Faits :
A.
La parcelle n° 3358 du registre foncier de la commune de Collombey-Muraz, sise en zone industrielle, est constituée en propriété par étages (PPE) de cinq unités. B._ est propriétaire du lot 6115, qui comprend un appartement de 4 pièces et demie, une tonnelle, un garage et un dépôt sis au rez. Il est également propriétaire, avec D._ et C._ depuis le 18 juin 2009, du lot 6118, qui porte sur des bureaux situés au premier étage. Les lots 6116, 6117 et 6119 appartiennent à A.E._ et B.E._.
En janvier 2009, A.E._ a déposé une demande d'autorisation de construire portant sur la "transformation, surélévation et changement d'affectation d'un bâtiment artisanal avec restructuration d'un parking comportant le déplacement du portail, une entrée et une sortie et la possibilité de parquer plus de 15 véhicules" sur la parcelle n° 3358. Par décision du 3 février 2009, le Conseil municipal de Collombey-Muraz (ci-après: le Conseil municipal) a octroyé l'autorisation sollicitée. Au niveau des affectations, le rez-de-chaussée de l'immeuble était destiné à servir d'atelier et réception/salle de réunion, tandis que le premier étage devait accueillir des bureaux. Cette décision repose sur les plans signés le 14 janvier 2009 par A.E._, B.E._ et B._.
Le même jour, le Conseil municipal a adressé un courrier recommandé à B._, l'informant de la délivrance de l'autorisation de construire aux époux E._, sur la base des plans qu'il avait contresignés. Il a demandé à l'intéressé de confirmer l'affectation des locaux avant le début des travaux, par le retour d'un double du courrier contresigné. Le 10 février 2009, B._ a réagi en adressant à la commune une missive intitulée "accusé de réception SCC du 3.2.09", dont la teneur est la suivante: "en vertu des dispositions légales touchant l'immeuble constitué en PPE, j'ai apposé ma signature bienveillante, à la requête de mes copropriétaires de ladite bâtisse, afin qu'ils puissent réaliser à leur convenance: la transformation des cinq (5) appartements, tous loués antérieurement à des contribuables domiciliés (...), en ateliers et bureaux selon affectation originale de la zone... Par pur esprit de bon voisinage et d'esthétique immobilière, j'ai consenti, avec réticence, à l'élévation du toit sur toute la surface plancher des PPE, afin qu'une découpe irrégulière, inesthétique et surtout onéreuse de la toiture tombe à charge de ses [sic] jeunes et entreprenants innovateurs/propriétaires".
Le 18 juin 2009, B._, en sa qualité d'administrateur de la PPE, a écrit au Conseil municipal que la PPE ne donnait pas son autorisation à ces travaux et qu'il lui incombait en tant que police des constructions de faire cesser ces travaux immédiatement. Le 22 juin 2009, le Conseil municipal a répondu que sur la base d'un constat effectué sur place le même jour, il apparaissait que "les travaux [étaient] contenus dans l'agrandissement du bâtiment faisant l'objet du permis de construire délivré le 3 février 2009 et que les plans approuvés [étaient] contresignés par B._", de sorte que les règles du droit des constructions étaient respectées et qu'il n'appartenait pas à la commune de bloquer le chantier.
Par courriers des 2 et 13 juillet 2009, le Conseil municipal a confirmé que les travaux litigieux étaient contenus dans l'agrandissement du bâtiment faisant l'objet du permis de construire délivré le 3 février 2009.
Le 19 juin 2009, B._, C._ et D._, agissant tant en leur nom personnel qu'en celui de la communauté des propriétaires d'étages (CPPE A._), ont déposé une requête de mesures provisionnelles tendant au blocage des travaux, auprès du Tribunal du district de Monthey. Cette requête a été admise le 22 juillet 2009.
Le 21 août 2009, B._, C._, D._ et la CPPE A._ ont ouvert action à l'encontre des époux E._ auprès du Tribunal du district de Monthey, qui par jugement du 15 novembre 2012 a rejeté la demande principale mais a admis la demande reconventionnelle (en dommages et intérêts) des époux E._. Par jugement du 30 janvier 2014, la Cour civile II du Tribunal cantonal du canton du Valais a admis partiellement (en réduisant légèrement le montant des dommages et intérêts alloués en première instance) l'appel principal des demandeurs (B._, C._, D._ et la CPPE A._) et a rejeté l'appel joint des défendeurs. Par arrêt du 19 novembre 2014 (cause 5A_198/2014), le Tribunal fédéral a rejeté dans la mesure de sa recevabilité le recours déposé par les demandeurs contre le jugement du 30 janvier 2014.
B.
Le 2 décembre 2016, A.E._ et B.E._ ont informé le Service technique de la commune de ce que les travaux de rénovation étaient terminés. lls ont expliqué que le projet avait évolué depuis l'autorisation de construire délivrée entrée en force le 2 avril 2009: il était prévu de surélever le bâtiment d'un étage sur toute sa surface; or seule leur partie privative avait été transformée et isolée avec une toiture entièrement neuve. Le 12 janvier 2017, le Chef du Service technique de la commune a confirmé aux époux E._ avoir examiné avec le municipal en charge des constructions le 13 décembre 2016 tous les documents présentant l'état final de la construction.
Par courrier du 28 mars 2017, après avoir relevé que les travaux litigieux étaient moins importants que ceux relevant du permis de bâtir et contenus dans le volume des transformations autorisées, qu'ils étaient conformes au règlement communal des constructions et des zones et qu'ils présentaient un aménagement esthétique, le Conseil municipal a décidé que la réalisation, même partielle, était conforme à l'autorisation de construire.
Par décision du 21 novembre 2018, le Conseil d'Etat du canton du Valais a rejeté le recours déposé par la CPPE A._ contre le prononcé communal du 28 mars 2017. Par arrêt du 11 septembre 2019, la Cour de droit public du Tribunal cantonal du canton du Valais (ci-après: le Tribunal cantonal) a rejeté dans la mesure de sa recevabilité le recours interjeté par la CPPE A._ contre la décision du 21 novembre 2018. Elle a déclaré irrecevable le recours formé par C._ et D._.
C.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public, la CPPE A._, B._, C._ et D._ demandent principalement au Tribunal fédéral de réformer l'arrêt du 11 septembre 2019 en ce sens que la décision du 21 novembre 2019 et la décision du 28 mars 2017 sont annulées, que l'autorisation de construire du 3 février 2009 est déclarée nulle et non avenue, que le rétablissement de l'état antérieur de la parcelle n° 3358 soit ordonné et qu'un délai de 6 mois soit imparti aux époux E._ pour déposer une éventuelle demande d'autorisation de construire et de régularisation sur les lots 6116 et 6119. Ils concluent subsidiairement à l'annulation de l'arrêt du 11 septembre 2019 et au renvoi de la cause à l'instance précédente pour nouvelle décision au sens des considérants. Par courrier du 17 octobre 2019, les recourants ont formulé des rectifications quant aux dates et aux numéros de parcelles figurant dans leur mémoire de recours.
Le Tribunal cantonal s'est déterminé sur le recours, alors que le Conseil d'Etat a renoncé à déposer des observations. Les recourants ont répliqué, par courrier du 10 janvier 2020.

Considérant en droit :
1.
Dirigé contre une décision finale (<ref-law>) prise en dernière instance cantonale (art. 86 al. 1 let. d LTF) dans le domaine du droit public des constructions (<ref-law>), le recours en matière de droit public est en principe recevable, aucune des exceptions prévues à l'<ref-law> n'étant réalisée.
La CPPE A._ a pris part à la procédure de recours devant le Tribunal cantonal. En tant que copropriétaire des PPE et voisine du projet litigieux, elle est particulièrement touchée par l'arrêt attaqué et peut ainsi se prévaloir d'un intérêt digne de protection à son annulation (<ref-ruling> consid. 2.1 p. 218; arrêt 1C_206/2019 du 6 août 2019 consid. 3.1). Elle a donc en principe qualité pour agir au sens de l'<ref-law>.
C._ et D._, à qui l'instance précédente a dénié la qualité pour recourir, peuvent se prévaloir d'un intérêt digne de protection à ce que la question de leur légitimation à recourir soit examinée.
Quant à B._, qui agit pour la première fois à titre personnel devant le Tribunal fédéral, il n'a pas la qualité pour recourir dans la mesure où il n'a pas pris part à la procédure devant l'autorité précédente, sans avoir été privé de la possibilité de le faire (<ref-law>).
Pour le reste, les autres conditions de recevabilité du recours en matière de droit public sont réunies, si bien qu'il y a lieu d'entrer en matière.
2.
En vertu de l'<ref-law>, les mémoires de recours doivent être motivés. Selon l'<ref-law>, les motifs doivent exposer succinctement en quoi l'acte attaqué viole le droit. Pour satisfaire à cette exigence, il appartient au recourant de discuter au moins brièvement les considérants de la décision litigieuse et d'expliquer en quoi ceux-ci seraient contraires au droit (<ref-ruling> consid. 2 p. 91). Les griefs de violation des droits fondamentaux sont en outre soumis à des exigences de motivation accrues (<ref-law>), le recourant devant alors citer les principes constitutionnels qui n'auraient pas été respectés et expliquer de manière claire et précise en quoi ces principes auraient été violés (<ref-ruling> consid. 1.1 p. 503). Les critiques de nature appellatoire sont irrecevables (<ref-ruling> consid. 2.4 p. 368).
3.
A titre de mesure d'instruction, les recourants requièrent l'édition des dossiers du Tribunal cantonal, du Conseil d'Etat et de la commune. Leur requête est satisfaite, l'instance précédente ayant déposé le dossier cantonal complet dans le délai imparti à cet effet (<ref-law>).
Les recourants demandent encore au Tribunal fédéral de procéder à un interrogatoire des parties et à une inspection locale ainsi que d'ordonner une "expertise technique neutre tendant à démontrer l'illégalité de l'autorisation délivrée et la non-conformité de la construction réalisée avec le règlement communal et la loi cantonale sur les constructions". Il n'y a pas lieu de donner suite à ces requêtes car le dossier comprend des pièces, des plans et des photographies qui permettent à la Cour de céans de traiter utilement les griefs portés devant elle (art. 37 de la loi sur la procédure civile fédérale du 4 décembre 1947 [PCF; RS 273], applicable par renvoi de l'<ref-law>).
4.
Les recourants font d'abord grief au Tribunal cantonal d'avoir retenu que C._ et D._ ne disposaient pas de la qualité pour recourir au sens de l'art. 44 al. 2 de la loi valaisanne sur la procédure et la juridiction administratives du 6 octobre 1976 (LPJA/VS; RS/VS 172.6). Fût-il recevable, ce grief devrait être rapidement écarté, dans la mesure où les prénommés n'ont pas agi devant le Conseil d'Etat, alors que l'art. 44 al. 2 LPJA/VS prévoit expressément que celui qui a négligé d'agir devant une instance inférieure alors qu'il en avait la possibilité n'a pas la qualité pour recourir.
5.
Dans un grief d'ordre formel, les recourants reprochent à la cour cantonale d'avoir violé leur droit d'être entendu (art. 29 al. 1 Cst.), en ne motivant pas directement la mise en circulation du dossier entre les juges. Ils prétendent que "les motifs de la délégation de compétence en faveur d'un juge unique ou de la mise en circulation effective du dossier auprès des deux autres juges de la Cour" n'a pas été motivée.
Ce grief peut être d'emblée rejeté puisque l'art. 19 al. 2 de la loi valaisanne sur l'organisation de la justice du 11 février 2009 (LOJ; RS/VS 173.1) prévoit que dans tous les cas où la loi n'exige pas expressément des délibérations orales, les causes peuvent être jugées par voie de circulation sur la base du rapport et du dossier, sauf si un juge demande la délibération. Le choix de juger par voie de circulation n'a pas à être motivé.
Les recourants critiquent encore le fait que l'arrêt cantonal est signé par un seul juge, alors que la cour est composée de trois juges. Cette critique manque de pertinence puisque, conformément à l'art. 19 al. 2 LOJ/VS, chacun des juges a apposé sa signature sur le rapport, les décisions par voie de circulation ne pouvant être prises qu'à l'unanimité. La loi cantonale n'impose en revanche pas la signature des trois juges sur l'arrêt lui-même.
Les recourants prétendent enfin qu'ils n'ont pas pu faire valoir leurs éventuels motifs de récusation puisque la composition de la cour cantonale ne leur a pas été préalablement indiquée. Ils ne font cependant valoir aucun motif de récusation à l'encontre des juges cantonaux. Faute d'intérêt actuel et pratique (<ref-ruling> consid. 1.3.1 p. 143), cette critique est irrecevable.
6.
Les recourants se plaignent encore d'une violation de leur droit d'être entendus, au motif d'une appréciation arbitraire des preuves (art. 29 Cst.). Ils font aussi valoir une application arbitraire des art. 17, 20, 28, 51 à 58 et 80 LPJA/VS.
6.1. Le droit d'être entendu (art. 29 al. 2 Cst.) comprend le droit pour le justiciable d'obtenir l'administration des preuves pertinentes et valablement offertes. L'autorité peut toutefois mettre un terme à l'instruction lorsque les preuves administrées lui ont permis de former sa conviction et que, procédant d'une manière non arbitraire à une appréciation anticipée des preuves qui lui sont encore proposées, elle a la certitude qu'elles ne pourraient l'amener à modifier son opinion (<ref-ruling> consid. 4.1 p. 170 s.; <ref-ruling> consid. 6.3.1 p. 299 et les arrêts cités).
A teneur de l'art. 17 al. 2 LPJA/VS, les parties ont le droit de participer à la procédure probatoire et de présenter leurs moyens de preuve. Ceux-ci seront pris en considération dans la mesure où ils paraissent propres à favoriser l'établissement des faits.
6.2. En l'espèce, la cour cantonale a relevé qu'aucune requête de vison locale n'avait été formulée devant l'instance précédente. Les recourants ne répondent pas à cet argument et ne démontrent pas avoir déposé une telle requête devant le Conseil d'Etat.
Quant à l'expertise technique "neutre tendant à démontrer l'illégalité de l'autorisation de construire délivrée", le Tribunal cantonal l'a rejetée au motif que le dossier comprenait un constat fait sur place le 22 juin 2009 par le Service technique de la commune, la confirmation de la nature des travaux effectués par le responsable des constructions et chargé de sécurité au Président du Conseil municipal le 16 septembre 2016 ainsi que la confirmation de l'examen minutieux de tous les documents présentant l'état final de la construction du Chef du Service technique avec le municipal en charge des constructions le 13 décembre 2016. Il a ajouté que le Chef du Service technique et les responsables du secteur des constructions d'une commune disposaient de connaissances et d'une expérience étendues en matière de constructions puisqu'ils avaient précisément été choisis en fonction de ces critères.
Les recourants n'expliquent pas en quoi le refus de la cour cantonale serait constitutif d'arbitraire. Ils se contentent d'affirmer, de façon générale, que le Chef du Service technique et les responsables du secteur des constructions font partie des fonctionnaires de la commune qui, à ce titre, n'auraient pas pu fonctionner comme experts. En particulier, ils n'exposent pas sur quel élément devrait porter l'expertise technique et ne précisent pas quels travaux réalisés ne seraient pas conformes au droit cantonal et communal. Ce faisant, ils ne démontrent pas que le Tribunal cantonal aurait procédé à une appréciation anticipée des preuves entachée d'arbitraire en renonçant à ordonner une expertise technique. Quoi qu'en disent les recourants, ils ne disposent pas d'un "droit inconditionnel à obtenir la mise en oeuvre d'une expertise neutre et impartiale et une vision locale".
En tout état de cause, le raisonnement précité des juges cantonaux échappe à la critique. Il apparaît en particulier que le dossier contient des échanges de courriers, des plans et photographies en suffisance. Le Tribunal cantonal pouvait donc, sans violer le droit d'être entendu des intéressés, renoncer à procéder à une inspection locale et à administrer la preuve requise.
Le grief de l'appréciation arbitraire des preuves et d'application arbitraire de la LPJA/VS doit être rejeté dans la faible mesure de sa recevabilité.
7.
Les recourants font aussi valoir une constatation inexacte des faits. Ils se plaignent d'une violation arbitraire de l'art. 17 LPJA/VS. Pour autant qu'on les comprenne, ils reprochent à l'instance précédente de ne pas avoir établi que l'autorisation de construire du 3 février 2009 n'avait jamais été communiquée par courrier recommandé à tous les copropriétaires. Ce grief est irrecevable dans la mesure où il se rapporte à l'autorisation de construire du 3 février 2009, laquelle est entrée en force, et non pas à l'objet du présent litige, à savoir la décision du Conseil municipal du 28 mars 2017.
Peu importe au demeurant puisque le grief aurait été de toute manière rejeté dans la mesure où il ressort de l'arrêt attaqué que, par pli recommandé du 3 février 2009, le Conseil municipal a informé B._ de ce qu'il délivrait ce jour à A.E._ l'autorisation de construire relative à la transformation du bâtiment sur la parcelle n° 3358 "sur la base des plans que vous avez contresignés". La cour cantonale a de plus relevé que, le 10 février 2009, B._ avait répondu à ce courrier, sans faire part d'un quelconque vice mais en donnant son consentement au projet de construction litigieux ("par pur esprit de bon voisinage et d'esthétique immobilière, j'ai consenti, avec réticence, à l'élévation du toit sur toute la surface plancher des PPE").
8.
Sur le fond, les recourants arguent d'une violation de l'art. 22 LAT, de l'art. 19a de l'ordonnance sur les constructions du 22 mars 2017 (OC; RS/VS 705.100) et des art. 9, 10, 11, 18, 21, 24 et 25 du règlement communal des constructions et des zones de la commune de Collombey-Muraz, approuvé par le Conseil d'Etat les 24 novembre 2010, 16 février 2011 et 5 février 2014. Ils se plaignent aussi brièvement d'une violation du principe de la proportionnalité, d'une violation du principe de l'égalité de traitement et d'une violation du principe de la bonne foi. Ils font en particulier valoir que l'autorisation de construire du 3 février 2009 serait nulle au motif qu'elle n'aurait pas été notifiée "à la communauté PPE par B._" et que la publication de la mise à l'enquête publique en 2009 aurait dû porter la "mention d'accord de la PPE". Ils affirment aussi que les travaux réalisés "dépassent clairement l'autorisation de construire prétendument délivrée".
Il y a lieu de distinguer les griefs portant sur l'autorisation de construire du 3 février 2009 (consid. 8.1) de ceux qui se rattachent aux travaux réalisés (consid. 8.2).
8.1. S'agissant des griefs portant sur la validité de l'autorisation de construire du 3 février 2009, les recourants perdent de vue que l'objet de la présente contestation n'est pas l'autorisation de construire du 3 février 2009, entrée en force, mais la décision du Conseil municipal du 28 mars 2017 qui traite de la manière dont l'autorisation de construire a été réalisée. Dès lors, faute de se rapporter à l'objet de la contestation, ces griefs sont irrecevables.
Il en va de même du reproche que font les recourants à l'instance précédente de s'être référée au jugement du 30 janvier 2014 de la Cour civile II du Tribunal cantonal pour répondre à leur grief relatif au défaut de signature des copropriétaires des plans relatifs à l'autorisation de construire du 3 février 2009.
8.2. En tant que leurs critiques se rapportent aux travaux réalisés, les recourants font grief à la cour cantonale de ne pas avoir retenu que les travaux effectués par les époux E._ nécessitaient une décision de remise en état des lieux et qu'un délai devait leur être octroyé pour qu'ils déposent une demande d'autorisation de construire en vertu de l'art. 51 al. 3 de l'ancienne loi valaisanne sur les constructions du 8 février 1996 (aLC/VS; RS/VS 705.1).
Appelé à revoir l'interprétation d'une norme cantonale sous l'angle restreint de l'arbitraire, le Tribunal fédéral ne s'écarte de la solution retenue par l'autorité cantonale de dernière instance que si celle-ci apparaît insoutenable, en contradiction manifeste avec la situation effective, adoptée sans motifs objectifs et en violation d'un droit certain. En revanche, si l'application de la loi défendue par l'autorité cantonale ne s'avère pas déraisonnable ou manifestement contraire au sens et au but de la disposition ou de la législation en cause, cette interprétation sera confirmée, même si une autre solution - même préférable - paraît possible (<ref-ruling> consid. 4.3.1 p. 177 et les références citées). De plus, il ne suffit pas que les motifs de la décision attaquée soient insoutenables, encore faut-il que cette dernière soit arbitraire dans son résultat (<ref-ruling> consid. 2.1 p. 18). Le grief de violation du droit cantonal est soumis à des exigences de motivation accrue (<ref-law>; cf. <ref-ruling> consid. 2.1 p. 372).
8.3. En l'espèce, le Tribunal cantonal a retenu que l'autorisation de construire du 3 février 2009 ne comportait aucun vice de forme et n'avait fait l'objet d'aucune opposition, de sorte qu'elle était entrée en force. Il a relevé que le Conseil municipal avait attesté, sur la base d'un constat effectué sur place le 22 juin 2009 que les travaux étaient contenus dans l'agrandissement du bâtiment faisant l'objet du permis de construire et qu'ils étaient conformes aux plans signés notamment par B._; le Conseil municipal avait confirmé cela dans un courrier du 13 juillet 2009. L'instance précédente s'est enfin fondée sur la décision du 28 mars 2017 du Conseil municipal, lequel a considéré que les travaux étaient moins importants que ceux relevant du permis de bâtir du 3 février 2009, qu'ils étaient contenus dans le volume des transformations autorisées, qu'ils étaient conformes au règlement communal et qu'ils présentaient un aménagement esthétique: le Conseil municipal avait ainsi décidé que la réalisation, même partielle, était conforme à l'autorisation de construire. La cour cantonale en a déduit que comme les recourants ne démontraient pas en quoi les travaux litigieux n'étaient pas contenus dans l'agrandissement du bâtiment faisant l'objet du permis de construire du 3 février 2009, la question de la remise en état ne se posait pas.
Ce raisonnement ne prête pas le flanc à la critique. Les recourants ne tentent d'ailleurs pas réellement de le remettre en cause puisqu'ils se contentent d'affirmer, de manière péremptoire, que les travaux exécutés ne sont pas conformes aux plans approuvés par le Conseil municipal, sans exposer en quoi ils s'écarteraient de l'autorisation de construire entrée en force. Nonobstant le fait que cette simple assertion ne satisfait pas aux exigences de motivation d'un mémoire de recours au Tribunal fédéral (voir consid. 2 supra), elle ne suffit évidemment pas à démontrer le caractère manifestement insoutenable de l'argumentation du Tribunal cantonal. Les griefs, à la limite de la témérité, sont par conséquent irrecevables.
9.
Il s'ensuit que le recours est rejeté dans la très faible mesure de sa recevabilité, aux frais des recourants qui succombent (art. 65 et 66 al. 1 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté, dans la mesure de sa recevabilité.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 4'000 francs, sont mis à la charge des recourants, pris solidairement entre eux.
3.
Le présent arrêt est communiqué au mandataire des recourants, à la Commune de Collombey-Muraz, au Conseil d'Etat du canton du Valais et au Tribunal cantonal du canton du Valais, Cour de droit public.
Lausanne, le 8 avril 2020
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Chaix
La Greffière : Tornay Schaller