Faits :
A.
Au début des années 2000, le canton de Vaud, les associations régionales et les communes concernées ont élaboré un concept de Projet d'agglomération Lausanne-Morges (ci-après: PALM). Le 22 février 2007, une convention liant le canton de Vaud, les associations régionales et les communes concernées a été signée et remise à la Confédération. Au mois de mai 2008, le Conseil d'Etat vaudois a retenu des investissements comprenant la construction du tram Renens-Flon et de plusieurs tronçons de trolleybus en site propre (en d'autres termes, un site réservé à l'installation de transport concernée, à l'exclusion de tout autre mode de transport). Après avoir été évalué par la Confédération, le PALM (1 ère génération) a reçu le soutien financier des Chambres fédérales en 2010.
B.
Par acte du 15 mars 2010 adressé à l'Office fédéral des transports (ci-après: OFT), la société des Transports publics de la Région Lausannoise SA (ci-après: les TL ou encore la société de transports) a requis, auprès du Département fédéral de l'environnement, des transports, de l'énergie et de la communication (DETEC), l'octroi d'une concession pour la construction et l'exploitation de l'infrastructure ferroviaire de la ligne de tramway "Renens-Gare - Lausanne-Flon" (ci-après: tramway ou "t1").
En cours de procédure, les TL ont demandé d'intégrer à la concession une nouvelle liaison routière entre la rue de la Vigie et l'avenue Jules-Gonin (ci-après : liaison Vigie-Gonin). Après consultation des autorités fédérales, cantonales et communales, dite liaison routière a été intégrée à la concession.
Par décision du 16 septembre 2011, le Conseil fédéral a octroyé aux TL la concession n o 5146 pour construire et exploiter la ligne de tramway "Renens-Gare - Lausanne-Flon". Cette concession a pris effet le 1 er janvier 2012; elle est valable jusqu'au 31 décembre 2061. Les plans d'ensemble devaient être remis à l'OFT jusqu'au 31 décembre 2013 et la construction débuter après l'entrée en force de la décision d'approbation des plans, mais au plus tard le 31 décembre 2016, et se terminer avant le 31 décembre 2018.
Le Conseil fédéral a en substance estimé que la demande de concession répondait aux conditions de l'intérêt public et de la couverture des coûts de l'art. 6 al. 1 de la loi fédérale du 20 décembre 1957 sur les chemins de fer (LCdF; RS 742.101). Il a de même estimé qu'aucun intérêt public prépondérant ne s'opposait au projet, notamment en matière d'aménagement du territoire, de protection de l'environnement, de la nature et du paysage ou de coopération en matière de sécurité nationale (<ref-law>; cf. décision ch. 1 p. 5). Enfin, le Conseil fédéral a imposé certaines conditions à l'octroi de la concession, notamment en matière de défrichement (cf. décision p. 9 s.).
C.
Le 22 mai 2012, les TL ont soumis à l'OFT une demande d'approbation des plans contenant trois volets. Le premier concernait l'axe du tramway "Renens-Gare - Lausanne-Flon" ("t1"), y compris la requalification de l'avenue du 14-Avril (Renens) et la liaison Vigie-Gonin (Lausanne). Le deuxième volet traitait de l'axe du trolleybus à haut niveau de service "Prélaz-les-Roses - St-François" (ci-après: BHNS). Le troisième volet portait enfin sur le garage atelier du tramway "Perrelet" (GAT).
Le 30 mai 2012, l'OFT a ouvert une procédure d'approbation des plans (ci-après également: PAP) ordinaire et invité, d'une part, les communes concernées et le canton de Vaud et, d'autre part, les autorités fédérales à se déterminer jusqu'au 30 août 2012. L'OFT a également chargé le canton de procéder à la mise à l'enquête publique pendant 30 jours.
L'enquête publique s'est déroulée du 12 juin au 12 juillet 2012. Elle a suscité 126 oppositions. Au nombre des opposants figurent notamment la société F._ SA, G._ SA, la société H._ SA et A._, B._ SA, C._ SA, D._ Sàrl et E._ Sàrl. I._ et J._, K._, L._, M._ et N._, copropriétaires d'étages de la parcelle no 488 de la Commune de Crissier (PPE "Mont 1"), proche de la gare de Renens, se sont également op posés au projet.
Le 15 novembre 2012, le canton de Vaud a remis à l'OFT ses déterminations ainsi que celles de l'ensemble des services compétents. Ne remettant pas en cause la conformité du projet à son plan directeur cantonal, le canton de Vaud a cependant demandé que la construction de la bibliothèque communale (Maison du livre et du Patrimoine, ci-après également: MLP), prévue sous la liaison Vigie-Gonin, soit retirée de la PAP, estimant qu'une telle autorisation ne se justifiait pas sous l'angle de l'<ref-law>. Les TL ont en conséquence été invités, le 19 novembre 2012, à examiner une variante au projet et, le cas échéant, à soumettre une modification de celui-ci à l'OFT.
Le 20 mars 2013, l'OFT a transmis aux TL les préavis fédéraux des 14 juin 2012 (Caisse nationale d'assurances [CNA ou SUVA]), 11 et 17 décembre 2012 (Office fédéral des routes [OFROU]), 21 décembre 2012 (Inspection fédérale des installations à courant fort [ESTI] et Office fédéral de la culture [OFC]), 21 janvier 2013 (Office fédéral de l'environnement [OFEV]) et 12 mars 2013 (Office fédéral du développement territorial [ARE]).
D.
Le 25 septembre 2013, la société de transports a demandé une modification du projet en retirant la Maison du livre et du Patrimoine de la procédure d'approbation. Cette modification a fait l'objet d'une enquête publique; A._, B._ SA, C._ SA, D._ Sàrl et E._ Sàrl ont nouvellement formé opposition. Répétant notamment leur argumentation développée dans leurs observations précédentes du 9 septembre 2013, les opposants contestaient la compétence de l'OFT d'approuver la liaison Vigie-Gonin et le défrichement rendu nécessaire par cet aménagement routier.
Le 7 juillet 2014, les TL ont indiqué à l'OFT envisager une nouvelle modification du projet visant à minimiser l'impact du terminus du tram sur la place de l'Europe. Par envois des 3 et 13 février 2015, les TL ont remis à l'OFT le dossier définitif de la procédure d'approbation des plans complémentaires pour le réaménagement de la place de l'Europe et les reprises dans le secteur Vigie-Gonin. Ces modifications ont été mises à l'enquête publique du 25 février au 27 mars 2015. Le 25 mars 2015, A._, B._ SA, C._ SA, D._ Sàrl et E._ Sàrl se sont également opposés à cette modification. Le canton de Vaud et ses services ont préavisé favorablement cette demande.
E.
Le 29 mai 2015, une séance de conciliation a eu lieu avec G._ SA. Celle-ci a notamment fait valoir un droit d'accès à ses propriétés - situées à la rue du Grand-Pont 4 et 12 (parcelles nos 10149 et 10156), au centre-ville de Lausanne - tant pendant qu'après les travaux. A cette occasion, l'opposante a par ailleurs indiqué que les points de son opposition liés à l'expropriation ou aux droits de voisinage avaient été réglés de gré à gré.
Une séance de conciliation s'est déroulée le 2 juin 2015 avec A._, B._ SA, C._ SA, D._ Sàrl et E._ Sàrl; celle-ci n'a pas abouti à un accord.
Une telle séance a également été organisée le 11 juin 2015 avec les membres de la PPE "Mont 1".
Le 16 juin 2015 a enfin été mise sur pied une séance de conciliation avec l'opposante F._ SA. A la suite de cette séance, le 1er octobre 2015, les TL ont fourni des garanties écrites quant à l'accessibilité au commerce de l'opposante pendant la durée des travaux; F._ SA les a jugées insuffisantes.
F.
Par décision du 7 mars 2016 [ci-après: décision d'approbation ou encore DAP), l'OFT a approuvé le projet des TL du 22 mai 2012, modifié les 25 septembre 2013, 3 février et 20 août 2015 et complété une ultime fois le 4 février 2016.
En substance, et en ce qui concerne la présente cause, l'OFT s'est estimé compétent pour approuver les plans de la liaison Vigie-Gonin. L'office fédéral a déclaré irrecevable l'opposition de A._; il a en outre rejeté les oppositions formées par B._ SA, C._ SA, D._ Sàrl et E._ Sàrl. L'OFT a également écarté les oppositions de G._ SA, de F._ SA et de H._ SA.
L'OFT a par ailleurs partiellement admis l'opposition de I._ et J._, K._, L._, M._ et N._ (PPE "Mont 1"); l'office fédéral a prononcé l'expropriation de la parcelle (proche de la gare de Renens) pour une emprise définitive de 187 m 2et pour une emprise provisoire de 169 m 2et imposé aux TL une charge concernant l'aménagement de places de stationnement sur la parcelle concernée.
G.
Ont notamment recouru contre la décision d'approbation les opposants suivants: F._ SA; G._ SA; H._ SA; A._, B._ SA, C._ SA, D._ Sàrl et E._ Sàrl; I._ et J._, K._, L._, M._ et N._ (PPE "Mont 1").
Par ordonnance du 27 mai 2016, le Tribunal administratif fédéral a joint les causes.
Le 8 septembre 2017, le Tribunal administratif fédéral s'est déplacé à Lausanne (place de l'Europe et quartier du Flon) pour procéder à une inspection locale en présence de F._ SA, de G._ SA, de A._, de B._ SA, C._ SA, D._ Sàrl ainsi que E._ Sàrl.
Par arrêt du 2 février 2018, le Tribunal administratif fédéral a rejeté les recours formés par F._ SA, G._ SA et H._ SA. Le Tribunal administratif fédéral a également rejeté les recours interjetés par I._ et J._, K._, L._, M._ et N._ (PPE "Mont 1").
Le tribunal a enfin déclaré sans objet les recours de A._, B._ SA, C._ SA, D._ Sàrl et E._ Sàrl en tant qu'ils portaient sur l'incompétence de l'OFT pour approuver la liaison routière Vigie-Gonin (ch. 1.2 du dispositif); à cet égard, l'instance précédente a considéré que les plans relatifs à cette liaison n'avaient pas été formellement approuvés, faute, notamment, d'apparaître dans le dispositif de la décision de l'OFT et de revêtir un tampon d'approbation. En revanche, en tant qu'ils traitaient de l'approbation par l'office fédéral du défrichement forestier nécessaire à cette liaison routière, lesdits recours ont été admis et la décision d'approbation partiellement annulée (ch. 1.3 du dispositif). L'instance précédente a en particulier jugé que l'OFT n'était pas compétent pour approuver ce défrichement, celui-ci devant faire l'objet d'une procédure cantonale; il a également annulé les expropriations prononcées en lien avec la réalisation de la liaison routière Vigie-Gonin.
H.
Par acte du 9 mars 2018, la société des Transports publics de la Région Lausannoise SA forme un recours en matière de droit public: elle demande principalement au Tribunal fédéral de réformer l'arrêt du Tribunal administratif fédéral en ce sens que le recours déposé par A._, B._ SA, C._ SA, D._ Sàrl et E._ Sàrl contre la décision d'approbation du 7 mars 2016 est entièrement rejeté. Subsidiairement, les TL concluent à l'annulation des chiffres 1.2 et 1.3 première phrase du dispositif et au renvoi de la cause à l'instance précédente pour nouvelle décision dans le sens des considérants.
Le Tribunal administratif fédéral renonce dans un premier temps à se prononcer; aux termes de déterminations subséquentes, il maintient cependant, en résumé, que les plans relatifs à la liaison routière Vigie-Gonin n'ont pas fait l'objet de l'approbation de l'office fédéral. L'OFT persiste en substance dans l'opinion que cette liaison constitue une mesure d'accompagnement qui, à l'instar des autres mesures routières, doit être englobée dans la PAP. L'OFEV renonce à se prononcer; il précise cependant que, indépendamment de la compétence de l'OFT, l'étude d'impact répond au principe d'approche globale (cf. art. 8 de la loi fédérale sur la protection de l'environnement du 7 octobre 1983 [LPE; RS 814.01]), celle-ci tenant compte des deux installations, à savoir non seulement du tramway, mais également de la liaison routière. A._, B._ SA, C._ SA, D._ Sàrl et E._ Sàrl (ci-après: A._ et consorts) concluent au rejet du recours; ils maintiennent en particulier que la compétence de l'OFT pour l'approbation des plans de la liaison Vigie-Gonin ne serait en l'occurrence pas donnée.
L'OFT ainsi que les intimés se sont encore exprimés à deux reprises, persistant dans leurs conclusions respectives.
La Cour de céans a délibéré sur le recours en séance publique.

Considérant en droit :
1.
Dirigé contre une décision finale (<ref-law>) émanant du Tribunal administratif fédéral (<ref-law>) et rendue dans une cause de droit public (<ref-law>), le recours est en principe recevable comme recours en matière de droit public selon les <ref-law>, aucune exception de l'<ref-law> n'étant réalisée.
La société de transport recourante, auteur du projet composé notamment des infrastructures ferroviaires de la ligne "t1" et titulaire d'une concession pour sa réalisation et son exploitation (cf. <ref-law>) est particulièrement touchée par l'arrêt attaqué: celui-ci exclut de la PAP un ouvrage qu'elle estime nécessaire à l'exploitation de la ligne "t1". Dite société bénéficie par conséquent de la qualité pour agir au sens de l'<ref-law>.
2.
La société de transports recourante se plaint d'un état de fait lacunaire en lien avec la réalisation de la liaison Vigie-Gonin et le défrichement qu'elle suppose. Elle demande au Tribunal fédéral de le compléter.
2.1. Conformément à l'<ref-law>, le Tribunal fédéral statue en principe sur la base des faits établis par l'autorité précédente. L'<ref-law> lui permet cependant de rectifier ou compléter d'office les constatations de l'autorité précédente si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte - notion qui correspond à l'arbitraire (cf. <ref-ruling> consid. 6 p. 358) - ou en violation du droit au sens de l'<ref-law>, et pour autant que la correction du vice soit susceptible d'influer sur le sort de la cause (<ref-law>).
2.2. La société de transports recourante reproche à l'instance précédente d'avoir nié qu'il existait un lien suffisant entre la liaison litigieuse et le tramway, lien qui justifierait que l'ensemble du projet fasse l'objet d'une unique procédure fédérale d'approbation des plans. Ce faisant le Tribunal administratif fédéral se serait écarté des rapports versés au dossier, sans en rapporter les détails dans son arrêt. Les TL mentionnent en particulier le rapport de synthèse du 10 mai 2012 (dossier général, pièce A-5); il ressort en résumé du passage cité par la recourante, que la liaison litigieuse constitue l'une des mesures liées à l'insertion des axes forts de transports publics urbains dans le centre-ville, qui entraîneront des augmentations notables du trafic sur la petite ceinture lausannoise (avenue de Beaulieu, pont Chauderon, avenue Ruchonnet) (rapport de synthèse A-5, p. 21). La société recourante pointe encore le rapport de synthèse relatif à l'accessibilité au centre ville du 27 mai 2013 (rapport DRPJ-NO-081+04, dossier OFT, pièce 49). On peut notamment y lire que la liaison routière Vigie-Gonin apparaît comme nécessaire pour garantir le fonctionnement du barreau Ouest de la petite ceinture de Lausanne. S'agissant du carrefour au sud de Chauderon, le rapport fait état d'une capacité utilisée (CU) de 100% avec les mesures d'accompagnement, dont la liaison Vigie-Gonin, et d'une CU de 115%, voire de 120%, sans celles-ci (cf. rapport accessibilité 081+04m, p. 22 s.); une note subséquente fait état d'une CU dudit carrefour de 90% avec les mesures d'accompagnement (note DRPJ-NO-116 du 21 juillet 2014 sur l'accessibilité au centre-ville de Lausanne: analyses trafic sans la liaison Vigie-Gonin, de variantes d'aménagement et du gabarit de cette liaison routière, p. 7 dossier OFT, pièce 97). S'agissant enfin de la question du défrichement, la société recourante se réfère à la décision d'approbation de l'OFT, en particulier aux ch. 3.4.5 ss relatifs à la protection de la forêt (décision d'approbation, p. 50 ss), dont elle demande au Tribunal fédéral de tenir compte en complétant l'état de fait.
2.3. Il est vrai que les éléments ainsi avancés par les TL ne sont en tant que tels pas intégralement repris dans l'arrêt attaqué. Ceux-ci figurent cependant au dossier sur la base duquel l'instance précédente a statué. Le Tribunal administratif fédéral a d'ailleurs tenu compte du fait - comme le reconnaît au demeurant la recourante - que la liaison routière litigieuse vise à absorber le trafic individuel motorisé (ci-après: TIM) qui ne pourra plus circuler par la rue de Genève, en raison de la mise en site propre du tramway; il a du reste constaté que la liaison routière présentait indubitablement un certain lien avec le projet ferroviaire (cf. arrêt attaqué, consid. 3.1.6.4 p. 26).
En définitive, dès lors que les différents éléments ainsi mis en exergue ressortent sans conteste du dossier, plus particulièrement des différents rapports versés en cause, et dans la mesure où ceux-ci n'ont pas été formellement écartés ou réfutés par l'instance précédente, la recourante demeure libre de s'en prévaloir. Il n'y a dès lors pas lieu de compléter l'état de fait; le grief apparaît partant mal fondé. Autre est en revanche la question de savoir si le lien établi entre la mise en site propre du "t1" et l'engorgement de certains axes et croisements routiers suffit à qualifier la liaison Vigie-Gonin d'installation servant exclusivement ou principalement à la construction et à l'exploitation d'un chemin de fer au sens de l'<ref-law>; cette problématique relève cependant du fond et sera examinée ultérieurement (cf. consid. 4).
2.4. Le grief est par conséquent rejeté.
3.
La société de transports recourante estime que c'est à tort que l'instance précédente a considéré que les plans relatifs à la liaison routière Vigie-Gonin n'avaient pas été approuvés par l'OFT. Elle reproche au Tribunal administratif fédéral d'avoir ainsi jugé que cette liaison excédait l'objet du litige. Les TL y voient également une motivation insolite sur laquelle les parties n'ont pas été interpellées en violation de leur droit d'être entendues (art. 29 al. 2 Cst.).
Quant à A._ et consorts, ils partagent le point de vue de la recourante sur cette question.
S'agissant enfin de l'OFT, celui-ci maintient que les pièces définissant la portée générale du viaduc Vigie-Gonin sont mentionnées dans le dispositif de sa décision d'approbation. Se référant à l'ordonnance sur la procédure d'approbation des plans des installations ferroviaires du 2 février 2000 (OPAPIF; RS 742.142.1) ainsi qu'à la directive OFT y relative, l'office fédéral précise que les pièces à dominantes techniques n'avaient en revanche pas à figurer dans le dispositif de sa décision.
3.1. En procédure juridictionnelle administrative, ne peuvent être examinés et jugés, en principe, que les rapports juridiques à propos desquels l'autorité administrative compétente s'est prononcée préalablement, d'une manière qui la lie sous la forme d'une décision. Dans cette mesure, la décision détermine l'objet de la contestation qui peut être déféré en justice par la voie d'un recours (cf. <ref-ruling> consid. 5.2.1 p. 426; <ref-ruling> consid. 2.1 p. 164; <ref-ruling> consid. 1a p. 414). Le juge n'entre donc pas en matière, en règle générale, sur des conclusions qui vont au-delà de l'objet de la contestation (cf. <ref-ruling> consid. 5.2.1 p. 426; <ref-ruling> consid. 1a p. 414). L'objet du litige dans la procédure de recours est le rapport juridique qui - dans le cadre de l'objet de la contestation déterminé par la décision - constitue d'après les conclusions du recours, l'aspect de la décision effectivement attaqué (cf. ATF <ref-ruling> consid. 1b p. 414 ss). L'objet de la contestation et l'objet du litige sont identiques lorsque la décision administrative est attaquée dans son ensemble. En revanche, les rapports juridiques non litigieux sont certes compris dans l'objet de la contestation, mais non pas dans l'objet du litige. En principe, seul le dispositif d'une décision peut être attaqué par un recours, et non pas ses motifs. Lorsque le dispositif se réfère aux motifs, ceux-ci en deviennent partie intégrante et acquièrent force matérielle, dans la mesure où ils font partie de l'objet du litige (arrêt 9C_105/2010; cf. <ref-ruling> consid. 1a p. 237; <ref-ruling> consid. 2.3.2 p. 120 et les arrêts cités; THIERRY TANQUEREL, Manuel de droit administratif, 2e éd. 2018, n. 1264 s. p. 431 s.).
L'autorité qui ne statue pas ou n'entre pas en matière sur un recours ou un grief qui lui est soumis dans les formes et délais légaux, alors qu'elle était compétente pour le faire, commet un déni de justice formel prohibé par l'art. 29 al. 1 Cst. (<ref-ruling> consid. 4.2 p. 157; <ref-ruling> consid. 2.1 p. 9; arrêt 2C_309/2016 du 10 septembre 2018 consid. 3.1).
3.2. Le Tribunal administratif fédéral a souligné que l'OFT avait, dans le dispositif de sa décision d'approbation, énuméré tous les documents et plans formellement approuvés. Or, les plans relatifs à la liaison Vigie-Gonin (cote TW1) ne figuraient pas au nombre de ces documents. La version papier de ces plans n'arborait en outre pas le tampon (humide) d'approbation de l'OFT, contrairement à d'autres documents du dossier. En outre, dès lors que le dispositif ne contenait aucun renvoi aux considérants de la décision d'approbation, il était sans conséquence que ceux-ci renferment une motivation portant non seulement sur la compétence de l'OFT d'approuver cet ouvrage, mais également s'agissant de la nécessité de réaliser celui-ci. Sur cette base, l'instance précédente a en définitive jugé que la liaison routière n'avait pas fait l'objet d'une approbation par l'OFT; l'office fédéral n'avait, en d'autres termes, pas délivré l'autorisation de construire cet ouvrage, aspect excédant ainsi l'objet du litige.
3.3. Le dossier soumis à l'approbation par les TL contient de nombreux rapports et plans détaillés relatifs à la liaison Vigie-Gonin. Cet ouvrage figurait non seulement dans le projet initialement présenté à l'office fédéral (cf. partie faits, let. C), mais il a de plus fait l'objet d'une procédure d'approbation des plans complémentaire, également soumise à enquête publique (cf. partie faits, let. D). Les actes d'instructions réalisés par l'OFT dans ce contexte ont d'ailleurs porté sur cette liaison routière. A la lumière de l'arrêt attaqué, il convient en outre de relever qu'aucune des parties n'a prétendu que la liaison routière n'aurait pas été approuvée: les critiques émises portaient exclusivement sur la compétence de l'OFT pour procéder à cette approbation (<ref-law>; cf. arrêt attaqué, consid. 3.1.1). Dans ces circonstances, on peut se demander si les parties pouvaient s'attendre aux motifs finalement retenus pour exclure cet ouvrage de la procédure et si leur droit d'être entendues ne s'en est pas trouvé violé, sous cet angle déjà (art. 29 al. 2 Cst.; cf. <ref-ruling> consid. 2.2 p. 504 s.; <ref-ruling> consid. 5 p. 39; arrêt 1C_161/2015 du 22 décembre 2015 consid. 3.1).
Cette problématique peut cependant demeurer indécise. En effet, l'office fédéral confirme céans que sa décision d'approbation englobe également l'ouvrage routier Vigie-Gonin; il maintient au demeurant que cette liaison est nécessaire à la réalisation du projet ferroviaire, en particulier sous l'angle de l'accessibilité du centre ville. Par ailleurs, en introduction, le dispositif de sa décision précise que l'approbation porte sur "le projet des TL du 22 mai 2012, modifié/complété une ultime fois le 4 février 2016, consistant en la création d'une nouvelle ligne de tramways, accompagnée d'une nouvelle ligne de trolleybus à haut niveau de service ainsi que d'un nouveau garage-atelier dans l'ouest lausannois (...) ". A la lumière du dossier, le projet ainsi désigné comprend aussi l'ouvrage de Vigie-Gonin (cf. notamment rapport de synthèse, pièce A5; libellé de la publication officielle, dossier OFT, pièce 7). De surcroît, comme le soulignent l'ensemble des parties, de même que l'OFT, les plans essentiels de la liaison Vigie-Gonin figurent dans le dispositif de la décision d'approbation; sont en particulier mentionnés: le plan de situation de la liaison (TW-C1-8), le rapport d'impact sur l'environnement relatif à cet ouvrage et au défrichement que suppose sa réalisation (k-1 à K-1.3), ainsi que le rapport de synthèse référençant l'ensemble des mesures routières (A5, p. 21). Le plan du défrichement (TW-K-4.4) y figure du reste également, à l'instar du plan et du tableau des expropriations nécessaires à la réalisation de l'ouvrage (TW-L-2.8). Or, dès lors que ces dernières opérations ne poursuivent d'autre fin que la réalisation de la liaison Vigie-Gonin, force est de reconnaître que leur approbation n'a de sens que pour autant que cet ouvrage routier soit lui-même autorisé. Par ailleurs, il ressort des motifs de sa décision, que l'OFT a analysé de manière détaillée cet aspect du dossier, en particulier dans le traitement des oppositions dirigées contre cette liaison routière (cf. notamment décision d'approbation n. 3.4.5.4.1 p. 53 s. ou encore n. 7.25.3 p. 110). Aussi ne fait-il pas de doute que la PAP diligentée par l'OFT comprend aussi la liaison routière Vigie-Gonin.
3.4. En définitive, par trop formaliste, la position adoptée par le Tribunal administratif fédéral doit être écartée et le grief admis. Il n'est partant pas nécessaire de déterminer si l'absence de certains plans du dispositif ou le défaut de cachet humide sur leur version papier procèdent d'un oubli ou du caractère technique que revêtent ces documents, comme le soutient l'OFT.
4.
Dès lors que la liaison routière Vigie-Gonin est englobée dans la décision d'approbation du 7 mars 2016, il convient, à ce stade, d'examiner si l'OFT était compétent pour en approuver les plans en application de l'<ref-law>. Le Tribunal fédéral procédera à cette analyse, qui relève de l'application du droit fédéral (<ref-law>); l'instance précédente a par ailleurs formellement statué sur ce point - essentiellement en lien, il est vrai, avec le défrichement (cf. arrêt attaqué, consid. 3.1.6) -, bien qu'elle ait préalablement jugé que la PAP n'englobait pas cet ouvrage.
Devant le Tribunal fédéral et en substance, la société de transports recourante soutient que cette mesure routière servirait principalement à l'exploitation du projet ferroviaire, au sens de l'<ref-law> (et du trolleybus à haut niveau de service; cf. art. 11 al. 1 de la loi fédérale sur les entreprises de trolleybus du 29 mars 1950 [LTro; RS 744.21], dont la teneur est voisine de celle de l'<ref-law>), celle-ci visant à absorber le TIM exclu de la rue de Genève et de l'axe Chauderon - St-François, fermés au trafic par la mise en sites propres des voies de transports projetées.
En réponse au recours, A._ et consorts contestent ce dernier point de vue. Selon eux, il n'existerait ni lien fonctionnel ni lien géographique entre la rampe routière litigieuse et le projet de tramway; le Tribunal administratif fédéral aurait ainsi à bon droit nié la compétence de l'OFT pour approuver cet ouvrage.
Quant à l'OFT, il soutient en premier lieu que le retrait du viaduc Vigie-Gonin remettrait en question la nature même du projet de transports publics, à savoir une amélioration de l'accessibilité du centre-ville. L'office fédéral relève ensuite que le projet approuvé par l'instance précédente ne correspond ainsi plus à celui mis à l'enquête ni aux variantes examinées en cours d'instruction. L'OFT maintient que cet ouvrage routier vise à endiguer l'augmentation du TIM générée par la fermeture d'axes routiers existants pour les besoins du "t1" et du BHNS, augmentation que le réseau existant n'est pas en mesure d'absorber. L'avenue Jules Gonin serait enfin le tronçon routier le plus proche pour rediriger le TIM directement depuis la portion de route réservée au tramway.
4.1. Aux termes de l'<ref-law>, les constructions et installations servant exclusivement ou principalement à la construction et à l'exploitation d'un chemin de fer (installations ferroviaires) ne peuvent être établies ou modifiées que si les plans du projet ont été approuvés par l'autorité compétente, à savoir l'OFT (cf. <ref-law>; avant le 1er janvier 2016 également le DETEC s'agissant de grands projets; à ce sujet cf. Message du Conseil fédéral du 4 septembre 2013 relatif à la modification du droit des entreprises de transport routier et du droit pénal des transports, in FF 2013 6466 ch. 2.4). L'approbation des plans couvre toutes les autorisations requises par le droit fédéral (<ref-law>). Aucune autorisation ni aucun plan relevant du droit cantonal ne sont requis; le droit cantonal est pris en compte dans la mesure où il n'entrave pas de manière disproportionnée l'accomplissement des tâches de l'entreprise ferroviaire (<ref-law>). Par opposition, l'établissement et la modification de constructions ou d'installations ne servant pas exclusivement ou principalement à l'exploitation ferroviaire (installations annexes) sont régis par le droit cantonal; l'accord de l'entreprise ferroviaire ou la consultation de l'OFT sont toutefois nécessaires dans certains cas (art. 18m al. 1 et 2 LCdF).
Selon la jurisprudence, est considéré comme une installation servant exclusivement ou principalement le chemin de fer le projet qui présente, d'un point de vue matériel et spatial, un rapport nécessaire et étroit avec l'exploitation ferroviaire (<ref-ruling> consid. 4 p. 234; <ref-ruling> consid. 6c p. 44; arrêt 1C_32/2017 du 6 mars 2018 consid. 6.1). Servent toutefois simultanément l'exploitation ferroviaire et la circulation routière notamment les carrefours entre rail et route; il s'agit de constructions mixtes qui contiennent régulièrement des éléments en lien avec l'exploitation ferroviaire et d'autres étrangers à ce domaine. En principe, une procédure unique d'approbation doit être suivie (cf. <ref-ruling> consid. 4a p. 234; <ref-ruling> consid. 3 p. 269; arrêt 1C_463/2010 du 24 janvier 2011 consid. 2.2, publié in RtiD 2011 II 228). Selon l'objectif principal poursuivi par l'installation en cause, celle-ci devra faire l'objet d'une procédure d'approbation relevant du droit ferroviaire ou, au contraire, être autorisée par le biais de la procédure cantonale applicable (cf. <ref-ruling> consid. 4 p. 234 s.). Dans ce cadre, il ne s'agit pas seulement de se fonder sur l'ampleur des modifications projetées, sur le plan respectivement routier ou ferroviaire, mais essentiellement sur l'objectif principal poursuivi par le projet; en d'autres termes, il convient, dans chaque cas particulier, de déterminer si la construction ou l'installation répond au premier chef aux besoins de l'exploitation ferroviaire ou à ceux de la circulation routière (cf. <ref-ruling> consid. 5 p. 236 s.; arrêts 1C_32/2017 précité consid. 6.1; 1C_463/2010 du 24 janvier 2011 consid. 2.2, publié in RtiD 2011 II 228, et les arrêts cités; 1A.117/2003 du 31 octobre 2003 consid. 2.3, publié in ZBl 105/2004 p. 497).
4.2. L'instance précédente a reconnu que pour parvenir à des cadences d'exploitation suffisantes, le "t1" devait être mis en site propre, ce qui requerrait la fermeture de la rue de Genève au trafic. Elle a également constaté que la liaison routière Vigie-Gonin visait à absorber le report du TIM entraîné par cette fermeture. Le tribunal en a tout d'abord déduit que cet ouvrage présentait indubitablement un lien avec le projet ferroviaire. Dans un deuxième temps, il a cependant estimé que ce lien n'était pas suffisant pour inclure le viaduc dans la procédure d'approbation ferroviaire au sens des <ref-law>. D'un point de vue spatial, l'instance précédente a émis des doutes quant à l'existence d'un rapport étroit, la liaison Vigie-Gonin étant éloignée d'environ 150 m du tracé ferroviaire et nullement reliée à l'infrastructure du "t1" ou du BHNS (cf. arrêt attaqué, consid. 3.1.6.3). Sur le plan matériel, pour exclure l'existence d'un tel lien, le tribunal s'est essentiellement fondé sur le fait que l'ouvrage litigieux ne servira pas exclusivement à absorber le report du TIM émanant des axes fermés à la circulation (cf. arrêt attaqué consid. 3.1.6.4) : l'utilisation de la rampe sera en effet ouverte à tout citoyen, qu'il s'agisse de conducteurs de véhicules à moteur, de cyclistes ou encore de piétons (cf. Convention d'utilisation du viaduc Vigie-Gonin TW-J-1.1, p. 4). Il a également relevé que le fonctionnement du carrefour de Chauderon-Sud ne pouvait être garanti sans cette liaison. Le Tribunal administratif fédéral en a conclu que le trait prédominant du viaduc était ainsi de servir les besoins de la circulation routière. L'instance précédente a partant jugé que l'OFT n'était pas compétent pour approuver les plans du viaduc Vigie-Gonin. Dans le prolongement de cette première conclusion, le tribunal a - en toute logique - estimé que l'approbation des plans du défrichement et des expropriations nécessaires à la réalisation de cet ouvrage routier ne devait pas non plus être englobée dans la procédure fédérale d'approbation (cf. arrêt attaqué, consid. 3.1.7 et 3.1.8).
4.3.
4.3.1. Il faut certes concéder à l'instance précédente que le viaduc Vigie-Gonin présente des aspects routiers indéniables, celui-ci pouvant être emprunté indistinctement par l'ensemble des usagers du réseau routier. Il n'en demeure pas moins que la réalisation de cette liaison est exclusivement dictée par la mise en sites propres des lignes de transports en commun projetées. Comme le souligne l'OFT dans sa décision d'approbation (cf. DAP, ch. 1.2 p. 15), la mise en site propre constitue une exigence fixée par la concession octroyée aux TL (cf. décision du Conseil fédéral du 16 septembre 2011 p. 8 s.). Or, à la lumière du dossier, il apparaît - ce qui n'est pas discuté - que le réseau routier actuel n'est pas en mesure d'absorber de manière satisfaisante le report du TIM entraîné par la fermeture des axes dédiés aux "t1" et au BHNS (rue de Genève et rue des Terreaux), entraînant un risque de saturation en particulier au niveau du carrefour de Chauderon-Sud (cf. rapport accessibilité 081+04, p. 22 s.; note DRPJ-NO-116 du 21 juillet 2014 sur l'accessibilité au centre-ville de Lausanne: analyses trafic sans la liaison Vigie-Gonin, de variantes d'aménagement et du gabarit de cette liaison routière, p. 7; observations de l'OFT du 24 avril 2018 p. 2; voir également consid. 2.2 ci-dessus). Or, la réalisation de la rampe Vigie-Gonin constitue l'une des mesures routières d'accompagnement préconisées pour assurer le maintien - en phase d'exploitation du "t1" et du BHNS - d'un fonctionnement satisfaisant du réseau existant. Ainsi, en tant qu'il constitue une réponse aux inconvénients générés par la mise en sites propres des axes réservés au "t1" ainsi qu'au BHNS, le viaduc Vigie-Gonin présente un lien étroit avec le projet ferroviaire au sens de l'<ref-law>. Cela est d'autant plus vrai que, dans la situation présente, le réseau routier existant (en particulier les axes et carrefour concernés par le report du TIM) permet de gérer les charges de trafic actuelles (cf. note DRPJ-NO-116 précitée, p. 7). La réalisation du viaduc n'apparaît ainsi pas comme une mesure directement imposée par des impératifs routiers, mais comme une mesure nécessaire à la réalisation de l'élément principal du projet, à savoir la création de deux lignes de transports publics en sites propres (cf. <ref-ruling> consid. 5 p. 236 s.; arrêt 1C_32/2017 du 6 mars 2018 consid. 6.3.1).
4.3.2. La liaison litigieuse présente par ailleurs un lien spatial avec le projet ferroviaire. Il est certes établi que celle-ci sera localisée à 150 m du tracé ferroviaire. Néanmoins, comme le souligne l'OFT, il n'y a pas d'axe "plus proche que l'avenue Jules Gonin pour rediriger le TIM directement depuis le tronçon de route qui sera réservé au "t1"". Il apparaît en effet, à la lumière des plans versés au dossier, que cette avenue constitue un axe routier parallèle à la rue de Genève et à la rue des Terreaux, toutes deux fermées au TIM pour les besoins du projet. Ces trois axes, de même que le viaduc litigieux, ainsi que les tronçons routiers et le carrefour soulagés par la réalisation de cet ouvrage, s'inscrivent au demeurant dans un périmètre restreint du centre-ville de Lausanne et présentent ainsi un lien de proximité évident. Au regard de la localisation de ces différents éléments du projet, force est de reconnaître que le viaduc Vigie-Gonin aura pour vocation première d'accueillir le TIM déplacé par la fermeture des rues de Genève et des Terreaux. Les axes fermés à la circulation étant des routes publiques, il n'est du reste guère pertinent de tirer argument - comme le fait l'instance précédente - de la possible utilisation de cette rampe par tout usager du réseau routier, pour en exclure tout caractère ferroviaire.
4.3.3. Pour des motifs liés à la coordination, il s'impose enfin également de soumettre l'ensemble du projet, y compris la liaison Vigie-Gonin, à une procédure d'approbation unique. En effet, il apparaît qu'en l'état actuel du projet la suppression de cette liaison conduirait à une saturation du réseau routier (cf. consid. 4.3.1). Le projet ferroviaire ne saurait partant être approuvé - comme l'a pourtant fait le Tribunal administratif fédéral - sans également inclure, dans l'examen, les mérites et inconvénients de cette mesure d'accompagnement. A défaut, on court le risque non seulement d'alourdir inutilement le processus d'approbation, mais également - et surtout - d'aboutir, selon le résultat de procédure routière cantonale, à des décisions inconciliables, ce que le législateur a précisément entendu éviter en adoptant les <ref-law> (ainsi que l'<ref-law>; cf. Message du Conseil fédéral du 25 février 1998 relatif à la loi fédérale sur la coordination et la simplification des procédures d'approbation des plans, FF 1998 2227; voir également art. 25a LAT; arrêt 1C_32/2017 du 6 mars 2018 consid. 6.3.3). Une telle concentration des procédures se justifie en outre particulièrement dans le cadre de projets d'envergure (simplification et accélération des procédures d'approbation des "grands projets d'équipement", cf. Message, FF 1998 2224) - à l'instar du projet litigieux - qui soulèvent de nombreuses problématiques tant techniques qu'environnementales, et mettent en présence de nombreux intérêts privés et publics divergents.
4.4. En définitive, à la lumière de l'agencement du projet soumis à l'OFT par les TL, l'instance précédente a violé le droit fédéral en excluant de la PAP la mesure d'accompagnement Vigie-Gonin; le grief est admis. Il s'ensuit que c'est également à tort que le Tribunal administratif fédéral a exclu de son examen les problématiques liées au défrichement et aux expropriations nécessaires à la réalisation de cet ouvrage. Pour ces motifs, l'arrêt attaqué doit être annulé et la cause renvoyée à l'instance précédente afin qu'elle procède à l'examen du projet tel qu'approuvé par l'OFT, en d'autres termes, en incluant dans son analyse l'ensemble des aspects liés à la réalisation de la liaison Vigie-Gonin et le traitement des griefs dirigés contre cet ouvrage. Si les inquiétudes affichées par la société de transports recourante en lien avec le retard engendré par un tel renvoi sont compréhensibles, le Tribunal fédéral ne saurait cependant statuer sur la base du projet incomplet approuvé par l'instance précédente (<ref-law>; cf. BERNARD CORBOZ, Commentaire de la LTF, 2e éd. 2014, n. 10 ss ad <ref-law>).
5.
Les considérants qui précèdent conduisent à l'admission du recours et à l'annulation partielle de l'arrêt attaqué en tant qu'il exclut de la procédure d'approbation la liaison routière Vigie-Gonin (<ref-law>; au sujet de l'étendue de l'annulation, cf. arrêt 1C_36/2011 du 8 février 2012 consid. 6; CORBOZ, op. cit., n. 11 ad <ref-law>). En d'autres termes, les ch. 1.2, 1.3, 2.4, 2.5 et 3.4 du dispositif de l'arrêt attaqué sont annulés. La cause est renvoyée au Tribunal administratif fédéral pour nouvelle instruction et décision au sens des considérants. Ceci fait, il statuera nouvellement sur les frais et dépens.
Les frais de justices sont mis à la charge des intimés, qui succombent (art. 66 al. 1 et 5 LTF). Exerçant une tâche de droit public, l'intimée ne saurait prétendre à des dépens (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est admis. L'arrêt attaqué est partiellement annulé dans le sens des considérants. La cause est renvoyée au Tribunal administratif fédéral pour nouvelle décision dans le sens des considérants.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 5'000 fr., sont mis à la charge de A._, B._ SA, C._ SA, D._ Sàrl et E._ Sàrl, solidairement entre eux.
3.
Il n'est pas alloué de dépens.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux mandataires des parties, à l'Office fédéral des transports, au Tribunal administratif fédéral, Cour I, et à l'Office fédéral de l'environnement.
Lausanne, le 8 mai 2019
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Chaix
Le Greffier : Alvarez