Faits :
A.
A.a. Les époux F.C._ et C.C._ sont domiciliés dans le canton de Vaud. Depuis 1980, C.C._ exploite une pharmacie à B._ (VD), sous la raison individuelle " G._"; depuis 1999, il exploite une autre pharmacie, dans la commune de E._ (VS), sous la raison individuelle " C.C._ ".
En 1993, C.C._ et D._ ont constitué A._ SA, une société anonyme sise à B._, dont le but était l'exploitation d'un commerce de quincaillerie. Le capital-actions, entièrement libéré, de 300'000 fr. de cette société, constitué de 300 actions de 1'000 fr., était réparti à raison de 245 actions pour C.C._ et de 55 actions pour D._. A la fin de l'année 2003, A._ SA était surendettée. Le montant de ses pertes reportées s'élevait à 1'092'436 francs. Le principal créancier de la Société était son actionnaire principal C.C._.
Le 1 er décembre 2003, A._ SA a changé sa raison sociale en " X._ SA " (ci-après: la Société), transféré son siège dans la commune de E._ et transformé son but, qui consistait désormais en l'exploitation d'une pharmacie dans la commune de E._. La Société a par ailleurs repris, à la valeur comptable, les actifs et les passifs de la pharmacie que C.C._ exploitait dans cette même commune. Ni le montant du capital-actions de la Société ni sa répartition n'ont été modifiés.
Dans ses déclarations d'impôt pour les périodes fiscales 2004 et 2005, la Société a reporté un bénéfice d'exploitation de respectivement 285'411 fr. et 289'992 fr. et invoqué les pertes fiscales reportées de 1'092'436 francs. Il en découlait des résultats de respectivement - 807'025 fr. pour 2004 et de - 517'033 francs pour 2005. Le Service cantonal des contributions du canton du Valais (ci-après: le Service cantonal valaisan) a refusé la déduction des pertes reportées et fixé le bénéfice imposable à 285'411 fr. pour 2004 et à 289'992 fr. pour 2005 dans des décisions de taxation du 15 décembre 2006, qui ont été confirmées sur réclamation le 6 février 2007. Statuant sur recours de la Société, la Commission de recours en matière fiscale du canton du Valais (ci-après: la Commission de recours) a, par décision du 23 septembre 2009, accordé la déduction des pertes fiscales reportées. Le Tribunal fédéral a toutefois admis les recours interjetés tant par le Service cantonal valaisan que par l'Administration fédérale des contributions (ci-après: l'Administration fédérale), annulé la décision du 23 septembre 2009 de la Commission de recours et renvoyé la cause à cette dernière pour qu'elle se prononce sur la déductibilité des pertes en relation avec l'existence éventuelle d'une évasion fiscale (arrêt 2C_99/2010 du 6 septembre 2010, spéc. consid. 5). Dans sa décision sur renvoi du 19 janvier 2011, la Commission de recours a retenu l'existence d'une évasion fiscale et refusé en conséquence la déduction des pertes reportées. Le Tribunal fédéral a rejeté le recours interjeté par la Société contre cette décision (arrêt 2C_1027/2011 du 14 juin 2012).
A.b. A leurs déclarations d'impôt pour les périodes fiscales 2004 à 2008, les époux C._ ont annexé les comptes de la raison individuelle de B._ " G._", dans lesquels étaient comptabilisées les créances et la dette de prêt suivantes à l'encontre, respectivement envers la Société:
Comptes 2004 Créance de 986'705 fr. Comptes 2005 Créance de 695'504 fr. Comptes 2006 Créance de 507'698 fr. Comptes 2007 Créance de 170'644 fr. Comptes 2008 Dette de 65'781 fr.
Par décisions de taxation des 13 février 2008, 24 août 2009 et 1 er mars 2010, l'Office d'impôt du district de la Riviera-Pays d'Enhaut (ci-après: l'Office d'impôt) a fixé le revenu imposable des contribuables sur la base de leurs déclarations d'impôt, comme suit:
Revenu ICC* Revenu IFD* 2004 370'600 fr. 483'300 fr. 2005 422'300 fr. 500'700 fr. 2006 271'700 fr. 376'900 fr. 2007 433'400 fr. 553'400 fr. 2008 425'900 fr. 542'100 fr.
* ICC = impôt cantonal et communal; IFD = impôt fédéral direct
Ces décisions de taxation sont entrées en force.
A.c. Le 29 octobre 2012, le Service cantonal valaisan a informé l'Office d'impôt de l'existence de l'arrêt 2C_1027/2011 du 14 juin 2012.
B.
B.a. Le 8 août 2013, l'Office d'impôt a notifié aux époux C._ une décision de rappel d'impôt pour les périodes fiscales 2004 et 2005, ajoutant aux revenus imposables les bénéfices que la Société avait réalisés, qui avaient été utilisés pour couvrir le déficit au bilan, au prorata de la part détenue par C.C._ (245'000 fr./300'000 fr.), selon le calcul suivant:
Période fiscale Bénéfice réalisé par la Société Reconstitution de la part de C.C._ au capital-actions (245'000 fr. sur 300'000 fr.) Reprises 2004 285'411 fr. 233'086 fr. (= 285'411 x 245/300) 233'086 fr. 2005 289'992 fr. 11'914 fr. (solde) 11'914 fr. Total reprises 245'000 fr.
Les contribuables ont formé réclamation contre cette décision, qui a été transmise à l'Administration cantonale des impôts du canton de Vaud (ci-après: l'Administration cantonale vaudoise) comme objet de sa compétence. Le 4 octobre 2016, celle-ci a informé les contribuables qu'elle entendait effectuer des reprises non seulement jusqu'à " reconstitution " complète de la part au capital-actions de C.C._, mais aussi (reformatio in pejus) jusqu'à " reconstitution " du prêt que celui-ci avait accordé à la Société, et ce également pour les périodes fiscales 2006 à 2008. La somme des reprises ne devait toutefois pas excéder le montant des pertes reportées. Les reprises envisagées étaient les suivantes:
Période fiscale Bénéfice réalisé par la Société Perte reportée (limite à compenser) Prestations totales Reconstitution du capital-actions Reconstitution du prêt Reprise 2004 285'411 fr. 1'092'436 fr. 285'411 fr. 233'086 fr. 0 fr. 1 233'086 fr. 2005 289'992 fr. 807'025 fr. (1'092'436-285'411) 289'992 fr. 11'914 fr. 275'403 fr.2 287'317 fr. 2006 117'295 fr. 517'033 fr. (807'025-289'992) 117'295 fr. 0 117'295 fr. 117'295 fr. 2007 228'410 fr. 399'738 fr. (517'033-117'295) 228'410 fr. 0 228'410 fr. 228'410 fr. 2008 228'126 fr. 171'328 fr. (399'738-228'410) 171'328 fr. 3 0 171'328 fr.3 171'328 fr.3 Total 245'000 fr. 792'436 fr. 1'037'436 fr. 4
1, 2 Ces chiffres s'expliquent par le fait que l'Administration cantonale vaudoise a aussi dû procéder, en parallèle, à des reprises chez l'actionnaire D._ à hauteur de sa participation, soit 55'000 francs.
3 Montant de la prestation limitée au solde de la perte reportée en 2008.
4 Ce montant correspond au montant de la perte reportée de 1'092'436 fr. (limite de reprise totale), sous déduction de la reprise de 55'000 fr. effectuée dans le chef de D._.
Le 7 octobre 2016, l'Office d'impôt a notifié aux époux C._ des décisions de rappel d'impôt portant sur les périodes fiscales 2006 à 2008, comprenant les reprises annoncées. Les contribuables ont formé réclamation contre ces décisions, maintenu leur réclamation s'agissant des périodes fiscales 2004 et 2005 et demandé la jonction des procédures.
B.b. Le 28 mars 2017, l'Administration cantonale a rejeté les réclamations et modifié en défaveur des contribuables la décision de rappel d'impôt concernant la période fiscale 2005, fixant les revenus imposables comme suit:
Revenu ICC Revenu IFD 2004 568'100 fr. 671'400 fr. 2005 434'200 fr. 512'600 fr. 2006 388'600 fr. 494'200 fr. 2007 661'400 fr. 781'800 fr. 2008 596'800 fr. 713'400 fr.
Les contribuables ont recouru contre cette décision sur réclamation auprès de la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal vaudois (ci-après: le Tribunal cantonal), concluant à leur annulation et au renvoi de la cause au Service cantonal pour annulation des rappels.
B.c. Par arrêt du 5 octobre 2018, le Tribunal cantonal a partiellement admis le recours, tant en ce qui concernait l'IFD que l'ICC. En substance, il a jugé que les conditions du rappel d'impôt étaient remplies et que les reprises visant à reconstituer la part au capital-actions de C.C._ étaient fondées, mais pas celles qui visaient à reconstituer le prêt que l'intéressé avait accordé à la Société, qui devaient donc être annulées.
C.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public, l'Administration cantonale demande au Tribunal fédéral d'annuler l'arrêt du 5 octobre 2018 et de confirmer sa décision sur réclamation du 28 mars 2017 tant en ce qui concerne l'IFD que l'ICC des périodes fiscales 2005 à 2008; subsidiairement, de renvoyer la cause au Tribunal cantonal pour " examen d'une sous-capitalisation ".
Le Tribunal cantonal renvoie à son arrêt. L'Administration fédérale se rallie à l'Administration cantonale et conclut à l'admission du recours. Les intimés se sont déterminés. Ils concluent principalement au rejet du recours; subsidiairement et en cas d'admission, au renvoi de la cause au Tribunal cantonal pour qu'il statue sur un argument qu'ils avaient soulevé devant lui.

Considérant en droit :
I. Recevabilité et points de procédure
1.
La décision attaquée est finale (<ref-law>) et a été rendue en dernière instance cantonale par un tribunal supérieur (art. 86 al. 1 let. d et al. 2 LTF), dans une cause de droit public (<ref-law>) qui ne tombe sous le coup d'aucune des exceptions prévues à l'<ref-law>. La voie du recours en matière de droit public est donc ouverte.
2.
L'Administration cantonale a qualité pour recourir, tant en ce qui concerne l'IFD (cf. art. 89 al. 2 let. d LTF en lien avec l'<ref-law>) que l'ICC, l'imposition des personnes physiques étant une matière harmonisée (art. 73 al. 1 et 2 LHID en lien avec le titre 2 de la loi). Elle a par ailleurs formé recours en temps utile (<ref-law>) et dans les formes prescrites (<ref-law>). Il convient donc d'entrer en matière sur son recours.
3.
D'après l'<ref-law>, le Tribunal fédéral applique le droit d'office. Conformément à l'<ref-law>, il n'examine la violation de droits fondamentaux ainsi que celle de dispositions de droit cantonal et intercantonal que si ce grief a été invoqué et motivé par le recourant.
4.
4.1. Le Tribunal fédéral conduit son raisonnement juridique sur la base des faits constatés par l'autorité précédente (<ref-law>), sous réserve des cas prévus à l'<ref-law>. Selon l'<ref-law>, le recours ne peut critiquer les constatations de fait que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte - notion qui correspond à celle d'arbitraire - ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause, ce que le recourant doit démontrer dans une argumentation conforme aux exigences de l'<ref-law>.
4.2. La recourante reproche aux juges précédents d'avoir examiné les faits de manière arbitraire, parce qu'ils se sont abstenus d'examiner si l'on se trouvait en présence de capital propre dissimulé, au motif que " l'on voit mal que le traitement fiscal de la créance, requalifiée en capital propre dissimulé, puisse être différent de celui que la CDAP a donné à la reconstitution des fonds propres ". Elle conclut partant subsidiairement au renvoi de la cause pour nouvelle décision. Ce grief formulé de manière confuse et elliptique ne respecte pas les exigences de motivation accrues de l'art. 106 al. 2 LT et ne sera donc pas examiné plus avant.
I. Impôt fédéral direct
5.
Le litige porte sur le point de savoir si c'est à juste titre que le Tribunal cantonal, admettant partiellement le recours des contribuables, a jugé que les reprises envisagées par l'Administration cantonale recourante pour les périodes fiscales 2005 à 2008, destinées à reconstituer le prêt que l'intimé avait accordé à la Société, à concurrence du solde de la perte reportée (cf. le tableau ci-dessus consid. B.b), devaient être annulées.
5.1. Le raisonnement suivi par les juges précédents est en substance le suivant. Dans son arrêt du 14 juin 2012 (cause 2C_1027/2011), le Tribunal fédéral avait jugé que la reprise, par la Société, de la raison individuelle " C.C._ " exploitée à E._ était constitutive d'une évasion fiscale et iI n'y avait pas lieu de revenir sur cette qualification qui avait entraîné, pour la Société, de lui refuser la déduction des pertes reportées de ses bénéfices annuels. La question litigieuse se concentrait sur la justification d'une reprise correspondante dans le chef des intimés. Les juges précédents opèrent une distinction entre la reconstitution de la part du capital-actions détenue par l'intimé et le prêt qu'il a accordé à la Société.
S'agissant du capital-actions, ils relèvent que l'apport de l'entreprise bénéficiaire à la Société surendettée a eu pour conséquence que les bénéfices de la pharmacie ont servi à reconstituer le capital-actions que les actionnaires n'avaient ainsi pas eu à libérer, comme ils auraient dû le faire si la Société avait été liquidée et qu'ils en avaient constitué une nouvelle. Dans cette mesure, ces bénéfices n'avaient ainsi pas pu être accumulés sous forme de réserves distribuables et imposables; il y avait donc eu perte de substrat fiscal imposable et économie d'impôt au niveau des actionnaires, jusqu'à concurrence de la part de l'intimé au capital-actions de la Société, ce qui justifiait une reprise fiscale correspondante pour supprimer l'économie d'impôt rendue possible par cette construction insolite (arrêt p. 25).
La situation était toutefois différente s'agissant du prêt que l'intimé avait accordé à la Société. Il n'était en effet en soi en principe pas inhabituel qu'un actionnaire consente un prêt à sa société. Le fait qu'en l'occurrence, les liquidités de la Société aient servi à rembourser le montant du prêt de l'intimé n'était pas insolite, car une société de capitaux est libre d'affecter ses bénéfices au remboursement d'un prêt plutôt que de les distribuer à ses actionnaires sous la forme de dividendes. L'argument de l'autorité fiscale selon lequel, sans la construction insolite, le montant du prêt aurait été perdu, parce que la Société, surendettée, aurait dû être liquidée, n'était pas relevant, car cette conséquence n'équivalait pas à une économie d'impôt; il fallait même relever que, dans la mesure où il était remboursé, le montant du prêt devenait imposable au titre de la fortune dans le chef de l'intimé, ce qui augmentait sa charge fiscale.
5.2. Il ressort de l'argumentation de la recourante, par ailleurs assez difficile à suivre, que celle-ci soutient que le Tribunal cantonal a violé l'art. 20 al. 1 let. c LIFD en refusant de qualifier la reconstitution du prêt de rendement de participation. Le Tribunal fédéral avait établi que la restructuration opérée était constitutive d'évasion fiscale et les juges précédents étaient uniquement amenés à en examiner les conséquences pour l'actionnaire. Or, si les juges précédents avaient bien reconnu l'existence d'un rendement de participation en lien avec la reconstitution du capital-actions, ils n'avaient, à tort, pas appliqué le même raisonnement s'agissant de la reconstitution du prêt. Ils avaient ainsi omis d'examiner les opérations telles qu'elles auraient dû être effectuées, à savoir que l'actionnaire aurait dû liquider la société surendettée et en créer une nouvelle, vierge de toute perte et créance, afin d'y apporter sa raison individuelle. Ils avaient par ailleurs à tort omis de se fonder sur le bilan fiscal de la Société, dans lequel le prêt était fiscalement inexistant étant donné le refus d'accorder à la Société la déduction de ses pertes reportées (cf. arrêt 2C_1027/2011 précité). L'opération effectivement réalisée avait permis à l'actionnaire de se faire rembourser le prêt sans conséquence fiscale, grâce à des bénéfices qui auraient dû lui être distribués sous forme de rendements de participations imposables. La restructuration avait ainsi permis à l'actionnaire d'échapper à la double imposition économique, dans la mesure où les bénéfices ne pouvaient pas être affectés à des réserves distribuables, puisqu'elles étaient compensées par la perte reportée. Cette opération n'avait pu être effectuée que parce que l'intimé était l'actionnaire principal de la Société.
5.3. Dans leur réponse, les intimés reprochent en substance à la recourante de raisonner comme si l'on se trouvait dans le cadre du transfert d'un manteau d'actions et d'adopter une argumentation peu claire. Ils nient que le prêt était fiscalement inexistant et relèvent ne pas comprendre la notion de bilan fiscal utilisée par la recourante. En tout état de cause, ils contestent la réalisation des conditions d'une évasion fiscale, soutenant que l'opération ne leur avait apporté aucun enrichissement, l'intimé ayant uniquement récupéré l'argent qu'il avait prêté à la Société.
6.
Selon l'art. 20 al. 1 let. c LIFD, est imposable le rendement de la fortune mobilière, en particulier les dividendes, les parts de bénéfice, les excédents de liquidation et tous autres avantages appréciables en argent provenant de participations de tout genre.
6.1. Il y a avantage appréciable en argent provenant de participations lorsque: 1) la société fait une prestation sans obtenir de contre-prestation correspondante; 2) cette prestation est accordée à un actionnaire ou à une personne le ou la touchant de près; 3) elle n'aurait pas été accordée dans de telles conditions à un tiers; 4) la disproportion entre la prestation et la contre-prestation est manifeste, de telle sorte que les organes de la société auraient pu se rendre compte de l'avantage qu'ils accordaient (<ref-ruling> consid. 4.1 p. 92; <ref-ruling> consid. 2.2 p. 59).
6.2. L'art. 20 al. 1 let. c LIFD est une norme fiscale à point de rattachement économique, qui doit être interprétée selon une appréciation économique (ATF <ref-ruling> consid. 2.1 p. 59; 2C_177/2016 du 30 janvier 2017 consid. 4.2, in RDAF 2017 II 284) et qui ne dépend donc pas de la réalisation des conditions d'une évasion fiscale (<ref-ruling> consid. 3b p. 241; arrêt 2C_879/2008 du 20 avril 2009 consid. 6.1, in RDAF 2009 II 386, StE 2009 B 92.3 Nr. 17).
6.3. Un avantage appréciable en argent au sens de l'art. 20 al. 1 let. c LIFD représente, du point de vue de la société distributrice, un élément du bénéfice imposable en vertu de l'art. 58 al. 1 let. b dernier tiret LIFD [distributions dissimulées de bénéfice et avantages à des tiers non justifiés par l'usage commercial] ou de l'art. 58 al. 1 let. c LIFD [produits non comptabilisés]). Cette figure conduit ainsi en principe à une reprise tant au niveau de l'impôt sur le revenu pour le bénéficiaire de l'avantage qu'à celui de l'impôt sur le bénéfice pour la société distributrice, ce qui concrétise la double imposition économique voulue par le législateur (<ref-ruling> consid. 5.4 p. 76 s.; <ref-ruling> consid. 5.4 p. 60 s.).
6.4. En l'espèce, à la fin 2003 et avant la restructuration, le bilan de A._ SA présentait des pertes reportées de 1'092'436 francs. Cette société, surendettée, n'a pu éviter de déposer son bilan que grâce à la postposition de la créance de son actionnaire principal, soit l'intimé (cf. arrêt 2C_1027/2011 du 14 juin 2012 consid. 4.3.1). Par la restructuration effectuée, A._ SA, devenue X._ SA, a repris les actifs et passifs de la pharmacie exploitée à E._ en raison individuelle par l'intimé, qui était, elle, bénéficiaire. C'est ainsi que, dès 2004, X._ SA a réalisé des bénéfices, à hauteur de 285'411 fr. en 2004, 289'992 fr. en 2005, 117'295 fr. en 2006, 228'410 fr. en 2007 et 228'126 fr. en 2008 (supra tableau consid. B.b).
Etant donné sa situation de surendettement, X._ SA n'était juridiquement pas en mesure d'affecter une partie de ses bénéfices annuels au versement d'un dividende. Les <ref-law> et 675 al. 2 CO conditionnent en effet le versement d'un dividende à l'existence d'un " bénéfice résultant du bilan ", ce qui correspond non pas au résultat annuel, mais à la somme positive du bénéfice annuel, respectivement de la perte annuelle, et des bénéfices reportés, le cas échéant des pertes reportées (CHENAUX/GACHET, in Commentaire romand, Code des obligations II, 2e éd. 2017, n° 9 ad <ref-law> et n° 8 ad <ref-law>; NEUHAUS/BALKANYI, Basler Kommentar, Obligationenrecht II, 5e éd. 2016, n° 11 ad <ref-law> et n° 14 ad <ref-law>; FORSTMOSER/MEIER-HAYOZ/NOBEL, Schweizerisches Aktienrecht, 1996, § 40 n° 27 ss). Dès lors, il était impossible à la Société d'affecter les bénéfices nouvellement réalisés entre 2004 et 2008 à des réserves distribuables, comme l'admet du reste aussi la recourante (recours p. 5 § 15). Dans ces circonstances, on ne voit pas comment on pourrait interpréter économiquement cette limitation légale comme constituant un avantage appréciable en argent à l'actionnaire au sens de l'art. 20 al. 1 let. c LIFD. L'argument de la recourante, selon lequel l'intimé a été enrichi du fait que sa créance est devenue à nouveau recouvrable grâce à la restructuration (recours p. 5 § 13), ce qui dénoterait l'existence d'un avantage appréciable en argent, ne convainc pas. La recourante omet de tenir compte du fait que le remboursement d'une dette ne constitue en principe pas un revenu et que c'est précisément pour cette raison qu'il s'agit d'une opération fiscalement neutre sous l'angle de l'impôt sur le revenu (YVES NOËL, in Impôt fédéral direct, Commentaire de la loi sur l'impôt fédéral direct, 2e éd. 2017, n° 15 ad <ref-law>).
6.5. L'état de fait interprété de manière économique ne permet donc pas de retenir l'existence d'un avantage appréciable en argent justifiant les reprises litigieuses. La recourante ne peut au surplus rien tirer du principe de double imposition économique qu'elle invoque, qui ne constitue qu'un principe et qui ne représente pas une base légale d'imposition.
Le grief de violation de l'art. 20 al. 1 let. c LIFD est partant rejeté.
7.
Reste à déterminer si les montants litigieux devraient être ajoutés au revenu imposable des intimés parce que l'on se trouve dans un cas d'abus, en d'autres termes dans un cas d'évasion fiscale.
7.1. Selon la jurisprudence constante du Tribunal fédéral, il y a évasion fiscale lorsque: (1) la structure juridique choisie par les parties apparaît comme inhabituelle (insolite), inappropriée ou étrange, en tout cas inadaptée au but économique poursuivi (aménagement juridique; élément objectif), (2) il y a lieu d'admettre que ce choix a été opéré abusivement dans le seul but d'économiser les impôts qui seraient dus si les rapports de droit étaient aménagés de manière appropriée (intention abusive; élément subjectif), et (3) le procédé choisi conduirait effectivement à une économie d'impôt notable s'il était accepté par les autorités fiscales (avantage fiscal; élément effectif). Si ces trois conditions sont remplies, l'imposition doit être fondée non pas sur la forme choisie par le contribuable, mais sur la situation qui aurait dû être l'expression appropriée au but économique poursuivi par les intéressés (<ref-ruling> consid. 4.2 p. 408; <ref-ruling> consid. 4.1 p. 243 ss.; <ref-ruling> consid. 5.2 p. 635 s. et les références).
7.2. S'agissant du cas d'espèce, le caractère insolite de la restructuration effectuée (première condition de l'évasion fiscale) a déjà été explicité comme suit par le Tribunal fédéral dans l'arrêt 2C_1027/2011 précité, qui concernait l'admissibilité du report des pertes (<ref-law>) par la Société après la restructuration:
4.3.1 (...) On est ainsi en présence de deux opérations qui se superposent. D'une part, une société, surendettée, cesse l'exercice d'une activité non rentable, une quincaillerie, pour reprendre une activité bénéficiaire, une pharmacie. D'autre part, une pharmacie gérée en raison individuelle, cède l'ensemble de ses actifs et passifs à une société déficitaire. D'un point de vue économique, une telle construction revient à mettre à la portée des créanciers de la société anonyme déficitaire les avoirs résultant de l'activité bénéficiaire exercée en raison individuelle, jusque-là détenus directement par l'actionnaire de ladite société. Or, de manière générale, un commerçant cherchera plutôt à protéger les éléments de son patrimoine personnel et le résultat de l'activité qu'il exerce en raison individuelle de la mainmise des créanciers de la société anonyme dont il est parallèlement l'actionnaire majoritaire. Une construction qui aboutit à l'effet inverse est ainsi un non-sens économique. Le fait que, comme l'allègue la recourante, l'actionnaire majoritaire était aussi le créancier principal de la société anonyme pour 95.5 % des engagements de cette dernière, de sorte que le risque de mettre des biens à disposition de créanciers de la quincaillerie était inexistant, renforce encore le caractère insolite de l'opération. La construction juridique et comptable établie par la recourante et son actionnaire n'aurait en effet jamais été réalisée entre des parties indépendantes.
Les arguments avancés par la recourante à l'appui du caractère prétendument habituel de la construction choisie ne convainquent guère. Celle-ci envisage chacune des deux opérations isolément et apporte des justifications relatives à la transformation d'une entreprise individuelle en société commerciale, d'une part, et à la reprise d'une activité bénéficiaire par une société déficitaire, d'autre part. Ainsi, il est certes exact que la transformation d'une raison individuelle en société anonyme n'est pas insolite en elle-même. En effet, une telle modification juridique permet de limiter la responsabilité de l'entrepreneur. En outre, il est courant que l'on utilise dans ce contexte des structures inactives existantes pour économiser des frais. L'intégration de l'activité d'une pharmacie dans une société anonyme exploitant précédemment un autre commerce n'est ainsi pas insolite en elle-même. Elle le devient en revanche si on considère l'opération dans sa globalité, en particulier le fait que la société anonyme n'était pas une structure inactive mais une société surendettée qui, selon les allégations de la recourante elle-même, n'a pu éviter de déposer son bilan que grâce à la postposition de la créance de son actionnaire principal.
4.3.2 (...) Ainsi que la Commission cantonale de recours l'a relevé, aucune justification objective d'ordre économique ne peut entrer en considération. En effet, comme on l'a vu, les justifications avancées, si elles font sens prises individuellement, ne méritent plus cette qualification lorsqu'on les examine dans leur contexte global. Ainsi, l'opération de transformation de la raison individuelle de la pharmacie en société anonyme permettait certes de limiter la responsabilité de l'entrepreneur et de poursuivre des objectifs d'ordre successoral. Mais ces buts sont sans lien avec la reprise des actifs de la pharmacie par une société anonyme surendettée qui aurait dû entrer en liquidation (...). qui a consisté à apporter une raison individuelle bénéficiaire dans une Société surendettée qui aurait dû entrer en liquidation (...).
L'arrêt attaqué est ambigu dans ses considérants relatifs à la réalisation de la première condition de l'évasion fiscale. Dans un premier temps, les juges précédents semblent tenir pour acquis la réalisation de cette condition, en se référant à l'arrêt 2C_1027/2011 précité qu'ils citent du reste largement (cf. en particulier arrêt attaqué p. 24 dernier paragraphe). Plus loin dans l'arrêt toutefois, ils nient que cette condition soit remplie, au motif qu'il n'est pas insolite qu'un actionnaire accorde un prêt à sa société ou qu'une société choisisse de rembourser un prêt plutôt que de distribuer un dividende (arrêt attaqué p. 25 s.). Par ce raisonnement, les juges précédents examinent de manière abstraite et isolée le rapport de prêt entre un actionnaire et sa société, sans tenir compte de l'ensemble du contexte global du cas d'espèce, alors que le Tribunal fédéral a précisément souligné dans l'extrait précité que les opérations effectuées ne devaient pas être envisagées isolément. Il n'y a donc pas de motif de remettre en cause les constats déjà faits par le Tribunal fédéral quant au caractère insolite de l'opération effectuée dans son ensemble et partant également du remboursement de la dette de prêt à l'intimé.
7.3. S'agissant des deuxième et troisième conditions, il faut constater que l'opération effectuée présentait un avantage fiscal manifeste pour l'intimé, puisque, grâce au transfert des actifs et passifs de sa raison individuelle bénéficiaire à la Société surendettée, ce qui aurait dû constituer du revenu imposable au titre de revenu de l'activité lucrative indépendante (<ref-law>) a été certes transformé en bénéfice de personne morale (<ref-law>) qui aurait pu ensuite être distribué sous forme de dividende imposable (art. 20 al. 1 let. c LIFD), mais qui, du fait de la déduction des pertes reportées (<ref-law>; cf. sur ce point l'arrêt 2C_1027/2011 précité), ne pouvait pas l'être. L'avantage fiscal de l'opération pour l'intimé était donc évident, puisqu'elle lui permettait d'obtenir des revenus qui auraient dû être imposables comme rendements de participation, sous la forme d'un remboursement de prêt, non imposable. On ne voit pas en quoi le choix effectué aurait un autre but, pour l'intimé, que d'économiser de l'impôt sur le revenu, de sorte qu'il a bien été effectué de manière abusive.
Les juges précédents nient qu'il y ait eu avantage fiscal en lien avec le remboursement du prêt. Pour eux, l'opération aurait au contraire conduit à une augmentation de la charge fiscale de l'intimé, parce que, remboursé, le prêt entrait désormais dans sa fortune imposable. Ce raisonnement ne peut pas être suivi. Premièrement, il n'est d'emblée pas relevant s'agissant de l'impôt fédéral direct, puisque l'impôt sur la fortune n'est qu'un impôt cantonal et communal. Deuxièmement et surtout, les juges précédents ne tiennent pas compte de l'économie d'impôt sur le revenu qui vient d'être exposée. Troisièmement, ils perdent de vue que les actifs imposables sur la fortune comprennent en principe tous les droits - qu'ils portent sur des choses, des créances ou des participations - appréciables en argent (<ref-ruling> consid. 3.2 p. 259; arrêt 2C_710/2017 du 29 octobre 2018 consid. 7.2) et qu'ils incluent donc également les créances de prêt. Dès lors, le remboursement d'un prêt n'a en principe pas d'impact sur la fortune imposable du contribuable, sa créance étant simplement remplacée, dans la fortune, par le montant remboursé.
7.4. Les conditions de l'évasion fiscale sont donc réunies. Dans ces circonstances, il n'est pas nécessaire de se pencher sur l'argument de la recourante liée à la sous-capitalisation de la Société, d'autant plus qu'il est douteux que ce grief, lié à un grief d'établissement arbitraire des faits, ait été motivé de manière conforme à l'<ref-law> (supra consid. 5.2).
8.
8.1. Comme déjà souligné (cf. supra consid. 7.1), si les trois conditions de l'évasion fiscale sont remplies, l'imposition doit être fondée non pas sur la forme choisie par le contribuable, mais sur la situation qui aurait dû être l'expression appropriée au but économique poursuivi par les intéressés.
8.2. En l'occurrence, si les rapports de droit avaient été aménagés de façon appropriée, l'intimé n'aurait pas transféré les actifs et passifs de sa raison individuelle valaisanne bénéficiaire à une société surendettée. Pour éviter que les intimés ne puissent bénéficier d'un avantage fiscal indu, il faut donc procéder à l'imposition des revenus abusivement transformés en remboursement de prêt non imposables et les soumettre à l'impôt sur le revenu qui aurait été perçu (art. 20 al. 1 let. c LIFD) si la Société n'était pas en situation de surendettement.
8.3. C'est donc en violation du droit fédéral que les juges précédents ont estimé que les reprises afférentes à la reconstitution du prêt devaient être annulées. Le recours est partant admis s'agissant de l'impôt fédéral direct.
9.
Les intimés demandent à titre subsidiaire qu'en cas d'admission du recours, la cause soit renvoyée à l'instance précédente pour que soit examinée la qualification de la créance de l'intimé, qu'ils considèrent comme étant de nature commerciale, pour obtenir un amortissement déductible. Le point de savoir si cette conclusion est recevable peut rester ouvert puisqu'elle doit de toute manière être rejetée. En effet, on ne voit pas, et les intimés ne l'expliquent pas, en quoi les conditions légales d'un amortissement auraient été remplies en l'espèce.
10.
Au vu de ce qui précède, l'arrêt attaqué est partiellement annulé et réformé s'agissant de l'impôt fédéral direct, en ce sens que les montants de 275'403 fr. pour la période fiscale 2005, de 117'295 fr. pour la période fiscale 2006, de 228'410 fr. pour la période fiscale 2007 et de 171'328 fr. pour la période fiscale 2008 sont ajoutés au revenu imposable des recourants pour l'impôt fédéral direct.
III. Impôt cantonal et communal
11.
La théorie de l'évasion fiscale s'applique de la même manière en droit cantonal harmonisé qu'en droit de l'impôt fédéral direct (arrêt 2C_1114/2018 du 7 juin 2019 consid. 7) et les dispositions de droit fédéral (art. 18 et 20 al. 1 let. c LIFD) se retrouvent en droit cantonal harmonisé (cf. <ref-law>). Les considérants développés en matière d'impôt fédéral direct s'appliquent donc également à l'impôt cantonal et communal, ce qui conduit aussi à l'admission du recours.
L'arrêt attaqué est partiellement annulé et réformé s'agissant de l'impôt cantonal et communal, en ce sens que les montants de 275'403 fr. pour la période fiscale 2005, de 117'295 fr. pour la période fiscale 2006, de 228'410 fr. pour la période fiscale 2007 et de 171'328 fr. pour la période fiscale 2008 sont ajoutés au revenu imposable des recourants pour l'impôt cantonal et communal.
IV. Frais et dépens
12.
Succombant, les intimés doivent supporter les frais judiciaires, à parts égales et solidairement entre eux (art. 66 al. 1 et 5 LTF). Il ne sera pas alloué de dépens à la recourante (<ref-law>).
13.
Le Tribunal fédéral ne fera pas usage des art. 67 et 68 al. 5 LTF et renverra la cause à l'instance précédente pour qu'elle détermine à nouveau le sort des frais et dépens de la procédure antérieure.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est admis s'agissant de l'impôt fédéral direct. L'arrêt attaqué est partiellement annulé et réformé dans le sens des considérants.
2.
Le recours est admis s'agissant de l'impôt cantonal et communal. L'arrêt attaqué est partiellement annulé et réformé dans le sens des considérants.
3.
Les frais judiciaires, arrêtés à 10'000 fr., sont mis à la charge des intimés, à parts égales et solidairement entre eux.
4.
Il n'est pas alloué de dépens.
5.
La cause est renvoyée à l'instance précédente pour qu'elle détermine à nouveau le sort des frais et dépens de la procédure antérieure.
6.
Le présent arrêt est communiqué à la recourante, au mandataire des intimés, au Tribunal cantonal du canton de Vaud, Cour de droit administratif et public, et à l'Administration fédérale des contributions.
Lausanne, le 11 juillet 2019
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Seiler
La Greffière : Vuadens