Fatti:
A.
La A._SA è una società attiva nella consulenza e messa a disposizione di servizi relativi all'organizzazione e alla gestione di imprese, in particolare nel settore bancario. B._ è stato alle sue dipendenze a partire dal 1° marzo 2012 in qualità di vice direttore, capo del back office, con un salario annuo lordo di fr. 130'000.-- per 42 ore settimanali. Il contratto di lavoro prevedeva che le ore supplementari sarebbero state compensate soltanto in determinati casi.
B.
Il 21 febbraio 2014 B._ è stato licenziato con effetto al 30 aprile 2014 ed è stato esonerato dal prestare lavoro. Il 22 giugno 2014 ha chiesto alla datrice di lavoro il pagamento di un numero importante di ore di lavoro supplementari e straordinarie. Poiché la società non ha dato seguito alla richiesta, con petizione dell'8 dicembre 2014 ha avviato contro la stessa una causa civile dinanzi alla Pretura di Lugano, per un importo complessivo di fr. 67'667.--, oltre interessi. La pretesa era basata sulle registrazioni delle ore lavorative nel programma "time-sheet" aziendale, compilato elettronicamente dallo stesso lavoratore e da lui prodotto in causa. Dopo una serie di atti che non occorre qui evocare, con sentenza del 10 novembre 2016 il Pretore ha parzialmente accolto la petizione, condannando la datrice di lavoro a pagare al dipendente fr. 64'414.40, oltre interessi.
C.
Il 18 novembre 2016 la A._SA ha presentato una denuncia penale nei confronti di B._, per i titoli di truffa e di falsità in documenti, con riferimento alle registrazioni da lui effettuate nel "time-sheet" prodotto nella causa civile. Secondo la denunciante, il lavoratore avrebbe modificato determinate registrazioni dopo la notifica della disdetta del rapporto di lavoro, aggiungendovi delle ore lavorative in realtà non eseguite.
D.
Il 12 dicembre 2016 la datrice di lavoro ha impugnato la sentenza del Pretore dinanzi alla seconda Camera civile del Tribunale d'appello, che, con decisione del 21 febbraio 2017, in accoglimento di una domanda processuale dell'appellante, ha sospeso la procedura di appello in attesa dell'esito del procedimento penale.
E.
Dopo avere richiamato l'incarto della causa civile, con decisione del 6 marzo 2017 il Procuratore pubblico (PP) ha decretato il non luogo a procedere, ritenendo non adempiuti gli elementi costitutivi di reato.
F.
Contro il decreto di non luogo a procedere, la A._SA ha presentato un reclamo alla Corte dei reclami penali del Tribunale d'appello (CRP), che lo ha respinto con sentenza del 23 giugno 2017. Con sentenza 6B_950/2017 del 18 gennaio 2018, il Tribunale federale ha accolto un ricorso della A._SA contro la sentenza della CRP, annullandola e rinviando gli atti alla precedente istanza per un nuovo giudizio. Questa Corte ha rilevato che l'autorità cantonale non si era confrontata con le puntuali contestazioni sollevate dalla ricorrente riguardo alle specifiche registrazioni sospette di ore lavorative nel programma "time-sheet". Ha concluso che l'emanazione di un decreto di non luogo a procedere a quello stadio del procedimento penale violava l'<ref-law> e il principio "in dubio pro duriore", non essendo ancora del tutto chiaro che i fatti non erano punibili o che le condizioni per il perseguimento penale non erano adempiute.
G.
Statuendo nuovamente sulla causa, con sentenza del 6 febbraio 2018 la CRP ha annullato il decreto di non luogo a procedere del 6 marzo 2017 ed ha rinviato l'incarto al Ministero pubblico per l'apertura dell'istruzione penale. Dopo avere terminato lo svolgimento degli atti istruttori, il 28 settembre 2018 il magistrato inquirente ha comunicato alle parti la chiusura dell'istruzione, prospettando l'emanazione di un decreto di abbandono. Le parti non hanno presentato istanze probatorie. Con decisione del 28 febbraio 2019, il PP ha decretato l'abbandono del procedimento penale. Ha negato l'esistenza di sufficienti indizi di reato con riferimento alle prospettate imputazioni di truffa e di falsità in documenti.
H.
Con sentenza del 3 luglio 2019 la CRP ha respinto un reclamo presentato dalla A._SA contro il decreto di abbandono. La Corte cantonale ha confermato le conclusioni del PP.
I.
La A._SA impugna questa sentenza con un ricorso in materia penale del 16 settembre 2019 al Tribunale federale, chiedendo di annullarla. Postula inoltre di annullare il decreto di abbandono e di ordinare al PP di promuovere l'accusa nei confronti di B._ per i titoli di truffa e di falsità in documenti. La ricorrente fa valere la violazione del principio "in dubio pro duriore" e degli art. 309 e 310 CPP.
J.
Non sono state chieste osservazioni sul gravame, ma è stato richiamato l'incarto cantonale.

Diritto:
1.
La decisione impugnata conferma il decreto di abbandono e pone quindi fine al procedimento penale. Si tratta di una decisione finale pronunciata in materia penale da un'autorità cantonale di ultima istanza, contro la quale è ammissibile il ricorso in materia penale (art. 78 cpv. 1, 80 cpv. 1 e 90 LTF). Il ricorso è tempestivo (<ref-law> in relazione con l'<ref-law>). La legittimazione ricorsuale giusta l'art. 81 cpv. 1 lett. b n. 5 LTF può essere ammessa per le ragioni esposte nel precedente giudizio di questa Corte (cfr. sentenza 6B_950/2017, citata, consid. 1.2).
2.
2.1. Conformemente a quanto stabilito dagli art. 95 e 96 LTF, il ricorso in materia penale al Tribunale federale può essere presentato per violazione del diritto. Secondo l'<ref-law>, nel ricorso occorre spiegare per quali ragioni l'atto impugnato viola il diritto. La ricorrente deve quindi confrontarsi con le considerazioni esposte nella sentenza impugnata, spiegando per quali motivi tale giudizio lede il diritto (<ref-ruling> consid. 1.7.1). Il Tribunale federale esamina in linea di principio solo le censure sollevate; esso non è tenuto a vagliare, come lo farebbe un'autorità di prima istanza, tutte le questioni giuridiche che si pongono, se quest'ultime non sono presentate nella sede federale (<ref-ruling> consid. 1.1; <ref-ruling> consid. 2 e rinvii). Inoltre, le esigenze di motivazione sono più rigorose quando è fatta valere la violazione di diritti fondamentali. II Tribunale federale esamina queste censure solo se la parte ricorrente le ha debitamente sollevate e motivate, come prescritto dall'<ref-law>. Ciò significa che la ricorrente deve indicare in modo chiaro e dettagliato, con riferimento ai motivi della decisione impugnata, in che modo sarebbero stati violati i suoi diritti costituzionali (<ref-ruling> consid. 2.4 e rinvii).
2.2. A seguito del rinvio da parte del Tribunale federale, e successivamente della CRP, l'autorità inquirente ha esaminato le registrazioni delle ore lavorative di B._ nel "time-sheet" aziendale, da lui inserite dopo la disdetta del contratto di lavoro, relative al periodo dal 27 al 31 ottobre 2013, ai giorni del 1°, 4, 15 e 29 novembre 2013, nonché al periodo dal 5 al 31 dicembre 2013 e dal 1° gennaio 2014 all'11 marzo 2014. Questi archi temporali sarebbero stati oggetto di nuove registrazioni e di modifiche da parte dell'imputato soltanto all'inizio di marzo del 2014, dopo il suo licenziamento. Egli è stato interrogato al riguardo dalla Segretaria giudiziaria, agente su delega del PP, e, nell'ambito di tale interrogatorio, il patrocinatore della ricorrente ha potuto porgli domande e muovergli contestazioni.
La Corte cantonale ha fondato il proprio giudizio sugli atti di istruzione svolti dal Ministero pubblico, accertando che le ore di lavoro aggiunte successivamente, relative al periodo dal 27 al 31 ottobre 2013, ai giorni 1°, 4 e 15 novembre 2013, come pure al periodo dal 5 dicembre 2013 all'11 marzo 2014, erano comprovate da specificati "print screen" agli atti. Ha inoltre rilevato che, per il tempo di lavoro supplementare riferito al 29 novembre 2013, l'imputato non aveva avanzato pretese civili nei confronti della ricorrente. La CRP ha poi richiamato le spiegazioni da lui fornite alle contestazioni concernenti le ragioni e le modalità delle modifiche delle registrazioni nel "time-sheet". Ha per finire concluso che l'imputato aveva portato sufficienti elementi per ritenere ch'egli aveva effettivamente svolto delle ore lavorative nelle circostanze di tempo indicate nel "time-sheet".
2.3. Nel nuovo ricorso in questa sede, dopo avere riepilogato l'inter procedurale ed esposto le norme giuridiche applicabili, la ricorrente si limita ad invocare semplicemente la circostanza che le attività registrate nel "time-sheet" sono state aggiunte o modificate dall'imputato dopo la notifica del suo licenziamento. Non si confronta tuttavia minimamente con gli esposti accertamenti, relativi agli specifici periodi da lei indicati come sospetti e oggetto delle indagini a seguito del rinvio. Non censurati d'arbitrio, gli accertamenti concernenti l'effettivo svolgimento delle ore lavorative nei suddetti periodi sono quindi vincolanti per il Tribunale federale (cfr. <ref-law>). Né la ricorrente si esprime sulle spiegazioni fornite dall'opponente in sede d'interrogatorio, spiegando per quali ragioni esse non sarebbero plausibili. Fondando genericamente l'esistenza di sufficienti indizi di reato solo sul fatto che le modifiche delle registrazioni sono successive al licenziamento dell'opponente, la ricorrente non si confronta con le considerazioni esposte nella sentenza impugnata, spiegando, con una motivazione conforme alle esposte esigenze, per quali motivi tale giudizio viola il diritto. Insufficientemente motivato sui citati aspetti, il gravame è pertanto sostanzialmente inammissibile.
3.
3.1. La ricorrente rimprovera all'opponente la possibile commissione di una truffa processuale. Sostiene che l'inserimento di nuove ore supplementari nel "time-sheet", rispettivamente la modifica delle ore già registrate, non consentirebbe di ritenere improbabile una condanna dell'opponente per il reato di cui all'<ref-law>.
3.2. Secondo quanto suesposto, le autorità cantonali hanno però accertato che le ore lavorative inserite successivamente nel sistema di registrazione del tempo di lavoro erano effettivamente state svolte dall'opponente. La ricorrente omette di considerare questi accertamenti, come visto non sostanziati d'arbitrio, che permettono di escludere l'adempimento dell'invocato reato. La truffa processuale è infatti un caso particolare di truffa giusta l'<ref-law> e consiste nell'ingannare con astuzia il giudice al fine di determinarlo a rendere una decisione (materialmente sbagliata) pregiudizievole al patrimonio della controparte o di un terzo (<ref-ruling> consid. 2; sentenza 6B_1005/2013 del 10 febbraio 2014 consid. 5.1, in: RtiD II-2014, pag. 204 segg.). Anche in questa costellazione, l'autore deve agire a scopo di indebito profitto, il quale non è dato quand'egli ha o crede di avere diritto al pagamento dell'importo dovutogli (cfr. sentenza 6B_1005/2013, citata, consid. 5.1 e riferimenti). La CRP ha quindi confermato a ragione il decreto di abbandono relativamente all'imputazione di truffa.
4.
4.1. Con riferimento all'ipotesi di falsità in documenti (<ref-law>), la ricorrente sostiene che il "time-sheet" in questione sarebbe idoneo a determinare il numero delle ore lavorative di cui l'opponente ha chiesto il pagamento nella causa civile e sarebbe pertanto adeguato a provare la veridicità del suo contenuto. Reputa quindi che, contrariamente a quanto ritenuto dalla Corte cantonale, esso costituirebbe un documento ai sensi dell'<ref-law>.
4.2. Si rende colpevole di falsità in documenti ai sensi dell'<ref-law> chi, al fine di nuocere al patrimonio o ad altri diritti di una persona o di procacciare a sé o ad altri un indebito profitto, forma un documento falso od altera un documento vero, oppure abusa dell'altrui firma autentica o dell'altrui segno a mano autentico per formare un documento suppositizio, oppure attesta o fa attestare in un documento, contrariamente alla verità, un fatto di importanza giuridica, o fa uso, a scopo d'inganno, di un tale documento. Sono documenti gli scritti destinati e atti a provare un fatto di portata giuridica nonché i segni destinati a tal fine. La registrazione su supporti d'immagini o di dati è equiparata alla forma scritta per quanto serva al medesimo scopo (<ref-law>).
L'<ref-law> concerne sia la formazione di un documento falso (falsità materiale) sia quella di un documento menzognero (falsità ideologica). Il documento è falso quando il suo vero estensore non corrisponde all'autore apparente, il documento trae quindi in inganno sull'identità di colui dal quale esso emana in realtà. È invece menzognero il documento il cui contenuto non corrisponde alla realtà pur emanando dal suo autore apparente (<ref-ruling> consid. 2.1). Tuttavia, non basta una semplice menzogna scritta per ritenere la falsità ideologica in documenti. Essa presuppone una menzogna scritta qualificata, che secondo la giurisprudenza è data quando il documento fruisce di un'accresciuta credibilità e il suo destinatario vi possa ragionevolmente prestar fede (<ref-ruling> consid. 2.2.2; <ref-ruling> consid. 2.1). È ciò segnatamente il caso quando determinate assicurazioni oggettive garantiscono ai terzi la veridicità della dichiarazione. Può per esempio trattarsi di un dovere di verifica che incombe all'autore del documento, oppure di disposizioni legali che definiscono il contenuto del documento stesso (<ref-ruling> consid. 2.2.2 e 2.2.3; <ref-ruling> consid. 2.1). Per contro, il semplice fatto che, secondo la comune esperienza, taluni scritti beneficiano di una particolare credibilità, segnatamente nella pratica commerciale, non è sufficiente per riconoscere la qualità di documento ai sensi degli art. 110 cpv. 4 e 251 n. 1 CP (<ref-ruling> consid. 2.1 e rinvii).
La giurisprudenza ha avuto modo di precisare che un certificato di salario o un conteggio del salario dai contenuti inesatti non fruiscono di un'accresciuta credibilità, nella misura in cui specifiche disposizioni legali non conferiscono loro un simile carattere (<ref-ruling>; sentenze 6B_382/2011 del 26 settembre 2011 consid. 2.2; 6B_390/2012 del 18 febbraio 2013 consid. 3.4; 6B_163/2016 del 25 maggio 2016 consid. 3.3.1 e rispettivi rinvii). Allo stesso modo, un contratto di lavoro allestito nella forma scritta semplice, dal contenuto menzognero, non riveste di massima un carattere probatorio accresciuto (<ref-ruling> consid. 5c/cc pag. 68; <ref-ruling> consid. 3f pag. 29; sentenza 6B_382/2011, citata, consid. 2.2).
Analogamente all'esposta giurisprudenza, anche la semplice indicazione delle ore lavorative prestate dal dipendente nel "time-sheet" aziendale, eseguita da una parte al contratto di lavoro, non fruisce di un'accresciuta credibilità, sicché un'eventuale menzogna scritta relativa al numero delle ore lavorative non realizzerebbe il reato di falsità ideologica in documenti ai sensi dell'<ref-law>. Il solo fatto che il conteggio orario litigioso sia stato prodotto nella causa civile non gli conferisce di per sé un carattere probatorio accresciuto e non è quindi decisivo. Se ciò fosse il caso, ogni atto menzognero che venisse a trovarsi nelle mani del giudice diventerebbe infatti automaticamente un falso ideologico (cfr. sentenza 6P.15/2007 del 19 aprile 2007 consid. 8.2.1). La tesi della ricorrente è pertanto infondata, sicché il decreto di abbandono è giustificato anche per quanto concerne il reato di falsità in documenti.
5.
Ne segue che il ricorso deve essere respinto nella misura della sua ammissibilità. Le spese giudiziarie seguono la soccombenza e sono quindi poste a carico della ricorrente (<ref-law>).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1.
Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è respinto.
2.
Le spese giudiziarie di fr. 3'000.-- sono poste a carico della ricorrente.
3.
Comunicazione al patrocinatore della ricorrente, all'opponente, al Ministero pubblico e alla Corte dei reclami penali del Tribunale d'appello del Cantone Ticino.