Faits :
A.
A.a. La société A._ Sàrl, dont le siège était à Morges, a été inscrite au registre du commerce du canton de Vaud du 29 janvier 2004 au 1er avril 2020, date de sa radiation. Elle avait pour but la fabrication et la distribution de produits, en particulier de produits chimiques pour l'agriculture, de semences et de produits agricoles animaliers. Par décision du 12 mai 2004, le Chef du Département des finances du Canton de Vaud lui a accordé une exonération fiscale temporaire, selon les modalités suivantes:
Exonération du bénéfice net et du capital imposables,
- de cent pour cent pour une durée de cinq ans dès la fondation de la société,
- de cinquante pour cent pour les cinq années suivantes.
Cette exonération est subordonnée,
- au maintien du siège et de l'activité de l'entreprise dans le canton pendant dix ans à compter de la fin de l'exonération,
- en principe, à la création effective des emplois projetés,
- à la réalisation des investissements prévus,
- au devoir d'informer l'Administration cantonale des impôts (division de la taxation) et le Service de l'économie, du logement et du tourisme de toute modification importante du projet présenté, ceci en vue du réexamen possible de l'allégement fiscal octroyé.
Une éventuelle extension de l'allégement de 50% à 100% pour la seconde période de cinq ans pourra être examinée s'il apparaît que 35 emplois ont été créés après cinq ans et que "Société Principale" [sic] s'engage à augmenter ce nombre à 40 personnes jusqu'à la fin de la période de dix ans.
Je vous rappelle d'autre part, que, durant la période d'exonération, la société est tenue de déposer régulièrement les déclarations d'impôts ainsi que les bilans, comptes d'exploitation et de pertes et profits.
Je vous remercie par ailleurs de bien vouloir informer l'Administration cantonale des impôts (division de la taxation) de la raison sociale choisie pour la "Société Principale".
A.b. Le 26 novembre 2009, A._ Sàrl a requis que son exonération fiscale temporaire de l'impôt cantonal et communal (ICC) soit étendue de 50% à 100% pour les années fiscales 2010 à 2014 dans la mesure où elle employait plus de 40 personnes. La société envisageait la création de 150 à 200 postes d'ici le début de l'année 2011.
Le 15 septembre 2010, l'Administration cantonale des impôts de l'Etat de Vaud, en accord avec le Service cantonal de l'économie, du logement et du tourisme, a fait savoir à la société A._ Sàrl qu'elle pouvait accéder à sa requête et étendre l'exonération de 50% à 100% pour la seconde période de cinq ans. Pour le surplus, elle a précisé que les conditions mentionnées dans la décision du 12 mai 2004 demeuraient valables.
A.c. S'agissant des périodes fiscales allant de 2005 à 2014, la société A._ Sàrl a été taxée en lien avec l'impôt cantonal et communal (ICC) sur la base des bénéfices et capitaux imposables suivants:
Bénéfice imposable Capital imposable 2005 172'137'000 fr. 172'157'000 fr. 2006 12'332'700 fr. 20'675'000 fr. 2007 12'783'400 fr. 178'209'000 fr. 2008 48'995'900 fr. 597'720'000 fr. 2009 29'792'700 fr. 838'855'000 fr. 2010 6'097'200 fr. 761'980'000 fr. 2011 9'414'400 fr. 745'846'000 fr. 2012 12'783'400 fr. 178'209'000 fr. 2013 15'611'800 fr. 885'234'000 fr. 2014 21'771'500 fr. 103'550'000 fr.
Compte tenu de l'exonération accordée, la société a été imposée à un taux d'imposition de 0 %. Aucun impôt cantonal ou communal n'a dès lors été prélevé sur la base des décisions de taxation définitive relatives aux périodes fiscales 2005 à 2014.
A.d. Le 4 avril 2016, l'Administration cantonale des impôts du Canton de Vaud a indiqué à la société A._ Sàrl que son exonération temporaire, qui avait débuté avec la période fiscale 2005, avait pris fin au terme de la période fiscale 2014, soit le 31 août 2014 (clôture de l'exercice commercial). Elle a rappelé à la société les obligations auxquelles elle demeurait soumise jusqu'à la fin de la période fiscale 2024, soit le maintien de son siège et de son activité dans le canton de Vaud.
A.e. Le 19 avril 2016, la société A._ Sàrl a informé l'Administration cantonale des impôts d'une réduction de ses effectifs de 146 à 72 employés. A la demande de cette dernière, elle a expliqué que sa réorganisation se justifiait en raison d'une restructuration interne des activités du groupe, une partie de celles-ci étant transférées à une autre société du groupe, basée aux Pays-Bas. Le 26 août 2016, l'Administration cantonale des impôts a confirmé que la réduction du personnel envisagée ne modifiait pas l'activité déployée par la société en Suisse et ne contrevenait pas à l'engagement pris en termes d'emplois en vue de l'obtention de l'exonération fiscale temporaire.
A.f. Le groupe commercial C._ a acquis le groupe commercial D._ dans le courant de l'année 2018. La société A._ Sàrl a informé l'Administration cantonale des impôts le 15 novembre 2018 de son intention de réorganiser les activités qui étaient jusqu'alors exercées à Morges et de les transférer à Bâle, probablement en 2020. L'Administration cantonale a pris acte de ce projet le 20 décembre 2018 et rappelé à A._ Sàrl que, dès la survenance d'un cas de non-respect des conditions de subordination, le Conseil d'Etat révoquerait l'exonération accordée avec effet rétroactif pour toute la durée de celle-ci.
La société a poursuivi une partie de ses activités à son siège de Morges, puisqu'elle employait encore 46 personnes au 1 er octobre 2019, puis 44 personnes en décembre 2019. Dès le mois de février 2020, A._ Sàrl a officiellement cessé toute activité sur le site de Morges. Les contrats des personnes ne rejoignant pas le siège de C._ à Bâle ont été résiliés. Les actifs et passifs de A._ Sàrl ont été repris selon bilan au 31 janvier 2020. La société a été radiée par suite de fusion du registre du commerce du canton de Vaud le 1er avril 2020.
B.
Dans l'intervalle, par décision du 18 décembre 2019, le Conseil d'Etat du Canton de Vaud a révoqué avec effet rétroactif l'exonération octroyée le 12 mai 2004 à A._ Sàrl pour les périodes fiscales 2005 à 2014. Il a également décidé de percevoir les impôts économisés pour les années précitées. Le 23 décembre 2019, en se référant à la décision du Conseil d'Etat susmentionnée, l'Administration cantonale des impôts a communiqué à la société un décompte final relatif à l'impôt cantonal et communal sur le bénéfice et le capital d'un montant de 34'009'916 fr., avec délai de paiement au 1 er février 2020.
Par acte du 30 janvier 2020, A._ Sàrl a recouru contre la décision du Conseil d'Etat du 18 décembre 2019 auprès de la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal du Canton de Vaud (ci-après: le Tribunal cantonal), en concluant principalement à son annulation et, subsidiairement, au renvoi du dossier au Conseil d'Etat pour nouvelle décision.
C.
Parallèlement à son recours au Tribunal cantonal, A._ Sàrl a déposé, en date du 3 février 2020, un recours en matière de droit public auprès du Tribunal fédéral contre la décision du Conseil d'Etat du 18 décembre 2019 (cause no 2C_141/2020). Dans ce recours, la société concluait, principalement, à l'annulation pure et simple de cette décision et, subsidiairement, au renvoi du dossier au Conseil d'Etat pour nouvelle décision.
Par ordonnance du 5 février 2020, le Président de la Cour de céans a suspendu la procédure jusqu'à droit connu sur le recours déposé contre la même décision devant le Tribunal cantonal.
D.
Par arrêt du 12 février 2021, le Tribunal cantonal a admis partiellement le recours de A._ Sàrl, désormais fusionnée à la société B._ AG. Il a réformé la décision du Conseil d'Etat du 18 décembre 2019 en ce sens que l'exonération octroyée le 12 mai 2004 était révoquée uniquement pour les périodes fiscales 2010 à 2014. Il a confirmé la décision attaquée pour le surplus.
L'Etat de Vaud, agissant par son Conseil d'Etat, et l'Administration cantonale des impôts ont déposé conjointement un recours en matière de droit public au Tribunal fédéral contre l'arrêt du Tribunal cantonal du 12 février 2021 (cause no 2C_245/2021). Ils concluent principalement à la réforme de l'arrêt en ce sens que le recours déposé par B._ AG (anciennement A._ Sàrl; ci-après: la société intimée) devant l'instance judiciaire cantonale doit être rejeté et la décision du Conseil d'Etat du 18 décembre 2019 confirmée. Ils demandent subsidiairement l'annulation de l'arrêt attaqué et le renvoi de la cause au Tribunal cantonal pour nouvelle décision dans le sens des considérants.
L'intimée a répondu au recours dont elle conclut au rejet.
Invitée à se déterminer sur le recours, l'Administration fédérale des contributions (AFC) a conclu à l'admission de celui-ci au terme de ses observations, dans lesquelles elle se rallie à l'argumentation développée dans le recours.
E.
Par courrier du 24 mars 2021, B._ AG a déclaré maintenir le recours précédemment déposé devant le Tribunal fédéral par A._ Sàrl à l'encontre de la décision du Conseil d'Etat du 18 décembre 2019 (cause no 2C_141/2020), afin que cette cause puisse éventuellement être tranchée au même moment que le recours interjeté par l'Etat de Vaud et l'Administration cantonale des impôts.

Considérant en droit :
1.
Le Tribunal fédéral examine d'office sa compétence (<ref-law>) et contrôle librement la recevabilité des recours portés devant lui (<ref-ruling> consid. 2).
1.1. Les recours, enregistrés sous les numéros 2C_141/2020 et 2C_245/2021 et déposés par la société A._ SA (désormais: B._ AG) d'une part et par l'Etat de Vaud et l'Administration cantonale des impôts conjointement d'autre part, ne sont pas dirigés contre la même décision cantonale. L'un conteste la révocation d'une exonération fiscale temporaire prononcée par le Conseil d'Etat en date du 18 décembre 2019, tandis que l'autre s'en prend à l'arrêt du Tribunal cantonal du 12 février 2021 réformant partiellement cette décision. Il n'en demeure pas moins qu'ils concernent tous deux les mêmes faits et opposent les mêmes parties. Il se justifie par conséquent de joindre les causes et de les traiter en un seul arrêt (cf. <ref-law> et 24 PCF [RS 273]; <ref-ruling> consid. 1.2 in fine).
1.2. En l'occurrence, le recours enregistré sous le numéro de cause 2C_141/2020, déposé à l'origine par A._ Sàrl, s'attaque directement à la décision du Conseil d'Etat du 18 décembre 2019, laquelle révoque avec effet rétroactif l'exonération fiscale temporaire octroyée entre 2005 et 2014 à la société et réclame le paiement des impôts dus durant ces dix années. D'un point de vue matériel, cette décision a toutefois été remplacée par l'arrêt du Tribunal cantonal du 12 février 2021, qui la réforme partiellement, en raison de l'effet dévolutif complet que revêt tout recours auprès de cette instance judiciaire (cf. <ref-ruling> consid. 1.2). Le recours 2C_141/2020 interjeté devant la Cour de céans est par conséquent devenu sans objet en cours de procédure, dans la mesure où il conteste une décision qui ne revêt aujourd'hui plus aucune portée propre. Il doit partant être radié du rôle. Il aurait été du reste irrecevable faute d'épuisement des instances cantonales (art. 86 al. 1 let. d et al. 2 LTF; cf. <ref-ruling> consid. 1.7).
1.3. Le recours enregistré sous le numéro de cause 2C_245/2021, déposé conjointement par l'Etat de Vaud, par l'intermédiaire de son Conseil d'Etat, et par l'Administration cantonale des impôts est dirigé pour sa part contre l'arrêt du Tribunal cantonal du 12 février 2021. Cet arrêt se prononce en dernière instance cantonale sur la révocation de l'exonération fiscale accordée à l'intimée en lien avec les impôts cantonaux et communaux entre 2005 et 2014, limitant ses effets à la période 2010-2014. Comme ce domaine relève du droit public, la voie du recours en matière de droit public est en principe ouverte sur la base de l'<ref-law>, sachant qu'aucune des exceptions figurant à l'<ref-law> n'entre en ligne de compte. L'art. 73 al. 1 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID; RS 642.14) confirme du reste l'ouverture de cette voie de droit, étant précisé que les allégements fiscaux octroyés aux personnes morales au sens de l'<ref-law> constituent une matière relevant du titre 3 de la loi précitée (cf. arrêts 2C_382/2016 du 11 juillet 2017 consid. 1.1; 2C_910/2010 du 5 mai 2011 consid. 1.1 et 2P.99/2005 du 13 janvier 2006 consid. 1.1).
Le recours est pour le reste dirigé contre une décision finale (<ref-law>) rendue en dernière instance cantonale par une autorité judiciaire supérieure (art. 86 al. 1 let. d et al. 2 LTF). Il a été interjeté en temps utile, compte tenu des féries (art. 46 al. 1 let. a et 100 al. 1 LTF), et dans les formes requises (<ref-law>) par l'Etat de Vaud et l'Administration cantonale des impôts. Comme celle-ci jouit indéniablement de la qualité pour recourir s'agissant des impôts concernés en vertu du droit fédéral (cf. <ref-law> en lien avec l'art. 89 al. 2 let. d LTF), il convient d'entrer en matière, sans qu'il soit indispensable d'examiner si l'Etat de Vaud, agissant par son Conseil d'Etat, jouit également de la qualité pour recourir en l'affaire (cf. arrêt 2C_109/2019 du 8 août 2019 consid. 3.3).
2.
2.1. Saisi d'un recours en matière de droit public, le Tribunal fédéral applique le droit d'office (<ref-law>). Conformément à l'<ref-law> et en dérogation à l'<ref-law>, le Tribunal fédéral ne connaît toutefois de la violation des droits fondamentaux ainsi que de celle de dispositions de droit cantonal ou intercantonal que si le grief a été invoqué et motivé par la partie recourante, à savoir exposé de manière claire et détaillée (<ref-ruling> consid. 1.7.2; <ref-ruling> consid. 1.3). Le grief de violation du droit cantonal ne peut en principe pas être soulevé dans un recours devant le Tribunal fédéral. En revanche, il est toujours possible de faire valoir que la mauvaise application du droit cantonal constitue une violation du droit fédéral, en particulier qu'elle est arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. ou contraire d'une autre manière à un droit fondamental (cf. <ref-ruling> consid. 4.3; <ref-ruling> consid. 4.3; <ref-ruling> consid. 2.3). En matière fiscale, le Tribunal fédéral vérifie ainsi librement la conformité du droit cantonal et de son application aux dispositions de la LHID, sauf si cette loi laisse une certaine marge de manoeuvre aux cantons, auquel cas son examen est limité à celui de la violation des droits constitutionnels dûment invoqués (cf. <ref-ruling> consid. 2; aussi arrêt 2C_68/2018 du 30 janvier 2019 consid. 2 non publié in <ref-ruling>).
2.2. Le Tribunal fédéral conduit son raisonnement juridique sur la base des faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>). Il ne peut s'en écarter que si les faits ont été constatés de façon manifestement inexacte - ce qui correspond à la notion d'arbitraire (<ref-ruling> consid. 2.4) - ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> (<ref-law>), et pour autant que la correction du vice soit susceptible d'influer sur le sort de la cause (cf. <ref-law>). La partie recourante qui entend s'écarter des constatations de l'autorité précédente doit expliquer de manière circonstanciée en quoi les conditions d'une exception prévue par l'<ref-law> seraient réalisées. A défaut d'une telle motivation, il n'est pas possible de prendre en considération un état de fait qui diverge de celui contenu dans la décision attaquée, ni des faits qui n'y sont pas constatés (<ref-ruling> consid. 5.2.2; <ref-ruling> consid. 6.2).
3.
Le litige a trait à la révocation d'une exonération fiscale temporaire en lien avec les impôts cantonal et communal sur le bénéfice et le capital. Il s'agit dès lors de rappeler le cadre légal général de cette problématique.
3.1. La législation fédérale règle l'exonération fiscale temporaire susmentionnée à l'<ref-law>. Cette disposition a la teneur suivante:
Art. 23 Exonérations
(...)
3 Les cantons peuvent prévoir, par voie législative, des allégements fiscaux en faveur des entreprises nouvellement créées qui servent les intérêts économiques du canton, pour l'année de fondation de l'entreprise et pour les neuf années suivantes. Une modification importante de l'activité de l'entreprise peut être assimilée à une fondation.
En adoptant cette norme en 1990 dans la LHID, le législateur fédéral a codifié une règle de droit intercantonal préexistante qui figurait déjà dans le Concordat du 10 décembre 1948 entre les cantons de la Confédération suisse sur l'interdiction des arrangements fiscaux (RO 1949 1459; cf. Message du 25 mai 1983 concernant les lois fédérales sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes ainsi que sur l'impôt fédéral, FF 1983 III 1, spéc. p. 93). En effet, cette convention intercantonale, à laquelle le Canton de Vaud a adhéré par loi du 16 novembre 1959 (RSV 670.98) et qui est toujours en vigueur, contient une disposition analogue à l'<ref-law>. D'après l'art. 1 al. 3 let. b du concordat, les cantons ne doivent pas conclure d'arrangements fiscaux avec des contribuables, sauf dans certaines situations exceptionnelles, auxquelles appartient "l'imposition des entreprises industrielles nouvellement créées et dont le canton est économiquement intéressé à promouvoir le développement, pour la fin de l'année au cours de laquelle l'exploitation a débuté et pour les neuf années suivantes". Si l'<ref-law> l'emporte désormais sur cette réglementation intercantonale en matière d'impôts cantonal et communal sur le bénéfice et le capital (cf. arrêts 2C_382/2016 du 11 juillet 2017 consid. 2.2; 2C_603/2012 du 10 décembre 2012 consid. 3.1), ces deux textes ont pour but commun de mieux encadrer les arrangements fiscaux, étant précisé qu'un tel objectif pouvait être atteint par la voie de la législation fédérale ordinaire ou par celle d'un concordat entre cantons (cf. Exposé des motifs relatif à un projet de décret autorisant le Conseil d'Etat [vaudois] à adhérer au concordat [ci-après: Exposé des motifs relatif au concordat], in Bulletin du Grand Conseil, 1959, tome 2, Séance du 9 novembre 1959, p. 34 s.; aussi cf. GRETER/GRETER, in Zweifel/Beusch [éd.], Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht - Bundesgesetz über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden [StHG], 3e éd., 2017, nos 1 s. ad <ref-law>).
3.2. Dans les limites posées par le droit fédéral, les cantons sont libres de faire usage de leur droit d'octroyer des allégements fiscaux à certaines entreprises nouvellement créées (arrêt 2C_910/2010 du 5 mai 2011 consid. 4.1). Ils jouissent par ailleurs d'une certaine autonomie concernant les modalités et l'ampleur de tels allégements (arrêt 2C_382/2016 du 11 juillet 2017 consid. 2.2). Le Canton de Vaud a en l'occurrence fait usage de la faculté offerte par le droit fédéral en adoptant l'art. 91 de la loi cantonale du 4 juillet 2000 sur les impôts directs cantonaux (LI/VD; RSV 642.11). Cette disposition constitue la base légale autorisant le Conseil d'Etat à octroyer les allégements fiscaux visés par l'<ref-law>. Elle présente la teneur suivante:
Art. 91 Exonérations temporaires des personnes morales
Le Conseil d'Etat peut accorder des allégements fiscaux aux entreprises nouvellement créées qui servent les intérêts économiques du canton, pour l'année de fondation de l'entreprise et pour les neuf années suivantes. La modification importante de l'activité de l'entreprise peut être assimilée à une fondation nouvelle.
3.3. Il est largement admis qu'un allégement fiscal temporaire au sens de l'<ref-law> - et précédemment à l'aune de l'art. 1 al. 3 let. b du concordat - passe par la conclusion d'une convention qui doit en fixer ses conditions d'application. Cette convention entre canton et entreprise privée constitue un contrat de droit administratif, autorisé par la loi, qui porte sur l'existence, l'étendue ou les modalités d'une obligation fiscale dans une situation concrète et qui s'écarte des obligations fiscales prévues par les dispositions légales normalement applicables (cf. arrêts 2C_664/2013 du 28 avril 2014 consid. 4.2; 2C_603/2012 du 10 décembre 2012 consid. 3.1; arrêt de la Chambre de droit public du Tribunal fédéral du 18 juin 1968, in Archives 38, p. 19, consid. 1 et 2; aussi arrêt 2A.227/2006 du 10 octobre 2006 consid. 3.1; Exposé des motifs relatif au concordat, p. 37; MARCO ROSTETTER, Die Verjährung im Recht der direkten Bundessteuer und der harmonisierten kantonalen Steuern, 2019, no 799; BLUMENSTEIN/LOCHER, System des schweizerischen Steuerrechts, 7e éd., 2016, p. 388; MICHAEL BEUSCH, Der Untergang der Steuerforderung, 2012, p. 25; DANIELLE YERSIN, L'égalité de traitement en droit fiscal, RDS 1992, vol. II, p. 145 ss, nos 130 ss).
3.4. En raison du caractère non seulement potestatif, mais également contractuel des allégements fiscaux temporaires prévus aux <ref-law>, l'autorité cantonale compétente jouit d'une large marge d'appréciation en ce qui concerne l'octroi et les modalités de révocation de tels privilèges (cf. arrêt 2C_382/2016 du 11 juillet 2017 consid. 6.2; 2C_910/2010 du 5 mai 2011 consid. 5.2). Elle est notamment en droit de subordonner la validité des exonérations fiscales temporaires au respect de différentes conditions et, notamment, au fait que l'entreprise bénéficiaire maintienne son domicile dans le canton, sans qu'il soit nécessaire que de telles exigences soient préalablement énumérées ou définies précisément dans une loi (cf. arrêt 2C_227/2015 du 31 mai 2016 consid. 6.2; aussi <ref-ruling> consid. 4.2). Le non-respect de ces conditions, qui visent à lutter contre les abus, peut l'autoriser, le cas échéant, à revenir sur l'exonération accordée de manière rétroactive. En effet, le bénéficiaire d'une exonération ne doit pas pouvoir éluder les espérances du canton qui, en consentant un tel avantage, compte sur une implantation durable de l'entreprise sur son territoire, laquelle doit à terme rentabiliser le privilège fiscal accordé (arrêt de la Chambre de droit public du Tribunal fédéral du 18 juin 1968, in Archives 38 p. 198, consid. 2; aussi 2C_910/2010 du 5 mai 2011 consid. 5.2; aussi GRETER/GRETER, op. cit., no 8 ad <ref-law>). Relevons en ce sens que le législateur fédéral a choisi de conditionner l'octroi d'exonérations complémentaires en lien avec l'impôt fédéral direct au fait que les cantons concernés aient prévu que les sociétés bénéficiaires doivent rembourser les allégements qu'elles auraient obtenus indûment s'agissant de l'impôt cantonal sur le bénéfice et le capital (cf. art. 12 Abs. 2 lit. c de la loi fédérale du 6 octobre 2006 sur la politique régionale; RS 901.0).
3.5. Dans un arrêt 2C_382/2016 du 11 juillet 2017, le Tribunal fédéral a ainsi confirmé qu'un canton pouvait révoquer de manière rétroactive l'allégement fiscal d'une société ayant cessé ses activités sur son territoire, dans la mesure où il avait été prévu qu'un tel privilège n'était accordé que pour autant que la société intéressée ait un caractère permanent dans le canton. Il était donc possible sur le principe de réclamer le paiement des impôts dus pour les années fiscales écoulées ayant fait l'objet d'une exonération, même si ni le droit cantonal ni l'arrangement fiscal n'indiquaient de durée pendant laquelle la condition de domiciliation dans le canton devait être respectée ni ne fixaient de délai dans lequel la récupération des impôts dus pouvait encore être décidée (cf. consid. 6.5 et 6.7 de l'arrêt précité). Il a été néanmoins jugé dans le cas d'espèce que de telles imprécisions justifiaient d'appliquer par analogie les règles relatives au rappel d'impôt (<ref-law>) et, partant, que la procédure de récupération d'impôts ne pouvait concerner que les années écoulées depuis moins de dix ans au moment du prononcé de la révocation (cf. consid. 6.6 de l'arrêt précité; aussi ROSTETTER, op. cit., nos 815 et 833).
4.
Il convient à présent d'examiner la cause à la lumière des considérations qui précèdent.
4.1. En l'occurrence, l'objet du litige concerne la révocation de l'exonération fiscale temporaire complète dont la société A._ Sàrl, avec laquelle l'intimée a fusionné en 2020, a bénéficié durant dix ans - de 2005 à 2014 - dans le canton de Vaud. Il ressort de l'arrêt attaqué que ladite société a déplacé son siège à Bâle en 2020 et cessé la même année toute activité à son siège vaudois de Morges, de sorte qu'elle n'a pas respecté l'obligation assortissant son privilège fiscal et consistant dans le "maintien du siège et de l'activité de l'entreprise dans le canton pendant dix ans à compter de la fin de l'exonération". Le Tribunal cantonal a retenu que le non-respect de cette condition justifiait la révocation de l'exonération octroyée et que cette révocation était, sur le principe, susceptible d'entraîner une récupération d'impôts. Ces différents points ne sont pas remis en question par les parties à la procédure et, en particulier, par l'intimée, qui, contrairement à l'Administration cantonale des impôts, n'a pas interjeté recours contre l'arrêt cantonal (cf. supra consid. 1.2). La seule et unique question encore litigieuse concerne la période déterminante pouvant être touchée par une procédure de récupération d'impôts. Elle porte plus précisément sur le point de savoir si une telle mesure doit se limiter aux années fiscales 2011 à 2014, comme le soutiennent le Tribunal cantonal dans son arrêt et l'intimée dans sa réponse au recours, ou si elle peut aussi s'étendre aux années fiscales 2005 à 2010, comme le défend l'Administration cantonale des impôts, qui affirme que toute autre solution procéderait d'une application arbitraire de la LHID et de l'art. 91 LI/VD et violerait les principes de la bonne foi et de l'égalité de traitement entre contribuables (art. 5 al. 3 et 127 al. 2 Cst.).
4.2. Dans son arrêt, le Tribunal cantonal a reconnu que l'exonération fiscale temporaire accordée à A._ Sàrl pour les années 2005 à 2014 avait été expressément conditionnée au maintien du siège et des activités de l'entreprise dans le canton de Vaud, ce pendant une période de dix ans suivant la fin de l'exonération. Il a également admis que les conditions posées à l'octroi de l'exonération, énoncées dans une "convention" liant aussi bien l'autorité recourante que l'intimée, étaient "claires et prévisibles". Il a cependant relevé que le droit vaudois ne recelait aucune disposition traitant spécifiquement de la révocation des décisions d'exonération, qu'il ne détaillait pas les conditions auxquelles une telle révocation était subordonnée, pas plus que son potentiel effet rétroactif, et, enfin, que la décision d'exonération du Conseil d'Etat ne contenait aucune précision à ce sujet non plus. Le Tribunal cantonal en a déduit qu'il n'existait aucune réglementation spécifique autorisant l'autorité de taxation vaudoise à revenir sur une décision de taxation entrée en force après presque vingt ans. La révocation de l'exonération fiscale de A._ Sàrl devait dès lors suivre le régime et les conditions du rappel d'impôt prévus à l'<ref-law> et, en particulier, respecter le délai de prescription décennal applicable à ce genre de procédure, conformément à ce que le Tribunal fédéral avait retenu dans son arrêt 2C_382/2016. En l'occurrence, comme la décision de révocation communiquée le 18 décembre 2019 à A._ Sàrl représentait, selon les juges précédents, le premier acte assimilable à l'ouverture d'une procédure de rappel d'impôt, il fallait considérer que le droit de récupérer les impôts initialement exonérés auprès de l'entreprise pouvait uniquement porter sur les périodes fiscales 2010 à 2014, et qu'il était prescrit pour les périodes fiscales 2005 à 2009 (étant précisé que l'exercice commercial de la société s'étendait à cette époque du 1er septembre au 31 août).
4.3. Comme cela a été exposé, les cantons sont libres, dans les limites posées par le droit fédéral, de faire usage du droit que leur accorde l'<ref-law> d'octroyer des allégements fiscaux provisoires à certains sujets fiscaux. Ils disposent par ailleurs d'une certaine autonomie dans l'aménagement desdits allégements et de leurs modalités de révocation (cf. supra consid. 3.2). Il incombe dès lors à la Cour de céans d'examiner librement si l'arrêt attaqué procède d'une application correcte du droit fédéral et, en particulier, des art. 23 et 53 LHID. Elle ne peut en revanche revoir que sous l'angle de l'arbitraire si la solution adoptée par le Tribunal cantonal est conforme au droit cantonal (cf. supra consid. 2.1; aussi arrêt 2C_382/2016 du 11 juillet 2017 consid. 2.2).
4.4. Pour rappel, une décision n'est arbitraire (art. 9 Cst.) que lorsqu'elle contredit clairement la situation de fait, qu'elle viole gravement une norme ou un principe juridique clair et indiscuté ou qu'elle heurte d'une manière choquante le sentiment de la justice et de l'équité. Il n'y a pas arbitraire du seul fait qu'une solution autre que celle de l'autorité précédente semble concevable, voire préférable. Pour qu'une décision soit annulée pour cause d'arbitraire, il ne suffit pas que sa motivation soit insoutenable; il faut encore que cette décision soit arbitraire dans son résultat (<ref-ruling> consid. 6.1).
4.5. Ainsi qu'on l'a vu, les allégements fiscaux au sens des <ref-law> et 91 LI/VD font l'objet d'un contrat de droit administratif entre le contribuable bénéficiaire et le canton concerné, lequel est appelé à en régler les conditions de validité et les modalités de révocation (cf. supra consid. 3.3 et 3.4). Or, le Tribunal cantonal a constaté dans l'arrêt attaqué - d'une manière qui lie la Cour de céans (cf. <ref-law>) - que l'allégement fiscal de dix ans accordé par le Conseil d'Etat vaudois à A._ Sàrl le 12 mai 2004 avait été assorti de la condition "claire et prévisible" du maintien du siège de l'entreprise dans le canton de Vaud pendant au moins dix ans après la fin dudit allégement en 2014. Il a en outre été établi que l'accord passé par la société stipulait expressément le devoir d'informer l'administration cantonale de toute modification importante du projet d'implantation à la base de l'exonération, ceci en vue du réexamen possible de l'allégement fiscal octroyé. Les juges cantonaux ont admis que cette clause, mise en relation avec les conditions posées à l'octroi du privilège fiscal, devait être comprise comme une clause de " claw back " - soit une clause de récupération ou de remboursement - qui, dans son principe, autorisait le Conseil d'Etat à revenir sur l'avantage concédé. Ils ont du reste relevé que la société s'était vu rappeler ce droit de récupération de l'impôt en 2016 et en 2018, après avoir informé le canton de l'évolution de ses activités à son siège de Morges. Le Tribunal cantonal a de cette manière établi - sans que l'intimée ne lui reproche d'être tombé dans l'arbitraire sur ce point - que le Canton de Vaud et la société A._ Sàrl s'étaient mis d'accord sur le fait qu'un départ de l'entreprise du canton dans les dix ans suivant la fin de l'exonération pouvait justifier une révocation de l'entier du privilège fiscal octroyé à l'entreprise entre 2005 et 2014. Un tel accord correspond du reste à ce que prévoit la directive cantonale réglant l'exonération temporaires des entreprises par l'Etat de Vaud selon laquelle "[l]e non-respect de tout ou partie des conditions de subordination à l'exonération temporaire entraîne un retrait de tout ou partie de l'allégement" (cf. Circulaire de l'Administration cantonale des impôts de juin 2012 relative à l'exonération temporaire des entreprises, ch. 3.5.3). Il s'ensuit qu'en application des termes clairs du contrat de droit administratif régissant l'allégement fiscal octroyé, dont rien n'indique qu'ils ne correspondraient pas à la volonté réelle et commune des parties, le Conseil d'Etat jouissait assurément de la faculté de récupérer la totalité des impôts non payés par A._ Sàrl pendant dix ans dans le canton, après que la société avait quitté son siège de Morges et y avait cessé toutes activités début 2020 en violation de son engagement.
4.6. Dans son arrêt, le Tribunal cantonal s'est essentiellement référé à l'arrêt 2C_382/2016 du Tribunal fédéral pour justifier sa décision de s'écarter de l'accord susmentionné et de limiter les effets de la révocation litigieuse aux seules années 2010 à 2014, ce en application des règles sur le rappel d'impôt fixées à l'<ref-law>. Il s'est cependant mépris quant à la portée de cet arrêt. S'il a certes admis que les faits qui en étaient à la base n'étaient "pas identiques" à ceux de la présente cause, il a perdu de vue que les deux litiges différaient en réalité fondamentalement l'un de l'autre. Dans l'arrêt 2C_382/2016, le Tribunal fédéral était appelé à se prononcer sur la révocation d'une exonération fiscale aux conditions imprécises. L'arrangement prévoyait uniquement que l'entreprise bénéficiaire devait avoir un caractère permanent dans le canton, sans fixer aucune limite temporelle à cette obligation. Il fallait donc se demander pendant combien de temps une révocation rétroactive était encore possible après la fin de l'exonération (cf. supra consid. 3.5). C'est seulement dans une telle hypothèse - soit face à des conditions d'exonération fiscale foncièrement imprécises - que la Cour de céans a préconisé une application analogique des règles sur le rappel d'impôt prévues à l'<ref-law>. En l'espèce, ainsi que le reconnaît le Tribunal cantonal lui-même, l'arrangement à la base de l'allégement fiscal de A._ Sàrl est limpide et sans équivoque: il subordonne l'exonération de la société au fait que celle-ci maintienne son siège ainsi que son activité dans le canton au moins pendant dix ans après la fin de son allégement fiscal. Il ne se justifie donc nullement d'appliquer par analogie les règles sur le rappel d'impôt au cas d'espèce à l'instar de l'arrêt 2C_382/2016.
4.7. Lorsque la convention à la base d'un allégement fiscal assortit l'obligation de domiciliation et de maintien d'activités dans le canton après la période d'exonération à des limites temporelles claires, celles-ci sont en principe seules déterminantes, sous réserve d'éventuelles dispositions de droit cantonal traitant également de ces questions et n'existant pas en l'espèce. Elles règlent exhaustivement le point de savoir s'il est encore possible de révoquer rétroactivement l'allégement fiscal qu'elles conditionnent et, partant, de récupérer l'ensemble des impôts impayés en raison de ce privilège. Il ne reste alors aucune place pour une application des règles sur le rappel d'impôt, auxquelles ni le droit cantonal ni l'arrangement fiscal concerné ne renvoient. Il convient au contraire d'éviter de vider de leur portée les conditions explicites et prévisibles qui sont généralement posées lors de l'octroi d'allégements fiscaux, ce afin de réduire de manière légitime le risque de "shopping d'avantages fiscaux" et de favoriser l'implantation durable de nouvelles entreprises sur le territoire cantonal (cf. arrêt 2C_910/2010 du 5 mai 2011 consid. 5.2). Il importe peu qu'un canton puisse le cas échéant réclamer le paiement d'impôts impayés au-delà de la limite fixée par l'<ref-law>. Il ne procède en effet pas à un rappel d'impôt au sens de cette disposition: une telle procédure supposerait la découverte d'un fait antérieur à la taxation, ce que ne constitue pas la révocation d'une exonération fiscale plusieurs années après son terme. Le canton se borne en réalité à prélever les impôts qu'aurait dû payer initialement l'entreprise concernée, comme tout contribuable, si elle n'avait pas profité d'un privilège fiscal certes prévu par le législateur (<ref-law> et 91 LI/VD), mais dérogeant néanmoins au système légal général et à l'égalité de traitement (art. 127 al 2 Cst.) et s'avérant en fin de compte totalement injustifié.
4.8. En définitive, se méprenant sur la portée de la jurisprudence fédérale, le Tribunal cantonal s'est écarté de manière insoutenable des termes de la convention d'allégement fiscal passée entre l'Etat de Vaud et A._ Sàrl, laquelle autorisait clairement le Conseil d'Etat vaudois à récupérer la totalité des impôts non payés par la société entre 2005 et 2014 dans l'hypothèse où celle-ci ne conserverait pas son siège et ses activités dans le canton jusqu'en 2024. Il n'existe en l'occurrence aucune raison de soumettre l'exercice de cette prérogative aux règles sur le rappel d'impôt. En considérant en application de ces règles que l'Etat de Vaud ne pouvait plus réclamer les impôts dus par A._ Sàrl pour les années 2005 à 2009, l'arrêt aboutit par ailleurs à un résultat qui heurte de manière choquante le sentiment de justice, puisqu'il permet à une société de continuer à profiter d'avantages fiscaux substantiels - non accessibles aux autres entreprises imposées par le canton - après avoir pourtant violé sciemment l'accord qui les justifiaient.
4.9. L'arrêt attaqué s'avère ainsi arbitraire en tant qu'il retient que l'Etat de Vaud ne peut réclamer à l'intimée le paiement de l'entier des impôts dont la société A._ Sàrl a été exonérée dans le canton entre 2005 et 2014.
5.
Les considérants qui précèdent conduisent à l'admission du recours et, partant, à l'annulation de l'arrêt attaqué. Il convient de rétablir la décision du Conseil d'Etat du 18 décembre 2019 révoquant la totalité de l'allégement fiscal octroyé à A._ Sàrl entre 2005 et 2014 et décidant de percevoir l'entier des impôts cantonaux et communaux économisés par la société durant les années concernées.
6.
6.1. En ce qui concerne la cause 2C_245/2012, les frais judiciaires seront mis à la charge de l'intimée, qui succombe (<ref-law>). Il n'y a pas lieu d'allouer des dépens (art. 68 al. 1 et 3 LTF).
La cause sera renvoyée au Tribunal cantonal pour qu'il statue à nouveau sur les frais et dépens de la procédure antérieure (art. 67 et 68 al. 5 LTF a contrario).
6.2. S'agissant de la cause 2C_141/2020, le recours est sans objet (cf. supra consid. 1.2). Dans un tel cas, le Tribunal fédéral, en application de l'<ref-law> par renvoi de l'<ref-law>, statue alors par une décision sommairement motivée en tenant compte de l'état de choses existant avant le fait qui met fin au litige. Il se fonde en premier lieu sur l'issue probable qu'aurait eue la procédure s'il parvient à l'établir (cf. arrêt 4A_287/2019 du 6 janvier 2020 consid. 6). En l'occurrence, le recours a été déposé alors qu'une voie de droit cantonale était ouverte et aurait ainsi été déclaré irrecevable (cf. consid. 1.2 in fine). Par conséquent, comme dans la procédure 2C_245/2021, la société B._ AG supportera les frais judiciaires (<ref-law>) et il n'y a pas lieu d'allouer de dépens (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Les causes 2C_141/2020 et 2C_245/2021 sont jointes.
2.
Le recours 2C_141/2020, sans objet, est rayé du rôle.
3.
Le recours 2C_245/2021 est admis.
4.
L'arrêt de la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal du 12 février 2021 est annulé et la décision du Conseil d'Etat du 18 décembre 2019 rétablie en ce sens que l'allégement fiscal octroyé à A._ Sàrl entre 2005 et 2014 est entièrement révoqué et que l'Administration cantonale des impôts peut percevoir auprès de l'intimée l'ensemble des impôts cantonaux et communaux économisés par la société durant les années en question.
5.
La cause 2C_245/2021 est renvoyée au Tribunal cantonal pour qu'il statue à nouveau sur les frais et dépens de la procédure menée devant lui.
6.
Les frais judiciaires des deux causes, arrêtés à 50'000 fr., sont mis à la charge de l'intimée.
7.
Il n'est pas alloué de dépens.
8.
Le présent arrêt est communiqué au mandataire de l'intimée, au Conseil d'Etat du Canton de Vaud, à l'Administration cantonale des impôts du Canton de Vaud, au Tribunal cantonal du C anton de Vaud, Cour de droit administratif et public, et à l'Administration fédérale des contributions.
Lausanne, le 3 décembre 2021
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Seiler
Le Greffier : Jeannerat