Faits :
A.
A.a. A._ SA (ci-après: la société, la bailleresse, la défenderesse ou la recourante) est propriétaire de l'immeuble sis rue..., à xxx, au rez-de-chaussée duquel se trouve une arcade dans laquelle est exploité le Café U._. D._ et son épouse, E._, étaient actionnaires, par moitié chacun, de la société.
Il est admis que la société, en tant que bailleresse, a conclu un contrat de bail tacite portant sur cette arcade avec D._ en tant que locataire.
A.b. Depuis 1981, leur fils, B._ (ci-après: l'héritier, le demandeur ou l'intimé), exploite le Café U._ dans ladite arcade.
Par contrat du 31 octobre 1994, D._, dont l'épouse était décédée en 1992 et qui était alors propriétaire de la moitié des actions de la société et usufruitier de l'autre moitié, a, sous la désignation de bailleur, conclu avec son fils, B._, désigné comme locataire, un contrat de bail portant sur la location (en réalité: sous-location) de cette arcade. Le contrat a été conclu pour une durée de cinq ( recte : six) ans, du 1 er janvier 1995 au 31 décembre 2000, renouvelable tacitement de cinq ans en cinq ans, sauf résiliation signifiée six mois avant l'échéance, pour un loyer de 18'000 fr. par an, auquel s'ajoutaient 3'000 fr. de provisions pour diverses charges.
Il ne résulte pas des constatations de fait à qui appartient le fonds de commerce du Café U._, ni sur quelle base le fils exploite ce café.
A.c. D._ est décédé le 26 septembre 2012. Ses héritiers sont sa fille, C._, et son fils, B._. F._, notaire, est exécutrice testamentaire de la succession de feu D._.
Les deux héritiers sont opposés, directement ou indirectement, dans plusieurs procédures judiciaires: des actions successorales ont été intentées par le fils en relation avec les successions de chacun des parents; des actions en annulation des décisions des assemblées générales des sociétés propriétaires des immeubles faisant partie des successions ont aussi été ouvertes par le fils; des procédures de mesures superprovisionnelles et provisionnelles ont également été intentées.
A.d. Le 1 er mai 2014, le conseil d'administration de la société a décidé par deux voix contre une, soit les voix de C._ et de G._ contre celle de B._, de résilier le bail de celui-ci portant sur l'arcade du Café U._ pour le prochain terme utile en vue de sa relocation au prix du marché.
La (première) résiliation du bail adressée à B._ le même jour pour le 31 décembre 2014 a été annulée: celui-ci a en effet plaidé qu'il n'était pas lié à la société mais à son père et que la résiliation, qui n'émanait pas du bailleur, était nulle; la société ayant admis que la résiliation était entachée d'un vice formel, dans la mesure où la société, bailleresse principale, et B._, sous-locataire, n' étaient pas liés par une relation juridique de bail, elle a retiré la résiliation et la cause a été rayée du rôle.
A.e. Par une (seconde) résiliation du 25 juin 2014, la société bailleresse a résilié le bail (tacite) de l'arcade du Café U._, avec effet au 31 décembre 2014, par deux avis de résiliation adressés, le premier, aux hoirs C._ et B._ et, le second, à l'exécutrice testamentaire de la succession de feu D._, Me F._. Elle a invoqué le même motif que lors de la première résiliation.
B.
B.a. Après que la conciliation a échoué, l'héritier a déposé sa demande contre la société bailleresse et sa soeur cohéritière devant le Tribunal des baux et loyers du canton de Genève le 11 novembre 2014, concluant à ce que la nullité de la résiliation, voire son inefficacité, ou, subsidiairement, que son annulabilité soit constatée et, plus subsidiairement, à ce qu'une prolongation du bail de six ans lui soit octroyée.
B.b. En procédure, l'héritier a admis que le loyer dont il s'acquittait était inférieur au prix du marché. Il a toutefois fait valoir qu'il s'était acquitté des charges d'entretien, de peinture et de réparation de l'arcade depuis 1983 à la place de la bailleresse, ce qui lui avait causé des dépenses s'élevant à plus de 900'000 fr. Compte tenu de cette somme, le loyer mensuel se montait à 4'500 fr. et était parfaitement adapté.
L'administrateur de la bailleresse a, quant à lui, expliqué que le motif du congé était économique, le loyer actuel, s'élevant à 257 fr. par m 2, étant nettement inférieur aux loyers du quartier, qui étaient compris entre 800 et 1'500 fr. par m 2.
La soeur cohéritière a indiqué que la bailleresse n'avait pas proposé d'augmentation de loyer à l'héritier parce que celui-ci l'aurait refusée et qu'elle n'était pas tenue de le faire.
B.c. Par arrêt 4A_689/2016 du 28 août 2017, le Tribunal fédéral a constaté que l'héritier avait la qualité pour ouvrir action seul en annulation de la résiliation et a renvoyé la cause à la cour cantonale pour suite de la procédure.
Par arrêt du 16 octobre 2017, celle-ci a renvoyé la cause au Tribunal des baux et loyers pour instruction et nouvelle décision dans le sens des considérants.
B.d. Par jugement du 10 janvier 2020, le tribunal a annulé le congé notifié le 25 juin 2014.
En substance, les premiers juges ont retenu que le fait que le loyer apparaisse comme notoirement en dessous du prix du marché, élément admis par l'héritier, ne dispensait pas la bailleresse de se conformer aux prescriptions de l'art. 11 al. 1 de l'ordonnance du 9 mai 1990 sur le bail à loyer et le bail à ferme d'habitations et de locaux commerciaux (OBLF; RS 221.213.11). Or, la bailleresse avait échoué à apporter la preuve stricte qu'elle pouvait obtenir un loyer non abusif plus élevé d'un nouveau locataire, dès lors qu'elle n'avait pas produit cinq exemples de loyers comparatifs répondant aux conditions de cette disposition. Le motif invoqué à l'appui de la résiliation n'ayant pas été démontré, celle-ci devait être annulée.
B.e. Par arrêt du 14 décembre 2020, notifié à la bailleresse le 16 décembre 2020, la Chambre des baux et loyers de la Cour de justice du canton de Genève a confirmé le jugement attaqué par les appels de la bailleresse et de la soeur cohéritière.
C.
Le 1 er février 2021, la bailleresse a formé un recours en matière civile contre cet arrêt, concluant à ce qu'il soit annulé et réformé, en ce sens, principalement, que la résiliation litigieuse soit validée et l'évacuation immédiate de l'héritier ordonnée ou, subsidiairement, que la cause soit renvoyée à la cour cantonale pour nouvelle décision dans le sens des considérants.
L'intimé conclut, en substance, au rejet du recours et, subsidiairement, au renvoi de la cause à la cour cantonale.
La soeur cohéritière déclare faire siens les allégués contenus dans le recours et appuyer les conclusions de la recourante.
Tous trois ont déposé de brèves observations complémentaires.
La cour cantonale se réfère aux considérants de son arrêt.

Considérant en droit :
1.
Interjeté dans le délai fixé par la loi (art. 100 al. 1, art. 46 al. 1 let. c et <ref-law>) par la bailleresse, qui a succombé dans ses conclusions (<ref-law>), et dirigé contre une décision finale (<ref-law>) rendue sur appel par le tribunal supérieur du canton de Genève (<ref-law>) dans une affaire de bail (<ref-law>) dont la valeur litigieuse dépasse 15'000 fr. (<ref-law>), le recours en matière civile est en principe recevable.
2.
2.1. Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>). Il ne peut s'en écarter que si ces faits ont été établis de façon manifestement inexacte - ce qui correspond à la notion d'arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (<ref-ruling> consid. 2; <ref-ruling> consid. 4.1.2; <ref-ruling> consid. 5.1) - ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> (<ref-law>), et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (<ref-law>).
Concernant l'appréciation des preuves, le Tribunal fédéral n'intervient, du chef de l'art. 9 Cst., que si le juge du fait n'a manifestement pas compris le sens et la portée d'un moyen de preuve, a omis sans raisons objectives de tenir compte des preuves pertinentes ou a effectué, sur la base des éléments recueillis, des déductions insoutenables (<ref-ruling> consid. 4.2; <ref-ruling> consid. 4.2; <ref-ruling> consid. 4.3; <ref-ruling> consid. 1.4.3; <ref-ruling> consid. 2.1).
La critique de l'état de fait retenu est soumise au principe strict de l'allégation énoncé par l'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 2.3 et les références citées). La partie qui entend attaquer les faits constatés par l'autorité précédente doit expliquer clairement et de manière circonstanciée en quoi ces conditions seraient réalisées (<ref-ruling> consid. 1.3.1 et les références citées). Si elle souhaite obtenir un complètement de l'état de fait, elle doit aussi démontrer, par des renvois précis aux pièces du dossier, qu'elle a présenté aux autorités précédentes, en conformité avec les règles de la procédure, les faits juridiquement pertinents à cet égard et les moyens de preuve adéquats (<ref-ruling> consid. 2). Si la critique ne satisfait pas à ces exigences, les allégations relatives à un état de fait qui s'écarterait de celui de la décision attaquée ne pourront pas être prises en considération (<ref-ruling> consid. 1.3.1). Les critiques de nature appellatoire sont irrecevables (<ref-ruling> consid. 1.3).
2.2. Le Tribunal fédéral applique en principe d'office le droit (<ref-law>) à l'état de fait constaté dans l'arrêt cantonal (ou à l'état de fait qu'il aura rectifié). Cela ne signifie pas que le Tribunal fédéral examine, comme le ferait un juge de première instance, toutes les questions juridiques qui pourraient se poser. Compte tenu de l'obligation de motiver imposée par l'<ref-law>, il ne traite que les questions qui sont soulevées devant lui par les parties, à moins que la violation du droit ne soit manifeste (<ref-ruling> consid. 2, 86 consid. 2). Il n'est en revanche pas lié par l'argumentation juridique développée par les parties ou par l'autorité précédente; il peut admettre le recours, comme il peut le rejeter en procédant à une substitution de motifs (<ref-ruling> consid. 1.4).
3.
Avant toute chose, il s'agit de circonscrire l'objet de la présente procédure.
3.1. Il ressort de l'arrêt de renvoi du Tribunal fédéral du 28 août 2017 (4A_689/2016) que la présente affaire a pour objet la résiliation du 25 juin 2014 du bail tacite de l'arcade, dans laquelle est exploité le Café U._, bail conclu entre la société bailleresse (et propriétaire) et feu D._ et dont C._ et B._ ont hérité au décès de leur père (<ref-law>). B._, l'héritier, est donc locataire commun (en tant que membre de la communauté héréditaire). Il est également sous-locataire, étant au bénéficie d'un contrat de bail conclu avec son père le 31 octobre 1994.
L'héritier a ouvert action en contestation de la résiliation du bail tacite, dont son père était titulaire et qui fait partie de la succession, contre la bailleresse (et propriétaire) et contre sa soeur cohéritière. Les cohéritiers sont en désaccord au sujet de la résiliation du bail, la soeur cohéritière étant même à l'origine de la résiliation en tant qu'administratrice de la société bailleresse. L'arrêt de renvoi a reconnu à l'héritier demandeur la qualité pour agir seul en annulation de la résiliation puisque sa cohéritière se refuse à agir, cela pour autant qu'il l'assigne également en justice à côté de la bailleresse (exception à l'exigence de l'action commune des consorts nécessaires [<ref-law>]; consid. 4).
Comme le Tribunal fédéral a eu l'occasion de le préciser dans l'arrêt 4A_516/2016 du 28 août 2017 entre les mêmes parties, le litige successoral qui oppose le frère et la soeur est par ailleurs de la compétence exclusive du juge saisi des actions successorales (consid. 5.1).
3.2. La cause a été renvoyée à la cour d'appel, qui l'a elle-même retournée au Tribunal des baux et loyers. Celui-ci a annulé le congé du 25 juin 2014. Statuant par arrêt du 14 décembre 2020 présentement attaqué, la cour cantonale a confirmé le premier jugement.
4.
La cour cantonale a considéré que l'annulation du congé du 25 juin 2014 devait être confirmée, dès lors que le demandeur avait contesté que le loyer puisse être augmenté et que la bailleresse n'avait pas établi les bases de son calcul permettant de prouver que tel aurait été le cas. La bailleresse recourante reproche essentiellement à la cour cantonale d'avoir commis l'arbitraire, en ne retenant pas que le demandeur avait admis (ou avoué) que le loyer des locaux litigieux est inférieur au loyer du marché (ce qui, implicitement, la dispenserait de le prouver au moyen de comparatifs).
4.1.
4.1.1. Lorsque le bail est de durée indéterminée, ce qu'il est lorsqu'il contient une clause de reconduction tacite, chaque partie est en principe libre de résilier le contrat pour la prochaine échéance convenue en respectant le délai de congé prévu (cf. <ref-law>; <ref-ruling> consid. 4.1; <ref-ruling> consid. 2.1; arrêts 4A_293/2016 du 13 décembre 2016 consid. 5.2, non publié in <ref-ruling>; 4A_475/2015 du 19 mai 2016 consid. 4.1).
Le bail est en effet un contrat qui n'oblige les parties que jusqu'à l'expiration de la période convenue; au terme du contrat, la liberté contractuelle renaît et chacun a la faculté de conclure ou non un nouveau contrat et de choisir son cocontractant (arrêts 4A_293/2016 précité consid. 5.2.1 et les arrêts cités, non publié in <ref-ruling>; 4A_475/2015 précité consid. 4.1). La résiliation ordinaire du bail ne suppose pas l'existence d'un motif de résiliation particulier (<ref-law>), et ce même si elle entraîne des conséquences pénibles pour le locataire (<ref-ruling> consid. 4.1; <ref-ruling> consid. 2.1).
En principe, le bailleur est donc libre de résilier le bail du locataire pour des motifs économiques, l'ordre juridique lui permettant d'optimiser son rendement dans les limites fixées par la loi, comme le locataire peut le résilier pour occuper un logement meilleur marché (<ref-ruling> consid. 2; <ref-ruling> consid. 3b/bb; arrêt 4A_293/2016 précité consid. 5.2.1, non publié in <ref-ruling>).
4.1.2. La seule limite à la liberté contractuelle des parties découle des règles de la bonne foi: lorsque le bail porte sur une habitation ou un local commercial, le congé est annulable lorsqu'il contrevient aux règles de la bonne foi (<ref-law>; cf. également <ref-law>; <ref-ruling> consid. 4.1; <ref-ruling> consid. 2.1; arrêt 4A_293/2016 précité consid. 5.2.2, non publié in <ref-ruling>). Dans ce contexte, le motif de la résiliation revêt une importance décisive: le congé doit être motivé si l'autre partie le demande (<ref-law>) et une motivation lacunaire ou fausse est un indice d'une absence d'intérêt digne de protection à la résiliation (ATF <ref-ruling> consid. 2.1 et les arrêts cités; arrêt 4A_293/2016 précité consid. 5.2.2, non publié in <ref-ruling>).
La protection conférée par les art. 271 et 271a CO procède à la fois du principe de la bonne foi (<ref-law>) et de l'interdiction de l'abus de droit (<ref-law>).
Les cas typiques d'abus de droit (<ref-law>), à savoir l'absence d'intérêt à l'exercice d'un droit, l'utilisation d'une institution juridique contrairement à son but, la disproportion grossière des intérêts en présence, l'exercice d'un droit sans ménagement et l'attitude contradictoire, permettent de dire si le congé contrevient ou non aux règles de la bonne foi au sens de l'<ref-law> (ATF <ref-ruling> consid. 3a; arrêt 4A_293/2016 précité consid. 5.2.2, non publié in <ref-ruling>; sur les cas typiques d'abus de droit, cf. <ref-ruling> consid. 3.3.1). Il n'est toutefois pas nécessaire que l'attitude de la partie donnant congé à l'autre constitue un abus de droit " manifeste " au sens de l'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 2; <ref-ruling> consid. 4a, 105 consid. 3a). Ainsi, le congé doit être considéré comme abusif lorsqu'il ne répond à aucun intérêt objectif, sérieux et digne de protection (<ref-ruling> consid. 4.1). Tel est le cas lorsque le congé apparaît purement chicanier, lorsqu'il est fondé sur un motif qui ne constitue manifestement qu'un prétexte ou lorsque sa motivation est lacunaire ou fausse (<ref-ruling> consid. 4.1; <ref-ruling> consid. 2; <ref-ruling> consid. 4.1).
Les règles de la bonne foi (<ref-law>) qui régissent le rapport de confiance inhérent à la relation contractuelle permettent aussi d'obtenir l'annulation du congé si le motif sur lequel il repose s'avère incompatible avec elles (ATF <ref-ruling> consid. 3a; arrêt 4A_293/2016 précité consid. 5.2.2, non publié in <ref-ruling>).
Le but de la règlementation des art. 271 et 271a CO est uniquement de protéger le locataire contre des résiliations abusives. Un congé n'est pas contraire aux règles de la bonne foi du seul fait que la résiliation entraîne des conséquences pénibles pour le locataire (<ref-ruling> consid. 4.1) ou que l'intérêt du locataire au maintien du bail paraisse plus important que celui du bailleur à ce qu'il prenne fin (arrêt 4A_293/2016 précité consid. 5.2.2 et les arrêts cités, non publié in <ref-ruling>). Pour statuer sur la validité d'un congé, il ne faut pas procéder à la pesée entre l'intérêt du bailleur à récupérer son bien et celui du locataire à rester dans les locaux; cette pesée des intérêts n'intervient que dans l'examen de la prolongation du bail (arrêts 4A_293/2016 précité consid. 5.2.2, non publié in <ref-ruling>; 4A_484/2012 du 28 février 2013 consid. 2.3.1 et les arrêts cités).
4.1.3. Le congé donné par le bailleur pour des motifs économiques n'est donc annulable que s'il se révèle incompatible avec les règles de la bonne foi au sens des art. 271 et 271a CO (arrêts 4A_293/2016 précité consid. 5.2.3, non publié in <ref-ruling>; 4A_475/2015 précité consid. 4.2; 4A_300/2010 du 2 septembre 2010 consid. 4.2).
La résiliation donnée par le bailleur pour optimiser le rendement de son bien ( Ertragsoptimierungskündigung), c'est-à-dire pour obtenir d'un nouveau locataire un loyer plus élevé, mais non abusif, ne constitue pas, en règle générale un abus de droit. Une restriction au libre exercice du droit de résiliation ne peut être déduite abstraitement de la loi, mais doit découler des rapports spécifiques qui unissent les parties au contrat de bail et elle trouvera, le cas échéant, sa justification dans la confiance que l'un des partenaires contractuels aura pu éveiller chez l'autre. La résiliation ne doit pas servir de prétexte à la poursuite d'un but illicite: il faut que le bailleur soit en mesure d'exiger d'un nouveau locataire un loyer supérieur à celui payé jusque-là par le preneur congédié. En d'autres termes, le congé est annulable si l'application de la méthode de calcul absolue du loyer permet d'exclure l'hypothèse que le bailleur puisse majorer légalement le loyer, parce que celui-ci est déjà conforme au prix du marché et lui procure un rendement suffisant. Une telle situation tombe sous le coup de l'interdiction de l'abus de droit. Exceptionnellement, selon les circonstances, même la résiliation donnée pour obtenir un rendement plus élevé, mais non abusif, pourra être constitutive d'abus de droit lorsque, par exemple, le bailleur ne dispose que d'une réserve de hausse insignifiante et n'en fait pas moins usage afin de se débarrasser commodément, par ce biais, d'un locataire qui ne lui convient plus. Il s'agit uniquement pour le juge de déterminer si une augmentation est possible en application de la méthode absolue, et non de se prononcer sur le caractère abusif ou non d'une augmentation déterminée, ni de fixer le loyer maximal non abusif (<ref-ruling> consid. 2.1; <ref-ruling> consid. 3b/bb; arrêts 4A_293/2016 précité consid. 5.2.3 et les arrêts cités, non publié in <ref-ruling>; 4A_211/2015 du 8 décembre 2015 consid. 2; 4A_472/2007 du 11 mars 2008 consid. 2.1 et les arrêts cités). Il découle de la jurisprudence que le bailleur a notamment la possibilité de résilier de manière ordinaire un contrat de bail lorsque le loyer actuel très avantageux ne procure pas au bailleur un revenu correspondant au rendement net admissible (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 6.3; <ref-ruling> consid. 3) ou aux loyers usuels dans la localité ou le quartier (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 2.1.2).
Cette jurisprudence, qui repose sur l'application de la méthode de calcul absolue, a fait l'objet de critiques en doctrine: dès lors que le locataire actuel bénéficie de la protection de son loyer selon la méthode relative, la résiliation ordinaire du bail pour obtenir, selon la méthode de calcul absolue, un loyer plus élevé d'un nouveau locataire reviendrait à détourner les règles sur l'augmentation de loyer (cf. notamment ROGER WEBER, Basler Kommentar, 7e éd. 2020, no 16 ad art. 271/271 a CO et les références citées; ANITA THANEI, in Mietrecht für die Praxis, 9e éd. 2016, p. 789 et les références de la note 120; SOLUNA GIRÓN, Die missbräuchliche Kündigung von Wohn- und Geschäftsraummiete, in Jusletter du 25 août 2014, n. 92-94). Il n'y a toutefois pas lieu d'examiner ici ces critiques, puisque seul est litigieux en l'espèce un élément factuel, soit l'éventuelle admission par l'héritier du fait que le loyer dont il s'acquitte est inférieur au loyer du marché.
4.2. Conformément à la règle générale de l'<ref-law>, le fardeau de la preuve d'un congé contraire aux règles de la bonne foi incombe au demandeur à l'action en annulation (arrêt 4A_472/2007 précité consid. 2.1).
Le bailleur qui résilie a toutefois le devoir de contribuer loyalement à la manifestation de la vérité en fournissant tous les éléments en sa possession nécessaires à la vérification du motif invoqué par lui (cf. <ref-law>; sur le devoir de collaboration en général, cf. <ref-ruling> consid. 2.1; <ref-ruling> consid. 3.1.2; arrêt 4A_17/2017 du 7 septembre 2017 consid. 2.2.1; dans le contexte du congé pour motifs économiques, cf. ATF <ref-ruling> consid. 3c; arrêt 4A_472/2007 précité consid. 2.1).
Lorsque ce motif consiste dans le désir de majorer le loyer, il est normal que le bailleur produise toutes les pièces pertinentes et, s'il ne le fait pas, qu'il doive se laisser opposer l'absence de preuve du motif de congé allégué par lui (<ref-law>; cf. ATF <ref-ruling> consid. 3c; arrêt 4A_472/2007 précité consid. 2.1).
Au cas où, nonobstant l'application de la maxime inquisitoire sociale (art. 247 al. 2 let. a en lien avec l'art. 243 al. 2 let. c CPC; cf. <ref-ruling> consid. 2.3), un doute subsiste quant à la possibilité de majorer le loyer en cause, le bailleur en supporte les conséquences (ATF <ref-ruling> consid. 3c; arrêt 4A_472/2007 précité consid. 2.1).
4.3. En l'espèce, la bailleresse recourante ne remet pas en cause les principes jurisprudentiels sus-exposés, ni en ce qui concerne le fond, ni en ce qui concerne son devoir de collaborer.
Elle se limite en effet à invoquer l'arbitraire, reprochant à la cour cantonale de n'avoir pas retenu que le demandeur avait fait un aveu, soit qu'il avait admis que le loyer dont il s'acquitte est inférieur au prix du marché, et, donc, qu'elle pouvait le majorer. Il s'agit là d'une critique de fait, que le Tribunal fédéral ne corrige que si la constatation de fait se révèle insoutenable, ce qu'il incombe à la recourante de démontrer (cf. supra consid. 2.1).
4.3.1. Selon la cour cantonale, la bailleresse n'a pas allégué et prouvé qu'elle pourrait obtenir un loyer non abusif plus élevé d'un nouveau locataire. La cour a considéré en droit que celle-ci ne pouvait pas se limiter à invoquer que le loyer semblait notoirement inférieur au prix du marché, qu'elle devait se conformer aux prescriptions de l'<ref-law>, et que, quand bien même le demandeur avait admis que le loyer qu'il payait était en dessous du prix du marché, il avait immédiatement formulé des réserves en soutenant que les travaux qu'il avait effectués devaient être pris en compte, ce qui excluait toute augmentation de loyer. La cour cantonale a également retenu que le demandeur avait contesté les loyers comparatifs produits par la défenderesse et qu'il avait contesté avec suffisamment de précision les allégués de la bailleresse et de sa cohéritière pour que celles-ci le comprennent et puissent en faire administrer la preuve, ce qu'elles ne sont pas parvenues à faire.
4.3.2. Ce faisant, contrairement à ce que soutient la recourante, la cour cantonale n'a pas méconnu que le demandeur avait admis que son loyer était en dessous du prix du marché, mais elle a retenu qu'il avait immédiatement fait suivre son admission d'une réserve de compensation en raison de travaux qu'il avait effectués pour un montant de plus de 900'000 fr., de sorte qu'il ne pouvait être admis qu'il n'avait pas contesté le motif du congé.
Lorsque la recourante soutient que ces travaux concernaient le fonds de commerce et ne peuvent lui être opposés, elle se fonde sur des faits non constatés par la cour cantonale et dont la Cour de céans ne peut donc pas tenir compte.
4.4. Les griefs de violation de la maxime inquisitoire sociale et du fardeau de la preuve et de violation de l'<ref-law> soulevés par la recourante présupposent l'admission d'un aveu. Au vu de ce qui précède, ils reposent sur un fait non retenu et sont donc irrecevables.
5.
Dans un dernier grief, la recourante invoque la violation de son droit d'être entendue (art. 29 al. 2 Cst.), dans la mesure où la cour cantonale n'aurait pas motivé la raison pour laquelle elle n'a pas retenu les logements de comparaison qu'elle avait fournis.
5.1.
5.1.1. Le droit d'être entendu garanti par les art. 29 al. 2 Cst. et 53 CPC, qui ont à cet égard la même portée, comprend notamment l'obligation pour l'autorité de motiver sa décision, afin que le justiciable puisse apprécier la portée de celle-ci et exercer son droit de recours à bon escient. Pour satisfaire à cette exigence, il lui suffit d'exposer, au moins brièvement, les motifs qui l'ont guidée et sur lesquels elle a fondé son raisonnement (<ref-ruling> consid. 4.2; <ref-ruling> consid. 5.1 et les arrêts cités; <ref-ruling> consid. 3.3 et les arrêts cités).
5.1.2. En vertu du principe de l'épuisement des griefs, le recours n'est ouvert qu'à l'encontre des décisions rendues par une autorité cantonale de dernière instance (<ref-law>), ce qui signifie que les voies de droit cantonales doivent avoir été non seulement utilisées sur le plan formel, mais aussi épuisées sur le plan matériel (<ref-ruling> consid. 1.1). Lorsque l'autorité de dernière instance cantonale peut se limiter à examiner les griefs régulièrement soulevés, le principe de l'épuisement matériel veut que les griefs soumis au Tribunal fédéral aient déjà été invoqués devant l'instance précédente (arrêt 4A_40/2021 du 10 juin 2021 consid. 3.2 et les arrêts cités).
Or, aux termes de l'<ref-law>, le tribunal applique le droit d'office. Cela ne signifie toutefois pas que la cour cantonale doive examiner toutes les questions de fait et de droit qui pourraient se poser. Compte tenu de l'obligation de motiver imposée par l'<ref-law> s'agissant de l'appel, il appartient à l'appelant de motiver son appel. La même obligation incombe à l'appelé, qui doit soulever ses griefs dans sa réponse. Selon la jurisprudence, la cour cantonale n'est pas tenue, comme un tribunal de première instance, d'examiner toutes les questions de fait et de droit qui pourraient se poser lorsque les parties ne soulèvent pas de griefs correspondants en deuxième instance. À moins que la violation du droit ne soit manifeste, la cour cantonale se limitera en principe à examiner les griefs que les parties adressent à la motivation du premier jugement dans le mémoire et dans la réponse. Ce sont les griefs des parties qui forment le cadre de l'examen de la cour cantonale; le jugement attaqué ne doit en principe être examiné que sur les points ainsi remis en cause. Toutefois, lorsque des questions de droit sont ainsi discutées, la cour cantonale revoit librement l'application du droit, n'étant liée ni par l'argumentation juridique développée par les parties ni par la motivation du tribunal de première instance (<ref-ruling> consid. 4.1.4; <ref-ruling> consid. 2.2.4; arrêt 4A_40/2021 précité consid. 3.2 et les arrêts cités).
5.2. Il est exact que la cour cantonale n'a pas fourni de motivation détaillée relative aux logements de comparaison que la bailleresse avait fournis en première instance. Toutefois, la recourante n'invoque ni n'établit qu'elle aurait développé un grief correspondant dans ses écritures d'appel. Une violation de son droit d'être entendue ne saurait dès lors entrer en ligne de compte.
Le grief doit donc être rejeté.
6.
Le recours devant être rejeté, dans la mesure où il est recevable, il n'y a pas lieu de traiter les griefs soulevés par l'intimé.
Les frais judiciaires et les dépens seront mis à la charge de la recourante, qui succombe (art. 66 al. 1 et art. 68 al. 1 et 2 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté, dans la mesure où il est recevable.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 3'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3.
La recourante versera à l'intimé une indemnité de 3'500 fr. à titre de dépens.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux mandataires des parties et de la partie intéressée et à la Chambre des baux et loyers de la Cour de justice du canton de Genève.
Lausanne, le 21 septembre 2021
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente : Hohl
Le Greffier : Douzals