Sachverhalt:
A.
Mit dem Strassenbauprojekt "West-Ost-Verbindung (WOV) TP1 Trassee und TP2 Knoten Schächen" plant der Kanton Uri eine Verbindungsstrasse, die vom Kreisel Wysshus Ost durch das Industrieareal der RUAG verlaufen, mit einer Brücke den Schächen überqueren und in Schattdorf im Bereich der Coop-Tankstelle an die Gotthardstrasse anschliessen soll (Knoten Schächen). Die Strasse, auf welcher nur der motorisierte Verkehr zugelassen werden soll, wird nach dem Projekt ca. 1'350 m lang und 6,8 m breit werden.
Am 18. Dezember 2018 genehmigte der Regierungsrat des Kantons Uri das Projekt. Zugleich entschied er über verschiedene, gegen das Projekt erhobene Einsprachen. Eine von A._ erhobene Einsprache wies er dabei ab.
B.
B.a. Gegen den Entscheid des Regierungsrats erhob A._ am 30. Januar 2019 beim Obergericht des Kantons Uri Verwaltungsgerichtsbeschwerde. Er beantragte dabei insbesondere die Aufhebung der Genehmigung, Anpassungen des Projekts und die Ausrichtung von Entschädigungen. In verfahrensrechtlicher Hinsicht ersuchte er namentlich darum, eine Stellungnahme des Bundesamtes für Umwelt (BAFU) bezüglich Umweltverträglichkeitsprüfung und Rodungsbewilligung einzuholen.
Mit Zwischenentscheid vom 8. November 2019 überwies das Obergericht die Sache zu ergänzender Abklärung (namentlich zum Einholen einer Projektbeurteilung durch das BAFU) an den Regierungsrat. Das Gericht wies den Regierungsrat an, ihm das Ergebnis der ergänzenden Abklärung zu übermitteln. Zugleich sistierte es das gerichtliche Verfahren.
Der Regierungsrat nahm in der Folge die angeordnete ergänzende Abklärung vor und übermittelte deren Ergebnis mit Eingabe vom 25. Mai 2020 dem Obergericht. Mitenthalten waren dabei Stellungnahmen des BAFU vom 23. Januar, 24. April und 12. Mai 2020.
B.b. Mit Urteil vom 20. November 2020 hiess das Obergericht die Verwaltungsgerichtsbeschwerde teilweise gut. Es verpflichtete den Regierungsrat in Ergänzung von dessen Entscheid vom 18. Dezember 2018, bei der Schätzungskommission nach Eintritt der Rechtskraft der Projektgenehmigung ein Gesuch um vorzeitige Besitzeinweisung zu stellen. Zudem ordnete es an, die Beurteilungen des BAFU vom 23. Januar, 24. April und 12. Mai 2020 seien verbindlicher, integrierender Bestandteil der Plangenehmigung und die darin gestellten Anträge seien projektverbindliche Auflagen. Im Übrigen wies das Obergericht die Verwaltungsgerichtsbeschwerde ab, soweit es darauf eintrat. Wie aus der Begründung des Urteils zu entnehmen ist, trat das Obergericht auf diejenigen Beschwerdebegehren nicht ein, mit welchen Entschädigungsansprüche geltend gemacht wurden oder mit denen die Vormerkung solcher Ansprüche verlangt wurde.
C.
Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 11. Januar 2021 beantragt A._, das Urteil des Obergerichts vom 20. November 2020 insoweit aufzuheben, als damit die Verwaltungsgerichtsbeschwerde vom 30. Januar 2019 abgewiesen wurde. Ferner stellt er den Antrag, die Sache insoweit zur Neubeurteilung an das Obergericht zurückzuweisen. Eventualiter ersucht er um Anordnung einer Expertise. Zudem stellt er ein Gesuch um Gewährung der aufschiebenden Wirkung der Beschwerde.
Mit Präsidialverfügung vom 2. März 2021 erkannte das Bundesgericht der Beschwerde aufschiebende Wirkung zu.
Das Obergericht verzichtet unter Verweis auf die Ausführungen im angefochtenen Urteil auf Vernehmlassung. Der Regierungsrat beantragt, die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. Das BAFU erklärt, der angefochtene Entscheid stehe in Einklang mit dem Umweltrecht des Bundes.
Mit Stellungnahme vom 31. Mai 2021 hält der Beschwerdeführer an seinem Rechtsmittel fest. Er erklärt zudem, eine unabhängige Expertise würde die Beurteilung des beigezogenen Experten bestätigen, wonach der Hochwasserschutz durch das genehmigte Projekt verschlechtert werde.

Erwägungen:
1.
Angefochten ist ein kantonal letztinstanzlicher Endentscheid über ein Strassenbauprojekt. Dagegen steht die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten offen; ein Ausschlussgrund nach <ref-law> liegt nicht vor. Der Beschwerdeführer hat am vorinstanzlichen Verfahren teilgenommen, ist als Eigentümer von Liegenschaften an der Strasse Schächenmatt (Liegenschaften U._ "..." und "...") vom umstrittenen Projekt besonders betroffen und hat ein schutzwürdiges Interesse an der Aufhebung bzw. Änderung des angefochtenen Entscheids (vgl. <ref-law>).
Der Beschwerdeführer macht Ausführungen zum Lärmschutz, ohne sich in der Beschwerdeschrift sachbezogen mit den diesbezüglichen, ausführlichen Erwägungen im angefochtenen Urteil auseinanderzusetzen. Zwar ergänzt er diese Ausführungen in seiner Replik, doch darf die beschwerdeführende Partei die Replik nicht dazu verwenden, ihre Beschwerde zu ergänzen oder zu verbessern (<ref-ruling> E. 2.2; <ref-ruling> E. 1.7; <ref-ruling> E. 3.3.4; je mit Hinweisen). Auf die Rügen des Beschwerdeführers betreffend den Lärmschutz ist folglich nicht einzutreten (vgl. <ref-law>).
Die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen geben zu keinen Bemerkungen Anlass. Auf die Beschwerde ist mit der genannten Einschränkung einzutreten.
2.
Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann insbesondere die Verletzung von Bundesrecht gerügt werden (<ref-law>). Das Bundesgericht wendet dieses Recht von Amtes wegen an (<ref-law>), prüft die bei ihm angefochtenen Entscheide aber grundsätzlich nur auf Rechtsverletzungen hin, welche die beschwerdeführende Person vorbringt und begründet (vgl. <ref-law>). Erhöhte Anforderungen an die Begründung gelten, soweit die Verletzung von Grundrechten gerügt wird (<ref-law>). Die Anwendung von kantonalem Recht überprüft das Bundesgericht vorbehältlich Art. 95 lit. c-e BGG im Wesentlichen auf Willkür und bloss insoweit, als eine solche Rüge in der Beschwerde präzis vorgebracht und begründet wird (<ref-law> i.V.m. <ref-law> und <ref-law>).
Das Bundesgericht legt seinem Urteil weiter den von der Vorinstanz festgestellten Sachverhalt zugrunde (<ref-law>). Es kann deren Sachverhaltsfeststellung nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig, das heisst willkürlich (vgl. dazu <ref-ruling> E. 4.1.2 mit Hinweis), ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht. Erforderlich ist zudem, dass die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (Art. 97 Abs. 1 und Art. 105 Abs. 2 BGG). Eine entsprechende Rüge ist substanziiert vorzubringen (<ref-law> i.V.m. <ref-law>). Neue Tatsachen und Beweismittel dürfen nur so weit vorgebracht werden, als erst der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gibt (<ref-law>). Das Vorbringen von Tatsachen und Beweismitteln, die sich erst nach dem angefochtenen Entscheid ereignet haben oder erst danach entstanden sind (sog. echte Noven), ist unzulässig (<ref-ruling> E. 1.2; <ref-ruling> E. 3.1.2; je mit Hinweisen).
3.
3.1. Das in Frage stehende Strassenbauprojekt unterliegt der Pflicht zur Durchführung einer Umweltverträglichkeitsprüfung (UVP) gemäss <ref-law> (SR 814.01; siehe zur UVP-Pflicht von Hauptstrassen, die mit Bundeshilfe ausgebaut werden, <ref-law> i.V.m. Art. 1 der Verordnung über die Umweltverträglichkeitsprüfung vom 19. Oktober 1988 [UVPV; SR 814.011] i.V.m. Ziff. 11.2 des Anhangs der UVPV).
3.2. Betrifft ein der UVP-Pflicht unterstehendes Vorhaben eine Hauptstrasse, die mit Bundeshilfe ausgebaut wird, muss im massgeblichen Verfahren das BAFU angehört werden (<ref-law> i.V.m. <ref-law> i.V.m. Ziff. 11.2 des Anhangs der UVPV). Nach der unwidersprochen gebliebenen Annahme der Vorinstanz untersteht das vorliegende Vorhaben der UVP-Pflicht. Das massgebliche Verfahren ist dabei das Plangenehmigungsverfahren für den Neubau von Strassen im Sinne von Art. 30 des Strassengesetzes des Kantons Uri vom 22. September 2013 (StrG/UR; RB 50.1111). Gemäss <ref-law> nimmt das BAFU im Rahmen der Anhörung gestützt auf die Stellungnahme der kantonalen Umweltschutzfachstelle summarisch zu Voruntersuchung, Pflichtenheft und Umweltverträglichkeitsbericht (UVB) Stellung.
3.3. Vorliegend wurde das BAFU erst nach dem Projektgenehmigungsentscheid des Regierungsrats angehört, nämlich erst auf entsprechende Veranlassung durch den Zwischenentscheid des Obergerichts vom 8. November 2019. Der genannten Vorgabe, wonach das BAFU (vorgängig) anzuhören ist, wurde somit nicht nachgelebt.
Im Laufe des Verwaltungsgerichtsverfahrens erfolgte sodann eine Vervollständigung des UVB (Ergänzungen des UVB vom 20. September 2019 und vom 20. April 2020). Dabei wurden Bilanzen betreffend Verluste und Ersatzmassnahmen zu den Bereichen "Landschaft", "Lebensräume / Flora / Fauna" und "Vernetzung" erstellt sowie als Teil der UVB nachgereicht.
4.
Umstritten ist, ob die Vorinstanz die bei ihr erhobene Verwaltungsgerichtsbeschwerde aufgrund von Verfahrensfehlern im Plangenehmigungsverfahren hätte gutheissen und die Angelegenheit zur Fortsetzung des Verfahrens an den Regierungsrat zurückweisen müssen.
4.1. Das Obergericht führte aus, zwar sei das BAFU im Verfahren vor dem Regierungsrat nicht angehört worden. Dieser Mangel sei aber zwischenzeitlich beseitigt worden, nämlich aufgrund der Durchführung der mit dem Zwischenentscheid vom 8. November 2019 angeordneten Abklärungen. Der Beschwerdeführer habe sich zum Ergebnis der ergänzenden Abklärung äussern können. Da es die Angelegenheit zudem mit voller Kognition prüfe und eine Rückweisung zu einem formalistischen Leerlauf führen würde, könne die - grundsätzlich berechtigt gerügte - Gehörsverletzung ausnahmsweise als geheilt gelten. Im Dispositiv des Entscheids seien die Beurteilungen des BAFU vom 23. Januar, 24. April und 12. Mai 2020 für verbindlich zu erklären.
4.2. Der Beschwerdeführer bringt vor, wegen unterbliebener Anhörung des BAFU seien vor der Projektgenehmigung wesentliche Aspekte ungeklärt geblieben. Er macht zudem geltend, der Regierungsrat habe am 25. Mai 2020 insgesamt 18 Beilagen neu eingereicht und am Projekt seien nachträglich verschiedene Änderungen vorgenommen worden. Damit rügt er sinngemäss, der UVB sei in unzulässiger Weise nachträglich ergänzt worden. Ferner erklärt er, das BAFU habe in seiner Stellungnahme vom 23. Januar 2020 in Bezug auf sechs Punkte verlangt, bestimmten Vorgaben vor der Plangenehmigung Rechnung zu tragen. Indem die Vorinstanz darüber hinweggesehen und auf eine Rückweisung der Angelegenheit zur Fortsetzung des Verfahrens an den Regierungsrat verzichtet habe, sei sie in Willkür verfallen. Rechtsprechungsgemäss könnten die im erstinstanzlichen Verfahren begangenen Verfahrensfehler nicht ohne erneute Genehmigung des Projekts durch den Regierungsrat geheilt werden. Dies gelte umso mehr, als durch die unterbliebene Neuauflage von wesentlichen Projektbestandteilen die Rechte von Umweltschutzverbänden verletzt worden seien.
4.3. Zum Anspruch auf rechtliches Gehör (<ref-law>) gehört insbesondere das Recht des Betroffenen, sich vor Erlass eines ihn belastenden Entscheids zur Sache zu äussern, erhebliche Beweise beizubringen, Einsicht in die Akten zu nehmen, mit erheblichen Beweisanträgen gehört zu werden und an der Erhebung wesentlicher Beweise entweder mitzuwirken oder sich zumindest zum Beweisergebnis zu äussern, wenn dieses geeignet ist, den Entscheid zu beeinflussen (<ref-ruling> E. 2.2 mit Hinweisen; <ref-ruling> E. 2.2 mit Hinweis).
Weil der Regierungsrat es unterliess, das BAFU vor der Plangenehmigung anzuhören, hatte der Beschwerdeführer keine Gelegenheit, im Einspracheverfahren von der Position des BAFU Kenntnis zu nehmen und sich dazu zu äussern. Auch hatte er aufgrund des Vorgehens des Regierungsrats keine Möglichkeit, in diesem Verfahren Einsicht in die späteren Ergänzungen des UVB zu erhalten und hierzu Stellung zu nehmen. Damit hat der Regierungsrat das rechtliche Gehör des Beschwerdeführers verletzt.
4.4. Eine nicht besonders schwerwiegende Verletzung des rechtlichen Gehörs kann ausnahmsweise als geheilt gelten, wenn die betroffene Person die Möglichkeit erhält, sich vor einer Beschwerdeinstanz zu äussern, die sowohl den Sachverhalt wie die Rechtslage frei überprüfen kann. Unter dieser Voraussetzung ist darüber hinaus - im Sinne einer Heilung des Mangels - selbst bei einer schwerwiegenden Verletzung des rechtlichen Gehörs von einer Rückweisung der Sache an die Vorinstanz abzusehen, wenn und soweit die Rückweisung zu einem formalistischen Leerlauf und damit zu unnötigen Verzögerungen führen würde (<ref-ruling> E. 2.8.1; <ref-ruling> E. 2.3.2; <ref-ruling> E. 2.2; je mit Hinweisen).
4.5. Vorliegend wurde die unvollständige Sachverhaltsfeststellung des Regierungsrats im Laufe des kantonalen Verwaltungsgerichtsbeschwerdeverfahrens behoben. In diesem Punkt verhält es sich damit anders als etwa beim Sachverhalt, welcher dem in der Beschwerde angerufenen Urteil 1C_67/2011 vom 19. April 2012 zugrunde lag. Zudem wurde das BAFU nachträglich (mehrfach) angehört, und zwar auch zu den nachträglichen Ergänzungen des UVB. Das Bundesamt konnte somit umfassend zu den umweltrechtlich relevanten Fragen Stellung nehmen (vgl. dazu auch <ref-ruling> E. 2.2 mit Hinweisen; Urteil 1C_662/2017 vom 14. Mai 2019 E. 3.4). Es ist sodann unbestritten, dass sich der Beschwerdeführer im vorinstanzlichen Verfahren zu den Ergänzungen des UVB, sämtlichen Stellungnahmen des BAFU und den weiteren, vom Regierungsrat nachgereichten Dokumenten äussern konnte. Die vorinstanzliche Würdigung erfolgte ferner, was die Stellungnahmen des BAFU bzw. der Fachbehörden betrifft, mit der gleichen Kognition resp. Prüfungsdichte wie die Beurteilung durch den Regierungsrat (vgl. Art. 57 der Verordnung des Kantons Uri vom 23. März 1994 über die Verwaltungsrechtspflege [VRPV/UR; RB 2.2345]). Da das BAFU seine Einschätzung zum vervollständigten UVB bereits abgegeben hat, hätte eine Rückweisung der Angelegenheit an den Regierungsrat zudem einen formalistischen Leerlauf dargestellt. Davon ist auch deshalb auszugehen, weil der Regierungsrat nach Vornahme der ergänzenden Abklärungen und in Kenntnis der Einschätzung des BAFU sinngemäss an seinem Standpunkt festhielt. Schliesslich erachtet auch das Bundesamt in seiner Vernehmlassung im vorliegenden Verfahren eine Rückweisung der Sache an die verfügende Behörde als nicht erforderlich, da seinen Anliegen vollumfänglich Rechnung getragen worden sei. Bei dieser Sachlage ist davon auszugehen, dass die Verletzung des rechtlichen Gehörs des Beschwerdeführers im vorinstanzlichen Verfahren geheilt worden ist.
Der Beschwerdeführer ist im Übrigen nicht zur Rüge befugt, Verfahrensrechte von Dritten (etwa von Umweltverbänden und anderen Einsprechenden als dem Beschwerdeführer) seien verletzt worden (vgl. Urteile 1C_86/2012 vom 7. September 2012 E. 2.1; 1C_381/2011 vom 29. November 2011 E. 2; 1C_440/2010 vom 8. März 2011 E. 3.4 mit Hinweis). Soweit er sinngemäss geltend macht, die nachträglichen Ergänzungen des UVB und die Einschätzung des BAFU seien Dritten nicht ordnungsgemäss zugänglich gemacht worden, stösst er deshalb ins Leere.
Es besteht somit kein Anlass, die Sache wegen Verletzung des rechtlichen Gehörs des Beschwerdeführers an den Regierungsrat zurückzuweisen.
5.
5.1. Nach Art. 41c Abs. 1 Satz 1 der Gewässerschutzverordnung vom 28. Oktober 1998 (GSchV; SR 814.201) dürfen im Gewässerraum nur standortgebundene, im öffentlichen Interesse liegende Anlagen wie Fuss- und Wanderwege, Flusskraftwerke oder Brücken erstellt werden (zu vorliegend nicht einschlägigen Ausnahmen der Erstellung bestimmter Anlagen im Gewässerraum vgl. Art. 41c Abs. 1 Satz 2 GSchV).
Gemäss den bindenden Feststellungen im angefochtenen Urteil wird mit der geplanten West-Ost-Verbindung in den Gewässerraum des Schächens eingegriffen. Damit muss die geplante Verbindungsstrasse im Sinne von Art. 41c Abs. 1 Satz 1 GSchV standortgebunden sein.
5.2. Art. 41c Abs. 1 Satz 1 GSchV verlangt eine relative Standortgebundenheit. Nicht nötig ist, dass überhaupt kein anderer Standort in Betracht fällt; es müssen jedoch besonders wichtige und objektive Gründe vorliegen, die den vorgesehenen Standort gegenüber anderen Standorten als viel vorteilhafter erscheinen lassen (vgl. Urteil 1C_203/ 2009 vom 1. Dezember 2009 E. 2.1 mit Hinweisen). Der Planungsbehörde steht beim fraglichen Variantenentscheid ein Ermessensspielraum zu (vgl. Urteil 1C_556/2013 vom 21. September 2016 E. 5.2 mit Hinweis).
6.
6.1. Die Vorinstanz erklärte im angefochtenen Urteil, als Alternativen kämen einzig folgende Varianten in die engere Auswahl:
a) die sog. Variante Süd,
b) die der Variante Süd im Wesentlichen entsprechende "Alternativ-Variante 2",
c) die sog. Variante Querung, welche dem aufgelegten Projekt im Wesentlichen entspreche, und
d) die "Alternativ-Variante 1" bzw. die sog. modifizierte Querungs-Variante.
Gemäss nachvollziehbaren Ausführungen des Regierungsrats seien - so die Vorinstanz - die Variante Süd und die "Alternativ-Variante 2" mit gewichtigen Nachteilen verbunden. Insbesondere würden diese Varianten den Bau eines Schutztunnels erfordern, weil die Verbindungsstrasse bei diesen Varianten teilweise unmittelbar neben Fabrikationsgebäuden der RUAG entlang führen würde und dort aktuell sowie auch mittelfristig Sprengstoffe verarbeitet würden. Die geschätzten Kosten für diesen Schutztunnel von 16 Millionen Franken stünden in keinem vernünftigen Verhältnis zu den geschätzten Gesamtkosten des aufgelegten Projekts. Einige Nachteile der Variante Süd würden auch bei der "Alternativ-Variante 1" bestehen. Letztere Variante würde zudem namentlich zu einem massiven Eingriff in das Landschaftsbild führen, da sie die Erstellung einer Brücke mit einer Spannweite von ca. 150 m und einer erheblichen Höhe umfasse. Aufgrund der Höhe der Brücke sei auch mit grösseren Lärmimmissionen als beim genehmigten Projekt zu rechnen.
6.2. Der Beschwerdeführer bestreitet, dass die Varianten Süd und die "Alternativ-Variante 2" den Bau eines Schutztunnels erfordern. Er bringt in diesem Zusammenhang vor, im Jahr 2020 sei eine Wasserkraftdurchleitung im RUAG-Areal gebaut worden, ohne dass dies unter dem Aspekt des Hochwasserschutzes als problematisch erachtet worden sei. Seiner Ansicht nach sind deshalb Alternativstandorte bzw. alternative Linienführungen durchaus möglich. Solche Standorte bzw. Linienführungen seien von der Vorinstanz nicht bzw. nicht ausreichend geprüft worden. Es sei eine gestützt auf Angaben der Grundeigentümerinnen zu erstellende Expertise zur Frage einzuholen, ob im Bereich des ursprünglich geplanten Schutztunnels andere geeignete Massnahmen wie ein Damm möglich wären.
6.3. Die tatsächlichen Feststellungen im angefochtenen Urteil zur Notwendigkeit eines Schutztunnels bei der "Alternativ-Variante 2" werden vom Beschwerdeführer nicht in hinreichend substanziierter Weise bestritten. Soweit er seine Argumentation auf den angeblichen Bau einer Wasserkraftdurchleitung im RUAG-Areal stützt, macht er eine neue Tatsache geltend, ohne darzulegen, inwiefern erst das angefochtene Urteil dazu Anlass gegeben haben soll. Der Bau dieser Wasserkraftleitung ist daher als unzulässiges unechtes Novum nicht zu berücksichtigen (vgl. vorne E. 2). Daneben bringt der Beschwerdeführer nichts vor, was die vorinstanzliche Feststellung der Notwendigkeit des Schutztunnels als offensichtlich unhaltbar bzw. willkürlich erscheinen lässt. Vor diesem Hintergrund bestand und besteht kein Grund, eine Expertise der vom Beschwerdeführer geforderten Art einzuholen.
Nach dem Gesagten ist mit der Vorinstanz davon auszugehen, dass für die Varianten Süd und die "Alternativ-Variante 2" der Bau eines Schutztunnels unumgänglich ist und für diesen Kosten von 16 Millionen Franken anfallen würden. Diese stünden in einem Missverhältnis zu den geschätzten Kosten des genehmigten Projekts von 19,8 Millionen Franken. Schon mit Blick auf diese Umstände sind gewichtige Nachteile der Variante Süd und der "Alternativ-Variante 2" zu bejahen. Aufgrund dieser Nachteile hätten diese Varianten praxisgemäss bereits aufgrund einer summarischen Prüfung ausgeschieden werden dürfen (vgl. Urteil 1C_556/2013 / 1C_558/2013 / 1C_562/2013 vom 21. September 2016 E. 5.2 mit Hinweis).
Es bleiben damit die "Alternativ-Variante 1" und die Variante Querung. Der Beschwerdeführer bringt nichts vor, was die genannte vorinstanzliche Würdigung der "Alternativ-Variante 1" in Frage stellt. Auch in Bezug auf die Variante Querung macht er keine Gründe geltend, welche diese im Vergleich zur vorgesehenen Linienführung wesentlich vorteilhafter erscheinen lassen.
Die Vorinstanz hat vor diesem Hintergrund die Standortgebundenheit der geplanten Verbindungsstrasse im Sinne von Art. 41c Abs. 1 Satz 1 GSchV in bundesrechtskonformer Weise bejaht.
7.
Der Beschwerdeführer wendet sich im Übrigen gegen die Erwägungen der Vorinstanz zum Hochwasserschutz. Dabei stützt er sich im Wesentlichen auf das Gutachten von dipl. Kultur-Ing. ETH B._ vom 8. Januar 2021. Dieses ist allerdings erst nach dem Erlass des angefochtenen Urteils vom 20. November 2020 erstellt worden. Es handelt sich somit um ein echtes Novum, das von vornherein nicht in die Beurteilung mit einbezogen werden kann (vgl. vorne E. 2). Damit stösst der Beschwerdeführer mit seinen Ausführungen zum Hochwasserschutz ins Leere. Im Übrigen ist darauf hinzuweisen, dass das BAFU als Fachbehörde des Bundes die geplanten Massnahmen des Hochwasserschutzes als sachgerecht erachtet hat, und dies nicht nur im kantonalen Verfahren, sondern auch in seiner Stellungnahme zuhanden des Bundesgerichts.
8.
Die Beschwerde ist demnach abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist.
Bei diesem Ausgang des Verfahrens wird der Beschwerdeführer kostenpflichtig (<ref-law>). Die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens sind auf insgesamt Fr. 4'000.-- festzulegen (vgl. <ref-law>). Dem unterliegenden Beschwerdeführer steht keine Parteientschädigung zu (vgl. Art. 68 Abs. 1 und 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 4'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3.
Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, dem Regierungsrat des Kantons Uri, dem Obergericht des Kantons Uri, Verwaltungsrechtliche Abteilung, und dem Bundesamt für Umwelt schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 26. August 2021
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Kneubühler
Der Gerichtsschreiber: König