Sachverhalt:
A.
Die Staatsanwaltschaft Zürich-Limmat führte ab November 2017 ein Strafverfahren gegen A._ wegen öffentlicher Aufforderung zu Verbrechen oder zur Gewalttätigkeit. Ihm wird vorgeworfen, im Schaufenster der Bibliothek X._ Plakate aufgehängt oder dies zumindest zugelassen zu haben, mit welchen zu Sachbeschädigungen und Gewalt gegen Unternehmungen und Personen aufgerufen wurde, die am Ausbau des Gefängnisses Bässlergut in Basel sowie am Bau des Polizei- und Justizzentrums in Zürich beteiligt seien.
Im Rahmen dieser Strafuntersuchung wurde A._ am 22. Februar 2018 verhaftet und nach durchgeführter polizeilicher Befragung gleichentags wieder entlassen. Die Staatsanwaltschaft ordnete weiter eine erkennungsdienstliche Erfassung sowie eine DNA-Profilerstellung an. Bei der Auswertung der DNA konnte A._ als DNA-Spurengeber im Zusammenhang mit weiteren Delikten identifiziert werden, namentlich dem Brandanschlag auf mehrere Militärfahrzeuge in Hinwil am 27. September 2015 sowie dem Brandanschlag auf den Funkturm Waidberg der Stadtpolizei Zürich am 10. Juli 2016, bei welchen DNA-Spuren sichergestellt, aber bisher noch nicht zugeordnet werden konnten. Nach erfolgter Observation und Durchführung diverser Überwachungsmassnahmen sowie der Übernahme des Strafverfahrens durch die Staatsanwaltschaft Zürich wurde A._ schliesslich am 29. Januar 2019 verhaftet und mit Verfügung des Zwangsmassnahmengerichts des Kantons Zürich vom 1. Februar 2019 in Untersuchungshaft versetzt. Die Haft wurde in der Folge mehrmals verlängert, zuletzt bis zum 13. September 2019.
Am 6. September 2019 erhob die Staatsanwaltschaft Zürich Anklage beim Bezirksgericht Hinwil gegen A._ wegen mehrfacher Brandstiftung, mehrfacher schwerer Sachbeschädigung sowie mehrfachen Hausfriedensbruchs und mehrfacher öffentlicher Aufforderung zu Verbrechen oder zur Gewalttätigkeit. Die von der Staatsanwaltschaft mit Anklageerhebung beantragte Anordnung von Sicherheitshaft wies das Zwangsmassnahmengericht am 20. September 2019 ab. Zur Begründung führt es aus, in Anbetracht des geringen Fluchtrisikos seien stattdessen Ersatzmassnahmen, namentlich eine Ausweis- und Schriftensperre sowie eine Eingrenzung auf das schweizerische Staatsgebiet, anzuordnen.
Dagegen erhob die Staatsanwaltschaft gleichentags Beschwerde beim Obergericht des Kantons Zürich. Dieses hiess die Beschwerde am 2. Oktober 2019 gut, hob die Verfügung des Zwangsmassnahmengerichts vom 20. September 2019 auf und versetzte A._ in Sicherheitshaft.
B.
Mit Eingabe vom 8. Oktober 2019 führt A._ Beschwerde in Strafsachen an das Bundesgericht. Er beantragt, die Anordnung der Sicherheitshaft durch die Vorinstanz mit Beschluss vom 2. Oktober 2019 sei aufzuheben und er sei unverzüglich aus der Haft zu entlassen.
Die Staatsanwaltschaft stellt den Antrag, die Beschwerde abzuweisen. Das Obergericht hat auf eine Vernehmlassung verzichtet. Der Beschwerdeführer hat repliziert.

Erwägungen:
1.
Der angefochtene Entscheid betrifft die Anordnung der Sicherheitshaft (Art. 220 Abs. 2 StPO). Dagegen ist die Beschwerde in Strafsachen nach Art. 78 ff. BGG gegeben. Der Beschwerdeführer nahm vor der Vorinstanz am Verfahren teil und befindet sich nach wie vor in Haft. Er ist deshalb nach Art. 81 Abs. 1 BGG zur Beschwerde berechtigt.
2.
Der Beschwerdeführer rügt in formeller Hinsicht, die Vorinstanz habe nicht näher ausgeführt, weshalb genau Fluchtgefahr bestehe. Dies stelle eine Verletzung der Begründungspflicht und damit seines Anspruchs auf rechtliches Gehör (Art. 29 Abs. 2 BV) dar.
Aus dem Anspruch auf rechtliches Gehör (Art. 29 Abs. 2 BV) folgt die Pflicht der Behörden, ihren Entscheid zu begründen. Die Begründung muss kurz die wesentlichen Überlegungen nennen, von denen sich das Gericht hat leiten lassen und auf die es seinen Entscheid stützt. Die Behörde darf sich aber auf die massgebenden Gesichtspunkte beschränken und muss sich nicht ausdrücklich mit jeder tatsächlichen Behauptung und jedem rechtlichen Einwand auseinandersetzen und diese widerlegen. Es genügt, wenn sich der Betroffene über die Tragweite des Entscheids Rechenschaft geben und ihn in voller Kenntnis der Sache an die höhere Instanz weiterziehen kann (<ref-ruling> E. 5.2 S. 71; <ref-ruling> E. 3.2.4 S. 41; je mit Hinweisen). Diesen Anforderungen genügt der angefochtene Entscheid. Die Vorinstanz hat in ausreichender Weise begründet, weshalb ihrer Ansicht nach Fluchtgefahr besteht (vgl. E. 4 des angefochtenen Entscheids). Lediglich der Umstand, dass die Vorinstanz der Argumentation des Beschwerdeführers materiell nicht gefolgt ist, verletzt sein rechtliches Gehör nicht. Er war dann auch ohne Weiteres in der Lage, den vorinstanzlichen Entscheid sachgerecht anzufechten.
3.
3.1. In materieller Hinsicht bestreitet der Beschwerdeführer das Vorliegen des dringenden Tatverdachts nicht. Er rügt aber, die Vorinstanz habe Art. 221 Abs. 1 lit. a StPO verletzt, indem sie Fluchtgefahr bejaht und ihn in Sicherheitshaft versetzt habe.
3.2. Als Sicherheitshaft gilt gemäss Art. 220 Abs. 2 StPO die Haft während der Zeit zwischen dem Eingang der Anklageschrift beim erstinstanzlichen Gericht und der Rechtskraft des Urteils, dem Antritt einer freiheitsentziehenden Sanktion, dem Vollzug der Landesverweisung oder der Haftentlassung. Sicherheitshaft ist zulässig, wenn die beschuldigte Person eines Verbrechens oder Vergehens dringend verdächtig ist und ausserdem Flucht-, Kollusions- oder Wiederholungsgefahr vorliegt (Art. 221 Abs. 1 StPO). Weiter ist sie zulässig, wenn ernsthaft zu befürchten ist, eine Person werde ihre Drohung, ein schweres Verbrechen auszuführen, wahr machen (Art. 221 Abs. 2 StPO). Das zuständige Gericht ordnet an Stelle der Untersuchungshaft eine oder mehrere mildere Massnahmen an, wenn sie den gleichen Zweck wie die Haft erfüllen (Art. 237 Abs. 1 StPO).
3.3. Beim Haftgrund der Fluchtgefahr gemäss Art. 221 Abs. 1 lit. a StPO geht es um die Sicherung der Anwesenheit der beschuldigten Person im Verfahren. Fluchtgefahr darf nicht schon angenommen werden, wenn die Möglichkeit der Flucht in abstrakter Weise besteht. Vielmehr müssen konkrete Gründe dargetan werden, die eine Flucht nicht nur als möglich, sondern als wahrscheinlich erscheinen lassen. Es braucht eine gewisse Wahrscheinlichkeit, dass sich die beschuldigte Person, wenn sie in Freiheit wäre, dem Vollzug der Strafe durch Flucht entziehen würde. Im Vordergrund steht dabei eine mögliche Flucht ins Ausland, denkbar ist jedoch auch ein Untertauchen im Inland. Bei der Bewertung, ob Fluchtgefahr besteht, sind die gesamten konkreten Verhältnisse zu berücksichtigen. Die Schwere der drohenden Strafe darf als Indiz für Fluchtgefahr gewertet werden, genügt jedoch für sich allein nicht, um den Haftgrund zu bejahen (vgl. <ref-ruling> E. 4.3 S. 167; <ref-ruling> E. 3a S. 62; je mit Hinweisen). Mit einzubeziehen sind die familiären und sozialen Bindungen, die berufliche und finanzielle Situation und die Kontakte zum Ausland. Die Wahrscheinlichkeit einer Flucht nimmt in der Regel mit zunehmender Verfahrens- bzw. Haftdauer ab, da sich auch die Länge des allenfalls noch zu absolvierenden Strafvollzugs mit der bereits geleisteten prozessualen Haft, die auf die mutmassliche Freiheitsstrafe anzurechnen wäre (vgl. Art. 51 StGB), kontinuierlich verringert (<ref-ruling> E. 4.3 S. 167 mit Hinweis).
3.4.
3.4.1. Die Vorinstanz begründete die Fluchtgefahr im Wesentlichen damit, dass dem teilweise einschlägig vorbestraften Beschwerdeführer eine empfindliche Freiheitsstrafe drohe. Der Straftatbestand der Brandstiftung werde mit einer Freiheitsstrafe bis zu 20 Jahren geahndet, wobei die Mindeststrafe ein Jahr betrage. Dem Beschwerdeführer werde deren mehrfache Begehung vorgeworfen und darüber hinaus auch noch mehrfache (schwere) Sachbeschädigung, mehrfacher Hausfriedensbruch sowie mehrfache öffentliche Aufforderung zu Verbrechen oder zu Gewalttätigkeiten. Weiter falle erschwerend ins Gewicht, dass die Höhe des mutmasslich verursachten Schadens mehr als Fr. 200'000.-- betrage. Die Staatsanwaltschaft beantrage eine Freiheitsstrafe von vier Jahren, weshalb von einem erheblichen Fluchtanreiz auszugehen sei.
Der Beschwerdeführer wendet dagegen ein, er hätte schon längst fliehen können, wenn er sich den Strafverfolgungsbehörden durch Flucht hätte entziehen wollen. Es sei ihm nach der Abnahme seiner DNA bewusst gewesen, dass die Strafverfolgungsbehörden nun im Besitz von Daten seien, welche einen Abgleich mit den Spuren erlauben würden, die bei den Brandanschlägen im Jahr 2015 und 2016 sichergestellt worden seien. Dennoch sei er in der Schweiz geblieben bzw. nach seinen Auslandsaufenthalten jeweils zurückgekehrt, was gegen eine Fluchtgefahr spreche.
Diese Ausführungen des Beschwerdeführers vermögen indessen nicht zu überzeugen. Kurz nach dem Brandanschlag auf die Funkstation der Stadtpolizei Zürich vom 10. Juli 2016 war er im Ausland, nämlich in der Türkei. Ob es sich dabei um einen Fluchtversuch gehandelt hat oder um einen länger geplanten Aufenthalt, lässt sich nicht eruieren. Ebensowenig beweisen lässt sich aber auch die Behauptung des Beschwerdeführers, wonach er, obschon ihm bewusst gewesen sei, dass er ins Visier der Strafverfolgungsbehörden geraten könnte, dennoch zrück in die Schweiz gekommen sei, statt in der Türkei zu bleiben. Es kann jedenfalls nicht ausgeschlossen werden, dass er nur deswegen zurückgekehrt ist, weil ihn die Strafverfolgungsbehörden gerade noch nicht als möglichen Täter verdächtigten und insbesondere bei ihm - im Gegensatz zu anderen - keine Hausdurchsuchung durchgeführt haben. Ebenfalls nichts zu seinen Gunsten kann er aus dem Umstand ableiten, dass er auch nach seiner Polizeihaft am 22. Februar 2018 nicht geflüchtet sei. Angesichts der zu diesem Zeitpunkt noch nicht auf die Brandstiftungen ausgedehnten Strafuntersuchung, stand nur ein Vergehen und damit eine weniger schwerwiegende Sanktion im Raum.
Seither hat sich die Ausgangslage jedoch massgeblich zu Lasten des Beschwerdeführers verändert: Unterdessen befindet er sich wegen des Verdachts auf diverse Verbrechen und Vergehen seit mehr als zehn Monaten in Haft. Spätestens seit der Anklageerhebung durch die Staatsanwaltschaft anfangs September 2019 kennt er nun auch den konkreten Strafantrag der Staatsanwaltschaft und weiss um die nicht mehr rein theoretische Möglichkeit einer möglicherweise mehrjährigen, unbedingten Freiheitsstrafe. Wenn die Vorinstanz daher festhielt, im Gegensatz zu früheren Strafverfahren bestehe für den Beschwerdeführer, welcher sich nunmehr erstmals mit einer längeren Freiheitsstrafe konfrontiert sehe, ein erheblicher Fluchtanreiz, ist darin jedenfalls keine Bundesrechtsverletzung erkennbar. Die drohende mehrjährige Freiheitsstrafe stellt fraglos einen erheblichen Fluchtanreiz dar.
3.4.2. Die Vorinstanz prüfte sodann, wie sich der Fluchtanreiz angesichts der persönlichen Situation des Beschwerdeführers konkret verhalte. Sie erwog, es sei nur wenig über seine sozialen Beziehungen zu Personen in der Schweiz bekannt, da er von seinem Aussageverweigerungsrecht Gebrauch gemacht habe. Den Akten könne lediglich entnommen werden, es handle sich um einen ledigen schweizerischen Staatsangehörigen mit hiesigem Wohnsitz, wenn auch nur mit einer c/o-Adresse, der keine Kinder habe und dessen Eltern in der Schweiz leben würden. Die Beziehung zu den Eltern scheine aber nicht derart ausgeprägt zu sein, um den erheblichen Fluchtanreiz des Beschwerdeführers in massgeblicher Weise zu mindern. Anhaltspunkte für weitere (enge) soziale Bindungen zu Personen in der Schweiz lägen nicht vor.
Der Beschwerdeführer stellt sich hingegen auf den Standpunkt, es sei von einem engen Bezug zur Schweiz auszugehen. Er pflege einen guten und regelmässigen Kontakt zu seiner Familie, insbesondere zu seinen Eltern, welche ihn ca. alle zwei Wochen in Haft besuchen würden. Zudem verfüge er über eine langjährige feste Anstellung als Plakateur, welche er nach seiner Haftentlassung sofort wieder aufnehmen werde.
Diese Umstände zeugen jedoch nicht von einer überaus engen Beziehung des Beschwerdeführers zur Schweiz. Dieser ist erst 32 Jahre alt, und dass er an seinem bisherigen Wohnort in der Schweiz ausser zu seinen Eltern andere familiäre oder sonstwie intensive persönliche Verbindungen hat, ist weder dargetan noch ersichtlich. Im Übrigen ist fraglich, wie regelmässig und eng der Kontakt zu den Eltern tatsächlich ist. Wie die Vorinstanz festhielt, war der Beschwerdeführer bereits mehrfach für längere Zeit im Ausland, ohne sich jeweils regelmässig bei seinen Eltern zu melden. Inwieweit er eine besonders enge Verbindung zur Schweiz haben sollte, ist nach dem Ausgeführten nicht zu sehen. Daran ändert auch sein nicht substanziierter Einwand nichts, er verfüge hier über ein Beziehungsnetz.
Soweit der Beschwerdeführer den engen Bezug zur Schweiz sodann mit seiner angeblich seit mehreren Jahren bestehenden festen Anstellung als Plakateur zu belegen versucht, ist fraglich, inwiefern sich diese Arbeit mit seinen längeren Auslandsaufenthalten (u.a. in der Türkei und in Portugal) vereinbaren liess. So war er gemäss eigenen Angaben öfters in Portugal, wo er eine Freundin gehabt habe und zum anderen mehrfach für längere Zeit in der Türkei, wo er sogar für einige Monate als Serviceangestellter gearbeitet hat. Wenn die Vorinstanz festhielt, es müsse davon ausgegangen werden, der Beschwerdeführer verfüge daher über ein gewisses (berufliches) Beziehungsnetz in der Türkei, scheint dies plausibel. Jedenfalls spricht sein Einwand, die Vorinstanz habe dabei übersehen, dass er in der Türkei lediglich 70 Türkische Lira verdient habe und es ihm nicht um den Verdienst gegangen sei, sondern darum, Sprache und Kultur kennen zu lernen, umso mehr dafür, dass er sich ein Leben in der Türkei offenbar vorstellen könnte. Wenn die Vorinstanz demzufolge erwog, es bestünden konkrete Anhaltspunkte, der Beschwerdeführer, welcher übrigens gemäss eigenen Angaben der türkischen Sprache mächtig sei, könnte bei einer Haftentlassung in die Türkei fliehen, ist dies ebenso wenig zu beanstanden wie ihre Feststellung, wonach der gastronomische Bereich grundsätzlich keine Schwierigkeiten berge, auch im Ausland Fuss zu fassen.
Die Vorinstanz erwog weiter, der Beschwerdeführer scheine in anarchistischen Kreisen international gut vernetzt zu sein, wie diverse Solidaritätsbekundungen aus Wien und Berlin zeigen würden, welche er erhalten habe, nachdem Berichte über die "Verhaftung eines Gefährten in Zürich" veröffentlicht worden seien. Diesbezüglich vermag der Beschwerdeführer ebenfalls nicht aufzuzeigen, inwiefern die von der Vorinstanz vertretene Auffassung unzutreffend bzw. von seiner Seite aus weder eine Fluchtbereitschaft noch eine Fluchtmöglichkeit zu allfälligen Gefährten ins Ausland ersichtlich sein soll.
3.4.3. Der Beschwerdeführer bringt ausserdem vor, das Verhalten der Strafverfolgungsbehörden spreche gegen eine Fluchtgefahr. Bereits im Spurenbericht vom 3. Dezember 2017 sei er als Spurengeber betreffend die Brandanschläge identifiziert worden. Mit seiner Festnahme sei dann aber bis zum 31. Januar 2019 zugewartet worden, was unzweifelhaft gegen die Annahme einer Fluchtgefahr spreche. Dieser Auffassung kann nicht gefolgt werden. Wie die Vorinstanz in ihrem Entscheid festhielt und was von der Staatsanwaltschaft in ihrer Vernehmlassung an das Bundesgericht bestätigte wurde, fanden bis Ende 2018 bzw. Anfang 2019 diverse Überwachungsmassnahmen (rückwirkende Teilnehmeridentifikation, Standortüberwachung, Observation) statt. Wenn sich die Strafverfolgungsbehörden aus ermittlungstaktischen Gründen dafür entschieden, vorerst mit einer Verhaftung des Beschwerdeführers zuzuwarten, kann daraus jedenfalls nicht geschlossen werden, es läge zum jetzigen Zeitpunkt keine Fluchtgefahr vor.
3.4.4. Unter Berücksichtigung der dargelegten Umstände erweist sich die Annahme der Fluchtgefahr trotz der Einwände des Beschwerdeführers daher als bundesrechtskonform.
3.5. Nicht zu beanstanden ist schliesslich, dass die Vorinstanz, dies im Gegensatz zum Zwangsmassnahmengericht, Ersatzmassnahmen nicht als ausreichend erachtete. Die Ausweis- und Schriftensperre gemäss Art. 237 Abs. 2 lit. b StPO, die elektronische Überwachung einer Eingrenzung nach Art. 237 Abs. 2 lit. c StPO sowie die Meldepflicht nach Art. 237 Abs. 2 lit. d StPO sind zwar alle gesetzlich vorgesehene Ersatzmöglichkeiten und dürfen daher nicht pauschal als untauglich ausgeschlossen werden. Eine Flucht vermögen diese Massnahmen aber nicht von vornherein zu verhindern. Ihre Tauglichkeit hängt daher von den Umständen des Einzelfalles ab. Angesichts des doch erheblichen Strafvorwurfs und der nicht bloss als niedrig einzustufenden Fluchtgefahr ist mit der Vorinstanz davon auszugehen, dass Ersatzmassnahmen im vorliegenden Fall nicht geeignet sind, die Fluchtgefahr entscheidend zu verringern. Der angefochtene Entscheid ist auch insofern zu bestätigen.
3.6. Dass die Anordnung der Sicherheitshaft aus einem anderen Grunde unverhältnismässig wäre, wird nicht dargetan und ist auch nicht ersichtlich.
4.
Die Beschwerde erweist sich als unbegründet und ist abzuweisen. Bei diesem Ausgang des Verfahrens wird der Beschwerdeführer grundsätzlich kostenpflichtig (vgl. Art. 66 Abs. 1 BGG). Er ersucht indes um unentgeltliche Rechtspflege inklusive Verbeiständung. Dem Gesuch kann entsprochen werden, zumal der Beschwerdeführer im bundesgerichtlichen Verfahren glaubhaft dargelegt hat, dass er im Sinne von Art. 64 Abs. 1 BGG bedürftig ist und auch die weiteren Voraussetzungen von Art. 64 Abs. 1 und 2 BGG erfüllt sind.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen.
2.
Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege für das bundesgerichtliche Verfahren wird gutgeheissen.
2.1. Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
2.2. Rechtsanwalt Viktor Györffy wird zum unentgeltlichen Rechtsbeistand ernannt und für das bundesgerichtliche Verfahren aus der Bundesgerichtskasse mit Fr. 1'500.-- entschädigt.
3.
Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, der Staatsanwaltschaft II des Kantons Zürich und dem Obergericht des Kantons Zürich, III. Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 29. Oktober 2019
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Chaix
Die Gerichtsschreiberin: Sauthier