Fatti:
A.
A.a. A._ è alle dipendenze dello Stato del Cantone Ticino dal mese di settembre 2010 all'80% come funzionario amministrativo 16-19 nella Sezione B._. Dal 1° gennaio 2017 è stato iscritto nella classe 18 dell'organico con quattro aumenti. Il 13 febbraio 2017 A._, rappresentanto da un sindacato, ha chiesto, sollecitando l'emanazione di una decisione, una riclassificazione della funzione con effetto retroattivo dal 1° febbraio 2012.
A.b. Il Consiglio di Stato del Cantone Ticino con lettera del 7 giugno 2017 ha riferito di aver esaminato la funzione di A._ e ha rilevato che la promozione non si giustificava. Il 13 giugno 2017 A._, sempre rappresentato da un sindacato, ha inviato uno scritto al Consiglio di Stato, lamentando la carente motivazione della risposta e l'incomprensibilità del metodo adottato per confrontare le funzioni. L'11 luglio 2017 il Consiglio di Stato ha confermato il proprio operato, indicando i rimedi giuridici esperibili contro la propria risoluzione.
B.
Il Tribunale amministrativo del Cantone Ticino con giudizio del 19 settembre 2017 ha dichiarato irricevibile il ricorso di A._.
C.
A._ presenta un ricorso in materia di diritto pubblico, subordinatamente un ricorso sussidiario in materia costituzionale al Tribunale federale, con cui chiede sostanzialmente l'annullamento del giudizio cantonale e il rinvio al Tribunale cantonale amministrativo per nuova decisione nel merito del ricorso.
Il Consiglio di Stato chiede che il ricorso sia respinto, mentre il Tribunale cantonale amministrativo si riconferma nel proprio giudizio.

Diritto:
1.
Il Tribunale federale esamina d'ufficio e con pieno potere di esame la sua competenza (<ref-law>), rispettivamente l'ammissibilità dei gravami che gli vengono sottoposti (<ref-ruling> consid. 1 pag. 92; <ref-ruling> consid. 1 pag. 44).
1.1. Giusta l'<ref-law>, un ricorso in materia di diritto pubblico, che riguarda una controversia di natura patrimoniale nel campo dei rapporti di lavoro di diritto pubblico, è ammissibile solo se il valore litigioso è superiore a fr. 15'000.-. Di regola, nei casi in cui la LTF prevede un valore litigioso minimo per ammettere un ricorso, tale importo deve essere indicato nel giudizio cantonale con i rimedi giuridici (art. 112 cpv. 1 lett. d LTF). Nella fattispecie, contrariamente a quanto imposto dal diritto federale, la pronuncia non contiene questa informazione (sentenza 8C_845/2014 del 28 aprile 2015 consid. 1.1). Come rettamente esposto nel ricorso, il valore litigioso minimo è tuttavia manifestamente adempiuto. Vista la proponibilità del ricorso (ordinario) in materia di diritto pubblico, cade quindi l'ipotesi del ricorso sussidiario in materia costituzionale.
1.2. Giusta l'art. 42 cpv. 1 e 2 LTF, occorre spiegare perché l'atto impugnato viola il diritto. Il Tribunale federale non è tenuto a vagliare, come lo farebbe un'autorità di prima istanza, tutte le questioni giuridiche che si pongono, se queste non sono presentate nella sede federale (<ref-ruling> consid. 1.2 pag. 309). Inoltre, quando è invocata la violazione di diritti fondamentali e di norme del diritto cantonale secondo l'<ref-law>, nonché l'arbitrio nell'accertamento dei fatti, il Tribunale federale esamina soltanto le censure motivate in modo chiaro e preciso (<ref-ruling> consid. 2.2 pag. 232).
2.
2.1. Il ricorso in materia di diritto pubblico (<ref-law>) può essere presentato per violazione del diritto, conformemente a quanto stabilito dagli art. 95 e 96 LTF. Il diritto federale ai sensi dell'<ref-law> include i diritti costituzionali. Per contro la violazione del diritto cantonale - ad eccezione delle lettere c e d che però non sono di rilievo nella fattispecie - non costituisce motivo di ricorso. Tuttavia è possibile fare valere che l'errata applicazione del diritto cantonale costituisce una violazione del diritto federale - in particolare perché arbitraria ai sensi dell'<ref-law> - o di una disposizione direttamente applicabile del diritto internazionale. Per quanto attiene invece all'accertamento dei fatti determinanti ad opera dell'autorità di ricorso cantonale, esso può essere censurato unicamente se è avvenuto in modo manifestamente inesatto, ovvero arbitrario (<ref-ruling> consid. 4.3 pag. 62), oppure in violazione del diritto ai sensi dell'<ref-law> e se l'eliminazione del vizio può essere determinante per l'esito del procedimento (<ref-law>).
2.2. Secondo giurisprudenza, l'arbitrio non si realizza già qualora la soluzione proposta con il ricorso possa apparire sostenibile o addirittura preferibile a quella contestata; il Tribunale federale annulla la pronuncia criticata solo se il giudice del merito ha emanato un giudizio che appare - e ciò non solo nella motivazione bensì anche nell'esito - manifestamente insostenibile, in aperto contrasto con la situazione reale, gravemente lesivo di una norma o di un principio giuridico chiaro e indiscusso oppure in contraddizione urtante con il sentimento della giustizia e dell'equità (<ref-ruling> consid. 2.1 pag. 18 seg.; <ref-ruling> consid. 6.2 pag. 239). Spetta al ricorrente dimostrare questa condizione (<ref-ruling> consid. 2.2 pag. 69). In particolare, per quanto riguarda l'apprezzamento delle prove e l'accertamento dei fatti, il giudice incorre nell'arbitrio se misconosce manifestamente il senso e la portata di un mezzo di prova, se omette senza valida ragione di tener conto di un elemento di prova importante, suscettibile di modificare l'esito della vertenza, oppure se ammette o nega un fatto ponendosi in aperto contrasto con gli atti di causa o interpretandoli in modo insostenibile (<ref-ruling> consid. 4.2 pag. 560 con riferimenti).
3.
Oggetto del contendere è sapere se la pronuncia di irricevibilità del ricorso cantonale sancita dal Tribunale cantonale amministrativo sia lesiva del diritto federale, in modo particolare dei diritti fondamentali. Giova ricordare che, confrontato con una decisione di inammissibilità del ricorso cantonale, il Tribunale federale non entra nel merito della controversia, ma deve limitarsi a rinviare la causa all'autorità inferiore per riesame e nuova decisione (<ref-ruling> consid. 1.2 pag. 48).
4.
4.1. Il Tribunale cantonale amministrativo, dopo aver esposto lo svolgimento del processo, ha osservato che il Consiglio di Stato ha esposto chiaramente nella lettera del 7 giugno 2017 le ragioni del diniego della riclassificazione salariale. Da qui deriva il suo carattere decisionale ai sensi dell'art. 2 cpv. 1 lett. c della legge ticinese del 24 settembre 2013 sulla procedura amministrativa (LPAmm/TI; RL 3.3.3.1). La Corte cantonale non ha ignorato che la lettera del 7 giugno 2017 era sprovvista dell'indicazione dei rimedi di diritto e che questa circostanza non deve nuocere. Tuttavia, i giudici ticinesi hanno sottolineato che il destinatario di una decisione viziata deve dar prova della diligenza processuale esigibile, non potendo prevalersi della buona fede, quando l'inesattezza era nota o facilmente riconoscibile. In concreto, il ricorrente era rappresentato da un sindacalista di provata esperienza nel campo del diritto del personale pubblico. Il ricorrente non poteva pertanto appellarsi alla buona fede. Visto che lo scritto del 7 giugno 2017 non è stato impugnato tempestivamente, il Tribunale cantonale amministrativo ha dichiarato irricevibile il ricorso.
4.2. Il ricorrente rimprovera al Tribunale cantonale amministrativo di aver leso il diritto di essere sentito perché ha reso il proprio giudizio senza avergli dato la possibilità di esprimersi. In un primo ordine di motivi, il ricorrente ravvede una violazione del divieto dell'arbitrio perché lo scritto del 7 giugno 2017 non contiene alcuna motivazione. A parer suo il Governo si è limitato a parlare di promozione, negandone le condizioni, senza però trattare la propria pretesa, ossia la riqualificazione. A ciò si aggiunga che lo scritto era sprovvisto dell'indicazione dei rimedi di diritto. Il ricorrente sottolinea che prima di emettere l'atto dell'11 luglio 2017 il Consiglio di Stato ha eseguito un approfondimento presso la Sezione B._. Non si può quindi concludere che si tratta di una semplice conferma di una decisione precedente. Quand'anche si volesse dare carattere decisionale allo scritto del 7 giugno 2017, la Corte cantonale sarebbe comunque incorsa nell'arbitrio siccome il Consiglio di Stato ha reso una nuova decisione l'11 luglio 2017, entrando nel merito di una domanda di riconsiderazione come era la lettera del 13 giugno 2017. Con un secondo gruppo di censure, il ricorrente invoca una violazione dell'art. 10 cpv. 1 e 2 Cost./TI, dell'<ref-law> e dell'<ref-law>
5.
5.1. A norma dell'art. 2 cpv. 1 LPAmm/TI sono decisioni i provvedimenti delle autorità nel singolo caso fondati sul diritto pubblico e concernenti: a) la costituzione, la modificazione o l'annullamento di diritti o di obblighi; b) l'accertamento dell'esistenza, dell'inesistenza o dell'estensione di diritti o di obblighi; c) la reiezione o la dichiarazione d'inammissibilità di istanze dirette alla costituzione, alla modificazione, all'annullamento o all'accertamento di diritti o di obblighi. Nel diritto ticinese la nozione di decisione corrisponde con quella prevista dal diritto federale all'<ref-law> (Messaggio del Consiglio di Stato n. 6645 del 23 maggio 2012 riguardante la revisione totale della legge di procedura per le cause amministrative del 19 aprile 1966, pag. 8; cfr. anche sentenza 2C_338/2007 del 22 gennaio 2008 consid. 2.2). Per determinare se si tratta di una decisione o no occorre considerare le condizioni materiali dell'atto contestato, in modo particolare se l'autorità competente abbia inteso creare una relazione giuridica obbligatoria e con carattere d'imperio fra lo Stato e il cittadino (da ultimo sentenza 2C_282/2017 del 4 dicembre 2017 consid. 2.1 con riferimenti).
5.2. Il Consiglio di Stato con lo scritto del 7 giugno 2017 ha "respinto" (si veda al termine della lettera) le richieste del ricorrente. Benché estremamente succinto, tale scritto configura gli estremi materiali di una decisione a norma dell'art. 2 LPAmm/TI, definendo chiaramente i diritti e i doveri tra il ricorrente e il proprio datore di lavoro. Infatti, il ricorrente nella lettera del 13 febbraio 2017 ha chiesto "formalmente una riqualificazione" e precisato esplicitamente di rimanere "in attesa di una vostra decisione". Il 7 giugno 2017 il Governo cantonale ha stabilito perché a parer suo gli estremi per accogliere la richiesta del ricorrente non fossero dati. A torto l'insorgente farebbe discendere il carattere non decisionale dello scritto del 7 giugno 2017 dalla circostanza che la motivazione non sarebbe pertinente con la sua domanda iniziale. In realtà, egli confonde il merito della controversia con l'aspetto decisionale di un atto statale. È vero, come già accertato dalla Corte cantonale, che la decisione del 7 giugno 2017 è viziata nella misura in cui non sono state indicate le vie di ricorso. Tuttavia, contrariamente alla tesi dei giudici ticinesi, la conseguenza di questo vizio nel caso in esame non ha rilevanza.
5.3. Infatti, il ricorrente nella lettera del 13 giugno 2017 ha espresso chiaramente il suo dissenso con la risoluzione governativa del 7 giugno 2017. Il Consiglio di Stato non ha però trasmesso la lettera del 13 giugno 2017 al Tribunale cantonale amministrativo da trattare come ricorso, ma l'ha esaminata come domanda di riconsiderazione (eventualità che poteva essere desunta dalla lettera del 13 giugno 2017). L'11 luglio 2017 ha emanato quindi una nuova decisione, la quale ha confermato quella precedente. Stando così le cose, poiché la prima decisione del 7 giugno 2017 non era ancora passata in giudicato, la lettera del 13 giugno 2017 non deve essere ritenuta come un rimedio di diritto straordinario (cfr. art. 57 LPAmm/TI), bensì come una semplice richiesta di riesame senza diritto di trattazione nel merito (possibilità non disciplinata nella LPAmm/TI, ma non esclusa; cfr. sentenza 1P.513/2004 del 14 luglio 2005 consid. 2.2 con riferimenti, in RtiD 2006 I n. 11; si veda anche decisione su ricorso del Gran Consiglio del 20 settembre 2016 consid. 4.1). Se è vero che il ricorrente non avrebbe avuto un diritto incondizionato alla riconsiderazione, l'autorità amministrativa applicando correttamente il proprio apprezzamento può ritornare sulle proprie decisioni (PLEIDERER in: Waldmann/Weissenberger, Praxiskommentar VwVG, 2016, N 8 ad <ref-law>; KIENER/RÜTSCHE/KUHN, Öffentliches Verfahrensrecht, 2015, N 2027; HÄFELIN/MÜLLER/UHLMANN, Allgemeines Verwaltungsrecht, 2016, N 1272 seg.). In concreto, il Consiglio di Stato è entrato nel merito della domanda di riconsiderazione del ricorrente, operando anche ulteriori accertamenti, e ha emesso una nuova decisione l'11 luglio 2017. Se è pronunciata una nuova decisione in seguito a una domanda di riconsiderazione, essa è impugnabile secondo i rimedi ordinari di diritto (HÄFELIN/MÜLLER/UHLMANN, N 1281). Pertanto, non può che essere la decisione dell'11 luglio 2017 oggetto di impugnazione dinanzi al Tribunale cantonale amministrativo (e non più quella del 7 giugno 2017, la quale non esiste più).
5.4. Se si dovesse seguire la motivazione del Tribunale cantonale amministrativo secondo cui la sola decisione impugnabile sarebbe quella del 7 giugno 2017, il risultato in ogni caso non muterebbe. Infatti, con la lettera del 13 giugno 2017 il ricorrente, che ha espresso il suo chiaro dissenso, ha rispettato il termine di ricorso alla Corte cantonale (art. 68 cpv. 1 LPAmm/TI). È vero che la lettera era indirizzata al Consiglio di Stato e non al Tribunale cantonale amministrativo, tuttavia ciò non nuoce al ricorrente, poiché il Governo avrebbe dovuto trasmetterla d'ufficio all'autorità competente, ossia ai giudici ticinesi, i quali a loro volta avrebbero dovuto trattarla come ricorso (cfr. art. 5 e art. 6 cpv. 1 e 2 LPAmm/TI). Infatti, per prassi invalsa le autorità amministrative e giudiziarie devono trattare gli atti scritti indipendentemente dalla loro denominazione (cfr. <ref-ruling> consid. 1.2 pag. 302 seg.; <ref-ruling> consid. 3.1 pag. 399 seg.).
5.5. La conclusione tratta nel giudizio cantonale vista in un modo o in un altro si rivela comunque insostenibile e arbitraria non solo nella sua motivazione, ma anche nel suo risultato. Visto l'esito, la sorte delle censure relative alla violazione del diritto di essere sentito e di altri diritti fondamentali può quindi rimanere aperta.
6.
Ne segue che il ricorso deve essere accolto. Il giudizio cantonale deve essere annullato e la causa rinviata al Tribunale cantonale amministrativo per nuova decisione. Le spese giudiziarie sono poste a carico dello Stato del Cantone Ticino, il quale difende il proprio interesse pecuniario (<ref-law>; nell'ambito del personale pubblico <ref-ruling> consid. 8.1.4 pag. 41). Il Cantone dovrà altresì versare al patrocinatore del ricorrente un'indennità per spese ripetibili (<ref-law>).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1.
Il ricorso è accolto e il giudizio del Tribunale amministrativo del Cantone Ticino emesso il 19 settembre 2017 è annullato. La causa è rinviata al Tribunale cantonale amministrativo per nuovo giudizio.
2.
Le spese giudiziarie di fr. 2'000.- sono poste a carico dello Stato del Cantone Ticino.
3.
Lo Stato del Cantone Ticino verserà al patrocinatore del ricorrente la somma di fr. 2'800.- a titolo di ripetibili per la procedura innanzi al Tribunale federale.
4.
Comunicazione alle parti e al Tribunale cantonale amministrativo.