Sachverhalt:
A.
Die Staatsanwaltschaft III des Kantons Zürich (nachfolgend: Staatsanwaltschaft) führt aufgrund einer Strafanzeige vom 27. Februar 2012 ein Strafverfahren unter anderem gegen A._ wegen Betrugs etc. Mit Verfügung vom 28. September 2015 wurde dieses Verfahren sistiert und seither nicht wieder aufgenommen.
Im Jahr 2016 eröffnete dieselbe Staatsanwaltschaft ein weiteres Verfahren gegen A._. Am 11. März 2020 erhob sie beim Bezirksgericht Zürich, 9. Abteilung (nachfolgend: Bezirksgericht), Anklage gegen A._ wegen mehrfacher Veruntreuung, mehrfacher qualifizierter ungetreuer Geschäftsbesorgung, mehrfacher Gläubigerbevorzugung, mehrfacher Unterlassung der Buchführung, Tätigkeit ohne Bewilligung (FINMAG/BankG), Missachtung einer Verfügung der FINMA und mehrfacher Widerhandlung gegen das UWG.
Am 8. Mai 2020 beantragte A._ beim Bezirksgericht, dieses habe infolge Unzuständigkeit einen Nichteintretensentscheid zu fällen und die Anklage an die Staatsanwaltschaft zurückzuweisen. Das Bezirksgericht wies diesen Antrag mit Verfügung vom 2. Juni 2020 ab.
B.
Eine dagegen von A._ erhobene Beschwerde wies das Obergericht des Kantons Zürich mit Beschluss vom 20. August 2020 ab.
C.
Dagegen hat A._ Beschwerde in Strafsachen beim Bundesgericht erhoben. Er beantragt, der angefochtene Entscheid sei vollumfänglich aufzuheben und die Anklage an die Staatsanwaltschaft zurückzuweisen. Eventualiter sei der angefochtene Entscheid vollumfänglich aufzuheben und die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Ausserdem stellt er ein Gesuch um aufschiebende Wirkung.
Das Obergericht Zürich verzichtet auf eine Stellungnahme. Die Staatsanwaltschaft beantragt, die Beschwerde vollumfänglich abzuweisen und die aufschiebende Wirkung nicht zu gewähren. Der Beschwerdeführer hat repliziert.
D.
Mit Verfügung vom 13. Oktober 2020 wies das Bundesgericht das Gesuch um Gewährung der aufschiebenden Wirkung ab.

Erwägungen:
1.
Angefochten ist ein kantonal letztinstanzlicher Zwischenentscheid über die Zuständigkeit des erstinstanzlichen Gerichts. Dagegen steht grundsätzlich die Beschwerde in Strafsachen offen (vgl. Art. 78 Abs. 1, Art. 80 und Art. 92 Abs. 1 BGG). Auf die fristgerechte Beschwerde ist somit einzutreten.
2.
Strittig ist einzig die örtliche Zuständigkeit des Bezirksgerichts im vorliegenden (zweiten) Strafverfahren gegen den Beschwerdeführer.
2.1. Hat eine beschuldigte Person mehrere Straftaten an verschiedenen Orten verübt, so sind für die Verfolgung und Beurteilung sämtlicher Taten die Behörden des Ortes zuständig, an dem die mit der schwersten Strafe bedrohte Tat begangen worden ist. Bei gleicher Strafdrohung sind die Behörden des Ortes zuständig, an dem zuerst Verfolgungshandlungen vorgenommen worden sind (<ref-law>).
2.2. Gemäss der Vorinstanz wird der Gerichtsstand nach <ref-law> nicht erst durch die tatsächliche Vereinigung der Verfahren begründet, sondern bereits durch die Tatsache der gleichzeitigen Verfolgung mehrerer an verschiedenen Orten verübten strafbaren Handlungen. Dies sei vorliegend zu bejahen, da bei Anhebung der Anklage des zweiten Verfahrens die gegen ihn geführte Untersuchung wegen Betrugs etc. nur sistiert und somit nicht abgeschlossen gewesen sei.
Für die Frage nach dem Ort, an dem die mit der schwersten Strafe bedrohte Tat begangen worden sei, seien somit auch die im Jahr 2012 zur Anzeige gebrachten, möglicherweise deliktischen Tätigkeiten relevant. Unter den nun zur Anklage gebrachten Taten seien die Veruntreuung (i.S.v. Art. 138 Ziff. 1 Abs. 1 und 2 StGB) und die qualifizierte ungetreue Geschäftsbesorgung (<ref-law>) mit der schwersten Strafe bedroht, namentlich mit einer Freiheitsstrafe bis zu fünf Jahren oder Geldstrafe. Im sistierten Verfahren werde dem Beschwerdeführer dagegen unter anderem Wucher vorgeworfen, wobei nicht ausgeschlossen werden könne, dass gewerbsmässiges Handeln vorliege. Bei gewerbsmässigem Wucher im Sinne von <ref-law> drohe eine Freiheitsstrafe von einem Jahr bis zu zehn Jahren, womit diese Tat mit der schwersten Strafe bedroht sei.
Die mutmasslichen Tathandlungen, die Gegenstand des sistierten Verfahrens bildeten, seien in der Stadt Zürich verübt worden. Somit sei das Bezirksgericht örtlich zuständig für die Beurteilung der nun angeklagten Sachverhalte.
Dieses Ergebnis möge zwar insoweit etwas unbefriedigend sein, als eine seit Jahren sistierte Strafuntersuchung für die örtliche Zuständigkeit des erstinstanzlichen Sachgerichts massgebend sei, welches sich mit einer Anklage auseinanderzusetzen habe, die mit dem sistierten Verfahren in keinem direkten Zusammenhang stehe. Zu bedenken sei jedoch, dass wohl einzig aufgrund der sistierten Untersuchung die nun angeklagten Sachverhalte überhaupt im Kanton Zürich untersucht worden seien.
2.3. Der Beschwerdeführer weist dagegen darauf hin, das Bundesgericht habe bisher noch nicht entschieden, ob ein sistiertes Verfahren für die Bestimmung der gerichtlichen Zuständigkeit herangezogen werden dürfe.
Ein gemeinsamer Gerichtsstand nach <ref-law> bezwecke, dass Beweiswürdigung und Verteidigung für dieselbe Täterschaft einheitlich erfolgen und eine dem Gesamtverschulden angemessene Sanktion verhängt werden könne. Wenn dies aber gar nicht beabsichtigt sei, werde die ratio legis dieser Bestimmung unterlaufen. Gemäss <ref-law> könnten die Verfahren nur bis zur Anklageerhebung vereinigt werden.
Bei der Staatsanwaltschaft III als bezirksübergreifender Staatsanwaltschaft bestimme sich die örtliche Zuständigkeit des Bezirksgerichts erst bei Anklageerhebung. Es widerspreche jeder vernünftigen Logik, hierfür nicht auf den Anklageinhalt, sondern auf ein separates, sistiertes Verfahren abzustellen, mit welchem das zur Anklage gebrachte Verfahren auch nie mehr vereinigt werden könne.
Für die Bestimmung der örtlichen Zuständigkeit des Gerichts zur Behandlung der Anklage des im Jahr 2016 eröffneten Strafverfahrens könne einzig dessen schwerste Tat entscheidend sein. Dies stelle die Veruntreuung sowie die qualifizierte ungetreue Geschäftsbesorgung dar, wobei ein deliktisches Schwergewicht in Pfäffikon SZ (Bezirk Höfe) ausgemacht werden könne.
2.4. Wie vom Beschwerdeführer richtig ausgeführt, hat das Bundesgericht die Frage, ob ein sistiertes Verfahren im Rahmen von <ref-law> zur Eruierung der gerichtlichen Zuständigkeit herangezogen werden darf, bisher noch nicht entschieden.
Soweit ersichtlich äusserst sich auch die Lehre nicht direkt zu dieser Problematik. Gemäss der Lehre bezweckt <ref-law> im Sinne des Grundsatzes der Verfahrenseinheit, dass alle Straftaten einer beschuldigten Person nach Möglichkeit gemeinsam verfolgt und beurteilt werden (MOSER/SCHLAPBACH, in: Basler Kommentar, Strafprozessordnung/ Jugendstrafprozessordnung, 2. Aufl. 2014, N. 2 Art. 34; ANDREAS BAUMGARTNER, Die Bestimmung des Gerichtsstands und das Gerichtsstandsverfahren, Diss. Zürich 2014, S. 223; MOREILLON/PAREIN-REYMOND, Code de procédure pénale, 2. Aufl., 2016, N. 2 Art. 34; PIQUEREZ/MACALUSO, Procédure pénale suisse, 3. Aufl. 2011, N. 375; DONATSCH ET AL., Kommentar zur Schweizerischen Strafprozessordnung, 3. Aufl. 2020, N. 1 Art. 34). Es besteht jedoch kein Rechtsanspruch auf Beurteilung durch ein einziges Gericht resp. in einem einzigen Urteil, da Art. 49 Abs. 2 und 3 StGB eine Schlechterstellung bei zwei getrennt ergehenden Entscheiden verhindert (<ref-ruling> E. 2 S. 34 f.; MOSER/SCHLAPBACH, a.a.O., N. 2 Art. 34; BAUMGARTNER, a.a.O., S. 223; etwas abschwächend: DONATSCH ET AL., a.a.O., N. 3 Art. 34; MOREILLON/PAREIN-REYMOND, a.a.O., N 3 Art. 34). Die Anwendung von <ref-law> setzt die gleichzeitige Verfolgung einer Person für mehrere, an verschiedenen Orten verübte Delikte voraus. Eine beschuldigte Person gilt dann als verfolgt, wenn eine Strafverfolgungsbehörde sie einer strafbaren Handlung verdächtigt und dies durch Einleitung von Massnahmen zu erkennen gegeben hat (MOSER/SCHLAPBACH, a.a.O., N. 6 Art. 34; BAUMGARTNER, a.a.O., S. 225 f.). Eine Verfolgung im Sinne von <ref-law> liegt hingegen nicht mehr vor, wenn in einem Kanton oder Bezirk bzw. Gerichtskreis ein Verfahren beendet wird (durch Urteil, Einstellung, Nichtanhandnahme usw.), bevor im anderen Kanton oder Gerichtskreis ein Verfahren eingeleitet wird (MOSER/SCHLAPBACH, a.a.O., N. 7 Art. 34; BAUMGARTNER, a.a.O., S. 226 ff.; DONATSCH ET AL., a.a.O., N. 4 Art. 34). Gerichtsstandsrechtlich gilt ein Verfahren auch dann als beendet, wenn es tatsächlich erledigt ist, ohne formell abgeschlossen zu sein (DONATSCH ET AL., a.a.O., N. 4 Art. 34).
2.5. Vorliegend wurde das 2012 eingeleitete Strafverfahren gegen den Beschwerdeführer im Jahr 2015 sistiert. Anders als die Nichtanhandnahme (<ref-law>) und die Verfahrenseinstellung (<ref-law>), stellt die Sistierung (<ref-law>) lediglich einen Unterbruch des Verfahrens dar. Die Staatsanwaltschaft hat jederzeit die Möglichkeit, dieses wieder an die Hand zu nehmen (<ref-law>). Die Sistierung gilt somit nicht als Abschluss oder Erledigung eines Verfahrens (OMLIN, in: Basler Kommentar, Strafprozessordnung/Jugendstrafprozessordnung, 2. Aufl. 2014, N. 6 <ref-law>).
Zum Zeitpunkt der Anklageerhebung im zweiten Strafverfahren gegen den Beschwerdeführer war das gegen ihn seit 2012 geführte Strafverfahren nicht abgeschlossen, sondern lediglich sistiert. Die Gleichzeitigkeit der beiden Verfahren ist daher, wie die Vorinstanz zu Recht ausgeführt hat, zu bejahen. Daraus folgt, dass <ref-law> anwendbar ist und für die Beurteilung das Gericht jenes Ortes zuständig ist, an dem die mit der schwersten Strafe bedrohte Tat begangen worden ist, wobei alle Taten aus beiden Strafverfahren berücksichtigt werden. Gemäss den überzeugenden, soweit vom Beschwerdeführer nicht bestrittenen Ausführungen der Vorinstanz ist dabei vorliegend auf die mutmassliche Tat des gewerbsmässigen Wuchers abzustellen. Da diese Tathandlung in Zürich verübt worden ist, erweist sich das Bezirksgericht auch für die Beurteilung der nun angeklagten Sachverhalte als örtlich zuständig.
Der Einwand des Beschwerdeführers, wonach die vorliegend agierende kantonale Staatsanwaltschaft III für qualifizierte Wirtschaftsdelikte eine bezirksübergreifende Staatsanwaltschaft sei und somit die Zuständigkeit des Bezirksgerichts erst bei Anklageerhebung feststehe, überzeugt nicht. Abgesehen davon, dass das Bundesgericht diesen Punkt im vom Beschwerdeführer zitierten Bundesgerichtsentscheid nicht abschliessend behandelt hat (vgl. Urteil 1B_457/2017 vom 22. November 2017 E. 3.3), ist dieser Umstand vorliegend nicht relevant, weil <ref-law> ja gerade dazu dient, die örtliche Zuständigkeit des Gerichts zu bestimmen. Ausserdem ist dieses Argument auch deshalb nicht einschlägig, weil bei der bundesrechtlich geregelten Bestimmung des Gerichtsstands nicht auf kantonale Organisationsbesonderheiten Rücksicht zu nehmen ist (MOSER/SCHLAPBACH, a.a.O., N. 7 Art. 34).
Es entbehrt entgegen der Ansicht des Beschwerdeführers auch nicht jeder Logik, dass bei der Bestimmung der örtlichen Zuständigkeit für das vorliegende Verfahren auf das sistierte Verfahren abgestellt wurde, mit welchem das vorliegende Verfahren auch nie mehr vereinigt werden könne. Zum einen hat die Vorinstanz zu Recht bemerkt, dass die nun angeklagten Sachverhalte wohl einzig aufgrund des sistierten Verfahrens überhaupt im Kanton Zürich untersucht worden sind. Zum anderen ist mit der Vorinstanz davon auszugehen, dass die getrennte Behandlung der beiden Verfahren nie beanstandet wurde und wohl im Sinne von <ref-law> geboten war.
3.
Die Beschwerde ist somit abzuweisen.
Bei diesem Verfahrensausgang wird der Beschwerdeführer kostenpflichtig (<ref-law>). Parteientschädigungen sind keine zu sprechen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3.
Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, der Staatsanwaltschaft III des Kantons Zürich und dem Obergericht des Kantons Zürich, III. Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 4. Dezember 2020
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Chaix
Die Gerichtsschreiberin: Hänni