Fatti:
A.
Con atto di accusa del 22 gennaio 2015 il Ministero pubblico della Confederazione (MPC) ha promosso l'accusa dinanzi alla Corte penale del Tribunale penale federale (TPF) nei confronti, tra gli altri, di D._, per il titolo di ripetuta infrazione aggravata alla legge federale sugli stupefacenti e di usura. Per quanto concerne il primo reato, l'autorità inquirente gli ha rimproverato di avere, in correità con B._, J._, C._, A._ e L._, nel periodo dal 2001 fino al 19 luglio 2004, in diverse località della Svizzera e in più occasioni, senza essere autorizzato, finanziato l'acquisto, acquistato, alienato, procurato in altro modo e detenuto un quantitativo di stupefacente del tipo cocaina fra i 2'075 e i 2'176 grammi. L'imputato avrebbe agito come membro di una banda e, vista l'importante quantità di sostanza stupefacente trafficata, avrebbe saputo o dovuto presumere di mettere in pericolo la salute di molte persone.
B.
Dopo lo svolgimento del pubblico dibattimento, con sentenza del 29 agosto 2016, intimata alle parti il 26 luglio 2017, la Corte penale del TPF ha riconosciuto l'imputato autore colpevole di infrazione aggravata alla legge federale sugli stupefacenti riguardo a cinque capi d'imputazione. La Corte penale del TPF lo ha per contro prosciolto dall'accusa di usura e dai restanti capi d'imputazione, ordinando nel contempo l'abbandono del procedimento in relazione al finanziamento e all'acquisto di 1'000 grammi di cocaina con un grado di purezza del 62.3 %. Lo ha condannato a una pena pecuniaria di 120 aliquote giornaliere di fr. 40.-- ciascuna, dedotto il carcere preventivo sofferto, sospesa condizionalmente per un periodo di prova di due anni. L'imputato è inoltre stato condannato al pagamento delle spese procedurali in ragione di fr. 11'500.--. La retribuzione del suo difensore d'ufficio è stata fissata dalla Corte giudicante in fr. 138'097.60 a carico della Confederazione, con l'obbligo per l'imputato di rimborsare alla Confederazione fr. 3'500.-- non appena le sue condizioni economiche glielo permetteranno. A copertura delle spese procedurali è inoltre stata ordinata la compensazione con i valori patrimoniali sequestrati di pertinenza dell'imputato. La Corte penale del TPF gli ha infine riconosciuto fr. 20'000.--, oltre interessi del 5 % dal 13 ottobre 2005, a titolo di indennizzo per le prestazioni legali precedenti la nomina del difensore d'ufficio, e di fr. 40'000.--, oltre interessi del 5 % dal 10 aprile 2009, a titolo di riparazione del torto morale.
C.
D._ impugna questa sentenza con un ricorso in materia penale del 13 settembre 2017 al Tribunale federale, chiedendo, in via principale, di annullarla e di essere prosciolto da tutti i capi d'imputazione. Domanda inoltre che le spese procedurali siano poste interamente a carico della Confederazione, ch'egli non sia tenuto a rimborsarle alcunché e che sia annullata la compensazione con i suoi valori sequestrati. Il ricorrente domanda poi che gli sia riconosciuta un'indennità di fr. 127'333.-- per la perdita di guadagno e che la riparazione del torto morale sia aumentata a fr. 115'880.--. In via subordinata, chiede che la causa sia rinviata alla precedente istanza per un nuovo giudizio. Il ricorrente postula inoltre di essere ammesso al beneficio dell'assistenza giudiziaria e del gratuito patrocinio.
D.
La Corte penale del TPF si riconferma nella propria sentenza e si rimette al giudizio del Tribunale federale. Il MPC comunica di rinunciare a presentare osservazioni al ricorso.

Diritto:
1.
Presentato dall'imputato, che ha partecipato alla procedura dinanzi alla precedente istanza, le cui conclusioni sono state in parte disattese (art. 81 cpv. 1 lett. a e b n. 1 LTF), e diretto contro una decisione finale (<ref-law>), resa in materia penale (<ref-law>) dalla Corte penale del TPF (<ref-law>), il ricorso in materia penale, tempestivo (art. 100 cpv. 1 in relazione con l'<ref-law>), è di massima ammissibile. Con questo rimedio il ricorrente può parimenti aggravarsi contro la decisione relativa all'indennità giusta l'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 1).
2.
2.1. Il ricorrente contesta l'accertamento del grado di purezza dello stupefacente da lui alienato, ritenendolo arbitrario e lesivo del diritto federale. Rimprovera alla precedente istanza di essersi fondata esclusivamente sulle dichiarazioni di C._, secondo cui la cocaina ceduta sarebbe stata di buona qualità, nonostante tale deposizione fosse inutilizzabile, siccome acquisita in violazione del principio del contraddittorio e omettendo di prendere in considerazione le dichiarazioni di altri consumatori, segnatamente di M._ e di N._, che dimostrerebbero una qualità inferiore della sostanza. Il ricorrente sostiene che la quantità di sostanza pura alienata non raggiungerebbe il limite per ammettere una messa in pericolo della salute di parecchie persone e per riconoscere quindi un'infrazione grave ai sensi dell'art. 19 n. 2 lett. a della legge sugli stupefacenti, del 3 ottobre 1951, nella versione in vigore prima del 1° luglio 2011 (vLStup).
2.2. Secondo l'art. 19 n. 2 lett. a vLStup, un caso grave è dato in particolare se l'autore sa o deve presumere che l'infrazione si riferisce a una quantità di stupefacenti che può mettere in pericolo la salute di parecchie persone (cfr. ora l'<ref-law>). Questa fattispecie è realizzata segnatamente quando la miscela di cocaina contiene almeno 18 grammi di sostanza pura (<ref-ruling> consid. 3.2; <ref-ruling> consid. 2a; <ref-ruling> consid. 3b). Se lo stupefacente non ha potuto essere sequestrato e il suo grado di purezza non può pertanto essere dimostrato con certezza, è ragionevolmente possibile partire dal presupposto ch'esso sia di qualità media, nella misura in cui non vi siano elementi per concludere che la sostanza fosse particolarmente pura o particolarmente diluita (<ref-ruling> consid. 3.5 e riferimenti).
2.3. La Corte penale del TPF ha stabilito che nel periodo dal 2003 al 2004 il ricorrente ha ceduto, rispettivamente alienato, complessivamente 60 g di cocaina, segnatamente: 10 g ad C._, 20 g a O._, 10 g a M._, 10 g a N._ e 10 g a P._. Ha accertato che lo stupefacente in questione non era stato sequestrato ed ha rilevato che secondo le dichiarazioni di C._ la cocaina consegnatagli dal ricorrente era di buona qualità. Ricordato che le infrazioni erano state commesse nel periodo fra il 2003 e il 2004, ha stabilito un grado di purezza del 46 %, corrispondente al valore medio risultante dalla statistica per l'anno 2004, più favorevole al ricorrente, della Società svizzera di medicina legale riguardante le confische di quantità di cocaina da 1 a 10 g. Gli ha quindi addebitato di avere ceduto e alienato complessivamente circa 27 g di sostanza pura, ciò che superava la soglia dei 18 g fissata dalla giurisprudenza e realizzava di conseguenza gli estremi di un caso grave ai sensi dell'art. 19 n. 2 lett. a vLStup.
2.4. La Corte penale del TPF ha ritenuto che lo stupefacente smerciato dal ricorrente era di qualità media fondandosi esclusivamente sulle dichiarazioni di C._. Come rettamente rilevato nel gravame, in un precedente considerando del giudizio impugnato gli stessi giudici hanno tuttavia ritenuto di principio inutilizzabili a sfavore del ricorrente tali dichiarazioni, siccome rese senza contraddittorio (cfr. sentenza impugnata, pag. 43 consid. 2.8.4). D'altra parte, pur citandole, essi hanno omesso di considerare le dichiarazioni di M._ e di N._ in merito alla qualità dello stupefacente fornito loro dal ricorrente. Secondo quanto riportato nel giudizio, il primo ha infatti riferito che la cocaina "faceva schifo", mentre il secondo ha dichiarato che, pur non intendendosene, la sostanza "a volte sarebbe stata bianca, altre volte gialla e di ricordare che puzzasse di benzina o gasolio" (cfr. sentenza impugnata, pag. 50 consid. 3.4.2 e pag. 52 consid. 3.5.1). A differenza delle dichiarazioni di C._, quelle di M._ e di N._ sono state rilasciate nel rispetto del principio del contraddittorio. Esse erano disponibili agli atti e in quanto deposizioni di consumatori riforniti dal ricorrente, concernenti imputazioni specificatamente oggetto di condanna, erano suscettibili di avere un'influenza sull'esito del giudizio (cfr. <ref-law>). Omettendo di tenerne conto al fine della determinazione della qualità della stupefacente e fondandosi esclusivamente sulle dichiarazioni di C._, ritenute inutilizzabili, la Corte penale del TPF ha accertato in modo insostenibile e pertanto arbitrario che la cocaina era di buona qualità (cfr., sulla nozione di arbitrio, <ref-ruling> consid. 4.4; <ref-ruling> consid. 6).
2.5. Il ricorrente sostiene che, alla luce delle citate carenze probatorie e in considerazione del principio della presunzione di innocenza, potrebbe tutt'al più essergli rimproverata un'infrazione semplice giusta l'art. 19 n. 1 vLStup, per la quale non potrebbe tuttavia essere condannato essendo intervenuta la prescrizione dell'azione penale. Questa conclusione è prematura. Spetterà infatti alla Corte penale del TPF pronunciarsi nuovamente sulla fattispecie, prendendo in considerazione e valutando gli ulteriori elementi disponibili. Inoltre, l'imputazione nei confronti del ricorrente contemplava pure l'aggravante della banda giusta l'art. 19 n. 2 lett. b vLStup, che in concreto è stata lasciata indecisa dalla precedente istanza. Dandosene il caso, essa dovrà quindi statuire anche su tale questione.
3.
3.1. Il ricorrente critica la decisione della Corte penale del TPF di respingere, siccome non sostanziata né comprovata, la sua pretesa di risarcimento per perdita di guadagno. Fa al riguardo valere la violazione dell'<ref-law>, oltre a un accertamento manifestamente inesatto dei fatti, rimproverando alla precedente istanza di avere omesso di considerare che nell'incarto si trovavano diversi elementi suscettibili di dimostrare il suo reddito medio prima dell'arresto. Richiama in particolare i rendiconti annuali del suo esercizio pubblico, che per il 2004 indicherebbero "un fatturato di fr. 192'193.--", le sue dichiarazioni rese immediatamente dopo l'arresto, ove ha affermato di conseguire un reddito lordo mensile variabile da fr. 15'000.-- a fr. 20'000.--, rispettivamente un guadagno tra fr. 6'000.-- e fr. 10'000.--. Il ricorrente rileva che tali affermazioni sarebbero state verificate dalla Corte dei reclami penali del TPF nell'ambito di una sentenza del 24 novembre 2005, con cui è stata respinta una sua domanda di assistenza giudiziaria presentata nel contesto di una procedura di reclamo.
3.2. Giusta l'<ref-law>, se è pienamente o parzialmente assolto o se il procedimento nei suoi confronti è abbandonato, l'imputato ha diritto a un'indennità per il danno economico risultante dalla partecipazione necessaria al procedimento penale. L'<ref-law> prevede che l'autorità esamini d'ufficio le pretese dell'imputato e possa invitarlo a quantificarle e a comprovarle. Questa normativa fonda una responsabilità causale dello Stato, il quale è tenuto a risarcire l'integralità del danno che è in un rapporto causale, ai sensi del diritto della responsabilità civile, con il procedimento penale. L'ammontare del danno economico deve essere calcolato secondo le regole del diritto civile. L'autorità penale non è tenuta a chiarire d'ufficio tutti i fatti rilevanti per il giudizio sulle pretese d'indennità. In virtù dell'<ref-law> deve perlomeno sentire l'imputato sulla questione dell'indennizzo in caso di (parziale) proscioglimento e, se del caso, invitarlo a quantificare ed a comprovare le sue pretese. Spetta alla persona imputata motivare e dimostrare le sue richieste, ciò che corrisponde alla regola del diritto civile secondo cui chi pretende il risarcimento di un danno ne deve fornire la prova (<ref-law>). Soltanto quando non può essere provato l'importo preciso del danno, esso è stabilito secondo il prudente criterio del giudice, avuto riguardo all'ordinario andamento delle cose e alle misure prese dal danneggiato. La facilitazione della prova prevista da questa disposizione deve essere applicata in modo restrittivo (<ref-ruling> consid. 1.3.1 e riferimenti). L'<ref-law> non apre la possibilità di chiedere al giudice, senza fornire precise indicazioni, di pronunciare un risarcimento discrezionale (<ref-ruling> consid. 4.3.1; <ref-ruling> consid. 5.1).
3.3. Il procedimento penale nei confronti del ricorrente è stato avviato dal MPC nel 2004, prima quindi dell'entrata in vigore del CPP, il 1° gennaio 2011. La precedente istanza ha fondato l'intera indennità sulla base dell'<ref-law>. Sulla questione del diritto transitorio in questa materia, il Tribunale federale ha avuto modo di precisare che le pretese d'indennità per il danno economico e per la riparazione del torto morale sono di massima rette dal diritto materiale applicabile nel momento in cui sono stati svolti gli atti procedurali litigiosi. Ha comunque riservato il caso in cui, nell'eventualità di atti di procedura eseguiti sia sulla base del nuovo diritto sia su quella del diritto previgente, potrebbe eccezionalmente giustificarsi, per motivi di semplificazione e nella misura in cui esso non sia più sfavorevole all'interessato, di applicare esclusivamente il nuovo diritto (<ref-ruling> consid. 1.4 e riferimenti).
Il ricorrente non sostiene che la Corte penale del TPF avrebbe applicato a torto il CPP alle pretese da lui avanzate. Né risulta che l'applicazione dell'<ref-law> all'insieme della richiesta d'indennizzo gli sia più sfavorevole rispetto al diritto previgente. Anche sotto l'egida della previgente legge federale sulla procedura penale, del 15 giugno 1934 (PP), il riconoscimento all'imputato assolto di un'indennità giusta gli art. 176 e 122 PP presupponeva che questi sostanziasse e dimostrasse il danno di cui chiedeva il risarcimento (cfr. <ref-ruling> consid. 4b; sentenza 6B_215/2007 del 2 maggio 2008 consid. 6). In concreto, l'applicazione del CPP al complesso delle pretese avanzate può quindi essere ritenuta giustificata, in particolare in considerazione della durata del procedimento, per ragioni di semplificazione della procedura.
3.4. Nella fattispecie, già il 30 marzo 2016 il TPF ha invitato il ricorrente, conformemente all'<ref-law>, a quantificare ed a comprovare le proprie pretese d'indennità. In sede di dibattimento, svoltosi dal 17 al 23 maggio 2016, egli ha presentato una pretesa a titolo di mancato guadagno di fr. 127'333.--, oltre interessi del 5 % dal 5 agosto 2005. Al riguardo ha indicato quale base di calcolo un reddito mensile di fr. 10'000.--, da lui dichiarato in sede d'interrogatorio dibattimentale, conteggiandolo per i 382 giorni di carcerazione preventiva (recte: 383 secondo l'accertamento della Corte penale del TPF). Ha quindi esposto questa pretesa facendo semplicemente riferimento alle sue dichiarazioni al dibattimento, ma non l'ha minimamente documentata o sostanziata fondandosi su accertamenti specifici e vincolanti. Gli sarebbe per contro spettato presentare delle prove a suo sostegno o quantomeno richiamare in modo esplicito determinati documenti eventualmente già contenuti nell'incarto o da lui prodotti nel contesto di procedure di reclamo dinanzi alla Corte dei reclami penali del TPF. Ciò in particolare ove si consideri che alla luce della durata rilevante del procedimento penale e dell'ampiezza dell'incarto, non può ragionevolmente essere imposto all'autorità di ricercare autonomamente nell'incarto singoli documenti rilevanti sotto il profilo dell'indennità in caso di proscioglimento. Egli disponeva infatti di un tempo sufficiente per procedere in tal senso, ritenuto che, come visto, l'autorità giudicante lo aveva invitato con largo anticipo a sostanziare le proprie pretese d'indennità. Nelle esposte circostanze, la precedente istanza ha pertanto respinto a ragione la suddetta pretesa, siccome non comprovata.
D'altra parte, dalla sentenza del 24 novembre 2005 della Corte dei reclami penali del TPF, citata dal ricorrente in questa sede, non emergono elementi determinanti sotto il profilo dell'indennizzo giusta l'<ref-law>. Premesso che tale giudizio concerneva una richiesta di assistenza giudiziaria presentata dal ricorrente nel contesto di una procedura di reclamo contro il rifiuto di un dissequestro, dalla sua lettura risulta unicamente che il ricorrente in quel momento aveva dichiarato di non percepire alcun reddito e che l'importo mensile di fr. 10'000.-- / 15'000.--, a suo dire conseguito prima dell'arresto, è stato ritenuto poco credibile dai giudici. L'unico reddito da essi preso in considerazione nell'ambito della decisione sulla domanda di assistenza giudiziaria è stato quello della moglie (fr. 9'000.-- al mese), che tuttavia non è qui di rilievo.
4.
4.1. Il ricorrente rimprovera alla Corte penale del TPF di non avere sufficientemente motivato la decisione sulla riparazione del torto morale, poiché non avrebbe spiegato come ha composto l'importo di fr. 13'700.--, riconosciuto in modo complessivo per le condizioni di carcerazione illegali, per la durata del procedimento e per i 1'345 giorni di misure sostitutive della carcerazione.
4.2. Il diritto delle parti di essere sentite (<ref-law>, art. 3 cpv. 2 lett. c CPP) esige che l'autorità si confronti con le censure sollevate e le esamini seriamente, dando atto di questo esame nella motivazione della sua decisione. La garanzia impone quindi all'autorità di motivare il suo giudizio, in modo da permettere all'interessato di afferrarne la portata e, se del caso, di impugnarlo con cognizione di causa, nonché all'autorità di ricorso di esaminarne la fondatezza (<ref-ruling> consid. 1.3.1; <ref-ruling> consid. 2.2; <ref-ruling> consid. 5.1).
4.3. La Corte penale del TPF ha accertato che il ricorrente è stato sottoposto a 383 giorni di carcerazione preventiva e a 1'345 giorni di misure sostitutive, quali l'obbligo di depositare il passaporto, il divieto di lasciare il territorio svizzero, l'obbligo di ottemperare a tutte le citazioni, di eleggere domicilio legale presso il suo difensore e il divieto di rilasciare a terzi informazioni o atti inerenti il procedimento penale. I precedenti giudici hanno rilevato che inizialmente, dal 19 al 28 luglio 2004, egli è stato detenuto presso il carcere della polizia cantonale di Zurigo e che in seguito è stato trasferito alle carceri pretoriali di Bellinzona, dove è rimasto fino al 6 ottobre 2004, per essere poi stato trasferito presso il carcere di Kriens. Hanno accertato che con sentenza dell'8 ottobre 2004 la Corte dei reclami penali del TPF, statuendo su un reclamo del ricorrente, aveva stabilito che durante la detenzione presso le carceri pretoriali di Bellinzona non gli era stato garantito il diritto all'ora d'aria giornaliera, ciò che violava la giurisprudenza del Tribunale federale.
Ritenuto che il ricorrente è stato condannato a una pena pecuniaria di 120 aliquote giornaliere sospesa condizionalmente, la Corte penale del TPF ha rilevato che la durata della carcerazione preventiva ha ecceduto di 263 giorni quella consentita. La precedente istanza gli ha quindi riconosciuto secondo l'<ref-law> un'indennità giornaliera di fr. 100.-- per i 263 giorni di carcerazione in eccesso, pari a complessivi fr. 26'300.--. Ha poi aumentato questo importo a fr. 40'000.-- in considerazione sia delle misure sostitutive adottate successivamente alla scarcerazione sia delle condizioni di detenzione presso le carceri pretoriali di Bellinzona sia ancora della durata della procedura. Ha fissato gli interessi su detto importo al 5 % a partire dalla fine delle misure sostitutive, vale a dire dal 10 aprile 2009.
4.4. Nella fattispecie, la Corte penale del TPF ha riconosciuto l'indennità a titolo di riparazione morale in applicazione dell'<ref-law> per la privazione della libertà eccedente la sanzione inflittagli. In un simile caso, la carcerazione è formalmente lecita, ma la sua durata è eccessiva e pertanto sproporzionata (<ref-ruling> consid. 5; SCHMID/JOSITSCH, Schweizerische Strafprozessordnung, Praxiskommentar, 3aed., 2018, n. 4 all'art. 431; DONATSCH/HANSJAKOB/ LIEBER, Kommentar zur Schweizerischen Strafprozessordnung, 2aed., 2014, n. 4 all'art. 431). Il ricorrente ha tuttavia fatto esplicitamente valere (anche) una pretesa d'indennità fondata sull'<ref-law>, relativa alle condizioni di carcerazione illegali, accertate con la sentenza dell'8 ottobre 2004 della Corte dei reclami penali del TPF. La precedente istanza non si è pronunciata in modo specifico su questo aspetto, ma si è limitata ad indicare genericamente di averne tenuto conto nell'ambito dell'aumento dell'indennità giornaliera per la carcerazione preventiva in eccesso. Tale aumento è stato fissato in un importo complessivo di fr. 13'700.--, considerando globalmente, oltre alle condizioni di carcerazione illegali, anche il periodo di 1'345 giorni in cui il ricorrente è stato sottoposto alle misure sostitutive della detenzione preventiva, nonché la durata del procedimento penale. In tali circostanze, la motivazione della decisione impugnata non permette al ricorrente di capire in che misura ha ottenuto una riparazione per il provvedimento coercitivo illegale, rispettivamente per le ulteriori restrizioni della libertà personale, e di contestare conseguentemente in modo specifico e con cognizione di causa tali aspetti dinanzi al Tribunale federale (cfr. <ref-ruling> consid. 4.3 in fine). Sotto questo profilo, la decisione impugnata non è quindi sufficientemente motivata e viola il diritto di essere sentito del ricorrente. Questa garanzia ha natura formale, sicché la sua lesione comporta l'annullamento del giudizio sulla riparazione del torto morale, indipendentemente dalla sua eventuale fondatezza nel merito (<ref-ruling> consid. 2.2).
La fissazione dell'ammontare di questa riparazione costituisce una decisione secondo equità, fondata di principio sull'apprezzamento e sulla ponderazione delle concrete circostanze del caso. Essa deve essere determinata in funzione della gravità della lesione della personalità, tenendo conto di tutte le circostanze di fatto, segnatamente del pregiudizio all'integrità fisica e psichica (<ref-ruling> consid. 3.1; <ref-ruling> consid. 2.2.2; <ref-ruling> consid. 5.1). Spetterà alla Corte penale del TPF nel seguito della procedura statuire nuovamente al riguardo, motivando adeguatamente la decisione sull'indennità per torto morale.
5.
5.1. Il ricorrente contesta inoltre la decorrenza dell'interesse sulla riparazione del torto morale, stabilita nella sentenza impugnata soltanto a partire dall'ultimo giorno delle misure sostitutive (10 aprile 2009).
5.2. La censura è fondata. Secondo la costante giurisprudenza, nel danno rientra l'interesse a partire dal momento in cui si verifica l'evento dannoso. L'interesse del danno corre fino al pagamento del risarcimento e mira a collocare l'avente diritto nella posizione che avrebbe se la sua pretesa fosse soddisfatta il giorno dell'atto illecito, rispettivamente al momento del suo effetto economico. Anche sulle riparazioni del torto morale devono essere corrisposti interessi a partire dall'evento dannoso. Come per l'interesse del danno, anche quello per la riparazione del torto morale persegue lo scopo di porre il creditore nella situazione in cui si troverebbe se il risarcimento gli fosse versato già al momento della lesione della personalità, rispettivamente al verificarsi del danno morale. L'interesse fa parte della riparazione, la quale deve essere integralmente garantita alla persona danneggiata indipendentemente dalla durata della procedura fino alla fissazione definitiva dell'indennità, rispettivamente fino al pagamento della stessa. L'interesse deve compensare la mancata disponibilità dell'uso del capitale per il periodo tra la realizzazione dell'atto dannoso, rispettivamente i suoi effetti sulla personalità della vittima, e il versamento. Giusta l'<ref-law>, il tasso d'interesse è del 5 %. Secondo la giurisprudenza, il momento della privazione della libertà personale costituisce, nel caso di una riparazione del torto morale ai sensi dell'art. 429 cpv. 1 lett. c CPP per una carcerazione preventiva ingiustificata, l'evento dannoso che dà luogo alla corresponsione di interessi (cfr. sentenza 6B_1404/2016 del 13 giugno 2017 consid. 2.2 e riferimenti).
5.3. La decisione impugnata, che riconosce gli interessi sull'indennità per la riparazione del torto morale soltanto a partire dalla fine delle misure restrittive della libertà personale, disattende l'esposta giurisprudenza. Dinanzi alla Corte penale del TPF il ricorrente non si è limitato a chiedere genericamente "un'adeguata indennità" a titolo di riparazione del torto morale, ma ha quantificato la pretesa ed ha esplicitamente chiesto il riconoscimento di interessi del 5 %. Non si può pertanto ritenere che vi abbia rinunciato (cfr., per il caso di una rinuncia, sentenza 6B_632/2017 del 22 febbraio 2018 consid. 2.4). La precedente istanza, tenuta a statuire nuovamente sull'ammontare di detta indennità, dovrà quindi ripronunciarsi anche sulla questione degli interessi.
6.
6.1. Ne segue che il ricorso deve essere parzialmente accolto. I dispositivi n. 2 e n. 4 del punto II della sentenza impugnata (concernenti la condanna del ricorrente e la fissazione della pena) devono essere annullati. Il dispositivo n. 8 (relativo all'indennità) deve essere annullato nella misura in cui concerne la riparazione del torto morale. Devono inoltre essere annullati, siccome strettamente legati al giudizio di colpevolezza, i dispositivi impugnati n. 5 (concernente il pagamento delle spese procedurali), n. 7 (concernente la compensazione delle spese procedurali con i valori patrimoniali sequestrati), n. 6 § 2 (concernente l'ammontare del rimborso della retribuzione al patrocinatore d'ufficio) e n. 9 (concernente il Cantone competente per l'esecuzione della pena). La causa deve pertanto essere rinviata al TPF per un nuovo giudizio nel senso dei considerandi.
6.2. Le spese giudiziarie e le ripetibili seguono la soccombenza (art. 66 cpv. 1 e 68 cpv. 1 LTF). Non si prelevano spese giudiziarie a carico della Confederazione (<ref-law>). Essa è tuttavia tenuta a versare al ricorrente, essenzialmente vincente nella procedura, un'indennità a titolo di ripetibili di questa sede (cfr. <ref-law>). Nell'ambito della domanda di assistenza giudiziaria egli chiede il versamento di un importo di fr. 5'000.--, senza però fornire dettagli riguardo alle prestazioni eseguite e al tempo impiegato. In tali circostanze, non si giustifica di scostarsi dalla prassi di questa Corte, che fissa di massima a fr. 3'000.-- l'ammontare delle ripetibili per la procedura di ricorso dinanzi al Tribunale federale.
L'assegnazione di quest'indennità per ripetibili rende di conseguenza priva di oggetto la domanda di assistenza giudiziaria contenuta nel gravame.

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1.
Il ricorso è parzialmente accolto. I dispositivi n. 2, n. 4, n. 5, n. 6 § 2, n. 7, n. 8 (nella misura in cui concerne la riparazione del torto morale) e n. 9 del punto II della sentenza emanata il 29 agosto 2016 dalla Corte penale del TPF sono annullati. La causa è rinviata al TPF per un nuovo giudizio nel senso dei considerandi.
2.
Non si prelevano spese giudiziarie.
3.
La Confederazione (Ministero pubblico) verserà al ricorrente un'indennità di fr. 3'000.-- a titolo di ripetibili di questa sede.
4.
Comunicazione al patrocinatore del ricorrente, al Ministero pubblico della Confederazione e alla Corte penale del Tribunale penale federale.