Erwägungen:
1.
Das Bezirksgericht Baden sprach den Beschwerdeführer mit Urteil vom 26. Juli 2017 der Widerhandlung gegen § 5 Abs. 1 lit. b des Hundegesetzes des Kantons Aargau vom 15. März 2011 (HuG/AG) schuldig und sah gestützt auf <ref-law> von einer Bestrafung ab. Die Verfahrenskosten von Fr. 1'219.40 auferlegte es dem Beschwerdeführer. Das Obergericht des Kantons Aargau bestätigte am 9. Januar 2018 auf Berufung des Beschwerdeführers und Anschlussberufung der Staatsanwaltschaft das erstinstanzliche Urteil. Die obergerichtlichen Verfahrenskosten von Fr. 1'558.-- überband es je zur Hälfte dem Beschwerdeführer und dem Staat.
Der Beschwerdeführer gelangt dagegen mit Beschwerde in Strafsachen an das Bundesgericht.
2.
Der Beschwerdeführer rügt, dass Strafverfahren gegen ihn sei nur deshalb nicht eingestellt worden, um ihn zur Bezahlung der Verfahrenskosten verpflichten zu können.
Der vorinstanzliche Schuldspruch betrifft eine Widerhandlung gegen das HuG/AG und richtet sich daher nach kantonalem Recht. Das Bundesgericht überprüft die Anwendung kantonalen Rechts - von hier nicht relevanten Ausnahmen abgesehen - nur auf Willkür (vgl. <ref-law>; <ref-ruling> E. 6.1 S. 324; <ref-ruling> E. 1.2 S. 308 mit Hinweisen). Für die Rüge der Willkür gelten erhöhte Begründungsanforderungen (<ref-law>; <ref-ruling> E. 2.4 S. 368; <ref-ruling> E. 1.2 S. 308 f.; je mit Hinweisen).
Der Beschwerdeführer wirft der Vorinstanz lediglich vor, sie hätte das Verfahren gegen ihn ebenso gut einstellen können bzw. eine Verfahrenseinstellung wäre angemessen gewesen. Dass der Schuldspruch geradezu willkürlich wäre, zeigt er damit nicht auf, zumal er sich mit den vorinstanzlichen Erwägungen zur Anwendbarkeit von § 5 Abs. 1 lit. b HuG/AG nicht ansatzweise auseinandersetzt. Soweit sich der Beschwerdeführer gegen den Schuldspruch wegen Widerhandlung gegen das kantonale Hundegesetz wendet, kann auf die Beschwerde daher nicht eingetreten werden.
3.
Der Beschwerdeführer argumentiert, er sei von einem Riesenschnauzer gebissen worden. Da sich die Besitzerin des Tieres nicht entschuldigt und nach seinem Wohlbefinden erkundigt habe, habe er deren Bestrafung verlangt, woraufhin diese Gegenklage erhoben habe. In der Folge seien auf sein Ansinnen hin beide Klagen zurückgezogen worden. Die Regionalpolizei Niederrohrdorf habe ihm dabei ausdrücklich bestätigt, dass er nach dem Klagerückzug keinerlei weitere Folgen zu befürchten habe. Hätte er gewusst, dass die Staatsanwaltschaft ein "Offizialdelikt" ableite, hätte er dem Klagerückzug niemals zugestimmt. Die Polizei habe ihn falsch informiert und ihm dadurch jede Möglichkeit genommen, einen ordentlichen Prozess zu führen.
Damit ist der Beschwerdeführer im vorliegenden Verfahren nicht zu hören. Die Information der Polizei bezog sich offensichtlich auf das vom Beschwerdeführer angestrengte Verfahren gegen die Halterin des Riesenschnauzers und die möglichen Kostenfolgen in diesem Verfahren. Abgesehen davon könnte der Beschwerdeführer einen allfälligen Irrtum im Zusammenhang mit dem Rückzug seines Strafantrags gegen die Halterin des Riesenschnauzers ausschliesslich im Verfahren gegen diese geltend machen. Nicht ersichtlich ist, weshalb der Umstand, dass er seinen Strafantrag zurückzog, bei der Frage, ob er sich selber nach § 5 Abs. 1 lit. b HuG/AG schuldig machte, weil er gemäss der Vorinstanz seinen eigenen Hund nicht genügend beaufsichtigte, hätte berücksichtigt werden müssen.
4.
Dass die Kostenauflage aus anderen Gründen gegen Bundesrecht (vgl. <ref-law>) verstossen könnte, macht der Beschwerdeführer nicht geltend.
5.
Die Beschwerde ist im Verfahren nach <ref-law> abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Die Gerichtskosten sind dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (<ref-law>). Dessen Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege ist in Anwendung von <ref-law> wegen Aussichtslosigkeit abzuweisen. Der finanziellen Lage des Beschwerdeführers ist mit reduzierten Gerichtskosten Rechnung zu tragen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.
Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird abgewiesen.
3.
Die Gerichtskosten von Fr. 1'200.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Aargau, Strafgericht, 2. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 20. April 2018
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Denys
Die Gerichtsschreiberin: Unseld