Sachverhalt:
A.
Die Staatsanwaltschaft des Kantons Schaffhausen verurteilte A._ mit Strafbefehl vom 13. Februar 2019 wegen Verletzung der Verkehrsregeln durch Nichteinhalten eines ausreichenden Abstandes und durch Erschrecken eines Tieres (Art. 90 Abs. 1 i.V.m. Art. 34 Abs. 4 und Art. 42 Abs. 1 SVG) und auferlegte ihm eine Busse von Fr. 600.--. A._ soll als Lenker eines Traktors am 8. Oktober 2018 auf einem Weg in U._ zwei Reiterinnen, welche sich auf der rechten Strassenseite befunden hätten, gekreuzt und zu ihnen keinen ausreichenden Abstand eingehalten haben, so dass das eine Pferd erschrocken sei und sich aufgebäumt habe.
B.
Gegen diesen Strafbefehl liess A._ durch den beigezogenen Verteidiger rechtzeitig Einsprache erheben. Nach Einvernahme der beiden Reiterinnen und von A._ stellte die Staatsanwaltschaft das Strafverfahren gegen Letzteren am 27. September 2019 ein, nahm die Verfahrenskosten auf die Staatskasse, richtete indessen A._ keine Entschädigung aus. Die von A._ gegen die verweigerte Entschädigung erhobene Beschwerde, mit welcher er zusätzlich eine Genugtuung beantragte, wies das Obergericht des Kantons Schaffhausen mit Verfügung vom 1. Dezember 2020 ab.
C.
A._ beantragt mit Beschwerde in Strafsachen, Ziffer 3 der Einstellungsverfügung der Staatsanwaltschaft vom 27. September 2019 sei aufzuheben und ihm sei eine Parteientschädigung von Fr. 4'554.10 zuzusprechen. Weiter seien Ziffer 2 und 3 der Verfügung des Obergerichts vom 1. Dezember 2020 aufzuheben, die Verfahrenskosten auf die Staatskasse zu nehmen sowie sei ihm eine Parteientschädigung von Fr. 3'318.80 zuzusprechen. Zudem sei ihm eine Genugtuung von pauschal Fr. 1'750.-- auszurichten.
D.
Die vorinstanzlichen Akten wurden beigezogen. Das Obergericht - mit Verweis auf die Erwägungen im angefochtenen Entscheid - und die Staatsanwaltschaft verzichten auf Vernehmlassung.

Erwägungen:
1.
1.1. Entscheide über die in Art. 429 StPO vorgesehenen Ansprüche sind Entscheide in Strafsachen im Sinne von Art. 78 Abs. 1 BGG, gegen welche die Beschwerde in Strafsachen zulässig ist (<ref-ruling> E. 1).
1.2. Anfechtungsgegenstand im bundesgerichtlichen Verfahren bildet einzig die Verfügung des Obergerichts des Kantons Schaffhausen vom 1. Dezember 2020 (vgl. Art. 80 Abs. 1 BGG). Soweit der Beschwerdeführer die Aufhebung von Ziffer 3 der Einstellungsverfügung der Staatsanwaltschaft des Kantons Schaffhausen vom 27. September 2019 beantragt und Rügen gegen die Verfahrensführung der Staatsanwaltschaft und die Begründung der Einstellungsverfügung erhebt, ist darauf nicht einzutreten.
1.3. Die Beschwerde hat ein Rechtsbegehren zu enthalten (Art. 42 Abs. 1 BGG). Gemäss Art. 107 BGG darf das Bundesgericht nicht über die Begehren der Parteien hinausgehen (Abs. 1). Heisst es die Beschwerde gut, so entscheidet es in der Sache selbst oder weist diese zu neuer Beurteilung an die Vorinstanz zurück (Abs. 2). Der Beschwerdeführer darf sich grundsätzlich nicht darauf beschränken, die Aufhebung des angefochtenen Entscheids zu beantragen, sondern muss einen Antrag in der Sache stellen. Da die Beschwerdebegründung zur Interpretation des Rechtsbegehrens beigezogen werden kann, genügt nach der Rechtsprechung des Bundesgerichts ein Begehren ohne einen Antrag in der Sache, wenn sich aus der Begründung zweifelsfrei ergibt, was mit der Beschwerde angestrebt wird (<ref-ruling> E. 1.3; <ref-ruling> E. 1.2; Urteile 6B_1230/2021 vom 10. Februar 2022 E. 1.1; 6B_1192/2020 vom 17. Januar 2022 E. 1; je mit Hinweisen). Auch wenn auf den Antrag des Beschwerdeführers betreffend Aufhebung von Ziffer 3 der Einstellungsverfügung der Staatsanwaltschaft vom 27. September 2019 nicht einzutreten ist, ergibt sich aus der Beschwerde hinreichend deutlich, dass der Beschwerdeführer die Aufhebung der vorinstanzlichen Abweisung seiner Beschwerde und die Zusprechung einer Entschädigung für das Strafverfahren von Fr. 4'554.10 sowie einer Genugtuung von Fr. 1'750.-- anstrebt.
2.
Der Beschwerdeführer erhebt in formeller Hinsicht die Rüge der Verletzung des rechtlichen Gehörs (Art. 29 Abs. 2 BV, Art. 3 Abs. 2 lit. c StPO), indem seine Position und Beschwerdepunkte im angefochtenen Entscheid unvollständig wiedergegeben worden sein sollen. Er legt indessen weder dar noch ist ersichtlich, was aus einer vollständigen Wiedergabe seiner Positionen abzuleiten wäre (Art. 42 Abs. 2, Art. 106 Abs. 2 BGG). Ebenso wenig ist auf seine ziffernmässige Kommentierung des vorinstanzlichen Entscheids einzugehen, soweit darin keine konkreten Rügen erhoben werden.
3.
3.1. In der Sache rügt der Beschwerdeführer eine Verletzung von Art. 423 Abs. 1, Art. 426, Art. 429 und Art. 430 StPO, Art. 32 Abs. 1 BV und Art. 6 Ziff. 2 EMRK.
3.2.
3.2.1. Nach Art. 423 StPO werden die Verfahrenskosten unter Vorbehalt abweichender Bestimmungen der Strafprozessordnung vom Bund oder dem Kanton getragen, der das Verfahren geführt hat. Art. 426 StPO regelt die Kostentragungspflicht der beschuldigten Person, wenn sie verurteilt wird (Abs. 1), und die ausnahmsweise Kostentragungspflicht bei Freispruch oder Einstellung des Verfahrens, wenn die beschuldigte Person rechtswidrig und schuldhaft die Einleitung des Verfahrens bewirkt oder dessen Durchführung erschwert hat (Abs. 2). Unter den gleichen Voraussetzungen wie nach Art. 426 Abs. 2 StPO kann eine nach Art. 429 Abs. 1 StPO geschuldete Entschädigung nach Art. 430 Abs. 1 lit. a StPO herabgesetzt werden, ebenso wenn die Privatklägerschaft die beschuldigte Person zu entschädigen hat (lit. b) oder die Aufwendungen der beschuldigten Person gering sind (lit. c).
Die ebenfalls als verletzt gerügten Art. 32 Abs. 1 BV und Art. 6 Ziff. 2 EMRK garantieren die Unschuldsvermutung, wonach jede Person bis zur rechtskräftigen Verurteilung als unschuldig gilt. Im Zusammenhang mit einer Kostenauflage bei Freispruch oder Einstellung des Verfahrens ist dieser verfassungs- und konventionsrechtliche Anspruch verletzt, wenn der beschuldigten Person in der Begründung des Kostenentscheids direkt oder indirekt vorgeworfen wird, es treffe sie ein strafrechtliches Verschulden (<ref-ruling> E. 2.2; <ref-ruling> E. 3b; Urteile 6B_997/2020 vom 18. November 2021 E. 1.2; 6B_665/2020 vom 22. September 2021 E. 2.2.3; je mit Hinweisen).
3.2.2. Die Vorinstanz nahm die Verfahrenskosten auf die Staatskasse. Die Verweigerung der Entschädigung und einer Genugtuung stützt die Vorinstanz auf Art. 429 Abs. 1 lit. a und c StPO. Der Beschwerdeführer legt nicht dar (Art. 42 Abs. 2, Art. 106 Abs. 2 BGG) und es ist nicht ersichtlich, inwiefern die zitierten Gesetzesbestimmungen verletzt worden sein sollen, insbesondere als die Vorinstanz mit der Verweigerung der Entschädigung und der Genugtuung keinen Vorwurf eines irgendwie gearteten schuldhaften Verhaltens des Beschwerdeführers verbindet. Auf die Rüge der Verletzung dieser Bestimmungen ist deshalb ebenfalls nicht weiter einzugehen.
3.3.
3.3.1. Wird die beschuldigte Person ganz oder teilweise freigesprochen oder wird das Verfahren gegen sie eingestellt, so hat sie Anspruch auf Entschädigung ihrer Aufwendungen für die angemessene Ausübung ihrer Verfahrensrechte (Art. 429 Abs. 1 lit. a StPO). Zu den Aufwendungen im Sinne von Art. 429 Abs. 1 lit. a StPO zählen in erster Linie die Kosten der frei gewählten Verteidigung, wenn der Beistand angesichts der tatsächlichen oder rechtlichen Komplexität wie auch die Höhe des Arbeitsaufwands gerechtfertigt war (vgl. Botschaft vom 21. Dezember 2005 zur Vereinheitlichung des Strafprozessrechts, BBl 2006 1329 Ziff. 2.10.3.1). Der Beizug eines Verteidigers kann sich als angemessen erweisen, auch wenn er nicht als geradezu geboten erscheint (<ref-ruling> E. 2.1; <ref-ruling> E. 2.3.3).
Einer beschuldigten Person wird in der Regel der Beizug eines Anwalts zugebilligt, wenn dem Deliktsvorwurf eine bestimmte Schwere zukommt. Deshalb wird bei Verbrechen und Vergehen nur in Ausnahmefällen schon der Beizug eines Anwalts an sich als nicht angemessene Ausübung der Verfahrensrechte bezeichnet werden können (BGE <ref-ruling> E. 2.3.5). Zu beachten ist, dass es im Rahmen von Art. 429 Abs. 1 lit. a StPO um die Verteidigung einer vom Staat zu Unrecht beschuldigten und gegen ihren Willen in ein Strafverfahren einbezogenen Person geht. Das materielle Strafrecht und das Strafprozessrecht sind zudem komplex und stellen insbesondere für Personen, die das Prozessieren nicht gewohnt sind, eine Belastung und eine grosse Herausforderung dar. Wer sich selbst verteidigt, dürfte deshalb prinzipiell schlechter gestellt sein. Dies gilt grundsätzlich unabhängig von der Schwere des Deliktsvorwurfs. Auch bei blossen Übertretungen darf deshalb nicht generell davon ausgegangen werden, dass die beschuldigte Person ihre Verteidigungskosten als Ausfluss einer Art von Sozialpflichtigkeit selbst zu tragen hat. Beim Entscheid über die Angemessenheit des Beizugs eines Verteidigers sind neben der Schwere des Tatvorwurfs und der tatsächlichen und rechtlichen Komplexität des Falls insbesondere auch die Dauer des Verfahrens und dessen Auswirkungen auf die persönlichen und beruflichen Verhältnisse der beschuldigten Person zu berücksichtigen (<ref-ruling> E. 2.1; <ref-ruling> E. 2.3.5; Urteile 6B_936/2019 vom 20. Mai 2020 E. 8.3.1; 6B_701/2018 vom 5. November 2018 E. 2 mit Hinweisen). Massgebend für die Beurteilung der Angemessenheit des Beizugs eines Verteidigers sind die Umstände, die im Zeitpunkt der Mandatierung bekannt waren. Wie lange das Verfahren dauerte oder mit welcher Hartnäckigkeit es von der Staatsanwaltschaft weiterverfolgt wurde, kann keine Rolle spielen (Urteil 6B_800/2015 vom 6. April 2016 E. 2.6 mit Hinweis).
3.3.2. Nach Ansicht der Vorinstanz kommt dem gegenüber dem Beschwerdeführer erhobenen Vorwurf keine gewisse Schwere zu. Sie führt aus, der Tatvorwurf habe sich von Anfang an auf eine einfache Verkehrsregelverletzung und damit eine Übertretung beschränkt. Im Strafbefehl sei eine Busse von Fr. 600.-- ausgesprochen worden. Es sei weder in rechtlicher noch tatsächlicher Hinsicht um komplexe Fragen gegangen. Administrativmassnahmen seien auch keine im Raum gestanden. Inwiefern das vorliegende Verfahren zudem Auswirkungen auf ein angebliches Verfahren des Beschwerdeführers, der von Beruf Landwirt sei, beim Veterinäramt hätte haben können, sei weder begründet noch ersichtlich. Weiter sei auch kein Personen- oder Sachschaden entstanden. Der Ausgang des Verfahrens habe mithin auch in versicherungs-, namentlich haftpflichtrechtlicher, Hinsicht keine Folgen. Die somatischen Beschwerden des Beschwerdeführers bedauert die Vorinstanz, diese vermögen ihr zufolge indessen nichts am Bagatellcharakter des Tatvorwurfs zu ändern. Weiter verneint die Vorinstanz eine hartnäckige sowie eine besonders ausgedehnte oder für den Beschwerdeführer übermässig belastende Strafverfolgung und setzt die gesundheitlichen Beschwerden des Beschwerdeführers in Zusammenhang mit den früheren Auseinandersetzungen zwischen ihm und den beiden Reiterinnen.
3.3.3. Der Beschwerdeführer bringt dagegen vor, ihm sei anlässlich der polizeilichen Einvernahme vorgeworfen worden, mindestens eine Reiterin absichtlich von der Strasse gedrängt zu haben. Dieser Vorwurf wiege für ihn als juristischen Laien schwer. Die Polizei sei denn auch von einer groben Verkehrsregelverletzung ausgegangen. Für ihn sei es zudem nicht voraussehbar gewesen, ob es bei diesem Strafbefehl bleibe. Die Vorinstanz verneine lediglich pauschal die Komplexität. Er sei von zwei Personen beschuldigt worden, denen mehr Glaubwürdigkeit geschenkt worden sei. Sachbeweise seien keine vorgelegen. Deshalb sei es notwendig gewesen, die Aussagen der beiden Reiterinnen kritisch zu hinterfragen, rechtlich zu überprüfen und auf Unzulänglichkeiten hinzuweisen. Dies sei für einen juristischen Laien nicht möglich. Die eintägige Einvernahme und die Anzahl der von der Staatsanwaltschaft den drei beteiligten Personen gestellten Fragen sprächen ebenfalls für einen komplexen Sachverhalt. Sodann habe die potentielle Gefahr eines Administrativ[massnahme]verfahrens bestanden, da es sich bei Art. 34 Abs. 4 SVG um ein gefahrenbehaftetes Delikt handle. Zwischen dem Erhalt des Strafbefehls und seinem Herzinfarkt bestehe sodann ein nachgewiesener Kausalzusammenhang. Die Vorinstanz begründe nicht, weshalb solche Umstände für seine persönlichen Verhältnisse irrelevant sein sollen.
3.3.4. Die Beschwerde erweist sich als begründet. Nachdem der Beizug eines Rechtsvertreters keinen hohen Anforderungen zu genügen hat, ist er aufgrund der konkreten Umstände als gerechtfertigt zu bezeichnen. Der Beschwerdeführer zog den Verteidiger erst nach Erhalt des Strafbefehls bei und damit erst, nachdem gegen ihn eine Strafuntersuchung eröffnet worden war. Da die Abstandsvorschriften im Strassenverkehr (Art. 34 Abs. 4 SVG) zu den wichtigen Verkehrsregelbestimmungen zählen, deren Verletzung ein Administrativmassnahmeverfahren nach sich ziehen kann, kommt dem gegenüber dem Beschwerdeführer erhobenen Vorwurf trotz Qualifikation im Strafbefehl als einfache Verkehrsregelverletzung, und damit als Übertretung, eine gewisse Schwere zu. Weshalb nach Ansicht der Vorinstanz keine Administrativmassnahmen im Raum gestanden hätten, ist nicht nachvollziehbar. Allein aus dem Umstand, dass der Beschwerdeführer im Strafbefehl einer Übertretung bezichtigt wurde, lässt sich dies nicht ableiten. Eine Übertretung nach Art. 90 Abs. 1 SVG schliesst den Erlass von Administrativmassnahmen nicht aus und kann sogar, da die Administrativmassnahmebehörde an die rechtliche Würdigung der Strafbehörden nicht gebunden ist, als schwere Widerhandlung im Sinne von Art. 16c SVG qualifiziert werden (Urteil 1C_424/2008 vom 31. März 2009 E. 4.1 mit Hinweisen). Allfällige Administrativmassnahmen hätten für den Beschwerdeführer als Landwirt auch berufliche Konsequenzen gehabt, selbst wenn er angesichts seines Alters seinem Sohn, welcher den Hof übernommen hat, nur noch unterstützend zur Hand geht. Zu berücksichtigen ist zudem, dass allfällige Administrativmassnahmen gerade für ältere Fahrzeugführer wie den Beschwerdeführer die Gefahr einer Infragestellung ihrer Fahreignung als solcher bergen. Aufgrund des verurteilenden Erkenntnisses im Strafbefehl war es für den Beschwerdeführer zudem nicht absehbar, welche Untersuchungshandlungen von Amtes wegen noch durchgeführt werden würden, welche Beweisanträge von ihm zu stellen waren und dass das Strafverfahren anschliessend eingestellt würde. Vielmehr musste er damit rechnen, dass die Staatsanwaltschaft gestützt auf Art. 355 Abs. 3 und Art. 356 StPO am Strafbefehl festhält und die Akten dem erstinstanzlichen Gericht zur Durchführung des Hauptverfahrens überweist. Schliesslich litt der Beschwerdeführer nach Erhalt des Strafbefehls an coronaren Problemen, die den Beizug eines Verteidigers ebenfalls nahelegten, unabhängig davon, ob die gesundheitlichen Beschwerden kausal durch das Strafverfahren verursacht worden sind. Die dem Beschwerdeführer im Zeitpunkt der Mandatierung des Rechtsvertreters bekannten Umstände rechtfertigen daher dessen Beizug.
3.3.5. Bei der Anwendung von Art. 429 Abs. 1 lit. a StPO ist weiter zu prüfen, ob der konkrete Aufwand des Verteidigers gerechtfertigt war (vgl. E. 3.3.1). Die Vorinstanz bezeichnet in einer Eventualbegründung den geltend gemachten Aufwand von 16,5 Stunden angesichts der Einfachheit des Falles als mit einem angemessenen Aufwand nicht vereinbar. Sie begründet indessen weder, weshalb der geltend gemachte Aufwand unter Berücksichtigung einer eintägigen Einvernahme nicht angemessen sein soll (Art. 112 Abs. 1 lit. b BGG), noch führt sie aus, welcher Aufwand als angemessen zu betrachten wäre. Die Sache ist deshalb zur Festsetzung einer angemessenen Entschädigung zurückzuweisen.
3.4. Wie bereits vor Vorinstanz beantragt der Beschwerdeführer die Zusprechung einer Genugtuung. Damit rügt er sinngemäss eine Verletzung von Art. 429 Abs. 1 lit. c StPO, wonach die beschuldigte Person bei Freispruch oder Einstellung des Verfahrens für besonders schwere Verletzungen ihrer persönlichen Verhältnisse, insbesondere bei Freiheitsentzug, Anspruch auf Genugtuung hat. Weder setzt sich der Beschwerdeführer mit der Erwägung der Vorinstanz auseinander, welche zutreffend ausführt, dass eine mit jedem Strafverfahren einhergehende psychische Belastung für die Zusprechung einer Genugtuung nicht genüge und der Beschwerdeführer nicht darlege und nicht ersichtlich sei, dass er durch das Strafverfahren schwer in seinen persönlichen Verhältnissen verletzt worden wäre, noch legt er vor Bundesgericht dar, worin die besonders schwere Verletzung seiner persönlichen Verhältnisse liegen soll. Auf die Beschwerde ist insoweit nicht einzutreten (Art. 42 Abs. 2 BGG).
4.
Die Beschwerde ist teilweise gutzuheissen. Die angefochtene Verfügung ist aufzuheben und die Sache zu neuer Entscheidung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Im Übrigen ist auf die Beschwerde nicht einzutreten.
Bei diesem Verfahrensausgang wird der Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren im Umfang seines Unterliegens kostenpflichtig (Art. 66 Abs. 1 BGG). Der Kanton Schaffhausen hat keine Kosten zu tragen und keinen Anspruch auf Entschädigung (Art. 66 Abs. 4 und Art. 68 Abs. 3 BGG). Hingegen wird er gestützt auf Art. 68 Abs. 1 und 2 BGG verpflichtet, dem Beschwerdeführer im Umfang von dessen Obsiegen eine angemessene Parteientschädigung zu bezahlen.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird teilweise gutgeheissen. Die Verfügung des Obergerichts Schaffhausen vom 1. Dezember 2020 wird aufgehoben und die Sache zu neuer Entscheidung an die Vorinstanz zurückgewiesen. Im Übrigen wird auf die Beschwerde nicht eingetreten.
2.
Dem Beschwerdeführer werden Gerichtskosten von Fr. 1'000.-- auferlegt.
3.
Der Kanton Schaffhausen hat dem Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren eine Parteientschädigung von Fr. 2'000.-- zu bezahlen.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Schaffhausen schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 28. Februar 2022
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Das präsidierende Mitglied: Denys
Die Gerichtsschreiberin: Erb