Sachverhalt:
A.
A.C._ kaufte sich im Laufe des Jahres 2006 als unselbstständig Erwerbender mit einem Betrag von Fr. 250'000.-- zur Finanzierung der vorzeitigen Pensionierung in die Vorsorgestiftung zugunsten des Personals der D._ AG ein. Nachdem er von Januar bis März 2009 Taggelder der Arbeitslosenversicherung bezogen hatte und sein Vorsorgekapital auf ein Konto der Freizügigkeitsstiftung E._ hatte überweisen lassen, liess er sich am 7. April 2009 sein angespartes Kapital in der Höhe von Fr. 3'451'562.-- auszahlen. Als Grund für die Barauszahlung gab er die Aufnahme einer selbstständigen Erwerbstätigkeit an. Dazu hatte er am 5. Januar 2009 das Einzelunternehmen F._ mit Sitz in U._ (AG) in das Handelsregister eintragen lassen. Vor der Auszahlung hatte er sich am 1. April 2009 zusammen mit seiner Ehefrau und den beiden Kindern bei der Einwohnerkontrolle U._ ab- und in V._ (GR) angemeldet. Am 1. Oktober 2009 meldete sich die Familie erneut in U._ an. Mit Verfügungen vom 7. September 2010 besteuerten das Gemeindesteueramt V._ und die Steuerverwaltung des Kantons Graubünden die Kapitalzahlung für die Gemeinde, den Kanton und den Bund. Diese Verfügungen sind unangefochten in Rechtskraft erwachsen. Am 22. und 28. Februar 2013 besteuerte auch die Steuerkommission U._ die erfolgte Kapitalzahlung (Jahressteuer der Kantons- und Gemeindesteuern 2009 resp. der direkten Bundessteuer 2009 von je Fr. 3'451'500.--), wogegen A.C._ Einsprache erhob. Am 22. August 2013 veranlagte die Steuerkommission U._ die Ehegatten betreffend die Kantons- und Gemeindesteuern 2009 zu einem steuerbaren Einkommen von Fr. 3'421'400.-- und zu einem steuerbaren Vermögen von Fr. 2'129'000.-- (satzbestimmend Fr. 2'764'000.--). Die Kapitalauszahlung vom 7. April 2009 erfasste sie dabei abweichend von den im Februar 2013 erlassenen Verfügungen als übriges Einkommen, da sie die Aufnahme einer selbstständigen Erwerbstätigkeit nicht als gegeben und damit die Voraussetzungen für eine Barauszahlung nicht als erfüllt erachtete. Die dagegen erhobenen Rechtsmittel blieben erfolglos (Einspracheentscheid der Steuerkommission vom 30. Oktober 2013; Entscheid des Spezialverwaltungsgerichts des Kantons Aargau, Abteilung Steuern, vom 25. Juni 2015; Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Aargau vom 27. Januar 2016). Am 2. März 2016 erhoben die Steuerpflichtigen Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten gegen das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Aargau vom 27. Januar 2016. Mit Urteil 2C_204/2016 vom 9. Dezember 2016 E. 3.5, E. 3.6 erwog das Bundesgericht, mangels Aufnahme einer selbstständigen Erwerbstätigkeit habe kein Barauszahlungsgrund vorgelegen, weshalb die Barauszahlung nicht zulässig gewesen sei; nicht abgeklärt habe die Vorinstanz jedoch, ob die Steuerpflichtigen die Zahlung rückabwickeln wollten. Entsprechend hiess das Bundesgericht mit Urteil 2C_204/2016 vom 9. Dezember 2016 die Beschwerde der Steuerpflichtigen gegen den Kanton Aargau gut, hob das angefochtene Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Aargau auf und wies die Sache zu neuer Entscheidung im Sinne der Erwägungen an den Kanton Aargau (Ziff. 1 des Dispositivs) sowie zur Neuverlegung der kantonalen Kosten- und Entschädigungsfolgen an das Verwaltungsgericht (Ziff. 5 des Dispositivs) zurück. Des Weiteren hiess das Bundesgericht mit Urteil 2C_204/2016 vom 9. Dezember 2016 die Beschwerde gegen den Kanton Graubünden gut, soweit darauf einzutreten war, und wies den Kanton Graubünden an, die Steuerveranlagungen betreffend Kapitalzahlung im Jahr 2009 aufzuheben und die bereits bezogenen Kantons- und Gemeindesteuern zurückzuerstatten.
B.
Mit Urteil vom 3. April 2017 erwog das Verwaltungsgericht, es selbst habe lediglich über die Kostenverlegung der kantonalen Rechtsmittelverfahren zu befinden, während die Abklärung der Frage einer allfälligen Rückzahlung der Steuerkommission U._ obliege, wie sich zwar nicht dem Dispositiv, aber den Erwägungen des bundesgerichtlichen Urteils entnehmen lasse. Für eine abweichende Verlegung der Kosten- und Entschädigungsfolgen der kantonalen Rechtsmittelverfahren bestehe kein Anlass, weil der Steuerpflichtige während des ganzen kantonalen Verfahrens keinen Antrag auf Rückabwicklung gestellt habe.
C.
Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 2. Mai 2017 an das Bundesgericht beantragen die Steuerpflichtigen die kostenfällige Aufhebung des Urteils des Verwaltungsgerichts des Kantons Aargau vom 3. April 2017, die Rückweisung an die Vorinstanz zu neuem Entscheid sowie eine Neuverlegung der vor- und unterinstanzlichen Kosten- und Entschädigungsfolgen.
Die Vorinstanz verzichtet auf eine Vernehmlassung und schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Die Steuerverwaltung des Kantons Graubünden, das kantonale Steueramt des Kantons Aargau sowie die Eidgenössische Steuerverwaltung ESTV verzichten auf eine Vernehmlassung.
Der Instruktionsrichter gab dem Beschwerdeführer Gelegenheit, zur Frage Stellung zu nehmen, ob es sich beim angefochtenen Kostenentscheid des Verwaltungsgerichts um einen End- oder einen derzeit nicht anfechtbaren Zwischenentscheid handle. Der Beschwerdeführer nahm am 9. Mai 2018 Stellung und führte aus, die Rückzahlung der Kapitalleistung sei bisher teilweise erfolgt und der Restbetrag werde in absehbarer Zeit zurückbezahlt. Mit einem neuerlichen gerichtlichen Verfahren sei nicht zu rechnen, beim Entscheid des Verwaltungsgerichts handle es sich um einen Endentscheid.

Erwägungen:
1.
Die Beschwerde richtet sich gegen einen auf Rückweisung durch das Bundesgericht hin neu erlassenen Kostenentscheid einer letzten kantonalen Instanz in einer Angelegenheit des öffentlichen Rechts. Zu prüfen ist vorab, ob der vorliegend angefochtene kantonale Kostenentscheid als selbstständig eröffneter Zwischenentscheid im Sinne von <ref-law> oder als Endentscheid im Sinne von <ref-law> zu qualifizieren ist, sind doch kantonale Zwischenentscheide vor Bundesgericht nur unter der Voraussetzung anfechtbar, dass sie dem Beschwerdeführer einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil rechtlicher Art zufügen (<ref-law>) oder die Gutheissung der Beschwerde sofort einen Endentscheid herbeiführen und damit einen bedeutenden Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren ersparen würde (<ref-law>).
2.
2.1. Als Endentscheid ist ein Entscheid zu qualifizieren, der das Verfahren prozessual abschliesst (<ref-law>), sei dies mit einem materiellen Entscheid oder Nichteintreten, z.B. mangels Zuständigkeit (<ref-ruling> E. 4.1.1 S. 480); als Vor- und Zwischenentscheide gelten alle Entscheide, die das (Haupt-) Verfahren nicht abschliessen und daher weder End- noch Teilentscheide sind; sie können formell- oder materiellrechtlicher Natur sein (<ref-ruling> E. 4.1.3 S. 481). Rechtsmittelentscheide über Zwischenentscheide sind ihrerseits Zwischenentscheide, es sei denn, sie würden das Hauptverfahren abschliessen. Das gilt auch, wenn mit dem angefochtenen Entscheid auf eine Beschwerde gegen eine Zwischenverfügung nicht eingetreten wird (Urteile 2C_475/2011, 2C_476/2011 vom 13. Dezember 2011 E. 2.1, unter Verweis auf die Urteile 4A_542/2009 vom 27. April 2010 E. 3; 9C_740/2008 vom 30. Oktober 2008 E. 1).
2.2. Gemäss der bundesgerichtlichen Rechtsprechung folgt die Zulässigkeit einer Beschwerde an das Bundesgericht im Kostenpunkt derjenigen der Hauptsache (<ref-ruling> E. 1.2 S. 331; <ref-ruling> E. 2.3 S. 95 f.; Urteil 2C_60/2011 vom 12. Mai 2011 E. 1; NICOLAS VON WERDT, in: Stämpfli's Handkommentar zum Bundesgerichtsgesetz, 2. Aufl. 2015, N. 14 zu <ref-law>). Diese Einheit des Urteils hat zur Folge, dass ein Entscheid, mit welchem eine obere kantonale Instanzeine Sache zu neuem Entscheid an eine untere kantonale Instanz zurückweist und gleichzeitig über ihre eigenen Verfahrenskosten befindet, hinsichtlich des gesamten Entscheiddispositivs - einschliesslich des Kostenpunktes - als ein kantonaler Zwischenentscheid im Sinne von <ref-law> zu qualifizieren ist (BERNARD CORBOZ, Commentaire de la Loi sur le Tribunal fédéral, 2. Aufl. 2014, N. 9 zu <ref-law>, N. 12 zu <ref-law>); diese Qualifikation ergeht ungeachtet dessen, dass die betreffenden kantonalen Verfahrenskosten anschliessend nicht mehr im Streit liegen (<ref-ruling> E. 1.2 S. 331). Die in einem (als Zwischenentscheid zu qualifizierenden) kantonalen Rückweisungsentscheid statuierten Kosten- und Entschädigungsfolgen sind somit nur unter den Voraussetzungen von <ref-law> beim Bundesgericht anfechtbar (<ref-ruling> E. 3.2 S. 555 f.; <ref-ruling> E. 1.1 S. 365 f., unter Verweis auf <ref-ruling> E. 3.2 S. 607; <ref-ruling> E. 1 S. 331 ff.; <ref-ruling> E. 2.1 S. 647 f.). Wird die von der unteren Instanz auf Grund des Rückweisungsentscheids erlassene neue Verfügung in der Sache nicht mehr angefochten, kann direkt im Anschluss an diese neue Verfügung die Kostenregelung im kantonalen Rückweisungsentscheid innert der Beschwerdefrist von <ref-law> beim Bundesgericht angefochten werden (<ref-ruling> E. 1.1 S. 59; <ref-ruling> E. 1.2.2 S. 333; <ref-ruling> E. 2.2 S. 648); fristauslösend für diese Anfechtung ist das Eröffnungs- bzw. Zustellungsdatum der neuen unterinstanzlichen Verfügung (BGE <ref-ruling> E. 1 S. 365 ff.).
2.3. Das Nämliche gilt, wenn wie vorliegend nicht eine kantonale Instanz, sondern das Bundesgericht einen Entschied aufhebt, die Sache zur Neubeurteilung an die Verwaltung zurückweist und zugleich die Vorinstanz anweist, die Kosten für das vorangegangene Verfahren neu festzulegen, und in der Folge die Vorinstanz, bevor ein Endentscheid in der Sache vorliegt, diesen Kostenentscheid fällt; auch in dieser Konstellation ist der vorinstanzliche Entscheid über die Kostenverlegung nur ein Zwischenschritt im gesamten Verfahrensablauf (Urteile 9C_117/2010 vom 23. Juli 2010 E. 2.3; 8C_980/2010 vom 16. Februar 2011 E. 2.3; 2C_60/2011 vom 12. Mai 2011 E. 1; 8C_86/2012 vom 2. Juli 2012 E. 2.3 sowie 8C_324/2012 vom 16. August 2012 E. 2.3). Endentscheid wird die neue Veranlagungsverfügung sein. Wird diese neue Verfügung in der Sache nicht mehr angefochten, kann direkt im Anschluss an diese neue Verfügung die Neuverlegung der Kosten- und Entschädigungsfolgen im Urteil des Verwaltungsgerichts Kantons Aargau vom 3. April 2017 innert der Beschwerdefrist von <ref-law> beim Bundesgericht angefochten werden (vgl. oben, E. 2.2 in fine).
2.4. Die Voraussetzungen für eine sofortige Anfechtung des Zwischenentscheids sind nicht gegeben. Weder droht dem Beschwerdeführer ein nicht wiedergutzumachender Nachteil noch liesse sich mit der Gutheissung der Beschwerde ein Endentscheid herbeiführen, der ein weitläufiges Beweisverfahren ersparen würde.
3.
Auf die Beschwerde ist daher nicht einzutreten.
Bei diesem Verfahrensausgang sind die Gerichtskosten den Beschwerdeführern zu gleichen Teilen und unter solidarischer Haftbarkeit aufzuerlegen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Auf die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten wird nicht eingetreten.
2.
Die Gerichtskosten des bundesgerichtlichen Verfahrens von Fr. 3'000.-- werden den Beschwerdeführern zu gleichen Teilen und unter solidarischer Haftung auferlegt.
3.
Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten, dem Verwaltungsgericht des Kantons Aargau und der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 31. Mai 2018
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Seiler
Die Gerichtsschreiberin: Mayhall