Sachverhalt:
A._ und B._ sind die Eltern des 2007 geborenen Sohnes C._.
Im Zusammenhang mit dem Umstand, dass C._ nicht mehr bei der Mutter leben bzw. nach den Besuchswochenenden nicht mehr zu ihr zurück wollte, eröffnete die KESB Basel-Stadt ein Kindesschutzverfahren. Nach Abklärungen entzog sie der Mutter mit Entscheid vom 18. Juli 2019 vorsorglich das Aufenthaltsbestimmungsrecht über C._, brachte diesen beim Vater unter und errichtete eine Erziehungsbeistandschaft, alles befristet bis zum 18. November 2019.
Hiergegen erhob die Mutter beim Appellationsgericht Basel-Stadt Beschwerde. Mit Verfügung vom 15. August 2019 stellte das Appellationsgericht diese zur Vernehmlassung zu, setzte Frist zur Leistung eines Kostenvorschusses und hielt mit kurzer Begründung fest, dass es keinen Anlass gebe, die entzogene aufschiebende Wirkung wieder herzustellen.
Mit Beschwerde vom 26. September 2019 (Postaufgabe 27. September 2019), in welcher sie auf über 20 Seiten die Sache aus ihrer Sicht schildert, wendet sich die Mutter an das Bundesgericht.

Erwägungen:
1.
Die angefochtene Verfügung vom 15. August 2019 wurde der Beschwerdeführerin am 20. August 2019 zugestellt. Die 30-tägige Beschwerdefrist von <ref-law> begann somit am 21. August 2019 zu laufen und endete am 19. September 2019. Die Beschwerdeführerin beruft sich auf die Verfügung des Appellationsgerichts vom 3. September 2019, mit welcher "die in der Verfügung vom 15. August 2019 gesetzte Frist letztmals bis 27. September 2019 erstreckt" wurde. Dies bezieht sich indes auf die richterlich gesetzte und in der Verfügung vom 15. August 2019 ausdrücklich als erstreckbar erklärte Frist zur Leistung des Kostenvorschusses. Die Beschwerdefrist ist damit nicht gemeint und davon auch nicht erfasst. Sie beginnt mit der Zustellung zu laufen und ist als gesetzliche Frist nicht erstreckbar (vgl. <ref-law>). Auf die erst am 27. September 2019 der Post übergebene Beschwerde ist mithin zufolge abgelaufener Beschwerdefrist nicht einzutreten.
2.
Im Übrigen könnte auf die Beschwerde auch insofern nicht eingetreten werden, als sich die Beschwerdeführerin ausschliesslich in der Sache äussert. Die Verfügung vom 15. August 2019 betrifft aber einzig den Kostenvorschuss und die Frage der aufschiebenden Wirkung. In der Sache selbst ist noch gar kein Entscheid des Appellationsgerichtes ergangen.
3.
Nach dem Gesagten ist auf die Beschwerde im vereinfachten Verfahren nach <ref-law> nicht einzutreten.

Demnach erkennt der Präsident:
1.
Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2.
Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
3.
Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin, der KESB Basel-Stadt und dem Appellationsgericht Basel-Stadt schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 2. Oktober 2019
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Herrmann
Der Gerichtsschreiber: Möckli