Faits :
A.
A.a. A._Sàrl (ci-après: A._Sàrl ou l'employeuse), est active dans les soins, tailles, élagages, abattages et plantations d'arbres. Elle a été constituée en 2008 par D.C._, associé gérant président avec signature individuelle, E.C._, son épouse, et B.B._, tous deux associés sans signature.
Dès le 1er mars 2008, B.B._ (ci-après: l'employé) était lié à A._Sàrl par un contrat de travail oral, en qualité d'arboriste grimpeur et de responsable technique.
Le rapport de travail était soumis à la Convention collective de travail du secteur des parcs et jardins, des pépinières et de l'arboriculture du canton de Genève (ci-après: la CCT), qui a fait l'objet d'arrêtés d'extension successifs.
Selon les certificats de salaire annuels de 2013 à 2016 de l'employé, il a perçu, au titre de salaire mensuel brut, en moyenne, un montant de 12'229 fr. sur douze mois, sans compter une " allocation de fin d'année " de 8'200 fr. brut, versée en sus en 2016 uniquement, au titre de prestation non périodique.
Aux termes des pièces internes produites par A._Sàrl, le salaire annuel brut de l'employé comprenait, de 2014 à 2016, douze salaires mensuels de 9'000 fr., une " prime/gratification " annuelle versée en octobre ou novembre de 33'750 fr. (2014), 33'333 fr. (2015) ou 40'000 fr. (2016), ainsi qu'une " allocation de fin d'année exploitation " versée en décembre de 7'819 fr. (2014), 6'353 fr. (2015) ou 8'200 fr. (2016).
Devant le tribunal de première instance, D.C._ a déclaré que l'employé avait reçu, en plus de son salaire, des primes, comme chaque associé employé. Il s'agissait en réalité de dividendes déguisés. Les primes étaient initialement proportionnelles aux parts détenues dans la société. Par la suite, les parts avaient été octroyées à hauteur d'un tiers pour chacun des trois associés. Les employés qui n'étaient pas associés ne recevaient pas de primes, mais un cadeau de quelques centaines de francs en fin d'année.
Quant à l'employé, il a expliqué que ces primes correspondaient à son travail et à son engagement. Il était convenu que le montant des primes serait fixé en fonction du travail fourni sur le terrain et non des parts sociales. Cette rémunération additionnelle était davantage liée à son statut d'associé. Les époux C._ avaient également perçu des primes, de même que les employés, à hauteur de 3'000 fr. ou 7'000 fr.
F._, comptable mandaté par A._Sàrl, entendu en qualité de témoin, a exposé que l'employé avait reçu en sus de son salaire des primes en rapport avec la performance de l'entreprise. Il s'agissait d'une rémunération additionnelle davantage liée à son statut d'associé que d'employé. Les primes versées étaient proportionnelles aux parts détenues dans la société.
A.b. D.C._ a déclaré que les relations avec l'employé s'étaient dégradées dès 2015 et que la continuation des rapports de travail était difficilement possible, surtout en 2017. L'employé a, pour sa part, expliqué qu'il y avait eu des tensions au début 2017, mais que la continuation d'activités sereines au sein de l'entreprise était restée possible. Plusieurs témoins, travaillant dans les mêmes locaux que A._Sàrl, ont décrit des tensions entre les époux C._ et l'employé.
Par courriel du 27 février 2017, l'employé a sollicité de D.C._ la transmission, le jour-même, de documents comptables et, de façon hebdomadaire, le détail des mouvements du compte de l'entreprise.
A._Sàrl lui a répondu, le 5 mars 2017, que les écritures se trouvaient au bureau, les documents étant disponibles comme d'habitude. Les comptes 2015 lui seraient transmis lors de la séance du 6 mars 2017.
Cette séance s'est tenue en présence des époux B._ et époux C._, afin " d'arranger les choses ", les jardiniers ne souhaitant plus travailler avec les époux C._.
A.c. Le lundi 13 mars 2017, selon les déclarations de l'employé devant le tribunal, il est venu travailler alors qu'il était malade. Il en avait informé D.C._ et lui avait annoncé qu'il rentrait à la maison. D.C._ a pour sa part exposé que ce matin-là, l'employé avait quitté le travail en emmenant avec lui trois collaborateurs de l'entreprise, alors que D.C._ s'y était opposé.
Par courriel du même jour, au soir, D.C._ a indiqué à l'employé qu'il était nécessaire qu'il remplisse les engagements qu'il avait pris envers les clients. Il attendait dès lors des propositions, afin d'être en mesure de prendre des décisions.
Par courriel du même soir, C.B._, épouse de l'employé, a expliqué qu'elle se permettait de répondre à la place de son mari, lequel se reposait et avait besoin de calme, ayant une forte fièvre. Elle a assuré que celui-ci continuerait toujours à honorer ses contrats et ses engagements envers les clients de A._Sàrl.
A.d. L'employé a déclaré devant le tribunal que le lendemain, soit le 14 mars 2017, son accès à ses courriels de l'entreprise avait été bloqué.
A.e. Aux termes d'un courrier du 15 mars 2017, A._Sàrl a mis fin aux rapports de travail la liant à l'employé pour le 31 mai 2017 en le libérant de son obligation de travailler. Elle se référait à l'entretien qu'elle avait eu avec son employé le jour-même. Sur ledit courrier était inscrit à la main " lettre remise en main propre le 15 mars 2017, G._, H._ et I._ [ avec une signature à côté de chaque nom] ".
A._Sàrl a allégué que ce courrier avait été notifié à l'employé en mains propres ce jour-là, alors qu'il allait débuter sa journée de travail. Celui-ci avait refusé d'en accuser réception. Quant à l'employé, il a affirmé que D.C._ lui avait tendu un courrier qu'il n'avait ni réceptionné, ni signé et qu'il n'avait appris que le 17 mars 2017 qu'il s'agissait d'un licenciement. Devant le tribunal, l'employé a expliqué que lorsqu'il s'était rendu au siège de la société le 15 mars 2017, D.C._ lui avait indiqué qu'il n'avait rien à faire là. Il lui avait répondu qu'il était malade, que son accès à ses courriels était bloqué et qu'il souhaitait en connaître la raison.
C.B._ a déclaré devant le tribunal qu'en mars 2017, son époux avait été malade et en incapacité de travail depuis le 13 du mois. Il s'était toutefois rendu à son travail le 15 mars 2017 pour demander des explications sur la raison du blocage de son accès aux courriels de l'entreprise.
A.f. Selon sept certificats médicaux successifs non détaillés transmis à A._Sàrl, l'employé s'est trouvé en incapacité de travail à 100 % du 15 mars au 20 août 2017 inclus. Le premier certificat, datant du 15 mars 2017, a été remis à A._Sàrl en fin d'après-midi ce jour-là. Celui-ci et le suivant, de quinze jours chacun, ont été établis par un même médecin généraliste exerçant en France. Les cinq autres certificats émanaient d'un psychiatre situé en France.
A.g. Par courrier recommandé du 17 mars 2017, A._Sàrl a confirmé à l'employé la fin des rapports de travail, ainsi qu'elle le lui avait indiqué le 15 mars 2017 en lui remettant une lettre de licenciement lorsqu'il s'était présenté à 7h00 du matin au siège de l'entreprise en habits de travail, étant à ce moment-là capable de travailler. Dans la mesure où il avait été libéré de l'obligation de travailler, il avait quitté le siège de l'entreprise. A._Sàrl s'était dès lors étonnée de recevoir le jour-même à 16h23 un certificat médical daté du 15 mars 2017 attestant d'une incapacité de travail du 15 au 29 mars 2017, certificat que l'employé prétendait avoir tenté de remettre le matin-même, ce qui n'était toutefois pas possible, à moins que son médecin ne consulte à l'aube.
Le 29 mars 2017, l'employé a répondu que le licenciement était intervenu en temps inopportun, de sorte qu'il était nul. En effet, il était malade depuis le 13 mars 2017, comme son épouse l'avait fait savoir. Il se tenait à disposition de l'entreprise pour reprendre ses fonctions une fois qu'il ne serait plus en arrêt maladie.
A.h. Après avoir fait examiner l'employé, l'assurance perte de gain maladie l'a informé, par courrier du 23 juin 2017, qu'après analyse du dossier médical en sa possession, comprenant le rapport d'expertise du 1er juin 2017, son médecin-conseil constatait qu'une reprise du travail à 100 % était raisonnablement envisageable dans l'activité habituelle à partir du 8 juin 2017, " jour de l'examen ". Par conséquent, et dans la mesure où n'intervenait pas une reprise de travail entre-temps, elle mettait un terme exceptionnellement à ses versements au 30 juin 2017 au plus tard. Au-delà de cette échéance, un certificat médical n'avait plus la valeur probante suffisante pour justifier une éventuelle poursuite de l'incapacité de travail. Seul un rapport médical détaillé serait pris en compte par le médecin-conseil pour examiner le bien-fondé d'une telle prolongation.
L'employé a formé opposition à l'encontre de cette décision. L'issue de cette procédure n'a pas été invoquée ou démontrée par les parties.
A.i. Par deux certificats médicaux des 28 et 29 juin 2017, le psychiatre ayant établi les certificats précédents a motivé l'incapacité de travail constatée. Il a indiqué que l'état de santé de son patient restait instable malgré le traitement prescrit. Celui-ci signalait différents symptômes et semblait être dans un état incompatible avec la reprise de son activité de grimpeur arboriste, en raison de la nature dangereuse de celle-ci et des conflits avec son employeur auxquels il serait confronté.
A.j. Par courrier du 30 juin 2017 à l'employé, A._Sàrl a relevé que l'assurance perte de gain avait considéré qu'il était apte au travail à 100 % depuis le 8 juin 2017. Si par impossible le congé signifié le 15 mars 2017 devait être déclaré nul, elle a à nouveau résilié les rapports de travail pour le 31 août 2017, en libérant l'employé de l'obligation de travailler.
Par courriel du même jour, l'employé a contesté le licenciement. Il se trouvait toujours en incapacité de travail à 100 %. Il a transmis un certificat médical relatif au mois de juillet 2017 et a sollicité qu'il lui soit indiqué si ses salaires dès le mois de juin 2017 lui seraient versés.
Le 10 juillet 2017, l'employé a fait savoir à A._Sàrl qu'à défaut de réponse, il considérerait que le licenciement était maintenu malgré le certificat médical.
A.k. Le 12 septembre 2017, l'employé a sollicité de A._Sàrl le paiement de son " solde de tout compte " du mois d'août et les " documents de fin de contrat ".
Devant le tribunal, D.C._ a exposé que cette demande démontrait que l'employé considérait que les rapports de travail avaient pris fin. Quant à l'employé, il a déclaré avoir demandé les attestations nécessaires pour pouvoir s'inscrire au chômage, dès lors qu'il se trouvait sans revenu.
Par courriel du 15 septembre 2017, A._Sàrl a indiqué que les rapports de travail avaient pris fin au 31 août 2017. Elle a transmis à l'employé son décompte de salaire d'août 2017 et les documents usuels de fin de contrat, soit une attestation de l'employeur international, un certificat de travail final et un certificat de salaire.
Le décompte de salaire d'août 2017 comprenait, au titre de salaire, notamment un salaire mensuel brut de 9'000 fr., l'allocation de fin d'année au pro rata temporis, ainsi que le solde d'heures supplémentaires et de jours de vacances.
A.l. La société L._Sàrl a été inscrite au Registre du commerce le xx septembre 2017. Elle était détenue par C.B._, qui en était la gérante présidente avec signature individuelle.
Il ressort des pièces produites par l'employé que celui-ci a débuté des activités rémunérées dès le 28 septembre 2017. Devant le tribunal, l'employé a expliqué qu'il avait effectué, depuis fin novembre 2017, des missions intérimaires pour J._Sàrl, car il manquait de travail dans l'entreprise créée par son épouse. Cette dernière a déclaré que son entreprise employait son mari par l'intermédiaire de J._Sàrl.
A.m. Aux termes d'une lettre intitulée " information aux clients et fournisseurs " du 15 novembre 2017, A._Sàrl a indiqué que l'employé ne faisait plus partie de son personnel depuis le 31 août 2017. K._, présent depuis le début de l'année, assurait le suivi des chantiers. Seules les coordonnées générales de la société, de ce dernier et de D.C._ pouvaient être utilisées.
A.n. Par courrier du 1er décembre 2017, l'employé a fait savoir à A._Sàrl qu'il se tenait à sa disposition pour reprendre son activité, sa capacité de travail s'élevant à 100 % dès le 2 octobre 2017. Par ailleurs, il l'a mise en demeure de verser son salaire pour les mois de septembre à novembre 2017.
B.
B.a. Dans l'intervalle, par requête du 29 août 2017, puis après l'échec de la conciliation, par demande du 2 novembre 2017, l'employé a saisi le Tribunal des prud'hommes du canton de Genève. Dans le dernier état de ses conclusions, il a réclamé, en substance, la condamnation de A._Sàrl à lui verser un salaire mensuel brut de 12'000 fr. à compter de septembre 2017 jusqu'à la résiliation valable du contrat de travail, avec intérêts, sous déduction des revenus ou indemnités de chômage perçus durant la période considérée et, par conséquent, à la condamnation de A._Sàrl à lui payer 192'000 fr. brut pour les mois de septembre 2017 à décembre 2018, sous déduction de 123'981 fr. 50 net. Il a également conclu à la délivrance d'un certificat de travail intermédiaire selon le modèle produit.
A._Sàrl a sollicité la condamnation de l'employé à produire son contrat de travail avec L._Sàrl ou tout autre employeur à compter du 1er septembre 2017, toute pièce permettant d'établir les revenus de son activité dépendante ou indépendante du 1er septembre 2017 au 30 novembre 2018, ses décomptes de l'assurance-chômage durant cette période et ses déclarations d'impôts 2017 et 2018. Elle a également requis de J._Sàrl les décomptes de salaire relatifs à l'activité déployée par l'employé en sa faveur durant cette même période.
L'employé a produit quatre contrats de mission conclus avec J._Sàrl, débutant les 28 septembre 2017, 8 janvier, 1er février, respectivement 9 avril 2018. Il a transmis des décomptes mensuels de salaire établis par J._Sàrl relatifs à octobre 2017 et aux mois de janvier à décembre 2018. Il a encore produit deux attestations annuelles 2017 et 2018 de Pôle Emploi. Il a allégué qu'il n'avait perçu aucun autre montant à titre de salaire ou d'indemnité, et qu'il n'existait pas de contrat de travail entre L._Sàrl et lui-même, comme l'avait indiqué son épouse.
Par jugement du 13 août 2019, rectifié le 29 août 2019, le Tribunal des prud'hommes a, en substance, condamné A._Sàrl à payer à l'employé la somme brute de 4'665 fr. 87 avec intérêts (ch. 3 du dispositif), invité la partie qui en avait la charge à opérer les déductions sociales et légales usuelles (ch. 4), condamné A._Sàrl a remettre au précité un certificat de travail intermédiaire (ch. 4bis), et débouté les parties de toute autre conclusion (ch. 6).
Par courrier du 27 août 2019 à l'employé, indiquant agir pour préserver ses droits si le licenciement intervenu devait être considéré comme nul par la Cour de justice ou le Tribunal fédéral, A._Sàrl a mis un terme aux rapports de travail pour le 31 octobre 2019, avec libération de l'obligation de travailler.
B.b. Tant l'employé que A._Sàrl ont interjeté appel à l'encontre du jugement du 13 août 2019 auprès de la Chambre des prud'hommes de la Cour de justice du canton de Genève.
Statuant le 7 octobre 2020, la cour cantonale a, en substance, annulé les chiffres 3 et 4bis du dispositif du jugement attaqué et, statuant à nouveau, condamné A._Sàrl à payer à l'employé la somme brute de 58'196 fr, 67 avec intérêts, ainsi qu'à lui remettre un certificat de travail final avec la mention de la fin des rapports de travail au 31 octobre 2019.
C.
A._Sàrl (ci-après: la recourante) a formé un recours en matière civile au Tribunal fédéral. Elle a conclu principalement à l'annulation de l'arrêt attaqué et à ce qu'il soit dit que les rapports de travail la liant à l'employé (ci-après: l'intimé) ont pris fin le 31 août 2017, qu'elle n'est débitrice d'aucun montant additionnel à l'égard de l'intimé, qu'elle ne doit pas modifier le certificat de travail remis et que l'intimé est débouté de toutes ses conclusions. A titre subsidiaire, elle a conclu au renvoi de la cause à la cour cantonale pour nouvelle décision au sens des considérants.
Dans sa réponse, l'intimé a conclu au rejet du recours.
L'autorité précédente s'est référée aux considérants de l'arrêt attaqué.
La recourante a déposé une réplique spontanée, dans laquelle elle a maintenu ses conclusions.

Considérant en droit :
1.
1.1. Les conditions de recevabilité du recours en matière civile sont réalisées sur le principe, notamment celles afférentes à la valeur litigieuse minimale de 15'000 fr. (art. 74 al. 1 let. a LTF) et au délai de recours (art. 45 al. 1 et 100 al. 1 LTF).
1.2. Selon un principe général de procédure, les conclusions constatatoires ne sont recevables que lorsque des conclusions condamnatoires ou formatrices sont exclues; les conclusions constatatoires ont donc un caractère subsidiaire (<ref-ruling> consid. 1.7; arrêt 4A_246/2020 du 23 juin 2020 consid. 1.2). Elles supposent l'existence d'un intérêt digne de protection à la constatation immédiate de la situation de droit (arrêt 4A_618/2017 du 11 janvier 2018 consid. 5.2).
1.3. En l'espèce, la conclusion tendant à ce que l'arrêt attaqué soit annulé et à ce qu'il soit dit que les rapports de travail entre les parties ont pris fin le 31 août 2017 est irrecevable. Des conclusions réformatoires peuvent être formulées, ce que la recourante a d'ailleurs fait. Cette conclusion ne répond à aucun intérêt digne de protection.
2.
2.1. Le recours peut être formé pour violation du droit fédéral (art. 95 let. a LTF). Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (art. 106 al. 1 LTF). Eu égard, toutefois, à l'exigence de motivation qu'impose l'art. 42 al. 2 LTF, sous peine d'irrecevabilité (art. 108 al. 1 let. b LTF), il n'examine que les griefs invoqués, sauf en cas d'erreurs juridiques manifestes (<ref-ruling> consid. 2).
2.2. Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF). Il ne peut rectifier ou compléter les constatations de l'autorité précédente que si elles sont manifestement inexactes ou découlent d'une violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (art. 105 al. 2 LTF). " Manifestement inexactes " signifie ici " arbitraires " (<ref-ruling> consid. 2; <ref-ruling> consid. 1.5). Encore faut-il que la correction du vice soit susceptible d'influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1 LTF).
La critique de l'état de fait retenu est soumise au principe strict de l'allégation énoncé par l'art. 106 al. 2 LTF (<ref-ruling> consid. 2.3 et les références). La partie qui entend attaquer les faits constatés par l'autorité précédente doit expliquer clairement et de manière circonstanciée en quoi les conditions précitées seraient réalisées (<ref-ruling> consid. 1.3.1 et les références). Si elle souhaite obtenir un complètement de l'état de fait, elle doit aussi démontrer, par des renvois précis aux pièces du dossier, qu'elle a présenté aux autorités précédentes en conformité avec les règles de procédure les faits juridiquement pertinents à cet égard et les moyens de preuve adéquats (<ref-ruling> consid. 2). Si la critique ne satisfait pas à ces exigences, les allégations relatives à un état de fait qui s'écarterait de celui de la décision attaquée ne pourront pas être prises en considération (<ref-ruling> consid. 1.3.1).
En matière d'appréciation des preuves, il y a arbitraire lorsque l'autorité ne prend pas en compte, sans aucune raison sérieuse, un élément de preuve propre à modifier la décision, lorsqu'elle se trompe manifestement sur son sens et sa portée, ou encore lorsque, en se fondant sur les éléments recueillis, elle en tire des constatations insoutenables. L'arbitraire ne résulte pas du seul fait qu'une autre solution serait envisageable, voire préférable (<ref-ruling> consid. 4.2).
3.
En premier lieu, la recourante reproche à la cour cantonale d'avoir considéré que l'intimé se trouvait en incapacité de travail les 15 mars 2017 et 30 juin 2017 et, partant, que les congés donnés à ces dates étaient nuls. La recourante se plaint tant d'un établissement manifestement inexact des faits que d'une violation des art. 8 CC et 336c CO.
3.1.
3.1.1. Selon l'art. 336c al. 1 let. b CO, l'employeur ne peut pas résilier le contrat après le temps d'essai pendant une incapacité de travail totale ou partielle résultant d'une maladie ou d'un accident non imputables à la faute du travailleur, et cela, durant 180 jours à partir de la sixième année de service. Cette disposition a été introduite non pas du fait que le travailleur ne peut chercher un emploi à cause de l'empêchement de travailler, mais parce qu'un engagement du travailleur par un nouvel employeur à la fin du délai de congé ordinaire paraît hautement invraisemblable, en raison de l'incertitude quant à la durée et au degré de l'incapacité de travail. Cette disposition est inapplicable dans l'hypothèse où l'atteinte à la santé s'avère tellement insignifiante qu'elle ne peut en rien empêcher l'employé d'occuper, le cas échéant, un nouveau poste de travail (<ref-ruling> consid. 2c et les références citées; arrêt 4A_227/2009 du 28 juillet 2009 consid. 3.2).
3.1.2. Déterminer si un employé est apte à travailler relève de l'établissement des faits (arrêts 4A_289/2010 du 27 juillet 2010 consid. 3.2; 4A_227/2009 précité consid. 3.1.3). Définir l'éventuelle incapacité de travail au sens de l'art. 336c al. 1 let. b CO est une question de droit (arrêt 4A_227/2009 précité consid. 3.1.3).
C'est au salarié qu'il incombe d'apporter la preuve d'un empêchement de travailler (art. 8 CC; arrêts 4A_276/2014 du 25 février 2015 consid. 2.3; 4A_289/2010 précité consid. 3.2 et la référence). Il doit rapporter la preuve certaine des faits allégués (arrêt précité 4A_276/2014 consid. 2.3).
En cas de maladie ou d'accident, il aura le plus souvent recours à un certificat médical. Celui-ci ne constitue toutefois pas un moyen de preuve absolu (arrêts précités 4A_289/2010 consid. 3.2 et 4A_227/2009 consid. 3.1.3 et les références). L'employeur peut mettre en cause sa validité en invoquant d'autres moyens de preuve; inversement, le salarié a la faculté d'apporter la démonstration de son incapacité par d'autres biais. Pourront en particulier être pris en compte pour infirmer une attestation médicale le comportement du salarié (p. ex: un travailleur qui répare un toit alors qu'il souffre d'une incapacité de travail totale en raison de douleurs à un genou) et les circonstances à la suite desquelles l'incapacité de travail a été alléguée (empêchement consécutif à un congédiement ou au refus d'accorder des vacances au moment désiré par le salarié; absences répétées; production de certificats émanant de permanences ou de médecins reconnus pour leur complaisance; présentation d'attestations contradictoires; attestations faisant uniquement état des plaintes du travailleur ou établies plusieurs mois après le début des symptômes) (arrêt 4P.102/1995 du 12 décembre 1995 consid. 3b/aa; WYLER/ HEINZER, Droit du travail, 4e éd. 2019, p. 304).
3.1.3. L'art. 8 CC règle la répartition du fardeau de la preuve et détermine quelle partie doit assumer les conséquences de l'échec de la preuve. En règle générale, la preuve d'un fait contesté n'est rapportée au regard de l'art. 8 CC que si le juge a acquis la conviction de l'existence de ce fait. Une certitude absolue n'est pas nécessaire, mais le juge ne doit plus avoir de doutes sérieux; les éventuels doutes qui subsistent doivent apparaître légers (<ref-ruling> consid. 3.2). Lorsqu'il est saisi du grief de violation de l'art. 8 CC, le Tribunal fédéral peut contrôler si l'autorité précédente est partie d'une juste conception du degré de la preuve. En revanche, le point de savoir si le degré requis - dont le juge a une juste conception - est atteint dans un cas concret relève de l'appréciation des preuves, que le Tribunal fédéral revoit uniquement sous l'angle de l'arbitraire (<ref-ruling> consid. 5). Lorsque l'appréciation des preuves convainc le juge qu'un fait est établi ou réfuté, la question de la répartition du fardeau de la preuve ne se pose plus et le grief tiré de la violation de l'art. 8 CC devient sans objet (<ref-ruling> consid. 3.2; <ref-ruling> consid. 5.4).
3.2. En l'espèce, la recourante soutient que la cour cantonale, en retenant que l'intimé était déjà en incapacité de travail le 15 mars 2017 à 7h00 du matin, a apprécié de manière insoutenable les faits et violé le droit en ce sens qu'elle n'a pas tenu compte du degré de preuve requis à l'aune de l'art. 8 CC. Elle reproche également à la cour cantonale d'avoir tenu ce fait pour suffisamment prouvé selon les exigences de l'art. 8 CC. Il existait des circonstances suffisamment douteuses pour ne pas emporter la conviction du juge. Dès lors que l'employé supportait le fardeau de la preuve, il lui appartenait d'offrir d'autres moyens de preuve.
3.3. Tout d'abord, malgré les termes utilisés, la recourante ne conteste pas, ou du moins de manière insuffisante, le degré de preuve de la certitude de l'incapacité de travail appliqué par la cour cantonale.
Ensuite, dès lors que les juges précédents étaient convaincus de l'inaptitude au travail de l'intimé dès le 15 mars 2017, au terme d'une appréciation des preuves, la question de la répartition du fardeau de la preuve est dénuée de pertinence et le grief de violation de l'art. 8 CC tombe à faux (cf. consid. 3.1.3 supra).
En réalité, les critiques de la recourante portent sur l'appréciation des preuves effectuée par la cour cantonale; seul l'art. 9 Cst. est donc en cause.
La recourante fonde en particulier son raisonnement sur le fait que la cour cantonale aurait retenu que l'intimé s'était présenté en habits de travail à son poste le 15 mars 2017 autour de 7h00 du matin lorsque la recourante lui avait notifié une lettre de licenciement, dont l'intimé avait refusé de prendre connaissance.
Toutefois, la cour cantonale n'a précisément pas constaté ces faits. Elle a souligné que même dans le cas où ils devaient être retenus, ce qui n'était pas le cas, il n'en résulterait aucune incidence pour l'issue du litige. Elle a expliqué que le certificat médical attestant l'incapacité de travail le 15 mars 2017 avait un effet rétroactif de quelques heures au plus, ce qui ne suffisait pas à remettre en cause sa force probante. L'incapacité était établie par le certificat médical produit et rien ne permettait d'admettre que les effets de cette maladie ne pouvaient être qu'insignifiants. Même si les circonstances invoquées par l'employeuse, soit que l'incapacité de travail a été annoncée à la suite d'un licenciement, étaient retenues, elles ne suffiraient pas à remettre en cause la force probante du certificat médical produit. En effet, l'employé avait, par l'intermédiaire de son épouse, déjà annoncé à l'employeuse le 13 mars 2017 qu'il était malade, soit avant la prétendue notification de son licenciement le 15 mars 2017.
Ainsi, contrairement à ce que soutient la recourante, il ressort des faits constatés par la cour cantonale qu'il ne s'agit pas du même cas de figure que celui de l'arrêt 4A_89/2011 du 27 avril 2011; dans cet arrêt, un employé avait accompli son travail normalement jusqu'à son licenciement en début d'après-midi, s'était plaint de malaise seulement après et s'était rendu chez le médecin par ses propres moyens, lequel avait attesté une incapacité de travail dès ce jour (consid. 3 de l'arrêt).
Par ailleurs, lorsque la recourante soutient que la " fièvre brièvement évoquée " par l'épouse le 13 mars 2017 n'avait aucun lien avec la prétendue maladie du 15 mars 2017, ou que cette fièvre relevait d'une maladie insignifiante, elle se fonde sur des faits qui n'ont pas été constatés par la cour cantonale.
En définitive, les éléments dont se prévaut la recourante ne sauraient faire apparaître comme arbitraire l'appréciation des preuves au terme de laquelle la cour cantonale a retenu que l'intimé était en incapacité de travail le 15 mars 2017. En particulier, la cour cantonale a pris en compte les circonstances du cas d'espèce dans son raisonnement. Il convient de rappeler que l'arbitraire ne résulte pas du seul fait qu'une autre solution serait envisageable, voire préférable.
Enfin, sous l'angle du droit, en retenant qu'il s'agissait d'une incapacité de travail due par une atteinte non insignifiante, et dès lors protégée par l'art. 336c CO, de sorte que le congé donné était nul, la cour cantonale n'a pas violé le droit fédéral.
3.4. Les considérations qui précèdent peuvent également être appliquées à l'incapacité de travail de l'intimé du 30 juin 2017 constatée par la cour cantonale et, partant, à la nullité du congé signifié à cette date.
L'appréciation des preuves a, ici aussi, permis à la cour cantonale de se forger une conviction quant à l'incapacité de travail du 30 juin 2017. Il n'y a dès lors plus de place pour une violation de l'art. 8 CC. Par ailleurs, cette appréciation des preuvesest dénuée d'arbitraire. En effet, les juges précédents ont tenu compte des éléments au dossier, notamment des certificats établis les 28 et 29 juin 2017 par le psychiatre traitant de l'intimé et de la décision du 8 juin 2017 de l'assurance perte de gain, pour conclure - implicitement - que l'intimé avait établi à satisfaction son incapacité de travail. Ils ont expliqué avec soin que les documents émanant du psychiatre étaient détaillés et motivaient de façon crédible l'incapacité de travail constatée. Ils ont ajouté que la décision de l'assurance, au contraire, faisait certes référence à une expertise, mais qu'elle ne contenait aucune motivation. Ainsi, contrairement à ce que soutient la recourante, la cour cantonale n'a pas retenu d'emblée que la production d'un quelconque certificat médical était suffisante pour établir l'incapacité de travail, mais elle a analysé le contenu des éléments au dossier. Certes, l'employeur n'avait pas accès aux données médicales de l'assurance perte de gain. Il n'a toutefois pas allégué avoir requis, dans la procédure, la production de documents de l'assurance perte de gain, ni de l'employé qu'il délie le médecin-conseil du secret médical.
Ensuite, la recourante soutient que selon les certificats médicaux des 28 et 29 juin 2017, l'incapacité de travail de l'employé n'était limitée qu'à son emploi actuel, de sorte qu'il n'était pas empêché de chercher un nouvel emploi. Ce faisant, elle effectue sa propre appréciation de ces moyens de preuve, sans parvenir à démontrer que la cour cantonale aurait sombré dans l'arbitraire en retenant une appréciation différente. Ces certificats font certes état de conflits avec l'employeur, mais également de la nature dangereuse de l'activité de grimpeur arboriste.
Pour le surplus, l'incapacité de travail constatée par la cour cantonale rendait superflu l'examen de la question de l'application de la clause de protection de la CCT.
Enfin, ici aussi, la cour cantonale n'a pas violé l'art. 336c CO en retenant que l'incapacité de travail tombait sous le coup de cette disposition, entraînant la nullité du congé donné.
4.
Ensuite, la recourante dénonce une violation des art. 335 et 335c CO en lien avec l'art. 18 CO, et du principe de la confiance.
4.1.
4.1.1. Selon l'art. 335 al. 1 CO, le contrat de durée indéterminée peut être résilié par chacune des parties. L'art. 335c CO précise les délais de congé applicables.
4.1.2. Celui qui résilie un contrat exerce un droit formateur, qui, en raison de ses effets pour le cocontractant, doit reposer sur une manifestation de volonté claire et dépourvue d'incertitudes (<ref-ruling> consid. 3.3). Déterminer si l'on est en présence (ou non) d'une résiliation ressortit à l'interprétation de la volonté de l'employeur selon le principe de la confiance, pour autant toutefois que la volonté réelle n'ait pas pu être établie. L'interprétation selon le principe de la confiance consiste à établir le sens que, d'après les règles de la bonne foi, une partie pouvait et devait raisonnablement prêter aux déclarations de volonté de l'autre (<ref-ruling> consid. 5.2.3 et les références citées).
4.2. La recourante soutient qu'elle avait adressé à l'intimé, le 15 septembre 2017, un courriel mentionnant que les rapports de travail avaient pris fin au 31 août dernier. Ce courriel était accompagné des documents usuels de fin de contrat, dont un certificat de travail faisant état de rapports de travail s'étant terminés le 31 août 2017. Il était ainsi évident qu'elle avait la volonté de mettre fin au contrat et que cette volonté avait été communiquée à l'employé de manière suffisamment claire pour qu'il soit en mesure de comprendre qu'elle mettait un terme au contrat pour le 31 août 2017, subsidiairement pour le prochain terme utile.
4.3. Toutefois, la recourante reconnaît elle-même que selon l'art. 6 CCT, le congé est soumis à la forme écrite. Un simple courriel ne répond pas aux exigences de cette forme. La recourante affirme qu'à tout le moins, le certificat de travail était établi en la forme écrite au sens de l'art. 13 CO puisqu'il était signé par ses soins. Cet élément de fait n'a cependant pas été constaté par la cour cantonale. Pour ce motif déjà, le grief doit être rejeté.
5.
La recourante se prévaut encore d'une violation des art. 82 CO, 324 CO, 337c CO et 9 Cst.
5.1. La nullité du licenciement sur la base de l'art. 336c al. 2 CO ne modifie pas les droits et obligations des parties. Le travailleur doit fournir sa prestation de travail dès qu'il a recouvré sa capacité de travail, alors que l'employeur reste tenu de payer le salaire (art. 319 et 324 CO; <ref-ruling> consid. 4.2; arrêts 4A_464/2018 du 18 avril 2019 consid. 4.2; 4C.155/2006 du 23 octobre 2006 consid. 5.2).
S'il n'exécute pas sa prestation de travail sans être empêché par un motif reconnu, le travailleur est en demeure (art. 102 ss CO) et l'employeur peut alors invoquer l'exception d'inexécution de l'art. 82 CO pour refuser de payer le salaire. De même, l'employeur peut être en demeure. S'il empêche par sa faute l'exécution du travail ou se trouve en demeure de l'accepter pour d'autres motifs, l'employeur doit payer le salaire sans que le travailleur doive encore fournir sa prestation (art. 324 al. 1 CO). La demeure de l'employeur suppose que le travailleur ait offert ses services (<ref-ruling> consid. 4.2; <ref-ruling> consid. 5a; arrêt précité 4A_464/2018 consid. 4.2.1). Si le travailleur ne peut se voir reprocher de n'avoir pas offert ses services lorsque l'employeur l'a libéré de l'obligation de travailler jusqu'au terme du délai de congé (ou lorsqu'il n'aurait de toute manière pas accepté la prestation de travail offerte) (<ref-ruling> consid. 4.2), il n'en va pas de même lorsque la travailleuse a été libérée de son obligation de travailler pendant le délai de congé, soit jusqu'à une date déterminée, et que la grossesse annoncée pendant le délai de congé entraîne une prolongation des rapports de travail de plus d'une année, car alors l'employeur peut souhaiter à nouveau occuper la salariée; dans ce dernier cas, la travailleuse doit donc offrir ses services (arrêt précité 4A_464/2018 consid. 4.2.1 et les références).
5.2. En l'espèce, les juges cantonaux ont retenu que l'employé avait recouvré sa pleine capacité de travail le 21 août 2017. Ils ont ajouté qu'une mise en demeure de l'employeuse à cette date d'accepter la prestation de travail de l'employé n'était pas nécessaire. En effet, elle serait restée vaine, au vu de l'attitude de l'employeuse. En particulier, cette dernière avait indiqué que la continuation des rapports de travail n'était plus envisageable au vu des tensions exacerbées. Elle avait licencié le travailleur en mars et juin 2017 avec libération de l'obligation de travailler; dans l'intervalle, le 29 mars 2017, l'employé lui avait néanmoins indiqué qu'il se tiendrait à sa disposition pour reprendre ses fonctions une fois qu'il ne serait plus en arrêt-maladie. Par ailleurs, l'employeuse avait informé ses clients et fournisseurs le 15 novembre 2017 du remplacement de l'employé depuis le 31 août 2017. Elle n'avait pas non plus accepté l'offre claire de l'employé de reprendre son travail le 1er décembre 2017.
C'est au terme d'une appréciation des preuves dénuée d'arbitraire que la cour cantonale a abouti à la conclusion que l'employeuse n'aurait de toute manière pas accepté l'offre de service de l'employé. Le fait qu'elle a pris en compte, parmi d'autres éléments, la libération de l'obligation de travailler formulée dans les congés, alors que ceux-ci étaient nuls, et les événements survenus après le 21 août 2017, ne permet pas de considérer son appréciation comme insoutenable.
Dès lors que la cour cantonale a retenu que l'employé se trouvait dans l'hypothèse où l'employeur n'aurait de toute manière pas accepté la prestation de travail offerte, et non dans celle de la libération de l'obligation de travailler (cf. consid. 5.1 supra), les développements de la recourante à cet égard et la jurisprudence à laquelle elle se réfère ne sont pas pertinents.
6.
La recourante dénonce également une violation de l'art. 2 al. 2 CC et du principe de l'interdiction de l'abus de droit.
6.1. Selon l'art. 2 al. 2 CC, l'abus manifeste d'un droit n'est pas protégé par la loi. Le juge apprécie la question au regard des circonstances concrètes, qui sont déterminantes (<ref-ruling> consid. 3.1; <ref-ruling> consid. 3.2.4 et les références citées). Seules des circonstances tout à fait exceptionnelles permettent à l'employeur de se prévaloir d'un abus de droit de la part du travailleur, car, à défaut, la protection assurée au travailleur par des dispositions impératives peut se révéler illusoire (<ref-ruling> consid. 3; <ref-ruling> consid. 5.1). Les cas typiques d'abus de droit sont l'absence d'intérêt à l'exercice d'un droit, l'utilisation d'une institution juridique de façon contraire à son but, la disproportion manifeste des intérêts en présence, l'exercice d'un droit sans ménagement ou l'attitude contradictoire (<ref-ruling> consid. 3.1; <ref-ruling> consid. 3.2.4 et les références citées).
6.2.
6.2.1. Lorsque la recourante se plaint de devoir rémunérer un ancien employé dès le 1er septembre 2017 et durant une longue période, sans aucune contre-prestation de celui-ci, elle omet le fait qu'elle n'a pas accepté l'offre de l'employé de reprendre son travail le 1er décembre 2017. Tel que susmentionné, elle n'aurait pas non plus accepté une offre formulée antérieurement.
6.2.2. La recourante allègue encore que l'intimé aurait utilisé l'institution juridique ancrée à l'art. 336c CO de manière contraire à son but, dès lors qu'il a invoqué la nullité des congés notifiés en mars et juin 2017 alors qu'il était en mesure de poursuivre une activité commerciale depuis le 1er septembre 2017 au plus tard.
L'art. 336c CO a été introduit non pas du fait que l'état du travailleur au moment de la réception de la résiliation l'empêcherait de chercher un autre emploi, mais parce qu'un engagement par un nouvel employeur à la fin du délai de congé ordinaire paraît hautement invraisemblable en raison de l'incertitude quant à la durée et au degré de l'incapacité de travail (cf. consid. 3.1.1 supra). La cour cantonale a jugé que tel était le cas au moment où les congés ont été signifiés. Le fait que l'intimé a, plusieurs mois après la notification des congés, recouvré une capacité de travail puis exercé une activité professionnelle, ne permet pas de conclure à l'existence de circonstances exceptionnelles justifiant de retenir un abus de droit de sa part. La recourante aurait dû immédiatement notifier un nouveau congé une fois la période de protection achevée, ce qu'elle n'a pas fait avant le 27 août 2019.
Ainsi, la cour cantonale n'a pas violé le droit en retenant que les parties étaient toujours liées par un contrat de travail et que l'employeuse devait verser à son employé un salaire pour les mois de septembre 2017 à décembre 2018, selon les conclusions de l'employé.
7.
L'argument de la recourante quant à une violation de l'art. 330a CO, en lien avec la date de la fin des rapports de travail inscrite sur le certificat de travail, se fonde sur ses arguments précédents. Il doit donc également être rejeté.
8.
La recourante conteste encore le salaire déterminant de l'intimé fixé par la cour cantonale.
9.
9.1. Dans un premier volet, elle dénonce une violation des art. 29 Cst., 150, 152 et 157 CPC. Elle reproche aux juges cantonaux d'avoir considéré qu'il n'y avait pas lieu de donner suite à ses réquisitions de preuve relatives aux revenus réalisés par l'employé dès le 1er septembre 2017.
9.2. Le droit à la preuve - qui découle tant du droit d'être entendu garanti par l'art. 29 al. 2 Cst. que, en droit privé fédéral, de l'art. 8 CC et qui est, depuis l'entrée en vigueur du CPC, également consacré à l'art. 152 CPC -, octroie à toute personne à laquelle incombe le fardeau de la preuve le droit, pour établir un fait pertinent contesté, de faire administrer les moyens de preuve adéquats, pour autant qu'ils aient été proposés régulièrement et en temps utile (<ref-ruling> consid. 9.3.2; <ref-ruling> consid. 7.1; arrêt 4A_280/2020 du 3 mars 2021 consid. 8.1).
En revanche, le droit à la preuve n'est pas mis en cause lorsque le juge, par une appréciation anticipée, arrive à la conclusion que la mesure requise n'apporterait pas la preuve attendue, ou ne modifierait pas la conviction acquise sur la base des preuves déjà recueillies (<ref-ruling> consid. 9.3.2; <ref-ruling> consid. 6.3.1; <ref-ruling> consid. 4.3.2). Le recourant doit alors invoquer l'arbitraire (art. 9 Cst.) dans l'appréciation des preuves, en motivant son grief conformément aux exigences plus strictes de l'art. 106 al. 2 LTF (ATF <ref-ruling> consid. 4.3.2; <ref-ruling> consid. 4.1.2; <ref-ruling> consid. 2.2).
9.3. En l'espèce, la cour cantonale a considéré que les premiers juges pouvaient renoncer à donner suite aux offres de preuves formulées par l'employeuse. Le dossier comprenait déjà des décomptes émanant de Pôle Emploi et de J._Sàrl relatifs à la période litigieuse, transmis par l'employé. Il était inutile d'ordonner à J._Sàrl de produire ses décomptes, car aucun élément ne permettait de retenir que l'employé avait effectué d'autres missions temporaires que celles résultant des décomptes remis. En effet, sur chaque décompte mensuel était indiqué l'ensemble des missions déployées durant le mois visé. Les décomptes des mois de septembre, novembre et décembre 2017 ne figuraient certes pas au dossier, mais le fait que l'employé n'ait effectué aucune mission durant ces mois-ci était confirmé par l'indemnisation complète à laquelle il avait eu droit par Pôle Emploi pendant ces mois. Par ailleurs, une condamnation de l'employé à produire d'éventuels contrats de travail ou ses déclarations d'impôts était également superflue. En effet, l'addition des montants reçus chaque mois de J._Sàrl et de Pôle Emploi faisait apparaître un montant total du même ordre que l'indemnité versée par Pôle Emploi durant la période où l'indemnisation avait été complète. Il en découlait qu'il n'existait pas de contrats supplémentaires; rien ne permettait de retenir que l'employé aurait occulté des revenus dans ses déclarations effectuées à Pôle Emploi plus facilement qu'il ne l'aurait fait dans le cadre de ses déclarations d'impôts. Enfin, la condamnation de l'employé à produire tout contrat de travail conclu avec la société de son épouse n'était pas plus susceptible d'apporter la preuve attendue que le témoignage de celle-ci, dont il résultait qu'elle employait son mari par l'entremise de J._Sàrl.
9.4. Il n'est ici pas question du droit à la preuve, ni du droit d'être entendu invoqués par la recourante, mais bien de l'appréciation anticipée des preuves effectuée par la cour cantonale, confirmant celle des juges de première instance.
En tant que la recourante se prévaut du " caractère manifestement incomplet " des décomptes de J._Sàrl pour la période de septembre à décembre 2017, elle substitue son appréciation à celle de la cour cantonale. Il en va de même s'agissant de la production des éventuels contrats de travail conclus avec d'autres employeurs et des déclarations d'impôts. La cour cantonale a expliqué les raisons pour lesquelles elle retenait qu'il n'y avait pas lieu de donner suite à ces réquisitions de preuve, au vu des différents montants mensuels indemnisés par Pôle Emploi et du témoignage de l'épouse de l'employé. La recourante ne parvient pas à démontrer qu'une telle appréciation anticipée des preuves serait arbitraire. Le grief est dès lors rejeté.
10.
Dans le second volet en lien avec la détermination du salaire de l'intimé, la recourante dénonce tant une constatation manifestement inexacte des faits qu'une violation de l'art. 322d CO et de la jurisprudence y relative. La recourante reproche à la cour cantonale d'avoir fixé un salaire mensuel brut de 12'000 fr. (comprenant le salaire mensuel brut de base de 9'000 fr., ainsi qu'une prime annuelle et une " allocation de fin d'année " mensualisées), au lieu de 9'000 fr.
11.
Tout d'abord, la recourante soutient que la cour cantonale a apprécié les faits de façon arbitraire dans la mesure où elle a retenu que la prime annuelle était versée à l'intimé en sa qualité d'employé et non en raison de son statut d'associé.
La cour cantonale n'a pas retenu les allégations de l'employeuse, selon lesquelles cette prime correspondait en réalité à des " dividendes déguisés " (dus au statut d'associé). La cour cantonale a considéré que les déclarations du représentant de l'employeuse en ce sens ne sauraient suffire à retenir le contraire de ce qui découlait des certificats de salaire annuels et des pièces internes établies par l'employeuse. Les certificats de salaire annuels de 2014 à 2016 faisaient en effet état d'un salaire mensuel brut moyen à tout le moins de 12'000 fr. La cour cantonale a ainsi donné plus de poids aux documents écrits de l'employeuse plutôt qu'aux allégations de cette dernière et aux déclarations de certains témoins. La recourante ne parvient pas à démontrer qu'une telle appréciation serait arbitraire, même si le statut particulier de l'employé a été évoqué à plusieurs reprises.
12.
La recourante conteste encore la qualification de cette prime annuelle opérée par la cour cantonale.
12.1. Dans plusieurs arrêts récents, le Tribunal fédéral a eu l'occasion de résumer sa jurisprudence en matière de bonus (notamment: arrêts 4A_280/2020 du 3 mars 2021; 4A_230/2019 du 20 septembre 2019 consid. 3 et les arrêts cités).
Il en résulte qu'il faut distinguer les trois cas suivants: (1) le salaire - variable -, (2) la gratification à laquelle l'employé a droit et (3) la gratification à laquelle il n'a pas droit. Ce n'est que lorsque l'employé n'a pas de droit à la gratification - cas n° 3 - que la question de la requalification du bonus en salaire, en vertu du principe de l'accessoriété lorsque les salaires sont modestes ou moyens à supérieurs, se pose, ce principe étant en revanche inapplicable pour les très hauts revenus.
12.2. On se trouve dans le cas n° 1 lorsqu'un montant (même désigné comme bonus ou gratification) est déterminé ou objectivement déterminable, c'est-à-dire qu'il a été promis par contrat dans son principe et que son montant est déterminé ou doit l'être sur la base de critères objectifs prédéterminés comme le bénéfice, le chiffre d'affaires ou une participation au résultat de l'exploitation, et qu'il ne dépend pas de l'appréciation de l'employeur; il doit alors être considéré comme un élément du salaire (variable), que l'employeur est tenu de verser à l'employé (art. 322 s. CO; <ref-ruling> consid. 4.2.1; <ref-ruling> consid. 2; <ref-ruling> consid. 2).
12.3. En revanche, on se trouve en présence d'une gratification - dans les cas n° s 2 et 3 - lorsque le bonus est indéterminé ou objectivement indéterminable (<ref-ruling> consid. 4.2.2; <ref-ruling> consid. 3.1; arrêt 4A_485/2016 du 28 avril 2017 consid. 4.1.2).
12.3.1. Il y a un droit à la gratification - cas n° 2 - lorsque, par contrat, les parties sont tombées d'accord sur le principe du versement d'un bonus et n'en ont réservé que le montant; il s'agit d'une gratification que l'employeur est tenu de verser ( Anspruch auf die Gratifikation), mais il jouit d'une certaine liberté dans la fixation du montant à allouer (ATF <ref-ruling> consid. 2; <ref-ruling> consid. 5.2; arrêt 4A_78/2018 du 10 octobre 2018 consid. 4.3.2.1).
De même, lorsqu'au cours des rapports contractuels, un bonus a été versé régulièrement sans réserve de son caractère facultatif pendant au moins trois années consécutives, il est admis qu'en vertu du principe de la confiance, il est convenu par actes concluants (tacitement), que son montant soit toujours identique ou variable: il s'agit donc d'une gratification à laquelle l'employé a droit (ATF <ref-ruling> consid. 5.2; arrêt 4A_78/2018 précité consid. 4.3.2.1), l'employeur jouissant d'une certaine liberté dans la fixation de son montant au cas où les montants étaient variables.
Il convient d'ajouter que, dans les deux situations, le travailleur n'a droit, aux termes de l'art. 322d al. 2 CO, à une part proportionnelle de la gratification en cas d'extinction des rapports de travail (avant l'occasion qui y donne lieu) que s'il en a été convenu ainsi, ce qu'il lui incombe de prouver en vertu de l'art. 8 CC (arrêt 4A_78/2018 précité consid. 4.3.2.1).
12.3.2. Il n'y a pas de droit à la gratification - cas n° 3 - lorsque, par contrat, les parties ont réservé tant le principe que le montant du bonus; il s'agit alors d'une gratification facultative; le bonus n'est pas convenu et l'employé n'y a pas droit, sous réserve de l'exception découlant de la nature de la gratification (principe de l'accessoriété).
De même, lorsque le bonus a été versé d'année en année avec la réserve de son caractère facultatif, il n'y a en principe pas d'accord tacite: il s'agit d'une gratification qui n'est pas due (pour les exceptions à ce principe, voir ATF <ref-ruling> consid. 2.3; arrêt 4A_280/2020 précité consid. 3.3 et l'arrêt cité).
13.
En l'espèce, la cour cantonale a retenu que l'employé avait reçu, de 2014 à 2016, une prime annuelle d'un montant compris entre 2'700 fr. et 3'300 fr. brut par mois calculé sur douze mois. Dans la mesure où cette prime était convenue entre les parties et que son montant était objectivement déterminable, elle devait être qualifiée d'élément du salaire variable (cas n° 1). Au demeurant, elle avait été versée régulièrement sans réserve de son caractère facultatif pendant au moins trois années consécutives, de sorte qu'elle devait à tout le moins être qualifiée de gratification à laquelle l'employé avait droit (cas n° 2).
La recourante conteste d'abord la réalisation du cas n° 1.
Or, celui-ci vise, typiquement, l'hypothèse du bonus accordé à un dirigeant d'entreprise (et non à un employé subalterne), fixé en fonction du bénéfice ou du chiffre d'affaires de la société (arrêt 4A_280/2020 précité consid. 4.4); il s'agit là d'un élément de salaire variable parce qu'il est déterminé ou objectivement déterminable. Tel est le cas en l'occurrence. En effet, l'intimé avait un statut d'employé-associé. La cour cantonale a retenu, sans arbitraire, en se fondant notamment sur les déclarations de D.C._ et du comptable de la société, que le versement de cette prime était convenu entre les parties et qu'elle était fixée à un tiers (ou un autre pourcentage dépendant des parts sociales) d'une partie du bénéfice, du chiffre d'affaires ou du résultat d'exploitation de la société. Cette prime était ainsi objectivement déterminable. Dès lors, c'est à bon droit que la cour cantonale a qualifié la prime annuelle d'élément du salaire variable (cas n° 1) et, partant, a retenu que l'intimé y avait droit en 2017 et 2018.
Dans ces conditions, il est superflu d'examiner le reste de l'argumentation de la recourante en lien avec cette prime.
14.
S'agissant de l' " allocation de fin d'année " due en vertu de la CCT, la recourante ne conteste pas que l'intimé y a droit. En revanche, elle reproche à la cour cantonale de n'avoir, de manière arbitraire, pas pris la peine de fixer le montant qui serait dû, alors même que la CCT prévoyait une méthode de calcul applicable.
En se fondant sur les pièces internes de l'employeuse de 2014 à 2016, la cour cantonale a déterminé que cette " allocation de fin d'année " correspondait à un montant compris entre 529 fr. et 683 fr. par mois calculé sur douze mois. La cour cantonale n'a pas versé dans l'arbitraire en considérant qu'il n'y avait pas besoin de fixer le montant exact de cette allocation (tout comme celui de la prime annuelle [gratification]). En effet, l'employé a réclamé un montant mensuel global de 12'000 fr. Celui-ci était quoi qu'il en soit atteint, au vu du salaire brut de 9'000 fr., additionné de la prime annuelle (gratification) entre 2'700 fr. et 3'300 fr. brut mensualisée et de l' " allocation de fin d'année " entre 529 fr. et 683 fr. brut mensualisée.
En tout état de cause, la recourante ne prétend pas, à juste titre, qu'un calcul de cette " allocation de fin d'année " selon la CCT aboutirait à un résultat global inférieur à 12'000 fr. (cf. art. 11 CCT).
15.
Au vu de ce qui précède, la cour cantonale était fondée à retenir que l'employeuse devait à l'employé un salaire mensuel brut de 12'000 fr. pour la période du 1er septembre 2017 au 31 décembre 2018.
Sur la somme totale due par l'employeuse, la cour cantonale a imputé les montants que l'employé avait perçus de Pôle Emploi et de J._Sàrl durant cette période. La recourante ne conteste pas le calcul opéré par la cour cantonale pour déterminer le montant final à verser à l'intimé, soit 58'196 fr. 67 avec intérêts.
16.
En définitive, le recours doit être rejeté, dans la mesure où il est recevable.
La recourante, qui succombe, prendra en charge les frais judiciaires (art. 66 al. 1 LTF). Elle versera en outre une indemnité de dépens à l'intimé (art. 68 al. 1 et 2 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté, dans la mesure où il est recevable.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 4'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3.
La recourante versera à l'intimé une indemnité de 5'000 fr. à titre de dépens.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Chambre des prud'hommes de la Cour de justice du canton de Genève.
Lausanne, le 28 mai 2021
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente : Hohl
La Greffière : Raetz