Faits :
A.
B._, exploitant agricole, est propriétaire de la parcelle n o 157 de la Commune de Bonvillars. Situé au lieu-dit "En Fusel", ce bien-fonds, d'une surface de 23'454 m 2, est classé en zone agricole selon le plan général d'affectation communal (PGA) et le règlement correspondant approuvés par le département cantonal compétent le 9 décembre 1996 (ci-après: RPGA). Ce terrain est bordé, au nord, par la route cantonale qui relie Bonvillars à la commune limitrophe de Champagne; au sud, il est longé par le ruisseau des Iles (ou des Creuses) et son cordon boisé, qui marquent la limite avec la Commune de Champagne; à l'ouest, il jouxte la parcelle n° 158 sise sur la Commune de Champagne.
Le village de Bonvillars figure à l'inventaire fédéral des sites construits d'importance nationale à protéger (ci-après: ISOS); la parcelle n° 157 - située à environ 800 m à vol d'oiseau du centre du village - ne se trouve pas sur un coteau viticole digne d'être préservé ni ne fait partie de la très vaste Echappée dans l'environnement II (prés, vergers et vignes occupant une terrasse en pente douce structurée par de longs murs; espaces verts essentiels pour la lisibilité et la visibilité du site), à laquelle a été attribué l'objectif de conservation "a".
B.
Par décision du 7 septembre 2015, entrée en force, la Municipalité de Bonvillars a délivré à B._ un permis de construire une ferme laitière composée d'un rural avec bâtiment technique, d'une salle de traite, de bâtiments logettes, d'un couvert à chédail et d'une fosse à purin, sur la parcelle n° 157, toutes les autorisations spéciales et préavis positifs ayant été octroyés par les autorités cantonales concernées. Ces constructions ont été réalisées.
Le 25 avril 2016, B._ a déposé une autre demande d'autorisation portant sur la construction d'une halle à poulets avec aire de sortie sur la parcelle n° 157. Ce bâtiment présente une hauteur de 6.50 m et une longueur, selon les plans, de 34.82 m. L'implantation de trois silos d'une hauteur de 7.60 m est en outre prévue le long de l'un des murs latéraux de la halle, entre cette dernière et les bâtiments agricoles existants. Mis à l'enquête publique du 25 mai au 23 juin 2016, ce projet a notamment suscité l'opposition de A._, agissant en son nom ainsi que pour le compte d'autres propriétaires voisins, recourants dans le cadre de la présente procédure fédérale (ci-après: A._ et consorts).
Le 2 août 2016, la Centrale des autorisations CAMAC a adressé sa synthèse à la municipalité. Celle-ci comporte tous les préavis favorables et toutes les autorisations spéciales requises des services cantonaux, notamment celle du Service du développement territorial (ci-après: SDT). Il en ressort notamment que le choix du site d'implantation est admissible au regard de la législation fédérale et cantonale sur l'aménagement du territoire. Le SDT retient que le projet répond aux besoins de l'exploitation et qu'il ne porte pas atteinte à des intérêts dignes de protection au sens de l'art. 34 al. 4 let. b de l'ordonnance sur l'aménagement du territoire du 28 juin 2000 (OAT; RS 700.1). Le SDT a également reconnu que les dimensions des futures constructions avaient une incidence sur leur intégration dans le paysage; il a, à cet égard, imposé une série de conditions sur le plan esthétique (inclinaison de la toiture, matériaux, teintes, aménagements extérieurs, etc.), dont également l'implantation des silos à proximité de la halle.
Par décision du 20 décembre 2016, la municipalité a refusé de délivrer le permis de construire en se référant aux oppositions au projet, motif pris que le constructeur n'avait pas étudié une implantation alternative du projet. Par arrêt du 6 février 2017, la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal du canton de Vaud a admis le recours de B._, annulant la décision municipale pour défaut de motivation.
C.
Reprenant l'instruction du dossier, la municipalité a sollicité de la Commission communale d'urbanisme l'examen du projet. Celle-ci a rendu son rapport le 8 mars 2017. Selon dite commission, les besoins de l'exploitation ne sont pas justifiés; elle évoque également des terres d'assolement à protéger. Rappelant encore que la commune est classée à l'ISOS, la Commission d'urbanisme estime notamment que le caractère général protégé du village, son vignoble, ses activités touristiques, le marché de la truffe, la route du vignoble, la cave coopérative, le menhir, les bâtiments de la Cour classés, l'église et, dernièrement, la "Balade à Fritzo", seraient largement pénalisés par ce poulailler industriel. Les odeurs, le bruit et les poussières ne manqueraient en outre pas de se propager. En guise de conclusion, le rapport de la commission demande à la municipalité d'éloigner l'installation projetée, précisant que celle-ci n'est pas tributaire du sol, en l'occurrence une terre d'assolement méritant une utilisation plus appropriée.
Par décision du 21 mars 2017, la municipalité a refusé de délivrer le permis de construire, les exigences d'intégration et d'esthétique prévues aux art. 72 et 85 RPGA n'étant, d'une part, pas respectées, et les silos n'étant, d'autre part, pas implantés devant les façades pignons, comme le prévoit l'art. 88 al. 3 RPGA
Par acte du 11 avril 2017, B._ a recouru contre cette décision devant la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal. Après avoir tenu audience sur place, le 30 novembre 2017, la cour cantonale a, par arrêt du 22 janvier 2018, admis le recours; aux termes du dispositif, la décision rendue par la municipalité est annulée, le dossier de la cause lui étant renvoyé pour qu'elle délivre le permis de construire. En préambule, la cour cantonale indique que la question de la nécessité agricole de l'installation n'est pas litigieuse, la commune n'ayant pas recouru contre la décision spéciale du SDT. Les considérants de l'arrêt cantonal retiennent ensuite - et en substance - que la commune a abusé du pouvoir d'appréciation dont elle jouit en matière d'esthétique des constructions. L'instance précédente a par ailleurs estimé que la réglementation communale permettait de déroger à l'art. 88 al. 3 RPGA; selon elle une implantation des silos le long du mur sud, et non en façade pignon, se justifie pour des motifs esthétiques.
D.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public, A._ et consorts demandent principalement au Tribunal fédéral de réformer l'arrêt attaqué en ce sens que le recours cantonal formé par B._ est rejeté et la décision municipale refusant le permis de construire est confirmée. Subsidiairement, ils concluent à l'annulation de l'arrêt entrepris. Les recourants sollicitent encore l'octroi de l'effet suspensif.
Le Tribunal cantonal renonce à se déterminer et se réfère aux considérants de son arrêt. La Municipalité de Bonvillars adhère aux moyens soulevés par les recourants, en particulier s'agissant de la violation de son autonomie communale, et conclut à l'admission du recours. Le SDT estime que le recours serait à tout le moins partiellement irrecevable: dès lors que les recourants se plaignent d'éléments qui n'ont pas été tranchés par la cour cantonale, l'arrêt querellé devrait être considéré comme une décision incidente non susceptible d'être attaquée immédiatement. En définitive, le SDT conclut au rejet du recours dans la mesure de sa recevabilité. Le constructeur intimé demande quant à lui le rejet du recours. Les recourants ont répliqué, reprenant pour l'essentiel l'argumentation développée dans leur recours, tant en ce qui concerne sa recevabilité, que les arguments de fond.
Par ordonnance du 16 mars 2018, le Président de la Ire Cour de droit public a admis la requête d'effet suspensif.

Considérant en droit :
1.
Le Tribunal fédéral examine d'office sa compétence (<ref-law>). Il contrôle librement la recevabilité des recours qui lui sont soumis (<ref-ruling> consid. 1 p. 116; <ref-ruling> consid. 1 p. 254).
1.1. La qualité pour agir des recourants n'est en l'occurrence pas litigieuse, à tout le moins s'agissant de Johan Ryser et Jean-Michel du Voisin propriétaires respectivement des parcelles no 110 et no 698, lesquelles ne sont séparées du fonds no 157 que par la route de Champagne. Les prénommés ont pris part à la procédure de recours devant l'instance précédente. En leur qualité de voisins du projet litigieux, prévoyant l'implantation d'une halle à poulets - type d'installation produisant notoirement des émanations, notamment olfactives -, ils sont particulièrement touchés par l'arrêt attaqué, qui en autorise la réalisation. Ils peuvent ainsi se prévaloir d'un intérêt personnel et digne de protection à l'annulation de l'arrêt cantonal. Ils bénéficient dès lors de la qualité pour recourir au sens de l'<ref-law>. La question de la qualité pour agir des autres recourants, dont les parcelles se situent, selon leurs indications, à 140 m et plus de la parcelle no 157 peut partant demeurer indécise.
1.2. Rendu en dernière instance cantonale (art. 86 al. 1 let. d et al. 2 LTF), dans une cause de droit public (<ref-law>), l'arrêt attaqué peut en principe faire l'objet d'un recours en matière de droit public, aucune des exceptions figurant à l'<ref-law> n'étant réalisée.
1.2.1. L'arrêt entrepris est toutefois une décision de renvoi, puisque la cour cantonale a annulé la décision refusant le permis de construire et renvoyé la cause à la municipalité. De telles décisions revêtent en général un caractère incident et ne sont en principe pas susceptibles d'être attaquées immédiatement alors même qu'elles tranchent de manière définitive certains aspects de la contestation (<ref-ruling> consid. 1.3 p. 127, 137 consid. 1.3.2 p. 140). Dans certaines hypothèses prévues aux art. 92 et 93 LTF la voie d'un recours immédiat au Tribunal fédéral est toutefois ouverte. L'<ref-law> prévoit ainsi qu'une décision incidente notifiée séparément peut faire l'objet d'un recours si elle peut causer un préjudice irréparable.
Une décision de renvoi est toutefois tenue pour finale lorsque le renvoi a lieu uniquement en vue de son exécution par l'autorité inférieure sans que celle-ci ne dispose encore d'une liberté d'appréciation notable (<ref-ruling> consid. 4.2 p. 286). Dans un tel cas de figure, la voie du recours au Tribunal fédéral, fondée sur l'<ref-law>, est en principe ouverte.
1.2.2. Comme l'a relevé le Tribunal cantonal, la présente affaire a ceci de particulier que les autorisations spéciales cantonales (cf. art. 25 al. 2 de la loi fédérale sur l'aménagement du territoire du 22 juin 1979 [LAT; RS 700]), en particulier celle du SDT, ont été délivrées; la commune a cependant refusé le permis de construire en se fondant sur ses propres dispositions réglementaires liées à l'esthétique et à l'intégration des constructions, sans toutefois aborder les aspects de droit fédéral; ceux-ci n'ont du reste pas non plus été considérés par la cour cantonale. Ainsi, bien que le dispositif de l'arrêt entrepris intime à la commune l'ordre de délivrer le permis de construire, il n'est pas aisé de déterminer de manière précise si cette décision revêt un caractère final - ouvrant par principe la voie du recours immédiat au Tribunal fédéral - ou incident. Cette question peut quoi qu'il en soit demeurer indécise. En effet, dans l'hypothèse où l'arrêt attaqué devait être qualifié de décision incidente, celui-ci serait susceptible de causer un préjudice irréparable aux recourants. La décision entreprise retient que la question du caractère nécessaire à l'exploitation agricole de la halle projetée (au sens des art. 16a LAT et 34 OAT) n'est pas litigieuse dès lors que la commune n'a pas recouru contre l'autorisation spéciale du SDT. Dans ces circonstances, contrairement à ce qu'affirme le SDT, il est douteux, spécialement au regard de la jurisprudence cantonale décrite ci-après (cf. consid. 3.1), que la commune puisse encore, dans le cadre du renvoi, se prononcer sur la violation des art. 16a LAT et 34 OAT, avant de délivrer le permis de construire. Dans un tel contexte, rien ne permet d'exclure que cet aspect du litige soit qualifié de définitif par la cour cantonale en cas de nouveau recours. Cela priverait irrémédiablement les recourants, opposants au projet, de la possibilité de se prévaloir d'une mauvaise application du droit fédéral, non seulement s'agissant de la nécessité agricole de l'installation, mais également - comme ils le soulèvent céans - de la protection de l'environnement.
1.3. Il convient par conséquent d'entrer en matière.
2.
Le recours en matière de droit public (au sens des <ref-law>) peut être formé pour violation du droit (circonscrit par les art. 95 et 96 LTF). Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (<ref-law>), sous réserve de l'<ref-law>. Il n'est lié ni par l'argumentation de la partie recourante ni par la motivation de l'autorité précédente. Toutefois, eu égard à l'exigence de motivation contenue à l'art. 42 al. 1 et 2 LTF, il n'examine en principe que les griefs invoqués pour autant que les vices juridiques ne soient pas manifestes (<ref-ruling> consid. 1 p. 607133 II 249 consid. 1.4.1 p. 254; arrêt 1C_432/2017 du 7 février 2018 consid. 1).
3.
Par décision du 21 mars 2017, la municipalité a refusé de délivrer le permis de construire sollicité, au motif que les exigences d'intégration et d'esthétique prévues aux art. 72 et 85 RPGA, adoptés en application de l'art. 86 de la loi sur l'aménagement du territoire et les constructions du 4 décembre 1985 (LATC; RS/VD 700.11), n'étaient pas respectées, d'une part, et que les silos prévus n'étaient pas implantés devant les façades pignons, comme le prévoit l'art. 88 al. 3 RPGA, d'autre part.
3.1. Sur recours du constructeur, la cour cantonale a tout d'abord rappelé sa jurisprudence aux termes de laquelle une "commune qui conteste l'application du droit fédéral par l'autorité cantonale doit recourir contre la décision de celle-ci et ne peut se contenter de refuser le permis de construire pour des motifs tirés du droit fédéral appliqué par l'autorité cantonale; dans cette dernière hypothèse, le recours du constructeur ne conduit à examiner le refus municipal que s'agissant des domaines qui n'ont pas fait l'objet des autorisations cantonales, celles-ci devant être tenues pour acquises, en ce qui concerne la commune du moins" (à ce propos, voir arrêt non publié 1A.179/1996 du 8 avril 1997 consid. 4).
3.1.1. Dans le cas particulier, dès lors que la commune n'a pas recouru contre les décisions spéciales, en particulier contre celle du SDT, la cour cantonale a considéré que la question de la nécessité agricole de l'installation au sens des art. 16a LAT et 34 OAT n'était pas litigieuse et n'a partant pas procédé à son analyse.
Le Tribunal cantonal a en revanche examiné si, en refusant le permis de construire la halle à poulets pour des motifs liés à l'esthétique, à l'intégration dans le paysage et à l'implantation des silos, l'autorité municipale avait abusé de son pouvoir d'appréciation. Dans ce cadre, la cour cantonale a constaté que, si le village de Bonvillars figurait certes à l'ISOS, la parcelle litigieuse ne se trouvait quant à elle pas dans le périmètre de protection, en particulier dans l'échappée dans l'environnement II. L'impact visuel sur le village protégé était faible, celui-ci se trouvant à 800 m, à vol d'oiseau, de l'emplacement choisi; le site protégé du Château de la Cour était quant à lui distant de plus de 500 m. La halle projetée devait en outre s'implanter à proximité immédiate des bâtiments agricoles autorisés en 2015, assurant ainsi le regroupement des installations (cf. art. 1 et 3 LAT), comme l'a également souligné le SDT dans son autorisation spéciale. Par ailleurs, suivant en cela également ledit service cantonal, l'instance précédente a estimé que l'implantation des silos entre la halle à poulets et le hangar existant portait une atteinte moindre au site qu'une implantation en façade pignon, comme l'exige le règlement communal. La couleur de la halle et sa toiture étaient quant à elles conformes aux exigences usuelles en zone agricole. Le Tribunal cantonal a enfin relevé que la parcelle proposée comme site alternatif par la commune, au lendemain de la première procédure de recours cantonal, se trouvait non seulement sur le territoire de la commune voisine, mais également à l'intérieur du périmètre du protection ISOS du village de Champagne (Echappée dans l'environnement I).
3.1.2. Sur le vu de ces éléments, la cour cantonale a jugé que le projet ne contrevenait pas à la clause d'esthétique et a considéré que le refus du permis de construire reposait sur une appréciation des circonstances qui n'apparaissait objectivement pas soutenable. Il a partant admis le recours et ordonné à la municipalité - aux termes du dispositif de son arrêt - de délivrer le permis de construire.
3.2. Devant le Tribunal fédéral, les recourants - opposants au projet -insistent sur le fait que le Tribunal cantonal n'a examiné la conformité du projet ni avec l'affectation de la zone ni avec la législation sur la protection de l'environnement, au motif que la commune n'avait pas recouru contre les autorisations spéciales. Or, dès lors que ni la synthèse CAMAC ni les différentes décisions spéciales ne leur ont été notifiées, les recourants se plaignent de n'avoir, pour leur part, pu en contester la teneur, en violation de leur droit d'être entendus (art. 29 al. 2 Cst.). Ils poursuivent ensuite leur exposé par des critiques ne relevant pas, à strictement parler, de l'application de l'art. 29 al. 2 Cst., mais du fond. Ainsi soutiennent-ils que l'instance précédente ne pouvait, comme elle l'a fait, limiter son examen à la question de l'intégration paysagère de la halle litigieuse. Selon eux, rien ne permettrait de conclure que la construction projetée serait nécessaire au développement interne de l'exploitation (art. 34 et 36 OAT). Ils affirment également qu'en raison de la proximité géographique et du lien fonctionnel entre la halle projetée et l'installation bovine existante, la cour cantonale se devait de vérifier si les conditions de la mise en oeuvre d'une étude d'impact étaient en l'occurrence réalisées (<ref-law> et art. 1 de l'ordonnance du 19 octobre 1988 relative à l'étude d'impact sur l'environnement [OEIE; RS 814.011]).
3.3.
3.3.1. A teneur de l'art. 22 LAT, aucune construction ou installation ne peut être créée ou transformée sans autorisation de l'autorité compétente (al. 1); l'autorisation est délivrée si la construction ou l'installation est conforme à l'affectation de la zone et le terrain est équipé (al. 2). Selon l'art. 16a LAT, sont conformes à l'affectation de la zone agricole les constructions et installations qui sont nécessaires à l'exploitation agricole ou à l'horticulture productrice (al. 1) et celles qui servent au développement interne d'une exploitation (al. 2). L'<ref-law> précise ces conditions, en disposant que l'autorisation de construire ne peut être délivrée que si la construction ou l'installation est nécessaire à l'exploitation (let. a), si aucun intérêt prépondérant ne s'oppose à son implantation à l'endroit prévu (let. b) et s'il est prévisible que l'exploitation pourra subsister à long terme (let. c). La pesée des intérêts exigée à l'<ref-law> doit se faire à l'aune des buts et principes de l'aménagement du territoire énoncés aux art. 1 et 3 LAT (cf. arrêts 1C_4/2015 du 13 juin 2018 consid. 3.3; 1C_5/2015 du 28 avril 2015 consid. 3 et 1A.154/2002 du 22 janvier 2003 consid. 5.1 publié in ZBl 2004 p. 110). Elle comprend la détermination de tous les intérêts, publics et privés, touchés par le projet (<ref-law>). Il s'agit d'abord des intérêts poursuivis par la LAT elle-même (notamment la préservation des terres cultivables, l'intégration des constructions dans le paysage, la protection des rives, des sites naturels et des forêts), mais aussi des autres intérêts protégés dans les lois spéciales (notamment LPE, LPN, LFo, OPB, OPAir; cf. <ref-ruling> consid. 3.1 p. 100; <ref-ruling> consid. 3.1 p. 68).
3.3.2. La commune et les services cantonaux compétents disposent, en matière de constructions en zone agricole, de compétences parallèles sur les questions de préservation du paysage, d'intégration et d'esthétique. D'une part, les services cantonaux compétents doivent tenir compte de ces points dans l'application des <ref-law> et 3 al. 2 let. b LAT. D'autre part, même si l'autorisation spéciale a été délivrée, l'autorité communale reste habilitée, au nom de l'autonomie dont elle dispose dans ce domaine, à refuser un permis de construire pour un motif fondé sur la clause générale d'esthétique (art. 86 LATC) ou sur son droit communal basé sur cette disposition (cf. arrêt 1C_80/2015 du 22 décembre 2015 consid. 2.3), pour peu que sa position repose sur une appréciation soutenable des circonstances pertinentes et ne contrevienne pas au droit supérieur (arrêts 1C_499/2017 du 19 avril 2018 consid. 3.1.2; 1C_150/2014 du 6 janvier 2015 consid. 2.2; 1C_629/2013 du 5 mai 2014 consid. 7.1). Aussi, une autorité communale ne saurait-elle priver de toute portée les art. 16, 16a LAT et 34 OAT (cf. arrêt 1C_80/2015 précité consid. 2.3 i.fet consid. 2.4.2 i.f.; à l'intérieur de la zone à bâtir, cf. ATF 115 Ia consid. 3 p. 119). Partant, si des aspects d'ordre esthétique peuvent certes conduire à l'annulation d'un projet (cf. arrêt 1C_80/2015 précité consid. 2-2.6; 1C_397/2015 du 9 août 2016 consid. 4.2-4.6), la municipalité ne peut s'abriter derrière de tels motifs pour interdire systématiquement toute réalisation similaire dans sa zone agricole (cf. arrêt 1C_80/2015 précité consid. 2.4.3 a contrario; voir également, <ref-ruling> consid. 3d p. 119), au préjudice des conditions fixées par le droit fédéral, notamment s'agissant du caractère nécessaire à l'exploitation agricole (art. 16a LAT et 34 OAT), et de la possibilité de prévoir des mesures d'aménagement garantissant néanmoins une bonne intégration. Les motifs esthétiques invoqués en application d'un règlement communal à l'appui du refus d'un projet doivent par conséquent être mis en balance avec les autres intérêts en présence, en application de l'<ref-law> (cf. arrêts 1C_397/2015 précité consid. 4.2-4.6; 1C_266/2013 du 9 octobre 2013 consid. 3.2.1).
3.4. Il est constant que la conformité de la halle litigieuse avec la zone agricole, en particulier le respect des art. 16a LAT et 34 OAT, n'a pas été examinée par la cour cantonale. L'instance précédente n'a en effet analysé le projet que sous l'angle de l'autonomie dont jouit la commune en matière d'esthétique, sans toutefois inscrire cet aspect dans la pesée globale des intérêts qu'exige le droit fédéral en matière de constructions en zone agricole (cf. <ref-law>).
3.4.1. Cette pondération exige notamment, comme le précise la jurisprudence rappelée ci-dessus, que soient notamment pris en considération les intérêts privés du constructeur. Or, en l'occurrence, on ignore la nature et l'étendue du besoin agricole objectif justifiant le projet litigieux (art. 34 al. 4 let. c OAT; cf. RUCH/MUGGLI, Commentaire pratique LAT: Construire hors zone à bâtir, 2017, n. 45 ad art. 16a LAT). Le dossier de la cause ne contient à cet égard que deux préavis du Service cantonal de l'agriculture, le premier du 8 octobre 2015 et le second du 2 juin 2016; ceux-ci confirment certes la nécessité de l'installation, sans toutefois fournir d'indications étayées permettant d'en examiner le bien-fondé. Par ailleurs, alors que le premier préavis mentionne une nécessité au titre du développement interne, le second considère l'exploitation de la halle projetée comme tributaire du sol, sans qu'aucune explication ne vienne appuyer cette modification; la commission communale d'urbanisme conteste du reste que l'on se trouve dans ce dernier cas de figure (cf. Faits, let. C). On ne trouve de surcroît pas non plus de rapport chiffré confirmant la viabilité à long terme du projet, ce qui ne permet pas de procéder à la pondération exigée par le droit fédéral (cf. <ref-ruling> consid. 5 p. 378; arrêt 1C_517/2014 du 9 mars 2016 consid. 4).
Cet intérêt privé doit, le cas échéant, être confronté à la présence de surfaces d'assolement (SDA), sur le site d'implantation du projet, dont l'existence est mentionnée par la Commission communale d'urbanisme dans son rapport. Cette question n'a toutefois pas non plus été abordée; la possibilité d'ériger le poulailler à un emplacement alternatif n'a d'ailleurs pas sérieusement été examinée, alors que l'exploitation agricole totalise près de 70 ha (cf. synthèse CAMAC p. 6). Selon la jurisprudence, il appartient d'ailleurs au constructeur de démontrer, en application de l'<ref-law>, un intérêt digne de protection à implanter le poulailler à l'endroit prévu (cf. arrêt 1C_266/2013 du 9 octobre 2013 consid. 3.2.1; RUCH/MUGGLI, op. cit., n. 46 ad art. 16a LAT). Une telle justification ne transparaît toutefois pas du dossier et le seul principe de concentration (cf. <ref-ruling> consid. 2.5 p. 53 s.; arrêt 1C_892/2013 du 1 er avril 2015 consid. 3.1) - que respecte à première vue l'implantation choisie - ne saurait à lui seul exclure un examen sérieux d'un emplacement alternatif (cf. RUCH/MUGGLI, op. cit., n. 46 ad art. 16a LAT), tout particulièrement en présence de SDA, dont il appartiendra à la cour cantonale d'établir l'existence, l'état de fait cantonal étant - sur ce point également - manifestement incomplet (cf. art. 97 al. 1 et 105 al. 2 LTF).
3.4.2. Avec les recourants, il faut par ailleurs relever que la question du respect du droit fédéral de l'environnement n'a pas non plus été traitée par la cour cantonale, alors que cet aspect figure pourtant au nombre des éléments devant être pris en considération dans la pesée des intérêts exigée par le droit fédéral. La cour cantonale a certes examiné - quoique sommairement - le respect des distances aux habitations imposées par l'ordonnance sur la protection de l'air du 16 décembre 1985 (OPair; RS 814.318.142.1); elle n'a en revanche pas tenu compte, contrairement à ce qu'exige la jurisprudence, de l'exploitation dans sa globalité. Elle n'a, dans ce cadre, notamment pas déterminé si, en raison de la proximité des installations bovines existantes, on se trouvait en présence d'installations présentant un lien fonctionnel étroit justifiant la mise en oeuvre d'une étude d'impact au sens de l'art. 10a de la loi fédérale sur la protection de l'environnement du 7 octobre 1983 (LPE; RS 814.01) (cf. <ref-ruling> consid. 3.5 p. 29; voir également ch. 80.4 de l'annexe 2 à l'OEIE).
3.4.3. En définitive, la cour cantonale ne pouvait limiter son examen aux seules questions d'esthétique pour écarter le refus de la municipalité. Les arguments mis en avant par l'autorité locale, non seulement en relation avec l'intégration dans le paysage, dont notamment la problématique de l'implantation des silos (cf. art. 88 al. 3 RPGA), mais également ceux liés à l'attrait touristique du village de Bonvillars, mis en évidence dans le rapport de la commission communale d'urbanisme, devaient être mis en balance avec les aspects liés à l'aménagement du territoire - au sens large - rappelés ci-dessus. Ces différents points n'ont d'ailleurs fait l'objet d'aucune instruction, commandant de taxer l'état de fait cantonal d'incomplet (cf. arrêt 1C_4/2015 du 13 juin 2018 consid. 3.4). Pour ces motifs, la cause doit être renvoyée à l'instance précédente pour nouvelle instruction et jugement afin que celle-ci détermine, au terme de la pesée des intérêts imposée par le droit fédéral, si le projet doit être refusé, ou s'il peut être admis, le cas échéant, moyennant des aménagements limitant son impact sur le paysage ou les atteintes à l'environnement. Il appartiendra préalablement au Tribunal cantonal de notifier aux recourants la synthèse CAMAC ainsi que les décisions spéciales tout en les invitant à se déterminer, conformément à leur droit d'être entendus.
4.
Les considérants qui précèdent conduisent à l'admission du recours, aux frais de l'intimé, qui succombe (<ref-law>). Celui-ci versera en outre des dépens aux recourants, qui obtiennent gain de cause avec l'assistance d'un avocat (art. art. 68 al. 2 et 4 LTF). La commune n'a en revanche pas droit à des dépens (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est admis. L'arrêt attaqué est annulé et la cause est renvoyée à la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal du canton de Vaud pour nouvelle instruction et décision dans le sens des considérants.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 4'000 fr., sont mis à la charge de l'intimé.
3.
Une indemnité de 3'000 fr. est allouée aux recourants, solidairement entre eux, à titre de dépens, à la charge de l'intimé.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux mandataires des parties et de la Municipalité de Bonvillars, au Service du développement territorial du canton de Vaud ainsi qu'au Tribunal cantonal du canton de Vaud, Cour de droit administratif et public.
Lausanne, le 11 octobre 2018
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Merkli
Le Greffier : Alvarez