Sachverhalt:
A.
B._ (Klägerin, Beschwerdegegnerin) ist Aktionärin der A._ AG (Beklagte, Beschwerdeführerin) und hält 200'000 von deren 600'000 Namenaktien.
B.
Mit Klage vom 28. Mai 2018 leitete die Klägerin ein Verfahren beim Handelsgericht des Kantons Zürich ein. Sie beantragte in ihrem Hauptbegehren, den Organen der Beklagten sei unter Strafandrohung nach <ref-law> zu befehlen, der Klägerin wahlweise (a) 200'000 Namenaktien der Beklagten über je Fr. 1.-- nominal im Sinne eines Wertpapiers oder (b) ein Zertifikat über das Eigentum an 200'000 Namenaktien der Beklagten über je Fr. 1.-- nominal im Sinne eines Wertpapiers auszuhändigen. Sie machte geltend, sie begehre die Aushändigung ihrer Aktien als Wertpapiere. Dadurch werde die Verkehrsfähigkeit ihrer Beteiligung sichergestellt und deren Veräusserung ermöglicht.
Mit Urteil vom 2. Dezember 2020 kam das Handelsgericht zum Schluss, dass grundsätzlich ein gesetzlicher Anspruch auf Aushändigung der Aktien in wertpapiermässiger Form bestehe, ausser der Anspruch werde in den Statuten der Gesellschaft ausdrücklich ausgeschlossen. Da in den Statuten der beklagten Gesellschaft dieser Anspruch der Aktionäre nicht abbedungen werde, habe die Klägerin einen Anspruch auf wertpapiermässige Verbriefung ihrer Mitgliedschaft. Entsprechend hiess das Handelsgericht die Klage gut und verpflichtete die Organe der Beklagten unter Androhung der Bestrafung nach <ref-law> im Widerhandlungsfall, der Klägerin wahlweise 200'000 Namenaktien der Beklagten im Sinne eines Wertpapiers oder ein Zertifikat über das Eigentum an 200'000 Namenaktien der Beklagten im Sinne eines Wertpapiers auszuhändigen.
C.
Dagegen erhob die Beschwerdeführerin Beschwerde in Zivilsachen an das Bundesgericht. Sie beantragte, das Urteil des Handelsgerichts sei aufzuheben und die Klage sei vollumfänglich abzuweisen.
Die Beschwerdegegnerin begehrte, die Beschwerde sei abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. Die Vorinstanz verzichtete auf Vernehmlassung.
Mit Präsidialverfügung vom 10. März 2021 wurde der Beschwerde die aufschiebende Wirkung erteilt.

Erwägungen:
1.
Die Sachurteilsvoraussetzungen sind erfüllt und geben zu keinen Bemerkungen Anlass. Unter Vorbehalt einer rechtsgenüglichen Begründung (Art. 42 Abs. 2 und Art. 106 Abs. 2 BGG; vgl. Erwägung 2) ist daher auf die Beschwerde einzutreten.
2.
Mit Beschwerde in Zivilsachen können Rechtsverletzungen nach Art. 95 und 96 BGG gerügt werden. Die Beschwerde ist hinreichend zu begründen, andernfalls wird darauf nicht eingetreten (<ref-ruling> E. 2.1). In der Beschwerdeschrift ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt (<ref-law>). Unerlässlich ist, dass die Beschwerde auf die Begründung des angefochtenen Entscheids eingeht und im Einzelnen aufzeigt, worin eine Verletzung von Bundesrecht liegt. Die beschwerdeführende Partei soll in der Beschwerdeschrift nicht bloss die Rechtsstandpunkte, die sie im kantonalen Verfahren eingenommen hat, erneut bekräftigen, sondern mit ihrer Kritik an den als rechtsfehlerhaft erachteten Erwägungen der Vorinstanz ansetzen (<ref-ruling> E. 2 S. 89, 115 E. 2 S. 116).
3.
Die Beschwerdeführerin stellt sich auf den Standpunkt, dass entgegen der Vorinstanz weder ein gesetzlicher noch ein statutarischer Anspruch der Beschwerdegegnerin auf Ausgabe der Aktien als Wertpapier bestehe. Ein Anspruch auf eine wertpapiermässige Verbriefung bestünde nur dann, wenn die Statuten dies explizit vorsehen würden, was in casu nicht der Fall sei. Nach aktienrechtlichen Grundsätzen müsse die Verbriefung der Mitgliedschaft auch nicht in einem Wertpapier erfolgen. Es genüge eine gewöhnliche Beweisurkunde, mit welcher der Aktionär seine Rechte dartun könne. Es sei auch nicht ersichtlich, inwiefern der Aktionär zwecks Ausübung seiner Rechte auf eine Verbriefung der Mitgliedschaft in einem Wertpapier angewiesen sei. Bei Publikumsgesellschaften und kleinen Gesellschaften mit wenigen Aktionären werde daher häufig auf die Verurkundung verzichtet. Das gelte auch hier, da es sich bei der Beschwerdeführerin um eine Gesellschaft mit nur drei Aktionären handle (Beschwerdegegnerin und ihre beiden Brüder). Zusätzlich sei die Übertragung der Aktien der Beschwerdeführerin durch eine Vinkulierung eingeschränkt. Indem die Vorinstanz einen Anspruch der Beschwerdegegnerin auf Aushändigung ihrer Aktien in wertpapiermässiger Form bejaht habe, habe sie <ref-law> verletzt.
4.
Vor Bundesgericht ist strittig, ob die Beschwerdegegnerin als Aktionärin der Beschwerdeführerin einen Anspruch auf die wertpapiermässige Verbriefung ihrer Mitgliedschaft hat.
4.1. Im Obligationenrecht ist diese Frage nicht geregelt. Das Bundesgericht hat im Jahre 1957 im Zusammenhang mit der Ausstellung von neuen Inhaberaktien als Ersatz für die in den Kriegswirren zerstörten Urkunden erwogen, dass die Gesellschaft ihrer "Pflicht zur Verurkundung dieser Rechte" nachgekommen sei (<ref-ruling> E. 5). Das Bundesgericht ging in diesem Entscheid somit von einer Pflicht zur Verurkundung der Mitgliedschaftsrechte bei der Aktiengesellschaft aus, ohne dies aber weiter zu begründen. Bereits zuvor hat das Bundesgericht festgehalten, dass der Zeichner der Aktien "in der Regel" berechtigt sei, dass ihm für die ihm gebührenden Aktienrechte "Aktienbriefe ausgefolgt werden" (BGE 15 I 619 E. 3 S. 625).
4.2. In der Lehre ist die Frage seit langem umstritten, wobei grundsätzlich zwei Auffassungen ausgemacht werden können.
4.2.1. Die eine Lehrmeinung bejaht einen gesetzlichen Anspruch des Aktionärs auf wertpapiermässige Verbriefung, der aber nach der überwiegenden Meinung statutarisch wegbedungen werden kann (Hans Caspar von der Crone, Aktienrecht, 2. Aufl. 2020, Rz. 294; Peter Jung, Zürcher Kommentar, 2. Aufl. 2016, N. 73 und N. 87 zu <ref-law>; Carl Baudenbacher, Basler Kommentar, Obligationenrecht II, 5. Aufl. 2016, N. 4 zu <ref-law>; Martin Waldburger, in: Vito Roberto / Hans Rudolf Trüeb [Hrsg.], Handkommentar zum Schweizer Privatrecht, 3. Aufl. 2016, N. 8 f. zu <ref-law>; Christoph von Greyerz, Die Aktiengesellschaft, in: Schweizerisches Privatrecht, Band VIII/2, 1982, S. 144; Wolfhart F. Bürgi, Zürcher Kommentar, 1957, N. 22 zu Vorb. zu Art. 683 - 687 OR; Alfred Siegwart, Zürcher Kommentar, 1945, N. 44 zu <ref-law>), wobei über die Art und Weise der Wegbedingung verschiedene Auffassungen bestehen (vgl. Philip Spoerlé, Die Inhaberaktie, 2015, Rz. 119 ff. mit weiteren Hinweisen).
Ein Teil der älteren Lehre geht demgegenüber davon aus, dass dieser Anspruch des Aktionärs in den Statuten nicht abbedungen werden kann (Fritz von Steiger, Das Recht der Aktiengesellschaft in der Schweiz, 4. Aufl. 1970, S. 21 und S. 176). Auch in der neueren Lehre wird dies für Inhaberaktien vertreten und erklärt, dass die Gesellschaft verpflichtet sei, Inhaberpapiere auszugeben (Carlo Lombardini, Commentaire Romand, Code des obligations II, 2. Aufl. 2017, N. 21 f. zu <ref-law>; Peter Böckli, Schweizer Aktienrecht, 4. Aufl. 2009, § 4 N. 123 f.).
4.2.2. Die andere Lehrmeinung verneint einen (gesetzlichen) Anspruch auf Ausgabe eines Wertpapiers (Lukas Morscher, in: Jolanta Kren Kostkiewicz et al [Hrsg.], OR Kommentar, 3. Aufl. 2016, N. 5 zu <ref-law>; Adrian Plüss, in: Jeannette K. Wibmer, Aktienrecht - Kommentar, 2016, N. 14 zu <ref-law>; Peter Forstmoser / Arthur Meier-Hayoz / Peter Nobel, Schweizerisches Aktienrecht, 1996, § 43 N. 4). Weder aus dem Aktienrecht noch aus dem Wertpapierrecht noch aus einer anderen privatrechtlichen Grundlage ergebe sich eine Pflicht, die aktienrechtliche Mitgliedschaft in einem Wertpapier zu verkörpern. Ein solcher Anspruch könne jedoch durch eine statutarische Regelung gewährt werden oder sich allenfalls aus innergesellschaftlicher Usanz ergeben (Peter Forstmoser / Thomas Lörtscher, Namenaktien mit aufgeschobenem Titeldruck, SAG 2/1987, S. 50 ff. S. 51 f.).
4.2.3. Die herrschende Lehre ist damit zumindest für Namenaktien, um welche es in casu geht, im Prinzip einig, dass kein zwingendes Recht auf Verbriefung der Mitgliedschaft besteht. Umstritten bleibt nur, ob der Anspruch auf wertpapiermässige Verbriefung grundsätzlich besteht und in den Statuten wegbedungen werden kann, oder ob er umgekehrt erst durch eine Regelung in den Statuten entsteht.
4.3.
4.3.1. Unbestrittenermassen hat der Aktionär gegenüber der Aktiengesellschaft Anspruch auf eine Bescheinigung seiner Aktionärsstellung, mit der er seine Mitgliedschaftsrechte dartun kann (Arthur Meier-Hayoz / Peter Forstmoser / Rolf Sethe, Schweizerisches Gesellschaftsrecht, 12. Aufl. 2018, § 16 N. 386). Dieser Anspruch auf Ausstellung einer gewöhnlichen Beweisurkunde ist unentziehbar (Böckli, a.a.O., § 4 N. 123). Die wertpapiermässige Verbriefung des Mitgliedschaftsrechts der Aktiengesellschaft ist demgegenüber kein zwingendes Erfordernis für die Entstehung, die Geltendmachung oder die Übertragung der Mitgliedschaft (<ref-ruling> E. 4 S. 454; 48 II 395 E. 3 S. 402; 15 I 619 E. 3 S. 625; BSK-Baudenbacher, a.a.O., N. 2 zu <ref-law>). Entsprechend verzichten in der Praxis Gesellschaften seit jeher und häufig auf die Verbriefung (Arthur Meier-Hayoz/Hans Caspar von der Crone, Wertpapierrecht, 3. Aufl. 2018, Rz. 1017; ZK-Siegwart, a.a.O., N. 40 zu <ref-law>).
4.3.2. Dennoch ist die wertpapiermässige Verurkundung der Mitgliedschaft der Regelfall, von welchem das Gesetz für die Aktiengesellschaft ausgeht (von der Crone, a.a.O., Rz. 276, Rz. 281 und Rz. 294; Meier-Hayoz/Forstmoser/Sethe, a.a.O., § 16 N. 388; BSK-Baudenbacher, a.a.O., N. 2 zu <ref-law>; von Greyerz, a.a.O., S. 144). So bestimmt beispielsweise <ref-law>, dass die Übertragung von Namenaktien durch Übergabe des indossierten Aktientitels und damit nach den Regeln für Ordrepapiere erfolgt, während es für Inhaberaktien stillschweigend von der Anwendung der Bestimmungen zum Inhaberpapier ausgeht (von der Crone, a.a.O, Rz. 276). Daraus ist zu schliessen, dass das Gesetz dem Aktionär (zumindest implizit) einen Anspruch auf Verbriefung seiner Mitgliedschaft gewähren will (Spoerlé, a.a.O., Rz. 131).
Dieses Konzept der grundsätzlichen Verurkundung in einem Wertpapier korreliert auch mit der für die Aktiengesellschaft charakteristischen Unpersönlichkeit und leichten Übertragbarkeit der Mitgliedschaft (Forstmoser/Meier-Hayoz/Nobel, a.a.O., § 43 N. 18). Ebenso spricht die für die Aktiengesellschaft typische Verkehrsfähigkeit der Aktionärsstellung für die Verbriefung in einem Wertpapier. Solange nämlich die aktienrechtliche Mitgliedschaft nicht in einem Wertpapier verbrieft ist, ist sie durch Zession zu übertragen, bei der grundsätzlich kein Verkehrsschutz mit Bezug auf den Erwerb besteht (von der Crone, a.a.O., Rz. 282).
Vor diesem Hintergrund ist davon auszugehen, dass der Aktionär im Prinzip einen gesetzlichen Anspruch auf wertpapiermässige Verbriefung seiner Mitgliedschaftsrechte hat.
4.3.3. Da die Verbriefung in einem Wertpapier für die Entstehung, Geltendmachung und Übertragung der aktienrechtlichen Mitgliedschaft nicht unerlässlich ist (Erwägung 4.3.1), muss es der Aktiengesellschaft freistehen, dieses Recht der Aktionäre in den Statuten ausdrücklich auszuschliessen. Das gilt zumindest für Namenaktien, um die es vorliegend geht. Durch eine privatautonome Regelung in den Statuten der Aktiengesellschaft lässt sich auch den jeweiligen konkreten Umständen der einzelnen Gesellschaft am besten Rechnung tragen. Insbesondere kann damit auf Stufe der einzelnen Aktiengesellschaft auf das von der Beschwerdeführerin geltend gemachte Anliegen eingegangen werden, dass es etwa bei kleineren, personenbezogenen Aktiengesellschaften oftmals nicht dem Bedürfnis der Aktionäre entspricht, ihre Mitgliedschaftsrechte in ein Wertpapier zu kleiden.
Wie der gesetzliche Anspruch auf Ausgabe der Aktien als Wertpapier in den Statuten im Einzelnen abzubedingen ist, muss hier nicht entschieden werden, da eine solche statutarische Regelung in casu vollständig fehlt, wie nachher noch gezeigt wird (Erwägung 5).
4.4. Am grundsätzlichen Anspruch des Aktionärs auf Ausgabe eines Wertpapiers ändert auch das neue Aktienrecht nichts. Wie im geltenden Recht gibt es im revidierten Aktienrecht keine Bestimmung, die den Anspruch des Aktionärs, die Verbriefung seiner Mitgliedschaftsrechte in einem Wertpapier zu fordern, explizit regelt.
Wie die Beschwerdeführerin aber zu Recht erklärt, wurde im kommenden Aktienrecht die Bestimmung von <ref-law> angepasst. Im geltenden Recht bestimmt <ref-law>, dass die Aktientitel durch mindestens ein Mitglied des Verwaltungsrates unterschrieben sein müssen. Im revidierten Aktienrecht wird demgegenüber neu Folgendes bestimmt: "Werden Aktientitel ausgegeben, so müssen sie von mindestens einem Mitglied des Verwaltungsrats unterschrieben sein". Im Gegensatz zum geltenden Recht ist die Ausgabe von Aktientiteln in einem Konditionalsatz enthalten, womit nach der Botschaft des Bundesrats klargestellt werden soll, dass Aktiengesellschaften nicht verpflichtet sind, Aktientitel auszugeben. Der Aktionär könne hingegen weiterhin die Erstellung einer Beweisurkunde verlangen (Botschaft vom 23. November 2016 zur Änderung des Obligationenrechts [Aktienrecht], BBl 2017, S. 399 ff., S. 484; ohne weitere Diskussion in den Räten: AB NR 2018 S. 1112 f., AB SR 2019 S. 492 ff.).
Wie die Vorinstanz zutreffend erwog, wird damit die hier strittige Frage nicht beantwortet. In Art. 622 Abs. 5 revOR wird nur bestätigt, was ohnehin im geltenden Recht bereits prinzipiell gilt, nämlich, dass kein zwingender Anspruch des Aktionärs auf eine wertpapiermässige Verbriefung besteht (dazu oben Erwägung 4.2.3). Ob der Aktionär einen gesetzlichen Anspruch hat, der statutarisch wegbedungen werden kann, oder ob dieser Anspruch erst durch eine statutarische Regelung entsteht, regelt auch das revidierte Aktienrecht nicht. Mit der Neuformulierung von <ref-law> wurde an der bisherigen Konzeption somit nichts geändert.
4.5. Zusammenfassend haben Aktionäre somit einen gesetzlichen Anspruch darauf, dass ihre Mitgliedschaftsrechte in einem Wertpapier verbrieft werden. Dieser grundsätzliche Anspruch kann zumindest bei Namenaktien in den Statuten ausgeschlossen werden.
4.6. Die entsprechende Auffassung der Vorinstanz ist damit nicht zu beanstanden und die dagegen erhobenen Rügen der Beschwerdeführerin sind unbegründet.
Wie es sich mit dem Anspruch der Beschwerdegegnerin verhalten würde, wenn die Aktiengesellschaft Bucheffekten ausgegeben hätte, braucht hier nicht beurteilt zu werden, da nach den Feststellungen der Vorinstanz keine solche Effekten ausstehend sind.
5.
5.1. Die Vorinstanz prüfte sodann, was die Statuten der Beschwerdeführerin zur Verbriefung der Mitgliedschaft bestimmten. Art. 3 der Statuten der Beschwerdeführerin lasse der Gesellschaft die Wahl, ob sie anstelle von einzelnen Namenaktien Zertifikate ausstelle. Dem Wortlaut des Artikels sei jedoch nicht zu entnehmen, ob es sich dabei um Wertpapiere oder um reine Beweisurkunden handeln müsse, denn weder der Begriff "Aktie" noch der Begriff "Zertifikat" sage etwas über die Ausgestaltung der Urkunden aus. Die Statuten räumten der Beschwerdeführerin bloss die Wahl ein, den Aktionären ein (Sammel) zertifikat statt Einzeltitel auszugeben. Zur Frage, ob die Aktien in Form von Wertpapieren oder als blosse Beweisurkunden auszugeben seien, schwiegen die Statuten. Es sei der Beschwerdegegnerin darin zuzustimmen, dass in den Statuten der Anspruch der Aktionäre, die Aushändigung ihrer Aktien in Form von Wertpapieren zu verlangen, nicht abbedungen worden sei. Die Beschwerdeführerin habe keine Anhaltspunkte genannt, anhand welcher eine vom mutmasslichen Willen abweichende tatsächliche Willensübereinstimmung festgestellt werden könnte. Der grundsätzlich bestehende Anspruch der Beschwerdegegnerin, die Aushändigung von wertpapiermässigen Aktien bzw. Zertifikaten zu verlangen, sei daher in den Statuten der Beschwerdeführerin nicht wegbedungen worden.
5.2. Dagegen macht die Beschwerdeführerin eine willkürliche Statutenauslegung durch die Vorinstanz geltend. Die Vorinstanz habe unberücksichtigt gelassen, dass der Begriff "Zertifikat" in Art. 3 der Statuten "zumindest von der Beschwerdeführerin" offensichtlich als eine Bescheinigung in Form einer Beweisurkunde der Aktionärsstellung verstanden worden sei. Diese Ausführungen seien von der Beschwerdegegnerin nicht bestritten worden. Damit übersehe die Vorinstanz, dass die Beschwerdegegnerin den vorgetragenen Sachverhalt über den Inhalt der Statuten anerkannt habe. Gestützt auf diesen Sachverhalt bestehe kein Raum für einen gerichtlichen Eingriff in die Statutenauslegung. Indem die Vorinstanz dieses Argument nicht berücksichtigt habe, habe sie eine offensichtlich unrichtige Feststellung getroffen und ihren Anspruch auf rechtliches Gehör verletzt.
5.3. Die Beschwerdeführerin trägt damit vor, dass sie selbst den Begriff "Zertifikat" in den Statuten im Sinne einer blossen Beweisurkunde verstanden habe. Inwiefern die Beschwerdegegnerin diese Behauptungen im vorinstanzlichen Verfahren anerkannt hätte, legt die Beschwerdeführerin mit ihren pauschalen Vorbringen indessen nicht hinreichend dar (Erwägung 2). Ebensowenig ist ersichtlich, inwiefern bezüglich dem Begriff des Zertifikats nach Art. 3 der Statuten ein übereinstimmender Wille bestanden haben soll. Die Beschwerdeführerin macht in ihrer Beschwerdeschrift selbst geltend, dass sich die Parteien im vorinstanzlichen Verfahren darüber "uneinig" gewesen seien, ob ein Aktionär einen Anspruch auf wertpapiermässige Verbriefung seiner Mitgliedschaft habe, und die Beschwerdegegnerin die wertpapiermässige Verbriefung der Aktien verlangt habe. Die Willkürrüge geht fehl. Inwiefern der Anspruch auf rechtliches Gehör verletzt wäre, ist weder hinreichend dargetan noch ersichtlich.
5.4. Die vorinstanzliche Statutenauslegung nach dem Vertrauensprinzip wird von der Beschwerdeführerin nicht beanstandet, zumindest nicht hinreichend (Erwägung 2).
Es bleibt damit bei der Statutenauslegung der Vorinstanz, wonach der grundsätzlich bestehende Anspruch der Beschwerdegegnerin, die Aushändigung von Wertpapieren zu verlangen, in den Statuten nicht abbedungen wurde. Damit hat die Beschwerdegegnerin einen Anspruch auf wertpapiermässige Verbriefung ihrer Mitgliedschaft.
Bei dieser Sachlage braucht auf die Ausführungen der Beschwerdegegnerin nicht eingegangen zu werden, wonach die Beschwerdeführerin ihren Anspruch auf wertpapiermässige Verbriefung vorprozessual anerkannt habe und sich der Anspruch auch "direkt aus den Statuten" ergebe.
6.
Die Beschwerdeführerin macht schliesslich geltend, die Vorinstanz habe Art. 58 und Art. 221 ZPO verletzt, ohne sich aber mit den diesbezüglichen Erwägungen der Vorinstanz hinreichend auseinanderzusetzen (Erwägung 2). Darauf ist nicht einzutreten.
7.
Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend wird die Beschwerdeführerin kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 Abs. 1 und Art. 68 Abs. 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 2'500.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3.
Die Beschwerdeführerin hat die Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 3'000.-- zu entschädigen.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Handelsgericht des Kantons Zürich schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 9. August 2021
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Hohl
Der Gerichtsschreiber: Brugger