Sachverhalt:
A.
Am 16. Juli 2007 verpflichtete sich die B._ Architektur AG (Klägerin, Beschwerdegegnerin) zu verschiedenen Architekturleistungen im Zusammenhang mit einem Bauprojekt der A._ Generalunternehmungen GmbH (Beklagte, Beschwerdeführerin). Insbesondere zufolge Kostenüberschreitungen kündigte die A._ Generalunternehmungen GmbH den Architekturvertrag mit Schreiben vom 31. August 2012. Am 25. September 2012 schlossen C._ und D._ namens der A._ Generalunternehmungen GmbH mit der B._ Architektur AG eine Vereinbarung betitelt "Abrechnung erbrachte Teilleistungen B._ Architektur AG per Ende Sept. 2012". Zwischen den Parteien ist streitig, wie diese Abrechnungs-Vereinbarung auszulegen sei, insbesondere die darin enthaltene Saldoklausel.
B.
B.a. Am 9. Mai 2014 reichte die B._ Architektur AG Klage beim Bezirksgericht Willisau ein und beantragte, die A._ Generalunternehmungen GmbH sei zur Zahlung des ausstehenden Honorars von Fr. 248'675.-- nebst Zins zu verpflichten. Zudem sei der Rechtsvorschlag in der Betreibung Nr.xxx/BA Stadt Luzern zu beseitigen. Die Beklagte beantragte Abweisung der Klage.
Mit Urteil vom 11. Juli 2016 verpflichtete das Bezirksgericht Willisau die Beklagte zur Zahlung von Fr. 213'472.-- nebst Zins und hob den Rechtsvorschlag in der Betreibung Nr.xxx/BA Stadt Luzern in diesem Umfang auf.
B.b. Gegen dieses Urteil erhob die Beklagte Berufung und die Klägerin Anschlussberufung. In Gutheissung der Anschlussberufung verurteilte das Kantonsgericht Luzern die Beklagte mit Urteil vom 12. Mai 2017 zur Zahlung von Fr. 248'472.-- nebst Zins und hob den Rechtsvorschlag in der Betreibung Nr.xxx/BA Luzern in diesem Umfang auf.
B.c. Das Bundesgericht hiess die Beschwerde der Beklagten mit Urteil vom 24. November 2017 teilweise gut (Urteil 4A_338/2017 vom 24. November 2017, auszugsweise publ. in <ref-ruling>) und wies die Sache zur Neubeurteilung an das Kantonsgericht Luzern zurück. Das Kantonsgericht Luzern habe zu Unrecht das Vertrauen der Klägerin in eine unzutreffende Information des Instruktionsrichters geschützt und die von ihr nach Durchführung einer Instruktionsverhandlung im zweiten Schriftenwechsel eingereichten Belege ohne Prüfung der Voraussetzungen von Art. 229 Abs. 1 ZPO zugelassen.
B.d. Mit Urteil vom 6. Juli 2018 verurteilte das Kantonsgericht Luzern die Beklagte wiederum, der Klägerin Fr. 248'472.-- nebst je 5 % Zins von Fr. 35'000.-- seit 1. Oktober 2012 und von Fr. 213'472.-- seit 16. Oktober 2012 zu bezahlen. In diesem Umfang hob es den Rechtsvorschlag in der Betreibung Nr. xxx/BA Stadt Luzern auf.
Das Kantonsgericht hielt zunächst fest, dass die von der Klägerin im zweiten Schriftenwechsel eingereichten Belege die Voraussetzungen von Art. 229 Abs. 1 ZPO nicht erfüllten und damit unbeachtet zu bleiben hätten. In der Sache kam das Kantonsgericht zum Schluss, gemäss der Vereinbarung vom 25. September 2012 sei das eingeklagte Honorar von Fr. 213'472.-- geschuldet, wobei die vorbehaltene Garantiepflicht sich nicht auf die von der Beklagten zur Verrechnung gestellte Forderung aus Kostenüberschreitung beziehe. Eine offene Rechnung der Klägerin über Fr. 35'000.--- hielt das Kantonsgericht im Gegensatz zur ersten Instanz nicht als von der Saldoklausel erfasst, weshalb sie ihr diesen Betrag ebenfalls zusprach.
C.
Mit Beschwerde in Zivilsachen stellt die Beklagte die Anträge, das Urteil des Kantonsgerichts Luzern sowie dasjenige des Bezirksgerichts Willisau seien aufzuheben und die Klage sei abzuweisen, eventualiter sei die Sache an das Kantonsgericht Luzern zurückzuweisen.
Die Beschwerdegegnerin beantragt in ihrer Antwort die Abweisung der Beschwerde.
Das Kantonsgericht schliesst in der Vernehmlassung ebenfalls auf Abweisung der Beschwerde.

Erwägungen:
1.
Die Beschwerde richtet sich gegen den Endentscheid (Art. 90 BGG) des Kantonsgerichts Luzern, das die Zivilstreitigkeit der Parteien (Art. 72 BGG) als oberes kantonales Gericht im Rechtsmittelverfahren entschieden hat (Art. 75 BGG), die Beschwerdeführerin ist mit ihren Anträgen unterlegen (Art. 76 BGG), der Streitwert ist erreicht (Art. 74 Abs. 1 lit. b BGG) und die Beschwerdefrist ist eingehalten (Art. 100 i.V.m. Art. 46 Abs. 1 lit. b BGG).
Auf das Begehren, der Entscheid des Kantonsgerichts Luzern sei aufzuheben und die Klage der Beschwerdegegnerin sei abzuweisen, ist - unter Vorbehalt hinreichender Begründung (Art. 42 Abs. 2 und Art. 106 Abs. 2 BGG) - einzutreten. Da sich die Vorinstanz für den Fall, dass die Honorarvereinbarung vom 25. September 2012 nicht gültig sein sollte, weder zur Höhe der Honoraransprüche der Beschwerdegegnerin noch zu allfälligen Schadenersatzansprüchen der Beschwerdeführerin äusserte, käme bei Gutheissung der Beschwerde indes allein eine Rückweisung in Betracht.
Soweit sich die Beschwerde gegen den erstinstanzlichen Entscheid richtet und die Beschwerdeführerin die Aufhebung auch des erstinstanzlichen Entscheides begehrt, kann darauf nicht eingetreten werden.
2.
Die Beschwerdeführerin rügt, die Vorinstanz habe willkürlich und in unzutreffender Auslegung der Vereinbarung vom 25. September 2012 angenommen, dass sie das ungerechtfertigte Honorar anerkannt und auf ihre Ansprüche zufolge massiver Kostenüberschreitung seitens der Beschwerdegegnerin gegen Übergabe der Pläne verzichtet habe.
2.1. Für das Zustandekommen und die Auslegung von Verträgen sind in erster Linie die gegenseitigen Willensäusserungen der Parteien so festzustellen, wie sie tatsächlich gemeint waren (Art. 18 Abs. 1 OR); ergibt sich dabei nach dem angefochtenen Urteil Übereinstimmung, ist das Bundesgericht an diese Feststellung grundsätzlich gebunden (Art. 105 Abs. 1 BGG). Bleibt eine tatsächliche Willensübereinstimmung unbewiesen, sind zur Ermittlung des mutmasslichen Parteiwillens die Erklärungen der Parteien nach Massgabe des Vertrauensprinzips so auszulegen, wie sie nach ihrem Wortlaut und Zusammenhang sowie den gesamten Umständen verstanden werden durften und mussten. Dabei ist vom Wortlaut der Erklärungen auszugehen, die jedoch nicht isoliert, sondern aus ihrem konkreten Sinngefüge heraus zu beurteilen sind (<ref-ruling> E. 5.2.2; <ref-ruling> E. 2.3 S. 398; <ref-ruling> E. 4.2.1 S. 666; <ref-ruling> E. 3.1 S. 632). Massgebend ist der vom Erklärenden verfolgte Regelungszweck, wie ihn der Erklärungsempfänger in guten Treuen verstehen durfte und musste (<ref-ruling> E. 5.2.1 S. 98; <ref-ruling> E. 2.3 S. 398; <ref-ruling> E. 4.2.1 S. 666). Das Bundesgericht überprüft diese objektivierte Auslegung von Willenserklärungen als Rechtsfrage, wobei es an Feststellungen des kantonalen Gerichts über die äusseren Umstände sowie das Wissen und Wollen der Beteiligten gebunden ist, ausser sie seien offensichtlich unrichtig respektive willkürlich (Art. 97 Abs. 1 und Art. 105 Abs. 1 BGG; <ref-ruling> E. 5.2.2; vgl. ferner <ref-ruling> E. 3.3; <ref-ruling> E. 4.2.1 S. 666 f. mit Hinweisen).
2.2. Die Vorinstanz hat festgestellt, dass die Beschwerdeführerin im Kündigungsschreiben vom 31. August 2012 die Beschwerdegegnerin gebeten hat, "sämtliche sachdienlichen Schriftstücke, Pläne, Verträge, elektronischen Aufzeichnungen gem. SIA 102 (Kopie SIA 102 angeleuchtet) bis spätestens am 30. September 2012 Zug um Zug an unseren GU-Leiter C._ / Architekt D._, zu übergeben und ein entsprechendes Übernahmeprotokoll zu führen."
Unter Bezugnahme auf dieses Kündigungsschreiben unterzeichneten daraufhin die Bevollmächtigten C._ und D._ einerseits ein Dokument "Akten- und Plandatenübergabe vom 25.09.2012 an A._" und anderseits ein Dokument "Abrechnung erbrachte Teilleistungen B._ Architektur AG per Ende Sept. 2012" mit folgendem Inhalt:
"Betreffend den [recte: die] erbrachten Teilleistungen per Ende September 2012 gem. Honorarvertrag einigen sich A._ und B._ Architektur AG gemäss den unterzeichneten Beilagen. A._ verpflichtet sich unwiderruflich und sichert zu, sämtliche offenen Rechnungen gemäss dieser Ermittlung der geleisteten und anerkannten Arbeiten inklusive der Entschädigung infolge Kündigung zur Unzeit innert der vertraglich vereinbarten Zahlungsfrist an die B._ Architektur AG zu bezahlen.
B._ Architektur AG verliert nach vollständiger Bezahlung der geleisteten Arbeiten jegliche Ansprüche, auch urheberrechtlicher Art, betreffend die Liegenschaft U._ und wird im Gegenzug aus jeglicher Verantwortung und Verpflichtung entbunden. Die Garantiepflicht für die geleisteten Arbeiten gem. Honorarvertrag (per Ende Sept. 2012) besteht weiter im üblichen Rahmen der im Honorarvertrag geregelten Garantien nach SIA und OR [...].
Die Parteien gelten danach per Saldo aller jeglicher gegenseitiger Ansprüche aus dem Honorarvertrag betreffend die Liegenschaft U._ als abschliessend auseinandergesetzt [...]."
Der in der Schlusszeile des Dokuments ebenfalls erwähnte Anhang umfasst nach den Feststellungen im angefochtenen Entscheid drei Schlussrechnungen, die den Gesamtbetrag von Fr. 213'472.-- ergeben.
2.3. Die Beschwerdeführerin bestreitet die eingeklagte Forderung einerseits mit der Begründung, dass die Abrechnungs-Vereinbarung vom 25. September 2012 nach dem Kündigungsschreiben nur die Aushändigung der Pläne zum Zweck gehabt habe, wozu C._ und D._ auch einzig berechtigt gewesen seien. Anderseits führt die Beschwerdeführerin aus, selbst wenn die Abrechnungs-Vereinbarung ihr zuzuordnen sei, habe sie darin bei zutreffender Auslegung weder den geltend gemachten Honoraranspruch der Beschwerdegegnerin anerkannt noch auf Schadenersatzansprüche aus Kostenüberschreitung verzichtet. Sie stellt dagegen nicht in Frage, dass sie - sofern sie keine Schadenersatzansprüche zur Verrechnung stellen kann - die Forderung über Fr. 35'000.-- schuldet, welche die Vorinstanz in Gutheissung der Anschlussberufung der Beschwerdegegnerin zusprach. Da das Bundesgericht unter Berücksichtigung der allgemeinen Begründungspflicht der Beschwerde (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG), grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen prüft, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind, erübrigen sich insoweit weitere Ausführungen zur zugesprochenen Forderung über Fr. 35'000.--.
2.4. Die Beschwerdeführerin hält auch vor Bundesgericht daran fest, dass nur die Herausgabe der Pläne beabsichtigt war und sie keinesfalls auf Ansprüche aus Kostenüberschreitung verzichten wollte. Hierfür seien D._ und C._, welche in ihrer Vertretung die Abrechnungs-Vereinbarung unterzeichneten, auch nicht befugt gewesen.
2.4.1. Die Vorinstanz ist der Behauptung der Beschwerdeführerin nicht gefolgt, wonach sie in ihrem Kündigungsschreiben vom 31. August 2012 nur zum Ausdruck bringen wollte, dass die bezeichneten Personen die Pläne abholen würden und mit der Formulierung "Zug um Zug" nichts weiter gemeint sei, als das Quittieren des Erhalts der Pläne. Sie hat diese Ansicht insbesondere mit der Begründung verworfen, die Beschwerdeführerin selbst habe Schadenersatz angedroht für den Fall, dass sie die Pläne nicht fristgerecht erhalten würde und habe daher damit rechnen müssen, dass die Beschwerdegegnerin die Pläne nur gegen die versprochene Gegenleistung herausgeben werde. Ausserdem habe die geschäftserfahrene Beschwerdeführerin im Kündigungsschreiben nicht nur von der Übergabe der Pläne "Zug um Zug" geschrieben, sondern auch erwähnt, es sei ein entsprechendes Übernahmeprotokoll zu führen.
2.4.2. Die Beschwerdeführerin rügt zwar als offensichtlich willkürlich, dass sie nach Ansicht der Vorinstanz zur Regelung komplexer Rechtsfragen und eines "Millionenschadens" zwei Planer habe bevollmächtigen wollen. Sie wendet sich damit gegen den Schluss der Vorinstanz, sie habe immerhin den Anschein erweckt, dass C._ und D._ sie auch insoweit vertreten könnten. Sie geht indes selbst davon aus, dass die Vorinstanz eine objektivierte Vertragsauslegung vornahm und damit nicht darauf abstellte, was die Beschwerdeführerin mit ihrer Erklärung tatsächlich beabsichtigte, sondern dass sie diese Erklärung objektiviert so auslegte, wie die Beschwerdegegnerin als Adressatin die Willensäusserung in guten Treuen verstehen durfte und musste (vgl. vorstehend E. 2.1). Wenn die Beschwerdeführerin annimmt, bei objektiver Betrachtung sei im Kündigungsschreiben nur von der Abholung und Übergabe der Pläne "an unseren GU-Leiter C._ / Architekt D._" die Rede, kann ihr nicht gefolgt werden. Die Vorinstanz hat zutreffend erwogen, dass die Aufforderung, die Pläne diesen Personen "Zug um Zug" zu übergeben, nach Treu und Glauben so verstanden werden darf und muss, dass die Pläne als Austausch zur Gegenleistung übergeben werden sollen. Dieses Verständnis gilt nicht ausschliesslich im juristischen Sprachgebrauch, sondern grundsätzlich auch im allgemeinen Geschäftsverkehr, weshalb das Argument der Beschwerdeführerin, C._ und D._ seien juristische Laien, zu kurz greift. Sie macht nämlich zu Recht nicht geltend, ihre Vertretung sei in geschäftlichen Angelegenheiten gänzlich unerfahren. Schliesslich sind vorliegend keine Umstände ersichtlich, die ein anderslautendes Verständnis der Formulierung "Zug um Zug" nahelegen würden. Diese Wendung konnte entgegen der Ansicht der Beschwerdeführerin namentlich nicht der Quittierung des Erhalts der Pläne und weiteren Unterlagen dienen, ergeht doch aus der Honorarvereinbarung, dass ein gesondertes Übernahmeprotokoll zu führen war.
2.4.3. Die Vorinstanz hat ohne Bundesrechtsverletzung erkannt, dass die Beschwerdegegnerin davon ausgehen konnte, C._ und D._ seien bevollmächtigt, anlässlich der Übernahme der Pläne auch Regelungen und Vereinbarungen über allfällige Gegenleistungen abzuschliessen. Insoweit ist irrelevant, dass C._ und D._ weder für die Beschwerdeführerin arbeiteten noch für diese zeichnungsberechtigt waren und kann dahin gestellt bleiben, ob die Vollmacht intern weniger weit reichte, was die Beschwerdeführerin anzudeuten versucht. Es ist einzig massgebend, dass die Beschwerdeführerin von einer Vertretungsberechtigung ausgehen durfte. Wenn der Geschäftsführer der Beschwerdeführerin darauf verzichtete, selbst an das Treffen zu kommen und hierfür Personen schickte, die er als "unseren GU-Leiter C._ / Architekt D._" bezeichnet, konnte es nicht an der Beschwerdegegnerin liegen, den Umfang der Bevollmächtigung im Einzelnen zu hinterfragen. Die Vorinstanz konnte ohne Rechtsverletzung schliessen, dass die Beschwerdeführerin im Zusammenhang mit dem Architekturvertrag duldete, von C._ und D._ generell vertreten zu werden oder den Anschein einer derartigen Vertretungsberechtigung erweckte, auf welchem sie zu behaften ist (vgl. Art. 33 Abs. 3 OR sowie zur Duldungs- und Anscheinsvollmacht insbesondere <ref-ruling> E. 4; <ref-ruling> E. 2b; Urteile 4A_473/2016 16. Februar 2017 E. 3.1.2; 4C.293/2006 17. November 2006 E. 2.1.2).
2.5. Die Beschwerdeführerin hält daran fest, dass die Parteien bei objektiver Auslegung der Vereinbarung keine Saldoklausel vereinbaren wollten, welche auch den Schaden aus Kostenüberschreitung umfasst.
2.5.1. Die Vorinstanz ist zum Schluss gelangt, dass die in der Abrechnungs-Vereinbarung vom 25. September 2012 vorbehaltene Garantiepflicht nicht für Kostenüberschreitungen gilt. Sie stellte fest, dass die Parteien unterschiedlicher Ansicht über die Ursachen der Kostenüberschreitung waren und die Beschwerdegegnerin die in der Kündigung vorgebrachten Gründe zurückwies. Da die Parteien in der Abrechnungs-Vereinbarung eine Saldoklausel für alle gegenseitigen Ansprüche aus dem Honorarvertrag betreffend die Liegenschaft U._ vereinbarten, haben sie nach den Erwägungen der Vorinstanz alle damals bekannten Streitigkeiten aus diesem Honorarvertrag erledigt, die sich auf das Honorar hätten auswirken können. Die Garantiepflicht kann sich danach nur auf die von der Beschwerdegegnerin geleistete Arbeit beziehen, etwa auf mangelhafte Werk- und Ausführungspläne.
2.5.2. Die Beschwerdeführerin vertritt die Ansicht, die Auslegung der Vorinstanz widerspreche sowohl dem Wortlaut wie dem Sinn der Saldokausel. Sie hält dafür, die Kostenschätzung gehöre zu den von der Beschwerdegegnerin "geleisteten Arbeiten" und es stehe auch darin, dass die Parteien "danach" - also nach Abwicklung der zugesicherten Garantien - per Saldo auseinandergesetzt seien. Sie bringt vor, es wäre angesichts des stetig steigenden Umfangs der Kostenüberschreitungen und ihres unbekannten Schadens höchst unvernünftig gewesen, diesen Streitpunkt mit einer Saldoklausel zu regeln, weshalb diese Klausel vernünftigerweise den Schaden aus Kostenüberschreitung nicht umfasse. Auch ist die Auslegung der Vorinstanz nach Ansicht der Beschwerdeführerin unlogisch, da sich auch Garantieleistungen für Werk- und Ausführungspläne auf den Honoraranspruch auswirken könnten.
2.5.3. Nach dem Wortlaut der Vereinbarung besteht die "Garantiepflicht für die geleisteten Arbeiten gem. Honorarvertrag (per Ende Sept. 2012) [...] weiter im üblichen Rahmen der im Honorarvertrag geregelten Garantien nach SIA und OR." Die Beschwerdegegnerin weist zutreffend darauf hin, dass die Haftung für Kostenüberschreitungen üblicherweise nicht als "Garantie" bezeichnet wird; nach üblichem Sprachgebrauch ist Garantie vielmehr etwa für mangelhafte Pläne zu leisten, wie die Vorinstanz zutreffend bemerkt. Aus dem Wort "danach", das nicht im Zusammenhang mit den vorbehaltenen Garantien, sondern in der Formulierung der Saldoklausel verwendet wird, ergibt sich nichts zugunsten des Standpunkts der Beschwerdeführerin.
Auch kann die objektivierte Auslegung der Saldoklausel entgegen der Ansicht der Beschwerdeführerin nicht als widersprüchlich bezeichnet werden. Der Sinn von Saldoklauseln besteht darin, streitige Fragen zu bereinigen. Bei der Unterzeichnung der Saldovereinbarung war den Parteien der Streitpunkt der Kostenüberschreitung bewusst, während allfällige Mängel von Plänen nicht bekannt waren. Die Vorinstanz hat daher zutreffend geschlossen, dass der Streitpunkt der Kostenüberschreitung von der Saldoklausel erfasst ist. Das Auslegungsergebnis ist insoweit eindeutig, womit die von der Beschwerdeführerin angerufene Auslegungsregel " in dubio contra stipulatorem " (vgl. dazu <ref-ruling> E. 2.2.2.3 S. 69, 607 E. 2.2; <ref-ruling> E. 1b S. 158; Urteil 4A_499/2018 vom 10. Dezember 2018 E. 1) von vornherein nicht anzuwenden ist. Insoweit die Beschwerdeführerin schliesslich vorbringt, es sei unvernünftig gewesen und habe deshalb nicht ihr Wille sein können, auf einen Schadenersatzanspruch in angeblicher Millionenhöhe für Kostenüberschreitungen zu verzichten, setzt sie sich über den vorinstanzlich festgestellten Sachverhalt hinweg, womit ihre Ausführungen nicht berücksichtigt werden können (Art. 105 Abs. 1 BGG). Nach ihrem objektivierten Willen, an welchen sie gebunden ist, verzichtete sie auf allfällige Ansprüche aus Kostenüberschreitungen.
3.
Die Beschwerde erweist sich als unbegründet, soweit darauf einzutreten ist. Die Gerichtskosten sind bei diesem Verfahrensausgang der Beschwerdeführerin aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 BGG). Sie hat die anwaltlich vertretene Beschwerdegegnerin, die sich vernehmen liess, für das Verfahren vor Bundesgericht zu entschädigen (Art. 68 Abs. 1 und 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.
Die Gerichtsgebühr von Fr. 6'000.-- wird der Beschwerdeführerin auferlegt.
3.
Die Beschwerdeführerin hat die Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 7'000.-- zu entschädigen.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Kantonsgericht Luzern, 1. Abteilung, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 7. Mai 2019
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Kiss
Der Gerichtsschreiber: Hug