Sachverhalt:
A.
A._ (nachstehend: Nachbar) ist Eigentümer eines Einfamilienhauses an der Industriestrasse West in Hägendorf. Die B._ AG ist Eigentümerin der südlich davon gelegenen Parzelle Nr. 325, auf der ein Logistikcenter betrieben wird. Diese Parzelle befindet sich in der Industriezone und im Perimeter des Gestaltungsplans "Handelszentrum Industriestrasse West" (nachstehend: Gestaltungsplan HIW), der vom Gemeinderat Hägendorf am 15. September 2014 beschlossen und vom Regierungsrat des Kantons Solothurn am 31. März 2015 mit Präzisierungen und Auflagen genehmigt wurde. Der Nachbar focht diese Genehmigung erfolglos bis vor Bundesgericht an (Urteil 1C_145/2016 vom 1. September 2016).
B.
Am 22. März und am 12. April 2016 ersuchte die B._ AG (Bauherrin) die Bau- und Werkkommission Hägendorf (BWK) darum, auf der Parzelle Nr. 325 den Neubau der Zwischentrakte Hallen 4 und 7 zu bewilligen, welche die bestehenden Logistikhallen 1 und 4 bzw. 6 und 7 verbinden sollten. Gegen die öffentlich aufgelegten Baugesuche erhob der Nachbar Einsprachen. Mit Beschlüssen vom 28. November 2016 wies die BWK diese Einsprachen ab und erteilte der Bauherrin die verlangten Baubewilligungen. Die dagegen vom Nachbarn erhobenen Beschwerden wies das Bau- und Justizdepartement (BJD) des Kantons Solothurn mit Verfügungen vom 15. Januar 2018 ab. Der Nachbar focht diese Verfügungen mit Beschwerden an, die das Verwaltungsgericht des Kantons Solothurn vereinigte und mit Urteil vom 28. September 2018 abwies, soweit es darauf eintrat.
C.
Der Nachbar (Beschwerdeführer) erhebt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten mit den sinngemässen Anträgen, das Urteil des Verwaltungsgerichts vom 28. September 2018 aufzuheben und die Baugesuche der Bauherrin (Beschwerdegegnerin) zu den Zwischentrakten abzuweisen.
Das Verwaltungsgericht, das BJD und die Bauherrin (Beschwerdegegnerin) beantragen, die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. In seiner Replik hält der Beschwerdeführer an seinen Beschwerdeanträgen fest.

Erwägungen:
1.
1.1. Gegen den kantonal letztinstanzlichen Endentscheid der Vorinstanz im Bereich des Baurechts steht die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten grundsätzlich offen (<ref-law>; <ref-ruling> E. 2 S. 356). Der Beschwerdeführer ist beschwerdelegitimiert, da er am vorinstanzlichen Verfahren teilgenommen hat, er als Nachbar von der strittigen Baubewilligung besonders berührt ist und er an deren Aufhebung ein schutzwürdiges Interesse hat (<ref-law>). Da auch die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen erfüllt sind, ist auf die Beschwerde grundsätzlich einzutreten.
1.2. Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann geltend gemacht werden, der angefochtene Entscheid verletze Bundes- oder Völkerrecht (Art. 95 lit. a und b BGG). Zulässig ist auch die Rüge der Verletzung von kantonalen verfassungsmässigen Rechten, kantonalen Bestimmungen über die politische Stimmberechtigung der Bürger und über Volkswahlen- und Abstimmungen (Art. 95 lit. c und d BGG). Abgesehen davon überprüft das Bundesgericht die Anwendung des kantonalen Rechts nicht als solche. Jedoch kann gerügt werden, diese Anwendung widerspreche dem Bundesrecht, namentlich dem Willkürverbot gemäss <ref-law> (<ref-ruling> E. 2.1 S. 372 mit Hinweisen). Nach der Praxis des Bundesgerichts verstösst ein Entscheid gegen dieses Verbot, wenn er im Ergebnis offensichtlich unhaltbar ist, weil er zum Beispiel eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz krass verletzt. Dass eine andere Lösung ebenfalls als vertretbar erscheint, genügt nicht (<ref-ruling> E. 2.2 S. 72 mit Hinweisen).
1.3. Das Bundesgericht wendet das Bundesrecht grundsätzlich von Amtes wegen an (<ref-law>). Gemäss <ref-law> prüft es die Verletzung von Grundrechten jedoch nur insofern, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist. In der Beschwerde ist daher klar und detailliert anhand der Erwägungen des angefochtenen Entscheids darzulegen, inwiefern Grundrechte verletzt worden sein sollen (<ref-ruling> E. 2.1 S. 372 mit Hinweisen). Gemäss Art. 42 Abs. 2 und 106 Abs. 2 BGG ist bezüglich jeder selbständigen Alternativbegründung darzutun ist, weshalb sie Recht verletzt (<ref-ruling> E. 2.4 S. 368 mit Hinweisen).
1.4. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zu Grunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Die vorinstanzliche Sachverhaltsfeststellung kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig, d.h. willkürlich, ist, oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law>; <ref-ruling> E. 5.1; <ref-ruling> E. 4.2; je mit Hinweisen). Eine entsprechende Willkürrüge ist substanziiert vorzubringen (<ref-law>; <ref-ruling> E. 5.4 S. 324; <ref-ruling> E. 4.2 S. 233 f.; je mit Hinweisen).
2.
Art. 6 Ziff. 1 EMRK umfasst unter anderem das Recht des Einzelnen, seine Argumente dem Gericht mündlich in einer öffentlichen Sitzung vorzutragen, sofern der streitige Anspruch ein "civil right" oder eine strafrechtliche Anklage im Sinne von Art. 6 Ziff. 1 EMRK betrifft (Urteil 2C_608/2017 vom 24. August 2018 E. 4.2; vgl. auch <ref-ruling> E. 2 S. 50). Die Vorinstanz lehnte die vom Beschwerdeführer beantragte Durchführung einer mündlichen Verhandlung ab, da kein "civil right" im Sinne von Art. 6 Ziff. 1 EMRK streitig sei.
Der Beschwerdeführer rügt, die Vorinstanz habe willkürlich eine öffentliche Verhandlung abgelehnt. Auch wenn kein Verfahren betreffend ein "civil right" (im Sinne von Art. 6 Ziff. 1 EMRK) vorliege, gehe es doch um Kosten von bisher mehr als Fr. 100'000.--, die ihm aufgrund willkürlich gefällter Urteile bisher auferlegt worden seien. Er beantrage daher, an der Verhandlung des Bundesgerichts, die von ihm beanstandeten Punkte persönlich darlegen zu können.
Mit diesen Ausführungen bestreitet der Beschwerdeführer nicht, dass Art. 6 Ziff. 1 EMRK im vorliegenden Verfahren mangels eines strittigen "civil right" im Sinne dieser Regelung kein Recht auf eine mündliche Gerichtsverhandlung gewährt. Dafür nennt er keine andere Rechtsgrundlage, die auch nicht ersichtlich ist, da nach der Rechtsprechung <ref-law> kein Recht auf mündliche Anhörung gewährt (<ref-ruling> E. 5.3 S. 148). Im bundesgerichtlichen Verfahren ist keine mündliche Parteiverhandlung durchzuführen, da <ref-law> eine solche Verhandlung bloss fakultativ vorsieht und besondere Umstände, welche ihre Durchführung gebieten könnten, nicht ersichtlich sind (vgl. Urteil 1C_549/2017 vom 18. Mai 2018 E. 1.2).
3.
3.1. Nach ständiger Rechtsprechung werden Nutzungspläne prozessual wie Verfügungen behandelt. Sie müssen bei ihrem Erlass angefochten werden, ansonsten sie bestandskräftig werden. Sie können daher - anders als Normen - im Baubewilligungsverfahren grundsätzlich nicht mehr vorfrageweise überprüft werden. Von diesem Grundsatz wird eine Ausnahme zugelassen, wenn sich die tatsächlichen oder rechtlichen Verhältnisse seit Planerlass so erheblich geändert haben, dass die Planung rechtswidrig geworden sein könnte und das Interesse an ihrer Überprüfung bzw. Anpassung die entgegenstehenden Interessen der Rechtssicherheit und der Planbeständigkeit überwiegt (<ref-ruling> E. 5.1 S. 88 f. mit Hinweis; vgl. auch Urteil 1C_67/2018 vom 4. März 2019 E. 2.1 mit weiteren Hinweisen).
3.2. Der Gestaltungsplan HIW ist als Sondernutzungsplan ein Nutzungsplan (vgl. THIERRY TANQUEREL, in: Praxiskommentar RPG: Nutzungsplanung, 2017, N. 23 zu Art. 21 RPG). Da der Beschwerdeführer keine geänderten Verhältnisse geltend macht, die eine Anpassung dieses Plans rechtfertigen könnten, kann dessen Zulässigkeit im vorliegenden Baubewilligungsverfahren nicht vorfrageweise überprüft werden. Auf die Beschwerde ist daher nicht einzutreten, soweit darin Einwände gegen die Zulässigkeit der im Gestaltungsplan vorgesehenen Regelungen der Grünflächenziffern und Gebäudelängen erhoben werden.
4.
Die Vorinstanz trat auf sämtliche Vorbringen des Beschwerdeführers, die nicht in direktem Zusammenhang mit den strittigen Baugesuchen standen, nicht ein und gab an, dies betreffe die Vorbringen zur Vorgeschichte und den rechtskräftigen Verfahren, insbesondere zum Gestaltungsplanverfahren.
Damit umschrieb die Vorinstanz nachvollziehbar, auf welche Vorbringen des Beschwerdeführers sie nicht eintrat. Zudem war für ihn erkennbar, auf welche Punkte seiner kantonalen Beschwerde die Vorinstanz nicht einging. Demnach war das angefochtene Urteil für ihn insoweit sachgerecht anfechtbar, weshalb die Vorinstanz ihre aus <ref-law> abgeleitete Begründungspflicht bezüglich des Umfangs des Nichteintretens erfüllte (<ref-ruling> E. 5.2 S. 236, 136 I 184 E. 2.2.1 S. 188; je mit Hinweisen). Die sinngemäss erhobene Rüge der Verletzung dieser Pflicht erweist sich damit als unbegründet.
5.
Die Vorinstanz ging davon aus, da im Baubewilligungsverfahren ein zweiter Rechtsschriftenwechsel im Ermessen der Baubehörde liege, habe die BWK dem Beschwerdeführer die Stellungnahme der Beschwerdegegnerin erst mit dem Bauentscheid zustellen dürfen. Zudem wäre insoweit eine allfällige Verletzung des rechtlichen Gehörs im Verfahren des BJD geheilt worden.
Der Beschwerdeführer lässt diese selbständige Alternativbegründung bezüglich der Heilung eines möglichen Verfahrensmangels unangefochten, weshalb auf seine Rüge gegen die Verneinung eines solchen Mangels nicht einzutreten ist (vgl. E. 1.3 hievor).
6.
6.1. Die Vorinstanz führte in einem früheren Verfahren betreffend Bauprojekte im Bereich des Gestaltungsplans HIW aus, obwohl der Grünflächennachweis grundsätzlich in Bezug auf jedes Baugesuch erbracht werden müsse, sei es vorliegend sinnvoll, diesen Nachweis erst im hängigen Verfahren für den Bau der Halle 5 zu prüfen, da deren Dachflächenbegrünung sich massgeblich auf die Einhaltung der erforderlichen Grünfläche auswirke. Das Bundesgericht wies eine dagegen erhobene Willkürrüge im Urteil 1C_549/2017 vom 18. Mai 2018 (E. 9.2 -9.4) ab.
6.2. Unter Verweis auf dieses Urteil führte die Vorinstanz aus, da die strittigen Zwischentrakte nicht auf im Gestaltungsplan HIW als Grünflächen bezeichneten Flächen errichtet würden, sei bezüglich dieser Trakte ein Grünflächennachweis nicht nötig. Dieser sei sinnvollerweise erst im Zusammenhang mit der Errichtung der Halle 5 zu erbringen.
6.3. Der Beschwerdeführer rügt, die Vorinstanz habe bezüglich der strittigen Zwischenbauten willkürlich einen Grünflächennachweis als (noch) nicht erforderlich erachtet. Selbst wenn die Bereiche der Zwischentrakte (im Gestaltungsplan HIW) nicht als Grünflächen ausgewiesen seien, habe die Beschwerdegegnerin den Baugesuchen zu diesen Trakten einen Grünflächennachweis beigelegt. Dieser sei erforderlich, da die Gemeinde Bauvorhaben normalerweise nicht ohne einen Grünflächennachweis genehmige und dieser Nachweis gemäss dem Gestaltungsplan HIW im Baubewilligungsverfahren zu erbringen sei. Demnach müsse der Grünflächennachweis bereits bei der Errichtung der Zwischenbauten und nicht erst beim Bau der Halle 5 verlangt werden.
6.4. Mit diesen Ausführungen bestreitet der Beschwerdeführer nicht, dass die vom Gestaltungsplan verlangte Grünflächenziffer in Bezug auf die gesamte Bauparzelle Nr. 325 zu erreichen ist, auf der als letztes Gebäude die Halle 5 errichtet werden soll. Weshalb die erforderliche Grünflächenziffer nicht mit der Errichtung dieser Halle erreicht werden kann, legt der Beschwerdeführer nicht substanziiert dar. Dafür genügt nicht, dass er bloss behauptet, im Baugesuch zur Halle 5 werde der Grünflächennachweis immer noch nicht erbracht. Unter diesen Umständen durfte die Vorinstanz willkürfrei den Grünflächennachweis für die ganze Bauparzelle im Baubewilligungsverfahren betreffend die Halle 5 verlangen.
7. Die Vorinstanz erachtete die Auswirkungen der Baugesuche auf den Verkehr und den Lärm auf der Industriestrasse West als genügend abgeklärt. Es sei nicht ersichtlich, inwiefern die strittigen Zwischentrakte massgebliche Auswirkung auf den Verkehr und damit die Immissionslage haben könnten, da sie mit der Verbindung von Logistikgebäuden primär Betriebsabläufe vereinfachten. Auf den erneuten Vorwurf, eines der Lärmgutachten sei nicht korrekt, könne nicht eingetreten werden. Das Bundesgericht habe sich mit den Einwänden des Beschwerdeführers zum Lärm mehrfach befasst und festgestellt, das massgebende Lärmgutachten vom 28. April 2015 beinhalte alle notwendigen Parameter (Urteile 1C_145/2015 vom 1. September 2015 E. 10; 1C_549/2017 vom 18. Mai 2018 E. 5 und 6).
Der Beschwerdeführer wendet ein, dieses Lärmgutachten sei ungenügend, weil darin gemäss den Ausführungen des BJD zum Baugesuch für die Halle 5 nicht alle Lärmquellen berücksichtigt worden seien.
Diese sinngemässe Willkürrüge wird nicht rechtsgenüglich begründet, da der Beschwerdeführer nicht darlegt, welche Lärmquellen das kritisierte Gutachten nicht berücksichtigen soll. Im Übrigen hat das Bundesgericht in einem früheren Verfahren den Einwand des Beschwerdeführers, das Lärmgutachten habe gemäss den Angaben des BJD den Lärm von Kühlaggregaten nicht berücksichtigt, als unbegründet erachtet (Urteil 1F_14/2018 vom 5. Juli 2018 in E. 4). Demnach ist von einem genügenden Lärmgutachten auszugehen. Der vorinstanzlichen Erwägung, dieses Gutachten müsse nach Fertigstellung der Bauten und Anlagen im Geltungsbereich des Gestaltungsplans nach § 17 Abs. 2 der Sonderbauvorschriften ohnehin überprüft werden, kommt daher keine entscheiderhebliche Bedeutung zu. Auf die dagegen gerichteten Einwände des Beschwerdeführers ist daher nicht einzutreten.
8.
Schliesslich erwog die Vorinstanz, sie habe in Erwägung 12 ihres rechtskräftigen Urteils VWBES.2015.139 vom 18. November 2017 (recte: 2015) betreffend den Gestaltungsplan die darin vorgesehene Gebäudelänge von 256 m explizit bewilligt und dies einlässlich begründet. Der Beschwerdeführer wendet ein, auch wenn die Vorinstanz im genannten Urteil eine Gebäudelänge von 256 m als korrekt beurteilt habe, gelte diesbezüglich der Gestaltungsplan, dessen Sonderbauvorschriften nirgends eine solche Gebäudelänge enthielten.
Mit diesem Einwand vermag der Beschwerdeführer keine willkürliche Anwendung des Gestaltungsplans HIW aufzuzeigen, da er nicht substanziiert darlegt, inwiefern die von ihm anfänglich selber vertretene Annahme, der Gestaltungsplan lassen den Zusammenbau der bestehenden Hallen und damit die Schaffung eines 256 m langen Gebäudes zu, unhaltbar sein soll.
9.
Nach dem Gesagten ist die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Bei diesem Ausgang des Verfahrens sind die Gerichtskosten dem unterliegenden Beschwerdeführer aufzuerlegen, welcher der Beschwerdegegnerin eine angemessene Parteientschädigung zu bezahlen hat (Art. 66 Abs. 1 und Art. 68 Abs. 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3.
Der Beschwerdeführer hat die Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 500.-- zu entschädigen.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien, der Bau- und Werkkommission der Einwohnergemeinde Hägendorf, dem Bau- und Justizdepartement des Kantons Solothurn und dem Verwaltungsgericht des Kantons Solothurn schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 23. Juli 2019
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Chaix
Der Gerichtsschreiber: Gelzer