Sachverhalt:
A.
A.a. Am 12. Juni 2013 schlossen die B._ AG (Klägerin, Beschwerdegegnerin) als Unternehmerin und die A._ AG (Beklagte, Beschwerdeführerin) als Bestellerin einen Totalunternehmer-Werkvertrag (nachfolgend: TU-Werkvertrag) betreffend die Sanierung einer Liegenschaft an der Strasse X._ in U._, worin die Beklagte der Klägerin den Auftrag für die Totalunternehmerleistungen zur Aussensanierung und den Umbau im Bereich UG sowie teilweise EG und in den Obergeschossen (Nasszellen, Treppenhaus) bzw. Dachbodendämmung im DG übertrug. Das Objekt an der Strasse X._ wurde vor dem Umbau als Schulhaus genutzt. Ziel der Sanierung war die Umnutzung zu einem Mehrfamilienhaus mit Mietwohnungen. Der Auftrag umfasste dabei im Wesentlichen die Umwandlung der Flächen in den Obergeschossen in Mietwohnungen und die Sanierung der Räume im Untergeschoss. Die Parteien vereinbarten einen pauschalen Werkpreis in der Höhe von Fr. 4'590'000.-- (inkl. MWSt). Gemäss Ziffer 4 des TU-Werkvertrages lagen der Offerte sodann in vier Positionen sog. Budgetbeträge zugrunde. In Bezug auf die Budgetbeträge vereinbarten die Parteien, dass nach der Projektierung und dem Vorliegen der Subunternehmerofferten die Rechnungsstellung nach tatsächlich ausverhandelten Preisen erfolgt.
A.b. Die Klägerin machte geltend, aufgrund von Projektänderungen bzw. Nachträgen seien zusätzliche Kosten im Umfang von Fr. 334'565.70 angefallen. Bei den Budgetpositionen seien insgesamt Mehrkosten von Fr. 51'901.16 entstanden, bezüglich welchen ein TU-Zuschlag von 10 % geschuldet sei. Insgesamt ergebe sich eine Werklohnforderung von Fr. 5'012'989.50 inkl. MWSt. Unbestritten bezahlte die Beklagte den Werklohn im Umfang von Fr. 3'343'931.70. Entsprechend errechnete die Klägerin eine ausstehende Werklohnforderung von Fr. 1'669'057.30 (recte: wohl Fr. 1'669'057.80).
A.c. Anstelle einer Aussendämmung wurde eine Innendämmung ausgeführt, wobei sich die Parteien darüber streiten, ob hinsichtlich dieser Änderung ein Konsens bestand bzw. auf wessen Veranlassung diese erfolgte. Die Errichtung einer Innendämmung hatte - nach Darstellung der Beklagten - zur Folge, dass sich die Grundflächen der Etagen so verringerten, dass die Beklagte daraus unter anderem eine Forderung aus entgangenem Mietzins geltend macht.
B.
Am 30. Oktober 2014 reichte die Klägerin beim Handelsgericht des Kantons Zürich Klage ein. Mit anlässlich der Replik modifiziertem Rechtsbegehren verlangte sie im Wesentlichen, die Beklagte sei kostenfällig zu verpflichten, ihr gegen Aushändigung der Gewährleistungsgarantie gemäss Ziff. 8.1 des TU-Werkvertrages vom 12. Juni 2013 (Zug-um-Zug) den Betrag von Fr. 1'669'057.30 nebst 5 % Zins auf Fr. 500'000.-- seit dem 16. März 2014 und 5 % Zins auf 500'000.-- seit dem 16. April 2014 sowie 5 % Zins auf Fr. 669'057.30 seit dem 25. August 2014 zu bezahlen. Sodann sei das Grundbuchamt Zürich-Aussersihl anzuweisen, das provisorisch eingetragene Bauhandwerkerpfandrecht definitiv einzutragen.
Mit Urteil vom 31. März 2017 verpflichtete das Handelsgericht die Beklagte, der Klägerin gegen Aushändigung der Gewährleistungsgarantie gemäss Ziff. 8.1 des TU-Werkvertrages vom 12. Juni 2013 (Zug-um-Zug) Fr. 1'625'500.60 nebst 5 % Zins auf Fr. 500'000.-- seit dem 16. März 2014, 5 % Zins auf Fr. 500'000.-- seit dem 16. April 2014 sowie 5 % Zins auf Fr. 625'000.-- seit dem 26. August 2014 zu bezahlen. Im d arüber hinausgehenden Umfang wies es die Klage ab (Disp.Ziff.1). Sodann ordnete es im Umfang der Klagegutheissung die beantragte definitive Eintragung des Bauhandwerkerpfandrechts an (Disp.Ziff.2).
C.
Mit Beschwerde in Zivilsachen beantragt die Beschwerdeführerin dem Bundesgericht im Wesentlichen, das Urteil des Handelsgerichts sei aufzuheben und die Sache zur Neubeurteilung an dieses zurückzuweisen. Ihre Gesuch um Erteilung der aufschiebenden Wirkung sowie (nachträglich) um superprovisorische Anordnung derselben wurde mit Präsidialverfügung vom 2. Juni 2017 abgewiesen. In der Sache wurden keine Vernehmlassungen eingeholt.

Erwägungen:
1.
Die Beschwerde hat ein Rechtsbegehren zu enthalten (<ref-law>). Da die Beschwerde an das Bundesgericht ein reformatorisches Rechtsmittel ist (<ref-law>), darf sich die beschwerdeführende Partei grundsätzlich nicht darauf beschränken, die Aufhebung des angefochtenen Entscheids zu beantragen, sondern muss einen Antrag in der Sache stellen. Grundsätzlich ist ein materieller Antrag erforderlich; Anträge auf Rückweisung der Sache an die Vorinstanz zu neuer Entscheidung oder blosse Aufhebungsanträge genügen nicht und machen die Beschwerde unzulässig. Ein blosser Rückweisungsantrag reicht ausnahmsweise aus, wenn das Bundesgericht im Falle der Gutheissung in der Sache nicht selbst entscheiden könnte, weil die erforderlichen Sac hverhaltsfeststellungen der Vorinstanz fehlen (<ref-ruling> E. 3.1 S. 490 f. mit Hinweisen).
Die Beschwerdeführerin stellt keinen bezifferten Antrag, sondern verlangt lediglich die Rückweisung, ohne dies weiter zu begründen. Sie rügt indessen formelle Mängel, insbesondere dass die Vorinstanz zu Unrecht von einer fehlenden Substanziierung ausgegangen und entsprechend beantragte Beweismittel nicht abgenommen habe. Sollte sich diese Rüge als begründet erweisen, wäre die Sache an die Vorinstanz zurückzuweisen. Damit genügt der Antrag der Beschwerdeführerin. Auf die Beschwerde in Zivilsachen ist - unter Vorbehalt einer rechtsgenügenden Begründung (Art. 42 Abs. 2 und <ref-law>) - einzutreten.
2.
2.1. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Mit Blick auf die allgemeinen Begründungsanforderungen an eine Beschwerde (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG) behandelt es aber grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind. Es ist jedenfalls nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu untersuchen, wenn diese vor Bundesgericht nicht mehr vorgetragen werden (<ref-ruling> E. 2 S. 88 f. mit Hinweisen). Unerlässlich ist im Hinblick auf <ref-law>, dass die Beschwerde auf die Begründung des angefochtenen Entscheids eingeht und im Einzelnen aufzeigt, worin eine Verletzung von Bundesrecht liegen soll.
2.2. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Dazu gehören sowohl die Feststellungen über den streitgegenständlichen Lebenssachverhalt als auch jene über den Ablauf des vor- und erstinstanzlichen Verfahrens, also die Feststellungen über den Prozesssachverhalt (<ref-ruling> E. 1.3.1 S. 17 f. mit Hinweisen). Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law>). "Offensichtlich unrichtig" bedeutet dabei "willkürlich" (<ref-ruling> E. 2 S. 117, 264 E. 2.3 S. 266). Überdies muss die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein können (<ref-law>).
Für eine Kritik am festgestellten Sachverhalt gilt das strenge Rügeprinzip von <ref-law> (<ref-ruling> E. 2.3 S. 266 mit Hinweisen). Die Partei, welche die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz anfechten will, muss klar und substanziiert aufzeigen, inwiefern die genannten Voraussetzungen erfüllt sein sollen (<ref-ruling> E. 1.3.1 S. 18 mit Hinweisen). Wenn sie den Sachverhalt ergänzen will, hat sie zudem mit präzisen Aktenhinweisen darzulegen, dass sie entsprechende rechtsrelevante Tatsachen und taugliche Beweismittel bereits bei den Vorinstanzen prozesskonform eingebracht hat (<ref-ruling> E. 2 S. 90). Genügt die Kritik diesen Anforderungen nicht, können Vorbringen mit Bezug auf einen Sachverhalt, der vom angefochtenen Entscheid abweicht, nicht berücksichtigt werden (<ref-ruling> E. 1.3.1 S. 18).
3.
Gemäss Feststellung der Vorinstanz ist unbestritten vom ursprünglich vereinbarten Werkpreis noch der Betrag von Fr. 1'246'068.30 (inkl. MWSt) ausstehend. Die Vorinstanz prüfte die von der Beschwerdegegnerin geltend gemachten Mehrkosten aus siebzehn Nachtragsarbeiten im Gesamtbetrag von Fr. 334'565.70 (exkl. MWSt) und schützte davon einen Betrag von Fr. 323'379.13 (inkl. MWSt). Ausserdem sprach sie der Beschwerdegegnerin als Mehrkosten der Budgetpositionen den von dieser geltend gemachten Betrag von Fr. 51'901.16 zuzüglich TU-Zuschlag von 10 %, insgesamt Fr. 56'053.25 (inkl. MWSt), zu. In zahlreichen Fällen wurden die einzelnen Positionen geschützt, weil die Beschwerdeführerin die Behauptungen der Beschwerdegegnerin nur ungenügend bestritten hatte.
3.1. Die Beschwerdeführerin rügt, die Vorinstanz habe damit die richterliche Fragepflicht (<ref-law>), den Anspruch auf rechtliches Gehör (<ref-law>, <ref-law>) und auf ein faires Verfahren (Art. 6 Ziff. 1 EMRK) sowie das Willkürverbot (<ref-law>) verletzt und überspitzt formalistisch gehandelt.
3.2. Nach der Verhandlungsmaxime tragen grundsätzlich die Parteien die Verantwortung für die Beibringung des Tatsachenfundaments. Der Zweckgedanke der allgemeinen gerichtlichen Fragepflicht nach <ref-law> besteht darin, dass eine Partei nicht wegen Unbeholfenheit ihres Rechts verlustig gehen soll, indem der Richter bei klaren Mängeln der Parteivorbringen helfend eingreifen soll. Die Ausübung der gerichtlichen Fragepflicht darf keine Partei einseitig bevorzugen und nicht zu einer Verletzung des Grundsatzes der Gleichbehandlung der Parteien führen. Vor allem dient die gerichtliche Fragepflicht nicht dazu, prozessuale Nachlässigkeiten der Parteien auszugleichen. Wie weit das Gericht eingreifen soll, hängt von den Umständen des Einzelfalls ab, namentlich von der Unbeholfenheit der betroffenen Partei. Bei anwaltlich vertretenen Parteien hat die richterliche Fragepflicht nur eine sehr eingeschränkte Tragweite (Urteil 4A_375/2015 vom 26. Januar 2016 E. 7.1, nicht publ. in <ref-ruling>; mit Hinweisen). Die Beschwerdeführerin war anwaltlich vertreten, und es ist nicht ersichtlich, inwiefern in der konkreten Situation Anlass bestanden hätte, ihr mittels der richterlichen Fragepflicht und zum Nachteil der Gegenpartei zu helfen. Offensichtlich kein genügendes Argument ist ihr Hinweis, bei ihr handle es sich im Gegensatz zur Beschwerdegegnerin nicht um Baufachleute, zumal ihr Geschäftszweck der Erwerb, die Verwaltung und die Veräusserung von Immobilien ist.
3.3. Soweit sich die Beschwerdeführerin überhaupt zu den nach Auffassung der Vorinstanz ungenügend substanziierten Bestreitungen der Nachtragsrechnungen äussert, macht sie geltend, sie habe die Nachträge 2, 3, 6, 10, 14, 16, 19 und 22 explizit bestritten und zur Präzisierung der Beträge C._ als Zeugen angerufen. Die Vorinstanz habe zwar anerkannt, dass explizite Bestreitungen vorlägen, die Bestreitung der Nachträge 3, 6, 10, 14, 16, 19 und 22 im Umfang von insgesamt Fr. 211'645.96 jedoch als zu pauschal "abgeschmettert".
Damit erhebt sie keine genügende Rüge (vgl. E. 2 hiervor), denn sie setzt sich nicht mit der Begründung der Vorinstanz unter den einzelnen Positionen auseinander, wonach die Beschwerdegegnerin ihren Standpunkt im Detail begründet habe, was eine ebenso detaillierte Bestreitung der Beschwerdeführerin notwendig gemacht hätte. Dass sie mehr als lediglich "explizit" bestritten hat, behauptet sie selber nicht. Sie verkennt, dass ausdrücklich bestreiten nicht gleichzusetzen ist mit im Einzelnen (substanziiert) bestreiten. Ungenügende Tatsachenbehauptungen oder Bestreitungen können auch nicht ersetzt werden durch einen Beweisantrag. Insofern war der Hinweis auf eine Präzisierung durch den Zeugen C._ oder andere Beweismittel unbehelflich, abgesehen davon, dass auch nicht mit Aktenhinweis (vgl. E. 2.2 hiervor) dargetan ist, wo der entsprechende Beweisantrag gestellt wurde.
4.
Die Beschwerdeführerin machte eine Minderung der Werklohnforderung zufolge von ihr gerügter Mängel im Betrag von Fr. 1'481'545.20 geltend, eventualiter stellte sie diesen Betrag zur Verrechnung. Diese Gegenforderung beinhalte Mietzinsausfälle im Umfang von Fr. 640'000.-- wegen eines erlittenen Flächenverlustes, der aufgrund einer von der Beschwerdegegnerin eigenmächtig installierten Innenwärmedämmung statt der vertraglich vereinbarten Aussenisolation entstanden sei. Die Vorinstanz erwog, der Schaden sei von der Beschwerdeführerin zu wenig substanziiert worden. Während sie ausführlich darlege, dass die Beschwerdegegnerin die Innenwärmedämmung eigenmächtig installiert habe, verweise sie hinsichtlich des Einwands der Beschwerdegegnerin, dass die Mietzinsausfälle in keiner Weise nachvollziehbar dargelegt worden seien, auf das von ihr in Auftrag gegebene Gutachten der Firma D._. Die massgeblichen Tatsachen müssten aber in den Rechtsschriften selbst vorgetragen werden; blosse Verweisungen auf Beilagen genügten grundsätzlich nicht, denn für das Gericht und die Gegenpartei müsse klar sein, mit welchen konkreten Behauptungen sie sich auseinanderzusetzen hätten. Selbst wenn man vorliegend den Verweis auf das Gutachten D._ genügen las sen würde, läge keine genügende Substanziierung vor. Dieses lege nämlich zwar dar, dass bei der Variante mit Innenwärmedämmung 58.36 m2 weniger Wohnfläche realisiert worden sei. Eine konkrete und nachvollziehbare Berechnung der von der Beschwerdeführerin geforderten Summe ergebe sich daraus aber nicht. Konkretere Zahlen würden zwar aus den beiden Anhängen zum Gutachten hervorgehen; ohne entsprechende Erläuterungen sei es jedoch weder dem Gericht noch der Gegenpartei zumutbar, diese Aufstellungen, Grafiken und Statistiken nachzuvollziehen.
4.1. Ins Leere stösst die Rüge der Beschwerdeführerin, die Vorinstanz habe den Sachverhalt "falsch" - gemeint wohl willkürlich - ermittelt, denn ihr sei von der Beschwerdegegnerin fälschlicherweise mitgeteilt worden, die Ausführung einer Innen- statt einer Aussendämmung erfolge auf Aufforderung bzw. Wunsch der Denkmalpflege.
Die Vorinstanz erwähnte abschliessend, nachdem sie die ungenügende Substanziierung des Schadens festgestellt hatte, es wäre "im Übrigen fraglich (...), ob die Klägerin für einen allfälligen Schaden überhaupt haften würde, zumal wohl eine Vertragsverletzung verneint werden müsste (...) ". Sie machte diesbezüglich keine tatsächlichen Feststellungen. Da sie die Frage der Haftung damit gerade offen liess, sind auch allfällig diesbezüglich unterlassene Feststellungen nicht relevant, denn die Behebung eines Mangels muss für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein können (vgl. E. 2.2 vorstehend).
4.2. Gemäss Art. 221 Abs. 1 lit. d und e ZPO muss die Klage die Tatsachenbehauptungen und die Bezeichnung der einzelnen Beweismittel zu den behaupteten Tatsachen enthalten. Zweck dieses Erfordernisses ist, dass das Gericht erkennen kann, auf welche Tatsachen sich der Kläger (bzw. der Beklagte hinsichtlich einer Gegenforderung) stützt und womit er diese beweisen will, sowie die Gegenpartei weiss, gegen welche konkreten Behauptungen sie sich verteidigen muss (<ref-law>). Vor diesem Hintergrund verlangt die bundesgerichtliche Rechtsprechung, worauf die Vorinstanz zu Recht verweist, dass der Behauptungs- und Substanziierungslast grundsätzlich in den Rechtsschriften nachzukommen ist, und lässt den blossen, pauschalen Verweis auf Beilagen in aller Regel nicht genügen (Urteile 4A_264/2015 vom 10. August 2015 E. 4.2.2; 5A_61/20015 vom 20. Mai 2015 E. 4.2.1.3; 4A_317/2014 vom 17. Oktober 2014 E. 2.2; 4A_195/2014 und 197/2014 vom 27. November 2014 E. 7.3, nicht publ. in <ref-ruling>). Es geht darum, dass nicht das Gericht und die Gegenpartei aus den Beilagen die Sachdarstellung zusammensuchen müssen. Bei Sachverhaltskomplexen dürfte oft auch nicht klar sein, auf welchen Grundlagen die Feststellungen in der Beilage (z.B. einem Privatgutachten) beruhen und entsprechend fehlen auch klare Zuordnungen von Beweisanträgen zu konkreten einzelnen Sachverhaltsdarstellungen, wie sie von der bundesgerichtlichen Rechtsprechung grundsätzlich verlangt werden (Urteile 4A_370/2016 vom 13. Dezember 2016 E. 3.3; 4A_381/2016 vom 29. September 2016 E. 3.1.2 und 4A_487/2015 vom 6. Januar 2016 E. 5.2 mit Hinweisen).
Das bedeutet nicht, dass es ausgeschlossen ist, auf die Sachverhaltsdarstellung in einer Beilage zu verweisen. In der Lehre wird zum Teil generell die Auffassung vertreten, durch Verweis auf Akten könnten Sachverhaltselemente als behauptet gelten, wenn der entsprechende Verweis in der Rechtsschrift spezifisch ein bestimmtes Aktenstück nennt und aus dem Verweis in der Rechtsschrift selbst klar wird, welche Teile des Aktenstücks als Parteibehauptung gelten sollen (HURNI, in: Berner Kommentar, Schweizerische Zivilprozessordnung, Bd. 1, 2012, N. 21 zu <ref-law>; SUTTER-SOMM/SCHRANK, in: Kommentar zur Schweizerischen Zivilprozessordnung [ZPO], Sutter-Somm und andere [Hrsg.], 3. Aufl. 2016, N. 31 zu <ref-law>; je mit Hinweisen). Auch das Bundesgericht verlangt nicht, dass Beilagen, die der Substanziierung dienen (im dort zu beurteilenden Fall eine Honorarnote), zwingend integral im Volltext in die Rechtsschriften übernommen werden. Der Verweis auf eine Beilage ist aber jedenfalls ungenügend, wenn die Beilagen für sich selbst nicht erlauben, die geltend gemachten Positionen zu prüfen und gegebenenfalls substanziiert zu bestreiten, und die Beilagen in den Rechtsschriften nicht hinreichend konkretisiert und erläutert werden (vgl. zit. Urteil 4A_264/2015 E. 4.2.2).
4.3. Es ist stets vor Augen zu halten, dass eine sinnvolle Prozessführung möglich sein muss. Das Zivilprozessrecht bezweckt, dem materiellen Recht zum Durchbruch zu verhelfen (<ref-ruling> E. 4.4.3.3 S. 463 mit Hinweisen). <ref-law> soll sicherstellen, dass das Gericht und die Gegenpartei die Behauptungen nicht selbst aus Beilagen zusammensuchen müssen. Gerade wenn zur Substanziierung von in den wesentlichen Zügen oder Umrissen in einer Rechtsschrift behaupteten Tatsachen eine Vielzahl von Einzelinformationen nötig sind, stellt aber die Auslagerung der Informationen in eine Beilage unter Umständen keinerlei Erschwerung dar, sondern kann sowohl die Lesbarkeit der Rechtsschrift als auch den Zugriff auf die entsprechenden Informationen erleichtern, so dass es überspitzt formalistisch wäre, eine Übernahme in die Rechtsschrift zu verlangen, da dies einen blossen Leerlauf darstellen würde (Urteil 4A_281/2017 vom 22. Januar 2018 E. 5.2). Ein Verweis auf die Akten kann mithin zwar zulässig sein, er darf aber nicht dazu führen, dass die Gegenpartei und das Gericht die Tatsachen aus der Beilage selbst zusammensuchen müssen. Daher genügt es nicht, dass in den Beilagen die verlangten Informationen in irgendeiner Form vorhanden sind. Es muss auch ein problemloser Zugriff darauf gewährleistet sein, und es darf kein Interpretationsspielraum entstehen. Der entsprechende Verweis in der Rechtsschrift muss spezifisch ein bestimmtes Aktenstück nennen und aus dem Verweis muss selbst klar werden, welche Teile des Aktenstücks als Parteibehauptung gelten sollen (HURNI, a.a.O, N. 21 zu <ref-law>; SUTTER-SOMM/SCHRANK, a.a.O., N. 31 zu <ref-law>; je mit Hinweisen). Ein problemloser Zugriff ist gewährleistet, wenn eine Beilage selbsterklärend ist und genau die verlangten (beziehungsweise in der Rechtsschrift bezeichneten) Informationen enthält. Sind diese Voraussetzungen nicht gegeben, kann ein Verweis nur genügen, wenn die Beilage in der Rechtsschrift derart konkretisiert und erläutert wird (vgl. zit. Urteil 4A_264/2015 E. 4.2.2), dass die Informationen ohne weiteres zugänglich werden und nicht interpretiert und zusammengesucht werden müssen (zit. Urteil 4A_281/2017 E. 5.3).
4.4. Eine solche Ausnahme liegt hier nicht vor. Das Gutachten D._ enthält zwar eine Berechnung der Wohnflächenverminderung und insofern eine konkrete Tatsachenbehauptung. Diese und die daraus abgeleiteten Mietzinsausfälle beruhen aber ihrerseits auf verschiedenen Annahmen, Grafiken und Statistiken, die miteinander verknüpft und nicht ohne weiteres nachvollziehbar sind.
5.
Nach den Feststellungen der Vorinstanz begründete die Beschwerdeführerin ihre Gegenforderung in der Klageantwort weiter mit einer zusätzlichen Minderung von Fr. 334'435.20 (Schadensberechnung E._), Schaden infolge von Mängeln von Fr. 500'000.-- und entgangenen Förderbeträgen von Fr. 7'110.--. In der Duplik habe sie weitere Behauptungen aufgestellt: So habe sich herausgestellt, dass neben dem Verlust der Wohnfläche durch eine Innenwärmedämmung im Vergleich zu einer Aussenwärmedämmung die gewählte Konstruktion auch energetisch nicht gleichwertig sei. Des Weiteren hätten sich noch diverse Unregelmässigkeiten und Schäden gezeigt, die im Rahmen einer Begutachtung aufgezeigt worden seien. Die Beschwerdeführerin habe diese Mängel aufgelistet und je einen Schadensbetrag geltend gemacht. In der Duplik habe sie mithin neben den Mietausfällen und den Fr. 334'435.20 (Schadensberechnung E._) Fr. 363'200.-- (gemäss Gutachten Bauexperte F._), Fr. 211'645.96 für nicht bewilligte Rechnungen der Klägerin und die entgangenen Förderbeträgen von Fr. 7'110.--. geltend gemacht.
5.1. Die Vorinstanz erwog dazu, von diesen neuen Mängeln würden die beiden Positionen "Minderungssumme für herabgesetzte technische Lebensdauer aufgrund von Undichtigkeiten in der Dampfbremse (Fr. 90'500.--" und "Zusätzliche Heizkosten durch Wärmebrücken auf 25 Jahre (Fr. 166'550.--) " in der Duplik erstmals vorgebracht und in keiner Weise begründet. Zu den übrigen behaupteten Mängeln hielt sie fest, die Beschwerdeführerin würde zwar knapp auflisten, was das Problem sei, sie führe aber nicht aus, welche Arbeiten zu deren Behebung hätten erledigt werden müssen, sodass ein Rückschluss auf die von ihr behaupteten Schäden auch nicht ansatzweise möglich sei. Vielmehr verweise sie wiederum auf ein Gutachten und verlange für den Fall, dass diesem nicht gefolgt werde, ein gerichtliches Gutachten. Die blosse Verweisung auf das Gutachten genüge nicht zur Substanziierung; fehle es an substanziierten Behauptungen, könne dieser prozessuale Mangel auch nicht durch ein gerichtliches Gutachten behoben werden.
Zur sog. " Schadenberechnung nach E._" bzw. zur Geltendmachung von angeblich nicht bewilligten Rechnungen der Beschwerdegegnerin sei festzuhalten, dass diese Bestreitungen bereits berücksichtigt worden seien, so dass eine zweite Geltendmachung des gleichen Punktes "verrechnungsweise" nicht möglich sei.
5.2. Die Beschwerdeführerin äussert sich nur zur fehlenden Substanziierung des Schadens gestützt auf die aufgeführten Mängel, dagegen nicht mehr zu den Ausführungen der Vorinstanz betreffend "Schadenberechnung nach E._". Auf letzteres ist somit nicht mehr einzugehen. Sie macht geltend, die Gutachterin, die renommierte Firma G._, habe diverse Mängel festgestellt. Das Gutachten, "das über sämtliche Schadenspositionen Auskunft gibt und akribisch die entdeckten Mängel aufführt" sei von der Vorinstanz zu Unrecht nicht berücksichtigt worden. Die Anforderungen an die Substanziierung in der Rechtsschrift selber dürften nicht übertrieben werden. Es müsse genügen, dass eine Partei den Kern eines Sachverhalts behaupte.
Die Rüge ist unbehelflich. Nach den Feststellungen der Vorinstanz hat die Beschwerdeführerin den Schaden aus den konkret behaupteten Mängeln erst mit der Duplik vorgebracht. Zur Schadenssubstanziierung hätte - wie die Vorinstanz richtig ausführte - gehört, dass nicht nur die Mängel (Ursache des Schadens) dargelegt werden, sondern auch die Arbeiten zu deren Behebung. Beides gehört zum Kern des Sachverhalts "Schaden". Die Beschwerdeführerin behauptet nicht, dass sie entgegen den vorinstanzlichen Feststellungen in den Rechtsschriften etwas zu der Art und Weise der Mängelbehebung und deren Kosten gesagt hätte. Diesbezüglich genügt der blosse Verweis auf ein Gutachten nicht (ob, soweit die Mängelbehebung in ihren Grundzügen in der Rechtsschrift behandelt worden wäre, bezüglich weiterer Einzelheiten ein Verweis auf das Gutachten allenfalls zulässig wäre [vgl. E. 4.3 hiervor], kann daher offenbleiben). In diesem Sinn hat das Bundesgericht im Fall der Beschädigung von Ware auf dem Transport entschieden, wo die Geschädigte zum Beweis des geltendgemachten Schadens in vergleichbarer Weise auf ein Gutachten verwiesen hat. Die Geschädigte habe zwar in den Rechtsschriften ausgeführt, dass die Ware "gemäss Feststellung des Experten nicht mehr verkehrsfähig, nicht mehr verkäuflich und nicht mehr verzehrbar" gewesen sei. Sie hätte aber substanziieren müssen, aus welchen Gründen die teilweise Beschädigung der Ware einem wirtschaftlichen Totalschaden gleichkam. Der blosse Verweis auf das Gutachten genüge nicht (Urteil 4A_261/2017 vom 30. Oktober 2017 E. 4.4).
6.
Die Beschwerde ist somit abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend wird die Beschwerdeführerin kostenpflichtig (<ref-law>). Der Beschwerdegegnerin ist für ihre Stellungnahme zum Gesuch um aufschiebende Wirkung eine reduzierte Parteientschädigung zuzusprechen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 16'500.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3.
Die Beschwerdeführerin hat die die Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 1'000.-- zu entschädigen.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Handelsgericht des Kantons Zürich schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 22. Januar 2018
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Kiss
Der Gerichtsschreiber: Luczak