Faits :
A.
Le 27 novembre 2017, A._, née en 1998, a déposé une plainte pénale contre X._, médecin, né en 1977, pour viol et violation du domaine secret ou du domaine privé au moyen d'un appareil de prise de vues.
Elle lui fait grief de lui avoir, à quatre reprises, dans son logement de B._, imposé des actes et relations sexuels non consentis, après que les intéressés avaient fait connaissance à l'occasion d'un stage professionnel que la plaignante effectuait à l'Hôpital C._. En particulier, elle a indiqué que X._ aurait, le 19 mars 2017, lors de leur première rencontre dans son logement de B._, introduit ses doigts dans son vagin, puis aurait, les 26 mars, 2 avril et 17 avril 2017, entretenu avec elle des relations sexuelles complètes en dépit du refus qu'elle lui aurait opposé, lequel aurait été exprimé avant et pendant les actes, tant verbalement que par son attitude. En outre, X._ aurait filmé ces trois derniers épisodes à l'insu de la plaignante.
B.
Par ordonnance du 13 août 2018, le Ministère public de l'arrondissement de Lausanne a classé la procédure pénale dirigée d'office et sur plainte de A._ contre X._ pour violation du domaine secret ou du domaine privé au moyen d'un appareil de prise de vues, contrainte sexuelle et viol.
C.
Par arrêt du 2 novembre 2018, la Chambre des recours pénale du Tribunal cantonal vaudois a rejeté le recours formé contre l'ordonnance de classement.
D.
Contre ce dernier arrêt, A._ dépose un recours en matière pénale devant le Tribunal fédéral. Elle conclut, principalement, à l'annulation de l'arrêt attaqué et à ce qu'il soit ordonné aux instances cantonales de renvoyer en jugement X._ pour viol, contrainte sexuelle et violation du domaine secret ou du domaine privé au moyen d'un appareil de prise de vues. A titre subsidiaire, elle demande que l'arrêt attaqué soit annulé et la cause renvoyée à la cour cantonale en l'invitant à solliciter du Ministère public vaudois qu'il reprenne l'instruction pénale.

Considérant en droit :
1.
Le Tribunal fédéral examine d'office et librement la recevabilité des recours qui lui sont soumis (<ref-ruling> consid. 1 p. 358).
1.1. Selon l'art. 81 al. 1 let. a et b ch. 5 LTF, la partie plaignante qui a participé à la procédure de dernière instance cantonale est habilitée à recourir au Tribunal fédéral, si la décision attaquée peut avoir des effets sur le jugement de ses prétentions civiles. Constituent de telles prétentions celles qui sont fondées sur le droit civil et doivent en conséquence être déduites ordinairement devant les tribunaux civils. Il s'agit principalement des prétentions en réparation du dommage et du tort moral au sens des <ref-law>.
Selon l'art. 42 al. 1 et 2 LTF, il incombe au recourant d'alléguer les faits qu'il considère comme propres à fonder sa qualité pour recourir. Lorsque le recours est dirigé contre une décision de non-entrée en matière ou de classement de l'action pénale, la partie plaignante n'a pas nécessairement déjà pris des conclusions civiles. Quand bien même la partie plaignante aurait déjà déclaré des conclusions civiles (cf. <ref-law>), il n'en reste pas moins que le ministère public qui refuse d'entrer en matière ou prononce un classement n'a pas à statuer sur l'aspect civil (cf. <ref-law>). Dans tous les cas, il incombe par conséquent à la partie plaignante d'expliquer, dans son mémoire au Tribunal fédéral, quelles prétentions civiles elle entend faire valoir contre l'intimé. Comme il n'appartient pas à la partie plaignante de se substituer au ministère public ou d'assouvir une soif de vengeance, la jurisprudence entend se montrer restrictive et stricte, de sorte que le Tribunal fédéral n'entre en matière que s'il ressort de façon suffisamment précise de la motivation du recours que les conditions précitées sont réalisées, à moins que l'on puisse le déduire directement et sans ambiguïté compte tenu notamment de la nature de l'infraction alléguée (<ref-ruling> consid. 1.1 p. 4).
1.2. En l'espèce, la recourante a déposé une plainte pénale contre l'intimé pour viol et violation du domaine secret ou du domaine privé au moyen d'un appareil de prise de vues. Il s'agit de graves infractions contre l'intégrité sexuelle et la vie privée. La recourante a recouru contre l'ordonnance de classement et a donc participé à la procédure de dernière instance cantonale. Dans son mémoire de recours, elle a sollicité le versement de 15'000 fr. à titre de tort moral, au motif que le comportement de l'intimé lui avait causé un traumatisme durable. La recourante réalise ainsi les conditions posées à l'art. 81 al. 1 let. a et b ch. 5 LTF et a donc qualité pour recourir.
2.
La recourante dénonce la violation du principe " in dubio pro duriore ".
2.1. Selon l'<ref-law>, le ministère public ordonne le classement de tout ou partie de la procédure lorsqu'aucun soupçon justifiant une mise en accusation n'est établi (let. a) ou lorsque les éléments constitutifs d'une infraction ne sont pas réunis (let. b).
La décision de classer la procédure doit être prise en application du principe " in dubio pro duriore ". Ce principe vaut également pour l'autorité judiciaire chargée de l'examen d'une décision de classement. Il signifie qu'en règle générale, un classement ou une non-entrée en matière ne peut être prononcé par le ministère public que lorsqu'il apparaît clairement que les faits ne sont pas punissables ou que les conditions à la poursuite pénale ne sont pas remplies. Le ministère public et l'autorité de recours disposent, dans ce cadre, d'un pouvoir d'appréciation que le Tribunal fédéral revoit avec retenue. La procédure doit se poursuivre lorsqu'une condamnation apparaît plus vraisemblable qu'un acquittement ou lorsque les probabilités d'acquittement et de condamnation apparaissent équivalentes, en particulier en présence d'une infraction grave. En effet, en cas de doute s'agissant de la situation factuelle ou juridique, ce n'est pas à l'autorité d'instruction ou d'accusation mais au juge matériellement compétent qu'il appartient de se prononcer (<ref-ruling> consid. 2.2.1 p. 243; <ref-ruling> consid. 4.1.2 p. 91 et les références citées). L'autorité de recours ne saurait ainsi confirmer un classement au seul motif qu'une condamnation n'apparaît pas plus probable qu'un acquittement (arrêts 6B_1356/2016 du 5 janvier 2018 consid. 3.3.3; 6B_874/2017 du 18 avril 2018 consid. 5.1; 6B_1177/2017 du 16 avril 2018 consid. 2.1; 6B_865/2017 du 25 juillet 2018 consid. 3.1).
Dans les procédures où l'accusation repose essentiellement sur les déclarations de la victime, auxquelles s'opposent celles du prévenu et lorsqu'il n'est pas possible d'estimer que certaines dépositions sont plus crédibles que d'autres, le principe " in dubio pro duriore " impose en règle générale que le prévenu soit mis en accusation (<ref-ruling> consid. 2.2.2 p. 243 et les arrêts cités; arrêts 6B_874/2017 précité consid. 5.1 et 6B_865/2017 précité consid. 3.1). Cela vaut en particulier lorsqu'il s'agit de délits commis typiquement " entre quatre yeux " pour lesquels il n'existe souvent aucune preuve objective. Il peut toutefois être renoncé à une mise en accusation lorsque la partie plaignante fait des dépositions contradictoires, rendant ses accusations moins crédibles ou encore lorsqu'une condamnation apparaît au vu de l'ensemble des circonstances a priori improbable pour d'autres motifs (<ref-ruling> consid. 2.2.2 p. 243; arrêts 6B_874/2017 précité consid. 5.1 et 6B_865/2017 précité consid. 3.1).
Déterminer si l'autorité précédente a correctement compris la portée du principe " in dubio pro duriore " et s'est fondée sur une notion juridiquement correcte du " soupçon suffisant " visé par l'<ref-law> est une question de droit, soumis au libre examen du Tribunal fédéral. Le principe " in dubio pro duriore ", en tant que règle de droit, est notamment violé lorsque l'instance précédente a admis dans ses considérants un soupçon suffisant mais, pour des motifs ne concernant pas l'objet du litige et en violation de son pouvoir d'appréciation, n'a pas engagé l'accusation, lorsqu'il ressort des considérants de l'arrêt attaqué que l'autorité précédente a établi l'état de fait comme un juge du fond, en faisant application du principe " in dubio pro reo " ou lorsqu'elle a méconnu de toute autre manière le principe " in dubio pro duriore " (<ref-ruling> consid. 2.3.3 p. 245 ss; arrêts 6B_874/2017 précité consid. 5.1; 6B_1177/2017 précité consid. 2.1; 6B_865/2017 précité consid. 3.1).
2.2. Selon l'<ref-law>, se rend coupable de contrainte sexuelle celui qui, notamment, en usant de menace ou de violence envers une personne, en exerçant sur elle des pressions d'ordre psychique ou en la mettant hors d'état de résister l'aura contrainte à subir un acte analogue à l'acte sexuel ou un autre acte d'ordre sexuel. Le viol constitue une lex specialis par rapport à la contrainte sexuelle pour le cas où la victime est une femme et qu'il lui est imposé l'acte sexuel proprement dit (<ref-law>).
2.2.1. Le viol (<ref-law>) et la contrainte sexuelle (<ref-law>) supposent l'emploi des mêmes moyens et la même situation de contrainte (<ref-ruling> consid. 2a p. 99). Il s'agit notamment de l'usage de la violence et de l'exercice de pressions psychiques.
La violence désigne l'emploi volontaire de la force physique sur la personne de la victime dans le but de la faire céder (<ref-ruling> consid. 2b p. 100). Il n'est pas nécessaire que la victime soit mise hors d'état de résister ou que l'auteur la maltraite physiquement. Une certaine intensité est néanmoins requise. La violence suppose non pas n'importe quel emploi de la force physique, mais une application de cette force plus intense que ne l'exige l'accomplissement de l'acte dans les circonstances ordinaires de la vie (<ref-ruling>). Selon les circonstances, un déploiement de force relativement faible peut suffire. Ainsi, peut déjà suffire le fait de maintenir la victime avec la force de son corps, de la renverser à terre, de lui arracher ses habits ou de lui tordre un bras derrière le dos (arrêts 6B_570/2012 du 26 novembre 2012 consid. 1.2; 6S.126/2007 du 7 juin 2007 consid. 6.2).
En introduisant la notion de " pressions psychiques ", le législateur a voulu viser les cas où la victime se trouve dans une situation sans espoir, sans pour autant que l'auteur ait recouru à la force physique ou à la violence (<ref-ruling> consid. 3a/bb p. 110-111; <ref-ruling> consid. 2b p. 100 et les références citées). Ainsi, l'infériorité cognitive et la dépendance émotionnelle et sociale peuvent - en particulier chez les enfants et les adolescents - induire une pression psychique extraordinaire et, partant, une soumission comparable à la contrainte physique, les rendant incapables de s'opposer à des atteintes sexuelles. La jurisprudence parle de " violence structurelle ", pour désigner cette forme de contrainte d'ordre psychique commise par l'instrumentalisation de liens sociaux. Pour que l'infraction soit réalisée, il faut que la pression psychique visée par l'<ref-law> soit importante. L'exploitation de rapports généraux de dépendance ou d'amitié ou même la subordination comme celle de l'enfant à l'adulte ne suffisent en règle générale pas pour admettre une pression psychologique au sens des art. 189 et 190 CP (<ref-ruling> consid. 2.2 p. 109; <ref-ruling> consid. 2b/aa et cc p. 99 et 102).
2.2.2. Si les parties ont admis avoir entretenu des relations sexuelles, leurs versions du déroulement des faits sont contradictoires. L'intimé a contesté avoir mis ses doigts dans le vagin de la recourante le 19 mars 2017. Il a déclaré qu'ils s'étaient uniquement embrassés; la recourante aurait enlevé son pull, mais refusé d'enlever son soutien-gorge, décision qu'il aurait respectée. Concernant le 26 mars 2017, l'intimé a admis avoir eu une relation sexuelle complète, mais a déclaré que celle-ci était consentie. Enfin, il a nié avoir entretenu avec la recourante des relations sexuelles les 2 et 17 avril 2017.
L'ensemble des faits, et en particulier les sms échangés entre les parties, révèlent un comportement de la recourante, qui ne peut être mis en relation avec des abus sexuels. Alors que le 19 mars 2017, l'intimé aurait perpétré le premier acte sexuel, la recourante a le même jour, à 22h00, fait part à l'intimé de ce qu'elle était bien rentrée, en lui souhaitant bonne nuit. De plus, elle a proposé de le revoir le lendemain par un sms adressé à 10h12. Le 26 mars 2017, la recourante a accepté de se rendre à nouveau à B._, où les parties ont entretenu une relation sexuelle complète. Vu le déroulement des premières rencontres au domicile de l'intimé les 19 et 26 mars 2017, la recourante ne pouvait pas ne pas avoir conscience que l'intimé pourrait souhaiter d'autres relations intimes. Elle a néanmoins continué à le voir et a pris le train par deux fois, à savoir les 2 et 17 avril pour aller chez lui. Lors de son audition par le ministère public, la recourante a indiqué qu'elle était à chaque fois retournée chez l'intimé parce qu'elle " avait du plaisir à passer du temps avec lui " (PV aud. 1 l. 173). Elle a admis avoir eu des sentiments pour l'intimé (PV aud. 1 l. 182), avoir été amoureuse de lui (PV aud 1, l. 176). Au vu du déroulement des faits et des déclarations de la recourante, il faut donc admettre que la recourante a accepté les actes sexuels ou, du moins, n'a pas manifesté clairement son éventuel désaccord.
La recourante soutient avoir été sous l'emprise de l'intimé qui était médecin et était de vingt ans son aîné. Il ne ressort pas du dossier que l'intimé aurait usé de menaces (par exemple contre des êtres chers; <ref-ruling> consid. 3.1 p. 170) ou aurait créé un climat de psycho-terreur (<ref-ruling> consid. 3 p. 128). Développée avant tout en matière d'abus commis sur des enfants, la jurisprudence relative à la notion de " pressions d'ordre psychique " a certes admis qu'une situation d'infériorité physique et de dépendance sociale et émotionnelle pouvait suffire (compagnon de la mère qui remplace le père: <ref-ruling>; père à l'égard de son fils: arrêt 6B_24/2010 du 20 mai 2010; éducateur: arrêt 6S.465/2005 du 8 février 2006; enseignant de sport: ATF <ref-ruling>). Le fait que la recourante admirait l'intimé et qu'elle avait des sentiments pour lui ne suffit toutefois pas en l'espèce à fonder une contrainte sous la forme de pressions psychiques. En effet, on ne voit pas en quoi l'intimé aurait endossé un rôle quasi paternel, de sorte que la recourante se serait trouvée dans une dépendance émotionnelle et sociale, qui l'aurait empêchée de se soustraire à ses avances. Comme l'a déclaré la jurisprudence à maintes reprises, un simple rapport d'amitié ou amoureux ne suffit pas pour fonder des pressions d'ordre psychique (<ref-ruling> consid. 2.2 p. 109; arrêt 6S.450/2006 du 20 février 2007 consid. 7.1).
2.2.3. La recourante reproche à la cour cantonale de ne pas avoir entendu sa psychologue, à laquelle elle aurait décrit les pénétrations forcées perpétrées par l'intimé, son refus catégorique, le fait que l'intimé aurait retiré son préservatif malgré les vives protestations de sa victime, sa façon de l'entraver dans sa respiration en lui bouchant le nez, ainsi que tous les autres actes de violence dont l'intimé s'est servi pour parvenir à ses fins.
La psychologue a produit deux certificats, l'un du 10 novembre 2017 (pièce 6/1) et l'autre du 19 juin 2018 (pièce 25/2). Elle y a décrit la relation de la recourante avec l'intimé, l'emprise que celui-ci avait exercée sur la recourante et l'état dépressif dans lequel s'était trouvée sa patiente à la suite de la rupture. La cour de céans ne voit pas les éléments que la thérapeute en tant que témoin indirect pourrait apporter qui ne figureraient pas déjà dans les procès-verbaux d'audition de la recourante et dans les certificats produits. Or, comme vu ci-dessus, il découle des déclarations de la recourante et de l'ensemble des circonstances que la recourante a consenti aux actes sexuels ou, du moins, n'a pas manifesté clairement son désaccord.
2.3. La recourante pense que l'intimé a enregistré des images de leurs relations sexuelles à son insu (cf. art. 179 quater CP). Elle explique que cette hypothèse a été émise par sa thérapeute, en raison des enchaînements des positions lors des ébats et du fait que la lumière devait rester allumée. Selon la recourante, l'intimé aurait eu le temps de se séparer des supports sur lesquels les enregistrements auraient été effectués dans le laps de temps séparant les deux perquisitions.
Les autorités ont saisi les supports appartenant à l'intimé et les ont analysés. La Division Traces Informatiques (DTI) de la police de sûreté vaudoise - qui utilise un logiciel qui traite toutes les images, même celles qui auraient pu être effacées (cf. pièce 27) -, n'a pas découvert de fichier contenant des documents de type pédopornographique et/ou des images de la recourante, en particulier lors de scènes sexuelles dans la chambre à coucher.
Il paraît exclu que l'intimé ait pu faire disparaître ces images. En effet, lors de la première perquisition, le 8 février 2018, il ignorait qu'une plainte avait été déposée contre lui et ne pouvait donc se douter que les personnes derrière sa porte palière étaient des policiers, ceux-ci ne s'étant pas annoncés comme tels; on ne voit pas dès lors pour quelles raisons il se serait débarrassé des supports sur lesquels les enregistrements auraient, le cas échéant, été effectués. Lors de la seconde perquisition, le 13 février 2017, le laps de temps écoulé (environ vingt minutes) entre la venue des enquêteurs et l'ouverture de la porte palière par l'intimé était trop court pour permettre de réécrire des données qui auraient été effacées.
Il faut encore relever que l'accusation de violation du domaine secret ou privé au moyen d'un appareil de prise de vues découle uniquement d'une hypothèse émise par la thérapeute de la recourante. Cette dernière n'a pas fait part de la présence d'un quelconque appareil permettant d'effectuer des prises de vues, étant précisé qu'elle a uniquement mentionné l'existence d'un ordinateur portable dont l'accès lui était interdit et qui ne se trouvait pas dans la chambre à coucher.
2.4. En définitive, une mise en accusation de l'intimé tant pour contrainte sexuelle et viol que pour violation du domaine secret ou du domaine privé au moyen d'un appareil de prise de vues aboutirait très vraisemblablement à sa libération. C'est donc à juste titre que la cour cantonale a confirmé l'ordonnance de classement.
3.
Dénonçant la violation de son droit d'être entendue, la recourante fait grief à la cour cantonale d'avoir rejeté sa requête tendant à l'audition de sa thérapeute.
3.1. Le droit d'être entendu, tel qu'il est garanti par les art. 29 al. 2 Cst. et 3 al. 2 let. c CPP, comprend notamment pour le justiciable le droit d'obtenir l'administration des preuves pertinentes et valablement offertes, de participer à l'administration des preuves essentielles et de se déterminer sur son résultat lorsque cela est de nature à influer sur la décision à rendre (<ref-ruling> consid. 3.1 p. 277; <ref-ruling> consid. 2a/aa p. 16). En procédure pénale, l'<ref-law> prévoit que le ministère public ne peut écarter une réquisition de preuves que si celle-ci exige l'administration de preuves sur des faits non pertinents, notoires, connus de l'autorité pénale ou déjà suffisamment prouvés en droit. Selon l'<ref-law>, il n'y a pas lieu d'administrer des preuves sur des faits non pertinents, notoires, connus de l'autorité pénale ou déjà suffisamment prouvés. Le législateur a ainsi consacré le droit des autorités pénales de procéder à une appréciation anticipée des preuves. Le magistrat peut renoncer à l'administration de certaines preuves, notamment lorsque les faits dont les parties veulent rapporter l'authenticité ne sont pas importants pour la solution du litige. Ce refus d'instruire ne viole le droit d'être entendu que si l'appréciation anticipée de la pertinence du moyen de preuve offert, à laquelle le juge a ainsi procédé, est entachée d'arbitraire (<ref-ruling> consid. 3.3 p. 64; <ref-ruling> consid. 5.3 p. 236).
3.2. En l'espèce, la recourante a produit deux certificats de sa thérapeute (cf. ci-dessus). Sur la base de ceux-ci, mais surtout sur la base des déclarations de la recourante et de l'intimé, la cour cantonale est arrivée à la conclusion que la recourante avait consenti aux actes sexuels ou, du moins, n'avait pas opposé clairement son désaccord et que l'intimé n'avait pas usé de pressions psychiques au sens des art. 189 et 190 CP pour obtenir les faveurs sexuelles de la recourante. Dans une audition, la thérapeute ne pourrait rapporter que les propos de sa patiente, faute d'avoir assisté aux faits incriminés. La cour de céans ne voit pas quel élément la thérapeute pourrait dès lors apporter qui ne figurent pas déjà dans les procès-verbaux d'audition de la recourante et dans ces attestations. Pour sa part, la recourante n'a pas démontré que la cour cantonale aurait établi les faits de manière arbitraire et notamment qu'elle aurait omis de tenir compte de certains éléments. C'est, partant, sans violer le droit d'être entendue de la recourante que la cour cantonale a rejeté ses réquisitions de preuves. Le grief doit être rejeté dans la mesure où il est recevable.
4.
Le recours doit être rejeté dans la mesure où il est recevable.
La recourante qui succombe devra supporter les frais judiciaires (<ref-law>).
Il n'y a pas lieu d'allouer d'indemnité à l'intimé qui n'a pas été invité à déposer des observations dans la procédure devant le Tribunal fédéral.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 3'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et au Tribunal cantonal du canton de Vaud, Chambre des recours pénale.
Lausanne, le 11 mars 2019
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Denys
La Greffière : Kistler Vianin