Faits :
A.
A.a. La parcelle xxx de la commune de Genève-Cité a été propriété de la Société B._ SA depuis le 8 février 2013 au moins et jusqu'en mars 2016, moment auquel elle est devenue propriété de C._ SA.
A.b. Une autorisation de construire en vue du " réaménagement d'une surface commerciale " n° DD Y._ a été délivrée par décision du 27 novembre 2013 du Département de l'aménagement, du logement et de l'énergie (ci-après DALE). Cette décision est entrée en force le 28 mai 2014 selon le jugement du Tribunal administratif de première instance de la République et canton de Genève (ci-après TAPI).
D._ Sàrl, représentée par son associé gérant A._, architecte inscrit au tableau des mandataires professionnellement qualifiés (ci-après MPQ), institué par l'art. 2 de la loi genevoise sur l'exercice des professions d'architecte et d'ingénieur du 17 décembre 1982 (LPAI/GE; RS/GE L 5 40), a été mandatée par la Société B._ SA pour diriger les travaux. En tant que MPQ, A._ a été l'interlocuteur du DALE pendant l'exécution des travaux.
A.c. Selon un rapport du 27 février 2015 de E._, inspecteur auprès de l'inspection de la construction du DALE, d'importantes gaines de ventilation avaient été installées dans la cour dont certaines bouchaient partiellement le jour des fenêtres du 2ème étage. Ces gaines n'apparaissaient pas sur les plans visés " ne varietur ". Elles étaient susceptibles de créer de nombreuses gênes (olfactives, sonores, etc) sans compter l'aspect esthétique à prendre en compte. De surcroît, le vide d'étage du sas d'entrée du local était de moins de 2,2 m, soit non conforme aux plans validés. Une porte palière d'un appartement avait été modifiée au dernier étage.
Par courrier du 26 février 2015, A._ a écrit s'engager auprès du DALE à déposer une demande d'autorisation de construire complémentaire afin de régulariser la situation, en confirmant au DALE que c'était bien sa société qui avait été " en charge de l'exécution de ce dossier ".
Le 27 février 2015, le DALE a répondu à A._ qu'un dossier d'infraction, réf. INF 5720, allait être ouvert, prenant note de ce que A._ était responsable du chantier.
Le même jour, A._ a écrit au DALE qu'il déposerait une demande d'ici au 2 mars 2015 pour " régulariser la situation des gaines de ventilation et son incidence sur une pièce de l'appartement du 2ème étage ". Il informait par ailleurs le DALE de la finalisation de l'achat de la parcelle par la Coopérative F._ (ci-après la coopérative), de sorte que selon lui la problématique des gaines de ventilation serait prise en compte dans un " projet futur de transformation de l'immeuble comprenant un changement d'affectation de bureaux en logements " indiquant le numéro DD Z._.
A.d. Le 4 mars 2015, A._ a déposé une demande d'autorisation de construire complémentaire, réf. DD Y._-2, portant sur des modifications du projet initial, consistant en des " aménagements intérieurs gaines extérieures dans la cour et réaménagement d'un appartement au 2ème étage ".
Le 26 mai 2015, le DALE a informé A._ et la Société B._ SA de la nécessité de modifier le projet du dossier DD Y._-2 conformément au préavis de l'inspection de la construction du 10 mars 2015 et de la commission d'architecture du 12 mai 2015.
Par courrier des 13 juillet et 18 août 2015, A._ a déclaré déposer ses plans en réponse au courrier du 26 mai 2015 du DALE. Il a également informé ce service que la coopérative avait déposé un projet de modification des bureaux en logements (dossier DD Z._), censé comprendre une solution de rabaissement et une nouvelle disposition des gaines, permettant de rendre toutes les pièces du 2ème étage habitables.
A.e. Par décision du 5 novembre 2015 adressée à A._ en personne, le DALE a délivré l'autorisation de construire complémentaire DD Y._-2.
Il a également relevé que les travaux considérés avaient été engagés sans autorisation et que cette manière de faire devait être sanctionnée. Le DALE a en conséquence infligé à A._, en vertu de l'art. 137 de la loi genevoise du 14 avril 1988 sur les constructions et les installations diverses (LCI/GE; RS/GE L 5 05), une amende administrative de 10'000 fr. payable au moyen du bordereau annexé. Ce bordereau était toutefois libellé au nom de la Société B._ SA.
Dans sa décision du 5 novembre 2015, le DALE indiquait d'autre part à A._ qu'ordre lui était fait de procéder aux travaux de mise en conformité de l'ensemble de la construction par rapport aux plans visés " ne varietur ", dans un délai de trois mois dès la date de parution dans la Feuille d'avis officielle (ci-après : FAO). Les voies de droits contre cette décision étaient spécifiées.
Non contestée, cette décision est entrée en force. La publication FAO a eu lieu le 13 novembre 2015, de sorte que le délai précité de trois mois est arrivé à échéance le 13 février 2016.
A.f. Le 14 mars 2016, le DALE a informé A._ du constat qu'aucun travail de mise en conformité n'avait été exécuté.
Le même jour, A._ a répondu qu'il n'avait pas été mandaté par la propriétaire pour l'exécution des travaux de mise en conformité. Tous les documents relatifs à l'autorisation de construire complémentaire DD Y._-2 avaient été transmis à la Société B._ SA. Le DALE devait ainsi s'adresser à elle.
A.g. Par décision du 6 avril 2016, le DALE a infligé à A._ une amende administrative de 10'000 fr. en application de l'art. 137 LCI pour non-exécution de l'ordre donné dans son courrier du 5 novembre 2015. Le bulletin de versement joint était libellé à son nom.
B.
Par jugement du 17 janvier 2017, le TAPI a rejeté le recours formé par A._ contre la décision du 6 avril 2016.
C.
Par arrêt du 9 janvier 2018, la Chambre administrative de la Cour de justice de la République et canton de Genève a rejeté le recours formé par A._ contre le jugement du 17 janvier 2017.
Cette autorité a retenu que A._ était intervenu comme MPQ pour le compte de la Société B._ SA et qu'il avait d'ailleurs sollicité la délivrance de l'autorisation de construire complémentaire DD Y._-2 à ce titre. Les parties avaient admis que la construction réalisée ne respectait pas totalement les plans visés " ne varietur " dans le cadre de l'autorisation de construire DD Y._. Dès lors que A._ était en charge de l'exécution des travaux autorisés, cette responsabilité lui incombait indéniablement, la loi étant claire sur la responsabilité des MPQ. A._ n'avait pas averti le DALE de la dégradation de ses relations avec la Société B._ SA. Au contraire, il avait poursuivi son intervention en vue de l'acceptation d'une proposition de régularisation concernant la disposition des gaines de ventilation litigieuses. Ce n'est que le 14 mars 2016, soit après l'échéance du délai de mise en conformité que A._ avait réellement informé le DALE, à la demande de celui-ci, de l'extinction de son mandat. Il appartenait à A._ de remplir ses propres obligations légales vis-à-vis du DALE afin de s'en départir valablement. La Chambre administrative retenait que s'il existait une éventuelle impossibilité d'exécuter l'ordre de conformité adressé dans la décision du 5 novembre 2015, cette impossibilité n'était le fait que du comportement de A._ auquel il appartenait de remplir son devoir d'information à l'égard du département. A défaut sa responsabilité était fondée. A._ devait par conséquent répondre, à titre personnel, envers l'autorité des manquements intervenus dans la réalisation des travaux en question. Les manquements qui lui étaient reprochés constituaient une faute, ne serait-ce que par négligence. L'amende prononcée ne procédait ni d'un excès ni d'un abus du pouvoir d'appréciation laissé au DALE.
D.
A._ forme un recours en matière de droit public auprès du Tribunal fédéral contre l'arrêt du 9 janvier 2018. Il conclut, avec suite de fraiset dépens, à l'annulation de cet arrêt et de la décision du 6 avril 2016 du DALE, subsidiairement au constat de la nullité de la décision du 6 avril 2016 et de celle du 5 novembre 2015, plus subsidiairement à la réduction de l'amende prononcée le 6 avril 2016 à 100 francs. A titre subsidiaire de chacune de ces conclusions, il requiert le renvoi de la cause à l'instance précédente pour nouvelle décision au sens des considérants.
Invités à se déterminer sur le recours, l'autorité précédente y a renoncé et le DALE a conclu à son rejet. A._ a déposé des déterminations.

Considérant en droit :
1.
Le Tribunal fédéral examine d'office sa compétence (<ref-law>). Il contrôle librement la recevabilité des recours qui lui sont soumis (<ref-ruling> consid. 1 p. 282).
1.1. Le recours est dirigé contre une décision finale (<ref-law>), rendue en dernière instance cantonale par un tribunal supérieur (art. 86 al. 1 let. d et al. 2 LTF) dans une cause de droit public (<ref-law>) ne tombant pas sous le coup de l'une des exceptions prévues à l'<ref-law>. La voie du recours en matière de droit public est partant ouverte. Le recours a en outre été déposé en temps utile (<ref-law>) et dans les formes requises (<ref-law>) par le destinataire de l'arrêt attaqué qui a qualité pour recourir au sens de l'<ref-law>. Le recours en matière de droit public est par conséquent recevable.
2.
Le mémoire de recours doit contenir les conclusions et les motifs à l'appui de celles-ci (<ref-law>). Les motifs doivent exposer succinctement en quoi l'acte attaqué viole le droit (<ref-law>). Pour satisfaire à cette exigence, la partie recourante doit discuter les motifs de la décision entreprise et indiquer précisément en quoi elle estime que l'autorité précédente a méconnu le droit. Il faut qu'à la lecture de son exposé, on comprenne clairement quelles règles de droit auraient été, selon elle, transgressées par l'autorité cantonale (<ref-ruling> consid. 2.4 p. 368; <ref-ruling> consid. 2 p. 89). Le renvoi à des écritures annexes est irrecevable.
Les griefs de violation des droits fondamentaux et des dispositions de droit cantonal sont en outre soumis à des exigences de motivation accrues (<ref-law>). La partie recourante doit alors indiquer les principes constitutionnels qui n'auraient pas été respectés et expliquer de manière claire et précise en quoi ces principes auraient été violés; de même, elle doit citer les dispositions du droit cantonal dont elle se prévaut et démontrer en quoi ces dispositions auraient été appliquées arbitrairement ou d'une autre manière contraire au droit (cf. <ref-ruling> consid. 2.8 p. 494; <ref-ruling> consid. 1.4 p. 287).
3.
Dans un grief d'ordre formel qu'il convient d'examiner en premier lieu, le recourant se plaint de dénis de justice formels. Il reproche à l'instance précédente de n'avoir pas statué sur plusieurs griefs soulevés dans son recours.
3.1. Une autorité se rend coupable d'un déni de justice formel prohibé par l'art. 29 al. 2 Cst. si elle omet de se prononcer sur des griefs qui présentent une certaine pertinence ou de prendre en considération des allégués et arguments importants pour la décision à rendre (cf. <ref-ruling> consid. 3.2.1 p. 564 s. et les arrêts cités).
3.2. Le recourant reproche tout d'abord à l'autorité précédente de ne pas s'être déterminée, qui plus est favorablement, sur le grief de violation du principe de l'égalité de traitement invoqué à titre subsidiaire dans son recours cantonal. Autant que son recours soit compréhensible, il allègue à cet égard que le DALE a accepté les demandes de prolongation successives de tiers dans les procédures concernant la même parcelle.
Il n'est pas contesté que le recourant n'a pas sollicité de prolongation du délai de mise en conformité imparti par décision du 5 novembre 2015. On ne voit dès lors pas en quoi sa situation aurait dû être comparée à celle d'un tiers qui aurait demandé un délai et l'aurait obtenu. De plus, comme cela sera exposé ci-après, le seul délai accordé à un tiers durant celui qui était imparti au recourant pour mettre la parcelle en conformité, échéant le 13 février 2016, portait sur la production de pièces (cf. infra consid. 4.4). On ne voit dès lors pas où résiderait une inégalité de traitement dans le fait d'accorder une prolongation de délai à un tiers sur un point autre et de ne pas en accorder un concernant la mise en conformité litigieuse au recourant qui ne l'a pas requise. Quant aux autres prolongations de délais invoquées par le recourant, outre qu'elles ont été sollicitées après l'échéance du délai qui lu i avait été imparti, elles ont été d'une part expressément requises et, d'autre part, elles l'ont été dans des configurations différentes (changement de propriétaire et de mandataire). Il n'y a dès lors pas non plus de place ici pour une éventuelle application du principe d'égalité de traitement en faveur du recourant. Au vu de ce qui précède et des faits constatés par l'autorité précédente, on ne saurait reprocher à celle-ci de ne s'être pas déterminée expressément sur le grief du recourant, dénué de toute pertinence.
3.3. Le recourant reproche ensuite à l'autorité précédente de ne pas avoir examiné le grief de nullité des décisions des 5 novembre 2015 (let. Ae ci-dessus) et 6 avril 2016 (let. Ag ci-dessus). Il invoque avoir fait valoir devant l'autorité précédente que la première décision, ordonnant la mise en conformité, était nulle, faute pour le recourant de pouvoir l'exécuter, la parcelle ayant été vendue le 22 décembre 2015, dans le délai imparti pour la mise en conformité, de sorte que celle-ci ne pouvait plus être exécutée. Il soulève également ce grief dans son recours en matière de droit public.
Comme cela sera exposé ci-après, la parcelle, bien que vendue à terme le 22 décembre 2015, n'a changé de propriétaire qu'en mars 2016, soit après l'échéance du délai de mise en conformité imparti au recourant. Dans l'acte de vente à terme, la Société B._ SA s'était en outre engagée à effectuer d'ici au 30 juin 2016 les travaux nécessaires à la mise en conformité des gaines techniques. C'est dire que le grief de nullité motivé sur une prétendue impossibilité d'exécution du fait d'un changement de propriétaire pendant le délai de mise en ordre est dénué de pertinence. Au vu de ces éléments, on ne saurait reprocher à l'autorité précédente un déni de justice le concernant. Au demeurant, l'autorité précédente a exposé pour quels motifs elle estimait que la décision du 5 novembre 2015 ne pouvait plus être contestée aujourd'hui écartant ainsi tacitement le grief de nullité invoqué à son encontre et, en découlant, à l'encontre de la décision du 6 avril 2016.
3.4. Le recourant invoque en tête du titre traitant de son grief de déni de justice également une violation de son droit d'être entendu au sens de l'art. 29 al. 2 Cst. Faute de toute motivation, ce grief est irrecevable.
4.
Le recourant fait valoir que l'appréciation des preuves et la constatation des faits opérées par l'autorité précédente sont arbitraires et contraires à l'<ref-law> ainsi qu'à la présomption d'innocence au sens des art. 32 al. 1 Cst. et 6 par. 2 CEDH.
4.1. Selon la maxime inquisitoire, qui prévaut en particulier en droit public, l'autorité définit les faits pertinents et ne tient pour existants que ceux qui sont dûment prouvés. Elle oblige notamment les autorités compétentes à prendre en considération d'office l'ensemble des pièces pertinentes qui ont été versées au dossier. Elle ne dispense pas pour autant les parties de collaborer à l'établissement des faits. Il leur incombe d'étayer leurs propres thèses, de renseigner le juge sur les faits de la cause et de lui indiquer les moyens de preuves disponibles. En l'absence de collaboration de la partie concernée par de tels faits et d'éléments probants au dossier, l'autorité qui met fin à l'instruction du dossier en considérant qu'un fait ne peut être considéré comme établi, ne tombe ni dans l'arbitraire ni ne viole l'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 6.3.1 p. 298 s.).
Pour le surplus, le Tribunal fédéral est lié par les faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>), à moins qu'ils n'aient été constatés en violation du droit ou de manière manifestement inexacte au sens des art. 97 al. 1 et 105 al. 2 LTF, soit pour l'essentiel de façon arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (<ref-ruling> consid. 5.2.2 p. 98). L'appréciation des preuves est arbitraire ou manifestement inexacte au sens de l'<ref-law> lorsqu'elle est en contradiction avec le dossier ou contraire au sens de la justice et de l'équité ou lorsque l'autorité ne tient pas compte, sans raison sérieuse, d'un élément propre à modifier la décision, se trompe sur le sens et la portée de celui-ci ou, se fondant sur les éléments recueillis, en tire des constatations insoutenables (cf. <ref-ruling> consid. 3.6.2 p. 287; <ref-ruling> consid. 4.2 p. 233 s.). Le Tribunal fédéral n'entre pas en matière sur les critiques de nature appellatoire (<ref-ruling> consid. 2.4 p. 368).
Lorsque l'appréciation des preuves et la constatation des faits sont critiquées, comme en l'espèce, en référence à la présomption d'innocence (art. 6 par. 2 CEDH, 32 al. 1 Cst. et 10 CPP), le principe " in dubio pro reo" n'a pas de portée plus large que l'interdiction de l'arbitraire (<ref-ruling> consid. 1.1 p. 503).
4.2. Le recourant reproche à l'autorité précédente de ne pas avoir retenu qu'il aurait informé le DALE, par courrier du 18 août 2015, que son mandat d'exécution avait été repris par le MPQ de la coopérative.
En l'espèce, au moment de la décision du 5 novembre 2015, il existait trois procédures en cours visant la parcelle xxx: premièrement une procédure DD Y._ dans laquelle une autorisation de construire en vue du " réaménagement d'une surface commerciale " a été délivrée à la requête de la Société B._ SA le 27 novembre 2013, décision entrée en force le 28 mai 2014; deuxièmement une procédure DD Y._-2 portant sur des " aménagements intérieurs gaines extérieures dans la cour et réaménagement d'un appartement au 2ème étage " dans laquelle une autorisation de construire complémentaire a été délivrée à la requête de la Société B._ SA le 5 novembre 2015; troisièmement une procédure DD Z._ portant sur la " modification des bureaux en logements ", qui se trouvait le 5 novembre 2015 au stade de l'examen de la demande d'autorisation de construire requise par la coopérative.
Dans son recours, le recourant ne conteste pas qu'il était devenu le mandataire de la Société B._ SA dans la procédure DD Y._. Il ne conteste pas plus qu'il était également le mandataire de la Société B._ SA s'agissant des travaux référencés sous DD Y._-2 et ce à juste titre: le recourant a lui-même déposé le 4 mars 2015 la demande d'autorisation de construire complémentaire, visant à remédier aux travaux qui avaient été effectués en violation de ceux autorisés dans la procédure DD Y._ (pièce 8A). Sa qualité de mandataire était reconnue par le DALE dans la procédure DD Y._-2 (cf. courrier du DALE au recourant du 26 mai 2015). C'est également lui, répondant à ce courrier sans contester être mandaté par la Société B._ SA pour cette procédure, qui a indiqué produire ses plans additionnels par courrier du 18 août 2015. Sa contestation tardive dans ses déterminations de telles fonctions, fondée sur un mélange des procédures (la DD Y._ devenant la DD Z-3 et la DD Y._-2 devenant la DD Y._) ne convainc, tout au moins sous l'angle de l'arbitraire, dès lors pas.
Au demeurant, le courrier du 18 août 2015 ne contient pas d'avis du recourant selon lequel il ne serait plus le mandataire de la Société B._ SA, alors toujours propriétaire de la parcelle, pour les procédures DD Y._-2 et DD Y._. Il ressort ensuite aussi clairement de ce courrier que le projet impliquant la coopérative, réf. DD Z._, qui aurait selon le recourant engagé un mandataire tiers, est distinct de ceux pour lesquels le recourant est intervenu pour la Société B._ SA auprès du DALE. La seule annonce, qui plus est non documentée, d'un mandataire pour un autre maître d'oeuvre, non propriétaire de la parcelle, et concernant un autre projet sur celle-ci n'imposait ainsi pas de retenir que le recourant n'aurait de facto plus été le mandataire du propriétaire de la parcelle visée concernant le projet dont l'exécution était critiquée et devait être rapidement corrigée. A cet égard, qu'un tiers intéressé à la parcelle ait décidé de soumettre aux autorités une nouvelle demande d'autorisation de construire n'enlevait rien au fait que ceux référencés sous DD Y._ et Y._-2 devaient être menés à bien, respectivement leur exécution contraire aux plans " ne varietur " corrigée conformément aux règles applicables et selon les exigences et dans les délais fixés par les autorités compétentes.
A cela s'ajoute que le recourant n'a pas réagi auprès du DALE, à réception de la décision du 5 novembre 2015, portant sur le dossier " INF 5720 - DD Y._ - R2 ", qui lui a été notifiée personnellement et dans laquelle il lui était fait ordre de procéder aux travaux de mise en conformité par rapport aux plans visés " ne varietur " (cf. supra let. Ae). Le recourant maintenait ainsi l'apparence, à tout le moins, qu'il était bien le mandataire chargé de la direction desdits travaux. Son implication ressort par ailleurs des courriels qu'il invoque à l'appui d'une prétendue prolongation du délai pour procéder à la mise en conformité (cf. infra consid. 4.4), courriels échangés en décembre 2015 et en mars 2016 encore. Le recourant allègue ainsi avoir, par courriel du 6 mars 2016, écrit " pour vérifier où en était l'exécution des travaux de mise en conformité ". Un tel comportement entre clairement en contradiction avec l'affirmation du recourant qu'il n'était plus mandaté par la Société B._ SA en rapport avec les travaux ordonnés.
Au vu de ce qui précède, l'autorité précédente n'a pas fait preuve d'arbitraire ni violé la présomption d'innocence en estimant que le recourant n'avait pas communiqué qu'il n'aurait plus été le mandataire de la Société B._ SA avant l'échéance du délai de mise en conformité, échéant le 13 février 2016, en particulier par son courrier du 18 août 2015, et qu'il était donc toujours le mandataire de la Société B._ SA le 5 novembre 2015 et jusqu'au 13 février 2016.
Le recourant allègue avoir écrit à la Société B._ SA le 13 novembre 2015, sans invoquer avoir envoyé copie de son courrier au DALE, pour inviter la Société B._ SA à faire exécuter la mise en conformité ordonnée le 5 novembre 2015 par la coopérative, selon la DD Z._-1. Ce fait est impropre à imposer de retenir que le recourant n'aurait plus été le mandataire des travaux litigieux et l'aurait annoncé en temps utile au DALE. On note à cet égard que le recourant indiquait dans son courrier du 13 novembre 2015 à la Société B._ SA" nous touchons au terme de cette affaire " et " notre mandat s'achève ", ce qui infirme ici encore le fait que le recourant aurait terminé son mandat pour la Société B._ SA en août 2015 déjà et l'aurait annoncé au DALE à ce moment.
Que le recourant ait communiqué la fin de son mandat au DALE en mars 2016, que le DALE en ait à ce moment pris acte et que ce service ait jugé la Société B._ SA désormais sa seule interlocutrice est impropre à imposer de retenir que le recourant aurait annoncé n'être plus le mandataire des projets litigieux avant le 13 février 2016. Il en va de même du fait que de nouveaux mandataires se soient ensuite annoncés comme MPQ et que le DALE leur ait alors accordé des délais ou encore que d'autres personnes pour d'autres procédures (cf. infra consid. 4.4) aient demandé des délais.
4.3. Le recourant fait encore valoir que c'est à tort que l'autorité précédente n'a pas retenu que la parcelle xxx avait été vendue le 22 décembre 2015 à C._ SA et que la Société B._ SA n'aurait plus été propriétaire de cette parcelle dès cette date. Il aurait dès lors été impossible au recourant de procéder à la mise en conformité ordonnée le 5 novembre 2015 dans le délai imparti.
L'acte de vente invoqué, daté du 22 décembre 2015, est une vente à terme. Au vu des caviardages figurant sur la pièce produite, le terme n'est pas déterminable. Il ressort toutefois de cet acte que la vendeuse, soit la Société B._ SA, s'était expressément engagée à effectuer les travaux nécessaires à la mise en conformité des gaines techniques d'ici au 30 juin 2016. Il ressort également des faits constatés par l'autorité précédente que la Société B._ SA a finalement cessé d'être propriétaire de la parcelle en mars 2016, soit après l'échéance du délai de mise en conformité imparti au recourant.
Dans ces conditions, l'autorité précédente n'a pas fait preuve d'arbitraire ni violé la présomption d'innocence en ne retenant pas un changement de propriétaire durant le délai de mise en conformité imparti au recourant. Elle pouvait en conséquence également retenir que ce dernier n'était pas dans l'impossibilité, en raison d'un tel changement durant ce délai, de faire procéder à la mise en conformité à laquelle il avait été astreint. Le recourant invoque en outre de manière étonnante qu'une telle vente l'aurait empêché de donner suite à la demande de mise en conformité alors qu'il a déclaré avoir découvert cette vente en 2017 seulement.
Au vu de la clause du contrat de vente à terme par laquelle la Société B._ SA s'était expressément engagée à effectuer les travaux nécessaires à la mise en conformité des gaines techniques d'ici au 30 juin 2016, le grief qu'il aurait été arbitraire de retenir qu'un vendeur exécute des travaux sur un bien faisant l'objet d'une vente à terme est manifestement infondé.
Pour le surplus, le recourant n'invoque pas d'autres circonstances qui auraient été omises de manière arbitraire par l'autorité précédente et qui auraient imposé de retenir que la mise en conformité aurait été rendue impossible, voire même seulement compliquée pour lui.
4.4. Le recourant fait au surplus grief à l'autorité précédente de ne pas avoir retenu que le délai de mise en conformité avait été prolongé, se référant à plusieurs courriels échangés avec des mandataires de la coopérative ou de C._ SA.
Il ressort de la pièce 32, à laquelle se réfère le recourant, que par courriel du 23 décembre 2015, le DALE a semble-t-il octroyé à un certain G._ un délai. Ce courriel a été transmis au recourant. Le recourant ne se réfère à aucune pièce au dossier attestant de l'objet de cette demande de délai. Le courriel du 23 décembre 2015 indique toutefois qu'il s'agit d'un délai pour produire des pièces répondant à une demande de complément, non pour effectuer la mise en conformité ordonnée au recourant. Il ne s'imposait pas d'assimiler l'un à l'autre et de retenir en conséquence que le délai imparti par décision du 5 novembre 2015 au recourant avait été prolongé.
Les demandes de prolongation formulées par des tiers après l'échéance du délai de mise en conformité imparti au recourant sont en outre impropres à démontrer qu'une prolongation du délai imparti au recourant au-delà du 13 février 2016 aurait été accordée.
4.5. Pour le surplus, le recourant invoque de nombreux faits non constatés dans l'arrêt entrepris. Ils ne sont toutefois accompagnés d'aucun grief d'arbitraire motivé à satisfaction de droit.
On ne discerne en outre, au vu de ce qui précède aucune violation de l'<ref-law>, les faits ayant au demeurant été considérés comme établis par l'autorité précédente de sorte que la question de la répartition du fardeau de la preuve ne se posait pas.
Il résulte de ce qui précède que le Tribunal fédéral est lié par les faits constatés par l'autorité précédente et que ceux exposés par le recourant qui s'en écartent sont irrecevables. Les griefs que le recourant fonde sur ces derniers le sont dès lors également.
5.
Le recourant critique l'amende qui a été prononcée par décision du 6 avril 2016, confirmée par le TAPI puis par l'autorité précédente.
5.1.
5.1.1. Aux termes de l'art. 6 LCI, la direction des travaux dont l'exécution est soumise à autorisation de construire doit être assurée par un mandataire inscrit au tableau des MPQ, dont les capacités professionnelles correspondent à la nature de l'ouvrage. Demeurent réservées les constructions ou installations d'importance secondaire, qui font l'objet de dispositions spéciales édictées par voie réglementaire (al. 1). Le mandataire commis à la direction des travaux en répond à l'égard de l'autorité jusqu'à réception de l'avis d'extinction de son mandat (al. 2).
5.1.2. Le département peut ordonner, à l'égard des constructions, des installations ou d'autres choses la remise en état, la réparation, la modification, la suppression ou la démolition (art. 129 let. e LCI). Une telle mesure peut être ordonnée par le département lorsque l'état d'une construction, d'une installation ou d'une autre chose n'est pas conforme aux prescriptions de la présente loi, des règlements qu'elle prévoit ou des autorisations délivrées en application de ces dispositions légales ou réglementaires (art. 130 LCI). Les propriétaires ou leurs mandataires, les entrepreneurs et les usagers sont tenus de se conformer aux mesures ordonnées par le département en application des articles 129 et 130 LCI (art. 131 LCI).
En vertu de l'art. 132 LCI, le département notifie aux intéressés, par lettre recommandée, les mesures qu'il ordonne. Il fixe un délai pour leur exécution, à moins qu'il n'invoque l'urgence (al. 1). Ces mesures sont dispensées de la procédure d'autorisation. Le département peut toutefois exiger la présentation des pièces prévues à l'article 2 LCI (al. 2).
5.1.3. Aux termes de l'art. 137 al. 1 let. c LCI, est passible d'une amende administrative de 100 fr. à 150'000 fr. tout contrevenant aux ordres donnés par le département dans les limites de la LCI des règlements et arrêtés édictés en vertu de celle-ci.
Selon l'art. 137 al. 2 LCI, le montant maximum de l'amende est de 20'000 fr. lorsqu'une construction, une installation ou tout autre ouvrage a été entrepris sans autorisation mais que les travaux sont conformes aux prescriptions légales.
En vertu de l'art. 137 al. 3 LCI, il est tenu compte, dans la fixation du montant de l'amende, du degré de gravité de l'infraction. Constituent notamment des circonstances aggravantes la violation des prescriptions susmentionnées par cupidité, les cas de récidive et l'établissement, par le MPQ ou le requérant, d'une attestation, au sens de l'article 7 LCI, non conforme à la réalité.
5.1.4. Enfin, l'art. 6 LPAI/GE prévoit que le MPQ est tenu de faire définir clairement son mandat (al. 1). Il s'acquitte avec soin et diligence des tâches que lui confie son mandant dont il sert au mieux les intérêts légitimes tout en s'attachant à développer, dans l'intérêt général, des réalisations de bonne qualité au titre de la sécurité, de la salubrité, de l'esthétique et de l'environnement (al. 2).
5.2. A l'encontre de sa condamnation, le recourant estime que l'art. 131 LCI serait en contradiction avec l'interdiction de l'arbitraire et le principe de légalité. L'art. 131 LCI devrait être interprété comme concernant uniquement le propriétaire. Le recourant invoque à cet égard les <ref-law>, 9 et 31 al. 1 Cst. et 7 CEDH. Le recourant n'ayant jamais été propriétaire, les conditions de l'infraction ne seraient pas réalisées. La décision du 6 avril 2016 devrait en conséquence être annulée conformément au principe de l'interdiction de l'arbitraire et de la légalité.
5.2.1. La réponse à la question de savoir si le grief du principe de légalité, fondé sur des dispositions cantonales (application de l'<ref-law> applicable ici à titre de droit cantonal supplétif conformément à l'art. 1 al. 1 let. a de la loi pénale genevoise du 17 novembre 2006; LPG; RS/GE E 4 05) et constitutionnels est recevable alors qu'il n'apparaît pas avoir été soulevé devant l'autorité précédente, ni examiné par elle, peut rester indécise.
5.2.2. L'objet du présent litige est en effet ici uniquement de déterminer si le recourant pouvait être sanctionné d'une amende pour ne pas avoir donné suite à l'ordre de mise en conformité prévu par la décision du 5 novembre 2015. Il ne porte en revanche pas sur la légalité de cet ordre, la décision du 5 novembre 2015 l'impartissant étant entrée en force, faute d'avoir été attaquée en temps utile. Le recourant ne peut donc pas faire valoir, ce qui est dirigé en réalité à l'encontre de la décision du 5 novembre 2015, que le principe de légalité interdirait de considérer que l'art. 131 LCI permettait de notifier un ordre de mise en conformité à un mandataire. Ce grief est irrecevable et avec lui les critiques que le recourant tente d'invoquer concernant son cas personnel.
5.3. Le recourant reproche ensuite à l'autorité précédente d'avoir confirmé l'amende litigieuse au motif qu'il n'aurait pas informé le DALE de l'extinction de son mandat avant le 13 février 2016. Il estime cette appréciation arbitraire et contraire au principe de légalité dès lors qu'elle modifie les éléments constitutifs de l'infraction prévue par l'art. 137 LCI en en substituant d'autres.
Tel n'est pas le cas. L'autorité précédente a en effet confirmé que le recourant avait l'obligation de mettre les travaux réalisés en conformité. Faute d'avoir informé le DALE qu'il n'aurait plus été le mandataire de la Société B._ SA pour le projet litigieux et faute d'impossibilité d'exécuter dite remise en conformité, sa responsabilité était engagée. L'autorité précédente a ainsi bien condamné le recourant pour les " manquements intervenus dans la réalisation des travaux " (arrêt attaqué, p. 15) soit le fait de ne pas avoir mis en conformité les travaux qui avaient été effectués en violation de l'autorisation délivrée, alors qu'il était toujours le mandataire annoncé de la SI, dans le délai imparti. Le recourant l'a d'ailleurs bien compris (recours, p. 16 i. f.). Le comportement réprimé ici est donc bien d'avoir contrevenu à un ordre donné par le DALE. Le grief est infondé.
5.4. Le recourant invoque en outre que l'autorité précédente aurait appliqué les art. 6, 129 à 132 et 137 LCI ainsi que l'art. 6 LPAI de manière insoutenable et violé l'interdiction de l'arbitraire en ne retenant pas un excès et un abus par le DALE dans l'exercice de son pouvoir d'appréciation.
5.4.1. Sauf exceptions non pertinentes en l'espèce (cf. art. 95 let. c, d et e LTF), la violation du droit cantonal ou communal en tant que tel ne peut être invoqué devant le Tribunal fédéral (<ref-law> e contrario). Il est néanmoins possible de faire valoir que son application consacre une violation du droit fédéral, comme la protection contre l'arbitraire (art. 9 Cst.) ou la garantie d'autres droits constitutionnels.
5.4.2. A l'appui de ce grief, le recourant conteste avoir été le MPQ chargé de l'exécution des travaux de mise en conformité des gaines de ventilation DD Y._-2 au motif qu'il avait repris la responsabilité de l'exécution des travaux autorisés selon la DD Y._. Il invoque en outre qu'il n'était pas non plus chargé des travaux de mise en conformité des gaines selon le DD Z._-1, cette responsabilité revenant au MPQ de la coopérative qui avait déposé la requête en autorisation principale DD Z._-1. Il allègue encore que la demande d'autorisation complémentaire DD Y._-2 reprendrait dans son intégralité la proposition faite dans la requête d'autorisation DD Z._-1 et que la requête DD Z._ était en cours d'examen. Sans soucis de se contredire, il affirme également que l'injonction d'exécution aurait également été inexécutable du fait que les travaux de régularisation des gaines de ventilation de la " DD Y._ " n'avaient pas été autorisés dans la DD Z._-1 (déterminations du recourant, p. 6).
Le recourant poursuit en soulignant que la décision du 5 novembre 2015 n'était pas claire. L'unique obligation qui en découlait pour lui au vu de l'extinction de son mandat ou de sa non-reconduction (recours, p. 20 i. f.) était de transmettre la décision du 5 novembre 2015 à qui de droit. L'injonction de mise en conformité des travaux concernait la Société B._ SA puisqu'elle était propriétaire, respectivement d'autres MPQ.
Le recourant fait valoir ensuite qu'il n'avait jamais été doté des moyens d'exécuter lesdits travaux ou de s'y opposer, avant d'affirmer que les travaux demandés n'ont pas été entrepris non pas du fait d'une mauvaise foi crasse du propriétaire de ne pas vouloir se soumettre à une injonction de l'autorité mais bien du fait d'un changement de propriétaire du bien intervenu le 22 décembre 2015. La charge des procédures dont la DD Y._-2 revenait dès cette date au MPQ du nouveau propriétaire.
Il estime par ailleurs que l'autorité précédente a fait preuve d'arbitraire en niant un " abus d'autorité " (recours, p. 22) dans le constat de manquements dans la réalisation des travaux de mise en conformité puisque le DALE a lui-même accordé des prolongations à des tiers pour l'exécution desdits travaux, dont l'un pendant le délai imparti par la décision du 5 novembre 2015.
Le recourant en conclut en conséquence que l'autorité précédente aurait dû, sous peine d'appliquer arbitrairement les dispositions cantonales invoquées, admettre un abus " d'autorité " (recours, p. 23) de la part du DALE. Il lui reproche également de lui avoir imputé le fait et l'intention d'un tiers, soit le propriétaire.
5.4.3. En l'occurrence, la question n'était pas de savoir qui était responsable de l'exécution éventuelle des travaux faisant l'objet de la procédure distincte DD Z._. Il s'agissait uniquement de déterminer si le recourant pouvait comprendre que l'ordre de mise en conformité donné le 5 novembre 2015 le visait, s'il l'a respecté et, si tel n'est pas le cas, si l'on peut le lui reprocher. La décision du 5 novembre 2015 étant entrée en force, les griefs que le recourant formule à son encontre sont, comme déjà exposé, irrecevables.
5.4.4. Au vu des faits constatés sans arbitraire par l'autorité précédente, le recourant, mandataire inscrit au tableau des MPQ, était bien le mandataire au sens de l'art. 6 al. 1 LCI responsable de la direction des travaux objet des autorisations de construire DD Y._ et DD Y._-2 à la date du 5 novembre 2015 et au moins jusqu'à l'échéance du délai de mise en conformité imparti par cette décision, soit le 13 février 2016, faute d'avoir annoncé à la DALE que son mandat aurait été terminé comme l'art. 6 al. 2 LCI le prévoyait expressément.
La décision du 5 novembre 2015 se référait expressément au dossier d'infraction 5720, en rapport avec l'exécution de l'autorisation de construire DD Y._, ainsi que la procédure DD Y._-2, procédures dans lesquelles le recourant était mandataire au sens des art. 6 al. 1 et 131 LCI. Elle lui a été notifiée personnellement, par courrier recommandé. Elle lui faisait ordre (" nous vous ordonnons ") de procéder à la mise en conformité par rapport aux plans visés " ne varietur ". Dans ces circonstances, considérer que la décision du 5 novembre 2015 imposait bien au recourant, alors toujours chargé de la direction des travaux dans les procédures litigieuses - et non seulement au propriétaire - d'exécuter l'ordre qui y était formulé ne prête pas flanc à la critique. Il ne saurait partant échapper à l'application de l'art. 137 LCI en arguant ne pas avoir compris que l'ordre de mise en conformité devait être respecté par lui.
Le recourant n'a ni demandé, ni obtenu de prolongation du délai de mise en conformité. Or à son échéance, le 13 février 2016, il ne conteste pas que celle-ci n'avait pas été effectuée.
Il résulte de ce qui précède que le recourant a bien contrevenu, au sens de l'art. 137 let. c LCI, à un ordre que lui avait donné le DALE.
5.4.5. Le recourant semble contester que l'inexécution de cet ordre puisse lui être reprochée.
Il invoque tout d'abord qu'on ne saurait lui imputer le fait et l'intention d'un tiers, in casu le propriétaire de la parcelle. C'est ici oublier qu'en tant que destinataire de l'ordre de mise en conformité et mandataire responsable de la direction des travaux litigieux, il lui incombait de prendre personnellement les mesures pour que cette mise en conformité soit faite dans le délai imparti. L'arrêt attaqué ne retient aucune circonstance l'en ayant empêché. Il ne saurait dès lors se réfugier derrière l'inexécution de cet ordre par le propriétaire, à qui il s'est accessoirement contenté de transmettre la décision du 5 novembre 2015 en lui demandant de faire procéder dans le délai imparti aux " modifications selon leurs [ceux de la coopérative] plans ", soit même pas les modifications demandées.
De plus, dans le cas d'espèce des travaux avaient été exécutés sans respecter l'autorisation délivrée ni les plans " ne varietur " et étaient susceptibles de créer de nombreuses gênes. Dans de telles circonstances, il n'est pas admissible que le mandataire qui en a la responsabilité puisse décider de ne pas y remédier comme les autorités l'exigent, alors même que les travaux requis ont été autorisés, en arguant de l'existence d'une procédure parallèle. L'existence d'une demande d'autorisation de construire sur la parcelle, réf. DD Z._, même tendant partiellement à la réalisation de travaux visés par les autorisations de construire DD Y._ et DD Y._-2, ne modifiait ainsi pas l'obligation du recourant de donner suite à l'ordre de mise en conformité donné le 5 novembre 2015. Rien ne permet à cet égard de retenir que cet ordre ait été suspendu, alors même que la procédure relative au projet DD Z._ était en cours. L'existence, l'avancement et l'objet de cette dernière procédure n'étaient ainsi aucunement propres à remettre en question l'obligation du recourant d'exécuter la mise en conformité ordonnée.
Au vu de ses connaissances en tant que MPQ, de sa position de mandataire responsable de la direction des travaux dans les procédures visées par l'ordre de mise en conformité et du déroulement des faits, le recourant aurait dû personnellement faire en sorte que les travaux requis soient exécutés dans le délai imparti. Dès lors qu'il ne l'a pas fait, alors même que rien ne l'en empêchait, il n'était pas arbitraire ni constitutif d'un excès ou d'un abus du pouvoir d'appréciation revenant au DALE de retenir que le recourant s'était rendu fautivement coupable de contravention au sens de l'art. 137 LCI.
Le recourant invoque encore que le prononcé de l'amende du 6 avril 2016 est postérieur, premièrement, à la déclaration du DALE du 22 mars 2016 selon laquelle il avait pris acte que le recourant ne s'occupait plus des travaux litigieux, deuxièmement, à la date du 23 mars 2016 où le DALE aurait appris que la parcelle avait changé de propriétaire et, troisièmement, au courrier du DALE du 5 avril 2016 par lequel ce service accorde un délai au MPQ du nouveau propriétaire. Ces éléments n'ont aucune portée sur la question de savoir si, précédemment, le recourant avait commis une contravention au sens de l'art. 137 LCI. On ne saurait notamment y voir un comportement contradictoire du DALE propre à remettre en question le bien-fondé de l'amende prononcée.
5.5. Le recourant indique dans ses déterminations que si lui-même avait obtempéré à l'ordre de mise en conformité, le DALE aurait violé le droit d'être entendu de la coopérative, respectivement du nouveau propriétaire.
On peut ici se borner à relever que le grief, invoqué dans les déterminations seulement, est tardif et donc irrecevable (<ref-ruling> consid. 1.2.3 p. 286).
6.
A titre subsidiaire, le recourant invoque une application arbitraire des art. 1 al. 1 LPG et 137 LCI et une violation des art. 47 et 52 CP par renvoi de l'art. 1 al. 1 LPG.
6.1. Le recourant reproche à l'autorité précédente d'avoir considéré que l'amende prononcée dans la décision du 5 novembre 2015 constituait un antécédent dès lors que le bordereau de l'amende était au nom de la Société B._ SA.
La décision précitée était adressée au recourant personnellement. Elle précisait en outre que l'amende alors prononcée visait à sanctionner le fait d'avoir entrepris les travaux sans autorisation. Or le recourant était le MPQ de ces travaux et donc responsable de la direction de ceux-ci. Il n'était ainsi pas arbitraire de considérer que le recourant, en dirigeant des travaux pour lesquels il ne disposait pas d'autorisation, respectivement en restant auprès du DALE responsable de la direction desdits travaux alors qu'ils avaient été exécutés sans autorisation, s'était rendu coupable de contravention au sens de l'art. 137 LCI. Retenir une telle violation comme antécédent dans la décision du 6 avril 2016 ne prête dès lors pas flanc à la critique. Que le bordereau y relatif ait été libellé au nom de la Société B._ SA ou que celle-ci se soit prétendument acquittée de l'amende n'imposait pas une autre appréciation.
6.2. Le recourant reproche à l'autorité précédente d'avoir arbitrairement omis plusieurs éléments qui démontreraient un excès " d'autorité " (recours, p. 32) par le DALE, l'absence de faute de sa part et l'absence d'intérêt à le punir justifiant une exemption de peine. La décision de l'autorité précédente de maintenir le montant de l'amende à 10'000 fr. serait insoutenable et contraire aux dispositions précitées ainsi qu'au principe de proportionnalité garanti par les art. 5 et 36 al. 3 Cst.
Le recourant semble soutenir que l'autorité précédente lui aurait arbitrairement reproché de ne pas s'être opposé à la vente de la parcelle. Un tel reproche n'a pas été formulé, encore moins pour justifier la quotité de l'amende prononcée.
Le recourant invoque les prolongations de délais obtenues par les mandataires qui se sont succédé. Que de nouveaux mandataires, intervenant après le recourant, pour de nouveaux propriétaires, se voient octroyer un délai lors de leur constitution, même de six mois, pour mettre en conformité les travaux faits en violation de la loi sous la direction du recourant n'a rien de particulier et n'est pas susceptible de remettre en question la gravité des actes omis par le recourant lui-même et sa propre faute.
Il en va de même du fait que le recourant se serait enquis auprès de tiers du respect d'un délai qui lui avait été imparti, sans rien faire de plus alors que c'était bien à lui, toujours mandataire responsable des travaux auprès du DALE, qu'il convenait d'agir, ce en temps utile.
Le recourant affirme qu'un suivi aurait été réalisé auprès du DALE de sorte que ce service aurait été informé des raisons de la non-exécution de l'ordre donné le 5 novembre 2015. De tels faits, dans toute la mesure où ils sont compréhensibles, n'ont pas été constatés par l'autorité précédente sans que l'arbitraire de leur omission ait été démontré. Ils sont irrecevables.
Le recourant invoque 20 ans d'exercice professionnel. Ce fait, quelle que soit sa pertinence, ne résulte pas non plus de l'arrêt entrepris. Faute d'être accompagné d'un grief d'arbitraire, il est irrecevable.
Le recourant invoque qu'il est une personne physique et non une société anonyme. Formulé dans ses déterminations seulement, ce moyen, tardif, est irrecevable.
Il s'ensuit que les griefs formulés, censés motivés par les éléments ci-avant écartés, doivent être rejetés.
7.
Les considérants qui précèdent conduisent au rejet du recours dans la mesure de sa recevabilité, aux frais du recourant, qui succombe (art. 65 et 66 al. 1 LTF). Le DALE n'a pas droit à des dépens (cf. <ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 3'000 fr., sont mis à la charge du recourant.
3.
Le présent arrêt est communiqué au mandataire du recourant, au Département de l'aménagement, du logement et de l'énergie de la République et canton de Genève, et à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre administrative, 3ème section.
Lausanne, le 23 mai 2019
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Chaix
La Greffière : Cherpillod