Erwägungen:
1.
Die Staatsanwaltschaft des Kantons Zürich stellte das Strafverfahren gegen den Beschwerdeführer wegen Vergewaltigung, Drohung, Nötigung und Tätlichkeiten mit Verfügung vom 16. Februar 2018 ein. Das Obergericht des Kantons Zürich hiess die von der Privatklägerin dagegen erhobene Beschwerde mit Beschluss vom 17. September 2018 gut; es hob die Einstellungsverfügung vom 16. Februar 2018 auf und wies die Sache an die Staatsanwaltschaft zurück.
Der Beschwerdeführer gelangt dagegen mit Beschwerde in Strafsachen an das Bundesgericht.
2.
Beim angefochtenen Entscheid handelt es sich um einen Zwischenentscheid, der das Strafverfahren gegen den Beschwerdeführer nicht abschliesst, sondern im Gegenteil dessen Fortführung bewirkt.
Gegen selbständig eröffnete Vor- und Zwischenentscheide, die weder die Zuständigkeit noch den Ausstand betreffen, ist die Beschwerde an das Bundesgericht nur zulässig, wenn sie einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken können oder wenn die Gutheissung der Beschwerde sofort einen Endentscheid herbeiführen und damit einen bedeutenden Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren ersparen würde (Art. 93 Abs. 1 lit. a und b BGG).
In der Beschwerde muss - sofern das nicht offensichtlich ist - im Einzelnen darlegt werden, weshalb diese Eintretensvoraussetzungen erfüllt sein sollen. Andernfalls genügt die Beschwerde der Begründungspflicht nach Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG nicht und es kann darauf nicht eingetreten werden (<ref-ruling> E. 2.2 S. 801; <ref-ruling> E. 1.2 S. 47; <ref-ruling> E. 1.1 S. 329; <ref-ruling> E. 4 S. 95; je mit Hinweisen).
3.
Der Beschwerdeführer äussert sich nicht zu den Eintretensvoraussetzungen von <ref-law>. Weder behauptet er, der angefochtene Beschluss bewirke einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil (<ref-law>), noch legt er dar, durch einen Entscheid des Bundesgerichts könne ein bedeutender Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren erspart werden (<ref-law>). Beides ist vorliegend auch nicht offensichtlich. Auf die Beschwerde ist mangels einer hinreichenden Begründung im Verfahren nach <ref-law> nicht einzutreten.
4.
Die Gerichtskosten sind dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (<ref-law>). Dessen Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege ist zufolge Aussichtslosigkeit abzuweisen (<ref-law>). Der finanziellen Lage des Beschwerdeführers ist mit reduzierten Gerichtskosten Rechnung zu tragen (<ref-law>).

Demnach erkennt der Präsident:
1.
Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2.
Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird abgewiesen.
3.
Die Gerichtskosten von Fr. 500.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Zürich, III. Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 23. Oktober 2018
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Denys
Die Gerichtsschreiberin: Unseld