Faits :
A.
A.a. La Fondation de prévoyance A._, constituée par la Banque C._, a pour but d'encourager la prévoyance personnelle, liée à un régime fiscal de faveur, par la conclusion effectuée à des conditions avantageuses de conventions de prévoyance adéquates avec des personnes privées individuelles (art. 2 al. 1 des Statuts de la Fondation de prévoyance A._). Selon l'art. 9 al. 1 des statuts, "[l]e conseil de fondation est composé de un à cinq membres qui sont désignés par la fondatrice pour une durée de deux ans chaque fois; ils sont rééligibles".
Créée par la Banque C._ le 3 novembre 1994, la Fondation de libre passage B._ (ci-après: la Fondation de libre passage) a pour but le maintien et le développement de la prévoyance professionnelle pour la gestion commune des prestations de libre passage qui lui sont confiées (art. 3 al. 1 des Statuts de la Fondation de libre passage). L'art. 8 al. 1 et 2 des statuts prévoit que "[l]a Fondation est gérée par un Conseil de fondation (ci-après: le Conseil) composé de trois personnes physiques au moins. La Fondation en nomme le Président et les membres pour un mandat de deux ans. Ils sont rééligibles".
A.b. Le 16 février 2015, l'Autorité cantonale de surveillance des fondations et des institutions de prévoyance de la République et canton de Genève (ci-après: l'ASFIP) a invité la Fondation de prévoyance A._ et la Fondation de libre passage à adapter leurs statuts et règlements, notamment à mettre à jour respectivement l'art. 9 et l'art. 8 compte tenu des chiffres 1.2 et 2.1 des Directives de la Commission de haute surveillance de la prévoyance professionnelle (ci-après: la CHS PP) D-04/2014 sur les fondations du pilier 3a et fondations de libre passage, publiées le 2 juillet 2014 (ci-après: les Directives D-04/2014). Selon le ch. 1.2, concernant les fondations du pilier 3a, de ces Directives, "Sous réserve des restrictions ci-après, la banque fondatrice peut désigner les membres du conseil de fondation et y être elle-même représentée. Un membre au moins du conseil de fondation ne doit pas être un représentant de la banque fondatrice ni participer à la gestion ou à la gestion de fortune de la fondation bancaire. Ce membre ne doit pas non plus être lié économiquement à la banque fondatrice, à l'entreprise chargée de la gestion ou à celle chargée de la gestion de la fortune de la fondation. Ce membre est désigné par le conseil de fondation". Le chiffre 2.1 de ces mêmes directives prévoit une disposition similaire pour les fondations de libre passage.
A la suite du désaccord des fondations quant à l'adaptation requise et sur instruction prononcée par le Tribunal administratif fédéral saisi par celles-ci (arrêts A-1756/2017 et A-1752/2017 du 28 mars 2017), l'ASFIP a rendu deux décisions le 29 mai 2017. Elle a décidé que chacune des deux fondations était tenue de se conformer aux Directives D-04/2014 et de modifier ses statuts en conséquence d'ici au 30 juin 2017.
B.
Après avoir joint les causes, le Tribunal administratif fédéral a rejeté les recours formés par la Fondation de prévoyance A._ et la Fondation de libre passage, par arrêt du 12 juin 2019.
C.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public, la Fondation de prévoyance A._ et la Fondation de libre passage demandent au Tribunal fédéral d'annuler l'arrêt du 12 juin 2019.
L'ASFIP et la CHS PP concluent au rejet du recours, tandis que l'Office fédéral des assurances sociales (OFAS) a renoncé à se déterminer.
Les fondations ont déposé une écriture spontanée le 11 décembre 2019.

Considérant en droit :
1.
Un arrêt du Tribunal administratif fédéral concernant les décisions de l'autorité de surveillance dans le domaine de la prévoyance professionnelle (art. 61 s. et 74 LPP) peut faire l'objet d'un recours en matière de droit public devant le Tribunal fédéral, singulièrement la IIe Cour de droit social (art. 82 let. a et 86 al. 1 let. a LTF; art. 35 let. e RTF [RS 173.110.131]).
2.
2.1. Le litige porte sur le point de savoir si l'autorité de surveillance intimée était en droit d'exiger des recourantes la modification de leurs statuts pour rendre ceux-ci conformes aux Directives D-04/2014. La modification en cause introduirait la règle selon laquelle un membre au moins du conseil de fondation ne doit ni être un représentant de la banque fondatrice, ni participer à la gestion ou à la gestion de fortune de la fondation bancaire, ni être lié économiquement à la banque fondatrice, à l'entreprise chargée de la gestion ou à celle chargée de la gestion de la fortune de la fondation (ch. 1.2 des Directives D-04/2014).
2.2. Conformément à l'<ref-law>, les cantons désignent l'autorité chargée de surveiller les institutions de prévoyance et les institutions servant à la prévoyance qui ont leur siège sur le territoire cantonal.
Selon l'<ref-law> (en relation avec l'<ref-law> et 84 al. 2 CC), l'autorité de surveillance s'assure que les institutions de prévoyance se conforment aux dispositions légales et que la fortune est employée conformément à sa destination; en particulier, elle vérifie que les dispositions statutaires et réglementaires des institutions de prévoyance et des institutions servant à la prévoyance sont conformes aux dispositions légales (let. a) et prend les mesures propres à éliminer les insuffisances constatées (let. d).
2.3. L'autorité de surveillance dispose de compétences étendues de nature préventive et répressive (<ref-ruling> consid. 2.2. p. 350 et les références). Pour des questions relevant du seul pouvoir d'appréciation, elle est tenue de faire usage d'une grande retenue et de n'intervenir que lorsque les organes de la fondation ont, dans l'exécution de la volonté du fondateur, commis un excès ou un abus du pouvoir d'appréciation qui leur revient, soit lorsque leur décision est insoutenable parce qu'elle repose sur des critères étrangers à la matière ou ne prend pas en considération des critères pertinents. Si l'autorité de surveillance intervient dans le domaine d'autonomie des organes de fondation sans base légale, elle viole le droit fédéral (<ref-ruling> consid. 2.1 p. 418 et l'arrêt cité).
Le point de savoir si les conditions pour une intervention fondée sur le droit relatif à la surveillance et si les mesures ordonnées sont appropriées est une question de droit que le Tribunal fédéral examine librement (<ref-law>). En revanche, la constatation des circonstances sur lesquelles sont fondées les prescriptions de l'autorité de surveillance relève des faits et ne peut être examinée par le Tribunal fédéral que sous l'angle de l'inexactitude manifeste (art. 97 al. 1 et 105 al. 1 LTF; <ref-ruling> consid. 2.2 p. 418 et l'arrêt cité).
3.
3.1. Dans un premier temps, le Tribunal administratif fédéral a admis la compétence de l'ASFIP pour rendre les décisions administratives litigieuses, fondée sur les art. 61 et 62 LPP (en particulier l'art. 62 al. 1 let. d LPP), auxquels renvoyait l'art. 89a al. 6 ch. 12 et al. 7 ch. 7 CC. De même, il a retenu que la CHS PP dispose de la compétence matérielle pour édicter les Directives D-04/2014, puisqu'elle exerce la haute surveillance sur les autorités de surveillance cantonale ou régionale et peut notamment émettre des directives destinées à garantir que les autorités de surveillance exercent leur activité de manière uniforme. Même si le législateur n'avait ni explicitement ni implicitement délégué à la CHS PP la compétence d'édicter des règles de droit primaire, il n'en résultait aucune autre conséquence en l'espèce que celle du respect nécessaire par lesdites Directives des dispositions légales supérieures. La CHS PP n'avait pas la compétence pour elle-même d'édicter des règles de droit, mais devait, en fixant sa pratique dans une directive, respecter les dispositions légales applicables. Aussi, faute de délégation législative, les Directives D-04/2014 devaient être qualifiées d'ordonnance administrative.
3.2. Dans un deuxième temps, après avoir rappelé la fonction d'une ordonnance administrative (garantir l'unification et la rationalisation de la pratique), la juridiction fédérale de première instance a considéré qu'elle n'avait pas à contrôler la légalité des Directives D-04/2014 de manière abstraite, mais uniquement concrète. Elle a retenu que les décisions administratives en cause tendaient à contraindre les recourantes à modifier leurs statuts en ce sens qu'un membre au moins du conseil de fondation ne devait être ni un représentant de la banque fondatrice, ni participer à la gestion ou à la gestion de fortune de la fondation bancaire. Ce membre ne devait pas non plus être lié économiquement à la banque fondatrice, à l'entreprise chargée de la gestion ou à celle chargée de la gestion de la fortune de la fondation. Ces exigences, appliquées aux recourantes, découlaient des <ref-law> et 48h de l'ordonnance du 18 avril 1984 sur la prévoyance professionnelle vieillesse, survivants et invalidité (OPP 2; RS 831.441.1). Aussi, convenait-il de vérifier que ces dispositions fussent bien applicables aux fondations bancaires du 3e pilier a et aux fondations de libre passage, puis, si tel était bien le cas, que le sens qui leur avait été donné par l'ASFIP était conforme au droit.
En ce qui concerne l'applicabilité des <ref-law> et 48h OPP 2 à la Fondation de prévoyance A._, le Tribunal administratif fédéral a retenu qu'elle résultait du renvoi de l'ordonnance du 13 novembre 1985 sur les déductions admises fiscalement pour les cotisations versées à des formes reconnues de prévoyance (RS 831.461.3; OPP 3) à l'OPP 2 lorsqu'il s'agissait des mesures organisationnelles. Pour la Fondation de libre passage, l'application des dispositions en cause reposait sur l'<ref-law>, qui rendait directement applicable l'<ref-law>, concrétisé par les règles de l'OPP 2. Même si les dispositions mentionnées du CC, de la LPP et de l'OPP 2 n'employaient pas toutes une terminologie uniforme - se référant en principe à "l'institution de prévoyance", parfois à "l'institution servant à la prévoyance professionnelle", parfois aux deux termes -, le terme utilisé n'était en réalité pas déterminant. En effet, le législateur n'avait de tout temps pas voulu prévoir des instruments différents à l'encontre des institutions de prévoyance et des institutions servant à la prévoyance. Les <ref-law> et 48h OPP 2 étaient dès lors applicables aux recourantes, que ce soit par renvoi direct (pour la Fondation de libre passage) ou par renvoi "par analogie" (pour la Fondation de prévoyance A._), même s'il y avait lieu de prendre en compte les particularités présentées par les fondations recourantes en tant que fondations bancaires du 3e pilier et de libre passage. Dans la mesure où le deuxième pilier et le 3e pilier (3a) servaient tous deux à la prévoyance professionnelle, il convenait de donner aux notions de base utilisées dans les deux régimes une acception identique. Par ailleurs, la diversité des formes d'institutions de prévoyance ou servant des prestations justifiait une forme d'interprétation harmonisée des règles de bonne gouvernance, dont les premiers juges ne voyaient pas en quoi les fondations bancaires du 3e pilier a et les fondations de libre passage devaient être exclues.
Quant à l'application concrète des <ref-law> et 48h OPP 2, le Tribunal administratif fédéral a considéré que l'ASFIP avait à bon droit sommé les recourantes de modifier leurs statuts pour les rendre conformes aux Directives D-04/2014. Il a d'abord rappelé les circonstances dans lesquelles a été adoptée la disposition de la LPP à l'issue de la révision de la LPP "Réforme structurelle", dont l'un des buts avait consisté à la protection contre les conflits d'intérêt, en introduisant formellement une dissociation des rôles entre les personnes en charge du placement ou de la gestion de fortune et celles siégeant dans l'organe suprême de l'institution de prévoyance. Il a ensuite considéré que l'ASFIP n'avait pas appliqué tels quels les <ref-law> et 48h OPP 2 aux recourantes mais bien par analogie, en quelque sorte sous une forme assouplie, puisqu'il ne s'agissait pas d'empêcher que les employés de la banque fondatrice et gérante des fonds participent aux conseils des fondations. En leur imposant l'obligation d'inclure au moins un membre dans leur organe suprême qui ne fût pas directement lié à la banque fondatrice par un contrat de travail, elle avait appliqué les dispositions en cause proportionnellement au but poursuivi, cette obligation apparaissant propre non seulement à améliorer effectivement la prévention des conflits d'intérêt mais également à renforcer l'apparence de bonne gouvernance dans la prévoyance au sens large. Quand bien même les recourantes ne géraient pas directement les fonds confiés par les déposants mais en avaient délégué la gestion à la banque fondatrice, elles et les membres de leurs Conseil de fondation respectifs étaient entièrement responsables de cette délégation, de sorte que les règles de bonne gouvernance et de prévention des conflits étaient adéquates. Les premiers juges en ont conclu que l'exigence selon laquelle un membre au moins du conseil de fondation ne doit pas être un représentant de la banque fondatrice ni participer à la gestion ou à la gestion de fortune de la fondation et selon laquelle ce membre ne doit pas non plus être lié économiquement à la banque fondatrice, à l'entreprise chargée de la gestion ou à celle chargée de la gestion de la fortune de la fondation, tout en pouvant être désigné par le conseil de fondation, procédait d'une interprétation correcte et équitable des <ref-law> et 48h OPP 2 compte tenu du système global.
4.
4.1. En tant que fondation bancaire de libre passage, la Fondation de libre passage a pour vocation de gérer le maintien de la prévoyance professionnelle, lorsque l'assuré doit sortir d'une institution de prévoyance et qu'il ne peut pas être affilié à une nouvelle institution de ce type (cf. <ref-law>). Dans ce cadre, la prévoyance est maintenue au moyen d'un compte de libre passage, soit d'un contrat spécial affecté exclusivement et irrévocablement à la prévoyance et qui a été conclu avec une fondation (bancaire) réalisant certaines conditions (cf. art. 10, 19 et 19a de l'ordonnance du 3 octobre 1994 sur le libre passage dans la prévoyance professionnelle vieillesse, survivants et invalidité [OLP; RS 831.425], en relation avec l'<ref-law>; la seconde forme de prévoyance, au moyen d'une police de libre passage [cf. <ref-law>] n'entre pas en considération ici). Si les institutions de libre passage font partie de la prévoyance professionnelle au sens large (cf. <ref-law>; <ref-ruling> consid. 2.1 p. 83; <ref-ruling> consid. 3.3 p. 312), elles ne sont pas des institutions de prévoyance au sens de l'<ref-law>; le maintien de la prévoyance a lieu en dehors de la continuation de l'assurance auprès d'une institution de prévoyance (<ref-ruling> consid. 2.1 p. 478 et les références). Lors de l'ouverture du compte de libre passage, l'assuré passe d'une prévoyance collective à une prévoyance individuelle (prise de position de l'OFAS, Bulletin de la prévoyance professionnelle n° 10 du 15 août 1998, ch. 53).
Les fondations bancaires de libre passage s'apparentent fortement aux fondations bancaires du 3e pilier a (pilier 3a), dont fait partie la Fondation de prévoyance A._. L'OPP 3 institue également deux formes reconnues de prévoyance au sens de l'<ref-law>: le contrat de prévoyance liée conclu avec les établissements d'assurances et la convention de prévoyance liée conclue avec les fondations bancaires (art. 1 al. 1 OPP 3). Alors que le contrat conclu avec la fondation bancaire du deuxième pilier a pour objet le maintien de la prévoyance, la convention passée avec la fondation bancaire du pilier 3a vise la constitution d'un capital lié à la prévoyance. La similitude réside dans la nature contractuelle des relations qui prévaut dans les deux cas entre les parties. En outre, les deux types de contrats ou conventions relèvent de la prévoyance individuelle et les prestations ne peuvent pas être distraites du but de prévoyance, puisque les fonds versés sont affectés exclusivement et irrévocablement à cette fin (<ref-ruling> consid. 3c p. 326 et les références, notamment à l'<ref-ruling> consid. 1d p. 289). A la différence de la prévoyance individuelle liée (pilier 3a), les avoirs de libre passage ne reposent cependant pas sur la participation volontaire; le maintien de la protection de la prévoyance et la nature liée des avoirs qui en découle sont prévus par la loi (ATF <ref-ruling> consid. 3.3 p. 312).
4.2.
4.2.1. Les fondations recourantes sont soumises à la surveillance de l'autorité de surveillance au sens de l'<ref-law>, à savoir l'ASFIP (art. 1 ss de la loi cantonale genevoise sur la surveillance des fondations de droit civil et des institutions de prévoyance du 14 octobre 2011 [RSG E 1 16; LSFIP]). Pour les institutions de prévoyance constituées sous la forme d'une fondation et les "institutions servant à la prévoyance", les art. 61 à 62a LPP complètent l'<ref-law> sur la surveillance des fondations (HANS MICHAEL RIEMER, Vereins- und Stiftungsrecht [Art. 60-89 bis ZGB], 2012, ad art. 84 N 4).
A cet égard, la modification de la LPP du 19 mars 2010 (Réforme structurelle), en vigueur depuis le 1er janvier 2012 (RO 2011 3393), a entraîné l'adoption de dispositions d'exécution dont on peut déduire directement que tant les fondations de libre passage que les fondations bancaires du pilier 3a sont considérées comme des institutions qui entrent dans le champ d'application de l'<ref-law>. Cela ressort de l'acception élargie que le Conseil fédéral, en tant qu'auteur des ordonnances pertinentes, a donnée aux termes "institutions servant à la prévoyance" au sens de l'<ref-law> en relation avec l'ordonnance des 10 et 22 juin 2011 sur la surveillance dans la prévoyance professionnelle (OPP 1; RS 831.435.1). En présentant sa proposition de réforme, le gouvernement fédéral était d'avis que "la 1re révision de la LPP (surveillance du pilier 3a), la révision de la LSA (délimitation entre la surveillance des assurances et la surveillance de la prévoyance) ainsi que la présente optimisation de la surveillance du 2e pilier ont permis de régler la question de la 'Surveillance uniforme par la Confédération de toutes les institutions de prévoyance professionnelle' (03.3430) demandée par la Commission de l'économie et des redevances du Conseil d'Etat" (Message du 15 juin 2007 concernant la révision de la loi fédérale sur la prévoyance professionnelle vieillesse, survivants et invalidité [Réforme structurelle], FF 2007 5381, p. 5405 ch. 1.6).
4.2.2. Dans le cadre de ladite réforme, le Conseil fédéral a adopté en particulier l'OPP 1, qui s'applique aux institutions de prévoyance et aux institutions servant à la prévoyance professionnelle (art. 1 OPP 1). Selon l'art. 3 al. 1 OPP 1, chaque autorité de surveillance cantonale (au sens de l'<ref-law>) tient un répertoire des institutions de prévoyance professionnelle soumises à sa surveillance. Ce répertoire comprend les institutions de prévoyance enregistrées qui entendent participer à l'application du régime de l'assurance obligatoire au sens de l'<ref-law> (art. 3 al. 2 let. a OPP 1), les institutions de prévoyance qui ne sont pas enregistrées et les institutions servant à la prévoyance professionnelle (art. 3 al. 2 let. b OPP 1). L'inscription dans le répertoire contient l'indication selon laquelle il s'agit d'une institution de prévoyance pratiquant exclusivement le régime surobligatoire, d'une institution de prévoyance pratiquant exclusivement le régime surobligatoire, d'une institution de libre passage ou d'une institution du pilier 3a (art. 3 al. 3 OPP 1).
Selon le commentaire de l'OFAS relatif à l'OPP 1, les prescriptions de l'ordonnance, pour autant qu'il n'existe pas de réglementation y dérogeant, s'appliquent à toutes les institutions de prévoyance professionnelle au sens de l'<ref-law>, autrement dit aux institutions de prévoyance au sens de l'<ref-law> (pratiquant le régime obligatoire, le régime surobligatoire, ou dont les prestations relèvent exclusivement de la liberté d'appréciation), ainsi qu'aux autres institutions servant exclusivement et irrévocablement à la prévoyance professionnelle, comme les fondations de libre passage (art. 10 et 19 OLP), les fondations bancaires du pilier 3a (art. 1 OPP 3) et les fondations de placement (<ref-law>) (Rapport explicatif de l'OFAS sur les modifications d'ordonnances dans le cadre de la réforme structurelle de la prévoyance professionnelle ainsi que du financement des institutions de prévoyance de corporations de droit public, juin 2011 [ci-après: rapport explicatif], p. 8 ad art. 1 OPP 1). Avec le répertoire des "institutions de prévoyance surveillées" au sens de l'art. 3 OPP 3, il s'agit de faire figurer dans un répertoire officiel non seulement les institutions de prévoyance enregistrées mais aussi "toutes les institutions servant à la prévoyance professionnelle et soumises à une autorité de surveillance", à savoir "celles qui pratiquent exclusivement le régime surobligatoire, les institutions de libre passage, les institutions du pilier 3a ou les fondations de placement" (rapport explicatif, p. 8 s. ad art. 3 OPP 1).
4.2.3.
4.2.3.1. A l'entrée en vigueur de la LPP (au 1er janvier 1985), la compétence de l'autorité de surveillance au sens de l'art. 61 aLPP (en vigueur jusqu'au 31 décembre 2004) s'étendait aux institutions de prévoyance enregistrées et, par renvoi, aux institutions de prévoyance en faveur du personnel constituées sous forme de fondations au sens de l'<ref-law> (art. 89bis ch. 12 aCC). Elle ne concernait en revanche pas toutes les autres institutions participant à l'application de la prévoyance professionnelle dans un sens élargi, telles les institutions de libre passage (fondations bancaires et institutions d'assurance) ou les "institutions annexes" s'occupant de la gestion de fortune. Pour autant qu'elles fussent constituées sous la forme d'une fondation, ces institutions étaient soumises à la surveillance des fondations ordinaires selon les <ref-law> (cf., en particulier, en ce qui concerne les institutions de libre passage, <ref-ruling> consid. 3c p. 326). Ainsi, selon l'OFAS, la compétence relative à la surveillance des fondations dites bancaires, avec lesquelles des conventions de prévoyance (comme seconde forme reconnue de prévoyance) pouvaient être conclues, était régie par le droit ordinaire des fondations selon le CC (OFAS, Commentaire de l'OPP 3, novembre 1985, ad art. 1).
Lors de la 1ère révision de la LPP (entrée en vigueur le 1er janvier 2005), il a été jugé opportun de confier à une même autorité la surveillance de toutes les institutions qui participaient à l'application de la prévoyance professionnelle obligatoire et extra-obligatoire, ainsi que des institutions qui assuraient le maintien de la prévoyance, géraient des fonds de la prévoyance professionnelle ou poursuivaient un but semblable de prévoyance. Le domaine d'application de l'<ref-law> a été élargi à ces institutions, la nouvelle réglementation s'appliquant "aux institutions dont les fonds sont durablement et exclusivement affectés à la prévoyance professionnelle vieillesse, décès ou invalidité et qui jouissent de ce fait de l'exonération fiscale" (Message du 1er mars 2000 relatif à la révision de la loi fédérale sur la prévoyance professionnelle vieillesse et survivants et invalidité [LPP] [1ère révision LPP], FF 2000 2495, p. 2527, ch. 2.7.3.3). Cette "nouvelle base légale" devait permettre aux autorités de surveillance de se prononcer en tant que telles sur les questions relevant de la prévoyance professionnelle et touchant les "institutions qui gèrent des comptes ou des polices de libre passage, des institutions de placement, ainsi que des autres institutions affiliées qui ont leur siège sur le territoire de ces autorités" (Message cité, p. 2556, ch. 4.1 ad art. 61 P-LPP).
4.2.3.2. Il ressort des travaux préparatoires relatifs à la 1ère révision de la LPP que le législateur entendait soumettre à la surveillance au sens de l'<ref-law> les institutions qui servaient de manière large à la prévoyance professionnelle, dont les fondations de libre passage (CHRISTINA RUGGLI-WÜEST, Von der beschaulichen Stiftungs- zur griffigen BVG-Aufsicht, in Berufliche Vorsorge im Wandel der Zeit, 2009, p. 152; UELI KIESER, Die Freizügigkeitseinrichtung - das unbekannte Wesen, in BVG-Tagung 2010, 2010, p. 87 s.; dans ce sens également HANS MICHAEL RIEMER/GABRIELA RIEMER-KAFKA, Das Recht der beruflichen Vorsorge in der Schweiz, 2e éd. 2006, p. 81 N 32; JÜRG BRECHBÜHL, Änderung des BVG über die Strukturreform in der beruflichen Vorsorge - Hohe Ziele und offene Fragen, RSAS 2012, p. 109).
En revanche, les fondations bancaires du pilier 3a n'ont pas été mentionnées en tant que telles dans le Message cité, seule la référence à des institutions qui "poursuivaient un but semblable de prévoyance" constituant un indice qu'on entendait également les prendre en considération dans ce cadre. Une telle inclusion des fondations bancaires du pilier 3a n'a cependant pas été reprise dans le texte légal. La notion d'"institutions servant à la prévoyance" (en plus des "institutions de prévoyance") se réfère à la prévoyance professionnelle au sens de l'<ref-law>, soit au 2e pilier (dans ce sens, HANS-ULRICH STAUFFER, Berufliche Vorsorge, 3e éd. 2019, p. 750 n° 2270, selon lequel les fondations du pilier 3a ne constituent pas des "institutions servant à la prévoyance" au sens de l'<ref-law>). Selon la doctrine, le fait que les fondations bancaires du pilier 3a étaient soumises, à partir du 1er janvier 2005, à la surveillance de l'autorité de surveillance prévue par l'<ref-law> ne pouvait être déduit que de manière indirecte, par le renvoi de l'art. 5 OPP 3 aux art. 49 à 58 OPP 2 (CHRISTINA RUGGLI, in BVG und FZG, 2e éd. 2019, ad <ref-law> N 4 et note de bas de page 20). La pratique considérait que les fondations bancaires auxquelles étaient confiés des fonds de la prévoyance liée étaient soumises à la surveillance selon l'<ref-law> (commentaire de l'OFAS de la modification de l'OPP 3, Bulletin de la prévoyance professionnelle n° 108 du 27 octobre 2008, ch. 665 p. 25).
4.2.4. Depuis l'entrée en vigueur de l'OPP 1, dans sa version en vigueur à partir du 1er janvier 2012, l'application des <ref-law> aux fondations de prévoyance ainsi qu'à celles du pilier 3a n'a pas prêté à discussion. Les autorités de surveillance ont mis en oeuvre un registre au sens de l'art. 3 OPP 1 dans lequel figurent notamment les fondations de libre passage et du pilier 3a dont elles assurent la surveillance (cf. par exemple, sur le site de l'ASFIP [www.asfip-ge.ch], le répertoire des Institutions de prévoyance non enregistrées; sur le site de l'Autorité bernoise de surveillance des institutions de prévoyance et des fondations [www.aufsichtbern.ch], la liste des institutions de prévoyance qui ne sont pas enregistrées et des institutions servant à la prévoyance professionnelle [canton de Berne]). Il est admis que l'autorité de surveillance contrôle l'activité des fondations du pilier 3a et intervienne en cas de comportement contraire au droit au sens des <ref-law> (p. ex. ALINE KRATZ-ULMER, Die Säule 3a - eine Vorsorgeform mit teils öffentlich-rechtlichem und teils privatrechtlichem Charakter, RSAS 2019, p. 189 ss, p. 191 et la note de bas de page 16).
5.
Les fondations recourantes ne contestent pas être soumises à la surveillance de l'ASFIP conformément aux <ref-law>. Elles indiquent de manière générale être toutes deux des "institutions de prévoyance individuelle qui ne sont ni soumises à la LPP (hormis les <ref-law>) ni visées par l'<ref-law>". Elles ne remettent toutefois pas en cause les considérations du Tribunal administratif fédéral selon lesquelles l'intimée a fait usage à leur égard de la compétence prévue par l'art. 62 al. 1 let. d LPP de prendre les mesures propres à éliminer les insuffisances constatées, en leur donnant des instructions afin de rétablir une situation conforme à la loi.
Les recourantes soutiennent en revanche que les décisions rendues à leur encontre ne reposent pas sur une base légale suffisante, en invoquant une violation des <ref-law> et 48h al. 1 OPP 2, de l'<ref-law> et du principe de la légalité (art. 5 al. 1 Cst.). Elle font valoir que ces dispositions de la LPP et de l'OPP 2 ne sont applicables ni à une fondation de libre passage ni à une fondation bancaire du pilier 3a, que ce soit de manière directe ou indirecte.
6.
Parmi les règles sur l'organisation des institutions de prévoyance (Titre 1 de la Partie 3 de la LPP), l'<ref-law> prévoit que les personnes chargées de gérer ou d'administrer l'institution de prévoyance ou sa fortune doivent jouir d'une bonne réputation et offrir toutes les garanties d'une activité irréprochable (al. 1). Elles sont tenues, dans l'accomplissement de leurs tâches, de respecter le devoir de diligence fiduciaire et de servir les intérêts des assurés de l'institution de prévoyance. A cette fin, elles veillent à ce que leur situation personnelle et professionnelle n'entraîne aucun conflit d'intérêts (al. 2).
Sous le titre "Prévention des conflits d'intérêts (art. 51b, al. 2, LPP) ", l'art. 48h prévoit que les personnes externes chargées de la gestion ou de la gestion de la fortune et les ayants droit économiques des entreprises chargées de ces tâches ne peuvent pas être membres de l'organe suprême de l'institution (al. 1). Les contrats de gestion de fortune, d'assurance et d'administration passés par l'institution pour la mise en oeuvre de la prévoyance professionnelle doivent pouvoir être résiliés au plus tard cinq ans après avoir été conclus sans préjudice pour l'institution (al. 2).
7.
7.1. En ce qui concerne l'application des <ref-law> et 48h OPP 2 à la Fondation de libre passage, le Tribunal administratif fédéral a considéré qu'elle repose sur l'<ref-law>, selon laquelle les fondations de prévoyance en faveur du personnel dont l'activité s'étend au domaine de la prévoyance vieillesse, survivants et invalidité et qui sont soumises à la LFLP sont en outre régies par les dispositions de la LPP sur l'intégrité et la loyauté des responsables, les actes juridiques passés avec des personnes proches et les conflits d'intérêts (art. 51b, 51c et 53a). Selon les premiers juges, cette disposition rend directement applicable l'<ref-law>, concrétisé par les règles de l'OPP 2, à la Fondation de libre passage.
7.2. Sur ce point, le raisonnement de la juridiction fédérale de première instance ne peut pas être suivi, ainsi que le font valoir à juste titre les recourantes. Une fondation de libre passage ne constitue en effet pas une fondation de prévoyance en faveur du personnel au sens de l'<ref-law>, à savoir une institution de prévoyance non enregistrée (cf. <ref-law>), qui est constituée sous la forme d'une fondation et est active dans le domaine de la prévoyance professionnelle au sens étroit, c'est-à-dire assure les risques vieillesse, décès ou invalidité dans le domaine surobligatoire (<ref-ruling> consid. 1c p. 219). Une telle fondation de prévoyance en faveur du personnel, qui est constituée avec le concours d'un employeur en faveur de ses salariés, se caractérise par son but et le cercle de ses destinataires. Le but est d'allouer au cercle des destinataires, le "personnel", c'est-à-dire les employés ou les membres de leur famille en qualité de destinataires directs, des prestations dans des cas précis qui modifient le cours de leur existence, soit lors de la survenance des risques vieillesse, décès ou invalidité (HANS-MICHAEL RIEMER, Berner Kommentar ZGB, ad <ref-law> N 297 ss).
Même si une fondation de libre passage sert au maintien de la prévoyance personnelle en cas de résiliation du contrat de travail (sans poursuite d'autres rapports de travail; consid. 4.1 supra), et prend, dans une certaine mesure, la place de l'ancienne institution de prévoyance dont elle poursuit le but et les tâches sous une forme modifiée, elle n'est pas destinée à la prévoyance du personnel au sens propre du terme et n'est dès lors pas une institution de prévoyance en faveur du personnel au sens de l'<ref-law> (ou des art. 48 et 49 al. 2 LPP [consid. 4.1 supra]; cf. RIEMER, Vereins- und Stiftungsrecht [Art. 60-89 bis ZGB], op. cit., ad art. 89bis N 6; THOMAS SPRECHER, Stiftungsrecht, 2017, p. 137). Une fois les rapports de travail résiliés ou arrivés à leur terme, il n'existe plus de relations juridiques ni entre l'ancien employeur et le salarié ni entre l'employeur et la fondation de libre passage, si bien que celle-ci ne peut pas être considérée comme une fondation destinée à la prévoyance du personnel selon l'<ref-law> (JAAC 52/II [1988] n° 21 p. 126 s. [sur l'art. 89bis aCC]; ch. 198 du Bulletin de la prévoyance professionnelle n° 34 de l'OFAS du 8 décembre 1995, "Inadmissibilité des institutions de prévoyance du personnel constituées sous forme de fondations de libre passage ou de fondations de placement", p. 3 s.).
Une application de l'<ref-law>, ainsi que de l'art. 48h OPP 2, aux institutions de libre passage, par renvoi de l'<ref-law>, telle qu'admise par la juridiction fédérale de première instance est dès lors exclue. C'est le lieu de préciser que les considérations du Tribunal administratif fédéral sur l'absence de portée des termes utilisés par le législateur aux <ref-law> ("fondation de prévoyance en faveur du personnel"), dans la LPP ou l'OPP 2 (tantôt "institution de prévoyance", tantôt "institution servant à la prévoyance") ne sauraient être confirmées. Elles méconnaissent l'importance capitale de la formulation et du choix des mots lors de la rédaction d'un acte législatif et du texte de la règle de droit pour son interprétation (GRISEL, Traité de droit administratif, vol. 1, 1984, p. 122 ss; EMMANUEL PIAGET, Les exigences en matière d'interprétation et de rédaction de la loi, RDS 2009 I p. 285 ss, p. 292); chacune des désignations en cause vise bien un acteur précis participant à la prévoyance professionnelle (qui peut certes se rapporter parfois au même sujet de droit, mais pas forcément). On ne saurait ainsi assimiler une fondation du pilier 3a à une institution de prévoyance lorsque le législateur utilise ce dernier terme. Par conséquent, dès lors que selon la formulation choisie par le législateur, l'<ref-law> concerne les personnes chargées de gérer ou d'administrer l'institution de prévoyance, il n'est pas applicable directement à l'institution de libre passage, toute référence à une institution servant à la prévoyance faisant défaut.
8.
8.1.
8.1.1. En ce qui concerne la Fondation de prévoyance A._, l'art. 48h OPP 2 lui est applicable, selon le Tribunal administratif fédéral, en raison du renvoi de l'art. 5 al. 3 OPP 3 aux art. 49 à 58 OPP 2. Or l'art. 49a OPP 2 rend l'organe suprême de la fondation responsable de "prendre les mesures organisationnelles appropriées pour l'application des art. 48f à 48l", qui font référence de manière large à toute "institution de prévoyance ou institution servant à la prévoyance". Aussi, de l'avis des premiers juges, l'art. 48h OPP 2 est directement applicable à la Fondation de prévoyance A._.
Selon l'OFAS, qui s'est exprimé à ce sujet par le passé, le renvoi de l'<ref-law> à l'art. 49a OPP 2 rend notamment l'art. 48h OPP 2 applicable aux institutions de libre passage (ch. 816 du bulletin de la prévoyance professionnelle n° 125 de l'OFAS du 14 décembre 2011, "Réforme structurelle: application des nouvelles dispositions de l'OPP 2 aux institutions de libre passage et à celles du pilier 3a"). D'après ce raisonnement, l'art. 48h OPP 2 serait donc également applicable à la Fondation de libre passage.
8.1.2. De l'avis des recourantes, le renvoi de l'OPP 3 et de l'OLP aux règles de l'OPP 2 ne concerne que les art. 49 à 58 OPP 2 et non les art. 48f à 48l OPP 2 que les deux premières ordonnances ne mentionnent pas. Le renvoi ne porte que sur les "règles de placement acceptables pour l'épargne-titre", alors que le renvoi de l'art. 49a OPP 2 se rapporte à des "normes sur l'organisation de la prévoyance collective". Aussi, l'application par analogie ne s'étendrait pas à l'art. 49a al. 2 let. c OPP 2 et au renvoi de cette disposition aux règles d'organisation des art. 48f à 48l OPP 2, ce d'autant que ces normes de l'OPP 2 ont été introduites après les art. 5 al. 3 OPP 3 et 19a al. 2 OLP et les renvois aux règles de placement qu'ils comprennent.
8.2. Sous le titre "Dispositions en matière de placement", l'art. 5 OPP 3 prévoit que les fonds de la prévoyance liée doivent être placés (sur un compte) sous forme de dépôts d'épargne auprès d'une banque régie par la loi du 8 novembre 1934 sur les banques (LB; RS 952.0) ou, pour l'épargne liée à des placements (épargne-titres), par l'intermédiaire d'une banque (al. 1). Les fonds placés par une fondation bancaire en son nom auprès d'une banque sont considérés comme des dépôts d'épargne, au sens de la LB, de chacun des preneurs de prévoyance (al. 2). Les art. 49 à 58 OPP 2 s'appliquent par analogie au placement des fonds de la prévoyance liée sous forme d'épargne-titres. Par dérogation, il peut être investi en totalité dans un produit avec garantie du capital ou dans une obligation de débiteurs très solvables (al. 3).
Selon l'<ref-law> ("Dispositions en matière de placement"), les fonds des comptes de libre passage sous forme d'épargne pure sont placés sous forme de dépôt d'épargne auprès d'une banque soumise à la surveillance de l'Autorité fédérale de surveillance des marchés financiers (FINMA). Le montant du capital de prévoyance doit en tout temps répondre aux dispositions de l'<ref-law> (al. 1). Les placements effectués par une fondation de libre passage en son nom auprès d'une banque sont considérés comme des dépôts d'épargne de chacun des assurés, au sens de la LB (al. 2).
En vertu de l'<ref-law> ("Dispositions en matière de placement sous forme d'épargne-titres"), en cas d'épargne-titres, l'assuré doit être expressément informé des risques encourus. Selon l'al. 2 de la disposition, les art. 49 à 58 OPP 2 s'appliquent par analogie au placement de la fortune. Le montant du capital de prévoyance déposé sur un compte de libre passage sous forme d'épargne pure peut être pris en compte dans l'évaluation de la capacité de risque et de la diversification des placements.
Selon l'art. 49a al. 1 OPP 2 ("Responsabilité de la gestion et tâches de l'organe suprême [art. 51, al. 1 et 2, 53aet 71, al. 1, LPP]"), l'organe suprême est responsable de la gestion des placements. Il définit, surveille et pilote de manière compréhensible la gestion de la fortune en tenant compte des rendements et des risques. Conformément à l'art. 49a al. 2 OPP 2, l'organe suprême a notamment pour tâche de fixer dans un règlement les objectifs et les principes, ainsi que l'organisation et la procédure régissant le placement de la fortune (let. a), de prendre les mesures organisationnelles appropriées pour l'application des art. 48f à 48l OPP 2 (let. c) et de définir les exigences auxquelles doivent satisfaire les personnes et les institutions qui placent ou qui gèrent la fortune de l'institution de prévoyance (let. d). Conformément à l'art. 49a al. 3 OPP 2, lorsqu'il édicte les prescriptions selon l'al. 2, let. c et d, l'organe suprême peut se référer à des normes ou à des règles édictées par des organisations ou des associations généralement reconnues.
8.3. En exposant dans leur écriture les caractéristiques des autres formes de prévoyance que sont la prévoyance individuelle et le libre passage, les recourantes rappellent à juste titre que pour garantir que les avoirs respectifs de libre passage et du pilier 3a ne seront pas utilisés à des fins spéculatives et conservent leur fonction de prévoyance, le Conseil fédéral a prévu une exigence selon laquelle ces avoirs sous forme d'épargne-titre doivent être placés conformément aux mêmes règles de placement que les avoirs de la prévoyance professionnelle. Elles mentionnent à juste titre l'art. 5 al. 3 OPP 3 s'agissant du pilier 3a, tandis que l'<ref-law> comprend la même exigence pour le placement sous forme d'épargnes-titres en ce qui concerne le libre passage. Ces deux dispositions prévoient l'application par analogie des art. 49 à 58 OPP 2 respectivement "au placement des fonds de la prévoyance liée sous forme d'épargne-titres" et "au placement de la fortune" (consid. 8.2 supra).
8.4.
8.4.1. A son entrée en vigueur, le 1er janvier 1987, l'art. 5 al. 1 OPP 3 prévoyait que les fonds accumulés à titre de convention de prévoyance liée ne peuvent être placés qu'auprès ou par l'intermédiaire d'une banque régie par la LB. Aux termes de l'art. 5 al. 3, première phrase, OPP 3, "[l]'article 71, 1er alinéa, LPP et les articles 49 à 60 de l'ordonnance du 18 avril 1984 sur la prévoyance professionnelle vieillesse, survivants et invalidité (OPP 2) s'appliquent aux placements. Les limites prévues à l'article 54, lettre b, OPP 2 ne s'appliquent toutefois pas à l'octroi et à la reprise de prêts hypothécaires destinés à financer la propriété d'un logement pour les propres besoins du preneur de prévoyance".
Le placement de fonds de la prévoyance individuelle liée n'a dès lors été autorisé qu'auprès ou par l'intermédiaire d'une banque régie par la LB. Par ailleurs, l'art. 5 al. 3 OPP 3 comprenait un renvoi à l'<ref-law>.
Lors de son entrée en vigueur le 1er janvier 1995, un renvoi identique a également été prévu à l'<ref-law>, selon lequel l'art. 71 al. 1, 1er alinéa, LPP et les art. 49 à 60 OPP 2 s'appliquent au placement des fonds provenant des fondations de libre passage, ces fonds ne pouvant être placés qu'auprès ou par l'intermédiaire d'une banque régie par la LB.
En vertu de l'<ref-law>, les institutions de prévoyance administreront leur fortune de manière à garantir la sécurité des placements, un rendement raisonnable, une répartition appropriée des risques et la couverture des besoins prévisibles de liquidités. Sous le titre "Placement de la fortune", fondés sur l'<ref-law>, les art. 49 à 60 OPP 2 (dans leur teneur en vigueur à partir du 1er janvier 1985) prévoyaient notamment le principe selon lequel le placement de la fortune de l'institution de prévoyance doit satisfaire en priorité aux exigences de la sécurité (art. 50 al. 1) et les placements autorisés (art. 53). L'<ref-law> constitue la disposition majeure en matière de placements pour la prévoyance professionnelle, dans le sens d'une norme de type programmatique comprenant les principes déterminants en matière de placements, qui ont été concrétisés aux art. 49 à 60 OPP 2, par exemple par un catalogue des placements autorisés et des limites par type de placement (HERMANN WALSER, Die Bedeutung der Anlagevorschriften für Personalvorsorgeeinrichtungen, L'expert-comptable suisse, 3/1996, p. 131; cf. aussi MARTIN ANDERSON, Devoir de diligence et placements des institutions de prévoyance: aspects juridiques, in Institutions de prévoyance: devoirs et responsabilité civile, 2006, p. 49 ss).
8.4.1.1. La modification de l'OPP 2 du 24 avril 1996, entrée en vigueur le 1er juillet 1996, a introduit un nouvel art. 49a, avec le titre "Tâche de gestion (art. 51, 1eret 2e al., art. 71, 1er al., LPP) ", selon lequel l'institution de prévoyance fixe clairement les objectifs et les principes à observer en matière d'exécution et de contrôle du placement de la fortune de façon que l'organe paritaire puisse assumer pleinement sa tâche de gestion. Sur ce point, l'<ref-law> prévoyait que les salariés et les employeurs ont le droit de désigner le même nombre de représentants dans les organes de l'institution de prévoyance qui sont appelés à établir les dispositions réglementaires ou à statuer sur le financement de l'institution et sur l'administration de sa fortune; l'institution de prévoyance doit garantir le bon fonctionnement de la gestion paritaire, en réglant à cet effet notamment la gestion paritaire de la fortune (art. 51 al. 2 let. c LPP). Selon les explications de l'OFAS, l'art. 49a OPP 2 contient une description des tâches de gestion en rapport avec le placement de la fortune - analogue aux prescriptions concernant la comptabilité et l'établissement des comptes (nouvel art. 47 OPP 2) - de sorte qu'il existe une corrélation avec l'art. 51 al. 2 let. c LPP, lequel prescrit la garantie de la gestion paritaire de la fortune (Commentaire des nouvelles prescriptions de l'OPP 2, Bulletin de la prévoyance professionnelle n° 35 de l'OFAS du 20 mai 1996, p. 10).
L'art. 49a OPP 2 a encore été modifié au 1er janvier 2005. La modification de l'OPP 2 du 18 août 2004 a introduit un al. 3 et 4 à la disposition, avec une nouvelle référence entre parenthèse à l'<ref-law>. Selon le nouvel al. 3, l'institution de prévoyance prend les mesures organisationnelles propres à permettre l'application des exigences des art. 48f à 48h. Elle fixe les conditions que doivent remplir les personnes et les institutions qui sont chargées des placements et de la gestion de la fortune. Les nouveaux art. 48f (conflits d'intérêts et avantages financiers), 48g (avantages financiers personnels: annonce) et 48h (exigences à remplir pour les gestionnaires de fortune) reposaient sur l'<ref-law>, également introduit au 1er janvier 2005 (sur ces dispositions, RETO SCHILTKNECHT, Die neuen Bestimmungen zur Loyalität in der Vermögensverwaltung, RSAS 2005 p. 72 ss). Cette norme prévoyait la compétence du Conseil fédéral d'édicter des dispositions pour empêcher les conflits d'intérêt entre les destinataires et les gestionnaires de fortune (let. a), ainsi que des dispositions sur les exigences auxquelles doivent satisfaire les personnes qui gèrent les placements et l'administration de la fortune (let. b) et sur l'obligation de publier les avantages financiers de ces personnes, obtenus en relation avec leur activité pour les institutions de prévoyance (let. c).
L'art. 49a OPP 2 a ensuite été remanié en raison de la révision des prescriptions de placement par la modification de l'OPP 2 du 19 septembre 2008, entrée en vigueur le 1er janvier 2009, dont en particulier les formes de placements autorisés et les limites y relatives (art. 53 ss OPP 2). Il s'agissait, d'une part, de renforcer le principe de prudence et la responsabilité propre des institutions (caisses de pension, institutions de libre passage et fondations du pilier 3a) en leur imposant de régler leurs activités, leurs compétences et leurs responsabilités en lien avec la gestion de fortune de manière claire, transparente et vérifiable. D'autre part, il en allait de simplifier le système des limites de placement et d'élargir les possibilités d'investir en autorisant des placements alternatifs et bien diversifiés (ch. 665 du Bulletin de la prévoyance professionnelle n° 108 de l'OFAS du 27 octobre 2008, p. 4). A son al. 2, l'art. 49a OPP 2 énumère certaines tâches de l'organe suprême pour concrétiser la responsabilité de la gestion des placements en relation avec la tâche de définir, surveiller et piloter de manière compréhensible la gestion de la fortune - prévue à l'al. 1 -, dont celle de prendre les mesures organisationnelles appropriées pour l'application des prescriptions minimales des art. 48f à 48h (let. c) (sur cette modification, Bulletin mentionné, p. 6 ss).
8.4.1.2. La modification de l'art. 49a OPP 2 a également entraîné celle de l'art. 13 al. 4 aOLP sur le montant du capital de prévoyance pour les deux formes de compte de libre passage (épargne pure et épargne liée à des placements [épargnes-titres]) et de l'<ref-law> dont l'al. 3 a prévu que les <ref-law> et 49 à 58 OPP 2 s'appliquent par analogie au placement de la fortune sous forme d'épargne-titres (Annexe [ch. 2] de la modification de l'OPP 2 du 19 septembre 2008). Ainsi, les restrictions de placement de l'<ref-law> et de l'OPP 2 s'appliquent par analogie, à l'exception de l'art. 59 OPP 2 (ch. 665 du Bulletin de la prévoyance professionnelle n° 108 de l'OFAS du 27 octobre 2008, p. 24). L'extension des possibilités de placement au sens de l'art. 50 al. 4 OPP 2 est également applicable à l'épargne-titre, le devoir de clarification et de conseil à l'égard des assurés prenant alors de l'importance. L'art. 5 al. 3 OPP 3 a aussi été adapté en prévoyant que "[l]es art. 49 à 58 de l'ordonnance du 18 avril 1984 sur la prévoyance professionnelle vieillesse, survivants et invalidité (OPP 2) s'appliquent par analogie au placement des fonds de la prévoyance liée sous forme d'épargne-titres. Par dérogation, il peut être investi en totalité dans un produit avec garantie de capital ou dans une obligation de débiteurs très solvable" (Bulletin mentionné, p. 9 et 24 s.).
L'OLP a encore été modifiée à partir du 1er janvier 2011 afin de permettre aux assurés de choisir entre davantage de types de placement pour placer leur capital de libre passage; il est désormais possible de recourir à des placements collectifs dans des fonds étrangers dont la distribution en Suisse est autorisée par l'Autorité fédérale de surveillance des marchés financier, FINMA (ch. 766 du Bulletin de la prévoyance professionnelle n° 120 de l'OFAS du 18 octobre 2010, p. 8 ss). L'<ref-law> (dans sa teneur ici déterminante en vigueur jusqu'au 31 décembre 2019) comprend nouvellement les dispositions en matière de placement sous forme d'épargnes-titres. Son al. 2 prévoit l'application par analogie des art. 49 à 58 OPP 2 au placement de la fortune. A cette occasion, l'OFAS a mentionné, en relation avec l'application en particulier des art. 49a et 50 par analogie, l'importance de la diligence dans le choix de la banque de dépôt ou du négociant en valeurs mobilières, en mentionnant l'exemple de la prévention des conflits d'intérêts (Bulletin mentionné, ad art. 19a al. 3 p. 15).
8.4.1.3. Finalement, l'art. 49a al. 2 let. c OPP 2 a été adapté avec l'entrée en vigueur de la modification du 15 juin 2007 concernant la révision de la LPP (Réforme structurelle), le 1er janvier 2012, pour tenir compte du nouvel <ref-law> ("Intégrité et loyauté des responsables"). Celui-ci impose aux personnes chargées de gérer ou d'administrer l'institution de prévoyance ou sa fortune un devoir de diligence fiduciaire et de servir les intérêts des assurés de l'institution de prévoyance, ainsi que celui de prendre les mesures organisationnelles qui s'imposent pour éviter des conflits d'intérêts entre eux ou d'autres clients et l'institution de prévoyance (Message du 15 juin 2007 du Conseil fédéral concernant la révision de la loi fédérale sur la prévoyance professionnelle vieillesse, survivants et invalidité [Réforme structurelle], FF 2007 5381, ch. 2.1 p. 5406). Un nouvel al. 1 de l'art. 48h OPP 2 a été introduit pour préciser l'<ref-law>: l'objectif est d'empêcher que les personnes actives au sein de l'organe suprême ou de l'organe de gestion ou chargées de la gestion de la fortune de l'institution de prévoyance ne soient impliquées dans un conflit d'intérêts durable, un cumul de fonctions s'avérant avant tout problématique. L'art. 48h al. 1 OPP 2 prévoit désormais que les personnes externes et les institutions chargées de la gestion de la fortune ou de la gestion ne peuvent pas être membres de l'organe suprême de l'institution. Ainsi, le directeur et la personne chargée de l'administration de la fortune auprès de l'institution de prévoyance peuvent être membres de l'organe suprême, dans la mesure où il ne s'agit pas de personnes externes (JÜRG BRECHBÜHL, Änderung des BVG über die Strukturreform in der beruflichen Vorsorge - Hohe Ziele und offene Fragen, RSAS 2012 p. 128). L'art. 49a al. 2 let. c OPP 2 renvoie désormais aux art. 48f à 48l OPP 2 pour inclure l'ensemble des dispositions relatives à l'intégrité et à la loyauté (Rapport explicatif, ad art. 48h p. 31 et ad art. 49a p. 33).
8.5. L'aperçu donné ci-avant des développements législatifs et réglementaires met en évidence qu'il y a lieu de distinguer entre, d'une part, les dispositions de la LPP sur l'organisation des institutions de prévoyance, en particulier l'<ref-law>, et les prescriptions qui les concrétisent dans l'OPP 2 et, d'autre part, les règles en matière d'administration de la fortune (<ref-law>), dont le placement de la fortune (art. 49 ss OPP 2). La première catégorie de dispositions concerne les aspects généraux de l'administration et de la gestion des institutions de prévoyance qui dépassent largement la thématique de la seconde.
Or aussi bien le renvoi de l'<ref-law> que celui de l'art. 5 al. 3 OPP 3 aux art. 49 à 58 OPP 2 portent sur une application par analogie des règles sur le placement de la fortune des fondations visées, adoptées en exécution de l'<ref-law>. A l'entrée en vigueur des dispositions respectives de l'OLP (alors, art. 19 aOLP) et de l'OPP 3, celles-ci se référaient expressément à l'<ref-law> et aux règles sur le placement de la fortune de l'OPP 2, soit les art. 49 à 58 OPP 2, qui concrétisaient le devoir de garantir la sécurité des placements, un rendement raisonnable, une répartition appropriée des risques et la couverture des besoins prévisibles de liquidités. Ces renvois aux art. 49 à 58 OPP 2 peuvent être qualifiés de dynamiques (sur cette notion, <ref-ruling> consid. 2.4.1 p. 319). Ils se réfèrent cependant "aux dispositions en matière de placement" (art. 19 al. 1 aOLP et <ref-law>) et "au placement des fonds de la prévoyance liée sous forme d'épargne-titres" (art. 5 al. 3 OPP 3), de sorte que l'objet du renvoi est clairement défini.
A cet égard, comme le met en lumière la référence entre parenthèses de l'art. 49a OPP 2, cette disposition comprend désormais des règles qui sortent du cadre du placement de la fortune (<ref-law>). Sont ainsi mentionnés l'art. 51 al. 1 et 2 LPP sur la gestion paritaire et l'<ref-law> (dans sa teneur en vigueur à partir du 1er août 2011) sur la compétence du Conseil fédéral d'édicter des dispositions concernant les affaires que les personnes chargées de l'administration de la fortune peuvent mener pour leur propre compte et l'admissibilité d'avantages financiers; à noter que l'<ref-law> - que les art. 48f à 48i et 48l ont pour but de concrétiser - n'est en revanche pas énuméré. Plus précisément, l'art. 49a al. 2 let. c OPP 2 prévoit la tâche de l'organe suprême de prendre les mesures organisationnelles appropriées pour l'application des art. 48f à 48l OPP 2. Parmi ceux-ci, l'art. 48h al. 1 OPP 2 vise à mettre en oeuvre l'<ref-law>. Il s'agit d'une règle d'organisation de l'institution de prévoyance fondée sur une disposition légale qui n'a pas trait au placement de la fortune en tant que tel d'une institution de prévoyance, voire d'une fondation bancaire de libre passage ou d'une fondation bancaire du pilier 3a. En conséquence, l'art. 48h al. 1 OPP 2 n'est pas couvert par le renvoi respectif des <ref-law> et 5 al. 3 OPP 3 aux dispositions sur le placement de la fortune de l'OPP 2 et n'a donc pas vocation à s'appliquer par analogie aux recourantes. S'ajoute à cela qu'en ce qui concerne l'organisation d'une fondation, dont la composition de ses organes, l'<ref-law> accorde une grande liberté au fondateur (cf. <ref-ruling> consid. 3c p. 140; RIEMER, Vereins- und Stiftungsrecht [Art. 60-89 bis ZGB], op. cit., ad art. 83 N 4). Or l'intervention du législateur dans cette liberté s'est concrétisée par l'adoption de règles particulières aux <ref-law> pour les institutions de prévoyance (constituées sous la forme d'une fondation) et, plus récemment, pour les fondations de placement (<ref-law>), mais non pour les fondations bancaires de libre passage et du pilier 3a.
8.6. Contrairement à ce qu'a retenu par ailleurs le Tribunal administratif fédéral, la diversité des formes d'institutions de prévoyance ou "servant des prestations" ne justifie pas "une forme harmonisée des règles de bonne gouvernance". Compte tenu du rôle particulier des institutions de libre passage et des fondations du pilier 3a (consid. supra 4.1), dont on rappellera qu'elles ne sont pas organisées, financées et administrées conformément à la LPP (art. 48 al. 2, deuxième phrase, LPP), on ne saurait les soumettre aux dispositions sur l'organisation des institutions de prévoyance (<ref-law>), singulièrement aux "règles de bonne gouvernance", dont l'<ref-law>, comme le voudraient les premiers juges. Une telle approche revient à ignorer que le législateur n'a pas manifesté la volonté d'appliquer les règles de la LPP aux institutions de libre passage ou aux fondations du pilier 3a; celles-ci ne font directement l'objet que de l'<ref-law> ("formes admises du maintien de la prévoyance"; l'<ref-law> n'étant pas pertinent en l'espèce) respectivement de l'<ref-law> ("autres formes de prévoyance") et des dispositions réglementaires d'exécution correspondantes. Ainsi, les <ref-law> font référence uniquement aux institutions de prévoyance, dont les fondations en cause ne font précisément pas partie.
8.6.1. La juridiction fédérale de première instance retient ensuite que les fondations recourantes seraient concernées par l'objectif du législateur d'améliorer "l'organisation administrative" de la prévoyance professionnelle, dans la mesure où les considérations développées dans le domaine de la prévoyance du deuxième pilier sont susceptibles de s'appliquer également dans le domaine de la prévoyance individuelle liée, les notions de base utilisées dans les deux régimes devant recevoir une acception identique. Elle fait référence à la jurisprudence du Tribunal fédéral selon laquelle en raison de la réglementation identique de nombreux aspects du pilier 3a et de ceux du deuxième pilier (par exemple par renvoi aux normes correspondantes) et du fait que la prévoyance liée peut se déduire du deuxième pilier, il est admissible de recourir à l'application subsidiaire des règles de la prévoyance professionnelle au sens étroit au domaine du pilier 3a, dans la mesure où l'OPP 3 ne comprend pas de règles pertinentes (à ce sujet, <ref-ruling> consid. 3.2 p. 409). Ainsi, le Tribunal fédéral a admis que la jurisprudence sur les caractéristiques de l'entretien exigé pour les prestations de survivant étaient également applicables à celles du pilier 3a (<ref-ruling>), que la notion d'invalidité du pilier 3a ne devait pas être interprétée de manière plus large que dans le deuxième (arrêt 2A.292/2006 du 15 janvier 2007 consid. 6.4) ou que les principes valant dans le deuxième pilier pour l'adaptation d'une rente d'invalidité s'appliquent subsidiairement et par analogie pour le pilier 3a (<ref-ruling> consid. 3 p. 408).
Suivre le raisonnement du Tribunal administratif fédéral sur ce point reviendrait cependant à étendre de manière générale l'application des règles d'organisation adoptées par le législateur pour les institutions de prévoyance eu égard à leur rôle et à leur fonctionnement propres, sans que la nécessité d'une telle application n'ait été prévue par le législateur, voire ait été concrètement démontrée. A l'inverse des situations mentionnées, il ne s'agit en l'occurrence pas d'une notion particulière que la loi ou les statuts d'une institution de prévoyance ou d'une fondation du pilier 3a commanderaient d'appliquer. Selon les considérations du Tribunal administratif fédéral, il en irait de l'ensemble des règles de bonne gouvernance qu'il se justifierait d'interpréter de manière harmonisée, nonobstant la diversité des formes d'institutions de prévoyance ou "servant des prestations". Or une telle application généralisée et indistincte des dispositions de la LPP sur l'organisation des institutions de prévoyance à des fondations bancaires de libre passage et du pilier 3a n'a pas été prévue par le législateur et ne saurait dès lors être admise. Partant, les considérations de l'autorité judiciaire de première instance quant à l'application des art. 49a al. 2 let. c et 48h al. 1 OPP 2 aux recourantes - par une voie qu'elle a tout de même qualifiée de tortueuse - ne peut pas être suivie.
8.6.2. ll suit de ce qui précède qu'en tant que les ch. 1.2 al. 2 et 2.1 al. 2 des Directives D-04/2014 sont censés concrétiser l'art. 48h al. 1 OPP 2 pour les recourantes, elles sortent du cadre légal fixé par les art. 5 al. 3 OPP 3 et 19a al. 2 OLP. Qualifiées par les premiers juges à juste titre d'ordonnance administrative (cf. <ref-ruling> consid. 4.1 p. 180 et la référence), elles ne peuvent cependant pas prévoir autre chose que ce qui découle de la législation ou de la jurisprudence. Elles ne sauraient dès lors servir de fondement aux décisions prises par l'ASFIP en vertu de l'art. 62 al. 1 let. d LPP, l'absence de conformité des statuts des recourantes aux Directives D-04/2014 ne pouvant être considérée comme une insuffisance au sens de cette disposition. La compétence de l'autorité de surveillance d'intervenir au sens de l'art. 62 al. 1 let. d LPP ne permet pas d'imposer aux fondations bancaires en cause une modification de leurs statuts fondée sur une règle particulière de bonne gouvernance s'adressant aux institutions de prévoyance. Les décisions en cause sont contraires au droit.
9.
Le recours est bien fondé. Il n'est pas perçu de frais judiciaires (art. 66 al. 1 et 4 LTF; arrêts 9C_509/2015 du 15 février 2016 consid. 5; 9C_707/2014 du 15 avril 2015 consid. 5, in SVR 2015 BVG n° 40 p. 150), ni alloué de dépens (<ref-law>; arrêt 9C_2/2012 du 30 août 2012 consid. 7, non publié aux <ref-ruling>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est admis. La décision du Tribunal administratif fédéral, Cour I, du 12 juin 2019 et les décisions de l'Autorité cantonale genevoise de surveillance des fondations et des institutions de prévoyance du 29 mai 2017 sont annulées.
2.
Il n'est pas perçu de frais de procédure, ni alloué de dépens.
3.
La cause est renvoyée au Tribunal administratif fédéral, Cour I, pour nouvelle décision sur les frais de la procédure antérieure.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux parties, au Tribunal administratif fédéral, Cour I, à la Commission de haute surveillance de la prévoyance professionnelle et à l'Office fédéral des assurances sociales.
Lucerne, le 30 septembre 2020
Au nom de la IIe Cour de droit social
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Parrino
Le Greffier : Bleicker