Sachverhalt:
A.
Am 18. Dezember 2018 genehmigte der Regierungsrat des Kantons Uri das Strassenbauprojekt "West-Ost-Verbindung (WOV) TP 1 Trassee und TP2 Knoten Schächen". Geplant ist eine Verbindungsstrasse vom Kreisel Wysshus Ost durch das Industrieareal der RUAG zur Gotthardstrasse (Knoten Schächen). Auf Einsprachen der A._ AG und der B._ AG trat der Regierungsrat nicht ein.
Das Obergericht des Kantons Uri hiess am 10. Mai 2020 die von der A._ AG und der B._ AG dagegen erhobenen Beschwerden gut und wies die Angelegenheit an den Regierungsrat zurück. Dieser trat am 2. Juli 2019 auf die Einsprachen wiederum nicht ein, weil er die Gesellschaften nicht als einsprachelegitimiert erachtete.
B.
Am 29. Mai 2020 wies das Obergericht mit zwei separaten Entscheiden Beschwerden der A._ AG und der B._ AG gegen die Regierungsratsbeschlüsse vom 2. Juli 2019 ab. In den Urteilsbegründungen erklärte das Obergericht, der Regierungsrat habe die Einsprachelegitimation der A._ AG und der B._ AG verneinen dürfen, weil diese Gesellschaften gemäss der vom Regierungsrat vorgenommenen ergänzenden Abklärung weder unter dem Titel der Lastwagenerschliessung noch der Mitarbeiter- oder Kundenbeeinträchtigungen eine besondere Betroffenheit durch das aufgelegte Strassenprojekt hätten glaubhaft machen können.
C.
Mit gleichlautenden Beschwerden vom 2. Juli 2020 beantragen die A._ AG (Verfahren 1B_392/2020) und die B._ AG (Verfahren 1B_393/2020), diese Entscheide des Obergerichts aufzuheben und die Angelegenheiten zur materiellen Beurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Zudem stellten sie den Antrag, den Beschwerden aufschiebende Wirkung beizulegen.
Das Obergericht hält in seiner Vernehmlassung sinngemäss an der Auffassung fest, wonach die A._ AG und die B._ AG in den Einspracheverfahren vor dem Regierungsrat nicht legitimiert seien. Der Regierungsrat beantragt, die Beschwerden vollumfänglich abzuweisen.
Mit Verfügung vom 17. September 2020 vereinigte der Präsident der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung des Bundesgerichts die Verfahren und wies die Gesuche um aufschiebende Wirkung ab.
Die Beschwerdeführerinnen halten mit innert erstreckter Frist eingereichten, gleichlautenden Stellungnahmen vom 11. Dezember 2020 an ihren Ausführungen fest. Ein Sistierungsgesuch, das sie mit Eingaben vom 31. Dezember 2020 stellten, wurde vom Präsidenten der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung am 9. März 2021 abgewiesen.

Erwägungen:
1.
1.1. Angefochten sind zwei kantonal letztinstanzliche Endentscheide über ein Strassenbauprojekt. Dagegen steht die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten offen (vgl. Art. 82 lit. a, Art. 86 Abs. 1 lit. d und Art. 90 BGG); ein Ausschlussgrund nach <ref-law> ist nicht gegeben.
1.2. Unabhängig von der Legitimation in der Sache selbst kann eine Verfahrenspartei jedenfalls die Verletzung von Verfahrensrechten geltend machen, deren Missachtung eine formelle Rechtsverweigerung darstellt (<ref-ruling> E. 1.3 S. 80; <ref-ruling> E. 2 S. 308; <ref-ruling> E. 6.2 S. 198 f.; je mit Hinweisen). Die Beschwerdeführerinnen, denen das Obergericht die (Einsprache-) Legitimation in den unterinstanzlichen Verfahren vor dem Regierungsrat abgesprochen hat, sind daher in diesem Umfang zur vorliegenden Beschwerde berechtigt (vgl. auch Urteil 1C_547/2019 vom 16. April 2020 E. 1.2). Auch sonst steht einem Eintreten auf die Beschwerden nichts entgegen.
1.3. Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann namentlich die Verletzung von Bundesrecht sowie von kantonalem Verfassungsrecht und Völkerrecht gerügt werden (Art. 95 lit. a-c BGG). Insofern verfügt das Bundesgericht über uneingeschränkte Kognition. Die Auslegung und Anwendung des übrigen kantonalen Rechts überprüft das Bundesgericht hingegen nicht frei, sondern nur auf Vereinbarkeit mit dem Bundesrecht, insbesondere mit dem Willkürverbot, hin (Urteil 1C_538/2019 vom 20. Mai 2020 E. 1.3).
Das Bundesgericht prüft grundsätzlich nur die ihm unterbreiteten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind (<ref-ruling> E. 2 S. 116; <ref-ruling> E. 1.4.1 S. 254). Es ist weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden (<ref-ruling> E. 3 S. 415). In Bezug auf die Verletzung von Grundrechten unter Einschluss von Willkür bei der Sachverhaltsfeststellung sowie der Anwendung kantonalen Rechts gilt eine qualifizierte Rüge- und Substanziierungspflicht (<ref-law>). Eine rein appellatorische Argumentation genügt nicht. Das Bundesgericht prüft solche Rügen nur, wenn sie in der Beschwerde ausreichend vorgebracht und begründet worden sind (<ref-ruling> E. 2.5 S. 314; Urteil 1C_538/2019 vom 20. Mai 2020 E. 1.5).
1.4. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law>). "Offensichtlich unrichtig" bedeutet nach der Rechtsprechung "willkürlich" (<ref-ruling> E. 1.1 S. 155 f.). Die Beschwerdeführerinnen können die Feststellung des Sachverhalts unter den gleichen Voraussetzungen beanstanden, wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law>). Für eine entsprechende Rüge gilt eine qualifizierte Rüge- und Substanziierungspflicht; auf rein appellatorische Kritik an der Sachverhaltsfeststellung geht das Gericht nicht ein (<ref-ruling> E. 2.3 S. 266; <ref-ruling> E. 10.1 S. 444 f.).
Offensichtlich unrichtig bzw. willkürlich ist die Sachverhaltsfeststellung, wenn die vorinstanzliche Beweiswürdigung schlechterdings unhaltbar ist, d.h. wenn die Behörde in ihrem Entscheid von Tatsachen ausgeht, die mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch stehen, aktenwidrig sind oder auf einem offenkundigen Fehler beruhen. Dass eine andere Lösung ebenfalls möglich erscheint, genügt nicht (<ref-ruling> E. 2.3.1; <ref-ruling> E. 4.1.2 S. 62; je mit Hinweisen).
1.5. Neue Tatsachen und Beweismittel dürfen nur soweit vorgebracht werden, als erst der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gibt (<ref-law>). Tatsachen, welche die Beschwerdeführerinnen erstmals vor Bundesgericht ansprechen, die sich aber aus den kantonalen Verfahrensakten ergeben, sind nicht neu (vgl. <ref-ruling> E. 3.3.1 S. 364 f.). Der vorinstanzliche Verfahrensausgang allein bildet noch keinen hinreichenden Anlass für die Zulässigkeit von unechten Noven, die bereits im kantonalen Verfahren ohne Weiteres hätten vorgebracht werden können.
2.
Die Beschwerdeführerinnen rügen, das Obergericht habe den massgebenden Sachverhalt in verschiedener Hinsicht willkürlich festgestellt.
2.1. Die Beschwerdeführerinnen bringen eine eigene Beschreibung des Sachverhalts vor. Grundsätzlich geht daraus aber nicht hervor, inwiefern die vorinstanzlichen Feststellungen offensichtlich unzutreffend sein sollten. Insoweit kommen die Beschwerdeführerinnen ihrer Rüge- und Substanziierungspflicht nicht nach und ist auf ihre Ausführungen folglich nicht einzugehen (vgl. vorne E. 1.4).
2.2. Bestritten wird seitens der Beschwerdeführerinnen insbesondere die Feststellung in den angefochtenen Urteilen, wonach die Strecke Kreisel Schächen - Dorfstrasse - südliche Gotthardstrasse gemäss dem Bauprojekt in beide Richtungen selbst mit den grössten zugelassenen Lastwagen bzw. dem Lastwagentyp "Sattelzug EU" befahrbar sei. Die Beschwerdeführerinnen behaupten, eine solche Befahrbarkeit sei bestenfalls der Theorie nach, nicht jedoch in der Praxis gegeben, weil Lastwagenchauffeure bei einer Realisierung des Projektes den Knoten Schächen nur unter Verrichtung von "Millimeterarbeit" passieren könnten. Zur Untermauerung dieser Behauptung verweisen sie aber lediglich pauschal auf "aktenkundige planerische Darstellungen". Ihre Ausführungen erscheinen insofern nicht als hinreichend substanziiert, und es ist nicht ersichtlich, dass die genannte Feststellung der Vorinstanz schlechterdings unhaltbar wäre.
2.3. Nach Auffassung der Beschwerdeführerinnen hat die Vorinstanz den Sachverhalt auch offensichtlich unrichtig festgestellt, indem sie zum Schluss gelangt ist, die Beschwerdeführerinnen hätten keine stärkeren Auswirkungen aufgrund des geplanten dreiadrigen Kreisels Schächen als andere Bewohner und Gewerbetreibende der Gemeinde zu gewärtigen. Sie machen geltend, die Vorinstanz habe in diesem Kontext verkannt, dass sich die eigentliche Industriezone der Gemeinde Schattdorf an einem völlig anderen Ort als die Gewerbeliegenschaften der Beschwerdeführerinnen befinde und zur Hauptsache über ganz andere Strassen erschlossen werde.
Es trifft zu, dass in den angefochtenen Urteilen nicht festgestellt wurde, dass die Gewerbeliegenschaften der Beschwerdeführerinnen fern von der eigentlichen Industriezone der Gemeinde situiert sind. Indessen machen die Beschwerdeführerinnen nicht geltend und ist auch nicht ersichtlich, dass es sich hierbei um eine allgemeinnotorische Tatsache handelt, welche ohne Weiteres hätte berücksichtigt werden können und müssen.
Zwar legen die Beschwerdeführerinnen dem Bundesgericht eine mit einem Geoinformationssystem erzeugte, auf den 29. Juni 2020 datierende Karte vor, aus welcher ihrer Ansicht nach die räumliche Trennung ihrer Liegenschaften von der eigentlichen Industriezone ersichtlich sein soll. Indessen ist weder geltend gemacht noch ersichtlich, dass die genannte räumliche Trennung aus den kantonalen Verfahrensakten hervorgeht. Weil zudem weder dargetan noch erkennbar ist, dass erst die angefochtenen Urteile dazu Anlass gaben, sich auf diese räumliche Trennung zu berufen, handelt es sich bei dem behaupteten Sachumstand, dass sich die eigentliche Industriezone der Gemeinde Schattdorf an einem völlig anderen Ort als die Gewerbeliegenschaften der Beschwerdeführerinnen befinde (und zur Hauptsache über ganz andere Strassen erschlossen werde), um ein im bundesgerichtlichen Verfahren nicht zu berücksichtigendes unechtes Novum (vgl. vorne E. 1.5).
Mit Blick auf das Gesagte lassen die Ausführungen der Beschwerdeführerinnen zum Lageort der eigentlichen Industriezone der Gemeinde die tatsächlichen Feststellungen in den angefochtenen Urteilen ebenfalls nicht als willkürlich erscheinen. Auch lässt sich entgegen den Beschwerden nicht annehmen, im örtlichen Umfeld der Gewerbeliegenschaften der Beschwerdeführerinnen bzw. an der südlichen Gotthardstrasse seien - anders als gemäss den angefochtenen Urteilen - kaum andere Gewerbebetriebe vorhanden.
2.4. Die Beschwerdeführerinnen sehen eine willkürliche Sachverhaltsfeststellung auch in der vorinstanzlichen Annahme, es sei im fraglichen Bereich bei einer Realisierung des Projektes nicht mit einem erheblichen Durchgangsverkehr zu rechnen, weil der Hauptverkehr nicht über die südliche Gotthardstrasse und in die Dorfstrasse führen werde. Diese Annahme der Vorinstanz stehe im Widerspruch zu einem aktenkundigen technischen Bericht mit dem Titel "West-Ost-Verbindung (WOV), TP2, Knoten Schächen" vom 29. März 2018. Denn gemäss diesem Bericht sei im Jahr 2025 am Knoten Schächen mit 1'980 Motorfahrzeugen pro Stunde (in Spitzenzeiten), in der Dorfstrasse mit 1'230 Motorfahrzeugen pro Stunde (in Spitzenzeiten) und 8'400 Motorfahrzeugen pro Tag sowie an der Gotthardstrasse Süd mit 430 Motorfahrzeugen pro Stunde (in Spitzenzeiten) und 4'400 Motorfahrzeugen pro Tag zu rechnen. Zudem werde gemäss diesem Bericht im Jahr 2025 kein wesentlicher Unterschied der Frequentierung der neuen Verbindungsstrasse (mit 11'000 Motorfahrzeugen pro Tag) und der Dorfstrasse (mit 8'400 Motorfahrzeugen pro Tag) bestehen. Die genannte Annahme der Vorinstanz sei auch deshalb offensichtlich unrichtig, weil nicht berücksichtigt worden sei, dass Autofahrer aus den Schattdorfer Quartieren/Gebieten Oelerrütti, Bohnenrüt/Eygasse, Eyrütti, Gandrütti, Gandegg, Ganstrasse, Gotthardmatte sowie Bötzlingerstrasse den Weg über die Gotthard- und die Dorfstrasse wählen würden und die Bewohner des Quartiers Ringstrasse die Gotthardstrasse zwingend als ihre einzige Erschliessungsstrasse nutzen müssten.
Die Vorinstanz ging in den angefochtenen Urteilen unter anderem der Frage nach, ob für Fahrzeuge der Beschwerdeführerinnen (bzw. Fahrzeuge der Zulieferer der Beschwerdeführerinnen) bei einer Realisierung des Projektes bei der Abzweigung Dorfstrasse/Gotthardstrasse (in beide Richtungen) aufgrund von Gegenverkehr mit relevanten zeitlichen Verzögerungen zu rechnen ist. In diesem Zusammenhang stellte sie insbesondere fest, dass der Hauptverkehr gemäss dem Projekt nicht über die südliche Gotthardstrasse und die Dorfstrasse, sondern über die geplante Verbindungsstrasse und die nördliche Gotthardstrasse führen werde. Letzteres entspreche - so die Vorinstanz - der Zielsetzung des Projektes, den Durchgangsverkehr in der Gemeinde Schattdorf zu reduzieren. Just zu diesem Zweck sei vorgesehen, dass die südliche Gotthardstrasse zu einer Quartiersammelstrasse werde und nicht mehr direkt an den Knoten Schächen angeschlossen sein werde. Bei dieser Sachlage sei im fraglichen Bereich nicht mit erheblichem Durchgangsverkehr zu rechnen und seien keine ins Gewicht fallenden, auf Gegenverkehr zurückzuführende Zeitverzögerungen beim Abbiegen zu erwarten.
Ob und gegebenenfalls inwieweit bei der Realisierung des streitigen Strassenbauprojektes im fraglichen Bereich mit Durchgangsverkehr (bzw. Gegenverkehr) zu rechnen ist, welcher das Abbiegen bei der Abzweigung Dorfstrasse/Gotthardstrasse verzögert, spielt für den Ausgang des vorliegenden Verfahrens keine Rolle. Wie im Folgenden ersichtlich wird, bliebe es nämlich selbst dann bei der vorinstanzlichen Beurteilung, wenn sämtliche Fahrten der Beschwerdeführerinnen und ihrer Zulieferer tatsächlich durch Gegenverkehr verlängert würden. Bei dieser Sachlage geht es bei der Frage, ob und inwieweit im hier interessierenden Bereich mit Durchgangsverkehr zu rechnen ist, nicht um eine rechtserhebliche Tatsache. Dementsprechend lässt sich auch insofern keine relevante willkürliche Sachverhaltsfeststellung durch die Vorinstanz ausmachen.
2.5. Die Beschwerdeführerinnen bestreiten sodann die Feststellung der Vorinstanz, wonach der durch die neue Knotengestaltung bedingte zusätzliche Zeitaufwand für Fahrten mit Personenwagen kaum quantifizierbar sei und jedenfalls nicht ins Gewicht falle. Diese Feststellung stützte die Vorinstanz auf den von ihr implizit als allgemeinnotorisch angenommenen Umstand, dass es für das Abbiegen mit solchen Fahrzeugen an einer Einmündung ohne Stop-Signal (wie der geplanten Einmündung der Gotthard- in die Dorfstrasse) vielfach genüge, die Fahrt zu verlangsamen.
Was die Beschwerdeführerinnen gegen die erwähnte vorinstanzliche Feststellung vorbringen, ist nicht hinreichend substanziiert. Die Beschwerdeführerinnen behaupten in diesem Zusammenhang nämlich im Wesentlichen einzig, je nach Verkehrsentwicklung lasse sich nicht ausschliessen, dass der geplante Kreisel überlastet werde und damit zu Verzögerungen von Fahrten mit Personenwagen führen könnte. Die Behauptung, es könnte eine Überlastung des Kreisels auftreten, ist als unechtes Novum nicht zu berücksichtigen (vgl. vorne E. 1.5). Denn weder ist die Möglichkeit einer solchen Überlastung in den angefochtenen Urteilen erwähnt, noch ergibt sie sich offenkundigerweise aus den Akten. Zudem legen die Beschwerdeführerinnen nicht dar, inwiefern erst diese Urteile dazu Anlass gegeben haben sollen, sich auf eine mögliche Überlastung des Kreisels zu berufen.
2.6. Die Beschwerdeführerinnen erheben auch Einwände gegen die vorinstanzliche Feststellung, wonach aufgrund zunehmender Bedeutung der südlichen Erschliessung infolge eines in Koordination mit dem vorliegend streitbetroffenen Projekt geplanten Autobahnanschlusses davon auszugehen ist, dass nur je ein Drittel der von den Beschwerdeführerinnen geltend gemachten Lastwagenfahrten über die nördliche Erschliessung abgewickelt werden wird und damit nur bei monatlich 200 (A._ AG) bzw. rund 67 (B._ AG) Lastwagenfahrten der Beschwerdeführerinnen (bzw. ihrer Zulieferer) das Abbiegemanöver an der Abzweigung Dorfstrasse/südliche Gotthardstrasse auszuführen sein wird. Die entsprechenden Einwände verfangen jedoch nicht. Die Beschwerdeführerinnen beschränken sich in diesem Punkt nämlich im Wesentlichen darauf, ihren in den kantonalen Verfahren vorgebrachten Standpunkt zu wiederholen, wonach mindestens die Hälfte der Lastwagenfahrten der Beschwerdeführerinnen (bzw. ihrer Zulieferer) über die nördliche Zufahrt (bzw. über den Knoten Schächen) führen werde. Sie behaupten zwar ergänzend, für viele ihrer Zulieferer werde die südliche Zufahrt keine Option sein, weil sie die Beschwerdeführerinnen im Rahmen des sog. Stückgutverkehrs anfahren würden. Auch machen sie geltend, die Verbesserung der südlichen Erschliessung sei rechtlich noch gar nicht hinreichend sichergestellt. Solches lässt sich den angefochtenen Entscheiden aber nicht entnehmen. Es handelt sich um unzulässige neue Vorbringen (vgl. <ref-law>; vorne E. 1.5), die zudem nicht geeignet sind, eine offensichtlich unrichtige oder unvollständige Sachverhaltsfeststellung durch die Vorinstanz aufzuzeigen.
2.7. Die Beschwerdeführerinnen vertreten zudem die Auffassung, die Vorinstanz habe in willkürlicher Beweiswürdigung für die Ermittlung des Umfanges der zeitlichen Verlängerung des Anfahrtsweges, welche durch das Bauprojekt entsteht, auf eine Wirkungsanalyse vom Dezember 2005 betreffend die Korrektion der Kantonsstrasse Belp - Rubingen - Worb - Metzgerhüsi abgestellt. Die im Rahmen dieser Wirkungsanalyse gewonnenen Erkenntnisse liessen sich nicht auf das hier streitbetroffene Strassenbauprojekt übertragen, insbesondere weil im vorliegenden Kontext - anders als bei der Wirkungsanalyse - nicht nur ein Abbiegemanöver zur Debatte stehe. Vorliegend seien nebst dem Abbiegen an der Verzweigung Gotthardstrasse/Dorfstrasse nämlich ein Einfahren in den Kreisel, ein Befahren des Kreisels und ein Ausfahren aus dem Kreisel erforderlich. Bei Lastwagen seien für diesen gesamten Vorgang realistischerweise Verzögerungen von rund 30 Sekunden pro Zu- und Wegfahrt zu veranschlagen.
Anders als die Beschwerdeführerinnen suggerieren, zog die Vorinstanz die erwähnte Wirkungsanalyse nicht heran, um die zu erwartende Verzögerung einer Lastwagenfahrt durch den gesamten Abschnitt (mit Abbiegen an der Verzweigung Gotthardstrasse/Dorfstrasse, Einfahren in den Kreisel, Befahren des Kreisels und Ausfahren aus dem Kreisel) zu ermitteln. Stattdessen verwendete die Vorinstanz diese Wirkungsanalyse nur, um die im kantonalen Verfahren vorgebrachte Behauptung der Beschwerdeführerinnen zu widerlegen, das Abbiegemanöver führe für sich allein zu einer Verzögerung von durchschnittlich 30 Sekunden. Es ist nicht ersichtlich, weshalb die Vorinstanz insoweit unhaltbare Schlüsse aus der Wirkungsanalyse gezogen haben soll.
Was die zeitliche Verzögerung betrifft, welche beim Einfahren in den geplanten Kreisel, Befahren des Kreisels und Ausfahren aus dem Kreisel durch einen Lastwagen auftritt, hielt die Vorinstanz in den angefochtenen Urteilen fest, dass nur von einem minimen Zeitverlust ausgegangen werden könne. Obschon im Vergleich zu heute aufgrund der neuen Linienführung mehr Geschick notwendig sein werde, sei ein ausgebildeter Lastwagenchauffeur in der Lage, die Strecke zeitgerecht zu befahren.
Es ist nicht ersichtlich, inwiefern diese Feststellungen willkürlich sein sollen. Was die Beschwerdeführerinnen diesen Feststellungen über das hiervor als nicht stichhaltig Gewürdigte hinaus entgegensetzen, erschöpft sich in appellatorischer Kritik an den angefochtenen Urteilen.
3.
3.1. Die Beschwerdeführerinnen machen vor dem Bundesgericht geltend, sie würden bei einer Umsetzung des Strassenbauprojektes wirtschaftliche Einbussen erleiden und in ihrer Existenz gefährdet. Die damit verbundene Abwertung der Gotthardstrasse zu einer Quartiersammelstrasse würde nämlich zum einen mit grosser Wahrscheinlichkeit dazu führen, dass die A._ AG nicht mehr als Händlerin erster Klasse eingestuft werde. Für eine entsprechende Einstufung sei die Lage einer stark frequentierten, "hochwertigen" Strasse nämlich eine wesentliche Voraussetzung. Zum andern habe die B._ AG am jetzigen Standort Investitionen von Fr. 5 Mio. getätigt und falle damit die mit dem Projekt verbundene faktische Abtrennung dieses Standorts von der Hauptverkehrsachse stärker als bei anderen Gewerbetreibenden ins Gewicht.
Es ist nicht hinreichend dargelegt, dass sich die A._ AG bei der Vorinstanz in dieser Weise auf eine drohende Verschlechterung ihrer Einstufung als Händlerin berufen hätte. Ebenso wenig ist genügend dargetan, dass die B._ AG im kantonalen Verfahren die (angeblichen) Investitionen von Fr. 5 Mio. geltend gemacht hätte. Die Beschwerdeführerinnen machen mithin insoweit unechte Noven geltend. Daran nichts ändern kann der Umstand, dass sie in den vorinstanzlichen Verfahren vorbrachten, ihre Kunden (und Mitarbeiter) könnten durch die neue Knotengestaltung nicht mehr ungehindert zu ihren Gewerbeliegenschaften fahren. Da die Beschwerdeführerinnen nicht darlegen, inwiefern erst das angefochtene Urteil dazu Anlass gegeben haben soll, sich auf die (angeblich) drohende Rückstufung als Händlerin, die Investitionen von Fr. 5 Mio. und die Angewiesenheit auf eine stark frequentierte Strasse zu berufen, sind die diesbezüglichen Vorbringen im Folgenden nicht zu berücksichtigen (vgl. vorne E. 1.5).
3.2. Nach dem Gesagten ist im Folgenden ausschliesslich vom Sachverhalt auszugehen, den die Vorinstanz in den angefochtenen Urteilen festgestellt hat. Dies bedeutet namentlich, dass aufgrund des Bauprojektes - selbst unter Annahme von erheblichem Durchgangsverkehr - bei einer Zufahrt zu den Gewerbeliegenschaften der Beschwerdeführerinnen mit einem Lastwagen von Norden her (resp. bei einer entsprechenden Fahrt in entgegengesetzter Richtung) insgesamt mit einer zeitlichen Verzögerung von durchschnittlich maximal 10 Sekunden zu rechnen sein wird. Diese Verzögerung wird dabei durch die neue Linienführung und die Neugestaltung des Knotenpunktes Schächen entstehen. Ausgehend von einer solchen Zeitdauer und unter Berücksichtigung der Zahl der zu erwartenden Lastwagen der Beschwerdeführerinnen (bzw. ihrer Zulieferer) ergibt sich damit für die Beschwerdeführerinnen durchschnittlich pro Tag gemäss den bindenden Feststellungen der Vorinstanz ein Zeitverlust von maximal eineinhalb Minuten (A._ AG) bzw. rund einer halben Minute (B._ AG).
4.
Streitgegenstand bildet einzig die Frage, ob das Obergericht die Nichteintretensentscheide des Regierungsrats vom 2. Juli 2019 in bundesrechtskonformer Weise bestätigt hat.
4.1. <ref-law> schreibt die Einheit des Verfahrens vor: Wer zur Beschwerde an das Bundesgericht berechtigt ist, muss sich am Verfahren vor allen kantonalen Vorinstanzen als Partei beteiligen können (<ref-law>); die unmittelbare Vorinstanz des Bundesgerichts muss grundsätzlich mindestens die Rügen nach den Artikeln 95-98 BGG prüfen können (<ref-law>). Aus diesen Bestimmungen ergibt sich, dass die kantonalen Behörden die Rechtsmittelbefugnis nicht enger fassen dürfen, als dies für die Beschwerde an das Bundesgericht vorgesehen ist. Zur Beurteilung, ob die Vorinstanz die Einsprachelegitimation der Beschwerdeführerinnen in den Verfahren vor dem Regierungsrat verneinen durften, ist daher die Beschwerdeberechtigung nach den Grundsätzen von <ref-law> zu prüfen (vgl. zum Ganzen <ref-ruling> E. 2.1.1 S. 164; <ref-ruling> E. 2.1 S. 284; <ref-ruling> E. 5 S. 14; Urteil 1C_25/2019 vom 5. März 2020 E. 3.1).
4.2. Gemäss <ref-law> ist zur Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten berechtigt, wer vor der Vorinstanz am Verfahren teilgenommen oder keine Möglichkeit zur Teilnahme erhalten hat (lit. a), durch den angefochtenen Entscheid besonders berührt ist (lit. b) und ein schutzwürdiges Interesse an dessen Aufhebung oder Änderung besitzt (lit. c). Die Rechtsprechung bejaht ein schutzwürdiges Interesse im Sinne von <ref-law>, wenn der Beschwerdeführer über eine spezifische Beziehungsnähe zur Streitsache verfügt und einen praktischen Nutzen aus der Aufhebung oder Änderung des angefochtenen Entscheids zieht (<ref-ruling> E. 2.1 S. 52).
Die Nähe der Beziehung zum Streitgegenstand muss bei Bauprojekten insbesondere in räumlicher Hinsicht gegeben sein (<ref-ruling> E. 2.1 S. 52). Gemäss der bundesgerichtlichen Rechtsprechung sind Nachbarn zur Beschwerdeführung gegen ein Bauvorhaben legitimiert, wenn sie mit Sicherheit oder zumindest grosser Wahrscheinlichkeit durch Immissionen wie Lärm, Staub, Erschütterungen, Licht oder andere Einwirkungen betroffen werden, die der Bau oder Betrieb der fraglichen Anlage hervorruft. Bei unmittelbar angrenzenden Liegenschaften ist ein besonderes Berührtsein des betroffenen Nachbarn allein schon aufgrund der räumlichen Nähe zu bejahen. Die Rechtsprechung bejaht darüber hinaus in der Regel die Legitimation von Nachbarn, deren Liegenschaften sich in einem Umkreis von bis zu rund 100 m befinden. Bei grösseren Entfernungen muss eine Beeinträchtigung glaubhaft gemacht und gestützt auf eine Gesamtwürdigung der konkreten Verhältnisse beurteilt werden (<ref-ruling> E. 2.3 S. 220 f. mit Hinweisen). Der Beeinträchtigung muss ein gewisses Gewicht zukommen, um eine Betroffenheit zu begründen, die grösser ist als diejenige der Allgemeinheit (Urteil 1C_475/2019 vom 29. Januar 2020 E. 3.3.2; siehe zum Ganzen Urteil 1C_547/2019 vom 16. April 2020 E. 3.2 und 3.3 mit weiteren Hinweisen).
Der vorausgesetzte praktische Nutzen ergibt sich, wenn mit der Gutheissung der Beschwerde ein materieller oder ideeller Nachteil abgewendet werden kann, den der angefochtene Entscheid, würde er bestätigt, mit sich brächte (<ref-ruling> E. 1.2.2 S. 539; <ref-ruling> E. 2.1 S. 174 f.; <ref-ruling> E. 6.1 S. 150 f.). Bloss mittelbare Interessen an der Aufhebung oder Änderung des angefochtenen Entscheids sind unzureichend (<ref-ruling> E. 4 S. 296; <ref-ruling> E. 3.5 S. 74; <ref-ruling> E. 3.5 S. 564 f.).
Bei der Anordnung einer funktionellen Verkehrsbeschränkung steht die Beschwerdebefugnis nach der Praxis des Bundesgerichts allen Verkehrsteilnehmern zu, welche die mit der Beschränkung belegte Strasse mehr oder weniger regelmässig benützen, wie das bei Anwohnern oder Pendlern der Fall ist, während bloss gelegentliches Befahren der Strasse nicht genügt (vgl. <ref-ruling> E. 1.1 S. 542 f.; Urteil 1C_121/2017 vom 18. Juli 2017 E. 1.1.2; Urteil 1C_160/2012 vom 10. Dezember 2012 E. 1.2, nicht publ. in <ref-ruling>).
5.
5.1. Es ist vorliegend unbestritten und geht aus den angefochtenen Urteilen hervor, dass sich die Gewerbeliegenschaften der Beschwerdeführerinnen in Schattdorf mindestens rund 675 Meter (B._ AG) bzw. rund 600-700 Meter (A._ AG) vom Projektperimeter entfernt befinden. Bei dieser Sachlage begründet die räumliche Nähe zwischen diesen Liegenschaften und dem streitbetroffenen Strassenbauprojekt keine spezifische Beziehungsnähe der Beschwerdeführerinnen zur Streitsache, aufgrund welcher ihre Legitimation ohne Weiteres oder zumindest grundsätzlich bejaht werden könnte.
Die Beschwerdeführerinnen bringen indessen vor, sie seien vom Strassenbauprojekt besonders betroffen und zu dessen Anfechtung legitimiert, weil die verkehrsmässige Erschliessung ihrer Liegenschaften durch die Teil des Projekts bildende Neugestaltung des Knotenpunkes Schächen mit der Errichtung eines dreiadrigen Kreisels und die damit verbundene veränderte Verkehrsführung beeinträchtigt werde. Ihrer Ansicht nach drohen ihnen Nachteile in Form von wirtschaftlichen Einbussen, weil bei einer Realisierung des Projektes die Zufahrt zu ihren Gewerbeliegenschaften an der südlichen Gotthardstrasse in Schattdorf von Norden her infolge der Notwendigkeit der Umfahrung des Kreisels und/oder Schwierigkeiten beim Manövrieren zeitaufwendiger werde und die südliche Gotthardstrasse von einer Hauptverkehrsachse zu einer blossen Quartiersammelstrasse umfunktioniert werde.
5.2. Vorliegend wurde zwar keine funktionelle Verkehrsbeschränkung, sondern ein Strassenprojekt angefochten, mit welchem namentlich der Knoten Schächen umgestaltet werden soll. Die Situation der Beschwerdeführerinnen ist aber insoweit mit derjenigen von Personen vergleichbar, welche von einer funktionellen Verkehrsbeschränkung besonders betroffen sind, als sie ebenfalls geltend machen, sie seien als Gewerbetreibende mit Liegenschaften an der südlichen Gotthardstrasse (zusammen mit ihren Zulieferern, Kunden und Mitarbeitern) mehr oder weniger regelmässige Benützer der projektbetroffenen Verkehrsanlagen, so dass sie stärker als gelegentliche Benützer und damit stärker als die Allgemeinheit betroffen seien (vgl. auch Urteil 1C_317/2010 vom 15. Dezember 2010 E. 5.6). Eine besondere Betroffenheit lässt sich aber entgegen ihrer Ansicht nicht ausmachen:
Nach dem Ausgeführten ist davon auszugehen, dass die Beschwerdeführerinnen im Zusammenhang mit Lastwagenfahrten zu und ab ihren Gewerbeliegenschaften aufgrund des Strassenbauprojektes Zeitverluste von insgesamt maximal eineinhalb Minuten (A._ AG) bzw. rund einer halben Minute (B._ AG) pro Tag zu gewärtigen haben werden (vgl. vorne E. 3.2). Zeitverluste in diesem marginalen Umfang erreichen keine hinreichende Intensität bzw. Erheblichkeit, um eine Betroffenheit der Beschwerdeführerinnen zu begründen, welche grösser ist als diejenige der Allgemeinheit.
Zwar machen die Beschwerdeführerinnen auch geltend, mit dem Strassenbauprojekt gehe eine erschwerte Zufahrt für Kunden und Mitarbeiter einher. Wenn aber in Bezug auf Lastwagen nicht von einer legitimationsbegründenden Beeinträchtigung auszugehen ist, erscheint eine solche - wie die Vorinstanz zutreffend erkannt hat - (a maiore minus) auch nicht in Bezug auf die verkehrsmässige Erschliessung für Personenwagen von Kunden und Mitarbeitern als gegeben. Hinzu kommt, dass nach den Feststellungen der Vorinstanz auch andere Gewerbetreibende an der südlichen Gotthardstrasse durch das Strassenbauprojekt in gleicher Weise wie die Beschwerdeführerinnen bzw. deren Kunden und Mitarbeiter betroffen sein werden.
6.
6.1. In den Beschwerden wird auch vorgebracht, die Vorinstanz habe in ihren Rückweisungsentscheiden vom 10. Mai 2019 erklärt, ein für die Einsprachelegitimation genügendes schützenswertes Interesse der Beschwerdeführerinnen wäre zu bejahen, falls Zulieferungen zu ihren Gewerbeliegenschaften mit Lastwagen des Typs B erfolgen würden. Da solche Zulieferungen nachgewiesenermassen stattfinden würden, sei den Beschwerdeführerinnen entsprechend dieser Erklärung die Einsprachelegitimation zuzuerkennen.
Mit diesem Vorbringen machen die Beschwerdeführerinnen sinngemäss geltend, sie seien gemäss dem Grundsatz des Vertrauensschutzes von <ref-law> in berechtigtem Vertrauen auf eine mit den Rückweisungsentscheiden vom 10. Mai 2019 gegebene Zusicherung, dass die Einsprachelegitimation im Fall von Zulieferungen mit Lastwagen des Typs B ohne Weiteres anerkannt werde, zu schützen.
Gemäss der in den Vernehmlassungen im bundesgerichtlichen Verfahren vertretenen Auffassung der Vorinstanz basierten die Ausführungen in den Rückweisungsentscheiden vom 10. Mai 2019, wonach bei Zulieferungen zu den Betrieben der Beschwerdeführerinnen mit dem grössten Lastwagentyp bzw. mit Lastwagen des Typ B auf jeden Fall von einem legitimationsbegründenden schutzwürdigen Interesse auszugehen sei, auf der Annahme, dass die Befahrbarkeit mit dem grössten Lastwagentyp bei Realisierung des Bauprojektes nicht gewährleistet sei. Da die zwischenzeitlich vorgenommenen ergänzenden Sachverhaltsabklärungen ergeben hätten, dass diese Annahme nicht zutreffe, könnten die Beschwerdeführerinnen aus diesen Ausführungen nichts zu ihren Gunsten ableiten.
6.2. Gemäss <ref-law> hat jede Person Anspruch darauf, von den staatlichen Organen nach Treu und Glauben behandelt zu werden. Aufgrund dieses Anspruchs können behördliche Zusicherungen oder Auskünfte unter Umständen eine vom materiellen Recht abweichende Behandlung des Rechtssuchenden gebieten. Der damit gewährte Schutz des Vertrauens in behördliches Handeln setzt namentlich voraus, dass die Zusicherung vorbehaltlos erteilt wurde, sie sich auf eine konkrete Angelegenheit bezog, die Behörde hiefür zuständig war oder der Rechtssuchende sie aus zureichenden Gründen als zuständig betrachten durfte, er die Unrichtigkeit der Zusicherung nicht ohne Weiteres erkennen konnte und er im Vertrauen darauf Dispositionen traf, die nicht ohne Nachteil rückgängig gemacht werden können (<ref-ruling> E. 6.2 S. 538; <ref-ruling> E. 3.6.2 S. 193 mit Hinweisen; vgl. auch <ref-ruling> E. 5 S. 480; <ref-ruling> E. 2c S. 479).
Selbst wenn den Beschwerdeführerinnen vorliegend mit den Rückweisungsentscheiden vom 10. Mai 2019 zugesichert worden wäre, dass ihnen im Fall von Zufahrten zu ihren Gewerbeliegenschaften mit Lastwagen des Typs B die Einsprachelegitimation zuerkannt wird, könnten sie daraus unter Vertrauensschutzgesichtspunkten nichts zu ihren Gunsten ableiten. Denn es ist weder behauptet noch aus den Akten ersichtlich, dass die Beschwerdeführerinnen im Vertrauen auf die Richtigkeit einer solchen Zusicherung Dispositionen getroffen haben, welche sie nicht ohne Nachteil rückgängig machen könnten.
7.
Nach dem Gesagten verletzt es kein Bundesrecht, dass die Vorinstanz die Einsprachelegitimation der Beschwerdeführerinnen verneint hat. Die Beschwerden sind demnach abzuweisen. Bei diesem Ausgang des Verfahrens werden die Beschwerdeführerinnen kostenpflichtig (<ref-law>). Die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens sind auf insgesamt Fr. 4'000.-- festzulegen (vgl. <ref-law>).
Den unterliegenden Beschwerdeführerinnen steht keine Parteientschädigung zu (vgl. Art. 68 Abs. 1 und 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerden werden abgewiesen.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 4'000.-- werden den Beschwerdeführerinnen je zur Hälfte (ausmachend je Fr. 2'000.--) auferlegt.
3.
Dieses Urteil wird den Beschwerdeführerinnen, dem Regierungsrat des Kantons Uri und dem Obergericht des Kantons Uri, Verwaltungsrechtliche Abteilung, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 20. Mai 2021
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Kneubühler
Der Gerichtsschreiber: König