Sachverhalt:
A.
A.a. Seit 1946 wird der Militärflugplatz Buochs zivilaviatisch mitbenützt. Seit 2002 gilt er für die Luftwaffe als sog "Sleeping Base" und wird von ihr nur noch sporadisch, insbesondere für Flüge mit Helikoptern und Propellerflugzeugen sowie vereinzelte Werkflüge zur Liquidation militärischer Kampf- und Schulflugzeuge genutzt. Zivile Flugplatzhalterin ist die Airport-Buochs AG (ABAG). Hauptnutzerin ist die Pilatus Flugzeugwerke AG (im Folgenden: Pilatus AG), die vor Ort namentlich Test- und Trainingsflüge von neuen oder gewarteten Flugzeugen mit eigenen Piloten oder solchen ihrer Kunden durchführt. Dieser Flugbetrieb beruht seit 1982 auf einem Werkflugbetriebsreglement, das von den damals zuständigen Bundesbehörden im November/Dezember 1982 genehmigt worden ist. Überdies gibt es je ein Betriebsreglement für die Segelfluggruppe Nidwalden sowie die Modellfluggruppe Nidwalden aus dem Jahre 1983.
A.b. Der Flugplatz Buochs verfügt über eine Hauptpiste mit einer Länge von 2'000 m, die von Nordosten nach Südwesten verläuft. Südöstlich davon befinden sich der Tower, der Flugzeugabstellplatz (sog. Apron) sowie weitere Hangars. Nordwestlich der Piste liegen die Fertigungshallen der Pilatus AG. Deren Betriebsgelände wird durch die Kantonsstrasse (Ennetbürger- bzw. Stanserstrasse) getrennt, die wiederum an drei Stellen von den Rollwegen für die Flugzeuge überquert wird. Mitten durch das Flugplatzgelände und senkrecht zur Hauptpiste führt die Herdernstrasse, welche die Piste ungefähr in deren Mitte kreuzt. Auf der Herdernstrasse sind strassenseitige Barrieren mit einer akustischen Warnanlage montiert, die bei Starts und Landungen aktiviert werden. Über das Gelände führen noch zwei weitere Strassen, und darauf befinden sich drei weitere Barrieren. Da verschiedene Genossenkorporationen über Grundstücke im Flugplatzperimeter verfügen, finden darauf regelmässig landwirtschaftliche Tätigkeiten statt. Weder der Flugplatzperimeter noch die Hauptpiste sind umzäunt.
A.c. Auf dem Flugplatz Buochs werden primär Flugverfahren auf Sicht (Visual Flight Rules-Verfahren [VFR-Verfahren]) durchgeführt. Seit Mitte der 90er-Jahre des letzten Jahrhunderts wird insbesondere von Piloten der Pilatus AG zusätzlich ein Instrumentalflugverfahren (Instrument Flight Rules-Verfahren [IFR-Verfahren]) verwendet. Dafür gelangt das sog. Standard Instrument Departure-Verfahren (SID-Verfahren) zur Anwendung. Dieses wird im sog. PANS-OPS (Procedures for Air Navigation Services - Aircraft Operations) konkretisiert, bei dem es sich um ein wesentliches Dokument zur Prüfung der luftfahrtspezifischen Anforderungen handelt. Das auf dem Flugplatz Buochs benutzte Abflugverfahren wird als SID WIL 1A bezeichnet. Dieses Verfahren erlaubt einen Abflug auch bei schlechter Sicht, insbesondere bei Nebel, sieht einen Start auf der Hauptpiste Richtung Südwesten vor und folgt auf einem standardisierten Flugweg verschiedenen zwingend zu passierenden Wegpunkten. In einer Entfernung von rund 3'900 m vom Pistenende führt die Route am in der Flugschneise liegenden Grundstück von A._ vorbei.
B.
B.a. Am 26. Juli 1996 reichte die Rechtsvorgängerin der ABAG dem Bundesamt für Zivilluftfahrt (BAZL) ein Gesuch um Bewilligung einer (zusätzlichen) zivilen Mitbenutzung des Militärflugplatzes Buochs ein. Gestützt darauf erfolgte im Herbst 1996 die öffentliche Auflage einer Änderung des Betriebsreglements 1982 für die erweiterte zivile Mitbenützung des Militärflugplatzes Buochs. Diese Änderung wurde vom BAZL am 27. Mai 1998 unter Abweisung der dagegen gerichteten Einsprachen genehmigt.
B.b. Am 17. November 1999 wies das Eidgenössische Departement für Umwelt, Verkehr, Energie und Kommunikation (UVEK) eine dagegen erhobene Verwaltungsbeschwerde ab, soweit es darauf eintrat. Dagegen führten wiederum der Schutzverband der Bevölkerung um den Flugplatz Buochs (SBFB) sowie A._ Verwaltungsgerichtsbeschwerde beim Bundesgericht. Dieses hiess die Beschwerde mit Urteil 1A.365/1999 vom 12. April 2002 gut, soweit es darauf eintrat. Aufgrund der als falsch erkannten Lärmberechnungen hob das Bundesgericht Ziff. 1 des Dispositivs der Verfügung vom 27. Mai 1998 betreffend die Änderung des Betriebsreglements für den Militärflugplatz Buochs (erweiterte zivile Mitbenützung) auf und wies die Sache an das UVEK zurück. Das Bundesgericht hielt fest, dass aufgrund des neu eingereichten Lärmbelastungskatasters vom Dezember 1999 (militärischer LBK 1999) in gewissen Siedlungsgebieten die Planungs- und Immissionsgrenzwerte überschritten würden; es werde Sache des BAZL sein, darüber zu befinden, ob der zivile Flugbetrieb auf dem Flugplatz Buochs bis zum Entscheid über das neue Gesuch einer provisorischen Regelung bedürfe.
B.c. In der Folge bewilligte das BAZL - gestützt auf das bundesgerichtliche Urteil - mit einem Genehmigungsstempel als provisorische Regelung das Betriebsreglement vom 16. Dezember 2002 für die erweiterte zivile Mitbenutzung des Flugplatzes Buochs, ohne ein formelles Genehmigungs- und Bewilligungsverfahren durchzuführen. Ebenso erfolgte keine Genehmigung durch das Bundesamt für Betriebe der Luftwaffe. Im provisorischen Betriebsreglement sind das Abflugverfahren SID WIL 1A und die Sicherheit des Flugbetriebs auf dem Flugplatz geregelt. Dieses Abflugverfahren wurde zwar technisch geprüft und freigegeben, jedoch weder formell genehmigt und ins Betriebsreglement selbst integriert noch im Luftfahrthandbuch der Schweiz (Aeronautical Information Publication [AIP]) publiziert. Die provisorische Regelung enthält auch keinen Lärmbelastungskataster (LBK) und keinen Hindernisbegrenzungsflächen-Kataster (HBK) gemäss dem Lärmschutz- und Luftfahrtrecht des Bundes.
C.
C.a. Nach zwei sicherheitsrelevanten Vorfällen vom 14. Juni 2012 und vom 4. März 2014, die im Zusammenhang mit der Anwendung der SID WIL 1A standen, ordnete das BAZL am 10. März 2014 die vorsorgliche Beschränkung dieses Abflugverfahrens an und forderte Skyguide (Schweizerische Aktiengesellschaft für zivile und militärische Flugsicherung) dazu auf, die Zuteilung der SID für Piloten "not operating for Pilatus Aircraft Ldt" zu suspendieren. Zudem traf das BAZL am 14. März 2014 eine Notice to Airmen (NOTAM) mit dem Inhalt, "LCA SID Tempo suspended for pilots not operating for Pilatus Aircraft".
C.b. In der Folge führte das BAZL eine Vernehmlassung zu einer geplanten koordinierten Verfügung über ein neues Betriebsreglement, die SID WIL 1A sowie die Sicherheit des Betriebs des Flugplatzes Buochs durch. Mit Verfügung vom 10. November 2014 traf es gestützt auf die Verordnung vom 23. November 1994 über die Infrastruktur der Luftfahrt (VIL; SR 748.131.1) folgende Anordnungen:
"...
"...
3. Die SID WIL 1A wird als separater Anhang Nr. 4 zum Betriebsreglement 1982 des Flugplatzes Buochs... direkt verfügt, unter folgenden Auflagen:
a. Die Zulassung dieser SID erfolgt zur ausschliesslichen Benutzung für Piloten der Pilatus Flugzeugwerke AG, inklusive von der ABAG eingewiesene Kunden-Piloten der Pilatus Flugzeugwerke AG.
b. Die Zuteilung dieser SID darf nur erfolgen, wenn die minimale Sichtweite (Visibility) im Flugplatzperimeter 1'400 m oder mehr beträgt.
c. Für das laufende Kalenderjahr 2014 sind insgesamt maximal 500 Starts auf dieser SID erlaubt, desgleichen für jedes weitere Kalenderjahr insgesamt maximal 500 Starts (oder der Bruchteil davon im Verhältnis zum angebrochenen Kalenderjahr). Die ABAG hat dem BAZL pro Kalenderjahr jeweils halbjährlich (per Ende Juni und Ende Dezember) die Bewegungszahl (en) der SID unaufgefordert mitzuteilen.
d. Die ABAG hat den Periodical Review des PANS-OPS Reports nach Fertigstellung beim BAZL einzureichen. Ergeben sich aus diesem Periodical Review Rückschlüsse auf bisher nicht bekannte oder als beseitigt angesehene Sicherheitsprobleme bei der Benutzung des SID WIL 1A, so behält sich das BAZL ausdrücklich eine Neubeurteilung und allfällige Einschränkung oder Aufhebung der vorliegenden Genehmigung vor.
e. Die vorliegende Genehmigung der SID WIL 1A ist - vorbehältlich der vorstehenden Auflage Bst. d - zeitlich befristet bis zur Rechtskraft der Genehmigung des neuen Betriebsreglements des Flugplatzes Buochs durch das BAZL.
e. Die vorliegende Genehmigung der SID WIL 1A ist - vorbehältlich der vorstehenden Auflage Bst. d - zeitlich befristet bis zur Rechtskraft der Genehmigung des neuen Betriebsreglements des Flugplatzes Buochs durch das BAZL.
4. a. Die ABAG hat bis am 31. März 2015 dem BAZL ein Konzept einzureichen zur Sicherstellung, dass während landwirtschaftlichen Tätigkeiten im Pistenstreifen (wie Mähen, Heu einbringen, etc.) sämtlicher Flugbetrieb durch Flächenflugzeuge (VFR und IFR) unterbleibt. Dieses Konzept hat sie im Sinne der Erwägungen und in Zusammenarbeit mit den betroffenen Landwirten und Genossenkorporationen sowie mit Skyguide auszuarbeiten.
b. Die ABAG hat weiter bis am 31. März 2015 dem BAZL sämtliche bereits mit Schreiben vom 9. März 2012 verlangten Unterlagen sowie einen konkreten Massnahmenkatalog vorzulegen zur Verbesserung der Sicherheits-Situation unter anderem beim Hauptproblembereich "kreuzende öffentliche Strasse (Herdernstrasse) ".
c. Wird das in Bst. a genannte Konzept betreffend landwirtschaftliche Tätigkeiten nicht fristgerecht eingereicht oder entspricht es nicht den Vorgaben gemäss den Erwägungen, kann das BAZL den Erlass einschränkender operationeller Massnahmen prüfen. Das Gleiche gilt betreffend die in Bst. b verlangten Unterlagen (inkl. den Massnahmenkatalog).
c. Wird das in Bst. a genannte Konzept betreffend landwirtschaftliche Tätigkeiten nicht fristgerecht eingereicht oder entspricht es nicht den Vorgaben gemäss den Erwägungen, kann das BAZL den Erlass einschränkender operationeller Massnahmen prüfen. Das Gleiche gilt betreffend die in Bst. b verlangten Unterlagen (inkl. den Massnahmenkatalog).
5. Sämtliche gegen die Festlegungen in Dispositiv-Ziff. 3 und 4 gerichteten Anträge werden abgewiesen, soweit auf sie einzutreten ist und sie nicht gegenstandslos sind.
..."
..."
8. Allfälligen Beschwerden gegen diese Verfügung wird die aufschiebende Wirkung entzogen.
..."
D.
Dagegen erhoben der SBFB und A._ Beschwerde beim Bundesverwaltungsgericht. Dieses führte am 18. Februar 2016 einen Augenschein mit Instruktionsverhandlung durch und fällte am 27. Juni 2016 das folgende Urteil:
"1. Der prozessuale Antrag der Beschwerdegegnerin, die Schlussbemerkungen der Beschwerdeführenden als Replik zu qualifizieren und einen weiteren Schriftenwechsel durchzuführen oder die Eingabe aus dem Recht zu weisen, wird abgewiesen.
2. Die Beschwerde wird im Sinne der Erwägungen teilweise gutgeheissen. Im Übrigen wird sie abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist und sie nicht gegenstandslos geworden ist.
Ziff. 3 des Dispositivs der angefochtenen Verfügung wird wie folgt geändert:
Die SID WIL 1A wird als separater Anhang Nr. 4 zum Betriebsreglement 1982 des Flugplatzes Buochs gestützt auf <ref-law> unter den Bedingungen verfügt, dass
a) die Beschwerdegegnerin die notwendigen Arbeiten zur Festsetzung des LBK (insbesondere Lärmermittlung) unverzüglich aufnimmt sowie der Vorinstanz alle erforderlichen Angaben im Sinne von Art. 24 Bst. d VIL einreicht und die Vorinstanz in der Folge den LBK spätestens innert eines Jahres nach Eintritt der Rechtskraft dieses Entscheides festsetzt;
b) die Beschwerdegegnerin die notwendigen Arbeiten zur Erstellung des HBK-Entwurfs unverzüglich aufnimmt sowie der Vorinstanz alle erforderlichen Angaben im Sinne von Art. 24 Bst. c VIL einreicht und die Vorinstanz in der Folge den HBK spätestens innert eines Jahres nach Eintritt der Rechtskraft dieses Entscheides festsetzt;
c) die Beschwerdegegnerin innert eines Jahres nach Eintritt der Rechtskraft des vorliegenden Entscheides ein Gesuch für ein neues Betriebsreglement einreicht, welches entweder den zukünftigen Betrieb - nach durchgeführtem Umnutzungsverfahren gemäss <ref-law> - umfasst oder den aktuellen Betrieb abbildet. Das Genehmigungsverfahren ist zu Ende zu führen und mit einer Genehmigungsverfügung betreffend des gesamten Betriebs abzuschliessen.
Andernfalls fällt die Genehmigung der SID dahin.
Die Genehmigung wird mit folgenden Auflagen verbunden:
a) Die Startfreigabe für die SID WIL 1A darf nur erteilt werden, wenn sichergestellt ist, dass sich niemand im Pistenbereich (Sicherheitsstreifen und Gefahrenbereich) befindet. Es dürfen sich weder Personen noch Fahrzeuge innerhalb des 20m-Sicherheitsstreifens beidseits der Piste oder im Gefahrenbereich auf der Herdernstrasse zwischen den beiden Barrieren aufhalten. Notfalls hat der Flugverkehrsleiter die Barrieren kurz aufzuheben, damit eingeschlossene Personen und Fahrzeuge den Gefahrenbereich verlassen können.
b) Die Zuteilung der SID WIL 1A darf nur erfolgen, wenn die minimale Sichtweite im Flugplatzperimeter 1'400 m oder mehr beträgt.
c) Starts nach der SID WIL 1A dürfen nur von Montag bis Freitag, 07:30-12:05 Uhr und von 13:15-17:05 Uhr erfolgen, sofern im Winterhalbjahr aufgrund der Sonnenauf- und Sonnenuntergangszeit die nötige Sichtdistanz gemäss Bst. b eingehalten ist.
d) Die Zulassung der SID WIL 1A erfolgt zur ausschliesslichen Benutzung für die Piloten der Pilatus Flugzeugwerke AG, inklusive von der ABAG eingewiesene Kunden-Piloten der Pilatus Flugzeugwerke AG.
e) Die SID WIL 1A darf nur zugeteilt werden, wenn die Identität jedes einzelnen Piloten gemäss Bst. d von der Flugsicherung festgestellt wird und sämtliche SID-Starts in einer Liste protokolliert werden.
Die Liste hat die Namen der Piloten, die Angabe, ob es sich um einen Piloten der Pilatus Flugzeugwerke AG oder einen Kundenpiloten handelt sowie im letztgenannten Fall die Bezeichnung des Kunden der Pilatus AG (Firma, Name, etc.), Flugzeugkennzeichen, Flugzeugtyp, Datum, Startzeit und die Anzahl Flugbewegungen zu enthalten.
f) Die Starterlaubnis darf nur durch die Flugsicherung gewährt werden. Sowohl die Kontrollzonen (CTR) Buochs und Alpnach müssen aktiv sein.
g) Die Beschwerdegegnerin hat innerhalb von 30 Tagen ab Rechtskraft des vorliegenden Urteils bei der Vorinstanz um Genehmigung der von ihr vorgeschlagenen LED-Warntafeln (sog. bright displays) zu ersuchen und diese anschliessend im Kreuzungsbereich zwischen der Herdernstrasse und der Piste anzubringen.
h) Die bisherigen Auflagen in Dispositiv-Ziff. 3 Bst. c-e der Verfügung vom 10. November 2014 bleiben bestehen.
h) Die bisherigen Auflagen in Dispositiv-Ziff. 3 Bst. c-e der Verfügung vom 10. November 2014 bleiben bestehen.
... 5. Die Verfahrenskosten werden auf Fr. 10'000.-- festgesetzt. Sie werden den Beschwerdeführenden 1 und 2 im Umfang von je Fr. 2'500.-- auferlegt und den von ihnen geleisteten Kostenvorschüssen von je Fr. 4'000.-- entnommen. Der Restbetrag von je Fr. 1'500.-- wird ihnen zurückerstattet. Die Beschwerdegegnerin hat ihren Anteil an den Verfahrenskosten in der Höhe von Fr. 2'881.-- nach Eintritt der Rechtskraft dieses Urteils... an die Kasse des Bundesverwaltungsgerichts zu überweisen.
6. Die Parteikosten werden wettgeschlagen.
..."
E.
E.a. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht vom 31. August 2016 stellt die Airport-Buochs AG die folgenden Rechtsbegehren:
"1. Das Urteil des Bundesverwaltungsgerichts vom 27. Juni 2016 sei vollumfänglich aufzuheben.
2. Eventualiter habe das Bundesgericht wie folgt neu zu entscheiden:
a. Die (richtig: in) Ziff. 2 des Dispositivs zu Ziff. 3 der Verfügung vom 10. November 2014 in der ersten lit. a, b und c gesetzten Jahresfristen seien aufzuheben und das Dispositiv wie folgt zu ändern: "Der HBK, LBK und das Betriebsreglement sei (richtig: seien) für den Betrieb, wie er nach dem Umnutzungsverfahren stattfinden wird, festzusetzen, sobald die erforderlichen Grundlagen vorliegen."
b. Für den Fall der Abweisung des Begehrens unter obiger lit. a seien die in Ziff. 2 des Dispositivs zu Ziff. 3 der Verfügung vom 10. November 2014 in der ersten lit. a, b und c ab Rechtskraft gesetzten Jahresfristen angemessen zu erstrecken.
c. Ziff. 2 des Dispositivs zu Ziff. 3 der Verfügung vom 10. November 2014 sei in der zweiten lit. a des Urteilsdispositivs ("Die Startfreigabe für die SIC WIL 1A darf nur erteilt werden [...]") ersatzlos zu streichen.
d. Ziff. 2 des Dispositivs zu Ziff. 3 der Verfügung vom 10. November 2014 sei in der zweiten lit. c des Urteilsdispositivs ("Starts nach der SID WIL 1A dürfen [...]") wie folgt zu ändern: "Starts nach der SID WIL 1A dürfen bis zur Genehmigung des neuen Betriebsreglements nur während den publizierten Flugplatzbetriebszeiten erfolgen."
e. Ziff. 2 des Dispositivs zu Ziff. 3 der Verfügung vom 10. November 2014 sei in lit. e des Urteilsdispositivs ("Die SIC WIL 1A darf nur zugeteilt werden, wenn [...]") ersatzlos zu streichen.
f. Ziff. 2 des Dispositivs zu Ziff. 3 der Verfügung vom 10. November 2014 sei in lit. f des Urteilsdispositivs ("Die Starterlaubnis darf nur durch die Flugsicherung [...]") ersatzlos zu streichen.
g. Ziff. 6 des Urteilsdispositivs sei aufzuheben und die Kosten (richtig: seien) nach Massgabe des Unterliegens korrekt zu verteilen.
3. Subeventualiter sei das Urteil des Bundesverwaltungsgerichts... vom 27. Juni 2016 aufzuheben und die Sache zu neuer Beurteilung an das Bundesverwaltungsgericht zurückzuweisen."
Beantragt wird überdies die Erteilung der aufschiebenden Wirkung.
Zur Begründung macht die Airport-Buochs AG verschiedene Verstösse gegen das Bundesrecht geltend. Insbesondere soll das Urteil des Bundesverwaltungsgerichts an prozessualen Mängeln leiden sowie materielles Bundesrecht verletzen und dabei namentlich unverhältnismässig sowie willkürlich sein.
E.b. Am 12. Oktober 2016 traf das BAZL in einem parallelen separaten Verfahren unter anderem gestützt auf eine Anhörung von Skyguide die folgende Verfügung:
"1. Der Antrag der Skyguide auf Beibehaltung der aktuellen Praxis von Start-, Lande- und Rollfreigaben auf dem Flugplatz Buochs im Falle von Fahrzeugen oder Personen auf der Piste, im Pistenstreifen oder auf der Herdernstrasse zwischen abgesenkten Barrieren wird abgewiesen.
2. Skyguide wird angewiesen, ab Kenntnisnahme dieser Verfügung Start-, Lande- und Rollfreigaben für VFR- und IFR-Bewegungen nur zu erteilen, wenn sichergestellt ist, das sich niemand im Bereich zwischen den Barrieren der Herdernstrasse (Piste, Pistenstreifen und Gefahrenbereich) befindet. Es dürfen sich weder Personen noch Fahrzeuge innerhalb des Pistenstreifens oder im Gefahrenbereich zwischen den beiden abgesenkten Barrieren bei der Herdernstrasse aufhalten.
...".
Diese Verfügung wurde nicht angefochten.
E.c. Der SBFB und A._ schliessen in einer gemeinsamen Eingabe vom 7. November 2016 an das Bundesgericht auf Abweisung der von der Airport-Buochs AG am 31. August 2016 beim Bundesgericht eingereichten Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei. Überdies stellen sie verschiedene Verfahrensanträge, insbesondere auf ergänzende Akteneinsicht im Zusammenhang mit der Verfügung des BAZL vom 12. Oktober 2016.
Das BAZL beantragt in einer ersten Vernehmlassung vom 19. Dezember 2016, die Beschwerde sei teilweise - im Sinne des Eventual-Rechtsbegehrens Ziff. 2 - gutzuheissen.
Der SBFB und A._ äusserten sich dazu in einer weiteren gemeinsamen Eingabe vom 16. Januar 2017 und wiederholten im Wesentlichen ihre Rechtsbegehren und Standpunkte.
In seiner zweiten Stellungnahme vom 10. Februar 2017 hält das BAZL in der Sache an seinem Antrag und Standpunkt fest und stellt den Verfahrensantrag, die Verfahrensanträge des SBFB und von A._ abzuweisen.
Mit Replik vom 5. März 2017 hält die Airport-Buochs AG im Wesentlichen an ihren Anträgen und ihrem Standpunkt fest und beantragt ebenfalls die Abweisung der Verfahrensanträge des SBFB und von A._.
Mit Eingaben vom 6. und 20. März 2017 liessen sich der SBFB und A._ erneut vernehmen und erhoben weitere Verfahrensanträge.
Die Airport-Buochs AG beantragt mit Eingabe vom 30. Mai 2017 im Wesentlichen die Abweisung sämtlicher Verfahrensanträge des SBFB und von A._ und stellt neu das Begehren, das Verfahren bis auf Weiteres zu sistieren.
Das BAZL beantragt mit Eingaben vom 6. Juni und 10. Juli 2017 ebenfalls die Abweisung aller Verfahrensanträge des SBFB und von A._. Überdies äussert es sich dazu, dass es sich dem Sistierungsantrag der Airport-Buochs AG nicht förmlich entgegen stelle, eine bundesgerichtliche Erledigung des Streites aber vorziehe.
Das Bundesamt für Umwelt BAFU führt, ohne einen Antrag zu stellen, in seiner Stellungnahme vom 9. Juni 2017 im Wesentlichen aus, dass es die zeitlichen Einschränkungen im Urteil des Bundesverwaltungsgerichts als Emissionsbegrenzung als ungeeignet und daher unverhältnismässig einschätze.
Das Bundesverwaltungsgericht verzichtete wiederholt auf Äusserungen.
In ihren Schlussbemerkungen vom 12. Juli 2017 halten die Airport-Buochs AG einerseits sowie der SBFB und A._ andererseits an ihren jeweiligen Begehren und Standpunkten in der Sache sowie an den Verfahrensanträgen fest. Die letzteren beantragen sodann, das Sistierungsgesuch der Airport-Buochs AG abzuweisen.
F.
Mit Verfügung vom 11. Oktober 2016 erteilte der Präsident der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung des Bundesgerichts der Beschwerde die aufschiebende Wirkung im Sinne der Erwägungen.

Erwägungen:
1.
1.1. Angefochten ist ein Entscheid des Bundesverwaltungsgerichts im Zusammenhang mit dem Betriebsreglement des Flugplatzes Buochs in Anwendung luftfahrt- und umweltschutzrechtlicher Bestimmungen des Bundes. Dagegen steht gemäss <ref-law> grundsätzlich die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht offen.
1.2. Der Streitgegenstand erfasst einzig Fragen im Zusammenhang mit dem provisorischen Betriebsreglement. Insbesondere bilden das hängige Umnutzungsverfahren (Verfahren zur Umnutzung des Militärflugplatzes in einen zivilen Flugplatz gemäss <ref-law>) bzw. die Neufassung des (definitiven) Betriebsreglements das Flugplatzes Buochs sowie allfällige aufsichtsrechtliche Massnahmen nicht Gegenstand des vorliegenden Prozesses.
1.3. Nach <ref-law> ist die Beschwerde zulässig gegen Entscheide, die das Verfahren abschliessen. Davon wird insbesondere abgewichen, wenn ein selbständig eröffneter Vor- oder Zwischenentscheid einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken kann (<ref-law>). Die im Streit stehende Verfügung des BAZL ist als Endverfügung konzipiert. Inhaltlich befasst sie sich allerdings lediglich mit der vorsorglichen Betriebsregelung für den Flugplatz Buochs, weshalb es fraglich erscheinen könnte, ob es sich nicht letztlich um eine Zwischenverfügung handelt. Wie es sich damit verhält, kann offenbleiben. Der angefochtene Entscheid kommt angesichts der Dauer des Verfahrens zum Erlass des provisorischen Betriebsreglements, dessen bisheriger und voraussichtlich künftiger Gültigkeitsdauer sowie der damit verbundenen Auswirkungen für die Beschwerdeführerin in der Tragweite einem Endentscheid zumindest nahe und bewirkt für sie jedenfalls einen massgeblichen irreversiblen Nachteil. Die Beschwerde erweist sich daher auch insoweit als zulässig.
1.4. Die Beschwerdeführerin war am vorinstanzlichen Verfahren beteiligt und ist als von der strittigen Verfügung betroffene Flugplatzbetreiberin zur Beschwerde an das Bundesgericht legitimiert (vgl. <ref-law>).
1.5. Mit der Beschwerde an das Bundesgericht kann, von hier nicht interessierenden Ausnahmen abgesehen, nur die Verletzung von Bundesrecht unter Einschluss des Bundesverfassungsrechts (vgl. <ref-law>) sowie die offensichtlich unrichtige Feststellung des Sachverhaltes (vgl. <ref-law>) gerügt werden. Im Übrigen legt das Bundesgericht seinem Urteil den von der Vorinstanz festgestellten Sachverhalt zugrunde (<ref-law>), es sei denn, dieser sei offensichtlich unrichtig oder beruhe auf einer (qualifizierten) Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> (vgl. <ref-law>).
2.
2.1. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>), prüft die bei ihm angefochtenen Entscheide aber grundsätzlich nur auf Rechtsverletzungen hin, die von den Beschwerdeführern geltend gemacht und begründet werden (vgl. <ref-law>). Die Beschwerdeschrift muss sich wenigstens kurz mit den Erwägungen des angefochtenen Entscheids auseinandersetzen. Rein appellatorische Kritik ohne Bezug zum angefochtenen Entscheid genügt nicht. Erhöhte Anforderungen an die Begründung gelten, soweit die Verletzung von Grundrechten, unter Einschluss des Willkürverbots sowie der offensichtlich unrichtigen, d.h. willkürlichen, Feststellung des Sachverhalts, gerügt wird (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1.4.2 S. 254 mit Hinweisen).
2.2. Die Beschwerdeschrift begnügt sich teilweise mit allgemeinen oder appellatorischen Ausführungen ohne Bezug zum angefochtenen Entscheid. Es kann daher nur im nachfolgenden Rahmen darauf eingetreten werden. Im Übrigen erweist sich die Beschwerde als unzulässig.
2.3. Es rechtfertigt sich freilich auch der Hinweis darauf, dass sich die Rechtsschriften der Beschwerdegegner teilweise nicht an den Streitgegenstand halten, sondern weit darüber hinausreichen, und insofern ebenfalls unbeachtlich sind. Dies gilt insbesondere für die verschiedenen, von den Beschwerdegegnern angerufenen Argumente im Zusammenhang mit dem hängigen Umnutzungsverfahren bzw. der Neufassung des (definitiven) Betriebsreglements des Flugplatzes Buochs und für weitere Anliegen, die auf die Wahrnehmung von Aufsichtsfunktionen gegenüber dem BAZL und dem Airport Buochs hinauslaufen, über welche die eidgenössischen Gerichte ohnehin nicht verfügen (vgl. E. 1.2).
3. Die Verfahrensbeteiligten stellen verschiedene Verfahrensanträge.
3.1. Die Beschwerdeführerin beantragt hauptsächlich die Sistierung des Verfahrens mit der Begründung, dass das kurz nach Fällung des angefochtenen Entscheids eingeleitete Umnutzungsverfahren rasch fortschreite und voraussichtlich anfangs 2018 die öffentliche Auflage des Projekts erfolge. Wie die Beschwerdeführerin jedoch selbst einräumt, wird das Umnutzungsverfahren noch einige Zeit beanspruchen. Wann es rechtskräftig erledigt sein wird, ist gegenwärtig nicht absehbar. Dass die Notwendigkeit eines bundesgerichtlichen Urteils über die Streitsache in angemessener Frist dahinfällt, zeichnet sich zurzeit nur als vage und nicht wahrscheinliche und schon gar nicht gesicherte Möglichkeit ab. Da die vorliegende Beschwerde spruchreif ist und namentlich Interessen der öffentlichen Sicherheit und des Lärmschutzes im Spiel stehen, die keine weiteren Verzögerungen rechtfertigen, ist das Sistierungsgesuch abzuweisen.
3.2. Die Beschwerdegegner reichten dem Bundesgericht in ihren verschiedenen Eingaben eine Reihe von prozessualen Anträgen ein.
3.2.1. Im Wesentlichen finden sich diese Verfahrensanträge in der Eingabe vom 20. März 2017 sowie, aus früheren Eingaben zusammengefasst, in den Schlussbemerkungen vom 12. Juli 2017 wieder. In der Hauptsache handelt es sich dabei um die folgenden Begehren um Edition und Akteneinsicht:
- Aus der Eingabe vom 20. März 2017:
"1. Das BAZL sei durch das Bundesgericht aufzufordern, Kopien von sämtlichen der von der ABAG Ende April 2017 oder zu einem anderen Zeitpunkt einzureichenden Unterlagen bezüglich des Umnutzungsgesuchs hinsichtlich Militärflugplatz Buochs, insbesondere auch betreffend die Lärmberechnungen, den Hindernisbegrenzungsflächenkataster und das neue Betriebsreglement, nach deren Eingang umgehend dem Bundesgericht einzureichen.
2. Den Beschwerdegegnern sei anschliessend Einsicht in diese Akten zu gewähren und die Beschwerdegegner seien zu einer diesbezüglichen Vernehmlassung einzuladen.
...".
- Aus den Schlussbemerkungen vom 12. Juli 2017:
"1. Das BAZL sei aufzufordern, seine Verfügung vom 12. Oktober 2016 an die ABAG und die Skyguide betreffend den "Unsicherheits-Hotspot" des Kreuzungspunkts "Herdernstrasse/Hauptpiste" sowie sämtliche diesbezüglich relevanten Akten dem Bundesgericht zu edieren und diese seien im vorliegenden Verfahren zu berücksichtigen.
2. Es sei den Beschwerdegegnern nach Eingang der Akten umfassende Einsicht zu gewähren, insbesondere auch in die gemäss Verfahrensantrag 1 hiervor zu edierenden Dokumente.
...".
3.2.2. Nach <ref-law> dürfen neue Tatsachen und Beweismittel nur so weit vorgebracht werden, als erst der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gibt. Die Verfahrensanträge der Beschwerdegegner beziehen sich auf Ereignisse, die erst nach Fällung des angefochtenen Entscheides eingetreten und daher als echte Noven unbeachtlich sind. Das gilt insbesondere für die mit der Verfügung des BAZL vom 12. Oktober 2016 zusammenhängenden Unterlagen. Teilweise haben die Verfahrensanträge überdies das hängige Umnutzungsverfahren im Zusammenhang mit dem Flugplatz Buochs zum Thema, das hier nicht Streitgegenstand bildet (vgl. E. 1.2). Der Beizug weiterer Akten aus diesen Verfahren und die Gewährung der Einsicht in sie fallen daher im vorliegenden Prozess nicht in Betracht.
3.3. Insgesamt sind sämtliche Verfahrensanträge der Beschwerdeführerin sowie der Beschwerdegegner abzuweisen.
4.
Die Beschwerdeführerin macht verschiedentlich geltend, das Bundesverwaltungsgericht habe den Sachverhalt unrichtig festgestellt. Sie nennt dabei insbesondere die Betriebszeiten des Towers, von denen die Vorinstanz ausgegangen ist, den Konnex zwischen Sichtweiten (visibility) und Sonnenauf- bzw. Sonnenuntergang sowie Feststellungen im Zusammenhang mit der Beschränkung der Zuständigkeit für die Starterlaubnis für die SID auf die Flugsicherung. Abgesehen davon, dass die Beschwerdeführerin dabei teilweise tatsächliche und rechtliche Aspekte vermischt, verkennt sie, dass das Bundesgericht die tatsächlichen Feststellungen seiner Vorinstanzen nicht frei, sondern nur auf offensichtliche Unrichtigkeit hin überprüfen kann (vgl. E. 1.5). Eine offensichtlich unrichtige bzw. willkürliche Sachverhaltsfeststellung liegt vor, wenn diese widersprüchlich oder aktenwidrig ist oder auf einem offensichtlichen Versehen beruht bzw. klarerweise den tatsächlichen Verhältnissen widerspricht (vgl. etwa das Urteil des Bundesgerichts 1C_485/2013 vom 3. Dezember 2013 E. 4.2). Grundsätzlich müssen die Beschwerdeführer einen solchen Zusammenhang dartun bzw. er muss sich zumindest aus den Akten ergeben. Die Beschwerdeschrift erfüllt diese Anforderung nicht. Die Sachverhaltsrügen weisen allenfalls auf einen möglichen Fehler, nicht aber auf offensichtliche Unrichtigkeit hin. Aus den Akten ergibt sich ebenfalls nichts anderes. Die Sachverhaltsfeststellungen des Bundesverwaltungsgerichts sind daher für das Bundesgericht verbindlich.
5.
5.1. Die Beschwerdeführerin rügt in mehrfacher Hinsicht einen Verstoss gegen das Gebot des fairen Verfahrens sowie gegen ihren Anspruch auf rechtliches Gehör gemäss Art. 29 Abs. 1 und 2 BV.
5.2. Die Beschwerdeführerin sieht darin einen Verstoss gegen das aus <ref-law> abgeleitete Verbot des überspitzten Formalismus, dass die kurzzeitige Verpflichtung zur Festlegung des Lärmbelastungskatasters und des Hindernisbegrenzungsflächen-Katasters mit Blick auf das hängige Umnutzungsverfahren unnötig und nutzlos sei. Damit beruft sich die Beschwerdeführerin jedoch auf einen materiellen Aspekt des Streitfalles, der allenfalls unter dem Gesichtspunkt der Verhältnismässigkeit des Sachentscheides zu beurteilen ist (vgl. E. 10.3.2). Von vorneherein liegt darin keine Verfahrenshandlung, die überspitzt formalistisch sein könnte.
5.3. Nach Ansicht der Beschwerdeführerin führte die Vorinstanz den Schriftenwechsel nicht korrekt durch.
5.3.1. Die Beschwerdeführerin macht geltend, sie habe als damalige Beschwerdegegnerin nicht genügend Zeit und Gelegenheit gehabt, ihren Standpunkt zu vertreten. Über ihren Antrag auf Fristansetzung für eine Beschwerdeantwort sei nicht entschieden worden; stattdessen habe das Bundesverwaltungsgericht die entsprechende, in der Sache unvollständige Eingabe als Beschwerdeantwort behandelt. Ein zweiter Schriftenwechsel sei angekündigt, dann aber abgebrochen worden. Den Augenschein habe der leitende Richter inhaltlich beschränkt, weshalb vollständige Äusserungen zur Streitsache ausgeschlossen gewesen seien. Für die umfassenden Schlussbemerkungen sei nur eine kurze, nicht erstreckbare Frist gesetzt worden. Das sei um so stossender, als die damaligen Beschwerdeführer und heutigen Beschwerdegegner eine umfassende Replik mit zahlreichen Noven eingereicht hätten, zu der sich die Beschwerdeführerin nicht mehr habe äussern können.
5.3.2. Dass das Bundesverwaltungsgericht das Verfahren am Ende möglicherweise beförderlich abschliessen wollte, stellt für sich allein keinen Verfahrensmangel dar. Die von der Beschwerdeführerin als zu kurz gerügte Frist ist auch nicht separat, sondern im Lichte des Gesamtverlaufs des Instruktionsverfahrens zu würdigen.
Am 31. März 2015 reichte die Beschwerdeführerin als damalige Beschwerdegegnerin im Verfahren vor dem Bundesverwaltungsgericht eine erste Beschwerdeantwort von zwölf Seiten ein. Darin konzentrierte sie sich freiwillig weitgehend auf formelle Gesichtspunkte und ersuchte insbesondere um Klärung des Streitgegenstandes. Am 31. Juli 2015 reichte sie eine zweite, diesmal inhaltlich umfassende Stellungnahme von 64 Seiten zur Streitsache ein. Das Protokoll des Augenscheins vom 18. Februar 2016, an dem die Beschwerdeführerin unbestrittenermassen teilnahm und sich äussern konnte, umfasst 37 Seiten. Dass die Thematik von Augenschein und Instruktionsverhandlung von der Verfahrensleitung in unzulässiger Weise beschränkt worden wäre, wie die Beschwerdeführerin behauptet, ergibt sich daraus nicht. Im Übrigen ist im Protokoll ausdrücklich festgehalten, dass von Seiten der Verfahrensbeteiligten keine Anpassungen am Programm beantragt worden waren. Mit Verfügung vom 10. März 2016 stellte das Bundesverwaltungsgericht den Parteien das Augenscheinsprotokoll mit weiteren, nachträglich eingeholten Unterlagen zu und gab ihnen Gelegenheit, bis zum 11. April 2016 Schlussbemerkungen einzureichen. Am 31. März 2016 ersuchte die Beschwerdeführerin (bzw. damalige Beschwerdegegnerin) um Fristerstreckung bis zum 26. April 2016. Diesem Gesuch wurde vollumfänglich entsprochen. Am 26. April 2016 reichten die Beschwerdeführerin ihre 18-seitigen Schlussbemerkungen, die Beschwerdegegnerin (und damalige Beschwerdeführerin) solche von 41 Seiten und das Bundesamt solche von vier Seiten ein. Am 27. Mai 2016 ersuchte das Bundesamt um die Gewährung einer Frist für eine Stellungnahme zu den Schlussbemerkungen der Beschwerdegegnerin (bzw. damaligen Beschwerdeführerin). Am gleichen Tag beantragte die Beschwerdeführerin dem Bundesverwaltungsgericht, die Schlussbemerkungen der Beschwerdegegnerin entweder aus dem Recht zu weisen oder ihr nochmals Gelegenheit zur Stellungnahme zu geben; darin äusserte sie sich überdies auf sieben Seiten auch bereits inhaltlich zu den Schlussbemerkungen der Gegenpartei. Mit Instruktionsverfügung vom 6. Juni 2016 setzte der Verfahrensleiter der Beschwerdeführerin (bzw. damaligen Beschwerdegegnerin) und dem Bundesamt, nicht aber der Beschwerdegegnerin, die darum auch nicht förmlich ersucht hatte, eine nicht erstreckbare Frist bis zum 13. Juni 2016 für eine weitere Stellungnahme. Am 13. Juni 2016 reichten die Beschwerdeführerin eine Stellungnahme von 21 Seiten und das Bundesamt eine solche von fünf Seiten ein. Dazu konnte sich in der Folge im Übrigen die Beschwerdegegnerin (bzw. damalige Beschwerdeführerin) nicht mehr äussern, da sie ihr entsprechendes Gesuch um Ansetzung einer Frist am 27. Juni 2016 und damit am gleichen Tag stellte, an dem das Bundesverwaltungsgericht sein Urteil fällte.
Insgesamt ergibt sich, dass die Beschwerdeführerin vor der Vorinstanz wiederholt Gelegenheit hatte, sich umfassend zur Streitsache vernehmen zu lassen. Selbst zu den Schlussbemerkungen der Gegenpartei äusserte sie sich in zwei Stellungnahmen von sieben bzw. 21 Seiten, mithin auf total 28 Seiten. Zwar mag die von der Verfahrensleitung gesetzte letzte Frist von sieben Wochen- bzw. fünf Arbeitstagen etwas kurz bemessen erscheinen. Die Beschwerdeführerin war aber durchaus in der Lage, ihren Standpunkt bereits vorher sowie innert dieser Frist uneingeschränkt einzubringen und sich zu den Schlussbemerkungen der Beschwerdegegnerin zu äussern. Weder erlitt sie im Vergleich zu ihrer Gegenpartei einen Nachteil, der auf ein unfaires Verfahren hinauslaufen würde, noch wurde ihr ihm Sinne der Verletzung des Replikrechts (vgl. dazu <ref-ruling>; <ref-ruling>) das rechtliche Gehör verweigert. Das Verfahren vor der Vorinstanz leidet demnach nicht an einem entsprechenden Mangel.
5.4. Die Beschwerdeführerin stösst sich sodann daran, dass das Bundesverwaltungsgericht sein Urteil am 27. Juni 2016 und damit nur zwei Wochen nach Ablauf der auf den 13. Juni 2016 verfügten Frist für Schlussbemerkungen gefällt hat. Sie geht davon aus, dass das Urteil im Zeitpunkt der Einsendung der Schlussbemerkungen bereits redigiert war. Es gibt indessen keine Anhaltspunkte für einen unkorrekten Ablauf. Es ist durchaus üblich und zulässig, dass Gerichte ihre Urteile vorbereiten, bevor der Schriftenwechsel vollständig abgeschlossen ist; je nach Dringlichkeit drängt sich ein solches Vorgehen sogar auf. Im vorliegenden Fall lag es geradezu auf der Hand, das Dossier mit Blick auf den Augenschein bereits eingehend zu prüfen und in diesem Rahmen Teile der möglichen Urteilsbegründung zu entwerfen. Entscheidend muss dabei allerdings sein, dass die noch eingehenden Eingaben die nötige Beachtung finden, d.h. in das Ergebnis wie auch in die Begründung einfliessen bzw. den Verfahrensausgang in angemessener Weise beeinflussen, soweit sie dafür beachtlich sind. Anhaltspunkte dafür, dass das hier nicht zutreffen würde und das Verfahren in diesem Sinne unkorrekt abgelaufen wäre, sind nicht ersichtlich und werden von der Beschwerdeführerin auch nicht konkret dargetan.
5.5. Die Beschwerdeführerin sieht eine weitere Gehörsverletzung darin, dass die später verfügten Auflagen nicht vor Fällung des angefochtenen Entscheids thematisiert worden seien und sie sich nicht vorweg dazu habe äussern können. Dies gelte insbesondere für die durch das Bundesverwaltungsgericht vorgenommene Änderung des Barrierenbetriebs sowie der angeordneten Kontrolle der Piloten. Sicherheitsthemen seien bei der Instruktionsverhandlung vom 18. Februar 2016 ohnehin kaum diskutiert worden. Auch dieser Einwand ist unbegründet, lagen doch gerade Sicherheitsfragen der erstinstanzlichen Verfügung des BAZL zugrunde. Die vom Barrierenbetrieb betroffene Verkehrslage wird darin sogar als Hauptproblembereich bezeichnet und die Frage der Zulassung einer beschränkten Auswahl von Piloten zur fraglichen SID WIL 1A bildete ebenfalls Gegenstand der erstinstanzlichen Verfügung. Die Thematik war damit nicht unvorhersehbar. Der verfassungsrechtliche Gehörsanspruch vermittelt einzig das Recht, sich vor Entscheidfällung zur Streitsache zu äussern. Über diese Gelegenheit verfügte die Beschwerdeführerin. Die Behörden sind hingegen nicht verpflichtet, den Verfahrensbeteiligten das konkret vorgesehene Erkenntnis zur Stellungnahme vorzulegen. Auch insofern wurde der Beschwerdeführerin das Gehör demnach nicht verweigert.
5.6. Die Beschwerdeführerin macht ferner geltend, die Vorinstanz sei über die Anträge der damaligen Beschwerdeführer und heutigen Beschwerdegegner hinausgegangen. Darin liege gegenüber der Beschwerdeführerin und damaligen Beschwerdegegnerin ein Verstoss gegen das Verschlechterungsverbot und damit wiederum gegen das Gebot eines fairen Verfahrens. Nach den Grundsätzen der reformatio in peius hätte sie in Anwendung von <ref-law> zumindest vorweg dazu angehört werden müssen.
Verfahrensgegenstand bildete von Beginn an die SID WIL 1A, die in der Folge vom BAZL als separater Anhang zum Betriebsreglement des Flugplatzes Buochs verfügt wurde. Damit stellte das Betriebsreglement von Anfang an zumindest indirekt ein Verfahrensthema dar. Vor dem Bundesverwaltungsgericht bildete Streitgegenstand die Zulässigkeit des verfügten Anhangs zum Betriebsreglement mit den entsprechenden Auflagen. Dass dabei auch die Rechtmässigkeit des dem Anhang zugrunde liegenden Betriebsreglements zum Thema werden könnte, erscheint logisch und war vorhersehbar. Die damaligen Beschwerdeführer und heutigen Beschwerdegegner beantragten vor der Vorinstanz die Aufhebung der Verfügung des BAZL unter Neuformulierung der angeordneten Auflagen. In maiore minus verzichtete das Bundesverwaltungsgericht auf eine ersatzlose Aufhebung der bei ihm angefochtenen Verfügung zur SID WIL 1A, was die gänzliche Einstellung des Instrumentenflugverfahrens auf dem Flugplatz Buochs zur Folge gehabt hätte, und formulierte die Auflagen und Bedingungen um. Daran ändern die missverständlichen Ausführungen der Vorinstanz zum Streitgegenstand nichts; massgeblich ist vielmehr, was das Bundesverwaltungsgericht im Urteilsdispositiv angeordnet hat. Insoweit hält sich sein Urteil durchaus an den Gegenstand der ursprünglichen Verfügung des BAZL und an den von den Rechtsbegehren der damaligen Beschwerdeführer vorgegebenen Rahmen. Da die Thematik in diesem Sinne bereits mit der Verfügung des BAZL vorgegeben und uneingeschränkt vorhersehbar war, liegt auch hierin keine Gehörsverletzung.
5.7. Schliesslich rügt die Beschwerdeführerin einen Verstoss gegen die aus <ref-law> abgeleitete Pflicht zur ausreichenden Begründung eines Entscheides. Das Bundesverwaltungsgericht habe sich mit einzelnen ihrer Argumente nicht auseinandergesetzt und sein Urteil sei in verschiedenen Punkten nur schwer nachvollziehbar. Nach der Rechtsprechung darf sich eine Behörde bei der Begründung eines Entscheides jedoch auf die wesentlichen Gesichtspunkte beschränken und braucht sich nicht mit jedem sachverhaltlichen oder rechtlichen Einwand zu befassen (<ref-ruling> E. 5.1 S. 237 mit Hinweisen). Das angefochtene Urteil umfasst 79 Seiten, ist keineswegs schwer verständlich und setzt sich detailliert mit der Streitsache und deren verschiedenen Facetten auseinander. Die Beschwerdeführerin vermochte das Urteil auch sachgerecht anzufechten. Das Bundesverwaltungsgericht ist seiner Begründungspflicht mithin ausreichend nachgekommen.
5.8. Insgesamt verletzt der angefochtene Entscheid das Gebot des fairen Verfahrens und den Anspruch der Beschwerdeführerin auf rechtliches Gehör demnach nicht.
6.
Die Beschwerdeführerin beanstandet, dass das Bundesverwaltungsgericht den damaligen Beschwerdeführern und heutigen Beschwerdegegnern die Legitimation zur Beschwerdeerhebung vor der Vorinstanz zugesprochen habe. Das Bundesverwaltungsgericht bejahte trotz getrennter Einreichung der Beschwerden auch die Legitimation des SBFB mit dem Argument, es handle sich um eine gemeinsame Beschwerdeführung mit A._, weshalb dessen Beschwerdeberechtigung ausreiche. Diese Argumentation erscheint fragwürdig. Wie es sich damit verhält, kann jedoch dahingestellt bleiben. Das Bundesgericht entschied nämlich bereits in seinem Urteil 1A.365/1999 vom 12. April 2002, dass A._ angesichts der Lage seines Grundstücks zur Erhebung von Rechtsmitteln gegen die Änderung des Betriebsreglements des Flugplatzes Buochs berechtigt ist. Daran ist festzuhalten, hat sich die entsprechende Ausgangslage doch nicht verändert und bringt die Beschwerdeführerin nichts vor, was die damalige Beurteilung in Frage stellen könnte. Damit kam es für das grundsätzliche Eintreten vor der Vorinstanz auf die Legitimation des SBFB nicht an. Diese musste nicht noch eingehend geprüft werden, da die bei der Vorinstanz eingereichte Beschwerde ohnehin zu behandeln war. Das Bundesverwaltungsgericht durfte mithin von der aufwendigen Kontrolle und Unterscheidung von Mitgliedern und Gönnern beim SBFB absehen, um dessen Legitimation beurteilen zu können. Analoges gilt im Übrigen für die Parteistellung der Beschwerdegegner im bundesgerichtlichen Verfahren, und es rechtfertigt sich auch insofern ein entsprechender Verzicht auf weitere Abklärungen.
7. Inhaltlich stützt sich der angefochtene Entscheid im Wesentlichen auf das Luftfahrt- und Umweltschutzrecht des Bundes.
7.1. Nach Art. 38 Abs. 1 des Bundesgesetzes vom 21. Dezember 1948 über die Luftfahrt (Luftfahrtgesetz, LFG; SR 748.0) sind die bundeseigenen Flugplätze auch für die Benützung durch die Zivilluftfahrt freigegeben, soweit es die militärischen Interessen erlauben. Für den Betrieb aller anderen als dem öffentlichen Verkehr dienenden zivilen Flugplätze ist eine Betriebsbewilligung des BAZL erforderlich (Art. 36 Abs. 1 LFG). Nach Art. 36c LFG muss der Flugplatzhalter ein Betriebsreglement erlassen (Abs. 1); darin sind die im Sachplan Infrastruktur der Luftfahrt, in der Konzession oder in der Betriebsbewilligung sowie in der Plangenehmigung vorgegebenen Rahmenbedingungen konkret auszugestalten, wobei insbesondere die Organisation des Flugplatzes, die An- und Abflugverfahren sowie die besonderen Vorschriften für die Benützung des Flugplatzes festzuhalten sind (Abs. 2); der Flugplatzhalter unterbreitet das Betriebsreglement dem BAZL zur Genehmigung (Abs. 3). Hat eine Änderung des Betriebsreglements wesentliche Auswirkungen auf die Fluglärmbelastung, so ist das Gesuch den betroffenen Kantonen zur Stellungnahme zuzustellen, in den massgebenden amtlichen Publikationsorganen zu veröffentlichen und öffentlich aufzulegen (Art. 36d LFG). Nach Art. 15 LFG steht dem BAZL die Kompetenz für besondere polizeiliche Massnahmen zu, namentlich zur Wahrung der Flugsicherheit und zur Bekämpfung des Fluglärms, und zwar bei der Erteilung einer Bewilligung oder durch besondere Verfügung.
7.2. Nach Art. 3 der Verordnung über die Infrastruktur der Luftfahrt (VIL) müssen Flugplätze so ausgestaltet, organisiert und geführt sein, dass der Betrieb geordnet ist und die Sicherheit für Personen und Sachen bei der Bereitstellung von Luftfahrzeugen, beim Ein- und Aussteigen, beim Beladen und Entladen, beim Rollen mit Flugzeugen oder Bodenfahrzeugen, bei Starts und Landungen sowie bei An- und Abflügen stets gewährleistet ist. Das BAZL nimmt entsprechende luftfahrtspezifische Prüfungen vor (<ref-law>).
<ref-law> verpflichtet den zivilen Flugplatzhalter im Falle einer häufigen zivilen Benützung eines Militärflugplatzes, ein Flugplatzbetriebsreglement zu erstellen; dieses sowie allfällige nachträgliche Änderungen bedürfen der Genehmigung durch das BAZL, das dazu vorher die Zustimmung der zuständigen Stelle des Eidgenössischen Departements für Verteidigung, Bevölkerungsschutz und Sport (VBS) einholt (Abs. 2); die Bestimmungen über die Betriebsreglemente für zivile Flugplätze finden dabei sinngemäss Anwendung (Abs. 3). <ref-law> bestimmt das Verfahren zur Umnutzung von Militärflugplätzen in zivile Flugplätze.
Nach <ref-law> regelt das Betriebsreglement den Flugplatzbetrieb in allen Belangen; es enthält insbesondere Vorschriften über die Organisation des Flugplatzes (lit. a), die Betriebszeiten (lit. b), die An- und Abflugverfahren (lit. c) sowie die Benützung von Flugplatzanlagen durch Passagiere, Luft- und Bodenfahrzeuge sowie sonstige Benützer (lit. d). Gemäss <ref-law> sind das Betriebsreglement sowie Änderungen desselben namentlich zu genehmigen, wenn der Inhalt den Zielen und Vorgaben des SIL entspricht (lit. a), die Vorgaben der Betriebskonzession oder -bewilligung und der Plangenehmigung umgesetzt sind (lit. b), die luftfahrtspezifischen Anforderungen sowie die Anforderungen der Raumplanung und des Umwelt-, Natur- und Heimatschutzes erfüllt sind (lit. c), der Lärmbelastungskataster festgesetzt werden kann (lit. d), bei Flugfeldern der Hindernisbegrenzungsflächen-Kataster festgesetzt werden kann (lit. e) und die Voraussetzungen für die Gewährleistung der Sicherheit gemäss <ref-law> erfüllt sind (lit. f), wo sich ergänzende Bestimmungen finden. Nach <ref-law> verfügt das BAZL zur Anpassung an den rechtmässigen Zustand Änderungen des Betriebsreglements, wenn veränderte rechtliche oder tatsächliche Verhältnisse dies erfordern. Unabhängig davon kann das BAZL auch als Aufsichtsbehörde von Amtes wegen einschreiten und die notwendigen Massnahmen ergreifen (Art. 3b Abs. 1 und 2 VIL).
7.3. Nach Art. 11 des Bundesgesetzes vom 7. Oktober 1983 über den Umweltschutz (Umweltschutzgesetz, USG; SR 814.01) sind die Emissionen ortsfester Anlagen durch Massnahmen bei der Quelle zu begrenzen (Emissionsbegrenzungen; Abs. 1); unabhängig von der bestehenden Umweltbelastung sind Emissionen im Rahmen der Vorsorge so weit zu begrenzen, als dies technisch und betrieblich möglich und wirtschaftlich tragbar ist (Abs. 2); die Emissionsbegrenzungen werden verschärft, wenn feststeht oder zu erwarten ist, dass die Einwirkungen unter Berücksichtigung der bestehenden Umweltbelastung schädlich oder lästig werden (Abs. 3). Für die Beurteilung der schädlichen oder lästigen Einwirkungen legt der Bundesrat durch Verordnung Immissionsgrenzwerte fest (<ref-law>). Insbesondere für Lärm sind die Immissionsgrenzwerte so festzulegen, dass nach dem Stand der Wissenschaft oder der Erfahrung Immissionen unterhalb dieser Werte die Bevölkerung in ihrem Wohlbefinden nicht erheblich stören (<ref-law>).
7.4. Die Belastungsgrenzwerte für den Lärm ziviler Flugplätze und von Militärflugplätzen sind in den Anhängen 5 und 8 zur Lärmschutz-Verordnung vom 15. Dezember 1986 (LSV; SR 814.41) festgelegt. Nach <ref-law> müssen bei der Änderung einer bestehenden ortsfesten Anlage die Lärmemissionen der neuen oder geänderten Anlageteile nach den Anordnungen der Vollzugsbehörde so weit begrenzt werden, als dies technisch und betrieblich möglich sowie wirtschaftlich tragbar ist. Art. 8 Abs. 2 und 3 LSV enthalten Bestimmungen über die zu ergreifenden Massnahmen gegen den Lärm bei einer wesentlichen Änderung einer Anlage. Da das Bundesverwaltungsgericht in E. 8.5 des angefochtenen Entscheids eine solche wesentliche Änderung verneint hat und dies nicht angefochten wird, ist darauf jedoch nicht weiter einzugehen.
7.5. Im vorliegenden Fall besteht für den Flugplatz Buochs seit 1982 ein ziviles Betriebsreglement. Ein 1998 vom BAZL genehmigtes neues Betriebsreglement hob das Bundesgericht in seinem Urteil 1A.365/ 1999 vom 12. April 2002 auf, im Wesentlichen weil sich die dem Reglement zugrunde gelegten Lärmprognosen als falsch erwiesen hatten. In der Folge genehmigte das BAZL das Betriebsreglement vom 16. Dezember 2002 ohne formelles Genehmigungs- und Bewilligungsverfahren durch blossen "Genehmigungsstempel". Dieses Reglement erfüllt die Voraussetzungen von Art. 36c LFG sowie <ref-law> offenkundig weder inhaltlich noch prozessual, was allen Verfahrensbeteiligten bewusst ist. Ebenfalls grundsätzlich unbestritten ist, dass die für Flugplätze geltenden Lärmschutzbestimmungen einzuhalten sind. Das BAZL stützte seine Zuständigkeit im vorliegenden Verfahren gemäss E. 1 seiner Verfügung vom 10. November 2014 auf <ref-law> sowie auf Art. 15 LFG. Es verfügte insbesondere gestützt auf <ref-law> in Ziff. 3 seines Entscheids und als Anhang zum Betriebsreglement von 1982 direkt das umstrittene Abflugverfahren SID WIL 1A. Auch das Bundesverwaltungsgericht berief sich für seine im angefochtenen Urteil formulierten Bedingungen und Auflagen auf diese letzte Bestimmung.
8.
8.1. Unter den Verfahrensbeteiligten ist strittig, ob das Bundesverwaltungsgericht im Verfahren der Verwaltungsgerichtsbeschwerde derart korrigierend eingreifen durfte, wie es das mit dem angefochtenen Urteil getan hat. Die Beschwerdeführerin und das BAZL vertreten die Ansicht, die Vorinstanz habe sich die Befugnisse einer Aufsichtsbehörde angemasst und ihre Kognition als Rechtsmittelinstanz überschritten. Soweit die Beschwerdeführerin allerdings konkret rügt, das Bundesverwaltungsgericht habe unzuständigerweise in die Aufsichtstätigkeit des Bundes eingegriffen, nennt sie keine Bestimmung des Bundesrechts, die verletzt worden sein sollte.
8.2. Nach <ref-law> (i.V.m. Art. 37 VGG) entscheidet das Bundesverwaltungsgericht grundsätzlich mit freier Kognition. Es überprüft die angefochtene Verfügung auf Rechtsverletzungen unter Einschluss von Rechtsfehlern bei der Ermessensausübung, auf unrichtige oder unvollständige Feststellung des Sachverhalts sowie auf Unangemessenheit. Im vorliegenden Zusammenhang liegt keine Ausnahme von diesem Beurteilungsspielraum vor. Allerdings auferlegt sich das Bundesverwaltungsgericht, wie es auch in E. 2 des angefochtenen Urteils ausführt, eine gewisse Zurückhaltung und greift nicht leichthin in den Beurteilungsspielraum der rechtsanwendenden Behörde ein, wenn diese den örtlichen, technischen und persönlichen Verhältnissen näher steht als die Beschwerdeinstanz. Es korrigiert eine unangemessene Entscheidung, überlässt aber der unteren Instanz die Wahl zwischen mehreren sachgerechten Lösungen. Geht es um die Beurteilung ausgesprochener Spezialfragen, in denen seine Vorinstanz über besonderes Fachwissen verfügt, kann sich das Bundesverwaltungsgericht eine gewisse Zurückhaltung auferlegen, ohne damit seine Kognition in unzulässiger Weise zu beschränken (vgl. auch <ref-ruling> E. 2.2.1 S. 188 f.).
8.3. Zwar handelt es sich beim Bundesverwaltungsgericht nicht um die Aufsichtsinstanz über das BAZL und es übt erst recht nicht die Aufsicht über den Flugplatz Buochs aus. Wenn aber bei ihm ein Justizverfahren anhängig gemacht wird, darf und muss das Gericht sich mit den ihm unterbreiteten Rügen und den damit verbundenen Rechtsfragen auseinandersetzen. Dass das BAZL einen sicheren und geordneten Betrieb zu gewährleisten hat, ändert nichts an der Pflicht des Bundesverwaltungsgerichts, auf Beschwerde hin nicht nur die Rechtmässigkeit, sondern auch die Angemessenheit der Anordnungen des BAZL zu überprüfen. Würde es dies nicht tun, liefe das auf ein Unterschreiten der Kognition hinaus, was wiederum eine Rechtsverweigerung darstellen würde (<ref-ruling> E. 11.7.1; Urteil des Bundesgerichts 1D_1/2015 vom 1. Juli 2015 E. 2). Wohl trifft es zu, dass die Angemessenheitskontrolle für Justizverfahren eher atypisch ist, weshalb die entsprechende Zuständigkeitsordnung beim Bundesverwaltungsgericht mitunter in der Lehre kritisiert wird. Nach der geltenden gesetzlichen Regelung obliegt dem Bundesverwaltungsgericht jedoch weiterhin die Überprüfung der Angemessenheit. Der Problematik trägt es insofern Rechnung, als es sich insbesondere in Fachfragen zurückhält. Das belegt auch der vorliegende Fall, wo sich das Bundesverwaltungsgericht sogar ausdrücklich unter Hinweis auf die Einschätzung des BAZL verschiedentlich Zurückhaltung auferlegt hat (vgl. etwa E. 7.3.2.3 und 7.3.3.4 des angefochtenen Urteils).
8.4. Für den Flugplatz Buochs gibt es kein Betriebsreglement, das den geltenden gesetzlichen Voraussetzungen entspricht. Das Werkflug-Betriebsreglement der Pilatus AG von 1982 ist schon lange nicht mehr zeitgemäss. Nach den Feststellungen der Vorinstanz und vor allem des BAZL bildet es den aktuellen Flugbetrieb nur sehr unvollständig ab. Dessen Ergänzung von 2002 durchlief nie das gesetzlich vorgesehene Verfahren. Es handelt sich um ein lediglich provisorisches Reglement, und alle Verfahrensbeteiligten gehen heute davon aus, dass es durch ein definitives zu ersetzen ist (vgl. vorne E. 7.5). Das entsprechende Verfahren ist denn auch hängig, bildet hier aber nicht Streitgegenstand. Formell verfügte das BAZL zwar keine Änderung des bestehenden, in diesem Sinne nicht gesetzmässigen Betriebsreglements. Es bezeichnete und erliess seine hier strittige Verfügung aber als direkten Anhang zu diesem Reglement, womit es selbst einen entsprechenden Zusammenhang herstellte. Die strittige Verfügung soll in diesem Sinne offenbar die bestehende Lücke zumindest teilweise schliessen. Diese Einschätzung wird durch die Vernehmlassung des BAZL an das Bundesgericht vom 19. Dezember 2016 erhärtet, worin das BAZL ausführt, es habe mit seiner Verfügung vom 10. November 2014 die SID WIL 1A als Abflugverfahren genehmigt, "um den aus verschiedenen Gründen bestehenden Mangel der bisher nicht formell genehmigten SID WIL 1A rasch zu beheben". Dieser vom BAZL selbst hergestellte enge Konnex belegt, dass die von ihm getroffene Verfügung, auch wenn es sich formell lediglich um eine aufsichtsrechtliche Massnahme handelte, im Ergebnis auf eine Änderung des Betriebsreglements hinauslief. So oder so ist der hier strittige Entscheid des BAZL vom 10. November 2014 wie andere seiner Verfügungen sowie sonstige Behördenentscheide der Justizkontrolle unterworfen, was der verfassungsrechtlichen Rechtsweggarantie entspricht (vgl. <ref-law>).
8.5. Das Bundesverwaltungsgericht ist nicht von Amtes tätig geworden, was es offensichtlich nicht dürfte. Es wurde vielmehr mit Beschwerde angerufen. In diesem Rahmen und angesichts der bei ihm erhobenen Rügen durfte und musste es die Rechtmässigkeit der angefochtenen Verfügung prüfen. Wohl trifft es zu, dass es nicht über den vom Streitgegenstand her abgedeckten und entsprechend thematisch gesetzten Rahmen hinaus gehen darf. Das hat es im vorliegenden Fall aber auch nicht getan. Das angefochtene Urteil hält sich vielmehr an den Bereich luftfahrtrechtlicher Sicherheitsaspekte und des Umwelt- bzw. Lärmschutzes. Im angefochtenen Urteil wird zwar nicht unmittelbar über die Rechtmässigkeit des Betriebsreglements von 1982 bzw. dessen Ergänzung von 2002 entschieden. Inhaltlich nimmt es aber den Zusammenhang auf, den bereits das BAZL zum neuen SID hergestellt hat. Ohne dass direkt über die Rechtmässigkeit des seit Jahren provisorischen Reglements zu befinden ist, spielt dieses zumindest mittelbar eine entscheidende Rolle. Der Streitgegenstand ist dementsprechend zu definieren (vgl. vorne E. 5.6). Aufgrund dieses engen Zusammenhangs, der auf die ursprüngliche Verfügung des BAZL vom 10. November 2014 zurückgeht und von diesem angerufen worden war, stellte sich dem Bundesverwaltungsgericht wenigstens vorfrageweise auch die Frage der Rechtmässigkeit des Betriebsreglements als solchem. Wie es in E. 8.4 zutreffend festhält, wurde die SID schon lange praktiziert, nunmehr jedoch erstmals mit der hier angefochtenen Verfügung genehmigt. Trotz des Fehlens eines den gesetzlichen und verordnungsrechtlichen Anforderungen umfassend entsprechenden Betriebsreglements sah das Bundesverwaltungsgericht davon ab, Instrumentalflüge bzw. das Verfahren SID WIL 1A auf dem Flugplatz Buochs ganz zu untersagen; vielmehr beschränkte es sich darauf, die vom BAZL gemachten Auflagen anzupassen bzw. mit weiteren Auflagen und Bedingungen im Bereich der Sicherheit und des Umweltschutzes zu ergänzen. Das Bundesverwaltungsgericht masste sich insofern nicht unzulässig Kompetenzen an. Inhaltlich blieb die Vorinstanz vielmehr im Rahmen des vom BAZL geregelten Verfügungsgegenstands. Im Ergebnis schöpfte das Bundesverwaltungsgericht damit den ihm zustehenden Beurteilungsspielraum aus, ohne seine Kognition zu überschreiten.
9.
9.1. Die Beschwerdeführerin macht geltend, die Flugsicherungsunternehmung Skyguide sei vom Bundesverwaltungsgericht nicht ins Verfahren einbezogen worden, womit ihr das rechtliche Gehör verweigert worden sei, was einen wesentlichen Verfahrensmangel darstelle. Das BAZL hält diesen Mangel sogar für derart krass, dass es die vom Bundesverwaltungsgericht modifizierten Auflagen zur Startfreigabe (Auflagen a-f der Dispositiv-Ziff. 2 des angefochtenen Entscheids) nachgerade als nichtig einstuft und deren ersatzlose Streichung beantragt. Mithin würden wieder die Auflagen a-e gemäss der Dispositiv-Ziff. 3 der ursprünglichen Verfügung des BAZL vom 10. November 2014 wirksam. Dass das BAZL diese inzwischen durch seine Verfügung vom 12. Oktober 2016 ergänzt hat, ist hier an sich nicht weiter zu berücksichtigen, da es sich um ein Novum handelt (vgl. E. 3.3.2). Dennoch wird auch kurz auf den Standpunkt des BAZL einzugehen sein, wonach der Sicherheitsaufsichtsbereich durch die neue Verfügung definitiv geregelt sei, weil diese nicht angefochten worden sei, womit sich die als nichtig einzustufenden Auflagen des Bundesverwaltungsgerichts erledigt hätten.
9.2. Durch den Nichteinbezug der Skyguide ist die Beschwerdeführerin nicht persönlich betroffen. Grundsätzlich kann sie vor Bundesgericht nicht die Verletzung von Verfahrensrechten Dritter rügen, insbesondere auch nicht einen allfälligen Verstoss gegen den Anspruch auf rechtliches Gehör einer Drittperson, ist ihre Beschwerdeberechtigung doch auf ihre eigenen schutzwürdigen Interessen beschränkt (vgl. <ref-law>). Dies gilt hier um so mehr, als sowohl dem Bund als auch Skyguide selbst die Möglichkeit der Beschwerdeerhebung offen gestanden wäre. Nach <ref-law> steht dem UVEK im Aufgabenbereich des BAZL die Beschwerdelegitimation zu. Das BAZL hätte behördenintern eine entsprechende Beschwerde an das Bundesgericht veranlassen können, hat aber darauf verzichtet, wie es im Übrigen selber ausführt. Skyguide selbst war am Verfahren vor dem Bundesverwaltungsgericht nicht direkt beteiligt. Der Vertreter des VBS, der am Augenschein und an der Instruktionsverhandlung vom 18. Februar 2016 teilnahm, war zwar auch Mitglied des Verwaltungsrates von Skyguide; das bedeutet aber entgegen der Ansicht der Beschwerdegegner nicht, dass damit Skyguide auch formell ins Verfahren einbezogen wurde. Hingegen muss sie sich das Wissen ihres Verwaltungsratsmitglieds anrechnen lassen. Das heisst, dass Skyguide Kenntnis vom vorinstanzlichen Verfahren hatte und selbst hätte intervenieren und ihren Einbezug ins Verfahren beantragen können. Damit besteht erst recht kein Anlass, der Beschwerdeführerin die Möglichkeit der Geltendmachung einer allfälligen Gehörsverletzung gegenüber Skyguide einzuräumen.
9.3. Deutlich zu weit geht die Auffassung des BAZL, die vom Bundesverwaltungsgericht angeordnete Auflage sei nichtig, weil Skyguide dazu nicht angehört worden ist. Besonders schwere Verfahrensmängel können zwar Nichtigkeit begründen. Das gilt insbesondere bei funktioneller oder sachlicher Unzuständigkeit einer Behörde (vgl. <ref-ruling> E. 3.3 S. 495 mit Hinweisen). Eine Gehörsverweigerung führt in aller Regel aber lediglich zur Anfechtbarkeit und nicht zur Nichtigkeit eines Entscheides. Eine allfällige Gehörsverletzung begründet Nichtigkeit jedenfalls dann nicht, wenn die davon betroffene Person wie hier selbst hätte Beschwerde führen können. Überdies verhält es sich auch nicht so, dass eine sicherheitspolizeiliche Massnahme zwingend immer mit der für deren Durchsetzung zuständigen Behörde abgesprochen werden muss, bevor sie angeordnet wird. Die Absprache kann im Bedarfsfall auch nachträglich erfolgen. Im vorliegenden Zusammenhang weist Art. 2 Abs. 6 der Verordnung vom 18. Dezember 1995 über den Flugsicherungsdienst, VFSD; SR 748.132.1) in diese Richtung, wonach die Einzelheiten der von Skyguide zu erbringenden Dienste zwischen den Leistungserbringern und der Kundschaft abzusprechen sind, wobei im Streitfall das BAZL entscheidet.
9.4. Das Vorgehen des BAZL erscheint mit Blick auf die Verbindlichkeit von Justizentscheiden für die Verwaltung bedenklich. Die Urteile der eidgenössischen Gerichte binden auch das BAZL. Dieses ist nicht berechtigt, ein noch nicht rechtskräftiges Gerichtsurteil, das seinen Entscheid korrigiert, auf einer so schwachen Grundlage wie hier (vgl. E. 9.2 und 9.3 hievor) einfach unbeachtet zu lassen und neu zu entscheiden. Zwar erging die Verfügung des BAZL vom 12. Oktober 2016 in einem anderen, separaten Verfahren und sie bildet hier nicht Streitgegenstand, weshalb über deren Rechtmässigkeit im vorliegenden Verfahren auch nicht zu entscheiden ist. Aufgrund des Devolutiveffekts war dem BAZL aber die Zuständigkeit für die Anpassung der vom Bundesverwaltungsgericht im vorliegenden Verfahren angeordneten Sicherheitsauflagen grundsätzlich entzogen. Im Übrigen hätte es selbst, wie bereits dargelegt, beim Departement eine Überprüfung des Urteils des Bundesverwaltungsgerichts durch Einreichung einer Behördenbeschwerde beim Bundesgericht veranlassen können. Namentlich bei neu auftretenden, dringlichen Sicherheitsproblemen, die nach Auffassung des BAZL umgehend behoben werden müssten, stünde es dem Amt frei, bei der Vorinstanz oder nach deren Urteil beim Bundesgericht entsprechende vorsorgliche Massnahmen zu beantragen, die gegebenenfalls superprovisorisch angeordnet werden können.
9.5. Im vorliegenden Fall ist demnach davon auszugehen, dass die vom Bundesverwaltungsgericht angeordneten Auflagen nicht nichtig sind und die Beschwerdeführerin nicht berechtigt ist, eine eventuell gegenüber der Skyguide begangene Gehörsverletzung durch die Vorinstanz zu rügen.
10.
10.1. Das angefochtene Urteil des Bundesverwaltungsgerichts stützt sich auf die einschlägigen Bestimmungen des Luftfahrt- und Umweltschutzrechts des Bundes. Insbesondere sind nach <ref-law> das Betriebsreglement sowie dessen Änderungen unter den darin genannten Voraussetzungen zu genehmigen. Dazu zählt namentlich, dass der Lärmbelastungskataster und bei Flugfeldern der Hindernisbegrenzungsflächen-Kataster festgesetzt werden können und die Voraussetzungen für die Gewährleistung der Sicherheit gemäss <ref-law> erfüllt sind. Die Beschwerdeführerin ist der Ansicht, das BAZL habe nicht gestützt auf <ref-law> eine Änderung des Betriebsreglements, sondern in Anwendung von <ref-law> dessen Anpassung verfügt, was erleichtert möglich sei und insbesondere ausserhalb eines formellen Genehmigungsverfahrens erfolgen könne.
Der Auffassung der Beschwerdeführerin kann nicht gefolgt werden. Auch wenn sich das BAZL in seiner Verfügung vom 10. November 2014 neben seiner aufsichtsrechtlichen Kompetenzen nach <ref-law> und Art. 15 LFG auch direkt auf <ref-law> berufen hat, ändert dies nichts daran, dass es sich bei der erstmaligen Einführung des Instrumenten-Abflugverfahrens (SID) auf dem Flugplatz Buochs aus Umweltschutz- und Sicherheitsgründen um eine Änderung des Betriebsreglements handelt, welche die Voraussetzungen von <ref-law> erfüllen muss. Dies ergibt sich aus <ref-law>, wonach das Betriebsreglement den Flugplatzbetrieb in allen Belangen regelt und namentlich Vorschriften über die An- und Abflugverfahren enthält; dabei handelt es sich gemäss <ref-law> um wesentliche Vorschriften, die im AIP zu veröffentlichen sind. Das Verhältnis zwischen Art. 25 und 26 VIL braucht hier nicht im Detail geklärt zu werden. Jedenfalls ist das BAZL nach der Rechtsprechung befugt, die Vereinbarkeit eines veralteten Betriebsreglements mit der geltenden Umweltgesetzgebung im Rahmen einer Reglementsanpassung gestützt auf <ref-law> zu überprüfen (Urteil 1A.18/2001 vom 29. Oktober 2001 E. 7d).
10.2. Die vom Bundesverwaltungsgericht angeordneten Bedingungen und Auflagen dienen der Sicherheit und dem Lärmschutz. Sie finden im Luftfahrtgesetz und in <ref-law> sowie dem jeweiligen entsprechenden Verordnungsrecht eine genügende Grundlage (vgl. <ref-law>). Soweit die Beschwerdeführerin im Übrigen einen Verstoss gegen das Vorsorgeprinzip von <ref-law> rügt, erweist sich ihre Begründung als unsubstanziiert und nicht geeignet, eine Bundesrechtsverletzung darzutun. Das Bundesverwaltungsgericht sah ausdrücklich von der Anordnung vorsorglicher Massnahmen ab und begründete dies in E. 8.6 des angefochtenen Urteils ausführlich. Weshalb der angefochtene Entscheid dennoch <ref-law> verletzen sollte, erläutert die Beschwerdeführerin nicht in nachvollziehbarer Weise. Die strittigen Anordnungen verfolgen sodann zulässige öffentliche Interessen (vgl. <ref-law>). Zu prüfen bleibt jedoch die Verhältnismässigkeit der verfügten Massnahmen (vgl. ebenfalls <ref-law>).
10.3. In Dispositiv-Ziff. 3 formuliert das angefochtene Urteil drei Bedingungen.
10.3.1. Die in den Bedingungen a und b verlangte Einleitung je eines Verfahrens zur Festlegung des Lärmbelastungskatasters (LBK) und des Hindernisbegrenzungsflächen-Katasters (HBK) durch die Beschwerdeführerin ist mit Art. 25 Abs. 1 lit. d und e VIL vereinbar und grundsätzlich auch verhältnismässig. Analoges gilt mit Blick auf <ref-law> für das in Bedingung c verlangte Erfordernis der Einreichung eines Gesuches für ein neues Betriebsreglement durch die Beschwerdeführerin.
10.3.2. Die Beschwerdeführerin beanstandet aber auch die ihr in allen drei Bedingungen gesetzte Frist von einem Jahr. Diese sei viel zu kurz, unrealistisch und daher unverhältnismässig. Die Frist beginnt allerdings erst nach Rechtskraft des vorliegenden Urteils zu laufen. Sie ist überdies daran zu messen, dass es für den Flugplatz Buochs seit Jahren am gesetzlich erforderlichen Betriebsreglement mit den ebenfalls vorgeschriebenen Lärmbelastungs- und Hindernisbegrenzungsflächen-Katastern fehlt. Der Beschwerdeführerin musste schon seit Jahren bewusst sein, dass diese Aufgabe auf sie zukommt, und sie legt nicht substanziiert dar, weshalb deren Erfüllung nicht innert eines Jahrs möglich sein sollte. Angesichts dessen besteht durchaus eine gewisse zeitliche Dringlichkeit und erweist sich die Frist von einem Jahr nicht als unverhältnismässig. Zu unterstreichen ist dabei auch der Unterschied, dass zwar die beiden Kataster innert eines Jahres festgesetzt sein müssen, die Beschwerdeführerin für ein neues Betriebsreglement innerhalb dieser Frist aber lediglich ein Gesuch einzureichen hat. Die Auflage ist auch nicht mit Blick auf das laufende Umnutzungsverfahren überflüssig. Erstens ist zurzeit nicht vorhersehbar, wann dieses rechtskräftig abgeschlossen sein wird, und zweitens ergeben sich inhaltlich ohnehin Synergieeffekte. Im Übrigen erscheint unter dem Gesichtspunkt der Verhältnismässigkeit nicht ausgeschlossen, dass das BAZL der Beschwerdeführerin eine zeitlich mässige Fristerstreckung gewähren könnte, wenn diese aus objektiven und zwingenden Gründen nicht in der Lage wäre, den ihr gesetzten Termin einzuhalten, solange die Bedingung des Bundesverwaltungsgerichts nicht im Kern verändert wird.
10.4. Weiter enthält das angefochtene Urteil in der gleichen Dispositiv-Ziff. 3 sieben neue bzw. modifizierte Auflagen (Auflagen a-g) und bestätigt die vom BAZL verfügten Auflagen gemäss dessen Dispositiv-Ziff. 3 lit. c-e der Verfügung vom 10. November 2014 (Auflage h). Diese Auflagen enthalten Voraussetzungen und Regeln für die Startfreigabe, die für die Anwendung des Verfahrens SID WIL 1A erfüllt sein bzw. eingehalten werden müssen. Die Beschwerdeführerin ficht die Auflagen a, c, e und f an, nicht hingegen die Auflagen b, d, g und h. Im Wesentlichen hält sie die beanstandeten Auflagen als unverhältnismässig.
10.4.1. Soweit die Auflagen Sicherheitsbestimmungen für den Pistenbereich unter Einschluss der Barrierenregelung, zur Kontrolle der Piloten sowie zur Beschränkung der Erteilung der Starterlaubnis durch die Flugsicherung enthalten (angefochtene Auflagen a, e und f), sind sie nicht zu beanstanden. Sie dienen insofern öffentlichen Sicherheitsinteressen und sind zu deren Wahrnehmung geeignet, erforderlich und zumutbar. Was die Beschwerdeführerin dagegen vorbringt, überzeugt nicht. Insbesondere erweisen sich die systematischen Kontrollen der SID-Benutzer nicht als unverhältnismässig. Nachdem bereits das BAZL angeordnet hatte, das Verfahren SID WIL 1A werde nur für die Piloten der Pilatus AG und deren Kunden zugelassen, erscheint es sinnvoll und nötig, die Einhaltung dieser Auflage auch zu überprüfen. Wie sich aus E. 7.2.3.3 des angefochtenen Urteils ergibt, werden bereits heute zahlreiche Informationen über die startenden Flugzeuge erhoben. Es ist eine geeignete und mit wenig Aufwand verbundene Massnahme, die verlangten zusätzlichen Angaben einzuholen. Analoges gilt für die Beschränkung der Kompetenz für die Starterlaubnis auf die Flugsicherung sowie für die angeordnete Handhabung der Barrieren. Es leuchtet insbesondere ohne weiteres ein, dass es gefährlich ist, wenn sich bei Starts und Landungen Personen oder Fahrzeuge eingeschlossen zwischen Barrieren im Pistenbereich aufhalten. Einen entsprechenden Regelungsbedarf anerkannte letztlich auch das BAZL durch den Erlass seiner nachmaligen Verfügung vom 12. Oktober 2016. Die spezifische Anforderung, im Bedarfsfall durch eine vorgeschriebene nochmalige Öffnung der Barrieren die Anwesenheit von Personen und Fahrzeugen zwischen den Barrieren zu vermeiden, ist den Flugplatzbetreibern bzw. der für sie handelnden Personen namentlich der Flugsicherung zumutbar. Insoweit ist der angefochtene Entscheid mithin zu schützen.
10.4.2. Was die vom Bundesverwaltungsgericht aus Gründen des Lärmschutzes angeordnete zeitliche Beschränkung der SID betrifft, handelt es sich bei einer solchen aus einer allgemeinen Sicht an sich um eine taugliche Massnahme der Emissionsbegrenzung. Im vorliegenden Fall trifft dies indessen nicht zu. Die zeitliche Beschränkung der SID WIL 1A (angefochtene Auflage c) ist hier nicht geeignet, die Immissionen zu reduzieren. Am Augenschein des Bundesverwaltungsgerichts und der daran anschliessenden Instruktionsverhandlung vom 18. Februar 2016 hat sich ergeben, dass das SID-Verfahren aufgrund des steileren Steigwinkels gegenüber den Starts nach Sichtflug nicht zu mehr, sondern zu weniger Lärmimmissionen führt. Das gilt auch für das Winterhalbjahr, nicht zuletzt weil die Pilatus AG haushälterisch mit dem verfügbaren Kontingent für Instrumentalflüge umgehen muss. Von diesen Zusammenhängen ging auch das Bundesverwaltungsgericht in E. 8.5.4.3 und 8.5.4.4 des angefochtenen Urteils aus. Die entsprechenden Feststellungen sind nachvollziehbar und für das Bundesgericht verbindlich (vgl. E. 1.5). Die vom Bundesverwaltungsgericht festgesetzten Betriebszeiten gelten nur für Instrumentalflüge. Sie schliessen Sichtflüge, die gerade mit vermehrten Lärmimmissionen verbunden wären, ausserhalb der Betriebszeiten, insbesondere in den Abendstunden und am Wochenende, nicht aus. Sie könnten sogar zu heiklen Sichtflügen bei schwierigen Wetterverhältnissen führen und damit auch das Gefahrenpotenzial erhöhen. Damit könnte die Beschränkung der Betriebszeiten sogar die gegenteilige als die beabsichtigte Wirkung erzielen. Die Begrenzung der Betriebszeiten ist auch nicht erforderlich, da die SID-Abflüge ohnehin bis zur Rechtskraft des neuen Betriebsreglements auf 500 Bewegungen pro Jahr beschränkt sind und mit der Begrenzung der Betriebszeiten die Zahl der Flüge nicht reduziert wird. Überdies gelten die im provisorischen Betriebsreglement von 2002 für Sicht- sowie Instrumentalflüge vorgeschriebenen Betriebszeiten weiterhin. Sie wurden auch in der Verfügung vom BAZL vom 10. November 2014 nicht aufgehoben. Damit bleibt der Lärmschutz in zeitlicher Hinsicht gewährleistet. Die in Dispositiv-Ziff. 3 des angefochtenen Urteils formulierte Auflage c ist demnach aufzuheben und gemäss dem Antrag der Beschwerdeführerin durch folgende Anordnung zu ersetzen:
"Starts nach der SID WIL 1A dürfen bis zur Genehmigung des neuen Betriebsreglements nur während den publizierten Flugplatzbetriebszeiten erfolgen."
10.5. Damit ergibt sich, dass aus Gründen der Verhältnismässigkeit die in Dispositiv-Ziff. 3 des angefochtenen Urteils aufgeführte Auflage c gemäss dem Antrag der Beschwerdeführerin neu zu formulieren ist. Im Übrigen sind die Bedingungen und Auflagen der Vorinstanz zu bestätigen.
11.
Die Beschwerdeführerin macht verschiedentlich geltend, der angefochtene Entscheid sei willkürlich im Sinne von <ref-law>. Sie nennt indes keine gesetzliche Bestimmung oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz, die bzw. der qualifiziert falsch angewandt worden sein sollte und nicht bereits auf einfache Bundesrechtsverletzung hin angerufen und entsprechend in den vorstehenden Erwägungen geprüft worden ist. Das gilt namentlich für die Frage der Verhältnismässigkeit des angefochtenen Entscheids. Die erhobene Willkürrüge greift mithin ins Leere.
12.
Die Beschwerdeführerin rügt einen Verstoss gegen das Datenschutzrecht des Bundes. Bei der vom Bundesverwaltungsgericht angeordneten systematischen Erfassung aller Piloten, die das Abflugverfahren SID WIL 1A anwenden, handle es sich um Personendaten. Dafür fehle es an der nach Art. 17 des Bundesgesetzes vom 19. Juni 1992 über den Datenschutz (DSG; SR 235.1) erforderlichen gesetzlichen Grundlage. Die Begründung dieser Rüge ist rudimentär, weshalb auch nur im entsprechenden Umfang kurz darauf einzugehen ist. Gemäss Art. 17 Abs. 1 DSG dürfen Organe des Bundes Personendaten bearbeiten, wenn dafür eine gesetzliche Grundlage besteht. Die Bearbeitung besonders schützenswerter Personendaten und von Persönlichkeitsprofilen bzw. schwerwiegende Eingriffe in das Recht auf informationelle Selbstbestimmung gemäss <ref-law> setzen eine formelle gesetzliche Grundlage voraus (vgl. Art. 17 Abs. 2 DSG und Art. 36 Abs. 1 zweiter Satz BV sowie <ref-ruling> E. 3 S. 257 ff.). Im vorliegenden Zusammenhang handelt es sich nicht um einen dieser qualifizierten Tatbestände, weshalb die Grundlage in einer Verordnungsbestimmung ausreicht. Nach <ref-law> erhebt und übermittelt der Flugplatzhalter dem BAZL die für die Durchführung der Aufsicht erforderlichen Daten zum Flugplatzbetrieb, was als gesetzliche Grundlage genügt. Die Beschwerdeführerin legt jedenfalls nicht ausreichend dar, weshalb dies hier nicht so sein sollte.
13.
13.1. Die Beschwerdeführerin macht geltend, das angefochtene Urteil verletze die Wirtschaftsfreiheit nach <ref-law> und das Gebot der Rechtsgleichheit gemäss <ref-law>.
13.2. Wieweit die Beschwerdeführerin in ihrer wirtschaftlichen Tätigkeit berührt und dies verfassungsrechtlich wesentlich ist, kann hier offenbleiben. Insbesondere legt sie erneut nicht zureichend dar, inwiefern sie mit Blick auf die zivile Nutzung des Flugplatzes Buochs durch die Pilatus AG und deren Kunden in einem massgeblichen Konkurrenzverhältnis zu anderen Flugplätzen stehen und insofern in ihrer Wirtschaftsfreiheit beeinträchtigt sein sollte. Soweit ein Eingriff in die Wirtschaftsfreiheit vorläge, würde dieser auf einer ausreichenden gesetzlichen Grundlage im Luftfahrt- und Umweltschutzgesetz beruhen und im grundsatzkonformen und damit zulässigen (vgl. <ref-law>) öffentlichen Interesse der luftfahrtspezifischen Sicherheit und des Umweltschutzes liegen. Soweit der angefochtene Entscheid auch verhältnismässig ist, erweist sich der Grundrechtseingriff mithin als gerechtfertigt und verfassungskonform (vgl. <ref-law>).
13.3. Was den behaupteten Verstoss gegen das Rechtsgleichheitsgebot betrifft, legt die Beschwerdeführerin ebenfalls nicht dar, inwiefern sie von einer massgeblichen Ungleichbehandlung berührt sein bzw. worin die Vergleichbarkeit ihrer Situation mit derjenigen anderer Flugplätze liegen sollte. Insbesondere belegt sie nicht, dass es auch andere in der Grösse und Nutzung vergleichbare Flugplätze mit ziviler Nutzung gibt, die über kein dem geltenden Recht entsprechendes Betriebsreglement verfügen und bei denen der Instrumentenflug nach langjähriger Duldung eines an sich gesetzwidrigen Zustandes durch Verfügung geregelt wird. Dies gilt ebenfalls, soweit die Beschwerdeführerin geltend macht, der Möglichkeit beraubt zu sein, bis zum Erlass des definitiven Betriebsreglements das Instrumentalflugverfahren ohne Flugverkehrskontrolldienst ("sog. IFR [Instrument Flight Rules] without ATC [Air Traffic Control]") anzuwenden (vgl. Art. 20 Abs. 3 der Verordnung des UVEK vom 20. Mai 2015 über die Verkehrsregeln für Luftfahrzeuge, VRV-L; SR 748.121.11), wovon sie ohne Betriebsreglement ausgeschlossen sei. Auch insofern finden sich keine Anhaltspunkte dafür, dass die Ausgangslage bei der Beschwerdeführerin mit derjenigen anderer Flugplatzbetreiber vergleichbar wäre.
14.
Schliesslich macht die Beschwerdeführerin geltend, die Verlegung der Gerichts- und Parteikosten durch die Vorinstanz sei bundesrechtswidrig. Genau genommen hätte sie dazu in ihren Anträgen auch die Aufhebung von Ziff. 5 und nicht nur Ziff. 6 des Dispositivs des angefochtenen Urteils beantragen müssen. Dabei dürfte es sich um ein Versehen handeln. Das Bundesgericht kann aber die Verteilung der Kosten und Entschädigungen im vorinstanzlichen Verfahren ohnehin von Amtes wegen anpassen, wenn es den angefochtenen Entscheid abändert (vgl. Art. 67 und 68 Abs. 5 BGG). In der Regel weist das Bundesgericht diesen Regelungspunkt an die Vorinstanz zurück (vgl. <ref-law>). Ob die Verlegung der Kosten und Entschädigungen im angefochtenen Urteil bundesrechtswidrig ist, kann in diesem Sinne offenbleiben, da das Bundesverwaltungsgericht die Verteilung der Kosten und Entschädigungen für das vorinstanzliche Verfahren angesichts des vorliegenden Prozessausgangs ohnehin neu wird festlegen müssen.
15.
15.1. Demnach ist die Beschwerde teilweise gutzuheissen, und der angefochtene Entscheid ist in der Sache im dargelegten Umfang sowie im Kosten- und Entschädigungspunkt aufzuheben. Im Übrigen ist die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Die Sache wird an das Bundesverwaltungsgericht verwiesen zur neuen Verlegung der Kosten und Entschädigungen des vorinstanzlichen Verfahrens.
15.2. Gemessen am Verfahrensausgang sind die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens der Beschwerdeführerin zu vier Fünfteln und den Beschwerdegegnern unter Solidarhaft zu einem Fünftel aufzuerlegen (vgl. Art. 65 und 66 BGG). Die Beschwerdeführerin hat den Beschwerdegegnern überdies für das bundesgerichtliche Verfahren eine reduzierte Parteientschädigung zu entrichten (vgl. <ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Verfahrensanträge der Parteien werden abgewiesen.
2.
2.1. Die Beschwerde wird teilweise gutgeheissen.
Die in Dispositiv-Ziffer 3 des Urteils des Bundesverwaltungsgerichts vom 27. Juni 2016 enthaltene Auflage c wird wie folgt neu gefasst:
"Starts nach der SID WIL 1A dürfen bis zur Genehmigung des neuen Betriebsreglements nur während den publizierten Flugplatzbetriebszeiten erfolgen."
Die Dispositiv-Ziffern 5 und 6 über die Verlegung der Kosten und Entschädigungen des Urteils des Bundesverwaltungsgerichts vom 27. Juni 2016 werden aufgehoben.
2.2. Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.3. Die Sache geht an das Bundesverwaltungsgericht zur Neuverteilung der Kosten und Entschädigungen im vorinstanzlichen Verfahren.
3.
Die Gerichtskosten von Fr. 10'000.-- werden zu vier Fünfteln, ausmachend Fr. 8'000.--, der Beschwerdeführerin und zu einem Fünftel, ausmachend Fr. 2'000.--, den Beschwerdegegnern, diesen unter Solidarhaft, auferlegt.
4.
Die Beschwerdeführerin hat den Beschwerdegegnern für das bundesgerichtliche Verfahren eine reduzierte Parteientschädigung von Fr. 4'000.-- zu entrichten.
5.
Dieses Urteil wird den Parteien, dem Bundesamt für Zivilluftfahrt (BAZL), dem Bundesverwaltungsgericht, Abteilung I, dem Bundesamt für Umwelt (BAFU), dem Bundesamt für Raumentwicklung (ARE) und dem Eidgenössischen Departement für Verteidigung, Bevölkerungsschutz und Sport (VBS) schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 31. Januar 2018
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Merkli
Der Gerichtsschreiber: Uebersax