Faits :
A.
A.a. Avia SA, qui a son siège à Muttenz, est inscrite au registre du commerce depuis le 2 juin 1994. Elle a pour but le commerce et le stockage de carburants et de combustibles ainsi que la construction et l'exploitation de dépôts.
AVIA Fédération d'Importateurs Suisses indépendants en produits pétroliers, Société coopérative, qui a son siège à Zurich, est inscrite au registre du commerce depuis le 11 novembre 1932. Elle poursuit le but de sauvegarder les intérêts des importateurs, producteurs et commerçants indépendants de différents produits énergétiques notamment sous la marque " Avia " et en particulier de faire la promotion de l'exploitation de stations d'essence, de shops et de tunnels de lavage.
Les deux sociétés (ci-après : les demanderesses) font partie du groupe Avia qui, selon le site internet www.avia.ch, dispose d'environ 600 stations-service et de plus de 100 shops en Suisse.
A.b. Swiss Avia Consult Sàrl (ci-après : la défenderesse), inscrite au registre du commerce depuis le 4 septembre 2009, a pour but la livraison de pièces détachées dans le domaine de l'aviation et de l'industrie des moteurs ainsi que les activités de conseil, développement, commerce, conduite de projets et réparations dans ces mêmes domaines. Son siège, initialement à Fribourg, a ensuite été transféré à St-Gingolph.
A.c. Les 27 mars, 22 avril et 3 juin 2015, les demanderesses ont communiqué à la défenderesse qu'elle portait atteinte à leur raison sociale, exigé qu'elle change la sienne en supprimant l'élément " Avia " et cesse toute utilisation de cet élément.
B.
B.a. Le 27 août 2015, les demanderesses ont déposé, devant le Tribunal cantonal de Fribourg, une action en prévention et en cessation de l'atteinte fondée sur le droit des raisons sociales (cf. art. 951 et 956 CO) à l'encontre de la défenderesse. Dans leurs conclusions, complétées le 3 octobre 2017, elles ont demandé à l'autorité cantonale d'interdire à la défenderesse d'utiliser le signe " Avia " dans sa raison sociale, sous la menace de la peine d'amende prévue par l'<ref-law>, de lui ordonner de faire radier l'élément " Avia " dans sa raison sociale (inscrite au Registre du commerce du Bas-Valais) dans les trente jours suivant l'entrée en force du jugement, sous la menace de la même peine, et de donner son accord au transfert (en leur faveur et sans indemnité), subsidiairement à la radiation, du nom de domaine " swissaviaconsult.ch ". Les demanderesses sont d'avis que, dans la raison de commerce de la défenderesse, seul l'élément " Avia " est distinctif, ce qui a pour conséquence de créer un lien (erroné) avec le groupe Avia. Elles estiment que le risque de confusion est d'autant plus marqué que le signe " Avia ", qu'elles utilisent depuis longtemps, bénéficie d'une grande notoriété.
B.b. Par réponse du 15 février 2016, la défenderesse a conclu au rejet de la demande. Elle soulève l'objection de péremption, en relevant l'inaction des demanderesses pendant plus de cinq ans, et demande que cette question soit tranchée par une décision incidente.
Par arrêt incident rendu le 27 juin 2017, la IIe Cour d'appel civil du Tribunal cantonal de Fribourg a rejeté l'objection de péremption. La défenderesse n'a pas formé de recours immédiat au Tribunal fédéral contre cette décision.
B.c. Par lettre du 24 mai 2018, la juge déléguée a informé les parties qu'elle n'entendait pas administrer les moyens de preuve sollicités par la défenderesse (qui souhaitait démontrer l'absence de confusions effectives entre les raisons sociales), ces moyens n'étant pas pertinents pour la solution du litige.
Les 17 et 18 septembre 2018, les parties (par leur mandataire respectif) ont déposé leurs listes de frais. A la demande de la juge déléguée, les demanderesses ont produit, le 24 septembre 2018, leur liste de frais détaillée qui a été communiquée à la défenderesse le 26 septembre 2018. Le 9 octobre 2018, celle-ci a déposé des observations sur cette liste et les demanderesses ont répliqué de manière spontanée le 16 octobre 2018.
B.d. Par arrêt du 23 octobre 2018, la cour cantonale a admis partiellement la demande (le rejet partiel ne touchant que des points secondaires sur lesquels il n'y a pas lieu de revenir). Elle a fait interdiction à la défenderesse d'utiliser le signe " Avia " contenu dans sa raison sociale, lui a ordonné de modifier celle-ci en supprimant le mot " Avia ", dans les 30 jours suivant l'entrée en force de l'arrêt (son dispositif tenant lieu de déclaration de volonté étant alors communiqué au registre du commerce), informé les organes de la défenderesse qu'à défaut d'obtempérer ils s'exposeraient à la peine d'amende prévue par l'<ref-law>, ordonné à la défenderesse de donner son accord au transfert, sans indemnité, du nom de domaine " swissaviaconsult.ch " aux demanderesses (le dispositif de l'arrêt exécutoire tenant lieu de déclaration de volonté et étant communiqué au registre du commerce) et rejeté toutes autres conclusions.
C.
Contre l'arrêt final du 23 octobre 2018 et l'arrêt incident du 27 juin 2017 de la IIe Cour d'appel civil, la défenderesse exerce un recours en matière civile au Tribunal fédéral. Elle conclut, principalement, à l'admission de son recours (ch. I), à la réforme de la décision incidente en ce sens que l'objection de péremption est admise (ch. II), subsidiairement à la conclusion ch. II, à l'annulation de l'arrêt final (ch. III) (sans aucune autre précision), subsidiairement à la conclusion ch. III, à la réforme de l'arrêt final en ce sens qu'elle demeure autorisée à employer la raison de commerce " Swiss Avia Consult Sàrl " (ch. IV) et à maintenir son domaine " swissaviaconsult.ch " (ch. V), subsidiairement aux conclusions ch. IV et V, à l'annulation de l'arrêt final et au renvoi de la cause à l'autorité précédente pour nouvelle décision, l'adjonction à sa raison sociale d'un élément distinctif fort étant réservée parmi les possibilités de modification (ch. VI), subsidiairement aux conclusions ch. IV, V et VI, à l'annulation de l'arrêt final et au renvoi de la cause à l'autorité cantonale pour nouvelle décision (ch. VII). La recourante invoque la violation des art. 2 al. 2 et 8 CC, des art. 951 et 956 CO, de l'<ref-law> et de l'art. 29 al. 2 Cst.
Les intimées ont conclu au rejet du recours.
Chacune des parties a encore déposé des observations.
L'effet suspensif au recours sollicité par la recourante a été accordé par ordonnance présidentielle du 7 janvier 2019.

Considérant en droit :
1.
1.1. Le recours est dirigé contre des décisions rendues en matière civile (<ref-law>). La Cour d'appel civil, qui a statué en instance cantonale unique, a correctement fondé sa compétence ratione materiae sur l'art. 5 al. 1 let. c CPC. Lorsque le droit fédéral prévoit une instance cantonale unique, le recours en matière civile est recevable indépendamment de la valeur litigieuse (<ref-law>) et, contrairement à la règle générale (cf. <ref-law>), le tribunal supérieur désigné comme autorité cantonale de dernière instance n'a pas à statuer sur recours (<ref-law>).
Au surplus, interjeté par la partie qui a succombé en instance cantonale (<ref-law>) et dirigé contre un arrêt final (<ref-law>) et un arrêt incident (<ref-law>), le recours en matière civile est en principe recevable puisqu'il a été déposé dans le délai (art. 45 al. 1 et art. 100 LTF) et la forme (<ref-law>) prévus par la loi.
2.
2.1. Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>). Il ne peut s'en écarter que si ces faits ont été établis de façon manifestement inexacte - ce qui correspond à la notion d'arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (<ref-ruling> consid. 4.1.2; <ref-ruling> consid. 5.1) - ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> (<ref-law>), et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (<ref-law>).
Concernant l'appréciation des preuves, le Tribunal fédéral n'intervient, du chef de l'art. 9 Cst., que si le juge du fait n'a manifestement pas compris le sens et la portée d'un moyen de preuve, a omis sans raisons objectives de tenir compte des preuves pertinentes ou a effectué, sur la base des éléments recueillis, des déductions insoutenables (<ref-ruling> consid. 4.2; <ref-ruling> consid. 4.2).
La critique de l'état de fait retenu est soumise au principe strict de l'allégation énoncé par l'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 2.3 p. 266 et les références).
2.2. Sous réserve de la violation des droits constitutionnels (<ref-law>), le Tribunal fédéral applique le droit d'office (<ref-law>). Il n'est toutefois lié ni par les motifs invoqués par les parties, ni par l'argumentation juridique retenue par l'autorité cantonale; il peut donc admettre le recours pour d'autres motifs que ceux invoqués par le recourant, comme il peut le rejeter en opérant une substitution de motifs (<ref-ruling> consid. 1.4 et l'arrêt cité).
3. [péremption]
La recourante reproche à la cour cantonale d'avoir violé l'<ref-law> et l'<ref-law> en rejetant, par décision incidente du 27 juin 2017, l'objection de péremption qu'elle avait soulevée le 15 février 2016.
3.1. Conformément à la jurisprudence constante, les actions défensives en matière de droits de propriété intellectuelle et de concurrence déloyale peuvent s'éteindre lorsqu'elles sont mises en oeuvre trop tard. La péremption pour avoir tardé à agir doit toutefois être admise avec retenue, plus particulièrement encore en cas de conflit entre raisons de commerce (arrêt 4A_257/2014 du 29 septembre 2014 consid. 6.1 publié in sic! 2015 p. 37; <ref-ruling> consid. 3 p. 180), car, selon l'<ref-law>, un droit ne sera pas protégé seulement si son exercice est manifestement abusif (arrêt 4A_257/2014 déjà cité consid. 6.1; <ref-ruling> consid. 4a p. 577 et l'arrêt cité). Plus exactement, l'abus de droit réside dans le fait que l'ayant droit adopte un comportement contradictoire ( venire contra factum proprium) : l'inaction prolongée suscite l'apparence d'une tolérance, que contredit l'action en justice intentée des années plus tard (arrêt 4A_257/2014 déjà cité consid. 6.1 et l'auteur cité).
La péremption suppose que l'ayant droit ait toléré la violation de ses droits pendant une longue période sans s'y opposer (cf. infra consid. 3.2) et que l'auteur de la violation ait entre-temps acquis lui-même une position digne de protection ( eigener wertvoller Besitzstand; cf. infra consid. 3.3).
3.2. Le moment à partir duquel la passivité du titulaire est à prendre en considération est celui où il a eu connaissance ou aurait dû avoir connaissance de l'utilisation du signe litigieux (arrêt 4A_257/2014 déjà cité consid. 6.2). Pour les raisons de commerce, la jurisprudence prévoit qu'en vertu de l'effet positif du registre du commerce (au sens de l'<ref-law>) les tiers auxquels une inscription est devenue opposable ne peuvent pas se prévaloir de ce qu'ils l'ont ignorée (arrêt 4A_257/2014 déjà cité consid. 6.2).
Savoir après combien de temps d'inactivité du lésé la péremption doit être admise dépend des circonstances de l'espèce. Le législateur a renoncé à fixer un délai déterminé. Ce choix correspond au mécanisme de l'<ref-law>, qui suppose une certaine élasticité (arrêt 4A_257/2014 déjà cité consid. 6.3 et les auteurs cités). La jurisprudence récente en matière de signes distinctifs fait état d'une période oscillant en règle générale entre quatre et huit ans (sur l'ensemble de la question, cf. arrêt 4A_257/2014 déjà cité consid. 6.3).
3.3. S'agissant de la position digne de protection, ce qui est décisif est que la raison sociale de l'auteur de la violation se soit imposée dans le public (sur le marché) comme étant le signe distinctif de l'entreprise ensuite d'un long et paisible usage, et que le défendeur se soit ainsi créé une position concurrentielle avantageuse (arrêt 4A_257/2014 déjà cité consid. 6.5; sur l'ensemble de la question, cf. <ref-ruling> consid. 6a p. 584; <ref-ruling> consid. 2a p. 341). Cette position concurrentielle doit être telle que les désavantages (sérieux) qui résulteraient pour l'auteur de la violation de l'abandon du signe litigieux justifient de faire supporter au lésé (ayant droit) l'inconvénient de ne plus pouvoir faire valoir ses droits exclusifs à son égard (sur cette pesée des intérêts, cf. <ref-ruling> consid. 6a p. 584 et l'auteur cité).
Le préjudice économique que subirait l'auteur de la violation s'il devait cesser l'utilisation du signe litigieux peut, selon les circonstances, entrer dans la notion de désavantage sérieux (aspect quantitatif) (cf. arrêt 4C.76/2005 du 30 juin 2005 consid. 3.4 non publié in <ref-ruling>). L'existence d'un chiffre d'affaires important n'est toutefois, en soi, pas suffisant, mais l'auteur de la violation doit nécessairement établir le lien entre ce chiffre d'affaires et l'utilisation du signe litigieux (cf. arrêt du Tribunal fédéral du 11 décembre 1973 publié in RSPI 1974 p. 132, cité par SIMONE BRAUCHBAR, Die Verwirkung im Kennzeichenrecht, 2001, p. 109 note 576). Les désavantages sérieux peuvent également revêtir un aspect qualitatif: cela sera le cas lorsque l'utilisation du signe litigieux a, pour l'auteur de la violation, une importance stratégique vis-à-vis de certains clients (arrêt 4C.76/2005 du 30 juin 2005 consid. 3.4 non publié in <ref-ruling>).
Il ne peut être renoncé à la condition de la position digne de protection qui constitue le véritable fondement de l'objection de péremption en matière de signes distinctifs (arrêt 4C.76/2005 déjà cité consid. 3.4 et l'auteur cité).
3.4. Selon l'arrêt cantonal, la défenderesse a été inscrite au registre du commerce le 4 septembre 2009 et la première mise en demeure des demanderesses lui a été notifiée le 27 mars 2015. Depuis sa constitution, la défenderesse a développé ses activités dans le domaine de l'aviation, son chiffre d'affaires net est passé de 56'635 fr. en 2011 à 1'044'074 fr. en 2014, et elle a noué des collaborations fructueuses avec des partenaires, soit environ vingt magasins de réparation et des fournisseurs de pièces détachées pour les avions. C'est grâce aux deux associés de la société défenderesse, qui ont su profiter de leurs relations personnelles, que celle-ci a acquis une position sur le marché. Il n'est pas établi qu'un changement de raison sociale, et en particulier l'abandon de l'élément " Avia ", entraînerait de sérieux inconvénients pour la défenderesse. En particulier, celle-ci n'a pas démontré qu'il en résulterait une diminution de son chiffre d'affaires (aspect quantitatif) ou un autre inconvénient sur le plan qualitatif; à cet égard, si l'un des associés gérants a affirmé qu'il existait un risque que la société perde des contrats (un changement de raison sociale impliquant, selon lui, de procéder une nouvelle fois au processus de contrôle préalable exigé par les clients) et que ces contrats pourraient alors être signés par ses concurrents, il n'a pas " apporté le début d'une preuve de ces affirmations ni démontré leur vraisemblance ". La cour cantonale a au contraire relevé que, dans le domaine hautement spécialisé de l'aéronautique, les contrats se concluent en fonction des compétences personnelles des gérants ou des employés et que le nom de la société est secondaire.
3.5. En l'espèce, la passivité des demanderesses pendant 51⁄2 ans (depuis l'inscription au registre du commerce) semble remplir la (première) condition de la péremption. Il n'y a toutefois pas lieu de s'y attarder puisque la seconde condition (position digne de protection) n'est de toute façon pas remplie. Force est en effet d'admettre que, sur la base des constatations cantonales, la défenderesse n'est pas parvenue à établir que l'abandon du mot " Avia " dans sa raison sociale entraînerait pour elle de sérieux inconvénients, de sorte qu'elle ne dispose d'aucune justification propre à apporter une restriction aux droits exclusifs des demanderesses.
3.5.1. La défenderesse recourante considère, certes, que les " inconvénients " qu'elle subirait du fait de l'interdiction d'utiliser le signe litigieux sont " pourtant manifeste[s] ".
D'emblée, on observera que la recevabilité de sa critique, qui repose sur des affirmations essentiellement appellatoires, est douteuse au regard des exigences strictes posées par les art. 97 al. 1 et 106 al. 2 LTF. Même si l'on admettait la recevabilité du grief, celui-ci serait, comme on va le voir, de toute façon mal fondé.
3.5.2. Lorsque la recourante explique que, pour une société, le changement de sa raison de commerce en cours de vie sociale n'est pas un gage de sérieux - ce qui, selon elle, représenterait d'emblée un inconvénient sérieux pour l'entreprise -, elle émet un simple jugement de valeur qui est impropre à démontrer que la cour cantonale aurait violé le droit en niant le caractère préjudiciable, en l'espèce, de la modification de la raison sociale de la défenderesse.
Lorsqu'elle affirme que l'interdiction d'utiliser sa raison sociale l'empêcherait de faire usage d'un terme qui ne fait que décrire son activité et revêt une " valeur informative essentielle ", elle considère que le terme " Avia " serait descriptif (et non doté d'une force distinctive). L'argument, tel qu'il est présenté par la défenderesse, n'est pas déterminant lorsqu'il s'agit d'examiner la question de la péremption; il sera repris en lien avec le risque de confusion (cf. infra consid. 4).
Quant au changement de la raison sociale qui " pourrait faire croire à certains clients qu'elle aurait cessé d'offrir les prestations qui sont les siennes ", il s'agit à nouveau d'une simple hypothèse totalement impropre à démontrer que la cour précédente aurait violé le droit.
Lorsqu'elle affirme qu'un changement de raison sociale nécessiterait une réinscription chez certains clients (soit une procédure pouvant durer des mois, voire une année, qui aurait pour conséquence de lui faire perdre des mandats temporairement, voire définitivement si des concurrents finissent par la remplacer), elle fournit un argument - fondé sur des points de fait ne résultant d'ailleurs pas de l'arrêt attaqué - peu crédible dans le cas d'une société (comme la recourante) dont les associés sont connus personnellement de leurs clients et avec lesquels ils entretiennent des relations privilégiées. Dans ces conditions, on ne voit pas quel inconvénient (quantitatif ou qualitatif) pourrait résulter de l'abandon par la défenderesse du terme " Avia " figurant dans sa raison sociale et la recourante ne fournit pas les explications qui permettraient de saisir en quoi la décision cantonale violerait le droit sur ce point.
Il en résulte que, même si on les examine en partant de la propre version des faits de la recourante, les critiques qu'elle soulève sont infondées.
La question litigieuse est dès lors tranchée et il n'y a pas lieu de s'attarder sur la distinction - par ailleurs fondée sur le constat erroné que le signe " Avia " serait purement descriptif (cf. infra consid. 4) - qu'elle tente d'opérer entre, d'une part, une " position concurrentielle " due à une " raison sociale d'une puissance particulière " et, d'autre part, les " inconvénients suffisamment importants " que l'auteur de la violation risquerait de subir s'il devait abandonner la raison de commerce employée.
3.5.3. Dans une partie distincte de son argumentation, la recourante reproche encore à la cour cantonale d'avoir rejeté son objection de péremption en omettant d'opérer une pesée d'intérêts et, partant, d'avoir commis un " excès négatif du pouvoir d'appréciation ", impliquant également une violation de l'<ref-law>.
L'argumentation ne convainc pas. La cour cantonale a écarté l'objection de la défenderesse en retenant que celle-ci n'était pas parvenue à démontrer qu'un changement de raison sociale lui causerait des inconvénients sérieux. Cela étant, la condition de la situation digne de protection n'était pas remplie et, en l'absence de tout intérêt du côté de la défenderesse, la pesée d'intérêts sollicitée par celle-ci n'avait aucun sens.
Le moyen est infondé et on ne saurait dès lors reprocher à la cour précédente d'avoir rejeté l'objection de péremption.
4. [risque de confusion]
Il s'agit dès lors d'examiner s'il existe un risque de confusion entre les raisons de commerce des parties, soit " Avia SA " et " AVIA Fédération d'Importateurs Suisses Indépendants en produits pétroliers, Société coopérative ", d'une part, et " Swiss Avia Consult Sàrl ", d'autre part.
4.1. La cour cantonale relève que l'élément déterminant, commun à chacun des signes, est le terme " Avia " et que les autres éléments, qui revêtent un caractère descriptif (générique), ne jouent ici aucun rôle. Elle souligne que la proximité du terme " Avia " avec le mot " aviation " n'est pas décisive pour le public concerné, mais que, conformément à la jurisprudence du Tribunal fédéral, ce terme est une désignation de fantaisie, soit un signe disposant d'un caractère distinctif (originaire). L'autorité cantonale considère qu'il existe un " risque de confusion indirect très marqué " entre les raisons sociales des demanderesses, qui contiennent chacune le terme " Avia " qui est doté d'un caractère distinctif, et celle de la défenderesse qui reprend ce terme à l'identique. Elle ajoute que, le risque de confusion étant évident, la question de savoir s'il existe ou non un rapport de concurrence peut demeurer indécise.
La recourante soutient que le signe " Avia " est descriptif et que tout risque de confusion entre sa raison sociale et celle des intimées est exclue.
4.2. En vertu de l'<ref-law>, la raison de commerce d'une société commerciale ou d'une société coopérative doit se distinguer nettement de toute autre raison de commerce d'une société commerciale ou d'une société coopérative déjà inscrite en Suisse.
4.2.1. Il y a risque de confusion lorsque la raison sociale d'une entreprise (l'auteur de la violation) peut être prise pour une autre (celle de l'ayant droit) (confusion dite directe) ou lorsque les raisons sociales peuvent certes être distinguées, mais qu'elles donnent l'impression (erronée) qu'il existe des liens juridiques ou économiques entre les deux entreprises concernées (confusion dite indirecte; <ref-ruling> consid. 3 p. 577; <ref-ruling> consid. 2a; <ref-ruling> consid. 2a).
Le principe de la spécialité ( Branchensystem), qui prévaut en droit des marques, ne s'applique pas en droit des raisons de commerce. Cela étant, le champ de protection ( Schutzumfang) de la raison de commerce peut également couvrir les signes utilisés par d'autres entreprises qui offrent d'autres produits ou services et qui, partant, ne sont pas dans un rapport de concurrence (cf. <ref-ruling> consid. 2a p. 433). Le risque de confusion doit toutefois être jugé de manière plus stricte lorsque les entreprises ont des activités identiques ou similaires ou qu'elles exercent leurs activités dans un périmètre géographique restreint (<ref-ruling> consid. 4.4 p. 580; arrêts 4A_83/2018 du 1er octobre 2018 consid. 3.1 publié partiellement in sic! 2019 p. 94; 4A_123/2015 du 25 août 2015 consid. 4 publié in sic! 2016 p. 16; 4A_257/2014 déjà cité consid. 5.2).
4.2.2. Savoir si deux raisons de commerce se distinguent clairement (" nettement ") se détermine sur la base de l'impression d'ensemble qu'elles donnent au public concerné (<ref-ruling> consid. 3 p. 576), celui-ci étant défini principalement en fonction des cercles dans lesquels les entreprises (ayant droit et auteur de la violation) sont actives (<ref-ruling> consid. 1 p. 323 et l'arrêt cité) et non - comme le défendent les intimées qui se fondent sur le droit des marques - exclusivement en fonction du cercle déterminé par le signe antérieur. Le risque de confusion est apprécié dans chaque langue nationale (<ref-ruling> consid. 1 p. 353; cf. arrêt 4C.206/1999 du 14 mars 2000 consid. 4a publié in sic! 2000 p. 399; en droit des marques, cf. Directives en matière de marques de l'Institut Fédéral de la Propriété Intellectuelle [IPI], 2019, ch. 6.3.1 p. 256). Les confusions concrètes (effectives) ne sont, selon les circonstances, que des indices d'un risque de confusion (<ref-ruling> consid. 2c p. 373; arrêt 4A_257/2014 déjà cité consid. 5.2).
Les raisons ne doivent pas seulement se différencier par une comparaison attentive de leurs éléments, mais aussi par le souvenir qu'elles peuvent laisser (<ref-ruling> consid. 3 p. 576; <ref-ruling> consid. 5). Il convient surtout de prendre en compte les éléments frappants que leur signification ou leur sonorité mettent particulièrement en évidence, si bien qu'ils ont une importance accrue pour l'appréciation du risque de confusion (<ref-ruling> consid. 3 p. 576; <ref-ruling> consid. 2b/cc; <ref-ruling> consid. 1). Cela vaut en particulier pour les désignations de pure fantaisie, qui jouissent généralement d'une force distinctive importante (vu les grandes possibilités de choix qui sont à disposition), à l'inverse des désignations génériques appartenant au domaine public (arrêt 4A_590/2018 du 25 mars 2019 consid. 2.1 et les arrêts cités).
Le caractère distinctif (par opposition au caractère générique) d'un élément composant la raison de commerce peut être originaire ou s'être imposé par l'usage du signe dans le commerce ( Verkehrsdurchsetzung).
4.3. La question litigieuse qui se pose en l'espèce a déjà été soumise trois fois, dans des circonstances comparables, au Tribunal fédéral : le terme " Avia " (seul distinctif dans les raisons sociales en présence) était utilisé, d'une part, par des sociétés du groupe Avia (auquel les demanderesses appartiennent) inscrites en premier au registre du commerce et, d'autre part, par des sociétés (inscrites ultérieurement) actives dans le domaine de l'aviation (comme c'est le cas de la défenderesse) ou celui des voyages.
4.3.1. Dans l'arrêt du 6 janvier 1981 (C.164/1980) qui opposait Avio-Leasing AG (société ayant pour but d'accorder des leasings dans le domaine de l'aviation) c/ Avia AG et consorts (sociétés du groupe Avia actives dans le domaine des carburants et combustibles), le Tribunal fédéral a eu l'occasion d'indiquer que, pour le public concerné, le terme " Avia " est une désignation de fantaisie qui n'évoque pas d'emblée le domaine de l'aviation. Il a ensuite précisé que le terme " Avio ", qui domine la raison sociale de la recourante, ne se différencie pas assez du terme " Avia ", de sorte que le risque de confusion n'est pas écarté.
4.3.2. Dans l'arrêt du 23 avril 1991 (4C.348/1990) qui opposait Aviatour AG (société ayant notamment pour but de gérer des agences de voyages en Suisse et à l'étranger) c/ AVIA Mineralöl AG et consorts (sociétés du groupe Avia), le Tribunal fédéral a confirmé que le sens du mot " Avia ", considéré comme un signe de fantaisie dans son précédent arrêt, n'avait pas changé : certes, le mot " Avia " contient les mêmes syllabes que les termes " Aviatik " (allemand), " aviation " (français) et " aviazione " (italien), mais il ne s'agit pas pour autant d'un signe générique puisque le mot " Avia ", pris isolément, ne peut pas être assimilé à ces derniers termes (consid. 2b). La force distinctive du mot " tour " étant faible, son adjonction dans le signe de la recourante (Aviatour) ne permet pas d'écarter tout risque de confusion avec le signe des intimées.
4.3.3. Enfin, dans l'arrêt du 14 mars 2000 (4C.206/1999 consid. 2 à 5 publié in sic! 2000 p. 399) qui opposait Avia AG et consorts (sociétés du groupe Avia) c/ Aviareps Airline Management GmbH (ayant notamment pour but de représenter des sociétés aériennes), le Tribunal fédéral, confirmant sa jurisprudence, a signalé que le terme " Avia " des recourantes est un signe de fantaisie, de même que le signe " Aviareps " de l'intimée, que l'adjonction " reps " ne permet pas d'écarter le caractère dominant de la partie " Avia " et, partant, que le signe de l'intimée peut être confondu avec celui des recourantes.
Les recourantes sollicitaient l'interdiction de toute utilisation de l'élément " Avia " en relation avec le but social; le Tribunal fédéral ne les a pas suivies entièrement, mais a restreint la portée de l'interdiction (en faisant défense à l'intimée d'utiliser l'élément " Aviareps " dans sa raison sociale), afin de permettre de continuer à faire usage de mots (comme les mots " Kaviar " ou " Skandinavia ") composés de l'élément " avia " et d'une adjonction excluant clairement tout risque de confusion avec le signe des recourantes (consid. 5a).
4.4. C'est en vain que la recourante, pour convaincre que le terme " Avia " ne saurait établir l'existence d'un risque de confusion, tente de donner du poids aux autres termes, notamment le mot " Consult " figurant également dans son signe. On ne saurait en particulier la suivre lorsqu'elle prétend que, dans son cas (fourniture de services en lien avec l'aviation), " Avia " n'est " pas plus et pas moins distinctif " que le terme " Consult ". L'argument, pour autant qu'on le comprenne bien, circonscrit le champ de protection ( Schutzumfang) du signe de la défenderesse essentiellement en fonction des services qu'elle fournit et, partant, il repose sur l'application - erronée - du principe de la spécialité (cf. supra consid. 4.2.1). Il n'y a donc pas lieu de s'y attarder.
C'est donc bien en partant du terme " Avia ", commun à chacun des signes, qu'il convient d'examiner l'existence d'un éventuel risque de confusion. Force est de constater à cet égard que cette question a déjà été tranchée par le Tribunal fédéral dans trois arrêts entre 1981 et 2000 (cf. supra consid. 4.2). On ne voit pas en quoi l'écoulement du temps (depuis le prononcé de ces arrêts) obligerait à traiter la question différemment et à nier aujourd'hui tout risque de confusion (question de droit) entre les raisons sociales des parties. La recourante ne démontre pas, comme on va le voir, en quoi l'appréciation faite à l'époque par la Cour de céans (qui retient le caractère distinctif originaire de l'élément " Avia ") - reprise par les juges cantonaux - devrait être remise en question.
4.4.1. La recourante tente de tirer parti du fait que, dans la décision incidente, la cour cantonale a affirmé que le terme " Avia " était descriptif des services liés à l'aviation. Elle omet toutefois de signaler que la même cour, dans sa décision finale, a ensuite retenu, sans qu'il ne subsiste aucune ambiguïté à ce sujet, que le signe était doté d'un caractère distinctif.
C'est donc en vain que la recourante tente de revenir sur l'imprécision contenue dans la décision incidente pour en tirer un argument en sa faveur.
4.4.2. Selon la recourante, il conviendrait de nier le caractère distinctif du signe " Avia " au motif que, pour son entreprise, active dans le domaine de l'aviation, il serait descriptif et aurait une " valeur informative essentielle ". Cet argument présuppose l'application du principe de la spécialité ( Branchensystem), qui est pourtant exclue en droit des raisons sociales (cf. supra consid. 4.4).
Pour réfuter le caractère fantaisiste du signe litigieux, la recourante reprend en outre divers arguments qui ont déjà été écartés dans les trois arrêts rendus par la Cour de céans, sans indiquer en quoi il conviendrait aujourd'hui d'apprécier différemment ces arguments. Il n'y a pas lieu d'y revenir.
Quant aux arguments tirés du cas ayant fait l'objet de l'<ref-ruling> (consid. 2), ils ne sont d'aucune aide à la recourante, ce précédent n'étant pas comparable à la situation d'espèce.
4.4.3. La recourante prétend qu'il est nécessaire de tenir compte de la fréquence de l'usage du signe " Avia ". Elle affirme avoir " démontré que, par son emploi extrêmement fréquent, le signe " Avia " appartenait au domaine public ". Dans l'arrêt 4C.206/1999 du 14 mars 2000, le Tribunal fédéral a toutefois explicitement réfuté cet argument en relevant que l'utilisation par des tierces parties n'était pas déterminante, seule la relation entre les parties au procès devant être examinée (consid. 4e).
La recourante revient à la charge en s'en prenant cette fois directement aux arrêts précédents de la Cour de céans. Elle avance, timidement, qu'il " n'est pas impossible que [ceux-ci], rédigés en langue allemande, aient insuffisamment tenu compte du fait que dans les langues latines (...), il s'agit d'un radical sémantique, puisque " avia " tout court ne signifie rien. Elle se limite ainsi à émettre une supposition, qui s'avère pour le moins précaire, puisque le Tribunal fédéral a explicitement tenu compte des termes " aviation " et " aviazione " dans son analyse, puis, après avoir recherché le sens du mot " Avia " pris isolément, est arrivé à la conclusion que le radical " Avia " n'était pas assimilable aux vocables français et italien. En réalité, l'examen préconisé par la recourante conduirait à qualifier d'emblée tout radical (ou racine sémantique) de signe descriptif et, partant, à faire usage d'un procédé totalement étranger aux critères, posés par la jurisprudence, permettant d'établir l'existence d'un risque de confusion.
4.4.4. L'affirmation selon laquelle " Avia " serait un signe " indispensable au commerce " et qu'il ne pourrait pas être monopolisé par les demanderesses semble sous-entendre, si on comprend bien le raisonnement de la recourante, l'existence d'un besoin absolu de libre disposition ( Freihaltebedürfnis), qui exclurait d'emblée toute imposition du signe dans le commerce ( Verkehrsdurchsetzung) (en droit des marques, cf. Directives de l'IPI déjà citées ch. 12.1.2 p. 219). L'argument n'est pas exempt de contradiction puisque, dans le même paragraphe, la recourante explique que les demanderesses auraient dû (sous-entendu : pour pouvoir monopoliser le signe) fournir la preuve de la notoriété du signe compris dans leur raison sociale en procédant à un sondage d'opinion ( demoskopische Umfrage). L'affirmation est par ailleurs dénuée de pertinence. Le fait que l'élément " Avia " constitue, du point de vue linguistique, une racine sémantique ne joue ici aucun rôle. L'examen d'un éventuel besoin absolu de libre disposition n'a de sens qu'en présence d'une désignation générique susceptible d'acquérir une force distinctive suite à un usage intensif (imposition dans le commerce). Or, le signe litigieux " Avia " revêt un caractère fantaisiste (donc une force distinctive), ce qui exclut d'emblée toute discussion sur un éventuel besoin absolu de libre disposition.
4.4.5. On ne saurait ensuite suivre la recourante lorsqu'elle considère être en présence d'une " sorte d'homonymes " : il y aurait, d'un côté, son signe (faisant référence à l'aviation, donc descriptif) et, de l'autre, le signe des intimées (qui est fantaisiste, donc doté d'un caractère distinctif). Cette construction, purement artificielle, implique à nouveau, dans une certaine mesure au moins, l'application du principe de spécialité, qui est pourtant exclue en droit des raisons de commerce (cf. supra consid. 4.4).
4.4.6. La recourante est d'avis que les juges cantonaux ne pouvaient déduire d'une prétendue notoriété en Suisse du groupe " Avia " (auquel appartiennent les demanderesses) l'existence d'un risque de confusion accru avec sa propre raison sociale. Elle considère au contraire que la notoriété régionale du groupe " Avia " réduit en réalité le risque de confusion, puisque le public concerné associe ce groupe aux stations-services et qu'il sait que celui-ci n'exerce aucune activité dans le domaine de la défenderesse (notamment la livraison de pièces détachées).
L'argumentation ne convainc pas puisque, contrairement au présupposé implicite sur lequel elle s'appuie, on ne saurait sans autre déduire de la notoriété du groupe " Avia " que le public concerné a une connaissance précise de toutes ses activités. Selon l'expérience générale de la vie, l'activité exercée par la défenderesse (dans le domaine de l'aviation et de l'industrie des moteurs) sera plutôt de nature à laisser croire au public concerné que le groupe " Avia " (les demanderesses) exerce une nouvelle activité, pour se diversifier.
C'est également en vain que la recourante fait référence à l'absence de confusions effectives (ou concrètes) entre les raisons sociales. Le risque de confusion est une question de droit et il n'était donc pas nécessaire d'apporter des preuves visant à établir d'éventuelles confusions effectives (réelles). Cela est d'autant plus vrai en l'espèce que la défenderesse n'entendait pas produire des pièces pour démontrer l'existence d'un risque de confusion, mais bien pour prouver l'absence d'un tel risque, soit une conclusion à laquelle le juge ne peut parvenir qu'en procédant à une appréciation juridique du champ de protection des raisons sociales inscrites au registre du commerce.
Enfin, la recourante tente de soutenir que le risque de confusion devrait être apprécié de manière moins sévère, au motif que, contrairement à l'opinion de la cour cantonale, il s'agirait de se fonder sur le degré d'attention usuelle des milieux avec lesquels les titulaires des raisons de commerce sont en relation d'affaires, et non en fonction du public en général. En l'espèce, il est toutefois indéniable que l'un des cercles concernés (soit celui auquel les demanderesses s'adressent avec leurs stations-service et les shops) est constitué du grand public, ce qui enlève d'emblée toute consistance à l'argumentation de la défenderesse.
4.4.7. Les moyens soulevés par la recourante se révèlent infondés. On ne saurait dès lors reprocher à l'autorité précédente d'avoir retenu que le signe " Avia " était doté d'une force distinctive originaire et, partant, d'avoir conclu à l'existence d'un risque de confusion entre les raisons sociales des parties.
Il n'est donc pas nécessaire de revenir sur la motivation subsidiaire de la cour cantonale (force distinctive acquise par imposition dans le commerce).
5. [portée de l'interdiction signifiée à la défenderesse]
5.1. La recourante est d'avis que l'objectif poursuivi par les juges cantonaux (écarter tout risque de confusion entre les raisons sociales), pouvait être atteint par une mesure moins incisive que celle qui lui interdit toute utilisation du signe " Avia " au coeur de sa raison sociale. Elle aurait dû pouvoir continuer à utiliser le signe litigieux, mais en y apportant les adjonctions propres à écarter tout risque de confusion avec les raisons de commerce des demanderesses.
5.1.1. Lorsque le juge admet l'existence d'un risque de confusion, il lui incombe, selon les conclusions prises par le demandeur (ayant droit), de condamner le défendeur (auteur de la violation) à requérir la modification de sa raison de commerce (cf. <ref-law>). En règle générale, il ordonne au défendeur de modifier celle-ci, sans le soumettre à des conditions particulières, l'exigence prévue à l'<ref-law> servant quoi qu'il en soit de cautèle. S'il est établi que l'adjonction d'éléments fortement distinctifs à côté de l'élément litigieux (en l'occurrence, " Avia ") ne suffirait pas à écarter le risque de confusion, le juge peut interdire au défendeur d'utiliser l'élément litigieux, celui-ci demeurant ensuite libre de modifier complètement sa raison sociale (arrêt 4A_257/2014 déjà cité consid. 6.8.1 et l'auteur cité; <ref-ruling> consid. 6 p. 334 ss).
5.1.2. En l'occurrence, il résulte de l'arrêt entrepris que le nom " Avia " est notoire auprès du public suisse et, partant, que l'utilisation de ce terme dans les raisons sociales fonde un risque de confusion indirect très marqué. Il apparaît ainsi que c'est bien l'adjonction du terme " Avia " dans la raison sociale de la défenderesse qui constitue l'usage indu visé par la cour cantonale. Cela étant, on ne saurait reprocher à celle-ci d'avoir ordonné à la défenderesse d'ôter la dénomination " Avia " de sa raison sociale (cf. arrêt 4A_257/2014 déjà cité consid. 6.8.1).
L'argumentation centrale de la recourante, qui conteste la décision cantonale sur ce point, ne peut être suivie puisqu'elle se base sur le postulat (incorrect), repris plusieurs fois dans ses écritures, que le signe litigieux " est employé de manière descriptive ".
Quant à l'assertion selon laquelle le danger de confusion " pourrait alors sans doute être écarté par l'ajout d'un élément suffisamment distinct ", son caractère hypothétique résulte de la formulation même utilisée par la recourante; celle-ci ne fournit aucune autre indication qui permettrait de saisir comment elle entend circonscrire l'interdiction.
Sa préoccupation semble être d'éviter une restriction trop radicale qui l'empêcherait de faire usage du signe litigieux " Avia " en tant que suffixe (" Kaviar ", " Skandinavia "). A cet égard, on signalera qu'il lui est ordonné d'enlever l'élément " Avia " de sa raison sociale et que cette formulation - contrairement à celle examinée dans l'arrêt 4C.206/1999 (arrêt précité consid. 5a) qui excluait toute utilisation de l'élément " Avia " et risquait de s'étendre également à son utilisation en tant que suffixe (cf. supra consid. 4.2.3) - ne saurait lui interdire l'usage d'un mot qui contiendrait le suffixe " avia " placé de telle manière (" Kaviar " ou " Skandinavia ") qu'il exclurait tout risque de confusion avec la raison sociale des demanderesses. Cela ressort d'ailleurs de la motivation des magistrats précédents et a été admis par les demanderesses en cours de procédure ("... l'élément " Avia " utilisé comme suffixe dans un mot plus long n'est pas perçu comme signe indépendant ").
5.2. A titre subsidiaire, la recourante prétend que la situation se présenterait de manière différente en fonction des raisons sociales des demanderesses: selon elle, le risque de confusion existant entre sa raison sociale et " Avia SA " n'implique pas nécessairement un risque de confusion avec la raison " AVIA Fédération d'Importateurs Suisse indépendants en produits pétroliers, Société coopérative ". Ce grief n'est toutefois nullement motivé et il est dès lors irrecevable. On ne voit d'ailleurs pas pour quel motif la dernière raison sociale (la plus longue), dont le seul élément déterminant (distinctif) est " AVIA ", devrait être traitée différemment de la raison sociale " Avia SA ".
6. [nom de domaine]
La cour précédente constate que le nom de domaine " swissaviaconsult.ch correspond en tous points, sauf en ce qui concerne la forme juridique de la société, à la raison sociale de la défenderesse et que le risque de confusion créé par l'utilisation de ce nom de domaine pour le site exploité par la défenderesse n'est pas contestable pour les motifs déjà évoqués en lien avec la raison de commerce.
6.1. Si, d'un point de vue technique, le nom de domaine n'est qu'un instrument qui a pour fonction d'identifier un ordinateur connecté au réseau, pour l'usager d'Internet il désigne un site Web comme tel et permet de rechercher la personne qui l'exploite, la chose ou les prestations qui s'y rattachent. Dans cette mesure, le nom de domaine est en principe comparable à un signe distinctif, comme un nom, une raison sociale ou une marque (<ref-ruling> consid. 2b et les références). La fonction d'identification des noms de domaine a pour conséquence qu'ils doivent se distinguer suffisamment des signes distinctifs appartenant à des tierces personnes et protégés par un droit absolu, cela afin d'empêcher des confusions (<ref-ruling> consid. 3 p. 357 s.).
Partant, si le signe utilisé comme nom de domaine est protégé par le droit des raisons de commerce, le titulaire des droits exclusifs y afférents peut en principe interdire au tiers non autorisé l'utilisation de ce signe comme nom de domaine. En cas de collision entre divers droits, il convient de peser les intérêts respectifs, afin de parvenir à la solution la plus équitable possible (<ref-ruling> consid. 3 p. 357 s.; <ref-ruling> consid. 2c; <ref-ruling> consid. 3c).
Pour juger du risque de confusion entre la raison de commerce d'un titulaire et le nom de domaine d'une autre personne, il faut tenir compte de l'adresse Internet qui permet d'accéder à ce site, et non du contenu de celui-ci. C'est uniquement cette adresse qui éveille l'intérêt du public et lui donne l'espoir d'obtenir des informations conformes à l'association d'idées évoquée par le nom de domaine. Partant, il n'importe que les services offerts dans le site soient de nature totalement différente de ceux proposés par le titulaire de la raison de commerce (<ref-ruling> consid. 4.2.2.1 p. 363).
6.2. La recourante est d'avis que la cour cantonale omet de considérer que l'élément " avia ", vu son emplacement et l'absence d'espaces, apparaît de manière peu visible dans le nom de domaine et qu'un risque de confusion est donc exclu.
L'argument ne convainc pas. La signification des mots " swiss " et " consult " étant évidente, le public concerné reconnaît sans aucune difficulté le mot " avia " entre les deux signes. Les considérations faites sur le risque de confusion existant entre les raisons de commerce peuvent sans autre être reprises ici en rapport avec le nom de domaine.
6.3. La recourante estime que tout risque de confusion est exclu, puisque la personne intéressée qui fait une recherche sur Internet verra tout d'abord, sur le moteur de recherches, un extrait des pages trouvées (avec le mot " Avia ") et qu'elle pourra donc choisir le site qu'elle entend visiter (en cliquant sur l'extrait correspondant) sans être induite en erreur.
La défenderesse méconnaît que, lorsqu'il s'agit d'examiner le risque de confusion entre une raison sociale et un nom de domaine, on ne tient pas compte du contenu du site Web. Or, le moteur de recherches qui, de l'avis de la défenderesse, est censé aiguiller la personne intéressée, contient des extraits du contenu des sites Internet trouvés. A cela s'ajoute que les utilisateurs d'Internet ne vont pas nécessairement se servir d'un moteur de recherches, mais qu'ils peuvent également inscrire directement l'adresse Internet du site qui a été portée à leur connaissance préalablement (notamment par les médias).
La critique se révèle sans consistance.
7. [droit de répliquer sur la liste des frais]
7.1. La recourante se plaint d'une violation de son droit de répliquer par les juges cantonaux. Elle observe que les demanderesses se sont déterminées de manière spontanée sur sa liste de frais (cf. <ref-law>) le 16 octobre 2018, que la cour cantonale a réceptionné cet envoi le 17 octobre 2018, et qu'elle ne l'a elle-même reçu que le mardi 23 octobre 2018, soit le jour même où l'arrêt attaqué a été rendu (celui-ci ayant été expédié aux parties le 26 octobre 2018). Elle se plaint d'une violation de son droit d'être entendue (art. 29 al. 2 Cst. et <ref-law>).
Le droit d'être entendu est certes une garantie constitutionnelle de caractère formel, dont la violation entraîne en principe l'annulation de la décision attaquée, indépendamment des chances de succès du recours sur le fond. Toutefois, ce droit n'est pas une fin en soi; il constitue un moyen d'éviter qu'une procédure judiciaire ne débouche sur un jugement vicié en raison de la violation du droit des parties de participer à la procédure. Lorsqu'on ne voit pas quelle influence la violation du droit d'être entendu a pu avoir sur la procédure, il n'y a pas lieu d'annuler la décision attaquée. Ainsi, le recourant qui se contente de dénoncer une violation de son droit d'être entendu sans contester le fond de la décision n'a aucun intérêt à procéder et son moyen devra être déclaré irrecevable (arrêts 4A_200/2016 du 5 octobre 2017 consid. 2; 4A_141/2016 du 26 mai 2016 consid. 1.2 et les arrêts cités).
En l'occurrence, force est de constater que la recourante, en tirant argument de la violation de son droit de répliquer lors des échanges d'écritures portant sur la liste de frais, tente exclusivement d'obtenir le renvoi de l'arrêt attaqué à l'autorité précédente afin que celle-ci prenne une nouvelle décision, non seulement sur la question des frais, mais également sur le fond. Elle ne donne toutefois aucune indication qui permettrait de comprendre pourquoi il conviendrait de revenir sur le fond du litige et ne prend aucune conclusion sur une nouvelle répartition des dépens.
Le moyen est irrecevable.
7.2. Enfin, le grief tiré de la violation du droit de participer à l'administration des preuves se révèle dénué de pertinence puisqu'il repose sur l'argument de l'absence de confusions effectives (ou concrètes) plaidé par la défenderesse, dont il a été fait justice ci-dessus (cf. consid. 4.4).
8.
Il résulte des considérations qui précèdent que le recours en matière civile doit être rejeté dans la mesure où il est recevable.
Les frais et les dépens sont mis à la charge de la recourante, qui succombe (art. 66 al. 1 et 68 al. 1 et 2 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 5'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3.
La recourante versera aux intimées, créancières solidaires, une indemnité de 6'000 fr. à titre de dépens.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et au Tribunal cantonal de l'Etat de Fribourg, IIe Cour d'appel civil.
Lausanne, le 17 juin 2019
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente : Kiss
Le Greffier : Piaget