Sachverhalt:
A.
Das Bezirksgericht Zürich verurteilte X._ am 23. Mai 2016 wegen mehrfacher einfacher und qualifizierter Widerhandlung gegen das Betäubungsmittelgesetz (BetmG) in verschiedenen Anklagepunkten, Gewalt und Drohung gegen Beamte, einfacher Körperverletzung, Entwendung eines Motorfahrzeugs zum Gebrauch sowie Fahrens ohne Berechtigung zu einer teilbedingten Freiheitsstrafe von 30 Monaten, unter Anrechnung der Untersuchungshaft von 367 Tagen. Vom Vorwurf der Widerhandlung gegen das BetmG in weiteren Anklagepunkten sprach es ihn frei.
B.
Gegen diesen Entscheid erhob X._ Berufung und beantragte einen Freispruch von einigen Vorwürfen mehrfacher qualifizierter Widerhandlung gegen das BetmG. In teilweiser Gutheissung der Berufung bestrafte ihn das Obergericht des Kantons Zürich am 9. Oktober 2017 wegen mehrfacher qualifizierter Widerhandlung gegen das BetmG mit einer teilbedingten Freiheitsstrafe von 18 Monaten, unter Anrechnung der Untersuchungshaft von 367 Tagen. In einem Anklagepunkt sprach es ihn vom Vorwurf der Widerhandlung gegen das BetmG frei.
Das Obergericht hält bezüglich der vorliegend noch relevanten Anklagepunkte zusammengefasst für erwiesen, X._ habe in der Zeit vom 20. Januar bis 11. März 2015 von A._ mehrfach Kokain zwecks gewinnbringenden Weiterverkaufs erworben.
C.
X._ führt Beschwerde in Strafsachen. Er beantragt, das Urteil des Obergerichts sei teilweise aufzuheben und er sei vom Vorwurf der mehrfachen qualifizierten Widerhandlung gegen das BetmG teilweise freizusprechen. Eventualiter sei die Sache zu neuer Beurteilung an das Obergericht zurückzuweisen. X._ ersucht um unentgeltliche Rechtspflege.
D.
Das Obergericht verzichtet auf eine Vernehmlassung. Die Oberstaatsanwaltschaft des Kantons Zürich liess sich nicht vernehmen.

Erwägungen:
1.
1.1. Der Beschwerdeführer rügt eine Verletzung von Art. 141 Abs. 1, 272 Abs. 1, 277 Abs. 2 und 278 StPO. Sämtliche Erkenntnisse aus den Überwachungsmassnahmen, welche seit dem 12. Juli 2013 gewonnen worden seien, seien unverwertbar. Die Überwachung seines Post- und Fernmeldeverkehrs sei an diesem Tag beendet worden. Er vertritt den Standpunkt, zu dieser Beendigung sei es infolge nicht erfüllter Voraussetzungen einer Überwachung gekommen, und verweist dabei auf eine Mitteilung der Staatsanwaltschaft, mit welcher diese den Dienst für die Überwachung des Post- und Fernmeldeverkehrs zur Aufhebung der Überwachung zweier Rufnummern auffordert. Mangels aus den Akten ersichtlicher Verweigerung einer Genehmigung oder Verlängerung komme einzig das Fehlen der Voraussetzungen der Überwachung gemäss Art. 275 Abs. 1 lit. a StPO in Frage. Aufgrund fehlender Voraussetzungen einer Überwachung nach dem 12. Juli 2013 seien laut Art. 278 Abs. 2 StPO auch die nach diesem Zeitpunkt erhobenen Zufallsfunde unverwertbar. Es liege zudem keine Genehmigung von Zufallsfunden für den Zeitraum nach dem 12. Juli 2013 vor, weshalb die Erkenntnisse aus den Überwachungsmassnahmen nach diesem Datum nicht gegen ihn verwertbar seien.
1.2. Die Vorinstanz erwägt, ab der ersten gegen den Beschwerdeführer ergangenen Verfügung des Zwangsmassnahmengerichts vom 7. Dezember 2012 seien seine Telefonnummern überwacht worden. Die Ermittlungen im Zusammenhang mit einer weiteren Genehmigungsverfügung des Zwangsmassnahmengerichts gegen A._ vom 8. Januar 2015 beträfen den gleichen Sachverhaltskomplex. Darüber hinaus seien den Beschwerdeführer belastende Zufallsfunde ohne Befristung bewilligt worden und damit verwertbar. Entsprechend sei es nicht erforderlich, im gleichen Rahmen später erneut eine Zufallsfundgenehmigung einzuholen. Dass die Überwachung seiner Telefonanschlüsse am 12. Juli 2013 beendet worden sei, ändere an dieser Schlussfolgerung nichts. Die Verwertbarkeit von Zufallsfunden hänge nicht von der Beendigung einer früher angeordneten Überwachung dieser Person ab (vgl. angefochtenes Urteil, E. II. 1.1.3 S. 9 f.). Die Telefonkontrollprotokolle seien mit Ausnahme der Telefongespräche vom 27. Dezember 2013 (14:34:29 Uhr) und vom 20. Januar 2013 (12:11:07 Uhr), bei welchen die Unterschrift des Übersetzers fehle, verwertbar (vgl. angefochtenes Urteil, E. II. 1.2.2 S. 11).
1.3. Nach Art. 269 Abs. 1 i.V.m. Abs. 2 StPO kann eine Überwachung des Fernmeldeverkehrs angeordnet werden, wenn nebst weiteren Voraussetzungen der dringende Verdacht besteht, eine in der Bestimmung genannte Straftat (Katalogtat) sei begangen worden. Die Überwachungsanordnung bedarf der Genehmigung durch das Zwangsmassnahmengericht (Art. 272 Abs. 1 StPO). Dieses erteilt die Genehmigung für höchstens 3 Monate und kann sie ein- oder mehrmals um jeweils höchstens 3 Monate verlängern (Art. 274 Abs. 5 StPO). Ergebnisse nicht genehmigter Überwachungen sind nicht verwertbar (Art. 277 Abs. 2 StPO).
Laut Art. 278 Abs. 2 StPO können Erkenntnisse über Straftaten einer Person, die in der Überwachungsanordnung keiner strafbaren Handlung beschuldigt wird, verwendet werden, wenn die Voraussetzungen für eine Überwachung dieser Person erfüllt sind. Die Staatsanwaltschaft ordnet u.a. in solchen Fällen personeller Zufallsfunde unverzüglich die Überwachung an und leitet das Genehmigungsverfahren ein (vgl. Art. 278 Abs. 3 StPO). Das Zwangsmassnahmengericht entscheidet nach Art. 274 Abs. 2 StPO mit kurzer Begründung innert fünf Tagen. Diese Regelung für die Verwendung personeller Zufallsfunde beruht auf dem Grundsatz, dass nur jene Erkenntnisse aus einer Überwachung verwendet werden dürfen, welche auch dann hätten gewonnen werden können, wenn der Verdacht gegen eine andere Person schon zum Zeitpunkt der Überwachungsanordnung bestanden hätte (vgl. Botschaft zur Vereinheitlichung des Strafprozessrechts vom 21. Dezember 2005, BBl 2006 1085 ff., 1251 Ziff. 2.5.8.1).
Wird der Post- und Fernmeldeverkehr überwacht, ist nicht nur das Grundrecht auf Schutz der Privatsphäre der Zielperson der Überwachungsanordnung tangiert, sondern zwangsläufig stets auch jenes ihrer Kommunikationspartner. Eine Genehmigung der Überwachung der Zielperson umfasst aber deswegen nicht gleichzeitig die Überwachung des Kommunikationspartners. Für die Frage, ob ein Zufallsfund vorliegt, ist nach dem klaren Wortlaut von Art. 278 Abs. 2 StPO die gegen die Zielperson gerichtete Überwachungsanordnung entscheidend. Erkenntnisse über Straftaten von Personen, die in der Überwachungsanordnung nicht formell verdächtigt werden, sind nach dieser Bestimmung Zufallsfunde (so auch Marc Jean-Richard-dit-Bressel, in: Basler Kommentar zur StPO, 2. Aufl. 2014, N. 10 zu Art. 278 [StPO]; Niklaus Oberholzer, Grundzüge des Strafprozessrechts, 3. Aufl. 2012, N. 1209). Wird eine Person in der Überwachungsanordnung nicht individualisierbar bezeichnet und stellt sich später heraus, diese Person könnte ebenfalls eine Straftat begangen haben, handelt es sich nach dem klaren Willen des Gesetzgebers stets um einen personellen Zufallsfund. Dies gilt ebenso, wenn die Staatsanwaltschaft bereits zum Zeitpunkt der Anordnung der Überwachung einen Verdacht auch gegen diese Person hat, ihn aber in der Überwachungsanordnung nicht erkenntlich macht. Allein massgebend ist folglich, wer von der Staatsanwaltschaft als beschuldigte Person bezeichnet wird. Ohne Anordnung der Überwachung und entsprechende Genehmigung gegen eine zumindest individualisierbare Person bestünde die Gefahr einer Umgehung der Zufallsfundregelung von Art. 278 Abs. 2 StPO (vgl. Thomas Hansjakob, Überwachungsrecht der Schweiz, Kommentar zu Art. 269 ff. StPO und zum BÜPF, 2017, N. 1168).
Das Bundesgericht hat denn auch bereits in einem früheren Entscheid zu Art. 278 Abs. 2 StPO eine erneute Genehmigung des Zwangsmassnahmengerichts zur Verwendung der Erkenntnisse als notwendig erachtet, wenn sich anlässlich einer bereits genehmigten Überwachung eines Telefonanschlusses herausstellt, dass sich nebst der beschuldigten Person auch deren nicht in der Überwachungsanordnung aufgeführte Freundin aktiv an einem Betäubungsmittelhandel beteiligt. Dies gilt unabhängig davon, ob die beiden Personen demselben Drogenhändlerring angehören (Urteil 1B_211/2012 vom 2. Mai 2012 E. 2.2).
1.4.
1.4.1. Die Auffassung des Beschwerdeführers, es ergebe sich aus der gegen ihn von der Staatsanwaltschaft per 12. Juli 2013 aufgehobenen Überwachung, die Voraussetzungen einer solchen hätten nach diesem Datum nicht mehr vorgelegen, ist nicht nachvollziehbar. Dass die Staatsanwaltschaft mangels erfüllter Überwachungsvoraussetzungen den Dienst für die Überwachung des Post- und Fernmeldeverkehrs nach Art. 2 des Bundesgesetzes betreffend die Überwachung des Post- und Fernmeldeverkehrs vom 6. Oktober 2000 (BÜPF; SR 780.1) über die Beendigung der Überwachung zweier Rufnummern informierte (kant. Akten, act. 4/17), ergibt sich entgegen der Behauptung des Beschwerdeführers weder aus dieser Mitteilung noch aus einer in den Akten nicht ersichtlichen Verweigerung einer Genehmigung oder Verlängerung der Überwachung. Der Beschwerdeführer begründet denn auch nicht, weshalb die Voraussetzungen für gegen ihn gerichtete Überwachungsmassnahmen nicht mehr hätten erfüllt sein sollen. Die Wahl der sachlich gebotenen Untersuchungsführung liegt im pflichtgemässen Ermessen der Staatsanwaltschaft (vgl. Art. 16 Abs. 2 i.V.m. Art. 6 Abs. 1, Art. 139 Abs. 1 und Art. 308 Abs. 1 StPO; <ref-ruling> E. 4.4.2 S. 46). Die in Art. 275 Abs. 1 lit. a und b StPO genannten Gründe verpflichten die Staatsanwaltschaft zu unverzüglicher Beendigung einer Überwachung. Daneben kann die Staatsanwaltschaft die Überwachung unter Beachtung des strafprozessualen Verfolgungszwangs (Art. 7 StPO) in pflichtgemässen Ermessen und ohne Verpflichtung zu unverzüglichem Handeln beenden, so beispielsweise wenn sie davon ausgeht, der überwachte Anschluss werde nicht mehr verwendet, aufgrund des Beschleunigungsgebots (Art. 5 Abs. 1 StPO) oder unverhältnismässig hoher Kostenfolgen. Die Schlussfolgerung, mit der blossen Tatsache der Beendigung der Überwachung seien auch die Voraussetzungen einer solchen nicht mehr erfüllt gewesen, ist somit unzutreffend. Selbst wenn die Voraussetzungen einer Überwachung im Moment der Beendigung am 12. Juli 2013 tatsächlich nicht mehr erfüllt gewesen wären, so hiesse dies im Übrigen nicht, dass die Voraussetzungen zu einem späteren Zeitpunkt und insbesondere ab dem 19. März 2015 - beispielsweise aufgrund der weiteren Ermittlungen - nicht wieder erfüllt waren.
1.4.2. Die Rüge des Beschwerdeführers, es liege für die Verwertbarkeit der aus den Überwachungen nach dem 12. Juli 2013 resultierenden Erkenntnisse und damit implizit auch der Tatvorwürfe für den Zeitraum 20. Januar bis 11. März 2015 keine Genehmigung vor, ist indessen begründet. Die Vorinstanz stützt sich bei der Erstellung der einzelnen dem Beschwerdeführer in diesem Zeitraum vorgeworfenen Betäubungsmitteldelikte auf die Erkenntnisse der gegen A._ im Rahmen der Aktionen "OPET" und "OPET 3" angeordneten Überwachungsmassnahmen. Aufschlussreich waren in erster Linie offenbar die aus dieser Überwachung gewonnenen Inhalte von Telefongesprächen und Textnachrichten zwischen A._ und dem Beschwerdeführer (vgl. angefochtenes Urteil, E. III. 2. S. 14 und 2.2.2. ff. S. 16 ff.). Diesbezüglich genehmigte das Zwangsmassnahmengericht mit Verfügung vom 8. Januar 2015 betreffend Widerhandlung gegen das Betäubungsmittelgesetz (Aktion "OPET 3" [xxx] bzw. "OPET" [yyy]) die Verlängerung von Echtzeitüberwachungen elf verschiedener Rufnummern, darunter derjenigen, mittels welcher A._ jeweils mit dem Beschwerdeführer kommunizierte (kant. Akten, act. 35/4). In der entsprechenden vorhergehenden Überwachungsanordnung vom 7. Januar 2015 (kant. Akten, act. 35/3) werden jeweils A._ sowie eine unbekannte Person, genannt "B._", bei welcher es sich offensichtlich nicht um den Beschwerdeführer handelte (vgl. etwa angefochtenes Urteil, E. III. 2.4.3 S. 21), als beschuldigte Personen aufgeführt. Mit einer separaten Verfügung genehmigte das Zwangsmassnahmengericht ferner die Verlängerung technischer Überwachungsmassnahmen zur Standortidentifikation zweier von A._ zumindest verwendeten Personenwagen (kant. Akten, act. 35/6). Der Beschwerdeführer wird von der Staatsanwaltschaft und in der Folge vom Zwangsmassnahmengericht jeweils weder als beschuldigte Person bezeichnet noch in den Erwägungen erwähnt.
Auch in der ursprünglichen Überwachungsanordnung gegen A._ vom 17. April 2014 betreffend qualifizierte Widerhandlung gegen das Betäubungsmittelgesetz (Aktion "OPET") wird der Beschwerdeführer nicht beschuldigt (kant. Akten, act. 35/1). Dass dies in den weiteren Anordnungen bis zur genannten Verlängerung durch das Zwangsmassnahmengericht am 8. Januar 2015 der Fall war, lässt sich dem angefochtenen Entscheid und soweit ersichtlich auch den Akten nicht entnehmen. Folglich handelt es sich um Zufallsfunde nach Art. 278 Abs. 2 StPO, soweit aus den genannten Überwachungsmassnahmen Erkenntnisse über Straftaten des in der Überwachungsanordnung nicht beschuldigten Beschwerdeführers erlangt wurden. Für die Verwertung der Erkenntnisse über die Straftaten des Beschwerdeführers war deshalb eine Genehmigung erforderlich.
Daran ändert entgegen dem Standpunkt der Vorinstanz ebenso wenig, dass das Zwangsmassnahmengericht bereits mit Verfügung vom 7. Dezember 2012 betreffend Widerhandlung gegen das Betäubungsmittelgesetz (Aktion "FIDES" [zzz]) die Verwendung der aus der Überwachung gegen die "neu beschuldigte unbekannte Person", genannt "C._", welche sich später als der Beschwerdeführer herausstellte, belastenden Erkenntnissen genehmigte (vgl. kant. Akten, act. HD 4/4). Das Zwangsmassnahmengericht genehmigte zwar die Verlängerung dieser Überwachungsmassnahme (vgl. etwa kant. Akten, act. HD 4/8). Die Staatsanwaltschaft hob jedoch am 12. Juli 2013 die gegen den Beschwerdeführer angeordnete Überwachung von zwei Mobiltelefonnummern wieder auf (kant. Akten, act. 4/17). Art. 278 Abs. 2 StPO stellt auf Straftateneiner Person, die in der Anordnung keiner strafbaren Handlung beschuldigt wird und nicht etwa auf durch eine solche Person begangene Tatbestände ab (vgl. auch Thomas Hansjakob, Überwachungsrecht der Schweiz, Kommentar zu Art. 269 ff. StPO und zum BÜPF, 2017, N. 1131). Die späteren Überwachungsanordnungen und Genehmigungsverfügungen ab April 2014 bis Januar 2015 betreffen nicht nur andere beschuldigte Personen und Rufnummern, sondern offensichtlich auch andere Straftaten. Damit sind die Erkenntnisse über Taten des Beschwerdeführers im Zeitraum 20. Januar bis 11. März 2015 unabhängig davon, ob diese unter dieselben Tatbestände wie frühere Taten fallen, Zufallsfunde im Sinne der genannten Bestimmung.
Im Zusammenhang mit der Genehmigungsverfügung vom 7. Dezember 2012 betreffend Widerhandlung gegen das Betäubungsmittelgesetz bestand ferner ein Verdacht auf einen "Handel mit grossen Mengen von Betäubungsmitteln". Ein Hinweis auf gewerbsmässige Tätigkeit ist der Genehmigungsverfügung, dem entsprechenden Überwachungsantrag sowie dem Verwertungsgesuch der Staatsanwaltschaft hingegen nicht zu entnehmen (vgl. kant. Akten, act. 4/4 und 4/2). Die Vorinstanz wirft dem Beschwerdeführer im Zusammenhang mit den späteren und beschwerdegegenständlichen Delikten desgleichen keine gewerbsmässige Tätigkeit, sondern den Kauf einer Bruttomenge von mindestens 95 Gramm Kokain vor (angefochtenes Urteil, E. IV. S. 29). Dieser Vorwurf fällt unter Art. 19 Abs. 2 lit. a BetmG (Gefährdung der Gesundheit vieler Menschen; so auch die rechtliche Qualifikation gemäss Anklage vom 28. Januar 2016, S. 5). Anders als etwa bei einer gewerbsmässigen Tätigkeit im Sinne von Art. 19 Abs. 2 lit. c BetmG drängt sich bei diesem Vorwurf kein Kollektivdelikt auf, dessen nicht bekannte Einzeltaten im Gesamtdelikt aufgingen und das Vorliegen eines Zufallsfunds ausschliessen würden (vgl. dazu Urteil 6B_795/2014 vom 6. Januar 2015 E. 2.5 mit Hinweisen). Mithin wurde die Verwertung der Erkenntnisse der Taten des Beschwerdeführers im Zeitraum 19. Januar bis 11. März 2015 trotz entsprechender Notwendigkeit nicht genehmigt.
1.4.3. Ob es sich bei Art. 278 Abs. 3 StPO um eine Gültigkeitsvorschrift handelt und ob Zufallsfunde ohne Genehmigung absolut unverwertbar sind, hat das Bundesgericht zuletzt offengelassen (Urteil 6B_795/2014 vom 6. Januar 2015 E. 2.6). aArt. 9 Abs. 3 BÜPF sah noch ein ausdrückliches Verwertungsverbot für rechtswidrig erlangte Zufallsfunde vor. Im Zuge der Überführung in die Strafprozessordnung veränderte der Gesetzgeber indessen diese Bestimmung. Art. 278 Abs. 4 StPO sieht lediglich noch vor, dass Aufzeichnungen, die nicht als Zufallsfunde verwendet werden dürfen, gesondert von den Verfahrensakten aufzubewahren und erst nach Abschluss des Verfahrens zu vernichten sind. Gemäss Art. 141 Abs. 1 Satz 2 StPO sind Beweise aber nicht verwertbar, wenn die Strafprozessordnung einen Beweis als unverwertbar bezeichnet. Art. 277 Abs. 2 StPO sieht ein solches Beweisverwertungsverbot für Erkenntnisse aus nicht genehmigten Überwachungen ausdrücklich vor. Da nicht nur für die Anordnung einer Überwachung eine Genehmigung erforderlich ist, sondern laut Art. 278 Abs. 3 StPO die Staatsanwaltschaft auch in Fällen von Zufallsfunden unverzüglich das Genehmigungsverfahren einzuleiten hat, sind nicht zur Verwertung genehmigte Zufallsfunde gleichfalls absolut unverwertbar im Sinne von Art. 277 Abs. 2 StPO. Dies ungeachtet der unterschiedlichen Folge was den Zeitpunkt der Vernichtung von Zufallsfundaufzeichnungen nach Art. 278 Abs. 4 StPO und von Dokumenten und Datenträgern aus nicht genehmigten Überwachungen nach Art. 277 Abs. 1 StPO betrifft. Die in Art. 278 Abs. 4 StPO im Gegensatz zu Art. 277 Abs. 1 StPO nicht sofortige, sondern erst nach Abschluss des Verfahrens vorgesehene Vernichtung ist darin begründet, dass sich einzelne Überwachungsergebnisse mit Zufallsfunden gleichzeitig auf verwertbare Funde beziehen können und den Parteien ermöglicht wird, nachzuvollziehen, ob die Ausscheidung durch die Staatsanwaltschaft zu Recht erfolgte und unverwertbare Erkenntnisse nicht doch auf Umwegen Eingang in die Untersuchung gefunden haben (Thomas Hansjakob, Überwachungsrecht der Schweiz, Kommentar zu Art. 269 ff. StPO und zum BÜPF, 2017, N. 1189).
Nichts anderes ergibt sich bei Betrachtung der gesetzgeberischen Überführung der strafprozessualen Bestimmungen des BÜPF in die Schweizerische Strafprozessordnung. Die Botschaft schlug Änderungen nur dort vor, wo sie zur Integrierung notwendig waren, namentlich bei der Bezeichnung der Behörden und der Verfahrensabschnitte. Sodann wurde der Harmonisierung mit der Regelung anderer Zwangsmassnahmen, insbesondere der verdeckten Ermittlung, Beachtung geschenkt. Schliesslich sollten Unklarheiten und von der Lehre kritisierte Unzulänglichkeiten behoben werden, soweit sich diese Kritik als berechtigt erwies. Die Regelung für die Verwendung von Zufallsfunden wurde im Vergleich zu jener in aArt. 9 BÜPF zwar dennoch verändert, dies aber ausschliesslich im Sinne einer Verschärfung. Auf die betreffenden strengeren materiellen Voraussetzungen der Verwendung eines Zufallsfunds bei einer neu entdeckten Straftat gegen die Zielperson der Überwachung weist die Botschaft denn auch ausdrücklich hin (vgl. Botschaft zur Vereinheitlichung des Strafprozessrechts vom 21. Dezember 2005, BBl 2006 1085 ff., 1248 und 1251 Ziff. 2.5.8.1). Hinweise für eine weniger restriktive Handhabung von Zufallsfunden, mit welcher eine neue Qualifikation der Genehmigungspflicht als blosse Ordnungsvorschrift einhergehen würde, sind der Botschaft demgegenüber nicht zu entnehmen. Es ist deshalb davon auszugehen, dass die neue Formulierung in Art. 278 Abs. 2 StPO keine Änderung der Folge der Unverwertbarkeit nicht genehmigter Zufallsfunde herbeiführen sollte und nicht genehmigte Zufallsfunde im Sinne von Art. 278 StPO auch nach Inkrafttreten der Schweizerischen Strafprozessordnung absolut unverwertbar sind. Für eine Interessenabwägung nach Art. 141 Abs. 2 StPO besteht damit kein Raum. Die Lehre vertritt überwiegend ebenfalls diese Ansicht (Schmid/Jositsch, Handbuch des schweizerischen Strafprozessrechts, 3. Aufl. 2017, N. 1160; Moreillon/Parein-Reymond, Petit commentaire CPP, 2. Aufl. 2016, N. 13 zu Art. 278; Mark Pieth, Schweizerisches Strafprozessrecht, 3. Aufl. 2016, S. 167; Thomas Hansjakob, Überwachungsrecht der Schweiz, Kommentar zu Art. 269 ff. StPO und zum BÜPF, 2017, N. 1120; Ders. in: Kommentar zur Schweizerischen Strafprozessordnung [StPO], Donatsch/Hansjakob/Lieber [Hrsg.], 2. Aufl. 2014, N. 24 zu Art. 278; Donatsch/Schwarzenegger/Wohlers, Strafprozessrecht, 2. Aufl. 2014, S. 236; Franz Riklin, StPO Kommentar, Schweizerische Strafprozessordnung [...], 2. Aufl. 2014, N. 2 zu Art. 278; Niklaus Oberholzer, Grundzüge des Strafprozessrechts, 3. Aufl. 2012, N. 1211; einschränkend Marc Jean-Richard-dit-Bressel, in: Basler Kommentar zur StPO, 2. Aufl. 2014, N. 29 f. zu Art. 278 [StPO]; Bacher/Zufferey, in: Kuhn/Jeanneret [Hrsg.], Commentaire romand CPP, 2011, N. 18 zu Art. 278; Schmid/Jositsch, Schweizerische Strafprozessordnung [StPO], Praxiskommentar, 3. Aufl. 2018, N. 11 zu Art. 278).
1.5. Demzufolge ist die Beschwerde begründet. Die Vorinstanz, an welche die Sache zurückzuweisen ist, wird unter Ausserachtlassung der rechtswidrig erlangten Beweise zu beurteilen haben, ob auch die dem Beschwerdeführer im Zeitraum vom 20. Januar bis 11. März 2015 vorgeworfenen Straftaten rechtsgenüglich erstellt werden können.
2.
Die Beschwerde ist gutzuheissen, soweit darauf eingetreten werden kann. Das Urteil der Vorinstanz vom 9. Oktober 2017 ist aufzuheben und die Sache zu neuer Entscheidung an diese zurückzuweisen (Art. 107 Abs. 2 BGG).
Für das bundesgerichtliche Verfahren sind keine Kosten zu erheben (Art. 66 Abs. 4 BGG). Der Beschwerdeführer hat Anspruch auf eine angemessene Parteientschädigung (Art. 68 Abs. 2 BGG). Diese ist angesichts seiner Bedürftigkeit praxisgemäss seinem Rechtsvertreter auszurichten. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege ist gegenstandslos geworden.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird gutgeheissen, soweit darauf eingetreten wird. Das Urteil des Obergerichts des Kantons Zürich vom 9. Oktober 2017 wird aufgehoben und die Sache zu neuer Entscheidung an die Vorinstanz zurückgewiesen.
2.
Es werden keine Kosten erhoben.
3.
Der Kanton Zürich hat dem Vertreter des Beschwerdeführers, Rechtsanwalt Torsten Kahlhöfer, eine Parteientschädigung von Fr. 3'000.-- zu bezahlen.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Zürich, II. Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 25. Juni 2018
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Denys
Der Gerichtsschreiber: Weber