Faits :
A.
A.A._ et B.A._ se sont mariés en 1988 et se sont installés à Genève en 1997. Ils ont divorcé en 2015, après avoir vécu séparés depuis 2008.
Le 10 décembre 2008, les époux A._ ont adressé leur déclaration d'impôt pour la période fiscale 2007 à l'Administration fiscale cantonale de la République et canton de Genève (ci-après: l'Administration fiscale). Cette déclaration d'impôt était signée par les deux conjoints. Le 10 juillet 2013, l'Administration fiscale a taxé les époux pour l'impôt fédéral direct (ci-après: IFD) et les impôts cantonal et communal (ci-après: ICC) de la période fiscale 2007. Il ressortait de cette décision que des montants d'impôt avaient été perçus en trop et devaient être remboursés. Le 17 juillet 2013, l'Administration fiscale a remboursé 3'008'695 fr. d'ICC 2007 et 1'228'701 fr. 60 d'IFD 2007 à B.A._.
Sur demande du 22 août 2013 de A.A._, l'Administration fiscale lui a adressé une copie de la taxation 2007. Après plusieurs échanges d'écritures, A.A._ a requis de l'Administration fiscale qu'elle rende une décision formelle relative à la restitution en sa faveur de la moitié des montants d'ICC et d'IFD 2007 perçus en trop.
B.
Par décision du 17 juillet 2017, l'Administration fiscale a déclaré la réclamation de A.A._ irrecevable, car tardive. Celle-ci a contesté ce prononcé le 18 août 2017 auprès du Tribunal administratif de première instance de la République et canton de Genève (ci-après: le Tribunal administratif de première instance) qui, par jugement du 5 mars 2018, a rejeté le recours. Il a considéré que l'Administration fiscale aurait dû entrer en matière sur la demande de A.A._, car il ne s'agissait pas d'une réclamation élevée à l'encontre de la décision de taxation. Toutefois, statuant sur le fond de la cause par économie de procédure, le Tribunal administratif de première instance a rejeté la demande de restitution de l'intéressée. Celle-ci a recouru contre ce jugement le 6 avril 2018 auprès de la Chambre administrative de la Cour de justice de la République et canton de Genève (ci-après: la Cour de justice). Par arrêt du 5 mars 2019, la Cour de justice a rejeté le recours.
C.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public, A.A._ demande en substance au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, d'annuler l'arrêt de la Cour de justice du 5 mars 2019 et de lui rembourser un montant total de 2'118'698 fr. 60 correspondant à 1'504'347 fr. 80 d'ICC et à 614'350 fr. 80 d'IFD; subsidiairement d'annuler l'arrêt précité et de renvoyer la cause à l'autorité précédente pour nouvelle décision dans le sens des considérants.
La Cour de justice persiste dans les considérants et le dispositif de son arrêt. L'Administration fiscale et l'Administration fédérale des contributions concluent toutes deux au rejet du recours.

Considérant en droit :
1.
L'arrêt attaqué constitue une décision finale (<ref-law>) rendue dans une cause de droit public par une autorité judiciaire supérieure de dernière instance cantonale (art. 82 let. a et 86 al. 1 let. d et al. 2 LTF) qui ne tombe sous le coup d'aucune des exceptions prévues à l'<ref-law>. La voie du recours en matière de droit public est donc en principe ouverte. Le recours a par ailleurs été interjeté en temps utile (<ref-law>) et dans les formes prescrites par la loi (<ref-law>), par la destinataire de l'arrêt attaqué, qui a qualité pour recourir (<ref-law>). Il convient donc d'entrer en matière.
2.
Le Tribunal fédéral statue en principe sur la base des faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>), sous réserve des cas prévus à l'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 4.4.3 p. 156). Le recourant ne peut critiquer les constatations de fait ressortant de la décision attaquée que si celles-ci ont été effectuées en violation du droit au sens de l'<ref-law> ou de manière manifestement inexacte, c'est-à-dire arbitraire, et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 6 p. 358). Conformément à l'<ref-law>, le recourant doit expliquer de manière circonstanciée en quoi ces conditions seraient réalisées. Le Tribunal fédéral n'entre pas en matière sur des critiques de type appellatoire portant sur l'état de fait ou sur l'appréciation des preuves (<ref-ruling> consid. 6.3 p. 375). Par ailleurs, aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut en principe être présenté devant le Tribunal fédéral (<ref-law>).
3.
3.1. La Cour de justice a retenu que la recourante et son ancien époux se sont séparés de fait au mois de février 2008. Il ressort de leur déclaration d'impôt pour la période fiscale 2007, ainsi que de leur taxation en matière d'IFD et d'ICC pour cette année, que seuls les revenus et la fortune de l'ancien époux de la recourante ont été imposés, celle-ci ne percevant en particulier aucun revenu. L'autorité précédente a également constaté qu'aucune convention de répartition des montants d'impôt provisoire versés en trop n'avait été conclue entre les époux avant le versement, par l'Administration fiscale, des excédents d'acomptes le 17 juillet 2013.
3.2. Le litige porte sur le point de savoir si la recourante peut prétendre au remboursement, par l'Administration fiscale, de la moitié des acomptes d'IFD et d'ICC versés en trop, en 2007, par le couple qu'elle formait avec son ancien époux, c'est-à-dire un montant total de 2'118'698 fr. 60 (1'504'347 fr. 80 d'ICC et 614'350 fr. 80 d'IFD), acomptes d'ores et déjà remboursés par l'Administration fiscale à celui-ci.
I. Impôt fédéral direct
4.
4.1. A teneur de l'<ref-law> (RS 642.11), les revenus des époux qui vivent en ménage commun sont additionnés, quel que soit le régime matrimonial. Dans un tel cas de figure, les époux exercent les droits et s'acquittent des obligations qu'ils ont en vertu de la LIFD de manière conjointe (<ref-law>). Tant qu'ils vivent en ménage commun, ils répondent solidairement du montant global de l'impôt (art. 13 al. 1 phr. 1 LIFD). Ainsi, l'autorité fiscale peut choisir de quel débiteur solidaire elle désire requérir le paiement de la dette d'impôt. Elle peut également le requérir des deux débiteurs simultanément ou successivement (arrêt 2A.379/2002 du 18 février 2003 consid. 2.2 et les références). Lorsque le couple ne vit pas (plus) en ménage commun, la solidarité prend fin ex lege lors de la séparation (<ref-law>; arrêt 2C_58/2015 du 23 octobre 2015 consid. 5.2 et les références).
L'impôt fédéral direct est perçu sur la base de la taxation. Lorsque la taxation n'est pas encore effectuée au terme d'échéance, l'impôt est perçu à titre provisoire. Les impôts perçus à titre provisoire sont imputés sur les impôts dus selon la taxation définitive. Si les montants perçus sont insuffisants, la différence est exigée; les montants perçus en trop sont restitués (<ref-law>). Une facture d'impôt perçu à titre provisoire ne peut ni être contestée, ni faire l'objet d'une exécution forcée et ne saurait par conséquent pas non plus entrer en force (arrêt 2A.379/2002 du 18 février 2003 consid. 2.1 et les références).
4.2. Dans l'arrêt 2A.379/2002 du 18 février 2003, le Tribunal fédéral a déjà eu à examiner le point de savoir à quel débiteur solidaire un impôt perçu en trop doit être restitué, lorsque les époux se sont entretemps séparés et ne répondent ainsi plus solidairement de la dette d'impôt. Il est arrivé à la conclusion, se fondant en particulier sur l'avis doctrinal de Behnisch (BRIGITTE BEHNISCH, Die Stellung der Ehegatten im Veranlagungs-, Rechtsmittel-, Bezugs- und Steuerstrafverfahren, thèse Berne 1992, p. 209), que dans un tel cas de figure, il n'est pas justifié de restituer à chacun des époux par moitié les montants payés en trop.
Dans la mesure où, dans le cas dont il était question dans l'arrêt 2A.379/2002 du 18 février 2003, la taxation était nulle, la restitution aux époux en fonction de leurs éléments imposables respectifs ne constituait pas une solution adéquate. C'est par conséquent à la personne qui s'était acquittée du paiement des acomptes à restituer que le Tribunal fédéral a jugé justifié de rembourser ceux-ci (arrêt 2A.379/2002 du 18 février 2003 consid. 2.2).
4.3. L'autorité précédente a jugé que la LIFD ne contenait aucune disposition relative à la restitution d'impôt perçu en trop pour une période durant laquelle des époux étaient mariés mais qui, par la suite, ont divorcé, se sont séparés judiciairement ou de fait. Citant un avis doctrinal, ainsi que l'<ref-law> qui réglemente le début et la fin de la responsabilité solidaire en matière fiscale entre les époux (cf. consid. 4.1 ci-dessus), la Cour de justice a considéré qu'il était recommandé de calculer le droit au remboursement de chaque époux selon les critères qui s'appliquent à leur responsabilité pour le paiement de l'impôt. Elle a également fondé cette position sur la jurisprudence du Tribunal fédéral 2A.379/2002 du 18 février 2003 précitée. La Cour de justice a encore relevé qu'après la séparation du couple, chaque conjoint ne répond plus que jusqu'à concurrence du montant correspondant à sa part de l'impôt global pour les créances nées avant la séparation, respectivement pour les créances issues d'une période de taxation commune.
Pour sa part, la recourante, estime que la Cour de justice a violé l'<ref-law>, qui dispose en particulier que les montants d'impôt perçus en trop sont restitués. Selon elle, l'autorité précédente a fait une mauvaise appréciation de cette disposition et s'est fondée sur une jurisprudence du Tribunal fédéral qui ne concerne pas la même situation de fait que la sienne. La recourante estime que la question de la clé de répartition demeure ouverte dans la mesure où la LIFD est muette à ce sujet et que la jurisprudence n'a pas pris de position claire à cet égard. Selon elle, l'Administration fiscale aurait dû procéder à un remboursement par moitié à chacun des époux. Le remboursement intervenu viole en outre l'interdiction de discrimination prévue par l'art. 8 al. 2 Cst. en ce que l'entier de la somme due a été versée à l'homme et que la femme, qui était débitrice solidaire lors du paiement de l'acompte d'impôt, n'a rien obtenu lors du remboursement.
4.4. En l'occurrence, la Cour de justice a retenu que les éléments imposables pour la période fiscale 2007 provenaient exclusivement de l'ancien époux de la recourante, celle-ci n'ayant perçu aucun revenu durant cette année. En outre, il ressort également de l'arrêt entrepris que c'est uniquement l'ancien époux qui s'est acquitté du paiement des acomptes. Dans ces conditions, la jurisprudence développée dans l'arrêt 2A.379/2002 du 18 février 2003 est parfaitement applicable à la présente cause, malgré le fait qu'en l'espèce, la taxation n'est pas nulle. Rien ne justifie de renoncer à son application. Si, dans l'arrêt 2A.379/2002 du 18 février 2003, les versements d'acomptes par le contribuable ont certes été effectués alors que les époux ne faisaient déjà plus ménage commun, il n'en demeure pas moins qu'ils l'ont été pour le couple. Or, qu'il s'agisse de versements effectués pour les deux époux, alors que ceux-ci n'étaient plus solidaires, ou, comme dans la présente cause, que le versement soit intervenu alors que les époux répondaient encore solidairement de la dette d'impôt n'a pas d'importance en l'espèce. En effet, dans sa jurisprudence, le Tribunal fédéral a laissé entendre que la solution tendant au remboursement selon les éléments imposable devait être préconisée, mais que lorsque la taxation était nulle et que cette solution n'était pas possible, il fallait regarder qui s'était acquitté des acomptes (arrêt 2A.379/2002 du 18 février 2003 consid. 2.2). Or, en l'occurrence, outre que c'est l'ancien mari de la recourante qui s'est acquitté seul des acomptes, ce qui est déterminant c'est que ce ne sont que les éléments imposables de celui-ci qui étaient concernés par la taxation. Rien ne justifie donc un remboursement à la recourante. Il n'est ainsi aucunement question de violation de l'<ref-law>.
4.5. Il ne saurait par ailleurs être question de discrimination de la recourante en tant que femme (art. 8 al. 2 Cst.). Ce n'est en effet nullement le fait qu'elle soit une femme qui a conduit l'Administration fiscale à ne pas lui restituer les montants d'impôt versés en trop. C'est uniquement parce que son ancien mari s'est acquitté seul des acomptes et que ce sont exclusivement les éléments imposables de celui-ci qui ont été taxés qui ont, dans le cas d'espèce, exclu un remboursement à la recourante. Le grief de violation de l'art. 8 al. 2 Cst. doit par conséquent également être écarté.
4.6. En définitive, compte tenu des éléments qui précèdent, il convient de rejeter le recours en tant qu'il concerne l'impôt fédéral direct. Comme l'a déjà expliqué le Tribunal fédéral dans l'arrêt 2A.379/2002 du 18 février 2003, il ne serait pas cohérent de permettre à la recourante de percevoir une partie des montants à restituer, alors qu'il est retenu en fait qu'elle ne s'est pas acquittée des acomptes et que les époux n'ont pas été imposés sur son revenu en 2007. Si elle désire faire valoir une quelconque prétention envers son ancien mari, il lui appartient de passer par la voie civile (cf. arrêt 2A.379/2002 du 18 février 2003 consid. 2.2).
II. Impôts cantonal et communal
5.
5.1. La loi du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID; RS 642.14), outre pour l'imposition à la source (cf. <ref-law>), ne prévoit d'harmonisation ni pour la perception (cf. arrêt 2C_939/2011 du 7 août 2012 consid. 6), ni pour le remboursement des impôts (cf. arrêt 2C_586/2017 du 30 novembre 2018 consid. 4.1). C'est par conséquent uniquement le droit cantonal qui règle cette question (cf. PETER LOCHER, Kommentar zum Bundesgesetz über die direkte Bundessteuer, III. Teil, 2015, n. 3 ad introduction aux <ref-law>). Or, sauf dans les cas cités expressément à l'<ref-law>, le recours devant le Tribunal fédéral ne peut pas être formé pour violation du droit cantonal en tant que tel. Il est certes possible de faire valoir que la mauvaise application du droit cantonal ou communal constitue une violation du droit fédéral, en particulier qu'elle est arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. ou contraire à d'autres droits constitutionnels. Le Tribunal fédéral n'examine toutefois le moyen tiré de la violation d'une norme de rang constitutionnel que si le grief a été invoqué et motivé de manière précise (<ref-law>).
Une décision est arbitraire (art. 9 Cst.) lorsqu'elle contredit clairement la situation de fait, qu'elle viole gravement une norme ou un principe juridique clair et indiscuté ou qu'elle heurte d'une manière choquante le sentiment de la justice et de l'équité. Il n'y a pas arbitraire du seul fait qu'une solution autre que celle de l'autorité cantonale semble concevable, voire préférable. Pour qu'une décision soit annulée pour cause d'arbitraire, il ne suffit pas que sa motivation soit insoutenable; il faut encore que cette décision soit arbitraire dans son résultat (<ref-ruling> consid. 5.4 p. 326 s. et les références).
5.2. L'autorité précédente a jugé que le remboursement d'excédents d'acomptes provisionnels était soumis aux dispositions cantonales de la loi genevoise du 26 juin 2008 relative à la perception et aux garanties des impôts des personnes physiques et des personnes morales (LPGIP/GE; RSGE D 3 18), dont l'art. 1 let. b prévoit que cette loi est applicable à la perception des impôts, rappels d'impôt, amendes et frais régis par diverses lois cantonales, dont en particulier la loi genevoise du 27 septembre 2009 sur l'imposition des personnes physiques (LIPP/GE; RSGE D 3 08). La Cour de justice a également fait mention du règlement genevois du 1er décembre 2008 relatif à la perception et aux garanties des impôts des personnes physiques et des personnes morales (RPGIP/GE; RSGE D 318.01). Elle a d'abord mentionné que l'art. 31 al. 1 LPGIP/GE prévoit qu'en cas de remboursement à des époux vivant en ménage commun, chaque conjoint est habilité à recevoir valablement ces montants dans la mesure où ils concernent des impôts perçus sur la base d'une taxation conjointe. Elle a ensuite présenté l'art. 31 al. 2 LPGIP/GE qui dispose pour sa part que lorsque des montants d'impôt perçus auprès de contribuables mariés, qui faisaient ménage commun, doivent être remboursés après leur divorce ou leur séparation en droit ou de fait, le remboursement est effectué par moitié à chacun d'eux. Les époux ou ex-époux peuvent toutefois présenter au département, dans le délai fixé par celui-ci, une convention signée par chacun d'eux prévoyant une clé de répartition différente. Si l'art. 7 al. 5 RPGIP/GE prévoit que les acomptes qui ne concernent qu'un ex-époux ne peuvent être restitués qu'à cet ex-époux, la Cour de justice a considéré qu'en aménageant, à travers cette disposition, une modalité supplémentaire aux conditions de la restitution des acomptes à des époux séparés ou divorcés, le Conseil d'Etat était sorti du cadre prescrit par la LPGIP/GE. En conséquence, l'autorité précédente a jugé que l'art. 7 al. 5 RPGIP/GE empiétait sur les compétences du Grand Conseil et que cet article violait les principes de la légalité et de la séparation des pouvoirs. La Cour de justice a néanmoins jugé que la solution prévue par l'art. 31 al. 2 LPGIP/GE, voulant que le remboursement après le divorce ou la séparation s'effectue par moitié auprès de chacun des époux, menait à une répartition arbitraire des excédents d'acomptes provisionnels et ne respectait pas le principe fédéral de l'harmonisation fiscale. Elle a donc en conséquence exclu tout remboursement d'impôt à la recourante. Suite à ces développements, la Cour de justice a jugé qu'en l'espèce, c'était à bon droit que le remboursement litigieux avait été effectué uniquement en mains de l'ancien époux de la recourante.
Pour sa part, outre une application arbitraire de l'art. 31 al. 2 LPGIP/GE, la recourante invoque une violation du principe de la légalité et de l'art. 129 Cst. Selon elle, il ne saurait être question d'harmonisation en matière de répartition des acomptes et des impôts payés durant la vie commune dans la LHID. Elle convient du fait que la procédure de perception des impôts des personnes physiques est réglée par la LPGIP/GE dans le canton de Genève, mais s'oppose à l'interprétation qu'en a fait la Cour de justice, qu'elle juge arbitraire. De son avis, l'art. 31 LPGIP/GE règle de manière exhaustive le remboursement des impôts perçus en trop à des ex-époux et il n'est pas soutenable de considérer que cette disposition, qui constitue une lex specialis, est contraire à la LIPP/GE.
5.3. Tout d'abord, sur le vu des dispositions qui précèdent, il faut constater que c'est sans arbitraire que l'autorité précédente a retenu que la LPGIP/GE s'appliquait au cas d'espèce. Compte tenu de la lettre de l'art. 7 al. 5 RPGIP/GE, manifestement contraire à celle de l'art. 31 al. 2 LPGIP/GE, c'est également sans arbitraire que la Cour de justice a retenu que la disposition d'exécution violait en particulier le principe de la légalité. En revanche, la Cour de justice se méprend lorsqu'elle estime que le principe de l'harmonisation fiscale nécessite de procéder à une interprétation de la loi cantonale conforme à la LIFD, c'est-à-dire contraire à sa lettre. Comme on l'a vu précédemment (cf. consid. 5.1 ci-dessus), le domaine de la perception des impôts n'est pas un domaine harmonisé et les cantons sont ainsi libres de prévoir les règles qu'ils désirent. Or, le canton de Genève, en adoptant l'art. 31 al. 2 LPGIP/GE, a expressément souhaité qu'ensuite du divorce ou de la séparation d'un couple, faute de convention, l'excédent d'impôt soit restitué par moitié aux deux époux. L'interprétation faite par l'autorité précédente et présentée ci-dessus est ainsi clairement arbitraire. Il est insoutenable d'exclure la répartition par moitié en se prévalant d'un principe qui ne s'applique pas en l'espèce, alors que l'art. 31 al. 2 LPGIP/GE prévoit sans équivoque une telle répartition. On ne voit au demeurant pas en quoi l'art. 31 al. 2 LPGIP/GE serait contraire à la LIPP/GE. La Cour de justice ne l'explique d'ailleurs pas, se limitant à relever que les dispositions topiques de la LIPP/GE sont semblables à celles de la LIFD. Or, la LIFD ne règle pas la question de savoir à qui doivent être restitués des impôts perçus en trop (cf. consid. 4 ci-dessus). Ainsi, dans la mesure où la LIPP/GE ne règle pas non plus cette question, mais que la LPGIP/GE le fait, il est arbitraire de ne pas s'y tenir. Par conséquent, la recourante, séparée de son ancien époux lors de la restitution, avait droit, en application de l'art. 31 al. 2 LPGIP/GE, de recevoir la moitié du montant d'ICC à rembourser. On ajoutera qu'il n'est de toute façon pas nécessaire, dans ce domaine, de prévoir une solution qui soit identique à celle retenue en matière d'IFD, dès lors que pour les deux catégories d'impôt, le montant à restituer est clairement défini et qu'il n'est en aucun cas difficile de rembourser une part à l'un des époux et une autre part à l'autre.
5.4. Compte tenu de l'interprétation arbitraire de l'art. 31 al. 2 LPGIP/GE effectuée par la Cour de justice, il convient d'admettre le recours en tant qu'il concerne l'ICC 2007 et de condamner l'Administration fiscale à verser à la recourante un montant de 1'504'347 fr. 80, représentant la moitié du montant de 3'008'695 fr. 60 restitué par cette autorité à l'ancien époux de la recourante pour l'ICC 2007 perçu en trop. A toutes fins utiles, on ajoutera, à l'attention de l'Administration fiscale, que l'autorité de la chose jugée du présent arrêt ne produit d'effets qu'entre les parties au procès (<ref-ruling> consid. 3a p. 10 s.; arrêt 5A_434/2012 du 18 décembre 2012 consid. 3.3.1.1). Cela signifie qu'il ne saurait être opposable à l'ancien époux de la recourante, faute pour celui-ci d'avoir été invité à participer, à quelque titre que ce soit, à la présente procédure.
6.
En résumé, le recours est rejeté en tant qu'il concerne l'impôt fédéral direct et il est admis en tant qu'il concerne les impôts cantonal et communal. L'Administration fiscale est condamnée à verser un montant de 1'504'347 fr. 80 à la recourante. Succombant en matière d'IFD, la recourante supportera le tiers des frais judiciaires (<ref-law>), le solde étant mis à la charge du canton de Genève, qui agit dans l'exercice de ses attributions officielles et dont l'intérêt patrimonial est en cause (<ref-law>). En tant qu'il succombe partiellement, le canton de Genève sera condamné à verser à la recourante des dépens réduits (<ref-law>), aucun dépens ne lui étant alloué (<ref-law>). La cause est renvoyée à la Cour de justice, afin que celle-ci procède à une nouvelle répartition des frais et dépens de la procédure qui s'est déroulée devant elle (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté en tant qu'il concerne l'impôt fédéral direct.
2.
Le recours est admis en tant qu'il concerne les impôts cantonal et communal et l'arrêt de la Cour de justice du 5 mars 2019 est annulé, l'Administration fiscale étant condamnée à verser à la recourante un montant de 1'504'347 fr. 80.
3.
Les frais judiciaires, arrêtés à 15'000 fr., sont mis pour 5'000 fr. à la charge de la recourante et pour 10'000 fr. à la charge du canton de Genève.
4.
Le canton de Genève versera à la recourante la somme de 10'000 fr. à titre de dépens pour la procédure devant le Tribunal fédéral.
5.
La cause est renvoyée à la Cour de justice pour nouvelle décision sur les frais et les dépens de la procédure antérieure.
6.
Le présent arrêt est communiqué au mandataire de la recourante, à l'Administration fiscale cantonale et à la Chambre administrative de la Cour de justice de la République et canton de Genève, ainsi qu'à l'Administration fédérale des contributions.
Lausanne, le 26 septembre 2019
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Seiler
Le Greffier : Tissot-Daguette