Faits :
A.
A.a. Le 25 août 2011, A._, né en 1977, a été victime d'un accident de la circulation alors qu'il rentrait à son domicile. A l'époque, il était employé en qualité de monteur en chauffage au service de la société B._ SA et assuré, à ce titre, contre le risque d'accidents auprès de la Caisse nationale suisse d'assurance en cas d'accidents (CNA).
La CNA a pris en charge le traitement médical lié aux atteintes accidentelles et alloué à A._ une indemnité journalière partielle de 59 fr. 15 dans l'attente du résultat de ses investigations. Le prénommé s'est plaint à plusieurs reprises du fait que le montant versé était trop bas. Dans une communication du 20 juillet 2012, l'assureur-accidents l'a informé qu'il avait droit à une indemnité journalière s'élevant à 118 fr. 30 par jour calendaire dès le 28 août 2011.
Le 31 août 2012, la CNA a rendu une décision par laquelle elle a mis fin aux prestations d'assurance à compter du même jour. L'assuré a formé opposition contre cette décision, en critiquant entre autres le montant de l'indemnité journalière reconnu dans la communication du 20 juillet 2012. Il estimait avoir droit à un montant de 120 fr. 80. La CNA a écarté l'opposition le 5 février 2013. Au considérant 2 de sa décision, elle a déclaré ne pas entrer en matière sur le calcul de l'indemnité journalière car la conclusion y relative sortait de l'objet de la contestation, ajoutant ce qui suit: "La Suva Lausanne est priée de se pencher sur cette question et de répondre à l'avocate [de l'assuré]." Cette décision sur opposition a été confirmée par la Cour des assurances sociales du Tribunal cantonal vaudois (jugement du 17 juillet 2015), puis par le Tribunal fédéral (arrêt du 11 juillet 2016; cause 8C_763/2015).
A.b. Par lettre du 23 septembre 2014, A._ a demandé à la CNA de réexaminer le montant de l'indemnité journalière qu'elle lui avait versé du 28 août 2011 au 31 août 2012, se référant au contrat de mission qu'il avait signé le 12 septembre 2011 avec B._ SA. Par décision du 15 décembre 2014, la CNA, agence de Lausanne, a rejeté les arguments présentés et confirmé le bien-fondé du calcul effectué à l'époque. Saisie d'une opposition du prénommé, la CNA l'a écartée dans une nouvelle décision du 6 février 2015. En bref, elle a retenu que la communication du 20 juillet 2012 fixant le montant de l'indemnité journalière due était entrée en force de chose décidée, l'assuré ayant laissé s'écouler 26 mois avant de s'en plaindre, et que ce dernier ne pouvait par ailleurs se prévaloir d'aucun motif de révision de celle-ci.
B.
L'intéressé a déféré cette dernière décision à la Cour des assurances sociales du Tribunal cantonal vaudois qui a rejeté le recours, par juge-ment du 27 mars 2018.
C.
A._ interjette un recours en matière de droit public contre ce jugement, dont il requiert l'annulation. Il conclut au renvoi de la cause à la cour cantonale afin qu'elle "examine les arguments au fond du recourant tels qu'ils ressortent de son opposition du 2 février 2015 et rende un nouveau jugement". Il sollicite également l'assistance judiciaire.
La CNA renonce à déposer une réponse et renvoie au jugement entre-pris. L'Office fédéral de la santé publique ne s'est pas déterminé.

Considérant en droit :
1.
Le recours est dirigé contre un arrêt final (<ref-law>) rendu en matière de droit public (<ref-law>) par une autorité cantonale de dernière instance (art. 86 al. 1 let. d LTF). Il a été déposé dans le délai (<ref-law>) et la forme (<ref-law>) prévus par la loi. Il est donc recevable.
2.
En tant que le jugement attaqué confirme le refus de la CNA de réexaminer sa position sur le montant de l'indemnité journalière communiquée à l'assuré le 20 juillet 2012, le litige ne porte pas comme tel sur l'octroi ou le refus de prestations en espèces. Le Tribunal fédéral est donc lié par les faits établis par l'autorité précédente (art. 97 al. 2 et 105 al. 3 LTF a contrario) et ne peut s'en écarter que si ces faits ont été établis en violation du droit ou de façon manifestement inexacte - à savoir arbitraire (<ref-ruling> consid. 2 p. 117; <ref-ruling> consid. 5.1 p. 356).
3.
3.1. En l'espèce, à l'instar de la CNA, la cour cantonale a considéré que la communication du 20 juillet 2012 portant sur les indemnités journalières et rendue selon la procédure simplifiée de l'<ref-law> [RS 830.1] était entrée en force au moment où l'assuré a sollicité un réexamen du calcul de la prestation par lettre du 23 septembre 2014. Elle a constaté que celui-ci avait certes contesté le montant précité dans son opposition contre la décision de suppression des prestations de la CNA du 31 août 2012, mais que la situation était ensuite restée au point mort jusqu'au 23 septembre 2014. Toujours selon la cour cantonale, pour des motifs de sécurité du droit et d'équité, l'assuré aurait été tenu de réclamer le prononcé d'une décision formelle dans un délai raisonnable. En restant inactif pendant une durée de deux ans, l'intéressé avait manifestement excédé le seuil d'un délai convenable. Ceci constaté, elle a examiné si les conditions d'une révision procédurale (<ref-law>) ou d'une reconsidération (<ref-law>) de la décision informelle du 20 juillet 2012 étaient remplies, ce qu'elle a nié.
3.2. Le recourant invoque une violation des art. 49 al. 1 et 51 al. 2 LPGA. Par son opposition du 2 octobre 2012, il avait signifié à la CNA son désaccord avec le montant des indemnités journalières dans un délai convenable. Dans la mesure où celle-ci avait mentionné, dans la décision rendue sur opposition le 5 février 2013, que l'agence de Lausanne était priée de se pencher sur cette question et de répondre, il pouvait légitimement partir du principe que la CNA examinerait à nouveau son droit aux indemnités journalières. C'était donc à tort que la cour cantonale lui reprochait une inaction. Ce reproche devait être fait à la CNA qui ne lui avait pas répondu. Dans ces conditions, la communication du 20 juillet 2012 n'était pas entrée en force et la CNA n'était pas fondée à examiner la seconde opposition qu'il avait formée sous l'angle des conditions posées à la révision procédurale.
4.
4.1. Aux termes de l'<ref-law>, les prestations, créances ou injonctions qui ne sont pas visées à l'art. 49 al. 1 peuvent être traitées selon une procédure simplifiée. Les indemnités journalières de l'assurance-accidents peuvent faire l'objet d'une telle procédure simplifiée (cf. <ref-law> a contrario; SVR 2009 UV n° 21 p. 78 consid. 3.2 [arrêt 8C_ 99/2008 du 26 novembre 2008]). La prise de position de l'assureur selon cette procédure informelle n'est pas susceptible d'opposition ou de recours. Les droits de l'assuré sont garantis par la possibilité d'exiger qu'une décision formelle soit rendue (<ref-law>) (cf. VALÉRIE DÉFAGO GAUDIN, in Commentaire romand, Loi sur la partie générale des assurances sociales, [Dupont/Moser-Szeless éd.], 2018, n. 9 ad. <ref-law>).
4.2. Une communication effectuée conformément au droit sous la forme simplifiée de l'<ref-law> peut produire les mêmes effets qu'une décision entrée en force si l'assuré n'a pas, dans un délai d'examen et de réflexion convenable, manifesté son désaccord avec la solution adoptée par l'assureur social et exprimé sa volonté que celui-ci statue sur ses droits dans un acte administratif susceptible de recours (cf. <ref-ruling> consid. 5.2 p. 150 s.; <ref-ruling> consid. 1.2.2 p. 111). En présence d'une telle réaction de l'assuré, l'assureur a l'obligation de statuer par une décision formelle selon l'art. 49 (cf. <ref-law>). Si ce dernier ne rend pas de décision, le recours pour déni de justice est ouvert (<ref-law>). En matière d'indemnités journalières, la jurisprudence du Tribunal fédéral a fixé le délai d'examen et de réflexion convenable à 3 mois ou 90 jours à compter de la communication d'un décompte d'indemnité journalière (SVR 2007 AlV n° 24 p. 75, consid. 3.2 [arrêt C 119/06 du 24 avril 2007]; arrêt 8C_14/2011 du 13 avril 2011, consid. 5).
5.
En l'occurrence, dans la présente constellation, on ne saurait opposer au recourant l'entrée en force de la communication du 20 juillet 2012 au motif qu'il n'aurait pas réclamé de décision formelle au sens de l'<ref-law> dans un délai raisonnable. On doit en effet considérer qu'il entendait obtenir une telle décision en contestant le mon-tant de l'indemnité journalière dans l'opposition qu'il a formée le 2 octobre 2012 contre la décision de suppression des prestations du 31 août 2012. La CNA l'a d'ailleurs compris ainsi puisqu'elle a indiqué dans sa décision sur opposition du 5 février 2013 que l'agence de Lausanne était priée de répondre à l'assuré sur la question du montant de l'indemnité journalière, autrement dit de se prononcer à cet égard. C'est de manière arbitraire que la cour cantonale a passé sous silence ce fait qui est décisif. On relèvera également que le recourant a respecté le délai de 90 jours prévu par la jurisprudence pour contester une communication rendue selon la procédure simplifiée de l'<ref-law>. A partir de là, la CNA, soit pour elle l'agence de Lausanne, avait l'obligation de statuer, peu importe le procédé discutable suivi par le recourant qui a critiqué en un seul acte la communication informelle du 20 juillet 2012 et la décision formelle du 31 août 2012. Il s'ensuit que, contrairement à ce qu'a retenu la cour cantonale, la communication en cause n'était pas entrée en force de chose décidée au moment où le recourant a relancé la CNA par lettre du 23 septembre 2014. Comme il le fait valoir à juste titre, la CNA devait entrer en matière sur les arguments qu'il a présentés dans son écriture d'opposition du 2 février 2015 et examiner sur le fond la question du montant de l'indemnité journalière à laquelle il a droit du 28 août 2011 au 31 août 2012.
Le recours se révèle par conséquent bien fondé. Le jugement attaqué et la décision sur opposition du 6 février 2015 doivent être annulés et la cause renvoyée à la CNA pour qu'elle rende une nouvelle décision sur opposition au sens de ce qui précède.
6.
L'intimée, qui succombe, supportera les frais judiciaires (<ref-law>) et versera une indemnité de dépens au recourant (<ref-law>). La demande d'assistance judiciaire est dès lors sans objet.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est admis en ce sens que le jugement de la Cour des assurances sociales du Tribunal cantonal vaudois du 27 mars 2018 et la décision sur opposition de la CNA du 6 février 2015 sont annulés. La cause est renvoyée à l'assureur-accidents pour qu'il rende une nouvelle décision sur opposition.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 800 fr., sont mis à la charge de la CNA.
3.
L'intimée versera au recourant la somme de 2'800 fr. à titre de dépens pour la procédure fédérale.
4.
La cause est renvoyée à la Cour des assurances du Tribunal cantonal vaudois pour nouvelle décision sur les dépens de la procédure antérieure.
5.
Le présent arrêt est communiqué aux parties, à la Cour des assurances sociales du Tribunal cantonal vaudois et à l'Office fédéral de la santé publique.
Lucerne, le 16 mai 2019
Au nom de la Ire Cour de droit social
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Maillard
La Greffière : von Zwehl