Faits :
A.
En 1963, la société immobilière B._ (ci-après : SI B._), propriétaire de la parcelle n° 3'621 de la commune de Genève - Petit-Saconnex, a construit un immeuble destiné à l'habitation (ci-après : l'immeuble). Par arrêté du 31 mai 1968, le Conseil d'État a limité, pour une durée de quinze ans, dès le 1 er juillet 1966, les loyers que la SI B._ était autorisée à percevoir pour l'immeuble et il a, en contrepartie, exempté cette société de certains impôts pendant la même durée, en application de la loi du 8 février 1964 l'autorisant à octroyer des exemptions fiscales en vue d'encourager la construction de logements à loyer réduit. Par le même arrêté, le Conseil d'État a validé le plan financier de l'immeuble, en fonction du nombre total de pièces de l'immeuble, soit 143 pièces réparties dans 33 logements (onze logements de 3 pièces, onze de 4,5 pièces et onze de 5,5 pièces).
L'immeuble a été acquis, le 29 décembre 1970, par la Caisse d'assurance du personnel de la Ville de V._, des Services industriels et du personnel communal transféré dans l'administration communale. Le 1er janvier 2014, les actifs et passifs de cette caisse ont été transférés par succession universelle à la Fondation de prévoyance A._ (ci-après : A._ Prévoyance ou la caisse).
B.
Le 10 février 2017, A._ Prévoyance a déposé une demande d'autorisation de construire portant sur la rénovation d'un appartement de 4,5 pièces au premier étage de l'immeuble, d'une surface de 69 m2.
Le 14 février 2017, le Service LDTR a préavisé favorablement le projet, l'assortissant néanmoins des conditions suivantes: les dispositions de la loi sur les démolitions, transformations et rénovations de maisons d'habitation (mesures de soutien en faveur des locataires et de l'emploi) du 25 janvier 1996 (LDTR; RS/GE L 5 20) devaient être respectées; le loyer de l'appartement de 4 pièces situé au premier étage n'excéderait pas après travaux son niveau actuel de 13'620 fr./an, soit 3'405 fr./pièce/an; ce loyer serait appliqué pour une durée de trois ans à dater de la remise en location après la fin des travaux. Le préavis indiquait que le comptage des pièces suivait le règlement d'exécution de la loi générale sur le logement et la protection des locataires du 24 août 1992 (RGL; RS/GE I 4 05.01) et que, dans le cas d'espèce, l'appartement en question comportait 4 pièces et non pas 4.5 pièces.
Par décision du 23 février 2017, le Département de l'aménagement, du logement et de l'énergie du canton de Genève (devenu depuis lors le Département du territoire) a délivré le permis de construire requis; les conditions qui figuraient dans le préavis favorable du Service LDTR du 14 février 2017 faisaient partie intégrante de cette autorisation.
C.
Par acte du 29 mars 2017, A._ a recouru auprès du Tribunal administratif de première instance du canton de Genève (ci-après : TAPI) contre la décision précitée; elle affirmait pour l'essentiel que l'appartement concerné comportait, non pas 4 mais 4,5 pièces et que l'autorisation de construire devait donc être modifiée en fixant le loyer en conséquence. Par décision du 5 septembre 2017, le TAPI a rejeté le recours.
D.
Par arrêt du 17 avril 2018, la Chambre administrative de la Cour de justice du canton de Genève a rejeté le recours déposé par A._ Prévoyance.
E.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public, A._ Prévoyance demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, d'annuler l'arrêt cantonal, de constater que l'appartement concerné doit être considéré comme un 4,5 pièces, de modifier l'autorisation de construire en fixant le loyer après travaux au maximum à 15'323 fr./an (soit 4,5 x 3'405 fr./pièce/an), pour une durée de trois ans à dater de la remise en location après la fin des travaux, ainsi que de confirmer l'autorisation de construire pour le surplus. A titre subsidiaire, elle demande au Tribunal fédéral de constater que l'appartement concerné doit être considéré comme un 4,5 pièces et de renvoyer le dossier à l'Office des autorisations de construire en vue d'une nouvelle décision dans le sens des considérants.
La Cour de justice renonce à se déterminer et persiste dans les considérants et le dispositif de son arrêt. Le Département du territoire conclut au rejet du recours aux termes de ses observations. La recourante réplique.

Considérant en droit :
1.
Dirigé contre une décision finale (<ref-law>) prise en dernière instance cantonale (art. 86 al. 1 let. d LTF) dans une cause de droit public (<ref-law>), le recours est en principe recevable comme recours en matière de droit public selon les <ref-law>, aucune des exceptions prévues à l'<ref-law> n'étant réalisée. La recourante a pris part à la procédure devant l'autorité précédente et est particulièrement touchée par l'arrêt attaqué qui confirme le loyer annuel maximal pouvant être perçu pendant trois ans pour l'appartement faisant l'objet de l'autorisation de construire. Elle dispose dès lors de la qualité pour recourir devant le Tribunal fédéral au sens de l'<ref-law>. Les autres conditions de recevabilité du recours sont réunies si bien qu'il y a lieu d'entrer en matière.
2.
La recourante se plaint d'une constatation inexacte des faits.
Le Tribunal fédéral statue en principe sur la base des faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>), sous réserve des cas prévus à l'<ref-law>. Selon l'<ref-law>, la partie recourante ne peut critiquer la constatation de faits que si ceux-ci ont été établis en violation du droit au sens de l'<ref-law> ou de manière manifestement inexacte - en particulier en violation de l'interdiction constitutionnelle de l'arbitraire (<ref-ruling> consid. 2.3 p. 266; <ref-ruling> consid. 4.1.2 p. 62; <ref-ruling> consid. 4.2 p. 234) - et pour autant que la correction du vice soit susceptible d'influer sur le sort de la cause. Si la recourante entend se prévaloir de constatations de faits différentes de celles de l'autorité précédente, elle doit expliquer de manière circonstanciée en quoi les conditions d'une exception prévue par l'<ref-law> seraient réalisées. A défaut, il n'est pas possible de tenir compte d'un état de fait divergent de celui retenu dans l'acte attaqué. En particulier, le Tribunal fédéral n'entre pas en matière sur des critiques de type appellatoire portant sur l'état de fait ou sur l'appréciation des preuves (<ref-ruling> consid. 2.3 p. 266; <ref-ruling> consid. 10.1 p. 445; <ref-ruling> consid. 5.1 p. 356 et les arrêts cités).
En lien avec la taille des appartements, la recourante fait tout d'abord grief à l'instance précédente d'avoir constaté à tort que l'arrêté du Conseil d'Etat du 31 mai 1968 prévoyait des modalités pour une durée de quinze ans dès le 1 er juillet 1966, soit jusqu'en juin 1981. L'argumentation qu'elle développe est toutefois impuissante à rendre arbitraire le constat précité de l'instance précédente dès lors que celui-ci ressort expressément du dispositif de l'arrêté en question.
L'intéressée reproche ensuite à l'instance précédente d'avoir considéré qu'elle n'avait pas prétendu avoir obtenu des garanties que le nombre de pièces demeurerait inchangé. La recourante ne démontre cependant pas, et en ne voit pas d'emblée, en quoi cette allégation aurait été susceptible d'influer sur le sort de la cause. La question d'éventuelles garanties données par l'Etat a quoi qu'il en soit été examinée par l'instance précédente (cf. consid. 4 ci-dessous).
Le grief de constatation inexacte des faits peut donc être écarté.
3.
La recourante se plaint d'une application arbitraire de l'art. 88 RGL relatif aux dispositions transitoires.
3.1. Selon l'art. 88 RGL, le présent règlement est applicable aux immeubles admis au bénéfice de la loi du 28 juin 1974 ainsi que l'une des lois abrogées en application de l'art. 33 de ladite loi, sous réserve des dispositions particulières fixées par le Conseil d'Etat pour chacun de ces immeubles.
Le Tribunal fédéral ne revoit l'interprétation et l'application du droit cantonal et communal que sous l'angle de l'arbitraire. Une décision est arbitraire lorsqu'elle viole gravement une norme ou un principe juridique clair et indiscuté, ou lorsqu'elle contredit d'une manière choquante le sentiment de la justice et de l'équité. Le Tribunal fédéral n'a pas à déterminer quelle est l'interprétation correcte que l'autorité cantonale aurait dû donner des dispositions applicables; il doit uniquement examiner si l'interprétation qui a été faite est défendable. Par conséquent, si celle-ci ne se révèle pas déraisonnable ou manifestement contraire au sens et au but de la disposition ou de la législation cantonale en cause, elle sera confirmée, même si une autre solution paraît également concevable, voire préférable. De plus, il ne suffit pas que les motifs de la décision attaquée soient insoutenables, encore faut-il que cette dernière soit arbitraire dans son résultat (<ref-ruling> consid. 5.4 p. 327; <ref-ruling> consid. 4.1 p. 566; <ref-ruling> consid. 4.3 p. 319). Dans ce contexte, la partie recourante est soumise aux exigences accrues de motivation de l'<ref-law>.
3.2. En l'espèce, l'arrêté du Conseil d'Etat du 31 mai 1968 fixe pour une durée de quinze ans les loyers que la recourante était autorisée à percevoir, conformément au plan financier et à l'état locatif de l'immeuble; l'arrêté reprend en particulier le nombre de 143 pièces détaillées dans l'état locatif.
Dans ses écritures, la recourante soutient qu'il ressort de l'art. 88 RGL que le législateur n'a pas voulu modifier le régime des immeubles ayant bénéficié d'une aide de l'Etat et a donc expressément réservé les décisions du Conseil d'Etat prises antérieurement à l'adoption de la LGL et du RGL. Elle ajoute que les dispositions relatives au nombre de pièces qui ont été arrêtées par le Conseil d'Etat sont expressément réservées par l'art. 88 RGL et doivent prévaloir sur la LGL et son règlement d'application. Ce faisant, la recourante ne parvient pas à démontrer que l'interprétation défendue par l'instance précédente serait arbitraire. Il n'apparaît en effet pas insoutenable de considérer que les dispositions fixées dans l'arrêté du 31 mai 1968 - dont entend se prévaloir la recourante - ne tombent pas sous le coup de la réserve visée par l'art. 88 RGL puisque l'arrêté précisait expressément que ces dispositions étaient valables jusqu'au 30 juin 1981, soit pour une durée de quinze ans. Il n'est pas allégué qu'une prolongation ait été prévue ou réservée. Ce grief peut donc être rejeté.
4.
Invoquant la garantie de la propriété (art. 26 Cst.) et le principe de la bonne foi (art. 9 Cst.), la recourante soutient qu'elle est au bénéfice de droits acquis qui découleraient de l'arrêté du Conseil d'Etat; ce document fixerait le nombre de pièces retenu pour le logement faisant l'objet de l'autorisation de construire. La décision litigieuse équivaudrait en outre, selon la recourante, à une expropriation matérielle dans la mesure où la suppression d'une demi-pièce aurait pour conséquence de diminuer le loyer admissible de plus de 11 %.
4.1. Le Tribunal fédéral admet que la protection des droits acquis peut découler aussi bien de la garantie de la propriété que du principe de la bonne foi (<ref-ruling> consid. 10a p. 125; arrêts 2C_382/2016 du 11 juillet 2017 consid. 7.1 et 2C_507/2011 du 16 janvier 2012 consid. 9.2). En l'espèce, il y a lieu d'examiner la question des droits acquis sous ses deux aspects.
Ancré à l'art. 9 Cst. et valant pour l'ensemble de l'activité étatique, le principe de la bonne foi confère au citoyen, à certaines conditions, le droit d'exiger des autorités qu'elles se conforment aux promesses ou assurances précises qu'elles lui ont faites et ne trompent pas la confiance qu'il a légitimement placée dans ces dernières (<ref-ruling> consid. 3.6.2 p. 103; <ref-ruling> consid. 6.2 p. 538; <ref-ruling> consid. 3.6.2 p. 193 et les arrêts cités). Cette protection disparaît, en règle générale, en cas de modification de la législation, étant donné que l'ordre juridique suisse peut être modifié à tout moment, conformément aux principes régissant la démocratie. Il n'existe ainsi pas de droit au maintien d'une certaine législation (<ref-ruling> consid. 4 p. 145; <ref-ruling> consid. 8.1 p. 60).
La garantie de la propriété ancrée à l'art. 26 al. 1 Cst., qui protège les droits patrimoniaux tel que celui de conserver sa propriété, d'en jouir et de l'aliéner (<ref-ruling> consid. 3.1 p. 338), n'est pas absolue. Conformément à l'art. 36 Cst., une restriction à ce droit fondamental est admissible à condition de reposer sur une base légale, d'être justifiée par un intérêt public et d'être proportionnée au but visé. L'art. 26 al. 2 Cst. pose le principe de la pleine indemnisation en cas d'expropriation ou de mesure équivalente.
4.2. La recourante soutient être au bénéfice d'un droit acquis résultant de l'arrêté du Conseil d'Etat qui constituerait un contrat de droit administratif la liant à l'Etat; le nombre de pièces de l'appartement litigieux constaté dans cet arrêté devrait être considéré comme un droit acquis. Elle affirme également que ce document contiendrait des assurances précises sur ce point.
Ce raisonnement ne peut être suivi. En effet, quelle que soit la nature de l'arrêté du 31 mai 1968 - question laissée indécise par l'instance précédente -, force est de constater que sa durée de validité était limitée à quinze ans, comme cela ressort clairement de son dispositif. La recourante ne peut donc pas se prévaloir de droits acquis résultant de ce soi-disant contrat de droit administratif échu en 1981 déjà, soit il y a plus de trente ans. Le principe de la fidélité contractuelle, rendu par l'adage pacta sunt servanda, n'est donc pas applicable en l'espèce, contrairement à ce que pense la recourante. Par ailleurs, le fait que les contrats de bail se poursuivent au-delà de la période de quinze ans n'est pas déterminant.
La recourante ne peut pas non plus se prévaloir de garanties données par l'Etat que le décompte des pièces de l'appartement litigieux ne serait jamais modifié. Une telle garantie ne saurait en effet résulter de l'arrêté de 1968 fixant les loyers que l'intéressée était autorisée à percevoir, à la suite de la construction de l'immeuble. L'instance précédente a de plus retenu, sans que cela ne soit contesté, que la loi avait changé depuis la construction de cet immeuble. Or, il n'existe pas en principe de droit au maintien d'une loi (cf. consid. 4.1).
Enfin, compte tenu de ce qui précède, l'affirmation de la recourante selon laquelle l'atteinte à ses droit acquis équivaudrait en l'espèce à une expropriation matérielle (diminution du loyer de plus de 11 % pour l'appartement litigieux) est sans objet.
Partant, le grief de violation de la garantie de la propriété et du principe de la bonne foi, en relation avec la garantie des droits acquis, doit être écarté.
5.
Il résulte de ce qui précède que le recours doit être rejeté, aux frais de la recourante qui succombe (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté, dans la mesure où il est recevable.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 3'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3.
Le présent arrêt est communiqué au mandataire de la recourante, au Département du territoire de la République et canton de Genève et à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre administrative.
Lausanne, le 18 octobre 2019
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Chaix
La Greffière : Arn