Sachverhalt:
A.
Das Kantonale Wirtschaftsstrafgericht des Kantons Bern sprach X._ am 11. April 2016 des mehrfachen Betrugs schuldig und bestrafte ihn mit einer teilbedingten Freiheitsstrafe von 30 Monaten.
Auf Berufung von X._ hin verurteilte ihn das Obergericht des Kantons Bern am 23. November 2017 ebenfalls wegen mehrfachen Betrugs zu einer teilbedingten Freiheitsstrafe von 30 Monaten.
Das Obergericht hält zusammengefasst für erwiesen, X._ habe von ca. Oktober 2005 bis ca. Januar 2009 im Rahmen von sechs Projekten der Europäischen Union (nachfolgend: EU) gezielt systematisch falsch abgerechnet und von dieser in der Folge nicht gerechtfertigte Subventionen im Betrag von mindestens EUR 688'000.-- erhalten.
B.
X._ führt Beschwerde in Strafsachen. Er beantragt, das Urteil des Obergerichts sei aufzuheben und er sei vollumfänglich freizusprechen. Eventualiter sei die Sache zu neuer Beurteilung an das Obergericht zurückzuweisen.

Erwägungen:
1.
1.1. Der Beschwerdeführer rügt, die Vorinstanz habe den Sachverhalt teilweise offensichtlich unrichtig festgestellt. Ihre Schlussfolgerung, seine A._ AG und A._ Consulting GmbH (nachfolgend: A._-Gesellschaften) hätten sich fast ausschliesslich über Einnahmen aus EU-Projekten finanziert, sei willkürlich. Sie unterlasse es, die von ihm eingereichten Zahlen nachzuvollziehen und stütze sich lediglich auf Jahresabschlüsse, in welchen nicht zwischen den Erträgen aus EU-Projekten und den übrigen Erträgen unterschieden werde. Mit den Gewinnen aus Devisengeschäften sei ein wesentlicher Teil der Einnahmequellen seiner Gesellschaften nicht in die Beurteilung der Höhe der Eigenfinanzierung eingeflossen. Diese ergäben sich z.B. aus den Auszügen der Bankkonten der A._-Gesellschaften, welche sich jedoch bei seinem Buchhalter befänden und nicht ediert worden seien. Die Zahlungen der EU stellten teils Vorschüsse dar und die Vorinstanz habe es unterlassen zu prüfen, wie die geleisteten Akontozahlungen den konkret geleisteten Arbeiten zuzuordnen seien. Die vorinstanzliche Feststellung seines für die A._-Gesellschaften maximal finanzierbaren Fixlohns sei unrichtig und aktenwidrig. Er habe mit dem Direktor des zuvor für die Subventionen zuständigen Bundesamts für Bildung und Wissenschaft (nachfolgend: BBW) vereinbart, mit Durchschnittskosten abrechnen zu dürfen und nicht mehr in Rechnung gestellt, als ihm aufgrund von Annex II der Verträge zwischen der Beschwerdegegnerin 2 und seinen Gesellschaften zustehe. Er habe ohne Wissen und Wollen gehandelt sowie ohne Absicht falsch abgerechnet. Er habe sich nach einem Systemwechsel nicht mit den neuen Abrechnungsrichtlinien auseinandergesetzt und auf die Korrektheit einer durch einen unabhängigen Revisor geprüften Abrechnung vertrauen dürfen. Die vorinstanzliche Feststellung, er habe den Revisor zu einer bloss auf Nebenpunkte beschränkten Prüfung aufgefordert, sei aktenwidrig. In diesem Zusammenhang macht der Beschwerdeführer zudem die Unverwertbarkeit seiner Aussagen und derjenigen des Buchhalters in sogenannten "minutes of interview" und den entsprechenden "summaries of meetings" geltend, da diese Befragungen nicht von einer Strafverfolgungsbehörde durchgeführt worden seien.
1.2. Die Vorinstanz erwägt, aus den Zusammenstellungen der ersten Instanz und den Jahresabschlüssen erhelle, dass die A._-Gesellschaften neben der Projektarbeit auch Kapital- und Liegenschaftsgeschäfte getätigt hätten, sich aber praktisch ausschliesslich über die Projekteinnahmen finanzierten. Entgegen der Ansicht des Beschwerdeführers generierten die A._-Gesellschaften im relevanten Zeitraum mit projektfremden Tätigkeiten gesamthaft keine Gewinne. Vielmehr überstiegen die Aufwendungen in diesen Tätigkeitsfeldern die dort erzielten Erträge, was eher den Schluss nahe lege, mit den Projekteinnahmen sei zusätzlich ein Liegenschafts- bzw. Kapitalverlust ausgeglichen worden (angefochtenes Urteil, E. II. 12.3 S. 28). Der Beschwerdeführer sei bei den Abrechnungen weder dem System des BBW noch jenem der Beschwerdegegnerin 2, sondern einem von den effektiven Kosten losgelösten System gefolgt. Hinweise auf eine vom Beschwerdeführer geltend gemachte Vereinbarung mit dem ehemaligen Direktor des BBW liessen sich den Unterlagen nicht entnehmen (angefochtenes Urteil, E. II. 12.4.2 S. 30 f.). Der Beschwerdeführer habe weit über dem tatsächlichen Aufwand liegende rein fiktive Durchschnittskosten geltend gemacht. Dies entgegen der vertraglichen Regelung in Annex II der Verträge mit der Beschwerdegegnerin 2, welche eine Abrechnung nach dem tatsächlich angefallenen Zeit- und Lohnaufwand vorsehe. Während er gegenüber der Beschwerdegegnerin 2 für sich selber einen Lohn angegeben habe, der weit unter dem gelegen sei, was er sich gesamthaft ausbezahlt habe, habe er für seine Mitarbeitenden Löhne geltend gemacht, welche die tatsächlich ausbezahlten um ein Mehrfaches überstiegen hätten. Angesichts der massiv übersetzt deklarierten Gehälter der übrigen Mitarbeitenden und der fehlenden Fremdfinanzierungsquellen blieben keine Zweifel daran, dass die Beschwerdegegnerin 2 dem Beschwerdeführer im Ergebnis mehr ausbezahlt habe, als ihm vertraglich zugestanden sei und damit einen Vermögensschaden erlitten habe (vgl. angefochtenes Urteil, E. II. 12.4.3 S. 34 ff., E. 12.7 S. 44 und E. III. 14 S. 46). Der Beschwerdeführer habe den für die Ausstellung der Audit Certificates zuständigen Buchhalter angewiesen, lediglich die untergeordneten Reise- und Materialspesen zu addieren und ihm die Personalkosten, mithin den für eine ungeschmälerte Ausschüttung der Subventionen entscheidenden Teil, selber geliefert. Darüber hinaus habe er dem Buchhalter die für die Überprüfung der Vertragskonformität notwendigen Kopien der anwendbaren Verträge nicht ausgehändigt (vgl. angefochtenes Urteil, E. II. 12.7 S. 45 und E. III. 14 S. 46).
1.3. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1 BGG). Die vorinstanzliche Sachverhaltsfeststellung kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (Art. 97 Abs. 1 BGG; vgl. auch Art. 105 Abs. 2 BGG). Offensichtlich unrichtig im Sinne von Art. 97 Abs. 1 BGG ist die Sachverhaltsfeststellung, wenn sie willkürlich ist (<ref-ruling> E. 1.3.1 S. 253 mit Hinweis; vgl. zum Begriff der Willkür: <ref-ruling> E. 1.2 S. 308 f.; <ref-ruling> E. 2.1 S. 18 f.; je mit Hinweisen). Willkür im Sinne von Art. 9 BV liegt nach ständiger Rechtsprechung nicht schon vor, wenn das angefochtene Urteil nicht mit der Darstellung des Beschwerdeführers übereinstimmt oder eine andere Lösung oder Würdigung vertretbar erscheint oder gar vorzuziehen wäre, sondern nur, wenn der angefochtene Entscheid auf einer schlechterdings unhaltbaren oder widersprüchlichen Beweiswürdigung beruht, mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht, eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz krass verletzt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft; dabei ist erforderlich, dass der Entscheid nicht nur in der Begründung, sondern auch im Ergebnis willkürlich ist (<ref-ruling> E. 1.2 S. 308 f.; <ref-ruling> E. 2.1 S. 18 f.; <ref-ruling> E. 2.4 S. 5; <ref-ruling> E. 2.2.2 S. 318 f.; je mit Hinweisen).
Gemäss Art. 42 Abs. 2 BGG ist in der Beschwerdebegründung in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Entscheid Recht verletzt, wobei für die Anfechtung des Sachverhalts qualifizierte Begründungsanforderungen gelten (vgl. Art. 97 Abs. 1 und Art. 106 Abs. 2 BGG). Die beschwerdeführende Partei hat mit ihrer Kritik an den als rechtsfehlerhaft erachteten Erwägungen der Vorinstanz anzusetzen. Sie kann sich nicht darauf beschränken, einen von den tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz abweichenden Sachverhalt zu behaupten und die Rechtsstandpunkte, die sie im kantonalen Verfahren eingenommen hat, erneut zu bekräftigen (Urteil 6B_150/2017 vom 11. Januar 2018 E. 2, zur Publikation vorgesehen; <ref-ruling> E. 2 S. 116; Urteil 6B_3/2016 vom 28. Oktober 2016 E. 2.2; je mit Hinweisen). Auf ungenügend begründete Rügen oder bloss allgemein gehaltene appellatorische Kritik am angefochtenen Entscheid tritt das Bundesgericht nicht ein (Urteil 6B_150/2017 vom 11. Januar 2018 E. 2, zur Publikation vorgesehen; <ref-ruling> E. 1.3.1 S. 253 mit Hinweis).
1.4. Der Beschwerdeführer zeigt nicht auf, inwieweit die Sachverhaltsfeststellungen im angefochtenen Entscheid schlechterdings unhaltbar sein sollen, sondern wiederholt weitgehend lediglich seine von der Vorinstanz im Berufungsverfahren verworfene Sichtweise der Dinge. Dies gilt etwa für seinen Standpunkt, die A._-Gesellschaften hätten weitere Einnahmen als durch die Subventionen der Beschwerdegegnerin 2 erzielt. Diesen Einwand hat die Vorinstanz geprüft und mit Hinweis auf die Erkenntnisse der ersten Instanz und die von ihm unterzeichneten Jahresabschlüsse sowie entgegen seiner Kritik auch unter Berücksichtigung seiner tabellarischen Zusammenstellung willkürfrei verworfen (vgl. E. 1.2 hiervor). Dass die Vorinstanz dieser Zusammenstellung mangels fehlender Belege zweifelhaften Beweiswert zuschreibt, führt zu keinem qualifizierten und offensichtlichen Mangel des angefochtenen Entscheids. Seine Darstellung, in den betreffenden Jahresabschlüssen der A._-Gesellschaften werde nicht zwischen den Erträgen aus EU-Projekten und den übrigen Erträgen unterschieden, belegt er nicht. Nichts für sich ableiten kann der Beschwerdeführer daraus, dass die Beschwerdegegnerin 2 die Entschädigungen zumindest in einem ersten Teil vorfinanzierte. Dies berücksichtigt die Vorinstanz ebenfalls und sie hält zutreffend fest, die Schlussabrechnungen seien massgebend (vgl. angefochtenes Urteil, E. III. 14. S. 47).
Nicht stichhaltig ist sodann die Argumentation des Beschwerdeführers, er habe nicht mehr in Rechnung gestellt, als ihm gemäss Annex II der entsprechenden Verträge zustehe. Die Vorinstanz begründet nachvollziehbar, es müsse nicht näher auf die Frage des unter Annex II maximal zulässigen Lohnes eingegangen werden, weil sich die Unzulässigkeit des Vorgehens des Beschwerdeführers bereits aus anderen Umständen ergibt, so aus den massiv übersetzt deklarierten Löhnen der Mitarbeitenden sowie mangels Finanzierungsquellen nebst den Subventionen der Beschwerdegegnerin 2. Dass die Abweichungen der Lohndeklarationen von seinen tatsächlich bezogenen Gehältern die aus den übersetzt deklarierten Löhnen der übrigen Mitarbeiter resultierenden Mehreinnahmen ausgeglichen haben sollen, legt der Beschwerdeführer nicht dar. Eine solche Schlussfolgerung drängt sich auch nicht geradezu auf.
Ebenso wenig ist die Feststellung seines für die A._-Gesellschaften maximal finanzierbaren Fixlohns von Fr. 180'000.-- bis Fr. 200'000.--, der deutlich unter den von der Vorinstanz im Einzelnen dargelegten und an den Beschwerdeführer geflossenen Entlöhnungen liegt, offensichtlich unrichtig. Demzufolge ist die vorinstanzliche Feststellung eines Vermögensschadens haltbar. Die Vorinstanz legt überdies eingehend und überzeugend dar, weshalb sie zum Schluss kommt, das Vorbringen des Beschwerdeführers, nicht absichtlich falsch abgerechnet zu haben, resp. versehentlich weiter nach den unter einer speziellen mit dem ehemaligen Direktor des BBW getroffenen Abrede abgerechnet zu haben, eine reine Schutzbehauptung sei (vgl. angefochtenes Urteil, E. II. 12.7 S. 41 ff.). Soweit sich der Beschwerdeführer überhaupt substanziiert mit den entsprechenden Erwägungen der Vorinstanz auseinandersetzt, belegt er auch diesbezüglich keine Willkür. Schliesslich kann von einer offensichtlich falschen Feststellung des Sachverhalts auch in Bezug auf die Überprüfung durch den Buchhalter keine Rede sein. Die Vorinstanz begründet ihre Feststellung des nur auf einen Nebenpunkt beschränkten Prüfungsauftrags mit dem Verweis auf die Aussagen des Beschwerdeführers anlässlich der staatsanwaltschaftlichen Einvernahme vom 23. September 2014 (kant. Akten, pag. 05 003 025 Z. 288-294). Ihre Auffassung, die Beauftragung eines Buchhalters für einen derart untergeordneten Teil der Prüfung lasse sich nur damit erklären, dass der Beschwerdeführer, der mit der Zusammenstellung der Personalkosten den grössten und entscheidenden Teil der Arbeit selber erledigt hatte, auf dessen Unterschrift angewiesen war, ist einleuchtend. Was der Beschwerdeführer daraus ableiten will, seine Aussagen sowie diejenigen des Buchhalters in den "minutes of interview" und den entsprechenden "summaries of meetings" seien nicht verwertbar, ist unerfindlich. Die Vorinstanz gibt im angefochtenen Entscheid zwar wenige Aussagen des Beschwerdeführers in solchen "summaries of meetings" (kant. Akten, pag. 04 006 100) wieder. Zur entscheidrelevanten Erstellung des Sachverhalts stützt sie sich indessen zumindest ebenso auf die Aussagen des Beschwerdeführers anlässlich der genannten staatsanwaltschaftlichen Einvernahme. Dem entsprechenden Protokoll ist zu entnehmen, dass der Beschwerdeführer aussagte "[...] wir haben für die Personalkosten die BBW-Ansätze genommen und [dem Buchhalter] gesagt, er solle die Reisekosten etc. dazu zählen. Er hat uns vertraut und das Audit Certificate dann unterzeichnet" (kant. Akten, pag. 05 003 025 Z. 292-294). Die Verwertbarkeit dieser Aussagen rügt der Beschwerdeführer zu Recht nicht. Wenn die Vorinstanz gestützt darauf und auf weitere von ihr genannte Indizien zum Schluss kommt, der Beschwerdeführer sei bestrebt gewesen, den Buchhalter von der Prüfung der Personalkosten abzuhalten, verfällt sie nicht in Willkür.
2.
2.1. Der Beschwerdeführer beanstandet des Weiteren die vorinstanzliche rechtliche Würdigung. Er führt sinngemäss aus, er habe in Unkenntnis der Tragweite des Systemwechsels statt gemäss des neu anwendbaren Annex II weiterhin so abgerechnet wie zuvor. Dies begründe noch keine für den Tatbestand des Betrugs erforderliche Täuschung. Auch dass der Buchhalter aus den eher beiläufigen Bemerkungen abgeleitet habe, er müsse eine bloss grobe Prüfung vornehmen, könne nicht als aktiv täuschendes und arglistiges Verhalten verstanden werden. Arglist liege alsdann aufgrund der Opfermitverantwortung nicht vor. Mit der Beschwerdegegnerin 2 sei ihm eine subventionserfahrene Vertragspartnerin gegenübergestanden, welche über umfangreiche personelle und finanzielle Ressourcen verfüge und von welcher man ein gewisses Mindestmass an Überprüfungsmechanismen erwarten dürfe. Es überzeuge nicht, einzig aufgrund umfangreicher Datenmengen stets auf eine Überprüfung zu verzichten. Blindes Vertrauen in die jeweiligen Revisionsstellen könne nicht als Argument für ausgebliebene interne Überprüfungen dienen. Die Vorinstanz begründe die Arglist aufgrund der Audit Certificates, obwohl in sämtlichen Projekten ein Vorschuss geleistet, die erste Abrechnung ohne solche Audit Certificates eingereicht worden sei und die Überweisungen nur teilweise aufgrund dieser erfolgt seien. Drei Audit Certificates seien zudem nicht unterschrieben worden. Dies zeige, dass die Beschwerdegegnerin 2 die Zahlungen ohne Prüfungen vorgenommen habe. Sein Buchhalter sei auch nicht qualifiziert gewesen, die entsprechenden Audit Certificates auszustellen, was die Beschwerdegegnerin 2 in grobfahrlässiger Weise nicht überprüft habe. Die Beschwerdegegnerin 2 habe sodann keinen Vermögensschaden erlitten, da sie die bezahlten Beträge budgetiert und ihm im Vorfeld zugesichert habe. Er habe ausserdem keine Absicht unrechtmässiger Bereicherung gehabt, da er im Ergebnis namens seiner Gesellschaften nicht mehr geltend gemacht habe, als ihnen zugestanden sei.
2.2. Die Vorinstanz erwägt, der zuständige Buchhalter habe auf die Angaben des Beschwerdeführers vertrauend in den periodisch bei der Beschwerdegegnerin 2 eingereichten Audit Certificates unterschriftlich bestätigt, eine umfassende Überprüfung durchgeführt und die geltend gemachten Kosten für korrekt befunden zu haben. Dies allerdings ohne die Personalkosten tatsächlich auf ihre Vertragsmässigkeit hin geprüft zu haben. Mit den von ihm selber unterzeichneten Formularen C und den unterstützenden Audit Certificates habe der Beschwerdeführer inhaltlich falsche Zusammenstellungen bei der Beschwerdegegnerin 2 eingereicht und diese damit über die Höhe der tatsächlichen Aufwendungen getäuscht. Die Unzumutbarkeit für die Beschwerdegegnerin 2, selber eine inhaltliche Prüfung eines jeden Formulars C vorzunehmen, liege angesichts des Datenumfangs auf der Hand. Wohl gerade deshalb habe sie eine Überprüfung durch einen unabhängigen, mit den regionalen Vorschriften vertrauten Auditor/Treuhänder vorgesehen. Der Beschwerdeführer habe zudem aufgrund früherer Projekte davon ausgehen können, es werde keine weitere Überprüfung erfolgen, sondern allenfalls bloss projektintern zu Diskussionen über die Höhe der Forderungen kommen. Der Beschwerdegegnerin 2 könne auch keine Opfermitverantwortung vorgeworfen werden. Sie sei weder höchst unvorsichtig gewesen noch habe sie von Anfang an misstrauisch sein müssen. Die eingereichten Abrechnungen hätten nie den Betrag der vertraglich zugesicherten Kosten erreicht. Die Beschwerdegegnerin 2 habe bereits erste Vorschüsse geleistet, bevor die ersten Formulare C eingereicht worden seien. Sie habe aber in der Schlussabrechnung, als alle Formulare eingereicht gewesen seien, auf jegliche Rückforderungen verzichtet und einen entsprechenden Vermögensschaden von ca. EUR 688'000.-- erlitten (angefochtenes Urteil, E. III. 14. S. 46 f.).
2.3. Laut Art. 146 Abs. 1 StGB macht sich des Betrugs schuldig, wer in der Absicht, sich oder einen andern unrechtmässig zu bereichern, jemanden durch Vorspiegelung oder Unterdrückung von Tatsachen arglistig irreführt oder ihn in einem Irrtum arglistig bestärkt und so den Irrenden zu einem Verhalten bestimmt, wodurch dieser sich selbst oder einen andern am Vermögen schädigt.
Angriffsmittel beim Betrug ist die Täuschung. Als Täuschung gilt jedes Verhalten, das darauf gerichtet ist, bei einem andern eine von der Wirklichkeit abweichende Vorstellung hervorzurufen (<ref-ruling> E. 2.3.2 S. 14; <ref-ruling> E. 5.1 S. 78 mit Hinweisen). Die Täuschung muss zudem arglistig sein. Arglist ist nach ständiger Rechtsprechung gegeben, wenn der Täter ein ganzes Lügengebäude errichtet oder sich besonderer Machenschaften oder Kniffe bedient. Bei einfachen falschen Angaben ist das Merkmal erfüllt, wenn deren Überprüfung nicht oder nur mit besonderer Mühe möglich oder nicht zumutbar ist, sowie dann, wenn der Täter den Getäuschten von der möglichen Überprüfung abhält oder nach den Umständen voraussieht, dass dieser die Überprüfung der Angaben aufgrund eines besonderen Vertrauensverhältnisses unterlassen werde. Arglist scheidet aus, wenn der Getäuschte den Irrtum mit einem Mindestmass an Aufmerksamkeit hätte vermeiden können. Auch unter dem Gesichtspunkt der Opfermitverantwortung erfordert die Erfüllung des Tatbestands indes nicht, dass das Täuschungsopfer die grösstmögliche Sorgfalt walten lässt und alle erdenklichen Vorkehren trifft. Arglist ist lediglich zu verneinen, wenn es die grundlegendsten Vorsichtsmassnahmen nicht beachtet (zum Ganzen <ref-ruling> E. 2.2; <ref-ruling> E. 5.2 mit Hinweisen).
2.4. In seinen Vorbringen zur vorinstanzlichen rechtlichen Würdigung beanstandet der Beschwerdeführer teilweise wiederholt den für das Bundesgericht verbindlichen Sachverhalt der Vorinstanz (Art. 105 Abs. 1 BGG), ohne Willkür darzutun (vgl. E. 1.4 hiervor). Dies gilt beispielsweise für die Feststellung, dass die Beschwerdegegnerin 2 dem Beschwerdeführer resp. den A._-Gesellschaften im Ergebnis mehr ausbezahlte, als vertraglich vorgesehen. Auf seine entsprechenden Ausführungen ist nicht einzugehen.
Soweit der Beschwerdeführer vorbringt, es fehle an einer Täuschung, kann ihm sodann nicht gefolgt werden. Zweifelsohne täuschte er die Beschwerdegegnerin 2 jeweils mittels Formular C sowie Audit Certificate und bewirkte bei ihr eine von der Wirklichkeit abweichende Vorstellung über die Höhe der tatsächlichen Aufwendungen der A._-Gesellschaften. Die Vorinstanz verletzt alsdann kein Bundesrecht, wenn sie diese Irreführung als arglistig qualifiziert. Dies ist schon mit Blick auf den erheblichen Datenumfang der subventionierten Projekte und der Tatsache, dass die Beschwerdegegnerin 2 eine externe und unabhängige Überprüfung der Vertragsmässigkeit vorgesehen hat, nicht zu beanstanden. Ob jeweils eine erneute Überprüfung der tatsächlichen Aufwendungen durch die Beschwerdegegnerin 2 im Sinne der vorinstanzlichen Erwägung geradezu unzumutbar war, kann dahingestellt bleiben, denn dies wäre zumindest nur mit besonderer Mühe möglich gewesen, was zur Begründung von Arglist ausreicht. Die pauschale Behauptung des Beschwerdeführers, die Beschwerdegegnerin 2 verfüge über umfassende personelle und finanzielle Ressourcen, ändert daran nichts. Folglich erübrigt sich, auf die zusätzliche vorinstanzliche Begründung der Arglist einzugehen, wonach der Beschwerdeführer aufgrund eines besonderen Vertrauensverhältnisses aus früheren Projekten voraussah, dass die Beschwerdegegnerin 2 die Überprüfung seiner nicht der Wirklichkeit entsprechenden Angaben unterlassen werde.
Zu Recht geht die Vorinstanz auch von einer fehlenden Opfermitverantwortung der Beschwerdegegnerin 2 aus. Bereits aufgrund des von der Vorinstanz korrekt dargestellten Ablaufs der EU-Forschungsprojekte mit einer vorgesehenen Überprüfung der Abrechnungen durch einen unabhängigen Revisor oder Treuhänder kann ihr nicht vorgeworfen werden, sie habe grundlegendste Vorsichtsmassnahmen nicht beachtet. Soweit der Beschwerdeführer geltend macht, drei Audit Certificates seien nicht unterschrieben worden und sein Buchhalter sei nicht qualifiziert gewesen, die entsprechenden Audit Certificates auszustellen, was die Beschwerdegegnerin 2 in grobfahrlässiger Weise nicht überprüft habe, beruft er sich auf unzulässige Noven (Art. 99 Abs. 1 BGG). Davon unbesehen würde auch dies keine Leichtfertigkeit begründen, welche das betrügerische Verhalten des Beschwerdeführers in den Hintergrund treten lässt.
Wenn der Beschwerdeführer betreffend das Tatbestandselement Vermögensschaden etwa geltend macht, die Beträge seien ihm im Vorfeld zugesichert und es sei jeweils ein Vorschuss geleistet worden, er habe die erste Abrechnung ohne Audit Certificate eingereicht und die Überweisungen seien nur teilweise aufgrund solcher Audit Certificates erfolgt, blendet er die vorinstanzliche Erwägung aus, wonach die Beschwerdegegnerin 2 in der jeweils massgebenden Schlussabrechnung auf jegliche Rückforderungen verzichtete und somit spätestens zu diesem Zeitpunkt offensichtlich einen entsprechenden Vermögensschaden erlitt. Der Standpunkt des Beschwerdeführers, er habe nicht in Absicht unrechtmässiger Bereicherung gehandelt, entbehrt schliesslich jeder Grundlage. Die Vorinstanz erwägt offensichtlich zu Recht, er habe sich und seine Familie indirekt über die A._-Gesellschaften zu bereichern beabsichtigt (angefochtenes Urteil, E. III. 14. S. 47).
Somit ist die rechtliche Würdigung der Tatbestandselemente des Betrugs durch die Vorinstanz überzeugend und sie spricht ihn im Ergebnis ohne Verletzung von Bundesrecht diesbezüglich schuldig.
3.
Die Beschwerde ist abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Die Gerichtskosten sind ausgangsgemäss dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf eingetreten wird.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Bern, Strafabteilung, 2. Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 21. August 2018
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Denys
Der Gerichtsschreiber: Weber