Faits :
A.
A.A._, médecin, et B.A._, secrétaire médicale, (ci-après: les contribuables) sont les actionnaires uniques et employés de la société "C._SA" (ci-après: la société), inscrite au registre du commerce du Valais central le 18 avril 2007 et qui a pour but la recherche et le développement dans le domaine médical et paramédical, ainsi que tous services y relatifs, et l'exploitation d'une ou de plusieurs structures médicales, notamment des cabinets de groupe et des permanences (cf. art. 105 al. 2 LTF). Auparavant, A.A._ exerçait son activité en raison individuelle.
B.
B.a. Par décisions des 17 mai 2011, 6 septembre 2012 et 26 février 2015, le Service cantonal des contributions du canton du Valais (ci-après: le Service des contributions) a taxé les contribuables pour les périodes fiscales 2009, 2010 et 2011 en matière d'impôt fédéral direct et d'impôt cantonal et communal.
Il a notamment procédé, pour la période fiscale 2009, à une reprise de 3'600 fr. correspondant à 60 % de part privée aux frais généraux. Pour chaque période fiscale, le Service des contributions a en outre effectué une reprise à titre de prestation appréciable en argent, à hauteur de 60 % de l'augmentation annuelle des prêts consentis par la société aux contribuables (comptes courants "c/c M. A.A._", "c/c Débiteurs-actionnaires" et "c/c Immeuble les Cerisiers" dans les bilans de la société, cf. art. 105 al. 2 LTF). Il a également repris les intérêts sur le prêt.
Les contribuables ont formé en temps utile des réclamations contre chacune de ces taxations.
B.b. Par décision sur réclamation du 20 octobre 2015, le Service des contributions a partiellement admis les réclamations. Il a confirmé l'imposition à titre de rendement de participation pour la période fiscale 2009 du montant de 3'600 fr., ainsi que, pour chaque période fiscale, le principe de l'imposition à hauteur de 60 % des augmentations annuelles des prêts consentis par la société, mais a déduit les intérêts passifs des prêts. L'augmentation des prêts retenue était ainsi de 151'494 fr. pour 2009, 106'891 fr. pour 2010 et 110'571 fr. pour 2011 et les reprises, arrêtées à 60 % de ces augmentations, étaient de 90'896 fr. pour 2009, 64'134 fr. pour 2010 et 66'342 fr. pour 2011.
B.c. Les contribuables ont formé un recours contre cette décision sur réclamation auprès de la Commission de recours en matière fiscale du canton du Valais (ci-après: la Commission de recours). Ils ont essentiellement fait valoir que l'augmentation des prêts n'était que de 89'164 fr. 10 pour 2009, 60'554 fr. 26 pour 2010 et 49'699 fr. 50 pour 2011, soit un total de 199'417 fr. 90 sur trois ans (au lieu du montant de 368'956 fr. retenu par l'autorité fiscale) et qu'il ne s'agissait pas de prêts fictifs.
Par décision du 9 novembre 2017, notifiée le 21 décembre 2018, la Commission de recours a admis le recours tant en matière d'impôt fédéral direct que d'impôt cantonal et communal et renvoyé la cause au Service des contributions pour nouvelles décisions dans le sens des considérants. Après avoir relevé que la reprise de 3'600 fr. opérée par l'autorité de taxation pour l'année 2009 n'était plus litigieuse, la Commission de recours a jugé qu'il fallait annuler, pour chaque année fiscale, les reprises effectuées par l'autorité fiscale en lien avec les prêts consentis par la société.
C.
Contre la décision du 9 novembre 2017, le Service des contributions forme un recours en matière de droit public au Tribunal fédéral. Il conclut, sous suite de frais, à la confirmation de la décision sur réclamation du 20 octobre 2015, tant en ce qui concerne l'impôt fédéral direct que l'impôt cantonal et communal. Subsidiairement, il conclut au renvoi de la cause à la Commission de recours pour nouvelle décision dans le sens des considérants.
La Commission de recours conclut au rejet du recours, en renvoyant au prononcé attaqué. L'Administration fédérale des contributions conclut à l'admission du recours, sous suite de frais. Les déterminations des intimés ont été déposées tardivement et ne seront donc pas prises en considération (cf. arrêt 1C_284/2012 du 24 juillet 2012 point C).

Considérant en droit :
1.
1.1. Le recours est dirigé contre une décision rendue par une autorité judiciaire cantonale supérieure de dernière instance (cf. art. 86 al. 1 let. d et al. 2 LTF; cf. arrêt 2C_1014/2013 du 22 août 2014 consid. 2.3, non publié in <ref-ruling>) dans une cause de droit public (cf. art. 82 let. a LTF), sans qu'aucune des exceptions prévues à l'art. 83 LTF ne soit réalisée. Bien qu'il ne distingue pas, dans son dispositif, l'impôt fédéral direct de l'impôt cantonal et communal, il ressort des motifs de l'arrêt querellé que l'admission du recours concerne les deux catégories d'impôt, ce qui est en principe admissible (<ref-ruling> consid. 1.3.1 p. 262 s.). La voie du recours en matière de droit public est donc en principe ouverte en vertu des art. 82 ss LTF, 146 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD; RS 642.11) et 73 al. 1 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID; RS 642.14).
1.2. D'après l'art. 90 LTF, le recours est recevable contre les décisions qui mettent fin à la procédure (décisions finales). Un arrêt de renvoi constitue en principe une décision incidente (<ref-ruling> consid. 1.2 p. 148) contre laquelle le recours au Tribunal fédéral n'est ouvert qu'aux conditions des art. 92 et 93 LTF, dont la réalisation doit être alléguée et démontrée par la partie recourante, à moins qu'elle ne fasse d'emblée aucun doute (cf. <ref-ruling> consid. 2.3.1 p. 632). Un tel arrêt est néanmoins considéré comme final si l'autorité à laquelle l'affaire est renvoyée n'a aucune marge de manoeuvre, notamment lorsqu'il ne lui reste plus qu'à calculer le montant de l'impôt, en appliquant les règles définies dans la décision de renvoi (cf. <ref-ruling> consid. 1.2 p. 148; <ref-ruling> consid. 1.1 p. 143; arrêt 2C_258/2017 du 2 juillet 2018 consid. 2.2.1, non publié in <ref-ruling>).
En l'espèce, la Commission de recours a renvoyé l'affaire au Service des contributions pour nouvelles décisions. Il s'agit donc d'un arrêt de renvoi. Cela étant, le renvoi opéré ne laisse aucune latitude au Service des contributions, qui doit seulement recalculer les revenus imposables des contribuables pour les années fiscales 2009 à 2011 en annulant les reprises auxquelles il avait procédé, sauf celle d'un montant de 3'600 fr. pour l'année 2009 (part privée aux frais généraux), qui n'était plus litigieuse. Comme le Service des contributions ne dispose d'aucune marge de manoeuvre, la décision querellée doit être qualifiée de décision finale.
1.3. Le dépôt d'un seul acte de recours est autorisé dans la mesure où, comme en l'espèce, le recourant s'en prend clairement aux deux catégories d'impôt (cf. <ref-ruling> consid. 1.3.2 p. 263 s.). L'arrêt attaqué ayant omis de distinguer, dans son dispositif, les deux catégories d'impôt, on ne peut reprocher à l'autorité recourante de ne pas avoir formulé de conclusions séparées (cf. <ref-ruling> consid. 1.3.3 p. 264). Le recours a en outre été déposé en temps utile (art. 100 al. 1 LTF) et dans les formes requises (art. 42 al. 1 et 2 LTF), par le Service des contributions, qui a la qualité pour recourir (art. 89 al. 2 let. d LTF en relation avec les art. 146 LIFD et 73 al. 2 LHID; cf. arrêt 2C_495/2017 du 27 mai 2019 consid. 2.2). Il convient donc d'entrer en matière.
2.
2.1. Saisi d'un recours en matière de droit public, le Tribunal fédéral examine librement la violation du droit fédéral, ainsi que la conformité du droit cantonal harmonisé et de sa mise en pratique par les instances cantonales aux dispositions de la LHID (art. 95 let. a et 106 al. 1 LTF; arrêt 2C_444/2018 du 31 mai 2019 consid. 3.2).
2.2. Le Tribunal fédéral conduit son raisonnement juridique sur la base des faits constatés par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF), sous réserve des cas prévus à l'art. 105 al. 2 LTF. Selon l'art. 97 al. 1 LTF, le recours ne peut critiquer les constatations de fait que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte - notion qui correspond à celle d'arbitraire - ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (<ref-ruling> consid. 6 p. 358; <ref-ruling> consid. 1.6 p. 377 s.). Conformément à l'art. 106 al. 2 LTF, la partie recourante doit expliquer de manière circonstanciée en quoi ces conditions seraient réalisées.
3.
Citant l'art. 97 LTF, l'autorité recourante se plaint d'arbitraire dans l'établissement des faits. Elle fait valoir que la Commission de recours n'a pas tenu compte de l'insolvabilité des débiteurs du prêt, alors qu'il s'agissait d'un critère déterminant dans l'analyse.
3.1. Il y a arbitraire (art. 9 Cst.) dans l'établissement des faits ou l'appréciation des preuves si le juge n'a manifestement pas compris le sens et la portée d'un moyen de preuve, s'il a omis, sans raison sérieuse, de tenir compte d'un moyen important propre à modifier la décision attaquée ou encore si, sur la base des éléments recueillis, il a fait des déductions insoutenables (<ref-ruling> consid. 3.6.2 p. 287; <ref-ruling> consid. 6 p. 358).
3.2. En l'occurrence, la Commission de recours a relevé que le contribuable percevait un revenu modeste pour sa branche d'activité et qu'il exerçait une profession libérale à fort potentiel de gain. Elle n'a pas indiqué que les contribuables sont parents de quatre enfants, qui étaient encore à leur charge durant les périodes fiscales litigieuses, qu'ils avaient déclaré en tout des revenus d'environ 150'000 fr. par année et qu'ils avaient fait état d'actes de défaut de biens à hauteur de 748'985 fr., faits qui ressortent de leurs déclarations d'impôt au dossier.
Comme le relève l'autorité recourante, la situation financière du débiteur est un élément important pour déterminer si un prêt doit être qualifié de prestation appréciable en argent, voire de prêt simulé (cf. <ref-ruling> consid. 5.1.3 p. 63 s.; arrêt 2C_927/2013 du 21 mai 2014 consid. 5.3; arrêt A.124/1982 du 25 novembre 1983 consid. 4, in Archives 53, p. 54 ss). Il faut l'établir de manière complète, pour que puisse ensuite être appréciée la solvabilité de la personne au regard de l'emprunt contracté. Partant, la Commission de recours ne pouvait pas, sans tomber dans l'arbitraire, ignorer dans l'établissement des faits les charges familiales et le montant, élevé, des actes de défaut de biens émis à l'encontre des contribuables.
Il s'ensuit que le grief tiré d'un établissement des faits arbitraire est admis. Dans ce qui suit, le Tribunal fédéral tiendra compte de la situation financière complète des contribuables.
4.
Le litige porte sur la question de savoir si l'augmentation annuelle des prêts de la société aux contribuables est imposable.
4.1. Dans son arrêt, la Commission de recours a, dans un premier temps, retenu que seule une partie des montants inscrits au débit des comptes courants actionnaires de la société constituait des prélèvements privés effectués par les contribuables, à savoir 89'164 fr. pour 2009, 60'554 fr. pour 2010 et 49'699 fr. pour 2011 (total de 199'417 fr.). Les autres montants relevaient d'erreurs comptables ou de simples écritures comptables. Dans un second temps, la Commission de recours a retenu que l'autorité de taxation avait échoué à apporter la preuve que ces prêts à hauteur de 199'417 fr. constituaient pour les contribuables des revenus imposables au titre de prestations appréciables en argent.
4.2. L'autorité recourante fait valoir que la Commission de recours a méconnu les règles générales sur le fardeau de la preuve, ainsi que les dispositions fédérales et cantonales relatives à l'imposition des prestations appréciables en argent. Elle soutient que l'intégralité de l'augmentation des comptes courants actionnaires de la société durant les périodes fiscales 2009 à 2011 est imposable.
I. Impôt fédéral direct
5.
Eu égard au raisonnement en deux étapes de la Commission de recours, il s'agit de se demander en premier lieu, à son instar, quels sont les montants qui doivent être pris en considération au titre de prêts de la société accordés aux contribuables.
5.1. Selon l'art. 123 al. 1 LIFD, les autorités de taxation établissent les éléments de fait et de droit permettant une taxation complète et exacte, en collaboration avec le contribuable. Conformément à l'art. 126 LIFD, le contribuable est tenu de faire tout ce qui est nécessaire pour assurer une taxation complète et exacte (al. 1). A la demande de l'autorité de taxation, il est tenu de fournir des renseignements oraux ou écrits, de présenter ses livres comptables, les pièces justificatives et autres attestations ainsi que les pièces concernant ses relations d'affaires (al. 2). Le contribuable porte ainsi la responsabilité de l'exactitude de sa déclaration (arrêts 2C_129/2018 du 24 septembre 2018 consid. 5.1; 2C_710/2016 du 25 août 2016 consid. 6.2).
5.2. Selon le principe de l'autorité du bilan commercial ( Massgeblichkeitsprinzip; art. 58 al. 1 let. a et 18 al. 3 LIFD), les comptes, et notamment le compte de résultat, établis conformément aux règles du droit commercial lient les autorités fiscales à moins que le droit fiscal ne prévoie des règles correctrices particulières (<ref-ruling> consid. 6.2 p. 359 s.). L'autorité du bilan commercial tombe en revanche lorsque des normes impératives du droit commercial sont violées ou que des normes fiscales correctrices l'exigent (<ref-ruling> consid. 3 p. 85; <ref-ruling> consid. 6.2 p. 359 s.). Le principe d'autorité du bilan lie non seulement l'autorité fiscale, mais également le contribuable lui-même, qui est tenu par sa comptabilité (arrêts 2C_426/2019 du 12 juillet 2019 consid. 2.2.2; 2C_455/2017 du 17 septembre 2018 consid. 6.1; 2C_958/2016 du 2 août 2018 consid. 5.3).
5.3. En matière fiscale, les règles générales du fardeau de la preuve ancrées à l'art. 8 CC, destinées à déterminer qui doit supporter les conséquences de l'échec de la preuve ou de l'absence de preuve d'un fait, impliquent que l'autorité fiscale doit établir les faits qui justifient l'assujettissement et qui augmentent la taxation, tandis que le contribuable doit prouver les faits qui diminuent la dette fiscale ou la suppriment (cf. <ref-ruling> consid. 3.5 p. 252).
5.4. En l'occurrence, dans ses décisions, le Service des contributions s'était fondé, pour fixer le montant des prêts, sur les montants déclarés par les contribuables eux-mêmes dans leurs déclarations d'impôt 2009 à 2011 au titre de dettes à l'égard de leur société. Ces montants correspondaient en outre aux augmentations des comptes courants actionnaires figurant dans les bilans de la société, également au dossier.
Dans son arrêt, la Commission de recours a reproché au Service des contributions d'avoir constaté l'augmentation des comptes courants actionnaires sans toutefois chercher à analyser en détail les raisons de ces augmentations successives et, en particulier, si elles avaient servi à des fins privées. Pour la Commission de recours, certains frais mentionnés au débit du compte courant "c/c A.A._" découlaient de la transformation de la raison individuelle de l'époux recourant en société anonyme le 12 avril 2007. Ainsi, les montants de 2'287 fr. (impôts personnes physiques 2007), 13'796 fr. (caisse compensation AVS), 33'982 fr. (honoraires 2009), 44'996 fr. (honoraires 2010) et 49'700 fr. (honoraires 2011) ne constituaient pas des prélèvements privés. La Commission de recours a aussi retenu que l'augmentation des comptes courants était constituée de parts privées et d'intérêts sur prêt, qui étaient de simples écritures comptables et non des retraits d'argent. Enfin, elle a relevé qu'un retrait de 25'000 fr. en vue de l'achat d'un véhicule par la société avait été comptabilisé à tort dans le compte courant "c/c M. A.A._". Pour la Commission de recours, le total des prélèvements privés réellement effectués sur les comptes courants s'élevait à 199'417 fr.
5.5. Le reproche de la Commission de recours à l'encontre du Service des contributions est infondé. En effet, on ne voit pas quelles règles correctrices imposaient de s'écarter des déclarations d'impôt des contribuables et des bilans de la société, sous réserve d'erreurs. Or, il appartenait aux recourants de prouver l'existence de telles erreurs et non aux autorités fiscales de chercher les raisons des augmentations successives des comptes courants actionnaires figurant dans les bilans de la société et que les contribuables ont eux-mêmes déclarées, avant de faire valoir des erreurs de comptabilisation. Au reste, il résulte de la décision sur réclamation du 20 octobre 2015 que le Service des contributions a vérifié si des charges commerciales avaient été comptabilisées à tort au débit des comptes courants actionnaires de la société. Il a alors constaté que les impôts que le contribuable disait avoir payés pour la société étaient en réalité des impôts privés et que, par ailleurs, les charges commerciales alléguées constituaient des dépenses privées et non des frais de représentation (cf. art. 105 al. 2 LTF). Il n'y avait ainsi en l'espèce aucune raison de s'écarter des montants résultant des déclarations d'impôt des contribuables et des bilans de la société. Au surplus, la restructuration de 2007 ne modifie en rien le constat que des montants dus à la société ont été perçus par les contribuables (honoraires 2009 à 2011) et que ceux-ci ont supporté des charges privées au moyen de fonds appartenant à la société (impôts notamment).
5.6. En définitive, en reprochant au Service des contributions de ne pas avoir examiné les raisons des augmentations des comptes courants actionnaires de la société et partant de ne pas s'être écarté des montants déclarés et des comptes de la société, la Commission de recours a violé les règles sur le fardeau de la preuve. Le recours est admis sur ce point.
6.
Il convient encore de vérifier si les prêts octroyés par la société aux contribuables sont imposables à titre de prestations appréciables en argent, comme le soutient l'autorité recourante.
6.1. Selon l'art. 20 al. 1 let. c LIFD, est imposable le rendement de la fortune mobilière, en particulier les dividendes, les parts de bénéfice, les excédents de liquidation et tous autres avantages appréciables en argent provenant de participations de tout genre (y compris les actions gratuites, les augmentations gratuites de la valeur nominale, etc.). Font partie des avantages appréciables en argent au sens de cette disposition les distributions dissimulées de bénéfice (cf. art. 58 al. 1 let. b, 5e tiret LIFD). Selon une jurisprudence constante, il y a distribution dissimulée de bénéfice lorsque quatre conditions cumulatives sont remplies: 1) la société fait une prestation sans obtenir de contre-prestation correspondante; 2) cette prestation est accordée à un actionnaire ou à une personne le ou la touchant de près; 3) elle n'aurait pas été accordée dans de telles conditions à un tiers; 4) la disproportion entre la prestation et la contre-prestation est manifeste, de telle sorte que les organes de la société auraient pu se rendre compte de l'avantage qu'ils accordaient (cf. <ref-ruling> consid. 4.1 p. 92 s.; <ref-ruling> consid. 2.2 p. 59 s.; <ref-ruling> consid. 5.1 p. 607; <ref-ruling> consid. 2 p. 119). Il convient ainsi d'examiner si la prestation aurait été accordée dans la même mesure à un tiers étranger à la société, soit si la transaction a respecté le principe de pleine concurrence (" dealing at arm's length "; <ref-ruling> consid. 4.1 p. 92 s. et les arrêts cités).
6.2. Le prêt qu'une société de capitaux accorde à son actionnaire ou à un proche constitue une prestation appréciable en argent qui doit être ajoutée au revenu de son bénéficiaire conformément à l'art. 20 al. 1 let. c LIFD si l'opération s'écarte des conditions qui prévaudraient entre tiers (<ref-ruling> consid. 3.1 p. 60; arrêts 2C_252/2014 du 12 février 2016 consid. 2.2; 2C_927/2013 du 21 mai 2014 consid. 5.2 et les arrêts cités). Dans le cadre de cette comparaison avec les tiers, il importe de tenir compte de toutes les circonstances du cas d'espèce, en partant du contrat conclu entre les parties. Le Tribunal fédéral a développé des critères permettant d'apprécier si un prêt constitue une prestation appréciable en argent. C'est notamment le cas lorsque l'octroi d'un prêt n'entre pas dans le but social ou qu'il s'avère inhabituel au regard de la structure générale du bilan, à savoir lorsqu'il n'est pas couvert par les moyens à disposition de la société ou qu'il apparaît excessivement élevé par rapport à l'ensemble de ses actifs, de sorte qu'il représente un risque important pour celle-ci. Un prêt peut également constituer une prestation appréciable en argent si la société pouvait avoir des doutes sérieux sur la solvabilité du débiteur ou lorsqu'aucune garantie n'est prévue et qu'il n'existe aucune disposition relative au remboursement du prêt, lorsque les intérêts ne sont pas payés, mais ajoutés au compte d'emprunt et qu'il n'existe aucun contrat écrit (<ref-ruling> consid. 3.2 p. 60 s. et les arrêts cités). Pour juger si un prêt constitue une prestation appréciable en argent, il faut partir du moment où le prêt a été accordé. On ne peut tenir compte de développements ultérieurs que dans la mesure où ils étaient déjà connus à ce moment-là, ou qu'ils étaient prévisibles (arrêts 2C_927/2013 du 21 mai 2014 consid. 5.2; 2A.133/1993 du 3 février 1995 consid. 5, in Archives 64, p. 641 ss). Il faut toutefois, s'agissant de ce dernier point, réserver le cas du prêt se révélant par la suite simulé (" nachträgliche Simulation "; cf. <ref-ruling> consid. 5.2 p. 64), où l'absence d'intention de rembourser ne survient qu' a posteriori.
6.3. Dans le domaine des prestations appréciables en argent, le fardeau de la preuve se répartit comme suit: les autorités fiscales doivent apporter la preuve que la société a fourni une prestation et qu'elle n'a pas obtenu de contre-prestation ou une contre-prestation insuffisante; si les preuves recueillies par l'autorité fiscale fournissent suffisamment d'indices révélant l'existence d'une telle disproportion, il appartient alors au contribuable d'établir l'exactitude de ses allégations contraires (arrêts 2C_11/2018 du 10 décembre 2018 consid. 6.2; 2C_1157/2016 du 2 novembre 2017 consid. 4.2.3; 2C_674/2015 du 26 octobre 2017 consid. 7.4).
6.4. En l'occurrence, la société a prêté aux contribuables, qui sont ses actionnaires uniques et employés, un montant de 368'956 fr. (151'494 fr. en 2009, 106'891 fr. en 2010 et 110'571 fr. en 2011) sur trois ans. Les contribuables n'ont pas remboursé ces emprunts entre 2009 et 2011, ni ne se sont acquittés des intérêts de la dette, qui ont été ajoutés aux comptes actionnaires. Les emprunts n'ont pas fait l'objet d'une convention écrite entre les parties. La société n'a pas pour but l'octroi de prêts. D'après les bilans de la société qui figurent au dossier (cf. art. 105 al. 2 LTF), les comptes actionnaires constituaient une partie substantielle de ses actifs en 2009, 2010 et, quoique dans une moindre mesure, encore en 2011 (total actif en 2009: 504'963 fr. 35, dont 389'546 fr. 25 de prêts aux actionnaires; total actif en 2010: 681'850 fr. 50, dont 509'536 fr. 60 de prêts aux actionnaires; total actif en 2011: 1'378'246 fr. 25, dont 629'148 fr. 35 de prêts aux actionnaires). Enfin, selon les déclarations d'impôt des contribuables figurant au dossier (cf. art. 105 al. 2 LTF), ceux-ci faisaient l'objet en 2009, 2010 et 2011 d'actes de défaut de biens à hauteur de 748'985 fr. et avaient des charges familiales importantes (quatre enfants) pour un revenu global annuel d'environ 150'000 fr. On voit mal qu'ils auraient pu, dans ces conditions, obtenir des prêts de plus de 100'000 fr. annuels de la part d'un tiers, ni que la société aurait prêté de telles sommes à d'autres particuliers qui n'auraient pas été ses actionnaires. Le fait que le contribuable aurait pu percevoir un revenu supérieur ne saurait suffire à retenir le contraire, contrairement à ce qu'a jugé la Commission de recours.
Il résulte de ce qui précède que les prêts octroyés par la société présentent toutes les caractéristiques de la prestation appréciable en argent, comme le soutient l'autorité recourante.
Il est même envisageable que ces prêts doivent être qualifiés de prêts simulés (sur les conditions d'un prêt simulé, cf. <ref-ruling> consid. 5.1 et 5.2 p. 62 ss; arrêt 2C_927/2013 du 21 mai 2014 consid. 5.3). Plaident en effet en faveur de cette qualification le fait que les prêts ont permis aux contribuables de rembourser des dettes privées et de s'acquitter de dépenses d'entretien (cf. <ref-ruling> consid. 5.1.2 p. 63), ainsi que leur insolvabilité (cf. <ref-ruling> consid. 5.1.3 p. 63 s.) Il est aussi insolite que le contribuable ait perçu pendant les années litigieuses un salaire modeste en comparaison avec les revenus de sa branche, tout en obtenant en parallèle des "prêts" importants de la société qui l'emploie. Comme les prêts constituent de toute manière une prestation appréciable en argent, il n'y a toutefois pas lieu de trancher définitivement la question, plus spécifique, consistant à savoir si le prêt était simulé, faute de volonté de remboursement des contribuables (cf. arrêts 2C_896/2018 du 29 août 2019 consid. 5.4.1; 2C_927/2013 du 21 mai 2014 consid. 5.7.2).
6.5. Les arguments de la Commission de recours pour annuler les reprises effectuées par le Service des contributions appellent les remarques suivantes.
La Commission de recours a tout d'abord noté qu'il n'était pas décisif que le but de la société ne comprenne pas l'octroi de crédits et qu'il n'y ait pas eu de convention écrite entre les parties. S'il est vrai que l'absence de convention écrite ou de lien entre le but social de la société et le prêt ne sont pas des éléments centraux pour qualifier un prêt de prêt simulé, il n'en demeure pas moins qu'il s'agit d'indices en faveur de l'existence d'une prestation appréciable en argent imposable (cf. arrêt 2C_927/2013 du 21 mai 2014 consid. 5.7.1). Il ne s'agit partant pas d'un argument propre à remettre en cause l'imposition.
La Commission de recours a par ailleurs considéré que la société disposait de garanties de remboursement, car elle connaissait l'existence du bien immobilier "les Cerisiers", qu'elle avait d'ailleurs partiellement financé, et ce bien était de nature à permettre le remboursement des prélèvements privés effectués sur les comptes courants actionnaires. Il résulte du dossier que les contribuables ont remboursé début 2012 à la société un montant de 225'000 fr., résultant de la vente de leur immeuble "les Cerisiers". Ce remboursement n'a pas permis d'effacer leurs dettes, même de manière partielle: d'après le bilan de la société au 31 décembre 2012 figurant au dossier, le prêt en faveur des actionnaires s'élevait encore à 443'349 fr. 03 à cette date (cf. art. 105 al. 2 LTF). L'immeuble "les Cerisiers" ne constituait donc pas une garantie de remboursement des prêts.
La Commission de recours a aussi retenu que, dans la mesure où la société était la principale source de revenus des contribuables, elle pouvait se rembourser en procédant à des prélèvements compensatoires sur les salaires. Les précédents juges ont également relevé qu'au vu des chiffres d'affaires et bénéfices déclarés par la société, celle-ci n'était pas en danger en octroyant ce prêt, car son actionnaire était en mesure de le rembourser en se sortant un dividende. A suivre la Commission de recours, il suffirait, pour contourner les dispositions légales sur l'imposition du revenu de l'actionnaire et des bénéfices de la société, que l'actionnaire principal de la société et également employé de celle-ci s'octroie, par l'entremise de la société qui l'emploie, des prêts qui n'en ont que le nom en se prévalant d'une possibilité de remboursement par des salaires et/ou des dividendes plus élevés. On ne peut souscrire à un tel raisonnement.
6.6. Sur le vu de l'ensemble des éléments qui précèdent, c'est de manière contraire au droit fédéral que la Commission de recours a nié l'imposition à titre de prestation appréciable en argent des augmentations annuelles des prêts de la société aux contribuables. Le recours doit partant être admis en tant qu'il concerne l'impôt fédéral direct.
II. Impôt cantonal et communal
7.
La notion de prestation appréciable en argent en sens de l'art. 20 al. 1 let. c LIFD est identique à celle prévue à l'art. 16 al. 1 let. c de la loi fiscale du canton du Valais du 10 mars 1976 (LF; RSVS 642.1) et correspond à l'art. 7 al. 1 LHID. La jurisprudence rendue en matière d'impôt fédéral direct est également valable pour l'application des dispositions cantonales harmonisées correspondantes (<ref-ruling> consid. 10 p. 101; arrêt 2C_445/2015 du 26 août 2016 consid. 9). Les considérants développés en matière d'impôt fédéral direct s'appliquent donc également à l'impôt cantonal et communal, ce qui conduit aussi à l'admission du recours en tant qu'il le concerne.
8.
Les considérants qui précèdent conduisent à l'admission du recours tant en matière d'impôt fédéral direct que d'impôt cantonal et communal. La décision de la Commission de recours du 9 novembre 2017 est annulée. Il convient de confirmer la décision sur réclamation du 20 octobre 2015.
Les intimés, qui succombent, supporteront les frais judiciaires, solidairement entre eux (art. 66 al. 1 et 5 LTF). Il n'est pas alloué de dépens (art. 68 al. 3 LTF). La cause sera renvoyée à la Commission de recours pour qu'elle procède à une nouvelle répartition des frais et dépens de la procédure devant elle (cf. art. 67 et 68 al. 5 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est admis. La décision de la Commission de recours du 9 novembre 2017 est annulée. La décision sur réclamation du Service des contributions du 20 octobre 2015 est confirmée.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 3'500 fr., sont mis à la charge des intimés, solidairement entre eux.
3.
La cause est renvoyée à la Commission de recours pour nouvelle décision sur les frais et dépens de la procédure devant elle.
4.
Le présent arrêt est communiqué au Service cantonal des contributions du canton du Valais, au mandataire des intimés, à la Commission cantonale de recours en matière fiscale du canton du Valais et à l'Administration fédérale des contributions.
Lausanne, le 23 septembre 2019
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Juge présidant : Zünd
La Greffière : Kleber