Faits :
A.
A.a. D._ SA (ci-après: la société ou la défenderesse ou l'intimée) est propriétaire de l'immeuble sis..., à Genève. E._ en était l'administrateur unique avec signature individuelle.
Les héritiers institués de F.X._ (décédé le xx décembre 2017), soit ses neveux A.X._ (ci-après: l'héritier ou le requérant ou le recourant) et B.X._, née X._, sont les actionnaires uniques de la société. Les héritiers sont en conflit depuis de nombreuses années.
C._ est l'exécuteur testamentaire de la succession.
A.b. Lors de l'assemblée générale de la société le 27 janvier 2020, l'héritier s'est opposé à la vente de l'immeuble propriété de la société, au motif qu'il n'aurait donné son accord que pour une vente des parts de la société, mais non de l'immeuble comme tel. A la suite de ce refus, l'administrateur unique de la société a démissionné.
B.
B.a. L'exécuteur testamentaire a déposé contre la société, devant le Tribunal civil du canton de Genève, une requête en nomination d'un administrateur le 5 février 2020, ce afin de combler la carence dans l'organisation de la société (art. 731b CO).
B.b. Dans le cadre de cette procédure, l'héritier a demandé, le 12 février 2020, que le tribunal l'autorise à intervenir, déclarant s'opposer à la nomination d'un administrateur et souhaitant intervenir " à la défense des intérêts de D._ SA, dont l'hoirie est l'actionnaire unique ".
L'exécuteur testamentaire a conclu au rejet de la requête d'intervention accessoire, faute d'intérêt juridique suffisant.
Le 8 juin 2020, le requérant a répliqué, déclaré vouloir s'assurer que l'administrateur qui serait désigné soit impartial et persisté dans sa requête d'intervention accessoire.
Le 20 août 2020, la société, à laquelle un commissaire a été désigné pour la représenter dans la procédure, a conclu au rejet de la requête d'intervention accessoire.
Le 8 septembre 2020, le requérant a notamment renvoyé à ses écritures précédentes, en particulier à celle du 8 juin 2020.
Par ordonnance du 9 septembre 2020, le tribunal civil a déclaré irrecevable la requête en intervention accessoire de l'héritier requérant. Il a considéré que l'intervention de celui-ci n'était ni en faveur de l'exécuteur testamentaire, demandeur à la procédure en nomination, ni en faveur de la société défenderesse, qui avait acquiescé à la requête, ce qui était contraire à l'art. 75 al. 1 CPC (recte: art. 74 CPC).
Statuant le 19 janvier 2021, la Chambre civile de la Cour de justice du canton de Genève a rejeté le recours du requérant et débouté les parties de toutes autres conclusions.
Constatant, dans un premier temps, que le requérant ne soutenait ni les conclusions de l'exécuteur testamentaire, ni celles de la société, parties principales, la cour cantonale a considéré, avec le premier juge, qu'il n'était ni en faveur de l'un ni de l'autre, de sorte que les conditions de l'art. 75 al. 1 CPC (recte: art. 74 CPC) n'étaient pas remplies.
Puis, examinant la requête en tant que requête d'intervention accessoire indépendante, question non traitée par le premier juge, la cour cantonale a considéré que, bien que le jugement qui sera rendu puisse ordonner la dissolution de la société, laquelle affecterait directement les droits de l'actionnaire, l'actionnaire était en l'espèce une communauté héréditaire. Dès lors que ses membres doivent agir conjointement, le requérant ne peut agir seul et soutenir que le jugement aurait un effet direct entre lui-même et l'intimé (sic!).
C.
Contre cet arrêt, qui lui a été notifié le 2 février 2021, l'héritier requérant a interjeté un recours en matière civile au Tribunal fédéral le 4 mars 2021, concluant à sa réforme en ce sens que, principalement sa requête en intervention du 12 février 2020 soit admise, subsidiairement celle du 8 juin 2020 et plus subsidiairement encore celle du 8 septembre 2020; plus subsidiairement encore, il conclut à l'annulation de l'arrêt attaqué et au renvoi de la cause à la cour cantonale pour nouvelle décision dans le sens des considérants. Il se plaint de l'omission arbitraire (sic!) de quatre éléments de fait et invoque la violation arbitraire (sic!) des art. 518, 602 CC et 74 s. CPC, l'arbitraire dans l'application de l'art. 74 CPC et la violation de l'interdiction du formalisme excessif (art. 29 al. 1 Cst.). Il soutient qu'il entend agir en faveur de la nomination d'un administrateur indépendant, qu'il a un intérêt à voir un administrateur indépendant nommé, pour éviter la dissolution de la société par le juge.
L'exécuteur testamentaire conclut au rejet du recours.
La société, par son commissaire, conclut à ce que soit prononcée l'irrecevabilité des deux dernières requêtes d'intervention de l'héritier requérant et, pour le reste, elle conclut au rejet du recours.
La cour cantonale se réfère aux considérants de son arrêt.
Le recourant a renoncé à déposer des observations.

Considérant en droit :
1.
La décision qui refuse d'autoriser l'intervention accessoire d'un tiers dans une procédure pour carence dans l'organisation de la société anonyme est une décision partielle au sens de l'art. 91 let. b LTF, car elle exclut qu'une nouvelle partie - qu'il s'agisse d'un consort, d'un intervenant, d'un dénoncé ou d'un appelé en cause - soit admise à cette procédure (<ref-ruling> consid. 1.1; arrêt 4A_352/2015 du 4 janvier 2016 consid 1.1, non publié in <ref-ruling>). Elle peut donc faire l'objet d'un recours immédiat.
Interjeté en temps utile (art. 100 al. 1 LTF) par le requérant à l'intervention accessoire qui a succombé dans ses conclusions (art. 76 al. 1 LTF) dans une affaire civile (art. 72 al. 1 LTF), de nature pécuniaire puisqu'elle vise le bon fonctionnement de la société anonyme et la préservation du capital-social de celle-ci, dont la valeur litigieuse dépasse 30'000 fr. (art. 74 al. 1 let. b LTF), le présent recours en matière civile est recevable.
2.
Sous réserve de la violation des droits constitutionnels (art. 106 al. 2 LTF), le Tribunal fédéral applique le droit d'office (art. 106 al. 1 LTF). Il n'est toutefois lié ni par les motifs invoqués par les parties, ni par l'argumentation juridique retenue par l'autorité cantonale; il peut donc admettre le recours pour d'autres motifs que ceux invoqués par le recourant, comme il peut le rejeter en opérant une substitution de motifs (<ref-ruling> consid. 1.4 et l'arrêt cité).
3.
L a question litigieuse est de savoir si un héritier qui est membre de la communauté héréditaire peut participer en qualité d'intervenant accessoire au procès introduit par l'exécuteur testamentaire contre la société anonyme pour carence dans l'organisation de celle-ci selon l'art. 731b CO.
3.1. En premier lieu, il s'impose de rappeler les règles et la jurisprudence relatives à l'action de l'art. 731b CO et à l'intervention des actionnaires.
3.1.1. Selon l'art. 731b al. 1 CO, un actionnaire, notamment, peut requérir du tribunal qu'il prenne les mesures nécessaires lorsque l'organisation de la société présente l'une des carences qui y sont énumérées, comme le défaut d'un des organes prescrits par la loi. Selon la jurisprudence, le tribunal dispose d'une large marge d'appréciation dans le choix des mesures appropriées et proportionnées au vu des circonstances concrètes, le catalogue figurant à l'art. 731b al. 1bis CO n'étant qu'exemplatif (<ref-ruling> consid. 2.3.1; <ref-ruling> consid. 2.4, 294 consid. 3.1.4 et les arrêts cités).
Lorsque l'assemblée générale est bloquée par une situation de " pat " dans l'actionnariat et n'est ainsi pas en mesure de constituer le conseil d'administration, le tribunal peut même prononcer la dissolution de la société et ordonner sa liquidation (art. 731b al. 1bis ch. 3 CO). Dans un premier temps, il peut ordonner la vente aux enchères des actions entre les actionnaires en conflit et, au cas où l'administrateur ne recueillerait aucune offre en temps utile, ordonner à celui-ci de liquider la société et de répartir le produit de la liquidation entre les actionnaires (dissolution sous condition suspensive; cf. <ref-ruling> consid. 2.3.2). Le tribunal n'est pas lié par les conclusions des parties, la maxime d'office étant applicable (<ref-ruling> consid. 2.3.1; <ref-ruling> consid. 3.1.3). Il s'agit d'une procédure du droit des sociétés, soumise à la procédure sommaire (art. 250 let. c ch. 6 CPC; <ref-ruling> consid. 3.9, 294 consid. 3.1.3). Le jugement qui sera rendu aura un effet direct, en vertu du droit matériel, à l'égard des autres actionnaires (<ref-ruling> consid. 2.3.2 et 2.3.7).
3.1.2. L'actionnaire a ainsi la qualité pour agir contre la société, qui a, elle, la qualité pour défendre. Si la société n'a pas de représentant, le tribunal doit préalablement lui désigner un commissaire pour agir dans cette procédure (<ref-ruling> consid. 2.1).
Un ou d'autres actionnaires ont la faculté d'intervenir au procès en qualité d'intervenant accessoire indépendant (<ref-ruling> consid. 2.3.7; arrêt 4A_166/2016 du 1er septembre 2016 consid. 3.3.7), l'intervention accessoire étant admissible également en procédure sommaire (à propos de la procédure de mesures provisionnelles, cf. <ref-ruling> consid. 4).
3.2. En deuxième lieu, il faut examiner le cas spécial de l'action de l'art. 731b CO introduite par un exécuteur testamentaire.
Lorsque les héritiers en communauté héréditaire sont en commun l'actionnaire (art. 602 al. 2 CC), en l'occurrence unique, de la société anonyme, et que le défunt a désigné un exécuteur testamentaire, c'est celui-ci qui a la charge de l'administration de la succession (art. 518 al. 2 CC) (Paul-Henri Steinauer, Le droit des successions, 2e éd. 2015, n° 1180). L'exécuteur testamentaire a ainsi la qualité pour conduire le procès ( Prozessstandschaft ou Prozessführungsbefugnis; legitimatio ad causam) concernant l'actif ou le passif de la succession, autrement dit concernant les procès non successoraux. Il agit en son propre nom et en tant que partie à la place des héritiers composant la communauté héréditaire qui restent, quant au fond, les sujets actifs ou passifs du droit contesté (<ref-ruling> consid. 4.2; <ref-ruling> consid. 1a; <ref-ruling> consid. 2 et 3a; arrêts 4A_600/2018 du 1er avril 2019 consid. 4.1.1; 4A_533/2013 du 27 mars 2014 consid. 1.2; 5A_414/2012 du 19 octobre 2012 consid. 5.1). Dès lors que l'exécuteur testamentaire agit à la place des héritiers, il est le seul à pouvoir agir en justice. Les héritiers n'ont plus le pouvoir de le faire (arrêt précité 4A_600/2018 consid. 4.1.1).
L'exécuteur testamentaire a donc, en tant qu'administrateur de la succession, la faculté d'introduire l'action de l'art. 731b al. 1 CO contre la société, qui est un actif de la succession.
3.3. Enfin, en troisième lieu, il s'agit d'examiner si tous les membres de la communauté héréditaire doivent intervenir au procès de l'art. 731b CO introduit par l'exécuteur testamentaire ou si un héritier seul peut y intervenir.
3.3.1. La question doit être résolue au regard de l'art. 74 CPC.
Selon l'art. 74 CPC, quiconque rend vraisemblable un intérêt juridique à ce qu'un litige pendant soit jugé en faveur de l'une des parties peut en tout temps intervenir à titre accessoire.
Selon la doctrine, la faculté de conduire le procès qui appartient à l'exécuteur testamentaire n'exclut pas que les héritiers participent au procès en qualité d'intervenant accessoire (art. 74 ss CPC), ou même en qualité d'intervenant principal (art. 73 CPC) ou de dénoncé (art. 78 ss CPC). Chaque héritier peut participer au procès en tant qu'intervenant accessoire, dès lors qu'il a un intérêt juridique au sort de celui-ci en raison des droits qui lui appartiennent sur la succession (Paul Eitel, Prozessführung durch den Willensvollstrecker, in Willensvollstreckung - Aktuelle Rechtsprobleme [2], 2006, p. 148; Markus Pichler, Die Stellung des Willensvollstreckers in " nichterbrechtlichen " Zivilprozessen, 2011, p. 69; Karrer/Vogt/Leu, in Basler Kommentar, Zivilgesetzbuch, vol. II, 6e éd. 2019, nos 74 et 76 ad art. 518 CC; Grégoire Piller, in Commentaire romand, Code civil, vol. II, 2016, n° 124 ad art. 518 CC).
Cette solution emporte la conviction dans le cas d'un héritier qui intervient dans un procès visant à combler une carence dans l'organisation d'une société anonyme dont les héritiers membres de la communauté héréditaire sont en commun l'actionnaire. En effet, puisque les héritiers sont titulaires des droits successoraux, chaque héritier a un intérêt juridique individuel à ce que le litige pendant soit jugé en faveur de l'une des parties. Le fait que les héritiers soient titulaires en commun des biens successoraux et, partant, consorts nécessaires, a des conséquences sur la qualité pour agir, mais pas sur l'intérêt juridique à l'intervention au sens de l'art. 74 CPC. Ainsi, dans un tel procès, un héritier peut intervenir seul. Cette solution ne peut toutefois pas être étendue à tous les procès. Un consort nécessaire ne peut pas, de manière générale, intervenir seul. Sinon, une telle solution le placerait dans une meilleure situation en tant qu'intervenant qu'en tant que demandeur.
3.3.2. L'art. 74 CPC vise non seulement l'intervention accessoire dépendante, mais également l'intervention accessoire indépendante. Si le jugement qui sera rendu entre les parties principales n'a qu'un effet indirect sur les rapports entre l'intervenant et la partie qu'il assiste, l'intervention accessoire est dite dépendante ( abhängige Nebenintervention). Si le jugement qui sera rendu entre les parties principales a un effet direct, en vertu du droit matériel, entre l'intervenant et la partie adverse, l'intervention accessoire est dite indépendante ( unabhängige Nebenintervention) (<ref-ruling> consid. 2.3.4; arrêt 4A_499/2019 du 25 mars 2020 consid. 1.2.2).
Selon la jurisprudence, le jugement qui est rendu à l'issue de la procédure pour carences dans l'organisation de la société au sens de l'art. 731b CO produit un effet non seulement entre les parties principales, mais déploie également un effet direct à l'égard de tous les actionnaires (<ref-ruling> consid. 2.3.2 et 2.3.7). Un tel jugement produit donc aussi un effet direct à l'égard de tous les héritiers qui sont membres de la communauté héréditaire. Par conséquent, l'héritier qui intervient au côté de l'exécuteur testamentaire est un intervenant accessoire indépendant, qui est libre de poser des actes en contradiction avec les actes de procédure accomplis par celui-ci.
De la même manière que chaque actionnaire peut participer au procès comme intervenant accessoire indépendant lorsque l'assemblée générale de la société anonyme est bloquée par une situation de " pat " dans l'actionnariat, comme on l'a vu ci-dessus (cf. supra consid. 3.1.1), chaque héritier doit pouvoir intervenir en qualité d'intervenant accessoire indépendant lorsque les membres de la communauté héréditaire, actionnaire unique de la société, provoque une situation de blocage en ce qui concerne l'administration de celle-ci. Il n'y a en effet pas de raison de traiter différemment un conflit entre actionnaires créant une situation de " pat " et un conflit entre héritiers occasionnant la même situation de " pat ". Il appartiendra au tribunal de choisir la mesure la plus adaptée pour sortir de cette situation de blocage (cf. supra consid. 3.1.1).
3.4. En l'espèce, l'héritier requérant qui entend agir en faveur de la nomination d'un administrateur indépendant, ne serait-ce que pour éviter la dissolution de la société anonyme pour cause de carence, a un intérêt juridique à intervenir au procès, dite société étant un actif successoral. Dans une telle action, il intervient au côté de l'exécuteur testamentaire, qui poursuit aussi ce but.
C'est à tort que le demandeur intimé feint d'ignorer, contrairement à la bonne foi, que le requérant a retiré son opposition initiale à la nomination d'un administrateur, pour désirer participer à la désignation d'un administrateur indépendant. Tel est le sens de sa réplique du 8 juin 2020, à laquelle renvoie notamment sa détermination du 8 septembre 2020. Il sied d'ailleurs de rappeler que le tribunal n'est pas lié par les conclusions des parties et peut choisir la mesure qui lui paraît appropriée et proportionnée pour résoudre la situation de blocage (" pat ").
En tant qu'elle conclut à l'irrecevabilité des deux dernières requêtes, la société intimée méconnaît que le requérant a déposé uniquement une réplique et une détermination. Son chef de conclusions est donc sans objet.
L'héritier a la qualité d'un intervenant accessoire indépendant. Il est donc libre de procéder indépendamment de l'exécuteur testamentaire qu'il soutient et peut même adopter une position en contradiction avec celle de celui-ci. En l'occurrence, leurs positions peuvent notamment diverger en ce qui concerne la personne de l'administrateur qui pourrait être désignée par le juge.
Contrairement à ce que soutient la société intimée, l'héritier requérant peut intervenir individuellement, la consorité nécessaire des héritiers n'ayant d'influence que sur la qualité pour agir, mais non sur l'intérêt juridique au sens de l'art. 74 CPC.
4.
Il s'ensuit que le recours doit être admis. L'arrêt attaqué sera réformé en ce sens que la requête d'intervention accessoire du requérant est admise. Les frais judiciaires et les dépens seront mis solidairement à la charge des intimés, qui tous deux se sont opposés à l'intervention (art. 66 al. 1 et 5 et 68 al. 1, 2 et 4 LTF). La cause sera renvoyée à la cour cantonale pour nouvelle décision sur les frais et dépens des instances cantonales.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est admis et l'arrêt attaqué est réformé en ce sens que la requête d'intervention accessoire de A.X._ est admise.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 2'500 fr., sont mis solidairement à la charge des intimés.
3.
Les intimés verseront solidairement au recourant une indemnité de 3'000 fr. à titre de dépens.
4.
La cause est renvoyée à la cour cantonale pour nouvelle décision sur les frais et dépens des instances cantonales.
5.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour de justice du canton de Genève, Chambre civile.
Lausanne, le 27 octobre 2021
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente : Hohl
La Greffière : Raetz