Faits :
A.
Par arrêt du 30 août 2017, la Chambre constitutionnelle de la Cour de justice (ci-après: la Chambre constitutionnelle) a partiellement admis le recours déposé par le comité d'initiative " Pour un développement cohérent et responsable des Grands Esserts " et par ses membres individuellement contre la délibération du Conseil municipal de Veyrier du 24 janvier 2017. Elle a annulé cette délibération dans la mesure où elle comportait le refus de concrétiser l'initiative acceptée, par le biais d'un seul plan localisé de quartier (ci-après: PLQ) englobant les pièces urbaines " Maison de Vessy " et " Beaux-Champs "; la Commune de Veyrier était invitée par la Chambre constitutionnelle à s'atteler à l'élaboration d'un seul projet de PLQ pour ledit périmètre.
B.
Par demande du 13 septembre 2017, A._, B.C._ et C.C._, D._, E._, F.G._ et G.G._, H._, I._, J._, K.L._ et L.L._ (ci-après: A._ et consorts) ont formellement demandé au Conseil d'État genevois de rendre une décision prononçant la suspension de la procédure d'adoption du (PLQ) n° 30038-542 " Grands Esserts - Secteur Beaux-Champs " jusqu'à la mise en oeuvre effective de l'arrêt précité par la Commune de Veyrier et l'Etat de Genève.
Le 15 novembre 2017, le Conseil d'État a rejeté la demande de suspension de la procédure d'adoption du PLQ " Grands-Esserts - Secteur Beaux-Champs ", situé sur la commune de Veyrier.
Par arrêt du 5 juin 2018, la Chambre administrative de la Cour de justice genevoise (ci-après: la Cour de justice) a déclaré irrecevable le recours intenté par A._ et consorts contre la décision précitée. Le refus de suspendre la procédure d'adoption du PLQ litigieux constituait une décision incidente qui ne causait pas de préjudice irréparable au sens de l'art. 57 let. c de la loi sur la procédure administrative genevoise du 12 septembre 1985 (LPA/GE; RS/GE E 5 10).
C.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public, A._ et consorts (ci-après: les recourants) demandent principalement au Tribunal fédéral d'annuler l'arrêt de la Cour de justice du 5 juin 2018 et la décision du Conseil d'Etat du 15 novembre 2017, ainsi que d'ordonner la suspension de la procédure d'adoption du PLQ n° 30038-542 " Grands Esserts - Secteur Beaux-Champs " jusqu'à la mise en oeuvre effective de l'arrêt de la Chambre constitutionnelle par la Commune de Veyrier et l'Etat de Genève. A titre subsidiaire, ils concluent au renvoi de la cause à l'instance précédente pour qu'elle se détermine sur le fond de la cause. En outre, les recourants ont requis l'effet suspensif au recours en ce sens qu'il soit fait interdiction au Conseil d'Etat d'adopter le PLQ en question jusqu'à droit jugé par le Tribunal fédéral.
Par ordonnance du 22 août 2018, la requête d'effet suspensif des recourants, traitée comme une demande de mesure provisionnelle, a été admise.
Par prise de position du 13 juillet 2018 (signée par la Présidente M._), renouvelée en date du 31 août 2018 par la main du Juge N._, la Cour de justice déclare n'avoir aucune observation à formuler sur ledit recours et persister dans les considérants et le dispositif de son arrêt. Le Conseil d'Etat conclut principalement au rejet du recours, aux termes de ses déterminations. Les recourants répliquent par écritures du 8 octobre 2018.
Enfin, par ordonnance du 25 septembre 2018, le Juge instructeur a rejeté la demande du 29 août 2018 des recourants tendant à la suspension de la procédure fédérale jusqu'à droit connu sur la requête de récusation déposée le même jour devant la Chambre administrative à l'encontre de la Présidente M._ qui avait signé la prise de position du 13 juillet 2018 adressée au Tribunal fédéral. Cette demande était insuffisamment motivée; au demeurant la magistrate intimée n'était pas membre du collège des juges ayant rendu la décision attaquée du 5 juin 2018 et la prise de position était rédigée selon une formule type.

Considérant en droit :
1.
Formé contre un arrêt final (art. 90 LTF) pris en dernière instance cantonale (art. 86 al. 1 let. d LTF) dans le domaine du droit des constructions (art. 82 let. a LTF), le présent recours est en principe recevable comme recours en matière de droit public au sens des art. 82 ss LTF, aucune des exceptions prévues à l'art. 83 LTF n'étant réalisée. Les recourants sont directement touchés par le prononcé d'irrecevabilité de l'arrêt attaqué et ont un intérêt digne de protection à en obtenir l'annulation. Ils ont dès lors qualité pour recourir au sens de l'art. 89 al. 1 LTF.
Les juges cantonaux ayant refusé d'entrer en matière sur leur recours, seule la question de la recevabilité du recours cantonal peut être portée devant le Tribunal fédéral qui n'a, à ce stade, pas à examiner le fond de la contestation. Dès lors, la conclusion principale des recourants tendant à ce que le Tribunal fédéral ordonne la suspension de la procédure d'adoption du PLQ " Grands Esserts - Secteur Beaux-Champs " est irrecevable.
2.
Les recourants se plaignent d'une application arbitraire de l'art. 57 let. c LPA/GE. Ils font grief à l'instance précédente d'avoir considéré que le refus de suspendre la procédure d'adoption du PLQ litigieux ne causait pas de préjudice irréparable au sens de cette disposition.
2.1. Appelé à revoir l'interprétation d'une norme cantonale sous l'angle restreint de l'arbitraire, le Tribunal fédéral ne s'écarte de la solution retenue par l'autorité cantonale de dernière instance que si celle-ci apparaît insoutenable, en contradiction manifeste avec la situation effective, adoptée sans motifs objectifs et en violation d'un droit certain. En revanche, si l'application de la loi défendue par l'autorité cantonale ne s'avère pas déraisonnable ou manifestement contraire au sens et au but de la disposition ou de la législation en cause, cette interprétation sera confirmée, même si une autre solution - même préférable - paraît possible (<ref-ruling> consid. 4.3.1 p. 177 et les références citées). Le grief de violation du droit cantonal est soumis à des exigences de motivation accrue (art. 106 al. 2 LTF; cf. <ref-ruling> consid. 2.1 p. 372).
Le prononcé d'irrecevabilité est fondé sur l'art. 57 let. c LPA/GE. Selon cette disposition, les décisions incidentes sont susceptibles de recours si elles peuvent causer un préjudice irréparable ou si l'admission du recours peut conduire immédiatement à une décision finale qui permet d'éviter une procédure probatoire longue et coûteuse.
2.2. Se fondant sur une source doctrinale (cf. STÉPHANE GRODECKI/ ROMAIN JORDAN, Code annoté de procédure administrative genevoise: LPA/GE et lois spéciales, 2017, n. 659 ss ad art. 57 LPA/GE), les recourants soutiennent que la Cour de justice aurait, de manière arbitraire, excédé son pouvoir d'appréciation en interprétant cette disposition de droit cantonal de la même manière que l'art. 93 al. 1 let. a LTF. Cette approche restrictive de la notion de " préjudice irréparable " ne serait pas justifiée devant les juridictions cantonales. Ils affirment par ailleurs que la jurisprudence rendue par l'instance précédente serait fluctuante puisqu'elle exige que le préjudice irréparable soit tantôt d'ordre juridique, tantôt simplement de fait.
En l'occurrence, la teneur de l'art. 57 let. c LPA/GE est similaire à celle de l'art. 93 al. 1 let. a LTF. Dans ces circonstances, les juges cantonaux pouvaient, sans arbitraire, interpréter cette disposition cantonale selon les principes dégagés par la jurisprudence du Tribunal fédéral au sujet de l'art. 93 LTF (cf. arrêt 1C_278/2017 du 10 octobre 2017 consid. 2.3). Il n'appartient pas au Tribunal fédéral - dont le pouvoir d'examen est limité à l'arbitraire - d'examiner si une autre interprétation du droit cantonal serait préférable, comme le soutient une partie de la doctrine.
2.3. Les recourants reprochent ensuite à la Cour de justice d'avoir nié l'existence d'un préjudice irréparable.
Conformément à la jurisprudence relative à l'art. 93 al. 1 let. a LTF, un préjudice ne peut être qualifié d'irréparable que s'il cause un inconvénient de nature juridique, qui ne puisse pas être ultérieurement réparé ou entièrement réparé par une décision finale favorable au recourant (<ref-ruling> consid. 6; <ref-ruling> consid. 2.1); un dommage économique ou de pur fait n'est pas considéré comme un dommage irréparable (<ref-ruling> consid. 1.2; <ref-ruling> consid. 1.3.1; <ref-ruling> consid. 2.2). Il incombe au recourant de démontrer l'existence d'un tel préjudice lorsque celui-ci n'est pas d'emblée évident (cf. <ref-ruling> consid. 1.2).
A l'appui de leur requête de suspension de la procédure d'adoption du PLQ en question, les recourants invoquent l'arrêt de la Chambre constitutionnelle ayant invité la Commune de Veyrier à s'atteler à l'élaboration d'un seul projet de PLQ pour les pièces urbaines voisines " Maison de Vessy " et " Beaux-Champs ". Ils soutiennent que le PLQ initial dédié à la pièce urbaine " Beaux-Champs " deviendra caduc lorsque la Commune de Veyrier et l'Etat de Genève se seront exécutés. Invoquant les principes de coordination et d'économie de procédure, ils soutiennent qu'une réflexion globale, impliquant une étude d'impact sur l'environnement, doit être réalisée pour tout le secteur des Grands-Esserts composé des trois pièces urbaines " Maison de Vessy ", " Beaux-Champs " et " Ferme ". Ils ajoutent que le PLQ " Beaux-Champs " sera fondamentalement modifié, en raison de la réflexion globale menée pour le secteur des Grands-Esserts.
Cette dernière affirmation relève à ce stade de la pure spéculation. Cela étant, comme relevé par l'instance précédente, le refus de suspendre la procédure d'adoption du PLQ " Beaux-Champs " ne cause pas de préjudice irréparable aux recourants dès lors qu'ils pourront recourir, et invoquer leurs griefs de fond, contre la décision finale qui doit encore être prise par le Conseil d'État. Seule la réalisation effective des constructions prévues par le PLQ serait de nature à causer un préjudice irréparable (cf. arrêt 1C_363/2016 du 5 octobre 2016 consid. 1.3).
2.4. Par conséquent, la Cour de justice n'a pas versé dans l'arbitraire en considérant que la décision du Conseil d'Etat ne remplissait pas les conditions de l'art. 57 let. c LPA/GE.
3.
Il s'ensuit que le recours est rejeté dans de sa recevabilité, aux frais des recourants qui succombent (art. 66 al. 1 LTF). Dans la mesure où le présent arrêt statue sur une question de recevabilité de droit cantonal, des frais judiciaires réduits à 2'000 fr. se justifient. Il n'est pas alloué de dépens (art. 68 al. 3 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté, dans la mesure où il est recevable.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 francs, sont mis à la charge solidaire des recourants.
3.
Le présent arrêt est communiqué aux mandataires des recourants, au Conseil d'Etat et à la Chambre administrative de la Cour de justice de la République et canton de Genève.
Lausanne, le 11 octobre 2018
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Merkli
La Greffière : Arn