Sachverhalt:
A.
A.a. A._, geboren 1964, stammt aus X._ und reiste am 19. August 1998 in die Schweiz ein. Vom 19. April bis 31. Oktober 1999 arbeitete er bei der B._ AG. Am 5. November 1999 erlitt er einen ischämischen paramedianen Ponsinfarkt und ersuchte im Juli 2000 um Leistungen der Invalidenversicherung. Mit Verfügung vom 17. Oktober 2000 verneinte die IV-Stelle des Kantons Zürich einen Anspruch mangels Erfüllung der einjährigen Mindestbeitragszeit. Im Oktober 2001 meldete sich A._ erneut zum Leistungsbezug an, was die IV-Stelle am 20. November 2001 unter Verweis auf die Verfügung vom 17. Oktober 2000 ablehnte.
A.b. Mit Schreiben vom 3. März 2008 liess A._ das Gesuch um Abklärung seines Invaliditätsgrades stellen, da dessen Kenntnis notwendig sei für den Bezug von Zusatzleistungen. Die IV-Stelle holte daraufhin Berichte bei den behandelnden Ärzten sowie ein neurologisch-psychiatrisches Gutachten bei Frau Dr. med. C._, Fachärztin für Neurologie sowie für Psychiatrie und Psychotherapie, vom 2. September 2008 ein. Mit Schreiben vom 13. März 2009 teilte die IV-Stelle dem Amt für Zusatzleistungen mit, der Invaliditätsgrad betrage 60 % ab 1. März 2001. Im Dezember 2009 ersuchte A._ wiederum um eine Rente der Invalidenversicherung. Auf die Aufforderung der IV-Stelle, Unterlagen zum Beleg der veränderten tatsächlichen Verhältnisse seit Erlass der letzten Verfügung einzureichen, widersetzte er sich anfänglich, liess in der Folge aber Berichte der behandelnden Ärzte einreichen. Mit Verfügung vom 7. September 2010 lehnte die IV-Stelle das Leistungsgesuch erneut ab, da die Versicherungsvoraussetzungen bei Eintritt der Invalidität erfüllt sein müssten, was vorliegend nicht gegeben sei, und eine erneute Anmeldung keinen neuen Versicherungsfall begründe. Mit Entscheid vom 2. Mai 2012 hiess das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich die dagegen erhobene Beschwerde in dem Sinne gut, dass es die Sache an die IV-Stelle zurückwies mit der Feststellung, die versicherungsmässigen Voraussetzungen nach <ref-law> seien erfüllt und die Verwaltung habe den Anspruch auf eine allfällige Invalidenrente für die Zeit nach November 2009 abzuklären und neu zu verfügen. Die IV-Stelle holte einen Verlaufsbericht bei der Hausärztin ein und ordnete mit Mitteilung vom 16. Januar 2013 eine polydisziplinäre medizinische Untersuchung an, wobei die Gutachterstelle bekannt gegeben werde, sobald sie bestimmt sei. Nachdem sich A._ einer polydisziplinären Untersuchung widersetzte, erliess die IV-Stelle am 5. Februar 2013 eine entsprechende Verfügung; das Sozialversicherungsgericht bestätigte diese am 31. Oktober 2013 und das Bundesgericht trat auf die dagegen erhobene Beschwerde mit Urteil 8C_12/2014 vom 3. Juli 2014 nicht ein. In der Folge unterzog sich A._ der polydisziplinären Begutachtung durch die MEDAS Ostschweiz (Gutachten vom 11. Dezember 2014). Am 27. März 2015 sprach ihm die IV-Stelle eine ganze Invalidenrente ab 1. Dezember 2009 zu; auf Gesuch hin ordnete sie am 22. April 2015 unter Aufhebung der Verfügung vom 27. März 2015 die Auszahlung der ganzen Invalidenrente an die zuständige Fürsorgestelle an. Die dagegen erhobene Beschwerde wies das Sozialversicherungsgericht mit Entscheid vom 7. September 2015 ab, was vom Bundesgericht mit Urteil 8C_778/2015 vom 29. Februar 2016 bestätigt wurde.
A.c. Am 29. November 2011 liess A._ das Gesuch um Hilflosenentschädigung stellen. Die IV-Stelle veranlasste einen Abklärungsbericht vom 16. Februar 2012. Am 28. Juni 2012 wies die IV-Stelle den Anspruch auf eine Hilflosenentschädigung ab. Dies wurde vom Sozialversicherungsgericht mit Entscheid vom 20. Dezember 2013 und vom Bundesgericht mit Urteil 8C_117/2014 vom 3. Juli 2014 bestätigt.
A.d. Am 8. September/6. Oktober 2015 stellte A._ erneut einen Antrag auf Zusprechung einer Hilflosenentschädigung. Gestützt auf den Abklärungsbericht vom 29. März 2016 verneinte die IV-Stelle am 17. Mai 2016 den Anspruch auf eine Hilflosenentschädigung. Mit Verfügung vom 13. Dezember 2016 wies die IV-Stelle das mit der Stellungnahme vom 27. April 2016 zum Vorbescheid vom 29. März 2016 eingereichte Gesuch um unentgeltliche Rechtsvertretung im Verwaltungsverfahren ab.
B.
Das Sozialversicherungsgericht wies die gegen die Verfügung vom 17. Mai 2016 und die gegen die Verfügung vom 13. Dezember 2016 erhobenen Beschwerden nach Vereinigung der beiden Verfahren mit Entscheid vom 16. Februar 2018 ab.
C.
A._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen mit dem Antrag, es sei der vorinstanzliche Entscheid aufzuheben und ihm spätestens ab 1. Mai 2016 eine Hilflosenentschädigung sowie die unentgeltliche Rechtsvertretung im Verwaltungsverfahren zuzusprechen. Eventualiter sei die Sache an die Vorinstanz zurückzuweisen, damit sie den Leistungsanspruch unverzüglich abkläre und die Leistungen ohne Abwarten eines Wartejahrs zuspreche. Eventualiter sei die Sache an die Vorinstanz zurückzuweisen, damit sie den Anspruch auf unentgeltliche Verbeiständung im IV-Verfahren neu prüfe. Subeventualiter sei die Sache an die Vorinstanz zurückzuweisen, damit sie über die Beweisanträge entscheide. Zudem ersucht er um unentgeltliche Rechtspflege für das Verfahren vor Bundesgericht.
Das Bundesgericht führt keinen Schriftenwechsel durch.

Erwägungen:
1.
Das Bundesgericht prüft seine Zuständigkeit und die (weiteren) Eintretensvoraussetzungen von Amtes wegen und in freier Kognition (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1 S. 99).
Ein vorinstanzlicher Entscheid über die unentgeltliche Verbeiständung für das Verwaltungsverfahren stellt in der Regel einen Zwischenentscheid im Sinne von <ref-law> dar. Da hier aber mit dem angefochtenen kantonalen Entscheid gleichzeitig auch über die Versicherungsleistung entschieden wurde, handelt es sich um einen Endentscheid nach <ref-law>, so dass auf die Beschwerde vollumfänglich einzutreten ist (<ref-ruling> E. 1 S. 99; <ref-ruling> E. 2.2 S. 602).
2.
2.1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann wegen Rechtsverletzungen gemäss Art. 95 und 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es ist folglich weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann sie mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen. Immerhin prüft das Bundesgericht, unter Berücksichtigung der allgemeinen Pflicht zur Begründung der Beschwerde (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG), grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind (<ref-ruling> E. 1 S. 236 mit Hinweisen).
2.2. Das Bundesgericht kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law>). Überdies muss die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein (<ref-law>). Neue Tatsachen und Beweismittel dürfen nur so weit vorgebracht werden, als erst der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gibt (<ref-law>).
Die beschwerdeführende Partei, welche die Sachverhaltsfeststellungen der Vorinstanz anfechten will, muss substanziiert darlegen, inwiefern die Voraussetzungen einer Ausnahme gemäss <ref-law> gegeben sind und das Verfahren bei rechtskonformer Ermittlung des Sachverhalts anders ausgegangen wäre; andernfalls kann ein Sachverhalt, der vom im angefochtenen Entscheid festgestellten abweicht, nicht berücksichtigt werden (<ref-ruling> E. 1.3.1 S. 18 mit Hinweisen).
3.
Streitig ist, ob die Vorinstanz zu Recht den Anspruch auf eine Hilflosenentschädigung sowie auf die unentgeltliche Rechtsvertretung im Verwaltungsverfahren verneint hat.
4.
Die Vorinstanz hat die Bestimmungen über den Anspruch auf eine Hilflosenentschädigung (<ref-law>; <ref-law>; <ref-law>) und die dazu ergangene Rechtsprechung (<ref-ruling>; <ref-ruling> E. 3c S. 97), insbesondere auch zur Abklärung der Verhältnisse (<ref-law>; <ref-ruling> E. 3.2.1 S. 546; <ref-ruling> E. 11.1.1 S. 468; Urteil 8C_464/2015 vom 14. September 2015 E. 4), zutreffend dargelegt. Dasselbe gilt für den Anspruch auf unentgeltliche Rechtsvertretung im Verwaltungsverfahren (<ref-law>; SVR 2017 IV Nr. 57 S. 177, 8C_669/2016 E. 2.1). Darauf wird verwiesen.
5.
Die Ausführungen des Versicherten zum Sachverhalt (Teil 2 seiner Beschwerde) sind nicht geeignet, willkürliche Tatsachenfeststellungen durch die Vorinstanz zu belegen. Denn nach der Rechtsprechung reicht es nicht, auf vorinstanzliche Rechtsschriften zu verweisen (<ref-ruling> E. 1.3 S. 306) oder bloss einen anderen Sachverhalt darzulegen (E. 2.2).
6.
6.1. Der Versicherte beanstandet, die Vorinstanz habe eine Rechtsverweigerung begangen, indem sie über das Wartejahr nicht habe entscheiden wollen und mit der Offenhaltung des Schwebezustands der bei <ref-ruling> offengelassenen Frage die Justizgewährleistung verletzt habe.
Diese Rüge ist unzutreffend. Die Vorinstanz hat sich nicht geweigert, einen Entscheid zu fällen. Sie hat sich denn auch zum diskutierten <ref-ruling> geäussert und in E. 4.7 unzweideutig festgestellt, für die Entstehung des Anspruchs auf Hilflosenentschädigung werde der Ablauf eines Wartejahres vorausgesetzt. Sie hat mithin die massgebliche Rechtsfrage beantwortet; dass dies nicht nach dem Wunsch des Beschwerdeführers im Sinne einer umfassenden Überprüfung einer Grundsatzfrage erfolgt ist, begründet keine Rechtsverweigerung.
6.2.
6.2.1. Der Beschwerdeführer rügt eine Verletzung des Legalitätsprinzips (Art. 6 EMRK, <ref-law>), da die Fussnote bei <ref-law> erst nach den parlamentarischen Beratungen eingefügt worden sei.
6.2.2. Das Bundesgericht hat sich in <ref-ruling> explizit zu dieser Fussnote geäussert und ist nach einlässlicher Auseinandersetzung mit den Materialien zu folgender Schlussfolgerung gekommen (<ref-ruling> E. 4.5 S. 360) :
"Nach dem Gesagten entspricht die in <ref-law> statuierte Verknüpfung von Hilflosenentschädigung und Rente nicht dem tatsächlichen Willen des Gesetzgebers. Dass es mit der Fussnote 188 "nur" zu einer redaktionellen Berichtigung gekommen ist, ändert nichts daran. Abgesehen von der grossen Gefahr, dass die Fussnote leicht überlesen wird, steht hier nicht die Zulässigkeit dieser formellen Korrektur zur Beurteilung, sondern der wahre materielle Gehalt der auszulegenden Bestimmung (vorne E. 4)."
6.2.3. Der Beschwerdeführer bringt nichts vor, was eine Abweichung von dieser im Rahmen einer Koordination nach <ref-law> ergangenen Rechtsprechung (vgl. <ref-ruling> E. 5.1 S. 361) rechtfertigen würde. So ist darauf hinzuweisen, dass auch im angeführten Kommentar von Ulrich Meyer und Marco Reichmuth (Bundesgesetz über die Invalidenversicherung [IVG], 3. Aufl. 2014, N. 16 zu Art. 42-42ter IVG) unter Bezug auf <ref-ruling> festgehalten wird, der Anspruchsbeginn bestimme sich entgegen dem Verweis im Gesetzestext sinngemäss nach <ref-law>; vorausgesetzt sei somit, dass die versicherte Person während eines Jahres ohne wesentlichen Unterbruch in einem anspruchsbegründenden Mass hilflos gewesen sei. Soweit diese beiden Autoren festhalten, bezüglich der mit der 5. IV-Revision bei den Renten fallen gelassenen Variante der bleibenden Erwerbsunfähigkeit sei die sinngemässe Frage bei den Hilflosenentschädigungen noch nicht beurteilt worden (a.a.O.), führt dies - wie nachfolgend dargelegt wird - zu keinem anderen Ergebnis.
6.2.4. Vorweg ist zu klären, was mit der Variante 1 ("bleibend erwerbsunfähig") von a<ref-law> hinsichtlich der Hilflosenentschädigung gemeint ist. In <ref-ruling> E. 3c S. 260 wird etwa ausgeführt:
"Wie die Beschwerdeführerin zutreffend feststellt, bezieht sich die analoge Anwendung von <ref-law> im Bereich der Hilflosenentschädigung auf die gesetzlich geforderte Dauerhaftigkeit der Hilflosigkeit."
Ulrich Meyer definiert die Dauerhaftigkeit der Hilflosigkeit wie folgt (Bundesgesetz über die Invalidenversicherung [IVG], 2. Aufl. 2010, S. 430) :
"Dauerhafte Hilfsbedürftigkeit liegt somit vor, wenn der die Hilflosigkeit begründende Zustand weitgehend stabilisiert und im Wesentlichen irreversibel ist."
6.2.5. Zwar trifft es zu, dass sich Arbeitsunfähigkeit und Hilfsbedürftigkeit unterscheiden und eine arbeitsunfähige Person nicht zwingend auch hilflos ist und umgekehrt. Dennoch werden die Voraussetzungen für Leistungen infolge Arbeitsunfähigkeit und infolge Hilflosigkeit seit je ähnlich betrachtet. So wurde bereits in <ref-ruling> die analoge Behandlung der Anspruchsvoraussetzungen der Arbeitsunfähigkeit bei Renten und der Hilflosigkeit bei Hilflosenentschädigungen betont (E. 3c und 4 S. 260 ff.). Insofern ist es naheliegend und angebracht, diese Parallelität weiterzuführen. In diesem Zusammenhang bleibt anzufügen, dass bei beiden Leistungsarten die Variante 1 nach a<ref-law> äusserst selten gegeben war (vgl. dazu Ulrich Meyer, Bundesgesetz über die Invalidenversicherung [IVG], 1997, S. 232 f.), so dass auch kein praktischer Bedarf für deren Beibehaltung ausgewiesen ist bzw. die fehlende Relevanz mit ein Grund für deren Aufhebung bei den Renten war (vgl. Meyer/Reichmuth, a.a.O., N. 23 zu <ref-law>).
6.2.6. Meyer/Reichmuth (a.a.O., N. 16 zu Art. 42-42ter IVG) halten unter Verweis auf Art. 42 in Verbindung mit <ref-law> und <ref-law> fest, bei gesetzessystematischer Betrachtungsweise könne die Zusprechung einer Hilflosenentschädigung nach wie vor auch vor Ablauf der Wartezeit in Betracht fallen. Der Gesetzgeber hat jedoch bei der Definition der Hilflosigkeit nach <ref-law> in Abweichung zur bisherigen Umschreibung anstatt auf die Invalidität neu auf die gesundheitliche Beeinträchtigung abgestellt (Ueli Kieser, ATSG-Kommentar, 3. Aufl. 2015, N. 3 zu <ref-law>; vgl. auch Stephanie Perrenoud, in: Dupont/Moser-Szeless [Hrsg.], Loi sur la partie générale des assurances sociales, 2018, N. 3 zu <ref-law> sowie Hans-Jakob Mosimann, in: Frey/Mosimann/Bollinger [Hrsg.], AHVG/IVG Kommentar, 2018, N. 1 zu <ref-law>). Mithin wird nicht Invalidität im Sinne von <ref-law> oder <ref-law> als Leistungsvoraussetzung verlangt, sondern eine gesundheitliche Beeinträchtigung resp. Hilflosigkeit nach <ref-law> in Verbindung mit <ref-law>, so dass kein Zusammenhang mit <ref-law> und <ref-law> besteht. Die gesetzessystematische Sichtweise spricht daher nicht zwingend für die Beibehaltung der Variante 1.
In der übrigen Literatur wird - soweit ersichtlich - alleine von der Massgeblichkeit der einjährigen Wartezeit ausgegangen und ein möglicher zweiter Entstehungsgrund im Sinne der bisherigen Variante 1 von a<ref-law> nirgends erwähnt (Hardy Landolt, in: Steiger-Sackmann/Mosimann [Hrsg.], Recht der Sozialen Sicherheit, 2014, Rz. 21.100 zu § 21 IV-Leistungen: Hilfsmittel, Hilflosenentschädigung und Assistenzbeitrag; Michel Valterio, Loi fédérale sur l'assurance-invalidité [LAI], 2018, N. 70 zu <ref-law>; Jean Louis Duc/Corinne Monnard Séchaud, in: Ulrich Meyer [Hrsg.], Soziale Sicherheit, SBVR, Band XIV, 3. Aufl. 2016, Rz. 338 zu H. L'assurance-invalidité; HansJakob Mosimann, in: Frey/Mosimann/Bollinger [Hrsg.], AHVG/IVG Kommentar, 2018, N. 14 zu <ref-law>; Gertrud Bollier, Hilflosenentschädigung - Was ist das?, Schweizer Sozialversicherung 2016, Heft 2, S. 18 ff.; Eliane Ess-Schneider, Hilflosigkeit als versichertes Risiko, in: Ueli Kieser [Hrsg.], Sozialversicherungsrechtstagung 2014, S. 165 ff., 201).
6.2.7. Das Bundesgericht hat denn auch im Nachgang zu <ref-ruling> auf eine Differenzierung bei den Entstehungsgründen verzichtet und in seinen Urteilen nur die Voraussetzung des Wartejahres nach <ref-law> geprüft resp. eine allfällige zweite Variante in keinem der Entscheide erwähnt (vgl. etwa Urteile 9C_326/2017 vom 18. September 2017 E. 3.1, 8C_864/2015 vom 30. März 2016 E. 5.3.2 und 9C_595/2011 vom 17. Februar 2012 E. 2 und E. 4.5; vgl. bereits SVR 2009 IV Nr. 30 S. 85, 9C_431/2008 E. 3.1 und Urteil 9C_537/2010 vom 10. Dezember 2010 E. 4).
6.2.8. In <ref-ruling> E. 5.1 S. 361 wird die Rechtmässigkeit von Rz. 8092 des Kreisschreibens des Bundesamtes für Sozialversicherungen über Invalidität und Hilflosigkeit in der Invalidenversicherung (KSIH) explizit bejaht. Diese lautet:
"Der Anspruch auf eine Hilflosenentschädigung entsteht grundsätzlich nach dem Ablauf eines Wartejahres in sinngemässer Anwendung von <ref-law>. Die Regeln über die Entstehung des Rentenanspruchs nach <ref-law> sind hier nicht anwendbar (<ref-ruling>)."
In Rz. 8093 wird ausgeführt:
"Die Stufe der zu gewährenden Hilflosenentschädigung wird nach dem Ausmass der während der Wartezeit bestehenden Hilflosigkeit und nach Massgabe der nach zurückgelegter Wartezeit verbleibenden Hilflosigkeit bestimmt. Eine Hilflosigkeit schweren Grades kann deshalb nur dann vorliegen, wenn die Hilflosigkeit der versicherten Person während der gesamten Wartezeit einen schweren Grad aufgewiesen hat und voraussichtlich weiterhin in demselben Mass andauern wird (vgl. Rz 4001 f.). Bei Veränderungen der Hilflosigkeit während der einjährigen Wartezeit ist - entsprechend der Berechnung der durchschnittlichen Arbeitsunfähigkeit bei den Rentenansprüchen (Rz 2017 ff.) - unter Beizug der Entschädigungsansätze in Artikel 42ter IVG der durchschnittliche Hilflosigkeitsgrad zu ermitteln, welcher für die Berechnung der Hilflosenentschädigung bei Beginn des Anspruches massgebend ist...."
Auch in Rz. 8092.1 findet sich kein Hinweis, wonach eine zweite Variante möglich und zu prüfen wäre. Für die zuständige Aufsichtsbehörde kommt damit implizit einzig die Entstehung des Anspruchs nach Ablauf der einjährigen Wartezeit in Frage.
Die Ausführungen des BSV im Kreisschreiben sind als Verwaltungsweisungen zwar für die Gerichte nicht verbindlich, doch werden sie von diesen berücksichtigt und es wird von ihnen nicht abgewichen, sofern sie eine dem Einzelfall angepasste und gerecht werdende Auslegung der anwendbaren gesetzlichen Bestimmung zulassen sowie eine überzeugende Konkretisierung der rechtlichen Vorgaben enthalten; denn dadurch wird dem Bestreben der Verwaltung, durch interne Weisungen eine rechtsgleiche Anwendung zu gewährleisten, Rechnung getragen (<ref-ruling> E. 5.2 S. 445).
Es sind keine Gründe ersichtlich und es werden auch keine geltend gemacht, welche für die Beibehaltung des Entstehungsgrundes nach der Variante ohne Wartezeit sprechen würden. Hingegen ist angesichts der fehlenden praktischen Relevanz (E. 6.2.5) und der weitgehend übereinstimmenden Ansicht von Lehre und Bundesgericht (E. 6.2.6 und E. 6.2.7) die bisherige parallele Behandlung der zeitlichen Leistungsvoraussetzungen bei den beiden Dauerleistungen Rente und Hilflosenentschädigung weiterzuführen. Insofern stellen die Weisungen des BSV eine der rechtsgleichen Behandlung förderliche Rechtsanwendung dar, weshalb darauf abgestellt werden kann.
6.2.9. Nach dem Gesagten ist für die Entstehung des Anspruchs auf eine Hilflosenentschädigung jedenfalls die einjährige Wartezeit in analoger Anwendung von <ref-law> vorauszusetzen.
6.3. Der Versicherte macht geltend, die Verweigerung der Hilflosenentschädigung stelle einen Verstoss gegen das Recht auf Leben nach Art. 2 EMRK und eine unmenschliche Behandlung nach Art. 3 EMRK dar, weil die IV-Stelle, ohne über eine gesetzliche Grundlage für das Wartejahr zu verfügen, ihn über ein Jahr ohne die dringend benötigte Hilfe in seinen Exkrementen habe liegen lassen. Diese Vorbringen gehen fehl, wurde dem Versicherten doch nie medizinische Hilfe, für welche zudem die Krankenversicherung und nicht die IV-Stelle zuständig ist, verweigert, sondern lediglich eine Finanzierung gestützt auf das IVG. Auf die unsachlichen Ausführungen des Versicherten ist nicht weiter einzugehen.
6.4. Der Versicherte beruft sich weiter auf eine Verletzung des Untersuchungsgrundsatzes (<ref-law>) und der Verfahrensfairness resp. des Anspruchs auf rechtliches Gehör (Art. 6 Abs. 1 EMRK). Die Verschlechterung des Gesundheitszustandes infolge des septischen Schocks am 5. Mai 2016 hätte seiner Ansicht nach miteinbezogen werden müssen, da diese andauernd sei und ein enger Sachzusammenhang bestehe.
Aus dem Protokoll der vorinstanzlichen Verhandlung vom 20. Oktober 2017 ergibt sich, dass die IV-Stelle eine relevante gesundheitliche Verschlechterung anerkennt, welche aber hinsichtlich der Hilflosenentschädigung noch abgeklärt werden müsse; allerdings sei der Anspruch auf eine Hilflosenentschädigung nicht deshalb abgewiesen worden, weil sich medizinisch nichts verändert habe, sondern auf Grund des nicht abgelaufenen Wartejahrs.
Mit der Vorinstanz ist festzuhalten, dass bei Verfügungserlass am 17. Mai 2016 das Wartejahr noch nicht abgelaufen war und deshalb zu diesem Zeitpunkt kein Anspruch auf eine Hilflosenentschädigung bestand. Dies würde selbst dann gelten, wenn infolge des septischen Schocks mit akutem Nierenversagen vom 5. Mai 2016 ab diesem Datum Hilfsbedürftigkeit in einer weiteren Lebensverrichtung oder aber die Notwendigkeit einer lebenspraktischen Begleitung bejaht werden müsste. Dies wird jedoch Gegenstand der Prüfung im Rahmen der auch von der IV-Stelle anerkannten Neuanmeldung sein.
6.5. Schliesslich rügt der Versicherte eine Verletzung des Rechts auf Beweis resp. der Waffengleichheit (Art. 6 Abs. 1 EMRK). Denn der Abklärungsbericht sei lückenhaft, weshalb Zeugenbeweise beantragt worden seien; der vorinstanzliche Entscheid enthalte jedoch keine Begründung zu den gestellten Beweisanträgen.
Die Vorinstanz legte die für die strittigen Fragen massgeblichen Aussagen im Abklärungsbericht vom 29. März 2016 sowie in jenem vom 3. Februar 2012, im Gutachten der MEDAS Ostschweiz vom 11. Dezember 2014 und im Bericht des Spitals D._ vom 6. Mai 2016 dar (vgl. die vorinstanzlichen E. 5.1 - 5.5). Ausgehend davon folgerte sie in E. 5.6 unter Bezugnahme auf die Einwände des Versicherten, dessen Ausführungen in der Beschwerde lasse sich nichts entnehmen, das begründete Zweifel an der Schlüssigkeit des Abklärungsberichts vom 29. März 2016 zu wecken vermöchte, um in E. 5.7 zu schliessen, gestützt auf die nachvollziehbaren und überzeugenden Feststellungen im Abklärungsbericht vom 29. März 2016, der den Anforderungen der Rechtsprechung genüge, sei die Hilfsbedürftigkeit lediglich in einer alltäglichen Lebensverrichtung erfüllt. Indem sie den massgebenden Sachverhalt gestützt auf die erwähnten Unterlagen als hinreichend abgeklärt erachtete, hat sie implizit die Anträge auf Zeugeneinvernahmen abgewiesen. Diese antizipierte Beweiswürdigung ist nicht willkürlich und es liegt darin weder eine Verletzung von Art. 6 Abs. 1 EMRK noch ein Verstoss gegen das rechtliche Gehör (<ref-ruling> E. 5.3 S. 236; <ref-ruling> E. 4b S. 94; <ref-ruling> E. 1d S. 162; Urteil 9C_238/2018 vom 30. April 2018 E. 5.1).
7.
7.1. Mit der Vorinstanz ist festzuhalten, dass angesichts der im Verwaltungsverfahren strittigen Fragen und effektiv vorgebrachten Einwände des Versicherten keine spezifischen Rechtskenntnisse erforderlich waren, so dass die Notwendigkeit einer anwaltlichen Verbeiständung zu Recht verneint wurde. Auch kann nicht von der Bewilligung der unentgeltlichen Rechtspflege im Beschwerdeverfahren auf einen Anspruch auf unentgeltliche Rechtsvertretung im Verwaltungsverfahren geschlossen werden. Daran ändern auch die Vorbringen des Versicherten nichts, wonach die Tatsachenfeststellungen schwergewichtig im Administrativverfahren stattfänden. Denn dies würde gerade darauf hinauslaufen, dass in den meisten Fällen bereits im Verwaltungsverfahren die Notwendigkeit einer anwaltlichen Vertretung zu bejahen wäre, was aber gemäss konstanter Rechtsprechung in Widerspruch zur gesetzlichen Regelung steht (grundsätzlich dazu SVR 2017 IV Nr. 57 S. 177, 8C_669/2016 E. 2.1 mit Hinweisen). Schliesslich geht auch die Berufung auf Art. 6 Abs. 1 EMRK fehl, da die EMRK keine allgemeine Prozesskostenhilfe ausserhalb des strafrechtlichen Verfahrens garantiert (Meyer-Ladewig/Harrendorf/König, in: Meyer-Ladewig und andere [Hrsg.], EMRK, Europäische Menschenrechtskonvention, 4. Aufl. 2017, N. 43 zu Art. 6 EMRK; Frowein/Peukert, Europäische Menschenrechtskonvention, 3. Aufl. 2009, N. 54 zu Art. 6 EMRK; Kaspar Plüss, in: Alain Griffel [Hrsg.], Kommentar zum Verwaltungsrechtspflegegesetz des Kantons Zürich [VRG], 3. Aufl. 2014, N. 5 zu § 16 VRG).
Daran ändert nichts, dass sich nach <ref-ruling> E. 2.1.2.4 S. 230 f. aus Art. 6 Abs. 1 EMRK eine Reflexwirkung auf das Verwaltungsverfahren ergibt. Denn auch diesfalls besteht kein grundsätzlicher Anspruch auf unentgeltliche Verbeiständung, sondern die Frage, ob ein solcher zur Gewährleistung eines fairen Verfahrens zugesprochen werden muss, hängt von der Bedeutung der Sache, der rechtlichen Schwierigkeit etc. ab (Meyer-Ladewig/Harrendorf/König, a.a.O., N. 43 zu Art. 6 EMRK). Diesen Anforderungen trägt die Rechtsprechung von SVR 2017 IV Nr. 57 S. 177, 8C_669/2016 E. 2.1 ausreichend Rechnung.
7.2. Der Versicherte stellte das entsprechende Gesuch zusammen mit seiner Stellungnahme vom 27. April 2016 zum Vorbescheid vom 29. März 2016; dieses Gesuch wurde mit Schreiben vom 16. Juni 2016 ergänzt. Nachdem der Versicherte erst nach Erlass der Verfügung vom 17. Mai 2016 die notwendigen finanziellen Angaben machte, kann der IV-Stelle nicht der Vorwurf gemacht werden, sie hätte zusammen mit dem Entscheid über die Hilflosenentschädigung auch über die unentgeltliche Rechtsvertretung im Verwaltungsverfahren entscheiden müssen.
7.3. Die Zusprechung einer unentgeltlichen Rechtsvertretung kann in der Regel nur für die Zukunft erfolgen, da kein bundesrechtlicher Anspruch auf rückwirkende Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege für Kosten, die vor Gesuchseinreichung entstanden sind, besteht (Urteil 8F_7/2013 vom 30. Juli 2013 E. 3.1 mit Hinweisen). Ein weitergehender, explizit auch vor Gesuchseinreichung entstandene Kosten erfassender Anspruch ergibt sich auch nicht aus dem kantonalen Recht (vgl. dazu § 16 des Gesetzes des Kantons Zürich vom 7. März 1993 über das Sozialversicherungsgericht [LS 212.81; GSVGer] und § 16 des Verwaltungsrechtspflegegesetzes des Kantons Zürich vom 24. Mai 1959 [LS 175.2; VRG]; vgl. auch Plüss, a.a.O., N. 94 zu § 16 VRG). Insofern kann es vorliegend nur um die Vorverlegung der unentgeltlichen anwaltlichen Vertretung vom Beschwerdeverfahren ins Vorbescheidsverfahren gehen. Dies steht jedoch in Widerspruch zu Sinn und Zweck von <ref-law> (SVR 2017 IV Nr. 57 S. 177, 8C_669/2016 E. 2.1).
7.4. Nach dem Gesagten haben Vorinstanz und Verwaltung zu Recht den Anspruch auf unentgeltliche Rechtsvertretung im Verwaltungsverfahren verneint.
8.
Die Gerichtskosten werden dem unterliegenden Beschwerdeführer auferlegt (<ref-law>). Dem Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege (im Sinne der vorläufigen Befreiung von den Gerichtskosten und der unentgeltlichen Verbeiständung) kann entsprochen werden, da die Bedürftigkeit ausgewiesen ist, die Beschwerde nicht als aussichtslos zu bezeichnen und die Vertretung durch einen Rechtsanwalt geboten war (Art. 64 Abs. 1 und 2 BGG). Es wird indessen ausdrücklich auf <ref-law> aufmerksam gemacht, wonach die begünstigte Partei der Bundesgerichtskasse Ersatz zu leisten haben wird, wenn sie später dazu im Stande ist.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen.
2.
Dem Beschwerdeführer wird die unentgeltliche Rechtspflege gewährt und Rechtsanwalt Philip Stolkin wird als unentgeltlicher Anwalt bestellt.
3.
Die Gerichtskosten von Fr. 800.- werden dem Beschwerdeführer auferlegt, indes vorläufig auf die Bundesgerichtskasse genommen.
4.
Dem Rechtsvertreter des Beschwerdeführers wird aus der Bundesgerichtskasse eine Entschädigung von Fr. 2800.- ausgerichtet.
5.
Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 29. November 2018
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Maillard
Die Gerichtsschreiberin: Riedi Hunold