Faits :
A.
A.a. B._ SA est une société sise à U._, active dans la gérance et la gestion immobilière.
A.b. Le 8 août 2011, A._ a signé par-devant notaire un titre d'exécution directe relatif à divers contrats de prêt contractés auprès de B._ SA entre novembre 2006 et février 2010 pour un montant total de 5'618'190 fr. 40.
Après l'énumération des quatorze contrats de prêt concernés (" les conventions "), le titre mentionne ce qui suit :
" Exécution directe
Ceci exposé, la comparante déclare accepter l'exécution directe, au sens des articles 347 et suivants du Code de procédure civile (CPC), des prestations convenues dans les conventions susmentionnées, soit:
a) L'obligation de rembourser le montant en capital total des prêts, soit la somme de cinq millions six cent dix-huit mille cent nonante francs quarante centimes (fr. 5'618'190.40) lors de l'exécution de la vente du Château de V._, parcelles 309 et 645 de V._, chemin X._.
b) L'obligation d'acquitter les intérêts des dettes d'un montant total de CHF 398'458.85 (trois cent nonante-huit mille quatre cent cinquante-huit francs huitante cinq centimes) au 8 août 2011.
Il est ici précisé que, conformément aux termes et conditions des conventions, ces prestations deviendront exigibles:
a) pour le remboursement en capital des prêts, le 8 août 2011,
b) pour le paiement des intérêts, à l'échéance dans leur totalité le 8 août 2011, pour un montant de CHF 398'458.85 (trois cent nonante-huit mille quatre cent cinquante-huit francs huitante cinq centimes).
En vertu des conventions susmentionnées, la comparante A._ reconnaît devoir à la société anonyme B._ S.A. la somme en capital de CHF 5'618'190.40 (cinq millions six cent dix-huit mille cent nonante francs quarante centimes) avec intérêts correspondant à CHF 398'458.85 (trois cent nonante-huit mille quatre cent cinquante-huit francs huitante cinq centimes), arrêtés au 8 août 2011.
Le notaire soussigné attire expressément l'attention de la comparante sur le fait que le caractère exécutoire du présent acte, au sens de l'article 347 du Code de procédure civile (CPC), autorise sa créancière à le faire valoir comme titre de mainlevée définitive au sens des articles 80 et 81 de la Loi fédérale sur la poursuite pour dettes et la faillite (LP). "
A.c. Sur requête de B._ SA, le Tribunal de première instance du canton de Genève (ci-après: Tribunal) a ordonné le 1 er juin 2017 le séquestre, à concurrence de 4'298'190 fr. 40 avec intérêts correspondant à 63'507 fr. 80, de diverses actions appartenant à A._ dans deux sociétés anonymes sises en Suisse.
A.d. Sur réquisition de B._ SA, l'Office des poursuites du canton de Genève a notifié le 26 septembre 2017 à A._ un commandement de payer en validation du séquestre, poursuite n° xx xxxxxx x, portant sur 4'298'190 fr. 40 dus sur la base du titre d'exécution directe du 8 août 2011 (poste 1), 63'507 fr. 80 correspondant aux intérêts déjà exigibles depuis le 8 août 2011 (poste 2), 2'048 fr. 40 à titre de coût du procès-verbal de séquestre n° yy yyyyyy y (poste 3) et 10'000 fr. à titre de dépens selon ordonnance de séquestre n° yy yyyyyy y (poste 4).
A._ a formé opposition au commandement de payer précité.
B.
B.a. Statuant le 5 décembre 2017 sur l'opposition formée par A._ contre l'ordonnance de séquestre du 1 er juin 2017, le Tribunal a réduit la créance sous séquestre à 4'102'649 fr. 25, avec intérêts correspondant à 63'507 fr. 80.
Le Tribunal a retenu que A._ avait rendu vraisemblable que B._ SA avait perçu les sommes de 600'000 fr. et 1'914'000 fr. suite à la vente du Château de V._ et 850'000 fr. le 18 avril 2012. Toutefois, seul le montant de 1'914'000 fr. était lié à l'engagement contracté aux termes du titre d'exécution directe. Ce montant devait être imputé en premier lieu sur les intérêts (398'458 fr. 85), puis sur le capital (5'618'190 fr. 40), de sorte que le capital avait été réduit à 4'102'649 fr. 25, étant précisé que le montant des intérêts (63'507 fr. 80) n'était pas contesté.
A._ a formé recours contre ce jugement. La Cour de justice du canton de Genève (ci-après: Cour de justice) a informé les parties le 13 mars 2018 de ce que la cause était gardée à juger.
B.b. Parallèlement à la procédure de séquestre, par acte déposé le 20 octobre 2017, B._ SA a requis du Tribunal le prononcé de la mainlevée définitive de l'opposition formée par A._ au commandement de payer, poursuite n° xx xxxxxx x, à concurrence de 4'298'190 fr. 40, avec intérêts déjà exigibles depuis le 8 août 2011 correspondant à 63'507 fr. 80.
Par jugement du 25 mai 2018, le Tribunal a prononcé la mainlevée définitive de l'opposition formée par A._ au commandement de payer, poursuite n° xx xxxxxx x, à concurrence de 4'102'649 fr. 25, 63'507 fr. 80 et 10'000 fr. (ch. 1 du dispositif), arrêté les frais judiciaires à 1'500 fr., compensés avec l'avance fournie par B._ SA et mis à la charge de A._ (ch. 2), condamné A._ à verser à B._ SA 4'000 fr. TTC à titre de dépens (ch. 3) et débouté les parties de toutes autres conclusions (ch. 4).
B.c.
B.c.a. Par acte expédié le 11 juin 2018 à la Cour de justice, A._ a recouru contre le jugement précité. Elle a conclu, principalement, au rejet de la requête de mainlevée définitive, avec suite de frais judiciaires et dépens, et, subsidiairement, au renvoi de la cause au Tribunal pour nouvelle décision dans le sens des considérants.
Dans sa réponse du 9 juillet 2018, B._ SA a conclu au rejet du recours, avec suite de frais judiciaires et dépens.
Les parties ont ensuite répliqué et dupliqué, en persistant dans leurs conclusions. Elles ont chacune déposé une pièce nouvelle, à savoir A._ l'arrêt rendu par la Cour de justice le 5 juin 2018 dans la procédure en opposition au séquestre opposant les parties, et B._ SA le recours en matière civile formé le 16 juillet 2018 par A._ contre cet arrêt.
B.c.b. Par arrêt du 1 er octobre 2018, la Cour de justice a rejeté le recours formé par A._.
C.
Par acte posté le 12 novembre 2018, A._ interjette un recours en matière civile contre cet arrêt. Elle conclut principalement à sa réforme, en ce sens que la requête de mainlevée définitive est rejetée, et subsidiairement à son annulation et au renvoi de la cause à l'instance précédente pour nouvelle décision dans le sens des considérants. En substance, elle se plaint de l'établissement manifestement inexact des faits et de la violation des art. 80 s. LP.
Des observations au fond n'ont pas été requises.
D.
Par ordonnance du 18 décembre 2018, l'effet suspensif a été attribué au recours.

Considérant en droit :
1.
Le présent recours a été interjeté en temps utile (<ref-law>) contre une décision finale (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 1.1) rendue en matière de poursuite pour dettes (<ref-law>, en relation avec l'<ref-law>; <ref-ruling> consid. 1.1) par le tribunal supérieur d'un canton ayant statué sur recours (art. 75 al. 1 et 2 LTF). La valeur litigieuse est atteinte (<ref-law>). La poursuivante, qui a succombé devant l'autorité précédente, a qualité pour recourir (<ref-law>). Le recours en matière civile est ainsi recevable au regard des dispositions qui précèdent.
2.
2.1. Contre un prononcé de mainlevée définitive, le recours en matière civile peut être formé pour violation du droit, tel qu'il est délimité par les art. 95 et 96 LTF (cf. <ref-ruling> consid. 1.3.2; <ref-ruling> consid. 1.5). Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (<ref-law>), sans être lié ni par les motifs de l'autorité précédente, ni par les moyens des parties; il peut donc admettre le recours en se fondant sur d'autres arguments que ceux invoqués par le recourant, comme il peut le rejeter en opérant une substitution de motifs (<ref-ruling> consid. 3; <ref-ruling> consid. 1.4). Cela étant, eu égard à l'exigence de motivation contenue à l'art. 42 al. 1 et 2 LTF, il n'examine en principe que les griefs soulevés; il n'est pas tenu de traiter, à l'instar d'une autorité de première instance, toutes les questions juridiques pouvant se poser, lorsque celles-ci ne sont plus critiquées devant lui (<ref-ruling> consid. 2; <ref-ruling> consid. 1.3; <ref-ruling> consid. 1.4). Le recourant doit par conséquent discuter les motifs de la décision entreprise et indiquer précisément en quoi il estime que l'autorité précédente a méconnu le droit (<ref-ruling> consid. 2 et les références). En outre, le Tribunal fédéral ne connaît de la violation de droits fondamentaux que si de tels griefs ont été invoqués et motivés par le recourant ("principe d'allégation", <ref-law>; <ref-ruling> consid. 2.2; <ref-ruling> consid. 3.3; <ref-ruling> consid. 1.2, 397 consid. 1.4 in fine), c'est-à-dire s'ils ont été expressément soulevés et exposés de façon claire et détaillée (ATF <ref-ruling> consid. 1.2; <ref-ruling> consid. 1.4.2). Les critiques de nature appellatoire sont irrecevables (<ref-ruling> consid. 2.3; <ref-ruling> consid. 10.1 et les références).
2.2. Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>); il ne peut s'en écarter que si ceux-ci ont été établis de façon manifestement inexacte - soit de manière arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (<ref-ruling> consid. 2; <ref-ruling> consid. 4.2; <ref-ruling> consid. 1.5; <ref-ruling> consid. 1.4.1; <ref-ruling> consid. 1.2.2) - ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> (<ref-law>) et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1 in fine LTF). Le recourant qui soutient que les faits ont été établis d'une manière manifestement inexacte doit soulever ce grief en présentant une argumentation conforme au principe d'allégation susmentionné (cf. supra consid. 2.1).
3.
L'autorité cantonale a tout d'abord admis l'identité entre le titre authentique présenté devant le juge de la mainlevée et la créance déduite en poursuite. Elle a considéré que celles-ci résultaient toutes deux des divers prêts consentis par l'intimée à la recourante. En outre, la créance retenue dans le titre correspondait à la somme que la recourante devait à l'intimée le 8 août 2011, alors que la prétention déduite en poursuite correspondait au montant que, selon l'intimée, la recourante restait lui devoir au jour de la réquisition de poursuite.
L'autorité cantonale a retenu que le titre authentique du 8 août 2011 valait titre de mainlevée en tant qu'il était clair et qu'aucune disposition de ce document ne permettait de retenir qu'en cas de remboursement partiel de la dette, le solde ferait l'objet d'une remise de dette, ni que le titre deviendrait caduc après l'exécution de la vente du château, soit le jour même de son établissement.
4.
La recourante se plaint d'arbitraire dans l'établissement des faits.
4.1. Elle oppose à l'autorité cantonale de n'avoir pas tenu compte de l'arrêt cantonal rendu dans la procédure d'opposition à séquestre qu'elle a pourtant produit devant elle et qui établit que le montant sur lequel le séquestre doit porter s'élève à 4'102'649 fr. 25. Selon la recourante, l'autorité cantonale devait tenir compte de cet arrêt dans la mesure où la mainlevée ne peut pas être prononcée pour un montant supérieur à celui retenu dans la procédure de séquestre étant donné que la procédure de mainlevée a pour objet la validation du séquestre.
4.2.
4.2.1. En matière d'appréciation des preuves et d'établissement des faits, il n'y a arbitraire que lorsque l'autorité ne prend pas en compte, sans aucune raison sérieuse, notamment un élément de preuve propre à modifier la décision (<ref-ruling> consid. 1.1).
4.2.2. Le séquestre est une mesure conservatoire provisoire; il est destiné à conserver des biens du débiteur afin que le créancier puisse être désintéressé sur ces mêmes biens s'il parvient à démontrer son droit, auquel cas il deviendra définitif (<ref-ruling> consid. 2.3; STOFFEL/CHABLOZ, Voies d'exécution, 3 ème éd., 2016, § 8 n° 2). Il est autorisé lorsque le requérant rend vraisemblable que sa créance existe (arrêt 5A_365/2012 du 17 août 2012 consid. 5.1, non publié in <ref-ruling>). Le séquestre n'a pas d'autre fonction et, en particulier, n'accorde aucun privilège de droit matériel au séquestrant. Ce dernier ne peut obtenir la réalisation des biens mis sous main de justice sans avoir validé le séquestre dans une procédure permettant au débiteur de faire valoir ses moyens, en ce sens que le créancier doit obtenir un titre exécutoire (commandement de payer non frappé d'opposition ou dont l'opposition a été définitivement levée; arrêt 5A_673/2015 du 16 décembre 2015 consid. 4.1, publié in SJ 2016 I p. 379). Le séquestre ne préjuge donc en rien de la réalité ou de l'exigibilité de la prétention qui, au stade de l'autorisation de séquestre, ne sont examinées que sous l'angle de leur vraisemblance (<ref-ruling> consid. 3).
La validation peut se faire directement par une poursuite que le créancier peut introduire même avant l'octroi du séquestre (<ref-ruling> consid. 4 in initio; <ref-law>). Le séquestre est considéré comme validé une fois que le créancier séquestrant a valablement requis la continuation de la poursuite (<ref-law>). Si le débiteur forme opposition, le créancier doit donc requérir la mainlevée. La procédure de mainlevée a pour but de constater l'existence d'un titre exécutoire, le juge de la mainlevée ne se prononçant que sur la force probante du titre produit (<ref-ruling> consid. 4.1.1 et les références).
Il ressort de ce qui précède que, si la mainlevée, qui peut éventuellement être requise à l'occasion d'une poursuite, sert à valider le séquestre, les deux procédures n'ont pas le même objet. Le montant retenu pour fixer les biens à séquestrer ne détermine donc pas celui pour lequel la mainlevée peut être accordée.
4.2.3. En l'espèce, le fait dont la recourante dénonce l'omission arbitraire n'est pas pertinent pour l'issue du litige. Son grief est donc irrecevable.
5.
La recourante se plaint de la violation de l'art. 80 al. 2 ch. 1 bis LP. Elle soutient qu'il n'y a pas d'identité entre la prétention déduite en poursuite et la créance contenue dans le titre de mainlevée.
5.1. La recourante expose que la prétention déduite en poursuite se monte à 4'298'190 fr. 40 en capital et à 63'507 fr. 80 en intérêts, alors que la créance établie dans le titre d'exécution directe du 8 août 2011 se monte à 5'618'190 fr. 40 et 398'458 fr. 40 et qu'il appartenait à l'intimée de justifier cette différence pour démontrer l'identité précitée. Elle prétend qu'elle ne sait pas à quoi correspondent les montants mis en poursuite et que l'intimée n'a jamais démontré les paiements intervenus en sa faveur tandis qu'elle a, pour sa part, démontré dans son mémoire de réponse du 9 avril 2018 avoir versé 2'514'000 fr. en faveur de l'intimée. Elle ajoute que l'intimée n'a pas expliqué non plus la date et la manière de calculer les intérêts de 63'507 fr. 80.
5.2. Le commandement de payer doit contenir, notamment, le titre de la créance, par quoi il faut entendre par exemple le jugement exécutoire ou les titres assimilés, ou, à défaut, la cause de l'obligation, soit la source de la créance (art. 69 al. 1 ch. 1 et 67 al. 1 ch. 4 LP). Ces dispositions ont pour but de renseigner le poursuivi sur la créance alléguée et doivent lui permettre de prendre position (<ref-ruling> consid. 2.2.2; arrêts 5A_8/2016 du 21 juin 2016 consid. 4.2; 5A_169/2009 du 3 novembre 2009 consid. 2.1). La mainlevée ne peut être prononcée par le juge que s'il y a, entre autres, identité entre la prétention déduite en poursuite et le titre présenté (<ref-ruling> consid. 4.1.1; arrêt 5A_1001/2015 du 22 juin 2016 consid. 5.3.2, publié in BlSchK 2018 p. 4).
5.3. En l'espèce, il ressort du commandement de payer en validation du séquestre, poursuite n° xx xxxxxx x, que l'intimée a mis en poursuite un montant en capital " d[û] sur la base du titre d'exécution directe du 8 août 2011" et un autre " correspondant aux intérêts déjà exigibles depuis le 8 août 2011". Elle a produit devant le juge de la mainlevée le titre d'exécution directe passé devant notaire le 8 août 2011. Il y a donc identité entre les prétentions déduites en poursuite et le titre. Autre est la question de savoir pour quels montants la mainlevée doit être prononcée sur la base de ce titre. L'intimée a mis en poursuite un montant moins élevé que celui ressortant du titre, de sorte que la mainlevée pouvait, au maximum, être accordée pour ce montant-là. Si la recourante considérait qu'elle avait procédé à d'autres remboursements, supérieurs à ceux que l'intimée avait déjà admis en diminuant sa créance mise en poursuite, il lui appartenait de démontrer immédiatement cette objection (<ref-law>). A cet égard, il sied de relever que la critique de la recourante selon laquelle elle aurait déjà effectué un versement de 2'514'000 fr. dont l'autorité cantonale n'aurait pas tenu compte doit être déclaré irrecevable: il est vrai que l'autorité cantonale ne discute pas ce point; toutefois, la recourante ne dénonce en lien avec celui-ci ni la violation de l'art. 9 Cst. dans l'établissement des faits, ni celle de son droit d'être entendu (art. 29 al. 2 Cst.) au motif qu'un de ses griefs n'aurait pas été traité.
Il suit de là que le grief de la recourante doit être rejeté.
6.
La recourante se plaint de la violation de l'<ref-law>. Elle soutient que le titre d'exécution directe est éteint.
6.1. La recourante expose que, par les termes " lors de l'exécution de la vente du Château de V._ ", le titre contient une limitation temporelle, de sorte que, la vente ayant eu lieu et les remboursements effectués sur cette base également, la prestation prévue dans le titre est totalement éteinte.
6.2. La procédure de mainlevée est une pure procédure d'exécution forcée, un incident de la poursuite. Le juge se limite à examiner le jugement exécutoire ou les titres y assimilés, ainsi que les trois identités - l'identité entre le poursuivant et le créancier désigné dans ce titre (<ref-ruling> consid. 3.1), l'identité entre le poursuivi et le débiteur désigné et l'identité entre la prétention déduite en poursuite et le titre qui lui est présenté - et à statuer sur le droit du créancier de poursuivre le débiteur, c'est-à-dire à décider si l'opposition doit ou ne doit pas être maintenue (<ref-ruling> consid. 4.1.1; arrêt 5A_58/2015 du 28 avril 2015 consid. 3, non publié in <ref-ruling>, publié in Pra 2016 (16) p. 120). Il n'a ni à revoir ni à interpréter le titre qui lui est produit; il ne lui appartient pas non plus de trancher de délicates questions de droit matériel ou pour la solution desquelles le pouvoir d'appréciation joue un rôle important, la décision sur de telles questions étant réservée au juge du fond (<ref-ruling> consid. 4.3.1; <ref-ruling> consid. 5.2.1; <ref-ruling> consid. 3a et les références).
6.3. En l'espèce, l'argumentation de l'autorité cantonale ne prête pas flanc à la critique. On peut intégralement y renvoyer en ajoutant que, outre que les créances étaient exigibles le 8 août 2011 lors de la vente du bien immobilier, le texte du titre authentique répète encore, après l'exposé des modalités d'exécution, que la recourante " reconnaît devoir à la société anonyme B._ S.A. la sommeen capital de CHF 5'618'190.40 (cinq millions six cent dix-huit mille cent nonante francs quarante centimes) avec intérêts correspondant à CHF 398'458.85 (trois cent nonante-huit mille quatre cent cinquante-huit francs huitante cinq centimes), arrêtés au 8 août 2011". C'est donc à raison que l'autorité cantonale a considéré que le titre présenté était clair quant à l'obligation d'exécuter de la recourante et justifiait l'octroi de la mainlevée définitive.
Il suit de là que le grief doit être rejeté.
7.
En définitive, le recours doit être rejeté dans la mesure de sa recevabilité. Les frais judiciaires, arrêtés à 12'000 fr., sont mis à la charge de la recourante qui succombe (<ref-law>). Aucuns dépens ne sont dus à l'intimée, qui a succombé sur la question de l'effet suspensif et qui n'a pas été invitée à répondre sur le fond de la cause.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté dans le mesure où il est recevable.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 12'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Chambre civile de la Cour de justice du canton de Genève.
Lausanne, le 12 avril 2019
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Herrmann
La Greffière : Achtari