Sachverhalt:
A.
Mit Urteil des Kantonsgerichts des Kantons Nidwalden vom 28. November 2012 wurde das Strafverfahren gegen X._ wegen Brandstiftung (<ref-law>), mehrfacher Gewalt und Drohung gegen Behörden und Beamte sowie mehrfacher (versuchter) einfacher Körperverletzung zufolge Schuldunfähigkeit eingestellt und in Anwendung von Art. 19 Abs. 3 in Verbindung mit <ref-law> eine stationäre Massnahme in einer geschlossenen Einrichtung angeordnet.
Die Massnahme wurde bis am 26. Juli 2017 in der Psychiatrischen Klinik Rheinau vollzogen. X._ konnte am 18. Dezember 2014 vom Hochsicherheitstrakt auf die geschlossene Station wechseln. Seit dem 26. Juli 2017 befindet er sich im betreuten Wohnen mit integriertem Arbeitsplatz im Kanton Aargau.
B.
Das Kantonsgericht ordnete am 22. November 2017 im nachträglichen Verfahren die Verlängerung der Massnahme um 5 Jahre bis zum 28. November 2022 an.
Das Obergericht des Kantons Nidwalden wies am 11. Dezember 2018 die von X._ erhobene Beschwerde ab und setzte die Dauer der Verlängerung der Massnahme auf 4 Jahre bis zum 28. November 2021 fest. Es auferlegte ihm die Verfahrenskosten von Fr. 15'264.-- sowie die Kosten der amtlichen Verteidigung, die vorerst zulasten des Kantons gehen (<ref-law>).
Das Obergericht stützte sich auf ein aktuell erstelltes forensisch-psychiatrisches Gutachten vom 4. Juli 2018.
C.
X._ beantragt mit Beschwerde in Strafsachen, das vorinstanzliche Urteil aufzuheben, die Massnahme um 2 Jahre zu verlängern, sie nicht im geschlossenen Rahmen zu vollziehen sowie ihn bei Bewährung und jedenfalls nach Ablauf der 2 Jahre bedingt zu entlassen.

Erwägungen:
1.
1.1. Die Verlängerung einer stationären therapeutischen Massnahme gemäss <ref-law> erfolgt im selbständigen nachträglichen Verfahren (<ref-law>; Urteile 6B_1432/2017 vom 15. Januar 2018 E. 1.4 und 6B_121/2019 vom 12. Juni 2019 E. 1). Als Rechtsmittel steht die Beschwerde zur Verfügung (<ref-ruling> E. 4.7).
1.2. Der mit der stationären Behandlung verbundene Freiheitsentzug beträgt in der Regel höchstens fünf Jahre (<ref-law>). Sind [1.] die Voraussetzungen für die bedingte Entlassung nach fünf Jahren noch nicht gegeben und ist [2.] zu erwarten, durch die Fortführung der Massnahme lasse sich der Gefahr weiterer mit der psychischen Störung des Täters in Zusammenhang stehender Verbrechen und Vergehen begegnen, so kann das Gericht auf Antrag der Vollzugsbehörde die Verlängerung der Massnahme um jeweils höchstens fünf Jahre anordnen (<ref-law>).
1.2.1. Das Gericht kann sowohl für die Erstanordnung als auch für die Verlängerung eine Frist von weniger als fünf Jahren festlegen (<ref-ruling> E. 2.2). Ihre Dauer hängt vom Behandlungsbedürfnis und den Erfolgsaussichten ab, letztlich also von den Auswirkungen der Massnahme auf die Gefahr weiterer Straftaten. Sie dauert grundsätzlich so lange an, bis ihr Zweck erreicht ist oder sich eine Zweckerreichung als aussichtslos erweist (<ref-ruling> E. 2.3.3).
1.2.2. Die Einschränkung von Grundrechten durch die Anordnung einer stationären Massnahme muss verhältnismässig sein (<ref-law>). Das bedeutet, dass sie für das Erreichen des im öffentlichen oder privaten Interesse liegenden Zieles geeignet und erforderlich sein und sich für die betroffene Person in Anbetracht der Schwere der Grundrechtseinschränkung als zumutbar erweisen muss. Es muss eine vernünftige Zweck-Mittel-Relation vorliegen. Die Massnahme ist unverhältnismässig, wenn das angestrebte Ziel mit einem weniger schweren Grundrechtseingriff erreicht werden kann (<ref-ruling> E. 9.2.2 S. 24). Das Verhältnismässigkeitsprinzip des <ref-law> wird in <ref-law> massnahmenrechtlich konkretisiert (<ref-ruling> E. 5.4 S. 112). Das Gesetz trägt mit der Normdauer von fünf Jahren diesem Prinzip bereits Rechnung (<ref-ruling> E. 5.3 S. 111). Es geht in <ref-law> davon aus, dass schwere psychische Störungen einer längeren Behandlung bedürfen (Urteil 6B_866/2017 vom 11. Oktober 2017 E. 1.5).
1.2.3. Bei der Abwägung der sich widerstreitenden Interessen sind die vom Täter ausgehenden Gefahren zur Schwere des mit der Massnahme verbundenen Eingriffs ins Verhältnis zu setzen. Es kommt insbesondere darauf an, ob und welche Straftaten drohen, wie ausgeprägt das Mass der Gefährdung ist und welches Gewicht den bedrohten Rechtsgütern zukommt. Je schwerer die Delikte wiegen, die der Massnahmenunterworfene in Freiheit begehen könnte, desto geringer kann die Gefahr sein, die eine freiheitsentziehende Massnahme rechtfertigt, und umgekehrt. Findet eine Abwägung der relevanten Umstände - Schwere des massnahmebedingten Eingriffs einerseits und der noch möglichen Straftaten anderseits - nicht statt, wird Bundesrecht verletzt (Urteil 6B_1045/2018 vom 1. Februar 2019 E. 1.3.1 f.).
1.2.4. Dabei ist das Gericht nicht an den Befund oder die Stellungnahme des Gutachters gebunden. Es hat vielmehr zu prüfen, ob sich aufgrund der übrigen Beweismittel und der Vorbringen der Parteien ernsthafte Einwände gegen die Schlüssigkeit der gutachterlichen Darlegungen aufdrängen. Auch wenn das gerichtlich eingeholte Gutachten grundsätzlich der freien Beweiswürdigung unterliegt (<ref-law>), darf das Gericht in Fachfragen nicht ohne triftige Gründe von ihm abrücken und muss Abweichungen begründen (<ref-ruling> E. 6.1 S. 372 f.; <ref-ruling> E. 2.1.3 S. 53).
2.
2.1. Der Beschwerdeführer rügt eine willkürliche Abweichung von der gutachterlichen Empfehlung. Der Gutachter habe auf Frage des heutigen Rechtsvertreters geantwortet, zum gegenwärtigen Zeitpunkt sei eine Verlängerung von mindestens zwei bis drei Jahren anzunehmen. Das Gutachten datiere vom 4. Juli 2018. Der "gegenwärtige Zeitpunkt" sei nicht restlos klar. In keinem Fall habe der Gutachter eine Verlängerung um faktisch 3 1/2 Jahre bis zum 28. November 2021 empfohlen. Die Vorinstanz überschreite damit die Empfehlung minimal um 5 und maximal um 17 Monate.
Der Gutachter diagnostiziere eine schwerwiegende psychische Störung, welche sich auch bei idealer medikamentöser Behandlung und Therapie und selbst im aktuellen, strukturierten Umfeld nicht vollkommen symptomfrei zeige. Das sei auch nicht absehbar. Das Verbesserungspotential einer weiteren Therapie sei offenbar begrenzt. Die Vorinstanz ziehe eine kürzere Verlängerung nicht in Betracht.
2.2. Der Gutachter diagnostiziert eine paranoide Schizophrenie mit unvollständiger Remission (ICD-10: F20.04) und stellt eine Störung durch multiplen Substanzgebrauch und Konsum sonstiger psychotroper Substanzen sowie ein Abhängigkeitssyndrom fest. Der Beschwerdeführer lebt in beschützender Umgebung abstinent. Die aktuell bestehenden Einschränkungen sind als Begleitsymptomatik der schizophrenen Erkrankung zuzuordnen (Urteil S. 6). Die Medikamentenkompliance stellt einen entscheidenden Risikofaktor im Hinblick auf weitere Delinquenz dar. Eine fehlende Einnahme führt zu einer unmittelbaren massiven psychopathologischen Verschlechterung. Der Konsum psychotroper Substanzen, ein ebenfalls entscheidender Risikofaktor, begünstigt das Auftreten psychotischer Symptome ebenso. Ungeplante Situationen und Settingwechsel führen zu Verunsicherung, Stress und einer nachfolgend psychopathologischen Verschlechterung.
Der Gutachter geht von einer Basisrückfallrate von 30-50% aus. Bei einer Entlassung in ein unstrukturiertes Umfeld schätzt er die Rückfallwahrscheinlichkeit höher ein. Dabei sind schwerwiegende Handlungen möglich. Gegenwärtig ist von einer Fortsetzung der Massnahme von mindestens zwei bis drei Jahren auszugehen. Die Therapie ist ausschliesslich im Rahmen einer Massnahme nach <ref-law> zu gewährleisten (Urteil S. 8).
Die Vorinstanz hält im Rahmen ihrer Prüfung einer bedingten Entlassung gestützt auf das Gutachten fest, es handle sich um eine schwer behandelbare Form der paranoiden Schizophrenie, bei der es unter hochdosierter neuroleptischer Medikation zu keiner Vollremission der Symptome gekommen sei (Urteil S. 9). Hinsichtlich des Rückfallrisikos bestehe ein indifferentes bis eher günstiges Ergebnis bei Belassen im aktuellen Setting und ein deutlich ungünstiges Ergebnis bei unmittelbarer Änderung bzw. beim Wegfall des gegenwärtigen integrierten Behandlungssettings. Bedeutender als das geschätzte Rückfallrisiko sei der resultierende hohe Behandlungs- und Kontrollbedarf im gesicherten und kontrollierten Setting. Beim Wegfall der stabilisierenden Struktur bestehe eine ungünstige Prognose (Urteil S. 10).
Die Vorinstanz schliesst, die Voraussetzungen einer bedingten Entlassung seien nicht gegeben. Damit liege die erste Voraussetzung einer Verlängerung der Massnahme vor (Urteil S. 11). Sie kommt sodann zum Ergebnis, der Gefahr lasse sich nur durch die Fortführung der stationären Massnahme begegnen (Urteil S. 12 mit Hinweis auf <ref-ruling> E. 2.3.1 S. 143). Die Vorinstanz prüft damit die beiden Voraussetzungen (oben E. 1.2) bundesrechtskonform.
2.3. Die Vorinstanz beurteilt anschliessend die Verlängerung unter den drei Teilaspekten der Verhältnismässigkeitsprüfung. Sie betont, dass einer Verlängerung grundsätzlich Ausnahmecharakter zukomme (<ref-ruling> E. 2.1 S. 141) und die Freiheit nur so lange entzogen werden dürfe, als die von der betroffenen Person wegen ihrer schweren psychischen Störung ausgehende Gefahr dies zu rechtfertigen vermöge (Urteil 6B_1083/2017 vom 21. November 2017 E. 3.6.3).
Sie bejaht die Geeignet- und Erforderlichkeit einer Verlängerung. Eine ambulante Behandlung reiche gegenwärtig nicht aus. Die beantragte Ersetzung durch eine erwachsenenschutzrechtliche Massnahme (<ref-law>) erweise sich als unbegründet. Die Vorinstanz prüft in der Folge unter dem Gesichtspunkt der Zumutbarkeit den Einwand, die im Gutachten als minimal festgehaltene Verlängerung von zwei Jahren sei genügend (Urteil S. 15), und hält fest, der Gutachter empfehle eine Fortsetzung von mindestens zwei bis drei Jahren. Entscheidend sei, ob eine weitere ganz wesentliche psychische Stabilisierung eintrete. Eine Verlängerung um vier Jahre sei gerechtfertigt, verhältnismässig und zumutbar. Sollte sich die Legalprognose derart verbessern, wäre eine bedingte Entlassung von Amtes wegen oder auf Antrag zu prüfen. Ein allfälliger Übertritt in ein engmaschiges zivilrechtliches Setting wäre von den Behörden vorzubereiten (Urteil S. 15). Eine mildere Massnahme sei nicht ersichtlich (Urteil S. 16).
Die Vorinstanz verkürzt die Verlängerung der Massnahme entgegen der erstinstanzlich festgesetzten Normdauer bei der Verhältnismässigkeitsprüfung um ein auf vier Jahre.
2.4. Die Entscheidung ist weder ungenügend begründet noch verletzt sie in anderer Weise Bundesrecht. Bei der vom Beschwerdeführer ins Zentrum der Beschwerde gerückten Empfehlung des Gutachters handelt es sich um eine geschätzte Mindestdauer einer Massnahmenverlängerung. Nach dem Gutachter kommt ausschliesslich eine Behandlung nach den Kriterien von <ref-law> in Betracht. Die Vorinstanz geht somit gutachterlich befundmässig abgestützt weiterhin und zutreffend vom Vorliegen der Voraussetzungen des Art. 59 Abs. 1 lit. a und b StGB aus und bejaht die Voraussetzungen der Verlängerung im Sinne von <ref-law> zu Recht. Das ist klar nachvollziehbar. Der Beschwerdeführer ist sich offenkundig der Virulenz seiner schweren paranoiden Schizophrenie kombiniert mit einem multiplen Substanzmissbrauch und der dadurch erhöhten Gefährdung infolge des persistierenden Abhängigkeitssyndroms nicht hinreichend bewusst. Nach aller Erfahrung ist eine völlige Remission unter diesen Bedingungen jedenfalls nicht kurz- oder mittelfristig zu erwarten (vgl. Urteil 6B_1083/2017 vom 21. November 2017 E. 3.6.3). Umso mehr kommt es auf eine effektive Stabilisierung und eine anhaltend strenge Selbstdisziplin (Coping) hinsichtlich der Risikofaktoren an. Das muss erst noch therapeutisch erarbeitet und internalisiert werden. Diese Stabilisierung ist zurzeit nur im streng strukturiert überwachten Umfeld zu gewährleisten. Mit anderen Worten ist der massnahmenrelevante Zustand als prekär einzustufen. Die mit der schweren psychischen Störung zusammenhängende Brandstiftung ist ein gemeingefährliches Phänomen, das entsprechend ernst zu nehmen ist. Hinsichtlich des erwachsenenschutzrechtlichen Ansinnens ist anzumerken, dass diese Eventualität einerseits an den massgebenden Befundtatsachen nichts ändert und andererseits die Strafbehörden die Risikoverantwortung bei strafrechtlicher Massnahmenindikation nicht den Zivilbehörden überbinden können; die institutionelle Zuständigkeit ist gesetzlich bestimmt (Urteil 6B_694/2017 vom 19. Oktober 2017 E. 4.7 und 4.8).
2.5. Auf die Beschwerde ist bezüglich der Anträge, die Massnahme nicht im geschlossenen Rahmen zu vollziehen sowie ihn bei Bewährung und jedenfalls nach Ablauf der zwei Jahre bedingt zu entlassen, nicht einzutreten. Vollzugslockerungen und stufengemässe Entlassungsvorbereitungen hängen von der Entwicklung des Insassen ab. Diese zukünftigen Entscheidungen liegen zunächst in der Kompetenz der Vollzugsbehörden und können nicht vom Bundesgericht abstrakt vorweggenommen werden.
3.
Die Vorinstanz begründet die insgesamte Auferlegung der Verfahrenskosten damit, im Ergebnis sei eine marginale Modifikation des erstinstanzlichen Beschlusses bezüglich der Dauer der Verlängerung erfolgt; der Beschwerdeführer unterliege sowohl im Haupt- wie im Eventualantrag.
Der Beschwerdeführer hatte vor der Vorinstanz die bedingte Entlassung und eventualiter eine Verlängerung für maximal zwei Jahre unter den vor Bundesgericht wiederholten Bedingungen beantragt. Er unterlag damit formell vollständig. Indes erreichte er im Verhältnis zur erstinstanzlichen Entscheidung eine Verkürzung der Verlängerung von 5 auf 4 Jahre und damit um einen Fünftel. Ein Jahr mehr oder weniger Freiheitsentzug ist keine marginale Modifikation. Ein Antrag ist auch nach der Beschwerdebegründung zu interpretieren, so nach der Rechtsregel "Das Mehr enthält das Weniger" (plus in se continet quod est minus). Der Erfolg ist nach Massgabe des Obsiegens (<ref-law>) bei den Verfahrenskosten zu berücksichtigen (vgl. Urteil 6B_870/2018 vom 29. April 2019 E. 3.7.6).
Es ist davon abzusehen, bundesgerichtlich die Kosten anders zu verteilen (<ref-law>). Die Sache ist zur Verlegung der Verfahrenskosten an die Vorinstanz zurückzuweisen (<ref-law>; <ref-ruling> E. 5.2.1 S. 220).
4.
Die Beschwerde ist teilweise gutzuheissen und im Übrigen abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist, das Urteil ist aufzuheben und die Sache zu neuer Beurteilung der Kosten an die Vorinstanz zurückzuweisen. Der Beschwerdeführer obsiegt teilweise (oben E. 3). Es sind ihm die auf zwei Drittel herabzusetzenden Gerichtskosten aufzuerlegen (<ref-law>). Der Kanton ist zu einer herabgesetzten Parteientschädigung zu verpflichten (<ref-law>). Dem Kanton sind keine Gerichtskosten aufzuerlegen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird teilweise gutgeheissen und im Übrigen abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist, der Beschluss des Obergerichts des Kantons Nidwalden vom 11. Dezember 2018 wird aufgehoben und die Sache zu neuer Beurteilung der Kosten an die Vorinstanz zurückgewiesen.
2.
Dem Beschwerdeführer werden die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- auferlegt.
3.
Der Kanton Nidwalden hat den Beschwerdeführer mit Fr. 1'000.-- zu entschädigen.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Nidwalden, Beschwerdeabteilung in Strafsachen, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 15. Juli 2019
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Denys
Der Gerichtsschreiber: Briw