Faits :
A.
A._ Ltd (ci-après: la requérante ou la recourante) et B._ SA (ci-après: la citée ou l'intimée), toutes deux actives dans l'agrochimie, entretiennent des relations commerciales depuis plusieurs années.
B.
B.a. Le 29 novembre 2018, la requérante a déposé une requête en cas clair auprès du Tribunal de première instance du canton du Jura (ci-après: le Tribunal de première instance) et conclu à ce que la citée soit condamnée à lui verser le montant de USD 1'903'051.88, intérêts en sus, et à ce que la mainlevée définitive de l'opposition, formée le 8 mai 2018 par la citée contre le commandement de payer correspondant, soit prononcée.
B.b. La requérante a fait valoir qu'elle avait prêté ledit montant à la citée, qu'il devait lui être intégralement restitué d'ici au 28 février 2018 et que la citée avait reconnu à plusieurs reprises être débitrice de ce montant. Elle a produit une reconnaissance de dette signée par la citée.
Celle-ci a contesté la position de la requérante. Premièrement, elle a relevé que, depuis 2013, la requérante était son fournisseur exclusif et qu'elle lui commandait des produits agrochimiques qui étaient ensuite directement livrés auprès de ses filiales en Amérique du Sud. Elle a argué qu'en vertu d'un usage commercial convenu entre les parties, la requérante prévoyait toujours, pour les produits commandés, un délai de paiement allant au-delà du délai de livraison. Les parties ne seraient dès lors pas convenues d'un prêt mais plutôt d'une sorte d'avance ou d'une ligne de crédit.
Secondement, elle a fait valoir que la requérante avait, en connaissance de cause, continué à lui livrer des produits tandis qu'elle se trouvait déjà en demeure de régler le prix de produits déjà livrés. Selon elle, cette situation s'expliquait par les négociations en cours relatives à l'achat des actions de la citée par la requérante. À cette fin, un mémorandum a été signé en 2012 par la citée et par C._, qui agissait selon elle au nom et pour le compte de la requérante. Aux termes de ce mémorandum, le prix de vente des actions devait être versé dans une période de quatre ans. Un contrat de vente d'actions a été signé le 22 novembre 2013. C._ a expliqué à la citée que la requérante ne devait pas apparaître dans le contrat en tant qu'acquéresse des actions car elle était impliquée dans un processus d'entrée en bourse et l'acquisition d'une société aurait pour effet de retarder ce processus. La citée se prévaut d'une créance en paiement du prix de ses actions; la requérante ne s'étant pas acquittée du prix de vente, la citée se considérait dès lors légitimée à exciper de compensation. Pour cette raison également, elle a considéré que les conditions de la procédure de protection dans les cas clairs n'étaient pas réunies.
Dans sa réplique, la requérante a contesté être la débitrice de la citée en raison de l'achat d'actions susmentionné, dans la mesure où elle n'était pas partie au contrat de vente d'actions. Selon elle, C._ a agi à titre personnel et ne l'a pas représentée. L'exception de compensation ne saurait dès lors être invoquée par la citée.
Dans sa duplique, la citée a ajouté que la reconnaissance de dette produite par la requérante ne mentionne pas la cause de l'obligation dont se prévaut celle-ci et que ladite cause n'est pas clairement établie.
B.c. Par décision du 1 er octobre 2019, le Tribunal de première instance a déclaré la requête en cas clair irrecevable.
B.d. Par arrêt du 4 février 2020, le Tribunal cantonal du canton du Jura (ci-après: le Tribunal cantonal) a rejeté l'appel formé par la requérante.
C.
Le 12 mars 2020, la requérante a formé un recours en matière civile au Tribunal fédéral contre cet arrêt cantonal. À titre principal, elle a conclu à ce que l'intimée soit condamnée à lui verser le montant de USD 1'903'051.88, intérêts en sus, et à ce que la mainlevée définitive de l'opposition formée contre le commandement de payer y relatif soit prononcée. Subsidiairement, elle a conclu à ce que la cause soit renvoyée à l'autorité précédente pour nouvelle décision dans le sens des considérants.
Le 17 mars 2020, l'intimée a déposé une requête en sûretés en garantie des dépens et conclu à ce que la recourante soit astreinte à verser un montant à dire de justice, mais au minimum de 10'000 fr. à titre de sûretés pour les dépens.
Par courrier du 2 avril 2020, la recourante s'est opposée à la requête en sûretés et a conclu à son rejet. Subsidiairement, elle s'en est remise à justice pour la fixation d'un montant égal ou inférieur à 5'400 fr.
Par ordonnance présidentielle du 6 avril 2020, la demande de sûretés en garantie des dépens a été admise et la recourante invitée, à cette fin, à verser 19'000 fr. à la Caisse du Tribunal fédéral. Elle s'est exécutée.
Par réponse du 29 mai 2020, l'intimée a conclu au rejet de la requête d'effet suspensif et du recours.
La recourante et l'intimée ont présenté des observations et ont persisté dans leurs conclusions. Pour le surplus, l'intimée a conclu à ce que des dépens d'un montant de 19'000 fr. lui soient octroyés.
Par ordonnance présidentielle du 19 juin 2020, la demande d'effet suspensif a été rejetée.

Considérant en droit :
1.
Interjeté dans le délai fixé par la loi (<ref-law>) et dirigé contre une décision finale (<ref-law>) rendue sur appel par le tribunal supérieur du canton du Jura (<ref-law>) dans une affaire civile (<ref-law>) dont la valeur litigieuse dépasse 30'000 fr. (<ref-law>), le recours en matière civile est en principe recevable.
2.
2.1.
2.1.1. Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>). Il ne peut s'en écarter que si ces faits ont été établis de façon manifestement inexacte - ce qui correspond à la notion d'arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (<ref-ruling> consid. 2 p. 117; <ref-ruling> consid. 4.1.2 p. 62; <ref-ruling> consid. 5.1 p. 356) - ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> (<ref-law>), et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (<ref-law>).
La critique de l'état de fait retenu est soumise au principe strict de l'allégation énoncé par l'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 2.3 p. 266 et les références). La partie qui entend attaquer les faits constatés par l'autorité précédente doit expliquer clairement et de manière circonstanciée en quoi ces conditions seraient réalisées (<ref-ruling> consid. 1.3.1 p. 18 et les références). Si elle souhaite obtenir un complètement de l'état de fait, elle doit aussi démontrer, par des renvois précis aux pièces du dossier, qu'elle a présenté aux autorités précédentes, en conformité avec les règles de la procédure, les faits juridiquement pertinents à cet égard et les moyens de preuve adéquats (<ref-ruling> consid. 2 p. 90). Si la critique ne satisfait pas à ces exigences, les allégations relatives à un état de fait qui s'écarterait de celui de la décision attaquée ne pourront pas être prises en considération (<ref-ruling> consid. 1.3.1 p. 18). Les critiques de nature appellatoire sont irrecevables (<ref-ruling> consid. 1.3 p. 261 s.).
2.1.2. Le Tribunal fédéral applique en principe d'office le droit (<ref-law>) à l'état de fait constaté dans l'arrêt cantonal (ou à l'état de fait qu'il aura rectifié). Cela ne signifie pas que le Tribunal fédéral examine, comme le ferait un juge de première instance, toutes les questions juridiques qui pourraient se poser. Compte tenu de l'obligation de motiver imposée par l'<ref-law>, il ne traite que les questions qui sont soulevées devant lui par les parties, à moins que la violation du droit ne soit manifeste (<ref-ruling> consid. 2 p. 116; <ref-ruling> consid. 2). Il n'est en revanche pas lié par l'argumentation juridique développée par les parties ou par l'autorité précédente; il peut admettre le recours, comme il peut le rejeter en procédant à une substitution de motifs (<ref-ruling> consid. 1.4 p. 400).
2.2. En l'espèce, la recourante fait grief au Tribunal cantonal d'avoir procédé à une constatation manifestement inexacte des faits.
Elle fait essentiellement valoir que l'autorité précédente aurait dû, sous peine de sombrer dans l'arbitraire, retenir qu'elle a produit une reconnaissance de dette qui est déterminante et qui, selon elle, a été établie plus de quatre ans après le déroulement des divers événements allégués par l'intimée. Selon elle, l'intimée a dès lors agi en connaissance de cause et aurait dû exciper de compensation en refusant de signer ce document.
Dans la mesure où la requérante n'a pas effectué de renvois aux pièces du dossier qui permettraient à la Cour de céans de déterminer si elle avait fait valoir ces éléments devant l'autorité précédente, ce grief ne remplit manifestement pas les conditions requises, de jurisprudence constante, pour que l'état de fait puisse être complété (cf. supra consid. 2.1.1). La même conclusion s'impose pour les autres éléments factuels évoqués par la requérante, en l'absence de tout renvoi aux pièces du dossier.
Le grief est irrecevable.
3.
Est litigieuse la question de savoir si, sur la base de l'état de fait dressé par la cour cantonale, qui lie le Tribunal fédéral, la présente cause remplit, comme la recourante le soutient, les conditions de la procédure de protection dans les cas clairs.
3.1. Aux termes de l'<ref-law>, relatif aux " cas clairs ", le tribunal admet l'application de la procédure sommaire lorsque les conditions suivantes sont remplies: (a) l'état de fait n'est pas litigieux ou est susceptible d'être immédiatement prouvé et (b) la situation juridique est claire (al. 1). Le tribunal n'entre pas en matière sur la requête lorsque cette procédure ne peut pas être appliquée (al. 3).
Selon la jurisprudence, l'état de fait n'est pas litigieux lorsqu'il n'est pas contesté par le défendeur. Il est susceptible d'être immédiatement prouvé lorsque les faits peuvent être établis sans retard et sans trop de frais. En règle générale, la preuve doit être rapportée par la production de titres, conformément à l'<ref-law>. La preuve n'est pas facilitée: le demandeur doit ainsi apporter la preuve certaine ( voller Beweis) des faits justifiant sa prétention; la simple vraisemblance ( Glaubhaftmachen) ne suffit pas. Si le défendeur fait valoir des objections et exceptions motivées et concluantes ( substanziiert und schlüssig), qui ne peuvent être écartées immédiatement et qui sont de nature à ébranler la conviction du juge, la procédure pour les cas clairs est exclue et la requête irrecevable (<ref-ruling> consid. 3.1 p. 464; <ref-ruling> consid. 3.2 p. 26; <ref-ruling> consid. 5.1.1 p. 623).
Fait partie de ces exceptions l'exception de compensation; le débiteur peut l'invoquer même si la créance est contestée (<ref-law>). Il faut alors et il suffit qu'elle parvienne à ébranler la conviction du juge quant au bien-fondé de la requête.
En effet, en raison des limites probatoires qu'elle prévoit (cf. <ref-ruling> consid. 2.1.1 p. 125 s. et 2.6 p. 129), la procédure de l'<ref-law> ne permet pas au défendeur de rendre vraisemblables, au moyen de preuves immédiatement disponibles, des objections et des exceptions dont il pourrait toutefois apporter la preuve dans le contexte d'une procédure ordinaire. Dès lors, le Tribunal fédéral a jugé que la décision d'irrecevabilité, rendue au motif que les exceptions qu'avait faites valoir le défendeur n'étaient pas sans fondement (" nicht haltlos "), ne viole pas le droit fédéral (ATF <ref-ruling> consid. 5.1.1 p. 623 s.). En effet, elles suffisent à ébranler la conviction du juge quant au bien-fondé de la requête.
La situation juridique est claire lorsque l'application de la norme au cas concret s'impose de façon évidente au regard du texte légal ou sur la base d'une doctrine et d'une jurisprudence éprouvées (<ref-ruling> consid. 3.1 p. 464 et les arrêts cités). En règle générale (cf. toutefois arrêt 4A_185/2017 du 15 juin 2017 consid. 5.4 et les références), la situation juridique n'est pas claire si l'application d'une norme nécessite l'exercice d'un certain pouvoir d'appréciation de la part du juge ou que celui-ci doit rendre une décision en équité, en tenant compte des circonstances concrètes de l'espèce (<ref-ruling> consid. 3.1 p. 464 et les arrêts cités).
Si le juge parvient à la conclusion que ces conditions sont remplies, le demandeur obtient gain de cause par une décision ayant l'autorité de la chose jugée et la force exécutoire. Si elles ne sont pas remplies et que le demandeur ne peut donc obtenir gain de cause, le juge ne peut que prononcer l'irrecevabilité de la demande. Il est en effet exclu que la procédure puisse aboutir au rejet de la prétention du demandeur avec autorité de la chose jugée (<ref-ruling> consid. 3.1 p. 465 et les arrêts cités).
3.2.
3.2.1. Le Tribunal de première instance a considéré que, quand bien même la reconnaissance de dette produite par la requérante était claire, il était vraisemblable que la citée pouvait avoir des droits à son encontre. Il a par ailleurs relevé que la requérante n'avait pas pris position sur une déclaration écrite à teneur de laquelle des documents devaient être signés afin d'engager juridiquement la requérante sans pour autant qu'elle n'apparaisse nommément dans ces documents. Dans la mesure où l'état de fait était litigieux et la situation juridique pas claire, le Tribunal de première instance a jugé que les conditions nécessaires à l'applicabilité de la procédure de protection dans les cas clairs n'étaient pas réunies.
Le Tribunal cantonal a constaté que la citée contestait l'existence d'un contrat de prêt et soulevait l'exception de compensation. Il a jugé que l'état de fait ne saurait être considéré comme non litigieux. Il a par ailleurs retenu que la compensation invoquée par la citée n'apparaissait pas d'emblée vouée à l'échec, dans la mesure notamment où les éléments de fait semblaient accréditer la thèse selon laquelle, d'une part, C._ avait acquis une part des actions de la citée pour le compte de la requérante et, d'autre part, les parties entretenaient, au vu des risques financiers pris par la requérante, une relation dépassant le simple cadre des relations ayant généralement cours entre un fournisseur et son client. De plus, il a considéré que la situation juridique n'était pas claire, dès lors que celle-ci dépendait de l'appréciation du tribunal et que, la reconnaissance de dette ne faisant que renverser le fardeau de la preuve, il restait loisible au débiteur de se prévaloir d'objections et d'exceptions. Selon les juges cantonaux, tel était le cas en l'espèce, dans la mesure où il ne pouvait pas être exclu que la citée soit créancière de la requérante sur la base de la convention de vente d'actions et qu'elle puisse dès lors valablement exciper de compensation.
3.2.2. La recourante argue que l'état de fait est, au vu de la reconnaissance de dette, clair et que la situation juridique est également claire car les parties ont, selon elle, conclu un contrat de prêt de consommation.
3.3.
3.3.1. En l'espèce, la cour cantonale n'a pas examiné le bien-fondé de la créance principale. Au demeurant, on ne saurait d'emblée inférer, de la seule existence de la reconnaissance de dette produite par la recourante, que le litige est à même d'être tranché.
La cour cantonale s'est limitée à examiner l'existence de la créance compensante, sans déterminer si l'intimée en était la titulaire, se limitant à dire que cette question devra être examinée en procédure ordinaire.
La recourante lui reproche de n'avoir pas motivé ce dernier point, sans pourtant invoquer l'art. 29 al. 2 Cst.
3.3.2. Il est toutefois superflu de renvoyer la cause à la cour cantonale pour qu'elle complète sa motivation. En effet, il ressort des constatations de fait de l'arrêt attaqué que les actionnaires vendeurs étaient propriétaires à 100 % de la défenderesse et du dossier que celle-ci a allégué que le prix de vente devait lui revenir, ce que la demanderesse n'a pas contesté dans sa réplique.
Ainsi, la possibilité d'une compensation (au moyen de la créance de l'intimée en paiement du prix de ses actions) ne peut d'emblée être écartée. En outre, la question demeure de savoir si C._ a effectivement agi en son nom et pour son compte ou, au contraire et comme l'invoque la citée, au nom de la requérante. Comme l'ont à juste titre relevé les deux instances précédentes, le principe et l'étendue de la compensation invoquée par la citée restent dès lors litigieux. Il s'ensuit que l'exception de compensation invoquée par la défenderesse était de nature à ébranler la conviction de la cour cantonale quant à la possibilité pour la demanderesse d'obtenir une condamnation dans le contexte de la procédure de l'<ref-law>.
L'état de fait, voire la situation juridique, ne sont dès lors pas clairs, de sorte que les conditions de l'<ref-law> ne sont en l'espèce pas réunies.
Le grief est infondé.
4.
Au vu de ce qui précède, le recours en matière civile doit être rejeté dans la mesure où il est recevable.
Les frais judiciaires et les dépens sont mis à la charge de la recourante, qui succombe (art. 66 al. 1 et art. 68 al. 1 et 2 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 17'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3.
La recourante versera à l'intimée une indemnité de 19'000 fr. à titre de dépens. Cette indemnité sera acquittée au moyen des sûretés payées par la recourante à la Caisse du Tribunal fédéral.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour civile du Tribunal cantonal du canton du Jura.
Lausanne, le 3 septembre 2020
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente : Kiss
Le Greffier : Douzals