Faits :
A.
B._ est propriétaire de la parcelle no 1679 de la Commune de Vandoeuvres (ci-après: la commune), dans le canton de Genève.
Le 5 octobre 2017, A._ SA, dont le but est, selon le registre du commerce, notamment l'exploitation d'un bureau d'architecture, le courtage et la promotion immobilière, a requis du Département de l'aménagement, du logement et de l'énergie de la République et canton de Genève devenu depuis celui du territoire (ci-après: le département), l'autorisation définitive de construire six villas avec garage attenant sur la parcelle précitée. La demande d'autorisation de construire indique B._ comme propriétaire et A._ SA comme mandataire et requérante. Le 3 septembre 2018, le département a délivré l'autorisation de construire DD 110'840, décision publiée le même jour dans la Feuille d'avis officielle de la République et canton de Genève.
Par acte du 3 octobre 2018, la commune a interjeté recours auprès du Tribunal administratif de première instance de la République et canton de Genève (ci-après: le TAPI), concluant à l'annulation de l'autorisation de construire précitée. Le TAPI a admis le recours par jugement du 26 juin 2019, sa page de garde mentionnant comme parties intimées, le département, B._ ainsi que A._ SA.
La Chambre administrative de la Cour de justice de la République et canton de Genève (ci-après: la Cour de justice) a, par arrêt du 25 août 2020, déclaré irrecevables les recours interjetés séparément par B._ et A._ SA contre ce jugement. S'agissant en particulier de ce dernier recours, la Cour de justice a en substance considéré, en se fondant sur l'art. 60 al. 1 let. a et b de la loi cantonale du 12 septembre 1985 sur la procédure administrative (LPA/GE; RS/GE E 5 10) ainsi que l'<ref-law>, qu'en tant que A._ SA n'alléguait pas qu'elle serait propriétaire, copropriétaire ou même future propriétaire de la parcelle visée par l'autorisation de construire, mais uniquement qu'elle était partie devant le TAPI, elle ne disposait pas d'un intérêt digne de protection à recourir.
B.
Par acte du 30 septembre 2020, A._ SA forme un recours " de droit public " par lequel elle demande au Tribunal fédéral d'annuler cet arrêt, de prononcer qu'elle a la qualité pour recourir devant les juridictions cantonales et de renvoyer la cause à l'autorité précédente pour traiter le fond de son recours.
Invitée à se déterminer, la Cour de justice, qui s'en remet à justice s'agissant de la recevabilité du recours, persiste dans les considérants et le dispositif de son arrêt. Le département et la commune s'en rapportent à justice tandis que B._ conclut à la recevabilité et au bien-fondé du recours. La recourante renonce à formuler d'autres observations à l'instar du département.
C.
A la demande de la recourante, la cause a été suspendue devant le Tribunal fédéral, par ordonnance du 14 janvier 2021 du Juge instructeur, jusqu'à droit connu sur sa demande de révision cantonale déposée le 30 novembre 2020 auprès de la Cour de justice contre l'arrêt qu'elle a rendu le 25 août 2020; selon la recourante, son inscription au registre foncier depuis le 3 juillet 2017 comme titulaire tant d'une promesse de vente et d'achat que d'un droit d'emption sur la parcelle no 1679 constituait un fait notoire et nouveau justifiant d'admettre sa demande de révision.
Par arrêt du 25 mai 2021, la Cour de justice a déclaré irrecevable la demande de révision formée par la recourante. Cette dernière n'a pas recouru contre cet arrêt.
Le Juge instructeur du Tribunal fédéral a ordonné la reprise de la procédure de recours le 23 juillet 2021.

Considérant en droit :
1.
Dans une procédure administrative, l'auteur d'un recours déclaré irrecevable pour défaut de qualité pour agir est habilité à contester l'arrêt d'irrecevabilité par un recours en matière de droit public lorsque, comme en l'espèce (cf. art. 82 al. 1 let. a et 86 al. 1 let. d LTF), l'arrêt au fond de l'autorité précédente aurait pu être déféré au Tribunal fédéral par cette voie (cf. <ref-ruling> consid. 3.2; arrêts 2C_709/2020 du 18 juin 2021 consid. 1.1; 1C_56/2015 du 18 septembre 2015 consid. 1). L'intitulé erroné du recours ne porte ainsi pas préjudice à la recourante (cf. <ref-ruling> consid. 1.1; <ref-ruling> consid. 1.2).
La recourante, qui a participé à la procédure devant la Cour de justice, est particulièrement touchée par le refus d'entrer en matière sur son recours (art. 89 al. 1 let. a et b LTF). Elle a en outre un intérêt digne de protection (art. 89 al. 1 let. c LTF) à ce qu'il soit statué sur le point de savoir si c'est à juste titre que l'autorité précédente a nié sa qualité pour recourir devant elle. Elle a donc la qualité pour recourir devant le Tribunal fédéral au sens de l'<ref-law> (cf. <ref-ruling> consid. 2; <ref-ruling> consid. 3.1; <ref-ruling> consid. 4).
Les autres conditions formelles de recevabilité sont réunies, si bien qu'il y a lieu d'entrer en matière.
2.
Dans ses déterminations du 12 novembre 2020, le propriétaire B._ allègue avoir convenu avec la recourante et la société C._ SA d'une promesse de vente et d'achat avec droit d'emption annoté au registre foncier sur la parcelle no 1679, subordonnée à l'obtention d'un permis de construire. A l'appui de ses allégations, il produit un extrait du registre foncier portant la date d'impression du 12 novembre 2020, postérieure à celle de l'arrêt attaqué, sur lequel figure cette annotation datée du 3 juillet 2017. Au début de cet extrait, il est écrit en caractères gras: " Cet extrait n'a aucun effet juridique ". Cette annotation au registre foncier constituerait selon B._ un fait notoire.
2.1. Selon l'<ref-law>, aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté devant le Tribunal fédéral, à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente. Sont visés par cette exception notamment les faits et preuves - existants avant l'arrêt attaqué (cf. <ref-ruling> consid. 2.1; arrêt 2C_530/2020 du 19 août 2021 consid. 2.3) - qui sont rendus pertinents pour la première fois par la décision attaquée ou ceux qui sont propres à contrer une argumentation de l'autorité précédente objectivement imprévisible pour les parties avant la réception de la décision (arrêts 2C_320/2020 du 20 octobre 2020 consid. 2.2; 5A_904/2015 du 29 septembre 2016 consid. 2.3, non publié in <ref-ruling>). En revanche, ne peuvent être allégués devant le Tribunal fédéral les faits que les parties ont négligé de présenter devant les instances inférieures et qui, par conséquent, n'ont pas pu être examinés par ces dernières (cf. <ref-ruling> consid. 1.2; <ref-ruling> consid. 4.4.3; cf. aussi arrêt 5A_679/2019 du 5 juillet 2021 consid. 3.4).
Les faits notoires ne peuvent en revanche être considérés comme des faits nouveaux puisqu'il n'est pas nécessaire de les alléguer ni de les prouver et le Tribunal fédéral peut les prendre en considération d'office (cf. arrêts 2C_358/2020 du 24 mars 2021 consid. 2; 2C_80/2020 du 15 octobre 2020 consid. 2; 1C_91/2018 du 29 janvier 2019 consid. 2.1). Les faits notoires sont ceux dont l'existence est certaine au point d'emporter la conviction du juge, qu'il s'agisse de faits connus de manière générale du public ou seulement du juge. Pour être notoire, un renseignement ne doit pas être constamment présent à l'esprit; il suffit qu'il puisse être contrôlé par des publications accessibles à chacun (<ref-ruling> consid. 1.1.1; <ref-ruling> consid. 4.1), à l'instar par exemple des indications figurant au registre du commerce des cantons accessibles sur Internet (<ref-ruling> consid. 1.1.1; <ref-ruling> consid. 6.2).
S'agissant plus particulièrement des données figurant au registre foncier, seules certaines d'entre elles sont librement accessibles, ce sans justifier d'un intérêt particulier. Ainsi, selon l'<ref-law>, toute personne a accès à la désignation de l'immeuble et à son descriptif (ch. 1), au nom et à l'identité du propriétaire (ch. 2) au type de propriété et à la date d'acquisition (ch. 3). Les servitudes et les charges foncières ainsi que certaines mentions sont en outre librement consultables (cf. art. 26 al. 1 let. b et c de l'ordonnance du 23 septembre 2011 sur le registre foncier [ORF; RS 211.432.1]). L'accès à ces données peut se faire sous la forme d'une demande de renseignement ou d'un extrait au bureau du registre foncier; il peut également être effectué en ligne et sa gestion appartient alors à la compétence des cantons (<ref-law>; 27 al. 1 ORF; arrêt 5A_279/2019 du 30 juillet 2019 consid. 3.2).
2.2. En l'occurrence, le propriétaire propose un moyen de preuve nouveau concernant un fait antérieur à l'arrêt entrepris, qu'il aurait pu alléguer et prouver devant les instances précédentes déjà. Quant à l'annotation du droit d'emption au registre foncier en faveur de la recourante, il ne s'agit pas d'une publication accessible à chacun (cf. <ref-law> et 26 al. 1 ORF), ni d'une donnée connue de tous; elle ne constitue donc pas un fait notoire au sens de la jurisprudence précitée. Pour le surplus, la décision attaquée n'est pas fondée sur une argumentation de l'autorité précédente objectivement imprévisible (sur cette notion, cf. infra consid. 3.2). Il s'ensuit que l'extrait du registre foncier produit par B._ et les arguments qu'il en tire devant la Cour de céans doivent être écartés.
3.
La recourante fait valoir une violation de son droit d'être entendue. Elle reproche à la Cour de justice d'avoir nié sa qualité pour recourir pour un motif qui n'a jamais été évoqué, sans lui avoir donné l'opportunité de s'exprimer préalablement à ce sujet.
3.1. Le droit d'être entendu garanti par l'art. 29 al. 2 Cst. comprend notamment le droit pour toute partie de s'exprimer sur les éléments pertinents avant qu'une décision ne soit prise touchant sa situation juridique (<ref-ruling> consid. 7.2.2.1; <ref-ruling> consid. 4.1.1; <ref-ruling> consid. 6.3.1 et les arrêts cités). Ce droit porte avant tout sur les questions de fait. Le droit des parties d'être interpellées sur des questions juridiques n'est reconnu que de manière restreinte (<ref-ruling> consid. 4.1). De façon générale, en vertu de la règle " jura novit curia ", le juge n'a en effet pas à soumettre à la discussion des parties les principes juridiques sur lesquels il va fonder son jugement; il peut appliquer d'office, sans avoir à attirer préalablement l'attention des parties sur l'existence de tel ou tel problème juridique, une disposition de droit matériel (arrêt 1C_163/2020 du 7 juin 2021 consid. 2.1). Selon la jurisprudence, les parties doivent cependant être entendues sur les questions de droit lorsque l'autorité concernée envisage de fonder sa décision sur une norme ou un motif juridique non évoqué dans la procédure antérieure et dont aucune des parties en présence ne s'est prévalue et ne pouvait raisonnablement supputer la pertinence (<ref-ruling> consid. 4.1; <ref-ruling> consid. 5.4.1; arrêt 1C_163/2020 précité, ibidem).
3.2. En l'espèce, la recourante ne pouvait ignorer que son recours contre le jugement rendu le 26 juin 2019 par le TAPI était soumis aux conditions de recevabilité fixées par la LPA/GE, en particulier à l'art. 60 LPA/GE qui régit la qualité pour recourir. Elle a d'ailleurs elle-même cité cette dernière disposition en page 5 de son recours adressé à la Cour de justice. Partant, elle ne peut se déclarer surprise que sa qualité pour recourir ait été examinée par cette instance. Pour le surplus, sa légitimation n'était pas évidente au contraire de ce qu'elle prétend (cf. les références citées infra au consid. 5.1 au sujet de la qualité pour recourir de l'architecte). Ainsi, si elle avait d'autres arguments à faire valoir que ceux évoqués dans son recours, il lui appartenait de le faire à ce moment-là. On ne saurait, dans ces conditions, considérer que l'autorité précédente a appliqué une disposition de droit inattendue, respectivement tenu un raisonnement inattendu ou inédit justifiant que la recourante soit informée préalablement (cf. dans ce sens l'arrêt 6B_608/2020 du 4 décembre 2020 consid. 2.2). Il n'y a donc pas eu de violation de droit d'être entendu, de sorte que ce grief doit être rejeté.
4.
La recourante se plaint en outre d'une constatation arbitraire des faits, en se fondant sur les dispositions suivantes: art. 9 Cst., art. 97, 105 al. 2 et 112 LTF.
4.1. Le Tribunal fédéral conduit son raisonnement juridique sur la base des faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>), à moins que ceux-ci n'aient été établis de façon manifestement inexacte - c'est-à-dire arbitraire - ou en violation du droit au sens de l'<ref-law>. Si la partie recourante entend s'écarter des constatations de fait de l'autorité précédente, il doit expliquer de manière circonstanciée en quoi les conditions de l'<ref-law> seraient réalisées et la correction du vice susceptible d'influer sur le sort de la cause (cf. <ref-law>). A défaut, il n'est pas possible de tenir compte d'un état de fait divergent de celui retenu dans l'acte attaqué (cf. <ref-ruling> consid. 2; <ref-ruling> consid. 5.1). En particulier, le Tribunal fédéral n'entre pas en matière sur des critiques de type appellatoire (<ref-ruling> consid. 1.1).
4.2. Le mémoire de recours débute par différentes " remarques sur l'état de fait ". En tant que ces éléments divergent de ceux constatés dans l'arrêt attaqué et qu'ils ne sont pas critiqués sous l'angle de l'arbitraire, il n'en sera pas tenu compte.
La recourante critique ensuite la transcription des différents qualificatifs pour la désigner dans la partie en fait et la partie en droit de l'arrêt attaqué; ceux-ci ne laissent toutefois aucune place à la confusion. Il est en l'espèce manifeste, vu le sort réservé au recours cantonal, que la Cour de justice a considéré que la recourante ne revêtait aucun rôle qui lui permettait de se prévaloir d'un intérêt digne de protection à contester la décision du TAPI. Il n'y a dès lors pas lieu de rectifier l'arrêt attaqué à cet égard.
Pour le reste, la recourante s'en prend à un passage de la décision entreprise, considérant que l'autorité précédente aurait procéder à une constatation manifestement inexacte des faits sans toutefois exposer concrètement dans quel sens elle voudrait voir l'état de fait modifié ni dans quelle mesure son éventuelle correction aurait une influence sur le sort de la cause. Il n'y a dès lors pas lieu de s'attarder davantage sur cette question.
4.3. En conséquence, le Tribunal fédéral se fondera sur les faits tels que retenus dans l'arrêt attaqué.
5.
Sur le fond, la recourante reproche à l'autorité précédente d'avoir violé les art. 89 al. 1 et 111 LTF. Elle fait valoir que sa qualité pour recourir devrait être admise et ce même si elle n'est pas propriétaire du bien-fonds sur lequel la construction est projetée, dès lors qu'elle serait requérante et bénéficiaire, respectivement destinataire de l'autorisation de construire délivrée le 3 septembre 2018.
5.1. Comme déjà exposé, la qualité pour recourir devant la Cour de justice est définie par l'art. 60 LPA/GE. Aux termes de l'<ref-law>, la qualité de partie à la procédure devant toute autorité cantonale précédente doit être reconnue à quiconque a qualité pour recourir devant le Tribunal fédéral. Il résulte de cette disposition que la qualité pour recourir devant les autorités cantonales ne peut pas s'apprécier de manière plus restrictive que la qualité pour recourir devant le Tribunal fédéral, les cantons demeurant libres de concevoir cette qualité de manière plus large (<ref-ruling> consid. 2.1; <ref-ruling> consid. 2.1.1). Le droit genevois ne conçoit pas la qualité pour recourir de façon plus large que l'<ref-law>, de sorte qu'il convient d'examiner la qualité pour recourir sous l'angle de cette dernière disposition (cf. <ref-ruling> consid. 2.1; arrêts 2C_709/2020 du 18 juin 2021 consid. 4.1; 1C_206/2019 du 6 août 2019 consid. 3.1). S'agissant de droit fédéral (<ref-law>), le Tribunal fédéral examine librement cette question (<ref-ruling> consid. 2.1).
A teneur de l'alinéa premier de l'<ref-law>, a qualité pour recourir quiconque a pris part à la procédure devant l'autorité précédente ou a été privé de la possibilité de le faire (let. a), est particulièrement atteint par la décision attaquée (let. b) et a un intérêt digne de protection à l'annulation ou à la modification de celle-ci (let. c). L'intérêt digne de protection au sens de l'<ref-law> ne doit pas nécessairement être de nature juridique, un intérêt de fait étant suffisant (<ref-ruling> consid. 2.1; <ref-ruling> consid. 5.1; <ref-ruling> consid. 2). La partie recourante doit se trouver dans une relation spéciale, étroite et digne d'être prise en considération avec l'objet de la contestation. Elle doit en outre retirer un avantage pratique de l'annulation ou de la modification de la décision contestée, ce qui implique qu'elle soit touchée dans une mesure et avec une intensité plus grandes que la généralité des administrés (ATF <ref-ruling> consid. 5.1; <ref-ruling> consid. 2.1; arrêt 1C_327/2020 du 29 mars 2021 consid. 4.1). En d'autres termes, la personne qui souhaite former recours doit être directement et concrètement touchée par l'acte qu'elle attaque (<ref-ruling> consid. 2.1; <ref-ruling> consid. 2.2; <ref-ruling> consid. 2.1.2; <ref-ruling> consid. 2.2.3-2.3; arrêt 1C_327/2020 précité, ibidem). Le recours d'un particulier formé dans l'intérêt d'un tiers ou dans l'intérêt général est ainsi exclu (<ref-ruling> consid. 2.3; arrêt 1C_61/2019 du 12 juillet 2019 consid. 1.2).
Comme l'a relevé la Cour de justice, dans le cas particulier d'un architecte (genevois), le Tribunal fédéral a récemment eu l'occasion de rappeler qu'il n'a en principe qu'un intérêt indirect et économique à la délivrance d'une autorisation de construire et n'a par conséquent pas qualité pour recourir contre la décision n'autorisant pas un projet de construction (arrêt 1C_61/2019 du 12 juillet 2019 consid. 1.2; cf. également <ref-ruling> consid. 1; arrêt 1C_260/2009 du 6 octobre 2009 consid. 4.3; HEINZ AEMISEGGER, Commentaire pratique LAT: Autorisation de construire, protection juridique et procédure, 2020, no 101 ad art. 34 LAT; BERNHARD WALDMANN, in Basler Kommentar, Bundesgerichtsgesetz, 3e éd. 2018, no 29 ad <ref-law>; FLORENCE AUBRY GIRARDIN, Commentaire de la LTF, 2e éd. 2014, no 37 ad <ref-law>; PIERRE MOOR/ETIENNE POLTIER, Droit administratif, vol. II, 3e éd. 2011, p. 731). En revanche, l'architecte habilité par le droit cantonal à déposer, avec l'accord du propriétaire, une demande de permis de construire est autorisé à former un recours contre la décision de rejet de celle-ci (cf. <ref-ruling> consid. 1; <ref-ruling> consid. 6; cf. également <ref-ruling> consid. 1c; arrêts 1P.776/2001 du 18 avril 2002 consid. 1.2, in RDAT 2002 II p. 3ss; 1A.122/2005 du 31 août 2006 consid. 3.2, non publié in <ref-ruling>; 1P.708/2006 du 13 avril 2007 consid. 1.5; 1C_795/2013 du 20 décembre 2013 consid. 1.2). Quant au promoteur immobilier, il faut que le lien contractuel avec le propriétaire du terrain soit toujours existant au moment du dépôt du recours, à défaut de quoi, faute d'intérêt actuel, il ne peut se prévaloir d'un intérêt digne de protection (arrêt 1C_262/2020 du 15 janvier 2021 consid. 2.2).
5.2. La recourante affirme que dès lors qu'elle aurait demandé le permis de construire, elle en serait également la destinataire, respectivement la bénéficiaire et, partant, aurait été habilitée à recourir contre la décision du TAPI. Or, il ne ressort ni de l'arrêt attaqué ni de la décision d'autorisation de construire du 3 septembre 2018 que celle-ci serait la bénéficiaire dudit permis, qui désigne B._ en qualité de propriétaire de la parcelle sur laquelle la construction est projetée. La recourante ne précise pas non plus en vertu de quelle disposition légale cantonale, que la Cour de justice aurait appliqué de manière arbitraire, elle aurait été habilitée à déposer la demande de permis de construire, respectivement autorisée à former recours contre le jugement du TAPI du 26 juin 2019 prononçant l'annulation de l'autorisation accordée. Elle ne peut dès lors rien tirer de son rôle d'intimée que lui a attribué le TAPI dans son jugement. Le seul lien qui peut être déduit de la décision de permis de construire entre la recourante et le propriétaire précité est que la prénommée y figure en tant que requérante et mandataire (architecte). La signification d'une telle expression, en l'absence de toute preuve d'un rapport avec le propriétaire et donc d'un intérêt digne de protection, n'est pas claire. En tout état, ces seuls éléments invoqués par la recourante ne permettent pas d'établir qu'au moment de recourir devant la Cour de justice, elle était partie prenante au projet au-delà de sa qualité d'architecte.
5.3. Dans ces circonstances, rien ne permet de conclure que la recourante remplit les conditions de l'<ref-law>. La Cour de justice n'a dès lors pas violé le droit fédéral, ni fait une application arbitraire de l'art. 60 LPA/GE en lui déniant la qualité pour recourir. Le grief doit par conséquent être rejeté.
6.
Il résulte de ce qui précède que le recours doit être rejeté aux frais de la recourante, qui succombe (<ref-law>). B._, qui a conclu au bien-fondé du recours, n'a pas droit à des dépens. Il en va de même pour les autorités cantonales et communale (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté.
2.
Les frais de justice, arrêtés à 3'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3.
Le présent arrêt est communiqué au mandataire de la recourante, au Département du territoire de la République et canton de Genève, aux mandataires de B._ et de la Commune de Vandoeuvres ainsi qu'à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre administrative.
Lausanne, le 15 septembre 2021
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Kneubühler
La Greffière : Nasel