Fatti:
A.
Mediante decisione penale del 22 febbraio 2018 il Dipartimento federale delle finanze (in seguito: DFF) ha riconosciuto A._ autore colpevole di violazione dell'obbligo di comunicazione secondo l'art. 37 cpv. 1 della legge federale del 10 ottobre 1997 relativa alla lotta contro il riciclaggio di denaro e il finanziamento del terrorismo (LRD; RS 955.0), condannandolo a una multa di fr. 15'000.--. In data 2 marzo 2018 A._ ha chiesto di essere giudicato dal Tribunale penale federale.
B.
Il 18 ottobre 2018 la Corte penale del Tribunale penale federale ha assolto A._. Avverso tale sentenza insorge il DFF con un ricorso in materia penale, nel quale chiede il rinvio della causa all'autorità inferiore e, in subordine, la condanna di A._.
Nella sua risposta del 14 agosto 2019, A._ postula la reiezione del ricorso. Il Tribunale penale federale ha rinunciato a presentare osservazioni. Le parti hanno mantenuto le loro rispettive posizioni in sede di replica e di duplica.

Diritto:
1.
L'opponente ritiene che il ricorso sia inammissibile, poiché presentato dal DFF senza il concorso del Ministero pubblico della Confederazione.
A norma dell'art. 81 cpv. 1 lett. b n. 7 LTF è legittimato a ricorrere, nelle cause penali amministrative, il ministero pubblico della Confederazione e l'amministrazione interessata. Tale disposto ha sostituito il previgente art. 83 della legge federale del 22 marzo 1974 sul diritto penale amministrativo (DPA; RS 313), secondo il quale il diritto di ricorrere in cassazione spettava parimenti, a titolo indipendente, sia al procuratore generale sia all'amministrazione interessata (RU 2001 3308 3313). Con l'introduzione del nuovo art. 81 cpv. 1 lett. b n. 7 LTF il legislatore ha espressamente voluto garantire che il ministero pubblico della Confederazione e l'amministrazione interessata possano come sinora interporre - ciascuno a titolo indipendente - ricorso in materia penale (messaggio del 21 dicembre 2005 concernente l'unificazione del diritto processuale penale, FF 2006 989 1243). Il ricorso, tempestivo, è quindi ammissibile.
2.
2.1. All'opponente viene rimproverata una violazione dell'obbligo di comunicazione ai sensi dell'<ref-law> in relazione al conto intestato a B._Ltd., il cui avente diritto economico era C._. Ciò riguarda il periodo in cui l'opponente era alle dipendenze di D._SA come anche quello successivo, dal 1° gennaio 2011, nel quale egli era attivo in seno a E._SA.
In merito alla fase presso D._SA il Tribunale penale federale ritiene - in sintesi - che l'opponente era responsabile del dipartimento compliance di tale banca, e ciò almeno dal 1° febbraio 2010. Competente per un'eventuale comunicazione all'Ufficio di comunicazione in materia di riciclaggio (MROS) sarebbe però, secondo le direttive interne dell'istituto di credito, unicamente il Comitato Due Diligence, composto dal presidente e dai membri dell'Executive Board, dal responsabile del Dipartimento Compliance e dal Due Diligence Officer. Nel caso in esame, il Comitato Due Diligence non avrebbe ravvisato gli estremi per effettuare direttamente una comunicazione all'ufficio MROS e avrebbe richiesto accertamenti supplementari, che però non sarebbero mai stati implementati. Non spettava quindi - secondo il Tribunale penale federale - all'opponente, bensì al solo Comitato Due Diligence, decidere in merito a un'eventuale comunicazione all'ufficio MROS. L'opponente non avrebbe quindi violato l'obbligo di comunicazione secondo l'<ref-law> nel periodo nel quale egli era attivo presso D._SA.
Il Tribunale penale federale osserva dipoi che il conto B._Ltd. è stato gestito da E._SA dal 1° gennaio 2011, in seguito alla fusione di quest'ultimo istituto di credito con D._SA. Il 5 gennaio 2011 il servizio Legal & Compliance di E._SA avrebbe effettuato un controllo propedeutico nella banca dati World-Check, dal quale sarebbero nuovamente emersi il nominativo di C._ e il conto B._Ltd. Diversamente dalla situazione presso D._SA, il Tribunale penale federale intravvede una responsabilità dell'opponente in seno a E._SA a decidere, in qualità di capo del servizio Legal & Compliance, in punto alla comunicazione all'ufficio MROS. Tuttavia, l'opponente non sarebbe stato informato di tale risultanza positiva. Dagli atti non risulterebbe neppure che egli sia stato informato del risultato positivo di un successivo controllo nella banca dati World-Check, avvenuto il 2 marzo 2011. Inoltre, a mente del Tribunale penale federale, l'opponente poteva ragionevolmente attendersi che la Compliance Officer F._, alla quale egli aveva delegato i controlli World-Check, lo informasse in merito alle eventuali risultanze positive e, qualora F._ non si fosse manifestata, egli poteva ragionevolmente ritenere che non vi fossero risultanze positive che necessitavano della sua attenzione. Infine, all'inizio del 2011 vi sarebbero state presso E._SA carenze strutturali tali da mettere in seria difficoltà il servizio di lotta contro il riciclaggio, non imputabili all'opponente. Quest'ultimo non avrebbe di conseguenza violato l'obbligo di comunicazione di cui all'<ref-law> neppure in seno a E._SA.
2.2. Con riferimento alla prima fase (presso D._SA) il ricorrente ritiene, tra l'altro, che la responsabilità penale dell'opponente non decada per il semplice fatto che egli faceva parte di un gremio (ricorso, pag. 13). Quanto al periodo posteriore al 1° gennaio 2011 (in seno a E._SA), sarebbe irrilevante che l'opponente non sia più stato informato circa il fatto che la relazione B._Ltd. era nuovamente emersa nei controlli World-Check di gennaio e marzo 2011, dal momento che questi risultati non avrebbero fornito alcuna informazione supplementare rilevante rispetto a quanto l'opponente già aveva appreso durante la riunione del Comitato Due Diligence di D._SA del 7 (recte: 22) settembre 2010. Sotto questo profilo e tenuto conto del dispendio relativamente limitato causato da una comunicazione di sospetto a MROS, l'opponente non potrebbe neppure essere scagionato a seguito della "drammatica" situazione con la quale egli è stato confrontato al suo arrivo presso E._SA (ricorso, pag. 14 seg.).
2.3.
2.3.1. L'intermediario finanziario che sa o ha il sospetto fondato che i valori patrimoniali oggetto di una relazione d'affari sono in relazione con un reato ai sensi degli articoli 260ter numero 1 o 305bis CP, provengono da un crimine, sottostanno alla facoltà di disporre di un'organizzazione criminale, o servono al finanziamento del terrorismo ne dà senza indugio comunicazione all'Ufficio di comunicazione in materia di riciclaggio di denaro (<ref-law>, nella versione in vigore fino al 31 dicembre 2015). In una società, l'obbligo di comunicare incombe alle persone designate per legge o ordinamento interno a tale funzione (WERNER DE CAPITANI, in: Niklaus Schmid (ed.), Kommentar Einziehung, organisiertes Verbrechen, Geldwäscherei, vol. II, 2002, n. 26 ad <ref-law>). La violazione intenzionale dell'obbligo di comunicazione è punita con la multa sino a fr. 500'000.-- (<ref-law>). In caso di negligenza l'ammontare massimo della multa è di fr. 150'000.-- (<ref-law>).
Il ricorrente si appella alla <ref-ruling>, nella quale il Tribunale federale ha ritenuto - in sintesi - che la mancata adozione di misure da parte di un gremio con potere decisionale sia imputabile a ogni singolo membro del gremio che non sia adoperato in tal senso (consid. VI.2/c/bb pag. 129). Che, come sollevato dall'opponente, tale sentenza concerna l'esportazione di materiale bellico e non la lotta al riciclaggio di denaro è ininfluente, trattandosi di un'applicazione dei principi generali del diritto penale. La competenza del Comitato Due Diligence di D._SA di dar seguito agli obblighi di comunicazione previsti dall'<ref-law> non esclude quindi a priori un'eventuale responsabilità penale personale dell'opponente nella sua qualità di membro del Comitato Due Diligence. La questione della punibilità di un singolo membro che si fosse espresso a favore di una comunicazione può restare indecisa, non essendo ciò il caso nell'evenienza. La censura del ricorrente relativa al periodo di attività dell'opponente presso D._SA è fondata.
2.3.2. Anche l'ulteriore censura del ricorrente concernente l'attività dell'opponente in seno a E._SA si rivela fondata. Infatti, il nome di C._ era già emerso in occasione della verifica nella banca dati World-Check effettuata il 2 luglio 2010 presso D._SA, il cui esito era noto all'opponente (cfr. sentenza, pag. 11 seg.). La mancata comunicazione del risultato dei controlli World-Check di gennaio e marzo 2011 non ha quindi cambiato nulla al grado di conoscenza dell'opponente circa la relazione bancaria B._Ltd. e il suo beneficiario economico C._. Spetterà, se del caso, al Tribunale penale federale stabilire se e in quale misura le carenze strutturali riscontrate presso E._SA abbiano influito sulle possibilità effettive di dar seguito agli obblighi di comunicazione di cui all'<ref-law>.
3.
Il ricorso deve essere accolto. La sentenza impugnata deve quindi essere annullata e la causa rinviata al Tribunale penale federale per nuovo giudizio, senza che vi sia bisogno di soffermarsi sulle ulteriori censure sollevate dal ricorrente.
Le spese giudiziarie seguono la soccombenza (<ref-law>).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1.
Il ricorso è accolto. La sentenza emanata il 18 ottobre 2018 dalla Corte penale del Tribunale penale federale è annullata e la causa rinviata all'autorità inferiore per nuovo giudizio.
2.
Le spese giudiziarie di fr. 3'000.-- sono poste a carico dell'opponente.
3.
Comunicazione alle parti e alla Corte penale del Tribunale penale federale.