Faits :
A.
A.a. Par contrat de travail du 6 mai 2008, X._ (ci-après: l'employé ou le demandeur) a été engagé en qualité de directeur de la Fondation Z._ (ci-après: la fondation, l'employeuse ou la défenderesse), dont le but est le développement d'un réseau d'activités et de compétences en fonction de chaque saison pour donner du plaisir adapté à des personnes en situation de polyhandicap ou de mobilité très réduite. Son salaire annuel brut s'élevait à 170'000 fr., versé en treize mensualités.
Ce contrat a été modifié par un avenant du 2 novembre 2009 prévoyant la réduction à 80% du temps de travail de l'employé, divorcé depuis peu, pour un salaire annuel brut de 139'400 fr. S'ajoutait à ce salaire une indemnité pour frais de représentation de 30'435 fr. 60 par année, soit 2'536 fr. 30 par mois (<ref-law>), dont le caractère de salaire déguisé a été discuté par les instances précédentes.
A.b. En 2012, la situation financière de l'employeuse est devenue préoccupante. Le 25 avril 2012, il manquait ainsi 25'000 fr. pour payer les salaires et les factures du mois. Le 3 juillet 2012, les parties ont signé un addendum au contrat de travail, qui prévoyait la modification du mode de rémunération du directeur en ce sens que celui-ci serait désormais payé sous forme de primes variables selon les objectifs annuels de résultats financiers. Selon cet addendum, l'employé pouvait toucher une prime maximale de 40'000 fr. ou se voir retirer du salaire un montant maximal de 25'000 fr., selon que les objectifs graduels de rentrée de produits étaient atteints ou non.
A.c. Par courrier du 26 octobre 2012, l'employeuse a licencié l'employé, avec effet au 31 janvier 2013. Sur la base de décomptes faisant état d'entrées de produits à hauteur de 651'771 fr. 01, soit une somme inférieure à 700'000 fr., l'employeuse a estimé justifiée la retenue d'une prime négative de 25'000 fr. sur le salaire de l'employé.
A.d. Le litige porte encore sur deux points. Premièrement, il porte sur la validité de l'addendum, donc sur le montant de 25'000 fr. retenu à titre de prime négative sur le salaire du demandeur. Deuxièmement, il porte sur la part du treizième salaire relative à l'indemnité pour frais de représentation correspondant à un salaire déguisé, chiffrée par le demandeur à 4'999 fr.
B.
B.a. Par requête de conciliation adressée au président du Tribunal des prud'hommes le 7 mai 2013, l'employé a ouvert action en paiement contre l'employeuse. Il concluait au paiement d'une somme de 32'864 fr., avec intérêts à 5% l'an dès le 1er février 2013, chiffrant sa prétention liée au treizième salaire à 7'864 fr. Dans sa demande en paiement devant le Tribunal des prud'hommes le 11 juillet 2013, le demandeur a modifié ses conclusions, concluant à ce que la défenderesse soit condamnée à lui payer la somme de 29'999 fr. avec intérêts à 5% l'an dès le 1er février 2013. Il a exposé réduire sa prétention liée au treizième salaire à 4'999 fr. pour pouvoir bénéficier de la procédure simplifiée.
La Caisse de chômage A._ (ci-après: la Caisse A._ ou l'intervenante) est intervenue au procès, concluant à ce que la défenderesse soit condamnée à lui payer le montant de 6'020 fr. 05 net, correspondant aux indemnités journalières versées pour la période comprise entre le 9 et le 31 juillet 2013 et pour lesquelles elle a été subrogée.
B.b. Par jugement du 1er mars 2016, le Tribunal des prud'hommes a condamné la défenderesse à payer au demandeur la somme de 23'000 fr. brut, plus intérêts à 5% l'an dès le 1er février 2013, et à la Caisse A._ la somme de 6'020 fr. 05 net. D'une part, il a considéré que l' addendum du 3 juillet 2012 était valable et a établi la somme des produits relatifs à l'année 2012 à 753'221 fr. 11, de sorte que seule une prime négative de 2'000 fr. pouvait être retenue sur le salaire de l'employé. D'autre part, il a considéré que l'employé s'était fait verser un salaire déguisé sous forme de frais de représentation dans l'unique but de réduire le montant des pensions alimentaires qu'il devait verser à son ex-épouse et que donc élever des prétentions en paiement du treizième salaire sur ce salaire déguisé était abusif au sens de l'<ref-law>.
B.c. Statuant sur appel de la défenderesse et appel joint du demandeur par arrêt du 2 juin 2017, la IIe Cour d'appel civil du Tribunal cantonal a réformé le jugement du 1er mars 2016 et rejeté l'action en paiement de l'employé. Elle a confirmé la validité de l' addendum, mais a établi la somme des produits relatifs à l'année 2017 à 663'405 fr. 11, soit une somme inférieure à 700'000 fr. induisant une prime négative de 25'000 fr. Pour le reste, elle a également retenu l'abus de droit de l'employé à se prévaloir de prétentions en paiement du treizième salaire sur un salaire déguisé. L'employé ne pouvait notamment pas de bonne foi prétendre vouloir dégager du temps pour sa famille, alors que le système mis en place avait pour but la diminution des pensions alimentaires dues.
C.
Contre cet arrêt, l'employé a interjeté un recours en matière civile au Tribunal fédéral le 10 juillet 2017, concluant principalement à sa réforme en ce sens que la défenderesse est condamnée à lui payer le montant de 29'999 fr. brut avec intérêts à 5% l'an dès le 1er février 2013, sous déduction du montant de 6'580 fr. brut (6'020 fr. 05 net) pour lequel la Caisse A._ est subrogée; subsidiairement, il conclut à l'annulation de l'arrêt attaqué et au renvoi de la cause à la cour cantonale pour nouvelle décision dans le sens des considérants. Il soutient que l' addendum du 3 juillet 2012 est nul et conteste avoir commis un abus de droit en requérant un treizième salaire en lien avec une partie du salaire déguisé.
La Caisse A._ s'est prononcée le 13 juillet 2017, se ralliant aux motifs et moyens exposés par le recourant dans son recours et rappelant qu'elle avait versé un montant net de 6'020 fr. 15 à l'employé au titre d'indemnités journalières pour la période comprise entre le 9 et le 31 janvier 2013 en raison de la retenue opérée sur le salaire pour cette période. Elle a également pris des conclusions, tendant notamment à ce que le Tribunal fédéral admette sa qualité de partie intervenante et prononce que sa subrogation porte sur une créance salariale du recourant à concurrence de 6'020 fr. 15. Le 8 août 2017, elle a précisé que son courrier du 13 juillet 2017 valait réponse au recours respectivement détermination au sens de l'<ref-law>.
L'employeuse intimée a déposé une réponse le 4 septembre 2017 concluant au rejet du recours et la Cour d'appel civile a renoncé à formuler des observations.

Considérant en droit :
1.
1.1. Interjeté en temps utile (<ref-law>) par l'employé qui a succombé dans son action en paiement (<ref-law>), contre une décision finale (<ref-law>) rendue sur appel par le tribunal supérieur du canton (<ref-law>) dans une affaire de contrat de travail (<ref-law>), dont la valeur litigieuse est supérieure à 15'000 fr. (<ref-law>), le recours en matière civile est recevable au regard de ces dispositions.
1.2. Parce que déposées hors du délai pour recourir (<ref-law>), les conclusions prises par la Caisse A._ intervenante le 13 juillet 2017 sont irrecevables. Pour le reste, l'écriture qu'elle a déposée vaut déterminations au sens de l'<ref-law>, conformément d'ailleurs à la volonté exprimée par courrier du 8 août 2017.
2.
2.1. Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>). Il ne peut s'en écarter que si ces faits ont été établis de façon manifestement inexacte - ce qui correspond à la notion d'arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (<ref-ruling> consid. 4.1.2; <ref-ruling> consid. 5.1) - ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> (<ref-law>), et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (<ref-law>).
2.2. Le Tribunal fédéral applique d'office le droit (<ref-law>) à l'état de fait constaté dans l'arrêt cantonal (ou à l'état de fait qu'il aura rectifié ou complété après examen des griefs du recours). Il n'est pas limité par les arguments soulevés dans le recours ni par la motivation retenue par l'autorité précédente; il peut donc admettre un recours pour d'autres motifs que ceux qui ont été articulés ou, à l'inverse, rejeter un recours en adoptant une argumentation différente de celle de l'autorité précédente (<ref-ruling> consid. 1.4 et l'arrêt cité).
2.3. Pour déterminer si un contrat a été conclu, quels en sont les cocontractants et quel en est le contenu, le juge doit interpréter les manifestations de volonté. Il doit rechercher, dans un premier temps, la réelle et commune intention des parties (interprétation subjective), le cas échéant empiriquement, sur la base d'indices (<ref-ruling> consid. 2.3.2, 626 consid. 3.1; <ref-ruling> consid. 4.1). Si sa recherche aboutit à un résultat positif, le juge parvient à la conclusion que les parties se sont comprises. Cette constatation lie le Tribunal fédéral (<ref-law>), à moins qu'elle ne soit manifestement inexacte (art. 97 al. 1 et 105 al. 2 LTF), c'est-à-dire arbitraire au sens de l'art. 9 Cst.
Si le juge ne parvient pas à déterminer la volonté réelle et commune des parties - parce que les preuves font défaut ou ne sont pas concluantes - ou s'il constate qu'une partie n'a pas compris la volonté exprimée par l'autre à l'époque de la conclusion du contrat (<ref-ruling> consid. 3.1), il doit recourir à l'interprétation normative (ou objective), à savoir rechercher leur volonté objective, en déterminant le sens que, d'après les règles de la bonne foi, chacune d'elles pouvait et devait raisonnablement prêter aux déclarations de volonté de l'autre (application du principe de la confiance; <ref-ruling> consid. 2.3.2, 626 consid. 3.1; <ref-ruling> consid. 1). Ce principe permet d'imputer à une partie le sens objectif de sa déclaration ou de son comportement, même si celui-ci ne correspond pas à sa volonté intime (<ref-ruling> consid. 3.2 et les arrêts cités). La détermination de la volonté objective des parties, selon le principe de la confiance, est une question de droit, que le Tribunal fédéral examine librement; pour la trancher, il faut cependant se fonder sur le contenu de la manifestation de volonté et sur les circonstances, lesquelles relèvent du fait.
3.
Le recourant reproche à la cour cantonale de n'avoir pas retenu que l' addendum du 3 juillet 2012 était matériellement nul.
3.1. Selon l'<ref-law>, l'employeur paie au travailleur le salaire convenu, usuel ou fixé par un contrat-type de travail ou par une convention collective. Cette disposition étant de droit dispositif (non soumise à l'<ref-law>; <ref-ruling> consid. 10e/aa), les parties peuvent conventionnellement diminuer le salaire en cours de contrat (arrêts 4A_404/2014 du 17 décembre 2014 consid. 5.1; 4C.242/2005 du 9 novembre 2005 consid. 4.1; 4C.426/2005 du 28 février 2006 consid. 5.2.1). Il s'agit donc d'interpréter leur volonté.
3.2. En l'espèce, le Tribunal des prud'hommes a constaté la réelle et commune intention des parties en interprétant l' addendum. Il a retenu que les parties y ont prévu que le directeur serait rémunéré par le versement d'un salaire annuel garanti de 116'570 fr. brut (13 x 10'890 fr. - 25'000), soit 8'966 fr. 90 par mois versés 13 fois l'an et qu'il percevrait en plus un acompte de 863 fr. 10 brut par mois (10'890 - 1'060 - 8'966 fr. 90) sur ses éventuelles prétentions en participation de 65'000 fr. au maximum (25'000 fr. de " prime négative " et 40'000 fr. de " prime positive "). Cet acompte était sujet en tout ou en partie à restitution, dans l'hypothèse où les objectifs de rentrée de produits n'étaient pas remplis. Le tribunal a par ailleurs retenu que l'employé directeur avait compris tous les tenants et aboutissants résultant de cet avenant à son contrat de travail.
Admettant cette interprétation de l' addendum, la cour cantonale a précisé que dès mai 2012, le directeur a perçu effectivement un salaire de base de 8'966 fr. 90 et une part de participation de 863 fr. 10, soit au total 9'830 fr. par mois de mai à décembre 2012. Elle a estimé au surplus que l'<ref-law> était applicable par analogie au contrat de travail.
3.3. Dans son recours, le recourant ne démontre pas en quoi l'interprétation de la volonté subjective des parties à laquelle a procédé le tribunal, reprise par la cour cantonale, serait arbitraire. Comme l'ont constaté les juridictions précédentes, l'employé, qui était engagé en qualité de directeur, avait accepté que son salaire de base soit réduit compte tenu des difficultés financières de son employeuse et qu'une prime variable s'y ajoute en fonction de la rentrée des produits. D'ailleurs, s'il y avait bien une réduction du salaire de base garanti à 116'570 fr. brut depuis le 1er mai 2012, il y avait en revanche une augmentation potentielle de sa rémunération, puisque dans l'hypothèse de l'obtention du maximum de la prime variable (65'000 fr.), sa rémunération pouvait s'élever à 181'570 fr.
Il s'ensuit que le Tribunal fédéral est lié par la constatation de la volonté réelle et commune des parties (<ref-law>), selon laquelle le salaire de base du directeur a été réduit au montant de 9'866 fr. 90 et que sa prime pouvait être au maximum de 65'000 fr. en fonction de la rentrée des produits. Au vu de cette constatation de la volonté réelle des parties sur une réduction conventionnelle du salaire, l'<ref-law> n'a pas été violé. En particulier, le recourant ne peut rien déduire du terme de prime négative, utilisé de manière erronée dans l'addendum et qu'il qualifie désormais de malus salarial. De même, il n'y a pas non plus besoin d'examiner l'opinion de la doctrine minoritaire, selon laquelle un employé pourrait être tenu de participer aux pertes de l'entreprise, à condition que sa rémunération globale demeure convenable. Enfin, au vu de ce qui précède, il est superflu d'examiner la motivation complémentaire tirée d'une application analogique de l'<ref-law>.
4.
Pour le cas où l' addendum serait jugé valable, le recourant conteste le compte de rentrée des produits et, partant, le calcul de la prime qui lui est due en vertu de cet addendum. En particulier, il reproche à la cour cantonale de n'avoir pas pris en compte dans la détermination des objectifs à atteindre les actifs transitoires 2012 et un don effectué par le président de la fondation à celle-ci. Il se plaint d'arbitraire (cf. consid. 4.2) et de violation de l'<ref-law> (cf. consid. 4.3).
4.1. Le Tribunal des prud'hommes a procédé à l'interprétation objective de l' addendum. Il en a déduit qu'il ressortait de la terminologie employée (" résultats financiers " et " rentrée de produits ") que le décompte final devait comprendre les produits comptabilisés et non déjà encaissés, donc également les actifs transitoires et les dons. Au total, la somme des produits relatifs à l'année 2012 était de 753'221 fr. 11, ce qui impliquait une prime négative de 2'000 fr. à retenir sur le salaire de l'employé.
Selon la cour cantonale, le raisonnement du Tribunal des prud'hommes est erroné. Les termes " rentrée de produits annuels " seraient clairs, en ce sens qu'ils désignent les résultats financiers rentrés du 1er janvier au 31 décembre 2012, à l'exclusion des produits financiers promis et non encore encaissés. Pour son calcul, la cour cantonale a d'abord constaté la somme de 753'221 fr. 11, correspondant aux produits selon le bilan au 31 décembre 2012. Elle en a ensuite retranché les actifs transitoires 2012 (non encore encaissés) à hauteur de 52'250 fr. et y a ajouté les actifs transitoires 2011 (encaissés en 2012) à hauteur de 12'434 fr, pour obtenir une somme de 713'405 fr. 11. De cette somme, elle a encore retranché la somme de 50'000 fr., correspondant à un prêt effectué par le président de la fondation, qu'elle a tenu pour être devenu un don par abandon de créance. Parvenant à une somme de 663'405 fr. 11, soit inférieure à 700'000 fr, la cour cantonale en a déduit que la " retenue " à hauteur de 25'000 fr. sur la rémunération de l'employé était justifiée.
4.2. En tant que le recourant se plaint d'arbitraire dans l'interprétation faite par la cour cantonale de la notion de " rentrée de produits annuelle ", le recourant méconnaît que la détermination de la volonté des parties selon le principe de la confiance ne relève pas du fait, mais du droit. L'on ne discerne au demeurant pas à quoi il se réfère, lorsqu'il se prévaut de faits insoutenables retenus par la cour cantonale.
4.3. En tant qu'il se plaint de la violation de l'<ref-law>, le recourant met l'accent sur la lettre, l'esprit et la volonté supposée des parties. Il ne se plaint donc pas de ce qu'une interprétation subjective serait possible, mais se plaint d'une violation du principe de la confiance, résultant de l'absence de prise en compte par la cour cantonale des actifs transitoires 2012 (cf. consid. 4.3.1) et du prêt accordé par le président de la fondation (cf. 4.3.2) dans le calcul du décompte final dont dépend la prime qui lui est due.
4.3.1. S'agissant des actifs transitoires, l' addendum n'indique pas si ceux-ci doivent être pris en compte dans la détermination des objectifs. Il mentionne néanmoins à plusieurs reprises que ces objectifs sont déterminés en fonction de la " rentrée de produits annuelle ". La cour cantonale a déduit de l'emploi de ces termes qu'il s'agissait des produits effectivement rentrés du 1er janvier au 31 décembre 2012, par opposition aux produits seulement promis et non encore encaissés. Cette interprétation littérale n'est pas critiquable et trouve par ailleurs appui dans les circonstances entourant la conclusion de l'addendum, particulièrement la situation financière difficile dans laquelle se trouvait alors la fondation.
C'est donc à juste titre que la cour cantonale a déduit des produits comptabilisés en 2012 les actifs transitoires qui n'étaient pas encore rentrés en 2012 et qui ont été vraisemblablement encaissés en 2013 (52'250 fr.). De même, c'est à juste titre qu'elle a ajouté aux produits comptabilisés en 2012, les actifs transitoires qui ont été promis en 2011 et qui sont effectivement rentrés en 2012 (12'434 fr.).
4.3.2. S'agissant du prêt du président de la fondation, l' addendum énonce spécifiquement que les prêts n'entrent pas dans les calculs des produits rentrés. Il apparaît en outre que ce sont des difficultés financières qui ont motivé l'adoption de l' addendum ainsi que l'octroi du prêt de 50'000 fr. octroyé par le président de la fondation. Dans ces circonstances, il n'est pas concevable d'inclure celui-ci dans la détermination des objectifs réalisés par l'employé. Le fait que la cour cantonale ait ensuite qualifié le prêt de don par abandon de créance n'y change rien.
4.4. Partant, il n'y a pas lieu de se départir du raisonnement de la cour cantonale, selon lequel la rentrée des produits pour l'année 2012 s'élève à 663'405 fr. 11, soit une somme inférieure à 700'000 fr., en d'autres termes que l'employé n'a pas droit à une rémunération supplémentaire de 25'000 fr. La prétention correspondante de l'employé est donc rejetée.
5.
En ce qui concerne la prétention liée au treizième salaire calculée sur l'indemnité forfaitaire pour frais de représentation, le recourant affirme qu'il ne commet aucun abus de droit à s'en prévaloir. Dans un second grief, il soutient que la cour cantonale aurait apprécié les preuves de manière arbitraire en retenant que la mise en place d'un salaire déguisé avait pour but la réduction des pensions alimentaires.
5.1. A teneur de l'<ref-law>, l'abus manifeste d'un droit n'est pas protégé par la loi. La règle prohibant l'abus de droit permet au juge de corriger les effets de la loi dans certains cas où l'exercice d'un droit allégué créerait une injustice manifeste. L'existence d'un abus de droit se détermine selon les circonstances concrètes du cas, en s'inspirant des diverses catégories mises en évidence par la jurisprudence et la doctrine. L'emploi dans le texte légal du qualificatif "manifeste" démontre que l'abus de droit doit être admis restrictivement (arrêt 4A_208/2017 du 20 octobre 2017 consid. 4.2, destiné à la publication; <ref-ruling> consid. 3.1; <ref-ruling> consid. 3.2.4; <ref-ruling> consid. 3.3). Il incombe à la partie qui se prévaut d'un abus de droit d'établir les circonstances particulières qui autorisent à retenir cette exception (<ref-ruling> consid. 3.3.1; <ref-ruling> consid. 5.1).
Les cas typiques d'abus de droit sont l'absence d'intérêt à l'exercice d'un droit, l'utilisation d'une institution juridique de façon contraire à son but, la disproportion manifeste des intérêts en présence, l'exercice d'un droit sans ménagement ou l'attitude contradictoire (<ref-ruling> consid. 3.1; ATF <ref-ruling> consid. 3.2.4; <ref-ruling> consid. 4.3; <ref-ruling> consid. 3.3.1).
Cas particulier d'abus de droit, l'exception de position mal acquise résulte du principe " nemo auditur turpitudinem suam allegans " et suppose l'existence d'un droit acquis de façon contraire à la loi, à des engagements contractuels ou d'une manière contraire aux moeurs (arrêt 5A_504/2010 du 7 décembre 2010 consid. 3.2). Il n'existe toutefois pas de règle générale voulant que seul celui qui respecte la loi puisse en réclamer le respect (<ref-ruling> consid. 2.2). Au demeurant, dans un arrêt récent, la question de l'applicabilité de cette exception aux cas où le comportement qualifiable d'abusif est dirigé, non pas envers la contre-partie, mais envers des tiers, a été laissée ouverte (arrêt 4A_530/2016 du 20 janvier 2017, consid. 6.2).
5.2. Selon les juridictions inférieures, l'indemnité mensuelle de 2'536 fr. 30 versée par la fondation à titre de frais de représentation correspondait à un salaire déguisé. Elle ne pouvait toutefois donner lieu au versement d'un treizième salaire en raison du comportement abusif de l'employé, qui avait demandé à réduire son temps de travail, donc son salaire, dans le seul but de payer des pensions alimentaires moindres à son ex-épouse.
5.3. Dans le cadre de la présente procédure de recours, la fondation employeuse ne conteste plus que l'indemnité forfaitaire versée au titre de frais de représentation était un salaire déguisé. Ne se prévalant plus que d'un abus de droit, elle allègue que la réduction du salaire ne poursuivait pas le but invoqué par l'employé, soit dégager du temps pour sa famille, puisque celui-ci avait dans les faits continué à travailler à 100%. Cette réduction lui garantissait en réalité un revenu fictif plus faible propre à faire baisser les pensions alimentaires, tout en lui assurant un salaire effectif similaire à celui touché précédemment, grâce au versement de frais déguisés. Ce faisant, la fondation admet que l'employé, qui a " fait déguiser une partie de son salaire en frais ", a toujours travaillé à plein temps et touché un salaire correspondant, en dépit de l'avenant du 2 novembre 2009.
Il découle de ce qui précède que, indépendamment des éventuelles motivations de l'employé ressortant au droit de la famille, l'employeuse a accepté la mise en place d'un système revenant à réduire fictivement le temps de travail et verser une partie du salaire sous forme déguisée. Les raisons qui l'ont poussée à accepter ce système et à s'en accommoder pendant plus de trois années restent inexpliquées. Il ne fait toutefois aucun doute qu'elle a continué à bénéficier des prestations à plein temps de son employé en échange d'un salaire, comprenant une part déguisée, équivalent à celui versé précédemment. L'on ne saurait dès lors retenir, comme l'ont fait les juridictions précédentes, que les circonstances particulières permettant d'admettre un abus de droit de la part de l'employé ont été établies à satisfaction.
Partant, le grief de violation de l'<ref-law> est admis et avec lui la prétention du recourant tendant au paiement de la somme de 4'999 fr. à titre de treizième part de salaire déguisée en frais de représentation. Nul n'est besoin, dans ces circonstances, d'examiner le grief d'arbitraire dans l'appréciation des preuves.
6.
La Caisse A._ n'est légalement subrogée aux droits de l'assuré que pour les indemnités journalières versées (<ref-law>). En l'occurrence, le versement de ces indemnités en janvier 2013 était motivé par la retenue d'une somme de 25'000 fr. sur le salaire de l'employé. Or, comme on l'a vu, c'est à bon droit que l'employeuse a procédé à la retenue de cette somme (cf. consid. 4), de sorte que la prétention de la Caisse A._, outre qu'elle ne repose sur aucune conclusion valable (cf. consid. 1.2), est également privée de fondement.
7.
7.1. Aucune des parties n'obtient entièrement gain de cause, de sorte que les frais judiciaires et les dépens doivent être répartis entre elles (art. 66 al. 1 et 68 al. 1 LTF), à raison de 5/6 à la charge du recourant et de 1/6 à la charge de l'intimée. L'émolument judiciaire, fixé à 1'000 fr., doit être acquitté en chiffres arrondis à raison de 800 fr. par le recourant et à raison de 200 fr. par l'intimée. La charge des dépens, évaluée à 1'200 fr. tant pour le recourant que pour l'intimée, doit être répartie dans la même proportion. Après compensation à due concurrence, le recourant doit donc verser 1'000 fr. à l'intimée.
7.2. Au surplus, la cause doit être renvoyée à l'autorité précédente pour qu'elle fixe les frais et dépens de la procédure cantonale (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est partiellement admis et l'arrêt attaqué est réformé comme suit:
L'intimée est condamnée à payer au recourant la somme de 4'999 fr. brut, sous déduction des charges sociales usuelles, avec intérêts à 5% l'an dès le 1er février 2013.
2.
Les parties acquitteront des frais judiciaires de 1'000 fr., à raison de 800 fr. à la charge du recourant et de 200 fr. à la charge de l'intimée.
3.
Le recourant versera à l'intimée une indemnité de 1'000 fr. à titre de dépens.
4.
La cause est renvoyée à l'autorité précédente pour nouvelle décision sur les frais et dépens de la procédure cantonale.
5.
Le présent arrêt est communiqué aux parties, à la Caisse de chômage A._ et au Tribunal cantonal de l'Etat de Fribourg, IIe Cour d'appel civil.
Lausanne, le 31 janvier 2018
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente : Kiss
La Greffière : Schmidt