Sachverhalt:
A.
B._ ist Eigentümer der Parzelle Nr. 1064W (vormals: 1064), Grundbuch Wattwil. Nach dem Zonenplan der Politischen Gemeinde (PG) Wattwil liegt das Grundstück grösstenteils in der Landwirtschaftszone, teils im Wald. Über das Grundstück führt unter anderem ein Gemeindeweg. Das Grundstück ist mit einem Wohnhaus mit angebautem Kälberstall, einem Laufstall für 56 Grossvieheinheiten und einer Feldscheune überbaut.
Am 7. September 1998 stimmte das Planungsamt des Kantons St. Gallen (heute: Amt für Raumentwicklung; AREG) dem Neubau einer Jauchegrube mit Terrainveränderung und dem Anbau einer Liegehalle an den Laufstall zu. In der Folge stellten Gemeindevertreter fest, dass sich B._ nicht an die Baubewilligung hielt. Statt die bewilligte Geländeanpassung im Bereich der Jauchegrube und des Laufstalls vorzunehmen, hatte er damit begonnen, den abhumusierten Hang zwischen diesem Stall und dem Wald aufzuschütten. Auf Verlangen reichte er am 19. April 2000 ein Baugesuch für diese Auffüllung nach. Ohne die erforderliche Zustimmung des Kantons eingeholt zu haben, bewilligte der Gemeinderat Wattwil am 23. Mai 2000 die bereits durchgeführte Terrainauffüllung.
B.
Am 18. September 2000 stellten Gemeindevertreter fest, dass sich B._ auch nicht an die Bewilligung vom 23. Mai 2000 gehalten hatte. Er hatte die Senke nördlich des Stalls wesentlich stärker als vereinbart aufgefüllt und damit begonnen, westlich der Feldscheune eine weitere Mulde aufzufüllen bzw. einen Damm zu erstellen und dazu den Gemeindeweg verlegt und ausgebaut. Am 20. September 2000 verfügte der Gemeinderat Wattwil einen Baustopp und leitete eine Schadensberechnung für den wegen der vielen Transportfahrten gesteigerten Gemeingebrauch der Zufahrtsstrassen ein. Eine Kopie dieser Verfügung stellte er der A._ AG zu, welche das für die Aufschüttungen erforderliche Material angeliefert hatte.
Am 3./4. bzw. 17. Oktober 2000 stellte B._ ein weiteres nachträgliches Baugesuch für die Aufschüttungen sowie für eine Verlegung und den Ausbau des Gemeindewegs auf der Parzelle. In einem zur Vervollständigung dieses Baugesuchs eingereichten Schreiben räumte die A._ AG ein, insgesamt 9'820 m3 Aushubmaterial für die Terrainveränderungen angeliefert zu haben. Anlässlich von Augenscheinen vom 4. Juni 2003 und 30. Oktober 2003 stellten Vertreter der Gemeinde und des Kantons zudem fest, dass B._ erneut ohne Bewilligung Erdmaterial zugeführt hatte. Am 27. November 2003 verfügte die Baukommission Wattwil wiederum einen Baustopp und forderte B._ zur Einreichung eines nachträglichen Baugesuchs oder der Wiederherstellung des rechtmässigen Zustands auf.
Am 19. Juli 2004 reichte B._ erneut ein nachträgliches Baugesuch ein, welches unter anderem die Geländeauffüllungen nordöstlich des Laufstalls bis zum Waldareal sowie zwischen Laufstall und Feldscheune einschliesslich der Verlegung und des Ausbaus des Gemeindewegs erfasste. Das AREG wies dieses Gesuch am 24. August 2005 ab. Der Gemeinderat Wattwil wurde angewiesen, die Wiederherstellung des rechtmässigen Zustands anzuordnen. Am 29. September 2005 verweigerte die Baukommission Wattwil die nachträgliche Baubewilligung für die Geländeauffüllungen sowie die Verlegung und den Ausbau des Gemeindewegs und ordnete unter Androhung der Ersatzvornahme die vollständige Entfernung der bereits erstellten Geländeauffüllungen und des verlegten und ausgebauten Gemeindewegs innert eines Jahres ab Rechtskraft der Verfügung an. Die Beschwerde von B._ dagegen wies die Regierung des Kantons St. Gallen am 9. Januar 2007 ab. Seine Beschwerde gegen den Entscheid der Regierung hiess das Verwaltungsgericht des Kantons St. Gallen mit Entscheid vom 12. September 2007/15. Oktober 2007 teilweise gut und verzichtete für den rund 4'200 m2 grossen Geländeabschnitt zwischen Laufstall und Wald, auf dem rund 7'000 m3 der nicht bewilligten Aufschüttungen abgelagert worden waren, auf die Abtragung. Im Übrigen - und damit in Bezug auf rund 3'000 m3 Aushubmaterial - wies das Verwaltungsgericht die Beschwerde ab.
Gegen das Urteil des Verwaltungsgerichts erhoben der Kanton St. Gallen (1C_397/2007) und das Bundesamt für Raumentwicklung (ARE; 1C_427/2007) je Beschwerde an das Bundesgericht. Mit Urteil vom 27. Mai 2008 hiess dieses die Beschwerden gut und verpflichtete B._, der Gemeinde Wattwil spätestens bis zum 30. November 2008 zusätzlich ein Projekt für den Rückbau der Auffüllung des rund 4'200 m2 grossen Geländeabschnittes einzureichen. Insgesamt mussten damit rund 10'000 m3 Aushubmaterial entfernt werden.
C.
Mit Verfügung vom 9. August 2010 verpflichtete die Baukommission Wattwil B._ und die A._ AG, die widerrechtlich erstellten Geländeauffüllungen sowie den verlegten und ausgebauten Gemeindeweg zu beseitigen. Unter Androhung der Ersatzvornahme setzte sie den beiden zudem je Frist an, bis am 30. September 2010 ein Konzept zur Wiederherstellung des rechtmässigen Zustands einzureichen; bis am 31. Oktober 2010 mit den Wiederherstellungsarbeiten zu beginnen und diese bis am 31. Mai 2011 abzuschliessen. Dagegen erhob die A._ AG Rekurs beim Baudepartement. Nachdem die Bauverwaltung Wattwil am 2. Mai 2011 einem Wiederherstellungskonzept der A._ AG unter Auflagen zugestimmt hatte, zog diese ihren Rekurs zurück und das Baudepartement schrieb das Verfahren am 9. August 2011 zufolge Rückzugs ab. Das Konzept umfasste den Rückbau von 5'380 m3 Festmaterial.
D.
Am 14. Mai 2012 forderte das AREG den Gemeinderat Wattwil auf, bis Ende Juni 2012 über die getroffenen oder beaufsichtigten Wiederherstellungsmassnahmen Bericht zu erstatten. Am 23./24. Oktober 2012 stellte der Gemeinderat Wattwil gegenüber dem AREG fest, dass der Rückbau im Bereich des rund 4'200 m2 grossen Geländeabschnitts nur teilweise dem Wiederherstellungskonzept entspreche. In der Gesamtbetrachtung erachte er den vollzogenen Rückbau von 2'100 m3 losem Material (1'615 m3 Festmaterial) indessen als akzeptabel. Darüber orientierte die Baukommission Wattwil B._ am 16. November 2012 und stellte der A._ AG eine Kopie dieses Schreibens zu.
E.
Am 20. April 2015 beantragte die A._ AG, sie sei aus der Wiederherstellungspflicht zu entlassen. Mit Verfügung vom 27. April 2015 verpflichtete die Baukommission Wattwil die A._ AG zur Wiederherstellung des rechtmässigen Zustands insgesamt 2'758 m3 weiteres Festmaterial der rechtswidrigen Geländeauffüllungen auf Parzelle Nr. 1064W zu entfernen und dies mittels Rapporten der jeweiligen Deponien zu dokumentieren, wobei sich die neue Geländegestaltung gut in die Landschaft einzufügen habe. Zudem setzte sie ihr unter Androhung der Ersatzvornahme Frist an bis zum 1. Juli 2015 für den Beginn und bis zum 1. Dezember 2015 für die Beendigung der Wiederherstellung. Auf den als Wiedererwägungsgesuch entgegengenommenen Antrag der A._ AG auf Entlassung aus der Wiederherstellungspflicht trat die Baukommission Wattwil nicht ein.
Gegen die Verfügung vom 27. April 2015 rekurrierte die A._ AG am 18. Mai 2015 an das Baudepartement. Am 24. September 2015 führte dieses einen Augenschein durch. Am 11. November 2015 reichte B._ eine nachträgliche Bauanfrage für den Ausbau des Gemeindeweges nördlich entlang dem Laufstall sowie zwischen dem Laufstall und der Feldscheune auf der Parzelle Nr. 1064W ein. Mit Vorbescheid vom 5. Januar 2016 teilte das Baudepartement B._ mit, dass es dafür keine Zustimmung in Aussicht stellen könne. Am 7. Januar 2016 wies das Baudepartement ein Sistierungsbegehren der A._ AG ab. Mit Entscheid vom 25. Januar 2016 wies das Departement den Rekurs ab und hob die Verfügung der PG Wattwil vom 27. April 2015 auf und wies diese an, innert zwei Monaten nach Rechtskraft des Entscheids den Vollzug der Wiederherstellung des rechtmässigen Zustands und somit den Rückbau von noch rund 7'700 m3 Aushubmaterial (lose) auf Grundstück Nr. 1064W im Sinne der Erwägungen zu verfügen.
F.
Gegen den Entscheid des Baudepartements vom 25. Januar 2016 erhob die A._ AG am 9. Februar 2016 Beschwerde beim Verwaltungsgericht. Sie beantragte im Wesentlichen die Aufhebung des Entscheids des Baudepartements sowie der Verfügung der Politischen Gemeinde Wattwil vom 27. April 2015, soweit sie damit als Verhaltensstörerin ins Recht gefasst werde. Mit Entscheid vom 22. November 2017 wies das Verwaltungsgericht die Beschwerde ab, soweit es darauf eintrat.
G.
Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 9. Januar 2018 beantragt die A._ AG die Aufhebung des verwaltungsgerichtlichen Entscheids.
Die Gemeinde Wattwil beantragt, die Beschwerde insoweit gutzuheissen, als sie die Kubatur der abzuführenden Erd- und Gesteinsmenge betreffe und sie im Übrigen abzuweisen.
H.
Das Verwaltungsgericht, das Baudepartement des Kantons St. Gallen und das Bundesamt für Raumentwicklung (ARE) schliessen auf Abweisung der Beschwerde. Das Bundesamt für Umwelt (BAFU) führt in seiner Vernehmlassung aus, es erachte den angefochtenen Entscheid als mit dem Umweltrecht konform.
Die Beschwerdeführerin und die Gemeinde Wattwil halten in ihren Stellungnahmen an ihren Anträgen fest.
I.
Der Präsident der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung des Bundesgerichts hat der Beschwerde mit Verfügung vom 31. Januar 2018 aufschiebende Wirkung zuerkannt.

Erwägungen:
1.
1.1. Angefochten ist ein Entscheid einer letzten kantonalen Instanz (<ref-law>). Diesem liegt ein Beschwerdeverfahren betreffend den Vollzug der Entfernung einer bewilligungspflichtigen, ohne baurechtliche Bewilligung vorgenommenen Terrainveränderung und damit eine öffentlich-rechtliche Angelegenheit zu Grunde (<ref-law>). Das Bundesgerichtsgesetz enthält auf dem Gebiet des Bau- und Planungsrechts keinen Ausschlussgrund von der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten (<ref-law>). Am Ausgangspunkt steht der Departementsentscheid, der die Gemeinde anweist, den Rückbau von 7'700 m3 Aushubmaterial im Sinne der Erwägungen zu verfügen. Der Sache nach geht es dabei um einen Feststellungsentscheid über den Umfang des zu entfernenden Aushubmaterials. Die Vorinstanz hat den betreffenden Entscheid bestätigt. In dieser Hinsicht schliesst der Entscheid das Verfahren ab (<ref-law>). Die Beschwerdeführerin hat am vorinstanzlichen Verfahren teilgenommen und ist als Adressatin der Streitgegenstand bildenden Rückbauverfügungen zur Beschwerde legitimiert (<ref-law>).
1.2. Da die Beschwerde an das Bundesgericht ein reformatorisches Rechtsmittel ist (<ref-law>), darf sich die Beschwerde grundsätzlich nicht darauf beschränken, die Aufhebung des angefochtenen Beschlusses zu beantragen, sondern muss einen Antrag in der Sache enthalten (<ref-ruling> E. 1.3 S. 317 mit Hinweisen). Die Beschwerdeführerin stellt gemäss ihren formellen Begehren keinen reformatorischen Antrag, wie in der Sache zu entscheiden sei. Aus ihrer Begründung geht allerdings hervor, dass sie die Auffassung vertritt, bei richtiger Feststellung des Sachverhalts ergebe sich, dass nur noch weniger als die Hälfte des insgesamt zugeführten Aushubmaterials von 10'000 m3 zu entfernen sei. Daher ist der bloss kassatorische Antrag auf Aufhebung des angefochtenen Entscheids hier zulässig (vgl. <ref-ruling> E. 1.4 S. 414 f. mit Hinweisen; Urteil 1C_292/2017 vom 15. September 2017 E. 1.1).
1.3. Da auch die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen gegeben sind, ist auf die Beschwerde einzutreten.
2.
Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann insbesondere die Verletzung von Bundesrecht und von kantonalen verfassungsmässigen Rechten gerügt werden (Art. 95 lit. a und c BGG). Das Bundesgericht prüft Rechtsverletzungen im Sinne von <ref-law> frei, die Anwendung kantonalen Rechts dagegen in der Regel nur auf Bundesrechtsverletzungen, d.h. namentlich auf Willkür hin (<ref-ruling> E. 2 S. 149 f.). Das Bundesgericht wendet das Recht grundsätzlich von Amtes wegen an (<ref-law>). Die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht prüft es aber nur insofern, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (<ref-law>). Das Bundesgericht legt seinem Urteil den vorinstanzlich festgestellten Sachverhalt zugrunde (<ref-law>). Reine Sachverhaltsfragen und damit Fragen der Beweiswürdigung können nur gerügt werden, wenn die tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz offensichtlich unrichtig, d.h. willkürlich sind oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruhen und für den Verfahrensausgang entscheidend sein können (<ref-law>).
3.
Die Beschwerdeführerin rügt eine Verletzung ihres Anspruchs auf rechtliches Gehör (<ref-law>). Sie kritisiert, dass im kantonalen Rechtsmittelverfahren ein Augenschein unterblieben sei und das Baudepartement und die Gemeinde am 27. August 2017 ohne ihr Beisein eine Besprechung in der Angelegenheit durchgeführt hätten.
Diese Rüge erweist sich als unbegründet. Wie die nachstehenden Erwägungen zeigen, ergibt sich der rechtserhebliche Sachverhalt mit genügender Bestimmtheit aus den Akten. Insbesondere gehen daraus die für die Berechnung des Volumens der zu entfernenden Erd- und Gesteinsmenge erforderlichen Angaben hervor. Daher konnten die Vorinstanz und das Baudepartement in zulässiger antizipierter Beweiswürdigung davon absehen, einen Augenschein durchzuführen (vgl. <ref-ruling> E. 3.3 S. 64; <ref-ruling> E. 5.3 S. 236 mit Hinweisen). Die erwähnte Besprechung zwischen dem Baudepartement und der Gemeinde fand gemäss den - im weiteren Verfahren unbestritten gebliebenen - Angaben des Regierungsrats im Rahmen des Aufsichtsverfahrens gemäss Art. 162 ff. des Gemeindegesetzes des Kantons St. Gallen vom 21. April 2009 (GG, sGS 151.2) statt, das gestützt auf eine Anzeige der Stiftung WWF Schweiz eingeleitet worden war. In jenem Verfahren hatte die Beschwerdeführerin weder Parteistellung noch konnten ihr Verpflichtungen auferlegt werden. Folglich stand ihr darin auch kein Anspruch auf rechtliches Gehör zu.
4.
Die Beschwerdeführerin bringt vor, in den Verfahren des Grundeigentümers betreffend Baubewilligungen und Rückbau der Geländeauffüllungen und der Verlegung sowie des Ausbaus des Gemeindeweges sei sie nicht beigeladen worden und habe nie Parteistellung gehabt. Sie habe davon erst durch die Verfügung der Baukommission Wattwil vom 9. August 2010 erfahren, weshalb ihr sämtliche in diesem Verfahren ergangenen Verfügungen und Feststellungen nicht entgegengehalten werden könnten.
Dieser Einwand ist nicht stichhaltig. Gemäss den insoweit unbestrittenen tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz wurde der Beschwerdeführerin bereits eine Kopie des wegen der Geländeauffüllungen verhängten Baustopps vom 20. September 2000 zugestellt und sie hat sich am 27. März 2001 im Baubewilligungs- und am 13. Februar 2006 im Rekursverfahren des Grundeigentümers schriftlich geäussert. Demnach hatte die Beschwerdeführerin Kenntnis von jenen Verfahren und musste bereits wesentlich früher damit rechnen, dass sie für die Wiederherstellung verantwortlich gemacht werden könnte.
5.
Die Beschwerdeführerin macht weiter geltend, die vorinstanzliche Feststellung, wonach 7'700 m3 loses Material zurückgebaut werden müsse, finde in den Akten keine Stütze.
5.1. Die Vorinstanz erwägt, die Geländeauffüllungen nordöstlich des Laufstalls bis zum Wald sowie zwischen dem Laufstall und der Feldscheune mitsamt dem verlegten und ausgebauten Gemeindeweg auf Parzelle Nr. 1064W seien Gegenstand des Rechtsmittelverfahrens gegen die Verweigerung des nachträglichen Baugesuchs des Grundeigentümers vom 19. Juli 2004 gewesen. Aus den Entscheiden des mit dem Urteil des Bundesgerichts vom 27. Mai 2008 abgeschlossenen Verfahrens ergebe sich eindeutig, dass zur Wiederherstellung des rechtmässigen Zustands insgesamt knapp 10'000 m3 loses Aushubmaterial vom streitgegenständlichen Grundstück zu entfernen seien. An die betreffenden Erwägungen sei die Gemeinde gebunden. Zudem habe die Beschwerdeführerin die Lieferung eines entsprechenden Materialvolumens schriftlich bestätigt. Sie habe zwischenzeitlich 2'100 m3 loses Aushubmaterial von der Parzelle abgeführt, womit noch rund 7'700 m3 Aushubmaterial (lose) zu entfernen seien.
5.2. Die Beschwerdeführerin wendet ein, mit der Baubewilligung für die Jauchegrube und den Anbau der Liegehalle sei auch eine Geländeauffüllung bewilligt worden. Im betreffenden Umfang könne deren Beseitigung nicht verlangt werden. Aufgrund der damaligen Bauarbeiten sei zudem eine neue Zufahrt um den Stall herum erstellt worden. Diese sei zwar nicht im Baugesuch aus dem Jahre 1998 enthalten gewesen und der Grundeigentümer habe dafür auch nachträglich kein Baugesuch eingereicht. Sie sei jedoch betriebsnotwendig und deshalb nach Art. 16a RPG (SR 700) jederzeit bewilligungsfähig. Daher müsse der für die bewilligten Geländeauffüllungen und die Zufahrt erforderliche Aushub vom Gesamtvolumen des abzutragenden Materials abgezogen werden. Sie habe dafür fast 3'000 m3 Festmaterial eingebracht, was mit den im von der Gemeinde eingereichten "Gutachten Rückbau Geländeauffüllung" der C._ AG vom 18. März 2015 ermittelten Werten übereinstimme. Abzüglich des Aushubs der Jauchegrube von 529 m3 Festmaterial hätten dafür noch rund 2'400 m3 Festmaterial zugeführt werden dürfen.
5.3. Die Beschwerdeführerin wirft der Vorinstanz im Zusammenhang mit dem Rückbauvolumen "Aktenwidrigkeit" vor. Wie in der vorstehenden E. 2 erwähnt, sind für das Bundesgericht die vorinstanzlichen Sachverhaltsfeststellungen verbindlich, sofern sie sich nicht als offensichtlich unrichtig, das heisst willkürlich erweisen. Die Beschwerdeführerin erhebt keine Willkürrüge. Sie legt zwar sehr eingehend ihre eigene Sicht der Dinge dar, doch ist eine eigene, abweichende Sachverhaltsdarstellung nicht geeignet, die offensichtliche Unrichtigkeit der Feststellungen des Verwaltungsgerichts aufzuzeigen.
Eine willkürliche Sachverhaltsfeststellung wäre im Übrigen auch nicht ersichtlich: Die Vorinstanz weist insbesondere auf das Urteil des Bundesgerichts 1C_397/2007 vom 27. Mai 2008 hin, in welchem dieses - insofern dem kantonalen Verwaltungsgericht folgend - von einer Ablagerung von Aushubmaterial im Umfang von rund 10'000 m 3 ausgegangen ist. Es trifft zwar zu, dass die Beschwerdeführerin an jenem Verfahren nicht beteiligt war, keine Parteirechte ausüben konnte und sich insofern die dortigen Ausführungen nicht entgegen halten lassen muss. Dies ändert allerdings nichts daran, dass die damaligen Erwägungen des Bundesgerichts einen Hinweis für die Richtigkeit der vorinstanzlichen Feststellungen darstellen, zumal sie vom fehlbaren Grundeigentümer nicht bestritten worden waren.
Die Beschwerdeführerin beruft sich in diesem Zusammenhang auf ein "Gutachten Rückbau Geländeauffüllung" der C._ AG vom 18. März 2015, das im Auftrag der PG Wattwil erstellt worden war. Dieses kommt zum Schluss, die nicht bewilligte, noch abzuführende Kubatur betrage 2'229 m 3. Allerdings ist auch diese Stellungnahme nicht geeignet, die vorinstanzlichen Feststellungen als willkürlich erscheinen zu lassen. Dies zum einen deshalb, weil der Gutachter selbst ausführt, aufgrund der zu grossen Messungenauigkeit könne die eingebrachte Kubatur nicht schlüssig errechnet werden; zum andern stützt er sich auf Aussagen "von D._", also eines Organs der Beschwerdeführerin. Derartige Angaben können offensichtlich nicht unbesehen übernommen werden.
5.4. Die Rüge der aktenwidrigen Berechnung des Rückbauvolumens erweist sich als unbegründet.
6.
6.1. Die Beschwerdeführerin bringt vor, entgegen der Auffassung der Vorinstanz handle es sich bei der mit der Gemeinde erzielten Einigung bezüglich eines Rückbaukonzepts nicht um eine gütliche Verständigung im Rekursverfahren nach Art. 54 des Verwaltungsrechtspflegegesetzes des Kantons St. Gallen vom 16. Mai 1965 (VRP; sGS 951.1). Vielmehr sei dadurch ausserhalb des Rekursverfahrens ein verwaltungsrechtlicher Vertrag über ihre Rückbaupflicht zustande gekommen. Mit der Umsetzung dieses Vertrags habe sie die Verfügung vom 9. August 2010 erfüllt. Deshalb könnten ihr in Bezug auf die Wiederherstellung keine weiteren Verpflichtungen auferlegt werden.
6.2. Die Vorinstanz erwägt, die Gemeinde habe die Beschwerdeführerin mit Verfügung vom 9. August 2010 zusammen mit dem Grundeigentümer zur Beseitigung der widerrechtlich erstellten Geländeauffüllungen mitsamt dem verlegten und ausgebauten Gemeindeweg verpflichtet. Nachdem die Beschwerdeführerin ihren dagegen erhobenen Rekurs zurückgezogen habe, habe das Baudepartement diesen abgeschrieben. In ihrer Rückzugserklärung habe die Beschwerdeführerin zwar darauf hingewiesen, dass sie sich mit der Gemeinde auf ein Rückbaukonzept geeinigt habe. Deswegen sei der Rückzug jedoch nicht bedingt erfolgt und damit unbeachtlich. Die Zustimmung der Gemeinde zum Wiederherstellungskonzept - ohne rechtliche Überprüfung durch das Baudepartement - habe die Verfügung vom 9. August 2010 nicht zu ersetzen vermocht. Der Rückzug stelle keine von der Rekursinstanz vorgeschlagene gütliche Einigung im Sinne von Art. 54 VRP und somit keinen gerichtlichen Vergleich dar. Der Rückzug bedeute Verzicht auf die Überprüfung des Rechtsbegehrens mit der Folge, dass die Gegenstand des Rechtsmittels bildende Verfügung rechtskräftig werde. Folglich habe die Beschwerdeführerin deren Inhalt und damit insbesondere ihre Pflicht, als Verhaltensstörerin den rechtmässigen Zustand wiederherzustellen, anerkannt.
6.3. Die Rechtsnatur einer Einigung in einem verwaltungsrechtlichen Verfahren hängt vom anwendbaren Verfahrensrecht ab (vgl. Urteil 1C_227/2018 vom 25. Januar 2019 E. 3.6 mit Hinweis). Art. 54 VRP sieht vor, dass die Rekursinstanz in geeigneten Fällen eine gütliche Verständigung versucht. Da es sich um eine kantonale Bestimmung handelt, ist die Frage, welche Wirkungen die Einigung bezüglich des Rückbaukonzepts mit sich bringt, nur unter Willkürgesichtspunkten zu überprüfen (vgl. oben E. 2). Im Schrifttum wird die Ansicht vertreten, Art. 54 VRP betreffe nur gerichtliche Vergleiche, d.h. Verständigungen, die unter förmlicher Mitwirkung des Gerichts zustande kommen und von diesem auf ihre Rechtmässigkeit geprüft werden. Eine Vereinbarung unter den Parteien allein vermöge den vorinstanzlichen Entscheid nicht zu ersetzen. Dies sei nur durch einen dem Vergleichsinhalt entsprechenden materiellen Entscheid möglich (vgl. CAVELTI/ VÖGELI, Verwaltungsgerichtsbarkeit im Kanton St. Gallen - dargestellt an den Verfahren vor dem Verwaltungsgericht, 2003, Rz. 1113 f., 1118 f.). Hier fand unbestrittenermassen keine Prüfung des Wiederherstellungskonzepts statt. Wenn die Vorinstanz vor diesem Hintergrund annimmt, der Rückzug stelle keine gütliche Einigung im Sinne von Art. 54 VRP dar und schliesst, die angefochtene Verfügung sei mit dem Rückzug in Rechtskraft erwachsen, hält ihre Würdigung daher ohne Weiteres vor dem Willkürverbot stand.
Beim Schreiben der Gemeinde vom 2. Mai 2011, mit welchem diese dem Wiederherstellungskonzept unter Auflagen zustimmte, handelt es sich ferner nicht um eine Wiedererwägung der Verfügung vom 9. August 2010. Die Pflicht der Beschwerdeführerin, als Verhaltensstörerin den rechtmässigen Zustand wiederherzustellen, stützt sich demnach auf diese Verfügung. Soweit sie sich auf einen Vertrag über das mit der Gemeinde vereinbarte Rückbaukonzept beruft, ist ihre Argumentation unbehelflich. Die Beschwerdeführerin konnte sich durch die Umsetzung dieses Konzepts nicht von ihrer Wiederherstellungspflicht befreien. Dies gilt unabhängig vom Umstand, dass sie bisher unbestrittenermassen nur 1'615 m3 und damit lediglich rund 30 % der im Rückbaukonzept vorgesehenen 5'380 m3 festes Aushubmaterial entfernt hat. Folglich kann von der Beschwerdeführerin grundsätzlich der Rückbau des gesamten noch zu entfernenden Aushubmaterials verlangt werden. Wie oben aufgezeigt - und für die Gemeinde bereits durch die im Verfahren gegen den Grundeigentümer ergangenen Rückweisungsentscheide des Bundesgerichts und der kantonalen Instanzen verbindlich festgestellt - beträgt dieser rund 7'700 m3. Inwiefern die Beschwerdeführerin über den im Rückbaukonzept festgelegten Umfang hinaus zur Wiederherstellung zu verpflichten ist, haben die Vorinstanzen offen gelassen und ist nicht Gegenstand des vorliegenden Verfahrens.
6.4. Aus den in Art. 5 Abs. 2 und 3 sowie <ref-law> festgehaltenen Grundsätzen der Verhältnismässigkeit und des Schutzes des guten Glaubens vermag die Beschwerdeführerin ferner nichts zu ihren Gunsten abzuleiten. Auf den Schutz des Vertrauens in ein behördliches Verhalten als Vertrauensgrundlage kann sich nur berufen, wer von diesem Kenntnis hatte und dessen allfällige Fehlerhaftigkeit nicht kannte und auch bei gehöriger Sorgfalt nicht hätte kennen sollen (vgl. zum Ganzen <ref-ruling> E. 6 S. 365; Urteil 1C_344/2017 vom 17. April 2018 E. 5.1). Vorliegend ist schon zweifelhaft, ob überhaupt eine Vertrauensgrundlage besteht. So hatte die Beschwerdeführerin insgesamt rund 10'000 m3 loses Aushubmaterial angeliefert und wurde von der kantonalen Behörde als Verhaltensstörerin zur Beseitigung der widerrechtlich erstellten Geländeauffüllungen sowie des verlegten und ausgebauten Gemeindewegs verpflichtet. Selbst wenn die Gemeinde in der Folge ihrem Wiederherstellungskonzept unter Auflagen zustimmte, musste sie deswegen damit rechnen, zur Entfernung des gesamten angelieferten Aushubmaterials verpflichtet zu werden. Sodann stellte der Gemeinderat zwar fest, er erachte es in der Gesamtbetrachtung als akzeptabel, dass sie ihr Wiederherstellungskonzept nur zu rund 30 % umgesetzt habe. Gleichzeitig wies er allerdings darauf hin, dass der Rückbau dem Konzept nur teilweise entspreche.
Bei dieser Sachlage konnte die Beschwerdeführerin jedenfalls nicht in guten Treuen davon ausgehen, sie habe ihre Wiederherstellungspflichten erfüllt. Insbesondere musste ihr klar sein, dass der Gemeinderat nicht befugt war, Entscheide von übergeordneten, kantonalen Behörden durch Abschluss eines Vertrages einfach umzustossen. Soweit die Beschwerdeführerin im Übrigen die Verhältnismässigkeit und die Zweckmässigkeit der Wiederherstellungsmassnahmen in Frage stellt, sind ihre Vorwürfe unbegründet. Nicht stichhaltig ist insbesondere das Argument, die Eingriffe würden bereits rund 20 Jahre zurück liegen, hat die Beschwerdeführerin die Verzögerungen durch ihr Verhalten doch zu einem nicht unwesentlichen Teil mitverursacht.
7.
Die Beschwerde erweist sich als unbegründet und ist abzuweisen.
Mit dem Entscheid in der Sache wird der Antrag des ARE auf Entzug der aufschiebenden Wirkung gegenstandslos. Bei diesem Verfahrensausgang hat die Beschwerdeführerin die Gerichtskosten zu tragen; der Gemeinde sind keine Kosten aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 u. 4 BGG). Die weiteren beteiligten Behörden haben keinen Anspruch auf Ausrichtung einer Parteientschädigung (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 4'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3.
Es werden keine Parteientschädigungen zugesprochen.
4.
Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin, der Politischen Gemeinde Wattwil, dem Baudepartement des Kantons St. Gallen, B._, dem Verwaltungsgericht des Kantons St. Gallen, Abteilung I, dem Bundesamt für Raumentwicklung und dem Bundesamt für Umwelt schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 13. März 2019
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Chaix
Der Gerichtsschreiber: Schoch