Sachverhalt:
A.
Das Bezirksgericht Zürich erklärte X._ am 1. November 2017 der mehrfachen sexuellen Handlungen mit einem Kind sowie der mehrfachen sexuellen Nötigung zum Nachteil von A._ schuldig. Es bestrafte ihn mit einer teilbedingten Freiheitsstrafe von zweieinhalb Jahren. Gegen dieses Urteil erhoben X._ Berufung und die Staatsanwaltschaft Anschlussberufung. Das Obergericht des Kantons Zürich sprach X._ am 13. November 2018 frei.
B.
Die Oberstaatsanwaltschaft des Kantons Zürich führt Beschwerde in Strafsachen. Sie beantragt, das Urteil des Obergerichts sei aufzuheben und X._ angemessen zu bestrafen. Eventualiter sei die Sache zu neuer Beurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen.

Erwägungen:
1.
1.1. Die Beschwerdeführerin rügt, die Vorinstanz habe den Sachverhalt willkürlich festgestellt und es unterlassen, A._ erneut einzuvernehmen.
1.2. Zu den Aussagen von A._ erwägt die Vorinstanz, dass deren Kernaussagen, wonach die Übergriffe grösstenteils drei- bis viermal pro Woche jeweils während dem Gutenachtritual geschehen seien und der Beschwerdegegner sie jeweils an den Brüsten und zwischen den Beinen streichelte oder massierte und ihr Küsschen in den Nacken, auf die Ohren und im Brustbereich gab, konstant geblieben seien. Auch habe A._ durchgehend erklärt, dass die Berührungen des Beschwerdegegners grösstenteils sanft gewesen sein; Schmerzen habe er ihr nie verursacht. Er sei weder in sie eingedrungen noch habe er sie je auf den Mund geküsst. In Bezug auf diese Vorfälle, welche sich im Rahmen des Gutenachtrituals abgespielt haben sollen, seien die Aussagen von A._ grösstenteils identisch und würden lebensnah wirken. Allerdings sei auch zu bedenken, dass gerade mit einer massvollen erweiterten Schilderung von alltäglichen Familienritualen Realität und Fiktion besonders einfach und auf den ersten Blick überzeugend mit sexuellen Grenzüberschreitungen verbunden werden könnten. In den Aussagen von A._ gebe es denn auch verschiedene Widersprüche, die namentlich im Licht dieser Problematik zu besonderer Vorsicht mahnen würden. So habe A._ gegenüber der Polizei erklärt, der Beschwerdegegner habe sie im ganzen Intimbereich und auch an der Klitoris massiert. In der staatsanwaltschaftlichen Einvernahme habe sie hingegen erklärt, der Beschwerdegegner habe sie zwar zwischen den Beinen, aber nie im Intimbereich angefasst. Die Frage, ob er sie an der Vagina berührt habe, habe sie ausdrücklich verneint. Auf den Widerspruch angesprochen, habe sie erklärt, dass dies auch einmal vorgekommen sei, jedoch nach ihrer Einschätzung eher unabsichtlich. Einen weiteren Widerspruch erblickt die Vorinstanz darin, dass A._ anfänglich erklärt habe, bei den Übergriffen den harten Penis des Beschwerdegegners gespürt zu haben. Bei der späteren Einvernahme durch die Staatsanwaltschaft habe sie diese Ereignisse nicht geschildert bzw. die dahingehenden Fragen, ob sie den Penis gespürt habe, verneint. Auf die Diskrepanz angesprochen habe sie erklärt, es könne vielleicht sein, dass sie es einmal gespürt habe, aber heute sei ihr das nicht mehr so gross in Erinnerung geblieben. Ferner habe A._ auf die Frage der Polizei, ob der Beschwerdegegner ihr gegenüber Gewalt angewendet habe, geantwortet, dass dies einmal der Fall gewesen sei. Er habe sie an den Haaren gerissen und an den Ohren gezogen, weil sie sich gewehrt habe. Er habe sie an den Haaren gepackt und daran gezogen. Sie habe zu ihm gesagt, er solle aufhören, und das habe er dann auch gemacht. Bei der Staatsanwaltschaft habe A._ dies dann explizit verneint und ihre ersten Aussagen auf den Widerspruch angesprochen dahingehend relativiert, dass es nicht ein richtiges Ziehen, ein festes, gewesen sei, und das mit dem Ohr sei gewesen, als er sie am Nacken und den Ohren geküsst habe, da habe er dann auch gezogen. Dazu komme, dass A._ in einem Fall auf Nachfrage eine Verbindung zu einem Alltagsritual herstelle, die so nicht überzeuge. So habe sie gegenüber der Polizei angegeben, die Übergriffe hätten jeweils in ihrem Zimmer stattgefunden; einmal sei es auch im Elternzimmer passiert. Die Übergriffe, die im Elternzimmer stattgefunden haben sollen, habe A._ zeitlich am Mittag eingeordnet. In der staatsanwaltlichen Einvernahme habe sie von "am Nachmittag vielleicht" gesprochen. Auf die Frage, weshalb sie sich in das Zimmer des Beschwerdegegners begeben habe, habe sie jedoch zu Protokoll gegeben, sie hätten am Morgen immer so Spiele gemacht. Die Vorinstanz folgert daraus, dass A._ den Beschwerdegegner konstant belastete und dabei auch gewisse Einzelheiten sowie Gedanken und Gefühle geschildert habe, die ihrer Darstellung Lebensnähe geben würden. Allerdings weise ihre Darstellung der sexuellen Übergriffe auch Widersprüche auf, die auf eine Dramatisierungstendenz hindeuten würden. Dies sei vorliegend besonders problematisch, weil die zur Diskussion stehenden sexuellen Übergriffe aus alltäglichen Familienritualen entstanden sein sollen und sich in diesem Bereich Realität und Fiktion relativ einfach zu einer vordergründig glaubhaften Darstellung verbinden liessen.
Im Ergebnis hält die Vorinstanz fest, dass der Beschwerdegegner die Anklagevorwürfe konstant von sich gewiesen und das Gutenachtritual nachvollziehbar und im Wesentlichen im Einklang mit den übrigen Familienmitgliedern geschildert habe. Der Beschwerdegegner habe selber erklärt, dass er mit A._ einen zärtlichen Vater-Tochter-Kontakt gepflegt habe. Ein sichergestelltes Video, welches die nackte A._ in der Badewanne zeige, indiziere, dass er womöglich ein sexuelles Interesse an ihr hegte oder widerlege zumindest seine Angabe, dass er immer die nötige Distanz zu ihr gewahrt habe. Weder diese Aufnahme noch weitere Vorgänge im Bad seien aber Gegenstand der Anklage. Von der Videoaufnahme könne auch nicht ohne Weiteres darauf geschlossen werden, dass auch andere Grenzüberschreitungen sexueller Natur stattfanden. A._ sei zwar während des gesamten Verfahrens bei ihren Belastungen geblieben, und ihre Darstellung könne auch nicht einfach als lebensfremd bewertet werden. Ihre Schilderung weise jedoch Widersprüche auf, welche - obwohl sie nur einzelne Elemente betreffen - auf eine Dramatisierungstendenz hindeuten würden, die zur Frage führe, ob nicht auch andere Teile der Schilderung nur teilweise realitätsbasiert seien. Realität und Fiktion könnten unter den konkreten Umständen relativ einfach zu einer glaubhaft wirkenden Schilderung sexueller Übergriffe verbunden werden. Eine zuverlässige Aussage darüber, welche Teile der Erklärungen von A._ realitätsbasiert seien und welche allenfalls nicht, lasse sich unter diesen Umständen nicht machen. Die Widersprüche in den Aussagen von A._ würden vor diesem Hintergrund so bedeutende Zweifel an der Glaubhaftigkeit ihrer Belastung begründen, dass der Beschwerdegegner in Anwendung des Grundsatzes in dubio pro reo freizusprechen sei.
1.3.
1.3.1. Die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz kann vor Bundesgericht nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law>). Offensichtlich unrichtig ist die Sachverhaltsfeststellung, wenn sie willkürlich ist (<ref-ruling> E. 2.3.1). Willkür liegt vor, wenn der angefochtene Entscheid offensichtlich unhaltbar ist oder mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht. Dass eine andere Lösung oder Würdigung ebenfalls vertretbar oder gar zutreffender erscheint, genügt für die Annahme von Willkür nicht (<ref-ruling> E. 1.2). Dem Grundsatz in dubio pro reo kommt in seiner Funktion als Beweiswürdigungsregel im Verfahren vor dem Bundesgericht keine über das Willkürverbot von <ref-law> hinausgehende Bedeutung zu (<ref-ruling> E. 2.2.3.1; <ref-ruling> E. 7; je mit Hinweisen). Eine entsprechende Rüge muss explizit vorgebracht und substanziiert begründet werden (<ref-law>). Auf eine rein appellatorische Kritik am angefochtenen Urteil tritt das Bundesgericht nicht ein (<ref-ruling> E. 2.4).
1.3.2. Die Beschwerdeführerin rügt, dass die Vorinstanz sich nicht selbst ein Bild von A._ gemacht habe, um den festgestellten Widersprüchen bzw. der Dramatisierungstendenz fundiert auf den Grund zu gehen. Es sei vor Augen zu führen, dass die Aussagen des Beschwerdegegners wie auch von A._ vorliegend die einzigen direkten Beweismittel darstellen, weshalb ein eigener Eindruck dringend notwendig gewesen wäre. Angesichts der Tatsache, dass das Obergericht - welches von der Beweiswürdigung des Bezirksgerichts abweiche - aus den vier Widersprüchen eine Dramatisierungstendenz herauslese, sollte es sich bezüglich dieser selbst überzeugen (Beschwerde, S. 7 f.).
Im Rahmen der Berufungserklärung stellte der Beschwerdegegner den Antrag, es sei ein aussagepsychologisches Gutachten hinsichtlich der Aussagen von A._ einzuholen. Die Staatsanwaltschaft widersetzte sich in der Anschlussberufung diesem Antrag und stellte keine eigenen Beweisanträge. Sie führte aus, dass die notwendigen Beweismittel in der Untersuchung formgerecht und verwertbar erhoben worden seien und der Fall spruchreif sei. Auch in der Berufungsverhandlung stellte die Beschwerdeführerin keine Beweisanträge. Die Beschwerdeführerin verhält sich treuwidrig, indem sie sich zunächst explizit auf den Standpunkt stellt, der Fall sei spruchreif und erst später - nachdem die Vorinstanz zu ihren Ungunsten entschied - vor Bundesgericht rügt, A._ hätte im Berufungsverfahren erneut einvernommen werden müssen. Auf diese Rüge ist nicht einzutreten.
1.3.3. Die Beschwerdeführerin rügt weiter, dass sich die Vorinstanz in willkürlicher Weise mit den Aussagen von A._ auseinandersetze bzw. diese willkürlich würdige und dabei das sehr schwerwiegende Indiz der Videoaufnahme in ihre Würdigung kaum einbeziehe. Setze man das sichergestellte Video ins Verhältnis mit den vom Obergericht geltend gemachten vier Widersprüchen und der damit zusammenhängenden gesamten Würdigung der Glaubhaftigkeit, so sei festzuhalten, dass der Rechtsgrundsatz in dubio pro reo klar überdehnt und damit verletzt worden sei, weshalb das Urteil des Obergerichts in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderlaufe (Beschwerde, S. 5 ff.).
A._ ist die einzige direkte Zeugin der vermeintlichen Übergriffe. Dass die von der Vorinstanz festgestellten Widersprüche an der Glaubhaftigkeit ihrer Aussagen zweifeln lassen, stellt die Beschwerdeführerin nicht in Abrede. Dass die Vorinstanz die sichergestellte Videoaufzeichnung lediglich als Indiz für ein sexuelles Interesse des Beschwerdeführers an A._, jedoch nicht als hinreichenden Nachweis für die angeklagten Handlungen wertet, lässt die Beweiswürdigung nicht als willkürlich erscheinen. Die Rüge willkürlicher Sachverhaltsfeststellung ist unbegründet.
2.
Die Beschwerde ist abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Der unterliegenden Staatsanwaltschaft sind keine Kosten aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 und 4 BGG). Der Beschwerdegegner wurde nicht zur Vernehmlassung eingeladen, weshalb er keinen Anspruch auf eine Parteientschädigung hat.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.
Es werden keine Kosten erhoben.
3.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Zürich, II. Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 22. August 2019
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Denys
Der Gerichtsschreiber: Moses