Sachverhalt:
A.
A.a. Im Rahmen der von der B._ AG eingeleiteten Betreibung auf Grundpfandverwertung veranlasste das Betreibungsamt St. Margrethen die Schätzung der Liegenschaft von A._ an der U._ in V._. Am 22. August 2018 reichte der beauftragte Sachverständige, C._, dem Betreibungsamt eine Verkehrswertschätzung der Liegenschaft über Fr. 1'795'000.-- ein, welche an A._ weitergeleitet wurde.
A.b. Daraufhin verlangte A._ beim Kreisgericht Rheintal als unterer Aufsichtsbehörde für das Betreibungswesen eine Neuschätzung. Dem Gesuch wurde stattgegeben und D._ wurde mit der Neuschätzung der Liegenschaft beauftragt. Gemäss seinem Gutachten vom 3. August 2019 beläuft sich deren Verkehrswert auf Fr. 1'520'000.--. Das Kreisgericht setzte den massgeblichen Schätzwert der Liegenschaft gestützt auf den Mittelwert beider Schätzungen auf Fr. 1'657'500.-- fest.
A.c. Am 18. Juli 2019 erhob A._ Beschwerde beim Kantonsgericht St. Gallen als kantonaler Aufsichtsbehörde für Schuldbetreibung und Konkurs. Er beantragte die Einholung einer erneuten Schätzung seiner Liegenschaft zu einem Wert von mindestens Fr. 1'950'000.-- bzw. die angemessene Korrektur der bereits vorliegenden Schätzungen nach oben. Mit Zirkulationsentscheid vom 16. Dezember 2019 wies das Kantonsgericht die Beschwerde ab.
B.
A._ ist mit Beschwerde in Zivilsachen vom 2. Januar 2020 an das Bundesgericht gelangt. Der Beschwerdeführer beantragt die Aufhebung des kantonsgerichtlichen Entscheides und die Anweisung an die Erstinstanz, eine neue Schätzung vornehmen zu lassen bzw. die betreibungsamtliche Schätzung angemessen nach oben zu korrigieren.
Der Beschwerdeführer stellt weiter ein Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege.
Mit Verfügung vom 23. Januar 2020 ist der Beschwerde antragsgemäss die aufschiebende Wirkung erteilt worden.
Das Bundesgericht hat die kantonalen Akten beigezogen, indes keine Vernehmlassungen in der Sache eingeholt.

Erwägungen:
1.
1.1. Angefochten ist der Entscheid einer oberen kantonalen Aufsichtsbehörde, die als Rechtsmittelinstanz über die Neuschätzung einer Liegenschaft im Rahmen der Grundpfandverwertung befunden hat. Dagegen ist die Beschwerde in Zivilsachen gegeben (Art. 19 SchKG i.V.m. Art. 72 Abs. 2 lit. a, Art. 74 Abs. 2 lit. c und Art. 75 Abs. 1 BGG).
1.2. Der Beschwerdeführer ist als Schuldner und Eigentümer der zur Verwertung anstehenden Liegenschaft vom angefochtenen Entscheid besonders berührt und daher zur Beschwerde berechtigt (Art. 76 Abs. 1 lit. b BGG).
1.3. Mit der vorliegenden Beschwerde kann insbesondere die Verletzung von Bundesrecht gerügt werden (Art. 95 lit. a BGG). In der Beschwerde ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Entscheid Recht verletzt (Art. 42 Abs. 2 BGG; <ref-ruling> E. 1.2). Die Verletzung verfassungsmässiger Rechte ist ebenfalls zu begründen, wobei hier das Rügeprinzip gilt (Art. 106 Abs. 2 BGG; <ref-ruling> E. 2.4).
1.4. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1 BGG). Neue Tatsachen und Beweismittel sind nur zulässig, soweit der vorinstanzliche Entscheid dazu Anlass gibt (Art. 99 Abs. 1 BGG).
2.
Anlass zum vorliegenden Verfahren gibt die Neuschätzung einer Liegenschaft im Rahmen einer Grundpfandverwertung.
2.1. Jeder Beteiligte ist berechtigt, innerhalb der gesetzlichen Beschwerdefrist ohne nähere Begründung gegen Vorschuss der Kosten eine neue Schätzung der Liegenschaft durch Sachverständige zu verlangen (Art. 9 Abs. 2 und Art. 99 VZG i.V.m. Art. 17 Abs. 2 SchKG). Davon zu unterscheiden ist die Beschwerde gegen die betreibungsamtliche Schätzung, welche den gesetzlichen Anforderungen nicht entspricht und daher eine Rechtsverweigerung darstellen kann (<ref-ruling> E. 2.3; <ref-ruling> E. 4.1; ZOPFI, in: Kurzkommentar VZG, 2011, N. 8 f. zu Art. 9).
2.2. Streitigkeiten über die Höhe der Schätzung werden endgültig durch die kantonale Aufsichtsbehörde beurteilt (Art. 9 Abs. 2 a.E. VZG). Das Verfahren vor dieser Instanz wird von den Kantonen geregelt, hat indes bestimmten bundesrechtlichen Anforderungen zu genügen (Art. 20a Abs. 2 und 3 SchKG). Im Weiteren ist den Parteien das rechtliche Gehör zu gewähren (Art. 29 Abs. 2 BV).
2.3. Der Beschwerdeführer wirft der Vorinstanz vor, sie habe sich nicht mit all seinen Vorbringen auseinandergesetzt. Er sieht dadurch seinen Anspruch auf rechtliches Gehör verletzt.
2.3.1. Der Anspruch auf rechtliches Gehör umfasst einerseits das persönlichkeitsbezogene Mitwirkungsrecht der Parteien am Verfahren, wozu insbesondere das Recht gehört, von der Behörde vor Erlass ihres Entscheides mit den tatsächlichen und rechtlichen Vorbringen angehört zu werden (<ref-ruling> E. 4.1). Alsdann hat die Behörde ihren Entscheid so zu begründen, dass sich die betroffene Partei über dessen Tragweite Rechenschaft geben und ihn in voller Kenntnis der Sache anfechten kann. Dabei ist nicht erforderlich, dass die Behörde sich mit allen Parteistandpunkten einlässlich auseinandersetzt und jedes einzelne Vorbringen ausdrücklich widerlegt. Vielmehr kann sie sich auf die für den Entscheid wesentlichen Punkte beschränken (<ref-ruling> E. 6.1; <ref-ruling> E. 4.1).
2.3.2. Im vorliegenden Fall betont der Beschwerdeführer, dass sich die Vorinstanz mit seinen Ausführungen zum viel zu tiefen Landwert der Liegenschaft hätte auseinandersetzen müssen. Ebenso hätte sie auf seine Vorschläge zur Anpassung der Schätzung eingehen müssen. Stattdessen habe die Vorinstanz die entsprechenden Vorbringen nur erwähnt, aber nicht inhaltlich gewürdigt. Dadurch sei ihm das rechtliche Gehör verwehrt worden.
2.3.3. Mit dieser Sichtweise verkennt der Beschwerdeführer die Tragweite der Begründungspflicht. Die von ihm angeführten Einwände mussten von der Vorinstanz nur soweit berücksichtigt werden, als sie für die Beurteilung der Neuschätzung entscheidwesentlich waren. Im konkreten Fall ergibt sich aus den vorinstanzlichen Erwägungen sehr wohl, weshalb die obere Aufsichtsbehörde die Beschwerde abgewiesen hat. Ist der Beschwerdeführer mit dieser Entscheidfindung nicht einverstanden, so beschlägt dies nicht das rechtliche Gehör, sondern die Anwendung der Regeln über die Neuschätzung.
2.4. In der Sache bringt der Beschwerdeführer vor, die Vorinstanz hätte den Mittelwert aus allen drei vorliegenden Gutachten errechnen müssen, um den mutmasslichen Wert der Liegenschaft gemäss Art. 9 Abs. 1 VZG zu ermitteln. Er bezieht sich dabei nicht nur auf die (Experten-) Schätzung des Betreibungsamtes und Neuschätzung, welche die untere Aufsichtsbehörde (nach Art. 9 Abs. 2 VZG) angeordnet hat. Zudem will er auch eine (private) Schätzung der St. Galler Kantonalbank vom August 2017 berücksichtigt haben.
2.4.1. Streitigkeiten über die Höhe der Schätzung werden von der kantonalen Aufsichtsbehörde abschliessend beantwortet (Art. 9 Abs. 2 a.E. VZG), weil es sich bei der Schätzung um eine Ermessensfrage handelt. Im Verfahren vor Bundesgericht kann daher einzig der Missbrauch oder die Überschreitung des Ermessens gerügt werden, mithin die Verletzung von Bundesrecht. Ist die Vorinstanz von nicht sachgerechten Kriterien ausgegangen oder hat sie wesentliche Umstände ausser Acht gelassen, so kann das Bundesgericht eingreifen. Ebenso kann es die Verletzung bundesrechtlicher Verfahrensregeln überprüfen (<ref-ruling> E. 1; <ref-ruling> E. 3.2). Im Verwertungsverfahren ist zu beachten, dass die Schätzung des zu versteigernden Objektes nichts über den tatsächlich erzielbaren Erlös aussagt, sondern dem Interessenten bloss einen Anhaltspunkt über das vertretbare Angebot geben soll (<ref-ruling> E. 3.2.2, 3.2.3). Daher soll sie nicht möglichst hoch sein, sondern nur den mutmasslichen Verkaufswert der Liegenschaft bestimmen (<ref-ruling> E. 2.2; <ref-ruling> E. 4).
2.4.2. Die Vorinstanz schützte den vom Kreisgericht auf Fr. 1'657'500.-- festgelegten Schätzwert der Liegenschaft. Sie nahm einlässlich Stellung zu den beiden Schätzungen der Sachverständigen C._ und D._. Insbesondere würdigte sie deren jeweilige Methode und hielt fest, dass diese sich vor allem dadurch unterscheiden, dass der eine Sachverständige stärker auf die gegenwärtigen Verhältnisse abstelle während der andere die künftigen Ertragsaussichten in den Vordergrund rücke. Bei diesen Faktoren handle es sich letztlich um eine Einschätzung der Bausubstanz durch Sachverständige, welche weder aufgrund der Akten noch der Vorbringen des Beschwerdeführers in Frage zu stellen sei. Soweit die beiden Schätzungen vergleichbare Bewertungsarten vornehmen, seien diese schlüssig und liessen insgesamt auf eine sachgerechte Vorgehensweise schliessen.
2.4.3. Soweit sich der Beschwerdeführer mit dem allgemein gehaltenen Vorwurf begnügt, die Vorinstanz habe einen Schätzwert bestätigt, der dem mutmasslichen Verkaufswert nicht einmal ansatzweise entspreche, lässt sich seinen Ausführungen keine Rüge entnehmen, die gegenüber den zugrunde gelegten Schätzungen bzw. Methoden zulässig wäre. Daran ändert auch der Hinweis nichts, das Bundesgericht habe sich bisher nicht zu "unrealistisch tiefen Schätzwerten" geäussert. Auch aus der Forderung, wenn von der Erstinstanz schon ein Mittelwert errechnet werde, müsse auch die Schätzung der St. Galler Kantonalbank vom August 2017 berücksichtigt werden, wird kein entscheidrelevantes Vorbringen erkennbar, welchem die Vorinstanz hätte folgen müssen. Insbesondere begründet der Beschwerdeführer nicht, inwieweit die Vorinstanz wesentliche Umstände ausser Acht gelassen hatte, als sie das genannte Privatgutachten in ihre Prüfung der angefochtenen Schätzung nicht einbezogen hatte, wie der Beschwerdeführer vorgeben will. Auf dieses Vorbringen ist nicht einzutreten.
2.4.4. Zudem scheint der Beschwerdeführer auszublenden, dass Gegenstand des kantonalen Verfahrens eine Neuschätzung bildete, auf welche er nach Art. 9 Abs. 1 VZG Anspruch hatte: Ein entsprechendes Gesuch muss nicht weiter begründet werden, was dem Umstand Rechnung trägt, dass die Ansichten über den Verkehrswert eines Grundstücks nicht selten erheblich auseinander liegen können (<ref-ruling> E. 3.2.1). Indes wird das Sachverständigengutachten nach den selben Grundsätzen wie die bereits vorliegende Schätzung des Betreibungsamtes gewürdigt (E. 2.4.1). Dabei ist es durchaus zulässig, einen Mittelwert der vorhandenen Werte zu errechnen und diesen als massgebliche Schätzung festzulegen, sofern abweichende Schätzungen von zwei gleich kompetenten Sachverständigen vorliegen (BGE 128 III 595 E. 3.1), wie die Vorinstanz bereits festgehalten hat. Es besteht im vorliegenden Fall kein Anlass, von dieser Praxis abzuweichen.
2.4.5. Soweit der Beschwerdeführer schliesslich eine neue Schätzung verlangt, falls seiner Kritik am angefochtenen Entscheid nicht gefolgt werde, kann seinem Antrag nicht entsprochen werden. Gemäss Art. 9 Abs. 2 i.V.m. Art. 99 Abs. 2 VZG besteht nach Einholung einer Neuschätzung kein Anspruch auf ein Obergutachten (BGE <ref-ruling> E. 4; vgl. <ref-ruling>).
2.5. Nach dem Gesagten ist der Vorinstanz bei der Prüfung des von der unteren Aufsichtsbehörde festgelegten Schätzwertes für das zu verwertende Grundstück keine gesetzwidrige Ermessensausübung und damit keine Verletzung von Bundesrecht vorzuwerfen.
3.
Die Beschwerde ist daher abzuweisen, soweit die darin erhobenen Rügen rechtsgenüglich begründet wurden. Zufolge Aussichtslosigkeit der Rechtsbegehren ist das Gesuch des Beschwerdeführers um unentgeltliche Rechtspflege abzuweisen ist (Art. 64 Abs. 1 BGG). Ausgangsgemäss trägt der Beschwerdeführer die Verfahrenskosten (Art 66 Abs. 1 BGG). Eine Parteientschädigung ist nicht zu leisten, da die Beschwerdegegnerin mit ihrem Antrag betreffend aufschiebende Wirkung unterlegen ist und ihr in der Sache keine ersatzpflichtigen Kosten entstanden sind.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.
Das Gesuch des Beschwerdeführers um unentgeltliche Rechtspflege wird abgewiesen.
3.
Die Gerichtskosten von Fr. 1'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
4.
Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, der Beschwerdegegnerin und dem Kantonsgericht St. Gallen, kantonale Aufsichtsbehörde für Schuldbetreibung und Konkurs, sowie dem Kreisgericht Rheintal und dem Betreibungsamt St. Margrethen schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 6. April 2020
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Das präsidierende Mitglied: Escher
Der Gerichtsschreiber: Levante