Faits :
A.
A._, spécialiste en psychiatrie et psychothérapie, pratique à titre indépendant dans le canton de Genève depuis 2007. A partir de l'année 2014, des divergences de vues sont apparues entre santésuisse, la principale association faîtière des assureurs-maladie dans le domaine de l'assurance-maladie sociale, et ce médecin, quant au respect du principe de l'économicité des prestations énoncé dans la loi.
B.
Par acte du 3 juillet 2015, les caisses-maladie énoncées dans le rubrum du présent arrêt (ci-après: les caisses-maladie), agissant par santésuisse, ont assigné la doctoresse A._ devant le Tribunal arbitral des assurances de la République et canton de Genève. Elles lui ont réclamé la restitution d'une somme de 108'981 fr. pour les prestations facturées par la défenderesse en psychothérapie déléguée pour les années 2011, 2013 et 2014, ainsi que des montants de 290'364 fr. 28 pour l'année 2012 et de 229'507 fr. 63 pour l'année 2013, en raison d'une violation du principe du caractère économique des prestations. La Présidente du Tribunal arbitral a procédé à une tentative de conciliation entre les parties le 16 octobre 2015, laquelle a échoué. Après avoir notamment entendu les parties lors d'une audience de comparution personnelle (procès-verbal du 7 octobre 2016) et requis de la doctoresse A._ la production des originaux de ses agendas 2012 et 2013 (ordonnances des 2 novembre 2016 et 24 janvier 2017), la juridiction arbitrale a partiellement admis la demande par jugement du 9 mars 2018. Elle a débouté les demanderesses de leurs prétentions afférentes à l'année 2012 et a condamné A._ à restituer en mains de santésuisse, à charge pour celle-ci de procéder à la répartition entre les différentes caisses-maladie, la somme de 186'825 fr. pour l'année 2013.
C.
Les caisses-maladie, toutes représentées par santésuisse, interjettent un recours en matière de droit public contre ce jugement dont elles demandent la réforme en ce sens que A._ est condamnée à leur verser les sommes de 290'364 fr. 28 pour l'année 2012 et de 229'507 fr. 63 pour l'année 2013. Subsidiairement, elles concluent à l'annulation du jugement attaqué et au renvoi de la cause à l'autorité précédente pour nouvelle décision au sens des considérants.
A._ conclut au rejet du recours, tandis que l'Office fédéral de la santé publique a renoncé à se déterminer.

Considérant en droit :
1.
Le recours en matière de droit public peut être interjeté pour violation du droit, tel qu'il est délimité par les art. 95 et 96 LTF. Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (art. 106 al. 1 LTF). Il statue par ailleurs sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF), sauf s'ils ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (art. 105 al. 2 LTF). Le recourant qui entend s'en écarter doit expliquer de manière circonstanciée en quoi les conditions de l'art. 105 al. 2 LTF sont réalisées sinon un état de fait divergent ne peut pas être pris en considération.
2.
En instance fédérale, le litige porte uniquement sur le bien-fondé de l'obligation de l'intimée de restituer la somme globale de 519'871 fr. 91 au titre des honoraires reçus à raison de traitements jugés non économiques qu'elle a prodigués au cours des années 2012 et 2013 (soit, un montant de 290'364 fr. 28 pour 2012 et de 229'507 fr. 63 pour 2013). Les recourantes ne remettent pas en cause le rejet de leur conclusion relative aux prestations liées à la psychothérapie déléguée.
La juridiction arbitrale a exposé de manière complète les dispositions légales applicables, singulièrement l'art. 56 LAMal, ainsi que la jurisprudence y relative sur les méthodes admises pour établir l'existence d'une polypragmasie (<ref-ruling> consid. 6.2 p. 416 et les références). Il suffit d'y renvoyer.
3.
Dans un premier grief, les caisses-maladie recourantes reprochent à l'autorité précédente d'avoir violé l'art. 25 al. 2 LPGA en considérant que leur droit de demander à l'intimée la restitution d'une somme de 290'364 fr. 28, correspondant à des honoraires perçus en 2012 à raison de traitements jugés non économiques, était périmé. Si elles ne contestent pas que le délai de péremption d'un an prévu par l'art. 25 al. 2, 1 ère phrase, LPGA était dépassé, elles font en revanche valoir que les agissements de l'intimée étaient constitutifs d'un délit au sens des 92 let. b LAMal et 148a CP, si bien que la juridiction arbitrale aurait dû appliquer le délai de prescription de sept ans selon l'art. 97 CP, en relation avec l'art. 25 al. 2, 2 ème phrase, LPGA.
3.1. L'art. 25 al. 2 LPGA en corrélation avec l'art. 56 al. 2 LAMal (cf. <ref-ruling> consid. 4.1 p. 582) prévoit que le droit de l'assureur-maladie de demander la restitution de prestations versées indûment s'éteint un an après le moment où l'assureur-maladie a eu connaissance du motif de restitution, mais au plus tard cinq ans après le versement des prestations (art. 25 al. 2, 1ère phrase, LPGA). Si la créance naît d'un acte punissable pour lequel le droit pénal prévoit un délai plus long, celui-ci est déterminant (art. 25 al. 2, 2ème phrase, LPGA). En l'occurrence, conformément à l'art. 97 al. 1 let. d CP, le délai de prescription de l'action pénale pour les infractions telles que celles décrites aux art. 92 let. b LAMal et 148a CP, soit des délits, est de sept ans (cf. arrêt K 70/06 du 30 juillet 2007 consid. 6.6, non publié in: <ref-ruling>, s'agissant de l'art. 92 LAMal).
3.2. L'art. 148a CP, qui réprime l'obtention illicite de prestations d'une assurance sociale ou de l'aide sociale, n'est d'emblée pas déterminant en l'espèce, au motif déjà qu'il est entré en vigueur le 1 er octobre 2016, soit postérieurement à l'année (2012) durant laquelle l'intimée aurait exercé son activité coupable.
3.3. Les recourantes n'ont pas invoqué le délai de prescription plus long de l'action pénale en relation avec l'art. 92 al. 1 let. b LAMal (obtention illicite d'une prestation fondée sur la LAMal par des indications fausses ou incomplètes ou de toute autre manière), ni allégué que les actes qu'elles reprochent à l'intimée pussent tomber sous le coup de cette infraction devant le Tribunal arbitral. Dès lors qu'elles font valoir cet argument pour la première fois dans la procédure devant la Cour de céans, elles invoquent un nouveau moyen de droit. A l'inverse de ce qu'elles prétendent, on ne saurait considérer qu'elles auraient soulevé ce moyen lorsqu'elles ont invité le Tribunal arbitral à "dénoncer le cas à l'autorité pénale" (écriture du 28 avril 2018).
Sur le principe, il est possible de faire valoir devant le Tribunal fédéral des nouveaux moyens de droit tirés de la violation du droit fédéral (cf. <ref-ruling> consid. 4.4.3 p. 156 s.). La possibilité d'invoquer de nouveaux moyens de droit est toutefois limitée par le principe de la bonne foi (cf. arrêt 2C_128/2016 du 7 avril 2017 consid. 3), d'une part, et par l'interdiction des faits et moyens de preuve nouveaux, ainsi que des conclusions nouvelles énoncée à l'art. 99 LTF, d'autre part. Par conséquent, les nouvelles argumentations juridiques ne sont recevables que si elles reposent sur des faits constatés dans l'arrêt entrepris (cf. art. 105 al. 1 LTF; cf. <ref-ruling> consid. 4.1 p. 366; cf. BERNARD CORBOZ, in Commentaire de la LTF, 2e éd. 2014, no 42 ad art. 99 LTF) ou sur des faits que le Tribunal fédéral peut constater en se fondant sur les pièces du dossier (cf. art. 105 al. 2 LTF; arrêt 2C_128/2016 cité consid. 3). Elles ne doivent par ailleurs ni augmenter, ni modifier les conclusions (cf. <ref-ruling> consid. 4.4.3 p. 156 s.).
En l'espèce, la juridiction arbitrale a examiné les agissements de l'intimée en lien avec la facturation de ses prestations en 2012 sous l'angle de l'art. 56 LAMal, et non du droit pénal, contrairement à ce que prétendent les recourantes. Les constatations de l'instance précédente portent uniquement sur les faits relatifs aux conditions de l'art. 56 LAMal et ne relèvent nullement de l'examen des éléments constitutifs objectifs et subjectifs de l'infraction pénale invoquée en instance fédérale. C'est en vain que les recourantes reprennent des passages du considérant 15 du jugement attaqué pour en tirer une analyse du "caractère pénal du modus operandi de la doctoresse A._". Les recourantes n'exposent par ailleurs pas que les éléments de caractère pénal ressortiraient des pièces du dossier à disposition du Tribunal arbitral. Partant, en l'absence de constatations de faits déterminantes, le Tribunal fédéral n'a pas à examiner le nouveau moyen juridique.
3.4. Au vu de ce qui précède, la Cour de céans n'a pas à s'écarter des considérations de la juridiction arbitrale relatives à la péremption des prétentions des recourantes afférentes à l'année 2012 (art. 25 al. 2, 1ère phrase, LPGA, en relation avec l'art. 56 al. 2 LAMal). Le recours est mal fondé sur ce point.
4.
En ce qui concerne l'année 2013, les recourantes font grief à la juridiction arbitrale d'avoir sous-évalué la somme dont l'intimée était tenue à restitution en raison des coûts causés par sa pratique non économique en arrêtant celle-ci à 186'825 fr. D'une part, elles allèguent que les prestations facturées sans preuve du traitement effectivement réalisé excéderaient la somme arrêtée par la juridiction arbitrale à 40'391 fr. 77. D'autre part, le montant de 146'433 fr. 56 correspondant aux prestations indûment perçues en raison d'une surfacturation de 15 minutes par consultation ne correspondrait pas non plus à la réalité, dès lors qu'il aurait été calculé en prenant en compte "un nombre réduit de consultations". Selon les recourantes, il convenait de se fonder sur le nombre de consultations effectivement facturées par l'intimée selon le relevé établi par santésuisse (3'758) et non sur le nombre de consultations statistique attribuées par celle-ci au médecin en 2013 (3'008,5). La surfacturation atteindrait ainsi un taux moyen de 33 %, et non de 5,69 % comme retenu par les juges arbitres en se fondant sur l'expertise de B._ GmbH, produite par l'intimée. Aussi, la somme dont l'intimée devait être tenue de restituer s'élèverait-elle à 229'507 fr. 63.
4.1. En l'espèce, les juges arbitres ont examiné la pratique de l'intimée sous l'angle de la polypragmasie en se fondant sur les éléments ressortant des statistiques fournies par santésuisse, de l'agenda de l'intimée et des relevés de Curabill (système de gestion des créances). Ils ont constaté que si le montant "exceptionnel" du chiffre d'affaires réalisé par la doctoresse A._ en 2013 pouvait en partie s'expliquer en raison du fait que la durée de travail journalière de l'intimée excédait celle des autres psychiatres en Suisse, le médecin avait tout de même facturé plus d'heures que celles afférentes aux consultations notées dans l'agenda. Pour ce faire, l'instance arbitrale a procédé à une comparaison entre les heures facturées par l'intermédiaire de Curabill et celles découlant des annotations dans l'agenda 2013. Elle s'est également référée au rapport d'expertise de B._ GmbH, dont il ressort qu'il existe une différence de 5,69 % entre les heures de consultation facturées (3550) et celles découlant de l'agenda majorées de 15 minutes par consultation pour les prestations administratives (3348 heures; rapport du 27 avril 2016). Sur la base de ces informations, les juges arbitres ont arrêté à 40'391 fr. 77 le montant des prestations facturées sans preuve du traitement effectivement réalisé (soit 5,69 % de 709'872 fr. 96 [chiffre d'affaires statistique de l'intimée en 2013] diminué du pourcentage des prestations effectuées par l'art-thérapeute). Par ailleurs, la juridiction arbitrale a également constaté que l'intéressée avait majoré ses consultations du temps consacré à l'établissement du dossier durant le week-end et ajouté 5 minutes supplémentaires aux consultations à titre de prestation en l'absence du patient; en conséquence, pour une consultation d'une durée de 40 minutes, avec les salutations, l'intimée facturait ainsi 15 minutes de plus en violation du Tarmed et de la loi. En se fondant sur le nombre de consultations statistique attribuées au médecin en 2013 (3008,5 consultations), dont ils ont déduit 5,69 % afin de tenir compte des prestations facturées sans preuve du traitement effectivement réalisé pour lesquelles la doctoresse A._ est déjà tenue de rembourser la somme de 40'391 fr. 77, les juges arbitres ont fixé à 146'433 fr. 56 la somme correspondant aux prestations indûment perçues en raison de la surfacturation de 15 minutes par consultation. Aussi, les premiers juges ont-ils considéré que l'intimée était tenue à restitution d'une somme totale de 186'825 fr. pour l'année 2013.
4.2. La méthode statistique appliquée dans un cas concret - ou la méthode analytique ou une combinaison des deux méthodes - constitue un mode de preuve, et non pas un élément de la définition de la polypragmasie. Elle relève donc d'une question de preuve et fait l'objet de la procédure de preuve (<ref-ruling> consid. 3 p. 197; arrêt 9C_576/2012 du 17 décembre 2012 consid. 3.1). Lorsque l'autorité arbitrale constate qu'en application de la méthode choisie, les prestations fournies ne présentent plus le caractère économique requis au sens de l'art. 56 LAMal, il ne suffit pas de critiquer de manière générale l'administration des preuves en la qualifiant d'arbitraire; encore faut-il, pour que le Tribunal fédéral s'en écarte, que celle-ci conduise à un résultat qui doit être considéré comme arbitraire, c'est-à-dire non seulement critiquable ou discutable, mais comme manifestement insoutenable (sur la notion d'arbitraire, voir <ref-ruling> consid. 4.3 p. 380). La partie recourante ne saurait avec succès se livrer à une rediscussion de chaque élément ou argument ou de l'un ou de l'autre de ceux-ci en prétendant que, sauf arbitraire, il ne pouvait être apprécié ou interprété autrement que dans le sens favorable à sa thèse. Un tel procédé se réduit à une critique appellatoire, qui n'est pas susceptible de faire admettre l'arbitraire de la décision attaquée (<ref-ruling> consid. 2.3 p. 266; arrêt 9C_778/2016 du 12 décembre 2017 consid. 7.2).
4.3. Comme le fait valoir à juste titre l'intimée, les recourantes remettent en cause certains éléments de la méthode utilisée par la juridiction arbitrale pour déterminer l'existence d'une polypragmasie, mais ne développent aucune critique contre le résultat de l'appréciation des preuves opérée par la juridiction arbitrale. Elles ne prétendent en particulier pas que, sur la base de l'ensemble des éléments de preuve recueilli par les juges arbitres, il était manifestement insoutenable de retenir une obligation de rembourser un montant de 186'825 fr. pour l'année 2013.
Les recourantes contestent en substance le pourcentage de la surfacturation arrêté par la juridiction arbitrale à 5,69 % en se fondant sur le rapport d'expertise de B._ GmbH du 27 avril 2016, dont elles remettent en cause la valeur probante dès lors que cette expertise a été réalisée à la demande de l'intimée, et affirment qu'"un taux moyen de 33 % de prestations surfacturées [...] doit être retenu, au titre de la rétrocession".
4.3.1. Le simple fait que l'expertise à laquelle les juges arbitres se sont référés a été établie à la demande de l'intimée et produite pendant la procédure ne justifie pas, en soi, des doutes quant à sa valeur probante. Il s'agit d'un moyen de preuve qui est soumis au principe de la libre appréciation des preuves, que l'autorité de première instance a en l'espèce jugé concluant, sans que le grief des recourantes ne démontre qu'elle ait fait preuve d'arbitraire en s'y ralliant (cf. <ref-ruling> consid. 6 p. 359). Contrairement à ce que soutiennent les recourantes, on ne voit pas en quoi l'affirmation de l'expert selon laquelle "il existe simplement un flou entre l'agenda et la facturation, lequel est estompé après arrondissement des tranches de 5 minutes" permet d'inférer que l'expertise de B._ GmbH serait "irréaliste et subjective". On constate en effet que l'expert a expliqué que la différence entre les heures de consultation résultant de l'agenda, majorées de quinze minutes par consultation pour les prestations administratives (3348 heures), et celles facturées par Curabill (3747 consultations, représentant 3550 heures), soit une différence de 202 heures, peut être liée au fait que Tarmed permet de facturer chaque minute entamée d'une nouvelle unité de temps sur cinq minutes. En conséquence, l'expert a indiqué qu'il convenait d'admettre une marge de tolérance liée à l'arrondissement du temps, qu'il a en l'espèce fixée à 312 heures (soit 3747 consultations x 5 minutes = 312 heures). Il a ensuite établi trois calculs en fonction de la prise en considération ou non de cette marge de tolérance. Or le Tribunal arbitral a dûment indiqué les raisons pour lesquelles le correctif proposé par B._ GmbH ne pouvait pas être retenu.
C'est en vain ensuite que les recourantes invoquent que le taux de 5,69 % retenu par le Tribunal arbitral serait trop bas. Elles se fondent sur deux jours de travail de l'intimée, sans indiquer en quoi l'évaluation pour l'ensemble de l'année 2013 effectuée par l'instance inférieure conduirait à un résultat manifestement inexact ou arbitraire. Il en va de même de leur référence à des "heures indûment facturées".
4.3.2. S'agissant du pourcentage moyen de surfacturation avancé par les caisses-maladie (33 %), on observe qu'elles l'ont arrêté en se fondant sur la prise en charge de sept patients (sur plus de 200), représentant les cas les plus lourds traités par l'intimée, ainsi que sur une journée de travail (18 septembre 2013) et une semaine de travail (du 8 au 12 avril 2013) particulièrement chargées. Il s'agit de leur propre analyse fondée sur certains éléments isolés pour avancer que la juridiction arbitrale aurait pris en compte un nombre réduit de consultations. Les recourantes ne s'en prennent pas de manière précise à l'appréciation globale des premiers juges. Ceux-ci ont repris le nombre de consultations résultant des statistiques RSS 2013, en expliquant pourquoi ils s'écartaient du nombre de 3758 indiqué par les recourantes, ainsi que de celui de 3747 selon l'expertise privée.
4.4. En conclusion, compte tenu de l'ensemble des éléments pris en considération par la juridiction arbitrale dans le cadre de l'administration et de l'appréciation des preuves recueillies, dont les recourantes ne parviennent pas à établir le caractère insoutenable, le Tribunal fédéral n'a pas à s'écarter du résultat auquel est parvenu l'autorité précédente. Le recours est également mal fondé sur ce point.
5.
Vu l'issue du litige, les frais de justice seront supportés par les recourantes qui succombent (art. 66 al. 1 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 10'000 fr., sont mis à la charge des recourantes.
3.
Les recourantes verseront à l'intimée la somme de 2'800 fr. à titre de dépens pour la procédure devant le Tribunal fédéral.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux parties, au Tribunal arbitral des assurances de la République et canton de Genève et à l'Office fédéral de la santé publique.
Lucerne, le 20 février 2019
Au nom de la IIe Cour de droit social
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente : Pfiffner
La Greffière : Perrenoud