Faits :
A.
Le 8 décembre 2017, le Conseil fédéral a adopté une nouvelle maquette des "Explications du Conseil fédéral". Cette refonte visait à améliorer la présentation de la brochure et à en faciliter la lecture. Le ou les comités (d'initiative ou référendaires) et le Conseil fédéral disposent désormais chacun du même nombre de pages pour exposer leurs arguments respectifs. Les électeurs ont reçu la nouvelle version des "Explications" à l'occasion de la votation du 23 septembre 2018.
B.
Le 25 avril 2018, le Conseil fédéral a décidé de soumettre à votation populaire le 23 septembre 2018 les trois objets suivants:
- arrêté fédéral du 13 mars 2018 concernant les voies cyclables et les chemins et sentiers pédestres (contre-projet direct à l'initiative populaire «Pour la promotion des voies cyclables et des chemins et sentiers pédestres [initiative vélo]») (FF 2018, 1461);
- initiative populaire du 26 novembre 2015 «Pour des denrées alimentaires saines et produites dans des conditions équitables et écologiques (initiative pour des aliments équitables) » (FF 2018, 1451);
- initiative populaire du 30 mars 2016 «Pour la souveraineté alimentaire. L'agriculture nous concerne toutes et tous» (FF 2018, 1455).
A Genève, l'envoi du matériel de vote, comprenant notamment la brochure explicative fédérale, a eu lieu du 27 août au 1 er septembre 2018.
Le 31 août 2018, Jeremy Bacharach, citoyen genevois, a formé un recours pour violation des droits politiques auprès du Conseil d'Etat du canton de Genève contre la votation fédérale prévue le 23 septembre 2018, au motif que la nouvelle mise en page de la brochure explicative du Conseil fédéral violait l'art. 34 al. 2 Cst. et l'art. 10a al. 2 et 11 al. 2 de la loi fédérale sur les droits politiques du 17 décembre 1976 (LDP; RS 161.1). Il a conclu à l'annulation du scrutin du 23 septembre 2018.
Par arrêté du 12 septembre 2018, le Conseil d'Etat a déclaré le recours irrecevable. Il a considéré que l'objet du recours outrepassait le cadre d'une contestation de portée communale ou régionale, de sorte qu'il n'était pas compétent pour en connaître.
La votation populaire fédérale a eu lieu le 23 septembre 2018.
C.
Le 25 septembre 2018, agissant par la voie du recours en matière de droit public, Jeremy Bacharach demande au Tribunal fédéral d'annuler l'arrêté du Conseil d'Etat du 12 septembre 2018 et d'annuler la votation fédérale du 23 septembre 2018.
Invité à se déterminer, le Conseil d'Etat y renonce en se référant aux considérants de son arrêté. La Chancellerie fédérale conclut à l'irrecevabilité du recours. Le recourant a répliqué, par courrier du 9 novembre 2018.

Considérant en droit :
1.
D'après l'art. 82 let. c LTF, le Tribunal fédéral connaît des recours qui concernent les votations populaires, en particulier en matière fédérale contre les décisions des gouvernements cantonaux (<ref-law>). Le recourant dispose du droit de vote sur le plan fédéral et a ainsi qualité pour recourir (<ref-law>). Il a déposé son recours contre la décision du gouvernement genevois auprès du Tribunal fédéral dans le délai prévu (<ref-law>).
2.
Le recourant dirige d'abord son recours contre les "Explications relatives à la votation fédérale du 23 septembre 2018". Il ne critique cependant pas le contenu du message explicatif fédéral, mais sa nouvelle mise en page, en particulier la taille de la police des recommandations de vote.
En vertu de l'art. 189 al. 4 Cst., les actes de l'Assemblée fédérale et du Conseil fédéral ne peuvent en principe pas être portés devant le Tribunal fédéral. Cette règle s'applique également en matière de droits politiques (<ref-ruling> consid. 7.1 p. 85). Tant que le recourant reproche au Conseil fédéral d'avoir influencé de manière inadmissible la formation de la volonté des citoyens dans son message explicatif, il n'y a pas lieu d'entrer en matière sur le recours (<ref-ruling> consid. 7.2 p. 85; <ref-ruling> consid. 1.2 p. 179).
Le recourant ne mentionne cependant pas uniquement le message explicatif du gouvernement fédéral. Il affirme que la nouvelle présentation de la brochure explicative fédérale affecte l'état d'information général des électeurs. Il se réfère à l'<ref-ruling>, arrêt dans lequel le Tribunal fédéral constate que l'art. 189 al. 4 Cst. permet que l'état d'information global précédant une votation populaire puisse faire l'objet d'une procédure et que, dans ce contexte, les explications du Conseil fédéral puissent aussi être mises en cause (consid. 7.4).
Cette jurisprudence ne s'applique toutefois pas en l'occurrence. En effet, les critiques du recourant ne visent pas l'état d'information global mais la mise en page graphique des recommandations de vote du Conseil fédéral et du Parlement. Or les recommandations de vote ne constituent pas une information sur le contenu de l'objet de la votation et par conséquent ne sauraient affecter l'état d'information général des électeurs. De plus, contrairement à la situation prévalant dans l'<ref-ruling>, il n'est pas reproché au Conseil fédéral d'avoir retenu des informations importantes dont seule l'administration fédérale disposait. Au contraire, la question de la nouvelle mise en page graphique des recommandations de vote pouvait être abordée sans difficulté dans le débat public précédant la votation (voir aussi arrêts 1C_276/2018 du 10 décembre 2018 consid. 3.2; 1C_455/2016 du 14 décembre 2016 consid. 2.4 non publié in <ref-ruling>).
3.
Il s'ensuit que le recours est irrecevable.
Les frais judiciaires, réduits (<ref-law>), sont mis à la charge du recourant qui succombe.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est irrecevable.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 500 francs, sont mis à la charge du recourant.
3.
Le présent arrêt est communiqué au recourant, à la Chancellerie fédérale et au Conseil d'Etat du canton de Genève.
Lausanne, le 12 décembre 2018
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Merkli
La Greffière : Tornay Schaller