Sachverhalt:
A.
A.a. Auf Einsprache gegen den zur Anklage erhobenen Strafbefehl der Staatsanwaltschaft Region Berner Jura-Seeland vom 20. Februar 2018 hin wurde A._ mit Urteil des Regionalgerichts Berner Jura-Seeland vom 11. Juli 2018 vom Vorwurf der Tierquälerei an zwei Schafen und vom Vorwurf der Hinderung einer Amtshandlung freigesprochen. Gleichzeitig wurde er jedoch der Tierquälerei durch Unterlassen der fachgerechten Klauenpflege bei einem anderen Schaf schuldig gesprochen und mit 4 Tagessätzen zu Fr. 80.-- bedingt sowie einer Verbindungsbusse von Fr. 80.-- bestraft. Das Obergericht des Kantons Bern bestätigte das erstinstanzliche Urteil auf Berufung von A._ hin am 12. April 2019 sowohl hinsichtlich des Schuldspruchs als auch bezüglich des Strafmasses. Die von A._ dagegen erhobene Beschwerde in Strafsachen hiess das Bundesgericht mit Urteil 6B_638/2019 vom 17. Oktober 2019 gut und wies die Sache zu neuer Entscheidung an das Obergericht zurück.
A.b. Die 2. Strafkammer des Obergerichts des Kantons Bern wies mit Beschluss vom 5. Februar 2020 den Strafbefehl vom 20. Februar 2018 an die Generalstaatsanwaltschaft zurück und lud diese ein, den Strafbefehl innert Frist von 20 Tagen gemäss Art. 329 Abs. 2 und <ref-law> zu ergänzen/zu berichtigen bzw. zu ändern/zu erweitern. Mit Eingabe vom 13. Februar 2020 reichte die Generalstaatsanwaltschaft eine Ergänzung bzw. Berichtigung der Anklageschrift vom 20. Februar 2018 ein. Auf eine gegen den Beschluss vom 5. Februar 2020 durch A._ erhobene Beschwerde in Strafsachen trat die I. öffentlich-rechtliche Abteilung des Bundesgerichts mit Urteil 1B_109/2020 vom 9. März 2020 nicht ein. Das Obergericht Bern ordnete am 27. Mai 2020 die Durchführung eines schriftlichen Verfahrens an und wies einen erneut gestellten Beweisantrag von A._ ab. Es sprach A._ mit Urteil vom 25. September 2020 erneut der Tierquälerei durch Unterlassen der fachgerechten Klauenpflege bei einem Schaf schuldig und verurteilte ihn zu einer bedingten Geldstrafe von 4 Tagessätzen zu Fr. 80.-- und einer Verbindungsbusse von Fr. 80.--.
B.
Mit Beschwerde in Strafsachen beantragt A._, das Urteil des Obergerichts des Kantons Bern vom 25. September 2020 sei aufzuheben und das Strafverfahren (SK 19 407) gegen ihn wegen Tierquälerei sei einzustellen. Eventualiter sei das Urteil aufzuheben und er vom Vorwurf der Tierquälerei freizusprechen. Subeventualiter sei das Urteil aufzuheben und zu neuer Beurteilung an das Obergericht des Kantons Bern zurückzuweisen.
C.
Das Obergericht des Kantons Bern hat auf eine Vernehmlassung verzichtet, die Generalstaatsanwaltschaft Bern hat sich nicht vernehmen lassen.

Erwägungen:
1.
1.1. Der Beschwerdeführer wendet sich in prozessualer Hinsicht gegen die Anklageänderung bzw. -ergänzung i.S.v. Art. 329 Abs. 2 und <ref-law>.
Er bringt vor, die Vorinstanz habe die Anklageschrift zu Unrecht zur Möglichkeit der Änderung bzw. Ergänzung an die Generalstaatsanwaltschaft zurückgewiesen. Der Hinweis des Bundesgerichts auf die Möglichkeit der Rückweisung sei so zu verstehen, als hätte die Vorinstanz die Anklage zwar während des Berufungsverfahrens zurückweisen können, dies habe sie aber - unter Verletzung von <ref-law> sowie des Anklageprinzips - nicht getan. Der Vorinstanz wäre entsprechend nichts anderes übrig geblieben, als das Strafverfahren gegen den Beschwerdeführer mangels rechtsgenüglicher Anklage einzustellen. Alles andere widerspreche dem Grundsatz, wonach das Strafverfahren mit dem Urteil der oberen kantonalen Instanz prinzipiell abgeschlossen sei. Wohl deshalb habe das Bundesgericht das vorinstanzliche Urteil auch bereits aufgrund der Verletzung des Anklageprinzips aufgehoben, ohne die weiteren Rügen des Beschwerdeführers zu behandeln.
1.2. Die Vorinstanz erwägt, das Bundesgericht habe im Rückweisungsentscheid explizit auf die Möglichkeit einer Anklageänderung in Anwendung von <ref-law> hingewiesen. Mit Blick auf diese Ausführungen sei es zulässig gewesen, der Staatsanwaltschaft die Möglichkeit zur Anklageänderung bzw. -ergänzung zu geben. Zudem habe der Strafbefehl vom 20. Februar 2018 die gesamte Aktenlage nur ungenügend abgebildet. Wenn die erhobenen Beweise einen etwas anders gearteten Lebensvorgang ergeben würden, als in der Anklage geschildert, könne die Anklage im Sinne von <ref-law> zur Ergänzung bzw. Berichtigung zurückgewiesen werden, was in casu zulässigerweise geschehen sei.
1.3.
1.3.1. Im Hauptverfahren prüft die Verfahrensleitung, ob die Anklageschrift und die Akten ordnungsgemäss erstellt und die Prozessvoraussetzungen erfüllt sind sowie ob Verfahrenshindernisse bestehen (<ref-law>). Ergibt sich aufgrund dieser Prüfung oder später im Verfahren, dass ein Urteil zurzeit nicht ergehen kann, so sistiert das Gericht das Verfahren. Falls erforderlich, weist es die Anklage zur Ergänzung oder Berichtigung an die Staatsanwaltschaft zurück (<ref-law>).
Das erstinstanzliche bzw. das Berufungsgericht (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1.3 mit Hinweisen) weist eine Anklage zur Ergänzung oder Berichtigung an die Staatsanwaltschaft zurück, wenn die Anklage den Anforderungen an den Inhalt einer Anklageschrift (<ref-law>) nicht entspricht, wenn die Akten nicht im Sinn von <ref-law> ordnungsgemäss geführt sind oder - ausnahmsweise - wenn Beweise zu ergänzen sind (<ref-ruling> E. 1.6). <ref-law> erlaubt nur Anklageergänzungen, die sich im Rahmen des erstinstanzlich fixierten Verfahrensgegenstandes halten (<ref-ruling> E. 1.3 mit Hinweis).
1.3.2. Das Gericht ist an den in der Anklage umschriebenen Sachverhalt, nicht aber an die darin vorgenommene rechtliche Würdigung gebunden (<ref-law>). Es gibt der Staatsanwaltschaft Gelegenheit, die Anklage zu ändern, wenn nach seiner Auffassung der in der Anklageschrift umschriebene Sachverhalt einen andern Straftatbestand erfüllen könnte, die Anklageschrift aber den gesetzlichen Anforderungen nicht entspricht (<ref-law>). Will es den Sachverhalt rechtlich anders würdigen als die Staatsanwaltschaft in der Anklageschrift, so eröffnet es dies den anwesenden Parteien und gibt ihnen Gelegenheit zur Stellungnahme (<ref-law>). Die dem Gericht in <ref-law> eingeräumte Kompetenz geht weiter als diejenige in <ref-law> und ermöglicht eine Anklageänderung (Urteile 6B_688/2017 vom 1. Februar 2018 E. 2.3; 6B_904/2015 vom 27. Mai 2016 E. 1.4.1). <ref-law> gelangt typischerweise zur Anwendung, wenn der angeklagte Sachverhalt aus Sicht des Gerichts einen anderen rechtlichen Tatbestand erfüllen könnte, dessen Tatbestandsvoraussetzungen allerdings in der Anklage nicht (vollständig) umschrieben sind. Eine Ergänzung der Anklage kommt auch in Betracht, wenn das Gericht der Ansicht ist, der in der Anklageschrift umschriebene Sachverhalt erfülle eine qualifizierte Variante des angeklagten Tatbestands, in der Anklage jedoch nur der Grundtatbestand dargestellt wird, während eine Darstellung des Qualifikationsmerkmals fehlt (vgl. <ref-ruling> E. 1.4; Urteil 6B_688/2017 vom 1. Februar 2018 E. 2.3 mit Hinweisen). Mit <ref-law> wird verhindert, dass schwere Straftaten mit einem Freispruch enden, nur weil sich bei der Beweisaufnahme vor Gericht (bspw. auch als Folge einer neuen Verteidigungsstrategie) eine mögliche neue Tatvariante ergibt (vgl. Urteile 6B_1404/2020 vom 17. Januar 2022 E. 2.6.7, zur Publ. vorgesehen; 6B_688/2017 vom 1. Februar 2018 E. 2.3 mit Hinweis). Die Rückweisung der Anklage i.S.v. <ref-law> ist bis zur Urteilsberatung beim erstinstanzlich urteilenden Strafgericht sowie aufgrund der Verweisung in <ref-law> auch im Berufungsverfahren möglich (vgl. <ref-ruling> E. 1.4 mit Hinweis; Urteil 6B_1404/2020 vom 17. Januar 2022 E. 2.6.3, zur Publ. vorgesehen).
1.3.3. Heisst das Bundesgericht eine Beschwerde gut und weist es die Angelegenheit zur neuen Beurteilung an das Berufungsgericht zurück, darf sich dieses von Bundesrechts wegen nur noch mit jenen Punkten befassen, die das Bundesgericht kassierte. Die anderen Teile des Urteils haben Bestand und sind in das neue Urteil zu übernehmen. Entscheidend ist dabei die materielle Tragweite des bundesgerichtlichen Entscheids. Die neue Entscheidung der kantonalen Instanz ist somit auf diejenige Thematik beschränkt, die sich aus den bundesgerichtlichen Erwägungen als Gegenstand der neuen Beurteilung ergibt. Das Verfahren wird nur insoweit neu in Gang gesetzt, als dies notwendig ist, um den verbindlichen Erwägungen des Bundesgerichts Rechnung zu tragen (<ref-ruling> E. 5.2.1 mit Hinweisen; Urteil 6B_1431/2017 vom 31. Juli 2018 E. 1.3).
Aufgrund der Bindungswirkung bundesgerichtlicher Rückweisungsentscheide hat die mit der Neubeurteilung befasste kantonale Instanz nach ständiger Rechtsprechung die rechtliche Beurteilung, mit der die Zurückweisung begründet wird, ihrer Entscheidung zugrunde zu legen. Es ist dem Berufungsgericht, abgesehen von allenfalls zulässigen Noven, verwehrt, der Beurteilung des Rechtsstreits einen anderen als den bisherigen Sachverhalt zu unterstellen oder die Sache unter rechtlichen Gesichtspunkten zu prüfen, die im Rückweisungsentscheid ausdrücklich abgelehnt oder überhaupt nicht in Erwägung gezogen worden sind (<ref-ruling> E. 5.3.3 mit Hinweisen). Diese Rechtsprechung beruht auf dem Gedanken, dass das Strafverfahren prinzipiell mit dem Urteil der (oberen) kantonalen Instanz abgeschlossen ist (Urteil 6B_1431/2017 vom 31. Juli 2018 E. 1.3 mit Hinweis).
1.4. Der Prozess wird vorliegend mit der Rückweisung durch das Bundesgericht hinsichtlich des davon betroffenen Streitpunktes in die Lage zurückversetzt, in der er sich vor Fällung des kantonalen Urteils befunden hat (vgl. <ref-ruling> E. 4a; Urteil 6B_1431/2017 vom 31. Juli 2018 E. 1.4). Die Vorinstanz hält zutreffend fest, eine Änderung der Anklage i.S.v. <ref-law> sei in Anwendung von <ref-law> auch noch an der Berufungsverhandlung möglich (vgl. oben E. 1.3.2). Dies bedeutet jedoch nicht, dass eine Anklageänderung im vorliegenden Fall auch nach der Rückweisung durch das Bundesgericht zulässig war. Das Bundesgericht führte in seinem Rückweisungsurteil aus, die Vorinstanz stütze ihre rechtliche Würdigung mithin auf Annahmen und tatsächliche Feststellungen, die nicht nur in untergeordneten sondern massgebenden Punkten vom angeklagten Sachverhalt abwichen. Damit verletze sie <ref-law> und das Anklageprinzip. Es machte die Vorinstanz in Übereinstimmung mit der bisherigen Rechtsprechung zu <ref-law> auf die Möglichkeit einer Anklageänderung aufmerksam, welche weder sie, noch die erste Instanz oder die Staatsanwaltschaft wahrgenommen hätten (Urteil 6B_638/2019 vom 17. Oktober 2019 E. 1.6.1). Entsprechend hat es auch die weiteren Rügen zur willkürlichen Sachverhaltsfeststellung sowie zur Anwendung von <ref-law> nicht behandelt, das vorinstanzliche Urteil aufgehoben und die Sache zu neuer Entscheidung an die Vorinstanz zurückgewiesen (vgl. Urteil 6B_638/2019 vom 17. Oktober 2019 E. 1.6.2). Entgegen der Auffassung der Vorinstanz lässt sich aus den Erwägungen des Bundesgerichts keine explizite Aufforderung zur Rückweisung der Anklageschrift an die Staatsanwaltschaft im Anschluss an den bundesgerichtlichen Rückweisungsentscheid ableiten.
Nachdem die Sache bereits einmal vor Bundesgericht beurteilt worden ist, muss auch die Rechtsprechung zur Bindungswirkung bundesgerichtlicher Rückweisungsentscheide berücksichtigt werden. Vor dem Hintergrund dieser Rechtsprechung hätte die Vorinstanz nur dann einen Schuldspruch ausfällen dürfen, wenn sich dieser auf die ursprüngliche Anklage stützen liesse. Der Strafbefehl vom 20. Februar 2018, welcher zur Anklageschrift wurde, äusserte sich überhaupt nicht zum subjektiven Tatbestand und die Sachverhaltsdarstellung war ausschliesslich auf den äusseren Ablauf gerichtet (vgl. Urteil 6B_638/2019 vom 17. Oktober 2019 E. 1.6.1). Entsprechend bejahte das Bundesgericht auf Beschwerde hin eine Verletzung von <ref-law> und des Anklagegrundsatzes durch die Vorinstanz. Eine Anklageänderung bzw. -ergänzung geht vorliegend über das hinaus, was notwendig war, um den verbindlichen Erwägungen des Bundesgerichts Rechnung zu tragen und ist nach einer Rückweisung durch das Bundesgericht aufgrund der Bindungswirkung nicht mehr zulässig (vgl. Urteil 6B_1431/2017 vom 31. Juli 2018 E. 1.4; VIKTOR LIEBER, in: Kommentar zur Schweizerischen Strafprozessordnung [StPO], Donatsch/Lieber/ Summers/Wohlers [Hrsg.], 3. Aufl. 2020, N. 15 zu <ref-law>; MANON SIMEONI, La modification de l'acte d'accusation au sens de l'art. 333 al. 1 CPP, in: ZStrR 138/2020 S. 199).
Das Bundesgericht hat sich unlängst mit der Frage der Zulässigkeit der Änderung bzw. Ergänzung der Anklage im Rückweisungsverfahren vor der Vorinstanz auseinandergesetzt (vgl. Urteil 6B_1404/2020 vom 17. Januar 2022 E. 2.6, zur Publ. vorgesehen). In diesem Verfahren mit Beteiligung eines Privatklägers hielt es fest, dass die Privatklägerschaft ihren Anspruch auf Verfolgung und Bestrafung der für die Straftat verantwortlichen Person im Gerichtsverfahren bei einer ihrer Ansicht nach ungenügenden Anklage auch mittels eines Antrags auf Ergänzung der Anklage im Sinne einer qualifizierten Tatbegehung bzw. einer härteren rechtlichen Qualifikation durchsetzen darf (Urteil 6B_1404/2020 vom 17. Januar 2022 E. 2.6.7, zur Publ. vorgesehen). Der Privatkläger hatte im kantonalen Verfahren, sowohl erst- als auch zweitinstanzlich, wiederholt um Ergänzung der Anklage ersucht, wobei sein Antrag vom Berufungsgericht nicht korrekt behandelt worden war. Unter den gegebenen Umständen erachtete das Bundesgericht eine Änderung bzw. Ergänzung der Anklage auch nach dem bundesgerichtlichen Rückweisungsentscheid, mit welchem der vorinstanzliche Schuldspruch auf Beschwerde der beschuldigten Person hin wegen Verletzung des Anklageprinzips aufgehoben wurde, noch als möglich (Urteil 6B_1404/2020 vom 17. Januar 2022 E. 2.6.8, zur Publ. vorgesehen). Die Konstellation im vorliegenden Fall unterscheidet sich hier davon insoweit, als es sich um ein Verfahren ohne Beteiligung von Privatklägern handelt, weshalb eine Anklageänderung bzw. -ergänzung nur in engen Grenzen möglich ist (vgl. E. 1.3.2 oben; Urteil 6B_1404/2020 vom 17. Januar 2022 E. 2.6.7, zur Publ. vorgesehen). In casu war eine Anklageänderung bzw. -ergänzung aufgrund der Bindungswirkung bundesgerichtlicher Rückweisungsentscheide nicht mehr zulässig. Das vorinstanzliche Vorgehen widerspricht dem Grundsatz, wonach das Strafverfahren mit dem Urteil der oberen Instanz prinzipiell abgeschlossen ist (vgl. E. 1.3.3 oben). Der Schuldspruch der Vorinstanz verletzt Bundesrecht.
2.
Die Beschwerde ist gutzuheissen. Das Urteil des Obergerichts des Kantons Bern vom 25. September 2020 ist aufzuheben und die Sache ist zu neuer Entscheidung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Damit erübrigt sich eine Auseinandersetzung mit den übrigen Rügen des Beschwerdeführers. Die Vorinstanz wird prüfen müssen, ob ein allfälliger Schuldspruch gestützt auf den ursprünglichen Anklagesachverhalt ergehen kann.
Für das bundesgerichtliche Verfahren sind keine Kosten zu erheben (Art. 66 Abs. 1 und 4 BGG). Der Kanton Bern hat den Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren angemessen zu entschädigen (Art. 68 Abs. 1 und 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird gutgeheissen. Das Urteil des Obergerichts des Kantons Bern vom 25. September 2020 wird aufgehoben und die Sache zu neuer Entscheidung an die Vorinstanz zurückgewiesen.
2.
Es werden keine Kosten erhoben.
3.
Der Kanton Bern hat dem Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren eine Entschädigung von Fr. 3'000.-- auszurichten.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Bern, 2. Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 11. April 2022
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Jacquemoud-Rossari
Die Gerichtsschreiberin: Erb