Faits :
A.
A.a. A._, né en 1964, travaille depuis le 23 septembre 2002 pour l'entreprise B._ SA dont il est le directeur. A ce titre, il est assuré obligatoirement contre le risque d'accident auprès de la Vaudoise Générale Compagnie SA (ci-après: la Vaudoise). Le 23 novembre 2011, alors qu'il roulait au volant de sa voiture, il est entré en collision avec un camion militaire venant en sens inverse. Polytraumatisé, il a notamment subi de nombreuses fractures du visage et des membres inférieurs. La Vaudoise a pris en charge le cas.
Dans le cadre de l'instruction médicale, la Vaudoise a confié une expertise monodisciplinaire au docteur C._, spécialiste FMH en médecine interne générale et pneumologie, qui a rendu son rapport le 22 juillet 2014. Plus tard, elle a mandaté le Centre d'Expertise Médicale (CEMed) pour une expertise pluridisciplinaire. Après avoir procédé à des examens ophtalmologiques, angiologiques, oto-rhino-laryngologiques et orthopédiques, les experts ont rendu leur rapport le 5 février 2015, qu'ils ont complété les 20, 24 avril et 15 mai 2015.
A.b. Se fondant sur les rapports de ses médecins-conseils des 26 et 31 mars 2015 respectivement des 2 et 9 février 2016, la Vaudoise a rendu le 15 juillet 2016 une décision par laquelle elle a mis un terme au versement des indemnités journalières au 30 juin 2014 et à la prise en charge des frais de traitement au 31 mars 2015, a reconnu le droit de l'assuré à une indemnité pour atteinte à l'intégrité fondée sur un taux de 40 % et a refusé le droit à une rente d'invalidité. Saisie d'une opposition de l'assuré, la Vaudoise l'a écartée par décision du 28 février 2017.
B.
Par jugement du 27 juin 2019 la Cour des assurances sociales du canton de Vaud a admis le recours interjeté par l'assuré contre la décision sur opposition du 28 février 2017, a annulé celle-ci et a renvoyé la cause à la Vaudoise afin de procéder à l'estimation et au versement de ses prestations, au sens des considérants.
C.
La Vaudoise interjette un recours en matière de droit public contre ce jugement, dont elle requiert l'annulation, en concluant au renvoi de la cause à l'autorité précédente, principalement pour nouvelle décision et subsidiairement afin qu'elle mette en oeuvre une expertise judiciaire.
L'intimé conclut au rejet du recours. L'Office fédéral de la santé publique renonce à présenter des déterminations.

Considérant en droit :
1.
1.1. Le recours est recevable contre les décisions finales, à savoir contre les décisions qui mettent fin à la procédure (<ref-law>), et contre les décisions partielles, soit celles qui statuent sur un objet dont le sort est indépendant de celui qui reste en cause (<ref-law>) ou qui mettent fin à la procédure à l'égard d'une partie des consorts (<ref-law>). Les décisions préjudicielles et incidentes autres que celles concernant la compétence ou les demandes de récusation (cf. <ref-law>) ne peuvent faire l'objet d'un recours que si elles peuvent causer un préjudice irréparable (<ref-law>) ou si l'admission du recours peut conduire immédiatement à une décision finale qui permet d'éviter une procédure probatoire longue et coûteuse (<ref-law>).
1.2. En règle générale, une décision de renvoi ne met pas fin à la procédure (<ref-ruling> consid. 4.2 p. 482; arrêt 8C_819/2017 du 25 septembre 2018 consid. 1.2.1 non publié in <ref-ruling>) et n'est pas non plus de nature à causer un préjudice irréparable aux parties, le seul allongement de la durée de la procédure ou le seul fait que son coût s'en trouve augmenté n'étant pas considéré comme constitutif d'un tel dommage (<ref-ruling> précité consid. 5.2.1 et 5.2.2 p. 483). Néanmoins, si l'arrêt de renvoi ne laisse aucune latitude de jugement à l'autorité administrative appelée à statuer (à nouveau), il est assimilé à une décision finale et peut, de ce fait, faire l'objet d'un recours en matière de droit public (<ref-ruling> consid. 1.2; <ref-ruling> consid. 1.1 p. 143; arrêt 9C_611/2015 du 8 mars 2016 consid. 1.2). Lorsque l'autorité administrative à laquelle la cause est renvoyée dispose de la qualité pour recourir au Tribunal fédéral, elle doit également pouvoir attaquer un arrêt de renvoi lui enjoignant de rendre une décision qu'elle juge contraire au droit; à défaut, elle subirait en effet un préjudice irréparable au sens de l'<ref-law>, étant contrainte de rendre une décision qu'elle considère comme contraire au droit sans pouvoir ensuite la remettre en cause devant l'autorité de recours, respectivement devant le Tribunal fédéral (<ref-ruling> consid. 1 p. 379; <ref-ruling> consid. 1.2 p. 28 s.).
1.3. En l'espèce, en tant que le jugement attaqué constate que les frais de traitement des apnées obstructives par appareil CPAP sont en relation de causalité avec l'accident assuré et qu'il condamne la recourante à les prendre en charge, il constitue une décision finale. Quant au renvoi de la cause à la recourante pour qu'elle fixe la quotité des indemnités journalières au regard des indemnités déjà allouées et des certificats médicaux versés au dossier, il ne laisse aucune latitude de jugement à l'assureur-accidents appelé à statuer à nouveau et doit donc être assimilé à une décision finale. Il en va de même pour le renvoi de la cause à la recourante afin qu'elle procède au calcul et au versement de la rente d'invalidité dès le 5 février 2015 (date du rapport d'expertise du CEMed) sur la base d'une incapacité de travail résiduelle de 20 % et de l'indemnité pour atteinte à l'intégrité, dont le taux a été augmenté de 40 à 60 % sur la base de l'expertise du CEMed.
1.4. Pour le surplus, le recours est dirigé contre un arrêt rendu en matière de droit public (<ref-law>) par une autorité cantonale de dernière instance (art. 86 al. 1 let. d LTF). Il a été déposé dans le délai (<ref-law>) et la forme (<ref-law>) prévus par la loi. Il est donc recevable.
2.
2.1. Est litigieuse la question de savoir si les juges cantonaux se sont fondés à bon droit sur les conclusions du rapport d'expertise du CEMed en écartant les avis contraires des médecins-conseils de la recourante.
La cour cantonale a exposé correctement les dispositions légales et les principes jurisprudentiels applicables au cas, s'agissant notamment de la notion d'accident (<ref-law>), de l'exigence d'un lien de causalité naturelle et adéquate entre l'événement dommageable et l'atteinte à la santé (<ref-ruling> consid. 1 p. 438; <ref-ruling> consid. 3.1 et 3.2 p. 181), de la cessation des prestations d'assurance lorsque le statu quo sine vel ante est atteint (SVR 2019 UV n° 9 p. 26, arrêt 8C_421/2018 du 28 août 2018 consid. 3.2), du principe de la libre appréciation des preuves (art. 61 let. c LPGA) et de la valeur probante des rapports médicaux et des expertises (<ref-ruling> consid. 1.3.4 p. 227; <ref-ruling> consid. 4.4 p. 469 s.; <ref-ruling> consid. 5.1 p. 232; <ref-ruling> consid. 3a p. 352). Il suffit d'y renvoyer.
2.2. Si la décision qui fait l'objet d'un recours concerne l'octroi ou le refus de prestations en espèces de l'assurance-accidents, le Tribunal fédéral n'est pas lié par les faits établis par l'autorité précédente (art. 97 al. 2 et 105 al. 3 LTF). Aussi, lorsque sont en jeu des prestations en espèces et en nature, comme c'est le cas en l'espèce, le Tribunal fédéral dispose d'un pouvoir d'examen étendu en ce qui concerne les faits communs aux deux types de prestations (arrêt 8C_450/2019 du 12 mai 2020 consid. 3 et l'arrêt cité).
3.
3.1. Procédant à l'appréciation des preuves au dossier, la cour cantonale a reconnu pleine valeur probante au rapport d'expertise du CEMed. Elle a constaté que les avis divergents des deux médecins-conseils de la recourante, le docteur D._, spécialiste FMH en médecine interne, et le docteur E._, spécialiste FMH en chirurgie orthopédique, procédaient d'une appréciation divergente d'un état de fait clairement posé sur le plan médical. Considérant qu'ils n'avaient pas effectué d'examen clinique et qu'ils ne prenaient pas en considération la nécessité d'une approche globale et circonstanciée du cas d'un assuré polytraumatisé, elle en a conclu qu'ils n'étaient pas en mesure de remettre en question les conclusions des spécialistes du CEMed. Cela valait d'autant plus que chacun des trois experts, interpellés afin de répondre à certaines questions ou critiques de la recourante, avait produit un rapport complémentaire circonstancié, répondant de manière claire et précise aux questions posées, et confirmant ainsi des conclusions d'autant plus étayées. Par ailleurs, celles-ci étaient confirmées par les avis d'autres médecins versés au dossier, soit par le docteur C._ s'agissant de la problématique des apnées du sommeil et de leur traitement, et par la doctoresse F._, spécialiste en médecine générale, quant à l'évolution de la capacité de travail de son patient dans son activité.
3.2. La recourante admet le fait que ses médecins-conseils n'ont pas procédé à un examen clinique de l'assuré. Elle estime néanmoins que leurs conclusions seraient davantage probantes, dès lors qu'elles se fondent sur les examens cliniques réalisés par les médecins-experts, mais également sur les examens paracliniques, tels que radiographies, données livrées par la carte mémoire CPAP, tests neuropsychologiques. S'agissant de l'indemnité pour atteinte à l'intégrité, la recourante fait valoir que le jugement cantonal serait entaché d'une erreur manifeste, puisqu'il conclut à un taux global de 60 %, alors que même si les appréciations des médecins-experts devaient être prises en considération, le taux global serait de 55 %. Quant au lien de causalité entre le syndrome d'apnées du sommeil et l'accident du 23 novembre 2011, elle se réfère au rapport du docteur D._, lequel contesterait fermement l'existence d'un tel lien. En ce qui concerne la capacité de travail résiduelle de 80 % retenue par les juges cantonaux sur la base de l'expertise du CEMed, la recourante y oppose également l'avis de ses médecins-conseils, selon lesquels celle-ci ne serait pas limitée. Elle fait valoir que cet avis serait partagé par le docteur G._, médecin-assistant au service universitaire d'ophtalmologie de l'Hôpital H._,et par les pneumologues, les docteurs C._ et I._.
3.3. L'élément déterminant pour la valeur probante d'un rapport médical n'est ni son origine, ni sa désignation comme rapport ou comme expertise, mais bien son contenu. A cet égard, il importe que les points litigieux aient fait l'objet d'une étude circonstanciée, que le rapport se fonde sur des examens complets, qu'il prenne également en considération les plaintes exprimées par la personne examinée, qu'il ait établi en pleine connaissance de l'anamnèse, que la description du contexte médical et l'appréciation de la situation médicale soient claires et enfin que les conclusions de l'expert soient dûment motivées (ATF <ref-ruling> consid. 5.1 p. 232; <ref-ruling> consid. 3a p. 352). Cela étant, la jurisprudence a considéré qu'il était compatible avec le principe de la libre appréciation des preuves d'édicter des lignes directrices à l'égard de certaines formes de rapports médicaux et d'expertises. S'agissant d'une expertise mise en oeuvre dans le cadre d'une procédure administrative au sens de l'<ref-law>, la jurisprudence a considéré que le tribunal pouvait lui accorder une pleine valeur probante aussi longtemps qu'aucun indice concret ne permettait de douter de son bien-fondé (<ref-ruling> consid. 4.4 p. 470; <ref-ruling> E. 3b/bb p. 353). En revanche, lorsqu'un cas d'assurance est réglé sans avoir recours à une expertise externe, l'appréciation des preuves est soumise à des exigences sévères: s'il existe un doute même minime sur la fiabilité et la validité des constatations du médecin de l'assurance, il y a lieu de procéder à des investigations complémentaires (<ref-ruling> consid. 5.2; <ref-ruling> consid. 4.4 p. 470). En effet, si la jurisprudence a reconnu la valeur probante des rapports médicaux des médecins-conseils, elle a souligné qu'ils n'avaient pas la même force probante qu'une expertise judiciaire ou une expertise mise en oeuvre par un assureur social dans une procédure selon l'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 4.4 p. 469 et les références).
3.4. En l'espèce, s'agissant de la capacité de travail sous l'angle ophtalmologique, l'expert associé du CEMed a estimé qu'elle était réduite à 80 % en raison de l'importante fatigabilité et des problèmes de déplacement dans les escaliers. Du point de vue ORL, le docteur J._, spécialiste FMH en ORL, a indiqué que le syndrome d'apnée obstructive du sommeil (SAOS) avait très vraisemblablement été aggravé de manière irréversible par la déformation nasale post-traumatique (sténose des valves narinaires). Selon lui, on pouvait reconnaître comme vraisemblable que ce syndrome soit à l'origine d'une diminution de rendement qui était déjà incluse dans l'appréciation ophtalmologique, soit une diminution de rendement de 20 % dans une activité à plein temps. Dans une telle situation, seul un traitement par pression nasale positive (CPAP) permettait d'améliorer la perméabilité nasale durant le sommeil. Le docteur J._ a en outre confirmé que chez cet assuré, le CPAP était très efficace et qu'il devrait probablement être utilisé à vie. Sur le plan orthopédique, le docteur K._, spécialiste FMH en chirurgie orthopédique, a estimé que les limitations du coude et des deux genoux ne devaient pas limiter une activité de direction, mais que la montée et la descente des escaliers s'effectueraient très vraisemblablement avec un certain ralenti en raison des douleurs. Par ailleurs, la douleur à la mise à genoux était explicable objectivement, mais la mise à genoux dans le cadre professionnel lui apparaissait limitée comme directeur d'entreprise. Interpellé par le docteur E._ sur cette appréciation, le docteur K._ a signalé que l'assuré travaillait sur plusieurs étages dans le cadre de son entreprise et que le déplacement était difficile. Cela était parfaitement expliqué par la situation clinique des deux genoux et il y avait eu des deux côtés des fractures intra-articulaires et du côté gauche une fracture ouverte, la situation ne pouvant d'ailleurs que s'aggraver. Pour conclure, il a confirmé que l'assuré subissait une perte de rendement de 20 %.
3.5. Le docteur D._ a signalé qu'il ne partageait pas le point de vue du docteur J._ quant à la question de l'existence d'un lien de causalité entre le syndrome d'apnée obstructive du sommeil (SAOS) et l'accident assuré, de même que l'estimation de la capacité de travail. D'après lui, le SAOS existait avec une probabilité prépondérante déjà en 2009 et avait un potentiel d'aggravation marquée étant donné la difficulté de l'assuré à maigrir. En outre, la dyspnée n'avait aucun rapport avec l'accident non plus. Tout au plus pouvait-on admettre une aggravation respiratoire transitoire par le biais de phénomènes inflammatoires qui ne dépasserait pas les trois mois. Quant à la capacité de travail, il a fait remarquer que le traitement CPAP était efficace, faisant disparaître la fatigue diurne, et que le docteur C._ était arrivé à la conclusion que sous traitement, la capacité de travail n'était pas limitée par le SAOS. Sous l'angle orthopédique, le docteur E._ a considéré que l'examen clinique relaté dans le rapport d'expertise faisait état d'une situation parfaitement favorable: l'assuré marchait sans boiterie; la mobilité des hanches était sans limitation et indolore; la flexion-extension des deux genoux n'était pas pathologique; il n'y avait pas d'épanchement. Compte tenu des troubles séquellaires des deux genoux, dont il estimait qu'ils étaient de modique importance, et du défaut de mobilité du coude gauche qui fonctionnellement n'était pas limitant, la capacité de travail de l'assuré n'était pas réduite.
3.6. Force est de constater avec la recourante qu'il existe bien des indices concrets qui permettent de douter du bien-fondé de l'expertise du CEMed. Tout d'abord, on ne saurait suivre le raisonnement des experts lorsqu'ils affirment que la capacité de travail serait réduite à 80 % pour les mêmes causes, aussi bien sous l'angle ophtalmologique qu'orthopédique (fatigabilité et de difficulté à se déplacer). Ensuite, il apparaît douteux que l'activité habituelle de l'assuré soit effectivement adaptée aux séquelles accidentelles, notamment des genoux, dès lors que son entreprise est répartie sur cinq étages et qu'il est fréquemment amené à descendre et à monter les escaliers. D'ailleurs, le docteur K._ a relevé que s'il était possible que l'assuré exerce son activité sur un étage ou que l'on construise un ascenseur pour lui, il est vraisemblable que sa rentabilité serait à nouveau pleine et entière, en tout cas de façon transitoire jusqu'à ce que l'arthrose de ses genoux et de son coude se décompense. S'agissant de l'existence d'un lien de causalité entre l'accident assuré et le syndrome d'apnée obstructive du sommeil respectivement ses possibles répercussions sur la capacité de travail, il existe des opinions médicales circonstanciées qui aboutissent à des conclusions opposées et qu'on ne peut pas départager. Quant à l'atteinte à l'intégrité, elle a été évaluée par les experts du CEMed pour chaque atteinte séparément (affections oculaires 5 %; dommages esthétiques 10 %; arthrose modérée genou droit 10 %; arthrose modérée genou gauche 10 %; arthrose avancée huméro-cubitale coude gauche mais pronosupination pas touchée 15 %; syndrome d'apnée obstructive du sommeil 5 %). A la question de savoir s'il fallait s'attendre dans un futur plus ou moins éloigné à une augmentation significative de l'importance de l'atteinte, les experts ont répondu qu'une aggravation de l'arthrose était possible aux trois niveaux et ont indiqué que le taux des atteintes arriverait à 25 % pour le coude et à 30 % pour chacun des genoux. Dans la mesure où selon l'<ref-law>, il y a précisément lieu de tenir compte équitablement des aggravations prévisibles de l'atteinte à l'intégrité, le taux total qui en résulte est de 115 % et dépasse donc le seuil légal de 100 % (arrêt 8C_812/2010 du 2 mai 2011 consid. 6.4.1).
4.
Au vu de ce qui précède, la cour cantonale ne pouvait pas se fonder sur les conclusions émanant des experts du CEMed. Conformément à la jurisprudence citée ci-avant (<ref-ruling> consid. 4.7 p. 471), il y a lieu de renvoyer la cause aux juges cantonaux pour qu'ils ordonnent une expertise judiciaire.
5.
Le recours se révèle donc bien fondé dans sa conclusion subsidiaire et le jugement entrepris doit être annulé.
6.
L'intimé, qui succombe, supportera les frais de justice (<ref-law>). Bien qu'elle obtienne gain de cause, la recourante n'a pas droit à une indemnité de dépens (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est partiellement admis. La décision du Tribunal cantonal du canton de Vaud, Cour des assurances sociales, du 27 juin 2019 est annulée. La cause est renvoyée à la juridiction cantonale pour instruction complémentaire et nouvelle décision. Le recours est rejeté pour le surplus.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 800 fr., sont mis à la charge de l'intimé.
3.
Le présent arrêt est communiqué aux parties, au Tribunal cantonal du canton de Vaud, Cour des assurances sociales, et à l'Office fédéral de la santé publique.
Lucerne, le 6 juillet 2020
Au nom de la Ire Cour de droit social
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Maillard
La Greffière : Elmiger-Necipoglu