Sachverhalt:
A.
Das Bezirksgericht Zürich verurteilte X._ am 29. Mai 2013 wegen verschiedener Delikte zu einer Freiheitsstrafe von 41 Monaten und einer Geldstrafe von 120 Tagessätzen zu Fr. 30.--. Gegen dieses Urteil erhoben X._ und die Staatsanwaltschaft IV des Kantons Zürich Berufung.
Das Obergericht des Kantons Zürich setzte die Berufungsverhandlung auf den 28. Mai 2014 fest. Am 27. Mai 2014 erklärten sowohl die Staatsanwaltschaft als auch X._ mittels E-Mail den Rückzug ihrer Berufungen. Das Obergericht schrieb das Verfahren am folgenden Tag als durch Rückzug der Berufungen erledigt ab.
B.
X._ erhob gegen den Abschreibungsbeschluss des Obergerichts Beschwerde beim Bundesgericht. Er beantragte, dieser sei aufzuheben und die Sache zur Durchführung des Berufungsverfahrens an die Vorinstanz zurückzuweisen. Das Bundesgericht trat am 30. Juli 2015 auf die Beschwerde nicht ein und überwies die Sache zuständigkeitshalber an die Vorinstanz (Verfahren 6B_676/2014).
C.
Das Obergericht des Kantons Zürich beschloss am 8. Februar 2017, das Gesuch von X._ um Wiederaufnahme des Berufungsverfahrens werde abgewiesen.
Dagegen führt X._ Beschwerde in Strafsachen. Er beantragt, der Beschluss des Obergerichts vom 8. Februar 2017 sei aufzuheben und die Vorinstanz anzuweisen, das Berufungsverfahren wiederaufzunehmen.
Das Obergericht und die Oberstaatsanwaltschaft des Kantons Zürich verzichten auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1.
1.1. Der Beschwerdeführer machte im vorinstanzlichen Verfahren geltend, der Rückzug der Berufung sei mit einfachem E-Mail erfolgt und entspreche daher nicht den Vorgaben von <ref-law>. Die Vorinstanz erwägt diesbezüglich im Wesentlichen, dass beim E-Mail vom 27. Mai 2014 keine Unsicherheiten in Bezug auf die Identität des Absenders bestehen würden. Folge man der Praxis des Bundesgerichts, wären die Formerfordernisse der Schriftlichkeit dennoch einzuhalten gewesen. Überdies verhalte sich der Beschwerdeführer rechtsmissbräuchlich, indem er sich zweieinhalb Jahre Zeit gelassen habe, ehe er sich auf die Formungültigkeit seines Berufungsrückzuges berufen habe. Dieser Einwand könne deshalb heute kein Gehör mehr finden.
Der Beschwerdeführer rügt zusammengefasst, dass die in der Strafprozessordnung enthaltenen Formvorschriften streng zu handhaben seien und nicht der Dispositionsmaxime unterstehen würden. Überdies macht er geltend, sein Verhalten sei nicht rechtsmissbräuchlich.
1.2. Auf diese Vorbringen ist nicht einzutreten. Der anwaltlich vertretene Beschwerdeführer hat sich in seiner Beschwerde an das Bundesgericht gegen den Abschreibungsbeschluss vom 28. Mai 2014 alleine auf Willensmängel berufen. Der Entscheid des Bundesgerichts vom 30. Juli 2015 bezog sich denn auch ausschliesslich auf diese Problematik. Das Bundesgericht trat nicht auf die Beschwerde ein und überwies die Sache zuständigkeitshalber an die Vorinstanz (Verfahren 6B_676/2014). Der Beschwerdeführer hat es unterlassen, beim Bundesgericht den Abschreibungsbeschluss vom 28. Mai 2014 wegen Formmängel des Berufungsrückzugs anzufechten, obwohl dies möglich und zumutbar gewesen wäre. Folglich ist es ihm nun verwehrt, sich erst ihm Rahmen dieses Verfahrens, nachdem die Sache wegen angeblicher Willensmängel zuständigkeitshalber an die Vorinstanz überwiesen wurde, auf einen Formmangel zu berufen.
2.
2.1. Der Beschwerdeführer wendet im Zusammenhang mit dem Nachweis des Willensmangels ein, die Vorinstanz setze sich nicht mit der geltend gemachten Täuschung bzw. fehlerhaften Beratung durch seine damalige Verteidigerin und einer im Zeitpunkt des Rückzugs fehlenden Verteidigung auseinander. Dadurch verletze sie seinen Anspruch auf rechtliches Gehör. Das Beweisverfahren habe deutlich ergeben, dass die Initiative für den Erstkontakt von Oberrichter A._ ausgegangen sei. Er habe tatsächlich gar keine andere Wahl gehabt, als in den Rückzug der Berufung einzuwilligen. Von einem freien Willen zu einem Berufungsrückzug könne nicht die Rede sein. Sein Willensmangel sei offensichtlich. Er sei nicht wirksam verteidigt gewesen. Der formungültige Rückzug seiner Berufung sei auch das Resultat fehlerhafter anwaltlicher Beratung gewesen. Denn wenn die Erfolgsaussichten seiner Berufung tatsächlich intakt gewesen seien, dann habe ihn seine damalige Verteidigerin übertölpelt und getäuscht sowie ihre Pflichten als Verteidigerin auf das Gröbste verletzt. Die Vorinstanz verneine zu Unrecht einen Willensmangel gemäss <ref-law>. Zu diesem Schluss gelange sie insbesondere deshalb, weil sie willkürliche Feststellungen getroffen habe, z.B. betreffend des Rates von zwei anstatt von einem Anwalt und bezüglich seiner Prozesserfahrenheit, im Speziellen aber wesentliche Vorbringen von ihm ausser Acht gelassen habe (Beschwerde S. 14 ff. Ziff. 33 ff.).
2.2. Die Vorinstanz hält fest, der Beschwerdeführer sei für den geltend gemachten Willensmangel beweispflichtig. Durch die Befragung des Beschwerdeführers, des zuständigen Staatsanwalts, der ehemaligen Verteidigerin und des früheren Oberrichters A._ zusammen mit den übrigen Akten habe der Sachverhalt nur zum Teil erstellt werden können. Unklar geblieben sei, ob der damalige Oberrichter bereits vom Staatsanwalt über dessen frühere Gespräche mit der Verteidigung betreffend einen gegenseitigen Berufungsrückzug orientiert worden sei. Weiter habe nicht abschliessend geklärt werden können, ob bereits vor dem Aktivwerden von Oberrichter A._ überhaupt schon Gespräche unter den Parteien stattgefunden hätten. Somit sei der Nachweis, dass Oberrichter A._ am besagten Freitag erstinitiativ die Verteidigung angerufen habe, nicht erbracht. Dafür, dass der Beschwerdeführer durch eine Straftat zum Berufungsrückzug veranlasst worden wäre, würden jegliche Anhaltspunkte fehlen. Bezüglich der Täuschung über die Erfolgsaussichten der Berufung erwägt die Vorinstanz, die Behauptung des Beschwerdeführers, wonach ihm seine Verteidigerin monatelang gute Aussichten für das Berufungsverfahren kommuniziert habe, sei ungeklärt geblieben und somit nicht nachgewiesen. Ferner könne nicht gesagt werden, dass sich aus dem Plädoyer der Verteidigerin bereits die guten Aussichten der Berufung ableiten liessen. Sodann sei zu bedenken, dass erfahrungsgemäss etwa jede zweite Berufung zu scheitern pflege. Alles in allem sei der rechtsgenügende Nachweis guter Erfolgsaussichten für die Berufung des Beschwerdeführers, über die ihn seine damalige Anwältin hätte täuschen können, ausgeblieben. Gemäss dem Beschwerdeführer habe ihn seine damalige Verteidigerin über die Intervention von Oberrichter A._ getäuscht. Was die Intervention und ihren Inhalt angehe, treffe dies nachweislich nicht zu. Dass Informationen vorenthalten worden wären, sei nicht ersichtlich. Auch der Einwand der falschen behördlichen Auskunft durch Oberrichter A._ besteche nicht. Die vom Beschwerdeführer und seiner damaligen Anwältin wiedergegebene Äusserung des Oberrichters, wonach die Strafe höher ausfallen könne als diejenige der Vorinstanz, sei als solche nicht unrichtig. Diese Möglichkeit sei aufgrund der Berufung der Staatsanwaltschaft gegeben. Somit liege keine falsche Auskunft vor. Die besagte Äusserung stelle auch keine strafbare Drohung dar. Der Darstellung des Beschwerdeführers, er habe letztlich gar keine Wahl gehabt, als in den Rückzug einzuwilligen, sei zu widersprechen. Wie von ihm selber bestätigt, sei ihm die Entscheidung überlassen worden, ob er zur Berufungsverhandlung antreten oder sein Rechtsmittel zurückziehen wolle. Auch sonst sei keine Beschränkung seiner Entscheidungsfreiheit oder der Handlungsfähigkeit anzunehmen. Er habe sich nach seinen eigenen Aussagen am Montag nebst mit seiner Verteidigerin noch mit zwei weiteren Juristen besprechen können. Am nächsten Tag habe er sich erneut über eine Stunde lang mit seiner Verteidigerin ausgetauscht. Überdies habe er über mehrjährige Erfahrung aus diversen Strafverfahren verfügt, die er bereits über sich habe ergehen lassen, sodass er nicht als verfahrensnaiv bezeichnet werden könne. Wenn er nach langem Überlegen und Sich-Beraten-Lassen schliesslich den von der Verteidigerin aufgesetzten Auftrag an sie zum Berufungsrückzug unterschrieben habe, liege es fern, hierin noch einen Willensmangel zu erkennen. Wenn der Beschwerdeführer später seinen Rückzug nicht mehr gelten lassen wolle, so gründe dies damit nicht nachgewiesenermassen in einem Willensmangel bei der ursprünglichen Erklärung; zumindest gleich wahrscheinlich erscheine, dass er nachträglich die Meinung geändert habe (Beschluss S. 7 ff. E. 2).
2.3.
2.3.1. Nach der Rechtsprechung muss der Rückzug eines Rechtsmittels klar, ausdrücklich und unbedingt erfolgen. Zulässig ist der Rückzug des Rechtsmittels unter der Bedingung, dass die Gegenpartei ihr eigenes Rechtsmittel ebenfalls zurückziehe (<ref-ruling> E. 2.1 mit Hinweis). Ein freiwillig und in Kenntnis der prozessualen Tragweite zustande gekommener Rechtsmittelrückzug ist endgültig und kann nur bei Vorliegen der in <ref-law> genannten Willensmängel zurückgenommen werden. Dabei genügt ein blosser Irrtum nicht (Urteil 6B_790/2015 vom 6. November 2015 E. 3.4 mit Hinweisen). Willensmängel sind von demjenigen, der sich darauf beruft, nachzuweisen (<ref-ruling> E. 2.2.1 mit Hinweis).
2.3.2. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Die Sachverhaltsfeststellung kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig, d.h. willkürlich im Sinne von <ref-law> ist (<ref-ruling> E. 5.4 mit Hinweisen; zum Begriff der Willkür: <ref-ruling> E. 6.3, 305 E. 1.2; je mit Hinweisen) oder wenn sie auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law>).
2.3.3. Das rechtliche Gehör (Art. 3 Abs. 2 lit. c und Art. 107 StPO, <ref-law>, Art. 6 Ziff. 1 EMRK) verlangt, dass die Behörde die Vorbringen des vom Entscheid in seiner Rechtsstellung Betroffenen auch tatsächlich hört, prüft und in der Entscheidfindung berücksichtigt. Aus dem Anspruch auf rechtliches Gehör ergibt sich jedoch nicht, dass das Gericht sich mit allen Parteistandpunkten einlässlich auseinandersetzt und jedes einzelne Vorbringen ausdrücklich widerlegt. Es genügt vielmehr, wenn das Gericht die für seinen Entscheid wesentlichen Überlegungen nennt, von denen es sich hat leiten lassen und auf welche es sich stützt, so dass die betroffene Person den Entscheid in voller Kenntnis der Sache anfechten kann (<ref-ruling> E. 3.2.4; <ref-ruling> E. 2.2; je mit Hinweisen).
2.4. Die Rüge der Verletzung des Anspruchs auf rechtliches Gehör ist unbegründet. Die Vorinstanz setzt sich eingehend mit den wesentlichen Vorbringen des Beschwerdeführers auseinander. Namentlich geht sie auch auf seine Einwände ein, (1) er sei von seiner damaligen Verteidigerin hinsichtlich der Erfolgsaussichten seiner Berufung falsch beraten und dadurch getäuscht worden (Beschluss S. 8 ff. E. 2.b) sowie (2) seine damalige Verteidigerin habe ihn über die Intervention von Oberrichter A._ getäuscht (Beschluss S. 10 E. 2.c). Mithin ist nicht zu beanstanden, dass sich die Vorinstanz nicht auch noch ausdrücklich zu dem auf diese Einwände basierenden Vorbringen des Beschwerdeführers äussert, im Zeitpunkt des Rückzugs der Berufung habe es ihm an einer (wirksamen) Verteidigung gefehlt.
2.5. Die Beschwerde erweist sich als unbegründet, soweit überhaupt auf sie eingetreten werden kann. Der Beschwerdeführer zeigt nicht auf, inwiefern die tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz offensichtlich unhaltbar sind und sich aufgrund des Beweisergebnisses die von ihm behaupteten Schlussfolgerungen geradezu aufdrängen. Soweit er vor Bundesgericht einzig seine vor der Vorinstanz vorgetragene Argumentation wiederholt und seine Sicht erörtert, ohne auf die Würdigung durch die Vorinstanz einzugehen, vermag er keine Willkür darzutun. Auf solche appellatorische Kritik ist nicht einzutreten.
Entgegen der Behauptung des Beschwerdeführers hat das Beweisverfahren nicht ergeben, dass die Initiative für den ersten Kontakt betreffend Rückzug der Berufung von Oberrichter A._ ausging. Zwar erklärte seine damalige Verteidigerin auf Ergänzungsfrage, sie könne ausschliessen, dass der erste Kontakt betreffend Rückzug zwischen dem Staatsanwalt und ihr stattgefunden habe. Sie könne es nicht absolut ausschliessen, aber ihre Erinnerung sei eine andere (vorinstanzliches Protokoll S. 35, kantonale Akten act. 45). Der Staatsanwalt sagte indes aus, bereits vor dem Aktivwerden des Oberrichters hätten schon entsprechende Gespräche zwischen den Parteien stattgefunden (vorinstanzliches Protokoll S. 19, kantonale Akten act. 45) und er bestritt mit absoluter Sicherheit, vorher Kontakt mit dem Oberrichter gehabt zu haben (vorinstanzliches Protokoll S. 20, kantonale Akten act. 45). Dieser führte seinerseits aus, er sei von aussen angegangen worden. Es sei nicht so gewesen, dass er von sich aus die Verteidigerin kontaktiert habe. Er wisse aber nicht mehr, ob ihn zuerst der Staatsanwalt oder die Anwältin kontaktiert habe, die gewisse Dinge von ihm hätten wissen wollen (vorinstanzliches Protokoll S. 44, kantonale Akten act. 45). Angesichts dieser sich widersprechender Angaben ist die Schlussfolgerung der Vorinstanz, der Nachweis sei nicht erbracht, dass der Oberrichter an besagtem Freitag als Erster die Verteidigerin angerufen habe, nicht zu beanstanden.
Den Einwand, es sei aktenwidrig, dass er neben dem Gespräch mit einem befreundeten Anwalt noch mit einem zweiten Anwalt habe sprechen können (Beschwerde S. 16 f. Ziff. 38 ff.), widerlegt der Beschwerdeführer gleich selber, wenn er zugleich darlegt, der Ehemann der Verteidigerin - ebenfalls ein Strafverteidiger - habe ihm keinen juristisch brauchbaren bzw. umsetzbaren Ratschlag gegeben. Entgegen seiner Behauptung bezeichnet ihn die Vorinstanz nicht als besonders prozesserfahren (Beschwerde S. 17 Ziff. 40). Sie hält fest, er könne nicht als verfahrensnaiv bezeichnet werden. Dies ist angesichts seiner mehrjährigen Erfahrung aus diversen Strafverfahren nicht zu beanstanden.
2.6. Die Vorinstanz verletzt kein Bundesrecht, indem sie zum Schluss gelangt, der Beschwerdeführer habe nicht nachweisen können, dass sein Berufungsrückzug an einem qualifizierten Willensmangel gemäss <ref-law> gelitten habe. Es kann auf ihre zutreffenden Erwägungen verwiesen werden.
3.
<ref-law> ist auf das vorinstanzliche Verfahren betreffend Berufungsrückzug nicht anwendbar. Die diesbezügliche Rüge des Beschwerdeführers und die damit zusammenhängenden Vorbringen erweisen sich als unbegründet (Beschwerde S. 14 Ziff. 30 f.).
4.
Die Beschwerde ist abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung ist gutzuheissen, da die Beschwerde nicht von vornherein aussichtslos war und die Bedürftigkeit des Beschwerdeführers erstellt ist (Art. 64 Abs. 1 und 2 BGG). Es sind keine Kosten zu erheben. Der frühere Vertreter des Beschwerdeführers ist für das Verfahren vor dem Bundesgericht aus der Bundesgerichtskasse zu entschädigen.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.
Das Gesuch um unentgeltliche Prozessführung und Verbeiständung wird gutgeheissen.
3.
Es werden keine Kosten erhoben.
4.
Dem früheren Rechtsvertreter des Beschwerdeführers, Rechtsanwalt Daniel U. Walder, wird für das bundesgerichtliche Verfahren eine Entschädigung von Fr. 3'000.-- aus der Bundesgerichtskasse ausgerichtet.
5.
Dieses Urteil wird den Parteien, Rechtsanwalt Daniel U. Walder und dem Obergericht des Kantons Zürich, II. Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 23. Mai 2018
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Denys
Die Gerichtsschreiberin: Pasquini