Faits :
A.
A._ a pour but l'exploitation, le traitement, le transport, la vente de graviers et de sables provenant de la région d'Epeisses, ainsi que tous autres matériaux de construction, et l'achat et la vente de tout matériel d'exploitation de gravière. Le 7 juillet 2016, la société a déposé auprès du Département genevois de l'aménagement, du logement et de l'énergie (DALE) - devenu depuis le Département du territoire (DT) - une demande d'autorisation de construire sur les parcelles nos 6'588 et 10'890 de la commune de Satigny sous l'intitulé "projet de réaménagement des terres agricoles et d'amélioration foncière".
Ces parcelles sont propriétés respectivement de B._ et C._. Sises côte à côte en zone agricole et d'une surface de 183'606 m2et 54'430 m2, elles sont longées par les routes de Bourdigny et de Gregory ainsi que, pour la seconde, par le cours d'eau le Nant de l'Ecra.
Selon le rapport d'étude d'impact accompagnant la demande, le projet a pour but d'améliorer le profil des parcelles par un remblayage d'environ 730'000 m3 de matériaux de déblais non pollués. Il s'agit de réaménager la topographie de la surface en respectant le contexte morphologique et paysager de la zone avec des pentes adaptées à l'exploitation agricole, et d'améliorer à cette occasion la pente et le système de drainage. Le projet s'accompagne de la plantation de plusieurs arbres et buissons. Le site pourrait également être utilisé dans le cadre des travaux d'excavation pour l'agrandissement du CERN, situé à proximité, comprenant le percement d'un tunnel qui engendrerait plus de 130'000 m3 de matériaux d'excavation.
La demande ayant recueilli divers préavis négatifs des autorités cantonales concernées, D._ SA, auteur de l'étude d'impact, a établi un nouveau rapport le 28 février 2017, soumis aux autorités le 2 mars 2017. De nouveaux préavis défavorables ont été émis.
B.
Par décision du 3 juillet 2017, le DALE a refusé de délivrer l'autorisation de construire sollicitée, faisant siens les préavis défavorables de la Direction générale de l'agriculture et de la nature (DGAN), du Service de l'environnement et des risques majeurs (SERMA) et de la Direction de la planification directrice cantonale et régionale. Avec sa décision, le département a adressé à A._ un bordereau à teneur duquel il réclamait à la société une taxe d'enregistrement de 250 francs et un émolument de 23'804 francs.
Statuant sur recours de A._ ainsi que de B._ et C._, le Tribunal administratif de première instance (TAPI) a confirmé ces actes par jugement du 2 mai 2018.
Saisie à son tour, la Chambre administrative de la Cour de justice de la République et canton de Genève a rejeté le recours de A._ ainsi que de B._ et C._ contre ce jugement.
C.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public, A._, B._ et C._ demandent au Tribunal fédéral de réformer l'arrêt cantonal en ce sens que l'autorisation sollicitée est délivrée et le bordereau émis par le département est annulé, la cause étant retournée à celui-ci pour qu'il fixe les émoluments à un montant qui ne dépassera pas 3'650 francs. Subsidiairement, les recourants concluent à l'annulation de l'arrêt cantonal et au renvoi de la cause "à l'instance cantonale" pour nouvelle décision.
La Cour de justice se réfère aux considérants et dispositif de son arrêt. Le DT se détermine et conclut à l'irrecevabilité du recours, subsidiairement à son rejet. Consulté, l'Office fédéral de l'environnement (ARE), renonce à se déterminer dans le détail, considérant que l'arrêt cantonal ne prête pas flanc à la critique.
Les recourants ainsi que le DT se déterminent une nouvelle fois et persistent dans leurs conclusions respectives.

Considérant en droit :
1.
La décision attaquée a été rendue dans une cause de droit public (<ref-law>) et aucune des exceptions prévues à l'<ref-law> n'est réalisée. Les recourants ont pris part à la procédure devant l'autorité précédente. Ils sont particulièrement atteints par la décision attaquée. En effet, celle-ci confirme d'une part le refus de délivrer une autorisation de remblai dont A._ serait en charge, sur des parcelles dont les deux autres recourants sont propriétaires. D'autre part, l'arrêt attaqué confirme l'émolument mis à la charge de la société et contesté par celle-ci. Les recourants ont en outre également un intérêt digne de protection à l'annulation ou la modification de cette décision (<ref-law>). Le recours est formé en temps utile (<ref-law>) contre une décision finale (<ref-law>) rendue en dernière instance cantonale (art. 86 al. 1 let. d LTF).
Le département conteste que les exigences de motivation posées par l'<ref-law> - qui prévoit que les motifs du recours doivent exposer succinctement en quoi l'acte attaqué viole le droit - soient respectées. Ainsi qu'on le verra, le recours n'expose effectivement pas, pour la plupart des griefs, les dispositions légales dont l'application serait critiquée et, par conséquent, en quoi, selon ces griefs, l'arrêt attaqué violerait le droit. Vu ce qui suit, la question de la recevabilité du recours faute de motivation suffisante peut toutefois demeurer indécise.
2.
Les recourants considèrent que le plan directeur cantonal des gravières ne leur est pas opposable faute d'avoir été publié, en dépit de ce que prévoit le droit cantonal à ce sujet.
Concrètement, l'opposabilité ou la validité du plan directeur pourrait tout au plus avoir pour effet que des travaux du genre de ceux que les recourants souhaitent réaliser soient jugés conformes à l'affectation de la zone sur les terrains prévus à cet effet par la planification cantonale. Dès lors que leur terrain n'est en tout état pas répertorié par le plan directeur cantonal en cause, peu importe l'opposabilité de celui-ci aux recourants, ceux-ci ne pouvant bénéficier d'un quelconque régime légal applicable aux gravières. Leur grief est par conséquent sans intérêt pour la résolution du litige.
3.
Dans un second grief, les recourants s'en prennent à l'appréciation de la cour cantonale, respectivement des instances précédentes, quant à l'impact écologique du projet. La Cour de justice a en substance considéré que le projet ne respectait pas l'<ref-law>, prévoyant qu'il n'est permis de porter atteinte physiquement à un sol que dans la mesure où sa fertilité n'en est pas altérée durablement, ainsi que les dispositions d'exécution de l'ordonnance du 1er juillet 1998 sur les atteintes portées au sol (OSol; RS 814.12).
Les recourants ne font en réalité qu'opposer l'évaluation des aspects techniques par les auteurs du rapport d'impact qu'ils ont mandatés à celle des services cantonaux spécialisés. Ils ne font valoir aucune violation d'une norme légale, qu'elle soit de rang fédéral ou cantonal. De ce point de vue, leur argumentation est, comme l'a relevé le département (consid. 1 ci-dessus), à la limite du respect des exigences posées par l'<ref-law>, les recourants n'exposant pas en quoi l'acte attaqué viole le droit.
Alors que les recourants reprennent un à un les éléments que le département a tenus pour décisifs pour le refus du projet, leur argumentation non étayée et sans référence plus précise aux éléments du dossier que le rapport d'impact à titre général, n'est pas dirigée contre les considérants de l'arrêt attaqué. Ils n'exposent pas pour quels motifs leur appréciation devrait être préférée à celle de la cour cantonale, elle-même fondée sur les préavis des services cantonaux spécialisés. Ils se bornent à affirmer que leurs allégations sont démontrées, sans expliquer en quoi tel serait le cas.
Supposé recevable, leur grief, purement appellatoire, doit ainsi être rejeté.
4.
Les recourants tentent encore d'apporter des précisions sur l'état d'avancement d'une éventuelle désignation des terrains litigieux comme lieu d'implantation d'une décharge d'un certain type dans la planification directrice cantonale. Outre qu'ils ne démontrent rien de ce qu'ils affirment, ils n'exposent pas en quoi ces faits seraient susceptibles d'influer sur le sort de la cause (<ref-law>). Ce grief doit ainsi également être rejeté.
5.
La recourante A._ critique enfin la quotité des émoluments mis à sa charge, en particulier le fait que ceux-ci n'auraient pas été fixés selon une règle applicable à l'exploitation d'une gravière. Ce grief ne fait état d'aucune règle cantonale applicable en l'espèce. La recourante n'expose ni le droit cantonal appliqué, ni celui qu'elle aurait souhaité voir appliqué, ni, enfin, quelle norme du droit fédéral au sens de l'<ref-law> - telle que par exemple l'art. 9 Cst. garantissant la protection contre l'arbitraire (<ref-ruling> consid. 2.2 p. 69; <ref-ruling> consid. 3 p. 351) - elle considère être violée.
Insuffisamment motivé, ce grief doit ainsi être écarté.
6.
Il résulte de ce qui précède que le recours doit être rejeté dans la mesure de sa recevabilité. Les recourants, qui succombent, s'acquitteront des frais de justice (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2.
Les frais de justice, arrêtés à 4'000 francs, sont mis à la charge des recourants, solidairement entre eux.
3.
Le présent arrêt est communiqué au mandataire des recourants, au Département du territoire de la République et canton de Genève, à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre administrative, et à l'Office fédéral du développement territorial.
Lausanne, le 4 octobre 2019
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Chaix
La Greffière : Sidi-Ali