de provenance ou dans un Etat tiers est contraire aux engagements de la Suisse relevant du droit international.
6.2. Selon l'art. 3 CEDH (cf. aussi art. 10 al. 3 Cst.), nul ne peut être soumis à la torture ni à des peines ou traitements inhumains ou dégradants. Pour tomber sous le coup de l'art. 3 CEDH, un mauvais traitement doit atteindre un minimum de gravité. L'appréciation de ce minimum dépend de l'ensemble des données de la cause (<ref-ruling> consid. 3.3; <ref-ruling> consid. 3.2.1).
6.3. Les Etats parties à la CEDH ont le droit de contrôler l'entrée, le séjour et l'éloignement des non-nationaux (cf. <ref-ruling> consid. 2.1 p. 335; <ref-ruling> consid. 3.2.1 p. 250). Cependant, l'expulsion, l'extradition ou toute autre mesure d'éloignement d'un étranger peut soulever un problème au regard de l'art. 3 CEDH, et donc engager la responsabilité de l'Etat en cause au titre de la Convention, lorsqu'il y a des motifs sérieux et avérés de croire que l'intéressé, si on l'expulse vers le pays de destination, y courra un risque réel d'être soumis à un traitement contraire à cette disposition. Dans ce cas, l'art. 3 CEDH implique l'obligation de ne pas expulser la personne en question vers ce pays (cf. arrêts 2C_1004/2018 du 11 juin 2019 consid. 7.2; 2C_136/2017 du 20 novembre 2017 consid. 6.2.1; 2C_819/2016 du 14 novembre 2016 consid. 2.4 et 3.1, se fondant en particulier sur les arrêts de la CourEDH F.G. c. Suède du 23 mars 2016, req. no 43611/11, § 111; Hirsi Jamaa et autres c. Italie du 23 février 2012, req. no 27765/09, § 114). Cette obligation découle du reste également des art. 10 al. 3 et 25 al. 3 Cst. (cf. <ref-ruling> consid. 5.4; arrêt 2C_532/2015 du 23 décembre 2015 consid. 2.4.1).
Pour vérifier l'existence d'un risque de traitements contraires à l'art. 3 CEDH, il convient d'examiner, dans un premier temps, la situation générale des droits humains dans l'Etat concerné. Puis, on regarde si la personne en cause, compte tenu des circonstances concrètes de sa situation personnelle, court le risque d'un traitement contraire à ces droits (<ref-ruling> consid. 5.4; <ref-ruling> consid. 6.8; cf. aussi arrêt de la CourEDH Hirsi Jamaa et autres c. Italie du 23 février 2012, req. no 27765/09, § 117). Il incombe en principe à la personne qui invoque l'art. 3 CEDH de prouver l'existence de risques réels, de simples considérations générales étant insuffisantes (arrêts 2C_1004/2018 du 11 juin 2019 consid. 7.2; 2C_819/2016 du 14 novembre 2016 consid. 3.1; 2C_87/2007 du 18 juin 2007 consid. 4.2.3).
6.4. L'art. 3 CEDH trouve aussi à s'appliquer lorsque le danger émane d'acteurs non étatiques (cf. arrêts 2C_136/2017 du 20 novembre 2017 consid. 6.2.1; 2C_868/2016 du 23 juin 2016 consid. 5.2.2; <ref-ruling>). Encore faut-il démontrer que le risque existe réellement et que les autorités de l'Etat de destination ne sont pas en mesure d'y obvier par une protection appropriée ou n'ont pas la volonté de le faire (cf. arrêt de la CourEDH Hirsi Jamaa et autres c. Italie du 23 février 2012, req. no 27765/09, § 120; cf. arrêts 6B_422/2021 du 1er septembre 2021 consid. 3.2; 2C_136/2017 du 20 novembre 2017 consid. 6.2.1; 2C_868/2016 du 23 juin 2017 consid. 5.2.2).
6.5. En l'occurrence, il ressort de l'arrêt attaqué que les relations sexuelles hors mariage entre des musulmans non mariés sont passibles au Pakistan d'un châtiment corporel de 100 coups de fouet, exécuté dans un lieu public, en vertu de l'ordonnance Zina. Une peine de 100 coups de fouet constitue un traitement infligeant des souffrances atteignant sans aucun doute le seuil de gravité des traitements prohibés par l'art. 3 CEDH.
D'après la Cour de justice, il est en outre établi que les crimes d'honneur existent au Pakistan et que des extrémistes religieux peuvent sévir en cas de connaissances de relations sexuelles hors mariage.
Sur le vu de ces éléments, il n'apparaît pas d'emblée exclu que les recourants 1 et 2, mariés civilement depuis 2016, mais en couple depuis à tout le moins 2013, soient exposés à des traitements contraires à l'art. 3 CEDH, voire puissent courir un danger de mort en cas de retour au Pakistan.
6.6. Il convient encore de déterminer si ce risque est réel et concret.
A cet égard, il ressort de l'arrêt attaqué que, selon l'avis du domaine de direction Asile du SEM, les tribunaux pakistanais ont souligné l'importance de la présomption d'union légitime dans le droit islamique et le fait qu'il ne peut être conclu à une union illégitime que dans des situations clairement établies. En outre, le comportement du couple, en particulier du mari s'il considérait sa compagne comme étant son épouse, ou une longue vie commune fondait une présomption d'union légitime. D'après l'arrêt querellé, l'avocat de confiance à l'Ambassade a également indiqué qu'un homme et une femme vivant ensemble et ayant des enfants étaient présumés être mari et femme ou légalement mariés.
D'après ces éléments, les recourants, qui vivent ensemble depuis plusieurs années et ont des enfants en commun, bénéficieraient de la présomption d'une union légitime. A cela s'ajoute que la Cour de justice a retenu, sans arbitraire (cf. supra consid. 5.2), que les recourants 1 et 2 étaient vraisemblablement mariés religieusement avant leur mariage civil en 2016. Dans ces conditions, on ne voit pas qu'il y ait un risque concret que les autorités les soupçonnent de relations intimes avant le mariage et les poursuivent, puis les condamnent en application de l'ordonnance Zina. Pour le surplus, les recourants allèguent de manière appellatoire et partant inadmissible que la présomption d'union légitime ne s'appliquerait pas dans leur situation car ils ne vivaient pas au Pakistan au moment des relations hors mariage.
A défaut d'éléments objectifs démontrant la désapprobation familiale de l'union des recourants 1 et 2 (cf. supra consid. 5.2), il n'y a pas non plus de raison de penser que leurs familles respectives les dénonceraient auprès des autorités, ni qu'elles s'en prendraient personnellement à eux.
La menace venant des extrémistes religieux n'est pas non plus avérée. Les recourants n'ont en effet exposé que des généralités, mais n'ont fourni aucun élément spécifique propre à leur situation pour étayer leurs dires. Compte tenu de la présomption d'union légitime pour un couple comme celui des recourants, des indices d'un mariage religieux, puis du mariage civil survenu en 2016, on ne voit pas qu'il y ait un risque réel que les extrémistes religieux s'attaquent aux recourants 1 et 2.
En définitive, sur le vu des circonstances, le risque que les recourants 1 et 2 subissent des traitements contraires à l'art. 3 CEDH, voire soient exposés à un danger de mort en cas de retour au Pakistan n'est ni établi, ni vraisemblable.
6.7. Il s'ensuit que la question de savoir si les recourants pourraient être protégés par l'Etat pakistanais des extrémistes religieux ou s'ils ne pourraient de toute façon pas requérir cette protection, car cela reviendrait à avouer leurs relations intimes avant le mariage et donc à s'exposer aux sanctions étatiques comme ils le font valoir, peut demeurer indécise. De même, comme il n'est pas établi que les recourants risquent concrètement d'être exposés à des violences familiales ou d'extrémistes religieux en cas de retour au Pakistan, il n'y a pas lieu d'examiner plus avant s'ils pourraient disposer d'un "refuge interne" au Pakistan ainsi que l'a retenu la Cour de justice et le critiquent les intéressés.
Enfin, les recourants ne peuvent rien déduire de l'arrêt de la CourEDH Jabari c. Turquie (arrêt du 11 juillet 2000, req. no 40035/98) qu'ils citent. Dans cette affaire, la requérante, qui avait entretenu une relation avec un homme marié en Iran, avait été arrêtée dans la rue avec l'homme en question et s'était enfuie en Turquie une fois libérée. Le Haut-Commissariat aux réfugiés des Nations Unies (HCR) avait jugé crédibles les craintes de la requérante d'être poursuivie pour adultère, lequel était réprimé de la lapidation, en cas de retour dans son pays. Pour leur part, les autorités turques n'avaient pas sérieusement examiné l'allégation de la requérante selon laquelle son expulsion vers l'Iran l'exposerait à des traitements prohibés par l'art. 3 CEDH. Accordant un poids important à la conclusion du HCR, la CourEDH a conclu que l'expulsion de la requérante violerait l'art. 3 CEDH. Contrairement à ce que font valoir les recourants, ce n'est ainsi pas le seul fait que l'adultère soit réprimé en Iran qui a conduit la CourEDH à retenir un risque de traitements contraires à l'art. 3 CEDH, mais l'examen des circonstances concrètes. Le fait que l'ordonnance Zina réprime les relations hors mariage ne suffit pas à établir qu'il existe un risque réel et concret pour les recourants d'être exposés aux sanctions qui y sont prévues.
6.8. Sur le vu de ce qui précède, la Cour de justice n'a pas violé les garanties conventionnelles et constitutionnelles en lien avec l'interdiction de la torture et des traitements cruels, inhumains ou dégradants et en particulier l'art. 3 CEDH en retenant que le renvoi de Suisse des recourants était licite.
7.
Les recourants reprochent à la Cour de justice de ne pas avoir retenu un cas de rigueur. Citant l'art. 37 de la Convention relative aux droits de l'enfant du 20 novembre 1989 (RS 0.107), qui prohibe notamment la torture, ainsi que les peines ou traitements cruels, inhumains ou dégradants, ils font valoir que leurs filles seraient exposées à un risque de mort ou de torture au Pakistan en raison des actes anti-islamiques de leurs parents.
Rien dans l'arrêt attaqué ne laisse entendre que les enfants seraient punissables pour les actes de leurs parents et les recourants n'étaient leur affirmation par aucun élément. Sur le principe, on relèvera que la Convention des droits de l'enfant, à laquelle le Pakistan est également partie, interdit expressément les sanctions motivées par la situation des parents (art. 2 al. 2 CDE). Le grief est donc écarté.
Pour le surplus, les recourants ne font pas valoir la violation de droits constitutionnels en lien avec le cas de rigueur, de sorte qu'il n'y a pas lieu d'examiner plus avant l'arrêt entrepris sur ce point (cf. supra consid. 2.1).
8.
Sur le vu de ce qui précède, le recours en matière de droit public est irrecevable. Compris comme un recours constitutionnel subsidiaire, le recours doit être rejeté.
Les recourants ont sollicité le bénéfice de l'assistance judiciaire. La cause paraissant d'emblée dépourvue de chances de succès, cette requête doit être rejetée (art. 64 al. 1 LTF). Succombant, les recourants doivent supporter les frais judiciaires (art. 66 al. 1 LTF). Les recourants 1 et 2 les supporteront solidairement entre eux (art. 66 al. 5 LTF; cf. arrêt 2D_47/2019 du 13 novembre 2019 consid. 5). Il n'est pas alloué de dépens (art. 68 al. 1 et 3 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours en matière de droit public est irrecevable.
2.
Le recours, traité comme un recours constitutionnel subsidiaire, est rejeté.
3.
La demande d'assistance judiciaire est rejetée.
4.
Les frais judiciaires, arrêtés à 1'000 fr., sont mis à la charge de B.A._ et A.A._, solidairement entre eux.
5.
Le présent arrêt est communiqué au mandataire des recourants, à l'Office cantonal de la population et des migrations et à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre administrative, 1ère section, ainsi qu'au Secrétariat d'Etat aux migrations.
Lausanne, le 3 mai 2022
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente : F. Aubry Girardin
La Greffière : E. Kleber