Sachverhalt:
A.
Am 20. März 1984 bewilligte der Stadtrat Uster die Errichtung eines Mehrfamilienhauses samt Unterniveaugarage auf dem heutigen Grundstück Kat.-Nr. B6822 (nachfolgend: Grundstück A). Der Eigentümerschaft des benachbarten Grundstücks Kat.-Nr. B3328 (nachfolgend: Grundstück B) wurde das Recht eingeräumt, für die Zu- und Wegfahrt zu einer auf ihrem Grundstück zu erstellenden Einstellgarage die Zufahrtsrampe zur Unterniveaugarage auf dem Grundstück A mitzubenutzen.
In der Folge wurde die Unterniveaugarage auf Grundstück A abweichend von den bewilligten Plänen und den gesetzlichen Vorschriften erstellt, unter anderem in Unterschreitung des Mindestabstands zum Grundstück B. Nachdem der Stadtrat Uster entschieden hatte, auf die Anordnung der Wiederherstellung des rechtmässigen Zustands sei aus Gründen der Verhältnismässigkeit zu verzichten, entschied die Baurekurskommission III des Kantons Zürich am 14. Juni 1989 auf Rekurs hin, auf die Wiederherstellung des rechtmässigen Zustands könne nur teilweise verzichtet werden. Hingegen seien gewisse Bauteile abzubrechen, wobei auch deren Entfernung erst bzw. nur dann erforderlich sei, wenn das Ausmass der Verhältnismässigkeit eines Abbruchs aufgrund eines allfälligen Baugesuchs der benachbarten Grundeigentümer erkennbar sei. Die Baurekurskommission verpflichtete die Eigentümerschaft des Grundstücks A, im Grundbuch einen entsprechenden Beseitigungsrevers zu Gunsten des Grundstücks B anmerken zu lassen. Die gegen den Entscheid der Baurekurskommission erhobenen Rechtsmittel blieben ohne Erfolg (vgl. Urteil des Bundesgerichts 1P.271/1990 vom 13. Juli 1990).
B.
Am 5. März 1991 bewilligte der Stadtrat Uster den Bau einer Unterniveaugarage auf dem Grundstück B. Das Bauvorhaben sah die Mitbenutzung der Zufahrtsrampe der bestehenden Unterniveaugarage auf dem Grundstück A vor. Die Baubewilligung für die Garage auf dem Grundstück B war mit einer Nebenbestimmung versehen, wonach die bestehende private Vereinbarung über die Benutzung der Zufahrtsrampe im Sinne eines Gemeinschaftswerks zu konkretisieren, vom Stadtrat genehmigen zu lassen und im Grundbuch anzumelden sei. Ausserdem wurde die Bauherrschaft des Bauvorhabens auf dem Grundstück B verpflichtet, für den Anschluss an die bestehende Zufahrtsrampe vor Baubeginn abgeänderte Planunterlagen einzureichen.
Die anschliessenden Verhandlungen zwischen den Eigentümern der benachbarten Grundstücke A und B über eine Regelung der Detailgestaltung im Bereich des Anschlusses an die bestehende Unterniveaugarage führten zu keiner Einigung. In der Folge ersuchte die Bauherrschaft des Bauvorhabens auf dem Grundstück B darum, dass der Stadtrat die Baubewilligung vom 5. März 1991 in dem Sinne abändere, dass er den Anschluss an die bestehende Zufahrtsrampe bzw. die Errichtung eines entsprechenden Gemeinschaftswerks hoheitlich verfüge und die Eigentümerschaft des Grundstücks A verpflichte, die bereits errichtete Unterniveaugarage im Sinne der Vorschriften zum Mindestabstand anzupassen. Nachdem der Stadtrat auf das Gesuch in einem ersten Anlauf noch nicht eingetreten war, hielt er mit Entscheid vom 9. Februar 1993 unter anderem fest, er werde behördliche Anordnungen treffen, falls sich die Parteien weiter nicht einigen könnten. Gegen diesen Entscheid des Stadtrats gelangten beide Parteien an die Baurekurskommission und gegen deren Entscheid an das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, welches das Verfahren jahrelang sistierte.
C.
Am 29. August 1995 reichte B._ als Eigentümerin des Grundstücks B bei der Gemeinde geänderte Pläne vom 28. März 1995 für den Anschluss an die bestehende Unterniveaugarage auf dem Grundstück A ein. Sie ersuchte um Genehmigung derselben und um eine behördliche Regelung der Detailgestaltung im Anschlussbereich zur Tiefgarage auf dem Grundstück A. In der Folge scheiterten weitere Bemühungen um eine Einigung zwischen den Parteien.
Am 11. Juli 2000 beschloss der Stadtrat unter anderem, dass er seinerseits keinen Entwurf einer Vereinbarung zwischen den Parteien im Sinne eines Gemeinschaftswerks vorlegen werde, weil die Voraussetzungen hierzu nicht erfüllt seien. Auf die Anordnung der Wiederherstellung des rechtmässigen Zustands hinsichtlich der Unterniveaugarage auf dem Grundstück A werde weiterhin verzichtet. Der Stadtrat verweigerte gleichzeitig die Bewilligung des von B._ am 29. August 1995 eingereichten Projektänderungsgesuchs und hielt fest, dass die Verpflichtung gemäss Baubewilligung vom 5. März 1991 zum Einreichen abgeänderter Planunterlagen über den Anschluss an die Tiefgarage auf dem Grundstück A fortbestehe.
Der Beschluss des Stadtrats vom 11. Juli 2000 wurde nicht angefochten, woraufhin das Verwaltungsgericht das bei ihm noch hängige, lange sistierte Beschwerdeverfahren (vgl. Lit. B hiervor) am 9. November 2000 infolge Gegenstandslosigkeit abschrieb.
D.
D.a. Im Zuge weiterer Bemühungen um eine Einigung unter der Parteien reichte im Jahr 2001 ein Ingenieurbüro bei der Gemeinde zwei Pläne vom 9. Mai 2001 für eine bauliche Anpassung der Unterniveaugarage auf dem Grundstück A ein.
Am 2. Juni 2009 reichte B._ als Eigentümerin des Grundstücks B einen neuen Abänderungsplan ein. Hierbei handelte es sich um eine am 29. Mai 2009 revidierte Version der bereits im Jahr 1995 eingereichten Pläne vom 28. März 1995 (vgl. Lit. C hiervor). B._ beantragte, der neu eingereichte Abänderungsplan sowie die zwei von einem Ingenieurbüro bereits im Jahr 2001 eingereichten Pläne seien nun vom Stadtrat innert Monatsfrist zu beurteilen. Gleichzeitig verlangte sie, dass der Stadtrat innert Monatsfrist einen Entwurf für eine Vereinbarung für ein Gemeinschaftswerk vorlege.
Am 9. Juli 2009 hielt der Stadtrat Uster unter Verweis auf seinen rechtskräftigen Beschluss vom 11. Juli 2000 (vgl. Lit. C hiervor) fest, dass keinerlei Handlungsbedarf in der betreffenden Angelegenheit mehr bestehe. Ein gegen diese Mitteilung des Stadtrats eingereichtes Rechtsmittel nahm die Baurekurskommission III als Rechtsverweigerungsrekurs entgegen (Verfahren R3.2009.00232). Im Rahmen des Verfahrens vor der Baurekurskommission wurde erneut nach einer einvernehmlichen Lösung zwischen den Parteien gesucht.
D.b. Am 2. August 2012 bzw. 25. Januar 2013 reichten B._ und A._ ein vollständig neues Baugesuch für eine Unterniveaugarage auf dem Grundstück B mit einer neuen Zufahrtsvariante ein, zu welchem C._ als Eigentümerin des Grundstücks A ihre Zustimmung erklärt hatte. Mit Beschluss vom 29. Oktober 2013 trat der Stadtrat auf das neue Baugesuch nicht ein, weil die Zustimmung der Eigentümerin des weiteren Grundstücks Kat.-Nr. B5989 fehle, welches von der neu gewählten Zufahrtsvariante ebenfalls tangiert sei. Gegen diesen Beschluss des Stadtrats erhoben B._ und A._ Rekurs an das Baurekursgericht (Verfahren R3.2013.00165). Dieses Verfahren ist noch pendent.
D.c. Am 20. November 2013 schrieb das Baurekursgericht des Kantons Zürich den bei ihm noch hängigen Rechtsverweigerungsrekurs (vgl. Lit. D.a hiervor) als gegenstandslos geworden ab. Dieser Entscheid des Baurekursgerichts wurde nicht angefochten.
E.
E.a. Am 29. März 2017 beantragten B._ und A._ bei der Gemeinde, es seien die im Frühjahr 2001 eingereichten Pläne und der im Jahr 2009 eingereichte Plan vom 29. Mai 2009 bzw. vom 28. März 1995 über den Anschluss an die bestehende Unterniveaugarage auf ihre Übereinstimmung mit den Auflagen in der Baubewilligung vom 5. März 1991 hin zu prüfen und allenfalls erforderliche Nebenbestimmungen zu verfügen, insbesondere unter Festsetzung der Regelung eines Gemeinschaftswerks. Mit Schreiben vom 20. April 2017 teilte das kommunale Amt Hochbau und Vermessung B._ und A._ mit, seitens der Baubehörde stünden in dieser Sache keine Pendenzen mehr offen, wobei es ihnen freistehe, ein neues Baugesuch zu stellen.
E.b. B._ und A._ erhoben am 22. Mai 2017 beim Baurekursgericht einen Rechtsverweigerungsrekurs mit dem Antrag, der Stadtrat sei anzuweisen, anhand von den 2001 und 2009 eingereichten Plänen das Baubewilligungsverfahren für den Anschluss der am 5. März 1991 bewilligten Unterniveaugarage auf dem Grundstück B an die Rampe der Unterniveaugarage auf dem Grundstück A durchzuführen und einen entsprechenden Entscheid samt den allenfalls erforderlichen Nebenbestimmungen zu treffen, insbesondere unter Festsetzung der Regelung eines Gemeinschaftswerks (Verfahren R3.2017.00066).
Das Baurekursgericht hiess den Rechtsverweigerungsrekurs am 23. Januar 2019 gut. Es wies den Stadtrat an, die Baugesuchspläne aus den Jahren 2001 und 2009 in Nachachtung der Baubewilligung vom 5. März 1991 zu beurteilen und darüber einen materiellen baurechtlichen Entscheid zu fällen.
E.c. Gegen diesen Entscheid erhob C._ am 25. Februar 2019 Beschwerde an das Verwaltungsgericht. Sie beantragte, der angefochtene Entscheid sei aufzuheben und das Vorliegen einer Rechtsverweigerung zu verneinen. Mit Urteil vom 29. August 2019 hiess das Verwaltungsgericht die Beschwerde gut. Es hob den Entscheid des Baurekursgerichts vom 23. Januar 2019 auf und stellte fest, dass bezüglich der Rekursanträge keine Rechtsverweigerung vorliege.
F.
Gegen das Urteil des Verwaltungsgerichts vom 29. August 2019 haben A._ und B._ am 28. Oktober 2019 Beschwerde an das Bundesgericht erhoben. Sie beantragen, das angefochtene Urteil sei aufzuheben und die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Die Beschwerdegegnerin beantragt, die Beschwerde sei abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. Der Stadtrat hat auf eine Vernehmlassung verzichtet. Die Vorinstanz hat auf eine Vernehmlassung verzichtet und beantragt, die Beschwerde sei abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. Mit Eingabe vom 10. März 2020 haben die Beschwerdeführer an der Beschwerde festgehalten. Der Beschwerdeführer 1 hat am 12. Oktober 2020 ein weiteres Schreiben eingereicht.

Erwägungen:
1.
Das angefochtene Urteil des Verwaltungsgerichts ist ein kantonal letztinstanzlicher Endentscheid in einer öffentlich-rechtlichen Angelegenheit (vgl. Art. 82 lit. a, Art. 86 Abs. 1 lit. d und Abs. 2 sowie Art. 90 BGG). Mit dem angefochtenen Urteil hat die Vorinstanz bestätigt, dass der Stadtrat auf das Gesuch der Beschwerdeführer vom 29. März 2017 zu Recht nicht eingetreten ist. Zur Anfechtung des vorinstanzlichen Urteils sind die Beschwerdeführer nach <ref-law> unabhängig von ihrer Legitimation in der Sache berechtigt, wobei sich der Streitgegenstand auch vor Bundesgericht auf die Eintretensfrage beschränkt. Die Beschwerdeführer beantragen eine Rückweisung der Sache an die Vorinstanz, ohne einen materiellen Antrag zu stellen, wie er nach <ref-law> grundsätzlich erforderlich wäre. Wie der Beschwerdebegründung entnommen werden kann, beantragen die Beschwerdeführer indessen sinngemäss, der Entscheid des Baurekursgerichts vom 23. Januar 2019 sei zu bestätigen und der Stadtrat anzuweisen, auf ihr Gesuch vom 29. März 2017 einzutreten. Da die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen erfüllt sind, ist auf die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vorbehältlich zulässiger und genügend begründeter Rügen (vgl. Art. 42 Abs. 2 und Art. 106 Abs. 2 i.V.m. Art. 95 und <ref-law>) einzutreten.
2.
Soweit die Beschwerdeführer der Vorinstanz eine offensichtlich unrichtige Sachverhaltsfeststellung vorwerfen und dies überhaupt in genügender Weise begründen, dringen sie damit nicht durch, weil die behaupteten Mängel für den Ausgang des Verfahrens nicht entscheidend sein können (vgl. <ref-law>).
3.
Die Beschwerdeführer rügen eine formelle Rechtsverweigerung bzw. eine Verletzung von Art. 9, Art. 29 Abs. 1 und 2, Art. 29a und Art. 30 Abs. 1 BV sowie von Art. 6 Ziff. 1 EMRK.
<ref-law> umfasst als Teilgehalt das Verbot der formellen Rechtsverweigerung. Im engeren Sinne liegt eine solche vor, wenn eine Behörde auf eine Eingabe fälschlicherweise nicht eintritt oder eine solche nicht an die Hand nimmt und behandelt, obwohl sie dazu verpflichtet wäre. Dies beurteilt sich nach dem anwendbaren Verfahrensrecht (vgl. <ref-ruling> E. 3.1 S. 192; <ref-ruling> E. 2.1 S. 9; Urteil 1C_647/2018 vom 14. August 2019 E. 2.3). Dabei wird die Anwendung des einschlägigen kantonalen Rechts nur auf Willkür überprüft (vgl. <ref-law>).
4.
Die Beschwerdeführer bringen zunächst vor, selbst wenn auf ihr Gesuch vom 29. März 2017 nicht hätte eingetreten werden müssen, hätte der Stadtrat darauf nicht mit einem formlosen Schreiben reagieren dürfen, sondern einen formellen Nichteintretensentscheid treffen müssen.
4.1. Die Gemeinde hat auf das Gesuch der Beschwerdeführer vom 29. März 2017 mit dem Schreiben vom 20. April 2017 reagiert und den Beschwerdeführern mitgeteilt, seitens der Baubehörde stünden in dieser Sache keine Pendenzen mehr offen. Damit hat die Gemeinde klar gemacht, dass sie das Gesuch materiell nicht behandeln wird.
Zwar darf nach dem Grundsatz von Treu und Glauben (Art. 5 Abs. 3 und Art. 9 BV) der rechtssuchenden Person aus einer formell nicht korrekt eröffneten Verfügung bzw. aus einem fälschlicherweise nicht als Verfügung bezeichneten Schreiben kein Nachteil erwachsen (vgl. <ref-ruling> E. 8.3.2 S. 53 f.; <ref-ruling> E. 3.3 S. 134 f.; Urteil 1C_647/2018 vom 14. August 2019 E. 2.3). Allerdings kann der Empfänger einer nicht als solchen bezeichneten Verfügung ohne Rechtsmittelbelehrung diese nicht einfach ignorieren; er ist vielmehr gehalten, sie innert der gewöhnlichen Rechtsmittelfrist anzufechten oder sich innert nützlicher Frist nach den in Frage kommenden Rechtsmitteln zu erkundigen, wenn er den Entscheid nicht gegen sich gelten lassen will (vgl. BGE <ref-ruling> E. 3.3 S. 134 mit Hinweis; Urteil 1C_647/2018 vom 14. August 2019 E. 2.3).
4.2. Auf den von den Beschwerdeführern im Anschluss an das Schreiben vom 20. April 2017 erhobenen Rekurs ist das Baurekursgericht eingetreten. Das Baurekursgericht hat geprüft, ob der Stadtrat das Gesuch materiell zu behandeln hatte. Folglich ist den Beschwerdeführern daraus, dass das Schreiben der Gemeinde nicht als Verfügung bezeichnet und nicht mit einer Rechtsmittelbelehrung versehen war, kein Nachteil entstanden. Ob die Gemeinde den Beschwerdeführern die Nichtanhandnahme des Gesuchs vom 29. März 2017 bloss mitgeteilt oder förmlich verfügt hat, ist insofern unerheblich, als sich die Beschwerdeführer dagegen wehren und Rekurs erheben konnten.
Darin, dass die Gemeinde auf das Gesuch der Beschwerdeführer vom 29. März 2017 nicht mit einer als solchen bezeichneten Verfügung, sondern mit einem formlosen Schreiben reagiert hat, ist unter den gegebenen Umständen keine formelle Rechtsverweigerung im Sinne von <ref-law> zu erblicken. Sodann ist weder genügend dargetan noch ersichtlich, dass insoweit die weiteren von den Beschwerdeführern als verletzt gerügten Verfassungsbestimmungen oder Art. 6 Ziff. 1 EMRK verletzt wären.
5.
Die Beschwerdeführer machen weiter geltend, der Stadtrat hätte auf ihr Gesuch vom 29. März 2017 eintreten und dieses materiell behandeln müssen.
5.1. Die Gemeinde hat den Beschwerdeführern die Nichtanhandnahme des Gesuchs vom 29. März 2017 damit begründet, dass in der gleichen Sache das Baurekursgericht einen Rechtsverweigerungsrekurs am 20. November 2013 als gegenstandslos geworden abgeschrieben habe, womit bei ihr bezüglich der Baubewilligung vom 5. März 1991 kein Verfahren mehr offen stehe. Ausserdem teilte die Gemeinde den Beschwerdeführern mit, dass die Baubewilligung vom 5. März 1991 ihres Erachtens ohnehin längst ihre Gültigkeit verloren habe.
Die Vorinstanz kam im angefochtenen Urteil zum Schluss, die Baubewilligung vom 5. März 1991 sei nach § 322 des Planungs- und Baugesetzes des Kantons Zürich vom 7. September 1975 (PBG/ZH; LS 700.1) verwirkt, weshalb die Gemeinde das diese betreffende Gesuch der Beschwerdeführer vom 29. März 2017 nicht habe behandeln müssen. Aber selbst wenn man bezüglich § 322 PBG/ZH zu einem anderen Ergebnis gelangte, habe die Gemeinde das Gesuch der Beschwerdeführer vom 29. März 2017 nicht behandeln müssen. Einerseits hätten die Beschwerdeführer spätestens mit der Einreichung eines neuen Baugesuchs zu einem wesentlich abgeänderten Projekt am 2. August 2012 bzw. am 25. Januar 2013 auf die ursprüngliche Baubewilligung verzichtet. Andererseits habe das Baurekursgericht einen Rechtsverweigerungsrekurs mit identischem Antrag bereits am 20. November 2013 rechtskräftig als gegenstandslos abgeschrieben.
5.2.
5.2.1. § 322 PBG/ZH äussert sich zur Gültigkeit von erteilten Baubewilligungen. Baurechtliche Bewilligungen erlöschen nach drei Jahren, wenn nicht vorher mit der Ausführung begonnen worden ist; bei Neubauten gilt der Aushub oder, wo er vorausgesetzt ist, der Abbruch einer bestehenden Baute als Baubeginn (Abs. 1). Sind für das gleiche Vorhaben mehrere baurechtliche Bewilligungen nötig, ist die letzte Bewilligung für das Erlöschen der übrigen und für den Baubeginn massgeblich (Abs. 2). Die Frist beginnt mit dem Ablauf der letzten Rechtsmittelfrist, in streitigen Fällen mit der Rechtskraft des öffentlich- oder zivilrechtlichen Entscheids. Umfasst die gleiche Bewilligung mehrere Gebäude, ist die Frist mit dem Baubeginn bei einem Gebäude gewahrt (Abs. 3). Nebenbestimmungen zur Bewilligung beeinflussen den Fristenlauf nicht; Gleiches gilt, wenn Konzessionen oder andere als baurechtliche Bewilligungen erforderlich sind (Abs. 4). Als baurechtliche Bewilligungen, deren Datum gemäss § 322 PBG/ZH für die Gültigkeitsdauer massgeblich ist, gelten nach § 20 Abs. 1 der kantonalen Bauverfahrensverordnung vom 3. Dezember 1997 (BVV/ZH; LS 700.6) alle Bewilligungen und Genehmigungen, die nach dem Planungs- und Baugesetz Voraussetzung für den Baubeginn sind.
5.2.2. Die Vorinstanz hat im angefochtenen Urteil erwogen, der Lauf der Frist von drei Jahren gemäss § 322 Abs. 1 PBG/ZH habe zwar grundsätzlich erst mit der rechtskräftigen Bewilligung der in der Baubewilligung vom 5. März 1991 geforderten, von der Bauherrschaft noch einzureichenden Abänderungspläne ausgelöst werden können. Angesichts der Zielsetzung von § 322 PBG/ZH - nämlich dem Verhindern von Baubewilligungen auf Vorrat - sei es jedoch nicht mit dieser Bestimmung vereinbar, es ins Belieben der Bauherrschaft zu stellen, den Eintritt des Fristenlaufs dadurch jahrelang hinauszuschieben, dass sie die Erfüllung von nebenbestimmungsweise statuierten Pflichten unterlässt, über die mittels baurechtlicher Bewilligung zu entscheiden ist. Es sei zu verlangen, dass von der Bauherrschaft das Zumutbare unternommen werde, um ein Ausführungshindernis zu beseitigen. Andernfalls verwirke eine Baubewilligung mit der nebenbestimmungsweise statuierten Pflicht, der Baubehörde Abänderungspläne einzureichen.
In diesem Zusammenhang hat die Vorinstanz zunächst auf den unangefochten gebliebenen Beschluss des Stadtrats vom 11. Juli 2000 sowie auf ihre ebenfalls in Rechtskraft erwachsene Abschreibungsverfügung vom 9. November 2000 hingewiesen (vgl. Sachverhalt Lit. C). Entscheidend für den vorliegenden Fall sei, ob bzw. wann die Bauherrschaft in der Folge erneut um die Beurteilung von Änderungsplänen im Sinne der Baubewilligung vom 5. März 1991 ersucht habe und ob sie mit ihrem Handeln das ihr Zumutbare unternommen habe. Die Vorinstanz setzte sich im angefochtenen Urteil ausführlich damit auseinander, was die Bauherrschaft in dieser Sache in der Folge unternommen hat. Zusammengefasst führte sie aus, das Zusenden von zwei Plänen durch ein Ingenieurbüro im Frühjahr 2001 und die Korrespondenz von der Bauherrschaft an die Gemeinde seien nicht als Gesuch der Bauherrschaft um Beurteilung von Änderungsplänen zu qualifizieren. Die Bauherrschaft habe den Stadtrat vielmehr erst am 2. Juni 2009 ausdrücklich aufgefordert, Abänderungspläne zu beurteilen. Zuvor habe die Bauherrschaft es über acht Jahre lang unterlassen, ein korrektes und vollständiges Abänderungsgesuch einzureichen oder zumindest um die Prüfung der im Frühjahr 2001 zugesandten Pläne zu ersuchen. Damit sei die Baubewilligung vom 5. März 1991 nach § 322 PBG/ZH verwirkt.
5.2.3. Die Ausführungen der Vorinstanz sind nachvollziehbar und lassen jedenfalls keine willkürliche Anwendung von § 322 PBG/ZH erkennen. Zwar wurde der Bauherrschaft in der Baubewilligung vom 5. März 1991 nicht nur die Pflicht zum Einreichen von Änderungsplänen auferlegt, sondern auch die Konkretisierung der privaten Vereinbarung über die Benutzung der Zufahrtsrampe im Sinne eines Gemeinschaftswerks gemäss § 222 f. PBG/ZH. Richtig ist, dass eine solche Vereinbarung - wie die Beschwerdeführer vorbringen - nicht einseitig von ihnen bestimmt werden konnte. Nicht offensichtlich unhaltbar ist jedoch der Schluss der Vorinstanz, wonach die Bauherrschaft trotz fehlender Einigung mit der Nachbarschaft früher hätte handeln müssen und nicht über acht Jahre lang hätte zuwarten dürfen, ihrerseits Änderungspläne einzureichen oder zumindest ausdrücklich und eindeutig um die Prüfung der im Frühjahr 2001 zugesandten Pläne zu ersuchen, wenn sie verhindern wollte, dass die Baubewilligung vom 5. März 1991 ungültig wird. Dass sich die Beschwerdeführer - wie sie weiter vorbringen - in den Jahren nach 2000 um eine einvernehmliche Lösung bemüht haben mögen, ändert daran nichts.
Nachdem die Baubewilligung vom 5. März 1991 nicht mehr gültig war, wovon die Gemeinde und die Vorinstanz in Anwendung von § 322 PBG/ZH ohne Willkür ausgehen durften, ist die Gemeinde auf das Gesuch der Beschwerdeführer vom 29. März 2017, welches mit eben dieser Baubewilligung im Zusammenhang stand, zu Recht nicht eingetreten. Dass das Recht der Eigentümerschaft des Grundstücks B auf einen Anschluss an die bestehende Unterniveaugarage nach wie vor im Grundbuch angemerkt ist, ändert daran nichts. Auch nicht von Belang ist in diesem Zusammenhang die unter den Parteien umstrittene Frage, ob die im Jahr 1985 getroffene (rudimentäre) Vereinbarung noch gültig ist oder nicht. Eine formelle Rechtsverweigerung im Sinne von <ref-law>, ein Verstoss gegen die von den Beschwerdeführern weiter als verletzt gerügten Verfassungsbestimmungen oder eine Verletzung von Art. 6 Ziff. 1 EMRK sind der Gemeinde bzw. der Vorinstanz nicht vorzuwerfen.
5.3. Sodann ist unbestritten, dass die Beschwerdeführer bereits am 2. Juni 2009 darum ersucht hatten, die zwei von einem Ingenieurbüro im Jahr 2001 eingereichten Pläne sowie der von ihnen eingereichte Plan vom 29. Mai 2009 seien im Lichte der Baubewilligung vom 5. März 1991 zu beurteilen. Die Beschwerdeführer beantragten am 29. März 2017 somit nichts anderes als bereits am 2. Juni 2009. Der Stadtrat hat dem Begehren um Beurteilung der Pläne schon am 9. Juli 2009 nicht entsprochen. Einen von den Beschwerdeführern dagegen erhobenen Rekurs schrieb das Baurekursgericht am 20. November 2013 als gegenstandslos ab. Der Entscheid des Baurekursgerichts wurde nicht angefochten, womit der Entscheid des Stadtrats vom 9. Juli 2009 rechtskräftig wurde (vgl. Sachverhalt Lit. D).
Das Gesuch der Beschwerdeführer vom 29. März 2017 betrifft somit eine bereits abgeurteilte Sache. Auch deshalb ist die Gemeinde darauf zu Recht nicht eingetreten. Wie der Stadtrat und das Baurekursgericht die Entscheide vom 9. Juli 2009 und vom 20. November 2013 begründet haben, ist insoweit nicht mehr von Belang. Eine formelle Rechtsverweigerung im Sinne von <ref-law>, ein Verstoss gegen die von den Beschwerdeführern weiter als verletzt gerügten Verfassungsbestimmungen oder eine Verletzung von Art. 6 Ziff. 1 EMRK sind der Gemeinde und der Vorinstanz auch aus dem genannten Grund nicht vorzuwerfen.
5.4. Damit braucht auf die Ausführungen der Beschwerdeführer zur Begründungsvariante der Vorinstanz, wonach die Beschwerdeführer spätestens mit der Einreichung des neuen Baugesuchs am 2. August 2012 bzw. am 25. Januar 2013 auf die ursprüngliche Baubewilligung verzichtet hätten, nicht weiter eingegangen zu werden.
6.
Nach dem Ausgeführten ist die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Bei diesem Ausgang des Verfahrens werden die Beschwerdeführer unter solidarischer Haftung kostenpflichtig (vgl. Art. 66 Abs. 1 und 5 BGG). Sie haben der Beschwerdegegnerin unter solidarischer Haftung eine angemessene Parteientschädigung zu bezahlen (vgl. Art. 68 Abs. 1, 2 und 4 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 4'000.-- werden den Beschwerdeführern unter solidarischer Haftung auferlegt.
3.
Die Beschwerdeführer haben der Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren unter solidarischer Haftung eine Parteientschädigung von Fr. 4'000.-- zu bezahlen.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien, dem Stadtrat Uster und dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 1. Abteilung, 1. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 8. Dezember 2020
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Chaix
Der Gerichtsschreiber: Mattle