Sachverhalt:
A.
Die B._ AG, U._ (Patentinhaberin, Klägerin, Beschwerdegegnerin) ist Inhaberin des Schweizer Patents xxx "Durchflussmessfühler", das am 7. September 2009 angemeldet und am 14. März 2014 erteilt wurde.
A.a. Durchflussmessfühler dienen der Bestimmung der Atemluftströmung eines menschlichen Patienten. Sie funktionieren grundsätzlich so, dass ein Strömungswiderstand in den Luftstrom eines Gehäuses eingebracht wird, wodurch ein Druckabfall zwischen der "Kammer" vor dem Widerstand und derjenigen nach dem Widerstand proportional zur Durchflussmenge entsteht, der zur Bestimmung der Atemluftströmung gemessen wird. Für die Messung wird ein (Differential-) Drucksensor verwendet, der über Sensorschläuche mit der ersten und der zweiten "Kammer" verbunden ist.
A.b. Das Patent CH xxx dient der Verbesserung vorbekannter Durchflussmessfühler. Die Patentansprüche 1, 4 und 10 lauten wie folgt:
"1. Durchflussmessfühler mit
- einem ein zylindrisches Gehäuse definierenden Durchgang mit einer ersten Durchgangsöffnung und einer zweiten Durchgangsöffnung,
- einem im Durchgang des Gehäuses angeordneten Strömungswider stand, welcher das Gehäuse in einen ersten und einen zweiten Ge häuseteil unterteilt,
- einer ersten Anschlussstelle mit einer Verbindung zum Innern des ersten Gehäuseteils, und
- einer zweiten Anschlussstelle mit einer Verbindung zum Innern des zweiten Gehäuseteils, dadurch gekennzeichnet, dass die ersten und zweiten Anschlussstellen in einem Abstand voneinander auf dem gleichen Gehäuseteil angeordnet sind.
4. Durchflussmessfühler gemäss einem der vorhergehenden Ansprüche, wobei am ersten Gehäuseteil und am zweiten Gehäuseteil zur Verbin dung der Gehäuseteile Flansche mit Flanschdruckflächen ausgebildet sind.
10. Durchflussmessfühler gemäss einem der Ansprüche 4-9, wobei die Verbindungen teilweise in den Flanschdruckflächen verlaufen und/ oder als dichtungsflächenseitige Öffnungen durch die Flanschdruck fläche austreten."
A.c. Die A._ AG, V._ (Beklagte, Beschwerdeführerin) vertreibt unter anderem die Durchflussmessfühler "T._" bzw. "W._" und "X._" (Erwachsenenausführung) und "Y._" bzw. "Z._" (Kinderausführung), die nach der Behauptung der Patentinhaberin das CH-Patent Nr. xxx verletzen.
B.
Mit Eingabe vom 31. Mai 2016 beantragte die Patentinhaberin dem Bundespatentgericht im Wesentlichen, es sei der Beklagten der Vertrieb von Durchflussmessfühlern mit bestimmten Merkmalen zu verbieten sowie die Einziehung und Anordnung der sich im Eigentum der Beklagten befindenden entsprechenden Durchflussmessfühler anzuordnen. Die Beklagte sei zudem zur Rechnungslegung und Gewinnherausgabe zu verpflichten. In der Klageantwort vom 19. September 2016 beantragte die Beklagte im Wesentlichen die Abweisung der Klage und erhob namentlich den Einwand der Patentnichtigkeit.
Am 10. November 2016 erstattete die Klägerin die auf den Nichtigkeitseinwand beschränkte Replik. Am 20. Dezember 2016 fand eine Instruktions-/ Vergleichsverhandlung statt. Am 20. März 2017 erstattete die Klägerin eine ergänzende Replik und änderte ihre Rechtsbegehren. Mit Eingabe vom 6. Juni 2017 erstattete die Beklagte die Duplik und änderte ihre Rechtsbegehren. Am 7. Juli 2017 nahm die Klägerin Stellung zur Duplik. Am 10. April 2018 erstattete Patentrichter Tobias Bremi ein Fachrichtervotum, wozu die Klägerin am 3. Mai 2018 Stellung nahm. Am 14. Mai 2018 wurde das Verfahren bis 30. Juni 2018 sistiert. Nach Aufhebung der Sistierung am 4. Juli 2018 nahm die Beklagte am 13. Juli 2018 zum Fachrichtervotum Stellung. Am 29. Oktober 2018 fand die Hauptverhandlung vor dem Bundespatentgericht statt.
Mit Teilurteil vom 18. Dezember 2018, das mit Beschluss vom 24. Januar 2019 wegen Schreibfehlern berichtigt wurde (die im Folgenden ohne besondere Kennzeichnung berücksichtigt sind), erkannte das Bundespatentgericht wie folgt:
"1. In teilweiser Gutheissung des Unterlassungsbegehrens wird der Beklagten unter Androhung einer Ordnungsbusse von CHF 1'000 für jeden Tag der Nichterfüllung, mindestens aber CHF 5'000, sowie der Bestrafung ihrer Organe nach <ref-law> mit Busse im Widerhandlungsfall, verboten, Durchflussmessfühler in der Schweiz und in Liechtenstein zu vertreiben, in die Schweiz und in Liechtenstein einzuführen, aus der Schweiz und aus Liechtenstein auszuführen, in der Schweiz und in Liechtenstein und aus der Schweiz und aus Liechtenstein anzubieten, in der Schweiz und in Liechtenstein und aus der Schweiz und aus Liechtenstein zu verkaufen, in der Schweiz und in Liechtenstein sonst wie in Verkehr zu bringen und dafür Werbung zu betreiben (auch über Internet), in der Schweiz und in Liechtenstein zu besitzen, in der Schweiz und in Liechtenstein zu diesen Zwecken herzustellen oder herstellen zu lassen und/oder zu solchen Handlungen Dritte anzustiften und/oder bei ihnen mitzuwirken und/oder ihre Begehung zu begünstigen und/ oder zu erleichtern, wobei die Durchflussmessfühler folgende Merkmale aufweisen:
-ein zylindrisches Gehäuse, das einen Durchgang mit einer ersten Durchgangsöffnung am einen Ende und einer zweiten Durchgangsöffnung am anderen Ende aufweist;
- das zylindrische Gehäuse ist aus einem ersten Gehäuseteil und einem zweiten Gehäuseteil zusammengesetzt, zwischen denen eine dünne Membran eingeklemmt ist, die sich durch den Durchgang des Gehäuses erstreckt;
eine erste Anschlussstelle für eine Verbindungsleitung, welche erste Anschlussstelle über einen zwischen dem ersten und zweiten Gehäuseteil verlaufenden Kanal sowie einen im ersten Gehäuseteil verlaufenden ersten Verbindungskanal mit dem Innern des ersten Gehäuseteils verbunden ist;
-eine zweite Anschlussstelle für eine Verbindungsleitung, welche zweite Anschlussstelle über einen zwischen dem ersten und zweiten Gehäuseteil verlaufenden Kanal sowie einen im zweiten Gehäuseteil verlaufenden zweiten Verbindungskanal mit dem Innern des zweiten Gehäuseteils verbunden ist;
- die erste und zweite Anschlussstelle sind in einem Abstand voneinander auf dem ersten Gehäuseteil angeordnet;
- das erste Gehäuseteil umfasst einen ersten Flansch mit einem Flanschfortsatz, das zweite Gehäuseteil umfasst einen zweiten Flansch mit einem Flanschfortsatz, und das erste Gehäuseteil und das zweite Gehäuseteil sind über den ersten Flansch mit Flanschfortsatz und den zweiten Flansch mit Flanschfortsatz bzw. deren aneinander liegenden Flanschdruckflächen miteinander verbunden; und
- die Verbindung von der zweiten Anschlussstelle zum Innern des zweiten Gehäuseteils verläuft teilweise über einen zwischen dem ersten und zweiten Flansch mit Flanschfortsatz verlaufenden Kanal über die Flanschdruckflächen hinweg.
Im weiteren Umfang wird das Unterlassungsbegehren gemäss Ziff. 1 abgewiesen.
2. Die Unterlassungsbegehren gemäss Ziff. 2 und 3 werden abgewiesen.
3. In teilweiser Gutheissung des Rechtsbegehrens Ziff. 6 wird die Beklagte verpflichtet, unter Androhung einer Ordnungsbusse von CHF 1'000 für jeden Tag der Nichterfüllung, mindestens aber CHF 5'000, sowie der Bestrafung ihrer Organe nach <ref-law> mit Busse im Widerhandlungsfall, binnen 30 Tagen nach Eintritt der Rechtskraft dieses Teilurteils sämtliche sich in der Schweiz oder in Liechtenstein in ihrer Verfügungsgewalt befindlichen Vorrichtungen gemäss Ziff. 1 vorstehend zu vernichten.
Im weiteren Umfang wird das Einziehungs- und Vernichtungsbegehren gemäss Ziff. 6 abgewiesen.
4. In teilweiser Gutheissung des Rechtsbegehrens Ziff. 4 wird die Beklagte verpflichtet, der Klägerin binnen 60 Tagen nach Eintritt der Rechtskraft dieses Teilurteils
- Namen und Anschrift aller gewerblichen Abnehmer der Vorrichtungen gemäss Ziff. 1 vorstehend mitzuteilen,
- sämtliche Rechnungen (mit Lieferzeiten und -preisen) für Vorrichtungen gemäss Ziff. 1 vorstehend in Kopie zur Verfügung zu stellen.
Im weiteren Umfang wird das Auskunfts- und Rechnungslegungsbegehren gemäss Ziff. 4 abgewiesen.
-..]"
Das Bundespatentgericht gelangte zum Schluss, dass der Anspruch 1 des Patents CH xxx durch das von der Beklagten in der Duplik eingereichte japanische Patent JP yyy (in der Übersetzung eingereicht als "E10") neuheitsschädlich vorweggenommen sei. Dagegen hiess das Gericht das Eventualbegehren zu Rechtsbegehren 1 gut, das die Klägerin in der ergänzenden Replik vom 20. März 2017 gestellt hatte. Dabei fasste das Gericht die Merkmale des auf einer Kombination der erteilten Ansprüche 1, 4 und 10 beruhenden Hauptanspruchs in den Merkmalen a-k (ohne g und h) zusammen und kam zum Schluss, dass der so definierte Anspruch der Klägerin nicht neuheitsschädlich vorweggenommen sei und auf erfinderischer Tätigkeit beruhe. Das Gericht kam sodann zum Schluss, die Ausführungen der Beklagten würden sämtliche Merkmale des eingeschränkten Hauptanspruchs wortsinngemäss verwirklichen.
C.
Mit Beschwerde in Zivilsachen stellte die Beklagte das Rechtsbegehren, das Teilurteil des Bundespatentgerichtes vom 18. Dezember 2018 mit Berichtigung vom 24. Januar 2019 sei aufzuheben und die Klage sei vollumfänglich abzuweisen, eventualiter sei die Sache zu neuem Entscheid an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Mit Urteil 4A_70/2019 vom 6. August 2019 (teilweise publiziert in <ref-ruling>) hiess das Bundesgericht die Beschwerde teilweise gut, hob das Urteil des Bundespatentgerichts vom 18. Dezember 2018 auf und wies die Sache an die Vorinstanz zurück.
D.
Mit Teilurteil vom 17. Dezember 2019 wies das Bundespatentgericht prozessuale Anträge der Klägerin ab und bestätigte im Übrigen das Dispositiv des Teilurteils vom 18. Dezember 2018.
E.
Mit Beschwerde in Zivilsachen beantragt die Beklagte, das Teilurteil des Bundespatentgerichts vom 17. Dezember 2019 sei aufzuheben und die Klage sei abzuweisen, eventualiter sei die Sache zu neuem Entscheid an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Die Beschwerdegegnerin beantragt die Abweisung der Beschwerde. Die Vorinstanz hat auf eine Vernehmlassung verzichtet.
Die Parteien haben unaufgefordert repliziert und dupliziert.

Erwägungen:
1.
Die Beschwerde betrifft eine Zivilsache (<ref-law>), sie richtet sich gegen einen Entscheid des Bundespatentgerichts (<ref-law>), mit dem über einen Teil der objektiv gehäuften, unabhängigen Begehren endgültig entschieden worden ist (<ref-law>; zur Anfechtbarkeit eines selbstständigen Teilentscheides, vgl. Urteil 4A_269/2017 vom 20. Dezember 2017 E. 1.2, nicht publ. in <ref-ruling>), die Beschwerdeführerin ist mit ihren Begehren nicht vollständig durchgedrungen (<ref-law>), ein Streitwert ist nicht erforderlich (<ref-law>) und die Beschwerdefrist ist eingehalten (Art. 100, 46 Abs. 1 lit. c BGG). Auf die Beschwerde ist unter Vorbehalt hinreichend begründeter Rügen (Art. 42 Abs. 2, 106 Abs. 2 BGG) einzutreten.
2.
2.1. Im Urteil 4A_70/2019 vom 6. August 2019 führte das Bundesgericht aus, das Bundespatentgericht habe Bundesrecht verletzt, indem es der Beschwerdegegnerin ermöglichte, (wenigstens) zur Frage der Patentgültigkeit dreimal unbeschränkt Tatsachen und Beweismittel vorzutragen und gestützt darauf namentlich ihre Patentansprüche neu zu formulieren, ohne zu prüfen, ob die fraglichen Noven ausnahmsweise nach <ref-law> zulässig gewesen seien (E. 2.4). Da die vom Bundespatentgericht als neuheitsschädlich erachtete japanische Patentschrift JP yyy (Entgegenhaltung E10) erst in der Duplik formell ins Verfahren eingebracht wurde, sei sie als Novum zu betrachten. Ob die Beschwerdegegnerin zur Entgegnung dieses Novums ihrerseits eine als unechtes Novum aufzufassende Einschränkung ihres Patentanspruches vornehmen durfte, beurteile sich nach <ref-law>. Nachzuweisen sei insbesondere, dass das als Reaktion auf Dupliknoven vorgebrachte unechte Novum trotz zumutbarer Sorgfalt nicht vor Aktenschluss hätte ins Verfahren eingebracht werden können. Damit der klagenden Partei dieser Sorgfaltsnachweis gelinge, sei immerhin unabdingbar, dass das Dupliknovum für diese Noveneingabe kausal sei. Erforderlich sei einerseits, dass (erst) die Dupliknoven das Vorbringen der unechten Noven veranlasst habe, andererseits dass die unechten Noven in technischer bzw. thematischer Hinsicht als Reaktion auf die Dupliknoven aufzufassen seien. Das Bundespatentgericht hätte folglich prüfen sollen, ob zwischen der in der Duplik eingebrachten japanischen Patentschrift JP yyy (E10) und der verbalen Einschränkung des Klagepatents ein Kausalzusammenhang bestehe, d.h. ob die Einschränkung spezifisch durch das Dupliknovum E10 veranlasst worden sei (E. 2.5). Ihm wurde die Sache zur Beurteilung dieser Frage zurückgewiesen.
2.2. Infolge des Rückweisungsentscheides prüfte das Bundespatentgericht, ob das Dokument E10 für die verbale Einschränkung des Patentanspruches kausal gewesen sei. Dies bejahte es. Zunächst führte es aus, das Dupliknovum E10 sei nicht vorhersehbar gewesen. Weiter erkannte es, dass die Beschwerdegegnerin durch das Dupliknovum E10 zur verbalen Einschränkung des Patentanspruches veranlasst worden sei. Die Einschränkung des geltend gemachten Anspruchs in der Stellungnahme zur Duplik sei sodann in technischer und thematischer Hinsicht als Reaktion auf die Dupliknoven, insbesondere auf das Dupliknovum E10 und ohne Verzug im Sinne von <ref-law> erfolgt.
3.
3.1. Nach einem Rückweisungsentscheid des Bundesgerichts sind sowohl dieses selbst als auch die Vorinstanz (en) an die rechtliche Beurteilung, mit der die Rückweisung begründet wurde, gebunden. Wegen dieser Bindung der Gerichte ist es ihnen wie auch den Parteien, abgesehen von allenfalls zulässigen Noven, verwehrt, der Beurteilung des Rechtsstreits einen anderen als den bisherigen Sachverhalt zu unterstellen oder die Sache unter rechtlichen Gesichtspunkten zu prüfen, die im Rückweisungsentscheid ausdrücklich abgelehnt oder überhaupt nicht in Erwägung gezogen worden waren (<ref-ruling> E. 2 mit Hinweisen).
3.2.
3.2.1. Gemäss dem Rückweisungsentscheid vom 6. August 2019 wurde die Sache an die Vorinstanz zurückgewiesen damit sie nur, aber immerhin, die Frage des Kausalzusammenhanges zwischen dem Dupliknovum E10 und der verbalen Einschränkung prüft. Der Beschwerdeführerin kann demnach nicht gefolgt werden, wenn sie - mit wiederholtem Hinweis darauf, dass das (erste) Teilurteil des Bundespatentgerichts mit dem Urteil des Bundesgerichts aufgehoben worden sei - ausführt, die Vorinstanz hätte "alle gerügten Mängel des ersten Verfahrens" beheben müssen. Aufgrund der erwähnten Bindungswirkung besteht auch im vorliegenden Verfahren kein Anspruch auf die erneute Beurteilung von Punkten, über die das Bundesgericht im Rückweisungsentscheid bereits entschieden hat. Zu beurteilen sind - neben der umstrittenen Frage des Kausalzusammenhanges (s. unten E. 4) - einzig die in der Beschwerde vom 1. Februar 2019 gehörig vorgebrachten Punkte, die das Bundesgericht im Urteil vom 6. August 2019 unbeurteilt liess.
3.2.2. Das Bundesgericht erwog in E. 2.5.3 des Rückweisungsentscheides, der Umstand, dass die Beschwerdegegnerin die Einschränkung der Patentansprüche bereits in der sog. ergänzenden Replik - also noch bevor die vorerwähnte japanische Patentschrift formell ins Verfahren eingebracht wurde - vornahm, sei bei der Prüfung des Kausalzusammenhangs ohne Belang. Die Beschwerdeführerin setzt sich darüber hinweg, wenn sie im ersten Teil ihrer Beschwerde an mehreren Stellen vorbringt, die verbale Einschränkung der Beschwerdegegnerin in der Stellungnahme zur Duplik stelle bloss die Wiederholung der Einschränkung der Patentansprüche in der ergänzenden Replik dar, und versucht, daraus etwas zu ihrem Gunsten abzuleiten. Aufgrund der Bindung des Bundesgerichts an den eigenen Rückweisungsentscheid können diese Vorbringen im vorliegenden Verfahren nicht berücksichtigt werden.
3.2.3.
3.2.3.1. Im Rückweisungsentscheid hielt das Bundesgericht in Bezug auf die in der (ersten) Beschwerde der Beschwerdeführerin eventualiter vorgebrachten Rügen (willkürliche Auslegung von technischen Begriffen, Verweigerung des rechtlichen Gehörs, Verletzung des Patentrechts und des Verhandlungsgrundsatzes) fest, dass diese infolge der Aufhebung des Teilurteils vom 18. Dezember 2018 aus anderen Gründen nicht zu behandeln seien. Immerhin führte es aus, dass diese Rügen prima facie unbegründet seien. Dies hindert die Beschwerdeführerin nicht daran, diese Rügen im zweiten Teil ihrer (neuen) Beschwerde erneut vorzutragen, wobei sie ihre Beschwerde vom 1. Februar 2019 diesbezüglich wörtlich übernimmt [Beschwerde, Rz. 100-120].
3.2.3.2. Wie die Beschwerdeführerin selber erkennt, stützen sich ihre Rügen nicht auf den von der Vorinstanz festgestellten Sachverhalt.
Das Bundespatentgericht stellte fest, dass die Verbindungen von den Anschlussstellen zum Innern des ersten/zweiten Gehäuseteils durch die Flanschdruckflächen verlaufen. Demgegenüber bringt die Beschwerdeführerin vor, dass bei den angegriffenen Ausführungsformen durch die Flanschdruckflächen keine Verbindungen verlaufen. Inwiefern die vorinstanzliche Sachverhaltsfeststellung offensichtlich unhaltbar sein soll, legt sie dabei nicht dar. Der Vorinstanz wirft sie im Wesentlichen vor, auf Abbildung 13 ("Bild 15") abgestellt zu haben, obwohl diese Abbildung unbestrittenerweise bereits mit der Klage eingereicht wurde. Dass die Beschwerdeführerin zu diesem Bild nicht Stellung hätte nehmen können, ist weder dargetan noch ersichtlich. Ihre Ausführungen zum Verhandlungsgrundsatz sind haltlos, wurde doch die Abbildung von einer der Verfahrensparteien und nicht vom Bundespatentgericht in den Prozess eingebracht. Dass auf die entsprechende Beilage bzw. sogar auf das Bild selbst im Prozess Bezug genommen wurde, zeigt die Beschwerdegegnerin in der Beschwerdeantwort detailliert auf, was die Beschwerdeführerin in der Replik nicht bestreitet.
Die Beschwerdeführerin bringt vor, die Vorinstanz habe in willkürlicher Weise die Anspruchsmerkmale j und k (Patentanspruch 10) in der streitgegenständlichen Ausführung als erfüllt angesehen, in der Entgegenhaltung 1 (US 6'585'662 B1, E1) - trotz technischer Übereinstimmung aus Sicht der Definition der Flanschdruckfläche - hingegen nicht. Dabei verkennt sie, dass nach ständiger Rechtsprechung des Bundesgerichts Willkür in der Rechtsanwendung nur dann vorliegt, wenn der angefochtene Entscheid offensichtlich unhaltbar ist, mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht, eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz krass verletzt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft. Dass eine andere Lösung ebenfalls als vertretbar oder gar zutreffender erscheint, genügt nicht (<ref-ruling> E. 2.1 mit Hinweis). Die Beschwerdeführerin beschränkt sich darauf, Ähnlichkeiten zwischen der streitgegenständlichen Ausführung und der E10 aufzuzeigen. Sie führt etwa aus, dass sowohl bei der E1 wie bei der angegriffenen Ausführungsform die Flanschdruckflächen als Teil des Flansches im Sinne der vorinstanzlichen Definition der Flanschdruckfläche dem Gehäuseteil angeformt seien. Dass es offensichtlich unhaltbar wäre, von der Nichtübereinstimmung der Ausführungsvarianten in technischer Hinsicht auszugehen, wird damit jedoch noch nicht dargetan.
In Zusammenhang mit dem gerügten Verzicht auf die Befragung von C._ als Zeuge legt die Beschwerdeführerin nicht dar, welche bezeugenden Tatsachen nur Herr C._ als angeblicher Miterfinder der E1 unmittelbar wahrgenommen haben soll (vgl. WEIBEL/WALZ, in: Sutter-Somm/Hasenböhler/Leuenberger, Kommentar zur Schweizerischen Zivilprozessordnung, N 3 zu <ref-law>, wonach ein sachverständiger Zeuge unersetzbar sei). Das ihres Erachtens erforderliche Fachwissen in Bezug auf E1 hätte durch die Abnahme eines Gutachtens (<ref-law>) eingeholt werden können. Einen entsprechenden Beweisantrag stellte die Beschwerdeführerin jedoch soweit ersichtlich nicht bzw. belegt sie in der Beschwerde nicht.
4.
Die Beschwerdeführerin kritisiert die Ausführungen des Bundespatentgerichts in Bezug auf den Kausalzusammenhang zwischen den Dup liknoven und der verbalen Einschränkung der Patentansprüche.
4.1. Sie beanstandet zunächst, dass die Vorinstanz infolge des bundesgerichtlichen Rückweisungsentscheides keinen Schriftenwechsel angeordnet hat.
Sie rügt eine willkürliche Sachverhaltsfeststellung sowie eine Verletzung der Verhandlungsmaxime. Sie bringt vor, die verbale Einschränkung sei für E10 und die übrigen Dupliknoven ursächlich gewesen und nicht umgekehrt, sei diese doch bereits in der ergänzenden Replik vorgenommen worden. Sie kritisiert die vorinstanzlichen Ausführungen in Bezug auf die Frage der Voraussehbarkeit der Dupliknoven. Eine isolierte Betrachtung der Voraussehbarkeit der E10, ohne andere Entgegenhaltungen bzw. den Stand der Technik in die Betrachtung einzubeziehen, sei falsch. Relevant sei nicht nur die Vorhersehbarkeit einer einzelnen Entgegenhaltung, sondern vielmehr die "Voraussehbarkeit, wie der Anspruch des Streitpatentes aus Sicht der Klägerin formuliert werden kann, dass es gegenüber dem Stand der Technik insgesamt standhält ". Da die Beschwerdegegnerin ausdrücklich dargelegt habe, sie habe von Beginn des Prozesses an den Wortlaut der notwendigen abgegrenzten Anspruchsfassung gekannt, könne eine konkrete - im Prozessverlauf später eingeführte - Entgegenhaltung nie spezifisch kausal für eine verbale Einschränkung sein. Es lasse sich nicht sagen, dass die E10 die Einschränkung verursacht habe. Die Beschwerdegegnerin habe sich immer auf den Standpunkt gestellt, die verbale Einschränkung stehe bereits seit Klageanhebung fest und habe sich schon bereits vor der Duplik zu einer identischen Einschränkung veranlasst gesehen. Zudem habe das Bundespatentgericht zu Unrecht die Einschränkung als unverzüglich erachtet, obwohl zwischen Kenntnis der Noven und Reaktion 25 Tage verstrichen seien. Dass die Vorinstanz der Beschwerdegegnerin eine Frist zur Stellungnahme ansetzte und diese nach Aktenschluss gar erstreckte, enthebe die Beschwerdegegnerin nicht von ihrer Pflicht zur unverzüglichen Noveneingabe.
Die Beschwerdeführerin rügt im Weiteren einen Verstoss gegen den Grundsatz von Treu und Glauben und das Novenrecht sowie die Missachtung des Rückweisungsurteils. Dabei wiederholt sie mit Hinweis auf Auszüge aus den Rechtsschriften der Beschwerdegegnerin, dass diese während des ganzen Verfahrens die Auffassung vertreten habe, ihr sei der eingeschränkte Anspruch seit Klageanhebung bekannt. Die Vorinstanz habe sich zu Unrecht darauf beschränkt, aufzuzeigen, dass die Beschwerdegegnerin ihren eingeschränkten Anspruch u.a. auch der E10 gegenübergestellt habe. Dies genüge jedoch nicht, würde doch sonst jede im Stand der Technik enthaltene Entgegenhaltung die vom Bundesgericht festgesetzten Kriterien erfüllen. Das Bundespatentgericht dürfe nicht einerseits diese Kriterien so verallgemeinern, dass eine beliebige Entgegenhaltung diese erfülle und andererseits das Kriterium der Voraussehbarkeit spezifisch nur auf die E10 prüfen. Die blosse chronologische Reihenfolge der Dupliknoven und der (erneuten) verbalen Einschränkung reiche nicht aus, um die vom Bundesgericht statuierten Anforderungen zu erfüllen, weshalb das Bundespatentgericht den Rückweisungsentscheid missachtet habe. Die Beschwerdeführerin bringt weiter vor, die Vorinstanz habe die Eventualmaxime verletzt. Zum erneuten Male macht sie geltend, die Beschwerdegegnerin habe sich auf den Standpunkt gestellt, die verbale Einschränkung sei implizit schon aus der Klage hervorgegangen. Angesichts dessen habe sie gegen die Eventualmaxime verstossen, indem sie die verbale Einschränkung erst mit der ergänzenden Replik vorgenommen habe. In diesem Zusammenhang hebt sie Widersprüche im Verhalten der Beschwerdegegnerin hervor und rügteine Verletzung des Grundsatzes von Treu und Glauben.
Wie schon vor der Vorinstanz macht die Beschwerdeführerin geltend, bei der Einschränkung handle es sich um ein prozessuales Gestaltungsrecht, weshalb "die novenrechtlichen Voraussetzungen bzw. die spezifische Verursachung der Einschränkung durch Dupliknoven sowohl in Bezug auf die darin enthaltene Willenserklärung wie auch auf den der Willenserklärung zugrundeliegenden Sachverhalt " zu prüfen seien. Zudem sei es treuwidrig, ein Gestaltungsrecht erst nach Aktenschluss bzw. erst im Rechtsmittelverfahren auszuüben. Sie rügt im Übrigen eine Verletzung des Grundsatzes der Waffengleichheit zwischen den Parteien. Dabei bringt sie insbesondere vor, ihr sei im Anschluss an die Stellungnahme zur Duplik keine Frist für einen gleichwertigen Schriftsatz gesetzt worden. Obwohl die Beschwerdeführerin diese Asymmetrie gerügt habe, habe die Vorinstanz ihr einen zusätzlichen Schriftsatz verweigert, was einer Verletzung von Art. 8 Abs. 1 und Art. 29 Abs. 1 BV gleichkomme. Zuletzt macht sie geltend, das Bundespatentgericht habe ihr rechtliches Gehör verletzt. Sie bringt vor, das Bundespatentgericht habe im Anschluss an den Rückweisungsentscheid zu Unrecht die Vorbringen betreffend die Auslegung eines technischen Begriffs nicht berücksichtigt und das hierfür beantragte Beweismittel der Zeugenaussage nicht abgenommen. Die vom Bundesgericht nur prima facie geprüften Fragen seien noch von der Vorinstanz zu prüfen gewesen. Indem das Bundespatentgericht pauschal auf das eigene - aufgehobene - Urteil verwiesen habe, ohne diese Fragen zu behandeln, habe es seine Begründungspflicht verletzt.
4.2.
4.2.1. Sofern sich die Beschwerdeführerin auf den Umstand bezieht, dass die Beschwerdegegnerin die Einschränkung der Patentansprüche bereits in der sog. ergänzenden Replik vornahm, haben ihre Vorbringen - wie erwähnt (vgl. oben E. 3.2.2) - aufgrund der Bindung des bundesgerichtlichen Rückweisungsentscheides unberücksichtigt zu bleiben. Denn, wäre dies entscheidend gewesen, hätte eine Rückweisung unterbleiben können. Es kann daher auch offenbleiben, ob die Beschwerdeführerin im ersten Beschwerdeverfahren überhaupt entsprechende Vorbringen erhob. Dies gilt im Übrigen auch für die Behauptung, die Beschwerdegegnerin habe sich immer auf den Standpunkt gestellt, die Einschränkung stehe "bereits seit Klageanhebung" fest [Beschwerde, insb. Rz. 32].
4.2.2.
4.2.2.1. Damit Dupliknoven als kausal für eine Noveneingabe erachtet werden, ist erforderlich, dass einerseits (erst) die Dupliknoven das Vorbringen der unechten Noven veranlasst haben, andererseits dass die unechten Noven in technischer bzw. thematischer Hinsicht als Reaktion auf die Dupliknoven aufzufassen sind (Rückweisungentscheid, E. 2.5.2). Wie erwähnt (vgl. oben, E. 2.2), hat die Vorinstanz im angefochtenen Entscheid geprüft, ob diese Kriterien erfüllt sind. Dabei führte sie insbesondere aus, eine Betrachtung der spezifischen Argumentation der Beschwerdegegnerin in der Stellungnahme zur Duplik zeige, dass die verbale Einschränkung - d.h. die Kombination des erteilten unabhängigen Anspruchs 1 mit den von ihm abhängigen Ansprüchen 4 und 10 - als spezifische Reaktion auf E10 erfolgt sei. Genau die zusätzlichen Merkmale i), j) und k), durch welche der eingeschränkte Patentanspruch sich von der erteilten Fassung unterscheide, seien durch das Dokument E10 nicht offenbart. Folglich seien "genau jene abhängigen Ansprüche in ihrer Kombination von Dokument E10 abgegrenzt, die mit dem unabhängigen Anspruch 1 kombiniert werden", was insbesondere die wiederholte spezifische Bezugnahme auf E10 in der Begründung der Beschwerdegegnerin für die Einschränkung zeige [angefochtener Entscheid, insb. Rz. 17].
4.2.2.2. Die Beschwerdeführerin vermag die Erwägungen der Vorinstanz nicht als bundesrechtswidrig darzutun. Sie rügt die isolierte Betrachtung der E10, ohne dass andere Elemente in die Betrachtung einbezogen worden seien. Welche anderen konkreten Elemente in die Prüfung zwingend hätten einbezogen werden müssen, legt sie hingegen nicht dar. Ihr pauschaler Hinweis auf "andere Entgegenhaltungen" bzw. auf den "Stand der Technik" ist dabei unbehelflich. Weshalb eine "beliebige Entgegenhaltung" nach dem angefochtenen Teilurteil die an den Kausalzusammenhang gestellten Anforderungen erfüllen würde, ist nicht ersichtlich. Weiter vermögen die - nicht leicht nachvollziehbaren - Ausführungen der Beschwerdeführerin zur Ausübung eines prozessualen Gestaltungsrechts nicht darüber hinwegzutäuschen, dass es vorliegend einzig um die Prüfung der Zulässigkeit der Einschränkung als Novum im Sinne von <ref-law> geht, die vorliegend keine Unterscheidung zwischen der Einschränkung des Patentanspruches und der entsprechenden Willenserklärung erfordert. Zuletzt liegt keine Verletzung des Anspruches der Beschwerdeführerin auf rechtliches Gehör vor, da das Bundespatentgericht infolge des Rückweisungsentscheides ausschliesslich die Frage des Kausalzusammenhangs zu behandeln hatte (vgl. oben E. 3. 2.1). Die Ausführungen der Beschwerdeführerin zum Grundsatz der Waffengleichheit sind unbeachtlich, erhob sie doch keine entsprechende Rüge innerhalb der Beschwerdefrist nach dem Teilurteil vom 18. Dezember 2018. Im Rahmen ihrer Ausführungen zur Waffengleichheit in ihrer Beschwerde vom 1. Februar 2019 rügte sie in der Tat nicht, im Anschluss an die Stellungnahme zur Duplik sei ihr keine Frist für einen gleichwertigen Schriftsatz gesetzt worden.
4.2.3. Zur Frage der Rechtzeitigkeit der Einschränkung ist der Vorinstanz darin beizupflichten, dass in der Lehre kontrovers diskutiert wird, was unter "ohne Verzug" im Sinne <ref-law> zu verstehen ist. Umstritten ist insbesondere die Frage, ob Noven immer unverzüglich nach deren Entdeckung in einer unaufgeforderten Eingabe eingebracht werden müssen oder ob damit bis zum Beginn der Hauptverhandlung zugewartet werden darf (vgl. dazu z.B. HUNSPERGER/WICKI, Fallstricke des Replikrechts im Zivilprozess - eine Replik, in: AJP 2017, S. 453 ff. S. 455 f. und insb. FN 12). Fraglich ist in diesem Zusammenhang, ob das Zurückbehalten eines Novums bis zur Hauptverhandlung, die u.U. Wochen oder gar Monate nach der Novenentdeckung stattfindet, sich mit dem Grundsatz von Treu und Glauben vereinbaren lässt. Wie die Vorinstanz richtig ausführt, muss in casu jedoch beachtet werden, dass der Klägerin zusammen mit der Zustellung der Duplik mit Schreiben vom 9. Juni 2017 eine Frist bis zum 26. Juni 2017 zur Stellungnahme angesetzt wurde, die angesichts der zahlreichen neuen Vorbringen in der Duplik bis zum 7. Juli 2017 erstreckt wurde. Die Beschwerdegegnerin hat unbestrittenerweise ihr Novum innerhalb der - erstreckten - richterlichen Frist zur Stellungnahme eingebracht. Die Bedenken der Vorinstanz, wonach eine Verpflichtung zur sofortigen Reaktion unabhängig von einer laufenden längeren richterlichen Frist zur Stellungnahme zu einem separaten unfruchtbaren "Novenschriftenwechsel" führen könnte, sind berechtigt. Angesichts dessen hat das Bundespatentgericht kein Bundesrecht verletzt, indem es eine separate sofortige Noveneingabe in casu für nicht erforderlich hielt.
4.2.4. Die gegen das angefochtene Teilurteil erhobenen Rügen erweisen sich folglich als unbegründet. Die vorinstanzliche Prüfung des Kausalzusammenhanges ist nicht zu beanstanden. Entgegen der Ansicht der Beschwerdeführerin ist nicht ersichtlich, weshalb das Bundespatentgericht einen weiteren Schriftenwechsel hätte anordnen müssen, verfügte es doch über sämtliche Elemente, um über die Frage der Zulässigkeit der verbalen Einschränkungen aus prozessualer Sicht zu entscheiden.
5.
Die Beschwerde ist abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Die Beschwerdeführerin wird kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 Abs. 1 und 68 Abs. 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 20'000 werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3.
Die Beschwerdeführerin hat die Beschwerdegegnerin mit Fr. 22'000 für das bundesgerichtliche Verfahren zu entschädigen.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Bundespatentgericht schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 17. Juni 2020
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Kiss
Der Gerichtsschreiber: Curchod