Faits :
A.
Par jugement du 30 août 2016, le Tribunal de police du Littoral et du Val-de-Travers a reconnu X._ coupable de dommages à la propriété (<ref-law>), commis au préjudice d'A._ et de B._. Il l'a condamnée à 45 jours-amende à 60 francs le jour avec sursis pendant deux ans et à une amende de 500 francs, convertible, en cas de non paiement fautif, en une peine privative de liberté de substitution de 5 jours. Il a mis à sa charge les frais de la procédure et les indemnités de dépens en faveur des deux plaignants. Il a pour le surplus renvoyé ceux-ci à agir sur le plan civil pour faire valoir leurs prétentions en réparation du dommage.
B.
Par jugement du 12 septembre 2017, la Cour pénale du Tribunal cantonal de la République et canton de Neuchâtel a admis l'appel de X._ et a rejeté l'appel joint d'A._ et de B._. Elle a acquitté X._, a laissé les frais de justice à la charge de l'État, a alloué à X._ une indemnité au sens de l'<ref-law> pour la procédure de première instance et a rejeté toutes les conclusions civiles d'A._ et de B._. Elle a fixé les frais de la procédure d'appel à 1'200 francs et en a mis la moitié, à raison de 600 francs, à la charge d'A._ et de B._, solidairement entre eux. Elle les a aussi condamnés, solidairement, à verser à X._ une indemnité de 1'603 fr. 80 au titre de l'<ref-law> et elle a alloué à X._ une indemnité au sens de l'<ref-law> pour ses frais de défense en seconde instance.
C.
A._ et B._ interjettent un recours en matière pénale au Tribunal fédéral contre le jugement du 12 septembre 2017. Principalement, ils concluent, avec suite de frais et dépens, au plan pénal, à la réforme du jugement en demandant la condamnation de X._ au sens du jugement de première instance et, au plan civil, à l'admission de leur appel joint tendant à ce qu'il soit statué sur leurs conclusions civiles en réparation du dommage subi. Subsidiairement, ils demandent l'annulation du jugement et le renvoi de la cause à l'autorité précédente pour nouvelle décision au sens des considérants. En tout état de cause, ils concluent à la modification du jugement querellé en tant qu'il les condamne à verser une indemnité au titre de l'<ref-law> à X._ et à payer, solidairement, la moitié des frais de la procédure d'appel.

Considérant en droit :
1.
Selon l'<ref-law>, la partie plaignante qui a participé à la procédure de dernière instance cantonale est habilitée à recourir au Tribunal fédéral, si la décision attaquée peut avoir des effets sur le jugement de ses prétentions civiles.
En l'espèce, les recourants ont participé à la procédure cantonale en tant que parties plaignantes et ont fait valoir des conclusions civiles chiffrées et motivées, qui ont été rejetées. Par conséquent, n'ayant pas obtenu gain de cause sur leurs conclusions civiles, les recourants ont la qualité pour recourir au Tribunal fédéral.
2.
Le Tribunal fédéral n'est pas une autorité d'appel, auprès de laquelle les faits pourraient être rediscutés librement. Il est lié par les constatations de fait de la décision entreprise (<ref-law>), à moins qu'elles n'aient été établies de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> (art. 97 al. 1 et 105 al. 2 LTF), soit, pour l'essentiel, de façon arbitraire (art. 9 Cst.; <ref-ruling> consid. 2.3.1 p. 244; <ref-ruling> consid. 2.4 p. 368; <ref-ruling> consid. 6.3 p. 375). En bref, une décision n'est pas arbitraire du seul fait qu'elle apparaît discutable ou même critiquable; il faut qu'elle soit manifestement insoutenable, et cela non seulement dans sa motivation mais aussi dans son résultat (<ref-ruling> consid. 4.3 p. 380; <ref-ruling> consid. 1.2 p. 308 s.; <ref-ruling> consid. 3.4 p. 53).
Lorsque l'autorité cantonale a forgé sa conviction quant aux faits sur la base d'un ensemble d'éléments ou d'indices convergents, il ne suffit pas que l'un ou l'autre de ceux-ci ou même chacun d'eux pris isolément soit à lui seul insuffisant. L'appréciation des preuves doit en effet être examinée dans son ensemble. Il n'y a ainsi pas d'arbitraire si l'état de fait retenu pouvait être déduit de manière soutenable du rapprochement de divers éléments ou indices. De même, il n'y a pas d'arbitraire du seul fait qu'un ou plusieurs arguments corroboratifs sont fragiles, si la solution retenue peut être justifiée de façon soutenable par un ou plusieurs arguments de nature à emporter la conviction (arrêt 6B_608/2017 du 12 avril 2018 consid. 3.1 et les références citées).
3.
La cour cantonale a estimé, sans pouvoir exclure que l'intimée soit l'auteur de tout ou partie des dégâts, qu'il subsistait objectivement un doute concernant les faits qui lui étaient reprochés et que ce doute devait lui profiter.
Les recourants critiquent l'appréciation de la cour cantonale. Ils ne contestent pas les faits retenus par celle-ci mais considèrent qu'elle n'a pas tenu compte de certains éléments du dossier dont ils estiment qu'ils seraient suffisants pour retenir la culpabilité de l'intimée. Ils invoquent une violation du droit fédéral, en particulier de l'<ref-law>.
Il y a lieu d'examiner ces différents éléments.
3.1. Les recourants considèrent que l'intimée serait la seule personne ayant pu rayer leurs véhicules. Partant du principe que les dégâts ont été faits dans le parking de l'immeuble, qui est un endroit fermé, auquel avaient seulement accès les copropriétaires et les locataires des immeubles C._ et D._ au moyen d'une clé ou d'une télécommande, et que seuls les véhicules des habitants de l'immeuble D._ ont été endommagés, les recourants en ont déduit que l'auteur des rayures devait habiter ce dernier immeuble et que, dans ce cas, seule l'intimée pouvait avoir perpétré ces méfaits, faute de devoir admettre que l'auteur aurait endommagé son propre véhicule.
Ce raisonnement ne renforce pas les indices à charge de l'intimée. En effet, le cercle exact des personnes ayant eu accès au parking et le nombre de clés, respectivement de télécommandes, à disposition des copropriétaires et des locataires, n'a pas été établi. Par ailleurs, il n'a pas non plus été établi de façon irréfutable que tous les dommages sont survenus dans le garage. En effet, l'acte d'accusation fait état de déprédations à plusieurs reprises entre le 25 mars et le 29 avril 2011. Or, les caméras de vidéo-surveillance n'ont rien montré à l'exception des deux cas qui seront discutés ci-après. De plus, il est incontesté que E._ avait eu des différends avec l'intimée et qu'elle n'a pas signalé de rayures à sa voiture, ce qui permettait à la cour cantonale de retenir qu'en tout cas un autre véhicule d'un habitant de D._ n'avait pas été endommagé. Cette désignation de l'auteur par exclusion ne constitue pas un élément permettant d'aller à l'encontre des considérations de la cour cantonale.
3.2. Les recourants reprochent à la cour cantonale de n'avoir pas tenu compte du fait que les dégâts aux véhicules seraient survenus systématiquement dans les jours suivant une altercation ou un différend avec l'intimée. Si les dates de ceux-ci sont assez bien déterminées, il n'en est pas de même pour les dégâts. Les victimes elles-mêmes n'ont pas réussi à les déterminer avec exactitude. L'acte d'accusation a mentionné que le véhicule A._ avait été l'objet de déprédations à trois reprises entre le 1eret le 21 février 2011 et à plusieurs reprises entre le 22 février et le 25 mars 2011, alors que le véhicule B._ avait été endommagé à plusieurs reprises entre le 1 eret le 12 février 2011 et entre le 25 mars et le 29 avril 2011. L'absence de corrélation temporelle dûment établie ne permet pas non plus de retenir l'argument des recourants.
3.3. Si l'on peut admettre avec ceux-ci qu'il est peu probable que les véhicules aient tous été endommagés à l'extérieur du garage dans un même laps de temps, cette éventualité évoquée par la cour cantonale ne paraît pas déterminante dans son appréciation globale et n'incrimine pas de façon supplémentaire l'intimée.
3.4. S'agissant des griefs d'A._ à l'encontre de l'intimée concernant le bruit que celle-ci causait le soir en utilisant les machines à laver le linge, dont la cour cantonale a estimé qu'ils avaient été créés de toutes pièces, il y a lieu de constater que la recourante A._ s'est plainte du bruit causé par ces machines quand l'intimée les utilisait et qu'ultérieurement elle a dit ne pas les entendre. Il s'agit d'une contradiction établissant l'animosité d'A._ contre l'intimée. Ce constat fait par la cour cantonale n'est pas critiquable.
3.5. Les recourants voient dans les réponses données par l'intimée tant à la police qu'au procureur, des indices à charge du fait qu'elle ne répondait pas aux questions, qu'elle donnait des réponses vagues ou qu'elle disait ne plus se souvenir. Ces éléments ne constituent pas un indice de culpabilité. En effet, l'intimée, entendue comme prévenue, n'avait ni l'obligation de répondre ni de s'auto-incriminer et une absence de réponse ne saurait être retenue comme indice de culpabilité si d'autres indices ne permettent pas d'établir la substance des faits reprochés. Ces différents éléments ne constituent pas des indices supplémentaires de culpabilité, ni pris séparément ni dans leur ensemble.
3.6. La cour cantonale a retenu, de manière à lier le Tribunal fédéral (<ref-law>) que les images de vidéo-surveillance du 25 mars 2011 ne permettaient pas de voir l'intimée s'arc-bouter ou faire des efforts pour appuyer quelque chose avec force contre le véhicule d'A._ et que l'intimée, qui avait ses clés dans la main droite sur la séquence vidéo du 29 avril 2011, ne pouvait pas rayer le véhicule B._ qui se trouvait sur sa gauche. De plus, la cour cantonale a constaté que les photos produites n'étaient pas probantes concernant l'emplacement exact des rayures. Si elles permettaient, en lien avec les devis du carrossier, de situer les rayures sur telles ou telles parties des véhicules (portes avant, arrière, droites, gauches, ailes, capot), elles ne permettaient en revanche pas de préciser l'endroit exact de la rayure sur la partie endommagée, ni le moment exact où elles ont été prises. En particulier, les photos produites (dossier p. 57 et 61) seraient censées établir qu'après la scène filmée par les caméras de vidéo-surveillance le 25 mars 2011, le véhicule de la recourante A._ avait subi une nouvelle rayure sur la porte avant gauche. Cependant, faute de précisions suffisantes, il est impossible de comparer la photo de façon à voir clairement la différence entre l'état avant et l'état après l'arrêt de l'intimée devant le véhicule.
Enfin, la cour cantonale a retenu qu'il n'avait pas été possible d'établir de façon certaine si l'intimée s'était rendu compte de la présence des caméras de vidéo-surveillance avant qu'elle en ait été formellement avertie le 4 octobre 2011. Il n'est dès lors pas possible de tirer argument de la cessation des actes malveillants comme indice à charge de l'intimée.
3.7. Au vu de tout ce qui précède, la cour cantonale pouvait, sans violer le droit fédéral, ni verser dans une appréciation arbitraire des preuves, retenir qu'il subsistait des doutes insurmontables quant aux éléments factuels justifiant une condamnation. Le recours doit donc être rejeté sur ce point.
4.
Les recourants invoquent les conclusions civiles prises, comme conséquence de la condamnation sur le plan pénal. Vu le sort du recours sur ce dernier aspect, il n'y a pas lieu d'examiner plus avant l'aspect civil.
5.
5.1. Les recourants contestent la mise à leur charge de la moitié des frais d'appel. Ils contestent également le jugement cantonal dans la mesure où il met à leur charge, solidairement entre eux, une indemnité au sens de l'<ref-law>, fixée à 1'603 fr. 80, à verser à l'intimée. Ils estiment qu'ils se sont limités à faire valoir leurs droits en toute bonne foi, que l'administration de la justice porte une part de responsabilité dans le résultat si l'on tient compte de la lenteur avec laquelle la procédure a été conduite et que l'intimée a invoqué des arguments qui n'ont eu aucun poids décisif dans la décision de la cour cantonale.
Il y a tout d'abord lieu de relever que c'est à tort que les recourants prétendent que la cour cantonale a mis à leur charge une indemnité au sens de l'<ref-law>. Elle a effectivement fondé le versement de l'indemnité mise à la charge des recourants sur l'<ref-law>. Si la cour cantonale a certes fait référence à cette dernière disposition dans le dispositif de son jugement (chiffre V), il ressort des considérants qu'elle a plutôt alloué une indemnité au sens de l'alinéa 2 de l'<ref-law>, en faisant un parallèle entre la mise à charge des frais par moitié et le versement par les recourants de la moitié des dépenses occasionnées à l'intimée par l'exercice raisonnable de ses droits de procédure.
5.2. Selon l'<ref-law>, les frais de la procédure de recours sont mis à la charge des parties dans la mesure où elles ont obtenu gain de cause ou succombé. La partie dont le recours est irrecevable ou qui retire le recours est également considérée avoir succombé. Aux termes de l'<ref-law>, lorsque le prévenu obtient gain de cause sur la question de sa culpabilité et que l'infraction est poursuivie sur plainte, la partie plaignante ou le plaignant qui, ayant agi de manière téméraire ou par négligence grave, a entravé le bon déroulement de la procédure ou a rendu celle-ci plus difficile, peut être tenu d'indemniser le prévenu pour les dépenses occasionnées par l'exercice raisonnable de ses droits de procédure. Par renvoi de l'<ref-law>, cette disposition s'applique également à la deuxième instance. La partie plaignante qui a pris des conclusions et participé activement à la procédure peut être condamnée aux frais et être tenue d'indemniser le prévenu (<ref-ruling> consid. 5.3 p. 256 s.).
5.3. En l'espèce, les recourants ont conclu, en procédure de deuxième instance, au rejet de l'appel et au versement d'une indemnité au sens de l'<ref-law> en leur faveur. De plus, ils ont déposé un appel joint sur la question civile. Par leur attitude en procédure, ils ont démontré leur volonté de prendre une part active pour faire condamner l'intimée et pour obtenir le paiement des dégâts dont ils estimaient qu'ils avaient été causés par celle-ci, sans passer par la voie civile ordinaire. Dès lors, la condamnation des recourants à la moitié des frais ainsi qu'à la moitié des dépens ne viole pas le droit fédéral. Au surplus, les recourants n'expliquent pas en quoi la longueur de la procédure et l'ampleur prise par la cause rendraient la mise à leur charge de la moitié des dépens de seconde instance, manifestement injuste ou d'une iniquité choquante.
6.
Les recourants qui succombent supportent les frais judiciaires (<ref-law>). Il n'est pas alloué de dépens pour l'instance fédérale.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 3'000 francs, sont mis à la charge des recourants.
3.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour pénale du Tribunal cantonal du canton de Neuchâtel.
Lausanne, le 25 avril 2018
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Denys
Le Greffier : Dyens