Faits :
A.
A.a. Par courrier du 26 février 2008, X._, établissement bancaire avec siège à... (Nigeria) dont le directeur était M._, a confirmé à A._ son engagement en qualité de conseiller spécial pour la mise en place d'un groupe d'investissement et de private banking (IPBG) et pour la création d'une filiale d'investissement bancaire en Europe.
Au terme de ce mandat d'une durée limitée, le conseiller spécial a élaboré (dans le courant du mois de mars 2008) un projet pour la création de l'IPBG, qu'il a complété le 18 avril 2008.
A.b. Par courrier du 24 avril 2008, X._ a confirmé à A._ (désormais employé et désigné comme tel ci-après) son engagement comme Chief Executive Officer, investment and private banking de X._, en Suisse et au Nigeria, à partir du 1er mai 2008.
Selon l'annexe au contrat de travail signé par les parties, l'employé était engagé pour une durée de quatre ans, renouvelable, pour un salaire annuel de USD 360'000.- payable à Genève et indexé au coût de la vie annuel. En sus, l'employé avait droit à différentes " participations ", à l'octroi d'un logement en Suisse à monétiser, à " 14 jours Estacode " (un jour Estacode = USD 1'700.-) de congé annuel médical et à " 14 jours Estacode " de congé annuel, à trois voitures (Mercedes 200, Toyota Land Cruiser et Toyota Camry 2.4), à deux chauffeurs, ainsi qu'à une voiture de service à Genève.
Le contrat précisait que le lieu principal de l'activité de l'employé en Suisse serait Genève et que le lieu principal de son activité au Nigeria serait.... Il indiquait également qu'après la constitution de la filiale bancaire en Suisse, les modalités du contrat pourraient être exécutées par la société suisse.
Les parties ont convenu d'appliquer le droit suisse et de se soumettre à la compétence exclusive des tribunaux du canton de Genève pour les litiges en lien avec le contrat de travail.
Il sera revenu sur les autres clauses du contrat dans la mesure utile pour la résolution du litige.
A.c. Lors de sa séance du 15 mai 2008, le conseil d'administration de X._ a approuvé l'engagement de l'employé.
La famille de l'employé, qui compte quatre enfants, s'est installée à Genève en été 2008.
Par courrier du 16 août 2008, l'employé a présenté à X._ un décompte des salaires dus et frais encourus pour la période de mai à août 2008 pour un total de 143'287 fr. 35. Le 28 août 2008, ce montant a été versé par X._ sur le compte de l'employé avec la mention " conseil et remboursement de frais ".
Le 31 octobre 2008, l'employé a créé une société anonyme de droit suisse, U._ SA (ci-après également: la filiale suisse) avec siège à Genève, dont il était l'administrateur unique. Le capital-actions de la société, de 2'000'000 fr., a été investi par l'employé lui-même. Il était destiné à être augmenté à 10'000'000 fr. aussitôt que X._ aurait souscrit une augmentation de capital de 8'000'000 fr. pour en devenir actionnaire majoritaire.
Par décompte du 15 décembre 2008, l'employé a présenté à X._ une facture d'un montant total de 430'000 fr. à titre d'honoraires pour les conseils financiers donnés à X._, de salaire pour la période de septembre à avril 2009 et d'une indemnité pour le travail accompli du 24 au 30 avril 2008.
Par requête du 29 décembre 2008, X._ a sollicité de la Banque... du Nigeria l'autorisation de créer une filiale faisant office de banque d'investissement à l'étranger (Suisse), qui serait dirigée par A._.
A.d. Le 17 mars 2009, l'employé a fait part à X._ (Nigeria) de ses inquiétudes au sujet des difficultés de liquidités de celle-ci. Il l'a également informée qu'en l'absence d'investissement de sa part d'ici à la fin juillet 2009, il lui demanderait le remboursement des deux millions qu'il avait investis dans la filiale suisse, ainsi que le paiement du solde de ses salaires dus en vertu de son contrat de travail à durée déterminée.
Le 14 août 2009, la Banque... du Nigeria a ordonné la mise sous tutelle de X._ (Nigeria), remplacé son directeur général (M._) et renouvelé l'ensemble du conseil d'administration.
B.
B.a. Le 26 novembre 2012, l'employé a ouvert action en paiement contre X._ devant le Tribunal des prud'hommes du canton de Genève. Dans sa demande, il a conclu à ce que l'employeuse soit condamnée à lui payer la somme de 5'347'328 fr., plus intérêts moratoires au taux de 5% l'an dès le 30 avril 2010 (date moyenne), à titre de salaires, d'indemnité de congé, d'indemnité médicale, d'indemnité pour billets d'avion, de frais de déménagement, de logement, de participation au bénéfice, de frais à rembourser, d'assurance maladie, d'AVS et assurances obligatoires, pour la période du 24 avril 2008 au 30 avril 2014, soit un total de 5'763'995 fr., sous déduction de 416'667 fr. déjà perçus.
Dans sa réponse du 8 mars 2013, la défenderesse a conclu au rejet intégral de la demande.
Dans sa réplique, le demandeur a conclu à ce que sa partie adverse soit condamnée à lui payer les sommes de 5'701'557 fr. 50 et de USD 71'400.- à titre d' Estacode pour la période du 1er mai 2008 au 31 décembre 2013, le tout avec intérêts à 5% l'an dès le 30 avril 2010, ainsi qu'à lui remettre un certificat de travail selon un projet annexé.
Dans sa duplique, la défenderesse a persisté dans ses conclusions.
B.b. Par décision incidente du 27 février 2015, le Tribunal des prud'hommes a constaté que la durée (alors litigieuse) de la relation de travail allait du 1er mai 2008 au 30 avril 2012 et qu'il restait à déterminer les montants dus par l'employeuse à son employé pour cette période, ainsi que, pour les porter en déduction, les montants déjà perçus par l'employé, de même que les gains qu'il avait réalisés dans le cadre d'une autre activité. Cette décision a été confirmée par la Chambre des prud'hommes de la Cour de justice de Genève.
Le 20 juin 2016, le demandeur a remis un chargé de pièces (n os 87 à 93). La pièce no 93 était en réalité une " Modification de [la] demande mise à jour (...) suite au jugement de la Juridiction des prud'hommes ". Selon ce document, une fois les déductions effectuées, le solde encore dû à l'employé était de 6'566'821 fr., montant auquel il convenait encore d'ajouter l'indemnité Estacode de 251'600 fr.
Le 28 juin 2016, le demandeur a confirmé que ses dernières conclusions (pièce no 93) étaient certes amplifiées, mais que cela était conforme à l'esprit de son contrat de travail. Il avait simplement tenu compte, pour fixer sa prétention relative au salaire annuel, de l'indice des prix à la consommation et adapté l'indemnité Estacode pour qu'elle corresponde à ses jours (max.) de congés. Quant au poste " frais à rembourser " (en sa faveur), par lequel il entendait récupérer son investissement dans la société filiale suisse, il ne faisait que répondre à la position de la défenderesse qui niait toute possibilité de remboursement et entendait même déduire de la créance en salaires du demandeur ce que celui-ci avait reçu de la société U._ SA.
La défenderesse ayant ensuite produit ses états financiers pour les années 2008 à 2012, le demandeur a encore augmenté, par courrier du 25 août 2016, ses conclusions en rémunération variable de 306'653 fr. (pour atteindre le montant de 1'387'742 fr.) et produit ses dernières conclusions chiffrées, qui révélaient un solde dû de 7'681'948 fr.
B.c. Par jugement du 9 février 2017, le Tribunal des prud'hommes a déclaré irrecevable (pour incompétence ratione materiae) la conclusion formée par le demandeur en paiement d'un montant à titre de LPP, charges sociales et assurances obligatoires sur le salaire de base et déclaré irrecevables (les conditions de l'<ref-law> n'étant pas remplies) les modifications de la demande opérées par le biais de la pièce no 93, à l'exception de deux points (frais à rembourser et rémunération variable).
Sur le fond, le Tribunal des prud'hommes a condamné la défenderesse à verser au demandeur les sommes brutes de 1'812'577 fr. 50 (salaires et indemnités de congé) et de USD 47'600.- (indemnités " Estacode "), la somme nette de 728'372 fr. (frais de déménagement, de logement, primes assurance-maladie et remboursement de l'achat d'une voiture), avec intérêts moratoires au taux de 5% l'an dès le 30 avril 2010, sous déduction de la somme nette de 1'221'754 fr. 20 (montants déjà versés par la défenderesse et autres gains réalisés par l'employé pendant la durée du contrat de travail) (dispositif ch. 1), invité la partie qui en avait la charge à s'acquitter des déductions sociales et légales usuelles (ch. 2), condamné la défenderesse à délivrer au demandeur un certificat de travail conforme à celui figurant sous le chiffre 17 de la décision (ch. 3) et débouté les parties de toute autre conclusion (ch. 4).
Par courrier du 9 mars 2017, la défenderesse a demandé au tribunal de rectifier le dispositif du jugement pour que le montant de USD 47'600.- apparaisse en net (et non en brut) et que les intérêts moratoires figurent après la déduction (afin d'être calculés sur le résultat final).
Le demandeur a accepté la première rectification, mais s'est opposé à celle portant sur les intérêts moratoires.
Par décision du 10 avril 2017, le Tribunal des prud'hommes a admis les deux demandes de rectification sollicitées par la défenderesse. Elle a rectifié le ch. 1 du dispositif du jugement du 9 février 2017 en ce sens que la défenderesse est condamnée à verser au demandeur la somme brute de 1'812'577 fr. 50, ainsi que les sommes nettes de USD 47'600.- et 728'372 fr., sous déduction de la somme nette de 1'221'754 fr. 20, avec intérêts moratoires au taux de 5% l'an dès le 30 avril 2010.
B.d. Par arrêt du 10 octobre 2017, la Chambre des prud'hommes de la Cour de justice de Genève a déclaré recevable l'appel formé par le demandeur (la défenderesse ayant conclu à son irrecevabilité, pour défaut de motivation).
Par arrêt du 13 juillet 2018, la cour cantonale s'est prononcée sur le fond. Elle a rejeté l'appel du demandeur et admis partiellement l'appel joint de la défenderesse. Statuant à nouveau, les magistrats cantonaux - sans tenir compte de la décision sur rectification des premiers juges du 10 avril 2017 - ont condamné la défenderesse à payer au demandeur les sommes brutes de 1'812'577 fr. 50 et USD 47'600.-, la somme nette de 728'372 fr., avec intérêts moratoires au taux de 5% l'an dès le 30 avril 2010, sous déduction de la somme nette de 1'358'467 fr. (416'667 fr. [salaire déjà versé par la défenderesse] + 941'800 fr. [salaire reçu de U._ SA]). Ils ont débouté les parties de toutes autres conclusions.
B.e. Le 14 septembre 2018, la défenderesse a formé une demande de rectification et d'interprétation auprès de la Cour de justice.
Par arrêt du 5 octobre 2018, la Chambre des prud'hommes de la Cour de justice, rendant sa décision sur cette demande, a observé qu'elle n'avait modifié le jugement du tribunal de première instance que sur le montant à porter en déduction (à l'exclusion de toute autre adaptation) et que, par inadvertance, elle avait reformulé le chiffre 1 (qu'elle avait annulé) selon la version du jugement du 9 février 2017 (et non selon la version corrigée du 10 avril 2017). Elle a dès lors rectifié le dispositif de son arrêt du 13 juillet 2018 en faisant explicitement référence à la version rectifiée du jugement de première instance du 10 avril 2017 et elle a condamné la défenderesse à payer au demandeur la somme brute de 1'812'577 fr. 50, ainsi que les sommes nettes de USD 47'600.- et 728'372 fr., sous déduction de la somme nette de 1'358'467 fr., avec intérêts moratoires au taux de 5% l'an dès le 30 avril 2010.
C.
C.a. Le 14 septembre 2018, simultanément à sa demande de rectification portée devant la Cour de justice, le demandeur a exercé un recours en matière civile au Tribunal fédéral contre l'arrêt cantonal du 13 juillet 2018. Il a pris les conclusions suivantes :
" (...) Principalement 2 Confirmer la condamnation de X._ à payer les sommes brutes de 1'812'577 fr. 50 et 47'600 USD, respectivement la somme nette de CHF 728'372.- sont dues (sic) avec intérêts moratoires au taux de 5 l'an (sic) dès le 30 avril 2010. 3 Annuler la déduction opérée à la fin du paragraphe suivant (non numéroté) du dispositif de l'arrêt de la Chambre des prud'hommes de la Cour de justice de la République et canton de Genève rendu le 13 juillet 2018 (CAPH/99/2018) dans la cause C/11911/2012-4: " Condamne X._ à verser à A._ les sommes brutes de 1'812'577 fr. 50 et 47'600 USD, ainsi que la somme net (sic) de 728'372 fr., avec intérêts moratoires au taux de 5% l'an dès le 30 avril 2010, sous déduction de la somme nette de 1'358'567 fr. " 4 [concerne les frais judiciaires d'appel] Cela fait et statuant à nouveau : 5 Condamner X._ à verser à A._ les sommes brutes de 1'812'577 fr. 50 et 47'600 USD, ainsi que la somme net (sic) de 728'372 fr., avec intérêts moratoires au taux de 5% l'an dès le 30 avril 2010. 6 Condamner X._ à verser à A._ la somme nette de 911'749.-, à titre de rémunération variable. 7 Condamner X._ à verser à A._ la somme nette de CHF 2'000'000.-, à titre de remboursement des montants investis dans U._ SA, avec intérêts moratoires au taux de 5% l'an dès le 30 avril 2010. 8 Dire que la somme nette de 416'667.- doit être déduite des montants auxquels X._ est condamnée à verser à A._. 9 [concerne les frais et dépens des instances cantonales et fédérale] 10 Débouter X._ de toutes autres, plus amples ou contraires conclusions. "
Subsidiairement, dans ses conclusions nos 11 à 13, le recourant reprend ses conclusions nos 2 à 4 et conclut au renvoi de la cause à la Chambre des prud'hommes de la Cour de justice pour nouvelle décision (conclusion no 14). Il invoque divers griefs qui " tourne[nt] autour de trois axes " : un raisonnement juridique erroné en lien avec le montant de deux millions qu'il aurait, selon lui, investi dans une joint venture (qualifiée de société simple) et non dans la société anonyme (filiale suisse), des faits arbitrairement omis et un raisonnement juridique erroné en lien avec les sommes imputées au titre de l'<ref-law>, ainsi qu'un droit à une rémunération variable arbitrairement nié.
La défenderesse intimée conclut au rejet du recours et renvoie aux conclusions prises dans son propre recours en matière civile (cf. infra let. C.b).
Chacune des parties a encore déposé des observations.
A.b. Le 14 septembre 2018, la défenderesse a également exercé un recours en matière civile au Tribunal fédéral contre l'arrêt de la Cour de justice du 13 juillet 2018.
Elle conclut à la suspension de la procédure fédérale jusqu'à droit jugé dans la procédure en rectification et interprétation initiée devant la Cour de justice (conclusion ch. 2) et (sous réserve d'un retrait du recours) à l'annulation de l'arrêt cantonal entrepris en tant qu'il la condamne à verser à l'employé les sommes brutes de 1'812'577 fr. 50 et USD 47'600.-, ainsi que la somme nette de 728'372 fr., avec intérêts moratoires au taux de 5% l'an dès le 30 avril 2010, sous déduction de la somme de 1'358'467 fr. (ch. 4). La recourante conclut à ce que l'arrêt entrepris soit réformé en ce sens que le montant de 1'508'467 fr. soit déduit " sur tout montant payable par X._ " (ch. 5), qu'il soit dit que le montant octroyé à l'employé à titre d'indemnités médicales " est dû net " (ch. 6), que tout versement effectué par l'employeuse doit être déduit des montants dus à l'employé " avant application des intérêts moratoires correspondants " (ch. 7) et, cela fait, que l'employeuse soit condamnée à verser à l'employé la somme brute de 1'812'577 fr.50, ainsi que les sommes nettes de USD 47'600.- et de 728'372 fr., sous déduction de la somme nette de 1'508'467 fr., avec intérêts moratoires au taux de 5% l'an dès le 30 avril 2010 (ch. 8). Subsidiairement, la recourante conclut au renvoi de la cause à l'autorité précédente pour nouvelle décision (ch. 9).
Le demandeur intimé conclut à l'irrecevabilité de certains griefs, à ce qu'il soit donné acte aux parties que d'autres moyens sont devenus sans objet suite à la rectification de l'arrêt cantonal (le 5 octobre 2018) et que, pour le surplus, l'employeuse soit déboutée de toutes ses conclusions.
Dans ses observations, la recourante reconnaît que son recours est devenu partiellement sans objet. Elle retire ses conclusions nos 2, 6 et 7 et présente des conclusions adaptées, qui tiennent compte de ce retrait.
L'intimé prend acte du retrait, par la recourante, de trois de ses conclusions et formule des observations sur les deux griefs restants (violation de l'<ref-law> et établissement arbitraire des faits, resp. violation de l'<ref-law>).
A.c. Le 26 novembre 2018, suite à la demande de la Cour de céans, la Cour de justice du canton de Genève a remis à celle-ci sa décision (ayant pour objet la rectification) du 5 octobre 2018.
Par ordonnance du 11 décembre 2018, la Présidente de la Cour de céans a communiqué à la défenderesse la demande de sûretés en garantie des dépens de l'employé, afin qu'elle se détermine.
Par ordonnance du 16 janvier 2019, la Présidente de la Cour de céans a admis la demande précitée à hauteur de 6'500 fr. et elle a invité la défenderesse à verser à la Caisse du Tribunal fédéral ce montant, ce qu'elle a fait le 25 janvier 2019.

Considérant en droit :
1.
Les recours (4A_505/2018 et 4A_507/2018) étant tous deux dirigés contre le même arrêt et les questions juridiques qui se posent portant essentiellement sur les mêmes objets, il y a lieu de joindre les deux procédures.
1.1. L'arrêt attaqué ayant été notifié aux parties le même jour, leurs recours respectifs interjetés le 14 septembre 2018 l'ont été en temps utile (art. 100 al. 1, 48 al. 1 et 46 al. 1 let. b LTF). Dirigés contre une décision finale (<ref-law>), rendue sur appel du demandeur et appel joint de la défenderesse par le tribunal supérieur du canton (<ref-law>) dans une affaire relevant du contrat de travail (<ref-law>), dont la valeur litigieuse excède 15'000 fr. (<ref-law>), les recours en matière civile sont recevables au regard de ces dispositions.
1.2. Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>). Il ne peut s'en écarter que si ces faits ont été établis de façon manifestement inexacte - ce qui correspond à la notion d'arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (<ref-ruling> consid. 4.1.2; <ref-ruling> consid. 5.1) - ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> (<ref-law>), et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (<ref-law>).
Concernant l'appréciation des preuves, le Tribunal fédéral n'intervient, du chef de l'art. 9 Cst., que si le juge du fait n'a manifestement pas compris le sens et la portée d'un moyen de preuve, a omis sans raisons objectives de tenir compte des preuves pertinentes ou a effectué, sur la base des éléments recueillis, des déductions insoutenables (<ref-ruling> consid. 4.2; <ref-ruling> consid. 4.2).
La critique de l'état de fait retenu est soumise au principe strict de l'allégation énoncé par l'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 2.3 p. 266 et les références). La partie qui entend attaquer les faits constatés par l'autorité précédente doit expliquer clairement et de manière circonstanciée en quoi ces conditions seraient réalisées (<ref-ruling> consid. 1.3.1 p. 18 et les références). Si la critique ne satisfait pas à ces exigences, les allégations relatives à un état de fait qui s'écarterait de celui de la décision attaquée ne pourront pas être prises en considération (<ref-ruling> consid. 1.3.1 p. 18). Les critiques de nature appellatoire sont irrecevables (<ref-ruling> consid. 1.3 p. 261 s.).
1.3. Sous réserve de la violation des droits constitutionnels (<ref-law>), le Tribunal fédéral applique le droit d'office (<ref-law>) à l'état de fait constaté dans l'arrêt cantonal ou, cas échéant, à l'état de fait qu'il aura rectifié. Il n'est toutefois lié ni par les motifs invoqués par les parties, ni par l'argumentation juridique retenue par l'autorité cantonale; il peut donc admettre le recours pour d'autres motifs que ceux invoqués par le recourant, comme il peut le rejeter en opérant une substitution de motifs (<ref-ruling> consid. 1.4 et l'arrêt cité).
2.
Dans son arrêt du 13 juillet 2018, rectifié le 5 octobre 2018, la Cour de justice genevoise a confirmé la décision du Tribunal des prud'hommes selon laquelle le salaire de l'employé devait être versé jusqu'au 30 avril 2012 et qu'aucun élément ne permettait de retenir que l'employé avait cessé d'offrir ses services dès juillet 2009 (comme le prétendait la défenderesse). La cour cantonale en a conclu que la défenderesse - qui était d'ailleurs, depuis août 2009, en demeure d'accepter les services de l'employé - devait lui verser son salaire jusqu'à l'échéance contractuelle (somme brute de 1'812'577 fr. 50 et sommes nettes de USD 47'600.- et de 728'372 fr.) et que les premiers juges n'avaient donc pas violé l'<ref-law>.
S'agissant de la somme à déduire de la créance principale du demandeur, la cour cantonale remarque que les premiers juges, en ne retenant que la somme de 1'221'754 fr.20, ont statué ultra petita. Il convient de tenir compte des deux montants (nets) admis par le demandeur (416'667 fr. et 941'800 fr.), soit un montant total de 1'358'467 fr., étant précisé que la conclusion portant sur le montant supplémentaire (150'000 fr. pour " provisions d'honoraires " avancées au demandeur et que la défenderesse entend également porter en déduction) a été déclarée irrecevable par la cour cantonale.
S'agissant du " plan bonus annuel " et de la participation au bénéfice auquel le demandeur aurait droit (art. 3.7 du contrat), que celui-ci évalue à 911'749 fr., la cour cantonale retient que le demandeur n'est pas parvenu à démontrer la volonté des parties de conclure un accord sur la quotité du montant à verser.
Concernant la prétention en remboursement des fonds investis (2'000'000 fr.) dans la société suisse (filiale constituée par le demandeur), la cour cantonale retient, d'une part, qu'elle n'a été invoquée que tardivement et, d'autre part (sur le fond), que le fondement contractuel (cf. <ref-law>) invoqué par l'employé ne lui permet pas d'en obtenir la restitution.
Les autres points encore examinés par la cour cantonale (indemnités de congé, indemnité pour billets d'avion, indemnités médicales, frais de logement, primes d'assurance-maladie, frais de déménagement, frais de la voiture d'entreprise à Genève, charges sociales et assurances obligatoires et contenu du certificat de travail) ne sont plus litigieux devant le Tribunal fédéral.
3.
Dans son recours en matière civile (4A_505/2018), le demandeur estime avoir droit au remboursement de son investissement de 2'000'000 fr. (voire 2'400'000 fr. selon certains passages du recours!) (conclusion no 7 du recours; cf. infra consid. 3.1), qu'en l'absence de tout remboursement de ce montant (subsidiairement), la somme nette de 941'800 fr. (reçue de la société filiale) lui est due (conclusion no 5 du recours), partant, que seule la somme nette de 416'667 fr. (1'358'567 fr. - 941'800 fr.) peut être déduite du montant de sa créance (conclusion no 8 du recours; cf. infra consid. 3.2), et qu'il a droit à la part variable de son salaire, d'un montant de 911'749 fr. (conclusion no 6 du recours; cf. infra consid. 3.3).
3.1. Le recourant observe (et admet) que, selon la cour cantonale, il ne pouvait obtenir le paiement de 2'000'000 fr. au titre de remboursement de frais (cf. art. 327a al. 1 et 327c al. 1 CO). Les juges précédents auraient toutefois dû examiner d'office (cf. <ref-law>) un autre fondement et, sous peine de violer le droit, en tirer les conclusions qui s'imposaient : les parties auraient formé une société simple (<ref-law>) et la cour cantonale aurait dû reconnaître son existence, même si, au cours de la procédure cantonale, la prétention n'avait jamais été examinée sous cet angle.
3.1.1. On rappellera d'emblée que la société créée en août 2008 par le demandeur, U._ SA, est une société anonyme, soit une forme de société qui proscrit formellement à l'actionnaire de réclamer la restitution de son apport (<ref-law>). Excepté dans les situations prévues par la loi (cf. art. 676, 732 ss, 736 ss CO, etc.) - qui n'entrent ici pas en ligne de compte -, l'actionnaire ne peut dès lors sortir de la société que par la vente de ses actions.
Si l'on admettait (par hypothèse) que la défenderesse avait participé à la fondation de la société anonyme (ce qui reste douteux selon l'arrêt entrepris), on devrait retenir que, lorsque la société anonyme s'est trouvée en formation (dès que les parties ont convenu de la création de la société anonyme et pendant le processus de fondation), les parties ont constitué une société simple (<ref-ruling> consid. 2a p. 423). Toutefois, l'application des règles régissant celle-ci n'est que temporaire et, au plus tard lors de l'inscription de la société anonyme au registre du commerce, seules les règles prévues pour cette dernière forme de société sont applicables (cf. <ref-ruling> consid. 2a p. 423); cela étant, l'argumentation du demandeur (qui s'appuie sur la société simple) continue de se heurter à l'interdiction prévue à l'<ref-law>.
3.1.2. Le demandeur tente de convaincre de l'existence d'une société simple dans une perspective différente. Il affirme que, parallèlement à la société anonyme (U._ SA) voulue (et créée) par les parties, il existerait un contrat de joint venture (accord de base indépendant de la société anonyme) liant les parties, qui devrait être qualifié de société simple (<ref-law>; cf. arrêt 4C.22/2006 du 5 mai 2006 consid. 5).
Il n'y a toutefois pas lieu d'examiner ce point de manière approfondie puisqu'il apparaît d'emblée que le demandeur n'a jamais allégué les éléments de fait constitutifs de cette (prétendue) société simple (<ref-law>). En particulier, il n'a ni allégué ni prouvé l'existence de la volonté des parties de s'unir (dans un " accord de base ") afin de poursuivre un but commun ( animus societatis) qui irait au-delà de l'objectif consistant à créer une société anonyme.
On ne voit d'ailleurs pas comment les parties auraient pu s'entendre sur le fait que l'investissement de 2'000'000 fr. serait remboursé au demandeur puisque, même si les parties avaient mis un terme à l'accord de base (admis par hypothèse), leur société anonyme continuerait d'être régie par le droit applicable à cette forme de société et, en particulier, à la règle de l'<ref-law> (cf. THOMAS PROBST, Le contrat de joint venture, in La pratique contractuelle, Pichonnaz/Werro [éd.], 2009, p. 25).
On peine en outre à saisir quel aurait été l'apport de la défenderesse puisque, s'il était envisagé que celle-ci puisse procéder à un investissement, il ne résulte pas de l'arrêt cantonal que la défenderesse aurait effectivement pris l'engagement de souscrire à une augmentation de capital de la société anonyme, un tel engagement ne figurant ni dans le contrat ni dans son annexe. En réalité, la défenderesse s'est limitée à affirmer avoir " étudi[é] la possibilité de fournir le financement demandé par l'IPBG ", ce qui ne correspond (évidemment) pas à un engagement, mais pourrait tout au plus, le cas échéant, fonder une responsabilité précontractuelle ( culpa in contrahendo). Ce fondement éventuel n'est toutefois pas évoqué par le recourant et il n'y a donc pas lieu d'examiner si la défenderesse aurait, lorsqu'elle a discuté avec le demandeur des objectifs qu'ils s'étaient assignés, violé son devoir de se comporter conformément aux règles de la bonne foi (<ref-law>).
Les griefs soulevés par le recourant (violation de l'<ref-law>, des art. 97 et 107 CO) sont dès lors infondés.
3.2. Le deuxième grief du recourant a trait au montant (941'800 fr.) que la cour cantonale a imputé sur sa créance (principale) envers la défenderesse. Les juges précédents expliquent cette déduction par le fait que l'employé a été libéré de son obligation de travailler dès l'été 2009, qu'il avait dès lors pu exercer une activité rémunérée (au service de la société filiale suisse), comme indépendant, et que le montant ainsi gagné devait être déduit de ses prétentions salariales selon l'<ref-law>.
Le recourant soutient que la déduction du montant de 941'800 fr. ne s'imposait que si le remboursement du capital investi (la somme de 2'000'000 fr.) lui avait été accordé. Ce remboursement lui ayant été refusé, il considère que la cour cantonale a, en opérant la déduction, constaté arbitrairement les faits (art. 9 Cst.) et violé l'<ref-law>.
Le raisonnement du demandeur, pour autant qu'on le comprenne bien, repose sur la prémisse - erronée - que son investissement dans la joint venture (en réalité : dans la société anonyme) de 2'000'000 fr. devait lui être remboursé et que le montant de 941'800 fr., versé par la société anonyme, lui permettait de " récupér[er] sous forme de salaire " son investissement dans la " joint venture "; en conséquence, seul le montant net de 416'667 fr. devrait être considéré comme un revenu réalisé par l'exécution d'un " autre travail " (cf. <ref-law>) et pourrait être déduit de sa créance (principale) envers la défenderesse. Or, comme on l'a vu (cf. supra consid. 3.1), le montant de 2'000'000 fr. consiste en un apport du demandeur (en tant que fondateur de la société anonyme) qui, par définition, est souscrit inconditionnellement et sans réserve. Partant, le demandeur ne saurait en aucun cas s'en prévaloir pour exclure du champ d'application de l'<ref-law> le revenu de 941'800 fr. qu'il a réalisé en exécutant un travail pour la société anonyme (en tant que nouvel employeur).
L'argumentation du demandeur visant une " juste application de l'<ref-law> " et une prise en compte de " la situation financière de U._ SA ", qui repose sur la même prémisse, se révèle également dénuée de pertinence.
La critique est dès lors sans consistance.
3.3. S'agissant de la " part variable du salaire " (911'749 fr.) réclamée par le demandeur, la cour cantonale a constaté que celui-ci avait droit, en sa qualité de membre exécutif de la direction, à " un plan bonus annuel ", ainsi qu'à une participation au bénéfice (cf. art. 3.7 du contrat), l'articulation de ces deux postes n'étant pas précisée dans le contrat. Les juges précédents en ont conclu que, selon la volonté des parties, l'employé avait droit à une participation d'un pourcentage déterminé du Profit Before Tax (PBT), les parties ayant toutefois prévu de fixer ce pourcentage au cours de discussions ultérieures (ce qui n'a pas été fait).
3.3.1. Lorsqu'un montant (même désigné comme bonus ou gratification) est déterminé ou objectivement déterminable, c'est-à-dire qu'il a été promis par contrat dans son principe et que son montant est déterminé ou doit l'être sur la base de critères objectifs prédéterminés comme le bénéfice, le chiffre d'affaires ou une participation au résultat de l'exploitation, et qu'il ne dépend pas de l'appréciation de l'employeur, il doit être considéré comme un élément du salaire (variable), que l'employeur est tenu de verser à l'employé (art. 322 s. CO; <ref-ruling> consid. 4.1; <ref-ruling> consid. 2 p. 317; <ref-ruling> consid. 2 p. 278).
En revanche, lorsque le bonus est indéterminé ou objectivement indéterminable, c'est-à-dire que son versement dépend du bon vouloir de l'employeur et que sa quotité dépend pour l'essentiel de la marge de manoeuvre de celui-ci en ce sens qu'elle n'est pas fixée à l'avance et qu'elle dépend de l'appréciation subjective de la prestation du travailleur par l'employeur, il doit être qualifié de gratification (<ref-ruling> consid. 4.1 et 4.2 p. 407 s.; <ref-ruling> consid. 3.1 p. 157). Il faut encore distinguer entre les deux situations suivantes:
- si par contrat, les parties sont tombées d'accord sur le principe du versement d'un bonus et n'en ont réservé que le montant, il s'agit d'une gratification que l'employeur est tenu de verser ( Anspruch auf die Gratifikation), mais il jouit d'une certaine liberté dans la fixation du montant à allouer (ATF <ref-ruling> consid. 2 p. 317; <ref-ruling> consid. 5.2 p. 620);
- si, par contrat, les parties ont réservé tant le principe que le montant du bonus, il s'agit d'une gratification facultative: le bonus n'est pas convenu et l'employé n'y a pas droit, sous réserve de l'exception découlant de la nature de la gratification (principe de l'accessoriété; cf. <ref-ruling> consid. 4.3.2 p. 409; <ref-ruling> consid. 5.3 p. 159).
3.3.2. En droit suisse des contrats, la question de savoir si les parties ont conclu un accord est soumise au principe de la priorité de la volonté subjective sur la volonté objective (<ref-ruling> consid. 5.2.1 p. 97).
Lorsque les parties se sont exprimées de manière concordante (échange de manifestations de volonté concordantes; übereinstimmende Willenserklärungen), qu'elles se sont effectivement comprises et, partant, ont voulu se lier, il y a accord de fait ( tatsächlicher Konsens); si au contraire, alors qu'elles se sont comprises, elles ne sont pas parvenues à s'entendre, ce dont elles étaient d'emblée conscientes, il y a un désaccord patent ( offener Dissens) et le contrat n'est pas conclu. Subsidiairement, si les parties se sont exprimées de manière concordante, mais que l'une ou les deux n'ont pas compris la volonté interne de l'autre, ce dont elles n'étaient pas conscientes dès le début, il y a désaccord latent ( versteckter Dissens) et le contrat est conclu dans le sens objectif que l'on peut donner à leurs déclarations de volonté selon le principe de la confiance; en pareil cas, l'accord est de droit (ou normatif) (<ref-ruling> consid. 5.2.1 p. 97 s.).
En procédure, le juge doit donc rechercher, dans un premier temps, la réelle et commune intention des parties (interprétation subjective), le cas échéant empiriquement, sur la base d'indices (<ref-ruling> consid. 5.2.2 p. 98 et les arrêts cités). Si le juge ne parvient pas à déterminer la volonté réelle et commune des parties - parce que les preuves font défaut ou ne sont pas concluantes - ou s'il constate qu'une partie n'a pas compris la volonté exprimée par l'autre à l'époque de la conclusion du contrat - ce qui ne ressort pas déjà du simple fait qu'elle l'affirme en procédure, mais doit résulter de l'administration des preuves -, il doit recourir à l'interprétation normative (ou objective), à savoir rechercher leur volonté objective, en déterminant le sens que, d'après les règles de la bonne foi, chacune d'elles pouvait et devait raisonnablement prêter aux déclarations de volonté de l'autre. Il s'agit d'une interprétation selon le principe de la confiance (<ref-ruling> consid. 5.2.3 p. 98 s. et les arrêts cités).
3.3.3. En l'occurrence, il s'agit de qualifier la rémunération prévue à l'art. 3.7 du contrat, soit de l'attribuer à l'une des trois catégories rappelées plus haut (salaire, gratification obligatoire, gratification facultative).
3.3.3.1. La cour cantonale retient que, si les parties se sont mises d'accord sur le principe du versement et qu'elles entendaient a priori fixer le montant de la rémunération en fonction d'un critère objectif (pourcentage du PBT) prédéterminé, elles n'ont finalement jamais eu l'occasion de fixer ce pourcentage lors de " discussions ultérieures ". Le recourant est au contraire d'avis que le pourcentage a bel et bien été déterminé et qu'il a droit à son salaire variable.
Même si les juges ne le mentionnent pas explicitement, ils ont constaté que les parties s'étaient bien comprises, mais que leurs volontés réelles ne coïncidaient pas quant à la quotité du montant litigieux (des discussions ultérieures étant indispensables pour qu'un accord soit conclu) et laissé entendre que les parties en étaient conscientes. Partant, les magistrats cantonaux ont établi l'existence d'un désaccord patent. Le recourant le reconnaît lui-même dans le passage de son mémoire consacré à l'interprétation subjective, mais sans en tirer la conclusion qui s'impose. Il est d'avis que la cour cantonale ne pouvait pas s'arrêter à la volonté réelle des parties, mais qu'elle aurait dû appliquer le principe de la confiance, qui l'aurait amenée à retenir que la quotité de la part variable du salaire était bien déterminée.
Le raisonnement ne convainc pas. Puisque la cour cantonale a établi l'existence d'un désaccord patent, il appartenait au recourant de remettre en question le résultat de l'interprétation subjective auquel elle est parvenue, ce qu'il n'a pas fait. Il n'y a donc pas lieu de s'écarter de l'état de fait de l'arrêt attaqué et l'application du principe de la confiance est exclue. Les arguments développés par le recourant à cet égard tombent dès lors à faux.
3.3.3.2. Il en résulte que la rémunération prévue à l'art. 3.7 du contrat, convenue sur le principe, n'est pas déterminable et qu'il est exclu de la considérer comme un élément du salaire.
Il n'y a en l'espèce pas lieu de rechercher si le recourant aurait droit à une gratification (obligatoire) puisqu'il ne le prétend pas. On ne voit d'ailleurs pas comment une telle gratification - qui dépend pour l'essentiel de la marge de manoeuvre de l'employeuse et peut être soumise à des conditions (arrêts 4A_290/2017 du 12 mars 2018 consid. 4.1.1; 4A_513/2017 du 5 septembre 2018 consid. 5.2.2) - pourrait lui être accordée en l'espèce sur la base des constatations cantonales. On observera en particulier que le demandeur, pour chiffrer sa prétention, part du PBT de " V._ Ltd ", soit une entité dont le lien avec la question litigieuse n'est pas établi dans l'arrêt attaqué.
Le moyen est infondé.
3.4. Il résulte des considérations qui précèdent que le recours en matière civile du demandeur doit être rejeté.
4.
Dans son recours en matière civile (4A_507/2018) du 14 septembre 2018, la défenderesse estime que seul le montant net (et non brut) de USD 47'600.- aurait dû être accordé au demandeur, que les intérêts moratoires ne devraient être octroyés que sur les montants n'ayant pas encore été payés (sur ces deux points, cf. infra consid. 4.1) et qu'un montant supplémentaire de 150'000 fr. (provisions d'honoraires) aurait dû être déduit de la créance principale du demandeur, soit un montant total de 1'508'467 fr. (cf. infra consid. 4.2 et 4.3).
4.1. Dans sa réplique du 28 février 2019, la défenderesse intimée a retiré les conclusions de son recours visant la correction du montant (net) de USD 47'600.- et de l'application des intérêts moratoires. Il n'y a donc pas lieu de revenir sur ces deux points qui ont fait l'objet d'une rectification dans l'arrêt cantonal du 5 octobre 2018.
4.2. Seul reste litigieux le montant de 150'000 fr. que la défenderesse entend encore déduire de la créance (principale) du demandeur.
La cour cantonale a écarté cette prétention en fournissant une double motivation : d'une part, elle a considéré qu'il s'agissait d'une nouvelle conclusion, que la défenderesse aurait pu faire valoir sa prétention en première instance déjà et que la conclusion était dès lors irrecevable (cf. <ref-law>); d'autre part, la cour cantonale a jugé, sur le fond, que le montant de 150'000 fr. avait été versé au demandeur avant avril 2009 (alors que celui-ci travaillait encore pour elle) et qu'il ne pouvait ainsi être pris en compte pour la période postérieure, au titre de gain réalisé en exécution d'un autre travail (cf. <ref-law>).
4.3. Sur la première partie de la motivation, la recourante soutient avoir seulement précisé (et non modifié) son argumentation devant le juge d'appel cantonal.
4.3.1. La défenderesse rappelle elle-même s'être limitée, en première instance, à requérir le rejet (global) des conclusions pécuniaires prises par le demandeur pour obtenir le paiement de sa créance principale; elle n'a précisé son argumentation que devant le juge d'appel en ajoutant que le montant de 150'000 fr. (provisions d'honoraires) devait encore être déduit de la créance principale. A cet égard, la cour cantonale a constaté que la pièce 39 (produite à l'appui de sa prétention) avait déjà été remise devant les premiers juges.
Force est dès lors de constater qu'en première instance, la défenderesse n'a pas exposé de manière détaillée les différents éléments qui impliquaient, selon elle, le rejet intégral des prétentions du demandeur. Elle n'a en particulier pas allégué qu'elle entendait déduire de la créance (principale) du demandeur le montant de 150'000 fr., soit un fait dirimant qu'elle devait elle-même soulever (cf. arrêt 4A_11/2018 du 8 octobre 2018 consid. 6.3 non publié in <ref-ruling>).
La critique tombe dès lors à faux.
4.3.2. Dans sa réplique du 28 février 2019, la défenderesse tente d'éviter les conséquences de son absence d'allégation en insistant sur le fait que la cour cantonale lui reproche exclusivement d'avoir modifié ses conclusions en ce sens qu'elle y a ajouté une (nouvelle) déduction de 150'000 fr.; il s'agirait dès lors exclusivement de savoir si elle a effectivement modifié ses conclusions ou seulement - comme elle le prétend - précisé celles-ci (p. 6). En sollicitant un examen limité à la seule modification/précision des conclusions, la défenderesse oublie toutefois que celles-ci sont intimement liées aux allégués de fait et aux moyens de preuve, les trois éléments étant décisifs pour le sort de l'action. En l'absence d'allégations, les faits générateurs permettant l'application de la règle légale ne pourront être prouvés et le juge ne pourra adjuger la prétention réclamée (dans ses conclusions) par la partie concernée.
La défenderesse n'ayant pas allégué la déduction de 150'000 fr. à l'appui de ses conclusions libératoires en première instance, sa (nouvelle) conclusion (visant explicitement la déduction de 150'000 fr.), prise au stade de l'appel, était dépourvue de fondement factuel et, partant, sans consistance.
Le moyen est infondé.
4.4. Il résulte des considérations qui précèdent que le recours en matière civile de la défenderesse doit être rejeté.
5.
En conclusion, les deux recours en matière civile sont rejetés.
Chacune des parties supportera les frais et dépens de son propre recours (art. 66 al. 1 et 68 al. 1 et 2 LTF).
S'agissant du recours de la défenderesse, il sera tenu compte, dans la fixation des frais et des dépens, du retrait de certaines de ses conclusions.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Les causes 4A_505/2018 et 4A_507/2018 sont jointes.
2.
Les recours sont rejetés.
3.
Les frais judiciaires afférents au recours du demandeur, arrêtés à 22'000 fr., sont mis à la charge de celui-ci.
4.
Les frais judiciaires afférents au recours de la défenderesse, arrêtés à 5'500 fr., sont mis à la charge de celle-ci.
5.
Le demandeur versera à la défenderesse le montant de 14'500 fr. à titre de dépens (après compensation).
6.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour de justice du canton de Genève, Chambre des prud'hommes.
Lausanne, le 3 juin 2019
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente : Kiss
Le Greffier : Piaget