Sachverhalt:
A.
Die FRACTAL-SWISS AG (Lizenzgeberin, Klägerin, Beschwerdeführerin) mit Sitz in Hergiswil ist Inhaberin der Wortmarke Nr. 604913 "Fractal", hinterlegt am 31. August 2010, sowie der Wort-Bild-Marke Nr. 681948 "Fractal-Swiss", hinterlegt am 11. Dezember 2015. Beide Marken beanspruchen Schutz für Waren und Dienstleistungen der Klasse 9.
Am 26. Januar 2017 wurde die FRACTAL-SWISS (pma) Sàrl (heute: A._ Sàrl; Lizenznehmerin, Beklagte, Beschwerdegegnerin) mit Sitz in V._ ins Handelsregister eingetragen.
Zwischen diesen beiden Gesellschaften bestand ein Lizenzvertrag, den die FRACTAL-SWISS AG mit Schreiben vom 11. Mai 2018 gekündigt hat.
Am 20. März 2019 ersuchte die FRACTAL-SWISS (pma) Sàrl das Eidgenössische Institut für Geistiges Eigentum (IGE) um Zulassung des Zeichens "Fractal-Swiss" zum Markenschutz für Waren und Dienstleistungen der Klassen 35 und 45 (Markeneintragungsgesuch Nr. 3872/2019).
B.
B.a. Am 1. Juli 2019 reichte die FRACTAL-SWISS AG beim Obergericht des Kantons Nidwalden Klage gegen die FRACTAL-SWISS (pma) Sàrl ein. Sie stellte folgende Rechtsbegehren, wobei sie jeweils die Androhung einer Ordnungsbusse und Strafdrohung nach Art. 292 StGB verlangte:
"1. Es sei der Beklagten [...] zu verbieten, das Zeichen 'FRACTAL' in der Schweiz als Firma oder Bestandteil einer Firma zu verwenden und es sei die Beklagte anzuweisen, innerhalb von 30 Tagen nach Rechtskraft dieses Urteils die Firmenbezeichnung 'FRACTAL-SWISS (pma) Sàrl' durch das Handelsre gister des Kantons Waadt löschen zu lassen.
2. Es sei der Beklagten [...] zu verbieten, das Zeichen 'FRACTAL' in der Schweiz im geschäftlichen Verkehr zu verwenden um sich, ihre Waren oder ihre Dienstleistungen zu bezeichnen.
3.1 Es sei der Beklagten [...] zu befehlen, innerhalb von 30 Tagen nach Rechtskraft des vorliegenden Urteils das schweizerische Markeneintragungsgesuch Nr. 3872/2019 bzw. die daraus resultierende Marke auf die Klägerin zu übertragen.
3.2 Eventualiter sei der Beklagten [...] zu befehlen, innerhalb von 30 Tagen nach Rechtskraft des vorliegenden Urteils das schweizerische Markenein tragungsgesuch Nr. 3872/2019 bzw. die daraus resultierende Marke löschen zu lassen."
Die FRACTAL-SWISS (pma) Sàrl wurde am 23. August 2019 in A._ Sàrl umfirmiert. Eine Klageantwort reichte sie nicht ein.
Auf gerichtliche Nachfrage teilte die FRACTAL-SWISS AG mit Schreiben vom 12. September 2019 mit, dass sie an der Klage trotz Umfirmierung der Beklagten "zumindest vorläufig" festhalte.
B.b. Mit Urteil vom 27. April 2020 entschied das Obergericht was folgt:
Da sich die Beklagte, wie von der Klägerin in Rechtsbegehren-Ziffer 1 verlangt, umfirmiert habe, sei die Klage in diesem Punkt anerkannt worden und als erledigt abzuschreiben. Im Übrigen sei auf die Klage nicht einzutreten. Die Gerichtskosten in Höhe von Fr. 2'500.-- seien der Beklagten im Umfang von einem Drittel, der Klägerin im Umfang von zwei Dritteln aufzuerlegen. Die Beklagte wurde verurteilt, der Klägerin eine Parteientschädigung von Fr. 2'311.-- zu bezahlen.
C.
Die FRACTAL-SWISS AG verlangt mit Beschwerde in Zivilsachen, das Urteil des Obergerichts sei aufzuheben, soweit dieses nicht die Gegenstandslosigkeit der Klage zufolge Anerkennung feststelle. In der Sache wiederholt sie ihre vor Vorinstanz gestellten Anträge, wobei die Frist zur Übertragung beziehungsweise Löschung des Markeneintragungsgesuchs Nr. 3872/2019 (neu) fünf Tage betragen soll. Eventualiter sei die Sache zu neuer Entscheidung an das Obergericht zurückzuweisen. Ausserdem sei das IGE für die Dauer des bundesgerichtlichen Verfahrens sowie, im Fall einer Zurückweisung an die Vorinstanz, für die Dauer eines neuerlichen Verfahrens vor Obergericht vorsorglich anzuweisen, das Markeneintragungsgesuch Nr. 3872/2019 weder zu löschen, noch zu übertragen, noch mit einer Nutzniessung, einem Pfandrecht, einer Lizenz oder einer Vollstreckungsmassnahme zu belasten.
Die Vorinstanz verzichtete auf Vernehmlassung. Die Beschwerdegegnerin liess sich nicht vernehmen.
Mit Präsidialverfügung vom 2. Juli 2020 wurde dem Gesuch um Erlass vorsorglicher Massnahmen mangels Opposition entsprochen, soweit sich dieses auf das Verfahren vor Bundesgericht bezog.

Erwägungen:
1.
Der angefochtene Entscheid des Obergerichts hat eine Zivilrechtsstreitigkeit im Sinne von Art. 5 Abs. 1 lit. a und lit. c ZPO zum Gegenstand. Es ist ein Endentscheid (Art. 90 BGG) einer einzigen kantonalen Instanz im Sinne von Art. 75 Abs. 2 lit. a BGG. Dagegen steht grundsätzlich die Beschwerde in Zivilsachen offen, gemäss Art. 74 Abs. 2 lit. b BGG unabhängig vom Streitwert.
2.
Die Beschwerdeführerin verlangte in Rechtsbegehren-Ziffer 2 ihrer Klage eine Unterlassung (Verbot der Verwendung des Zeichens "FRACTAL").
2.1. Wer in seinem Recht an der Marke oder an einer Herkunftsangabe verletzt oder gefährdet wird, kann vom Richter gemäss Art. 55 Abs. 1 lit. a MSchG unter anderem verlangen, eine drohende Verletzung zu verbieten.
Die Anordnung eines Verbots nach Art. 55 Abs. 1 lit. a MSchG setzt ein Rechtsschutzinteresse voraus. Ein rechtlich geschütztes Interesse an einer Unterlassungsklage besteht nur, wenn eine Verletzung droht, das heisst wenn das Verhalten des Beklagten die künftige Rechtsverletzung ernsthaft befürchten lässt. Indiz für einen bevorstehenden Eingriff kann sein, dass gleichartige Eingriffe in der Vergangenheit stattgefunden haben und eine Wiederholung zu befürchten ist. Wiederholungsgefahr kann regelmässig angenommen werden, wenn der Verletzer die Widerrechtlichkeit des beanstandeten Verhaltens bestreitet, ist doch in einem solchen Fall zu vermuten, dass er es im Vertrauen auf dessen Rechtmässigkeit weiterführen wird (<ref-ruling> E. 2e; <ref-ruling> E. 2a S. 74; Urteil 4A_379/2019 vom 4. Dezember 2019 E. 9.3.1, nicht publiziert in: <ref-ruling>, mit weiteren Hinweisen).
2.2. Das Obergericht erwog, die Beschwerdeführerin habe nicht konkret aufgezeigt, inwiefern - "insbesondere nach der Umfirmierung" - eine Störung durch die Verwendung des Zeichens "FRACTAL" (weiterhin) bestehe oder unmittelbar drohe. Sie habe auch nicht dargetan, dass dieses Zeichen nach Auflösung des Lizenzvertrags zur Kennzeichnung von Waren oder Dienstleistungen der Beschwerdegegnerin verwendet worden wäre oder eine solche Verwendung unmittelbar bevorstehe. Mangels Rechtsschutzinteresse sei auf die Klage in diesem Punkt nicht einzutreten.
2.3. Mit diesen Ausführungen übergeht das Obergericht wesentliche Vorbringen der Beschwerdeführerin, wie diese zu Recht (und mit hinreichenden Aktenhinweisen) moniert. Es trifft zwar zu, dass sie in ihrer Klageschrift nicht ausdrücklich den Begriff des Rechtsschutzinteresses nannte. Sie legte darin aber dar, dass sie die Beschwerdegegnerin bereits im Kündigungsschreiben vom 11. Mai 2018 aufgefordert habe, bis am 8. Juni 2018 das Element "FRACTAL-SWISS" aus deren Firma zu löschen, und dass die Beschwerdegegnerin diese Frist ungenutzt habe verstreichen lassen. Die Beschwerdeführerin führte in der Klageschrift weiter aus, dass sie die Beschwerdegegnerin mit Schreiben vom 22. Februar 2019 und mit Schreiben vom 17. Mai 2019 erneut, aber erfolglos gemahnt habe, die Firmenbezeichnung zu ändern. Ferner wies die Beschwerdeführerin darauf hin, dass die Beschwerdegegnerin am 20. März 2019 das Markeneintragungsgesuch Nr. 3872/2019 für das Zeichen "Fractal-Swiss" eingereicht habe. Damit ist hinreichend dargetan, dass Eingriffe, wie sie die Beschwerdeführerin mit ihrem Unterlassungsbegehren verbieten lassen will, in der Vergangenheit stattgefunden haben und Verwarnungen keine Wirkungen gezeigt haben. Wiederholungen scheinen jedenfalls nicht ausgeschlossen, zumal mit Blick auf die am 20. März 2019 erfolgte Markenanmeldung. Diese bildet - wie die Beschwerdeführerin zutreffend vorbringt - zumindest ein starkes Indiz für eine bevorstehende Verwendung des Zeichens als Marke (siehe <ref-ruling> E. 4 S. 111; ROGER STAUB, in: Noth/Bühler/Thouvenin [Hrsg.], Markenschutzgesetz [MschG], 2. Aufl. 2017, N. 11 und 50 zu Art. 55 MSchG; vgl. allerdings <ref-ruling> E. 2e).
Die Vermutung der Wiederholungsgefahr kann durch den Verletzer widerlegt werden, wenn er Umstände dartut, die eine Wiederholung im konkreten Fall ausschliessen oder als unwahrscheinlich erscheinen lassen (<ref-ruling> E. 2b; Urteil 4A_379/2019 vom 4. Dezember 2019 E. 9.3.1, nicht publiziert in <ref-ruling>). An die Beseitigung der Vermutung sind jedoch strenge Anforderungen zu stellen. Diese sind im vorliegenden Fall nicht erfüllt: Die Beschwerdegegnerin hat ihre Firma zwar in der Zwischenzeit geändert - die Buchstabenfolge "Fractal" erscheint darin nicht mehr -; indes hat sie dies erst nach Einreichung der Klage getan. Nach der Rechtsprechung genügt die blosse Einstellung einer Verletzung im Hinblick auf einen von der Gegenpartei angestrengten Prozess jedoch nicht, wenn etwa an der Rechtmässigkeit des eigenen Verhaltens weiterhin festgehalten wird (siehe Urteile 4A_379/2019 vom 4. Dezember 2019 E. 9.3.1, nicht publiziert in: <ref-ruling>; 4A_38/2014 vom 27. Juni 2014 E. 2.3.1, nicht publiziert in: <ref-ruling>; je mit Hinweisen). Die Beschwerdegegnerin hat das (behauptete) Ausschliesslichkeitsrecht der Beschwerdeführerin am Zeichen "FRACTAL" nicht anerkannt. Insbesondere scheint sie weiterhin an ihrem Markeneintragungsgesuch Nr. 3872/2019 "Fractal-Swiss" festzuhalten.
Vor diesem Hintergrund hat die Vorinstanz das Vorliegen einer Wiederholungsgefahr zu Unrecht verneint.
2.4. Zu den weiteren Voraussetzungen des Unterlassungsbegehrens hat sich das Obergericht nicht geäussert und keine Feststellungen getroffen. Die Angelegenheit ist daher in Anwendung von Art. 107 Abs. 2 Satz 1 BGG zur weiteren Beurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
3.
In Rechtsbegehren-Ziffer 3.1 verlangte die Beschwerdeführerin die Übertragung des Markeneintragungsgesuchs Nr. 3872/2019 "Fractal-Swiss" beziehungsweise die Übertragung der daraus resultierenden Marke.
3.1. Nach Art. 53 MSchG kann der Kläger anstatt auf Feststellung der Nichtigkeit der Markeneintragung auf Übertragung der Marke klagen, wenn der Beklagte sich diese angemasst hat. Diese Klage dient dem Schutz vor Usurpatoren. Indem der besser Berechtigte nicht nur auf Nichtigkeit der Marke klagen, sondern ihre Übertragung verlangen kann, vermag er sich insbesondere die Priorität der Markeneintragung des Usurpators zu sichern. Voraussetzungen des Übertragungsanspruchs sind zum einen die bessere Berechtigung des Klägers an der Marke und zum anderen, dass sich der Beklagte die Marke angemasst hat. Beides ist vom Kläger nachzuweisen (Urteil 4A_39/2011, 4A_47/2011 vom 8. August 2011 E. 8.5.1 mit Hinweisen).
3.2. Die Vorinstanz trat auch auf das Übertragungsbegehren der Beschwerdeführerin nicht ein. Sie nannte hierfür zwei Argumente:
3.2.1. Zum einen könnten nach dem "klaren Wortlaut" von Art. 53 MSchG einzig Markeneintragungen Gegenstand einer Übertragungsklage bilden. Die blosse Anmeldung einer Marke sei dagegen vom Anwendungsbereich dieser Bestimmung nicht erfasst. Diese Überlegung geht fehl:
Zwar entsteht das Markenrecht nach Art. 5 MSchG mit der Eintragung im Register. Indes befürwortet die Lehre einhellig die Möglichkeit, klageweise die Übertragung von Marken im Anmeldungsstadium zu verlangen (MARKUS R. FRICK, in: Basler Kommentar, Markenschutzgesetz/Wappenschutzgesetz, 3. Aufl. 2017, N. 2 zu Art. 53 MSchG; CHRISTOPH GASSER, in: Noth/Bühler/Thouvenin [Hrsg.], Markenschutzgesetz [MschG], 2. Aufl. 2017, N. 19 zu Art. 5 MSchG; ANNE-VIRGINIE LA SPADA-GAIDE, in: Commentaire romand, Propriété intellectuelle, 2013, N. 9 zu Art. 5 MSchG; STAUB, a.a.O., N. 7 zu Art. 53 MSchG). Dies überzeugt. Denn es ist nicht einzusehen, weshalb der Kläger zuwarten müsste, bis die Marke eingetragen ist und so der widerrechtliche Registerinhalt länger als nötig aufrecht bleibt. Das Bundesgericht hat sich dieser Auffassung im Urteil 4A_39/2011, 4A_47/2011 vom 8. August 2011 E. 8.5.1 angeschlossen.
Die Vorinstanz stützt sich für ihre Auffassung einzig auf STAUB, a.a.O., N. 7 zu Art. 53 MSchG. Dieser Autor führt zwar aus, dass sich der Wortlaut von Art. 53 Abs. 1 MSchG auf eingetragene Marken beziehe, hält aber im gleichen Absatz einschränkend fest, dass die Übertragungsklage auch in Bezug auf Markenanmeldungen zu befürworten sei. Auch den Materialien sind im Übrigen keine Anhaltspunkte zu entnehmen, wonach die Klage auf Übertragung der Marke bewusst auf bereits im Register eingetragene Zeichen hätte beschränkt, (blosse) Markenanmeldungen dagegen vom Anwendungsbereich des Art. 53 MSchG hätten ausgenommen werden sollen (vgl. Botschaft vom 21. November 1990 zu einem Bundesgesetz über den Schutz von Marken und Herkunftsangaben [nachfolgend: Botschaft], BBl 1991 I 43 zu Art. 50 [heute: Art. 53] MSchG; parlamentarische Beratungen: AB 1992 S 33; AB 1992 N 402). Für eine solche Unterscheidung wären nach dem Gesagten auch keine stichhaltigen praktischen Gründe erkennbar.
3.2.2. Zum andern sei - so das Obergericht weiter - "nicht rechtsgenügend dargetan", dass die Beschwerdegegnerin das streitgegenständliche Zeichen "effektiv in Gebrauch" habe.
Mit dieser Erwägung ist die Beschwerdeführerin zu Recht nicht einverstanden: Anmassung im Sinne von Art. 53 MSchG meint, dass der Beklagte die Marke zur Eintragung anmeldet, obwohl er vom besseren Recht des Klägers wusste oder hätte wissen müssen (Urteil 4A_39/2011, 4A_47/2011 vom 8. August 2011 E. 8.5.1; FRICK, a.a.O., N. 3 f. zu Art. 53 MSchG; STAUB, a.a.O., N. 11 f. zu Art. 53 MSchG). Bereits die - dergestalt treuwidrige - Anmeldung der Marke tangiert die Rechte des Klägers, ohne dass es einen darüber hinausgehenden "effektiv[en]" Gebrauch des Zeichens durch den Beklagten bedürfte (siehe auch die Botschaft, BBl 1991 I 43 zu Art. 50 [heute: Art. 53] MSchG).
Hinzu kommt, dass die Klage nach Art. 53 MSchG auf die Herstellung des rechtmässigen Zustands und insofern auf eine Bereinigung des Markenregisters zielt, weshalb etwa verlangt wird, dass die Marke, deren Übertragung verlangt wird, dem Kläger tatsächlich zustünde, wenn er sie selbst angemeldet hätte (Urteil 4A_39/2011, 4A_47/2011 vom 8. August 2011 E. 8.5.1). Auf den Gebrauch der angegriffenen Marke durch den Beklagten kann es dabei nicht ankommen. Es wäre der Beschwerdeführerin denn auch nicht zuzumuten, trotz der - behauptetermassen markenrechtsverletzenden - Anmeldung des Zeichens "Fractal-Swiss" mit der Erhebung der Übertragungsklage zuzuwarten, bis sich die Rechtsverletzung in einem Gebrauch durch die Beschwerdegegnerin manifestiert.
3.3. Damit trägt die für den vorinstanzlichen Nichteintretensentscheid massgebliche Begründung nicht. Die Sache ist auch in diesem Punkt zur Prüfung der weiteren Voraussetzungen der Übertragungsklage an das Obergericht zurückzuweisen (Art. 107 Abs. 2 Satz 1 BGG). Der zum Übertragungsbegehren gestellte Eventualantrag (Löschung des Markeneintragungsgesuchs beziehungsweise der daraus resultierenden Marke) braucht vorderhand nicht beurteilt zu werden.
4.
Die Beschwerde ist gutzuheissen. Das angefochtene Urteil des Obergerichts ist aufzuheben, soweit darin nicht das Verfahren zufolge Anerkennung abgeschrieben wird. Die Sache ist zu neuer Beurteilung des Unterlassungs-, des Übertragungs- und allenfalls des Löschungsbegehrens an die Vorinstanz zurückzuweisen. Diese wird auch über die Kosten- und Entschädigungsfolgen des kantonalen Verfahrens erneut zu befinden haben. Damit kann offen bleiben, wie es sich mit der in der Beschwerde geübten Kritik am vorinstanzlichen Kostenentscheid verhält.
Ausgangsgemäss wird die Beschwerdegegnerin kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 Abs. 1 und Art. 68 Abs. 2 BGG). Daran ändert nichts, dass sie sich im Verfahren vor Bundesgericht nicht vernehmen liess (siehe Urteil 4A_595/2019 vom 18. Februar 2020 E. 3.1 mit Hinweisen).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird gutgeheissen. Der Entscheid des Obergerichts des Kantons Nidwalden vom 27. April 2020 wird aufgehoben, soweit darin nicht das Verfahren zufolge Anerkennung abgeschrieben wird. Die Sache wird zu neuer Beurteilung an die Vorinstanz zurückgewiesen.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 3'500.-- werden der Beschwerdegegnerin auferlegt.
3.
Die Beschwerdegegnerin hat die Beschwerdeführerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 4'000.-- zu entschädigen.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien, dem Obergericht des Kantons Nidwalden, Zivilabteilung, und dem Eidgenössischen Institut für Geistiges Eigentum IGE schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 7. September 2020
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Kiss
Der Gerichtsschreiber: Stähle