Faits :
A.
La société A._ SA est propriétaire de la parcelle n° 1657 du cadastre de la commune de Lausanne, sur laquelle est édifié un immeuble d'habitation. Par décision du 2 juillet 2015, le Service cantonal vaudois des communes et du logement (SCL) a autorisé la rénovation de trois appartements de 2 pièces sis dans cet immeuble à la condition que le loyer mensuel net moyen après travaux n'excède pas 902 fr., soit 14 fr 32 le m2 (ou 171 fr. 80 le m2 par année), pour une durée de cinq ans, les baux à loyer devant en outre être transmis pour contrôle à l'autorité compétente.
B.
Statuant sur recours de la société propriétaire, la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal vaudois a confirmé cette décision par arrêt du 19 janvier 2017.
C.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public, la société A._ SA demande au Tribunal fédéral d'annuler l'arrêt cantonal et la décision du SCL. Subsidiairement, elle conclut à la réforme de l'arrêt attaqué en ce sens que les loyers relatifs aux trois appartements concernés ne pourront pas excéder 271 fr. 04 par m2et par an.
La cour cantonale se détermine brièvement et se réfère aux considérants de son arrêt. Le SCL dépose des observations et conclut au rejet du recours. Les parties se déterminent à nouveau dans un second échange d'écritures et persistent dans leurs conclusions.

Considérant en droit :
1.
Dirigé contre une décision finale (art. 90 LTF) prise en dernière instance cantonale (art. 86 al. 1 let. d LTF) dans une cause de droit public (art. 82 let. a LTF), le recours est en principe recevable comme recours en matière de droit public selon les art. 82 ss LTF, aucune des exceptions prévues à l'art. 83 LTF n'étant réalisée. La recourante a pris part à la procédure devant l'autorité précédente et est particulièrement touchée par l'arrêt attaqué qui soumet à autorisation les travaux prévus dans ses appartements et lui impose un contrôle des loyers subséquents aux travaux. Elle dispose dès lors de la qualité pour recourir devant le Tribunal fédéral au sens de l'art. 89 al. 1 LTF.
Les autres conditions de recevabilité du recours sont réunies si bien qu'il y a lieu d'entrer en matière.
2.
L'art. 1 de la loi vaudoise du 4 mars 1985 concernant la démolition, la transformation et la rénovation de maisons d'habitation ainsi que l'utilisation de logements à d'autres fins que l'habitation (LDTR; RSV 840.15) soumet à autorisation la rénovation totale ou partielle de maisons d'habitations sises dans les communes où sévit la pénurie de logement. L'autorisation est accordée lorsque la rénovation apparaît indispensable pour des motifs de sécurité, de salubrité ou d'intérêt général (art. 4 al. 1 LDTR). Le département cantonal compétent peut alors subordonner l'octroi de l'autorisation à certaines conditions, notamment contrôler pendant dix ans les loyers des logements des immeubles rénovés afin d'éviter les augmentations qui iraient à l'encontre du but visé par la loi (art. 4 al. 2 et 3 LDTR).
3.
La recourante se plaint d'une violation de la primauté du droit fédéral, la décision attaquée ne permettant pas de lui assurer un rendement conforme à l'art. 269 CO.
3.1. Selon l'art. 269 CO, les loyers sont abusifs lorsqu'ils permettent au bailleur d'obtenir un rendement excessif de la chose louée ou lorsqu'ils résultent d'un prix d'achat manifestement exagéré. Ne sont en règle générale pas abusifs les loyers qui se situent, lorsqu'il s'agit de constructions récentes, dans les limites du rendement brut permettant de couvrir les frais (art. 269 let. c CO).
Selon l'art. 49 al. 1 Cst., le droit fédéral prime le droit cantonal qui lui est contraire. Ce principe constitutionnel de la primauté du droit fédéral fait obstacle à l'adoption ou à l'application de règles cantonales qui éludent des prescriptions de droit fédéral ou qui en contredisent le sens ou l'esprit, notamment par leur but ou par les moyens qu'elles mettent en oeuvre, ou qui empiètent sur des matières que le législateur fédéral a réglementées de façon exhaustive (<ref-ruling> consid. 4.2.2; <ref-ruling> consid. 3.4 p. 174; <ref-ruling> consid. 2.1 p. 108). La jurisprudence admet qu'il est interdit aux cantons d'intervenir dans les rapports directs entre les parties au contrat de bail, réglés exhaustivement par le droit fédéral (<ref-ruling> consid. 2.2 p. 335; <ref-ruling> consid. 2b p. 331; <ref-ruling> consid. 9d p. 143). Les cantons demeurent cependant libres d'édicter des mesures destinées à combattre la pénurie sur le marché locatif, par exemple en soumettant à autorisation la démolition, la transformation et la rénovation de maisons d'habitation (<ref-ruling>; <ref-ruling>; <ref-ruling>). Le Tribunal fédéral a ainsi rappelé à de multiples reprises que les dispositions cantonales qui soumettent à une autorisation les aliénations de logements offerts à la location ou imposent un contrôle des loyers ne sont en principe pas contraires aux règles du droit civil fédéral qui régissent les rapportsentre bailleurs et locataires (<ref-ruling>; <ref-ruling>; <ref-ruling>; cf. également 1P.705/2000 du 24 septembre 2000), ni aux dispositions sur la PPE (ATF <ref-ruling> consid. 9 p. 141).
Dans plusieurs affaires genevoises, le Tribunal fédéral a par ailleurs constaté que, vu la teneur de la loi cantonale en la matière (art. 6 al. 8 let. a aLDTR/GE en vertu duquel il fallait prendre en considération le rendement équitable des capitaux investis pour les travaux - désormais art. 11 al. 1 let. a LDTR/GE prévoyant que, lors de la fixation des loyers ou des prix de vente maximaux, le département tient compte du rendement équitable des capitaux investis pour les travaux, calculé, en règle générale, sur les 70% au maximum de leur coût et renté à un taux de 0,5 point au-dessus de l'intérêt hypothécaire de premier rang pratiqué par la Banque cantonale de Genève, le taux de rendement étant fonction de l'incidence dégressive des amortissements), le procédé était conforme aux principes de l'intérêt public et de proportionnalité (<ref-ruling> consid. 11a p. 417; arrêt 1P.664/1999 du 1 er septembre 2000 consid. 7c, in RDAF 2002 I p. 25).
S'agissant du canton de Vaud, la jurisprudence a précisé selon diverses formulations que le montant des loyers après travaux devait permettre économiquement au propriétaire de supporter le coût des travaux (arrêt 1P.705/2000 du 24 septembre 2001 consid. 2d, in RDAF 2002 I p. 49), respectivement que la fixation des loyers après travaux sur la base d'un état locatif objectif corrigé ne vidait en principe pas la garantie de la propriété privée de sa substance, pour autant qu'elle assure au propriétaire un rendement suffisant des fonds propres investis dans l'acquisition et la rénovation des immeubles ( ibidem, consid. 3b).
Quelques auteurs considèrent que, vu le renforcement de la protection des locataires dans le droit du bail depuis les premiers arrêts topiques rendus par le Tribunal fédéral, il y aurait lieu de procéder à une nouvelle appréciation d'ensemble de la compatibilité des règles cantonales avec le droit fédéral du bail et les droits fondamentaux (EMMANUELLE GAIDE/VALÉRIE DÉFAGO GAUDIN, La LDTR - Démolition, transformation, rénovation, changement d'affectation et aliénation - Immeubles de logements et appartements - Loi genevoise et panorama des autres lois cantonales, 2014, p. 50). Dès lors que les règles sur les loyers abusifs sont susceptibles de prolonger les effets du contrôle, celui-ci devrait être réduit quant à sa durée (VINCENT MARTENET, Compétences cantonales, aides financières et principes de droit fédéral, in Les rénovations d'immeubles 2012, p. 7 s.). A ce propos, la jurisprudence a toutefois considéré que, certes, l'inscription du loyer contrôlé dans le bail peut avoir de facto une incidence sur la détermination du loyer admissible une fois l'objet immobilier sorti du contrôle cantonal. Mais l'intervention de l'administration cantonale prend fin malgré tout et il n'y a alors pas d'empiètement sur les règles du droit fédéral du bail qui, seules, s'appliquent. En d'autres termes, ce sont uniquement des données factuelles et non des règles de droit cantonal qui interviennent lors de la mise en oeuvre du droit fédéral (arrêt 1C_496/2012 12 février 2013 consid. 2.2, in SJ 2013 I p. 492). Au demeurant, la sortie du contrôle cantonal des loyers peut précisément justifier à titre exceptionnel une modification du loyer en cours de bail en vertu du critère absolu du rendement au sens de l'art. 269 CO (<ref-ruling> consid. 6a p. 173; <ref-ruling> consid. 2 p. 80; arrêt 1C_500/2013 du 25 septembre 2014 consid. 3.2.2, in SJ 2015 I 205; LACHAT, Le bail à loyer, 2008, p. 539 n° 5.3.4). Compte tenu de ces éléments et tant que la durée du contrôle est limitée dans le temps, la jurisprudence développée jusqu'ici s'agissant du respect de la primauté du droit fédéral n'a pas lieu d'être modifiée.
3.2. Littéralement, l'art. 269 CO tend à assurer que la partie bailleresse ne retire pas un rendement excessif de la chose louée. Cette disposition autorise un rendement maximal mais n'est pas destinée en principe à garantir ce rendement maximal à la partie bailleresse. Le fait que le bailleur ne puisse, sauf cas exceptionnel, pas s'en prévaloir pour augmenter le loyer en cours de bail en est l'illustration. En d'autres termes, les mécanismes de calcul du rendement au sens de l'art. 269 CO développés par la pratique du droit du bail ne sont pas destinés à assurer un rendement minimal au propriétaire. Une telle interprétation de la loi - selon laquelle le rendement maximal (imposable au locataire) serait également le rendement minimal (auquel pourrait prétendre le propriétaire - conduirait en effet à fixer un rendement déterminé. Cela reviendrait à imposer un loyer précis, ce qui est par essence contraire à la liberté contractuelle dans laquelle s'inscrit le droit fédéral du bail. Aussi, lorsqu'un propriétaire ne peut obtenir un rendement qui aurait été jugé acceptable par le droit du bail, cela ne signifie pas que le droit fédéral est violé, ni même contourné.
La recourante affirme avoir établi que le rendement annuel admissible sur ses fonds propres au sens de cette disposition serait de 271 fr. 04 par mètre carré, respectivement 263 fr. 15 par mètre carré sans les travaux. Or, ce faisant, elle allègue en réalité uniquement qu'elle ne peut obtenir le rendement maximal que lui permettrait l'art. 269 CO.
En outre, contrairement à ce qu'affirme la recourante, les charges alléguées ne sont pas établies. Comme l'ont souligné les autorités cantonales, la recourante a réalisé de nombreux travaux au sein de l'immeuble sans requérir d'autorisation, alors qu'elle y était tenue. De tels travaux ont été intégrés par la bailleresse dans les charges courantes de l'immeuble et, au demeurant, de toute évidence répercutés sur les loyers des appartements concernés sans contrôle (cf. arrêt attaqué, consid. 3e/bb p. 15). Devant la cour cantonale, la recourante a ainsi successivement présenté deux états des charges, le second rectifié selon elle pour en extraire les travaux illicitement réalisés. En tout état, la cour cantonale n'a pas contrôlé ces états des charges. En effet, contestées dans un premier temps par l'administration cantonale, les charges effectives n'ont finalement pas véritablement été prises en considération par la cour cantonale qui a validé le calcul abstrait du SCL. Celui-ci consiste à évaluer les charges selon un pourcentage théorique (1,7 % de la valeur de l'immeuble). Or il est conforme au respect de la primauté du droit fédéral de s'écarter de la notion de "rendement admissible" de l'art. 269 CO, celui-ci autorisant un rendement plus élevé que le taux d'intérêt hypothécaire de référence et les charges pouvant être prises en considération comprenant des travaux de rénovation.
Il s'agit ainsi uniquement de s'assurer que, conformément à la jurisprudence susmentionnée, les loyers après travaux permettent au propriétaire de tirer un rendement suffisant des montants investis.
Les loyers avant travaux des appartements litigieux étaient de 668 fr. par mois en moyenne, soit 8'016 fr. par année et par appartement. Les loyers maximum autorisés après travaux sont de 902 fr. par mois en moyenne, soit 10'824 fr. par an, ce qui correspond à une augmentation annuelle autorisée de 2'808 fr. L'investissement consenti pour les travaux soumis à autorisation de 41'000 fr. engendre ainsi un rendement annuel de 6,85 %, les charges annuelles n'étant a priori pas modifiées (on ne voit en effet pas en quoi ce serait le cas et la recourante ne l'allègue pas). Ainsi, indépendamment de la question de la rentabilité - dont il n'y a pas lieu de présumer qu'elle aurait été inexistante jusqu'ici - des fonds investis lors de l'acquisition de l'immeuble, il y a de cela déjà quelques années, le Tribunal fédéral constate que les loyers fixés après travaux assureront à la recourante un rendement suffisant des montants investis dans ces travaux.
Que la recourante se dise empêchée de faire valoir une hausse de loyer que lui permettrait le droit du bail si elle ne procédait à aucun travaux n'est en réalité pas l'affaire de l'autorité en charge de la LDTR. En effet, comme on l'a déjà souligné, ne pas pouvoir procéder à une augmentation de loyer que le droit fédéral ne proscrit simplement pas ne signifie pas que le principe de la primauté du droit fédéral soit violé, les dispositions du droit du bail n'imposant pas une telle augmentation. Pour ces mêmes motifs, il n'y a pas lieu de raisonner, comme tente de le faire la recourante, en décomposant l'augmentation du loyer en une part admissible en vertu du droit du bail en l'absence de travaux et une autre part qui serait réglementée par la LDTR vu les travaux projetés.
4.
La recourante se plaint d'une atteinte à la garantie de la propriété et à la liberté économique qui ne respecterait pas les conditions posées par l'art. 36 Cst.
La garantie de la propriété et la liberté économique ancrées aux art. 26 al. 1 et 27 al. 1 Cst. ne sont pas absolues. Comme tout droit fondamental, elles peuvent être restreintes aux conditions fixées à l'art. 36 Cst.
4.1.
4.1.1. La restriction doit ainsi notamment reposer sur une base légale. Dans le cadre de l'examen de l'existence de cette base légale, les griefs de violation de la garantie de la propriété et d'atteinte à la liberté économique se confondent généralement (cf. <ref-ruling> consid. 4a p. 29); ils peuvent être examinés ensemble (arrêt 1C_496/2012 du 12 février 2013 in SJ 2013 I 492).
Lorsque l'atteinte est grave, outre que la base légale doit être une loi au sens formel, celle-ci doit être claire et précise (<ref-ruling> consid. 4 p. 170; <ref-ruling> consid. 3a p. 366; <ref-ruling> consid. 2a p. 336). L'atteinte au droit de propriété est tenue pour particulièrement grave lorsque la propriété foncière est enlevée de force ou lorsque des interdictions ou des prescriptions positives rendent impossible ou beaucoup plus difficile une utilisation du sol actuelle ou future conforme à sa destination (<ref-ruling> consid. 4 p. 170; <ref-ruling> consid. 4.3. p. 637; <ref-ruling> consid. 4.2 p. 340).
Le pouvoir d'examen du Tribunal fédéral, dans le contrôle de la base légale d'un acte limitant les possibilités d'utilisation d'un immeuble, dépend également de la gravité des restrictions du droit de propriété du recourant. Si la restriction est grave, le Tribunal fédéral examine librement la légalité de la mesure de protection (<ref-ruling> consid. 2c p. 222 et les arrêts cités). Si la restriction n'est pas grave, il se borne à examiner si la juridiction cantonale a interprété de manière arbitraire la norme invoquée comme base légale (cf. <ref-ruling> consid. 1.2 p. 362; <ref-ruling> consid. 3a p. 218, 126 I 219 consid. 2c p. 221 et les arrêts cités).
4.1.2. Contrairement à ce qu'avance la recourante, l'atteinte à ses droits fondamentaux ne saurait être qualifiée de grave. La restriction n'est opérée que sur cinq ans, soit - à l'échelle d'un investissement immobilier - sur du très court terme. Aussi, peu importe que le contrôle des loyers ne soit pas limité à une seule première mise en location mais vaut pour toute la période, ce même en cas de changement de locataire. La jurisprudence à laquelle la recourante se réfère (<ref-ruling> consid. 2a p. 463) pour affirmer que la restriction serait grave est non seulement moins affirmative que ce que celle-ci prétend, exposant que la mesure imposée au propriétaire ne le touche pas d'une manière particulièrement sensible, mais, surtout, constitue un cas distinct de la présente espèce, la mesure dont il était alors question - une interdiction de démolir - n'étant pas limitée dans le temps. En l'occurrence, la restriction aux droits fondamentaux de la recourante est prévue dans une base légale au sens formel, l'art. 4 al. 3 LDTR prévoyant que le département peut contrôler pendant dix ans les loyers des logements des immeubles rénovés afin d'éviter des augmentations qui iraient à l'encontre du but visé par la loi. Certes, ni la loi ni le règlement d'application ne donnent d'indication supplémentaire sur la manière de calculer les loyers qui seront fixés. Cela étant, vu le caractère hautement technique du calcul du loyer il est admissible que seul le principe d'un contrôle limité dans le temps soit arrêté dans la loi au sens formel, les modalités de fixation n'étant adoptées qu'en la forme de directives rendues accessibles à la propriétaire. La mesure de contrôle des loyers repose ainsi en l'espèce sur une base légale suffisante.
4.2.
4.2.1. Toute restriction d'un droit fondamental doit être justifiée par un intérêt public ou par la protection d'un droit fondamental d'autrui (art. 36 al. 2 Cst.).
4.2.2. La recourante se plaint de ce que les mesures LDTR aillent en réalité à l'encontre de l'intérêt public poursuivi par le législateur fédéral, avec les règles des art. 269 CO ss, d'encourager la construction de logements. Ce faisant, elle axe son raisonnement sur un intérêt de la LDTR qui n'est pas celui suivi par le législateur cantonal, à savoir une protection des locataires malgré eux. Elle ne saisit pas l'essence même de la LDTR qui vise non pas à maintenir des loyers raisonnables pour les locataires concernés, mais bien à conserver un parc locatif d'une certaine catégorie en général, pour l'ensemble de la population. Dans cette mesure, sa comparaison avec les loyers maximums admissibles au sens du droit fédéral du bail est sans pertinence. Elle perd également de vue que, comme on l'a exposé au considérant précédent, le droit fédéral du bail ne garantit pas au bailleur un certain rendement minimum, en ce sens que l'art. 269 CO est de nature à limiter un rendement excessif - soit à fixer un maximum auquel le bailleur peut prétendre - mais non à déterminer un rendement minimum imposable au locataire. Comme l'a relevé la cour cantonale, les mécanismes du droit du bail ne se sont en l'occurrence pas révélés aptes à maintenir les appartements de la recourante rénovés sans autorisation LDTR dans la catégorie des logements à pénurie visée par la loi cantonale. Aussi, on ne saurait minimiser l'intérêt public poursuivi par le droit cantonal face aux intérêts privés de la recourante.
Se référant à l'art. 269a let. c CO qui, selon la doctrine, est également applicable à des constructions intégralement rénovées (LACHAT, op. cit. p. 489 ch. 6.4 et les réf.), la recourante entend souligner l'intérêt public à promouvoir la construction de logements, ce que les investisseurs ne feraient pas en cas de rendement trop faible. Procédant par analogie avec la rénovation de logements existants, elle y voit un risque que les propriétaires soient incités à ne pas entretenir et rénover leurs immeubles. On ne saurait toutefois déplorer une atteinte à un intérêt public protégé par le législateur fédéral. Il est en effet question ici de rénover des logements, les travaux litigieux apportant plus-value aux appartements loués. Les travaux d'entretien courant ne sont en revanche pas concernés (art. 1 al. 2 in fine LDTR). Il n'y a pas de risque que la loi cantonale ait pour conséquence une négligence de la part des propriétaires dans l'entretien de leurs immeubles.
Quant au risque de freiner le rythme et l'intensité des rénovations apportant plus-value et amélioration du confort de logements existants, il s'agit d'un choix du législateur cantonal qui n'est pas en contradiction avec un intérêt public contraire consacré légalement. Cette décision étant politique, il n'existe aucun motif de la sanctionner sur le plan juridique. Quoi qu'il en soit, par son argumentation, la recourante persiste à partir de la prémisse que les loyers imposés par le biais de la LDTR ne lui assurent aucun rendement sur ses investissements. Or, ainsi qu'on l'a exposé ci-dessus, tel n'est pas le cas en l'espèce - et ne devrait pas être le cas de manière générale dans la mise en oeuvre de la LDTR. Compte tenu de tout ceci, il est manifeste que l'intérêt public, reconnu par la jurisprudence fédérale (cf. consid. 3.1 ci-dessus), à la préservation d'un parc locatif répondant aux besoins de la population est légitime et justifie l'atteinte aux garanties constitutionnelles de la propriété et de la liberté économique de la propriétaire.
4.3.
4.3.1. Le principe de la proportionnalité exige qu'une mesure restrictive soit apte à produire les résultats escomptés - règle de l'aptitude - et que ceux-ci ne puissent être atteints par une mesure moins incisive - règle de la nécessité -; ce principe exige en outre un rapport raisonnable entre le but visé et les intérêts publics ou privés compromis - règle de la proportionnalité au sens étroit - (cf. <ref-ruling> consid. 4.2.1 p. 173; <ref-ruling> consid. 3.1 p. 246).
4.3.2. La recourante considère que la mesure contrevient au critère de la nécessité dès lors qu'elle irait au-delà de ce qui est nécessaire pour maintenir des loyers conformes à ce que le droit permet. Ce faisant, elle se réfère à nouveau uniquement au droit du bail, faisant totalement abstraction de la logique et des objectifs de la LDTR, dont on a vu qu'elle permettait d'atteindre un objectif que les seules règles du droit du bail ne réalisaient pas. En effet, contrairement à ce qu'affirme la recourante de façon purement appellatoire, les règles du droit fédéral sur l'interdiction du rendement excessif ne contribuent pas à la réalisation de l'intérêt public au maintien d'un parc locatif répondant aux besoins de la population. Pour atteindre cet objectif, la mesure de contrôle des loyers se révèle nécessaire, en sus des règles existantes en droit du bail.
En substance, la recourante plaide pour une exacte superposition des règles de calcul de la LDTR à celles du rendement maximum admissible au sens de l'art. 269 CO. Or, comme on l'a exposé ci-dessus, il n'est pas contraire au droit fédéral de s'écarter des rendements maximums autorisés par le droit du bail.
S'agissant du principe de la proportionnalité au sens étroit, on peut souligner, avec la cour cantonale, que la mesure ne prend effet que sur cinq années et que, contrairement à ce qu'allègue la recourante, elle ne lui impose pas une perte, les montants investis dans les travaux lui procurant un rendement suffisant par l'augmentation de loyer que ceux-ci impliquent.
Enfin, sous ce grief, la recourante - qui concède avoir pratiqué sur d'autres logements du même immeuble des loyers dépassant d'environ 20 fr. par m2et par an le rendement admissible calculé au sens de l'art. 269 CO - fait également valoir que de tels dépassements justifieraient "tout au plus, au sens de la LDTR et du CO, que les loyers litigieux soient ramenés à ce rendement admissible [...], mais non que les loyers soient fixés à un niveau inférieur à ce que veut le législateur fédéral". Là encore, la recourante persiste à prétendre avoir droit au rendement maximal de l'art. 269 CO qu'elle considère à tort, ainsi qu'on l'a vu, comme un rendement minimal qui devrait lui être garanti.
En tout état, la recourante ne démontre en rien que le principe de la proportionnalité ne serait pas respecté.
5.
La recourante se plaint d'une inégalité de traitement par rapport à un propriétaire qui n'entreprendrait pas de travaux et qui pourrait dès lors augmenter le loyer dans les limites de l'art. 269 CO lors du changement de locataire.
5.1. Selon la jurisprudence, une décision viole le principe de l'égalité de traitement consacré à l'art. 8 al. 1 Cst. lorsqu'elle établit des distinctions juridiques qui ne se justifient par aucun motif raisonnable au regard de la situation de fait à réglementer ou qu'elle omet de faire des distinctions qui s'imposent au vu des circonstances, c'est-à-dire lorsque ce qui est semblable n'est pas traité de manière identique et ce qui est dissemblable ne l'est pas de manière différente. Il faut que le traitement différent ou semblable injustifié se rapporte à une situation de fait importante. L'inégalité de traitement apparaît ainsi comme une forme particulière d'arbitraire, consistant à traiter de manière inégale ce qui devrait l'être de manière semblable ou inversement (<ref-ruling> consid. 5.1 p. 157; <ref-ruling> consid. 5.1 p. 80; <ref-ruling> consid. 6.2.1 p. 348; <ref-ruling> consid. 9.1 p. 42).
5.2. La recourante aurait, selon ce qu'elle allègue, pu procéder à une augmentation de loyer en l'absence de travaux qu'elle ne peut réaliser dès lors que la situation est soumise à la LDTR. Cette comparaison n'est toutefois pas pertinente. La recourante énonce elle-même que la LDTR ne permet pas un contrôle général des loyers. La loi vise à préserver un certain type de parc locatif. Dans cette mesure, il n'est pas contraire au principe de l'égalité de traitement de cibler les opérations par lesquelles la nature des objets de ce parc locatif - en l'occurrence les démolitions, transformation et rénovation - est amenée à changer.
Dès lors que les travaux sujets à la LDTR sont des travaux apportant une plus-value à l'immeuble (art. 1 al. 2 LDTR), y procéder résulte du choix du propriétaire. Par conséquent, la recourante ne saurait se plaindre d'être traitée en fonction d'une situation qu'elle a elle-même modifiée. Si en revanche les travaux s'imposent en vertu du droit du bail, ils s'imposent pour tout propriétaire du même type de logement dans le même état de vétusté, de sorte qu'il n'y a alors pas inégalité de traitement non plus dans ce cas-là.
La distinction entre les deux situations décrites par la recourante est aussi justifiée que la distinction, en droit du bail, entre le propriétaire qui peut augmenter le loyer en démontrant qu'il n'en découlera pas un rendement excessif lors d'un changement de locataire et le propriétaire qui ne peut procéder à une telle augmentation tant que le locataire est en place.
En définitive, la différence de traitement des deux cas, eux-mêmes différents, est justifiée, de sorte qu'il n'y a pas de violation du principe de l'égalité de traitement.
6.
La recourante se plaint enfin d'arbitraire dans l'application du droit cantonal, du fait que l'arrêt attaqué s'écarterait de la jurisprudence cantonale constante prévoyant que le loyer nouvellement fixé doit assurer au propriétaire un rendement suffisant des fonds propres qu'il a investis pour l'acquisition et la rénovation de l'immeuble. Si, comme on l'a vu, la cour cantonale n'a pas vérifié que tel était mathématiquement le cas sur la totalité des fonds investis (achat et travaux litigieux), les seuls montants investis génèrent un rendement satisfaisant. La mesure de contrôle des loyers pour les cinq années suivant les travaux n'est ainsi pas entachée d'arbitraire.
7.
Il résulte des considérants qui précèdent que le recours doit être rejeté, aux frais de la recourante, qui succombe (art. 66 al. 1 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 3'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3.
Le présent arrêt est communiqué au mandataire de la recourante, au Service des communes et du logement du canton de Vaud, au Service du logement et des gérances de la Commune de Lausanne et au Tribunal cantonal du canton de Vaud, Cour de droit administratif et public.
Lausanne, le 29 mai 2018
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Merkli
La Greffière : Sidi-Ali