Sachverhalt:
A.
Die A._ AG (Beklagte, Beschwerdeführerin) ist eine nicht börsenkotierte Aktiengesellschaft nach Schweizer Recht, die den Erwerb, die Verwaltung und den Verkauf von Liegenschaften bezweckt. Ihr Aktienkapital besteht aus 20 Inhaberaktien. Die Aktienzertifikate Nr. 1 bis 10 hält die C._ B.V., eine Gesellschaft aus U._ mit beschränkter Haftung. Strittig ist, ob die B._ B.V. (Klägerin, Beschwerdegegnerin), ebenfalls eine Gesellschaft aus U._ mit beschränkter Haftung, gestützt auf die Inhaberaktien Nr. 11 bis 20 Aktionärin der Beklagten ist.
Nachdem die Klägerin nach Abschluss eines Aktionärsbindungsvertrages vom 19./26. Oktober 2007 zwischen ihr und der C._ B.V. jeweils zu den Generalversammlungen der Beklagten eingeladen worden war, wurde sie zur ausserordentlichen Generalversammlung vom 30. Juni 2015 und allen nachfolgenden Versammlungen nicht mehr eingeladen bzw. von diesen ausgeschlossen.
B.
B.a. Die Klägerin focht in der Folge beim Zivilkreisgericht Basel-Landschaft West die jeweiligen GV-Beschlüsse ab dem 30. Juni 2015 an. In allen Gerichtsverfahren war umstritten, ob die Klägerin Aktionärin der Beklagten ist. So erhob die Klägerin auch Klage am Zivilkreisgericht auf Feststellung der Nichtigkeit der Generalversammlungsbeschlüsse vom 31. August 2016, 29. März 2017 und 22. Juni 2017. Mit Entscheiden vom 21. September 2018 wies das Zivilkreisgericht die Klagen auf Feststellung der Nichtigkeit der GV-Beschlüsse vom 29. März 2017 und 22. Juni 2017 ab. Das Gericht gelangte zum Schluss, die Klägerin sei zur Anfechtung der Generalversammlungsbeschlüsse nicht aktivlegitimiert gewesen, da sie als Person mit Sitz im Ausland keine Bewilligung nach dem Bundesgesetz über den Erwerb von Grundstücken durch Personen im Ausland (Bewilligungsgesetz, SR 211.412.41) habe vorlegen können.
Die dagegen erhobenen Berufungen hiess das Kantonsgericht Basel-Landschaft mit Entscheiden vom 2. April 2019 gut. Das Kantonsgericht kam zum Ergebnis, die Klägerin habe nicht wegen einer angeblichen Umgehung der Bewilligungspflicht gemäss Bewilligungsgesetz von den beiden Generalversammlungen ausgeschlossen werden dürfen.
Auf die von der Beklagten dagegen erhobenen Beschwerden trat das Bundesgericht im Verfahren nach <ref-law> nicht ein (Urteile 4A_318/2019 und 4A_320/2019 vom 18. Juli 2019).
B.b. Am 13. Februar 2020 hiess das Zivilkreisgericht die drei Klagen auf Feststellung der Nichtigkeit der GV-Beschlüsse der Beklagten vom 31. August 2016, 29. März 2017 und 22. Juni 2017 gut.
Dagegen gelangte die Beklagte mit drei Berufungen an das Kantonsgericht. Mit Entscheid vom 9. März 2021 wies das Kantonsgericht die Berufung gegen den Entscheid bezüglich der Nichtigkeit des GV-Beschlusses vom 31. August 2016 ab.
C.
Gegen diesen Entscheid des Kantonsgerichts erhebt die Beschwerdeführerin Beschwerde in Zivilsachen an das Bundesgericht. Sie beantragt, der Entscheid des Kantonsgerichts sei aufzuheben und die Angelegenheit sei zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Eventualiter sei der Entscheid aufzuheben und es sei die Klage auf Feststellung der Nichtigkeit der Beschlüsse der ausserordentlichen Generalversammlung vom 31. August 2021 [recte: 2016] abzuweisen.
Die Beschwerdegegnerin beantragt die Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei. Die Vorinstanz verzichtete auf Vernehmlassung.

Erwägungen:
1.
1.1. Mit Beschwerde in Zivilsachen können Rechtsverletzungen nach Art. 95 und 96 BGG gerügt werden. Die Beschwerde ist hinreichend zu begründen, andernfalls wird darauf nicht eingetreten (<ref-ruling> E. 2.1). In der Beschwerdeschrift ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt (<ref-law>). Unerlässlich ist, dass die Beschwerde auf die Begründung des angefochtenen Entscheids eingeht und im Einzelnen aufzeigt, worin eine Verletzung von Bundesrecht liegt. Die beschwerdeführende Partei soll in der Beschwerdeschrift nicht bloss die Rechtsstandpunkte, die sie im kantonalen Verfahren eingenommen hat, erneut bekräftigen, sondern mit ihrer Kritik an den als rechtsfehlerhaft erachteten Erwägungen der Vorinstanz ansetzen (<ref-ruling> E. 2 S. 89, 115 E. 2 S. 116).
1.2. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Dazu gehören sowohl die Feststellungen über den streitgegenständlichen Lebenssachverhalt als auch jene über den Ablauf des vor- und erstinstanzlichen Verfahrens, also die Feststellungen über den Prozesssachverhalt (<ref-ruling> E. 1.3.1 mit Hinweisen). Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law>). "Offensichtlich unrichtig" bedeutet dabei "willkürlich" (<ref-ruling> E. 2 S. 117; <ref-ruling> E. 1.5). Überdies muss die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein können (<ref-law>).
Für eine Kritik am festgestellten Sachverhalt gilt das strenge Rügeprinzip von <ref-law> (<ref-ruling> E. 2.3 mit Hinweisen). Die Partei, welche die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz anfechten will, muss klar und substanziiert aufzeigen, inwiefern diese Voraussetzungen erfüllt sein sollen (<ref-ruling> E. 1.3.1 mit Hinweisen). Wenn sie den Sachverhalt ergänzen will, hat sie zudem mit präzisen Aktenhinweisen darzulegen, dass sie entsprechende rechtsrelevante Tatsachen und taugliche Beweismittel bereits bei den Vorinstanzen prozesskonform eingebracht hat (<ref-ruling> E. 2). Genügt die Kritik diesen Anforderungen nicht, können Vorbringen mit Bezug auf einen Sachverhalt, der vom angefochtenen Entscheid abweicht, nicht berücksichtigt werden (<ref-ruling> E. 1.3.1).
2.
Die Beschwerdeführerin rügt eine Verletzung von <ref-law>. Der Ausschluss der Beschwerdegegnerin von der Generalversammlung vom 31. August 2016 sei entgegen der Auffassung der Vorinstanz zu Recht erfolgt.
2.1. Zur Begründung schildert die Beschwerdeführerin die ihrer Ansicht nach "äusserst widersprüchlichen" Aussagen der Beschwerdegegnerin zum Erwerb und Verlust der Aktien. Sie geht damit frei über den vorinstanzlich festgestellten Sachverhalt hinaus, ohne eine hinreichende Sachverhaltsrüge nach den genannten Anforderungen zu erheben (Erwägung 1.2). Darauf ist nicht abzustellen, womit auch auf die auf die eigene Sachverhaltsfeststellung abgestützte Rechtsrüge nicht einzutreten ist.
2.2. Die Beschwerdeführerin führt aus, es sei unbestritten, dass sich die Beschwerdegegnerin am Tag der strittigen Generalversammlung nicht im Besitz der fraglichen Originalaktienzertifikate befunden habe. Da die Aktien in diesem Zeitpunkt noch nicht gerichtlich kraftlos erklärt worden seien, habe sich die Beschwerdeführerin gezwungen gesehen, die Beschwerdegegnerin von der Teilnahme an der Generalversammlung auszuschliessen. Die Vorinstanz übersehe auch, dass die Beschwerdegegnerin die Originalaktien nicht nur an der genannten Generalversammlung, sondern zu keinem Zeitpunkt habe vorweisen können. Die Beschwerdeführerin habe daher die formelle Legitimation nie überprüfen können. Es habe durchaus im Bereich des Möglichen und Wahrscheinlichen gelegen, dass die Aktien im Besitz einer unbekannten Drittpersonen gewesen seien. Die Vorinstanz verletze <ref-law>, indem sie festhalte, dass die Beschwerdegegnerin rechtsmissbräuchlich von der Generalversammlung ausgeschlossen worden sei, denn die Beschwerdeführerin habe zurecht auf der Vorweisung der Originalzertifikate beharrt.
Die Beschwerdeführerin stützt sich für diese Rüge darauf, dass sie damals der Beschwerdegegnerin den Zugang zur Generalversammlung vom 31. August 2016 deshalb verweigert habe, weil Letztere die Originalaktien nicht habe vorweisen können bzw. sie sich nicht im Besitz der Aktienzertifikate befunden habe. Solches wurde jedoch nicht festgestellt. Die Vorinstanz verwarf nämlich diesen Standpunkt der Beschwerdeführerin und stellte vielmehr fest, dass der Beschwerdegegnerin die Teilnahme an der Generalversammlung vom 31. August 2016 mit der Begründung verweigert worden sei, dass sie nicht in das Verzeichnis der Aktionäre der Beschwerdeführerin nach <ref-law>, sog. GAFI-Verzeichnis, eingetragen sei. Die Beschwerdeführerin weicht damit vom Sachverhalt ab, den die Vorinstanz feststellte, ohne eine Sachverhaltsrüge zu erheben, zumindest offensichtlich keine hinreichend begründete (Erwägung 1.2). Der rechtlichen Argumentation der Beschwerdeführerin fehlt es damit erneut an einer Sachverhaltsbasis, womit auch auf diese Rüge nicht einzutreten ist.
2.3. Im Weiteren legte die Vorinstanz bezüglich der Hauptargumentation der Beschwerdeführerin, wonach die Beschwerdegegnerin zu Recht nicht zur Generalversammlung vom 31. August 2016 zugelassen worden sei, ausführlich dar, dass die Beschwerdeführerin die Beschwerdegegnerin nach Treu und Glauben in das Verzeichnis nach <ref-law> hätte aufnehmen und zur Generalversammlung vom 31. August 2016 zulassen müssen. Das treuwidrige Verhalten der Beschwerdeführerin, die sich wider besseres Wissen erst nachträglich im Prozess auf das Fehlen der Aktionärsstellung der Beschwerdegegnerin berufe, weil diese die Originalinhaberaktien nicht habe vorweisen können, habe die Erstinstanz richtigerweise als rechtsmissbräuchlich qualifiziert.
Mit diesen zentralen Erwägungen der Vorinstanz setzt sich die Beschwerdeführerin vor Bundesgericht nicht hinreichend auseinander noch legt sie rechtsgenüglich dar, dass die Vorinstanz diesbezüglich Bundesrecht verletzt haben soll (Erwägung 1.1).
3.
3.1. Die Vorinstanz ging in der Folge auf die Eventualbegründung der Beschwerdeführerin ein, wonach der Beschwerdegegnerin keine Aktionärsstellung und damit auch keine Aktivlegitimation zur Anfechtung von Generalversammlungsbeschlüssen zukomme, weil ein rechtsgültiger Erwerb der Aktien wegen eines Verstosses gegen das Bewilligungsgesetz nicht möglich gewesen sei.
Die Vorinstanz erwog zu diesem Vorbringen der Beschwerdeführerin, dass diese einerseits keine konkrete Rüge gegen den erstinstanzlichen Entscheid erhebe und sich nicht mit den Erwägungen im angefochtenen erstinstanzlichen Entscheid auseinandersetze. Die Beschwerdeführerin komme damit ihrer Rüge- und Substanziierungspflicht nicht nach, weshalb weitere Ausführungen zur Eventualbegründung grundsätzlich entbehrlich seien. Andererseits seien die in der Eventualbegründung thematisierten Fragestellungen bereits in den Entscheiden vom 2. April 2019 gerichtlich erklärt worden.
Die Vorinstanz legte anschliessend dar, dass sie bereits in den Entscheiden vom 2. April 2019 entschieden habe, dass das Bewilligungsgesetz im Sinne eines öffentlichen Interesses den Erwerb von Grundstücken durch Personen im Ausland beschränken wolle. Gegenstand der hängigen zivilrechtlichen Verfahren zwischen den Parteien sei jedoch nicht ein Grundstückerwerb unter Umgehung des Bewilligungsgesetzes, sondern die Stellung der Beschwerdegegnerin als Aktionärin der Beschwerdeführerin, sodann die Verletzung des Stimmrechts an den streitgegenständlichen Generalversammlungen und die Aktivlegitimation zur Anfechtung dieser Generalversammlungsbeschlüsse. Diese rein internen zivilrechtlichen Angelegenheiten zwischen den Parteien tangierten keine öffentlichen Interessen, sodass eine allfällige Verletzung des Schutzzweckes des Bewilligungsgesetzes hier nicht im Vordergrund stehe. Entgegen der Ansicht der Beschwerdeführerin sei deshalb <ref-ruling> einschlägig, gemäss welchem in Streitkonstellationen wie hier das aktienrechtliche Stimmrecht zu schützen und eben nicht zu prüfen sei, ob der Aktienerwerb gegen das Bewilligungsgesetz verstossen habe. Entsprechend dürfte die Aktivlegitimation der Beschwerdegegnerin nicht wegen Mängeln im Aktienerwerb - zufolge eines behaupteten Verstosses gegen das Bewilligungsgesetzes - verneint werden.
3.2. Bezüglich der Rüge der Beschwerdeführerin, wonach ein Erwerb der Aktien durch die Beschwerdegegnerin zufolge eines Verstosses gegen das Bewilligungsgesetz nicht rechtsgültig gewesen sei, beruht der Entscheid der Vorinstanz auf zwei selbstständig tragenden Begründungen. Beruht der angefochtene Entscheid auf mehreren selbstständigen Begründungen, die je für sich den Ausgang des Rechtsstreits besiegeln, so hat die Beschwerdeführerin darzulegen, dass jede von ihnen Recht verletzt. Denn soweit nicht beanstandete Begründungen das angefochtene Urteil selbstständig stützen, fehlt das Rechtsschutzinteresse an der Beurteilung der gehörig begründeten Rügen (<ref-ruling> E. 2.4; <ref-ruling> E. 3.4).
Diesen Anforderungen kommt die Beschwerdeführerin nicht nach. Sie legt zwar ausführlich dar, dass nach ihrer Auffassung aufgrund einer Verletzung des Bewilligungsgesetzes ein rechtsgültiger Erwerb der Aktien nicht möglich gewesen sei. Mit der selbstständig tragenden Haupterwägung der Vorinstanz, wonach die Beschwerdeführerin bezüglich diesem Themenkreis den Anforderungen an die Berufungsbegründung nicht genügte, setzt sie sich aber nicht auseinander, zumindest offensichtlich nicht hinreichend (Erwägung 1.1). Es fehlt damit an einem Rechtsschutzinteresse an der Beurteilung der Rüge, wonach ein rechtsgültiger Erwerb der Aktien aufgrund eines Verstosses gegen das Bewilligungsgesetz nicht möglich gewesen sei. Auch darauf ist demnach nicht einzutreten.
4.
4.1. Die Beschwerdeführerin macht sinngemäss geltend, dass das Bundesgericht die Nichtigkeit des Aktienerwerbs von Amtes wegen festzustellen habe. In der Tat kann das Bundesgericht die Nichtigkeit eines privatrechtlichen Rechtsgeschäftes feststellen, jedoch nur soweit sich diese auf den vorinstanzlich festgestellten Sachverhalt stützen lässt oder eine rechtsgenügliche Sachverhaltsergänzung im oben genannten Sinn (Erwägung 1.2) verlangt wird (dazu: Urteil 4A_20/2020 vom 26. Februar 2020 E. 5.1 und E. 5.3.1 mit weiteren Hinweisen).
4.2. Die Beschwerdeführerin schildert für die von ihr geltend gemachte Nichtigkeit des Erwerbs der Aktien aufgrund eines Verstosses gegen das Bewilligungsgesetz ausführlich den Sachverhalt aus ihrer eigenen Sicht. Sie stellt sich insbesondere auf den Standpunkt, sie sei eine "klassische Immobiliengesellschaft", deren "tatsächlicher Zweck hauptsächlich im Erwerb von Grundstücken (insb. Wohnliegenschaften) " bestehe bzw. "mindestens" bestanden habe, weshalb der Aktienerwerb einer Bewilligung nach Bewilligungsgesetz bedurft habe.
Wie die Beschwerdegegnerin zu Recht vorbringt, stellte die Vorinstanz bloss fest, dass die Beschwerdeführerin "den Erwerb, die Verwaltung und den Verkauf von Liegenschaften bezweckt" (angefochtener Entscheid, Sachverhalt A S. 2). Weitere Feststellungen zur Geschäftstätigkeit oder zum Gesellschaftszweck finden sich im angefochtenen Entscheid nicht. Insbesondere fehlen im Entscheid der Vorinstanz tatsächliche Elemente, gestützt auf welche geschlossen werden könnte, dass es sich bei der Beschwerdeführerin um eine Immobiliengesellschaft im engeren Sinn handeln würde, deren tatsächlicher Zweck ausschliesslich oder hauptsächlich im Kauf von Grundstücken liegen würde, die nicht als Betriebsstätten bzw. Hauptwohnungen dienen sollen, sodass nach dem Standpunkt der Beschwerdeführerin der Aktienerwerb bewilligungspflichtig wäre (vgl. dazu: Urteil 2C_1041/2016 vom 28. September 2017 E. 3.2 mit weiteren Hinweisen). Die Beschwerdeführerin verlangt diesbezüglich keine Ergänzung des Sachverhalts (Erwägung 1.2), geschweige denn zeigt sie rechtsgenüglich auf, dass sie die entsprechenden rechtsrelevanten Tatsachen und Beweismittel bereits bei den Vorinstanzen prozesskonform eingebracht hätte.
Selbst wenn die Frage, ob der Aktienerwerb gegen das Bewilligungsgesetz verstossen habe, zu prüfen wäre, würde es auch hier an den einschlägigen Sachverhaltsfeststellungen für die Beurteilung der rechtlichen Beanstandungen der Beschwerdeführerin fehlen. Auch auf diese Vorbringen kann deshalb nicht eingetreten werden.
5.
Die Beschwerdeführerin verlangt schliesslich in ihrem Rechtsbegehren Ziff. 3, dass bei Gutheissung ihrer Beschwerde die Beschwerdegegnerin die "ordentlichen und ausserordentlichen Kosten" aller Instanzen zu tragen habe. Da die Beschwerde nach dem Gesagten nicht gutgeheissen werden kann, entfällt auch eine andere Kostenverteilung.
6.
Auf die Beschwerde ist nach dem Ausgeführten nicht einzutreten. Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend wird die Beschwerdeführerin kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 Abs. 1 und Art. 68 Abs. 2 BGG). Die Parteientschädigung ist aus der an die Bundesgerichtskasse geleisteten Sicherheit auszurichten.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 2'500.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3.
Die Beschwerdeführerin hat die Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 3'000.-- zu entschädigen. Diese Entschädigung wird aus der an die Bundesgerichtskasse bezahlten Sicherheitsleistung ausgerichtet.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Kantonsgericht Basel-Landschaft, Abteilung Zivilrecht, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 22. April 2022
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Hohl
Der Gerichtsschreiber: Brugger