Sachverhalt:
A.
A.a. Die Regionalverkehr Bern-Solothurn AG (RBS) beabsichtigt im Hinblick auf die erwarteten Angebotserweiterungen und den dadurch bedingten Fahrzeugbedarf die Erstellung eines neuen bzw. zusätzlichen Depots mit Abstellanlagen. Dafür suchte sie einen geeigneten Standort mit einer Parzelle von mindestens 3-4 Hektaren und einer Mindest (teil) länge von 300 m in flachem Gelände und mit rückwärtiger Erschliessung sowie mit der Möglichkeit, ein Depotgebäude von 7-10 m Höhe zu bauen. In einer Variantenstudie vom 22. August 2016 wurden 24 potenzielle Standorte in acht Gemeinden anhand von 28 Kriterien aus den fünf Bereichen "Betrieb", "Finanzen", "Raumplanung", "Landschaft" und "Umwelt" geprüft. Die Studie kam zum Schluss, dass sich der Standort "Leimgrube" beim Bahnhof in der Gemeinde Bätterkinden am besten für das geplante Depot eigne. In der von September bis November 2016 durchgeführten verwaltungsinternen Vorkonsultation bei den betroffenen Fachämtern des Kantons Bern ergaben sich keine grundsätzlichen Vorbehalte gegen die Studie und deren Resultat. In der Folge wurde das Projekt unter dem Titel "Bätterkinden, neue Abstellanlagen RBS" mit dem Koordinationsstand "Zwischenergebnis" in den Kantonalen Richtplan, Massnahmenblatt B_04 ("Im öffentlichen Regional-, Agglomerations- und Ortsverkehr Prioritäten setzen"), aufgenommen und einer breiten öffentlichen Mitwirkung unterzogen. Der Erläuterungsbericht vom 4. Juli 2017 zum "Richtplan Kanton Bern Anpassungen 2016" zuhanden des Regierungsrats des Kantons Bern führte aus, welche räumlichen Konflikte durch die RBS zu bereinigen seien, damit das Vorhaben den Koordinationsstand "Festsetzung" erreichen könne. Am 5. Juli 2017 beschloss der Regierungsrat verschiedene richtplanerische Massnahmen 2016, darunter das Massnahmenblatt B_04 (Regierungsratsbeschluss 702/2016). Am 12. Juni 2018 genehmigte der Bundesrat die Massnahmen 2016.
A.b. Im Anschluss daran nahm die RBS unter Einbezug einer breit abgestützten Begleitgruppe unter verschiedenen priorisierten Varianten eine detailliertere Evaluation für das Depotlayout und die Gleisanbindung vor. Gemäss dem Bericht vom 20. September 2018 schloss die Variante "Orange 2A" im Gebiet "Leimgrube" der Gemeinde Bätterkinden am besten ab. Noch im September 2018 reichte die RBS beim Amt für Gemeinden und Raumordnung des Kantons Bern (AGR) die entsprechenden Unterlagen ein und stellte das Gesuch um Festsetzung des Projekts im kantonalen Richtplan. Das Amt für Gemeinden und Raumordnung kam in der Folge zum Schluss, dass mit der Variante "Orange 2A" die für die Fortschreibung zum Koordinationsstand "Festsetzung" erforderlichen räumlichen Nachweise erbracht seien. Am 14. Dezember 2018 beschloss die Justiz-, Gemeinde- und Kirchendirektion des Kantons Bern (JGK) die Fortschreibung des Vorhabens "Bätterkinden, Depot Leimgrube RBS" in der Massnahme B_04 vom Koordinationsstand "Zwischenergebnis" zum Koordinationsstand "Festsetzung" im Richtplan des Kantons Bern.
B.
Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 14. Januar 2019 an das Bundesgericht beantragt die Einwohnergemeinde Bätterkinden, die Beschlüsse des Regierungsrates des Kantons Bern vom 5. Juli 2017 und der Justiz-, Gemeinde- und Kirchendirektion des Kantons Bern vom 14. Dezember 2018 aufzuheben, soweit sie die Festsetzung des Vorhabens "Bätterkinden, Depot Leimgrube RBS" im Richtplan des Kantons Bern betreffen. Überdies ersuchte die Gemeinde um aufschiebende Wirkung. Zur Begründung rügt sie im Wesentlichen eine Verletzung ihrer Gemeindeautonomie.
Die Justiz-, Gemeinde- und Kirchendirektion stellt für sich und den Regierungsrat den Antrag, auf die Beschwerde nicht einzutreten bzw. diese eventuell abzuweisen. Zur Begründung wird im Wesentlichen ausgeführt, die Beschwerde sei verspätet, weil der Regierungsratsbeschluss vom 5. Juli 2017 nicht rechtzeitig angefochten worden sei, was sich nicht mehr durch Anfechtung des Direktionsbeschlusses vom 14. Dezember 2018 nachholen lasse. In der Sache liege zudem kein Autonomieverstoss vor.
Die Gemeinde Bätterkinden äusserte sich am 9. Mai 2019 nochmals zur Sache und hielt im Wesentlichen an ihrem Standpunkt fest. Die Direktion reichte dem Bundesgericht keine weitere Stellungnahme ein.
C.
Mit Verfügung vom 15. März 2019 wies der Präsident der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung des Bundesgerichts das Gesuch um Gewährung der aufschiebenden Wirkung ab.

Erwägungen:
1.
1.1. Angefochten sind zwei kantonale Entscheide über richtplanerische Massnahmen, die vom Regierungsrat bzw. der Justiz-, Gemeinde- und Kirchendirektion des Kantons Bern getroffen wurden. Entscheide über Richtplanänderungen sind nach der Rechtsprechung mit der Beschwerde gegen Erlasse nach <ref-law> anzufechten (<ref-ruling> E. 1.1 S. 267).
1.2. Nach <ref-law> ist die Erlassbeschwerde unmittelbar gegen den angefochtenen Rechtsakt zulässig, sofern kein kantonales Rechtsmittel ergriffen werden kann. Das trifft hier zu, denn im Kanton Bern unterliegen auf kantonaler Ebene nur behördliche Verfügungen und Entscheide der Beschwerde (vgl. Art. 60 Abs. 1 lit. a des Gesetzes vom 23. Mai 1989 über die Verwaltungsrechtspflege des Kantons Bern; VRPG; BSG 155.21). Richtpläne sind überdies ausdrücklich von der Verwaltungsgerichtsbeschwerde ausgeschlossen (vgl. Art. 77 lit. b VRPG). Aufgrund des vorwiegend politischen Charakters eines Richtplans vermag sich die Zulässigkeit des Ausschlusses eines kantonalen Rechtsmittels und damit die direkte Anfechtbarkeit beim Bundesgericht überdies auf <ref-law> zu stützen (vgl. <ref-ruling> E. 1.1 S. 267). Ein Ausschlussgrund für die Beschwerde an das Bundesgericht nach <ref-law> liegt im Übrigen nicht vor.
1.3. Richtpläne unterliegen der Genehmigung durch den Bundesrat (Art. 11 RPG). Für den Bund und die Nachbarkantone werden Richtpläne erst mit dieser Genehmigung verbindlich (Art. 11 Abs. 2 RPG). Daraus ergibt sich e contrario, dass die bundesrätliche Genehmigung im Bereich innerkantonaler Fragen deklaratorisch wirkt. Insofern unterscheiden sich die Rechtswirkungen der Genehmigung des Richtplans von jenen der Genehmigung eines Nutzungsplans (vgl. Art. 26 Abs. 3 RPG; <ref-ruling> E. 1.2 S. 267 f.). Die Kantone können den innerkantonalen Teil des Richtplans schon vor der Genehmigung in Kraft treten lassen. Im Kanton Bern tritt der Richtplan nach dem Beschluss des Regierungsrates für den Kanton in Kraft (Art. 104 Abs. 3 und 4 des Baugesetzes vom 9. Juni 1985 des Kantons Bern; BauG; BSG 721.0; vgl. auch WALDMANN/HÄNNI, Raumplanungsgesetz, Stämpflis Handkommentar, 2006, Art. 9, Rz. 13). Die erteilte bundesrätliche Genehmigung schliesst eine spätere Anfechtung des kantonalen Planbeschlusses beim Bundesgericht nicht aus (Urteil des Bundesgerichts 1C_388/2015 vom 23. März 2016 E. 2).
1.4. Gemäss <ref-law> ist eine Gemeinde grundsätzlich zur Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten legitimiert, wenn sie die Verletzung von Garantien rügt, die ihr die Kantons- oder Bundesverfassung gewährt. Dazu zählt insbesondere die Garantie der Gemeindeautonomie. Ob die beanspruchte Autonomie tatsächlich besteht, ist hingegen keine Frage des Eintretens, sondern der materiellen Beurteilung. Dasselbe gilt für die Frage, ob die Autonomie im konkreten Fall tatsächlich verletzt wurde (<ref-ruling> E. 4.1 S. 330; <ref-ruling> E. 1.2 S. 45). Richtpläne sind nach Art. 9 Abs. 1 RPG für Behörden verbindlich. Gemeinden, die sich durch einen kantonalen Richtplan in ihrer Autonomie verletzt fühlen, können ihn - im Unterschied zu Privatpersonen (<ref-ruling> E. 3b S. 289 f.) - gestützt auf <ref-law> direkt oder unter Umständen auch akzessorisch anfechten (<ref-ruling> E. 1.3 S. 268). Im vorliegenden Fall ist die beschwerdeführende Gemeinde als Trägerin der kommunalen Richt- und Nutzungsplanung in ihren hoheitlichen Befugnissen vom angefochtenen richtplanerischen Entscheid betroffen. Sie ist damit zur Autonomiebeschwerde legitimiert (vgl. <ref-ruling> E. 1.3 S. 268). Als Trägerin hoheitlicher Gewalt im Bereich des Planungs- und Bauwesens auf ihrem Gemeindegebiet ist die Beschwerdeführerin überdies nach Art. 89 Abs. 1 lit. b und c BGG zur Beschwerde berechtigt (vgl. <ref-ruling> E. 1.4 S. 268 f.).
2.
2.1. Umstritten ist, ob die Beschwerde der Gemeinde verspätet ist, weil diese nicht den Regierungsratsbeschluss Nr. 702/2017 vom 5. Juli 2017 angefochten hatte, sondern ihre Beschwerde erst gegen den Direktionsbeschluss vom 14. Dezember 2018 erhoben hat, dabei aber den diesem zugrunde liegenden Regierungsratsbeschluss Nr. 702/2017 mit anficht. Die Beschwerdeführerin ist der Ansicht, sie hätte den Regierungsratsbeschluss als planerischen Zwischenentscheid gar nicht selbständig anfechten können. Erst die Fortschreibung zur Festsetzung stelle einen anfechtbaren Endentscheid dar. Die Direktion erachtet demgegenüber bereits den Regierungsratsbeschluss vom 5. Juli 2017 als Endentscheid, der heute nicht mehr angefochten werden könne. Da die behauptete Autonomieverletzung auf den damaligen Regierungsratsbeschluss zurückgehe, erweise sich die vorliegende Beschwerde als unzulässig.
2.2. Nach <ref-law> ist die Beschwerde zulässig gegen Entscheide, die das Verfahren abschliessen. Endentscheide sind Entscheide, mit denen ein Verfahren in der Hauptsache aus prozessualen oder materiellen Gründen beendet wird (SEILER/VON WERDT/GÜNGERICH/OBERHOLZER, Bundesgerichtsgesetz [BGG], 2. Aufl., 2015, Rz. 4 zu <ref-law>). Von weiteren, hier nicht interessierenden Ausnahmen abgesehen wird von der Beschränkung der Anfechtbarkeit auf Endentscheide abgewichen, wenn ein selbständig eröffneter Vor- oder Zwischenentscheid einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken kann (<ref-law>) oder wenn die Gutheissung der Beschwerde sofort einen Endentscheid herbeiführen und damit einen bedeutenden Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren ersparen würde (<ref-law>).
2.3. Nach Art. 8 Abs. 1 RPG erstellt jeder Kanton einen Richtplan, worin er auf der Grundlage des Standes und der bisherigen Entwicklung (vgl. Art. 6 RPG) mindestens festlegt, wie der Kanton sich räumlich entwickeln soll (lit. a), wie die raumwirksamen Tätigkeiten im Hinblick auf die anzustrebende Entwicklung aufeinander abgestimmt werden (lit. b) und in welcher zeitlichen Folge und mit welchen Mitteln vorgesehen ist, die Aufgaben zu erfüllen (lit. c); Vorhaben mit gewichtigen Auswirkungen auf Raum und Umwelt bedürfen einer Grundlage im Richtplan (Abs. 2). Zu den zu planenden Sachbereichen gehören unter anderem der Verkehr und die Versorgung sowie die öffentlichen Bauten und Anlagen (vgl. Art. 6 Abs. 3 lit. b RPG). Der Richtplan hält die wesentlichen Ergebnisse der Richtplanung im Zeitpunkt des Planbeschlusses fest. Zugleich bestimmt er die Richtung der weiteren Planung und Zusammenarbeit (PIERRE TSCHANNEN, in: Aemisegger et al. [Hrsg.], Praxiskommentar RPG: Richt- und Sachplanung, Interessenabwägung, 2019, Vorbemerkungen zu den Art. 6 bis 12, Rz. 4). Es handelt sich mithin um einen Bestandes- und Entwicklungsplan und nicht um ein detailliertes Konzept der künftigen Raumorganisation (vgl. <ref-ruling> E. 4.1 S. 279). Nach Art. 5 Abs. 1 der Raumplanungsverordnung vom 28. Juni 2000 (RPV; SR 700.1) zeigt der Richtplan namentlich die anzustrebende räumliche Entwicklung und die im Hinblick darauf wesentlichen Ergebnisse der Planung im Kanton und von dessen Zusammenarbeit mit Bund, Nachbarkantonen und benachbartem Ausland; zudem bestimmt er die Richtung der weiteren Planung und Zusammenarbeit. Gemäss dem bernischen Baugesetz stimmen die Richtpläne die Nutzungszonen, die Erschliessung und den Verkehr aufeinander ab (Art. 68 Abs. 2 BauG); sie binden namentlich die Gemeindebehörden (Art. 68 Abs. 3 BauG).
2.4. Gemäss Art. 10 Abs. 1 RPG ordnen die Kantone Zuständigkeit und Verfahren der Richtplanung. Im Kanton Bern wird die Zuständigkeit für das Verfahren der Justiz-, Gemeinde- und Kirchendirektion, diejenige für die Beschlussfassung dem Regierungsrat zugewiesen (vgl. Art. 104 BauG). Nach <ref-law> durchläuft die Richtplanung allerdings typischerweise die drei Stadien der Vororientierung, des Zwischenergebnisses und der definitiven Festsetzung. Vororientierungen umfassen nach der gleichen Bestimmung die raumwirksamen Tätigkeiten, die sich noch nicht in dem für ihre spätere Abstimmung untereinander erforderlichen Mass umschreiben lassen, aber erhebliche Auswirkungen auf die Nutzung des Bodens haben können (lit. c); Zwischenergebnisse enthalten die raumwirksamen Tätigkeiten, die noch nicht aufeinander abgestimmt sind, und was vorzukehren ist, damit eine zeitgerechte Abstimmung erreicht werden kann (lit. b); Festsetzungen regeln schliesslich, wie die raumwirksamen Tätigkeiten aufeinander abgestimmt sind (lit. a). Der Schritt von der Vororientierung zum Zwischenergebnis bedarf der Genehmigung durch den Bundesrat (vgl. <ref-law>), weil in diesem Verfahrensstadium regelmässig bereits vertiefte Abklärungen und Überlegungen zur Koordination sowie ein wesentlicher Teil der Interessengewichtung vorgenommen werden. Plananpassungen durchlaufen grundsätzlich das gleiche Verfahren (PIERRE TSCHANNEN, in: Aemisegger et al. [Hrsg.], a.a.O., Art. 9, Rz. 47; WALDMANN/HÄNNI, a.a.O., Art. 9, Rz. 35). Bestrittene Anpassungen sind durch den Bundesrat zu genehmigen (vgl. <ref-law>), unbestrittene Anpassungen genehmigt das Eidgenössische Departement für Umwelt, Verkehr, Energie und Kommunikation (UVEK; <ref-law>). Nicht genehmigungspflichtig ist hingegen sowohl beim Erlass als auch bei der Anpassung eines Richtplans die Fortschreibung eines Zwischenergebnisses zur Festsetzung, da damit die vorgezeichnete Richtung nicht verlassen, sondern nur weiter vertieft wird, was im Wesentlichen lediglich zu technischen Nachträgen führt (vgl. TSCHANNEN, a.a.O., Art. 9, Rz. 37 ff.; WALDMANN/HÄNNI, a.a.O., Art. 9, Rz. 27 f.). Dafür genügt eine blosse Mitteilung an das Bundesamt für Raumentwicklung (ARE; <ref-law>). Die in der Fortschreibung erlassenen Nachträge werden zwangsläufig erst mit der Festsetzung behördenverbindlich, entfalten also auch erst in diesem Zeitpunkt Rechtswirkung.
2.5. Im vorliegenden Fall geht es um eine Plananpassung. Der Schritt von der Vororientierung zum Zwischenergebnis erforderte kantonal den Beschluss des Regierungsrats vom 5. Juli 2017 und auf Bundesebene die Genehmigung durch den Bundesrat am 12. Juni 2018. Das Zwischenergebnis ist gemäss Art. 104 Abs. 4 BauG mit dem Regierungsratsbeschluss behördenverbindlich in Kraft getreten. Inzwischen erging am 14. Dezember 2018 die Fortschreibung des Zwischenergebnisses zur definitiven Festsetzung durch die zuständige Direktion, wofür keine Genehmigung durch den Bund nötig war. Im Hinblick auf die prozessuale Frage, ob ein beim Bundesgericht anfechtbarer Entscheid vorliegt, steht jedoch nicht die Festlegung eines Zwischenergebnisses im Vordergrund, die bloss einen Zwischenentscheid darstellt, sondern die eigentliche Festsetzung als Endentscheid im Sinne von <ref-law>. Erst damit sind gestützt auf vollständige Abklärungen alle aus der Sicht des Planungsträgers wichtigen Interessen einbezogen und definitiv abgewogen worden. Das gilt unabhängig davon, dass die im Zwischenergebnis erlassenen grundsätzlichen Regelungen die Richtung bereits vorgegeben haben und schon damals für die Behörden verbindlich geworden sind. Bei der Fortschreibung kann es zu Nachträgen kommen, an deren Anfechtung ein ausreichendes Rechtsschutzinteresse besteht. Würde bereits der Zwischenentscheid als massgebend erachtet, bestünde daher die Gefahr, dass sich das Bundesgericht letztlich zwei Mal mit der gleichen Richtplanfestlegung befassen müsste, was der Konzeption des Bundesgerichtsgesetzes zuwiderliefe. Das spricht dafür, die Beschwerde der Gemeinde grundsätzlich nicht schon gegen das Zwischenergebnis, sondern erst gegen die definitive Festsetzung zuzulassen, womit das Zwischenergebnis aber mit angefochten werden kann (vgl. <ref-law>). Das Argument der beschwerdeführenden Gemeinde, das Bundesgericht wäre gestützt auf <ref-law> (e contrario) auf eine Beschwerde gegen den kantonalen Richtplan mit dem Eintrag des Eisenbahndepots als Zwischenergebnis, wie er dem Bundesrat zur Genehmigung unterbreitet wurde, nicht eingetreten, ist in diesem Sinne nachvollziehbar.
2.6. Der Ausschluss der Beschwerde an das Bundesgericht gegenüber richtplanerischen Zwischenergebnissen gilt freilich nicht absolut. Die Beschwerde ist auch insofern dann zulässig, wenn die Voraussetzungen von Art. 93 Abs. 1 lit. a oder b BGG erfüllt sind. Dies kann etwa zutreffen, wenn eine Gemeinde durch die Bindungswirkung eines Zwischenergebnisses bereits gehindert wird, ein konkretes und ihrer Meinung nach wichtigeres Projekt am in Anspruch genommenen Ort weiter voranzutreiben. Die Anfechtung des Zwischenergebnisses könnte auch in Betracht fallen, wenn dieses die definitive Festlegung weitgehend vorwegnimmt und nur noch Ergänzungsarbeiten ohne massgebende Bedeutung durchzuführen bleiben. Auch weitere Konstellationen sind nicht auszuschliessen. Besteht die Möglichkeit, ausnahmsweise schon das Zwischenergebnis anzufechten, ist das aber nicht zwingend. Es kann auch der Festsetzungsentscheid abgewartet und das Zwischenergebnis erst dann mit angefochten werden (vgl. <ref-law>).
2.7. Im vorliegenden Zusammenhang war die Gemeinde demnach so oder so nicht verpflichtet, bereits das Zwischenergebnis anzufechten. Die erst gegen die richtplanerische Festsetzung als Endentscheid erhobene Beschwerde erweist sich daher als zulässig.
3.
3.1. <ref-law> gewährleistet die Gemeindeautonomie nach Massgabe des kantonalen Rechts. Nach der Rechtsprechung sind Gemeinden in einem Sachbereich autonom, wenn das kantonale Recht diesen nicht abschliessend ordnet, sondern ihn ganz oder teilweise der Gemeinde zur Regelung überlässt und ihr dabei eine relativ erhebliche Entscheidungsfreiheit einräumt. Der geschützte Autonomiebereich kann sich auf die Befugnis zum Erlass oder Vollzug eigener kommunaler Vorschriften beziehen oder einen entsprechenden Spielraum bei der Anwendung kantonalen oder eidgenössischen Rechts betreffen. Der Schutz der Gemeindeautonomie setzt eine solche nicht in einem ganzen Aufgabengebiet, sondern lediglich im streitigen Bereich voraus. Im Einzelnen ergibt sich der Umfang der kommunalen Autonomie aus dem für den entsprechenden Bereich anwendbaren kantonalen Verfassungs- und Gesetzesrecht (<ref-ruling> E. 2.1 S. 269 mit Hinweisen).
3.2. Eine in ihrer Autonomie betroffene Gemeinde kann unter anderem geltend machen, die kantonale Behörde habe die Tragweite von verfassungsmässigen Rechten missachtet. Sie kann sich auf das Willkürverbot und auf Verfahrensgrundrechte berufen, soweit diese Vorbringen mit der behaupteten Rüge der Autonomieverletzung in engem Zusammenhang stehen. Die Anwendung von Bundesrecht und kantonalem Verfassungsrecht prüft das Bundesgericht mit freier Kognition, die Handhabung von kantonalem Gesetzes- und Verordnungsrecht nur unter dem Gesichtswinkel des Willkürverbots (vgl. <ref-ruling> E. 5.4 S. 43). Das Bundesgericht auferlegt sich Zurückhaltung, soweit die Beurteilung der Streitsache von einer Würdigung der örtlichen Verhältnisse abhängt, welche die kantonalen Behörden besser überblicken (<ref-ruling> E. 2.3 S. 270 mit Hinweisen.)
3.3. Im vorliegenden Fall wird die Autonomie der Beschwerdeführerin nicht dadurch tangiert, dass ein kommunaler Erlass im Genehmigungsverfahren oder eine Verfügung der Gemeinde in Anwendung von kommunalem, kantonalem oder eidgenössischem Recht in einem Rechtsmittelverfahren aufgehoben worden wäre. Die Beschränkung beruht vielmehr auf im Verfahren der Richtplanung ergangenen Anordnungen kantonaler Behörden. Nach der bundesgerichtlichen Praxis kann der kantonale Gesetzgeber durch Gesetzesänderung die von ihm einmal gezogenen Schranken der Autonomie nachträglich enger ziehen, solange nicht irgendwelche unmittelbar durch die Verfassung gewährleisteten Befugnisse oder Anforderungen berührt werden. Gleiches gilt für Autonomiebeschränkungen, die sich durch Erlass oder Änderung der kantonalen Richtplanung ergeben. Wird eine Gemeinde in dieser Weise durch eine kantonale Anordnung in ihrer Autonomie eingeschränkt, so kann sie insbesondere verlangen, dass die kantonale Behörde in formeller Hinsicht ihre Befugnisse nicht überschreitet und korrekt vorgeht und dass sie in materieller Hinsicht die kantonal- und bundesrechtlichen Vorschriften im autonomen Bereich nicht verletzt. Sie kann namentlich vorbringen, der Eingriff in ihre Autonomie sei materiell rechtswidrig, etwa weil die neue richtplanerische Anordnung den gesetzlichen Zweck des Planungsinstrumentes verfehle (<ref-ruling> E. 2.4 S. 270 f.; <ref-ruling> E. 4c S. 295 f. mit Hinweisen).
3.4. Den bernischen Gemeinden steht beim Erlass ihrer Bau- und Zonenordnung ein weiter Ermessensspielraum zu. Sie sind insoweit gemäss Art. 65 BauG grundsätzlich autonom (vgl. <ref-ruling> E. 3b S. 292 f.). Bei Richtplanungen bleibt der mögliche Inhalt einer Autonomiebeschwerde allerdings von vornherein beschränkt, handelt es sich dabei doch um einen Akt planerischen und politischen Abwägens, der nur begrenzt justiziabel ist. Ist der Planungsträger nach den rechtlichen Vorgaben vorgegangen, erscheinen das Vorgehen und die verwendeten Methoden zur Entscheidfindung als geeignet und sind sie korrekt angewendet worden, so ist es nicht Sache des Bundesgerichts, die daraus hervor gegangene richtplanerische Vorgabe aufgrund einer anderen Interessengewichtung aufzuheben. Beim angefochtenen richtplanerischen Beschluss handelt es sich denn auch nicht um ein konkretes Bauprojekt, das im Einzelnen abschliessend auf die Übereinstimmung mit den Bestimmungen des Bundesverwaltungsrechts zu überprüfen wäre. Die verschiedenen Bewilligungsverfahren bleiben vorbehalten. Im vorliegenden Fall steht bisher ohnehin lediglich die richtplanerische Standortfestlegung in Frage, für welche die Beschwerdeführerin darlegen müsste, dass sie gesamthaft gesehen jeder vernünftigen sachlichen Begründung entbehre (vgl. <ref-ruling> E. 5b S. 297).
4.
4.1. Die Beschwerdeführerin rügt eine ungenügende Standortevaluation. Sie beruft sich dabei auf verschiedene Interessengesichtspunkte, die nicht ausreichend oder unkorrekt gewichtet worden seien.
4.2. Das geplante Depot der RBS ist mit gewichtigen Auswirkungen auf Raum und Umwelt verbunden, weshalb es nach Art. 8 Abs. 2 RPG einer Grundlage im kantonalen Richtplan bedarf. Die Realisierung des Projekts bedingt unter anderem ein eisenbahnrechtliches Plangenehmigungsverfahren, wofür das Bundesamt für Verkehr (BAV) zuständig ist. Dieses äusserte sich bisher indessen nicht zur Standortwahl. Nach Auffassung der kantonalen Behörden besteht ein Bedarf für ein zusätzliches Depot der RBS mit Abstellanlagen, um den ausgewiesenen Angebotsausbau im öffentlichen Verkehr bedarfs- und zeitgerecht umsetzen zu können. Dabei liege die Realisierung des Depots mit Abstellanlagen am gewählten Standort "Leimgrube Bätterkinden" im kantonalen Interesse. Die Beschwerdeführerin bestreitet den Bedarf an sich nicht, sondern lediglich die Standortevaluation. Sie stösst sich an einzelnen Kriterien bzw. deren Gewichtungen. So verneint sie für den gewählten Standort das erforderliche Erweiterungspotenzial und eine genügende Berücksichtigung des zu erwartenden Kulturlandverlustes, der wahrscheinlichen Immissionen sowie der zu erstellenden Bahndienstanlage. Sie beanstandet eine ungenügende Auseinandersetzung bzw. Harmonisierung mit der regionalen Teilrichtplanung, namentlich dem regionalen Gesamtverkehrs- und Siedlungskonzept (RGSK) der Region Emmental vom 17. November 2016, wonach am fraglichen Standort ein Umstrukturierungs- und Verdichtungsgebiet vorgesehen sei, was mit den geplanten Bahnanlagen unvereinbar erscheine. Umgekehrt seien die Kriterien der Beeinträchtigung von Wald sowie der betrieblichen Bedürfnisse der RBS übermässig gewichtet worden. Insgesamt hätten diese Mängel zu einem unsachlichen Ergebnis bei der Standortwahl geführt.
4.3. Die Standortevaluation erfolgte in einem koordinierten, mehrstufigen Verfahren, in dessen Rahmen ursprünglich 24 Standorte unter Einholung verschiedener Fach- und Amtsberichte geprüft wurden. In der letzten Phase verglich die RBS zusammen mit einer speziell gebildeten Begleitgruppe noch drei Varianten. In allen Phasen gelangte eine Vielzahl objektiver Kriterien zur Anwendung. Die beigezogenen kantonalen Fachstellen beurteilten die Evaluation als transparent und nachvollziehbar. Der gewählte Standort erweist sich daher als weder ungenügend abgeklärt noch fehlt es an der Prüfung von Alternativen. Die Gemeinde war auch in das Verfahren einbezogen. Insofern ist dieses aus Sicht der Gemeindeautonomie nicht zu beanstanden.
4.4. Sowohl die Aufnahme des Vorhabens als Zwischenergebnis im Rahmen der Richtplananpassungen im Juli 2017 durch den Regierungsrat als auch der Beschluss über die Fortschreibung des Standortes für das RBS-Depot durch die zuständige Direktion im Dezember 2018 stützten sich auf umfassende Interessenabwägungen, wozu sich die entsprechenden Erläuterungen einlässlich äusserten. In denjenigen zu den Richtplananpassungen 2016 wurde etwa ausgeführt, der Bedarf nach einem neuen Depot sei ausreichend nachgewiesen, um den bis 2025 geplanten Angebotsausbau im öffentlichen Verkehr realisieren zu können; das neue Depot mit Abstellanlagen müsse aus betrieblichen und verkehrstechnischen Gründen an der Linie Bern-Solothurn liegen und der gewählte Standort "Leimgrube Bätterkinden" habe sich in der durchgeführten Evaluation als am geeignetsten erwiesen. Im Erläuterungsbericht zur Fortschreibung wird ausdrücklich die Gesamtabwägung der betroffenen räumlichen Interessen unterstrichen und auf die Vorteile der gewählten Variante hingewiesen. Dazu zählen die von der Begleitgruppe, wohl aus Gründen der Verdichtung, erwünschte Nähe zur Kartoffelzentrale, eine möglichst grosse Distanz zu den Wohngebieten und die Anbindung an das Schienennetz direkt aus dem Bahnhof Bätterkinden. Die Direktion führte weiter aus, dass das vorgesehene Depot mit Abstellanlagen ein Areal von insgesamt acht Hektaren beanspruche, wovon jedoch für das Depot und dessen Betrieb lediglich rund fünf Hektaren benötigt würden. 0,6 Hektaren erfordere die Revitalisierung (Freilegung) des Entenbachs, womit zusätzlich zur Erfüllung entsprechender gesetzlicher Vorgaben ein ökologischer Mehrwert geschaffen werde. Die restlichen Flächen seien weiterhin als Kulturland der landwirtschaftlichen Nutzung zugänglich. Insgesamt beruht der strittige Richtplan demnach auf einer integralen Gewichtung der einschlägigen Interessen. Dass die kantonalen Behörden das eine oder andere Kriterium stärker oder schwächer einstuften als die Beschwerdeführerin das wünscht, führt nicht zur Unhaltbarkeit der vorgenommenen Interessenabwägungen.
4.5. Dem am 31. März 2017 genehmigten Regionalen Gesamtverkehrs- und Siedlungskonzept (RGSK) der Region Emmental kommt die Bedeutung und Wirkung eines behördenverbindlichen Teilrichtplans zu. Das geplante RBS-Depot wird darin zwar nicht ausdrücklich erwähnt. Im fraglichen Bereich "Leimgrube" ist aber ohne Perimeterangabe ein Landi-Areal aufgeführt, wobei der Realisierungsstand explizit als offen bezeichnet und unter Hinweis auf Umstrukturierungs- und Verdichtungsmöglichkeiten eine Potenzialstudie in Aussicht gestellt werden. Eine Wohnnutzung ist nicht vorgesehen. Der hier angefochtene Richtplan steht soweit ersichtlich nicht im Widerspruch zu diesem Regionalkonzept. Auch die für das Konzept zuständige Regionalkonferenz Emmental hat einen solchen verneint und lediglich eine Abstimmung der beiden Richtpläne aufeinander verlangt.
4.6. Insgesamt erweist sich der strittige Richtplan demnach unter Berücksichtigung der angebrachten Zurückhaltung des Bundesgerichts bei der Beurteilung der örtlichen Verhältnisse nicht als fehlerhaft oder unsachlich.
5.
Die Beschwerde ist unbegründet und abzuweisen. Kosten sind nicht zu erheben (Art. 66 Abs. 1 und 4 BGG), und es ist auch keine Parteientschädigung zuzusprechen (Art. 68 Abs. 2 und 3 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen.
2.
Es werden keine Kosten erhoben.
3.
Dieses Urteil wird der Einwohnergemeinde Bätterkinden, dem Regierungsrat des Kantons Bern und der Justiz-, Gemeinde- und Kirchendirektion des Kantons Bern schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 7. Oktober 2019
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Chaix
Der Gerichtsschreiber: Uebersax