Sachverhalt:
A.
Mit Ausschreibung vom 29. April 2016 eröffnete die Primarschule U._ ein offenes Submissionsverfahren betreffend Baumeisterarbeiten im Rahmen des Neubaus des Schulhauses C._. Innert Frist gingen zehn Offerten ein. Mit Verfügung vom 18. Juli 2016 wurden die Baumeisterarbeiten (BKP 211) und die Elemente aus vorfabriziertem Mauerwerk (BKP 212.3) zu einem Preis von netto Fr. 5'923'681.80 an die B._ AG vergeben, wobei Fr. 5'460'174.80 auf die BKP 211 entfielen. Die Offerte der A._ AG von insgesamt netto Fr. 5'940'579.85 (davon Fr. 5'392'766.50 für die BKP 211) blieb hingegen unberücksichtigt.
B.
Gegen diesen Vergabeentscheid gelangte die A._ AG mit Beschwerde vom 29. Juli 2016 an das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich und beantragte, die Zuschlagsverfügung aufzuheben. Bezüglich der Baumeisterarbeiten BKP 211 sei der Zuschlag ihr zu erteilen und bezüglich der Submission BKP 212.3 sei die Primarschule U._ anzuweisen, eine öffentliche Ausschreibung vorzunehmen. Mit Präsidialverfügung vom 2. August 2016 wurde der Primarschule U._ bis zum Entscheid über die aufschiebende Wirkung einstweilen untersagt, den Vertrag abzuschliessen oder andere Vollzugsvorkehren zu treffen. Am 15. September 2016 wies das Verwaltungsgericht die Beschwerde ab.
C.
Die A._ AG erhob am 21. Oktober 2016 subsidiäre Verfassungsbeschwerde. Sie beantragt, das angefochtene Urteil sei aufzuheben und der Zuschlag der Baumeisterarbeiten BKP 211 für den Neubau des Schulhauses C._ sei ihr zum Preis von Fr. 5'392'766.50 (inkl. MWST) zu erteilen. Die Primarschule U._ sei anzuweisen, die Submission BKP 212.3 für Elemente aus vorfabriziertem Mauerwerk öffentlich auszuschreiben und die Submission im offenen Verfahren durchzuführen. Eventuell sei die Sache zwecks neuer Entscheidung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Subeventuell sei das angefochtene Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Zürich aufzuheben und die Rechtswidrigkeit des Zuschlags festzustellen. Am 26. Oktober 2016 wurde der Beschwerde antragsgemäss superprovisorisch die aufschiebende Wirkung zuerkannt.
In ihren Stellungnahmen zum Gesuch um aufschiebende Wirkung teilten die Primarschule U._ sowie die B._ AG dem Bundesgericht mit, dass sie bereits am 6., 7. und 10. Oktober 2016 den Vertrag abgeschlossen hätten. In der Folge wies der Abteilungspräsident mit Verfügung vom 5. Dezember 2016 das Gesuch um aufschiebende Wirkung ab.
Das Verwaltungsgericht beantragt die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Die Primarschule U._ stellt den Antrag, die Beschwerde sei abzuweisen. Die B._ AG verzichtet auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1.
Das Bundesgericht prüft seine Zuständigkeit und die weiteren Eintretensvoraussetzungen von Amtes wegen (<ref-law>) und mit freier Kognition (<ref-ruling> E. 1 S. 116).
1.1. Die form- (<ref-law>) sowie fristgerecht (<ref-law> [i.V.m. <ref-law>]) eingereichte Beschwerde richtet sich gegen den kantonal letztinstanzlichen, verfahrensabschliessenden (<ref-law>) Entscheid des Verwaltungsgerichts in einer Angelegenheit des öffentlichen Rechts (<ref-law>).
1.2. Der angefochtene Entscheid erging auf dem Gebiet der öffentlichen Beschaffungen. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht ist daher nur zulässig, wenn sich eine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung stellt und der geschätzte Wert des zu vergebenden Auftrags den massgeblichen Schwellenwert des Bundesgesetzes vom 16. Dezember 1994 über das öffentliche Beschaffungswesen (BöB; SR 172.056.1) oder des Abkommens vom 21. Juni 1999 zwischen der Schweizerischen Eidgenossenschaft und der Europäischen Gemeinschaft über bestimmte Aspekte des öffentlichen Beschaffungswesens (SR 0.172.052.68) erreicht (<ref-law>). Die beiden Voraussetzungen müssen kumulativ erfüllt sein (<ref-ruling> E. 1.2 S. 20 f.; <ref-ruling> E. 2.1 S. 398; Urteil 2C_919/2014 / 2C_920/2014 vom 21. August 2015 E. 2.2, nicht publ. in: <ref-ruling>).
1.3. Die Beschwerdeführerin anerkennt selbst, dass der massgebende Schwellenwert vorliegend nicht erfüllt ist und sich die subsidiäre Verfassungsbeschwerde somit als das einzig zulässige Rechtsmittel erweist (Art. 42 Abs. 2 e contrario, Art. 83 lit. f Ziff. 2 e contrario, <ref-law>; Urteil 2D_31/2106 vom 2. Februar 2017 E. 1.1.1 mit Hinweisen). Nachdem der Vertrag mit der Zuschlagsempfängerin bereits geschlossen wurde, ist der Beschwerdeantrag auf Aufhebung des Zuschlags allerdings nicht mehr zulässig und insoweit auf die Beschwerde nicht einzutreten (<ref-ruling> E. 1.2.2 S. 317; Urteile 2C_384/2016 vom 6. März E. 1.3.1, nicht publ. in: <ref-ruling>; 2D_2/2013 vom 18. Juni 2013 E. 1.2). Hingegen kann die Beschwerdeführerin, die mit einer Offerte an der Ausschreibung teilgenommen hat und als Zweitklassierte nicht berücksichtigt worden ist, die Feststellung der Rechtswidrigkeit des Zuschlags beantragen. Dies erlaubt ihr gegebenenfalls die Geltendmachung von Schadenersatz (Art. 18 Abs. 2 IVöB; <ref-law>; <ref-law>; Urteil 2D_74/2010 vom 31. Mai 2011 E. 1.2; vgl. <ref-ruling> E. 1.2.2 S. 317; <ref-ruling> E. 3 S. 88 f.). Die Beschwerdeführerin ist als nicht berücksichtigte Anbieterin zur Beschwerde legitimiert, da ihre Offerte als Zweitklassierte bei Gutheissung ihrer Anträge eine reelle Chance auf den Zuschlag hätte (<ref-ruling> E. 4.1 S. 27; Urteile 2C_665/2015 vom 26. Januar 2016 E. 1.4; 2D_39/2014 vom 26. Juli 2014 E. 1.1).
1.4. Mit der subsidiären Verfassungsbeschwerde kann einzig die Verletzung verfassungsmässiger Rechte gerügt werden (<ref-law>). Ausgeschlossen ist damit die Rüge der Missachtung von Gesetzes- und Konkordatsrecht. Ebenfalls nicht selbständig gerügt werden kann die Verletzung des den Submissionserlassen zugrunde liegenden Transparenzgebotes und des beschaffungsrechtlichen Diskriminierungsverbotes. Diesen Grundsätzen kommt nicht der Rang selbständiger Verfassungsgarantien zu (vgl. Urteile 2C_1006/2016 vom 20. Februar 2017 E. 1.3; 2C_1196/2013 vom 21. Februar 2014 E. 1.5; 2C_85/2007 vom 1. Oktober 2007 E. 3.1). Hingegen ist die Rüge einer willkürlichen Anwendung der massgebenden Submissionsgesetzgebung zulässig, da die Anbieter im öffentlichen Beschaffungsrecht ein rechtlich geschütztes Interesse an der Einhaltung der entsprechenden Gesetzgebung haben (vgl. <ref-ruling> E. 4 S. 95 f.; Urteile 2C_665/2015 vom 26. Januar 2016 E. 2.3; 2C_1196/2013 vom 21. Februar 2013 E. 1.5).
1.5. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Es kann die Sachverhaltsfeststellungen der Vorinstanz berichtigen oder ergänzen, wenn sie auf einer Verletzung von verfassungsmässigen Rechten beruhen (Art. 118 Abs. 2 i.V.m. <ref-law>), namentlich wenn sie willkürlich sind. Ob ein angefochtener Entscheid verfassungsmässige Rechte der Beschwerdeführerin verletzt, prüft das Bundesgericht nur, soweit eine entsprechende Rüge vorgebracht und begründet worden ist. In ihrer Eingabe muss die Beschwerdeführerin darlegen, welche verfassungsmässigen Rechte inwiefern verletzt worden sind (sog. Rügeprinzip; Art. 117 i.V.m. <ref-law>; <ref-ruling> E. 2.2 S. 232 mit Hinweisen; Urteil 2C_315/2013 vom 18. September 2014 E. 3 [nicht publ. in: <ref-ruling>]). Beruft sich die Beschwerdeführerin auf das Willkürverbot, muss sie anhand der Erwägungen des angefochtenen Entscheides dartun, dass und inwiefern der angefochtene Entscheid willkürlich, d.h. unhaltbar ist (<ref-ruling> E. 1.2 S. 234; <ref-ruling> E. 6 S. 397; Urteile 2C_1014/2015 vom 21. Juli 2016 E. 4; 2C_747/2012 vom 12. März 2013 E. 2.3). Das Bundesgericht hebt einen Entscheid nur auf, wenn nicht bloss die Begründung, sondern auch das Ergebnis unhaltbar ist. Dass eine andere Lösung ebenfalls als vertretbar erscheint, genügt nicht (<ref-ruling> E. 4.3.1 S. 177; <ref-ruling> E. 2.4 S. 5, mit Hinweisen).
2.
Die Beschwerdeführerin beanstandet die Verletzung von <ref-law> und rügt eine teilweise offensichtlich falsche Sachverhaltsfeststellung.
2.1. Die Vorinstanz begründete ihren Entscheid folgendermassen: Zwar sei in der Publikation als Beschaffungsobjekt nur "BKP 211 Baumeisterarbeiten, Werkleitungen" genannt worden und ein Hinweis auf "BKP 212.3 Elemente aus vorfabriziertem Mauerwerk" habe gefehlt. Indessen hätten die Ausschreibungsunterlagen auch das Leistungsverzeichnis BKP 212.3 enthalten, welches auch im Inhaltsverzeichnis der Ausschreibungsunterlagen deutlich erwähnt worden sei. Ferner seien gemäss Ziffer 20 der einzureichenden Unterlagen beide Leistungsverzeichnisse einzureichen gewesen. Die Ausschreibungsunterlagen seien vor diesem Hintergrund dahingehend auszulegen, dass die vorfabrizierten Elemente ebenfalls Teil der Vergabe waren. Enthielten die Ausschreibungsunterlagen mehrere Leistungsverzeichnisse, so werde damit ausreichend zum Ausdruck gebracht, dass auch beide Verzeichnisse Bestandteile der Offerte seien. Auch sei offensichtlich, dass die Beschwerdeführerin selbst die beiden Leistungsverzeichnisse als Gesamtauftrag verstanden und sie die beiden Teilsummen von Fr. 575'095.-- (BKP 212.3) und Fr. 5'661'341.40 (BKP 211) auf dem Deckblatt ihres Angebots zur Brutto-Eingabesumme von Fr. 6'236'436.40 bzw. zu einer Nettosumme (inkl. MWST) von insgesamt Fr. 5'940'579.85 addiert habe. Sie habe folglich ein Gesamtangebot eingereicht. Wenn sie in der Folge geltend mache, die Vergaben müssten getrennt erfolgen bzw. sie habe überhaupt nicht daran gedacht, dass ein Gesamtangebot verlangt gewesen sei, so erscheine dies einerseits als treuwidriger Standpunkt resp. als unzutreffende Behauptung. Andererseits sei bei einer Gesamtbetrachtung von Publikation und Ausschreibungsunterlagen davon auszugehen, dass obschon kein gemeinsames Deckblatt vorhanden gewesen sei, eine gemeinsame Vergabe der Arbeiten beabsichtigt gewesen sei. Es würden jegliche Hinweise auf eine getrennte Vergabe bzw. auf eine Vergabe in zwei Losen fehlen. Damit habe beim Preiskriterium auch der Gesamtbetrag der beiden Leistungsverzeichnisse berücksichtigt werden müssen.
2.2. Die Beschwerdeführerin führt aus, die Vorinstanz habe gegen <ref-law> verstossen, weil sie den Text der Publikation des Beschaffungsobjekts im kantonalen Amtsblatt trotz dessen klaren Wortlaut anhand der Ausschreibungsunterlagen ausgelegt habe. Dies sei gemäss den Auslegungsregeln öffentlich-rechtlicher Normen nicht zulässig. Im Weiteren habe sie den Sachverhalt offensichtlich falsch festgestellt, indem sie einerseits davon ausgehe, dass die Beschwerdeführerin ein Gesamtangebot abgegeben habe und andererseits Beweismittel nicht berücksichtigt habe, welche eine getrennte Vergabe der BKP 211 und der BKP 212.3 belegen würden.
2.3. Hinsichtlich der willkürlichen Auslegung einer Norm äussert sich die Beschwerdeführerin missverständlich. Beim im Amtsblatt publizierten Text handelt es sich gar nicht erst um eine Rechtsnorm. Vielmehr stellt sich die Frage, ob die einschlägigen Vorschriften (§ 11 ff. der Submissionsverordnung des Kantons Zürich vom 23. Juli 2003 [Submissionsverordnung, SubmV; LS 720.11]) es erlauben, zur Bestimmung des Ausschreibungsgegenstands nebst dem publizierten Text auch die Ausschreibungsunterlagen miteinzubeziehen.
2.3.1. In der Ausschreibung und den Ausschreibungsunterlagen hat die Vergabebehörde den Beschaffungsgegenstand und die auf das konkrete Geschäft zur Anwendung gelangenden Bedingungen zu umschreiben. Die Ausschreibung oder die Ausschreibungsunterlagen haben obligatorisch ein Leistungsverzeichnis zu enthalten; dieses muss klar und vollständig sein. Die Vergabeunterlagen haben die benötigten Waren oder Dienstleistungen mittels eines umfassenden Produkte- oder Aufgabenbereichs oder eines detaillierten Leistungsverzeichnisses zu beschreiben sowie alle Anforderungen an technische Spezifikationen, die erfüllt werden müssen, zu enthalten (GALLI/ MOSER/LANG/STEINER, Praxis des öffentlichen Beschaffungsrechts, 3. Aufl. 2013, Rz. 382 f.). Die Vergabebehörden sind bei der inhaltlichen Ausgestaltung der Ausschreibungsunterlagen weitgehend frei. Die Anforderungen an den Inhalt und an den Präzisierungs- und Detaillierungsgrad eines Ausschreibungstextes lassen sich nicht verallgemeinern, sondern hängen vor allem auch von der Art des zu vergebenden Auftrags ab (GALLI/MOSER/LANG/STEINER, a.a.O., Rz. 401). Soweit die Ausschreibungsunterlagen mit der Ausschreibung zur Verfügung stehen, sind sie als integrierender Bestandteil derselben zu verstehen (<ref-ruling> E. 6.2 S. 321; <ref-ruling> E. 3a S. 205 ff.).
2.3.2. Legt die Vorinstanz unter diesen Umständen die Bestimmungen der SubmV/ZH zur Ausschreibung dahingehend aus, dass neben der publizierten Ausschreibung auch die Ausschreibungsunterlagen die Anforderungen an die Angebote und Pflichten der Anbieter festlegen dürfen, so kann dies nicht als offensichtlich falsch bezeichnet werden. § 13 Abs. 2 SubmV/ZH erlaubt es der Vergabestelle, verschiedene Angaben zu den Aufträgen erst in den Ausschreibungsunterlagen vorzunehmen. Dies trifft auch auf das Leistungsverzeichnis BKP 212.3 zu, welches im Inhaltsverzeichnis der Ausschreibungsunterlagen ausdrücklich erwähnt wird. Die Vorinstanz durfte deshalb gestützt auf den publizierten Text und die Ausschreibungsunterlagen willkürfrei davon ausgehen, dass die Elemente aus vorfabriziertem Mauerwerk (BKP 212.3) ebenfalls Teil der Vergabe und die beiden Leistungsverzeichnisse als Gesamtauftrag zu verstehen sind, auch wenn sie nicht publiziert wurden. Weder Begründung noch Ergebnis der Gesetzesauslegung sind unhaltbar. So haben dann auch nicht nur die Beschwerdeführerin, sondern sämtliche Anbieter Angebote eingereicht, die sowohl BKP 211 als auch BKP 212.3 beinhalteten, selbst wenn Letztere mangels separatem Deckblatt handschriftlich ergänzt werden musste.
2.4. Hinsichtlich der Sachverhaltsfeststellung beanstandet die Beschwerdeführerin, die Vorinstanz habe in willkürlicher Weise verschiedene Beweismittel nicht berücksichtigt, welche eine getrennte Vergabe belegen würden. Dem Anspruch auf rechtliches Gehör lässt sich keine allgemeine Pflicht der Behörde zur Abnahme aller angebotenen Beweise und zur Würdigung sämtlicher Argumente entnehmen. Die Abweisung eines Beweisantrags erweist sich namentlich als zulässig, falls die Verwaltungs- oder Gerichtsbehörde sich ihre Meinung aufgrund zuvor erhobener Beweise bereits bilden konnte und sie ohne Willkür in vorweggenommener, antizipierter Beweiswürdigung annehmen darf, die gewonnene Überzeugung werde durch weitere Beweiserhebungen nicht erschüttert (<ref-ruling> E. 5.3 S. 236; <ref-ruling> E. 5.3 S. 148; <ref-ruling> E. 3 S. 157; Urteil 2C_545/2012 vom 22. Februar 2013 E. 2.2). Die Vorinstanz hielt fest, dass jegliche Hinweise auf eine getrennte Vergabe bzw. auf eine Vergabe in zwei Losen fehlen würden. Die dagegen vorgebrachten Einwände der Beschwerdeführerin sind primär appellatorischer Natur und lassen die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz nicht als unhaltbar erscheinen. Sie beschränken sich vorwiegend auf eine unterschiedliche Wertung des fehlenden Deckblatts und auf Mutmassungen über die Absichten der Vergabestelle. Dadurch vermag sie aber nicht aufzuzeigen, dass die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz hinsichtlich eines Gesamtauftrags offensichtlich falsch erfolgte, zumal die Publikation sowohl Teilangebote als auch eine Vergabe in Losen ausschliesst.
2.5. Dasselbe gilt auch für die Absichten der Beschwerdeführerin selbst. Die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz, wonach die Beschwerdeführerin ein Gesamtangebot eingereicht habe, da sie die Eingabesummen für beide BKP auf dem Deckblatt zu einer Zahl addierte habe, ist nicht offensichtlich falsch. Sie durfte davon ausgehen, dass die nachträgliche Behauptung der Beschwerdeführerin, sie habe kein Gesamtangebot abgeben wollen, nicht zutreffend und der Beschwerdeführerin kein Nachteil aus den Mängeln der Publikation erwachsen ist. Nur weil die von der Vorinstanz gezogenen Schlüsse nicht mit der eigenen Darstellung der Beschwerdeführerin übereinstimmen, ist keine Willkür belegt (<ref-ruling> E. 2.3). Dem Verzicht auf die Aufhebung des Zuschlags liegt unter diesen Umständen keine willkürliche Anwendung des Transparenzgebots durch die Vorinstanz zugrunde.
3.
Die Verfassungsbeschwerde ist somit abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Die unterliegende Beschwerdeführerin trägt die Kosten des Verfahrens (<ref-law>). Die obsiegende Primarschule (<ref-law>) und die nicht anwaltlich vertretene Beschwerdegegnerin 2 haben keinen Anspruch auf Parteientschädigung.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Verfassungsbeschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 10'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3.
Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten und dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 1. Abteilung, 1. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 27. März 2018
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Seiler
Der Gerichtsschreiber: Mösching