Sachverhalt:
A.
A.A._ und B.A._ (nachfolgend gemeinsam: Kläger, Beschwerdeführer) beauftragten mit Werkvertrag vom 2./8. September 2005 die C._ GmbH (nachfolgend: Beklagte, Beschwerdegegnerin) mit dem Einbau der Metallfenster beim Neubau eines Einfamilienhauses. Die Abnahme des Bauwerks fand im Dezember 2005 statt. In der Folge kam es zu Schäden an der Liegenschaft infolge Wassereintritts, und zwischen den Parteien entbrannte ein Streit bezüglich der Haftung der Beklagten.
B.
Mit unbegründeter Teilklage vom 29. Oktober 2015 beantragten die Kläger beim Präsidenten des Bezirksgerichts Laufenburg, die Beklagte sei zur Zahlung von Fr. 30'000.-- nebst Zins zu 5 % seit dem 7. Oktober 2014 zu verpflichten.
An der Verhandlung vom 11. Februar 2016 wurde der Zeuge D._ befragt und es fanden Vergleichsgespräche mit den Parteien statt.
Mit Verfügung vom 24. Juni 2016 wurden die gerichtlichen Vergleichsbemühungen eingestellt und den Parteien Frist zur Stellungnahme betreffend die Beschränkung des Verfahrens auf die Frage der Verjährung angesetzt. Mit Stellungnahme vom 12. September 2016 beantragte die Beklagte, die Klage abzuweisen. In einem weiteren Schriftenwechsel hielten die Parteien an ihren Begehren fest.
Mit Urteil vom 31. Mai 2017 wies der Präsident des Bezirksgerichts Laufenburg die Klage zufolge Verjährung ab. Die Gerichtskosten auferlegte er den Klägern und er verpflichtete sie, der Beklagten eine Parteientschädigung zu bezahlen.
Eine gegen dieses Urteil gerichtete Berufung der Kläger hiess das Obergericht des Kantons Aargau mit Urteil vom 10. Januar 2018 betreffend die Parteientschädigung teilweise gut und senkte die von den Klägern zu bezahlende Parteientschädigung. Im Übrigen wies es die Berufung ab.
C.
Mit Beschwerde in Zivilsachen beantragen die Kläger dem Bundesgericht, das Urteil des Obergerichts aufzuheben und die Verjährungseinrede der Beschwerdegegnerin abzuweisen. Weiter beantragen sie, die Streitsache zur Fortführung des Verfahrens und weiteren Prüfung der Klage an das Obergericht bzw. die erste Instanz zurückzuweisen. Es wurden keine Vernehmlassungen eingeholt.

Erwägungen:
1.
Die Beschwerdeschrift enthält keinen materiellen Antrag, wie er nach <ref-law> erforderlich ist. Der blosse Rückweisungsantrag genügt indessen, weil das Bundesgericht, sollte es die Rechtsauffassung der Beschwerdeführer für begründet erachten, kein Sachurteil fällen kann, sondern die Streitsache zur weiteren Abklärung des Sachverhaltes an die Vorinstanz zurückweisen muss (<ref-ruling> E. 1.2 S. 135; <ref-ruling> E. 1.3 S. 383; je mit Hinweis).
2.
Gemäss <ref-law> ist die Beschwerde zulässig gegen Entscheide letzter kantonaler Instanzen und des Bundesverwaltungsgerichts. Dabei knüpft der Begriff der Letztinstanzlichkeit an jenen von Art. 86 Abs. 1 OG an. Letztinstanzlichkeit gemäss <ref-law> bedeutet, dass der kantonale Instanzenzug für die Rügen, die dem Bundesgericht vorgetragen werden, ausgeschöpft sein muss (<ref-ruling> E. 1.1 S. 293; <ref-ruling> E. 1.3 S. 527 mit Hinweisen). Der Begriff der Letztinstanzlichkeit bedeutet, dass der kantonale Instanzenzug nicht nur formell durchlaufen werden soll, sondern dass die Rügen, die dem Bundesgericht unterbreitet werden sollen, soweit möglich schon vor der Vorinstanz vorgebracht werden müssen (<ref-ruling> S. 293 mit Hinweisen).
3.
Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Immerhin prüft das Bundesgericht, unter Berücksichtigung der allgemeinen Begründungsanforderungen (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG), grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind. Es ist nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu untersuchen, wenn diese vor Bundesgericht nicht mehr vorgetragen werden (<ref-ruling> E. 2 S. 88 f., 115 E. 2 S. 116).
4.
Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Dazu gehören sowohl die Feststellungen über den streitgegenständlichen Lebenssachverhalt als auch jene über den Ablauf des vor- und erstinstanzlichen Verfahrens, also die Feststellungen über den Prozesssachverhalt (<ref-ruling> E. 1.3.1 S. 17 f. mit Hinweisen). Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law>). "Offensichtlich unrichtig" bedeutet dabei "willkürlich" (<ref-ruling> E. 2 S. 117; <ref-ruling> E. 1.5). Überdies muss die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein können (<ref-law>).
Für eine Kritik am festgestellten Sachverhalt gilt das strenge Rügeprinzip von <ref-law> (<ref-ruling> E. 2.3 S. 266 mit Hinweisen). Die Partei, welche die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz anfechten will, muss klar und substanziiert aufzeigen, inwiefern diese Voraussetzungen erfüllt sein sollen (<ref-ruling> E. 1.3.1 S. 18 mit Hinweisen). Wenn sie den Sachverhalt ergänzen will, hat sie zudem mit präzisen Aktenhinweisen darzulegen, dass sie entsprechende rechtsrelevante Tatsachen und taugliche Beweismittel bereits bei den Vorinstanzen prozesskonform eingebracht hat (<ref-ruling> E. 2 S. 90). Genügt die Kritik diesen Anforderungen nicht, können Vorbringen mit Bezug auf einen Sachverhalt, der vom angefochtenen Entscheid abweicht, nicht berücksichtigt werden (<ref-ruling> E. 1.3.1 S. 18).
5.
Streitig ist zwischen den Parteien, ob die Mängelrechte der Beschwerdeführer gegen die Beschwerdegegnerin aus dem Werkvertrag vom 2./8. September 2005 verjährt sind.
5.1.
5.1.1. Die Vorinstanz stellte fest, es sei unbestritten, dass die Parteien mit dem Werkvertrag vom 2./8. September 2005 die Anwendbarkeit der Allgemeinen Bedingungen für Bauarbeiten (SIA-Norm 118) vereinbart hätten, die Abnahme des Werkes im Dezember 2005 stattgefunden habe und die Mängelrüge rechtzeitig erfolgt sei. Sie folgerte, die Mängelrechte der Beschwerdeführer wären damit ohne Unterbrechungshandlungen im Dezember 2010 verjährt gewesen. Sie liess die Frage offen, ob durch Arbeiten am 14. August 2008 (Nachfräsen der Betonkanten und Erneuerung der Kittfugen) die Verjährung unterbrochen worden sei, da selbst unter Berücksichtigung einer solchen Unterbrechung die Verjährung im Zeitpunkt der Einreichung des Schlichtungsgesuchs am 17. Februar 2015 bereits eingetreten sei. Selbst wenn insoweit mit der Erstinstanz von einer Unterbrechungshandlung ausgegangen würde, wäre die fünfjährige Verjährungsfrist gemäss Art. 180 Abs. 1 SIA-Norm 118 am 14. August 2013 abgelaufen gewesen. Zu prüfen bleibe, ob die Verjährungsfrist durch Anerkennungshandlungen der Beschwerdegegnerin in den Jahren 2011 und 2012 erneut unterbrochen worden sei.
5.1.2. Die Vorinstanz hielt fest, entgegen der Auffassung der Beschwerdeführer sei für die Frage der Verjährungsunterbrechung irrelevant, ob sie die Rechnung der Beschwerdegegnerin vom 7. September 2012 bezahlt hätten. Massgebend sei einzig, ob die Arbeiten der Beschwerdegegnerin vom 3. und 6. August 2012 (Erweiterung Fassadenanschlüsse) als verjährungsunterbrechende Anerkennungshandlung zu qualifizieren sei. Dies sei zu verneinen, da durch die Rechnung vom 7. September 2012 die Beschwerdegegnerin unmissverständlich bestätigt habe, dass ihre ausgeführten Arbeiten nicht als Mängelbeseitigung und damit als Anerkennungshandlung hätten qualifiziert werden dürfen. Dass sie, entgegen ihrer Rechnung, erklärt oder zu verstehen gegeben hätte, ihre Arbeit im Rahmen einer Anerkennung der Haftung zu erbringen, sei nicht erstellt. Daran ändere auch der Umstand nichts, dass sie bezüglich der gestellten Rechnung keine Inkassomassnahmen eingeleitet oder den Rechnungsbetrag zur Verrechnung gebracht habe.
5.1.3. Die Vorinstanz erkannte, die Beschwerdeführer hätten aus der Mitwirkung der Beschwerdegegnerin bei dem von deren Haftpflichtversicherung initiierten Gutachten der E._ AG nicht schliessen können, die Beschwerdegegnerin anerkenne eine Haftung. Die in der Berufung zitierten Textstellen des Gutachtens würden lediglich belegen, dass im Gutachten die technischen Ursachen des Wassereintritts untersucht worden seien. Daraus lasse sich keine Haftung der Beschwerdegegnerin ableiten, da das Gutachten rein technischer Natur gewesen sei und die Haftungsfrage ausgeblendet habe. Weiter sei der zwischen den Parteien abgeschlossene Werkvertrag nicht Grundlage der Begutachtung gewesen.
Die Beschwerdegegnerin bzw. ihre Haftpflichtversicherung habe am 20. November 2012 denn auch klar mitgeteilt, die Arbeiten seien lediglich "entgegenkommenderweise" ausgeführt worden, obwohl diese eigentlich eher zu Lasten des Fassadenherstellers gehen würden. Dass die Beschwerdegegnerin in ihrer E-Mail vom 13. August 2014 selber ausführe, sie habe "bis Dezember 2012 (...) neue Bleche, Ergänzungen, zusätzliche Abdichtungen, Spritzwassertests etc. ausgeführt", sei nicht gleichbedeutend mit einer Anerkennung. Die Beschwerdegegnerin sei zwar bei der Ursachenermittlung und der Beseitigung des Mangels behilflich gewesen, jedoch habe sie ihre Leistungen in Rechnung gestellt und habe dadurch zum Ausdruck gebracht, dass sie eine Haftung nicht anerkenne. Sie habe auf die Rüge des Architekten D._ vom 19. Juli 2010, trotz gegenteiliger Aufforderung, keine Zusicherung für Nachbesserungsarbeiten abgegeben. In den E-Mails vom 3. November 2012 und 13. August 2014 habe sie zudem klar zum Ausdruck gebracht, dass die Grenzen ihrer (kulanten) Unterstützung erreicht gewesen seien. Auch gegenüber der Haftpflichtversicherung habe sie sich entsprechend geäussert.
5.1.4. Die Vorinstanz folgerte, aufgrund der gesamten Umständen sei mit der Erstinstanz davon auszugehen, die Beklagte habe keine konkludenten Anerkennungshandlungen vorgenommen. Aus dem Umstand, dass die Beschwerdegegnerin mehrmals auf der Baustelle tätig geworden sei, bei der Ursachenermittlung mitgewirkt und vereinzelte Massnahmen ergriffen habe, hätten die Beschwerdeführer keine Anerkennung ableiten dürfen.
5.2. Gemäss <ref-law> wird die Verjährung durch Anerkennung der Forderung von Seiten des Schuldners unterbrochen. Als Anerkennung mit Unterbrechungswirkung gilt jedes Verhalten des Schuldners, das vom Gläubiger nach Treu und Glauben im Verkehr als Bestätigung seiner rechtlichen Verpflichtung aufgefasst werden darf (<ref-ruling> E. 5.2.1 S. 594; <ref-ruling> E. 7b S. 378 f.; <ref-ruling> E. 3 S.180 f.). Die Anerkennung der grundsätzlichen Schuldpflicht genügt. Sie braucht sich nicht auf einen bestimmten Betrag zu beziehen (<ref-ruling> E. 5.2.1 S. 594; <ref-ruling> E. 3 S. 181; Urteil 4A_590/2009 vom 14. Mai 2010 E. 4.1). Ob eine Erklärung des Schuldners als Anerkennung zu deuten ist, welche die Verjährung unterbricht, ist mit Blick auf den Einzelfall zu entscheiden (Urteile 4A_109/2014 vom 21. Mai 2014 E. 4.1; 4A_590/2009 vom 14. Mai 2010 E. 4.1; 4A_276/2008 vom 31. Juli 2008 E. 4.4).
Erklärt sich der Unternehmer damit einverstanden, Nachbesserungsarbeiten auszuführen (oder beginnt er mit der verlangten Mängelbeseitigung), unterbrechen solche Arbeiten die Verjährung (<ref-ruling> E. 2c S. 272; <ref-ruling> E. 3c S. 313; Urteil 4C. 258/2001 vom 5. September 2001 E. 4.1.2. nicht zit. in <ref-ruling>). Erklärt der Unternehmer aber, er beseitige einen Mangel aus Gründen der Kulanz, so darf die Nachbesserung (mangels anderer Anhaltspunkte) nicht als Anerkennung gewertet werden. Dasselbe gilt, wenn der Unternehmer mit der Nachbesserung beginnt oder sich zu dieser bereit erklärt, eine Haftung aber ausdrücklich bestreitet (PETER GAUCH, Der Werkvertrag, 5. Aufl. 2011, S. 815 f., Rz. 2267; vgl. PETER GAUCH/HUBERT STÖCKLI in: Kommentar zur SIA-Norm 118, 2. Aufl. 2017, N. 5.5 zu Art. 180 SIA-Norm 118). Keine Anerkennungshandlung ist auch die Erklärung, der Sache nachzugehen (Urteil 4C.134/2004 vom 14. Oktober 2004 E. 4.3) oder sie vorsorglich der Versicherung anzumelden (PETER GAUCH, a.a.O., S. 815 f., Rz. 2267; vgl. PETER GAUCH/HUBERT STÖCKLI, a.a.O., N. 5.5 zu Art. 180 SIA-Norm 118).
5.3.
Die Beschwerdeführer rügen, die Vorinstanz habe den Sachverhalt offensichtlich unrichtig und willkürlich festgestellt und <ref-law> falsch angewendet.
5.3.1. Die Beschwerdeführer machen geltend, die Vorinstanz übersehe, dass die Mitwirkung bei einem Gutachten nach Treu und Glauben zu würdigen sei. Die Beschwerdeführer hätten die aktive Mithilfe der Beschwerdegegnerin beim Gutachten als verjährungsunterbrechende Schuldanerkennung interpretieren dürfen. Indem die Vorinstanz dem Gutachten jegliche Bedeutung für die Frage der Verjährungsunterbrechung abspreche, verletze sie in falscher Interpretation von <ref-law> Bundesrecht.
Den Beschwerdeführern ist nicht zu folgen. Sie durften den Umstand, dass die Beschwerdegegnerin am Gutachten mitgewirkt hat, nach Treu und Glauben nicht als Bestätigung einer rechtlichen Verpflichtung verstehen. Wie die Vorinstanz verbindlich feststellte (vgl. E. 5.1.3 hiervor), war das Gutachten rein technischer Natur, es untersuchte die technischen Ursachen des Wassereintritts unter Ausblendung der Haftungsfrage. Es ist (ohne weitere Anhaltspunkte) nicht ersichtlich, weshalb bereits die Mitwirkung der Beschwerdegegnerin an einem derartigen Gutachten, welches zum Ziel hatte, die technischen Ursachen des Wassereintritts zu klären, eine konkludente Schuldanerkennung darstellen sollte. Dies namentlich auch deshalb, weil die Anerkennung deutlich zum Ausdruck gebracht werden muss (PETER GAUCH, a.a.O., S. 814 f., Rz. 2266). Die Mitwirkung am Gutachten ist vielmehr ähnlich zu behandeln wie eine Erklärung, der Sache nachzugehen. Daran ändert auch der Umstand nichts, dass das Gutachten durch die Haftpflichtversicherung der Beschwerdegegnerin initiiert wurde, zumal die Beschwerdegegnerin gemäss verbindlichen Feststellungen der Vorinstanz (trotz gegenteiliger Aufforderung im Juli 2010 und damit zeitlich vor dem Gutachten), keine Zusicherung für Nachbesserungsarbeiten abgegeben hat. Allein aufgrund der Tatsache, dass der Unternehmer sich gemeinsam mit dem Gläubiger an der Lösungssuche beteiligt (und dazu parallel versucht Dritte zu involvieren), ohne aber ausdrücklich oder stillschweigend seine Verantwortung anzuerkennen, darf der Gläubiger nicht auf jegliche verjährungsunterbrechende Massnahmen verzichten (vgl. Urteil 4C.421/2005 vom 6. April 2006 E. 5.2).
Die Schlussfolgerung der Vorinstanz, die Beschwerdeführer hätten in der Mitwirkung beim Gutachten durch die Beschwerdegegnerin nach Treu und Glauben keine Schuldanerkennung im Sinne von <ref-law> erblicken dürfen, verstösst somit nicht gegen Bundesrecht.
5.3.2. Die Beschwerdeführer rügen weiter, nachdem das Gutachten der Firma E._ AG vorgelegen habe, habe die Beschwerdegegnerin bauliche Massnahmen ergriffen. Konkret habe sie am 24. November 2011 eine neue Abdichtung mit Kitt an den Fenstern angebracht.
Die Vorinstanz habe die Aussage des Zeugen D._ in der erstinstanzlichen Hauptverhandlung vom 11. Februar 2016 bei der Urteilsfällung unberücksichtigt gelassen. Er habe in der Hauptverhandlung vom 11. Februar 2016 wichtige Aussagen zum Verhalten und zu den Handlungen der Beschwerdegegnerin gemacht. So habe er gemäss Zeugenprotokoll ausgesagt, die Beschwerdegegnerin habe im Jahr 2011 bauliche Massnahmen ergriffen, nachdem das Gutachten der Firma E._ AG vorgelegen hätte. Der Zeuge habe wörtlich ausgesagt: "2010 Frist gesetzt für Problem zu beheben, teilweise erfolgreich, Absprache mit Versicherung und E._ [...]. Ich bediente die Firma mit Unterlagen, April 2011 erst wegen Krankheit E._. Es wurden danach immer noch Schäden festgestellt, Beregnung. Beklagte machte wieder Massnahmen. Wieder gerügt. Danach gab es wieder Gespräche wegen Schlagregen und den nötigen Massnahmen". Die Beschwerdeführer leiten aus dieser Zeugenaussage ab, die Beschwerdegegnerin habe im Jahr 2011 am mangelhaften Werk gestützt auf eine gutachterliche Abklärung Nachbesserungsarbeiten ausgeführt, ohne diese unmittelbar danach in Rechnung zu stellen und ohne Hinweis, ausschliesslich aus Kulanz zu handeln.
Die Beschwerdeführer behaupten in ihrer Beschwerde, aufgrund der Zeugenaussage und des terminlichen Ablaufs in Klagebeilage 5 sei erstellt, dass die Beschwerdegegnerin am 24. November 2011 eine neue Abdichtung mit Kitt an den Fenstern angebracht habe. Sie zeigen in ihrer Beschwerde aber nicht rechtsgenüglich auf, dass sie die Behauptung, die Beschwerdegegnerin habe am 24. November 2011 eine neue Abdichtung mit Kitt an den Fenstern angebracht, in den vorinstanzlichen Verfahren prozesskonform eingebracht haben. Den Anforderungen an eine Sachverhaltsrüge (vgl. hiervor E. 4) genügen sie damit nicht. Auch der Verweis auf Rz. 22 der Berufung ist unbeheflich, denn an dieser Stelle in der Berufung werden Arbeiten durch die Firma F._ thematisiert, die 2009 in Rechnung gestellt wurden, folglich spätestens 2009 erbracht worden sein mussten. Auf die Rüge der offensichtlich unrichtigen und willkürlichen Feststellung des Sachverhalts ist nicht einzutreten.
Die Beschwerdeführer zeigen in ihrer Beschwerde auch nicht auf, dass sie vor der Vorinstanz gerügt hätten, das Bezirksgericht habe aus der Zeugenaussage von D._ und der Klagebeilage 5 in tatsächlicher Hinsicht nicht die korrekten Schlüsse gezogen, nämlich dass am 24. November 2011 Arbeiten durchgeführt wurden, welche als Anerkennungshandlung qualifizieren oder dass die Vorinstanz diesbezüglich von der Beweiswürdigung der Erstinstanz abgewichen wäre. Die Beschwerdeführer beschränken sich darauf in ihrer Beschwerde darzulegen, wie die Aussage des Zeugen D._ durch die Vorinstanz hätte gewürdigt werden sollen. Damit fehlt es hinsichtlich dieser Rüge auch an der materiellen Ausschöpfung des Instanzenzugs (vgl. hiervor E. 2).
Die Beschwerdeführer ergänzen auch im Rahmen ihrer rechtlichen Ausführungen den von der Vorinstanz festgestellten Sachverhalt, ohne dass die Voraussetzungen an eine Sachverhaltsrüge (vgl. E. 4 hiervor) gegeben wären. Darauf wird (soweit überhaupt relevant) nicht eingetreten. Massgeblich ist allein der von der Vorinstanz festgestellte Sachverhalt.
Mangels hinreichender Sachverhaltsrüge bzw. Ausschöpfung des materiellen Instanzenzugs verletzt es kein Bundesrecht, wenn die Vorinstanz im Jahre 2011 keine Verjährungsunterbrechung annahm. Es kann somit offenbleiben, wie das angebliche Verhalten der Beschwerdegegnerin (Anbringen von Abdichtungen mit Kitt) nach Erstellung des Gutachtens nach Treu und Glauben zu werten wäre. Damit stösst auch die Rüge der Beschwerdeführer ins Leere, wonach die Vorinstanz übersehe, dass die Beschwerdegegnerin mit der Rechnung vom 7. September 2012 ausschliesslich die im August 2012 erbrachten Leistungen fakturiert hätte.
5.3.3. Die Vorinstanz hat verbindlich festgestellt, dass am 3. und 6. August 2012 Arbeiten (Erweiterung Fassadenanschlüsse) durch die Beschwerdegegnerin ausgeführt wurden und dass die Beschwerdegegnerin für diese Arbeiten am 7. September 2012 Rechnung gestellt hat (vgl. vorne E. 5.1.2). Die Beschwerdeführer rügen diesbezüglich, die Vorinstanz wende <ref-law> falsch an, weil sie sich im Wesentlichen auf die Rechnung vom 7. September 2012 abstütze. Werde eine Frist durch anerkennende Handlungen am 3. bzw. 6. August 2012 unterbrochen, vermöge eine anschliessende Rechnung vom 7. September 2012 nichts an dieser (erfolgten) Unterbrechung zu ändern.
Die Vorinstanz stellte keineswegs fest, dass die Rechnung vom 7. September 2012 eine erfolgte Unterbrechungshandlung relativierte oder gar nichtig machte. Vielmehr sah die Vorinstanz in der besagten Rechnung eine unmissverständliche Bestätigung der Beschwerdegegnerin, dass die ausgeführten Arbeiten nicht als Mängelbeseitigung und damit Anerkennungshandlung qualifiziert werden durften. Denn sie stellte fest, es sei nicht erstellt, dass die Beschwerdegegnerin (entgegen der Rechnung) erklärt oder zu verstehen gegeben hätte, ihre Arbeit im Rahmen einer Anerkennung der Haftung zu erbringen.
Die Unterbrechung der Verjährung durch Schuldanerkennung beruht auf der Überlegung, dass der Gläubiger angesichts der Schuldanerkennung keinen Anlass hat, selbst für die Unterbrechung zu sorgen, es jedenfalls einfühlbar ist, wenn er entsprechende Handlungen unterlässt (ALFRED KOLLER, Unterbrechung der Verjährung, SJZ 113/2017, S. 201 ff., 203 mit Hinweis). Ob diese Voraussetzungen gegeben sind, beurteilt sich nach den Umständen des konkreten Einzelfalls.
Gemäss den verbindlichen Feststellungen der Vorinstanz wurden die Arbeiten am 3. und 6. August 2012 ausgeführt. Zwischen dem Vorliegen des Gutachtens vom 15. März 2011 und der Ausführung der Arbeiten ist somit mehr als ein Jahr vergangen. Die Vorinstanz hat nicht festgestellt, dass während diesem Zeitraum gestützt auf das Gutachten andere Arbeiten oder Problembehebungsversuche durch die Beschwerdegegnerin unternommen worden wären und die diesbezüglichen Sachverhaltsergänzungen der Beschwerdeführer genügen den Anforderungen an eine Sachverhaltsrüge nicht. Es kann somit offenbleiben, wie derartige Handlungen während diesem Zeitraum zu werten wären. Die Arbeiten vom 3. und 6. August 2012 konnten jedenfalls aufgrund des langen Zeitraums zwischen dem Vorliegen des Gutachtens und dem Zeitpunkt ihrer Durchführung nicht mehr als direkte Reaktion der Beschwerdegegnerin auf das Gutachten und Anerkennung der dort festgestellten Mängelursachen verstanden werden. Hinzu kommt, dass die Beschwerdegegnerin die von ihr ausgeführten Arbeiten gemäss verbindlichen Feststellungen der Vorinstanz am 7. September 2012 in Rechnung stellte, also etwas mehr als einem Monat nach Abschluss der Arbeiten. Diese Zeitspanne ist geschäftsüblich. Unter diesen Umständen (Arbeiten bilden keine direkte Reaktion auf das Gutachten und sie werden innert geschäftsüblicher Frist in Rechnung gestellt) stellen die Arbeiten vom 3. und 6. August 2012 nach Treu und Glauben keine Anerkennungshandlung der Beschwerdegegnerin dar und durften von den Beschwerdeführer nicht als solche verstanden werden.
Mit Erhalt der Rechnung vom 7. September 2012 musste den Beschwerdeführern im Übrigen ohnehin klar sein, dass die ausgeführten Arbeiten nicht als Mängelbeseitigung und damit Anerkennungshandlung qualifiziert werden durften. Zu diesem Zeitpunkt war die Verjährung noch nicht eingetreten und die Beschwerdeführer hätten ihrerseits aktiv werden und verjährungsunterbrechende Massnahmen einleiten müssen. Denn ab Erhalt der Rechnung blieb den Beschwerdeführern noch genug Zeit durch eigenes Handeln die Verjährung zu unterbrechen.
Die Verjährung wurde durch die Arbeiten vom 3. und 6. August 2012, welche am 7. September 2012 in Rechnung gestellt wurden, nicht unterbrochen. Die Vorinstanz hat damit <ref-law> nicht bundesrechtswidrig angewendet.
6.
Die Rügen der Beschwerdeführer erweisen sich als unbegründet. Die Beschwerde ist daher abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Bei diesem Ausgang des Verfahrens werden die Beschwerdeführer kostenpflichtig (<ref-law>). Es wird keine Parteientschädigung zugesprochen, da keine Vernehmlassung eingeholt wurde (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden unter solidarischer Haftbarkeit den Beschwerdeführern auferlegt.
3.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Aargau, Zivilgericht, 2. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 5. Oktober 2018
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Kiss
Der Gerichtsschreiber: Gross