Sachverhalt:
A.
Der Gemeinderat Bonstetten erteilte der A._ AG am 10. Mai 2016 die Bewilligung für den Neubau eines Mehrfamilienhauses auf dem Grundstück Nr. 1173 in Bonstetten. Am 31. Oktober 2016 bewilligte die Baukommission der Gemeinde Bonstetten eine Projektänderung bezüglich Firsthöhe, Dacheinschnitte und Dachflächenfenster, wobei die Richtung des Dachfirsts unverändert parallel zur kürzeren Fassade blieb.
Gegen beide Beschlüsse erhoben B. und C. D._ Rekurs beim Baurekursgericht des Kantons Zürich. Dieses vereinigte die beiden Verfahren mit Entscheid vom 27. Juni 2017 und wies den Rekurs ab, soweit das Verfahren nicht als gegenstandslos geworden abgeschrieben wurde.
Diesen Entscheid fochten B. und C. D._ mit Beschwerde beim Verwaltungsgericht des Kantons Zürich an. Mit Urteil vom 5. April 2018 hiess das Verwaltungsgericht die Beschwerde gut und hob die Beschlüsse des Gemeinderats vom 10. Mai 2016 und der Baukommission vom 31. Oktober 2016 sowie den Entscheid des Baurekursgerichts vom 27. Juni 2017 auf.
B.
Gegen das verwaltungsgerichtliche Urteil gelangt die A._ AG mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 14. Mai 2018 an das Bundesgericht. Sie beantragt in erster Linie die Aufhebung des Urteils und die Rückweisung der Sache zur Neubeurteilung an das Verwaltungsgericht.
Der Gemeinderat Bonstetten verzichtete auf eine Vernehmlassung, während das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich beantragt, die Beschwerde sei abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. Die Beschwerdegegner beantragen im Rahmen ihrer Vernehmlassung die vollumfängliche Abweisung der Beschwerde.

Erwägungen:
1.
1.1. Gegen den kantonal letztinstanzlichen Endentscheid des Verwaltungsgerichts des Kantons Zürich im Bereich des Baurechts steht grundsätzlich die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht offen (vgl. Art. 82 lit. a, Art. 86 Abs. 1 lit. d und Abs. 2 sowie Art. 90 BGG). Die Beschwerdeführerin nahm am vorinstanzlichen Verfahren teil und ist als Grundeigentümerin des betroffenen Grundstücks und Adressatin des angefochtenen Entscheids nach <ref-law> zur Beschwerde legitimiert. Da auch die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen gegeben sind, ist auf die Beschwerde grundsätzlich einzutreten.
1.2. Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann insbesondere die Verletzung von Bundesrecht und von kantonalen verfassungsmässigen Rechten sowie die offensichtlich unrichtige, d.h. willkürliche, Feststellung des Sachverhalts gerügt werden (Art. 95 lit. a und c sowie <ref-law>). Die Verletzung des übrigen kantonalen Rechts kann, abgesehen von hier nicht relevanten Ausnahmen gemäss <ref-law>, vor Bundesgericht nicht gerügt werden; zulässig ist jedoch die Rüge, die Anwendung dieses Rechts führe zu einer Verletzung von Bundesrecht, namentlich des verfassungsmässigen Willkürverbots gemäss <ref-law> (<ref-ruling> E. 2 S. 149 f. mit Hinweisen). Nach der Praxis des Bundesgerichts verstösst ein Entscheid gegen dieses Verbot, wenn er offensichtlich unhaltbar ist, weil er zum Beispiel eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz krass verletzt. Dass eine andere Lösung ebenfalls als vertretbar erscheint, genügt nicht. Das Bundesgericht hebt einen Entscheid jedoch nur auf, wenn nicht bloss die Begründung, sondern auch dessen Ergebnis unhaltbar ist (<ref-ruling> E. 7.1 S. 124 mit Hinweis).
1.3. Rügt ein Beschwerdeführer die Verletzung des Willkürverbots, genügt es nicht, wenn er bloss behauptet, der angefochtene Entscheid sei willkürlich. Er hat vielmehr anhand der Erwägungen des angefochtenen Entscheids im Einzelnen aufzuzeigen, inwiefern dieser an einem qualifizierten und offensichtlichen Mangel leidet. Auf Rügen, mit denen bloss allgemein gehaltene, appellatorische Kritik am angefochtenen Entscheid geübt wird, tritt das Bundesgericht nicht ein (<ref-ruling> E. 4.2 S. 53; <ref-ruling> E. 2.1 S. 372; <ref-ruling> E. 1.3 S. 59 f.; je mit Hinweisen).
Vorliegend macht die Beschwerdeführerin eventualiter geltend, ein allfälliger Mangel könnte durch eine blosse Nebenbestimmung im Sinne von § 321 Abs. 1 des Planungs- und Baugesetzes des Kantons Zürich vom 7. September 1975 (PBG; LS 700.1) geheilt werden. Sie legt jedoch nicht dar, dass und inwiefern die Vorinstanz gegen Bundesrecht, namentlich das Willkürverbot, verstossen haben soll, indem sie vom Erlass einer solchen Nebenbestimmung absah. Entsprechend den vorstehenden Ausführungen ist auf dieses Vorbringen der Beschwerdeführerin daher nicht einzutreten.
1.4. Die Beschwerdeführerin rügt sodann eine Verletzung der Gemeindeautonomie gemäss <ref-law>. Zu dieser Rüge ist sie befugt, weil eine Verletzung dieser Bestimmung Auswirkungen auf ihre rechtliche oder tatsächliche Stellung haben kann, die Gemeinde hoheitlich gehandelt und sie ihr Gesuch bewilligt hat (<ref-ruling> E. 1.2.4 S. 40 f. mit Hinweisen).
2.
2.1. Weiter macht die Beschwerdeführerin eine Verletzung des Anspruchs auf rechtliches Gehör geltend (<ref-law>). Sie und die örtliche Baubehörde hätten in den vorinstanzlichen Verfahren vorgebracht, ein Abweichen vom parallelen Verlauf des Dachfirsts zur längeren Fassade sei zulässig, ohne dass die für Ausnahmebewilligungen gemäss § 220 PBG vorgesehenen Voraussetzungen erfüllt sein müssten. Diese Ausführungen sowie die Begründung für die geplante Firstrichtung habe das Verwaltungsgericht jedoch übergangen.
2.1.1. Aus dem Anspruch auf rechtliches Gehör wird abgeleitet, dass die Gerichte ihre Entscheide zu begründen haben. Die Begründung muss sich jedoch nicht mit allen Parteistandpunkten einlässlich auseinandersetzen und jedes einzelne Vorbringen ausdrücklich widerlegen. Es genügt, wenn die Begründung kurz die wesentlichen Überlegungen nennt, die dem Entscheid zu Grunde liegen, damit dieser sachgerecht angefochten werden kann (<ref-ruling> E. 5.2 S. 70 f. mit Hinweisen).
2.1.2. Das Verwaltungsgericht hat dargelegt, weshalb nach seiner Auffassung vorliegend keine Ausnahme von der im kommunalen Recht vorgesehenen Firstrichtung zulässig ist. Seine Erwägungen erlaubten es der Beschwerdeführerin ohne Weiteres, das Urteil nachzuvollziehen und sachgerecht anzufechten. Im Übrigen ist nicht ersichtlich, dass die Vorinstanz die für Ausnahmebewilligungen gemäss § 220 PBG vorgesehenen Voraussetzungen herangezogen oder sich darauf abgestützt hätte.
2.2. Die Beschwerdeführerin wirft dem Verwaltungsgericht vor, ohne weitere Abklärungen davon ausgegangen zu sein, dass im Umfeld des betroffenen Baugrundstücks keine ähnlichen Dachgestaltungen vorhanden seien. Sie rügt in diesem Zusammenhang eine Verletzung des rechtlichen Gehörs und eine unrichtige Sachverhaltsfeststellung.
Zwar brachte die Beschwerdeführerin im vorinstanzlichen Verfahren vor, am Augenschein vom 5. April 2017 Objekte mit Firsten parallel zur kürzeren Fassade bezeichnet zu haben. Selbst wenn dies jedoch zutreffen und solche Gebäude vorhanden sein sollten, käme diesem Umstand keine Entscheidrelevanz zu: Einerseits wären die Gründe für die Firstrichtung parallel zur kürzeren Fassade nicht bekannt und andererseits machte die Beschwerdeführerin keine Gleichbehandlung im Unrecht geltend. Mithin ist die Dachgestaltung der umliegenden Liegenschaften für die vorliegend streitgegenständliche Auslegung von Ziffer 8.4 Satz 1 der Bau- und Zonenordnung der Gemeinde Bonstetten vom 10. Mai 1995 (BZO) und deren Anwendung nicht relevant und kann der Vorinstanz nicht vorgeworfen werden, gegen den Anspruch auf rechtliches Gehör verstossen oder den Sachverhalt willkürlich festgestellt zu haben.
3.
Die Beschwerdeführerin beruft sich weiter auf die Gemeindeautonomie (<ref-law>) und macht geltend, dass der örtlichen Baubehörde bei der Anwendung von Ziffer 8.4 Satz 1 BZO ein von der Gemeindeautonomie geschützter Entscheidungsspielraum zustehe. Mit ihrer Auslegung von Ziffer 8.4 Satz 1 BZO verstosse die Vorinstanz sowohl gegen die Gemeindeautonomie als auch gegen das Willkürverbot (<ref-law>).
3.1. <ref-law> gewährleistet die Gemeindeautonomie nach Massgabe des kantonalen Rechts. Nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung sind Gemeinden in einem Sachbereich autonom, wenn das kantonale Recht diesen nicht abschliessend ordnet, sondern ihn ganz oder teilweise der Gemeinde zur Regelung überlässt und ihr dabei eine relativ erhebliche Entscheidungsfreiheit einräumt. Der geschützte Autonomiebereich kann einen entsprechenden Spielraum bei der Anwendung kantonalen oder eidgenössischen Rechts betreffen. Insbesondere bei der Auslegung kommunaler oder kantonaler unbestimmter Rechtsbegriffe wird den kommunalen Behörden ein von der Gemeindeautonomie geschützter Beurteilungs- bzw. Ermessensspielraum zuerkannt; namentlich wenn Fragen zu beantworten sind, die lokale Umstände betreffen, mit denen diese Behörden vertraut sind. Zur Wahrung dieses Spielraums der Gemeinden ist eine richterliche Zurückhaltung bei der Überprüfung der Auslegung unbestimmter Rechtsbegriffe zulässig; dagegen ist die Beschränkung der Kognition des kantonalen Gerichts auf eine Willkürprüfung mit der Rechtsweggarantie (<ref-law>) nicht vereinbar. Das Bundesgericht prüft frei, ob die kantonale Rechtsmittelinstanz einen in den Anwendungsbereich der Gemeindeautonomie fallenden Beurteilungsspielraum respektiert hat (vgl. zum Ganzen: Urteil 1C_358/2017 vom 5. September 2018 E. 3.1 und 3.6 mit Hinweisen, zur Publikation vorgesehen).
3.2. Die Gemeinde Bonstetten hat gestützt auf § 45 PBG die BZO erlassen. Gemäss § 49 Abs. 2 lit. d PBG sind in der Bau- und Zonenordnung unter anderem Regelungen über die Dachgestaltung gestattet. Ziffer 8.4 Satz 1 BZO bestimmt, dass die Firstrichtung in der Regel parallel zur längeren Fassade zu verlaufen hat. Bei der Auslegung dieser kommunalen Bestimmung ist die Gemeinde autonom.
Die Vorinstanz führt in ihrem Urteil aus, die Formulierung von Ziffer 8.4 Satz 1 BZO mache klar, dass nur ausnahmsweise eine andere Firstrichtung gewählt werden könne. Es müssten gewisse besondere Umstände vorhanden sein, andernfalls der ausnahmsweise Verzicht im freien Belieben der Baubehörde liegen würde. Vorliegend sei kein Ausnahmefall gegeben; namentlich weise die Liegenschaft keine nahezu identischen Seitenlängen auf und erwiesen sich weder Lage noch Form der Parzelle als ungewöhnlich. Die von der Baubehörde und dem Baurekursgericht angeführten wohnhygienischen Gründe begründeten keinen Ausnahmefall, soweit diese Instanzen festhielten, die geplante Baute würde bei einer Drehung des Dachfirsts auf die Nord-Süd-Achse weniger gut belichtet bzw. besonnt. Grundsätzlich könne jedes Gebäude nach Süden bzw. nach Westen ausgerichtet konzipiert werden. Würde der Auffassung der Baubehörde und des Baurekursgerichts gefolgt, würde die Wahl der Firstrichtung faktisch dem Bauherrn überlassen.
3.3. Zu Recht kommt das Verwaltungsgericht gestützt auf diese zutreffenden Erwägungen zum Schluss, dass die kommunale Baubehörde mit der Bejahung eines Ausnahmetatbestands den ihr zustehenden Beurteilungsspielraum überschritten hat. Würde die Abweichung von der in Ziffer 8.4 Satz 1 BZO statuierten Regel aus Gründen zugelassen, welche für jede Baute angeführt werden könnten, würde der Ausnahmecharakter dieser Bestimmung ausgehöhlt und deren Sinn und Zweck damit vereitelt. Im Übrigen gibt die Beschwerdeführerin selber an, dass der Mangel - sollte ein solcher denn vorhanden sein - durch eine blosse Nebenbestimmung geheilt werden könnte, da lediglich die Dachgestaltung entsprechend der zu ändernden Firstrichtung neu zu gestalten wäre und auch die Grundrisse im Innern ohne besondere Probleme angepasst werden könnten (vgl. zu dieser Frage E. 1.3 hiervor). Mithin hat die Vorinstanz die Gemeindeautonomie mit der Aufhebung des baurekursgerichtlichen Entscheids nicht verletzt.
Auch im Übrigen hält das angefochtene Urteil vor Bundesrecht stand.
4.
Demnach ist die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann.
Bei diesem Ausgang des Verfahrens sind die Gerichtskosten der unterliegenden Beschwerdeführerin aufzuerlegen (<ref-law>). Sie hat den anwaltlich vertretenen Beschwerdegegnern eine angemessene Parteientschädigung zu bezahlen (Art. 68 Abs. 1 und 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3.
Die Beschwerdeführerin hat den Beschwerdegegnern eine Parteientschädigung von Fr. 2'500.-- auszurichten.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien, dem Gemeinderat Bonstetten und dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 1. Abteilung, 1. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 29. April 2019
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Chaix
Die Gerichtsschreiberin: Dambeck