Sachverhalt:
A.
A.a. Am 20. Februar 2018 ersuchte die B._ Genossenschaft in der gegen die A._ GmbH angehobenen Betreibung auf Grundpfandverwertung Nr. qqq des Betreibungsamtes Schaffhausen beim Kantonsgericht Schaffhausen um Erteilung der provisorischen Rechtsöffnung für den Betrag von insgesamt Fr. 3'900'000.-- plus Zinsen und Kosten sowie für den Bestand des Grundpfandes auf den Grundstücken P._ Nr. rrr, sss, ttt, uuu, vvv, www, xxx, yyy und zzz in der selben Höhe.
A.b. Mit Verfügung vom 19. September 2018 erteilte das Kantonsgericht die provisorische Rechtsöffnung im beantragten Umfang. Dagegen gelangte die A._ GmbH an das Obergericht des Kantons Schaffhausen. Sie verlangte die Aufhebung des Rechtsöffnungsentscheides und die Abweisung des Rechtsöffnungsgesuchs. Das Obergericht wies die Beschwerde mit Entscheid vom 22. März 2019 ab (Nr. 40/2018/32).
B.
Die A._ GmbH ist mit Beschwerde in Zivilsachen vom 13. Mai 2019 an das Bundesgericht gelangt. Die Beschwerdeführerin beantragt die Aufhebung des obergerichtlichen Entscheides und die Abweisung des von der B._ Genossenschaft (Beschwerdegegnerin) gestellten Rechtsöffnungsgesuchs. Eventualiter verlangt sie die Aufhebung des obergerichtlichen Entscheides und die Rückweisung der Sache zur Neubeurteilung an das Obergericht, subeventualiter an das Kantonsgericht.
Das Bundesgericht hat die kantonalen Akten, indes keine Vernehmlassungen eingeholt.
Die Beschwerde der A._ GmbH gegen einen weiteren Entscheid des Obergerichts wird in einem separaten Verfahren beurteilt (5A_394/2019).

Erwägungen:
1.
1.1. Angefochten ist der Entscheid eines oberen kantonalen Gerichts, das als Rechtsmittelinstanz über ein Gesuch um provisorische Rechtsöffnung für eine Forderung und ein Grundpfand weit über der Streitwertgrenze von Fr. 30'000.-- befunden hat. Gegen diesen Endentscheid in Schuldbetreibungs- und Konkurssachen ist die Beschwerde in Zivilsachen gegeben (Art. 72 Abs. 2 lit.a, Art. 74 Abs. 1 lit. b und Art. 75 Abs. 2, Art. 90 BGG; <ref-ruling> E. 1.1).
1.2. Die Beschwerdeführerin ist als Betreibungsschuldnerin und Grundpfandstellerin durch den angefochtenen Entscheid besonders berührt und daher zur Beschwerde berechtigt (<ref-law>).
1.3. Mit der vorliegenden Beschwerde kann insbesondere die Verletzung von Bundesrecht gerügt werden (<ref-law>). In der Beschwerde ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Entscheid Recht verletzt (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1.2). Die Verletzung verfassungsmässiger Rechte ist ebenfalls zu begründen, wobei hier das Rügeprinzip gilt (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1.2.2).
1.4. Das Bundesgericht legt seinem Entscheid den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Neue Tatsachen und Beweismittel sind nur zulässig, soweit der vorinstanzliche Entscheid dazu Anlass gibt (<ref-law>).
2.
Anlass zur Beschwerde gibt eine provisorische Rechtsöffnung, die sowohl für eine Forderung wie auch für das Grundpfand erteilt worden ist. Strittig ist dabei auch die Gewährung des rechtlichen Gehörs im Rechtsöffnungsverfahren.
2.1. Beruht die Forderung auf einer durch öffentliche Urkunde festgestellten oder durch Unterschrift bekräftigten Schuldanerkennung, so kann der Gläubiger die provisorische Rechtsöffnung verlangen. Der Richter spricht dieselbe aus, sofern der Betriebene nicht Einwendungen, welche die Schuldanerkennung entkräften, sofort glaubhaft macht (<ref-law>). Es gelangt das summarische Verfahren zur Anwendung (<ref-law>). Im Rahmen eines Gesuchs um provisorische Rechtsöffnung geht es darum, rasch über die Beseitigung des Rechtsvorschlags zu entscheiden und die Parteirollen für einen allfälligen ordentlichen Prozess festzulegen (<ref-ruling> E. 2). Dass dabei auch gewisse materiell-rechtliche Punkte zu klären sind, ändert am betreibungsrechtlichen Charakter des Verfahrens nichts (<ref-ruling> E. 5.3). Geprüft wird lediglich, ob ein vollstreckbarer Titel vorliegt, nicht hingegen ob die Forderung materiell-rechtlich besteht. Alle Einwendungen und Einreden gegen die Schuldanerkennung, die zivilrechtliche Bedeutung haben, sind zu hören (<ref-ruling> E. 4.1.2). Sie sind (gemäss <ref-law>) grundsätzlich durch Urkunden geltend zu machen (<ref-ruling> E. 4.1.2; <ref-ruling> E. 4.1; <ref-ruling> E. 3.3).
2.2. Vorab wirft die Beschwerdeführerin der Vorinstanz die Verletzung des rechtlichen Gehörs vor (<ref-law> und <ref-law>). Sie habe in ihrer Stellungnahme zum Rechtsöffnungsgesuch bereits die Durchführung einer mündlichen Verhandlung verlangt, damit sie ihren Standpunkt mittels Zeugen- und Parteieinvernahmen weiter belegen könne. Zwar könne der Rechtsöffnungsrichter auf eine Verhandlung verzichten und aufgrund der Akten entscheiden (<ref-law>). Indes garantiere der Teilgehalt des rechtlichen Gehörs die Durchführung einer mündlichen Verhandlung, falls eine Partei dies ausdrücklich verlange.
2.2.1. Das Bundesgericht hat nicht nur stets betont, dass es sich beim Rechtsöffnungsverfahren um einen Urkundenprozess handle (E. 2.1; vgl. bereits BGE 58 I 363 E. 2 S. 369). Es hat auch bereits festgehalten, dass es im Ermessen des Rechtsöffnungsrichters liegt (<ref-law>), im Rahmen dieses summarischen Verfahrens (<ref-law>) auf die Durchführung einer mündlichen Verhandlung zu verzichten und aufgrund der Akten zu entscheiden (Urteil 5D_141/2014 vom 22. Januar 2015 E. 4, nicht publ. in <ref-ruling>). Daran ändert auch die Bestimmung von <ref-law> nichts, welche die Öffentlichkeit des Verfahrens regelt. Damit kann der Ansicht der Beschwerdeführerin nicht gefolgt werden, wenn sie unter Hinweis auf die Lehre auf einer mündlichen Verhandlung besteht, wenn eine Partei diese ausdrücklich verlangt. Beizufügen bleibt, dass sich dies der angeführten Meinung in dieser absoluten Form nicht entnehmen lässt (FÜRST, Das Rechtsöffnungsverfahren, ZZZ 2016 S. 125) bzw. sich diese nicht auf <ref-law>, sondern einzig auf Art. 6 Ziff. 1 EMRK bezieht (GASSER/RICKLI, Schweizerische Zivilprozessordnung: Kurzkommentar, 2. Aufl. 2014, N. 1 zu Art. 256).
2.2.2. Nach der neueren Rechtsprechung findet Art. 6 Ziff. 1 EMRK auf Verfahren, in welchen wie in der definitiven Rechtsöffnung nicht über die Begründetheit der vollstreckbaren Forderung entschieden wird, keine Anwendung (<ref-ruling> E. 5.1, 5.2; anders zuvor Urteil 5D_192/2013 vom 30. April 2013 E. 4.3). Daraus wird geschlossen, dass Art. 6 Ziff. 1 EMRK im Verfahren der provisorischen Rechtsöffnung anwendbar sei (FÜRST, a.a.O.; STAEHELIN, Die neuere Rechtsprechung [...], ZZZ 2016 S. 30; MABILLARD, in: SZZP 2015 S. 213; STOFFEL/CHABLOZ, Voies d'exécutions, 3. Aufl. 2016, § 4 Rz. 68). Soweit eine zivilrechtliche Streitigkeit im Sinne von Art. 6 Ziff. 1 EMRK vorliegt, besteht grundsätzlich ein Anspruch auf die Durchführung eines mündlichen Verfahrens. Allerdings gilt dieser Anspruch auch nach der Rechtsprechung des Europäischen Gerichtshofes für Menschenrechte nicht absolut. Wirft eine Streitsache keine Tat- und Rechtsfragen auf, die nicht angemessen aufgrund der Akten und der schriftlichen Parteivorbringen beantwortet werden können, so kann vom Grundsatz der Mündlichkeit abgesehen werden (Urteil 5D_192/2013 vom 30. April 2014 E. 4.3.1). Im genannten Entscheid hat das Bundesgericht festgehalten, dass dies für das Gesuch um definitive Rechtsöffnung grundsätzlich der Fall sei. Erforderlich sei nämlich ein vollstreckbarer gerichtlicher Entscheid (<ref-law>) und damit eine Urkunde. Die dagegen zulässigen Einwendungen seien ebenfalls durch eine Urkunde zu beweisen (<ref-law>).
2.2.3. Im vorliegenden Fall geht es um eine provisorische Rechtsöffnung. Sie kann nur gewährt werden, soweit der Gläubiger eine durch öffentliche Urkunde festgestellte oder durch Unterschrift bekräftigte Schuldanerkennung (<ref-law>) vorlegen kann, und der Schuldner seine Einwendungen dagegen nicht sofort glaubhaft machen kann (<ref-law>). Für die konkrete Fragestellung, ob der Rechtsöffnungsrichter eine mündliche Verhandlung anzusetzen hat, sind die Besonderheiten der definitiven bzw. provisorischen Rechtsöffnungsgesuche zu prüfen. In beiden Fällen ist der Rechtsöffnungstitel in Gestalt einer Urkunde vorzulegen. Indes beruht der definitive Rechtsöffnungstitel auf einem vorangegangenen Verfahren, in welchem die Forderung auf ihre materielle Berechtigung hin geprüft worden ist, was beim provisorischen Rechtsöffnungstitel nicht der Fall ist. Wird dem Gläubiger die provisorische Rechtsöffnung erteilt, kann der Schuldner durch Einreichung einer Aberkennungsklage den Bestand, die Höhe und die Fälligkeit der Forderungen überprüfen lassen (<ref-law>). Aus dem Umstand, dass bei der Eröffnung des (provisorischen) Rechtsöffnungsverfahrens noch keine Prüfung der Forderung stattgefunden hat, kann indes kein absoluter Anspruch auf eine mündliche Verhandlung abgeleitet werden. Die Beschwerdeführerin betont, dass die Einreichung der Aberkennungsklage mit einem erheblichen Aufwand verbunden sei. Wohl sind die Parteirollen im Aberkennungsprozess vertauscht, indes verfügt der Aberkennungsbeklagte über eine schriftliche Verpflichtungserklärung des Schuldners. Die Beschwerdeführerin lässt ausser Acht, dass es sich dabei um eine (negative) materielle Feststellungsklage handelt und nicht mehr bloss um die Prüfung eines Vollstreckungstitels. Insoweit erweist sich dieser Hinweis nicht als hilfreich.
2.2.4. Es bleibt damit die Frage zu beantworten, ob im konkreten Fall aufgrund von Art. 6 Ziff. 1 EMRK eine öffentliche Verhandlung angebracht ist. Die Vorinstanz hat dies verneint, da sich keine Tat- und Rechtsfragen stellen würden, die nicht aufgrund der Akten und den schriftlichen Parteivorbringen geklärt werden können. Die Beschwerdeführerin hält demgegenüber fest, dass ausserordentliche Umstände vorlägen, welche eine öffentliche Verhandlung erforderten. Nur durch Zeugeneinvernahmen und Parteiaussagen anlässlich der Verhandlung könnten die komplexen Sachverhaltsaspekte und die sich daraus ergebenden Rechtsfragen geklärt werden. Soweit die Vorbringen den Sachverhalt betreffen, verweist die Beschwerdeführerin auf die Sicherheitsübereignung der Schuldbriefe sowie ihre Verrechnungsforderung. Die daraus folgenden Rechtsfragen, insbesondere das Verhältnis der Schuldbriefforderung zur Grundforderung und damit die Höhe der Rechtsöffnungsforderung seien in der Lehre und Rechtsprechung teilweise umstritten. Inwieweit diese Aspekte nicht schriftlich erörtert werden können, erschliesst sich aus den allgemeinen Ausführungen der Beschwerdeführerin nicht. Die Auffassung der Vorinstanz, dass die konkrete Streitsache Tat- oder Rechtsfragen aufwerfen soll, die mit Blick auf ihre Komplexität nicht aufgrund der Akten oder den schriftlichen Parteivorbringen gelöst werden könnten, ist nicht zu beanstanden. Zudem übergeht die Beschwerdeführerin, dass im Rechtsöffnungsverfahren auch bei Durchführung einer mündlichen Verhandlung der Beweis an sich durch Urkunden (gemäss <ref-law>) zu erbringen ist (E. 2.1 a.E.), und das Beschleunigungsgebot Zeugeneinvernahmen selten rechtfertigt (VOCK/MEISTER-MÜLLER, SchKG-Klagen nach Schweizerischem Recht, 2. Aufl. 2018, S. 146 f.). Insgesamt kann der Vorinstanz auch aus konventionsrechtlicher Sicht (Art. 6 Ziff. 1 EMRK) keine Verletzung des rechtlichen Gehörs vorgeworfen werden, weil sie für die Beurteilung des Rechtsöffnungsgesuchs keine mündliche Verhandlung als notwendig erachtet hat.
2.3. In der Sache verweist die Vorinstanz auf die bundesgerichtliche Rechtsprechung, wonach es für das Wesen des sicherungsübereigneten Schuldbriefs typisch sei, dass neben der Grundforderung (zumeist aufgrund eines Darlehens) noch eine im Schuldbrief verkörperte Forderung besteht. Diese beiden Forderungen bestünden unabhängig voneinander, seien aber durch die Sicherungsabrede miteinander verknüpft, welche indes nicht zu einer Novation der Grundforderung führe. Die im Schuldbrief verkörperte abstrakte Forderung sei dazu bestimmt, die Grundforderung zu verdoppeln, um deren Einziehung zu erleichtern und sicherzustellen (<ref-ruling> E. 4.2). Bezogen auf den konkreten Fall hielt die Vorinstanz fest, dass den eingereichten Inhaberschuldbriefen die Qualität eines provisorischen Rechtsöffnungstitels zukomme. Zudem sei die Fälligkeit der geltend gemachten Forderungen ausgewiesen. Die von der Beschwerdeführerin im Wesentlichen aus dem Grundverhältnis und der Sicherungsvereinbarung erhobenen Einreden hielt die Vorinstanz nicht für glaubhaft gemacht. Im Ergebnis schützte die Vorinstanz die Erteilung der provisorischen Rechtsöffnung für die in Betreibung gesetzte Schuldbriefforderung und das Grundpfandrecht.
2.4. Die Beschwerdeführerin besteht darauf, dass die provisorische Rechtsöffnung für den vorliegend geltend gemachten Betrag von Fr. 3'900'000.-- (bzw. für den in beiden Verfahren verlangten Totalbetrag von sogar Fr. 12'250'000.--) nicht gerechtfertigt sei. Die Beschwerdegegnerin könne nur den tatsächlich geschuldeten Betrag, d.h. die Grundforderung, und nicht die gesamte Schuldbriefforderung geltend machen, um dann erst den Überschuss zurückzuerstatten. Der sicherungsübereignete Schuldbrief enthält ihrer Ansicht nach nämlich die Vereinbarung im Sinne eines pactum de non petendo, womit die Eintreibung der Schuld auf die Grundforderung begrenzt werde. Zudem könne üblicherweise nur im Fall einer Novation oder einer entsprechenden Abmachung der gesamte Betrag der Schuldbriefforderung eingezogen und die provisorische Rechtsöffnung hierfür erteilt werden. Damit erweise sich eine Abweichung von dieser Regel als ungewöhnlich und würde ihre Stellung als Schuldnerin sehr verschlechtern. Zudem müsste eine vertragliche Vereinbarung, wonach die gesamte Schuldbriefforderung eingezogen werden darf und erst in einem weiteren Schritt ein Überschuss an den Schuldner zurückzugeben ist, klar und unmissverständlich formuliert sein. Aus der in Ziff. 7 der Sicherungsübereignung enthaltenen Klausel gehe eine solche Vereinbarung aber nicht hervor; geregelt werde darin nur die Fälligkeit und Verwertung. Die Unklarheiten- und Ungewöhnlichkeitsregel sei damit von der Vorinstanz offensichtlich falsch angewandt worden. Im Ergebnis habe sie darin zu Unrecht eine Abmachung erblickt, wonach die Beschwerdegegnerin zur Geltendmachung der gesamten Schuldbriefforderung berechtigt sei.
2.4.1. Zu beurteilen ist einzig, ob die Beschwerdeführerin eine Einrede gegen die Erteilung der provisorischen Rechtsöffnung im ganzen Betrag der Schuldbriefforderung glaubhaft machen konnte. Im Zentrum steht dabei die Einrede eines pactum de non petendo.
Nach allgemeinem Verständnis handelt es sich dabei um ein Versprechen des Gläubigers, eine bestehende und allenfalls bereits fällige Forderung nicht geltend zu machen. Die Durchsetzung des Anspruchs wird damit vorübergehend eingeschränkt, indem keine Klage möglich ist, die Verjährungseinrede indes weiter erhoben werden kann. Es handelt sich nicht um den Erlass einer Forderung (<ref-law>), womit ihr Bestand nicht in Frage gestellt wird (Urteil 4A_55/2014 vom 3. Juni 2014 E. 6; Urteil 5A_136/2013 vom 16. Dezember 2013 E. 3.1.1; Urteil 4C.376/1991 vom 20. September 1994 E. 2a).
Bei der Betreibung auf Grundpfandverwertung für die im Schuldbrief verkörperte (abstrakte) Forderung kann im Fall, dass die (kausale) Forderung auf einen tieferen Betrag lautet, der betriebene Schuldner die Einreden erheben, über die er gegen den Betreibenden (fiduziarischen Eigentümer des Schuldbriefes) gemäss Treuhandvertrag verfügt, namentlich die Einrede, dass die Geltendmachung auf den Betrag der kausalen Forderung begrenzt sei (<ref-ruling> E. 4.2; <ref-ruling> E. 5.2.1; <ref-ruling> E. 3.2).
2.4.2. Die Vorinstanz hat anhand der von den Prozessparteien am 27. November 2015 unterzeichneten Sicherungsübereignung geprüft, ob die Einrede der Beschwerdeführerin glaubhaft gemacht worden ist. Ihrer Meinung nach ergibt sich aus dem Wortlaut von Ziff. 7 der Vereinbarung der klare Wille, dass die Beschwerdegegnerin zum Einzug der gesamten Schuldbriefforderung berechtigt sei und erst nach erfolgter Abrechnung einen Überschuss an die Beschwerdeführerin zurückzuerstatten hat. Sie hat diese Regelung weder als ungewöhnlich noch als unklar im Sinne der Rechtsprechung zu den Allgemeinen Geschäftsbedingungen (AGB) erachtet.
2.4.3. Während die Vorinstanz aufgrund von Ziff. 7 der Sicherungsübereignung zum Schluss kommt, dass darin eine Schuldanerkennung für die gesamte in Betreibung gesetzte Schuldbriefforderung besteht, erblickt die Beschwerdeführerin im selben Text eine unklare und ungewöhnliche Regel, welche eine provisorische Rechtsöffnung hierfür ausschliesst. Strittig ist nicht die Qualität des Schuldbriefes als Rechtsöffnungstitel, sondern der Betrag, der gestützt darauf in der konkreten Betreibung auf Grundpfandverwertung geltend gemacht werden kann. Im Rahmen eines Rechtsöffnungsverfahrens kann diese Frage einzig in einer summarischen Prüfung der massgeblichen Abmachung beantwortet werden, und zwar mit Blick auf eine Parteirollenverteilung. Dabei ist keine vertiefte Vertragsauslegung vorzunehmen, welche dem Zivilrichter im Rahmen einer Aberkennungsklage zusteht (vgl. Urteil 5A_136/2020 E. 3.4.1 a.E.); dies gilt grundsätzlich auch für die Anwendung der Unklarheits- und Ungewöhnlichkeitsregel auf die Allgemeinen Geschäftsbedingungen (AGB).
2.4.4. In Ziff. 7 der Sicherungsübereignung steht insbesondere: "Die Bank ist nach ihrer Wahl berechtigt, bei Fälligkeit einer einzigen der hiermit besicherten Forderungen oder eines Teils derselben, die in den Schuldbriefen enthaltenen Forderungen jederzeit und unverzüglich [...] geltend zu machen". Weiter heisst es: "Die Bank bestimmt, auf welche von mehreren Forderungen der Verwertungserlös anzurechnen ist". Dass die Beschwerdegegnerin in der Sicherungsübereignung insbesondere gemäss Ziff. 7 auf die Durchsetzung ihrer Schuldbriefforderung im Umfang der Grundforderung verzichtet hat, lässt sich daraus nach summarischer Prüfung jedenfalls nicht entnehmen. Auf eine andere Vereinbarung, welche als pactum de non petendo verstanden werden könnte, beruft sich die Beschwerdeführerin nicht.
2.4.5. Wie die Vorinstanz gestützt auf die bundesgerichtliche Rechtsprechung (BGE <ref-ruling> E. 5.1.2) zu Recht festhält, kann sich der Gläubiger damit begnügen, die als Rechtsöffnungstitel angesprochenen Urkunden vorzulegen. Es obliegt alsdann dem Schuldner seine Einreden glaubhaft zu machen (<ref-law>). Soweit die Beschwerdeführerin den Standpunkt vertritt, dass die Beschwerdegegnerin den Betrag der Grundforderung, der unbestrittenermassen tiefer als die Schuldbriefforderung sei, hätte beziffern müssen, kann ihr somit nicht gefolgt werden. Ob ihre diesbezüglichen Vorbringen im kantonalen Verfahren genügen, um eine Einrede des pactum de non petendo betragsmässig zu substantiieren, ist demgegenüber nicht von Belang. Wie vorangehend ausgeführt, konnte eine solche Einrede nämlich nicht glaubhaft gemacht werden.
2.5. Nach dem Gesagten kann der Vorinstanz keine Verletzung des rechtlichen Gehörs bzw. von Verfahrensgarantien vorgeworfen werden. In der Sache stellt die Erteilung der provisorischen Rechtsöffnung für die gesamten Schuldbriefforderungen keine Rechtsverletzung dar.
3.
Die Beschwerde ist abzuweisen. Bei diesem Ausgang des Verfahrens trägt die Beschwerdeführerin die Verfahrenskosten (<ref-law>). Eine Parteientschädigung ist nicht geschuldet.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 15'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Schaffhausen schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 5. Mai 2020
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Herrmann
Der Gerichtsschreiber: Levante