Sachverhalt:
A.
B._ reichte am 23. April 2015 ein Gesuch für den Bau eines Mehrfamilienhauses auf den Parzellen Nrn. 255, 1352 und 1518 in der Gemeinde Beckenried ein. Parzelle Nr. 1518 grenzt im Osten an den Fahrlibach. Gegen das Bauvorhaben erhob A._ Einsprache.
Die Baudirektion Nidwalden erteilte mit Gesamtbewilligungsentscheid vom 19. Januar 2016 die gewässerschutzrechtliche und denkmalschutzrechtliche Bewilligung und stimmte der Ausnahmebewilligung des Gemeinderates betreffend die Erstellung von Bauten und Anlagen innerhalb des Gewässerabstands gemäss Art. 159d Abs. 2 des Nidwaldner Baugesetzes vom 24. April 1988 (BauG/NW; GS 611.01) unter Bedingungen und Auflagen zu. Der Gemeinderat Beckenried wies die Einsprache am 3. Oktober 2016 ab und erteilte die ersuchte Baubewilligung.
B.
Dagegen erhob A._ am 31. Oktober 2016 Beschwerde beim Regierungsrat Nidwalden und gelangte anschliessend, am 9. April 2019, mit Beschwerde an das Verwaltungsgericht Nidwalden. Dieses wies die Beschwerde am 16. Dezember 2019 ab (Versand am 3. April 2020).
C.
Gegen den verwaltungsgerichtlichen Entscheid hat A._ am 19. Mai 2020 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht erhoben. Sie beantragt, der angefochtene Entscheid sei aufzuheben; eventuell sei die Angelegenheit im Sinne der Erwägungen zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
D.
B._ (nachfolgend: der Beschwerdegegner), der Gemeinderat Beckenried, der Regierungsrat und die Baudirektion des Kantons Nidwalden beantragen, die Beschwerde sei abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. Das Verwaltungsgericht verzichtet unter Verweis auf den angefochtenen Entscheid auf eine Vernehmlassung.
Das Bundesamt für Umwelt (BAFU) kommt in seiner Vernehmlassung zum Ergebnis, der angefochtene Entscheid sei mit dem Gewässerschutzrecht des Bundes nicht vereinbar.
Der Gemeinderat Beckenried hält in seiner Stellungnahme vom 10. Dezember 2020 an seinem Antrag fest. Die übrigen Beteiligten haben sich nicht mehr geäussert.
E.
Mit Verfügung vom 25. Juni 2020 wurde der Beschwerde die aufschiebende Wirkung gewährt.

Erwägungen:
1.
Gegen den kantonal letztinstanzlichen Endentscheid des Verwaltungsgerichts steht grundsätzlich die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht offen (Art. 82 lit. a, 86 Abs. 1 lit. d und 90 BGG).
1.1. Die Beschwerdeführerin ist als Eigentümerin der unmittelbar an das Bauvorhaben angrenzenden Parzelle Nr. 256 (früher Nr. 1282) zur Beschwerde legitimiert (<ref-law>).
Der Beschwerdegegner hält die Beschwerdeerhebung für rechtsmissbräuchlich. Er macht geltend, die Beschwerdeführerin habe zahlreiche Verfahren geführt, um Bauvorhaben seiner Eltern (damals Miteigentümer der Parzelle Nr. 1281, heute: Nr. 256) zu verhindern. Im Rahmen eines Vergleichs vom 18. Dezember 2012 hätten diese ihre Miteigentumsanteile an der Parzelle Nr. 1281 an die Beschwerdeführerin übertragen und die Parteien hätten vereinbart, in Bezug auf Bauprojekte auf den jeweiligen Grundstücksflächen keine Einsprache oder dergleichen zu erheben.
Nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung sind Verfahrensschritte rechtsmissbräuchlich, die einzig dazu dienen, die Gegenpartei zu schikanieren oder ohne Verfolgung sonstiger Interessen eine Verzögerung des Verfahrens zu erreichen. Der Rechtsmissbrauch muss offensichtlich und entsprechend nachgewiesen sein (vgl. <ref-ruling> E. 1.3.1 S. 543; Urteil 1C_590/2013 vom 26. November 2014 E. 7.3 mit Hinweisen). Im vorliegenden Fall hat die Beschwerdeführerin ein eigenes Interesse daran, dass die an ihr Grundstück angrenzenden Parzellen nicht - oder nur in redimensionierter Form - überbaut werden; es liegen keine Anhaltspunkte für schikanöses Verhalten vor.
Zur Frage des Einspracheverzichts kann auf die zutreffenden Erwägungen des Verwaltungsgerichts verwiesen werden (E. 2.3.3), wonach nur in voller Sachkenntnis und damit nicht im Voraus auf ein Rechtsmittel verzichtet werden kann (vgl. <ref-ruling> E. 1.2 mit Hinweisen).
1.2. Die Beschwerdeführerin beantragt die Aufhebung des angefochtenen Entscheids, ohne einen Antrag in der Sache zu stellen, wie nach <ref-law> geboten. Indessen geht aus der - zur Auslegung des Antrags herbeizuziehenden - Begründung klar hervor, dass sich die Beschwerde gegen die Bewilligung des Bauvorhabens richtet, d.h. gleichzeitig mit der Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheids auch die Aufhebung der Baubewilligung bzw. die Erteilung des Bauabschlags verlangt wird.
1.3. Auf die rechtzeitig erhobene Beschwerde ist daher einzutreten.
2.
Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann insbesondere die Verletzung von Bundesrecht - einschliesslich Überschreitung oder Missbrauch des Ermessens - gerügt werden (<ref-law>). Das Bundesgericht wendet das Bundesrecht grundsätzlich von Amtes wegen an (<ref-law>). Die Verletzung von Grundrechten (einschliesslich die willkürliche Anwendung von kantonalem Recht) prüft es dagegen nur insoweit, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und genügend begründet worden ist (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1.4.2 S. 254 mit Hinweisen).
Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat, sofern dieser nicht offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (Art. 105 und Art. 97 Abs. 1 BGG). Neue Tatsachen und Beweismittel können nur so weit vorgebracht werden, als erst der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gibt (<ref-law>). Das Vorbringen von Tatsachen, die sich erst nach dem angefochtenen Entscheid ereigneten oder entstanden (echte Noven), ist vor Bundesgericht unzulässig (<ref-ruling> E. 1.1 S. 23 mit Hinweisen).
3.
Streitig ist in erster Linie, ob die Gewässerraumvorschriften des Bundes verletzt sind. Im Folgenden sind diese sowie die vom Verwaltungsgericht zugrunde gelegten Vorgaben des kantonalen Rechts kurz darzustellen.
3.1. <ref-law> verpflichtet die Kantone, den Raumbedarf der oberirdischen Gewässer festzulegen, der erforderlich ist für die Gewährleistung der natürlichen Funktionen der Gewässer (lit. a), des Schutzes vor Hochwasser (lit. b) und für die Gewässernutzung (lit. c) (sog. Gewässerraum). Der Bundesrat wird beauftragt, die Einzelheiten zu regeln (Abs. 2). Die Kantone sorgen dafür, dass der Gewässerraum bei der Richt- und Nutzungsplanung berücksichtigt sowie extensiv gestaltet und bewirtschaftet wird (Abs. 3).
Gemäss Art. 41a Abs. 2 GSchV muss die Breite des Gewässerraums für Fliessgewässer mit einer Gerinnesohle von weniger als 2 m natürlicher Breite mindestens 11 m (lit. a) und bei einer Gerinnesohle von 2-15 m natürlicher Breite mindestens die 2,5-fache Breite der Gerinnesohle plus 7 m betragen (lit. b). Die so berechnete Breite des Gewässerraums muss erhöht werden, soweit dies erforderlich ist, u.a. zur Gewährleistung des Schutzes vor Hochwasser, des für eine Revitalisierung erforderlichen Raumes oder anderer überwiegender Interessen des Natur- und Landschaftsschutzes (Abs. 3). Soweit der Hochwasserschutz gewährleistet ist, kann die Breite des Gewässerraums in dicht überbauten Gebieten den baulichen Gegebenheiten angepasst werden (Abs. 4 lit. a).
Gemäss Art. 41c Abs. 1 GSchV dürfen im Gewässerraum nur standortgebundene, im öffentlichen Interesse liegende Anlagen wie Fuss- und Wanderwege, Flusskraftwerke oder Brücken erstellt werden. Sofern keine überwiegenden Interessen entgegenstehen, kann die Behörde ausserdem die Erstellung zonenkonformer Anlagen in dicht überbauten Gebieten (lit. a) oder ausserhalb von dicht überbauten Gebieten auf einzelnen unüberbauten Parzellen innerhalb einer Reihe von mehreren überbauten Parzellen bewilligen (lit. a bis).
Die Übergangsbestimmungen zur Änderung der GSchV vom 4. Mai 2011 (im Folgenden: ÜbBest. GSchV) sehen vor, dass die Kantone den Gewässerraum bis zum 31. Dezember 2018 festlegen. Solange dies noch nicht geschehen ist, gelten die Vorschriften für Anlagen nach Artikel 41c Absätze 1 und 2 GSchV entlang von Gewässern auf einem beidseitigen Streifen mit einer Breite von je 8 m plus die Breite der bestehenden Gerinnesohle bei Fliessgewässern mit einer Gerinnesohle bis 12 m Breite (lit. a).
3.2. Das Verwaltungsgericht stellte im angefochtenen Entscheid aus übergangsrechtlichen Gründen auf die Vorschriften des kantonalen Baugesetzes vom 24. April 1988 (BauG; NG 611.1) zu Gewässerraumzone und Gewässerabstand ab. Diese wurden mit Wirkung vom 1. Oktober 2018 von den Art. 69 und 121 ff. des Planungs- und Baugesetzes vom 21. Mai 2014 (PBG; NG 611.1) abgelöst.
Gemäss Art. 74a BauG dient die Gewässerraumzone dazu, Bach-, Fluss- und Seeufer zur Sicherung der natürlichen Funktion des Gewässers und der Förderung der Artenvielfalt sowie im Interesse des Hochwasserschutzes und der Gewährleistung des Gewässerunterhaltes von Bauten und Anlagen freizuhalten. Die Ausscheidung erfolgt nach den Vorschriften der Spezialgesetzgebung, insbesondere der Bundesgesetzgebung über den Gewässerschutz und den Wasserbau.
Gemäss Art. 159 und Art. 159a Abs. 1 BauG ist ab der Gewässerraumzone ein Gewässerabstand für oberirdische Bauten und Anlagen von 3 m einzuhalten. Für die übrigen Bauten und Erschliessungsanlagen, insbesondere Strassen, Wege und Parkplätze, muss kein Gewässerabstand eingehalten werden, wenn der Zugang zum Gewässer für Unterhalt, Intervention und Hochwasserschutz nicht eingeschränkt wird (Art. 159a Abs. 2 BauG). Für Bauten und Anlagen, die auf einen Standort am oder über dem Gewässer angewiesen sind, kann der Gemeinderat den Abstand herabsetzen oder aufheben; unter der gleichen Voraussetzung kann er mittels Ausnahmebewilligung die Erstellung innerhalb der Gewässerraumzone bewilligen (Art. 159d Abs. 1 BauG). Diese Ausnahmebewilligungen bedürfen der Genehmigung der Direktion (Art. 159 Abs. 2 BauG).
Das Bau- und Zonenreglement der Gemeinde Beckenried (BZR) unterscheidet ebenfalls zwischen der eigentlichen Gewässerraumzone (Art. 35 Abs. 4 BZR) und dem zusätzlichen Gewässerabstandsbereich von 3 m ab Zonengrenze (Art. 35 Abs. 6 BZR).
4.
Das Verwaltungsgericht führte aus, die Gemeinde Beckenried habe gestützt auf das Leitbild Fliessgewässer Schweiz des BAFU (2003) und die kantonale Richtlinie "Raumplanerische Festlegung des Gewässerraums an Fliessgewässern" (2004) bereits im Jahr 2006 die minimal geforderten Gewässerräume als Gewässerraumzonen festgesetzt, was im Jahr 2007 vom Regierungsrat genehmigt worden sei. Zusammen mit dem 3 m breiten Gewässerabstand nach aArt. 159a Abs. 1 BauG entspreche diese Gewässerraumzone materiell den Anforderungen nach <ref-law>, weshalb die ÜbBest. GSchV nicht anwendbar seien. Dies sei auch vorliegend der Fall:
Ausgehend von einer natürlichen Gerinnesohle des Fahrlibachs von nicht mehr als 2 m, betrage die Mindestbreite des Gewässeraums nach Art. 41a Abs. 2 lit. a GSchV 11 m. Die im Bereich der Parzelle Nr. 1518 ausgeschiedene Gewässerraumzone betrage minimal 6.1 m und maximal 7.9 m. Rechne man den Gewässerabstand für oberirdische Bauten und Anlagen hinzu (2 x 3 m), so ergebe sich ein Gewässerraum von 12.1 bis 13.9 m, was den bundesrechtlichen Anforderungen genüge.
Gemäss den Plänen tangiere das Bauvorhaben die Gewässerraumzone nicht; auch der Gewässerabstand werde von allen überirdischen Bauteilen eingehalten. Einzig die unterirdische Einstellhalle halte mit einem minimalen Abstand von 1 m den ordentlichen Gewässerabstand von 3 m nicht ein. Dies spiele jedoch keine Rolle, weil unterirdische Bauten den Gewässerabstand gemäss Art. 159a Abs. 2 BauG nicht einzuhalten bräuchten, wenn - wie hier - der Zugang zum Gewässer für Unterhalt, Intervention und Hochwasserschutz nicht eingeschränkt werde. Demnach sei gar keine Ausnahmebewilligung nach Art. 159d BauG erforderlich gewesen.
4.1. Die Beschwerdeführerin ist der Auffassung, die Gewässerraumzone der Gemeinde Beckenried sei bundesrechtswidrig. Ihres Erachtens beträgt die Mindestbreite 13.25 m, ausgehend von einer natürlichen Sohlenbreite des Fahrlibachs von 2.5 m.
In diesem Zusammenhang erhebt sie verschiedene Sachverhalts- und Verfahrensrügen: Die Breite der natürlichen Gerinnesohle sei - obwohl umstritten - vom Verwaltungsgericht nicht abgeklärt und ihr Antrag auf Durchführung eines Augenscheins nicht behandelt worden. Die hydraulische Kapazität des Fahrlibachs sei bis heute nicht überprüft worden, weshalb nicht feststehe, ob der Gewässerraum den Anforderungen des Hochwasserschutzes genüge; auch zu dieser Rüge und den diesbezüglichen Beweisanträgen der Beschwerdeführerin habe sich das Verwaltungsgericht unter Verletzung des rechtlichen Gehörs nicht geäussert.
Der Gewässerabstandsbereich könne - entgegen der Auffassung der Vorinstanzen - nicht zum Gewässerraum gezählt werden, weil in ihm u.a. Tiefbauten zulässig seien (entgegen Art. 41c Abs. 1 GSchV). Die für die Einstellhalle erteilte Ausnahmebewilligung sei rechtswidrig, weil es sich nicht um eine standortgebundene, im öffentlichen Interesse liegende Anlage i.S.v. Art. 41c Abs. 1 GSchV handle.
4.2. Regierungsrat und Baudirektion äussern sich ausführlich zur natürlichen Gerinnesohlenbreite. Diese könne in aller Regel nicht Plänen oder Karten entnommen werden, die lediglich das bestehende (oft künstliche) Gerinne samt Böschung darstellten. Fachlich werde sie als jener Bereich definiert, welcher in der Regel bei bettbildenden Abflüssen (mittlere Hochwasser mit einer Wiederkehrperiode von zwei bis fünf Jahren) umgelagert werde und somit bei natürlichen Verhältnissen frei von höheren Wasser- und Landpflanzen sei. Für kleine Gewässer wie dem Fahrlibach biete sich zur Festlegung der natürlichen Gerinnesohle die Vergleichsmethode (Vergleich mit reaktionsgleichen natürlichen Gewässern) oder die Herleitung aus der ökomorphologischen Erhebung an. Bei letzterer werde die bestehende Sohlenbreite unter Berücksichtigung eines entsprechenden Korrekturfaktors multipliziert. Für den Fahrlibach sei die Breite von den Fachinstanzen gegen 2 m festgelegt worden, einerseits aufgrund der Zufluss-Bedingungen, kombiniert mit den bestehenden stark beeinträchtigten Ausprägungen (Erscheinungsbild vor Ort), andererseits aber auch bestätigt durch den Vergleich mit als natürlich klassifizierten Gewässerabschnitten im Oberlauf. Das bestehende Gerinne betrage rund 0.8 m; bei einem Korrekturfaktor 2 (wegen der fehlenden Breitenvariabilität) ergebe dies eine natürliche Sohlenbreite von weniger als 2 m.
Regierungsrat und Baudirektion betonen, die Gemeinde Beckenried habe bereits 2006, als erste Gemeinde im Kanton Nidwalden, die Gewässerraumzonen im Bereich der Bauzonen grundeigentümerverbindlich festgelegt (vom Regierungsrat genehmigt am 9. Januar 2007), damals noch gestützt auf aArt. 21 der Wasserbauverordnung vom 2. November 1994 (WBV; SR 721.100.1) und das Leitbild Fliessgewässer Schweiz (2003). Der minimale Raumbedarf der Gewässer sei schon damals anhand einer "Schlüsselkurve" ermittelt worden, welche auch der Mindestbreite des Gewässerraums gemäss Art. 41a GSchV zugrunde liege. Im Erläuternden Bericht (BAFU, Erläuternder Bericht vom 20. April 2011 zur Parlamentarischen Initiative Schutz und Nutzung der Gewässer [07.492] - Änderung der Gewässerschutz-, Wasserbau-, Energie- und Fischereiverordnung, S. 13 zu Art. 41a GSchV) werde festgehalten, dass Kantone, welche die Ausscheidung des Gewässerraums im Sinne des Leitbilds Fliessgewässer bereits vorgenommen hätten, davon ausgehen dürfen, dass sie damit die Anforderungen von Artikel 41a GSchV erfüllten. Auf diese Aussage hätten sich Kanton und Gemeinde verlassen dürfen. Gemeinden, welche dem gesetzlichen Auftrag frühzeitig nachgekommen seien, dürften nicht im Nachhinein abgestraft werden, indem sie den ÜbBest. GSchV unterstellt würden.
Sollte das Bundesgericht dieser Auffassung nicht folgen, bestehe nach Art. 41a Abs. 4 GSchV überdies die Möglichkeit, die Breite des Gewässerraums in dicht überbauten Gebieten an die baulichen Gegebenheiten anzupassen, sofern der Hochwasserschutz gewährleistet sei. Dies sei vorliegend der Fall:
Der in der geltenden Gefahrenkarte abgebildete Spitzenabfluss des Fahrlibachs in Beckenried (HQ 100) betrage 2.7 m3 /s. Bezüglich der Systemstabilität (Überlast bei extremer Belastung) seien auch sehr seltene Ereignisse mit bis zu 6.2 m3 /s zu berücksichtigen (EHQ-Abflusswassermenge). Das bestehende Gerinne sei bei seltenen Ereignissen in der Lage, die Wassermassen gefahrlos abzuführen; dagegen könne es bei sehr seltenen Ereignissen zu Ausuferungen kommen, wodurch auch die Systemstabilität nicht mehr gewährleistet sei. In Berücksichtigung sämtlicher Hochwasserschutzrisiken in der Gemeinde Beckenried, z.B. am Träschlibach oder am Lielibach, würden hochwassertechnische Massnahmen am Fahrlibach jedoch nicht als prioritär eingestuft. Der heute rechtsgültig festgelegte Gewässerraum von 8 m sei genügend gross, um allfällig ergänzende Hochwasserschutzmassnahmen zukünftig realisieren zu können. Ob der geringere Gewässerraum im Bereich der Parzelle Nr. 1268 genüge, sei für das vorliegende Projekt nicht relevant, sondern könne bei künftigen Wasserbauprojekten geprüft werden.
4.3. Das BAFU erachtet die Bestimmung der natürlichen Gerinnesohlenbreite als aufgrund der Akten nicht eindeutig nachvollziehbar. Jedenfalls aber unterschreite der ausgeschiedene Gewässerraum die bundesrechtliche Mindestbreite von 11 m erheblich. Entgegen der Auffassung des Verwaltungsgerichts könne der beidseitige Gewässerabstand von 3 m nicht zum Gewässerraum gezählt werden, weil dieser nicht der Gewährleistung der natürlichen Funktionen des Gewässers, sondern lediglich dem Hochwasserschutz diene und darin u.a. Strassen und Tiefbauten zulässig seien.
Zwar sei im Erläuternden Bericht ausgeführt worden, dass Kantone, welche die Ausscheidung des Gewässerraums im Sinne des Leitbilds Fliessgewässer bereits vorgenommen hätten, davon ausgehen könnten, dass sie damit die Anforderungen von Art. 41a GSchV erfüllten. Die 2006 festgelegte Gewässerraumzone der Gemeinde Beckenried liege jedoch unter der geforderten minimalen Breite von 11 m gemäss Raumbedarfskurve ("Schlüsselkurve") und entspreche daher auch nicht den Anforderungen gemäss Leitbild Fliessgewässer Schweiz. Sei somit am Fahrlibach noch kein bundesrechtskonformer Gewässerraum festgelegt worden, kämen die Übergangsbestimmungen zur Änderung der GSchV vom 4. Mai 2011 zur Anwendung. Die geplante Erschliessungsstrasse, Teile des Gebäudes sowie die Einstellhalle kämen in diesen übergangsrechtlichen Gewässerraum zu liegen.
Nach Auffassung des BAFU kann auch keine Ausnahmebewilligung nach Art. 41c Abs. 1 lit. a oder lit. a bis GSchV erteilt werden: Das Gebiet, auf welchem das Bauvorhaben geplant sei, liege abseits des Gemeindezentrums und grenze an Grünräume. Es handle sich aufgrund seiner peripheren Lage nicht um dicht überbautes Gebiet. Da der Baubereich im südlichen Bereich der Parzellen Nrn. 255 und 1352 an grosse Grünräume anschliesse, könne auch nicht von einer Baulücke im Sinne von Art. 41c Abs. 1 lit. a bis ausgegangen werden. Hinzu komme, dass das Bauvorhaben auch ohne Inanspruchnahme des Gewässerraums realisiert werden könne.
4.4. Die Gemeinde Beckenried widerspricht: Ihres Erachtens liegen die Bauparzellen im dicht überbauten Gebiet, weshalb eine Ausnahmebewilligung gestützt auf Art. 41c Abs. 1 lit. a GSchV zulässig sei. Das Gebiet liege nicht peripher, und die vom BAFU erwähnten Grünräume seien Gestaltungsplangebiete, mit deren Überbauung demnächst gerechnet werden müsse. Auch auf den streitgegenständlichen Parzellen befänden sich bereits Bauten, die abgerissen werden sollten. Eine naturnahe Gestaltung des Ufers sei überdies bereits durch die bestehenden Bauten auf den Parzellen Nr. 1268, 251 und 257 ausgeschlossen. Ergänzend verweist sie auf <ref-law>, der es den Behörden erlaube, im überbauten Gebiet die Bautätigkeit zu regeln und dabei Ausnahmen zu den Gestaltungsvorschriften nach <ref-law> zu bewilligen.
5.
Die ÜbBest. GSchV sehen vor, dass die Kantone den Gewässerraum gemäss den Artikeln 41a und 41b GSchV bis zum 31. Dezember 2018 festlegen (Abs. 1); solange sie dies nicht getan haben, gelten die Beschränkungen gemäss Art. 41c Absätze 1 und 2 GSchV auf dem in Abs. 2 definierten Streifen. Die übergangsrechtliche Regelung bleibt somit anwendbar, bis eine den Art. 41a ff. GSchV konforme Festlegung des Gewässerraums erfolgt ist.
5.1. Dem Regierungsrat ist zuzustimmen, dass Kantone oder Gemeinden, die bereits vor Inkrafttreten der Revision einen den Anforderungen der GSchV genügenden Raum für Fliessgewässer grundeigentümerverbindlich festgelegt haben, nicht unter die Übergangsbestimmungen fallen. Dies setzt voraus, dass der gesicherte Raum die bundesrechtlich mindestens gebotene Breite aufweist (gemäss Art. 41a GSchV) und das Nutzungsregime den Vorgaben von <ref-law> und Art. 41c GSchV entspricht.
Wie von den kantonalen Behörden und dem BAFU dargelegt, entspricht die minimale Breite gemäss Art. 41a Abs. 2 GSchV dem "minimalen Raumbedarf" gemäss Schlüsselkurve des Leitbilds Fliessgewässer. Dementsprechend erfüllen Gewässerräume, die in Anwendung der Schlüsselkurve festgesetzt wurden, grundsätzlich auch die Anforderungen an die Mindestbreite gemäss Artikel 41a GSchV (Erläuternder Bericht, S. 13). Vorbehalten bleiben immerhin Erweiterungen des Gewässerraums, die nach Art. 41 Abs. 3 GSchV geboten sind, z.B. aus Gründen des Hochwasserschutzes oder zur Gewährleistung des ökologischen Ausgleichs in intensiv genutzten Gebieten (vgl. Urteil 1C_573/2015 vom 5. Juli 2016 E. 4.3).
5.2. Vorliegend weist die Gewässerraumzone im Bereich der Parzelle Nr. 1518 knapp 8 m bzw. sogar nur 6 m im Bereich der Parzelle Nr. 1268 auf. Sie liegt damit deutlich unter der minimalen Breite von 11 m gemäss Schlüsselkurve und Art. 41a Abs. 2 lit. a GSchV. Es kann daher offenbleiben, ob (wie die Beschwerdeführerin meint) sogar die höhere Mindestbreite gemäss lit. b zur Anwendung kommt (weil die natürliche Gerinnesohle mehr als 2 m beträgt) oder Gründe des Hochwasserschutzes einen breiteren Gewässerraum erfordern.
5.3. Der Gewässerabstand von beidseits 3 m ab Gewässerraumzone erfüllt - wie die kantonalen Instanzen selbst einräumen - eine andere Funktion als der Gewässerraum und unterliegt daher nicht denselben Einschränkungen: In ihm sind nur oberirdische Bauten ausgeschlossen, d.h. andere Bauten, insbesondere Tiefbauten und Erschliessungsanlagen (Strassen, Wege und Abstellflächen) sind zulässig (Art. 159a Abs. 2 BauG; heute Art. 121 Abs. 2 PBG/NW). Dies widerspricht Art. 41c Abs. 1 GSchV, wonach im Gewässerraum nur standortgebundene, im öffentlichen Interesse liegende Anlagen erstellt werden dürfen. Dies gilt auch für Tiefbauten (vgl. Urteil 1C_67/2018 4. März 2019, in: URP 2019 348, E. 4.1) und Erschliessungsanlagen (vgl. für Zufahrten und Parkplätze Urteil 1C_217/2018 vom 11. April 2019 E. 2, in: URP 2019 757; ZBl 121/2020 393). Hinzu kommt, dass nach kantonalem Recht keine Verpflichtung zu extensiver Gestaltung und Bewirtschaftung im Gewässerabstand besteht, entgegen <ref-law> und Art. 41c Abs. 3 und 4 GSchV.
<ref-law> regelt die Zulässigkeit von Gewässerverbauungen und -korrekturen (Abs. 1) und die dabei zu beachtenden Vorgaben an die Ufergestaltung (Abs. 2, mit Ausnahmen nach Abs. 3) und findet daher vorliegend (entgegen der Auffassung der Gemeinde) keine Anwendung.
5.4. Entspricht der Gewässerabstand somit nicht den bundesrechtlichen Anforderungen an den Gewässerraum, kann er die ungenügende Mindestbreite der 2006 festgelegten Gewässerraumzone nicht kompensieren.
6.
Zu prüfen ist noch, ob der Gewässerraum nach Art. 41a Abs. 4 GSchV reduziert werden darf. Diese Bestimmung lässt in dicht überbauten Gebieten eine Anpassung der Breite des Gewässerraums an die baulichen Gegebenheiten zu, soweit der Hochwasserschutz gewährleistet ist.
6.1. Nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung ist der Begriff des "dicht überbauten Gebiets" restriktiv auszulegen (<ref-ruling> E. 7 S. 427; CORDELIA BÄHR, Neun Jahre Gewässerraum - ein Rechtsprechungsbericht, URP 2020 S. 18). Eine "weitgehende" Überbauung (wie in Art. 36 Abs. 3 RPG) genügt nicht (<ref-ruling> E. 2.7 S. 83 mit Hinweisen). Der Gewässerraum soll den Raumbedarf des Gewässers langfristig sicherstellen und ist grundsätzlich unabhängig vom Bestehen konkreter Revitalisierungs- oder Hochwasserschutzprojekte auszuscheiden (<ref-ruling> E. 8.1 S. 436). Der Verzicht auf die Festlegung ausreichender Gewässerräume kann sich dennoch an Ufern rechtfertigen, die schon so dicht überbaut sind, dass der Gewässerraum seine natürliche Funktion voraussichtlich auch auf lange Sicht nicht erfüllen kann (<ref-ruling> E. 2.8 S. 85).
Eine wichtige Rolle spielt dabei, ob es sich um ein zentral oder peripher gelegenes Gebiet handelt: Im Erläuternden Bericht (S. 12) wird ausgeführt, die Ausweisung eines Gewässerraums sei in dicht überbauten Städten oder Dorfzentren, z.B. städtischen Quartieren in Basel am Rhein oder in Zürich an der Limmat, oft nicht oder nur den Gegebenheiten angepasst sinnvoll; dagegen müsse der Gewässerraum ausserhalb der dicht überbauten Zentren, z.B. auch in locker überbauten Aussenquartieren, gemäss den Vorgaben von Artikel 41a Absätze 1 - 3 GSchV ausgeschieden werden. Der Bundesrat wollte somit eine Anpassung des Gewässerraums vor allem in Siedlungszentren zulassen, um die raumplanerisch erwünschte städtebauliche Verdichtung und die Siedlungsentwicklung nach innen zu ermöglichen und Baulücken schliessen zu können (BGE 143 II 877 E. 2.7 S. 82/83 mit Hinweisen). Dagegen besteht in peripheren Gebieten, die an ein Fliessgewässer angrenzen, regelmässig kein überwiegendes Interesse an einer verdichteten Überbauung des Gewässerraums. Dies gilt erst recht für noch nicht überbaute Gebiete, für die lediglich Überbauungsabsichten bestehen: Hier muss sich die Bauplanung und -projektierung den Gewässerräumen anpassen und nicht umgekehrt.
6.2. Die streitigen Bauparzellen liegen rechtsseitig des Fahrlibachs im Gebiet Boden; linksufrig liegt das locker überbaute Wohnquartier Fahrli (W2). Das Dorfzentrum befindet sich weiter nordwestlich, abseits des Fahrlibachs. Im Gebiet Boden ist nur die erste Bauzeile südlich der Seestrasse dicht mit Häusern überstellt, wobei zwei Bauten unmittelbar am (und sogar teils über dem) Fahrlibach stehen (Parzellen 1268 und 251). Die anschliessende Überbauung ist dagegen sehr locker, mit kleinen Bauten und grossem Umschwung; nur auf Parzelle Nr. 257 steht eine grössere Baute. Weiter südlich und östlich liegen grosse Grünflächen, in denen die Gemeinde Gestaltungsgebiete bewilligt (Unter Gwandi) bzw. vorgesehen hat (Boden), die aber noch nicht überbaut sind. Es handelt sich somit um ein erst teilweise überbautes Gebiet (rechtsufrig) bzw. locker überbautes Wohnquartier (linksufrig) ausserhalb des Zentrums, das nicht die Anforderungen an ein dicht überbautes Gebiet i.S.v. Art. 41a Abs. 4 GSchV erfüllt. Eine städtebauliche Verdichtung im Bereich der Bauparzellen erscheint im Übrigen auch aus Gründen des Ortsbildschutzes nicht wünschenswert (vgl. unten E. 7.2).
6.3. Nach dem Gesagten genügt die festgesetzte Gewässerraumzone nicht den bundesrechtlichen Anforderungen. Dies hat zur Folge, dass das Bauvorhaben den grösseren übergangsrechtlichen Gewässerraum gemäss GSchV einhalten muss. Es ist unstreitig, dass Teile des Bauvorhabens in diesen hineinragen.
7.
Zu prüfen ist noch, ob eine Ausnahmebewilligung nach Art. 41c Abs. 1 GSchV erteilt werden kann. Da es sich nicht um dicht überbautes Gebiet i.S.v. lit. a handelt, kommt allenfalls lit. a bis in Betracht.
7.1. Danach können zonenkonforme Anlagen ausserhalb von dicht überbauten Gebieten auf einzelnen unüberbauten Parzellen innerhalb einer Reihe von mehreren überbauten Parzellen bewilligt werden. Im Urteil 1C_217/2018 vom 11. April 2019 E. 3.5 (in: URP 2019 757; ZBl 121/2020 393) wurde ausgeführt, Zweck von Art. 41c Abs. 1 lit. a bis GSchV sei die Schliessung von Baulücken, wenn die Freihaltung der noch unüberbauten Parzellen aufgrund der bestehenden Überbauung entlang des Gewässers auch auf lange Sicht keinen Nutzen für das Gewässer bringen würde. Diese Situation könne u.U. auch bestehen, wenn eine grosse Parzelle nur teilweise überbaut sei und sich der unüberbaute Teil als Baulücke innerhalb einer Reihe von bereits überbauten Parzellen präsentiert, die den Gewässerraum erheblich und voraussichtlich auf lange Zeit einengen.
7.2. Vorliegend ist diese Voraussetzung nicht erfüllt: Zwar stehen nördlich und südlich der Parzelle Nr. 1518 je eine Baute am Ufer des Fahrlibachs (auf Parzellen Nrn. 1268 und 257); die Parzelle Nr. 1518 erscheint jedoch nicht als Baulücke: Einerseits grenzt sie östlich und südlich an grosse, noch unüberbaute Gebiete an; andererseits erfüllen die noch bestehenden Freiräume eine wichtige Ortsbildfunktion:
Im kantonalen Gesamtentscheid wird darauf hingewiesen, dass sich die Bauparzellen vollständig in einem Gebiet befinden, das im Bundesinventar der schützenswerten Ortsbilder von nationaler Bedeutung (ISOS) verzeichnet ist, und zwar mit dem Erhaltungsziel A. Dies bedeutet, dass alle Bauten, Anlagen und Freiräume integral zu erhalten und störende Eingriffe zu beseitigen sind; Neubauten sind grundsätzlich unzulässig.
Die Erteilung einer Ausnahmebewilligung im Gewässerraum nach Art. 41c Abs. 1 GSchV als bundesrechtlich geregelte Spezial- bzw. Ausnahmebewilligung mit engem Bezug zum Natur- und Heimatschutz stellt eine Bundesaufgabe i.S.v. <ref-law> und <ref-law> dar, d.h. das ISOS ist bei der nach Art. 41c Abs. 1 GSchV erforderlichen Interessenabwägung unmittelbar anwendbar (vgl. <ref-ruling> E. 3.1 S. 85). Ein Abweichen von der ungeschmälerten Erhaltung im Sinne der Inventare darf nur in Erwägung gezogen werden, wenn ihr bestimmte gleich- oder höherwertige Interessen von ebenfalls nationaler Bedeutung entgegenstehen (<ref-law>). Solche Interessen sind vorliegend nicht ersichtlich.
7.3. Hinzu kommt ein Weiteres: Der Gewässerraum ist nach <ref-law> möglichst freizuhalten. Die Erteilung einer Ausnahmebewilligung setzt daher ein sachlich und objektiv begründetes Bedürfnis an dessen Beanspruchung voraus (vgl. BÄHR, a.a.O., S. 41; JEANNETTE KEHRLI, Bauen im Gewässerraum und Uferstreifen, URP 2015, S. 697 f.). Dieses Bedürfnis fehlt, wenn das Grundstück auch unter Wahrung des Gewässerraums angemessen überbaut werden kann. Vorliegend ist weder dargetan noch ersichtlich, weshalb die Bauparzellen ohne Inanspruchnahme des Gewässerraums nicht sinnvoll überbaut werden könnten.
8.
Nach dem Gesagten erweist sich die Beschwerde als begründet. Der angefochtene Entscheid ist daher aufzuheben und das Baugesuch des Beschwerdegegners vom 23. April 2015 für den Bau eines Mehrfamilienhauses auf den Parzellen Nrn. 255, 1352 und 1518 ist abzuweisen.
Bei diesem Ausgang des Verfahrens wird der Beschwerdegegner kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 und 68 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird gutgeheissen und der Entscheid des Verwaltungsgerichts Nidwalden, Verwaltungsabteilung, vom 16. Dezember 2019, aufgehoben. Das Baugesuch des Beschwerdegegners vom 23. April 2015 für den Bau eines Mehrfamilienhauses auf den Parzellen Nrn. 255, 1352 und 1518 wird abgewiesen.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 4'000.-- werden dem Beschwerdegegner auferlegt.
3.
Der Beschwerdegegner hat die Beschwerdeführerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 4'000.-- zu entschädigen.
4.
Die Sache wird zur Neuverlegung der Kosten und Entschädigungen des vorangegangenen Verfahrens an das Verwaltungsgericht Nidwalden zurückgewiesen.
5.
Dieses Urteil wird den Parteien, der Gemeinde Beckenried, der Baudirektion, dem Regierungsrat und dem Verwaltungsgericht des Kantons Nidwalden, Verwaltungsabteilung, sowie dem Bundesamt für Umwelt schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 10. Februar 2021
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Kneubühler
Die Gerichtsschreiberin: Gerber