Sachverhalt:
A.
Das Bezirksgericht Laufenburg entschied im Strafverfahren gegen B._ und C._ im Zusammenhang mit der D._ AG mit Urteil vom 15. Dezember 2016 und 31. März 2017 u.a., die Beschlagnahme der Aktienzertifikate Nr. 008 (50 Namenaktien, nominal Fr. 25'000.00), Nr. 083 (140 Namenaktien, nominal Fr. 70'000.00) und Nr. 084 (10 Namenaktien, nominal Fr. 5'000.00) der E._ AG lautend auf die A._ AG (damals und bis zur Statutenänderung vom 7. August 2018 noch A._ Holding AG) sei bis zur vollständigen Deckung der C._ auferlegten Verfahrenskosten und der gegenüber diesem ausgesprochenen Ersatzforderung zu verlängern. Es wies die Oberstaatsanwaltschaft an, die Aktienzertifikate bestmöglich zu verkaufen, den Nettoerlös auf ein Konto der Finanzverwaltung des Kantons Aargau zu überweisen und zum gegebenen Zeitpunkt C._ und der Gerichtskasse Laufenburg eine Abrechnung zuzustellen (Dispositiv-Ziff. 4.12 des Urteils vom 15. Dezember 2016 und 31. März 2017).
Die Vermögenswerte im offenen Depot Nr. xxx bei der Bank F._ lautend auf die A._ AG zog es im Umfang von Fr. 304'054.70 gemäss <ref-law> ein. Im Übrigen erhielt es die Beschlagnahme des offenen Depots bis zur vollständigen Deckung der C._ auferlegten Verfahrenskosten und der gegenüber diesem ausgesprochenen Ersatzforderung aufrecht. Es wies die Bank F._ an, das offene Depot vollständig zu saldieren und den entsprechenden Erlös, nach einer allfälligen Verrechnung von negativen mit positiven Saldi sowie nach Abzug der branchenüblichen Gebühren, auf ein Konto der Finanzverwaltung des Kantons Aargau zu überweisen (Dispositiv-Ziff. 4.18 des Urteils vom 15. Dezember 2016 und 31. März 2017).
Das Bezirksgericht erklärte zudem, den Nettoerlös aus dem Verkauf der Aktienzertifikate der E._ AG und den Erlös aus der Saldierung des offenen Depots bei der Bank F._ mit den C._ auferlegten Verfahrenskosten, der gegenüber diesem ausgesprochenen Ersatzforderung, der rückzahlbar erklärten Entschädigungen der amtlichen Verteidigungen von C._ und der erstinstanzlich kumulativ zur Freiheitsstrafe noch ausgesprochenen Geldstrafe im Sinne von <ref-law> und <ref-law> zu verrechnen (Dispositiv-Ziff. 4.12 und 4.18 des Urteils vom 15. Dezember 2016 und 31. März 2017).
Die A._ AG erhob gegen Dispositiv-Ziff. 4.12 und 4.18 des Urteils des Bezirksgerichts Laufenburg vom 15. Dezember 2016 und 31. März 2017 Berufung.
B.
Das Obergericht des Kantons Aargau bestätigte mit Urteil vom 1. Februar 2019 die Beschlagnahme der Aktienzertifikate Nr. 008, Nr. 083 und Nr. 084 der E._ AG lautend auf die A._ AG (Dispositiv-Ziff. 4.12.1). Es wies die Oberstaatsanwaltschaft an, die Aktienzertifikate bestmöglich zu verkaufen (Dispositiv-Ziff. 4.12.2). Der Verwertungserlös sei zur Deckung 1. der Verwertungskosten, 2. der C._ auferlegten Verfahrenskosten (ohne Kosten der amtlichen Verteidigung) und 3. der Kosten der amtlichen Verteidigung von C._, soweit diesem gegenüber ein Rückforderungsvorbehalt bestehe, zu verwenden (Dispositiv-Ziff. 4.12.2).
Die Beschlagnahme des offenen Depots Nr. xxx bei der Bank F._ lautend auf die A._ AG erhielt es ebenfalls aufrecht (Dispositiv-Ziff. 4.18.1). Es wies die Bank F._ an, das Depot vollständig zu saldieren und den entsprechenden Erlös, nach einer allfälligen Verrechnung von negativen mit positiven Saldi sowie nach Abzug der branchenüblichen Gebühren, auf das Konto der Finanzverwaltung des Kantons Aargau zu überweisen (Dispositiv-Ziff. 4.18.2). Der Erlös sei 1. zur Deckung der C._ auferlegten Verfahrenskosten (ohne Kosten der amtlichen Verteidigung) und 2. zur Deckung der Kosten der amtlichen Verteidigung von C._, soweit diesem gegenüber ein Rückforderungsvorbehalt bestehe, zu verwenden (Dispositiv-Ziff. 4.18.3).
Betreffend allfälliger Restbeträge entschied das Obergericht, die Beschlagnahmen seien aufrechtzuerhalten, bis die gegenüber C._ ausgesprochene Ersatzforderung vollständig getilgt oder im Zwangsvollstreckungsverfahren über Sicherungsmassnahmen entschieden wurde, längstens jedoch für die Dauer von zwei Jahren nach Eintritt der Rechtskraft der Ersatzforderung (Dispositiv-Ziff. 4.12.4 und 4.18.4).
C.
Die A._ AG beantragt mit Beschwerde in Strafsachen, die Beschlagnahme des offenen Depots bei der Bank F._ sowie der drei Aktienzertifikate der E._ AG sei aufzuheben und es sei ihr für das vorinstanzliche Verfahren eine Entschädigung von Fr. 4'947.20 zuzusprechen. Eventualiter sei das Verfahren nach Aufhebung der Beschlagnahmen zur Neubeurteilung der Entschädigung an die Vorinstanz zurückzuweisen.

Erwägungen:
1.
Gemäss <ref-law> ist zur Beschwerde in Strafsachen berechtigt, wer vor der Vorinstanz am Verfahren teilgenommen oder keine Möglichkeit zur Teilnahme erhalten hat (lit. a) und ein rechtlich geschütztes Interesse an der Aufhebung oder Änderung des angefochtenen Entscheids hat (lit. b). Die Beschwerdeführerin fällt nicht unter die in <ref-law> ausdrücklich erwähnten Beschwerdeberechtigten. Als Inhaberin der beschlagnahmten Vermögenswerte hat sie dennoch ein rechtlich geschütztes Interesse an der Aufhebung des angefochtenen Entscheids, weshalb sie nach der Rechtsprechung zur vorliegenden Beschwerde in Strafsachen legitimiert ist (<ref-ruling> E. 1.3 S. 87 f.; <ref-ruling> E. 1.3 S. 282 f. mit Hinweisen).
2.
C._ beantragte im parallelen Verfahren 6B_1076/2019 einen Freispruch von den Vorwürfen der ungetreuen Geschäftsbesorgung und der Geldwäscherei. Das Bundesgericht wies die Anträge mit separatem Entscheid ab. Auf den Einwand der Beschwerdeführerin, C._ habe sich nicht strafbar gemacht, weshalb ihm keine Verfahrenskosten aufzuerlegen seien und die Ersatzforderung entfalle, ist daher nicht weiter einzugehen.
3.
3.1. Die Beschwerdeführerin argumentiert, sie sei eine Holdinggesellschaft, die C._ und seiner Ehefrau zur Verwaltung und Anlage von ehelichem Vermögen diene. Wirtschaftlich Berechtigte seien seit jeher sowohl C._ als auch dessen Ehefrau. Die Vorinstanz stelle willkürlich fest, zwischen ihr und dem Beschuldigten C._ bestehe wirtschaftliche Identität. Die Vorinstanz gelange zu diesem Schluss ohne Grundlage in den Akten bzw. ohne Bezugnahme auf irgendwelche Beweismittel. Erstellt sei einzig, dass C._ am 23. Juni 2010 Alleinaktionär der A._ AG gewesen sei und dass er darin Vermögen zusammengeführt habe, wobei offenbleiben könne, ob eigenes oder fremdes. Es gebe zahlreiche legitime Interessen, Alleinaktionär einer Gesellschaft zu sein, ohne dass dies zur Annahme einer wirtschaftlichen Identität von Alleingesellschafter und Gesellschaft führe. Die Ehefrau von C._ sei seit der Gründung der A._ AG ebenfalls einzelzeichnungsberechtigte Verwaltungsrätin. Auch sei sie neben C._ als wirtschaftlich Berechtigte der bei der Bank F._ deponierten Vermögenswerte der A._ AG geführt worden und nebst ihrem Ehemann in den Genuss von Dividenden gekommen. Selbst die Staatsanwaltschaft habe in ihrer Stellungnahme vom 29. Mai 2012 die Auffassung vertreten, die A._ AG gehöre C._ und dessen Ehefrau. Zwischen der A._ AG und C._ bestehe daher keine wirtschaftliche Identität, da auch dessen Ehefrau am Gesellschaftsvermögen wirtschaftlich berechtigt sei. Formell sei C._ zwar Alleineinaktionär. Die Vermögenswerte der Gesellschaft, deren Erträge und die ausgeschütteten Dividenden teile er wirtschaftlich jedoch mit seiner Ehefrau, ebenso wie die Leitung der Gesellschaft als Verwaltungsrat. Eine klassische Konstellation der Einmann-AG, bei der wirtschaftliche Identität von Aktionär und Gesellschaft angenommen werde, sei daher nicht gegeben. Eine Deckungs- und Ersatzforderungsbeschlagnahme bei Dritten sei nur zulässig, wenn die Voraussetzungen für einen strafrechtlichen Durchgriff gegeben seien. Dies sei vorliegend angesichts der wirtschaftlichen Berechtigung der Ehefrau von C._ nicht der Fall. Ein Durchgriff setze zudem "Identität der wirtschaftlichen Interessen" voraus. Eine solche Identität sei vorliegend nicht gegeben und werde von der Vorinstanz auch nicht festgestellt. Im angefochtenen Urteil fehle jegliche Feststellung zur Abhängigkeit der juristischen Person von der hinter ihr stehenden Person.
3.2. Gegen die erstinstanzlich ausgesprochene Einziehung der Vermögenswerte auf dem offenen Depot bei der Bank F._ im Umfang von Fr. 304'054.70 und die Beschlagnahme der verbleibenden Vermögenswerte erklärten sowohl C._ als auch die Beschwerdeführerin Berufung. Die Vorinstanz erwägt, C._ sei an der Beschwerdeführerin wirtschaftlich berechtigt. Daher seien die Vermögenswerte ihm zuzurechnen und sowohl er als auch die Beschwerdeführerin selber seien zur Berufung gegen den Beschlagnahmeentscheid legitimiert (angefochtenes Urteil E. 7.4.2 S. 141). Bei den eingezogenen Fr. 304'054.70 handle es sich gemäss dem Bezirksgericht um den nicht zurückbezahlten Betrag eines Darlehens, welches die D._ AG der Beschwerdeführerin mit deliktsverstricktem Geld gewährt habe. C._ mache diesbezüglich geltend, das Darlehen sei entgegen den Feststellungen des Bezirksgerichts bis Ende 2010 wieder zurückbezahlt worden. Wie es sich damit genau verhalte, könne offenbleiben, da nicht erstellt sei, dass die der Beschwerdeführerin gewährten Darlehen - ob letztlich vollständig zurückbezahlt oder nicht - auf das hier interessierende Depot geflossen seien. Es stehe somit nicht fest, dass es sich bei den in diesem Depot befindlichen Vermögenswerten um deliktsverstricktes Geld handle. Damit scheide eine Einziehung aus. Zulässig bleibe aber eine Ersatzforderungs- oder Deckungsbeschlagnahme. Für diese seien die Voraussetzungen erfüllt. Insbesondere lägen aufgrund der wirtschaftlichen Identität von C._ mit der Beschwerdeführerin die Voraussetzungen für einen strafrechtlichen Durchgriff vor. Die gesamten auf diesem Bankdepot liegenden Vermögenswerte würden somit der Deckungs- und Ersatzforderungsbeschlagnahme unterliegen (angefochtenes Urteil E. 7.4.3 S. 142).
Bei den drei Aktienzertifikaten der E._ AG lautend auf die Beschwerdeführerin handle es sich um nicht deliktsverstrickte Vermögenswerte, welche aber der Deckungs- und Ersatzforderungsbeschlagnahme unterlägen. Die Vorinstanz verweist hierzu auf die Ausführungen zum offenen Depot der Beschwerdeführerin bei der Bank F._ (angefochtenes Urteil E. 7.5 S. 143).
3.3.
3.3.1. Gemäss <ref-law> verfügt das Gericht die Einziehung von Vermögenswerten, die durch eine Straftat erlangt worden sind oder dazu bestimmt waren, eine Straftat zu veranlassen oder zu belohnen, sofern sie nicht dem Verletzten zur Wiederherstellung des rechtmässigen Zustandes ausgehändigt werden (Abs. 1). Die Einziehung ist ausgeschlossen, wenn ein Dritter die Vermögenswerte in Unkenntnis der Einziehungsgründe erworben hat und soweit er für sie eine gleichwertige Gegenleistung erbracht hat oder die Einziehung ihm gegenüber sonst eine unverhältnismässige Härte darstellen würde (Abs. 2). Sind die der Einziehung unterliegenden Vermögenswerte nicht mehr vorhanden, so erkennt das Gericht auf eine Ersatzforderung des Staates in gleicher Höhe, gegenüber einem Dritten jedoch nur, soweit dies nicht nach <ref-law> ausgeschlossen ist (<ref-law>).
3.3.2. Die Untersuchungsbehörden können gemäss <ref-law> im Hinblick auf die Durchsetzung der Ersatzforderung Vermögenswerte des Betroffenen mit Beschlag belegen (sog. Ersatzforderungsbeschlagnahme). Die Beschlagnahme begründet bei der Zwangsvollstreckung der Ersatzforderung kein Vorzugsrecht zu Gunsten des Staates (<ref-law>). Zusätzlich kann gemäss Art. 268 Abs. 1 lit. a und b i.V.m. <ref-law> so viel Vermögen der beschuldigten Person beschlagnahmt werden, als voraussichtlich zur Deckung der Verfahrenskosten, der Entschädigungen sowie von Geldstrafen und Bussen nötig ist (sog. Kostendeckungsbeschlagnahme).
3.3.3. Unter den Begriff des "Betroffenen" im Sinne von <ref-law> fällt nicht nur der Täter, sondern unter gewissen Voraussetzungen auch ein Dritter, der durch die Straftat auf die eine oder andere Weise begünstigt worden ist. Eine Ersatzforderungsbeschlagnahme ist nach der Rechtsprechung gegenüber "Dritten" - abgesehen von dem in Art. 70 Abs. 2 i.V.m. <ref-law> geregelten Fall - auch dann zulässig, wenn es sich beim "Dritten" um wirtschaftlich dieselbe Person handelt. Dies ist der Fall, wenn zwischen dem Aktionär (und mutmasslichen Täter) und der Gesellschaft, die er besitzt, nicht zu unterscheiden ist, und demgemäss die Voraussetzungen für einen strafprozessualen Durchgriff vorliegen. Dasselbe gilt hinsichtlich von Vermögenswerten, die wirtschaftlich betrachtet im Eigentum der beschuldigten Person stehen, weil sie etwa nur durch ein Scheingeschäft an eine "Strohperson" übertragen worden sind (<ref-ruling> E. 4.1.2 S. 64 mit Hinweisen; Urteile 1B_255/2018 vom 6. August 2018 E. 2.6; 1B_208/2015 vom 2. November 2015 E. 4.4; je mit Hinweisen). In diesen letzteren beiden Konstellationen ist nicht von der Beschlagnahme bei einem Dritten auszugehen, da der Einwand, die Beschlagnahme betreffe Vermögenswerte eines Dritten, rechtsmissbräuchlich ist (Urteil 1B_255/2018 vom 6. August 2018 E. 2.6).
3.3.4. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Die Feststellung des Sachverhalts kann vor Bundesgericht nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law>; vgl. auch <ref-law>). Offensichtlich unrichtig ist die Sachverhaltsfeststellung, wenn sie willkürlich ist (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1.1 S. 503, 241 E. 2.3.1 S. 244). Die Willkürrüge muss in der Beschwerde anhand des angefochtenen Entscheids explizit vorgebracht und substanziiert begründet werden (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1.1 S. 503). Auf eine rein appellatorische Kritik am angefochtenen Entscheid tritt das Bundesgericht nicht ein (<ref-ruling> E. 1.3 S. 30; <ref-ruling> E. 1.1 S. 156; <ref-ruling> E. 4.4 S. 354 f.; je mit Hinweisen).
3.4.
3.4.1. Die Vorinstanz stellt im angefochtenen Entscheid für die Frage der wirtschaftlichen Berechtigung an der Beschwerdeführerin auf die Aussagen von C._ an der Berufungsverhandlung ab. C._ gab an, die A._ Holding AG sei seine persönliche Gesellschaft gewesen, in welcher er Vermögen zusammengeführt habe und welche er habe weiterführen wollen (Protokoll Berufungsverhandlung vom 31. Januar 2019 S. 37). Die folgende Frage des Gerichts: "Es war immer wieder die Rede davon, dass die A._ Holding AG Ihre Firma gewesen sei. Was heisst das genau? Waren Sie Alleinaktionär damals?" beantwortete C._ mit: "Ja, die Aktien gehörten mir. Auch heute noch" (Protokoll Berufungsverhandlung vom 31. Januar 2019 S. 41). Die Vorinstanz schliesst daraus willkürfrei, C._ sei Alleinaktionär der Beschwerdeführerin. Dies entspricht dessen klaren und expliziten Aussagen im vorinstanzlichen Verfahren. Dass seine Ehefrau ebenfalls Verwaltungsrätin der Beschwerdeführerin ist, vermag dies nicht infrage zu stellen, da seit der auf den 1. Januar 2008 in Kraft getretenen Aktienrechtsrevision Verwaltungsräte nicht mehr zwingend Aktionärsstellung haben müssen (<ref-law>; aArt. 707 Abs. 1 OR in der bis am 31. Dezember 2007 gültigen Fassung). Nicht zu hören ist auch der Einwand, C._ teile die Dividenden wirtschaftlich mit seiner Ehefrau, da als Alleinaktionär einzig C._ Anspruch auf Dividenden hat.
3.4.2. C._ gab an, die Beschwerdeführerin sei seine Gesellschaft. Er habe darin Vermögen zusammengeführt. Bei der Beschwerdeführerin handelt es sich um eine reine Vermögensverwaltungsgesellschaft, deren einziger Zweck in der Verwaltung von Vermögen besteht (vgl. auch vorne E. 3.1). Solche reinen Vermögensverwaltungsgesellschaften, die keiner eigentlichen Geschäftstätigkeit nachgehen, sind in gewissen Kantonen steuerrechtlich anerkannt (Urteil 2C_379/2015 vom 29. März 2016 E. 2.5.2). Dies bedeutet jedoch nicht, dass sich C._ als Alleinaktionär der Beschwerdeführerin auch in einem Einziehungsverfahren auf die rechtliche Selbstständigkeit der ihm zuzurechnenden reinen Vermögensverwaltungsgesellschaft berufen kann. Die Vorinstanz geht zutreffend davon aus, bei der Beschwerdeführerin als reiner Vermögensverwaltungsgesellschaft seien die Voraussetzungen für einen strafprozessualen Durchgriff im Sinne der zuvor zitierten Rechtsprechung (oben E. 3.3.3) erfüllt.
Die Beschwerdeführerin beruft sich zu Unrecht darauf, sie sei nicht zu einem missbräuchlichen Zweck gegründet worden bzw. ihre Verwendung sei nicht rechtsmissbräuchlich, was gemäss der zivil- bzw. betreibungsrechtlichen Rechtsprechung des Bundesgerichts Voraussetzung für einen Durchgriff sei. Ein Durchgriff kommt nach der zivilrechtlichen Rechtsprechung in Betracht, wenn zwischen einem Schuldner und einem Dritten eine wirtschaftliche Identität besteht und wenn die Berufung auf die rechtliche Selbstständigkeit offensichtlich zweckwidrig und damit rechtsmissbräuchlich erfolgt. Der häufigste Anwendungsfall davon ist die zweckwidrige Verwendung einer juristischen Person durch einen beherrschenden Aktionär, der sein Vermögen auf die Gesellschaft überträgt, um sich seiner persönlichen Verpflichtungen aus Gesetz oder Vertrag zu entziehen (sog. aktienrechtlicher Durchgriff; <ref-ruling> E. 4.2 S. 360 f.; <ref-ruling> E. 8.3.1 ff. S. 545 ff.). Auch die zivilrechtliche Rechtsprechung stellt jedoch klar, dass ein Rechtsmissbrauch nicht voraussetzt, dass die Gesellschaftsgründung oder die Verwendung der Gesellschaft als solches bzw. der von dieser verfolgte Zweck rechtsmissbräuchlich ist. Es genügt, wenn die Berufung auf die rechtliche Selbstständigkeit der Gesellschaft im konkreten Fall rechtsmissbräuchlich erfolgt (BGE <ref-ruling> E. 8.3.2 S. 546 und E. 8.3.3 S. 547 f.). Dies ist vorliegend der Fall, weil sich die Beschwerdeführerin bzw. C._ auf die rechtliche Selbstständigkeit einer reinen Vermögensverwaltungsgesellschaft beruft, in welche er sein Vermögen einbrachte und welche keiner eigentlichen Geschäftstätigkeit nachgeht, um die strafprozessuale Beschlagnahme seines Vermögens zu verhindern.
3.4.3. Zwar ist nicht grundsätzlich ausgeschlossen, dass auch die Ehefrau von C._, welche gemäss der willkürfreien und damit verbindlichen Feststellung der Vorinstanz selber nicht Aktionärin der Beschwerdeführerin ist, eigene Vermögenswerte in die Gesellschaft einbrachte und daher Ansprüche gegenüber dieser hat. Dass und inwiefern dies der Fall war, ist jedoch in keiner Weise belegt. Die Beschwerdeführerin beschränkt sich auf den pauschalen Hinweis, wirtschaftlich berechtigt an ihren Vermögenswerten sei auch die Ehefrau von C._, ohne jedoch nähere Angaben dazu zu machen, weshalb diese als Nicht-Aktionärin formelle Ansprüche auf die beschlagnahmten Vermögenswerte haben könnte.
Damit ist nicht ersichtlich, weshalb die vorinstanzliche Feststellung willkürlich sein könnte, wonach die beschlagnahmten Aktienzertifikate der E._ AG sowie das offene Depot bei der Bank F._ wirtschaftlich dem Beschuldigten C._ als Alleinaktionär der Beschwerdeführerin zuzurechnen sind.
3.5. Die Beschlagnahme der Aktienzertifikate der E._ AG lautend auf die Beschwerdeführerin sowie des offenen Depots der Beschwerdeführerin bei der Bank F._ verstösst nach dem Gesagten nicht gegen Bundesrecht.
4.
Die Beschwerde ist abzuweisen. Die Gerichtskosten sind der Beschwerdeführerin aufzuerlegen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Aargau, Strafgericht, 1. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 15. Juni 2020
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Denys
Die Gerichtsschreiberin: Unseld