Sachverhalt:
A.
Die Eheleute A._ sind im Liegenschaftenhandel tätig. Sie machten in ihren Steuererklärungen für die Steuerperioden 2007 bis 2013 Abschreibungen auf ihren Liegenschaften im Umfang von Fr. 1'885'243.91 geltend.
B.
Mit Verfügungen vom 1. Oktober 2015 nahm die Steuerverwaltung des Kantons Basel-Stadt die Veranlagung für die kantonalen Steuern wie folgt vor:
steuerbares Einkommen satzbestimmendes Einkommen 2007 Fr. 314'300.-- Fr. 314'900.-- 2008 Fr. 38'300.-- Fr. 58'700.-- 2009 Fr. 210'900.-- Fr. 244'800.-- 2010 Fr. 912'400.-- Fr. 936'000.-- 2011 Fr. 951'200.-- Fr. 997'500.-- 2012 Fr. 791'400.-- Fr. 831'200.-- 2013 Fr. 308'300.-- Fr. 518'700.--
Sie liess die Abschreibungen auf den Liegenschaften nicht zum Abzug zu und erhob Belastungszinsen in Höhe von Fr. 179'191.--. Die hiergegen erhobenen Rechtsmittel wiesen die Steuerverwaltung des Kantons Basel-Stadt am 10. März 2016, die Steuerrekurskommission des Kantons Basel-Stadt am 17. November 2016 und das Appellationsgericht des Kantons Basel-Stadt am 11. Juni 2018 ab.
C.
Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 3. September 2018 beantragen A._ dem Bundesgericht, die Abschreibungen von Fr. 1'885'243.91 seien zum Abzug zuzulassen und die Belastungszinsen seien auf Fr. 115'706.15 zu reduzieren. Die Steuerverwaltung des Kantons Basel-Stadt und das Appellationsgericht des Kantons Basel-Stadt schliessen auf Abweisung der Beschwerde.

Erwägungen:
1.
1.1. Gegen das angefochtene Urteil ist die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten zulässig (<ref-law> i.V.m. Art. 73 Abs. 1 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden [StHG; SR 642.14], Art. 86 Abs. 1 lit. d, Abs. 2 und Art. 90 BGG). Die Beschwerdeführer sind als Steuerpflichtige zur Erhebung des Rechtsmittels legitimiert (<ref-law> und Art. 73 Abs. 2 StHG) und die Beschwerde wurde form- und fristgerecht eingereicht (Art. 42 und Art. 100 Abs. 1 BGG).
1.2. Mit der Beschwerde kann namentlich die Verletzung von Bundesrecht gerügt werden (<ref-law>). Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es prüft frei, ob die Auslegung und Anwendung des kantonalen Rechts im harmonisierten Bereich mit den bundesrechtlichen Vorschriften übereinstimmt (Urteil 2C_76/2015, 2C_77/2015 vom 24. Mai 2016 E. 1.4.2, nicht publ. in: <ref-ruling>). Es legt seinem Urteil den von der Vorinstanz festgestellten Sachverhalt zugrunde (<ref-law>), es sei denn, dieser sei offensichtlich unrichtig oder beruhe auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> (Art. 105 Abs. 2 bzw. <ref-law>).
2.
Zwischen den Parteien ist streitig, ob die von den Beschwerdeführern an ihren Liegenschaften vorgenommenen (ordentlichen und ausserordentlichen) Abschreibungen in Höhe von Fr. 1'885'243.91 in den Steuerperioden 2007 bis 2013 von den Steuerbehörden zu Recht aufgerechnet worden sind.
2.1. Gemäss Art. 10 Abs. 1 lit. a StHG bzw. § 28 Abs. 2 lit. a des Steuergesetzes des Kantons Basel-Stadt vom 12. April 2000 (SG 640.100) sind geschäftsmässig begründete Abschreibungen von Aktiven zulässig, soweit sie buchmässig ausgewiesen sind. Voraussetzung ist zunächst, dass es sich bei diesen Aktiven um Geschäftsvermögen handelt (Urteil 2A.102/2007 vom 24. Mai 2007 E. 3). Ferner ist zwischen ordentlichen und ausserordentlichen Abschreibungen zu unterscheiden, je nachdem, ob es sich um Wirtschaftsgüter handelt, die infolge Gebrauchs laufend an Wert verlieren (ordentliche Abschreibung), oder ob der Wertverzehr ein einmaliges, ausserordentliches Ereignis darstellt (ausserordentliche Abschreibung). Auch für Immobilien gilt, dass eine ordentliche Abschreibung nur dann gerechtfertigt ist, wenn sie infolge Gebrauchs oder Zeitablaufs auch tatsächlich entwertet werden (<ref-ruling> E. 2.3 S. 179).
2.2. Beim (interkantonalen) Liegenschaftenhändler werden drei Arten von Immobilien unterschieden: Solche, die für den Verkauf bestimmt sind und damit Handelsware (Umlaufvermögen) bilden, Betriebsliegenschaften, d.h. unmittelbar dem Handelsbetrieb dienende Liegenschaften (Anlagevermögen), sowie Kapitalanlageliegenschaften, die nur mittelbar durch ihren Ertrag als Kapitalanlage einem Unternehmen bzw. einem Privaten dienen. Normalerweise stellen Immobilien bei Liegenschaftenhändlern Umlaufvermögen dar, d.h. sie sind weder Betriebs- noch Kapitalanlageliegenschaften (Urteil 2A.36/2007 vom 21. August 2007 E. 2.1, in: StE 2009 B 11.3 Nr. 18). Ordentliche Abschreibungen sind nur auf Betriebsliegenschaften denkbar, d.h. nicht auf Kapitalanlageliegenschaften oder auf Immobilien des Umlaufvermögens (Urteile 2C_107/2011 vom 2. April 2012 E. 3.2; 2C_50/2011 vom 16. Mai 2011 E. 2.1; 2A.667/2006 vom 16. Februar 2007 E. 3, in: StR 62, S. 916 f.).
3.
3.1. In Bezug auf die ordentlichen Abschreibungen hat die Vorinstanz erwogen, dass vom engen Begriff der Betriebsnotwendigkeit auszugehen sei, wie ihn das Bundesgericht im Ersatzbeschaffungsrecht verwende. Deshalb gehörten die streitbetroffenen Liegenschaften nicht zum betriebsnotwendigen Anlagevermögen der Beschwerdeführer, und zwar unabhängig davon, ob diese als reine Liegenschaftenhändler oder als Mischbetrieb zu qualifizieren seien (vgl. E. 2.3 des angefochtenen Urteils). Die Beschwerdeführer bringen demgegenüber vor, dass die strenge bundesgerichtliche Rechtsprechung im Ersatzbeschaffungsrecht bei Abschreibungen nicht anwendbar sei. Sie führten einen Mischbetrieb, die Liegenschaften seien als betriebsnotwendiges Anlagevermögen zu qualifizieren und die Abschreibungen deshalb zulässig.
3.2. Die Vorinstanz stützt sich auf das Urteil 2C_107/2011 vom 2. April 2012 ab. In jenem Fall hatte das Bundesgericht zu beurteilen, ob vier mit Mehrfamilienhäusern überbaute und fremdvermietete Liegenschaften im Sinne von Art. 8 Abs. 4 StHG betriebsnotwendig waren. Es erwog, dass die fraglichen Liegenschaften in einem landläufigen Sinn "betriebsnotwendig" seien, als dass ein Immobilienverwaltungsbetrieb ohne sie nicht existieren könne. Dies bedeute aber nicht, dass die Immobilien auch im Sinne des Ersatzbeschaffungsrechts betriebsnotwendig seien. Denn ein Zwang zur Wiederbeschaffung wie bei echten betriebsnotwendigen Liegenschaften im Anlagevermögen bestehe nicht (Urteil 2C_107/2011 vom 2. April 2012 E. 5.1). Entgegen der Auffassung der Vorinstanz bezieht sich dieses Urteil, das in der Lehre teilweise Kritik erfahren hat (vgl. MARKUS REICH/JULIA VON AH, in: Martin Zweifel/Michael Beusch [Hrsg.], StHG, Kommentar, 3. Aufl. 2017, N. 71 zu Art. 8 StHG; MADELEINE SIMONEK/JULIA VON AH, Unternehmenssteuerrecht, Entwicklungen 2012, 2013, S. 88 f.), nur auf die Ersatzbeschaffung. Das Bundesgericht hat die bei der Ersatzbeschaffung herangezogenen Kriterien denn auch ausdrücklich von den Betriebskriterien gemäss Kreisschreiben Nr. 5 der Eidgenössischen Steuerverwaltung vom 1. Juni 2004 betreffend Umstrukturierungen abgegrenzt (vgl. auch Urteil 2C_176/2016 vom 8. Dezember 2016 E. 3.3). Ebenso hat das Bundesgericht erwogen, dass ein aus Liegenschaftenhandel und Immobilienverwaltung gemischter Betrieb nebeneinander Anlage- und Umlaufvermögen halten und nur auf Ersterem abschreiben kann (Urteil 2C_107/2011 vom 2. April 2012 E. 4.3). Es ist nicht ersichtlich, weshalb es einem Immobilienverwaltungsbetrieb verwehrt sein sollte, dem Wertverlust seiner Liegenschaften durch Abschreibungen Rechnung zu tragen. Die Vorinstanz hat folglich den Begriff der betrieblichen Notwendigkeit zu eng ausgelegt und zu Unrecht die Rechtsprechung zur Ersatzbeschaffung herangezogen.
3.3. Es ist unbestritten, dass die Beschwerdeführer (auch) gewerbsmässige Liegenschaftenhändler sind und die streitigen Liegenschaften zu ihrem Geschäftsvermögen gehören. Die Frage, ob die Beschwerdeführer einen Mischbetrieb führen und auch Immobilienverwaltung bzw. Liegenschaftssanierung betreiben, hat die Steuerrekurskommission verneint, wobei sie keine Feststellungen zur Immobilienverwaltung bzw. -sanierung getroffen, sondern sich darauf beschränkt hat, die Beschwerdeführer als Liegenschaftenhändler zu qualifizieren (vgl. E. 3d des Entscheids der Steuerrekurskommission des Kantons Basel-Stadt vom 17. November 2016). In der Folge haben die Beschwerdeführer im vorinstanzlichen Verfahren dargelegt, weshalb sie als Mischbetrieb einzustufen sind, wobei das Appellationsgericht diese Frage aufgrund seiner falschen Rechtsanwendung offengelassen und sich mit den entsprechenden Vorbringen nicht auseinandergesetzt hat. Nachdem folglich beide gerichtlichen Vorinstanzen keine Feststellungen zum behaupteten Mischbetrieb getroffen haben, ist es nicht am Bundesgericht, diese Frage als erste Instanz zu entscheiden. Immerhin scheint auch die Steuerverwaltung von einem Mischbetrieb auszugehen, wie die Stellungnahme vom 29. April 2019 zeigt (Ziff. II/5). Die Sache ist deshalb an die Vorinstanz zum Neuentscheid zurückzuweisen. Das Appellationsgericht wird zu entscheiden haben, ob die Beschwerdeführer einen Mischbetrieb führen (vgl. zu den entsprechenden Voraussetzungen Urteil 2C_107/2011 vom 2. April 2012 E. 3.3) und wenn ja, ob die streitbetroffenen Liegenschaften dem betriebsnotwendigen Anlagevermögen zuzuordnen sind und eine Entwertung im Umfang der Abschreibungen erfahren haben, wobei die Beweislast hierfür - als steuermindernde Tatsache - den Beschwerdeführern obliegt (<ref-ruling> E. 3.5 S. 252). Die Beschwerde erweist sich betreffend die ordentlichen Abschreibungen als begründet.
3.3. Es ist unbestritten, dass die Beschwerdeführer (auch) gewerbsmässige Liegenschaftenhändler sind und die streitigen Liegenschaften zu ihrem Geschäftsvermögen gehören. Die Frage, ob die Beschwerdeführer einen Mischbetrieb führen und auch Immobilienverwaltung bzw. Liegenschaftssanierung betreiben, hat die Steuerrekurskommission verneint, wobei sie keine Feststellungen zur Immobilienverwaltung bzw. -sanierung getroffen, sondern sich darauf beschränkt hat, die Beschwerdeführer als Liegenschaftenhändler zu qualifizieren (vgl. E. 3d des Entscheids der Steuerrekurskommission des Kantons Basel-Stadt vom 17. November 2016). In der Folge haben die Beschwerdeführer im vorinstanzlichen Verfahren dargelegt, weshalb sie als Mischbetrieb einzustufen sind, wobei das Appellationsgericht diese Frage aufgrund seiner falschen Rechtsanwendung offengelassen und sich mit den entsprechenden Vorbringen nicht auseinandergesetzt hat. Nachdem folglich beide gerichtlichen Vorinstanzen keine Feststellungen zum behaupteten Mischbetrieb getroffen haben, ist es nicht am Bundesgericht, diese Frage als erste Instanz zu entscheiden. Immerhin scheint auch die Steuerverwaltung von einem Mischbetrieb auszugehen, wie die Stellungnahme vom 29. April 2019 zeigt (Ziff. II/5). Die Sache ist deshalb an die Vorinstanz zum Neuentscheid zurückzuweisen. Das Appellationsgericht wird zu entscheiden haben, ob die Beschwerdeführer einen Mischbetrieb führen (vgl. zu den entsprechenden Voraussetzungen Urteil 2C_107/2011 vom 2. April 2012 E. 3.3) und wenn ja, ob die streitbetroffenen Liegenschaften dem betriebsnotwendigen Anlagevermögen zuzuordnen sind und eine Entwertung im Umfang der Abschreibungen erfahren haben, wobei die Beweislast hierfür - als steuermindernde Tatsache - den Beschwerdeführern obliegt (<ref-ruling> E. 3.5 S. 252). Die Beschwerde erweist sich betreffend die ordentlichen Abschreibungen als begründet.
4. 4.1 In Bezug auf die ausserordentlichen Abschreibungen hat die Vorinstanz erwogen, die Steuerrekurskommission habe überzeugend dargelegt, dass diese steuerrechtlich nicht zulässig seien. Damit hätten sich die Beschwerdeführer nicht auseinandergesetzt, weshalb auf die Begründung der Steuerrekurskommission verwiesen werden könne (vgl. E. 2.4 des angefochtenen Entscheids). Die Beschwerdeführer bringen dagegen vor, sie hätten sich mit den Ausführungen der Steuerrekurskommission auseinandergesetzt. Die Vorinstanz habe eine Gehörsverletzung begangen, indem sie auf die Rügen nicht weiter eingegangen sei.
4.2 Der Anspruch auf rechtliches Gehör nach <ref-law> verlangt, dass die Behörde die Vorbringen des von einem Entscheid in seiner Rechtsstellung Betroffenen auch tatsächlich hört, prüft und in ihrer Entscheidfindung berücksichtigt. Nicht erforderlich ist, dass sie sich mit allen Parteistandpunkten einlässlich auseinandersetzt und jedes einzelne Vorbringen ausdrücklich widerlegt. Vielmehr kann sie sich auf die für den Entscheid wesentlichen Punkte beschränken. Es müssen wenigstens kurz die Überlegungen genannt werden, von denen sich die Behörde hat leiten lassen und auf die sich ihr Entscheid stützt (<ref-ruling> E. 1.3.1 S. 253).
4.3 Die Steuerrekurskommission hat erwogen, dass die Zulässigkeit von ausserordentlichen Abschreibungen davon abhänge, ob der Nachweis einer dauerhaften Wertverminderung erbracht worden sei. Es genüge nicht, die Abschreibung damit zu begründen, dass eine Hofüberbauung im Hinterhof zu einer Werteinbusse durch Lärm, Besonnung, Mietzinsreduktion etc. während der Bauphase geführt habe. Denn diese Gründe seien temporärer Natur und hätten keinen Einfluss auf den Gebäudewert. Sodann seien die behaupteten Risse in der Fassade nicht rechtsgenüglich nachgewiesen worden (vgl. E. 4e des Entscheids der Steuerrekurskommission des Kantons Basel-Stadt vom 17. November 2016). Die Beschwerdeführer haben in ihrer Eingabe an das Appellationsgericht vom 10. April 2017 vorgebracht (S. 18 oben), dass die Steuerrekurskommission eine falsche Sachverhaltsdarstellung vorgenommen habe und "diese Abschreibungen sehr wohl permanenter Natur" seien; die neue Hofüberbauung habe sich betreffend Besonnung, Lärmemmissionen etc. negativ ausgewirkt. Entgegen der Auffassung der Beschwerdeführer ist nicht ersichtlich, inwieweit sie sich mit der blossen Behauptung, die Auswirkungen seien permanenter Natur, substanziiert mit den Erwägungen der Steuerrekurskommission auseinandergesetzt haben. Die Vorinstanz hat keine Gehörsverletzung begangen, indem sie auf diese appellatorische Kritik nicht näher eingegangen ist und stattdessen auf die Erwägungen der Steuerrekurskommission verwiesen hat. Die Beschwerde ist hinsichtlich der ausserordentlichen Abschreibungen abzuweisen.
4.3 Die Steuerrekurskommission hat erwogen, dass die Zulässigkeit von ausserordentlichen Abschreibungen davon abhänge, ob der Nachweis einer dauerhaften Wertverminderung erbracht worden sei. Es genüge nicht, die Abschreibung damit zu begründen, dass eine Hofüberbauung im Hinterhof zu einer Werteinbusse durch Lärm, Besonnung, Mietzinsreduktion etc. während der Bauphase geführt habe. Denn diese Gründe seien temporärer Natur und hätten keinen Einfluss auf den Gebäudewert. Sodann seien die behaupteten Risse in der Fassade nicht rechtsgenüglich nachgewiesen worden (vgl. E. 4e des Entscheids der Steuerrekurskommission des Kantons Basel-Stadt vom 17. November 2016). Die Beschwerdeführer haben in ihrer Eingabe an das Appellationsgericht vom 10. April 2017 vorgebracht (S. 18 oben), dass die Steuerrekurskommission eine falsche Sachverhaltsdarstellung vorgenommen habe und "diese Abschreibungen sehr wohl permanenter Natur" seien; die neue Hofüberbauung habe sich betreffend Besonnung, Lärmemmissionen etc. negativ ausgewirkt. Entgegen der Auffassung der Beschwerdeführer ist nicht ersichtlich, inwieweit sie sich mit der blossen Behauptung, die Auswirkungen seien permanenter Natur, substanziiert mit den Erwägungen der Steuerrekurskommission auseinandergesetzt haben. Die Vorinstanz hat keine Gehörsverletzung begangen, indem sie auf diese appellatorische Kritik nicht näher eingegangen ist und stattdessen auf die Erwägungen der Steuerrekurskommission verwiesen hat. Die Beschwerde ist hinsichtlich der ausserordentlichen Abschreibungen abzuweisen.
5. Schliesslich wenden sich die Beschwerdeführer gegen die Belastungszinsen von Fr. 179'191.-- und bringen zusammengefasst vor, dass sie bei der Veranlagung nicht mit der Aufrechnung von Fr. 1'885'243.91 hätten rechnen müssen und darum nicht in der Lage gewesen seien, entsprechende Akontozahlungen zu leisten. Da der grössere Teil der vorgenommenen Aufrechnungen mit dem vorliegenden Urteil neu beurteilt werden muss und deshalb unklar ist, wie die Beschwerdeführer letztlich veranlagt werden und wie hoch die Verzugszinsen im Neuentscheid ausfallen, muss diese Frage zurzeit nicht beantwortet werden.
5. Schliesslich wenden sich die Beschwerdeführer gegen die Belastungszinsen von Fr. 179'191.-- und bringen zusammengefasst vor, dass sie bei der Veranlagung nicht mit der Aufrechnung von Fr. 1'885'243.91 hätten rechnen müssen und darum nicht in der Lage gewesen seien, entsprechende Akontozahlungen zu leisten. Da der grössere Teil der vorgenommenen Aufrechnungen mit dem vorliegenden Urteil neu beurteilt werden muss und deshalb unklar ist, wie die Beschwerdeführer letztlich veranlagt werden und wie hoch die Verzugszinsen im Neuentscheid ausfallen, muss diese Frage zurzeit nicht beantwortet werden.
6. Zusammenfassend ist die Beschwerde hinsichtlich der ordentlichen Abschreibungen gutzuheissen. Das angefochtene Urteil ist aufzuheben und die Sache zum Neuentscheid an die Vorinstanz zurückzuweisen. Im Übrigen ist die Beschwerde abzuweisen. Den Beschwerdeführern sind die Verfahrenskosten zu 1/5 und dem Kanton Basel-Stadt zu 4/5 aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 und 4 BGG). Eine Parteientschädigung ist nicht geschuldet (Art. 68 Abs. 1 und 3 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird teilweise gutgeheissen und das Urteil des Appellationsgerichts des Kantons Basel-Stadt vom 11. Juni 2018 aufgehoben. Die Sache wird zum Neuentscheid im Sinn der Erwägungen an die Vorinstanz zurückgewiesen. Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 6'500.-- werden den Beschwerdeführern unter solidarischer Haftbarkeit zu 1/5 und dem Kanton Basel-Stadt zu 4/5 auferlegt.
3.
Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten und dem Appellationsgericht des Kantons Basel-Stadt als Verwaltungsgericht schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 5. August 2019
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Seiler
Der Gerichtsschreiber: Businger