Faits :
A.
Le Tribunal pénal du Tribunal de première instance du canton du Jura a déclaré X._ coupable de deux brigandages qualifiés commis le 26 septembre 2014 à A._ et le 15 novembre 2014 à B._. Il a condamné X._ à une peine privative de liberté de 5 ans, sous déduction de 84 jours de détention avant jugement, à payer aux parties plaignantes, dans le cadre du premier brigandage, une indemnité de dépens de 15'984 fr. et à sa part de frais judiciaires, fixée à 28'542 fr. 55. Le Tribunal pénal a également constaté que Y._ avait été condamné, par arrêt du 21 mars 2017 de la Cour d'Assises du Département du Doubs, à payer certains montants aux parties plaignantes, à titre de dommages-intérêts ou de tort moral, et pris acte que X._ reconnaissait devoir à ces dernières lesdits montants, solidairement avec Y._.
B.
Par jugement du 29 mai 2018, la Cour pénale du Tribunal cantonal du canton du Jura a rejeté l'appel de X._ par lequel celle-ci concluait à ce qu'elle soit reconnue coupable de complicité de brigandage (non qualifié).
Elle a retenu en substance les faits suivants.
Le 26 septembre 2014, X._ a conduit Y._ à la Banque C._ à A._ au moyen de la voiture appartenant à sa grand-mère. Elle y avait préalablement fait du repérage. Elle a déposé Y._ et est allée l'attendre à proximité. L'intéressé s'est rendu dans l'établissement visage caché et muni d'une arme de poing. Il a sauté par-dessus le comptoir et a dirigé son arme contre l'employée se situant derrière le guichet. Il a fait pression sur cette dernière pour qu'elle ouvre rapidement le coffre en lui disant notamment " fais vite ou bien je te tue ", tout en lui apposant l'arme derrière l'oreille. Il a ensuite dirigé son arme à plusieurs reprises contre les autres employés se trouvant à proximité, notamment en bousculant l'un d'eux à la tête avec son arme et en le menaçant de le tuer ainsi que sa collègue s'il ne se dépêchait pas. Il a aussi violemment tiré une autre personne en bas des escaliers, la blessant, pour qu'elle l'aide à lui remettre l'argent. Y._ a par ailleurs tiré à une reprise avec son arme entre deux employés de la banque afin d'accélérer la remise d'argent. Après s'être fait remettre 70'000 fr., il a pris la fuite et rejoint X._ qui l'attendait au volant de la voiture de sa grand-mère. Sur le chemin du retour, Y._ a bouté le feu à divers objets et vêtements grâce à l'essence que X._ avait préparé à cette fin. X._ a perçu une partie du butin.
En ce qui concerne le brigandage de B._, X._ a activement participé à la préparation de celui-ci et à l'organisation de l'itinéraire de retour. ll ressortait des déclarations de Y._ que X._ insistait depuis une semaine pour refaire un braquage et était allée acheter une arme (pistolet d'alarme) avec lui. X._ a hébergé Y._ et D._ la veille du brigandage, chez sa grand-mère. Elle s'est procurée de l'essence, leur a fourni des sacs en vue du brigandage et, le 15 novembre 2014, les a réveillés pour partir. Elle s'est rendue à B._ en leur compagnie, avec trois voitures, dont deux qu'elle avait fournies, en conduisant la première voiture. D._ et Y._ se sont ensuite rendus à la Banque C._ avec le véhicule appartenant à la grand-mère de X._, alors que celle-ci les attendait dans la forêt. S'agissant du brigandage même, Y._ a fait usage à quatre reprises de son arme. Une employée a été frappée à la tête avec l'arme et a été blessée. Un client a été mis au sol par D._ qui lui a donné un coup de pied dans la jambe. Y._ s'est approché du concierge, tout en pointant son arme sur lui. Il a pressé sur la détente à un mètre de son visage et lui a encore tiré une seconde fois dessus de façon similaire. Il a également pointé son arme sur le boulanger voisin. Pris de panique, D._ a quitté la banque et a été intercepté à l'extérieur. Quant à Y._, X._ est venue le récupérer aux abords de la Banque C._. Ce dernier a ensuite repris le véhicule de D._. Le véhicule appartenant à la grand-mère de X._ a été abandonné devant la Banque C._.
C.
X._ forme un recours en matière pénale au Tribunal fédéral. Elle conclut, avec suite de frais et dépens, principalement, à l'annulation du jugement attaqué dans la mesure où il la condamne à une peine privative de liberté de 5 ans et au renvoi de la cause à la cour cantonale pour nouveau jugement au sens des considérants. A titre subsidiaire, elle conclut à la réforme du jugement attaqué en ce sens qu'elle est condamnée à une peine privative de liberté de 3 ans, dont 12 mois ferme et 24 mois avec sursis, assorti d'une règle de conduite consistant à verser aux victimes durant le délai d'épreuve un montant de 500 fr. au minimum par mois jusqu'à complet paiement de la somme de 39'915 francs.

Considérant en droit :
1.
La recourante discute la peine qui lui a été infligée.
1.1. L'<ref-law> prévoit que le juge fixe la peine d'après la culpabilité de l'auteur. Il prend en considération les antécédents et la situation personnelle de ce dernier ainsi que l'effet de la peine sur son avenir (al. 1). La culpabilité est déterminée par la gravité de la lésion ou de la mise en danger du bien juridique concerné, par le caractère répréhensible de l'acte, par les motivations et les buts de l'auteur et par la mesure dans laquelle celui-ci aurait pu éviter la mise en danger ou la lésion, compte tenu de sa situation personnelle et des circonstances extérieures (al. 2). La culpabilité de l'auteur doit être évaluée en fonction de tous les éléments objectifs pertinents, qui ont trait à l'acte lui-même, à savoir notamment la gravité de la lésion, le caractère répréhensible de l'acte et son mode d'exécution. Du point de vue subjectif, sont pris en compte l'intensité de la volonté délictuelle ainsi que les motivations et les buts de l'auteur. A ces composantes de la culpabilité, il faut ajouter les facteurs liés à l'auteur lui-même, à savoir les antécédents, la réputation, la situation personnelle (état de santé, âge, obligations familiales, situation professionnelle, risque de récidive, etc.), la vulnérabilité face à la peine, de même que le comportement après l'acte et au cours de la procédure pénale (<ref-ruling> consid. 6.1.1 p. 66 s.; <ref-ruling> consid. 5 p. 57 ss; <ref-ruling> consid. 2.1 p. 19 s.). L'<ref-law> confère un large pouvoir d'appréciation au juge. Par conséquent, celui-ci ne viole le droit fédéral en fixant la peine que s'il sort du cadre légal, s'il se fonde sur des critères étrangers à l'<ref-law>, s'il omet de prendre en considération des éléments d'appréciation prévus par cette disposition ou, enfin, si la peine qu'il prononce est exagérément sévère ou clémente au point de constituer un abus du pouvoir d'appréciation (ATF <ref-ruling> consid. 5.6 p. 61; <ref-ruling> consid. 5.3.1 p. 134 s. et les arrêts cités).
2.
La recourante soutient qu'à aucun moment, elle n'a voulu ou ne s'est associée à la violence, respectivement à la cruauté dont ont fait preuve Y._ et D._; elle ignorait tout du mode de procéder de ces derniers dans les banques. Leur comportement ne saurait dès lors lui être opposé dans le cadre de la fixation de sa peine.
2.1. La cour cantonale a retenu qu'au vu de son implication dans la commission des brigandages, la recourante devait s'attendre à ce que ses comparses, dont l'un était muni d'une arme, aient un comportement menaçant et violent, particulièrement dangereux à l'intérieur de la banque. Elle avait elle-même déclaré que Y._ pouvait faire preuve de violence. Cette conclusion s'imposait également compte tenu de la façon téméraire avec laquelle l'infraction avait été commise, qui supposait de vaincre la résistance des employés présents. Enfin, D._ avait déclaré que la veille du brigandage, alors que les trois étaient présents, Y._ avait fait des répétitions du braquage avec l'arme.
L'autorité précédente a considéré que l'association de la recourante quant à la décision dont est issue l'infraction ainsi que sa réalisation ne faisait aucun doute. La recourante avait donc agi comme coauteur dans le brigandage commis avec une dangerosité particulière (<ref-law>).
2.2. En affirmant qu'elle ignorait tout du mode de procéder de ses comparses, la recourante s'écarte de l'état de fait cantonal sans en démontrer l'arbitraire. Sa critique est appellatoire, partant irrecevable (art. 97 al. 1 et 105 al. 2 LTF).
En outre, la manière dont l'acte délictueux est exécuté relève de l'action commune des auteurs, les coauteurs en étant également pleinement responsables. Même si un seul des coauteurs s'est montré particulièrement dangereux, son comportement est opposable aux autres; cela vaut pour autant que ce comportement puisse relever de la décision dont l'infraction est le fruit (arrêts 6B_1368/2016 du 15 novembre 2017 consid. 11.2 non publié aux <ref-ruling>; 6B_1394/2016 du 13 novembre 2017 consid. 1.3.1 et les références citées). La recourante déclare expressément ne pas contester la qualification juridique de coauteur de l'infraction de l'<ref-law> retenue à son encontre. Elle ne saurait dès lors valablement soutenir que le mode d'exécution des brigandages ne doit pas lui être imputé. Mal fondé, le grief doit être rejeté dans la mesure où il est recevable.
3.
3.1. La recourante fait valoir qu'il ne saurait lui être reproché de n'avoir indemnisé les victimes qu'à concurrence d'un montant de 2'000 francs. Elle explique, en se référant aux pièces de son bordereau, que son salaire mensuel net est de l'ordre de 4'900 fr., treizième salaire en sus, et qu'elle a dû payer les honoraires de son défenseur, notamment une facture totale de 9'693 fr. pour la première instance. A partir de mars 2018, elle s'est régulièrement acquittée du paiement d'un montant de 500 fr. par mois en faveur des victimes.
3.2. Les pièces nouvelles ne sont pas admissibles devant le Tribunal fédéral, à moins de résulter de la décision précédente (<ref-law>). Les pièces produites par la recourante à l'appui de son recours sont donc irrecevables.
En toute hypothèse, la recourante allègue, mais ne démontre pas, conformément aux exigences des art. 97 al. 1 et 105 al. 2 LTF, qu'elle aurait souhaité, si elle l'avait pu, indemniser les lésés plus rapidement. La cour cantonale pouvait ainsi se limiter à constater que la recourante avait commencé à dédommager les lésés en mars de cette année et qu'une somme de 2'000 fr. sur un montant total dû de 39'915 fr. avait été acquittée au jour du jugement. Le grief est infondé.
4.
La recourante invoque l'effet de la peine sur son avenir.
Il est inévitable que l'exécution d'une peine ferme d'une certaine durée ait des répercussions sur la vie professionnelle et familiale du condamné. Ces conséquences ne peuvent conduire à une réduction de la peine qu'en cas de circonstances extraordinaires (arrêts 6B_352/2018 du 27 juillet 2018 consid. 4.1.2; 6B_98 7/2017 du 12 février 2018 consid. 4.3.2).
En l'espèce, de telles circonstances ne sont pas réalisées. Certes, la recourante bénéficie d'un emploi comme infirmière psychiatrique auprès de E._ à F._, ce que la cour cantonale n'a pas ignoré. Sa situation ne présente toutefois pas une quelconque particularité et ne se distingue pas de celle de n'importe quel condamné ayant un emploi.
5.
La recourante ne cite en définitive aucun élément important, propre à modifier la peine, qui aurait été omis ou pris en considération à tort. Il convient dès lors d'examiner si, au vu des circonstances, la peine infligée apparaît exagérément sévère au point de constituer un abus du pouvoir d'appréciation.
5.1. La cour cantonale a qualifié la culpabilité de la recourante de grave, ce que celle-ci ne conteste pas. Elle avait commis les deux brigandages par appât du gain. Son mobile était ainsi purement égoïste, ce d'autant plus qu'au moment des faits, elle n'avait aucune difficulté financière. Bien qu'elle ne soit pas entrée dans les banques, elle s'était associée à la décision dont sont issues les brigandages ainsi qu'à leur réalisation, au même titre que Y._ et D._. En participant à ces brigandages, qualifiés de particulièrement dangereux, la recourante, à l'instar de ses comparses, avait fait subir aux victimes des souffrances tant physiques que psychiques (flash, insomnie, angoisses, etc.). Bien qu'elle ait commencé de dédommager les lésés, le premier versement n'avait eu lieu qu'en mars de cette année. A ce jour, elle n'avait remboursé que 2'000 fr. sur 39'915 francs.
Les infractions sont en concours, ce qui constitue une circonstance aggravante, étant précisé que les deux brigandages ont été commis à moins de deux mois d'intervalle. En outre, un butin important a été dérobé (70'000 fr. pour le cas de A._ et 9'750 fr. pour le cas de B._).
La recourante avait persisté dans le déni durant toute la procédure, changeant de version au fur et à mesure de l'avancement de celle-ci. Devant le Tribunal pénal, elle avait fini par reconnaître avoir été au courant des projets délictueux de ses comparses et avoir participé auxdits brigandages, tout en continuant toutefois, contrairement à Y._ et D._, à minimiser ses actes, alléguant avoir agi sous la menace de Y._ et de ses amis. En audience devant la cour cantonale, elle était, de manière totalement inattendue, revenue sur ses déclarations, niant catégoriquement toute implication de sa part dans les infractions en cause. L'attitude de la recourante durant toute la procédure démontrait ainsi qu'elle n'avait manifestement pas pris conscience de la gravité de ses actes. Sa responsabilité pénale était par ailleurs pleine et entière. Son absence d'antécédent judiciaire avait un effet neutre sur la peine.
La cour cantonale a pris en considération les peines infligées aux coauteurs, retenant qu'une peine privative de liberté de cinq ans n'était pas excessive en comparaison des deux autres prévenus (Y._: huit ans pour les deux brigandages qualifiés; D._: 36 mois dont 23 mois avec sursis pour un brigandage qualifié).
Au vu de ces éléments, la condamnation de la recourante à une peine privative de liberté de cinq ans, qui se situe dans le cadre légal (art. 140 al. 1 et 3 cum 49 al. 1 CP: deux ans au moins et quinze ans au plus), n'apparaît pas exagérément sévère au point de constituer un abus du pouvoir d'appréciation dont disposait l'autorité précédente.
6.
L'octroi du sursis partiel, même assorti d'une règle de conduite, n'entre pas en considération dès lors que la peine infligée est bien supérieure à la limite légale de trois ans prévue par l'<ref-law>.
7.
Le recours est donc rejeté en tant qu'il tend à une réduction de la peine et à l'octroi du sursis partiel. La recourante, qui succombe, supporte les frais judiciaires (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 3'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour pénale du Tribunal cantonal du canton du Jura.
Lausanne, le 19 septembre 2018
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Denys
La Greffière : Musy