Sachverhalt:
A.
Im Jahr 2010 erteilte der Gemeinderat Muhen A._ eine Baubewilligung unter anderem für die Erstellung eines Einfamilienhauses. Am 18. Februar 2016 erliess das Departement Bau, Verkehr und Umwelt des Kantons Aargau eine teilweise Wiederherstellungsverfügung hinsichtlich der auf der Parzelle Nr. 870 erfolgten Umgebungsgestaltung. Eine von A._ dagegen erhobene Beschwerde hiess der Regierungsrat des Kantons Aargau teilweise gut, wies sie jedoch im Übrigen ab. Daraufhin erhob A._ Verwaltungsgerichtsbeschwerde. Mit Schreiben vom 12. Juni 2017 teilte ihr der Instruktionsrichter am Verwaltungsgericht des Kantons Aargau mit, der angefochtene Entscheid sei am Samstag, 6. Mai 2017, mit A-Post Plus zugestellt worden, die Rechtsmittelfrist habe somit am 7. Mai 2017 zu laufen begonnen und am Dienstag nach Pfingsten, d.h. am 6. Juni 2017, geendet. Die erst am Mittwoch, 7. Juni 2017, erhobene Beschwerde sei verspätet. Er räumte ihr Gelegenheit ein, zum beabsichtigten Nichteintreten Stellung zu nehmen oder die Beschwerde ohne Kostenfolgen zurückzuziehen. Die Beschwerdeführerin ersuchte das Verwaltungsgericht in der Folge, die Frist als eingehalten zu betrachten. Eventualiter stelle sie ein Fristwiederherstellungsgesuch.
Mit Urteil vom 20. Dezember 2017 wies das Verwaltungsgericht das Gesuch um Wiederherstellung der Beschwerdefrist ab und trat auf die Beschwerde nicht ein.
B.
Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht vom 18. Januar 2018 beantragt A._, das Urteil des Verwaltungsgerichts sei aufzuheben und dieses zu verpflichten, auf ihre Beschwerde einzutreten.
Der Regierungsrat hat auf eine Stellungnahme verzichtet. Der Gemeinderat Muhen hat sich nicht vernehmen lassen. Das Verwaltungsgericht schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Die Beschwerdeführerin hat dazu Stellung genommen.
Mit Präsidialverfügung vom 9. Februar 2018 hat das Bundesgericht der Beschwerde aufschiebende Wirkung zuerkannt.

Erwägungen:
1.
Angefochten ist ein kantonal letztinstanzlicher Endentscheid in einer öffentlich-rechtlichen Angelegenheit (Art. 82 lit. a, Art. 86 Abs. 1 lit. d und Art. 90 BGG). Dagegen steht die Beschwerde ans Bundesgericht zur Verfügung. Zu prüfen ist einzig, ob das Verwaltungsgericht zu Recht das Gesuch um Fristwiederherstellung abwies und einen Nichteintretensentscheid fällte (<ref-ruling> E. 1.2 S. 41).
2.
2.1. Die Beschwerdeführerin bringt vor, der Instruktionsrichter habe mit seinem Schreiben vom 12. Juni 2017 den späteren Entscheid vorweggenommen. Das "Gesamtverwaltungsgericht" habe sich mit den Themen des Verfahrens nur beschränkt befasst, ohne dass auf die Ausführungen im Fristerstreckungsgesuch vom 23. Juni 2017 näher eingegangen worden sei.
2.2. Das Verwaltungsgericht hat in seiner Vernehmlassung dargelegt, mit dem erwähnten Schreiben sei der Beschwerdeführerin das rechtliche Gehör gewährt worden. Es sei nicht ersichtlich, weshalb der Instruktionsrichter deshalb vorbefasst sein sollte.
2.3. Die Beschwerdeführerin hält in ihrer Stellungnahme dazu fest, dass sie nicht eine Vorbefassung geltend mache. Vielmehr rüge sie lediglich die Kompetenzüberschreitung, die im Erlass der Verfügung vom 12. Juni 2017 liege.
2.4. Die Verfügung vom 12. Juni 2017 bildet im vorliegenden Verfahren nicht Anfechtungsobjekt. Geht die Beschwerdeführerin nicht von einer Vorbefassung aus und zeigt sie auch sonst nicht auf, inwiefern das Urteil vom 20. Dezember 2017 aufgrund der behaupteten Kompetenzüberschreitung Recht im Sinne von <ref-law> verletzt, ist auf ihr Vorbringen nicht einzutreten (<ref-law>).
2.5. Nicht einzutreten ist auch auf die nicht konkret belegte Kritik, das Verwaltungsgericht sei auf die Ausführungen im Gesuch vom 23. Juni 2017 nicht näher eingegangen (<ref-law>).
3.
3.1. Es ist umstritten, ob die Beschwerdeführerin den Entscheid des Regierungsrats am Samstag, dem 6. Mai 2017, oder erst am Montag, dem 8. Mai 2017, erhalten hat. Dies war für die Einhaltung der Beschwerdefrist entscheidend (vgl. Urteil 1C_330/2016 vom 27. September 2016 E. 2.3 mit Hinweisen).
3.2. Das Bundesgericht hat sich bereits verschiedentlich zur Zustellung mittels A-Post Plus geäussert. Bei dieser Versandmethode werden Briefe in uneingeschriebener Form (A-Post) befördert, d.h. die Zustellung erfolgt direkt in den Briefkasten oder ins Postfach des Adressaten, ohne dass dieser den Empfang unterschriftlich bestätigen müsste; entsprechend wird der Adressat im Falle seiner Abwesenheit auch nicht durch Hinterlegung einer Abholungseinladung avisiert. Im Unterschied zu herkömmlichen Postsendungen sind A-Post-Plus-Sendungen jedoch mit einer Nummer versehen, welche die elektronische Sendungsverfolgung im Internet ("Track & Trace") ermöglicht. Daraus ist u.a. ersichtlich, wann dem Empfänger die Sendung durch die Post zugestellt wurde (zum Ganzen: <ref-ruling> E. 2.2 S. 601 f.; Urteil 2C_1038/2017 vom 18. Juli 2018 E. 3.2; je mit Hinweisen).
3.3. Allfällige Fehler bei der Postzustellung liegen nicht ausserhalb jeder Wahrscheinlichkeit. Eine fehlerhafte Postzustellung ist allerdings nicht zu vermuten. Dies gilt sowohl bei der Versandart A-Post Plus als auch bei eingeschriebenen Postsendungen hinsichtlich des Avis, der in den Briefkasten oder in das Postfach des Empfängers gelegt wird. In beiden Fällen ist somit zu vermuten, dass das Zustelldatum von den Postangestellten korrekt registriert worden ist (<ref-ruling> E. 2.4.1 S. 604; <ref-ruling> E. 2.3 S. 204 f.). Die Vermutung kann durch den Gegenbeweis umgestossen werden. Es müssen konkrete Anzeichen für einen Fehler vorhanden sein, sodass dieser aufgrund der Umstände als plausibel erscheint (vgl. die leicht unterschiedlich formulierten, inhaltlich jedoch gleichwertigen Erwägungen a.a.O., ebenso: Urteile 2C_1038/2017 vom 18. Juli 2018 E. 3.2; 1C_330/2016 vom 27. September 2016 E. 2.5 mit Hinweisen).
3.4. Der von der Vorinstanz aus der Zugangsvermutung gezogene Schluss, der Gegenbeweis zur ordnungsgemässen Zustellung sei nicht erbracht, stellt eine Beweiswürdigung dar, welche das Bundesgericht nur auf Willkür überprüft (BGE <ref-ruling> E. 2.3 S. 205; Urteil 6B_940/2013 vom 31. März 2014 E. 2.1.4; je mit Hinweisen).
4.
4.1. Das Verwaltungsgericht gibt in seinem Urteil zunächst eine Erklärung der Anwaltssekretärin vom 23. Juni 2017 wieder, in der diese darlegt, dass der Entscheid des Regierungsrats nicht wie auf dem "Track & Trace"-Auszug vermerkt am Samstag, dem 6. Mai 2017, um 8:23 Uhr zugestellt worden sei:
"Ich habe von Herrn Rechtsanwalt B._ Ihre Verfügung vom 12. Juni 2017 erhalten. Ich habe die Ausbildung als Anwaltssekretärin im Anwalts- und Notariatsbüro C._ im Kanton Solothurn gemacht und bin nun seit 15 Jahren als Anwaltssekretärin tätig. Es ist mir seit mehreren Jahren bewusst, dass wir bei A-Post Plus-Zustellungen, die fristauslösend sind, grundsätzlich den Track & Trace-Check machen müssen. Bei dieser Sendung habe ich das nicht gemacht, weil ich mir absolut sicher war, dass die Sendung am Samstag, 6. Mai 2017, nicht im Postfach gelegen hat. Ich habe an diesem Samstag morgen gearbeitet. Ich bin arbeiten gegangen, weil viele Dinge unerledigt geblieben sind. Die Anwältin, Frau D._, war ebenfalls im Büro und hat gearbeitet. Sie kann das bezeugen. Ca. um 11.30 Uhr bin ich mit den Briefen zur Post gegangen und habe diese eingeworfen. Anschliessend habe ich das Postfach geleert. Dann bin ich mit der Post nach Hause gegangen.
Am Montag, 8. Mai 2017, hat wie üblich Herr E._ das Postfach geleert und mir die Post aufs Pult gelegt. Ich habe die Post, die ich am Samstag mit nach Hause genommen habe, der anderen Anwaltssekretärin, Frau F._, zur Bearbeitung gegeben und habe die Post vom Montag selber bearbeitet. Weil ich deshalb absolut sicher war, dass diese A-Post Plus-Zustellung erst am Montag im Postfach war, habe ich den Eingang auf den Montag datiert und die Frist entsprechend in der Fristenkontrolle eingetragen.
Wir haben auch auf der Post in Niederlenz nachgefragt. Weil die Post im November geschlossen wird, hat die vormalige Poststellenleiterin Frau G._ bereits gekündigt und arbeitet nicht mehr da. Der Poststellenleiter in Lenzburg, Herr H._, hat uns mitgeteilt, das könne nicht sein, gemäss Vorschrift werde so eine A-Post Plus-Sendung immer abgescannt und dann gleich ins Postfach gelegt.
Trotzdem bin ich mir absolut sicher, dass das nicht so gewesen sein kann. Die Post vom Samstag kam nie in Berührung mit der Post vom Montag. Es ist ausgeschlossen, dass wir hier etwas vertauscht haben. Meine Post vom Samstag übergab ich Frau F._, die diese anschliessend bearbeitet hat. Die Post vom Montag habe ich selber bearbeitet."
Das Verwaltungsgericht legt dar, allein mit diesen Ausführungen sei der Zustellzeitpunkt nicht entkräftet bzw. ein Fehler bei der Post nicht plausibel dargetan. Als Folge des Hinweises auf die verpasste Frist durch den Brief des Instruktionsrichters vom 12. Juni 2017 hätten der Rechtsvertreter und seine Mitarbeiterin rückblickend den Posteingang vom Samstag, 6. Mai 2017, bzw. Montag, 8. Mai 2017, rekonstruiert. Dass sich die Mitarbeiterin aus einer zeitlichen Distanz von rund fünf Wochen genau erinnere, welches Postcouvert am Samstag im Postfach gelegen habe, erscheine fraglich. Hinzu komme, dass die Postverarbeitung in der Anwaltskanzlei mit mehreren Handwechseln verbunden gewesen sei. Die Post vom Samstag, die I._ nach Hause genommen habe, sei am Montag von F._ bearbeitet worden. I._ selbst habe die Post vom Montag bearbeitet, die allerdings E._ abgeholt habe. Ein Fehler bei dieser Postbearbeitung könne nicht ausgeschlossen werden. Der Rechtsvertreter bzw. seine Mitarbeiterin würden überdies selbst darauf hinweisen, dass ein Versehen nach Auskunft des Poststellenleiters nicht sein könne, da gemäss Vorschrift eine A-Post-Plus-Sendung immer abgescannt und dann gleich ins Postfach gelegt werde.
4.2. Die Beschwerdeführerin bringt dagegen vor, das Verwaltungsgericht habe die bundesgerichtliche Rechtsprechung missachtet und einen falschen Massstab bei seiner Beweiswürdigung angewendet. Diesbezüglich weist sie zwar zu Recht darauf hin, dass der gute Glaube zu vermuten ist (vgl. <ref-ruling> E. 2.4.1 S. 604 mit Hinweisen), übersieht jedoch, dass dies nichts an der erwähnten Vermutung ändert, dass die Postzustellung korrekt erfolgte. Weiter wirft sie dem Verwaltungsgericht vor, es habe Beweisanträge übergangen, nämlich die angebotenen Beweisaussagen einer anderen Sekretärin sowie eines Hauswarts, die beide die Postabfertigung am betreffenden Samstag bestätigen würden. Was diese Personen konkret aussagen könnten, lässt sie jedoch offen. Eine Verletzung des rechtlichen Gehörs ist deshalb nicht erkennbar und es kann offenbleiben, ob ihre Ausführungen im vorinstanzlichen Verfahren tatsächlich als Beweisanträge verstanden werden können, was das Verwaltungsgericht in seiner Vernehmlassung bestreitet.
Die Beschwerdeführerin beruft sich weiter darauf, die betreffende Mitarbeiterin könne sich an den jenen Samstag noch genau erinnern, weil es nur ganz selten vorkomme, dass sie an einem Samstag arbeite. Das ändert allerdings nichts daran, dass die Erinnerung an einen Ereignisablauf, dessen Relevanz zudem erst nachträglich erkennbar wurde, nach fünf Wochen nicht mehr gleich zuverlässig ist. Zu berücksichtigen ist auch, dass die Mitarbeiterin entgegen den internen Weisungen (vgl. E. 5.2 hiernach) auf die "Track & Trace"-Nachforschung verzichtet und gemäss ihrer eigenen Aussage die Anwaltskorrespondenz zu sich nach Hause genommen hat, wobei nicht bekannt ist, ob es diesbezüglich Weisungen gab. Dass das Verwaltungsgericht vor diesem Hintergrund und angesichts der Handwechsel, die am Montag, dem 8. Mai 2017, stattgefunden hatten, nicht ausschloss, dass bei der Postbearbeitung in der Kanzlei ein Fehler unterlief, ist nicht zu beanstanden. Daran ändert auch nichts, dass das betreffende Couvert gross und auffällig gewesen sein soll, wie die Beschwerdeführerin vorbringt.
Entscheidend ist allerdings im Ergebnis weniger die Frage, ob mögliche Fehlerquellen bei der nachträglichen Postbearbeitung in der Kanzlei erkennbar sind, als vielmehr das Bestehen von konkreten Anzeichen für einen Fehler bei der Postzustellung selbst. In dieser Hinsicht macht die Beschwerdeführerin geltend, die Zustellung des vorliegend angefochtenen Urteils des Verwaltungsgerichts habe ebenfalls nicht ordnungsgemäss funktioniert. Allerdings weist sie selbst darauf hin, dass die betreffende Poststelle Ende September 2017 geschlossen und als Hilfspoststelle in der neu eröffneten Dorfapotheke weitergeführt worden sei. Aus einem nach diesem Wechsel erfolgten Zustellungsfehler kann somit nicht auf die Zuverlässigkeit der Postzustellung in der Zeit davor geschlossen werden. Dass sich schon vorher Fehler zugetragen bzw. gehäuft hätten, wird in der Beschwerdeschrift zwar behauptet, jedoch nicht belegt.
Insgesamt lässt die Sachverhaltsfeststellung des Verwaltungsgerichts keine Willkür erkennen (<ref-law>). Die Kritik der Beschwerdeführerin ist unbegründet.
5.
5.1. Zu prüfen bleibt die Wiederherstellung der Rechtsmittelfrist. Gemäss § 28 Abs. 1 des Gesetzes des Kantons Aargau vom 4. Dezember 2007 über die Verwaltungsrechtspflege (VRPG; SAR 271.200) gilt für die Wiederherstellung von Fristen die Zivilprozessordnung. <ref-law> sieht vor, dass das Gericht auf Gesuch einer säumigen Partei eine Nachfrist gewähren oder zu einem Termin erneut vorladen kann, wenn die Partei glaubhaft macht, dass sie kein oder nur ein leichtes Verschulden trifft. Diese aufgrund einer Verweisung ins kantonalen Recht übernommene Norm der Zivilprozessordnung gilt nicht als Bundesprivatrecht, sondern als subsidiäres kantonales Recht (Urteile 8C_323/2018 vom 4. Oktober 2018 E. 3; 2C_222/2014 vom 10. März 2014 E. 2.3 mit Hinweisen, in: ASA 82 S. 661). Ihre Auslegung durch das Verwaltungsgericht wird vom Bundesgericht deshalb nur auf Willkür überprüft.
5.2. Die Beschwerdeführerin ist der Auffassung, der Anwaltssekretärin sei nichts vorzuwerfen, wenn sie sich auf ihre eigene Wahrnehmung und ihren gesunden Menschenverstand verlassen habe. Der Anwalt als Vorgesetzter habe seinerseits sämtliche Sekretärinnen klar angewiesen, das Eingangsdatum von A-Post-Plus-Sendungen mittels "Track & Trace" zu verifizieren. Genüge dies der Sorgfaltspflicht nicht, müsse ein Anwalt die gesamte Post selbst bearbeiten.
5.3. Das Verwaltungsgericht hält dem entgegen, der Rechtsvertreter bzw. seine Hilfsperson müssten sich vorhalten lassen, das genaue Zustelldatum nicht mittels Sendungsverfolgung verifiziert zu haben. Die Ausführungen des Rechtsvertreters erhellten zudem, dass ihm die Fristberechnung ohne Sendungsverfolgung zur Kontrolle vorgelegt worden sei. Er müsse sich demgemäss den Vorwurf der fehlenden Überwachung entgegenhalten lassen. Die sorgfältige Erfassung und Prüfung der eingehenden Post inklusive der Berechnung des Fristenlaufs gehöre zu den grundlegenden Sorgfaltspflichten von Anwälten. Die anwaltliche Sorgfaltspflicht gebiete es, dass der Rechtsvertreter bzw. die von ihm mit der Postbearbeitung betraute Hilfsperson bei der Entgegennahme von A-Post-Plus-Sendungen stets mit der Sendungsverfolgung den Zustellzeitpunkt ermittle und die Frist entsprechend berechne. So könne eine Säumnis auf einfachste Art verhindert werden. Diese Verpflichtung habe hier umso mehr gegolten, weil es in der Sache um viel ging, nämlich die Wahrung einer Rechtsmittelfrist.
5.4. Dem Verwaltungsgericht ist darin zuzustimmen, dass die Kontrolle des Eingangsdatums einer den Lauf einer Beschwerdefrist auslösenden Sendung fundamental ist. Angesichts der Möglichkeiten des "Track & Trace" ist sie zudem äusserst einfach. Der Rechtsvertreter der Beschwerdeführerin hat sich dessen ungeachtet nicht darum gekümmert, ob diese Kontrolle überhaupt stattgefunden hat und zudem bis zum vermeintlich letzten Tag mit dem Versand der Beschwerde zugewartet. Wenn das Verwaltungsgericht gestützt auf diese Erwägungen davon ausging, das Verschulden des Rechtsvertreters, das die Beschwerdeführerin sich anrechnen lassen muss, sei nicht mehr als bloss leicht zu qualifizieren, erscheint dies nicht als willkürlich.
6.
Die Beschwerde ist aus diesen Gründen abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist.
Bei diesem Verfahrensausgang sind die Gerichtskosten der Beschwerdeführerin aufzuerlegen (<ref-law>). Eine Parteientschädigung ist nicht zuzusprechen (Art. 68 Abs. 1-3 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3.
Es wird keine Parteientschädigung zugesprochen.
4.
Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin, dem Gemeinderat Muhen, dem Regierungsrat und dem Verwaltungsgericht des Kantons Aargau, 3. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 14. Januar 2019
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Chaix
Der Gerichtsschreiber: Dold