Sachverhalt:
A.
A.a. A._ (geb. 1981, türkischer Staatsangehöriger) reiste im Jahre 1990 in die Schweiz ein und erhielt in der Folge zunächst eine Aufenthaltsbewilligung und später die Niederlassungsbewilligung für den Kanton Aargau. Am 11. Februar 2016 widerrief das Amt für Migration und Integration des Kantons Aargau die Niederlassungsbewilligung von A._ wegen wiederholter Straffälligkeit und wies ihn aus der Schweiz weg. Eine Einsprache dagegen ist noch hängig.
A.b. Am 26./29. Februar 2016 ersuchte A._ das Migrationsamt des Kantons Zürich um Erteilung der Niederlassungsbewilligung für den Kanton Zürich. Am 15. März 2016 heiratete er eine in der Schweiz aufenthaltsberechtigte Staatsangehörige Deutschlands. Am 17. Juni 2016 ersuchte er das Migrationsamt "[z]ur Präzisierung des Gegenstands des vorliegenden Verfahrens" um eine Aufenthaltsbewilligung EU/EFTA.
A.c. Mit Verfügung vom 7. November 2016 wies das Migrationsamt das Gesuch vom 29. Februar 2016 ab und wies A._ aus dem zürcherischen Kantonsgebiet weg.
B.
Mit an das Migrationsamt gerichtetem Schreiben vom 18. November 2016 beantragte A._ in der Hauptsache die Gutheissung des Gesuchs vom 17. Juni 2016 um Erteilung einer Aufenthaltsbewilligung EU/EFTA. Das Migrationsamt leitete diese Eingabe als Rekurs an die Sicherheitsdirektion weiter.
Am 9. Dezember 2016 erhob A._ bei der Sicherheitsdirektion Rekurs gegen die Verfügung vom 7. November 2016 und beantragte, die Verfügung vom 7. November 2016 sei aufzuheben, eventualiter sei festzustellen, dass das Gesuch vom 29. Februar 2016 um Kantonswechsel gegenstandslos sei; das Migrationsamt sei anzuweisen, ihm eine Aufenthaltsbewilligung EU/EFTA zu erteilen, eventualiter sei das Migrationsamt anzuweisen, über das Gesuch um Erteilung einer Aufenthaltsbewilligung EU/EFTA zu entscheiden (<ref-law>).
Mit Entscheid vom 25. April 2017 vereinigte die Sicherheitsdirektion die beiden Rekurse und wies sie ab, soweit darauf eingetreten wurde und sie nicht gegenstandslos geworden waren.
C.
Am 2. Juni 2017 erhob A._ Beschwerde beim Verwaltungsgericht des Kantons Zürich und beantragte, der Rekursentscheid und die Ausgangsverfügung vom 7. November 2016 seien aufzuheben und das Migrationsamt sei anzuweisen, ihm eine Aufenthaltsbewilligung EU/EFTA zu erteilen, eventualiter sein Gesuch vom 17. Juni 2016 materiell zu behandeln; subeventualiter sei die Sache an die Vorinstanz zurückzuweisen, subsubeventualiter sei ihm eine Frist von mindestens 30 Tagen anzusetzen um die Beschwerdebegründung betreffend Anspruch auf eine Aufenthaltsbewilligung EU/EFTA zu ergänzen.
Mit Urteil vom 20. September 2017 wies das Verwaltungsgericht die Beschwerde ab, soweit es darauf eintrat. In der Begründung erwog es, entgegen der Darstellung des Beschwerdeführers habe das Migrationsamt das Gesuch um Erteilung einer Aufenthaltsbewilligung EU/EFTA materiell behandelt. Auch die Sicherheitsdirektion habe sich hinreichend mit den Vorbringen des Beschwerdeführers betreffend Aufenthaltsbewilligung EU/EFTA auseinandergesetzt; und das Dispositiv des Rekursentscheids, wonach beide Rekurse abgewiesen würden, sei nicht unklar. Der Beschwerdeführer lege im Beschwerdeverfahren nicht dar, weshalb der Schluss von Migrationsamt und Sicherheitsdirektion, ihm sei keine Aufenthaltsbewilligung zu erteilen, rechtsfehlerhaft sein solle. Eine Nachfrist zur Beschwerdebegründung gemäss § 23 Abs. 2 i.V.m. § 79 des Verwaltungsrechtspflegegesetzes vom 24. Mai 1959 (VRG) sei nach ständiger Rechtsprechung nicht anzusetzen, wenn eine rechtskundig vertretene Partei ihre Anträge nicht begründe. Weil es hinsichtlich der beantragten Erteilung einer Aufenthaltsbewilligung EU/EFTA an einer Begründung fehle, sei insofern nicht auf die Beschwerde einzutreten.
D.
A._ erhebt mit Eingabe vom 30. Oktober 2017 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht mit dem Antrag, das angefochtene Urteil des Verwaltungsgerichts sei aufzuheben und das Migrationsamt sei anzuweisen, ihm eine Aufenthaltsbewilligung EU/EFTA zu erteilen; eventualiter sei das Migrationsamt anzuweisen, über das Gesuch vom 17. Juni 2016 um Erteilung einer Aufenthaltsbewilligung EU/EFTA materiell zu entscheiden und förmlich darüber zu verfügen; subeventualiter sei die Sache im Sinne der Erwägungen an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Das Bundesgericht hat die Akten, aber keine Vernehmlassungen eingeholt.

Erwägungen:
1.
1.1. Gegen den kantonal letztinstanzlichen Endentscheid in einer Angelegenheit des öffentlichen Rechts ist die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten grundsätzlich zulässig (Art. 82 lit. a, Art. 86 Abs. 1 lit. d und Art. 90 BGG). Unzulässig ist sie in Bezug auf den mit dem Gesuch vom 26./29. Februar 2016 ursprünglich beantragten Kantonswechsel (<ref-law>), der indessen vor Bundesgericht gar nicht mehr beantragt wird. In Bezug auf die streitgegenständliche Aufenthaltsbewilligung EU/EFTA ist die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten zulässig, da der Beschwerdeführer als Ehemann einer in der Schweiz aufenthaltsberechtigten Deutschen darauf grundsätzlich einen Anspruch hat (<ref-law> i.V.m. Art. 3 Anhang I FZA [SR 0.142.112. 681]).
1.2. Gegenstand vor Bundesgericht kann aber nur sein, worüber die Vorinstanz entschieden hat (<ref-law>). Der Streitgegenstand kann vor Bundesgericht nicht ausgedehnt (plus) oder geändert (aliud), sondern nur eingeschränkt (minus) werden (<ref-law>; <ref-ruling> E. 3.4.2 S. 365). Ist die Vorinstanz auf eine bei ihr erhobene Beschwerde nicht eingetreten und hat sie auch nicht im Sinne einer Eventualbegründung die Sache materiell beurteilt, so ist Streitgegenstand vor Bundesgericht nur die Frage, ob die Vorinstanz zu Recht auf die Beschwerde nicht eingetreten ist (<ref-ruling> E. 3.2 S. 235 f.).
2.
2.1. Das Bundesgericht prüft frei und von Amtes wegen die richtige Anwendung des Bundesrechts und des Völkerrechts (Art. 95 lit. a und b sowie <ref-law>). Ferner kann die Verletzung kantonaler verfassungsmässiger Rechte oder kantonaler Bestimmungen über die politische Stimmberechtigung gerügt werden (Art. 95 lit. c und d BGG). Abgesehen von diesen Fällen kann die Verletzung kantonalen Rechts nicht als solche gerügt werden; zulässig ist nur die Rüge, die Anwendung kantonalen Rechts führe zu einer Bundesrechtsverletzung, namentlich, indem kantonales Recht willkürlich angewendet wurde (vgl. <ref-ruling> E. 2 S. 149 f.; <ref-ruling> E. 1.2 S. 145; <ref-ruling> E. 4.2.2 S. 158; <ref-ruling>).
2.2. Der angefochtene Entscheid beruht auch auf kantonalem (Verfahrens-) Recht, nämlich auf dem Verwaltungsrechtspflegegesetz des Kantons Zürich vom 24. Mai 1959 (VRG). Dessen Auslegung und Anwendung kann das Bundesgericht ebenfalls nicht frei überprüfen, handelt es sich dabei doch nicht um schweizerisches Recht im Sinne von <ref-law>. Indessen kann gerügt werden, das kantonale Verfahrensrecht sei willkürlich oder sonst wie in gegen verfassungsmässige Rechte verstossender Weise gehandhabt worden, welche Rügen spezifischer Geltendmachung und Begründung bedürfen (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1.3 S. 41).
2.3. Mit Blick auf <ref-law> ist ferner zu beachten, dass mindestens eine gerichtliche Instanz im Kanton das Recht von Amtes wegen anzuwenden hat. Das schliesst nicht aus, dass in einer mit <ref-law> vergleichbaren Weise gewisse Anforderungen an die Begründung von Rechtsmitteln gestellt werden. Eine eigentliche Rügepflicht, wie sie vor Bundesgericht in bestimmten Fällen gilt (<ref-law>), ist im kantonalen Verfahren zwar unzulässig, wenn, wie in Zürich, das Verwaltungsgericht als einzige gerichtliche Instanz entscheidet (<ref-ruling> E. 6.5 S. 314 f.). Hingegen kann das kantonale Verfahrensrecht als Eintretensvoraussetzung verlangen, dass eine genügende Beschwerdebegründung vorliegt (<ref-ruling> ebenda, Urteile 2C_686/2017 vom 17. August 2017 E. 3.2;, 2C_148/2013 vom 2. Mai 2013 E. 3 und 4; 2C_354/2009 vom 30. Juni 2010 E. 4.3/4.4).
2.4. Vor der Vorinstanz hatte der Beschwerdeführer in erster Linie gerügt, das Migrationsamt habe mit seiner Verfügung vom 7. November 2016 einzig über das Gesuch vom 29. Februar 2016 betreffend Kantonswechsel entschieden, aber nicht über sein Gesuch vom 17. Juni 2016 um Erteilung einer Aufenthaltsbewilligung EU/EFTA. Die Vorinstanz ist dieser Betrachtung nicht gefolgt und ist davon ausgegangen, sowohl das Migrationsamt als auch die Sicherheitsdirektion hätten über die Aufenthaltsbewilligung EU/EFTA entschieden. Auf dieser Prämisse hat es die Beschwerde des Beschwerdeführers als Antrag auf Erteilung einer Aufenthaltsbewilligung EU/EFTA entgegen genommen, ist aber darauf mangels Begründung nicht eingetreten. Streitgegenstand vor Bundesgericht ist somit in erster Linie, ob die Vorinstanz zu Recht angenommen hat, dass Migrationsamt und Sicherheitsdirektion über die Aufenthaltsbewilligung EU/EFTA materiell entschieden haben (hinten E. 3). Ist dies zu verneinen, wäre die Sache zur materiellen Beurteilung dieses Bewilligungsanspruchs an das Migrationsamt oder allenfalls die Sicherheitsdirektion zurückzuweisen. Ist der Betrachtungsweise des Verwaltungsgerichts zu folgen, ist in zweiter Linie zu prüfen, ob dieses zu Recht in Bezug auf die beantragte Erteilung der Bewilligung EU/EFTA auf die Beschwerde mangels Begründung nicht eingetreten ist (hinten E. 4). So oder anders kann vor Bundesgericht nicht materiell über die Aufenthaltsbewilligung EU/EFTA entschieden werden, da sich die Vorinstanz dazu auch nicht im Sinne einer Eventualbegründung geäussert hat (vgl. vorne E. 1.2). Auf den Beschwerdeantrag Ziff. 2 kann somit nicht eingetreten werden. Nicht einzugehen ist demzufolge auf die Ausführungen in der Beschwerde, die sich inhaltlich mit dem Anspruch auf Bewilligung beziehen und in diesem Zusammenhang eine Verletzung des Untersuchungsgrundsatzes durch das Migrationsamt oder die Sicherheitsdirektion gerügt wird.
3.
3.1. Die Vorinstanz hat erwogen, das Migrationsamt habe sich in den Erwägungen seiner Verfügung vom 7. November 2016 auch mit der Frage auseinandergesetzt, ob der Beschwerdeführer Anspruch auf eine Aufenthaltsbewilligung EU/EFTA habe, und dies verneint. Der Beschwerdeführer habe sein Gesuch vom 17. Juni 2016 zur Präzisierung des Gegenstands des vorliegenden Verfahrens gestellt, so dass das Migrationsamt zu Recht davon ausgegangen sei, es sei nur über ein Verfahren, nämlich das mit Gesuch vom 26./29. Februar 2016 eingeleitete, zu entscheiden. Auch die Sicherheitsdirektion habe sich damit materiell auseinandergesetzt.
3.2. Der Beschwerdeführer macht selber geltend, er habe mit seiner Eingabe vom 17. Juni 2016 den Streitgegenstand dahingehend präzisiert, dass nach seiner Eheschliessung nur noch über die Erteilung einer Aufenthaltsbewilligung EU/EFTA zu entscheiden sei, weil Art. 37 AuG über den Kantonswechsel bei Personen, die sich auf das FZA berufen können, nicht zur Anwendung komme. Er war offensichtlich selber der Meinung, dass nunmehr nur noch über die Aufenthaltsbewilligung EU/EFTA zu befinden sei. Er ist jedoch der Auffassung, mit der Verfügung vom 7. November 2016 sei nur über den Kantonswechsel entschieden worden, nicht aber über den Aufenthaltsanspruch gemäss FZA. Er bezieht sich dafür auf das Dispositiv der Verfügung vom 7. November 2016, welches nur das Gesuch vom 29. Februar 2016 nenne, nicht dasjenige vom 17. Juni 2016. Diese Formulierung kann aber nicht ausschlaggebend sein, nachdem der Beschwerdeführer selber mit seiner Eingabe vom 17. Juni 2016 nicht ein neues Gesuch gestellt, sondern das bisherige präzisiert hatte (vgl. vorne lit. A.b). Jedenfalls hat sich das Migrationsamt gemäss den Feststellungen der Vorinstanz in den Erwägungen der Verfügung mit dem Aufenthaltsanspruch nach FZA auseinander gesetzt, was der Beschwerdeführer nicht in Frage stellt. Er hat zwar am 18. November 2016 beim Migrationsamt den Antrag gestellt, das Gesuch vom 17. Juni 2016 sei gutzuheissen, und dies damit begründet, mit der Verfügung vom 7. November 2016 sei darüber noch nicht entschieden worden. Nachdem das Migrationsamt diese Eingabe als Rekurs an die Sicherheitsdirektion überwiesen hatte, hat er aber selber am 9. Dezember 2016 ebenfalls Rekurs erhoben und darin primär beantragt, das Migrationsamt sei anzuweisen, ihm eine Aufenthaltsbewilligung zu erteilen; nur eventualiter beantragte er, das Migrationsamt sei anzuweisen, über das Gesuch um Erteilung einer Aufenthaltsbewilligung EU/EFTA zu entscheiden. Nach Treu und Glauben sind sowohl die Verfügung des Migrationsamtes als auch das Verhalten des Beschwerdeführers so zu verstehen, dass der Anspruch auf Aufenthaltsbewilligung EU/EFTA Streitgegenstand des Rekursverfahrens vor der Sicherheitsdirektion war. Diese hat sich denn in ihrem Entscheid auch ausführlich zum Anspruch gemäss Art. 3 Anhang I FZA sowie zu den möglichen Einschränkungen dieses Anspruchs gemäss Art. 5 FZA geäussert.
3.3. Nicht ersichtlich ist, inwiefern mit diesem Vorgehen der völkerrechtliche Anspruch auf Erteilung einer Aufenthaltsbewilligung EU/EFTA vereitelt würde, wie der Beschwerdeführer vorbringt: Er hatte sowohl im Verfahren vor dem Migrationsamt als auch im Rekursverfahren vor der Sicherheitsdirektion die Gelegenheit, sich materiell zum FZA-rechtlichen Anspruch zu äussern. Die Rüge des Beschwerdeführers, das Migrationsamt bzw. die Sicherheitsdirektion hätten den Untersuchungsgrundsatz verletzt, betrifft nicht die Frage, ob der Aufenthaltsanspruch Streitgegenstand im Rekursverfahren war, sondern die Frage, ob dieser Streitgegenstand richtig beurteilt wurde. Dasselbe gilt für die Kritik des Beschwerdeführers, eine Aufenthaltsbewilligung gemäss FZA gelte für die ganze Schweiz, weshalb sich die Frage, ob das FZA dem Beschwerdeführer einen Anspruch auf Aufenthalt im Kanton Zürich verschaffe, gar nicht stellen könne.
4.
Ist somit die Vorinstanz mit Recht davon ausgegangen, dass die Aufenthaltsbewilligung EU/EFTA Streitgegenstand im Rekursverfahren gebildet hatte, ist weiter zu prüfen, ob sie insoweit mit Recht auf die Beschwerde mangels Begründung nicht eingetreten ist.
4.1. Nach § 23 Abs. 1 i.V.m. § 70 VRG/ZH muss die Beschwerde an das Verwaltungsgericht einen Antrag und eine Begründung enthalten. Nach § 23 Abs. 2 wird dem Rekurrenten eine kurze Nachfrist zur Behebung des Mangels angesetzt, wenn die Schrift diesen Erfordernissen nicht genügt. Nach ständiger Praxis der zürcherischen Behörden wird aber rechtskundigen oder rechtskundig vertretenen Beschwerdeführenden selbst bei gänzlich fehlendem Antrag und/oder Begründung keine Nachfrist angesetzt, weil es nicht angehe, dass sie sich mittels Verzicht auf Antrag oder Begründung eine Erstreckung der Beschwerdefrist verschaffen. Diese Praxis wurde vom Bundesgericht mehrfach als verfassungskonform erachtet (<ref-ruling> E. 3 S. 211 f.; zuletzt bestätigt in Urteil 2C_526/2017 vom 21. November 2017 E. 2.3).
4.2. Die Vorinstanz hat erwogen, der Beschwerdeführer habe im Beschwerdeverfahren nicht dargelegt, weshalb der Schluss von Migrationsamt und Sicherheitsdirektion, ihm sei keine Aufenthaltsbewilligung zu erteilen, rechtsfehlerhaft sein soll. Eine Nachfrist sei dem rechtskundig vertretenen Beschwerdeführer nicht einzuräumen.
4.3. Der Beschwerdeführer lässt offen, ob ihm zu Unrecht keine Nachfrist zur Beschwerdeergänzung eingeräumt wurde; denn jedenfalls habe er entgegen der Auffassung der Vorinstanz in seiner Beschwerde an das Verwaltungsgericht rechtsgenüglich dargelegt, inwiefern die Nichterteilung der Aufenthaltsbewilligung EU/EFTA rechtsfehlerhaft sei.
4.4. In seiner Beschwerde vom 2. Juni 2017 an das Verwaltungsgericht hatte der Beschwerdeführer in Ziff. 9 ausgeführt, er halte an seiner Rüge fest, dass Migrationsamt und Sicherheitsdirektion den Untersuchungsgrundsatz und den Gehörsanspruch verletzt hätten.
4.4.1. In Ziff. 9.1/9.2 präzisierte er, das Migrationsamt habe ihm mit der Zwischenverfügung vom 23. August 2016 nicht in Aussicht gestellt, das Gesuch um Erteilung der Aufenthaltsbewilligung EU/EFTA abzuweisen, sondern nur das Gesuch um den Kantonswechsel. Es habe ihm daher auch nicht Gelegenheit gegeben, sich zu einer allfälligen Abweisung des Gesuchs um Aufenthaltsbewilligung EU/EFTA zu äussern. Diese Ausführungen standen im Zusammenhang mit seiner Kritik, das Migrationsamt habe nicht über die Aufenthaltsbewilligung EU/EFTA entschieden; sie enthielten aber keine materiellrechtliche Begründung zu der von der Sicherheitsdirektion vorgenommenen Beurteilung des FZA-rechtlichen Anspruchs.
4.4.2. In Ziff. 9.3/9.4 führte der Beschwerdeführer sodann aus, das Migrationsamt habe es unterlassen, sich bei den Strafvollzugsbehörden nach seinem Vollzugsverhalten zu erkundigen, was eine Verletzung der Untersuchungspflicht darstelle. Die Sicherheitsdirektion ihrerseits habe in ihrem Rekursentscheid S. 7 ausgeführt, es habe keine Veranlassung bestanden, weitere Akten aus dem Strafvollzug beizuziehen, dies aber nicht weiter begründet. Indessen hat sich die Sicherheitsdirektion in der Folge (S. 11 ff.) materiell mit dem Bewilligungsanspruch nach FZA ausführlich auseinandergesetzt und einlässlich dargelegt, der Beschwerdeführer sei wiederholt mit dem Gesetz in Konflikt geraten, habe sich namentlich in grossem Stil am Drogenhandel beteiligt und eine erhebliche Rücksichtslosigkeit an den Tag gelegt. Weder die mehrfachen Veurteilungen noch die ausländerrechtlichen Verwarnungen noch die Geburt seines Sohnes hätten ihn von neuen Straftaten abgehalten. Insgesamt müsse von einer erheblichen Rückfallgefahr ausgegangen werden. Angesichts dieser ausführlichen Begründung des Rekursentscheids, dass auch im Lichte des FZA kein Anspruch auf Bewilligung bestehe, kann der blosse Hinweis in der Verwaltungsgerichtsbeschwerde, die Sicherheitsdirektion habe nicht näher begründet, weshalb sie keine Strafvollzugsakten beigezogen habe, offensichtlich nicht als rechtsgenügliche Begründung des Antrags auf Erteilung einer Aufenthaltsbewilligung EU/EFTA betrachtet werden. Dem anwaltlich vertretenen Beschwerdeführer musste klar sein, dass mit dem Entscheid der Sicherheitsdirektion materiell über die beantragte Bewilligung EU/EFTA entschieden wurde, und er wäre in der Lage gewesen, sich mit den dafür massgeblichen Entscheidgründen der Rekursinstanz auseinanderzusetzen (vgl. zit. Urteil 2C_286/2017 E. 3.3).
4.5. Die Vorinstanz durfte damit willkürfrei davon ausgehen, dass es hinsichtlich des Antrags auf Erteilung einer Aufentaltsbewilligung EU/EFTA an einer Begründung fehle. Da sie zulässigerweise keine Nachfrist zur Begründung angesetzt hat (vorne E. 4.1), ist das Nichteintreten auf diesen Antrag nicht zu beanstanden.
5.
Die Beschwerde ist somit abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Der Beschwerdeführer wird kostenpflichtig (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3.
Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten, dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 4. Abteilung, und dem Staatssekretariat für Migration schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 19. Februar 2018
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Seiler
Der Gerichtsschreiber: Klopfenstein