Faits :
A.
A.a. Par contrat de travail du 1er juin 2005, A._ (ci-après : l'employé ou le demandeur), spécialiste des technologies de l'information, a été engagé en qualité de c hief of operations par B1._ SA, société inscrite au Registre du commerce de Genève le 25 mars 2004 dont le but était le conseil en investissements et la gestion de fortune.
La société B._ Holdings SA (ci-après : la holding) a été fondée en juin 2006, par la reprise de la totalité du capital-actions de B1._ SA. Elle est active notamment dans la gestion des participations à des entreprises et détient la société C._ SA, inscrite au Registre du commerce genevois le 13 juillet 2007, qui fournit des services informatiques et administratifs à des sociétés financières. Au moment du litige, le conseil d'administration de la holding était composé de D._, E._, F._, G._ et H._.
C._ SA est dotée d'un capital-actions de 100'000 fr, constitué de 1'000 actions au porteur non émises d'une valeur nominale de 100 fr. chacune. Au moment de la fondation, son conseil d'administration était composé de E._, F._, G._ et du demandeur. Celui-ci, vice-président de la société, a été nommé administrateur-délégué le 2 décembre 2008 et il a exercé cette fonction jusqu'en octobre 2009.
Selon les statuts de C._ SA, les membres du conseil d'administration doivent être des actionnaires de la société.
A.b. Le 1er octobre 2007, le demandeur a signé un nouveau contrat de travail avec C._ SA pour le poste de managing director. Il avait pour obligation de faire rapport au conseil d'administration et pour mission de développer les affaires de la société conformément aux orientations données par celui-ci. Sa rémunération se composait d'un salaire annuel fixe de 200'000 fr. et d'un bonus alloué à la discrétion du conseil d'administration sur la base d'une assiette correspondant à 10% du bénéfice net avant impôts. Selon le contrat de travail, le demandeur recevait, à la signature du contrat, 34% du capital-actions de C._ SA (soit 340 actions) pour un montant de 34'000 fr., dont 50% à libérer immédiatement. C._ SA se réservait le droit de racheter (ci-après : le droit de rachat) les 340 actions si les rapports de travail prenaient fin.
Le contrat était résiliable en tout temps par chacune des parties, moyennant un préavis écrit de trois mois (ch. 2.2 et 5.1).
Le rachat des actions par la société était réglé de la manière suivante :
- en cas de résiliation reposant sur un motif justifiant une rupture immédiate du contrat, le rachat devait s'effectuer à la valeur la plus élevée entre la valeur comptable et la valeur nominale (ch. 5.3);
- en cas de résiliation sans juste motif, C._ SA pouvait acquérir les actions du demandeur au prix fixé d'après une formule prévue dans le contrat (ch. 5.4) : la valeur des actions était calculée sur la base des bénéfices réalisés par C._ SA au cours des douze mois précédant la date de résiliation du contrat de travail, escomptés sur 10 ans au taux d'alors du SWAP à 10 ans sur le franc suisse (ch. 5.5).
Le demandeur n'a pas versé le montant de 34'000 fr. pendant les rapports de travail. Les parties s'accordent toutefois sur le fait que la qualité d'actionnaire était étroitement liée à son activité au sein de C._ SA.
A.c. Les dirigeants du groupe B._ ont ensuite souhaité régler dans un accord écrit les liens entre les différents actionnaires de C._ SA, imposer certaines règles de gestion de la société et des restrictions au transfert futur des actions de celle-ci. Le 21 août 2009, une convention d'actionnaires a été conclue entre B._ Holdings SA, le demandeur, I._ (actionnaire et employé), J._ (actionnaire et employé) et K._ (actionnaire). Le préambule de la convention rappelle que C._ SA a conclu des contrats de travail et/ou des contrats d'attribution d'actions avec chacune de ces personnes.
Il résulte en outre de la convention que le capital social de la société C._ SA était alors détenu par B._ Holdings SA à raison de 585 actions au porteur, par le demandeur (340 actions au porteur), par I._ (15), par J._ (30) et par K._ (30) (clause n° 1); chaque actionnaire détenant 25% du capital avait le droit de désigner un membre du conseil d'administration; le demandeur faisait partie des premiers membres du conseil (clause n° 2); les parties avaient convenu que le demandeur était nommé managing director de C._ SA, ses pouvoirs étant définis par le conseil d'administration, par résolutions unanimes (clause n° 3); certaines décisions, en particulier l'attribution d'actions dans le capital de C._ SA, l'affectation de bénéfices aux réserves, la modification de la portée des pouvoirs du managing director ou la révocation du managing director sans juste motif, requéraient une décision de l'assemblée générale des actionnaires, adoptée avec une majorité d'au moins 75% des actions (clause n° 5); la convention, qui avait un effet obligatoire entre les parties (clause n° 13), était conclue pour une durée indéterminée et prenait fin (notamment) lors de la cessation des activités de la société ou de sa faillite (clause n° 15); la convention était régie par le droit suisse et les litiges du ressort des tribunaux genevois (clause n° 16).
Il a été retenu par la cour cantonale que la convention visait à protéger les actionnaires minoritaires et que la position du demandeur était renforcée par le fait qu'il possédait plus de 25% du capital-actions.
A.d. Le 13 octobre 2009, C._ SA a résilié le contrat de travail du demandeur avec effet immédiat, au motif que celui-ci avait manqué gravement à ses devoirs.
Le même jour, une assemblée générale extraordinaire de C._ SA a été réunie, sans le demandeur. Les pouvoirs de celui-ci ont été révoqués et il a été démis de toutes ses fonctions dans la société.
C._ SA et la holding ont considéré que le demandeur n'était plus propriétaire des 340 actions de C._ SA et ont agi en fonction de ce point de vue, la holding se comportant comme titulaire de ces actions.
Le 15 octobre 2009, la holding, K._, I._ et J._ ont signé un document prévoyant que, dans la mesure où le demandeur n'avait pas acheté les 340 actions de C._ SA, les actionnaires de C._ SA comprenaient les signataires de l'accord (à l'exception du demandeur) et la holding détenait 925 actions au porteur, soit les 585 actions déjà en sa possession et les 340 actions du demandeur. Les clauses nos 1 et 2 de la convention d'actionnaires étaient déclarées nulles.
A.e. Par arrêt du 30 octobre 2012, définitif et exécutoire, la Chambre des prud'hommes de la Cour de justice de Genève a condamné C._ SA à verser au demandeur la somme brute de 60'728 fr.20 à titre de salaire jusqu'à l'échéance du préavis contractuel et la somme nette de 66'666 fr. 65 à titre d'indemnité pour licenciement immédiat injustifié. A la suite d'une modification des conclusions du demandeur, elle a également dit et constaté, dans le dispositif de l'arrêt, que la seule condition au transfert des 340 actions au porteur était l'entrée en force du contrat de travail du 1er octobre 2007, que la condition s'était réalisée et que le demandeur était propriétaire des actions, seule l'obligation de payer le prix devant encore être exécutée. La holding (sa légitimation pour exercer le droit de rachat, attribuée à C._ SA dans le contrat de travail, n'est plus discutée devant la Cour de céans; cf. infra let. A.f) devait en outre décider si elle entendait exercer son droit de rachat au prix convenu dans le contrat de travail.
Dans le cadre de deux autres actions judiciaires initiées par le demandeur les 1er mars 2013 et 18 juin 2015 visant la consultation des documents sociaux de C._ SA, le Tribunal fédéral a, par décisions des 14 avril 2015 et 15 mars 2017 (arrêts 4A_646/2014 et 4A_248/2017), confirmé que le demandeur était actionnaire au moment où il avait intenté ces actions.
A.f. Dans l'intervalle, le 13 décembre 2012, le demandeur a procédé au versement auprès de la holding du montant de 34'000 fr. relatif aux 340 actions de C._ SA.
Le même jour, C._ SA a déclaré au demandeur qu'elle exerçait son droit de rachat sur les 340 actions, conformément aux chiffres 5.4 et 5.5 du contrat de travail, et elle lui a versé à ce titre le montant de 9'868 fr. le lendemain. Elle a précisé par la suite que le droit de rachat était exercé pour le compte de la holding (la légitimation de celle-ci ne fait plus l'objet de contestation).
Par courrier du 23 janvier 2013, C._ SA a expliqué au demandeur qu'elle avait calculé le montant du rachat sur la base d'un bénéfice de 29'800 fr. résultant du compte de pertes et profits correspondant à la période du 1er octobre 2008 au 30 septembre 2009 qui, selon une attestation datée du 16 janvier 2013, était complet et exact. Ce bénéfice a ensuite été escompté au taux SWAP de 2,66% et adapté à la hauteur de la participation du demandeur (34%).
Le demandeur a contesté le calcul du prix des actions, soutenant que celui-ci ne respectait pas la méthode prévue contractuellement. Il s'est déclaré disposé à transférer la propriété de ses actions à la holding contre paiement du prix de vente résultant de l'art. 5.5 du contrat de travail, lequel se montait, selon lui, à 1'074'438 fr.
B.
B.a. Le demandeur a ouvert action en paiement le 28 avril 2014. La conciliation s'étant soldée par un échec, il a conclu, par demande du 25 septembre 2014, à ce que la défenderesse soit condamnée à lui payer divers montants en exécution de la convention d'actionnaires passée le 21 août 2009. En dernier lieu, il a conclu à ce que sa partie adverse soit condamnée à lui payer (intérêts en sus pour chacun des postes) 419'117 fr. à titre de dommages-intérêts pour la perte de son salaire lié au poste de managing director, ainsi que des dommages-intérêts pour le non-paiement du bonus annuel pour les exercices 2009 à 2012, soit 30'087 fr.35, 31'138 fr.95, 30'702 fr.55 et 21'290 fr.70 et un dédommagement équivalant aux dividendes qu'il aurait dû percevoir en sa qualité d'actionnaire de C._ SA pour les exercices 2009 à 2014, soit 136'000 fr., 156'400 fr., 139'400 fr., 102'000 fr., 91'800 fr. et 76'500 fr.
La défenderesse a conclu à ce que le demandeur soit débouté de toutes ses conclusions. Sur demande reconventionnelle du 24 décembre 2014, elle a préalablement conclu à ce qu'il soit dit qu'elle a valablement exercé son droit de rachat des 340 actions de C._ SA auprès du demandeur, qu'elle lui a valablement payé l'intégralité du prix de celles-ci et qu'elle était donc titulaire d'une créance tendant au transfert de ces actions. Elle a conclu principalement à ce que le demandeur soit condamné à lui transférer immédiatement la propriété des 340 actions de C._ SA.
Le demandeur a conclu à ce que la défenderesse soit déboutée des fins de sa demande reconventionnelle et, prenant une nouvelle conclusion, il a demandé à ce que sa partie adverse soit condamnée à lui payer le montant de 1'064'570 fr., intérêts en sus, pour le solde du prix des 340 actions contre cession de celles-ci.
B.b. Par jugement du 23 juillet 2018, le Tribunal de première instance, statuant sur demande principale, a condamné la défenderesse à verser au demandeur (intérêts en sus) les sommes de 372'997 fr.55 (ch. 2 du dispositif), 30'087 fr.35 (ch. 3), 31'138 fr.95 (ch. 4), 30'702 fr.55 (ch. 5), 21'174 fr.90 (ch. 6), 136'000 fr. (ch. 7), 156'400 fr. (ch. 8), 139'400 fr. (ch. 9), 102'000 fr. (ch. 10), 91'800 fr. (ch. 11) et 76'500 fr. (ch. 12). Il a déclaré irrecevable la conclusion nouvelle portant sur le paiement du montant de 1'064'570 fr.
Statuant sur demande reconventionnelle, le tribunal a condamné le demandeur à céder à la défenderesse les 340 actions de C._ SA « donnant donnant » contre le paiement, par la défenderesse au demandeur, de la somme de 88'946 fr.90, intérêts en sus (ch. 14). Il a ensuite réparti les frais judiciaires (ch. 15 à 17) et débouté les parties de toutes autres conclusions (ch. 18).
B.c. Les parties ont toutes deux formé un appel contre ce jugement.
Par arrêt du 20 juin 2019, la Chambre civile de la Cour de justice du canton de Genève a annulé les ch. 2 à 6 du dispositif du premier jugement qui concernaient la demande principale et, statuant à nouveau, corrigé les montants retenus par les premiers juges et condamné la défenderesse à verser au demandeur, intérêts en sus, les sommes de 351'363 fr.65 (ad ch. 2 dispositif du premier jugement), 28'468 fr.65 (ad ch. 3), 29'463 fr. (ad ch. 4), 29'050 fr.75 (ad ch. 5) et 20'035 fr. 70 (ad ch. 6).
La cour cantonale, considérant que la conclusion nouvelle (paiement de 1'064'570 fr.) était recevable (mais mal fondée), a indiqué qu'elle pouvait ainsi, s'agissant de la demande reconventionnelle, écarter l'exécution « donnant donnant (qui avait été décidée par les premiers juges) et (pour que le jugement ait l'autorité de la chose jugée en lien avec les prestations respectives de chacune des parties) condamner explicitement, d'un côté, la défenderesse à verser au demandeur la somme de 88'946 fr.90, intérêts en sus, à titre du solde du prix des 340 actions de C._ SA et, de l'autre côté, le demandeur à céder à la défenderesse les 340 actions de C._ SA à réception du montant de 88'946 fr.90.
Sur demande principale, la cour cantonale a en substance retenu que, selon la volonté réelle des parties, l'art. 5 de la convention d'actionnaires avait pour but de garantir le demandeur contre un congé sans justes motifs qui le priverait de son poste de managing director de C._ SA et que la holding répondait, en qualité de porte-fort (<ref-law>), du préjudice (perte de salaires et absence de bonus) causé par le congé. L'autorité précédente a également jugé que le demandeur avait droit, sur la base de l'<ref-law> (gestion d'affaires imparfaite de mauvaise foi), aux dividendes rattachés à ses actions, que la défenderesse s'était appropriés.
Sur demande reconventionnelle, elle a retenu que, selon la volonté objective des parties, la valeur des actions achetées par la défenderesse (lorsque celle-ci a exercé son droit de rachat) devait être calculée sur la base de la période de dix ans précédant la date de résiliation du contrat de travail (13 octobre 2009) soit, pour simplifier, du 1er octobre au 30 septembre 2009.
C.
C.a. Le demandeur exerce un recours en matière civile au Tribunal fédéral contre l'arrêt cantonal du 20 juin 2019. Il conclut, principalement, à ce que l'arrêt de la Cour de justice soit réformé en tant qu'il concerne la demande reconventionnelle, à ce que la défenderesse soit condamnée à lui verser la somme de 1'005'321 fr.90, intérêts en sus, à titre de solde du prix des 340 actions de C._ SA et à ce qu'il soit lui-même condamné à céder ces actions à la défenderesse à réception de cette somme. Subsidiairement, il reprend les mêmes conclusions mais en fixant le solde du prix des actions à 1'064'570 fr. Plus subsidiairement encore, il requiert qu'il soit dit que le prix de vente doit être calculé par rapport aux profits générés sur la période du 14 octobre 2008 au 13 octobre 2009 et à ce que la cause soit renvoyée à l'autorité cantonale pour déterminer ces profits. Le recourant estime que la cour précédente a fait une interprétation objective incorrecte de la convention d'actionnaires, qu'elle a violé l'<ref-law>, ainsi que les règles sur le fardeau de la preuve.
La défenderesse intimée conclut au rejet du recours et à ce que le demandeur soit condamné à lui céder les 340 actions de C._ SA (sans autre contrepartie).
C.b. La défenderesse exerce également un recours en matière civile au Tribunal fédéral contre l'arrêt cantonal du 20 juin 2019. Elle conclut à son annulation et à ce que le demandeur soit condamné à lui céder les 340 actions de C._ SA (toutes autres conclusions devant être écartées), subsidiairement, à ce que la cause soit renvoyée à l'autorité cantonale pour nouvelle décision. Elle estime que la cour cantonale a violé le droit fédéral, soit les art. 18, 111, 627 ch. 9, 628 al. 3, 635 ch. 3, 642 CO et l'art. 45 al. 2 let. d ORC en lien avec les dommages-intérêts dus à titre de perte de salaires pour la période du 14 octobre 2009 au 13 décembre 2012 et de bonus pour les années 2009 à 2012, ainsi que les art. 68 ss, 82, 167, 185, 419 ss (en particulier l'art. 423), 660 et 678 CO en lien avec les montants dus (remise de gain) à titre de restitution des dividendes pour les années 2009 à 2014.
Le demandeur intimé conclut à la confirmation de l'arrêt entrepris dans la limite des conclusions qu'il a lui-même prises dans son propre recours en matière civile.
Les parties ont encore chacune déposé des observations.

Considérant en droit :
1.
Les recours (4A_450/2019 et 4A_460/2019) étant tous deux dirigés contre le même arrêt et les questions juridiques qui se posent portant essentiellement sur les mêmes objets, il y a lieu de joindre les deux procédures.
2.
2.1. Dirigés contre une décision finale (<ref-law>), rendue sur appels émanant des deux parties par le tribunal supérieur du canton (<ref-law>) dans une affaire ayant pour objet l'exécution d'une convention d'actionnaires et la remise de gain (<ref-law>), dont la valeur litigieuse excède 30'000 fr. (<ref-law>), les recours en matière civile, qui ont été formés en temps utiles (art. 100 al. 1 et 45 al. 1 LTF), sont recevables au regard de ces dispositions.
2.2. Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>). Il ne peut s'en écarter que si ces faits ont été établis de façon manifestement inexacte - ce qui correspond à la notion d'arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (<ref-ruling> consid. 4.1.2; <ref-ruling> consid. 5.1) - ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> (<ref-law>), et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (<ref-law>).
Concernant l'appréciation des preuves, le Tribunal fédéral n'intervient, du chef de l'art. 9 Cst., que si le juge du fait n'a manifestement pas compris le sens et la portée d'un moyen de preuve, a omis sans raisons objectives de tenir compte des preuves pertinentes ou a effectué, sur la base des éléments recueillis, des déductions insoutenables (<ref-ruling> consid. 4.2; <ref-ruling> consid. 4.2).
La critique de l'état de fait retenu est soumise au principe strict de l'allégation énoncé par l'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 2.3 p. 266 et les références). La partie qui entend attaquer les faits constatés par l'autorité précédente doit expliquer clairement et de manière circonstanciée en quoi ces conditions seraient réalisées (<ref-ruling> consid. 1.3.1 p. 18 et les références). Si la critique ne satisfait pas à ces exigences, les allégations relatives à un état de fait qui s'écarterait de celui de la décision attaquée ne pourront pas être prises en considération (<ref-ruling> consid. 1.3.1 p. 18). Les critiques de nature appellatoire sont irrecevables (<ref-ruling> consid. 1.3 p. 261 s.).
2.3. Sous réserve de la violation des droits constitutionnels (<ref-law>), le Tribunal fédéral applique le droit d'office (<ref-law>) à l'état de fait constaté dans l'arrêt cantonal ou, cas échéant, à l'état de fait qu'il aura rectifié. Il n'est toutefois lié ni par les motifs invoqués par les parties, ni par l'argumentation juridique retenue par l'autorité cantonale; il peut donc admettre le recours pour d'autres motifs que ceux invoqués par le recourant, comme il peut le rejeter en opérant une substitution de motifs (<ref-ruling> consid. 1.4 et l'arrêt cité).
Recours du demandeur (4A_450/2019)
3.
La cour cantonale a retenu que le prix des 340 actions, rachetées par la défenderesse, devait être calculé en fonction de la période de 12 mois précédant la résiliation du contrat de travail. Le congé ayant été donné le 13 octobre 2009, elle a considéré, pour simplifier, que cette période allait du 1er octobre 2008 au 30 septembre 2009 (ce qui lui permettait de se fonder sur les comptes trimestriels correspondant à cette date), tout en soulignant que le demandeur n'avait pas démontré qu'il existerait un écart significatif entre le 1er et le 13 octobre 2009. En définitive, elle a retenu que la défenderesse devait payer au demandeur la somme de 88'946 fr.90 à titre de solde du prix des actions.
Le recourant, qui réclame 1'005'321 fr. 90 (voire 1'064'570 fr.) pour ce solde, soutient que les juges cantonaux ont fait une interprétation erronée de la formule du calcul du prix figurant à l'art. 5.5 du contrat de travail, qu'il était exclu de prendre comme référence la date du 30 septembre 2009, mais qu'il convenait de se fonder sur la date de l'exercice du droit de rachat (13 décembre 2012), soit, pour simplifier, le 31 décembre 2012, subsidiairement le 31 janvier 2010 (terme du délai de congé en cas de résiliation ordinaire) et, très subsidiairement, le 13 octobre 2009 (date effective de la notification du congé).
3.1. Lorsqu'il lui incombe de rechercher le sens d'une clause contractuelle, le juge doit rechercher, dans un premier temps, la réelle et commune intention des parties (interprétation subjective), le cas échéant empiriquement, sur la base d'indices (<ref-ruling> consid. 2.3.2, 626 consid. 3.1 p. 632; <ref-ruling> consid. 4.1). L'appréciation de ces indices concrets par le juge, selon son expérience générale de la vie, relève du fait (arrêts 4A_508/2016 du 16 juin 2017 consid. 6.2 et les arrêts cités, non publié in <ref-ruling>; 4A_98/2016 du 22 août 2016 consid. 5.1). Si le juge parvient à la conclusion que les parties se sont comprises ou, au contraire, qu'elles ne se sont pas comprises, il s'agit de constatations de fait qui lient le Tribunal fédéral (<ref-law>), à moins qu'elles ne soient manifestement inexactes (art. 97 al. 1 et 105 al. 2 LTF), c'est-à-dire arbitraires au sens de l'art. 9 Cst. (<ref-ruling> consid. 5.2.2).
Si le juge ne parvient pas à déterminer la volonté réelle et commune des parties - parce que les preuves font défaut ou ne sont pas concluantes - ou s'il constate qu'une partie n'a pas compris la volonté exprimée par l'autre à l'époque de la conclusion du contrat - ce qui ne ressort pas déjà du simple fait qu'elle l'affirme en procédure, mais doit résulter de l'administration des preuves -, il doit recourir à l'interprétation normative (ou objective), à savoir rechercher leur volonté objective, en déterminant le sens que, d'après les règles de la bonne foi, chacune d'elles pouvait et devait raisonnablement prêter aux déclarations de volonté de l'autre. Il s'agit d'une interprétation selon le principe de la confiance (<ref-ruling> consid. 5.2.3 et les arrêts cités; arrêts 4A_508/2016 déjà cité consid. 6.2; 4A_98/2016 déjà cité consid. 5.1). La détermination de la volonté objective des parties, selon le principe de la confiance, est une question de droit, que le Tribunal fédéral examine librement; pour la trancher, il faut cependant se fonder sur le contenu des manifestations de volonté et sur les circonstances, lesquelles relèvent du fait (<ref-ruling> consid. 5.2.3; <ref-ruling> consid. 2.2.1 p. 67 et les arrêts cités).
3.2. La cour cantonale ne qualifie pas explicitement l'interprétation (subjective ou objective) à laquelle elle a procédé. Elle confirme toutefois entièrement la décision prise par le Tribunal de première instance qui a déterminé le sens du contrat de travail (art. 5.5 concernant la date à laquelle il convient de calculer le prix des actions) en recherchant comment le contrat devait être compris de bonne foi.
La cour cantonale - sans le dire explicitement - a ainsi d'emblée appliqué le principe de la confiance, laissant entendre qu'il n'était pas possible d'établir la volonté réelle et commune des parties. Le demandeur ne conteste pas ce procédé (sur lequel il n'y a donc pas lieu de s'arrêter; <ref-ruling> consid. 4b p. 124; arrêt 4A_98/2016 du 22 août 2016 consid. 5.1), mais s'attaque directement au résultat de l'interprétation des juges cantonaux, soutenant qu'une saine application du principe de la confiance aurait dû les conduire à retenir une date de référence qui lui était plus favorable.
3.3. Les divers arguments soulevés par le recourant ne permettent pas de démontrer, comme on va le voir, une application incorrecte du principe de la confiance par les juges cantonaux.
3.3.1. Le recourant soutient que les parties n'auraient pas envisagé l'exercice du droit de rachat à une date aussi éloignée de la fin des rapports de travail et qu'il existerait une lacune qu'il conviendrait de combler, ce qui impliquerait de rechercher la volonté hypothétique des parties. Selon lui, il s'agirait alors de calculer le prix des actions sur la base des profits existant au moment où le droit de rachat a été exercé (pour simplifier, le 31 décembre 2012).
L'argumentation ne convainc pas.
D'une part, force est de constater que le demandeur avait initialement admis le sens donné à l'art. 5.5 du contrat de travail par la cour cantonale, puisque, lors de la procédure prud'homale à laquelle l'arrêt de la Cour de justice du 30 octobre 2012 a mis un terme, il avait lui-même adopté une position tenant compte du bénéfice de C._ SA sur les 12 mois précédant la résiliation du contrat de travail, quelle que soit la date à laquelle l'option de rachat était exercée.
D'autre part, force est de constater que le texte de l'art. 5.5 du contrat de travail prévoit explicitement que le prix d'achat doit être calculé en fonction de la date de résiliation du contrat. Même si, au début de la relation contractuelle, les parties avaient vraisemblablement imaginé que l'option d'achat serait exercée au moment de la résiliation (et la valeur des actions calculées à cette date), le contrat de travail ne prévoit pas de date limite à partir de laquelle le droit de rachat ne pourrait plus être exercé, de sorte que l'acquisition pouvait avoir lieu à n'importe quel moment (ce qui ne pouvait raisonnablement échapper aux parties). Or, aucun élément ou indice ne permet de dire que les parties auraient omis de prévoir une règle (différente) pour les cas où le droit de rachat ne serait exercé que des mois, voire des années après la résiliation.
Au contraire, la titularité des actions de C._ SA était intrinsèquement liée à l'existence de rapports de travail avec la société (cf. supra let. A.b dernier par.) et l'on peut objectivement retenir que les parties entendaient permettre à l'employé de bénéficier de la valeur des actions à laquelle il avait contribué par son travail; cet objectif sous-jacent implique de calculer la valeur des actions à la date de la résiliation du contrat de travail. De bonne foi, il ne s'agissait dès lors pas (dans l'hypothèse d'un droit de rachat exercé tardivement) de faire entrer en ligne de compte, pour fixer le prix des actions, des profits ou des pertes réalisés des mois ou des années après le départ de l'employé. Cela étant, contrairement à ce que pense le recourant, on ne saurait parler de lacune du contrat.
C'est en vain que le demandeur sous-entend que l'interprétation de l'autorité cantonale ne permet pas en soi de tenir compte équitablement des intérêts de chacune des parties, la société étant largement favorisée, à son détriment. Le déséquilibre qu'il évoque résulte du fait qu'il part du postulat qu'entre la date du congé et celle de l'exercice du droit de rachat, le bénéfice de la société ne pouvait qu'augmenter (de même que la valeur des actions) et qu'il écarte totalement l'hypothèse d'une situation défavorable pour la société durant la même période, dans laquelle il aurait tiré avantage de la règle selon laquelle la valeur des actions est calculée à la date de la résiliation (et non lors de l'exercice postérieur du droit de rachat).
La critique est infondée.
3.3.2. Subsidiairement, le demandeur fait valoir que si C._ SA avait agi dans les limites de la loi et qu'elle n'avait pas mis fin aux rapports de travail la liant au demandeur avec effet immédiat (sans justes motifs), le contrat aurait pris fin au terme du délai de congé, soit le 31 janvier 2010; il conviendrait de prendre cette date comme référence et, pour simplifier, de se baser sur les profits des 12 mois précédant le 31 décembre 2009.
Le fait que les juridictions prud'homales aient jugé que le congé a été donné avec effet immédiat le 13 octobre 2009 alors même qu'il n'existait pas de justes motifs n'a pas eu pour effet de prolonger les rapports de travail. Il n'est dès lors pas possible, comme la cour cantonale l'a explicitement relevé, de déplacer théoriquement la date de fin des rapports de travail au 31 janvier 2010 (arrêt entrepris p. 33 3e par.), l'existence d'un éventuel abus de droit à cet égard étant une question différente (cf. paragraphe suivant).
Le recourant revient à la charge en reprochant à la défenderesse d'avoir, par ce procédé (congé immédiat en l'absence de justes motifs), acquis une position (la date de la résiliation) de manière abusive et, selon lui, le mécanisme correcteur de l'<ref-law> appellerait un calcul du prix des actions au 31 janvier 2010, soit, pour simplifier, au 31 décembre 2009. L'argument tombe à faux puisque la résiliation a été notifiée au demandeur par C._ SA et que l'on ne saurait dès lors pas reprocher à la défenderesse (la holding) un comportement qui n'était pas le sien.
Le recourant tente bien d'imputer le comportement de C._ SA à la défenderesse en alléguant que celle-ci a permis la notification du congé avec effet immédiat « par sa violation du pacte d'actionnaires et sa participation au congé ». L'attitude ainsi décrite ne permet toutefois pas d'assimiler la défenderesse à C._ SA de façon à ce que celle-là réponde du comportement de celle-ci. En particulier, le recourant ne tente pas de démontrer qu'il y aurait lieu d'appliquer le principe de la transparence ( Durchgriff) et, partant, l'indépendance juridique dont font preuve les deux sociétés ne saurait être ignorée.
Le moyen est infondé.
3.3.3. Plus subsidiairement encore, le recourant reproche à la cour cantonale d'avoir retenu la date du 30 septembre 2009 et de s'être limitée à signaler que le demandeur n'avait pas démontré l'existence de profits significatifs entre le 1er et le 13 octobre 2009 (date de la résiliation proprement dite).
Comme les documents comptables (fin du troisième trimestre) permettant de chiffrer la valeur des actions datent du 30 septembre 2009, on ne saurait en soi reprocher à la cour cantonale d'être partie de cette date puisque la résiliation à proprement parler a été notifiée à l'employé moins de deux semaines plus tard (13 octobre 2009). La cour cantonale n'en est d'ailleurs pas restée là, mais elle a justifié sa décision en relevant qu'aucune pièce du dossier ne permettait de démontrer que les bénéfices de C._ SA auraient augmenté de manière importante déjà à compter du 1er octobre 2009 et que le demandeur n'a pas apporté la preuve d'un changement significatif entre le 30 septembre 2009 et le 13 octobre 2009; à cet égard, on ne saurait reprocher à la cour cantonale d'avoir empêché le demandeur de fournir une preuve (au motif que les données précises relatives aux profits à court terme seraient en possession de la défenderesse) puisque, comme la cour cantonale l'a retenu, le demandeur (en tant qu'administrateur délégué) aurait eu, au terme de son activité comme managing director, connaissance des faits susceptibles d'identifier de futurs revenus conséquents et qu'il n'a pas allégué de tels faits.
Cela étant, on ne saurait reprocher à la cour cantonale d'avoir violé le droit à la preuve du demandeur.
Le moyen est infondé.
Recours de la défenderesse (4A_460/2019)
4.
En ce qui concerne les dommages-intérêts pour la perte de salaires et le non-paiement des bonus afférents aux exercices 2009 à 2012 (soit une somme totale de 458'382 fr.45 allouée par la cour cantonale), la recourante (qui soutient ne rien devoir à ce double titre) soutient que les juges cantonaux ont entrepris une « mauvaise interprétation de la volonté des parties », respectivement une « qualification incorrecte » de la convention d'actionnaires du 21 août 2009 et que c'est à tort qu'ils ont retenu qu'elle aurait garanti au demandeur le maintien de son contrat de travail avec C._ SA et de la rémunération correspondante. Elle invoque la violation des art. 18 al. 1 et 111 CO.
4.1. Bien qu'elle ne qualifie pas explicitement l'interprétation (subjective ou objective) à laquelle elle a procédé, force est de constater que la cour cantonale a entrepris son examen sous l'angle factuel. Partant, elle a recherché la volonté réelle des parties (cf. supra consid. 3.1). La recourante le confirme d'ailleurs explicitement puisqu'elle relève que, « pour qualifier un porte-fort, il convient de rechercher la commune et réelle intention des parties (<ref-law>), cela même si le texte du contrat est clair », et qu'elle reproche à la cour cantonale de n'avoir « pas correctement déterminé cette intention ».
La recourante ne soutient toutefois pas que la cour cantonale aurait établi la volonté réelle des parties de manière arbitraire (art. 9 Cst.) et sa motivation n'est pas présentée dans cette perspective. La critique, qui ne respecte pas les exigences posées par les art. 97 al. 1 et 106 al. 2 CO, se révèle dès lors irrecevable.
On observera en outre que, dans la partie de son recours remettant en cause la qualification du contrat (porte-fort), la recourante revient bel et bien à nouveau sur la volonté réelle des parties lorsqu'elle soutient que la convention d'actionnaires « ne contient aucune clause de garantie au sens propre » et, en particulier, qu'aucune mention ne permet de comprendre que l'emploi du demandeur serait maintenu durant une période déterminée ou indéterminée, à certaines conditions et avec une certaine rémunération. Cette critique, qui ne remplit pas non plus les exigences de recevabilité posées par la LTF, est quoi qu'il en soit sans consistance. Il résulte en effet de la clause n° 3 de la convention d'actionnaires que le demandeur occupait le poste de managing Director de C._ SA. Selon la clause n° 5, la résiliation du managing director ne devait intervenir, en l'absence de justes motifs, qu'avec une majorité de 75% du capital-actions. Lorsque la convention d'actionnaires a été signée, le demandeur détenait (cf. clause n° 1) 340 actions, soit 34% du capital-actions. Par la clause n° 5, la holding s'est expressément engagée à éviter qu'une décision visant à écarter le demandeur ne soit prise (sauf en cas de justes motifs) sans son accord. Partant, elle revêtait bien la fonction d'une garantie en faveur du demandeur, étant encore relevé que les témoins entendus ont confirmé que, dans l'esprit de la convention, il s'agissait effectivement d'améliorer la position du demandeur.
Il y a donc lieu de retenir, à la suite de la cour cantonale, que, selon la volonté réelle des parties, la clause n° 5 de la convention d'actionnaires (qui avait un effet obligatoire entre les parties) avait pour objectif de garantir au demandeur qu'il ne serait pas congédié sans justes motifs, cette protection valant tant pour le poste de travail que pour la fonction d'administrateur, les deux étant indissociables.
4.2. Le raisonnement tenu ensuite par la recourante - qui soutient qu'il est exclu de qualifier de porte-fort (<ref-law>) l'accord conclu entre les parties - nécessite une distinction entre la volonté réelle des parties à l'origine de l'accord (cf. supra consid. 4.1) et la qualification de leur accord. Il convient dès lors d'examiner cette dernière question (de droit), soit de déterminer si l'accord conclu entre les parties constitue bien un porte-fort (sur la distinction entre le contenu de l'accord voulu par les parties et sa qualification en tant que contrat nommé ou innommé, cf. arrêt 4A_262/2017 du 17 janvier 2018 consid. 4.2.1 et 4.4 et les auteurs cités).
Les critiques de la recourante relatives à la volonté réelle des parties, dont il a été fait justice ci-dessus, sont à ce stade dénuées de pertinence (cf. supra consid. 4.1).
4.2.1. Celui qui se porte fort (ou garant) promet au bénéficiaire (ou stipulant) le fait d'un tiers et s'engage à lui payer des dommages-intérêts si ce tiers ne s'exécute pas (<ref-law>). Il assume une obligation indépendante qui peut exister même si le tiers n'est pas débiteur du bénéficiaire ou si son obligation est nulle ou invalidée (<ref-ruling> consid. 2 p. 307 et les références). Sauf convention contraire, la garantie est exigible dès que la prestation du tiers n'est pas effectuée au moment convenu. Le bénéficiaire de la promesse n'est pas tenu de mettre le tiers en demeure, ni de le rechercher (ATF <ref-ruling> consid. 4.2.2 et les auteurs cités).
Le dommage à réparer consiste dans la différence entre la situation patrimoniale du bénéficiaire telle qu'elle est et telle qu'elle serait si le tiers avait eu le comportement promis; sauf convention contraire, les dommages-intérêts doivent être fixés conformément aux règles usuelles régissant l'inexécution des obligations (arrêt 4A_290/2007 du 10 décembre 2007 consid. 6.1 et les auteurs cités).
4.2.2. C'est en vain que la recourante relève que l'existence d'un accord au sens de l'<ref-law> ne peut être envisagé que si la partie qui se porte fort (le garant) a un intérêt à ce que le tiers se comporte d'une manière déterminée envers le bénéficiaire et qu'elle soutient qu'elle n'avait aucun intérêt au maintien de l'emploi du demandeur.
D'une part, si le garant agit en général dans son intérêt propre, cet élément n'est pas déterminant pour la qualification de l'acte, mais il ne constitue qu'un critère (parmi d'autres) à cet égard (cf. TERCIER/BIERI/CARRON, Les contrats spéciaux, 5e éd. 2016, p. 962 n. 6524). D'autre part, l'argumentation de la recourante ne convainc pas puisqu'elle est en contradiction avec la motivation qui était la sienne lors de la conclusion de la convention d'actionnaires : c'est bien son intérêt au maintien du demandeur dans l'entreprise qui l'a menée à signer la convention en 2009 qui vise à protéger le demandeur contre une résiliation sans justes motifs de son poste de managing director.
4.2.3. La recourante soutient que le contenu de l'arrêt 4C.376/2002 du 20 mars 2003, auquel se réfèrent les magistrats cantonaux, n'est d'aucune utilité en l'espèce et qu'il démontrerait même que la clause n° 5 de la convention d'actionnaires ne peut pas être qualifiée de porte-fort.
Certes, le précédent évoqué portait sur un contrat de vente d'actions (et non une convention d'actionnaires) qui contenait une clause particulière prévoyant explicitement le maintien d'un contrat de travail d'un actionnaire pendant cinq ans, aux mêmes conditions que préalablement (arrêt 4C.376/2002 déjà cité let. A). L'existence d'un porte-fort n'est toutefois pas subordonnée exclusivement à l'existence d'un contrat de vente, mais cette garantie peut également figurer dans d'autres contrats, comme une convention d'actionnaires. Quant à la clause elle-même, sa qualification comme porte-fort était certainement particulièrement évidente dans le précédent qui vient d'être évoqué; il n'en demeure pas moins qu'en l'espèce, dans la convention d'actionnaires, la clause n° 5 ne peut être interprétée comme une simple déclaration non contraignante de la défenderesse, mais qu'elle avait bien pour but de fournir une garantie au demandeur.
4.2.4. La recourante est d'avis que, même si l'on admettait que la convention d'actionnaires contenait une clause équivalant à un porte-fort, elle n'aurait pas pu assurer le maintien de l'emploi du demandeur, puisque le contrat de travail prévoyait expressément que les rapports de travail pouvaient être résiliés en tout temps.
La recourante se méprend puisque le porte-fort ne peut pas promettre l'exécution effective de la prestation du tiers (puisqu'il s'agit du fait d'autrui), mais qu'il prend « seulement » l'engagement d'indemniser le bénéficiaire si le tiers n'exécute pas la prestation promise.
La critique tombe à faux.
4.2.5. La recourante soutient, « à titre subsidiaire », que si l'on admettait l'existence d'un porte-fort, le demandeur ne pourrait en aucun cas être indemnisé jusqu'au 31 décembre 2012 (date de l'exercice du droit de rachat) alors même que son contrat de travail a pris fin le 13 octobre 2009, que le demandeur avait été informé de la perte de sa qualité d'actionnaire le même mois et que le préavis de dénonciation de la convention d'actionnaires était de six mois.
L'argument confine à la témérité puisqu'il a été retenu, dans l'arrêt de la Chambre des prud'hommes de la Cour de justice du 30 octobre 2012, ainsi que dans deux arrêts du Tribunal fédéral (arrêts 4A_646/2014 et 4A_248/2017) que le demandeur n'a pas perdu sa qualité d'actionnaire le 13 octobre 2009.
La critique n'a aucune consistance.
Les moyens invoqués par la recourante se révèlent dès lors infondés dans la mesure où ils sont recevables.
4.3. Subsidiairement, la recourante soutient que, même si la convention d'actionnaires contenait une clause de porte-fort, il conviendrait d'admettre que les prétentions du demandeur consisteraient en des avantages particuliers et qu'en ne les faisant pas figurer dans les statuts ou l'acte constitutif de C._ SA, les parties ont démontré qu'elles n'avaient aucune intention de garantir le maintien de la position du demandeur ni la rémunération correspondante. Elle invoque la violation des art. 627, 628, 635 et 642 CO, ainsi que de l'<ref-law>.
La recourante, pourtant soucieuse d'établir une distinction précise entre les différentes personnes impliquées dans le litige (C._ SA, la défenderesse, le demandeur) et les relations nouées entre elles, omet ici de rappeler que le demandeur ne fonde pas ses prétentions sur les statuts ou l'acte constitutif de C._ SA, mais sur la convention d'actionnaires d'août 2009 (à laquelle cette dernière société n'était pas partie) et qu'il n'a pas actionné C._ SA, mais bien la défenderesse (la holding).
La critique tombe à faux.
5.
S'agissant du poste des dividendes (somme globale de 702'100 fr.), la recourante considère que c'est à tort que la cour cantonale a retenu que ses agissements devaient être qualifiés de gestion d'affaires imparfaite de mauvaise foi.
5.1. Selon l'<ref-law>, lorsque la gestion n'a pas été entreprise dans l'intérêt du maître, celui-ci n'en a pas moins le droit de s'approprier les profits qui en résultent.
5.1.1. Cette disposition vise l'hypothèse de la gestion d'affaires imparfaite de mauvaise foi (<ref-ruling> consid. 4 p. 425). La gestion d'affaires est qualifiée d'imparfaite lorsque le gérant, qui intervient illicitement dans les affaires du maître, agit non pas dans l'intérêt de ce dernier, mais dans son propre intérêt ou celui d'un tiers. L'<ref-law> a pour but essentiel d'éviter que le gérant, auteur de l'ingérence, ne profite de celle-ci et qu'il n'en conserve les profits. Le maître, qui dispose d'une créance tendant à la restitution du profit réalisé par le gérant, peut faire valoir l' « action en remise de gain » (arrêt 4A_88/2019 du 12 novembre 2019 consid. 3.1.1).
Pour que la règle de l'<ref-law> trouve application, trois conditions cumulatives doivent être réalisées:
1) Une atteinte illicite aux droits réels ou aux droit patrimoniaux d'autrui (fondement juridique). L'intervention du gérant est illicite si elle a lieu sans cause, c'est-à-dire qu'elle ne repose ni sur un contrat ni sur la loi (4A_88/2019 déjà cité consid. 3.1.1; <ref-ruling> consid. 2a).
2) La volonté du gérant, auteur de l'ingérence, de gérer l'affaire exclusivement ou de manière prépondérante dans son propre intérêt (arrêt 4A_88/2019 déjà cité consid. 3.1.1). C'est le cas lorsque le gérant encaisse pour son compte un paiement dû au maître (ANNE HÉRITIER LACHAT, in Commentaire romand, Code des obligations I, n° 16 ad <ref-law>; SCHMID, Zürcher Kommentar, 3e éd. 1993, n° 90 ad <ref-law>; cf. ATF 68 II 29 dans lequel l'application de l'<ref-law> a finalement été écartée, le gérant pensant de bonne foi que le paiement lui était destiné).
3) La mauvaise foi du gérant (<ref-ruling> consid. 4 p. 425; <ref-ruling> consid. 2a p. 72). Il agit de mauvaise foi s'il sait ou doit savoir (<ref-law>) qu'il s'immisce dans la sphère d'autrui sans avoir de motif pour le faire (<ref-ruling> consid. 2a p. 72; arrêt 4A_88/2019 déjà cité consid. 3.1.1).
5.1.2. Si ces conditions sont remplies, le gérant est tenu de restituer au maître le profit (illégitime) qu'il a réalisé, soit tout avantage pécuniaire résultant de l'ingérence qui réside dans la différence entre le patrimoine effectif de l'auteur de la violation et la valeur qu'aurait ce patrimoine en l'absence de toute violation (<ref-ruling> consid. 4.1.1 p. 308). Le profit doit toutefois être en lien de causalité avec l'atteinte illicite incriminée (<ref-ruling> consid. 3.2 p. 161 s.; sur la nature controversée de ce lien, cf. arrêt 4A_88/2019 déjà cité consid. 3.1.2).
La restitution porte sur l'enrichissement net (profit net) du gérant (cf. <ref-law>), soit le montant du profit brut que celui-ci a généré par son atteinte illicite, duquel on déduit le montant des coûts qu'il a engagés (les impenses).
5.1.3. Dans la mesure où la restitution porte sur l'enrichissement net du gérant, le maître a la charge de prouver le montant de la recette brute (profit brut), alors que le gérant doit établir le montant des coûts engagés (les impenses).
Une évaluation par application analogique de l'<ref-law> n'est admissible que si les conditions en sont remplies. La preuve facilitée prévue par cette règle ne libère pas le demandeur de la charge de fournir au juge, dans la mesure où cela est possible et où on peut l'attendre de lui, tous les éléments de fait qui constituent des indices de l'existence du profit et qui permettent ou facilitent son estimation; elle n'accorde pas au lésé la faculté de formuler sans indications plus précises des prétentions en remise de gain de n'importe quelle ampleur (<ref-ruling> consid. 4.1.2; <ref-ruling> consid. 5.1 p. 363 s.).
5.2. En l'espèce, il s'agit d'examiner si les trois conditions d'application de l'<ref-law> sont réalisées.
5.2.1. La cour cantonale a retenu que la défenderesse (gérante), en tant qu'actionnaire majoritaire, a usurpé les droits du demandeur (maître) en percevant les dividendes en lieu et place de celui-ci (première condition) pour les exercices 2009 et 2014.
5.2.2. Il est patent que la défenderesse, qui s'est comportée comme si elle était devenue propriétaire des 340 actions appartenant au demandeur, a eu la volonté d'encaisser les dividendes pourtant dus à celui-ci, exclusivement dans son propre intérêt (deuxième condition).
5.2.3. La défenderesse devait savoir que le demandeur était actionnaire (troisième condition). En tant qu'actionnaire majoritaire de C._ SA, elle ne pouvait de bonne foi ignorer que l'octroi de 340 actions au demandeur était déjà prévu dans son contrat de travail de 2007 et que le demandeur était administrateur (et, partant, selon l'exigence des statuts de C._ SA, aussi actionnaire). Elle a en tout cas reconnu clairement dans la convention d'actionnaires du 21 août 2009 que le demandeur était actionnaire (en tant que titulaire de 340 actions).
5.3. La recourante tente d'infléchir les conclusions qui précèdent, en multipliant les critiques à l'encontre de l'arrêt cantonal.
5.3.1. Préalablement, elle procède à une présentation des rapports existant entre les parties et C._ SA, afin d'introduire, dans sa perspective, les diverses dispositions légales qui sous-tendent le litige et, notamment, celles visant l'obligation de restitution de l'<ref-law>, le droit à une part proportionnelle du bénéfice (art. 660 s. CO) et la cession de créance (art. 68 et 167 CO). Elle estime que la Cour de justice a mélangé les diverses relations et transgressé ces dernières dispositions légales. Il y sera fait référence dans la mesure où cela s'avère nécessaire en lien avec les griefs formulés de manière spécifique par la recourante.
5.3.2. La recourante nie être intervenue dans la sphère juridique du demandeur. Elle est d'avis que, même si elle avait perçu des montants dépassant son propre droit aux dividendes, elle aurait alors une dette vis-à-vis de C._ SA (cf. <ref-law>) et, partant, ne se serait pas enrichie.
Lorsqu'elle tente de suggérer que les montants qu'elle a perçus n'iraient pas au-delà de sa (propre) part aux dividendes, la recourante s'appuie sur une version des faits étrangère à celle établie par la cour cantonale, ce qui n'est pas admissible.
On ne peut pas non plus la suivre lorsqu'elle prétend qu'une action en remise de gain sur la base de l'<ref-law> serait d'emblée exclue et ce, même si l'on admettait (comme le suggère la recourante) que le demandeur, en tant qu'actionnaire, pourrait actionner la holding sur la base de l'<ref-law>, en concluant à ce que celle-ci soit condamnée à restituer les dividendes indus à C._ SA (action dite oblique selon laquelle l'actionnaire qui subit un dommage indirect doit conclure au paiement en mains de la société). En effet, contrairement à ce que semble penser la recourante, l'action en remise de gain repose sur un fondement juridique totalement distinct (<ref-law>) de celui qui sous-tend l'action de l'<ref-law>, puisqu'elle vise à protéger (directement) le demandeur (le maître) qui a subi une atteinte illicite à ses droits; on ne saurait en aucun cas empêcher celui-ci de faire valoir, par l'action en remise de gain, ses prétentions contre la holding (gérante) en agissant directement contre cette dernière (pour une construction similaire, en matière de responsabilité des administrateurs, cf. <ref-ruling> consid. 5.2.3 p. 117).
C'est également en vain que la recourante affirme que les conditions d'application de l'<ref-law> ne sont de toute façon pas remplies au motif que, si le dividende ne lui appartenait pas, elle aurait une dette vis-à-vis de C._ SA (cf. <ref-law>), ce qui aurait pour conséquence d'empêcher tout enrichissement et, partant, d'exclure l'action en remise de gain. En réalité, la recourante traite sa dette comme un poste appartenant aux impenses (cf. supra consid. 5.1.2), afin de pouvoir la déduire de son profit brut (généré par l'usurpation) et exclure tout enrichissement. Elle se base ainsi, pour défendre sa thèse (selon laquelle la prétention de C._ SA contre elle au sens de l'<ref-law> serait déductible au titre des impenses selon l'<ref-law>), sur une construction purement artificielle en feignant d'ignorer que la déduction des impenses repose sur un motif fondamentalement différent, qui est de permettre au gérant de déduire de son profit les coûts qu'il a lui-même engagés pour générer du profit. L'argument tombe dès lors à faux.
Quant au fait que le demandeur est titulaire d'une créance portant sur le versement de son dividende (cf. <ref-law>) à l'encontre de C._ SA et qu'il ne se serait dès lors pas appauvri par l'ingérence de la défenderesse, il n'est pas déterminant. Contrairement à ce que pense la recourante, le droit à la remise des profits réalisés par le gérant dans le cadre d'une gestion d'affaires imparfaite de mauvaise foi ne suppose pas nécessairement l'existence d'un appauvrissement du maître, mais bien - critère déterminant - l'enrichissement du gérant.
5.3.3. Pour démontrer qu'elle n'était pas de mauvaise foi et qu'elle ne pouvait pas savoir que le demandeur était actionnaire, la recourante expose de nombreux points de fait et soutient que la cour cantonale les a mal appliqués. Elle n'allègue toutefois pas que la cour cantonale aurait fait preuve d'arbitraire (art. 9 Cst.) à cet égard, ni ne motive son grief en respectant les exigences posées par les art. 97 al. 1 et 106 al. 2 LTF. La critique est dès lors irrecevable.
5.3.4. La recourante considère que l'action en remise de gain était prescrite au moins à partir du 13 décembre 2012, soit la date à laquelle le demandeur lui a versé le montant de 34'000 fr. correspondant aux 340 actions de C._ SA reçues le jour où il a signé son contrat de travail. Le délai d'une année de l'<ref-law> étant applicable, la prescription serait acquise au moment où le demandeur a ouvert action, le 28 avril 2014.
Force est toutefois de constater que la défenderesse n'a jamais allégué que le demandeur aurait eu connaissance des comptes de C._ SA ou des procès-verbaux des assemblées générales, qui lui auraient effectivement permis de calculer les dividendes qui devaient lui être attribués. Le demandeur n'a eu accès à ces documents qu'après l'arrêt du Tribunal fédéral du 14 avril 2015 (C._ SA étant alors condamnée à les produire). Le demandeur n'a eu connaissance du versement effectif des dividendes qu'à partir de 2015 et son action, ouverte en 2014, n'était dès lors pas prescrite. Le moyen est infondé.
5.3.5. Enfin, la recourante observe qu'elle a exercé son droit de rachat le 13 décembre 2012, qu'un contrat de vente inconditionnel serait alors né entre elle et le demandeur, que les profits et risques liés aux actions détenues par celui-ci lui auraient été transférés, qu'elle aurait droit aux dividendes à partir de cette date et, partant, que le demandeur ne disposait plus d'aucun fondement valable pour requérir la restitution des dividendes encaissés après le 13 décembre 2012. La recourante ne nie pas que le demandeur était toujours actionnaire après cette date (cf. arrêt entrepris p. 28 et le renvoi à l'arrêt 4A_248/2017 du 15 mars 2017 dans lequel la Cour de céans a confirmé que le demandeur était actionnaire lorsqu'il a intenté son action du 18 juin 2015 visant à la consultation des documents sociaux de C._ SA), mais elle fait une distinction entre les « droits économiques » liés aux actions (qui seraient « passés » à la défenderesse) et les « droits sociaux » qui seraient conservés par le demandeur tant que la propriété des actions n'est pas transférée.
La recourante s'appuie à nouveau sur une construction purement artificielle puisqu'il résulte des constatations cantonales que le capital-actions de la société C._ SA est constitué d'actions au porteur (<ref-law>) dont le transfert est régi par le principe de l'unité de l'action : un transfert des seuls droits économiques n'est dès lors pas envisageable.
La recourante reconnaît que la propriété des actions litigieuses n'a pas été transférée le 13 décembre 2012, ce qui implique qu'aucun droit n'a pu être transféré à cette date.
La critique tombe à faux.
6.
Il résulte des considérations qui précèdent que le recours en matière civile du demandeur doit être rejeté et que celui de la défenderesse doit être rejeté dans la mesure où il est recevable. Chaque partie s'acquittera des frais inhérents à son propre recours, soit 13'000 fr. pour le demandeur et 16'000 fr. pour la défenderesse. Celle-ci versera des dépens réduits à celui-là.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Les causes 4A_450/2019 et 4A_460/2019 sont jointes.
2.
Le recours du demandeur dans la cause 4A_450/2019 est rejeté.
3.
Le recours de la défenderesse dans la cause 4A_460/2019 est rejeté dans la mesure où il est recevable.
4.
Les frais judiciaires résultant des deux procédures (jointes), arrêtés à 29'000 fr., sont mis à la charge du demandeur pour 13'000 fr. et à la charge de la défenderesse pour 16'000 fr.
5.
La défenderesse versera au demandeur une indemnité de 3'000 fr. à titre de dépens réduits.
6.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour de justice du canton de Genève, Chambre civile.
Lausanne, le 18 mai 2020
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente : Kiss
Le Greffier : Piaget