Fatti:
A.
Con atto di accusa del 22 gennaio 2015 il Ministero pubblico della Confederazione (MPC) ha promosso l'accusa dinanzi alla Corte penale del Tribunale penale federale (TPF) nei confronti, tra gli altri, di Q._, per i titoli di ripetuto riciclaggio di denaro aggravato, ripetuta falsità in documenti, conseguimento fraudolento di una falsa attestazione e ripetuta infrazione aggravata alla legge federale sugli stupefacenti.
B.
Dopo lo svolgimento del pubblico dibattimento, con sentenza del 29 agosto 2016, intimata alle parti il 26 luglio 2017, la Corte penale del TPF ha disposto l'abbandono del procedimento penale per il titolo di ripetuto riciclaggio di denaro aggravato ed ha riconosciuto l'imputato colpevole di ripetuta falsità in documenti riguardo a quattro capi d'imputazione. La Corte penale del TPF lo ha prosciolto dai restanti capi d'accusa e lo ha condannato alla pena pecuniaria di 120 aliquote giornaliere di fr. 10.-- ciascuna, dedotto il carcere preventivo sofferto, sospesa condizionalmente per un periodo di prova di due anni. L'imputato è inoltre stato condannato al pagamento delle spese procedurali nella misura di fr. 8'000.--. La retribuzione del suo difensore d'ufficio è stata fissata dalla Corte giudicante in fr. 338'125.80 a carico della Confederazione, con l'obbligo per l'imputato di rimborsare alla Confederazione fr. 8'000.-- non appena le sue condizioni economiche glielo permetteranno. A copertura delle spese procedurali, è inoltre stata ordinata la compensazione con i valori patrimoniali sequestrati di pertinenza dell'imputato. La Corte penale del TPF gli ha infine riconosciuto a titolo di riparazione del torto morale un'indennità di fr. 75'000.-- oltre interessi del 5 % dal 19 febbraio 2009.
C.
Q._ impugna questa sentenza con un ricorso in materia penale del 14 settembre 2017 al Tribunale federale, chiedendo di essere prosciolto dall'accusa di ripetuta falsità in documenti. Chiede inoltre di riconoscergli un'indennità di fr. 1'460'000.-- oltre interessi del 5 % dal 3 settembre 2005 per il risarcimento del danno economico, di fr. 150'200.-- oltre interessi del 5 % dal 3 settembre 2005 a titolo di riparazione del torto morale per la carcerazione preventiva subita e di fr. 9'900.-- oltre interessi del 5 % dal 3 dicembre 2007, sempre a titolo di riparazione morale, per le misure sostitutive. Postula altresì l'annullamento della confisca degli oggetti di sua pertinenza e l'accollamento alla Confederazione della totalità delle spese procedurali e della retribuzione del difensore d'ufficio. In via subordinata, chiede di annullare i dispositivi n. 2, 4, 5, 6 § 2, 7 e 8 del punto n. V della sentenza impugnata e di rinviare gli atti al TPF per un nuovo giudizio. Postula inoltre di essere ammesso al beneficio dell'assistenza giudiziaria. Il ricorrente fa valere la violazione degli art. 6 n. 2 e n. 3 lett. a CEDU, art. 9 e 29 Cost., art. 251 CP, art. 3 cpv. 2, 9, 10 cpv. 3, 344, 350, e 429 CPP e dell'art. 112 cpv. 1 lett. b LTF.
D.
La Corte penale del TPF si riconferma nella propria sentenza e si rimette al giudizio del Tribunale federale. Il MPC comunica di rinunciare a presentare osservazioni al ricorso.
E.
Con decreto del giudice dell'istruzione del 18 ottobre 2017 è stato conferito al ricorso effetto sospensivo relativamente ai dispositivi n. 5, n. 6 § 2 e n. 7 del punto n. V della sentenza impugnata (concernenti il rimborso parziale della retribuzione del difensore d'ufficio alla Confederazione e la compensazione delle spese procedurali con i valori patrimoniali sequestrati).

Diritto:
1.
1.1. Presentato dall'imputato, che ha partecipato alla procedura dinanzi alla precedente istanza, le cui conclusioni sono state in parte disattese (art. 81 cpv. 1 lett. a e b n. 1 LTF), e diretto contro una decisione finale (art. 90 LTF), resa in materia penale (art. 78 cpv. 1 LTF) dalla Corte penale del TPF (art. 80 cpv. 1 LTF), il ricorso in materia penale, tempestivo (art. 100 cpv. 1 in relazione con l'art. 46 cpv. 1 lett. b LTF), è di massima ammissibile. Con questo rimedio il ricorrente può parimenti aggravarsi contro la decisione relativa all'indennità giusta l'art. 429 cpv. 1 CPP (<ref-ruling> consid. 1).
1.2. Secondo l'art. 54 cpv. 1 LTF, il procedimento dinanzi al Tribunale federale si svolge di regola nella lingua ufficiale della decisione impugnata, che nella fattispecie è quella italiana, anche se il gravame in modo ammissibile è steso in tedesco.
2.
2.1. Il ricorrente lamenta la violazione del diritto di essere sentito, del principio accusatorio e degli art. 344 e 350 CPP. Rimprovera alla Corte penale del TPF di averlo condannato per una fattispecie diversa rispetto a quella descritta nell'atto di accusa, senza tuttavia concedergli la possibilità di esprimersi sull'imputazione modificata.
2.2. Secondo l'art. 9 cpv. 1 CPP, che sancisce il principio accusatorio, un reato può essere sottoposto a giudizio soltanto se, per una fattispecie oggettiva ben definita, il ministero pubblico ha promosso l'accusa contro una determinata persona dinanzi al giudice competente. Il principio accusatorio è pure espressione del diritto di essere sentito, disposto dall'art. 29 cpv. 2 Cost., e può inoltre essere dedotto dagli art. 32 cpv. 2 Cost. e 6 n. 3 CEDU, i quali non hanno portata distinta. Esso è concretizzato dall'atto d'accusa e assolve una doppia funzione: da un lato circoscrive l'oggetto del processo e del giudizio, dall'altro salvaguarda i diritti dell'imputato, consentendogli un'adeguata difesa (<ref-ruling> consid. 2.2; <ref-ruling> consid. 3.4.1; <ref-ruling> consid. 6.2). Il principio accusatorio implica che il prevenuto sappia con la necessaria precisione quali fatti gli sono rimproverati e a quali pene e misure rischia di essere condannato, affinché possa adeguatamente far valere le sue ragioni e preparare efficacemente la sua difesa (<ref-ruling> consid. 2a pag. 21). Il giudice è vincolato ai fatti descritti nell'atto di accusa (principio dell'immutabilità dell'atto d'accusa), ma può scostarsi dalla relativa qualificazione giuridica (art. 350 cpv. 1 CPP), purché ne informi le parti presenti dando loro l'opportunità di pronunciarsi (art. 344 CPP).
2.3.
2.3.1. Nell'atto di accusa del 22 gennaio 2015 il MPC ha ravvisato, al capo d'imputazione n. 1.4.1.1.1, il reato di falsità in documenti nella circostanza che il 7 settembre 2001, presso la banca R._SA, il ricorrente aveva fatto attestare da S._ e da T._ nel formulario A della documentazione relativa a un conto intestato alla società U._Inc. unicamente S._ e T._ quali aventi economicamente diritto, omettendo intenzionalmente di indicare anche sé stesso, pur sapendo che il conto era stato aperto per farvi confluire fondi nella disponibilità delle società A.A._AG e B.B._GmbH, da loro tre indebitamente sottratti a queste ultime.
Al capo d'imputazione n. 1.4.1.1.2, il MPC ha rimproverato al ricorrente di avere commesso il reato di falsità in documenti per avere, il 24 aprile 2003 presso la banca R._SA, attestato, contrariamente alla verità in un nuovo formulario A relativo al suddetto conto della società U._Inc., solo sé stesso quale avente economicamente diritto, omettendo intenzionalmente di indicare anche S._ e T._, pur sapendo che il conto era stato aperto per farvi confluire fondi nella disponibilità di A.A._AG e B.B._GmbH, da loro indebitamente sottratti alle stesse.
Al capo d'imputazione n. 1.4.1.2.2 è stato addebitato al ricorrente il reato di falsità in documenti per avere, il 7 giugno 2002 presso la banca C.C._, attestato contrariamente al vero nel formulario A relativo a un conto intestato alla società D.D._SA, sé stesso quale avente economicamente diritto, omettendo nuovamente in modo volontario di indicare pure S._ e T._, pur sapendo che la relazione bancaria era stata aperta per trasferirvi valori patrimoniali nella disponibilità di A.A._AG e di B.B._GmbH, indebitamente sottratti alle società.
Analogamente, nel capo d'imputazione n. 1.4.1.3.5 il MPC ha ravvisato il medesimo reato per avere, il 7 giugno 2002 presso la banca E.E._, attestato contrariamente al vero nel formulario A relativo a un conto denominato fff a lui intestato, ch'egli ne era l'avente economicamente diritto, omettendo ancora volontariamente di indicare anche S._ e T._, pur sapendo che la relazione bancaria era stata aperta per trasferirvi valori patrimoniali nella disponibilità di A.A._AG e di B.B._GmbH, da loro indebitamente sottratti alle stesse.
2.3.2. Nella sentenza di condanna per gli esposti capi d'accusa, il TPF ha per contro ritenuto che in tutti i quattro casi il denaro depositato sui conti bancari non fosse di pertinenza degli aventi economicamente diritto indicati dal MPC, bensì delle società A.A._AG e B.B._GmbH, rispettivamente dei loro clienti. I precedenti giudici hanno inoltre considerato che questa circostanza non poteva sfuggire al ricorrente, che era attivo ed operativo in queste ultime società al pari di S._ e T._. Il TPF ha quindi accertato che, contrariamente a quanto stabilito dal MPC, essi non erano aventi economicamente diritto dei valori patrimoniali depositati sulle relazioni bancarie ed ha implicitamente condannato il ricorrente per non avere indicato o fatto indicare sulla documentazione bancaria litigiosa (formulari A) quali aventi diritto economici dei conti altre persone, diverse da quelle ritenute nell'atto di accusa. Ha di conseguenza ravvisato il reato di ripetuta falsità in documenti in una fattispecie che si scosta da quella descritta nell'atto di accusa. Non risulta, né è addotto dal MPC e dal TPF, che non si esprimono sul ricorso, che questa modificata impostazione accusatoria sia stata prospettata all'imputato al processo o che sia stata specificatamente oggetto del dibattimento. Trattandosi di un aspetto rilevante, sul quale avrebbe potuto addurre argomentazioni a sostegno della sua difesa, occorreva garantire al ricorrente la possibilità di esprimersi in proposito. Disattendendo queste esigenze, la precedente istanza ha quindi violato il principio accusatorio, sicché il giudizio di condanna nei confronti del ricorrente deve essere annullato.
3.
3.1. Il ricorrente critica la decisione della Corte penale del TPF di respingere, siccome non sostanziate né comprovate, le sue pretese d'indennizzo a titolo di risarcimento del danno economico. Sostiene che alla luce del principio indagatorio vigente nella procedura penale e dell'obbligo per l'autorità di esaminare d'ufficio le pretese d'indennità, la precedente istanza avrebbe dovuto renderlo attento riguardo alla loro eventuale incompletezza o indeterminatezza, concedendogli la possibilità di sostanziarle ulteriormente. Il ricorrente adduce inoltre che la sua richiesta d'indennizzo non sarebbe stata contestata dal MPC, sicché non vi sarebbero stati motivi per fornire maggiori ragguagli. Ribadisce che la sua mancanza di reddito da un'attività lavorativa sarebbe riconducibile al procedimento penale e ripropone gli importi forfettari presentati dinanzi al TPF, riconoscendo che una quantificazione della perdita di guadagno e del dispendio per la partecipazione al procedimento non sarebbe possibile. Ritiene che, in tale evenienza, sarebbe spettato ai precedenti giudici confrontarsi con gli argomenti addotti a giustificazione dell'esistenza di un danno e determinarlo secondo il loro prudente criterio, sulla base dell'art. 42 cpv. 2 CO.
3.2. Giusta l'art. 429 cpv. 1 lett. b CPP, se è pienamente o parzialmente assolto o se il procedimento nei suoi confronti è abbandonato, l'imputato ha diritto a un'indennità per il danno economico risultante dalla partecipazione necessaria al procedimento penale. L'art. 429 cpv. 2 CPP prevede che l'autorità esamini d'ufficio le pretese dell'imputato e possa invitarlo a quantificarle e a comprovarle. Questa normativa fonda una responsabilità causale dello Stato, il quale è tenuto a risarcire l'integralità del danno che è in un rapporto causale ai sensi del diritto della responsabilità civile con il procedimento penale. L'ammontare del danno economico deve essere calcolato secondo le regole del diritto civile. L'autorità penale non è tenuta a chiarire d'ufficio tutti i fatti rilevanti per il giudizio sulle pretese d'indennità. In virtù dell'art. 429 cpv. 2 CPP deve perlomeno sentire l'imputato sulla questione dell'indennizzo in caso di (parziale) proscioglimento e, se del caso, invitarlo a quantificare ed a comprovare le sue pretese. Spetta alla persona imputata motivare e dimostrare le sue richieste, ciò che corrisponde alla regola del diritto civile secondo cui chi pretende il risarcimento di un danno ne deve fornire la prova (art. 42 cpv. 1 CO). Soltanto quando non può essere provato l'importo preciso del danno, esso è stabilito secondo il prudente criterio del giudice, avuto riguardo all'andamento ordinario delle cose e alle misure prese dal danneggiato. La facilitazione della prova prevista da questa disposizione deve essere applicata in modo restrittivo (<ref-ruling> consid. 1.3.1 e riferimenti). L'art. 42 cpv. 2 CO non apre la possibilità di chiedere al giudice, senza fornire precise indicazioni, di pronunciare un risarcimento discrezionale (<ref-ruling> consid. 4.3.1; <ref-ruling> consid. 5.1).
3.3. Il procedimento penale nei confronti del ricorrente è stato avviato dal MPC nel 2003, prima quindi dell'entrata in vigore del CPP, il 1° gennaio 2011. La precedente istanza ha fondato l'intera indennità sulla base dell'art. 429 CPP. Sulla questione del diritto transitorio in questa materia, il Tribunale federale ha avuto modo di precisare che le pretese d'indennità per il danno economico e per la riparazione del torto morale, sono di massima rette dal diritto materiale applicabile nel momento in cui sono stati svolti gli atti procedurali litigiosi. Ha comunque riservato il caso in cui, nell'evenienza di atti di procedura eseguiti sia sulla base del nuovo diritto sia su quella del diritto previgente, potrebbe eccezionalmente giustificarsi, per motivi di semplificazione e nella misura in cui esso non sia più sfavorevole all'interessato, di applicare esclusivamente il nuovo diritto (<ref-ruling> consid. 1.4 e riferimenti).
Il ricorrente non sostiene che la Corte penale del TPF avrebbe applicato a torto il CPP alle pretese da lui avanzate. Né risulta che l'applicazione dell'art. 429 CPP all'insieme della richiesta d'indennizzo gli sia più sfavorevole rispetto al diritto previgente. Anche sotto l'egida della previgente legge federale sulla procedura penale, del 15 giugno 1934 (PP), il riconoscimento all'imputato assolto di un'indennità giusta gli art. 176 e 122 PP presupponeva che questi sostanziasse e dimostrasse il danno di cui chiedeva il risarcimento (cfr. <ref-ruling> consid. 4b; sentenza 6B_215/2007 del 2 maggio 2008 consid. 6). In concreto, l'applicazione del CPP al complesso delle pretese avanzate può quindi essere ritenuta giustificata, in particolare in considerazione della durata del procedimento, per ragioni di semplificazione della procedura.
3.4. Nella fattispecie, già il 30 marzo 2016 il TPF ha invitato il ricorrente, conformemente all'art. 429 cpv. 2 CPP, a quantificare ed a comprovare le proprie pretese d'indennità. In sede di dibattimento, svoltosi dal 17 al 23 maggio 2016, egli ha presentato a titolo di risarcimento del danno economico delle pretese forfettarie di fr. 10'000.-- per le spese legate alla partecipazione al procedimento, di fr. 1'250'000.-- per il mancato guadagno e di EUR 200'000.-- per la perdita di un investimento in un ristorante in Spagna. Al riguardo, dinanzi alla precedente istanza, il patrocinatore del ricorrente si è limitato ad addurre che l'importo di fr. 10'000.-- riguarderebbe genericamente spese per viaggi, pernottamenti e pasti fuori casa nel corso del procedimento penale, mentre quello di fr. 1'250'000.-- sarebbe il risultato di un'asserita perdita di guadagno di circa fr. 100'000.-- all'anno per il periodo a partire dall'inizio della carcerazione preventiva (il 23 agosto 2004) fino al giudizio di primo grado. Come rettamente rilevato dal TPF, il ricorrente non ha tuttavia minimamente dimostrato queste pretese. In particolare non risulta ch'egli abbia presentato documentazione a sostegno delle spese (trasferte, pernottamenti e pasti) sostenute in relazione con la partecipazione a determinati atti procedurali. Disattende inoltre che la sua carcerazione preventiva nel procedimento in esame non si è protratta fino alla conclusione del procedimento, ma è terminata il 13 settembre 2006. In tale circostanza, il ricorrente, cui spettava l'onere della prova del danno, avrebbe dovuto documentare e fondare il preteso mancato guadagno su fatti precisi, in particolare riguardo al decennio successivo alla sua scarcerazione. Avanzando semplicemente a titolo di perdita di guadagno una pretesa generica, basata in modo indifferenziato sull'intera durata della procedura, il ricorrente non ha indicato né dimostrato nella misura del possibile tutte le circostanze che fondavano il danno e che potevano permettere o quantomeno facilitare la sua determinazione. Egli disponeva di un tempo sufficiente per procedere in tal senso, ritenuto che, come visto, la Corte penale del TPF lo aveva invitato con largo anticipo a sostanziare le proprie pretese d'indennità. Contrariamente all'opinione del ricorrente, la precedente autorità giudiziaria non era tenuta a renderlo ulteriormente attento della necessità di adempiere al suo onere probatorio. A ragione ha quindi respinto le suddette pretese di risarcimento del danno materiale.
4.
4.1. Il ricorrente critica l'ammontare dell'indennità riconosciuta a titolo di riparazione del torto morale, rimproverando ai precedenti giudici di avere violato il suo diritto di essere sentito, per non avere tenuto conto di tutti gli argomenti da lui sollevati a sostegno del fatto che la lesione della sua personalità a seguito del procedimento penale sarebbe stata particolarmente grave ed avrebbe giustificato un indennizzo maggiore. Rileva che la Corte penale del TPF, oltre alla durata complessiva del procedimento penale, avrebbe considerato soltanto la durata della carcerazione preventiva e quella del periodo in cui è stato sottoposto a misure sostitutive. Non avrebbe per contro preso in considerazione ulteriori fattori rilevanti, quali l'illegalità delle condizioni della carcerazione subita presso le carceri pretoriali di Mendrisio, l'impossibilità di fare visita al figlio prima di essere incarcerato e di unirsi in matrimonio come era stato previsto con la sua compagna. Sostiene inoltre di essere stato esposto a misure lesive della dignità umana perché gli sarebbe stato impedito di recarsi al funerale del padre e siccome sarebbe stato condotto ammanettato ad una visita medica. Evidenzia altresì di avere subito una forte esposizione mediatica.
4.2. Giusta l'art. 429 cpv. 1 lett. c CPP, l'imputato prosciolto ha diritto a una riparazione del torto morale per lesioni particolarmente gravi dei suoi interessi personali, segnatamente in caso di privazione della libertà. Il versamento di un'indennità a questo titolo presuppone di massima una lesione della personalità analoga a quella richiesta nell'ambito dell'art. 49 CO (<ref-ruling> consid. 3.1). La fissazione della riparazione del torto morale costituisce una decisione secondo equità, fondata di principio sull'apprezzamento e sulla ponderazione delle concrete circostanze del caso. Essa deve essere fissata in funzione della gravità della lesione della personalità, tenendo conto di tutte le circostanze di fatto, segnatamente del pregiudizio all'integrità fisica e psichica, della reputazione di colui che si pretende leso, nonché della sua situazione familiare e professionale (<ref-ruling> consid. 2.2.2; <ref-ruling> consid. 5.1).
Un'indennità per torto morale è di principio riconosciuta quando l'imputato è stato sottoposto alla carcerazione preventiva o di sicurezza. Anche un arresto oppure una perquisizione eseguiti in pubblico o che hanno avuto un'ampia risonanza mediatica, così come una durata molto lunga della procedura o un'esposizione rilevante nei media, possono costituire una lesione grave della personalità. Ciò vale pure per le conseguenze familiari, professionali o politiche riconducibili a un procedimento penale e per le affermazioni lesive della personalità che potrebbero essere diffuse dalle autorità penali nel corso dell'inchiesta. Non possono per contro essere presi in considerazione i disagi generalmente connessi ad ogni perseguimento penale, come l'aggravio a livello psichico che un simile procedimento di norma comporta per la persona interessata (<ref-ruling> consid. 3.1).
Il diritto delle parti di essere sentite (art. 29 cpv. 2 Cost., art. 3 cpv. 2 lett. c CPP) esige che l'autorità si confronti con le censure sollevate e le esamini seriamente, dando atto di questo esame nella motivazione della sua decisione. La garanzia impone quindi all'autorità di motivare il suo giudizio, in modo da permettere all'interessato di afferrarne la portata e, se del caso, di impugnarlo con cognizione di causa, nonché all'autorità di ricorso di esaminarne la fondatezza (<ref-ruling> consid. 1.3.1; <ref-ruling> consid. 2.2; <ref-ruling> consid. 5.1).
4.3. La Corte penale del TPF ha accertato che il ricorrente è stato sottoposto a 752 giorni di carcerazione preventiva e a 891 giorni di misure sostitutive, quali l'obbligo di depositare il passaporto, il divieto di lasciare il territorio svizzero e l'obbligo di presentarsi settimanalmente presso un posto di polizia. Ritenuto ch'egli è stato condannato a una pena pecuniaria di 120 aliquote giornaliere sospesa condizionalmente, ha rilevato che la durata della carcerazione preventiva ha ecceduto di 632 giorni quella consentita. La precedente istanza gli ha di conseguenza riconosciuto sulla base dell'art. 431 cpv. 2 CPP un'indennità giornaliera di fr. 100.-- per i 632 giorni di carcerazione in eccesso, pari a complessivi fr. 63'200.--. Ha poi aumentato questo importo a fr. 75'000.-- in considerazione delle misure sostitutive adottate successivamente alla scarcerazione e della durata della procedura. Ha fissato gli interessi su detto importo al 5 % a partire dalla fine delle misure sostitutive, vale a dire dal 19 febbraio 2009.
4.4. Risulta tuttavia che il difensore del ricorrente ha sollevato al processo ulteriori aspetti suscettibili di influire sull'ammontare della riparazione del torto morale. In particolare ha fatto valere l'illegalità delle condizioni di carcerazione durante i tre mesi trascorsi presso le carceri pretoriali di Mendrisio, le conseguenze sulla sua situazione familiare, l'impossibilità di partecipare al funerale del padre, l'esposizione pubblica con le manette ai piedi e alla mani in occasione dell'accompagnamento ad una visita medica presso l'ospedale universitario di Zurigo e l'ampio risalto dato dai mass media al procedimento penale (cfr. arringa pag. 20 segg.). Si tratta di circostanze concrete che possono essere di rilievo ai fini del giudizio sull'ammontare della riparazione del torto morale e con cui la precedente istanza non si è confrontata in modo specifico (cfr. <ref-ruling> consid. 3.1). Al riguardo, deve essere segnatamente precisato che la Corte penale del TPF era tenuta ad esaminare la censura relativa alle asserite condizioni di detenzione illecite (art. 431 cpv. 1 CPP), anche qualora il ricorrente non abbia impugnato il provvedimento coercitivo al momento della sua adozione (cfr. sentenza 6B_291/2013 del 12 dicembre 2013 consid. 2, in: RtiD II-2014 pag. 261 segg. e riferimenti).
Nel seguito della procedura, la Corte penale del TPF dovrà quindi pronunciarsi nuovamente sull'indennità per la riparazione del torto morale.
5.
5.1. Il ricorrente contesta la decorrenza dell'interesse sulla riparazione del torto morale, stabilita nella sentenza impugnata soltanto a partire dall'ultimo giorno delle misure sostitutive (19 febbraio 2009). Sostiene che questo modo di procedere non sarebbe conforme alla giurisprudenza del Tribunale federale.
5.2. La censura è fondata. Secondo la costante giurisprudenza, nel danno rientra l'interesse a partire dal momento in cui si verifica l'evento dannoso. L'interesse del danno corre fino al pagamento del risarcimento e mira a collocare l'avente diritto nella posizione che avrebbe se la sua pretesa fosse soddisfatta il giorno dell'atto illecito, rispettivamente al momento del suo effetto economico. Anche sulle riparazioni del torto morale devono essere corrisposti interessi a partire dall'evento dannoso. Come per l'interesse del danno, anche quello per la riparazione del torto morale persegue lo scopo di porre il creditore nella situazione in cui si troverebbe se il risarcimento gli fosse versato già al momento della lesione della personalità, rispettivamente al verificarsi del danno morale. L'interesse fa parte della riparazione, la quale deve essere integralmente garantita alla persona danneggiata indipendentemente dalla durata della procedura fino alla fissazione definitiva dell'indennità, rispettivamente fino al pagamento della stessa. L'interesse deve compensare la mancata disponibilità dell'uso del capitale per il periodo tra la realizzazione dell'atto dannoso, rispettivamente i suoi effetti sulla personalità della vittima, e il versamento. Giusta l'art. 73 cpv. 1 CO, il tasso d'interesse è del 5 %. Secondo la giurisprudenza, il momento della privazione della libertà personale costituisce, nel caso di una riparazione del torto morale ai sensi dell'art. 429 cpv. 1 lett. c CPP per una carcerazione preventiva ingiustificata, l'evento dannoso che dà luogo alla corresponsione di interessi (cfr. sentenza 6B_1404/2016 del 13 giugno 2017 consid. 2.2 e riferimenti).
5.3. La decisione impugnata, che riconosce gli interessi sull'indennità per la riparazione del torto morale soltanto a partire dalla fine delle misure restrittive della libertà personale, disattende l'esposta giurisprudenza. Dinanzi alla Corte penale del TPF il ricorrente non si è limitato a chiedere genericamente "un'adeguata indennità" a titolo di riparazione del torto morale, ma ha quantificato la pretesa ed ha esplicitamente chiesto il riconoscimento di interessi del 5 %. Non si può pertanto ritenere che vi abbia rinunciato (cfr., per il caso di una rinuncia, sentenza 6B_632/2017 del 22 febbraio 2018 consid. 2.4). La precedente istanza, tenuta a statuire nuovamente sull'ammontare di detta indennità, dovrà quindi ripronunciarsi anche sulla questione degli interessi.
6.
6.1. Il ricorrente rimprovera alla Corte penale del TPF di avere violato il suo diritto di essere sentito, perché non avrebbe sufficientemente motivato le ragioni della confisca della pistola di marca Beretta (con magazzino carico inserito) e delle munizioni (32 colpi di 9 mm) sequestrategli. Adduce al riguardo di non essere stato interrogato al processo su questo provvedimento.
6.2. La precedente istanza ha ordinato la confisca della pistola e delle munizioni in applicazione dell'art. 69 CP. Questa norma, dal titolo marginale "confisca di oggetti pericolosi", prevede che il giudice, indipendentemente dalla punibilità di una data persona, ordina la confisca degli oggetti che hanno servito o erano destinati a commettere un reato o che costituiscono il prodotto di un reato, se tali oggetti compromettono la sicurezza delle persone, la moralità o l'ordine pubblico. Fondandosi esplicitamente su questa norma, la Corte penale del TPF ha quindi disposto la confisca dell'arma e delle munizioni sequestrate al ricorrente, siccome si trattava di oggetti pericolosi. Il ricorrente ha peraltro avuto la possibilità di contestare al dibattimento la misura richiesta dal MPC, che figurava chiaramente nell'atto di accusa. In questa sede, egli si limita ad addurre di non essere stato interrogato al riguardo, ma non sostanzia una violazione del diritto (art. 95 lett. a LTF) con una motivazione conforme alle esigenze dell'art. 42 cpv. 2 LTF. Disattende che avrebbe potuto esprimersi sulla prospettata confisca in sede dibattimentale e non solleva argomenti tali da metterne seriamente in dubbio la fondatezza. Non sostiene per esempio, né rende minimamente verosimile, che si tratterebbe di un'arma da collezione o destinata al tiro sportivo. Insufficientemente motivata, la censura si appalesa inammissibile e non deve quindi essere esaminata oltre.
7.
7.1. Ne segue che, in quanto ammissibile, il ricorso deve essere parzialmente accolto. La sentenza impugnata deve quindi essere annullata nella misura in cui concerne la condanna del ricorrente (punto V, dispositivi n. 2 e 4) e l'indennità per la riparazione del torto morale (punto V, dispositivo n. 8). In accoglimento delle conclusioni ricorsuali, devono inoltre essere annullati i dispositivi n. 5, n. 6 § 2, e n. 7 del punto V, trattandosi di aspetti concernenti il pagamento parziale delle spese procedurali e il rimborso di una parte della retribuzione del difensore d'ufficio, il cui esito è strettamente legato al giudizio di condanna annullato. La causa è quindi rinviata al TPF per una nuova decisione nel senso dei considerandi.
7.2. Non si prelevano spese giudiziarie a carico del MPC (art. 66 cpv. 4 LTF). Al ricorrente, prevalentemente vincente nella procedura, deve essere riconosciuta, a carico della Confederazione, un'indennità a titolo di ripetibili di questa sede (cfr. art. 68 cpv. 1 LTF). Il riconoscimento di questa indennità rende priva di oggetto la domanda di assistenza giudiziaria contenuta nel gravame.

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1.
Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è parzialmente accolto. I dispositivi n. 2, n. 4, n. 5, n. 6 § 2, n. 7 e n. 8 del punto V della sentenza emanata il 29 agosto 2016 dalla Corte penale del TPF sono annullati. La causa è rinviata al TPF per un nuovo giudizio nel senso dei considerandi.
2.
Non si prelevano spese giudiziarie.
3.
La Confederazione (Ministero pubblico) verserà al ricorrente un'indennità di fr. 3'000.-- a titolo di ripetibili di questa sede.
4.
Comunicazione al patrocinatore del ricorrente, al Ministero pubblico della Confederazione e alla Corte penale del Tribunale penale federale.