Sachverhalt:
A.
A.a. Am 24. November 2014 nahm das Arlesheimer Stimmvolk den Quartierplan "Uf der Höchi - II" samt zugehörigem Reglement an. Er umfasst die Parzelle Nr. 549, Grundbuch (GB) Arlesheim, deren Eigentümerin die Steiner Investment Foundation ist. Mit Beschluss vom 2. Dezember 2015 wies der Regierungsrat des Kantons Basel-Landschaft (nachfolgend: Regierungsrat) sämtliche dagegen erhobenen Einsprachen ab, genehmigte die Quartierplanvorschriften "Uf der Höchi - II" und erklärte diese allgemeinverbindlich (abgesehen von einer hier nicht relevanten Ausnahme). Das Kantonsgericht des Kantons Basel-Landschaft wies die dagegen erhobenen Beschwerden mit Urteil vom 16. September 2015 ab. Das Urteil trat unangefochten in Rechtskraft.
A.b. Am 21. Juli 2018 beschloss die Einwohnergemeindeversammlung Arlesheim die Quartierplanvorschriften "Schwinbach Süd", bestehend aus dem Quartierplan-Reglement und dem dazugehörenden Plan. Dieser umfasst die Parzellen Nr. 556, 560, 1424, 1548 und 3462, GB Arlesheim, die sich heute im jeweiligen Eigentum der C._ AG, der Gesellschaft A._, des Institut D._ und von B._ befinden. Der Regierungsrat genehmigte die Quartierplanvorschriften "Schwinbach Süd" am 21. Juni 2018 und erklärte sie für allgemeinverbindlich. Der Regierungsratsbeschluss trat unangefochten in Rechtskraft.
A.c. Am 25. Oktober 2019 wurde für die quartierplanmässige Bebauung des Grundstücks Nr. 549, GB Arlesheim, die Baubewilligung erteilt ("La Colline - Uf der Höchi"). Auch diese trat unangefochten in Rechtskraft.
B.
Mit Eingabe vom 27. Dezember 2019 ersuchte Helvetia Nostra den Regierungsrat darum, die schützenswerten Naturobjekte in den Gebieten "Schwinbach Süd" und "Uf der Höchi - II" der Gemeinde Arlesheim in das kantonale Inventar der geschützten Naturobjekte aufzunehmen. Zudem seien die Quartierpläne "Schwinbach Süd" und "Uf der Höchi - II" nichtig zu erklären und die bereits erteilten Baubewilligungen zu widerrufen. Mit Entscheid vom 18. Februar 2020 trat der Regierungsrat nicht auf die Anträge von Helvetia Nostra ein.
C.
Dagegen reichte Helvetia Nostra eine Beschwerde beim Kantonsgericht des Kantons Basel-Landschaft ein. Dieses wies die Beschwerde am 28. September 2020 ab, soweit es darauf eintrat.
D.
Dagegen führt Helvetia Nostra Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vor Bundesgericht und stellt folgende Begehren:
1. Das Urteil des Kantonsgerichts Basel-Landschaft vom 28. September 2020 sei aufzuheben.
2. Der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten sei die aufschiebende Wirkung zu gewähren.
3. Vorsorglich sei den Eigentümerinnen/Eigentümern der Parzellen 1548, 556, 1424, 560, 3462 und 549, GB Arlesheim, unter Androhung der Straffolgen des <ref-law> und des § 33 des Gesetzes über den Natur- und Landschaftsschutz zu verbieten, Änderungen an der Vegetation und am Terrain vorzunehmen.
4. Superprovisorisch sei das vorsorgliche Verbot gemäss Antrag 3 sofort nach Eingang dieser Beschwerde den Parteien mitzuteilen.
5. Die Regierung des Kantons Basel-Landschaft sei anzuweisen, die schützenswerten Naturobjekte in der Gemeinde Arlesheim (Parzellen Nr. 1548, 556, 1424, 560, 3462 und 549) in das Inventar der geschützten Naturobjekte aufzunehmen.
6. Die Quartierpläne "Schwinbach Süd" und "Uf der Höchi - II" seien nichtig zu erklären und bereits erteilte Baubewilligungen seien zu widerrufen.
In verfahrensrechtlicher Hinsicht beantragt Helvetia Nostra die Anordnung eines zweiten Schriftenwechsels, die Durchführung eines Augenscheins, die Abhaltung einer öffentlichen Verhandlung mit Parteivorträgen und öffentlicher Urteilsberatung, die Edition verschiedener Unterlagen und die Einholung von Fachberichten des ARE, des BAFU und des BAK.
Der Regierungsrat des Kantons Basel-Landschaft (Beschwerdegegner) und die Steiner Investment Foundation (beigeladene Partei) beantragen die Abweisung der Beschwerde, sofern darauf einzutreten sei. Die Gemeinde Arlesheim (Beschwerdegegnerin) beantragt, auf die Beschwerde sei nicht einzutreten; eventualiter sei die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf eingetreten werde.
E.
Mit Verfügung vom 5. November 2020 wies das präsidierende Mitglied der I. (öffentlich-rechtlichen Abteilung das Gesuch um aufschiebende Wirkung bzw. um Anordnung von vorsorglichen Massnahmen ab.
F.
Mit Eingaben vom 29. bzw. vom 30. November ersuchte die Gesellschaft A._ (beigeladene Partei) bzw. die Beschwerdeführerin um Wiedererwägung der Verfügung des Bundesgerichts vom 5. November 2020 und um die Anordnung eines Verbots, Änderungen an der Vegetation und am Terrain auf den Parzellen Nr. 1548, 556, 1424, 560, 3462 und 549, GB Arlesheim vorzunehmen.
Am 15. Dezember 2020 wies der Instruktionsrichter das Gesuch um Wiedererwägung der Verfügung vom 5. November 2020 bzw. um Anordnung der beantragten vorsorglichen Massnahmen ab.
G.
In ihrer Stellungnahme vom 8. Februar 2021 beantragt die Gesellschaft A._ die Gutheissung der Anträge der Beschwerdeführerin. Zusätzlich stellt sie verschiedene Feststellungsanträge.
H.
Sowohl die Beschwerdeführerin, wie auch der Regierungsrat des Kantons Basel-Landschaft, die Gesellschaft A._ und die Foundation E._, haben sich nochmals - zum Teil mehrmals - zur Sache geäussert. Zudem haben sich weitere Personen, die jedoch nicht Parteien sind, zum Verfahren geäussert.

Erwägungen:
1.
1.1. Gegen den kantonal letztinstanzlichen Endentscheid des Kantonsgerichts Basel-Landschaft steht grundsätzlich die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht offen (Art. 82 lit. a, 86 Abs. 1 lit. d und 90 BGG).
1.2. Das Kantonsgericht Basel-Landschaft wies die gegen den Nichteintretensentscheid des Regierungsrats vom 18. Februar 2020 gerichtete Beschwerde ab, soweit es darauf eintrat. In seinen Erwägungen hielt es fest, die Beschwerdeführerin sei nicht legitimiert gewesen, ein Begehren auf Wiedererwägung einzureichen und der Regierungsrat sei somit zu Recht nicht auf deren Anträge eingetreten (angefochtenes Urteil, E. 6.1 ff. S. 10 ff.). Zusätzlich führte das Kantonsgericht aber auch aus, dass die übrigen Voraussetzungen für ein Wiedererwägungsgesuch nicht erfüllt wären, selbst wenn die Beschwerdeführerin legitimiert gewesen wäre (angefochtenes Urteil, E. 9.1 ff. S. 16 ff.).
In dieser Konstellation, in welcher der angefochtene Entscheid auf zwei selbständigen Begründungen beruht, behält sich das Bundesgericht vor, nicht nur die Eintretensfrage zu beurteilen, sondern auch die materielle Rechtslage. Der angefochtene Entscheid ist nur aufzuheben, wenn beide Begründungen unzutreffend sind. Deshalb muss sich die Beschwerdebegründung sowohl mit der formellrechtlichen als auch mit der materiellrechtlichen Seite auseinandersetzen (<ref-ruling> E. 2.4 in fine; <ref-ruling> E. 4.1.4 mit Hinweisen); ansonsten kann das Bundesgericht auf die Beschwerde mangels hinreichender Begründung nicht eintreten (<ref-law>).
Vorliegend setzt sich die Beschwerdeführerin sowohl mit den formell- wie auch mit den materiellrechtlichen Erwägungen der Vorinstanz auseinander. Sie ist zudem ungeachtet ihrer Legitimation in der Sache befugt, ihre Parteirechte geltend zu machen, d.h. zu rügen, dass ihr die Befugnis zur Einreichung des Gesuchs um Inventaraufnahme zu Unrecht abgesprochen wurde. Ob sie auch zur Rüge befugt ist, das angefochtene Urteil verletze aufgrund der Nichtunterschutzstellung des betroffenen Gebiets die Bestimmungen über den Natur- und Heimatschutz, muss im Rahmen des Eintretens offengelassen werden. Dies hängt nämlich davon ab, ob ihr die Vorinstanzen zu Recht die Berechtigung abgesprochen haben, ein Gesuch um Inventaraufnahme zu stellen, was weiter unten zu prüfen ist (vgl. zu dieser Frage E. 5).
Unter diesem Vorbehalt ist die Legitimation der Beschwerdeführerin zu bejahen. Die Nichtigkeit ist schliesslich in jedem Verfahrensstadium zu beachten und folglich auch im vorliegenden Verfahren zu prüfen.
1.3. Die Beschwerde wurde ausserdem rechtzeitig erhoben (<ref-law>), womit grundsätzlich auf sie einzutreten ist.
1.4. Das Bundesgericht hat die Gesellschaft A._ zum Verfahren beigeladen. Der Einbezug einer Drittperson in den Schriftenwechsel (<ref-law>) hat den Sinn, die Rechtskraft des Urteils auf diese auszudehnen, so dass sie das betreffende Urteil gegen sich gelten lassen muss. Die Beiladung ermöglicht es zudem, dem Recht auf vorgängige Anhörung Rechnung zu tragen, bevor ein nachteiliger Entscheid ergeht; damit ist die Beiladung auch Ausfluss des rechtlichen Gehörs (<ref-law>; vgl. Urteil 2C_373/ 2016 vom 17. November 2016 E. 2 mit Hinweisen). Das bedeutet indessen nicht, dass die beigeladene Partei vor Bundesgericht befugt wäre, neu und erstmals Anträge zu stellen, die ausserhalb des Streitgegenstands des vorinstanzlichen Verfahrens liegen. Auf die Feststellungsanträge der Gesellschaft A._ ist daher nicht einzutreten.
2.
2.1. Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann insbesondere die Verletzung von Bundesrecht gerügt werden (<ref-law>); dieses wendet das Bundesgericht grundsätzlich von Amtes wegen an (<ref-law>). Die Verletzung von Grundrechten - einschliesslich die willkürliche Anwendung von kantonalem Recht - prüft es dagegen nur insoweit, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und genügend begründet worden ist (<ref-law>). Für derartige Rügen gelten qualifizierte Begründungsanforderungen (<ref-ruling> E. 1.2.2). Das Bundesgericht prüft nur klar und detailliert erhobene und, soweit möglich, belegte Rügen; auf rein appellatorische Kritik am angefochtenen Entscheid tritt es nicht ein.
2.2. Die Beschwerdeführerin stellt verschiedene verfahrensrechtliche Anträge. Namentlich beantragt sie die Durchführung eines zweiten Schriftenwechsels, einen Augenschein, eine öffentliche Verhandlung mit Parteivorträgen und öffentlicher Urteilsberatung vor Bundesgericht, die Edition verschiedener Unterlagen sowie die Einholung verschiedener Fachberichte. Sie begründet diese Anträge jedoch entweder nicht oder nicht hinreichend und macht in diesem Zusammenhang nicht (in substanziierter Weise) eine willkürliche Sachverhaltsfeststellung geltend. Der rechtserhebliche Sachverhalt geht hinreichend aus den Akten hervor, weshalb ohne Weiteres auf weitere Beweismassnahmen verzichtet werden kann. Im Übrigen sind keine zivilen Rechte der Beschwerdeführerin betroffen, weshalb ihr Antrag auf Durchführung einer öffentlichen Verhandlung mit Parteivorträgen abzuweisen ist. Sodann berät das Bundesgericht den Entscheid lediglich dann mündlich, wenn die gesetzlichen Voraussetzungen hierfür gegeben sind (<ref-law>).
2.3. Die Beschwerdeführerin behauptet, die interessierenden Quartierpläne seien nicht rechtsgenüglich aufgelegt worden, übt diesbezüglich jedoch lediglich appellatorische Kritik am angefochtenen Urteil. Mangels hinreichender Begründung kann auf diese Rüge ebenfalls nicht eingetreten werden.
3.
Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat, sofern dieser nicht offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (Art. 105 und Art. 97 Abs. 1 BGG). Neue Tatsachen und Beweismittel können nur so weit vorgebracht werden, als erst der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gibt (<ref-law>). Tatsachen oder Beweismittel, die erst nach dem angefochtenen Entscheid eingetreten oder entstanden sind (sog. echte Noven), können von vornherein nicht berücksichtigt werden (<ref-ruling> E. 3.1 mit Hinweisen).
Die Beschwerdeführerin hat im Verfahren vor Bundesgericht zahlreiche Gutachten verschiedener Experten eingereicht. Diese wurden jedoch - mit Ausnahme der von F._ verfassten Gutachten (vgl. dazu unten E. 4) - allesamt nach dem Entscheid der Vorinstanz verfasst und betreffen grösstenteils die anscheinend durch die begonnenen Bauarbeiten verursachten Naturschäden. Auch die eingereichten Foto- und Pressedossiers wurden nach dem angefochtenen Entscheid realisiert. Es handelt sich bei diesen Beweismitteln um echte Noven, die nicht berücksichtigt werden können (<ref-law>). Die Frage, ob die in den Gutachten festgestellten Naturschäden allenfalls in einem anderen, neuen Verfahren geltend gemacht werden können, muss hier nicht beantwortet werden.
4.
In formeller Hinsicht bringt die Beschwerdeführerin vor, die Vorinstanz habe sich in Verletzung ihres rechtlichen Gehörs nicht mit den ins Recht gelegten Gutachten von F._, dipl. Biologe, vom 20. Februar 2020 betreffend Schwinbach Süd auseinandergesetzt.
Das rechtliche Gehör nach <ref-law> verlangt, dass die Behörde die Vorbringen der vom Entscheid in ihrer Rechtsstellung betroffenen Person auch tatsächlich hört, prüft und in der Entscheidfindung berücksichtigt; daraus folgt die Verpflichtung der Behörde, ihren Entscheid zu begründen. Sie muss sich dabei jedoch nicht mit allen Parteistandpunkten einlässlich auseinandersetzen und jedes einzelne Vorbringen ausdrücklich widerlegen (<ref-ruling> E. 5.1 mit Hinweisen).
Die Vorinstanz hat sich zwar in ihrem Entscheid nicht ausdrücklich mit den betreffenden Gutachten auseinandergesetzt. Es geht aus ihrer Entscheidbegründung jedoch hinreichend klar hervor, dass sie die naturschützerische Bedeutung des Areals - und damit das Thema der Gutachten - für den Prozessausgang als nicht entscheidend erachtet hat. Dies hat sie zum einen damit begründet, es gehe in erster Linie um die Überprüfung des Nichteintretensentscheids des Regierungsrats; zum andern hat die Vorinstanz befunden, der Regierungsrat habe seinen weiten Ermessensspielraum bei der Aufnahme von Naturobjekten ins Inventar nicht überschritten. Die Beschwerdeführerin wusste somit, weshalb die Vorinstanz die beiden Gutachten nicht als relevant erachtet hat. Ob diese Begründung zutrifft, ist keine Frage des rechtlichen Gehörs sondern der materiellen Beurteilung.
5.
Die Beschwerdeführerin sieht eine Rechtsverweigerung darin, dass der Regierungsrat nicht auf ihr Gesuch vom 27. Dezember 2019 um Inventaraufnahme eingetreten ist und die Vorinstanz diesen Entscheid geschützt hat.
5.1. Die Vorinstanz führt diesbezüglich aus, der Regierungsrat habe die Anträge der Beschwerdeführerin zu Recht als Gesuch um Wiederaufnahme eines abgeschlossenen Verfahrens im Sinne von § 39 f. des Verwaltungsverfahrensgesetzes des Kantons Basel-Landschaft vom 13. Juni 1988 (VwVG/BL; SGS 175) behandelt, da sie sich gegen rechtskräftige Quartierpläne und eine rechtskräftige Verfügung richteten.
Die Beschwerdeführerin sei nicht legitimiert gewesen, ein solches Gesuch zu stellen. Es sei unbestritten, dass sie keine Einsprache erhoben habe, alle einschlägigen Fristen verstrichen und die Nutzungspläne in Rechtskraft erwachsen seien. Sie habe es selbst zu verantworten, wenn sie ihre Vorbringen nicht früher eingebracht habe. Sofern die Beschwerdeführerin Ansprüche gestützt auf das Bundesgesetz über den Natur- und Heimatschutz (NHG; SR 451) geltend mache, schrieben dessen Art. 12 ff. vor, Verbände müssten ihre Einwendungen gegen Nutzungspläne vorbringen, sobald es das anwendbare Verfahrensrecht ermögliche, ansonsten das Recht verloren gehe, an späteren Verfahrensschritten teilzunehmen.
Die Beschwerdeführerin lege ausserdem nicht dar, inwiefern sie legitimiert wäre, ein allgemeines Begehren um Aufnahme der streitgegenständlichen Parzellen in das Inventar der geschützten Naturobjekte einzureichen. Ein allgemeines Mitwirkungsrecht bei der Erstellung des Inventars sei im Gesetz des Kantons Basel-Landschaft über den Natur- und Landschaftsschutz vom 20. November 1991 (NLG/BL; SGS 790) nicht vorgesehen.
5.2. Die Beschwerdeführerin macht dagegen geltend, ihr Antrag gründe auf § 12 NLG/BL, wonach der Regierungsrat ein Inventar der ge-schützten Naturobjekte erlasse. Die Umdeutung in ein Wiedererwägungsgesuch sei willkürlich und widerspreche <ref-law>. Es verstehe sich von selbst, dass der Antrag auf Aufnahme in ein Naturinventar unabhängig von der planungsrechtlichen Lage der betroffenen Grundstücke erfolge. Vielmehr werde dieses Verfahren gerade dann angestrengt, wenn die Natur und Landschaft aufgrund der planeri-schen Gegebenheiten in Gefahr seien. Gemäss Art. 9 Abs. 3 des Übereinkommens vom 25. Juni 1998 über den Zugang zu Informationen, die Öffentlichkeitsbeteiligung an Entscheidungsverfahren und den Zugang zu Gerichten in Umweltangelegenheiten (Aarhus-Konvention; SR 0.814.07), seien Umweltschutzorganisationen dazu berechtigt, unterlassene Verfügungen anzufechten, was vorliegend der Fall sei.
5.3. Im Folgenden ist zu klären, ob die Beschwerdeführerin unabhängig von einem konkreten Planungs- und Baubewilligungsverfahren betreffend die streitgegenständlichen Grundstücke legitimiert war, deren Aufnahme in das kantonale Inventar der geschützten Naturobjekte zu beantragen bzw. eine entsprechende Unterlassung zum Gegenstand eines Verwaltungs (justiz) verfahrens zu machen (E. 5.3.2). Falls der Beschwerdeführerin diese Möglichkeit offen steht, ist weiter zu prüfen, ob die Aufnahme in das Naturinventar des Kantons Basel-Landschaft eine (kantonale) Verfügung darstellt, die in Erfüllung einer Bundesaufgabe ergeht (E. 5.3.3).
5.3.1. Gemäss <ref-law> steht Organisationen, die sich dem Naturschutz, dem Heimatschutz, der Denkmalpflege oder verwandten Zielen widmen, grundsätzlich das Beschwerderecht gegen Verfügungen der kantonalen Behörden oder der Bundesbehörden zu. Nach ständiger Rechtsprechung steht die Verbandsbeschwerde nach <ref-law> nur offen, soweit der angefochtene Entscheid die Erfüllung einer Bundesaufgabe im Sinne von <ref-law> und <ref-law> betrifft (vgl. z.B. <ref-ruling> E. 3.2).
5.3.2. Im Jahr 1984 hat das Bundesgericht die Möglichkeit von Naturschutzorganisationen, ausserhalb eines konkreten Planungs- oder Baubewilligungsverfahrens ein Gesuch um Unterschutzstellung zu stellen bzw. die Unterlassung der Unterschutzstellung anzufechten, noch verneint (<ref-ruling> E. 2). Es hat entschieden, das Beschwerderecht gemäss <ref-law> setze eine Verfügung als Anfechtungsobjekt voraus. <ref-law> gebe den Vereinigungen keinen auf dem Rechtsweg durchsetzbaren Anspruch auf den Erlass erstinstanzlicher kantonaler Verfügungen. Hätte die gesetzgebende Behörde den gesamtschweizerischen Vereinigungen des Natur- und Heimatschutzes ein allgemeines Aufsichts- und Interventionsrecht einräumen wollen, so das Bundesgericht, hätte sie das ausdrücklich anordnen müssen.
Am 1. Juni 2014 ist in der Schweiz jedoch die Aarhus-Konvention in Kraft getreten. Gemäss deren Art. 9 Abs. 3 stellen die Vertragsparteien sicher, dass Mitglieder der Öffentlichkeit ("membres du public") Zugang zu verwaltungsbehördlichen oder gerichtlichen Verfahren haben, um die von Privatpersonen oder Behörden vorgenommenen Handlungen und begangenen Unterlassungen ("actes ou omissions") anzufechten, die gegen umweltbezogene Bestimmungen ihres innerstaatlichen Rechts verstossen. Dieser durch die Aarhus-Konvention garantierte Zugang zu Gerichten besteht auch für Umweltorganisationen, welche die innerstaatlichen Kriterien erfüllen, um als ideelle Vereinigungen zu gelten (<ref-ruling> E. 2.6; vgl. auch PETER M. KELLER in: Keller/Zufferey/Fahrländer [Hrsg.], Kommentar NHG, 2. Aufl. 2019, N. 8 zu Art. 12). Aufgrund dieser neuen Ausgangslage kann den Umweltschutzorganisationen das Recht, den Erlass einer Verfügung über eine Unterlassung zu erwirken, um diese gerichtlich überprüfen zu lassen, nicht mehr abgesprochen werden, sofern sie in Erfüllung einer Bundesaufgabe ergehen müsste. Zu prüfen bleibt, ob die Aufnahme eines Gebiets ins basel-landschaftliche Naturinventar eine solche Verfügung darstellt.
5.3.3. Gemäss <ref-law> sorgen die Kantone für Schutz und Unterhalt der Biotope von regionaler und lokaler Bedeutung. Nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung handelt es sich dabei um eine vom Bund den Kantonen übertragene Bundesaufgabe (<ref-ruling> E. 2.2 mit Hinweis; Urteil 1C_653/2019 vom 15. Dezember 2020 E. 3.1).
Im Kanton Basel-Landschaft wird <ref-law> unter anderem in § 12 NLG/BL umgesetzt, wonach der Regierungsrat nach Anhören der Einwohnergemeinden schützenswerte Naturobjekte von nationaler und regionaler Bedeutung in das Inventar der geschützten Naturobjekte aufnimmt. Die Aufnahme von Naturobjekten ist gemäss § 23 Abs. 1 NLG/BL im Amtsblatt zu veröffentlichen. Gegen Beschlüsse über die Aufnahme ins Inventar steht den Betroffenen die Beschwerde an das Kantonsgericht (Abteilung Verfassungs- und Verwaltungsrecht) offen (§ 23 Abs. 2 NLG/BL). Bei der Aufnahme von schützenswerten Naturobjekten ins kantonale Inventar handelt es sich also um eine Verfügung, die in Erfüllung einer Bundesaufgabe ergeht.
5.3.4. Zusammengefasst ist festzuhalten, dass die Beschwerdeführerin als gesamtschweizerische Organisation nach <ref-law> grundsätzlich das Recht hat, ein Gesuch um Inventaraufnahme zu stellen, bzw. die behauptete Unterlassung anzufechten. Die in E. 1.2 offen gelassene Frage betreffend die Beschwerdelegitimation muss deshalb bejaht werden. Dies steht im Übrigen nicht im Widerspruch zu <ref-law>, wonach Gemeinden und Organisationen ihre Beschwerdelegitimation verlieren, wenn sie sich nicht bereits am erstinstanzlichen Verfahren beteiligen, denn diese Bestimmung bezieht sich einzig auf die Beteiligung einer Naturschutzorganisation an einem von anderen Personen angestrengten, konkreten Verfahren.
6.
6.1. Soweit die Unterschutzstellung von Biotopen die Änderung geltender Nutzungspläne erfordert, müssen jedoch auch die Voraussetzungen von Art. 21 Abs. 2 RPG (SR 700) erfüllt sein. Dabei wird in einem ersten Schritt geprüft, ob sich die Verhältnisse so erheblich geändert haben, dass die Nutzungsplanung überprüft werden muss; in einem zweiten Schritt erfolgt nötigenfalls die Plananpassung (<ref-ruling> E. 5.1; <ref-ruling> E. 3 mit Hinweisen). Führen die Schutzmassnahmen zu einer Auszonung von bisherigem Bauland, so ist allenfalls nach den Grundsätzen über die materielle Enteignung Entschädigung zu leisten (<ref-ruling> E. 3c; vgl. auch Urteil 1A.137/2002 vom 25. September 2003 E. 4.1.2).
Ob eine Plananpassung (zweite Stufe) aufgrund veränderter Verhältnisse gerechtfertigt ist, beurteilt sich nach ständiger Rechtsprechung aufgrund einer Interessenabwägung. Dabei ist auf der einen Seite die Notwendigkeit einer gewissen Stabilität nutzungsplanerischer Festlegungen zu beachten, auf der anderen Seite das Interesse, die Pläne an eingetretene Veränderungen anzupassen. Zu berücksichtigen sind insbesondere die bisherige Geltungsdauer des Nutzungsplans, das Ausmass seiner Realisierung und Konkretisierung, das Gewicht des Änderungsgrunds, der Umfang der beabsichtigten Planänderung und das öffentliche Interesse daran (BGE <ref-ruling> E. 3.1 mit Hinweisen; Urteil 1C_60/2020 vom 25. November 2020 E. 3.1). Je neuer ein Zonenplan ist, umso mehr darf mit seiner Beständigkeit gerechnet werden, und je einschneidender sich die beabsichtigte Änderung auswirkt, umso gewichtiger müssen die Gründe sein, die für die Planänderung sprechen (vgl. BGE <ref-ruling> E. 3.1; <ref-ruling> E. 2c; Urteil 1C_300/2020 vom 1. Dezember 2020 E. 2.1).
6.2. Es erscheint zweifelhaft, dass sich vorliegend die Verhältnisse im streitgegenständlichen Gebiet erheblich geändert haben (erste Stufe). Diese Frage kann jedoch offen gelassen werden, da die Interessenabwägung (zweite Stufe) aufgrund der kurzen Geltungsdauer der umstrittenen Pläne jedenfalls zu Ungunsten der Plananpassung ausfällt:
Die streitgegenständlichen Parzellen werden zum einen vom Zonenplan der Einwohnergemeinde Arlesheim erfasst, zum andern von den beiden Quartierplänen "Schwinbach Süd" und "Uf der Höchi - II". Die Beschwerdeführerin behauptet, der Zonenplan stamme von 1982 und seither seien etliche Gesetzesrevisionen in Kraft getreten. Die Voraussetzungen von Art. 21 Abs. 2 RPG seien diesbezüglich erfüllt. Ob oder inwiefern die Voraussetzungen dieser Bestimmung auch für die beiden Quartierpläne "Schwinbach Süd" und "Uf der Höchi - II" erfüllt sein sollen, führt sie nicht aus.
Die Behauptung, wonach der aktuell geltende Zonenplan aus dem Jahr 1982 stamme, trifft nicht zu. Dieser wurde vielmehr im Jahr 2017 totalrevidiert. Gemäss den Ausführungen des Regierungsrats Basel-Landschaft wurde dabei die Zonenplanung für das ganze Siedlungsgebiet überprüft. Insbesondere im Rahmen der Quartierplanung "Schwinbach Süd" wurde die Zuweisung dieses Gebiets zur Bauzone - bestätigt. Die überaus kurze Geltungsdauer der Pläne spricht klar gegen eine Plananpassung. Die Beschwerdeführerin setzt sich nicht substanziiert mit der Geltungsdauer der Pläne auseinander und führt auch nicht aus, wieso die Interessenabwägung zu Gunsten einer Planänderung ausfallen sollte; dies ist auch nicht ersichtlich. Die Voraussetzungen von Art. 21 Abs. 2 RPG sind vorliegend offensichtlich nicht erfüllt.
Die Beständigkeit der verschiedenen Nutzungspläne und damit die Nichtunterschutzstellung der streitgegenständlichen Gebiete gilt umso mehr, als in der Zwischenzeit darauf basierend die Baubewilligung "La Colline" erteilt wurde. Neben Art. 21 Abs. 2 RPG müssten somit auch die Voraussetzungen erfüllt sein, diese unangefochten in Rechtskraft erwachsene Baubewilligung zu widerrufen; dem stünde insbesondere der Vertrauensschutz entgegen.
6.3. Zusammengefasst ist also festzuhalten, dass die Voraussetzungen für eine Überprüfung der Nutzungspläne für die streitgegenständlichen Parzellen im Zeitpunkt des hier angefochtenen Entscheids (vgl. oben E. 3) nicht gegeben waren. Somit ist auch die Aufnahme der Naturobjekte auf den erwähnten Parzellen in das Inventar der geschützten Naturobjekte nicht möglich. Die Beschwerde ist diesbezüglich abzuweisen.
7.
Die Beschwerdeführerin macht noch geltend, die Nutzungspläne und die Baubewilligung seien nichtig.
7.1. Eine Verfügung (bzw. ein Planungserlass) ist nur dann nichtig, wenn der ihr anhaftende Mangel besonders schwer und offensichtlich oder zumindest leicht erkennbar ist und die Rechtssicherheit durch die Annahme der Nichtigkeit nicht ernsthaft gefährdet wird. Als Nichtigkeitsgrund fallen hauptsächlich funktionelle und sachliche Unzuständigkeiten einer Behörde sowie schwerwiegende Verfahrensfehler in Betracht (<ref-ruling> E. 11.2 mit Hinweis). Inhaltliche Fehler haben nur in seltenen Ausnahmefällen die Nichtigkeit einer Verfügung zur Folge; erforderlich ist hierzu ein ausserordentlich schwerwiegender Mangel (<ref-ruling> E. 3.1 mit Hinweisen).
7.2. Die Beschwerdeführerin macht nicht geltend, die Behörden seien unzuständig gewesen. Sie führt hingegen aus, in den Verfahren auf Erlass des Zonenplans, der Quartierpläne "Schwinbach Süd" und "Uf der Höchi - II" sowie der Baubewilligung "La Colline" sei die Frage des Natur- und Landschaftsschutzes nicht berücksichtigt worden. Dies stelle einen schwerwiegenden Verfahrensfehler dar bzw. die erwähnten Pläne und die Baubewilligung beinhalteten schwerwiegende inhaltliche Mängel; sie seien somit nichtig.
Konkret macht sie insbesondere geltend, die Zuweisung der zu beurteilenden Plangebiete in die Bauzone durch den Zonenplan von 1982 und die Nichtaufnahme in eine Schutzzone verletze Art. 1 Abs. 2, 15, 17 und 18 RPG und das Biotop- und Landschaftsschutzrecht, da es sich bei den streitgegenständlichen Parzellen um Schutzobjekte handle, die eine Fülle von geschützten und bedrohten Pflanzen- und Tierarten beherbergten. Die Nichtbeachtung des Naturschutzes stelle auch einen Verstoss gegen das Willkürverbot dar. Überdies verletzten die Bauprojekte die Vorgaben der beiden ISOS-Objekte Goetheanum und Arlesheim. Schliesslich macht sie die Verletzung des Moratoriums gemäss Art. 38a Abs. 2 RPG und <ref-law> (SR 700.1) geltend.
7.3. Die Vorinstanz hielt diesbezüglich fest, die beiden Quartierpläne "Schwinbach Süd" und "Uf der Höchi - II" seien in einem Raumplanungsverfahren ergangen, in welchem die sich gegenüberstehenden Interessen zu prüfen und abzuwägen gewesen seien, inkl. der Natur- und Landschaftsschutzinteressen. Diesen Anliegen sei denn auch Rechnung getragen worden. Im Perimeter des Quartierplans "Uf der Höchi - II" entlang des Schwinbachs sei eine Uferschutzzone ausgeschieden und in jenem des Quartierplans "Schwinbach Süd" eine Grünzone freigehalten worden. Das ISOS-Erhaltungsziel a für das Goetheanum sei mit der Festsetzung einer Uferschutzzone entlang des Schwinbachs und der Grün- und Naturschutzzonen auf dem Grundstück Nr. 560, GB Arlesheim, eingehalten worden; auch die Vorgaben des ISOS-Arlesheim (Erhaltungsziel b) seien nicht verletzt. Die Pläne seien ausserdem von den kantonalen Fachstellen geprüft und vom Regierungsrat genehmigt worden; das Kantonsgericht habe den Quartierplan "Uf der Höchi - II" auf Beschwerde hin für rechtmässig befunden.
7.4. Das Bundesgericht ist, wie bereits ausgeführt, an den vorinstanzlich festgestellten Sachverhalt gebunden. Danach sind die Interessen des Natur- und Landschaftsschutzes beim Erlass der strittigen Pläne bzw. der Baubewilligung berücksichtigt worden. Die Beschwerdeführerin führt zwar in ausschweifenden Darstellungen aus, inwiefern aus ihrer Sicht die Natur- und Landschaftsschutzvorgaben verletzt seien; sie vermag dabei jedoch nicht aufzuzeigen, inwiefern die vorinstanzliche Feststellung betreffend den Einbezug des Natur- und Landschaftsschutzes in den Verfahren auf Erlass der Pläne bzw. der Baubewilligung nicht zutrifft. Ein schwerwiegender inhaltlicher Fehler oder ein schwerwiegender Verfahrensfehler, der die Nichtigkeit nach sich ziehen könnte, ist unter diesen Umständen nicht ersichtlich.
Die Beschwerdeführerin setzt sich auch nicht mit den vorinstanzlichen Ausführungen auseinander, wonach die Erhaltungsziele der ISOS-Objektblätter Goetheanum (Erhaltungsziel a) und Arlesheim (Erhaltungsziel b) eingehalten werden und vermag nicht aufzuzeigen, inwiefern die geltend gemachten Verletzungen derart schwer wiegen sollen, dass die Pläne bzw. die Baubewilligung als nichtig zu qualifizieren wären.
Die übrigen Vorbringen der Beschwerdeführerin stellen schliesslich entweder nur appellatorische Kritik dar (vgl. oben E. 2.1) oder sind nicht hinreichend begründet (<ref-law>), weshalb auf sie nicht einzutreten ist.
7.5. Zusammengefasst liegt weder ein schwerwiegender Verfahrensfehler noch ein ausserordentlich schwerer inhaltlicher Mangel vor. Die Quartierpläne "Schwinbach Süd" und "Uf der Höchi - II" sowie die Baubewilligung "La Colline" sind demnach nicht nichtig.
8.
Nach dem Gesagten ist die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist.
Bei diesem Ausgang des Verfahrens sind die Gerichtskosten der unterliegenden Beschwerdeführerin aufzuerlegen (<ref-law>); bei deren Höhe ist zu berücksichtigen, dass diese vom ideellen Verbandsbeschwerderecht Gebrauch gemacht hat (Urteil 1C_526/2015 vom 12. Oktober 2016 E. 11.3, nicht publ. in: <ref-ruling>). Die Beschwerdeführerin hat der anwaltlich vertretenen beigeladenen Partei (Foundation E._) eine angemessene Parteientschädigung auszurichten (<ref-law>). Die ebenfalls anwaltlich vertretene Gesellschaft A._ hat keinen Anspruch auf Parteientschädigung, da sie sich den Anträgen der unterliegenden Beschwerdeführerin angeschlossen hat.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf eingetreten wird.
2.
Die Verfahrenskosten von Fr. 2'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3.
Die Beschwerdeführerin hat die Steiner Investment Foundation für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2'000.-- zu entschädigen.
4.
Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin, der Einwohnergemeinde Arlesheim, dem Regierungsrat des Kantons Basel-Landschaft, der Gesellschaft A._, B._, der C._ AG, dem Institut D._, der Foundation E._ und dem Kantonsgericht Basel-Landschaft, Abteilung Verfassungs- und Verwaltungsrecht, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 16. August 2021
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Kneubühler
Die Gerichtsschreiberin: Hänni