Sachverhalt:
A.
B._ (Arbeitnehmer, Beschwerdegegner) war während rund 37 Jahren ohne schriftlichen Arbeitsvertrag bei der A._ AG (Arbeitgeberin, Beschwerdeführerin) angestellt. Dabei gehörte er zuletzt dem Verwaltungsrat der Arbeitgeberin an und war Vorsitzender der Geschäftsleitung. Weiter war er Minderheitsaktionär der C._ AG, in deren Besitz sich sämtliche Aktien der Arbeitgeberin befinden. Am 25. August 2016 kündigte die Arbeitgeberin das Arbeitsverhältnis mittels ordentlicher Kündigung. Das Arbeitsverhältnis endete schliesslich am 31. Mai 2017.
B.
Mit Klage vom 13. Juni 2018 beantragte der Arbeitnehmer beim Regionalgericht Oberland, die Arbeitgeberin sei zu verurteilen, ihm wegen missbräuchlicher Kündigung eine Entschädigung in der Höhe von sechs Monatslöhnen, ausmachend netto Fr. 115'191.-- (inkl. Anteil 13. Monatslohn und Anteil freiwillige Zulage) und einen Betrag von Fr. 224'714.10, je nebst Zins, zu bezahlen.
Mit Entscheid vom 10. Juni 2020 verurteilte das Regionalgericht die Arbeitgeberin, dem Arbeitnehmer Fr. 141'197.25 netto zu bezahlen. Soweit weitergehend wies es die Klage ab.
Eine dagegen gerichtete Berufung der Arbeitgeberin hiess das Obergericht des Kantons Bern mit Entscheid vom 18. Dezember 2020 teilweise gut. Es hob die Dispositivziffern 1, 3, 4 und 5 des Entscheids des Regionalgerichts auf (Dispositivziffer 1). Es verurteilte die Arbeitgeberin, dem Arbeitnehmer Fr. 97'461.35 netto (Fr. 91'455.10 als Entschädigung für die missbräuchliche Kündigung und Fr. 6'006.25 für Spesen/Fringe Benefits) zu bezahlen. Soweit weitergehend wies es die Berufung ab (Dispositivziffer 2). Die Gerichtskosten des Berufungsverfahrens wurden im Umfang von Fr. 9'073.50 der Arbeitgeberin und im Umfang von Fr. 4'076.50 dem Arbeitnehmer auferlegt (Dispositivziffer 3). Die erstinstanzlichen Gerichtskosten wurden im Umfang von Fr. 6'224.80 der Arbeitgeberin und im Umfang von Fr. 15'240.-- dem Arbeitnehmer auferlegt (Dispositivziffer 4). Das Obergericht verpflichtete die Arbeitgeberin (nach Verrechnung), dem Arbeitnehmer für das Berufungsverfahren eine Parteientschädigung im Umfang von Fr. 4'688.65 zu bezahlen (Dispositivziffer 5). Für das erstinstanzliche Verfahren verpflichtete es den Arbeitnehmer (nach Verrechnung), der Arbeitgeberin eine Parteientschädigung im Umfang von Fr. 12'419.15 zu bezahlen (Dispositivziffer 6).
Das Obergericht bestätigte eine missbräuchliche Kündigung gemäss Art. 336 OR, reduzierte aber die erstinstanzlich zugesprochene Entschädigung. Weiter erachtete es mit dem Regionalgericht eine von der Arbeitgeberin geltend gemachte Verrechnungseinrede als nicht genügend dargetan.
C.
Mit Beschwerde in Zivilsachen vom 22. Januar 2021 beantragt die Arbeitgeberin, der angefochtene Entscheid des Obergerichts sei aufzuheben und es sei die Klage des Beschwerdegegners kostenfällig vollumfänglich abzuweisen. Eventualiter sei die Angelegenheit zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. In prozessualer Hinsicht beantragt sie, der Beschwerde sei die aufschiebende Wirkung zu gewähren. Der Beschwerdegegner beantragt, die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Die Vorinstanz hat auf Vernehmlassung verzichtet. Die Beschwerdeführerin hat unaufgefordert repliziert.
Mit Präsidialverfügung vom 24. März 2021 wurde das Gesuch der Beschwerdeführerin um Erteilung der aufschiebenden Wirkung abgewiesen.

Erwägungen:
1.
Die Beschwerdeführerin beantragt die Aufhebung des angefochtenen Entscheids. Rechtsbegehren sind im Lichte der Begründung auszulegen (<ref-ruling> E. 1.3; <ref-ruling> E. 4). Aus der Begründung der Beschwerde geht klar hervor, dass sich die Beschwerde einzig auf die teilweise Abweisung ihrer Berufung bezieht, mithin die Dispositivziffer 1 des vorinstanzlichen Entscheids (teilweise Gutheissung der Berufung) nicht betrifft.
2.
Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG). Es prüft aber unter Berücksichtigung der allgemeinen Begründungsanforderungen (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG) grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind. Es ist nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu untersuchen, wenn diese vor Bundesgericht nicht mehr vorgetragen werden (<ref-ruling> E. 2, 115 E. 2).
3.
3.1. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1 BGG). Dazu gehören sowohl die Feststellungen über den streitgegenständlichen Lebenssachverhalt als auch jene über den Ablauf des vor- und erstinstanzlichen Verfahrens, also die Feststellungen über den Prozesssachverhalt (<ref-ruling> E. 1.3.1 mit Hinweisen). Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht (Art. 105 Abs. 2 BGG). "Offensichtlich unrichtig" bedeutet dabei "willkürlich" (<ref-ruling> E. 2, 264 E. 2.3). Überdies muss die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein können (Art. 97 Abs. 1 BGG).
Für eine Kritik am festgestellten Sachverhalt gilt das strenge Rügeprinzip von Art. 106 Abs. 2 BGG (<ref-ruling> E. 2.3 mit Hinweisen). Die Partei, welche die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz anfechten will, muss klar und substanziiert aufzeigen, inwiefern die genannten Voraussetzungen erfüllt sein sollen (<ref-ruling> E. 1.3.1 mit Hinweisen). Wenn sie den Sachverhalt ergänzen will, hat sie zudem mit präzisen Aktenhinweisen darzulegen, dass sie entsprechende rechtsrelevante Tatsachen und taugliche Beweismittel bereits bei den Vorinstanzen prozesskonform eingebracht hat (BGE 140III 86 E. 2). Genügt die Kritik diesen Anforderungen nicht, können Vorbringen mit Bezug auf einen Sachverhalt, der vom angefochtenen Entscheid abweicht, nicht berücksichtigt werden (<ref-ruling> E. 1.3.1).
3.2. Soweit die Beschwerdeführerin den Sachverhalt ergänzt, ohne diese Anforderungen einzuhalten, ist darauf nicht einzugehen. Massgebend ist der Sachverhalt, wie er von der Vorinstanz festgestellt worden ist.
4.
Umstritten ist, ob eine missbräuchliche Kündigung gemäss Art. 336 OR vorliegt.
4.1.
4.1.1. Ein unbefristetes Arbeitsverhältnis kann von jeder Vertragspartei unter Einhaltung der gesetzlichen oder vertraglichen Kündigungsfrist gekündigt werden (Art. 335 Abs. 1 OR). Damit gilt das Prinzip der Kündigungsfreiheit. Es bedarf grundsätzlich keiner besonderen Gründe, um kündigen zu können (vgl. <ref-ruling> E. 2.3 mit Hinweisen). Die Kündigungsfreiheit findet aber ihre Grenzen am Missbrauchsverbot. Missbräuchlich ist eine Kündigung nur, wenn sie aus bestimmten, in Art. 336 OR umschriebenen unzulässigen Gründen ausgesprochen wird, wobei die Aufzählung nicht abschliessend ist (<ref-ruling> E. 2.3; <ref-ruling> E. 7.1; <ref-ruling> E. 2.1). Es sind deshalb - neben den in Art. 336 OR aufgeführten - weitere Tatbestände denkbar und vom Bundesgericht auch schon mehrfach anerkannt worden (BGE <ref-ruling> E. 2.1; Urteil 4A_280/2017 vom 7. September 2017 E. 4.1). Der Vorwurf der Missbräuchlichkeit setzt indessen voraus, dass die geltend gemachten Gründe eine Schwere aufweisen, die mit jener der in Art. 336 OR ausdrücklich aufgezählten vergleichbar ist (BGE <ref-ruling> E. 2.1; <ref-ruling> E. 4.2; Urteil 4A_126/2020 vom 30. Oktober 2020 E. 3).
4.1.2. Grundsätzlich knüpft der sachliche Kündigungsschutz am Motiv der Kündigung an. Die Missbräuchlichkeit kann sich aber auch aus der Art und Weise ergeben, wie die kündigende Partei ihr Recht ausübt. Auch wenn eine Partei die Kündigung rechtmässig erklärt, muss sie das Gebot schonender Rechtsausübung beachten. Sie darf insbesondere kein falsches und verdecktes Spiel treiben, das Treu und Glauben krass widerspricht (BGE <ref-ruling> E. 4.2; <ref-ruling> E. 2b). Ein krass vertragswidriges Verhalten, namentlich eine schwere Persönlichkeitsverletzung im Umfeld einer Kündigung, kann diese als missbräuchlich erscheinen lassen (BGE <ref-ruling> E. 2.2). Demgegenüber genügt ein bloss unanständiges, einem geordneten Geschäftsverkehr unwürdiges Verhalten der Arbeitgeberin nicht, um die Kündigung als missbräuchlich erscheinen zu lassen. Es ist nicht Aufgabe der Rechtsordnung, bloss unanständiges Verhalten zu sanktionieren (BGE <ref-ruling> E. 2.3; <ref-ruling> E. 4.2; zit. Urteil 4A_280/2017 E. 4.1 mit Hinweisen).
4.2.
4.2.1. Die Vorinstanz erwog, der Beschwerdegegner habe nie geltend gemacht, ihm sei aufgrund seines Alters gekündigt worden. Eine Alterskündigung gemäss Art. 336 Abs. 1 lit. a OR liege daher unbestrittenermassen nicht vor. Vielmehr erachte er die Art und Weise der Kündigung als missbräuchlich. Bei der Frage, wann die Art und Weise einer Kündigung missbräuchlich sei, komme dem Alter des Arbeitnehmers wiederum eine grosse Bedeutung zu. Die Rechtsprechung habe die privatrechtliche Kündigungsfreiheit in Bezug auf ältere Mitarbeitende dahingehend eingeschränkt, als dass diese Arbeitnehmerkategorie von einer erhöhten Fürsorgepflicht des Arbeitgebers profitiere. Ein älterer Arbeitnehmer sei somit über die beabsichtigte Kündigung zu informieren und anzuhören. Zudem solle nach alternativen Lösungen gesucht werden. Der Beschwerdegegner sei zum Zeitpunkt der Kündigung 60 Jahre alt gewesen und habe während rund 37 Jahren für die Beschwerdeführerin gearbeitet. Er gehöre damit zweifellos in die besonders geschützte Arbeitnehmerkategorie. Die Beschwerdeführerin mache nicht geltend, sie habe den Beschwerdegegner vorgängig informiert oder angehört. Die Kündigung erweise sich somit bereits aus diesem Grund als missbräuchlich.
4.2.2. Hinzu komme, dass die Beschwerdeführerin insbesondere den Umgang des Beschwerdegegners mit den Mitarbeitenden und die in diesem Zusammenhang erfolgten negativen Rückmeldungen als Kündigungsgrund anfüge. Gleichzeitig habe D._ in ihrer Befragung vom 29. Oktober 2019 ausdrücklich erklärt, der Beschwerdegegner sei nie mit diesen Rückmeldungen konfrontiert worden. Es sei daher festzustellen, dass die Beschwerdeführerin keine Massnahmen getroffen habe, um den Konflikt zu entschärfen. Dies mache sie im Übrigen auch nicht geltend. Obwohl die diesbezügliche Fürsorge- und Abklärungspflicht des Arbeitgebers ab einer gewissen hierarchischen Stufe abnehme, erweise sich die Kündigung ohne vorgängige Thematisierung des Konflikts als missbräuchlich. Daran ändere auch das Verhalten des Beschwerdegegners während der Kündigungsfrist nichts.
4.3. Die Beschwerdeführerin rügt eine Verletzung von Art 336 OR. Sie macht geltend, die von der Vorinstanz erwähnten Umstände vermöchten keine missbräuchliche Kündigung zu begründen. Die Vorinstanz gehe zu Unrecht davon aus, eine privatrechtliche Kündigung bedürfe einer vorherigen Anhörung. Auch die von ihr verlangte vorgängige Abmahnung sei im Falle eines CEO nicht erforderlich. Ebenso unbegründet sei der Vorwurf, keine alternative Lösung gesucht zu haben. Der Verwaltungsrat einer Aktiengesellschaft sei nicht verpflichtet, mit einem CEO vor einer Kündigung alternative Lösungen zu suchen. Zudem seien diese Gründe vom Beschwerdegegner nie vorgebracht worden. Die Vorinstanz habe daher die Dispositionsmaxime verletzt. Die von der Vorinstanz ins Feld geführten Gründe schienen aus BGE <ref-ruling> entnommen worden zu sein, dessen Konstellation mit der Vorliegenden nicht vergleichbar sei.
4.3.1. Vorab ist auf den Vorwurf einzugehen, wonach der Beschwerdegegner die von der Vorinstanz ins Feld geführten Gründe für eine missbräuchliche Kündigung nie geltend gemacht habe. Der Beschwerdegegner führt dazu in seiner Beschwerdeantwort mit Aktenverweis aus, er habe stets geltend gemacht, die Art und Weise der Kündigung sei missbräuchlich gewesen. Diese Entgegnung des Beschwerdegegners trifft zu. Der Vorwurf, die Vorinstanz habe die Dispositionsmaxime verletzt, ist somit unbegründet.
4.3.2. Es ist somit zu prüfen, ob die Vorinstanz Bundesrecht verletzt, wenn sie vorliegend aus der Art und Weise der Ausübung des Kündigungsrechts, wie es die Vorinstanz festgestellt hat, eine missbräuchliche Kündigung ableitet. Dabei handelt es sich um eine Rechtsfrage, die das Bundesgericht frei prüft (vgl. zit. Urteil 4A_126/2020 E. 3).
Die Beschwerdeführerin macht zu Recht geltend, das Obligationenrecht kenne keine Pflicht, die Gegenpartei vor Aussprechen einer Kündigung anzuhören oder sie zunächst zu verwarnen (Urteil 4C.174/2004 vom 5. August 2004 E. 2.4; STREIFF/VON KAENEL/RUDOLPH, Arbeitsvertrag, 7. Aufl. 2012, S. 999). Ebenso wenig besteht im Privatrecht eine generelle Pflicht, eine erwogene Kündigung zunächst einer Verhältnismässigkeitsprüfung in dem Sinne zu unterziehen, dass vor einer Kündigung immer zuerst mildere Massnahmen zu ergreifen wären (STREIFF/VON KAENEL/RUDOLPH, a.a.O., S. 999). Davon geht auch die Vorinstanz aus. Sie ist aber - mit Verweis auf das Urteil 4A_384/2014 vom 12. November 2014 - der Ansicht, bei älteren Arbeitnehmern mit langer Betriebszugehörigkeit bestünden solche Pflichten als Ausfluss einer erweiterten Fürsorgepflicht der Arbeitgeberin (vgl. hiervor E. 4.2.1).
In BGE <ref-ruling> entschied das Bundesgericht, ein Arbeitgeber handle missbräuchlich, wenn er einen Heizungsmonteur nach 44 klaglosen Dienstjahren nur wenige Monate vor der Pensionierung ohne betriebliche Notwendigkeit und ohne nach einer sozialverträglicheren Lösung gesucht zu haben, entlässt. In einem späteren Urteil stellte das Bundesgericht klar, bei BGE <ref-ruling> habe es sich um einen aussergewöhnlichen, gar extremen Fall gehandelt (Urteil 4A_419/2007 vom 29. Januar 2008 E. 2.5). Demgemäss darf keine isolierte Betrachtung nur des Alters des Arbeitnehmers stattfinden, sondern es ist auf die gesamten Umstände des Einzelfalls abzustellen (zit. Urteil 4A_419/2007 E. 2.5; Urteil 4C.388/2006 vom 30. Januar 2007 E. 4.2).
Im Urteil 4A_384/2014, auf das die Vorinstanz Bezug nimmt, erwog das Bundesgericht, für Arbeitnehmer im fortgeschrittenen Alter und mit langer Dienstzeit gelte eine erhöhte Fürsorgepflicht der Arbeitgeberin und leitete daraus Pflichten der Arbeitgeberin vorgängig zu einer Kündigung (vorgängige Information und Anhörung, Suche nach alternativen Lösungen) ab (zit. Urteil 4A_384/2014 E. 4.2.2). Dieses Urteil ist in Teilen der Lehre auf Kritik gestossen. Es wird beanstandet, das Bundesgericht leite Pflichten der Arbeitgeberin ab, die im kodifizierten Arbeitsrecht kaum eine Stütze fänden. Zudem werde das private Arbeitsrecht für eine bestimmte Arbeitnehmerkategorie dem öffentlichen Dienstrecht angenähert (ADRIAN VON KAENEL, Neuere Entwicklungen in der bundesgerichtlichen Rechtsprechung zum Kündigungsschutz, in: Festschrift für Thomas Geiser zum 65. Geburtstag, 2017, S. 481 ff., 489 f.; RENÉ HIRSIGER, Erhöhte Anforderungen bei ordentlicher Kündigung [dienst-]älterer Arbeitnehmenden?, in: dRSK, publiziert am 19. März 2015, Rz. 8). Andere Stimmen begrüssen den Entscheid in sozialpolitischer Hinsicht, da er den Schutz älterer Arbeitnehmer verstärke, was angesichts der gravierenden Auswirkungen solcher Kündigungen und der Tatsache, dass durch diese regelmässig jahrzehntelange, loyale Mitarbeitende betroffen seien, zu begrüssen sei (DENIS G. HUMBERT, Die Alterskündigung, AJP 2015 S. 868 ff., 873 f.; ABEGG/ BERNAUER, A rbeitsrechtliche Präjudizien des Bundesgerichts, in: Jusletter 2. Mai 2016 Rz. 18).
Auf die Kritik am Urteil 4A_384/2014 muss hier nicht im Einzelnen eingegangen werden. Der Arbeitgeber hat zwar bei älteren Arbeitnehmern der Art und Weise der Kündigung besondere Beachtung zu schenken, entgegen der etwas apodiktischen Formulierung im betreffenden Urteil - "[der ältere Arbeitnehmer] hat namentlich Anspruch darauf, rechtzeitig über die beabsichtigte Kündigung informiert und angehört zu werden, und der Arbeitgeber ist verpflichtet, nach Lösungen zu suchen, welche eine Aufrechterhaltung des Arbeitsverhältnisses ermöglichen" (zit. Urteil 4A_384/2014 E. 4.2.2) - bestimmt sich der Umfang der arbeitgeberischen Fürsorgepflicht vorgängig zu einer Kündigung jedenfalls auch hinsichtlich dieser Arbeitnehmerkategorie einzelfallbezogen aufgrund einer Gesamtwürdigung der jeweiligen Umstände.
4.3.3. Die Vorinstanz hat in E. 6.3.4 des angefochtenen Entscheids einzig das Alter und die lange Dienstzeit des Beschwerdegegners isoliert berücksichtigt und daraus spezifische Pflichten der Beschwerdeführerin abgeleitet, welche diese nicht erfüllt habe, womit von einer missbräuchlichen Kündigung auszugehen sei. Sie ging jedoch nicht auf die spezifische Stellung des Beschwerdegegners innerhalb des Unternehmens ein. Der Beschwerdegegner war gemäss den unbestrittenen vorinstanzlichen Feststellungen Verwaltungsratsmitglied und Vorsitzender der Geschäftsleitung. Die Vorinstanz führt denn auch an anderer Stelle - im Zusammenhang mit der Bemessung der Entschädigung - aus, beim Beschwerdegegner handle es sich nicht um einen "normalen" Arbeitnehmer. Er sei Geschäftsführer gewesen, habe erhebliche Entscheidkompetenzen gehabt und eine grosse Verantwortung getragen.
Die Beschwerdeführerin macht zu Recht geltend, sie sei grundsätzlich nicht verpflichtet, mit dem Vorsitzenden der Geschäftsleitung nach alternativen Lösungen zu einer Kündigung zu suchen. Dies würde zudem voraussetzen, dass das Arbeitsverhältnis überhaupt in irgendeiner Form weitergeführt werden könnte. Bei einem Vorsitzenden der Geschäftsleitung dürfte sich eine Weiterbeschäftigung im Unternehmen in einer anderen Form, zum Beispiel in einer Unterabteilung, eher schwierig gestalten, wie die Beschwerdeführerin zu Recht ausführt. Bezeichnenderweise macht der Beschwerdegegner vor Bundesgericht auch nicht geltend, eine Weiterbeschäftigung bei der Beschwerdeführerin in einer anderen Form wäre möglich gewesen.
Die Ausübung des an und für sich bestehenden Rechts zur Kündigung wird eingeschränkt, wenn dies zu einem krassen Missverhältnis der Interessen führen würde (BGE <ref-ruling> E. 2.4). Bei einem Geschäftsführer, der erhebliche Entscheidkompetenzen hat und grosse Verantwortung trägt, ist das Interesse der Arbeitgeberin an der Kündigungsfreiheit entsprechend hoch zu gewichten. Im Rahmen der Abwägung ist (zumindest ergänzend) auch der relativ hohe Lohn des Beschwerdegegners mitzuberücksichtigen. Der Beschwerdegegner macht in seiner Beschwerdeantwort zwar geltend, die Umstände des Einzelfalls würden dazu führen, dass die Beschwerdeführerin erhöhte Pflichten träfen. Er führt aber nicht aus, auf welche konkreten Umstände - neben seinem Alter und der langen Betriebszugehörigkeit - er sich damit bezieht. Allein der zusätzliche Umstand, dass der Beschwerdegegner ein Familienmitglied ist, reicht jedenfalls nicht.
Es verletzt daher Bundesrecht, wenn die Vorinstanz vorliegend eine missbräuchliche Kündigung damit begründet, dass der Beschwerdegegner vorgängig zur Kündigung hätte angehört und mit ihm eine alternative Lösung hätte gesucht werden müssen.
4.3.4. Die Vorinstanz erwog zudem, es komme hinzu, dass die Beschwerdeführerin den Beschwerdegegner nie auf negative Rückmeldungen hinsichtlich seines Umgangs mit den Mitarbeitenden angesprochen bzw. ihn abgemahnt habe (vgl. hiervor E. 4.2.2). Aus der vorinstanzlichen Begründung ist nicht abschliessend klar, ob sie auch allein darin - im Sinne einer Eventualbegründung - eine missbräuchliche Kündigung erblicken würde.
Die Beschwerdeführerin macht diesbezüglich jedenfalls geltend, sie habe keine Pflicht gehabt, den Beschwerdegegner abzumahnen. Es sei einem Verwaltungsrat unbenommen, einen CEO zu entlassen, wenn dessen Gebaren untragbare Formen angenommen habe und zu Schaden führe. Gemäss den im vorinstanzlichen Urteil wiedergegebenen erstinstanzlichen Feststellungen, wurde das Verhalten des Beschwerdegegners bzw. finanzielle Probleme der Beschwerdeführerin als Kündigungsgrund angegeben. Die Vorinstanz hielt denn auch selbst fest, dass insbesondere der Umgang mit den Mitarbeitenden als Kündigungsgrund angegeben worden sei. Daraus ergibt sich, dass nicht allein das Verhalten gegenüber den Mitarbeitern als Kündigungsgrund angefügt worden ist. Im Übrigen wäre im Falle eines Geschäftsführers eine Kündigung nicht allein deshalb missbräuchlich, weil er vorgängig nicht abgemahnt bzw. mit den Vorwürfen konfrontiert worden ist. Die Überlegungen in E. 4.3.3 gelten auch bezüglich einer fehlenden Abmahnung. Der Beschwerdegegner hatte innerhalb der Beschwerdeführerin keine untergeordnete Position, sodass Probleme mit den Mitarbeitenden (potentiell) Auswirkungen auf das ganze Unternehmen hatten (vgl. Urteil 4A_130/2016 vom 25. August 2016 E. 2.2). Die Verneinung der Missbräuchlichkeit einer Entlassung setzt im Übrigen insbesondere auch nicht voraus, dass die Arbeitgeberin alle Pflichten erfüllt und sich in jeder Hinsicht tadellos verhalten hat, relevant ist einzig, ob die Kündigung gegen die Regeln von Treu und Glauben verstossen hat (vgl. <ref-ruling> E. 2.6 S. 517).
Eine Missbräuchlichkeit der Kündigung ergibt sich vorliegend jedenfalls auch nicht daraus, dass der Beschwerdegegner vorgängig nicht über die negativen Rückmeldungen der Mitarbeitenden der Beschwerdeführerin informiert worden ist. Schliesslich sind auch keine anderen Missbräuchlichkeitsgründe ersichtlich oder werden vom Beschwerdegegner vor Bundesgericht rechtsgenügend dargetan.
4.3.5. Es verletzt somit insgesamt Bundesrecht, wenn die Vorinstanz die Kündigung vom 25. August 2016 als missbräuchlich qualifiziert. Auf die Rügen der Beschwerdeführerin im Zusammenhang mit der Bemessung der Entschädigung muss bei diesem Ergebnis nicht mehr eingegangen werden.
5.
Umstritten ist zudem die von der Beschwerdeführerin erhobene Verrechnungseinrede.
5.1. Die Vorinstanz hat dem Beschwerdegegner mit der Erstinstanz einen Anspruch auf Bezahlung von Auslagen (Spesen/Fringe Benefits) bis Ende Mai 2017 im Betrag von Fr. 6'006.25 zugesprochen. Mit den diesbezüglichen vorinstanzlichen Ausführungen setzt sich die Beschwerdeführerin nicht auseinander. Sie stellt diesen Anspruch des Beschwerdegegners auf Spesen/Fringe Benefits auch nicht mehr als solchen in Abrede. Sie macht aber in ihrer Beschwerde geltend, sie habe die Einrede der Verrechnung über Fr. 115'617.35 erhoben. Vor Bundesgericht beantragt sie denn auch, die Klage des Beschwerdegegners sei vollumfänglich abzuweisen. Die Vorinstanz kam zum Schluss, die Gegenforderung der Beschwerdeführerin bzw. die von ihr geltend gemachte Verrechnungseinrede sei nicht genügend dargetan. Es ist somit nachfolgend auf die diesbezüglichen vorinstanzlichen Erwägungen und die dagegen gerichteten Rügen der Beschwerdeführerin einzugehen.
5.2. Die Vorinstanz hielt fest, die Beschwerdeführerin störe sich in ihrer Berufung daran, dass die Erstinstanz einerseits die Zusprechung von Krankenkassenprämien an den Beschwerdegegner für die Zeit von Januar 2017 bis Mai 2017 abgewiesen, andererseits aber auch ihre Verrechnungseinrede betreffend die rechtswidrige Bezahlung von Krankenkassenprämien nicht zugelassen habe. Der Beschwerdegegner habe für die Bezahlung der Krankenkassenprämien durch die Beschwerdeführerin keine vertragliche Grundlage ins Recht legen können.
Die Vorinstanz erwog, die Krankenkassenprämien des Beschwerdegegners seien über Jahre bezahlt worden - offenbar ohne dass der Verwaltungsrat der Beschwerdeführerin davon Kenntnis erhalten haben will. Es sei nicht ganz klar, ob diesbezüglich die Visavorschriften durch den Beschwerdegegner bzw. den CFO verletzt worden seien. Der Zeuge E._ habe jedenfalls erklärt, er sei bei der Kontrolle der Kontenblätter skeptisch geworden, weil diesbezügliche Belege nur einseitig visiert worden seien, obwohl jedes Geschäftsleitungsmitglied der Beschwerdeführerin lediglich kollektivzeichnungsberechtigt gewesen sei. Die Krankenkassenprämien des Beschwerdegegners hätten demnach sein eigenes Visum getragen, jene des CFO hätten dessen Visum getragen. Trotz dieser fragwürdigen Umstände werfe die Tatsache, dass die Zahlungen der Krankenkassenprämien über Jahre weder dem Verwaltungsrat noch der Revisionsstelle aufgefallen sein sollen, Fragen auf. Die Beschwerdeführerin habe jedenfalls nicht genügend dargelegt, dass ihr Verwaltungsrat seine Pflichten - insbesondere die Finanzkontrolle und die Oberaufsicht über die Geschäftsleitung - ordnungsgemäss wahrgenommen habe. Die Gegenforderung der Beschwerdeführerin bzw. die von ihr geltend gemachte Verrechnungseinrede sei daher nicht genügend dargetan.
5.3. Die Beschwerdeführerin rügt, die Vorinstanz habe die Beweislast von Art. 8 ZGB rechtswidrig umgekehrt. Der Beschwerdegegner habe mit Krankenkassenbeiträgen etwas Aussergewöhnliches bezogen. Er habe in den vorinstanzlichen Verfahren keinen einzigen Beweis vorgelegt, weshalb er für solch aussergewöhnliche Zahlungen hätte berechtigt gewesen sein sollen. Die Vorinstanz schiebe in willkürlicher Weise dem Verwaltungsrat die Verantwortung zu, die Bezahlung der Krankenkassenbeiträge des Beschwerdegegners nicht entdeckt zu haben.
Die Beschwerdeführerin übt über weite Strecken appellatorische Kritik, ohne sich hinreichend mit den vorinstanzlichen Erwägungen auseinanderzusetzen. Darauf ist nicht einzutreten. Der Beschwerdegegner führt zu Recht aus, strittig sei vor Bundesgericht die Gegenforderung, wozu der Nachweis gehöre, dass er Zahlungen erhalten habe, die ihm nicht zustünden und die Beschwerdeführerin bzw. deren Verwaltungsrat keine Kenntnis davon gehabt haben. Der Vorwurf, die Vorinstanz habe Art. 8 ZGB verletzt, ist somit unbegründet. Es verletzt insgesamt kein Bundesrecht, wenn die Vorinstanz die Gegenforderung der Beschwerdeführerin bzw. die Verrechnungseinrede als nicht genügend dargetan erachtet.
6.
Nach dem Gesagten ist die Beschwerde teilweise gutzuheissen. Die Dispositivziffern 2, 3, 4, 5 und 6 des vorinstanzlichen Entscheids sind aufzuheben. Die Beschwerdeführerin wird (nur) verpflichtet, dem Beschwerdegegner den Betrag von Fr. 6'006.25 netto (Spesen/Fringe Benefits) zu bezahlen. Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen. Bei diesem Ergebnis wird der Beschwerdegegner kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 Abs. 1 und Art. 68 Abs. 2 BGG); das geringfügige Unterliegen der Beschwerdeführerin hinsichtlich der Verrechnungseinrede im Zusammenhang mit den Spesen/Fringe Benefits ist diesbezüglich nicht zu berücksichtigen. Die Vorinstanz wird die Kosten- und Entschädigungsfolgen des kantonalen Verfahrens neu zu regeln haben (Art. 67 und Art. 68 Abs. 5 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird teilweise gutgeheissen. Die Dispositivziffern 2, 3, 4, 5 und 6 des Entscheids des Obergerichts des Kantons Bern vom 18. Dezember 2020 werden aufgehoben. Die Beschwerdeführerin wird verpflichtet, dem Beschwerdegegner den Betrag von Fr. 6'006.25 netto zu bezahlen. Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 5'000.-- werden dem Beschwerdegegner auferlegt.
3.
Der Beschwerdegegner hat die Beschwerdeführerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 6'000.-- zu entschädigen.
4.
Die Sache wird zu neuer Entscheidung über die Kosten- und Entschädigungsfolgen des kantonalen Verfahrens an das Obergericht des Kantons Bern zurückgewiesen.
5.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Bern, 1. Zivilkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 2. Juni 2021
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Hohl
Der Gerichtsschreiber: Gross