Sachverhalt:
A.
A._ (Beklagte, Beschwerdeführerin) wirkte im Zeitraum vom 1. Juli 2005 bis zum 30. September 2013 bei der B._ AG (Klägerin, Beschwerdegegnerin) als Buchhalterin bzw. Revisorin. Ihre Zusammenarbeit regelten die Parteien in einer vom 12. April 2005 datierten Vereinbarung.
Wie die Vereinbarung vom 12. April 2005 rechtlich zu qualifizieren ist, ist unter den Parteien strittig. Während es sich nach der Auffassung der Klägerin um ein Vertragsverhältnis mit gesellschaftsrechtlichen Elementen handelt, geht die Beklagte von einem Arbeitsvertrag aus. Beide Parteien leiten Ansprüche aus der Vereinbarung ab.
B.
B.a. Nachdem sie zunächst am 28. Juni 2017 Klage beim Bezirksgericht Dietikon erhoben hatte, zog die Klägerin diese unter ausdrücklichem Vorbehalt der Wiedereinbringung zurück. Mit Eingabe vom 25. September 2017 reichte sie beim Handelsgericht Zürich Klage ein mit den Anträgen, die Beklagte sei zu verpflichten, ihr Fr. 42'043.51.-- nebst Zins zu 5% seit dem 1. Oktober 2013 zu bezahlen.
Mit Eingabe vom 11. Dezember 2017 beantragte die Beklagte, auf die Klage sei wegen sachlicher Unzuständigkeit nicht einzutreten, eventualiter sei die Klage abzuweisen. Weiter erhob sie eventualiter für den Fall, dass auf die Klage eingetreten wird, eine Teilwiderklage. Mit ihr beantragte sie unter ausdrücklichem Nachklagevorbehalt, die Klägerin sei zu verpflichten, ihr Fr. 300'000.-- nebst Zins zu 5% seit dem 1. Oktober 2013 zu bezahlen.
B.b. Mit Beschluss vom 3. Mai 2018 wies das Handelsgericht Zürich den Antrag der Beklagten auf Nichteintreten auf die Klage wegen sachlicher Unzuständigkeit ab und trat auf deren Eventualwiderklage nicht ein.
C.
Mit Beschwerde in Zivilsachen beantragt die Beschwerdeführerin, die Dispositivziffern 3 bis 6 des Beschlusses vom 3. Mai 2018 betreffend das Nichteintreten auf die Eventualwiderklage seien aufzuheben und die Sache sei an die Vorinstanz zurückzuweisen. Die Vorinstanz sei anzuweisen, auf die Widerklage der Beschwerdeführerin einzutreten, eventualiter sei ihr Gelegenheit zur Bestimmung des Rechtsbegehrens zu geben.
Die Beschwerdegegnerin beantragt die Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten ist. Die Vorinstanz hat auf eine Vernehmlassung verzichtet.
Die Parteien haben repliziert und dupliziert.

Erwägungen:
1.
Die Beschwerdeführerin beantragt in ihrer Beschwerde die Aufhebung derjenigen Dispositivziffern des Beschlusses vom 3. Mai 2018, in denen auf ihre Eventualwiderklage kostenfällig nicht eingetreten wurde. Insoweit handelt es sich beim angefochtenen Beschluss um einen Teilentscheid, der mit Beschwerde angefochten werden kann (<ref-law>; <ref-ruling> E. 2.5; 4A_85/2007 E. 3.3). Da es sich vorliegend um eine Zivilsache (<ref-law>) handelt und auch die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen erfüllt sind, ist - unter Vorbehalt einer hinreichenden Begründung (Art. 42 Abs. 2 und Art. 106 Abs. 2 BGG) - auf die Beschwerde einzutreten.
2.
Die Beschwerdeführerin rügt, die Vorinstanz sei zu Unrecht auf ihre Eventualwiderklage nicht eingetreten.
2.1. Die Vorinstanz stellte fest, dass die Beklagte mit ihrer Eventualwiderklage von einer gesamten Forderung von Fr. 432'237.88 nur Fr. 300'000.-- nebst Zins zu 5% seit dem 1. Oktober 2013 geltend macht. Dabei handle es sich um eine Teilwiderklage, deren Zulässigkeit grundsätzlich zu bejahen sei. Da die von der Beklagten geltend gemachten Ansprüche jedoch jeweils unterschiedliche Perioden und damit verschiedene Lebenssachverhalte betreffen, handle es sich bei ihnen um neun separate, eigenständige Ansprüche, deren gleichzeitige Geltendmachung einer objektiven Klagenhäufung gleichkomme. Mit Verweis auf <ref-ruling> erwog die Vorinstanz, es verstosse gegen das Bestimmtheitsgebot und sei daher unzulässig, mehrere Ansprüche geltend zu machen, es jedoch dem Gericht oder der beklagten Partei zu überlassen, darüber zu entscheiden, über welchen bzw. welche davon befunden wird (sog. alternative Klagenhäufung). Da die Beklagte nicht präzisiert habe, wie sich die im ersten Rechtsbegehren ihrer Teilwiderklage verlangten Fr. 300'000.-- aus den neun separaten Ansprüchen zusammensetzen sollen, könne darauf mangels Bestimmtheit nicht eingetreten werden.
2.2. Die Beschwerdeführerin bringt dagegen vor, sie habe nicht verschiedene Forderungen für einzelne Jahre geltend gemacht, sondern eine einzige. Diese basiere auf der von der Beschwerdegegnerin nach Beendigung des Vertragsverhältnisses erstellten Abrechnung und entspreche der Differenz zwischen dem honorarberechtigten Umsatz und den bereits erfolgten Zahlungen für den gesamten Zeitraum der Einstellung. Zu beurteilen sei folglich nur ein Lebenssachverhalt gewesen, weshalb von einer objektiven Klagenhäufung nicht die Rede sein könne. Deshalb habe die Beschwerdeführerin entgegen der Auffassung der Vorinstanz die Reihenfolge der Beurteilung nicht vorgeben müssen.
2.3.
2.3.1. Sowohl die Vorinstanz wie auch die Beschwerdeführerin stützten sich auf <ref-ruling>. Während die Vorinstanz die in diesem Urteil gemachten Ausführungen zur objektiven alternativen Klagenhäufung auf den vorliegenden Fall anwendete, führt die Beschwerdeführerin aus, die zu beurteilende Konstellation unterscheide sich wesentlich von dem diesem Präjudiz zugrunde liegenden Sachverhalt.
2.3.2. Seit dem Beschluss des Handelsgerichts vom 3. Mai 2018 und der Einreichung der Beschwerde in Zivilsachen der Beschwerdeführerin hat das Bundesgericht seine Rechtsprechung geändert. Im zur Publikation vorgesehenen Urteil 4A_442/2017 vom 28. August 2018 wurde festgehalten, dass die in <ref-ruling> vorgenommene Unterscheidung zwischen Fällen, in denen mehrere Streitgegenstände gehäuft werden, und solchen, in denen verschiedene Schadensposten innerhalb eines einzigen Streitgegenstandes eingeklagt werden, mangels Praktikabilität aufgegeben wird. In Änderung der Rechtsprechung wird folglich auf das Erfordernis verzichtet, wonach, wenn mehrere Ansprüche in einer Teilklage gehäuft werden, in der Klage zu präzisieren ist, in welcher Reihenfolge und/oder in welchem Umfang die einzelnen Ansprüche geltend gemacht werden. Es ist vielmehr lediglich zu verlangen, dass die klagende Partei hinreichend substanziiert behauptet, es bestehe eine den eingeklagten Betrag übersteigende Forderung (Urteil 4A_442/2017 vom 28. August 2018 E. 2.4, zur Publikation vorgesehen).
2.3.3. Grundsätzlich ist eine neue Rechtsprechung sofort und überall anzuwenden. Fragen des Vertrauensschutzes (vgl. dazu <ref-ruling> E. 4, mit Hinweisen) stellen sich vorliegend keine.
Es ist offensichtlich, dass der angefochtene Beschluss mit der neuen bundesgerichtlichen Rechtsprechung unvereinbar ist, ist doch das Handelsgericht auf das erste Rechtsbegehren der Teilwiderklage mit der Begründung nicht eingetreten, die Beschwerdeführerin habe nicht ausgeführt, wie sich ihr Teilanspruch aus den neuen separaten Ansprüchen zusammensetzen soll. Nach der geänderten Rechtsprechung darf eine solche Substanziierung von der Beschwerdeführerin nicht mehr verlangt werden. Es reicht vielmehr bereits aus, dass die Beschwerdeführerin substanziiert behauptet, ihr stehe eine diesen Teilanspruch übersteigende Forderung zu, was sie gemäss den vorinstanzlichen Feststellungen auch tat. Ob die zur Begründung ihrer Forderung vorgetragenen Tatsachen als ein einziger, einheitlicher Lebenssachverhalt gewürdigt werden sollen, wie die Beschwerdeführerin vorbringt, muss folglich nicht beurteilt werden. Auch wenn mit der Vorinstanz angenommen werden sollte, es lägen mehrere Streitgegenstände vor, hätte von der Beschwerdeführerin nicht verlangt werden dürfen, dass diese in der Klage darlegt, in welcher Reihenfolge und in welchem Umfang ihre einzelnen Ansprüche geltend gemacht werden.
2.4. Hinsichtlich des Antrages der Beschwerdeführerin, es sei von ihrem Nachklagerecht Vormerk zu nehmen, erwog die Vorinstanz, es bestehe kein entsprechendes Feststellungsinteresse, weshalb auf das zweite Rechtsbegehen der Teilwiderklage der Beschwerdeführerin nicht einzutreten sei. Dagegen wendet die Beschwerdeführerin in ihrer Beschwerde - trotz ihres Antrages, es sei die Vorinstanz anzuweisen, auf ihre Widerklageeinzutreten - nichts ein, weshalb für das Bundesgericht kein Anlass besteht, sich mit der Zulässigkeit dieses Rechtsbegehrens auseinanderzusetzen.
3.
Nach dem Gesagten ist die Beschwerde gegen den angefochtenen Beschluss teilweise gutzuheissen, die Dispositivziffern 3 bis 6 des angefochtenen Beschlusses des Handelsgerichts des Kantons Zürich vom 3. Mai 2018 aufzuheben und die Sache zur neuen Beurteilung im Sinne der vorstehenden Erwägungen an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Angesichts der dargelegten Rechtsprechungsänderung stellt sich die Frage, ob ein Verzicht auf die Erhebung von Gerichtskosten bzw. eine Abweichung vom Grundsatz der Kostenverteilung nach dem Ausgang des Verfahrens sich aus Billigkeitsgründen rechtfertigen. Bei summarischer Betrachtung zeigt sich jedoch, dass mit der zur Diskussion stehenden Eventualwiderklage ein Gesamtanspruch für mehrere Jahre geltend gemacht wurde. Anders als im Fall, über den in <ref-ruling> zu urteilen war, sind die unterschiedlichen Zeitperioden für die Beurteilung des materiellen Anspruches nicht entscheidend. Es ist folglich davon auszugehen, dass auch unter Geltung der aufgehobenen Rechtsprechung zur alternativen objektiven Klagenhäufung auf die Eventualwiderklage hätte eingetreten werden müssen. Dementsprechend hat die Beschwerdegegnerin die Gerichtskosten (<ref-law>) zu tragen und die Beschwerdeführerin deren Parteikosten für das Verfahren vor Bundesgericht zu ersetzen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird teilweise gutgeheissen, die Dispositivziffern 3 bis 6 des angefochtenen Beschlusses des Handelsgerichts des Kantons Zürich vom 3. Mai 2018 werden aufgehoben und die Sache wird zu neuer Beurteilung an das Handelsgericht zurückgewiesen.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 6'000.-- werden der Beschwerdegegnerin auferlegt.
3.
Die Beschwerdegegnerin hat die Beschwerdeführerin mit Fr. 7'000.-- zu entschädigen.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Handelsgericht des Kantons Zürich schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 21. November 2018
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Kiss
Der Gerichtsschreiber: Curchod