Sachverhalt:
A.
A.a. Der 1961 geborene A._ hatte sich am 25. August 2011 unter Hinweis auf seit 1997 bestehende Rückenbeschwerden erstmals bei der Invalidenversicherung zum Leistungsbezug angemeldet. Nach medizinischen und erwerblichen Abklärungen wies die IV-Stelle Uri das Leistungsbegehren nach durchgeführtem Vorbescheidverfahren mit Verfügung vom 12. März 2012 ab, dies mit der Begründung, dem Versicherten seien trotz Rückenbeschwerden sowohl die bisherige als auch jede andere angepasste Tätigkeit zu 100% möglich und zumutbar. Diese Verfügung blieb unangefochten.
A.b. Am 1. Dezember 2014 meldete sich A._ unter Hinweis v.a. auf Konzentrationsschwäche, wiederkehrende Depressionen/ Alkoholabhängigkeit und Angstzustände erneut bei der Invalidenversicherung zum Leistungsbezug an. Die IV-Stelle trat auf das Gesuch ein und holte namentlich ein polydisziplinäres Gutachten des Medizinischen Gutachtenzentrums Region St. Gallen (MGSG) vom 16. November 2016 ein. Nachdem A._ gegen den die Abweisung des Leistungsbegehrens in Aussicht stellenden Vorbescheid vom 1. Mai 2017 Einwand erhoben hatte, beschloss die IV-Stelle, den Versicherten bei der beruflichen Wiedereingliederung zu unterstützen (Arbeitsvermittlung, Arbeitsversuch). Mit Verfügung vom 5. Februar 2019 schloss sie die beruflichen Massnahmen ab und verneinte ausgehend von einem Invaliditätsgrad von 7% den Anspruch auf eine Invalidenrente.
B.
Die dagegen erhobene Beschwerde wies das Obergericht des Kantons Uri mit Entscheid vom 30. August 2019 ab.
C.
Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten lässt A._ beantragen, es sei ihm in Aufhebung des angefochtenen Entscheids ab 1. September 2015 mindestens eine Viertelsrente zuzusprechen, eventuell sei die Sache zu weiteren Abklärungen und zum Neuentscheid über den Rentenanspruch an die Vorinstanz zurückzuweisen. Zudem lässt der Versicherte um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege und Verbeiständung ersuchen.
Die IV-Stelle schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Das Bundesamt für Sozialversicherungen verzichtet auf eine Vernehmlassung. A._ lässt am 21. November 2019 noch eine Stellungnahme einreichen.

Erwägungen:
1.
1.1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann wegen Rechtsverletzungen gemäss Art. 95 und 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG). Es ist folglich weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann sie mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen. Immerhin prüft das Bundesgericht, unter Berücksichtigung der allgemeinen Pflicht zur Begründung der Beschwerde (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG), grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind (<ref-ruling> E. 1 S. 236 mit Hinweisen).
1.2. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1 BGG), und kann eine - für den Ausgang des Verfahrens entscheidende (vgl. Art. 97 Abs. 1 BGG) - Sachverhaltsfeststellung nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht (Art. 105 Abs. 2 BGG). Eine Sachverhaltsfeststellung ist nicht schon dann offensichtlich unrichtig, wenn sich Zweifel anmelden, sondern erst, wenn sie eindeutig und augenfällig unzutreffend ist. Es liegt noch keine offensichtliche Unrichtigkeit vor, nur weil eine andere Lösung ebenfalls in Betracht fällt, selbst wenn diese als die plausiblere erscheint. Diese Grundsätze gelten auch in Bezug auf die konkrete Beweiswürdigung; in diese greift das Bundesgericht auf Beschwerde hin nur bei Willkür ein, insbesondere wenn die Vorinstanz offensichtlich unhaltbare Schlüsse zieht, erhebliche Beweise übersieht oder solche grundlos ausser Acht lässt. Derartige Mängel sind in der Beschwerde aufgrund des strengen Rügeprinzips (Art. 106 Abs. 2 BGG) klar und detailliert aufzuzeigen (vgl. zum Ganzen <ref-ruling> E. 4.2 S. 53 mit Hinweisen).
2.
2.1. Streitig und zu prüfen ist, ob die Vorinstanz Bundesrecht verletzte, indem sie in Bestätigung der Verfügung der IV-Stelle vom 5. Februar 2019 den Rentenanspruch des Beschwerdeführers verneinte. Dabei stellt sich einzig die Frage, ob das hypothetischen Einkommen, das der Versicherte ohne Invalidität erzielen könnte (Valideneinkommen), im Rahmen des Einkommensvergleichs anhand statistischer Werte festgesetzt werden durfte. Nicht streitig ist, dass als Valideneinkommen nicht das ab August 2014 während kurzer Zeit bei der B._ AG erzielte Einkommen heranzuziehen war. Unbestritten ist sodann, dass der Beschwerdeführer in einer leidensangepassten Tätigkeit 70% arbeitsfähig ist und dass für das Jahr des frühestmöglichen Rentenbeginns 2015 von einem Invalideneinkommen von Fr. 46'642.90 auszugehen ist.
2.2. Das kantonale Gericht hat die rechtlichen Grundlagen betreffend die Arbeitsunfähigkeit (Art. 6 ATSG), die Erwerbsunfähigkeit (Art. 7 ATSG), die Invalidität (Art. 8 Abs. 1 ATSG), die Invaliditätsbemessung nach der allgemeinen Methode des Einkommensvergleichs (vgl. Art. 16 ATSG) und den Rentenanspruch (Art. 28 Abs. 2 IVG) richtig dargelegt. Darauf wird verwiesen.
3.
3.1. Die Vorinstanz hat das Valideneinkommen anhand der Tabellenlöhne der vom Bundesamt für Statistik herausgegebenen Lohnstrukturerhebung (LSE) 2014 auf Fr. 70'860.60 (Tabelle TA1, Total, Männer, Kompetenzniveau 2, Arbeitszeit 41.7 Stunden pro Woche), indexiert auf das Jahr 2015 auf Fr. 71'028.20 festgesetzt. Sie hat im angefochtenen Entscheid festgestellt, die ehemalige Arbeitgeberin des Beschwerdeführers habe das Arbeitsverhältnis per 30. September 2011 gekündigt. Die Kündigung - so das kantonale Gericht - sei gemäss Telefonnotiz vom 21. Dezember 2017 aus verschiedenen Gründen (Alkoholproblematik und vor allem disziplinarische Gründe), keinesfalls wegen krankheitsbedingter Absenzen erfolgt. Man habe dem Beschwerdeführer jahrelang die Chance gegeben, bei der Firma weiterzuarbeiten, bis er für den Betrieb nicht mehr tragbar gewesen sei. Eine Wiederanstellung sei im Jahr 2015 offenbar in Betracht gezogen worden, jedoch aufgrund der Alkoholproblematik, der fehlenden Teamfähigkeit und weil "damals zu viel Geschirr verschlagen worden sei" nicht vorgenommen worden. Unter diesen Voraussetzungen könne, so die Vorinstanz abschliessend, nicht mit überwiegender Wahrscheinlichkeit davon ausgegangen werden, dass der Beschwerdeführer im Gesundheitsfall weiterhin bei seiner ehemaligen Arbeitgeberin angestellt wäre, weshalb für die Ermittlung des Valideneinkommens auf statistische Werte abzustellen sei.
3.2. Der Beschwerdeführer wendet ein, ohne gesundheitliche Probleme und ohne Alkoholproblematik wäre es nach beinahe 29 Dienstjahren nicht zur Kündigung des Arbeitsverhältnisses gekommen. Es sei daher davon auszugehen, dass er im Gesundheitsfall weiterhin das Einkommen eines Fachspezialisten bei der ehemaligen Arbeitgeberin erzielen würde.
3.3. Die IV-Stelle beruft sich in ihrer Stellungnahme auf das Protokoll eines Gesprächs vom 16. April 2018, anlässlich welchem der Versicherte bestätigt habe, er sei am Arbeitsplatz unter Alkoholeinfluss zunehmend überheblich aufgetreten, was letztlich zur Auflösung des Arbeitsverhältnisses geführt habe.
4.
4.1. Bei der Ermittlung des Valideneinkommens ist entscheidend, was die versicherte Person im Zeitpunkt des frühestmöglichen Rentenbeginns aufgrund ihrer beruflichen Fähigkeiten und ihrer persönlichen Umstände nach dem Beweisgrad der überwiegenden Wahrscheinlichkeit ohne Gesundheitsschaden tatsächlich verdient hätte. Die Einkommensermittlung hat so konkret wie möglich zu erfolgen. Da nach empirischer Erfahrung in der Regel ohne gesundheitliche Beeinträchtigung die bisherige Tätigkeit weitergeführt worden wäre, ist Anknüpfungspunkt für die Bestimmung des Valideneinkommens grundsätzlich der letzte vor Eintritt der Gesundheitsschädigung erzielte, nötigenfalls der Teuerung und der realen Einkommensentwicklung angepasste Verdienst. Ausnahmen müssen mit überwiegender Wahrscheinlichkeit erstellt sein (<ref-ruling> E. 3.3.2 S. 30; <ref-ruling> E. 3.1 S. 59; <ref-ruling> E. 4.1 S. 325 f.).
Welche berufliche Tätigkeit die versicherte Person ohne gesundheitliche Beeinträchtigung ausüben würde, ist als Beurteilung hypothetischer Geschehensabläufe eine vom Bundesgericht lediglich unter eingeschränktem Blickwinkel überprüfbare Tatfrage (Art. 105 Abs. 1 und 2 BGG), soweit sie auf Beweiswürdigung beruht, selbst wenn darin auch Schlussfolgerungen aus der allgemeinen Lebenserfahrung berücksichtigt werden (Urteil 9C_868/2018 vom 22. August 2019 E. 3.2 mit Hinweisen). Die diesbezüglichen Feststellungen des kantonalen Gerichts sind daher für das Bundesgericht grundsätzlich verbindlich, ausser sie seien offensichtlich unrichtig oder beruhten auf einer Rechtsverletzung nach Art. 95 BGG.
4.2. Das kantonale Gericht hat festgestellt, die per 30. September 2011 erfolgte Kündigung des Arbeitsverhältnisses sei u.a. im Zusammenhang mit der Alkoholproblematik des Beschwerdeführers gestanden, was nicht strittig ist. Aktenkundig ist, dass der Beschwerdeführer in den Jahren 2010 und 2011 wegen Schmerzen und Alkoholabhängigkeit mehrere stationäre Aufenthalte absolviert hatte. So war er vom Spital C._ nach einem Alkoholentzug zu einer Entwöhnungstherapie vom 8. September bis 8. Oktober 2010 überwiesen worden. Eine weitere Hospitalisation im Spital C._ erfolgte vom 2. bis 5. Mai 2011, nachdem der Versicherte mit radikulärer Symptomatik bei massiver Schmerzproblematik sowie dem Verdacht eines drohenden Alkoholentzugs als Notfall eingewiesen worden war. Diagnostiziert wurden im Wesentlichen eine radikuläre Reizung L4/L5 rechts, Alkoholentzug mit/bei Tremor, Tachykardie sowie Schweissausbruch, alkoholische Steatohepatitis, Zustand nach duodenaler Ulcuskrankheit, nach ulceröser Oesophagitis sowie nach Stauungsgastropathie im Rahmen des chronischen Alkoholkonsums und Hyponatriämie. Erneut im Spital C._ hospitalisiert wurde der Beschwerdeführer sodann vom 5. bis 27. September 2011, dies mit den Diagnosen epileptischer Anfall und Alkoholentzug, chronisches Alkoholabhängigkeitssyndrom mit somatischen Alkoholschädigungen, Pneumonie mit Infiltraten im rechten mittleren und basalen Lungendrittel, Hypokaliämie, linksseitig betonte Rückenschmerzen, radikuläre Reizung L4/L5 rechts, duodenale helicobacternegative Ulcuskrankheit, ulceröse Oesophagitis und Intimmykose. Im Fragebogen der Invalidenversicherung gab die Arbeitgeberin am 9. November 2011 schliesslich an, letzter effektiver Arbeitstag sei infolge Freistellung und Krankheit der 29. Juni 2011 gewesen.
4.3. Bei dieser Sachlage ist mit dem Beschwerdeführer davon auszugehen, dass seine Alkoholabhängigkeit und die teilweise damit zusammenhängenden gesundheitlichen Probleme bei der Kündigung eine wesentliche Rolle gespielt haben. Auf Anfrage hin bestätigte denn auch die ehemalige Arbeitgeberin, dass einerseits die Alkoholproblematik, anderseits vor allem disziplinarische Gründe für die Kündigung verantwortlich gewesen seien (Telefonnotiz vom 21. Dezember 2017). Selbst wenn Alkoholismus nach damaliger Rechtslage für sich allein keine Invalidität im Sinne des IVG darstellte und eine primäre Abhängigkeit von psychotropen Substanzen erst seit der mit <ref-ruling> geänderten Rechtsprechung grundsätzlich als invalidisierender Gesundheitsschaden in Frage kommt, ändert dies nichts daran, dass eine Alkoholsucht an sich prinzipiell seit jeher als Krankheit zu betrachten war (vgl. <ref-ruling> E. 5.3.1 S. 299 f. mit Hinweisen). Haben vorliegend die Alkoholproblematik und zumindest teilweise damit zusammenhängende Verhaltensweisen des Versicherten zur Kündigung des Arbeitsverhältnisses geführt, ist davon auszugehen, der Beschwerdeführer hätte ohne gesundheitliche Beeinträchtigung die bisherige Tätigkeit weitergeführt. Eine Ausnahme kann nicht als erstellt gelten. Das vorinstanzliche Beweisergebnis, wonach der Versicherte im Gesundheitsfall nicht weiterhin bei der ehemaligen Arbeitgeberin angestellt gewesen wäre, weshalb ihm ein auf statistischen Werten basierendes Valideneinkommen anzurechnen sei, ist daher als bundesrechtswidrig zu qualifizieren. Als Anknüpfungspunkt für das Valideneinkommen hat vielmehr der vor Eintritt der Gesundheitsschädigung erzielte, nötigenfalls der Teuerung und der realen Einkommensentwicklung angepasste Verdienst zu gelten.
5.
Das kantonale Gericht hat den Einkommensvergleich aufgrund der Anmeldung vom 1. Dezember 2014 per 2015 vorgenommen. Das Invalideneinkommen hat es anhand der LSE 2014 (Tabelle TA1, Kompetenzniveau 1, Arbeitszeit 41,7 Stunden pro Woche) für ein Pensum von 70% auf Fr. 46'517.20, indexiert auf das Jahr 2015 auf Fr. 46'642.90 festgesetzt, was unbestritten geblieben ist. Anknüpfungspunkt für das Valideneinkommen ist gemäss Erwägung 4 hiervor der vor der Kündigung effektiv erzielte Verdienst. Gemäss Fragebogen für den Arbeitgeber vom 9. November 2011 betrug das Einkommen des Beschwerdeführers im Jahr 2011 Fr. 80'810.-, was unter Berücksichtigung der Nominallohnentwicklung für das Jahr 2015 (2011: 101.0, 2015: 103.7; vgl. BfS-Tabelle T1.1.10, 2011-2017) ein Valideneinkommen von Fr. 82'970.- ergibt. Aus der Gegenüberstellung mit dem Invalideneinkommen von Fr. 46'642.90 resultiert ein Invaliditätsgrad von 43,78% bzw. gerundet 44% (zur Rundung vgl. <ref-ruling>), der grundsätzlich Anspruch auf eine Viertelsrente begründet.
6.
Der Beschwerdeführer beantragt die Zusprechung mindestens einer Viertelsrente ab 1. September 2015 und bezeichnet diesen Zeitpunkt mit "Ablauf der Wartefrist". Da IV-Stelle und Vorinstanz einen Rentenanspruch infolge eines rentenausschliessenden Invaliditätsgrades verneint haben, wurden bisher keine Feststellungen zum Zeitpunkt von Eröffnung und Ablauf des für den Anspruch erforderlichen Wartejahres nach Art. 28 lit. b IVG getroffen. Auf die Angaben des Beschwerdeführers, wonach er im August 2014 eine neue Stelle bei der GIPO gefunden habe, jedoch ab September 2014 wegen psychischer Beschwerden zu 100% arbeitsunfähig gewesen sei, kann nicht ohne Weiteres abgestellt werden. Eine entsprechende Arbeitsunfähigkeitsangabe findet sich zwar im Bericht der behandelnden Psychiaterin Dr. med. D._, Fachärztin FMH für Psychiatrie und Psychotherapie, vom 27. Januar 2015. In ihrem Arztzeugnis zuhanden der Krankenversicherung vom 17. November 2014 datierte sie den Beginn der krankheitsbedingten Arbeitsunfähigkeit indes auf den 16. Oktober 2014. Im polydisziplinären Gutachten des MGSG vom 16. November 2016 werden dem Beschwerdeführer sodann eine 100%ige Arbeitsunfähigkeit für den Zeitraum März bis April 2015 und eine 70%ige Arbeitsfähigkeit in einer leidensadaptierten Tätigkeit etwa ab Mai 2015 attestiert, wohingegen der Zeitraum davor retrospektiv nicht eindeutig einzuschätzen sei. Da in den vorliegenden Akten mithin schlüssige Angaben für die Festsetzung des Wartejahres und somit des Zeitpunkts des Rentenbeginns fehlen, ist die Sache zu diesbezüglichen Abklärungen und neuer Verfügung über den Rentenanspruch an die IV-Stelle zurückzuweisen. In diesem Sinne ist die Beschwerde teilweise gutzuheissen.
7.
Das Verfahren ist kostenpflichtig. Nach konstanter Rechtsprechung wird eine Rückweisung zu weiterer Abklärung für die Frage der Auferlegung der Gerichtskosten sowie der Parteientschädigung als vollständiges Obsiegen im Sinne von Art. 66 Abs. 1 und Art. 68 Abs. 1 und 2 BGG qualifiziert (<ref-ruling> E. 11.1 S. 312 mit Hinweisen). Mithin hat die unterliegende IV-Stelle die Gerichtskosten zu tragen und dem Beschwerdeführer eine Parteientschädigung auszurichten. Sein Gesuch um unentgeltliche Prozessführung und Verbeiständung ist daher gegenstandslos.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird teilweise gutgeheissen. Der Entscheid des Obergerichts des Kantons Uri, Verwaltungsrechtliche Abteilung, vom 30. August 2019 und die Verfügung der IV-Stelle Uri vom 5. Februar 2019 werden aufgehoben. Die Sache wird zu neuer Verfügung an die IV-Stelle Uri zurückgewiesen. Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 800.- werden der Beschwerdegegnerin auferlegt.
3.
Die Beschwerdegegnerin hat den Rechtsvertreter des Beschwerdeführers für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2800.- zu entschädigen.
4.
Die Sache wird zur Neuverlegung der Kosten und der Parteientschädigung des vorangegangenen Verfahrens an das Obergericht des Kantons Uri, Verwaltungsrechtliche Abteilung zurückgewiesen.
5.
Dieses Urteil wird den Parteien, dem Obergericht des Kantons Uri, Verwaltungsrechtliche Abteilung, und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 14. Januar 2020
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Maillard
Die Gerichtsschreiberin: Kopp Käch