Sachverhalt:
A.
A.a. A._ (nachfolgend: der Steuerpflichtige) hat Wohnsitz im Kanton Bern. In den Steuerjahren 2004 bis 2007 war er Partner der in der Rechtsform der Kollektivgesellschaft organisierten Anwaltskanzlei B._ mit Sitz in C._. Im Juli 2009 führte das Steueramt des Kantons Zürich bei B._ eine Buchprüfung durch. Nachdem die Steuerverwaltung des Kantons Bern vom Steueramt des Kantons Zürich über die Ergebnisse dieser Buchprüfung in Kenntnis gesetzt worden war, eröffnete sie am 17. September für die rechtskräftig veranlagten Steuerperioden 2004 bis 2007 ein Nachsteuer- und Hinterziehungsverfahren gegen den Steuerpflichtigen.
A.b. Letztmals mit Einspracheentscheiden vom 13. Juli 2015 rechnete die kantonale Steuerverwaltung dem Einkommen des Steuerpflichtigen für die Steuerjahre 2004 bis 2007 geschäftsmässig nicht begründete Aufwendungen in folgender Höhe auf:
2004 2005 2006 2007 Fr. 19'299.-- Fr. 55'334.-- Fr. 26'308.-- Fr. 242'976.--
Gleichentags auferlegte sie ihm wegen vollendeter, eventualvorsätzlich beziehungsweise teilweise grobfahrlässig begangener Steuerhinterziehungen die folgenden Steuerbussen:
Steuerart 2004 2005 2006 2007 Kantons- und Gemeindesteuer Fr. 5'989.85 Fr. 16'727.50 Fr. 6'941.90 Fr. 59'230.60 Direkte Bundessteuer Fr. 2'219.50 Fr. 7'299.60 Fr. 3'132.35 Fr. 25'650.25
B.
B.a. Gegen die Strafsteuerentscheide erhob der Steuerpflichtige am 10. August 2015 Rekurs und Beschwerde bei der Steuerrekurskommission des Kantons Bern.
Die Steuerrekurskommission wies die Rechtsmittel mit Entscheiden vom 2. August 2016 im Wesentlichen ab und erhöhte das Strafmass für die Steuerbussen betreffend das Steuerjahr 2007 von Faktor 0,8 auf das Einfache der hinterzogenen Steuer. Vor dem Entscheid war dem Steuerpflichtigen Gelegenheit geboten worden, sich zur beabsichtigten Schlechterstellung zu äussern.
B.b. In der Folge gelangte der Steuerpflichtige mit Beschwerde an das Verwaltungsgericht des Kantons Bern. Hinsichtlich des Steuerjahrs 2004 hiess dieses die Beschwerde mit Urteil vom 12. Juni 2018 sowohl betreffend Kantons- und Gemeindesteuern als auch betreffend direkte Bundessteuer gut, hob die Entscheide der Steuerrekurskommission insoweit auf und stellte fest, dass das Recht zur Erhebung von Steuerbussen wegen vollendeter Steuerhinterziehung für die Steuerperiode 2004 verjährt sei. Soweit der Beschwerdeführer die Aufrechnung der Privatanteile an den Autokosten 2004-2007 einschliesslich des Verkaufs eines Geschäftsfahrzeugs beanstandete, erwog das Verwaltungsgericht, die Rügen würden sich ausserhalb des Streitgegenstands bewegen und trat auf die Beschwerde nicht ein. Im Übrigen wies es die Beschwerde sowohl für die Kantons- und Gemeindesteuern als auch für die direkte Bundessteuer ab.
C.
Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 20. August 2018 gelangt der Steuerpflichtige an das Bundesgericht. Er beantragt die Aufhebung des Urteils des Verwaltungsgerichts Bern vom 12. Juni 2018 betreffend Hinterziehung der Kantons- und Gemeindesteuern sowie der direkten Bundessteuer 2005 bis 2007. In einem Eventualantrag ersucht er darum, das Urteil des Verwaltungsgerichts Bern vom 12. Juni 2018 betreffend Hinterziehung der Kantons- und Gemeindesteuern sowie der direkten Bundessteuer 2005 bis 2007 aufzuheben und die Sache zur Neubeurteilung an die Steuerrekurskommission des Kantons Bern zurückzuweisen.
Die Steuerverwaltung und das Verwaltungsgericht des Kantons Bern beantragen Abweisung der Beschwerde. Die Eidgenössische Steuerverwaltung verzichtet auf Vernehmlassung.

Erwägungen:
I. Prozessuales
1.
1.1. Das angefochtene Urteil betrifft den Tatbestand der vollendeten Steuerhinterziehung im Sinne von Art. 175 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG; SR 642.11), Art. 56 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (StHG; SR. 642.14) und Art. 217 des Steuergesetzes des Kantons Bern vom 21. Mai 2000 (BSG 661.11; nachfolgend: StG/BE). Es handelt sich um den verfahrensabschliessenden Entscheid einer letzten kantonalen Instanz in einer Angelegenheit des öffentlichen Rechts, der beim Bundesgericht mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten angefochten werden kann (Art. 82 lit. a, Art. 86 Abs. 1 lit. d und Abs. 2, Art. 90 BGG i. V. m. Art. 182 Abs. 2 DBG und Art. 57bis Abs. 2 StHG). Die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen geben nicht zu Bemerkungen Anlass, sodass auf das Rechtsmittel einzutreten ist.
1.2. Obschon sowohl die direkte Bundessteuer als auch die Kantons- und Gemeindesteuern betroffen sind, ficht der Beschwerdeführer das Urteil der Vorinstanz mit nur einer Beschwerdeeingabe an. Ein solches Vorgehen ist unter anderem dann zulässig, wenn die aufgeworfenen Fragen im Bundesrecht und im harmonisierten kantonalen Steuerrecht gleich geregelt sind (Urteil 2C_164/2013 / 2C_165/2013 vom 28. März 2014 E. 1.1, nicht publ. in: <ref-ruling>; <ref-ruling> E. 1.3 S. 262 f.). Dies ist vorliegend der Fall (Art. 175 DBG, Art. 56 StHG, Art. 217 StG/BE; vgl. Urteil 2C_214/2014 vom 7. August 2014 E. 1.3).
2.
2.1. Die Anwendung von Bundesrecht prüft das Bundesgericht von Amtes wegen (Art. 106 Abs. 1 BGG; <ref-ruling> E. 3.2.3 S. 465) und mit uneingeschränkter (voller) Kognition (Art. 95 lit. a BGG; <ref-ruling> E. 2 S. 180). Dies trifft auch auf das harmonisierte kantonale und kommunale Steuerrecht zu. Vorbehalten bleiben Konstellationen, in welchen das Harmonisierungsrecht den Kantonen und Gemeinden einen gewissen Gestaltungsspielraum belässt oder gar keine Anwendung findet (Art. 1 Abs. 3 Satz 1 StHG). In einem solchen Fall beschränkt sich die Kognition auf die Verletzung verfassungsmässiger Individualrechte, namentlich des Willkürverbots (Art. 9 BV). Die Verletzung kantonalen Gesetzesrechts ist einer Überprüfung durch das Bundesgericht im Grundsatz nicht zugänglich (Art. 95 BGG e contrario; vgl. <ref-ruling> E. 1.3 S. 30 f.). In Bezug auf die Verletzung von Grundrechten gilt eine qualifizierte Rüge- und Substanziierungspflicht (Art. 106 Abs. 2 BGG; <ref-ruling> E. 2.5 S. 314).
2.2. Das Bundesgericht legt seinem Urteil im Regelfall den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1 BGG). Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 BGG beruht (Art. 105 Abs. 2 BGG). "Offensichtlich unrichtig" bedeutet "willkürlich" (<ref-ruling> E. 2 S. 116). Unter den gleichen Voraussetzungen kann eine beschwerdeführende Partei die Sachverhaltsfeststellungen der Vorinstanz beanstanden, wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (Art. 97 Abs. 1 BGG). Eine entsprechende Rüge ist hinreichend zu substanziieren (<ref-ruling> E. 5.1 S. 356, <ref-ruling> E. 1.4.3 S. 254).
II. Formelle Rügen
3.
Der Beschwerdeführer wirft der Vorinstanz in Bezug auf ihren Nichteintretensentscheid eine formelle Rechtsverweigerung (Art. 29 Abs. 1 BV) und eine Verletzung seines Gehörsanspruchs (Art. 29 Abs. 2 BV) vor. Diese Rügen sind vorab zu behandeln, da sie auch für die Bestimmung des Streitgegenstands des vorliegenden Verfahrens von Bedeutung sind. Die weiteren vom Beschwerdeführer erhobenen Gehörsrügen sind praxisgemäss ebenfalls vor den materiellen Erwägungen zu behandeln (<ref-ruling> E. 5.1 S. 237).
3.1. Art. 29 Abs. 1 BV räumt einen Anspruch auf Behandlung von formgerecht eingereichten Eingaben ein und verbietet formelle Rechtsverweigerung. Eine formelle Rechtsverweigerung liegt unter anderem vor, wenn eine Behörde fälschlicherweise auf eine Eingabe nicht eintritt und sie nicht regelgemäss prüft (<ref-ruling> E. 3.2 S. 193). Dies beurteilt sich nach dem anwendbaren Verfahrensrecht (<ref-ruling> E. 2.4.2 S. 11; <ref-ruling> E. 4.2 S. 158; Urteil 2C_469/2018 vom 6. Februar 2019 E. 3.2).
3.2. Gemäss Art. 29 Abs. 2 BV haben die Parteien Anspruch auf rechtliches Gehör. Das rechtliche Gehör dient einerseits der Sachaufklärung, anderseits stellt es ein persönlichkeitsbezogenes Mitwirkungsrecht beim Erlass eines Entscheides dar, welcher in die Rechtsstellung des Einzelnen eingreift. Dazu gehört insbesondere das Recht des Betroffenen, sich vor Erlass eines solchen Entscheides zur Sache zu äussern, erhebliche Beweise beizubringen, Einsicht in die Akten zu nehmen, mit erheblichen Beweisanträgen gehört zu werden und an der Erhebung wesentlicher Beweise entweder mitzuwirken oder sich zumindest zum Beweisergebnis zu äussern, wenn dieses geeignet ist, den Entscheid zu beeinflussen. Der Anspruch auf rechtliches Gehör umfasst als Mitwirkungsrecht somit alle Befugnisse, die einer Partei einzuräumen sind, damit sie in einem Verfahren ihren Standpunkt wirksam zur Geltung bringen kann (vgl. <ref-ruling> E. 5.1 S. 293).
Mit dem Gehörsanspruch korreliert die Pflicht der Behörden, die Vorbringen des Betroffenen tatsächlich zu hören, ernsthaft zu prüfen und in ihrer Entscheidfindung angemessen zu berücksichtigen. Das gilt für alle form- und fristgerechten Äusserungen, Eingaben und Anträge, die zur Klärung der konkreten Streitfrage geeignet und erforderlich erscheinen. Die Begründung muss so abgefasst sein, dass der Betroffene den Entscheid gegebenenfalls sachgerecht anfechten kann. Sie muss kurz die wesentlichen Überlegungen nennen, von denen sich die Behörde hat leiten lassen und auf die sie ihren Entscheid stützt. Nicht erforderlich ist, dass sich die Begründung mit allen Parteistandpunkten einlässlich auseinandersetzt und jedes einzelne Vorbringen ausdrücklich widerlegt (vgl. <ref-ruling> E. 5.2 S. 70 f.; <ref-ruling> E. 2.2.1 S. 188 f.).
3.3. Zu prüfen ist zunächst die Rüge des Beschwerdeführers, die Vorinstanz habe Art. 29 Abs. 1 und 2 BV verletzt, indem sie auf seine Beschwerde teilweise nicht eingetreten beziehungsweise auf einzelne seiner Rügen nicht eingegangen sei. Der Sache nach geht es um die Einwände des Beschwerdeführers zu den Aufrechnungen der Privatanteile an den Autokosten 2004-2007 einschliesslich des Verkaufs eines Geschäftsfahrzeugs (vgl. Beschwerde an das Verwaltungsgericht, Rz. 100 ff.). Die Vorinstanz erwog diesbezüglich, die Rügen des Beschwerdeführers würden sich ausserhalb des Streitgegenstands bewegen. Entsprechend ist sie auf die Beschwerden insoweit nicht eingetreten.
3.3.1. Ausgangspunkt und äusserster Rahmen für die Bestimmung Streitgegenstands im Verfahren der nachträglichen Verwaltungsrechtspflege bildet die angefochtene Verfügung bzw. der angefochtene Entscheid (sog. Anfechtungsgegenstand). Im Verlaufe des Rechtsmittelverfahrens lässt sich der Streitgegenstand verengen, indem eine Verfügung oder ein Entscheid nur teilweise angefochten wird; erweitern oder qualitativ verändern lässt er sich jedoch nicht (vgl. <ref-ruling> E. 4.2 S. 462 f.; <ref-ruling> E. 5 S. 174; <ref-ruling> E. 2 S. 38; AUER/BINDER, in Auer/Müller/Schindler [Hrsg.], in: Kommentar zum VwVG, 2. Aufl. 2019, N. 11 zu Art. 12 VwVG; KÖLZ/HÄNER/BERTSCHI, Verwaltungsverfahren und Verwaltungsrechtspflege des Bundes, 3. Aufl. 2013, Rz. 688). Ausgehend vom Anfechtungsgegenstand bestimmen die Parteibegehren über den Streitgegenstand (BGE <ref-ruling> E. 5.2; <ref-ruling> E. 2.4). Diese sind im Lichte ihrer Begründung auszulegen (<ref-ruling> E. 1.3 S. 373 f.; Urteil 2C_774/2018 vom 13. Mai 2019 E. 3.2).
3.3.2. Innerhalb des Streitgegenstands (vgl. E. 3.3.1 hiervor) kann eine Partei jederzeit neue rechtliche Begründungen für ihren Standpunkt vortragen; auf einen früher eingenommenen Standpunkt kann sie auch wieder zurückkommen und ihr Rechtsmittel mit neuer Begründung weiterverfolgen. Eine andere Betrachtungsweise stünde im Widerspruch zum Grundsatz der Rechtsanwendung von Amtes wegen ("iura novit curia"; vgl. im bernischen Verwaltungsverfahrensrecht Art. 20a Abs. 1 des Verwaltungsrechtspflegegesetzes des Kantons Bern vom 23. Mai 1989 [VRPG/BE, BSG 155.21]; geklärt ist diese Frage für das Verwaltungsverfahrensrecht des Bundes, vgl. BGE <ref-ruling> E. 5.2 S. 175; Urteil 1A.114/2001 vom 14. März 2002 E. 4.3.1 mit Hinweisen; ferner auch Auer Christoph, Streitgegenstand und Rügeprinzip im Spannungsfeld der verwaltungsrechtlichen Prozessmaximen, 1997, S. 99). Selbst im bundesgerichtlichen Verfahren ist es angesichts der Geltung des Grundsatzes der Rechtsanwendung von Amtes wegen (Art. 106 Abs. 1 BGG) möglich, innerhalb des Streitgegenstands neue rechtliche Rügen vorzutragen (<ref-ruling> E. 4.4.3-4.4.6 S. 156 ff.; Urteil 1C_501/2018 vom 15. Mai 2019 E. 9.3).
3.3.3. Vor der Steuerrekurskommission hat der Beschwerdeführer den Antrag gestellt, die "Einspracheverfügung der kantonalen Steuerverwaltung vom 13. Juli 2015 mit den bezüglich der Kantons- und Ge-meindesteuern sowie der direkten Bundessteuer verfügten Steuerbussen sei [...] aufzuheben." Dieser Antrag deckte auf den ersten Blick die von der kantonalen Steuerverwaltung ausgesprochenen Steuerbussen für die Jahre 2004, 2005, 2006 und 2007 sowohl hinsichtlich der direkten Bundessteuer als auch hinsichtlich der Kantons- und Gemeindesteuer vollumfänglich ab. Aus der Eingabe an die Steuerrekurskommission geht jedoch hervor, dass der Beschwerdeführer die Aufrechnungen bzw. Kürzungen der "Privatanteile Autokosten, Privatauslagen Autokosten sowie Pauschalspesen" anerkannte (vgl. Rekurs vom 10. August 2015, Rz. 38, 43, 48, 51) und insoweit auch nicht behauptete, es fehle am Eventualvorsatz (vgl. Rekurs vom 10. August 2015, Rz. 63 e contrario). Ausgelegt im Lichte dieser Begründung kann das Rechtsbegehren des Beschwerdeführers im Rekursverfahren nach Treu und Glauben nicht anders verstanden werden, als dass er die Steuerbussen insoweit anerkannte, als sie auf nicht deklarierten "Privatanteilen Autokosten und Privatauslagen Autokosten" beruhten. In diesem betragsmässig ohne weiteres definierbaren Rahmen sind die ausgesprochenen Steuerbussen mit der Nichtanfechtung rechtskräftig geworden und konnten nicht mehr zum Gegenstand des Beschwerdeverfahrens vor Verwaltungsgericht Bern gemacht werden.
3.3.4. Der teilweise Nichteintretensentscheid der Vorinstanz verletzt deshalb Art. 29 Abs. 1 und 2 BV nicht. Damit ist auch gesagt, dass die Rügen des Beschwerdeführers zu der angeblich unzutreffenden Aufrechnung des Privatanteils an den Autokosten (Rz. 67-76 der Beschwerde) nicht zum Gegenstand des vorliegenden Verfahrens gemacht werden können, weil sie sich ausserhalb des zulässigen Streitgegenstands bewegen.
3.4. Einzugehen ist weiter auf die Rüge des Beschwerdeführers, die Vorinstanz habe seinen Gehörsanspruch verletzt, indem sie ihn - trotz entsprechenden Antrags - nicht persönlich angehört habe.
3.4.1. Nach ständiger Rechtsprechung fliesst aus Art. 29 Abs. 2 BV kein Recht auf mündliche Anhörung (<ref-ruling> E. 5.3 S. 148; <ref-ruling> E. 2.1 S. 428). Auch aus der gesetzlichen Konkretisierung des Gehörsanspruchs in den vorliegend anwendbaren Spezialgesetzen ergibt sich ein solcher Anspruch nicht (Art. 145 Abs. 2 in Verbindung mit Art. 143 Abs. 1 DBG; Art. 21 Abs. 1 VRPG/BE). Entsprechend verletzt die verweigerte Anhörung Art. 29 Abs. 2 BV für sich genommen nicht.
3.4.2. Soweit der Beschwerdeführer implizit geltend macht, die Vorinstanz habe durch die Abweisung des Antrags auf Anhörung die Abnahme erheblicher Beweismittel verweigert, substanziiert er nicht hinreichend, dass und inwiefern eine Anhörung geeignet gewesen wäre, etwas am massgeblichen Sachverhalt zu ändern. Die Vorinstanz hat zur Beurteilung des subjektiven Tatbestands im Wesentlichen auf objektive Gegebenheiten zum Zeitpunkt des unrechtmässig doppelt vorgenommenen Abzugs abgestellt (vgl. angefochtener Entscheid, E. 7.2), und in diesem Zusammenhang zutreffend festgestellt, eine Befragung verspreche keine Erkenntnisse, die der Beschwerdeführer nicht auch schriftlich vorbringen und dokumentarisch belegen könnte. Hinzu kommt, dass die persönliche Glaubwürdigkeit des Beschwerdeführers zum Zeitpunkt des vorinstanzlichen Verfahrens - also mehr als zehn Jahre nach der ihm vorgeworfenen Steuerhinterziehung - nichts zur Sache tut. Entsprechend durfte die Vorinstanz den Antrag zur Durchführung eines Parteiverhörs in antizipierter Beweiswürdigung abweisen. Indem die Vorinstanz dem Beschwerdeführer Gelegenheit geboten hat, sich im Rahmen des Schriftenwechsels schriftlich zu äussern, wurde den Anforderungen von Art. 29 Abs. 2 BV Genüge getan (Urteil 2C_853/2013 vom 17. Juni 2014 E. 4.1.1). Eine Verletzung von Art. 6 EMRK rügt der Beschwerdeführer nicht, so dass sich weitere Ausführungen hierzu erübrigen (Art. 106 Abs. 2 BGG).
3.5. Der Beschwerdeführer beanstandet, die Steuerrekurskommission habe ihn zwar eingeladen, sich zur beabsichtigten Änderung des Einspracheentscheids zu seinen Ungunsten zu äussern; die in diesem Zusammenhang angesetzten Fristen seien jedoch zu kurz gewesen, und einem zweiten Fristverlängerungsgesuch von seiner Seite sei zu Unrecht nicht entsprochen worden. Die Handhabung der Fristen durch die Steuerrekurskommission habe es ihm faktisch verunmöglicht, von seinem Äusserungsrecht fristgerecht Gebrauch zu machen. Indem die Vorinstanz das Vorgehen der Steuerrekurskommission geschützt habe, habe sie Art. 9 BV sowie Art. 29 Abs. 1 und 2 BV verletzt.
3.5.1. Behördlich angesetzte Fristen sind - anders als gesetzliche Fristen - einer Erstreckung grundsätzlich zugänglich. Nach dem hier anwendbaren Verfahrensrecht kann die zuständige Behörde eine behördliche Frist erstrecken, wenn vor Ablauf der Frist darum nachgesucht wird (Art. 43 Abs. 1 VRPG/BE). Die Behörde entscheidet über Fristerstreckungsgesuche im pflichtgemässen Ermessen und aufgrund der geltend gemachten Gründe. Sie berücksichtigt dabei die Art des Verfahrens, die betroffenen Interessen und die Verfahrensumstände, hat aber auch den Grundsatz der Verfahrensbeschleunigung und der rechtsgleichen Behandlung der Parteien zu beachten (vgl. MERKLI/AESCHLIMANN/HERZOG, Kommentar zum VRPG/BE, 1997, N. 4 zu Art. 43 VRPG/BE).
3.5.2. Nach den vorinstanzlichen Feststellungen hat die Steuerrekurskommission dem Beschwerdeführer zunächst eine Frist von acht Tagen angesetzt, um zu der von ihr beabsichtigten reformatio in peius Stellung zu nehmen, diese Frist indes auf Gesuch hin in der Folge um zwei Wochen verlängert.
Ein rechtlicher Anspruch des Beschwerdeführers auf eine weitere Erstreckung hat nach Auffassung der Vorinstanz nicht bestanden: Vorab im Hinblick auf die per 1. Januar 2017 in Kraft getretenen neuen Verjährungsbestimmungen im Steuerstrafrecht erscheine es als nachvollziehbar, wenn die Steuerrekurskommission Fristerstreckungen nur mit Zurückhaltung gewähre. Das (nochmalige) Äusserungsrecht habe sich überdies auf die Frage der von der Steuerrekurskommission beabsichtigten reformatio in peius beschränkt; in Anbetracht der diesbezüglich nicht sehr umfangreichen Akten und der eingeschränkten Thematik erscheine eine Frist von insgesamt drei Wochen mehr als ausreichend, zumal der Beschwerdeführer durch einen Anwalt vertreten gewesen sei, der bei einem grösseren Wirtschaftsprüfungs-, Treuhand- und Beratungsunternehmen tätig sei. Soweit dieser Anwalt ferienhalber abwesend gewesen sei, habe erwartet werden dürfen, dass er sich so organisiere, dass anstehende Fristen eingehalten werden könnten; dies umso mehr, als der Mandatsleiter des Bereichs Steuern und Recht, der alle früheren Stellungnahmen mitunterzeichnet habe, im fraglichen Zeitraum offenbar verfügbar gewesen sei.
3.5.3. Der Beschwerdeführer setzt sich mit dieser fundierten Begründung der Vorinstanz nur ansatzweise auseinander. Seine weitgehend appellatorischen Ausführungen lassen nicht den Schluss zu, dass die fristgerechte Ausarbeitung einer den Umständen nach angemessenen Stellungnahme mit unverhältnismässigem Aufwand verbunden gewesen wäre. Namentlich wird nicht schlüssig dargelegt, inwiefern die ferienbedingte Abwesenheit des offenbar hauptverantwortlichen Anwalts der Ausarbeitung einer Stellungnahme angesichts der begrenzten Fragestellung entgegengestanden hätte. Die vorinstanzliche Feststellung, dass andere mit dem Dossier betraute Personen verfügbar gewesen wären, blieb im vorliegenden Verfahren unbestritten. Vor diesem Hintergrund bestand für die Steuerrekurskommission auch in Anbetracht des Beschleunigungsgebots kein Anlass, dem neuerlichen Fristerstreckungsgesuch zu entsprechen. Inwiefern die angebliche Ferienabwesenheit der Vizepräsidentin der Steuerrekurskommission bis zum 5. August 2016 an diesem Bild etwas ändert, wird in der Beschwerdeschrift nicht schlüssig erklärt, und ist im Übrigen auch nicht ersichtlich; es besteht deshalb kein Anlass, diesbezüglich weitere Abklärungen zu treffen. Eine Verletzung von Art. 9, Art. 29 Abs. 1 oder Art. 29 Abs. 2 BV durch die Verweigerung einer weiteren Fristerstreckung ist nicht ersichtlich.
3.6. Der Beschwerdeführer rügt weiter, die Vorinstanz habe zu Unrecht das Vorgehen der Steuerrekurskommission geschützt, seine (verspätete) Eingabe vom 27. Juli 2016 zu der beabsichtigten reformatio in peius für die Entscheide vom 2. August 2016 nicht mehr zu berücksichtigen.
3.6.1. Art. 25 VRPG/BE sieht vor, dass eine Partei im Rahmen des Streitgegenstands solange neue Tatsachen und Beweismittel in das Verfahren einbringen kann, als weder verfügt noch entschieden noch mit prozessleitender Verfügung das Beweisverfahren geschlossen ist. Die Vorinstanz erwog, die an die Steuerrekurskommission gerichtete Eingabe des Beschwerdeführers vom 27. Juli 2016 habe keine neuen Tatsachen enthalten; die der Eingabe beigelegten Dokumente seien bereits aktenkundig gewesen. Selbst wenn die Schilderung der Umstände des doppelten BVG-Abzüge in der Eingabe ausführlicher ausgefallen sei, als in früheren Eingaben, seien damit keine neuen massgeblichen Tatsachen vorgetragen worden. Die Nichtbeachtung der Eingabe durch die Verwaltungsrekurskommission könne Art. 25 VRPG/BE daher zum vornherein nicht verletzen.
3.6.2. Was der Beschwerdeführer hiergegen vorbringt, genügt nicht, um auf eine willkürliche Anwendung von Art. 25 VRPG/BE zu schliessen (vgl. zur Prüfungskognition in Bezug auf kantonales Recht E. 2.1 hiervor). Bei der Beantwortung der Frage, ob seine Eingabe aufgrund von Art. 25 VRPG/BE hätte berücksichtigt werden müssen, ist unter anderem darauf abzustellen, ob in seiner Eingabe ein echtes oder unechtes Novum enthalten war. Das Vorbringen des Beschwerdeführers, die angedrohte reformatio in peius habe den massgeblichen Sachverhalt verändert, zielt an der Sache vorbei. Entscheidend wäre gewesen, dass seine Eingabe ein echtes oder unechtes Novum enthalten hätte; weil der Beschwerdeführer dies nicht behauptet, bleibt es bei der vorinstanzlichen Feststellung, die Eingabe habe keine neuen, bisher unbekannten Tatsachen enthalten. Der Zeitpunkt der Eingabe spielt damit keine Rolle. Auf die Ausführungen des Beschwerdeführers zur Frage, ob der Entscheid im Zeitpunkt seiner Eingabe bereits in Zirkulation war, braucht daher nicht weiter eingegangen zu werden. Anzumerken ist in diesem Zusammenhang einzig, dass die Vorinstanz die Frage, ob das Beweisverfahren bei Eingang der Eingabe bereits förmlich geschlossen war, ausdrücklich offen gelassen hat (vgl. angefochtener Entscheid, E. 2.6 in fine). Entgegen den Vorhaltungen des Beschwerdeführers ist sie also nicht davon ausgegangen, die Steuerrekurskommission habe am 28. Juli 2016 schon entschieden gehabt.
3.6.3. Auch eine Gehörsverletzung ist im Zusammenhang mit der Nichtberücksichtigung der Eingabe des Beschwerdeführers vom 27. Juli 2016 nicht ersichtlich. Art. 29 Abs. 2 BV verlangt nicht, dass eine Behörde jeden einzelnen Standpunkt einer Partei widerlegt; erforderlich ist lediglich, dass die zuständige Behörde die wesentlichen Überlegungen nennt, von denen sie sich hat leiten lassen und auf die sie ihren Entscheid stützt (vgl. E. 3.2 hiervor). Der Beschwerdeführer rügt nicht, dass die Steuerrekurskommission dieser Pflicht nicht nachgekommen sei. Die in diesem Zusammenhang geltend gemachte Gehörsverletzung ist damit nicht hinreichend substanziiert (Art. 106 Abs. 2 BGG); auf die Rüge ist nicht weiter einzugehen.
3.7. Die formellen Rügen des Beschwerdeführers sind nach dem hiervor Ausgeführten unbegründet.
III. Direkte Bundessteuer
4.
4.1. Streitgegenstand sind vorliegend die von der Vorinstanz bestätigten Bussen wegen vollendeter Steuerhinterziehung in den Jahren 2005 bis 2007, soweit diese im vorinstanzlichen Verfahren überhaupt noch Streitgegenstand bildeten. Eine vollendete Steuerhinterziehung liegt objektiv vor, wenn die steuerpflichtige Person bewirkt, "dass eine Veranlagung zu Unrecht unterbleibt oder dass eine rechtskräftige Veranlagung unvollständig ist" (Art. 175 Abs. 1 DBG). Als Tathandlung in Betracht fällt namentlich eine unvollständig oder nicht wahrheitsgemäss ausgefüllte Steuererklärung (SIEBER/MALLA, in: Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht, DBG, 3. Aufl. 2017, N. 9 zu Art. 175 DBG), die adäquat-kausal zu einem Steuerausfall beim Gemeinwesen beigetragen hat (vgl. Urteile 2C_449/2017 vom 26. Februar 2018 E. 2.1; 2C_214/2014 vom 7. August 2014 E. 2.1 in: StE 2014 B 101.2 Nr. 27; vgl. ferner RICHNER/FREI/KAUFMANN/MEUTER, Handkommentar zum DBG, 3. Aufl. 2016, N. 2 zu Art. 175 DBG; SANSONETTI/HOSTETTLER, in: Commentaire Romand LIFD, 2. Aufl. 2017, N. 12 ff. zu Art. 175 DBG). Der subjektive Tatbestand setzt Vorsatz oder Fahrlässigkeit voraus (Art. 175 Abs. 1 DBG). Die Sanktion besteht in einer Busse. Diese beträgt in der Regel das Einfache der hinterzogenen Steuer. Bei leichtem Verschulden kann sie bis auf einen Drittel ermässigt, bei schwerem Verschulden bis auf das Dreifache erhöht werden (Art. 175 Abs. 2 DBG).
4.2. Beim Verfahren, das zur Sanktionierung einer Steuerhinterziehung führt, handelt es sich um eine strafrechtliche Anklage im Sinne von Art. 6 Ziff. 1 EMRK ("de nature pénale"; <ref-ruling> E. 9.2 S. 74; <ref-ruling> E. 6 S. 419; <ref-ruling> E. 2.6.1 S. 51). Damit kommt namentlich die Unschuldsvermutung zum Tragen (Art. 32 Abs. 1 BV; Art. 6 Ziff. 2 EMRK; <ref-ruling> E. 6.4.3 S. 254; spezifisch zum Steuerhinterziehungsverfahren Urteile 2C_32/2016 vom 24. November 2016 E. 13.2; 2C_242/2013 vom 25. Oktober 2013 E. 3.1).
4.2.1. Als Beweislastregel bedeutet die Unschuldsvermutung, dass es Sache der Anklagebehörde ist, die Schuld des Angeklagten zu beweisen und nicht dieser seine Unschuld nachweisen muss. Ob der Grundsatz "in dubio pro reo" als Beweislastregel verletzt ist, prüft das Bundesgericht mit freier Kognition (vgl. <ref-ruling> E. 2.2.3.3 S. 351 f.; <ref-ruling> E. 2a S. 40; <ref-ruling> E. 2c S. 37; Urteile 6B_345/2019 vom 18. April 2019 E. 1.1; 2C_1157+1158/2016 vom 2. November 2017 E. 4.2.1).
4.2.2. Aus der Unschuldsvermutung und dem darin enthaltenen Grundsatz "in dubio pro reo" ergibt sich im Sinne einer Beweiswürdigungsregel, dass den Steuerstrafen keine Sachverhaltselemente zugrunde gelegt werden dürfen, über deren Verwirklichung bei objektiver Würdigung der gesamten Beweislage Zweifel bestehen oder die nur als wahrscheinlich gelten. Der Grundsatz ist verletzt, wenn das Gericht an der Schuld hätte zweifeln müssen. Dabei sind bloss abstrakte und theoretische Zweifel nicht massgebend, da solche immer möglich sind und eine absolute Gewissheit nicht verlangt werden kann (vgl. BGE <ref-ruling> E. 2a S. 41; Urteile 6B_345/2019 vom 18. April 2019 E. 1.1; 6B_804/2017 vom 23. Mai 2018 E. 2.2.1; 2C_722/2012 vom 27. Mai 2013 E. 5.2.1). Folglich muss im Steuerstrafverfahren die Schuld der angeklagten Person mit an Sicherheit grenzender Wahrscheinlichkeit feststehen (vgl. Urteile 2C_1157+1158/2016 vom 2. November 2017 E. 4.2.2; 2C_16/2015 vom 6. August 2015 E. 2.5.3; vgl. auch <ref-ruling> E. 2.2.3.3 S. 351; Urteil 6B_804/2017 vom 23. Mai 2018 E. 2.2.1). Dies ändert allerdings nichts daran, dass es auch im Steuerhinterziehungsverfahren zulässig ist, die Höhe eines hinterzogenen Einkommensbestandteils der Höhe nach zu schätzen, wenn er auf diese Weise hinreichend sicher zu ermitteln ist (vgl. Urteile 2C_214/2014 vom 7. August 2014; 2C_395/2011 vom 6. Dezember 2011 E. 3.2.2, in: RTiD 2012 I 802).
Ob der Grundsatz "in dubio pro reo" als Beweiswürdigungsregel verletzt ist, prüft das Bundesgericht nur unter dem Gesichtspunkt der Willkür (vgl. <ref-ruling> E. 2.2.3.3 S. 352; <ref-ruling> E. 2a S. 41; <ref-ruling> E. 2a S. 88; Urteile 6B_345/2019 vom 18. April 2019 E. 1.1; 6B_932/2018 vom 24. Januar 2019 E. 1.1; zum Begriff der Willkür vgl. <ref-ruling> E. 2.3.1 S. 244; <ref-ruling> E. 4.1 S. 566).
5.
Einzugehen ist nachfolgend zunächst auf die Frage, ob der objektive Tatbestand der Steuerhinterziehung erfüllt ist. Die Vorinstanz bejaht dies im Wesentlichen mit der Begründung, vom Beschwerdeführer mitzuverantwortende Unregelmässigkeiten in der Buchhaltung seiner als Kollektivgesellschaft organisierten Anwaltskanzlei hätten dazu geführt, dass er ein zu tiefes Einkommen deklariert habe; insbesondere sei zu Unrecht davon abgesehen worden, geschäftsmässig nicht begründeten Aufwand aufzurechnen bzw. bei gemischten Aufwendungen Privatanteile auszuscheiden. Inhaltlich ging es ursprünglich neben dem im Jahr 2007 doppelt zum Abzug gebrachten BVG-Einkauf bzw. Arbeitnehmer-Anteil BVG um die Aufrechnung von Privatanteilen an geltend gemachten Autokosten und Spesen; Gegenstand der Aufrechnung waren zudem Privatauslagen, Reise- und Repräsentationsaufwand sowie Pauschalspesen, die geschäftsmässig nicht begründet gewesen seien.
5.1. Im vorliegenden Verfahren beanstandet der Beschwerdeführer unter dem Blickwinkel des objektiven Tatbestands nur die Aufrechnung von Privatanteilen an geltend gemachten Autokosten sowie von Reise- und Repräsentationsaufwand (einschliesslich eines pauschalierten Privatanteils). In Bezug auf die Aufrechnung von Privatanteilen an den Autokosten (vgl. dazu Beschwerde, Rz. 67-76) ist die von der Steuerverwaltung ausgesprochene Busse im Verlaufe des kantonalen Verfahrens rechtskräftig geworden (vgl. E. 3.3.4 hiervor). Gestützt auf eine vor Bundesgericht eingereichte Bestätigung eines Treuhandexperten der BDO AG vom 17. August 2018 behauptet der Beschwerdeführer nun zwar, dass die (korrekten) Buchungen im Zusammenhang mit dem Verkauf des Geschäftsfahrzeugs entgegen der Annahme der Steuerverwaltung in den Jahresgewinn der Kollektivgesellschaft eingeflossen und damit auch versteuert worden seien. Dieses Vorbringen kann vom Bundesgericht jedoch nicht berücksichtigt werden, weil sich das Vorbringen ausserhalb des Streitgegenstands bewegt und damit selbst dann keiner materiellen Prüfung zugänglich wäre, wenn die Bestätigung novenrechtlich berücksichtigt werden könnte.
5.2. Die Einkünfte der Kollektivgesellschaft werden ihren Teilhabern anteilsmässig persönlich zugerechnet (Art. 10 Abs. 1 DBG) und unterliegen der Einkommenssteuer (Art. 18 Abs. 1 DBG). Um die Höhe des Einkommens der Kollektivgesellschafter zu bestimmen, ist an die nach kaufmännischen Grundsätzen zu erstellenden Jahresrechnungen (vgl. Art. 552 Abs. 2 in Verbindung mit aArt. 957 Abs. 1 Ziff. 1 OR [SR 220] in der bis zum 31. Dezember 2012 gültigen Fassung [AS 2002 S. 949]) anzuknüpfen (vgl. die Verweisung von Art. 18 Abs. 3 auf Art. 58 DBG). Ausgangspunkt bildet der Saldo der Erfolgsrechnung der Gesellschaft unter Berücksichtigung des Saldovortrags des Vorjahres (Art. 58 Abs. 1 lit. a DBG; Art. 85 Abs. 2 lit. a StG/BE); es gilt mithin das Prinzip der Massgeblichkeit der Handelsbilanz (<ref-ruling> E. 6.2 S. 360 f.). Nach diesem Prinzip bilden Bilanz und namentlich Erfolgsrechnung die Grundlage der steuerlichen Gewinnermittlung, wenn bei ihrer Errichtung nicht gegen zwingende Bestimmungen des Handelsrechts verstossen wurde und sofern nicht spezielle steuerrechtliche Vorschriften für die Gewinnermittlung zu beachten sind (<ref-ruling> E. 6.2 S. 359 f.). Vorzunehmen ist eine steuerliche Korrektur des handelsrechtlich korrekt ausgewiesenen Reingewinns namentlich auf allen vor der Berechnung des Saldos der Erfolgsrechnung ausgeschiedenen Teilen des Geschäftsergebnisses, die nicht zur Deckung von geschäftsmässig begründetem Aufwand verwendet wurden (Art. 58 Abs. 1 lit. b DBG).
5.3. Da der steuerbare Unternehmensgewinn aus der für die Steuerbehörden grundsätzlich bindenden kaufmännischen Buchführung hervorgeht, ist der tatbestandsmässige Erfolg einer vollendeten Steuerhinterziehung eingetreten, sobald eine Unregelmässigkeit in der Buchhaltung besteht und gestützt darauf eine zu niedrige Veranlagung erfolgt (<ref-ruling> E. 3.1 S. 88). Ob dies vorliegend der Fall ist, beurteilt sich danach, ob der Beschwerdeführer in den Steuererklärungen der hier interessierenden Steuerjahre zu Unrecht davon abgesehen hat, geschäftsmässig nicht begründeten Aufwand auszuscheiden bzw. Privatanteile aufzurechnen. Nach der Rechtsprechung sind Aufwendungen dann geschäftsmässig begründet, wenn sie mit dem erzielten Erwerb betriebswirtschaftlich in einem unmittelbaren und direkten (organischen) Zusammenhang stehen (<ref-ruling> E. 3c S. 33; 113 lb 114 E. 2c S. 118 f.; Urteil 2C_795/2015 vom 3. Mai 2016 E. 2.2, in: RDAF 2017 II 69 und StR 2016, S. 631 ff.). Was nach kaufmännischer Auffassung in guten Treuen zum Kreis der Unkosten gerechnet werden kann, muss steuerlich als geschäftsmässig begründet anerkannt werden. Dabei spielt es keine Rolle, ob ein Betrieb auch ohne den infrage stehenden Aufwand ausgekommen wäre und ob dieser Aufwand im Sinne einer rationellen und gewinnorientierten Betriebsführung zweckmässig war (vgl. auch <ref-ruling> E. 2c S. 118 f.; Urteil 2P.153/2002 vom 29. November 2002 E. 3.2, in: StE 2003 B 72.14.2 Nr. 31). Nicht zum geschäftsmässig begründeten Aufwand zählen jedoch Aufwendungen, welche die Gesellschaft einzig für den privaten Lebensaufwand der an ihr beteiligten Personen (bzw. diesen nahestehenden Personen) erbracht hat. Es ist steuerlich unzulässig, solche Ausgaben unter dem Vorwand von Geschäfts- oder Repräsentationsspesen als Geschäftsaufwand zu verbuchen (Urteile 2C_273+274/2013 vom 16. Juli 2013 E. 3.2, in: StE 2013 B 93.5 27; 2P.195/2005 vom 16. Februar 2006 E. 3.2; 2P.250/2004 vom 13. Juni 2005 E. 3.2, in: RtiD 2005 II S. 514; 2P.153/2002 vom 29. November 2002 E. 3.2 in fine, in: StE 2003 B 72.14.2 Nr. 31; PETER LOCHER, Kommentar zum DBG, II. Teil, 2004, N. 111 zu Art. 58 DBG). Als privat gelten alle Aufwendungen eines Geschäfts, die der privaten Sphäre des Inhabers zugute kommen (Urteil 2C_374/2014 vom 30. Juli 2015 E. 2.2.2). Bei Aufwendungen, die teils geschäftlich, teils privat veranlasst sind, ist eine Aufteilung in einen Gewinnungskosten- und einen Privatanteil vorzunehmen (vgl. Urteil 2C_374/2014 vom 30. Juli 2015 E. 2.3; vgl. YVES NOËL, in: Commentaire Romand LIFD, 2. Aufl. 2017, N. 28 zu Art. 27 DBG).
5.4. Im Zusammenhang mit dem vom Beschwerdeführer geltend gemachten Reise- und Repräsentationsaufwand sind verschiedene Einzelpositionen strittig, auf die nachfolgend jeweils gesondert einzugehen ist. Zu beantworten ist dabei die Frage, ob die fraglichen Aufwendungen für sich genommen geschäftsmässig begründet waren. Dass der Beschwerdeführer für den Aufbau der Niederlassung seiner Kanzlei in D._ im Allgemeinen intensives und konsequentes Marketing insbesondere im sog. UNHI-Kundensegment betrieben hat, ist nicht von Belang. Unbeachtlich ist auch, dass er nach eigener Darstellung namhafte Marketingkosten ausschliesslich privat bezahlt haben will. Nach dem Prinzip der Massgeblichkeit der Handelsbilanz muss er sich nämlich auf den vorgelegten Büchern behaften lassen und kann nachträglich keine Änderungen vornehmen (vgl. Urteil 2C_958/2016 vom 2. August 2018 E. 5.2).
5.4.1. Strittig sind zunächst Flugkosten von Fr. 7'205.--, die der Beschwerdeführer gestützt auf eine Rechnung einer Klientin (der E._) vom 22. April 2006 vom Geschäftsergebnis des Steuerjahres 2006 zum Abzug gebracht hat. Die Vorinstanz hält dem Beschwerdeführer in diesem Zusammenhang vor, die Rechnung enthalte keine Angaben zur Flugdestination, zum Datum und zu den Reisenden; für seine Behauptung, die Flugkosten seien im Zusammenhang mit den von den Steuerbehörden grundsätzlich als geschäftsmässig anerkannten Kosten für eine der Mandatserhaltung mit der E._ dienende Woche Heliskiing in Kanada angefallen, lägen keine Beweise vor. Der Beschwerdeführer bringt gegen diese Würdigung vor, es widerspreche der allgemeinen Lebenserfahrung, dass eine Kundin ihm Flugkosten für eine private Reise in Rechnung stellen würde. Nachdem er unbestrittenerweise zur massgeblichen Zeit den Geschäftsführer der E._ nach Kanada begleitet habe, bestehe kein Anlass für die Annahme, die Rechnung könnte für eine andere Reise ausgestellt worden sein. Die Würdigung der Vorinstanz sei deshalb willkürlich.
Die Einwände des Beschwerdeführers sind berechtigt. Indem die Vorinstanz ihm vorhält, er habe den Nachweis nicht erbracht, dass die Aufwendungen für die Flugreise tatsächlich angefallen und geschäftsmässig begründet gewesen seien, verkennt sie, dass es unter Geltung der Unschuldsvermutung Sache der Anklagebehörde ist, die Schuld des Angeklagten zu beweisen (vgl. E. 4.2.1 hiervor). Des Weiteren ist offensichtlich, dass der Beschwerdeführer irgendwie nach Kanada gelangt sein muss; abgesehen von der hier strittigen Rechnung vom 22. April 2006 sind dem Geschäftsergebnis keine (zeitlich passenden) Reisekosten belastet worden (Art. 105 Abs. 2 BGG). Auch mit Blick auf den zeitlichen Zusammenhang zwischen der Rechnung der E._ vom 22. April 2006 und der ebenfalls aktenkundigen Rechnung für das Heliski Package vom 2. April 2006 besteht mehr als eine bloss theoretische Möglichkeit, dass sich die Dinge so verhalten, wie sie der Beschwerdeführer schildert. Zu Gunsten des Beschwerdeführers ist deshalb davon auszugehen, dass die zum Abzug gebrachten Flugkosten tatsächlich für die - von der Vorinstanz grundsätzlich als geschäftsmässig begründet anerkannte - Reise nach Kanada angefallen sind. Die Reisekosten haben damit selbst als geschäftsmässig begründet zu gelten. Soweit die Vorinstanz vom Gegenteil ausgeht, verletzt sie Bundesrecht und ist die für das Steuerjahr 2006 ausgesprochene Busse zu kürzen.
5.4.2. Im Streit liegen weiter vom Beschwerdeführer zum Abzug gebrachte Auslagen von Fr. 10'360.40 für einen Flug von der Schweiz nach Costa Rica am 2. August 2005 sowie den Rückflug am 11. August 2005. Die Vorinstanz stellt in diesem Zusammenhang fest, der Beschwerdeführer habe die Reise nach Costa Rica mit seiner damaligen Lebenspartnerin angetreten. Auch wenn er zu ihr neben der privaten Beziehung eine Geschäftsbeziehung unterhalten habe, sei ein objektiver Zusammenhang der Reise zu seiner eigenen Geschäftstätigkeit nicht ersichtlich. Es sei vielmehr davon auszugehen, dass er seine Lebenspartnerin privat auf eine Geschäftsreise begleitet habe, ohne dass den dafür aufgewendeten Kosten geschäftlich betrachtet angemessene Einnahmen gegenübergestanden hätten. Damit liege kein geschäftsmässig begründeter Aufwand vor. Selbst unter der Annahme, dass die Ausgaben einen gewissen beruflichen Nutzen für ihn gehabt hätten, sei dieser als dermassen gering einzustufen, dass die Ausgaben dem Privatbereich zuzuordnen wären. Der Beschwerdeführer wendet hiergegen ein, die Vorinstanz habe die ihr vorliegenden Beweismittel unvollständig und einseitig gewürdigt; es sei aufgrund seiner Ausführungen vor der Vorinstanz geradezu augenfällig, dass die Marketingkosten in einem betriebswirtschaftlich vertretbaren Verhältnis zu den mit seiner Klientin erzielten Umsätzen stünden.
Die Vorhaltungen des Beschwerdeführers sind unbegründet. Der Beschwerdeführer zeigt nicht auf, welche Beweismittel von der Vorinstanz unvollständig oder einseitig gewürdigt worden seien; auch unterlässt er es, konkret zu substanziieren, welche Beweismittel den Schluss zuliessen, dass die Reise nach Costa Rica für ihn persönlich einen Geschäftszweck erfüllt hätte. Stattdessen behauptet er (sinngemäss), der vorinstanzlich festgestellte Sachverhalt sei falsch. Ein solches Vorgehen genügt den qualifizierten Begründungsanforderungen von Art. 106 Abs. 2 BGG nicht (<ref-ruling> E. 1.4.3 S. 254 f.). Aufgrund der Akten durfte die Vorinstanz willkürfrei davon ausgehen, der Zweck der Reise nach Costa Rica habe im Wesentlichen darin bestanden, seine damalige Lebenspartnerin auf eine Geschäftsreise zu begleiten. Einer solchen Reise fehlt es aber offensichtlich an einem unmittelbaren und direkten (organischen) Zusammenhang zur hier allein massgebenden Geschäftstätigkeit des Beschwerdeführers. Die Vorinstanz ist folglich zutreffend davon ausgegangen, dass die genannten Auslagen nicht geschäftsmässig begründet gewesen seien.
5.4.3. Umstritten ist weiter, ob Übernachtungs- und Konsumationskosten von Fr. 2'689.55 und Fr. 130.50 für einen Aufenthalt des Beschwerdeführers in F._ vom 30. September bis 2. Oktober 2006 geschäftsmässig begründet gewesen seien. Die Vorinstanz verneint dies mit der Begründung, der Beschwerdeführer habe widersprüchliche Angaben zum Zweck der Reise und den involvierten Klienten gemacht; auch im Rechtsmittelverfahren habe er diese Widersprüche nicht entkräften können. In diesem Lichte schützte sie die Erwägung der Steuerrekurskommission, dass eine Reise nach F._ an einem Wochenende typischerweise in den Bereich der privaten Lebenshaltung falle.
Was der Beschwerdeführer hiergegen vorträgt, genügt nicht, um von der Feststellung der Vorinstanz abzuweichen, wonach die Reise nach F._ privaten Zwecken gedient habe. Nachdem er im Verlaufe des Verfahrens widersprüchliche Angaben zum Zweck der Reise und zu den involvierten Klienten gemacht hatte, durfte die Vorinstanz willkürfrei davon ausgehen, dass der Wochenendaufenthalt nicht der Erzielung geschäftlicher Umsätze diente. Als ein Element unter mehreren war dabei - trotz Geltung der Unschuldsvermutung (vgl. E. 4.2.2 hiervor) - zu berücksichtigen, dass der Beschwerdeführer Klärungen nicht lieferte, die sich aufgedrängt hätten (vgl. Urteile 2C_214/2014 vom 7. August 2014 E. 3.6.2; 2C_395/2011 vom 6. Dezember 2011 E. 3.1.2). Auch hat sich die Vorinstanz - entgegen der Darstellung des Beschwerdeführers - die mit Blick auf die Unschuldsvermutung unhaltbare Argumentation der Steuerrekurskommission, bei der Reise könne es sich "genau so gut um eine überwiegend private Reise" (wie um eine Geschäftsreise) gehandelt haben, nicht zu eigen gemacht. Weitergehende Erörterungen zu dieser Frage erübrigen sich angesichts der insoweit appellatorischen Ausführungen des Beschwerdeführers (Art. 106 Abs. 2 BGG).
5.4.4. Strittig sind schliesslich die von der Vorinstanz auf den Reise- und Repräsentationsspesen pauschal ausgeschiedenen Privatanteile von Fr. 6'000.-- für die Steuerjahre 2005, 2006 und 2007. Die Vorinstanz begründet ihren Entscheid in diesem Zusammenhang damit, der Beschwerdeführer habe in verschiedener Hinsicht Auslagen vom Geschäftsergebnis zum Abzug gebracht, die als privat zu gelten hätten. Inhaltlich geht es ihr einerseits um Auslagen für Reisen und Restaurantbesuche; die Vorinstanz hält dem Beschwerdeführer in diesem Zusammenhang vor, er habe im Zusammenhang mit geschäftsmässig an sich begründeten Auslagen verschiedentlich darauf verzichtet, Privatanteile für sich und seine Lebenspartnerin auszuscheiden. Als geschäftsmässig nicht begründet qualifiziert die Vorinstanz daneben auch den Aufwand für verschiedene Einzelpositionen; im angefochtenen Urteil einzeln aufgeführt sind Auslagen für einen Alkoholmeter, Zeitungs- und Cablecom-Abonnemente, mehrere BLS-Autoverladekarten, die Gebühr für die Mitgliedschaft im Rotary Club, eine Dauerkarte der Messe G._, Fahrzeugsteuern für das Privatauto, Kosten für den privaten Radio- und Fernsehempfang, diverse Werkzeuge, USM-Möbel, Serviettenhalter und Blumen für die Lebenspartnerin.
Entgegen der Auffassung des Beschwerdeführers ist zunächst festzuhalten, dass die Kosten für die Teilnahme seiner Partnerin an den Geschäftsessen mit seinen Klienten nicht als geschäftsmässig begründet qualifiziert werden können, weil es insoweit an einem organischen Zusammenhang zu den von ihm erzielten Umsätzen fehlt; insoweit ist demnach eine Ausscheidung von Privatanteilen zu Unrecht unterblieben. Unbestritten ist weiter, dass der Beschwerdeführer für zahlreiche Aufwendungen (insb. Fahrzeugsteuern für das Privatauto, Kosten für den privaten Radio- und Fernsehempfang, Werkzeuge, USM-Möbel, Serviettenhalter, Blumen) zu Unrecht darauf verzichtet hat, eine Ausscheidung von Privatanteilen vorzunehmen. Unter diesen Umständen durfte die Vorinstanz die hinterzogenen Bestandteile für die Strafzumessung der Höhe nach schätzen (vgl. Urteil 2C_16/2015 vom 6. August 2015 E. 2.6.4). Auch wenn der Beschwerdeführer für einzelne weitere von der Vorinstanz in diesem Zusammenhang berücksichtigte Ausgabeposten einen Geschäftsbezug plausibel darlegt (z.B. BLS-Autoverladekarte), kann mit Blick auf die geringe betragliche Höhe dieser Ausgaben nicht gesagt werden, die Schätzung der Vorinstanz sei willkürlich ausgefallen. Der Beschwerdeführer beanstandet deshalb zu Unrecht, dass die Vorinstanz mit der Aufrechnung eines Privatanteils von Fr. 6'000.-- eine pauschalierte Sichtweise zur Anwendung gebracht hat.
5.5. Abgesehen von den bereits erörterten Aufrechnungen war im vorinstanzlichen Verfahren für das Steuerjahr 2006 noch strittig, ob die Kosten für ein Nachtessen in einem Restaurant in H._, für ein Mittag- und ein Abendessen in I._ bzw. J._ und für einen Flug nach K._ geschäftsmässig begründet gewesen seien. Für das Steuerjahr 2007 umstritten waren Auslagen für Konsumationskosten in einem Restaurant in L._ und in einer Bar in M._. Mit den diesbezüglichen Erwägungen der Vorinstanz (vgl. E. 7.3 und 7.4 des angefochtenen Entscheids) setzt sich der Beschwerdeführer nicht auseinander; offensichtliche rechtliche Mängel sind nicht ersichtlich. Auf die erwähnten vorinstanzlichen Erwägungen ist deshalb nicht weiter einzugehen (<ref-ruling> E. 1 S. 236; <ref-ruling> E. 1.4.1 S. 254). Was die Flugkosten für die Reise des Beschwerdeführers nach Costa Rica im Jahr 2007 angeht (vgl. E. 7.4 des vorinstanzlichen Entscheids), kann auf die obigen Ausführungen zur Reise im Jahr 2005 verwiesen werden (vgl. E. 5.4.2 hiervor). In Bezug auf den doppelt zum Abzug gebrachten BVG-Beitrag anerkennt der Beschwerdeführer die Aufrechnungen (vgl. Ziff. 127 der Beschwerde); er bringt lediglich vor, nicht mit (Eventual-) Vorsatz gehandelt zu haben. Auf dieses Vorbringen ist nachfolgend im Kontext des subjektiven Tatbestands einzugehen (vgl. E. 6 hiernach).
6.
6.1. Den subjektiven Tatbestand der Steuerhinterziehung nach Art. 175 Abs. 1 DBG erfüllt, wem Vorsatz oder Fahrlässigkeit vorzuwerfen ist. Die Begriffe des Vorsatzes und der Fahrlässigkeit in Art. 175 Abs. 1 DBG entsprechen jenen des Strafgesetzbuches in Art. 12 Abs. 2 und Abs. 3 StGB, die in Verbindung mit Art. 104 und Art. 333 Abs. 1 StGB auch für Übertretungen des Nebenstrafrechts Anwendung finden (Urteile 2C_449/2017 vom 26. Februar 2019 E. 4.1; 2C_851/2011 vom 15. August 2012 E. 2.3 in: StR 67/2012 S. 759; spezifisch zur Fahrlässigkeit siehe <ref-ruling> E. 4.3 S. 91). Nach Art. 12 Abs. 2 StGB handelt vorsätzlich, wer die Tat mit Wissen und Willen ausführt, wobei es genügt, wenn er die Verwirklichung der Tat für möglich hält und in Kauf nimmt (sog. Eventualvorsatz; <ref-ruling> E. 8.2 S. 83; <ref-ruling> E. 4.2.3 S. 4; <ref-ruling> E. 5.3 S. 225).
Der Nachweis des Vorsatzes gilt nach bundesgerichtlicher Rechtsprechung als erbracht, wenn mit hinreichender Sicherheit feststeht, dass sich der Beschuldigte der Unrichtigkeit oder Unvollständigkeit der gemachten Angaben bewusst war. Ist dieses Wissen erwiesen, so muss angenommen werden, dass er auch mit Willen handelte, d.h. eine Täuschung der Steuerbehörden beabsichtigt und eine zu niedrige Veranlagung bezweckt (direkter Vorsatz) oder zumindest in Kauf genommen hat (Eventualvorsatz). Diese Vermutung lässt sich nicht leicht entkräften, weil in der Regel ein anderer Beweggrund für die Unrichtigkeit oder Unvollständigkeit der gemachten Angaben nur schwer vorstellbar ist (<ref-ruling> E. 3a S. 29 f.; vgl. ferner Urteil 2C_1157/2016 vom 2. November 2017 E. 6.2 m.w.H.).
6.2. Mit Blick auf den subjektiven Tatbestand erwog die Vorinstanz, der Beschwerdeführer habe bezüglich des "verkürzt deklarierten" Einkommens aus seiner selbständigen Erwerbstätigkeit eventualvorsätzlich gehandelt. Als Rechtsanwalt und Notar sei er mit Buchführungsgrundsätzen vertraut und habe deshalb wissen müssen, dass er mit der mangelhaften Abgrenzung von privaten Lebenshaltungskosten und geschäftsmässig begründetem Aufwand klare Grundsätze der Rechnungslegung verletze. Auch habe er nicht annehmen dürfen, dass die Geltendmachung übersetzter Pauschalspesen zulässig sei. Der Beschwerdeführer könne sich nicht darauf berufen, dass die Buchhaltung der Kollektivgesellschaft durch Hilfspersonen geführt worden sei; nachdem er jegliche Kontrolle oder Prüfung unterlassen habe, seien die Verfehlungen dieser Hilfspersonen ihm persönlich zuzurechnen. Der Beschwerdeführer habe seine Steuererklärung ausserdem von einer Mitarbeiterin ausfüllen lassen, ohne deren Richtigkeit zu kontrollieren. Ein derart nachlässiges Verhalten könne nicht anders gewertet werden, als dass er eine fehlerhafte Ermittlung des Reingewinns und somit eine unvollständige Besteuerung zumindest hingenommen habe.
Bezüglich der BVG-Beiträge und des BVG-Einkaufs, die der Beschwerdeführer unbestrittenermassen doppelt zum Abzug gebracht hat, wies die Vorinstanz zudem darauf hin, aus der Wegleitung zum Ausfüllen der Steuererklärung gehe klar hervor, dass die Beiträge an die berufliche Vorsorge in der Veranlagung als Abzug berücksichtigt würden. Dem Beschwerdeführer sei auch bekannt gewesen, dass die BVG-Beiträge in der Erfolgsrechnung der Kollektivgesellschaft erfolgswirksam verbucht worden seien. Im Steuerjahr 2005 habe er nämlich die massgeblichen Kontenblätter eingereicht; in den Veranlagungen 2005 und 2006 seien zudem entsprechende Korrekturen erfolgt. Die Behauptung des Beschwerdeführers, betreffend die Verbuchung des BVG-Einkaufs bzw. der Höhe des von ihm erzielten Jahresgewinns ahnungslos gewesen zu sein, erscheine deshalb unglaubhaft.
6.3. Der Beschwerdeführer rügt, dass die Vorinstanz mit Bezug auf die doppelt zum Abzug gebrachten BVG-Beiträge und den BVG-Einkauf zu Unrecht von Eventualvorsatz ausgegangen ist; ihm sei insoweit höchstens leichte Fahrlässigkeit vorzuwerfen. Die Argumente des Beschwerdeführers überzeugen jedoch nicht. Nach den verbindlichen Feststellungen der Vorinstanz war ihm in den massgeblichen Steuerjahren bekannt, dass die für die Buchhaltung zuständigen Personen bei B._ die BVG-Beiträge jeweils erfolgswirksam verbucht hatten; entsprechend wusste er auch, dass er die Beiträge nicht ein zweites Mal (separat) vom deklarierten Einkommen zum Abzug bringen durfte. Der Beschwerdeführer kann sich deshalb vorliegend nicht darauf berufen, diese Information sei in der Gewinnverteilungstabelle 2007 nur "auf [den] Seiten 5 bis 8, und zwar bei der Berechnung der AHV-Abgrenzungen" zum Ausdruck gekommen. Im Übrigen wäre von einem Anwalt mit Blick auf eine vollständige Steuererklärung zu erwarten, dass er die einkommensrelevante Gewinnverteilungstabelle seiner Kanzlei samt Anhängen sorgfältig durchsieht.
Aufgrund dieser Umstände durfte die Vorinstanz willkürfrei davon ausgehen, dem Beschwerdeführer sei bewusst gewesen, eine unrichtige Steuererklärung einzureichen, indem er die BVG-Beiträge und den BVG-Einkauf einerseits beim deklarierten Einkommen zum Abzug brachte, gleichzeitig aber geltend machte, Beiträge an die berufliche Vorsorge bezahlt zu haben, die im Lohnausweis nicht enthalten seien. Vor diesem Hintergrund hat für das Bundesgericht mit Blick auf die doppelt zum Abzug gebrachten BVG-Beiträge und den BVG-Einkauf als verbindlich festgestellt zu gelten, dass der Beschwerdeführer um sämtliche der objektiven Tatbestandsmerkmale gewusst und deren Verwirklichung zumindest in Kauf genommen hat. Die Vorinstanz ist deshalb insoweit zu Recht von Eventualvorsatz ausgegangen.
6.4. Auch im Übrigen vermag der Beschwerdeführer den ausführlichen und zutreffenden Ausführungen der Vorinstanz nichts Stichhaltiges entgegenzusetzen.
Statt sich sachbezogen mit der vorinstanzlichen Argumentation auseinanderzusetzen, verweist er abstrakt auf die Standesregeln des Schweizerischen Anwaltsverbands, und behauptet zudem, sich der hohen moralischen Verpflichtung seines Berufsstands stets bewusst gewesen zu sein, und auch entsprechend gehandelt zu haben. Dieses angeblich standesgemässe berufliche Selbstverständnis des Beschwerdeführers ist für die Beurteilung des Eventualvorsatzes in Bezug auf die hier in Frage stehenden Verfehlungen jedoch ebenso wenig von Belang, wie der Umstand, dass er seit 2001 aus eigenem Antrieb mehrfach mit den zuständigen Behörden in Kontakt getreten ist, um Steuerangelegenheiten zu besprechen. Die Vorinstanz hat auf Grundlage ihrer - für das Bundesgericht verbindlichen - Sachverhaltsfeststellungen zu Recht erkannt, dass der Beschwerdeführer mit Blick auf die noch in Frage stehenden Verfehlungen eventualvorsätzlich gehandelt hat.
7.
7.1. Die vollendete Steuerhinterziehung wird nach Art. 175 Abs. 1 DBG mit Busse bestraft. Nach Art. 175 Abs. 2 DBG beträgt die Busse im Regelfall das Einfache der hinterzogenen Steuer, kann bei leichtem Verschulden aber bis auf einen Drittel ermässigt und bei schwerem Verschulden bis auf das Dreifache erhöht werden.
7.2. Ist den beurteilenden Behörden bei der Strafzumessung lediglich ein Strafrahmen gesetzt und verbleibt ihnen deshalb erhebliches Rechtsfolgeermessen, greift das Bundesgericht in konstanter Rechtsprechung nur dann ein, wenn die Vorinstanz den gesetzlichen Strafrahmen über- oder unterschritten hat, wenn sie von rechtlich nicht massgebenden Kriterien ausgegangen ist oder wesentliche Gesichtspunkte ausser Acht gelassen bzw. in Überschreitung oder Missbrauch ihres Ermessens falsch gewichtet hat (<ref-ruling> E. 1.2 S. 319; <ref-ruling> E. 2.1 S. 20; Urteile 2C_449/2017 vom 26. Februar 2019 E. 5.3; 2C_851/2011 vom 15. August 2012 E. 1.5 in: StR 67/2012 S. 759). Diese Rechtsprechung ist aufgrund von Art. 104 und Art. 333 Abs. 1 StGB auch für Übertretungen des Nebenstrafrechts zu beachten, soweit das Nebenstrafrecht keine widersprechenden Bestimmungen aufstellt (<ref-ruling> E. 7.2.2 S. 147 f.).
7.3. Die Vorinstanz setzte die Strafe auf das Regelstrafmass fest (Bussenfaktor 1.0) und stellte insoweit im Wesentlichen auf die Begründung der Steuerrekurskommission ab. Diese berücksichtigte zugunsten des Beschwerdeführers, dass er sich im Verlaufe des Steuerstrafverfahrens weitgehend kooperativ verhalten habe; hingegen war sie der Auffassung, seine Stellungnahmen zeuge nicht von wirklicher Einsicht. Was der Beschwerdeführer gegen diese Würdigung vorbringt, vermag die nachvollziehbaren Erwägungen der Vorinstanzen nicht in Frage zu stellen.
Entgegen seiner Darstellung geht es vorliegend nicht um "geringfügige Deklarationsfehler respektive Falschverbuchungen", sondern um eine eventualvorsätzlich und über mehrere Jahre hinweg begangene Steuerhinterziehung in nach wie vor erheblichem Umfang. Der Beschwerdeführer kann nichts daraus ableiten, dass im Verlaufe des Verfahrens teilweise zu seinen Gunsten entschieden worden ist, und sich die aufgerechneten Beträge damit verringert haben. Insoweit hat die Vorinstanz zutreffend festgehalten, dass die Steuerbusse (angesichts des angewendeten Regelstrafmasses von 1.0) mit der Kürzung der aufgerechneten Beträge linear gesunken ist; eine darüber hinausgehende Berücksichtigung auch für die Festsetzung des Bussenfaktors ist nicht angebracht. Der Beschwerdeführer zeigt auch sonst nicht auf, dass die Vorinstanz von rechtlich nicht massgebenden Kriterien ausgegangen wäre, oder wesentliche Gesichtspunkte ausser Acht gelassen hätte; auch substanziiert er nicht hinreichend, inwiefern das angefochtene Urteil im Vergleich mit anderen Entscheiden der Vorinstanz Rechtsungleichheit schaffen würde (Art. 106 Abs. 2 BGG). Die Strafzumessung der Vorinstanz hält der beschränkten bundesgerichtlichen Überprüfung (vgl. E. 7.1 hiervor) damit stand.
IV. Staats- und Gemeindesteuern
8.
8.1. In Umsetzung von Art. 56 Abs. 2 StHG entspricht die Regelung der vollendeten Steuerhinterziehung in Art. 217 StG/BE in den massgeblichen Punkten der Regelung von Art. 176 Abs. 1 DBG. Auch die Hinzurechnung geschäftsmässig nicht begründeten Aufwands zu dem aus selbständiger Erwerbstätigkeit erwirtschafteten Einkommen eines Kollektivgesellschafters ist im kantonalen Steuerrecht gleich geregelt, wie im DBG (Art. 12 Abs. 1 StG/BE, Art. 21 Abs. 1 StG/BE in Verbindung mit Art. 8 Abs. 1 StHG, Art. 85 Abs. 2 lit. b StG/BE). Entsprechend kann für die Beurteilung der Steuerbusse aus dem Blickwinkel des kantonalen Rechts auf die obigen Erwägungen verwiesen werden.
8.2. Dies führt für die Staats- und Gemeindesteuern zum gleichen Ergebnis wie für die direkte Bundessteuer und damit zur teilweisen Gutheissung der Beschwerde im Sinne der obigen Erwägungen (vgl. E. 4-7 hiervor).
V. Ausgang und Kostenfolgen
9.
Zusammengefasst erweist sich die Beschwerde als teilweise begründet. Der angefochtene Entscheid ist insoweit aufzuheben, als darin eine Steuerbusse bestätigt wird, die auf der Aufrechnung von Flugkosten nach Kanada in Höhe von Fr. 7'205.-- (Steuerjahr 2006) beruht. Zur Neuberechnung der Busse für das Steuerjahr 2006 ist die Angelegenheit an die Steuerverwaltung des Kantons Bern zurückzuweisen. Im Übrigen ist die Beschwerde abzuweisen.
Nur der Vollständigkeit halber ist mit Blick auf den Schriftenwechsel im vorliegenden Verfahren darauf hinzuweisen, dass die Steuerrekurskommission die Aufrechnung von Privatanteilen von Fr. 115.65 für das N._ Parking in O._ bzw. von Fr. 63.-- für Restaurantkosten (Steuerjahr 2006) für unzulässig befunden hat (vgl. E. 4.4 und E. 4.5.3 des Entscheids vom 2. August 2016); insoweit liegt ein Teilentscheid vor, der mangels Anfechtung rechtskräftig geworden ist und bei der Festsetzung der Busse für das Steuerjahr 2006 ebenfalls zu berücksichtigen ist.
10.
Bei diesem Verfahrensausgang sind die Gerichtskosten des vorliegenden Verfahrens zwischen dem Gemeinwesen und dem Beschwerdeführer aufzuteilen (Art. 66 Abs. 1 BGG). Dem Beschwerdeführer ist für das bundesgerichtliche Verfahren eine reduzierte Parteientschädigung zuzusprechen (Art. 68 Abs. 1 BGG). Das Verwaltungsgericht des Kantons Bern wird die Kosten- und Entschädigungsfolgen des vorinstanzlichen Verfahrens neu zu verlegen haben (Art. 67, Art. 68 Abs. 5 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird bezüglich der direkten Bundessteuer teilweise gutgeheissen. Der angefochtene Entscheid wird insoweit aufgehoben, als darin für das Steuerjahr 2006 eine Steuerbusse bestätigt wird, die auf der Aufrechnung von Flugkosten nach Kanada in Höhe von Fr. 7'205.-- beruht. Zur Neuberechnung der Busse für das Steuerjahr 2006 wird die Angelegenheit an die Steuerverwaltung des Kantons Bern zurückgewiesen. Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen.
2.
Die Beschwerde wird bezüglich der Staats- und Gemeindesteuern teilweise gutgeheissen. Der angefochtene Entscheid wird insoweit aufgehoben, als darin für das Steuerjahr 2006 eine Steuerbusse bestätigt wird, die auf der Aufrechnung von Flugkosten nach Kanada in Höhe von Fr. 7'205.-- beruht. Zur Neuberechnung der Busse für das Steuerjahr 2006 wird die Angelegenheit an die Steuerverwaltung des Kantons Bern zurückgewiesen. Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen.
3.
Zur Neuverlegung der Kosten des kantonalen Verfahrens wird die Angelegenheit an das Verwaltungsgericht des Kantons Bern zurückgewiesen.
4.
Die Gerichtskosten von Fr. 4'000.-- werden im Umfang von Fr. 3'500.-- dem Beschwerdeführer und im Umfang von Fr. 500.-- dem Kanton Bern auferlegt.
5.
Der Kanton Bern hat den Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 500.-- zu entschädigen.
6.
Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten, dem Verwaltungsgericht des Kantons Bern und der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 3. Oktober 2019
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Seiler
Der Gerichtsschreiber: Brunner