Faits :
A.
En date du 2 juillet 2015, A._ a déposé plainte pénale auprès du Ministère public de la République et canton de Genève à l'encontre de X._ pour abus de confiance, escroquerie et faux renseignements sur des entreprises commerciales.
A l'appui de sa plainte, elle a exposé qu'elle avait été approchée par B._, dirigeant de la société C._ SA, connaissance de longue date, qui lui avait fait état de la création d'une société active dans le domaine minier, D._ Corp, à Panama. Il en était l'associé à parts égales avec X._ et la société cherchait des investisseurs. B._ a présenté le prénommé à A._, qui s'est laissée convaincre d'investir un montant de 1'000'000 USD dans la société. Elle a mandaté à cet effet C._ SA, représentée par B._, afin qu'elle agisse pour son compte, à titre fiduciaire, et acquière de la société D._ SA, également à Panama, des actions au porteur de D._ Corp. Il était question d'un investissement prévu pour une durée de trois ans, à l'échéance de laquelle D._ SA s'engageait à le remplacer par celui d'un groupe minier. Un dividende annuel de 40 % était prévu. A._ alléguait toutefois n'avoir jamais perçu de dividende, les fonds investis n'ayant jamais été ni remplacés ni restitués.
B.
Par ordonnance du 10 août 2015, le Ministère public a décidé de ne pas entrer en matière sur les faits dénoncés, considérant que ces derniers n'étaient constitutifs ni d'abus de confiance, ni d'escroquerie, ni de faux renseignements sur des entreprises commerciales.
C.
Par courrier du 14 avril 2016, A._ a sollicité du Ministère public qu'il rouvre la procédure, en produisant un bordereau de pièces destiné à étayer sa plainte.
Le 18 avril 2016, le Ministère public a considéré que les nombreuses pièces produites, dont un procès-verbal d'audience devant cette même autorité du 20 janvier 2016 portant sur des faits connexes, constituaient des moyens de preuves nouveaux justifiant la " reprise de la procédure préliminaire ". X._ a recouru devant la Chambre pénale de recours de la Cour de Justice contre dite ordonnance. Par arrêt du 6 septembre 2016, cette autorité a admis le recours et annulé l'ordonnance du 18 avril 2016.
D.
A._ forme un recours en matière pénale au Tribunal fédéral contre l'arrêt précité. Elle conclut, avec suite de frais et dépens, principalement à l'annulation de l'arrêt de la Chambre pénale de recours du 6 septembre 2016, à ce qu'il soit ordonné au Ministère public de la République et canton de Genève la réouverture de la procédure et à ce qu'il lui soit ordonné de procéder, notamment, à différentes auditions. Subsidiairement, elle conclut à l'annulation de l'arrêt querellé et au renvoi de la cause à l'autorité cantonale pour nouvelle décision dans le sens des considérants.
E.
Invités à se déterminer, la cour cantonale s'est référée aux considérants de son arrêt en précisant ne pas avoir d'observations à formuler, tandis que le ministère public a conclu au rejet du recours. Dans sa réponse, X._ a conclu, avec suite de frais et dépens, au rejet du recours. A._ a répliqué et persisté dans ses conclusions. Sa réplique a été communiquée à X._, pour information.

Considérant en droit :
1.
Le Tribunal fédéral examine d'office et librement la recevabilité des recours qui lui sont soumis (<ref-ruling> consid. 1 p. 197).
1.1. Dirigé contre un arrêt qui annule une " ordonnance de reprise de la procédure préliminaire (art. 323 CPP) " rendue après une ordonnance de non entrée en matière (art. 310 CPP), le présent recours en matière pénale (art. 78 LTF) est dirigé contre un arrêt assimilable à une décision finale émanant d'une autorité cantonale de dernière instance (art. 80 et 90 LTF; arrêt 6B_398/2014 du 30 avril 2015 consid. 1 non publié aux <ref-ruling>). Il est donc en principe recevable quant à son objet.
1.2. Aux termes de l'art. 81 al. 1 let. a et b ch. 5 LTF, la partie plaignante qui a participé à la procédure de dernière instance cantonale est habilitée à recourir au Tribunal fédéral, si la décision attaquée peut avoir des effets sur le jugement de ses prétentions civiles. Constituent de telles prétentions celles qui sont fondées sur le droit civil, telles les prétentions en réparation du dommage et du tort moral au sens des art. 41 ss CO. En vertu de l'art. 42 al. 1 LTF, il incombe à la partie recourante d'alléguer les faits qu'elle considère comme propres à fonder sa qualité pour recourir, notamment son préjudice et la réparation à laquelle elle prétend. Comme il n'appartient pas à la partie plaignante de se substituer au Ministère public ou d'assouvir une soif de vengeance, la jurisprudence entend se montrer restrictive et stricte, de sorte que le Tribunal fédéral n'entre en matière que s'il ressort de façon suffisamment précise de la motivation du recours que les conditions précitées sont réalisées, à moins que l'on puisse le déduire directement et sans ambiguïté compte tenu notamment de la nature de l'infraction alléguée (<ref-ruling> consid. 1.1 p. 4 s.).
En l'espèce, la recourante se dit victime d'infractions contre le patrimoine (abus de confiance ou escroquerie) et allègue un dommage qu'elle chiffre à 3'830'800 USD en capital, subsidiairement à 1'000'000 USD plus intérêts, dont elle entend obtenir réparation. Ces éléments permettent de lui reconnaître, au stade de l'examen de la recevabilité du recours en matière pénale, la qualité de lésé (art. 115 CPP), respectivement de partie plaignante (art. 118 CPP), et d'admettre qu'elle a suffisamment motivé ses prétentions civiles. Elle a donc qualité pour recourir.
2.
2.1. La présente cause soulève la question de la recevabilité d'un recours (art. 393 ss CPP) déposé à l'encontre d'une " ordonnance de reprise de la procédure préliminaire (art. 323 CPP) ", consécutive à une ordonnance de non-entrée en matière (art. 310 CPP) qui avait été motivée par la non-réalisation manifeste des éléments constitutifs des infractions dénoncées (art. 310 al. 1 let. a 1ère alternative CPP). Cette question de recevabilité n'a pas été abordée dans l'arrêt publié aux <ref-ruling>, qui traite uniquement des conditions d'application de l'art. 323 CPP. Il y a lieu de l'examiner ici, en rapport avec le motif de non-entrée en matière d'abord retenu par le ministère public.
2.2. La cour cantonale a jugé recevable le recours déposé auprès d'elle par l'intimé, considérant que l'ordonnance querellée était une ordonnance sujette à recours (art. 393 al. 1 let. a CPP) et qu'il disposait d'un intérêt juridiquement protégé (art. 382 CPP) à la contester. Elle s'est fondée sur l'opinion de SCHMID, pour qui, à l'instar de la doctrine majoritaire, le prévenu a qualité pour recourir contre la reprise de la procédure préliminaire ordonnée en vertu de l'art. 323 CPP (NIKLAUS SCHMID, Schweizerische Strafprozessordnung, Praxiskommentar, 2e éd. 2013, n° 13 ad art. 323 CPP; cf. SCHMID/JOSITSCH, Schweizerische Strafprozessordnung, Praxiskommentar, 3e éd. 2018, n° 13 ad art. 323 CPP; cf. aussi: GRÄDEL/ HEINIGER, in Basler Kommentar, Schweizerische Strafprozessordnung/ Jugendstrafprozessordnung, 2e éd. 2014, n° 22 ad art. 323 CPP; LANDSHUT/BOSSHARD, in Kommentar zur Schweizerischen Strafprozessordnung [StPO], 2e éd. 2014, n° 30 ad art. 323 CPP; ROBERT ROTH, in Commentaire romand, Code de procédure pénale, 2011, n° 11 ad art. 323 CPP; MOREILLON/PAREIN-REYMOND, Petit commentaire, Code de procédure pénale, 2e éd. 2016, n° 15 ad art. 323 CPP; NIKLAUS OBERHOLZER, Grundzüge des Strafprozessrechts, 3e éd. 2012, p. 495, n° 1410).
2.3.
2.3.1. A teneur de l'art. 393 al. 1 let. a CPP, le recours est ouvert contre les décisions et les actes de procédure de la police, du ministère public et des autorités pénales compétentes en matière de contraventions. Cependant, les décisions qualifiées de définitives ou de non sujettes à recours par le CPP ne peuvent pas être attaquées par le biais d'un recours (art. 380 en lien avec les art. 379 et 393 CPP). Il découle ainsi de la systématique légale que, sauf exceptions prévues expressément par la loi, toutes les décisions de procédure, qu'elles émanent du ministère public, de la police ou des autorités compétentes en matière de contraventions, sont susceptibles de recours. Le législateur a eu en vue de soumettre de manière générale à recours " tout acte de procédure (...), y compris toute abstention ou toute omission " (Message du Conseil fédéral du 21 décembre 2005 relatif à l'unification du droit de la procédure pénale, FF 2005 1057 [cité: Message CPP], ch. 2.9.2, p. 1296). En d'autres termes, la méthode législative n'est plus celle d'un catalogue énumérant les décisions sujettes à recours, à l'instar de ce que prévoyaient plusieurs anciens codes de procédure cantonaux (cf. OBERHOLZER, op. cit., p. 544, n° 1544), mais consiste à appliquer un principe (universalité des recours) puis à le limiter par des exceptions exhaustivement prévues dans la loi (arrêts 1B_451/2017 du 7 décembre 2017 consid. 2.1.1; 1B_266/2017 du 5 octobre 2017 consid. 2.4 [destiné à la publication]; PIQUEREZ/MACALUSO, Procédure pénale suisse, 3e éd. 2011, p. 646 s., n° 1964 ss). La loi soumet toutefois la qualité pour recourir à l'existence d'un intérêt juridiquement protégé à l'annulation ou à la modification de la décision litigieuse (art. 382 al. 1 CPP). Cet intérêt doit être actuel et pratique (<ref-ruling> consid. 4.2 p. 299; arrêt 1B_438/2016 du 14 mars 2017 consid. 2.1). De cette manière, les tribunaux sont assurés de trancher uniquement des questions concrètes et non de prendre des décisions à caractère théorique (<ref-ruling> consid. 1.3.1 p. 77; arrêt 1B_438/2016 du 14 mars 2017 consid. 2.1). Ainsi, l'existence d'un intérêt de pur fait ou la simple perspective d'un intérêt juridique futur ne suffit pas (arrêts 1B_438/2016 du 14 mars 2017 consid. 2.1; 1B_380/2016 du 6 décembre 2016 consid. 2; 1B_390/2015 du 16 décembre 2015 consid. 2.1 et les arrêts cités). Une partie qui n'est pas concrètement lésée par la décision ne possède donc pas la qualité pour recourir et son recours est irrecevable (arrêts 1B_438/2016 du 14 mars 2017 consid. 2.1; 1B_72/2014 du 15 avril 2014 consid. 2.1; 1B_669/2012 du 12 mars 2013 consid. 2.3.1 et la référence citée; PIQUEREZ/MACALUSO, op. cit., p. 632, n° 1911).
Parmi les exceptions visées par l'art. 380 CPP figurent différentes décisions à caractère incident relatives au déroulement de la procédure préliminaire, telles que l'introduction de cette dernière (art. 300 al. 2 CPP), l'ouverture d'instruction (art. 309 al. 3 3ème phrase CPP), la reprise d'instruction après suspension (art. 315 al. 2 CPP), l'avis de prochaine clôture (art. 318 al. 3 CPP), ainsi que le dépôt de l'acte d'accusation (art. 324 al. 2 CPP; cf. arrêt 1B_375/2016 du 21 novembre 2016 consid. 2; SCHMID/JOSITSCH, op. cit., n° 1 ad art. 380 CPP; ZIEGLER/KELLER, in Basler Kommentar, Schweizerische Strafprozessordnung/Jugendstrafprozessordnung, 2e éd. 2014, n° 2 ad art. 380 CPP; PIQUEREZ/MACALUSO, op. cit., p. 647 n° 1966). Il s'ensuit que le prévenu ne dispose en principe pas de moyens de droit au sens du code de procédure pénale contre les décisions incidentes ayant trait à l'entame ou à l'avancement de la procédure préliminaire (arrêt 1B_375/2016 du 21 novembre 2016 consid. 2).
2.3.2. S'agissant des voies de droit à l'encontre d'une décision rendue en application de l'art. 323 CPP, la doctrine citée (cf. supra consid. 2.2) n'opère aucune distinction relative à la nature de décision préalable, suivant qu'il s'agisse d'un classement (art. 319 ss CPP), où l'art. 323 CPP est directement applicable, ou d'une non-entrée en matière (art. 310 CPP), en rapport avec laquelle l'art. 323 CPP s'applique, mais de façon indirecte, en vertu du renvoi prévu par l'art. 310 al. 2 CPP (cf. aussi art. 11 al. 2 CPP; <ref-ruling> consid. 2.3 p. 199). Or, en pareille hypothèse, le ministère public n'est pas à proprement parler, faute d'être préalablement entré en matière, en situation de reprendre une procédure préliminaire, respectivement une instruction, qui, par définition, n'a pas été ouverte au préalable. Si, après avoir rendu une ordonnance de non-entrée en matière, le ministère public considère que les conditions de l'art. 323 al. 1 CPP, appliqué par renvoi de l'art. 310 al. 2 CPP, sont remplies et entend revenir sur sa décision, l'ordonnance qu'il est appelé à rendre à ce stade se conçoit en réalité comme une ordonnance d'ouverture d'instruction au sens de l'art. 309 CPP (dans ce sens: OBERHOLZER, op. cit., p. 486, n° 1378). Dans cette mesure, l'intitulé de l'ordonnance querellée devant l'autorité cantonale (" ordonnance de reprise de la procédure préliminaire [art. 323 CPP] ") n'est pas exempt d'ambiguïté. Quoi qu'il en soit, l'art. 309 al. 3 3ème phrase CPP prévoit, comme on l'a vu, que l'ordonnance d'ouverture d'instruction n'est pas sujette à recours. Il convient par conséquent de déterminer si l'application de l'art. 323 CPP par renvoi de l'art. 310 al. 2 CPP implique, en l'occurrence, de suivre sans restriction la conception défendue par la doctrine ou s'il y a lieu, au contraire, d'appliquer par analogie l'art. 309 al. 3 3ème phrase CPP.
2.3.3. Il sied d'opérer une très nette distinction entre les deux stades procéduraux foncièrement différents auxquels se rapportent la non-entrée en matière (art. 310 CPP) et le classement (art. 319 ss CPP). Un classement postule une instruction (art. 308 à 318 CPP) complète destinée à établir les faits et l'appréciation juridique du cas, diligentée jusqu'à son terme, au cours de laquelle les parties bénéficient du droit d'être entendu (art. 3 al. 2 let. c CPP et 107 CPP). Le classement est de surcroît précédé d'un avis de prochaine clôture (art. 318 CPP). A l'opposé, la non-entrée en matière intervient en amont de toute instruction. Les parties ne bénéficient pas, à ce stade, du droit d'être entendu (arrêt 6B_342/2017 du 4 août 2017 consid. 3.2 et les références citées). Aucun avis analogue à l'avis de prochaine clôture n'est prévu dans ce contexte (arrêt 6B_276/2017 du 12 juillet 2017 consid. 4; OBERHOLZER, op. cit., p. 486, n° 1378).
2.3.4. L'exclusion du recours prévue par l'art. 309 al. 3 3ème phrase CPP se justifie sous l'angle du principe de célérité (art. 5 ch. 3 et 4 CEDH, 6 ch. 1 CEDH, 29 al. 1 Cst., 31 al. 2 et 3 Cst. et 5 CPP; arrêt 1B_375/2016 du 21 novembre 2016 consid. 2; SCHMID/JOSITSCH, op. cit., n° 4 ad art. 300 CPP et n° 1 ad art. 380 CPP; MOREILLON/ PAREIN-REYMOND, op. cit., n° 11 ad art. 300 CPP), mais aussi et surtout dans la mesure où le recours ne pourrait porter, à ce stade initial, que sur l'existence de soupçons suffisants, que l'instruction qui s'ouvre vise précisément à étayer ou à infirmer (SCHMID/JOSITSCH, Handbuch des schweizerischen Strafprozessrechts, 3e éd. 2017, p. 541, n° 1208; LANDSHUT/BOSSHARD, op. cit., n° 7 ad art. 300 CPP; RIEDO/BONER, in Basler Kommentar, Schweizerische Strafprozessordnung/Jugendstrafprozessordnung, 2e éd. 2014, n° 25 ad art. 300 CPP; MOREILLON/ PAREIN-REYMOND, op. cit., n° 11 ad art. 300 CPP; Message CPP, ch. 2.6.1, p. 1241). L'argument conserve sa pertinence lorsque, comme en l'espèce, la non-entrée en matière est d'abord motivée par la non-réalisation manifeste des éléments constitutifs de l'infraction (art. 310 al. 1 let. a 1ère alternative CPP), puis remise en question à l'aune d'éléments nouveaux qui révèlent une responsabilité du prévenu (art. 323 al. 1 let. a CPP). En pareille hypothèse, cette condition se recoupe dans une large mesure avec la question des soupçons suffisants (cf. infra consid. 3.2), sur lesquels doit porter l'instruction à venir. Dans les deux cas, l'examen de ces conditions par l'autorité de recours en l'absence d'actes d'instruction préalables serait donc prématuré.
2.3.5. L'exclusion du recours contre l'ordonnance d'ouverture d'instruction prévue par l'art. 309 al. 3 3ème phrase CPP se justifie également au regard du fait que le prévenu n'aurait pas qualité pour recourir, faute d'intérêt juridiquement protégé, face à une décision qui ne lui cause en soi aucun préjudice de nature juridique (cf. OBERHOLZER, op. cit., p. 485, n° 1374). En l'espèce, la cour cantonale a retenu que l'intimé avait qualité pour agir, au motif qu'il justifiait d'un intérêt juridiquement protégé à contester la reprise d'une procédure pénale le concernant. Dans la configuration en cause, la question renvoie en réalité à celle de l'autorité de chose jugée de l'ordonnance de non-entrée en matière et à la faculté d'invoquer le principe ne bis in idem au sens de l'art. 11 CPP, en lien avec les art. 320 al. 4 CPP et 323 CPP.
Selon l'art. 320 al. 4 CPP, une ordonnance de classement entrée en force équivaut à un acquittement. Cette équivalence prévaut également pour la non-entrée en matière, par renvoi de l'art. 310 al. 2 CPP, qui est réputé englober l'art. 320 al. 4 CPP (arrêts 6B_614/2015 du 14 mars 2016 consid. 2.2.2; 6B_861/2015 du 12 février 2016 consid. 2; cf. aussi arrêt 8C_98/2016 du 15 décembre 2016 consid. 4.2.1). Toutefois, une telle assimilation ne se conçoit pas sans nuance, puisque les décisions en cause n'émanent pas d'un tribunal (cf. art. 13 CPP), mais du ministère public. De surcroît, l'art. 323 CPP permet de revenir sur une non-entrée en matière ou un classement à des conditions moins rigoureuses que celles qui prévalent pour la révision d'un jugement entré en force (art. 410 ss CPP; <ref-ruling> consid. 2.3 p. 95 s.; GRÄDEL/HEINIGER, op. cit., n° 1 ad art. 323 CPP; OBERHOLZER, op. cit., p. 495, n° 1409). Les conditions d'application de l'art. 323 CPP sont, qui plus est, moins sévères après une non-entrée en matière qu'après un classement (<ref-ruling> consid. 2.3 p. 199; arrêt 6B_1015/2013 du 8 avril 2014 consid. 5.1; OBERHOLZER, op. cit., p. 486, n° 1379; SCHMID/JOSITSCH, op. cit., n° 8 ad art. 310 CPP; LANDSHUT/BOSSHARD, op. cit., n° 14 ad art. 310 CPP). Par conséquent, l'ordonnance de non-entrée en matière bénéficie d'une autorité de chose jugée plus limitée encore que celle, déjà réputée restreinte, de l'ordonnance de classement (cf. sur ce point: GRÄDEL/HEINIGER, op. cit., n° 14 ad art. 320 CPP; ROTH, op. cit., n° 9 s. ad intro. art. 319-323 CPP; LANDSHUT/BOSSHARD, op. cit., n° 11 ad art. 320 CPP et n° 2 ad art. 323 CPP). La portée des deux types de décisions n'est donc pas la même. A cet égard, les objections formulées par certains auteurs à l'égard d'une application par analogie de l'art. 309 al. 3 3ème phrase CPP dans le cadre d'une reprise après classement, au motif qu'elle viderait de sa substance l'autorité de chose jugée d'une telle décision (GRÄDEL/HEINIGER, op. cit., n° 22 ad art. 323 CPP) n'ont guère de pertinence dans la présente configuration.
En ce qui concerne le principe ne bis in idem, l'art. 11 al. 1 CPP dispose qu'aucune personne condamnée ou acquittée en Suisse par un jugement entré en force ne peut être poursuivie une nouvelle fois pour la même infraction. L'art. 11 al. 2 CPP réserve cependant la reprise de la procédure close par une ordonnance de classement ou de non-entrée en matière et la révision. La faculté de se prévaloir du principe ne bis in idem est donc expressément limitée par l'art. 323 CPP (BRIGITTE TAG, in Basler Kommentar, Schweizerische Strafprozessordnung/Jugendstrafprozessordnung, 2e éd. 2014, n° 13 ad art. 11 CPP; FRANZ RIKLIN, StPO Kommentar, 2e éd. 2014, n° 6 ad art. 11 CPP et n° 2 ad art. 323 CPP). Elle l'est d'autant plus en présence d'une ordonnance de non-entrée en matière que les conditions d'application de l'art. 323 CPP sont moins sévères dans ce contexte, au point qu'elle fait pratiquement défaut (dans ce sens: PIERRE CORNU, in Commentaire romand, Code de procédure pénale, 2011, n° 17 ad art. 310 CPP [avec renvoi à NIKLAUS OBERHOLZER, Grundzüge des Strafprozessrechts, 2e éd. 2005, p. 574, n° 1344]; MOREILLON/ PAREIN-REYMOND, Petit commentaire, Code de procédure pénale, 2e éd. 2017, n° 22 ad art. 310 CPP).
Il apparaît donc que l'ordonnance de non-entrée en matière revêt une autorité de chose jugée sensiblement limitée, tandis que l'art. 323 CPP limite tout aussi sensiblement la faculté de se prévaloir du principe ne bis in idem. Dans cette mesure, la qualité pour recourir contre une décision d'ouverture d'instruction fait défaut, y compris dans les circonstances propres au cas d'espèce.
2.4. En définitive, les développements qui précèdent conduisent à retenir que, lorsque le ministère public ouvre une instruction après avoir, dans un premier temps refusé d'entrer en matière au motif de la non-réalisation manifeste des éléments constitutifs des infractions dénoncées (art. 310 al. 1 let. a 1ère alternative CPP), l'art. 309 al. 3 3ème phrase CPP s'applique par analogie. Sa décision n'est dès lors pas sujette à recours et c'est donc à tort que la cour cantonale a déclaré recevable le recours formé devant elle par l'intimé.
3.
Nonobstant ce qui précède, la recourante, qui maintient ses accusations, se plaint d'une constatation arbitraire des faits s'agissant de la destination des fonds investis et de la promesse d'un retour sur investissement. Elle invoque également une violation des art. 310 CPP, 323 CPP, du principe in dubio pro duriore et de l'art. 6 CPP.
3.1. Conformément à l'art. 310 al. 1 let. a CPP, le ministère public rend immédiatement une ordonnance de non-entrée en matière s'il ressort de la dénonciation ou du rapport de police que les éléments constitutifs de l'infraction ou les conditions à l'ouverture de l'action pénale ne sont manifestement pas réunis. Selon la jurisprudence, cette disposition doit être appliquée conformément au principe in dubio pro duriore (arrêt 6B_271/2016 du 22 août 2016 consid. 2.1; 6B_127/2013 du 3 septembre 2013 consid. 4.1), tel qu'il découle du principe de la légalité (art. 5 Cst., 2 CPP et 7 CPP, en lien avec les art. 319 al. 1 et 324 al. 1 CPP; <ref-ruling> consid. 4.2; plus récemment: arrêt 6B_342/2017 du 4 août 2017 consid. 2.3 i. f.). Le ministère public ne peut rendre une ordonnance de non-entrée en matière que si la situation est claire sur le plan factuel et juridique, lorsqu'il est certain que les faits ne sont pas punissables ou lorsqu'il existe un empêchement manifeste de procéder. Le ministère public et l'autorité de recours disposent, dans ce cadre, d'un pouvoir d'appréciation que le Tribunal fédéral revoit avec retenue. Dans le doute, si les motifs de non-entrée en matière ne sont pas établis avec une certitude absolue, la procédure doit être ouverte (137 IV 285 consid. 2.3 p. 287 s.; arrêts 6B_342/2017 du 4 août 2017 consid. 2.3 i. f.; 6B_617/2016 du 2 décembre 2016 consid. 3.2.1; SCHMID/JOSITSCH, op. cit., n° 2 ad art. 310 CPP; OBERHOLZER, op. cit., p. 483 s., n° 1368). Ces principes doivent aussi guider l'appréciation du ministère public s'il est requis, sous l'angle de l'art. 323 CPP, de revenir sur une ordonnance de non-entrée en matière rendue en application de l'art. 310 al. 1 let. a CPP.
3.2. A teneur de l'art. 323 al. 1 CPP, le ministère public ordonne la reprise après classement, respectivement l'ouverture après non-entrée en matière (cf. supra consid. 2.3.2), d'une procédure préliminaire s'il a connaissance de nouveaux moyens de preuves ou de faits nouveaux, s'ils révèlent une responsabilité pénale du prévenu (let. a) et s'ils ne ressortent pas du dossier antérieur (let. b). Ces deux conditions sont cumulatives (<ref-ruling> consid. 2.3 p. 197).
Des moyens de preuves sont nouveaux au sens de l'art. 323 al. 1 CPP s'ils étaient inconnus de l'autorité au moment de la décision de non-entrée en matière. Le critère décisif est celui de savoir si les moyens de preuves ressortaient ou non du dossier antérieur (art. 323 al. 1 let. b). Les moyens de preuves déjà cités ou même administrés mais qui n'ont pas été complètement exploités ne peuvent être considérés comme nouveaux (<ref-ruling> consid. 2.3 p. 197 s.; Message CPP, ch. 2.6.4.1, p. 1258). Il est concevable que, dans un premier temps, le ministère public ou une partie (notamment la partie plaignante) ait eu connaissance d'un moyen de preuve ou d'un fait important dont ils n'ont toutefois pas, volontairement, pour une raison quelconque, fait état en procédure. En pareil cas, le principe de la bonne foi ou l'interdiction de l'abus de droit (art. 3 al. 2 let. a et b CPP) devraient, en règle générale, faire obstacle à la reprise, respectivement à l'ouverture de la procédure (Message CPP, ch. 2.6.4.1, p. 1258; SCHMID/JOSITSCH, op. cit., n° 8 ad art. 323 CPP; LANDSHUT/ BOSSHARD, op. cit., n° 25 ad art. 323 CPP). Il faut toutefois un abus manifeste (cf. art. 2 al. 2 CC) et une violation grave du principe de la bonne foi pour que le ministère public puisse s'interdire de rouvrir la procédure sur la base d'éléments provenant de la partie plaignante (ROTH, op. cit., n° 22 ad art. 323 CPP; cf. aussi GRÄDEL/HEINIGER, op. cit., n° 6 s. ad art. 323 CPP). L'existence d'un abus de droit ne doit être admise qu'avec retenue (arrêt 6B_864/2014 du 16 janvier 2015 consid. 1.3.3).
La condition selon laquelle les moyens de preuves ou les faits nouveaux doivent " révéler une responsabilité pénale du prévenu " (art. 323 al. 1 let. a CPP), n'est pas particulièrement claire (cf. arrêts 6B_325/2017 du 23 octobre 2017 consid. 3.3.1; 6B_643/2014 du 23 avril 2015 consid. 3.1). Elle doit être comprise en ce qu'il faut, pour revenir sur un classement ou une non-entrée en matière, de nouveaux indices qui permettent concrètement d'envisager une responsabilité pénale du prévenu et qui rendent vraisemblable une modification de la décision (arrêts 6B_325/2017 du 23 octobre 2017 consid. 3.3.1; 6B_92/2014 du 8 mai 2014 consid. 3.1; 1B_662/2011 du 26 janvier 2012 consid. 3.1; SCHMID/JOSITSCH, op. cit., n° 6 ad art. 323 CPP; GRÄDEL/HEINIGER, op. cit., n° 13 ad art. 323 CPP; LANDSHUT/BOSSHARD, op. cit., n° 17 ad art. 323 CPP). Le degré de vraisemblance requis ne doit pas être apprécié avec une rigueur excessive (SCHMID/JOSITSCH, loc. cit.; GRÄDEL/HEINIGER, loc. cit.), a fortiori en présence d'une ordonnance de non-entrée en matière, étant rappelé que les conditions d'application de l'art. 323 CPP se conçoivent de façon moins sévère dans ce contexte (cf. supra consid. 2.3.5). Concrètement, lorsqu'une telle ordonnance a été rendue en raison de la non-réalisation manifeste des éléments constitutifs de l'infraction ou des conditions à l'ouverture de l'action pénale (art. 310 al. 1 let. a CPP), les faits ou moyens de preuve nouveaux doivent remettre en cause les certitudes que le ministère public devait être à même d'afficher pour rendre une telle décision et, dans le même temps, fonder des soupçons suffisants laissant présumer qu'une infraction a été commise (cf. art. 309 al. 1 let. a CPP; à ce sujet: arrêt 6B_178/2017 du 25 octobre 2017 consid. 2.2.2).
3.3. En l'espèce, la recourante n'avait produit, à l'appui de sa plainte du 2 juillet 2015, que deux pièces, soit un " contrat de vente d'actions et de co-investissement " daté du 29 septembre 2008 et un avis de transfert du 3 octobre 2008 portant sur un versement de 1'000'000 USD en faveur de X._. Nantis de ces deux seules pièces, le ministère public a d'abord considéré que les éléments constitutifs des infractions dénoncées faisaient manifestement défaut, jugeant qu'il ne pouvait être question, en l'espèce, ni de valeurs patrimoniales confiées, utilisées de façon contraire à la destination prévue (cf. art. 138 CP), ni de tromperie astucieuse (cf. art. 146 CP).
Les vingt-six pièces produites dans un second temps par la recourante pour étayer ses accusations ont conduit le ministère public à rendre son ordonnance de " reprise de la procédure préliminaire " du 18 avril 2016. Parmi ces pièces figuraient deux procès-verbaux d'audition de X._, entendu comme témoin en avril 2009, puis comme personne appelée à donner des renseignements le 20 janvier 2016, dans le cadre d'une procédure pénale portant sur des faits connexes, dirigée contre B._ et d'autres prévenus, pour abus de confiance et escroquerie.
La cour cantonale a retenu que les accusations de la recourante étaient certes étayées par documents nouvellement portés à la connaissance du ministère public. Pointant toutefois des incohérences dans ses dires et une absence de précision au sujet de l'époque à laquelle elle avait eu accès aux pièces nouvellement produites, la cour cantonale a considéré que l'on ne pouvait exclure qu'elle en fût en possession avant le dépôt de sa plainte. Le principe de la bonne foi et l'interdiction de l'abus de droit faisaient obstacle à leur prise en considération. Quant au procès-verbal du 20 janvier 2016, il ne constituait pas davantage un moyen de preuve nouveau, au motif que l'audition portait sur des faits connexes à la présente procédure. La recourante n'avait dès lors pas fourni d'éléments nouveaux ou plus tangibles qu'au moment du dépôt de sa plainte pour fonder des soupçons suffisants à l'encontre de l'intimé.
3.4. Il est constant que, sous réserve du contrat et de l'avis de transfert précités, les pièces produites par la recourante à l'appui de sa demande de " réouverture de l'instruction " du 14 avril 2016 ne ressortaient pas du dossier antérieur. Elles étaient donc nouvelles au sens de l'art. 323 al. 1 let. b CPP. L'intimé ne le conteste d'ailleurs pas. Les incohérences et les incertitudes pointées par la cour cantonale ne permettent pas en soi de tenir pour établi que la recourante était déjà en possession de tout ou partie des pièces en cause au moment du dépôt de plainte et moins encore d'admettre qu'elle se serait volontairement abstenue d'en faire alors état. Les conditions, strictes, auquel un abus de droit est susceptible de faire échec à la prise en considération de moyens de preuve nouveaux ne sont pas réunies en l'espèce. Quant à la connexité des faits ressortant du procès-verbal de l'intimé du 20 janvier 2016, elle ne revêt, quoi qu'en dise la cour cantonale, aucune pertinence pour apprécier la nouveauté du moyen de preuve en question. Seul compte le fait qu'au moment du dépôt de plainte, en date du 2 juillet 2015, et de la non-entrée en matière, le 10 août 2015, les éléments en cause, vu la date du procès-verbal précité, ne pouvaient être connus ni de la recourante, ni du ministère public. Le grief est donc bien fondé sur ce point.
3.5. En outre, contrairement à ce que retient la cour cantonale, les moyens de preuve produits dans un second temps par la recourante conduisent, en l'état et sans préjuger du fond, à considérer l'existence d'indices nouveaux justifiant l'ordonnance de " reprise de la procédure préliminaire " du 18 avril 2016 annulée par l'arrêt entrepris.
S'agissant en particulier de la question de la destination des fonds investis par la recourante, cette dernière a versé le 3 octobre 2008 sur un compte personnel de l'intimé ouvert auprès de la Banque F._, une somme de 1'000'000 USD. Elle n'a jamais perçu par la suite le moindre rendement ni été en mesure de récupérer le capital investi. De manière générale, le procès-verbal d'audition de l'intimé du 20 janvier 2016 met en lumière les circonstances troubles entourant la levée de fonds auprès des investisseurs et leur affectation aux sociétés minières en cause. En ce qui concerne le versement opéré par la recourante, la cour cantonale s'est fondée sur ce même procès-verbal pour exposer que l'intimé avait reconnu avoir reçu les fonds sur son compte personnel et les avoir aussitôt transférés sur le compte de D._ SA auprès de la Banque G._ à Kigali pour les investir dans la société. La cour cantonale ne pouvait sur ce point se limiter à relever que la recourante n'avait prétendument pas infirmé ces propos et avait a priori été à même de les vérifier sur la base de comptes audités du groupe D._, dont elle semblait en possession. De fait, la recourante conteste la réalité de cette transaction et relève qu'elle n'est pas documentée. Le contraire ne ressort ni de l'arrêt querellé, ni de la réponse de l'intimé. En tous les cas, le procès-verbal d'audition de l'intimé du 21 avril 2009 laisse à penser que le compte personnel de l'intimé auprès de la Banque F._ n'a enregistré aucune sortie de fonds à destination du Rwanda, à l'exception d'une somme de 120'000 USD en 2009. Au stade initial de la procédure, ces éléments fondent un soupçon suffisant quant à l'existence de valeurs patrimoniales confiées au sens de l'art. 138 al. 1 ch. 2 CP, dont l'utilisation pourrait ne pas avoir été conforme à la destination prévue en marge du " contrat de vente d'actions et de co-investissement " daté du 29 septembre 2008. La situation sur le plan factuel ou juridique s'avère loin d'être suffisamment claire pour justifier le maintien d'une non-entrée en matière. Le grief de violation de l'art. 323 CPP et du principe in dubio pro duriore formulé par la recourante est donc également fondé sur ce point.
4. Il s'ensuit que le recours doit être admis, sans qu'il soit nécessaire d'examiner plus avant les arguments qu'elle développe au sujet de l'existence d'une promesse de retour sur investissement et de dividende, de même que les griefs d'arbitraire ou de violation de l'art. 6 CPP qu'elle soulève.
5.
La recourante, qui obtient gain de cause, ne supportera pas les frais judiciaires. Il n'y a pas lieu de mettre ceux-ci à la charge du canton de Genève (art. 66 al. 4 LTF). L'intimé X._, qui succombe, supporte les frais par moitié (art. 66 al. 1 LTF). La recourante peut prétendre à une indemnité de dépens, à la charge pour moitié chacun, d'une part, du canton de Genève, d'autre part de l'intimé X._ (art. 68 al. 1 et 2 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est admis, l'arrêt de la Chambre pénale de recours de la Cour de Justice de la République et canton de Genève du 6 septembre 2016 est annulé et la cause lui est renvoyée pour nouvelle décision.
2.
Les frais judiciaires, fixé à 2000 fr., sont mis par moitié, soit 1000 fr., à la charge de l'intimé X._.
3.
Une indemnité de 3'000 fr., à titre de dépens, est mise à la charge, pour moitié chacun, du canton de Genève et de l'intimé X._.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre pénale de recours.
Lausanne, le 23 janvier 2018
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Denys
Le Greffier : Dyens