Sachverhalt:
A.
A.a. Die C._ AG (Mieterin, Beklagte 2, Beschwerdegegnerin 2) wurde am 14. November 1995 gegründet. Sie hat ihren Sitz in U._ und bezweckt den Betrieb einer Bar, Organisation und Durchführung von Kulturanlässen, Unterstützung und Förderung der zeitgenössischen Kunstszene sowie Handel mit Musikinstrumenten, Ton- und Videoträgern. Präsident des Verwaltungsrates ist D._.
Die B._ GmbH (Beklagte 1, Beschwerdegegnerin 1) wurde am 2. April 2015 gegründet. Sie hat ihren Sitz in U._ und sie bezweckt den Betrieb einer Bar sowie anderer gastronomischer Einrichtungen, die Durchführung von Kulturanlässen, die Unterstützung und Förderung der zeitgenössischen Kunstszene. Einer der Gesellschafter und Vorsitzender der Geschäftsführung ist D._.
A.b. Die A._ AG (Vermieterin, Klägerin, Beschwerdeführerin) hat ihren Sitz in V._. Ihr Zweck besteht im Erwerb, der Verwaltung und Veräusserung von Grundstücken.
A.c. Die A._ AG vermietete der C._ AG mit Mietvertrag vom 29. Juni / 6. Juli 1995 Geschäftsräume in der Liegenschaft Strasse X._ x in U._. Die Mieterin betrieb darin ab dem 1. November 1995 eine Bar mit dem Namen E._. Am 29. August 2001 schlossen die Parteien einen neuen Mietvertrag. Ziffer 8 des Anhangs zum Mietvertrag vom 29. August 2001 lautet:
"Der Name der Bar E._ ist nicht an die Mieterschaft gebunden. Die Vermieterin ist berechtigt, nach Kündigung des Mietvertrages den Namen E._ für die Bar weiterzuführen."
A.d. Mit Formular vom 22. Oktober 2012 kündigte die Vermieterin das Mietverhältnis mit Wirkung per 30. November 2012 wegen Zahlungsrückstands der Mieterin. Die Mieterin focht die Kündigung an, zog aber die Beschwerde beim Bundesgericht gegen den Entscheid des Appellationsgerichts am 27. April 2015 zurück (Verfahren 4A_88/2015). Das Mietverhältnis endete am 31. Mai 2015.
A.e. Am 27. April 2015 hinterlegte die Vermieterin die Marke "E._" beim Eidgenössischen Institut für Geistiges Eigentum.
A.f. Am 13. April 2015 wurde die B._ GmbH im Handelsregister eingetragen. Der Verwaltungsrat der Mieterin hatte am 25. Februar 2015 beschlossen, "Namen, Logo und Website der neu zu gründenden Firma B._ GmbH [...] mit allen Rechten zu übergeben". Am 5. Juni 2015 eröffnete die B._ GmbH an der Strasse X._ y in U._ ein neues Lokal mit dem Namen E._.
B.
B.a. Am 6. Juni 2016 gelangte die Vermieterin an das Appellationsgericht des Kantons Basel-Stadt mit dem Begehren, der Beklagten 1 und der Beklagten 2 sei unter Androhung der Straffolgen von <ref-law> zu verbieten, die Geschäftsbezeichnung "E._" für die Lokalität an der Strasse X._ y in U._ sowie für sämtliche von den Beklagten in Zukunft unter diesem Namen geführten Betriebe zu untersagen. Jedweder bisherige Gebrauch der Geschäftsbezeichnung "E._" im Zusammenhang mit dem Betrieb der genannten Lokale sei zu beseitigen, jedweder zukünftige Gebrauch der Bezeichnung "E._" zu unterlassen.
Die Beklagten beantragten die Abweisung der Klage und die Beklagte 1 stellte widerklageweise (Widerklage 1) hauptsächlich den Antrag, es sei festzustellen, dass die am 18. Mai 2015 zugunsten der Klägerin beim Eidgenössischen Institut für Geistiges Eigentum eingetragenen Marken Nr. xxx, yyy und zzz nichtig seien und es seien folglich diese Marken aus dem Markenregister zu löschen und das Institut für Geistiges Eigentum anzuweisen, diese Löschung vorzunehmen. Die Beklagte 2 stellte in ihrer Widerklage (Widerklage 2) das Begehren, es sei ihr die Weiterbenutzung des Zeichens "E._" zu gestatten.
B.b. Mit Entscheid vom 13. Dezember 2017 wies das Appellationsgericht des Kantons Basel-Stadt die Klage ab. In Gutheissung der Widerklage 1 erklärte das Gericht die unter den Nummern xxx, yyy und zzz im schweizerischen Markenregister eingetragenen Marken für nichtig. Das Widerklageverfahren 2 wurde zufolge Gegenstandslosigkeit als erledigt abgeschrieben. Das Appellationsgericht erwog, Ziffer 8 des Anhangs des Mietvertrags vom 29. August 2001 sei nichtig, da mit diesem Vertrag der frühere Vertrag der Parteien zu Lasten der Mieterin geändert worden sei, ohne dass das Formular verwendet wurde. Da der Klägerin deshalb vertraglich keine Rechte am Namen "E._" übertragen wurden, habe sich die Klägerin diesen Namen angemasst, indem sie die Marke im Schweizerischen Markenregister hinterlegt und damit lauterkeitsrechtlich eine Verwechslungsgefahr mit dem Namen der Beklagten geschaffen habe. Die Widerklage 1 hiess das Gericht gut in der Erwägung, das Zeichen sei nach <ref-law> vom Markenschutz ausgeschlossen, weil sich die Klägerin dadurch den Namen "E._" anmassen würde.
C.
C.a. Mit Beschwerde in Zivilsachen stellt die Klägerin die Rechtsbegehren, es sei der Entscheid des Appellationsgerichts Basel-Stadt vom 13. Dezember 2017 aufzuheben, die Klage vom 6. Juni 2016 gutzuheissen und die Widerklage der Beklagten 1 vom 30. September 2016 sei abzuweisen (Ziffer 1). Es sei den Beschwerdegegnerinnen unter Androhung der Straffolgen von <ref-law> die Verwendung der Geschäftsbezeichnung "E._" für die Lokalität an der Strasse X._ y in U._ sowie für sämtliche von den Beschwerdegegnerinnen geführten Betriebe zu untersagen (Ziffer 2), eventualiter sei die Sache zu neuer Entscheidung an die Vorinstanz zurückzuweisen (Ziffer 3). Die Beschwerdeführerin rügt, die Vorinstanz habe den Sachverhalt offensichtlich unrichtig festgestellt, indem sie den Mietvertrag vom 29. August 2001 nicht als Neuabschluss, sondern als Vertragsänderung qualifiziert habe und sie habe gestützt auf diese offensichtlich unrichtige Sachverhaltsfeststellung Ziffer 8 des Anhangs dieses Mietvertrags zu Unrecht nicht angewendet; selbst für den Fall, dass es sich um eine Vertragsänderung handeln würde, habe die Vorinstanz <ref-law> verletzt, indem sie verkannt habe, dass diese Vertragsklausel die Beschwerdegegnerinnen während des Mietverhältnisses in der Ausübung ihrer Rechte aus dem Mietvertrag nicht tangiert habe und indem sie eine konsensuale Vertragsänderung verneint habe.
C.b. Mit Verfügung vom 8. Februar 2018 wurde der Beschwerde die aufschiebende Wirkung erteilt.
C.c. Es wurden keine Vernehmlassungen zur Sache eingeholt.

Erwägungen:
1.
Die Beschwerde betrifft eine Zivilsache (<ref-law>), sie richtet sich gegen den Endentscheid (<ref-law>) eines oberen kantonalen Gerichts, das als einzige Instanz im Sinne von <ref-law> entschieden hat (<ref-law>), die Beschwerdeführerin ist mit ihren Anträgen unterlegen (<ref-law>), ein Streitwert ist nicht erforderlich (<ref-law>) und die Beschwerde ist rechtzeitig eingereicht worden (Art. 100 in Verbindung mit <ref-law>). Auf die Beschwerde ist unter Vorbehalt hinreichender Begründung (Art. 42 Abs. 2 und Art. 106 Abs. 2 BGG) einzutreten.
2.
Die Beschwerdeführerin rügt als offensichtlich unrichtige Feststellung, dass der Mietvertrag vom 29. August 2001 eine Vertragsänderung sei.
2.1. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law>). "Offensichtlich unrichtig" bedeutet dabei "willkürlich" (<ref-ruling> E. 2 S. 117). Überdies muss die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein können (<ref-law>). Neue Tatsachen und Beweismittel dürfen nur so weit vorgebracht werden, als erst der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gibt (<ref-law>).
Die Partei, welche die Sachverhaltsfeststellungen der Vorinstanz anfechten will, muss klar und substanziiert aufzeigen, inwiefern die gerügten Feststellungen offensichtlich unrichtig sind oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruhen (vgl. <ref-ruling> E. 1.3.1 S. 18; <ref-ruling> E. 1.2; <ref-ruling> E. 1.4.3 S. 255). Soweit die Beschwerdeführerin den Sachverhalt ergänzen will, hat sie zudem mit Aktenhinweisen darzulegen, dass sie entsprechende rechtsrelevante Tatsachen und taugliche Beweismittel bereits bei den Vorinstanzen prozesskonform eingebracht hat (<ref-ruling> E. 2 S. 90 mit Hinweisen). Genügt die Kritik diesen Anforderungen nicht, können Vorbringen mit Bezug auf einen Sachverhalt, der vom angefochtenen Entscheid abweicht, nicht berücksichtigt werden (<ref-ruling> E. 1.3.1 S. 18 mit Hinweisen).
2.2. Die Vorinstanz stellt fest, dass die Beschwerdeführerin der Beschwerdegegnerin 2 die Geschäftsräume zuerst gestützt auf den Mietvertrag vom 29. Juni / 6. Juli 1995 vermietete. Am 29. August 2001 schlossen die Parteien danach einen neuen Mietvertrag über dieselben Geschäftsräume. Die Vorinstanz stellt fest, dass der ursprüngliche Mietvertrag eine Berechtigung der Vermieterin am Namen "E._" nicht enthielt, dass das Recht der Vermieterin am Namen neu in Ziffer 8 des Anhangs zum Mietvertrag vom 29. August 2001 vereinbart und durch keine anderweitigen Vorteile für die Mieterin kompensiert wurde. In rechtlicher Hinsicht qualifiziert die Vorinstanz den formellen Neuabschluss des Mietvertrags am 29. August 2001 als einseitige Vertragsänderung zu Lasten der Mieterin, die ohne Formular im Sinne von <ref-law> mitgeteilt wurde und daher nichtig ist.
2.3. Die Beschwerdeführerin bestreitet nicht, dass der Mietvertrag vom 29. Juni / 6. Juli 1995 einerseits und der Mietvertrag vom 29. August 2001 anderseits dieselben Geschäftsräume zum Gegenstand hatten. Soweit sie behauptet, der Mietvertrag vom 29. Juni / 6. Juli 1995 sei zwischen anderen Parteien - nämlich zwischen ihr und D._ (gemeint wohl: D._) - abgeschlossen worden und " erst im Mietvertrag vom 29. August 2001 standen sich die Beschwerdeführerin und die Beschwerdegegnerin 2 als Parteien gegenüber ", ist ihre den vorinstanzlichen Feststellungen widersprechende Sachdarstellung nicht nur unzulässig (<ref-law>), sondern mutwillig. Im ursprünglichen Vertrag heisst es unter "Mieter": "D._. Nach Gründung der AG, geht der Mietvertrag automatisch an diese über."
Soweit die Beschwerdeführerin im Übrigen eine Ergänzung des von der Vorinstanz festgestellten Sachverhalts anstrebt mit der Begründung, sie habe vor Vorinstanz keinen Anlass gehabt, die Kündigung des Mietvertrages vom 29. Juni / 6. Juli 1995 prozesskonform vorzubringen, kann ihr nicht gefolgt werden. Dass diese Kündigung angeblich zu einem Anfechtungsverfahren geführt habe, das mit einer Abschreibungsverfügung des Appellationsgerichts vom 22. Juni 2000 mehrere Jahre vor dem vorliegenden Verfahren geendet habe, macht die Kündigung nicht gerichtsnotorisch. Bei den entsprechenden Vorbringen der Beschwerdeführerin handelt es sich somit vielmehr um unzulässige Noven im Sinne von <ref-law>. Mit der Behauptung, die Beschwerdegegnerinnen hätten die Zulässigkeit der Vertragsänderung nicht bestritten, widerspricht die Beschwerdeführerin zudem der verbindlichen Feststellung des Prozesssachverhalts durch die Vorinstanz, ohne gehörige Rügen vorzutragen. Ob eine allfällige Kündigung des früheren Vertrags erheblich wäre, hat die Vorinstanz zu Recht nicht geprüft.
3.
Die Vorinstanz hat die Einführung von Ziffer 8 in den Anhang des Mietvertrags vom 29. August 2001 als einseitige Vertragsänderung qualifiziert, die mangels Verwendung des Formulars nichtig ist mit der Folge, dass der Beschwerdeführerin kein Recht an der Bezeichnung "E._" zusteht. Soweit die Beschwerdeführerin eine Verletzung von <ref-law>, von <ref-law> sowie eine unrichtige Auslegung von Ziffer 8 des Anhangs zum Mietvertrag vom 29. August 2001 rügt, geht sie von einem behaupteten Neuabschluss des Mietvertrags aus; sie zeigt insofern nicht auf und es ist auch nicht ersichtlich, dass die Vorinstanz auf der Grundlage des verbindlich festgestellten Sachverhalts Bundesrecht verletzt haben könnte. Soweit die Beschwerdeführerin zudem bestreitet, dass die Klausel mietvertraglicher Natur sei, ist ihr Vorbringen unbegründet. Die behauptete Berechtigung am Namen "E._" stützt sie selbst auf den Mietvertrag und es ist unerheblich, dass sich das in diesem Vertrag vereinbarte ausschliessliche Gebrauchs- und Weiterbenutzungsrecht am Namen erst nach Vertragsbeendigung auswirkt. Von <ref-law> werden grundsätzlich sämtliche Änderungen des Mietvertrages erfasst, durch welche das bisherige Austauschverhältnis der Leistungen von Vermieter und Mieter verändert werden kann (<ref-ruling> E. 3b S. 235).
Dem angefochtenen Entscheid sind im Übrigen keine Feststellungen dafür zu entnehmen, dass sich die Beschwerdegegnerinnen rechtsmissbräuchlich verhalten könnten, wenn sie die Gültigkeit der Vertragsklausel bestreiten, mit der ihnen die Weiterführung des Namens verwehrt wird, unter dem sie bisher die Bar betrieben. Und dass die Voraussetzungen für eine konsensuale Vertragsänderung nicht gegeben sind, hat die Vorinstanz im angefochtenen Urteil überzeugend begründet. Die blosse gegenteilige Behauptung der Beschwerdeführerin ändert daran nichts.
4.
Gegen die Nichtigerklärung ihrer Marken nach Art. 2 Abs. 1 lit. MSchG (SR 232.11) wendet die Beschwerdeführerin nichts ein. Es ist daher nicht zu prüfen, ob die Namensanmassung oder das unlautere Verhalten der Beschwerdeführerin einen absoluten Ausschlussgrund nach <ref-law> oder eher einen relativen Ausschlussgrund nach <ref-law> begründet. Die Vorinstanz hat im Ergebnis zutreffend die Löschung der Marken CH-Nrn. xxx, yyy und zzz aus dem schweizerischen Markenregister angeordnet. Das vorliegende Urteil ist daher von Amtes wegen auch dem Eidgenössischen Institut für Geistiges Eigentum mitzuteilen.
5.
Die Beschwerde ist abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Bei diesem Verfahrensausgang sind die Gerichtskosten der Beschwerdeführerin zu auferlegen (<ref-law>). Da die Beschwerdegegnerinnen nicht zur Antwort eingeladen wurden und sich zur aufschiebenden Wirkung nicht haben vernehmen lassen, sind ihnen keine Parteikosten angefallen, die von der Beschwerdeführerin zu ersetzen wären. Es ist keine Parteientschädigung zuzusprechen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 4'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3.
Es werden keine Parteientschädigungen zugesprochen.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Appellationsgericht Basel-Stadt und dem Eidgenössischen Institut für Geistiges Eigentum schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 1. März 2018
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Kiss
Der Gerichtsschreiber: Curchod