Sachverhalt:
A.
Am 29. Juli 2015 stellte die C._ und Co. ein Baugesuch zur Sanierung und Erweiterung des Einkaufszentrums Wiesental in Chur. Das dreigeschossige Gebäude soll zukünftig die schon heute bestehenden Verkaufsflächen für Lebensmittel und einen Sportfachmarkt sowie neu einen Baumarkt beinhalten. Der Umweltverträglichkeitsbericht datiert vom 28. Juli 2015. Die öffentliche Auflage dauerte vom 21. August bis zum 10. September 2015.
Gegen das Baugesuch erhoben unter anderem die A._ AG, Eigentümerin von an das Bauvorhaben angrenzenden Parzellen, und die B._ AG, Eigentümerin diverser Stockwerkeinheiten auf einem an das Bauvorhaben angrenzenden Grundstück, am 10. September 2015 Einsprache und beantragten, die Baueinsprache gutzuheissen und die Baubewilligung zu verweigern.
Der Umweltverträglichkeitsbericht vom 28. Juli 2015 wurde am 16. November 2015 revidiert.
Mit Beschluss vom 5. Juli 2016 wies der Stadtrat von Chur die gegen das Baugesuch erhobenen Einsprachen ab und erteilte der C._ und Co. die Baubewilligung für das Bauvorhaben unter Bedingungen und Auflagen. Verfügt wurden unter anderem die folgenden Auflagen:
Vor Baubeginn müssen dem Bausekretariat die Projektpläne für die Überdachung und die Einhausung der Verladerampe auf der Nordseite zur Genehmigung vorgelegt werden (Ziff. 5.1.4).
Vor Baubeginn muss dem Bausekretariat ein überarbeiteter Umgebungsplan mit allen detaillierten Angaben über die Erschliessung sowie über die Bepflanzung zur Genehmigung vorgelegt werden (Ziff. 5.3.2).
Gegen diesen Beschluss vom 5. Juli 2016 erhoben die A._ AG und die B._ AG am 9. September 2016 Beschwerde an das Verwaltungsgericht des Kantons Graubünden mit dem Antrag auf Aufhebung des angefochtenen Bau- und Einspracheentscheids.
Das Verwaltungsgericht führte am 10. Juli 2017 einen Augenschein durch.
Mit Urteil vom 12. September 2017 wies das Verwaltungsgericht die Beschwerde ab.
B.
Mit Eingabe vom 8. November 2017 führen die A._ AG und die B._ AG Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht und beantragen die Aufhebung des Urteils des Verwaltungsgerichts vom 12. September 2017 sowie des Bau- und Einspracheentscheids der Stadt Chur vom 5. Juli 2016.
Mit Verfügung vom 30. November 2017 hat der Präsident der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung der Beschwerde die aufschiebende Wirkung zuerkannt.
Die Vorinstanz, die Stadt Chur und die C._ und Co. beantragen in ihren Vernehmlassungen, die Beschwerde sei abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden könne.
Das Bundesamt für Umwelt hat eine Stellungnahme eingereicht, ohne Anträge zu stellen. Es kommt zum Schluss, das angefochtene Urteil sei konform mit der Umweltschutzgesetzgebung des Bundes. Es führt unter anderem aus, da die mit dem Güterumschlag in Zusammenhang stehenden baulichen Massnahmen (Einhausung und Überdachung der Verladerampe) in einem separaten Verfahren bewilligt werden müssten, seien auch die diesbezüglichen Immissionen im entsprechenden Verfahren zu beurteilen.
Die Beschwerdeführerinnen halten in einer weiteren Eingabe an ihren Rechtsbegehren fest.

Erwägungen:
1.
1.1. Gegen den kantonal letztinstanzlichen Endentscheid des Verwaltungsgerichts im Bereich des Baurechts steht die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten grundsätzlich offen (<ref-law>; <ref-ruling> E. 2 S. 356). Die Beschwerdeführerinnen haben am vorinstanzlichen Verfahren teilgenommen und sind als Nachbarinnen im baurechtlichen Sinne grundsätzlich zur Beschwerde legitimiert (<ref-law>).
Liegt die besondere Beziehungsnähe in räumlicher Hinsicht vor, braucht das Anfechtungsinteresse nicht mit dem Interesse übereinzustimmen, das durch die von den Beschwerdeführerinnen als verletzt bezeichneten Normen geschützt wird. Nachbarinnen können daher die Überprüfung des Bauvorhabens im Lichte all jener Rechtssätze verlangen, die sich rechtlich oder tatsächlich in dem Sinne auf ihre Stellung auswirken, dass ihnen im Falle des Obsiegens ein praktischer Nutzen entsteht (<ref-ruling> E. 2.1 S. 52). Ein solcher Nutzen ist zu bejahen, wenn das Bauvorhaben bei Gutheissung der Beschwerde nicht oder zumindest nicht wie geplant verwirklicht werden könnte (<ref-ruling> E. 2.3 S. 34).
1.2. Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann die Verletzung von Bundesrecht, Völkerrecht und kantonalen verfassungsmässigen Rechten gerügt werden (Art. 95 lit. a, b und c BGG). Die Verletzung des übrigen kantonalen Rechts kann abgesehen von hier nicht relevanten Ausnahmen gemäss Art. 95 lit. c und d BGG vor Bundesgericht nicht gerügt werden; zulässig ist jedoch die Rüge, die Anwendung dieses Rechts führe zu einer Verletzung von Bundesrecht, namentlich des verfassungsmässigen Willkürverbots (<ref-ruling> E. 2 S. 149 f.).
Nach der ständigen Rechtsprechung des Bundesgerichts liegt Willkür in der Rechtsanwendung nicht schon dann vor, wenn eine andere Lösung als die von den kantonalen Behörden gewählte ebenfalls vertretbar erscheint oder sogar vorzuziehen wäre. Das Bundesgericht weicht vom Entscheid der kantonalen Behörde nur dann ab, wenn dieser offensichtlich unhaltbar ist, mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht, eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz krass verletzt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft (<ref-ruling> E. 2.2.2 S. 318 f. mit Hinweisen).
2.
2.1. Die Vorinstanz hat erwogen, für den Güterumschlagplatz, die Umgebung und die Begrünung werde infolge der Auflagen in der Baubewilligung ein neuer überarbeiteter Plan samt definitivem Umgebungsplan mit detaillierten Angaben über die Erschliessung sowie die Bepflanzung und mit Ergänzung des Umweltverträglichkeitsberichts im ordentlichen Baubewilligungsverfahren (mit Einsprachemöglichkeit) zu beurteilen sein. Deshalb brauche auf die von den Beschwerdeführerinnen geäusserte Kritik an den bisherigen Plänen, diese führten zu einer Reduktion der Grünflächenziffer und einem Verlust von zwölf Parkplätzen und genügten den Anforderungen an die Verkehrssicherheit nicht, nicht näher eingegangen zu werden (angefochtenes Urteil S. 11 f. und S. 27).
2.2. Die Beschwerdeführerinnen rügen unter anderem eine willkürliche Anwendung kantonalen Rechts, konkret von Art. 89 Abs. 1 und Art. 90 Abs. 1 des Raumplanungsgesetzes für den Kanton Graubünden vom 6. Dezember 2004 (KRG/GR; BR 801.100).
Gemäss Art. 89 Abs. 1KRG/GR werden Bauvorhaben und Zweckänderungen bewilligt, wenn alle Vorschriften des kommunalen, kantonalen und eidgenössischen Rechts eingehalten sind.
Art. 90 Abs. 1 KRG/GR lautet wie folgt: Können inhaltliche oder formale Mängel des Bauvorhabens ohne besondere Schwierigkeiten behoben werden oder drängen sich Anordnungen zur Schaffung oder Erhaltung des rechtmässigen Zustands auf, sind mit der Bewilligung die gebotenen Nebenbestimmungen (Auflagen, Bedingungen, Befristungen) zu verknüpfen.
Den nahezu identischen Wortlaut wie Art. 90 Abs. 1 KRG/GR weist § 321 Abs. 1 des Planungs- und Baugesetzes des Kantons Zürich vom 7. September 1975 (PBG/ZH; LS 700.1) auf: Können inhaltliche oder formale Mängel des Bauvorhabens ohne besondere Schwierigkeiten behoben werden oder sind zur Schaffung oder Erhaltung des rechtmässigen Zustands Anordnungen nötig, so sind mit der Bewilligung die gebotenen Nebenbestimmungen (Auflagen, Bedingungen, Befristungen) zu verknüpfen.
2.3. Die Beschwerdeführerinnen führen aus, die Auflagen gemäss Ziffern 5.1.4 und 5.3.2 des Baubescheids (vgl. Sachverhalt lit. A.) seien unhaltbar. Die rechtmässige Umsetzung und Realisierung der Auflagen setze anerkanntermassen die Durchführung eines ordentlichen Baubewilligungsverfahrens mit erneuter Umweltverträglichkeitsprüfung unter Einbezug des ganzen Bauprojekts voraus. Es könne keine Rede davon sein, dass mit diesen Auflagen die inhaltlichen Mängel des Baugesuchs ohne besondere Schwierigkeiten behoben werden könnten. Da keine neuen Projektpläne für die Überdachung und Einhausung der Verladerampe und kein überarbeiteter Umgebungsplan mit detaillierten Angaben über die Erschliessung und die Bepflanzung vorlägen, bleibe offen, welches die Auswirkungen auf die Lärmemissionen, die Anzahl Parkplätze, die Grünflächenziffer und die Verkehrssicherheit seien. Die Voraussetzungen gemäss Art. 90 Abs. 1 KRG/GR seien in keiner Art und Weise erfüllt, weshalb der Baubescheid und das angefochtene Urteil in diesem Punkt willkürlich seien. Das Baugesuch hätte in korrekter Anwendung von Art. 89 Abs. 1 KRG/GR abgewiesen und zur Überarbeitung und Ergänzung der erforderlichen Planunterlagen inklusive Umweltverträglichkeitsbericht zurückgewiesen werden müssen. In der Folge hätte das Baugesuch als Ganzes wieder eingereicht, publiziert und neu beurteilt werden müssen. Art. 89 Abs. 1 KRG/GR erlaube es der Baubehörde nicht, ein unvollständiges und nicht auf die Einhaltung der Bauvorschriften überprüfbares Bauvorhaben zu bewilligen und die Baubewilligung mit Auflagen zu verknüpfen, welche ihrerseits Gegenstand eines weiteren ordentlichen Baubewilligungsverfahrens bildeten. Die Überdachung und Einhausung der Verladerampe wie auch die Verkehrserschliessung gemäss zu überarbeitendem Umgebungsplan dürften aufgrund ihrer Bedeutung für das Bauvorhaben und ihrer Auswirkungen auf die Lärm-, Verkehrs- und Parkplatzsituation sowie die Grünflächenziffer nicht losgelöst vom eigentlichen Baugesuch beurteilt werden (vgl. Beschwerde S. 20-25).
2.4. In der baurechtlichen Praxis stellt sich oft die Frage, ob einzelne Mängel eines Bauprojekts zur blossen teilweisen Baubewilligung (und Aufhebung der Bewilligung für die mangelhaften Projektteile) führen oder durch die Anordnung von Auflagen und Bedingungen im Rahmen der Baubewilligung behoben werden dürfen (vgl. Arnold Marti, Besprechung des Urteils 1C_476/2016 vom 9. März 2017, in: ZBl 118/2017 S. 623).
Eine teilweise Baubewilligung ist nur möglich, wenn sich bewilligte und nicht bewilligte Teile klarerweise vollständig voneinander trennen lassen und die Bauherrschaft mit einer entsprechenden Aufteilung einverstanden ist bzw. diese als Eventualstandpunkt beantragt hat (Grundsatz der Einheit des Baubewilligungsentscheids, Koordinationsgrundsatz und Dispositionsprinzip; eingehend zum Ganzen Urteil 1C_350/2014 vom 13. Oktober 2015 E. 2.5, in: ZBl 117/2016 S. 267).
Vorliegend stand eine Teilbaubewilligung nicht zur Diskussion. Die Voraussetzungen wären indes auch nicht gegeben, da sich die bewilligten und die nicht bewilligten Teile nicht voneinander trennen lassen (vgl. auch E. 2.5 ff. hiernach).
Vielmehr verfügte die Baubewilligungsbehörde mehrere Auflagen. Die Vorinstanz bestätigte mit dem angefochtenen Urteil diesen Entscheid (vgl. Sachverhalt lit. A. hiervor).
2.5. Erfüllt ein Baugesuch die gesetzlichen Anforderungen nicht, ist grundsätzlich der Bauabschlag zu erteilen. Durch Nebenbestimmungen wie Auflagen können lediglich untergeordnete Mängel eines Baugesuchs behoben werden. Die Möglichkeit, nach Art. 90 Abs. 1 KRG/GR (respektive nach § 321 Abs. 1 PBG/ZH) vorzugehen, entfällt, wenn die Mängel eine wesentliche Projektänderung bzw. eine konzeptionelle Überarbeitung des Projekts erfordern (vgl. Urteil 1C_37/2011 vom 14. April 2011 E. 3.3; Christian Mäder, Das Baubewilligungsverfahren, 1991, Rz. 461; FRITZSCHE/BÖSCH/WIPF, Zürcher Planungs- und Baurecht, 5. Aufl. 2011, S. 346). Die Anordnung von Nebenbestimmungen kommt mit anderen Worten nicht in Betracht, wenn ohne grösseren planerischen Aufwand nicht beurteilbar ist, wie die Mängel zu beheben sind und welche baurechtlichen, konzeptionellen und gestalterischen Auswirkungen dies nach sich zieht (vgl. Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Zürich VB.2017.00169 vom 13. Juli 2017 E. 2.2). Es geht beispielsweise nicht an, einen Bau zu bewilligen mit der Auflage, die fehlende Erschliessung müsse vor Baubeginn geregelt sein; Gleiches gilt etwa für die Frage der Umgebungsgestaltung (Peter Ludwig, Baugesetz des Kantons Bern, Band I, 4. Aufl. 2013, Art. 38-39 Rz. 16).
Dies folgt aus dem Grundsatz der Einheit des Bauentscheids, mit dem eine einheitliche Beurteilung eines baurechtlichen Sachverhalts sichergestellt werden soll. Das bundesrechtliche Koordinationsgebot von Art. 25a RPG verlangt, dass ein geplantes Bauvorhaben in einem einzigen und einheitlichen Bewilligungsverfahren geprüft wird (Stalder/Tschirky, in: Griffel et al., Öffentliches Baurecht, 2016, Rz. 2.65; siehe auch Arnold Marti, in: Aemisegger et al., Kommentar RPG, 2010, N. 17 zu Art. 25a RPG; eingehend zum Ganzen Urteil 1C_398/2016 vom 2. Februar 2017 E. 2.7, in: ZBl 118/2017 S. 614). Nachgelagerte Verfahren sind nur dann zulässig, wenn dies von der Sache her sinnvoll ist - so etwa wenn die Beurteilung der Farb- und Materialwahl während der Bauausführung besser möglich ist - und sich daraus keine wesentlichen neuen Auswirkungen oder Änderungen für das Projekt ergeben oder ergeben können (vgl. Arnold Marti, Besprechung des Urteils 1C_476/2016 vom 9. März 2017, in: ZBl 118/2017 S. 623).
2.6. Die Vorbringen der Beschwerdeführerinnen (vgl. E. 2.3 hiervor) überzeugen; sie erweisen sich als begründet:
Umstritten sind im beurteilenden Fall die Anzahl Parkplätze - es stellt sich die Frage, ob die vorgesehene Anzahl von 199 Parkplätzen rechtens ist (vgl. angefochtenes Urteil E. 3) -, Fragen des Lärmschutzes (angefochtenes Urteil E. 4), der Luftreinhaltung (angefochtenes Urteil E. 4) und der Verkehrssicherheit (angefochtenes Urteil E. 5) sowie die Einhaltung der Grünflächenziffer (angefochtenes Urteil E. 6).
Die Vorinstanz hat, wie dargelegt (E. 2.1 hiervor), ausgeführt, es seien neue Pläne einzureichen und eine Ergänzung des Umweltverträglichkeitsberichts vorzunehmen. Sie hat eingeräumt, dass diese Überarbeitung des Projekts zu einer Reduktion der Grünflächenziffer und der Anzahl Parkplätze führen und Auswirkungen auf die Verkehrssicherheit haben könnte, wobei diese Fragen in einem nachgelagerten Baubewilligungsverfahren zu klären seien. Mangels Vorliegen neuer bzw. überarbeiteter Pläne sind die Auswirkungen somit bislang unklar. Klar ist hingegen, dass eine wesentliche Projektänderung respektive eine konzeptionelle Überarbeitung des Projekts erforderlich ist, was einen grösseren planerischen Aufwand bedingt. Damit aber kann offensichtlich nicht gesagt werden, es handle sich vorliegend lediglich um untergeordnete Mängel, die ohne besondere Schwierigkeiten behoben werden könnten bzw. die keine erheblichen Änderungen des Bauprojekts erwarten liessen.
Die Baubewilligungsbehörde wendete Art. 90 Abs. 1 KRG/GR (wie auch Art. 89 Abs. 1 KRG/GR) daher willkürlich an, indem sie das strittige Baugesuch nicht abwies bzw. zur Verbesserung zurückwies, sondern mit mehreren Auflagen bewilligte. Die Vorinstanz ihrerseits ist in Willkür verfallen, indem sie diesen Entscheid bestätigt hat (vgl. auch Urteil 1C_192/2009 vom 17. November 2009 E. 2.4).
Bei diesem Ergebnis erübrigt sich ein Eingehen auf die weiteren Rügen der Beschwerdeführerinnen.
3.
Die Beschwerde ist folglich gutzuheissen, der angefochtene Entscheid aufzuheben und die Baubewilligung zu verweigern (<ref-law>). Der Bau- und Einspracheentscheid der Stadt Chur ist im Rahmen des Streitgegenstands durch das Urteil des Verwaltungsgerichts ersetzt worden (Devolutiveffekt; vgl. <ref-ruling> E. 1.4 S. 144). Die Angelegenheit ist zur Neuregelung der Kosten- und Entschädigungsfolgen des kantonalen Verfahrens an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Bei diesem Ausgang des Verfahrens sind die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens der unterliegenden Beschwerdegegnerin aufzuerlegen (<ref-law>). Diese hat den Beschwerdeführerinnen eine angemessene Parteientschädigung auszurichten (Art. 68 Abs. 1 und 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird gutgeheissen. Das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Graubünden vom 12. September 2017 und die Baubewilligung der Stadt Chur vom 5. Juli 2016 werden aufgehoben. Die Angelegenheit wird zur Neuregelung der Kosten- und Entschädigungsfolgen des kantonalen Verfahrens an die Vorinstanz zurückgewiesen.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 5'000.-- werden der Beschwerdegegnerin auferlegt.
3.
Die Beschwerdegegnerin hat die Beschwerdeführerinnen für das bundesgerichtliche Verfahren mit insgesamt Fr. 4'000.-- zu entschädigen.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien, der Stadt Chur, dem Verwaltungsgericht des Kantons Graubünden, 5. Kammer, und dem Bundesamt für Umwelt schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 12. Oktober 2018
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Merkli
Der Gerichtsschreiber: Stohner