Faits :
A.
Au début des années 2000, le canton de Vaud, les associations régionales et les communes concernées ont élaboré un concept de Projet d'agglomération Lausanne-Morges (ci-après: PALM). Le 22 février 2007, une convention liant le canton de Vaud, les associations régionales et les communes concernées a été signée et remise à la Confédération. Au mois de mai 2008, le Conseil d'Etat vaudois a retenu des investissements comprenant la construction du tram Renens-Flon et de plusieurs tronçons de trolley/bus en site propre (en d'autres termes, un site réservé à l'installation de transport concernée, à l'exclusion de tout autre mode de transport). Après avoir été évalué par la Confédération, le PALM (1ère génération) a reçu le soutien financier des Chambres fédérales en 2010.
B.
Par acte du 15 mars 2010 adressé à l'Office fédéral des transports (ci-après: OFT), la société des Transports publics de la Région Lausannoise SA (ci-après: les TL ou encore la société de transports) a requis, auprès du Département fédéral de l'environnement, des transports, de l'énergie et de la communication (DETEC), l'octroi d'une concession pour la construction et l'exploitation de l'infrastructure ferroviaire de la ligne de tramway "Renens-Gare - Lausanne-Flon" (ci-après: tramway ou "t1").
Par décision du 16 septembre 2011, le Conseil fédéral a octroyé aux TL la concession no 5146 pour construire et exploiter la ligne de tramway "Renens-Gare - Lausanne-Flon". Cette concession a pris effet le 1er janvier 2012; elle est valable jusqu'au 31 décembre 2061. Les plans d'ensemble devaient être remis à l'OFT jusqu'au 31 décembre 2013 et la construction débuter après l'entrée en force de la décision d'approbation des plans, mais au plus tard le 31 décembre 2016, et se terminer avant le 31 décembre 2018.
Le Conseil fédéral a en substance estimé que la demande de concession répondait aux conditions de l'intérêt public et de la couverture des coûts de l'art. 6 al. 1 de la loi fédérale du 20 décembre 1957 sur les chemins de fer (LCdF; RS 742.101). Il a de même estimé qu'aucun intérêt public prépondérant ne s'opposait au projet, notamment en matière d'aménagement du territoire, de protection de l'environnement, de la nature et du paysage ou de coopération en matière de sécurité nationale (<ref-law>; cf. décision ch. 1 p. 5). Enfin, le Conseil fédéral a imposé certaines conditions à l'octroi de la concession, notamment en matière de défrichement (cf. décision p. 9 s.).
C.
Le 22 mai 2012, les TL ont soumis à l'OFT une demande d'approbation des plans contenant trois volets. Le premier concernait l'axe du tramway "Renens-Gare - Lausanne-Flon" ("t1"), y compris la requalification de l'avenue du 14-Avril (Renens) et la liaison Vigie-Gonin (Lausanne). Le deuxième volet traitait de l'axe du trolleybus à haut niveau de service "Prélaz-les-Roses - St-François" (ci-après: BHNS). Le troisième volet portait enfin sur le garage atelier du tramway "Perrelet" (GAT).
Le 30 mai 2012, l'OFT a ouvert une procédure d'approbation des plans (ci-après également: PAP) ordinaire et invité, d'une part, les communes concernées et le canton de Vaud et, d'autre part, les autorités fédérales à se déterminer jusqu'au 30 août 2012. L'OFT a également chargé le canton de procéder à la mise à l'enquête publique pendant 30 jours.
L'enquête publique s'est déroulée du 12 juin au 12 juillet 2012. Elle a suscité 126 oppositions, dont celle de A._ SA.
Le 15 novembre 2012, le canton de Vaud a remis à l'OFT ses déterminations ainsi que celles de l'ensemble des services compétents. Ne remettant pas en cause la conformité du projet à son plan directeur cantonal, le canton de Vaud a cependant demandé que la construction de la bibliothèque communale (Maison du livre et du Patrimoine, ci-après également: MLP), prévue sous la liaison Vigie-Gonin, soit retirée de la PAP, estimant qu'une telle autorisation ne se justifiait pas sous l'angle de l'<ref-law>. Les TL ont en conséquence été invités, le 19 novembre 2012, à examiner une variante au projet et, le cas échéant, à soumettre une modification de celui-ci à l'OFT.
Le 20 mars 2013, l'OFT a transmis aux TL les préavis fédéraux des 14 juin 2012 (Caisse nationale d'assurances [CNA ou SUVA]), 11 et 17 décembre 2012 (Office fédéral des routes [OFROU]), 21 décembre 2012 (Inspection fédérale des installations à courant fort [ESTI] et Office fédéral de la culture [OFC]), 21 janvier 2013 (Office fédéral de l'environnement [OFEV]) et 12 mars 2013 (Office fédéral du développement territorial [ARE]).
D.
Le 25 septembre 2013, la société de transports a demandé une modification du projet en retirant la Maison du livre et du Patrimoine de la procédure d'approbation. Cette modification a fait l'objet d'une enquête publique et a suscité de nouvelles oppositions.
Le 7 juillet 2014, les TL ont indiqué à l'OFT envisager une nouvelle modification du projet visant à minimiser l'impact du terminus du tram sur la place de l'Europe. Par envois des 3 et 13 février 2015, les TL ont remis à l'OFT le dossier définitif de la procédure d'approbation des plans complémentaires pour le réaménagement de la place de l'Europe et les reprises dans le secteur Vigie-Gonin. Ces modifications ont été mises à l'enquête publique du 25 février au 27 mars 2015 et ont aussi fait l'objet de diverses oppositions. Le canton de Vaud et ses services ont préavisé favorablement cette demande.
E.
Le 29 mai 2015, une séance de conciliation a eu lieu avec A._ SA. Celle-ci a notamment fait valoir un droit d'accès à ses propriétés - situées à la rue du Grand-Pont 4 et 12 (parcelles nos 10149 et 10156), au centre-ville de Lausanne - tant pendant qu'après les travaux. A cette occasion, l'opposante a par ailleurs indiqué que les points de son opposition liés à l'expropriation ou aux droits de voisinage avaient été réglés de gré à gré.
Durant le mois de juin 2015, des telles séances ont par ailleurs été mises en oeuvre avec les autres opposants encore en cause.
F.
Par décision du 7 mars 2016 [ci-après: décision d'approbation ou encore DAP), l'OFT a approuvé le projet des TL du 22 mai 2012, modifié les 25 septembre 2013, 3 février et 20 août 2015 et complété une ultime fois le 4 février 2016; il a par ailleurs statué sur les différentes oppositions, écartant notamment celle formée par A._ SA.
Cette dernière a recouru contre cette décision devant le Tribunal administratif fédéral, à l'instar de différents autres opposants. Par ordonnance du 27 mai 2016, le tribunal a joint les recours dont il était saisi.
Le 8 septembre 2017, le Tribunal administratif fédéral s'est déplacé à Lausanne (place de l'Europe et quartier du Flon) pour procéder à une inspection locale en présence notamment de A._ SA.
Par arrêt du 2 février 2018, le Tribunal administratif fédéral a notamment rejeté le recours formé par A._ SA. Après avoir émis des doutes quant à la recevabilité de ses griefs s'agissant de son appréciation des pistes cyclables sur les 4.7 km du tracé du "t1" et les 2.4 km du BHNS (cf. arrêt attaqué, consid. 9.10.2), l'instance précédente a, sur le fond et en substance, considéré que les besoins des cyclistes avaient été sérieusement pris en compte par la constructrice et que, compte tenu de sa compétence en matière d'approbation des plans, l'OFT n'avait à juste titre pas exigé un respect absolu de la planification directrice.
G.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public, A._ SA demande principalement au Tribunal fédéral de réformer l'arrêt attaqué en ce sens que le projet est modifié pour inclure la réalisation de pistes cyclables sûres, en continuité et en suffisance, le dossier étant renvoyé à l'autorité compétente pour qu'elle ordonne les modifications nécessaires. Subsidiairement, la société recourante conclut à l'annulation et au renvoi de la cause pour nouvelle décision dans le sens des considérants. La recourante sollicite également l'octroi de l'effet suspensif.
Le Tribunal administratif fédéral se réfère à son arrêt et conclut au rejet du recours. L'OFT et les TL concluent au rejet du recours dans la mesure de sa recevabilité. L'Office fédéral de l'environnement (ci-après: OFEV) renonce à prendre position faute de mention, dans le recours, d'une violation du droit fédéral de l'environnement. La recourante a répliqué, persistant dans ses conclusions.
Par ordonnance du 8 mai 2018, le Président de la Ire Cour de droit public a octroyé l'effet suspensif au recours sous réserve des secteurs "Nord de la gare de Renens" et "Rue du Jura - Avenue du 14 avril".

Considérant en droit :
1.
Le Tribunal fédéral examine d'office sa compétence (<ref-law>). Il contrôle librement la recevabilité des recours qui lui sont soumis (<ref-ruling> consid. 1 p. 116; <ref-ruling> consid. 1 p. 254).
1.1. Dirigé contre une décision finale (<ref-law>) émanant du Tribunal administratif fédéral (<ref-law>) et rendue dans une cause de droit public (<ref-law>), le recours est en principe recevable comme recours en matière de droit public selon les <ref-law>, aucune exception de l'<ref-law> n'étant réalisée.
1.2. Selon les termes de l'<ref-law> a qualité pour former un recours en matière de droit public toute personne ayant pris part à la procédure devant l'autorité précédente ou ayant été privée de la possibilité de le faire (let. a), qui est particulièrement atteinte par la décision ou l'acte normatif attaqué (let. b) et qui a un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification (let. c). L'intérêt digne de protection au sens de l'<ref-law> ne doit pas nécessairement être de nature juridique, un intérêt de fait étant suffisant (<ref-ruling> consid. 2.1 p. 46; <ref-ruling> consid. 5.1 p. 512; <ref-ruling> consid. 2 p. 397). La partie recourante doit se trouver dans une relation spéciale, étroite et digne d'être prise en considération avec l'objet de la contestation. Elle doit en outre retirer un avantage pratique de l'annulation ou de la modification de la décision contestée, ce qui implique qu'elle soit touchée dans une mesure et avec une intensité plus grandes que la généralité des administrés (ATF <ref-ruling> consid. 5.1 p. 512; <ref-ruling> consid. 2.1 p. 52). L'intérêt digne de protection consiste ainsi en l'utilité pratique que l'admission du recours apporterait au recourant en lui évitant de subir un préjudice de nature économique, idéale, matérielle ou autre que la décision attaquée lui occasionnerait (<ref-ruling> consid. 2.2 p. 404, 409 consid. 1.3 p. 413; <ref-ruling> consid. 1.2 p. 365; <ref-ruling> consid. 3 s. p. 300). En d'autres termes, la personne qui souhaite former un recours doit être potentiellement directement touchée par l'acte qu'elle attaque. En effet, afin d'exclure l'action populaire, la seule poursuite d'un intérêt général et abstrait à la correcte application du droit ne suffit pas (<ref-ruling> consid. 2.1 p. 46; <ref-ruling> consid. 2.2 p. 504; <ref-ruling> consid. 2.2.3-2.3 p. 33 s.).
La partie recourante peut, sur le principe, se prévaloir de normes édictées dans l'intérêt général ou dans l'intérêt de tiers. Il n'en demeure pas moins qu'elle ne peut exiger l'examen d'un projet de construction qu'à la seule lumière des principes et normes juridiques susceptibles d'avoir une influence sur sa situation de fait ou de droit, de telle sorte que, si elle obtient gain de cause, elle puisse en tirer un avantage pratique (cf. ATF <ref-ruling> consid. 2.1 p. 52; <ref-ruling> consid. 2.2 p. 504; <ref-ruling> consid. 2.2.3 p. 33; ETIENNE POLTIER, Les actes attaquables et la légitimation à recourir en matière de droit public, in Dix ans de Loi sur le Tribunal fédéral, 2017, n. 91 p. 158; LAURENT PFEIFFER, La qualité pour recourir en droit de l'aménagement du territoire et de l'environnement, thèse, 2013, p. 76 s.; AEMISEGGER/HAAG, Commentaire pratique de la protection juridique en matière d'aménagement du territoire, 2010, n. 123 ad art. 34 LAT, p. 182 s.; BEUSCH/MOSER/KNEUBÜHLER, Ausgewählte prozessrechtliche Fragen im Verfahren vor dem Bundesverwaltungsgericht, ZBl 109/2008, p. 15 s.).
Si la qualité pour agir n'apparaît pas évidente, il n'appartient pas au Tribunal fédéral de rechercher les éléments qui pourraient la fonder et c'est au recourant qu'il incombe de l'établir, conformément aux exigences de motivation de l'art. 42 al. 1 et 2 LTF (<ref-ruling> consid. 1.1 p. 251; arrêt 1C_453/2008 du 12 février 2009 consid. 1.1, publié in SJ 2009 I 345; cf. ATF <ref-ruling> consid. 2.2 p. 504).
1.3. A l'appui de son recours, la recourante rappelle être propriétaire de deux immeubles sis rue du Grand-Pont 4 et 12 à Lausanne, sur le tracé des installations de transports publics projetées. Cette artère sera, de par la réalisation du projet, fermée au trafic motorisé individuel (ci-après: TIM). Cette fermeture devrait être compensée par une amélioration des transports publics et de la mobilité douce. Le fait que le projet n'intégrerait pas, aux dires de la recourante, des pistes cyclables attractives et en continuité le long du tracé du "t1" et de la ligne BHNS impacterait directement l'accessibilité à ses deux immeubles. La recourante précise encore que ses bâtiments sont affectés à des activités impliquant un grand nombre de mouvements de la part des exploitants et de leur clientèle (commerces, restaurants, activités de service, cabinets de médecins, bureau de notariat, bureau de placement, etc.). A suivre la recourante, l'accessibilité à ses immeubles, notamment du point de vue de la mobilité douce, revêtirait un intérêt particulièrement important. Elle serait ainsi touchée plus que quiconque par la décision attaquée. En réplique, elle déduit de cet intérêt le droit de pouvoir "exiger que le projet litigieux traite de l'aspect mobilité douce en conformité avec la réglementation légale (en particulier le PALM et le [plan directeur cantonal vaudois], qui préconisent la création de réseaux d'itinéraires cyclables continus et structurants), soit sur l'intégralité du tracé du projet".
A la lumière de ces explications, on n'identifie cependant pas quel intérêt pratique la recourante tirerait de l'admission du recours, qui différencierait sa situation de celle des autres administrés. Son intérêt à l'efficacité des infrastructures de mobilité douce permettant l'accès à ses immeubles apparaît certes évident, compte tenu de la fermeture de l'axe rue des Terreaux/rue du Grand-Pont au TIM. L'intéressée n'émet cependant aucune critique à l'encontre des aménagements dédiés à la mobilité douce projetés dans le voisinage immédiat de ses propriétés ni dans le prolongement des rues du Grand-Pont et des Terreaux. Les défaillances - en particulier sous l'angle de la continuité des pistes cyclables - dont elle se prévaut concernenten effet des secteurs plus éloignés, localisés entre le Perrelet (Commune de Renens) et l'Ecole professionnelle (EPSIC) (cf. plans TW-C-1.4 à TW-C-1.6) ainsi qu'après le Pont Chauderon, sur la rue de Genève (plan TW-C-1.7); ce dernier secteur, le plus proche des propriétés de la recourante, en est distant d'un peu moins de 500 m (cf. notamment plan synoptique TW-A-4.3) et se situe le long de la rue de Genève, en contrebas de l'artère Terreaux/Grand-Pont. Si cet éloignement n'exclut pas en soi l'existence d'un intérêt pratique au sens où l'entend la jurisprudence, encore faut-il que les irrégularités alléguées, respectivement la correction de celles-ci, soient à tout le moins susceptibles de conduire à la modification des installations projetées à proximité des immeubles de la recourante ou encore à en améliorer concrètement l'accès (cf. ATF <ref-ruling> consid. 2.1 p. 52; arrêt 1C_431/2017 du 11 mars 2019 consid. 7.2). Or, l'intéressée ne démontre pas que tel serait le cas. En effet, elle se limite à des considérations d'ordre général sur le non-respect des planifications directrices en matière de mobilité douce sur l'ensemble du tracé; cela est non seulement insuffisant sous l'angle de la motivation du recours fédéral (<ref-law>), mais s'apparente de surcroît à une action populaire que l'<ref-law> tend précisément à proscrire.
1.4. En définitive, faute d'un intérêt digne de protection au sens de l'<ref-law>, plus particulièrement d'un intérêt pratique à l'admission du recours, la recourante doit se voir dénier la qualité pour agir.
2.
Le recours doit par conséquent être déclaré irrecevable, aux frais de la recourante, qui succombe (art. 65 et 66 al. 1 LTF). Exerçant une tâche de droit public, l'intimée ne saurait prétendre à des dépens (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est irrecevable.
2.
Les frais de justice, arrêtés à 1'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3.
Il n'est pas alloué de dépens.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux mandataires des parties, à l'Office fédéral des transports, au Tribunal administratif fédéral, Cour I, et à l'Office fédéral de l'environnement.
Lausanne, le 8 mai 2019
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Chaix
Le Greffier : Alvarez