Faits :
A.
A._ est titulaire depuis le 11 avril 2007 d'un permis de conduire pour les catégories G et M. Après avoir commis une infraction moyennement grave en 2011, ce permis ainsi que celui d'élève conducteur pour véhicule automobile de la catégorie B lui ont été retirés pour une durée de 4 mois.
Le 13 juin 2012, A._ s'est vu délivrer un permis de conduire à l'essai pour les catégories B, B1, F, G et M. En date du 2 septembre 2012, le prénommé a conduit un véhicule automobile en état d'ébriété (alcoolémie de 1.87 o/oo), s'est soustrait à un contrôle de la circulation et a dépassé, dans le cadre de la course-poursuite qui s'en est suivie, la vitesse maximale autorisée. Son permis de conduire à l'essai, saisi le jour même par la police, lui a été retiré à titre préventif par décision du 14 décembre 2012 de l'Office de la circulation du canton de Berne (OCRN). Sur la base d'une expertise niant l'aptitude à la conduite de l'intéressé en raison d'une déficience d'ordre caractériel et d'une dépendance à l'alcool, l'OCRN a, par décision du 21 mai 2013 (confirmée sur recours le 4 septembre 2013), prononcé un retrait de sécurité au sens de l'art. 16d al. 1 let. b et c LCR, et a fixé un délai d'attente de six mois dès la date de l'infraction grave commise le 2 septembre 2012.
Par décision du 27 octobre 2015, l'OCRN a réadmis l'intéressé à la circulation; il a également subordonné la restitution du permis de conduire à l'essai à la réussite d'un examen de conduite théorique et pratique et a prolongé la période probatoire de celui-ci de 45 mois. En date du 10 mai 2016, l'intéressé s'est vu restituer son permis de conduire à l'essai, moyennant une période probatoire prolongée jusqu'au 10 février 2020.
B.
Le 16 octobre 2017, vers 16h15, A._ a circulé au volant d'un véhicule de la catégorie B sur l'autoroute A1, à Courgevaux, dans un tunnel à une vitesse de 106 km/h (marge de sécurité déduite) alors que la vitesse maximale autorisée était de 80 km/h. En raison de ces faits, l'OCRN, constatant qu'il s'agissait de la seconde infraction commise durant la période probatoire justifiant un retrait, a prononcé, par décision du 10 janvier 2018, l'annulation du permis de conduire à l'essai dont était titulaire le prénommé, en application des art. 15a al. 4 et 16a al. 1 let. a et al. 2 de la loi fédérale sur la circulation routière du 19 décembre 1958 (LCR, RS 741.01) et de l'art. 35a de l'ordonnance sur les règles de la circulation routière (OCR, RS 741.11); l'autorité a par ailleurs retiré l'effet suspensif à un éventuel recours.
C.
Par décision du 30 mai 2018, la Commission de recours contre les mesures LCR du canton de Berne a, sur recours de A._, confirmé cette mesure. En substance, elle a considéré que l'infraction commise - qualifiée de légère - devait être sanctionnée par un nouveau retrait de permis; or, dans le cas d'un conducteur titulaire d'un permis de conduire à l'essai, une telle mesure de retrait entraînait la caducité du permis provisoire en application de l'<ref-law>.
D.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public, A._ demande au Tribunal fédéral d'annuler l'arrêt de la Commission de recours contre les mesures LCR, ainsi que la décision de l'OCRN.
L'OCRN, la Commission cantonale de recours et l'OFROU concluent au rejet du recours et se réfèrent aux considérants de l'arrêt entrepris.

Considérant en droit :
1.
La voie du recours en matière de droit public, au sens des <ref-law>, est en principe ouverte contre une décision prise en dernière instance cantonale au sujet d'une mesure administrative de retrait ou d'annulation du permis de conduire, aucune des exceptions mentionnées à l'<ref-law> n'étant réalisée. Déposé en temps utile (<ref-law>) et en la forme prévue (<ref-law>) par le destinataire de l'arrêt attaqué qui a un intérêt digne de protection à l'annulation ou à la modification de celui-ci (<ref-law>), le présent recours est recevable.
2.
Le recourant critique l'annulation de son permis à l'essai, invoquant une violation de l'<ref-law>, en relation avec l'art. 16a al. 2 et 3 LCR. Pour l'essentiel, il ne nie pas avoir commis une infraction légère en date du 16 octobre 2017 (excès de vitesse), mais conteste qu'elle implique l'annulation de son permis de conduire à l'essai.
2.1.
2.1.1. Selon l'<ref-law>, le permis de conduire est tout d'abord délivré à l'essai pour trois ans (al. 1). En cas de retrait du permis en raison d'une infraction, la période probatoire est prolongée d'un an; si le retrait expire après la fin de cette période, la prolongation commence à compter de la date de restitution du permis de conduire (al. 3). Le permis de conduire à l'essai est caduc si son titulaire commet une seconde infraction entraînant un retrait (al. 4); cette disposition définit une présomption d'inaptitude à la conduite en cas de seconde infraction entraînant un retrait pendant la période probatoire (cf. arrêt 1C_67/2014 du 9 février 2015 consid. 4.1). Dans ce cas, le permis de conduire à l'essai est annulé en vertu de l'<ref-law>. Un nouveau permis d'élève conducteur peut être délivré au plus tôt un an après l'infraction, sur la base d'une expertise psychologique attestant l'aptitude à conduire; après avoir repassé avec succès l'examen de conduite, la personne concernée obtient un nouveau permis de conduire à l'essai (art. 15a al. 5 et 6 LCR).
L'instrument du permis de conduire à l'essai (ou permis à deux phases), introduit avec la révision de la LCR entrée en vigueur le 1er décembre 2005, vise à mieux prévenir les infractions à la LCR commises par les nouveaux conducteurs - catégorie de conducteurs la plus souvent impliquée dans des accidents - et ainsi à augmenter la sécurité du trafic (<ref-ruling> consid. 6.1; arrêt 1C_559/2008 du 15 mai 2009 consid. 3.1; Message du 31 mars 1999 du Conseil fédéral concernant la modification de la LCR, FF 1999 IV 4106, 4108 ss et 4114).
2.1.2. Selon l'<ref-law>, après une infraction légère, le permis d'élève conducteur ou le permis de conduire est retiré pour un mois au moins au conducteur qui a fait l'objet d'un retrait de permis ou d'une autre mesure administrative au cours des deux années précédentes. Selon l'<ref-law>, l'auteur d'une infraction légère fait l'objet d'un avertissement si, au cours des deux années précédentes, le permis de conduire ne lui a pas été retiré et qu'aucune autre mesure administrative n'a été prononcée.
2.2. Le recourant affirme que les conditions d'annulation du permis à l'essai, fixées à l'<ref-law>, ne seraient pas réalisées puisqu'il n'aurait pas commis une seconde infraction entraînant un retrait. Il soutient en effet qu'un retrait de sécurité (tel que celui prononcé à son encontre en 2013) ne constituerait pas un antécédent au sens de l'<ref-law>, de sorte que l'infraction légère commise en octobre 2017 ne devrait pas être sanctionnée par un retrait de permis. Le recourant se prévaut sur ce point d'un avis doctrinal selon lequel la notion "d'autres mesures administratives" au sens de l'art. 16a al. 2 et 3 LCR "s'entend d'une mesure d'admonestation décidée en Suisse, à l'exclusion des mesures de retraits préventifs ou de retraits de sécurité prises pour des motifs médicaux en l'absence de toute violation des règles de circulation, de même que des mesures de retrait de sécurité associé à un délai d'attente déjà arrivé à échéance, ainsi qu'encore d'éventuelles mesures prises à l'étranger" (cf. CÉDRIC MIZEL, Droit et pratique illustrée du retrait du permis de conduire, 2015, n. 55.5 p. 381).
2.3. Dans l'<ref-ruling>, le Tribunal fédéral a été amené à examiner si un retrait à titre préventif du permis de conduire, prononcé en application de l'<ref-law> à la suite d'une infraction qualifiée (ultérieurement) de grave, constituait un antécédent grave au sens de l'art. 16c al. 2 let. c LCR. Selon cette disposition, après une infraction grave, le permis de conduire est retiré pour douze mois au minimum si, au cours des cinq années précédentes, le permis a été retiré une fois en raison d'une infraction grave ou à deux reprises en raison d'infractions moyennement graves. Procédant à l'interprétation de cet article, le Tribunal fédéral a considéré que le système dit en cascade des durées minimales de retrait après une infraction grave s'appliquait indépendamment de la nature du précédent retrait de permis; en d'autres termes, peu importait dans ce cas que le retrait précédent fût un retrait de sécurité (préventif) ou un retrait d'admonestation. Il relevait encore qu'une interprétation téléologique de cette norme amenait au même résultat et ajoutait qu'une interprétation contraire ne trouvait aucun appui dans les travaux préparatoires de la révision de la LCR entrée en vigueur le 1er janvier 2015 (cf. <ref-ruling> consid. 3.3.2 à 3.3.6).
Avec l'instance précédente, il y a lieu de considérer que ce raisonnement vaut mutatis mutandis pour la présente cause. En effet, selon la lettre de l'art. 16a al. 2 et 3, a contrario, LCR, le prononcé d'un retrait de permis d'une durée minimale d'un mois implique qu'un retrait de permis a été retiré ("a fait l'objet d'un retrait de permis" selon l'al. 2 et "retiré" selon l'al. 3; "entzogen" et "revocata"; cf. également <ref-ruling> consid. 5.3 p. 456) ou qu'une autre mesure administrative a été prononcée ("a fait l'objet (..) d'une autre mesure administrative", "verfügt" "deciso"). Comme relevé par le Tribunal fédéral dans l'<ref-ruling> précité, le système dit en cascade des durées minimales de retrait de permis de conduire prévu aux art. 16a et 16c LCR présuppose uniquement que le permis de conduire a été retiré, indépendamment de la nature du précédent retrait (cf. <ref-ruling> consid. 3.3.4). En l'occurrence, il n'y a pas lieu d'interpréter plus restrictivement la notion de précédent retrait de permis selon l'<ref-law> en la limitant aux seuls retraits d'admonestation, comme le souhaiterait le recourant. Une telle interprétation se justifierait d'autant moins que les antécédents visés par l'<ref-law> incluent non seulement les retraits de permis, mais également, à la différence des art. 16b al. 2 et 16c al. 2 LCR, toutes autres mesures administratives. Contrairement à ce qu'affirme le recourant, il ne ressort pas du Message du Conseil fédéral, en particulier de l'extrait qu'il invoque, que la notion "d'autres mesures administratives" s'entendrait uniquement des mesures d'admonestation. L'exclusion des retraits de sécurité, lorsqu'ils procèdent comme en l'espèce d'une infraction à la LCR, irait à l'encontre de la ratio legis des mesures introduites par la révision de la LCR qui est d'améliorer la sécurité routière en sanctionnant plus sévèrement les personnes qui ont récidivé au cours d'une période déterminée (Message précité, FF 1999 IV 4108). L'interprétation défendue par le recourant favoriserait de manière injustifiée les conducteurs qui, à la suite d'une même infraction aux règles de la LCR, se verraient infliger un retrait de sécurité et non pas un retrait d'admonestation.
2.4. Par conséquent, l'instance précédente a, à juste titre, estimé que le retrait de sécurité prononcé le 21 mai 2013 pouvait être considéré comme un antécédent au sens de l'<ref-law>.
Reste cependant à examiner si l'infraction légère du 16 octobre 2017 est intervenue dans le délai de récidive de deux ans prévu par cette disposition, ce que conteste le recourant. Celui-ci affirme, en se basant sur un avis doctrinal, qu'en cas de retrait de sécurité, "le délai de récidive débute non pas à la restitution du permis (lorsque le conducteur est considéré comme guéri), mais déjà à l'échéance du délai d'attente" (cf. MIZEL, op. cit., n. 79.6 p. 605 s.); à suivre cet avis, le délai de récidive aurait commencé en l'espèce à courir en mars 2013, soit à l'échéance du délai de six mois débutant le 2 septembre 2012.
L'avis doctrinal qui considère que le délai de récidive débute à l'échéance du délai d'attente est fondé sur l'idée que ce délai "représente, pour le législateur, la partie du retrait de sécurité correspondant à la sanction de l'infraction commise" (cf. MIZEL, op. cit., n. 79.6 p. 606). Il n'y a toutefois pas lieu de suivre cette opinion. En effet, selon une jurisprudence constante en matière de circulation routière, les délais de récidive (ou délais d'épreuve; cf. Message précité, FF 1999 IV 4106, spéc. 4135) prévus par les art. 16a à 16c LCR commencent à courir à la fin de l'exécution d'un précédent retrait de permis (cf. <ref-ruling> consid. 5.3 p. 455 s.; arrêts 1C_520/2013 du 17 septembre 2013 consid. 2 et 3; 1C_452/2011 du 21 août 2012 consid. 3.8; 1C_180/2010 du 22 septembre 2010 consid. 2). Or, en l'espèce, l'expiration du délai d'attente de six mois assorti au retrait de sécurité prononcé ne coïncide pas avec l'expiration de ce dernier. En principe, le retrait de sécurité dure jusqu'à ce que l'intéressé soit réadmis à la circulation après en avoir été jugé apte. Il ne fait au demeurant aucun sens de soumettre le conducteur à un délai d'épreuve tant qu'il est sous le coup d'un retrait de permis et qu'il n'a pas été jugé apte à la conduite par l'autorité compétente.
Ainsi, le retrait de sécurité a pris fin le 27 octobre 2015. Il en résulte que l'instance précédente a retenu, à juste titre, que l'infraction légère du 16 octobre 2017 avait été commise durant le délai de récidive de deux ans, constituant ainsi un cas de récidive au sens de l'<ref-law> devant conduire au prononc é d'un retrait de permis de conduire.
2.5. Quoi qu'en pense le recourant, l'infraction légère du 16 octobre 2017 conduit à la caducité du permis de conduire à l'essai, conformément à l'<ref-law>. En effet, durant la période probatoire de ce permis, l'intéressé a commis une première infraction le 2 septembre 2012 - qualifié de grave au sens de l'<ref-law> -, laquelle a été sanctionnée par un retrait de sécurité (<ref-law>). Compte tenu du fait que la décision de réadmission à la circulation du 27 octobre 2015 entrée en force a prolongé la période probatoire de 45 mois jusqu'au 10 février 2020, le recourant se trouvait encore dans cette période probatoire lorsqu'il a réalisé l'infraction légère du 16 octobre 2017 qui entraînait un second retrait de permis, avec pour conséquence la caducité du permis de conduire à l'essai conformément à l'<ref-law>; celui-ci doit être annulé même si la seconde infraction commise est qualifiée de légère (cf. <ref-ruling> consid. 6). Le recourant soutient encore en vain que la notion de retrait du permis de conduire au sens de l'<ref-law> ne viserait que les retraits d'admonestation. Une telle interprétation ne trouve aucun fondement dans la loi, ainsi que cela a déjà été indiqué ci-dessus à propos de l'art. 16a al. 2 et 3 LCR; elle serait en outre peu cohérente avec celle prévalant dans le cadre du système dit en cascade des sanctions selon laquelle la nature du précédent retrait n'est pas déterminante (cf. consid. 2.3 ci-dessus). Elle s'opposerait enfin au but poursuivi par cette disposition qui est notamment de diminuer les accidents en sanctionnant de manière plus sévère les nouveaux conducteurs qui compromettent la sécurité de la route par des infractions (cf. consid. 2.1.1 ci-dessus).
3.
L'instance précédente n'a donc pas violé le droit fédéral en confirmant l'annulation du permis de conduire à l'essai. Le recours doit par conséquent être rejeté aux frais du recourant qui succombe (<ref-law>). Il n'est pas alloué de dépens (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 francs, sont mis à la charge du recourant.
3.
Le présent arrêt est communiqué à la mandataire du recourant, à l'Office de la circulation routière et de la navigation du canton de Berne, à la Commission de recours du canton de Berne contre les mesures LCR et à l'Office fédéral des routes.
Lausanne, le 26 mars 2019
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Chaix
La Greffière : Arn