Sachverhalt:
A.
Am 16. März 2011 reichte die A._ GmbH ein Baugesuch für ein Einfamilienhaus auf der Parzelle Gbbl. Nr. 3121 in Kreuzlingen ein. Die Gemeinde Kreuzlingen erteilte ihr dafür am 7. Juni 2011 eine Baubewilligung mit Auflagen. Insbesondere wurde in Ziff. 10 der Baubewilligung festgehalten, das gesamte Untergeschoss werde nicht der Bruttogeschossfläche zugerechnet; da die Liegenschaft voll ausgenützt sei, dürfe das Untergeschoss ohne Ausnützungstransfer nicht nachträglich ausgebaut werden.
Mit Änderungsgesuch vom 13. Mai 2014 ersuchte die A._ GmbH um nachträgliche Genehmigung der Bodenheizung in den fünf in einem Plan eingezeichneten Räumen sowie in einem Gang im Untergeschoss. Zur Begründung führte sie aus, es liege in ihrer Entscheidungsfreiheit, die Beheizung in den als Keller genutzten Räumen als Bodenheizung auszuführen, was sich aus energetischen (Einhaltung Minergie-Standard) und bauhygienischen (Verhinderung von Emissionen) Gründen angeboten habe.
Mit Beschluss vom 7. Juli 2014 verweigerte die Gemeinde Kreuzlingen eine Baubewilligung für die im Untergeschoss erstellte Bodenheizung sowie die damit verbundene Zweckänderung (Erweiterung der zu Wohnzwecken nutzbaren Flächen). Die Bodenheizung sei innert 30 Tagen nach Rechtskraft des Entscheids vollständig rückzubauen bzw. definitiv ausser Betrieb zu setzen (Ausschäumen der Heizverteilleitungen).
Die A._ GmbH reichte am 18. August 2014 Rekurs an das Departement für Bau und Umwelt des Kantons Thurgau (DBU/TG) ein. Mit Entscheid vom 30. April 2015 hiess dieses den Rekurs im Sinne der Erwägungen mangels Verhältnismässigkeit der verlangten definitiven Zerstörung der Bodenheizung gut. Die Sache wurde zur Neubeurteilung anderer (milderer) Massnahmen an die Gemeinde Kreuzlingen zurückgewiesen.
B. Mit Beschluss vom 11. August 2015 hielt die Gemeinde Kreuzlingen an der Bewilligungsverweigerung für die Bodenheizung und die Wohnnutzung im Untergeschoss fest. Die Bauherrschaft wurde angewiesen, das Untergeschoss so zu gestalten, dass es nicht dem Wohnen oder dem Gewerbe dienen könne. Insbesondere seien:
- der verlegte Granitboden bzw. sämtliche verlegten Holzdielen vollständig zu entfernen; der Boden könne danach mit einem (evtl. gestrichenen) Zementüberzug versehen werden;
- der Deckputz an den Wänden und Decken bis auf den Grundputz (evtl. gestrichen) abzustossen;
- die Bodenheizung durch eine Heizinstallationsfirma geeignet und dauerhaft zu plombieren;
- die Aufgänge (Treppenhaus/Wendeltreppe) vom Unter- ins Erdgeschoss thermisch zu trennen (z. B. gedämmte Ummauerung der Wendeltreppe mit Türabschluss);
- an den vorbereiteten Kaminanschlüssen in den der Bruttogeschossfläche nicht anrechenbaren Räumen im Unterschoss keine Heizaggregate anzuschliessen, solange diese Räume nicht mittels ordentlicher Bewilligung (Baugesuch zur Zweckänderung) einer Wohn- oder Gewerbenutzung zugeführt werden könnten.
Den dagegen von der A._ GmbH am 7. September 2015 erhobenen Rekurs wies das DBU/TG mit Entscheid vom 23. Mai 2016 ab, soweit es darauf eintrat.
Diesen Entscheid focht die A._ GmbH mit Beschwerde vom 9. Juni 2016 beim Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau an. Am 26. Oktober 2016 führte eine Delegation des Verwaltungsgerichts einen Augenschein vor Ort durch. Mit Entscheid vom 7. Juni 2017 wies das Verwaltungsgericht die Beschwerde ab.
C.
Mit Eingabe vom 5. September 2017 führt die A._ GmbH Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht mit dem Hauptantrag auf Aufhebung des angefochtenen Entscheids. Eventualiter sei eine mildere Massnahme anzuordnen, beispielsweise das Überstreichen der Bodenbeläge und Wände mit Betonfarbe. Subeventualiter sei die Sache zur neuen Entscheidung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Mit Verfügung vom 31. Oktober 2017 hat der Präsident der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung der Beschwerde aufschiebende Wirkung zuerkannt.
Das DBU/TG, die Vorinstanz und die Gemeinde Kreuzlingen beantragen die Beschwerdeabweisung. Die Beschwerdeführerin hat auf weitere Bemerkungen verzichtet.

Erwägungen:
1.
Die Beschwerde richtet sich gegen einen kantonal letztinstanzlichen Endentscheid öffentlich-rechtlicher Natur (Art. 82 lit. a, Art. 86 Abs. 1 lit. d und Abs. 2 sowie Art. 90 BGG). Ein Ausschlussgrund ist nicht gegeben (<ref-law>). Die Beschwerdeführerin hatte im vorinstanzlichen Verfahren Parteistellung (<ref-law>). Als Eigentümerin des von der Wiederherstellung betroffenen Grundstücks ist sie durch den angefochtenen Entscheid besonders berührt (lit. b) und hat ein schutzwürdiges Interesse an dessen Aufhebung (lit. c). Sie ist zur Beschwerdeführung legitimiert.
2.
2.1. Die Vorinstanz hat im angefochtenen Entscheid zusammenfassend erwogen, der Einbau einer Bodenheizung im Untergeschoss habe nicht Bestandteil des ersten Baugesuchs gebildet und sei daher nicht bereits mit der ursprünglichen Baubewilligung vom 7. Juni 2011 bewilligt worden. Für die Beurteilung des Änderungsgesuchs vom 13. Mai 2014 finde noch die bisherige Verordnung des Regierungsrats des Kantons Thurgau zum Planungs- und Baugesetz vom 26. März 1996 (aPBV/TG) Anwendung. Gemäss § 10 Abs. 3 Ziff. 1 aPBV/TG würden alle nicht dem Wohnen oder dem Gewerbe dienenden und hierfür nicht verwendbaren Flächen wie Flächen in Dachgeschossen mit lichter Höhe unter 1,50 m sowie zu Wohnungen gehörende Keller-, Estrich-, Trocken- und Waschräume nicht zur anrechenbaren Bruttogeschossfläche gerechnet. Bei der Beurteilung der Bewilligungsfähigkeit der vom Rückbau erfassten Gebäudeteile komme es somit nicht auf die tatsächliche Nutzung, sondern alleine auf die Verwendbarkeit der umstrittenen Räume im Untergeschoss an. Diesbezüglich habe der Augenschein ein sehr anschauliches Bild vermittelt. Es bestünden keinerlei Zweifel daran, dass mit Ausnahme des Technikraums und des Zwischenbereichs Treppe/Gang alle übrigen Räume ohne oder zumindest ohne grosse Anpassungen für eine Wohnnutzung verwendbar seien. Die Flächen dieser Räume seien deshalb zur Bruttogeschossfläche zu zählen. Die zulässige Ausnützung sei mit der Erstellung des Einfamilienhauses unbestrittenermassen bereits voll konsumiert und ein Ausnützungstransfer zulasten einer Nachbarparzelle werde weder behauptet noch nachgewiesen. Es liege auch kein Ausnahmetatbestand im Sinne von § 92 des Planungs- und Baugesetzes des Kantons Thurgau vom 21. Dezember 2011 (PBG/TG; RB 700) vor und an der Einhaltung der Bauvorschriften bestehe ein gewichtiges öffentliches Interesse. Der jetzige Ausbaustandard dieser Räume im Untergeschoss sei daher zu Recht nicht bewilligt worden.
Die Vorinstanz hat weiter ausgeführt, der angeordnete Rückbau sei angemessen. Die geforderten Massnahmen seien geeignet und notwendig, eine Wohnnutzung effizient und längerfristig zu verhindern. Die Beschwerdeführerin habe in keiner Weise schlüssig aufgezeigt oder den Nachweis erbracht, dass eine thermische Abtrennung des gesamten Untergeschosses das ganze Energiekonzept des Hauses zum Kippen bringen würde. Bereits im Baugesuch sei im Übrigen beim Treppenaufgang im Eingangsbereich eine thermische Abtrennung vorgesehen gewesen. Insofern bestehe auch keine Veranlassung für das Gericht, ein entsprechendes Gutachten einzuholen. Ebenso wenig begründe die Beschwerdeführerin, weshalb die verlangten Rückbaumassnahmen für sie in finanzieller Hinsicht nicht zumutbar sein sollten, wobei die finanziellen Einbussen der nicht gutgläubig handelnden Beschwerdeführerin bei der Abwägung zwischen öffentlichen und privaten Interessen ohnehin nicht geeignet seien, die Rückbaumassnahmen als unverhältnismässig erscheinen zu lassen.
Schliesslich bestünden keine Anhaltspunkte, dass die Voraussetzungen für die von der Beschwerdeführerin geforderte "Gleichbehandlung im Unrecht" erfüllt seien.
2.2. Die Beschwerdeführerin rügt eine Verletzung ihres Anspruchs auf rechtliches Gehör (<ref-law>; nachfolgend E. 2.3) durch Verzicht auf die Einholung eines Gutachtens, einen Verstoss gegen Treu und Glauben (<ref-law>; nachfolgend E. 2.4), eine willkürliche Anwendung kantonalen Rechts (<ref-law>) sowie eine willkürliche Interessenabwägung durch Ermessensunterschreitung (<ref-law>; nachfolgend E. 2.5) und eine rechtsungleiche Behandlung (<ref-law>; nachfolgend E. 2.6; vgl. zum Ganzen: Beschwerde S. 3).
2.3. Eine willkürliche Beweiswürdigung wird von der Beschwerdeführerin nicht substanziiert gerügt und ist auch nicht ersichtlich. Wie von der Vorinstanz willkürfrei dargelegt, hat die Beschwerdeführerin ihre Behauptung, dass "eine thermische Abtrennung des Untergeschosses das ganze Energiekonzept des Hauses zum Kippen bringen würde", nicht nachvollziehbar begründet, geschweige denn belegt; vielmehr war bereits im ursprünglichen Baugesuch beim Treppenaufgang im Eingangsbereich eine thermische Abtrennung vorgesehen.
Vor diesem Hintergrund konnte die Vorinstanz, ohne hierdurch den Anspruch der Beschwerdeführerin auf rechtliches Gehör zu verletzen, in zulässiger antizipierter Beweiswürdigung davon absehen, ein Fachgutachten zur Frage des Energiekonzepts einzuholen (vgl. <ref-ruling> E. 5.3 S. 236 mit Hinweisen).
2.4. Die Beschwerdeführerin kann sich auch nicht mit Erfolg auf einen Vertrauensschutztatbestand berufen.
Der in <ref-law> verankerte Grundsatz von Treu und Glauben verleiht in der Form des Vertrauensschutzes einen Anspruch auf Schutz berechtigten Vertrauens in behördliche Zusicherungen oder sonstiges, bestimmte Erwartungen begründendes Verhalten, sofern sich dieses auf eine konkrete, die betreffende Bürgerin oder den betreffenden Bürger berührende Angelegenheit bezieht. Neben dem behördlichen Verhalten als Vertrauensgrundlage setzt der Anspruch auch eine Vertrauensbetätigung und einen Kausalzusammenhang zwischen Vertrauen und Disposition voraus. Selbst wenn diese Voraussetzungen erfüllt sind, bleibt eine Interessenabwägung im Einzelfall vorbehalten (vgl. <ref-ruling> E. 4.1 S. 170).
Im zu beurteilenden Fall haben die Behörden mit ihrem Verhalten und der Bewilligungserteilung vom 7. Juni 2011 keine Vertrauensgrundlage geschaffen, auf welche die Beschwerdeführerin berechtigterweise hätte vertrauen dürfen. Der Einbau einer Bodenheizung bildete nicht Gegenstand des Baugesuchs vom 16. März 2011 und wurde dementsprechend im Baubewilligungsverfahren auch nicht thematisiert.
2.5. Die Rüge der willkürlichen Anwendung kantonalen Rechts erweist sich als nicht stichhaltig. § 10 Abs. 3 Ziff. 1 aPBV/TG spricht von "verwendbaren" und nicht von "verwendeten" Flächen. Indem die Vorinstanz geschlossen hat, bei der Beurteilung der Bewilligungsfähigkeit der vom Rückbau erfassten Gebäudeteile komme es nicht auf die tatsächliche Nutzung, sondern alleine auf die Verwendbarkeit der umstrittenen Räume im Untergeschoss an, stellt sie in ohne Weiteres vertretbarer Weise auf den Wortlaut der Bestimmung ab; dieser lässt auch keinen Raum für die von der Beschwerdeführerin geforderte Interessenabwägung. Dass aber die Räume im Untergeschoss mit Ausnahme des Technikraums und des Zwischenbereichs Treppe/Gang ohne oder zumindest ohne grosse Anpassungen für eine Wohnnutzung verwendbar sind, wird von der Beschwerdeführerin nicht bestritten.
Eine Interessenabwägung, d.h. eine Berücksichtigung der von der Beschwerdeführerin behaupteten energetischen und bauhygienischen Interessen, ist im Rahmen der Erteilung einer Ausnahmebewilligung gestützt auf § 92 PBG/TG vorzunehmen. Die Vorinstanz hat die Voraussetzungen von § 92 PBG/TG als nicht erfüllt erachtet und die Beschwerdeführerin rügt insoweit keine willkürliche Anwendung kantonalen Rechts, weshalb sich weitere Ausführungen erübrigen.
2.6. Die Beschwerdeführerin verlangt eine Gleichbehandlung im Unrecht.
Nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung geht der Grundsatz der Gesetzmässigkeit der Verwaltung in der Regel der Rücksicht auf die gleichmässige Rechtsanwendung vor. Der Umstand, dass das Gesetz in anderen Fällen nicht oder nicht richtig angewendet worden ist, gibt den Bürgern grundsätzlich keinen Anspruch darauf, ebenfalls abweichend vom Gesetz behandelt zu werden. Ausnahmsweise und unter strengen Bedingungen wird jedoch im Rahmen des verfassungsmässig verbürgten Gleichheitssatzes ein Anspruch auf Gleichbehandlung im Unrecht anerkannt (<ref-law>). Die Gleichbehandlung im Unrecht setzt voraus, dass die zu beurteilenden Fälle in den tatbestandserheblichen Sachverhaltselementen übereinstimmen, dass dieselbe Behörde in ständiger Praxis vom Gesetz abweicht und zudem zu erkennen gibt, auch inskünftig nicht gesetzeskonform entscheiden zu wollen. Schliesslich dürfen keine überwiegenden Gesetzmässigkeitsinteressen oder Interessen Dritter bestehen (vgl. <ref-ruling> E. 7.1 S. 61; <ref-ruling> E. 5.6 S. 78 f.). Als Grundlage für einen Anspruch auf Gleichbehandlung im Unrecht kommt unter Umständen auch eine rechtswidrige Baubewilligungspraxis in Betracht (vgl. Urteil 1C_400/2014 vom 4. Dezember 2014 E. 2.3 mit Hinweisen).
Die Gemeinde Kreuzlingen hat sowohl im vorinstanzlichen wie auch im bundesgerichtlichen Verfahren ausgeführt, nach ihrer konstanten Praxis würden beheizte Keller, die eine gewerbliche Nutzung oder eine Wohnnutzung ermöglichten, nur bewilligt, wenn die entsprechende Ausnützungsziffer zur Verfügung stehe. Es bestehen mithin keinerlei Hinweise darauf, dass die Gemeinde Kreuzlingen in ständiger Praxis von § 10 Abs. 3 Ziff. 1 aPBV/TG abweicht und zudem zu erkennen gibt, auch inskünftig nicht gesetzeskonform entscheiden zu wollen.
2.7. Die Beschwerdeführerin beruft sich schliesslich ergänzend auf die Eigentumsgarantie gemäss <ref-law>. Soweit die Beschwerde insoweit den Begründungsanforderungen überhaupt genügt, erweist sie sich als unbegründet.
Im Falle einer nicht den Bauvorschriften bzw. der Baubewilligung entsprechenden Baute kann die Wiederherstellung des rechtmässigen Zustands unterbleiben, wenn die Abweichung vom Erlaubten nur unbedeutend ist oder die Wiederherstellung nicht im öffentlichen Interesse liegt, ebenso, wenn der Bauherr in gutem Glauben angenommen hat, die von ihm ausgeübte Nutzung stehe mit der Baubewilligung im Einklang, und ihre Fortsetzung nicht schwerwiegenden öffentlichen Interessen widerspricht (<ref-ruling> E. 6 S. 35). Auf die Verhältnismässigkeit berufen kann sich auch eine Bauherrschaft, die nicht gutgläubig gehandelt hat. Sie muss aber in Kauf nehmen, dass die Behörden aus grundsätzlichen Erwägungen, namentlich zum Schutz der Rechtsgleichheit und der baulichen Ordnung, dem Interesse an der Wiederherstellung des gesetzmässigen Zustands erhöhtes Gewicht beimessen und die der Bauherrschaft allenfalls erwachsenden Nachteile nicht oder nur in verringertem Masse berücksichtigen (<ref-ruling> E. 6.4 S. 39 f.).
Wie von der Vorinstanz dargelegt, besteht ein öffentliches Interesse an der Wiederherstellung des rechtmässigen Zustands, da die wichtigen Vorschriften über die zulässige Ausnützung nicht eingehalten sind. Die Verhältnismässigkeit der Wiederherstellung wird von der Beschwerdeführerin nicht substanziiert bestritten. Sie stellt zwar einen Eventualantrag auf Anordnung einer milderen Massnahme, wie beispielsweise das Überstreichen der Bodenbeläge und Wände mit Betonfarbe. Sie begründet indes diesen Antrag in ihrer Beschwerde nicht und setzt sich auch nicht mit den Erwägungen der Vorinstanz zur Verhältnismässigkeit des Rückbaus auseinander. Diese verletzen kein Bundesrecht. Die Beschwerdeführerin hat nicht gutgläubig gehandelt, da ihr bei gehöriger Sorgfalt bewusst sein musste, dass die Baubewilligung vom 7. Juni 2011 insbesondere nicht auch den Einbau einer Bodenheizung im Untergeschoss mitumfasste. Die Behörden durften vorliegend aus grundsätzlichen Erwägungen, namentlich zum Schutz der baulichen Ordnung, dem Interesse an der Wiederherstellung des gesetzmässigen Zustands höheres Gewicht beimessen als den finanziellen Interessen der Beschwerdeführerin.
3.
Die Beschwerde ist abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann.
Bei diesem Verfahrensausgang sind die Gerichtskosten der Beschwerdeführerin aufzuerlegen (<ref-law>). Den in ihrem amtlichen Wirkungskreis obsiegenden Behörden steht keine Parteientschädigung zu (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3.
Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin, der Politischen Gemeinde Kreuzlingen, dem Departement für Bau und Umwelt des Kantons Thurgau und dem Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 3. Juli 2018
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Merkli
Der Gerichtsschreiber: Stohner