Faits :
A.
A.a. B._ Inc. (ci-après: B._ ou la demanderesse), société dont le siège se trouve à..., dans les Iles Vierges britanniques, est active dans le commerce international de matières premières. Son unique directeur est L._ et son ayant droit économique est M._; le rôle de N._ aux côtés de l'ayant droit économique n'a pas été explicité en procédure.
A._ AG (ci-après: A._ ou la défenderesse), dont le siège est à..., en Suisse, est également active dans le commerce international de matières premières. Son administrateur avec signature individuelle au moment des faits litigieux, entre 2010 et 2012, était O._ (depuis 2006), lequel est devenu président du conseil d'administration le 29 novembre 2012, avant d'être radié de ses fonctions en juillet 2014. Selon les déclarations de O._ en procédure, l'ayant droit économique de la société est P._; le rôle de Q._ aux côtés de l'ayant droit économique n'a pas été explicité en procédure.
A.b. Les deux sociétés prénommées ont conclu trois contrats les 15, 16 et 17 novembre 2010 à... (Ukraine). Ces contrats sont rédigés en langues russe et anglaise et portent sur la vente de plusieurs milliers de tonnes métriques de charbon par B._ à A._, puis sur la revente de charbon raffiné par A._ à B._, et ce pour une valeur de plusieurs millions de dollars étasuniens. Ces trois contrats indiquent en préambule qu'agissent, au nom de chacune des sociétés, L._ pour B._ et O._ pour A._.
Pourtant ces trois contrats n'ont pas été négociés par ces organes formels des deux sociétés (ni par L._ ni par O._), qui ne se connaissaient pas: B._ a agi par l'intermédiaire de son ayant droit économique et A._ par une personne à la signature figurative (composée d'une grande boucle et de trois petits cercles) dont le nom n'a pas été établi en procédure (ci-après: le mystérieux signataire à la signature figurative).
Ces contrats n'ont pas non plus été signés par les organes formels des deux sociétés. S'agissant de B._, L._ a autorisé une personne de la société à... à y apposer pour son compte une signature semblable à la sienne. Pour A._, c'est le mystérieux représentant à la signature figurative qui les a signés, en apposant sa signature sur le timbre humide de A._.
Chacune des sociétés a produit en procédure des exemplaires de ces trois contrats (<ref-law>). Les exemplaires produits par A._ portent en plus, pour A._, la signature de O._. Celui-ci a reconnu en procédure qu'il avait signé les exemplaires des trois contrats produits par la défenderesse sur instruction du " propriétaire ", mais ne pas savoir qui était le titulaire de la signature figurative. La cour cantonale a ainsi retenu que la signature de O._ a été apposée postérieurement à l'apposition de la signature figurative.
Les parties ne contestent pas la validité de ces trois contrats. B._ admet être liée par ces contrats; A._ admet qu'elle est liée par la signature apposée postérieurement par O._.
En raison de difficultés de livraison et de paiement dans l'exécution de ces trois contrats, des courriers ont été échangés entre les deux sociétés.
A.c. Puis, le 28 mai 2012, les deux sociétés ont passé une convention (" Agreement ") pour mettre un terme à leur différend. Cette convention, qui vaut reconnaissance de dette de la part de A._ à l'égard de B._ pour un montant de 2'064'464 USD, a été signée, pour B._, par L._ et, pour A._, par le mystérieux signataire à la signature figurative, laquelle a été apposée sur le timbre humide de la société à côté de l'indication " By O._ ".
Il a été établi en procédure que cette signature figurative n'est pas la signature de l'administrateur O._, seul administrateur, avec pouvoir de signature individuelle, de la défenderesse. O._ a déclaré en procédure que la signature figurative ne serait pas celle de l'ayant droit économique de la société, à savoir P._, mais la cour cantonale a retenu qu'il ne l'a pas établi.
Est donc litigieuse la validité de la signature figurative apposée sur cette convention au nom de A._ et, partant, la validité de la reconnaissance de dette de A._.
A.d. Par la suite, par courrier du 11 juin 2012, B._ a prié O._ de lui adresser l'original de cette convention dûment signée par lui, lui adressant la copie, dont elle disposait, munie de la signature figurative. O._ n'a pas contesté la validité de cette convention, ni ne s'est exécuté.
Puis, des courriers ont été échangés entre B._ et A._ au sujet de l'exécution de cette convention. En particulier, le 2 octobre 2012 (en réponse à un courrier de B._), sur papier à en-tête de la société A._ et sous la signature figurative apposée sur le timbre humide de la société, A._ a rappelé à B._ que celle-ci était à l'origine du conflit et qu'elle, A._, avait néanmoins accepté de solder leurs comptes par un paiement en faveur de B._, précisant que c'était dans cet état d'esprit qu'elle avait accepté de signer la convention du 28 mai 2012; elle demandait à B._ de lui confirmer qu'elle s'en tiendrait à la teneur de cette convention sans élever de prétentions supplémentaires infondées. Puis, le 5 décembre 2012 (en réponse à un courrier de B._ du 3 décembre 2012 adressé à O._ et lui reprochant d'avoir violé son engagement, que celui-ci a transmis au " propriétaire " de la société A._), A._ a, sur papier à en-tête de la société et sous la signature figurative, apposée sur le timbre humide de la société (<ref-law>), confirmé agir dans le cadre de l' "Agreement ".
O._ a en outre fait virer à B._ le montant de 50'000 USD avec la mention de ladite convention (le 17 août 2012), puis deux autres montants de 75'000 USD chacun, mentionnant le premier contrat du 15 novembre 2010 (le 9 novembre 2012 et le 21 décembre 2012).
A.e. Une première requête en paiement selon la procédure de protection dans les cas clairs a été déposée par B._ contre A._. Elle a été déclarée irrecevable par jugement du 30 août 2013, faute de paiement des sûretés.
B.
Le 10 mars 2014, B._ a ouvert action en paiement contre A._ devant le Tribunal de première instance de Genève, concluant à la constatation de la validité de la convention du 28 mai 2012 et à la condamnation de la défenderesse à lui payer le montant de 2'064'464 USD, avec des intérêts échelonnés de 5,75% l'an dès le 1er juin 2012 et de 12% l'an dès le 1er mars 2013, le tout sous déduction des sommes de 50'000, 75'000 et 75'000 USD payées respectivement les 17 août, 9 novembre et 21 décembre 2012.
La défenderesse a conclu principalement à l'irrecevabilité de la demande et, subsidiairement, à son rejet. Elle a notamment déclaré invalider la convention du 28 mai 2012 pour cause d'erreur et de lésion. Elle a produit des copies des trois contrats, qui avaient été contresignés postérieurement par O._.
Par jugement du 16 août 2017, le Tribunal de première instance a condamné la défenderesse à payer à la demanderesse le montant de 2'064'464 USD avec des taux d'intérêts différents selon les périodes, sous déduction des trois versements effectués de 50'000, 75'000 et 75'000 USD.
Statuant sur l'appel de la défenderesse le 1er juin 2018, la Chambre civile de la Cour de justice du canton de Genève l'a rejeté et a confirmé le jugement de première instance. Par substitution de motifs, elle a considéré en bref que le mystérieux signataire à la signature figurative avait signé, en apposant sa signature figurative sur le timbre humide de la société, non seulement la convention du 28 mai 2012, mais également les trois contrats et toute la correspondance (sur papier à en-tête de la société), qu'il avait ainsi agi comme organe de fait de la société puisque son activité avait été durable et, partant, que la société défenderesse était liée par la convention du 28 mai 2012 et la reconnaissance de dette qu'elle contient. Bien qu'elle ait mentionné que l'appelante reproche au Tribunal une violation de l'<ref-law>, faute de signature manuscrite originale et faute de renonciation à la forme écrite imposée par l'art. 12.1 du contrat du 11 novembre 2010, la cour cantonale n'a pas réfuté ce grief dans sa motivation (<ref-law>).
C.
Contre cet arrêt, la défenderesse a interjeté un recours en matière civile au Tribunal fédéral le 30 août 2018, concluant, principalement, à sa réforme en ce sens que la demande en paiement est rejetée et, subsidiairement, à son annulation et au renvoi de la cause à la cour cantonale. Dans une sorte de préambule, la recourante reproche à la cour cantonale d'avoir pris fait et cause pour la partie adverse " dans une mesure contraire au sentiment élémentaire de justice ". Elle se plaint que des faits et preuves aient été omis et, confondant l'arbitraire et la violation du droit, reproche à la cour cantonale une application arbitraire de l'<ref-law>. Enfin, elle reproche à la cour cantonale un déni de justice (art. 29 al. 1 Cst.) pour n'avoir pas examiné la violation de l'<ref-law> qu'elle avait soulevée.
L'intimée a conclu au rejet du recours. Les parties ont encore déposé chacune des observations. La cour cantonale se réfère aux considérants de son arrêt.
L'effet suspensif a été accordé au recours par ordonnance présidentielle du 18 octobre 2018.

Considérant en droit :
1.
Interjeté dans le délai de 30 jours compte tenu de la suspension pendant les féries d'été (art. 100 al. 1 et 46 al. 1 let. b LTF), dirigé contre un arrêt final (<ref-law>) rendu sur appel par le tribunal supérieur du canton de Genève (<ref-law>) dans une affaire civile (<ref-law>), dont la valeur litigieuse dépasse 30'000 fr. (<ref-law>), le recours en matière civile est recevable.
2.
2.1. Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>). Il ne peut s'en écarter que si ces faits ont été établis de façon manifestement inexacte - ce qui correspond à la notion d'arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (<ref-ruling> consid. 4.1.2; <ref-ruling> consid. 5.1) - ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> (<ref-law>), et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (<ref-law>).
Le Tribunal fédéral se montre réservé en matière de constatations de fait et d'appréciation des preuves, vu le large pouvoir qu'il reconnaît en ce domaine aux autorités cantonales (<ref-ruling> consid. 4b; <ref-ruling> consid. 9 et les références). Il n'intervient, du chef de l'art. 9 Cst., que si le juge du fait n'a manifestement pas compris le sens et la portée d'un moyen de preuve, a omis sans raisons objectives de tenir compte des preuves pertinentes ou a effectué, sur la base des éléments recueillis, des déductions insoutenables (<ref-ruling> consid. 4.2; <ref-ruling> consid. 4.2; <ref-ruling> consid. 4.3; <ref-ruling> consid. 1.4.3; <ref-ruling> consid. 2.1).
La critique de l'état de fait retenu est soumise au principe strict de l'allégation énoncé par l'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 2.3 p. 266 et les références). La partie qui entend attaquer les faits constatés par l'autorité précédente doit expliquer clairement et de manière circonstanciée en quoi ces conditions seraient réalisées (<ref-ruling> consid. 1.3.1 p. 18 et les références). Si la critique ne satisfait pas à ces exigences, les allégations relatives à un état de fait qui s'écarterait de celui de la décision attaquée ne pourront pas être prises en considération (<ref-ruling> consid. 1.3.1 p. 18). Les critiques de nature appellatoires sont irrecevables (<ref-ruling> consid. 1.3 p. 261 s.).
Les faits nouveaux sont irrecevables devant le Tribunal fédéral (<ref-law>).
2.2. Sous réserve de la violation des droits constitutionnels (<ref-law>), le Tribunal fédéral applique le droit d'office (<ref-law>). Il n'est toutefois lié ni par les motifs invoqués par les parties, ni par l'argumentation juridique retenue par l'autorité cantonale; il peut donc admettre le recours pour d'autres motifs que ceux invoqués par le recourant, comme il peut le rejeter en opérant une substitution de motifs (<ref-ruling> consid. 1.4 et l'arrêt cité).
3.
La recourante formule trois critiques de fait.
3.1. Elle reproche tout d'abord à la cour cantonale d'avoir occulté le fait que les trois contrats conclus par les parties avaient également été signés par O._ en sa qualité d'organe de la société.
Si, comme le soutient la défenderesse recourante, les exemplaires des trois contrats qu'elle a produits en procédure ne portent pas seulement, pour le compte de A._, la signature figurative mais sont cosignés par O._ (Pièces A._ n°s 2, 3 et 4), il a été retenu par la cour cantonale que O._ a reconnu les avoir signés postérieurement à l'apposition de la signature figurative et qu'il l'a fait sur instruction du " propriétaire " de A._. Les exemplaires produits par la demanderesse ne portent, eux, que la signature figurative (Pièces B._ n°s 3, 4 et 5). La cour cantonale n'a pas ignoré que chacune des parties avait produit les exemplaires des contrats qu'elle avait en ses mains et, bien que la constatation figurant en page 12 consid. 7.2 de l'arrêt soit imprécise, elle ne peut qu'être comprise dans le sens que les trois contrats n'ont été signés initialement, pour le compte de A._, que par le mystérieux signataire à la signature figurative et contresignés seulement ultérieurement par O._.
En réalité, toute l'argumentation de la recourante repose sur le fait que, pour elle, les contrats signés initialement ne la liaient pas tant qu'ils n'avaient pas été signés par son organe formel, O._, ce qu'elle veut voir appliquer également à la convention du 28 mai 2012. Or, la question est précisément de savoir si le mystérieux signataire à la signature figurative a obligé la société par sa seule signature dès le moment où il l'a apposée sur le timbre humide.
Le grief de constatation arbitraire des faits soulevé par la recourante est donc infondé.
3.2. Il n'y a pas lieu d'examiner en l'état, comme on le verra, les deux autres griefs de fait soulevés par la recourante.
4.
Lorsque les parties sont convenues de donner une forme spéciale à un contrat pour lequel la loi n'en exige point (<ref-law>), il faut commencer par établir ce que les parties ont réellement voulu ou, à défaut, quel sens on peut de bonne foi attribuer à leurs déclarations de volonté, conformément aux principes généraux sur l'interprétation des manifestations de volonté (<ref-ruling> consid. 5.2).
Une fois que le contenu du contrat aura été défini, il faudra examiner si les parties se sont suffisamment exprimées en la forme choisie (<ref-ruling> consid. 4; <ref-ruling> consid. 4b/bb; arrêt 4A_172/2018 du 13 septembre 2018 consid. 4.3.1).
5.
Avant d'examiner la question litigieuse de l'admissibilité de la représentation de la SA par un organe de fait, il s'impose de rappeler quelles sont les personnes qui peuvent valablement représenter la société anonyme (ci-après: la SA) dans la conclusion d'actes juridiques avec des tiers et, partant, peuvent obliger contractuellement celle-là envers ceux-ci.
5.1. En premier lieu, la SA est représentée à l'égard des tiers par ses organes conformément à l'<ref-law>.
5.1.1. L'<ref-law> est une lex specialis par rapport à l'art. 55 al. 1 et 2 CC. Il est expressément réservé par l'<ref-law> (Julia Xoudis, in Commentaire romand, Code civil I, 2010, n° 13-14 ad <ref-law>; Huguenin/Reitze, in Basler Kommentar, Zivilgesetzbuch I, 6e éd. 2018, n° 3 ad <ref-law>).
En dépit des notes marginales " Représentation " (" Vertretung ") de l'<ref-law> et " Responsabilité pour les organes " (" Haftung der Organe ") de l'<ref-law> et du texte légal, qui utilisent la terminologie du registre du commerce (Peter Böckli, Schweizer Aktienrecht, 4 e éd. 2009, § 13 n° 496), l'<ref-law>, comme d'ailleurs l'<ref-law>, est une norme d'imputation: l'acte de l'organe est directement attribué à la personne morale comme son acte propre. Autrement dit, les organes ne sont pas des représentants au sens des <ref-law>, mais lorsqu'ils agissent, c'est la société elle-même qui agit (arrêt 4A_357/2007 du 8 avril 2008 consid. 4.2; cf. Peter/Cavadini, in Commentaire romand, Code des obligations II, 2 e éd. 2017, n° 7 ad <ref-law>). Il en va de même de l'<ref-law>, en vertu duquel les actes illicites des organes sont ceux de la personne morale elle-même (<ref-ruling> consid. 4d; cf. Peter/Cavadini, op. cit., n° 2 ad <ref-law>).
On utilisera donc ci-après, comme le fait le texte de l'<ref-law>, le terme de représentation ( Vertretung) pour désigner les actes juridiques de la SA accomplis par ses organes et qui sont imputés à celle-ci.
5.1.1.1. Sont des organes, au sens de l'<ref-law>, qui peuvent représenter la SA à l'égard des tiers:
- premièrement, chacun des membres du conseil d'administration (" sauf disposition contraire des statuts ou du règlement d'organisation ") (art. 718 al. 1 2e phr. CO) ou, exceptionnellement, le conseil d'administration in corpore (art. 718 al. 1 1ère phr. CO; <ref-ruling> consid. 1.3);
- deuxièmement, un ou des membres délégués du conseil d'admi- nistration ou des tiers directeurs, auxquels le conseil d'adminis- tration a délégué son pouvoir de représentation (<ref-law>).
Ces organes (exécutifs) ont en principe le droit d'accomplir au nom de la SA tous les actes que peut impliquer le but social (<ref-law>; arrêt 4A_147/2014 du 19 novembre 2014 consid. 3.1.1 et les arrêts cités). Leurs pouvoirs peuvent toutefois être limités (cf. <ref-law>).
5.2. En deuxième lieu, la SA peut être représentée à l'égard des tiers par des fondés de procuration et d'autres mandataires commerciaux (<ref-law>), nommés par le conseil d'administration.
Ils n'ont pas la qualité d'organes et représentent la SA en vertu de leurs pouvoirs de représentation spécifiques (art. 458 et 462 CO).
5.3. En troisième lieu, peuvent représenter la SA, les personnes qui ont la qualité de représentants civils au sens des <ref-law>.
Ces règles générales sur la représentation s'appliquent en effet en l'absence de dispositions spéciales (<ref-law>; Christine Chappuis, in Commentaire romand, Code des obligations I, 2e éd. 2012, n. 2 ad <ref-law>; Peter/Cavadini, op. cit., n° 2 ad <ref-law>; Marlis Koller-Tumler, in Basler Kommentar, Obligationenrecht I, 6e éd. 2015, n° 2 ad <ref-law>; Peter Jung, in Jung/Kunz/Bärtschi, Gesellschaftsrecht, 2e éd. 2018, § 6 n° 3 p. 219, n° 21 p. 234 et n° 37 ss p. 241; cf. <ref-ruling> consid. 2b; arrêt 4A_187/2018 du 21 février 2019 consid. 3.1.4 et 3.1.4.2).
5.4. En l'espèce, le mystérieux signataire à la signature figurative qui a signé la convention du 28 mai 2012, en apposant sa signature sur le timbre humide de la société, ne revêt ni la qualité d'organe au sens de l'<ref-law>, ni celle de fondé de procuration ou de mandataire commercial au sens de l'<ref-law>.
6.
La cour cantonale a admis que le mystérieux signataire à la signature figurative a agi comme organe de fait de la SA défenderesse et que celle-ci est donc liée par la convention du 28 mai 2012 et sa reconnaissance de dette. La recourante le conteste.
Pour admettre que la SA puisse ainsi être représentée par un organe de fait pour conclure un acte juridique, la cour cantonale s'est basée sur la jurisprudence rendue à propos des actes illicites des organes au sens des <ref-law> et 722 CO (art. 718 al. 3 aCO) et des actes illicites des personnes qui s'occupent de la gestion au sens de l'<ref-law>.
6.1. En vertu de l'<ref-law>, respectivement de l'art. 55 al. 2 2 e hypothèse CC, la SA répond directement comme du sien propre du comportement illicite, non seulement de ses organes au sens formel, comme les membres du conseil d'administration ou les directeurs, mais également de ses organes au sens matériel ou de fait, c'est-à-dire les personnes qui exercent de facto des fonctions dirigeantes, peuvent prendre des décisions de manière indépendante et participent ainsi effectivement d'une façon décisive à la formation de la volonté sociale (<ref-ruling> consid. 3a p. 31; <ref-ruling> consid. 4a; arrêt 4A_54/2008 du 29 avril 2008 consid. 3.2), ainsi que des organes apparents, c'est-à-dire les personnes auxquelles la SA a donné l'apparence qu'elles sont des organes formels ou ont les pouvoirs d'organes de fait alors qu'elles ne les possèdent pas en réalité (<ref-ruling> consid. 3 p. 571; arrêts 4A_544/2008 du 10 février 2009 consid. 2.3; 4A_50/2009 du 26 mars 2009 consid. 2.3; 4A_54/2008 précité consid. 3.2.3). Il résulte du texte même de l'<ref-law> (" une personne autorisée à la gérer ou à la représenter ") qu'il n'est pas nécessaire que l'organe en cause ait le pouvoir de représenter la SA, c'est-à-dire d'obliger celle-ci contractuellement (<ref-ruling> consid. 4a; <ref-ruling> consid. 5a et 5b).
Quant à la jurisprudence rendue à propos de l'<ref-law>, qui traite de la responsabilité délictuelle individuelle des personnes qui gèrent la SA, elle soumet à cette disposition les organes formels, qui ont une compétence décisionnelle et ont été expressément désignés comme tels, les organes matériels, qui se sont vu conférer des pouvoirs à l'interne, et les organes de fait, soit toutes les personnes qui prennent en fait des décisions réservées aux organes ou qui se chargent de la gestion proprement dite des affaires et qui participent ainsi de manière décisive à la volonté de la société (<ref-ruling> consid. 3a et les arrêts cités; <ref-ruling> consid. 3).
6.2. Contrairement à ce qu'a retenu la cour cantonale, cette jurisprudence ne saurait s'appliquer à la représentation de la SA pour conclure un acte juridique.
6.2.1. Tout d'abord, il faut bien distinguer la représentation pour la conclusion d'actes juridiques au sens de l'<ref-law> de la " responsabilité " délictuelle de la SA au sens de l'<ref-law> et de la responsabilité personnelle des personnes qui gèrent la SA au sens de l'<ref-law>.
L'imputation à la SA des actes juridiques de ses organes ( rechtsgeschäftliche Zurechnung) repose, en cas de limitation des pouvoirs internes de ceux-ci, sur la bonne foi du tiers (<ref-law>), alors que l'imputation des actes illicites de ses organes à la SA se base sur le comportement de l'organe agissant fonctionnellement dans le cadre général de ses attributions d'organe.
Il résulte d'ailleurs de la jurisprudence que, si la SA est contractuellement liée à l'égard du tiers par l'acte juridique de son organe, il est superflu d'examiner si les conditions de sa responsabilité délictuelle au sens de l'<ref-law> seraient aussi remplies; en revanche, si la SA n'est pas contractuellement liée au tiers par l'acte juridique de son organe, elle pourra être responsable du dommage causé par le comportement de celui-ci en vertu de l'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 4a, qui examine la responsabilité pour acte illicite après avoir jugé que la SA n'est pas liée contractuellement). Le fait d'être liée contractuellement et le fait d'être responsable sont deux choses différentes.
6.2.2. Ensuite, admettre qu'un organe de fait pourrait engager la SA par ses actes juridiques reviendrait à modifier le système légal. Le membre du conseil d'administration au sens de l'<ref-law> doit être indépendant et ne saurait se soumettre aux injonctions d'un tiers: en tant qu'il a été élu à une charge et a été inscrit au registre du commerce à ce titre, il ne saurait abandonner son pouvoir exécutif à un organe de fait; la personne, qui n'est ni élue ni inscrite au registre du commerce, ne peut, par son comportement, devenir titulaire des pouvoirs et droits d'un administrateur. Selon la doctrine, le conseil d'administration ne doit pas tolérer qu'un organe de fait agisse au nom de la SA (Böckli, op. cit., § 13 n° 92 ss et 625; Jung, op. cit., § 6 n° 18 p. 231; Michael Wyttenbach, Formelle, materielle und faktische Organe - einheitlicher Organbegriff?, 2012, p. 247 ss et 267 s.).
6.2.3. Il s'ensuit que si un actionnaire unique ou majoritaire s'immisce dans la gestion de la SA, il n'a pas la qualité d'organe et n'oblige pas contractuellement la SA au sens de l'<ref-law>. La SA peut toutefois être responsable des actes délictuels de celui-ci s'il remplit les conditions d'un organe de fait au sens de l'<ref-law>.
6.3. En l'espèce, le mystérieux signataire ne pouvait représenter la SA en qualité d'organe de fait.
7.
Il reste à examiner si ce mystérieux signataire a pu représenter la SA en qualité de représentant civil au sens des <ref-law>.
7.1. Selon le système légal, lorsque le représentant qui conclut le contrat manifeste agir au nom du représenté, le représenté (i.e. la SA) est lié dans trois cas de figure: (1) lorsque le représenté avait conféré les pouvoirs nécessaires au représentant dans leurs rapports internes (procuration interne; <ref-law>); (2) en l'absence de pouvoirs internes conférés au représentant par le représenté, lorsque le tiers pouvait déduire l'existence de tels pouvoirs du fait du comportement du représenté dans leurs rapports externes (procuration apparente; <ref-law>); et (3) en l'absence de pouvoirs internes conférés au représentant par le représenté, lorsque celui-ci a ratifié le contrat (<ref-law>) (cf. <ref-ruling> consid. 3.1 p. 517; <ref-ruling> consid. 2 in initio p. 198).
7.1.1. Dans un premier temps, le juge doit donc rechercher si le représentant avait des pouvoirs de représentation internes (<ref-law>), dont l'octroi peut être soit exprès, soit tacite (procuration interne par tolérance [ Duldungsbevollmächtigung] ou procuration interne apparente [ Anscheinsbevollmächtigung]); cf. <ref-ruling> consid. 4.1).
7.1.2. Ce n'est que si le juge arrive à la conclusion que le représentant a agi sans pouvoirs de représentation internes, qu'il devra, dans un second temps, rechercher si la SA (i.e. la représentée) est contractuellement liée, soit parce que le tiers de bonne foi doit être protégé dans la communication qui lui a été faite par la SA de l'existence de pouvoirs (<ref-law>), soit parce que la SA a ratifié l'acte du représentant (<ref-law>).
7.1.2.1. Pour que l'<ref-law> soit applicable, il faut (1) que le représentant ait agi au nom de la SA, sans avoir pour cela de pouvoirs de représentation internes (représentation sans pouvoirs), et (2) que le tiers ait cru de bonne foi à l'existence de pouvoirs internes du représentant parce que la SA (i.e. la représentée) avait porté à sa connaissance des pouvoirs qui vont au-delà des pouvoirs qu'elle avait effectivement conférés au représentant à titre interne (<ref-ruling> consid. 3.2; <ref-ruling> consid. 1c; 120 III 197 consid. 2b/cc; arrêt 4C.389/2002 du 21 mars 2003 consid. 4.2.2). L'idée est que celui qui laisse créer l'apparence d'un pouvoir de représentation est lié par les actes accomplis en son nom (<ref-ruling> consid. 3.2.1 p. 518; arrêt 4A_54/2009 du 20 avril 2009 consid. 3.1; sur la communication externe tacite, soit la procuration externe par tolérance [ externe Duldungsvollmacht] ou la procuration externe apparente [ externe Anscheinsvollmacht], cf. ATF <ref-ruling> consid. 2b/bb p. 201; arrêt 4A_313/2010 consid. 3.4.2.3).
7.1.2.2. En vertu de l'<ref-law>, lorsque le représentant a agi sans pouvoirs de représentation internes, la SA est obligée contractuellement envers le tiers si elle a ratifié l'acte du représentant (<ref-law>).
7.2. S'il résulte clairement des faits constatés dans l'arrêt attaqué qu'il n'y a pas eu de ratification de la convention par la SA au sens de l'<ref-law>, il appartiendra à la cour cantonale de se prononcer sur la réalisation des conditions de l'<ref-law> ou, à défaut, de l'<ref-law>, deux questions qu'elle n'a pas tranchées dans son arrêt, étant partie de la fausse conception d'une représentation de la SA par un organe de fait.
Cas échéant, la cour cantonale devra encore examiner, en complétant son état de fait, le respect de la forme de la convention du 28 mai 2012, qui n'a été soulevée par la défenderesse qu'au stade des plaidoiries finales (<ref-law>). En effet, à propos de la forme de la convention, son arrêt constate certes que l'art. 12.1 du contrat du 17 novembre 2010 précise que toutes les annexes, modifications et avenants au contrat sont valables à condition d'être faits par écrit et dûment signés par les représentants autorisés des parties, mais, dans son examen en droit, même si elle reproduit le grief de l'appelante de violation de l'<ref-law>, la cour cantonale ne l'a pas traité, en violation du droit d'être entendu (art. 29 al. 2 Cst.).
8.
Il découle de ce qui précède que le recours doit être admis et la cause renvoyée à la cour cantonale pour nouvelle décision dans le sens des considérants.
Partant, il est prématuré de traiter le grief d'arbitraire concernant les circonstances à l'origine du litige (le prétendu caractère déséquilibré de la convention) et, partant, leurs conséquences sur la convention/transaction du 28 mai 2012.
Les frais judiciaires et les dépens sont mis à la charge de l'intimée qui succombe (art. 66 al. 1 et 68 al. 1 LTF), dès lors qu'elle a conclu au rejet du recours.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est admis, l'arrêt attaqué est annulé et la cause est renvoyée à la cour cantonale pour nouvelle décision dans le sens des considérants.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 17'000 fr., sont mis à la charge de l'intimée.
3.
L'intimée versera à la recourante une indemnité de 19'000 fr. à titre de dépens.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour de justice du canton de Genève, Chambre civile.
Lausanne, le 9 octobre 2019
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente : Kiss
La Greffière : Schmidt