Faits :
A.
Par jugement du 9 mai 2017, la Cour des affaires pénales du Tribunal pénal fédéral a reconnu X._ coupable de viols répétés, contrainte, séquestrations répétées, voies de fait répétées, violations de domicile répétées, tentative de dommages à la propriété, violence ou menace contre les autorités et les fonctionnaires, lésions corporelles simples, entrée illégale et séjour illégal et infraction à l'<ref-law>. Elle l'a condamné à une peine privative de liberté de soixante-six mois, sous déduction de 457 jours de détention avant jugement, ainsi qu'à une amende de 500 fr. convertible en 10 jours de peine privative de liberté de substitution en cas de non-paiement fautif. Cette autorité a également révoqué deux sursis prononcés les 1er décembre 2014 et 27 août 2015 et refusé de prononcer une mesure. Elle a condamné X._ à verser à A._ une indemnité pour tort moral de 15'000 francs.
B.
X._ forme un recours en matière pénale auprès du Tribunal fédéral contre ce jugement. Il requiert, avec suite de frais et dépens, l'annulation de cette décision, que les enregistrements vocaux des 2 et 24 avril 2016 soient déclarés inexploitables et retirés du dossier et que soit ordonnée l'audition de sa mère C._, de D._ et du Prof. E._. Il conclut à son acquittement des chefs d'accusation de voies de fait et de séquestration pour les faits des 2 et 24 avril 2016, de lésions corporelles simples pour les faits qui se sont déroulés le 10 décembre 2014 et de viol pour les faits survenus les 30 août 2015 et 5 septembre 2015 ainsi qu'à sa condamnation à une peine privative de liberté ne dépassant pas dix-huit mois et à une mesure au sens de l'<ref-law> à exécuter dans une unité psychiatrique en milieu ouvert. A titre subsidiaire, il sollicite l'annulation du jugement du 9 mai 2017 et le renvoi de la cause à l'autorité précédente pour nouvelle décision. Il demande le bénéfice de l'assistance judiciaire.
Invités à se déterminer, l'autorité précédente, le Ministère public de la Confédération et B._ y ont renoncé. A._ a conclu, avec suite de frais et dépens, au rejet du recours en ce qui la concerne.

Considérant en droit :
1.
Le recourant invoque que les enregistrements vocaux des 2 et 24 avril 2016 étaient inexploitables. A l'appui de ce grief, il conteste avoir donné son accord pour être enregistré le 2 avril 2016 et plaide que les deux enregistrements portaient sur des conversations privées. Ils étaient donc illicites au sens de l'<ref-law>. Au vu des circonstances d'espèces, de tels enregistrements étaient inexploitables dans la procédure pénale.
1.1. La procédure pénale contient des dispositions sur les méthodes d'administration des preuves interdites (<ref-law>) et sur l'exploitation des moyens de preuves obtenus illégalement (<ref-law>). Elle ne règle en revanche pas de manière explicite dans quelle mesure ces dispositions s'appliquent quand les moyens de preuves sont récoltés non par les autorités, mais par des personnes privées.
Selon la jurisprudence, les moyens de preuves récoltés illicitement par des personnes privées sont uniquement exploitables si, cumulativement, ils auraient pu être obtenus par les autorités de poursuite pénale conformément à la loi et une pesée des intérêts en présence justifie leur exploitation (arrêts 1B_474/2017 du 8 novembre 2017 consid. 2.2; 6B_1241/2016 du 17 juillet 2017 consid. 1.2.2; 1B_76/2016 du 30 mars 2016 consid. 2.2; 6B_786/2015 du 8 février 2016 consid. 1.2; 1B_22/2012 du 11 Mai 2012 consid. 2.4.4).
1.2. Dans les deux cas susmentionnés, les questions de savoir si les enregistrements avaient été opérés avec l'accord ou non du recourant étaient illicites ou non au regard de l'<ref-law> peuvent rester ouvertes, dès lors que pour les motifs qui suivent les enregistrements étaient dans tous les cas exploitables. Faute d'influer sur le résultat (cf. infra consid. 3.1), le grief d'arbitraire soulevé par le recourant s'agissant de la constatation de l'autorité précédente qu'il savait être enregistré le 2 avril 2016 ne peut en conséquence qu'être rejeté.
1.2.1. Aux termes de l'<ref-law>, le ministère public peut utiliser des dispositifs techniques de surveillance aux fins d'écouter ou d'enregistrer des conversations non publiques. N'est pas protégé au sens de cette disposition celui qui converse à voix élevée dans un endroit public, tandis que l'est celui qui parle à voix normale (ZUFFEREY/BACHER, Commentaire romand CPP, n° 11 ad <ref-law>).
Les conditions et l'utilisation de dispositifs techniques de surveillance sont pour le surplus régies par l'<ref-law>: l'utilisation de tels dispositifs ne peut être ordonnée qu'à l'encontre du prévenu (al. 1). Les locaux ou les véhicules de tiers ne peuvent être placés sous surveillance que si des faits déterminés permettent de supposer que le prévenu se trouve dans ces locaux ou utilise ces véhicules (al. 2). L'<ref-law> interdit enfin l'utilisation de dispositifs techniques de surveillance pour enregistrer à des fins probatoires le comportement d'un prévenu en détention ou surveiller les locaux ou les véhicules d'un tiers appartenant à l'une des catégories professionnelles visées aux art. 170 à 173 CPP. Au surplus, l'utilisation de dispositifs techniques de surveillance est régie par les art. 269 à 279 CPP (<ref-law>).
Aux termes de l'<ref-law>, le ministère public peut ordonner la surveillance de la correspondance par poste et télécommunication aux conditions suivantes: de graves soupçons laissent présumer que (a) l'une des infractions visées à l'<ref-law> a été commise, (b) cette mesure se justifie au regard de la gravité de l'infraction et (c) les mesures prises jusqu'alors dans le cadre de l'instruction sont restées sans succès ou les recherches n'auraient aucune chance d'aboutir ou seraient excessivement difficiles en l'absence de surveillance. L'<ref-law> prévoit qu'une surveillance peut être ordonnée aux fins de poursuivre notamment les infractions de contrainte (<ref-law>), de séquestration et enlèvement (<ref-law>) et de viol (<ref-law>).
1.2.2. En l'occurrence, les enregistrements ont porté sur des conversations qui se sont déroulées en partie dans un lieu privé, en partie dans un lieu public mais qui, à suivre le recourant, restaient des conversations non publiques. La licéité de leur enregistrement par les autorités de poursuites pénales, en admettant la théorie précitée du recourant - l'état de fait du jugement attaqué ne permettant pas de la rejeter - aurait donc été soumise aux <ref-law> et 281 al. 4 CPP.
Au moment où les enregistrements ont eu lieu, selon le jugement entrepris, le recourant avait déjà commis à de multiples reprises des violences physiques sur l'intimée, qualifiées de voies de fait au sens de l'<ref-law>. Il l'avait en outre violée au sens de l'<ref-law> à plusieurs reprises et l'avait contrainte au sens de l'<ref-law>. Le 24 avril 2016, le recourant s'est en outre rendu coupable de séquestration et enlèvement au sens de l'<ref-law>. Ces trois dernières infractions sont énumérées par l'<ref-law>P. De tels comportements ne pouvaient que créer de graves soupçons, s'ils avaient été rapportés à l'autorité de poursuite pénale avant les enregistrements, de la commission par le recourant d'infractions visées par l'<ref-law>P (cf. <ref-law>). Que, dans le cas d'espèce, les autorités de poursuites n'aient pas eu effectivement connaissance des faits fondant de tels soupçons avant les enregistrements litigieux n'est en revanche pas déterminant (cf. arrêt 6B_983/2013 du 24 février 2014 consid. 3.3.1). L'utilisation des dispositifs techniques de surveillance, telle que visée par l'<ref-law>, aurait de plus été ju stifiée par la gravité des faits dont le recourant aurait été suspecté (cf. <ref-law>). Au vu de la particularité des infractions en jeu, commises dans le huis clos de l'intimité du couple, notamment viols et séquestration, on ne voit pas que d'autres mesures moins invasives aient pu être prises et aient eu une chance de permettre d'élucider les faits (cf. art. 269 al. 1 let. c CPP). Dans le cas d'espèce, les moyens récoltés par l'intimée auraient ainsi pu être obtenus par les autorités de poursuite pénale conformément à la loi.
1.2.3. La pesée des intérêts en présence justifie en outre l'exploitation des enregistrements litigieux. A cet égard, la jurisprudence retient que plus grave est l'infraction, plus l'intérêt public à la manifestation de la vérité l'emporte sur l'intérêt privé à ce que la preuve litigieuse reste inexploitée (<ref-ruling> consid. 4.1.2 p. 279; arrêt 6B_786/2015 du 8 février 2016 consid. 1.3.2).
Le recourant invoque que les faits dénoncés les 2 et 24 avril 2016 sont tout au plus constitutifs de voies de fait au sens de l'<ref-law>. C'est partiellement faux, le recourant ayant été condamné, pour les faits du 24 avril 2016, non seulement pour voies de fait mais également pour séquestration (jugement attaqué, p. 74 ss). De plus, ces enregistrements permettent de se rendre compte, de manière directe et sans filtre, de l'ambiance au sein de l'intimité du couple et du comportement du recourant envers l'intimée. Ils constituent un élément important pour évaluer la crédibilité à donner aux déclarations faites par les parties durant la procédure quant à l'existence ou non de violences graves de la part du recourant envers l'intimée. A cet égard et contrairement à ce que soutient le recourant, les infractions à prendre en compte dans la pesée des intérêts ne sont pas seulement celles commises pendant les enregistrements, mais également celles précédemment perpétrées qui doivent être élucidées. Au vu des infractions graves déjà commises par le recourant sur l'intimée, de manière répétée, notamment des viols perpétrés alors qu'ils étaient seuls, l'intérêt public à la découverte de la vérité, par l'utilisation durant la procédure pénale des enregistrements litigieux, l'emporte clairement sur l'intérêt privé du recourant à la non-utilisation de ces enregistrements, ceux-ci étant accessoirement de courte durée.
1.2.4. Il résulte de ce qui précède que les enregistrements litigieux, qu'ils aient ou non été licitement opérés, étaient exploitables. Dans ces conditions, le fait qu'ils aient été transmis à l'expert et repris par lui dans le cadre de sa mission ne prête pas flanc à la critique.
1.3. Dès lors que le recourant fonde sa conclusion en acquittement des chefs d'accusation de voies de fait et de séquestration pour les faits survenus les 2 et 24 avril 2016 sur l'admission du grief qui précède, sa conclusion est irrecevable.
2.
Le recourant reproche à l'autorité précédente d'avoir refusé de donner suite à plusieurs de ses réquisitions d'administration de preuve. Il y voit une violation des art. 107 et 109 CPP et 47 CP.
2.1. Le droit d'être entendu, consacré par l'<ref-law>, garantit aux parties le droit de déposer des propositions relatives aux moyens de preuves (al. 1 let. e). Conformément à l'<ref-law>, il n'y a pas lieu d'administrer des preuves sur des faits non pertinents, notoires, connus de l'autorité ou déjà suffisamment prouvés. Cette disposition codifie, pour la procédure pénale, la règle jurisprudentielle déduite de l'art. 29 al. 2 Cst. en matière d'appréciation anticipée des preuves (arrêts 6B_304/2017 du 21 décembre 2017 consid. 1.1; 6B_1368/2016 du 15 novembre 2017 consid. 8.1). Le refus d'instruire ne viole ainsi le droit d'être entendu des parties que si l'appréciation anticipée de la pertinence du moyen de preuve offert, à laquelle le juge a procédé, est entachée d'arbitraire (<ref-ruling> consid. 3.3 p. 64; sur la notion d'arbitraire, cf. infra consid. 3.1).
Aux termes de l'<ref-law>, sous réserve de dispositions particulières du présent code, les parties peuvent en tout temps présenter des requêtes à la direction de la procédure (al. 1). Celle-ci examine les requêtes et donne aux autres parties l'occasion de se déterminer (al. 2).
2.2. S'agissant des auditions requises par le recourant de sa mère et de D._, le jugement entrepris a confirmé le rejet prononcé dans l'ordonnance sur preuves du 24 mars 2017. Il a relevé que l'audition de la mère du recourant visait à témoigner d'éléments importants relatifs au parcours familial et affectif du recourant, l'audition du deuxième témoin, amie proche de longue date du recourant, à témoigner de son parcours professionnel, ainsi que de l'évolution de son état psychologique avant son départ de Grèce. L'autorité précédente a toutefois estimé que le rejet de ses requêtes pouvait être confirmé, dès lors que le recourant était mieux placé que des tiers pour décrire les éléments relatifs à son parcours familial, professionnel et affectif, les moyens de preuves offerts n'étant pas nécessaires à établir les faits. Formées au stade de la préparation des débats, ces demandes d'audition confinaient au procédé dilatoire, compte tenu que le ministère public avait invité le recourant, durant l'instruction et à deux reprises, à proposer des offres de preuves et qu'il n'avait pas suggéré les auditions ici litigieuses. Pour le surplus, l'autorité précédente a relevé que ces auditions n'avaient pas été demandées afin de la renseigner sur le cadre psychosocial existant au moment du retour du recourant en Grèce. Elle a poursuivi en indiquant que c'est l'expert qui est compétent pour déterminer les questions pertinentes à poser à la mère et à l'amie du recourant et si ces auditions suffisent pour lui permettre de se faire une idée du cadre précité. Une fois ce cadre établi, les connaissances de l'expert sont nécessaires pour résoudre la question de savoir si ce cadre est susceptible de compléter de manière adéquate la prise en charge médicale du recourant. L'autorité précédente retenait toutefois que l'expert n'avait pas pu se prononcer sur la qualité de ce cadre en raison du refus du recourant de lui donner les moyens de commencer son investigation et qu'il ne lui appartenait pas de pallier l'absence d'expertise sur ce point (jugement attaqué, p. 95 - 97).
2.3. Les auditions des deux témoins précités ont été demandées dans le délai prévu par l'<ref-law>, selon lequel la direction de la procédure fixe en même temps un délai aux parties pour présenter et motiver leur réquisition de preuves en attirant leur attention sur les frais et indemnités qu'entraîne le non respect du délai. Le conseil du recourant a en outre précisé, à la suite du rejet de sa réquisition et en la reformulant, qu'il se chargerait d'acheminer au second témoin dont l'audition était requise le mandat de comparution délivré par l'autorité précédente et que les frais de déplacement de ce témoin seraient pris en charge. Dans ces conditions, on ne saurait parler de procédé dilatoire.
L'autorité précédente a refusé d'ordonner un traitement ambulatoire au sens de l'<ref-law>, aspect non critiqué par le recourant qui conclut uniquement au prononcé d'un traitement institutionnel (cf. infra consid. 6). Dans le cadre de l'examen par l'autorité précédente de la nécessité d'ordonner un traitement institutionnel, la question de savoir si le recourant pourra disposer d'un cadre psychosocial suffisant en Grèce, à l'issue d'un tel traitement, n'est pas déterminante (cf. infra consid. 6.3), ce que le recourant admet d'ailleurs (recours, p. 27). L'audition des témoins requis n'apparaissait par conséquent pas nécessaire sur ce point. N'étant pas insoutenable quant à son résultat, le refus de les entendre s'agissant de cette problématique ne procède pas d'une appréciation arbitraire des preuves.
Le recourant invoque également que l'audition des deux témoins précités aurait certainement apporté des informations et des faits qui ne pouvaient être établis autrement, aurait permis d'établir un profil complet du recourant, aurait permis à l'expert de compléter son anamnèse ou encore aurait eu une influence sur la quotité de la peine. Ce faisant, le recourant n'expose pas quels éléments concrets, propres à influer sur la décision entreprise, les témoins auraient pu apporter au vu des informations déjà collectées (cf. jugement entrepris, p. 11 et rapport et complément d'expertise) et des questions à trancher. Appellatoire, son argumentation est irrecevable.
Il résulte de ce qui précède que le rejet des requêtes d'audition de la mère du recourant et de D._ ne prête pas flanc à la critique.
2.4. Le recourant réclame qu'à la suite de ces deux auditions, l'expert soit entendu à nouveau. Au vu du rejet du grief qui précède, la conclusion en réaudition de l'expert, fondée sur leur réaudition préalable, ne peut elle aussi qu'être écartée.
3.
Le recourant conteste sa condamnation pour lésions corporelles au sens de l'<ref-law> en relation avec le coup porté au front à B._ le 10 décembre 2014. Il invoque une constatation arbitraire des faits relatifs au contenu du rapport médical. En conséquence, seule une infraction de voies de fait au sens de l'<ref-law> pouvait être retenue. Celle-ci était absorbée par l'infraction de violence ou menace contre les autorités et les fonctionnaires au sens de l'<ref-law> dont le recourant a été reconnu coupable.
3.1. Le Tribunal fédéral est lié par les constatations de fait de la décision entreprise (<ref-law>), à moins que celles-ci n'aient été établies en violation du droit ou de manière manifestement inexacte au sens des art. 97 al. 1 et 105 al. 2 LTF, soit pour l'essentiel de façon arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. La notion d'arbitraire a été rappelée dans l'arrêt publié aux <ref-ruling>. En bref, une décision n'est pas arbitraire du seul fait qu'elle apparaît discutable ou même critiquable, Il faut qu'elle soit manifestement insoutenable, et cela non seulement dans sa motivation mais aussi dans son résultat (<ref-ruling> consid. 4.3 p. 380). En matière d'appréciation des preuves et d'établissement des faits, il n'y a arbitraire que lorsque l'autorité ne prend pas en compte, sans aucune raison sérieuse, un élément de preuve propre à modifier la décision, lorsqu'elle se trompe manifestement sur son sens et sa portée, ou encore lorsque, en se fondant sur les éléments recueillis, elle en tire des constatations insoutenables (<ref-ruling> consid. 2.3 p. 266 et les références citées). Le Tribunal fédéral n'entre en matière sur les moyens fondés sur la violation de droits fondamentaux que s'ils ont été invoqués et motivés de manière précise (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 1.1 p. 503). Les critiques de nature appellatoire sont irrecevables (<ref-ruling> consid. 2.4 p. 368).
Lorsque l'appréciation des preuves et la constatation des faits sont critiquées en référence au principe " in dubio pro reo", celui-ci n'a pas de portée plus large que l'interdiction de l'arbitraire (<ref-ruling> consid. 1.1 p. 503).
3.2. L'<ref-law> réprime les lésions du corps humain ou de la santé qui ne peuvent être qualifiées de graves au sens de l'<ref-law>. Cette disposition protège l'intégrité corporelle et la santé tant physique que psychique. Elle implique une atteinte importante aux biens juridiques ainsi protégés. A titre d'exemples, la jurisprudence cite l'administration d'injections, la tonsure totale et tout acte qui provoque un état maladif, l'aggrave ou en retarde la guérison, comme les blessures, les meurtrissures, les écorchures ou les griffures, sauf si ces lésions n'ont pas d'autres conséquences qu'un trouble passager et sans importance du sentiment de bien-être. Les voies de fait, réprimées par l'<ref-law>, se définissent comme des atteintes physiques qui excèdent ce qui est socialement toléré mais qui ne causent ni lésions corporelles, ni dommages à la santé (<ref-ruling> consid. 1.2 p. 191 et les arrêts cités).
La distinction entre lésions corporelles et voies de fait peut s'avérer délicate, notamment lorsque l'atteinte s'est limitée à des meurtrissures, des écorchures, des griffures ou des contusions. Ainsi, une éraflure au nez avec contusion a été considérée comme une voie de fait; de même, une meurtrissure au bras et une douleur à la mâchoire sans contusion. En revanche, un coup de poing au visage donné avec une violence brutale propre à provoquer d'importantes meurtrissures, voire une fracture de la mâchoire, des dents ou de l'os nasal, a été qualifié de lésion corporelle; de même de nombreux coups de poing et de pied provoquant chez l'une des victimes des marques dans la région de l'oeil et une meurtrissure de la lèvre inférieure et chez l'autre une meurtrissure de la mâchoire inférieure, une contusion des côtes, des écorchures de l'avant-bras et de la main. Dans les cas limites, il faut tenir compte de l'importance de la douleur provoquée, afin de déterminer s'il s'agit de lésions corporelles simples ou de voies de fait. Dans ces cas, une certaine marge d'appréciation doit être laissée au juge du fait car l'établissement des faits et l'interprétation de la notion juridique indéterminée sont étroitement liés. Dans ces circonstances, le Tribunal fédéral s'impose une certaine réserve dans la critique de l'interprétation faite par l'autorité cantonale, dont il ne s'écarte que si cela s'avère nécessaire (<ref-ruling> consid. 1.3 p. 191 s. et les arrêts cités; également MARC RÉMY, Commentaire romand, CP II, 2017, nos 4 ss ad <ref-law>).
3.3. En l'espèce, le recourant était accusé d'avoir causé à la victime, par un coup porté au visage, " une lésion traumatique (hématome frontal de 2 cm2 et une tuméfaction légère " (jugement attaqué, p. 29 ch. 2.6). L'autorité précédente a considéré que le constat médical figurant au dossier attestait " des blessures décrites " et faisait état d' " une lésion hématique frontale de 2 cm2, ainsi que d'une tuméfaction légère " (idem, ch. 2.6.2). De telles blessures devaient être qualifiées de lésions corporelles simples (idem, ch. 2.6.3).
3.4. Comme le relève le recourant, le constat qui précède n'est pas correct, le constat médical concernant la victime ici impliquée n'attestant pas d'un hématome, mais d'une " lésion traumatique érythème de 2 cm2 frontal G, tuméfaction légère" (pièce 02-00-00-0115). La victime a certes indiqué avoir une bosse et un hématome (pièce 02-00-00-011). Ce dernier n'a toutefois pas été constaté par le médecin l'ayant examinée peu après. Il n'est pas non plus constaté que la victime a saigné, ni que le coup lui a causé une douleur particulière ou a provoqué un état maladif. La lésion constatée médicalement, sans hématome, n'est dans ces conditions clairement pas suffisante pour justifier la qualification de lésions corporelles simples, l'autorité précédente l'ayant d'ailleurs justifiée par le constat erroné de la présence d'un hématome, qui aurait été la conséquence de la rupture d'un vaisseau sanguin, rupture elle aussi non constatée par le certificat médical. Le recourant ne peut dès lors qu'être reconnu coupable de voies de fait au sens de l'<ref-law>. Or cette infraction est absorbée par celle de violence ou menace contre les autorités et les fonctionnaires sanctionnée par l'<ref-law> (VERONICA BOETON ENGEL, Commentaire romand, CP II, 2017, n° 58 ad <ref-law>), pour laquelle le recourant a également été condamné.
Le grief du recourant doit être admis, le jugement attaqué annulé et la cause renvoyée à l'autorité précédente pour nouvelle décision sur ce point et conséquemment également sur la peine.
4.
A l'encontre de sa condamnation pour viol, commis sur A._ les 30 août 2015 et 5 septembre 2015, le recourant invoque une violation de l'interdiction de l'arbitraire et du principe " in dubio pro reo " et conteste cette condamnation. A titre subsidiaire, il estime ne pouvoir être condamné que pour deux viols et non cinq.
4.1. L'autorité précédente a exposé en détail pour quels motifs elle retenait que le recourant avait contraint l'intimée à subir l'acte sexuel à plusieurs reprises (jugement, p. 38 à 60 ch. 4). On peut s'y référer. Le recourant ne présente à l'encontre de cette appréciation qu'une argumentation de nature appellatoire, tronquant nombre de déclarations qu'il invoque et donnant à certains éléments plus d'importance que celle que l'autorité précédente leur a réellement accordée. Ce faisant, il ne démontre pas en quoi l'appréciation faite par l'autorité précédente des preuves au dossier aurait été insoutenable. Tel que motivé, son grief est irrecevable.
La contestation par le recourant de sa condamnation pour viol, fondée sur le grief ci-dessus, est irrecevable.
4.2. Le recourant reproche à l'autorité précédente d'avoir retenu qu'il s'était rendu coupable de trois viols le 30 août 2015 et deux viols le 5 septembre 2015. Il invoque une violation du principe " ne bis in idem ", de l'<ref-law> et du principe d'unité naturelle d'actions.
4.2.1. L'application du principe " ne bis in idem " présupposerait que le recourant ait été condamné ou acquitté pour viol pour les faits qui ont eu lieu les 30 août 2015 ou 5 septembre 2015 par un jugement entré en force (cf. <ref-law>; art. 4 al. 1 du Protocole n° 7 à la CEDH). Tel n'est pas le cas.
4.2.2. L'unité naturelle d'actions existe lorsque des actes séparés procèdent d'une décision unique et apparaissent objectivement comme des événements formant un ensemble en raison de leur relation étroite dans le temps et dans l'espace. Elle vise ainsi la commission répétée d'infractions - par exemple, une volée de coups - ou la commission d'une infraction par étapes successives - par exemple, le sprayage d'un mur avec des graffitis pendant plusieurs nuits successives. Une unité naturelle est cependant exclue si un laps de temps assez long s'est écoulé entre les différents actes, quand bien même ceux-ci seraient liés entre eux (<ref-ruling> consid. 4.5.3; <ref-ruling> consid. 2.4.5 p. 93 s.; TRECHSEL/PIETH, Schweizerisches Strafgesetzbuch, Praxis Kommentar, 3e éd. 2018, ad <ref-law>, n° 3). La notion d'unité naturelle d'actions doit être interprétée restrictivement (<ref-ruling> consid. 4.5.3 p. 266; arrêt 6B_310/2014 du 23 novembre 2015 consid. 4.2). Il s'agit d'une question de droit (TRECHSEL/PIETH, op. cit., ad <ref-law>, n° 3).
4.2.3. La nuit du 30 août 2015, le recourant a contraint sa victime à subir trois actes sexuels, successivement, dans trois lits différents, situés dans trois chambres différentes. Compte tenu que la notion d'unité naturelle d'actions doit être interprétée de manière restrictive, on peut admettre que ces trois actes ne procédaient pas d'une décision unique - non constatée - et ne formaient en conséquence pas une telle unité. La condamnation du recourant pour trois viols commis durant cette nuit-là ne prête dès lors pas flanc à la critique.
4.2.4. S'agissant de la nuit du 5 septembre 2015, le recourant a fait subir à la même personne, dans la même chambre, la même nuit deux actes sexuels. Il s'est toutefois endormi entre les deux. De la sorte et compte tenu de l'interprétation restreinte à donner à la notion d'unité naturelle d'action, on peut également admettre que ces deux actes ne procédaient pas d'une décision unique et ne formaient en conséquence pas une telle unité. La condamnation du recourant pour les deux viols commis durant cette nuit-là ne viole pas le droit fédéral.
5.
Le recourant critique la quotité de la peine prononcée.
L'admission qui précède rend sans objet ce grief, la peine devant de toute façon être fixée à nouveau. Cela dit, s'agissant de la question de la responsabilité pénale limitée du recourant, l'autorité précédente a retenu que l'expert estimait " qu'au moment des faits, " la faculté du recourant de se déterminer d'après son appréciation - intacte - du caractère illicite de ses actes était " fortement diminuée " (jugement entrepris, p. 88 let. c; pièce 11-00-00-113). L'expert a pris en compte dans le complément d'expertise précité les actes reprochés au recourant notamment en 2015 et 2016 (pièce 11-00-00-106). Il n'a toutefois pas précisé à partir de quand la faculté du recourant d'apprécier le caractère illicite avait été " fortement diminuée ". Dans ces conditions et faute d'autres éléments, l'autorité précédente ne pouvait considérer que la faculté du recourant de se déterminer sur le caractère illicite de ses actes n'était que légèrement diminuée jusqu'en juillet 2015, ne retenir qu'une responsabilité " restreinte " conduisant à une réduction de la peine de base d'1/3 pour le viol commis en août 2015, puis retenir une responsabilité " fortement diminuée " et une réduction de 80% de la peine pour les faits commis en avril 2016. Sur ce point également, une nouvelle décision devra être rendue, cas échéant en demandant des précisions à l'expert. Conformément à la jurisprudence, la réduction de responsabilité sera en outre répercutée sur la faute et non directement sur la peine (<ref-ruling> consid. 5.7 p. 62 s.).
6.
Le recourant reproche à l'autorité précédente de n'avoir pas prononcé une mesure thérapeutique institutionnelle au sens de l'<ref-law>.
6.1.
6.1.1. Aux termes de l'<ref-law>, une mesure doit être ordonnée si une peine seule ne peut écarter le danger que l'auteur commette d'autres infractions, si l'auteur a besoin d'un traitement ou que la sécurité publique l'exige et si les conditions prévues aux art. 59 à 61 (mesures thérapeutiques institutionnelles), 63 (traitement ambulatoire) ou 64 CP (internement) sont remplies (<ref-law>). Pour ordonner l'une de ces mesures, le juge se fonde sur une expertise qui doit se déterminer sur la nécessité et les chances de succès d'un traitement, sur la vraisemblance que l'auteur commette d'autres infractions et sur la nature de celles-ci ainsi que sur les possibilités de faire exécuter la mesure (<ref-law>). Si plusieurs mesures s'avèrent appropriées, mais qu'une seule est nécessaire, le juge ordonne celle qui porte à l'auteur les atteintes les moins graves (<ref-law>). Cela implique notamment que le juge examine en premier lieu si les conditions d'une mesure thérapeutique institutionnelle sont remplies, avant de se poser la question, d'office, d'un éventuel internement au sens de l'<ref-law>.
6.1.2. Aux termes de l'<ref-law>, lorsque l'auteur souffre d'un grave trouble mental, le juge peut ordonner un traitement institutionnel si (a) l'auteur a commis un crime ou un délit en relation avec ce trouble et si (b) il est à prévoir que cette mesure le détournera de nouvelles infractions en relation avec ce trouble. Cette dernière condition est réalisée lorsque, au moment de la décision, il est suffisamment vraisemblable qu'un traitement institutionnel entraînera dans les cinq ans de sa durée normale une réduction nette du risque de récidive (<ref-ruling> consid. 3.2.4 p. 9; <ref-ruling> consid. 3.4.1 p. 321 s.).
Le traitement institutionnel s'effectue dans un établissement psychiatrique approprié ou dans un établissement d'exécution des mesures (<ref-law>). Il s'effectue dans un établissement fermé tant qu'il y a lieu de craindre que l'auteur ne s'enfuie ou ne commette de nouvelles infractions. Il peut aussi être effectué dans un établissement pénitentiaire au sens de l'<ref-law> dans la mesure où le traitement thérapeutique nécessaire est assuré par du personnel qualifié (<ref-law>). La question de savoir si le placement doit s'effectuer en milieu fermé ou non relève, à l'instar du choix de l'établissement où s'effectuera la mesure, de la compétence de l'autorité d'exécution. Cela étant, si un placement en milieu fermé apparaît déjà nécessaire au moment du prononcé du jugement, le juge peut et doit l'indiquer dans les considérants - mais non dans le dispositif - en traitant des conditions de l'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 2.4.4 p. 7 s. et consid. 2.5 p. 10 s.).
6.1.3. Si les conditions sont remplies aussi bien pour le prononcé d'une peine que pour celui d'une mesure, le juge ordonne les deux sanctions (<ref-law>). L'exécution d'une des mesures prévues aux art. 59 à 61 CP prime une peine privative de liberté prononcée conjointement ainsi qu'une peine privative de liberté qui doit être exécutée en raison d'une révocation ou d'une réintégration (art. 57 al. 2 1ère phrase CP).
6.2. En l'espèce, l'autorité précédente a tout d'abord écarté la mesure visée par l'<ref-law>, le recourant ne souffrant d'aucune addiction, celle prévue par l'<ref-law>, au vu de l'âge du recourant au moment des faits, et le traitement ambulatoire visé par l'<ref-law>, jugé inapproprié par l'expert. L'autorité précédente a ensuite estimé que la mesure d'internement n'entrait pas en ligne de compte au motif que l'instruction n'avait pas établi que le recourant ait porté ou voulu porter gravement atteinte à l'intégrité physique, psychique ou sexuelle d'autrui. S'agissant de celle de savoir si une mesure thérapeutique institutionnelle devait être ordonnée, l'autorité précédente a considéré que le recourant souffrait d'un grave trouble mental, en relation avec les crimes et délits commis. La condition posée par l'<ref-law> était donc remplie. L'autorité précédente a ensuite, en substance, estimé qu'à sa sortie de détention, le recourant, ressortissant grec, sera renvoyé en Grèce et interdit d'entrée en Suisse. L'autorité précédente a repris l'avis émis par l'expert aux débats, selon lequel un suivi du recourant, qu'il ait lieu en milieu ouvert ou fermé, n'avait aucune chance de succès si, en dehors de l'institution, le recourant devait se retrouver livré à lui-même, sans activité professionnelle et sans entourage. Après avoir rejeté les demandes d'auditions formées par le recourant de sa mère et d'une de ses amies, toutes deux habitant en Grèce, elle a constaté que l'expert n'avait pu se prononcer sur la question de savoir si le cadre en Grèce était susceptible ou non de compléter de manière adéquate la prise en charge médicale du recourant, imputant cette incapacité au refus de répondre du recourant et estimant qu'elle n'avait pas à pallier l'absence d'expertise sur ce point (cf. supra consid. 2.2). En conclusion, l'autorité précédente a jugé que le prononcé d'une mesure thérapeutique institutionnelle n'était pas susceptible de détourner le recourant de commettre de nouvelles infractions en relation avec son trouble et a relevé que selon l'expert le prononcé d'une telle mesure, en l'état, n'aurait clairement aucune chance de succès, respectivement conduirait à une impasse. Dans ces conditions, l'autorité précédente a renoncé à prononcer une mesure, en plus de la peine ordonnée (cf. jugement attaqué, p. 92 - 97).
6.3. Un tel raisonnement n'est pas conforme à la loi et la jurisprudence. Tout d'abord, une mesure thérapeutique ou un internement doit être ordonné si les conditions posées par le législateur sont remplies (cf. art. 59 et 64 CP). La question de savoir si les autorités administratives prononceront à la suite du jugement pénal l'expulsion de l'intéressé est à cet égard sans pertinence. Une telle expulsion ne sera en outre mise en oeuvre qu'après l'exécution de la peine et de la mesure thérapeutique institutionnelle ou de l'internement ordonné, respectivement la libération, cas échéant conditionnelle, de ces sanctions (<ref-ruling> consid. 5.2.3 p. 237 s., plus récemment arrêts 2C_733/2012 du 24 janvier 2013 consid. 5; 2C_394/2016 du 26 août 2016 consid. 4.1). Il en va de même depuis le 1er janvier 2018 de l'expulsion pénale, cf. art. 66c al. 2 et 3 CP; Message concernant une modification du code pénal et du code pénal militaire [mise en oeuvre de l'art. 121 al. 3 à 6 Cst. relatif au renvoi des étrangers criminels] du 26 juin 2013, FF 2013 p. 5373 ss, ad ch. 2.1.3). On ne saurait dès lors juger la mesure vouée à l'échec car effectuée à l'étranger, après l'expulsion. Ensuite, la question de savoir s'il est à prévoir que la mesure détournera le recourant de nouvelles infractions en relation avec son trouble (<ref-law>) doit être tranchée en examinant s'il est suffisamment vraisemblable qu'un traitement institutionnel entraînera dans les cinq ans de sa durée normale une réduction nette du risque de récidive. Une expertise sur ce point précis est nécessaire. La question n'est en revanche pas de déterminer si, après la fin de cette mesure et l'expulsion éventuelle du recourant, celui-ci disposera en Grèce - pour peu qu'il y demeure alors qu'il est déjà retourné à maintes reprises en Suisse malgré une interdiction d'entrée (jugement attaqué, p. 79, ch. 6.1) et que l'expert indique lui-même qu'il reviendra s'il est expulsé sans traitement (pièce 7 930 072 ligne 44 et pièce 7 930 074 ligne 25) - d'une stabilité professionnelle et d'un entourage soutenant. Conformément à la maxime d'instruction consacrée par l'<ref-law>, l'autorité précédente devait rechercher d'office tous les faits pertinents pour examiner si la condition visée par l'<ref-law>P est remplie et faire cas échéant compléter le rapport d'expertise sur ce point. Elle ne pouvait à cet égard se libérer de son obligation en alléguant qu'elle ou l'expert ne détiendrait pas les informations nécessaires, du fait que le recourant, souffrant d'un trouble délirant et d'un trouble de la personnalité paranoïaque, ne les aurait pas données.
Il résulte de ce qui précède que, sur ce point également, le jugement attaqué doit être annulé et la cause renvoyée à l'autorité précédente pour nouvelle décision. Ce qui précède rend sans objet les autres griefs soulevés par le recourant.
7.
Il résulte de ce qui précède que le recours doit être partiellement admis, le jugement attaqué annulé et la cause renvoyée à l'autorité précédente pour nouvelle instruction et nouvelle décision. Pour le surplus, le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
Le recourant a requis l'assistance judiciaire. Il ne supportera pas de frais et peut prétendre à une indemnité de dépens réduite, à la charge de la Confédération relativement à l'admission partielle de son recours (<ref-law>). Cela rend sa demande d'assistance judiciaire sans objet dans cette mesure. Le recours était, pour le surplus, dénué de chance de succès, si bien que l'assistance judiciaire doit lui être refusée (art. 64 al. 1 et 2 LTF). Le recourant supportera des frais réduits en raison de l'issue de la procédure et de sa situation financière (art. 65 al. 2 et 66 al. 1 LTF). Il versera en outre des dépens à l'intimée, dès lors que les griefs auxquels elle s'est opposée ont été rejetés.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est partiellement admis. Le jugement attaqué est annulé et la cause est renvoyée au Tribunal pénal fédéral pour nouvelle décision. Pour le surplus, le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2.
La demande d'assistance judiciaire est rejetée, dans la mesure où elle n'est pas sans objet.
3.
Des frais judiciaires réduits, arrêtés à 800 fr., sont mis à la charge du recourant.
4.
La Confédération versera au conseil du recourant une indemnité de 1500 fr. à titre de dépens réduits pour la procédure devant le Tribunal fédéral.
5.
Le recourant versera à l'intimée une indemnité de 1500 fr. à titre de dépens pour la procédure devant le Tribunal fédéral.
6.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et au Tribunal pénal fédéral, Cour des affaires pénales.
Lausanne, le 27 avril 2018
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Denys
La Greffière : Cherpillod