Faits :
A.
A.X._ et B.X._ (ci-après : les contribuables) sont mariés. A.X._ (ci-après : le contribuable) et Y._ sont administrateurs et actionnaires, à raison de 50 % chacun, de C._ SA inscrite au registre du commerce de Genève depuis le 19 juin 2000 et dont le but statutaire est l'acquisition, l'aliénation, l'administration et la gestion de valeurs mobilières et de participations à toutes entreprises ainsi que de Y.D_ SA inscrite le 25 mars 2010. C._ SA détient à 100% la société Y._ & Associés SA (ci-après : Y._ SA), dont le but est la gestion de tout patrimoine, investissements et prise de participations dans toutes opérations financières, ainsi que l'acquisition et l'aliénation de titres.
Par acte notarié du 7 décembre 2010, intitulé "Projet de scission", le conseil d'administration de C._ SA, soit Y._ et le contribuable, a décidé de fonder Y.E._ SA, dont le but est identique à celui de C._ SA. Il a également procédé à une scission par séparation de C._ SA rétroagissant au 1er juillet 2010. D'après le projet, C._ SA a transféré une partie de son patrimoine à Y.E._ SA, soit sa participation dans Y.F._ SA, correspondant à l'actif net de cette dernière, pour un montant de 886'419 fr. Ce montant incluait le capital social de Y.F._ SA (100'000 fr.), sa réserve générale (20'000 fr.) et ses "autres réserves" (766'419 fr.; art. 3.2 dudit acte). Suite à cette opération, le capital-actions de la société transférante, C._ SA, a été réduit de 300'000 fr. à 200'000 fr. Le contribuable détient 50 % des droits de participation dans Y.E._ SA, soit 5'000 actions au porteur valant 10 fr. chacune, et sa participation dans C._ SA demeure inchangée (50 %).
Dans un acte notarié du 6 mai 2011, intitulé "Rapport de fondation", Y._ et le contribuable, agissant en tant que fondateurs de Y.E._ SA, ont notamment exposé que le patrimoine de C._ SA transféré en 2010 à Y.E._ SA était composé des liquidités (586'645 fr.), du solde des prêts accordés à Y.F._ SA (226 fr.-) et de l'actif net de cette dernière (300'000 fr.).
Y.E._ SA a été inscrite au RC le 16 mai 2011. Il y est en particulier précisé que cette société "est issue de la scission de la société C._ SA, à Genève. Selon projet de scission du 7 décembre 2010, la société reprend des actifs de 886'419 fr. et aucun passif envers les tiers, soit un actif net de 886'419 fr., contre attribution aux actionnaires de la société opérant le transfert de 10'000 actions de 10 fr.".
Dans ses comptes commerciaux de l'exercice 2010, annexés à sa déclaration fiscale pour cette année-là, C._ SA n'a pas fait état de la valeur de sa participation dans Y.F._ SA, précisant que les actifs de cette dernière avaient été transférés à Y.E._ SA avec effet rétroactif au 1er juillet 2010.
Le 18 septembre 2013, au cours de la procédure de taxation 2010 de C._ SA, l'Administration fiscale cantonale du canton de Genève a notamment demandé à cette dernière de démontrer que les valeurs patrimoniales transférées par la scission constituaient une exploitation et que les deux sociétés concernées (soit C._ SA et Y.E._ SA) exerçaient effectivement, avant et après la scission, une activité de holding, en employant leurs propres personnels ou du personnel mandaté. Le 27 septembre 2013, C._ SA a notamment répondu que les valeurs patrimoniales transférées lors de la scission constituaient une exploitation, parce que Y.F._ SA était une société de gestion de fortune et qu'elle employait du personnel. Par ailleurs, C._ SA et Y.E._ SA exerçaient une activité réelle de holding.
Par bordereaux du 17 septembre 2014, l'Administration fiscale cantonale a taxé C._ SA pour l'année fiscale 2010 et retenu que la scission avait des incidences fiscales, dès lors que le transfert d'une seule participation n'était pas constitutif d'un transfert d'exploitation. Il ressortait des comptes commerciaux 2011 de Y.F._ SA, produits à l'appui de la réclamation formée par C._ SA contre les bordereaux du 17 septembre 2014, que la première n'avait comptabilisé aucun salaire parmi ses charges d'exploitation. Elle n'avait par ailleurs réalisé aucun produit lors de son premier exercice; aucune pièce comptable relative à l'année 2010 n'avait du reste été versée au dossier.
B.
Le 29 septembre 2011, les contribuables ont déposé leur déclaration fiscale 2010. Parmi les titres déclarés, ils n'ont pas mentionné la participation du contribuable dans Y.E._ SA, soit 5'000 actions valant au total 50'000 fr.
Par bordereaux du 17 août 2015, l'Administration fiscale cantonale a taxé les contribuables pour l'impôt fédéral direct, cantonal et communal 2010. Elle a ajouté au revenu déclaré de 200'490 fr. un montant de 393'210 fr. au titre de prestation appréciable en argent dont le contribuable a bénéficié en 2010 lors de la scission de C._ SA. Elle a également ajouté 50'000 fr. dans la fortune imposable du couple équivalent aux 5'000 actions de Y.E._ SA détenues par le contribuable.
Par décision du 20 novembre 2015, l'Administration fiscale cantonale a rejeté la réclamation déposée par les contribuables contre les décisions de taxation du 17 août 2015. La reprise de 393'210 fr. correspondait à la moitié de la réalisation des réserves ouvertes et latentes transférées dans Y.E._ SA; elle était imposable au titre du revenu.
Par jugement du 12 décembre 2016, le Tribunal administratif de première instance du canton de Genève a partiellement admis le recours déposé par les contribuables contre la décision sur réclamation du 20 novembre 2015, tenant compte de l'engagement de l'Administration fiscale cantonale de rectifier les taxations pour ramener la prestation appréciable en argent à 235'926 fr., soit 60% de 393'201 fr.
C.
Par arrêt du 21 novembre 2017, la Cour de justice du canton de Genève a admis le recours que les contribuables avaient déposé contre le jugement rendu le 12 décembre 2016 du Tribunal administratif de première instance du canton de Genève, annulé la décision sur réclamation rendue le 20 novembre 2015 par l'Administration fiscale cantonale et renvoyé la cause pour nouvelle décision de taxation au sens des considérants. La scission en cause était neutre sous l'angle fiscal.
D.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public, l'Administration fiscale cantonale du canton de Genève demande au Tribunal fédéral d'annuler l'arrêt rendu le 21 novembre 2017 par la Cour de justice du canton de Genève et de confirmer la décision sur réclamation rendue le 20 novembre 2015. Elle se plaint la constatation manifestement inexacte des faits et de la violation du droit fédéral.
Les contribuables ont conclu au rejet du recours. L'Administration fédérale des contributions conclut à l'admission du recours. Ses observations ont été transmises aux contribuables.
E.
Par courrier du 16 août 2018, le juge instructeur a demandé à l'Administration fédérale des contributions et à l'Administration fiscale cantonale de bien vouloir désigner la base légale qui conditionne l'imposition de la prestation appréciable en argent auprès de l'actionnaire au refus d'admettre la neutralité fiscale de la scission. Il semblait que, lorsque les conditions des <ref-law> et 24 al. 3 LHID étaient remplies, la "prestation appréciable en argent" imposée auprès de l'actionnaire intimé en vertu des art. 20 al. 1 let. c LIFD ainsi que 7 al. 1 LHID, en application de la théorie du triangle, était automatiquement neutralisée.
Celles-ci ont déposé leurs observations le 22 octobre 2018, qui ont été communiquées aux parties.

Considérant en droit :
1.
1.1. L'annulation de la reprise, dans le chapitre des recourants en matière d'impôt fédéral direct, cantonal et communal de la période fiscale 2010, du montant de 253'926 fr. au titre d'avantage appréciable en argent relève du droit public.
1.2. L'arrêt attaqué renvoie la cause à l'autorité intimée pour nouvelles décisions de taxation d'impôt fédéral direct, cantonal et communal 2010 au sens des considérants. En principe, une telle décision ne cause pas de dommage irréparable au sens de l'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 4.2 p. 481 s.; Archives 62, p. 491 consid. 1b p. 493). En revanche, tel est le cas lorsque, comme en l'espèce, dite décision invite de manière contraignante l'autorité fiscale à en rendre une nouvelle que celle-ci tient pour contraire au droit et qu'elle ne pourrait pas attaquer ensuite (<ref-ruling> consid. 5.2 p. 483). L'arrêt attaqué constitue donc une décision incidente causant un préjudice irréparable à la recourante (<ref-law>).
1.3. Déposé en temps utile (cf. <ref-law>) et dans les formes requises (cf. <ref-law>) par l'Administration fiscale cantonale qui a qualité pour recourir (art. 146 de la loi du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct [LIFD; RS 642.11] et art. 73 al. 2 de la loi du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes [LHID; RS 642.14]), le présent recours en matière de droit public est en principe recevable.
2.
La recourante se plaint de l'établissement inexact des faits par l'instance précédente.
2.1. Le Tribunal fédéral se fonde sur les faits constatés par l'autorité précédente (cf. <ref-law>), à moins que ceux-ci n'aient été établis de façon manifestement inexacte - notion qui correspond à celle d'arbitraire de l'art. 9 Cst. (<ref-ruling> consid. 4.3 p. 62) - ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (cf. <ref-law>), ce qu'il appartient à la partie recourante d'exposer et de démontrer de manière claire et circonstanciée (cf. <ref-ruling> consid. 3 p. 104 s.; 332 consid. 2.1 p. 334).
Pour démontrer le caractère manifestement inexact, conformément aux exigences accrues de motivation de l'<ref-law> en matière d'interdiction de l'arbitraire, la partie recourante doit désigner avec précision le ou les faits pertinents qui auraient été établis de manière manifestement inexacte, en citant les termes de l'arrêt attaqué, ou qui auraient été écartés à tort, en se référant expressément aux pièces du dossier de la procédure précédente. A cet effet, la partie recourante doit établir qu'elle a dûment et correctement, en application du droit de procédure cantonal ou fédéral applicable devant l'instance précédente, allégué le ou les faits litigieux ainsi que les preuves à leur appui ou que l'instance précédente a violé la maxime inquisitoire. Puis, elle doit exposer concrètement en quoi l'autorité a admis, nié ou ignoré ce fait en se mettant en contradiction évidente avec ce qui résulte de ses allégations en procédure précédente. Le cas échéant, elle doit exposer concrètement en quoi, dans l'appréciation, anticipée ou non, des preuves, le juge du fait n'a manifestement pas compris le sens et la portée d'un moyen de preuve, a omis sans motifs objectifs de tenir compte de preuves pertinentes ou a opéré, sur la base des éléments recueillis, des déductions insoutenables (arrêts 2C_18/2018 du 18 juin 2018 consid. 2.1; 2C_912/2015 du 20 septembre 2016 consid. 2.3; 2C_649/2015 du 1er avril 2016 consid. 2.1; 2C_694/2015 du 15 février 2016 consid. 2.3 et les références citées).
2.2. La recourante reproche à l'instance précédente d'avoir relaté que " selon le RC, Y._ et le contribuable sont (...) administrateurs et actionnaires de Y._ & Associés SA (ci-après Y.F._ SA) détenue par C._ SA". Selon elle, il s'agit d'une constatation inexacte des faits puisque ces deux personnes physiques ne sont pas actionnaires de Y.F._ SA, le capital-actions de celle-ci étant intégralement détenu par C._ SA.
La recourante se plaint également de plusieurs autres constatations erronées de la part de l'instance précédente:
- " C._ SA a transféré une partie de son patrimoine à Y.E._ SA, soit sa participation dans Y.F._ SA, correspondant à l'actif net de cette dernière [...] "
- " dans un acte notarié du 6 mai 2011 [...] Y._ et le contribuable, [...] ont notamment exposé que le patrimoine de C._ SA transféré en 2010 à Y.E._ SA était composé des liquidités (CHF 586'645.-), du solde des prêts accordés à Y.F._ SA (CHF 226.-) et de l'actif net de cette dernière (CHF 300'000.-) "
- " les actifs de cette dernière avaient été transférés à Y.E._ SA"
Il en va de même du constat selon lequel il ressort des comptes de Y.F._ SA qu'elle n'avait comptabilisé aucun salaire parmi ses charges d'exploitation.
Elle soutient que la correction de ces erreurs aurait pour effet de montrer que l'élément transféré n'est pas l'actif net mais bien la participation dans la société Y.F._ SA, de sorte que l'instance précédente n'aurait pas pu conclure que le transfert opéré par la scission de C._ SA avait pour objet une exploitation. La neutralité fiscale de la scission ne pouvait ainsi pas être retenue.
2.3. En réalité, il ressort du considérant en droit 15 de l'arrêt attaqué que c'est bien la participation détenue par C._ SA dans Y.F._ SA dont l'instance précédente a constaté le transfert au moment de la scission. Il ressort du même considérant que, selon l'instance précédente, le transfert d'une seule participation reste sans incidence sur la neutralité fiscale de la scission, ce que conteste la recourante. Dans ce même considérant, l'instance précédente a également constaté, d'une part, que les comptes commerciaux 2011 de Y.E._ SA (et non pas ceux de Y.F._ SA) faisaient état, de manière certes limitée, de charges de personnel et, d'autre part, que C._ SA et Y.E._ SA exerçaient toutes les deux concrètement une activité holding. Les griefs de la recourante relatifs à l'établissement manifestement inexact des faits sur ce point doivent par conséquent être rejetés.
2.4. La recourante reproche encore à l'instance précédente d'avoir laissé entendre que le recourant, "actionnaire" des sociétés impliquées dans la scission, avait agi dans le cadre de sa fortune commerciale (arrêt attaqué, consid. 14) alors même que ce dernier n'avait pas remis en cause le dispositif du jugement du Tribunal administratif de première instance ramenant la prestation appréciable en argent à 235'926 fr., soit 60% de 393'201 fr., conformément à l'<ref-law> qui prévoit une imposition partielle des rendements découlant de participations qualifiées détenues dans la fortune privée (cf. sur ce point : A. ORLER, in Commentaire romand de la LIFD, 2e éd., Bâle 2017, n° 222 ad <ref-law>). La correction de ce vice n'ayant d'influence que si la neutralité fiscale de la scission devait être niée et la cause renvoyée à l'instance précédente, il n'y a pas lieu d'examiner à ce stade le bien fondé du grief.
2.5. En conclusion, il convient de retenir que C._ SA a procédé à une séparation symétrique par création d'une nouvelle société (art. 29 let. b, 31 al. 2 let. a et 34 de la loi fédérale du 3 octobre 2003 sur la fusion, la scission, la transformation et le transfert de patrimoine [loi sur la fusion, LFus, RS 221.301]), de sorte qu'à l'issue de la restructuration subsistaient deux sociétés, C._ SA (ci-après : la société transférante) et Y.E._ SA (ci-après : la société reprenante), les associés de la société transférante s'étant vu attribuer des parts sociales des deux sociétés participant à la scission, proportionnelles à leur participation antérieure. Il n'est pas contesté que les sociétés en cause sont des sociétés holding.
3.
L'objet du litige porte en premier lieu sur le reproche que formule la recourante, soutenue par l'Administration fédérale des contributions, à l'encontre de l'instance précédente d'avoir admis la neutralité fiscale de la scission en violation des conditions des <ref-law> et 24 al. 3 let. b LHID, en particulier, d'avoir méconnu la condition qui exige, pour admettre la neutralité fiscale, qu'après la scission, chaque holding doit détenir plusieurs participations de manière à assurer qu'elles détiennent bien une exploitation par opposition à un simple placement.
Il portera ensuite, cas échéant, sur l'effet dans le chapitre fiscal de l'actionnaire intimé de l'éventuelle neutralité fiscale de la scission au sens de l'<ref-law> et 24 al. 3 let. b LHID, l'instance précédente ayant jugé qu'admettre la neutralité avait pour conséquence l'absence d'imposition de prestations appréciables en argent dans le chapitre de l'actionnaire.
I. Impôt fédéral direct
4.
4.1. L'<ref-law> prévoit que les "réserves latentes" d'une personne morale ne sont pas imposées lors de restructurations pour autant que la personne morale reste assujettie à l'impôt en Suisse et que les éléments commerciaux soient repris à leur dernière valeur déterminante pour l'impôt sur le bénéfice, en cas de division ou séparation d'une personne morale, à condition que ce transfert ait pour objet une ou plusieurs exploitations ou parties distinctes d'exploitation et pour autant que les personnes morales existantes après la scission poursuivent une exploitation ou une partie distincte d'exploitation.
La doctrine, se référant aux débats parlementaires, parle à cet égard de "double exigence d'exploitation" (" doppelte Betriebserfordernis "), celle qui veut que la société transférante se sépare d'au moins une partie distincte d'exploitation et celle qui demande que les sociétés transférante et reprenante poursuivent l'exploitation d'au moins une partie distincte d'exploitation. Elle souligne que cette double exigence avait pour but, aux yeux des parlementaires (BO CE 2001 166; BO CN 2003 255), de délimiter une scission fiscalement neutre d'une réalisation d'actifs imposable (PETER LOCHER, Kommentar zum DBG, IIe partie, 2004, n° 74 ad art. 61 rev LIFD; D. GRÜNBLATT/P. RIEDWEG, Umstrukturierungen, Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht, Zweifel/Beusch/Riedweg/Oesterhelt Ed., Bâle 2016, p. 427 n° 41 et 43 et les références citées) et devait remplacer le délai de blocage de cinq ans après la scission interdisant toute aliénation des droits de participation octroyés par la société reprenante, initialement prévu par le projet de loi mais abandonné (cf. Loi fédérale sur la fusion, la scission, la transformation et le transfert de patrimoine [Loi sur la fusion, LFus], FF 2000 4184, p. 4226; cf. sur l'histoire de la disposition, parmi d'autres auteurs, PETER LOCHER, Kommentar zum DBG, IIe partie, 2004 n° n° 1 ss ad art. 61 rev LIFD; X. OBERSON/ P. M. GLAUSER, Commentaire LFus, Peter/Trigo Trindade Ed., Schulthess, Bâle 2005, n° 19 ad <ref-law>). Seule demeure inscrite dans la loi la double exigence, qui fait office de règle objective destinée à éviter les abus en ce qu'elle a pour but d'exclure le transfert dans la société reprenante ou le maintien dans la société transférante de simples actifs et d'empêcher qu'au moyen d'une scission, les détenteurs de parts ne séparent d'une exploitation des actifs qui ne constituent pas par eux-mêmes une exploitation ou une partie distincte d'exploitation et transforment à l'occasion d'une aliénation ultérieure
un bénéfice en capital potentiellement imposable en un gain en capital privé non imposable (D. GRÜNBLATT/P. RIEDWEG, op. cit., p. 428 n° 44).
4.2. Selon sa pratique tirée de la circulaire n° 5 du 1er juin 2004 sur les restructurations, l'Administration fédérale des contributions est d'avis qu'il faut interpréter les notions "exploitation" et "partie distincte d'exploitation" comme un ensemble d'éléments patrimoniaux de nature organisationnelle et technique qui constitue une entité relativement autonome pour la production d'une prestation fournie par l'entreprise, un partie distincte d'exploitation étant la plus petite unité d'une entreprise viable par elle-même. Une exploitation ou une partie distincte d'exploitation est reconnue si l'entreprise effectue des prestations sur le marché ou à des entreprises apparentées, si elle dispose de personnel et si le coût du personnel est, par rapport aux recettes, conforme à l'usage (chapitre 4.3.2.5).
S'agissant plus particulièrement des sociétés holding, la circulaire n° 5 (chapitre 4.3.2.6) reconnaît qu'une scission de sociétés holding est sans incidence fiscale
- si les participations sont, en valeur, principalement des participations de sociétés actives,
- si elles représentent en majorité au moins 20% du capital-actions ou du capital social des autres sociétés ou qu'elles permettent d'exercer d'une autre façon une influence déterminante sur ces sociétés (p. ex. par le truchement d'une convention d'actionnaires),
- si les sociétés holding existantes après la scission exercent effectivement une activité holding (coordination de l'activité commerciale de plusieurs sociétés filiales; direction stratégique) avec du propre personnel ou du personnel mandaté et
- si les sociétés holding continuent à exister après la scission.
4.3. En l'espèce, avec l'instance précédente, il faut constater que les conditions de l'<ref-law> portant sur le maintien de l'assujettissement à l'impôt en Suisse et sur la reprise des éléments commerciaux à la dernière valeur déterminante pour l'impôt sur le bénéfice sont dûment remplies. Les conditions figurant sous la let. b de l'<ref-law>, telles que précisées par le chapitre 4.3.2.6 de la circulaire n° 5, sont également remplies. Premièrement, le transfert porte sur une participation dans la société Y.F._ SA, dont il n'est pas contesté qu'elle est active. Deuxièmement, la participation transférée correspond au 100% du capital-actions de la société Y.F._ SA, conférant un contrôle total, largement plus élevé que le minimum requis de 20 %. Troisièmement, la société transférante, C._ SA, a continué à exercer une activité de holding après la scission, puisqu'elle détenait 100% de G._ SA, 75% de H._ SA et 50% de I._ Sàrl, tandis que la société reprenante (Y.E._ SA) détenait 100% de Y.F._ SA et 100%, dès 2011, de Y.D._ SA, ainsi que cela ressort des courriers adressés les 27 septembre 2013 et 17 octobre 2014 à l'Administration fiscale cantonale (<ref-law>). Enfin, quatrièmement, les sociétés issues de la scission, soit C._ SA et Y.E._ SA, ont continué d'exister après la restructuration. Force est donc de confirmer que cette scission est neutre fiscalement.
4.4. Considérer la cause sous l'angle des principes de l'imposition des entreprises conduit au même résultat. Il apparaît que la scission en cause en l'espèce (cf. consid. 2.5 ci-dessus) n'a pas le caractère d'une réalisation, en ce qu'il n'y a pas de volonté de réévaluer les valeurs comptables ni de procéder à un échange de biens, mais uniquement de modifier la structure existante : elle n'a par conséquent d'effet que sur le bilan et non pas sur le compte de résultat, puisqu'il n'existe ni dépenses non justifiées par l'usage commercial ni revenus non comptabilisés qui devraient donner lieu à des corrections fiscales du bénéfice imposable. Elle ne constitue pas non plus une réalisation systématique : il n'y a eu, durant la scission en cause en l'espèce, ni retrait ni distribution de capital propre aux détenteurs de parts, qui conservent, du reste, dans l'ancienne comme dans la nouvelle structure, la même position et enfin, la condition de double exigence d'exploitation est remplie. La neutralité fiscale résulte dans le présent cas directement des principes de l'imposition des entreprises qui excluent d'emblée l'existence d'une réalisation de réserves latentes dont l'imposition devrait être neutralisée (du même avis : PETER BÖCKLI, Fusions- und Spaltungssteuerrecht : Gelöste und ungelöste Probleme, in Archives 67 p. 1 ss, p. 8; PETER LOCHER, Kommentar zum DBG, IIe partie, 2004, n° 78 ad art. 61 rev LIFD).
4.5. La recourante dénonce une violation du droit fédéral, en se fondant sur le Message du 13 juin 2000 du Conseil fédéral concernant la loi fédérale sur la fusion, la scission, la transformation et le transfert de patrimoine (Message sur les fusions; FF 2000 3995, p. 4033). Le Message précisait en préambule que la division de sociétés immobilières et de sociétés holding ne pouvait se faire sans incidences fiscales, car ces sociétés ne possédaient en général pas d'exploitations, mais ajoutait que la pratique avait admis l'existence d'une restructuration fiscalement neutre, dans la mesure où la scission d'une société holding était liée au transfert de participations à des sociétés d'exploitation ou de commerce. Le Message soulignait que cette pratique pouvait subsister à l'avenir. Selon la recourante, il découle du Message que la scission en cause en l'espèce n'est pas neutre fiscalement parce qu'elle n'a porté que sur une seule participation, celle de Y.F._ SA, et non pas sur plusieurs participations dans des sociétés.
4.6. La critique de la recourante doit être rejetée. Dans le chapitre relatif à la scission de holdings, le Message insiste sur le fait que la condition de l'exploitation a gagné en importance dans le projet de loi (Message sur les fusions, op. cit., p. 4033). Ce gain d'importance est concrétisé par la "double exigence d'exploitation" de l'<ref-law>, dont il a été rappelé ci-dessus qu'elle constitue l'unique règle objective destinée à éviter les abus en matière de scission aux yeux des parlementaires, le Conseil des Etats (BO CE 2001 166) et le Conseil national (BO CN 2003 255) ayant en effet supprimé la condition de délai de blocage pendant cinq ans (cf. sur ce point : P. LOCHER, Kommentar zum DBG, IIe partie, 2004, n° 74 ad art. 61 rev. LIFD). Il s'ensuit que l'exigence supplémentaire prônée par la recourante qui consiste à exiger "le transfert de plusieurs participations dans des sociétés" pour reconnaître la neutralité fiscale de la scission d'une société holding ne trouve pas d'appui dans l'<ref-law>, mais uniquement dans le texte du Message qui fait référence à la pratique antérieure à la modification légale (cf. pour la description de la pratique antérieure au demeurant jamais examinée par le Tribunal fédéral: P. LOCHER, Kommentar zum DBG, IIe partie, 2004, n° 46 ss ad <ref-law>; D. GRÜNBLATT/P. RIEDWEG, op. cit., p. 436 s. n° 67 ii et 68).
En l'espèce, la scission n'a certes donné lieu au transfert que d'une seule participation mais celle-ci représentait néanmoins l'entier du capital-actions d'une unique société active et opérationnelle : le transfert de la participation en cause comprend par transparence le transfert de l'entreprise elle-même, ici Y.F._ SA, soit de l'ensemble d'éléments patrimoniaux de nature organisationnelle et technique détenue par la société active, soit précisément l'exploitation que constitue Y.F._ SA (cf. sur ce point : P. LOCHER, Kommentar zum DBG, IIe partie, 2004, n° 49 in fine ad <ref-law>; D. GRÜNBLATT/P. RIEDWEG, op. cit., p. 436 s. n° 67 iii).
4.7. Par conséquent en jugeant que le transfert de la participation de Y.F._ SA à Y.E._ SA constituait un scission fiscalement neutre au sens de l'<ref-law>, l'instance précédente n'a pas violé le droit fédéral.
5.
L'objet du présent litige concerne toutefois le chapitre fiscal de l'actionnaire. L'instance précédente ayant jugé qu'admettre la neutralité avait aussi pour conséquence l'absence d'imposition de prestations appréciables en argent dans le chapitre de l'actionnaire, il convient d'examiner si la neutralité fiscale de la scission au sens de l'<ref-law> permet de conclure que la prestation appréciable en argent provenant de cette même scission n'est pas non plus imposable dans le chapitre des recourants.
5.1. En vertu de l'<ref-law>, l'impôt sur le revenu a pour objet tous les revenus du contribuable, qu'ils soient uniques ou périodiques; sont notamment imposables les revenus provenant d'une activité exercée dans le cadre de rapports de travail (<ref-law>), les revenus provenant de l'exploitation d'une entreprise commerciale, industrielle, artisanale, agricole ou sylvicole, de l'exercice d'une profession libérale ou de toute autre activité lucrative indépendante (<ref-law>), ainsi que le rendement de la fortune mobilière, en particulier les dividendes, les parts de bénéfice, les excédents de liquidation et tous autres avantages appréciables en argent provenant de participations de tout genre (art. 20 al. 1 let. c LIFD).
Le bénéfice net imposable des personnes morales comprend tous les prélèvements opérés sur le résultat commercial avant le calcul du solde du compte de résultat, qui ne servent pas à couvrir des dépenses justifiées par l'usage commercial, tels que les distributions ouvertes ou dissimulées de bénéfice et les avantages procurés à des tiers qui ne sont pas justifiés par l'usage commercial (art. 58 al. let. b 5e tiret LIFD).
Lorsque les conditions de la prestation appréciable en argent sont réunies, l'imposition intervient auprès de la société de capitaux en application de l'art. 58 al. 1 let. b, 5e tiret, LIFD et auprès de l'actionnaire ou du détenteur de participations conformément à l'art. 17 al. 1 in fine et 20 al. 1 let. c LIFD en application de la théorie du triangle (sur ces questions : cf. arrêt 2C_177/2016 du 30 janvier 2017 consid. 4 in Archives 85 594 et les nombreuses références).
5.2. Comme une scission consiste à transférer une ou plusieurs parts du patrimoine d'une société à une autre et nécessite donc le prélèvement de valeurs patrimoniales d'une société transférante, qui s'appauvrit, vers une société reprenante, qui s'enrichit, sans contre-prestation de cette dernière envers la première, le prélèvement doit, en application de la théorie du triangle fondée sur les art. 17 al. 1 in fine et 20 al. 1 let. c LIFD, être considéré comme une prestation appréciable en argent et doit faire l'objet, notamment, d'une imposition dans le chapitre de l'actionnaire de la société transférante, comme en conviennent d'ailleurs l'Administration fédérale des contributions et la recourante dans leurs courriers du 22 octobre 2018.
5.3. L'<ref-law>, à l'instar, du reste, de l'<ref-law>, ne règle la situation fiscale des détenteurs de parts que de manière très lacunaire, à l'art. 61 al. 1 let. c (art. 19 al. 1 let. c), qui ne concerne pas expressément les scissions. L'<ref-law> ne règle littéralement que le sort des réserves latentes en cas de restructurations. Or la notion de réserves latentes n'équivaut pas à celle de prestations appréciables en argent. Il n'en demeure pas moins que la volonté claire du législateur, s'agissant des lignes directrices pour la révision du droit fiscal, était "surtout d'éviter que les possibilités offertes par le droit civil soient contrecarrées par le droit fiscal" (Message sur les fusions, op. cit., p. 4024). Ce dernier ajoutait d'ailleurs que les propositions de modification de la LIFD et de la LHID étaient en accord avec la directive 90/434/CEE du Conseil du 23 juillet 1990 concernant le régime fiscal commun applicable aux fusions, scissions, apports d'actifs et échanges d'actions intéressant des sociétés d'Etats membres différents (Journal officiel n° L 225 du 20/08/1990 p. 1 ss) et s'en tenaient au principe ancré à l'art. 8 § 1, en ce qui concerne l'imposition des actionnaires. Ce principe veut que, en cas de fusion ou de scission, l'échange de droits de participation n'est pas suffisant pour entraîner une imposition des bénéfices provenant de l'aliénation (Message sur les fusions, op. cit., p. 4168).
Il convient par conséquent d'interpréter l'<ref-law> en ce sens que la neutralité fiscale d'une restructuration dans le chapitre fiscal des sociétés scindées emporte également la neutralité fiscale dans le chapitre fiscal des personnes physiques participantes, c'est-à-dire des détenteurs de parts de ces sociétés (cf. P. LOCHER, Kommentar zum DBG, IIe partie, 2004, n° 90 ad art. 61 rev LIFD et les références citées; cf. pour le même résultat : Circulaire n° 5 ch. 4.3.3.1), à tout le moins dans la constellation ici examinée.
5.4. En l'espèce, il a été démontré ci-dessus que la scission de C._ SA en C._ SA et Y.E._ SA remplit les conditions de neutralité fiscale de l'<ref-law> pour les sociétés impliquées. Par voie de conséquence, il en va de même pour l'actionnaire intimé. Il s'ensuit que c'est à bon droit que l'instance précédente a annulé la reprise d'une prestation appréciable en argent provenant de la scission dans le chapitre fiscal des intimés.
II. Impôt cantonal et communal
6.
L'art. 16 al. 1 let. b de la loi cantonale du 23 septembre 1994 sur l'imposition des personnes morales (LIPM; RSGE D 3 15) a une teneur identique à l'<ref-law> et à l'<ref-law>.
Il s'ensuit que les considérants qui ont conduit au rejet du recours en matière d'impôt fédéral direct aboutissent aussi au rejet du recours en matière d'impôt cantonal et communal.
7.
Les considérants qui précèdent conduisent au rejet du recours en matière d'impôt fédéral direct, cantonal et communal. Succombant, l'Administration cantonale des impôts du canton de Genève, qui agit dans l'exercice de ses attributions officielles et dont l'intérêt patrimonial est en cause, doit supporter les frais de la procédure fédérale (art. 66 al. 1 et 4 LTF). Les intimés, qui obtiennent gain de cause avec l'aide d'un représentant, ont droit à une indemnité de dépens à charge du canton de Genève (art. 68 al. 1 et 3 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté en tant qu'il concerne l'impôt fédéral direct.
2.
Le recours est rejeté en tant qu'il concerne l'impôt cantonal et communal.
3.
Les frais judiciaires, arrêtés à 5'500 fr., sont mis à la charge du canton de Genève.
4.
Le canton de Genève versera aux intimés une indemnité de dépens de 5'500 fr.
5.
Le présent arrêt est communiqué aux parties, à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre administrative, 4ème section, et à l'Administration fédérale des contributions.
Lausanne, le 11 mars 2019
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Seiler
Le Greffier : Dubey