Sachverhalt:
A.
Am 21. Juli 2016 lehnte das Staatssekretariat für Migration (SEM) ein Asylgesuch des marokkanischen Staatsangehörigen A._ ab und verfügte seine Wegweisung aus der Schweiz. Am 16. Februar 2018 wurde er gestützt auf die Haft-/Ausschaffungsanordnung des Migrationsamts des Kantons Zürich vom 13. Februar 2018 verhaftet. Am 20. Februar 2018 bestätigte das Zwangsmassnahmengericht des Bezirks Zürich die Ausschaffungshaft. Mit Urteil vom 9. März 2018, den Behörden per Fax mitgeteilt zwischen 10.34 und 10.48 Uhr, hiess das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich eine dagegen erhobene Beschwerde gut, soweit es darauf eintrat, und ordnete die umgehende Entlassung von A._ aus der Ausschaffungshaft an. Daraufhin erteilte das kantonale Migrationsamt der Kantonspolizei einen Zuführungsauftrag zur Sicherstellung der für den gleichen Tag organisierten Rückführung von A._ per Flugzeug nach Marokko. Dieser befand sich noch immer im Flughafengefängnis und wurde dort um 12.35 Uhr von der Kantonspolizei gestützt auf den Zuführungsauftrag erneut formell verhaftet. A._ stellte noch gleichentags unter Hinweis auf das verwaltungsgerichtliche Urteil beim Migrationsamt ein Gesuch um umgehende Haftentlassung. Das Migrationsamt leitete das Gesuch angesichts des Polizeigewahrsams an die Kantonspolizei weiter. Nachdem A._ die geplante unbegleitete Ausreise verweigert hatte, wurde der Rückführungsversuch abgebrochen. Um 16.25 Uhr wurde er aus dem Polizeigewahrsam entlassen. Seither wohnt er in der Notunterkunft Urdorf.
B.
Am 3. April 2018 erstattete der Rechtsvertreter von A._ bei der Staatsanwaltschaft I des Kantons Zürich Strafanzeige wegen Freiheitsberaubung, Amtsmissbrauch, Urkundenunterdrückung und Falschbeurkundung im Amt gegen B._, Polizistin bei der Flughafenpolizei Zürich, grenzpolizeiliche Massnahmen, gegen C._, Teamchefin "Asyl & Vollzug" des kantonalen Migrationsamts, sowie gegen unbekannt. Die Staatsanwaltschaft I überwies die Anzeige im Hinblick auf B._ und C._ am 24. April 2018 an die III. Strafkammer des Obergerichts zum Entscheid über die Erteilung der Ermächtigung zur Durchführung einer Strafuntersuchung mit positivem Antrag. Der Leiter des Migrationsamts, D._, Chef Abteilung Asyl & Vollzug, beantragte am 25. Mai 2018 mit Vollmacht von C._, die Ermächtigung nicht zu erteilen. B._ liess sich nicht vernehmen. A._ beantragte in der Folge, die Stellungnahme des Migrationsamts aus dem Recht zu weisen und zusätzlich über die Erteilung der Ermächtigung zur Durchführung einer Strafuntersuchung gegen D._ zu entscheiden. Mit Beschluss vom 27. Juni 2018 wies das Obergericht den Antrag, die Eingabe des Migrationsamts aus dem Recht zu weisen, ab und trat auf das Gesuch um Erteilung der Ermächtigung zur Durchführung einer Strafuntersuchung gegen D._ nicht ein. Sodann verweigerte es der Staatsanwaltschaft I des Kantons Zürich die Ermächtigung zur Strafverfolgung von B._ und C._.
C.
Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 16. Juli 2018 an das Bundesgericht beantragt A._, den Beschluss des Obergerichts im Wesentlichen aufzuheben, die Stellungnahme des Migrationsamts vom 25. Mai 2018 aus dem Recht zu weisen, der Staatsanwaltschaft I des Kantons Zürich die Ermächtigung zur Strafverfolgung von B._ und C._ zu erteilen und über die Erteilung der Ermächtigung zur Durchführung einer Strafverfolgung gegen D._ zu entscheiden. In prozessualer Hinsicht wird um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege und Verbeiständung ersucht.
C._ schliesst mit Stellungnahme vom 6. September 2018 auf Abweisung der Beschwerde. Weitere Rechtsschriften gingen beim Bundesgericht nicht ein.

Erwägungen:
1.
1.1. Nach <ref-law> in Verbindung mit § 148 des Zürcher Gesetzes über die Gerichts- und Behördenorganisation im Zivil- und Strafprozess vom 10. Mai 2010 (GOG [LS 211.1]) entscheidet das Obergericht über die Eröffnung oder Nichtanhandnahme einer Strafuntersuchung gegen Beamte im Sinn von <ref-law> wegen im Amt begangener Vergehen oder Verbrechen. Mit dem angefochtenen Entscheid hat es das Obergericht abgelehnt, die Staatsanwaltschaft zur Strafverfolgung der angezeigten Personen zu ermächtigen. Damit fehlt es an einer Prozessvoraussetzung für die Durchführung des Strafverfahrens, womit das Verfahren abgeschlossen ist. Angefochten ist demnach ein Endentscheid (<ref-law>) einer letzten kantonalen Instanz (<ref-law>), gegen den nach der Rechtsprechung die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten zulässig ist (<ref-ruling> E. 1.3.1). Der Beschwerdeführer, der am kantonalen Verfahren als Partei beteiligt war und dessen Strafanzeige nicht mehr weiterbehandelt werden kann, ist als Geschädigter, der allenfalls Zivilansprüche geltend machen könnte (Art. 115, Art. 118 und Art. 122 Abs. 1 i.V.m. <ref-law>), zur Beschwerdeerhebung befugt (<ref-law>).
1.2. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den von der Vorinstanz festgestellten Sachverhalt zugrunde (<ref-law>), es sei denn, dieser sei offensichtlich unrichtig oder beruhe auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> (vgl. Art. 97 Abs. 1 und Art. 105 Abs. 2 BGG).
1.3. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an, behandelt aber grundsätzlich nur in der Beschwerdeschrift behauptete und ausreichend begründete Rechtsverletzungen, wobei angebliche Grundrechtsverletzungen besonders substanziiert werden müssen (vgl. <ref-law> und <ref-law>; <ref-ruling> E. 1.4 S. 176; <ref-ruling> E. 1.6 S. 130; <ref-ruling> E. 1.4 S. 254 f.).
2.
2.1. Nach <ref-law> sind die Strafbehörden verpflichtet, im Rahmen ihrer Zuständigkeiten ein Verfahren einzuleiten und durchzuführen, wenn ihnen Straftaten oder auf Straftaten hinweisende Verdachtsgründe bekannt werden.
2.2. Im Ermächtigungsverfahren dürfen - ausser bei obersten Vollziehungs- und Gerichtsbehörden - nur strafrechtliche Gesichtspunkte berücksichtigt werden (<ref-ruling> E. 2.4 S. 277 f.). Das Ermächtigungserfordernis dient namentlich dem Zweck, Behördenmitglieder und Beamte vor mutwilliger Strafverfolgung zu schützen und damit das reibungslose Funktionieren staatlicher Organe sicherzustellen. Über die Ermächtigung zur Eröffnung einer Strafuntersuchung gegen Beamte entscheidet im Kanton Zürich das Obergericht (vgl. vorne E. 1.1). In der Folge obliegt der förmliche Entscheid über die Eröffnung oder die Nichtanhandnahme gemäss ausdrücklicher bundesrechtlicher Regelung (Art. 309 und 310 StPO) der Staatsanwaltschaft (<ref-ruling> E. 2.3 S. 277).
2.3. Nach der Rechtsprechung ist für die Erteilung der Ermächtigung ein Mindestmass an Hinweisen auf strafrechtlich relevantes Verhalten zu verlangen. Dabei muss eine Kompetenzüberschreitung oder eine gemessen an den Amtspflichten missbräuchliche Vorgehensweise oder ein sonstiges Verhalten, das strafrechtliche Konsequenzen zu zeitigen vermag, in minimaler Weise glaubhaft erscheinen und es müssen genügende Anhaltspunkte für eine strafbare Handlung vorliegen. Der Entscheid über die Erteilung der Ermächtigung zur Strafuntersuchung ist demjenigen über die Anhandnahme eines Strafverfahrens bzw. über die Einstellung eines eröffneten Strafverfahrens vorangestellt. Es ist daher zwangsläufig, dass die Ermächtigung bereits bei einer geringeren Wahrscheinlichkeit einer strafrechtlichen Verantwortlichkeit erteilt werden muss, als sie für die Einstellung eines schon eröffneten Strafverfahrens erforderlich ist. Während für die Anklageerhebung die Wahrscheinlichkeiten einer Verurteilung und eines Freispruchs zumindest vergleichbar zu sein haben, genügt bereits eine geringere Wahrscheinlichkeit für strafbares Verhalten, um die Ermächtigungserteilung auszulösen (vgl. die Urteile des Bundesgerichts 1C_427/2017 vom 15. Dezember 2017 E. 2.2 und 1C_323/2016 vom 15. November 2016 E. 2; je mit weiteren Hinweisen).
3.
Der Beschwerdeführer beantragt, über die Erteilung der Ermächtigung zur Durchführung einer Strafverfolgung gegen D._ zu entscheiden. Das Obergericht ist auf das entsprechende Rechtsbegehren nicht eingetreten. Das Bundesgericht könnte darüber daher von vornherein nicht in der Sache entscheiden. Sollte der angefochtene Entscheid insofern rechtswidrig sein, könnte das Bundesgericht die Angelegenheit in diesem Punkt lediglich an die Vorinstanz zurückweisen zum Entscheid über die Ermächtigung. Das entsprechende Rechtsbegehren ist nur in diesem Sinne zulässig. Indessen erstreckte sich das Ermächtigungsgesuch der Staatsanwaltschaft lediglich auf die beiden Beschwerdegegnerinnen, weshalb sich das Obergericht darauf beschränkte, auch nur die Ermächtigung zur Strafverfolgung dieser beiden Personen zu prüfen. Der Beschwerdeführer legt nicht substanziiert dar, inwiefern dadurch Bundesrecht verletzt worden sein sollte. Soweit sich seine Argumentation auf D._ bezieht, führt er nicht aus, weshalb das Obergericht gehalten gewesen wäre, auch über die Ermächtigung zur Strafverfolgung dieser Person zu entscheiden, obwohl dies von der Staatsanwaltschaft gar nicht beantragt worden war. Mangels ausreichender Beschwerdebegründung ist darauf daher nicht einzugehen (vgl. vorne E. 1.3).
4.
4.1. Der Beschwerdeführer erhebt gegenüber den Beschwerdegegnerinnen den Vorwurf der Freiheitsberaubung (<ref-law>) und des Amtsmissbrauchs (<ref-law>). Anstatt ihn gemäss dem Urteil des Verwaltungsgerichts vom 9. März 2018 umgehend aus der Haft zu entlassen, hätten ihn die kantonalen Behörden noch rund sechs weitere Stunden unter Missachtung dieses Urteils festgehalten, wofür die Beschwerdegegnerinnen verantwortlich seien.
4.2. Ein von den Behörden angeordneter Freiheitsentzug kann nur allenfalls dann strafrechtlich von Bedeutung sein, wenn er als solcher unzulässig ist. Nach <ref-law> darf einer Person die Freiheit nur in den vom Gesetz selbst vorgesehenen Fällen und nur auf die im Gesetz vorgeschriebene Weise entzogen werden. Der Entzug darf nicht willkürlich, d.h. insbesondere grundlos, erfolgen (<ref-law>) und muss als Eingriff in die persönliche Freiheit nach <ref-law> im öffentlichen Interesse liegen und verhältnismässig sein (Art. 36 Abs. 2 und 3 BV).
4.3. Nach Art. 77 AuG kann die zuständige Behörde eine Person zur Sicherstellung des Wegweisungsvollzugs in Ausschaffungshaft nehmen, wenn ein vollstreckbarer Entscheid vorliegt, die weggewiesene Person die Schweiz nicht in der angesetzten Frist verlassen hat und die Reisedokumente für sie behördlich beschafft werden mussten. Die maximale Haftdauer von 60 Tagen dient im Wesentlichen dazu, den Wegweisungsvollzug zu organisieren. Die Rechtmässigkeit und die Angemessenheit der Haft sind spätestens nach 96 Stunden durch eine richterliche Behörde zu überprüfen (vgl. Art. 80 Abs. 2 AuG). Demgegenüber darf die Polizei gemäss § 25 lit. d des Polizeigesetzes des Kantons Zürich vom 23. April 2007 (PolG; LS 550.1) eine Person in Gewahrsam nehmen, wenn dies zur Sicherstellung einer Vor-, Zu- oder Rückführung notwendig ist. Nach § 31 Abs. 1 PolG vollzieht die Polizei die in die Zuständigkeit des Kantons Zürich fallenden Rückführungen von ausreisepflichtigen Ausländerinnen und Ausländern. § 25 lit. d PolG bezweckt, die weggewiesene Person unmittelbar zur Sicherstellung der bereits organisierten Rückführung in Gewahrsam zu nehmen. Dieser dauert denn auch lediglich bis zum Wegfall seines Grundes, d.h. konkret bis zum erfolgreichen Wegweisungsvollzug, längstens jedoch 24 Stunden. Während dieser 24 Stunden ist eine richterliche Haftprüfung nicht zwingend, kann aber von der betroffenen Person verlangt werden. Soll der Gewahrsam länger dauern, ist eine haftrichterliche Überprüfung vorgeschrieben (vgl. § 27 PolG).
4.4. Im Kanton Zürich ist das kantonale Migrationsamt zuständig für den Vollzug des bundesrechtlichen Ausländergesetzes, soweit Gesetz und Verordnung nichts Abweichendes bestimmen (§ 1 Abs. 1 der Verordnung über die Zuständigkeiten im Ausländerrecht vom 21. September 2011, VZA [LS 142.20]). Für den Vollzug von Zwangsmassnahmen im Ausländerrecht ist grundsätzlich das Migrationsamt zuständig, wobei die Polizeiorgane mitwirken; die ergänzenden kantonalrechtlichen Zuständigkeiten der Kantonspolizei spielen im vorliegenden Fall keine Rolle (vgl. § 1 der zürcherischen Verordnung über den Vollzug der Zwangsmassnahmen im Ausländerrecht vom 4. Dezember 1996 [LS 211.56] sowie § 6 PolG). Gestützt auf Bundesrecht darf die mit dem Vollzug beauftragte Behörde im Rahmen der rechtsstaatlichen Regeln polizeiliche Zwangsmassnahmen nach Art. 7, 9 und 26 ff. des Bundesgesetzes vom 20. März 2008 über die Anwendung polizeilichen Zwangs und polizeilicher Massnahmen im Zuständigkeitsbereich des Bundes (Zwangsanwendungsgesetz, ZAG [SR 364]) anwenden. Der zulässige polizeiliche Zwang richtet sich nach Art. 5 und 13 ff. ZAG; für allfällige weitere polizeiliche Massnahmen gelten die Art. 6 und 19 ff. ZAG. Ausdrücklich genannt wird im Gesetz insbesondere das kurzfristige Festhalten von Personen (Art. 6 und 19 ZAG). Nach <ref-law> gilt das Zwangsanwendungsgesetz unter anderem für alle kantonalen Behörden, die im Bereich der Ausländer- und Asylgesetzgebung polizeilichen Zwang oder polizeiliche Massnahmen anwenden müssen. Die entsprechenden Kompetenzen bestehen namentlich, aber nicht ausschliesslich zur Erfüllung eines Zu- bzw. Rückführungsauftrags gemäss § 25 lit. d und § 31 PolG.
4.5. Am Morgen des 9. März 2018 befand sich der Beschwerdeführer noch gestützt auf Art. 77 Abs. 1 AuG in Ausschaffungshaft. Diese wurde mit dem Urteil des Verwaltungsgerichts vom gleichen Tag jedoch beendet, weil die Frist zur richterlichen Haftprüfung von 96 Stunden nicht beachtet worden war. Das Urteil ordnete denn auch folgerichtig die umgehende Haftentlassung an. Die weitere Festhaltung des Beschwerdeführers konnte sich nicht mehr auf Art. 77 Abs. 1 AuG stützen, was die kantonalen Behörden aber auch nicht geltend machen. Sie berufen sich vielmehr auf § 25 lit. d PolG sowie vor Bundesgericht neu zusätzlich auf Art. 6 und 19 ZAG. Es ging ab der Eröffnung des verwaltungsgerichtlichen Urteils also nicht mehr um ausländerrechtliche Administrativhaft, sondern um polizeilichen Gewahrsam, wenn auch im vorliegenden Zusammenhang beide Formen des Freiheitsentzugs letztlich dem gleichen Zweck, der Sicherstellung des Wegweisungsvollzugs, dienen. Betroffen sind allerdings unterschiedliche Vollzugsstadien, und die Haftvoraussetzungen sind nicht identisch.
4.6. Am 9. März 2018 um 10.34 Uhr ging der Fax des Verwaltungsgerichts beim Migrationsamt, um 10.44 Uhr bei der Gefängnisverwaltung des Flughafengefängnisses und um 10.48 Uhr bei der Kantonspolizei ein. Es gibt keinen Beleg dafür und wird von den kantonalen Behörden auch nicht behauptet, dass das Migrationsamt der Polizei damals bereits einen Rückführungsauftrag erteilt hatte. Auch der angefochtene Entscheid hält fest, das Migrationsamt habe "daraufhin", also erst nachträglich, "einen Zuführungsauftrag an die Kantonspolizei Zürich zur Sicherstellung der für diesen Tag organisierten Rückführung... per Flugzeug nach Marokko" erlassen. Für das Bundesgericht verbindlich festgestellt (vgl. vorne E. 1.3) und auch nicht ernsthaft bestritten ist damit überdies, dass der Wegweisungsvollzug für den Nachmittag bereits organisiert war. In den Akten findet sich dazu ein Mail des Staatssekretariats für Migration/Abteilung SwissREPAT vom 7. März 2018 mit dem Flugticket für den Flug nach Casablanca vom 9. März 2018 mit Abflugszeit um 16.35 Uhr. Um 12.35 Uhr eröffnete die Kantonspolizei dem Beschwerdeführer den weiteren Gewahrsam in Ausführung des Zuführungsauftrags. Dieser wurde dem Rechtsvertreter des Beschwerdeführers um 13.54 Uhr gefaxt, der sich in der Folge um die Freilassung seines Klienten bemühte. Nachdem sich der Beschwerdeführer geweigert hatte, das Flugzeug zu besteigen, wurde er um 16.25 Uhr aus dem Gewahrsam entlassen.
4.7. Spätestens nachdem der Zuführungsauftrag um 12.35 Uhr dem Beschwerdeführer eröffnet und er gestützt darauf erneut formell in Gewahrsam genommen worden war, stützte sich der Freiheitsentzug auf § 25 lit. d PolG. Bereits bevor das Urteil des Verwaltungsgerichts den Verfahrensbeteiligten per Fax mitgeteilt wurde, war die Ausschaffung für den Nachmittag des gleichen Tags aber organisiert. Es konnte sich mithin nur um eine Frage von maximal wenigen Stunden handeln, bis der Polizei der Zu- und Rückführungsauftrag ohnehin hätte erteilt werden müssen. Unter diesen Umständen wurde der Beschwerdeführer auch nicht zwischen 10.34 und 12.35 Uhr grundlos festgehalten. Die kantonalen Behörden wurden zwar offenbar vom Eingang des verwaltungsgerichtlichen Urteils überrascht. Es kann von ihnen aber nicht verlangt werden, auf Zusehen bzw. auf Vorrat hin vorzeitig einen Rückführungsauftrag bereitzuhalten, um bei einer allfälligen Haftentlassung den Wegweisungsvollzug sicherstellen zu können. Unter den gegebenen Umständen mussten sie über die Möglichkeit verfügen, rasch zu reagieren, wie sie das auch getan haben. Die weitere Festhaltung des Beschwerdeführers diente seiner bereits organisierten Ausschaffung. Möglicherweise mussten die Behörden auch zunächst die Rechtslage analysieren. Es spricht Einiges dafür, dass § 25 lit. d PolG auch ohne förmlichen Rückführungsauftrag bereits vorsorglich mit Blick auf die Erstattung eines solchen Auftrags eine ausreichende gesetzliche Grundlage für ein kurzzeitiges Festhalten bildet. So oder so reichten unter den gegebenen Umständen jedoch Art. 6 und 19 ff. (i.V.m. Art. 2 Abs. 1 lit. b) ZAG als gesetzliche Grundlage aus. Die Festhaltung war ferner nicht willkürlich, lag im öffentlichen Interesse und war angesichts der gesamten Verhältnisse des konkreten Falles verhältnismässig. Davon durften auch die Beschwerdegegnerinnen ausgehen. Es erscheint sinnlos, zu verlangen, dass der Beschwerdeführer aus der Haft hätte entlassen werden müssen, obwohl die Ausschaffung noch für den gleichen Tag vorbereitet und angesetzt war, um nur kurze Zeit danach, d.h. innert einer oder zwei Stunden, bis der Rückführungsauftrag förmlich erstattet war, eine erneute Festnahme vorzunehmen. Unter den gegebenen Umständen musste es gestützt auf die bestehenden gesetzlichen Bestimmungen zulässig sein, den habhaften Beschwerdeführer für kurze Zeit weiterhin zielgerichtet festzuhalten, bis die formellen Voraussetzungen für einen offensichtlich in der Sache zulässigen Gewahrsam geschaffen waren. Der Beschwerdeführer wurde im Übrigen umgehend in Freiheit entlassen, nachdem die Ausschaffung gescheitert war.
4.8. War der Freiheitsentzug demnach nicht widerrechtlich, gibt es keine minimalen Hinweise dafür, dass die Beschwerdegegnerinnen die Tatbestände der Freiheitsberaubung nach <ref-law> oder des Amtsmissbrauchs nach <ref-law> erfüllt hätten.
5.
5.1. Der Beschwerdeführer beanstandet sodann, die Vorinstanz habe bundesrechtswidrig keine Ermächtigung zur Verfolgung von möglicherweise durch die Beschwerdegegnerinnen begangene Urkundendelikte (<ref-law> und <ref-law>) erteilt. Das Obergericht erkannte insofern zumindest keine Absicht auf unrechtmässige Schädigung oder Vorteilsnahme, schloss einen Amtsmissbrauch erneut aus und verneinte auch die Möglichkeit einer Falschbeurkundung. Die Rügen des Beschwerdeführers in diesem Zusammenhang sind allerdings nur schwer verständlich, und es erscheint insbesondere unklar, welcher Person er genau welches Verhalten vorwirft und weshalb dieses strafbar sein sollte. Auf die entsprechenden Vorbringen kann daher nur im nachfolgenden Umfang eingegangen werden (vgl. E. 1.3).
5.2. Mit dem Beschwerdeführer und entgegen der Auffassung des Obergerichts ist festzuhalten, dass die kantonalen Behörden aufgrund ihrer Fürsorgepflicht gehalten gewesen wären, den Beschwerdeführer über das Urteil des Verwaltungsgerichts zu informieren. Gerade angesichts der engen Zeitverhältnisse erscheint es unbefriedigend, dies dem Rechtsvertreter zu überlassen, der ja nicht im Flughafengefängnis anwesend war, um dann erst zwei Stunden später direkt den neuen polizeilichen Gewahrsam zu eröffnen. Der Beschwerdeführer befand sich in der Obhut der Behörden, und die Mitteilungspflicht des Anwalts enthob sie nicht ihrer Informationsmitverantwortung (vgl. MARKUS MÜLLER, Das besondere Rechtsverhältnis, Bern 2003, 7. Kap. Ziff. 1.2, S. 241 f.). Durch diese Unterlassung hat der Beschwerdeführer jedoch in der Sache keinen Nachteil erlitten. Es war, wie dargelegt, nicht rechtswidrig, ihn in Gewahrsam zu behalten. Es ist auch nicht ersichtlich, inwiefern in diesem Zusammenhang ein Urkundendelikt oder Amtsmissbrauch vorliegen sollte. Nicht jeder formelle Fehler einer Behörde erfüllt einen Straftatbestand. Analoges gilt für weitere Informationen zum vorgesehenen Vollzug der Wegweisung. Die Behörden hätten den Beschwerdeführer grundsätzlich zusammen mit der Mitteilung des verwaltungsgerichtlichen Urteils unverzüglich darüber informieren müssen, dass seine Ausschaffung vorbereitet und für den gleichen Tag angesetzt war, und die Aufrechterhaltung des Gewahrsams mit Blick auf den vom Beschwerdeführer allerdings nicht ausreichend gerügten <ref-law> auch damit begründen müssen (vgl. § 26 Abs. 1 PolG). Die Verzögerung von zwei Stunden führt aber ebenfalls noch nicht zur Rechtswidrigkeit der Festhaltung, und darin liegt offensichtlich auch kein Urkundendelikt, insbesondere keine unzulässige Urkundenunterdrückung, oder Amtsmissbrauch.
5.3. Nichts anderes gilt für den vom Beschwerdeführer zusätzlich erhobenen Vorwurf von Urkundendelikten und Amtsmissbrauch, weil der Vorgesetzte D._ der Beschwerdegegnerin 2 deren Stellungnahme an das Obergericht verfasst hatte. Ob der Vorgesetzte insofern überhaupt als Amtsperson und nicht bloss als persönlicher Vertreter der Beschwerdegegnerin 2 handelte und in seiner Funktion ihr zurechenbare Amtsdelikte begehen konnte, erscheint fraglich, kann aber offenbleiben. Jedenfalls verfügte er über eine entsprechende Vollmacht. Wie die Vorinstanz zutreffend ausführt, handelt es sich beim Ermächtigungsverfahren um ein vom Strafprozess getrenntes Verwaltungsverfahren (<ref-ruling> E. 1.3.1 S. 272). Da sich das im zürcherischen Recht vorgesehene Anwaltsmonopol für die Verteidigung und berufsmässige Vertretung der Privatklägerschaft und anderer Verfahrensbeteiligter auf den Strafprozess vor den Strafbehörden beschränkt (dazu § 11 Abs. 1 lit. a des Anwaltsgesetzes des Kantons Zürich vom 17. November 2003 [LS 215.1]) und das Obergericht im Ermächtigungsverfahren als Verwaltungsbehörde amtet, unterstand die Vertretung der Beschwerdegegnerin 2 nicht dem Anwaltsmonopol. Es gab mithin vor der Vorinstanz keinen Grund, die Stellungnahme aus dem Recht bzw. aus den Akten zu weisen. Inwiefern diesbezüglich Bundesrecht verletzt sein sollte, ist nicht ersichtlich, weshalb die fragliche Stellungnahme auch nicht vom Bundesgericht aus den Akten zu entfernen ist.
Zwar erscheint es bei der gegebenen Konstellation nicht ideal, wenn der verfahrensnahe Vorgesetzte als Vertreter einer Partei auftritt. Allerdings ist weder nachvollziehbar, noch wird vom Beschwerdeführer ausreichend dargetan (vgl. E. 1.3) inwiefern in diesem Zusammenhang die behaupteten Straftatbestände erfüllt sein sollten. Dass mutwillig falsche Angaben gemacht worden sind, ist nicht ersichtlich. Möglicherweise missverständliche oder auf einem Missverständnis zwischen der Vollmachtgeberin und dem Bevollmächtigten beruhende Ausführungen in der Stellungnahme begründen noch keine Urkundendelikte oder Amtsmissbrauch. Die entsprechenden Tatbestandsmerkmale sind offensichtlich nicht erfüllt.
5.4. Es bestehen daher auch keine minimalen Anhaltspunkte für durch die Beschwerdegegnerinnen begangene Urkundendelikte oder Amtsmissbrauch im Zusammenhang mit der Mitteilung des verwaltungsgerichtlichen Urteils an den Beschwerdeführer, mit der Information über das weitere Verfahren und mit der vor dem Obergericht eingereichten Stellungnahme der Beschwerdegegnerin 2.
6.
Insgesamt verletzt es Bundesrecht nicht, dass die Vorinstanz der Staatsanwaltschaft die Ermächtigung zur Strafverfolgung der Beschwerdegegnerinnen verweigerte. Die Beschwerde erweist sich demgemäss als unbegründet und ist abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann.
Bei diesem Verfahrensausgang würde der unterliegende Beschwerdeführer an sich kostenpflichtig (vgl. <ref-law>). Da er mittellos ist und seine Rechtsbegehren nicht von vornherein als aussichtslos erschienen, ist sein Gesuch um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege und Verbeiständung gutzuheissen (vgl. <ref-law>). Demnach sind keine Kosten zu erheben, und sein Rechtsvertreter ist für das bundesgerichtliche Verfahren aus der Gerichtskasse angemessen zu entschädigen. Die Beschwerdegegnerinnen erheben keinen Anspruch auf Parteientschädigung, und es steht ihnen auch kein solcher zu.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.
Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege für das bundesgerichtliche Verfahren wird gutgeheissen und es wird dem Beschwerdeführer Rechtsanwalt Michael Brühlhart als unentgeltlicher Rechtsbeistand beigegeben.
3.
Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
4.
Rechtsanwalt Michael Brühlhart wird aus der Gerichtskasse eine Entschädigung von Fr. 2'000.-- ausgerichtet.
5.
Dieses Urteil wird den Parteien, der Staatsanwaltschaft II des Kantons Zürich, der Oberstaatsanwaltschaft des Kantons Zürich und dem Obergericht des Kantons Zürich, III. Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 14. November 2018
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Merkli
Der Gerichtsschreiber: Uebersax