Faits :
A.
A.a. A._, née en 1964, est biologiste, docteur en sciences, diplômée en biologie moléculaire, ancien professeur assistant en biologie auprès de l'Université de U._ et chargée de cours en biologie à l'Université de V._ en Grande-Bretagne. Au début du mois de septembre 2010, le département B._, qui fait partie de la section biologie de la Faculté des sciences de l'Université de Genève, a mis au concours un poste de professeur ordinaire, associé ou assistant. Le 22 octobre suivant, A._ a fait acte de candidature pour le poste de professeur associé en biologie végétale. Par courrier du 31 janvier 2012, le recteur de l'université l'a informée que sa candidature n'avait pas été retenue et que, suivant l'avis de la Faculté des sciences, il envisageait de se prononcer en faveur de la candidature de C._. En application du Règlement sur le personnel de l'Université, le recteur a signalé à l'intéressée que le rapport de représentation des deux sexes au sein du corps professoral de ladite faculté était de 8 % de femmes et de 92 % d'hommes.
A.b. A._ ayant sollicité une copie du dossier de la procédure de nomination, le rectorat lui a communiqué le rapport de la Commission de nomination partiellement caviardé du 17 octobre 2011, de même que le dossier de C._. Selon le rapport précité, la commission avait reçu quatre-vingt-une candidatures, parmi lesquelles sept se démarquaient tant par la qualité que par l'adéquation avec le profil défini. Il s'agissait notamment des postulants A._, C._, D._ et un autre candidat. Ce dernier ayant été, par inadvertance, tenu pour une femme, la commission était convaincue d'avoir sélectionné deux candidatures féminines, respectant ainsi la proportion des postulantes, soit 15 % de l'ensemble des dossiers reçus. Après audition des intéressés, la candidature de A._ avait été écartée, étant considérée comme inférieure aux autres. Restaient alors en lice D._ et C._ pour le poste de professeur ordinaire, ainsi que deux autres candidats pour le poste de professeur associé. Après une réunion informelle tenue le 12 juillet 2011, en l'absence du président, la commission avait pu siéger au complet le 5 septembre 2011 et sa préférence était allée à la personne de C._. Il s'en est suivi un vote formel par courrier électronique, autorisé par le rectorat, conduisant la commission à proposer les nominations de C._ (en première position) comme professeur associé et D._ (en deuxième position) comme professeur ordinaire. Le rapport de la commission avait été transmis ensuite aux experts externes. E._, de l'Université de W._, avait approuvé la nomination de C._, tandis que F._, professeur à l'Université de X._, l'avait désapprouvée, n'étant pas convaincue que la commission avait trouvé le meilleur candidat au regard des critères de visibilité sur la scène internationale, de "leadership" et de "networking". A la demande de A._, le rectorat lui a précisé, par courrier du 29 février 2012, que la commission avait siégé les 14 mars, 15 avril et 20 mai 2011; qu'une séance informelle avait eu lieu le 12 juillet suivant, en l'absence du président et des deux experts externes, avant la séance plénière du 5 septembre 2011. La première réunion avait servi à effectuer une première élimination parmi les candidats, les suivantes à les auditionner puis à établir un classement. A l'issue de ses travaux, la commission s'était prononcée par vote électronique dont le résultat avait été communiqué par le doyen le 18 septembre 2011. En date du 14 novembre 2011, le collège des professeurs avait accepté la proposition de la commission à la majorité des voix.
A.c. Le 5 mars 2012, A._ a déposé une plainte auprès du rectorat pour violation de la règle de préférence, faisant valoir que deux des membres votants de la commission n'avaient assisté ni aux entretiens, ni aux conférences des candidats. Elle invoquait aussi que son accès au dossier avait été lacunaire et que le rapport de la commission ne semblait pas refléter la réalité quant aux critiques émises à son encontre et aux éloges à l'égard de C._. La plaignante soutenait que ses qualifications étaient au moins équivalentes, voire clairement supérieures à celles de ce dernier.
Chargée d'examiner cette plainte, une commission ad hoc a proposé au rectorat de l'admettre au motif que la commission de nomination n'avait pas ou pas suffisamment tenu compte de certains critères légaux et n'avait pas été cohérente dans l'évaluation des dossiers. La présentation de la plaignante avait été jugée vivante et stimulante et celle de D._ plutôt mauvaise, ce dont il n'avait pas été tenu compte lors de l'analyse de la candidature de ce dernier. En outre, le critère de l'aptitude à la recherche avait été trop fortement privilégié. La commission ad hoc a estimé que l'examen des candidatures avait été incomplet et qu'il n'était pas exclu que la règle de préférence ait été violée. Le rectorat a décidé de renvoyer le dossier de nomination à la Faculté des sciences en l'invitant à soumettre les candidatures de A._ et de C._ à un nouvel examen par la commission de nomination qui soit conforme au Règlement sur le personnel de l'Université et qui tienne compte de l'ensemble des critères d'évaluation prévus (cf. rapport de la commission ad hoc du 21 juin 2012).
Ayant procédé à ce réexamen, la commission de nomination est parvenue à la conclusion, dans un rapport complémentaire du 13 septembre 2012, que la règle de préférence n'avait pas été violée et que la candidature de C._ était excellente et nettement supérieure aux autres. Les experts externes ont été consultés. E._ a considéré que A._ était une bonne candidate, mais que C._, de même que deux autres participants, étaient plus qualifiés. F._ a refusé de prendre position. Elle a estimé que C._ était un bon candidat, mais qu'il était "chaperonné". Le rapport complémentaire de la commission a été accepté par le collège des professeurs de la faculté, par trente-et-un oui, sans opposition et une abstention, en date du 8 octobre 2012. Dès lors, le rectorat a procédé à la nomination de C._ et en a informé A._ par pli du 18 décembre suivant.
Le 28 janvier 2013, cette dernière a déposé une nouvelle plainte auprès du rectorat pour violation de la règle de préférence. Cette plainte a été jugée irrecevable le 4 mars 2013.
B.
Le 1 er février 2013, A._ a saisi la chambre administrative de la Cour de justice de la République et canton de Genève (ci-après: la Chambre administrative) d'un recours contre la décision du 18 décembre 2012. Par arrêt du 1 er novembre 2016, cette instance a admis partiellement ce recours, constaté que la décision entreprise était contraire au droit et fixé à 38'145 fr. 60 nets l'indemnité due en conséquence à l'intéressée. Elle a en outre alloué à cette dernière une indemnité de 90'922 fr. 50 au titre de remboursement de ses frais de défense à la charge de l'Université.
C.
L'Université de Genève interjette un recours en matière de droit public contre ce jugement dont elle demande l'annulation. Elle conclut, sous suite de frais et dépens, à ce que le refus d'embaucher A._ soit confirmé, vu que la règle de préférence n'a pas été violée et vu l'absence de discrimination à raison du sexe. La recourante sollicite en outre l'octroi de l'effet suspensif à son recours. A._ conclut au rejet du recours, sous suite de frais et dépens, et propose de rejeter aussi la requête d'effet suspensif. La cour cantonale a renoncé à se déterminer. Le Bureau fédéral de l'égalité entre femmes et hommes (BFEG) conclut au rejet du recours.
Chacune des parties a en outre déposé des observations ultérieures, dans lesquelles elles ont confirmé leurs conclusions. A._ demande que la dernière communication de la recourante soit écartée du dossier au motif qu'elle est intervenue tardivement.
Par ordonnance du 10 février 2017, le président de la Ire Cour de droit social a pris des mesures superprovisoires selon lesquelles aucune mesure d'exécution de la décision attaquée ne pourra être prise.

Considérant en droit :
1.
La demande d'écarter les observations déposées par la recourante en date du 13 juin 2017, sur les écritures du BFEG et de l'autorité précédente, doit être rejetée. En effet, d'une part, la recourante avait déposé le 1er juin 2017 une demande de prolongation du délai imparti aux parties par ordonnance du président de la Ire Cour de droit social du Tribunal fédéral du 29 mai 2017 et la réponse de la Chancellerie du 2 juin suivant allait dans le sens d'une tolérance du dépassement dudit délai. D'autre part, comme cela découle de la communication du Tribunal fédéral "échange d'écritures et observations volontaires" (disponible sous www.bger.ch, rubrique jurisprudence) rappelée dans l'ordonnance précitée, une entrée spontanée peut intervenir en tout temps.
2.
2.1. Le jugement entrepris a été rendu en matière de rapports de travail de droit public au sens de l'art. 83 let. g LTF. La contestation est de nature pécuniaire et la valeur litigieuse dépasse largement le seuil de 15'000 fr. ouvrant la voie du recours en matière de droit public en ce domaine (<ref-law>).
2.2. L'Université de Genève, en sa qualité d'établissement de droit public doté de la personnalité morale (cf. art. 1 de la loi dur l'Université de Genève [LU; RSG C 1 30] du 13 juin 2008) condamné à payer une indemnité correspondant à trois mois de salaire, est touchée de façon analogue à un employeur privé, de sorte qu'elle dispose incontestablement de la qualité pour agir au regard de l'<ref-law> (voir <ref-ruling> consid. 6.3 p. 333; <ref-ruling> consid. 2.3 p. 207 i.f).
2.3. Pour le surplus, interjeté en temps utile (<ref-law>) contre une décision finale (<ref-law>) prise en dernière instance cantonale (art. 86 al. 1 let. d LTF), le recours en matière de droit public est recevable.
3.
3.1. Répondant au mandat constitutionnel de l'art. 8 al. 3 Cst., la loi fédérale sur l'égalité (RS 151.1) a pour but de promouvoir dans les faits l'égalité entre femmes et hommes (art. 1 er LEg), en particulier dans les rapports de travail régis par le code des obligations et par le droit public fédéral, cantonal ou communal (<ref-law>). Elle interdit de discriminer les travailleurs à raison du sexe, soit directement, soit indirectement, notamment à l'embauche (art. 3 al. 1 et 2 LEg). Elle précise que les mesures appropriées visant à promouvoir dans les faits l'égalité entre femmes et hommes ne constituent pas une discrimination (<ref-law>). Ces mesures de promotion, dites aussi "mesures positives" prévues par la LEg peuvent concerner différents aspects de la vie professionnelle. En matière d'accès à l'emploi, une des mesures envisageables est celle des quotas. Le Tribunal fédéral a jugé que des règles de quotas, comme mesure de promotion des femmes, étaient admissibles, pour autant qu'elles reposent sur une base légale suffisante, en principe formelle, et respectent le principe de la proportionnalité. Le Tribunal fédéral distingue les quotas flexibles ou souples, qui donnent la préférence aux femmes à qualifications égales ou équivalentes à celles des hommes, des quotas fixes ou rigides, qui accordent la préférence aux femmes indépendamment de leurs qualifications, en raison du seul critère du sexe. Alors que les quotas flexibles, qui prennent en considération les différences de qualification, sont en principe considérées comme conformes au principe de proportionnalité, l'admissibilité des quotas rigides apparaissent difficilement admissibles (<ref-ruling> consid. 5 p. 373 ss et les références citées; voir aussi KARINE LEMPEN, in Commentaire de la loi fédérale sur l'égalité, p. 59 ss).
3.2. Selon l'article 13 de la loi genevoise du 13 juin 2008 sur l'Université (LU/GE; RSGE C 1 30), l'université est l'employeur de son personnel (al. 1). Sauf dérogation prévue par le règlement sur le personnel de l'université, la procédure d'engagement de celui-ci s'ouvre par une inscription publique. Pour les postes renouvelables du corps professoral et du corps des collaboratrices et collaborateurs de l'enseignement et de la recherche, à qualifications équivalentes, la préférence est donnée à la personne qui appartient au sexe sous-représenté (al. 3). En consacrant la "règle de préférence", soit une mesure destinée à promouvoir dans les faits l'égalité entre femmes et hommes au sens de l'<ref-law> selon le système des quotas dits flexibles, l'art. 13 al. 3 LU/GE concrétise de manière admissible l'interdiction de la discrimination à l'embauche selon le droit fédéral.
3.3. Selon l'art. 5 al. 2 et 4 LEg, lorsque la discrimination porte sur un refus d'embauche, la personne lésée ne peut prétendre qu'au versement par l'employeur d'une indemnité n'excédant pas le montant correspondant à trois mois de salaire.
L'<ref-law> est une règle spéciale par rapport au principe général de l'<ref-law>, lequel prescrit à celui qui allègue un fait pour en déduire un avantage d'en apporter la preuve. L'<ref-law> instaure un assouplissement du fardeau de la preuve d'une discrimination à raison du sexe, en ce sens qu'il suffit à la partie demanderesse de rendre vraisemblable l'existence d'une telle discrimination par l'apport d'indices objectifs pour engendrer un renversement du fardeau de la preuve. Autrement dit, si la vraisemblance de la discrimination est démontrée, il appartient à l'employeur d'apporter la preuve stricte qu'elle n'existe pas (<ref-ruling> consid. 7.1; <ref-ruling> consid. 4.2 p. 161 s. et 5.2 p. 164 s. et les références). A teneur de l'art. 6, deuxième phrase, LEg, l'allègement du fardeau de la preuve s'applique à l'attribution des tâches, à l'aménagement des conditions de travail, à la rémunération, à la formation et au perfectionnement professionnels, à la promotion et à la résiliation des rapports de travail. Selon la jurisprudence, il ressort de cette dernière disposition que l'allègement du fardeau de la preuve ne s'applique pas à l'embauche (arrêt 2A.329/2002 du 14 janvier 2003, consid. 3 avec les références de doctrine). Il n'en reste pas moins que la preuve d'une discrimination à l'embauche est excessivement difficile à rapporter. Le juge devra donc le plus souvent se satisfaire d'une vraisemblance prépondérante (voir JEAN-PHILIPPE DUNAND, L'interdiction de la discrimination à l'embauche dans la loi fédérale sur l'égalité [LEg], in: L'égalité entre femmes et hommes dans les relations de travail 1996-2016: 20 ans d'application de la LEg, Dunand/Lempach/Mahon [éd.], p. 50).
4.
4.1. La recourante soutient que la cour cantonale a procédé à une application arbitraire de la règle de préférence posée par l'art. 13 al. 3 LU/GE, laquelle suppose que les compétences du candidat du sexe sous-représenté soient équivalentes à celles du ou des candidats du sexe sur-représenté. La recourante fait grief aux juges précédents de s'être contentés de constater que la procédure de nomination en cause a été entachée d'irrégularités sans disposer d'éléments qui permettaient de retenir que la candidature de A._ était équivalente à celle des autres candidats.
4.2. En l'espèce, les juges cantonaux ont estimé que la commission de nomination avait commis plusieurs irrégularités, tant dans la procédure ayant conduit à son premier rapport que dans le cadre du nouvel examen auquel elle a procédé suite au rapport de la commission ad hoc. Ils ont retenu que les conclusions de ce dernier rapport confirmaient l'absence de pertinence de celles de la commission de nomination. Car, selon les premières, la candidature de A._ devait être considérée comme étant la meilleure du moins au regard des critères de production scientifique, d'enseignement et de rayonnement extérieur. La cour cantonale a estimé que l'absence de crédibilité du travail de la commission de nomination était renforcée par l'avis des membres de la délégation aux questions féminines, qui avaient assisté aux présentations des candidats. Cette délégation avait en effet confirmé que A._ et C._ étaient considérés comme les deux meilleurs candidats au terme de la première journée des entretiens devant la commission de nomination et que les membres de la commission susmentionnée avaient alors estimé qu'il serait difficile de les départager. En outre, les premiers juges se sont fondés sur le témoignage de F._, expert externe, selon laquelle le choix entre les deux candidats prénommés était difficile. Ils ont considéré que des indices convergents et concluants conduisaient à constater l'existence d'une discrimination à raison du sexe - qualifiant ensuite celle-ci de prouvée, sans que l'université parvienne à établir que des motifs objectifs et non discriminatoires fondaient la non nomination de A._.
4.3. Les éléments retenus par les juges précédents apparaissent toutefois insuffisants pour parvenir à une telle conclusion, à tout le moins dans une situation où l'intimée ne pouvait bénéficier du mécanisme allégeant le fardeau de la preuve de l'<ref-law>.
4.3.1. La commission ad hoc a qualifié d'incomplet l'examen des candidatures par la commission de nomination et elle a indiqué que sa propre analyse plaidait en l'état pour la supériorité du dossier de A._ au moins en matière de production scientifique, d'enseignement et de rayonnement à l'extérieur. La commission ad hoc en a conclu que, de ce fait, il n'était pas exclu que la règle de préférence ait été violée. Elle a préconisé que le rectorat renvoie le dossier de nomination en Faculté des sciences, obligeant celle-ci à soumettre les candidatures à un examen complet par la commission de nomination, y compris les experts externes, qui soit conforme au Règlement sur le personnel de l'université et qui tienne compte de l'ensemble des critères prévus par ce règlement. Elle a estimé que s'il était admissible que le critère relatif à la recherche demande, de par la fonction visée, une pondération particulière, il convenait d'appliquer celle-ci objectivement et sans évincer totalement les autres critères. La commission ad hoc a ajouté qu'eu égard aux exigences du règlement et au souhait du rectorat de promouvoir les carrières féminines, la commission de nomination ne pouvait se dispenser de tenir compte des conséquences des charges familiales sur le dossier des publications d'une candidate.
Si le rapport de la commission ad hoc établit effectivement des irrégularités dans la procédure de nomination, il ne constitue pas encore la démonstration d'une discrimination.
4.3.2. La cour cantonale a écarté le rapport complémentaire de la commission de nomination aux motifs que cette dernière n'a pas procédé à un nouvel examen de toutes les candidatures, se limitant à comparer celles de A._ et C._, et que ce rapport ne reflète pas une réflexion commune des membres de la commission.
La mise en balance des mérites d'une candidature écartée et de celle qui a été choisie apparaissait toutefois suffisante pour juger de l'équivalence des qualifications en présence, au sens de l'art. 13 al. 3 LU/GE, du moment que les qualifications de cette dernière candidature étaient supposées supérieures à celles de toutes les autres. Par ailleurs, le fait que ledit rapport complémentaire a été rédigé par un rapporteur et que son approbation par les membres de la commission est intervenue au moyen de la messagerie électronique n'apparaît pas déterminant pour en conclure qu'il ne reflète pas une réflexion commune de tous les intéressés. Au demeurant, il est surprenant que la cour cantonale ne s'est livrée à aucun examen du contenu de ce rapport.
4.3.3. En ce qui concerne les constatations de la délégation aux questions féminines, le jugement entrepris retient, dans ses considérants en droit, que ses membres "ont confirmé que A._ et C._ étaient considérés comme les deux meilleurs candidats au terme de la première journée et que les membres de la commission avaient alors estimé qu'il serait difficile de les départager" (p. 21). Or, dans la relation qu'elle donne, dans ses considérants en fait (p. 13, ch. 29 b), de la déposition de G._, membre de cette délégation, la cour cantonale mentionne: "Pourtant, à l'issue de la première journée, le rapporteur de la commission avait dit, sans être contredit par les autres membres de la commission, qu'il serait difficile de choisir entre C._ et A._". L'avis isolé, ainsi exprimé d'un membre de la commission de nomination, même s'il en est le rapporteur, ne saurait être présenté comme la position de l'ensemble du gremium. Cette conclusion s'impose d'autant plus que cet avis a été exprimé à un stade relativement précoce de la procédure de nomination, alors qu'aucun vote n'était intervenu au sein de la commission.
4.3.4. La déposition de l'experte externe F._ n'est pas de nature à battre en brèche cette appréciation. Selon les considérants en fait du jugement entrepris, la prénommée "avait été surprise de l'élimination de A._ et aurait souhaité qu'elle figure parmi les derniers candidats. A._ aurait dû être à égalité avec C._ et le choix entre les deux aurait été difficile" (p. 13, ch. 30). Il s'agit donc ici aussi d'un avis isolé dont rien ne peut être déduit pour juger de la crédibilité du travail de la commission de nomination.
4.3.5. Il découle de ce qui précède que, sur la base des éléments recueillis, c'est à tort que les juges précédents ont admis une violation de la règle de préférence prévue par l'art. 13 al. 3 LU/GE. Comme cela a été rappelé plus haut (consid. 3.3), il ne suffit pas qu'une discrimination soit présumée sur la base de la simple vraisemblance. Or, le rapport de la commission ad hoc envisage seulement qu'une violation de la règle de préférence ne pouvait être exclue. Cette hypothèse n'a pas été vérifiée par les éléments considérés par la cour cantonale. Le jugement entrepris doit donc être annulé.
5.
Cela étant, il n'est pas nécessaire de procéder à l'examen des autres griefs que la recourante a formulés à l'encontre de ce jugement.
6.
La cause étant tranchée, la requête d'effet suspensif devient sans objet.
7.
L'intimée, qui succombe, supportera les frais de la cause, fixés selon le tarif réduit (<ref-law> en relation avec l'<ref-law>). Bien qu'elle obtienne gain de cause, la recourante n'a pas droit à des dépens (<ref-law>).

Le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est admis et le jugement attaqué est annulé.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 500 fr., sont mis à la charge de l'intimée.
3.
Il n'est pas alloué de dépens.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux parties, à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre administrative, et au Bureau fédéral de l'égalité entre femmes et hommes.
Lucerne, le 26 janvier 2018
Au nom de la Ire Cour de droit social
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Maillard
La Greffière : Fretz Perrin