Faits :
A.
La Commune de B._, dans le canton de Genève (ci-après: la Commune), a publié un appel d'offres en procédure ouverte concernant la collecte des déchets, soumis aux accords internationaux. Les offres devaient être remises le 5 janvier 2018. Cinq entreprises ont déposé une offre, dont C._ SA pour 156'660 fr. et A._ SA pour 137'307 fr.
B.
Par décision du 29 mars 2018, la Commune a informé A._ SA qu'elle avait adjugé le marché à C._ SA et qu'elle-même était classée au troisième rang sur les cinq offres évaluées. Les notes obtenues par ces deux entreprises étaient les suivantes :
C._ SA A._ SA
Critère 1 3.84 5.00
Critère 2 4.34 3.81
Critère 3 4.30 3.60
Critère 4 4.27 4.00
Total après pond. 419.47 408.35
Rang 1 3
Le 16 avril 2018, A._ SA a formé recours auprès de la Chambre administrative de la Cour de justice de Genève (ci-après: la Cour de justice) contre la décision du 29 mars 2018. Parallèlement à des conclusions au fond tendant principalement à ce que le marché lui soit adjugé, A._ SA a formé une demande d'effet suspensif et de mesures provisionnelles visant à ce que l'effet suspensif lié au recours soit accordé et à ce qu'il soit fait interdiction, sous la menace de la peine prévue à l'<ref-law>, à la Commune de conclure tout contrat relatif à l'appel d'offres pour la collecte et le transport des déchets de la Commune (<ref-law>).
Le 24 mai 2018, la Commune a informé la Cour de justice que le contrat avec A._ SA se terminant le 31 mai 2018, elle l'avait prolongé jusqu'à l'entrée en force de la décision à venir sur mesures provisionnelles.
Par décision du 7 juin 2018 sur effet suspensif et mesures provisionnelles, la Cour de justice a refusé de restituer l'effet suspensif au recours et déclaré de ce fait la demande de mesures provisionnelles sans objet.
C.
Contre cette décision, A._ SA forme un recours constitutionnel subsidiaire au Tribunal fédéral. Elle conclut à l'admission du recours, à l'annulation de la décision du 7 juin 2018, à ce que l'effet suspensif au recours formé le 16 avril 2018 soit accordé et à ce qu'il soit fait interdiction, sous menace de la peine d'amende prévue à l'<ref-law>, à la Commune de B._ de conclure tout contrat relatif à l'appel d'offres litigieux et à ce que cette mesure soit immédiatement exécutoire et reste en vigueur jusqu'à droit jugé au fond entre les parties. A titre subsidiaire, elle demande le renvoi de la cause à la Cour de justice pour nouvelle décision dans le sens des considérants. A titre préalable, A._ SA conclut à ce que l'effet suspensif à son recours devant le Tribunal fédéral soit accordé, à ce qu'il soit fait interdiction, sous menace de la peine d'amende prévue à l'<ref-law>, à la Commune de B._ de conclure tout contrat relatif à l'appel d'offres litigieux et à ce que cette mesure soit immédiatement exécutoire et reste en vigueur jusqu'à droit jugé au fond entre les parties.
Par ordonnance du 16 juillet 2018, la Cour de céans a demandé aux parties de se prononcer sur le recours et sur la requête d'effet suspensif, précisant, à titre de mesure superprovisionnelle, qu'aucune mesure d'exécution ne pourra être prise jusqu'à décision sur effet suspensif.
La Cour de justice renonce à des observations, tout en persistant dans les considérants et le dispositif de sa décision. Dans ses déterminations, la Commune conclut au rejet du recours de A._ SA et au rejet de la demande d'octroi de l'effet suspensif. C._ SA formule des conclusions similaires au terme de sa réponse. A._ SA a dupliqué et produit des pièces attestant de la prolongation, à titre provisoire, du contrat la liant initialement à la Commune jusqu'au 31 août 2018.

Considérant en droit :
1.
Le Tribunal fédéral examine d'office sa compétence (<ref-law>) et contrôle librement et avec une pleine cognition la recevabilité des recours portés devant lui (<ref-ruling> consid. 1 p. 116; <ref-ruling> consid. 1 p. 254).
1.1. La décision entreprise ne met pas fin au litige, mais refuse d'accorder à la recourante l'effet suspensif à son recours sur le plan cantonal. Il s'agit donc d'une décision incidente (arrêt 2D_43/2015 du 10 décembre 2015 consid. 1.1). Ne concernant ni la compétence ni une demande de récusation (cf. <ref-law>), elle ne peut faire séparément l'objet d'un recours au Tribunal fédéral qu'aux conditions prévues à l'<ref-law>.
Le préjudice irréparable prévu par l'<ref-law> doit être de nature juridique et ne pas pouvoir être ultérieurement réparé par une décision finale favorable au recourant (<ref-ruling> consid. 2.2.1 p. 317 et les arrêts cités). Selon la jurisprudence (<ref-ruling> consid. 1.4 p. 196; arrêts 2D_31/2016 du 2 février 2017 consid. 1.1.3; 2D_43/2015 du 10 décembre 2015 consid. 1.3.1), le refus de restituer l'effet suspensif dans le cadre d'une procédure de marché public est de nature à causer à la partie recourante un préjudice irréparable, dès lors que la décision incidente contestée est propre à permettre la conclusion du contrat (cf. art. 46 du règlement genevois du 17 décembre 2007 sur la passation des marchés publics - ci-après RMP/GE; RS/GE L 6 05.01; art. 14 al. 1 de l'accord intercantonal sur les marchés publics du 25 novembre 1994, modifié le 15 mars 2001 - ci-après AIMP; RS/GE L 6 05), ne laissant alors plus que la possibilité pour le soumissionnaire évincé qui recourt de prétendre à des dommages-intérêts négatifs (arrêt 2C_203/2013 du 25 mars 2013 consid. 5.1). Le recours est donc ouvert sous l'angle de l'<ref-law>.
1.2. Le recours contre une décision incidente est soumis à la même voie de droit que celle qui est ouverte contre la décision principale (<ref-ruling> consid. 1.1 p. 382).
1.2.1. Dans le domaine des marchés publics, un recours en matière de droit public n'est recevable, en vertu de l'art. 83 let. f LTF, qu'à la double condition que la valeur du mandat à attribuer soit supérieure ou égale aux seuils déterminants prévus à cet effet et que la décision attaquée soulève une question juridique de principe (<ref-ruling> consid. 1.2 p. 116 s.; <ref-ruling> consid. 1.1 p. 289), conditions cumulatives qu'il appartient à la partie recourante de démonter (cf. <ref-law>; <ref-ruling> consid. 1.2 p. 20 s., 113 consid. 2.1 p. 116 s.), à moins que celles-ci ne s'imposent avec évidence (cf. ATF <ref-ruling> consid. 1.1.2 p. 289). En matière de marchés publics cantonaux, un recours constitutionnel subsidiaire peut toujours être déposé si les conditions de l'art. 83 let. f LTF ne sont pas réunies (<ref-ruling> consid. 1.2 p. 117; <ref-ruling> consid. 1.1 p. 289).
La présente cause concerne un marché public cantonal. La recourante ne soutient ni n'explique en quoi les conditions de l'art. 83 let. f LTF seraient réunies et leur réalisation ne paraît pas évidente. C'est donc à juste titre qu'elle a interjeté un recours constitutionnel subsidiaire (arrêt 2D_42/2016 du 3 octobre 2017 consid. 1.1).
1.2.2. La recourante est arrivée troisième dans la procédure d'adjudication. Sur le fond, elle s'en prend uniquement à sa notation pour le critère d'attribution 3, qu'elle estime trop basse. Si elle obtenait la même évaluation que C._ SA pour ce critère, la recourante serait placée en première position dans l'attribution et pourrait ainsi obtenir le marché, attendu que le contrat avec l'adjudicataire n'a pas encore été conclu par la Commune. Partant elle a un intérêt juridique (<ref-law>) à recourir contre la décision de refus de restitution de l'effet suspensif. Son intérêt juridique est par ailleurs toujours actuel, parce que le contrat n'a pas encore pu être conclu avec la société intimée. A cela s'ajoute que, selon les pièces fournies par la recourante, qui peuvent être prises en compte pour évaluer la recevabilité de son recours (exception couverte par l'<ref-law>; <ref-ruling> consid. 3.3 p. 501; en matière de marché public, arrêt 2C_535/2013 du 3 septembre 2013 consid. 1.1), la solution transitoire tendant au maintien du contrat de la recourante avec la Commune a été prolongée jusqu'au 31 août 2018.
1.2.3. Au surplus, déposé en temps utile (art. 117 et 100 al. 1 LTF) et dans les formes requises (<ref-law>), le recours est dirigé contre une décision rendue en dernière instance cantonale par une autorité judiciaire supérieure (art. 114 et 86 al. 1 let. d et al. 2 LTF). Il convient par conséquent d'entrer en matière.
2.
Tant sous l'angle de l'<ref-law> que de l'<ref-law>, la cognition du Tribunal fédéral se limite à la violation de droits constitutionnels. Celui-ci n'examine de tels griefs que s'ils ont été invoqués et motivés ( "principe d'allégation ", <ref-law>, applicable par renvoi de l'<ref-law>), à savoir expressément soulevés et exposés de manière claire et détaillée (<ref-ruling> consid. 2.2 p. 232). Le recourant qui se plaint de la violation d'un droit constitutionnel ne peut donc se borner à critiquer la décision attaquée comme il le ferait en instance d'appel, où l'autorité de recours jouit d'une libre cognition; il ne peut, en particulier, se contenter d'opposer sa thèse à celle de l'autorité cantonale, mais doit remettre en cause les considérants de la décision attaquée sous des aspects relevant des droits constitutionnels (<ref-ruling> consid. 3 p. 351 s.).
3.
Lorsqu'une autorité judiciaire se prononce sur l'effet suspensif ou d'autres mesures provisoires, elle peut se limiter à la vraisemblance des faits et à l'examen sommaire du droit (examen prima facie), en se fondant sur les moyens de preuve immédiatement disponibles, tout en ayant l'obligation de peser les intérêts respectifs des parties (<ref-ruling> consid. 4.2 p. 91; <ref-ruling> consid. 2.3 p. 476). Elle dispose à cet égard d'un large pouvoir d'appréciation et peut tenir compte de l'issue prévisible de la procédure au fond, pour autant que celle-ci soit claire (<ref-ruling> consid. 2.2 p. 155; <ref-ruling> consid. 3 p. 289; arrêt 2C_293/2013 du 21 juin 2013 consid. 4.2 non publié in <ref-ruling>). Le Tribunal fédéral n'examine qu'avec retenue l'appréciation à laquelle a procédé l'instance précédente. Il n'annule une décision sur mesures provisionnelles que si la pesée des intérêts à son origine est dépourvue de justification adéquate et ne peut être suivie, soit en définitive si elle paraît insoutenable (arrêts 2C_1034/2015 du 23 novembre 2015 consid. 3.1; 2C_567/2015 du 24 juillet 2015 consid. 2.2; s'agissant spécifiquement de mesures provisionnelles en lien avec un marché public, arrêts 2D_31/2016 du 2 février 2017 consid. 2.3; 2D_43/2015 du 10 décembre 2015 consid. 3.1; 2C_611/2011 du 16 décembre 2011 consid. 4.2).
4.
La recourante se prévaut en premier lieu d'une violation de l'art. 29 Cst., reprochant à la Cour de justice un déni de justice formel pour ne pas avoir traité des griefs formulés sur le plan cantonal.
4.1. Commet un déni de justice formel l'autorité qui n'applique pas ou applique d'une façon incorrecte une règle de procédure, de sorte qu'elle ferme l'accès à la justice au particulier qui, normalement, y aurait droit. L'autorité qui se refuse à statuer, ou ne le fait que partiellement, viole l'art. 29 al. 1 Cst. (arrêt 2C_229/2017 du 9 mars 2018 consid. 3.1 destiné à la publication; <ref-ruling> consid. 2.1 p. 9). Le point de savoir si l'autorité qui traite le fond d'une cause, mais ne se prononce pas sur un grief commet aussi un déni de justice formel, comme le laisse parfois entendre la jurisprudence (cf. arrêt 5A_166/2018 du 14 mai 2018 consid. 5.3), n'a pas à être examiné, dès lors que cette problématique relève en tous les cas du droit à une décision motivée au sens de l'art. 29 al. 2 Cst. (cf. <ref-ruling> consid. 2.2 p. 183) et que le grief, tel que formulé, couvre cet aspect.
4.2. En l'espèce, la recourante a vu son recours tendant à la restitution de l'effet suspensif traité au fond par la Cour de justice, de sorte que sous cet angle, il ne saurait y avoir de déni de justice formel. Reste à déterminer si l'on peut reprocher à l'autorité précédente d'avoir violé l'art. 29 Cst. en n'examinant pas certains griefs formulés par la recourante devant elle.
4.3. S'agissant du devoir de traiter des griefs pertinents, la jurisprudence déduit de l'art. 29 al. 2 Cst. l'obligation pour le juge de motiver ses décisions, afin que le justiciable puisse les comprendre et exercer ses droits de recours à bon escient. Le juge doit ainsi mentionner, au moins brièvement, les motifs qui l'ont guidé et sur lesquels il a fondé sa décision, de manière à ce que l'intéressé puisse se rendre compte de la portée de celle-ci et l'attaquer en connaissance de cause. Il n'a toutefois pas l'obligation d'exposer et de discuter tous les faits, moyens de preuve et griefs invoqués par les parties, mais peut au contraire se limiter à l'examen des questions décisives pour l'issue du litige (<ref-ruling> consid. 3.2.1 p. 564 s.; <ref-ruling> consid. 4.1 p. 88 et les arrêts cités). La motivation peut d'ailleurs être implicite et résulter des différents considérants de la décision (<ref-ruling> consid. 3.2.1 p. 565; arrêt 2C_12/2017 du 23 mars 2018 consid. 3.3.1 non publié in <ref-ruling>).
4.4. La recourante soutient que la décision attaquée ne s'est prononcée ni sur le grief d'excès du pouvoir d'appréciation de l'autorité adjudicatrice ni sur la violation du principe de l'égalité de traitement.
4.4.1. La recourante perd de vue que la décision entreprise statue sur la restitution de l'effet suspensif au recours et ne se prononce pas sur le fond du litige. Dans le cadre de cet objet, la Cour de justice était en droit de se limiter à une approche prima facie des chances de succès de la procédure et n'avait pas à se déterminer de manière précise et exhaustive sur l'ensemble des griefs soulevés en lien avec la contestation de la décision d'adjudication. L'autorité judiciaire pouvait ainsi procéder à un examen sommaire du droit (cf. supra consid. 3) et se contenter d'une analyse juridique globale.
4.4.2. La décision attaquée retient que " la note attribuée, 3,6 sur un maximum de 5, n'apparaît pas prima facie particulièrement sévère ni arbitraire ". N'en déplaise à la recourante, il en découle que la Cour de justice estime a priori infondé le grief d'abus du pouvoir d'appréciation de l'autorité adjudicatrice, qui est ainsi implicitement traité. Quant au grief d'égalité de traitement qui découlerait, selon la recourante, du fait qu'elle serait "devenue trop grande", la décision attaquée mentionne ce grief dans la partie en fait. Dès lors que l'on ne saisit pas en quoi la taille de l'entreprise aurait pu jouer un rôle dans le cadre de l'évaluation du critère 3 sous l'angle de l'égalité de traitement, ce que n'explique du reste nullement la recourante, il n'apparaît pas que l'on puisse reprocher à la Cour de justice de ne pas avoir développé expressément une question décisive pour l'issue du litige.
Le grief tiré de la violation de l'art. 29 Cst. doit donc être rejeté.
5.
En second lieu, la recourante invoque une application arbitraire des art. 17 al. 2 AIMP et 58 al. 2 RMP/GE. Elle considère en substance que c'est de façon arbitraire que la décision attaquée retient que les chances de succès du recours étaient ténues.
5.1. Appelé à revoir l'interprétation d'une norme sous l'angle restreint de l'arbitraire, le Tribunal fédéral ne s'écarte de la solution retenue par l'autorité précédente que si celle-ci apparaît insoutenable, en contradiction manifeste avec la situation effective, adoptée sans motifs objectifs et en violation d'un droit certain (<ref-ruling> consid. 2.4 p. 5; arrêt 8C_1077/2009 du 17 décembre 2010 consid. 5.3), ce qu'il appartient au recourant de démontrer (art. 106 al. 2 et 117 LTF; <ref-ruling> consid. 4.3.1 p. 177 et les arrêts cités). Le Tribunal fédéral n'a pas à déterminer quelle est l'interprétation correcte que l'autorité cantonale aurait dû donner des dispositions applicables; il doit uniquement examiner si l'interprétation qui a été faite est défendable (<ref-ruling> consid. 5.1 p. 18; <ref-ruling> consid. 2.1 p. 219). En outre, pour qu'une décision soit annulée pour cause d'arbitraire, il ne suffit pas que les motifs à son origine soient insoutenables; encore faut-il que cette dernière soit arbitraire dans son résultat (<ref-ruling> consid. 3.4 p. 53 et les arrêts cités).
5.2. En matière de marché public, le recours n'a en principe pas d'effet suspensif (cf. art. 17 al. 1 AIMP et art. 58 al. 1 RMP sous réserve du recours contre une sanction). L'art. 17 al. 2 AIMP prévoit toutefois que l'autorité de recours peut, d'office ou sur demande, accorder l'effet suspensif à un recours, pour autant que celui-ci paraisse suffisamment fondé et qu'aucun intérêt public ou privé prépondérant ne s'y oppose, ce qui correspond aussi à l'art. 58 al. 2 RMP. Il en découle qu'en ce domaine, l'absence d'effet suspensif au recours est la règle et sa restitution l'exception.
5.3. La Cour de justice a considéré en substance que les griefs soulevés par la recourante devant elle n'apparaissaient pas avoir beaucoup de consistance. S'agissant du critère d'attribution 3 (qualification; qualité des références et expérience acquise; <ref-law>) sur lequel se focalisaient les critiques, elle a relevé que la Commune avait fondé son appréciation sur l'ensemble des informations en sa possession, en procédant à une vérification des références indiquées. Les juges ont admis que la transmission, par d'autres communes, de leur insatisfaction en lien avec les prestations de A._ SA, de même que les problèmes constatés par la Commune elle-même qui ressortaient des procès-verbaux de cette dernière pouvaient à première vue être pris en compte, sans devoir être soumis expressément à la recourante. Du reste, la note attribuée de 3,6 sur un maximum de 5 n'apparaissait pas prima facie particulièrement sévère ni arbitraire. Par ailleurs, la recourante n'avait pas produit de curriculum vitae, alors que l'appel d'offres demandait expressément la production de ces documents. Il appartenait à l'intéressée soit d'obtenir un accord de ses employés pour les fournir, soit de transmettre une version expurgée, contenant les informations pertinentes pour l'autorité adjudicatrice (au minimum formation et parcours professionnel des employés). Partant, il n'apparaissait pas critiquable que la Commune ait tenu compte de l'absence de ces documents dans le dossier d'appel d'offres de la recourante. Enfin, s'agissant des intérêts en présence, les intérêts de la recourante et de la société adjudicataire divergeaient. L'intérêt public de la Commune était en revanche moins présent, dès lors qu'il lui appartenait d'engager la procédure suffisamment tôt, pour permettre le déroulement d'une éventuelle procédure de recours avant la signature du marché. De plus, elle avait trouvé une solution transitoire pour que le prélèvement des ordures soit réalisé, en prolongeant le contrat qui la liait jusqu'à présent à A._ SA. Sur cette base, la Cour de justice a refusé de restituer l'effet suspensif, déclarant de ce fait la demande de mesures provisionnelles sans objet.
5.4. On ne voit pas qu'un tel raisonnement traduise un abus du large pouvoir d'appréciation dont dispose l'autorité judiciaire amenée à statuer sur une demande de restitution de l'effet suspensif dans le cadre d'un marché public. En effet, l'instance précédente a procédé à un examen prima facie des griefs invoqués pour parvenir à la conclusion, à la suite d'une analyse sommaire du droit, que le recours paraissait avoir peu de consistance. Contrairement à ce que soutient la recourante et sans préjuger d'un examen juridique complet au fond, on ne voit pas que le refus de l'effet suspensif puisse, dans son résultat, être qualifié d'arbitraire. En effet, la recourante ne conteste que le critère d'adjudication 3 (adéquation de l'offre, qualité des références et expérience acquise), pour lequel elle a obtenu la note de 3.6 sur 5. Comme le relèvent pertinemment les intimées, cette notation ne traduit pas des prestations insatisfaisantes. En effet, selon le barème des notes du Guide romand des marchés publics, recommandé par la Conférence romande des marchés public (annexe T1 dudit Guide concernant l'échelle des notes de 0 à 5), la note de trois est réputée suffisante et la note quatre signifie bon et avantageux. Or, la recourante ne critique pas sous l'angle de l'arbitraire les constatations de la décision entreprise selon lesquelles elle n'avait pas fourni les indications requises concernant les curriculum vitae de ses employés et que la Commune adjudicatrice avait elle-même rencontré des problèmes avec ses propres prestations, qui, selon les constatations de fait de la décision attaquée qui lient la Cour de céans (<ref-law>), figuraient par écrit dans des procès-verbaux. Compte tenu de ces éléments, la note de 3.6 (qui se situe entre satisfaisant et bon et avantageux) donnée par la Commune à la recourante n'apparaît ainsi pas manifestement inadéquate, de sorte que l'on ne voit pas que la Cour de justice ait procédé à une application arbitraire des art. 17 AIMP et 58 RMP en refusant de restituer l'effet suspensif au recours.
5.5. Les critiques formulées par la recourante ne sauraient modifier cette conclusion. Celle-ci reprend en effet les griefs qu'elle avait formulés devant la Cour de justice dans son recours contre la décision d'adjudication. Elle tend à démontrer que, pour chacun d'eux, l'appréciation figurant dans la décision attaquée serait insoutenable. Ce faisant, elle se méprend sur l'objet du litige. Il ne s'agit en effet pas d'examiner en détail le bien-fondé des griefs invoqués, ce qui reviendrait à statuer sur la décision d'adjudication au stade de l'effet suspensif, mais de se demander si l'appréciation juridique sommaire à laquelle s'est livrée la Cour de justice pour considérer que le recours n'était pas suffisamment fondé pour justifier la restitution de l'effet suspensif est arbitraire. Or, même à supposer que certains des griefs formulés par la recourante méritent un examen détaillé, notamment s'agissant de la prise en compte des critiques d'autres communes sans que, d'après la recourante elle n'ait pu prendre position contrairement à la jurisprudence (cf. <ref-ruling>), ce qui est au demeurant contesté par les intimées, il suffit, au stade de l'effet suspensif que le recours dans son ensemble n'apparaisse pas comme suffisamment fondé. Or, comme indiqué ci-avant, il ressort déjà des éléments non contestés par la recourante sous l'angle de l'arbitraire et mis en évidence dans la décision attaquée, qu'en donnant à la recourante la note de 3.6 sur 5 la Commune n'aurait pas abusé de son pouvoir d'appréciation. Cela suffit à considérer que la position de la Cour de justice selon laquelle le recours ne paraissait pas suffisamment fondé pour restituer l'effet suspensif n'est en tous les cas pas insoutenable dans son résultat.
6.
Il découle de ce qui précède que le recours, infondé, doit être rejeté.
La demande d'effet suspensif et la mesure provisionnelle requises par la recourante devant le Tribunal fédéral deviennent ainsi sans objet.
7.
Compte tenu de l'issue du litige, les frais seront mis à la charge de la recourante, qui succombe (<ref-law>). Il n'y a pas lieu d'allouer des dépens à la Commune intimée, qui, en tant qu'autorité adjudicatrice, obtient gain de cause dans l'exercice de ses attributions officielles (<ref-law>; cf. arrêts 2C_841/2016 du 25 août 2017 consid. 6; 2D_43/2015 du 10 décembre 2015 consid. 7). En revanche, la recourante versera une indemnité à titre de dépens à la société intimée qui a pris position en tant qu'adjudicataire.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3.
La recourante versera à la société intimée une indemnité de 3'000 fr. à titre de dépens.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre administrative.
Lausanne, le 17 août 2018
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Seiler
La Greffière : Kleber