Sachverhalt:
A.
Am 3. Mai 2018 reichte A._ gegen die Geschäftsleitung und andere Verantwortliche der B._ AG sowie der C._ Strafanzeige wegen fahrlässiger schwerer Körperverletzung ein.
A._ wirft diesen Personen zusammengefasst vor, keine genügenden Massnahmen zur Arbeitsplatzsicherheit getroffen zu haben, sodass er am 28. März 2015 als angestellter Lieferant der B._ AG in der C._ an der D._-Strasse in E._ einen Arbeitsunfall erlitten habe. Konkret habe er in diesem Restaurant an der Kellerdecke den Kopf angeschlagen und sei daraufhin mehrere Minuten bewusstlos gewesen. Die Decke sei zu tief und der Keller, wohin er habe liefern müssen, zu wenig beleuchtet gewesen. Aufgrund von Folgeschäden habe er sich insgesamt vier Monate in einem Spital und in einer Rehaklinik aufgehalten und sei rund zweieinhalb Jahre arbeitsunfähig gewesen. Seine damalige Arbeitgeberin habe ihm noch in der Probezeit gekündigt, er sei zum Sozialhilfeempfänger geworden und in seinem Privatleben sowie in seiner Lebensqualität stark eingeschränkt gewesen.
B.
Die Staatsanwaltschaft Zürich-Limmat nahm am 9. Juli 2018 keine Strafuntersuchung an die Hand. Die dagegen von A._ erhobene Beschwerde wies das Obergericht des Kantons Zürich mit Beschluss vom 26. Oktober 2018 ab. Mit Verfügung desselben Datums wies es zudem das Gesuch von A._ um unentgeltliche Rechtspflege ab.
C.
A._ führt Beschwerde in Strafsachen. Er beantragt, der Beschluss des Obergerichts sei aufzuheben und die Staatsanwaltschaft sei anzuweisen, eine Strafuntersuchung zu eröffnen. Auch die Verfügung des Obergerichts sei aufzuheben und es sei ihm für das Beschwerdeverfahren vor Obergericht die unentgeltliche Rechtspflege zu gewähren. Eventualiter sei die Sache zu neuer Entscheidung an das Obergericht zurückzuweisen. A._ ersucht um unentgeltliche Rechtspflege.

Erwägungen:
1.
1.1. Die Beschwerdeberechtigung richtet sich nach Art. 81 Abs. 1 lit. a und b Ziff. 5 BGG. Die Privatklägerschaft ist zur Beschwerde legitimiert, wenn der angefochtene Entscheid sich auf die Beurteilung ihrer Zivilansprüche auswirken kann (Art. 81 Abs. 1 lit. b Ziff. 5 BGG). Als Zivilansprüche gelten solche, die ihren Grund im Zivilrecht haben und deshalb ordentlicherweise vor dem Zivilgericht durchgesetzt werden müssen. In erster Linie handelt es sich um Ansprüche auf Schadenersatz und Genugtuung nach <ref-law>. Als Privatklägerschaft gilt die geschädigte Person, die ausdrücklich die Absicht ihrer Beteiligung am Strafverfahren als Straf- oder Zivilklägerin erklärt hat (<ref-law>). Geschädigt ist, wer durch die Straftat in seinen Rechten unmittelbar verletzt worden ist, das heisst wer Träger des durch die verletzte Strafnorm geschützten oder zumindest mitgeschützten Rechtsguts ist (<ref-law>; <ref-ruling> E. 2.2 S. 78).
Richtet sich die Beschwerde gegen die Einstellung oder Nichtanhandnahme eines Verfahrens, hat die Privatklägerschaft nicht notwendigerweise bereits vor den kantonalen Behörden Zivilansprüche geltend gemacht. Selbst wenn sie schon adhäsionsweise privatrechtliche Ansprüche geltend gemacht hat, werden in der Einstellungs- bzw. Nichtanhandnahmeverfügung keine Zivilklagen behandelt (Art. 320 Abs. 3 i.V.m. <ref-law>). In jedem Fall muss die Privatklägerschaft im Verfahren vor Bundesgericht darlegen, aus welchen Gründen sich der angefochtene Entscheid inwiefern auf welche Zivilforderung auswirken kann. Das Bundesgericht stellt an die Begründung der Legitimation strenge Anforderungen. Genügt die Beschwerde diesen nicht, kann darauf nur eingetreten werden, wenn aufgrund der Natur der untersuchten Straftat ohne Weiteres ersichtlich ist, um welche Zivilforderung es geht (<ref-ruling> E. 1.1 S. 4 f.).
1.2. Zu seiner Beschwerdelegitimation führt der Beschwerdeführer aus, er habe sich in der Strafanzeige als Straf- und Privatkläger konstituiert sowie Schadenersatz- und Genugtuungsforderungen geltend gemacht. Er habe aufgrund eines Arbeitsunfalls eine fahrlässige schwere Körperverletzung angezeigt und ihm sei materieller und immaterieller Schaden entstanden, die aus der Straftat abgeleitet werden könnten. In der Privatklage werde er Ansprüche auf Schadenersatz und Genugtuung aus Vertrag sowie aus <ref-law> geltend machen. Mit diesen Ausführungen legt er hinreichend dar, dass sich der angefochtene Beschluss betreffend Nichtanhandnahme der Strafuntersuchung auf mögliche Schadenersatz- und Genugtuungsansprüche auswirken könnte und auf seine Beschwerde ist - unter Vorbehalt einer genügenden Begründung (<ref-law>) - einzutreten.
2.
2.1. Der Beschwerdeführer macht geltend, die Vorinstanz habe seine gegen die Nichtanhandnahmeverfügung der Staatsanwaltschaft gerichtete kantonale Beschwerde zu Unrecht abgewiesen.
Er rügt eine unrichtige Feststellung des Sachverhalts sowie Verletzungen des Grundsatzes "in dubio pro duriore", von <ref-law> sowie seines Anspruchs auf rechtliches Gehör. Aufgrund der von ihm eingereichten Unterlagen sei erstellt, dass seine gesundheitlichen Beschwerden auf den Unfall vom 28. März 2015 und nicht einzig auf einen Analgetikaüberkonsum zurückzuführen seien und mehr als zwei Jahre gedauert hätten. Es sei auch willkürlich, aufgrund fehlender Unterlagen davon auszugehen, die geltend gemachten Beschwerden und die lange andauernde Arbeitsunfähigkeit seien nicht erstellt.
Er beanstandet sodann eine Verletzung von <ref-law>. Das Schädelhirn- und Schleudertrauma und die daraus entstandenen Folgebeschwerden hätten einen sehr langen Heilungsprozess ausgelöst. Er habe während zweieinhalb Jahren unter persistierenden Kopfschmerzen, Übelkeit, Pfeifen im Ohr und Konzentrationsstörungen gelitten. Zudem seien Schlafstörungen und Depressionen diagnostiziert worden. Er habe Spitalaufenthalte von vier Monaten hinter sich und sei rund zweieinhalb Jahre arbeitsunfähig gewesen. Ausserdem sei er in seinem Privatleben eingeschränkt und seine psychische Verfassung schlecht gewesen. Die Vorinstanz habe diese Umstände nicht berücksichtigt.
2.2. Die Vorinstanz erwägt, die gesundheitlichen Beschwerden des Beschwerdeführers seien in den Arztberichten anfangs mit dem leichten Schädelhirn- resp. Schleudertrauma vom 28. März 2015 begründet worden. Bereits am 9. April 2015 seien die Symptome jedoch darüber hinaus mit einem Analgetikaübergebrauch in Verbindung gebracht worden. Auch im Arztbericht vom 24. Juni 2015 sei der Verdacht auf Analgetikaübergebrauch angeführt worden. Arztberichte über den Gesundheitszustand nach dem 24. Juni 2015 und vor dem Eintritt in das Kantonsspital Baden am 26. Juli 2017 seien keine zu den Akten gegeben worden. Zudem reichten die Arbeitsunfähigkeitszeugnisse lediglich bis zum 28. Juni 2015. Somit sei nicht dargetan, dass der Beschwerdeführer zwischen dem 28. Juni 2015 und dem 26. Juli 2017 überhaupt noch an den geltend gemachten Beschwerden gelitten habe, wie sich allfällige Beschwerden in diesem Zeitraum entwickelt hätten und wie er diese behandeln lassen habe. Unter den gegebenen Umständen lasse sich nicht erstellen, dass die zweieinhalb Jahre nach dem angezeigten Vorfall geltend gemachten Beschwerden überhaupt noch mit diesem zusammenhingen bzw. noch in einem adäquaten Kausalzusammenhang zu diesem stünden, zumal sich die Beschwerden nach der Analgetikaentzugsbehandlung und dem anschliessenden Aufenthalt in der Rehabilitationsklinik im Juli und August 2017 wesentlich gebessert hätten.
Eine Arbeitsunfähigkeit aufgrund der geltend gemachten Beschwerden während einiger Monate vermöge sodann keine schwere Körperverletzung im Sinne von <ref-law> darzustellen. Ob eine einfache Körperverletzung im Sinne von <ref-law> vorliege, sei nicht zu prüfen, da es sich hierbei um ein Antragsdelikt handle und die am 3. Mai 2018 eingereichte Strafanzeige nach Ablauf der dreimonatigen Antragsfrist zu spät erfolgt sei (angefochtener Entscheid, E. III. 4. S. 12 f.). Die Staatsanwaltschaft habe die Strafuntersuchung daher zu Recht nicht an die Hand genommen (angefochtener Entscheid, E. III. 5. S. 13).
2.3.
2.3.1. Gemäss <ref-law> verfügt die Strafbehörde die Nichtanhandnahme der Untersuchung, sobald aufgrund der Strafanzeige oder des Polizeirapports feststeht, dass die fraglichen Straftatbestände oder die Prozessvoraussetzungen eindeutig nicht erfüllt sind (lit. a) oder wenn Verfahrenshindernisse bestehen (lit. b).
Die Frage, ob die Strafverfolgungsbehörde ein Strafverfahren durch Nichtanhandnahme erledigen kann, beurteilt sich nach dem aus dem strafprozessualen Legalitätsprinzip abgeleiteten Grundsatz "in dubio pro duriore" (<ref-law> und <ref-law> i.V.m. Art. 319 Abs. 1 und Art. 324 Abs. 1 StPO; <ref-ruling> E. 4.2 S. 91). Danach darf die Nichtanhandnahme gestützt auf <ref-law> nur in sachverhaltsmässig und rechtlich klaren Fällen ergehen, so bei offensichtlicher Straflosigkeit, wenn der Sachverhalt mit Sicherheit nicht unter einen Straftatbestand fällt, oder bei eindeutig fehlenden Prozessvoraussetzungen. Die Strafverfolgungsbehörde und die Beschwerdeinstanz verfügen in diesem Rahmen über einen gewissen Ermessensspielraum, in welchen das Bundesgericht nur mit Zurückhaltung eingreift. Im Zweifelsfall, wenn die Nichtanhandnahmegründe nicht mit absoluter Sicherheit gegeben sind, muss das Verfahren eröffnet werden (vgl. <ref-ruling> E. 2.2 S. 243; <ref-ruling> E. 4.1 S. 90 f.; <ref-ruling> E. 7 S. 226 f.).
Das Bundesgericht prüft im Rahmen einer Beschwerde gegen die Nichtanhandnahme nach <ref-law> nicht wie beispielsweise bei einem Schuldspruch, ob die vorinstanzlichen Sachverhaltsfeststellungen willkürlich sind (<ref-law>), sondern nur, ob die Vorinstanz willkürlich von einer "klaren Beweislage" ausging oder gewisse Tatsachen willkürlich für "klar erstellt" annahm. Dies ist der Fall, wenn offensichtlich nicht gesagt werden kann, es liege ein klarer Sachverhalt vor, beziehungsweise wenn ein solcher Schluss schlechterdings unhaltbar ist (<ref-ruling> E. 2.3.2 S. 244 f.; Urteil 6B_5/2019 vom 4. April 2019 E. 2.1.2). Die Willkürrüge muss in der Beschwerde explizit vorgebracht und substanziiert begründet werden (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1.1 S. 503). Auf ungenügend begründete Rügen oder bloss allgemein gehaltene appellatorische Kritik am angefochtenen Entscheid tritt das Bundesgericht nicht ein (vgl. Art. 42 Abs. 2 und <ref-law>; <ref-ruling> E. 4.2 S. 53 mit Hinweisen).
2.3.2. Wer fahrlässig einen Menschen am Körper oder an der Gesundheit schädigt, wird, auf Antrag, mit Freiheitsstrafe bis zu drei Jahren oder Geldstrafe bestraft (<ref-law>). Ist die Schädigung schwer, so wird der Täter von Amtes wegen verfolgt (<ref-law>).
Laut <ref-law> macht sich der schweren Körperverletzung schuldig, wer vorsätzlich einen Menschen lebensgefährlich verletzt (Abs. 1), wer vorsätzlich den Körper, ein wichtiges Organ oder Glied eines Menschen verstümmelt oder ein wichtiges Organ oder Glied unbrauchbar macht, einen Menschen bleibend arbeitsunfähig, gebrechlich oder geisteskrank macht, das Gesicht eines Menschen arg und bleibend entstellt (Abs. 2), oder wer vorsätzlich eine andere schwere Schädigung des Körpers oder der körperlichen oder geistigen Gesundheit eines Menschen verursacht (Abs. 3). Nach <ref-law> wird wegen einfacher Körperverletzung bestraft, wer einen Menschen in anderer Weise an Körper oder Gesundheit schädigt.
Als eine von der Generalklausel im Sinne von <ref-law> einbezogene "andere schwere Schädigung des Körpers oder der Gesundheit" kommen nur Beeinträchtigungen in Betracht, die hinsichtlich ihrer Qualität mit den in den beiden ersten Absätzen der Bestimmung aufgeführten Verletzungen vergleichbar sind. Dazu werden u.a. lange Bewusstlosigkeit, schweres und lang dauerndes Krankenlager, ausserordentlich langer Heilungsprozess oder Arbeitsunfähigkeit während eines grossen Zeitraumes gezählt. Es muss anders als in <ref-law>, wonach unter anderem eine bleibende Arbeitsunfähigkeit erforderlich ist, weder die Arbeitsunfähigkeit voll noch die Invalidität dauernd sein. Mehrere Beeinträchtigungen, die für sich allein keine schwere Körperverletzung darstellen, können in ihrer Summierung eine solche sein. So können Arbeitsunfähigkeit und Invalidität insgesamt mit anderen Umständen (wie langes Krankenlager) den Tatbestand von <ref-law> erfüllen (<ref-ruling> E. 2 S. 57).
Der Begriff der schweren Körperverletzung im Sinne von <ref-law> stellt einen auslegungsbedürftigen unbestimmten Rechtsbegriff dar. In Grenzfällen weicht das Bundesgericht deshalb nur mit einer gewissen Zurückhaltung bzw. nicht ohne Not von der Auffassung der Vorinstanz ab (<ref-ruling> E. 3.2 S. 3; <ref-ruling> E. 2a und b; siehe auch <ref-ruling> E. 2c).
2.3.3. Nach konstanter Rechtsprechung hat das Gericht seinen Entscheid zwar zu begründen, doch ist nicht erforderlich, dass es sich mit allen Parteistandpunkten einlässlich auseinandersetzt und jedes einzelne Vorbringen ausdrücklich widerlegt. Vielmehr kann es sich auf die für den Entscheid wesentlichen Punkte beschränken. Die Begründung muss so abgefasst sein, dass sich der Betroffene über die Tragweite des Entscheids Rechenschaft geben und ihn in voller Kenntnis der Sache an die höhere Instanz weiterziehen kann (<ref-ruling> E. 5.2; <ref-ruling> E. 2.1; je mit Hinweisen).
2.4.
2.4.1. Aus der Beschwerde ergibt sich keine Willkür oder Bundesrechtswidrigkeit des angefochtenen Entscheids. Entgegen der Darstellung des Beschwerdeführers erachtet die Vorinstanz den Analgetikaübergebrauch gestützt auf die zahlreichen Arztberichte nachvollziehbar nicht als einzige, sondern als zusätzliche Ursache für dessen Beschwerden (vgl. E. 2.2 hiervor). Es ist alsdann keineswegs augenfällig, dass sämtliche gesundheitlichen Beschwerden im gesamten Zeitraum auf das leichte Schädelhirn- resp. Schleudertrauma durch den Unfall vom 28. März 2015 zurückzuführen seien. Der Beschwerdeführer legt weiter nicht den ihm obliegenden Begründungsanforderungen entsprechend (<ref-law>, vgl. E. 2.3.1 hiervor) dar, in welchen Zeiträumen er arbeitsunfähig gewesen sei. Vielmehr bringt er lediglich pauschal vor, er sei rund zweieinhalb Jahre arbeitsunfähig gewesen. Aus den in den Akten liegenden ärztlichen Zeugnissen resultiert jedoch vielmehr eine Arbeitsunfähigkeit von rund drei Monaten. Bezüglich der Beeinträchtigung aufgrund eines langen Krankenlagers bringt er ebenfalls bloss pauschal vor, er habe Spitalaufenthalte von vier Monaten hinter sich. Nach den bei den Akten liegenden Arztberichten war er vielmehr lediglich vom 26. Juli bis 26. August 2017 (act. 2/9, S. 9, act. 2/8, S. 1), mithin während einem Monat, hospitalisiert. Ferner führt der Beschwerdeführer aus, er habe sämtliche ihm vorhandenen Berichte und Unterlagen eingereicht. Beeinträchtigungen für das Vorliegen einer offensichtlich schweren Körperverletzung drängen sich aus diesen nicht geradezu auf.
Selbst wenn man auf die Sachverhaltsdarstellungen des Beschwerdeführers abstellte, läge höchstens ein Grenzfall zur Qualifikation als schwere Körperverletzung vor, in welchem das Bundesgericht nach dem Gesagten nur mit einer gewissen Zurückhaltung von der Auffassung der Vorinstanz abweicht. Auch vor diesem Hintergrund ist nicht zu beanstanden, dass laut Vorinstanz keine mit Art. 122 Abs. 1 und 2 StGB vergleichbar schwere Beeinträchtigungen vorliegen. In zusätzlicher Berücksichtigung des Ermessensspielraums der Vorinstanz bei ihrem Entscheid betreffend Nichtanhandnahme verfangen die dagegen gerichteten Einwände des Beschwerdeführers nicht.
2.4.2. Der Rüge einer Verletzung des Anspruchs auf rechtliches Gehör kann ebenso wenig gefolgt werden. Die Vorinstanz legt ihre Schlussfolgerung, wonach die Staatsanwaltschaft die Strafuntersuchung zu Recht nicht an die Hand nahm, hinreichend dar. Dem angefochtenen Beschluss lässt sich entnehmen, weshalb nach Ansicht der Vorinstanz keine schwere Körperverletzung im Sinne von <ref-law> vorliegt und mangels rechtzeitig gestellten Strafantrags auch keine Bestrafung wegen einer fahrlässigen einfachen Körperverletzung im Raum steht. Es war dem Beschwerdeführer ohne Weiteres möglich, den Entscheid in Kenntnis von dessen Tragweite an das Bundesgericht weiterzuziehen. Eine Verletzung der Begründungspflicht ist nicht ersichtlich.
3.
3.1. Der Beschwerdeführer wendet im Übrigen ein, die Vorinstanz habe durch Nichtgewährung der unentgeltlichen Rechtspflege <ref-law> und <ref-law> verletzt. Schon für die Staatsanwaltschaft sei der Sachverhalt nicht klar gewesen, weshalb seine Beschwerde vor Vorinstanz nicht aussichtslos gewesen sei. Die Arztberichte hätten entgegen den Behauptungen der Staatsanwaltschaft sowie der Vorinstanz nicht nur die Diagnose des Analgetikaüberkonsums enthalten und seine gesundheitlichen Beschwerden hätten lange angedauert. Seine Beschwerde vor Vorinstanz sei zu Recht erfolgt.
3.2. Die Vorinstanz erwägt, die Beschwerde sei von vornherein aussichtslos gewesen, wie ihre vorstehenden Erwägungen zeigten. Dementsprechend sei der Antrag des Beschwerdeführers auf unentgeltliche Rechtspflege abzuweisen und es erübrige sich eine Prüfung der Frage, ob er mittellos sei (angefochtener Entscheid, E. IV. 2. S. 13).
3.3. Gemäss <ref-law> hat jede Person, die nicht über die erforderlichen Mittel verfügt, Anspruch auf unentgeltliche Rechtspflege, wenn ihr Rechtsbegehren nicht aussichtlos erscheint. Soweit es zur Wahrung ihrer Rechte notwendig ist, hat sie ausserdem Anspruch auf unentgeltlichen Rechtsbeistand. <ref-law> konkretisiert die Voraussetzungen für die Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege für die Privatklägerschaft im Strafprozess (Urteil 1B_355/2012 vom 12. Oktober 2012 E. 3, publ. in: Pra 2013 Nr. 1 S. 1). Nach dessen Absatz 1 gewährt die Verfahrensleitung der Privatklägerschaft für die Durchsetzung ihrer Zivilansprüche ganz oder teilweise die unentgeltliche Rechtspflege, wenn die Privatklägerschaft nicht über die erforderlichen Mittel verfügt (lit. a) und die Zivilklage nicht aussichtslos erscheint (lit. b).
3.4. Die Vorbringen des Beschwerdeführers zur vorinstanzlichen Verweigerung der unentgeltlichen Rechtspflege gehen schon deshalb fehl, weil er mit diesen einzig darzulegen beabsichtigt, seine kantonale Beschwerde sei nicht aussichtslos gewesen. Er tut dies ausschliesslich mit Argumenten, welche er bereits bezogen auf die von ihm gerügten vorinstanzlichen Sachverhaltsfeststellungen und Verletzungen des Grundsatzes "in dubio pro duriore" und von Art. 122 resp. 125 StGB anführte (vgl. E. 2.1 hiervor). Er hätte jedoch begründen müssen, ob und inwiefern er vor Vorinstanz aufzeigte, weshalb seine Zivilforderungen nicht aussichtslos seien (vgl. <ref-law>). Selbst eine eröffnete und durchgeführte Strafuntersuchung stünde der Aussichtslosigkeit einer Zivilklage nicht entgegen. Die Argumente des Beschwerdeführers gehen deshalb, unabhängig davon, dass sie unbegründet sind (vgl. E. 2.4 hiervor), an der Sache vorbei, was die Aussichtslosigkeit einer Zivilklage und damit seinen Anspruch auf unentgeltliche Rechtspflege als Privatkläger betrifft. Insofern genügt die Beschwerde den Begründungsanforderungen gemäss <ref-law> nicht. Auch vor Vorinstanz äusserte sich der Beschwerdeführer soweit ersichtlich nicht über eine Nichtaussichtslosigkeit seiner Zivilklage (vgl. kant. Akten, act. 3).
Soweit er im Weiteren beiläufig geltend macht, die Vorinstanz verletze seinen Anspruch auf rechtliches Gehör zusätzlich dadurch, als sie lediglich auf ihre vorstehenden Erwägungen verweist, ist ihm nicht zu folgen. Die materielle Begründung der Vorinstanz, weshalb sie die kantonale Beschwerde abweist, umfasst rund eine Seite (vgl. angefochtener Entscheid, E. III. 4. S. 12 f.). Folglich ist der Verweis an sich nicht zu beanstanden und der Beschwerdeführer konnte sich dessen ungeachtet ohne Weiteres zu den entsprechenden Erwägungen äussern, was er mit seiner Beschwerde vor Bundesgericht denn auch tut. Sein Anspruch auf rechtliches Gehör ist nicht verletzt.
4.
Die Beschwerde ist abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Die Gerichtskosten sind ausgangsgemäss dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (<ref-law>). Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege ist in Anwendung von <ref-law> wegen Aussichtslosigkeit abzuweisen. Der finanziellen Lage des Beschwerdeführers ist mit reduzierten Gerichtskosten Rechnung zu tragen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf eingetreten wir d.
2.
Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird abgewiesen.
3.
Die Gerichtskosten von Fr. 1'200.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Zürich, III. Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 17. September 2019
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Denys
Der Gerichtsschreiber: Weber