Sachverhalt:
A.
Die A._ Company, U._ (Beklagte, Beschwerdeführerin) ist ein Pharmaunternehmen mit Sitz auf den Bermudas und Inhaberin des europäischen Patents EP xxx. Das Patent wurde am 10. Mai 2017 unter anderem mit Wirkung für die Schweiz erteilt und beansprucht pharmazeutische Formulierungen mit den Wirkstoffen Oxycodon und Naloxon zur Behandlung von Schmerzen und der gleichzeitigen Reduktion von Nebenwirkungen.
Das Patent basiert auf einer Teilanmeldung, die sich auf die internationale Patentanmeldung WO yyy vom 4. April 2003 beziehungsweise deren regionale Phase EP zzz (Stammanmeldung) bezieht. Beansprucht wird die Priorität der deutschen Patentanmeldungen DE vvv und DE www vom 5. April 2002. Anspruch 1 der internationalen Stammanmeldung war wie folgt formuliert:
A storage stable pharmaceutical preparation comprising oxycodone and naloxone characterized in that the active compounds are released from the preparation in a sustained, invariant and independent manner.
Nach erfolgter Änderung im Anmeldeverfahren lautete Anspruch 1 des Streitpatents EP xxx schliesslich:
Pharmaceutical oral preparations for use in treating pain and for use in concurrently reducing opioid induced obstipation, wherein each preparation comprises as the actives oxycodone or a pharmaceutically acceptable salt thereof and naloxone or a pharmaceutically acceptable salt thereof, wherein oxycodone or a pharmaceutically acceptable salt thereof is present in said preparations in a range of usable absolute amounts and in a ratio of 2:1 to naloxone or a pharmaceutically acceptable salt thereof, characterized in that the actives are released from the preparations in a sustained, invariant and independent manner.
Die B._ AG (Klägerin, Beschwerdegegnerin) ist ein Pharmaunternehmen mit Sitz in V._ (Schweiz).
B.
Am 10. Mai 2017 reichte die B._ AG beim Bundespatentgericht eine Klage gegen die A._ Company ein. Sie beantragte, den schweizerischen Teil des europäischen Patents EP xxx als nichtig zu erklären. Den gleichen Antrag stellte sie betreffend den schweizerischen Teil des europäischen Patents EP uuu (das auf einer parallelen Teilanmeldung beruht, indes nicht Gegenstand des bundesgerichtlichen Verfahrens ist). Sie argumentierte unter anderem, der Gegenstand des Patents gehe über den Inhalt der Anmeldung hinaus.
Die A._ Company erhob mit Klageantwort vom 28. August 2017 Widerklage und stellte mit Duplik vom 13. Juli 2018 - unter anderem - den Eventualantrag, Anspruch 1 des schweizerischen Teils des europäischen Patents EP xxx sei wie folgt aufrechtzuerhalten:
Storage stable pharmaceutical oral preparations for use in treating pain and for use in concurrently reducing opioid induced obstipation, wherein each preparation comprises as the actives oxycodone or a pharmaceutically acceptable salt thereof and naloxone or a pharmaceutically acceptable salt thereof, wherein oxycodone or a pharmaceutically acceptable salt thereof is present in said preparations in a range of usable absolute amounts and in a ratio of 2:1 to naloxone or a pharmaceutically acceptable salt thereof, characterized in that the actives are released from the preparations in a sustained, invariant and independent manner.
Am 6. Juni 2019 erstattete Patentrichter Tobias Bremi ein Fachrichtervotum, zu dem die Parteien am 25. Juni 2019 und am 20. August 2019 Stellung nahmen. Mit Urteil vom 7. November 2019 hiess das Bundespatentgericht die Klage gut und stellte fest, dass jeweils der schweizerische Teil der europäischen Patente EP xxx und EP uuu nichtig ist (Dispositiv-Ziffer 1). Die Widerklage wies es ab (Dispositiv-Ziffer 2). Die auf Fr. 50'000.-- festgesetzte Gerichtsgebühr (Dispositiv-Ziffer 3) wurde der A._ Company auferlegt (Dispositiv-Ziffer 4). Ferner verurteilte das Bundespatentgericht die A._ Company, der B._ AG eine Parteientschädigung von Fr. 116'815.20 zu bezahlen (Dispositiv-Ziffer 5).
C.
Die A._ Company verlangt mit Beschwerde in Zivilsachen, die Dispositiv-Ziffern 1, 4 und 5 des Urteils des Bundespatentgerichts seien aufzuheben. In der Sache beantragt sie, der schweizerische Teil des europäischen Patents EP xxx sei ihrem Eventualantrag vom 13. Juli 2018 entsprechend aufrechtzuerhalten; eventualiter sei die Sache insoweit an die Vorinstanz zu neuem Entscheid zurückzuweisen. Ausserdem sei der Beschwerde die aufschiebende Wirkung zu erteilen.
Das Bundespatentgericht verzichtete auf Vernehmlassung. Die Beschwerdegegnerin beantragt, die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf eingetreten werde, und das angefochtene Urteil zu bestätigen. Eventualiter sei die Angelegenheit zu neuer Beurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Die Beschwerdeführerin replizierte, worauf die Beschwerdegegnerin eine Duplik eingereicht hat.
Mit Präsidialverfügung vom 11. Dezember 2019 wurde dem Gesuch um Erteilung der aufschiebenden Wirkung superprovisorisch entsprochen, soweit das Bundespatentgericht die Nichtigkeit des schweizerischen Teils des europäischen Patents EP xxx festgestellt hat. Mit Präsidialverfügung vom 13. März 2020 wurde diese Anordnung bestätigt und im Mehrumfang das Gesuch um Erteilung der aufschiebenden Wirkung abgewiesen.

Erwägungen:
1.
1.1. Die Beschwerde betrifft eine Zivilsache (vgl. <ref-law>) und richtet sich gegen einen Endentscheid (vgl. <ref-law>) des Bundespatentgerichts (vgl. <ref-law>). Dagegen steht grundsätzlich die Beschwerde in Zivilsachen offen, gemäss <ref-law> unabhängig vom Streitwert. Auf die Beschwerde ist unter Vorbehalt einer hinreichenden Begründung (vgl. <ref-law>) einzutreten.
1.2.
1.2.1. Dies gilt allerdings nicht ohne Weiteres für das Eventualbegehren, mit dem die Beschwerdeführerin die Kosten- und Entschädigungsregelung des angefochtenen Entscheids unabhängig vom Obsiegen in der Sache anficht. Sie beantragt lediglich die Aufhebung der entsprechenden Dispositiv-Ziffern und die Rückweisung zur Neubeurteilung im Sinne der Erwägungen.
1.2.2. Nach der Rechtsprechung des Bundesgerichts ist grundsätzlich ein materieller, das heisst bezifferter Antrag auch bei vom Ausgang der Hauptsache unabhängiger Anfechtung der vorinstanzlichen Kosten- und Entschädigungsfolgen erforderlich (<ref-ruling> E. 1.2 mit Hinweisen). Indessen genügt es, wenn aus der Beschwerdebegründung hervorgeht, in welchem Sinn der angefochtene Entscheid abgeändert werden soll (<ref-ruling> E. 6.2 S. 622; <ref-ruling> E. 2; Urteile 4A_268/2018 vom 18. November 2019 E. 1.2.1; 4A_486/2017 vom 23. März 2018 E. 1.2; 4A_13/2016 vom 19. Januar 2016).
1.2.3. Die vom Bundespatentgericht zugesprochene Parteientschädigung in Höhe von insgesamt Fr. 116'815.20 setzt sich zusammen aus Fr. 66'815.20 für den Ersatz notwendiger Auslagen (patentanwaltliche Beratung) und Fr. 50'000.-- als Entschädigung für die rechtsanwaltliche Vertretung.
Aus der Beschwerdebegründung ergibt sich, dass sich die Beschwerdeführerin namentlich daran stört, dass die ihr auferlegten Auslagen für die patentanwaltliche Beratung höher sind als die Kosten der gegnerischen rechtsanwaltlichen Vertretung. Dies lässt den Schluss zu, dass die Beschwerdeführerin die Parteientschädigung um (mindestens) diese Differenz (also Fr. 16'815.20) reduziert haben will. Insoweit kann das Eventualbegehren als hinlänglich betrachtet werden.
In der Beschwerdebegründung erfolgen indes keine Ausführungen hinsichtlich der Verlegung der Gerichtsgebühr. Soweit die Beschwerdeführerin die Aufhebung von Dispositiv-Ziffer 4 des angefochtenen Urteils verlangt - in der ihr die Gerichtskosten vollumfänglich auferlegt werden -, kann auf ihr Begehren daher nicht eingetreten werden.
2.
Die Beschwerdeführerin rügt, die Vorinstanz habe <ref-law> (SR 232.14) in Verbindung mit Art. 138 Abs. 1 lit. c und Art. 123 Abs. 2 des Europäischen Patentübereinkommens, revidiert in München am 29. November 2000 (EPÜ; SR 0.232.142.2), verletzt.
2.1.
2.1.1. Nach <ref-law> stellt das Gericht auf Klage hin die Nichtigkeit des Patents fest, wenn der Gegenstand des Patents über den Inhalt des Patentgesuchs in der für das Anmeldedatum massgebenden Fassung hinausgeht. Dieser Nichtigkeitsgrund ist Art. 138 Abs. 1 lit. c EPÜ entnommen und mit dem Bundesgesetz vom 17. Dezember 1976 (AS 1977 1997 ff.) in das nationale Recht überführt worden (im Rahmen der sog. Harmonisierung; vgl. <ref-ruling> E. 3a S. 280).
Diese beiden Bestimmungen knüpfen ihrerseits - soweit es um das europäische Erteilungsverfahren geht - an Art. 123 Abs. 2 EPÜ an, worin die Zulässigkeit von Änderungen im Anmeldeverfahren eingeschränkt wird. Demgemäss dürfen die europäische Patentanmeldung und das europäische Patent nicht in der Weise geändert werden, dass ihr Gegenstand über den Inhalt der Anmeldung in der ursprünglich eingereichten Fassung hinausgeht (vgl. auch <ref-law>). In gleicher Weise hält Art. 76 Abs. 1 Satz 2 EPÜ fest, dass eine europäische Teilanmeldung nur für einen Gegenstand eingereicht werden kann, der nicht über den Inhalt der früheren Anmeldung in der ursprünglich eingereichten Fassung hinausgeht (vgl. auch <ref-law>).
2.1.2. Mit dieser Regelung soll ausgeschlossen werden, dass der Patentinhaber seine Position verbessert, indem er für Gegenstände Schutz beansprucht, die in der ursprünglichen Anmeldung nicht offenbart worden sind. Dem Anmelder soll es verwehrt sein, nachträgliche Änderungen oder Weiterentwicklungen in das Anmeldeverfahren einzubringen und damit ein Schutzrecht zu erlangen, das am Stand der Technik zur Zeit der Anmeldung gemessen wird (Urteile 4A_109/2011, 4A_111/2011 vom 21. Juli 2011 E. 4.3.1; 4C.108/1997 vom 9. Juli 1998, in: sic! 1999, S. 58 ff., E. 3a; PETER HEINRICH, PatG/EPÜ, Kommentar, 3. Aufl. 2018, N. 10 zu <ref-law>/Art. 123 EPÜ). Auch wird darauf hingewiesen, dass dieses Änderungsverbot im Dienst der Rechtssicherheit stehe: Die Öffentlichkeit soll nicht durch Patentansprüche überrascht werden, welche aufgrund der ursprünglich eingereichten Fassung nicht zu erwarten waren (vgl. FRITZ BLUMER, in: Singer/Stauder [Hrsg.], Europäisches Patentübereinkommen, Kommentar, 7. Aufl. 2016, N. 36 zu Art. 123 EPÜ; siehe auch Urteil 4C.33/2000 vom 31. Mai 2000 E. 3b).
2.1.3. Dabei ist unter dem "Gegenstand des Patents" (der nach <ref-law> nicht über den Inhalt des Patentgesuchs hinausgehen darf) nicht der "Schutzbereich" nach Art. 69 EPÜ (beziehungsweise der "sachliche Geltungsbereich" des <ref-law>) zu verstehen, wie er durch die Patentansprüche bestimmt wird. Vielmehr geht es dabei um den "Gegenstand" im Sinne von Art. 123 Abs. 2 EPÜ (beziehungsweise von <ref-law>), also einschliesslich der gesamten Offenbarung in der Beschreibung und in den Zeichnungen (vgl. Urteil 4A_109/2011, 4A_111/2011 vom 21. Juli 2011 E. 4.3.1; BLUMER, a.a.O., N. 34 zu Art. 123 EPÜ; HEINRICH, a.a.O., N. 13 zu <ref-law>/Art. 138, 124 EPÜ).
Gemäss der Rechtsprechung der Beschwerdekammern des Europäischen Patentamts (EPA) erlaubt Art. 123 Abs. 2 EPÜ eine Änderung nach der Anmeldung nur im Rahmen dessen, was der Fachmann der Gesamtheit der Anmeldeunterlagen in ihrer ursprünglich eingereichten Fassung unter Heranziehung des allgemeinen Fachwissens - objektiv und bezogen auf den Anmeldetag - unmittelbar und eindeutig entnehmen kann (siehe Entscheidung der Grossen Beschwerdekammer G 2/10 vom 30. August 2011 Punkt 4.3 S. 27 und Punkt 4.5.1 S. 36 sowie etwa Entscheidung der Technischen Beschwerdekammer T 1852/13 vom 31. Januar 2017 Punkt 2.2.1 S. 7 f.; siehe zur Bedeutung dieser Praxis für die nationalen Gerichte: Urteil 4C.108/1997 vom 9. Juli 1998, in: sic! 1999, S. 58 ff., E. 3a; vgl. auch Urteil 4A_109/2011, 4A_111/2011 vom 21. Juli 2011 E. 4.3.1 und Urteil vom 5. Oktober 1976 E. 3d, in: PMMBl 1977 I S. 53).
Dieser Prüfmassstab wird als "Goldstandard" bezeichnet. Das unzulässige Hinausgehen über den Offenbarungsgehalt kann dabei sowohl im Hinzufügen als auch im Weglassen von Informationen bestehen (Urteil 4A_109/2011, 4A_111/2011 vom 21. Juli 2011 E. 4.3.1).
2.2. Eine Teilanmeldung ist in prozessualer Hinsicht eine eigenständige, von der Stammanmeldung unabhängige Anmeldung. Änderungen unterliegen daher den allgemeinen Voraussetzungen von Art. 123 Abs. 2 EPÜ (siehe DOBRUCKI/BACCHIN, in: Benkard, Europäisches Patentübereinkommen, 3. Aufl. 2019, N. 12 zu Art. 76 EPÜ). Die Frage, ob sich die Teilanmeldung ihrerseits im Rahmen des Inhalts der Stammanmeldung bewegt, beurteilt sich dagegen nach Art. 76 Abs. 1 Satz 2 EPÜ (vgl. hierzu namentlich Entscheidung der Technischen Beschwerdekammer T 0423/03 vom 10. Oktober 2003 Punkt 3 S. 5). Dies hat zu Fragen betreffend das Verhältnis dieser beiden Bestimmungen geführt (im Einzelnen: DOBRUCKI/BACCHIN, a.a.O., N. 12-14 zu Art. 76 EPÜ und HEIKO SENDROWSKI, in: Benkard, Europäisches Patentübereinkommen, 3. Aufl. 2019, N. 177-183 zu Art. 123 EPÜ). Immerhin finden die Kriterien zur Beurteilung der Zulässigkeit von Änderungen gemäss Art. 123 Abs. 2 EPÜ grundsätzlich auch bei Art. 76 Abs. 1 Satz 2 EPÜ Anwendung (vgl. Entscheidungen der Technischen Beschwerdekammern T 1852/13 vom 31. Januar 2017 Punkt 2.2.1 S. 8; T 0961/09 vom 15. Dezember 2009 Punkt 2 S. 3 mit Hinweisen).
Nach den unbestritten gebliebenen Feststellungen der Vorinstanz stimmt der Offenbarungsgehalt der Teilanmeldung mit jenem der Stammanmeldung überein. Davon gehen denn auch die Parteien aus. Es ist daher nicht zu beanstanden, wenn die Vorinstanz in Anwendung von Art. 123 Abs. 2 EPÜ prüfte, ob der Gegenstand des erteilten Patents beziehungsweise des Patents gemäss Eventualantrag vom 13. Juli 2018 über den Inhalt der Stamm- respektive der Teilanmeldung in deren ursprünglich eingereichten Fassungen hinausgeht.
2.3. Das Bundespatentgericht kam zum Ergebnis, Anspruch 1 des europäischen Patents EP xxx sei während des Prüfungsverfahrens im Sinne der dargelegten Rechtsprechung unzulässig geändert worden. Dagegen wendet sich die Beschwerdeführerin. Vor Bundesgericht beantragt sie indes nicht mehr die Aufrechterhaltung des Patents in der erteilten Fassung, sondern nur noch gemäss Eventualantrag vom 13. Juli 2018.
2.4.
2.4.1. Zu diesem Eventualantrag erwog die Vorinstanz, der darin formulierte Patentanspruch 1 unterscheide sich von der ursprünglich eingereichten Fassung in verschiedener Hinsicht. Unzulässig sei, dass im Anspruch gemäss Eventualantrag das Gewichtsverhältnis der beiden Wirkstoffe Oxycodon und Naloxon von 2 zu 1präzisiert und (allein) das Merkmal der Reduktion Opioid-induzierter Obstipation als behandelbare Nebenwirkung genannt werde.
Dies begründete das Bundespatentgericht im Einzelnen wie folgt:
Beide diese Angaben - sowohl das Gewichtsverhältnis als auch die Obstipationsreduktion - seien in der ursprünglichen Anmeldung zwar enthalten, indes Teil einer Liste gewesen. So sei zum Gewichtsverhältnis der beiden Wirkstoffe was folgt beschrieben worden:
In the case of oxycodone and naloxone, preferred weight ratios of agonist to antagonist lie within a weight ratio range of 25:1 at maximum, especially preferred are the weight ratio ranges 15:1, 10:1, 5:1, 4:1, 3:1, 2:1 and 1:1.
In Bezug auf das Merkmal der Reduktion Opioid-induzierter Obstipation habe die Beschreibung der ursprünglichen Anmeldung folgende Liste enthalten:
By the combination of oxycodone [...] and naloxone it is ensured that preparations according to the invention show an efficient analgesic activity and that at the same time, common side effects such as obstipation, breath depression and development of addiction are suppressed, or at least significantly reduced.
Durch die (Aus-) Wahl je eines einzigen Elements aus den beiden Listen und das Weglassen der übrigen Alternativen werde im Eventualantrag eine neue Merkmalskombination geschaffen. Es sei zu prüfen, ob diese Kombination dem Fachmann - einem Team aus einem Formulierungsspezialisten und einem Kliniker - bereits gestützt auf die ursprünglich eingereichten Anmeldeunterlagen offenbart worden sei.
2.4.2. Dabei stellte die Vorinstanz fest, dass den Anmeldeunterlagen keine Fokussierung auf ein Gewichtsverhältnis von 2 zu 1 oder auf die Obstipation als behandelbare Nebenwirkung zu entnehmen sei. Zwar seien unter den - in der Anmeldung ebenfalls enthaltenen - Beispielen solche mit einem Gewichtsverhältnis der beiden Wirkstoffe von 2 zu 1 genannt. Diese stünden indes in einem Zusammenhang mit spezifischen Mengen und Formulierungssystemen. Ausserdem gebe es auch Beispiele mit anderen Gewichtsverhältnissen. Auch im Rahmen der Beschreibung der Nebenwirkungen werde auf die Obstipation nur als eine unter drei gleichwertigen Alternativen Bezug genommen. Einzig bei der Diskussion des Stands der Technik sei eine Hervorhebung der Obstipation auszumachen. In den spezifischen Ausführungsbeispielen werde die Nebenwirkung überhaupt nicht thematisiert.
In den ursprünglich eingereichten Unterlagen fehle damit die Offenbarung, dass das spezifische Gewichtsverhältnis von 2 zu 1 in einem besonderen Zusammenhang mit der Reduktion der Obstipation stehe. Es mangle sodann einerseits an der unmittelbaren und eindeutigen Offenbarung des spezifischen Gewichtsverhältnisses von 2 zu 1 als besonders bevorzugt und andererseits an der unmittelbaren und eindeutigen Offenbarung der Behandlung der Obstipation als mit besonderen Vorteilen verbunden. Die Aufnahme dieser Merkmalskombination in Patentanspruch 1 stelle damit eine unzulässige Änderung dar. Der Nichtigkeitsklage sei (auch) insoweit stattzugeben.
2.5. Die Beschwerdeführerin moniert, die Zulässigkeit von Änderungen im Anmeldeverfahren sei stets unter Berücksichtigung der technischen Gegebenheiten im Einzelfall und im Gesamtkontext der Erfindung zu prüfen. Die Vorinstanz hätte - so die Beschwerdeführerin - in Anwendung dieses Massstabs prüfen müssen, ob der Eventualantrag vom 13. Juli 2018 im Vergleich zur ursprünglichen Anmeldung tatsächlich einen Gegenstand mit neuen technischen Informationen enthalte. Dies habe sie unterlassen. Der blosse Umstand, dass Merkmale aus mehreren Listen der Patentanmeldung in die Patentansprüche aufgenommen worden seien, begründe für sich keinen Verstoss gegen Art. 123 Abs. 2 EPÜ.
Sodann seien die beiden in Frage stehenden Merkmale - die Obstipationsreduktion und das Gewichtsverhältnis - in der ursprünglich eingereichten Fassung in einem derart engen Zusammenhang offenbart worden, dass der Sache nach keine Kombination von zwei Merkmalen aus verschiedenen unabhängigen Listen vorliege. Der Sachverhalt sei so zu behandeln, "wie wenn die Reduktion der Opioid-induzierten Obstipation und das 2:1 Gewichtsverhältnis ein einziges Merkmal wären, das aus einer einzigen Liste mit mehreren Kombinationen auszuwählen" sei.
Ohnehin liege aber eine unzulässige Auswahl von Merkmalen aus mehreren Listen gemäss der Rechtsprechung des EPA nur vor, wenn es sich bei diesen Listen um Auflistungen gewissen Umfangs handle. Vorliegend stünde - soweit es um die Nebenwirkungen gehe - eine kurze Liste mit drei Elementen in Frage, weshalb die Auswahl von einem Element bereits als mit der ursprünglichen Anmeldung offenbart gelten müsse. Eine Verletzung von Art. 123 Abs. 2 EPÜ scheide weiter auch aus, wenn ein in die Patentansprüche aufgenommenes Merkmal in der ursprünglichen Patentanmeldung eine von mehreren, technisch gleichwertigen Alternativen darstelle, wie dies hier der Fall sei. Insbesondere verletze das Bundespatentgericht Recht, wenn es die konkrete Nennung des Gewichtsverhältnisses von 2 zu 1 als über den ursprünglichen Gegenstand hinausgehend ansehe, weil es in den ursprünglich eingereichten Unterlagen nicht als "besonders bevorzugt" offenbart worden sei. Die in der Anmeldung aufgezählten Gewichtsverhältnisse stellten alle gleichwertige Alternativen dar, weshalb es zulässig sein müsse, eines davon in den Patentanspruch aufzunehmen.
Hinzu komme, dass es für den Fachmann erkennbare Hinweise ("Pointer") gebe, welche in den Anmeldeunterlagen die Reduktion Opioid-induzierter Obstipation hervorhöben. Die Vorinstanz verlange das Vorliegen eines "spezifischen" Pointers. Damit stelle sie zu hohe Anforderungen, denn ein Pointer müsse nicht ausdrücklich sein, sondern könne sich auch bloss implizit aus den Gesamtumständen ergeben. In der ursprünglichen Anmeldung sei die Obstipation die am häufigsten erwähnte Nebenwirkung. Hinzu komme, dass einem Fachmann im Prioritätszeitpunkt bewusst gewesen sei, dass die Obstipation die klinisch relevanteste und am häufigsten beobachtete Nebenwirkung einer Therapie mit Opioiden sei und deshalb unter den verschiedenen in der Anmeldung aufgezählten Nebenwirkungen hervorsteche. Auch aus der Darstellung des Stands der Technik schliesse ein Fachmann auf die Wichtigkeit der Behandlung dieser Nebenwirkung.
3.
3.1. Es geht um die Frage, inwieweit das Herausgreifen einzelner Elemente aus mehreren Listen mit je mehreren alternativen Ausführungsformen oder Merkmalen während des Anmeldeverfahrens zulässig ist (Problem des singling out; dazu im Einzelnen etwa BLUMER, a.a.O., N. 94-97 zu Art. 123 EPÜ; ANDREAS SCHRELL, "Singling out" oder das "Listen"-Argument vor dem Europäischen Patentamt, GRUR Int. 2007, S. 672 ff.).
Es ist unstreitig, dass der von der Beschwerdeführerin geltend gemachte Patentanspruch denkgesetzlich von der ursprünglichen Anmeldung umfasst ist. Gewisse der alternativ aufgezählten Elemente - konkret: andere in der Anmeldung genannte Gewichtsverhältnisse und behandelbare Nebenwirkungen - sind indes im Rahmen des Anmeldeverfahrens weggefallen. Die der ursprünglichen Anmeldung zugrunde liegende Gleichwertigkeit wurde damit ersetzt durch die Anweisung, zur Problemlösung eine ganz bestimmte Ausführungsform einzusetzen (siehe auch SCHRELL, S. 673). Da dies mit Bezug auf zwei Listen geschah, wurde ein Zusammenhang geschaffen zwischen dem spezifischen Gewichtsverhältnis der Wirkstoffe Oxycodon und Naloxon von 2 zu 1 einerseits und der Reduktion Opioid-induzierter Obstipation andererseits. Es stellt sich die Frage, ob sich dies mit Art. 123 Abs. 2 EPÜ verträgt.
3.2. Zum Problem des Streichens von Elementen aus Listen während des Anmeldeverfahrens besteht eine reichhaltige Rechtsprechung der Beschwerdekammern des EPA. Im Ausgangspunkt steht dabei die Frage, ob sich der im Streitpatent beanspruchte Gegenstand beziehungsweise die darin beanspruchte Merkmalskombination für den Fachmann unmittelbar und eindeutig aus den ursprünglich eingereichten Anmeldeunterlagen entnehmen lässt (siehe Entscheidungen der Technischen Beschwerdekammer T 1799/12 vom 26. März 2014 Punkt 2.4 S. 12; T 0783/09 vom 25. Januar 2011 Punkt 5.6 S. 7). Grundsätzlich wird dabei davon ausgegangen, dass die Beschränkung auf ein Merkmal aus einer Liste zulässig ist (siehe etwa Entscheidung der Technischen Beschwerdekammer T 2134/10 vom 14. November 2013 Punkt 5 S. 11). Ebenfalls nicht beanstandet wird prinzipiell die Streichung in mehreren Listen, wenn noch immer je mehrere Alternativen beansprucht werden, mithin eine generische Gruppe verbleibt, die sich zum Gegenstand in der ursprünglichen Anmeldung nur durch ihre geringere Grösse unterscheidet (siehe Entscheidungen der Technischen Beschwerdekammer T 1075/12 vom 26. April 2016 Punkt 2.5 f. S. 6 f.; T 1506/13 vom 8. Mai 2015 Punkt 4.2 S. 6 f.). Als unzulässig wird dagegen regelmässig erachtet, wenn im Anmeldeverfahren aus mehreren Listen je eine einzige Bedeutung ausgewählt wird, weil und soweit dadurch eine Ausführungsform mit einer Kombination von bestimmten Merkmalen künstlich geschaffen wird, welche in dieser Form keine Basis in der ursprünglichen Anmeldung hat (siehe Entscheidung der Technischen Beschwerdekammer T 2013/08 vom 16. April 2010 Punkt 2.2 S. 16 f. mit weiteren Hinweisen sowie die Entscheidungen, die SCHRELL, a.a.O., S. 678 sub. Ad a) zitiert). In diesem Fall wird der Patentschutz mit der Änderung nicht bloss eingeschränkt, sondern es wird ein technischer Beitrag im Vergleich zum ursprünglich offenbarten Gegenstand geleistet (siehe Entscheidung der Technischen Beschwerdekammer T 1506/13 vom 8. Mai 2015 Punkt 4.2 S. 6 f.). Anders kann es sich verhalten, wenn es bereits in der ursprünglichen Anmeldung Hinweise auf diese Kombination gab; so beispielsweise, wenn die letztlich ausgewählten Elemente als "bevorzugt" gekennzeichnet worden sind (siehe Entscheidungen der Technischen Beschwerdekammer T 1799/12 vom 26. März 2014 Punkt 2.4 S. 13; T 0686/99 vom 22. Januar 2003 Punkt 4.3.3 S. 8). Dabei ist stets auf die Verhältnisse im konkreten Fall abzustellen (siehe bereits Entscheidung der Technischen Beschwerdekammer T 0859/94 vom 21. September 1999 Punkt 2.4.3 S. 12).
3.3. Die Vorinstanz legte ihren Ausführungen diese Kriterien zugrunde. Sie untersuchte, welche Kombinationen einem Fachmann gestützt auf die ursprüngliche Anmeldung offenbart worden sind. Sie berücksichtigte, dass das blosse Streichen von Elementen mehrerer Listen grundsätzlich nicht zu einem neuen technischen Beitrag führt und insoweit zulässig ist. Sie erwog aber, dass im vorliegenden Fall zwei Merkmale - das spezifische Gewichtsverhältnis von 2 zu 1 und die Obstipationsreduktion als behandelbare Nebenwirkung - aus je einer Liste vollständig individualisiert worden seien. Die Auswahl dieser beiden Elemente und damit deren Kombination könne - so der Schluss der Vorinstanz - für den Fachmann nicht als in den ursprünglich eingereichten Unterlagen offenbart gelten.
3.4. Die Beschwerdeführerin hält den Erwägungen der Vorinstanz im Wesentlichen ihr eigenes Verständnis der Rechtsprechung der Beschwerdekammern des EPA und der in der Patentanmeldung enthaltenen Beschreibung entgegen. Weshalb aber ein Fachmann den Bezug des spezifischen Gewichtsverhältnisses von 2 zu 1 zur Reduktion Opioid-induzierter Obstipation aus den ursprünglich eingereichten Unterlagen unmittelbar und eindeutig hätte ableiten können, zeigt sie nicht auf. Sie beschränkt sich in diesem Zusammenhang auf die Feststellung, dass die Reduktion Opioid-induzierter Obstipation in der ursprünglichen Anmeldung als "eine primäre Wirkung der Erfindung" erwähnt werde und dass das "zwischen den Wirkstoffen zu wählende Gewichtsverhältnis" in eine unmittelbare und eindeutige Verbindung mit der "Reduktion von Nebenwirkungen" gebracht worden sei. Auch der Umstand, dass die Obstipation die in der Anmeldung meistgenannte sowie in der Praxis die am häufigsten beobachtete und am schwersten zu behandelnde Nebenwirkung sein mag (wie die Beschwerdeführerin behauptet), weist nicht auf eine solche Kombination hin. Die Beschwerdeführerin räumt ferner ausdrücklich ein, dass das Gewichtsverhältnis von 2 zu 1 in der ursprünglichen Anmeldung weder als allein besonders bevorzugt (sondern eben nur als "gleichsam bevorzugt" wie andere Gewichtsverhältnisse) und auch sonst nicht in relevanter Weise hervorgehoben worden wäre. Vor diesem Hintergrund kann aber der vorinstanzliche Schluss nicht beanstandet werden, wonach ein Fachmann den ursprünglich eingereichten Anmeldeunterlagen einen Zusammenhang zwischen dem spezifischen Gewichtsverhältnis von 2 zu 1 und der Reduktion Opioid-induzierter Obstipation nicht unmittelbar und eindeutig in dieser individualisierten Form entnehmen konnte und damit der Gegenstand des Patents über den Inhalt der Anmeldung in der ursprünglich eingereichten Fassung hinausgeht. Dass dabei die Liste mit den behandelbaren Nebenwirkungen in der ursprünglichen Anmeldung (nur) drei Alternativen enthielt, von denen eine ausgewählt wurde, ändert daran nichts (siehe auch Entscheidung der Technischen Beschwerdekammer T 0098/09 vom 27. Oktober 2011 Punkt 2.1 S. 8 f.).
3.5. Zusammenfassend ist der Vorinstanz keine Verletzung von <ref-law> (in Verbindung mit Art. 138 Abs. 1 lit. c und Art. 123 Abs. 2 EPÜ) vorzuwerfen, wenn sie den schweizerischen Teil des europäischen Patents EP xxx als nichtig erachtete.
3.6. Das Bundespatentgericht wies überdies darauf hin - ohne dazu abschliessend Stellung zu nehmen -, dass in der Beschreibung der ursprünglichen Anmeldung davon die Rede sei, dass die drei genannten Nebenwirkungen mit den in Frage stehenden Wirkstoffen "unterdrückt oder wenigstens wesentlich reduziert" würden. Im Streitpatent (wie auch im Eventualantrag vom 13. Juli 2018) sei aber nur die "Reduktion" beansprucht worden. Es stelle sich die Frage, ob nicht auch darin eine weitere unzulässige Auswahl zu sehen sei. Wie es sich damit verhält, kann dahingestellt bleiben, da das angefochtene Urteil aus den vorgenannten Gründen ohnehin zu schützen ist. Damit erübrigt sich insbesondere eine Beurteilung der Rüge der Beschwerdeführerin, diese vorinstanzliche Argumentation sei in Verletzung von <ref-law> im Fachrichtervotum nicht offengelegt worden. Auch auf Erwägung 43 des angefochtenen Urteils, in der das Bundespatentgericht im Sinne einer Eventualbegründung auf (mögliche) Widersprüche in den Ausführungen der Beschwerdeführerin hinweist und worin diese eine Verletzung von <ref-law> erblickt, braucht nicht eingegangen zu werden.
4.
4.1. Sodann moniert die Beschwerdeführerin, ihr Anspruch auf rechtliches Gehör (<ref-law>) sei verletzt worden. Sie kritisiert, das Bundespatentgericht habe verschiedentlich das von ihr "frist- und formgerecht" eingebrachte "allgemeine Fachwissen" ausgeblendet, insbesondere bei der Prüfung, ob in der ursprünglichen Anmeldung "ausreichende Pointer" vorlägen, die eine Fachperson auf die Reduktion Opioid-induzierter Obstipation hinwiesen. Sodann habe das Bundespatentgericht nicht im Einzelfall geprüft, ob dem Fachmann "unter Berücksichtigung aller Umstände" tatsächlich ein neuer Gegenstand offenbart worden sei, sondern "formalistisch" darauf abgestellt, dass "jede Kombination von Merkmalen aus mindestens zwei Listen unzulässig" sei.
4.2. Genau besehen begründet die Beschwerdeführerin ihren Vorwurf damit, dass die Vorinstanz ihrer Rechtsauffassung nicht folgte. Dies stellt von vornherein keine Gehörsverletzung dar (vgl. Urteil 4A_193/2019 vom 23. September 2019 E. 4). Auch in der Sache geht ihre Kritik fehl. Sie übergeht namentlich, dass das Bundespatentgericht ausdrücklich nicht allein auf das formelle Kriterium der "Auswahl von Merkmalen aus mehreren Listen" abstellte, sondern im Einklang mit der hierzu ergangenen Rechtsprechung prüfte, welchen Informationsgehalt sich dem Fachmann aus der ursprünglichen Anmeldung unmittelbar und eindeutig erschloss.
5.
Die Beschwerdeführerin meint in ihrem Eventualstandpunkt, die Parteientschädigung sei rechtsfehlerhaft festgesetzt worden. Die Vorinstanz habe Art. 95 Abs. 2 lit. a und Art. 105 Abs. 2 ZPO sowie Art. 3 des Reglements über die Prozesskosten beim Bundespatentgericht (KR-PatGer; SR 173.413.2) verletzt.
5.1. Gemäss Art. 32 Satz 1 PatGG (SR 173.41) spricht das Bundespatentgericht die Parteientschädigung nach dem Tarif (vgl. Art. 33 PatGG) zu. Nach Art. 3 KR-PatGer umfasst die der obsiegenden Partei zustehende Parteientschädigung unter anderem den Ersatz notwendiger Auslagen (lit. a). Dazu gehören die Aufwendungen lediglich beratend tätiger Patentanwälte (Art. 9 Abs. 2 KR-PatGer).
5.2. Die Beschwerdeführerin bringt im Einzelnen vor, gemäss der Rechtsprechung des Bundespatentgerichts dürfe der Ersatz der Auslagen für die patentanwaltliche Beratung die Kosten rechtsanwaltlicher Vertretung nicht übersteigen. Eine Abweichung von diesem Grundsatz sei nur ausnahmsweise zulässig und müsse besonders begründet werden. Im vorliegenden Fall lägen die Auslagen für die patentanwaltliche Beratung von Fr. 66'815.20 deutlich über den Anwaltskosten von Fr. 50'000.--. Diese seien überdies schon "äusserst hoch" angesetzt worden und lägen über dem "oberen interpolierten Rahmen", der gemäss Art. 4 f. KR-PatGer für Verfahren mit einem Streitwert von Fr. 600'000.-- "rund Fr. 47'000.--" betrage. Die Vorinstanz begründe nicht, weshalb der zugesprochene Auslagenersatz die Entschädigung für die Anwaltskosten in diesem Mass übersteige.
Hinzu komme, dass die von der Beschwerdegegnerin für das bundespatentgerichtliche Verfahren geltend gemachten Patentanwaltsauslagen diejenigen der Beschwerdeführerin um das Zweifache überstiegen und auch höher seien als die Auslagen, deren Ersatz die Beschwerdegegnerin im Parallelverfahren zum europäischen Patent EP ttt beantragt habe, obschon sich in beiden Verfahren ähnliche Fragen gestellt hätten. Sodann habe die Beschwerdegegnerin in diesem Verfahren "Synergien" nutzen können und sei keine Hauptverhandlung durchgeführt worden.
5.3. Bei der Beantwortung der Frage, ob eine Auslage als notwendig zu ersetzen ist, verfügt das Bundespatentgericht über Ermessen. Das Bundesgericht schreitet nur mit Zurückhaltung ein (vgl. im Einzelnen <ref-ruling> E. 11.2).
Das Bundespatentgericht legte nachvollziehbar dar, dass der patentanwaltliche den rechtsanwaltlichen Aufwand bei einer Nichtigkeitsklage übersteigen könne. Damit ist dem Hauptvorwurf der Beschwerdeführerin der Boden entzogen, wonach die Vorinstanz ebendiese Differenz nicht erklärt habe. Der - von der Beschwerdeführerin zitierten - Praxis des Bundespatentgerichts, wonach der Maximalbetrag für den patentanwaltlichen Auslagenersatz "von der Grössenordnung her im Bereich der rechtsanwaltlichen Entschädigung anzusiedeln" sei, liegt offenbar der Gedanke zugrunde, dass nur bei einer solchen Beschränkung das Kostenrisiko vorhersehbar bleibt (vgl. Urteil des Bundespatentgerichts O2012_043 vom 10. Juni 2016 E. 5.5). Inwiefern dieser Gesichtspunkt im vorliegenden Fall die ermessensweise Zusprechung des von der Beschwerdegegnerin beantragten Auslagenersatzes (der sich noch im Tarifrahmen für die rechtsanwaltliche Vertretung gemäss Art. 5 KR-PatGer hält) verbieten würde, tut die Beschwerdeführerin nicht dar.
Zu den übrigen Vorwürfen bemerkte das Bundespatentgericht unter anderem, dass in dem von der Beschwerdeführerin erwähnten Parallelverfahren nur ein Patent zu beurteilen war (und nicht wie hier zwei Patente im Streit standen). Es führte sodann aus, dass es auf die von der Beschwerde führerin geltend gemachten, zum Vergleich herangezogenen Auslagen für deren patentanwaltliche Beratung allein nicht ankomme, und es begründete, weshalb Synergien aus parallelen Teilanmeldungen - deren geringe Unterschiede eine sorgfältige Gewichtung der Argumente erforderten - nur gering ins Gewicht fielen. Was die Beschwerdeführerin dagegen vorbringt, zeigt keinen vom Bundesgericht korrigierbaren Fehler in der vorinstanzlichen Ermessensausübung auf.
6.
Die Beschwerde ist abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Bei diesem Ausgang des Verfahrens wird die Beschwerdeführerin kosten- und entschädigungspflichtig (siehe Art. 66 Abs. 1 und Art. 68 Abs. 1 und 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 8'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3.
Die Beschwerdeführerin hat die Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 9'000.-- zu entschädigen.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Bundespatentgericht schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 11. Mai 2020
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Kiss
Der Gerichtsschreiber: Stähle