Sachverhalt:
A.
Der 1963 geborene A._ war zuletzt als Baufacharbeiter bei der B._ AG tätig, als er sich am 15. Januar 2013 bei der Sozialversicherungsanstalt des Kantons Aargau, IV-Stelle, wegen beidseitiger Schulterbeschwerden zum Leistungsbezug anmeldete. In Abklärung des erwerblichen und medizinischen Sachverhaltes zog die IV-Stelle unter anderem die Akten der Schweizerischen Unfallversicherungsanstalt (Suva) bei und liess A._ durch die medaffairs AG, Basel, polydisziplinär begutachten. Gestützt auf die Expertise vom 15. Februar 2017 (nachfolgend; Gutachten medaffairs) lehnte sie bei einem ermittelten Invaliditätsgrad von 32 % den Anspruch auf eine Rente ab (Verfügung vom 5. April 2017).
B.
Das Versicherungsgericht des Kantons Aargau wies die dagegen erhobene Beschwerde mit Entscheid vom 17. Januar 2018 ab.
C.
A._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen und beantragen, in Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheides sei ihm eine ganze, eventuell eine halbe Invalidenrente zuzusprechen. Subeventuell sei die Sache zu weiteren medizinischen Abklärungen an das kantonale Gericht zurückzuweisen.
Es wird kein Schriftenwechsel durchgeführt.

Erwägungen:
1.
1.1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann wegen Rechtsverletzungen gemäss Art. 95 und 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG). Es legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1 BGG). Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz auf Rüge hin oder von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 beruht, und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (Art. 105 Abs. 2 BGG und Art. 97 Abs. 1 BGG).
1.2. Die beschwerdeführende Partei, welche die Sachverhaltsfeststellungen der Vorinstanz anfechten will, muss substanziiert darlegen, inwiefern die Voraussetzungen einer Ausnahme gemäss Art. 105 Abs. 2 BGG gegeben sind und das Verfahren bei rechtskonformer Ermittlung des Sachverhalts anders ausgegangen wäre; andernfalls kann ein Sachverhalt, der vom im angefochtenen Entscheid festgestellten abweicht, nicht berücksichtigt werden (<ref-ruling> E. 1.3.1 S. 18 mit Hinweisen).
2.
Streitig und zu prüfen ist, ob das kantonale Gericht zu Recht die Verneinung eines Rentenanspruchs bestätigte.
2.1. Die Vorinstanz hat die für die Beurteilung der Streitsache massgeblichen materiell- und beweisrechtlichen Grundlagen gemäss Gesetz und Rechtsprechung zutreffend dargelegt, worauf verwiesen wird. Dies betrifft namentlich die Bestimmungen und Grundsätze zum Begriff der Invalidität (Art. 8 Abs. 1 ATSG in Verbindung mit Art. 4 Abs. 1 IVG), zum Anspruch auf eine Invalidenrente und deren Umfang (Art. 28 Abs. 1 und 2 IVG), zur Aufgabenteilung zwischen Medizin und Recht (<ref-ruling> E. 5.2.1 S. 306; <ref-ruling> E. 3.1 und 3.2 S. 194 f.; <ref-ruling> E. 4 S. 99 f.) sowie zum Beweiswert und zur Beweiswürdigung medizinischer Berichte und Gutachten (<ref-ruling> E. 1.3.4 S. 227; <ref-ruling> E. 4.4 S. 469 f. und E. 4.7 S. 471; <ref-ruling> E. 3 S. 352 f.).
2.2. Zu betonen ist, dass dem kantonalen Versicherungsgericht als Sachgericht im Bereich der Beweiswürdigung ein erheblicher Ermessensspielraum zusteht (vgl. <ref-ruling> E. 4b S. 40). Das Bundesgericht greift auf Beschwerde hin nur ein, wenn das Sachgericht diesen missbraucht, insbesondere offensichtlich unhaltbare Schlüsse zieht, erhebliche Beweise übersieht oder solche willkürlich ausser Acht lässt (<ref-ruling> E. 2.1 S. 211; zum Begriff der Willkür <ref-ruling> E. 2.4 S. 5 mit Hinweisen). Inwiefern das kantonale Gericht sein Ermessen missbraucht haben soll, ist in der Beschwerde klar und detailliert aufzuzeigen (<ref-ruling> E. 1.3 S. 261). Auf ungenügend begründete Rügen oder bloss allgemein gehaltene appellatorische Kritik am angefochtenen Entscheid tritt das Bundesgericht nicht ein (<ref-ruling> E. 2.2 S. 246 mit Hinweis; Urteil 8C_200/2018 vom 7. August 2018 E. 6.3).
3.
3.1. Das kantonale Gericht hat die ärztlichen Unterlagen, insbesondere das polydisziplinäre Gutachten medaffairs vom 15. Februar 2017, umfassend und mit eingehender Begründung gewürdigt. Dabei hat es geschlossen, das Gerichtsgutachten erfülle die von der Rechtsprechung an den Beweiswert eines Gutachtens gestellten Anforderung, sodass darauf abzustellen sei. In tatsächlicher Hinsicht hat die Vorinstanz unter anderem festgehalten, entgegen den Einwänden in der Beschwerde könne von Widersprüchen im neurologischen Teilgutachten keine Rede sein. Vielmehr fehle es diesbezüglich an einer gesundheitlich bedingten erheblichen und evidenten, dauerhaften sowie objektivierbaren Beeinträchtigung. Es sei von der gutachterlich unter anderem wegen einer anhaltenden somatoformen Schmerzstörung mit somatischen und psychischen Faktoren (ICD-10: F45.41) sowie einer Dysthymia (ICD-10: F34.1) attestierten Arbeitsunfähigkeit von 20 % in einer den somatischen Beschwerden an den beiden Schultern angepassten Tätigkeit auszugehen. Im medizinisch verordneten Zumutbarkeitsprofil, mit einer gut strukturierten Tätigkeit ohne schweres Heben und Tragen sowie ohne Überkopfarbeiten, bestehe ein weites Betätigungsfeld. Die Restarbeitsfähigkeit sei damit verwertbar. Schliesslich sei invalidenversicherungsrechtlich auch in der Zeit zwischen dem frühestmöglichen Rentenbeginn im Juli 2013 und dem Gutachtensdatum vom 15. Februar 2017 von einer entsprechenden 20%igen Arbeitsunfähigkeit auszugehen. Es bestehe kein Anspruch auf eine Rente.
3.2.
3.2.1. Was der Beschwerdeführer dagegen vor Bundesgericht einwendet, ist unbegründet, soweit er sich nicht überwiegend mit appellatorischer Kritik am angefochtenen Entscheid begnügt (vgl. dazu E. 2.2 hievor). Er zeigt nicht auf, inwiefern die vorinstanzliche Beweiswürdigung als bundesrechtswidrig zu beanstanden sei. Jedenfalls kann von einer Verletzung des Untersuchungsgrundsatzes keine Rede sein. Auch eine rechtsfehlerhafte Ermessensbetätigung bei der Beweiswürdigung legt der Versicherte nicht dar. Soweit er der Beweiswürdigung und den daraus resultierenden Feststellungen im angefochtenen Entscheid eine eigene Einschätzung seines Gesundheitszustandes entgegenstellt und damit das Administrativgutachten als nicht beweistauglich zu qualifizieren versucht, kann dies für die Beurteilung der sich vorliegend stellenden Rechtsfrage jedenfalls nicht ausschlaggebend sein.
3.2.2. Auch die Rüge, wonach dem Beschwerdeführer die Verwertung der Restarbeitsfähigkeit bedingt durch seine Einschränkungen nicht mehr möglich sein soll, entbehrt jeder Grundlage. Er legt nicht dar und es ist nicht ersichtlich, inwiefern die diesbezüglichen vorinstanzlichen Ausführungen und Schlussfolgerungen Bundesrecht verletzen. Das Zumutbarkeitsprofil gemäss Gutachten medaffairs schränkt die Arbeitsfähigkeit des Versicherten offensichtlich nicht derart ein, dass diese auf dem ihm offenstehenden ausgeglichenen Arbeitsmarkt nicht mehr verwertbar wäre.
3.2.3. Schliesslich ist der Vorinstanz auch insofern zu folgen, als sie die von Dr. med. C._, Facharzt für Psychiatrie und Psychotherapie FMH, in seinem Bericht vom 27. Oktober 2014 attestierte mittelgradige depressive Episode mit somatischem Syndrom, welche die Arbeitsfähigkeit des Beschwerdeführers ab Juni 2013 zu 50 % eingeschränkt habe, als reaktives Geschehen ohne invalidisierenden Krankheitswert (vgl. <ref-ruling> E. 2.1 S. 125) beurteilte. Sie zeigte auf, dass der behandelnde Psychiater die attestierte depressive Erkrankung auf psychosoziale Faktoren zurückführte und sich aus den Akten kein Hinweis ergibt, dass sich die depressive Episode mit somatischem Syndrom verselbstständigt hätte. Hinzu kommt, dass Dr. med. C._ in seinem Bericht vom 19. Oktober 2015 erklärte, der Gesundheitszustand seines Patienten sei stationär und im Vordergrund stünden die körperlichen Beschwerden. Damit ist nicht von einer wesentlichen Verbesserung der psychischen Beschwerden im weiteren Verlauf bis zur Begutachtung auszugehen, was vorausgesetzt wäre, um einen vorübergehenden Leistungsanspruch zu begründen. Die vorinstanzliche Feststellung, es sei auch für die Zeit zwischen Juni 2013 und der Begutachtung von einer Arbeitsunfähigkeit von 20 % auszugehen, ist demnach nicht als offensichtlich unrichtig zu beanstanden.
3.3. Zusammenfassend ergibt sich, dass die Vorbringen in der Beschwerde nicht geeignet sind, den angefochtenen Entscheid als bundesrechtswidrig erscheinen zu lassen.
4.
Entsprechend dem Ausgang des Verfahrens hat der Beschwerdeführer die Gerichtskosten zu tragen (Art. 66 Abs. 1 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 800.- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3.
Dieses Urteil wird den Parteien, dem Versicherungsgericht des Kantons Aargau, dem Bundesamt für Sozialversicherungen und der Vorsorgestiftung der B._ AG schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 23. August 2018
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Maillard
Die Gerichtsschreiberin: Schüpfer