Sachverhalt:
A.
A.a. Am 15. Oktober 2012 schloss die B._ (Beklagte, Beschwerdegegnerin) mit der C._ AG einen Totalunternehmer-Werkvertrag (nachfolgend: der Werkvertrag) ab. Die C._ AG verpflichtete sich darin zur schlüsselfertigen Erstellung und betriebsbereiten Übergabe der Wohnüberbauung " X._ " bestehend u.a. aus vier Mehrfamilienhäusern mit 145 Wohnungen auf den Grundstücken der Beklagten in U._. Vereinbart wurde ein Pauschalpreis von Fr. 69'498'216.-- inkl. MwST. Nach Baubeginn am 27. November 2013 zahlte die Beklagte der C._ AG in 13 Zahlungen insgesamt Fr. 37'712'000.-- sowie Fr. 8'244.20 für eine Leistung der D._ AG.
A.b. Am 24. Juni 2014 stellte die A._ AG (Klägerin, Beschwerdeführerin) eine Erfüllungsgarantie über Fr. 6'900'000.-- zugunsten der Beklagten zwecks Besicherung der werkvertraglichen Verpflichtungen der C._ AG aus.
A.c. Mit E-Mail vom 19. Dezember 2014 teilte die C._ AG der Beklagten mit, dass die Arbeiten am Bauprojekt eingestellt würden. Daraufhin forderte die Beklagte die C._ AG am 23. Dezember 2014 auf, die Arbeiten bis am 15. Januar 2015 wieder aufzunehmen.
A.d. Mit Urteil vom 6. Januar 2015 wurde über die C._ AG der Konkurs eröffnet. Mit Schreiben vom 16. Januar 2015 teilte das Konkursamt V._ mit, es werde nicht in den mit der Beklagten abgeschlossenen Werkvertrag eintreten. Am 19. Januar 2015 forderte die Beklagte die durch das Konkursamt vertretene C._ AG erneut auf, die Arbeiten wieder aufzunehmen. Hierauf liess das Konkursamt mit Schreiben vom 22. Januar 2015 verlauten, der Werkvertrag werde seitens der C._ AG nicht mehr erfüllt. Die Beklagte kündigte darauf mit Schreiben vom 2. Februar 2015 den Werkvertrag mit der C._ AG, beanspruchte das teilausgeführte Werk für sich und führte das Projekt unter Beizug eines Ersatztotalunternehmens - der E._ AG - zu Ende. Am 30. März 2015 rief die Beklagte die Erfüllungsgarantie in vollem Betrag ab, worauf die Klägerin ihr Fr. 6'900'000.-- ausbezahlte.
A.e. Auf Antrag der Klägerin kollozierte die Konkursverwaltung der C._ AG sodann einen Anspruch gegen die Beklagte aus der Abrechnung des Bauprojekts " X._ ", welchen sich die Klägerin gestützt auf <ref-law> am 12. Dezember 2006 abtreten liess.
A.f. Die Klägerin erachtet das von der C._ AG zwischen dem 27. November 2013 (Baubeginn) und dem 2. Februar 2015 (Kündigung des Werkvertrags) erstellte Teilwerk als ungenügend entschädigt. Zudem habe die Beklagte durch Ziehung der Erfüllungsgarantie den Saldo der Bauabrechnung weiter zu Ungunsten der C._ AG verschoben. Die Beklagte hält die Forderung für unberechtigt, eventualiter stellt sie ihr verrechenbare Gegenforderungen entgegen.
B.
Mit Klage vom 21. Dezember 2017 beantragte die Klägerin beim Handelsgericht des Kantons Zürich, die Beklagte sei kostenfällig zu verpflichten, ihr Fr. 12'965'000.-- nebst Zins zu bezahlen. Der geltend gemachte Anspruch setzte sich gemäss dem Handelsgericht zusammen aus Fr. 6'065'000.-- (offener Vergütungsanspruch der C._ AG aus Werkvertragsleistungen) und Fr. 6'900'000.-- (Anspruch im Zusammenhang mit der Erfüllungsgarantie). Die Klägerin ging davon aus, im Zeitpunkt der Vertragsauflösung seien rund 63 % der Leistungen durch die C._ AG erbracht worden, was einen Teilwerkwert von Fr. 43'785'000.-- ergebe, wovon die Zahlungen der Beklagten von rund Fr. 37'720'000.-- abzuziehen seien.
Mit Urteil vom 5. Mai 2020 wies das Handelsgericht die Klage ab.
Es erwog, die Klägerin mache keine schlüssigen Ausführungen dazu, welche Werkvertragsleistungen zu welchem Wert erbracht worden seien. Dies wäre aber zur Ermittlung des Werts des Teilwerks und damit zur Ermittlung eines Teilvergütungsanspruchs notwendig gewesen. Eine Rückrechnung von den Zahlungen allein auf den Wert des Teilwerks verbiete sich. Aus dem Werkvertragsverhältnis stünden damit einzig die anerkannten Zahlungen der Beklagten an die C._ AG von Fr. 37'720'244.20 fest. Da kein Wert des Teilwerks ausgewiesen sei, welcher den Betrag der ausgewiesenen Zahlungen übersteige, verbleibe kein Teilvergütungsanspruch der Klägerin bzw. der C._ AG aus Werkvertragsleistungen. Da es der Klägerin nicht gelinge, den Wert des teilausgeführten Werks schlüssig bzw. substanziiert geltend zu machen, resultiere aus der Abrechnung des Bauprojekts eine Abrechnungsdifferenz aus Sicht der Klägerin von Fr. minus 37'720'244.20 (Fr. 0.-- [kein ausgewiesener Wert des Teilwerks] - Fr. 37'720'244.20 [anerkannte Zahlungen der Beklagten]). Da die Differenz zwischen dem Wert des Werkes und den Anzahlungen kleiner sei als Fr. minus 6'900'000.--, erübrige sich die Prüfung des Anspruches aus der Erfüllungsgarantie. Selbst wenn der Klägerin dieser Anspruch in Höhe von Fr. 6'900'000.-- zustünde, würde kein positiver Abrechnungssaldo resultieren.
C.
Mit Beschwerde in Zivilsachen vom 8. Juni 2020 beantragt die Beschwerdeführerin, das Urteil des Handelsgerichts vom 5. Mai 2020 sei aufzuheben, und es sei die Beschwerdegegnerin in Gutheissung der Klage zu verpflichten, ihr Fr. 12'965'000.-- zuzüglich Zins zu bezahlen. Eventualiter sei die Sache zur Neubeurteilung an das Handelsgericht zurückzuweisen.
Die Beschwerdegegnerin beantragt, die Beschwerde vollumfänglich abzuweisen, sofern darauf einzutreten ist. Die Vorinstanz hat auf Vernehmlassung verzichtet. Die Parteien haben unaufgefordert repliziert und dupliziert.

Erwägungen:
1.
Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es ist folglich weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann eine Beschwerde mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (vgl. <ref-ruling> E. 2 S. 88 f.; <ref-ruling> E. 4.3.4 S. 241). Immerhin prüft das Bundesgericht, unter Berücksichtigung der allgemeinen Begründungsanforderungen (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG), grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind. Es ist nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu untersuchen, wenn diese vor Bundesgericht nicht mehr vorgetragen werden (<ref-ruling> E. 2 S. 88 f., 115 E. 2 S. 116).
2.
Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Dazu gehören sowohl die Feststellungen über den streitgegenständlichen Lebenssachverhalt als auch jene über den Ablauf des vor- und erstinstanzlichen Verfahrens, also die Feststellungen über den Prozesssachverhalt (<ref-ruling> E. 1.3.1 S. 17 f. mit Hinweisen). Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law>). "Offensichtlich unrichtig" bedeutet dabei "willkürlich" (<ref-ruling> E. 2 S. 117; <ref-ruling> E. 1.5 S. 401). Überdies muss die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein können (<ref-law>).
Für eine Kritik am festgestellten Sachverhalt gilt das strenge Rügeprinzip von <ref-law> (<ref-ruling> E. 2.3 S. 266 mit Hinweisen). Die Partei, welche die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz anfechten will, muss klar und substanziiert aufzeigen, inwiefern diese Voraussetzungen erfüllt sein sollen (<ref-ruling> E. 1.3.1 S. 18 mit Hinweisen). Wenn sie den Sachverhalt ergänzen will, hat sie zudem mit präzisen Aktenhinweisen darzulegen, dass sie entsprechende rechtsrelevante Tatsachen und taugliche Beweismittel bereits bei den Vorinstanzen prozesskonform eingebracht hat (<ref-ruling> E. 2 S. 90). Genügt die Kritik diesen Anforderungen nicht, können Vorbringen mit Bezug auf einen Sachverhalt, der vom angefochtenen Entscheid abweicht, nicht berücksichtigt werden (<ref-ruling> E. 1.3.1 S. 18).
3.
Gemäss <ref-law> ist die Beschwerde zulässig gegen Entscheide letzter kantonaler Instanzen und des Bundesverwaltungsgerichts. Der Begriff der Letztinstanzlichkeit bedeutet, dass der kantonale Instanzenzug nicht nur formell durchlaufen werden soll, sondern dass die Rügen, die dem Bundesgericht unterbreitet werden sollen, soweit wie möglich schon vor der Vorinstanz vorgebracht werden müssen (<ref-ruling> E. 1.1 S. 293 mit Hinweisen). Der Grundsatz der materiellen Erschöpfung des kantonalen Instanzenzugs gilt auch im Falle einer einzigen kantonalen Instanz und zwar insofern, als die Partei den vor Bundesgericht vertretenen Standpunkt - soweit als möglich - bereits vor dieser einzigen kantonalen Instanz geltend gemacht haben muss (vgl. Urteil 4A_446/2018, 4A_448/2018 vom 21. Mai 2019 E. 3.4, nicht publ. in: <ref-ruling>; Urteil 4A_260/2014 vom 8. September 2014 E. 1 und 2.3).
4.
Es ist im Zusammenhang mit dem geltend gemachten Teilvergütungsanspruch unbestritten, dass die Beschwerdegegnerin den Werkvertrag fristlos gekündigt und das bis dahin erstellte Werk für sich beansprucht hat. Damit ist sie für die bis zur Vertragsauflösung geleistete Arbeit der C._ AG vergütungspflichtig, soweit deren Vertragsleistungen in den Werkteil eingeflossen sind. Umstritten ist diesbezüglich, ob sich aus dem ereignisgebundenem Zahlungsplan i.V.m. dem Werkvertrag sowie den von der Beschwerdegegnerin geleisteten Zahlungen der Wert des Teilwerks respektive die von ihr dafür geschuldete Vergütung ableiten lässt.
4.1. Die einschlägige Ziffer 2.7 des Werkvertrags und der Zahlungsplan lauten wie folgt:
"2.7 Zahlungsmodalitäten/Zahlungsplan
Der Werkpreis ist nach Massgabe des Leistungsstandes und des Baufortschrittes gemäss ereignisgebundenem Zahlungsplan [...] fällig und zahlbar. Die vereinbarten Teil- bzw. Akontozahlungen sind von der Totalunternehmung der Bauherrin zu den festgelegten Fälligkeitsterminen in einfacher Ausfertigung in Rechnung zu stellen. Die Rechnungen sind innerhalb von 30 Tagen ab Datum des Eingangs bei der Bauherrin unter der Voraussetzung zahlbar, dass ein schriftlicher (von der Totalunternehmung mittels Fotografien zu erbringender) Nachweis vorliegt, wonach die bis zum entsprechenden Fälligkeitstermin von der Totalunternehmung zu erbringenden Leistungen tatsächlich im vollen Umfang erbracht sind. Die Schlusszahlung wird indes erst fällig, wenn die vertraglich geschuldete Mängelgarantie gemäss Ziff. 14.2 geleistet worden ist und der Bauherrin die vollständige Anlagendokumentation gemäss Ziffer 13.2 vorliegt.
Für den Fall, dass Terminverzögerungen auftreten bzw. vorhersehbar sind und/oder dass Bestellungsänderungen pendent sind, die Minderkosten zur Folge haben, ist die Totalunternehmung verpflichtet, den Zahlungsplan anzupassen und der Bauherrin zur schriftlichen Genehmigung vorzulegen.
Ein Anspruch der Totalunternehmung auf Vorschusszahlungen oder Sicherheiten besteht nicht.
Die Bauherrin zahlt alle Akontozahlungen und die Schlusszahlung auf ein [...] Generalunternehmer-Konto ("GU-Konto") bei der Bank F._. Die Totalunternehmung verpflichtet sich, der Bauherrin dreimonatlich, erstmals per Ende des ersten Monats nach Baubeginn, ein schriftliches Reporting mit folgendem Inhalt abzugeben:
a) Baukostenrapport nach BKP mit den Angaben gemäss Muster-Beilage [...] (mit Vollständigkeitserklärung der Totalunternehmung);
b) Übersicht über die Subplaner und Subunternehmer, an welche in der Berichtsperiode ab dem GU-Konto Zahlungen geleistet worden sind;
c) Beleg der Bank F._ mit dem aktuellen Saldo auf dem GU-Konto (auf Verlangen der Bauherrin).
[...]
Der ereignisgebundene Zahlungsplan ist so aufgebaut (resp. bei allfälligen künftigen Anpassungen so aufzubauen), dass bei Erreichen des jeweiligen Etappenziels maximal 90 % der von der Totalunternehmung effektiv erbrachten Leistungen abgegolten werden. Nach Schlussabnahme des Werks werden 95 % des Werkpreises entrichtet."
"ZAHLUNGSPLAN für optimiertes Projekt
Akontozahlung/Ereignis Datum (Valuta) eff. Auszahungs- beträge inkl. 8% MwSt. Summe der kumulierten Zahlungen % 1. AK Eingabe Baugesuch 21. Nov 12 2'419'000.00 2'419'000.00 3.5% 2. AK Ausschreibung und Ausführungsplanung 25% (Nachweis durch Leistungsverzeichnisse) 907'000.00 3'326'000.00 4.8% 3. AK Ausschreibung und Ausführungsplanung 55% [...] 1'296'000.00 4'622'000.00 6.7% 4. AK Erhalt der rechtskräftigen Baubewilligung 5'087'000.00 9'709'000.00 14.0% 5. AK Baufreigabe 1'501'000.00 11'210'000.00 16.1% 6. AK Baugrubenaushub 80% (=70% Planum) 2'732'000.00 13'942'000.00 20.1% 7. AK Untergeschoss 50% fertig 4'558'000.00 18'500'000.00 26.6% 8. AK Untergeschoss fertig 15. Mai 14 3'596'000.00 22'096'000.00 31.8% 9. AK Decken über EG zu 50% 30. Jun 14 3'467'000.00 25'563'000.00 36.8% 10. AK Decken über 1. OG zu 75% 15. Aug 14 2'905'000.00 26'468'000.00 41.0% 11. AK Decken über 3. OG fertig 15 Okt 14 2'905'000.00 31'373'000.00 45.1% 12. AK Decken über 4. OG fertig 15 Nov 14 2'905'000.00 34'278'000.00 49.3% 13. AK Decken über 5 OG fertig 15 Dez 14 3'434'000.00 37'712'000.00 54.3% 14. AK Fenster angeschlagen zu 50% 31. Jan 15 3'144'000.00 40'856'000.00 58.8% 15. AK Grundputz zu 50% 28. Feb 15 3'144'000.00 44'000'000.00 63.3% 16. AK Fassade isoliert zu 100% 15. Jun 15 3'144'000.00 47'144'000.00 67.8% 17 AK Küchen montiert zu 50% 15. Aug 15 3'144'000.00 50'288'000.00 72.4% 18 AK Unterlagsboden zu 100% 31. Aug 15 3'144'000.00 53'432'000.00 76.9% 19. AK Küchen montiert zu 100% 15. Nov 15 3'144'000.00 56'576'000.00 81.4% 20. AK Wege und Plätze fertiggestellt 15. Dez 15 3'144'000.00 59'720'000.00 85.9% 21. AK Inbetriebnahme H2 15. Dez 15 1'044'000.00 60'764'000.00 87.4% 22 AK Inbetriebnahme H4 und H3 15. Mrz 16 2'100'000.00 62'864'000.00 90.5% 23 AK Inbetriebnahme H1 15. Mai 16 3'144'000.00 66'008'000.00 95.0% Schlusszahlung 15. Sep 16 3'490'216.00 69'008'000.00 100% Total Werkpreis inkl. 8% MwSt. 69'498'216.00
Das Ereignis versteht sich als Fälligkeitsdatum. "
4.2.
4.2.1. Die Vorinstanz hielt fest, der Teilvergütungsanspruch aus dem Werkvertrag ergebe sich aus der Differenz zwischen dem Wert des Teilwerks und den Zahlungen, welche die C._ AG für ihre Leistungen bereits erhalten habe. Die Höhe der bisherigen Zahlungen der Beschwerdegegnerin an die C._ AG sei unbestritten und betrage rund Fr. 37.72 Mio. Die Beschwerdeführerin behaupte, das Teilwerk habe einen Wert von mindestens Fr. 43.785 Mio. (Fr. 43.785 Mio. - Fr. 37.72 Mio. = Fr. 6'065'000.--). Die Beschwerdegegnerin bestreite dies unter dem Hinweis, sie habe mit den ausbezahlten Fr. 37.72 Mio. bereits zu viel für das Teilwerk bezahlt.
4.2.2. Die Vorinstanz erwog, damit der Teilvergütungsanspruch bestimmt werden könne, obliege es der Beschwerdeführerin, substanziiert darzulegen, welche vertraglichen Leistungen in welchem Umfang die C._ AG bzw. deren Subunternehmer bis zur Vertragsauflösung erbracht hätten. Weiter müsse sie - da die Vergütung nach Massgabe des Werkvertrags zu erfolgen habe und ein Pauschalpreis vereinbart worden sei - den Wert der erbrachten Leistungen, den Wert der ganzen Leistung und dessen Verhältnis angewendet auf den Pauschalpreis, behaupten. Der so ermittelte Wert des Teilwerks ergebe, abzüglich der anerkannten Zahlungen der Beschwerdegegnerin, den verbleibenden Teilvergütungsanspruch. Diesen Obliegenheiten komme die Beschwerdeführerin nicht nach. Sie mache keine Ausführungen dazu, welche einzelnen vertraglichen Leistungen die C._ AG bzw. deren Subunternehmer bis zur Konkurseröffnung erbracht hätten und welchen Wert das erstellte Teilwerk dadurch insgesamt habe. Den Wert des Teilwerks berechne sie vielmehr abstrakt, indem sie von den bereits geleisteten Zahlungen der Beschwerdegegnerin auf dessen Wert schliesse. Ein derartiges Vertragsverständnis bestreite die Beschwerdegegnerin demgegenüber.
Demnach sei der Werkvertrag auszulegen. Die Verknüpfung von Zahlungen und Baufortschritt lasse nicht zwingend den Schluss zu, dass die jeweilige Teilvergütung auch dem Wert des bis dahin Geleisteten entspreche bzw. das bisher Geleistete vergüte. Dies sei nur der Fall, wenn es sich bei den Zahlungen um Teilzahlungen handle. Seien Abschlagszahlungen (als eine Unterform von Akontozahlungen) vereinbart, sei ein Rückschluss von den Zahlungen auf den Wert des Teilwerks grundsätzlich nur möglich, wenn Gewissheit über die Leistung herrsche, welche mit der Abschlagszahlung abgegolten werde. Diese Gewissheit könne erreicht werden, indem entweder vertraglich die Leistung definiert werde, welche mit einer Abschlagszahung abgegolten werde (analog der Vereinbarung von Teilzahlungen für Teilwerke) oder wenn die Abschlagszahlung als Abgeltung für Leistungen erfolge, deren Erbringung mittels definitiver und überprüfbarer Ausmasse belegt werde. Seien diese Voraussetzungen nicht erfüllt, könne die Honorierung eines Zahlungsgesuches lediglich ein Indiz dafür sein, dass der entsprechende Gegenwert erbracht worden sei. In diesem Fall sei ein zuverlässiger Rückschluss von den Abschlagszahlungen auf den Wert des Teilwerks grundsätzlich nicht möglich. Eine andere Beweislastverteilung sei nur dann zulässig, wenn die Parteien einen Beweislastvertrag schliessen würden, in dem sie vertraglich die Tatsachenvermutung aufstellen würden, dass aufgrund des Erbringens einer Akontozahlung (Vermutungsbasis) zu vermuten sei, dass auch ein entsprechender Gegenwert erbracht worden sei (Vermutungsfolge).
Damit der von der Beschwerdeführerin gezogene Rückschluss von einer Zahlung auf den Wert des Teilwerks ohne den Nachweis der einzelnen Leistungen zulässig sei, müssten die Vertragsparteien im Werkvertrag somit eine der folgenden vier Varianten vereinbart haben:
(1) Teilzahlungen für Teilwerke;
(2) Abschlagszahlungen für vertraglich definierte und erbrachte Leistungen;
(3) Abschlagszahlungen für Leistungen, deren Erbringen vor Zahlung mittels definitiver Ausmasse nachzuweisen ist;
(4) Akontozahlungen in Verbindung mit einer Tatsachenvermutung betreffend den Wert des Werks bei Honorierung der Zahlung (Beweislastvertrag).
4.2.3. Zusammengefasst sei im Lichte der objektivierten Auslegung festzustellen, dass es dem mutmasslichen Willen der Vertragsparteien (d.h. der C._ AG und der Beschwerdegegnerin) entsprochen habe, dass die C._ AG einen Anspruch auf eine Teilvergütung haben sollte, sobald sie jeweils nachgewiesen habe, dass der im Zahlungsplan definierte Meilenstein erreicht gewesen sei. Bei diesen Teilvergütungen handle es sich um Akonto- und nicht um Teilzahlungen. Ob diese Akontozahlungen Abschlags- oder Vorauszahlungen darstellten, könne nicht abschliessend ermittelt werden. Indessen sei die Fälligkeit einer Akontozahlung nicht vom Nachweis abhängig gewesen, dass bestimmte Leistungen als Gegenleistung für die entsprechende Akontozahlung erbracht worden seien. Entsprechende Leistungen seien weder vertraglich definiert, noch seien sie von der C._ AG vor Auszahlung der Akontozahlung genau nachzuweisen gewesen. Auch ein mutmasslicher Wille der Vertragsparteien, dass sie eine Tatsachenvermutung hätten aufstellen wollen, wonach der Wert des teilausgeführten Werks aufgrund der Akontozahlungen und ohne Gewissheit über die erbrachten Leistungen zu vermuten wäre, könne nicht erstellt werden.
4.2.4. Da die Beschwerdeführerin keine Ausführungen dazu mache, welche einzelnen vertraglichen Leistungen konkret zu welchem Wert die C._ AG bzw. deren Subunternehmer bis zur fristlosen Kündigung des Werkvertrags erbracht hätten, mangle es an einer schlüssigen Darstellung des Sachverhalts. Ein Teilvergütungsanspruch aus Werkvertragsleistungen scheide schon deshalb aus. Selbst wenn seitens der Beschwerdeführerin hinreichende Behauptungen zu den Leistungen und dem Wert des Teilwerks aufgestellt worden wären, hätte sie aufgrund der Bestreitungen der Beschwerdegegnerin Beweismittel offerieren müssen. Solche Beweismittel würden fehlen. Insbesondere habe sie weder Beweismittel, die den Nachweis des Baustandes bzw. der einzelnen erbrachten Leistungen hätten erbringen können, noch ein Gutachten, das den Wert des teilausgeführten Werks bestimmen könnte, offeriert. Freilich wären diese Nachweise schwer zu erbringen gewesen, nachdem das Bauprojekt fertiggestellt worden sei. Eine vorsorgliche Beweisabnahme oder ein amtlicher Befund hätten die Beweisführung aber erleichtert. Die Schwierigkeit, den Nachweis zu erbringen, habe keine Erleichterung der Behauptungs-, Substanziierungs- und Beweislast der Beschwerdeführerin zur Folge.
5.
Soweit die Beschwerdeführerin geltend macht, sie habe entgegen der Vorinstanz keine abstrakte Berechnung des Wertes des Teilwerkes vorgenommen, vielmehr habe sie den Teilvergütungsanspruch konkret anhand des Zahlungsplanes, anhand ausführlicher und durch eine fachkundige Hilfsperson der Beschwerdegegnerin geprüften Dokumentationen und anhand der Anerkennungshandlungen der Beschwerdegegnerin nachgewiesen, übersieht sie, dass die Vorinstanz genau dieses Vorgehen (Ableiten des Wertes des Teilwerks aus dem Zahlungsplan i.V.m. dem Werkvertrag) als abstrakte Berechnung des Wertes des Teilwerkes versteht, im Gegensatz zu einem konkreten Vorgehen, bei dem sämtliche durch die C._ AG erbrachten einzelnen Leistungen und deren Wert substanziiert dargelegt werden.
6.
Die Beschwerdeführerin macht geltend, es sei auch möglich, das Teilwerk wie ein mangelhaftes Gesamtwerk zu betrachten. Dies habe zur Folge, dass die nach Minderungsgrundsätzen herabgesetzte ordentliche Vergütung geschuldet sei. Der Herabsetzungsbetrag entspreche dabei den Kosten, welche anfallen würden, wenn der Besteller das Werk durch einen Dritten vollenden lasse. Ein hinreichend konkreter Nachweis des Wertes des Teilwerks könne vorliegend somit auch dadurch erfolgen, dass anhand der Schlussabrechnung zwischen der Beschwerdegegnerin und der E._ AG ermittelt werde, wie viel die Vollendung des Werkes nach Übernahme des Teilwerkes gekostet habe und sodann dieser Preis von dem vereinbarten Pauschalpreis in Abzug gebracht werde. Sie habe auch aus diesem Grund die Edition der Schlussabrechnung der E._ AG verlangt. Indem die Vorinstanz dem Preis für die Vollendung des Projektes keine Bedeutung zugemessen habe und ihrem Editionsbegehren nicht nachgekommen sei, habe sie Art. 150 und Art. 152 ZPO sowie ihren Anspruch auf rechtliches Gehör (<ref-law> und <ref-law>) verletzt.
Die Rüge geht fehl. Dem angefochtenen Entscheid lässt sich nicht entnehmen, dass die Beschwerdeführerin die Ansicht, dass die geschuldete Vergütung für das Teilwerk nach Minderungsgrundsätzen berechnet werden könnte, bereits vor der Vorinstanz vertreten hat. Ebenso wenig zeigt sie in ihrer Beschwerde mit Aktenhinweis auf, dass sie dies getan oder dass erst der Entscheid der Vorinstanz zu dieser Rüge Anlass gegeben hätte. Es fehlt daher an der Erschöpfung des materiellen Instanzenzugs (vgl. hiervor E. 3). Auch das Editionsbegehren betreffend die Schlussrechnung erfolgte, wie sich aus den von ihr selbst zitierten Stellen der Klage und Replik ergibt, nicht in diesem Zusammenhang, sondern vielmehr betreffend die Frage, ob und in welcher Höhe der Beschwerdegegnerin im Zusammenhang mit der Konkurseröffnung der C._ AG tatsächlich Mehrkosten entstanden sind.
7.
Die Beschwerdeführerin beanstandet die vorinstanzliche Vertragsauslegung.
7.1. Sie rügt, die Vorinstanz erkläre nicht, worauf sie ihre Prüfungskaskade (vgl. hiervor E. 4.2.2) stütze und wie bzw. nach welchen Kriterien sie diese Prüfungskaskade festlege. Damit sei sie ihrer Begründungspflicht nicht nachgekommen und habe <ref-law> verletzt.
7.1.1. Der Anspruch auf rechtliches Gehör (<ref-law>) verlangt insbesondere, dass die Gerichte die rechtserheblichen Vorbringen der Parteien anhören und bei der Entscheidfindung berücksichtigen (<ref-ruling> E. 2.2.1 S. 188; <ref-ruling> E. 4.1 S. 88). Damit sich die Parteien ein Bild über die Erwägungen des Gerichts machen können, ist sein Entscheid zu begründen. Die Begründung muss kurz die Überlegungen nennen, von denen sich das Gericht hat leiten lassen und auf die sich sein Entscheid stützt (<ref-ruling> E. 4.3.2 S. 436; <ref-ruling> E. 2.2.1 S. 188). Nicht erforderlich ist hingegen, dass sich der Entscheid mit allen Parteistandpunkten einlässlich auseinandersetzt und jedes einzelne Vorbringen ausdrücklich widerlegt. Es genügt, wenn der Entscheid gegebenenfalls sachgerecht angefochten werden kann (<ref-ruling> E. 4.3.2 S. 436; <ref-ruling> E. 3.2.4 S. 41; je mit Hinweisen).
7.1.2. Aus den theoretischen Ausführungen in E. 1.3 und E. 1.4 des vorinstanzlichen Entscheides ergibt sich mit hinreichender Klarheit, worauf sich die vorinstanzliche Prüfungskaskade stützt. Der Beschwerdeführerin war es - wie ihre Beschwerde zeigt - ohne Weiteres möglich die Auslegung des Werkvertrags durch die Vorinstanz zu beanstanden. Die Rüge einer Gehörsverletzung ist somit unbegründet.
7.2. Die Beschwerdeführerin folgt sodann in ihrer Beschwerde der Prüfungskaskade und beanstandet für jeden Prüfungsschritt, die Auslegung der Vorinstanz verletze Art. 1 i.V.m. <ref-law>.
7.3. Ziel der Vertragsauslegung ist es, in erster Linie den übereinstimmenden wirklichen Willen der Parteien festzustellen (vgl. <ref-law>). Bleibt eine tatsächliche Willensübereinstimmung unbewiesen, sind zur Ermittlung des mutmasslichen Parteiwillens die Erklärungen der Parteien aufgrund des Vertrauensprinzips so auszulegen, wie sie nach ihrem Wortlaut und Zusammenhang sowie den gesamten Umständen verstanden werden durften und mussten. Das Bundesgericht überprüft diese objektivierte Auslegung von Willenserklärungen als Rechtsfrage, wobei es an Feststellungen des kantonalen Richters über die äusseren Umstände sowie das Wissen und Wollen der Beteiligten grundsätzlich gebunden ist. Massgebend ist dabei der Zeitpunkt des Vertragsabschlusses (<ref-ruling> E. 5.2.3 S. 99; <ref-ruling> E. 2.2.1 S. 67). Nachträgliches Parteiverhalten ist bei der Auslegung nach dem Vertrauensprinzip nicht von Bedeutung; es kann höchstens - im Rahmen der Beweiswürdigung - auf einen tatsächlichen Willen der Parteien schliessen lassen (<ref-ruling> E. 3.1 S. 632 mit Hinweisen).
Bei der Auslegung nach dem Vertrauensprinzip ist zwar primär vom Wortlaut der Erklärung auszugehen. Deren einzelne Teile sind jedoch nicht isoliert, sondern im Zusammenhang zu betrachten. Zu berücksichtigen sind zudem die dem Empfänger bekannten Umstände, unter welchen die Erklärung abgegeben worden ist (<ref-ruling> E. 1a und b S. 50 f.; <ref-ruling> E. 1 S. 325 je mit Hinweisen). Daraus kann sich ergeben, dass der Empfänger einzelne Aussagen des Erklärenden nicht in ihrer wörtlichen Bedeutung verstehen durfte, sondern in einem anderen Sinne auffassen musste (vgl. BGE <ref-ruling> E. 2.2.1 S. 67; <ref-ruling> E. 3.1 S. 286 f.). Zudem hat der Richter zu berücksichtigen, was sachgerecht ist, weil nicht anzunehmen ist, dass die Parteien eine unangemessene Lösung gewollt haben (<ref-ruling> E. 3a S. 424; <ref-ruling> E. 2c S. 121). Auch der vom Erklärenden verfolgte Regelungszweck, wie ihn der Erklärungsempfänger in guten Treuen verstehen durfte und musste, kann von Bedeutung sein (<ref-ruling> E. 4 S. 28). Dabei ist für den Regelfall anzunehmen, dass der Erklärungsempfänger davon ausgehen durfte, der Erklärende strebe eine vernünftige, sachgerechte Regelung an (vgl. <ref-ruling> E. 5a S. 268; <ref-ruling> E. 1b S. 51; je mit Hinweisen).
7.4. Die Beschwerdeführerin macht geltend, die Vorinstanz habe die Vereinbarung von Teilzahlungen zu Unrecht verneint.
Sie rügt im Einzelnen, die Vorinstanz stelle in ihrer Prüfungskaskade Teilzahlungen und Akontozahlungen als ausschliessliche Alternativen einander gegenüber. Damit übersehe sie, dass die beiden Zahlungsarten kombiniert werden könnten. Im Rahmen ihrer Auslegung schliesse die Vorinstanz Teilzahlungen namentlich aus, weil die einzelnen Meilensteine angeblich zu rudimentär umschrieben seien. Entscheidend sei aber nicht, ob die Meilensteine aus abstrakter Sicht angeblich zu ungenau umschrieben worden seien, sondern ob die Vertragsparteien diese Meilensteine für ihre Zwecke im gesamten Kontext genügend umschrieben hätten. Als Teil eines umfassenden Kostencontrollings sei es die Aufgabe der G._ GmbH gewesen, die Zahlungsgesuche eingehend zu prüfen und mit einer Empfehlung an die Beschwerdegegnerin weiterzuleiten. Es sei somit klar, dass der Beschrieb der einzelnen Meilensteine genauso ausgestaltet gewesen sei, dass sichergestellt gewesen sei, dass die Beschwerdegegnerin nie mehr als 90 % des Leistungsstandes bzw. Baufortschritts vergütet habe. Eine gegenteilige Annahme würde den Auftrag der G._ GmbH seines Sinns entleeren.
7.4.1. Es ist somit zu prüfen, ob die Vorinstanz zu Recht davon ausgehen durfte, die Parteien hätten Akontozahlungen vereinbart.
Unter Akontozahlungen werden im Allgemeinen vorläufige Zahlungen verstanden, welche unter Vorbehalt einer definitiven Abrechnung geleistet werden, wobei die Differenz zwischen den geleisteten Akontozahlungen und dem durch die Abrechnung festgestellten effektiven vertraglichen Anspruch von der einen oder anderen Partei auszugleichen ist (BGE <ref-ruling> E. 2b S. 120; Urteil 4C.397/2005 vom 1. März 2006 E. 2.1; PETER GAUCH, Der Werkvertrag, 6. Aufl. 2019, S. 554 Rz. 1163). Teilzahlungen hingegen erfolgen nicht vorläufig in Anrechnung auf den gesamten Vergütungsanspruch, sondern sind eine definitive Abgeltung für bestimmte Teilleistungen (GAUCH, a.a.O., S. 554 Rz. 1163).
7.4.2. Die Vorinstanz erwog, die Vertragsparteien würden die Zahlungen im Werkvertrag und im Zahlungsplan meistens als Akontozahlungen bezeichnen. Nur Ziff. 2.7 spreche von "Teil- bzw. Akontozahlungen", ohne Präzisierung, was darunter zu verstehen sei. Aufgrund des Wortlautes sei davon auszugehen, dass die Zahlungen Akontozahlungen darstellen sollten. Auch der Umstand, dass mit den Zahlungen "maximal 90% der effektiv erbrachten Leistungen" habe abgegolten werden sollen, spreche für die Vereinbarung von Akontozahlungen. Aus der Klausel und dem Zahlungsplan ergebe sich lediglich eine Verknüpfung von Zahlungen und Baufortschritt, nicht aber, dass es sich bei den einzelnen Meilensteinen um einzelne Teilwerke handeln sollte, für die eine Teilpauschale vereinbart worden wäre. Die einzelnen Meilensteine seien dazu zu rudimentär umschrieben. Insbesondere enthalte der Werkvertrag auch keinen Leistungsbeschrieb für die Arbeiten zwischen den einzelnen Meilensteinen. Für Akontozahlungen spreche auch die Systematik. Hätten die Vertragsparteien Teilpauschalen für Teilwerke vereinbaren wollen, hätten sie eine entsprechende Regelung unter Ziff. 2.1 des Werkvertrags ("Pauschalpreis") getroffen und für die einzelnen Teilwerke unter Ziff. 2.2 ("Im Werkpreis enthaltene Leistungen") separat einen genauen Leistungsumfang für jedes einzelne Teilwerk definiert. Dies hätten sie nicht getan, obschon sie an anderer Stelle für einzelne Teilleistungen mit definiertem Leistungsumfang Teilpauschalen vereinbart hätten. Zu beachten sei auch, dass das Werk lediglich in drei, separat abzunehmenden Etappen zu erstellen gewesen sei, der Zahlungsplan demgegenüber in 23 Akontozahlungen und eine Schlusszahlung unterteilt sei. Sollten die Meilensteine des Zahlungsplans einzelne Teilwerke definieren, wäre auch deren Erwähnung unter Ziff. 4 ("Bauprogramm") und Ziff. 13.1 ("Werkabnahme") zu erwarten gewesen. Zusammenfassend sei davon auszugehen, dass Akontozahlungen vereinbart worden seien.
7.4.3. Die vorinstanzliche Auslegung, wonach es sich nicht um Teilzahlungen handle, verletzt kein Bundesrecht. Die Vorinstanz erwog zu Recht, aus dem Zahlungsplan ergebe sich zwar eine Verknüpfung von Zahlungen und Baufortschritt, nicht aber, dass es sich bei den einzelnen Meilensteinen um einzelne Teilwerke handle, für die eine Teilpauschale vereinbart worden wäre. Wie die Beschwerdegegnerin zu Recht geltend macht, kann eine Teilzahlung nur dann vorliegen, wenn klar ist, dass die entsprechende Zahlung effektiv dem Wert des bisher Geleisteten entspricht. Hinsichtlich des Wortlautes wird zwar in Ziffer 2.7 des Werkvertrags einmal von " vereinbarten Teil- bzw. Akontozahlungen " gesprochen. Im Zahlungsplan wird aber ausschliesslich der Begriff " Akontozahlungen " verwendet. Hätten die C._ AG und die Beschwerdegegnerin eine Mischform zwischen Teil- und Akontozahlungen festlegen wollen, wie die Beschwerdeführerin geltend macht, wäre zu erwarten, dass die Vertragsparteien dies eindeutig und ausdrücklich festlegen. Weiter zeigt die Beschwerdeführerin auch nicht hinreichend auf, dass die Vertragsparteien die Meilensteine im Zahlungsplan " für ihre Zwecke im gesamten Kontext genügend umschrieben " hätten, wenn sie pauschal auf Baubeschriebe und ein Bauprogramm verweist, das Bestandteil des Werkvertrags gebildet habe. Daran ändert auch der Umstand nichts, dass die G._ GmbH die Zahlungsgesuche zu prüfen und mit einer Empfehlung an die Beschwerdegegnerin weiterzuleiten hatte. Eine solche Prüfung ändert jedenfalls nichts daran, dass die Meilensteine im Zahlungsplan bloss rudimentär umschrieben sind. Die Beschwerdeführerin legt denn auch nicht dar, inwiefern die G._ GmbH anhand der Meilensteine im Zahlungsplan und der (primär mittels Fotografien erfolgten) Prüfung hätte sicherstellen sollen, dass die Zahlungen dem Wert des bisher Geleisteten entsprochen hätten.
7.5. Die Beschwerdeführerin wendet sich (eventualiter) gegen die vorinstanzliche Feststellung, dass nicht eindeutig festgestellt werden könne, welche Art von Akontozahlungen ( Vorschuss- oder Abschlagszahlungen oder eine Mischform) die Vertragsparteien vereinbart hätten. Zudem rügt sie, es lägen Abschlagszahlungen für vertraglich definierte und erbrachte Leistungen bzw. Abschlagszahlungen für Leistungen, deren Erbringen vor Zahlung mittels definitiver Ausmasse nachzuweisen sei, vor. Die Vorinstanz habe zu Unrecht verneint, dass Abschlagszahlungen als Gegenleistung für vertraglich definierte Leistungen vereinbart worden seien. Mit dieser Auslegung ignoriere sie erneut den Wortlaut und den Sinn und Zweck des Werkvertrags bzw. den ereignisgebundenen Zahlungsplan. Dieser definiere konkret, welche Leistungen die C._ AG zu erbringen gehabt habe, damit die nächste Akontozahlung fällig geworden sei. Die vorinstanzliche Auslegung verletze Art. 1 und <ref-law>. Vorliegend hätten die Parteien konkrete Meilensteine vereinbart, wie es im Urteil 4A_298/2017 vom 8. Februar 2018 E. 4.2 verlangt worden sei.
7.5.1. Akontozahlungen sind nach gebräuchlicher Redewendung Vorauszahlungen, wenn der Besteller sie vor Erbringung einer entsprechenden Gegenleistung des Unternehmers zu erbringen hat, so dass im Umfang des jeweils fälligen Betrages die gesetzliche Vorleistungspflicht des Unternehmers entfällt. Abschlagszahlungen hingegen fallen nach Massgabe bereits erbrachter Leistungen des Unternehmers an (GAUCH, a.a.O., S. 554 Rz. 1163; vgl. Urteil 4C.129/2002 vom 3. September 2002 E. 3.3).
7.5.2. Die Vorinstanz hat die Frage, ob Abschlagszahlungen vereinbart wurden, letztlich offengelassen. Da sie der Ansicht war, selbst wenn Abschlagszahlungen vorlägen, würde dies der Beschwerdeführerin nur weiterhelfen, wenn entweder Abschlagszahlungen für vertraglich definierte und erbrachte Leistungen oder Abschlagszahlungen für Leistungen, deren Erbringen vor Zahlung mittels definitiver Ausmasse nachzuweisen sei, vorlägen, was vorliegend nicht der Fall sei.
7.5.2.1. Sie erwog, Ziffer 2.7 des Werkvertrags halte fest, dass die Zahlbarkeit der Akontozahlung unter dem Vorbehalt des Nachweises der Erbringung der "Leistungen im vollem Umfang" stehe. Ungeachtet dessen seien im Werkvertrag den einzelnen Akontozahlungen keine Einzelleistungen zugeordnet. Nur bei Bestimmung der Einzelleistungen pro Meilenstein-Etappe könne überprüft werden, ob die C._ AG bei Erreichen des Meilensteins ihre Leistungen im vollen Umfang erbracht habe, bzw. ob mittels der Akontozahlungen maximal 90 % der von der C._ AG effektiv erbrachten Leistungen abgegolten sein würden. Der Umstand, dass die Vertragsparteien den Akontozahlungen bzw. den Meilenstein-Etappen keine definierten Einzelleistungen zugeordnet hätten, deute angesichts der Geschäftserfahrung der Parteien darauf hin, dass sie im Voraus gar nicht genau hätten vereinbaren wollen, welche einzelnen Leistungen die C._ AG vor Fälligkeit der jeweiligen Akontozahlung hätte erbringen sollen. Ein Rückschluss von Akontozahlungen auf den Wert des Teilwerks aufgrund vertraglich definierter Leistungen scheide damit aus.
7.5.2.2. Der Rückschluss auf den Wert des Teilwerks infolge einer Vereinbarung, wonach die Akontozahlungen als Abgeltung für Leistungen habe erfolgen sollen, deren Ausführung mittels definitiver und überprüfbarer Ausmasse nachzuweisen gewesen sei, scheide ebenfalls aus. Ziffer 2.7 des Werkvertrags sehe keinen genauen Nachweis der erbrachten Leistungen vor. Der Leistungsnachweis sei laut Klausel lediglich "mittels Fotografien zu erbringen". Fotografien alleine würden jedoch - gerade bei Grossüberbauungen - kein geeignetes Mittel darstellen, um sämtliche erbrachten Leistungen zu dokumentieren, geschweige denn um deren Wert zu bestimmen. Entgegen der Ansicht der Beschwerdeführerin könne die Dokumentation, welche die C._ AG an die G._ GmbH zu richten gehabt habe, nicht als "minutiöse" Dokumentation der Leistungsereignisse gelten. Dies hätten auch die geschäftserfahrenen Vertragsparteien gewusst. Sie hätten damit bewusst in Kauf genommen, dass der Wert der tatsächlich erbrachten Leistungen nicht genau mit dem Gegenwert der Akontozahlung übereinstimmen würde. Sie hätten damit auch - ungeachtet der Bestimmung am Ende der Klausel - damit rechnen müssen, dass eine Akontozahlung allenfalls mehr als 90 % der effektiv erbrachten Leistungen abdecken würde.
7.5.2.3. Auch der Zahlungsplan vermöge daran nichts zu ändern. Dieser sei bereits Monate vor Baubeginn erstellt worden. Es erscheine eher ungewöhnlich, dass die Vertragsparteien mehrere Monate bzw. Jahre vor Ausführung der jeweiligen Etappe verbindlich hätten festlegen wollen, welcher Wert dem teilausgeführten Werk zum Zeitpunkt eines Meilenstein-Etappenziels, das die Fälligkeit auslöse, abschliessend hätte zugemessen werden sollen. Ohnehin müsse die kalkulatorische Berücksichtigung einer Leistung in einer Meilenstein-Etappe nicht heissen, dass die Leistung auch vor der Akontozahlung erbracht worden sei. Dass die Arbeiten der einzelnen Meilenstein-Etappen gemäss Zahlungsplan vollständig von der vorhergehenden Etappe abhängig gewesen wären, gehe weder aus dem Zahlungsplan noch aus Ziffer 2.7 des Werkvertrags hervor. Das Erreichen eines Meilensteins gemäss dem Zahlungsplan sei damit nicht indikativ für den Wert des Teilwerks.
Selbst wenn aber davon auszugehen gewesen wäre, dass die Leistungen der einen Meilenstein-Etappe erst dann erbracht werden könnten, wenn die Arbeiten der vorherigen Meilenstein-Etappe abgeschlossen gewesen seien, wären die Vertragsparteien aber bei Vertragsabschluss höchstens in der Lage zu schätzen, dass bei Erreichen eines Meilensteins Leistungen erbracht sein würden, deren summierter Wert kalkulatorisch in etwa der Grössenordnung der Zahlungen entspreche. Im Zahlungsplan seien den einzelnen Meilenstein-Etappen keine Einzelleistungen zugeordnet; dieser sei vielmehr abstrakt ausgestaltet. Mehrere Akontozahlungen würden denselben Betrag aufweisen. Indem die Vertragsparteien die Akontozahlungen derart abstrakt bestimmen würden, nähmen sie in Kauf, dass die Zahlungen keinen dem Baufortschritt entsprechenden exakten Gegenwert haben würden. Die Vereinbarung in Ziffer 2.7, wonach mit einer Akontozahlung maximal 90 % der erbrachten Leistungen abgegolten sein würden, bedeute auch einen Rückbehalt von 10 %. Die Vereinbarung eines derartigen Rückbehalts sei notwendig gewesen, weil die Parteien Restzahlungen von je 5 % des Werkpreises nach der Schlussabnahme und nach Übergabe der Mängelgarantie vereinbart gehabt hätten. Soweit der Rückbehalt eine kalkulatorische Notwendigkeit sei, könne aus der Summe der Akontozahlungen im Zahlungsplan nichts abgeleitet werden. Es handle sich bei diesen Summen um eine einfache Addition aller bisherigen Akontozahlungen. Dass diese Addition den Wert der bislang erbrachten Leistungen (bzw. 90 % davon) reflektieren solle, sei reine Mutmassung.
Im Zahlungsplan könne insgesamt keine Vereinbarung der Vertragsparteien erkannt werden, wonach dieser zur Wertbestimmung des sich in Ausführung befindlichen Werks dienen bzw. herangezogen werden solle.
7.5.3. Es ist fraglich, ob sich die Beschwerdeführerin überhaupt hinreichend mit den vorinstanzlichen Erwägungen auseinandersetzt (vgl. hiervor E. 1). Es verletzt jedenfalls kein Bundesrecht, wenn die Vorinstanz davon ausgeht, es seien weder im Werkvertrag noch im Zahlungsplan die für die jeweilige Zahlung zu erbringende Gegenleistung vertraglich hinreichend definiert worden. Der Zahlungsplan enthält über weite Strecken bloss pauschale Ereignisse bzw. grobe Etappenziele. Den einzelnen Akontozahlungen sind - entgegen der Beschwerdeführerin - keine konkreten Einzelleistungen dergestalt zugeordnet, dass von den einzelnen Zahlungen auf den Wert bzw. Preis des teilausgeführten Werks geschlossen werden könnte.
Zu Recht hält die Vorinstanz denn auch fest, es erscheine eher ungewöhnlich, dass die Vertragsparteien mehrere Monate bzw. Jahre vor Ausführung der jeweiligen Etappe verbindlich hätten festlegen wollen, welcher Wert dem teilausgeführten Werk zum Zeitpunkt eines Meilenstein-Etappenziels, das die Fälligkeit einer Akontozahlung auslöse, abschliessend zugemessen werden solle. Entgegen der Beschwerdeführerin verkennt die Vorinstanz damit nicht, dass die Parteien einen Pauschalpreisvertrag eingegangen sind. Wie die Beschwerdegegnerin zu Recht geltend macht, übergeht die Beschwerdeführerin, dass es nicht um ein fertig gestelltes Werk geht, bei welchem aufgrund des Pauschalpreises für beide Vertragsparteien allfällige Gewinne und Verluste resultieren können, sondern einzig um den Wert des übernommenen Teilwerks. Auf die Ausführungen der Beschwerdeführerin zum angeblich fehlenden Zusammenhang zwischen dem Erbringen der Bauleistung und dem Ausstellen der Mängelgarantie braucht - soweit überhaupt einschlägig - nicht eingegangen zu werden, da die Vorinstanz dieses Argument ohnehin nur hilfsweise herangezogen hat. Die vorinstanzliche Feststellung, wonach im Zahlungsplan insgesamt keine Vereinbarung der Vertragsparteien erkannt werden könne, wonach dieser zur Wertbestimmung des sich in Ausführung befindlichen Werks dienen bzw. herangezogen werden solle, verletzt kein Bundesrecht.
Soweit die Beschwerdeführerin hinsichtlich der zweiten Variante rügt, die Vorinstanz gehe zu Unrecht davon aus, dass der in Ziffer 2.7 des Werkvertrags vorgesehene Nachweis mittels Fotografien unzureichend sei, wobei es nach dem Grundsatz der Vertragsfreiheit ohnehin den Parteien überlassen sei, welchen Nachweis sie als geeignet bzw. genügend erachten wollten, geht ihre Rüge fehl. Es ist - wie die Vorinstanz zu Recht ausführt - nicht ersichtlich, wie anhand von Fotografien einer Grossbaustelle, sämtliche erbrachten Leistungen dokumentiert und deren Wert hätte bestimmt werden können. Die Vorinstanz erwog somit zu Recht, indem die Vertragsparteien den Nachweis der erbrachten Leistungen in Ziffer 2.7 des Werkvertrags auf Fotografien beschränkten, hätten sie bewusst in Kauf genommen, dass der Wert der tatsächlich erbrachten Leistungen nicht genau mit dem Gegenwert der Akontozahlungen übereinstimmen würde. Daraus ergibt sich aber auch, dass es nach Treu und Glauben nicht dem Willen der Vertragsparteien entsprach, dass von den einzelnen Zahlungen auf den Wert des teilausgeführten Werks geschlossen werden konnte. Soweit die Beschwerdeführerin schliesslich geltend macht, die von der Vorinstanz geprüfte zweite Variante sei bei Pauschalpreisverträgen gar nicht möglich, tut sie nicht dar, was sie daraus konkret für sich ableiten möchte.
7.5.4. Damit braucht nicht mehr auf die Rügen der Beschwerdeführerin im Zusammenhang mit der vorinstanzlichen Erwägung - sie könne nicht abschliessend bestimmen, ob Abschlagszahlungen vereinbart worden seien - eingegangen zu werden.
7.6. Die Beschwerdeführerin beanstandet (eventualiter) die vorinstanzlichen Ausführungen betreffend Beweislastvertrag.
7.6.1. Die Vorinstanz erwog, es verbleibe zu untersuchen, ob die Vertragsparteien eine Tatsachenvermutung betreffend den Wert des Werks bei Honorierung der Akontozahlung aufgestellt bzw. einen Beweislastvertrag im weiteren Sinne abgeschlossen hätten. Für eine solche Tatsachenvermutung könnte einerseits die Vereinbarung sprechen, dass die Fälligkeit der Akontozahlung vom Nachweis abhängig sei, dass die bis zum Eintritt des Meilensteins zu erbringenden Leistungen tatsächlich in vollem Umfang erbracht worden seien, und andererseits, dass der Zahlungsplan so aufgebaut sei, "dass bei Erreichen des Etappenziels maximal 90 % der von der Totalunternehmerin effektiv erbrachten Leistungen abgegolten werden". Eine Tatsachenvermutung würde sich aufdrängen, weil die Vertragsparteien weder im Vertrag selber definiert hätten, welches "die effektiv erbrachten Leistungen" seien und die C._ AG auch nicht verpflichtet gewesen sei, das Erbringen dieser Leistungen bei Stellung des Zahlungsgesuches genau nachzuweisen. Seien die eigentlichen Einzelleistungen nicht bekannt, könne deren effektive Ausführung nur vermutet werden. Die Annahme einer derartigen Vermutung könne aber, da sie keineswegs gewöhnlich erscheine, nicht leichthin angenommen werden. Gegen die Vereinbarung einer Tatsachenvermutung spreche der Wortlaut. Die Klausel spreche nicht von einer Vermutung, sondern von "effektiv erbrachten Leistungen" und deren Erbringen "in vollem Umfang". Ein Widerspruch bestehe zudem darin, dass einerseits das Erbringen von Leistungen, die im Einzelnen nicht bekannt seien, vermutet werden solle, andererseits die Akontozahlung vom Nachweis abhängen solle, dass ebendiese nicht näher bekannten Leistungen effektiv im vollen Umfang erbracht worden seien. Der Werkvertrag enthalte Bestimmungen über dessen vorzeitige Auflösung. Da es sich bei der vorzeitigen Vertragsauflösung nicht um den Regelfall der Vertragsabwicklung handle, wäre von den Vertragsparteien indes zu erwarten gewesen, dass sie eine Tatsachenvermutung über den Wert des Teilwerks unter Ziffer 16 festgehalten hätten, wenn sie eine solche vereinbaren wollten, da der Bewertung des Teilwerks gerade im Fall der vorzeitigen Vertragsauflösung grosse Bedeutung zukomme. Dies hätten sie aber nicht getan. Auch aus Ziffer 2 des Werkvertrags (Werklohn) könne keine Tatsachenvermutung abgeleitet werden.
7.6.2. Die Beschwerdeführerin setzt sich nicht hinreichend mit den vorinstanzlichen Ausführungen auseinander. Soweit sie erneut geltend macht, die Vorinstanz verkenne, dass die zu erbringenden Leistungen von den Vertragsparteien hinreichend bestimmt worden seien, und dass die Vertragsparteien Teil- bzw. eventualiter Abschlagszahlungen vereinbart hätten, kann auf die vorstehenden Erwägungen verwiesen werden (vgl. hiervor E. 7.4.3 und E. 7.5). Soweit sie erneut analog die relative Minderungsmethode ins Feld führt, kann auf die Ausführungen in E. 6 hiervor verwiesen werden. Entgegen der Beschwerdeführerin kann die Freigabe der Rechnungen durch die G._ GmbH nicht mit gegengezeichneten Regierapporten verglichen bzw. gleichgesetzt werden, zumal gemäss Ziffer 2.7 des Werkvertrags der Leistungsnachweis lediglich mittels Fotografien zu erbringen war.
Nicht einschlägig sind sodann die Ausführungen der Beschwerdeführerin zur Lückenfüllung. Die Vorinstanz hielt im Sinne einer systematischen Auslegung fest, die Parteien hätten in Ziffer 16 des Werkvertrags eine Tatsachenvermutung über den Wert des Teilwerks festgehalten, wenn sie eine solche hätten vereinbaren wollen. Damit kam sie zum Schluss, dass keine Tatsachenvermutung vereinbart wurde und somit die Beschwerdeführerin nicht davon dispensiert war, die von der C._ AG bzw. deren Subunternehmern erbrachten Leistungen zu substanziieren. Der Einwand der Beschwerdeführerin, die Vorinstanz habe eine Lücke festgestellt, ohne diese zu füllen, sticht daher ins Leere. Inwiefern das Vorgehen der Vorinstanz Bundesrecht verletzt, ist nicht ersichtlich.
Soweit die Beschwerdeführerin rügt, es hätte (alternativ) eine Schätzung nach <ref-law> erfolgen müssen, übersieht sie, dass jedenfalls auch die (analoge) Anwendung von <ref-law> voraussetzen würde, dass - soweit möglich und zumutbar - alle Umstände behauptet werden, die Indizien für den Bestand eines Schadens (bzw. vorliegend einer Forderung) darstellen und die Schätzung des Umfangs des Schadens (bzw. vorliegend der Forderung) erlauben (<ref-ruling> E. 2.3 S. 160; <ref-ruling> E. 8.2.5.2 S. 323; <ref-ruling> E. 4.3.1 S. 416; <ref-ruling> E. 5.1 S. 363 f.). Auch bei Prüfung einer ausservertraglichen Grundlage wäre die Beschwerdeführerin schliesslich nicht davon dispensiert, ihren Anspruch hinreichend zu substanziieren, womit offenbleiben kann, ob sie sich vor der Vorinstanz überhaupt auf ausservertragliche Grundlagen oder auf die analoge Anwendung von <ref-law> berufen hat.
7.7. Durfte die Vorinstanz betreffend den Teilvergütungsanspruch zu Recht davon ausgehen, es fehle an substanziierten Behauptungen zu den erbrachten Leistungen, muss nicht mehr auf die Rügen der Beschwerdeführerin im Zusammenhang mit der vorinstanzlichen Eventualbegründung eingegangen werden, wonach die Beschwerdeführerin es unterlassen habe, Beweismittel, insbesondere ein Gutachten, das den Wert des teilausgeführten Werks bestimmen könnte, zu offerieren. Die Beschwerdeführerin tut jedenfalls nicht hinreichend dar, weshalb es ihr nicht möglich gewesen wäre, (rechtzeitig) ein Gutachten zu beantragen oder eine amtliche Befundaufnahme durchführen zu lassen.
8.
Umstritten ist weiter der geltend gemachte Anspruch aus der Erfüllungsgarantie.
8.1. Die Vorinstanz hielt diesbezüglich fest, da es der Beschwerdeführerin nicht gelinge, den Wert des teilausgeführten Werks schlüssig bzw. substanziiert geltend zu machen, resultiere aus der Abrechnung des Bauprojekts eine Abrechnungsdifferenz aus Sicht der Beschwerdeführerin von Fr. minus 37'720'244.20 (Fr. 0.-- [kein ausgewiesener Wert des Teilwerks] - anerkannte Zahlungen der Beschwerdegegnerin). Da die Differenz zwischen dem Wert des Werkes und den Anzahlungen kleiner als Fr. minus 6.9 Mio. sei, erübrige sich die Prüfung des Anspruchs aus der Erfüllungsgarantie. Selbst wenn ihr dieser Anspruch zustehen würde, resultiere kein positiver, ihr zustehender Abrechnungssaldo. Daher stelle sich die Frage nach allfälligen Gegenforderungen der Beschwerdegegnerin nicht. Ebenso wenig bedürfe es der Prüfung, ob davon ein allfälliger von der Beschwerdegegnerin aus dem Konkurs der C._ AG gezogener Vorteil in Abzug zu bringen wäre.
8.2. Die Beschwerdeführerin rügt, die Vorinstanz verkenne das Wesen des Garantievertrags nach <ref-law>, wenn sie von zwei geltend gemachten Teilansprüchen ausgehe. Weiter sei erstaunlich, dass die Vorinstanz zum Schluss komme, aus der Abrechnung des Bauprojekts resultiere eine Abrechnungsdifferenz aus Sicht der Beschwerdeführerin von Fr. minus 37'720'244.20. Eine solche Auffassung vertrete nicht mal die Beschwerdegegnerin. Zudem mache sie nicht - und insbesondere nicht aus eigenem Recht als Garantin - einen Anspruch auf Rückerstattung der Erfüllungsgarantie geltend, wie die Vorinstanz fälschlicherweise annehme. Vielmehr klage sie als Prozessstandschafterin einen Anspruch der Konkursmasse der C._ AG aus der Abrechnung des Bauprojekts ein. Effektiv habe die Zahlung der Garantiesumme eine Vermögensverschiebung zu Gunsten der Beschwerdegegnerin bzw. zu Lasten der C._ AG (in deren Rechtsposition sie heute stehe) bewirkt. Diese Vermögensverschiebung zu Lasten der C._ AG erkläre sich dadurch, dass sie die von der Beschwerdegegnerin gezogene Garantiesumme bei der C._ AG regressweise eingefordert habe.
Es ist nicht ersichtlich, woraus die Beschwerdeführerin ableitet, die Vorinstanz sei davon ausgegangen, sie mache einen eigenen Anspruch auf Rückerstattung der Erfüllungsgarantie geltend. Das dem nicht so ist, ergibt sich bereits daraus, dass die Vorinstanz ausdrücklich festhielt, ob der abgetretene Anspruch auch einen Teilanspruch aus der Erfüllungsgarantie umfasse, bedürfe an dieser Stelle keiner Prüfung, da es sich um eine doppeltrelevante Tatsache handle. Nicht ersichtlich ist im Übrigen, was die Beschwerdeführerin aus dem Vorwurf ableiten will, die Vorinstanz gehe fälschlicherweise von zwei Teilansprüchen aus.
Mit der Beschwerdeführerin ist aber festzuhalten, dass die vorinstanzliche Feststellung, es bestehe eine Abrechnungsdifferenz von Fr. minus 37'720'244.20, missverständlich ist. Es trifft zwar zu, dass der Wert des Teilwerks mangels hinreichender Substanziierung nicht fest steht. Daraus lässt sich aber nicht ableiten, das Teilwerk hätte einen Wert von Fr. 0.--, womit eine Abrechnungsdifferenz von Fr. minus 37'720'244.20 resultiere. Dies spielt allerdings im Ergebnis vorliegend keine Rolle, da die Beschwerdeführerin mangels hinreichender Substanziierung des Werts des Teilwerks jedenfalls nicht dargelegt hat, dass der Wert des Teilwerks grösser als Fr. 30'820'244.20 (Betrag der Akontozahlungen abzüglich der Garantiesumme) war. Nur in diesem Fall hätte die Zahlung der Garantiesumme aber überhaupt eine Vermögensverschiebung zu Gunsten der Beschwerdegegnerin bzw. zu Lasten der C._ AG bewirken können.
9.
Nach dem Gesagten ist die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend wird die Beschwerdeführerin kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 Abs. 1 und Art. 68 Abs. 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 42'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3.
Die Beschwerdeführerin hat die Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 52'000.-- zu entschädigen.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Handelsgericht des Kantons Zürich schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 13. Januar 2021
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Hohl
Der Gerichtsschreiber: Gross