Sachverhalt:
A.
A.a. Die Staatsanwaltschaft erhob am 23. Februar 2018 Anklage gegen A._ im Wesentlichen betreffend mehrfacher (teilweise versuchter) sexueller Nötigung und sexueller Belästigung etc. Das Strafgericht Basel-Stadt stellte mit Urteil vom 1. Juni 2018 fest, dass A._ die Tatbestände der mehrfachen Nötigung, des Hausfriedensbruchs, der mehrfachen sexuellen Belästigung, der mehrfachen Gewalt und Drohung gegen Beamte, der einfachen Körperverletzung, der mehrfachen versuchten einfachen Körperverletzung und der geringfügigen Sachbeschädigung in rechtswidriger Weise erfüllt, dabei aber im Sinne von <ref-law> im Zustand der vollständigen Schuldunfähigkeit gehandelt hat, und sprach ihn von sämtlichen Vorwürfen frei. Es ordnete indes eine stationäre psychiatrische Behandlung gemäss <ref-law> an. In einem Nebenpunkt erklärte es den Beurteilten der Übertretung des BetmG schuldig und verurteilte ihn zu einer Busse von Fr. 100.--. Das Urteil erwuchs in Rechtskraft.
A.b. A._ befand sich seit Oktober 2017 in Untersuchungs- bzw. Sicherheitshaft. In der Zeit nach Eröffnung des strafgerichtlichen Urteils war er vom 1. Juni 2018 bis am 26. Juli 2018 im Untersuchungsgefängnis B._ inhaftiert. Anschliessend wurde er ins Gefängnis C._ überstellt, wo er bis am 20. Juni 2019 einsass. Danach trat er zum Massnahmenvollzug in die geschlossene Abteilung der Kliniken Kliniken D._ (nachfolgend: Kliniken D._) über (Beschwerde S. 5).
A.c. A._ stellte am 11. Januar 2019 beim Straf- und Massnahmenvollzug des Amts für Justizvollzug des Bereichs Bevölkerungsdienste und Migration des Kantons Basel-Stadt (nachfolgend: SMV) u.a. den Antrag, die angeordnete stationäre Massnahme sei innert 30 Tagen in einer geeigneten forensisch-psychiatrischen Einrichtung im engeren Sinn zu beginnen. Soweit dies nicht möglich sei, sei die Massnahme aufzuheben und sei er (bedingt) aus der Haft zu entlassen. Der SMV wies die Anträge mit Verfügung vom 13. Februar 2019 ab.
Das Justiz- und Sicherheitsdepartement des Kantons Basel-Stadt (nachfolgend: JSD) wies am 19. August 2019 einen gegen diese Verfügung erhobenen Rekurs ab, soweit es darauf eintrat.
B.
Gegen den Entscheid des JSD erhob A._ Rekurs beim Appellationsgerichts des Kantons Basel-Stadt mit dem Antrag, es sei eine Verletzung von Art. 5 Abs. 1 lit. e EMRK festzustellen. Ferner beantragte er die Aufhebung der stationären Massnahme mangels geeigneter Einrichtung und seine Entlassung, sofern nicht bis spätestens im Januar 2020 eine forensisch-psychiatrische Einrichtung in der Westschweiz verfügbar sein sollte. Schliesslich stellte er Antrag auf Sistierung des Rekursverfahrens für sechs Monate.
Das Appellationsgericht des Kantons Basel-Stadt wies mit Urteil vom 24. Januar 2020 den Antrag auf Sistierung des Verfahrens sowie den Rekurs ab.
C.
A._ führt Beschwerde in Strafsachen, mit der er beantragt, das angefochtene Urteil sei (teilweise) aufzuheben und es sei festzustellen, dass der Freiheitsentzug vom 1. Juni 2018 bis am 20. Juni 2019 rechtswidrig gewesen sei und Art. 5 Abs. 1 lit e EMRK verletze. Eventualiter sei die Sache zur neuen Beurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Ferner ersucht er um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege.

Erwägungen:
1.
Die zu beurteilende Beschwerde richtet sich gegen das Urteil des Appellationsgerichts vom 24. Januar 2020 als kantonal letztinstanzlichen Entscheid betreffend stationäre psychiatrische Behandlung und Feststellung eines Verstosses gegen die EMRK.
Gemäss <ref-law> beurteilt das Bundesgericht Beschwerden in Strafsachen. Als solche gelten gemäss Abs. 2 lit. b derselben Bestimmung auch Entscheide über den Vollzug von Strafen und Massnahmen. Die Beschwerde ist zulässig gegen Entscheide letzter kantonaler Instanzen, die das Verfahren abschliessen (Art. 80 und Art. 90 BGG).
Gegenstand des angefochtenen Entscheids bilden die Rechtmässigkeit der über den Beschwerdeführer angeordneten Haft und Fragen des Massnahmenvollzuges. Damit unterliegt der vorinstanzliche Entscheid, wie der Beschwerdeführer zu Recht vorbringt (Beschwerde S. 4), der Beschwerde in Strafsachen gemäss <ref-law>. Zuständig ist die Strafrechtliche Abteilung des Bundesgerichts.
2.
2.1. Der Beschwerdeführer beantragt die Feststellung, dass der Freiheitsentzug vom 1. Juni 2018 bis 20. Juni 2019 rechtswidrig war und eine Verletzung von Art. 5 Abs. 1 lit. e EMRK darstellt.
2.2. Gemäss Art. 81 Abs. 1 lit. a und b BGG ist zur Beschwerde in Strafsachen berechtigt, wer vor der Vorinstanz am Verfahren teilgenommen oder keine Möglichkeit zur Teilnahme erhalten hat und ein rechtlich geschütztes Interesse an der Aufhebung oder Änderung des angefochtenen Entscheids hat. Dazu gehört namentlich die beschuldigte Person (Art. 81 Abs. 2 lit. b Ziff. 1 BGG).
2.3. Die Legitimation zur Beschwerde in Strafsachen setzt voraus, dass der Beschwerdeführer durch den angefochtenen Entscheid beschwert ist und ein aktuelles Rechtsschutzinteresse an der Behandlung der Beschwerde hat. Das Erfordernis stellt sicher, dass dem Bundesgericht konkrete und nicht bloss theoretische Fragen zum Entscheid vorgelegt werden (<ref-ruling> E. 1.3.1; <ref-ruling> E. 1.3). Das Bundesgericht sieht indes ausnahmsweise vom Erfordernis eines aktuellen Rechtsschutzinteresses ab, wenn sich die mit der Beschwerde aufgeworfenen Fragen jeweils unter gleichen oder ähnlichen Umständen wieder stellen könnten, an ihrer Beantwortung wegen ihrer grundsätzlichen Bedeutung ein hinreichendes öffentliches Interesse besteht und im Einzelfall eine rechtzeitige Prüfung kaum je möglich wäre (<ref-ruling> E. 1.3; <ref-ruling> E. 1.2; je mit Hinweisen). So ist das Bundesgericht namentlich in Fällen, in denen durch die EMRK geschützte Ansprüche zur Diskussion stehen, mit Blick auf das Gebot des fairen Verfahrens (<ref-law>) und der Prozessökonomie regelmässig auf die Beschwerde eingetreten, auch wenn kein aktuelles praktisches Interesse mehr bestand (<ref-ruling> E. 1.3.1 mit Hinweisen; vgl. auch Urteile 6B_470/2019 vom 9. August 2019 E. 2; 6B_1075/2018 vom 15. November 2018 E. 2; 6B_729/2018 vom 26. September 2018 E. 1.2; ferner THOMMEN/FAGA, in: Basler Kommentar BGG, 3. Aufl. 2018, N. 6 zu Art. 81). Damit ist angesichts der behaupteten Verletzung von Art. 5 Abs. 1 lit. e EMRK trotz des an sich fehlenden aktuellen Interesses auf die Beschwerde grundsätzlich einzutreten.
3.
3.1. Der Beschwerdeführer macht geltend, sein Freiheitsentzug während rund 13 Monaten in der Zeit nach Eröffnung des strafgerichtlichen Urteils vom 1. Juni 2018 sei nicht in einer geeigneten Einrichtung erfolgt. Seine Inhaftierung im Untersuchungsgefängnis B._ und im Gefängnis C._ sei daher rechtswidrig gewesen und verletze Art. 5 Abs. 1 lit. e EMRK. Im Einzelnen macht er geltend, das Strafgericht habe ihn wegen Schuldunfähigkeit freigesprochen. Der gerichtliche Gutachter habe angesichts seiner dringenden Behandlungsbedürftigkeit einen möglichst raschen Antritt der Massnahme in einer forensisch-psychiatrischen Einrichtung im engeren Sinn empfohlen. Ein rascher Beginn der Massnahme sei umso mehr angezeigt gewesen, als die Anlassdelikte von geringer Intensität gewesen seien. Trotz der gutachterlichen Empfehlung habe er über sechs Monate ohne jegliche psychiatrische Betreuung im Gefängnis verbracht. Erst ab Februar 2019 sei eine wöchentliche psychiatrische Sitzung im Gefängnis installiert worden, wobei diese Massnahme den Empfehlungen des Gutachters nicht genügt habe. Ein allfälliger Mangel an geeigneten Einrichtungen zur Durchführung von stationären Massnahmen gemäss <ref-law> oder allfällige Organisationsprobleme dürften nicht zu Lasten des Betroffenen gehen. Soweit die Kliniken D._ eine geeignete Institution für seine Behandlung seien, sei nicht nachvollziehbar, weshalb nicht zu einem früheren Zeitpunkt eine (Zwischen-) Platzierung erfolgt sei (Beschwerde S. 6 ff.).
3.2.
3.2.1. Nach den tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz diagnostiziert das forensisch-psychiatrische Gutachten der Psychiatrie E._ vom 12. März 2018 beim Beschwerdeführer eine chronisch rezidivierende paranoide Schizophrenie mit zunehmendem Residuum sowie schädlichem Gebrauch von Cannabis und Alkohol, wobei es sich um einen ausgesprochen ungünstigen Verlauf der schweren psychiatrischen Störung handle (angefochtenes Urteil S. 6; psychiatrisches Gutachten, Beschwerdebeilage 5, S. 44 f. und 48). Nach der Beurteilung des Gutachters bedürfe der - wenig krankheitseinsichtige - Beschwerdeführer einer längerfristigen, überwachten psychiatrischen Behandlung, wobei Grundlage dieser Behandlung die kontrollierte Abgabe eines oder mehrerer antipsychotisch wirksamer Arzneimittel bilde, welche in erster Linie die Behandlung der positiven Symptome der paranoiden Schizophrenie, namentlich Wahn, Halluzinationen und auch formale Denkstörungen erlaubten. Die Gabe derartiger Arzneimittel müsse flankiert werden von psychoedukativen Massnahmen, mit welchen gültige Krankheitskonzepte vermittelt und beim Beschwerdeführer Krankheitsverständnis und Krankheitseinsicht gefördert werden sollten. Im Vordergrund stehe mithin nicht eine deliktsorientierte Therapie im engeren Sinn, sondern eine sogenannte Psychoedukation. Aus forensisch-psychiatrischer Sicht könne zudem nur die erforderliche Behandlung in einer forensisch-psychiatrischen Einrichtung im engeren Sinn empfohlen werden bzw. könne die erforderliche Behandlung nur in einer geschlossenen psychiatrischen Station bzw. in einer forensischen Spezialklinik erfolgen. Es sei zudem wünschenswert, dass der im Zeitpunkt der Erstellung des Gutachtens vom 12. März 2018 im psychiatrischen Sinn dringend behandlungsbedürftige Beschwerdeführer so bald als möglich zum vorzeitigen Antritt der Massnahme motiviert werde. Da der Beschwerdeführer keinerlei Bezug zur deutschen Schweiz habe, empfehle sich der Vollzug der Massnahme das Etablissement F._ In U._ (nachfolgend: Einrichtung F._; angefochtenes Urteil S. 20; psychiatrisches Gutachten, Beschwerdebeilage 5, S. 47 f., 50).
3.2.2. Die Vorinstanz führt in tatsächlicher Hinsicht aus, der Beschwerdeführer sei im Untersuchungsgefängnis stark angetrieben und distanzgemindert gewesen und wiederholt bedrohlich aufgetreten. Aufgrund dessen sei er am 26. Oktober 2017 zur Krisenintervention auf eine geschlossene Abteilung der Kliniken D._ verlegt worden. Dort sei er sehr unruhig und sehr bedrohlich geworden, nachdem er die Medikation verweigert habe, und habe namentlich die zur Unterstützung des Pflegepersonals bei der intravenösen Verabreichung der Medikamente herbeigerufenen Polizeibeamten mit Faustschlägen tätlich angegriffen. Am 16. November 2017 sei der Beschwerdeführer ins Untersuchungsgefängnis B._ zurückverlegt worden. Nach erneuter Verweigerung der verordneten Medikamente sei er Anfang Dezember 2017 für eine zweite Krisenintervention in die Kliniken D._ eingewiesen worden, wo er medikamentencompliant gewesen sei. Nach der Rückverlegung am 22. Dezember 2017 ins Untersuchungsgefängnis sei er, nachdem er die Einnahme der verordneten Medikamente wiederum verweigert bzw. diese lediglich vereinzelt eingenommen habe, am 5. Februar 2018 für eine dritte Krisenintervention in die Kliniken D._ verlegt worden. Während dieses Aufenthalts bis zum 9. Februar 2018 sei die Medikamentencompliance sicher gewesen (angefochtenes Urteil S. 6 f.).
3.2.3. Gestützt auf das forensisch-psychiatrische Gutachten, die Auskünfte des stellvertretenden Oberarztes der Klinik K._, in welcher der Beschwerdeführer vom 29. April bis 20. Juli 2017 und vom 22. Juli bis 26. Oktober 2017 hospitalisiert war, und der Risikoabklärung der Abteilung für forensisch-psychologische Abklärungen des Strafvollzugskonkordats der Nordwest- und Innerschweiz gelangt die Vorinstanz zum Schluss, beim Beschwerdeführer habe aufgrund der wiederholten ungenügenden Medikamentencompliance, der während seines Aufenthalts in den Kliniken D._ offenbarten Gewaltbereitschaft sowie der verschiedenen Fluchtversuche eine Wiederholungs- und Fluchtgefahr im Sinn von <ref-law> bestanden. Aufgrund der gutachterlich attestierten Rückfallgefahr habe der Beschwerdeführer in Freiheit eine schwerwiegende Gefahr für hochwertige Rechtsgüter dargestellt. Solange der Beschwerdeführer keine namhaften Fortschritte insbesondere in Bezug auf die Therapie, die Absprachefähigkeit und die Medikamentencompliance erzielt habe, sei davon auszugehen, dass Wiederholungs- und Fluchtgefahr im Sinn von <ref-law> weiterbestünden. Unter diesen Umständen seien jedenfalls bis Ende 2019 die Voraussetzungen für eine Behandlung des Beschwerdeführers in einer geschlossenen Einrichtung oder einer Strafanstalt gemäss <ref-law> erfüllt gewesen (angefochtenes Urteil S. 10 f.).
3.2.4. In Bezug auf die Rechtmässigkeit des Freiheitsentzuges führt die Vorinstanz zunächst aus, die psychiatrische Basisversorgung und die erforderliche medikamentöse Behandlung seien seit der Anordnung der Massnahme gewährleistet gewesen und der Beschwerdeführer habe ab Januar 2019 einmal pro Woche eine einzeltherapeutische Betreuung durch eine Fachärztin für Forensische Psychiatrie und Psychotherapie erhalten.
Im Weiteren unterteilt die Vorinstanz den Freiheitsentzug bis zur Einweisung des Beschwerdeführers in die Kliniken D._ am 20. Juni 2019 in drei Phasen. Dabei betrifft die Phase 1 den Zeitraum vom 1. Juni bis 26. Juli 2018, während welcher Zeit der Beschwerdeführer im Untersuchungsgefängnis B._ inhaftiert gewesen war. Da während dieser Phase zwar die psychiatrische Basisversorgung sichergestellt gewesen sei und der Beschwerdeführer die erforderliche medikamentöse Behandlung erhalten habe, die Medikamentenabgabe indes nicht von psychoedukativen Massnahmen flankiert gewesen sei, könne der Freiheitsentzug nicht als Vollzug einer stationären therapeutischen Massnahme qualifiziert werden. Angesichts der kurzen Dauer von bloss knapp zwei Monaten sei er aber offensichtlich als kurzfristige Überbrückung einer Notsituation rechtmässig gewesen (angefochtenes Urteil S. 23).
Die Phasen 2 und 3 betreffen die Unterbringung des Beschwerdeführers im Gefängnis C._ in der Zeit vom 26. Juli bis Dezember 2018 bzw. von Januar 2019 bis 20. Juni 2019. Die Vorinstanz nimmt in dieser Hinsicht an, der Beschwerdeführer sei in diesen Phasen in regelmässigen Abständen im Rahmen der konsiliarpsychiatrischen Visite untersucht worden und es sei eine psychiatrische Basisversorgung sichergestellt gewesen. Ab Anfang 2019 sei der Beschwerdeführer zudem im Rahmen einer gesonderten, speziell für Insassen mit einer stationären Massnahme nach <ref-law> vorgesehenen Visite einmal pro Woche im Sinne einer ambulanten psychiatrischen Versorgung einzeltherapeutisch betreut worden. Die Vorinstanz nimmt in Bezug auf die Phase 2 an, diese könne angesichts der mangelnden psychoedukativen Massnahmen ebenfalls nicht als Vollzug einer stationären therapeutischen Massnahme qualifiziert werden. Hingegen sei die Phase 3 als solche zu betrachten, da der Beschwerdeführer zusätzlich zur psychiatrischen Grundversorgung und medikamentösen Behandlung einmal pro Woche von einer Fachärztin für forensische Psychiatrie und Psychotherapie betreut worden sei.
In Bezug auf die Rechtmässigkeit des Freiheitsentzugs kommt die Vorinstanz zum Schluss, dieser wäre auch dann rechtmässig gewesen, wenn der Aufenthalt im Gefängnis C._ während beider Phasen nicht als Vollzug der angeordneten stationären therapeutischen Massnahme qualifiziert werden könnte, zumal sich der SMV unverzüglich intensiv um eine geeignete Einrichtung für den Beschwerdeführer bemüht habe. Bis zum Schreiben der Einrichtung F._ vom 2. Dezember 2019, in welchem diese mitgeteilt habe, dass derzeit kein Platz für den Beschwerdeführer vorhanden sei und auch nicht gesagt werden könne, wann mit einer Aufnahme gerechnet werden könne, habe davon ausgegangen werden dürfen, dass in dieser in jeder Hinsicht geeigneten Einrichtung in absehbarer Zeit tatsächlich ein Platz für den Beschwerdeführer frei werden würde. Zudem habe Aussicht auf eine Aufnahme in die Kliniken D._ bestanden, die jedenfalls für eine erste Phase ebenfalls als geeignete Einrichtung zu qualifizieren sei. Angesichts des Umstands, dass beim Beschwerdeführer eine erhöhte Wiederholungsgefahr für erhebliche Straftaten vorgelegen habe, überwiege auch unter Berücksichtigung des gesamten Gefängnisaufenthalts von knapp 13 Monaten während sämtlichen Phasen das öffentliche Interesse am Schutz der Gesellschaft vor weiteren Straftaten des Beschwerdeführers dessen privates Interesse an der Entlassung aus dem Freiheitsentzug (angefochtenes Urteil S. 24 f.).
4.
4.1. Gemäss <ref-law> kann das Gericht, falls der Täter psychisch schwer gestört ist, eine stationäre Behandlung anordnen, wenn er ein Verbrechen oder Vergehen begangen hat, das mit seiner psychischen Störung in Zusammenhang steht (lit. a) und wenn zu erwarten ist, dass sich dadurch der Gefahr weiterer mit seiner psychischen Störung in Zusammenhang stehender Taten begegnen lässt (lit. b). Gemäss Abs. 2 derselben Bestimmung erfolgt die stationäre Behandlung in einer geeigneten psychiatrischen Einrichtung oder einer Massnahmevollzugseinrichtung. Solange die Gefahr besteht, dass der Täter flieht oder weitere Straftaten begeht, wird er gemäss <ref-law> in einer geschlossenen Einrichtung behandelt, wobei die Behandlung auch in einer Strafanstalt nach Artikel 76 Absatz 2 erfolgen kann, sofern die nötige therapeutische Behandlung durch Fachpersonal gewährleistet ist.
Gemäss <ref-law> ordnet das Gericht eine therapeutische Massnahme in der Regel nur an, wenn eine geeignete Einrichtung zur Verfügung steht, wobei die Bereitschaft einer geeigneten Institution, den Verurteilten aufzunehmen, nicht Voraussetzung für die Anordnung der Massnahme ist (Urteil 6B_326/2020 vom 17. April 2020 E. 3.5 mit Hinweisen). Gemäss <ref-law> wird die Massnahme aufgehoben, wenn eine geeignete Einrichtung nicht oder nicht mehr existiert. Die Bestimmung ist nach der Rechtsprechung nicht nur anwendbar, wenn überhaupt keine geeignete Einrichtung (mehr) existiert, sondern auch dann, wenn es für den Betroffenen keinen Platz in einer geeigneten Einrichtung gibt (vgl. Urteile 6B_840/2019 vom 15. Oktober 2019 E. 2.4; 6B_1293/2016 vom 23. Oktober 2017 E. 2.1; 6B_1001/2015 vom 29. Dezember 2015 E. 3.2; je mit Hinweisen; vgl. auch H EER/HABERMEYER, in: Basler Kommentar, Strafrecht I, 4. Aufl. 2019, N. 91 zu Art. 59; MARIANNE HEER, ebenda, N. 100b f. zu Art. 59).
4.2. Die Freiheit darf einer Person nur in den vom Gesetz selbst vorgesehenen Fällen und nur auf die im Gesetz vorgeschriebene Weise entzogen werden (<ref-law>). Die provisorischen Formen der Untersuchungs- und Sicherheitshaft sowie der vorzeitigen Vollzugsformen und der Organisationshaft wie die verschiedenen Formen des ambulanten und stationären Massnahmenvollzugs erweisen sich gemäss dieser zentralen freiheitsrechtlichen Verfassungsnorm lediglich als Modalitäten des Freiheitsentzugs. Wie die Bundesverfassung gewährleistet Art. 5 EMRK das Recht auf Freiheit und fasst sämtliche Arten von Freiheitsentzügen unter den konventionellen Begriff des Freiheitsentzugs (Urteil 6B_121/2019 vom 12. Juni 2019 E. 3.2).
Gemäss Art. 5 Abs. 1 EMRK haben alle Menschen ein Recht auf Freiheit und Sicherheit. Die Freiheit darf einer betroffenen Person nur entzogen werden, wenn sie u.a. rechtmässig nach Verurteilung durch ein zuständiges Gericht in Haft gehalten wird (lit. a) oder wenn sie sich in rechtmässiger Haft befindet, weil sie geisteskrank ist (lit. e). Bei "psychisch Kranken" als solchen ist der Freiheitsentzug unter dem Titel von Art. 5 Ziff. 1 lit. e EMRK unter drei Bedingungen zulässig: die psychische Störung muss beweismässig erstellt sein, der Freiheitsentzug muss durch den Charakter oder den Schweregrad der Störung legitimiert sein und der Freiheitsentzug darf nur bei persistierender Störung aufrecht erhalten bleiben (Urteil 6B_121/2019 vom 12. Juni 2019 E. 3.2; 6B_976/2018 vom 18. Oktober 2018 E. 1.3; je mit Hinweisen).
Nach der Rechtsprechung des EGMR ist der Freiheitsentzug eines psychisch Kranken nur dann im Sinne von Art. 5 Abs. 1 lit e EMRK rechtmässig, wenn er in einem Spital, einer Klinik oder einer anderen geeigneten Institution vollzogen wird (EGMR Kadusic gegen die Schweiz vom 9. Januar 2018 [43977/13] § 45, Papillo gegen die Schweiz vom 27. Januar 2015 [43368/08] § 42; vgl. forumpoenale 2018, S. 158 f.). Der Umstand, dass der Betroffene übergangsweise nicht in einer geeigneten Einrichtung untergebracht ist, hat nach der Rechtsprechung des EGMR indes nicht automatisch die Rechtswidrigkeit des Freiheitsentzugs zur Folge. Bei der Beurteilung der Zulässigkeit des Freiheitsentzugs sind vielmehr auch die Bemühungen der Behörden, eine geeignete Einrichtung für den Betroffenen zu finden, zu berücksichtigen. Diesen muss dabei eine angemessene Zeit zugebilligt werden (vgl. EGMR Papillo gegen die Schweiz vom 27. Januar 2015 [43368/08] §§ 43 und 46; <ref-ruling> E. 5.8.1; Urteile 6B_330/2019 vom 5. September 2019 E. 1.1.2; 6B_817/2014 vom 2. April 2015 E. 3.2.2). Der EGMR trägt mit dieser Rechtsprechung dem Umstand Rechnung, dass eine gewisse Diskrepanz zwischen verfügbaren und benötigten Klinikplätzen - jedenfalls bis zu einem gewissen Grad - unvermeidbar und daher gerechtfertigt ist. Das zumutbare Mass für eine Wartezeit gilt aber als überschritten, wenn dies auf einen seit Jahren bekannten strukturell bedingten Mangel an Einrichtungskapazitäten zurückzuführen ist (<ref-ruling> E. 5.8.2; <ref-ruling> E. 8.2; je mit Hinweisen; ROBERT ESSER, in: Löwe-Rosenberg, Die Strafprozessordnung und das Gerichtsverfassungsgesetz, Band 11: EMRK und IPBPR, 26. Aufl. 2012, N. 150 zu Art. 5 EMRK/Art. 9 ff. IPBPR; GRABENWARTER/PABEL, Europäische Menschenrechtskonvention, 6. Aufl. 2016, § 21 Rz. 31; MEYER-LADEWIG ET AL., in: EMRK, Handkommentar, 4. Aufl. 2017, Art. 5 N. 56).
5.
5.1. Nach der Rechtsprechung ist im Erwachsenenstrafrecht die Unterbringung eines rechtskräftig verurteilten Massnahmeunterworfenen in einer Straf- oder Haftanstalt als kurzfristige Überbrückung einer Notsituation mit materiellem Bundesrecht vereinbar. Eine längerfristige Unterbringung in einer Straf- oder Haftanstalt ist demgegenüber, soweit jedenfalls die Voraussetzungen von <ref-law> nicht erfüllt sind, nicht zulässig, da der Massnahmezweck nicht vereitelt werden darf. Das Bundesgericht hält mit Blick auf die Rechtsprechung des EGMR darüber hinaus fest, der Freiheitsentzug einer behandlungsbedürftigen Person sei grundsätzlich nur rechtmässig, wenn er in einem Krankenhaus, einer Klinik oder in anderen hierfür geeigneten Institution erfolge. Nach dieser Rechtsprechung ist der Staat verpflichtet, in hinreichendem Umfang Plätze in geeigneten Einrichtungen bereitzustellen, damit die Betroffenen angemessen untergebracht werden können. Ein übergangsweiser Aufenthalt in einer Straf- oder Haftanstalt ist demnach solange zulässig, als dies erforderlich ist, um eine geeignete Einrichtung zu finden ("Organisationshaft"). Verstreicht infolge bekannter Kapazitätsschwierigkeiten längere Zeit bis zur adäquaten Platzierung des Betroffenen, verstösst die Inhaftierung in einer Strafanstalt unter Umständen gegen Art. 5 EMRK. Bei der Beurteilung dieser Frage kommt auch der Intensität der behördlichen Bemühungen für eine geeignete Unterbringung Bedeutung zu (<ref-ruling> E. 5.8.1 f.; Urteile 6B_326/2020 vom 17. April 2020 E. 4.3.3; 6B_1320/2019 vom 29. Januar 2020 E. 2.1; 6B_840/2019 vom 15. Oktober 2019 E. 2.5.3; je mit Hinweisen; Urteil des EGMR Papillo gegen Schweiz vom 27. Januar 2015 [requête n°43368/08], § 41 ff.).
5.2.
5.2.1. Nach den tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz hat die Vollzugsbehörde, nachdem das strafgerichtliche Urteil in Rechtskraft erwachsen war, am 19. Juli 2018 die vom Gutachter empfohlene Einrichtung F._ um Aufnahme des Beschwerdeführers zum Vollzug der stationären Massnahme ersucht. Diese hat zunächst mit Schreiben vom 23. Juli und vom 31. Oktober 2018 bestätigt, dass der Beschwerdeführer auf ihre Warteliste gesetzt worden sei. Auf verschiedene telefonische Anfragen des SMV hat die Einrichtung F._ sodann mit Schreiben vom 2. Dezember 2019 mitgeteilt, es stehe zur Zeit kein Platz für den Beschwerdeführer zur Verfügung, die Warteliste sei sehr lang und frei werdende Plätze würden bevorzugt an Personen aus den Kantonen der französischen Schweiz und des Tessins vergeben (angefochtenes Urteil S. 21).
Am 27. Juli 2018 hat der SMV ferner das Centre G._ (nachfolgend: Centre G._) um Aufnahme des Beschwerdeführers ersucht. Auf mehrere telefonische und schriftliche Erkundigungen teilte das Centre G._ mit, es biete ein offenes Setting an und der Beschwerdeführer könne nicht geschlossen platziert werden. Die Anmeldung des Beschwerdeführers wurde in der Folge aufgrund dessen offengelassen, zumal noch nicht absehbar war, ob allenfalls ein offenes Setting in Frage kommen könnte (angefochtenes Urteil S. 21 f.).
Mit weiteren Schreiben und E-Mails vom 10. Oktober und 8. November 2018 sowie vom 10. Januar und 19. Februar 2019 hat der SMV Anfragen betreffend Aufnahme des Beschwerdeführers an die Justizvollzugsanstalt H._, die Anstalten I._ in V._, die Kliniken D._ und an die Klinik J._ gerichtet. Sämtliche Einrichtungen haben die Aufnahme des Beschwerdeführers entweder abgelehnt oder ihn auf eine Warteliste gesetzt, wobei der Zeitpunkt für eine Aufnahme nicht bestimmt werden konnte. Schliesslich hat der SMV mit Schreiben vom 11. Dezember 2019 das Etablissement L._, in W._ einer geschlossene Einrichtung, die unter anderem Massnahmen gemäss <ref-law> vollzieht, um Aufnahme des Beschwerdeführers zum Vollzug der Massnahme ersucht, was die Anstalt indes - zumindest vorläufig - abgelehnt hat (angefochtenes Urteil S. 21 f.).
5.2.2. Aus den obstehenden Erwägungen ergibt sich, dass die Vollzugsbehörde nicht untätig geblieben ist und unnötig Zeit hat verstreichen lassen, sondern sich vielmehr seit Eintritt der Rechtskraft des strafgerichtlichen Urteils vom 1. Juni 2018 intensiv und zielstrebig um die baldmöglichste Unterbringung des Beschwerdeführers in einer geeigneten Einrichtung bemüht hat (angefochtenes Urteil S. 22 f.). Im vorliegenden Fall erscheint jedenfalls die Unterbringung des Beschwerdeführers im Untersuchungsgefängnis B._ bzw. im Gefängnis C._ vor dem Hintergrund der konkreten Verhältnisse nicht als unrechtmässig.
Hiefür ist zunächst von Bedeutung, dass die Vollzugsbehörde aufgrund des Umstands, dass der Beschwerdeführer als Staatsangehöriger der Republik Togo lediglich rudimentäre Deutschkenntnisse besitzt und nur - wenn offenbar auch nur eingeschränkt (angefochtenes Urteil S. 25) - Französisch spricht, der gutachterlichen Empfehlung folgend (angefochtenes Urteil S. 21), zunächst bestrebt war, einen Platz in einer Institution in der Westschweiz zu suchen (vgl. Urteil 6B_1293/2016 vom 23. Oktober 2017 E. 2.1). Dass die Bemühungen ohne Erfolg geblieben sind, ist im Wesentlichen darauf zurückzuführen, dass der Kanton Basel-Stadt nicht dem "Concordat latin sur la détention pénale des adultes" vom 10. April 2006 angehört. Die Einrichtungen dieses Konkordats waren deshalb nicht verpflichtet, den Beschwerdeführer aufzunehmen und dieser besass angesichts der Wartelisten für jene keine Priorität (angefochtenes Urteil S. 23). Wie die Vorinstanz zutreffend annimmt (angefochtenes Urteil S. 25), durfte die Vollzugsbehörde aber jedenfalls bis zum Schreiben der Einrichtung F._ vom 2. Dezember 2019 davon ausgehen, dass für den Beschwerdeführer in absehbarer Zeit ein Platz frei werden würde.
Aus dem Umstand, dass die Behörde ihre Bemühungen zunächst auf Einrichtungen in der Romandie gerichtet hat, ergibt sich auch, dass sie eine Einweisung in die Kliniken D._ nicht als vordringliche Lösung erachtete. Wenn der Beschwerdeführer nunmehr vorbringt, es sei nicht ersichtlich, weshalb nicht bereits nach Rechtskraft des strafgerichtlichen Urteils vom 1. Juni 2018 unverzüglich eine Zwischenplatzierung in den Kliniken D._ an die Hand genommen worden sei (Beschwerde S. 9), ist im Übrigen darauf hinzuweisen, dass dieser bis zum vorinstanzlichen Verfahren die Kliniken D._ stets als ungeeignete Einrichtung abgelehnt hat (angefochtenes Urteil S. 2 f.). Erst im bundesgerichtlichen Verfahren erhebt er gegen die Einweisung in die Kliniken D._ keine Einwände mehr (Beschwerde S. 6 und 13 f.). Dass die Vollzugsbehörde bei dieser Sachlage nicht zu einem früheren Zeitpunkt die Unterbringung des Beschwerdeführers in den Kliniken D._ in Erwägung gezogen hat, ist daher nicht zu beanstanden.
5.3. Im Weiteren weist die Vorinstanz zu Recht darauf hin, dass der Aufenthalt in einer Straf- oder Haftanstalt, welcher allein der Sicherung des Betroffenen bzw. des Massnahmenvollzuges dient, von der Behandlung des Betroffenen in einer geschlossenen Strafanstalt oder einer geschlossenen Abteilung einer offenen Strafanstalt als eine Form des Vollzugs der stationären therapeutischen Massnahme im Sinn von <ref-law> zu unterscheiden ist (angefochtenes Urteil S. 19 mit Hinweis auf <ref-ruling> E. 5.8.1). Als blosse Wartezeit, während der die psychiatrische Basisversorgung sichergestellt war und der Beschwerdeführer die erforderliche medikamentöse Behandlung erhalten hat, hat die Vorinstanz lediglich die beiden Phasen in der Zeit vom 1. Juni bis 26. Juli 2018 im Untersuchungsgefängnis B._ und vom 26. Juli bis Ende Dezember 2018 im Gefängnis C._ gewertet. Der Gefängnisaufenthalt von knapp zwei Monaten in der ersten Phase war, wie die Vorinstanz zu Recht erkannt hat, schon als kurzfristige Überbrückung einer Notsituation nicht rechtswidrig (angefochtenes Urteil S. 23). Aufgrund der intensiven Bemühungen der Vollzugsbehörde um eine Platzierung des Beschwerdeführers in einer geeigneten Einrichtung während der gesamten Zeit des Gefängnisaufenthalts des Beschwerdeführers erachtet die Vorinstanz auch die Phase 2 nicht als rechtswidrig. Dies ist nicht zu beanstanden. In diesem Kontext trifft zwar zu, dass während dieser beiden Phasen des Aufenthalts in der Strafanstalt zwar die vom Gutachter empfohlenen psychoedukativen Massnahmen nicht installiert worden sind. Doch ist zu beachten, dass auch nach der Einweisung des Beschwerdeführers in die Kliniken D._ das Schwergewicht der Behandlung auf der - auch Ende 2019 noch nicht abgeschlossenen - Einstellung der medikamentösen Behandlung des Beschwerdeführers sowie der Behandlung der nach wie vor nicht remittierten psychotischen Symptomatik gelegen hat und psychotherapeutische Gespräche sowie die Integration in Therapien vor dem Hintergrund der anhaltenden produktiv-psychotischen Symptomatik des Beschwerdeführers zunächst nur von zweitrangiger Bedeutung waren (angefochtenes Urteil S. 27 f.). In diesem Zusammenhang scheint erwähnenswert, dass der Beschwerdeführer nach den tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz offenbar auch während seines Aufenthalts in der Psychiatrischen Klinik K._ im Jahre 2017 nie stabil medikamentös eingestellt werden konnte (angefochtenes Urteil S. 79).
Im Übrigen erhellt auch aus den Ausführungen des Gutachters, wonach es wünschenswert wäre, wenn der Beschwerdeführer zum baldmöglichsten Antritt der Massnahme "überredet" werden könnte (angefochtenes Urteil S. 20; Beschwerde S. 5; Gutachten, Beschwerdebeilage 5, S. 48), dass bei diesem die notwendige Behandlungseinsicht noch nicht vorhanden war (vgl. auch angefochtenes Urteil S. 24). Dies wird auch bestätigt durch seine wiederholte Weigerung während der Haft und den Kriseninterventionen in den Kliniken D._, die Medikamente einzunehmen, und die dadurch notwendig gewordene Zwangsmedikation. Insofern kommt dem Aufenthalt im Untersuchungsgefängnis bzw. dem Gefängnis C._ mit einer engmaschigen Betreuung durch den Gefängnisarzt und der Konsil-Psychiaterin auch der Charakter einer vorbereitenden Therapiephase im Sinne des Erwerbs eines Krankheitsverständnisses zu (vgl. zur Behandlung schizophrener Straftäter MARIANNE HEER, a.a.O., N. 69b zu Art. 59; vgl. auch THOMAS NOLL et al., Erste Praxiserfahrungen mit stationären Massnahmen nach <ref-law>, AJP 2010 S. 595 ff.).
5.4. Nicht zu beanstanden ist im Weiteren, dass die Vorinstanz die dritte Phase von Januar 2019 bis zum Übertritt in die Kliniken D._ am 20. Juni 2019 als Vollzug der angeordneten stationären therapeutischen Massnahme im Sinne von <ref-law> qualifiziert, zumal die in dieser Phase über die medikamentöse Behandlung hinaus gewährleistete Betreuung des Beschwerdeführers durch eine Fachärztin für forensische Psychiatrie und Psychotherapie jedenfalls in einer Anfangsphase als hinreichende psychoedukative Massnahme erscheint (angefochtenes Urteil S. 11, 24). Zudem nimmt die Vorinstanz mit plausiblen Gründen an, beim Beschwerdeführer lägen aufgrund seiner mehrfach bewiesenen Gewaltbereitschaft sowie der Entweichung bzw. den verschiedenen Fluchtversuchen aus der Psychiatrischen Klinik K._ sowohl Wiederholungsgefahr als auch Fluchtgefahr vor (angefochtenes Urteil S. 7 ff. und S. 10 f.). Die dem Urteil des Strafgerichts zugrunde liegenden Delikte der mehrfachen Nötigung und sexueller Belästigung zum Nachteil verschiedener Frauen sowie des Hausfriedensbruchs fallen denn auch in die Zeit, während welcher der Beschwerdeführer von einem Ausgang nicht mehr in die Klinik zurückgekehrt und infolgedessen administrativ entlassen worden war (angefochtenes Urteil S. 6). Dabei mag zutreffen, dass der Gutachter die spezifische Rückfallgefahr betreffend sexuell motivierter Straftaten für nicht allzu hoch einschätzte (Beschwerde S. 5), doch geht er aufgrund der krankheitsbedingten chaotischen Verhaltensweisen des Beschwerdeführers von einer nicht unerheblichen allgemeinen Rückfallgefahr für andere Straftaten aus (angefochtenes Urteil S. 7 f.; Gutachten, Beschwerdebeilage 5, S. 47).
5.5. Schliesslich erscheint der Aufenthalt in den Gefängnissen des Kantons Basel-Stadt auch nicht aufgrund eines nach Auffassung des Beschwerdeführers (Beschwerde S. 8 f.) in der Schweiz bzw. im Concordat Latin bestehenden strukturellen Mangels an geeigneten Therapieplätzen als rechtswidrig. Der Beschwerdeführer beruft sich in diesem Kontext auf den ergänzenden Bericht zur Unterbringung, Behandlung und Betreuung psychisch gestörter und kranker Straftäter der Fachgruppe "Kapazitätsmonitoring Freiheitsentzug" vom August 2017 (Beschwerdebeilage 6; in den Berichten für die Jahre 2017 und 2018 wurden keine Daten zum Massnahmenvollzug erhoben [vgl. Bericht 2018 des Schweizerischen Kompetenzzentrums für Justizvollzug [SKJV] vom Februar 2019 S. 5 und Bericht 2017 vom Fachgruppe "Kapazitätsmonitoring Freiheitsentzug" vom September 2018 S. 15]). Der Bericht weist aus, dass im Cocordat Latin 152 Plätze in forensisch-psychiatrischen Kliniken fehlen. Dabei sind, wie der Bericht ausführt, die in den Einrichtungen Hôpital M._ und F._ vorgesehenen 35 Plätze nicht berücksichtigt (Bericht Kapazitätsmonitoring 2017 S. 8 f.). Doch betrifft dieses Fazit lediglich Plätze in eigentlichen forensisch-psychiatrischen Klinikabteilungen. Die Vorinstanz geht indes aufgrund des forensisch-psychiatrischen Gutachtens davon aus, dass für den Beschwerdeführer als geeignete Einrichtung nicht nur eine psychiatrische Klinik, sondern auch eine besondere Massnahmenvollzugseinrichtung, wie etwa die Einrichtung F._ mit insgesamt 77 Plätzen gehört (angefochtenes Urteil S. 20). Dass insofern ein seit Jahren bekannter strukturell bedingter Mangel an Einrichtungskapazitäten bestehen würde, ist nicht ersichtlich und stellt der Bericht nicht fest. Im Übrigen hat auch der EGMR ausdrücklich festgehalten, dass er in der Schweiz keinen derartigen strukturellen Mangel festgestellt hat (Urteil des EGMR Papillo gegen Schweiz vom 27. Januar 2015 [requête n°43368/08], § 46; vgl. Urteil 6B_330/2019 vom 5. September 2019 E. 1.3).
5.6. Insgesamt besteht kein Anlass für die Feststellung, der Freiheitsentzug des Beschwerdeführers in der Zeit vom 1. Juni 2018 bis zum 20. Juni 2019 sei rechtswidrig und verletze Art. 5 Abs. 1 lit. e EMRK. Die Beschwerde erweist sich demnach als unbegründet.
6.
Aus diesen Gründen ist die Beschwerde abzuweisen. Bei diesem Ausgang trägt der Beschwerdeführer die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens (<ref-law>). Er stellt indes ein Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege. Dieses kann bewilligt werden, da von seiner Bedürftigkeit auszugehen und diese ausreichend belegt ist (vgl. <ref-ruling> E. 4) und seine Beschwerde nicht offensichtlich aussichtslos (vgl. <ref-ruling> E. 2.2.4) war. Dem Beschwerdeführer sind deshalb keine Kosten aufzuerlegen. Seinem Vertreter wird aus der Bundesgerichtskasse eine angemessene Entschädigung ausgerichtet (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen.
2.
Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird gutgeheissen.
3.
Es werden keine Kosten erhoben.
4.
Dem Rechtsvertreter des Beschwerdeführers wird für das bundesgerichtliche Verfahren eine Entschädigung von Fr. 3'000.-- aus der Bundesgerichtskasse ausgerichtet.
5.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Appellationsgericht des Kantons Basel-Stadt als Verwaltungsgericht, Dreiergericht, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 24. September 2020
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Denys
Der Gerichtsschreiber: Boog