Faits :
A.
A.a. Z._ (ci-après: l'employé) est un ressortissant français résidant en France. Le 16 décembre 2010, il a été engagé par l'entreprise B._ SA (ci-après: l'employeuse) pour travailler dès le 1 er janvier 2011 sur son site de..., dans le canton du Jura. Le contrat de travail prévoyait un salaire mensuel brut de 5'505 francs suisses payable douze fois l'an ainsi qu'une «indemnité de fin d'année» du même montant.
A.b. En juin 2011, la holding détenant l'employeuse a informé l'ensemble des employés du groupe que les salaires des travailleurs résidant dans la zone euro seraient payés en euros à partir du 1 er janvier 2012, afin d'amortir les effets du cours de change suite à la baisse de l'euro et au renforcement du franc suisse. Les employés du groupe étaient prévenus qu'un avenant à leur contrat de travail leur serait soumis en ce sens.
Le 21 septembre 2011, l'employé a signé un avenant prenant effet le 1 er janvier 2012 pour une durée indéterminée. Il y était stipulé que « si le cours du franc suisse descend en-dessous de 1.30 ou augmente en-dessus de 1.60 en moyenne pendant trois mois consécutifs par rapport à l'Euro, le salaire en CHF selon le contrat de travail, sera converti au taux de 1.30 respectivement 1.60 et payé sur un compte en Euro en Suisse, à l'employé ».
Dès le 1er janvier 2012, l'employeuse a versé à l'employé un salaire en euros, converti d'après le taux fictif de 1.30 alors que le taux réel était inférieur.
A.c. En janvier 2014, l'employeuse a adopté une nouvelle raison sociale, soit A._ SA.
A.d. Le contrat de travail a pris fin le 30 juin 2015.
B.
B.a. Le 27 janvier 2016, l'employé a déposé une demande en paiement contre l'employeuse devant le Tribunal de première instance du canton du Jura (Conseil de prud'hommes). Il concluait au paiement de 19'416 fr. 24 et de 10'000 fr. Le premier montant correspondait à la différence entre le salaire effectivement perçu du 1 er janvier 2012 au 30 juin 2015 et le salaire supérieur qu'il aurait touché si le taux de change réel (systématiquement inférieur à 1.30) avait été appliqué. Le second montant de 10'000 fr. était destiné à réparer le préjudice moral et financier prétendument subi.
B.b. Par jugement du 29 juin 2016, le Tribunal de première instance a condamné l'employeuse à verser 18'881 fr. à l'employé "à titre de différence de salaire pour le salaire payé en euro avec taux de change de 1.30". La demande a été rejetée pour le surplus.
En substance, le Tribunal a jugé que l'avenant au contrat de travail du 21 septembre 2011 était nul pour deux motifs. D'une part, le versement du salaire en euros tel que pratiqué par l'employeuse contrevenait à l'Accord du 21 juin 1999 sur la libre circulation des personnes (ALCP; RS 0.142.112.681; cf. infra consid. 5.1). D'autre part, la Convention collective de travail de l'industrie des machines, des équipements électriques et des métaux (CCT) était applicable à l'employeuse jusqu'à l'échéance du 30 juin 2013 - nonobstant le fait qu'elle avait résilié son adhésion à l'association patronale P._ pour le 31 décembre 2011. Elle devait dès lors se laisser opposer la sentence rendue le 12 septembre 2012 par un Tribunal arbitral institué en vertu de cette CCT pour trancher le litige divisant le syndicat S._ d'avec P._ quant au paiement des salaires en euros. Or, le Tribunal arbitral avait lui aussi retenu une violation de l'ALCP et constaté la nullité des avenants aux contrats de travail des collaborateurs oeuvrant sur les sites jurassiens des entreprises du groupe.
B.c. Par arrêt du 10 mars 2017, le Tribunal cantonal jurassien a rejeté l'appel de l'employeuse sur la base de l'<ref-law>, dont il a déduit la nullité de l'avenant au contrat de travail (cf. au surplus consid. 4.1 infra). Par économie de procédure, il s'est abstenu d'examiner la motivation alternative des premiers juges concernant l'applicabilité de la CCT et l'opposabilité de la sentence arbitrale à l'employeuse.
C.
L'employeuse a saisi le Tribunal fédéral d'un recours en matière civile concluant au rejet de la demande de l'employé.
Bien qu'ayant été invité à se déterminer, l'employé intimé n'a déposé aucune réponse.
Quant au Tribunal cantonal jurassien, il a conclu au rejet du recours, suscitant une brève réplique de la recourante.
D.
La Cour de céans a délibéré sur le recours en audience publique le 15 janvier 2019. A cette même date, elle a jugé en séance publique une affaire similaire (4A_230/2018).

Considérant en droit :
1.
Interjeté en temps utile (<ref-law> en lien avec les art. 45 al. 1 et 46 al. 1 let. a LTF) par la partie défenderesse qui a succombé dans ses conclusions libératoires, à l'encontre d'une décision finale (<ref-law>) rendue sur appel par le tribunal supérieur du canton (<ref-law>) dans une affaire civile pécuniaire dont la valeur litigieuse excède le seuil de 15'000 fr. requis pour les conflits de droit du travail (art. 72 al. 1 et 74 al. 1 let. a LTF), le présent recours est recevable au regard des dispositions précitées.
2.
2.1. Le recours en matière civile peut être formé pour violation du droit fédéral (<ref-law>), notion qui inclut le droit constitutionnel (<ref-ruling> consid. 1.4). Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (<ref-law>), de sorte qu'il n'est limité ni par les arguments soulevés dans le recours, ni par la motivation retenue par l'autorité précédente (<ref-ruling> consid. 1.4 p. 400). Eu égard, toutefois, à l'exigence de motivation prescrite par l'<ref-law> sous peine d'irrecevabilité (<ref-law>), il n'examine d'ordinaire que les griefs invoqués, sauf en cas d'erreurs juridiques manifestes (<ref-ruling> consid. 2.6 p. 413; <ref-ruling> consid. 2 p. 116). Par ailleurs, une exigence de motivation accrue prévaut pour la violation des droits constitutionnels tels que la prohibition de l'arbitraire (art. 9 Cst.). Selon le principe d'allégation, le recourant doit indiquer quel droit ou principe constitutionnel a été violé, en expliquant de façon circonstanciée en quoi consiste la violation (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 2.2; <ref-ruling> consid. 3.2).
2.2. Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>). Il peut rectifier ou compléter d'office les constatations de l'autorité précédente si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> (<ref-law>). Il arrive qu'il soit nécessaire d'ajouter un fait qui résulte à l'évidence du dossier pour répondre à un argument du recourant alors que l'état de fait de l'arrêt attaqué, trop concis, ne le mentionne pas (cf. <ref-ruling> consid. 2.4). Cela n'implique toutefois nullement que le Tribunal fédéral recherche d'office sur tous les points de fait s'il existe une exception prévue par l'<ref-law>.
Il appartient bien plutôt au recourant de le faire (cf. <ref-law>), en expliquant clairement et de manière circonstanciée en quoi les constatations de fait seraient arbitraires, ou établies en violation du droit (<ref-ruling> consid. 1.3.1 p. 18 et les références). S'il souhaite obtenir un complètement de l'état de fait, il doit aussi démontrer, par des renvois précis aux pièces du dossier, qu'il a présenté aux autorités précédentes en conformité avec les règles de procédure les faits juridiquement pertinents à cet égard et les moyens de preuve adéquats (<ref-ruling> consid. 2 p. 90). A défaut de critique satisfaisant à ces exigences, les allégations relatives à un état de fait qui s'écarterait de celui de la décision attaquée ne pourront pas être prises en considération (<ref-ruling> consid. 1.3.1 p. 18).
C'est le lieu de souligner que la cour de céans ne saurait tenir compte du « rappel des faits» inséré dans le chapitre II du recours, en tant qu'il s'écarte des constatations opérées par les juges jurassiens sans satisfaire aux réquisits rappelés ci-dessus. En effet, la section en question ne contient aucun grief d'arbitraire - ou d'autre violation du droit fédéral - dans l'établissement des faits.
3.
3.1. La recourante dénonce tout d'abord une violation de son droit d'être entendue, sous l'angle du droit d'obtenir une décision motivée. De son point de vue, le défaut de motivation qui affectait le premier jugement ne pouvait être réparé par l'autorité d'appel. D'une part, celle-ci ne disposait pas d'un plein pouvoir de cognition. D'autre part, la violation du droit d'être entendu revêtait un degré de gravité particulier. Une guérison du vice par l'instance supérieure devrait demeurer exceptionnelle, caractère dont la présente situation serait privée.
3.2. Le droit d'être entendu garanti par l'art. 29 al. 2 Cst. impose au juge de motiver sa décision, permettant ainsi au justiciable d'exercer son droit de recours en connaissance de cause et à l'autorité de recours d'exercer un contrôle efficace (<ref-ruling> consid. 5.2; <ref-ruling> consid. 2c; arrêt 5A_898/2016 du 27 janvier 2017 consid. 4.1.1). Il suffit que le juge mentionne au moins brièvement les motifs qui l'ont guidé et sur lesquels il a fondé sa décision. Il n'est pas tenu d'exposer et de discuter tous les faits, moyens de preuve et arguments invoqués par les parties, mais peut se limiter aux éléments qui peuvent être tenus pour pertinents (<ref-ruling> consid. 4.3.2; <ref-ruling> consid. 4.2). Du moment que le lecteur peut discerner les motifs ayant guidé la décision de l'autorité, le droit à une décision motivée est respecté, même si la motivation présentée est erronée. La motivation peut d'ailleurs être implicite et résulter des différents considérants de la décision. En revanche, une autorité se rend coupable d'un déni de justice formel prohibé par l'art. 29 al. 2 Cst. si elle omet de se prononcer sur des griefs présentant une certaine pertinence ou de prendre en considération des allégués et arguments importants pour la décision à rendre (<ref-ruling> consid. 3.2.1 et les références).
En principe, la violation du droit d'être entendu entraîne l'annulation de la décision attaquée, indépendamment des chances de succès du recours sur le fond. Cela étant, la jurisprudence admet qu'un manquement à ce droit puisse être considéré comme réparé lorsque la partie lésée a bénéficié de la faculté de s'exprimer librement devant une autorité de recours, pour autant que celle-ci dispose du même pouvoir d'examen que l'autorité inférieure et puisse ainsi contrôler librement l'état de fait et les considérations juridiques de la décision attaquée (<ref-ruling> consid. 2.8.1; <ref-ruling> consid. 2.6.1). Une telle réparation doit rester l'exception et n'est en principe admissible que si l'atteinte aux droits procéduraux n'est pas particulièrement grave. En présence d'un vice grave, l'effet guérisseur de la procédure de recours peut également être reconnu lorsque le renvoi constituerait une vaine formalité et aboutirait à un allongement inutile de la procédure, ce qui serait incompatible avec l'intérêt de la partie concernée à ce que sa cause soit tranchée dans un délai raisonnable (<ref-ruling> consid. 2.8.1; <ref-ruling> consid. 2.3.2).
3.3. Devant l'autorité précédente, l'employeuse s'est plainte de ce que les premiers juges avaient passé sous silence deux arguments cruciaux soulevés dans sa réponse: d'une part, il ne pouvait y avoir de discrimination dès lors qu'elle avait traité de façon différente des employés soumis à des coûts de vie très différents; d'autre part, des circonstances objectives justifiaient les mesures prétendument discriminatoires. Dénonçant une violation de son droit d'être entendue, l'employeuse concluait à l'annulation du jugement de première instance.
La Cour d'appel a concédé que le jugement ne se prononçait pas expressément sur ces deux moyens et qu'une violation du droit d'être entendu devait être retenue. Cela étant, elle a relevé que le défaut de motivation portait sur des points essentiellement juridiques et ne constituait pas une violation grave du droit d'être entendu dès lors qu'on pouvait discerner dans les considérants les raisons pour lesquelles les arguments avaient été écartés, grâce au renvoi à la sentence arbitrale du 12 septembre 2012. Dans ces circonstances, la Cour d'appel, qui disposait d'un plein pouvoir d'examen, se jugeait à même de réparer le vice.
3.4. C'est à tort que la recourante critique cette analyse.
Premièrement, l'appel a un effet dévolutif complet et les juges cantonaux disposaient effectivement d'un libre pouvoir d'examen en fait et en droit (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 4.3.1 p. 375; arrêt 4A_452/2016 du 2 novembre 2016 consid. 3). La recourante tente vainement de tirer argument de la retenue que s'imposent parfois en pratique les instances supérieures lorsqu'il s'agit d'apprécier des questions locales, personnelles ou techniques sur lesquelles l'autorité de première instance, en raison de sa proximité avec l'affaire et de ses connaissances spécialisées, est mieux à même de porter une appréciation (cf. arrêts 4A_238/2015 du 22 septembre 2015 consid. 2.2; 5A_198/2012 du 24 août 2012 consid. 4.2; <ref-ruling> consid. 2.3.2). En effet, la recourante elle-même ne prétend pas qu'un tel cas de figure serait concrètement réalisé, ce qui clôt toute discussion.
Deuxièmement, la recourante surestime la gravité de l'irrégularité retenue par les juges cantonaux, laquelle n'atteint clairement pas le seuil particulier qui eût empêché ceux-ci d'y remédier, étant précisé que la sentence arbitrale du 12 septembre 2012 à laquelle renvoyaient les premiers juges permettait effectivement de comprendre pour quelles raisons ses arguments n'avaient pas été retenus. Finalement, rien n'indique que la guérison de telles violations revêtirait, pour l'autorité précédente, un caractère quasi systématique, comme le soutient la recourante. Quant à la perte d'un degré de juridiction dont se plaint la recourante, elle est inhérente à la possibilité de guérir une violation du droit d'être entendu, laquelle est consacrée par la jurisprudence pour autant que les conditions en soient réunies, ce qui est le cas ici.
En bref, le grief de violation du droit d'être entendu doit être rejeté.
4.
Le litige porte sur l'avenant au contrat de travail signé le 21 septembre 2011, par lequel les parties ont convenu que « si le cours du franc suisse descend (ait) en-dessous de 1.30 [...] pendant trois mois consécutifs par rapport à l'Euro, le salaire en CHF selon le contrat de travail, sera (it) converti au taux de 1.30 [...] et payé sur un compte en Euro en Suisse, à l'employé ». Dès le 1 er janvier 2012 jusqu'au 30 juin 2015 - date de la fin des rapports contractuels -, le salaire prédéfini contractuellement en francs suisses a été converti en euros selon un taux fictif de 1.30 qui était défavorable à l'employé. En effet, le taux réel étant inférieur à 1.30 durant toute la période considérée, l'employé aurait touché un salaire supérieur si ce taux effectif avait été appliqué (ou si le salaire avait été payé en francs suisses).
4.1. En substance, le Tribunal cantonal jurassien a jugé que la modification salariale convenue en septembre 2011, de par l'application d'un taux de change fictif, entraînait une diminution notable de la rémunération des travailleurs frontaliers par rapport à celle versée aux travailleurs résidant en Suisse. Elle discriminait de façon indirecte les travailleurs ressortissant d'autres Etats parties à l'Accord du 21 juin 1999 sur la libre circulation des personnes (ALCP; cf. infra consid. 5.1). Car si cette mesure utilisait le critère du domicile dans un pays de la zone euro, elle touchait en pratique majoritairement les ressortissants d'Etats étrangers, en particulier de nationalité française. L'interdiction de discriminer les travailleurs d'autres Etats s'adressait indistinctement aux autorités publiques et aux employeurs privés; elle avait un effet horizontal direct ( direkte Drittwirkung) sur les rapports de droit privé.
L'employeuse objectait vainement que cette mesure salariale était destinée à limiter ses pertes et à garantir la pérennité de l'entreprise et le maintien des emplois, dans le contexte d'un franc devenu trop fort depuis trop longtemps. En effet, aux yeux des juges cantonaux, des motifs de nature économique ou financière ne constituaient pas des "raisons impérieuses d'intérêt général" autorisant les employeurs privés à déroger au principe de non-discrimination. Par ailleurs, sous l'angle du principe de proportionnalité, l'employeuse n'exposait pas avoir examiné si d'autres mesures non discriminatoires étaient envisageables pour atteindre le but recherché. En bref, l'avenant du 21 septembre 2011 au contrat de travail était nul selon l'<ref-law>. Vu la nature impérative des dispositions de l'ALCP prohibant la discrimination des travailleurs salariés étrangers (ou résidant à l'étranger) par rapport aux travailleurs nationaux (ou résidant en Suisse), l'employé ne pouvait pas renoncer aux droits découlant dudit traité (<ref-law>). Comme cette analyse rejoignait celle du Tribunal arbitral ayant statué le 12 septembre 2012 dans la cause opposant S._ à P._, les juges cantonaux se sont dispensés d'examiner si la CCT était applicable à l'employeuse. Enfin, le calcul du différentiel de salaire pour la période du 1 er janvier 2012 au 30 juin 2015 (18'881 fr.) n'était pas contesté en tant que tel. Aussi le Tribunal cantonal a-t-il condamné l'employeuse à payer ledit montant.
4.2. A l'appui de son recours, l'employeuse dénonce une violation de l'<ref-law> et de l'<ref-law>. Elle entend tirer argument du fait que diverses motions parlementaires cherchant à prohiber le versement de salaires en monnaie étrangère ont été rejetées (cf. motion Carobbio n° 15.3197 du 18 mars 2015, BO 2017 CN 468 s.; motion Pardini n o 11.3534 du 15 juin 2011 et motion Robbiani n° 11.3608 du 16 juin 2011, BO 2011 CN 1523). Dans une argumentation subsidiaire, elle plaide que la mesure salariale litigieuse était légitimée par des circonstances objectives, soit les difficultés économiques de l'entreprise et la nécessité de préserver les emplois, dans un contexte où le franc suisse était trop fort.
5.
Dans une relation contractuelle soumise au droit suisse (<ref-law>), les parties peuvent incontestablement convenir que le salaire sera payé dans une autre monnaie que le franc suisse (cf. <ref-law>; arrêt 4A_391/2015 du 1 er octobre 2015 consid. 4.2). Le présent litige porte bien plutôt sur le point de savoir s'il est contraire à l'Accord du 21 juin 1999 sur la libre circulation des personnes de verser aux travailleurs frontaliers un salaire en euros, qui se révèle moindre que la rémunération versée en francs suisses aux travailleurs résidant en Suisse, la différence provenant du fait que le salaire prédéfini contractuellement en francs suisses a été converti d'après un taux de change fictif défavorable à l'employé (cf. consid. 4 supra).
5.1. L'Accord du 21 juin 1999 entre la Confédération suisse, d'une part, et la Communauté européenne et ses Etats membres, d'autre part, sur la libre circulation des personnes (ALCP; RS 0.142.112.681) énonce à son art. 2 le principe de non-discrimination, en vertu duquel les ressortissants d'une partie contractante qui séjournent légalement sur le territoire d'une autre partie contractante ne doivent pas, dans l'application et conformément aux dispositions des annexes I, II et III de cet accord, être discriminés en raison de leur nationalité. En droit européen, le principe de non-discrimination est garanti par l'art. 18 du Traité sur le fonctionnement de l'Union européenne (TFUE; JO C 326 du 26 octobre 2012 p. 47 ss) (cf. <ref-ruling> consid. 6.1 p. 374).
Dans la mesure où l'application de l'ALCP implique des notions de droit communautaire, doit être prise en compte la jurisprudence pertinente de la Cour de justice des Communautés européennes antérieure au 21 juin 1999, date de la signature de l'ALCP (<ref-law>; sur la prise en compte de la jurisprudence postérieure, cf. <ref-ruling> consid. 3.6; <ref-ruling> consid. 5.3.2 p. 268; cf. au surplus arrêt 4A_230/2018 du 15 janvier 2019 consid. 2.5).
L'<ref-law> énonce notamment ce qui suit, sous le titre "Egalité de traitement":
(1) Un travailleur salarié ressortissant d'une partie contractante ne peut, sur le territoire de l'autre partie contractante, être, en raison de sa nationalité, traité différemment des travailleurs nationaux salariés en ce qui concerne les conditions d'emploi et de travail, notamment en matière de rémunération, de licenciement, et de réintégration professionnelle ou de réemploi s'il est tombé au chômage.
(...)
(4) Toute clause de convention collective ou individuelle ou d'autres réglementations collectives portant sur l'accès à l'emploi, l'emploi, la rémunération et les autres conditions de travail et de licenciement, est nulle de plein droit dans la mesure où elle prévoit ou autorise des conditions discriminatoires à l'égard des travailleurs salariés non nationaux ressortissants des parties contractantes.
En droit européen, la libre circulation des travailleurs est garantie par l'art. 45 TFUE, d'un contenu équivalent à l'<ref-law>. En outre, ce même art. 9 al. 1 et 4 trouve son pendant presque mot pour mot dans des Règlements européens de 1968 (art. 7 al. 1 et 4 du Règlement [CEE] n° 1612/68 du Conseil, du 15 octobre 1968, relatif à la libre circulation des travailleurs à l'intérieur de la Communauté, JO L 257 du 19 octobre 1968) et de 2011 (art. 7 al. 1 et 4 du Règlement [UE] n° 492/2011 du Parlement européen et du Conseil, du 5 avril 2011, relatif à la libre circulation des travailleurs à l'intérieur de l'Union, JO L 141 du 27 mai 2011).
5.2. La Cour de céans a eu à traiter d'une cause très semblable à la présente (cf. let. D supra). Aussi se limitera-t-on ici à mentionner les conclusions de l'analyse effectuée dans cette affaire, à laquelle il est renvoyé pour le surplus (arrêt 4A_230/2018 consid. 2.2 ss) :
I. L'<ref-law> vise notamment la situation des frontaliers.
II. L'ALCP prohibe aussi bien la discrimination directe que la discrimination indirecte. Alors que la première se fonde expressément sur la nationalité, la seconde aboutit, par l'application d'autres critères, à toucher les ressortissants de l'Union européenne davantage que les Suisses (<ref-ruling> consid. 6.1 et 6.3). En l'occurrence, seule une discrimination indirecte entre en considération.
III. L'art. 9 al. 1 et 4 annexe I ALCP est suffisamment précis et clair pour être directement applicable ( self-executing; <ref-ruling> consid. 3.3). Autre est la question de savoir si un employeur privé doit respecter l'interdiction de discriminer ( Drittwirkung; effet horizontal d'un droit dans les rapports entre personnes privées).
IV. Concernant ce dernier point, la jurisprudence de la Cour de justice des Communautés européennes (désormais Cour de justice de l'Union européenne) a connu les développements suivants:
- En 1976, ladite Cour a jugé que le principe d'égalité des rémunérations entre travailleurs masculins et travailleuses féminines pour un même travail ou un travail de même valeur [actuel art. 157 al. 1 TFUE] valait aussi dans les contrats entre particuliers (affaire Defrenne du 8 avril 1976, C-43/75, Recueil 1976 455 n. 39).
- Dans divers arrêts antérieurs à l'entrée en vigueur de l'ALCP, la Cour a par ailleurs jugé que l'interdiction de discriminer les travailleurs "s'impos[ait] non seulement à l'action des autorités publiques mais s'étend[ait] également aux réglementations d'une autre nature visant à régler, de façon collective, le travail salarié et les prestations de services; qu'en effet l'abolition entre les États membres des obstacles à la libre circulation des personnes et à la libre prestation des services [...] serait compromise si l'abolition des barrières d'origine étatique pouvait être neutralisée par des obstacles résultant de l'exercice de leur autonomie juridique par des associations ou organismes ne relevant pas du droit public" (affaire Walrave et Koch du 12 décembre 1974, C-36/74, Recueil 1974 1405, nn. 16-19; affaire Bosman du 15 décembre 1995, C-415/93, Recueil 1995 I-4921, nn. 82-87). Les réglementations collectives en cause étaient celles d'associations sportives nationales et internationales, ou une convention collective concernant des employés du secteur public (cf. les réf. citées dans l'arrêt 4A_230/2018 consid. 2.5.1).
- En 2000, soit peu après la signature de l'ALCP, la Cour de justice a jugé que l'interdiction de discriminer les travailleurs, énoncée à l'article 48 du Traité instituant la Communauté européenne (devenu ensuite l'art. 39 TCE, puis l'actuel art. 45 TFUE), s'appliquait également aux personnes privées, dans une affaire où les conditions de recrutement imposées par une banque privée italienne induisaient une discrimination indirecte (affaire Angonese du 6 juin 2000, C-281/98, Recueil 2000 I-4139, n. 36; cf. en outre les réf. citées dans l'arrêt 4A_230/2018 consid. 2.5.1).
V. La doctrine majoritaire a accueilli de façon critique ou rejeté cette extension de l'effet direct du principe de non-discrimination à des rapports de travail aménagés selon l'autonomie privée, dans un cas de discrimination indirecte. Des raisons dogmatiques sous-tendaient ces critiques, qui pointaient aussi la restriction de l'autonomie privée et l'incertitude planant sur les faits justificatifs que pourraient faire valoir des particuliers. D'autres auteurs saluaient en revanche cette jurisprudence, qui serait le seul moyen de faire lever les obstacles à la libre circulation (cf. les nombreuses références citées au consid. 2.5.2 de l'arrêt 4A_230/2018).
VI. Cela étant, la doctrine part du principe que l'égalité de traitement garantie par l'<ref-law> - respectivement par l'art. 7 al. 1 du Règlement européen no 492/2011 - s'applique aussi directement aux employeurs privés, vu l'alinéa 4 de ces dispositions qui mentionne expressément les conventions individuelles (cf. les réf. citées au consid. 2.5.3 de l'arrêt 4A_230/2018).
VII. L'<ref-law> réserve des circonstances susceptibles de justifier une limitation aux droits octroyés par l'Accord. Il s'agit des "raisons d'ordre public, de sécurité publique et de santé publique" (en droit européen, cf. art. 45 al. 3 TFUE).
Pour la doctrine dominante, ces motifs justificatifs prévus pour les Etats parties au traité ne sont pas adaptés aux particuliers, qui poursuivent des intérêts privés, le plus souvent économiques. A compter du moment où l'on admet, comme le fait l'arrêt Angonese, d'étendre l'interdiction de discriminer aux particuliers, il faudrait en tirer les conséquences et adapter les faits justificatifs admissibles. Les personnes privées - au contraire des Etats - devraient pouvoir invoquer des circonstances économiques (cf. les références citées au consid. 2.5.4.1 de l'arrêt 4A_230/2018).
Dans l'affaire Angonese, la Cour de justice a précisé que la mesure discriminatoire de l'employeur privé pourrait se justifier "si elle était fondée sur des considérations objectives " (arrêt précité, n. 42). Une telle formule est plus large que celle employée par la Cour de justice lorsqu'elle évoque les circonstances susceptibles de légitimer une mesure étatique ou une réglementation collective discriminatoire (ou contraire à une liberté fondamentale) : il est alors question de "raisons impérieuses d'intérêt général" (affaire Bosman précitée, n. 104; cf. au surplus les références citées au consid. 2.5.4.2 de l'arrêt 4A_230/2018).
5.3. A l'issue de ce tour d'horizon effectué dans l'arrêt 4A_230/2018, la Cour de céans a conclu qu'elle pouvait s'abstenir d'examiner si l'<ref-law> déployait un effet horizontal direct et s'appliquait dans des rapports de travail liant, comme en l'espèce, une entreprise privée et un (e) employé (e). De même a-t-elle renoncé à déterminer, dans l'hypothèse où cette première question appellerait une réponse affirmative, si l'employeuse privée pourrait invoquer des motifs justificatifs tels qu'une situation financière exceptionnelle, dont elle se prévalait précisément. La Cour de céans a en effet jugé que dans tous les cas, la travailleuse concernée, en se prévalant de l'interdiction de discriminer, commettait dans les circonstances concrètes un abus de droit manifeste au sens de l'<ref-law> (arrêt 4A_230/2018 consid. 2.6 et 3).
Il appert que les mêmes conclusions s'imposent dans le présent cas.
6.
6.1. L'<ref-law> énonce que chacun est tenu d'exercer ses droits et d'exécuter ses obligations selon les règles de la bonne foi (al. 1). L'abus manifeste d'un droit n'est pas protégé par la loi (al. 2).
L'interdiction de l'abus de droit est un principe général du droit qui vaut dans tout l'ordre juridique; il ressortit à l'ordre public suisse et doit être appliqué d'office à tous les degrés d'instance (<ref-ruling> consid. 4.2 p. 673; <ref-ruling> consid. 1c p. 206; sur l'abus de droit en lien avec l'application de l'ALCP et la jurisprudence européenne, cf. <ref-ruling> consid. 9).
Il est notamment abusif d'adopter des comportements parfaitement incompatibles, ou d'invoquer un droit de façon contradictoire avec un comportement antérieur et de trahir ainsi les attentes légitimes qu'un tel comportement a suscitées (<ref-ruling> consid. 4.2 p. 673 et les arrêts cités). L'abus peut aussi résider dans l'utilisation d'une institution juridique de façon contraire à son but (<ref-ruling> consid. 3.1 p. 281 et les arrêts cités).
Des circonstances particulières sont requises en sus d'un comportement contradictoire, lorsqu'une partie revient sur son consentement à un contrat dont elle conteste ensuite la validité au motif qu'il contrevient au droit impératif. Sans cette exigence supplémentaire, on en viendrait, par le biais de l'<ref-law>, à priver le travailleur de la protection conférée par le droit impératif (<ref-ruling> consid. 5.1 p. 497; <ref-ruling> consid. 5.2 p. 622; <ref-ruling> consid. 7 p. 344; <ref-ruling> consid. 3c). De telles circonstances peuvent exister lorsque la partie qui invoque le droit impératif a elle-même proposé la convention contraire à ce droit, dans son propre intérêt et en connaissance de l'invalidité, de sorte qu'elle a acquis un droit de façon déloyale (<ref-ruling> consid. 5.1 p. 498 qui renvoie à l'<ref-ruling> consid. 3 p. 632). Il est également abusif d'invoquer le droit impératif pour protéger des intérêts qui en réalité n'existent plus, ou ont déjà été sauvegardés d'une autre manière. Enfin, la nullité ne saurait être invoquée après un retard tel que l'autre partie n'est désormais plus en mesure de défendre ses propres intérêts (<ref-ruling> consid. 5.1 p. 498; cf. aussi <ref-ruling> consid. 6c; <ref-ruling> consid. 4c/bb).
6.2. Dans le cas concret, le travailleur invoque le caractère discriminatoire, et partant la nullité de l'avenant au contrat de travail qu'il avait pourtant signé le 21 septembre 2011. La modification salariale avait déjà été annoncée en juin 2011; elle avait été présentée comme une mesure destinée à atténuer les effets du franc fort. A cette époque, la question du versement des salaires en euros occupait déjà le Parlement (cf. consid. 4.2 supra), la doctrine (cf. par ex. JEAN CHRISTOPHE SCHWAAB, Paiement du salaire en euros, adaptation au cours de l'euro [...], in Jusletter du 8 août 2011, p. 2) et les syndicats, la presse ayant relayé leur point de vue selon lequel le versement de salaires en euros aux frontaliers enfreindrait les accords bilatéraux prohibant toute discrimination (cf. dépêche de l'Agence Télégraphique Suisse [ATS] du 16 septembre 2011, accessible sur le site Internet de la Radio Télévision Suisse romande à l'adresse https://www.rts.ch/info/suisse/3401477-le-conseil-federal-n-interdit-pas-les-salaires-en-euros.html). Les employés ne pouvaient donc ignorer les interrogations que suscitait l'avenant au contrat de travail qui leur était soumis.
Au comportement contradictoire du travailleur s'ajoutent des circonstances spéciales telles que requises par la jurisprudence précitée.
L'employeuse a fait valoir que la modification salariale devait limiter ses pertes, assurer la pérennité de l'entreprise et garantir le maintien des emplois; sans cette mesure, ses comptes auraient été catastrophiques et elle aurait dû procéder à des licenciements. Elle a produit des extraits de bilan, qui font ressortir une perte d'exploitation de quelque - 3,7 millions de francs pour l'exercice 2011-2012 et de quelque - 3,2 millions de francs pour l'exercice 2012-2013. Dans son rapport de novembre 2013, l'organe de révision a précisé que la société était surendettée au sens de l'<ref-law>; l'avis au juge avait toutefois pu être évité grâce à la postposition de créances à hauteur de 4 millions de francs.
Il apparaît ainsi que la mesure litigieuse a bel et bien été prise alors que l'employeuse se trouvait dans une situation financière très précaire, dans le contexte d'une crise monétaire qu'elle a invoquée pour expliquer la mesure.
Par ailleurs, le travailleur était bien conscient que le paiement d'un salaire prédéfini en francs suisses puis converti en euros selon un taux fictif supérieur au cours en vigueur entraînait une diminution de salaire, en comparaison de son précédent salaire versé en francs suisses (ou d'un salaire converti en euros au cours réel inférieur). Cela étant, cette diminution de salaire n'était pas destinée à procurer un profit à l'employeuse aux dépens du travailleur frontalier, mais visait à permettre la survie de l'entreprise, et partant le maintien des emplois, qui étaient sérieusement menacés en raison de fluctuations monétaires extraordinaires. Il n'apparaît pas que ces éléments aient en soi été contestés par l'employé. La mesure visait en fin de compte à sauvegarder des places de travail; elle était prise dans un cadre extraordinaire, alors que la Banque Nationale Suisse elle-même a peiné à maîtriser cette situation imprévue sur les marchés financiers et s'est vue contrainte de prendre des mesures de politique monétaire exceptionnelles.
Le travailleur a signé l'avenant alors qu'il connaissait la précarité économique de l'employeuse dans une situation d'exception liée à une crise monétaire; il connaissait aussi les motifs sous-tendant la baisse de salaire, dont il était patent qu'elle visait en fin de compte à sauvegarder les places de travail - dont la sienne -, et non à péjorer sa situation au profit de l'employeuse. En se prévalant des années après, dans ce contexte très particulier, de l'interdiction de discriminer fondée sur l'<ref-law>, le travailleur commet un abus de droit manifeste.
A cet égard, on ne saurait ignorer que l'interdiction de discriminer énoncée par la disposition précitée revêt au premier chef un caractère économique et n'a pas la teneur d'un droit de l'homme, comme ce peut être le cas pour d'autres interdictions de discriminer (cf. JÖRG PAUL MÜLLER/MARKUS SCHEFER, Grundrechte in der Schweiz, 4e éd. 2008, p. 718 et les références). En brandissant des années plus tard cette interdiction de discriminer d'essence économique, alors qu'il avait consenti à la mesure salariale qu'il savait destinée à assurer sa propre place de travail dans une situation économique d'exception, le travailleur détourne de son but l'institution de l'interdiction de discriminer consacrée à l'<ref-law>; il a en effet dissuadé l'employeuse de prendre d'autres mesures de sauvetage qui auraient pu le cas échéant entrer en considération.
6.3. En définitive, quand bien même l'<ref-law> déploierait un effet horizontal direct pour les employeurs privés, et quand bien même la mesure salariale litigieuse constituerait une discrimination prohibée, il faudrait constater que le travailleur commet un abus de droit manifeste en invoquant cette disposition dans cette conjoncture très particulière (<ref-law>).
7.
L'autorité précédente a jugé superflu d'examiner la motivation alternative présentée par les premiers juges, selon laquelle la sentence arbitrale du 12 septembre 2012 constatant la nullité des avenants aux contrats de travail était opposable à l'employeuse.
La recourante ne revient pas sur cette question dans son mémoire de recours, précisant que l'instance précédente ne l'a " à juste titre" pas traitée. Quant à l'intimé, il n'a pas déposé de réponse et a ainsi renoncé à invoquer cet argument alternatif, pour le cas où la Cour de céans ne retiendrait pas l'analyse des juges d'appel. Ce second motif est dès lors réputé abandonné par les parties, ce qui clôt toute discussion (cf. <ref-ruling> consid. 2 p. 89; arrêts 4A_193/2018 du 27 juillet 2018 consid. 2; 4A_132/2014 du 2 juin 2014 consid. 1; 5F_1/2014 du 18 février 2014 consid. 3.3). Tout au plus relèvera-t-on que la question de l'applicabilité de la CCT et de la sentence arbitrale y afférente se pose a priori aussi pour le travailleur (cf. GABRIEL AUBERT, L'arbitrage en droit du travail, in Journée 1996 de droit du travail et de la sécurité sociale, 1999, p. 118).
8.
Au vu des considérants qui précèdent, le recours de l'employeuse doit être admis et l'arrêt attaqué annulé. L'action intentée par l'employé doit être rejetée.
En conséquence, l'employé intimé supportera les frais de la présente procédure (<ref-law>), fixés selon le tarif réduit de l'art. 65 al. 4 let. c LTF. Il versera en outre une pleine indemnité de 2'500 fr. à la recourante pour ses frais d'avocat (art. 68 al. 1 et 2 LTF).
Enfin, la cause doit être renvoyée à l'autorité précédente pour qu'elle rende une nouvelle décision sur les dépens de la procédure cantonale, étant précisé qu'aucuns frais judiciaires n'ont été perçus (cf. art. 114 let. c CPC).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est admis, l'arrêt attaqué est annulé et l'action intentée par l'intimé contre la recourante est rejetée.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 600 fr., sont mis à la charge de l'intimé.
3.
L'intimé versera à la recourante une indemnité de 2'500 fr. à titre de dépens.
4.
La cause est renvoyée à l'autorité précédente pour nouvelle décision sur les dépens de la procédure cantonale.
5.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour civile du Tribunal cantonal du canton du Jura.
Lausanne, le 15 janvier 2019
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La présidente: Kiss
La greffière: Monti