Faits :
A.
Le 13 mars 2017, le Chef du Département fédéral des finances a autorisé l'Administration fédérale des contributions (AFC) à mener une enquête fiscale spéciale au sens des art. 190 ss de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD; RS 642.11) contre A._, ainsi que contre les sociétés B._ et C._, en raison de soupçons fondés de graves infractions fiscales.
En date du 19 avril 2017, deux perquisitions ont été effectuées par l'AFC, la première au domicile de D._ à X._ et la seconde dans des locaux occupés à Y._ par les sociétés E._ SA, F._, G._ SA, H._ SA, I._ J._, K._, L._ SA, M._, N._ SA et O._ SA (art. 105 al. 2 LTF; cf. consid. 1.4 de l'arrêt attaqué); différents éléments ont été saisis. Ces mesures ont fait l'objet d'oppositions, au motif que les documents en cause contiendraient des secrets confiés à des avocats. Ces écrits ont été inventoriés, puis mis sous scellés. Il a ensuite été procédé à un tri de ces pièces, au terme duquel des oppositions ont été formées à la perquisition de certaines d'entre elles; les documents concernés ont été dès lors placés sous scellés.
Par requête du 14 septembre 2018, l'AFC a déposé auprès de la Cour des plaintes du Tribunal pénal fédéral une requête de levée des scellés s'agissant des documents saisis à X._ et à Y._, demande dirigée contre A._. Au cours de l'échange d'écritures, ce dernier a en particulier conclu au rejet de cette requête et à la restitution des documents saisis.
Le 22 janvier 2019, la Cour des plaintes a déclaré la requête de levée des scellés irrecevable, faute en substance d'avoir été dirigée contre les sociétés et/ou la personne s'étant opposées à la perquisition (cf. consid. 1). Les scellés ont été maintenus (consid. 2).
B.
Par acte du 25 février 2019, l'AFC forme un recours en matière pénale contre cet arrêt, concluant à son annulation et au renvoi de la cause à l'autorité précédente afin qu'elle statue au fond. La recourante sollicite également l'octroi de l'effet suspensif.
Invitée à se déterminer, l'autorité précédente ne s'est pas opposée à l'octroi de l'effet suspensif et, sur le fond, a persisté dans les termes de sa décision, sans formuler d'observations. A._ (ci-après : l'intimé) s'est opposé à la demande d'effet suspensif et a conclu au rejet du recours. Le 14 mai 2019, respectivement le 3 juin suivant, la recourante et l'intimé ont persisté dans leurs conclusions respectives.
Par ordonnance du 18 mars 2019, le Président de la Ire Cour de droit public a admis la requête d'effet suspensif en ce sens que les scellés sont maintenus sur les documents saisis le 19 avril 2017 et toujours sous scellés.

Considérant en droit :
1.
Le recours est dirigé contre une décision d'irrecevabilité prise par la Cour des plaintes du Tribunal pénal fédéral. Sur le fond, le litige porte sur une demande de levée des scellés apposés à la suite de deux perquisitions effectuées le 19 avril 2017, soit une question pouvant faire l'objet d'un recours en matière pénale au Tribunal fédéral (art. 79 LTF; <ref-ruling> consid. 1.3 p. 248).
Ne mettant pas un terme à la procédure pénale - y compris à l'encontre de l'intimé -, la décision attaquée est de nature incidente et le recours n'est en principe recevable qu'en présence d'un préjudice irréparable au sens de l'art. 93 al. 1 let. a LTF. Le recours est cependant formé contre une décision refusant l'entrée en matière faute en substance de reconnaître à l'intimé la qualité de partie à la procédure de levée des scellés, situation équivalent à un déni de justice formel. Il y a donc lieu d'entrer en matière indépendamment de l'existence d'un éventuel préjudice irréparable au sens de l'art. 93 al. 1 let. a LTF (<ref-ruling> consid. 1.2 p. 346).
Pour le surplus, la recourante, qui a pris part à la procédure devant l'autorité précédente, dispose d'un intérêt juridique à la modification ou à l'annulation de la décision entreprise qui refuse d'entrer en matière sur sa requête (art. 81 al. 1 LTF). Le recours fédéral a été déposé en temps utile (art. 45 al. 1 et 100 al. 1 LTF) et, vu le dispositif attaqué, la conclusion tendant au renvoi de la cause est recevable (art. 107 al. 2 LTF). Partant, il y a lieu d'entrer en matière
2.
La recourante reproche à la juridiction précédente une application erronée et contraire au droit des principes découlant de l'art. 50 al. 3 DPA (RS 313.0); l'autorité précédente aurait ainsi retenu à tort que l'intimé ne serait pas le détenteur des papiers saisis lors des perquisitions effectuées le 19 avril 2017 à X._ et à Y._. La recourante se plaint également d'arbitraire dans l'appréciation des faits dans la mesure où la Cour des plaintes a retenu que l'intimé n'avait formé opposition à la perquisition à Y._ qu'en tant que mandataire agissant au nom de sociétés pour lesquelles il disposait d'un pouvoir de représentation.
2.1. Lorsque la poursuite d'infractions est confiée à une autorité administrative fédérale, le droit pénal administratif est applicable (art. 1 DPA). Dans la mesure où le DPA ne règle pas exhaustivement certaines questions, les dispositions du CPP sont applicables en principe par analogie (<ref-ruling> consid. 1.2 p. 248; arrêt 1B_487/2018 du 6 février 2019 consid. 2.1 et les arrêts cités).
2.2. Selon l'art. 50 al. 1 DPA, la perquisition visant des papiers doit être opérée avec les plus grands égards pour les secrets privés (1ère phrase); en particulier, les papiers ne seront examinés que s'ils contiennent apparemment des écrits importants pour l'enquête (2ème phrase). La perquisition doit être opérée de manière à sauvegarder le secret de fonction, ainsi que les secrets confiés aux ecclésiastiques, avocats, notaires, médecins, pharmaciens, sages-femmes et à leurs auxiliaires, en vertu de leur ministère ou de leur profession (art. 50 al. 2 DPA). Avant la perquisition, le détenteur des papiers est, chaque fois que cela est possible, mis en mesure d'en indiquer le contenu (art. 50 al. 3 1ère phrase DPA); s'il s'oppose à la perquisition, les papiers sont mis sous scellés et déposés en lieu sûr (art. 50 al. 3 2ème phrase DPA); la Cour des plaintes du Tribunal pénal fédéral statue sur l'admissibilité de la perquisition (art. 25 al. 1 DPA [art. 50 al. 3 3ème phrase DPA]).
A la suite d'une demande de levée des scellés, l'autorité en la matière examine si les secrets - ou les autres empêchements légaux - invoqués par le détenteur pour obtenir la mesure de protection justifient de soustraire les documents et/ou objets de la procédure (art. 50 al. 2 et 3 DPA, 248 al. 1 et 3 CPP; <ref-ruling> consid. 2.2 p. 77; <ref-ruling> consid. 4.1 p. 81; arrêts 1B_487/2018 du 6 février 2019 consid. 2.2; 1B_433/2017 du 21 mars 2018 consid. 3.3; 1B_210/2017 du 23 octobre 2017 consid. 3.4).
Sont parties à la procédure de levée des scellés l'autorité requérante et le détenteur des documents et/ou objets placés sous scellés (art. 50 al. 3 DPA et 248 al. 1 et 3 CPP; arrêts 1B_487/2018 du 6 février 2019 consid. 2.3; 1B_106/2017 du 8 juin 2017 consid. 2.1; 1B_331/2016 du 23 novembre 2016 consid. 1.3), soit, en matière de droit pénal administratif, celui ayant la maîtrise effective des pièces en cause (BERNASCONI/SCHÜRCH, La mise sous scellés dans la procédure pénale suisse et dans l'entraide internationale en matière pénale : analogies et spécificités, in Jusletter 10 octobre 2016, I/a/2 p. 9). Cette qualité n'est revanche pas automatiquement reconnue à la personne poursuivie, à la partie plaignante (arrêt 1B_487/2018 du 6 février 2019 consid. 2.3), au titulaire du compte ou à l'ayant droit économique de la société détentrice d'un compte bancaire (FAVRE/PELLET/STOUDMANN, Droit pénal accessoire, Code annoté, 2018, n° 3.3 ad art. 50 DPA).
Selon la jurisprudence du Tribunal fédéral, le droit de défendre ses droits en lien avec une perquisition peut toutefois exceptionnellement être reconnu indépendamment d'un rapport de possession, soit notamment lorsque la personne fait valoir un intérêt juridiquement protégé au maintien du secret sur les pièces saisies (<ref-ruling> consid. 4.3.4 p. 35 ss; arrêts 1B_537/2018 du 13 mars 2019 consid. 2.3; 1B_487/2018 du 6 février 2019 consid. 2.3); tel peut être le cas de celui qui démontre subir une atteinte directe, immédiate et personnelle (arrêt 1B_106/2017 du 8 juin 2017 consid. 2.1 et les arrêts cités). Cependant, avant l'exécution d'une demande d'édition de documents, respectivement avant la saisie provisoire de ceux-ci, seuls les détenteurs des pièces en cause doivent être entendus sur leur contenu et sur les secrets invoqués par l'autorité. En revanche, une fois cette mesure effectuée, mais avant l'exploitation proprement dite des documents, l'autorité doit, d'office, offrir la possibilité à d'autres intéressés - dans la mesure où ils sont identifiables - de se déterminer sur la perquisition effectuée et de déposer, le cas échéant, une requête de mise sous scellés (<ref-ruling> consid. 4.3.4 et 4.3.5 p. 35 ss; arrêts 1B_487/2018 du 6 février 2019 consid. 2.3; 1B_48/2017 du 24 juillet 2017 consid. 5; 1B_454/2016 du 24 janvier 2017 consid. 3.2; 1B_331/2016 du 23 novembre 2016 consid. 1.3). De plus, si des tiers ont connaissance d'une procédure de levée de scellés pendante susceptible de les concerner, ils ont l'obligation procédurale de demander sans délai leur admission en tant que partie et de faire valoir - de manière suffisante (arrêts 1B_537/2018 du 13 mars 2019 consid. 2.3 et 2.4; 1B_487/2018 du 6 février 2019 consid. 2.6; 1B_453/2018 du 6 février 2019 consid. 6.1 et les nombreux arrêts cités; voir sur les exigences en matière de collaboration lorsque le secret professionnel de l'avocat est invoqué, arrêt 1B_85/2018 du 3 juillet 2018 consid. 2) - les secrets dont ils se prévalent; cela découle du principe de la bonne foi, qui présuppose notamment de ne pas attendre une issue défavorable pour invoquer des prétentions (arrêt 1B_487/2018 du 6 février 2019 consid. 2.4 et les arrêts cités).
2.3. La Cour des plaintes a retenu que la loi exigeait une identité de partie entre la personne qui s'était opposée à la perquisition et celle à l'encontre de laquelle la levée des scellés était requise (cf. consid. 1.3 de l'arrêt attaqué). Elle a ensuite considéré que l'opposition du 31 août 2017 à la perquisition effectuée dans les locaux situés à Y._ avait été effectuée par l'intimé qui agissait en tant que mandataire des détenteurs des papiers concernés, soit les sociétés occupant les locaux perquisitionnés; la demande de levée des scellés de la recourante devait donc être dirigée à l'encontre de ces sociétés. Selon les juges du Tribunal pénal fédéral, l'opposition du 21 septembre 2017 à la perquisition menée à X._ avait été signée par D._, personne contre qui devait être formée la requête de levée des scellés (cf. consid. 1.4 du jugement entrepris). La demande de l'AFC ayant été dirigée contre l'intimé et non pas contre les sociétés et D._, la Cour des plaintes a estimé que cette requête était irrecevable; la juridiction précédente a cependant relevé que la question de fond n'étant pas tranchée, les scellés étaient maintenus sur les papiers en cause (cf. consid. 2 de l'arrêt entrepris).
2.4. Si l'identité des opposants en tant que détenteurs retenue par la Cour des plaintes - soit D._ et les sociétés dont les locaux ont été perquisitionnés - ne prête pas le flanc à la critique, elle ne pouvait en revanche, dans le cas particulier, pas écarter de la procédure l'intimé en raison du seul fait qu'il ne serait peut-être pas détenteur ou co-détenteur des documents saisis et/ou n'aurait pas déposé formellement opposition à cette mesure.
Certes, le statut de prévenu ne suffit pas en soi à l'intimé pour obtenir la qualité de partie à la procédure de levée des scellés. Cela étant, cette qualité particulière lui permet d'exiger le respect de l'art. 46 al. 3 DPA, à savoir l'interdiction de séquestre des documents concernant ses contacts avec son/ses avocat (s) (dans ce sens, BERNASCONI/ SCHÜRCH, op. cit., I/a/2 p. 9 et ad D p. 24; JULEN BERTHOD/MÉGEVAND, La procédure de mise sous scellés, in RPS 2/2016 p. 218 ss, ad V/1 p. 240 s.). Or, au cours de la procédure menée par la recourante, l'intimé s'est prévalu du secret professionnel de ses avocats en lien avec les pièces placées sous scellés et faisant l'objet de la présente procédure de levée de scellés (cf. ad 5.3.2. p. 9 s. de la requête de levée [acte 3, annexe 14], ainsi qu'ad 3.3.2 p. 16 ss des observations du 22 octobre 2018 de l'intimé déposées devant l'autorité précédente en lien avec la création d'une "Data Room Avocats"). Sauf à faire preuve de formalisme excessif, ainsi qu'à violer le principe d'économie de procédure, l'autorité en matière de levée de scellés doit donc permettre à l'intimé - manifestement touché en l'espèce à titre personnel par les perquisitions opérées - de faire valoir immédiatement ses moyens en lien avec ces pièces, ce que son admission en tant que partie à la procédure de levée de scellés permet.
On ne saurait au demeurant pas reprocher à l'intimé de n'avoir pas agi en temps utile et/ou manifesté sa volonté de participer à cette procédure. Il a en effet, par le biais d'avocats, pris part aux deux perquisitions litigieuses, soit par l'intermédiaire de l'avocat P._ pour celle effectuée à X._ (cf. le procès-verbal du 19 avril 2017 p. 3 [acte 3, annexe 7] et la procuration spéciale émise à cette date [acte 3, annexe 23]), respectivement par le biais des avocats Guillaume, ainsi que Q._ lors de celle réalisée dans les locaux de Y._ (cf. le procès-verbal du 19 avril 2017 p. 16 [acte 3, annexe 8] et la procuration du 20 avril 2017 établie par l'intimé en son propre nom en faveur de l'étude R._ SA [acte 3, annexe 15]). L'intimé a également participé au tri effectué le 30 août 2017 (acte 3, annexe 10) et semble avoir pu se déterminer sur celui effectué le 21 septembre 2017 (cf. les mentions ajoutées aux libellés inscrits en avril 2017, soit notamment "Selon A._ et D._" [par exemple EPM 003 et 004 (acte 3, annexe 13)]). On relève enfin qu'au cours des différents échanges intervenus avec la recourante en lien avec ces perquisitions, l'avocat Guillaume a procédé expressément au nom de l'intimé et des deux sociétés prévenues, mais non pas en faveur des autres sociétés qui l'avaient pourtant également mandaté (cf. les courriers du 14 septembre 2017 et 31 juillet 2018 [acte 3, annexes 17 et 16] et les procurations données entre le 25 et le 28 avril 2017 par les sociétés [acte 3, annexe 15]).
Partant, en considérant que la requête de levée des scellés était irrecevable faute d'être dirigée contre une personne pouvant revêtir la qualité de partie dans la procédure de levée des scellés, la Cour des plaintes viole le droit fédéral et ce grief doit être admis.
2.5. C'est le lieu de préciser que la demande de levée des scellés formée uniquement à l'encontre de l'intimé pourrait toutefois être susceptible de limiter l'objet du litige à l'examen de l'éventuelle levée de cette mesure aux seules pièces pour lesquelles l'intimé s'est prévalu du secret professionnel, à l'exclusion de celles qui ne concerneraient que D._ ou les sociétés dont les locaux ont été perquisitionnés.
2.6. Dès lors que l'intimé doit être admis à la procédure de levée des scellés en tant que tiers personnellement touché par les perquisitions opérées, peu importe de savoir si, en date du 31 août 2017, il a formé opposition au nom des sociétés dont les locaux ont été perquisitionnés et/ou en son propre nom en tant que détenteur des documents saisis.
3.
Il s'ensuit que le recours est admis. L'arrêt attaqué est annulé et la cause est renvoyée à l'autorité précédente pour qu'elle entre en matière sur la demande de levée des scellés déposées par l'AFC contre l'intimé.
Il n'y a exceptionnellement pas lieu de percevoir de frais judiciaires, dès lors que même si l'intimé concluait au rejet du recours, il s'accordait en revanche sur le fond avec la recourante s'agissant de son droit de participation à la procédure de levée de scellés (art. 66 al. 1 LTF). Il n'y a pas non plus lieu d'allouer de dépens (art. 68 al. 3 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est admis. L'arrêt du 22 janvier 2019 de la Cour des plaintes du Tribunal pénal fédéral est annulé et la cause est renvoyée à cette autorité pour qu'elle entre en matière sur la demande de levée des scellés déposées par l'Administration fédérale des contributions le 14 septembre 2018.
2.
Il n'est pas perçu de frais judiciaires, ni alloué de dépens.
3.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour des plaintes du Tribunal pénal fédéral.
Lausanne, le 11 juin 2019
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Chaix
La Greffière : Kropf