Faits :
A.
A._, ressortissant portugais né en 1956, a travaillé en Suisse entre 1982 et 1994, en dernier lieu comme chauffeur-livreur. Il s'est vu délivrer par l'Office de l'assurance-invalidité du canton de Genève une rente entière d'invalidité dès le 1er mars 1995, au motif que son état de santé psychique était incompatible avec l'exercice d'une activité professionnelle (décisions des 14 avril et 6 novembre 1997). Le droit à cette prestation a été maintenu en 2004 (communication du 1er juillet 2004).
L'Office AI pour les assurés résidant à l'étranger (ci-après: l'office AI), à qui le dossier avait été transmis après le départ de A._ pour le Portugal fin avril 2005, a soumis le prénommé à une expertise pluridisciplinaire auprès d'un centre d'observation médicale de l'AI (COMAI). Par décision du 15 janvier 2009, l'office AI a, en se fondant sur le rapport d'expertise (du 8 juillet 2008), supprimé la rente entière d'invalidité, avec effet au 1er mars 2009, et retiré l'effet suspensif à un éventuel recours. Par jugement du 22 mars 2010, le Tribunal administratif fédéral a admis le recours formé par A._ contre cette décision et confirmé le droit de celui-ci à une rente entière d'invalidité. Saisi par l'office AI d'un recours, le Tribunal fédéral a annulé le jugement du Tribunal administratif fédéral du 22 mars 2010 et la décision de l'office AI du 15 janvier 2009 et renvoyé la cause à l'administration pour instruction complémentaire au sens des considérants et nouvelle décision.
Le 9 juin 2011, l'office AI a nié le droit de A._ à des mesures de réadaptation d'ordre professionnel, au motif que celui-ci n'était plus assuré à l'AVS/AI, et maintenu qu'il n'avait pas droit à une rente d'invalidité depuis le 1er mars 2009. Il a également retiré l'effet suspensif à un éventuel recours. Le Tribunal administratif fédéral a, par jugement du 8 juillet 2013, admis le recours formé par A._ contre cette décision, annulé celle-ci et renvoyé le dossier à l'office AI pour compléter l'instruction du dossier conformément aux considérants.
Reprenant l'instruction de la cause, l'office AI a mis l'assuré au bénéfice de mesures d'observation d'ordre professionnel auprès des établissements B._ à U._ (du 27 avril au 22 mai 2015; rapport du 15 juin 2015). Le 1er février 2016, l'office AI n'a pas donné suite à la demande de A._ du 18 décembre 2015 tendant à la reprise du versement d'une rente entière d'invalidité. Par décision du 31 mai 2016, il a ensuite nié le droit du prénommé à une rente d'invalidité au-delà du 28 février 2009 et rejeté la requête tendant à l'octroi de mesures de réadaptation d'ordre professionnel. Il a également retiré l'effet suspensif à un éventuel recours.
B.
A._ a déféré les décisions des 1er février et 31 mai 2016 au Tribunal administratif fédéral, qui a joint les causes. Statuant par jugement le 5 novembre 2018, le Tribunal administratif fédéral a admis le recours formé par l'intéressé contre la décision du 31 mai 2016, réformé cette décision en ce sens que le droit de A._ à une rente entière d'invalidité est reconnu dès le 1er mars 2009, puis "retourné" le dossier à l'office AI afin qu'il reprenne le versement de la rente et procède au paiement des arriérés de rente et des intérêts moratoires dus. S'agissant du recours formé par A._ contre la décision du 1er février 2016, le Tribunal administratif fédéral a constaté qu'il était devenu sans objet et radié la cause du rôle.
C.
L'office AI interjette un recours en matière de droit public contre ce jugement dont il demande l'annulation. Il conclut principalement à ce que la décision rendue le 31 mai 2016 soit rétablie. Subsidiairement, il demande le renvoi de la cause au Tribunal administratif fédéral afin qu'il évalue le taux d'invalidité et établisse le droit à une rente d'invalidité partielle. Le recours est assorti d'une requête d'effet suspensif.
A._ conclut principalement au rejet du recours dans la mesure où il est recevable. Subsidiairement, il demande l'octroi de mesures de réadaptation de l'assurance-invalidité suisse, que son droit à une rente entière d'invalidité soit maintenu jusqu'à nouvelle décision et que l'office AI soit condamné à lui verser le montant de sa rente entière d'invalidité dès le 1er mars 2009, intérêts moratoires à 5 % l'an en sus. En tout état, il demande à ce que son droit à une rente entière d'invalidité soit maintenu du 1er mars 2009 au 31 juillet 2016 et à ce que l'office AI soit condamné à lui verser le montant de cette rente avec intérêts moratoires à 5 % l'an en sus. Il conclut en outre au rejet de la demande de restitution de l'effet suspensif, respectivement à ce que l'effet suspensif ne vaille qu'à compter du 1er août 2016.
Le Tribunal administratif fédéral et l'Office fédéral des assurances sociales ont renoncé à se déterminer sur le recours.

Considérant en droit :
1.
Bien que le dispositif du jugement entrepris "retourne" la cause à l'office recourant, il ne s'agit pas d'une décision incidente au sens de l'art. 93 LTF. Le Tribunal administratif fédéral a en effet statué définitivement sur les points contestés, le renvoi de la cause ne visant que le calcul du paiement des arriérés de rente et des intérêts moratoires, ainsi que la reprise du versement de la rente entière d'invalidité dès le 1er mars 2009. Le recours est dès lors recevable puisqu'il est dirigé contre un jugement final (art. 90 LTF; <ref-ruling> consid. 1.2 p. 283; <ref-ruling> consid. 3.2 p. 325 et la référence).
2.
2.1. Le recours en matière de droit public peut être formé notamment pour violation du droit fédéral (art. 95 let. a LTF), que le Tribunal fédéral applique d'office (art. 106 al. 1 LTF), n'étant limité ni par les arguments de la partie recourante, ni par la motivation de l'autorité précédente. Le Tribunal fédéral fonde son raisonnement sur les faits retenus par la juridiction de première instance (art. 105 al. 1 LTF) sauf s'ils ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (art. 105 al. 2 LTF).
2.2. En dépit des formulations succinctes employées dans le recours, on comprend en l'espèce clairement sur quels points la décision entreprise est attaquée et quelles règles de droit auraient été, selon l'office recourant, transgressées par la juridiction précédente. Dans cette mesure, quoiqu'en dise l'intimé, le recours est recevable.
3.
3.1. Compte tenu des conclusions et motifs du recours, le litige porte sur la suppression par voie de révision du droit de A._ à une rente entière d'invalidité à compter du 1er mars 2009. Conformément à l'arrêt de renvoi du Tribunal fédéral du 31 janvier 2011 (cause 9C_368/2010), il s'agit d'examiner la réalisation des conditions matérielles du droit à des mesures de réadaptation d'ordre professionnelle pour une personne qui bénéficiait d'une rente d'invalidité suisse depuis près de 15 ans en 2009, ainsi que du droit accessoire au maintien de la rente d'invalidité pendant la durée de mise en oeuvre de ces mesures.
3.2. A cet égard, l'autorité précédente a exposé de manière complète les dispositions légales et la jurisprudence relatives à la notion d'invalidité (art. 8 LPGA et art. 4 LAI), à son évaluation chez les assurés actifs (art. 16 LPGA), à l'incapacité de gain (art. 7 LPGA), à la révision (art. 17 LPGA et art. 88a al. 1 RAI), aux mesures de réadaptation d'ordre professionnel (art. 8 LAI) et aux situations particulières dans lesquelles il convient d'admettre que des mesures d'ordre professionnel sont en principe nécessaires, malgré l'existence d'une capacité de travail médico-théorique en cas de réduction ou de suppression, par révision (art. 17 al. 1 LPGA) ou reconsidération (art. 53 al. 2 LPGA), du droit à la rente (arrêts 9C_308/2018 du 17 août 2018 consid. 5.2; 9C_176/2018 du 16 août 2018 consid. 4.3; 9C_228/2010 du 26 avril 2011 consid. 3.3 et 3.5). Il suffit d'y renvoyer.
4.
4.1. Le Tribunal administratif fédéral a constaté que A._ n'était plus soumis aux assurances sociales suisses depuis son départ du pays pour s'établir dans un Etat membre de l'Union européenne (le Portugal) fin avril 2005. Dès lors que l'intéressé avait perçu une rente entière d'invalidité dès le 1 er mars 1995 (décisions des 14 avril et 6 novembre 1997), le cas d'assurance avait de plus été définitivement liquidé du point de vue de l'assurance-invalidité. Partant, l'intimé ne pouvait plus prétendre à des mesures de réadaptation d'ordre professionnel de l'assurance-invalidité.
Conformément à l'arrêt de renvoi du Tribunal fédéral du 31 janvier 2011 (cause 9C_368/2010), les premiers juges ont exposé que l'intimé se trouvait cependant dans la situation particulière dans laquelle la jurisprudence considère qu'il n'est pas opportun de supprimer une rente d'invalidité, malgré l'existence d'une capacité de travail médicalement documentée, avant que les possibilités théoriques de travail ne fussent confirmées à l'aide de mesures d'ordre professionnel. Ils ont retenu que de telles mesures étaient en outre nécessaires à la réintégration de l'intimé dans le circuit économique en raison de sa très longue période d'inactivité professionnelle (fort déconditionnement). Les premiers juges ont relevé qu'il conviendrait dès lors de renvoyer derechef la cause à l'office AI pour qu'il mette en oeuvre les mesures préconisées par les maîtres de réadaptation des établissements B._, puis qu'il statue définitivement sur la révision de la rente. Résidant à l'étranger et ayant d'ores et déjà bénéficié d'une rente d'invalidité, l'intimé ne pouvait cependant prétendre aux mesures de réadaptation de l'assurance-invalidité nécessaires à sa réintégration dans le circuit économique. Aussi, dès lors que l'on ne pouvait mettre en place les mesures de réadaptation sans lesquelles l'intimé ne pouvait valoriser sur le marché du travail sa capacité de travail résiduelle établie au niveau médico-théorique, l'une des conditions préalables à la suppression de sa rente n'était pas réalisée. Partant, compte tenu des circonstances très particulières du cas, les premiers juges ont considéré que la décision du 31 mai 2016 était contraire au droit et devait être réformée en ce sens que la rente de l'assurance-invalidité devait être maintenue au-delà du 28 février 2009.
4.2. Invoquant une constatation manifestement inexacte des faits pertinents, consécutive à une appréciation arbitraire des conclusions du rapport des établissements B._, l'office AI reproche tout d'abord à l'autorité précédente d'avoir admis l'aptitude subjective de l'intimé à une réadaptation professionnelle. Il relève que la solution retenue par le Tribunal administratif fédéral viole de plus le principe d'égalité de traitement, car elle revient à permettre aux seules personnes résidant à l'étranger de se prévaloir d'un droit acquis au maintien de leur rente d'invalidité en cas d'amélioration de leur état de santé. Dans la mesure où le droit à des mesures de réadaptation relève aujourd'hui de la compétence des seules autorités portugaises, l'office AI soutient que le maintien du droit de l'intimé à une rente d'invalidité est dépourvu de toute justification légale.
4.3. Dans sa réponse, A._ fait valoir que l'office AI ne démontre tout d'abord en rien que son aptitude subjective à la réadaptation a été admise par l'autorité précédente de manière insoutenable. Quant au grief de violation du principe d'égalité de traitement, l'office AI ne saurait s'en prévaloir étant donné sa qualité d'autorité publique. Ce principe constitutionnel serait par ailleurs violé dans l'hypothèse où sa rente d'invalidité était supprimée nonobstant l'absence de mise en oeuvre préalable de mesures de réadaptation. Il considère que les règles et principes découlant de l'ALCP (RS 0.142.112.681) et des dispositions de coordination des législations européennes de sécurité sociale lui donnent enfin droit à la mise en oeuvre de mesures de réadaptation et donc au maintien de sa rente d'invalidité dans l'intervalle.
5.
5.1. Le droit à une mesure de réadaptation déterminée de l'assurance-invalidité présuppose qu'elle soit appropriée au but de réadaptation poursuivi par l'assurance-invalidité, et cela tant objectivement en ce qui concerne la mesure que subjectivement en rapport avec la personne de l'assuré. En effet, une mesure de réadaptation ne peut être efficace que si la personne à laquelle elle est destinée est susceptible, partiellement au moins, d'être réadaptée. Partant, si l'aptitude subjective de réadaptation de l'assuré fait défaut, l'administration peut refuser de mettre en oeuvre une mesure ou y mettre fin (arrêts 9C_474/2013 du 20 février 2014 consid. 6.3; I 552/06 du 13 juin 2007 consid. 3.1 et les références).
5.2. A titre préliminaire, on rappellera que le Tribunal fédéral n'a pas tranché la question de l'aptitude subjective de l'intimé à des mesures de réadaptation d'ordre professionnel dans l'arrêt de renvoi. Au contraire, il a renvoyé expressément la cause à l'office AI pour que celui-ci examine dans quelle mesure l'assuré était en mesure de tirer profit de sa capacité de travail et qu'il prenne le cas échéant - sous réserve de la réalisation des conditions matérielles du droit à la prestation et de la collaboration de l'intéressé (art. 21 al. 4 LPGA) - les mesures nécessaires à la réintégration de celui-ci dans le circuit économique, puis statue à nouveau sur la révision de la rente d'invalidité (arrêt 9C_368/2010 précité consid. 5.4).
A ce propos, les premiers juges ont exposé tout d'abord de manière convaincante les motifs pour lesquels le déconditionnement de l'intimé, résultant de son âge et d'une longue période d'inactivité professionnelle, ne pouvait pas lui être imputé. On ne saurait en effet reprocher à un assuré qui bénéficiait en 2009 d'une rente entière d'invalidité depuis près de quinze années d'éprouver des doutes sur sa capacité à transposer ses compétences dans une nouvelle activité professionnelle. Selon les faits constatés par la juridiction précédente, l'intimé ne s'est cependant pas limité à invoquer des doutes liés à la durée de son éloignement du marché du travail et à son âge. Lors du stage d'observation professionnelle auprès des établissements B._ (du 15 juin 2015), il a au contraire indiqué de manière claire qu'il ne pouvait "plus travailler dans quelque activité que ce soit" et présenté selon les maîtres de réadaptation un discours plus axé sur son avenir de retraité que sur une quelconque reconversion professionnelle. Reprenant le discours qu'il avait déjà tenu lors de l'expertise pluridisciplinaire (voir en particulier l'expertise psychiatrique du 21 juillet 2008, p. 3), on ajoutera qu'il a de plus cherché à convaincre ses interlocuteurs du danger pour son intégrité physique causé par ses problèmes veineux en cas de reprise d'une activité professionnelle, voulant absolument leur montrer ses plaies (ulcères variqueux).
Certes, comme l'a relevé le Tribunal administratif fédéral, les établissements B._ admettent la nécessité de mesures de réadaptation d'ordre professionnel. Les maîtres de réadaptation ont cependant pris en compte le manque de motivation de l'intimé dans le seul contexte d'une nouvelle mesure d'évaluation et d'orientation professionnelle. Or, lors des examens menés au COMAI, l'intimé appréciait déjà ses capacités fonctionnelles au niveau de celui d'une personne paraplégique. Aussi, les médecins du COMAI suspectaient déjà en 2008 que les chances de succès d'une mesure de nouvelle réadaptation seraient minces en raison des singularités de la personnalité de l'intimé (psychorigidité assez marquée), qui avaient contribué à l'adoption d'une identité d'invalide (arrêt de renvoi 9C_368/2010 précité consid. 5.4). L'intimé s'est de plus expressément opposé aux conclusions des établissements B._, indiquant qu'il ne pouvait plus travailler dans quelque activité que ce soit, qu'il souffrait en permanence et qu'il avait dû prendre beaucoup sur lui pour arriver à suivre le stage dans son intégralité. Le fait que l'intimé a pleinement collaboré à la procédure ne change par conséquent rien au fait qu'il a toujours eu la conviction de ne plus pouvoir travailler (cf. avis du docteur C._ du 8 juin 2015) et qu'il n'a nullement montré qu'il cherchait à se reconstruire et à se réinsérer professionnellement. Aussi, comme le soutient l'office recourant, le succès de mesures de réadaptation d'ordre professionnel apparaissait d'emblée irréaliste dès 2008.
5.3. Au vu des éléments qui précèdent, les conditions matérielles posées par le droit fédéral à l'octroi d'une mesure de réadaptation d'ordre professionnel n'étaient pas réalisées en 2009, faute d'aptitude subjective de l'intimé à la réadaptation. Il n'y a dès lors pas matière à examiner la suite de l'argumentation des parties qui portent sur la possibilité (ou non) d'octroyer de telles mesures de réadaptation après que la personne concernée a quitté la Suisse pour s'installer dans un pays de l'Union européenne. En tout état de cause, l'administration n'a pas à prendre en charge le coût d'une mesure de réadaptation qui apparaissait d'emblée irréaliste en 2009.
6.
En tant que l'intimé s'emploie ensuite à démontrer dans sa réponse qu'il n'est plus en mesure de travailler en raison de son âge (60 ans en 2016), il s'écarte des considérants de l'arrêt de renvoi. En effet, le Tribunal fédéral a retenu dans l'arrêt du 31 janvier 2011 que l'autorité précédente s'était écartée sans motif valable du résultat de l'expertise du COMAI du 8 juillet 2008, alors même que celle-ci revêtait pleine valeur probante et n'était pas remise en cause par les autres pièces médicales versées au dossier. Il a jugé que l'état de santé de l'intimé s'était amélioré et qu'il pouvait désormais exercer à 100 % une activité adaptée aux limitations fonctionnelles décrites par les médecins. D'un point de vue médical, la situation a dès lors été définitivement tranchée dans l'arrêt de renvoi du 31 janvier 2011. Aussi, il est établi que l'état de santé de l'intimé s'était amélioré en 2008, lui permettant d'un point de vue médico-théorique de travailler à 100 % dans une activité adaptée.
7.
Finalement, l'intimé soutient qu'il est en droit de percevoir une rente d'invalidité pour la période du 1 er mars 2009 au 31 juillet 2016 au moins, soit jusqu'au prononcé litigieux.
7.1. Lorsque l'effet suspensif est retiré à un recours dirigé contre une décision de révision qui supprime une rente, ce retrait perdure en cas de renvoi de la cause à l'administration, également pendant la procédure d'instruction jusqu'à la notification de la nouvelle décision (<ref-ruling>; arrêt 8C_451/2010 du 11 novembre 2010 consid. 4.3, publié in SVR 2011 IV n° 33 p. 96). A ce propos, le Tribunal fédéral a rappelé que le renvoi pour instruction complémentaire ne signifiait pas nécessairement que les constatations originelles étaient fausses mais seulement que celles-ci ne pouvaient être confirmées sur la base des documents disponibles. Si les résultats de l'instruction complémentaire infirmaient au moins partiellement le contenu de la décision originelle (par exemple quant à la date de l'amélioration de la capacité de travail justifiant la modification du droit survenue postérieurement à ce qui avait été retenu dans la première décision, toutes les autres conditions demeurant identiques), il ne saurait par conséquent être question de faire remonter la suppression ou la réduction des prestations à une époque où les conditions pour le faire n'étaient pas remplies. Il apparaît donc que l'élément distinctif déterminant consiste dans le moment auquel survient le changement notable de circonstances influençant le droit aux prestations au sens de l'art. 17 al. 1 LPGA (arrêt 9C_288/2010 du 22 décembre 2010 consid. 4.2).
7.2. En l'espèce, l'intimé ne pouvait prétendre à l'octroi de mesures de nouvelle réadaptation d'ordre professionnel en 2009, faute d'aptitude subjective (consid. 5 supra). L'autorité précédente n'était par conséquent pas en droit de maintenir le droit accessoire de l'assuré à une rente d'invalidité tant et aussi longtemps qu'une telle mesure ne fût pas mise en place. Conformément aux conclusions prises par l'office AI dans le recours, la décision de suppression de la rente d'invalidité doit être entérinée avec effet au 1er mars 2009, soit au premier jour du deuxième mois qui a suivi la notification de la décision du 15 janvier 2009 (art. 88bis al. 2 let. a RAI).
8.
Ensuite des considérations qui précèdent, le recours doit être admis, sans qu'il soit nécessaire d'examiner les autres griefs soulevés par les parties. Les chiffres 1, 2, 4 et 5 du dispositif du jugement entrepris doivent être annulés et la décision du 31 mai 2016 confirmée.
Le chiffre 3 du dispositif du jugement entrepris, qui prévoit que la cause C-1422/2016, devenue sans objet, est radiée du rôle, n'est pas contesté par les parties.
9.
Le présent arrêt rend sans objet la demande d'effet suspensif qui assortit le recours.
10.
Compte tenu des circonstances, il y a lieu de renoncer à percevoir des frais judiciaires (art. 66 al. 1, 2 ème phrase, LTF). L'intimé, qui succombe, n'a pas droit à des dépens.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est admis. Les chiffres 1, 2, 4 et 5 du dispositif du jugement du Tribunal administratif fédéral, Cour III, du 5 novembre 2018 sont annulés et la décision de l'Office de l'assurance-invalidité pour les assurés résidant à l'étranger du 31 mai 2016 confirmée.
2.
Il n'est pas perçu de frais judiciaires.
3.
La cause est renvoyée au Tribunal administratif fédéral, Cour III, pour nouvelle décision sur les frais et dépens de la procédure antérieure.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux parties, au Tribunal administratif fédéral, Cour III, et à l'Office fédéral des assurances sociales.
Lucerne, le 29 novembre 2019
Au nom de la IIe Cour de droit social
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente : Pfiffner
Le Greffier : Bleicker