Sachverhalt:
A.
Der am 11. August 2006 geborene A._ leidet an verschiedenen Geburtsgebrechen und ist schwerstbehindert. Am 13. Oktober 2006 erfolgte die Anmeldung für Leistungen der Invalidenversicherung. Die IV-Stelle des Kantons Thurgau anerkannte namentlich den Anspruch auf verschiedene Hilfsmittel und medizinische Massnahmen zur Behandlung der Geburtsgebrechen Ziff. 497, 387, 395, 280 und 390 gemäss Anhang zur Verordnung vom 9. Dezember 1985 über Geburtsgebrechen (GgV). Zudem gewährte sie Kostengutsprache für heilpädagogische Früherziehung, Hilflosenentschädigung zunächst wegen leichter, ab 1. Mai 2009 wegen mittlerer Hilflosigkeit und zusätzlich für eine beschränkte Zeit einen Intensivpflegezuschlag sowie Kostengutsprache für Kinderspitexleistungen und für einen stationären Aufenthalt in einem Kinderheim. Mit Verfügung vom 24. September 2013 hob die IV-Stelle die zugesprochene Hilflosenentschädigung per 31. Dezember 2011 auf, da sich A._ seit längerer Zeit dauernd im Heim aufhalte. Am 13. November 2013 verlängerte sie die Kostengutsprache für Kinderspitexleistungen für die Zeit vom 1. September 2010 bis 31. August 2016 im Umfang von 14 Stunden pro Woche für Untersuchung und Behandlung.
Am 22. August 2017 ersuchte die Kinderspitex Ostschweiz die IV-Stelle um Kostengutsprache für weitere Spitexleistungen für A._. Die dem Gesuch beigelegte Verordnung für Spitexleistungen vom 11. Juli 2017 veranschlagte ab 1. September 2016 einen voraussichtlichen Zeitaufwand von 41 Stunden pro Woche für die Untersuchung und Behandlung, von 35.5 Stunden pro Woche für die Grundpflege und von 0.5 Stunden pro Woche für die Abklärung und Beratung. Nach Einholung von Auskünften bei der Mutter des Versicherten sowie bei der Internatsleiterin der Stiftung C._ vom 18. September 2017 lehnte die IV-Stelle die Kostenübernahme für Kinderspitexleistungen nach Durchführung des Vorbescheidverfahrens mit Verfügung vom 2. Februar 2018 ab.
B.
Die hiegegen erhobene Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau mit Entscheid vom 6. Juni 2018 ab.
C.
Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten lässt A._ beantragen, der vorinstanzliche Entscheid vom 6. Juni 2018 und die zugrundeliegende Verfügung vom 2. Februar 2018 seien aufzuheben; die IV-Stelle sei zu verpflichten, ihm die gesetzlichen Leistungen zu gewähren, insbesondere die notwendigen Kosten der Kinderspitexleistungen bis zum durch die ärztliche Verordnung ausgewiesenen Bedarf an medizinischen Massnahmen im Umfang von 41 Stunden pro Woche für Untersuchung und Behandlung, 35.5 Stunden pro Woche für Grundpflege und 0.5 Stunden pro Woche für Abklärung und Beratung zu übernehmen resp. dafür Kostengutsprache zu erteilen.
Die IV-Stelle, das kantonale Gericht und das Bundesamt für Sozialversicherungen (BSV) beantragen die Abweisung der Beschwerde.
Mit Eingabe vom 23. November 2018 lässt A._ an seinen Anträgen festhalten.

Erwägungen:
1.
1.1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann wegen Rechtsverletzungen gemäss Art. 95 und 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es ist folglich weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann sie mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen. Immerhin prüft das Bundesgericht, unter Berücksichtigung der allgemeinen Pflicht zur Begründung der Beschwerde (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG), grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind (<ref-ruling> E. 1 S. 236 mit Hinweisen).
1.2. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>), und kann eine - für den Ausgang des Verfahrens entscheidende (vgl. <ref-law>) - Sachverhaltsfeststellung nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law>). Eine Sachverhaltsfeststellung ist nicht schon dann offensichtlich unrichtig, wenn sich Zweifel anmelden, sondern erst, wenn sie eindeutig und augenfällig unzutreffend ist (<ref-ruling> E. 3.1 S. 44). Eine offensichtlich unrichtige Sachverhaltsfeststellung weist damit die Tragweite von Willkür auf (<ref-ruling> E. 8.1 S. 153).
2.
Es ist unbestritten, dass der Beschwerdeführer Anspruch auf medizinische Massnahmen zur Behandlung seiner Geburtsgebrechen hat. Streitig und zu prüfen ist, ob die Vorinstanz Bundesrecht verletzt hat, indem sie die von der IV-Stelle am 2. Februar 2018 verfügte Abweisung der Kostengutsprache für Kinderspitexleistungen bestätigte. Der Versicherte besucht den Tag hindurch die Sonderschule der Stiftung C._ und verbringt die Nächte in den Räumlichkeiten dieser Stiftung.
3.
Der Anspruch auf medizinische Massnahmen der Invalidenversicherung ist in Art. 12 bis 14 IVG und den entsprechenden Verordnungsbestimmungen geregelt.
3.1. Nach <ref-law> haben Versicherte bis zum vollendeten 20. Altersjahr Anspruch auf die zur Behandlung von Geburtsgebrechen (<ref-law>) notwendigen medizinischen Massnahmen. Der Bundesrat bezeichnet die Gebrechen, für welche diese Massnahmen gewährt werden (<ref-law>). Dies ist, gestützt auf den Verweis in <ref-law>, in der Verordnung vom 9. Dezember 1985 über Geburtsgebrechen (GgV) und ihrem Anhang erfolgt. Gemäss Art. 2 Abs. 3 GgV gelten als medizinische Massnahmen, die für die Behandlung eines Geburtsgebrechens notwendig sind, sämtliche Vorkehren, die nach bewährter Erkenntnis der medizinischen Wissenschaft angezeigt sind und den therapeutischen Erfolg in einfacher und zweckmässiger Weise anstreben.
3.2. Die medizinischen Massnahmen umfassen die Behandlung, die vom Arzt selbst oder auf seine Anordnung durch medizinische Hilfspersonen in Anstalts- oder Hauspflege vorgenommen wird, mit Ausnahme von logopädischen und psychomotorischen Therapien (<ref-law>), und die Abgabe der vom Arzt verordneten Arzneien (<ref-law>).
3.3.
3.3.1. Im Urteil 8C_81/2010 vom 7. Juli 2010 (<ref-ruling>) hat das Bundesgericht entschieden, dass bei Hauspflege vorgenommene Vorkehren (i.c. durch eine Kinderspitex), deren Durchführung keine medizinische Berufsqualifikation erfordert, keine medizinischen Massnahmen im Sinne von Art. 13 Abs. 1 in Verbindung mit <ref-law> und Art. 2 Abs. 3 GgV darstellen, sondern gegebenenfalls einen Anspruch auf eine Hilflosenentschädigung und auf einen Intensivpflegezuschlag begründen (E. 11.2, nicht publ. in: <ref-ruling>, aber in: SVR 2011 IV Nr. 21 S. 56).
3.3.2. Im Nachgang zu <ref-ruling> erstellte das BSV mit IV-Rundschreiben Nr. 297 vom 1. Februar 2011 eine abschliessende Liste derjenigen Leistungen im Bereich der Kinderspitex, welche nach Art. 13 bzw. 14 IVG als medizinische Massnahmen von der Invalidenversicherung übernommen werden, und gab bei jeder einzelnen Leistung den maximal anrechenbaren (zu vergütenden) Zeitaufwand an. Die Aufsichtsbehörde nahm in der Folge im IV-Rundschreiben Nr. 308 vom 27. Februar 2012 Präzisierungen vor und erhöhte u.a. diese Obergrenze "in Situationen, in welchen während 24 Stunden pro Tag mit medizinischen Notfallinterventionen zu rechnen ist" von maximal sieben Stunden auf maximal acht Stunden pro Tag.
3.3.3. Das Bundesgericht erkannte allerdings, dass für die Kostenübernahme durch die Invalidenversicherung allein entscheidend ist, ob bzw. dass in Bezug auf die (einzelnen) Leistungen der Kinderspitex die Voraussetzungen nach Art. 13 Abs. 1 und <ref-law> gegeben sind. Die Begrenzung nach Zeitaufwand im damals geltenden IV-Rundschreiben Nr. 308 vom 27. Februar 2012 bezeichnete es als nicht massgebend (SVR 2017 IV Nr. 60 S. 186, 9C_299/2016 E. 4.4; Urteil 9C_46/2017 vom 6. Juni 2017 E. 3.1). Daraufhin wurde das IV-Rundschreiben Nr. 308 vom 27. Februar 2012 zwecks Umsetzung des Urteils 9C_299/2016 vom 13. Februar 2017 durch das IV-Rundschreiben Nr. 362 "Kinderspitex-Leistungen nach Artikel 13 IVG in Verbindung mit Artikel 14 IVG" vom 23. März 2017 ersetzt (vgl. zum Ganzen Urteil 8C_229/2018 vom 28. Januar 2019 E. 4.3).
4.
4.1. Das kantonale Gericht hat im Wesentlichen festgestellt, dass die in der Stiftung C._ dauernd untergebrachten Kinder von 07.00 bis 21.00 Uhr durch Mitarbeiter der Stiftung selber betreut würden. Danach komme eine Person der Spitex für die Nachtwache, die jedoch nicht für eine einzelne Person oder einzelne Aufgaben zuständig sei, sondern dieselben Aufgaben erledige wie tagsüber die Mitarbeiter der Stiftung C._. Daraus ergebe sich, so die Vorinstanz, dass die Betreuung der Kinder durch Fachpersonal der Stiftung selber sichergestellt werden könne. Insoweit sei auf die Frage der fachlichen Qualifikation des Personals nicht weiter einzugehen, müsse doch in Anbetracht der kantonalen Betriebsbewilligung als Sonderschule zumindest genügend Personal mit der erforderlichen Ausbildung vorhanden sein. Wie die telefonische Auskunft bei der Stiftung ergeben habe, komme die Kinderspitex nicht mehrmals am Tag zur individuellen Betreuung des Beschwerdeführers, sondern decke lediglich ab 21.00 Uhr die Nachtwache für die ganze Gruppe von Kindern ab. Gemäss Rechtsprechung (in <ref-ruling> nicht publizierte E. 11.1 des Urteils 8C_81/2010 vom 7. Juli 2010) stelle es keine medizinische Massnahme im Sinne der Invalidenversicherung dar, wenn Pflegepersonen der Kinderspitex an zwei Nächten pro Woche Leistungen erbrächten, zu deren Vornahme die Eltern in den übrigen fünf Nächten selbstständig in der Lage seien. Dies müsse - so das kantonale Gericht - auch gelten, wenn die Fachpersonen bzw. die Angestellten eines Heimes selber in der Lage seien, die Betreuung zu gewährleisten. Reine Entlastungsdienste wie die geleistete Nachtwache zur Entlastung des Personals der Stiftung C._ stellten daher keine medizinische Massnahme im Sinne der Invalidenversicherung dar.
4.2. Der Beschwerdeführer rügt eine offensichtlich unrichtige Sachverhaltsfeststellung durch das kantonale Gericht, die sich auf die rechtliche Würdigung auswirke.
5.
5.1. Die vorinstanzliche Argumentation, wonach es sich bei den strittigen Leistungen der Kinderspitex um reine Entlastungsmassnahmen zugunsten des Personals der Stiftung C._, mithin nicht um medizinische Massnahmen für den Beschwerdeführer im Sinne der Invalidenversicherung handle, basiert - wie bereits die leistungsablehnende Verfügung der IV-Stelle vom 2. Februar 2018 - hauptsächlich auf der telefonischen Abklärung vom 18. September 2017. Diese Nachfrage bei der Internatsleiterin der Stiftung C._ erfolgte im Zusammenhang mit dem Verlängerungsantrag für Leistungen der Kinderspitex für den Beschwerdeführer. Sie ergab, dass eine Spitexperson für die Nachtwache in der Internatgruppe 7 und 8 vorbeikomme und nicht nur die Nachtwache für einzelne Kinder wie z.B. den Beschwerdeführer, sondern die Nachtaufgaben für alle Kinder der Gruppe übernehme. Zudem würden teilweise auch tagsüber Personen von der Kinderspitex in der Stiftung arbeiten. Sie seien dann jedoch nicht für einzelne Personen oder einzelne Aufgaben zuständig, sondern würden dieselben Aufgaben erledigen wie die Mitarbeitenden der Stiftung. Auch diese seien ausgebildete Pflegefachfrauen. Es könnten daher keine näheren Angaben bezüglich Pflegeleistungen der Kinderspitex für den Beschwerdeführer gemacht werden, da es immer sehr unterschiedlich sei und sowohl Grund- als auch Behandlungspflege erbracht werde. Von wem diese Aufgaben übernommen würden, werde individuell bestimmt.
5.2. Wenn das kantonale Gericht gestützt auf diese Beweiserhebung feststellt, die Kinderspitex decke lediglich die Nachtwache ab 21.00 Uhr ab, ist diese Sachverhaltsfeststellung aktenwidrig und damit offensichtlich unrichtig. Ebenso unrichtig ist die daraus gezogene rechtliche Würdigung, es handle sich bei den Leistungen der Kinderspitex um reine Entlastung der Mitarbeitenden der Stiftung, da die Spitex in der Nacht dieselben Leistungen erbringe wie die Mitarbeiter tagsüber.
5.2.1. Gestützt auf die erwähnte Beweiserhebung ist, wie der Beschwerdeführer richtig vorbringt, davon auszugehen, dass auch tagsüber Personen der Kinderspitex in der Stiftung C._ arbeiten. Mithin ist die Schlussfolgerung, es handle sich nicht um medizinische Massnahmen, da sie während des Tages von Mitarbeitenden der Stiftung erbracht würden, falsch. Sie würde selbst dann zu kurz greifen, wenn tagsüber tatsächlich ausschliesslich Mitarbeitende der Stiftung die Leistungen erbringen würden, müsste doch diesfalls geprüft werden, ob es sich dabei um medizinische Hilfspersonen im Sinne von <ref-law> handelt, was aus den Akten nicht genügend hervorgeht. Insofern kann auch nicht einfach auf <ref-ruling> verwiesen werden, wurde der reine Entlastungscharakter dort ja damit begründet, dass keine medizinische Notwendigkeit bestand, die Vorkehren durch medizinisch ausgebildetes Personal vornehmen zu lassen, und dass die Spitex an zwei Nächten pro Woche Leistungen erbrachte, zu deren Vornahme die Eltern als medizinische Laien in den übrigen Nächten selber in der Lage waren. Der vorliegend zu beurteilende Sachverhalt lässt sich daher auch nicht mit dem jüngst ergangenen Urteil 8C_541/2018 vom 10. April 2019 und seinen Nachfolgefällen vergleichen, bei welchen die Kinderspitex im Rahmen eines sog. Hängematten-Aufenthalts der Kinder in den Räumlichkeiten der Stiftung C._ die Betreuung und Pflege erbringt, welche in der übrigen Zeit durch die Eltern als medizinische Laien vorgenommen wird, und so eine reine Entlastungsmassnahme für die Eltern darstellt.
5.2.2. Vorliegend entscheidend ist, ob die Kinderspitex auf ärztliche Verordnung vom 11. Juni 2017 hin medizinische Massnahmen für den Beschwerdeführer erbringt, tagsüber oder nachts. Soweit die Vorinstanz dies verneint mit der Begründung, die Spitex übernehme alle Aufgaben für eine ganze Gruppe von Kindern und erbringe nicht individuelle Massnahmen für den Beschwerdeführer, kann sie dies nicht auf die getroffenen Beweiserhebungen abstützen. Der Aktennotiz über die telefonische Abklärung vom 18. September 2017 kann lediglich entnommen werden, dass die Kinderspitex tagsüber die gleichen Aufgaben erledigt wie die Mitarbeiter der Stiftung. Die Internatsleiterin konnte daher keine Angaben bezüglich der Pflegeleistungen für den Beschwerdeführer konkret machen, da sowohl Grund- wie auch Behandlungspflege geleistet und individuell bestimmt werde, wer diese Aufgaben übernehme.
5.3. Zusammenfassend ist der massgebende Sachverhalt offensichtlich unrichtig, unvollständig und damit in Verletzung von Bundesrecht festgestellt worden. Die Sache ist daher an die Beschwerdegegnerin zurückzuweisen, damit sie abklärt, ob die Spitex ärztlich angeordnete medizinische Massnahmen für den Beschwerdeführer erbringt, und anschliessend über dessen Leistungsanspruch neu verfügt.
6.
Die Rückweisung der Sache zu erneuter Abklärung (mit noch offenem Ausgang) gilt für die Frage der Auferlegung der Gerichtskosten wie auch der Parteientschädigung als vollständiges Obsiegen im Sinne von Art. 66 Abs. 1 sowie Art. 68 Abs. 1 und 2 BGG, unabhängig davon, ob sie beantragt oder ob das entsprechende Begehren im Haupt- oder im Eventualantrag gestellt wird (<ref-ruling> E. 11.1 S. 312 mit Hinweis). Mithin hat die unterliegende IV-Stelle die Gerichtskosten zu tragen und dem Beschwerdeführer eine Parteientschädigung auszurichten.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird teilweise gutgeheissen. Der Entscheid des Verwaltungsgerichts des Kantons Thurgau vom 6. Juni 2018 und die Verfügung der IV-Stelle des Kantons Thurgau vom 2. Februar 2018 werden aufgehoben. Die Sache wird zur weiteren Abklärung und zu neuer Verfügung an die IV-Stelle des Kantons Thurgau zurückgewiesen. Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden der Beschwerdegegnerin auferlegt.
3.
Die Beschwerdegegnerin hat den Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2'800.- zu entschädigen.
4.
Die Sache wird zur Neuverlegung der Kosten und der Parteientschädigung des vorangegangenen Verfahrens an das Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau zurückgewiesen.
5.
Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 25. April 2019
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Maillard
Die Gerichtsschreiberin: Kopp Käch