Sachverhalt:
A.
A._ (Klägerin, Beschwerdeführerin) hält eine Beteiligung von 24 % an der B._ AG (Beklagte, Beschwerdegegnerin). Mit Eingabe vom 24. April 2018 stellte die Klägerin am Handelsgericht des Kantons Zürich ein Begehren um Einberufung einer ausserordentlichen Generalversammlung der Beklagten. Sie beantragte, an der Generalversammlung seien ein Wahlantrag und zahlreiche Auskunfts- und Einsichtsbegehren zu traktandieren.
Nach Eingang der Klageantwort teilte die Beklagte dem Handelsgericht mit, dass am 28. Juni 2018 die ordentliche Generalversammlung stattgefunden habe, anlässlich der die streitgegenständlichen Anträge der Klägerin behandelt worden seien.
B.
Mit Verfügung vom 17. Dezember 2018 erwog das Einzelgericht des Handelsgerichts, es sei unbestritten und belegt, dass die Beklagte am 5. Juni 2018 zur ordentlichen Generalversammlung eingeladen habe. Diese sei wie geplant am 28. Juni 2018 durchgeführt worden und die streitgegenständlichen Anträge der Klägerin seien anlässlich dieser Generalversammlung behandelt worden. Nachdem der eingeklagte Anspruch während des Verfahrens vollumfänglich erfüllt worden sei, sei das Verfahren gemäss <ref-law> zufolge Gegenstandslosigkeit abzuschreiben. Da die Voraussetzungen nach Art. 699 Abs. 3 und 4 OR nicht erfüllt gewesen wären, wäre das Begehren der Klägerin abzuweisen gewesen. Die Klägerin sei daher im Hinblick auf die Kosten- und Entschädigungsfolgen als unterliegende Partei zu betrachten und in Anwendung von Art. 107 Abs. 1 lit. e i.V.m. <ref-law> vollumfänglich kosten- und entschädigungspflichtig. Entsprechend schrieb das Handelsgericht das Verfahren zufolge Gegenstandslosigkeit ab (Ziff. 1), setzte die Gerichtsgebühr auf Fr. 9'000.-- fest (Ziff. 2), auferlegte die Kosten der Klägerin (Ziff. 3) und verpflichtete diese, der Beklagten eine Parteientschädigung von Fr. 9'500.-- zu bezahlen (Ziff. 4).
C.
Dagegen erhob die Beschwerdeführerin Beschwerde in Zivilsachen an das Bundesgericht. Sie beantragte, es seien die Dispositivziffern 3 und 4 der Verfügung des Handelsgerichts aufzuheben. Es seien die Gerichtskosten der Beschwerdegegnerin aufzuerlegen, es sei der Beschwerdeführerin hinsichtlich der aus dem von ihr geleisteten Kostenvorschuss bezogenen Gerichtskosten ein Rückgriffsrecht auf die Beschwerdegegnerin einzuräumen und es sei der Beschwerdeführerin eine Parteientschädigung von Fr. 9'500.-- zuzusprechen. Eventualiter seien die Dispositivziffern 3 und 4 aufzuheben und es sei das Verfahren zur Neuregelung der Kosten- und Entschädigungsfolgen an die Vorinstanz zurückzuweisen.

Erwägungen:
1.
Vor Bundesgericht wendet sich die Beschwerdeführerin einzig gegen die vorinstanzliche Verlegung der Prozesskosten.
1.1. <ref-law> bestimmt, dass die Prozesskosten grundsätzlich der unterliegenden Partei auferlegt werden. Nach <ref-law> kann das Gericht insbesondere dann von den Verteilungsgrundsätzen abweichen und die Prozesskosten nach Ermessen verteilen, wenn das Verfahren als gegenstandslos abgeschrieben wird und das Gesetz wie hier nichts anderes vorsieht.
Bei der Ermessensausübung nach <ref-law> hat das Gericht je nach Lage des Einzelfallsetwa zu berücksichtigen, welche Partei Anlass zur Klage gegeben hat, welches der mutmassliche Prozessausgang gewesen wäre und bei welcher Partei die Gründe eingetreten sind, die dazu geführt haben, dass das Verfahren gegenstandslos wurde (<ref-ruling> E. 8.2; Urteile 4D_65/2017 vom 24. Oktober 2017 E. 3.1; 5A_91/2017 vom 26. Juli 2017 E. 3.2; 5A_327/2016 vom 1. Mai 2017 E. 3.4.2, nicht publ. in: <ref-ruling>; je mit Hinweisen). Dabei darf sich das Gericht zwar grundsätzlich nicht auf ein einzelnes dieser Kriterien versteifen, sondern es hat alle Kriterien zu berücksichtigen. Je nach Sachlage ist allerdings anerkannt, dass vorab auf einzelne Kriterien - z.B. den mutmasslichen Prozessausgang - abgestellt werden kann (<ref-ruling> E. 8.2; Urteile 5A_78/2018 vom 14. Mai 2018 E. 2.3.1; 5A_327/2016 vom 1. Mai 2017 E. 3.4.2 mit Hinweisen, nicht publiziert in: <ref-ruling>).
1.2. Bei der Beurteilung des mutmasslichen Prozessausgangs geht es nicht darum, die Prozessaussichten im Einzelnen zu prüfen und dadurch weitere Umtriebe zu verursachen. Vielmehr soll es bei einer knappen, summarischen Prüfung und Würdigung des aktenkundigen Sach- und Streitgegenstandes zum Zeitpunkt des Erledigungsgrundes sein Bewenden haben (<ref-ruling> E. 8.2; Urteil 5P.120/2003 vom 22. April 2003 E. 5.4; Pascal Leumann Liebster, in: Sutter-Somm/ Hasenböhler/Leuenberger [Hrsg.], Kommentar zur Schweizerischen Zivilprozessordnung [ZPO], 3. Aufl. 2016, N. 9 zu <ref-law>; Hans Schmid, in: Oberhammer/Domej/Haas [Hrsg.], Kurzkommentar ZPO, 2. Aufl. 2014, N. 9 zu <ref-law>; Martin H. Sterchi, in: Berner Kommentar, Schweizerische Zivilprozessordnung, Bd. I, 2012, N. 18 zu <ref-law>). Auf dem Weg über den Kostenentscheid soll nicht ein materielles Urteil gefällt werden (<ref-ruling> E. 8.2; Adrian Urwyler / Myriam Grütter, in: Brunner/Gasser/Schwander [Hrsg.], ZPO Schweizerische Zivilprozessordnung, 2. Aufl. 2016, N. 8 zu <ref-law>). Insbesondere braucht das Gericht kein besonderes Beweisverfahren bloss zur Erhellung der Prozesschancen durchzuführen (Urteil 5P.120/2003 vom 22. April 2003 E. 5.4).
1.3 Das Bundesgericht hat für die Ermessensausübung nach <ref-law> erwogen, dass es selbst bei freier Prüfung der Rechtsfragen nur mit Zurückhaltung in den Ermessensentscheid der Vorinstanz eingreift. Erforderlich ist, dass sie grundlos von in Lehre und Rechtsprechung anerkannten Grundsätzen abgewichen ist, wenn sie Tatsachen berücksichtigt hat, die für den Entscheid im Einzelfall keine Rolle hätten spielen dürfen, oder wenn sie umgekehrt Umstände ausser Betracht gelassen hat, die zwingend hätten beachtet werden müssen. Ausserdem greift das Bundesgericht in Ermessensentscheide ein, falls sich diese als offensichtlich unbillig bzw. als in stossender Weise ungerecht erweisen (<ref-ruling> E. 11.2; <ref-ruling> E. 2.1 S. 254; <ref-ruling> E. 2.2.1. S. 279).
Dies gilt im besonderen Masse beim Kriterium des mutmasslichen Prozessausgangs. Dessen prognostische Einschätzung eröffnet dem Sachgericht einen Beurteilungsspielraum, in den das Bundesgericht nur mit grösster Zurückhaltung eingreift. Denn es ist nicht Aufgabe des Bundesgerichts, ein materielles Urteil zu fällen und unter Umständen eine heikle Rechtsfrage zu präjudizieren, wenn eine Partei Beschwerde gegen den Kosten- und Entschädigungspunkt in einem gegenstandslos gewordenen Verfahren erhebt (vgl. Urteile 1C_376/2018 vom 18. Oktober 2018 E. 2.1; 6B_660/2017 vom 29. März 2018 E. 2; 1A.33/2004 vom 12. Januar 2005 E. 2.1).
2.
Das Handelsgericht beurteilte ausführlichst den mutmasslichen Ausgang des Verfahrens (angefochtene Verfügung S. 14 - 27). Es kam zusammengefasst zum Ergebnis, es sei davon auszugehen, dass den streitgegenständlichen Anträgen von der Beschwerdegegnerin innert angemessener Frist entsprochen worden sei. Die Beschwerdeführerin habe bereits bei der Verfahrenseinleitung am 24. April 2018 davon ausgehen können, dass am 28. Juni 2018 die (ordentliche) Generalversammlung grundsätzlich stattfinde, dieser Termin von der Beschwerdegegnerin nicht grundlos verschoben werden würde, und im Rahmen dieser GV die Behandlung der streitgegenständlichen Begehren bereits geplant gewesen sei. Das Schweigen der Beschwerdeführerin auf die Ankündigungen der Beschwerdegegnerin habe die Beschwerdegegnerin unter Berücksichtigung der Vorgeschichte als Einverständnis mit ihrer Vorgehensweise interpretieren dürfen, sodass sich die Klageeinleitung überdies als rechtsmissbräuchlich erweise. Ein früherer Termin für eine ausserordentliche Generalversammlung hätte sodann selbst bei einem gutheissenden Urteil nicht erreicht werden können, was der anwaltlich vertretenen Beschwerdeführerin habe bekannt sein müssen. Die Voraussetzungen nach Art. 699 Abs. 3 und 4 OR wären damit nicht erfüllt gewesen, sodass das Begehren der Beschwerdeführerin abzuweisen gewesen wäre. Die Beschwerdeführerin sei daher im Hinblick auf die Kosten- und Entschädigungsfolgen als unterliegende Partei zu betrachten.
3.
Dieser Entscheid hält der eingeschränkten Prüfung durch das Bundesgericht stand. Die Beschwerdeführerin vermag nicht aufzuzeigen, dass die Beurteilung des mutmasslichen Prozessausgangs durch die Vorinstanz geradezu unhaltbar im oben genannten Sinne ist.
Dabei verkennt die Beschwerdeführerin zu grossen Teilen die oben genannten Rügeanforderungen (Erwägung 1.3). So kann von vornherein nicht auf ihre Ausführungen eingetreten werden, in denen sie Erwägungen der Vorinstanz unsubstanziert als nicht nachvollziehbar, widersprüchlich, nicht schlüssig, kryptisch oder willkürlich bezeichnet. Gleiches gilt, wenn sie bloss vorträgt, die Vorinstanz führe das Einberufungsrecht nach <ref-law> "ad absurdum", verkenne den Grundsatz von Treu und Glauben und das "Akzept durch Schweigen", degradiere <ref-law> "zum toten Buchstaben" und habe aus der Ordnungsfrist von <ref-law> nichts ableiten dürfen. Ebensowenig erfüllt die Beschwerdeführerin die genannten Anforderungen, wenn sie die eingereichten Beweismittel aus ihrer eigenen Sicht würdigt und die davon abweichende Würdigung der Vorinstanz pauschal als willkürlich bezeichnet. Schliesslich ist nicht auf ihre Ausführungen einzutreten, wenn sie lediglich beanstandet, die Vorinstanz verkenne den Begriff der Glaubhaftmachung und stelle auf bestrittene Tatsachen ab.
Soweit der Beschwerde überhaupt hinreichende Rügen entnommen werden können, ist im Einzelnen was folgt zu bemerken:
3.1. Die Beschwerdeführerin trägt vor, die Vorinstanz habe bei Klageeinleitung das Rechtsschutzinteresse der Beschwerdeführerin bejaht, da sie auf die Klage eingetreten sei. Das Rechtsschutzinteresse sei nur deshalb entfallen, weil die Beschwerdegegnerin wenige Wochen nach Einleitung der Klage zur ordentlichen Generalversammlung eingeladen und den Anspruch nach Einleitung der Klage erfüllt habe. Bejahe die Vorinstanz das Rechtsschutzinteresse im Zeitpunkt der Klageeinleitung und falle dieses erst durch die Erfüllung des eingeklagten Anspruches durch die Beschwerdegegnerin dahin, so müsse zwingend davon ausgegangen werden, dass ihre Klage gutgeheissen worden wäre. Zumindest hätte ihr Traktandierungsbegehren gutgeheissen werden müssen. Jeder andere Schluss der Vorinstanz sei willkürlich, stossend und ungerecht.
Entgegen der Auffassung der Beschwerdeführerin folgt einzig aus dem Umstand, dass die Vorinstanz auf ihre Klage eingetreten ist, nicht zwingend, dass ihre Klage hätte gutgeheissen werden müssen. Die Vorinstanz legte in ihrer Prognose des mutmasslichen Prozessausgangs detailliert dar, dass die Voraussetzungen von Art. 699 Abs. 3 und 4 OR nicht erfüllt gewesen wären und die Klage der Beschwerdeführerin daher nicht hätte gutgeheissen werden können. Sodann sei die Klageeinleitung der Beschwerdeführerin rechtsmissbräuchlich und selbst bei einem gutheissenden Urteil habe ein früherer Termin für eine ausserordentliche Generalversammlung nicht erreicht werden können.
Es ist sodann zwar zutreffend, dass die Begehren der Beschwerdeführerin durch deren Behandlung an der ordentlichen Generalversammlung vollständig erfüllt und das Verfahren aus diesem Grund gegenstandslos wurde. Im vorliegenden Fall stellte die Vorinstanz aber fest, dass die Beschwerdeführerin schon bei Verfahrenseinleitung davon auszugehen hatte, dass der Termin für die ordentliche Generalversammlung feststand und die Begehren dort behandelt würden, ihre Klage also unnötig war. Überdies sei die Klageeinleitung rechtsmissbräuchlich, und selbst bei einem gutheissenden Urteil hätte kein früherer Termin für eine ausserordentliche Generalversammlung erreicht werden können. Unter diesen Umständen ist es nicht unhaltbar, wenn die Vorinstanz einzig auf den mutmasslichen Prozessausgang abstellte und dabei annahm, dass die Beschwerdeführerin mutmasslich unterlegen wäre, und ihr die Prozesskosten auferlegte.
3.2. Die Beschwerdeführerin rügt, dass die Beschwerdegegnerin nicht innert angemessener Frist zur Generalversammlung eingeladen habe. Die Vorinstanz habe dies verkannt. Sie sei von in der Lehre anerkannten Grundsätzen abgewichen, was unter einer angemessenen Frist zu verstehen sei.
Die Vorinstanz ging ausführlich auf das Vorbringen der Beschwerdeführerin ein, dass die Beschwerdegegnerin ihrem Begehren um Einberufung einer Generalversammlung erst verspätet nachgekommen sei. Sie erwog, dass es sich bei den in der Lehre als angemessen erachteten Vorbereitungszeiten um keine starre Regeln handle, sondern die Umstände des Einzelfalls berücksichtigt werden müssten. Die Vorinstanz berücksichtige dabei detailliert die konkreten Umstände des vorliegenden Begehrens (angefochtener Entscheid S. 20 - 22) und kam zum Schluss, dass es nicht zu bestanden sei, dass die Beschwerdegegnerin das Auskunfts- und Einsichtsbegehren lediglich als Traktandierungsbegehren zu Handen der ordentlichen Generalversammlung für das Geschäftsjahr 2017 zugelassen habe, welche innerhalb der Ordnungsfrist von sechs Monaten nach <ref-law> stattgefunden habe.
Entgegen der Auffassung der Beschwerdeführerin ist nicht ersichtlich, dass die Vorinstanz damit grundlos von in der Lehre und Rechtsprechung anerkannten Grundsätzen abgewichen wäre. Sie legte im Gegenteil überzeugend dar, warum die Beschwerdegegnerin die Begehren als Traktandierungsbegehren für die ordentlichen Generalversammlung entgegennehmen durfte und der Klage unter den vorliegenden speziellen Umständen des Einzelfalls kein Erfolg beschieden wäre. Für das Bundesgericht besteht kein Grund in diesen Ermessensentscheid einzugreifen.
3.3. Die Beschwerdeführerin trägt vor, die Vorinstanz habe die Prognose über den mutmasslichen Prozessausgang aufgrund der Sachlage vor Eintritt des zur Gegenstandslosigkeit führenden Grundes durchzuführen. Sie habe zu beurteilen, wie das Verfahren voraussichtlich ausgegangen wäre, wenn sie über eine Einberufungsklage hätte entscheiden müssen. Die Vorinstanz habe dabei den Erledigungsgrund, also die Einladung vom 5. Juni 2018, nicht berücksichtigen dürfen.
Die Rüge entbehrt der Grundlage, beurteilte die Vorinstanz doch in diesem Sinn, wie das von der Beschwerdeführerin eingeleitete Verfahren mutmasslich ausgegangen wäre. Sie stellte darauf ab, wovon die Beschwerdeführerin bei der Verfahrenseinleitung auszugehen gehabt habe, legte dar, warum die Klageeinleitung rechtsmissbräuchlich war und erwog, warum selbst bei einem gutheissenden Urteil ein früherer Termin für eine ausserordentliche Generalversammlung nicht hätte erreicht werden können. Dies ist nicht zu bestanden.
4.
Die Beschwerde ist damit abzuweisen, soweit auf sie überhaupt eingetreten werden kann. Bei diesem Ausgang des Verfahrens wird die Beschwerdeführerin kostenpflichtig (<ref-law>). Der Beschwerdegegnerin ist aus dem bundesgerichtlichen Verfahren kein entschädigungspflichtiger Aufwand erwachsen, weshalb ihr keine Parteientschädigung zuzusprechen ist (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Handelsgericht des Kantons Zürich schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 26. Februar 2019
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Kiss
Der Gerichtsschreiber: Brugger