Faits :
A.
A.a. Le 13 juillet 2012, D._ a introduit à l'encontre de A._, B._ et C._ une action tendant à ce que ceux-ci soient condamnés à procéder avec elle au partage de la succession de feu E._ et à fixer les parts et reprises des parties.
Les défendeurs ont conclu à ce qu'il soit pris acte qu'ils ne s'opposaient pas aux conclusions de la demanderesse.
En cours de procédure, les parties ont amplifié leurs conclusions. La demanderesse a conclu, en plus et en substance, à ce que B._ soit condamnée à verser à la succession un montant de 250'000 fr. à titre de dommages et intérêts pour gestion d'affaires sans mandat. Les défendeurs ont conclu à l'attribution en toute propriété à B._ de l'immeuble feuillet n os xxxx et yyyy du ban de U._, à charge pour elle de reprendre seule la dette hypothécaire grevant ledit immeuble d'un montant de 327'375 fr., sans paiement de soulte à la succession, notamment à la demanderesse; ils ont conclu au surplus à ce que celle-ci soit déboutée de toutes ses conclusions en versement par B._ d'un montant de 250'000 fr. à la succession.
A.b. Par jugement du 15 février 2018, le Juge civil du Tribunal de première instance du canton du Jura (ci-après: le Juge civil) a ordonné le partage de la succession, établi les forces de celle-ci (masse active: 430'987 fr. 79 dont 430'000 fr. pour l'immeuble de U._; masse passive: 412'870 fr. 35, dont le solde de la dette hypothécaire sur ledit immeuble par 327'375 fr. ainsi que divers frais payés par B._ pour un total de 85'495 fr. 35; actif successoral net: 18'117 fr. 44), déterminé les parts de chaque héritier (3/6 pour B._, soit 9'058 fr. 70; 1/6 pour D._, 1/6 pour A._ et 1/6 pour C._, à savoir 3'019 fr. 57 pour chacun d'eux), attribué la propriété de l'immeuble de U._ à B._, laquelle reprenait seule la dette hypothécaire grevant ledit immeuble, une soulte d'un montant de 9'058 fr. 70 devant être versée par B._ à la succession, mis les frais judiciaires par 21'350 fr. à la charge de la demanderesse et condamné celle-ci à verser aux défendeurs une indemnité de dépens fixée à 20'755 fr. 40.
A.c. Par acte du 1er juin 2018, D._ a recouru contre ce jugement, concluant à sa réforme en ce sens que les frais judiciaires soient partagés équitablement entre les parties à raison d'une part à charge de la recourante et du solde à charge des intimés et que les dépens soient compensés.
A.d. Par arrêt du 23 novembre 2018, expédié le 27 novembre 2018, la Cour civile du Tribunal cantonal du canton du Jura a interprété les conclusions de la recourante à la lumière de son écriture et retenu que celle-ci concluait à ce que les frais judiciaires de 21'350 fr. soient supportés à hauteur de 1/4 par elle-même et de 3/4 par les intimés et à ce que le jugement de première instance soit annulé en tant qu'il la condamnait à verser à ceux-ci la somme de 20'755 fr. 40 à titre de dépens. Elle a ensuite partiellement admis le recours, condamné A._, B._ et C._ à payer les frais judiciaires de première instance, fixés à 21'350 fr., à raison de 14'145 fr. et D._ à raison de 7'205 fr., dit que les frais judiciaires de première instance devaient être prélevés sur les avances des parties, les intimés devant rembourser à la recourante le solde couvert par les avances de celle-ci, dit que chaque partie supportait ses propres dépens pour la procédure de première instance, mis les frais judiciaires de seconde instance par 4'000 fr. à la charge des intimés à raison de 3'600 fr., prélevés sur l'avance effectuée par la recourante, les intimés devant rembourser à celle-ci la somme de 3'600 fr., et alloué à la recourante une indemnité de dépens pour la procédure de recours de 1'300 fr., débours et TVA compris, à verser par les intimés.
B.
Par acte posté le 28 décembre 2018, A._, B._ et C._ exercent un recours en matière civile au Tribunal fédéral. Ils concluent principalement à la confirmation du jugement du 15 février 2018. Subsidiairement, ils sollicitent le renvoi de l'affaire à l'autorité cantonale pour nouvelle décision dans le sens des considérants.
Invitée à se déterminer sur la requête d'effet suspensif assortissant le recours, D._ s'en est remise à justice, tout en soulignant que l'arrêt querellé n'était pas de nature constitutive et que les recourants ne démontraient pas encourir un quelconque préjudice en cas de refus de l'effet suspensif requis. La juridiction précédente s'en est également remise à justice.
C.
Par ordonnance du 25 janvier 2019, le Président de la II e Cour de droit civil a rejeté la requête d'effet suspensif.
Des observations sur le fond n'ont pas été requises.

Considérant en droit :
1.
La recevabilité du recours portant sur une question accessoire, en l'espèce la répartition des frais judiciaires et des dépens, est définie par la cause au fond, dans la mesure où aucune procédure spéciale n'est prévue (<ref-ruling> consid. 2.2; <ref-ruling> consid. 1.1 et les références). L'arrêt entrepris a été rendu dans une cause portant sur une action en partage successoral, partant sujette au recours en matière civile (<ref-law>).
Lorsque, comme en l'espèce, le recours est dirigé contre une décision finale (<ref-law>) et que son objet porte exclusivement sur les frais judiciaires et les dépens, alors que le fond de la cause n'était plus litigieux devant l'autorité cantonale, la valeur litigieuse devant le Tribunal fédéral se détermine selon les seules conclusions relatives aux frais et dépens (arrêts 5A_786/2018 du 11 octobre 2018 consid. 3; 5A_576/2017 du 6 novembre 2017 consid. 1.1; 5A_261/2013 du 19 septembre 2013 consid. 1; 5D_165/2015 du 22 avril 2016 consid. 1 et les références). En l'espèce, les conclusions à cet égard litigieuses en appel (<ref-law>; cf. supra let. A.d) concernaient les trois quarts des frais judiciaires de première instance, à savoir 16'012 fr. 50 (21'350 fr. x 3/4), et les dépens de 20'755 fr. 40, de sorte que le seuil de 30'000 fr. est atteint (<ref-law>).
Pour le surplus, le recours a été déposé en temps utile (<ref-law>) contre une décision rendue par une autorité supérieure statuant en dernière instance cantonale ( <ref-law>); les recourants, qui ont pris part à la procédure devant l'autorité précédente et justifient d'un intérêt digne de protection à la modification ou à l'annulation de la décision attaquée, ont qualité pour recourir (<ref-law>).
Le recours en matière civile est donc en principe recevable au regard des dispositions qui précèdent.
2.
2.1. Le recours en matière civile peut être formé pour violation du droit, tel qu'il est délimité par les art. 95 s. LTF. Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (<ref-law>), sans être lié ni par l'argumentation juridique de l'autorité précédente, ni par les moyens des parties; il peut donc admettre le recours en se fondant sur d'autres arguments que ceux invoqués par le recourant, comme il peut le rejeter en opérant une substitution de motifs (<ref-ruling> consid. 3.2.3; <ref-ruling> consid. 2.4 et les références). Cela étant, eu égard à l'exigence de motivation contenue à l'art. 42 al. 1 et 2 LTF, il n'examine en principe que les griefs soulevés (<ref-ruling> consid. 2.4 et les références). Le recourant doit par conséquent discuter les motifs de la décision entreprise et indiquer précisément en quoi il estime que l'autorité précédente a méconnu le droit (<ref-ruling> consid. 1.7.1; <ref-ruling> consid. 2.4 et la référence). Le Tribunal fédéral ne connaît par ailleurs de la violation de droits fondamentaux que si un tel grief a été expressément invoqué et motivé de façon claire et détaillée par le recourant ("principe d'allégation", <ref-law>; <ref-ruling> consid. 2.1; <ref-ruling> consid. 2.4).
2.2. Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>); il ne peut s'en écarter que si ceux-ci ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> (<ref-law>) et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (<ref-law>). Le recourant qui soutient que les faits ont été établis d'une manière manifestement inexacte, c'est-à-dire arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (<ref-ruling> consid. 2.2 et la référence), doit satisfaire au principe d'allégation susmentionné (cf. supra consid. 2.1). Une critique des faits qui ne satisfait pas à cette exigence est irrecevable (<ref-ruling> consid. 1.3.1 et la référence).
En l'occurrence, l'exposé des faits figurant aux " Articles " 1 et 2 du recours sera ignoré en tant que les éléments qui y sont contenus s'écartent de ceux constatés dans l'arrêt attaqué et qu'ils ne sont pas discutés sous l'angle de l'établissement arbitraire des faits ou de l'appréciation arbitraire des preuves.
3.
Se référant aux art. 106 al. 1 et 107 al. 1 let. e (sic) et f CPC, les recourants considèrent que la cour cantonale a violé le droit fédéral, respectivement a fait preuve d'un " arbitraire total ", en retenant que l'intimée n'avait pas entièrement succombé dans la procédure litigieuse.
3.1. La cour cantonale a constaté que dans l'action en partage ayant opposé les parties, la demanderesse et les défendeurs avaient pris initialement des conclusions concordantes. Etant donné que le premier juge avait admis les conclusions initiales des parties en ordonnant le partage de la succession et en déterminant la part et les reprises de chacun des héritiers (notamment en attribuant l'immeuble de U._ à B._ avec reprise de la dette hypothécaire par celle-ci, ce à quoi D._ ne s'était pas opposée), force était d'admettre qu'aucune partie n'avait succombé, quand bien même certains éléments concernant la détermination des forces de la succession étaient litigieux et avaient dû être instruits. La demanderesse avait en revanche succombé dans sa conclusion tendant à ce que B._ verse à la succession un montant de 250'000 fr., laquelle avait été rejetée.
Il convenait ainsi de procéder à une répartition des frais et dépens en tenant compte séparément des solutions différentes données par le Juge civil aux conclusions des parties.
S'agissant des conclusions concordantes tendant au partage admises par le premier juge, chaque partie devait, individuellement, prendre à sa charge les frais de la procédure, soit 1/4 en ce qui concernait la demanderesse, le solde étant mis à la charge des défendeurs solidairement entre eux; les frais afférents à cette partie de la procédure étaient plus importants que ceux concernant la conclusion contestée relative à la somme de 250'000 fr. à verser à la succession, en considération, d'une part, de la valeur litigieuse, partant de l'importance du litige, et, d'autre part, de l'activité du Juge civil, ainsi que des frais engagés: dans le premier cas, la valeur litigieuse pouvait être établie sur la base de la masse active de la succession, soit 430'987 fr. environ, alors que la valeur litigieuse de l'autre cas était de 250'000 fr.; dans l'état des frais de la procédure, pour un total de 21'350 fr., 11'385 fr. 45 concernaient exclusivement les frais des expertises portant sur la détermination de la masse successorale, soit les débours de cette partie de la procédure; quant au solde de 9'964 fr. 55, il s'agissait de l'émolument judiciaire; dès lors qu'il ressortait du dossier que la plus grande part de l'activité du premier juge avait consisté à statuer sur les conclusions concordantes des parties, il convenait d'y imputer les 3/4 de cet émolument, soit 7'473 fr. 50; le montant des frais judiciaires de 18'858 fr. 95 (11'385 fr. 45 + 7'473 fr. 50) pour cette partie de la procédure, arrondi à 18'860 fr., était donc mis à raison de 3/4, soit 14'145 fr., à la charge des défendeurs et le solde par 1/4, soit 4'715 fr., à la charge de la demanderesse. Celle-ci succombant pour l'autre partie de la procédure, elle devait payer la totalité du solde des frais judiciaires, à savoir 2'490 fr. (21'350 fr. - 18'860 fr.). Au final, les défendeurs supportaient les frais de la procédure à hauteur de 14'145 fr. et la demanderesse à hauteur de 7'205 fr. (4'715 fr. + 2'490 fr.). Quant aux dépens de la procédure de première instance, ils devaient être compensés entre les parties, ainsi que le demandait D._.
3.2. Les recourants considèrent qu'ils ont gagné le procès en intégralité, l'intimée s'étant vue déboutée de toutes ses prétentions. Il serait dès lors choquant qu'ils doivent s'acquitter d'un quelconque montant à titre de frais. Puisqu'il était vain, respectivement que l'on ne pouvait pas s'opposer à une action en partage, les parties s'étaient toutes ralliées au principe du partage. Les prétentions réciproques de même nature, à savoir les conclusions relatives au principe de l'action en partage, ne devant pas être prises en compte s'agissant de la répartition des frais, il convenait de considérer uniquement les conclusions supplémentaires des parties. Ainsi, dans la mesure où la conclusion tendant à ce que B._ soit condamnée à verser à la succession le montant de 250'000 fr. avait été rejetée, il fallait considérer que l'intimée avait succombé dans l'intégralité de ses prétentions. Celle-ci n'avait en effet nullement obtenu gain de cause sur le principe de son action, encore moins s'agissant des montants réclamés. A l'inverse, ils avaient, pour leur part, obtenu intégralement gain de cause quant au principe de leurs prétentions, à savoir l'attribution de la propriété de l'immeuble de U._ à B._. Ils avaient également obtenu gain de cause " s'agissant des montants réclamés, respectivement sur la contestation des montants réclamés par la partie adverse ". Par ailleurs, si l'intimée n'avait pas ouvert action étant donné que toutes les parties s'entendaient sur la question du partage, ils n'auraient pas eu à supporter de frais judiciaires. L'intimée serait donc seule responsable des frais occasionnés.
3.3.
3.3.1. A teneur de l'art. 106 al. 1, 1 ère phrase, CPC, les frais - qui comprennent les frais judiciaires et les dépens (<ref-law>) - sont mis à la charge de la partie succombante. Lorsqu'aucune des parties n'obtient entièrement gain de cause, les frais sont répartis selon le sort de la cause (<ref-law>). Cette disposition suppose une répartition des frais judiciaires et des dépens en fonction de l'issue du litige comparée avec les conclusions prises par chacune des parties (arrêt 4A_226/2013 du 7 octobre 2013 consid. 6.2, publié in RSPC 2014 p. 19). Le poids accordé aux conclusions tranchées, peut, de cas en cas, être apprécié selon différents critères, par exemple selon leur importance respective dans le litige ou par rapport à ce qui a été alloué ou selon le travail occasionné (arrêts 5A_186/2017 du 20 juillet 2017 consid. 4.1.2; 4A_511/2015 du 9 décembre 2015 consid. 2.2).
Le principe selon lequel les frais doivent être répartis selon l'issue du procès repose sur l'idée que les frais doivent être supportés par celui qui les a occasionnés, étant présumé que c'est la partie qui succombe qui a occasionné les frais (<ref-ruling> consid. 6b; arrêt 4A_479/2018 du 26 février 2019 consid. 3.3.1, destiné à la publication). Le tribunal peut toutefois s'écarter de cette règle et répartir les frais selon sa libre appréciation, en statuant selon les règles du droit et de l'équité (<ref-law>), dans les hypothèses prévues par l'<ref-law>, notamment lorsque des circonstances particulières rendent la répartition en fonction du sort de la cause inéquitable (art. 107 al. 1 let. f CPC; <ref-ruling> consid. 4.2; arrêts 5D_69/2017 du 14 juillet 2017 consid. 3.3.1; 5A_816/2013 du 12 février 2014 consid. 4.1). En outre, les frais causés inutilement sont mis à la charge de la personne qui les a engendrés (<ref-law>), indépendamment du sort de la cause ( arrêt 4A_74/2018 du 28 juin 2018 consid. 7.2.1).
La décision sur la répartition des frais relève du pouvoir d'appréciation du juge (<ref-law>; arrêt 4A_345/2018 du 5 novembre 2018 consid. 3 et la référence). Le Tribunal fédéral n'en revoit l'exercice qu'avec retenue. Il n'intervient que si l'autorité cantonale a abusé de son pouvoir d'appréciation, en se référant à des critères dénués de pertinence ou en ne tenant pas compte d'éléments essentiels, ou lorsque la décision, dans son résultat, est manifestement inéquitable ou heurte de manière choquante le sentiment de la justice (<ref-ruling> consid. 5.3.2; <ref-ruling> consid. 9.2).
3.3.2. Dans le cadre d'une action en partage (<ref-law>), le juge doit, notamment, déterminer la masse à partager, fixer les parts successorales et arrêter les modalités du partage (<ref-ruling> consid. 2.1.1; arrêt 5A_572/2010 du 22 février 2011 consid. 6.3). Le procès peut également porter sur des questions matérielles autres que le partage lui-même (p.ex. validité d'une disposition pour cause de mort, rapports [<ref-ruling> consid. 1a]). Compte tenu de la diversité des conclusions envisageables, et en particulier lorsque l'action porte sur l'ensemble de la succession, il est souvent difficile, voire inexact, de parler de partie gagnante ou succombante (arrêts 5A_572/2010 précité consid. 6.3; 5P.200/2005 du 2 novembre 2005 consid. 6.1; TAPPY, Commentaire romand, Code de procédure civile, 2 ème éd. 2019, n o 29 ad <ref-law>), dès lors que chaque partie reçoit sa part de la succession et perd en même temps toute prétention sur les biens successoraux qui ne lui ont pas été attribués (Obergericht du canton de Zurich, arrêt du 19 février 2015 [RB140038] consid. II/3.b, ZR 2015 p. 39; LIONEL HARALD SEEBERGER, Die richterliche Erbteilung, thèse Fribourg, 1992, p. 91). Selon les circonstances, il peut ainsi être justifié de répartir les frais en équité, conformément à l'art. 107 al. 1 let. f CPC (STEPHAN WOLF/RICCARDO BRAZEROL, Grundsätze für die Vornahme der Erbteilung durch das Gericht, PJA 2016 p. 1430 ss, spéc. p. 1442; cf. ég. THOMAS SUTTER-SOMM/CORDULA LÖTSCHER, Der Erbrechtsprozess unter der Schweizerischen ZPO und seine Stolpersteine für die Praxis, successio 2013 p. 354 ss, spéc. p. 357), par exemple de les partager entre tous les héritiers (arrêts 5A_572/2010 précité consid. 6.3; 5P.200/2005 précité consid. 6.1; cf. ég. Obergericht du canton de Zurich, arrêt précité consid. II/3.d et la doctrine citée). La décision dépend de l'appréciation du juge (cf. supra consid. 3.3.1; arrêts 5A_572/2010 précité consid. 6.3; 5P.200/2005 précité consid. 6.1).
3.4. En l'occurrence, la cour cantonale a considéré que l'intimée avait entièrement succombé concernant sa prétention fondée sur les règles de la gestion d'affaires sans mandat et a mis à la charge exclusive de celle-ci les frais judiciaires y relatifs. S'agissant de l'action en partage proprement dite, la juridiction précédente a estimé qu'aucune partie n'avait succombé et a réparti les frais judiciaires y afférents par tête, soit à raison d'un quart par héritier. Ce faisant, elle s'est écartée de la règle prévue à l'<ref-law> et a donc procédé, même si elle ne s'est pas expressément référée à cette disposition, à une répartition des frais litigieux selon l'art. 107 al. 1 let. f CPC, étant précisé qu'aucune des autres hypothèses prévues à l'art. 107 al. 1 let. a-e CPC n'entre en ligne de compte en l'espèce. Dès lors que, conformément aux conclusions concordantes des parties, le premier juge a ordonné le partage, déterminé la valeur de la masse à partager - étant relevé que, sur l'ensemble des frais judiciaires de 21'350 fr., 11'385 fr. 45 concernaient exclusivement les frais d'expertises visant à établir la valeur de certains actifs successoraux, ce qui n'est pas contesté par les recourants - et chiffré la part successorale revenant à chaque héritier, la cour cantonale n'a pas outrepassé son pouvoir d'appréciation en considérant qu'une répartition selon l'issue de la cause n'était, en l'espèce, pas adéquate et en partageant les frais judiciaires à parts égales entre tous les héritiers (cf. supra consid. 3.3.2). Par ailleurs, les recourants ne formulent pas de critique à l'égard de la pondération que la juridiction précédente a effectué en estimant que, sur 21'350 fr. de frais judiciaires, 18'860 fr. concernaient le partage et 2'490 fr. avaient trait à la conclusion relative à la gestion d'affaires sans mandat. Enfin, en tant qu'ils soutiennent qu'ils n'auraient pas eu à supporter de frais si l'intimée n'avait pas ouvert action, les recourants ne font pas valoir de circonstances qui justifieraient de faire application de l'<ref-law>, disposition qu'ils n'invoquent au demeurant pas.
S'agissant des dépens, le fait de les avoir entièrement compensés n'apparaît pas non plus manifestement inéquitable (cf. supra consid. 3.3.1), compte tenu des considérations qui précèdent, de la retenue exercée par la Cour de céans (cf. supra consid. 3.3.1) et du fait que les trois recourants sont représentés par le même avocat.
Le grief est par conséquent infondé, la cour cantonale n'ayant pas outrepassé son pouvoir d'appréciation en mettant les frais judiciaires à raison de 14'145 fr. à la charge des recourants et de 7'205 fr. à la charge de l'intimée et en faisant supporter à chaque partie ses propres dépens pour la procédure de première instance.
4.
En définitive, le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable. Les frais judiciaires sont mis solidairement à la charge des recourants, qui succombent (<ref-law>). Il n'y a pas lieu d'allouer des dépens à l'intimée, qui s'en est remise à justice s'agissant de l'effet suspensif et n'a pas été invitée à se déterminer sur le fond (art. 68 al. 1 et 2 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 3'000 fr., sont mis à la charge des recourants, solidairement entre eux.
3.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour civile du Tribunal cantonal du canton du Jura.
Lausanne, le 4 juin 2019
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Herrmann
La Greffière : Feinberg