Erwägungen:
1.
Die Staatsanwaltschaft des Kantons Nidwalden führte gegen A._ ein Untersuchungsverfahren wegen Veruntreuung, unter anderem in Bezug auf eine Darlehensvergabe an B._ Am 21. Februar 2019 trennte sie das Verfahren im Fall B._ zwecks separater Erledigung vom restlichen Verfahren ab. Sie erliess im Fall B._ gleichentags einen Strafbefehl und stellte das Verfahren im Übrigen in der Folge ein. Am 4. März 2019 erhob A._ Beschwerde ans Obergericht Nidwalden gegen die Abtrennungsverfügung vom 21. Februar 2019. Dieses trat am 3. April 2019 auf die Beschwerde nicht ein.
Mit Beschwerde vom 9. Mai 2019 beantragt A._, diesen Entscheid des Obergerichts aufzuheben und die Sache zu neuem Entscheid an die Vorinstanz zurückzuweisen. Ausserdem ersucht er, seiner Beschwerde aufschiebende Wirkung zuzuerkennen.
Der Oberstaatsanwalt beantragt, die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei.
2.
Angefochten ist ein kantonal letztinstanzlicher Entscheid über eine Beschwerde gegen eine Verfahrenstrennung. Dagegen ist die Beschwerde in Strafsachen zulässig (Art. 78 Abs. 1, Art. 80 BGG). Voraussetzung für die Einreichung einer Beschwerde ist allerdings ein aktuelles Rechtsschutzinteresse an der Änderung oder Aufhebung des angefochtenen Entscheids (<ref-law>).
Die Staatsanwaltschaft hat die beiden (getrennten) Verfahren abgeschlossen, jenes im Fall B._ mit einem Strafbefehl, das andere durch Einstellung. Der Beschwerdeführer kann gegen den Strafbefehl Einsprache erheben und die Einstellungsverfügung anfechten; beides hat er auch getan. Er hat damit offensichtlich kein aktuelles, rechtlich geschütztes Interesse an der Anfechtung der den Abschluss der Untersuchungsverfahren vorbereitenden Abtrennungsverfügung. Mit dem blossen Hinweis, als Beschuldigter und Adressat der Abtrennungsverfügung habe er ein rechtlich geschütztes Interesse an deren Aufhebung, vermag der Beschwerdeführer nicht darzutun, inwiefern sein Rechtsschutzinteresse noch aktuell sein könnte. Auf die Beschwerde ist wegen fehlenden aktuellen Rechtsschutzinteresses im vereinfachten Verfahren nicht einzutreten. Bei diesem Ausgang des Verfahrens wird der Beschwerdeführer kostenpflichtig (<ref-law>).

Demnach erkennt der Präsident:
1.
Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 1'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3.
Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, der Staatsanwaltschaft des Kantons Nidwalden, Abteilung II Wirtschaftsdelikte, und dem Obergericht des Kantons Nidwalden, Beschwerdeabteilung in Strafsachen, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 6. Juni 2019
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Chaix
Der Gerichtsschreiber: Störi