Faits :
A.
Par jugement du 10 janvier 2018, le Tribunal de police des Montagnes et du Val-de-Ruz a condamné X._, pour actes d'ordre sexuel avec des enfants et contravention à la LStup, à une peine privative de liberté de 12 mois, sous déduction d'un jour de détention provisoire, avec sursis pendant trois ans, ledit sursis étant subordonné à la poursuite du suivi entrepris auprès du Centre A._ (ci-après : A._) et à l'obligation d'avoir une activité occupationnelle. Il a en outre condamné le prénommé à une amende de 100 fr. et a renoncé à ordonner son expulsion du territoire suisse.
B.
Par jugement du 12 juin 2018, la Cour pénale du Tribunal cantonal de la République et canton de Neuchâtel a admis l'appel formé par le ministère public contre ce jugement et a réformé celui-ci en ce sens que l'expulsion du territoire suisse de X._ est ordonnée pour une durée de cinq ans. Elle a confirmé le jugement pour le surplus.
La cour cantonale a retenu les faits suivants.
B.a. X._ est né en 1980 à B._. De nationalité espagnole, il est titulaire d'une autorisation d'établissement. Il a effectué toute sa scolarité dans sa ville natale. Il y vit seul, dans un appartement de deux pièces payé par l'aide sociale, dont il dépend depuis l'âge de 15 ans. Alors qu'il suivait une formation d'automaticien, le prénommé a eu un accident de voiture et n'a pas pu achever son apprentissage. Lorsqu'il était enfant, il a passé des vacances en Espagne. Il n'a pas de famille connue dans ce pays, en parle imparfaitement la langue et déchiffre celle-ci. Le père de X._ est décédé et sa mère vit en Suisse. Celui-ci n'a cependant pas de relations avec cette dernière, non plus qu'avec d'autres membres de sa famille. X._ a souffert d'un cancer de la lymphe et se trouve en période de rémission. Entre juin 2017 et mars 2018, il a travaillé dans le cadre d'un contrat d'insertion socioprofessionnelle à C._, à B._.
Le casier judiciaire suisse de X._ fait état d'une condamnation, en 2007, pour injure, menaces, délit contre la loi fédérale sur les armes, les accessoires d'armes et les munitions (LArm; RS 514.54), d'une condamnation, la même année, pour dommages à la propriété, ainsi que d'une condamnation, en 2015, pour délit contre la LArm.
B.b. A B._, entre janvier et février 2017, X._ s'est assis, les jambes écartées, derrière sa nièce D._, alors âgée de 11 ans, et a touché sa poitrine par-dessus ses vêtements en lui disant : "Cela pousse, on dirait".
Le 13 février 2017, alors qu'il avait passé la nuit chez sa soeur et dormi sur le même matelas que cette dernière et sa nièce D._, X._ a baissé le pyjama de la prénommée jusqu'aux chevilles, s'est placé à genoux au-dessus d'elle, lui a caressé le sexe et l'anus en la pénétrant avec deux doigts, a écarté les cuisses que l'enfant avait resserrées pour mettre fin aux attouchements car elle éprouvait de la douleur, puis s'est interrompu lorsque sa soeur s'est subitement réveillée.
B.c. A B._, du 15 novembre 2015 au 14 février 2017, X._ a fumé environ trois joints par jour, pour une consommation totale d'environ 300 g de marijuana.
C.
X._ forme un recours en matière pénale au Tribunal fédéral contre le jugement du 12 juin 2018, en concluant, avec suite de frais et dépens, principalement à sa réforme en ce sens que son expulsion du territoire suisse n'est pas ordonnée et, subsidiairement, à son annulation et au renvoi de la cause à l'autorité précédente pour nouvelle décision. Il sollicite par ailleurs l'effet suspensif et le bénéfice de l'assistance judiciaire.
D.
Par courrier du 12 juillet 2018, le Président de la Cour de droit pénal a indiqué que le recours en matière pénale interjeté contre un prononcé d'expulsion déployait de lege un effet suspensif, de sorte que la demande d'effet suspensif était sans objet et qu'il n'y avait dès lors pas lieu de statuer sur celle-ci.
E.
Invités à se déterminer, la cour cantonale a renoncé à présenter des observations, tandis que le ministère public a conclu au rejet du recours. Ces prises de position ont été transmises à X._.

Considérant en droit :
1.
Dans une section de son mémoire de recours intitulée "Les faits essentiels", le recourant présente sa propre version des événements, en introduisant divers éléments qui ne ressortent pas du jugement attaqué, sans toutefois démontrer en quoi la cour cantonale aurait arbitrairement omis de retenir ceux-ci (cf. <ref-law>). Ce faisant, il ne formule aucun grief recevable.
2.
Le recourant reproche à la cour cantonale de ne pas avoir renoncé à ordonner son expulsion sur la base de l'<ref-law>. Il se plaint en outre, sur ce point, d'une violation des art. 13 Cst. et 8 CEDH.
2.1. Aux termes de l'art. 66a al. 1 let. h CP, le juge expulse de Suisse l'étranger qui est condamné notamment pour actes d'ordre sexuel avec des enfants (<ref-law>), quelle que soit la quotité de la peine prononcée à son encontre, pour une durée de cinq à quinze ans. Selon l'<ref-law>, le juge peut exceptionnellement renoncer à une expulsion lorsque celle-ci mettrait l'étranger dans une situation personnelle grave et que les intérêts publics à l'expulsion ne l'emportent pas sur l'intérêt privé de l'étranger à demeurer en Suisse. A cet égard, il tiendra compte de la situation particulière de l'étranger qui est né ou qui a grandi en Suisse.
Les art. 66a-66d CP sont la concrétisation des paragraphes 3 à 6 de l'art. 121 Cst., adoptés le 28 novembre 2010 à la suite de l'acceptation par le Peuple et les Cantons de l'initiative populaire fédérale "Pour le renvoi des étrangers criminels" ("initiative sur le renvoi") (concernant l'historique de la mise en oeuvre de ces paragraphes, cf. arrêt 6B_371/2018 du 21 août 2018 consid. 2.2). L'<ref-law> prévoit l'expulsion "obligatoire" de l'étranger condamné pour l'une des infractions ou combinaison d'infractions listées à l'al. 1, quelle que soit la quotité de la peine prononcée à son encontre. L'expulsion est donc également en principe indépendante de la gravité des faits retenus (arrêt 6B_506/2017 du 14 février 2018 consid. 1.1).
2.2. En l'espèce, le recourant a commis une infraction (actes d'ordre sexuel avec des enfants) qui tombe sous le coup de l'art. 66a al. 1 let. h CP. Il remplit donc a priori les conditions d'une expulsion, sous la réserve d'une application de l'<ref-law>, voire également des normes de droit international.
2.3.
2.3.1. L'<ref-law> est formulé comme une norme potestative ("Kannvorschrift"), en ce sens que le juge n'a pas l'obligation de renoncer à l'expulsion, mais peut le faire si les conditions fixées par cette disposition sont remplies. Ces conditions sont cumulatives. Afin de pouvoir renoncer à une expulsion prévue par l'<ref-law>, il faut donc, d'une part, que cette mesure mette l'étranger dans une situation personnelle grave et, d'autre part, que les intérêts publics à l'expulsion ne l'emportent pas sur l'intérêt privé de l'étranger à demeurer en Suisse (arrêts 6B_296/2018 du 13 juillet 2018 consid. 3.2; 6B_1299/2017 du 10 avril 2018 consid. 2.1; 6B_506/2017 précité consid. 1.1 et les références citées). Le fait que la clause de rigueur soit une norme potestative ne signifie pas que le juge pénal pourrait librement décider d'appliquer ou non l'exception de l'<ref-law>. Le juge doit faire usage du pouvoir d'appréciation qui lui est conféré par une norme potestative dans le respect des principes constitutionnels. S'il devait refuser de renoncer à l'expulsion alors que les conditions de la clause de rigueur sont remplies, le principe de proportionnalité ancré à l'art. 5 al. 2 Cst. serait violé. Le juge doit ainsi renoncer à l'expulsion lorsque les conditions de l'<ref-law> sont réunies, conformément au principe de proportionnalité.
2.3.2. La loi ne définit pas ce qu'il faut entendre par une "situation personnelle grave" (première condition cumulative) ni n'indique les critères à prendre en compte dans la pesée des intérêts (seconde condition cumulative).
En recourant à la notion de cas de rigueur dans le cadre de l'<ref-law>, le législateur a fait usage d'un concept ancré depuis longtemps dans le droit des étrangers (cf. art. 30 al. 1 let. b ou 50 al. 1 let. b de la loi fédérale sur les étrangers [LEtr; RS 142.20], ainsi que l'art. 14 de la loi sur l'asile [LAsi; RS 142.31]). Compte tenu également du lien étroit entre l'expulsion pénale et les mesures du droit des étrangers, il est justifié de s'inspirer, de manière générale, des critères prévus par l'art. 31 al. 1 de l'ordonnance relative à l'admission, au séjour et à l'exercice d'une activité lucrative (OASA; RS 142.201) et de la jurisprudence y relative, dans le cadre de l'application de l'<ref-law>. L'art. 31 al. 1 OASA prévoit qu'une autorisation de séjour peut être octroyée dans les cas individuels d'extrême gravité. Elle commande de tenir compte notamment de l'intégration du requérant, du respect de l'ordre juridique suisse par le requérant, de la situation familiale, particulièrement de la période de scolarisation et de la durée de la scolarité des enfants, de la situation financière ainsi que de la volonté de prendre part à la vie économique et d'acquérir une formation, de la durée de la présence en Suisse, de l'état de santé ainsi que des possibilités de réintégration dans l'Etat de provenance. Comme la liste de l'art. 31 al. 1 OASA n'est pas exhaustive et que l'expulsion relève du droit pénal, le juge devra également, dans l'examen du cas de rigueur, tenir compte des perspectives de réinsertion sociale du condamné (cf. arrêt 6B_371/2018 précité consid. 2.4 et 2.5 et les références citées). En règle générale, il convient d'admettre l'existence d'un cas de rigueur au sens de l'<ref-law> lorsque l'expulsion constituerait, pour l'intéressé, une ingérence d'une certaine importance dans son droit au respect de sa vie privée et familiale garanti par la Constitution fédérale (art. 13 Cst.) et par le droit international, en particulier l'art. 8 CEDH (arrêt 6B_371/2018 précité consid. 2.5).
2.3.3. Dans l'appréciation du cas de rigueur, l'art. 66a al. 2 deuxième phrase CP impose expressément de tenir compte de la situation particulière de l'étranger qui est né ou qui a grandi en Suisse.
La jurisprudence rendue en droit des étrangers retient que la révocation de l'autorisation d'établissement d'un étranger qui séjourne depuis longtemps en Suisse doit se faire avec une retenue particulière, mais n'est pas exclue en cas d'infractions graves ou répétées, même en présence d'un étranger né en Suisse et qui y a passé l'entier de sa vie. On tiendra alors particulièrement compte de l'intensité des liens de l'étranger avec la Suisse et des difficultés de réintégration dans son pays d'origine (<ref-ruling> consid. 2.4 p. 149; <ref-ruling> consid. 2.2.1 p. 19 ss; <ref-ruling> consid. 2.3.1 p. 33 ss). Pour l'étranger issu de la deuxième génération ayant commis plusieurs infractions, mais pour qui les condamnations n'ont pas (encore) constitué un cas de révocation de l'autorisation (cf. art. 62 et 63 LEtr), il est généralement admis qu'un avertissement doit tout d'abord être adressé à celui-ci, afin d'éviter les mesures mettant fin à son séjour en Suisse. Un avertissement peut également être donné lorsque les conditions de révocation sont certes réunies, mais que le retrait de l'autorisation apparaît comme étant une mesure disproportionnée (art. 96 al. 2 LEtr; <ref-ruling> consid. 3.9 p. 154).
Les critères développés en lien avec la révocation de l'autorisation d'établissement d'un étranger issu de la deuxième génération qui a commis des infractions sont pertinents pour interpréter l'art. 66a al. 2 deuxième phrase CP en tant qu'ils concrétisent les exigences du principe de proportionnalité (art. 5 al. 2 Cst.). Il convient toutefois de garder à l'esprit que l'adoption de l'art. 121 al. 3-6 Cst. puis des art. 66a et ss CP visait à renforcer le régime existant dans ce domaine (arrêt 6B_371/2018 précité consid. 2.5). En toute hypothèse, l'étranger qui est né ou a grandi en Suisse dispose d'un intérêt privé important à rester en Suisse, dont il y a lieu de tenir compte dans le cadre de la pesée des intérêts.
2.4. La cour cantonale a exposé que les infractions retenues contre le recourant étaient graves, puisque ce dernier s'était rendu coupable, à deux reprises, d'actes d'ordre sexuel au préjudice de sa nièce âgée de 11 ans. La première fois, le recourant avait touché la poitrine de l'enfant par-dessus ses vêtements. La seconde fois, il avait caressé le sexe de sa nièce et avait pénétré cette dernière avec deux doigts. Le risque de récidive n'était nullement exclu, cela d'autant que des photographies inquiétantes avaient été retrouvées dans le téléphone portable de l'intéressé. Les antécédents pénaux de celui-ci étaient par ailleurs moyennement graves.
L'autorité précédente a par ailleurs indiqué que le recourant était né en Suisse en 1980 et jouissait d'une autorisation d'établissement. Il avait grandi et vécu toute sa vie à B._, y avait suivi sa scolarité et dépendait des services sociaux de cette commune depuis l'âge de 15 ans. Depuis le 15 juin 2017, il avait travaillé en qualité de serveur à C._ à B._, son contrat ayant été prolongé jusqu'au 14 juin 2018. L'intéressé vivait seul. Son réseau social était pauvre et les faits pour lesquels il avait été condamné avaient mis fin aux derniers contacts qu'il entretenait avec l'une de ses soeurs. Celui-ci n'avait pas de contacts avec sa mère, ni avec d'autres membres de sa famille en Suisse. Il ne faisait pas partie d'associations ou de clubs sportifs. Il suivait une formation en "permaculture", entre mai et novembre 2018. Les contacts que le recourant entretenait avec son pays d'origine étaient quant à eux inexistants. Il n'y avait ni famille proche, ni amis, ni relations. Le recourant avait une certaine connaissance de la langue espagnole, puisqu'il avait admis devant la cour cantonale que sa mère lui avait parlé en espagnol et en français. Ainsi, l'intéressé n'avait pas de liens sociaux ou culturels avec son pays d'origine, mais ceux qu'il avait tissés avec la Suisse étaient presque inexistants, hormis la dépendance à l'aide sociale depuis l'âge de 15 ans.
La cour cantonale a ajouté que la conduite du recourant depuis la commission des infractions avait été plutôt favorable. Le 16 février 2017, le tribunal des mesures de contrainte avait soumis celui-ci à une assistance de probation. Le recourant avait été suivi régulièrement par l'Office d'exécution des sanctions et de probation depuis le 27 février 2017. Le rapport établi par cet office révélait que ce dernier respectait les entretiens fixés, s'investissait dans son activité occupationnelle, se présentait régulièrement au A._, semblait bénéficier d'un cadre adéquat qui lui permettait d'évoluer positivement, bien qu'il doive encore consentir à des efforts notamment concernant la réflexion relative aux infractions commises. Les rapports établis par le A._ et par le C._ étaient également favorables à l'intéressé.
2.5. Au regard des critères énumérés à l'art. 31 al. 1 OASA (cf. consid. 2.3.2 supra), on peut relever que le recourant est né et a toujours résidé en Suisse - étant au bénéfice d'une autorisation d'établissement -, qu'il n'entretient aucun lien social ou familial avec son pays d'origine. Il ne dispose d'aucune formation professionnelle et émarge à l'aide sociale depuis l'âge de 15 ans. On ne distingue, chez l'intéressé, aucune volonté de prendre part à la vie économique suisse. Le recourant n'est par ailleurs pas particulièrement intégré en Suisse, où il ne dispose - selon le jugement attaqué - d'aucune relation familiale ni sociale particulière. Enfin, le respect de l'ordre juridique suisse ne préoccupe guère le recourant, lequel avait déjà fait l'objet de trois condamnations avant la présente cause. Pour le reste, les perspectives de réinsertion sociale du recourant s'avèrent plutôt sombres, dès lors que celui-ci - désormais âgé de 38 ans - n'a jamais exercé d'activité professionnelle et ne jouit d'aucune formation. On voit mal, à cet égard, que l'activité de serveur exercée dans le cadre de l'assistance de probation, non plus que la formation suivie en "permaculture" durant six mois, puisse déboucher sur une véritable insertion professionnelle de l'intéressé.
Les possibilités de réintégration - respectivement d'intégration - dans le pays d'origine apparaissent minces, puisque le recourant n'en maîtrise pas parfaitement la langue, n'y a jamais vécu et n'y dispose d'aucun contact pouvant favoriser son installation. Partant, un renvoi vers l'Espagne placerait celui-ci dans une situation personnelle grave et porterait en outre atteinte au respect de sa "vie privée" au sens de l'art. 8 par. 1 CEDH, de sorte que la première condition cumulative de l'<ref-law> est remplie. Il reste à déterminer si son intérêt privé à demeurer en Suisse pourrait l'emporter sur les intérêts publics présidant à son expulsion. Cet examen implique en particulier de déterminer si la mesure litigieuse respecte le principe de la proportionnalité découlant des art. 5 al. 2 Cst. et 8 par. 2 CEDH (cf. arrêt 6B_371/2018 précité consid. 3.2).
2.6. Il convient tout d'abord de relever que le recourant, qui a émargé sa vie durant à l'aide sociale, ne présente pas une intégration réussie en Suisse (cf. arrêts 2C_972/2017 du 15 juin 2018 consid. 3.2; 2C_620/2017 du 14 novembre 2017 consid. 2.3). En outre, bien qu'il soit né et ait vécu dans ce pays, on peine à discerner un élément qui permettrait à l'intéressé de se prévaloir de son droit au respect de sa "vie privée" au sens de l'art. 8 CEDH (cf. <ref-ruling> consid. 4.3 p. 24; arrêts 6B_706/2018 du 7 août 2018 consid. 2.2; 6B_296/2018 précité consid. 3.1), celui-ci ne pouvant mettre en avant aucun lien social ou professionnel particulier en Suisse. Ainsi, concernant l'intérêt personnel du recourant à demeurer dans ce pays, les éléments à prendre en compte se recoupent largement avec ceux ayant conduit à retenir l'existence d'une situation personnelle grave en cas d'expulsion (cf. consid. 2.5 supra). L'intéressé peut uniquement se prévaloir de sa naissance en Suisse et de son existence passée dans ce pays. Il n'invoque d'ailleurs guère d'autres éléments, hormis l'existence d'un prétendu "cercle social" dont on ignore tout. Pour le reste, on ne saurait considérer que l'activité occupationnelle ou le suivi entrepris auprès du A._ - auxquels le sursis à l'exécution de la peine privative de liberté a été subordonné - dénoteraient une quelconque volonté d'intégration en Suisse.
A propos des intérêts présidant à l'expulsion du recourant, on peut relever que ses antécédents, s'ils révèlent un mépris certain de l'ordre juridique suisse, ne comprennent pas de condamnation pour des infractions graves. L'intéressé a d'ailleurs été sanctionné par une peine pécuniaire de 20 jours-amende ainsi qu'une amende de 300 fr. lors de sa première condamnation en 2007, par un travail d'intérêt général ainsi qu'une amende de 200 fr. à l'occasion de sa deuxième condamnation cette même année, enfin par une peine pécuniaire de cinq jours-amende avec sursis en 2015. Il s'agit donc en l'occurrence de sa première condamnation entraînant une peine privative de liberté, laquelle, en vertu de la jurisprudence relative à la révocation d'une autorisation d'établissement d'un étranger issu de la deuxième génération, aurait en principe dû conduire à un avertissement (cf. consid. 2.3.3 supra). Le tribunal de première instance a estimé que la culpabilité du recourant était importante. Il a cependant, en tenant compte notamment des regrets exprimés par l'intéressé, de son "parcours de vie chaotique" et du respect des mesures de substitution instaurées, prononcé une peine privative de liberté de 12 mois. Le tribunal de première instance a par ailleurs assorti cette peine d'un sursis à l'exécution, en imposant au recourant un traitement des addictions ainsi qu'une activité occupationnelle. On peine pourtant à percevoir le lien entre les actes d'ordre sexuel commis sur une fillette de 11 ans et la situation socio-professionnelle - soit l'absence d'activité et la consommation d'alcool et de stupéfiants - du recourant. Il ressort d'ailleurs du jugement de première instance que de nombreuses photographies de jeunes filles, âgées de 10 à 12 ans, ont été trouvées dans le téléphone de celui-ci, l'utilisateur de l'appareil ayant en outre effectué des recherches telles que "ma nièce - oui tonton - Uncle cums in His Niece" (jugement du 10 janvier 2018, p. 5). La cour cantonale a quant à elle estimé, notamment sur la base des éléments précités, que le risque de récidive existait. Saisie d'un appel du ministère public ne portant pas sur la peine ni le sursis à l'exécution, elle ne pouvait cependant revoir ces éléments.
Il convient encore de relever que si la peine privative de liberté à laquelle a été condamné le recourant ne dépasse pas une année - ce qui ne permettrait pas une révocation de son autorisation d'établissement sur la base des art. 62 al. 1 let. b et 63 al. 1 let. a LEtr (cf. l'arrêt publié aux <ref-ruling> consid. 2.1 p. 147, selon lequel constitue une "peine privative de liberté de longue durée" au sens de l'art. 62 al. 1 let. b LEtr toute peine dépassant un an d'emprisonnement) -, celui-ci a porté atteinte à un bien juridique particulièrement important, soit l'intégrité sexuelle d'autrui. Dans cette mesure, le recourant attentant de manière très grave à la sécurité et l'ordre publics en Suisse (cf. <ref-ruling> consid. 3.3 p. 303 s.; arrêt 2C_89/2018 du 16 août 2018 consid. 4.2.1), son autorisation d'établissement pourrait être révoquée sur la base de l'art. 63 al. 1 let. b LEtr.
En définitive, compte tenu de la mauvaise intégration du recourant, de l'absence de liens familiaux, sociaux ou professionnels en Suisse, de la persistance de celui-ci à violer l'ordre juridique suisse, de la gravité des faits pour lesquels il a été condamné par la cour cantonale et du risque de récidive existant compte tenu de son intérêt pour les filles pré-pubères, l'intérêt public à l'expulsion l'emporte sur l'intérêt privé de l'intéressé à demeurer en Suisse. L'intégration de ce dernier en Espagne ne sera certes pas aisée, au vu de son absence de famille proche sur place et d'une maîtrise imparfaite de la langue. Cependant, vu le défaut d'intégration en Suisse et de perspectives professionnelles dans ce pays, il n'apparaît pas que le recourant se trouvera, en Espagne, dans une situation sensiblement plus défavorable, ni même qu'il disposerait, en Suisse, de meilleures chances de réinsertion sociale. Dans ces circonstances, l'expulsion s'avère conforme au principe de la proportionnalité.
2.7. La seconde condition pour l'application de l'<ref-law> n'étant pas réalisée, la cour cantonale n'a pas violé le droit fédéral, constitutionnel ou international en ordonnant l'expulsion du recourant pour une durée de cinq ans.
3.
L'examen des conditions d'application de l'<ref-law> ayant notamment impliqué un contrôle de la proportionnalité de la mesure ainsi que la prise en compte, dans une société démocratique, du droit du recourant au respect de sa vie privée (cf. arrêt 6B_371/2018 précité consid. 4), les griefs de ce dernier portant spécifiquement sur une éventuelle violation des art. 13 Cst. et 8 CEDH n'ont plus d'objet, l'expulsion prononcée ne portant pas atteinte à ces dispositions.
4.
Compte tenu de ce qui précède, le recours doit être rejeté dans la mesure où il est recevable. Comme le recourant est dans le besoin et que ses conclusions ne paraissaient pas d'emblée vouées à l'échec, sa demande d'assistance judiciaire doit être admise (<ref-law>). Par conséquent, il y a lieu de le dispenser des frais et d'allouer une indemnité à sa mandataire, désignée comme avocate d'office (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2.
La demande d'assistance judiciaire est admise. Me Anne Joseph est désignée comme conseil d'office et une indemnité de 3'000 fr. lui est allouée à titre d'honoraires, à payer par la caisse du Tribunal fédéral.
3.
Il n'est pas perçu de frais judiciaires.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour pénale du Tribunal cantonal du canton de Neuchâtel.
Lausanne, le 30 octobre 2018
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Denys
Le Greffier : Graa