Sachverhalt:
A.
Mit Arbeitsvertrag vom 6. Februar 2015 stellte die A._ AG B._ per 1. März 2015 als Geschäftsführer zu einem monatlichen Grundgehalt von brutto Fr. 13'000.-- an. Mit Aufhebungsvereinbarung vom 17. November 2016 beendeten die Parteien das Arbeitsverhältnis per 31. Dezember 2016 in gegenseitigem Einvernehmen. Gemäss "Lohnabrechnung Dezember 2016" schuldet die A._ AG B._ netto Fr. 17'922.15 Lohn, Auszahlung Ferientage und Ausbildungszulagen. Die A._ AG zahlte den Lohn jedoch nicht aus, sondern verrechnete ihn mit ausstehenden Forderungen.
B.
Mit Zahlungsbefehl vom 28. April 2017 betrieb B._ die A._ AG auf Fr. 17'922.15 zuzüglich 5 % Zins seit 1. Januar 2017. Die A._ AG erhob am 3. Mai 2017 Rechtsvorschlag. Am 11. Mai 2017 ersuchte B._ das Bezirksgericht Kreuzlingen um Aufhebung des Rechtsvorschlags und Erteilung der provisorischen Rechtsöffnung. Mit Entscheid vom 19. Oktober 2017 wies das Bezirksgericht das Rechtsöffnungsgesuch ab.
C.
Mit Beschwerde vom 30. Oktober 2017 beantragte B._ dem Obergericht des Kantons Thurgau (nebst der Aufhebung des bezirksgerichtlichen Entscheids), der Rechtsvorschlag in der Betreibung Nr. xxx des Betreibungsamts Kreuzlingen sei aufzuheben und es sei ihm für den Betrag von Fr. 17'922.15 nebst Zins zu 5 % seit 1. Januar 2017 die provisorische Rechtsöffnung zu erteilen. Eventuell sei die Sache zu neuem Entscheid an die Vorinstanz zurückzuweisen. Mit Entscheid vom 21. Dezember 2017 hiess das Obergericht die Beschwerde gut, hob den Rechtsvorschlag auf und erteilte B._ die provisorische Rechtsöffnung für den Betrag von Fr. 17'922.15 zuzüglich 5 % Zins seit 1. Januar 2017.
D.
Gegen diesen Entscheid ist die A._ AG mit Beschwerde in Zivilsachen und subsidiärer Verfassungsbeschwerde vom 12. Februar 2018 an das Bundesgericht gelangt. Die Beschwerdeführerin beantragt, der obergerichtliche Entscheid sei aufzuheben und das Gesuch um provisorische Rechtsöffnung abzuweisen. Eventuell sei die Angelegenheit zur Neubeurteilung an die Vorinstanz, subeventuell an die erste Instanz zurückzuweisen.
Das Obergericht schliesst unter Hinweis auf seine ständige Praxis auf Abweisung der Beschwerde. B._ (Beschwerdegegner) beantragt das Nichteintreten auf die Beschwerde in Zivilsachen; eventuell sei diese abzuweisen, subeventuell der angefochtene Entscheid aufzuheben und im Sinne der Erwägungen zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Die subsidiäre Verfassungsbeschwerde sei abzuweisen; eventuell sei der angefochtene Entscheid vom 21. Dezember 2017 an die Vorinstanz zurückzuweisen. Die Beschwerdeführerin hat sich zu den Vernehmlassungen des Obergerichts und des Beschwerdegegners mit Eingabe vom 31. März 2019 geäussert.

Erwägungen:
1.
1.1. Der angefochtene Rechtsöffnungsentscheid des Obergerichts ist ein Endentscheid (Art. 90 BGG) einer Vorinstanz im Sinne von Art. 75 BGG. Der Streitwert beträgt Fr. 17'922.15.
1.2. Die Beschwerdeführerin kritisiert unter Hinweis auf abweichende Lehrmeinungen die Praxis des Bundesgerichts, wonach bei der Anfechtung von Rechtsöffnungsentscheiden letzter kantonaler Instanzen mit Beschwerde in Zivilsachen (Art. 72 ff. BGG) die Streitwertgrenze von Fr. 30'000.-- nach Art. 74 Abs. 1 lit. b BGG auch dann gilt, wenn die in Betreibung gesetzte Forderung auf einem miet- oder arbeitsrechtlichen Sachverhalt beruht (vgl. <ref-ruling> E. 1.2; <ref-ruling> E. 1.1; Urteil 5D_155/2009 vom 9. Dezember 2009 E. 1.1). Auf diese ständige Praxis zurückzukommen bzw. sie zu ändern besteht jedoch kein Anlass. Die Entscheidung über eine Rechtsöffnung hat rein vollstreckungsrechtlichen Charakter. Es wird nur entschieden, ob der Rechtsvorschlag bestehen bleibt oder nicht. Das Schuldverhältnis als solches wird dadurch nicht rechtskräftig festgelegt (<ref-ruling> E. 2.3 mit Hinweisen; FRITZSCHE/WALDER, Schuldbetreibung und Konkurs nach schweizerischem Recht, Bd. I, 1984, § 18 Rz. 22). Aus diesem Grund ist hinsichtlich der Streitwertgrenze nicht nach dem materiellrechtlichen Hintergrund des konkret zur Debatte stehenden Streits zu differenzieren (in diesem Sinne namentlich auch FLORENCE KRAUSKOPF, La mainlevée provisoire: quelques jurisprudences récentes, in: JdT 2008 II S. 24 und AMONN/WALTHER, Grundriss des Schuldbetreibungs- und Konkursrechts, 9. Aufl. 2013, § 19 Rz. 24).
1.3. Ist die Streitwertgrenze nicht erreicht, bleibt zu prüfen, ob sich - wie die Beschwerdeführerin ebenfalls geltend macht - eine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung im Sinne von Art. 74 Abs. 2 lit. a BGG stellt und die Beschwerde in Zivilsachen aus diesem Grund zulässig ist. Eine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung liegt vor, wenn ein allgemeines und dringendes Interesse besteht, dass eine umstrittene Frage höchstrichterlich geklärt wird, um eine einheitliche Anwendung und Auslegung des Bundesrechts herbeizuführen und damit eine erhebliche Rechtsunsicherheit auszuräumen (<ref-ruling> E. 1.2; <ref-ruling> E. 1.1; je mit Hinweisen). Die Beschwerdeführerin macht geltend, es stelle sich die Frage, ob für die Glaubhaftmachung des Verrechnungseinwands ein liquider Urkundenbeweis mittels ihrerseits zur Rechtsöffnung berechtigender privater oder öffentlicher Urkunden erforderlich sei. Die Vorinstanz sei diesbezüglich von der bundesgerichtlichen Rechtsprechung und herrschenden Lehre abgewichen, ohne sich überhaupt damit auseinanderzusetzen. Dieser Argumentation kann nicht gefolgt werden. Hat sich das Bundesgericht zur aufgeworfenen Rechtsfrage bereits geäussert und ist nur noch die auf die konkrete Situation zugeschnittene Rechtsanwendung im Einzelfall zu beurteilen, liegt nach ständiger Rechtsprechung keine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung vor (<ref-ruling> E. 1.2).
1.4. Da die Beschwerdeführerin keine Rechtsfragen von grundsätzlicher Bedeutung aufwirft und da der Streitwert nicht erreicht wird, steht die Beschwerde in Zivilsachen nicht offen und ist nur die subsidiäre Verfassungsbeschwerde möglich (Art. 113 BGG). Mit der Verfassungsbeschwerde kann einzig die Verletzung verfassungsmässiger Rechte gerügt werden (Art. 116 BGG). Diesen Vorwurf prüft das Bundesgericht nicht von Amtes wegen, sondern nur insoweit, als eine entsprechende Rüge in der Beschwerde vorgebracht und anhand der Erwägungen des angefochtenen Entscheids klar und detailliert begründet worden ist (Art. 117 i.V.m. Art. 106 Abs. 2 BGG; <ref-ruling> E. 1.2; <ref-ruling> E. 3.2).
2.
2.1. Das Obergericht hat erwogen, es sei zwar richtig, dass Art. 82 Abs. 2 SchKG lediglich verlange, Einwendungen, welche die Schuldanerkennung entkräften, seien sofort glaubhaft zu machen. Der Verrechnungseinwand könne aber nicht unbesehen mit den übrigen, die Schuldanerkennung entkräftenden Einwendungen gleichgestellt werden. Die Einwände wie Zahlung, Stundung, Willensmängel, Verjährung und Verwirkung beträfen die in Betreibung gesetzte Forderung selbst beziehungsweise das ihr zugrunde liegende Schuldverhältnis direkt. Demgegenüber anerkenne der Betriebene - zumindest in der betreffenden Betreibung - die Betreibungsforderung, wenn er die Verrechnung erkläre. Die "entkräftende" Wirkung ergebe sich alsdann nicht aus der in Betreibung gesetzten Forderung selbst, sondern aus einer Gegenforderung und damit aus einem anderen Sachverhalt. Aufgrund dieses Unterschieds genüge es auch im provisorischen Rechtsöffnungsverfahren nicht, wenn der Schuldner lediglich mehr oder weniger substanziierte Behauptungen bezüglich der von ihm geltend gemachten Verrechnungsforderung aufstelle. Der Betriebene müsse vielmehr Bestand und Fälligkeit einer Gegenforderung urkundenmässig in liquider Weise belegen, und zwar durch solche Urkunden, die zumindest eine provisorische Rechtsöffnung bewirken könnten. Vorliegend sei die Beschwerdeführerin einen solchen Nachweis offenkundig schuldig geblieben. Die Beschwerde sei deshalb zu schützen und die Rechtsöffnung für die geltend gemachten Lohn- und Ferienentschädigungsansprüche gestützt auf den Arbeitsvertrag vom 6. Februar 2015 sowie die Aufhebungsvereinbarung vom 17. November 2016 zu erteilen.
2.2. Die Beschwerdeführerin rügt eine willkürliche Anwendung von Art. 82 Abs. 2 SchKG. Das Gesetz unterscheide in Bezug auf die Einreden und Einwendungen zur Entkräftung der Forderung gemäss Rechtsöffnungstitel klar zwischen der provisorischen und der definitiven Rechtsöffnung. Dass das Obergericht hinsichtlich der Anforderungen an den Verrechnungseinwand vorliegend denselben Massstab angelegt habe, wie im definitiven Rechtsöffnungsverfahren, widerspreche nicht nur der herrschenden Lehre und Rechtsprechung, sondern auch dem klaren Willen des Gesetzgebers und dem Wortlaut des Gesetzes.
2.3. Der Beschwerdegegner macht namentlich geltend, die Beschwerdeführerin habe ihre angeblichen Schadenersatzforderungen grösstenteils mittels in Tabellenform gekleideten reinen Parteibehauptungen glaubhaft zu machen versucht. Unter anderem auch deshalb erweise sich der angefochtene Entscheid weder in der Begründung noch im Ergebnis als willkürlich.
2.4. Das Obergericht weist in seiner Vernehmlassung darauf hin, dass seinem Entscheid seine seit Jahren gefestigte Praxis zugrunde liege (vgl. dazu RBOG 2017 Nr. 18, 1999 Nr. 12 und 1998 Nr. 10).
2.5. Willkürlich ist ein Entscheid nach konstanter Rechtsprechung nicht schon dann, wenn eine andere Lösung ebenfalls vertretbar erscheint oder gar vorzuziehen wäre. Das Bundesgericht hebt einen kantonalen Entscheid wegen Willkür vielmehr nur auf, wenn er offensichtlich unhaltbar ist, mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht, eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz krass verletzt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft. Dabei genügt es nicht, wenn sich nur die Begründung des angefochtenen Entscheides als unhaltbar erweist. Eine Aufhebung rechtfertigt sich nur dann, wenn der Entscheid auch im Ergebnis verfassungswidrig ist (<ref-ruling> E. 2.1).
2.6. Es ist zwar für das definitive Rechtsöffnungsverfahren allgemein anerkannt, dass die Einwendung der Tilgung durch Verrechnung nur berücksichtigt werden kann, wenn die Verrechnungsforderung (Gegenforderung) ihrerseits durch einen vollstreckbaren Entscheid oder eine vorbehaltlose Anerkennung der Gegenpartei belegt ist (s. dazu <ref-ruling> E. 4.2.1; Urteil 5D_180/2012 vom 31. Januar 2013 E. 3.3; Art. 81 Abs. 1 SchKG). Im Anwendungsbereich der in Art. 82 SchKG geregelten provisorischen Rechtsöffnung, wo sich der Betreibungsgläubiger nicht auf ein Urteil oder einen vergleichbaren offiziellen Titel beruft, muss die ständige vorinstanzliche Praxis angesichts der ganz anderen Ausgangslage jedoch sowohl hinsichtlich des anwendbaren Beweismasses (dazu E. 2.6.1) als auch hinsichtlich der zugelassenen Beweismittel (dazu E. 2.6.2) als nicht haltbar bezeichnet werden.
2.6.1. Gemäss Art. 82 Abs. 2 SchKG spricht der Richter die provisorische Rechtsöffnung aus, sofern der Betriebene nicht Einwendungen, welche die Schuldanerkennung entkräften, sofort glaubhaft macht (zum Begriff des Glaubhaftmachens vgl. <ref-ruling> E. 4.1.2). Zu diesen Einwendungen gehört auch die Anrufung der Tilgung durch Verrechnung (VON TUHR/ESCHER, Allgemeiner Teil des Schweizerischen Obligationenrechts, Bd. II, 3. Aufl. 1974, S. 198; HENRI-ROBERT SCHÜPBACH, Compensation et exécution forcée, in: Festschrift 75 Jahre Konferenz der Betreibungs- und Konkursbeamten der Schweiz, 2000, S. 160). In diesem Sinne hat das Bundesgericht in konstanter Rechtsprechung festgehalten, dass der vom Betriebenen erhobene Verrechnungseinwand dann zur (ganzen oder teilweisen) Abweisung des Rechtsöffnungsbegehrens führt, wenn es ihm gelingt, Bestand, Höhe und Fälligkeit einer Verrechnungsforderung glaubhaft zu machen (Urteile 5A_833/2017 vom 8. März 2018 E. 2.2; 5A_142/2017 vom 18. August 2017 E. 4.1; 5A_83/2011 vom 2. September 2011 E. 6.1; 5A_905/2010 vom 10. August 2011 E. 2.1; 5A_225/2010 vom 2. November 2010 E. 3.2, nicht publ. in <ref-ruling>). Nichts anderes gilt für allfällige Schadenersatzforderungen des Arbeitgebers, welche er der Lohnforderung des Arbeitnehmers verrechnungsweise gegenüberstellen will (vgl. DANIEL STAEHELIN, in: Basler Kommentar, Bundesgesetz über Schuldbetreibung und Konkurs, 2. Aufl. 2010, N. 126 zu Art. 82 SchKG; VOCK/AEPLI-WIRZ, in: Kommentar zum Bundesgesetz über Schuldbetreibung und Konkurs, 4. Aufl. 2017, N. 19 zu Art. 82 SchKG; AMBRE VEUILLET, in: La mainlevée de l'opposition, Abbet/Veuillet [Hrsg.], 2017, N. 181 zu Art. 82 SchKG). Entgegen der vorinstanzlichen Praxis darf nach dem Gesagten im provisorischen Rechtsöffnungsverfahren willkürfrei kein strikter Beweis von Bestand, Höhe und Fälligkeit der Verrechnungsforderung verlangt werden. Die vorinstanzliche Praxis scheint ihren Ursprung denn auch in einem Irrtum bzw. einem Fehlzitat zu haben. Soweit im Thurgauer Entscheid RBOG 1998 Nr. 10 auf PANCHAUD/CAPREZ (Die Rechtsöffnung, Zürich 1980, § 36 Rz. 1) verwiesen wurde, ist klarzustellen, dass an der angegebenen Stelle ein Leitsatz aus einem kantonalen Urteil (BJM 1954 S. 218 ff. [Appellationsgerichts-Ausschuss des Kantons Basel-Stadt vom 8. Mai 1954]) wiedergegeben wird, welches den Einwand der Tilgung durch Verrechnung in einem definitiven Rechtsöffnungsverfahren bzw. Art. 81 SchKG betraf und deshalb nicht einschlägig ist.
2.6.2. Die bundesgerichtliche Rechtsprechung verlangt auch für die blosse Glaubhaftmachung der Verrechnungsforderung das Vorlegen von Urkunden (Urteile 5A_467/2015 vom 25. August 2016 E. 4.5, in: SJ 2016 I S. 481; 5A_833/2017 vom 8. März 2018 E. 2.2; vgl. auch <ref-ruling> E. 5.1). Das Bundesgericht hat sich dabei jedoch explizit auf Urkunden im weiten Sinne der ZPO bezogen (Art. 177 und Art. 254 Abs. 1 ZPO). Ausserdem hat das Bundesgericht anerkannt, dass die erforderliche Glaubhaftmachung der Verrechnungsforderung auch aus dem Gesamtbild verschiedener Dokumente resultieren kann (Urteil 5A_142/2017 vom 18. August 2017 E. 4.3; vgl. auch SYLVAIN MARCHAND, La compensation dans la procédure de poursuite, JdT 2012 II S. 66; BOHNET/CHRISTINAT, in: Commentaire pratique, Actions civiles, Volume I, 2. Aufl. 2019, § 65 Rz. 30). Überhaupt steht dem Richter beim Entscheid, ob ein Sachverhalt als glaubhaft erscheint, ein gewisses Ermessen zu (vgl. Urteil 5A_833/2017 vom 8. März 2018 E. 3; VEUILLET, a.a.O., N. 107 zu Art. 82 SchKG; DIETRICH STAEHELIN, Vom gegenwärtigen Stand der Basler Rechtsöffnungspraxis, in: BJM 1958, S. 15). In keinem Fall ist der Betriebene im provisorischen Rechtsöffnungsverfahren für das Glaubhaftmachen seiner Einwände auf Urkunden in der Qualität eines Rechtsöffnungstitels, d.h. im Sinne von Art. 80 Abs. 1 und Art. 82 Abs. 1 SchKG beschränkt. Auch in dieser Hinsicht erweist sich die vorinstanzliche Praxis, die offensichtlich weder in Art. 82 Abs. 2 SchKG noch in Art. 254 ZPO eine Grundlage findet, als willkürlich. Zutreffend ist demgegenüber die Aussage des Beschwerdegegners, dass reine Parteibehauptungen zur Glaubhaftmachung der Verrechnungsforderung nicht genügen (Urteil 5A_83/2011 vom 2. September 2011 E. 6.1; VEUILLET, a.a.O, N. 126 zu Art. 82 SchKG).
2.7. Damit ist festzuhalten, dass die dem angefochtenen Entscheid zugrunde gelegte eigene Praxis des Obergerichts der Praxis des Bundesgerichts und der herrschenden Lehre offenkundig widerspricht und die an die Glaubhaftmachung des Verrechnungseinwands zu stellenden Anforderungen in unhaltbarer Weise überspannt. Die Rüge, die Vorinstanz habe Art. 82 Abs. 2 SchKG willkürlich angewendet, erweist sich als begründet und der angefochtene Entscheid ist aufzuheben. Da jedoch die Vorinstanz die erstinstanzlichen Vorbringen der Beschwerdeführerin (namentlich die Beilagen 2-15 zur Gesuchsantwort vom 12. Juni 2017) noch gar nicht näher gewürdigt hat, ist ein reformatorischer Entscheid (Art. 107 Abs. 2 BGG) nicht möglich. Der angefochtene Entscheid ist deshalb zur Überprüfung der erstinstanzlichen Beweiswürdigung unter dem Blickwinkel der vom Beschwerdegegner in seiner Beschwerde vom 30. Oktober 2017 erhobenen (zulässigen) Rügen an das Obergericht zurückzuweisen.
3.
Die Rückweisung zu erneutem Entscheid mit offenem Ausgang gilt hinsichtlich der Prozesskosten als Obsiegen der beschwerdeführenden Partei (<ref-ruling> E. 11.1). Da der Beschwerdegegner im bundesgerichtlichen Verfahren die Abweisung der Verfassungsbeschwerde beantragt hat, besteht kein Anlass, ihn wegen eines von ihm nicht mitverschuldeten Verfahrensfehlers der Vorinstanz von seiner Kostenpflicht zu befreien (vgl. Urteil 5A_61/2012 vom 23. März 2012 E. 4). Die Gerichtskosten sind daher dem Beschwerdegegner aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 BGG), der überdies die Beschwerdeführerin für das bundesgerichtliche Verfahren zu entschädigen hat (Art. 68 Abs. 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Auf die Beschwerde in Zivilsachen wird nicht eingetreten.
2.
Die subsidiäre Verfassungsbeschwerde wird teilweise gutgeheissen und der angefochtene Entscheid aufgehoben. Die Sache wird an die Vorinstanz zur neuen Beurteilung im Sinne der Erwägungen zurückgewiesen. Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen.
3.
Die Gerichtskosten von Fr. 2'500.-- werden dem Beschwerdegegner auferlegt.
4.
Der Beschwerdegegner hat die Beschwerdeführerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 3'000.-- zu entschädigen.
5.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Thurgau schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 25. Juni 2019
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Herrmann
Der Gerichtsschreiber: Buss