Faits :
A.
Le 23 août 2017, A._ a été prévenu d'infraction grave à la loi sur les stupéfiants pour avoir, à tout le moins depuis le 16 février 2016, en compagnie de C._, possédé et vendu de la marijuana à de nombreuses personnes qui se présentaient dans les locaux de l'Association D._ à U._ (dont il était président), réalisant des bénéfices importants au vu de la durée du trafic.
Par ordonnance du 23 août 2017, Me E._ a été désigné en tant que défenseur d'office du prévenu qui se trouvait dans un cas de défense obligatoire (<ref-law>). Ce dernier a, par courrier du 29 septembre 2017, requis le changement de son avocat d'office, dès lors qu'il n'avait plus confiance en Me E._, ni en son stagiaire. Par écritures des 6 novembre et 18 décembre 2017, Me F._ a sollicité sa désignation en qualité de défenseur d'office du prévenu, demande rejetée le 2 février 2018 par le Ministère public. Pour ce dernier, les conditions de l'<ref-law> n'étaient pas remplies: il n'existait aucun élément objectif permettant d'admettre une grave rupture du lien de confiance entre le prévenu et son défenseur d'office et une défense efficace restait assurée. Le Ministère public a enfin ajouté que Me F._ défendait déjà un co-prévenu, ce qui en l'espèce générait un conflit d'intérêt.
B.
Statuant sur recours du prévenu, la Chambre pénale de recours de la Cour de justice de la République et canton de Genève a confirmé cette décision par arrêt du 6 mars 2018. Aucun élément du dossier ne permettait de retenir que la défense de l'intéressé n'était pas assurée de manière suffisamment efficace, ni même que la relation de confiance était atteinte, a fortiori gravement; il n'était dès lors pas nécessaire d'examiner s'il existait un conflit d'intérêt au sens de l'<ref-law> entre les deux co-prévenus dont l'un était déjà défendu par Me F._.
C.
Par acte du 23 mars 2018, A._ recourt contre cette décision auprès du Tribunal fédéral. Il demande l'annulation de l'arrêt attaqué et le renvoi de la cause à l'instance précédente pour qu'elle statue dans le sens des considérants. En substance, il fait grief à l'instance précédente d'avoir violé son droit d'être entendu en omettant d'examiner la question de la désignation de Me F._ en tant qu'avocate de choix; il se plaint, dans ce contexte, d'une violation de son droit au libre choix du défenseur. Il demande en outre à être mis au bénéfice de l'assistance judiciaire.
Aux termes de ses observations, le Ministère public conclut au rejet du recours. La Cour de justice se réfère aux considérants de son arrêt et n'a pas d'observations à formuler. Dans un second échange d'écritures, le recourant persiste dans ses conclusions, tout comme le Ministère public.

Considérant en droit :
1.
Le Tribunal fédéral examine d'office sa compétence (<ref-law>) et contrôle librement la recevabilité des recours qui lui sont soumis (<ref-ruling> consid. 1 p. 358).
1.1. La contestation portant sur une décision relative à la défense d'office en matière pénale, le recours au Tribunal fédéral est régi par les <ref-law>. Formé en temps utile (<ref-law>) contre une décision prise en dernière instance cantonale (<ref-law>) et qui touche le recourant dans ses intérêts juridiquement protégés (art. 81 al. 1 let. a et b ch. 1 LTF), le recours est en principe recevable comme recours en matière pénale.
1.2. Selon l'<ref-law>, toute conclusion nouvelle est irrecevable. Une conclusion est nouvelle dès lors qu'elle n'a pas été soumise à l'autorité précédente et qu'elle tend à élargir l'objet du litige. Celui-ci est en l'occurrence limité à la question de la désignation du défenseur d'office, plus précisément de son remplacement par un autre défenseur d'office, au sens de l'<ref-law>.
Dans les conclusions de son recours, le prévenu demande au Tribunal de céans d'annuler l'arrêt entrepris et de " renvoyer la cause à l'Autorité cantonale pour qu'elle statue dans le sens des considérants "; à la lecture de son mémoire de recours, on comprend qu'il requiert le renvoi de la cause à l'instance précédente pour qu'elle désigne Me F._ comme avocate de choix. Or, quoi qu'en dise le recourant, il n'a pris aucune conclusion dans ce sens devant l'instance précédente; dans son recours cantonal, celui-ci a uniquement conclu au renvoi du dossier au Ministère public pour qu'il rende une nouvelle ordonnance de nomination d'office. Partant, les conclusions du recourant - qui tendent en substance à la désignation de Me F._ en tant que défenseur privé - sont nouvelles et donc irrecevables (<ref-law>). Il en va de même des griefs formulés à l'appui de ces conclusions. Pour le surplus, on relèvera que le recourant ne cherche absolument pas, dans son écriture devant le Tribunal fédéral, à démontrer que les conditions de l'<ref-law> pour admettre le changement d'avocat d'office seraient réalisées, question examinée par l'instance précédente (cf. arrêt entrepris consid. 3.3).
2.
En conclusion, le présent recours doit être déclaré irrecevable. Dès lors qu'il était dénué de chances de succès, la demande d'assistance judiciaire du recourant doit être rejetée (cf. <ref-law>). Vu les circonstances, le présent arrêt sera rendu sans frais (art. 66 al. 1, 2 ème phrase, LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est irrecevable.
2.
La demande d'assistance judiciaire est rejetée.
3.
Il n'est pas perçu de frais judiciaires.
4.
Le présent arrêt est communiqué à la mandataire du recourant, à Me B._, au Ministère public ainsi qu'à la Chambre pénale de recours de la Cour de justice de la République et canton de Genève.
Lausanne, le 18 juin 2018
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Merkli
La Greffière : Arn