Faits :
A.
A.a. Les 20 et 29 février 2008, B._ et C._ (ci-après: les locataires ou les intimés) ont pris à bail auprès de A._ (ci-après: la bailleresse ou la recourante) un local commercial sis à..., dans lequel est exploité le restaurant " U._ ", pour un loyer mensuel net de 5'750 fr. " payable mensuellement à l' avance ". Ledit bail a été conclu pour une durée initiale de dix ans dès le 15 mars 2008, renouvelable sauf avis de résiliation.
A.b. Par courrier du 17 mars 2020, les locataires ont informé la bailleresse que, suite aux mesures sanitaires ordonnées par le Conseil fédéral, ils se voyaient contraints de fermer le restaurant jusqu'à nouvel ordre. Ils ont précisé que cette situation était dramatique pour leur établissement car la conjoncture des mois précédents faisait qu'ils ne disposaient pas des liquidités leur permettant d'envisager l'avenir qui se dessinait (complètement selon l'<ref-law>).
A.c. Le 23 juin 2020, la bailleresse a mis les locataires en demeure de lui verser la somme de 11'646 fr., correspondant aux loyers des mois d'avril et de mai 2020, dans un délai de 90 jours et le montant de 5'823 fr., correspondant au loyer du mois de juin 2020, dans un délai de 30 jours, faute de quoi le bail serait résilié en application de l'<ref-law>.
A.d. Le 21 août 2020, la bailleresse a, par formule officielle datée de la veille, signifié aux locataires la résiliation du contrat de bail pour le 30 septembre 2020 pour défaut de paiement du loyer du mois de juin 2020 ensuite de la mise en demeure du 23 juin 2020.
A.e. Le 28 août 2020, les locataires ont versé à la bailleresse le montant de 5'823 fr., correspondant au loyer du mois de juin 2020.
B.
B.a. À la même date, les locataires ont ouvert action contre la bailleresse devant la Commission de conciliation en matière de baux à loyer du district de la Broye-Vully, concluant à ce que les loyers mensuels nets des mois d'avril, mai et juin 2020 soient réduits à 0 fr.
Le 7 octobre 2020, ils ont saisi la commission de conciliation d'une nouvelle requête de conciliation, concluant à ce que le loyer mensuel net du local loué soit réduit de 2'000 fr., subsidiairement dans une proportion à dire de justice, dès le 1er octobre 2020 et jusqu'à l'élimination complète des défauts constatés, à ce que la bailleresse leur restitue les montants trop perçus, soit 2'000 fr. mensuels, depuis le mois d'octobre 2015 jusqu'à l'entrée en force du jugement, avec intérêts à 5 % l'an dès le 1er avril 2018, et à ce qu'elle effectue divers travaux dans un délai de trois mois.
Le 23 octobre 2020, ils ont déposé une troisième requête auprès de la commission de conciliation, concluant à la constatation de la validité de la consignation du loyer d'un montant mensuel de 5'830 fr.
B.b. Le 5 octobre 2020, la bailleresse a déposé sa requête en cas clair devant la Juge de paix du district de la Broye-Vully, concluant à l'expulsion des locataires du local commercial. Les locataires ont conclu à son irrecevabilité.
B.c. Par ordonnance d'expulsion du 1er décembre 2020, la juge de paix a ordonné aux locataires de quitter et rendre libres pour le mercredi 30 décembre 2020 à midi le local loué, réservant dans le cas contraire l'intervention de l'huissier de paix et des agents de la force publique.
Admettant l'existence d'un cas clair, elle a considéré que les locataires ne s'étaient pas acquittés du loyer du mois de juin 2020 dans le délai de 30 jours imparti par avis comminatoire du 23 juin 2020, de sorte que le congé était valable. Elle a par ailleurs retenu que les locataires n'avaient pas établi avoir contesté en temps utile la résiliation du bail devant la commission de conciliation et n'avaient pas établi avoir consigné les loyers en raison des défauts allégués de la chose louée.
B.d. Par arrêt du 25 mars 2021 notifié à la bailleresse le 1er avril 2021, la Cour d'appel civile du Tribunal cantonal du canton de Vaud a admis l'appel formé par les locataires et déclaré irrecevable la requête d'expulsion de la bailleresse.
C.
Le 10 mai 2021, la bailleresse a formé un recours en matière civile contre cet arrêt, concluant à ce qu'il soit annulé et réformé, en ce sens que les locataires soient condamnés à évacuer immédiatement de leur personne et de leurs biens le local loué et qu'elle soit autorisée à requérir leur évacuation par la force publique dès le 30 e jour après réception du prononcé du Tribunal fédéral.
Les intimés concluent à l'irrecevabilité du recours et, subsidiairement, à son rejet.
La cour cantonale se réfère aux considérants de son arrêt.

Considérant en droit :
1.
Interjeté dans le délai fixé par la loi (art. 100 al. 1 et art. 46 al. 1 let. a LTF) par la bailleresse, qui a succombé dans ses conclusions (<ref-law>), et dirigé contre une décision finale (<ref-law>) rendue sur appel par le tribunal supérieur du canton de Vaud (<ref-law>) dans une affaire de bail (<ref-law>) dont la valeur litigieuse dépasse 15'000 fr. (<ref-law>; cf. <ref-ruling> consid. 1.2.1 et 1.2.2.3), le recours en matière civile est en principe recevable.
2.
2.1. Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>). Il ne peut s'en écarter que si ces faits ont été établis de façon manifestement inexacte - ce qui correspond à la notion d'arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (<ref-ruling> consid. 2; <ref-ruling> consid. 4.1.2; <ref-ruling> consid. 5.1) - ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> (<ref-law>), et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (<ref-law>).
Concernant l'appréciation des preuves, le Tribunal fédéral n'intervient, du chef de l'art. 9 Cst., que si le juge du fait n'a manifestement pas compris le sens et la portée d'un moyen de preuve, a omis sans raisons objectives de tenir compte des preuves pertinentes ou a effectué, sur la base des éléments recueillis, des déductions insoutenables (<ref-ruling> consid. 4.2; <ref-ruling> consid. 4.2; <ref-ruling> consid. 4.3; <ref-ruling> consid. 1.4.3; <ref-ruling> consid. 2.1).
La critique de l'état de fait retenu est soumise au principe strict de l'allégation énoncé par l'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 2.3 et les références citées). La partie qui entend attaquer les faits constatés par l'autorité précédente doit expliquer clairement et de manière circonstanciée en quoi ces conditions seraient réalisées (<ref-ruling> consid. 1.3.1 et les références citées). Si elle souhaite obtenir un complètement de l'état de fait, elle doit aussi démontrer, par des renvois précis aux pièces du dossier, qu'elle a présenté aux autorités précédentes, en conformité avec les règles de la procédure, les faits juridiquement pertinents à cet égard et les moyens de preuve adéquats (<ref-ruling> consid. 2). Si la critique ne satisfait pas à ces exigences, les allégations relatives à un état de fait qui s'écarterait de celui de la décision attaquée ne pourront pas être prises en considération (<ref-ruling> consid. 1.3.1). Les critiques de nature appellatoire sont irrecevables (<ref-ruling> consid. 1.3).
2.2. Le Tribunal fédéral applique en principe d'office le droit (<ref-law>) à l'état de fait constaté dans l'arrêt cantonal (ou à l'état de fait qu'il aura rectifié). Cela ne signifie pas que le Tribunal fédéral examine, comme le ferait un juge de première instance, toutes les questions juridiques qui pourraient se poser. Compte tenu de l'obligation de motiver imposée par l'<ref-law>, il ne traite que les questions qui sont soulevées devant lui par les parties, à moins que la violation du droit ne soit manifeste (<ref-ruling> consid. 2, 86 consid. 2). Il n'est en revanche pas lié par l'argumentation juridique développée par les parties ou par l'autorité précédente; il peut admettre le recours, comme il peut le rejeter en procédant à une substitution de motifs (<ref-ruling> consid. 1.4).
3.
Est litigieuse la validité de la résiliation du bail et, en particulier, la question de savoir si les locataires se sont acquittés en temps utile du loyer de juin 2020. À cet effet, il s'agit de déterminer si les locataires bénéficiaient toujours de la protection conférée par l'art. 2 de l'ordonnance du 27 mars 2020 sur l'atténuation des effets du coronavirus en matière de bail à loyer et de bail à ferme (Ordonnance COVID-19 bail à loyer et bail à ferme; RS 221.213.4; ci-après: l'ordonnance) pour ce loyer, la bailleresse ayant résilié le bail parce qu'ils ne s'en étaient pas acquittés dans le délai utile.
En substance, la recourante invoque que tel n'était pas le cas car le Conseil fédéral avait permis la réouverture des restaurants au 11 mai 2020, de sorte que les locataires n'étaient alors plus touchés par les mesures sanitaires et que le délai de paiement était donc uniquement de 30 jours, et non de 90 jours. Selon elle, la cour cantonale aurait ainsi dû admettre que les locataires s'étaient acquittés tardivement du loyer de juin 2020 et que les conditions d'une procédure en cas clair étaient réunies.
3.1. Aux termes de l'<ref-law>, relatif aux " cas clairs ", le tribunal admet l'application de la procédure sommaire lorsque les conditions suivantes sont remplies: (a) l'état de fait n'est pas litigieux ou est susceptible d'être immédiatement prouvé et (b) la situation juridique est claire (al. 1). Le tribunal n'entre pas en matière sur la requête lorsque cette procédure ne peut pas être appliquée (al. 3).
Selon la jurisprudence, l'état de fait n'est pas litigieux lorsqu'il n'est pas contesté par le défendeur. Il est susceptible d'être immédiatement prouvé lorsque les faits peuvent être établis sans retard et sans trop de frais. En règle générale, la preuve doit être rapportée par la production de titres, conformément à l'<ref-law>. La preuve n'est pas facilitée: le demandeur doit ainsi apporter la preuve certaine ( voller Beweis) des faits justifiant sa prétention; la simple vraisemblance ( Glaubhaftmachen) ne suffit pas. Si le défendeur fait valoir des objections et exceptions motivées et concluantes ( substanziiert und schlüssig), qui ne peuvent être écartées immédiatement et qui sont de nature à ébranler la conviction du juge, la procédure pour les cas clairs est exclue et la requête irrecevable (<ref-ruling> consid. 3.1; <ref-ruling> consid. 3.2; <ref-ruling> consid. 5.1.1).
La situation juridique est claire lorsque l'application de la norme au cas concret s'impose de façon évidente au regard du texte légal ou sur la base d'une doctrine et d'une jurisprudence éprouvées (<ref-ruling> consid. 3.1 et les arrêts cités). En règle générale (cf. toutefois arrêt 4A_185/2017 du 15 juin 2017 consid. 5.4 et les références), la situation juridique n'est pas claire si l'application d'une norme nécessite l'exercice d'un certain pouvoir d'appréciation de la part du juge ou que celui-ci doit rendre une décision en équité, en tenant compte des circonstances concrètes de l'espèce (<ref-ruling> consid. 3.1 et les arrêts cités).
Si le juge parvient à la conclusion que ces conditions sont remplies, le demandeur obtient gain de cause par une décision ayant l'autorité de la chose jugée et la force exécutoire. Si elles ne sont pas remplies et que le demandeur ne peut donc obtenir gain de cause, le juge ne peut que prononcer l'irrecevabilité de la demande. Il est en effet exclu que la procédure puisse aboutir au rejet de la prétention du demandeur avec autorité de la chose jugée (<ref-ruling> consid. 3.1 et les arrêts cités).
3.2.
3.2.1. À teneur de l'<ref-law>, lorsque le locataire, après réception de la chose, a du retard pour s'acquitter d'un terme ou de frais accessoires échus, le bailleur peut lui fixer par écrit un délai de paiement et lui signifier qu'à défaut de paiement dans ce délai, il résiliera le bail. Le délai doit être d'au moins trente jours pour les baux d'habitations ou de locaux commerciaux. L'<ref-law> dispose qu'à défaut de paiement dans le délai fixé, le bailleur peut résilier le contrat avec effet immédiat; les baux d'habitations ou de locaux commerciaux peuvent être résiliés avec un délai de congé minimum de trente jours pour la fin d'un mois.
3.2.2. Aux termes de l'art. 2 de l'ordonnance, si le locataire a du retard pour s'acquitter d'un terme ou de frais accessoires, échus entre le 13 mars 2020 et le 31 mai 2020, en raison des mesures prises par le Conseil fédéral pour lutter contre le coronavirus, le bailleur accorde, en dérogation à l'<ref-law>, un délai d'au moins 90 jours pour l'acquittement des montants dus.
3.3. En l'espèce, contrairement à ce que le premier juge avait considéré, la cour cantonale a retenu que le loyer du mois de juin 2020, payable mensuellement d'avance, était échu le 31 mai 2020 et qu'il convenait donc d'accorder aux locataires un délai comminatoire de 90 jours, comme le prévoyait l'art. 2 de l'ordonnance. Or, l'avis comminatoire avait été notifié aux locataires le 24 juin 2020, de sorte que le délai de paiement tant pour les loyers d'avril et de mai que pour celui de juin 2020 arrivait à échéance le 22 septembre 2020. Au vu du fait que les locataires avaient versé le loyer du mois de juin 2020 le 28 août 2020, la résiliation du bail intervenue le 21 août 2020 est intervenue trop tôt, de sorte que sa validité ne saurait être considérée comme claire. Dans la mesure où la procédure d'expulsion portait uniquement sur le non-paiement du loyer du mois de juin 2020 et où les conditions de l'expulsion ne semblaient dès lors pas remplies, le premier juge ne pouvait entrer en matière sur la requête de la bailleresse.
3.4. Dans un premier grief, la recourante invoque une violation de l'<ref-law> et de l'art. 2 de l'ordonnance.
Elle tire tout d'abord argument du rapport explicatif relatif à l'ordonnance établi par l'Office fédéral du logement, qui précise notamment ce qui suit au sujet de l'art. 2 de l'ordonnance (p. 3 n. 3.2) :
" La prolongation du délai de paiement vaut uniquement pour les locataires touchés par les mesures prises par le Conseil fédéral en vue de lutter contre le coronavirus et qui les ont mis en difficultés de paiement, par exemple parce qu'elles les ont contraints à fermer boutique. Pour tous les autre s locataires, à l'instar d'une pharmacie restée ouverte et qui enregistre peut-être même une augmentation de son chiffre d'affaires, le délai de mise en demeure reste fixé à 30 jours. "
Elle se base également sur le fait que le Conseil fédéral a levé la mesure ordonnant la fermeture des restaurants avec effet au 11 mai 2020, en abrogeant l'art. 6 al. 2 let. b de l'ordonnance 2 du 13 mars 2020 sur les mesures destinées à lutter contre le coronavirus (COVID-19) (Ordonnance 2 COVID-19; RO 2020 1499).
Dans la mesure où l'arrêt entrepris n'a pas retenu que les locataires auraient fait valoir qu'ils n'avaient pas pu reprendre l'exploitation de leur restaurant à partir du 11 mai 2020, elle soutient que c'est à tort que la cour cantonale aurait fixé un délai de 90 jours pour que les intimés s'acquittassent du loyer du mois de juin 2020. Elle fait à ce sujet valoir également une violation de l'art. 9 Cst., l'arrêt entrepris étant sur ce point arbitraire selon elle.
La recourante invoque aussi que la cour cantonale aurait violé l'<ref-law> en retenant que la requête en expulsion était irrecevable, dans la mesure où les intimés ne s'étaient pas acquittés du loyer du mois de juin 2020 dans le délai comminatoire applicable de 30 jours.
3.5. L'art. 2 de l'ordonnance soumet l'octroi d'un délai minimal de paiement de 90 jours par le bailleur à la réunion de trois conditions, soit (1) le retard du locataire pour s'acquitter d'un terme ou de frais accessoires, (2) l'échéance du terme ou des frais accessoires entre le 13 mars 2020 et le 31 mai 2020 et (3) les mesures prises par le Conseil fédéral pour lutter contre le coronavirus ont causé le retard de paiement. Contrairement à ce qu'a retenu la cour cantonale, le retard de paiement et la date d'échéance du loyer litigieux ne sont donc pas à eux seuls déterminants.
La recourante ne contestant pas que le loyer de juin 2020 était échu le 31 mai 2020 et que les intimés étaient en retard dans son paiement, il n'y a pas lieu de revenir sur les deux premières conditions de la disposition précitée (cf. supra consid. 2.2).
Seule reste donc litigieuse la troisième condition, soit la question de savoir si les locataires se sont acquittés en retard du loyer de juin 2020 " en raison des mesures prises par le Conseil fédéral pour lutter contre le coronavirus ".
Il n'est pas contesté que les locataires intimés ont dû fermer leur restaurant jusqu'au 11 mai 2020 en raison des mesures prises par le Conseil fédéral et qu'ils ont informé la recourante le 17 mars 2020 qu'ils ne disposaient pas des liquidités suffisantes en raison des mesures sanitaires prises par le Conseil fédéral. Contrairement à ce qu'affirme la recourante, on ne saurait donc dire que la situation juridique est claire en ce sens que serait déterminante la date de réouverture du restaurant des intimés et non la raison pour laquelle ils étaient potentiellement en difficultés de paiement pour le loyer de juin 2020; le moment de la levée des mesures sanitaires ne coïncide pas forcément avec celui où leurs effets économiques ont cessé pour les locataires.
L'exception tirée de l'art. 2 de l'ordonnance ne pouvant être écartée immédiatement, la requête en cas clair est irrecevable (cf. supra consid. 3.1). Partant, les griefs sont rejetés.
4.
Dans un dernier grief, la recourante fait valoir une violation de son droit d'être entendue (<ref-law>). En substance, elle considère que les parties ne pouvaient penser que la cour cantonale retiendrait un délai comminatoire de 90 jours et que, si cet argument avait été invoqué, elle aurait produit une pièce supplémentaire dans la procédure pour prouver la solvabilité des locataires, qui ne sauraient dès lors être mis au bénéfice de l'art. 2 de l'ordonnance.
4.1. Le droit d'être entendu garanti par les art. 29 al. 2 Cst. et 53 CPC accorde aux parties le droit de s'expliquer avant qu'une décision ne soit prise à leur détriment, de fournir des preuves quant aux faits de nature à influer sur la décision, d'avoir accès au dossier, de participer à l'administration des preuves et de se déterminer à leur propos (<ref-ruling> consid. 3.2; <ref-ruling> consid. 5.1; arrêt 4D_6/2020 du 5 février 2020 consid. 5).
Le droit de s'exprimer sur tous les points importants avant qu'une décision ne soit prise s'applique sans restriction pour les questions de fait. En revanche, le juge n'a pas à soumettre à la discussion des parties les principes juridiques sur lesquels il va fonder sa décision (<ref-ruling> consid. 5; arrêt 5A_795/2009 du 10 mars 2010 consid. 3.1, non publié in <ref-ruling>).
Exceptionnellement, il doit toutefois interpeller les parties lorsqu'il envisage de fonder son jugement sur une norme ou un motif juridique qui n'a jamais été évoqué au cours de la procédure et dont aucune des parties ne s'était prévalu, ni ne pouvait supputer la pertinence (<ref-ruling> consid. 3.1 et les arrêts cités; <ref-ruling> consid. 5).
4.2. En l'espèce, la bailleresse recourante a appliqué l'art. 2 de l'ordonnance en octroyant aux locataires un délai de 90 jours pour le paiement des loyers d'avril et de mai 2020 et la juge de paix a mentionné cette disposition dans sa décision, bien qu'elle en ait écarté l'application, de sorte que la recourante ne saurait maintenant soutenir qu'elle ne pouvait s'attendre à ce que la cour cantonale appliquât cette disposition.
Le grief doit donc être rejeté.
5.
Au vu de ce qui précède, le recours doit être rejeté.
Les frais judiciaires et les dépens seront mis à la charge de la recourante, qui succombe (art. 66 al. 1 et art. 68 al. 1 et 2 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 6'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3.
La recourante versera aux intimés, créanciers solidaires, une indemnité de 7'000 fr. à titre de dépens.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux mandataires des parties et à la Cour d'appel civile du Tribunal cantonal du canton de Vaud.
Lausanne, le 6 octobre 2021
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente : Hohl
Le Greffier : Douzals