Sachverhalt:
A.
Die A._ AG (Klägerin; Gesuchstellerin) und die B._ AG (Beklagte; Gesuchsgegnerin) schlossen am 24. September 2014 einen als "Aircraft Charter Agreement" bzw. "Charterrahmenvertrag" bezeichneten Vertrag und am 28. Mai 2015 eine als "Aircraft Charter Agreement" bzw. "Zusatzvereinbarung zum Flug - Charter - Rahmenvertrag" betitelte Vereinbarung ab. Nachdem im Sommer 2015 ein Teil der Flüge nicht durch die Klägerin, sondern durch eine Drittgesellschaft durchgeführt wurde, kündigte die Beklagte den Charterrahmenvertrages samt Zusatzvereinbarung per 31. Oktober 2015.
B.
Am 4. September 2015 reichte die Klägerin Klage am Handelsgericht des Kantons Zürich ein. Sie begehrte, es sei festzustellen, dass der Charterrahmenvertrag samt Zusatzvereinbarung über den 31. Oktober 2015 hinaus in Kraft sei, eventualiter, dass dessen Kündigung unwirksam sei. Alles unter Kosten- und Entschädigungsfolgen zu Lasten der Beklagten (Rechtsbegehren Ziff. 1 - 3). Am 5. Oktober 2016 reichte sie zusätzlich auf dem Wege der Klageänderung bzw. Klageergänzung eine Forderungsklage über Fr. 6'699'061.25 samt Zins zu 5 % ein (Rechtsbegehren Ziff. 4).
Das Handelsgericht wies mit Urteil und Beschluss vom 28. November 2017 die Klage ab und schrieb gleichzeitig verschiedenste Verfahrensanträge der Klägerin zufolge Gegenstandslosigkeit ab.
Die dagegen erhobene Beschwerde in Zivilsachen wies das Bundesgericht mit Urteil 4A_661/2017 vom 28. Mai 2018 ab, soweit es darauf eintrat.
C.
Mit Revisionsgesuch vom 11. Juli 2018 beantragt die Gesuchstellerin dem Bundesgericht, es sei das bundesgerichtliche Urteil 4A_661/2017 vom 28. Mai 2018 vollumfänglich aufzuheben, unter Kosten- und Entschädigungsfolgen zu Lasten der Gesuchsgegnerin. Es sei das Urteil des Handelsgerichts Zürich vom 28. November 2017 aufzuheben und die Rechtsbegehren 1 - 3 der Klage seien gutzuheissen und mit Bezug auf Rechtsbegehren 4 gemäss Klageänderungsschrift vom 5. Oktober 2016 sei die Sache zur Fortsetzung des Verfahrens an die Vorinstanz zurückzuweisen. Eventualiter sei das Urteil des Handelsgerichts aufzuheben und die Sache als Ganze zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Auf das Einholung von Vernehmlassungen wurde verzichtet.

Erwägungen:
1.
1.1. Entscheide des Bundesgerichts erwachsen am Tag ihrer Ausfällung in Rechtskraft (<ref-law>). Eine nochmalige Überprüfung der einem Urteil des Bundesgerichts zugrunde liegenden Streitsache ist grundsätzlich ausgeschlossen. Das Bundesgericht kann auf seine Urteile nur zurückkommen, wenn einer der in Art. 121 - 123 BGG abschliessend genannten Revisionsgründe vorliegt. Das Revisionsgesuch muss einen solchen Grund anrufen oder zumindest Tatsachen nennen, die von einem gesetzlichen Revisionsgrund erfasst sind.
Ob tatsächlich ein Grund zur Revision vorliegt, ist nicht eine Frage des Eintretens, sondern der materiellen Beurteilung. Immerhin gelten auch für das Revisionsgesuch die in Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG genannten Anforderungen, wonach die gestellten Begehren zu begründen sind. Zudem ist im Revisionsgesuch darzutun, inwiefern das Dispositiv abzuändern sei (Urteile 4F_16/2018 vom 31. August 2018 E. 1.1; 4F_7/2017 vom 22. März 2017 E. 3). Findet das Bundesgericht, der Revisionsgrund treffe zu, so hebt es den früheren Entscheid auf und entscheidet neu (<ref-law>).
1.2. Diesen Anforderungen genügt das vorliegende Revisionsgesuch. Die Gesuchstellerin ruft in ihrer Hauptbegründung den Revisionsgrund von <ref-law> und in ihrer Eventualbegründung denjenigen von <ref-law> an.
2.
2.1. In der Hauptbegründung trägt die Gesuchstellerin vor, im Verfahren 4A_661/2017 sei unter anderem zu beurteilen gewesen, ob die Vorinstanz bei der Auslegung des Vertrages einen tatsächlichen oder einen normativen Konsens festgestellt habe. Das Bundesgericht sei entgegen jeder Erwartung zum Schluss gekommen, die Vorinstanz habe eine tatsächliche Willensübereinstimmung festgestellt. Dabei habe das Bundesgericht mehrere in den Akten liegende, erhebliche Tatsachen nicht berücksichtigt. Die erste erhebliche Tatsache, die das Bundesgericht übersehen habe, sei die "Äusserung" der Vorinstanz, es sei irrelevant wie die Gesuchstellerin den Satz, "The Flight Program is subject to the coordination of slots", verstanden habe. Sodann habe das Bundesgericht den Vorwurf der Vorinstanz an die Gesuchstellerin nicht berücksichtigt, dass die Gesuchstellerin die Änderung des Vertrages vor der Unterzeichnung nicht genau geprüft habe. Das Bundesgericht habe im Weiteren nicht berücksichtigt, dass die Vorinstanz von einem natürlichen Konsens lediglich in einem "negativen Sinne" spreche, nämlich, dass er nicht existiere. Das Bundesgericht habe die Verneinung übersehen. Alsdann habe das Bundesgericht übersehen, dass sich die subjektive Auslegung nur auf die "Entstehungsgeschichte" beschränkt und sich gerade nicht auf die Bedeutung der umstrittenen Ziff. 3.2 des Vertrages bezogen habe. Soweit das Bundesgericht dies aus dem vorinstanzlichen Urteil herauszulesen glaubte, habe es dieses versehentlich mit einem falschen Wortlaut wahrgenommen.
Die Vorinstanz habe sodann ausgeführt, dass die Streichung gewisser Formulierungen zur Folge gehabt habe, dass die umstrittene Ziff. 3.2 des Vertrages "nur" noch auf eine Weise verstanden werden "kann", nicht wie sie effektiv verstanden worden sei. Die Vorinstanz habe damit in Bezug auf die entscheidende Auslegungsfrage ausschliess-lich normativ argumentiert und keinen übereinstimmenden wirklichen Willen der Parteien festgestellt. Die Vorinstanz habe lediglich festgestellt, dass die Streichungen von diversen Formulierungen als solche unbestritten geblieben seien. Sie habe aber darüber hinaus keine Beweise gewürdigt. Sie habe kein Beweisverfahren durchgeführt und sei somit auch nicht "zu einem Beweisergebnis" gekommen. Das Bundesgericht übersehe zudem, dass die vorinstanzliche Auslegung der umstrittenen Ziff. 3.2 des Vertrages nicht im Sachverhaltsteil des Urteils erfolgt sei, sondern in den rechtlichen Erwägungen. Auch dies belege, dass die Vorinstanz bei der Auslegung nicht den wirklichen Willen der Parteien erforscht habe. Das Bundesgericht habe sodann übersehen, dass die Vorinstanz im gesamten Urteil keine einzige natürliche Person erwähne. Nur Menschen könnten ein Verständnis bzw. einen Willen haben, nicht aber Unternehmen oder juristische Personen.
Die Vorinstanz habe im Weiteren erwogen, dass die branchenübliche Bedeutung des Vertragstextes bei der normativen Auslegung unmassgeblich sei. Hätte die Vorinstanz eine tatsächliche Willensübereinstimmung festgestellt, was sie nicht getan habe, so hätte sie nicht schreiben müssen, dass die branchenübliche Bedeutung eines Wortes erst dann berücksichtigt werde, wenn auch eine normative Auslegung zu keinem Resultat führe. Die Vorinstanz habe bezüglich der Streichungeinzelner Passagen einen übereinstimmenden Willen festgestellt. Darüberhinaus sei sie aber nicht in der Lage gewesen, einen übereinstimmenden Willen festzustellen und habe den Vertrag ausschliesslich normativ ausgelegt. Das Bundesgericht habe schliesslich die Erwägungen der Vorinstanz zur normativen Auslegung übersehen. Bei korrekter Würdigung der vollständigen Tatsachen, d.h. einschliesslich der aus Versehen nicht berücksichtigten erheblichen Erwägungen der Vorinstanz, könne das Bundesgericht nur zum Schluss kommen, dass die Vorinstanz den Vertrag normativ ausgelegt habe.
2.2. Gemäss <ref-law> kann die Revision eines Entscheids des Bundesgerichts verlangt werden, wenn das Gericht in den Akten liegende erhebliche Tatsachen aus Versehen nicht berücksichtigt hat.
Ein Versehen im Sinne dieser Bestimmung liegt vor, wenn eine Tatsache oder ein bestimmtes Aktenstück übersehen oder mit einem falschen Wortlaut wahrgenommen worden ist. Davon zu unterscheiden ist die allenfalls unzutreffende Würdigung von Beweisen. Sie berechtigt so wenig zu einer Revision wie die rechtliche Würdigung eines Sachverhaltes. Der Revisionsgrund von <ref-law> ist demnach nicht gegeben, wenn das Bundesgericht die fraglichen Aktenstellen und Vorbringen zwar durchaus berücksichtigt, aber nicht so gewürdigt und beurteilt hat, wie die gesuchstellende Partei dies wünscht und im Beschwerdeverfahren beantragt hatte. Die Revision dient auch nicht dazu, allfällige Versäumnisse im vorinstanzlichen Verfahren oder bei der Begründung der Beschwerde an das Bundesgericht nachträglich zu beheben (Urteile 4F_3/2016 vom 27. April 2016 E. 2.2.1; 4F_9/2015 vom 27. Juli 2015 E. 2.2; 4F_16/2014 vom 27. Februar 2015 E. 2.2).
2.3. Die Handelsgericht hat im Urteil vom 28. November 2017 in Erwägung 3.3.2.b die hier strittige Vertragsauslegung vorgenommen. Das Bundesgericht hat im vorliegend beanstandeten Urteil 4A_661/2017 vom 28. Mai 2018 diese vorinstanzlichen Erwägungen zur Vertragsauslegung ausdrücklich in Erwägung 3 und Erwägung 4.2 erwähnt und zur Kenntnis genommen. Dabei hat das Bundesgericht nicht übersehen, dass die Vertragsauslegung der Vorinstanz in den "rechtlichen" Erwägungen und nicht im "Sachverhaltsteil" erfolgte, wobei diesbezüglich nicht ersichtlich ist, inwiefern dies für den Standpunkt der Gesuchstellerin sprechen soll, braucht doch eine subjektive Vertragsauslegung nicht im "Sachverhaltsteil" des Urteils vorgenommen zu werden. Das Bundesgericht hat sodann ebenfalls nicht übersehen, dass die Vorinstanz kein förmliches Beweisverfahren durchführte. Dies ändert aber nichts daran, dass ein Gericht die von den Parteien mit den Rechtsschriften eingereichten Beweismittel würdigen kann und im Entscheid auch zu einem Beweisergebnis kam.
Das Bundesgericht hat im Weiteren entgegen der Auffassung der Gesuchstellerin nicht übersehen, dass die Vorinstanz in bestimmten Zusammenhängen vom natürlichen Konsens in einem "negativen Sinne" sprach. Das Bundesgericht stellte im Gegenteil in der Erwägung 4.2, zweiter Absatz, ausdrücklich fest, dass nach der Auffassung der Vorinstanz, "die subjektive Erwartungshaltung einer Vertragspartei noch keinen 'tatsächlichen Konsens' begründen würde ". Ebenso wurde in der gleichen Erwägung erwähnt, dass nach Auffassung der Vorinstanz gelte, "was ausdrücklich gestrichen wurde, könne über die Mittel der Vertragsauslegung nicht wieder als 'natürlicher Konsens' der Parteien rekonstruiert werden ".
Das Bundesgericht hat alsdann im Urteil 4A_661/2017 nicht jeden einzelnen Satz der vorinstanzlichen Vertragsauslegung in den Erwägungen wortwörtlich wiedergegeben, sondern in Erwägung 4.2, erster und zweiter Absatz, die Überlegungen der Vorinstanz im Wesentlichen zusammengefasst. Nur weil eine bestimmte Passage der vorinstanzlichen Erwägungen nicht wortwörtlich im Urteil des Bundesgerichts wiedergeben wird, bedeutet dies aber noch nicht im Umkehrschluss, dass das Bundesgericht eine bestimmte Erwägung im Urteil der Vorinstanz übersehen hätte. Dieser Schluss würde sich erst dann aufdrängen, wenn klar wäre, dass das Bundesgericht die Tatsache bei der Bildung seiner Überzeugung auch nicht sinngemäss einbezogen hat, dass sie unentdeckt geblieben oder vergessen worden ist. Davon kann aber nur die Rede sein, wenn die Berücksichtigung der übergangenen Tatsache zeigt, dass das Gericht einem blanken Irrtum verfallen ist (vgl. Urteile 4G_1/2016 vom 11. März 2016 E. 2.2; 4C.41/2003 vom 24. Juni 2013 E. 2.2; je mit Hinweisen).
Dies ist aber hier nicht der Fall. Die Berücksichtigung der von der Gesuchstellerin oben genannten "Tatsachen" und "Äusserungen", also einzelne isolierte Elemente aus der dreiseitigen Vertragsauslegung durch die Vorinstanz, zeigen nicht, dass das Bundesgericht einem blanken Irrtum verfallen wäre. Vielmehr hat das Bundesgericht die Erwägungen der Vorinstanz zur Vertragsauslegung nicht so gewürdigt und beurteilt, wie dies die Gesuchstellerin wünschte. Es hat mithin die vorinstanzlichen Erwägungen anders als die Gesuchstellerin interpretiert und ist, wie übrigens die Gesuchsgegnerin und damalige Beschwerdegegnerin, aufgrund der gesamten Erwägungen der Vorinstanz zur Vertragsauslegung im damaligen Entscheid zum Schluss gekommen, dass die Vorinstanz im massgebenden Punkt eine tatsächliche Willensübereinstimmung feststellte und den Vertrag nicht nach dem Vertrauensprinzip auslegte. Diese materiellrechtliche Beurteilung kann nicht Gegenstand der Revision bilden. Denn die Revision eröffnet der Gesuchstellerin nicht die Möglichkeit, einen Entscheid, den sie für unrichtig hält, neu beurteilen zu lassen (Urteile 6B_803/2017 vom 26. April 2018 E. 6.3; 5F_13/2016 vom 15. Dezember 2016 E. 2.1).
Der geltend gemachte Revisionsgrund gemäss <ref-law> ist damit nicht gegeben.
3.
3.1. Eventualiter stellt sich die Gesuchstellerin auf den Standpunkt, der Revisionsgrund von <ref-law> sei gegeben. Die Frage, ob der natürliche Konsens so definiert werden könne, dass unter anderem das Verständnis einer Partei irrelevant sei und keine natürliche Person zu identifizieren sei, die diesen Konsens getragen haben soll, sei eine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung. Damit würde eine jahrhundertealte Jurisprudenz geändert. Für eine solche Entscheidung von solcher Tragweite sei nach <ref-law> eine Fünferbesetzung zwingend vorgeschrieben und die Zustimmung anderer betroffener Abteilungen sei einzuholen. Das Urteil 4A_661/2017 sei nur in einer Dreierbesetzung ergangen, weshalb es nach <ref-law> aufzuheben sei.
3.2. Die Revision eines Entscheids des Bundesgerichts kann nach <ref-law> unter anderem verlangt werden, wenn die Vorschriften über die Besetzung des Gerichts verletzt worden sind. Inwiefern die Besetzung des Gerichts zur Revision berechtigt, wird im Gesetz nicht ausdrücklich regelt. Hängt die Besetzung von einer Beurteilung der Beschwerde bzw. von den sich stellenden Rechtsfragen ab, wie etwa vom Vorliegen eines Nichteintretensgrunds (Art. 108 f. BGG) oder einer Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung (<ref-law>), kann diese Beurteilung im Revisionsverfahren nicht mit dem Vorbringen in Frage gestellt werden, es liege eine unrichtige Besetzung vor (Urteile 4F_16/2018 vom 31. August 2018 E. 2.2; 5F_7/2016 vom 7. Juli 2016 E. 3.2; 2F_19/2015 vom 26. Oktober 2015 E. 2.1; 4F_20/2013 vom 11. Februar 2014 E. 4; 4F_7/2010 vom 29. Juni 2010 E. 6; 6F_16/2009 vom 22. September 2009 E. 1.2).
Die im Urteil 4A_661/2017 vom 28. Mai 2018 erfolgte Dreierbesetzung beruhte auf der materiellrechtlichen Beurteilung, dass sich im Entscheid keine Grundsatzfragen stellten. Ob die dem Besetzungsentscheid zugrunde liegenden materiellrechtlichen Überlegungen zutreffen, kann nach dem Gesagten nicht Gegenstand einer Revision bilden. Eine Verletzung von Vorschriften über die Besetzung des Gerichts (<ref-law>) liegt damit nicht vor.
4.
Nach dem Ausgeführten ist das Revisionsgesuch abzuweisen. Bei diesem Verfahrensausgang wird die Gesuchstellerin kostenpflichtig (<ref-law>). Die Gesuchsgegnerin hat keinen Anspruch auf eine Parteientschädigung, da ihr aus dem Revisionsverfahren kein Aufwand erwachsen ist (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Das Revisionsgesuch wird abgewiesen.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 50'000.-- werden der Gesuchstellerin auferlegt.
3.
Es wird keine Parteientschädigung zugesprochen.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Handelsgericht des Kantons Zürich schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 9. Oktober 2018
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Kiss
Der Gerichtsschreiber: Brugger