Faits :
A.
Par jugement du 31 août 2020, le Tribunal correctionnel de l'arrondissement de l'Est vaudois a libéré A._ des chefs d'accusation de faux dans les certificats médicaux, de faux dans les titres et d'abus de confiance, l'a reconnu coupable d'escroquerie par métier, faux dans les titres, faux certificat médical, violation grave des règles de la circulation routière et comportement frauduleux à l'égard des autorités. Il l'a condamné à une peine privative de liberté de 36 mois, sous déduction de 5 jours de détention avant jugement et 164 jours à titre de mesures de substitution à la détention. Il l'a mis au bénéfice du sursis partiel, la partie ferme représentant 18 mois, et a fixé le délai d'épreuve à 5 ans. Il a subordonné le sursis partiel accordé à la poursuite du suivi de type psychothérapeutique centré sur les aspects d'identité professionnelle, maintenu les mesures de substitution à titre de détention pour des motifs de sûreté telles qu'ordonnées par le tribunal des mesures de contrainte le 26 mars 2020. Il a ordonné l'expulsion du territoire suisse de A._ pour une durée de 5 ans et donné acte aux parties plaignantes de leurs réserves civiles à l'encontre du prénommé. Il a dit que celui-ci était tenu au paiement d'une créance compensatrice en faveur de l'État d'un montant de 200'000 fr., maintenu en garantie du paiement des frais de justice et en garantie de la créance compensatrice les séquestres sur les parts de copropriété détenues par A._ sur la PPE n° xxx (quote-part de 30/1000 de la parcelle n° xxx; droit exclusif sur l'appartement n° xxx et la cave n° xxx), sise Résidence "U._", à V._, ainsi que sur la quote-part de 1/38 du parking de 460 m2 (parcelle n° xxx, plan xxx), sise W._, à V._, séquestrées par ordonnance du 8 mars 2017, et 90'315 EUR 86 séquestrés le 29 août 2019. Il a ordonné le maintien de certains objets au dossier à titre de pièces à conviction et la restitution d'autres objets, dès jugement définitif et exécutoire. Enfin, il a mis les frais de la cause à la charge de A._ et rejeté la requête en indemnité formulée par celui-ci.
B.
Par jugement du 8 mars 2021, la Cour d'appel pénale du Tribunal cantonal vaudois, statuant sur appel de A._ et sur appel joint du ministère public, a rejeté le premier, partiellement admis le second et a réformé le jugement de première instance en ce sens qu'elle a libéré A._ de l'infraction réprimée à l'<ref-law>, l'a condamné pour abus de confiance, escroquerie par métier, faux dans les titres, faux certificat médical, violation grave des règles de la circulation routière et comportement frauduleux à l'égard des autorités à une peine privative de liberté de 36 mois, dont 18 mois ferme et 18 mois avec sursis durant 5 ans, sous déduction de 5 jours de détention avant jugement et 140 jours à titre de mesures de substitution à la détention, lui a interdit d'exercer la médecine en Suisse de manière indépendante pendant 2 ans, et a dit qu'il était tenu au paiement d'une créance compensatrice en faveur de l'État d'un montant de 225'000 fr., sous réserve de restitution au cas et dans la mesure où il aura réparé le dommage causé aux lésés.
Elle a confirmé le jugement de première instance pour le surplus, a dit que les mesures de substitution en cours depuis le jugement de première instance jusqu'au jugement d'appel donnaient lieu à une réduction de peine de 32 jours et a statué sur les frais d'appel.
En substance, la cour cantonale a retenu les faits suivants.
B.a. Entre 2013 et 2016, dans le cadre de son activité indépendante au sein des cabinets de X._ et de Y._, profitant de la confiance attachée à son statut de médecin et de l'impossibilité matérielle pour les assureurs de contrôler le bien-fondé de chacune de ses factures, A._ a surfacturé ses prestations et facturé des prestations fictives, selon le tarif TARMED, de manière à obtenir le versement d'honoraires indus de la part des compagnies d'assurance-maladie et accidents. Afin d'éviter que les patients se rendent compte des prestations qu'il facturait à tort, il a délibérément omis de leur transmettre une copie des factures qu'il adressait aux assureurs, en violation de l'<ref-law>.
Pendant la période précitée, les gains excessifs réalisés par le prénommé pouvaient être estimés à 2'762'522 fr., étant précisé que ce montant tenait compte uniquement des factures prises en charge au titre de l'assurance-maladie de base.
B.b. Par transaction des 20 et 22 juillet 2016, conclue dans le cadre d'une procédure ouverte devant le Tribunal arbitral des assurances du canton de Vaud, A._ s'est engagé à verser à K._, sans reconnaissance de responsabilité, la somme de 350'000 fr. pour solde de tous comptes et de toutes prétentions s'agissant des statistiques de janvier 2012 à décembre 2015 pour ses deux cabinets médicaux. Il a versé le premier acompte prévu de 90'000 fr., mais ne s'est pas acquitté des 52 mensualités de 5'000 fr. convenues pour couvrir le solde.
Par requête du 5 juillet 2018 adressée au Tribunal arbitral des assurances du canton de Genève, K._ a notamment conclu au remboursement par A._ de la somme de 284'743 fr. pour l'année statistique 2016 de son cabinet de Y._, ainsi qu'à l'exclusion définitive du prénommé de toute pratique à charge de l'assurance obligatoire des soins.
B.c. Entre le 22 avril 2014 et le 4 mai 2014, A._ a facturé plus de 34 heures de consultations prétendument effectuées alors qu'il se trouvait en vacances à l'île Maurice durant cette période.
De 2014 à 2016, il a à plusieurs reprises facturé plus de 24 heures de consultations au total pour une seule et même journée, cette durée oscillant entre 24h06 et 30h45 par jour.
En 2014 et 2015, il a facturé à diverses assurances plusieurs consultations qu'il n'avait en réalité jamais effectuées.
B.d. Le 26 mars 2014, A._ a établi deux certificats médicaux attestant que B._ était totalement incapable de travailler en raison d'un accident. En violation des recommandations de la FMH, il a antidaté ces certificats médicaux au 11 janvier 2014 et au 1 er février 2014. Il a en outre certifié que l'incapacité de travail avait débuté le 11 janvier 2014, alors qu'il était établi que l'accident à l'origine de cette incapacité s'était produit le jour suivant.
A une date indéterminée dans le courant du mois de mai 2014, A._ a établi un certificat médical attestant que C._ était totalement incapable de travailler du 23 avril au 6 mai 2014 en raison d'un accident. Or, ce certificat médical était daté du 23 avril 2014, lorsqu'il se trouvait en vacances à l'île Maurice.
B.e. Le 22 octobre 2012, A._ a signé une proposition d'assurance collective maladie perte de salaire auprès de D._ SA. En indiquant qu'il n'avait souffert d'aucun trouble de santé au cours des cinq dernières années et qu'il n'avait subi aucune incapacité de travail supérieure à quatre semaines au cours des cinq dernières années pour des raisons de santé, il a dissimulé qu'il avait perçu des indemnités journalières de l'assurance-maladie E._, d'un montant total de 35'333 fr. 10 pour la période du 1 er août 2010 au 31 juillet 2011, en raison d'incapacités de travail motivées par des problèmes psychiques.
Le 3 mars 2013, il a complété et signé un formulaire de " Déclaration de maladie " à l'intention de D._ SA, qui faisait état d'une incapacité de travail de 60 % à compter du 15 janvier 2013, pour cause de maladie, alors qu'il n'était en réalité pas malade et avait travaillé à plein régime durant cette période. L'assurance lui a ainsi versé des indemnités journalières d'un montant total de 62'143 fr. 20 pour la période du 14 février 2013 au 30 juin 2013.
Le 8 janvier 2014, A._ a signé une proposition d'assurance pour perte de gain en cas de maladie auprès de F._ SA. Il a indiqué fallacieusement qu'il n'avait jamais conclu une telle assurance auparavant et qu'il n'avait pas été incapable de travailler pendant plus de trente jours durant les douze derniers mois, répondant en outre par la négative à toutes les questions concernant d'éventuelles maladies ou affections dont il souffrirait ou aurait souffert. Il a ainsi non seulement dissimulé qu'il avait déjà contracté deux assurances perte de gain en cas de maladie auprès de E._ et de D._ SA, mais aussi que ces deux assureurs lui avaient versé des indemnités journalières.
Le 21 juillet 2014, A._ a complété et signé un avis de sinistre qu'il a adressé à F._ SA. Il a rédigé et produit un " Rapport médical initial " daté du 25 juillet 2014, une " Carte maladie ", ainsi que deux certificats d'incapacité de travail datés des 2 avril 2014 et 21 juillet 2014, attestant mensongèrement d'une incapacité de travail à 70 % depuis le 2 avril 2014 et à 50 % depuis le 21 juillet 2014, en raison d'une prétendue fracture de fatigue méconnue et compliquée par une fracture spirale. Il a en outre apposé le timbre humide du Dr G._ sur ces documents, dans l'intention de tromper leur destinataire sur la véritable identité de leur auteur. En procédant à des contrôles, F._ SA a découvert la supercherie. Elle a alors annulé la police d'assurance et refusé toute prestation.
B.f. Par contrat de sous-location du 1er mars 2016, signé au nom de la société H._ Sàrl dont il était associé gérant, A._ a mis à disposition de la Dresse I._ une partie des locaux, les infrastructures, les fournitures, ainsi que le personnel administratif et médical de son cabinet de X._. Les parties sont convenues d'un loyer correspondant à 60 % du chiffre d'affaires que la sous-locataire réaliserait au sein du cabinet. Les prestations de la prénommée devaient être créditées sur un compte bancaire ouvert au nom de H._ Sàrl, qui devait solder chaque fin de mois le montant en compte et ventiler celui-ci selon la clé de répartition convenue.
De mai 2016 à mars 2017, I._ a facturé des prestations à hauteur de 50'675 fr., de sorte que la somme de 20'270 fr. aurait dû lui être reversée conformément au contrat de sous-location signé le 1er mars 2016. A._ ne lui a toutefois rétrocédé que 15'225 fr. 57, s'appropriant ainsi indûment 5'044 fr. 43.
B.g. Le 8 février 2017, vers 8h30, au volant de sa voiture Nissan GT-R immatriculée VS-xxx'xxx, A._ a circulé dans la commune de Z._ à une vitesse de 79 km/h (marge de sécurité déduite), alors que la vitesse maximale autorisée à cet endroit était de 50 km/h.
B.h. Le 5 mars 2018, il a complété et signé un formulaire annonçant son arrivée dans la commune de S._ à compter du 1er mars 2018, en indiquant faussement qu'il exerçait la profession de médecin à titre indépendant depuis 2004. Invité par le Service de la population et des migrations du canton de T._ à produire différents documents en relation avec cette activité indépendante, il a répondu, par courriel du 3 avril 2018, en indiquant faussement qu'il était " toujours salarié (et pas indépendant) " et en annexant une copie du contrat de travail qu'il avait conclu le 21 juillet 2017 avec le laboratoire J._ AG, mais en se gardant bien de préciser que ce contrat avait été résilié avec effet au 31 mars 2018. A._ a ainsi cherché à induire en erreur l'autorité compétente pour ne pas perdre son autorisation de séjour.
C.
A._ forme un recours en matière pénale au Tribunal fédéral contre le jugement du 8 mars 2021 et conclut, avec suite de frais et dépens, à sa réforme en ce sens qu'il est condamné à une peine privative de liberté fixée à dire de justice mais d'une quotité maximale de 12 mois, sous déduction de 5 jours de détention avant jugement et de 256 jours à titre de mesures de substitution à la détention, ainsi qu'à une peine pécuniaire fixée à dire de justice, assorties du sursis d'une durée de 5 ans, et à ce qu'aucune mesure d'interdiction d'exercer ne soit prononcée. Subsidiairement, il conclut à ce qu'il soit condamné à une peine privative de liberté d'une quotité maximale de 24 mois, sous déduction de 5 jours à titre de détention avant jugement et de 256 jours à titre de mesures de substitution à la détention, assortie sinon du sursis total du moins du sursis partiel, la partie ferme à exécuter étant de 6 mois maximum et le délai d'épreuve de 5 ans. Plus subsidiairement, il conclut à ce qu'il soit condamné à une peine privative de liberté d'une quotité maximale de 36 mois, sous déduction de 5 jours à titre de détention avant jugement et de 256 jours à titre de mesures de substitution à la détention, assortie du sursis partiel, la partie ferme à exécuter étant de 6 mois maximum et le délai d'épreuve de 5 ans. Plus subsidiairement encore, il conclut à l'annulation du jugement attaqué et au renvoi de la cause à la cour cantonale pour nouvelle décision dans le sens des considérants. A._ sollicite en outre le bénéfice de l'assistance judiciaire.
Invités à se déterminer sur le recours, la cour cantonale et le ministère public y ont renoncé, la première se référant aux considérants de sa décision, le second déclarant s'en remettre à justice.

Considérant en droit :
1.
Le recourant conteste la peine qui lui a été infligée qu'il critique sous l'angle tant du genre que de la quotité. Il invoque une violation de son droit d'être entendu sous l'angle d'un défaut de motivation.
1.1. Le droit d'être entendu, tel qu'il est garanti par les art. 29 al. 2 Cst. et 3 al. 2 let. c CPP (cf. aussi art. 6 par. 1 CEDH) implique notamment, pour l'autorité, l'obligation de motiver sa décision, afin que le destinataire puisse la comprendre, l'attaquer utilement s'il y a lieu et afin que l'autorité de recours puisse exercer son contrôle. Le juge doit ainsi mentionner, au moins brièvement, les motifs qui l'ont guidé et sur lesquels il a fondé sa décision, de manière à ce que l'intéressé puisse se rendre compte de la portée de celle-ci et l'attaquer en connaissance de cause (<ref-ruling> consid. 3.4.3 p. 46; <ref-ruling> consid. 2.1 p. 145). Il n'est pas tenu de discuter tous les arguments soulevés par les parties, mais peut se limiter à l'examen des questions décisives pour l'issue du litige (<ref-ruling> consid. 2.4 p. 252; <ref-ruling> consid. 4.2 p. 157). Dès lors que l'on peut discerner les motifs qui ont guidé la décision de l'autorité, le droit à une décision motivée est respecté, même si la motivation présentée est erronée (<ref-ruling> consid. 3.2.1 p. 565; arrêt 6B_391/2021 du 2 février 2022 consid. 2.3.1).
1.2. Le juge fixe la peine d'après la culpabilité de l'auteur (<ref-law>). Il prend en considération les antécédents et la situation personnelle de ce dernier ainsi que l'effet de la peine sur son avenir (al. 1). La culpabilité est déterminée par la gravité de la lésion ou de la mise en danger du bien juridique concerné, par le caractère répréhensible de l'acte, par les motivations et les buts de l'auteur et par la mesure dans laquelle celui-ci aurait pu éviter la mise en danger ou la lésion, compte tenu de sa situation personnelle et des circonstances extérieures (al. 2).
La culpabilité doit être évaluée en fonction de tous les éléments objectifs pertinents, qui ont trait à l'acte lui-même, à savoir notamment la gravité de la lésion, le caractère répréhensible de l'acte et son mode d'exécution. Du point de vue subjectif, sont pris en compte l'intensité de la volonté délictuelle ainsi que les motivations et les buts de l'auteur. A ces composantes de la culpabilité, il faut ajouter les facteurs liés à l'auteur lui-même, à savoir les antécédents, la réputation, la situation personnelle (état de santé, âge, obligations familiales, situation professionnelle, risque de récidive, etc.), la vulnérabilité face à la peine, de même que le comportement après l'acte et au cours de la procédure pénale (<ref-ruling> consid. 6 p. 66 s. et les références citées). Le juge dispose d'un large pouvoir d'appréciation et le Tribunal fédéral n'intervient que lorsque l'autorité cantonale a fixé une peine en dehors du cadre légal, si elle s'est fondée sur des critères étrangers à l'<ref-law>, si des éléments d'appréciation importants n'ont pas été pris en compte ou, enfin, si la peine prononcée est exagérément sévère ou clémente au point de constituer un abus du pouvoir d'appréciation (<ref-ruling> consid. 1.2 p. 319).
L'exercice de ce contrôle suppose que le juge exprime, dans sa décision, les éléments essentiels relatifs à l'acte ou à l'auteur qu'il prend en compte, de manière à ce que l'on puisse constater que tous les aspects pertinents ont été pris en considération et comment ils ont été appréciés, que ce soit dans un sens aggravant ou atténuant (<ref-law>). Il peut passer sous silence les éléments qui, sans abus du pouvoir d'appréciation, lui apparaissent non pertinents ou d'une importance mineure. La motivation doit cependant justifier la peine prononcée, en permettant de suivre le raisonnement adopté même si le juge n'est pas tenu d'exprimer en chiffres ou en pourcentages l'importance qu'il accorde à chacun des éléments qu'il cite (<ref-ruling> consid. 1.2 p. 319; arrêt 6B_537/2020 du 29 septembre 2020 consid. 1.1).
1.3.
1.3.1. Aux termes de l'<ref-law>, si, en raison d'un ou de plusieurs actes, l'auteur remplit les conditions de plusieurs peines de même genre, le juge le condamne à la peine de l'infraction la plus grave et l'augmente dans une juste proportion. Il ne peut toutefois excéder de plus de la moitié le maximum de la peine prévue pour cette infraction. Il est en outre lié par le maximum légal de chaque genre de peine.
L'exigence, pour appliquer l'<ref-law>, que les peines soient de même genre, implique que le juge examine, pour chaque infraction commise, la nature de la peine à prononcer pour chacune d'elle (<ref-ruling> consid. 3.2 p. 245 s.; <ref-ruling> consid. 1.1.1 p. 316). Le prononcé d'une peine d'ensemble en application du principe de l'aggravation contenu à l'<ref-law> n'est ensuite possible que si le juge choisit, dans le cas concret, le même genre de peine pour sanctionner chaque infraction commise. Que les dispositions pénales applicables prévoient abstraitement des peines du même genre ne suffit pas. Si les sanctions envisagées concrètement ne sont pas du même genre, elles doivent être prononcées cumulativement. La peine privative de liberté et la peine pécuniaire ne sont pas des sanctions du même genre (<ref-ruling> consid. 1.1.1 p. 316).
1.3.2. La peine pécuniaire constitue la sanction principale dans le domaine de la petite et moyenne criminalité, les peines privatives de liberté ne devant être prononcées que lorsque l'État ne peut garantir d'une autre manière la sécurité publique. Lorsque tant une peine pécuniaire qu'une peine privative de liberté entrent en considération et que toutes deux apparaissent sanctionner de manière équivalente la faute commise, il y a en règle générale lieu, conformément au principe de la proportionnalité, d'accorder la priorité à la première, qui porte atteinte au patrimoine de l'intéressé et constitue donc une sanction plus clémente qu'une peine privative de liberté, qui l'atteint dans sa liberté personnelle. Le choix de la sanction doit être opéré en tenant compte au premier chef de l'adéquation de la peine, de ses effets sur l'auteur et sur sa situation sociale ainsi que son efficacité du point de vue de la prévention. La faute de l'auteur n'est en revanche pas déterminante (<ref-ruling> consid. 1.1.1 p. 317 et les références citées). Conformément à l'<ref-law>, lorsque le juge choisit de prononcer à la place d'une peine pécuniaire une peine privative de liberté, il doit de plus motiver le choix de cette dernière peine de manière circonstanciée (<ref-ruling> consid. 1.2 p. 319).
1.3.3. L'auteur ne doit pas être condamné plus sévèrement lorsque plusieurs infractions sont jugées en même temps que si ces infractions étaient jugées séparément (<ref-ruling> consid. 1.1.3 p. 318; <ref-ruling> consid. 3.3.3 p. 227).
1.4. La cour cantonale a retenu que la culpabilité du recourant était lourde.
De 2013 à 2016, il avait facturé de très nombreuses prestations médicales qu'il n'avait jamais exécutées et d'autres, mieux rémunérées, dont il ne possédait pas la valeur intrinsèque qualitative pour les facturer. Il avait abusivement facturé des positions tarifaires lorsque les patients le consultaient par groupe. Il avait escroqué une assurance perte de gain afin de percevoir des prestations indues et tenté d'escroquer une autre assurance dans le même but. Il avait récidivé en cours d'enquête en s'appropriant les honoraires d'une consoeur, à peine ses cabinets médicaux de Y._ et X._ étaient-il fermés. Ces agissements lui avaient procuré des gains illicites pour plusieurs centaines de milliers de francs dont il avait largement profité. En plus de fausses factures, il avait établi des faux certificats médicaux et, en cours d'enquête, il avait encore commis un excès de vitesse de 29 km/h et donné des fausses indications sur son statut professionnel pour bénéficier d'une autorisation administrative. Les experts psychiatres avaient toutefois retenu une diminution légère de sa responsabilité pénale. En effet, ils avaient observé, concernant les faits reprochés dans le cadre de l'activité professionnelle, que tout se passait comme si, plus l'expertisé était confronté à des difficultés, plus il fonctionnait de la même manière, d'une façon manifestement déraisonnable pour l'observateur extérieur, de sorte que cette dimension inadaptative paraissait de nature à constituer une altération de la capacité volitive. Il s'ensuivait que sa faute devait être réduite de grave à moyenne (cf. jugement entrepris, consid. 10.3 p. 51 s.).
Le recourant était condamné pour abus de confiance, escroquerie par métier, faux dans les titres, faux certificat médical, violation grave des règles de la circulation routière et comportement frauduleux à l'égard des autorités, infractions qui étaient toutes passibles d'une peine privative de liberté (allant de trois ans à dix ans) ou d'une peine pécuniaire. Le recourant avait ignoré la mise en garde de K._ du 28 novembre 2013 selon laquelle sa facturation dépassait la marge de tolérance admise par la jurisprudence. Il persistait à se retrancher derrière les particularités du système TARMED et l'aspect administratif de la facturation pour justifier ses actes, alors que c'était pourtant lui qui indiquait à ses assistantes les positions qu'elles devaient introduire dans le système. Sa persistance à soutenir qu'il travaillait beaucoup plus que ses confrères n'avait aucun sens, puisque son temps de travail annuel facturé était presque trois fois supérieur à celui d'un temps plein et qu'il avait facturé de nombreuses fois pour plus de 24 heures d'activité dans une seule journée. Un bon médecin ne pouvait pas traiter correctement ses patients de manière fulgurante. Il n'y avait pas de réelle prise de conscience. De plus, le recourant avait violé deux fois les mesures de substitution octroyées, la première fois en délivrant des certificats d'incapacité de travail d'une durée supérieure à cinq jours, et la seconde fois en délivrant des certificats d'incapacité de travail alors qu'il avait l'interdiction totale de le faire (cf. jugement entrepris, consid. 10.3 p. 52).
Pour des motifs de prévention spéciale, c'était une peine privative de liberté qui serait prononcée pour chacune des infractions. L'infraction d'escroquerie par métier était l'infraction de base, qui serait sanctionnée par une peine privative de liberté de 24 mois. Par l'effet du concours, il fallait ajouter 8 mois pour les faux dans les titres et les faux certificats médicaux, 2 mois pour la violation grave des règles de la circulation routière, 1 mois pour le comportement frauduleux à l'égard des autorités et 1 mois pour l'abus de confiance. La peine privative de liberté de 36 mois prononcée par les premiers juges devait par conséquent être confirmée (cf. jugement entrepris, consid. 10.3 p. 52 s.).
1.5. Dans un premier grief, le recourant conteste le genre de peine prononcée et soutient que la cour cantonale n'aurait pas suffisamment motivé sa décision de lui infliger une peine privative de liberté pour l'ensemble des infractions reprochées, alors que certaines d'entre elles, soit les infractions de faux dans les titres, de faux certificats médicaux, de violation grave aux règles de la circulation routière, de comportement frauduleux à l'égard des autorités et d'abus de confiance, seraient compatibles avec le prononcé d'une peine pécuniaire. Or, aucun élément ne s'opposerait au prononcé d'un tel genre de peine pour ces infractions, étant rappelé que, selon le droit en vigueur jusqu'au 31 décembre 2017, une peine pécuniaire jusqu'à 360 jours-amende pouvait être prononcée et que de courtes peines privatives de liberté ne seraient admissibles qu'à des conditions très strictes non réalisées en l'espèce.
En l'espèce, s'agissant des infractions de faux dans les titres et de faux certificat médical, la cour cantonale a notamment relevé la longue période durant laquelle le recourant avait établi de fausses factures pour des prestations jamais effectuées, les justifications sans fondement du recourant pour expliquer ses actes, la violation à deux reprises des mesures de substitution en délivrant des certificats d'incapacité de travail contrairement aux prescriptions émises par celles-ci et l'absence de réelle prise de conscience. Il ressort donc du jugement entrepris que la cour cantonale a motivé son choix de prononcer une peine privative de liberté pour ces deux infractions de manière circonstanciée.
En revanche, il n'en va pas de même s'agissant des autres infractions reprochées au recourant. Pour la violation grave des règles de la circulation routière, seul le dépassement de la vitesse autorisée est mentionné sans que les motifs justifiant le prononcé d'une peine privative de liberté soient exposés. Il en va de même de l'infraction d'abus de confiance pour laquelle la cour cantonale se limite à relever que le recourant avait récidivé en cours d'enquête en s'appropriant les honoraires d'une consoeur. S'agissant du comportement frauduleux à l'égard des autorités, il est uniquement indiqué que le recourant avait donné de fausses indications sur son statut professionnel pour bénéficier d'une autorisation administrative.
Conformément à la jurisprudence précitée, il incombait à la cour cantonale de motiver de manière circonstanciée son choix de prononcer une peine privative de liberté en lieu et place d'une peine pécuniaire pour ces trois infractions. Or, la cour cantonale n'expose pas les raisons l'ayant conduite à prononcer une peine de cette nature à l'encontre du recourant. Elle ne pouvait toutefois faire l'économie d'un tel raisonnement conformément à l'<ref-law> et à la jurisprudence précitée. Faute de motivation à cet égard, la cour cantonale a violé le droit fédéral.
Le recours doit donc être admis sur ce point et la cause renvoyée à la cour cantonale afin que celle-ci se prononce à nouveau sur la fixation de la peine en déterminant pour chaque infraction reprochée le genre de peine qui doit la sanctionner. Ce n'est qu'ensuite qu'elle pourra, le cas échéant, faire application de l'<ref-law>.
1.6. Nonobstant l'admission du recours quant à la nature de la peine, les griefs tirés de l'<ref-law> peuvent être examinés, puisque ceux-ci concernent les critères d'appréciation de la quotité de la peine pris en compte par la cour cantonale, dont la pertinence ne dépend pas du genre de peine.
1.7. Le recourant reproche à la cour cantonale de n'avoir pas expliqué l'effet sur la peine de la diminution de responsabilité, en violation de la jurisprudence qui exigerait de d'abord fixer une peine hypothétique avant de la réduire en fonction de la responsabilité restreinte du condamné, ce qui ne lui permettrait pas de la critiquer.
1.7.1. Selon l'<ref-law>, le juge atténue la peine si, au moment d'agir, l'auteur ne possédait que partiellement la faculté d'apprécier le caractère illicite de son acte ou de se déterminer d'après cette appréciation.
Le juge dispose d'un large pouvoir d'appréciation lorsqu'il détermine l'effet de la diminution de la responsabilité sur la faute (subjective) au vu de l'ensemble des circonstances. Il peut appliquer l'échelle habituelle: une faute (objective) très grave peut être réduite à une faute grave à très grave en raison d'une diminution légère de la responsabilité. La réduction pour une telle faute (objective) très grave peut conduire à retenir une faute moyenne à grave en cas d'une diminution moyenne et à une faute légère à moyenne en cas de diminution grave. Sur la base de cette appréciation, le juge doit prononcer la peine en tenant compte des autres critères de fixation de celle-ci. Un tel procédé permet de tenir compte de la diminution de la responsabilité sans lui attribuer une signification excessive (ATF 136IV 55 consid. 5.6 p. 62; arrêt 6B_1035/2021 du 16 décembre 2021 consid. 2.2).
En bref, le juge doit procéder comme suit en cas de diminution de la responsabilité pénale: dans un premier temps, il doit décider, sur la base des constatations de fait de l'expertise, dans quelle mesure la responsabilité pénale de l'auteur est restreinte sur le plan juridique et comment cette diminution se répercute sur l'appréciation de la faute. La faute globale doit être qualifiée et, au regard de l'<ref-law>, le juge doit expressément mentionner le degré de gravité à prendre en compte. Dans un deuxième temps, il lui incombe de déterminer la peine hypothétique qui correspond à cette faute. La peine ainsi fixée peut ensuite être, le cas échéant, modifiée en raison de facteurs liés à l'auteur ( Täterkomponente) (<ref-ruling> consid. 5.7 p. 62 s.; arrêts 6B_1035/2021 du 16 décembre 2021 consid. 2.2; 6B_59/2021 du 12 novembre 2021 consid. 5.1).
1.7.2. En l'espèce, il ressort du jugement cantonal que la responsabilité restreinte du recourant au moment des faits a été prise en compte par la cour cantonale, dans la mesure où celle-ci a qualifié la faute du recourant de lourde, mais l'a diminuée à une faute moyenne (cf. jugement entrepris, consid. 10.3 p. 51 s.). Il s'ensuit que la faute globale a été qualifiée et le degré de gravité pris en compte dans le cadre de la fixation de la peine, conformément à la jurisprudence précitée. Quoi qu'en dise le recourant, la jurisprudence n'exige pas de la cour cantonale qu'elle fixe une première peine hypothétique à l'encontre d'un auteur pleinement responsable avant de qualifier la faute globale due à la responsabilité restreinte de l'auteur. Partant, le grief du recourant doit être rejeté.
1.8. Le recourant reproche à la cour cantonale de s'être limitée à la seule responsabilité restreinte pour atténuer la peine alors que d'autres éléments auraient dû la conduire à ne prononcer qu'une peine privative de liberté ne dépassant pas 12 mois pour l'infraction d'escroquerie par métier, à laquelle devait s'ajouter une peine pécuniaire pour sanctionner les autres infractions, dont la quotité était laissée à dire de justice.
1.8.1. La cour cantonale n'aurait tout d'abord pas tenu compte du fait que le recourant avait admis les faits et conclu une convention avec K._ et D._ SA, ce qui constituerait des aveux.
Selon l'état de fait retenu par la cour cantonale et qui lie le Tribunal fédéral (cf. <ref-law>), le recourant s'était engagé envers K._ à verser la somme de 350'000 fr. pour solde de tous comptes et de toutes prétentions s'agissant des statistiques de janvier 2012 à décembre 2015 pour ses deux cabinets médicaux, dans le cadre d'une procédure ouverte devant le Tribunal arbitral des assurances du canton de Vaud. Toutefois, le recourant s'y est engagé sans reconnaissance de responsabilité. En outre, il n'a versé que le premier acompte prévu de 90'000 fr., sans s'acquitter des 52 mensualités de 5'000 fr. convenues pour couvrir le solde (cf. jugement entrepris, consid. 2 p. 25).
D._ SA et le recourant ont certes conclu une convention de remboursement à hauteur de 62'143 fr., de sorte que la prénommée a renoncé à chiffrer ses prétentions civiles (cf. jugement entrepris, consid. 5.3, p. 29). Toutefois, le simple fait d'avoir conclu une telle convention ne permet pas à lui seul de retenir que le recourant aurait avoué les faits.
Au contraire, celui-ci a persisté à justifier ses actes en se cachant derrière les particularités du système TARMED et l'aspect administratif de la facturation, ainsi qu'à soutenir qu'il travaillait bien plus que ses confrères pour justifier un temps de travail supérieur à 24 heures par jour. Il a escroqué une assurance perte de gain, tenté d'en escroquer une autre, afin de percevoir des prestations indues, et récidivé en cours d'enquête en s'appropriant les honoraires d'une consoeur. Ces éléments ont amené la cour cantonale à considérer qu'il n'y avait pas de réelle prise de conscience de la part du recourant. Dans ces circonstances, la cour cantonale n'a pas abusé de son large pouvoir d'appréciation en ne prenant pas en compte ces conventions comme un aveu de la culpabilité du recourant.
1.8.2. Le recourant aurait proposé les mesures de substitution ordonnées par le tribunal des mesures de contrainte, ce qui dénoterait sa collaboration durant l'enquête. Or, cet élément aurait été omis par la cour cantonale.
Outre que cet élément ne ressort pas de l'état de fait retenu par la cour cantonale, sans que l'arbitraire de son omission n'ait été établi, il n'a pas respecté ces mesures de substitution à deux reprises durant la procédure, ce qui ne plaide manifestement pas en sa faveur. Ce grief doit donc être rejeté dans la mesure de sa recevabilité.
1.8.3. Le recourant fait valoir que la procédure pénale et la condamnation prononcée auraient un effet particulièrement important sur son avenir dans la mesure où les faits reprochés concernent son activité professionnelle de médecin, et invoque le principe du nil nocere. Le recourant reproche à la cour cantonale de n'avoir pas pris en considération le fait qu'il était particulièrement vulnérable face à l'instruction menée à son encontre, à la peine prononcée et à l'interdiction d'exercer ordonnée à titre de mesure de substitution, vu l'importance que sa profession de médecin avait pour lui. L'âge du recourant devait également être pris en considération au titre de la quotité de la peine. Âgé de 56 ans, il devait désormais refaire sa réputation professionnelle et affronter des difficultés d'une réintégration, même s'il était encore loin de l'âge de la retraite, élément que la cour cantonale n'aurait pas examiné.
Il est inévitable que l'exécution d'une peine ferme d'une certaine durée ait des répercussions sur la vie professionnelle et familiale du condamné. Ces conséquences ne peuvent conduire à une réduction de la peine qu'en cas de circonstances extraordinaires (cf. arrêts 6B_101/2021 du 22 décembre 2021 consid. 3.4.7; 6B_780/2018 et 6B_781/2018 du 9 octobre 2018 consid. 2.1 et les références citées). Or, le recourant ne démontre pas l'existence de telles circonstances et se borne à opposer sa propre appréciation des faits à celle de la cour cantonale dans une démarche appellatoire et, partant, irrecevable.
1.8.4. Le recourant fait grief à la cour cantonale de n'avoir pas pris en compte le fait que seul le bien juridique du patrimoine avait été lésé par les infractions reprochées et non d'autres biens juridiques plus importants tels que la vie ou l'intégrité corporelle.
Cet argument est sans pertinence. Il n'y a aucune raison de faire des comparaisons avec d'autres infractions non reprochées au recourant. Au demeurant, la cour cantonale a pris en compte la lésion au bien juridique qu'est le patrimoine, en relevant notamment le gain illicite réalisé par le recourant.
1.8.5. Enfin, bien qu'il ne la conteste pas en tant que telle, le recourant soutient que l'expulsion constituerait à elle seule déjà une sanction lourde de conséquences devant avoir un effet sur la quotité de la peine, puisqu'il a un fils qui vit en Suisse et que le recourant est intégré dans ce pays pour y avoir vécu depuis plus de 18 ans.
Contrairement à ce que soutient le recourant, la mesure d'expulsion prononcée ne constitue pas un critère déterminant dans le cadre de la fixation de la peine prévu par l'<ref-law> (cf. supra consid. 1.2). Les auteurs cités par le recourant à l'appui de ce grief ne lui sont d'aucun secours, puisque l'<ref-law> n'existait pas encore au moment de la parution de leur ouvrage (cf. FAVRE/PELLET/STOUDMANN, Code pénal annoté, 3e éd. 2011, n° 1.5 ad <ref-law>). Mal fondé, le grief doit être rejeté.
1.9. Sous réserve de la violation du droit fédéral précédemment constatée au titre de la nature de la peine, la cour cantonale a pris en compte les critères pertinents gouvernant la fixation de la peine conformément à l'<ref-law>, sans omettre d'éléments d'appréciation importants, ni en se fondant sur des critères étrangers à cette disposition. Les griefs tirés de la violation de l'<ref-law> doivent donc être rejetés.
2.
Vu l'admission du recours quant au défaut de motivation sur la nature de la peine pour certaines infractions (cf. supra consid. 1.5), les griefs du recourant relatifs au prononcé du sursis partiel à l'exécution de la peine et à la durée de la partie ferme de celle-ci deviennent sans objet, puisqu'il incombera à la cour cantonale de réexaminer cette question en fonction de la nature de la peine sanctionnant les diverses infractions reprochées.
3.
Le recourant critique le nombre de jours imputés par la cour cantonale sur la peine privative de liberté ferme à exécuter et se plaint d'arbitraire en ce que la cour cantonale n'aurait imputé qu'un sixième des jours durant lesquels les mesures de substitution ont été exécutées.
3.1. Aux termes de l'art. 51 al. 1 1 re phrase CP, le juge impute sur la peine la détention avant jugement subie par l'auteur dans le cadre de l'affaire qui vient d'être jugée ou d'une autre procédure. Selon la jurisprudence, les mesures de substitution doivent être imputées sur la peine, à l'instar de la détention avant jugement subie. Afin de déterminer la durée à imputer, le juge prendra en considération l'ampleur de la limitation de la liberté personnelle découlant pour l'intéressé des mesures de substitution, en comparaison avec la privation de liberté subie lors d'une détention avant jugement. Le juge dispose à cet égard d'un pouvoir d'appréciation important (<ref-ruling> consid. 2.4 p. 79; arrêts 6B_1142/2020 du 12 mai 2021 consid. 5.1; 6B_906/2019 du 7 mai 2020 consid. 1.1, publié in SJ 2020 I 447).
3.2. La cour cantonale a retenu que, comme cela résultait de l'expertise psychiatrique et de son complément, la pratique du métier de médecin constituait un aspect majeur de la vie et de la personne du recourant. Dans l'incertitude de son sort pénal et de la durée de l'interdiction, s'exiler pour exercer à l'étranger était difficile à planifier. De plus, cette interdiction avait débouché sur une absence ou une importante diminution de revenus. Exercer une autre profession médicale était également subjectivement difficile à envisager pour le recourant (cf. jugement entrepris, consid. 11.3 p. 54).
La cour cantonale a considéré que l'application du taux d'un quart retenu par le tribunal de première instance s'avérait légèrement trop large. C'était donc une imputation d'un sixième sur la durée des mesures de substitution qui était prise en compte (cf. jugement entrepris, consid. 11.3 p. 54).
3.3. Le recourant reproche à la cour cantonale d'avoir versé dans l'arbitraire en n'imputant qu'un sixième des jours durant lesquels les mesures de substitution avaient été exécutées. Les éléments cités par la cour cantonale plaideraient tous en faveur d'une prise en compte large des effets de ces mesures, alors qu'elle a en fait diminué un tel effet.
Les éléments mis en exergue doivent se lire en conjonction avec la référence à l'arrêt 6B_352/2018 du 27 juillet 2018 cité par la cour cantonale et qui a servi d'appui aux premiers juges pour prononcer une imputation d'un quart. Or, il ressort du jugement entrepris que, nonobstant l'impact qu'ont eu les mesures de substitution prononcées à l'encontre du recourant, celles-ci n'atteignaient pas le degré d'une assignation à résidence affectant plus significativement la liberté personnelle et qui avait justifié l'imputation d'un quart dans l'arrêt du Tribunal fédéral précité. Partant, il se justifiait selon la cour cantonale de réduire légèrement ce ratio à un sixième. Un tel raisonnement n'apparaît ainsi manifestement insoutenable ni dans sa motivation ni dans son résultat (cf. <ref-ruling> consid. 1.3.1 p. 91 s.; <ref-ruling> consid. 1.1 p. 155 s.; <ref-ruling> consid. 2.3.1 p. 244).
Au vu de ce qui précède, la cour cantonale n'a ni versé dans l'arbitraire ni abusé ou excédé le large pouvoir d'appréciation dont elle dispose en la matière en imputant sur la peine prononcée la durée effective des mesures de substitution à raison d'un sixième de celle-ci.
4.
Le recourant reproche à la cour cantonale d'avoir ordonné une mesure d'interdiction d'exercer la médecine pendant deux ans. Il allègue une violation de son droit d'être entendu sous l'angle d'un défaut de motivation et dénonce une violation du principe de la proportionnalité.
4.1. Selon l'art. 67 al. 1 aCP, dans sa teneur en vigueur jusqu'au 31 décembre 2017, si l'auteur a commis un crime ou un délit dans l'exercice d'une activité professionnelle ou d'une activité non professionnelle organisée et qu'il a été condamné pour cette infraction à une peine privative de liberté de plus de six mois ou à une peine pécuniaire de plus de 180 jours-amende, le juge peut lui interdire totalement ou partiellement l'exercice de cette activité ou d'activités comparables pour une durée de six mois à cinq ans, s'il y a lieu de craindre qu'il commette un nouveau crime ou délit dans l'exercice de cette activité.
Selon la jurisprudence, l'interdiction d'exercer une profession trouve une limite dans le fait qu'elle vise des activités comportant un risque d'abus. Le danger de nouveaux abus ne suffit toutefois pas à lui seul pour ordonner l'interdiction. Le tribunal doit examiner si la mesure est nécessaire, appropriée et proportionnée (arrêts 6B_123/2020 du 26 novembre 2020 consid. 9.1; 6B_447/2014 du 30 octobre 2014 consid. 4.2; 6B_970/2013 du 24 juin 2014 consid. 9; 6B_1010/2013 du 17 février 2014 consid. 4.1; message du 21 septembre 1998 concernant la modification du code pénal suisse et du code pénal militaire ainsi qu'une loi fédérale régissant la condition pénale des mineurs, FF 1999 1787 p. 1912).
4.2. La cour cantonale a retenu que, alors qu'il était interdit de pratiquer la médecine en Suisse à partir du 10 mars 2017, le recourant avait tenté d'obtenir l'autorisation d'exploiter un cabinet médical dans un appartement le 7 avril 2017. A cela s'ajoutait le fait qu'il avait violé deux fois les mesures de substitution, ce qui confirmait le risque de récidive relevé par les experts psychiatres. La condition relative au risque de nouveaux abus était donc réalisée. Dans la mesure où les fautes pénales du recourant concernaient sa facturation de médecin indépendant, il était fait interdiction à celui-ci d'exercer la médecine en Suisse de manière indépendante pendant deux ans (cf. jugement entrepris, consid. 16.3 p. 62).
4.3. Le recourant allègue un défaut de motivation en ce que la cour cantonale n'aurait pas examiné la proportionnalité de la mesure d'interdiction d'exercer la médecine.
Il ressort du jugement entrepris que la cour cantonale a fondé son raisonnement uniquement sur le risque de nouveaux abus. Or, le danger de tels nouveaux abus ne suffit en soi pas pour prononcer une telle interdiction. La cour cantonale ne pouvait faire l'économie de l'examen de la proportionnalité d'une telle mesure, puisque celle-ci constitue une restriction à la liberté économique (cf. art. 27 et 36 Cst.). Faute de motivation à cet égard, ce grief doit être admis, le jugement entrepris annulé sur ce point et la cause renvoyée à la cour cantonale pour nouvelle décision. Lors de son réexamen, la cour cantonale devra en particulier établir si le prononcé d'une telle mesure apparaît nécessaire, approprié et proportionné dans les circonstances de l'espèce, en particulier compte tenu de l'expulsion du recourant du territoire suisse pour une durée de cinq ans déjà prononcée et qui n'est à ce stade plus contestée.
Vu ce qui précède, il est inutile d'examiner plus avant les autres griefs développés à l'aune de l'art. 67 aCP.
5.
Au vu de ce qui précède, le recours doit être partiellement admis, le jugement attaqué annulé et la cause renvoyée à la cour cantonale pour nouvelle décision dans le sens des considérants. Pour le surplus, le recours est rejeté, dans la mesure où il est recevable.
Le recourant, qui obtient partiellement gain de cause, peut prétendre à des dépens réduits, à la charge du canton de Vaud (<ref-law>), ce qui rend sans objet sa demande d'assistance judiciaire. Le recourant, qui succombe en partie, supportera une partie des frais judiciaires, fixée en tenant compte de sa situation financière qui n'apparaît pas favorable (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est partiellement admis. Le jugement attaqué est annulé et la cause renvoyée à la cour cantonale pour nouvelle décision. Pour le surplus, le recours est rejeté, dans la mesure où il est recevable.
2.
Une partie des frais judiciaires, arrêtée à 1'000 fr., est mise à la charge du recourant.
3.
Le canton de Vaud versera au recourant, en main de son conseil, une indemnité de 1'500 fr. à titre de dépens réduits pour la procédure devant le Tribunal fédéral.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour d'appel pénale du Tribunal cantonal du canton de Vaud.
Lausanne, le 23 mars 2022
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente : Jacquemoud-Rossari
Le Greffier : Rosselet