Faits :
A.
A.a. Le 19 octobre 2015, A._ a formé une demande unilatérale en divorce auprès du Tribunal de première instance du canton de Genève (ci-après : le Tribunal). La procédure a été enregistrée sous le n° C/21687/2015.
A.b.
A.b.a. Deux jours plus tard, son épouse B._ a formé auprès de la même autorité une requête de mesures protectrices de l'union conjugale assortie d'une requête de mesures superprovisionnelles. Cette procédure a été enregistrée sous le n° C/21703/2015.
A.b.b. Par ordonnance du 21 octobre 2015 rendue dans la procédure C/21703/2015, le Tribunal, statuant sur mesures superprovisionnelles, a condamné A._ à verser à B._, par mois et d'avance, la somme de 4'100 fr. à titre de contribution à l'entretien de la famille et a dit que l'ordonnance déploierait ses effets jusqu'à l'exécution de la décision qui serait rendue après audition des parties.
A.c. Lors de l'audience du 15 janvier 2016 qui concernait tant la procédure C/21687/2015 que la procédure C/21703/2015, B._ a indiqué qu'elle souhaitait que sa requête de mesures protectrices de l'union conjugale du 21 octobre 2015 soit traitée comme une requête de mesures provisionnelles dans le cadre de la procédure de divorce initiée en parallèle par son époux. A._ ne s'est pas déterminé sur ce point.
A.d. Le 10 mai 2016, le Tribunal a certifié que l'ordonnance du 21 octobre 2015 était exécutoire.
A.e.
A.e.a. Par ordonnance du 24 mars 2017, le Tribunal, statuant sur mesures provisionnelles, a notamment attribué à B._ la garde de l'enfant du couple, condamné A._ à verser à B._, par mois et d'avance, allocations familiales non comprises, à partir du 1 er juillet 2017, la somme de 4'100 fr. à titre de contribution de l'entretien de l'enfant, sous déduction des montants déjà versés à ce titre (ch. 5) et débouté les parties de toutes autres conclusions (ch. 8).
Le Tribunal a considéré que, pour la période antérieure au 1 er juillet 2017, les besoins de l'enfant et de l'épouse étaient couverts par la contribution de 4'100 fr. fixée sur mesures superprovisionnelles.
A.e.b. Sur appel des époux, la Cour de justice du canton de Genève (ci-après : Cour de justice), par arrêt du 31 octobre 2017, a annulé les chiffres 5 et 8 de l'ordonnance du 24 mars 2017 et statuant à nouveau, a condamné A._ à verser à B._, à compter du 24 mars 2017, par mois et d'avance, 2'700 fr., allocations familiales en sus, à titre de contribution d'entretien de l'enfant ainsi que la somme de 2'000 fr. à titre de contribution à l'entretien de l'épouse.
La Cour de justice a rappelé que la décision sur mesures provisionnelles remplaçait la décision sur mesures superprovisionnelles. La contribution de 4'100 fr. à laquelle A._ avait été condamné sur mesures superprovisionnelles était suffisante à couvrir les charges de l'enfant et de l'épouse, de sorte qu'il n'y avait pas lieu de faire rétroagir les mesures provisionnelles.
L'arrêt de la Cour de justice n'a pas fait l'objet d'un recours au Tribunal fédéral.
B.
B.a. En parallèle, par réquisition du 29 mai 2017, B._ a intenté contre A._ une poursuite à hauteur de 4'100 fr. avec intérêts à 5% dès le 1 er novembre 2015, de 4'100 fr. avec intérêts à 5% dès le 1 er décembre 2015, de 4'100 fr. avec intérêts à 5% dès le 1 er janvier 2016, de 4'100 fr. avec intérêts à 5% dès le 1 er février 2016, de 4'100 fr. avec intérêts à 5% dès le 1 er mars 2016, de 4'100 fr. avec intérêts à 5% dès le 1 er avril 2016, de 4'100 fr. avec intérêts à 5% dès le 1 er mai 2016, de 4'100 fr. avec intérêts à 5% dès le 1 er juin 2016 et de 4'100 fr. avec intérêts à 5% dès le 1 er juillet 2016, à titre de contribution d'entretien pour les mois de novembre 2015 à juillet 2016 selon ordonnance du Tribunal du 21 octobre 2015.
Un commandement de payer, poursuite n° xxxx, a été notifié à A._ le 20 juin 2017, auquel opposition a été formée.
B.b. Par requête du 28 septembre 2017, B._ a requis la mainlevée définitive de l'opposition formée par A._ au commandement de payer, poursuite n° xxxx, ainsi que la condamnation de celui-ci en tous les frais.
Par jugement du 13 juillet 2018, le Tribunal a principalement prononcé la mainlevée définitive de l'opposition, sous imputation d'un montant total de 5'600 fr. versés entre le 3 novembre 2015 et le 27 juin 2016.
B.c. Par arrêt du 29 octobre 2018, la Cour de justice a principalement rejeté le recours formé par A._ contre le jugement du 13 juillet 2018.
C.
Par acte du 17 décembre 2019, A._ exerce un recours en matière civile au Tribunal fédéral contre l'arrêt de la Cour de justice du 29 octobre 2018. Il conclut préalablement à l'octroi de l'effet suspensif à son recours (1) et à la constatation de la recevabilité des pièces 44 et 45 (2). Principalement, il conclut à l'annulation de l'arrêt de la Cour de justice du 29 octobre 2018 (1) et cela fait, à la constatation qu'il n'existe pas de titre de mainlevée définitive à l'opposition formée dans la poursuite n° xxxx (2); à la constatation que l'ordonnance du 21 octobre 2015 n'a pas valablement été remplacée (3); à la constatation que cette ordonnance est devenue caduque (4); au déboutement de B._ de toutes autres conclusions (5) et à la condamnation de cette dernière aux frais et dépens de la procédure (6). Il conclut subsidiairement au renvoi de la cause à l'autorité cantonale pour nouvelle décision dans le sens des considérants (7), au déboutement de B._ de toutes autres conclusions (8) et à la condamnation de cette dernière aux frais et dépens de la procédure (9). En substance, il se plaint d'arbitraire (art. 9 Cst.) dans la constatation des faits, de la violation de son droit d'être entendu (art. 29 al. 2 Cst.) et de la violation des <ref-law> et 125 let. c CPC.
Des réponses au fond n'ont pas été requises.
Dans ses déterminations sur la requête d'effet suspensif, B._ a requis le bénéfice de l'assistance judiciaire pour la procédure devant le Tribunal fédéral.
D.
Par ordonnance du 15 janvier 2019, le Président de la cour de céans a octroyé au recours l'effet suspensif requis par A._.

Considérant en droit :
1.
Le Tribunal fédéral examine d'office la recevabilité des recours qui lui sont soumis (entre autres: <ref-ruling> consid. 1).
1.1. Le recours a été déposé en temps utile (<ref-law>) à l'encontre d'une décision de mainlevée définitive, soit une décision finale (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 2.1) rendue en matière de poursuite pour dettes (<ref-law>) par un tribunal supérieur ayant statué sur recours en dernière instance cantonale (<ref-law>). La valeur litigieuse atteint le seuil légal (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 1.3). Le poursuivi, qui a succombé devant la cour cantonale, a qualité pour recourir (<ref-law>).
1.2. Selon la jurisprudence constante, les conclusions en constatation de droit ne sont recevables que si des conclusions condamnatoires ou formatrices sont exclues; sauf situations particulières, les conclusions constatatoires ont ainsi un caractère subsidiaire (<ref-ruling> consid. 1.1; arrêt 5A_992/2017 du 27 mars 2018 consid. 2.3 et les autres références). Dans cette mesure, la conclusion préalable n° 2 du recours ainsi que les conclusions principales n° 2, 3 et 4 du recours sont irrecevables.
Il reste néanmoins à examiner si le recourant formule, implicitement, des conclusions réformatoires telles qu'exigées par l'<ref-law>. En effet, l'application du principe de la confiance impose d'interpréter les conclusions à la lumière de la motivation; l'interdiction du formalisme excessif commande, pour sa part, de ne pas se montrer trop strict dans la formulation des conclusions si, à la lecture du mémoire, on comprend clairement ce que veut le recourant (arrêt 5A_866/2015 du 2 mai 2016 consid. 1.2 et les références, non publié aux <ref-ruling>). En l'occurrence, à la lecture du mémoire de recours, on comprend que le recourant cherche en réalité à obtenir la réforme de l'arrêt attaqué, en ce sens que la requête de mainlevée définitive déposée par l'intimée soit rejetée. Le recours est ainsi recevable sous cet angle également.
2.
2.1. Le recours en matière civile peut être formé pour violation du droit, tel qu'il est délimité par les art. 95 et 96 LTF. Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (<ref-law>). Dans cette mesure, le Tribunal fédéral n'est pas lié par les motifs que les parties invoquent devant lui, ni par la motivation retenue par la décision attaquée; en particulier, il peut rejeter un recours en adoptant une autre argumentation juridique que celle de l'autorité précédente (<ref-ruling> consid. 2.3; <ref-ruling> consid. 2.4). Dans ce dernier cas, la nouvelle motivation juridique n'est cependant possible que si elle repose sur des faits constatés dans l'arrêt attaqué ou qui peuvent être ajoutés par un complément conforme à l'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 4.4.3; <ref-ruling> consid. 4.1). Il n'est pas nécessaire d'entendre préalablement les parties à ce sujet si elles devaient s'attendre à la motivation adoptée (<ref-ruling> consid. 4; arrêt 1B_512/2017 du 30 janvier 2018 consid. 3). Cela étant, eu égard à l'exigence de motivation contenue à l'art. 42 al. 1 et 2 LTF, le Tribunal fédéral n'examine en principe que les griefs soulevés (<ref-ruling> consid. 2; <ref-ruling> consid. 1.3; <ref-ruling> consid. 1.4).
En outre, le Tribunal fédéral ne connaît de la violation de droits fondamentaux que si un tel grief a été invoqué et motivé par le recourant (" principe d'allégation ", <ref-law>; <ref-ruling> consid. 3.3; <ref-ruling> consid. 3.2), c'est-à-dire s'il a été expressément soulevé et exposé de façon claire et détaillée (<ref-ruling> consid. 1.2; <ref-ruling> consid. 1.4.2). Les critiques de nature appellatoire sont irrecevables (<ref-ruling> consid. 2.3; <ref-ruling> consid. 10.1 et les références).
2.2. Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>); il ne peut s'en écarter que si ceux-ci ont été établis de façon manifestement inexacte - soit de manière arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (<ref-ruling> consid. 2; <ref-ruling> consid. 4.2; <ref-ruling> consid. 1.5; <ref-ruling> consid. 1.4.1; <ref-ruling> consid. 1.2.2) - ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> (<ref-law>) et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1 in fine LTF). Le recourant qui soutient que les faits ont été établis d'une manière manifestement inexacte doit satisfaire au principe d'allégation précité (cf. supra consid. 2.1).
Selon la jurisprudence, il y a arbitraire dans l'appréciation des preuves et l'établissement des faits si le juge n'a manifestement pas compris le sens et la portée d'un moyen de preuve, s'il a omis, sans raison sérieuse, de tenir compte d'un moyen important propre à modifier la décision attaquée ou encore si, sur la base des éléments recueillis, il a fait des déductions insoutenables (<ref-ruling> consid. 4.1.2; <ref-ruling> consid. 4.2).
2.3. Aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente (<ref-law>). Cette exception, dont il appartient aux parties de démontrer que les conditions sont remplies, vise les faits qui sont rendus pertinents pour la première fois par la décision attaquée, par exemple concernant le déroulement de la procédure devant l'instance précédente afin d'en contester la régularité, ou encore des faits postérieurs à l'arrêt attaqué permettant d'établir la recevabilité du recours (arrêt 5A_904/2015 du 29 septembre 2016 consid. 2.3, non publié aux <ref-ruling>). En dehors de ces cas, les nova ne sont pas admissibles, qu'il s'agisse de faits ou moyens de preuve survenus postérieurement à la décision attaquée (vrais nova; <ref-ruling> consid. 1.2 et les références), ou d'éléments que les parties ont négligé de présenter aux autorités cantonales (<ref-ruling> consid. 3.1.2; <ref-ruling> consid. 4.4.3; arrêt 5A_756/2017 du 6 novembre 2017 consid. 2.3).
En l'occurrence, le recourant a produit deux nouvelles pièces à savoir une copie de son courrier du 9 novembre 2018 au Tribunal demandant la communication de la décision de jonction des causes C/21703/2015 et C/21687/2015 (pièce 44) ainsi qu'une copie du procès-verbal de l'audience du 15 janvier 2016 devant le Tribunal (pièce 45). Vu ce qui précède et indépendamment de leur pertinence pour l'issue de la cause, la pièce 44, qui est postérieure à l'arrêt déféré, et la pièce 45, qui ne concerne pas des faits rendus pertinents pour la première fois par la décision attaquée, sont d'emblée irrecevables.
3.
L'autorité cantonale a jugé que l'ordonnance du 21 octobre 2015 constituait un titre de mainlevée définitive. Selon elle, portant sur des mesures superprovisionnelles, cette ordonnance était devenue immédiatement exécutoire. Par ailleurs, compte tenu de la jonction des causes C/21687/2015 et C/21703/2015 le 15 janvier 2016, elle avait été intégrée dans la procédure de divorce, ce qui ressortait également de l'arrêt cantonal du 31 octobre 2017 de sorte qu'il n'y avait aucune constatation manifestement inexacte des faits à cet égard. Elle a ajouté que, même si le juge du divorce n'avait pas convoqué les parties sans délai en vue de rendre une décision de mesures provisionnelles, il n'en demeurait pas moins que l'ordonnance du 21 octobre 2015 était demeurée en vigueur jusqu'au prononcé des mesures provisionnelles. Elle a encore précisé que l'ordonnance du 24 mars 2017, et par la suite l'arrêt cantonal du 31 octobre 2017, avait confirmé les mesures prises à titre superprovisionnelles s'agissant des contributions d'entretien dues par le poursuivi jusqu'au 31 décembre 2016. A ce propos, l'autorité cantonale a encore rappelé qu'il n'appartenait pas au juge de la mainlevée de se prononcer sur le bien-fondé des décisions prises au sujet des mesures superprovisionnelles, en particulier sur la date à partir de laquelle celles-ci avait été remplacées par les mesures provisionnelles, et que, si le recourant n'était pas d'accord avec l'arrêt cantonal du 31 décembre 2017, il aurait dû recourir auprès du Tribunal fédéral.
4.
Aux termes de l'<ref-law>, le créancier qui est au bénéfice d'un jugement exécutoire peut requérir du juge la mainlevée définitive de l'opposition. La procédure de mainlevée, qu'elle soit provisoire ou définitive, est un incident de la poursuite. La décision qui accorde ou refuse la mainlevée est une pure décision d'exécution forcée dont le seul objet est de dire si la poursuite peut continuer ou si le créancier est renvoyé à agir par la voie d'un procès ordinaire. Le juge de la mainlevée définitive examine seulement la force probante du titre produit par le créancier, sa nature formelle, non la validité de la créance (<ref-ruling> consid. 4.1; <ref-ruling> consid. 4.1.1 et les références; arrêt 5A_427/2011 du 10 octobre 2011 consid. 2). Le prononcé de mainlevée ne sortit dès lors que des effets de droit des poursuites (<ref-ruling> consid. 3) et ne fonde pas l'exception de chose jugée ( res iudicata) quant à l'existence de la créance (<ref-ruling> consid. 2.3).
5.
Le recourant soulève deux griefs de nature constitutionnelle, soit l'arbitraire dans la constatation des faits (art. 9 Cst.; cf. infra consid. 5.1) et dans l'application du droit en lien avec les <ref-law> et 80 LP, ainsi que la violation de son droit d'être entendu (art. 29 al. 2 Cst.; cf. infra consid. 5.2).
5.1. Dans un premier grief, le recourant se plaint d'arbitraire (art. 9 Cst.) dans l'établissement des faits, en tant que l'autorité cantonale a retenu qu'une ordonnance de jonction avait été rendue entre la cause C/21703/2015 et la cause C/2168/2015 alors qu'il avait clairement contesté ce fait.
5.1.1. A l'appui de son propos, il se prévaut des pièces n° 44 et 45 produites en instance fédérale, dont il ressort selon lui qu'il n'y a aucune décision judiciaire de jonction des causes. Il prétend aussi que l'appréciation erronée des faits influence le résultat, étant donné que l'autorité cantonale a jugé que l'ordonnance litigieuse constitue un titre de mainlevée parce que les mesures prononcées ont été intégrées à la procédure de divorce suite à la jonction des causes.
5.1.2. En l'espèce, il a été établi ci-dessus que les pièces 44 et 45 sont irrecevables (cf. supra consid. 2.3), de sorte que la critique du recourant, fondée sur ces pièces, l'est aussi.
Quoi qu'il en soit, même si les pièces précitées avaient été recevables, il n'en demeure pas moins que le grief tiré de la constatation arbitraire des faits devrait en tout état être rejeté. En effet, quand bien même l'autorité cantonale aurait erronément retenu que les causes avaient été jointes, la correction de cette erreur n'aurait pas d'influence sur le sort de la cause, pour les deux raisons qui suivent. Tout d'abord, l'autorité cantonale ne s'est pas uniquement fondée sur la décision de jonction pour conclure que l'ordonnance du 21 octobre 2015 constituait un titre de mainlevée définitive. Elle a également jugé que tant l'ordonnance du 24 mars 2017 que l'arrêt du 31 octobre 2017 avaient confirmé dans leurs motifs que les mesures ordonnées à titre superprovisionnel le 21 octobre 2015 avaient été validées. Ensuite, la question pertinente pour la présente cause est uniquement de savoir si l'ordonnance litigieuse constitue un titre de mainlevée pour les créances d'entretien mises en poursuite. Or, à cet égard, la jonction des causes n'a aucune influence: les mesures superprovisionnelles deviennent en effet caduques suite au prononcé des mesures provisionnelles qui doit obligatoirement y faire suite après audition des parties à la procédure et qui confirme, modifie ou supprime, et ainsi, remplace, ces mesures superprovisionnelles précédemment ordonnées (cf. infra consid. 6.2.3; <ref-ruling> consid. 2.2; arrêt 5A_84/2018 du 8 novembre 2018 consid. 4.2). Si le juge qui a rendu les mesures superprovisionnelles tarde à mettre immédiatement en oeuvre la procédure de mesures provisionnelles ordinaire, les parties doivent se plaindre de déni de justice pour retard injustifié (arrêt 5A_208/2014 du 30 juillet 2014 consid. 4.2; SPRECHER, in Basler Kommentar, ZPO, 3ème éd., 2017, n° 32 ad art. 265 ZPO; HOFMANN/LÜSCHER, Le Code de procédure civile, 2ème éd., 2015, p. 296).
Le rejet de ce premier grief entraîne celui de l'art. 125 let. c CPC, sans portée propre par rapport à lui, et, dans tous les cas, que l'autorité cantonale a correctement considéré comme exorbitant du présent litige (cf. supra consid. 4).
5.2. Ensuite, le recourant se plaint d'une violation des art. 29 al. 2 Cst. et 9 Cst., en lien avec les <ref-law> et 80 LP.
5.2.1. Il soutient que, en considérant que l'ordonnance superprovisionnelle était restée en vigueur jusqu'au prononcé de mesures provisionnelles rendues plus d'un an plus tard, l'autorité cantonale a consacré un déni de justice prohibé par l'art. 29 al. 2 Cst. et a également fait preuve d'arbitraire en retenant que, s'il entendait contester l'arrêt de la Cour de justice du 31 octobre 2017, il aurait dû former un recours auprès du Tribunal fédéral.
5.2.2. En l'espèce, c'est à raison que l'autorité cantonale a jugé qu'il n'appartient pas au juge de la mainlevée de se déterminer sur une éventuelle violation de l'<ref-law> (cf. supra consid. 4), étant rappelé que, comme dit précédemment (cf. supra consid. 5.1.3), le recourant avait la possibilité de se plaindre d'un déni de justice s'il estimait que le premier juge tardait à statuer sur les mesures provisionnelles et que, dans la procédure contradictoire, le juge n'examine pas l'ordonnance de mesures superprovisionnelles; au contraire, il rend sa décision de mesures provisionnelles, qui remplace et rend caduque la précédente ordonnance de mesures superprovisionnelles. Partant, les griefs doivent être rejetés, dans la mesure de leur recevabilité.
6.
Enfin, le recourant se plaint de la violation de l'<ref-law>, en tant que l'autorité cantonale aurait considéré à tort que le titre est exécutoire et qu'il y a une identité entre la prétention déduite en poursuite et ce titre.
6.1. Il soutient que, faute de jonction des causes, l'autorité cantonale ne pouvait pas retenir que l'ordonnance du 21 octobre 2015 était demeurée en vigueur jusqu'au prononcé de mesures provisionnelles. Il lui reproche de s'être référée à des jugements autres que celui invoqué dans la réquisition de poursuite et le commandement de payer, à savoir l'ordonnance de mesures provisionnelles du Tribunal du 24 mars 2017 et l'arrêt de la Cour de justice du 31 octobre 2017 statuant sur appel contre cette ordonnance. Il ajoute que, même à supposer qu'une telle pratique soit admise, l'autorité cantonale a excédé les limites de son pouvoir d'examen en interprétant les dispositifs de ces décisions qui sont pourtant clairs. Il explique qu'à aucun moment dans l'ordonnance du 24 mars 2017, le Tribunal n'a examiné le bien-fondé des mesures superprovisionnelles, ni ne les a confirmées. De même, dans son arrêt du 31 octobre 2018, la Cour de justice n'a procédé à aucun examen de la validité des mesures superprovisionnelles. Précisant encore que l'absence de validation formelle des mesures superprovisionnelles par des mesures provisionnelles relèverait d'un grief d'ordre procédural que les autorités cantonales auraient dû traiter, il conclut que, par conséquent, l'obligation d'entretien n'a débuté qu'à compter de janvier 2017.
6.2.
6.2.1. Le juge de la mainlevée doit examiner d'office si le créancier est au bénéfice d'un jugement qui est exécutoire (<ref-law>; entre autres: arrêt 5A_231/2018 du 28 septembre 2018 consid. 6.2.1). Il suffit que celui-ci soit exécutoire au plus tard lors du prononcé de la mainlevée (arrêt 5D_37/2018 du 8 juin 2018 consid. 4).
Un jugement portant condamnation au paiement de contributions d'entretien peut être conditionnellement exécutoire, en ce sens que son effet cesse lorsque disparaissent les conditions factuelles et juridiques en vertu desquelles il a été prononcé. Tel est le cas d'une décision de mesures provisionnelles rendue pour la durée d'une procédure en divorce lorsque cette procédure est close par jugement. Tel est également le cas d'une décision de mesures protectrices de l'union conjugale lorsqu'une procédure de divorce a été ouverte et qu'une décision de mesures provisionnelles, modifiant ces mesures protectrices, a été rendue (condition résolutoire; <ref-ruling> consid. 3.2.2; arrêts 5D_37/2018 précité; 5A_217/2012 du 9 juillet 2012 consid. 5.1 et les références, non publié aux <ref-ruling>).
Lorsque le jugement prévoit une condition résolutoire, il incombe au débiteur de prouver par titre immédiatement disponible sa réalisation, à moins que celle-ci ne soit reconnue sans réserve par le créancier ou qu'elle ne soit notoire (<ref-ruling> consid. 2.2; arrêts 5D_37/2018 précité; 5A_445/2012 du 2 octobre 2013 consid. 4.3 et les références).
6.2.2. Le juge de la mainlevée n'ayant pas à se prononcer sur l'existence matérielle de la créance ou sur le bien-fondé de la décision l'ayant sanctionnée (cf. supra consid. 4; <ref-ruling> consid. 4.3.1), il n'a ni à revoir ni à interpréter le titre qui lui est produit. Si le jugement est peu clair ou incomplet, il appartient au juge du fond de le préciser ou de le compléter. Il suffit toutefois que ce qui est exigé de la partie condamnée résulte clairement des motifs. En effet, la limitation susmentionnée du pouvoir d'examen du juge de la mainlevée ne signifie pas que celui-ci doive se fonder exclusivement sur le dispositif du jugement invoqué; il peut également se référer aux considérants de ce jugement pour déterminer si ce titre justifie la mainlevée définitive; ce n'est que si le sens du dispositif est douteux et que ce doute ne peut être levé à l'examen des motifs que la mainlevée doit être refusée (<ref-ruling> consid. 4.3.2).
6.2.3.
6.2.3.1. Les mesures superprovisionnelles sont rendues en cas d'urgence particulière; elles se distinguent des mesures provisionnelles uniquement par le fait qu'elles sont rendues sans que la partie adverse soit entendue préalablement (<ref-law>). Si le juge rend de telles mesures, il doit ensuite rapidement entendre la partie adverse et statuer sans délai sur la requête de mesures provisionnelles proprement dites (<ref-law>). Il rend alors une décision sur mesures provisionnelles qui remplace la décision superprovisionnelle (<ref-ruling> consid. 1.1.1; arrêt 5A_46/2017 du 19 juin 2017 consid. 4.2.2). Il en résulte que les mesures superprovisionnelles ne sont pas susceptibles de recours, ni auprès de l'autorité cantonale supérieure lorsqu'elles émanent d'une autorité inférieure, ni auprès du Tribunal fédéral, faute pour le recourant d'avoir épuisé les voies de recours cantonales en ne poursuivant pas la procédure devant l'autorité saisie afin d'obtenir le remplacement des mesures superprovisionnelles par des mesures provisionnelles (<ref-ruling>; arrêt 5A_657/2018 du 16 août 2018 consid. 2).
6.2.3.2. Dans la procédure contradictoire qui fait suite à la décision de mesures superprovisionnelles, le juge ne contrôle pas ce premier prononcé. Il rend sa décision sur la requête de mesures provisionnelles qui, comme on l'a dit, remplace les mesures superprovisionnelles précédemment rendues, en ce sens que celles-ci deviennent purement et simplement caduques (cf. supra consid. 5.1.3; arrêt 5A_84/2018 du 8 novembre 2018 consid. 4.2 et 4.4.2 et les références). Les effet des mesures superprovisionnelles cessent ex tunc (SPRECHER, op. cit., n° 45 ad <ref-law>). Le juge n'a pas à constater, dans son dispositif, le sort à leur réserver. Dès lors, dans le cadre d'un appel dirigé contre la décision de mesures provisionnelles, le tribunal supérieur ne peut examiner ni le contenu de la décision superprovisionnelle, ni ses conditions particulières (arrêt 5A_84/2018 précité).
6.2.3.3. En l'espèce, il est établi par l'autorité cantonale et reconnu par le poursuivi lui-même que des mesures provisionnelles ont été rendues suite au prononcé des mesures superprovisionnelles. Devenues caduques, l'ordonnance du 21 octobre 2015 les prononçant ne peut dès lors pas constituer de titre de mainlevée définitive, étant précisé que l'effet suspensif n'avait pas été attribué à l'appel interjeté contre l'ordonnance de mesures provisionnelles du 24 mars 2017.
Il reste à examiner si, en revanche, la mainlevée pouvait être prononcée sur la base de l'ordonnance de mesures provisionnelles du 24 mars 2017 bien que, premièrement, sur les indications mentionnées de la réquisition de poursuite, le commandement de payer notifié au poursuivi le 20 juin 2017 mentionnait l'ordonnance de mesures superprovisionnelles comme titre de la créance, et, secondement, que le dispositif de cette ordonnance ne condamne pas le poursuivi au paiement d'une contribution d'entretien pour la période litigieuse.
6.2.4.
6.2.4.1. Le commandement de payer doit contenir les indications prescrites par la loi. A teneur des art. 69 al. 2 ch. 1 et 67 al. 1 ch. 4 LP, il s'agit, entre autres indications, du titre, soit par exemple un jugement ou un contrat, et de la date de la créance ou, à défaut, de la cause de l'obligation, soit la source de l'obligation (arrêt 5A_169/2009 du 3 novembre 2009 consid. 2.1).
Si la cause de l'obligation indiquée dans le commandement de payer correspond à celle résultant de la décision à exécuter, la mainlevée doit être accordée même si le commandement de payer ne mentionne pas ce titre de la créance (arrêt 5A_8/2016 du 21 juin 2016 consid. 4.2; ABBET, in La mainlevée de l'opposition, 2017, n° 92 ad <ref-law>).
L'une des fonctions des indications contenues dans le commandement de payer est de répondre à un besoin de clarté et d'individualiser la prétention réclamée par voie d'exécution afin que le poursuivi puisse prendre position (<ref-ruling> consid. 2.2.2 et les références; arrêts 5A_8/2016 du 21 juin 2016 consid. 4.2; 5A_1001/2015 du 22 juin 2016 consid. 5.3.2, publié in BlSchK 2018 p. 4; 5A_586/2008 du 22 octobre 2008 consid. 3). Toute périphrase relative à la cause de la créance, qui permet au poursuivi, conjointement avec les autres indications figurant sur le commandement de payer, de reconnaître la somme déduite en poursuite, suffit. En d'autres termes, le poursuivi ne doit pas être obligé de faire opposition pour obtenir, dans une procédure de mainlevée subséquente ou un procès en reconnaissance de dette, les renseignements sur la créance qui lui est réclamée. Lorsque la cause de la créance est reconnaissable pour le poursuivi en raison de l'ensemble de rapports étroits qu'il connaît, il suffit que la cause de la créance soit exprimée succinctement en vertu du principe de la bonne foi, qui doit aussi être observé dans le droit de l'exécution forcée (<ref-ruling> consid. 2a et b; arrêts 5A_740/2018 du 1 er avril 2019 consid. 6.1.1; 5A_169/2009 précité).
6.2.4.2. Dans la procédure de mainlevée définitive, le juge doit, outre le jugement ou les titres y assimilés et leur caractère exécutoire, examiner d'office l'existence des trois identités - l'identité entre le poursuivant et le créancier désigné dans ce titre, l'identité entre le poursuivi et le débiteur désigné et l'identité entre la prétention déduite en poursuite et le titre qui lui est présenté (<ref-ruling> consid. 4.1.1). Il ne prononcera pas la mainlevée, notamment, s'il y a absence manifeste d'identité entre la créance et le titre (arrêt 5A_169/2009 du 3 novembre 2009 consid. 2.1 et les références). Ainsi, si le montant est dû en vertu d'un autre titre que celui indiqué dans le commandement de payer, la mainlevée doit être rejetée (arrêts 5A_740/2018 précité consid. 6.1.2; 5A_1001/2015 du 22 juin 2016 consid. 5.3.2, publié in BlSchK 2018 p. 4).
6.3. En l'espèce, le grief concernant la constatation de l'existence d'une décision de jonction a déjà été traité ci-dessus de sorte qu'il n'y sera pas revenu.
Pour le surplus, si l'ordonnance de mesures superprovisionnelles du 21 octobre 2015 est certes caduque, la poursuivante a produit devant le premier juge l'ordonnance de mesures provisionnelles du 24 mars 2017 et l'arrêt cantonal du 31 octobre 2017, confirmant dans ses motifs que, pour la période antérieure, le montant de 4'100 fr. est dû pour l'entretien de la famille. Par ailleurs, si, dans le commandement de payer, figure certes comme titre l'ordonnance précitée devenue caduque, la cause de la créance mise en poursuite, soit la contribution d'entretien due de novembre 2015 à juillet 2016, y figure aussi. En outre, si les dispositifs des décisions provisionnelles précitées ne statuent pas formellement sur la contribution d'entretien due pour la période antérieure au 1 er juillet 2017, on comprend de leurs motifs que ces décisions condamnent le poursuivi au paiement du montant de 4'100 fr. pour la période visée par la poursuite.
Partant, l'ordonnance de mesures provisionnelles du 24 mars 2017 remplaçant et rendant caduque l'ordonnance de mesures superprovisionnelles constitue le titre permettant d'obtenir la mainlevée définitive de l'opposition dans la poursuite en cause. L'identité entre la créance du titre et celle mise en poursuite ne fait pas défaut, le commandement de payer mentionnant aussi la cause de la créance, soit l'obligation d'entretien de 4'100 fr. due de novembre 2015 à juillet 2016.
En conséquence, par substitution de motifs (cf. supra consid. 2.1), il faut considérer que la décision attaquée ne viole pas l'<ref-law> et le grief du recourant doit être rejeté.
7.
En définitive, le recours doit être rejeté, dans le mesure de sa recevabilité. Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 fr., sont mis à la charge du recourant (<ref-law>). Il n'y a pas lieu d'octroyer une indemnité de dépens à l'intimée qui n'a pas été invitée à se déterminer sur le fond du litige et a succombé s'agissant de l'octroi de l'effet suspensif (art. 68 al. 1 et 2 LTF). La requête d'assistance judiciaire de l'intimée est rejetée, faute de motivation. En effet, l'octroi de l'assistance judiciaire et en particulier d'un avocat d'office dans la procédure devant l'autorité cantonale ne vaut pas automatiquement pour le recours au Tribunal fédéral, lequel prend sa propre décision en application de l'<ref-law> (arrêt 5A_119/2017 du 30 août 2017 consid. 11 et les références). Or, l'intimée se borne à renvoyer aux décisions cantonales précédentes lui ayant accordé un tel bénéfice, sans pour autant présenter l'état actuel de sa situation financière pour démontrer l'insuffisance de ses ressources.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours en matière civile est rejeté, dans la mesure où il est recevable.
2.
La requête d'assistance judiciaire de l'intimée est rejetée.
3.
Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 fr., sont mis à la charge du recourant.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour de justice du canton de Genève, Chambre civile.
Lausanne, le 8 juillet 2019
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Herrmann
La Greffière : Achtari