Sachverhalt:
A.
Der 1977 geborene A._ meldete sich am 12. August 2016 unter Hinweis auf "Analphabetismus" bei er Invalidenversicherung zum Leistungsbezug an. Die IV-Stelle Basel-Stadt liess den Versicherten durch Dr. med. B._, Facharzt FMH für Psychiatrie und Psychotherapie, gutachterlich untersuchen (Expertise vom 19. April 2017). Die Verwaltung holte in der Folge bei ihrem ärztlichen Dienst (RAD) verschiedene Stellungnahmen zum Gutachten ein (Stellungnahme vom 30. Juni 2017 vom 4. Juli 2017 und vom 24. Oktober 2017). Gestützt darauf wies die IV-Stelle mit Verfügung vom 3. November 2017 einen Leistungsanspruch mit der Begründung ab, die Arbeitsunfähigkeit des Versicherten sei vor allem durch sein Abhängigkeitsverhalten von Alkohol begründet, weshalb keine Invalidität im Sinne des Gesetzes vorliege.
B.
Die hiegegen erhobene Beschwerde hiess das Sozialversicherungsgericht des Kantons Basel Stadt mit Entscheid vom 9. Mai 2018 insoweit gut, als es die angefochtene Verfügung aufhob und die Sache zu weiteren Abklärungen im Sinne der Erwägungen und zum Erlass einer neuen Verfügung an die IV-Stelle zurückwies.
C.
Die IV-Stelle führt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten mit dem Antrag, in Aufhebung des kantonalen Entscheides sei festzustellen, dass der Versicherte keinen Anspruch auf eine Rente habe. Eventualiter sei die Sache ohne Bindung an den kantonalen Entscheid zu weiteren Abklärungen an die IV-Stelle zurückzuweisen.
Das Sozialversicherungsgericht Basel-Stadt beantragt die Abweisung der Beschwerde. A._ und das Bundesamt für Sozialversicherungen verzichten auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1.
1.1. Beim angefochtenen Rückweisungsentscheid handelt es sich, da das Verfahren noch nicht abgeschlossen wird und die Rückweisung auch nicht einzig der Umsetzung des oberinstanzlich Angeordneten dient (vgl. dazu Urteil 9C_684/2007 vom 27. Dezember 2007 E. 1.1 mit Hinweisen), um einen - selbstständig eröffneten - Vor- oder Zwischenentscheid im Sinne von <ref-law> (<ref-ruling> E. 4. 2 S. 481 f. mit Hinweisen). Die Zulässigkeit der Beschwerde setzt somit - alternativ - voraus, dass der Entscheid einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken kann (Abs. 1 lit. a) oder dass die Gutheissung der Beschwerde sofort einen Endentscheid herbeiführen und damit einen bedeutenden Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren ersparen würde (Abs. 1 lit. b).
1.2. Grundsätzlich ist nur das Dispositiv, nicht aber die Begründung eines Entscheides anfechtbar. Verweist das Dispositiv eines Rückweisungsentscheides ausdrücklich auf die Erwägungen, werden diese zu dessen Bestandteil und haben, soweit sie zum Streitgegenstand gehören, an der formellen Rechtskraft teil. Dispositiv-Ziffer 1 des vorinstanzlichen Entscheids weist die Sache zu weiteren Abklärungen im Sinne der Erwägungen und zum Erlass einer neuen Verfügung an die IV-Stelle zurück. Die Vorinstanz ist in Bezug auf das Rentenbegehren in ihren Erwägungen zum Ergebnis gelangt, der Versicherte sei in jeglicher Tätigkeit zu 100 % arbeitsunfähig und habe damit grundsätzlich Anspruch auf eine ganze Invalidenrente. Die IV-Stelle habe lediglich noch abzuklären, ob die versicherungsmässigen Voraussetzungen im Sinne von <ref-law> in Verbindung mit <ref-law> erfüllt seien. Im Umstand, dass die IV-Stelle dem Versicherten eine ganze Rente zuzusprechen hat, soweit die versicherungsmässigen Voraussetzungen gegeben sind, ist offenkundig ein nicht wieder gutzumachender Nachteil im Sinne des <ref-law> zu erblicken. Damit wird der Beurteilungsspielraum der Verwaltung auf diese Frage beschränkt. Auf die Beschwerde der IV-Stelle ist daher einzutreten.
2.
Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann u.a. die Verletzung von Bundesrecht gerügt werden (<ref-law>). Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law>). Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht (<ref-law>).
3.
Streitig und zu prüfen ist, ob das kantonale Gericht Bundesrecht verletzte, indem es feststellte, der Versicherte sei für jegliche Tätigkeit zu 100 % arbeitsunfähig und habe, sofern er die Voraussetzungen im Sinne von <ref-law> in Verbindung mit <ref-law> erfüllte, grundsätzlich Anspruch auf eine ganze Invalidenrente.
3.1. Das kantonale Gericht hat die Bestimmungen und Grundlagen zu den Begriffen der Invalidität (<ref-law>, <ref-law>) und der Erwerbsunfähigkeit (<ref-law>) sowie zum Beweiswert und zur Beweiswürdigung medizinischer Berichte und Gutachten (<ref-ruling> E. 5.1 S. 232; <ref-ruling> E. 3a S. 352) zutreffend dargelegt. Darauf wird verwiesen.
3.2.
3.2.1. Nach der Rechtsprechung führt Alkoholismus (wie auch Drogensucht und Medikamentenmissbrauch) als solcher nicht zu einer Invalidität im Sinne des Gesetzes. Dagegen wird er im Rahmen der Invalidenversicherung relevant, wenn er eine Krankheit oder einen Unfall bewirkt hat, in deren Folge ein körperlicher oder geistiger, die Erwerbsfähigkeit beeinträchtigender Gesundheitsschaden eingetreten ist, oder wenn er selber Folge eines körperlichen oder geistigen Gesundheitsschadens ist, dem Krankheitswert zukommt (vgl. <ref-ruling> E. 3c S. 268). Aus letzterem Leitsatz folgt nicht, dass die Auswirkungen eines Substanzmissbrauchs, der seinerseits auf einen Gesundheitsschaden zurückgeht, per se invaliditätsbegründend sind. Die zitierte Praxis setzt vielmehr den Grundsatz um, dass funktionelle Einschränkungen nur anspruchsbegründend sein können, wenn sie sich als Folgen selbständiger Gesundheitsschädigungen darstellen (<ref-law> und <ref-law>). Insofern verhält es sich ähnlich wie im Verhältnis zwischen psychosozialen oder soziokulturellen Umständen und fachärztlich festgestellten psychischen Störungen von Krankheitswert (<ref-ruling> E. 5a S. 299) : Wo die Gutachter im Wesentlichen nur Befunde erheben, welche in der Sucht ihre hinreichende Erklärung finden, gleichsam in dieser aufgehen, ist kein invalidisierender psychischer Gesundheitsschaden gegeben. Dies trifft zu, wenn davon auszugehen ist, dass sich beispielsweise ein depressives Zustandsbild bei einer (angenommenen) positiven Veränderung der suchtbedingten psychosozialen Problematik wesentlich bessern (und die damit verbundene Beeinträchtigung des Leistungsvermögens sich entsprechend verringern) würde (Urteil 9C_620/2017 vom 10. April 2018 E. 2.2.1 mit Hinweisen).
3.2.2. Angesichts der insoweit finalen Natur der Invalidenversicherung (<ref-ruling> E. 4c S. 103; MEYER/REICHMUTH, Bundesgesetz über die Invalidenversicherung, 3. Aufl. 2014, Rz. 51 zu <ref-law>) ist nicht entscheidend, ob die Sucht Folge eines körperlichen oder geistigen Gesundheitsschadens ist oder ob die Sucht ausserhalb eines Kausalzusammenhangs mit dem versicherten Gesundheitsschaden steht. In beiden Konstellationen sind reine Suchtfolgen IV-rechtlich irrelevant, soweit sie als solche allein leistungsmindernd wirken. Hingegen sind sie gleichermassen IV-rechtlich relevant, soweit sie in einem engen Zusammenhang mit einem eigenständigen Gesundheitsschaden stehen. Dies kann der Fall sein, wenn die Sucht - einem Symptom gleich - Teil eines Gesundheitsschadens bildet (<ref-ruling> E. 3b S. 30); dies unter der Voraussetzung, dass nicht allein die unmittelbaren Folgen des Rauschmittelkonsums, sondern wesentlich auch der psychiatrische Befund selber zu Arbeitsunfähigkeit führt. Sodann können selbst reine Suchtfolgen invalidisierend sein, wenn daneben ein psychischer Gesundheitsschaden besteht, welcher die Betäubungsmittelabhängigkeit aufrecht erhält oder deren Folgen massgeblich verstärkt. Umgekehrt können die Auswirkungen der Sucht (unabhängig von ihrer Genese) wie andere psychosoziale Faktoren auch mittelbar zur Invalidität beitragen, wenn und soweit sie den Wirkungsgrad der Folgen eines Gesundheitsschadens beeinflussen (vgl. 9C_620/2017 vom 10. April 2018 E. 2.2.2 mit Hinweisen).
4.
Die Vorinstanz erachtete unter Berücksichtigung der medizinischen Aktenlage das Vorliegen einer seit der Kindheit bestehenden leichten Intelligenzminderung mit einer deutlichen Verhaltensstörung, welche zu einer sekundären Alkohlabhängigkeit führe, als mit überwiegender Wahrscheinlichkeit nachgewiesen. Es bestehe eine 100%ige Arbeitsunfähigkeit für jegliche Tätigkeit, welche grundsätzlich zu einem Anspruch auf eine ganze Invalidenrente führe. Einzig die Frage, ab welchem Zeitpunkt der invalidisierende Gesundheitsschaden vorliege und ob der bis zu seinem 14. Lebensjahr und auch in den Jahren 1996 bis 2003 in Portugal lebende Versicherte bei Eintritt der Invalidität schon versichert gewesen sei, habe die IV-Stelle weiter abzuklären.
5.
5.1. Wie dargelegt (E. 3.2) wird dem hier unbestrittenermassen vorhandenen Alkoholismus nur eine invalidisierende Wirkung zuerkannt, wenn er selber Folge eines körperlichen oder geistigen Gesundheitsschadens ist, dem Krankheitswert zukommt (<ref-ruling> E. 3c S. 268). Nach den Ausführungen des kantonalen Gerichts liegt beim Beschwerdegegner eine sekundäre Alkoholabhängigkeit vor. Die Grunderkrankung in Form einer vom Gutachter diagnostizierten leichten Intelligenzminderung habe zu dieser geführt.
5.2. Intelligenzminderungen werden nach dem heute zur Anwendung gelangenden Klassifikationssystem ICD-10 in leichte (Intelligenzquotient [IQ] 69 bis 50), mittelgradige (IQ 49 bis 35), schwere (IQ 34 bis 20) und schwerste (IQ weniger als 20) Fälle eingeteilt (ICD-10 F.70 bis F.73; vgl. auch Pschyrembel, 267. Aufl. 2017, S. 881; Urteil 9C_664/2009 vom 6. November 2009 E. 3). Nach konstanter Rechtsprechung wird heute bei einem IQ von 70 und mehr ein invalidenversicherungsrechtlich massgeblicher Gesundheitsschaden verneint (vgl. Urteile 9C_291/2017 vom 20. September 2018 E. 8.2, 9C_611/2014 vom 19. Februar 2015 E. 5.1, in: SZS 2015 S. 261, 9C_664/2009 vom 6. November 2009 E. 3 und [des Eidg. Versicherungsgerichts] I 775/05 vom 6. März 2006 E. 4.1). Demgegenüber führt ein IQ unterhalb dieses Werts in der Regel zu einer im vorliegenden Kontext relevanten verminderten Arbeitsfähigkeit (Urteil I 775/06 vom 14. August 2007 E. 5.2). Auch diesfalls ist jedoch stets eine objektive Beschreibung der Auswirkungen der festgestellten Intelligenzminderung der versicherten Person auf ihr Verhalten, die berufliche Tätigkeit, die normalen Verrichtungen des täglichen Lebens und das soziale Umfeld erforderlich (Urteil 9C_754/2008 vom 15. Mai 2009 E. 3.2 mit Hinweis). Zudem kommt es nicht nur auf die Höhe des IQ an, sondern ist immer der Gesamtheit der gesundheitlichen Beeinträchtigungen Rechnung zu tragen (Urteile 9C_611/2014 vom 19. Februar 2015 E. 5.1, in: SZS 2015 S. 261, und [des Eidg. Versicherungsgerichts] I 262/81 vom 22. Juni 1982 E. 1c am Ende, in: ZAK 1982 S. 456).
5.3. Im Gutachten vom 19. April 2017, auf welches sich die Vorinstanz stützt, wird lediglich die Diagnose "Verdacht auf leichte Intelligenzminderung mit deutlicher Verhaltensstörung" gestellt. Eine abschiessende und vollständige Testung des Intelligenzquotienten sei aufgrund sprachlicher Probleme nicht möglich gewesen. Hierfür müsste eine IQ-Testung in Portugiesisch durchgeführt werden. Weiter führt der Gutachter aus, die vorhandenen Testergebnisse seien mit Vorsicht zu interpretieren. Mit den durchgeführten nonverbalen Tests liesse sich lediglich richtungsweise eine Aussage über die intellektuelle Leistungsfähigkeit machen. Der Gesamt-IQ habe nicht ermittelt werden können. Ob die Kriterien für eine leichte Intelligenzminderung gemäss ICD-10: F70 erfüllt seien, könne somit nicht abschliessend beurteilt werden. Auch das als Differenzialdiagnose in Erwägung gezogene Vorliegen einer schizophrenen Erkrankung wurde nicht abschliessend abgeklärt. Der Gutachter empfiehlt "zur Diagnosesicherung" denn auch ausdrücklich eine medizinische Behandlung und eine stationäre Alkoholentzugsbehandlung mit einem Intelligenztest auf Portugiesisch. Im angefochtenen Entscheid wird entsprechend mangels genügender Sachverhaltsabklärung keine rechtsgenügliche Feststellung darüber getroffen, ob ein die Erwerbsfähigkeit beeinträchtigender psychischer oder geistiger Gesundheitsschaden vorliegt, dem Krankheitswert zukommt. Das kantonale Gericht stellte fest, es sei mit dem Beweisgrad der überwiegenden Wahrscheinlichkeit erstellt, dass der Versicherte bereits seit seiner Kindheit unter einer psychischen Problematik leide, welche zu einer sekundären Alkoholabhängigkeit geführt und ihn infolgedessen in seiner Erwerbsfähigkeit einschränke. Wie dargelegt, ergibt sich dies jedoch so nicht aus dem Gutachten.
5.4. In Anbetracht der dargestellten Beweislage ist der vorinstanzliche Schluss, es liege eine neben oder ursächlich der Suchtproblematik bestehende eigenständige Erkrankung vor, welche zu einer invalidisierenden Arbeitsunfähigkeit führe, unhaltbar. Eine solche Sachverhaltsfeststellung ist offensichtlich unrichtig im Sinne von <ref-law> (vgl. E. 2 hievor). Indessen lässt es die Aktenlage auch nicht zu, eine geistige Grunderkrankung - sei es eine Minderintelligenz mit Krankheitswert oder eine im Gutachten als Differentialdiagnose ebenfalls erwogene schizophrene Erkrankung - auszuschliessen. Der Hinweis des Arztes des RAD, die durchgeführte Testung sei wahrscheinlich durch einen Restalkoholspiegel verfälscht worden, beruht nicht auf objektiven Fakten. Der Versicherte gab gegenüber dem Gutachter an, er habe am Vortag aufgrund der bevorstehenden Testung keinen Alkohol getrunken. Selbst wenn ein Restalkohol vorgelegen haben sollte, ändert dies nichts daran, dass der Sachverhalt ungenügend abgeklärt wurde. Entsprechend ist auch die Schlussfolgerung des RAD, es liege eine primäre Alkoholabhängigkeit ohne irreversible Folgeschäden und ohne vorangehende invalidisierende psychiatrische Störung vor, ohne weitere Abklärungen nicht erstellt.
5.5. Die Beschwerde führende IV-Stelle wird daher ihrem Eventualantrag entsprechend den Sachverhalt umfassend abzuklären haben. Diese Abklärung umfasst einerseits die Frage, ob eine relevante psychiatrische Vor- oder Folgeerkrankung zur unbestrittenen Alkoholabhängigkeit vorliegt und anderseits, ob die versicherungsmässigen Voraussetzungen erfüllt sind.
6.
Bei diesem Ausgang des Verfahrens sind die Kosten dem Beschwerdegegner aufzuerlegen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird teilweise gutgeheissen. Der Entscheid des Sozialversicherungsgerichts des Kantons Basel-Stadt vom 9. Mai 2018 und die Verfügung der IV-Stelle Basel-Stadt vom 3. November 2017 werden aufgehoben und die Sache wird zu weiteren Abklärungen und neuer Verfügung an die IV-Stelle zurückgewiesen. Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 800.- werden dem Beschwerdegegner auferlegt.
3.
Die Sache wird zur Neuverlegung der Kosten und der Parteientschädigung des vorangegangenen Verfahrens an das Sozialversicherungsgericht des Kantons Basel-Stadt zurückgewiesen.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Basel-Stadt und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 11. Februar 2019
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Maillard
Die Gerichtsschreiberin: Schüpfer