Sachverhalt:
A.
A._, geb. 1972, arbeitete bis Juli 2012 als Verkäuferin bei der B._ und meldete sich am 14. Mai 2013 bei der IV-Stelle Luzern wegen einer Borderline-Persönlichkeitsstörung zum Leistungsbezug an. Nach Abklärung der medizinischen und beruflichen Verhältnisse verneinte die IV-Stelle mit Vorbescheid vom 22. Januar 2016 und anschliessender Verfügung vom 11. April 2017 bei einem Invaliditätsgrad von 38 % den Anspruch der Versicherten auf eine Invalidenrente. Gegen die ablehnende Verfügung erhob A._ Beschwerde.
B.
Mit Entscheid vom 7. März 2018 hiess das Kantonsgericht Luzern die Beschwerde teilweise gut, hob die Verfügung vom 11. April 2017 auf, und gewährte A._ ab 1. November 2013 einen Anspruch auf eine Viertelsrente der Invalidenversicherung.
C.
Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beantragt die IV-Stelle, der kantonale Entscheid sei aufzuheben und die Verfügung vom 11. April 2017 zu bestätigen.
Die Vorinstanz und A._, die für das bundesgerichtliche Verfahren um unentgeltliche Rechtspflege ersucht, schliessen auf Abweisung der Beschwerde. Das Bundesamt für Sozialversicherungen verzichtet auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1.
1.1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann wegen Rechtsverletzungen gemäss Art. 95 und 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG). Es ist folglich weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann eine Beschwerde mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen. Immerhin prüft das Bundesgericht, unter Berücksichtigung der allgemeinen Begründungspflicht der Beschwerde (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG), grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind (<ref-ruling> E. 1 S. 236 mit Hinweisen).
1.2. Das Bundesgericht kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht (Art. 105 Abs. 2 BGG). Überdies muss die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein (Art. 97 Abs. 1 BGG).
2.
Streitig ist, ob die Vorinstanz Bundesrecht verletzt hat, als sie der Beschwerdegegnerin ab dem 1. November 2013 einen Anspruch auf eine Viertelsrente der Invalidenversicherung gewährte. Dabei ist unter den Parteien einzig streitig, ob der von der Vorinstanz gewährte leidensbedingte Abzug von 20 % bundesrechtswidrig ist.
3.
3.1. Der Anspruch auf Leistungen der Invalidenversicherung setzt unter anderem voraus, dass die versicherte Person invalid oder von Invalidität unmittelbar bedroht ist. Invalidität ist gemäss Art. 8 Abs. 1 ATSG die voraussichtlich bleibende oder längere Zeit dauernde ganze oder teilweise Erwerbsunfähigkeit.
3.2. Zur Bestimmung des Invaliditätsgrades wird gemäss Art. 16 ATSG das Erwerbseinkommen, das die versicherte Person nach Eintritt der unfallbedingten Invalidität und nach Durchführung allfälliger Eingliederungsmassnahmen durch eine zumutbare Tätigkeit bei ausgeglichener Arbeitsmarktlage erzielen könnte (sog. Invalideneinkommen), in Beziehung gesetzt zum Erwerbseinkommen, das sie erzielen könnte, wenn sie nicht invalid geworden wäre (sog. Valideneinkommen).
3.3. Für die Festsetzung des Invalideneinkommens können nach der Rechtsprechung unter anderem Tabellenlöhne gemäss den vom Bundesamt für Statistik periodisch herausgegebenen Lohnstrukturerhebungen (LSE) herangezogen werden (<ref-ruling> E. 4.2.1 S. 475 mit Hinweisen). Kann eine versicherte Person ihre gesundheitsbedingt eingeschränkte Arbeitsfähigkeit auf dem allgemeinen Arbeitsmarkt mutmasslich nur mit unterdurchschnittlichem erwerblichen Erfolg verwerten, so ist von den Tabellenlöhnen der LSE gegebenenfalls ein Abzug vorzunehmen. Die Frage, ob und in welchem Ausmass Tabellenlöhne herabzusetzen sind, hängt von sämtlichen persönlichen und beruflichen Umständen des konkreten Einzelfalles ab (leidensbedingte Einschränkung, Alter, Dienstjahre, Nationalität/Aufenthaltskategorie und Beschäftigungsgrad). Der Einfluss sämtlicher Merkmale auf das Invalideneinkommen ist nach pflichtgemässem Ermessen gesamthaft zu schätzen, wobei der Abzug auf insgesamt höchstens 25 % zu begrenzen ist (<ref-ruling> E. 4.2.3 S. 481; <ref-ruling> E. 5b/bb S. 80). Ob ein (behinderungsbedingt oder anderweitig begründeter) Abzug vom Tabellenlohn vorzunehmen ist, stellt eine vom Bundesgericht frei überprüfbare Rechtsfrage dar (<ref-ruling> E. 5.1 S. 72 f. mit Hinweis, Urteil 8C_652/2008 vom 8. Mai 2009 E. 4 in fine, nicht publiziert in <ref-ruling>). Dagegen ist die Höhe des (im konkreten Fall grundsätzlich angezeigten) Abzuges eine Ermessensfrage und daher letztinstanzlich nur bei Ermessensüberschreitung, -missbrauch oder -unterschreitung korrigierbar (<ref-ruling> E. 5.1 S. 72 f. mit Hinweis, 132 V 393 E. 3.3 S. 39; 8C_179/2018 vom 22. Mai 2018 E. 3.3).
3.4. Im Gegensatz zur Kognition des Bundesgerichts ist diejenige der Vorinstanz in diesem Zusammenhang nicht auf Rechtsverletzung (einschliesslich Ermessensüberschreitung, -missbrauch oder -unterschreitung) beschränkt, sondern erstreckt sich auch auf die Beurteilung der Angemessenheit der Verwaltungsverfügung (<ref-ruling> E. 5.2 S. 73). Bei der Angemessenheit geht es um die Frage, ob der zu überprüfende Entscheid, den die Behörde nach dem ihr zustehenden Ermessen im Einklang mit den allgemeinen Rechtsprinzipien in einem konkreten Fall getroffen hat, nicht zweckmässigerweise anders hätte ausfallen sollen. Allerdings darf das kantonale Gericht sein Ermessen nicht ohne triftigen Grund an die Stelle desjenigen der Verwaltung setzen; es muss sich somit auf Gegebenheiten abstützen können, die seine abweichende Ermessensausübung als naheliegender erscheinen lassen (<ref-ruling> E. 5.2 S. 73 mit Hinweis).
3.5. Mit Bezug auf den behinderungs- beziehungsweise leidensbedingten Abzug ist zu beachten, dass das medizinische Anforderungs- und Belastungsprofil eine zum zeitlich zumutbaren Arbeitspensum tretende qualitative oder quantitative Einschränkung der Arbeitsfähigkeit darstellt, wodurch in erster Linie das Spektrum der erwerblichen Tätigkeiten (weiter) eingegrenzt wird, welche unter Berücksichtigung der Fähigkeiten, Ausbildung und Berufserfahrung der versicherten Person realistischerweise noch in Frage kommen. Davon zu unterscheiden ist die Gegenstand des Abzugs vom Tabellenlohn bildende Frage, ob mit Bezug auf eine konkret in Betracht fallende Tätigkeit bei ausgeglichener Arbeitsmarktlage verglichen mit einem gesunden Mitbewerber nur bei Inkaufnahme einer Lohneinbusse reale Chancen für eine Anstellung bestehen. Ist von einem genügend breiten Spektrum an zumutbaren Verweisungstätigkeiten auszugehen, können unter dem Titel leidensbedingter Abzug grundsätzlich nur Umstände berücksichtigt werden, die auch auf einem ausgeglichenen Arbeitsmarkt als ausserordentlich zu bezeichnen sind (Urteil 9C_826/2015 vom 13. April 2016 E. 3.2.1). Dementsprechend kann nach der Gerichtspraxis in der Regel eine psychisch bedingte verstärkte Rücksichtnahme seitens Vorgesetzter und Arbeitskollegen nicht als eigenständiger Abzugsgrund anerkannt werden (SZS 2015 S. 561, 9C_366/2015 E. 4.3.1 mit Hinweisen).
4.
4.1. Die Parteien sind sich darüber einig, dass die Beschwerdegegnerin, nebst der unbestrittenen Einschränkung im Aufgabenbereich (Haushalt), sowohl in der zuletzt ausgeübten Tätigkeit als Verkäuferin wie auch in einer angepassten Tätigkeit zu 50 % arbeitsfähig ist. Unstreitig ist ebenso die Ermittlung des Validen- und Invalideneinkommens gestützt auf die Lohnstrukturerhebung des Bundesamtes für Statistik (LSE 2012, Tabelle TA1, Privater Sektor, Frauen mit Kompetenzniveau 1), woraus nach Berücksichtigung des massgeblichen Arbeitspensums, einer betriebsüblichen wöchentlichen Arbeitszeit nach Wirtschaftsabteilungen und Anpassung an die Nominallohnentwicklung für das Jahr 2013 ein Valideneinkommen von Fr. 41'394.97 bzw. ein Invalideneinkommen von Fr. 25'871.86, ohne Berücksichtigung eines leidensbedingten Abzugs, resultiert. Die Beschwerdeführerin rügt indessen, dass die Vorinstanz Bundesrecht verletzt hat, als sie der Beschwerdegegnerin einen Abzug von 20 % vom Tabellenlohn dafür gewährte, dass ihr unter Berücksichtigung der körperlichen, psychischen und kognitiven Einschränkungen selbst auf dem ausgeglichenen Arbeitsmarkt lediglich ein beschränktes Spektrum an Tätigkeiten zur Auswahl stehe.
4.2. Vorliegend wurde bei der Beschwerdegegnerin eine emotional instabile Persönlichkeitsstörung des Borderline-Typus (ICD-10; F60.31) und rezidivierende depressive Störung (zu diesem Zeitpunkt remittiert), sowie ein chronisches Schulterimpingement rechts nach Dekompression, Bicepstenotomie, Supraspinatusrekonstruktion (ICD-10: M75.4, M75.1) diagnostiziert. Im polydisziplinären Gutachten vom 18. August 2015 kamen die Gutachter zum Schluss, dass die Versicherte mittelgradig in der Fähigkeit von Anwendung fachlicher Kompetenzen, in der Flexibilität, der Umstellungs-, Entscheidungs-, Urteils-, sowie in der Durchhaltefähigkeit eingeschränkt ist. Eine leichte Einschränkung liege in der Selbstbehauptung vor. Im Rahmen der emotional instabilen Persönlichkeitsstörung sei die Versicherte aufgrund der beschriebenen Einschränkungen in der bisherigen wie auch in einer adaptierten Tätigkeit zu 50 % arbeitsfähig, wobei von einer 100%igen Anwesenheit mit einer 50%igen Leistung ausgegangen wird. Die Versicherte sei in der Lage eine einfache, stressfreie Tätigkeit ohne Druck zu erbringen. Aus orthopädischer Sicht bestünden erhebliche Einschränkungen betreffend der Funktion der (dominanten) rechten Seite. So sollten keine Überkopfarbeiten vorkommen und auch einzelne Handgriffe über der Horizontalen seien schlecht möglich. Daneben sei die Kraft des rechten Armes auch unter der Horizontalen schmerzbedingt eingeschränkt. Die Beschwerden würden zeitabhängig zunehmen. Die neuropsychologischen Abklärungen vom 12. Oktober 2016 in der Psychiatrie X._ ergaben, dass die Versicherte einen Gesamt-IQ-Wert von 73 aufweise, womit der Wert von 70 knapp nicht unterschritten werde, und folglich auch nicht die Diagnose einer leichten Intelligenzminderung gestellt werden könne. Dennoch sei von einer reduzierten Verfügbarkeit der kognitiven Ressourcen und somit von einer schnelleren Überforderung in schwierigen Situationen auszugehen. Solche erschwerten kognitiven Bedingungen (und entsprechend erschwerte Alltagsbewältigung) würden sich nicht selten negativ auf die Belastbarkeit auswirken.
4.3. Zwar trifft es zu, wie die Beschwerdeführerin geltend macht, dass der ausgeglichene Arbeitsmarkt ein gewisses Angebot an Nischenarbeitsplätzen beinhaltet. Jedoch ist vorliegend zu beachten, dass unter Berücksichtigung der beträchtlichen psychischen Einschränkungen, welche insbesondere eine stressfreie Tätigkeit ohne Druck erfordern, die Beschwerdegegnerin verglichen mit einem gesunden Mitbewerber nur bei Inkaufnahme einer Lohneinbusse reale Chancen auf eine Anstellung hat (weiter vorne E. 3.5; Urteil 9C_955/2011 vom 7. November 2012 E. 5.3). Kommt hinzu, dass die Beschwerdegegnerin auf der dominanten rechten oberen Körperseite (Schulter, Arm und Hand) ebenfalls erheblich eingeschränkt ist, so dass das Spektrum an möglichen, - selbst bei einfachen und repetitiven - Tätigkeiten noch weiter reduziert wird (Urteil 8C_350/2013 vom 5. Juli 2013 E.3.3). In Bezug auf den Gesamt-IQ der Beschwerdegegnerin ist zu beachten, dass dieser mit 73 nur sehr knapp über der Grenze liegt, wonach eine geringe Intelligenz als gesundheitliche Beeinträchtigung im Sinne von Art. 7 Abs. 2 ATSG zu gelten hat (Urteile 8C_108/2014 vom 24. September 2014, E. 2.2, 8C_119/2008 vom 22. September 2008 E. 6.3.1, Ulrich Meyer, Bundesgesetz über die Invalidenversicherung [IVG], 3. Aufl. 2012 S. 37). Indessen schliesst ein dermassen niedriger Gesamt IQ-Wert eine entsprechende Berücksichtigung der daraus resultierenden Einschränkungen der kognitiven Ressourcen unter dem Titel des leidensbedingten Abzugs grundsätzlich nicht aus.
5.
Demzufolge hat die Vorinstanz kein Bundesrecht verletzt, als sie einen leidensbedingten Abzug bei der Berechnung des Invalideneinkommens berücksichtigte. In Bezug auf die Höhe des Abzugs hat sie ihr Ermessen auch nicht rechtsfehlerhaft ausgeübt, weshalb das Bundesgericht nicht korrigierend einzugreifen hat (vgl. <ref-ruling> E. 3.3 S. 399, Urteil 8C_179/2018 vom 22. Mai 2018 E. 5).
6.
Mit dem Entscheid in der Sache ist das Gesuch um aufschiebende Wirkung der Beschwerde gegenstandslos.
7.
Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend hat die unterliegende Beschwerdeführerin die Gerichtskosten zu tragen (Art. 66 Abs. 1 Satz 1 BGG) und der anwaltlich vertretenen Beschwerdegegnerin eine Parteientschädigung auszurichten. Ihr Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege ist demzufolge gegenstandslos.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 800.- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3.
Die Beschwerdeführerin hat den Rechtsvertreter der Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2'800.- zu entschädigen.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien, dem Kantonsgericht Luzern, 3. Abteilung, und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 6. Juli 2018
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Maillard
Die Gerichtsschreiberin: Elmiger-Necipoglu