Erwägungen:
1.
Der Beschwerdeführer erstattete am 28. Dezember 2017 gegen die Beschwerdegegnerin 2 Strafanzeige wegen (einfacher) Körperverletzung. Die Staatsanwaltschaft Baden lud den Beschwerdeführer und die Beschwerdegegnerin 2 auf den 5. Juni 2018 zu einer Vergleichsverhandlung vor. Nachdem der Beschwerdeführer nicht zur Vergleichsverhandlung erschienen war, verfügte die Staatsanwaltschaft am 5. Juni 2018 die Nichtanhandnahme der Strafuntersuchung.
Gegen die ihm am 18. Juni 2018 zugestellte Nichtanhandnahmeverfügung gelangte der Beschwerdeführer am 28. Juni 2018 mit einer als "Anfechtung der Verfügung vom 5. Juni 2018" überschriebenen Eingabe an die Vorinstanz und stellte "Antrag auf neue Verhandlung", mit dem er die Wiederaufnahme des Verfahrens wegen Körperverletzung beantragte. Gleichzeitig ersuchte er um unentgeltliche Rechtspflege. Die Vorinstanz wies die "Beschwerde" am 14. Dezember 2018 kostenfällig ab.
2.
Der Beschwerdeführer beantragt mit Beschwerde in Strafsachen sinngemäss, der Entscheid des Obergerichts sei aufzuheben und die Sache an die Staatsanwaltschaft zur Fortführung des Strafverfahrens unter Neuansetzung der Vergleichsverhandlung zurückzuweisen. Er macht zusammengefasst geltend, er habe an der Vergleichsverhandlung nicht teilnehmen können, da er zu 100 % verhandlungs- und arbeitsunfähig gewesen sei, was er den Strafbehörden auch mitgeteilt habe.
Die Vorinstanz und die Beschwerdegegnerin 1 verzichten auf Vernehmlassungen. Die Beschwerdegegnerin 2 hat sich innert Frist nicht geäussert.
3.
Die Vorinstanz erwägt, unstreitig sei, dass der Beschwerdeführer die Vorladung zur Vergleichsverhandlung entgegen genommen habe und ihm die Säumnisfolgen bekannt gewesen seien. Sein Nichterscheinen begründe er mit gesundheitlichen Problemen. Die Staatsanwaltschaft bestreite, dass der Beschwerdeführer sie am 29. Mai 2018 schriftlich hierüber informiert habe. Auch befänden sich das Schreiben und die Arztzeugnisse nicht in den Verfahrensakten und der Beschwerdeführer habe trotz Aufforderung der Verfahrensleitung nicht bewiesen, dass der Staatsanwaltschaft die (der "Beschwerde" beigefügten) Arztzeugnisse rechtzeitig vor der Vergleichsverhandlung zugegangen seien, weshalb er säumig i.S.v. <ref-law> gewesen sei und der Strafantrag gemäss <ref-law> als zurückgezogen gelte. Ein explizites oder sinngemässes Gesuch um Wiederherstellung des Termins stelle der Beschwerdeführer nicht. Im Übrigen würde ihm auch insoweit kaum der Nachweis einer unverschuldeten Säumnis gelingen, da er im Moment der Zustellung der Vorladung bereits im Besitz der relevanten Arztzeugnisse gewesen sei. Wegen offensichtlicher Aussichtslosigkeit der Beschwerde sei das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege abzuweisen.
4.
Eine Partei ist säumig, wenn sie eine Verfahrenshandlung nicht fristgerecht vornimmt oder zu einem Termin nicht erscheint (<ref-law>). Würde ihr aus der Säumnis ein erheblicher und unersetzlicher Rechtsverlust erwachsen, kann sie nach <ref-law> die Wiederherstellung der Frist verlangen, wobei sie glaubhaft zu machen hat, dass sie an der Säumnis kein Verschulden trifft. Gemäss Abs. 2 dieser Bestimmung ist das Gesuch innert 30 Tagen nach Wegfall des Säumnisgrundes schriftlich und begründet bei der Behörde zu stellen, bei welcher die versäumte Verfahrenshandlung hätte vorgenommen werden sollen. Bei einem versäumten Termin setzt die Verfahrensleitung einen neuen Termin fest, wenn die Wiederherstellung bewilligt wird (<ref-law>; Urteil 6B_652/2013 vom 26. November 2013 E. 1.3.2).
5.
Der angefochtene Entscheid verletzt Bundesrecht. Nach den zutreffenden Erwägungen der Vorinstanz ist unstreitig, dass der Beschwerdeführer trotz Vorladung der Vergleichsverhandlung ferngeblieben ist, mithin säumig i.S.v. <ref-law> war. Der Beschwerdeführer bringt jedoch in seiner kantonalen Eingabe unter Beilage von drei Arztzeugnissen vor, dass ihn an der Säumnis kein Verschulden treffe, da er aus gesundheitlichen Gründen an der Vergleichsverhandlung nicht habe teilnehmen können. Ob die Säumnis aufgrund der eingereichten Arztzeugnisse, die dem Beschwerdeführer eine (zeitlich nicht präzisierte) Verhandlungsunfähigkeit sowie für die Zeit vom 1. April bis zum 31. Juli 2018 eine 100 %-ige Arbeitsunfähigkeit attestieren, (un) verschuldet war oder nicht, ist nicht Gegenstand der Nichtanhandnahmeverfügung und wurde von der hierfür zuständigen Staatsanwaltschaft als Behörde, bei der der Beschwerdeführer säumig war (<ref-law>), noch nicht beurteilt und war mithin auch von der Vorinstanz nicht zu überprüfen. Die Vorinstanz hätte die Eingabe des anwaltlich nicht vertretenen Beschwerdeführers aufgrund des ihr vorgelegten "Anfechtungsgegenstandes" und des expliziten Rechtsbegehrens des Beschwerdeführers auf "Antrag auf neue Verhandlung / Ich beantrage, dass das Verfahren wegen Körperverletzung wieder aufgenommen wird" von Amtes wegen als Gesuch um Wiederherstellung (der versäumten Vergleichsverhandlung) an die Staatsanwaltschaft weiterleiten müssen (vgl. <ref-law>; siehe auch: <ref-law>).
Darüber hinaus erweist sich die Argumentation der Vorinstanz, der Beschwerdeführer habe seine Säumnis verschuldet, da er der Staatsanwaltschaft den Hinderungsgrund seines Ausbleibens nicht "rechtzeitig vor" der Vergleichsverhandlung angezeigt habe, als rechtsfehlerhaft. Sie verkennt, dass es bei der Säumnis und einer allfälligen Wiederherstellung einer Frist oder eines Termins - anders als bei einem Gesuch um Erstreckung von Fristen und Verschiebung von Terminen (<ref-law>) - um das unverschuldete Versäumnis und nicht um die rechtzeitige Benachrichtigung über den Säumnisgrundgrund geht (vgl. 6B_530/2016 vom 26. Juli 2017 E. 2.4). Die Rechtsfolge des fingierten Rückzugs der Strafanzeige sanktioniert das unentschuldigte Fernbleiben und nicht eine (allenfalls) verspätete Mitteilung des Säumnisgrundes. Dieser ist vielmehr als "Begründung", dass die Säumnis unverschuldet war, mit dem Gesuch um Wiederherstellung innert 30 Tagen nach Wegfall des Säuminsgrundes geltend zu machen (vgl. <ref-law>).
Ungesehen der Beurteilung des Wiederherstellungsgesuchs und des Ausgangs eines (allfälligen) Vergleichsverfahrens ist in Erinnerung zu rufen, dass nach Eröffnung der Untersuchung durch die Staatsanwaltschaft (hierzu: <ref-ruling> E. 3.4.2) das Verfahren nur durch Einstellung (<ref-law>) und nicht durch Nichtanhandnahme (<ref-law>) erledigt werden kann (Urteil 6B_810/2017 vom 9. November 2017 E. 2.4.2 mit Hinweisen).
6.
Die Beschwerde ist im Verfahren gemäss <ref-law> gutzuheissen. Es sind keine Gerichtskosten zu erheben (Art. 66 Abs. 1 und 4 BGG), womit das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege gegenstandslos wird. Der anwaltlich nicht vertretene Beschwerdeführer beantragt keine Parteientschädigung. Mit dem Entscheid in der Sache wird das Sistierungsgesuch im bundesgerichtlichen Verfahren gegenstandslos.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird gutgeheissen, der Entscheid des Obergerichts des Kantons Aargau vom 14. Dezember 2018 aufgehoben. Die Sache wird zur Beurteilung der Kosten- und Entschädigungsfolgen an die Vorinstanz sowie zur Beurteilung des Gesuchs um Wiederherstellung an die Staatsanwaltschaft Baden zurückgewiesen.
2.
Er werden keine Gerichtskosten erhoben.
3.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Aargau, Beschwerdekammer in Strafsachen, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 20. August 2019
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Denys
Der Gerichtsschreiber: Held