Sachverhalt:
A.
Am 8. Februar 2014 wies die bei der A._ AG tätige Filialleiterin X._ zwei ihrer Mitarbeitenden telefonisch an, einen Kassenfehlbestand von Fr. 100.- durch die Verbuchung einer nicht stattgefundenen Retoure auszugleichen. Die Mitarbeitenden erstellten daraufhin einen fiktiven Retourenbeleg.
B.
Die Staatsanwaltschaft Baden erhob am 29. Juni 2016 Anklage gegen X._ wegen Anstiftung zur Urkundenfälschung.
Das Bezirksgericht Baden sprach X._ mit Urteil vom 10. März 2017 frei und verwies die Schadenersatzansprüche der A._ AG auf den Zivilweg.
C.
Auf Berufung der Staatsanwaltschaft und der A._ AG erkannte das Obergericht des Kantons Aargau X._ am 13. März 2018 der Anstiftung zur Urkundenfälschung für schuldig. Es verurteilte sie zu einer bedingten Geldstrafe von 10 Tagessätzen zu je Fr. 80.- bei einer Probezeit von zwei Jahren. Die Schadenersatzansprüche der A._ AG verwies es auf den Zivilweg.
D.
X._ erhebt Beschwerde in Strafsachen. Sie beantragt, sie sei von Schuld und Strafe freizusprechen und die Zivilansprüche der A._ AG seien abzuweisen. Eventualiter sei die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen.

Erwägungen:
1.
1.1. Die Beschwerdeführerin rügt eine willkürliche Sachverhaltsfeststellung. Sie macht dabei zusammengefasst geltend, die vorinstanzliche Auffassung, dass sie in der Absicht gehandelt habe, sich für den Kassenfehlbestand nicht rechtfertigen zu müssen, bzw. ihren Mitarbeitenden habe ersparen wollen, sich rechtfertigen zu müssen, sei rein spekulativ. Zudem sei es widersprüchlich festzustellen, die Beschwerdeführerin habe das Kassenmanko ihren Vorgesetzten gemeldet, und trotzdem davon auszugehen, dass die Beschwerdeführerin die Anweisung, eine fiktive Retoure zu erstellen, gegeben habe, um für einen Fehlbestand nicht einstehen zu müssen.
1.2. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Die vorinstanzliche Sachverhaltsfeststellung kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law>; vgl. auch Art. 105 Abs. 1 und 2 BGG). Offensichtlich unrichtig im Sinne von <ref-law> ist die Sachverhaltsfeststellung, wenn sie willkürlich ist. Willkür liegt nach ständiger Rechtsprechung nur vor, wenn die vorinstanzliche Beweiswürdigung schlechterdings unhaltbar ist, d.h. wenn die Behörde in ihrem Entscheid von Tatsachen ausgeht, die mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch stehen oder auf einem offenkundigen Fehler beruhen. Dass eine andere Lösung ebenfalls möglich erscheint, genügt nicht (<ref-ruling> E. 2.3.1 S. 244 mit Hinweisen).
Die Rüge der Verletzung von Grundrechten (einschliesslich Willkür bei der Sachverhaltsfeststellung) muss in der Beschwerde explizit vorgebracht und substanziiert begründet werden (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1.1 S. 503). Auf ungenügend begründete Rügen oder rein appellatorische Kritik am angefochtenen Entscheid tritt das Bundesgericht nicht ein (vgl. Art. 42 Abs. 2 und <ref-law>; <ref-ruling> E. 4.2 S. 53; <ref-ruling> E. 2.4 S. 368; je mit Hinweisen).
1.3. Was die Beschwerdeführerin gegen die vorinstanzlichen Sachverhaltsfeststellungen vorbringt, vermag keine Willkür zu begründen. Die Vorinstanz hält fest, die Beschwerdeführerin habe ausgesagt, dass ein Fehlbetrag in der Kasse eine Last darstelle, da man davon ausgehe, dass die Kassiererin etwas falsch gemacht habe. Ihre Mitarbeitenden seien deswegen panisch gewesen und sie habe sie beruhigen wollen. Dass die Vorinstanz aufgrund dieser Schilderungen zum Schluss kommt, die Beschwerdeführerin habe den Fehlbetrag zumindest vorübergehend aus der Welt schaffen wollen, um ihre Mitarbeitenden davor zu bewahren, sich für den Fehlbetrag bzw. den dahinter stehenden Fehler rechtfertigen zu müssen, ist durchaus nachvollziehbar. Inwiefern diese Feststellung spekulativ sein sollte, ist nicht ersichtlich.
Des Weiteren schliesst der Umstand, dass die Beschwerdeführerin die Unregelmässigkeiten in der Kasse ihren Vorgesetzten gemeldet hat, nicht aus, dass sie bei ihrer Anweisung, eine fiktive Retoure zu erstellen, das Kassenmanko einstweilen vertuschen wollte, um sich bzw. ihren Mitarbeitenden die zu erwartenden Unannehmlichkeiten zu ersparen. Aus dem angefochtenen Urteil geht denn auch hervor, dass die Beschwerdeführerin ihre Vorgesetzten erst zu einem späteren Zeitpunkt über die Unregelmässigkeiten in der Kasse informiert hat. In diesem Sinne führt die Vorinstanz aus, dass es der Beschwerdeführerin darum gegangen sei, den Fehlbetrag zumindest vorübergehend aus der Welt zu schaffen.
Die Rüge der willkürlichen Sachverhaltsfeststellung ist damit unbegründet.
2.
2.1. Die Beschwerdeführerin rügt weiter eine Verletzung des Anklageprinzips. Sie macht im Wesentlichen geltend, die Variante zum subjektiven Tatbestand, welche die Vorinstanz dem Schuldspruch zugrunde lege, finde sich nicht in der Anklage. Die Vorinstanz würdige damit einen Sachverhalt, der ausserhalb der Anklage liege und für die Verteidigung nicht absehbar gewesen sei.
2.2. Nach dem aus Art. 29 Abs. 2 und Art. 32 Abs. 2 BV sowie aus Art. 6 Ziff. 1 und Ziff. 3 lit. a und b EMRK abgeleiteten Anklagegrundsatz bestimmt die Anklageschrift den Gegenstand des Gerichtsverfahrens (Umgrenzungsfunktion). Die Anklage hat die der beschuldigten Person zur Last gelegten Delikte in ihrem Sachverhalt so präzise zu umschreiben, dass die Vorwürfe genügend konkretisiert sind. Zugleich bezweckt das Anklageprinzip den Schutz der Verteidigungsrechte der angeschuldigten Person und garantiert den Anspruch auf rechtliches Gehör (Informationsfunktion; <ref-ruling> E. 2.2 S. 65; <ref-ruling> E. 3.4.1 S. 142 f.; je mit Hinweisen). Der Anklagegrundsatz verbietet es dem Gericht, zuungunsten der beschuldigten Person über den angeklagten Sachverhalt hinauszugehen. Hingegen ist es dem Gericht nicht untersagt, zugunsten der beschuldigten Person von einem günstigeren Sachverhalt auszugehen, wenn es einzelne in der Anklageschrift umschriebene belastende Elemente nicht als bewiesen erachtet oder wenn es zugunsten der beschuldigten Person in der Anklageschrift nicht umschriebene entlastende Umstände annimmt. Dies führt nicht zu einem Freispruch, wenn auch dieser günstigere Sachverhalt unter einen Straftatbestand fällt (Urteile 6B_116/2017 vom 9. Juni 2017 E. 3.2 und 6B_824/2016 vom 10. April 2017 E. 13.2, nicht publ. in <ref-ruling>). Entscheidend ist, dass die beschuldigte Person aufgrund der Anklageschrift genau weiss, was ihr vorgeworfen wird, und dass sie sich wirksam verteidigen kann (<ref-ruling> E. 2.2 S. 65 mit Hinweisen). Das Gericht ist an den in der Anklage umschriebenen Sachverhalt gebunden, nicht aber an die darin vorgenommene rechtliche Würdigung (<ref-law>).
2.3. Die Anklageschrift führt zum subjektiven Tatbestand unter anderem aus, die Beschwerdeführerin habe durch die Anweisung an die Mitarbeitenden, den Fehlbestand von Fr. 100.- durch die Buchung einer nicht existierenden Retoure und Ausstellung eines gefälschten Kundenbelegs auszugleichen, einen Kassenfehlbestand von Fr. 100.- vertuscht und sich bzw. den Mitarbeitenden, welche für den Fehlbestand von Fr. 100.- verantwortlich waren, einen unrechtmässigen Vorteil verschafft bzw. dies zumindest in Kauf genommen. Der unrechtmässige Vorteil habe dabei in der zu erwartenden Forderung der Arbeitgeberin, ihr den Fehlbestand im Betrag von Fr. 100.- zu bezahlen, bestanden.
Die Vorinstanz erachtet es hingegen nicht als erwiesen, dass die Beschwerdeführerin oder ihre Mitarbeitenden ihrer Arbeitgeberin den Fehlbetrag von Fr. 100.- hätten bezahlen müssen und verneint infolgedessen die in der Anklageschrift umschriebene Absicht der Beschwerdeführerin, einen Rückforderungsanspruch der Arbeitgeberin zu vereiteln. Aufgrund der Ausführungen der Beschwerdeführerin, wonach diese ihre Mitarbeitenden lediglich habe beruhigen wollen, wirft die Vorinstanz dieser jedoch vor, sie habe mit der Anweisung eine fiktive Retoure zu erstellen, den Fehlbetrag zumindest vorübergehend vertuschen und dadurch verhindern wollen, dass sie bzw. die Mitarbeitenden zur Rede gestellt werden und den Fehlbetrag rechtfertigen müssen.
Entgegen der Auffassung der Beschwerdeführerin kann darin keine Verletzung des Anklageprinzips gesehen werden. Wie die Vorinstanz zu Recht ausführt, ist der die Grundlage der Verurteilung bildende Sachverhalt, wonach die Beschwerdeführerin in der Absicht gehandelt habe, Unannehmlichkeiten für die Mitarbeitenden zu vermeiden, von der Anklage implizit mitumfasst, zumal eine Konfrontation mit der Arbeitgeberin aufgrund des Kassenmankos einer allfälligen Rückforderung der Arbeitgeberin ohnehin vorangegangen wäre. Soweit die Vorinstanz geringfügig von der Anklage abweicht, tut sie dies im Übrigen einzig zugunsten der Beschwerdeführerin und gestützt auf die von dieser vorgetragenen Darstellungen des Sachverhalts. Es ist nicht ersichtlich, inwiefern ihre Verteidigungsmöglichkeiten dadurch eingeschränkt worden sein sollten. Die Beschwerde ist insoweit unbegründet.
3.
Die Beschwerdeführerin begründet ihren Antrag auf Abweisung der Zivilansprüche einzig mit dem beantragten Freispruch. Darauf ist angesichts der Bestätigung des vorinstanzlichen Schuldspruchs nicht einzugehen.
4.
Die Beschwerde ist abzuweisen. Die Gerichtskosten sind der Beschwerdeführerin aufzuerlegen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Aargau, Strafgericht, 2. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 8. Februar 2019
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Denys
Die Gerichtsschreiberin: Rohrer