Sachverhalt:
A.
Im Frühjahr 2007 knüpften X._ als Verwaltungsratspräsident der B._ AG und C._ als Vertreter der A._ AG erste Kontakte zur Zusammenarbeit in der Verwertung von Klärschlamm. In den folgenden Jahren schloss die B._ AG mit diversen Kläranlagen Verträge, wonach die B._ AG Klärschlamm zur fachgerechten Entsorgung übernehmen sollte. Dafür stellte die B._ AG den Kläranlagen pro Tonne Klärschlamm einen bestimmten Betrag in Rechnung. Weil die B._ AG anfänglich nicht in der Lage war, sämtlichen Klärschlamm rentabel zu entsorgen, vereinbarte sie mit der A._ AG, dass diese den Klärschlamm übernimmt und durch den Verband D._ verwerten lässt.
X._ und C._ sollen mündlich vereinbart haben, dass der resultierende Gewinn hälftig geteilt wird zwischen der B._ AG und der A._ AG. Berechnet wurde der Gewinn aus der Differenz zwischen den Beträgen, die den Kläranlagen in Rechnung gestellt wurden, und den Kosten für den Transport und die Entsorgung des Klärschlamms. Die B._ AG stellte den Kläranlagen monatlich Rechnung und übermittelte der A._ AG Kopien davon. Diese stellte der B._ AG Rechnung für den Transport des Klärschlamms und dessen Entsorgung durch den Verband D._ sowie für den hälftigen Gewinn. Die A._ AG war darauf angewiesen, dass die B._ AG ihr die Rechnungen, welche sie den Kläranlagen schickte, in Kopie zukommen liess, damit sie den ihr zustehenden hälftigen Gewinn berechnen konnte. Der Transporteur sowie der Verband D._ wurden von der A._ AG bezahlt.
Nach Meinungsverschiedenheiten mit C._ war X._ nicht mehr bereit, der A._ AG den hälftigen Gewinn zu bezahlen. Daher erstellte er zusätzlich zu den Originalrechnungen, die an die Kläranlagen gingen, jeweils eine zweite Rechnung mit tieferen Beträgen. Mit den manipulierten Rechnungskopien täuschte er C._ über den hälftig zu teilenden Gewinn.
B.
Der Präsident des Bezirksgerichts Baden sprach X._ am 11. Mai 2016 frei und wies die Zivilklage der A._ AG ab.
C.
Auf Berufung der A._ AG verurteilte das Obergericht des Kantons Aargau X._ am 17. Oktober 2017 wegen mehrfachen Betrugs zu einer bedingten Geldstrafe von 190 Tagessätzen zu Fr. 310.-- sowie zu einer Verbindungsbusse von Fr. 5'000.--. Vom Vorwurf der Urkundenfälschung sprach es ihn frei. Die Forderung der A._ AG verwies es auf den Zivilweg.
D.
X._ beantragt mit Beschwerde in Strafsachen, das obergerichtliche Urteil sei teilweise aufzuheben. Er sei vom Vorwurf des mehrfachen Betrugs freizusprechen und die Zivilklage sei abzuweisen. Eventualiter sei die Sache zur neuen Entscheidung an das Obergericht zurückzuweisen.

Erwägungen:
1.
Der Beschwerdeführer wendet sich gegen die Verurteilung wegen Betrugs.
1.1. Gemäss <ref-law> macht sich des Betrugs schuldig, wer in der Absicht, sich oder einen andern unrechtmässig zu bereichern, jemanden durch Vorspiegelung oder Unterdrückung von Tatsachen arglistig irreführt oder ihn in einem Irrtum arglistig bestärkt und so den Irrenden zu einem Verhalten bestimmt, wodurch dieser sich selbst oder einen andern am Vermögen schädigt.
Angriffsmittel des Betrugs ist die Täuschung. Als solche gilt jedes Verhalten, das darauf gerichtet ist, bei einem andern eine von der Wirklichkeit abweichende Vorstellung hervorzurufen. Die Täuschung ist eine unrichtige Erklärung über Tatsachen, mit der auf die Vorstellung eines anderen eingewirkt wird (<ref-ruling> E. 5.1 S. 78).
Die Erfüllung des Tatbestands erfordert darüber hinaus Arglist. Betrügerisches Verhalten ist strafrechtlich nur relevant, wenn der Täter mit einer gewissen Raffinesse oder Durchtriebenheit täuscht. Dieses Erfordernis ist erfüllt, wenn er ein ganzes Lügengebäude errichtet oder sich besonderer Machenschaften oder Kniffe bedient. Einfache falsche Angaben sind arglistig, wenn deren Überprüfung nicht oder nur mit besonderer Mühe möglich oder nicht zumutbar ist, wenn der Täter das Opfer von der möglichen Überprüfung abhält oder er nach den Umständen voraussieht, dass jenes die Überprüfung der Angaben aufgrund eines besonderen Vertrauensverhältnisses unterlassen werde (<ref-ruling> E. 2.2.2 S. 154 f.; <ref-ruling> E. 5.2 S. 81 f.; <ref-ruling> E. 3a S. 20; je mit Hinweisen).
Arglist scheidet aus, wenn der Getäuschte den Irrtum mit einem Mindestmass an Aufmerksamkeit hätte vermeiden können. Dabei sind die jeweilige Lage und die Schutzbedürftigkeit des Betroffenen im Einzelfall entscheidend. Rücksicht zu nehmen ist namentlich auf geistesschwache, unerfahrene oder aufgrund von Alter oder Krankheit beeinträchtigte Opfer oder auf solche, die sich in einem Abhängigkeits- oder Unterordnungsverhältnis oder in einer Notlage befinden und deshalb kaum imstande sind, dem Täter zu misstrauen. Auf der anderen Seite sind besondere Fachkenntnis und Geschäftserfahrung des Opfers in Rechnung zu stellen, wie sie etwa im Rahmen von Kreditvergaben Banken beigemessen wird. Auch unter dem Gesichtspunkt der Opfermitverantwortung erfordert die Erfüllung des Tatbestands indes nicht, dass das Täuschungsopfer die grösstmögliche Sorgfalt walten lässt und alle erdenklichen Vorkehren trifft. Arglist scheidet lediglich aus, wenn es die grundlegendsten Vorsichtsmassnahmen nicht beachtet. Entsprechend entfällt der strafrechtliche Schutz nicht bei jeder Fahrlässigkeit des Getäuschten, sondern nur bei Leichtfertigkeit, welche das betrügerische Verhalten des Täters in den Hintergrund treten lässt. Die zum Ausschluss der Strafbarkeit des Täuschenden führende Opfermitverantwortung kann nur in Ausnahmefällen bejaht werden (<ref-ruling> E. 2.2.2 S. 154 f.; <ref-ruling> E. 5.2 S. 80 f. mit zahlreichen Hinweisen), denn mit einer engen Auslegung des Betrugstatbestands würden die sozialadäquate Geschäftsausübung und damit der Regelfall des Geschäftsalltags betrugsrechtlich nicht geschützt. Selbst ein erhebliches Mass an Naivität des Geschädigten hat nicht in jedem Fall zur Folge, dass der Täter straflos ausgeht (<ref-ruling> E. 2.2.2 S. 155 f.).
In subjektiver Hinsicht erfordert der Tatbestand Vorsatz und Handeln in unrechtmässiger Bereicherungsabsicht.
1.2. Die Vorinstanz erwägt, der Beschwerdeführer habe in der Absicht gehandelt, die B._ AG unrechtmässig zu bereichern. Er habe mit der Zustellung der manipulierten Rechnungskopien bezweckt, dass die A._ AG einen zu tiefen Gewinn berechnet. Seine Behauptung, er habe die A._ AG vorgängig über die tiefere Gewinnbeteiligung informiert, sei unglaubhaft; denn wäre dem so gewesen, hätte er der A._ AG Kopien der Originalrechnungen zukommen lassen können und keine Fälschungen. Indem die A._ AG der B._ AG gestützt auf die gefälschten Rechnungskopien zu tiefe Gewinnanteile in Rechnung gestellt habe, habe sie sich am Vermögen geschädigt.
Weiter erwägt die Vorinstanz, der Beschwerdeführer habe arglistig gehandelt. Er habe seine unwahren Angaben mit den falschen Rechnungskopien gestützt. Die B._ AG und die A._ AG seien aufgrund ihrer Geschäftsbeziehung und dem Kontakt zwischen dem Beschwerdeführer und C._ in einem Vertrauensverhältnis gestanden. Der Beschwerdeführer habe vorausgesehen, dass die A._ AG die Rechnungen nicht detailliert überprüfen würde. Abgesehen davon wäre die Überprüfung nur mit besonderer Mühe möglich gewesen. Der Beschwerdeführer habe die Rechnungen nicht immer in der gleichen Weise manipuliert, sondern Änderungen an verschiedenen Rechnungspositionen vorgenommen. Er habe die Manipulationen möglichst unauffällig und für die A._ AG unerkennbar vorgenommen.
Die A._ AG hätte die Fälschungen nur bemerkt, wenn sie stets sämtliche Rechnungspositionen überprüft hätte. Dies sei ihr nicht zumutbar gewesen. Hinzu komme, dass die B._ AG nicht allen Kläranlagen den gleichen Preis pro Tonne Klärschlamm in Rechnung gestellt habe und der pro Tonne verrechnete Preis von Rechnung zu Rechnung und teilweise sogar innerhalb derselben Rechnung variiert habe. Der A._ AG sei zumindest die Überprüfung dieser Rechnungsposition mit vertretbarem Aufwand gar nicht möglich gewesen, selbst wenn zutreffen sollte, dass sie, wie vom Beschwerdeführer behauptet, im Besitz der Verträge gewesen sei, die zwischen der B._ AG und den Kläranlagen geschlossen worden seien. Die A._ AG habe sich nicht leichtfertig verhalten und ihre Opfermitverantwortung nicht verletzt.
1.3. Der Beschwerdeführer macht geltend, zwischen ihm und der A._ AG sei nie eine hälftige Gewinnteilung vereinbart worden. Die Stimmung zwischen ihm und C._ habe sich seit Anfang 2011 zusehends verschlechtert. Die erste Instanz habe zu Recht erwogen, deshalb sei es nie zu einem schriftlichen Vertrag zwischen der A._ AG und der B._ AG gekommen. C._ und der Beschwerdeführer hätten übereingestimmt, dass die Korrespondenz in dieser geschäftlichen Angelegenheit nur zwischen ihnen persönlich geführt wird. Der Beschwerdeführer habe mehrfach erklärt, dass eine hälftige Gewinnverteilung nicht mehr in Frage komme. Damit habe es mangels vertraglicher Abrede zwischen dem Beschwerdeführer und der A._ AG bereits an einem Anspruch und demzufolge an einem Vermögensschaden bei der A._ AG gefehlt.
Es habe weder ein Freundschaftsverhältnis noch ein ungetrübtes Vertrauensverhältnis bestanden, weshalb sich der Beschwerdeführer nicht darauf habe verlassen können, dass seine Rechnungen nicht kontrolliert würden. Der A._ AG sei zumindest die Überprüfung gewisser Rechnungspositionen mit vertretbarem Aufwand möglich gewesen, sei C._ doch im Besitz der zwischen der B._ AG und den Kläranlagen geschlossenen Verträge gewesen. Hinzu komme, dass er sich jederzeit die Originalrechnungen hätte edieren lassen können.
Soweit die Vorinstanz erwäge, dem Beschwerdeführer könne nicht geglaubt werden, dass er die A._ AG vorgängig über die tiefere Gewinnbeteiligung informiert gehabt habe, lasse sie willkürlich die aktenkundige Korrespondenz ausser Acht, welche die Vorbringen des Beschwerdeführers stütze. C._ habe um die Unzufriedenheit des Beschwerdeführers und um seine Bestrebungen gewusst, nicht mehr die Hälfte des Gewinns abgeben zu müssen. Bei diesen persönlichen Verhältnissen wäre ihm eine erhöhte Aufmerksamkeit zuzumuten gewesen. Er hätte namentlich unter diesen Umständen die Rechnungen prüfen müssen. Es sei unverständlich, weshalb die Vorinstanz zum Schluss gelange, es sei für die A._ AG nur mit besonderer Mühe möglich gewesen, die ihr zugestellten Rechnungskopien zu überprüfen. Dies sei wiederum dem Beschwerdeführer bewusst gewesen, weshalb er damit rechnen konnte, dass die A._ AG früher oder später genaue Kenntnis darüber erhalten würde, wie viele Tonnen tatsächlich in welchem Zeitraum transportiert und entsorgt worden seien. Dass er dabei nicht immer gleich vorgegangen sei, sondern von Rechnung zu Rechnung verschiedene Parameter verändert oder Beträge falsch zusammengerechnet habe, bedeute entgegen dem Dafürhalten der Vorinstanz nicht, dass er die Manipulation der Totalrechnungsbeträge möglichst unauffällig und für die A._ AG unerkennbar habe vornehmen wollen. Der Beschwerdeführer habe die fragliche Rechnung vielmehr derart offensichtlich abgeändert, dass die falsche Rechnungsstellung bereits bei genauem Hinschauen hätte auffallen müssen. Von Raffinesse oder Hinterhältigkeit im rechtlichen Sinne könne also keine Rede sein.
Der Beschwerdeführer habe nicht in der Absicht gehandelt, sich unrechtmässig zu bereichern. Die Vorinstanz gehe fälschlicherweise davon aus, zwischen dem Beschwerdeführer und der A._ AG habe ein vertraglicher Anspruch bestanden. Eine solche vertragliche Abmachung sei mehrfach gescheitert. Demzufolge sei der Beschwerdeführer zu Recht davon ausgegangen, dass kein Anspruch auf hälftige Gewinnbeteiligung bestanden habe und damit auch kein Vermögensschaden bei der A._ AG habe entstehen können. Vielmehr habe der Beschwerdeführer in der Meinung agiert, rechtmässig zu handeln, nachdem er C._ mehrfach klar gemacht habe, dass er nichts mehr daran verdiene, dies aber Grundlage der Abmachung gewesen sei. Die Vorinstanz verkenne daher, dass dem Beschwerdeführer ohne weiteres das Recht zustand, von der für ihn nachteiligen formlosen Abmachung zwischen ihm und C._ abzuweichen, denn deren Grundlage sei auch gewesen, dass er daran verdient.
Indem die A._ AG der B._ AG gestützt auf die gefälschten Rechnungskopien zu tiefe Gewinnforderungen in Rechnung gestellt habe, habe diese sich nicht am Vermögen geschädigt. Zudem sei der Schaden nicht stoffgleich, zumal sie eine allfällige Bereicherung von vornherein nicht einer direkten Entreicherung der A._ AG in deren Büchern niederschlage und aktenkundig feststehe, dass die Geschäfte mit dem Beschwerdeführer vor der Rechnungsstellung nicht in die Bücher der A._ AG Eingang gefunden hätten.
1.4.
1.4.1. Der Beschwerdeführer hat in der Absicht, die B._ AG zu bereichern, C._ durch die Vorlage manipulierter Rechnungskopien dazu bestimmt, die A._ AG am Vermögen zu schädigen. Zwischen dem täuschenden Verhalten und dem Irrtum bestand offensichtlich ein Kausalzusammenhang. Indem C._ der B._ AG zu hohe Gewinnbeteiligungen bezahlte, schädigte er das seiner tatsächlichen Verfügung unterliegende Vermögen der A._ AG unmittelbar.
1.4.2. Massgebend für den Abschluss und Inhalt von Verträgen ist in erster Linie das von den Parteien tatsächlich Gewollte (<ref-law>). Lässt sich ein solcher natürlicher Konsens nicht nachweisen, was als Tatfrage gilt, stellt sich die Frage nach dem normativen Konsens. Ob von einem solchen auszugehen ist, stellt eine Rechtsfrage dar und beurteilt sich danach, wie die Erklärung vom Empfänger nach Treu und Glauben unter den gegebenen Umständen verstanden werden durfte und musste (Vertrauensprinzip; <ref-law>; vgl. zum Beispiel <ref-ruling> E. 3.3 S. 681 f. mit Hinweisen).
Es steht ausser Zweifel, dass zwischen der B._ AG und der A._ AG mündlich eine hälftige Gewinnverteilung vereinbart worden war. Der Beschwerdeführer will die A._ AG vorgängig über eine andere Gewinnbeteiligung informiert haben. Wie die Vorinstanz überzeugend erwägt, ist diese Behauptung unglaubhaft. Die Vorinstanz stellte diesbezüglich willkürfrei einen natürlichen Konsens fest. Was der Beschwerdeführer diesbezüglich vorträgt, geht nicht über eine appellatorische Kritik am angefochtenen Entscheid hinaus. Insbesondere setzt er sich nicht mit der vorinstanzlichen Erwägung auseinander, wonach er der A._ AG keine manipulierten Rechnungen hätte zukommen lassen müssen, wenn kein tatsächliches Einvernehmen über die hälftige Gewinnbeteiligung bestanden hätte.
1.4.3. Der Beschwerdeführer täuschte C._ mit Raffinesse und Durchtriebenheit. Die Vorinstanz erkennt willkürfrei ein Vertrauensverhältnis zwischen dem Beschwerdeführer als Verwaltungsratspräsident der B._ AG und C._ als Vertreter der A._ AG. Was der Beschwerdeführer dagegen vorträgt, genügt nicht, um die vorinstanzlichen Schlüsse als geradezu unhaltbar erscheinen zu lassen. Letztlich kann diese Frage aber offen bleiben. Denn die Vorinstanz erwägt zutreffend, dass die A._ AG die Rechnungen nur mit besonderer Mühe hätte überprüfen können. Der Beschwerdeführer bestreitet nämlich nicht, dass er die Rechnungen auf verschiedene Weise manipulierte und diverse Rechnungspositionen veränderte. Der A._ AG war nicht zumutbar, stets alle Parameter von neuem zu überprüfen, zumal die B._ AG nicht allen Kläranlagen den gleichen Preis pro Tonne Klärschlamm in Rechnung stellte und der Preis pro Tonne sogar innerhalb derselben Rechnung variierte. Wie die Vorinstanz willkürfrei feststellt, war zumindest die Überprüfung dieser Rechnungsposition mit vertretbarem Aufwand überhaupt nicht möglich. Die A._ AG verhielt sich nicht leichtfertig und verletzte ihre Opfermitverantwortung nicht.
1.4.4. Dass die Vorinstanz den Tatbestand der Urkundenfälschung als nicht erfüllt erachtet, hat keinen Einfluss auf die Verurteilung wegen Betrugs, da die Täuschung auch ohne die Verwendung einer falschen Urkunde als arglistig bezeichnet werden muss (Urteil 6B_827/2010 vom 24. Januar 2011 E. 4.6).
1.5. Die vorinstanzliche Verurteilung wegen Betrugs verletzt kein Bundesrecht.
2.
Die Beschwerde ist abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Bei diesem Ausgang des Verfahrens sind die bundesgerichtlichen Kosten dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Aargau, Strafgericht, 1. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 16. März 2018
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Denys
Der Gerichtsschreiber: Matt