Faits :
A.
Le 8 mars 2013, X._ et A._ se sont mariés au Danemark. X._ a donné naissance à B._ le 1er janvier 2016 à C._ (France). Le 16 février 2017, X._ a déposé une demande unilatérale de divorce auprès du Tribunal de première instance genevois.
A._ a déposé plainte contre X._ notamment pour faux dans les certificats (<ref-law>) et enlèvement de mineur (<ref-law>). Il lui reprochait en particulier d'avoir produit un acte de naissance de B._ omettant de le mentionner comme père ainsi qu'un acte de reconnaissance par lequel un tiers avait reconnu l'enfant. Par ailleurs, A._ reprochait à X._ d'avoir caché cet enfant et de lui avoir empêché, en tant que père, d'avoir des relations personnelles avec lui.
B.
Par ordonnances des 18 et 28 juillet 2018, le ministère public genevois a refusé d'entrer en matière sur la plainte de A._ en tant qu'elle concernait les infractions de faux dans les certificats et enlèvement de mineur.
C.
Par arrêt du 17 décembre 2018, la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre pénale de recours, a rejeté le recours formé par A._ contre les ordonnances du ministère public.
D.
A._ forme un recours en matière pénale auprès du Tribunal fédéral contre l'arrêt cantonal dont il requiert l'annulation. Il conclut, avec suite de frais et dépens, au renvoi de la cause à la cour cantonale pour qu'elle ordonne l'ouverture de l'instruction pour enlèvement de mineur et faux dans les certificats. Il requiert en outre le bénéfice de l'assistance judiciaire.

Considérant en droit :
1.
1.1. Aux termes de l'art. 81 al. 1 let. a et b ch. 5 LTF, la partie plaignante qui a participé à la procédure de dernière instance cantonale est habilitée à recourir au Tribunal fédéral, si la décision attaquée peut avoir des effets sur le jugement de ses prétentions civiles. Constituent de telles prétentions celles qui sont fondées sur le droit civil et doivent en conséquence être déduites ordinairement devant les tribunaux civils. Il s'agit principalement des prétentions en réparation du dommage et du tort moral au sens des <ref-law>. Selon l'<ref-law>, il incombe au recourant d'alléguer les faits qu'il considère comme propres à fonder sa qualité pour recourir. Lorsque le recours est dirigé contre une décision de non-entrée en matière ou de classement de l'action pénale, la partie plaignante n'a pas nécessairement déjà pris des conclusions civiles. Quand bien même la partie plaignante aurait déjà déclaré des conclusions civiles (cf. <ref-law>), il n'en reste pas moins que le procureur qui refuse d'entrer en matière ou prononce un classement n'a pas à statuer sur l'aspect civil (cf. <ref-law>). Dans tous les cas, il incombe par conséquent à la partie plaignante d'expliquer dans son mémoire au Tribunal fédéral quelles prétentions civiles elle entend faire valoir contre l'intimé. Comme il n'appartient pas à la partie plaignante de se substituer au ministère public ou d'assouvir une soif de vengeance, la jurisprudence entend se montrer restrictive et stricte, de sorte que le Tribunal fédéral n'entre en matière que s'il ressort de façon suffisamment précise de la motivation du recours que les conditions précitées sont réalisées, à moins que l'on puisse le déduire directement et sans ambiguïté compte tenu notamment de la nature de l'infraction alléguée (<ref-ruling> consid. 1.1 p. 4 s.).
Si la partie plaignante se plaint d'infractions distinctes, elle doit mentionner, pour chacune d'elles, en quoi consiste son dommage. Si ce dernier n'est motivé qu'en ce qui concerne l'une des infractions, le recours est irrecevable pour les autres infractions (arrêts 6B_1135/2018 du 21 février 2019 consid. 1.1; 6B_849/2018 du 9 novembre 2018 consid. 2.1).
1.1.1. En l'espèce, le recourant prétend qu'il est fondé à réclamer une réparation civile du tort moral qu'il subit, pour une atteinte grave aux droits de la personnalité (<ref-law>), dans la mesure où son épouse lui cache son fils, qu'il ne sait pas où il habite, ni dans quelle conditions et qu'il ne peut avoir aucune relation personnelle avec lui depuis plus de deux ans. Il se fonde sur une attestation d'une psychothérapeute faisant état de trois consultations depuis le 25 septembre 2018. A teneur de ce document, le recourant se sentait notamment amputé de son droit d'être père et décrivait des symptômes faisant penser à un état dépressif. Le recourant rappelle qu'il n'a pas pris formellement de conclusions civiles dans le cadre de sa plainte.
Ces seules explications ne permettent pas de comprendre quelles prétentions civiles le recourant entend déduire directement de l'infraction de faux dans les certificats (cf. <ref-law>) qu'il dénonce. Son recours doit donc être déclaré irrecevable sur ce point (cf. notamment arrêt 6B_1315/2015 du 9 août 2016 consid. 1.2.2 sur la qualité de lésé de cette infraction).
1.1.2. A teneur de l'<ref-law>, celui qui aura soustrait ou refusé de remettre un mineur au détenteur du droit de déterminer le lieu de résidence sera, sur plainte, puni d'une peine privative de liberté de trois ans au plus ou d'une peine pécuniaire.
Le bien juridique protégé par l'<ref-law> est le droit de déterminer le lieu de résidence en tant que composante de l'autorité parentale. La compétence de déterminer le lieu de résidence de l'enfant ainsi que son mode d'encadrement relève de l'autorité parentale (<ref-ruling> consid. 5.3.1 p. 210; arrêt 6B_789/2017 du 25 septembre 2017 consid. 1.2; cf. désormais <ref-law>). Cette disposition protège ainsi - également dans sa nouvelle formulation - la personne qui a le droit de décider du lieu de résidence de l'enfant. Le titulaire de ce droit se détermine selon le droit civil (<ref-ruling> consid. 5.3.1 p. 210; arrêt 6B_789/2017 du 25 septembre 2017 consid. 1.2 et les références citées; cf. désormais art. 296 al. 2 et <ref-law>). Un enlèvement peut être commis par l'un des deux parents, s'il n'exerce pas ou pas seul l'autorité parentale, respectivement la garde (arrêts 6B_789/2017 du 25 septembre 2017 consid. 1.2; 6B_123/2014 du 2 décembre 2014 consid. 3.3 non publié in <ref-ruling>0). Dans le cadre de poursuites exercées de ce chef, le père ou la mère qui a l'autorité parentale, exclusive ou non, sur l'enfant enlevé revêt la qualité de lésé s'il ou si elle rend vraisemblable que l'enlèvement a causé une atteinte à son intégrité psychique; une telle atteinte ne peut être admise que si le délit a causé une angoisse forte et durable au parent lésé (arrêts 6B_789/2017 du 25 septembre 2017 consid. 1.2; 6B_51/2010 du 16 mars 2010 consid. 1).
En l'espèce, si le recourant fait valoir des souffrances résultant de l'absence de relation personnelle avec B._, il ne rend pas vraisemblable qu'il détient l'autorité parentale sur l'enfant, respectivement qu'il a un droit de décider de son lieu de résidence. Il ne produit aucune décision judiciaire (suisse ou française) dont il pourrait déduire un quelconque droit sur l'enfant. Au contraire, le recourant a déposé un acte de naissance français de B._ dont la rubrique " père " est vide. Il a également joint à sa plainte un courrier de l'Office de l'enfance et de la jeunesse genevois à l'intention du Tribunal de première instance, à teneur duquel B._, qui n'est pas inscrit à l'Office cantonal de la population et des migrations, serait placé en institution et suivi par le Service social de l'enfance en France voisine (courrier du 28 novembre 2017, pièce 6). A ce stade, faute de tout élément permettant d'admettre que le recourant a le droit de déterminer le lieu de résidence de B._, l'on ne saurait lui reconnaître la qualité de lésé de l'infraction qu'il dénonce.
En définitive, le recourant n'a pas la qualité pour recourir sur le fond de la cause au sens de l'art. 81 al. 1 let. b ch. 5 LTF.
1.2. Selon l'art. 81 al. 1 let. b ch. 6 LTF, le plaignant a qualité pour former un recours en matière pénale pour autant que la contestation porte sur le droit de porter plainte. L'hypothèse envisagée par cette disposition n'entre toutefois pas en considération en l'espèce, dès lors que le recourant ne soulève aucun grief à cet égard.
1.3. Indépendamment des conditions posées par l'<ref-law>, la partie plaignante est habilitée à se plaindre d'une violation de ses droits de partie équivalant à un déni de justice formel, sans toutefois pouvoir faire valoir par ce biais, même indirectement, des moyens qui ne peuvent être séparés du fond (cf. <ref-ruling> consid. 1.1 p. 5 et les références citées). Le recourant ne fait pas valoir de tels griefs en l'espèce.
2.
Partant, le recours doit être déclaré irrecevable. Comme il était dénué de chances de succès, la demande d'assistance judiciaire doit être rejetée (<ref-law>). Le recourant, qui succombe, supportera les frais judiciaires (<ref-law>), dont le montant sera fixé en tenant compte de sa situation financière, laquelle n'apparaît pas favorable.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est irrecevable.
2.
La demande d'assistance judiciaire est rejetée.
3.
Les frais judiciaires, arrêtés à 1'200 fr., sont mis à la charge du recourant.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre pénale de recours.
Lausanne, le 6 mars 2019
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Denys
La Greffière : Klinke