Faits :
A.
A.a. Dès le 2 décembre 1997, X._ a travaillé en qualité de consultant pour A._ SA, société avec siège à Genève poursuivant le but de fournir des services de consultants à la direction de sociétés, ainsi que de traiter diverses affaires (représentation générale et courtage) notamment en matière d'assurances.
Le capital social de A._ SA était constitué de 10'000 actions au porteur d'une valeur nominale de 10 fr. Z._ en était l'actionnaire majoritaire et l'administrateur.
A.b. X._ est devenu associé et actionnaire de la société le 1er mai 2001 en achetant 700 actions. Le 29 juin 2001, il a signé une convention d'actionnaires (ci-après également: la convention) qui prévoit à son art. 26:
"Tout actionnaire-sortant s'engage à céder aux autres actionnaires les actions qu'il détient au jour de l'échéance de son contrat de travail, et ce pour le prix qui sera arrêté en application de la méthode figurant à l'annexe 3 de la présente convention. (...).
Le Conseil d'Administration de la société s'engage, dans un délai de huit jours à compter de l'échéance du contrat de travail ou de la cessation de l'activité de l'actionnaire-sortant, à solliciter du réviseur de A._ SA l'évaluation, en application de la méthode de calcul figurant à l'annexe 3, du prix de ses actions, étant précisé que le prix qui sera ainsi arrêté s'imposera au vendeur et à/aux acquéreur (s) sans recours possible.
Dans un délai de 30 jours à compter de la réception par A._ SA, ses actionnaires et/ou l'actionnaire sortant, de l'évaluation par le réviseur, l'actionnaire-sortant s'engage à mettre à la disposition des actionnaires ayant manifesté leur intention de faire usage de leur droit d'emption l'intégralité de ses actions contre l'engagement de ce (s) dernier (s) de payer le prix arrêté par le réviseur.
A défaut pour l'actionnaire-sortant de s'exécuter, il devra payer aux autres actionnaires ayant manifesté leur intention de faire usage de leur droit d'emption, au prorata des actions de A._ SA que ces derniers détiennent, une somme de Frs 100'000.- au titre de clause pénale.
Les actionnaires restants ayant manifesté leur intention de faire usage de leur droit d'emption pourront, en outre et cumulativement, agir contre l'actionnaire-sortant en exécution de son engagement de céder ses actions."
L'annexe 3 de la convention, qui décrit la méthode permettant de calculer la valeur des actions, prévoit notamment que le goodwill doit correspondre à un multiple du capital-actions de la société (cf. arrêt de renvoi consid. 3.6.2).
A.c. Le 11 mai 2007, X._ a démissionné de son poste de consultant, avec effet au 30 novembre 2007.
Par courrier du 26 juillet 2007, Z._ lui a rappelé son devoir de vendre les 700 actions, conformément à l'art. 26 de la convention. Il indiquait que la société s'en portait acquéreuse.
Le 9 août 2007, X._ a décliné la proposition de A._ SA. Selon lui, la valeur des actions devait être évaluée au 30 novembre 2007; jusqu'à cette date, il restait propriétaire des 700 actions.
Le 21 septembre 2007, Z._ a exercé son droit d'emption sur les 700 actions de X._. Un chèque de 24'010 fr. était joint au courrier. Un bilan intermédiaire au 30 novembre 2007 allait être établi et la valeur des actions serait recalculée à cette même date, l'éventuelle différence en faveur de l'ex-employé étant versée au plus tard le 31 janvier 2008.
Le 9 octobre 2007, le conseil de X._ a retourné à Z._ le chèque et l'a sommé de restituer à son mandant le lot des 700 actions au porteur.
Le 23 octobre 2007, X._ a offert à Z._ de lui vendre ses actions pour la somme de 200'000 fr. correspondant, selon lui, à la valeur de l'entreprise sur le marché résultant de sa reprise imminente par une société américaine de la branche.
Le 31 octobre 2007, Z._ a décliné l'offre et précisé que les certificats d'actions n'avaient pas encore été émis.
Par courrier du 2 novembre 2007, X._ a reproché à l'administrateur d'avoir cherché à exercer de manière prématurée son droit d'emption. Il a réclamé l'original des certificats d'actions de A._ SA.
Le 15 novembre 2007, Z._ a transmis à l'ex-employé un certificat d'actions représentant les 700 actions au porteur.
Par courrier du 5 décembre 2007, l'administrateur a indiqué exercer son droit d'emption sur les actions.
Le 8 janvier 2008, il a mis en demeure X._ de mettre à disposition ses 700 actions, lui rappelant la clause pénale conventionnelle d'un montant de 100'000 fr. Un chèque de 7'441 fr. (soit 10 fr. 63 par action) était annexé au courrier.
Le 12 février 2008, X._ a décliné l'offre, contestant le calcul établi au 30 novembre 2007. Au surplus, il reprochait à l'administrateur de chercher à diminuer artificiellement la valeur du titre de la société.
Le 15 février 2008, l'ex-employé a informé l'administrateur qu'il avait encaissé, à titre d'acompte, le chèque de 7'441 fr.
Le 21 août 2008, Z._ a fait une nouvelle proposition à X._. Il lui a indiqué que, en fonction de ses propres remarques, l'organe de révision avait fait un nouveau calcul. Le prix par action ainsi déterminé, qui faisait l'objet d'une attestation du réviseur annexée au courrier, était de 31 fr. 48, soit 22'036 fr. pour les 700 actions. Z._ a invité X._ à lui communiquer les coordonnées de son compte bancaire sur lequel la somme résiduelle de 14'585 fr. (recte: 14'5 9 5 fr.) devait être versée et de lui transmettre le certificat d'actions avant le 29 août 2008. Cette proposition est restée sans suite.
A._ SA a été déclarée en faillite le 19 septembre 2011.
B.
B.a. Le 21 octobre 2008, devant le Tribunal de première instance de Genève, Z._ (l'acheteur) a déposé à l'encontre de l'ex-employé (le vendeur) une action condamnatoire en délivrance des 700 actions (incorporées dans le certificat d'actions) et une action en paiement portant sur le versement de 100'000 fr. à titre de peine conventionnelle.
Un jugement conforme a été rendu par défaut et X._ a relevé le défaut. Concluant au rejet de la demande, il a préalablement requis du juge une expertise afin d'évaluer la valeur au 31 décembre 2007 (recte: 30 novembre 2007) du certificat d'actions représentant les 700 actions au porteur de A._ SA.
Le Tribunal de première instance a entendu divers témoins qui ont confirmé que la méthode décrite dans l'annexe 3 de la convention d'actionnaires avait toujours été utilisée pour définir le prix des actions.
Par courrier du 13 novembre 2009 adressé au tribunal, l'organe de révision a corrigé plusieurs erreurs de calcul de son appréciation précédente (celle ayant conduit à l'offre du 21 août 2008) et elle a revu à la baisse la valeur d'une action, qu'elle a ramené à 11 fr.93 au 30 novembre 2007 (soit 8'351 fr. pour 700 actions). Dans ses calculs, le réviseur ne retient " aucun montant à titre de goodwill vu les résultats de la société ".
Z._ a modifié ses conclusions pour tenir compte de la créance du vendeur de 8'351 fr., qui doit être déduite du montant de 100'000 fr. (peine conventionnelle) qui lui est dû.
Par jugement du 8 février 2011, le Tribunal de première instance de Genève a admis entièrement les conclusions prises par le demandeur.
B.b. Appelant du jugement, le défendeur conteste le calcul du prix des actions, considérant notamment que la valeur du goodwill a été " négligée " par le premier juge et que les résultats comptables sont diminués par toute une série de provisions imposées sans raison par le demandeur. S'agissant de la clause pénale, il soutient que celle-ci ne lui est pas applicable; selon lui, il n'a commis aucune faute en ne remettant pas le certificat d'actions puisqu'il refusait de le remettre sur la base de l'estimation faite à l'époque par Z._ à 10 fr.63 l'action et que, précisément, à la fin de la procédure de première instance, le prix de l'action a été fixé plus haut, soit à 11 fr.93 l'action.
Par jugement du 11 mai 2012, la cour cantonale a confirmé que X._ devait remettre le certificat d'actions contre le paiement de 8'351 fr. Elle a par contre réduit le montant de la peine conventionnelle, condamnant X._ à verser à ce titre la somme de 25'000 fr. à Z._.
B.c. Par arrêt du 30 octobre 2012 (cause 4A_361/2012) (ci-après: l'arrêt de renvoi), le Tribunal fédéral a admis le recours formé par le défendeur, annulé l'arrêt entrepris et renvoyé la cause à l'autorité cantonale pour nouvelle décision.
En substance, la Cour de céans a rappelé que, selon l'art. 26 § 3 de la convention d'actionnaires, le vendeur s'engageait à remettre ses actions (le certificat) à l'acheteur et que celui-ci s'engageait, en contrepartie, à en payer le prix (arrêté par le réviseur), calculé conformément à la méthode convenue entre les parties figurant à l'annexe 3 de la convention (consid. 3.2).
S'agissant de l'obligation de l'acheteur, la Cour de céans a considéré que l'organe de révision avait calculé le prix du certificat d'actions en commettant plusieurs erreurs, notamment en retenant une valeur nulle pour le goodwill (ce qui n'était pas conforme à la méthode prévue par les parties), en effectuant son calcul en l'absence de tout bilan audité et en déterminant un bénéfice (très faible) au 30 novembre 2007 sans tenir compte du fait que des provisions avaient été constituées en novembre 2007, puis dissoutes un mois plus tard. L'expertise judiciaire requise par le défendeur (vendeur) était dès lors nécessaire pour déterminer la valeur des actions à la date du 30 novembre 2007 en application de la méthode figurant à l'annexe 3 de la convention d'actionnaires. La cause était dès lors renvoyée à l'autorité précédente pour qu'elle ordonne une expertise judiciaire (consid. 3.6). Le Tribunal fédéral a souligné que le chiffre figurant dans la proposition de l'acheteur du 21 août 2008 ne pouvait être considéré comme un prix calculé par le réviseur conformément à la convention (consid. 3.6.4).
C.
C.a. Après le prononcé de l'arrêt de renvoi du 30 octobre 2012, le vendeur a pris des conclusions reconventionnelles visant à obtenir le solde du prix de vente de son certificat d'actions (cf. arrêt entrepris let. i p. 8 sur les " conclusions motivées après enquêtes du 12 juin 2015 ").
C.b. Par jugement du 30 juin 2016, le Tribunal de première instance de Genève a ordonné l'expertise sollicitée par le défendeur et, se fondant sur celle-ci, il a fixé la valeur du certificat d'actions à 18'923 fr. (soit env. 27 fr.03 par action), le calcul effectué par l'expert n'ayant pas été critiqué par le défendeur. Les premiers juges ont alors observé que l'offre de l'acheteur du 21 août 2008 (soit un montant de 22'026 fr.) était supérieure au prix calculé correctement (conformément à la convention d'actionnaires), que, rétrospectivement, on pouvait retenir que l'acheteur avait offert d'exécuter valablement sa propre obligation (le paiement du prix), que le vendeur ne pouvait pas se prévaloir de l'exception de non-exécution et qu'il devait être condamné à remettre à l'acheteur le certificat d'actions litigieux et à lui verser une peine conventionnelle de 25'000 fr., sous déduction d'un montant de 11'482 fr. représentant le solde du prix des actions (18'923 fr. - l'acompte de 7'441 fr. déjà versé par l'acheteur).
C.c. Par arrêt du 7 avril 2017, la Chambre civile de la Cour de justice du canton de Genève, sur appel du vendeur, a confirmé le jugement de première instance. Sur la base de l'expertise judiciaire, les juges cantonaux ont considéré, au fond, que l'acheteur devait verser au vendeur le solde du prix des actions de 11'482 fr.24 (18'923 fr.24 - 7'441 fr.) et que celui-ci devait s'acquitter en faveur de celui-là d'une peine conventionnelle de 25'000 fr. La cour cantonale s'est limitée à opérer une correction quant à la quotité des indemnités de procédure (arrêt entrepris consid. 7.2 p. 18).
D.
Le vendeur exerce un recours en matière civile au Tribunal fédéral contre l'arrêt cantonal du 7 avril 2017. Il conclut à sa réforme en ce sens qu'il soit dit que le prix de l'action s'élève à 34 fr.59 (soit 24'213 fr. pour le certificat portant sur 700 actions), qu'il soit constaté que l'acheteur n'a pas valablement et régulièrement exercé son droit d'achat et qu'il soit condamné à lui verser le montant de 24'213 fr., sous déduction de l'acompte de 7'441 fr. déjà remis, et à ce qu'il soit donné acte à l'acheteur de ce qu'il s'engage à lui remettre immédiatement le certificat d'actions en échange du paiement précité.
L'intimé (l'acheteur) conclut au rejet du recours et à la confirmation de l'arrêt entrepris.
Les parties ont chacune déposé des observations.

Considérant en droit :
1.
1.1. Déposé en temps utile (art. 46 al. 1 let. a et 100 al. 1 LTF) par la partie qui a succombé dans ses conclusions (<ref-law>) et dirigé contre un arrêt final (<ref-law>) rendu sur arrêt de renvoi par le tribunal supérieur du canton (<ref-law>) dans une contestation relevant du contrat de vente dont la valeur litigieuse est supérieure à 30'000 fr. (art. 52, 72 al. 1 et 74 al. 1 let. b LTF), le recours en matière civile est recevable au regard de ces dispositions.
1.2. Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>). Il ne peut s'en écarter que si ces faits ont été établis de façon manifestement inexacte - ce qui correspond à la notion d'arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (<ref-ruling> consid. 4.1.2; <ref-ruling> consid. 5.1) - ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> (<ref-law>), et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (<ref-law>).
1.3. Le recours en matière civile peut être interjeté pour violation du droit fédéral (<ref-law>), y compris le droit constitutionnel (<ref-ruling> consid. 2.1 p. 247; <ref-ruling> consid. 2.4 p. 313). Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (<ref-law>). Il n'examine la violation d'un droit constitutionnel que si le grief a été invoqué et motivé de façon détaillée (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 1.4 in fine).
2.
D'un point de vue procédural, on observera que, dans sa demande du 21 octobre 2008 (dont les conclusions ont ensuite été adaptées), l'acheteur a pris des conclusions condamnatoires en délivrance du certificat d'actions et des conclusions en paiement portant sur un montant calculé en fonction de la peine conventionnelle prévue dans la convention d'actionnaires et du prix du certificat d'actions (les montants étant compensés). De son côté, le vendeur a soulevé l'exception d'inexécution.
Après le prononcé de l'arrêt de renvoi du 30 octobre 2012 de la Cour de céans, le vendeur a pris des conclusions reconventionnelles - dont la recevabilité, à la lumière de l'ancien droit de procédure cantonale (alors applicable), n'a pas été discutée - visant à obtenir la contre-prestation du vendeur, soit le solde du prix de vente de son certificat d'actions (cf. arrêt entrepris let. h p. 8 sur les " conclusions motivées après enquêtes du 12 juin 2015 ").
Les juges cantonaux, se prononçant sur la base de l'expertise judiciaire, ont alors, d'un côté, condamné le vendeur à remettre le certificat d'actions à l'acheteur et, d'un autre côté, condamné celui-ci à verser à celui-là le solde du prix des actions (soit 11'482 fr.24 = 18'923 fr.24 - 7'441 fr.). S'agissant de la peine conventionnelle, ils ont considéré que le vendeur devait payer un montant de 25'000 fr. en mains de l'acheteur.
Dans son recours en matière civile formé contre cette dernière décision, le recourant reproche premièrement à la cour cantonale d'avoir rejeté son exception d'inexécution et, en conséquence, de l'avoir condamné à payer une peine conventionnelle (cf. infra consid. 3). Deuxièmement, il revient sur le calcul de la valeur de ses actions et considère que la cour cantonale, à la suite de l'expert judiciaire, n'a pas correctement établi la valeur du goodwill, en tant que composante de la méthode de calcul prévue par les parties (cf. infra consid. 4). Troisièmement, il estime avoir droit à des intérêts moratoires (cf. infra consid. 5).
3.
En ce qui concerne l'exception d'inexécution et sa condamnation à payer la peine conventionnelle de 25'000 fr., le vendeur invoque une violation du principe de l'autorité de l'arrêt de renvoi (cf. <ref-ruling> consid. 2 p. 335 s.). Il rappelle que, pour le Tribunal fédéral (arrêt de renvoi consid. 3.6.4), l'offre de l'acheteur du 21 août 2008 portait sur un prix qui n'avait pas été calculé par l'organe de révision conformément à la convention d'actionnaires. Selon lui, cette constatation serait définitive en ce sens que la juridiction cantonale ne disposait plus d'aucune marge de manoeuvre, mais qu'elle aurait dû automatiquement retenir que l'acheteur n'avait pas offert de s'exécuter conformément à la convention, de sorte que le vendeur pouvait valablement refuser de remettre son certificat d'actions (acte de recours p. 14 ss).
3.1. Force est ici de constater que, dans l'arrêt de renvoi, le Tribunal fédéral a retenu que le prix figurant dans le courrier de l'acheteur du 21 août 2008 reposait " sur ses propres calculs " (le réviseur ayant effectué sa nouvelle évaluation sur la base des seules remarques de l'acheteur), que ce prix n'était pas correct (i.e. pas calculé par un réviseur conformément à la convention), que de nombreuses irrégularités entachaient le calcul du prix (arrêt de renvoi consid. 3.6.4), que le vendeur ne pouvait être contraint de s'y fier " aveuglément " et que seul le prix calculé par le réviseur " en application de la méthode de calcul figurant à l'annexe 3 (...) [pouvait être imposé] au vendeur et à/aux acquéreur (s) " (arrêt de renvoi consid. 3.2).
Cela étant, la Cour de céans a jugé, d'une part, que seule une expertise judiciaire permettrait d'établir le prix correct du certificat d'actions. D'autre part, en retenant que le vendeur ne pouvait pas savoir si le prix figurant dans la proposition du 21 mai 2008 correspondait ou non au prix qui résulterait d'une application correcte de la méthode prévue par les parties, le Tribunal fédéral a, matériellement, jugé - même s'il n'a pas statué formellement sur l'exécution dans son dispositif - que l'offre de l'acheteur n'était pas valable et que l'exception d'inexécution était admise.
Autrement dit, on ne peut retenir rétrospectivement que l'acheteur a valablement offert (le 21 août 2008) de verser un prix conforme à la convention d'actionnaires, au motif que le montant (soit le résultat du calcul entrepris par le réviseur) qu'il proposait se révèle finalement (au moment où l'expert judiciaire rend son rapport) égal ou même supérieur au prix correct (calculé par l'expert conformément à la méthode convenue). Un éventuel comportement abusif du vendeur (ici non pertinent) est toutefois réservé (cf. GREGOR WIGET, Die Durchsetzung von Ansprüchen aus synallagmatischen Verträgen nach zürcherischer Zivilprozessordnung, 1980, p. 32, et les auteurs cités, qui traite de la dation en vue du paiement qui implique la même problématique).
Partant, les autorités précédentes n'avaient plus, après le prononcé de l'arrêt de renvoi, le droit de revenir sur la question de l'exception d'inexécution ni d'entreprendre de nouvelles constatations à cet égard.
3.2. C'est en vain que l'intimé (acheteur) tente de suggérer que la question de l'exception d'inexécution n'a pas été formellement tranchée dans l'arrêt de renvoi (cf. duplique p. 4). En effet, le vendeur n'ayant pas pris de conclusions en admission de l'exception d'inexécution (cf. arrêt de renvoi let. C), la Cour de céans ne s'est pas prononcée formellement dans son dispositif à ce sujet, mais elle a tranché ce point matériellement dans les motifs de sa décision.
On ne saurait pas non plus suivre l'intimé lorsqu'il met en évidence un passage de l'arrêt de renvoi qui plaiderait en sa faveur (cf. duplique p. 4). Si celui-ci, pris isolément, peut générer un doute (cf. arrêt de renvoi consid. 4.2 dernier par.), il demeure qu'on voit mal comment on pourrait, sur la base de ce seul passage, aller dans le sens de l'intimé alors même que, dans la partie déterminante de sa motivation, le Tribunal fédéral a tranché par la négative la question centrale portant sur la conformité à la convention d'actionnaires du prix offert par l'acheteur. A cela s'ajoute que d'autres passages spécifiques de l'arrêt de renvoi mentionnent clairement qu'" un prix déterminé en violation de la Convention ne peut être imposé ni au vendeur ni à l'acheteur " (arrêt de renvoi consid. 3.2), ou encore qu'" on ne saurait (...) considérer que l'intimé s'est engagé à s'exécuter conformément au contrat " (arrêt de renvoi consid. 3.6.4).
Enfin, il est superflu d'examiner le reproche d'arbitraire (art. 9 Cst.) soulevé par le recourant dans ce contexte (acte de recours ch. 5.3 p. 20).
3.3. L'exception d'inexécution ayant été admise, l'une des conditions d'application de la peine conventionnelle n'est pas remplie (cf. art. 26 § 3 de la convention d'actionnaires). Le moyen soulevé par le recourant est bien fondé, le recours doit être admis sur ce point et l'arrêt entrepris réformé en ce sens que la demande de l'acheteur, en tant qu'elle vise à faire condamner le vendeur au paiement d'une peine conventionnelle, est rejetée.
Il est superflu d'examiner les autres critiques émises par le recourant visant à démontrer que la peine conventionnelle n'était pas exigible (acte de recours p. 21 ss).
4.
Le vendeur ne conteste pas sa condamnation à délivrer le certificat d'action, mais uniquement le prix de vente (solde) qui lui est dû. Pour la cour cantonale, ce solde se monte à 11'482 fr.24 (18'923 fr.24 - 7'441 fr. versé le 8 janvier 2008).
Se prononçant sur la valeur du certificat d'actions, l'autorité précédente relève que le vendeur n'a formulé aucune critique quant au contenu de l'expertise et qu'il a soutenu pour la première fois en appel que l'expert n'avait pas calculé correctement le goodwill. Elle considère que le vendeur a ainsi adopté une attitude contradictoire, contraire à l'<ref-law>, et, en tout état de cause, que, contrairement à ce que soutient le vendeur, l'annexe 3 de la convention d'actionnaires ne prescrit pas qu'il convient de prendre en compte (au 30 novembre 2007) un goodwill arrêté à 600'000 fr. (6 x le capital-actions), mais que le critère posé dans ce document vise plus largement un " multiple du capital-actions ", le facteur par lequel celui-ci doit être multiplié n'étant pas prescrit (arrêt entrepris p. 11 s.).
4.1. Le recourant soutient que la valeur du goodwill avait été fixée de manière définitive à 600'000 fr. par le Tribunal fédéral et que, tant l'expert judiciaire que la cour cantonale ont fait fi du principe de l'autorité de l'arrêt de renvoi en retenant une valeur de 305'402 fr. en se fondant sur une méthode personnelle s'écartant de la convention (acte de recours p. 12).
Il résulte de l'arrêt de renvoi du 30 octobre 2012 de la Cour de céans que, selon l'annexe 3 de la convention d'actionnaires, le " goodwill doit nécessairement correspondre à un multiple du capital-actions de la société A._ SA " (consid. 3.6.2), le facteur par lequel le capital doit être multiplié n'étant pas mentionné. Si l'on peut ensuite lire, dans le même passage, que la valeur des actions a été fixée à 600'000 fr. (soit 6 fois le capital-actions), il est explicitement indiqué qu'il s'agit de la valeur qui figure dans un document faisant état de la situation de la société au 31 décembre 1998. Le facteur 6 qui y est mentionné ne relève pas du critère général visant à déterminer, année après année, la valeur des actions, mais il est simplement mentionné à titre exemplatif, comme un cas d'application, pour une année donnée (1998), de la méthode prévue par les parties à l'annexe 3 (" multiple du capital-actions ").
La critique tombe dès lors à faux.
4.2. Dans la suite de son argumentation, le recourant, sous couvert d'une violation du principe de l'autorité de l'arrêt de renvoi, reproche en réalité à la cour cantonale d'avoir apprécié les preuves de manière arbitraire (art. 9 Cst.) en refusant de retenir le caractère contraignant du montant de 600'000 fr. (6 x le capital-actions de la société), les parties ayant pourtant, selon lui, prévu ce critère pour calculer la valeur du goodwill (acte de recours p. 19).
L'argumentation du recourant étant essentiellement appellatoire, la recevabilité de son grief est douteuse (cf. acte de recours p. 18 ss). Fût-il recevable qu'il devrait être déclaré mal fondé, comme on va le voir.
On ne saurait dire d'emblée que la valeur du goodwill retenue par la cour cantonale (305'402 fr.) est insoutenable au regard de la formule figurant à l'annexe 3 de la convention (" multiple du capital-actions ") puisqu'elle correspond à la multiplication du capital-actions par un facteur légèrement supérieur à 3.
C'est en vain que le recourant revient sur le fait que le réviseur s'est affranchi du texte de l'annexe 3 (acte de recours p. 10 s.). Il ne s'agit pas ici de contrôler à nouveau le procédé utilisé par le réviseur (qui a explicitement reconnu s'être écarté du critère du " multiple du capital-actions "), mais uniquement d'examiner le procédé employé par l'expert judiciaire.
A cet égard, les instances cantonales (cf. arrêt entrepris p. 7 s. et jugement de première instance n. 35 p. 8 qui contient le résumé de l'audition de l'expert judiciaire du 21 avril 2015 auquel se réfère le recourant dans son acte de recours p. 11) n'ont pas constaté que l'expert aurait ignoré la méthode décrite à l'annexe 3 de la convention ou qu'il s'en serait écarté, comme le prétend le recourant (acte de recours p. 11). Il ressort au contraire de l'audition de l'expert judiciaire que celui-ci a bien appliqué cette formule (cf. jugement de première instance p. 8, acte de recours p. 11). Seulement, l'expert a expliqué que la formule retenue par les parties ne reprenait pas la " méthode des praticiens ", telle qu'elle est fréquemment appliquée en pratique, mais qu'elle consistait en une méthode difficile (voire impossible) à appliquer telle quelle dans un cas concret ("cf. l'extrait du rapport de l'expert dans l'acte de recours p. 11: " Le calcul d'un goodwill selon la formule de l'annexe 3 est un peu une 'boîte noire' "). Après avoir posé ce constat, l'expert a montré qu'il s'était alors efforcé de retrouver, en étudiant les calculs effectués précédemment par le réviseur, comment la valeur du goodwill avait été évaluée en fonction de la formule prévue par les parties (cf. aussi le rapport de l'expert contenu dans le dossier cantonal, qui met en évidence la préoccupation constante de l'expert de se conformer à la méthode choisie par les parties). Par souci de transparence, il a explicitement décrit sa démarche dans son rapport et donné l'occasion aux parties de produire d'anciennes évaluations qui lui auraient permis, si nécessaire, de mettre à jour ses propres évaluations. Ainsi décrite, la démarche entreprise par l'expert, qui était confronté aux difficultés pratiques résultant de l'application d'une formule difficilement praticable choisie par les parties, n'a en soi rien d'insoutenable.
Pour le reste, la critique du recourant tombe à faux. Lorsqu'il affirme que l'expert judiciaire se serait " écarté de la formule contractuelle au même titre que le réviseur " (acte de recours p. 11), il ne tente pas de démontrer que l'expert aurait ignoré la méthode prévue par les parties (" multiple du capital-actions "), mais il continue de se fonder sur la prémisse - erronée - selon laquelle la valeur du goodwill reposerait sur un " facteur invariable " ou un " facteur fixe " (6 x le capital-actions) (acte de recours p. 11 et 12).
Le moyen tiré de l'arbitraire tombe dès lors à faux.
Il est donc superflu de déterminer si, sous l'angle procédural, le vendeur a adopté une attitude contradictoire lorsque, alors qu'il n'avait émis aucune critique sur le rapport de l'expert lorsqu'il lui a été soumis (selon le recourant), il ne s'est qu'ensuite plaint de la (prétendue) transgression, par l'expert judiciaire, de la méthode de calcul inscrite dans la convention.
5.
Il résulte des considérations qui précèdent que l'acheteur doit verser le solde du prix de vente (retenu par la cour cantonale sur la base de l'expertise judiciaire) au vendeur. A cet égard, celui-ci soutient avoir droit au versement d'intérêts moratoires dès le 8 janvier 2008, subsidiairement dès le 12 février 2008 (acte de recours p. 23 s.).
Selon l'art. 26 § 3 de la convention d'actionnaires, les parties s'engagent à exécuter leurs prestations respectives dans un délai de 30 jours à compter de la réception de l'évaluation du réviseur.
On peut en déduire que les prestations deviennent exigibles 30 jours après la réception du rapport du réviseur. En revanche, aucune date précise n'est fixée pour l'exécution des obligations de chacune des parties. En conséquence, il faut constater que le jour de l'exécution n'a pas été déterminé (<ref-law>) et, partant, que le débiteur de l'obligation exigible ne peut être mis en demeure que si le créancier l'a interpellé (<ref-law>; cf. arrêt 4A_47/2013 du 4 juin 2013 consid. 2.6). L'intérêt moratoire ne serait alors dû qu'à partir de la demeure (<ref-law>).
En l'occurrence, il résulte de l'arrêt de renvoi que la valeur du certificat d'actions devait être déterminée par un expert judiciaire. Le délai de 30 jours de l'art. 26 § 3 de la convention d'actionnaires (exigibilité) a dès lors commencé à courir dès la réception de l'expertise judiciaire datée du 26 novembre 2014. La mise en demeure a été effectuée par la notification de la demande reconventionnelle (du vendeur) du 12 juin 2015, étant précisé qu'à cette date, l'acheteur avait connaissance du contenu de l'expertise judiciaire et, partant, du montant précis du solde qu'il devait encore verser au vendeur.
Le vendeur a dès lors droit au versement d'intérêts moratoires à partir du 12 juin 2015.
6.
6.1. Il résulte des considérations qui précèdent que le recours en matière civile doit être admis partiellement et l'arrêt de la Cour de justice réformé dans le sens suivant:
- le vendeur est condamné à remettre à l'acheteur le certificat d'actions au porteur no 3 représentant 700 actions de A._ SA, en liquidation;
- l'acheteur est condamné à verser au vendeur la somme de 11'482 fr. 24, avec intérêts moratoires de 5% l'an dès le 12 juin 2015, correspondant au solde du prix des actions.
- les parties sont déboutées de toutes autres conclusions.
La cause est renvoyée à l'autorité cantonale pour nouvelle décision sur les frais et les dépens cantonaux.
6.2. S'agissant des frais et des dépens de la procédure fédérale, on peut observer que les conclusions du recourant portant sur la valeur des actions (qu'il est tenu de délivrer à l'acheteur) ont été partiellement rejetées (recourant: 24'213 fr.; cour cantonale: 18'923 fr.), de même que celles visant la prise en compte d'intérêts moratoires dès 2008; le recourant a par contre obtenu entièrement gain de cause au sujet de la peine conventionnelle (cour cantonale: 25'000 fr.; recourant: 0 fr.).
Dans ces conditions, les frais seront répartis par moitié entre les parties et les dépens compensés.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est partiellement admis et l'arrêt attaqué est réformé comme suit:
1.1. Le recourant (vendeur) est condamné à remettre à l'intimé (acheteur) le certificat d'actions au porteur no 3 représentant 700 actions de A._ SA, en liquidation.
1.2. L'intimé (acheteur) est condamné à verser au recourant (vendeur) la somme de 11'482 fr. 24, avec intérêts moratoires à 5% l'an dès le 12 juin 2015, correspondant au solde du prix des actions.
2.
Pour la procédure fédérale, les frais, arrêtés à 3'000 fr., sont répartis par moitié entre les parties (1'500 fr. chacune) et les dépens sont compensés.
3.
La cause est renvoyée à l'autorité précédente pour nouvelle décision sur le sort des frais et dépens de la procédure cantonale.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour de justice du canton de Genève, Chambre civile.
Lausanne, le 2 mai 2018
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente : Kiss
Le Greffier : Piaget