Faits :
A.
Par jugement du 13 février 2018, le Tribunal correctionnel de l'arrondissement de La Côte a condamné X._ pour vol par métier, vol en bande, dommages à la propriété, violation de domicile et séjour illégal, à une peine privative de liberté de trois ans et demi, sous déduction de 290 jours de détention avant jugement, a ordonné son maintien en détention pour des motifs de sûreté, a révoqué le sursis accordé à X._ le 27 janvier 2014 par le Ministère public du canton de Fribourg et ordonné l'exécution de la peine pécuniaire de 30 jours-amende à 50 francs. Il a constaté que X._ avait subi 30 jours de détention dans des conditions de détention provisoire illicites et ordonné que 15 jours de détention soient déduits, à titre de réparation du tort moral. Il a également statué sur les prétentions civiles de différentes parties plaignantes, dont la Commune de Y._, A._, B._ et l'Ecole de Z._. Il a ordonné la confiscation et la dévolution à l'Etat des 2'820 fr. 45 et des 4,20 EUR saisis en mains de X._ et le maintien au dossier de diverses pièces à conviction. Enfin, il a fixé l'indemnité allouée au défenseur d'office de X._, a mis les frais de procédure, arrêtés à 26'759 fr., comprenant notamment l'indemnité du défenseur d'office, sous déduction de 2'820 fr. 45 et 4,20 EUR déjà versés à titre de garantie de frais, à la charge de X._ et a dit que ce dernier ne serait tenu de rembourser à l'Etat le montant de l'indemnité allouée à son défenseur d'office et mise à sa charge que lorsque sa situation financière le permettrait.
B.
Par jugement du 11 juillet 2018, la Cour d'appel pénale du Tribunal cantonal du canton de Vaud a rejeté l'appel de X._. Il a rectifié le jugement en ce sens que X._ était le débiteur de la Commune de Z._ et non de son école, dépourvue de la personnalité juridique.
En bref, il en ressort qu'entre le 2 décembre 2013 et le 12 mars 2014, dans les cantons du Valais, de Vaud et de Fribourg, X._ a commis, notamment de concert avec d'autres comparses, 29 vols par effraction, qui lui ont permis de subvenir à ses besoins courants au cours de ladite période, le prénommé vivant dans une situation précaire en Suisse. En particulier, la cour cantonale a retenu les cas suivants (seuls encore litigieux devant le Tribunal fédéral).
B.a. A A.A._, chemin A.B._, entre le 2 et le 3 décembre 2013, X._ - de concert avec C._, D._, E._ et F._ (déférés séparément) - a sectionné au moyen de pinces les maillons du grillage entourant le chantier « A.C._ », mis en place par la société G._ SA, puis a escaladé la structure. Les cinq comparses ont ensuite forcé, à l'aide d'un outil indéterminé, le cadenas verrouillant un conteneur, pénétré à l'intérieur de ce dernier, fouillé les lieux, puis sont repartis en emportant trois leviers de montage, un lot de clés à fourche et trois clés à choc. Une partie de l'outillage dérobé a été restitué à son propriétaire. X._ et ses acolytes ont également, au moyen d'un outil plat, fracturé la porte d'un local de pause mobile, ainsi que d'une roulotte de chantier dont la société H._ Sàrl est détentrice, les ont fouillés tous deux, puis ont quitté les lieux sans emporter de butin.
B.b. A A.A._, chemin A.B._, entre le 2 et le 3 décembre 2013, X._ - de concert avec C._, D._, E._ et F._ (déférés séparément) - a fracturé la porte arrière de I._ au moyen d'un outil plat, a pénétré à l'intérieur, a fouillé trois véhicules découverts non verrouillés et a vidé leurs coffres. Dans l'une de ces voitures, détenue par J._, les cinq comparses ont dérobé un instrument de navigation de marque Garmin et un iPod Classic. Ils ont ensuite vainement tenté de forcer l'une des portières arrière d'un véhicule non immatriculé, stationné à l'extérieur de l'établissement, ont brisé le hayon droit dudit véhicule et ont dévissé le système de retenue de la roue de secours sise sous la voiture. Ils ont ensuite quitté les lieux en emportant ladite roue et le butin découvert dans la voiture de J._.
B.c. A A.A._, route A.D._, le 3 décembre 2013, X._ - de concert avec C._, D._, E._ et F._ (déférés séparément) - a accédé à l'arrière du magasin K._ et a pénétré dans le bâtiment, après avoir soulevé le store de la station de lavage. Une fois à l'intérieur, les cinq comparses ont ouvert une porte non verrouillée menant à un local annexe, ont pénétré dans ce dernier et ont, au moyen d'outils amenés sur place, créé un orifice dans un mur en briques débouchant aux toilettes du personnel, dans lesquelles ils sont entrés. Ils ont ensuite librement accédé à un local de stockage du magasin, dans lequel ils ont dérobé de nombreuses cartouches de cigarettes, d'une valeur totale de 24'895 francs. A l'aide d'un outil plat, X._ et ses acolytes ont par ailleurs fracturé la porte menant au shop, sans toutefois entrer dans celui-ci. Ils ont finalement quitté les lieux, à bord d'un véhicule, en emportant le butin précité.
B.d. A A.E._, route A.F._, entre le 14 et le 15 décembre 2013, X._ a forcé une fenêtre des locaux de la société L._ SA au moyen d'un outil plat et a pénétré à l'intérieur. Alors qu'il fouillait les lieux, il a forcé deux portes à l'aide d'un pied-de-biche, puis est reparti en emportant la somme de 4'997 fr. 95, un téléphone portable de marque iPhone 4S, un téléphone portable de marque HTC One V, un gilet de marque Caterpillar, un sac de sport de marque Puma, des chaussures de sport, une clé magnétique de marque Technogym et un ordinateur portable de marque Acer. X._ a abandonné le pied-de-biche sur place.
B.e. A A.E._, route A.F._, entre le 14 et le 15 décembre 2013, X._ de concert avec M._ (déféré séparément) a forcé la porte des locaux de la société N._ SA à l'aide d'un outil plat et a pénétré à l'intérieur. Alors qu'il fouillait les lieux, il a fracturé une armoire puis est reparti en emportant un ordinateur portable de marque Samsung et une cigarette électronique avec son boîtier.
B.f. A A.G._, avenue A.H._, le 16 décembre 2013, entre 18h00 et 23h30, X._ a brisé une vitre du domicile de O._ au moyen d'un outil plat, a fouillé les différentes pièces puis a quitté les lieux en emportant une montre de marque Festina, une montre de marque Rado, une montre à gousset de marque Christ avec une chaîne en or et un boîtier, un ordinateur portable de marque Dell avec son chargeur, deux cartes bancaires, 500 EUR, un billet de loterie « Le Million », un billet de loterie « Swiss Loto » et un billet de loterie « Euro Millions ». Alors qu'il fouillait le logement, il a endommagé le store de la porte-fenêtre de la cuisine, ainsi qu'un porte-documents, dont il a arraché les serrures.
B.g. A A.G._, avenue A.I._, entre le 16 et le 17 décembre 2013, X._ est parvenu à déverrouiller le loquet de la porte-fenêtre du domicile de P.P._ en actionnant sa poignée et a pénétré sans droit dans le logement. Après avoir fouillé les lieux, il est reparti en emportant une petite lampe torche, une montre, ainsi qu'un sac à main contenant deux trousseaux de clés, la somme approximative de 60 fr. et une carte d'identité au nom de P.Q._.
B.h. A A.J._, route A.K._, le 7 janvier 2014, vers 23h50, X._ a forcé une fenêtre des locaux de la société V._ SA à l'aide d'un outil plat, a pénétré à l'intérieur de ceux-ci, a fouillé les lieux, puis est ressorti sans emporter de butin à la suite du déclenchement de l'alarme. Il a également forcé les portes d'un entrepôt, a fouillé ce dernier et est reparti sans emporter de butin.
B.i. A Y._, parking du Camping A.L._, entre le 29 et le 30 janvier 2014, X._ a, au moyen d'un outil plat, forcé la serrure de la portière avant droite du véhicule de livraison dont R._ est détentrice, puis a arraché la protection du système de démarrage située sous le volant, endommageant ledit système. Il a ensuite extirpé l'autoradio, qu'il a emporté, ainsi qu'un I-Dice blanc et un téléphone iPhone 4 qui se trouvaient dans l'habitacle.
B.j. A Y._, lieu-dit A.M._, entre le 29 et le 30 janvier 2014, X._ a plié le grillage extérieur de la STEP communale et est entré dans l'enceinte de cette dernière. Il a ensuite brisé la vitre donnant accès au local technique, a pénétré dans celui-ci, a fouillé les lieux puis est reparti sans emporter de butin.
B.k. A Y._, A.N._, entre le 29 et le 30 janvier 2014, X._ a forcé la chaîne du garage attenant à la scierie S._, est entré à l'intérieur et a pris une hache. Il est ensuite ressorti et, au moyen de ladite hache, a cassé une fenêtre en plastique du bâtiment de la scierie, a pénétré dans celui-ci, a fouillé une pièce servant de cantine et le bureau situé à l'étage puis a quitté les lieux en emportant une caisse métallique contenant environ 30 francs.
B.l. A A.O._, route A.P._, le 30 janvier 2014, vers 5h50, X._ a forcé la fenêtre des toilettes masculines de T._, a pénétré à l'intérieur de l'établissement, a forcé la porte du bureau puis, après avoir fouillé celui-ci, a quitté les lieux en emportant un montant de 500 euros.
B.m. A A.Q._, rue A.R._, entre le 31 janvier et le 1 er février 2014, X._ est entré sans droit dans la propriété de B._, a escaladé un muret sis sous la fenêtre de la cuisine, a pénétré dans le logement en brisant ladite fenêtre, a fouillé la villa puis a quitté les lieux en emportant plusieurs bijoux.
B.n. A Z._, rue A.S._, entre le 31 janvier et le 3 février 2014, X._ a escaladé un mur de pierre de l'école primaire, afin d'accéder à la fenêtre de l'une des salles de classe. Parvenu à ladite fenêtre, il a forcé le joint du vitrage au moyen d'un outil indéterminé, a brisé la vitre, puis a pénétré dans la pièce. Après avoir fouillé celle-ci, le prévenu a quitté les lieux en emportant quatre ordinateurs de marque MacBook Pro.
B.o. A A.T._, chemin A.U._, le 12 mars 2014, vers 19h25, X._ a brisé la porte-fenêtre du bureau du domicile de U._, après avoir fait levier sur le bord de la vitre avec un outil plat. Il a ensuite passé sa main dans l'orifice créé, a ouvert la porte-fenêtre de l'intérieur et a pénétré dans le logement. Alors qu'il fouillait la chambre à coucher, l'alarme s'est enclenchée, de sorte que le prévenu a quitté les lieux en emportant un coffret contenant à tout le moins trois chaînes en or, un bracelet en or, deux bagues en or, une broche en or, deux tours de cou rigides en métal, un collier fantaisie, une chaîne en argent, une pierre de jade verte, une montre féminine en or, une montre masculine en or ainsi qu'une montre masculine avec bracelet en cuir.
B.p. En outre, X._, ressortissant roumain, a séjourné sur le territoire suisse, du 3 au 14 mars 2014 à tout le moins, alors qu'il n'était titulaire d'aucune autorisation de séjour.
C.
X._ forme un recours en matière pénale au Tribunal fédéral contre le jugement précité. Il conclut, principalement, à la réforme du jugement attaqué en ce sens qu'il est acquitté des infractions de vol en bande et de séjour illégal, qu'il est condamné à une peine privative de liberté n'excédant pas 18 mois, sous déduction des jours de détention avant jugement, qu'il n'est pas le débiteur de la Commune de Y._, de A._, de B._ et de l'Ecole de Z._, que les montants séquestrés sont utilisés pour couvrir les frais et que seule la moitié des frais sont mis à sa charge, le solde étant laissé à la charge de l'Etat. Subsidiairement, X._ conclut à l'annulation du jugement attaqué et au renvoi de la cause à l'autorité précédente pour nouvelle décision au sens des considérants. Il requiert, par ailleurs, l'assistance judiciaire.
Invités à déposer des observations sur le recours, A._, B._, la cour cantonale et le ministère public y ont renoncé, ces deux dernières autorités se référant aux considérants du jugement attaqué, cependant que la Commune de Y._ s'en est remise à justice et celle de Z._ a " maintenu ses intentions conformément au courrier du 15 novembre 2017 adressé au Tribunal d'arrondissement de La Côte ", sans autre détermination. Ces différents courriers ont été communiqués à titre de renseignement à X._.

Considérant en droit :
1.
Invoquant l'art. 6 par. 3 let. d CEDH, le recourant fait grief à la cour cantonale d'avoir violé son droit à la confrontation en se fondant sur les déclarations de C._ et F._, auxquels il n'aurait jamais pu être confronté durant la procédure, pour retenir qu'il avait commis les cambriolages commis à A.A._ (cf. supra consid. B.a, B.b et B.c).
1.1. Conformément à l'art. 6 par. 3 let. d CEDH, tout accusé a le droit d'interroger ou de faire interroger les témoins à charge. Il s'agit de l'un des aspects du droit à un procès équitable institué à l'art. 6 par. 1 CEDH et qui découle également des art. 29 et 32 al. 2 Cst. Par ailleurs, le prévenu peut valablement renoncer à son droit à la confrontation, même de manière tacite, pour autant que la renonciation ne contredise pas un intérêt général important, qu'elle soit établie de manière exempte d'équivoque et qu'elle soit entourée d'un minimum de garanties correspondant à sa gravité (<ref-ruling> consid. 9.2 p. 49; arrêts 6B_956/2016 du 19 juillet 2017 consid. 2.3.1; 6B_542/2016 du 5 mai 2017 consid. 2.3; 6B_625/2015 du 28 octobre 2015 consid. 2.1 et les références citées). Une telle renonciation ne rend pas nulles les dépositions recueillies en cours d'enquête et ne donne aucun droit à ce qu'elles soient répétées (<ref-ruling> consid. 1b p. 309 et les références citées).
1.2. Aux termes de l'art. 5 al. 3 Cst., les organes de l'État et les particuliers doivent agir de manière conforme aux règles de la bonne foi. De ce principe général découle notamment le droit fondamental du particulier à la protection de sa bonne foi dans ses relations avec l'État, consacré à l'art. 9 in fine Cst., dont le Tribunal fédéral contrôle librement le respect (<ref-ruling> consid. 8.3.1 p. 53 et les références citées). Le principe de la bonne foi est également concrétisé à l'<ref-law> et concerne, en procédure pénale, non seulement les autorités pénales mais, le cas échéant, les différentes parties, y compris le prévenu (<ref-ruling> consid. 5.1 p. 192; <ref-ruling> consid. 3.2 p. 121).
1.3. La cour cantonale a relevé qu'elle avait interpellé les autorités compétentes pour effectuer une recherche du lieu de séjour de C._ et F._. Il en ressortait que les dernières informations concernant l'établissement de C._ et F._ remontaient à 2014, qu'il ne s'agissait pas d'une adresse en Suisse, mais en France, respectivement en Roumanie et que ces deux individus faisaient l'objet d'une interdiction d'entrée en Suisse et n'étaient pas signalés au RIPOL (Système de recherches informatisées de police). Il y avait tout lieu de penser que des démarches complémentaires, telles que la mise en oeuvre d'une commission rogatoire, seraient vouées à l'échec. Au bénéfice de ces explications lors de l'audience du 11 juillet 2018, le recourant avait finalement renoncé à maintenir les mesures d'instruction requises.
1.4. Il ressort du jugement attaqué que le recourant a expressément renoncé aux auditions de C._ et F._. Ce faisant, il a valablement renoncé à son droit à la confrontation. C'est donc de manière contraire à la bonne foi qu'il se plaint devant le Tribunal fédéral d'une violation de ce droit. En outre, au vu de la renonciation valable du recourant à l'exercice de son droit, la cour cantonale pouvait, sans violer l'art. 6 par. 3 let. d CEDH, se fonder sur les déclarations des deux témoins précités, qui restent exploitables (cf. supra consid. 1.1 in fine). Le grief du recourant est infondé et doit être rejeté.
2.
Invoquant le principe in dubio pro reo, le recourant conteste l'établissement des faits et l'appréciation des preuves.
2.1. Le Tribunal fédéral est lié par les constatations de fait de la décision entreprise (<ref-law>), à moins qu'elles n'aient été établies en violation du droit ou de manière manifestement inexacte au sens des art. 97 al. 1 et 105 al. 2 LTF, à savoir, pour l'essentiel, de façon arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. Une décision n'est pas arbitraire du seul fait qu'elle apparaît discutable ou même critiquable; il faut qu'elle soit manifestement insoutenable et cela non seulement dans sa motivation mais aussi dans son résultat (<ref-ruling> consid. 2.3.1 p. 244). En matière d'appréciation des preuves et d'établissement des faits, il n'y a arbitraire que lorsque l'autorité ne prend pas en compte, sans aucune raison sérieuse, un élément de preuve propre à modifier la décision, lorsqu'elle se trompe manifestement sur son sens et sa portée, ou encore lorsque, en se fondant sur les éléments recueillis, elle en tire des conclusions insoutenables (<ref-ruling> consid. 1.1 p. 503 et les références citées). Le Tribunal fédéral n'entre ainsi pas en matière sur les critiques de nature appellatoire (<ref-ruling> consid. 2.4 p. 368 et les références citées). Le reproche d'établissement arbitraire des faits se confond avec celui déduit de la violation du principe in dubio pro reo (art. 32 Cst.; <ref-law>; art. 6 par. 2 CEDH) au stade de l'appréciation des preuves (<ref-ruling> consid. 1.1 p. 503; <ref-ruling> consid. 7 p. 82; <ref-ruling> consid. 2a p. 88). L'invocation de ces moyens ainsi que, de manière générale, de ceux déduits du droit constitutionnel et conventionnel (<ref-law>), suppose une argumentation claire et détaillée (<ref-ruling> consid. 2.4 p. 368), circonstanciée (<ref-ruling> consid. 3 p. 105).
2.2. Le recourant s'en prend à l'appréciation des preuves effectuée par la cour cantonale en relation avec les cambriolages commis à A.A._ (cf. supra consid. B.a, B.b et B.c).
2.2.1. En substance, la cour cantonale a retenu que la mise en cause du recourant par C._ était claire pour les trois vols commis à A.A._. Lors de son audition du 28 janvier 2014, celui-ci avait en effet expressément désigné le recourant par ses prénom et nom comme ayant participé au cambriolage de la station essence K._ de A.A._, le 3 décembre 2013, de concert avec lui, F._, E._ et D._. En outre et alors qu'il avait déclaré ne pas connaître C._, le recourant avait pourtant été contrôlé en sa compagnie à Lausanne. Au surplus, il ressortait de l'état de fait de l'ordonnance pénale rendue le 27 janvier 2014 par le Ministère public fribourgeois que le 4 décembre 2013, soit un jour seulement après les cambriolages faisant l'objet des cas commis à A.A._, le recourant avait commis un vol en compagnie de D._. Or, ce dernier faisait précisément partie de la bande ayant commis les trois cambriolages à A.A._. Enfin, la mise en cause de F._, certes indirecte, constituait cependant un indice supplémentaire à charge du recourant. Ces éléments de preuve étaient suffisants pour ôter tout doute raisonnable quant à la participation du recourant aux trois vols commis à A.A._.
2.2.2. Le recourant se contente de rediscuter la valeur probante des différents éléments de preuve présentés par la cour cantonale. Ce faisant, il ne fait qu'opposer sa propre appréciation de ceux-ci à celle de la cour cantonale. De la sorte, il ne démontre pas, de manière conforme aux exigences de l'<ref-law>, en quoi l'appréciation de la cour cantonale serait absolument inadmissible. Purement appellatoire, son grief est irrecevable.
2.3. Invoquant le principe in dubio pro reo, le recourant fait grief à la cour cantonale d'avoir procédé à une appréciation insoutenable des preuves en se fondant uniquement sur l'analyse de la surveillance téléphonique rétroactive pour retenir qu'il était l'auteur des cambriolages commis à A.E._, A.G._, A.Q._ et A.T._ (cf. supra consid. B.d, B.e, B.f, B.g, B.m et B.o).
2.3.1. S'agissant des cambriolages commis à A.E._ et A.G._ (cf. supra consid. B.d, B.e, B.f et B.g), la cour cantonale a retenu que les deux vols de A.E._ avaient été commis dans la nuit du 14 au 15 décembre 2013, à la même adresse. Les deux vols de A.G._, commune distante d'une vingtaine de kilomètres seulement de celle de A.E._, avaient été commis dans la même rue deux jours plus tard, entre le 16 et le 17 décembre 2013. L'unité temporelle et géographique était avérée. Le lien géographique était encore renforcé par le résultat des contrôles téléphoniques rétroactifs du raccordement suisse alors utilisé par le recourant. La carte SIM de celui-ci avait en effet activé l'antenne de A.V._, commune directement limitrophe de celle de A.E._, le 14 décembre 2013 de 21h54 à 23h32. Elle avait ensuite activé l'antenne de A.W._, commune se situant à seulement quelques kilomètres de celle de A.E._, du 14 décembre 2013 à 23h59 au 15 décembre 2013 à 10h30. Le lendemain 16 décembre 2013, le téléphone portable du recourant avait activé l'antenne de A.X._ à 17h59, 20h02 et 22h58 et celle de A.Y._ de 18h22 à 21h01. Or, la commune de A.X._ était directement voisine de celle de A.G._ et celle de A.Y._ était située à deux ou trois kilomètres seulement de ce village. La forte proximité spatio-temporelle entre ces vols, corroborée par le résultat des contrôles téléphoniques, n'autorisait pas à conclure à une coïncidence et permettait d'exclure tout doute raisonnable quant à sa culpabilité. La cour cantonale a encore souligné qu'il était troublant de constater qu'en cours d'enquête, le recourant avait, dans un premier temps, nié avoir jamais été en possession de raccordements téléphoniques suisses. Or, la cour cantonale ne voyait pas pour quelles raisons il se serait employé à contester ce fait s'il n'avait rien à se reprocher.
2.3.2. En substance, le recourant soutient que sa condamnation ne reposerait que sur l'analyse des données de surveillance téléphonique rétroactive. La police lui aurait attribué trois numéros de téléphone cellulaire puis lui aurait imputé tous les cambriolages survenus à quelques kilomètres des antennes activées par ces numéros. Un tel indice ne pourrait pas emporter la conviction du tribunal, sous peine de violer le principe in dubio pro reo, car il reviendrait à retenir que le recourant est responsable de toute infraction commise dans un rayon de plusieurs kilomètres autour d'une antenne activée par son téléphone. Au vu du nombre de cambriolages commis dans le canton de Vaud (485 par mois), tout détenteur d'un téléphone portable se trouverait plusieurs fois par mois à proximité immédiate du lieu de commission d'une telle infraction, sans que l'on puisse pour autant le lui imputer. Par ailleurs, des traces ADN de l'auteur auraient été trouvées sur les lieux des cambriolages commis à A.E._, celles-ci ne correspondant toutefois pas à l'ADN du recourant.
S'agissant des deux derniers éléments invoqués par le recourant (nombre de cambriolages commis par mois dans le canton de Vaud et traces ADN d'un tiers sur les lieux des cambriolages commis à A.E._), ils ne ressortent pas du jugement attaqué. Il introduit de la sorte des faits non constatés, sans pour autant former un grief recevable selon l'<ref-law> pour établir que ceux-ci auraient arbitrairement été omis. C'est donc de manière irrecevable que le recourant se prévaut de ces éléments. En revanche, il convient d'admettre, avec le recourant, que c'est de manière arbitraire que la cour cantonale s'est déclarée convaincue que le recourant était l'auteur des cambriolages commis à A.E._ et A.G._ sur la seule base de l'activation d'antennes de téléphonie mobile dans les communes avoisinantes des lieux de commission des infractions en cause. La cour cantonale a estimé qu'il existait un lien spatio-temporel entre les deux cambriolages commis à A.E._ et les deux commis à A.G._, deux jours plus tard. Le point de savoir s'il était arbitraire de retenir un tel lien peut demeurer indécis. En effet, quoi qu'il en soit, même à retenir qu'un lien spatio-temporel existe entre ces quatre cambriolages, il est manifestement insoutenable de retenir que le recourant en est l'auteur. Aucun autre indice mettant en cause le recourant n'a été retrouvé sur les lieux de l'un ou l'autre de ces quatre cambriolages, à tout le moins, cela ne ressort pas du jugement attaqué. En l'absence de tout autre indice, la seule activation par le téléphone portable du recourant des antennes de téléphonie mobile dans le secteur des cambriolages de A.E._ et A.G._ au moment supposé de leur commission n'est manifestement pas suffisante pour retenir qu'il en est l'auteur, sauf à retenir qu'il serait l'auteur de tous les cambriolages commis dans les alentours des lieux où il se trouvait durant sa présence en Suisse. Un tel raisonnement est arbitraire. Au demeurant, les zones dans lesquelles ont été activées les antennes ne sont pas des zones désertiques et de nombreuses raisons pouvaient amener le recourant à s'y trouver. En particulier, la cour cantonale ne pouvait rien déduire de l'activation de l'antenne de A.W._, du 14 décembre 2013 à 23h59 au 15 décembre 2013 à 10h30. En effet, elle n'a pas retenu que le recourant avait passé l'entier de la nuit et une partie de la matinée sur les lieux du cambriolage. Bien plutôt, il semble que le recourant ait logé pour la nuit dans la région de A.W._. La cour cantonale ne pouvait ainsi déduire, sans arbitraire, que cette activation d'antenne était pertinente afin d'établir la présence du recourant sur les lieux de la commission des cambriolages de A.E._. S'il est certes exact que l'antenne de A.V._ a également été activée de 21h54 à 23h32, cette commune est limitrophe non seulement de A.E._ mais également de A.W._. Son activation pourrait également s'expliquer par la présence du recourant à A.W._. Au vu de ce qui précède, la cour cantonale a arbitrairement écarté tout doute raisonnable quant à la commission de l'infraction par le recourant. Il était ainsi manifestement insoutenable de retenir que le recourant était l'auteur des cambriolages commis à A.E._ et A.G._ et le grief du recourant doit être admis.
2.3.3. S'agissant du cambriolage commis à A.Q._ (cf. supra consid. B.m), la cour cantonale a estimé qu'on ne saurait voir une coïncidence dans le fait qu'au moment du cambriolage, commis entre le 31 janvier 2014 à 16h45 et le 1 er février 2014 à 20h00, l'antenne de B.A._, le 31 janvier 2014 à 18h38, puis l'antenne de A.Z._, du 31 janvier 2014 à 22h22 au 1 er février 2014 à 00h12, avaient localisé le raccordement téléphonique utilisé par le recourant. Les communes de B.A._ et de A.Z._ étaient en effet limitrophes de celle de A.Q._, de sorte que l'unité d'espace et de temps désignait le recourant comme l'auteur du vol sans aucun doute raisonnable.
Quant au cambriolage commis à A.T._ (cf. supra consid. B.o), la cour cantonale a estimé que, pour les mêmes motifs que ceux qu'elle avait déjà exposés précédemment, le fait que le raccordement téléphonique utilisé par le recourant ait activé l'antenne de la localité de A.T._ le 12 mars 2014 à 19h15 et 19h16, alors que le vol avait été commis à 19h25, ne pouvait être le fruit du hasard.
2.3.4. Se référant à son raisonnement développé au sujet des cas de A.E._ et A.G._, le recourant soutient qu'il serait arbitraire de retenir qu'il est l'auteur des cambriolages commis à A.Q._ le 31 janvier 2014 et à A.T._ le 12 mars 2014, fondé sur la seule analyse de la surveillance téléphonique rétroactive. Ce grief est bien fondé pour les mêmes motifs qu'exposés supra au consid. 2.3.2. En l'absence de tout autre indice, la seule activation d'une antenne de téléphonie mobile à quelques kilomètres du lieu de commission de l'infraction n'est pas suffisante, sans violer le principe de l'interdiction de l'arbitraire, pour retenir que le recourant en est l'auteur. Il était par conséquent manifestement insoutenable de retenir que le recourant était l'auteur des cambriolages commis à A.Q._ et A.T._ et son grief doit être admis.
2.4. Le recourant reproche à la cour cantonale d'avoir procédé à une appréciation arbitraire des preuves pour établir qu'il était l'auteur des cambriolages commis à A.J._ et à Z._ (cf. supra consid. B.h et B.n). Il serait manifestement insoutenable de fonder sa conviction uniquement sur le fait que le même type de traces de semelle a été relevé sur les lieux d'autres cambriolages.
2.4.1. S'agissant du cambriolage de A.J._ (cf. supra consid. B.h), la cour cantonale a retenu qu'il avait eu lieu le 7 janvier 2014, soit une vingtaine de jours seulement avant la série de vols perpétrés à B.B._, admis par le recourant (cas exposés aux consid. 2.9 à 2.13 du jugement attaqué). Les deux communes étaient sises dans la même région, de sorte qu'il existait un lien spatio-temporel entre l'ensemble de ces cas. Le fait que le même type de traces de semelle ait été retrouvé sur les lieux de tous ces vols venait asseoir la conviction que le recourant était bien l'auteur du cambriolage commis à A.J._, celui-ci n'ayant par ailleurs jamais établi de quelque manière que ce soit qu'il était en Roumanie à la date du 7 janvier 2014.
2.4.2. Le recourant soutient qu'il était arbitraire de retenir qu'il était l'auteur du cambriolage commis à A.J._ en se fondant uniquement sur le fait que le même type de traces de semelle (même dessin générale) aurait été retrouvé sur les lieux de ce cambriolage et ceux commis à B.B._. Une correspondance de ce type ne serait que peu probante, à la différence du cas où les chaussures auraient été retrouvées ce qui permettrait la comparaison précise avec le relevé de traces, notamment par l'identification de marques d'usure uniques. La similarité du dessin général suggérerait uniquement que les auteurs respectifs portaient le même modèle de chaussures. En outre, il était insoutenable de retenir un lien spatio-temporel avec des cas commis vingt jours plus tard à une vingtaine de kilomètres de A.J._, au vu en particulier du nombre de cambriolages commis dans le canton, sauf à retenir qu'un tel lien existe entre tous les cambriolages commis dans le canton. Enfin, le recourant soutient avoir été en Roumanie le 7 janvier 2014.
Le recourant se contente d'affirmer s'être trouvé en Roumanie le 7 janvier 2014, sans démontrer en quoi ce fait aurait été arbitrairement écarté par la cour cantonale. C'est par conséquent de manière irrecevable que le recourant se prévaut de cet élément. Il en va de même des statistiques relatives au nombre de cambriolages commis dans le canton. La cour cantonale s'est fondée sur deux éléments, soit un lien spatio-temporel avec d'autres cambriolages admis par le recourant et une concordance du type de traces de semelle retrouvées sur ces différents lieux de cambriolage afin de retenir que le recourant était l'auteur de celui commis à A.J._. Environ vingt jours se sont écoulés entre le cas commis à A.J._, le 7 janvier 2014, et les cinq cas commis à B.B._ entre le 24 et le 27 janvier 2014. En outre, une vingtaine de kilomètres séparent ces deux communes (<ref-law>). S'agissant des traces de semelle, il ressort du jugement attaqué et du rapport de police auquel il se réfère (dossier cantonal, P. 35/3 pp. 144 ss) que le même type de traces de semelle (même dessin général) a été retrouvé sur les lieux du cambriolage commis à A.J._ et sur les lieux de ceux commis à B.B._. Or il ne ressort ni du rapport de la police, ni du jugement attaqué qu'il s'agit des traces de la même chaussure mais simplement du même type de traces de semelle, sans par ailleurs que la cour cantonale ait retenu que ce type de trace soit exceptionnel. On ignore par ailleurs si par " même type de traces de semelle ", on entend le même modèle de chaussures, la même marque ou simplement le même type de chaussures, comme par exemple des baskets ou des chaussures de chantier. En outre, il ne ressort pas du jugement attaqué que le recourant ait admis avoir possédé des chaussures correspondant aux traces ou qu'il ait été retrouvé en possession de telles chaussures. Par conséquent, au vu du lien spatio-temporel extrêmement lâche, pour ne pas dire inexistant, entre les cambriolages en cause et la simple présence du même type de traces de semelle, il était manifestement insoutenable, fondé sur ces seuls éléments, de retenir que le recourant était l'auteur du cambriolage commis à A.J._. C'est ainsi de manière arbitraire que la cour cantonale a imputé le cambriolage commis à A.J._ le 7 janvier 2014 au recourant et son grief doit être admis.
2.4.3. Concernant le cambriolage commis à Z._ (cf. supra consid. B.n), la cour cantonale a retenu qu'il avait été perpétré entre le 31 janvier et le 3 février 2014. Aux mêmes dates, soit entre le 1 eret le 3 février 2014, le recourant avait admis avoir commis un vol à B.C._ (cas exposé au consid. 2.23 du jugement attaqué). Or les deux communes étaient distantes de moins de dix kilomètres et se situaient à proximité immédiate de la ville de B.B._, où le recourant avait reconnu avoir été l'auteur de plusieurs cambriolages quelques jours auparavant, entre le 24 et le 27 janvier 2014. La proximité spatio-temporelle était acquise. La culpabilité du recourant était corroborée par le fait que le même type de traces de semelle que celles relevées à B.B._ avait été retrouvées sur les lieux du vol.
2.4.4. Le recourant soutient qu'il serait contraire à ce qui figure au dossier de retenir que le même type de traces de semelle avait été relevé sur les lieux du cambriolage commis à Z._ et sur ceux des cambriolages commis à B.B._. En outre, la proximité avec d'autres cas commis dans une commune qui n'était même pas limitrophe ne serait pas suffisante pour le condamner.
La cour cantonale s'est fondée sur deux éléments pour retenir que le recourant était l'auteur du cambriolage de Z._ : l'existence d'un lien spatio-temporel avec un cambriolage commis à B.C._ et les cambriolages commis à B.B._ et la concordance de type de traces de semelle retrouvées sur les lieux du cambriolage de Z._ et ceux de B.B._. Les cambriolages de B.B._ ont été commis entre le 24 et le 27 janvier 2014, soit plusieurs jours avant celui de Z._. Le recourant a reconnu être l'auteur d'un cambriolage commis à B.C._ entre le 1 eret le 3 février 2014. Il ressort ainsi du jugement attaqué que l'ensemble de ces cambriolages n'ont été commis ni la même nuit, ni dans la même commune ou dans un rayon de quelques kilomètres. Le lien spatio-temporel apparaît ainsi tenu. S'agissant des traces de semelle, il ressort du rapport de police du 7 avril 2014 (<ref-law>; dossier cantonal, P. 35/3 p. 149) que le même type de traces de semelle (dessin général) a été relevé sur les lieux du cambriolage de Z._ et sur les lieux du cambriolage " commis au restaurant, à Y._, entre le 29 et le 30 janvier 2014 " (cf. infra consid. 2.5.2). Il n'est aucunement fait référence aux cas de B.B._. Dès lors, la cour cantonale a arbitrairement retenu une concordance entre le type de traces de semelle des cas de Z._ et de B.B._. Pour le surplus, il est renvoyé à ce qui a été exposé supra au consid 2.4.2 s'agissant de la pertinence de ce moyen de preuve. Encore une fois, on ignore s'il s'agit du même modèle de chaussures, de la même marque ou simplement du même type de chaussures, le recourant n'ayant par ailleurs ni admis avoir possédé des chaussures correspondantes, ni été retrouvé en leur possession. Au demeurant, le cambriolage commis à Y._ l'a été dans un restaurant, soit un établissement public. Les éléments permettant de retenir que les traces étaient bien celles du cambrioleur (et non d'un client du restaurant) ne ressortent ni du jugement attaqué, ni du rapport de police (<ref-law>; dossier cantonal, P. 35/3 p. 149). C'est donc de manière arbitraire que la cour cantonale a estimé que cet élément de preuve était pertinent. Au vu du lien spatio-temporel plutôt tenu entre les différents cambriolages énumérés par la cour cantonale et l'absence d'autre indice, celle-ci a arbitrairement retenu que le recourant était l'auteur du cambriolage de Z._ et le grief du recourant doit être admis.
2.5. Le recourant conteste être l'auteur des cambriolages commis à Y._ et A.O._ (cf. supra consid. B.i, B.j, B.k et B.l).
2.5.1. La cour cantonale a retenu qu'aux débats de première instance et après avoir fourni des explications fantaisistes en cours d'enquête, le recourant avait finalement reconnu être l'auteur d'un vol à W._, à Y._, confondu par la preuve irréfutable de l'ADN (cas exposé au consid. 2.19 du jugement attaqué). Ses dénégations s'agissant des autres cas commis dans la même nuit, dans la même localité ou dans une localité directement limitrophe, n'étaient pas crédibles, dès lors qu'il les contestait manifestement uniquement en raison de l'absence de preuve absolue par ADN. En effet, le recourant avait pris pour parti de n'admettre que l'incontestable, soit les cas pour lesquels son ADN avait pu être recueilli sur les lieux des vols et de contester la totalité des autres faits pour lesquels une preuve absolue faisait défaut. S'agissant des images de vidéo-surveillance prises sur les lieux du cambriolage commis à A.O._, le recourant soutenait qu'un individu qui ne lui correspondrait pas aurait été identifié. A cet égard, il perdait de vue qu'un second individu, susceptible lui de lui correspondre, apparaissait sur les clichés. Les indices étaient dès lors suffisamment nombreux et probants pour qu'aucun doute raisonnable n'existe quant à la culpabilité du recourant s'agissant de ces cas.
2.5.2. Le recourant soutient que la cour cantonale aurait retenu sa culpabilité sur la seule proximité spatiale et temporelle avec un cas qu'il aurait admis. Pour le cas de A.O._, un suspect qui ne serait manifestement pas le recourant aurait été identifié sur les extraits de vidéo-surveillance.
Il ressort du jugement attaqué que le recourant a admis, confondu par une trace ADN, être l'auteur d'un cambriolage commis entre le 29 et le 30 janvier 2014 à W._", à Y._. Les quatre autres cambriolages reprochés au recourant ont été commis durant la même nuit, dans la même commune, pour trois d'entre eux, dont un sur le parking du camping, et dans une commune limitrophe (à A.O._) pour le quatrième. Dans ce dernier cas, il ressort du jugement attaqué que les images de vidéo-surveillance permettent de voir deux suspects, dont l'un des deux correspond au recourant. Le recourant ne peut ainsi rien tirer du fait que le second suspect ne lui ressemble pas. Dès lors que les trois cambriolages commis à Y._ l'ont été durant la même nuit et dans la même commune que celui admis par le recourant, que le quatrième a été commis dans une commune limitrophe et qu'un suspect correspondant au recourant figure sur les images vidéo, il n'était pas manifestement insoutenable de retenir que le recourant était l'auteur de ces quatre cas. Infondé, le grief du recourant doit être rejeté.
2.6. Au vu de ce qui précède, il convient d'annuler le jugement attaqué en ce qu'il condamne le recourant pour les cambriolages commis à A.E._, A.G._, A.J._, A.Q._, Z._ et A.T._ (cas décrits supra aux consid. B.d, B.e, B.f, B.g, B.h, B.m, B.n et B.o). La cause sera renvoyée à l'autorité précédente pour qu'elle l'acquitte pour ces faits et fixe à nouveau la peine et les conséquences accessoires.
3.
Le recourant fait grief à la cour cantonale d'avoir violé le principe de l'accusation en relation avec sa condamnation pour séjour illégal.
3.1. Le principe de l'accusation est consacré à l'<ref-law>, mais découle aussi des art. 29 al. 2 Cst., 32 al. 2 Cst. et 6 par. 1 et 3 let. a et b CEDH. Selon ce principe, l'acte d'accusation définit l'objet du procès (fonction de délimitation). Il doit décrire les infractions qui sont imputées au prévenu de façon suffisamment précise pour lui permettre d'apprécier, sur les plans subjectif et objectif, les reproches qui lui sont faits (cf. <ref-law>; <ref-ruling> consid. 3.4.1 p. 142 s.). Le principe d'accusation vise également à protéger le droit à une défense effective et le droit d'être entendu (fonction d'information). Le contenu de l'acte d'accusation doit ainsi permettre au prévenu de s'expliquer et préparer efficacement sa défense (<ref-ruling> consid. 3.4.1 p. 142 s.; <ref-ruling> consid. 6.2 p. 244 s. et les références citées).
Les <ref-law> règlent la mise en accusation, en particulier le contenu strict de l'acte d'accusation. Selon l'<ref-law>, l'acte d'accusation désigne notamment les actes reprochés au prévenu, le lieu, la date et l'heure de leur commission ainsi que leurs conséquences et le mode de procéder de l'auteur (let. f); les infractions réalisées et les dispositions légales applicables de l'avis du ministère public (let. g). En d'autres termes, l'acte d'accusation doit contenir les faits qui, de l'avis du ministère public, correspondent à tous les éléments constitutifs de l'infraction reprochée à l'accusé.
3.2. Aux termes de l'art. 115 al. 1 let. b LEI (RS 142.20; anciennement LEtr jusqu'au 31 décembre 2018), est puni d'une peine privative de liberté d'un an au plus ou d'une peine pécuniaire quiconque séjourne illégalement en Suisse, notamment après l'expiration de la durée du séjour non soumis à autorisation ou du séjour autorisé.
L'ALCP est applicable depuis le 1 er juin 2002. Le 1 er juin 2009 est entré en vigueur le Protocole II à l'ALCP concernant la participation, en tant que parties contractantes, de la République de Bulgarie et de la Roumanie, à la suite de leur adhésion à l'Union européenne (Protocole II à l'ALCP; RS 0.142.112.681.1; cf. <ref-ruling> consid. 1.2 p. 100). Conformément à la jurisprudence, les ressortissants d'Etats signataires de l'ALCP et de ses protocoles peuvent se prévaloir de cet accord pour entrer et séjourner en Suisse pendant trois mois au maximum sans y exercer d'activité lucrative, à la seule condition de présenter à l'entrée un passeport national ou une carte d'identité valable, sous réserve de la clause d'ordre public. Ils n'ont en particulier pas besoin d'annoncer leur arrivée et il ne peut leur être imposé d'autres formalités, telles que, en particulier, justifier de moyens de subsistance suffisants pour leur séjour (<ref-ruling> consid. 1 p. 99 ss).
3.3. Il ressort du jugement attaqué que les faits reprochés au recourant sont ainsi libellés dans l'acte d'accusation:
" A A.G._ et A.T._, notamment, du 3 au 14 mars 2014 à tout le moins, X._, ressortissant roumain, a séjourné sur le territoire suisse alors qu'il n'était titulaire d'aucune autorisation de séjour.
Par ces faits, X._ paraît s'être rendu coupable d'infraction à la Loi fédérale sur les étrangers, au sens de l'article 115 al. 1 let. b LEtr. ".
Selon la cour cantonale, plus loin dans l'acte d'accusation, le ministère public a reproduit la définition légale de l'infraction de séjour illégal, soit le texte de l'art. 115 al. 1 let. b LEI. La cour cantonale a ainsi retenu que formellement, l'acte d'accusation avait donc été dressé de manière conforme aux règles légales. Matériellement, il paraissait au surplus aisé de comprendre, même pour un lecteur moyen, que l'on reprochait au recourant d'avoir séjourné en Suisse de manière illégale entre le 3 et le 14 mars 2014 au moins. Il n'existait donc aucune violation de la maxime accusatoire.
Sur le fond, la cour cantonale a indiqué que l'authenticité de la pièce produite à l'audience d'appel par le recourant était douteuse, dans la mesure où l'on distinguait clairement deux types d'écritures apposées avec des instruments distincts, ce qui semblait procéder d'un collage ou d'une juxtaposition de deux documents. En outre, l'on observait que la signature de l'appréhendé, en l'occurrence du recourant, n'était pas lisible, par conséquent pas établie. Enfin, on ne comprenait pas pourquoi, si le recourant avait bien été arrêté en Roumanie le 20 février 2014, il aurait attendu l'audience d'appel pour produire l'amende infligée à cette occasion, alors qu'il s'agissait pourtant d'une pièce essentielle en vue de sa libération du chef d'accusation de séjour illégal.
La cour cantonale a retenu qu'au vu de la fréquence des vols commis par le recourant durant la période où il prétendait être rentré en Roumanie (vingt-neuf vols en trois mois et demi), l'appréciation des premiers juges, pour lesquels le recourant était en réalité resté en Suisse sans discontinuer du 2 décembre 2013, date du premier vol imputé, au 14 mars 2014, date du dernier vol retenu, ne prêtait pas le flanc à la critique et devait être confirmée. Partant, les éléments constitutifs de l'infraction de séjour illégal étaient réalisés.
3.4. Contrairement à ce qu'a retenu la cour cantonale, le recourant ne prétend pas ne pas avoir compris ce qui lui était reproché mais avoir été condamné pour des faits différents de ceux décrits dans l'acte d'accusation. Selon le recourant, la cour cantonale lui reprocherait un séjour continu en Suisse entre le 3 décembre 2013 et le 14 mars 2014 alors que l'acte d'accusation indiquerait un séjour illégal du 3 au 14 mars 2014. L'acte d'accusation reproche bien au recourant d'avoir séjourné en Suisse du 3 au 14 mars 2014 " alors qu'il n'était titulaire d'aucune autorisation de séjour ". Cette période correspond ainsi à la part du séjour du recourant qui dépasse les trois mois durant lesquels il pouvait se trouver en Suisse sans autorisation (cf. supra consid. 3.2). Il aurait certes été opportun d'indiquer expressément, dans la partie de l'acte d'accusation consacrée à l'infraction à la LEI, la date retenue par le ministère public comme étant celle de l'entrée du recourant sur le territoire suisse. Celle-ci pouvait toutefois se déduire de la lecture de l'entier de l'acte d'accusation. En effet, le premier cambriolage reproché au recourant a été commis entre le 2 et le 3 décembre 2013. Or c'est la date retenue par la cour cantonale comme le début du séjour du recourant en Suisse. A la lecture globale de l'acte d'accusation, le recourant pouvait ainsi comprendre qu'il lui était reproché d'avoir séjourné illégalement en Suisse du 3 au 14 mars 2014, soit durant la période excédant les trois mois de séjour possible sans autorisation, son entrée sur le territoire suisse ayant eu lieu à tout le moins à la date du premier cambriolage qui lui était reproché, soit le 2 décembre 2013. La cour cantonale n'a ainsi pas violé le principe de l'accusation et le grief du recourant doit être rejeté.
3.5. Sur le fond, le recourant conteste sa condamnation pour séjour illégal. En substance, la cour cantonale a estimé qu'au vu de la fréquence des vols commis par le recourant durant la période de son séjour en Suisse, il était resté sur le territoire suisse sans discontinuer. Contrairement à ce qu'affirme le recourant, la cour cantonale ne l'a pas condamné pour n'avoir pas démontré avoir quitté le territoire suisse mais, au terme d'une appréciation des moyens de preuve et des faits, a estimé qu'il était resté en Suisse sans discontinuer, la pièce produite par le recourant n'étant pas propre à établir qu'il avait quitté le territoire. Le recourant se contente d'affirmer que la cour cantonale aurait inversé le fardeau de la preuve et qu'il n'aurait même pas été invité à démontrer ses explications relatives à ses allers-retours en Roumanie. Ce faisant, le recourant ne démontre pas en quoi l'appréciation des moyens de preuve et des faits à laquelle a procédé la cour cantonale serait arbitraire et son grief, insuffisamment motivé, est irrecevable.
4.
Au vu du sort du recours, il n'y pas lieu d'examiner les autres griefs soulevés par le recourant qui deviennent sans objet.
Le recours doit être partiellement admis, le jugement attaqué annulé et la cause renvoyée à l'autorité précédente pour nouvelle décision au sens des considérants. Pour le surplus, il est rejeté dans la mesure où il est recevable. Le recourant a requis l'assistance judiciaire. Cette requête est sans objet dans la mesure où il obtient gain de cause et peut, à ce titre, prétendre à des dépens réduits de la part du canton, les intimés ayant soit renoncé à se déterminer, soit s'en étant remis à justice (art. 64 al. 2 et 68 al. 1 LTF). Le recours était, pour le surplus, dénué de chance de succès, si bien que l'assistance judiciaire doit être refusée dans cette mesure (<ref-law>). Une partie des frais sera ainsi supportée par le recourant (<ref-law>), dont le montant sera toutefois fixé en tenant compte de sa situation financière qui n'apparaît pas favorable.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est partiellement admis, l'arrêt attaqué annulé et la cause renvoyée à l'autorité cantonale pour nouvelle décision. Pour le surplus, le recours est rejeté, dans la mesure où il est recevable.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 500 fr., sont mis à la charge du recourant.
3.
La demande d'assistance judiciaire est rejetée dans la mesure où elle n'est pas sans objet.
4.
Une indemnité de 2000 fr., à verser au conseil du recourant à titre de dépens, est mise à la charge du canton de Vaud.
5.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour d'appel pénale du Tribunal cantonal du canton de Vaud.
Lausanne, le 24 janvier 2019
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Denys
La Greffière : Livet