Faits :
A.
Par contrat de bail à ferme du 20 juillet 1987, A._ a cédé à Z._ (ci-après: le fermier ou le vigneron) l'usage de plusieurs parcelles viticoles sur la commune de U._, représentant une surface de 224,69 ares. La cession de l'usage était prévue pour une durée de 25 ans (entre le 1 er janvier 1988 et le 31 décembre 2013). Si les parties ne reprenaient pas contact au moins trois ans avant cette échéance pour renouveler le contrat, celui-ci serait reconduit tacitement de neuf ans en neuf ans, avec un délai de résiliation de douze mois.
En 2003, J._, qui était alors l'épouse du fermier, est devenue propriétaire des parcelles viticoles nos...,...,...,...,... et... qui appartenaient à A._ et dont le fermier avait l'usage (cf. arrêt 4A_302/2016 du 16 novembre 2016 let. A.a).
A partir de mai 2003, le domaine viticole a été exploité par les époux sous la forme d'une société simple et ils ont été considérés comme un seul exploitant (cf. arrêt 4A_302/2016 déjà cité let. A.a).
Le divorce des époux a été prononcé le 10 décembre 2009 et il est devenu exécutoire le 11 janvier 2011. Il ne ressort pas des constatations cantonales que les ex-époux auraient liquidé la société simple.
La faillite de l'ex-épouse ayant été requise, un sursis concordataire lui a été accordé. Il a été prolongé à plusieurs reprises, puis révoqué le 13 décembre 2012 et l'ex-époux a continué, à la demande de l'Office des poursuites du district d'Aigle, à assurer l'exploitation des parcelles appartenant à l'ex-épouse (arrêt 4A_302/2016 déjà cité let. A.b).
La faillite de l'ex-épouse a finalement été prononcée le 28 février 2013 (arrêt 4A_302/2016 déjà cité let. A.b).
Le 20 mars 2013, l'administration de la masse en faillite de l'ex-épouse et le vigneron ont signé une convention qui prévoyait notamment ce qui suit:
" 1) En signant la présente convention, M. Z._ s'engage à maintenir la propriété, comprenant la vigne et les bâtiments, dans l'état actuel (...). En contrepartie, l'administration de la masse en faillite ne lui réclamera pas d'indemnité pour occupation et il pourra bénéficier de la récolte suite au travail qu'il aura fourni.
2) Les subsides et autres prestations versées par V._ seront laissés à la disposition de M. Z._ et ce depuis l'ouverture de la faillite.
(...)
5) M. Z._ s'engage à quitter les lieux à la période correspondant à la fin de la récolte 2013, mais au plus tard le 15 janvier 2014. A aucun moment, il ne pourra se prévaloir d'un bail à loyer ou à ferme quelconque.
M. Z._ s'engage également à rester à disposition de l'administration de la masse en faillite pour tout renseignement supplémentaire ".
Par divers avis successifs des 18 janvier 2010, 11 février et 25 mars 2013, l'Office des poursuites du district d'Aigle, respectivement l'Office des faillites de l'arrondissement de l'Est vaudois, ont demandé au vigneron de s'acquitter de " loyers (fermages) ".
Le 27 janvier 2014, l'Office des faillites a établi un procès-verbal de vente immobilière aux enchères dans la faillite de l'ex-épouse qui indiquait que les immeubles étaient " libres de bail ", mais occupés par le vigneron.
Le 20 février 2014, le vigneron a informé l'Office des faillites qu'il n'avait pas pu bénéficier des subsides et des autres prestations versés par V._, contrairement à l'assurance qui lui avait été donnée, et qu'il ne se considérait dès lors plus lié par les termes de la convention du 20 mars 2013. Il estimait être au bénéfice d'un bail à ferme sur les parcelles viticoles.
Le 21 février 2014, l'Office des faillites a notamment indiqué que l'administration de la faillite n'avait pas signé un bail à ferme.
Le 6 mars 2014, la vente aux enchères des parcelles a eu lieu et la Banque X._ (ci-après: la banque) l'a remportée avec une offre de 750'000 fr.
Le 11 avril 2014, la banque a informé le vigneron qu'elle avait acquis les parcelles libres de bail et qu'elle contestait son statut de fermier. Elle a exigé qu'il libère les immeubles le 31 mai 2014 au plus tard.
Les parties ont maintenu leurs positions respectives par plusieurs échanges de courriers ultérieurs.
Les paiements directs ont été attribués au vigneron pour l'année 2013. Les ex-époux ayant signé antérieurement (soit le 23 octobre 2003) une cession de créances en faveur de l'Etat de Vaud, ils ont toutefois été versés à celui-ci (cf. arrêt entrepris p. 5 et arrêt 4A_302/2016).
Dans un courrier du 1 er octobre 2014, l'Office des faillites a confirmé à la banque que la convention du 20 mars 2013 n'avait pas été formellement invalidée, que le vigneron n'avait jamais ouvert action pour en obtenir l'invalidation et qu'il ne disposait donc d'aucun jugement en ce sens.
B.
Après l'échec de la conciliation, la banque a déposé sa demande contre le vigneron le 13 août 2015, concluant à ce qu'il soit ordonné au défendeur de libérer et de rendre libres de toutes personnes et de tous biens les parcelles dont elle est propriétaire, à lui en remettre la possession et à lui délivrer les clés. A défaut, elle a requis qu'il y soit contraint par la force, notamment par des mesures de contrainte telle que l'expulsion.
Par jugement du 23 septembre 2016, la Chambre patrimoniale cantonale a rejeté la demande de la banque.
Par arrêt du 10 février 2017, la Cour d'appel civile du Tribunal cantonal vaudois a rejeté l'appel de la demanderesse et confirmé le jugement entrepris. En substance, elle a retenu que le défendeur avait conclu un bail à ferme, que ni l'ancien propriétaire ni le nouveau (son ex-épouse) n'avaient discuté la reconduction du contrat avant le 31 décembre 2010 et que celui-ci avait donc été reconduit tacitement pour une durée de neuf ans (soit jusqu'au 31 décembre 2022). Selon la cour cantonale, la convention du 20 mars 2013 tendrait ainsi à raccourcir la durée des rapports contractuels à une durée inférieure aux six ans prévus par l'art. 8 al. 1 de la loi fédérale du 4 octobre 1985 sur le bail à ferme agricole (LBFA; RS 221.213.2) et une autorisation préalable aurait dû être accordée par l'autorité cantonale. Faute d'autorisation, les engagements pris dans la convention du 20 mars 2013 seraient nuls et le bail à ferme toujours valable.
C.
La demanderesse exerce un recours en matière civile au Tribunal fédéral contre l'arrêt cantonal. Elle conclut, principalement, à sa réforme en ce sens que sa demande du 13 août 2015 soit admise, qu'ordre soit donné au défendeur de libérer immédiatement et de rendre libres de toutes personnes et de tous biens, ainsi que de tous occupants, les parcelles litigieuses dont elle est propriétaire et de lui en remettre la possession, notamment les clés et, à défaut d'un départ volontaire, d'y contraindre le défendeur par la force. Subsidiairement, la recourante conclut à l'annulation de l'arrêt entrepris.
L'intimé conclut au rejet du recours.
La requête d'effet suspensif présentée par la recourante a été admise par ordonnance présidentielle du 7 septembre 2018.

Considérant en droit :
1.
1.1. Le recours en matière civile a été interjeté en temps utile (art. 100 al. 1 et 46 al. 1 let. b déposé sa demande LTF) par la demanderesse qui a succombé dans ses conclusions (<ref-law>) et il est dirigé contre un arrêt final (<ref-law>) rendu par un tribunal supérieur statuant sur recours (<ref-law>).
Par sa décision, la Cour d'appel civile a confirmé le jugement de la Chambre patrimoniale cantonale ayant tranché l'action en revendication des biens immobiliers (<ref-law> en lien avec l'art. 655 al. 1 et 2 ch. 1 CC) ouverte par la demanderesse. Le litige porte donc sur une contestation de nature pécuniaire et la valeur-seuil de 30'000 fr. (<ref-law>; cf. arrêt 4A_18/2011 du 5 avril 2011 consid. 1.1) est atteinte.
1.2. Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>). Il ne peut s'en écarter que si ces faits ont été établis de façon manifestement inexacte - ce qui correspond à la notion d'arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (<ref-ruling> consid. 4.1.2; <ref-ruling> consid. 5.1) - ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> (<ref-law>), et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (<ref-law>).
La critique de l'état de fait retenu est soumise au principe strict de l'allégation énoncé par l'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 2.3 p. 266 et les références). La partie qui entend attaquer les faits constatés par l'autorité précédente doit expliquer clairement et de manière circonstanciée en quoi ces conditions seraient réalisées (<ref-ruling> consid. 1.3.1 p. 18 et les références). Si la critique ne satisfait pas à ces exigences, les allégations relatives à un état de fait qui s'écarterait de celui de la décision attaquée ne pourront pas être prises en considération (<ref-ruling> consid. 1.3.1 p. 18). Les critiques de nature appellatoire sont irrecevables (<ref-ruling> consid. 1.3 p. 261 s.).
En l'occurrence, la recourante produit trois décisions qui contiennent, selon elle, des faits notoires qu'il s'agit de prendre en compte en l'espèce, ce que l'intimé conteste. Il n'y a pas lieu de revenir sur chacun de ces jugements, puisque l'un d'eux, l'arrêt du Tribunal fédéral (4A_302/2016 du 16 novembre 2016) impliquant directement l'intimé, permet de compléter l'état de fait et de trancher le litige. Les informations contenues dans ce précédent, visant la situation des ex-époux entre 1987 et 2014 sont en effet connues des juges de la Cour de céans et peuvent être prises en compte en tant que faits notoires.
1.3. Saisi d'un recours en matière civile, le Tribunal fédéral applique le droit d'office (<ref-law>). Il n'est toutefois lié ni par les motifs invoqués par les parties, ni par l'argumentation juridique retenue par l'autorité cantonale; il peut donc admettre le recours pour d'autres motifs que ceux invoqués par le recourant, comme il peut le rejeter en opérant une substitution de motifs (<ref-ruling> consid. 1.4 et l'arrêt cité).
2.
2.1. Le raisonnement de la cour cantonale peut être résumé comme suit: les parties au contrat de bail à ferme n'ayant pas repris contact avant le 31 décembre 2010 (soit trois ans avant le 31 décembre 2013), le bail devait, selon l'<ref-law>, être reconduit sans changement au moins pour les six années suivantes (soit jusqu'au 31 décembre 2019). La convention du 20 mars 2013 aurait donc pour effet de raccourcir la durée des rapports contractuels à une durée inférieure aux six ans prévus par cette disposition légale impérative et une approbation de l'autorité cantonale aurait dû être requise (<ref-law>). Faute d'autorisation, les engagements pris dans la convention du 20 mars 2013 seraient nuls, le contrat de bail à ferme lierait toujours les parties et le défendeur serait ainsi toujours légitimé à faire usage des parcelles litigieuses.
2.2. En tranchant la question litigieuse exclusivement en fonction des règles impératives contenues dans la LBFA, la cour cantonale ne s'est pas préoccupée des effets de la vente aux enchères forcées sur l'acquisition des parcelles viticoles, alors que les conditions d'enchères mentionnaient expressément que celles-ci étaient libres de tout bail, qu'elles étaient occupées par le vigneron et que son expulsion pourrait intervenir dès le jour de la vente.
La question des effets de la vente aux enchères dans une telle constellation peut toutefois demeurer ouverte, dès lors que le recours de la banque doit de toute façon être admis pour les motifs qui suivent.
3.
Selon la recourante, c'est à tort que la cour cantonale a retenu que la convention du 20 mars 2013 reflétait la volonté des parties contractantes (administration de la faillite et défendeur) de reconduire le contrat de bail à ferme. Celles-ci ayant en réalité l'intention d'y mettre un terme, voire de confirmer qu'elles y avaient déjà mis un terme, cet accord ne serait pas soumis à l'autorisation préalable de l'<ref-law>, les parties ne seraient plus liées par un bail, le défendeur occuperait sans droit les parcelles litigieuses et il devrait en être expulsé.
3.1. A la lecture de l'état de fait dressé par l'autorité précédente (complété par d'autres faits déjà connus par la Cour de céans), on ne peut sans autre, comme le fait la cour cantonale, partir du principe que les propriétaires des parcelles (A._ puis, depuis 2003, l'ex-épouse) et le défendeur ont toujours été liés par un contrat de bail à ferme depuis 1987. Cela reviendrait à ignorer que, depuis mai 2003, les ex-époux ont formé une société simple (contrat multilatéral) dans le but (commun) d'exploiter les parcelles viticoles. Dans ce cadre juridique, les associés (ex-époux) ont mis en commun leurs prestations (cf. art. 530 al. 1 et 531 al. 1 CO) et on voit difficilement comment la relation de bail (contrat synallagmatique), qui présuppose nécessairement des prestations dans un rapport d'échanges, aurait pu perdurer. Le contrat de société a continué à régir les relations entre les ex-époux puisque, selon les constatations cantonales, leur divorce n'a pas mis fin au contrat de société, le risque économique de l'exploitation étant toujours assumé en commun par les ex-conjoints. Il résulte d'ailleurs de la convention du 20 mars 2013, conclue entre le défendeur et l'administration de la faillite, que le bail à ferme avait déjà pris fin au moment où la convention a été conclue, puisque celle-ci fait état " d'indemnité pour occupation " (et non de fermage qui serait dû dans le cadre d'un bail), indique que le défendeur ne pourra " à aucun moment " " se prévaloir d'un bail à loyer ou à ferme quelconque " et précise qu'il exerce pour l'administration de la faillite une activité de " vigneron-tâcheron " (et non de fermier).
Cela étant, si l'on tient compte des contrats qui se sont succédés dans les relations entre les ex-époux, on ne voit pas comment le défendeur pourrait encore se prévaloir d'un bail à ferme et prétendre que la convention du 20 mars 2013 était soumise à l'autorisation préalable prévue à l'<ref-law>.
3.2. Il résulte toutefois des constatations cantonales que, les 18 janvier 2010, 11 février et 25 mars 2013, l'Office des faillites a interpellé le défendeur pour qu'il s'acquitte de " loyers (fermages) " en raison de l'exploitation des parcelles litigieuses. L'autorité cantonale se borne à opérer ce constat, sans fournir les explications - pourtant nécessaires - qui permettraient de comprendre pourquoi des loyers (ou des fermages) ont été réclamés durant cette période, alors même que la société simple régissait toujours les relations des ex-époux.
Il n'est toutefois pas nécessaire de renvoyer la cause à l'autorité cantonale pour obtenir des éclaircissements à cet égard. En effet, même si l'on admettait (par hypothèse) que le bail à ferme aurait perduré - ou que, après le divorce des époux ou la faillite de l'ex-épouse, les relations contractuelles auraient à nouveau été soumises au bail à ferme - et que celui-ci aurait été reconduit tacitement à la fin de l'échéance fixée au 31 décembre 2013, la convention du 20 mars 2013 aurait quoi qu'il en soit, comme on va le voir, mis valablement un terme à la relation contractuelle.
3.2.1. Les art. 7 et 8 LBFA réglementent la durée du bail à ferme agricole et fixent des durées minimales. Lorsque les parties prévoient contractuellement des durées plus courtes que celles exigées par la loi, une autorisation de l'autorité cantonale est requise, tant pour la durée initiale du bail que pour sa reconduction. Si aucune autorisation n'est donnée par l'autorité, les durées légales s'imposent aux parties (entre autres auteurs, cf. BRIGITTE STÄMPFLI CHEVALLEY, Le régime des autorisations et des oppositions dans la loi fédérale sur le bail à ferme agricole, 1991, p. 107).
Les parties restent par contre libres de décider, d'un commun accord, de mettre fin prématurément à leurs obligations, puisque la cessation du contrat n'est pas soumise à l'approbation de l'autorité cantonale et que la volonté des parties reste déterminante (liberté contractuelle); le fermier ne peut toutefois renoncer par avance aux droits qui lui sont conférés (<ref-law>; S TÄMPFLI CHEVALLEY, op. cit., p. 108 et les auteurs cités; CLAUDE PAQUIER-BOINAY, Le contrat de bail à ferme agricole: conclusion et droit de préaffermage, 1991, p. 206).
3.2.2. Contrairement à ce que pense la cour cantonale, la convention du 20 mars 2013 passée entre le défendeur et l'administration de la faillite ne contient aucun élément se rapportant à la reconduction du bail. Au contraire, les termes utilisés (" il ne pourra se prévaloir d'un bail à loyer ou un bail à ferme quelconque "; " (...) s'engage à quitter les lieux à la période correspondant à la fin de récolte 2013, mais au plus tard le 15 janvier 2014 ") montrent que cet accord confirme la fin des rapports contractuels entre le propriétaire des parcelles et le défendeur (en tant que " vigneron-tâcheron " mandaté par l'office des faillites), celui-ci s'engageant à quitter les lieux à une date déterminée. Partant, la convention présente les caractéristiques d'un contrat résolutoire.
Comme il ne s'agit pas d'une reconduction, l'<ref-law> ne trouve pas application.
Les parties ont librement décidé, d'un commun accord, de mettre fin à leurs obligations, étant précisé que le fermier n'a pas renoncé par avance aux droits qui lui sont conférés à l'<ref-law>. Cela étant, au plus tard depuis le 15 janvier 2014, le défendeur ne dispose plus d'aucun titre ou justification pour occuper les parcelles litigieuses.
3.3. Les arguments soulevés par l'intimé sont impropres à remettre en question cette conclusion.
Dans la procédure cantonale, le défendeur a rappelé qu'il avait tenté, par courrier du 20 février 2014 adressé à l'Office des faillites, de faire invalider la convention du 20 mars 2013. Il n'y revient pas dans la procédure fédérale, de sorte qu'il n'y a pas lieu de s'y attarder.
L'intimé observe que l'Office des faillites l'a à plusieurs reprises enjoint de s'acquitter de " loyers (fermages) " en raison de l'exploitation des parcelles litigieuses et que ce seul fait contredit la thèse soutenue par la recourante (réponse p. 8). Concrètement, les interpellations de l'Office des faillites datent des 18 janvier 2010, 11 février et 25 mars 2013. Les deux premiers courriers ne sont pas déterminants, puisqu'ils datent d'avant la signature de la convention du 20 mars 2013. Quant à la dernière interpellation, postérieure à la conclusion de la convention, elle avait pour objet le paiement d'un solde dû sur le loyer d'octobre 2011, ainsi que sur des loyers de novembre 2011 à janvier 2012 (cf. jugement de première instance p. 3), soit également des périodes antérieures à la conclusion de l'accord du 20 mars 2013. L'argument se révèle sans consistance.
Selon l'intimé, la recourante soutiendrait que la convention du 20 mars 2013 serait un " accord conventionnel relatif à la fin d'une relation contractuelle relevant du contrat de travail " (cf. réponse p. 7). Il estime que cette thèse n'a jamais été soutenue en procédure, qu'elle n'a fait l'objet d'aucune allégation, qu'il n'a jamais été question de contrat de travail, et qu'il n'existait aucun rapport de subordination entre lui et la masse en faillite. L'intimé se méprend lorsque, pour établir l'existence d'un contrat de bail à ferme, il estime qu'il suffit de démontrer que la relation contractuelle qui le liait à l'administration de la faillite n'était pas un contrat de travail. D'une part, il semble que la relation nouée entre les parties à la convention soit plus proche d'un contrat de gérance que d'un contrat de travail. D'autre part, on ne voit pas en quoi le simple fait d'exclure l'existence d'un contrat de travail permettrait de démontrer que la relation de bail aurait perduré: indépendamment de la qualification de la convention du 20 mars 2013, il demeure que la teneur de celle-ci confirme la fin de toute relation contractuelle entre le défendeur et l'administration de la faillite. L'argument tombe dès lors à faux.
Enfin, plusieurs arguments soulevés par l'intimé reposent sur la prémisse - erronée - que les règles de la LBFA seraient applicables en l'espèce (cf. réponse p. 8). Il n'y a donc pas lieu de s'y attarder.
4.
Il résulte des considérations qui précèdent que le recours en matière civile doit être admis et l'arrêt attaqué réformé en ce sens que l'intimé est condamné à évacuer immédiatement de sa personne, de ses biens et de tous tiers, les parcelles n os...,...,...,...,... et... de la commune de U._, dont la recourante est propriétaire, et d'en remettre à celle-ci notamment les clés.
La cause est renvoyée à la cour précédente pour qu'elle ordonne les mesures d'exécution nécessaires et qu'elle statue sur les frais et dépens de la procédure cantonale.
Les frais et les dépens de la procédure fédérale doivent être mis à la charge de l'intimé, qui succombe (art. 66 al. 1 et 68 al. 1 et 2 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est admis et l'arrêt attaqué réformé en ce sens que l'intimé est condamné à évacuer immédiatement de sa personne, de ses biens et de tous tiers, les parcelles nos...,...,...,...,... et... de la commune de U._, dont la recourante est propriétaire, et d'en remettre à celle-ci notamment les clés.
2.
La cause est renvoyée à l'autorité précédente pour qu'elle prenne les mesures d'exécution nécessaires et statue à nouveau sur les frais et dépens de la procédure cantonale.
3.
Les frais judiciaires, arrêtés à 5'000 fr., sont mis à la charge de l'intimé.
4.
L'intimé versera à la recourante une indemnité de 6'000 fr. à titre de dépens.
5.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et au Tribunal cantonal du canton de Vaud, Cour d'appel civile.
Lausanne, le 26 mars 2018
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente : Kiss
Le Greffier : Piaget