Faits :
A.
B._ SA et C._ SA sont propriétaires de la parcelle n o 308, feuillet 9 de la Commune des Eaux-Vives. Situé 12, rue Maunoir, ce bien-fonds supporte un bâtiment d'habitation. C._ SA en détient une part de propriété par étages de 276,8 o/oo, avec un droit exclusif sur les parties "appartement" du cinquième étage et des combles ainsi que sur la terrasse. B._ SA est, quant à elle, propriétaire d'une part de 723,2 o/oo, lui donnant un droit exclusif sur les appartements des étages inférieurs.
Le 11 juin 2004, C._ SA s'est vu délivrer une autorisation portant sur la rénovation et la transformation des combles de l'immeuble en logements, l'installation d'un ascenseur, la transformation de la toiture et le rafraîchissement de la façade ainsi que de la cage d'escalier. Le 22 juin 2006, le Département du logement, de l'aménagement et de l'énergie (ci-après: DALE) a admis la requête complémentaire de C._ SA visant à la modification du projet initial, afin de faire apparaître sur les plans, dans les combles, deux canaux de cheminée et deux courettes, maintenus en l'état; cette autorisation complémentaire a été confirmée en dernière instance par le Tribunal fédéral dans un arrêt du 29 février 2008 (arrêt 1C_5/2008). Par décision du 22 janvier 2014 - confirmée par le Tribunal administratif de première instance (ci-après: TAPI), le 6 novembre 2014 - le DALE a fait droit à une deuxième requête complémentaire en autorisant l'installation de panneaux solaires en toiture. Le même jour, le département a ordonné à C._ SA de déposer une demande d'autorisation de construire relative à la modification de la typologie des surcombles, pour régulariser la situation.
B.
Le 22 janvier 2014, C._ SA a déposé une troisième requête en autorisation complémentaire de construire dans l'optique de réaménager les deux appartements des combles par rapport à l'autorisation initiale, pour mieux occuper l'espace. Au niveau inférieur, la cuisine est déplacée du côté de la cour et les salles d'eau modifiées pour être proches des gaines. Au niveau supérieur, l'espace ouvert sur le niveau inférieur est supprimé et, pour des raisons techniques, l'aménagement a dû être changé et les chambres déplacées.
Ce dernier projet a notamment fait l'objet d'un préavis favorable, sous conditions, de la police du feu du 10 mars 2015; ce document exige notamment que les voies d'évacuation restent accessibles et praticables en tout temps et qu'elles soient exemptes de toute charge thermique; il impose encore l'installation d'un exutoire de fumée dans la cage d'escalier. L'Office cantonal de l'énergie (ci-après: OCEN) s'est également prononcé favorablement, exigeant cependant que l'équipement du bâtiment en capteurs solaires permette d'assurer au moins 30 % des besoins de chaleur admissibles pour l'eau chaude sanitaire de l'ensemble du bâtiment. Les autres services de l'Etat concernés ont également préavisé favorablement le projet, sous réserve de certaines conditions supplémentaires.
Le 29 octobre 2015, le DALE a délivré l'autorisation complémentaire requise; le préavis de la police du feu du 10 mars 2015 ainsi que celui de l'OCEN, du 18 mars 2015, notamment, en font partie intégrante. Un accès sur la toiture de dimensions minimales de 55 cm par 70 cm, sans passer chez un occupant, doit être construit et des ventilations créées pour les sanitaires, la cuisine, la buanderie et la cage d'escaliers. Selon les plans d'enquête approuvés, dans les combles inférieurs et supérieurs, la courette située à l'est est réduite; un conduit de cheminée est conservé en l'état, l'autre étant en revanche supprimé. Quant à la courette située à l'ouest, celle-ci est maintenue dans les combles inférieurs; elle est toutefois réduite dans les combles supérieurs. Les deux courettes ainsi que les deux conduits de cheminée apparaissent sur les plans du toit.
Par acte du 7 décembre 2015, B._ SA et la Communauté des copropriétaires par étages A._ ont recouru contre cette décision au TAPI. Après avoir procédé à un transport sur place, le 3 mai 2016, le tribunal de première instance a rejeté le recours par jugement du 2 novembre 2016.
Le 6 décembre 2016, B._ SA et la communauté ont porté la cause devant la Chambre administrative de la Cour de justice de la République et canton de Genève. Par arrêt du 22 août 2017, la cour cantonale a rejeté le recours dont elle était saisie. Elle a tout d'abord considéré que les recourantes n'étaient pas légitimées à se prévaloir du non-respect du seuil de 30 % d'énergie solaire pour l'ensemble du bâtiment imposé par l'OCEN, cette condition n'étant opposable qu'à la société intimée. La Cour de justice a par ailleurs estimé que les services spécialisés de l'Etat s'étaient fondés sur des plans complets et conformes et qu'il n'existait pas de motif de s'écarter de leurs préavis favorables, en particulier s'agissant de la protection contre les incendies et de la ventilation.
C.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public, B._ SA et la communauté des copropriétaires demandent principalement, et implicitement, au Tribunal fédéral de réformer l'arrêt attaqué en ce sens que le recours cantonal est admis et l'arrêt du TAPI du 2 novembre 2016 ainsi que l'autorisation complémentaire de construire annulés. Subsidiairement, les recourantes concluent au renvoi de la cause à l'autorité cantonale pour nouvelle décision dans le sens des considérants. Elles sollicitent également l'octroi de l'effet suspensif.
La Cour de justice persiste dans les considérants et le dispositif de son arrêt. Le DALE propose le rejet du recours. La société intimée conclut à l'irrecevabilité du recours, subsidiairement à son rejet; elle demande également que les recourantes soient condamnées à une amende pour témérité au sens de l'<ref-law>. Aux termes de leurs observations ultérieures, les parties ont maintenu leurs conclusions respectives.
Par ordonnance du 6 novembre 2017, le Président de la Ire Cour de droit public a admis la requête d'effet suspensif.

Considérant en droit :
1.
Le Tribunal fédéral examine d'office sa compétence (<ref-law>) et contrôle librement la recevabilité des recours qui lui sont soumis (<ref-ruling> consid. 1 p. 417).
1.1. Dirigé contre une décision finale (<ref-law>) prise en dernière instance cantonale (art. 86 al. 1 let. d LTF) dans le domaine du droit public des constructions (<ref-law>), le recours en matière de droit public est en principe recevable, aucune des exceptions prévues à l'<ref-law> n'étant réalisée.
1.2. La société recourante a pris part à la procédure de recours devant la Cour de justice. En tant que copropriétaire de l'immeuble en cause, elle est particulièrement touchée par l'arrêt attaqué qui confirme l'octroi d'une autorisation de construire complémentaire visant à la régularisation de travaux effectués notamment dans les combles de ce bâtiment, sans son assentiment. Elle peut ainsi se prévaloir d'un intérêt personnel et digne de protection à l'annulation de l'arrêt attaqué. Sa qualité pour agir au sens de l'<ref-law> est à l'évidence donnée. Peut ainsi demeurer indécise la question de savoir si la communauté des copropriétaires bénéficie également de la qualité pour recourir, l'autorisation préalable de l'assemblée des copropriétaires (cf. <ref-law>) - dont fait également partie l'intimée - n'ayant pas été versée en cause.
1.3. Les autres conditions de recevabilité sont au surplus réunies, si bien qu'il convient d'entrer en matière sur le fond.
2.
Dans une première partie de leur écriture, les recourantes présentent leur propre version des faits, laquelle diverge partiellement des constatations des juges cantonaux. Une telle argumentation, dans la mesure où elle s'écarte des faits établis dans l'arrêt attaqué ou les complète, sans qu'il soit indiqué que ceux-ci seraient manifestement inexacts ou arbitraires, est irrecevable (cf. <ref-ruling> consid. 3 p. 104 s.; <ref-ruling> consid. 5.2.2 p. 322).
3.
Les recourantes se plaignent ensuite plus spécifiquement d'une constatation inexacte des faits.
3.1. Saisi d'un recours en matière de droit public, le Tribunal fédéral statue en principe sur la base des faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>), sous réserve des cas prévus à l'<ref-law>. La partie recourante ne peut critiquer les constatations de fait ressortant de la décision attaquée que si celles-ci ont été effectuées en violation du droit au sens de l'<ref-law> ou de manière manifestement inexacte, c'est-à-dire arbitraire (<ref-ruling> consid. 2.4 p. 314), et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 4.2 p. 234). Conformément à l'<ref-law>, la partie recourante doit expliquer de manière circonstanciée en quoi ces conditions seraient réalisées. Les faits et les critiques invoqués de manière appellatoire sont irrecevables (<ref-ruling> consid. 5.1 p. 356; arrêt 2C_743/2017 du 15 janvier 2018 consid. 2, destiné à publication).
3.2. Les recourantes contestent en particulier l'exactitude des plans soumis à l'enquête. Selon elles, ceux-ci ne correspondraient pas aux travaux déjà réalisés par l'intimée. Les recourantes soutiennent que les courettes techniques auraient été obstruées et que les cheminées présentes sur le toit seraient fictives. A les suivre, en raison de ces inexactitudes, les services spécialisés de l'Etat n'auraient pas été en mesure de constater, sur la base des plans qui leur étaient soumis, que la ventilation de l'immeuble n'était plus assurée.
3.3. A l'examen des plans d'enquête, la cour cantonale a constaté que ces derniers illustrent la suppression de l'un des deux conduits de cheminée, mais non des deux. Ils indiquent également la réduction de la courette à l'est ainsi que le maintien de la courette à l'ouest, au niveau inférieur, et sa réduction au niveau supérieur; ces courettes ne sont toutefois pas obstruées. La Cour de justice a considéré que ces éléments concordaient avec les constatations effectuées par le TAPI, lors du transport sur place du 3 mai 2016. L'instance précédente a en particulier relevé que, selon le procès-verbal établi à cette occasion, l'une des courettes avait été intégrée dans les meubles de cuisine, précisant qu'il s'agissait de la courette ouest maintenue dans les combles inférieurs, conformément aux plans. La cour cantonale a encore souligné que le TAPI avait constaté la suppression du conduit de cheminée du côté de la rue Maunoir, ce qui correspondait également aux plans. La Cour de justice a enfin noté que le procès-verbal mentionnait que la courette côté rue Maunoir avait été raccourcie, ne faisant plus qu'une quinzaine de centimètres de profondeur, en adéquation, une nouvelle fois, avec les plans.
En procédant ainsi à la comparaison entre les points mis en évidence par le tribunal de première instance, lors du transport sur place, et les plans versés au dossier, l'établissement des faits auquel a procédé la Cour de justice résiste à l'examen. Le recours ne contient d'ailleurs aucune critique convaincante susceptible de remettre en cause ces constatations. En effet, les recourantes ni ne pointent ni n'illustrent les éléments des plans d'enquête prétendument contestables; elles ne visent de surcroît aucun élément versé au dossier démontrant que les faits retenus seraient manifestement erronés. Lorsqu'elles prétendent que les courettes auraient été obstruées ou encore que les cheminées présentes sur le toit ne seraient que fictives, les recourantes se fondent certes sur le procès-verbal établi lors de l'inspection locale pour appuyer leurs dires; néanmoins, contrairement à ce qu'elles avancent, les passages auxquels elles se réfèrent ne relèvent pas des constatations du TAPI, mais de leurs propres déclarations verbalisées à cette occasion. Une telle manière de procéder est cependant et à l'évidence impropre à démontrer que l'état de fait cantonal procéderait d'une appréciation arbitraire (<ref-law>). On ne comprend enfin guère en quoi le fait que les panneaux solaires n'atteignent prétendument pas le 30 % des besoins en chaleur - comme exigé par l'OCEN - attesterait de la non-conformité des plans, comme l'affirment pourtant les recourantes. Il n'y a quoi qu'il en soit pas lieu de s'attarder sur ce point: la Cour de justice a en effet, en application du droit cantonal de procédure, jugé irrecevables les griefs liés au respect de cette condition, estimant que les recourantes n'avaient pas d'intérêt à s'en prévaloir, ce que ces dernières ne prennent toutefois pas la peine de discuter céans, au mépris des exigences des art. 42 al. 2 et 106 al. 2 LTF.
3.4. Il s'ensuit que rien ne vient démentir que les services spécialisés de l'Etat se sont prononcés sur la base de plans conformes aux constatations du TAPI, comportant la mention claire de la réduction des courettes et de la suppression d'un conduit de cheminée. Lesdits services ont ainsi examiné le projet en toute connaissance de cause, avant d'émettre leurs préavis positifs. Pas plus que devant l'instance précédente, les recourantes ne fournissent d'éléments susceptibles de remettre en cause l'appréciation de ces autorités ou encore d'attester du prétendu défaut de ventilation. Les rapports techniques privés auxquels elles se réfèrent ne permettent en effet pas d'aboutir à la conclusion que la réduction des courettes empêcherait celles-ci de remplir leur fonction. Le rapport D._ du 4 décembre 2015 n'indique en particulier pas, comme l'a relevé l'instance précédente, les motifs pour lesquels les courettes devraient absolument être de section constante de haut en bas pour pouvoir fonctionner correctement; quant aux rapports E._, bureau technique sanitaires, des 13 août 2013 et 26 mars 2015, ils font uniquement état, s'agissant des courettes, d'une problématique liée à une convention de passage, laquelle relève cependant du droit privé et ne présente aucun caractère technique en rapport avec la ventilation. On ne discerne pas non plus en quoi le résultat du test opéré par le bureau E._, consistant à injecter de la fumée dans une colonne de chute, démontrerait que les courettes d'aération ne rempliraient plus leur fonction: le rapport du 26 mars 2015 ne contient à cet égard aucune explication technique permettant de s'en convaincre (cf. rapport, ch. 4.1), à l'instar du recours, limité, sur cette question, à des allégations purement appellatoires. C'est par ailleurs tout aussi appellatoirement que les recourantes affirment que l'incendie survenu dans l'immeuble, le 5 octobre 2016, aurait mis en évidence que les courettes seraient obstruées et la ventilation naturelle compromise; les recourantes se contentent à cet égard de se référer au rappel de leur propre grief contenu dans l'arrêt cantonal, ce qui est manifestement insuffisant à fonder leur critique au regard des exigences de motivation de l'<ref-law>. Enfin, il convient encore de rappeler que le DALE a notamment conditionné l'autorisation litigieuse au respect du préavis de la police du feu du 10 mars 2015; celui-ci exige notamment, s'agissant de la protection contre les incendies et la ventilation, l'installation d'un exutoire de fumée dans la cage d'escalier ainsi que la création de différentes ventilations, dans les sanitaires, la cuisine, la buanderie, ainsi que dans la cage d'escalier. Or, rien au dossier ne permet de conclure que le projet litigieux, assorti de ces mesures supplémentaires - que les recourantes ne discutent d'ailleurs pas - ne serait pas à même de garantir la ventilation de l'immeuble.
Dans ces circonstances, la cour cantonale pouvait, sans que cela n'apparaisse critiquable, se fonder sur les préavis des services spécialisés de l'Etat pour retenir que la ventilation de l'immeuble n'était pas compromise par le projet litigieux (cf. arrêts 1C_72/2017 du 14 septembre 2017 consid. 3.2; 1C_891/2013 du 29 mars 2015 consid. 8.2; 1C_582/2012 du 9 juillet 2013 consid. 5.2; voir également, THIERRY TANQUEREL, Manuel de droit administratif, 2011, n. 508 p. 168 et les arrêts cités).
3.5. Le grief apparaît en définitive mal fondé et doit être rejeté, pour autant que recevable.
4.
Invoquant l'arbitraire (art. 9 Cst.), les recourantes se plaignent d'une violation de l'art. 10A du règlement d'application de la loi sur les constructions et les installations diverses du 27 février 1978 (RCI; RS/GE L 5 05.01), dans sa version antérieure au 4 février 2015.
Aux termes de cette disposition, est réputée complémentaire la demande qui a pour objet la modification d'une demande d'autorisation principale en cours d'examen ou d'une autorisation principale en vigueur (art. 10A al. 1 aRCI). La demande qui a pour objet un projet sensiblement différent du projet initial (art. 10A al. 2 let. a aRCI) ou l'adjonction au projet initial d'un ouvrage séparé et d'une certaine importance (let. b) est traitée comme une demande nouvelle et distincte.
Les recourantes soutiennent qu'en raison des divergences entre les travaux d'ores et déjà effectués et les plans d'enquête l'autorisation complémentaire litigieuse régulariserait un "état de fait fictif", en violation de l'art. 10A aRCI. Ce grief tombe toutefois d'emblée à faux dès lors que c'est, d'une part, en vain que les recourantes ont critiqué les constatations du TAPI - que la Cour de justice a faites siennes - et qu'il a, d'autre part, été établi sans arbitraire que les plans d'enquête concordaient avec ces constatations, en particulier s'agissant des courettes techniques et des cheminées en toiture (cf. consid. 3.3 et 3.4).
5.
En définitive, le recours doit être rejeté, dans la mesure de sa recevabilité, aux frais des recourantes, qui succombent (art. 65 al. 1 et 66 al. 1 et 5 LTF). Celles-ci verseront en outre des dépens à l'intimée, qui obtient gain de cause avec l'assistance d'un avocat (art. 68 al. 1 et 4 LTF). Il n'y a en revanche pas matière à infliger aux recourantes une amende pour procédés téméraires (<ref-law>; cf. <ref-ruling> consid. 4b p. 110).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 3'000 fr., sont mis à la charge des recourantes.
3.
Une indemnité de 3'000 fr. est allouée à l'intimée à titre de dépens, à la charge des recourantes.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux mandataires des parties, au Département de l'aménagement, du logement et de l'énergie de la République et canton de Genève, ainsi qu'à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre administrative, 3 ème section.
Lausanne, le 15 février 2018
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Merkli
Le Greffier : Alvarez