Erwägungen:
1.
1.1. Am 12. Oktober 2018 trat das Steuerrekursgericht des Kantons Zürich auf die Beschwerde von A._ betreffend Ehegattenhaftung für die direkte Bundessteuer 2003-2005 nicht ein, weil sie die Beschwerdefrist verpasst habe und die Voraussetzungen für eine Fristwiederherstellung nicht erfüllt seien. Gegen diesen Entscheid erhob A._ am 18. November 2018 Beschwerde beim Verwaltungsgericht des Kantons Zürich und ersuchte am 19. Dezember 2018 um unentgeltliche Prozessführung. Der Abteilungspräsident wies das Gesuch am 7. Januar 2019 wegen Aussichtslosigkeit ab und setzte A._ wegen ihrer Schulden bei der Zürcher Justiz eine Frist von zehn Tagen zur Leistung eines Kostenvorschusses von Fr. 560.-- an, ansonsten auf ihre Beschwerde nicht eingetreten würde.
1.2. Mit Beschwerde vom 13. Februar 2019 beantragt A._ dem Bundesgericht hauptsächlich, ihr sei für das vorinstanzliche Verfahren die unentgeltliche Prozessführung zu gewähren. Das Bundesgericht hat weder die vorinstanzlichen Akten beigezogen noch andere Instruktionsmassnahmen verfügt.
2.
2.1. Die Beschwerdeführerin hat die Beschwerde zulässigerweise auf Französisch verfasst (<ref-law>); das Verfahren vor Bundesgericht wird jedoch in der Sprache des angefochtenen Entscheids und damit auf Deutsch geführt (<ref-law>).
2.2. Angefochten ist ein Zwischenentscheid, mit dem das Verwaltungsgericht das Gesuch um unentgeltliche Prozessführung für das Beschwerdeverfahren abgewiesen und gleichzeitig Frist zur Leistung eines Kostenvorschusses angesetzt hat. Damit droht rechtsprechungsgemäss ein nicht wieder gutzumachender Nachteil im Sinn von <ref-law> (<ref-ruling> E. 1.1 S. 131). In der Hauptsache geht es um eine Steuerforderung und damit um eine Angelegenheit des öffentlichen Rechts, in welcher mangels Vorliegens eines Ausschlussgrundes (<ref-law>) die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten zulässig ist (<ref-law>). Für die unentgeltliche Rechtspflege folgt der Rechtsweg demjenigen der Hauptsache (<ref-ruling> E. 2.2 S. 647 f.; <ref-ruling> E. 1.1 S. 381 f.).
3.
3.1. Nach <ref-law> ist in der Begründung in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt. Die Beschwerde hat sich mit den Erwägungen des angefochtenen Entscheids auseinanderzusetzen. Zwar wendet das Bundesgericht das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>); dies setzt aber voraus, dass auf die Beschwerde überhaupt eingetreten werden kann, diese also die minimalen Begründungsanforderungen erfüllt (<ref-ruling> E. 2.1 S 245 f.). Strengere Anforderungen gelten, wenn die Verletzung von Grundrechten oder von kantonalem Recht geltend gemacht wird (<ref-law>). Das Bundesgericht prüft in dieser Hinsicht nur klar und detailliert erhobene und, soweit möglich, belegte Rügen; auf rein appellatorische Kritik am angefochtenen Entscheid tritt es nicht ein (<ref-ruling> E. 2.2 S. 246).
3.2.
3.2.1. Das Steuerrekursgericht ist auf das Rechtsmittel der Beschwerdeführerin wegen Verspätung nicht eingetreten. Prozessthema des vorinstanzlichen Verfahrens ist damit ausschliesslich die Rechtzeitigkeit der Eingabe an das Steuerrekursgericht. Das Verwaltungsgericht hat erwogen, die Beschwerdeführerin sei trotz der zutreffenden Rechtsmittelbelehrung im Einspracheentscheid davon ausgegangen, dass die Gerichtsferien gelten würden. Sie könne sich deshalb nicht auf den Vertrauensschutz berufen. Das kantonale Steueramt sei nicht verpflichtet gewesen, darauf hinzuweisen, dass das Steuerverfahrensrecht keine Gerichtsferien kenne. Ein Fristwiederherstellungsgrund sei nicht ersichtlich und die Beschwerde erscheine deshalb als aussichtslos. Weil die Beschwerdeführerin der Zürcher Justiz noch Kosten von über Fr. 55'000.-- schulde, habe sie einen Kostenvorschuss zu leisten.
3.2.2. Die Beschwerdeführerin befasst sich in ihrer Beschwerde eingehend mit der materiellen Rechtslage. Diese Ausführungen gehen nach dem Nichteintretensentscheid des Steuerrekursgerichts von vornherein an der Sache vorbei. Weiter bringt sie vor, sie sei - trotz fehlender anwaltlicher Vertretung - in der Rechtsmittelbelehrung nicht darauf hingewiesen worden, dass die Gerichtsferien in Steuersachen nicht gelten würden. Damit setzt sie sich weder mit den vorinstanzlichen Erwägungen auseinander, wonach keine diesbezügliche Verpflichtung bestehe, noch genügt ihre Rüge der Verletzung von <ref-law> bzw. des kantonalen Verfahrensrechts der qualifizierten Begründungspflicht von <ref-law>. Bezüglich des Kostenvorschusses von Fr. 560.-- rügt die Beschwerdeführerin eine Verletzung des Anspruchs auf Zugang zum Gericht, ohne substanziiert darzulegen, inwiefern dieser Anspruch verletzt wird. Dies ist auch nicht ersichtlich, nachdem der Zugang zum Gericht bei mittellosen Personen durch den Anspruch auf unentgeltliche Rechtspflege gewährleistet wird (<ref-ruling> E. 7.1 S. 2; <ref-ruling> E. 3.1 S. 355 f.) und eine Verletzung dieses Anspruchs wie erwähnt nicht dargetan ist. Dass der Kostenvorschuss von Fr. 560.-- willkürlich hoch wäre, ist nicht ersichtlich und wird auch nicht substanziiert behauptet. Schliesslich ist die Rüge unbehelflich, die Vorinstanz habe Art. 6 EMRK verletzt, nachdem diese Bestimmung im Steuerverfahren nicht anwendbar ist (<ref-ruling> E. 2.1 S. 145 f.; Urteil 2C_615/2013 vom 10. Dezember 2013 E. 2.2).
3.3. Zusammenfassend fehlt es der Beschwerde offensichtlich an einer hinreichenden Begründung, selbst unter Berücksichtigung, dass die Beschwerdeführerin eine Laienbeschwerde eingereicht hat und die formellen Hürden daher praxisgemäss niedriger anzusetzen sind (Urteil 2C_105/2019 vom 7. Februar 2019 E. 2.2). Auf die Beschwerde ist daher im vereinfachten Verfahren nach <ref-law> nicht einzutreten.
4.
Bei diesem Verfahrensausgang sind die Gerichtskosten der Beschwerdeführerin aufzuerlegen (<ref-law>). Eine Parteientschädigung ist mangels Umtriebe der übrigen Verfahrensbeteiligten nicht geschuldet. Unklar ist, ob die Beschwerdeführerin auch für das Verfahren vor Bundesgericht um unentgeltliche Rechtspflege ersucht; in diesem Fall wäre das Gesuch wegen der Aussichtslosigkeit der Beschwerde abzuweisen (<ref-law> e contrario).

Demnach erkennt der Präsident:
1.
Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2.
Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird abgewiesen.
3.
Die Gerichtskosten von Fr. 500.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
4.
Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten, dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 2. Abteilung, und der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 28. Februar 2019
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Seiler
Der Gerichtsschreiber: Businger