Faits :
A.
A.a. Le 9 octobre 2009, Z._ SA, société active dans la prise de participation d'entreprises (ci-après: la propriétaire ou la demanderesse), est devenue propriétaire de l'immeuble litigieux qu'elle a acquis de A._ selon acte notarié du 10 septembre 2009.
La propriétaire a loué l'immeuble, comprenant des locaux commerciaux et un appartement de fonction, à la société U._ SA, qui était active dans l'horlogerie et dont A._ était administrateur ou gérant, par contrat des 7 septembre/5 novembre 2009. Le loyer mensuel a été fixé au montant de 5'830 fr. (+ frais accessoires). Selon l'art. 9 de ce contrat, la locataire était autorisée à sous-louer les locaux à n'importe quelles conditions, sans avoir à requérir le consentement du bailleur ni avoir l'obligation de lui indiquer les conditions de la sous-location.
La locataire a concédé le droit d'utiliser les locaux à titre gratuit à trois sociétés, L._ SA, M._ Sàrl et N._ SA, dont A._ était administrateur ou gérant. B._, directeur de U._ SA, a attesté le 1er septembre 2011 que la première des sociétés pouvait rester comme sous-locataire sans le paiement d'une location, puis le 30 novembre 2011, il a établi une attestation similaire au profit de la deuxième société. La troisième société, qui n'a été créée que le 26 novembre 2013 ne bénéficie pas d'une telle attestation, mais elle a été inscrite comme ayant son adresse dans les locaux.
Les trois sociétés ont fusionné le 9 juin 2016 et sont devenues X._ SA, à.... Par souci de simplification, on ne parlera plus désormais que de la société (ci-après: la sous-occupante ou la défenderesse).
A.b. La faillite de la société locataire a été prononcée le 10 décembre 2013.
La propriétaire bailleresse a résilié le bail principal sur formule officielle adressée à l'Office des faillites le 31 mars 2014, avec effet au 30 avril 2014. Le congé n'a pas été contesté par l'administration de la faillite de la locataire.
La propriétaire a produit sa créance d'arriérés de loyer pour la période du 1er décembre 2011 au 30 juin 2014 dans la faillite de la locataire, soit 181'350 fr. (31 mois à 5'850 fr.) et 13'116 fr. 85 à titre d'intérêts, laquelle a été admise à l'état de collocation pour 188'838 fr. Le dividende des créances de première classe était estimé à 50% et celui des créances de 3e classe à zéro.
A.c. Il n'est pas établi que la locataire aurait résilié le contrat de prêt de la société sous-occupante. Il n'est pas non plus établi que la propriétaire aurait consenti à ce que la société sous-occupante demeure dans les locaux au-delà du 30 avril 2014.
A.d. Le 16 juin 2014, la propriétaire a adressé au Tribunal régional du Littoral et du Val-de-Travers une requête de mesures provisionnelles à l'encontre de la société sous-occupante pour obtenir son évacuation de l'immeuble.
Par ordonnance de mesures provisionnelles du 31 juillet 2014, le tribunal a ordonné à la société de quitter les lieux dans un délai de 20 jours. Statuant sur l'appel de celle-ci, la Cour d'appel civile a en réalité considéré, en dépit des termes utilisés dans le dispositif de son arrêt, que la société sous-occupante pouvait rester à titre provisoire jusqu'à droit connu sur le fond (arrêt cantonal ainsi interprété par l'arrêt 4A_90/2015 du 1er avril 2015 consid. 1.3).
Saisi d'une nouvelle requête de mesures provisionnelles de la requérante, le tribunal l'a rejetée par ordonnance du 20 mai 2015. Au cours de la procédure d'appel, les parties ont trouvé un accord en ce sens que la société s'est engagée à quitter les locaux d'ici au 31 août 2015, les prétentions en indemnisation pour occupation illicite des locaux étant expressément réservées.
La société a quitté les lieux conformément à cet accord.
B.
Dans l'intervalle, le 3 octobre 2014, par demande adressée au Tribunal civil régional du Littoral et du Val-de-Travers dans le délai fixé par ordonnance de mesures provisionnelles, la propriétaire avait ouvert une action en revendication contre la société sous-occupante. Sa demande comprend également une action en indemnisation pour occupation illicite des locaux, laquelle tend en définitive à la condamnation de la sous-occupante à lui payer le montant de 200 fr. par jour effectif d'occupation, soit 97'600 fr, avec intérêts à 5% l'an pour la période du 1er mai 2014 au 31 août 2015, et un montant de 8'640 fr. avec intérêts à 5% l'an dès le dépôt de la demande pour ses frais d'avocat avant-procès en vertu de l'art. 41 CO.
La défenderesse ayant quitté les locaux le 31 août 2015, elle ne conclut plus désormais qu'au rejet de la demande d'indemnité, considérant avoir occupé licitement les locaux.
Par jugement du 20 avril 2017, le tribunal a condamné la société sous-occupante à payer à la bailleresse le montant de 106'240 fr. avec intérêts à 5% l'an dès le 1er janvier 2015 sur 97'600 fr.et dès le 3 octobre 2014 sur 8'460 fr. Le montant de 97'600 fr. correspond à 488 jours à 200 fr. pour occupation illicite des locaux du 1er mai 2014 au 31 août 2015 et le montant de 8'640 fr. est alloué pour les frais de défense avant-procès de la demanderesse. En bref, le premier juge a retenu que la société ne pouvait ignorer que sa présence dans les locaux au-delà du 30 avril 2014 posait problème, que la propriétaire n'avait pas consenti à ce qu'elle occupe les locaux au-delà de l'échéance du bail principal, qu'après la résiliation de celui-ci, la société ne pouvait plus se prévaloir du droit d'usage gratuit que lui avait concédé la locataire, même si celle-ci ne l'avait pas dénoncé, que son occupation était donc illicite pour la période du 1er mai 2014 au 31 août 2015 et qu'elle lui devait donc une indemnité en vertu de l'art. 41 CO.
Statuant le 15 août 2018, la Cour d'appel civile du Tribunal cantonal du canton de Neuchâtel a partiellement admis l'appel de la sous-occupante défenderesse et a réduit le montant qu'elle doit payer à la propriétaire au montant de 88'200 fr. avec intérêts à 5% l'an dès le 18 mars 2015, l'occupation n'ayant été illicite que du 16 juin 2014 au 31 août 2015. S'écartant de l'argumentation juridique du premier juge, la cour cantonale a considéré que le droit d'utiliser les locaux à titre gratuit, bien qu'il soit un droit personnel non opposable au propriétaire, n'avait pas pris fin avec l'expiration du bail principal résilié mais seulement à partir du moment où la propriétaire a déposé sa requête de mesures provisionnelles en évacuation de la sous-occupante.
C.
Contre cet arrêt, la défenderesse a interjeté un recours en matière civile au Tribunal fédéral le 19 septembre 2018, concluant à sa réforme en ce sens qu'il soit constaté qu'elle occupait licitement les locaux et, partant, qu'elle ne doit aucune indemnité à la propriétaire en relation avec l'occupation des locaux. En bref, elle soutient que la résiliation du bail principal laisse subsister le contrat de prêt gratuit qui lui avait été accordé et que, faute de résiliation de celui-ci par la locataire, elle était en droit de demeurer dans les locaux. En conséquence, elle estime ne devoir aucune indemnité pour la période litigieuse.
La propriétaire n'a pas été invitée à répondre au recours.

Considérant en droit :
1.
La présente cause ayant trait, comme on le verra (cf. infra consid. 4.3 et 5.3), au paiement d'une indemnité d'occupation due en vertu de l'art. 940 CC qui régit la responsabilité du possesseur, la valeur litigieuse minimale entrant en considération pour que soit ouverte la voie du recours en matière civile est de 30'000 fr. (art. 74 al. 1 let. b LTF). En l'espèce, la valeur litigieuse dépasse largement ce seuil.
Interjeté en temps utile (art. 100 al. 1 LTF), par la société sous-occupante des locaux qui a succombé dans ses conclusions libératoires (art. 76 al. 1 LTF), contre une décision rendue sur appel par le tribunal supérieur du canton (art. 75 LTF) dans une affaire civile (art. 72 al. 1 LTF), le recours en matière civile est donc recevable à cet égard.
2.
2.1. Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF). Il ne peut s'en écarter que si ces faits ont été établis de façon manifestement inexacte - ce qui correspond à la notion d'arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (<ref-ruling> consid. 4.1.2; <ref-ruling> consid. 5.1) - ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (art. 105 al. 2 LTF), et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1 LTF).
Concernant l'appréciation des preuves, le Tribunal fédéral n'intervient, du chef de l'art. 9 Cst., que si le juge du fait n'a manifestement pas compris le sens et la portée d'un moyen de preuve, a omis sans raisons objectives de tenir compte des preuves pertinentes ou a effectué, sur la base des éléments recueillis, des déductions insoutenables (<ref-ruling> consid. 4.2; <ref-ruling> consid. 4.2).
La critique de l'état de fait retenu est soumise au principe strict de l'allégation énoncé par l'art. 106 al. 2 LTF (<ref-ruling> consid. 2.3 p. 266 et les références). La partie qui entend attaquer les faits constatés par l'autorité précédente doit expliquer clairement et de manière circonstanciée en quoi ces conditions seraient réalisées (<ref-ruling> consid. 1.3.1 p. 18 et les références). Si la critique ne satisfait pas à ces exigences, les allégations relatives à un état de fait qui s'écarterait de celui de la décision attaquée ne pourront pas être prises en considération (<ref-ruling> consid. 1.3.1 p. 18). Les critiques de nature appellatoires sont irrecevables (<ref-ruling> consid. 1.3 p. 261 s.).
Le complètement de l'état de fait ne relève pas de l'arbitraire - un fait non constaté ne peut pas être arbitraire, c'est-à-dire constaté de manière insoutenable -, mais si un fait omis est juridiquement pertinent, le recourant peut obtenir qu'il soit constaté s'il démontre qu'en vertu des règles de la procédure civile, l'autorité précédente aurait objectivement pu en tenir compte et s'il désigne précisément les allégués et les offres de preuves qu'il lui avait présentés, avec référence aux pièces du dossier (art. 106 al. 2 LTF; <ref-ruling> consid. 2).
2.2. Sous réserve de la violation des droits constitutionnels (art. 106 al. 2 LTF), le Tribunal fédéral applique le droit d'office (art. 106 al. 1 LTF). Il n'est toutefois lié ni par les motifs invoqués par les parties, ni par l'argumentation juridique retenue par l'autorité cantonale; il peut donc admettre le recours pour d'autres motifs que ceux invoqués par le recourant, comme il peut le rejeter en opérant une substitution de motifs (<ref-ruling> consid. 1.4 et l'arrêt cité).
3.
Lorsque la recourante fait valoir que la propriétaire a acheté l'immeuble en 2009 en sachant que les deux sociétés auxquelles elle a succédé y avaient leur siège depuis 2006 et 2007 et y étaient concrètement établies, que la propriétaire a accepté cet état de choses et que l'arrêt ne le constate pas, ce dont elle déduit que la propriétaire avait consenti à sa présence dans les locaux au-delà du 30 avril 2014, elle modifie l'état de fait de l'arrêt attaqué sans se prévaloir conformément aux exigences des art. 97 al. 1 et 106 al. 2 LTF de constatation arbitraire ou incomplète des faits.
Il n'y a donc pas lieu de s'écarter des constatations de fait de l'arrêt cantonal.
4.
Avant d'examiner la question de la restitution des locaux et de l'indemnisation pour occupation " illicite " dans les rapports entre le propriétaire et le sous-occupant à titre gratuit, auquel le locataire a cédé gratuitement l'usage des locaux, il y a lieu de rappeler la jurisprudence relative à cette même question dans les rapports entre le propriétaire/bailleur et le locataire, puis entre le propriétaire et le sous-locataire au sens de l'art. 262 CO.
4.1. Dans les rapports entre le propriétaire/bailleur et le locataire
Lorsque le locataire demeure dans les locaux après la fin du bail, le propriétaire bailleur dispose de l'action contractuelle en restitution des locaux fondée sur l'art. 267 al. 1 CO. Il dispose également de l'action réelle en revendication de l'art. 641 al. 2 CC.
S'inspirant du droit allemand, la jurisprudence a accordé au bailleur une indemnité pour occupation des locaux dès l'expiration du contrat, admettant un rapport de fait assimilable au bail, au motif qu'il serait inéquitable que celui qui doit ainsi laisser l'usage de la chose au locataire contre sa volonté après la fin du bail soit plus mal placé que le bailleur qui le lui permet pendant le bail; en particulier, il serait choquant qu'il ne dispose que d'une créance en dommages-intérêts et doive prouver un dommage, dont la preuve serait difficile à rapporter dans certaines circonstances (ATF 63 II 368 consid. 3 p. 372; <ref-ruling> consid. 3b/bb; <ref-ruling> consid. 2; cf. la critique de B. HÜRLIMANN/KAUP, Grundfragen des Zusammenwirkens von Miete und Sachenrecht, 2008, n. 301 ss, qui considère que le même résultat pouvait être atteint par application de l'art. 940 CC; imprécis: arrêts 4A_456/2012 du 4 décembre 2012 consid. 2.1 publié in SJ 2013 I p. 525; 4A_463/2014 du 23 janvier 2015 consid. 3 publié in Pra 2015 p. 683; 4A_208/2015 du 12 février 2016 consid. 4.2). Cette solution du rapport contractuel de fait assimilable à un bail ne devrait toutefois être appliquée que dans des situations particulières (ATF <ref-ruling> consid. 3b/bb). Cette jurisprudence n'interdit pas au bailleur de faire valoir un dommage supplémentaire conformément aux art. 102 ss CO (cf. ATF <ref-ruling> consid. 2.1).
En revanche, si le bailleur, en demeure de reprendre les locaux loués, les laisse délibérément à disposition du locataire, c'est en vertu des règles sur l'enrichissement illégitime que celui-ci devra une compensation financière pour avoir continué à les utiliser après l'extinction du bail (ATF <ref-ruling> consid. 3b/cc).
Autre serait la situation du locataire qui agit en annulation de la résiliation et en prolongation du bail (à moins que son action soit d'emblée dépourvue de chances de succès), car le locataire a alors la possession des locaux en vertu de la loi - relation contractuelle de fait -, et l'art. 940 CC ne s'applique pas, l'indemnisation due contractuellement ayant la priorité.
4.2. Dans les rapports entre le propriétaire et le sous-locataire
La sous-location est un contrat par lequel le locataire cède, moyennant le paiement d'un loyer, l'usage de la chose louée à un tiers (le sous-locataire) avec le consentement du bailleur (art. 262 al. 1 CO); le bailleur ne peut refuser son consentement que dans les hypothèses visées par l'art. 262 al. 2 CO. La sous-location est un contrat de bail à part entière, distinct du bail principal. Il n'en est toutefois pas totalement indépendant. Dans un contrat de bail, le bailleur s'engage à céder l'usage de la chose (art. 253 CO), ce qui suppose qu'il soit lui-même titulaire de ce droit d'usage. Dans le cas d'une sous-location, il est évident que le sous-bailleur ne peut pas transférer plus de droits qu'il n'en a lui-même.
Si le bail principal s'éteint, le sous-bailleur se trouve dans l'impossibilité de fournir sa prestation au sous-locataire. Dès lors que le droit d'usage ne lui est plus valablement cédé (personne ne peut céder plus de droits qu'il n'en possède), le sous-locataire doit restituer la chose au propriétaire. L'art. 273b al. 1 CO précise d'ailleurs que la sous-location ne peut pas être prolongée au-delà du bail principal (<ref-ruling> consid. 2.1.2 et les références).
Il découle de cette jurisprudence qu'il n'y a pas de relation contractuelle entre le propriétaire bailleur et le sous-locataire (cf. TERCIER/BIERI/CARRON, Les contrats spéciaux, 5e éd. 2016, n. 1858 et 1865) et que le propriétaire n'a pas à attendre que le locataire résilie le contrat de sous-location en respectant des délais et termes (cf. HÜRLIMANN/KAUP, op. cit., n. 194 p. 76). Le propriétaire ne dispose que d'une action en revendication contre le sous-locataire lorsqu'il veut obtenir la libération des locaux de la part de celui-ci. Ce n'est que dans trois cas limitativement énumérés par la loi qu'un lien contractuel entre le bailleur et le sous-locataire et donc une action contractuelle du premier contre le second sont admis, à savoir en cas d'utilisation de la chose non conforme à l'usage prévu dans le bail principal (art. 262 al. 3 2e phr. CO), pour l'exercice du droit de rétention en matière de bail commercial (art. 268 al. 2 CO) et en cas de sous-location fictive (art. 273b al. 2 CO) (cf. TERCIER/BIERI/CARRON, op. cit., n. 1865 ss).
Il découle également de cette jurisprudence que la résiliation du bail principal est opposable au sous-locataire et que c'est bien à partir de l'expiration du bail principal que le propriétaire a droit à la restitution des locaux de la part du sous-locataire. Par conséquent, le propriétaire peut réclamer une indemnité au sous-locataire possesseur qui continue d'utiliser les locaux après l'expiration du bail principal en sachant que le bailleur n'entend pas lui en céder l'usage gratuitement car il est alors de mauvaise foi, en vertu de l'art. 940 CC (ATF <ref-ruling> consid. 3b/cc p. 442 in fine; cf. MICHEL DUCROT, Des usagers indésirables dans les locaux d'habitations ou commerciaux: le locataire après la fin du bail et le sous-locataire non autorisé, in Séminaire sur le droit du bail, 2006, p. 26).
Il n'y a pas lieu d'examiner ici la question d'une sous-location non autorisée et qui n'avait pas à être autorisée (art. 262 al. 1 et 2 CO) et ses effets sur le droit à posséder (art. 927 CC; cf. HÜRLIMANN-KAUP, op. cit., 184 et 193 avec références, pour laquelle il y a usurpation de la possession par le sous-locataire).
Autre est la question de la responsabilité contractuelle du locataire envers le sous-locataire, qui doit restituer la chose avant l'expiration du contrat de sous-location et qui peut donc demander au locataire/sous-bailleur des dommages-intérêts pour inexécution partielle du contrat de sous-location (art. 97 CO) (<ref-ruling> consid. 2.1.2). Autre est également la question de la responsabilité contractuelle du locataire envers le bailleur pour le dommage consécutif à la violation, par le sous-locataire (comme auxiliaire du locataire conformément à l'art. 101 al. 3 CO), de son obligation de restituer la chose louée à la fin du bail (<ref-ruling> consid. 2b).
4.3. Dans les rapports entre le propriétaire et le sous-occupant à titre gratuit
Le prêt à usage se distingue de la location par le fait que la cession de l'usage des locaux est gratuite (art. 305 CO; TERCIER/BIERI/CARRON, op. cit., n. 2453). De même, le prêt à usage consenti par le locataire se distingue de la sous-location par le fait que l'usage des locaux concédé à l'emprunteur (ci-après: le sous-occupant) a lieu gratuitement.
Comme en matière de sous-location, la résiliation du bail principal est opposable au sous-occupant et, dès son expiration, celui-ci doit restituer les locaux au propriétaire.
Il n'y a pas de relation contractuelle entre le propriétaire bailleur et le sous-occupant. Comme à l'encontre du sous-locataire, le propriétaire ne dispose que d'une action en revendication pour récupérer ses locaux (art. 641 al. 2 CC).
Comme au sous-locataire, il peut réclamer au sous-occupant possesseur qui continue d'utiliser les locaux après l'expiration du bail principal en sachant que le bailleur n'entend pas lui en céder l'usage gratuitement (i.e. de mauvaise foi) une indemnité en vertu de l'art. 940 CC.
5.
En l'espèce, il résulte des constatations de fait de l'arrêt attaqué que la locataire a cédé gratuitement l'usage des locaux à la société sous-occupante. La question de savoir si l'autorisation donnée par le propriétaire/bailleur de sous-louer à n'importe quelle condition recouvre la cession à titre gratuit, qui ne peut être qualifiée de sous-location puisque, par définition, celle-ci a lieu contre rémunération, peut demeurer ouverte.
Le bail principal a été valablement résilié avec effet au 30 avril 2014. La sous-occupante est demeurée dans les locaux jusqu'au 31 août 2015.
5.1. Dans un premier grief, la recourante sous-occupante soutient que son prêt à usage gratuit n'a pas été résilié, que son droit d'usage gratuit est un droit personnel, concédé par la locataire et auquel la propriétaire avait consenti, qu'il est donc opposable à la propriétaire, et qu'il n'a donc pas pris fin avec la résiliation du bail principal. Elle sous-entend ainsi qu'elle avait le droit de continuer à utiliser gratuitement les locaux tant que son prêt n'était pas résilié par la locataire.
Ce faisant, elle se fonde sur les rapports contractuels entre elle et la locataire, mais méconnaît qu'il n'existe aucune relation contractuelle entre le propriétaire et les sous-locataires ou sous-occupants qui tirent leur droit d'usage du locataire. Elle ignore que, comme cela résulte de la jurisprudence rendue en matière de sous-location, le droit d'usage du sous-locataire s'éteint lorsque le bail principal prend fin. Or, cela vaut a fortiori pour le droit d'usage du simple sous-occupant à titre gratuit.
A cet égard, il est sans pertinence de savoir si la locataire avait ou non le droit de conclure une " sous-location gratuite "; il est d'ailleurs acquis, faute pour la recourante de démontrer l'arbitraire (art. 97 al. 1 et 106 al. 2 LTF), qu'ensuite de la faillite de la locataire au début décembre 2013, la défenderesse savait que son occupation des lieux était problématique et que la propriétaire ne consentait pas à ce qu'elle demeure dans les locaux.
5.2. Dans un deuxième grief, subsidiaire, la recourante soutient, dans l'hypothèse où il serait admis que la propriétaire avait le droit de récupérer son bien à partir - comme l'a retenu la cour cantonale - du dépôt de sa requête de mesures provisionnelles du 16 juin 2014, qu'un délai aurait dû lui être accordé pour quitter les locaux, délai qui, au vu de son activité et de la présence de machines dans les locaux, devait être de six mois pour un terme échéant un 1er avril, un 1er juillet ou un 1er octobre.
Par ce grief, la recourante ne fait que reprendre sa précédente critique, soit celle de l'opposabilité au propriétaire du sous-contrat d'usage gratuit dont elle bénéficie de la part de la locataire. A la suite de la cour cantonale, qui se réfère à tort à LACHAT (Le droit du bail à loyer p. 87 et La sous-location, in SJ 1992 p. 469 ss, p. 481), elle confond les rapports qui existeraient entre le propriétaire et son cocontractant direct/occupant à titre gratuit, et ceux entre le propriétaire et le cocontractant/occupant à titre gratuit du locataire.
5.3. Dans un troisième grief, la recourante invoque la violation de l'art. 41 CO. Elle soutient que c'est la locataire qui est responsable du dommage subi par la propriétaire. Aucune faute, ni aucun comportement illicite ne pourrait lui être reproché puisqu'elle aurait un droit juridique valable à occuper l'immeuble. Son occupation des locaux ne serait pas illicite puisqu'elle reposerait sur une cause valable, soit un contrat de prêt à usage conclu avec la locataire, lequel n'a pas été résilié.
Par cette critique, la recourante se fonde à nouveau sur son contrat de prêt gratuit, dont on a admis qu'il n'était pas opposable au propriétaire.
Certes, le fondement de l'indemnité pour occupation illégitime ne repose pas sur l'art. 41 CO, contrairement à ce qu'a écrit la cour cantonale (dans ce sens également LACHAT, op. cit., p. 579) : il ne faut pas confondre l'occupation illicite, laquelle présuppose la violation d'une norme de comportement (une usurpation au sens de l'art. 927 CC), de l'occupation illégitime qui découle du fait que le titre à posséder n'existe pas ou plus (nullité du contrat, fin du contrat et demeure de restituer les locaux). Selon la jurisprudence, après l'expiration du bail, l'occupation des locaux par le sous-occupant est illégitime, de sorte qu'il doit indemniser le propriétaire conformément à l'art. 940 CC.
5.4. Dans un quatrième grief, la recourante soutient qu'en retenant que le dommage correspond au loyer dû pour l'entier de l'immeuble, la cour cantonale a constaté les faits de manière manifestement inexacte.
La cour cantonale a retenu que, selon le premier jugement, les titres versés au dossier ne permettaient pas de retenir que la société n'était en droit d'occuper qu'une partie des locaux. Au contraire, selon les déclarations du préposé à l'Office des faillites, une fois dans les locaux, il était possible d'accéder à toutes les parties de la chose louée. Il ressort en outre du dossier que la société sous-occupante a toujours collaboré étroitement avec la locataire de sorte qu'il est difficile de distinguer les affaires de l'une et de l'autre. La cour cantonale a constaté un enchevêtrement des activités qui dure depuis longtemps. Elle a ainsi considéré que le premier jugement échappe à toute critique lorsqu'il a estimé que les surfaces mises à disposition de la société sous-occupante étaient indéterminées et que son droit d'usage s'étendait à l'ensemble de la chose louée. D'ailleurs, relève la cour cantonale, la défenderesse s'est prévalue d'un droit d'usage sur l'ensemble de l'immeuble en réponse à la requête de mesures provisionnelles.
La recourante objecte que, si l'entier de l'immeuble lui était accessible, elle ne l'utilisait pas entièrement, que le bistrot, l'appartement et le garage n'étaient pas utilisés par elle en tant qu'entreprise horlogère. Elle reproche à la cour cantonale de n'avoir retenu que les éléments en sa défaveur, sans tenir compte de son argumentation.
Ce faisant, la recourante se fonde sur des faits qui ne ressortent pas de l'arrêt attaqué, et ne s'en prend pas de manière circonstanciée et conforme à l'art. 106 al. 2 LTF à l'appréciation des preuves effectuée par la cour cantonale. Il s'ensuit que son grief est irrecevable.
5.5. Dans un cinquième grief, la recourante invoque la violation de l'art. 44 CO, reprochant à la propriétaire de n'avoir pas cherché à louer les parties de l'immeuble qu'elle n'utilisait pas.
Dès lors qu'il ne trouve aucun appui dans les faits retenus dans l'arrêt attaqué, le grief est irrecevable.
5.6. Dans un sixième et dernier grief, sous le titre de " en ce qui concerne les frais de première et de seconde instance ", la recourante se réfère aux pièces du dossier pour conclure que les honoraires qu'elle réclame sont convenables et justifiés.
Dès lors que ce grief présuppose une admission du recours, il n'y a pas lieu d'entrer en matière.
6.
Au vu de ce qui précède, le recours doit être rejeté dans la mesure de sa recevabilité.
Les frais judiciaires doivent être mis à la charge de la recourante qui succombe (art. 66 al. 1 LTF). L'intimée n'ayant pas été invitée à répondre, il ne sera pas alloué de dépens.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 5'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3.
Il n'est pas alloué de dépens.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et au Tribunal cantonal du canton de Neuchâtel, Cour d'appel civile.
Lausanne, le 8 avril 2019
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente : Kiss
Le Greffier : Piaget