Faits :
A.
A._, né en 1955, travaille en qualité de réviseur d'ascenseurs au service de la société B._SA. Le 22 juin 2017, alors qu'il se trouvait en vacances en Croatie, il a été victime d'un accident de la circulation. Selon la déclaration de sinistre LAA du 3 juillet 2017, il est tombé d'un scooter, sur du gravier, ce qui a engendré une tuméfaction du genou gauche et une contusion de l'épaule droite. La Caisse nationale suisse d'assurance en cas d'accidents (ci-après: la CNA), auprès de laquelle il était assuré obligatoirement contre le risque d'accident, a pris en charge le cas.
Une IRM de l'épaule droite réalisée le 2 août 2017 a mis en évidence une "déchirure transfixiante complète du tendon sus-épineux avec rétraction du moignon tendineux", la déchirure se poursuivant aux fibres supérieures du tendon sous-épineux. Elle révélait également une tendinopathie diffuse du sous-scapulaire avec déchirure des fibres hautes, responsable d'une subluxation du tendon du long chef du biceps, une tendinopathie du tendon du long biceps dans son trajet intra-articulaire, une bursite sous-scapulaire et une arthropathie acromio-claviculaire congestive. Consulté le 21 août 2017, le docteur C._, spécialiste en chirurgie orthopédique, a indiqué qu'une opération de l'épaule était rapidement nécessaire, sans alternative possible. Le supra-épineux était rétracté presque jusqu'à la glène et le sous-scapulaire bien déchiré en raison de la subluxation du long chef du biceps. Vu la demande de l'assuré de reporter l'opération, le docteur C._ a proposé de procéder à une arthro-IRM en février 2018 afin de voir l'évolution des lésions et d'organiser une opération fin février ou début mars 2018 (rapport du 25 août 2017). L'assuré a repris le travail à 50 % dès le 21 août 2017 et à 100 % dès le 28 août 2017 en respectant certaines limitations.
La CNA a demandé à son médecin d'arrondissement, le docteur D._, spécialiste en chirurgie orthopédique et traumatologie de l'appareil locomoteur, de se prononcer sur le cas. Dans son appréciation du 19 septembre 2017, ce médecin a indiqué que si on ne pouvait pas d'emblée rejeter le lien de causalité entre la chute du 22 juin 2017 et les plaintes ultérieures à l'épaule, il était toutefois clair que l'état structurel de l'épaule révélé par l'IRM du 2 août 2017 ne pouvait pas avoir été causé par cette chute. Dans ce contexte, l'assureur-accidents ne devait pas assumer les coûts de l'opération prévue en février 2018. Se fondant sur cette appréciation, la CNA a informé l'assuré, le 4 octobre 2017, qu'elle limitait la prise en charge au paiement des frais d'éclaircissement de la pathologie au niveau de l'épaule droite, le reste du traitement - en particulier l'intervention planifiée - n'étant pas en lien de causalité avec l'événement du 22 juin 2017.
Se prononçant sur cette décision, le docteur C._ a indiqué que les résultats de l'IRM du 2 août 2017 prouvaient que les lésions à l'épaule n'étaient pas anciennes. D'après lui, l'action vulnérable subie par A._ le 22 juin 2017 était tout à fait adéquate pour que la causalité naturelle soit admise (rapport du 27 octobre 2017). De son côté, le docteur D._ a estimé que le statu quo sine devait être considéré comme atteint au plus tard trois mois après l'accident (rapport du 15 janvier 2018). Dans un rapport du 17 janvier 2017, le docteur C._ a indiqué les raisons pour lesquelles il n'était pas du tout d'accord avec les conclusions du docteur D._. Ce dernier a maintenu ses conclusions (appréciation du 29 janvier 2018).
Par décision du 30 janvier 2018, confirmée sur opposition le 27 mars suivant, la CNA a mis un terme au versement de ses prestations (indemnités journalières et frais de traitement) au 31 octobre 2017. Elle s'est fondée sur l'appréciation de son médecin-conseil et a considéré que le statu quo sine était atteint à cette date.
B.
A._ a déféré la décision sur opposition à la Cour des assurances sociales du Tribunal cantonal vaudois qui a admis le recours par jugement du 25 janvier 2019 et annulé la décision litigieuse. Les premiers juges ont retenu qu'au regard de la nature de l'accident, des atteintes décrites dans la déclaration d'accident du 3 juillet 2017 et des lésions constatées dans le cadre de l'IRM du 2 août 2017, la CNA n'avait aucune raison de nier sa responsabilité et de mettre fin au versement de ses prestations.
C.
La CNA forme un recours contre ce jugement dont elle demande l'annulation. Elle conclut principalement à la confirmation de sa décision sur opposition du 27 mars 2018 et subsidiairement au renvoi de la cause à l'autorité cantonale afin qu'elle mette en oeuvre une expertise médicale.
L'intimé conclut au rejet du recours, la juridiction cantonale déclare se référer à son jugement, tandis que l'Office fédéral de la santé publique a renoncé à se déterminer.

Considérant en droit :
1.
Le recours est dirigé contre une décision finale (<ref-law>) rendue en matière de droit public (<ref-law>) par une autorité cantonale de dernière instance (art. 86 al. 1 let. d LTF). Il a été déposé dans le délai (<ref-law>) et la forme (<ref-law>) prévus par la loi. Il est donc recevable.
2.
Le litige porte sur le droit de l'assuré à des prestations de l'assurance-accidents au-delà du 31 octobre 2017.
La procédure portant sur l'octroi ou le refus de prestations en espèces de l'assurance-accidents, le Tribunal fédéral n'est pas lié par les faits établis par l'autorité précédente (art. 97 al. 2 et art. 105 al. 3 LTF).
3.
Dans la mesure où l'accident est survenu le 22 juin 2017, la loi sur l'assurance-accidents (LAA) dans sa teneur en vigueur dès le 1er janvier 2017 s'applique au cas d'espèce (cf. par. 1 des dispositions transitoires sur la modification de la LAA du 25 septembre 2015, RO 2016 4375, 4388).
4.
4.1. Considérant que les lésions à l'épaule de l'assuré entraient dans la liste des lésions assimilées à un accident figurant à l'<ref-law>, les premiers juges ont examiné si celles-ci n'étaient pas dues de manière prépondérante à l'usure ou à la maladie, conformément à cette disposition. Ils ont considéré que rien ne permettait de penser que tel était le cas en l'espèce. Le docteur C._ avait en effet expliqué - de manière claire et circonstanciée - les raisons permettant de retenir que ces lésions étaient d'origine accidentelle. Les appréciations du docteur D._ ne permettaient pas d'exclure l'origine traumatique de la lésion subie par l'intimé. Ce médecin s'était en effet contenté d'affirmer que la lésion complexe de l'épaule droite impliquant trois tendons de la coiffe des rotateurs "ne pouvait avoir été causée par la chute de juin 2017" sans étayer son point de vue ni expliquer de manière circonstanciée le processus non traumatique qu'il estimait être à l'origine des lésions. La cour cantonale a conclu que la recourante n'était pas fondée à mettre fin au versement de ses prestations, ajoutant qu'un complément d'instruction n'apparaissait pas de nature à apporter un éclairage différent de la situation et pouvait être écarté par appréciation anticipée des preuves.
4.2. Invoquant une violation du droit fédéral, la recourante conteste l'application de l'<ref-law>. Selon elle, la cause doit être tranchée à l'aune de l'<ref-law> dès lors que la notion d'accident est réalisée, et qu'au demeurant, le diagnostic retenu à l'épaule droite de l'assuré n'entrerait pas dans la liste de l'<ref-law>. Par ailleurs, la recourante fait grief à la cour cantonale d'avoir constaté les faits et apprécié les preuves de manière manifestement inexacte. Elle estime que les premiers juges n'étaient pas fondés à dénier toute valeur probante aux rapports du docteur D._, lequel aurait bel et bien motivé ses conclusions. Par ailleurs, vu les incohérences ressortant des rapports médicaux du docteur C._, la cour cantonale ne pouvait pas se rallier simplement à ses conclusions sur l'origine accidentelle des lésions de l'intimé. Au demeurant, si elle estimait que les rapports du docteur C._ laissaient subsister des doutes quant à la fiabilité des conclusions du docteur D._, elle aurait dû ordonner la mise en oeuvre d'une expertise complémentaire.
5.
5.1. En l'espèce, l'IRM du 2 août 2017 a mis en évidence une "déchirure transfixiante complète du tendon sus-épineux", de sorte que la lésion de l'intimé entre dans la liste de l'<ref-law>.
5.2. Dans un arrêt 8C_22/2019 du 24 septembre 2019, destiné à publication, le Tribunal fédéral a examiné les répercussions de la modification législative relatives aux lésions corporelles assimilées à un accident. Il s'est notamment penché sur la question de savoir quelle disposition était désormais applicable lorsque l'assureur-accident avait admis l'existence d'un accident au sens de l'<ref-law> (RS 830.1) et que l'assuré souffrait d'une lésion corporelle au sens de l'<ref-law>. Le Tribunal fédéral a alors admis que dans cette hypothèse, l'assureur-accidents devait prendre en charge les suites de la lésion en cause sur la base de l'<ref-law>. En revanche, en l'absence d'un accident au sens juridique, le cas devait être examiné sous l'angle de l'<ref-law> (cf. arrêt 8C_22/2019 du 24 septembre 2019, destiné à publication [résumé dans la RSAS 1/2020 p. 33 ss]).
En l'espèce, la CNA a admis que l'événement du 22 juin 2017 était constitutif d'un accident au sens de l'<ref-law>, de sorte que la cause doit être examinée à l'aune de l'<ref-law>. Or, le jugement cantonal ayant été rendu le 25 janvier 2019, soit avant l'arrêt 8C_22/2019 du 24 septembre 2019, la cour cantonale n'a pas pu tenir compte de la nouvelle jurisprudence fédérale en matière de lésions corporelles assimilées à un accident. Partant, on ne saurait lui reprocher une violation du droit fédéral sur ce point. La cause doit cependant être renvoyée aux premiers juges pour les motifs qui suivent.
5.3. Selon l'<ref-law>, les prestations d'assurance sont allouées en cas d'accident professionnel, d'accident non professionnel et de maladie professionnelle. Est réputée accident toute atteinte dommageable, soudaine et involontaire, portée au corps humain par une cause extérieure extraordinaire qui compromet la santé physique, mentale ou psychique ou qui entraîne la mort (<ref-law>). Le droit à des prestations découlant d'un accident assuré suppose d'abord, entre l'événement dommageable de caractère accidentel et l'atteinte à la santé, un lien de causalité naturelle. Cette exigence est remplie lorsqu'il y a lieu d'admettre que, sans cet événement accidentel, le dommage ne se serait pas produit du tout, ou qu'il ne serait pas survenu de la même manière. Savoir s'il existe un rapport de causalité naturelle est une question de fait, généralement d'ordre médical, qui doit être résolue en se conformant à la règle du degré de vraisemblance prépondérante. Pour admettre l'existence d'un lien de causalité naturelle, il n'est pas nécessaire que l'accident soit la cause unique ou immédiate de l'atteinte à la santé; il faut et il suffit que l'événement dommageable, associé éventuellement à d'autres facteurs, ait provoqué l'atteinte à la santé physique ou psychique de l'assuré, c'est-à-dire qu'il se présente comme la condition sine qua non de celle-ci (<ref-ruling> consid. 3.1 p.181; <ref-ruling> consid. 1 p. 337; <ref-ruling> consid. 1b p. 289 s. et les références). Il ne suffit pas que l'existence d'un rapport de cause à effet soit simplement possible; elle doit pouvoir être qualifiée de probable dans le cas particulier, sans quoi le droit aux prestations fondées sur l'accident doit être nié (<ref-ruling> consid. 3.1 p. 181, 402 consid. 4.3.1 p. 406; <ref-ruling> consid. 1 p. 337; <ref-ruling> consid. 1b p. 289 et les références).
5.4. En l'espèce, les docteurs C._ et D._ se fondent principalement sur les résultats de l'IRM du 2 août 2017 pour admettre, pour le premier, ou nier, pour le second, l'origine accidentelle des lésions de l'épaule de l'assuré. Ainsi, le docteur D._ constate que l'IRM met en évidence une rétraction du tendon supra-épineux jusqu'à hauteur de la glène, ce qui, selon lui, démontre le caractère ancien de la lésion (rapports des 19 septembre 2017 et 15 janvier 2018). Le docteur C._ pour sa part constate que l'IRM révèle une atrophie modérée du tendon sus-épineux, mais aucune dégénérescence graisseuse des muscles impliquant les trois tendons, ce qui, selon lui, démontre le caractère récent de la déchirure. Il explique qu'une atrophie musculaire au niveau de la coiffe peut déjà être démontrée 4 à 6 semaines après la survenance d'une déchirure du tendon, alors que la dégénérescence graisseuse des muscles de la coiffe observée après rupture des tendons est le signe du caractère ancien de la déchirure (rapports des 27 octobre 2017 et 17 janvier 2018).
En l'état, il n'est pas possible de se fier à l'appréciation du docteur D._ plutôt qu'à celle du docteur C._. La remise en question de la pertinence des rapports de ce dernier par la recourante n'est au demeurant pas convaincante. En effet, la constatation d'absence de dégénérescence graisseuse ne peut pas être mise en doute, cette information ressortant explicitement du rapport d'IRM ("Atrophie modérée du corps musculaire du sus-épineux sans dégénérescence graisseuse" [rapport du 2 août 2017]). En outre, les atteintes dégénératives de l'articulation acromio-claviculaire révélées par l'IRM ne concernent pas le tendon sus-épineux. Enfin, le fait que certaines explications du docteur C._ sur les possibilités - abstraites et théoriques - de déchirures du tendon sus-épineux d'origine traumatique ne correspondent pas au cas concret de l'assuré, ne veut pas encore dire que les rapports de ce médecin ne sont pas cohérents. Par exemple, il n'est pas incohérent d'indiquer - quand bien même l'assuré était âgé de 62 ans lors de son accident - que pour certains auteurs de doctrine médicale l'origine traumatique des déchirures massives de la coiffe est rare, mais que pour d'autres, tel est le cas chez la moitié des patients, spécialement chez les patients jeunes. Quant aux constat du docteur D._ selon lequel le rapport médical établi à la suite de la consultation du 1er juillet 2017 mentionnait uniquement une plaie du genou droit, à l'exclusion de tout autre trouble, il n'est pas non plus de nature à remettre en question l'appréciation du docteur C._. Le docteur D._ semble en effet se référer au rapport médical initial LAA daté du 7 août 2017. Il ressort toutefois de la première déclaration de sinistre LAA consécutive à l'accident, établie le 3 juillet 2017, que les premiers soins ont été donné à l'Hôpital E._, où une tuméfaction du genou droit et une contusion de l'épaule droite ont été constatées.
5.5. Vu ce qui précède, il convient de retenir que l'instruction de la cause ne permet pas de trancher entre l'avis du docteur C._ et celui du docteur D._, quant à l'existence d'un lien de causalité entre les lésions à l'épaule de l'intimé et l'accident du 22 juin 2017. Dans ces circonstances, il se justifie de renvoyer la cause aux premiers juges pour qu'ils ordonnent une expertise médicale afin de départager l'opinion de ces deux médecins.
6.
Le recours se révèle donc bien fondé dans sa conclusion subsidiaire et le jugement entrepris doit être annulé.
7.
L'intimé, qui succombe, supportera les frais de justice (<ref-law>). Bien qu'elle obtienne gain de cause, la recourante n'a pas droit à une indemnité de dépens (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est partiellement admis. Le jugement de la Cour des assurances sociales du Tribunal cantonal du canton de Vaud du 25 janvier 2019 est annulé. La cause est renvoyée à la juridiction cantonale pour instruction complémentaire et nouvelle décision. Le recours est rejeté pour le surplus.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 800 fr., sont mis à la charge de l'intimé.
3.
Le présent arrêt est communiqué aux parties, au Tribunal cantonal du canton de Vaud, Cour des assurances sociales, et à l'Office fédéral de la santé publique.
Lucerne, le 10 mars 2020
Au nom de la Ire Cour de droit social
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Maillard
La Greffière : Paris