Faits :
A.
Par ordonnance du 17 février 2017, le Ministère public de l'arrondissement du Nord vaudois a classé la procédure pénale dirigée contre A._ ensuite de la plainte déposée par X._ pour diffamation et violation du secret de fonction. Il a également refusé d'allouer une indemnité fondée sur l'<ref-law> à X._ et mis les frais de procédure à sa charge. Il n'a pas alloué d'indemnité fondée sur l'<ref-law> à A._, qui n'en avait pas requise.
B.
Par arrêt du 20 avril 2017, la Chambre des recours pénale du Tribunal cantonal vaudois a partiellement admis le recours formé par X._, en ce sens que les frais de procédure pour la procédure devant le ministère public ont été laissés à la charge de l'Etat. La cour cantonale a en outre mis trois quarts des frais de procédure de deuxième instance (990 fr.) à la charge de X._, lui a alloué, à charge de l'Etat, une indemnité de 330 fr. pour la procédure de recours, a prononcé la compensation de ce montant avec les frais mis à sa charge et a alloué, à la charge de X._, une indemnité de 972 fr. à A._ pour les dépenses occasionnées par l'exercice raisonnable de ses droits de procédure pour la procédure de recours.
En bref, il ressort les éléments suivants de l'arrêt précité.
Dans le cadre d'une procédure pénale ouverte pour infraction à la LStup, le ministère public a ordonné une surveillance téléphonique du raccordement utilisé, notamment, par X._. Le 1 er juillet 2015 vers 12h20, le prénommé a fait l'objet d'une interpellation par les gendarmes des forces spéciales du DARD (Détachement d'Action Rapide et de Dissuasion). Il a été maintenu dans les locaux de la police jusqu'à 14h45. La police a ensuite relâché l'intéressé après avoir constaté que son intervention n'avait pas permis de vérifier les soupçons à son encontre, en lui indiquant qu'il avait été arrêté par erreur, afin d'éviter de révéler l'enquête en cours. Le 3 juillet 2015, X._ a contacté divers médias afin de dénoncer publiquement son interpellation qu'il jugeait excessive. A la suite de cette médiatisation, le chargé de communication de la police vaudoise, A._, a été contacté par divers journalistes, auxquels il a fait des déclarations, dont le contenu a été avalisé par le procureur en charge de l'enquête et par le Procureur général. Ces déclarations avaient entre autres trait au passé judiciaire de l'intéressé, A._ ayant mentionné une condamnation prononcée en 2006 à Genève pour trafic de stupéfiants et une attaque armée contre les forces publiques commise par l'intéressé dans son pays d'origine. A aucun moment A._ n'a révélé l'identité de X._.
C.
Dans le cadre de cette affaire, X._ avait formé une demande de récusation du procureur en charge de l'instruction en raison des informations divulguées à la presse sur ses antécédents pénaux, demande qui a été admise par le Tribunal fédéral (arrêt 1B_435/2015 du 25 février 2016). Dans cet arrêt (consid. 2.5), le Tribunal fédéral a estimé que les renseignements sur les antécédents pénaux de X._ communiqués à la presse n'étaient en rien utiles à l'enquête. En outre, l'<ref-law> instituait, dans le domaine de l'information du public, une obligation générale de garder le silence de la part des autorités pénales. Dans l'hypothèse où il existait des motifs d'informer le public, l'<ref-law> imposait le respect de la présomption d'innocence du prévenu (<ref-law>, 32 al. 1 Cst. et 6 par. 2 CEDH) et celui des droits de la personnalité des personnes impliquées (art. 13 Cst. et 8 CEDH). Cela impliquait que seules devaient être divulguées au public les informations indispensables pour atteindre les objectifs nécessaires. Ainsi, le Tribunal fédéral a jugé que la stratégie de communication avalisée par le procureur - laisser entendre que les crimes ou délits commis par le prévenu dans le passé légitimaient, en soi, de le soupçonner de s'être à nouveau fait l'auteur d'infractions - était en contradiction manifeste avec ces principes.
D.
X._ forme un recours en matière pénale au Tribunal fédéral contre l'arrêt du 20 avril 2017. Il conclut, principalement, à l'annulation de l'arrêt attaqué pour violation de son droit d'être entendu et au renvoi de la cause à l'autorité précédente pour nouvelle décision au sens des considérants. Subsidiairement, il conclut à la réforme de l'arrêt attaqué en ce sens que l'ordonnance de classement du 17 février 2017 est annulée, le dossier renvoyé au ministère public pour qu'il rende une ordonnance pénale à l'encontre de A._ pour diffamation et violation du secret de fonction ou qu'il engage l'accusation pour ces mêmes infractions. Plus subsidiairement, il conclut à la réforme de l'arrêt attaqué en ce sens que les frais de procédure sont mis à la charge de A._ et qu'une indemnité pour les dépenses occasionnées par l'exercice raisonnable de ses droits de procédure pour la procédure devant le ministère public lui est allouée, à charge de A._.
Par ordonnance du 2 août 2017, la Cour de droit pénal du Tribunal fédéral a rejeté la requête d'assistance judiciaire de X._.
Invités à déposer des observations sur le recours, le ministère public et la cour cantonale y ont renoncé, cette dernière se référant aux considérants de son arrêts, cependant que A._ a conclu à son rejet et à l'allocation de dépens à hauteur de 2000 francs. Ces écritures ont été communiquées à X._ qui a renoncé à se prononcer à leur sujet, par courrier du 20 avril 2018.

Considérant en droit :
1.
1.1. Selon l'art. 81 al. 1 let. a et b ch. 5 LTF, la partie plaignante qui a participé à la procédure de dernière instance cantonale est habilitée à recourir au Tribunal fédéral, si la décision attaquée peut avoir des effets sur le jugement de ses prétentions civiles. Constituent de telles prétentions celles qui sont fondées sur le droit civil et doivent en conséquence être déduites ordinairement devant les tribunaux civils. Il s'agit principalement des prétentions en réparation du dommage et du tort moral au sens des <ref-law>.
Selon l'<ref-law>, il incombe au recourant d'alléguer les faits qu'il considère comme propres à fonder sa qualité pour recourir. Lorsque le recours est dirigé contre une décision de non-entrée en matière ou de classement de l'action pénale, la partie plaignante n'a pas nécessairement déjà pris des conclusions civiles. Quand bien même la partie plaignante aurait déjà déclaré des conclusions civiles (cf. <ref-law>), il n'en reste pas moins que le procureur qui refuse d'entrer en matière ou prononce un classement n'a pas à statuer sur l'aspect civil (cf. <ref-law>). Dans tous les cas, il incombe par conséquent à la partie plaignante d'expliquer dans son mémoire au Tribunal fédéral quelles prétentions civiles elle entend faire valoir contre l'intimé. Comme il n'appartient pas à la partie plaignante de se substituer au Ministère public ou d'assouvir une soif de vengeance, la jurisprudence entend se montrer restrictive et stricte, de sorte que le Tribunal fédéral n'entre en matière que s'il ressort de façon suffisamment précise de la motivation du recours que les conditions précitées sont réalisées, à moins que l'on puisse le déduire directement et sans ambiguïté compte tenu notamment de la nature de l'infraction alléguée (<ref-ruling> consid. 1.1 p. 4 s.). Les mêmes exigences sont requises à l'égard de celui qui se plaint d'infractions attentatoires à l'honneur, la jurisprudence rendue avant l'entrée en vigueur de la LTF, qui dispensait celui qui était lésé par une prétendue atteinte à l'honneur de faire valoir des prétentions civiles (<ref-ruling>), n'ayant plus cours (arrêt 6B_94/2013 du 3 octobre 2013 consid. 1.1).
1.2. Les propos litigieux ont été tenus par l'intimé dans le cadre de l'exercice de sa fonction. Selon l'art. 8 al. 1 de la loi vaudoise du 17 novembre 1975 sur la police cantonale (LPol; RS/VD 133.11), les fonctionnaires de police sont soumis à la loi sur le personnel de l'Etat de Vaud (LPers/VD; RS/VD 172.31). En outre, selon la loi vaudoise du 16 mai 1961 sur la responsabilité de l'Etat, des communes et de leurs agents (LRECA; RS/VD 170.11), qui s'applique notamment aux collaborateurs de l'Etat au sens de la LPers/VD, l'Etat et les communes répondent directement du dommage que leurs agents causent à des tiers d'une manière illicite (art. 4). L'agent n'est pas personnellement tenu envers le lésé de réparer le dommage (art. 5). Le canton de Vaud ayant ainsi fait usage de la faculté réservée à l'<ref-law>, le recourant ne disposerait, le cas échéant, que d'une prétention de droit public à faire valoir non pas contre l'auteur présumé, mais contre l'Etat (cf. <ref-ruling> consid. 2.2 p. 191; arrêt 6B_138/2017 du 19 juillet 2017 consid. 1.1 et les références citées). Selon la jurisprudence constante, de telles prétentions ne peuvent être invoquées dans le procès pénal par voie d'adhésion et ne constituent dès lors pas des prétentions civiles au sens de l'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 3.1 p. 88; <ref-ruling> consid. 2.3.3 p. 234; <ref-ruling> consid. 2 p. 190 ss).
Comme l'admet lui-même le recourant, il ne dispose pas de prétentions civiles à raison des actes incriminés à faire valoir contre l'intimé si bien qu'il ne peut fonder sa qualité pour recourir sur l'art. 81 al. 1 let. b ch. 5 LTF.
1.3. La jurisprudence reconnaît aux personnes qui se prétendent victimes de traitements prohibés au sens des art. 10 al. 3 Cst., 7 Pacte ONU II, 3 CEDH ou 13 par. 1 de la Convention des Nations Unies contre la torture et autres peines ou traitements cruels, inhumains ou dégradants conclue à New York le 10 décembre 1984 (RS 0.105), d'une part, le droit de porter plainte et, d'autre part, un droit propre à une enquête prompte et impartiale devant aboutir, s'il y a lieu, à la condamnation pénale des responsables. La victime de tels traitements peut également bénéficier d'un droit de recours, en vertu des mêmes dispositions (<ref-ruling> consid. 3.1.1 p. 88 et les arrêts cités).
Un mauvais traitement au sens des dispositions précitées doit en principe être intentionnel et atteindre un minimum de gravité. L'appréciation de ce minimum dépend de l'ensemble des données de la cause, notamment de la durée du traitement et de ses effets physiques ou mentaux, ainsi que, parfois, du sexe, de l'âge et de l'état de santé de la victime. Un traitement atteint le seuil requis et doit être qualifié de dégradant s'il est de nature à créer des sentiments de peur, d'angoisse et d'infériorité propres à humilier ou à avilir la victime, de façon à briser sa résistance physique ou morale ou à la conduire à agir contre sa volonté ou sa conscience. Il y a également traitement dégradant, au sens large, si l'humiliation ou l'avilissement a pour but, non d'amener la victime à agir d'une certaine manière, mais de la punir. Lorsqu'un individu se trouve privé de sa liberté, l'utilisation à son égard de la force physique alors qu'elle n'est pas rendue strictement nécessaire par son comportement porte atteinte à la dignité humaine et constitue, en principe, une violation de la convention de New York et des art. 7 Pacte ONU II, 3 CEDH et 10 al. 3 Cst. (arrêt 6B_474/2013 du 23 août 2013 consid. 1.4 et les références citées). L'allégation d'un traitement prohibé par l'art. 3 CEDH est défendable lorsqu'elle ne se révèle pas d'emblée dépourvue de crédibilité (cf. arrêt 6B_147/2016 du 12 octobre 2016 consid. 1.2).
Le recourant soutient que, dans son arrêt du 25 février 2016, le Tribunal fédéral aurait retenu que la stratégie de communication des autorités, consistant notamment à révéler les antécédents pénaux du recourant, était en contradiction manifeste avec les principes découlant des art. 73 al. 1 et 74 al. 3 CPP, qui impose le respect des droits de la personnalité de la personne impliquée garanti par les art. 13 Cst. et 8 CEDH. Son droit de recourir découlerait ainsi directement des articles précités. Toutefois, la jurisprudence précitée ne reconnaît pas un droit de recours à celui qui se prétend victime d'une violation de l'art. 8 CEDH, qui protège le droit au respect de la vie privée et familiale. Pour le surplus, le recourant n'expose pas en quoi il aurait été soumis à un traitement inhumain ou dégradant et tel n'est manifestement pas le cas. Il ne peut par conséquent fonder sa qualité pour recourir sur la jurisprudence précitée.
1.4. Au vu de ce qui précède, le recourant n'a pas qualité pour recourir contre l'arrêt cantonal dans la mesure où celui-ci confirme le classement de la procédure.
1.5. Indépendamment des conditions posées par l'<ref-law>, la partie recourante est aussi habilitée à se plaindre d'une violation de ses droits de partie équivalant à un déni de justice formel, sans toutefois pouvoir faire valoir par ce biais, même indirectement, des moyens qui ne peuvent être séparés du fond (<ref-ruling> consid. 1.1 et les références citées). C'est sous cet angle que les diverses violations du droit d'être entendu dont se plaint le recourant seront abordées.
2.
Le recourant fait valoir un défaut de motivation de l'arrêt attaqué, la cour cantonale n'ayant pas examiné la possibilité de mettre les frais de la procédure devant le ministère public à la charge de l'intimé, malgré la requête expresse du recourant.
2.1. Selon la jurisprudence, l'autorité qui ne traite pas un grief relevant de sa compétence, motivé de façon suffisante et pertinent pour l'issue du litige, commet un déni de justice formel proscrit par l'art. 29 al. 1 Cst. (<ref-ruling> consid. 4.2 p. 157; <ref-ruling> consid. 2.1 p. 9). De même, la jurisprudence a déduit de l'art. 29 al. 2 Cst. l'obligation pour l'autorité de motiver sa décision, afin que l'intéressé puisse se rendre compte de la portée de celle-ci et exercer son droit de recours à bon escient (<ref-ruling> consid. 2.1 p. 145). Pour satisfaire à ces exigences, il suffit que l'autorité mentionne, au moins brièvement, les motifs qui l'ont guidée et sur lesquels elle a fondé son raisonnement. Elle ne doit pas se prononcer sur tous les moyens des parties, mais peut au contraire se limiter aux questions décisives (<ref-ruling> consid. 4.2 p. 157). La motivation peut d'ailleurs être implicite et résulter des différents considérants de la décision (<ref-ruling> consid. 3.2.1 p. 565).
2.2. En substance, la cour cantonale a retenu que c'était à tort que le ministère public avait mis les frais à la charge du recourant. L'instruction avait non seulement porté sur l'infraction de diffamation - poursuivie sur plainte -, mais également sur celle de violation du secret de fonction, infraction poursuivie d'office. Le classement portait sur deux infractions, dont l'une se poursuivait d'office, et l'<ref-law> était donc inapplicable. En outre, l'<ref-law> n'était pas non plus applicable dès lors qu'il ne permettait de faire supporter à la partie plaignante que les frais causés par ses conclusions civiles, cas de figure qui ne pouvait pas être retenu en l'espèce. La cour cantonale a ainsi estimé que les frais de la procédure devant le ministère public devait être laissés à la charge de l'Etat. La cour cantonale a ensuite indiqué qu'il n'y avait pas lieu de réformer la décision du ministère public consistant à refuser d'allouer au recourant une indemnité au sens de l'<ref-law>, dès lors que les conditions alternatives prévues par cette disposition n'étaient pas remplies. En effet, le recourant n'avait pas obtenu gain de cause (<ref-law>) - étant rappelé que la partie plaignante était considérée comme ayant obtenu gain de cause au sens de cette disposition lorsque le prévenu avait été condamné ou si les prétentions civiles avaient été admises - et le prévenu n'avait pas non plus été astreint au paiement des frais conformément à l'<ref-law> (<ref-law>).
2.3. Le recourant fait grief à la cour cantonale de ne pas avoir examiné sa requête tendant à la mise des frais de procédure pour la procédure devant le ministère public à la charge de l'intimé, ce qui le priverait de la possibilité d'obtenir une indemnité pour les dépenses occasionnées par la procédure au sens de l'<ref-law>.
Avec le recourant, il convient d'admettre que la cour cantonale n'a pas examiné la possibilité de faire application de l'<ref-law>. L'arrêt cantonal se contente d'indiquer qu'aucune indemnité fondée sur l'<ref-law> n'est allouée au recourant dès lors que le prévenu n'a pas été astreint au paiement des frais conformément à l'<ref-law>. Cette motivation ne permet pas de comprendre pour quel motif la cour cantonale a renoncé à l'application de ce dernier article. En l'absence de toute motivation sur ce point, la cour cantonale a violé le droit d'être entendu du recourant. L'arrêt attaqué doit être annulé et la cause renvoyée à l'autorité précédente pour qu'elle examine l'application de l'<ref-law>, en particulier au regard du constat du Tribunal fédéral dans son arrêt du 25 février 2016 selon lequel la stratégie de communication des autorités était en contradiction avec les principes du respect de la présomption d'innocence et des droits de la personnalité et de l'éventuelle responsabilité de l'intimé dans la mise en place de cette stratégie.
3.
Le recourant reproche à la cour cantonale d'avoir accordé une indemnité à l'intimé pour les dépenses occasionnées par l'exercice raisonnable de ses droits de procédure et de l'avoir mise à sa charge. Dans cette mesure, il a la qualité pour recourir (cf. arrêts 6B_1039/2017 du 13 mars 2018 consid. 1.2.3; 6B_357/2015 du 16 septembre 2015 consid. 2).
3.1. Au vu de l'admission du recours, la cour cantonale devra également revoir les questions liées aux frais et dépens de deuxième instance. Toutefois, par économie de procédure, il convient de relever les éléments suivants.
3.2. Le recourant reproche à la cour cantonale de ne pas lui avoir communiqué le courrier de l'avocat de l'intimé du 19 avril 2017 alors qu'elle s'est fondée sur celui-ci pour fixer l'indemnité allouée à l'intimé pour ses dépenses occasionnées par l'exercice raisonnable de ses droits de procédure concernant la deuxième instance, indemnité qu'elle a mise à la charge du recourant.
3.2.1. Tel que garanti par l'art. 29 al. 2 Cst., le droit d'être entendu comprend, notamment, le droit pour l'intéressé de prendre connaissance du dossier (<ref-ruling> consid. 2b p. 10) et de s'exprimer sur les éléments pertinents avant qu'une décision ne soit prise touchant sa situation juridique lorsque cela est de nature à influer sur la décision à rendre (<ref-ruling> consid. 2.3 p. 222; <ref-ruling> consid. 5.1 p. 293; <ref-ruling> consid. 3.2 p. 494; <ref-ruling> consid. 2b p. 56). Le droit d'être entendu est également garanti par l'art. 3 al. 2 let. c CPP, qui a la même portée que l'art. 29 al. 2 Cst. (arrêt 6B_123/2013 du 10 juin 2013 consid. 1.1 et les références citées). Concrétisant le droit d'être entendu (art. 29 al. 2 Cst.), l'accès au dossier est en outre garanti en procédure pénale aux parties de manière générale par les art. 101 al. 1 et 107 al. 1 let. a CPP (arrêt 1B_445/2012 du 8 novembre 2012 consid. 3.2).
3.2.2. En l'occurrence, il ne ressort ni de l'arrêt attaqué, ni du dossier cantonal que le recourant aurait reçu copie du courrier de l'avocat de l'intimé du 19 avril 2017 et de ses annexes. Le recourant n'a pas pu se déterminer à ce sujet bien que cette pièce ait servi à la cour cantonale pour fixer l'indemnité fondée sur l'<ref-law> mise à la charge du recourant. Par conséquent, son droit d'être entendu a été violé.
3.3. Sur le fond, le recourant conteste l'octroi et la mise à sa charge de l'indemnité accordée à l'intimé.
3.3.1. L'indemnisation du prévenu est régie par les art. 429 à 432 CPP, dispositions aussi applicables à la procédure de recours par renvoi de l'<ref-law>. En particulier, selon l'<ref-law>, si le prévenu est acquitté totalement ou en partie ou s'il bénéficie d'une ordonnance de classement, il a droit à une indemnité pour les dépenses occasionnées par l'exercice raisonnable de ses droits de procédure. L'<ref-law> prévoit quant à lui que le prévenu qui obtient gain de cause peut demander à la partie plaignante une juste indemnité pour les dépenses occasionnées par les conclusions civiles (al. 1). Lorsque le prévenu obtient gain de cause sur la question de sa culpabilité et que l'infraction est poursuivie sur plainte, la partie plaignante ou le plaignant qui, ayant agi de manière téméraire ou par négligence grave, a entravé le bon déroulement de la procédure ou a rendu celle-ci plus difficile peut être tenu d'indemniser le prévenu pour les dépenses occasionnées par l'exercice raisonnable de ses droits de procédure (al. 2).
3.3.2. Le recourant conteste que l'intimé ait pu avoir des dépenses dès lors que son employeur couvrirait l'entier de ses frais de défense. Se référant à la jurisprudence, le recourant soutient que le Tribunal fédéral aurait reconnu que le prévenu avait droit à une indemnisation fondée sur l'<ref-law> même lorsqu'il était au bénéfice d'une assurance de protection juridique. Toutefois, cette solution se justifierait par le fait que l'assuré s'engage contractuellement auprès de son assureur à lui rétrocéder les indemnités. Or, en l'espèce, l'intimé n'aurait pas pris un tel engagement envers son employeur.
Contrairement à l'avis du recourant, la jurisprudence n'a pas posé comme condition à l'octroi d'une indemnité fondée sur l'<ref-law> au prévenu au bénéfice d'une assurance de protection juridique qu'il se soit engagé à rétrocéder à cette assurance son indemnité (<ref-ruling> consid. 2 p. 43 ss). Bien plutôt, selon cette jurisprudence, les <ref-law> ne prévoient pas le refus ou la réduction de l'indemnité dans le cas où le prévenu bénéficie d'une couverture d'assurance de protection juridique (cf. en particulier l'<ref-law>). En concluant une police d'assurance et en acquittant les primes correspondantes, l'assuré se prémunit uniquement contre le risque lié aux coûts qui sont portés à sa charge et non pas à ceux qui incombent à sa partie adverse. La situation n'est pas différente lorsque le risque lié aux coûts est couvert par une assurance responsabilité civile, par un syndicat ou par une autre organisation. Dans le cas où la partie obtenant gain de cause est au bénéfice de l'assistance judiciaire gratuite, la partie qui succombe n'est d'ailleurs pas non plus dispensée de verser une indemnité au titre de dépens (<ref-ruling> consid. 2.3 p. 43 ss). Au vu de cette jurisprudence, le fait que l'employeur de l'intimé couvre ses frais de défense n'empêche pas l'octroi d'une indemnité pour les dépenses occasionnées par l'exercice raisonnable de ses droits de procédure.
3.3.3. Autre est la question de la mise à la charge du recourant de cette indemnité.
La jurisprudence a précisé la portée à donner à l'<ref-law>. Le Tribunal fédéral a admis que les frais de défense du prévenu devant l'instance d'appel soient assumés par la partie plaignante dans le cas où seule celle-ci fait appel contre un acquittement prononcé à l'issue d'une procédure complète devant des tribunaux au sens de l'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 1.2 p. 47 s.). Il a, en revanche, estimé que de tels frais ne pouvaient pas être mis à la charge de la partie plaignante qui fait recours contre une ordonnance de classement (<ref-ruling> consid. 1.2 p. 479).
En l'espèce, le recourant a fait recours contre une ordonnance de classement. Dès lors, il incombera à la cour cantonale de tenir compte de la jurisprudence précitée dans le cadre de son réexamen de la question des dépens alloués à l'intimé.
4.
Le recourant conteste la compensation prononcée par la cour cantonale entre l'indemnité qu'elle lui a accordée et les frais mis à sa charge. La partie plaignante peut se prévaloir d'un intérêt juridiquement protégé au sens de l'<ref-law> s'agissant des frais mis à sa charge (<ref-ruling> consid. 2 p. 250) et de l'indemnité de dépens qui lui est refusée (arrêt 6B_89/2009 du 29 octobre 2009 consid. 1.2.3). Dès lors, il convient d'en déduire que le recourant dispose de la qualité pour recourir pour contester la compensation susmentionnée.
4.1. Invoquant son droit d'être entendu, le recourant reproche à la cour cantonale d'avoir prononcé la compensation de sa créance en indemnité avec les frais mis à sa charge sans lui avoir préalablement donné la possibilité de s'exprimer sur cette question.
4.1.1. Le droit d'être entendu, tel qu'il est garanti par l'art. 29 al. 2 Cst., comprend notamment pour le justiciable le droit de s'exprimer sur les éléments pertinents avant qu'une décision ne soit prise touchant sa situation juridique (ATF 142 II 2018 consid. 2.3 p. 222). Le droit d'être entendu porte avant tout sur les questions de fait (arrêt 6B_111/2017 du 17 octobre 2017 consid. 1.1). De manière générale, en vertu de la règle " jura novit curia ", le juge n'a ainsi pas à soumettre à la discussion des parties les principes juridiques sur lesquels il va fonder son jugement. Il peut appliquer d'office, sans avoir à attirer préalablement l'attention des parties sur l'existence de tel ou tel problème juridique, une disposition de droit matériel (arrêt 5A_795/2009 du 10 mars 2010 consid. 3.1, non publié aux <ref-ruling>; <ref-ruling> consid. 2b p. 102 s.). Selon la jurisprudence, les parties doivent cependant être entendues sur les questions de droit lorsque l'autorité concernée entend se fonder sur des normes légales dont la prise en compte ne pouvait pas être raisonnablement prévue, et dont les parties ne pouvaient supputer la pertinence (<ref-ruling> consid. 5 p. 39; <ref-ruling> consid. 5b/bb p. 278; arrêt 6B_111/2017 précité consid. 1.1).
4.1.2. En l'espèce, la cour cantonale n'avait pas à avertir le recourant de son intention d'appliquer l'<ref-law>. Cette disposition devait en effet être prise en compte par l'intéressé, qui pouvait en supputer la pertinence au vu des frais judiciaires mis à sa charge dans le cadre de la procédure. Le recourant ne pouvait ainsi ignorer que la question d'une compensation desdits frais avec l'indemnité devant lui être allouée serait examinée par l'autorité précédente. Cette dernière n'a nullement appliqué une disposition de droit inattendue justifiant une information préalable de l'intéressé. Il n'y a donc pas eu de violation du droit d'être entendu, de sorte que ce grief doit être rejeté.
4.2. Sur le fond, le recourant soutient que la cour cantonale ne pouvait prononcer la compensation dans la mesure où il n'existerait pas de réciprocité des créances. Il invoque à cet égard l'art. 47 al. 1 de la loi vaudoise sur la profession d'avocat (LPAv/VD; RS/VD 177.11), pour expliquer que le créancier de l'indemnité allouée par la cour cantonale serait en réalité son avocat.
Au vu de l'admission du recours, la cour cantonale devra également revoir les questions liées aux frais et dépens de deuxième instance concernant le recourant. Toutefois, par économie de procédure, il convient de relever les éléments suivants.
4.2.1. L'<ref-law> dispose que les autorités pénales peuvent compenser les créances portant sur des frais de procédure avec les indemnités accordées à la partie débitrice dans la même procédure pénale et avec les valeurs séquestrées.
Dans un arrêt récent, le Tribunal fédéral a eu l'occasion de rappeler que le CPP ne prévoit pas, pour la défense de choix, que les indemnités de frais de défense dues au prévenu en application de l'<ref-law> puissent être versées directement à son avocat, dont les honoraires peuvent éventuellement déjà avoir été réglés au moment du prononcé de la décision d'indemnisation. Le prévenu bénéficiant d'une telle indemnité est seul titulaire de la créance en paiement de ses frais de défense envers l'Etat (arrêt 6B_111/2017 précité consid. 3.3.1 et les références citées). Ces mêmes motifs peuvent être appliqués mutatis mutandis à l'indemnité accordée à la partie plaignante.
En outre, dans le même arrêt, le Tribunal fédéral a relevé qu'aux termes de l'art. 47 al. 1 LPAv/VD (art. 46 aLPAv), l'avocat a un droit personnel exclusif aux honoraires et débours qui sont alloués par le jugement ou l'arrêt à titre de dépens, sous réserve de règlement de compte avec son client. La jurisprudence vaudoise considère que cette disposition institue une forme de cession légale à l'avocat des droits de son mandant contre la partie adverse. L'institution, communément appelée " distraction des dépens ", qui découle de la disposition précitée, permet ainsi à l'avocat de poursuivre directement, en son propre nom et pour son propre compte, la partie adverse de son mandant (arrêt 6B_111/2017 précité consid. 3.3.2 et les références citées). L'institution de la " distraction des dépens " s'applique seulement au stade de l'exécution de la décision, de sorte qu'elle ne saurait, préalablement, interdire au juge de prononcer une compensation des dépens avec les frais judiciaires. En outre, cette institution, émanant du droit cantonal, ne saurait influencer d'une quelconque manière l'application du droit de procédure fédéral, auquel appartient l'<ref-law> (arrêt 6B_111/2017 précité consid. 3.3.3 et les références citées).
4.2.2. Si, lors du réexamen de la question des frais et dépens, la cour cantonale devait allouer une indemnité au recourant et mettre des frais à sa charge, rien ne s'opposerait à la compensation. Comme relevé par la jurisprudence, l'institution, de droit cantonal, de la " distraction de dépens " ne saurait interdire au juge de prononcer la compensation fondée sur l'<ref-law>. En outre, la compensation prononcée par l'autorité précédente ne porterait nullement sur une créance en dépens que l'avocat du recourant pourrait chercher à encaisser en son propre nom auprès d'une partie adverse, mais sur une créance en indemnités, due au recourant par l'Etat, dont le recourant serait seul titulaire. En conséquence, aucune " distraction des dépens " ne pourrait être envisagée dans cette configuration.
5.
Au vu de ce qui précède, le recours doit être partiellement admis, dans la mesure où il est recevable, l'arrêt attaqué annulé et la cause renvoyée à l'autorité précédente pour nouvelle décision.
Le recourant obtient partiellement gain de cause. L'intimé succombe dans la même mesure. Vu le sort du recours, deux tiers des frais seront supportés par le recourant, le tiers restant étant mis à la charge de l'intimé (<ref-law>). Les dépens sont compensés (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est partiellement admis, dans la mesure où il est recevable. L'arrêt attaqué est annulé et la cause est renvoyée à l'autorité cantonale pour nouvelle décision.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 3000 fr., sont mis pour 2000 fr. à la charge du recourant et pour 1000 fr. à la charge de l'intimé.
3.
Les dépens sont compensés.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et au Tribunal cantonal du canton de Vaud, Chambre des recours pénale.
Lausanne, le 26 avril 2018
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Denys
La Greffière : Livet