Erwägungen:
1.
Das Stadthalteramt des Bezirks Uster erklärte mit Verfügung vom 12. April 2018 einen gegen den Beschwerdeführer erlassenen Strafbefehl wegen "Schwarzfahrens" für rechtskräftig, da der Beschwerdeführer trotz Vorladung nicht zu einer Einvernahme erschien.
Auf die dagegen vom Beschwerdeführer erhobene Beschwerde trat das Obergericht des Kantons Zürich mit Verfügung vom 25. September 2018 wegen Verspätung nicht ein.
2.
Der Beschwerdeführer gelangt mit Eingabe vom 30. September 2018 ans Bundesgericht und beantragt sinngemäss, die Verfügung des Obergerichts sei aufzuheben und der ihm gemachte Vorwurf in der Sache neu zu beurteilen.
3.
Gemäss Art. 42 Abs. 2 BGG ist in der Beschwerdebegründung in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Entscheid Recht verletzt, was eine Auseinandersetzung mit der Begründung des angefochtenen Entscheides erfordert. Die beschwerdeführende Partei hat mit ihrer Kritik an den als rechtsfehlerhaft erachteten Erwägungen der Vorinstanz anzusetzen (<ref-ruling> E. 2 S. 116).
4.
Die Eingabe genügt den gesetzlichen Begründungsanforderungen nicht. Der Beschwerdeführer setzt sich mit den vorinstanzlichen Erwägungen in tatsächlicher und rechtlicher Hinsicht nicht auseinander. Aus der Beschwerde ergibt sich nicht, dass und inwiefern der Nichteintretensentscheid der Vorinstanz rechtsfehlerhaft und somit gegen das Recht im Sinne von Art. 95 BGG verstossen soll. Auf die Beschwerde ist mangels einer tauglichen Begründung im Verfahren nach Art. 108 BGG nicht einzutreten.
Ausnahmsweise kann von einer Kostenauflage abgesehen werden (Art. 66 Abs. 1 BGG). Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird damit gegenstandslos.

Demnach erkennt der Präsident:
1.
Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2.
Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
3.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Zürich, III. Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 8. November 2018
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Denys
Der Gerichtsschreiber: Held