Sachverhalt:
A.
A. und B. C._ sind Eigentümer der Liegenschaft Nr. 2012 im Grundbuch Weinfelden. Auf der benachbarten Liegenschaft Nr. 3602 befindet sich das Mehrfamilienhaus der Stockwerkeigentümergemeinschaft X._strasse "...". Seit Jahren bestehen Konflikte betreffend Pflanzungen im gemeinsamen Grenzbereich. Im Frühling 2015 errichteten A. und B. C._ entlang der Parzellengrenze eine 15 m lange und 1.8 m hohe Holzwand als Sichtschutz. Die Verfahrensbeteiligten ersuchten darauf beim Bauamt der Gemeinde Weinfelden um Prüfung der Zulässigkeit der Bauten und Pflanzungen entlang der Grenze. Mit Schreiben vom 24. September 2015 erläuterten A. und B. C._ gegenüber der Flurkommission der Gemeinde Weinfelden die Umstände der Entstehung der Holzwand. Gleichzeitig beanstandeten sie die Holzpalisaden auf dem Nachbargrundstück. Nach entsprechender Aufforderung durch das Bauamt reichten A. und B. C._ am 4. Februar 2016 ein Baugesuch für ihre Holzwand ein. Mit Entscheid vom 12. Juli 2016 hiess der Gemeinderat Weinfelden die dagegen erhobenen Einsprachen gut und verweigerte die nachträgliche Baubewilligung.
A. und B. C._ erhoben am 9. August 2016 beim Departement für Bau und Umwelt des Kantons Thurgau (DBU) Rekurs. Am 25. Oktober 2016 widerrief der Gemeinderat seine früheren Entscheide in der Sache und überwies diese an die Flurkommission der Gemeinde Weinfelden, worauf das DBU das Verfahren abschrieb. Die Flurkommission besteht aus sechs Mitgliedern, die sämtliche auch dem Gemeinderat angehören und deren fünf für die Behandlung der vorliegenden Angelegenheit vorgesehen sind. Mit Schreiben vom 8. September 2016 stellten A. und B. C._ ein Ausstandsbegehren gegen diese fünf Personen und verlangten die Beurteilung durch eine Ersatzbehörde. Im Anschluss überwies die Flurkommission das Begehren dem Departement für Inneres und Volkswirtschaft des Kantons Thurgau (DIV), welches dieses am 18. April 2017 abwies. Gleichzeitig stellte es fest, bei der Holzwand handle es sich um eine Anlage im Sinne des Planungs- und Baugesetzes vom 21. Dezember 2011 (PBG; RB 700), auf welche die Bestimmungen und das Verfahren des Baurechts und nicht die nachbarrechtlichen Bestimmungen des Gesetzes über Flur und Garten (FlGG; RB 913.1) Anwendung finden würden. Weiter wies das DIV die Flurkommission an, die Begehren zu prüfen, sofern sich diese nicht auf nachbarrechtliche Bestimmungen des ZGB stützen würden und soweit sie Pflanzungen und Anlagen, die nicht baurechtlichen Vorschriften unterliegen, betreffen würden.
B.
Am 8. Mai 2017 erhoben A. und B. C._ beim Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau Beschwerde gegen den Entscheid des DIV. Neben dessen Aufhebung beantragten sie, das DIV sei anzuweisen, eine Ersatzbehörde für die Flurkommission zu ernennen. Mit Entscheid vom 11. Oktober 2017 wies das Verwaltungsgericht die Beschwerde ab.
C.
Mit Eingabe vom 29. November 2017 führen die Beschwerdeführer Verfassungsbeschwerde an das Bundesgericht mit dem Antrag, den Entscheid des Verwaltungsgerichts aufzuheben und die Sache zur Neubeurteilung an dieses zurückzuweisen.
Das Verwaltungsgericht und die D._ GmbH - ein Mitglied der Stockwerkeigentümergemeinschaft X._strasse "..." - schliessen auf Abweisung der Beschwerde. Das DIV und sinngemäss auch die Flurkommission beantragen, diese sei abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei.
Die Beschwerdeführer halten in ihrer Replik an den erwähnten Anträgen fest.

Erwägungen:
1.
Das Bundesgericht prüft von Amtes wegen und mit freier Kognition, ob und inwieweit auf ein Rechtsmittel eingetreten werden kann (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1 S. 438).
1.1. Angefochten ist ein selbständig eröffneter, kantonal letztinstanzlicher Zwischenentscheid. Gegen solche ist die Beschwerde zulässig, wenn sie die Zuständigkeit oder Ausstandsbegehren betreffen (<ref-law>). Abgesehen von vorliegend nicht interessierenden Ausnahmen (vgl. <ref-law>) können sie darüber hinaus gemäss <ref-law> nur mit Beschwerde angefochten werden, wenn der Entscheid einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken kann (lit. a), oder wenn die Gutheissung der Beschwerde sofort einen Endentscheid herbeiführen und damit einen bedeutenden Aufwand an Zeit und Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren ersparen würde (lit. b). Ein Nachteil in diesem Sinne ist rechtlicher Natur und auch mit einem für die Beschwerde führende Partei günstigen Endentscheid nicht oder nicht vollständig behebbar (<ref-ruling> E. 3.6 S. 326 mit Hinweisen). Die Einschränkung der Anfechtbarkeit von Zwischenentscheiden bezweckt, dass sich das Bundesgericht möglichst nur einmal mit der gleichen Sache zu befassen hat (<ref-ruling> E. 2.1 S. 45 mit Hinweisen). Das Bundesgericht verzichtet allerdings bei Beschwerden wegen formeller Rechtsverweigerung grundsätzlich auf das Erfordernis eines nicht wieder gutzumachenden Nachteils im Sinne von <ref-law> (<ref-ruling> E. 1.1 S. 261).
1.2. Soweit die Beschwerde sich gegen die Abweisung des Ausstandsbegehrens richtet, ist sie ohne Weiteres zulässig. Entgegen der Auffassung der Vorinstanz beschränkt sich der Streitgegenstand jedoch nicht ausschliesslich auf die Frage der Voreingenommenheit. So beantragten die Beschwerdeführer vor dieser die Aufhebung des gesamten Entscheids des DIV und damit auch der Feststellung bezüglich der Holzwand und der Anweisung an die Flurkommission über die Prüfung der Begehren. Folglich fochten sie die betreffenden Punkte mit an und die Vorinstanz hätte diese materiell behandeln müssen und nicht nur im Sinne eines obiter dictums darauf eingehen dürfen. Für die Zulässigkeit der Beschwerde an das Bundesgericht lässt sich daraus jedoch nichts ableiten. Eine formelle Rechtsverweigerung stellt das Vorgehen der Vorinstanz nicht dar, da die Vorinstanz zu den fraglichen Punkten Stellung genommen hat. Zudem ist der angefochtene Entscheid auch insoweit ein Zwischenentscheid und nicht etwa ein selbständig anfechtbarer Teilentscheid im Sinne von <ref-law>. Weshalb die Beschwerde dagegen ausnahmsweise zulässig sein sollte, ist weder ersichtlich noch dargetan. Der Entscheid des DIV betrifft zwar die Zuständigkeiten, trifft jedoch nur allgemeine Anordnungen. Die Flurkommission hat sich mit Blick auf die konkret zu beurteilenden Fragen noch gar nicht zu ihrer Zuständigkeit geäussert und demzufolge auch keinen Sachentscheid gefällt. Aus diesen Gründen handelt es sich nicht um einen Zwischenentscheid über die Zuständigkeit im Sinne von <ref-law> (vgl. <ref-ruling> E. 1.3 S. 559 mit Hinweis).
Über die Ausstandsfrage hinaus kann der angefochtene Entscheid ferner keine Nachteile im Sinne von <ref-law> bewirken und von der Gutheissung der Beschwerde dagegen hängt auch nicht die Durchführung eines weitläufigen Beweisverfahrens ab. In diesen Punkten ist die Beschwerde folglich nicht zulässig und auf sie nicht einzutreten. Die betreffenden Ausführungen haben unbeachtet zu bleiben. Der angefochtene Zwischenentscheid kann diesbezüglich jedoch trotz des vorliegenden Nichteintretens mit Beschwerde gegen den Endentscheid angefochten werden, soweit er sich auf dessen Inhalt auswirkt (vgl. <ref-law>; Urteil 4A_79/2014 vom 15. Oktober 2014 E. 2.4.2). Durch die eingeschränkte Anfechtbarkeit des Zwischenentscheids entgeht den Beschwerdeführern kein Rechtsschutz.
1.3. Nach dem Grundsatz der Einheit des Verfahrens sind Zwischenentscheide mit dem in der Hauptsache zulässigen Rechtsmittel anzufechten (<ref-ruling> E. 3 S. 144 mit Hinweisen). Dem angefochtenen Entscheid liegt eine Streitigkeit zwischen den Eigentümern von zwei benachbarten Liegenschaften betreffend einen Holzzaun und weitere Bauten und Pflanzungen entlang der Grundstücksgrenze zugrunde. Soweit ersichtlich berufen sich die Parteien nicht auf die nachbarrechtlichen Bestimmungen des ZGB und auch die involvierten Behörden ziehen deren Anwendung nicht in Betracht. Daher handelt es sich um eine Angelegenheit des öffentlichen Rechts. Der angefochtene Entscheid fällt unter keinen Ausschlussgrund nach <ref-law> und die Beschwerdeführer sind gemäss <ref-law> zur Beschwerde befugt. Sie berufen sich auf Verletzungen von Bundesrecht (Art. 8 f., 29 und 30 Abs. 1 BV) und Völkerrecht (Art. 6 Ziff. 1 EMRK), was mit der Beschwerde in öfffentlich-rechtlichen Angelegenheiten gerügt werden kann (<ref-law>). Hinsichtlich der Verletzung von Grundrechten, insbesondere des Willkürverbots, gilt allerdings eine qualifizierte Rügepflicht (<ref-law>; vgl. <ref-ruling> E. 1.6 S. 280 f. mit Hinweisen). Auf appellatorische (allein das bereits Vorgebrachte wiederholende) Kritik am angefochtenen Urteil tritt das Bundesgericht nicht ein (<ref-ruling> E. 6.3 S. 375 mit Hinweisen). Soweit die Beschwerde diesen Anforderungen und den übrigen Sachurteilsvoraussetzungen, namentlich der Begründungspflicht gemäss <ref-law> genügt, ist folglich auf diese einzutreten. Da sich die Beschwerde gemäss <ref-law> als zulässig erweist, ist das Rechtsmittel entgegen dessen Bezeichnung als Verfassungsbeschwerde als Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten entgegen zu nehmen (vgl. <ref-law>).
2.
2.1. Die Beschwerdeführer rügen, die Vorinstanz habe den Sachverhalt willkürlich festgestellt und dadurch gleichzeitig ihren Anspruch auf rechtliches Gehör verletzt. Aufgrund der Fehler in der Sachverhaltsfeststellung sei diese auf bestimmte Rügen nicht eingegangen. Infolge dessen würden wiederum diejenigen Gemeinderatsmitglieder über die Sache entscheiden, die das baurechtliche Verfahren einseitig gegen sie geführt hätten.
2.2. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den vorinstanzlich festgestellten Sachverhalt zugrunde (<ref-law>), den es nur berichtigen oder ergänzen kann, wenn er offensichtlich unrichtig, d.h. willkürlich ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (Art. 97 Abs. 1 und Art. 105 Abs. 2 BGG; <ref-ruling> E. 4.2 S. 234 mit Hinweisen). Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn sie in diesem Sinne qualifiziert fehlerhaft ist und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law>).
Die aus dem Anspruch auf rechtliches Gehör (<ref-law>) fliessende grundsätzliche Pflicht der Behörde, ihren Entscheid zu begründen, bedeutet nicht, dass sie sich mit jeder tatbeständlichen Behauptung und jedem rechtlichen Einwand auseinandersetzen muss. Vielmehr kann sie sich auf die für den Entscheid wesentlichen Punkte beschränken. Der Bürger soll wissen, warum die Behörde entgegen seinem Antrag entschieden hat, damit er gegebenenfalls den Entscheid sachgerecht anfechten kann (<ref-ruling> E. 9.2 S. 65; <ref-ruling> E. 4.1 S. 88; <ref-ruling> E. 3.1 S. 277; je mit Hinweisen).
2.3. Soweit die Sachverhalts- und Gehörsverletzungsrügen der Beschwerdeführer den Ausstand betreffen und die qualifizierten Rügeanforderungen überhaupt erfüllen, sind sie unbegründet. Die Vorinstanz hat die in dieser Hinsicht relevanten tatsächlichen Feststellungen im angefochtenen Entscheid mit genügender Bestimmtheit und zutreffend dargestellt. Der Entscheid entspricht auch den dargelegten Erfordernissen an die Begründungspflicht. Die Vorinstanz hat sich mit den wesentlichen Einwänden der Beschwerdeführer in hinreichender Weise auseinandergesetzt, sodass sie in der Lage waren, diesen sachgerecht anzufechten.
3.
3.1. Die Beschwerdeführer bringen vor, der Ausgang des Verfahrens vor der Flurkommission sei nicht mehr offen. Mehrere Umstände würden den Anschein erwecken, diese sei ihnen gegenüber befangen. Indem der vorinstanzliche Entscheid das Vorliegen von Ausstandsgründen verneine, verletze er Art. 29 und 30 Abs. 1 BV und Art. 6 Ziff. 1 EMRK.
3.2. Nach <ref-law> und Art. 6 Ziff. 1 EMRK hat jede Person Anspruch darauf, dass ihre Sache von einem durch Gesetz geschaffenen, zuständigen, unabhängigen und unparteiischen Gericht ohne Einwirken sachfremder Umstände entschieden wird. Es muss gewährleistet sein, dass der Prozess aus Sicht aller Beteiligten als offen erscheint. Eine gewisse Besorgnis der Voreingenommenheit und damit Misstrauen in das Gericht kann bei den Parteien immer dann entstehen, wenn einzelne Gerichtspersonen in einem früheren Verfahren mit der konkreten Streitsache schon einmal befasst waren (vgl. zum Ganzen <ref-ruling> E. 5.1 S. 328 f. mit Hinweisen). Nach ständiger Rechtsprechung stellt der Umstand, dass ein Gericht schon einmal in gleicher Besetzung über die Streitsache entschieden hat, über die es nach Rückweisung der Sache durch die Rechtsmittelinstanz wiederum urteilen muss, grundsätzlich keinen Befangenheitsgrund dar (<ref-ruling> E. 3.1 S. 74 mit Hinweisen). Ein Ausstandsgrund besteht nur unter besonderen Umständen, namentlich wenn aufgrund des früheren Verhaltens oder von Äusserungen eines Richters davon ausgegangen werden muss, dass er nicht in der Lage sein werde, seine ursprüngliche Auffassung zu revidieren (<ref-ruling> E. 2.3 S. 146; Urteil 1C_593/2015 vom 25. Mai 2016 E. 2.3). Dabei begründen fehlerhafte Verfügungen und Verfahrenshandlungen für sich keinen Anschein der Voreingenommenheit. Anders verhält es sich, wenn besonders krasse oder wiederholte Irrtümer vorliegen, die eine schwere Verletzung der Amtspflichten darstellen (<ref-ruling> E. 3.2 S. 74 f.).
Auf nichtgerichtliche Behörden - wie hier die Mitglieder des Gemeinderates und der Flurkommission - kommen <ref-law> und Art. 6 Ziff. 1 EMRK nicht zur Anwendung. Hingegen gewährleistet <ref-law> den Anspruch auf gleiche und gerechte Behandlung; das Gebot der Unbefangenheit bildet einen Teilgehalt dieses Grundrechts. Im Kern der Garantie der Unbefangenheit steht für Richter wie Verwaltungsbeamte, dass sie sich in Bezug auf die Beurteilung des Sachverhalts nicht bereits festgelegt haben. Die für Gerichte geltenden Anforderungen an die Unbefangenheit können allerdings nicht unbesehen auf das Verwaltungsverfahren übertragen werden. Gerade die systembedingten Unzulänglichkeiten des verwaltungsinternen Verfahrens haben zur Schaffung unabhängiger richterlicher Instanzen geführt. Bei Exekutivbehörden ist dabei zu berücksichtigen, dass ihr Amt mit einer sachbedingten Kumulation verschiedener, auch politischer Aufgaben einhergeht. Regierungsbehörden sind aufgrund ihres Amtes, anders als ein Gericht, nicht allein zur (neutralen) Rechtsanwendung oder Streitentscheidung berufen. Sie tragen zugleich eine besondere Verantwortung zur Erfüllung bestimmter öffentlicher Aufgaben. Liegt die amtliche Mehrfachbefassung damit im öffentlichen Interesse und ist sie in diesem Sinne systembedingt, so liegt nicht bereits darin eine unzulässige Vorbefassung. Ob eine systembedingt vorbefasste Amtsperson tatsächlich voreingenommen erscheint, entscheidet sich nach den konkreten Umständen des Einzelfalls (vgl. <ref-ruling> E. 5.2 S. 329 f. mit Hinweisen; Urteil 1C_477/2016 vom 16. August 2017 E. 3.1).
3.3. Gemäss § 1 FlGG bestellt die Politische Gemeinde eine Flurkommission, als welche der Gemeinderat amtet, sofern er seine Befugnisse nicht einer besonderen Flurkommission überträgt, welche aus einem Präsidenten oder einer Präsidentin, mindestens zwei weiteren Mitgliedern sowie zwei Ersatzmitgliedern zu bestehen hat. Art. 43 der Gemeindeordnung der Politischen Gemeinde Weinfelden vom 10. Mai 2000 bestimmt, dass der Gemeinderat eine selbständig entscheidende Flurkommission wählt, die aus fünf Mitgliedern besteht. Die kommunale entspricht also der kantonalen Regelung. Wenn - wie vorliegend - unklar ist, in den Zuständigkeitsbereich welcher dieser zwei Behörden eine Sache fällt, sind Mehrfachbefassungen somit ohne Weiteres systembedingt.
Die vorliegende Konstellation ist mit einem Rückweisungsentscheid vergleichbar. So entscheidet eine Behörde, die schon einmal in ähnlicher Besetzung über eine Streitsache entschieden hat, wiederum über dieselbe Angelegenheit. Ob es aufgrund einer Wiedererwägung oder einer oberinstanzlichen Anordnung zu dieser Situation kommt, ändert daran nichts Wesentliches. Ebenso wenig von Bedeutung ist die Ursache für die Wiedererwägung. Massgebend ist demnach, ob besondere Umstände darauf schliessen lassen, die Personen, welche vorliegend die Flurkommission besetzen, seien nicht in der Lage, ihre Meinung zu ändern.
Die Ausführungen der Beschwerdeführer zur Begründung ihres Ausstandsbegehrens erschöpfen sich zu grossen Teilen in appellatorischer Kritik am angefochtenen Entscheid. Gründe, die für eine unumstössliche Festlegung der betreffenden Personen sprechen, bringen sie nicht vor bzw. substantiieren diese nicht rechtsgenügend. So machen sie etwa geltend, die Baubehörde habe während zwei Monaten per E-Mail mit den Stockwerkeigentümern korrespondiert, ohne sie davon in Kenntnis zu setzen. Die Beschwerdeführer belegen ihr Vorbringen jedoch weder mit Urkunden noch machen sie irgendwelche weiteren Angaben hierzu. Damit erfüllen sie die Begründungsanforderungen nicht (vgl. Art. 42 Abs. 2 und 3 BGG).
Konkrete Anzeichen dafür, dass die Mitglieder der Flurkommission sich bereits unumstösslich festgelegt haben, sind auch nicht ersichtlich. Das DBU führt in seinem sich bei den Akten befindenden Abschreibungsentscheid zwar aus, der Gemeinderat habe sich in der Abweisung des Baugesuchs für die Holzwand der Beschwerdeführer ausschliesslich auf Flurrecht gestützt. Selbst wenn die Behörde dadurch einen Verfahrensfehler beging, ist dieser aber jedenfalls nicht derart schwer, dass er für sich einen Anschein der Voreingenommenheit begründen würde. Aus dem Umstand kann auch nicht abgeleitet werden, die mitwirkenden Personen hätten sich in flurrechtlicher Hinsicht schon festgelegt. So geht es in dem Verfahren vor der Flurkommission soweit ersichtlich um sämtliche Anlagen und Pflanzungen entlang der Grundstücksgrenze und nicht nur um die Holzwand, deren baurechtliche Zulässigkeit vom Gemeinderat zu beurteilen ist.
3.4. Zusammenfassend bestehen keine Umstände, welche die Mitglieder der Flurkommission als befangen erscheinen lassen. Das Ausstandsbegehren erweist sich als unbegründet.
4.
Nach dem Gesagten ist die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Bei diesem Ausgang des Verfahrens sind die Gerichtskosten den Beschwerdeführern unter solidarischer Haftung aufzuerlegen (vgl. Art. 66 Abs. 1 und 5 BGG). Parteientschädigungen sind keine zuzusprechen (vgl. Art. 68 Abs. 1, 2, 3 und 4 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf eingetreten werden kann.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.-- werden den Beschwerdeführern auferlegt.
3.
Es werden keine Parteientschädigungen zugesprochen.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien, dem Departement für Inneres und Volkswirtschaft des Kantons Thurgau und dem Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 30. Oktober 2018
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Merkli
Der Gerichtsschreiber: Schoch