Sachverhalt:
A.
X._ war von Ende Februar 2010 bis Anfang März 2011 an der Lagerung sowie an landesinternen und grenzüberschreitenden Transporten von rund 6,4 kg Kokaingemisch (4,4 kg reines Kokain) und ca. 75 kg Streckmitteln beteiligt.
Das Bezirksgericht Zürich verurteilte X._ am 27. Februar 2014 wegen mehrfacher qualifizierter Widerhandlungen gegen das Betäubungsmittelgesetz (Handlungen bezüglich Kokain und Streckmitteln) zu einer Freiheitsstrafe von vier Jahren.
Das Obergericht des Kantons Zürich erkannte ein strafbares Verhalten nur hinsichtlich der Handlungen mit 4,4 kg Kokain und sprach ihn von den Vorwürfen des Anstalten-Treffens in Zusammenhang mit 75 kg Streckmitteln frei. Es verurteilte X._ wegen mehrfacher qualifizierter Widerhandlungen gegen das BetmG zu einer Freiheitsstrafe von drei Jahren und neun Monaten.
B.
Die von X._ ausschliesslich gegen die Strafzumessung gerichtete Beschwerde in Strafsachen (6B_1224/2014) hiess das Bundesgericht am 9. April 2015 wegen formeller Fehler gut und wies die Sache zur neuen Beurteilung der Strafe an das Obergericht zurück (<ref-ruling>).
Das am 29. Oktober 2015 im schriftlichen Berufungsverfahren ergangene Urteil, mit dem das Obergericht gegen X._ erneut eine Freiheitsstrafe von drei Jahren und neun Monaten aussprach, hob das Bundesgericht wegen (zum Teil identischer) formeller Rechtsverstösse auf, hiess die Beschwerde teilweise gut und wies die Sache zur abermaligen Beurteilung an das Obergericht zurück (6B_1258/2015 vom 27. Juni 2016).
C.
Das Obergericht verurteilte X._ am 28. Juni 2017 im dritten Berufungsverfahren wegen mehrfacher Widerhandlung gegen das BetmG zu einer Freiheitsstrafe von drei Jahren und sechs Monaten.
X._ führt Beschwerde in Strafsachen und beantragt im Hauptpunkt, das Urteil des Obergerichts sei im Strafpunkt aufzuheben und er sei zu einer teilbedingten Freiheitsstrafe von drei Jahren zu verurteilen, deren Vollzug im Umfang von 18 Monaten aufzuschieben sei, bei einer Probezeit von 2 Jahren. Eventualiter sei die Sache zur neuen Strafzumessung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Das Obergericht und die Oberstaatsanwaltschaft des Kantons Zürich haben auf Vernehmlassungen verzichtet.

Erwägungen:
1.
1.1. Der Beschwerdeführer wendet sich ausschliesslich gegen die Strafzumessung. Er rügt zusammengefasst, die Vorinstanz gewichte einzelne Strafzumessungsfaktoren in Verletzung ihres Ermessens unangemessen stark straferhöhend respektive nicht hinreichend zu seinen Gunsten und berücksichtige zudem wesentliche Strafzumessungskriterien nicht sowie ihm nicht vorwerfbare Umstände straferhöhend. Die Vorinstanz verstosse gegen das Doppelverwertungsverbot und verkenne die Bindungswirkung des (zweiten) bundesgerichtlichen Rückweisungsurteils.
1.2. Die Vorinstanz erwägt, die mehrfache Tatbegehung sei strafschärfend zu berücksichtigen. Die Tatschwere bestimme sich bei Drogendelikten neben der Menge und dem Reinheitsgrad der Betäubungsmittel und der daraus resultierenden Rechtsgutsgefährdung, denen bei der Strafzumessung zwar eine wichtige, aber keine vorrangige Bedeutung zukomme, namentlich auch nach der Art und Weise der Tatbegehung, der Willensrichtung und den Beweggründen des Tatrichters. Das schwerste Delikt stelle die Einfuhr von 5 kg Kokaingemisch dar. Der Beschwerdeführer sei auf Kosten des Auftraggebers in den Kosovo geflogen, habe an der mazedonischen Grenze den Personenwagen mit dem verbauten Kokaingemisch übernommen und sei anschliessend auf einer vorgegebenen Route über Italien, Österreich und Deutschland in die Schweiz eingereist. Für den Transport seien ihm Schulden in Höhe von Fr. 5'000.- erlassen worden. Bei der objektiven Tatschwere sei zu berücksichtigen, dass die vom Beschwerdeführer transportierte und eingeführte Menge die Schwelle zum schweren Fall um ein Vielfaches übersteige und eine grosse Gefahr für die Gesundheit einer Vielzahl von Menschen darstelle. Der Beschuldigte sei blosser Chauffeur und damit im Rahmen des organisierten Drogenhandels reiner Befehlsempfänger auf einer untergeordneten Stufe. Als Kurier habe er keinen Einfluss auf die zu transportierende Drogenmenge gehabt, jedoch gewusst, dass er 5 kg Kokaingemisch transportiert. Zudem habe er beim Ausbau der Drogen mitgeholfen und anschliessend 3 kg Kokaingemisch zur kurzfristigen Lagerung übernommen, was klar über die übliche Kuriertätigkeit hinausgehe. Dass die gesamte Drogenmenge vor dem Weiterverkauf sichergestellt worden sei, wirke sich entgegen der Meinung des Beschwerdeführers nicht zu dessen Gunsten aus. Das objektive Tatverschulden sei als keineswegs mehr leicht einzustufen.
Hinsichtlich der subjektiven Tatschwere sei vorab festzuhalten, dass der Beschwerdeführer direktvorsätzlich, wenn auch mit Eventualvorsatz hinsichtlich des Reinheitsgehalts gehandelt habe. Die Tat sei aus rein finanziellem Interesse erfolgt. Eine wirtschaftliche oder anderweitige Notlage habe nicht vorgelegen. Eine bedeutsame Einschränkung der Entscheidungsfreiheit des Beschwerdeführers durch massiven Druck des Drahtziehers oder aufgrund einer kulturell bedingten Abhängigkeit habe nicht vorgelegen. Die subjektive Tatschwere mindere das objektive Tatverschulden nicht spürbar, weshalb eine Einsatzstrafe von 54 Monaten angemessen sei. Hinsichtlich der weiteren Kurierfahrten innerhalb der Schweiz liege angesichts des weiten Strafrahmens objektiv ein leichtes Tatverschulden vor. Auch das subjektive Verschulden sei insoweit als leicht einzustufen.
Der Beschwerdeführer habe in einem frühen Verfahrensstadium ein umfassendes Geständnis abgelegt und aus eigenem Antrieb kooperiert, weshalb weitere Delikte hätten aufgeklärt und Mittäter verurteilt werden können. Er habe sich vom Drogenmilieu vollständig losgesagt, was seine Einsicht und Reue dokumentiere. Besondere Umstände, die eine erhöhte Strafempfindlichkeit begründeten, seien nicht ersichtlich. Hingegen sei die lange Verfahrensdauer, die der Beschwerdeführer nicht zu verantworten habe, leicht strafmindernd zu berücksichtigen.
2.
2.1. Das Gericht misst die Strafe nach dem Verschulden des Täters zu. Es berücksichtigt das Vorleben und die persönlichen Verhältnisse sowie die Wirkung der Strafe auf das Leben des Täters (<ref-law>). Das Verschulden wird nach der Schwere der Verletzung oder Gefährdung des betroffenen Rechtsguts, nach der Verwerflichkeit des Handelns, den Beweggründen und Zielen des Täters sowie danach bestimmt, wie weit der Täter nach den inneren und äusseren Umständen in der Lage war, die Gefährdung oder Verletzung zu vermeiden (<ref-law>). Hat der Täter durch eine oder mehrere Handlungen die Voraussetzungen für mehrere gleichartige Strafen erfüllt, so verurteilt ihn das Gericht zu der Strafe der schwersten Straftat und erhöht sie angemessen. Es darf jedoch das Höchstmass der angedrohten Strafe nicht um mehr als die Hälfte erhöhen und ist an das gesetzliche Höchstmass der Strafart gebunden (<ref-law>).
Das Bundesgericht hat die Grundsätze der Strafzumessung nach <ref-law> wiederholt dargelegt. Entsprechendes gilt für die Bildung der Einsatz- und der Gesamtstrafe nach <ref-law> (<ref-ruling> E. 2 f.; <ref-ruling> E. 6.1.2; je mit Hinweisen). Es liegt im Ermessen des Sachgerichts, in welchem Umfang es die verschiedenen Strafzumessungsfaktoren berücksichtigt. Das Bundesgericht greift in die Strafzumessung nur ein, wenn die Vorinstanz den gesetzlichen Strafrahmen über- oder unterschritten hat, wenn sie von rechtlich nicht massgebenden Kriterien ausgegangen ist oder wesentliche Gesichtspunkte ausser Acht gelassen bzw. in Überschreitung oder Missbrauch ihres Ermessens falsch gewichtet hat (<ref-ruling> E. 5.6).
2.2. Im Falle eines bundesgerichtlichen Rückweisungsentscheids hat die mit der neuen Entscheidung befasste kantonale Instanz ihrem Urteil die rechtliche Beurteilung, mit der die Rückweisung begründet wird, zugrunde zu legen. Jene bindet auch das Bundesgericht, falls ihm die Sache erneut unterbreitet wird. Aufgrund dieser Bindungswirkung ist es den erneut mit der Sache befassten Gerichten wie auch den Parteien, abgesehen von allenfalls zulässigen Noven, verwehrt, der Überprüfung einen anderen als den bisherigen Sachverhalt zu unterstellen oder die Sache unter rechtlichen Gesichtspunkten zu prüfen, die im Rückweisungsentscheid ausdrücklich abgelehnt oder überhaupt nicht in Erwägung gezogen worden sind (<ref-ruling> E. 2 und E. 2.1 S. 335 f. mit Hinweisen). Die neue Entscheidung der kantonalen Instanz ist somit auf diejenige Thematik beschränkt, die sich aus den bundesgerichtlichen Erwägungen als Gegenstand der neuen Beurteilung ergibt. Das Verfahren wird nur insoweit neu in Gang gesetzt, als dies notwendig ist, um den verbindlichen Erwägungen des Bundesgerichts Rechnung zu tragen. Dabei kann sich die neue Entscheidung in den Grenzen des Verbots der reformatio in peius auch auf Punkte beziehen, die vor Bundesgericht nicht angefochten waren, sofern dies der Sachzusammenhang erfordert (<ref-ruling> E. 1; <ref-ruling> E. 4; Urteil 6B_35/2012 vom 30. März 2012 E. 2.2).
3.
3.1. Als unzutreffend erweist sich, die Vorinstanz verkenne die Bindungswirkung des letzten Rückweisungsurteils, da sie im angefochtenen Entscheid in Widerspruch zum zweiten Berufungsurteil das subjektive Verschulden des Beschwerdeführers nur noch neutral und nicht mehr leicht strafmindernd berücksichtigt habe und dies, obwohl sie hinsichtlich des Reinheitsgehalts des eingeführten Kokaingemisches nicht mehr direkten, sondern nur noch Eventualvorsatz bejahe. Das Bundesgericht hat die ersten beiden Berufungsurteile jeweils aufgehoben, da aus den Urteilserwägungen nicht ersichtlich war, welche Sachverhaltsfeststellungen die Vorinstanz der Strafzumessung zugrunde legt. Eine rechtliche Überprüfung der Strafzumessung erfolgte nicht, weshalb die Rückweisungsurteile insoweit keine Bindungswirkung entfalten konnten. Dies eröffnet der Vorinstanz jedoch nicht die Möglichkeit die Strafzumessung nachträglich neu zu begründen und - wenn auch nur punktuell -zuungunsten des Beschwerdeführers abzuändern, insbesondere wenn sich nachträglich keine Veränderungen hinsichtlich der relevanten Strafzumessungsfaktoren ergeben haben. Dies ist vorliegend jedoch nicht der Fall, denn die Vorinstanz berücksichtigt das subjektive Tatverschulden (auch) im angefochtenen zweiten Berufungsurteil ausdrücklich strafmindernd. Dass die Vorinstanz dies nur in geringem Umfang im Hinblick auf die objektive Tatschwere gewichtet, ist vom tatrichterlichen Ermessen gedeckt und nicht zu beanstanden. Ob die Vorinstanz die Verneinung direktvorsätzlichen Handelns stärker strafmindernd hätte berücksichtigen können, hat das Bundesgericht nicht zu beurteilen.
3.2. Die Rüge, die Vorinstanz nehme eine offensichtlich falsche und bundesrechtswidrige Gewichtung einzelner objektiver Strafzumessungskriterien vor, ist ungeeignet, eine Bundesrechtsverletzung darzulegen, soweit sie überhaupt den Begründungsanforderungen gemäss <ref-law> genügen. Nicht einzugehen ist auf die Beanstandungen, denen der Beschwerdeführer einen von den verbindlichen Feststellungen der Vorinstanz abweichenden, von ihm jedoch nicht angefochtenen Sachverhalt zugrunde legt. Dass der Beschwerdeführer die von der Vorinstanz berücksichtigten einzelnen Strafzumessungsfaktoren anders respektive weniger stark straferhöhend (oder gar neutral) gewichtet, belegt keinen Ermessensfehlgebrauch. Er verkennt insoweit, dass das Bundesgericht keine eigene Strafzumessung vorzunehmen und die vorinstanzliche Strafe nicht durch die seines Erachtens als angemessen erachtete zu ersetzen hat. Die Strafzumessung obliegt den Sachgerichten und ist vom Bundesgericht nur auf Rechtsfehler zu überprüfen.
Als unzutreffend erweist sich die Rüge, die Vorinstanz messe der eingeführten Drogenmenge zu starkes Gewicht zu. Die Vorinstanz hält in Übereinstimmung mit der bundesgerichtlichen Rechtsprechung explizit fest, dass der Drogenmenge zwar keine vorrangige Bedeutung zukomme, diese jedoch nicht unberücksichtigt gelassen werden könne. Dass die Vorinstanz bei der Festsetzung der Einsatzstrafe von 54 Monaten ausschliesslich oder in erster Linie auf die Drogenmenge von 3.95 kg Kokain abgestellt hat, ist nicht ersichtlich. Sie berücksichtigt neben der Menge und dem Reinheitsgehalt der Droge, die zwar an Bedeutung verlieren, wenn mehrere Qualifikationsgründe nach <ref-law> gegeben sind und je deutlicher der Grenzwert im Sinne von <ref-law> überschritten ist (vgl. B GE 122 IV 299 E. 2b und c; <ref-ruling> E. 2b/aa; Urteil 6B_720/2018 vom 3. Oktober 2018 E. 1.3; je mit Hinweisen), auch den konkreten Tatbeitrag des Beschwerdeführers als Kurier sowie die Gefährlichkeit des eingeführten Betäubungsmittels.
Auch bei der Berücksichtigung der Dauer des Strafverfahrens, dem der Beschwerdeführer seit seiner Verhaftung am 7. März 2011 ausgesetzt ist, steht der Vorinstanz ein weiter Ermessensspielraum zu. Zwar ist dem Beschwerdeführer zuzustimmen, dass die Verfahrensdauer angesichts seines frühen Geständnisses sehr lang ist, jedoch legt er nicht dar und ist auch nicht ersichtlich, in welchen Verfahrensabschnitten eine Verletzung des Beschleunigungsgebots vorliegen solle und dass die Vorinstanz der langen Verfahrensdauer in Überschreitung ihres Ermessens nicht hinreichend Rechnung getragen hätte.
3.3. Nicht gefolgt werden kann dem Beschwerdeführer, die Vorinstanz habe sein Abhängigkeitsverhältnis vom Drahtzieher der Drogengeschäfte nicht strafmindernd berücksichtigt, da sie in Verletzung von Bundesrecht eine Intensität vorausgesetzt habe, wie sie beim gesetzlichen Strafmilderungs- oder Strafausschliessungsgrund i.S.v. <ref-law> erforderlich sei. Dass die Vorinstanz erwägt, die Bereitschaft des Beschwerdeführers, dem Drahtzieher praktisch jederzeit bei dessen Drogengeschäften zu helfen, können nicht mit einer sozial bedingten Hörigkeit oder mit massivem Druck "entschuldigt" werden, ist (isoliert) betrachtet durchaus missverständlich. Aus den übrigen Urteilserwägungen ergibt sich jedoch, dass die Vorinstanz das Verhältnis zwischen dem Beschwerdeführer und dem Drahtzieher der Drogengeschäfte nicht unter den Voraussetzungen von <ref-law>, sondern als möglichen Strafminderungsfaktor einstuft, mithin "entschuldigt" nicht im "technischen" Sinne verwendet. Sie legt nachvollziehbar dar, dass der Beschwerdeführer in seiner Entscheidungsfreiheit auch unter Berücksichtigung der von ihm geltend gemachten kulturellen Gesichtspunkte gegenüber dem Drahtzieher nicht eingeschränkt war, denn dies würde auch im Heimatland des Beschwerdeführers keinen Grund zur Begehung von Straftaten darstellen.
3.4. Der Beschwerdeführer rügt zutreffend, die Vorinstanz habe seine Kenntnis über die zu transportierende Drogenmenge sowohl bei der objektiven als auch bei der subjektiven Tatschwere erwähnt. Dies erweist sich jedoch vorliegend als eine redaktionelle Ungenauigkeit. Entgegen der Ansicht des Beschwerdeführers berücksichtigt die Vorinstanz das direkt vorsätzliche Handeln nicht mehrfach.
Dass die Vorinstanz das Vorgehen des Beschwerdeführers als professionell einstuft, bedeutet vorliegend nicht, dass sie ihm die Tatplanung durch den Drahtzieher zurechnet. In den für das Bundesgericht verbindlichen Feststellungen hält sie explizit fest, dass der Beschwerdeführer als Chauffeur und reiner Befehlsempfänger nicht in die Planung des Transports involviert war und lediglich der ihm per GPS vorgegebenen Route gefolgt ist. Damit findet die Tatplanung mit den im Ausland begangenen Passieren mehrerer Landesgrenzen keine Berücksichtigung in der Strafe.
4.
Die Gerichtskosten sind dem unterliegenden Beschwerdeführer aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 und 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.
Dem Beschwerdeführer werden Gerichtskosten von Fr. 3'000.- auferlegt.
3.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Zürich, II. Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 20. Dezember 2018
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Denys
Der Gerichtsschreiber: Held