Sachverhalt:
A.
Die A._ AG, U._, wurde am 12. September 2008 ins Handelsregister eingetragen. Sie war in den Jahren 2012 bis 2016 eine Tochtergesellschaft (100%) der B._ AG, V._. Letztere hielt auch die Aktien der am 19. Juni 2019 von Amtes wegen aufgelösten C._ AG in Liquidation, W._. Mit Verfügung vom 2. April 2014 stellte das kantonale Steueramt St. Gallen fest, dass sich das Hauptsteuerdomizil der A._ AG seit 1. Januar 2012 in St.Gallen befinde; dies wurde mit Einspracheentscheid vom 24. April 2014 bestätigt, welcher in der Folge in Rechtskraft erwuchs. In den Steuererklärungen für die Jahre 2012 bis 2016 deklarierte die A._ AG Reingewinne bzw. -verluste von Fr. 1'434.-- (2012), Fr. 128.-- (2013), Fr. 254.-- (2014), Fr. - 181'070.-- (2015) und Fr. - 161'65 1.-- (2016) sowie Eigenkapitalien von Fr. 190'455.-- (2012), Fr. 290'584.-- (2013), Fr. 290'838.--, Fr. 109'768.-- (2015) und Fr. 127'186.-- (2016). Am 29. Januar 2019 forderte das kantonale Steueramt für die Veranlagung der Jahre 2012 bis 2016 weitere Unterlagen an, welche die A._ AG am 23. April 2019 einreichte.
B.
In den Verfügungen vom 14. Juni 2019 veranlagte die Steuerbehörde die A._ AG für 2012 bis 2016 für die Kantonssteuern und die direkte Bundessteuer mit Reingewinnen von Fr. 196'700.-- (2012), Fr. 538'000.-- (2013), Fr. 423'300.-- (2014), Fr. 333'800.-- (2015) und Fr. 225'200.-- sowie für die Kantonssteuer mit Eigenkapitalien von Fr. 249'000 (2012), Fr. 136'000.-- (2013), Fr. 47'000.-- sowie Fr. 0.-- (2015 und 2016). Die Reingewinne beinhalteten Aufwandaufrechnungen von Fr. 236'410.-- (2012), Fr. 797'213.-- (2013), Fr. 512'177.-- (2014), Fr. 585'280 (2015) und Fr. 251'609.-- (2016), wobei für das 2013 ein zusätzlicher Abzug von Fr. 146'000.-- (reingewinngemindernd) berücksichtigt wurde.
C.
Die von der A._ AG gegen die Aufrechnungen erhobenen Einsprachen hiess das kantonale Steueramt mit Entscheid vom 11. September 2019 für die Jahre 2013 und 2014 teilweise gut und legte die steuerbaren Reingewinne für diese Jahre neu auf Fr. 514'400.-- und Fr. 409'400.-- sowie die Eigenkapitalien auf Fr. 141'000.-- und Fr. 55'000.-- fest; im Übrigen wurden die Einprachen abgewiesen. Die dagegen von der A._ AG erhobenen Rechtsmittel wies die Verwaltungsrekurskommission des Kantons St. Gallen mit Entscheid vom 18. Mai 2020 ab, soweit sie darauf eintrat.
D.
Gegen den Rekursentscheid erhob die A._ AG am 2. Juli 2020 Beschwerden an das Verwaltungsgericht des Kantons St. Gallen. Mit Entscheid vom 14. Oktober 2020 vereinigte dieses die Verfahren betreffend die direkte Bundessteuer sowie die Kantons- und Gemeindesteuern und wies beide Beschwerden ab.
E.
Die A._ AG legt mit Eingabe vom 27. November 2020 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht ein. Sie beantragt, der angefochtene Entscheid sei aufzuheben und die Sache zum Neuentscheid an die Vorinstanz zurückzuweisen. Eventualiter seien das Ausstandsgesuch gegen E._, Steuerkommissär, Kanton St. Gallen, gutzuheissen und das Steueramt des Kantons St. Gallen anzuweisen, die Steuerperioden 2012-2016 nicht unter Berücksichtigung des Berichts der Abteilung Strafsachen und Untersuchungen der eidgenössischen Steuerverwaltung (nachfolgend: ASU) betreffend Steuerperioden 2000-2009 der Gesellschaften C._ AG in Liquidation, F._ AG in Liquidation und G._ AG einzuschätzen.
Das Bundesgericht hat die Akten eingeholt und auf die Anordnung weiterer Instruktionsmassnahmen verzichtet.

Erwägungen:
1.
1.1. Die Vorinstanz hat einen einzigen Entscheid für die Kantons- und Gemeindesteuern sowie für die direkte Bundessteuer erlassen, was zulässig ist, soweit die zu entscheidenden Rechtsfragen im Bundesrecht und im harmonisierten kantonalen Recht gleich geregelt sind (<ref-ruling> E. 1.3.1). Unter diesen Umständen ist der Beschwerdeführerin nicht vorzuwerfen, nicht zwei getrennte Beschwerden eingereicht zu haben; aus ihrer Eingabe geht deutlich hervor, dass sie beide Steuerarten betrifft (<ref-ruling> E. 1.3.2 S. 264).
1.2. Angefochten ist der Endentscheid (<ref-law>) des Verwaltungsgerichts St. Gallen in einer Angelegenheit des öffentlichen Rechts, die unter keinen Ausschlussgrund gemäss <ref-law> fällt und der daher mit Beschwerde an das Bundesgericht weitergezogen werden kann (<ref-law> i.V.m. <ref-law> [SR 642.11] und Art. 73 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden [StHG; SR 642.14]). Die Beschwerdeführerin ist durch die angefochtene Entscheidung besonders berührt und gestützt auf <ref-law> zur Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten legitimiert; auf das frist- und formgerecht eingereichte Rechtsmittel ist einzutreten (Art. 42 und 100 BGG).
1.3. Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann insbesondere die Verletzung von Bundes- und Völkerrecht gerügt werden (Art. 95 lit. a und b BGG). Bei der Prüfung wendet das Bundesgericht das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>; <ref-ruling> E. 4.4.5 S. 157) und verfügt diesbezüglich über volle Kognition (<ref-law>; <ref-ruling> E. 2 S. 236). Es prüft die Anwendung des harmonisierten kantonalen Steuerrechts gleich wie Bundesrecht mit freier Kognition, jene des nicht-harmonisierten, auto-nomen kantonalen Rechts hingegen bloss auf Verletzung des Willkürverbots und anderer verfassungsmässiger Rechte (<ref-ruling> E. 2.1 S. 465; <ref-ruling> E. 2 S. 210). Die Verletzung von verfassungsmässigen Rechten prüft das Bundesgericht nur, wenn eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und ausreichend begründet worden ist (qualifizierte Rüge- und Begründungsobliegenheit gemäss <ref-law>).
1.4. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Es kann die tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz nur berichtigen oder ergänzen, soweit sie offensichtlich unrichtig, das heisst willkürlich, sind oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruhen (<ref-law>). Zudem hat die beschwerdeführende Partei aufzuzeigen, dass die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1.3.1 S. 17 f.; <ref-ruling> E. 1.4.1 S. 100). Neue Tatsachen und Beweismittel dürfen nur so weit vorgebracht werden, als der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gibt (<ref-law>).
2.
Die Beschwerdeführerin rügt eine Verletzung ihres Anspruchs auf ein unabhängiges und unparteiisches Gericht (<ref-law>) sowie eine Verletzung ihres Anspruchs auf rechtliches Gehör und ein faires Verfahren (Art. 29 Abs. 1 und 2 BV).
2.1. Hinsichtlich ihres Anspruchs auf ein unabhängiges und unparteiisches Gericht bringt die Beschwerdeführerin vor, dass der verfahrensleitende Steuerkommissär im Veranlagungsverfahren und im Einspracheentscheid einen Bericht der ASU berücksichtigt habe, der nicht in den Akten enthalten gewesen sei und welcher nicht über sie handle, sondern andere Gesellschaften betreffe. Dadurch habe er einen gravierenden, krassen Verfahrensfehler begangen, welcher den Anschein der Befangenheit beim verantwortlichen Steuerkommissär zu begründen vermöge.
2.2. Gemäss <ref-law> hat jede Person Anspruch darauf, dass ihre Sache von einer oder einem unparteiischen, unvoreingenommenen und unbefangenen Richterin oder Richter ohne Einwirken sachfremder Umstände entschieden wird. Ob diese Garantien verletzt sind, prüft das Bundesgericht frei. Sie werden verletzt, wenn bei objektiver Betrachtung Gegebenheiten vorliegen, die den Anschein der Befangenheit oder die Gefahr der Voreingenommenheit begründen. Voreingenommenheit und Befangenheit werden nach der Rechtsprechung angenommen, wenn Umstände vorliegen, die bei objektiver Betrachtung geeignet sind, Misstrauen in die Unparteilichkeit eines Mitglieds des Spruchkörpers zu erwecken. Solche Umstände können in einem bestimmten Verhalten der betreffenden Person oder in gewissen äusseren Gegebenheiten funktioneller und organisatorischer Natur begründet sein. Nicht verlangt wird, dass die Person tatsächlich voreingenommen ist, sondern es genügt der objektiv gerechtfertigte Anschein (vgl. <ref-ruling> E. 2.2 S. 242; <ref-ruling> E. 2.1 S. 229). Nach ständiger bundesgerichtlicher Rechtsprechung muss der Ablehnungs- oder Ausstandsgrund unverzüglich nach Kenntnisnahme geltend gemacht werden (vgl. <ref-ruling> E. 2.2 i.f. S. 41; <ref-ruling> E. 2.4 S. 244; <ref-ruling> E. 3c S. 253).
Für verwaltungsinterne Verfahren gilt hingegen nicht der gleich strenge Massstab wie gemäss <ref-law> und Art. 6 Ziff. 1 EMRK für unabhängige richterliche Behörden. Hingegen gewährleistet <ref-law> den Anspruch auf gleiche und gerechte Behandlung; das Gebot der Unbefangenheit bildet einen Teilgehalt dieses Grundrechts. Im Interesse einer beförderlichen Rechtspflege sind Ablehnungs- und Ausstandsbegehren gegen nicht richterliche Justizpersonen bzw. gegen Personen, die an einem Verwaltungsentscheid in irgendeiner Form beratend oder instruierend mitwirken, nicht leichthin gutzuheissen. Die für den Anschein der Befangenheit sprechenden Umstände müssen jeweils im Einzelfall unter Berücksichtigung der Funktion und der Organisation der betroffenen Verwaltungsbehörde gewichtet werden (<ref-ruling> E. 5.2; <ref-ruling> E. 5.2 S. 451 f., mit Hinweisen).
Im Weiteren garantiert <ref-law> ebenfalls die ordnungsgemässe Anwendung des Verfahrensrechts. Ist dabei kantonales Verfahrensrecht anwendbar, beschränkt sich die Prüfung durch das Bundesgericht auf Willkür (GEROLD STEINMANN, in: St.Galler Kommentar zur Schweizerischen Bundesverfassung, 3. Aufl. 2014, N. 20 zu <ref-law>). Das Bundesgericht prüft hingegen frei, ob der bundesrechtliche Mindestgehalt verletzt ist (vgl. <ref-ruling> E. 3.1 S. 192).
2.3. Art. 7 Abs. 1 des Gesetzes vom 16. Mai 1965 über die Verwaltungsrechtspflege des Kantons St. Gallen (VRP/SG; sGS 951.1) bestimmt, dass Behördenmitglieder sowie öffentliche Angestellte und amtlich bestellte Sachverständige von sich aus in den Ausstand zu treten haben, wenn sie oder eine ihnen nahestehende Person an der Angelegenheit persönlich beteiligt sind (lit. a), wenn sie Vertreter, Beauftragte, Angestellte oder Organe einer an der Angelegenheit beteiligten Person sind oder in der Sache Auftrag erteilt haben (lit. b) oder wenn sie aus anderen Gründen befangen erscheinen (lit. c). In Konkretisierung von <ref-law> regelt <ref-law> wiederum die Ausstandsgründe für das bundessteuerliche Verfahren in vergleichbarer Weise (vgl. Urteil 2C_298/2020 vom 9. Oktober 2020 E. 2.3).
Fehlerhafte Verfügungen und Verfahrenshandlungen begründen für sich keinen Anschein der Voreingenommenheit. Anders verhält es sich, wenn besonders krasse oder wiederholte Irrtümer vorliegen, die eine schwere Verletzung der Amtspflichten darstellen (<ref-ruling> E. 3.2.3; <ref-ruling> E. 2.3 S. 146).
3.
Die Beschwerdeführerin beantragte erstmals im Verfahren vor der Verwaltungsrekurskommission den Ausstand des fraglichen Steuerkommissärs. Diese trat darauf nicht ein.
3.1. Die Vorinstanz führte dazu aus, die Beschwerdeführerin habe das Ausstandsgesuch verspätet eingereicht, weshalb die Verwaltungsrekurskommission zu Recht nicht darauf eingetreten sei. Aufgrund der Vermerke des kantonalen Steueramtes in der am 14. Juni 2019 zugestellten Berechnung für die Steuerveranlagung 2012 hinsichtlich der WIR-Verluste [WIR Bank Genossenschaft] und im Zusammenhang mit den Abschreibungen auf Fahrzeugen sei schon vor Einspracheerhebung der Beizug eines Berichts der ASU betreffend anderer Gesellschaften im Rahmen der Steuerveranlagung durch den Steuerkommissär ersichtlich gewesen. Folglich hätte die Beschwerdeführerin die Befangenheit des Steuerkommissärs bereits im Einspracheverfahren vorbringen müssen. Die Verwaltungsrekurskommission sei folglich zu Recht nicht auf das Ausstandsgesuch eingetreten und zudem wäre auch bei einem Eintreten ein Ausstandsgrund nicht ersichtlich gewesen.
3.2. Die Beschwerdeführerin bestreitet dies.
3.2.1. In der Steuerveranlagung 2012 sei bloss vermerkt, dass gemäss den Erkenntnissen der ASU bei den Gruppengesellschaften 35% (Fr. 119'411.--) statt den verbuchten 40% (Fr. 136'470.--) WIR-Verlusten geschäftsmässig nicht begründet seien. Aus diesem einzigen Satz sei nicht ersichtlich, welcher ASU-Bericht über welche "Gruppengesellschaften" angeführt worden sei. Ausserdem sei der Satz an sich unverständlich, da auch 35% geschäftsmässig begründet seien. In den Folgejahren 2013 bis 2016 sei dazu nichts mehr ausgeführt und die ganze Sache bleibe undeutlich.
3.2.2. Erst im Einspracheentscheid vom 11. September 2019 werde ausgeführt, "neben der SIAG [die Beschwerdeführerin] existieren noch diverse Schwestergesellschaften, welche sich in gleichen oder damit zusammenhängenden Bereichen betätigen", und würden diese anschliessend namentlich erwähnt (C._ AG in Liquidation, F._ AG in Liquidation, G._ Verlag AG, G._ Media AG, C._ & H._ AG). Auch werde dort erstmals ausgeführt, welche von diesen sogenannten Schwestergesellschaften (C._ AG in Liquidation, F._ AG in Liquidation und G._ AG) betreffend die Steuerperioden 2000-2009 untersucht worden seien.
Damit sei erst im Einspracheverfahren klar ersichtlich geworden, auf welchen Bericht der ASU, betreffend welche Steuerperioden und betreffend welche Gruppengesellschaften sich die Steuerbehörde abgestützt habe. Ebenso sei erst in diesem Zeitpunkt ersichtlich geworden, wie der Steuerkommissär argumentiert habe. Er habe im Einspracheentscheid festgehalten: "Analog der ASU wurden die WIR-Aufwände 2012 und 2015 in den Veranlagungen entsprechend reduziert (...) Die Steuerperiode 2012 befand sich im Ermittlungszeitraum der ASU und vor dem Schlussbericht (...) dass die bei den Schwestergesellschaften festgestellte Methodik hinsichtlich WIR-Handel (...) ".
3.2.3. Zusammenfassend sei es der Beschwerdeführerin nicht zumutbar gewesen, angesichts der unbestimmten, unklaren, ja widersinnigen Äusserungen im Veranlagungsverfahren bereits zu erkennen, wohin der Steuerkommissär gezielt habe, und sie habe folglich noch keine hinreichenden Kenntnis des Ausstandsgrunds gehabt.
Ein Ausstandsbegehren könne aber erst gestellt werden, wenn die dafür notwendigen Indizien vorliegen würden. Es sei der Beschwerdeführerin jedoch bis zum Einspracheentscheid nicht möglich gewesen, vorauszusehen, dass sich dieser trotz der erfüllten Auflage betreffend Auszug WIR-Konto nach wie vor auf einen nicht sie betreffenden Bericht gestützt habe. Ebenso unklar sei gewesen, auf welchen Bericht betreffend welche Firmen sich die Veranlagung gestützt habe. Hinzu komme, dass der fragliche Bericht der ASU gar nicht aktenkundig gewesen sei, so dass sie diesen gar nicht habe prüfen können.
3.3. Vorab war der Beschwerdeführerin bereits im Veranlagungsverfahren klar, dass ein Bericht der ASU in der Begründung erwähnt wird. Die Vorinstanz hat verbindlich festgehalten, dass aufgrund der Vermerke des kantonalen Steueramtes in der am 14. Juni 2019 zugestellten Berechnung für die Steuerveranlagung 2012 hinsichtlich der WIR-Verluste und im Zusammenhang mit Abschreibungen auf Fahrzeugen schon vor der Einspracheerhebung der Beizug eines Berichts der ASU betreffend anderer Gesellschaften im Rahmen der Steuerveranlagung durch den Steuerkommissär ersichtlich war. Die Beschwerdeführerin vermag nicht darzulegen, inwiefern diese Feststellung des Sachverhalts in willkürlicher Weise erfolgt wäre. Folglich war es der Beschwerdeführerin möglich, bereits im Einspracheverfahren ein Ausstandsgesuch gegen den Steuerkommissär zu stellen, wenn sie der Ansicht war, dass der Beizug eines Berichts der ASU, welcher nicht sie selbst betrifft, ein solch grober Verfahrensfehler war, der die Unabhängigkeit des Steuerkommissärs in Frage gestellt hätte. Es war für die Beschwerdeführerin übrigens nicht notwendig, zu wissen, um welchen Bericht der ASU es sich handelt. Sie macht nicht geltend, dass ein Bericht zu ihr besteht, so dass der Beizug irgendeines Berichtes der ASU aus ihrer Sicht einen schweren Verfahrensfehler darstellt.
3.4. Zudem wäre das Ausstandsgesuch auch aus materiellen Gründen abzuweisen gewesen. Die Erwähnung eines Berichts der ASU in der Entscheidbegründung, der sich nicht zur Beschwerdeführerin selbst äussert, stellt keinen solch krassen Verfahrensfehler dar, welcher den Steuerkommissär als befangen erscheinen lässt. Es ist jedoch in E. 4 darauf zurückzukommen, ob der Beschwerdeführerin das rechtliche Gehör zum fraglichen Bericht in korrekter Weise gewährt worden und ob der fragliche Bericht für das vorliegende Verfahren überhaupt relevant ist.
3.5. Im Weiteren bringt die Beschwerdeführerin vor, weder die im Bericht genannten "Schwestergesellschaften" noch sie selbst seien von der Transmedien AG gehalten worden. Vielmehr sei der Kanton St. Gallen Besitzer und Eigentümer der Beschwerdeführerin gewesen. Mit den im September 2010 erfolgten Siegelungen und Sicherstellungen seitens der ASU seien die Inhaberaktien der Beschwerdeführerin beschlagnahmt worden und später an das kantonale Steueramt übertragen worden. Dadurch sei der Kanton St. Gallen aufgrund von Art. 978 i.V.m. <ref-law> Eigentümer der Inhaberaktien geworden.
Es ist nicht ganz klar, welche Auswirkungen auf den Ausgang des Verfahrens dieser Mangel haben sollte. Ebensowenig erschliesst sich, inwiefern die Vorinstanz den Sachverhalt hinsichtlich der Eigentumsverhältnisse an den fraglichen Inhaberaktien offensichtlich falsch festgestellt hätte. Entgegen der Ansicht der Beschwerdeführerin ist durch die amtliche Beschlagnahme ihrer Inhaberaktien nicht etwa der Kanton St. Gallen Eigentümer geworden. Durch eine Beschlagnahme werden die zivilrechtlichen Eigentumsverhältnisse an Vermögenswerten nicht tangiert (<ref-ruling> E. 1.5 S. 260; FELIX BOMMER/PETER GOLDSCHMID, in: Basler Kommentar, Schweizerische Strafprozessordnung, 2. Aufl. 2014, N. 1 zu <ref-law>). Der aufbewahrenden Behörde wurde die Sache anvertraut (WOLFGANG ERNST, in: Basler Kommentar, Zivilgesetzbuch II, 6. Aufl. 2019, N. 21 zu <ref-law>).
Die anschliessende Übergabe der Inhaberaktien durch die ESTV an die kantonale Steuerbehörde zu deren Aufbewahrung ändert an den Eigentumsverhältnissen nichts. Mangels Eigentum des Kantons St. Gallen an den fraglichen Inhaberaktien erübrigt es sich, auf die weiteren Vorwürfe der Beschwerdeführerin betreffend die nicht erfolgte Erteilung der Décharge an ihren Verwaltungsrat einzugehen.
4.
Die Beschwerdeführerin bemängelt einen Verstoss gegen ihren Anspruch auf Akteneinsicht, weil ihr kein Einblick in den Bericht der ASU betreffend die Steuerperioden 2000-2009 gewährt worden sei. Werde einem Steuerpflichtigen die Einsichtnahme in ein Aktenstück verwehrt, so dürfe zu seinem Nachteil nur darauf abgestellt werden, wenn ihm für die Sache wesentlicher Inhalt mitgeteilt worden sei.
4.1. Der Anspruch auf rechtliches Gehör umfasst als Mitwirkungsrecht all jene Befugnisse, die einem Betroffenen einzuräumen sind, damit er seinen Standpunkt wirksam zur Geltung bringen kann (<ref-ruling> E. 5.1 S. 293). Daraus folgt das Recht auf Einsicht in die Akten (<ref-ruling> E. 3.1 S. 494), sich vor Erlass eines in seine Rechtsstellung eingreifenden Entscheids zur Sache zu äussern sowie der Anspruch auf Abnahme der rechtzeitig und formrichtig angebotenen rechtserheblichen Beweismittel (<ref-ruling> E. 3.4 S. 102 f. mit Hinweisen). Das Akteneinsichtsrecht bezieht sich auf sämtliche Akten eines Verfahrens, die für dieses erstellt oder beigezogen wurden, ohne dass ein besonderes Interesse geltend gemacht werden müsste und unabhängig davon, ob aus Sicht der Behörde die fraglichen Akten für den Ausgang des Verfahrens bedeutsam sind (<ref-ruling> E. 3.1.1 S. 427 mit Hinweisen).
4.2. Vorab verschafft das Recht auf Akteneinsicht keinen Zugriff auf Akten anderer Behörden, solange die entscheidende Behörde sie nicht - von Amtes wegen oder auf Antrag einer Partei - beizieht (Urteil 2C_520/2020 vom 18. November 2020 E. 2.2.4 mit Hinweisen). Die eidgenössiche Steuerverwaltung ist am vorliegenden Verfahren zwar beteiligt, aber nicht entscheidende Behörde, so dass unter diesem Blickwinkel kein Anspruch auf Akteneinsicht in den Bericht der ASU besteht.
Das Einsichtsrecht erstreckt sich grundsätzlich auf alle Akten, die geeignet sind, Grundlage für die spätere Entscheidung zu bilden, d.h. entscheidrelevant sind oder sein könnten (Urteil 2C_63/2011 vom 20. November 2011 E. 3.2.4; WALDMANN/OESCHGER, in: Praxiskommentar Verwaltungsverfahrensgesetz, 2. Aufl. 2016, N. 60 zu <ref-law>). Davon sind jedoch Akten, welche nicht bestehen oder nicht in das Verfahren beigezogen wurden, nicht umfasst. Die Behörde ist nur verpflichtet, alles in den Akten festzuhalten, was zur Sache gehört (<ref-ruling> E. 8.1.2 S. 223; <ref-ruling> E. 3b S. 376). Wie die Beschwerdeführerin selbst ausführt, betraf der fragliche Bericht nicht sie selbst, sondern "Schwestergesellschaften" in einem anderen Verfahren betreffend frühere Steuerperioden (2000-2009). Es bestand kein Anlass, diese Dokumente in das vorliegende Verfahren aufzunehmen.
Hätte die Beschwerdeführerin gewisse Umstände mithilfe dieser Dokumente belegen wollen, wäre es ihr während des Verfahrens offengestanden, die fraglichen Akten zusätzlich edieren zu lassen bzw. die entsprechende Edition zu beantragen (Urteil 2C_520/2020 vom 18. November 2020 E. 2.2.4 in fine mit Hinweisen).
4.3. Die Vorinstanz wies wiederum darauf hin, dass weder das kantonale Steueramt noch die Verwaltungsrekurskommission den ASU-Bericht in ihren Entscheiden zur Begründung der im vorliegenden Verfahren streitigen Punkten verwendet habe. Es handle sich somit nicht um ein wesentliches Beweismittel und habe folglich nicht der Akteneinsicht unterlegen. Hinsichtlich der streitigen Punkte sei der Gehörsanspruch rechtsgenüglich gewahrt worden.
4.3.1. Die Beschwerdeführerin bringt vor, dass sich ihre Einsprache vom 12. Juli 2019 auch ausdrücklich auf die WIR-Verluste der Steuerjahre 2012 und 2015 bezogen habe. Es sei zwar richtig, dass im anschliessenden Rekurs an die Verwaltungsrekurskommission die Aufrechnung der WIR-Verluste nicht mehr strittig gewesen seien. Indessen habe der Bericht der ASU aber immer noch Punkte betroffen, welche sie in ihrem Rekurs betreffend das Steuerjahr 2013 gerügt habe. So sei im Einspracheentscheid die Abweichung gegenüber der Selbstdeklaration mit der Begründung aufgerechnet worden: "Abschreibung Fahrzeug: WIR Kauf 2012 analog den anderen ASU-Fällen...". Zudem habe die Einsprachebehörde im Rekursverfahren in ihrer Vernehmlassung zu den Positionen Fahrzeugaufwand 2012 und 2013 nochmals mit folgenden Worten auf die Hausdurchsuchung der ASU im September 2010 verwiesen: "Die Hausdurchsuchung der ASU im September 2010 zeigte, dass die Büroräume...".
Die Vorinstanz habe folglich aktenwidrig und in willkürlicher Weise festgestellt, dass der Bericht der ASU nicht zur Begründung der strittigen Punkte in den angefochtenen Entscheiden gedient hätte. Im Übrigen sei das Akteneinsichtsrecht auch zu gewähren, wenn die Ausübung den Entscheid gar nicht beeinflusse. Ob die Akten relevant seien oder nicht, müsse dem Betroffenen selbst überlassen sein.
4.3.2. Das trifft zwar grundsätzlich zu (vorne E. 4.1), aber der fragliche Bericht der ASU fand sich, wie soeben erwähnt, gar nicht im Verfahren. Darüber hinaus erschliesst sich die Relevanz der Ausführungen der Beschwerdeführerin nur schwerlich. Sie möchte damit wohl zum Ausdruck bringen, dass zumindest im Verfahren vor der Verwaltungsrekurskommission der Bericht der ASU noch massgebend gewesen sei. Ob dies zutrifft, ist für den Ausgang des Verfahrens allerdings nicht von Bedeutung (vgl. E. 1.3). Wie die Vorinstanz verbindlich festgehalten hat, waren die im Einspracheentscheid unter Nennung des Berichts der ASU thematisierte Reduktion der WIR-Aufwände weder bei ihr (noch im vorangegangenen Rekursverfahren) angefochten worden. Die Ausführungen der Beschwerdeführerin vermögen nicht aufzuzeigen, inwiefern diese Feststellung offensichtlich unrichtig wäre.
Folglich liegt auch keine Verletzung des Akteneinsichtsrechts vor, weil sich dieses nur auf strittige Punkte bezieht, die im Bericht der ASU genannten Aspekte aber spätestens im Verfahren vor der Vorinstanz gar nicht mehr Streitgegenstand gewesen sind (vgl. <ref-ruling> E. 3c S. 51). Somit ist auch offensichtlich, dass sich der angefochtene Entscheid nicht auf ein Aktenstück abstützt, in welches der Beschwerdeführerin keine Einsicht gewährt worden ist. Ob es sich beim Einspracheentscheid auch so verhielt, oder sich dieser zu Unrecht auf den Bericht der ASU betreffend WIR-Aufwände abgestützt hat, ist hingegen nicht Gegenstand des vorliegenden Verfahrens.
Betreffend der vor der Vorinstanz materiell noch streitigen Punkten macht die Beschwerdeführerin keine Verletzung ihres rechtlichen Gehörs geltend. Ebensowenig macht sie geltend, die Vorinstanz habe mangels Berücksichtigung des Berichts der ASU ihren Entscheid in Verletzung von <ref-law> mangelhaft begründet (vgl. für die Anforderungen dazu <ref-ruling> E. 5.2 S. 236).
4.4. Insgesamt ist der Anspruch der Beschwerdeführerin auf rechtliches Gehör im vorliegenden Verfahren nicht verletzt worden.
5.
Die Beschwerde erweist sich als unbegründet und ist abzuweisen. Die unterliegende Beschwerdeführerin trägt die Gerichtskosten (<ref-law>). Dem obsiegenden Kanton St. Gallen ist keine Parteientschädigung zuzusprechen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde betreffend die direkte Bundessteuer, Steuerperioden 2012-2016, wird abgewiesen.
2.
Die Beschwerde betreffend die Staats- und Gemeindesteuern des Kantons St. Gallen, Steuerperioden 2012-2016 wird abgewiesen.
3.
Die Gerichtskosten von Fr. 7'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
4.
Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten, dem Verwaltungsgericht des Kantons St. Gallen, Abteilung III, und der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 29. April 2021
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Seiler
Der Gerichtsschreiber: Mösching