Sachverhalt:
A.
Am 17. Januar 2020 wurde A._ beim Bundesasylzentrum U._ verhaftet, da er Steine gegen die Scheiben des Asylzentrums geworfen und die in der Folge ausgerückten Mitarbeiter der Bewachungsgesellschaft E._ AG, D._, C._ und B._, tätlich angegriffen habe.
B.
Die Bundesanwaltschaft bestrafte A._ mit Strafbefehl vom 22. Juni 2020 wegen Gewalt und Drohung gegen Behörden und Beamte sowie Sachbeschädigung mit einer bedingten Geldstrafe von 50 Tagessätzen zu je Fr. 30.-- sowie mit einer Busse von Fr. 300.--. Gegen diesen Strafbefehl erhob A._ Einsprache.
Mit Urteil vom 19. November 2020 sprach die Strafkammer des Bundesstrafgerichts A._ der Sachbeschädigung sowie der Gewalt und Drohung gegen Behörden und Beamte schuldig. Sie verurteilte ihn zu einer bedingten Geldstrafe von 50 Tagessätzen zu je Fr. 10.--, bei einer Probezeit von zwei Jahren, unter Anrechnung von einem Tag Haft.
A._ focht dieses Urteil bei der Berufungskammer des Bundesstrafgerichts an, welche mit Urteil vom 8. Juli 2021 die Berufung abwies und das angefochtene Urteil bestätigte.
C.
A._ beantragt mit Beschwerde in Strafsachen, das Urteil der Berufungskammer des Bundesstrafgerichts vom 8. Juli 2021 sei aufzuheben und er sei vom Vorwurf der Gewalt und Drohung gegen Behörden und Beamte freizusprechen. Er sei mit einer bedingten Geldstrafe von 35 Tagessätzen zu bestrafen, eventualiter sei die Sache zur neuen Festsetzung der Strafe an die Vorinstanz zurückzuweisen. Die Kosten für das vorinstanzliche Verfahren seien auf die Staatskasse zu nehmen. Ausserdem ersucht A._ um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege und Verbeiständung.
C._ und B._ haben sich nicht vernehmen lassen, die Berufungskammer des Bundesstrafgerichts hat auf eine Vernehmlassung verzichtet. Die Bundesanwaltschaft beantragt, die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei, unter Verweis auf die Erwägungen im angefochtenen Entscheid und die diesem zugrunde liegenden Verfahrensakten.

Erwägungen:
1.
Die Beschwerde richtet sich gegen den Schuldspruch wegen Gewalt und Drohung gegen Behörden und Beamte. Der Beschwerdeführer rügt u.a. eine Verletzung des Anklagegrundsatzes und des Immutabilitätsprinzips sowie von <ref-law>.
2.
Nach <ref-law> wird bestraft, wer eine Behörde, ein Mitglied einer Behörde oder einen Beamten durch Gewalt oder Drohung an einer Handlung, die innerhalb ihrer Amtsbefugnisse liegt, hindert, zu einer Amtshandlung nötigt oder während einer Amtshandlung tätlich angreift.
Die Bestimmung stellt die folgenden Tatvarianten unter Strafe: Die Hinderung einer Amtshandlung mittels Gewalt oder Drohung, die Nötigung zu einer Amtshandlung mittels Gewalt oder Drohung und schliesslich der tätliche Angriff während einer Amtshandlung. Eine Amtshandlung hindert, wer den Amtsträger in der Weise behindert, dass die Amtshandlung unterbleibt oder ihre Durchführung in nicht unerheblicher Weise verzögert oder erschwert wird (Urteil 6B_361/2017 vom 2. November 2017 E. 2.3.1 mit Hinweisen). Das Tatmittel der Gewalt besteht in der physischen Einwirkung auf den Amtsträger, wobei diese eine gewisse Schwere aufweisen muss (Urteil 6B_659/2013 vom 4. November 2013 E. 1.1 mit Hinweisen). Die Drohung entspricht nach der Rechtsprechung der Androhung ernstlicher Nachteile gemäss dem Tatbestand der Nötigung von <ref-law>. Sie muss demnach wie bei der Nötigung schwer genug sein, um eine verständige Person in der Lage des Betroffenen gefügig zu machen. Die erforderliche Intensität ist von Fall zu Fall und nach objektiven Kriterien festzulegen (Urteil 6B_780/2021 vom 16. Dezember 2021 nicht zur Publ. vorgesehene E. 4.1 mit Hinweisen). Der tätliche Angriff schliesslich besteht in einer körperlichen Aggression im Sinne von <ref-law> (Urteile 6B_551/2020 vom 24. September 2020 E. 3.3.2; 6B_798/2016 vom 6. März 2017 E. 4.2; je mit Hinweisen).
3.
3.1. Nach dem aus Art. 29 Abs. 2 und Art. 32 Abs. 2 BV sowie Art. 6 Ziff. 1 und 3 lit. a und b EMRK abgeleiteten Anklagegrundsatz bestimmt die Anklageschrift den Gegenstand des Gerichtsverfahrens (<ref-ruling> E. 2.2; <ref-ruling> E. 3.4.1; je mit weiteren Hinweisen). Wie <ref-law> ausdrücklich festlegt, kann eine Straftat nur gerichtlich beurteilt werden, wenn die Staatsanwaltschaft gegen eine bestimmte Person wegen eines genau umschriebenen Sachverhalts beim zuständigen Gericht Anklage erhoben hat.
Gemäss <ref-law> bezeichnet die Anklageschrift möglichst kurz, aber genau die der beschuldigten Person vorgeworfenen Taten mit Beschreibung von Ort, Datum, Zeit sowie Art und Folgen der Tatausführung. Die Anklage hat die der beschuldigten Person zur Last gelegten Delikte in ihrem Sachverhalt so präzise zu umschreiben, dass die Vorwürfe in objektiver und subjektiver Hinsicht genügend konkretisiert sind (<ref-ruling> E. 7.2; <ref-ruling> E. 3.4.1; je mit Hinweis). Entscheidend ist, dass die betroffene Person genau weiss, welcher konkreter Handlungen sie beschuldigt und wie ihr Verhalten rechtlich qualifiziert wird, damit sie sich in ihrer Verteidigung richtig vorbereiten kann. Sie darf nicht Gefahr laufen, erst an der Gerichtsverhandlung mit neuen Anschuldigungen konfrontiert zu werden (<ref-ruling> E. 2.2 mit Hinweisen). Wenn eindeutige tatsächliche Feststellungen zwar nicht möglich sind, aber doch feststeht, dass sich die beschuldigte Person in jeder der in Betracht fallenden Sachverhaltsalternativen strafbar gemacht haben könnte, kann die Staatsanwaltschaft gemäss <ref-law> eine Alternativanklage oder für den Fall der Verwerfung ihrer Hauptanklage eine Eventualanklage erheben (siehe etwa Urteil 6B_165/2020 vom 20. Mai 2020 E. 2.2.1 mit Hinweisen). Nach der Rechtsprechung muss die Sachverhaltsumschreibung im Strafbefehl den an eine Anklageschrift gestellten Ansprüchen vollumfänglich genügen (<ref-ruling> E. 1.3.1 mit Hinweisen; <ref-ruling> E. 1.5).
Das Gericht ist an den in der Anklage umschriebenen Sachverhalt, nicht aber an die darin vorgenommene rechtliche Würdigung gebunden (<ref-law>; sog. Immutabilitätsprinzip). Der Anklagegrundsatz ist verletzt, wenn die beschuldigte Person für Taten verurteilt wird, bezüglich welcher die Anklageschrift den inhaltlichen Anforderungen nicht genügt, bzw. wenn das Gericht mit seinem Schuldspruch über den angeklagten Sachverhalt hinausgeht (so etwa Urteile 6B_1298/2021 vom 14. Januar 2022 E. 1.2; 6B_721/2021 vom 22. Dezember 2021 E. 2.3.1). Umschreibt etwa die Anklageschrift das dem Angeklagten vorgeworfene strafbare Verhalten als aktives Tun, verletzt ein Schuldspruch wegen (unechter) Unterlassung den Anklagegrundsatz (Urteil 6P.1/2006 und 6S.487/2005 vom 9. Juni 2006 E. 1.4.2 mit Hinweisen). Ergibt das gerichtliche Beweisverfahren, dass sich das Tatgeschehen in einzelnen Punkten anders abgespielt hat als im Anklagesachverhalt dargestellt, so hindert der Anklagegrundsatz das Gericht nicht, die beschuldigte Person aufgrund des abgeänderten Sachverhaltes zu verurteilen, sofern die Änderungen für die rechtliche Qualifikation des Sachverhalts nicht ausschlaggebende Punkte betreffen und die beschuldigte Person Gelegenheit hatte, dazu Stellung zu nehmen (Urteile 6B_638/2019 vom 17. Oktober 2019 E. 1.4.2; 6B_50/2018 vom 7. Dezember 2018 E. 2.2; je mit Hinweisen).
3.2. Was den Vorwurf der Gewalt und Drohung gegen Behörden und Beamte betrifft, umschreibt der gemäss <ref-law> als Anklageschrift geltende Strafbefehl vom 22. Juni 2020 die Tathandlung wie folgt:
--..] Um [den Beschwerdeführer] vor weiteren Beschädigungen abzuhalten, begaben sich die diensthabenden Sicherheitsbeamten B._, C._ und D._ in der Folge ebenfalls zum Eingang des BAZ, woraufhin A._ einen Stein in die Richtung von B._ warf und ihn damit am linken Oberschenkel traf. Aufgrund seines Verhaltens wurde A._ von den vorgenannten Sicherheitsbeamten fixiert. Dabei schlug und trat er mit seinen Händen und Füssen um sich und traf dabei die drei Sicherheitsbeamten. In der so beschriebenen Weise handelte A._, obschon er wusste, dass es in die Zuständigkeit der im BAZ diensthabenden Beamten fällt, für die Sicherheit und Ordnung vor Ort besorgt zu sein. Ebenso wusste er bzw. nahm zumindest billigend in Kauf, dass er mit seinem Verhalten die Sicherheitsbeamten an der Ausübung ihrer beruflichen Pflicht hinderte und B._ darüber hinaus tätlich anging. [...]".
3.3.
3.3.1. Die erste Instanz stützte den Schuldspruch wegen Gewalt und Drohung gegen Behörden und Beamte darauf, dass der Beschwerdeführer die Anhaltung und Fixierung bereits durch die Schläge und Tritte gegen zwei Mitarbeiter der Bewachungsgesellschaft E._ AG gewaltsam behindert habe. Dagegen liess sie ausdrücklich offen, ob der Beschwerdeführer vor der Fixierung durch die Mitarbeiter der Bewachungsgesellschaft E._ AG einen Stein gegen den Beschwerdegegner 2 geworfen und diesen damit am Oberschenkel getroffen oder ob er diesen Stein - wie er im Vorverfahren geltend gemacht habe - lediglich an die Wand gerollt bzw. geworfen habe. Die erste Instanz erwog, es sei "nicht ersichtlich, wie bereits ein solcher allfälliger einzelner Steinwurf geeignet gewesen wäre, die Amtshandlung, d.h. die Anhaltung und Fixierung des [Beschwerdeführers], in einem genügenden Ausmass zu behindern", habe der Beschwerdegegner 2 den Beschwerdeführer doch in der Folge auch ohne wesentliche Verzögerung fixieren können. Der Steinwurf, der beweismässig umstritten sei, könnte deshalb lediglich unter die Tatbestandsvariante des tätlichen Angriffs während einer Amtshandlung subsumiert werden, die zu derjenigen der Hinderung einer Amtshandlung durch Gewalt oder Drohung subsidiär sei.
3.3.2. Die Vorinstanz vernahm an der Berufungsverhandlung vom 8. Juli 2021 den Beschwerdegegner 2, den Beschwerdegegner 3 und D._ als Auskunftspersonen ein. In ihrem Urteil würdigt sie ausführlich die vorhandenen Beweise, so auch die Aussagen im - den gleichen Vorfall betreffenden - Strafverfahren gegen den Beschwerdegegner 3 wegen versuchter schwerer Körperverletzung zum Nachteil des Beschwerdeführers.
Was den Vorwurf des Steinwurfs angeht, erwägt die Vorinstanz, dieser stütze sich hauptsächlich auf die Aussage des Beschwerdegegners 2. D._ gebe an, dass er diesen Steinwurf gesehen habe. Er beschreibe dabei die vom Beschwerdeführer verwendete Wurfart. Allerdings weiche die von D._ genannte Distanz, die zwischen dem Beschwerdeführer und dem Beschwerdegegner 2 zum Zeitpunkt des fraglichen Steinwurfs bestanden haben solle, stark von der diesbezüglichen Angabe des Beschwerdegegners 2 ab. Dieser mache ebenfalls geltend, dass er von diesem Steinwurf ein Hämatom bei gleichzeitiger Schwellung davongetragen habe. Der Beschwerdegegner 3 und D._ wollten diese Verletzung gesehen haben. Allerdings bestehe dazu kein ärztliches Zeugnis, welches die Verletzung hätte bescheinigen können. Auch seien von dieser Verletzung keine Aufnahmen gemacht worden, die sich in den Akten befinden würden. Der Beschwerdeführer selbst bestreite durchweg, den Beschwerdegegner 2 oder überhaupt einem in dieser Nacht diensthabenden Sicherheitsmann einen Stein angeworfen zu haben. Vielmehr habe er einen Stein gegen die Wand gerollt und nicht geworfen, als er und der Beschwerdegegner 2 sich gegenübergestanden seien.
Die Vorinstanz folgert, ob der Beschwerdeführer dem Beschwerdegegner 2 einen Stein angeworfen habe, bleibe damit umstritten. Unbestritten sei dagegen, dass er im Zeitpunkt, als der Beschwerdegegner 2 bei ihm eingetroffen sei, noch zumindest einen Stein in der Hand gehalten habe. Aufgrund dieser Feststellung könne im Hinblick auf den angeklagten Tatbestand offenbleiben, ob der Beschwerdeführer dem Beschwerdegegner 2tatsächlich einen Stein angeworfen habe und ob er sich und allenfalls mittels welcher Handlungen anlässlich seiner Fixierung gegen Mitarbeitende der Bewachungsgesellschaft E._ AG gewehrt habe. Aufgrund der Umstände, nämlich der zuvor vom Beschwerdeführer angekündigten und gegen das Gebäude des Bundesasylzentrums durchgeführten Steinwürfe, sei das Halten eines weiteren grossen Steins in der Hand objektiv als eine Drohung im Sinne von <ref-law> gegen die Sicherheitsmänner im Allgemeinen und den beim Beschwerdeführer als erster Sicherheitsmann eingetroffenen Beschwerdegegner 2 im Besonderen zu werten. Der Beschwerdeführer habe seine Drohung zwar nicht ausgesprochen, aber aufgrund der Tatsache, dass er mit einem Stein ein gefährliches Wurfgeschoss in der Hand gehalten habe, nach aussen hin klar zu erkennen gegeben, ohne Rücksicht auf die Anwesenden oder deren Gesundheit zumindest weitere Sachbeschädigungen am Gebäude des Bundesasylzentrums begehen und sich von seinem Tatplan auch von der Präsenz der bei ihm eintreffenden Sicherheitsmänner nicht abbringen zu wollen. Für einen Aussenstehenden erscheine daher die Gefahr eines weiteren Steinwurfs imminent. Nach objektiven Massstäben sei der Besitz eines weiteren Steins in diesem Kontext als Androhung von ernstlichen Nachteilen zu verstehen, welche geeignet sei, auch eine besonnene Person in der Lage des Betroffenen gefügig zu machen und so seine Freiheit der Willensbildung oder -betätigung zu beschränken. Mit diesem Verhalten habe der Beschwerdeführer die reibungslose Durchführung der Amtshandlung beeinträchtigt, die darin bestanden habe, ihn davon abzuhalten, durch weitere Beschädigungen des Gebäudes die Ruhe und Ordnung am Bundesasylzentrum in U._ zu gefährden. In subjektiver Hinsicht - so die Vorinstanz weiter - sei dem Beschwerdeführer bewusst gewesen, dass am 17. Januar 2020 die drei Mitarbeiter der Bewachungsgesellschaft E._ AG dafür zuständig gewesen seien, für Ruhe und Ordnung am Bundesasylzentrum in U._ zu sorgen, und damit Amtsträger gewesen seien. Auch sei er sich darüber im Klaren gewesen, dass die Verrichtungen dieser drei Personen zur Wiederherstellung von Ruhe und Ordnung am Bundesasylzentrum und damit auch der Sicherheit der sich im Gebäude befindenden Personen Amtshandlungen dargestellt hätten. Durch das Halten zumindest eines weiteren Steins, das - nachdem er grosse Steine gegen das Gebäude geworfen habe - objektiv als Drohung, weitere Sachbeschädigungen zu begehen, aufzufassen sei, habe er wissentlich und willentlich die Mitarbeiter der Bewachungsgesellschaft E._ AG in der Ausübung ihrer Amtshandlung - der Verhinderung weiterer Steinwürfe - behindert und den Tatbestand von <ref-law> in objektiver und subjektiver Hinsicht erfüllt. Bei diesem Ergebnis sei dahingestellt, ob die Fixierung des Beschwerdeführers zum Auftrag der Mitarbeiter der Bewachungsgesellschaft E._ AG gehört habe.
3.4. Der Beschwerdeführer rügt zu Recht, dass der so begründete Schuldspruch wegen Gewalt und Drohung gegen Behörden und Beamte gegen den Anklagegrundsatz verstösst.
In der Anklage wird die Tathandlung in objektiver Hinsicht dahingehend umschrieben, dass der Beschwerdeführer einen Stein in die Richtung des Beschwerdegegners 2 geworfen und bei der anschliessenden Fixierung mit seinen Händen sowie Füssen um sich geschlagen habe; der Tatvorwurf bezieht sich also auf die Hinderung einer Amtshandlung mittels Gewalt bzw. den tätlichen Angriff während einer Amtshandlung. Von einer Drohung ist im Strafbefehl vom 22. Juni 2020 nicht die Rede. Wohl setzt der (angeklagte) Steinwurf in die Richtung des Beschwerdegegners 2 naturgemäss voraus, dass der Beschwerdeführer den Stein zuvor zumindest für kurze Zeit in der Hand hielt. Indessen ist der Anklage nicht zu entnehmen, dass bereits das blosse Halten des Steins drohenden Charakter hatte, mithin eine Androhung ernstlicher Nachteile im Sinne von <ref-law> darstellte und geeignet war, eine verständige Person in der Lage der Betroffenen gefügig zu machen. Ebenso wenig äussert sich die Anklage dazu, dass der Beschwerdeführer alleine mit dem Halten des Steines die Durchführung einer Amtshandlung verzögerte oder erschwerte. Sieht man die Amtshandlung mit der Vorinstanz darin, dass die Beamten den Beschwerdeführer von weiteren Steinwürfen abzuhalten hatten, müsste in der Anklageschrift ausgeführt werden, inwiefern die Beamten darin durch das Verhalten des Beschwerdeführers tatsächlich behindert worden sind, also der tatbestandsmässige Erfolg eingetreten ist. Indessen erwähnt der Strafbefehl mit keinem Wort, dass die (von der Vorinstanz angenommene) stillschweigende Androhung des Beschwerdeführers, durch weitere Steinwürfe gegen das Bundesasylzentrum zusätzliche Sachbeschädigungen zu verursachen, die Beamten daran gehindert hätte, zu intervenieren.
Schliesslich geht der Schuldspruch auch in subjektiver Hinsicht über den in der Anklage umgrenzten Tatvorwurf hinaus, zumal sich der Vorsatz des Täters bei der hier interessierenden Tatvariante von <ref-law> auch auf den drohenden Charakter seiner Handlungsweise und deren hindernde Wirkung auf die Amtshandlung beziehen muss (VERONICA BOETON ENGEL, in: Commentaire Romand Code pénal II, 2017, N. 36 zu <ref-law>; STEFAN HEIMGARTNER, in: Basler Kommentar Strafrecht, Bd. II, 4. Aufl. 2019, N. 23 zu <ref-law>). Auch dazu schweigt der Strafbefehl, obwohl durchaus nicht auf der Hand liegt, dass der Beschwerdeführer insofern mit Wissen und Willen handelte.
Das Urteil beruht somit auf einem Tatvorwurf, der in der Anklage nicht erhoben wird, auch nicht in Form einer Alternativ- oder Eventualanklage. Die Abweichung betrifft keinen untergeordneten Punkt, sondern den Kern des Tatvorwurfs. Der Beschwerdeführer hatte keinen Anlass, sich zu dem von der Vorinstanz festgestellten Sachverhalt zu äussern, zumal die erste Instanz ihren Entscheid noch anders begründet hatte. Unter diesen Umständen ist der angefochtene Schuldspruch wegen <ref-law> mit dem Anklagegrundsatz nicht zu vereinbaren.
4.
Da sich die Beschwerde hinsichtlich des Verstosses gegen den Anklagegrundsatz als begründet erweist, braucht auf die weiteren Rügen und Anträge des Beschwerdeführers nicht weiter eingegangen zu werden.
5.
Die Beschwerde ist gutzuheissen und der angefochtene Entscheid aufzuheben. Der vom Beschwerdeführer beantragte reformatorische Entscheid durch das Bundesgericht fällt ausser Betracht, nachdem die Vorinstanz die angeklagten Tatvorwürfe nicht abschliessend beurteilt hat. Stattdessen ist die Sache zu neuer Entscheidung an die Vorinstanz zurückzuweisen (<ref-law>).
Die Schweizerische Eidgenossenschaft (Bundesanwaltschaft) trägt keine Gerichtskosten (<ref-law>). Sie hat den Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren angemessen zu entschädigen (<ref-law>). Die Entschädigung ist praxisgemäss seinem Rechtsvertreter auszurichten. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung wird gegenstandslos.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird gutgeheissen. Das Urteil der Berufungskammer des Bundesstrafgerichts vom 8. Juli 2021 wird aufgehoben und die Sache zur neuen Entscheidung an die Vorinstanz zurückgewiesen.
2.
Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
3.
Die Schweizerische Eidgenossenschaft (Bundesanwaltschaft) hat dem Rechtsvertreter des Beschwerdeführers, Rechtsanwalt Benedikt Homberger, eine Entschädigung von Fr. 3'000.-- zu bezahlen.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Bundesstrafgericht, Berufungskammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 23. März 2022
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Jacquemoud-Rossari
Die Gerichtsschreiberin: Pasquini