Faits :
A.
Le 9 juillet 2010, le Service des contributions du canton du Jura a notifié à A.A._ et B.A._ un rappel leur impartissant un délai de 14 jours pour déposer leur déclaration d'impôt fédéral direct, cantonal et communal de la période fiscale 2009, à défaut de quoi une sommation leur serait envoyée.
Le 20 août 2010, une sommation leur a été envoyée, avec un ultime délai de 10 jours pour transmettre leur déclaration d'impôts 2009, faute de quoi ils seraient taxés d'office et une amende leur serait notifiée. Le 9 septembre 2010, la sommation du 20 août 2010, qui n'avait pas été retirée dans le délai de garde de 7 jours, a été retournée aux contribuables. Le 15 septembre 2010, le Service cantonal des contributions a accusé réception du dépôt, le 9 septembre 2010, de la déclaration d'impôts des contribuables et les a informés qu'ils seraient taxés d'office, puisque les documents avaient été transmis après la date fixée par sommation et ne pouvaient donc plus être pris en considération.
Par décision du 24 mai 2013, le Service cantonal des contributions a taxé d'office les contribuables, arrêté leur revenu imposable fédéral et cantonal à 460'000 fr., la fortune imposable à 0 fr. et leur a infligé une amende d'ordre de 2'000 fr. Par réclamation du 11 juin 2013, les contribuables se sont opposés au principe de la taxation d'office et ont joint à leurs écritures un récapitulatif de la déclaration d'impôt pour la période fiscale 2009 qu'ils avaient déposée le 9 septembre 2010 d'où il ressortait qu'ils avaient annoncé un revenu imposable de 131'314 fr pour l'impôt cantonal, de 123'080 fr. pour l'impôt fédéral direct et une fortune imposable de 2'235'167 fr. La réclamation a été rejetée par décision du 7 novembre 2014. Par décision du 26 octobre 2017, la Commission de recours en matière d'impôt du canton du Jura a annulé la décision sur réclamation du 7 novembre et renvoyé la cause pour nouvelle décision au sens des considérants.
Par décision sur réclamation du 15 décembre 2017, le Service cantonal des contributions a taxé d'office les contribuables, arrêté leur revenu imposable fédéral et cantonal à 460'000 fr., la fortune imposable à 2'235'000 fr. et leur a infligé une amende d'ordre de 2'000 fr.
Le 12 juillet 2018, la Commission cantonale de recours a partiellement admis le recours que les contribuables avaient déposé contre la décision sur réclamation du 15 décembre 2017, nouvellement fixé le revenu soumis à l'impôt fédéral direct et cantonal pour la période fiscale 2009 à 388'000 fr. et confirmé l'amende de 2'000 fr.
B.
Par arrêt du 25 mars 2019, le Tribunal cantonal du canton du Jura a annulé la décision rendue le 12 juillet 2018 par la Commission cantonale de recours du canton du Jura et renvoyé la cause au Service cantonal des contributions pour nouvelle décision de taxation ordinaire des contribuables. Ces derniers, qui s'étaient opposés au principe de la taxation d'office tant dans leur réclamation du 11 juin 2013, que dans leur recours du 11 décembre 2014 auprès de la Commission cantonale de recours, avaient été à tort taxés d'office. En effet, ils avaient remis au Service cantonal des contributions leur déclaration d'impôts le 9 septembre 2010, certes quelques jours après le délai fixé par sommation du 20 août 2010, mais, au moment de la taxation, le 24 mai 2013, soit presque 3 ans plus tard, le Service cantonal des contributions disposait de tous les documents nécessaires pour procéder à la taxation.
C.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public, le Service des contributions du canton du Jura demande au Tribunal fédéral de réformer l'arrêt rendu le 25 mars 2019 par le Tribunal cantonal du canton du Jura en ce sens que la décision du 12 juillet 2018 de la Commission cantonale de recours est confirmée en matière d'impôt fédéral direct et d'impôt cantonal. Il se plaint de l'établissement arbitraire des faits et de la violation du droit fédéral.
Les contribuables et le Tribunal cantonal du canton du Jura concluent au rejet du recours sous suite de frais et dépens. La Commission cantonale de recours du canton du Jura et l'Administration fédérale des contributions renoncent à déposer des observations. Le Service cantonal des contributions n'a pas répliqué.

Considérant en droit :
1.
1.1. La décision attaquée est une décision de renvoi. Le recours en matière de droit public est recevable contre les décisions qui mettent fin à la procédure (<ref-law>) ou contre les décisions partielles (<ref-law>). En revanche, en vertu de l'<ref-law>, les décisions incidentes notifiées séparément qui ne portent pas sur la compétence ou sur une demande de récusation ne peuvent faire l'objet d'un recours en matière de droit public que si elles peuvent causer un préjudice irréparable (let. a), ou si l'admission du recours peut conduire immédiatement à une décision finale qui permet d'éviter une procédure probatoire longue et coûteuse (let. b). Selon la jurisprudence, une autorité qui serait tenue, à la suite d'une décision de renvoi, de rendre une nouvelle décision qui, de son point de vue, serait contraire au droit, sans pouvoir par la suite la remettre en cause devant l'instance supérieure, est réputée subir un préjudice irréparable au sens de l'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 1.2 p. 109 s.; arrêt 2C_533/2013 du 21 mars 2014 consid. 1.2 et les références citées, non publié in <ref-ruling>). En l'espèce, l'arrêt attaqué renvoie la cause au Service des contributions et invite celui-ci, de manière contraignante, à rendre une nouvelle décision de taxation ordinaire par opposition à une taxation d'office, décision qu'il ne pourrait pas attaquer ensuite (<ref-ruling> consid. 5.2 p. 483 s.; arrêt 2C_742/2013 du 23 janvier 2014 consid. 2.4). Par conséquent, le recours du Service des contributions est recevable sous l'angle de l'<ref-law>.
1.2. Dirigé contre un arrêt rendu en dernière instance cantonale par un tribunal supérieur (art. 86 al. 1 let. d et al. 2 LTF), dans une cause de droit public (<ref-law>) ne tombant sous le coup d'aucune des exceptions prévues à l'<ref-law>, la voie du recours en matière de droit public est ouverte. L'art. 146 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD; RS 642.11) confirme du reste l'existence de cette voie de droit pour l'impôt fédéral direct. Cette voie de droit est aussi réservée par l'art. 73 al. 1 de la loi fédérale sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID; RS 642.14) s'agissant de matières harmonisées. Le recours a par ailleurs été déposé en temps utile (<ref-law>) et dans les formes prescrites (<ref-law>), par le Service cantonal des contributions, qui a qualité pour recourir (<ref-law> et 73 al. 2 LHID; art. 89 al.2 let. d LTF). Le présent recours est donc recevable.
2.
Invoquant l'<ref-law>, le recourant se plaint de l'établissement arbitraire des faits sans exposer en quoi la correction du vice qu'il dénonce aurait une influence sur l'issue du litige, de sorte que le grief est irrecevable. Au demeurant, il ressort expressément de l'arrêt attaqué que l'instance précédente a retenu que les contribuables avaient bien remis leur déclaration d'impôts quelques jours après le délai fixé par sommation. En précisant qu'il n'était pas exclu que le dépôt ait eu lieu dans le délai, l'instance précédente soulève une simple hypothèse qu'elle n'a pas utilisée pour rendre son arrêt.
I. Impôt fédéral direct
3.
Le recourant soutient que l'instance précédente a violé l'<ref-law> en lui déniant le droit de taxer d'office les contribuables qui n'avaient pas déposé leur déclaration dans le délai imparti par sommation.
3.1. En vertu de l'<ref-law>, l'autorité de taxation contrôle la déclaration d'impôt et procède aux investigations nécessaires (al. 1). Elle effectue la taxation d'office sur la base d'une appréciation consciencieuse si, malgré sommation, le contribuable n'a pas satisfait à ses obligations de procédure ou que les éléments imposables ne peuvent être déterminés avec toute la précision voulue en l'absence de données suffisantes. Elle peut prendre en considération les coefficients expérimentaux, l'évolution de fortune et le train de vie du contribuable (al. 2).
Outre la condition d'une sommation, l'<ref-law> prévoit deux conditions ouvrant la procédure de taxation d'office: 1) le contribuable n'a pas satisfait à ses obligations de procédure ou 2) les éléments imposables ne peuvent être déterminés avec toute la précision voulue en l'absence de données suffisantes. Une interprétation textuelle de cette disposition (conjonction " ou ") laisse entendre que ces deux conditions sont alternatives. En vertu d'une telle interprétation, la seule violation d'obligations de procédure suffirait pour que l'autorité de taxation soit habilitée à procéder à une taxation d'office (après sommation). Il ressort toutefois de la jurisprudence constante que le droit de procéder à une taxation d'office suppose fondamentalement qu'il existe, ou qu'il subsiste, après examen par l'autorité de taxation, une incertitude dans les faits qui empêche cette dernière de procéder à la taxation de manière complète et exacte (cf. arrêts 2C_544/2018 du 21 décembre 2018 consid. 3.3; 2C_679/2016 du 11 juillet 2017 consid. 4.1, in StE 2017 B 93.5 n°. 33; 2C_42/2017 du 20 janvier 2017 consid. 2.2; 2C_1101/2014 du 23 novembre 2015 consid. 3; 2C_683/2013 du 13 février 2014 consid. 5; 2C_554/2013 du 30 janvier 2014 consid. 2.5; 2C_273/2013 du 16 juillet 2013 consid. 3.4 in fine, in StE 2013 B 93.5 Nr. 27; 2C_1205/2012 du 25 avril 2013 consid. 2.2; 2C_ 279/2011 du 17 octobre 2011 consid. 2.2, in RF 67/2012 p. 59, traduit in RDAF 2012 II 283; 2C_203/2011 du 22 juin 2011 consid. 3.2, in RF 66/2011 p. 700). En d'autres termes, le fait que le contribuable ait violé des obligations de procédure n'ouvre pas le droit à procéder par taxation d'office, si l'autorité de taxation a pu par ailleurs établir d'office tous les éléments déterminants pour effectuer à la taxation (cf. dans le même sens notamment ZWEIFEL/ CASANOVA/ BEUSCH/ HUNZIKER, Schweizerisches Steuerverfahrensrecht, Direkte Steuern, 2e éd. 2018, p. 282 § 10; MARTIN ZWEIFEL, in Kommentar zum Bundesgesetz über die direkte Bundessteuer (DBG), 3e éd. 2017, n° 30 ad art. 130 DBG; ISABELLE ALTHAUS-HOURIET, in Impôt fédéral direct, Commentaire romand de la loi sur l'impôt fédéral direct, 2e éd. 2017 n° 15 ad <ref-law>; PETER LOCHER, Kommentar zum DBG, III. Teil, 2015, n° 11 et 17 ss ad art. 130 DBG; THOMAS STADELMANN, Beweislast oder Einschätzung nach pflichtgemässem Ermessen?, in RF 2001 p. 260).
3.2. En l'espèce, c'est à bon droit que l'instance précédente a nié le droit de procéder par taxation d'office au seul motif que les contribuables ont déposé leur déclaration d'impôt après le délai qui leur avait été imparti par sommation. En effet, au moment de procéder à la taxation de ces derniers et de rendre sa décision, trois ans après le dépôt de la déclaration, le Service cantonal recourant disposait de toutes les informations nécessaires. A cela s'ajoute, comme l'a relevé à juste titre l'instance précédente, que les contribuables avaient déposé une réclamation conforme à l'<ref-law> en contestant le principe de la taxation d'office et en y annexant la récapitulation de leur déclaration d'impôt de la période fiscale 2009 (<ref-law>), ce qui devait également conduire à l'annulation de la taxation d'office au profit d'une procédure de taxation ordinaire. Le grief est par conséquent rejeté.
3.3. Le recourant soutient encore que l'analyse de la comptabilité de la société C._ Sàrl certes annexée à la déclaration d'impôt 2009, a permis de mettre en lumière cinq reprises, ce qui démontre que la déclaration déposée était erronée et partant que les contribuables ont procédé à une exécution imparfaite, à tout le moins incomplète, de leurs obligations de procédure. Cette exécution incomplète justifie, à son avis, une taxation d'office. En lui déniant le droit de procéder à la taxation d'office pour ce motif, l'instance précédente a violé l'<ref-law>.
Sur ce point, le recourant perd de vue que les documents qu'il avait en sa possession au moment de rendre la décision de taxation, en l'espèce la comptabilité de la société C._ Sàrl suffisaient pour mettre en lumière cinq reprises, que ces dernières ont pu être effectuées précisément sans qu'il subsiste de doute et que les éléments imposables ont été arrêtés. Par conséquent, le motif allégué par le recourant ne permet pas non plus de procéder à une taxation d'office des contribuables. Le grief est rejeté.
II. Impôt cantonal et communal
4.
En application de 46 et 48 al. 2 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID, RS 642.14) et de la même manière que les dispositions légales de la loi fédérale sur l'impôt fédéral direct précitées (consid. 3 ci-dessus), la loi d'impôt du 26 mai 1988 du canton du Jura (LI/JU; RSJU 641.11) fixe les dispositions relatives à la taxation d'office (art. 140 et 157 LI/JU).
Il s'ensuit que les considérations qui ont conduit au rejet du recours en matière d'impôt fédéral direct pour la période fiscale 2009 valent également en matière d'impôt cantonal et communal.
5.
Les considérants qui précèdent conduisent au rejet du recours tant en matière d'impôt fédéral direct qu'en matière d'impôt cantonal et communal. Succombant, le Service cantonal des contributions du canton du Jura, qui agit dans l'exercice de ses attributions officielles et dont l'intérêt patrimonial est en cause, doit supporter les frais de la procédure fédérale (art. 66 al. 1 et 4 LTF). Les intimés, qui obtiennent gain de cause avec l'aide d'un représentant, ont droit solidairement entre eux à une indemnité de dépens à charge du canton du Jura (art. 68 al. 1 et 3 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté en matière d'impôt fédéral direct.
2.
Le recours est rejeté en matière d'impôt cantonal et communal.
3.
Les frais de justice, arrêtés à 3'000 fr., sont mis à la charge du canton du Jura.
4.
Le canton du Jura versera aux contribuables solidairement entre eux une indemnité de dépens de 3'000 fr.
5.
Le présent arrêt est communiqué à la représentante des contribuables, au Service cantonal des contributions, à la Commission cantonale des recours en matière d'impôts du canton du Jura, au Tribunal cantonal de la République et canton du Jura, Cour administrative, ainsi qu'à l'Administration fédérale des contributions.
Lausanne, le 11 novembre 2019
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Seiler
Le Greffier : Dubey