Sachverhalt:
A.
Der 1988 geborene A._, iranischer Staatsangehöriger, reiste am 8. November 2015 in die Schweiz ein und ersuchte am 13. November 2015 um Asyl. Das Staatssekretariat für Migration (SEM) lehnte sein Asylgesuch am 18. März 2016 ab. Auf eine dagegen erhobene Beschwerde von A._ trat das Bundesverwaltungsgericht mit Urteil vom 21. April 2016 nicht ein.
Der wiederholten Aufforderung, die Schweiz zu verlassen, leistete A._ keine Folge. Mit Verfügung vom 28. Oktober 2016 grenzte das Migrationsamt des Kantons Zürich (nachfolgend: Migrationsamt) A._ wegen Nichteinhaltens der Ausreisefristen für die Dauer von zwei Jahren auf das Gebiet des Bezirks Uster ein.
Mit Strafbefehl vom 28. Oktober 2016 wurde A._ wegen rechtswidrigen Aufenthalts mit einer Geldstrafe belegt. Weitere Geldstrafen wurden mit Strafbefehlen vom 19. März 2017 und vom 24. März 2017 wegen Missachtung der Eingrenzung verhängt.
Am 23. November 2017 wies das SEM ein weiteres Asylgesuch ab. Auf die dagegen erhobene Beschwerde von A._ trat das Bundesverwaltungsgericht mit Urteil vom 31. Januar 2018 nicht ein.
B.
Das Migrationsamt ordnete am 23. September 2019 an, dass A._ in Durchsetzungshaft im Sinne von Art. 78 Abs. 1 AIG (SR 142.20) genommen werde. Mit Urteil vom 25. Oktober 2019 bestä tigte das Bezirksgericht Zürich (Zwangsmassnahmengericht) die Durchsetzungshaft bis zum 22. November 2019. In der Folge wurde die Haft verlängert, letztmals mit Urteil des Zwangsmassnahmengerichts vom 14. März 2020 bis zum 19. Mai 2020.
Eine gegen das Urteil des Zwangsmassnahmengerichts vom 14. März 2020 erhobene Beschwerde von A._ hiess das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 1. Abteilung, mit Urteil des Einzelrichters vom 2. April 2020 gut, und ordnete an, A._ sei umgehend aus der Durchsetzungshaft zu entlassen.
C.
Mit Eingabe vom 1. Mai 2020 erhebt das Staatssekretariat für Migration SEM Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht. Es beantragt, das Urteil des Verwaltungsgerichts vom 2. April 2020 sei aufzuheben und die Durchsetzungshaft sei gemäss dem Antrag des Migrationsamtes vom 9. März 2020 um zwei Monate zu verlängern. Eventualiter sei das angefochtene Urteil aufzuheben und die Sache zur neuen Beurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Das Migrationsamt schliesst auf Gutheissung der Beschwerde. A._ beantragt, auf die Beschwerde sei nicht einzutreten. Eventualiter sei die Beschwerde als gegenstandslos geworden abzuschreiben. Subeventualiter sei die Beschwerde abzuweisen. In verfahrensrechtlicher Hinsicht beantragt er die unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung.

Erwägungen:
1.
1.1. Gegen kantonal letztinstanzliche Entscheide betreffend Zwangsmassnahmen im Ausländerrecht steht die Beschwerde in öffentlich-rechtliche Angelegenheiten offen (Art. 82 lit. a, Art. 83 lit. c e contrario, Art. 86 Abs. 1 lit. d und Abs. 2 sowie Art. 90 BGG).
1.2.
1.2.1. Gestützt auf Art. 89 Abs. 2 lit. a BGG i.V.m. Art. 14 Abs. 2 der Organisationsverordnung für das Eidgenössische Justiz- und Polizeidepartement vom 17. November 1999 (OV-EJPD; SR 172.213.1) ist das SEM zur Beschwerdeerhebung berechtigt (vgl. <ref-ruling>, nicht publ. E. 1; <ref-ruling> E. 4.3 S. 543; Urteil 2C_776/2016 vom 17. Juli 2017 E. 1.2).
Das Beschwerderecht der Bundesbehörden nach Art. 89 Abs. 2 lit. a BGG dient der richtigen und einheitlichen Anwendung des Bundesrechts. Es setzt kein hierüber hinausgehendes spezifisches (öffentliches) Interesse voraus. Immerhin muss ein mit Blick auf die einheitliche Anwendung des Bundesrechts in vergleichbaren Fällen zureichendes Interesse an der Beurteilung der aufgeworfenen Probleme bestehen (vgl. <ref-ruling> E. 1.2.1 S. 341 f.; <ref-ruling> E. 1 S. 195; je mit Hinweisen). Die Behördenbeschwerde darf nicht die Behandlung einer vom konkreten Fall losgelösten abstrakten Rechtsfrage des objektiven Rechts bezwecken, sondern hat sich auf konkrete Probleme eines tatsächlich bestehenden Einzelfalls mit Auswirkungen über diesen hinaus zu beschränken (vgl. <ref-ruling> E. 1.2.1 S. 342; <ref-ruling> E. 1.1 S. 203). Sie muss zudem auch für diesen von einer gewissen Aktualität und (wenigstens noch einer potentiellen) Relevanz sein (vgl. Urteil 2C_49/2009 vom 27. April 2009 E. 1). Das öffentliche Interesse an einer Beurteilung der Behördenbeschwerde muss in vergleichbarer Weise aktuell und praktisch sein, wie es Art. 89 Abs. 1 BGG für das allgemeine Beschwerderecht voraussetzt (Urteile 2C_576/2018 vom 16. November 2018 E. 1.2.2; 2C_770/2017 vom 11. September 2018 E. 2; 2C_898/2017 vom 2. Februar 2018 E. 1).
Das Bundesgericht verzichtet ausnahmsweise auf das Erfordernis des aktuellen praktischen Interesses, wenn sich die aufgeworfenen Fragen unter gleichen oder ähnlichen Umständen jederzeit wieder stellen können, eine rechtzeitige Überprüfung im Einzelfall kaum je möglich wäre und die Beantwortung wegen deren grundsätzlicher Bedeutung im öffentlichen Interesse liegt (<ref-ruling> E. 1.1 S. 208; <ref-ruling> E. 1.1 S. 103; <ref-ruling> E. 1.1 S. 81).
1.2.2. Das SEM führt vorliegend zulässigerweise Beschwerde in seinem Aufgabenbereich und unterbreitet dem Bundesgericht eine konkrete Rechtsfrage, namentlich, ob die Nichtverlängerung der Durchsetzungshaft im Fall des Beschwerdegegners bundesrechtskonform ist. Ob an deren Beantwortung ein hinreichendes Interesse besteht (vgl. dazu <ref-ruling>, nicht publ. E. 1; <ref-ruling> E. 1.2.1 S. 341 f.), ist fraglich, kann jedoch angesichts des Ausgangs des Verfahrens offen bleiben.
1.3. Die rechtsgültig unterzeichnete Beschwerde wurde im Übrigen frist- und formgerecht eingereicht (Art. 100 Abs. 1 und Art. 42 BGG).
2.
Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann insbesondere die Verletzung von Bundes- und Völkerrecht gerügt werden (Art. 95 lit. a und b BGG). Bei der Prüfung wendet das Bundesgericht das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG; <ref-ruling> E. 4.4.5 S. 157) und verfügt es über volle Kognition (Art. 95 BGG; <ref-ruling> E. 2 S. 236). In Bezug auf die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem Recht gilt eine qualifizierte Rüge- und Substanziierungspflicht (Art. 106 Abs. 2 BGG; <ref-ruling> E. 1.7.2 S. 106; <ref-ruling> E. 2.2 S. 232).
Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1 BGG). Es kann die tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz nur berichtigen oder ergänzen, sofern sie offensichtlich unrichtig sind oder auf einer anderen Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruhen (Art. 105 Abs. 2 BGG) und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-ruling> E. 2.2 S. 313).
3.
Das SEM macht geltend, die Vorinstanz habe Bundesrecht verletzt, indem sie die Voraussetzungen für die Verlängerung der Durchsetzungshaft als nicht erfüllt erachtete. Trotz der aktuellen ausserordentlichen Lage sei der Wegweisungsvollzug durchführbar und die Verlängerung der Durchsetzungshaft verhältnismässig.
3.1. Hat eine ausländische Person ihre Pflicht zur Ausreise aus der Schweiz innerhalb der ihr angesetzten Frist nicht erfüllt und kann die rechtskräftige Weg- oder Ausweisung oder die rechtskräftige Landesverweisung aufgrund ihres persönlichen Verhaltens nicht vollzogen werden, so kann sie, um der Ausreisepflicht Nachachtung zu verschaffen, in Haft genommen werden, sofern die Anordnung der Ausschaffungshaft nicht zulässig ist und eine andere mildere Massnahme nicht zum Ziel führt (Art. 78 Abs. 1 AIG). Zweck der Durchsetzungshaft ist es, die ausreisepflichtige Person in jenen Fällen zu einer Verhaltensänderung zu bewegen, in denen nach Ablauf der Ausreisefrist der Vollzug der rechtskräftig gegen sie angeordneten Weg- oder Ausweisung bzw. Landesverweisung - trotz entsprechender behördlicher Bemühungen - ohne ihre Kooperation nicht (mehr) möglich erscheint. Ihre konventionsrechtliche Rechtfertigung findet die Durchsetzungshaft einerseits in Art. 5 Ziff. 1 lit. b EMRK (Haft zur Erzwingung einer durch das Gesetz vorgeschriebenen Verpflichtung) und andererseits in Art. 5 Ziff. 1 lit. f EMRK (Haft zur Sicherung eines schwebenden Ausweisungsverfahrens; vgl. <ref-ruling> E. 2.1 S. 411 mit Hinweisen; <ref-ruling> E. 2.3.1 S. 96; Urteil 2C_629/2019 vom 19. Juli 2019 E. 3.1).
Nach Art. 78 Abs. 6 lit. a AIG wird die Durchsetzungshaft beendet, wenn eine selbständige und pflichtgemässe Ausreise nicht möglich ist, obwohl die betreffende Person den behördlich vorgegebenen Mitwirkungspflichten nachgekommen ist (vgl. auch <ref-ruling> E. 4.3 S. 22).
3.2. Die Durchsetzungshaft bildet das letzte Mittel, wenn und soweit keine andere Massnahme (mehr) zum Ziel führt, den illegal anwesenden Ausländer auch gegen seinen Willen in seine Heimat verbringen zu können. Sie darf - zusammen mit der bereits verbüssten Ausschaffungs- bzw. Vorbereitungshaft - maximal 18 Monate dauern (Art. 78 Abs. 2 i.V.m. Art. 79 AIG), muss aber in jedem Fall verhältnismässig sein. Innerhalb dieser Höchstdauer ist jeweils aufgrund der Umstände im Einzelfall zu prüfen, ob die ausländerrechtliche Festhaltung insgesamt (noch) geeignet bzw. erforderlich erscheint und nicht gegen das Übermassverbot verstösst (vgl. <ref-ruling> E. 2.1 S. 411 mit Hinweisen; <ref-ruling> E. 2.2.1 S. 107; BGE <ref-ruling> E. 2 S. 204 ff.; Urteil 2C_629/2019 vom 19. Juli 2019 E. 3.2).
Bei der Beurteilung der Verhältnismässigkeit muss dem Verhalten des Betroffenen, den die Papierbeschaffung allenfalls erschwerenden objektiven Umständen sowie dem Umfang der von den Behörden bereits getroffenen Abklärungen Rechnung getragen und berücksichtigt werden, inwieweit der Ausländer es tatsächlich in der Hand hat, die Festhaltung zu beenden, indem er seiner Mitwirkungs- bzw. Ausreisepflicht nachkommt (BGE <ref-ruling> E. 2.2.2 S. 107; <ref-ruling> E. 2.3.2 S. 97; Urteile 2C_629/2019 vom 19. Juli 2019 E. 3.2; 2C_81/2019 vom 29. Januar 2019 E. 2.1.3; 2C_630/2015 vom 7. August 2015 E. 2.2). Je länger die ausländerrechtlich motivierte Festhaltung dauert und je weniger die Ausschaffung absehbar erscheint, desto strengere Anforderungen sind an die fortbestehende Hängigkeit des Ausweisungsverfahrens im Sinne von Art. 5 Ziff. 1 lit. f EMRK zu stellen und desto kritischer ist die jeweilige Haftverlängerung zu hinterfragen (vgl. BGE <ref-ruling> E. 2.2.2 S. 107 f.; <ref-ruling> E. 2 S. 204 ff.; <ref-ruling> E. 2.3 S. 96 ff.; Urteile 2C_368/2020 vom 4. Juni 2020 E. 2.2.3; 2C_639/2011 vom 16. September 2011 E. 3.1; 2C_624/2011 vom 12. September 2011 E. 2.1).
4.
4.1. Vorliegend ist unbestritten, dass der Beschwerdegegner, dessen Asylgesuche rechtskräftig abgewiesen wurden, die ihm angesetzten Ausreisefristen wiederholt missachtet hat (vgl. vorne Sachverhalt A und E. 2 des angefochtenen Urteils). Unbestritten ist zudem, dass der Iran keine Rückführungen gegen den Willen des Betroffenen akzeptiert und dass die rechtskräftig angeordnete Wegweisung des Beschwerdegegners bisher an seinem unkooperativen Verhalten gescheitert ist.
4.2. Die Vorinstanz erwog, eine weitere Verlängerung der Durchsetzungshaft sei unverhältnismässig. Sie hielt im Wesentlichen fest, dass aufgrund der aktuellen internationalen Lage eine freiwillige Rückkehr des Beschwerdegegners in sein Heimatland Iran zumindest stark erschwert sei. Daher erscheine das Instrument der Durchsetzungshaft kaum als geeignet, um den Beschwerdegegner zu einer freiwilligen Ausreise zu bewegen (vgl. E. 3.3 des angefochtenen Urteils). Das Verwaltungsgericht erachtete jedoch die erneute Anordnung einer Durchsetzungshaft bei der Normalisierung des internationalen Flugverkehrs (unpräjudiziell) als zulässig (vgl. E. 4 des angefochtenen Urteils).
5.
Die Auffassung des Verwaltungsgerichts verletzt kein Bundesrecht.
5.1. Zunächst ist festzuhalten, dass sich den Akten keine konkreten Hinweise zur Lage des internationalen Flugverkehrs aus und in den Iran entnehmen lassen. Es ist jedoch gerichtsnotorisch, dass für den hier relevanten Zeitraum zahlreiche Staaten Einreise- und Ausreisebeschränkungen verfügt haben, um die Verbreitung des Coronavirus (COVID-19) einzudämmen, was zu Einreisesperren und Einstellungen bzw. erheblichen Beeinträchtigungen des internationalen Personenflugverkehrs geführt hat. Wie der Beschwerdegegner zu Recht ausführt, ist der Iran von der Pandemie besonders stark betroffen. Die Ansteckungszahlen und die Anzahl Todesfälle steigen seit Anfangs Juni wieder an (https:// www.worldome-ters.info/coronavirus/country/iran/; letztmals besucht am 16. Juni 2020) und eine Konsolidierung ist derzeit nicht in Sicht.
5.2. Zwar ist dem SEM insoweit zuzustimmen, als die aktuelle ausserordentliche Lage nicht unbesehen von der konkreten Situation im Einzelfall zur Bejahung der Undurchführbarkeit des Wegweisungsvollzugs führt. Wie die Vorinstanz jedoch zu Recht ausführt, sind die Behauptungen des SEM, wonach eine Möglichkeit bestehe, über London nach Teheran zu fliegen, nicht näher erläutert. Ebensowenig abgeklärt ist die Frage, ob ein Flug über London für iranische Staatsangehörige überhaupt zulässig sei (vgl. E. 3.3 des angefochtenen Urteils). Das SEM weist auf eine E-Mail des Migrationsamtes hin, in welcher behauptet wird, das SEM habe eine entsprechende Auskunft telefonisch bestätigt. Diese E-Mail, welche durch keine weiteren Beweismittel gestützt wird, vermag jedoch nicht konkret zu belegen, dass es für iranische Staatsangehörige möglich ist, aus der Schweiz über London in den Iran einzureisen. Weitere Hinweise, dass eine Rückreise des Beschwerdegegners in sein Heimatland technisch möglich wäre, finden sich in den Akten nicht.
5.3. Soweit sich das SEM schliesslich auf eine Bestätigung seiner für die Flugorganisation zuständigen Abteilung Rückkehr (Sektion swiss REPAT) bezieht, wonach Flüge nach Teheran über London möglich seien und am 9. April 2020 eine Person freiwillig auf diese Route aus der Schweiz nach Iran gereist sei, ist festzuhalten, dass diese Auskunft offensichtlich erst nach dem angefochtenen Urteil vom 2. April 2020 erfolgen konnte. Somit handelt es sich um ein echtes Novum, das im bundesgerichtlichen Verfahren nach konstanter Rechtsprechung unzulässig wäre (vgl. <ref-ruling> E. 1.2 S. 22 f.; <ref-ruling> E. 3.1.2 S. 123; vgl. betreffend die Zulässigkeit unechter Noven im Rahmen von Behördenbeschwerden Urteil 2C_50/2017 vom 22. August 2018 E. 3.2.3). Ohnehin wird die Behauptung des SEM nicht weiter belegt und ist bereits deshalb unbeachtlich.
5.4. Nach dem Gesagten ist - entgegen der Auffassung des SEM - nicht genügend dargetan, dass der Beschwerdegegner in sein Heimatland ausreisen könnte. Zu prüfen bleibt, ob dies der Verlängerung der Durchsetzungshaft entgegen steht.
5.4.1. Wie bereits ausgeführt, dient die Durchsetzungshaft dazu, den Betroffenen zu veranlassen, mit den Behörden zu kooperieren, was dafür sprechen könnte, die Durchsetzungshaft anders zu behandeln als andere ausländerrechtliche Haftarten. Auch hat das Bundesgericht jüngst erwogen, dass der Umstand, dass der Flugverkehr noch nicht wieder aufgenommen werden könne, der Aufrechterhaltung der Durchsetzungshaft nicht entgegen stehe, wenn der Betroffene zunächst dazu gebracht werden müsse, mit den Behörden zu kooperieren, sodass der Vollzug der Ausschaffung - von ihm verschuldet - noch nicht unmittelbar bevor stehe (vgl. Urteil 2C_368/2020 vom 4. Juni 2020 E. 3.3.3).
5.4.2. Hinsichtlich der Durchführbarkeit des Wegweisungsvollzugs ist massgebend, ob dieser innert absehbarer Zeit möglich erscheint (vgl. für die Ausschaffungshaft Urteil 2C_312/2020 vom 25. Mai 2020 E. 2.1). Ist der zwangsweise Vollzug der Wegweisung in ein Land aktuell ausgeschlossen, lässt er sich nur als innert absehbarer Frist möglich und damit als durchführbar bezeichnen, wenn dem Haftrichter dafür hinreichend konkrete Hinweise, insbesondere seitens des SEM, vorliegen. Andernfalls fehlt es an der ernsthaften Aussicht auf den Vollzug der Wegweisung (Urteile 2C_386/2020 vom 9. Juni 2020 E. 4.2.2; 2C_312/2020 vom 25. Mai 2020 E. 2.3.1; 2C_386/2010 vom 1. Juni 2010 E. 6). Wie das Bundesgericht zudem für eine hinsichtlich der ungewissen Dauer des Vollzugshindernisses vergleichbare Konstellation entschieden hat, reicht selbst die vage Möglichkeit, dass das Vollzugshindernis potentiell in absehbarer Zeit entfallen könnte, nicht aus, um eine Administrativhaft aufrechtzuerhalten (vgl. <ref-ruling> E. 3b/bb S. 223 f. betreffend Luftangriffe der NATO in Ex-Jugoslawien).
5.4.3. Vorliegend bestehen keine genügend konkreten Hinweise, dass selbständige Ausreisen in den Iran möglich sind und es ist auch nicht ersichtlich, wann solche wieder möglich sein werden (vgl. E. 5.2 und 5.3 hiervor). Beim Wegweisungsvollzug handelt es sich hier aufgrund der Aktenlage höchstens um eine rein theoretische Möglichkeit. Selbst wenn die Verlängerung der Durchsetzungshaft den Beschwerdegegner dazu veranlassen könnte, seine Position zu überdenken und seinen Mitwirkungspflichten nachzukommen, erschiene eine selbständige und pflichtgemässe Ausreise zum relevanten Beurteilungszeitpunkt durch die Vorinstanz (vgl. Urteil 2C_386/2020 vom 9. Juni 2020 E. 4.2.2) aus den dargelegten praktischen technischen Gründen nicht genügend absehbar. Somit bestehen auch keine ernsthaften Aussichten darauf, dass der Vollzug der Wegweisung des Beschwerdegegners - selbst wenn er mit den Behörden kooperieren würde - aufgrund der weltweiten sanitären Situation innert absehbarer Zeit durchgeführt werden könnte. Unter den konkreten Umständen rechtfertigt die Festhaltung zur Durchsetzung der Mitwirkungspflicht die weitere Inhaftierung des Beschwerdegegners nicht.
Schliesslich hat das Bundesgericht im Zusammenhang mit der Eingrenzung gemäss Art. 74 Abs. 1 lit. b AIG, welche dasselbe Ziel wie die Durchsetzungshaft verfolgt, festgehalten, dass sich die Massnahme als untauglich zur Förderung der spontanen Ausreise erweist, wenn sowohl die Ausschaffung als auch die freiwillige Ausreise objektiv unmöglich ist (vgl. <ref-ruling> E. 4.8 S. 26).
5.5. Das Verwaltungsgericht hat kein Bundesrecht verletzt, indem es die Verlängerung der Durchsetzungshaft als unverhältnismässig erachtet und die umgehende Haftentlassung des Beschwerdegegners angeordnet hat. Es steht der zuständigen kantonalen Behörde frei, die Durchsetzungshaft erneut anzuordnen, sobald eine Ausreise genügend absehbar erscheint.
6.
Nach dem Gesagten erweist sich die Beschwerde als unbegründet und ist abzuweisen. Gerichtskosten sind nicht zu erheben (Art. 66 Abs. 1 und Abs. 4 BGG). Das SEM hat dem Beschwerdegegner eine angemessene Parteientschädigung auszurichten (Art. 68 Abs. 1 und 2 BGG), welche dem Rechtsvertreter auszuzahlen ist (vgl. Urteil 2C_1130/2018 vom 1. Februar 2019 E. 3). Damit wird das Gesuch des Beschwerdegegners um unentgeltliche Rechtspflege im bundesgerichtlichen Verfahren gegenstandslos.
Die vom Rechtsvertreter eingereichte Honorarnote erscheint mit Blick auf den nach der Aktenlage gebotenen Aufwand überhöht und ist entsprechend angemessen zu kürzen.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten wird abgewiesen.
2.
Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
3.
Das SEM hat dem Rechtsvertreter des Beschwerdegegners, Rechtsanwalt Matthias Wäckerle, eine Parteientschädigung von Fr. 2'500.-- zu bezahlen.
4.
Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten und dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 1. Abteilung, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 18. Juni 2020
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Seiler
Die Gerichtsschreiberin: Ivanov