Sachverhalt:
A.
B._ (nachfolgend: Arbeitnehmer, Beschwerdegegner) war bei der A._ AG (nachfolgend: Arbeitgeberin, Beschwerdeführerin) mit Arbeitsvertrag vom 9. September 2009 als Geschäftsführer angestellt. Am 17. Mai 2013 wurde ihm fristlos gekündigt. Die Arbeitgeberin wirft ihm berufliches Versagen im Zusammenhang mit ihrer Buchhaltung vor und beschuldigt ihn, nicht autorisierte Bezüge getätigt zu haben.
B.
Mit Klage vom 21. Oktober 2013 beim Kantonsgericht Obwalden forderte der Arbeitnehmer, die Arbeitgeberin sei zu verpflichten, ihm Fr. 1'872'767.-- nebst Zins zu bezahlen und ihm 50 Aktien der A._ Holding AG zu übertragen. Zum Zeitpunkt der Klageeinreichung hatte der Beschwerdegegner seinen Wohnsitz in U._/OW. Mit Replik vom 24. Juni 2014 ergänzte er seine Anträge um das Begehren, es sei ihm ein sehr gutes Arbeitszeugnis auszustellen sowie festzustellen, die durch die Arbeitgeberin betriebenen Schulden bestünden nicht, und die entsprechenden Einträge im Betreibungsregister zu löschen. Mit Klageergänzung vom 28. September 2015 verlangte er zudem die Beseitigung des Rechtsvorschlags und die Erteilung der definitiven Rechtsöffnung in der von ihm gegen die Arbeitgeberin eingeleiteten Betreibung. Die Arbeitgeberin beantragte ihrerseits mehrfach Nichteintreten, eventualiter die Abweisung der Klage.
Mit Entscheid vom 4. November 2015 hiess das Kantonsgericht die Klage teilweise gut. Es verpflichtete die Arbeitgeberin, dem Arbeitnehmer ein sehr gutes Arbeitszeugnis auszustellen und ihm Fr. 1'379'829.-- nebst Zins zu bezahlen, und beseitigte den Rechtsvorschlag in diesem Umfang. Weiter stellte es fest, die von der Arbeitgeberin in Betreibung gesetzten Forderungen gegen den Arbeitnehmer bestünden nicht und seien im Betreibungsregister zu löschen.
Gegen diesen Entscheid erhob die Arbeitgeberin am 3. Juni 2016 beim Obergericht des Kantons Obwalden Berufung. Sie beantragte, der Entscheid des Kantonsgerichts sei aufzuheben. Mit Eingabe vom 6. Juni 2016 beantragte sie, es sei vorab zu prüfen, ob das Kantonsgericht zuständig gewesen sei. Das Obergericht teilte den Parteien am 15. November 2016 mit, eine Beschränkung des Berufungsverfahrens auf die Frage der Zuständigkeit sei nicht opportun.
Mit Urteil vom 11. April 2018 wies das Obergericht die Berufung ab.
C.
Mit Beschwerde in Zivilsachen beantragt die Arbeitgeberin dem Bundesgericht, den Entscheid des Obergerichts aufzuheben. Auf die Klage des Beschwerdegegners sei nicht einzutreten. Eventualiter sei die Sache zur Neubeurteilung an das Kantonsgericht zurückzuweisen.
Der Beschwerdegegner beantragt, die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. Die Vorinstanz beantragt die Abweisung der Beschwerde. Die Parteien haben unaufgefordert eine Beschwerdereplik und eine Beschwerdeduplik eingereicht.
Das Bundesgericht wies das Gesuch der Beschwerdeführerin um Erteilung der aufschiebenden Wirkung - nachdem es superprovisorisch genehmigt worden war - mit Verfügung vom 25. Juni 2018 ab. Das Gesuch des Beschwerdegegners um Sicherstellung einer allfälligen Parteientschädigung wies es mit Verfügung vom 17. Juli 2018 ab.

Erwägungen:
1.
Mit Beschwerde in Zivilsachen können Rechtsverletzungen nach Art. 95 und Art. 96 BGG gerügt werden. Die Beschwerde ist hinreichend zu begründen, andernfalls wird darauf nicht eingetreten. Unerlässlich ist im Hinblick auf <ref-law>, dass die Beschwerde auf die Begründung des angefochtenen Entscheids eingeht und im Einzelnen aufzeigt, worin eine Verletzung von Bundesrecht liegt. Die beschwerdeführende Partei soll in der Beschwerdeschrift nicht bloss die Rechtsstandpunkte, die sie im kantonalen Verfahren eingenommen hat, erneut bekräftigen, sondern mit ihrer Kritik an den als rechtsfehlerhaft erachteten Erwägungen der Vorinstanz ansetzen (<ref-ruling> E. 2 S. 116 mit Hinweis).
2.
Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Dazu gehören sowohl die Feststellungen über den streitgegenständlichen Lebenssachverhalt als auch jene über den Ablauf des vor- und erstinstanzlichen Verfahrens, also die Feststellungen über den Prozesssachverhalt (<ref-ruling> E. 1.3.1 S. 17 f. mit Hinweisen). Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law>). "Offensichtlich unrichtig" bedeutet dabei "willkürlich" (<ref-ruling> E. 2 S. 117; <ref-ruling> E. 1.5 S. 401). Überdies muss die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein können (<ref-law>).
Für eine Kritik am festgestellten Sachverhalt gilt das strenge Rügeprinzip von <ref-law> (<ref-ruling> E. 2.3 S. 266 mit Hinweisen). Die Partei, welche die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz anfechten will, muss klar und substanziiert aufzeigen, inwiefern diese Voraussetzungen erfüllt sein sollen (<ref-ruling> E. 1.3.1 S. 18 mit Hinweisen). Wenn sie den Sachverhalt ergänzen will, hat sie zudem mit präzisen Aktenhinweisen darzulegen, dass sie entsprechende rechtsrelevante Tatsachen und taugliche Beweismittel bereits bei den Vorinstanzen prozesskonform eingebracht hat (<ref-ruling> E. 2 S. 90). Genügt die Kritik diesen Anforderungen nicht, können Vorbringen mit Bezug auf einen Sachverhalt, der vom angefochtenen Entscheid abweicht, nicht berücksichtigt werden (<ref-ruling> E. 1.3.1 S. 18).
3.
Strittig ist zunächst, ob die Gerichte des Kantons Obwalden - am Wohnsitz des Beschwerdegegners bei Klageeinreichung - örtlich zuständig waren.
3.1. Der von den Parteien geschlossene Arbeitsvertrag vom 9. September 2009 enthält in Ziffer 14.4 folgende Gerichtsstandsvereinbarung: "Bei allfälligen Streitigkeiten sind die ordentlichen Gerichte am Sitz des Arbeitgebers und/oder am Wohnsitz des Arbeitnehmers zuständig".
3.2. Die Vorinstanz bejahte die örtliche Zuständigkeit der Gerichte des Kantons Obwalden. Sie stellte fest, das Vorbringen der Beschwerdeführerin, Ziffer 14.4 des Arbeitsvertrages sei rein deskriptiv und begründe keinen neuen Gerichtsstand, überzeuge nicht. Wäre es der Wille der Parteien gewesen, die gesetzlichen Gerichtsstände wiederzugeben, hätten sie auch den Gerichtsstand am Arbeitsort aufgeführt. Daraus sei zu schliessen, die Parteien hätten einen vom Gesetz abweichenden Gerichtsstand vereinbaren wollen. Das Wort "und" in der Gerichtsstandsvereinbarung mache deutlich, dass der Wohnsitz des Arbeitnehmers in jeder Prozesskonstellation Gerichtsstand sei. Hätten die Parteien eine den gesetzlichen Gerichtsständen entsprechende Vereinbarung aufsetzen wollen, hätten sie auf das Wort "und" verzichtet und wären damit der Regelung von <ref-law> nähergekommen. Dieser Auffassung stehe auch nicht entgegen, dass die Parteien von den "ordentlichen Gerichte[n]" sprechen würden. Dies sei vielmehr dahingehend zu verstehen, dass - in Abgrenzung zu einem Schiedsgericht - die ordentlichen Gerichte am vereinbarten Gerichtsstand zuständig seien. Die Gerichtsstandsvereinbarung sei zwar vor Entstehung der arbeitsrechtlichen Streitigkeit abgeschlossen worden, falle aber - soweit sie einen Gerichtsstand am Wohnsitz des Arbeitnehmers einräume - zugunsten des Arbeitnehmers aus und sei daher zulässig. Der Beschwerdegegner habe bei Klageeinreichung seinen Wohnsitz in U._/OW gehabt. Mithin seien die Gerichte des Kantons Obwalden örtlich zuständig.
3.3. Die Beschwerdeführerin wirft der Vorinstanz vor, sie habe den Parteiwillen falsch festgestellt und die Gerichtsstandsvereinbarung in Verletzung von <ref-law> offensichtlich unrichtig ausgelegt und deshalb zu Unrecht einen Gerichtsstand in Obwalden bejaht. Sie macht geltend, die Parteien hätten die gesetzliche Regelung von <ref-law> übernehmen wollen. Die Auslegung der Vorinstanz beinhalte implizit, die Parteien hätten eine teilweise unzulässige Gerichtsstandsvereinbarung abgeschlossen. Der Auslegung der Vorinstanz folgend, bestünde für beide Parteien ein Gerichtsstand an ihrem Sitz bzw. Wohnsitz. Demnach würde die Klausel in der Konstellation, in der die Beschwerdeführerin an ihrem Sitz klagen würde, gegen <ref-law> verstossen. Denn der Beschwerdegegner als Arbeitnehmer hätte im Voraus auf die ihm durch <ref-law> zur Verfügung gestellten Gerichtsstände verzichtet. Dass die Gerichtsstände des Arbeitsrechts einseitig zwingend seien, sei eine im Arbeitsleben bekannte Tatsache. Daher könne nicht leichthin angenommen werden, die Parteien - als erfahrene Geschäftsleute - hätten in Unkenntnis dieser Regel eine widerrechtliche Gerichtsstandsvereinbarung abgeschlossen. Dass die Parteien die ordentlichen Gerichte für zuständig erklärt hätten, sei auch nicht so zu verstehen, dass damit Schiedsgerichte hätten ausgeschlossen werden sollen, zumal Schiedsgerichte ohne ausdrückliche Schiedsklausel ohnehin nie zuständig seien. Der Verweis könne einzig so verstanden werden, dass die klagende Partei den Gerichtsstand so zu wählen habe, dass die ordentlichen Gerichte nach <ref-law> zuständig seien.
Die Beschwerdeführerin macht weiter geltend, auch die normative Auslegung der Vertragsklausel führe zu keinem anderen Ergebnis. Die Parteien, welche in Kenntnis der Rechtslage gewesen seien, hätten die Klausel so verstehen müssen und dürfen, dass die klagende Partei am Sitz bzw. Wohnsitz der beklagten Partei ihre Klage rechtshängig machen müsse.
3.4.
3.4.1. Die Vereinbarung eines Gerichtsstandes gründet auf der übereinstimmenden Willenserklärung der Parteien. Für die Auslegung dieser Vereinbarung ist wie für diejenige anderer Verträge zunächst massgebend, was die Parteien tatsächlich übereinstimmend gewollt haben (vgl. <ref-law>). Diese subjektive Vertragsauslegung beruht auf Beweiswürdigung, die vorbehältlich der Ausnahmen von Art. 97 und Art. 105 BGG der bundesgerichtlichen Überprüfung entzogen ist (vgl. <ref-ruling> E. 5.2.2 S. 98; <ref-ruling> E. 2.3.2 S. 274; je mit Hinweisen). Steht eine tatsächliche Willensübereinstimmung fest, bleibt für eine Auslegung nach dem Vertrauensgrundsatz kein Raum (<ref-ruling> E. 3.1 S. 632; <ref-ruling> E. 1a S. 73). Erst wenn eine tatsächliche Willensübereinstimmung unbewiesen bleibt, sind zur Ermittlung des mutmasslichen Parteiwillens die Erklärungen der Parteien aufgrund des Vertrauensprinzips so auszulegen, wie sie nach ihrem Wortlaut und Zusammenhang sowie den gesamten Umständen verstanden werden durften und mussten. Das Bundesgericht überprüft diese objektivierte Auslegung von Willenserklärungen als Rechtsfrage, wobei es an Feststellungen des kantonalen Richters über die äusseren Umstände sowie das Wissen und Wollen der Beteiligten grundsätzlich gebunden ist (<ref-law>; <ref-ruling> E. 5.2.3 S. 99; <ref-ruling> E. 2.2.1 S. 67; je mit Hinweisen). Massgebend ist dabei der Zeitpunkt des Vertragsabschlusses. Nachträgliches Parteiverhalten ist bei der Auslegung nach dem Vertrauensprinzip nicht von Bedeutung; es kann nur - im Rahmen der Beweiswürdigung - auf einen tatsächlichen Willen der Parteien schliessen lassen (<ref-ruling> E. 5.2.3 S. 99; <ref-ruling> E. 2.2.1 S. 67).
3.4.2. Die Gültigkeit einer Gerichtsstandsvereinbarung bestimmt sich gemäss <ref-law> nach dem Recht, das zur Zeit ihres Abschlusses gegolten hat. Der Arbeitsvertrag datiert vom 9. September 2009. Die Gültigkeit der Gerichtsstandsvereinbarung beurteilt sich demnach nicht nach der ZPO, die erst am 1. Januar 2011 in Kraft getreten ist, sondern nach dem damals geltenden Gerichtsstandsgesetz vom 24. März 2000 (aGestG; AS 2000 2355). Die Vorinstanzen und die Beschwerdeführerin verweisen in ihren Ausführungen auf die ZPO. Da sich hinsichtlich der vorliegend relevanten Bestimmungen nichts Entscheidendes geändert hat (vgl. NOËLLE KAISER JOBS, in: Basler Kommentar, Schweizerische Zivilprozessordnung, 3. Auflage 2017, N. 1 zu <ref-law> und N. 2 zu <ref-law>), wird im Folgenden der Einfachheit halber ebenfalls auf die ZPO verwiesen.
Aus den Feststellungen der Vorinstanz ergibt sich nicht eindeutig, ob diese einen tatsächlichen Willen zwischen den Parteien festgestellt oder aber eine Auslegung nach dem Vertrauensprinzip vorgenommen hat. Die Frage kann offenbleiben. Denn selbst wenn eine objektivierte Vertragsauslegung unterstellt wird, welche vom Bundesgericht als Rechtsfrage frei überprüft werden kann (vgl. hiervor E. 3.4.1), wäre die Auslegung der Gerichtsstandsvereinbarung durch die Vorinstanz nicht zu beanstanden.
Ausgangspunkt der Auslegung nach dem Vertrauensprinzip bildet der Wortlaut. Wie die Vorinstanz zu Recht festhielt, verdeutlicht das Wort "und" in der Formulierung der Gerichtsstandsvereinbarung, dass diese nach Treu und Glauben so verstanden werden durfte und musste, dass am Wohnsitz des Arbeitnehmers in jeder Prozesskonstellation ein (alternativer) Gerichtsstand bestehen soll. Hätten die Parteien auf die Regelung von <ref-law> verweisen wollen, erschliesst sich die Bedeutung des Wortes "und" im Vertragstext nicht. Die Auslegung der Beschwerdeführerin findet im Wortlaut der Gerichtsstandsvereinbarung somit keine Stütze. Die Beschwerdeführerin bezieht sich in ihrer Beschwerde denn auch kaum auf den Wortlaut. Sie macht einzig geltend, der Begriff "ordentliche Gerichte" sei so zu verstehen, dass die Gerichte nach <ref-law> zuständig seien. Dies überzeugt nicht. Allein aus dem Begriff "ordentliche Gerichte" lässt sich nicht ableiten, die Parteien hätten auf die Regelung von <ref-law> verweisen wollen, zumal es in diesem Fall gar keiner Gerichtsstandsklausel bedurft hätte.
Die Beschwerdeführerin rügt, die Auslegung der Vorinstanz impliziere, die Parteien hätten - für die Konstellation, dass die Beschwerdeführerin klagen würde - eine teilweise widerrechtliche Gerichtsstandsvereinbarung abgeschlossen, wovon bei geschäftserfahrenen Parteien nicht auszugehen sei. Die Vorinstanz hat aber nicht festgestellt, dass es sich bei beiden Parteien um erfahrene Geschäftsleute handelt und die Beschwerdeführerin legt in ihrer Beschwerde nicht (jedenfalls nicht mit Aktenhinweis) dar, dass sie dies in den vorinstanzlichen Verfahren prozesskonform behauptet hat. Mangels hinreichender Rüge (vgl. hiervor E. 2) ist dieser Einwand somit nicht zu hören.
Die Auslegung der Gerichtsstandsvereinbarung durch die Vorinstanz ist selbst bei freier Überprüfung nicht zu beanstanden. Daher kann offenbleiben, ob die Rügen der Beschwerdeführerin betreffend die Feststellung eines tatsächlichen Willens der Parteien den Anforderungen an eine Willkürrüge (vgl. hiervor E. 2) überhaupt genügen würden.
3.5. Die Beschwerdeführerin rügt schliesslich, die Vorinstanz gehe implizit von einer Teilnichtigkeit der Gerichtsstandsvereinbarung aus. Gemäss <ref-law> liege nur dann Teilnichtigkeit vor, wenn nicht anzunehmen sei, die Parteien hätten die Vereinbarung ohne den nichtigen Teil nicht abgeschlossen. Die Vorinstanz hätte den Gerichtsstand in Obwalden folglich nur unter der Annahme bejahen dürfen, die Beschwerdeführerin wäre damit einverstanden gewesen, dass der Beschwerdegegner an seinem Wohnsitz, sie aber nicht an ihrem Sitz klagen dürfe. Diese Annahme begründe die Vorinstanz nicht und verletze daher ihre Begründungspflicht gemäss <ref-law>. Es könne ausgeschlossen werden, dass die Beschwerdeführerin mit einer solchen Regelung einverstanden gewesen wäre. Somit bestehe selbst dann, wenn der Auslegung der Vorinstanz gefolgt würde, kein Gerichtsstand am Wohnsitz des Beschwerdegegners, weil die Gerichtsstandsklausel sich diesfalls gesamthaft als unwirksam und nichtig erweise und die Regelung von <ref-law> greifen würde.
Die Auslegung der Gerichtsstandsvereinbarung ergibt, dass die Parteien bei Klagen gegen die Beschwerdeführerin einen zusätzlichen Gerichtsstand am Wohnsitz des Beschwerdegegners vereinbaren wollten (vgl. hiervor E. 3.4.2). Die Beschwerdeführerin vermag nicht aufzuzeigen, inwiefern die Urteilsbegründung der Vorinstanz ihr Anspruch auf rechtliches Gehör (<ref-law>) verletzt hätte. Es ist nicht dargetan und auch nicht ersichtlich, inwiefern ihr die Urteilsbegründung verunmöglicht hätte, den Entscheid sachgerecht anzufechten (vgl. <ref-ruling> E. 4.3.2 S. 436). Dem Umstand, dass aus den Feststellungen der Vorinstanz nicht eindeutig hervorgeht, ob sie den tatsächlichen Willen der Parteien festgestellt oder aber eine Auslegung nach dem Vertrauensprinzip vorgenommen hat, begegnete die Beschwerdeführerin, indem sie sich in ihrer Beschwerde sowohl auf den tatsächlichen Willen der Parteien als auch auf eine Auslegung nach dem Vertrauensprinzip berief. Dadurch war eine sachgerechte Anfechtung ohne Weiteres möglich. Der angefochtene Entscheid genügt somit den verfassungsrechtlichen Begründungsanforderungen. Eine Gehörsverletzung (<ref-law>) liegt nicht vor.
Soweit die Beschwerdeführerin geltend macht, die Gerichtsstandsvereinbarung sei nichtig, übersieht sie, dass sich im Voraus getroffene Gerichtsstandsvereinbarungen bei arbeitsrechtlichen Streitigkeiten nicht als nichtig, sondern als für den Arbeitnehmer einseitig unverbindlich erweisen. Der Arbeitgeber als stärkere Partei bleibt seinerseits an die Gerichtsstandsvereinbarung gebunden, wenn vom Gerichtsstand des <ref-law> abgewichen wird (Urteil 4C.29/2006 vom 21. März 2006E. 4.1 und E. 4.2; NOËLLE KAISER JOBS, a.a.O., N. 15 zu <ref-law>).
Die Rügen der Beschwerdeführerin in ihrem Hauptantrag gehen fehl. Die Vorinstanz hat kein Bundesrecht verletzt, indem sie sich zur Beurteilung der vorliegenden Streitigkeit zuständig erklärt hat.
4.
Strittig ist zwischen den Parteien sodann, ob die Vorwürfe der Beschwerdeführerin zur Rechtfertigung der fristlosen Entlassung des Beschwerdegegners - berufliches Versagen im Zusammenhang mit ihrer Buchhaltung sowie die Vornahme nicht autorisierter Bezüge - zutreffen. Weiter sind sich die Parteien uneinig, ob die Beschwerdeführerin die fristlose Kündigung am 17. Mai 2013 rechtzeitig ausgesprochen hat oder ob sie die Vorwürfe gegen den Beschwerdegegner bereits früher kannte und daher die Kündigung verspätet erfolgte. Die Beschwerdeführerin macht diesbezüglich geltend, sie habe Rechtsanwalt C._ damit beauftragt, in einem von Stockwerkeigentümern der Liegenschaft D._ gegen sie eingeleiteten Verfahren eine Klageantwort auszuarbeiten. Dieser sei dabei auf den Vorwurf gestossen, wonach der Beschwerdegegner die Beschwerdeführerin als Werkzeug benutzt habe, um der Stockwerkeigentümergemeinschaft D._ zugunsten der ihm gehörenden B._ AG Vermögen zu entziehen. Rechtsanwalt C._ habe F.E._ (damalige Verwaltungsratspräsidentin der Beschwerdeführerin) Anfang Mai 2013 über diesen Vorwurf informiert, worauf diese bei ihm eine interne Kontrolle (Kontrolle von Geschäftsvorgängen und auffälligen Transaktionen) angeordnet habe. Über das Ergebnis der internen Kontrolle sei sie am 16. Mai 2013 informiert worden.
4.1.
4.1.1. Die Vorinstanz stellte fest, die Beschwerdeführerin habe im erstinstanzlichen Verfahren zum Beweis, dass Anfang Mai 2013 bei ihr eine interne Kontrolle eingeleitet worden sei und sie am 16. Mai 2013 vom Ergebnis dieser Kontrolle (unautorisierte Bezüge durch den Beschwerdegegner) Kenntnis erhalten habe, die Befragung der mittlerweilen verstorbenen F.E._ als Zeugin angeboten. Der Beschwerdegegner seinerseits habe geltend gemacht, diese Kontrolle habe nicht stattgefunden. Er habe dies im Wesentlichen damit begründet, die Beschwerdeführerin habe bereits lange Zeit vorher von den gegen ihn erhobenen Vorwürfe der Stockwerkeigentümer erfahren und Untersuchungen hätten bereits zu diesem Zeitpunkt eingeleitet werden können. Zudem wäre er in Wahrung des rechtlichen Gehörs im Rahmen der Untersuchung mit den Vorwürfen konfrontiert worden, was nicht geschehen sei. Ferner wäre auch Rechtsanwalt H._, welcher die Stockwerkeigentümerversammlung der Liegenschaft D._ geleitet habe, befragt worden, was indes auch nicht geschehen sei. Die Vorinstanz stellte fest, diese Aussagen des Beschwerdegegners würden durch die Beschwerdeführerin lediglich unsubstanziiert bestritten.
Die Vorinstanz führt weiter aus, die Beschwerdeführerin habe zum Themenkreis "interne Kontrolle" die Befragung von F.E._ als Zeugin angeboten. Dieser Beweisantrag sei aufgrund der Organeigenschaft von F.E._ als Antrag auf Parteibefragung entgegenzunehmen. Dennoch habe F.E._ in antizipierter Beweiswürdigung nicht befragt werden müssen. Denn hätte sie ausgesagt, im Mai 2013 sei eine interne Kontrolle eingeleitet worden, von deren Ergebnis sie am 16. Mai 2013 erfahren habe, wäre ihre Aussage derjenigen des Beschwerdegegners gegenübergestanden. Daher hätte die beweisbelastete Beschwerdeführerin einen weiteren Beweis anbieten sollen, insbesondere hätte sie den Bericht über das Ergebnis der internen Kontrolle auflegen können.
4.1.2. Weiter hielt die Vorinstanz mit der Erstinstanz fest, die Beschwerdeführerin sei im erstinstanzlichen Verfahren nicht auf die einzelnen Entgegnungen des Beschwerdegegners im Zusammenhang mit ihrer Buchhaltung und dem Vorwurf beruflichen Versagens eingegangen. Der Beschwerdegegner habe ausgeführt, weshalb es zu Schwierigkeiten bei der Revision der Jahresrechnungen der Beschwerdeführerin gekommen sei und wieso F.E._ und G.E._ (Verwaltungsratsmitglied der Beschwerdeführerin) diejenigen gewesen seien, welche die (externe) Revision verhindert hätten. Die Beschwerdeführerin habe sich damit nicht im Einzelnen auseinandergesetzt, sondern sich auf den Standpunkt gestellt, der Beschwerdegegner habe der Revisionsstelle die benötigten Unterlagen nicht zugestellt. Mangels konkreter Bestreitung der Sachverhaltsschilderung des Beschwerdegegners durch die Beschwerdeführerin habe die Vorinstanz somit die Vorbringen des Beschwerdegegners zu Recht als unbestritten betrachtet und auf eine Beweisabnahme verzichtet.
4.1.3. Die Vorinstanz stellte weiter fest, die Beschwerdeführerin werfe dem Beschwerdegegner vor, er habe zu ihren Ungunsten nicht autorisierte Bezüge getätigt. Dabei handle es sich um Aufwände im Zusammenhang mit mehreren Fahrzeugen ("Anschaffung eines eigentlichen Fuhrparks"), die Begleichung einer privaten Rechnung für Reparaturkosten für einen Jaguar sowie Aufwände im Zusammenhang mit Leistungen der B._ AG, die nicht erfolgt seien oder in einem krassen Missverhältnis zum verrechneten Betrag gestanden hätten (namentlich angebliche Ingenieurarbeiten im Zusammenhang mit der Dachsanierung bei der Liegenschaft D._ [vgl. hiervor E. 4]). Schliesslich werfe die Beschwerdeführerin dem Beschwerdegegner vor, er habe eine private Anwaltsrechnung von Rechtsanwalt I._ unautorisiert auf ihre Kosten beglichen.
Hinsichtlich der Beschaffung von Fahrzeugen stellte die Vorinstanz fest, gemäss unbestrittenen Ausführungen des Beschwerdegegners hätten sich die letzten Fahrzeugbeschaffungen im Jahr 2012 ereignet. Wenn die Beschwerdeführerin die Beschaffung der Fahrzeuge als Kündigungsgrund geltend machen wolle, habe sie zu beweisen, dass sie erst kurz vor Aussprechen der fristlosen Kündigung davon Kenntnis erlangt habe. Da auf die Befragung von F.E._ in antizipierter Beweiswürdigung habe verzichtet werden können (vgl. vorne E. 4.1.1) und keine weiteren Beweismittel angeboten worden seien, erweise sich die fristlose Kündigung mit der Begründung der unberechtigten Beschaffung von Fahrzeugen - mangels Beweises - als verspätet. Folglich habe auf die Abnahme der weiter beantragten Beweise zur Frage, ob die Bezüge im Zusammenhang mit den Fahrzeugen ohne Zustimmung erfolgt seien, verzichtet werden können. Das Gleiche gelte auch für die strittige Rechnung über die Reparaturkosten des Jaguars vom 20. Januar 2012.
Weiter stellte die Vorinstanz fest, die Beschwerdeführerin mache geltend, die angebotenen Beweismittel hätten belegt, dass die von der B._ AG in Rechnung gestellten Ingenieurarbeiten betreffend die Liegenschaft D._ nicht erbracht worden seien. Die Erstinstanz habe zu Recht auf die Abnahme dieser Beweise verzichtet. Die Beschwerdeführerin habe die fristlose Kündigung verspätet ausgesprochen, da sie bereits im Schlichtungsverfahren, das von Stockwerkeigentümern der Liegenschaft D._ gegen sie eingeleitet worden sei, Kenntnis von diesem Vorwurf erhalten habe. Das genaue Datum des Schlichtungsgesuchs finde sich nicht in den Akten, jedoch datiere die anschliessende Klage der Stockwerkeigentümer vom 21. März 2013.
Schliesslich hielt die Vorinstanz fest, es sei nie strittig gewesen, dass es sich bei der Rechnung von Rechtsanwalt I._ vom 16. Februar 2010 um eine private Angelegenheit des Beschwerdegegners gehandelt habe. Umstritten sei indes, ob die Zahlung der Rechnung auf Kosten der Beschwerdeführerin von G.E._ - im Sinne einer Bonuszahlung - genehmigt und die Verbuchung als geschäftsmässiger Aufwand angeordnet worden sei oder ob der Beschwerdegegner eigenmächtig gehandelt habe. Die Beschwerdeführerin habe nicht beweisen können, dass sie erst nach Aussprechen der fristlosen Kündigung am 17. Mai 2013 von der Zahlung der vom 16. Februar 2010 datierenden Rechnung erfahren habe.
4.1.4. Zusammenfassend stellte die Vorinstanz fest, die Beschwerdeführerin könne nicht beweisen, dass sie die fristlose Kündigung am 17. Mai 2013 rechtzeitig ausgesprochen habe und damit zur fristlosen Entlassung des Beschwerdegegners berechtigt gewesen sei.
4.2. Die Beschwerdeführerin rügt, die Parteibefragung bzw. Beweisaussage der mittlerweilen verstorbenen F.E._ wäre ein taugliches Beweismittel gewesen, um die Rechtzeitigkeit der Kündigung zu beweisen. Die Parteibefragung hätte bewiesen, dass im Mai 2013 eine interne Kontrolle eingeleitet worden sei, von deren Ergebnis (einschliesslich der Verfehlungen des Beschwerdegegners im Zusammenhang mit den Fahrzeugen) die Beschwerdeführerin am 16. Mai 2013 erfahren habe. Die Vorinstanz hat mit der Erstinstanz in antizipierter Beweiswürdigung auf die Parteibefragung von F.E._ verzichtet (vgl. hiervor E. 4.1.1 und 4.1.3).
4.2.1. Der Beweisführungsanspruch - der sich als Teilgehalt des Anspruchs auf rechtliches Gehör allgemein aus <ref-law> und für das Bundesprivatrecht besonders aus <ref-law> ergibt, sowie seit Inkrafttreten der ZPO auch in <ref-law> verankert ist - verschafft der beweispflichtigen Partei in allen bundesrechtlichen Zivilrechtsstreitigkeiten einen Anspruch darauf, für rechtserhebliche Vorbringen zum Beweis zugelassen zu werden, soweit entsprechende Anträge im kantonalen Verfahren form- und fristgerecht gestellt worden sind (<ref-ruling> E. 7.1 S. 299; Urteile 4A_607/2014 vom 9. Februar 2015 E. 2.2; 4A_452/2013 vom 31. März 2014 E. 3.1).
Das Recht auf Beweis hindert freilich das Gericht nicht daran, die Beweise antizipiert zu würdigen, wenn es zum Schluss kommt, dass weitere Beweiserhebungen an seinem Urteil nichts zu ändern vermöchten, weil die entsprechenden Beweisanträge offensichtlich untauglich sind oder eine rechtsunerhebliche Tatsache betreffen oder weil das Gericht aufgrund der bereits abgenommenen Beweise seine Überzeugung gebildet hat und willkürfrei davon ausgehen darf, diese würde durch weitere Beweiserhebungen nicht erschüttert (<ref-ruling> E. 5.3 S. 148; <ref-ruling> E. 2.1 S. 429).
Bei der antizipierten Beweiswürdigung hat das Gericht als Hypothese zu unterstellen, das Beweismittel würde das Ergebnis bestätigen, welches die Partei vertritt, von der es angerufen wurde (Urteil 4A_427/2017 vom 22. Januar 2018 E. 5.1.1). Dies hat die Vorinstanz getan, indem sie davon ausging, F.E._ hätte in der Parteibefragung ausgesagt, im Mai 2013 sei eine interne Kontrolle eingeleitet worden, von deren Ergebnis sie am 16. Mai 2013 erfahren habe. Die Vorinstanz stellte fest, demgegenüber wäre die Aussage des Beschwerdegegners gestanden, die behauptete interne Kontrolle habe nicht stattgefunden (vgl. E. 4.1.1 hiervor).
4.2.2. Die Ausführungen der Vorinstanz, wonach die Beschwerdeführerin neben der Befragung von F.E._ einen weiteren Beweis hätte anbieten sollen (vgl. E. 4.1.1 hiervor), sind nicht so zu verstehen, dass die Vorinstanz einer Parteibefragung von vornherein die Tauglichkeit abspricht und deshalb zusätzliche Beweismittel fordert. Sie ist vielmehr davon ausgegangen, dass die Aussage von F.E._, im Mai 2013 sei eine interne Kontrolle eingeleitet worden, von deren Ergebnis sie am 16. Mai 2013 erfahren habe, nicht glaubwürdig gewesen wäre und daher den Beweis der rechtzeitigen Kündigung nicht erbracht hätte. Dies weil die Vorinstanz - mangels substanziierter Bestreitung durch die Beschwerdeführerin - davon ausging, weder der Beschwerdegegner noch der Leiter der Stockwerkeigentümerversammlung der Liegenschaft D._ seien zu den gegen den Beschwerdegegner erhobenen Vorwürfe befragt worden (vgl. hiervor E. 4.1.1). Ebenso hat die Vorinstanz in diesem Sinne berücksichtigt, dass die Beschwerdeführerin in ihren Rechtsschriften keine weiteren Beweise, wie beispielsweise den Kontrollbericht oder eine Befragung von Rechtsanwalt C._, welcher die interne Kontrolle durchgeführt haben soll, angeboten hat. Angesichts dieser Umstände konnte die Vorinstanz somit dem beantragten Beweismittel - ohne in Willkür zu verfallen - die Tauglichkeit absprechen, um die behauptete Tatsache - Durchführung einer internen Kontrolle Anfang Mai 2013 und Kenntnisnahme des Ergebnisses durch die Beschwerdeführerin am 16. Mai 2013 - zu erstellen. Im Übrigen wäre eine Befragung von F.E._ im Falle einer Rückweisung ohnehin nicht mehr möglich, da diese gemäss Feststelllungen der Vorinstanz am 31. Januar 2017 verstorben ist.
4.3. Die Beschwerdeführerin rügt weiter, entgegen der Ansicht der Vorinstanz (vgl. hiervor E. 4.1.2), habe sie die Vorbringen des Beschwerdegegners im Zusammenhang mit ihrer Buchhaltung rechtsgenügend bestritten. Die Vorinstanz habe <ref-law> verletzt. Auch wenn sie sich nicht im Einzelnen mit den Vorbringen des Beschwerdegegners auseinandergesetzt habe, gehe aus ihren Ausführungen unmissverständlich hervor, dass entgegen den Schilderungen des Beschwerdegegners es nicht an ihr, sondern am Beschwerdegegner gelegen habe, dass die Revision der Jahresrechnungen nicht habe durchgeführt werden können. Sie habe damit die Ausführungen des Beschwerdegegners rechtsgenügend bestritten.
4.3.1. Eine Klageantwort hat darzulegen, welche Tatsachenbehauptungen der klagenden Partei im Einzelnen anerkannt oder bestritten werden (<ref-law>). Bestreitungen sind so konkret zu halten, dass sich bestimmen lässt, welche einzelnen Behauptungen des Klägers damit bestritten werden (<ref-ruling> E. 2.6 S. 437 f.; <ref-ruling> E. 2 S. 113); die Bestreitung muss ihrem Zweck entsprechend so konkret sein, dass die Gegenpartei weiss, welche einzelne Tatsachenbehauptung sie beweisen muss (<ref-ruling> E. 4 S. 2). Der Grad der Substanziierung einer Behauptung beeinflusst insofern den erforderlichen Grad an Substanziierung einer Bestreitung; je detaillierter einzelne Tatsachen eines gesamten Sachverhalts behauptet werden, desto konkreter muss die Gegenpartei erklären, welche dieser einzelnen Tatsachen sie bestreitet. Je detaillierter mithin ein Parteivortrag ist, desto höher sind die Anforderungen an eine substanziierte Bestreitung (<ref-ruling> E. 2.6 S. 437 mit Hinweisen).
4.3.2. Der Beschwerdegegner führte gemäss Feststellungen der Erstinstanz, welche sich die Vorinstanz mittels Verweis zu eigen machte, namentlich aus, die Jahresabschlüsse seien immer erstellt worden, Der Jahresbericht für das Jahr 2009 habe jedoch erst im Jahr 2011 revidiert werden können, da sich F.E._ und G.E._ geweigert hätten, Saldobestätigungen über ihre Privatbezüge zu unterschreiben. Nach der Revision des Jahresberichts 2009 sei die J._ AG als Revisionsstelle zurückgetreten. Die nachfolgende Revisionsstelle, K._ AG, habe kurz nach ihrem Amtsantritt schwerwiegende Verstösse gegen das Aktienrecht festgestellt und dies dem Verwaltungsrat am 17. Dezember 2012 mitgeteilt. Sie habe gefordert, dass die Darlehenszahlungen an F.E._ und G.E._ sofort eingestellt, die Lohn und Spesenbezügen auf ein branchenübliches Mass reduziert und die bestehenden Aktionärsdarlehen sichergestellt würden. F.E._ und G.E._ hätten darauf nicht reagiert, woraufhin die Revisionsstelle zurückgetreten sei. In der Folge habe er versucht, eine neue Revisionsstelle zu finden, sei daran aber von G.E._ gehindert worden.
Diese Ausführungen hat die Beschwerdeführerin - wie die Vorinstanz zutreffend festhielt - nicht rechtsgenügend bestritten. In den von ihr zitierten Stellen ihrer Klageantwort und Duplik macht die Beschwerdeführerin (wie bereits von der Vorinstanz festgestellt [vgl. E. 4.1.2 hiervor]) im Wesentlichen bloss geltend, der Beschwerdegegner habe der Revisionsstelle die benötigten Unterlagen nicht zugestellt. Damit fehlt es, wie die Vorinstanzen zu Recht festhielten, an einer ausreichenden Bestreitung der Ausführungen des Beschwerdegegners.
4.4.
4.4.1. Die Beschwerdeführerin macht weiter geltend, die Vorinstanzen seien zu Unrecht davon ausgegangen, sie habe nicht den Beweis erbringen können, dass sie erst nachdem sie die fristlose Kündigung ausgesprochen habe, von der Rechnung von Rechtsanwalt I._ erfahren habe. Die Vorinstanz übersehe, dass die Kenntnisnahme einer Tatsache eine innere Tatsache sei, die oftmals nicht mit Belegen zu beweisen sei. Daher hätte die Parteibefragung bzw. Beweisaussage von G.E._ oder von F.E._ Abhilfe schaffen können. Dies habe die Beschwerdeführerin in der Duplik auch angeboten, indem sie ("wenn auch floskelhaft und ungenau") ausgeführt habe: "Die Beklagte [Beschwerdeführerin] offeriert für ihre Sachverhaltsdarstellung sämtliche zulässigen Beweismittel, soweit sie eine Beweislast trifft". Es sei sachlogisch, dass eine Partei zu ihren sämtlichen Vorbringen Aussagen machen könne, daher sei im Falle der Parteibefragung ein solcher Pauschalhinweis als zulässig zu erachten.
4.4.2. Der Beweisführungsanspruch setzt eine form- und fristgerechte Beweisofferte voraus (vgl. hiervor E. 4.2). Ein Beweismittel ist nur dann als formgerecht angeboten zu betrachten, wenn sich die Beweisofferte eindeutig der damit zu beweisenden Tatsachenbehauptung zuordnen lässt und umgekehrt. In der Regel sind die einzelnen Beweisofferten unmittelbar im Anschluss an die Tatsachenbehauptungen aufzuführen, die damit bewiesen werden sollen. Dies ergibt sich ohne Weiteres aus dem Wortlaut der Bestimmungen von Art. 152 Abs. 1 i.V.m. <ref-law> (Recht auf Abnahme von Beweismitteln bei "Bezeichnung der einzelnen Beweismittel zu den behaupteten Tatsachen"; Urteile 4A_487/2015 vom 6. Januar 2016 E. 5.2; 4A_452/2013 vom 31. März 2014 E. 2.1). Diese Anforderungen gelten auch für das Beweismittel der Parteibefragung. Wenn <ref-law> die " Bezeichnung der einzelnen Beweismittel " verlangt, umfasst dies - mangels eines expliziten Vorbehalts - sämtliche Beweismittel gemäss <ref-law>. Der allgemeine und floskelhafte Pauschalhinweis der Beschwerdeführerin genügt diesen Anforderungen nicht. Damit fehlt es an einer formgerechten Beweisofferte.
5.
Die Rügen der Beschwerdeführerin erweisen sich als unbegründet. Die Beschwerde ist daher abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Bei diesem Ausgang des Verfahrens wird die Beschwerdeführerin kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 Abs. 1 und Art. 68 Abs. 2 BGG). Die Höhe der Parteientschädigung bestimmt sich gemäss der Praxis des Bundesgerichts und nicht nach der vom Beschwerdegegner eingereichten Honorarnote.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 16'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3.
Die Beschwerdeführerin hat den Beschwerdegegner für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 18'000.-- zu entschädigen.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien, dem Obergericht des Kantons Obwalden und dem Betreibungsamt St. Gallen schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 10. Januar 2019
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Kiss
Der Gerichtsschreiber: Gross