Fatti:
A.
A._ è proprietario di un fondo situato nei pressi del valico doganale di Ponte Faloppia, nel Comune di Novazzano. Sulla particella sorge un edificio adibito ad abitazione e officina per la riparazione e il commercio di autovetture, oltre a un fabbricato utilizzato a tali scopi e deposito. Nei dintorni si trovano diversi stabilimenti industriali, commerciali e per la logistica; a nord vi sono alcune abitazioni.
B.
il 15 aprile 2013 il proprietario ha chiesto al Municipio la licenza edilizia per il cambiamento di destinazione dell'edificio in un nuovo locale erotico e abitativo, mediante la realizzazione di undici camere per l'esercizio della prostituzione, tra cui un bilocale destinato anche all'abitazione per una delle conduttrici. Sono inoltre previsti tredici posteggi. Al progetto si è opposta, tra altri vicini, B._ SA, adducendo l'incompatibilità della nuova destinazione con le funzioni della zona a causa delle previste immissioni materiali e immateriali. L'Ufficio delle domande di costruzione ha chiesto, tra l'altro, l'allestimento di uno studio fonico. I Servizi generali del Dipartimento del territorio hanno preavvisato favorevolmente il progetto, subordinandolo a determinate condizioni. La Sezione della mobilità ha autorizzato otto posteggi. Anche l'Ufficio prevenzione dei rumori ha imposto alcune condizioni.
C.
Il 21 ottobre 2014 il Municipio ha negato la licenza edilizia. Con decisione del 15 marzo 2016 il Consiglio di Stato ha parzialmente accolto un ricorso del proprietario e, rettificato il numero di posteggi e imposto un divieto d'uso abitativo del bilocale, ha rinviato gli atti al Municipio, affinché rilasci a determinate condizioni la richiesta licenza. Adito dal Comune e da B._ SA, con giudizio del 29 maggio 2018, il Tribunale cantonale amministrativo ne ha respinto i ricorsi.
D.
Avverso questa sentenza il Comune di Novazzano presenta un ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale. Chiede di annullarla e di riformare la decisione governativa nel senso di confermare il diniego della licenza edilizia.
Non è stato ordinato uno scambio di scritti, ma è stato richiamato l'incarto cantonale.

Diritto:
1.
1.1. Il Tribunale federale vaglia d'ufficio se e in che misura un ricorso può essere esaminato nel merito (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 1).
1.2. Presentato tempestivamente contro una decisione finale dell'ultima istanza cantonale, che conferma l'obbligo di rilascio di una licenza edilizia, il ricorso in materia di diritto pubblico è di massima ammissibile sotto il profilo degli art. 82 lett. a, art. 86 cpv. 1 lett. d e <ref-law>. Certo, la decisione impugnata conferma quella governativa di rinvio, che costituisce una decisione incidentale. Quest'ultima non lascia tuttavia alcun margine di apprezzamento al Comune e va quindi trattata come una decisione finale (<ref-ruling> consid. 1.1 pag. 360, 14 consid. 1.1 pag. 20), poiché lo obbliga a rilasciare, contro la sua volontà, una licenza edilizia che non potrebbe poi più impugnare (<ref-ruling> consid. 1.2 pag. 28; <ref-ruling> consid. 1.2 pag. 332, 255 consid. 1.1 pag. 257).
1.3. Riguardo alla legittimazione a ricorrere, che qualora non sia evidente di primo acchito, dev'essere di massima dimostrata dal ricorrente (art. 42 cpv. 1 e 2 LTF; <ref-ruling> consid. 3.1 pag. 397; <ref-ruling> consid. 403 pag. 404), il Comune si limita a rilevare d'aver partecipato al procedimento dinanzi all'autorità inferiore (<ref-law>). Come si vedrà, ciò non è decisivo. Il ricorrente disattende infatti che secondo l'art. 89 cpv. 2 lett. c LTF, norma che non invoca, i Comuni sono legittimati a ricorrere soltanto se fanno valere la violazione di garanzie loro conferite dalla Costituzione cantonale o da quella federale. È questo il caso per la garanzia della loro autonomia, sancita dagli <ref-law> e 16 cpv. 2 Cost./TI.
1.3.1. Il Comune fruisce di autonomia tutelabile in quelle materie che la legislazione cantonale non regola esaurientemente, ma lascia completamente o in parte al relativo ordinamento comunale, conferendogli una notevole libertà di decisione (<ref-ruling> consid. 7.2 pag. 133 seg.; <ref-ruling> consid. 2 pag. 180). In particolare, il Comune ticinese beneficia in linea di principio nel campo edilizio e della pianificazione del territorio di un ampio margine di decisione e di apprezzamento, che la giurisprudenza fa rientrare nell'autonomia tutelabile (<ref-ruling> consid. 3.5 e rinvii; <ref-ruling> consid. 2). Così esso dispone di autonomia nell'allestimento del proprio piano regolatore, nell'adozione delle relative norme di attuazione e nella loro applicazione (<ref-ruling> consid. 2.3.2 pag. 278; sentenza 1C_257/2017 dell'8 novembre 2017 consid. 1.2 e 2, e consid. 3 riguardo all'autonomia comunale in tale ambito, con particolare riferimento all'insediamento di un postribolo, in: RtiD I-2018 n. 10 pag. 38). Nella fattispecie il Comune ricorrente sarebbe toccato nella sua veste di detentore del pubblico potere quale ente che applica la normativa comunale e cantonale in materia edilizia e pianificatoria e in tale ambito sarebbe legittimato a censurare un'asserita violazione della sua autonomia (DTF <ref-ruling> consid. 2 pag. 180). Sapere se in altre materie esso disponga di autonomia e se questa sia stata disattesa è questione di merito, non di ammissibilità (<ref-ruling> consid. 1.2).
1.3.2. Ora il Comune ricorrente, patrocinato da un legale, non fonda il ricorso sulla sua autonomia, garanzia né menzionata né richiamata nel gravame e neppure sulla violazione di norme edilizie o pianificatorie. Fa unicamente valere un accertamento manifestamente inesatto, rispettivamente arbitrario dei fatti riguardo alla determinazione dell'entità delle immissioni foniche, che deriverebbero dal contestato cambiamento di destinazione, criticando gli accertamenti posti a fondamento dello studio fonico, nonché le valutazioni della Corte cantonale, adducendo solo un'asserita lesione del diritto federale, segnatamente dell'art. 1 cpv. 2 della legge federale sulla protezione dell'ambiente del 7 ottobre 1983 (LPAmb; RS 814.01) e degli art. 2, 7 e 9 dell'ordinanza contro l'inquinamento fonico del 15 dicembre 1986 (RS 814.41). Neppure tenta di dimostrare quale autonomia avrebbe in tale ambito, né adduce che la LPAmb conferirebbe ai Comuni un diritto particolare a ricorrere (cfr. art. 54 e 55 LPAmb; DTF <ref-ruling> consid. 2.4.2 pag. 407; <ref-ruling> consid. 1.4 e 1.5 pag. 230 seg.).
Certo, esso rileva, peraltro in maniera del tutto generica, che il suo interesse all'annullamento della decisione impugnata consisterebbe nel far rispettare la LPAmb riguardo alla protezione dalle immissioni foniche, a tutela della popolazione e delle attività presenti sul suo territorio, adducendo che dinanzi al Tribunale federale rappresenterebbe la collettività. Osservato che nulla impediva ai vicini, e in particolare alla B._ SA, di ricorrere per difendere i loro interessi, la pretesa tutela dell'esiguo numero di confinanti, che del resto non sono insorti dinanzi alla Corte cantonale, da immissioni foniche, di per sé contenute e ritenute rispettose del diritto federale da parte dei giudici cantonali, chiaramente non impone di conferire in via eccezionale la legittimazione a ricorrere al Comune in tale ambito (DTF <ref-ruling> consid. 2.4.2 pag. 406 e seg.). Esso non contesta né il numero dei posteggi né il divieto d'uso abitativo del bilocale, confermato dalla Corte cantonale mediante l'imposizione di una clausola accessoria.
Il ricorso non è pertanto fondato sull'autonomia comunale, garanzia che dev'essere invocata in maniera sufficientemente motivata (<ref-law> (<ref-ruling> consid. 7.1 pag. 133; sentenza 1C_373/2016 del 7 novembre 2016 consid. 6). Il Comune non può quindi avvalersi del diritto di ricorrere dell'art. 89 cpv. 2 lett. c LTF (<ref-ruling> consid. 1.1 e rinvii).
1.4. Il Comune neppure può prevalersi dell'<ref-law>, norma concepita di massima per i privati. Sulla base di questa clausola generale, la legittimazione a ricorrere di una collettività pubblica dev'essere ammessa solo in modo restrittivo (<ref-ruling> consid. 2.1 pag. 164), qualora la decisione impugnata la tocchi alla stregua di privati, o per lo meno in modo analogo nei suoi interessi giuridici o patrimoniali (<ref-ruling> consid. 1.2 e 1.2.1 pag. 93). Nella fattispecie il ricorrente non è toccato come un privato, né lo pretende. Inoltre, sotto il profilo di questa norma, un mero interesse generale alla corretta applicazione del diritto non è sufficiente (<ref-ruling> consid. 2.1 pag. 164; <ref-ruling> consid. 1.2.2 pag. 93).
Secondo la giurisprudenza, il Comune è infatti legittimato a ricorrere sulla base dell'<ref-law> qualora sia toccato in maniera qualificata nelle sue prerogative di detentore del pubblico potere e qualora disponga di un interesse pubblico proprio degno di protezione all'annullamento o alla modifica della decisione impugnata. Ciò si riferisce in particolare a determinati interessi finanziari derivanti direttamente o indirettamente dall'esecuzione di compiti d'interesse pubblico: in questo caso il Comune deve tuttavia essere toccato in interessi centrali legati al suo pubblico potere (<ref-ruling> consid. 2.3 pag. 165; <ref-ruling> consid. 1.2.2 e 1.2.4 pag. 93 seg.), fattispecie non addotta dal ricorrente, né ravvisabile in concreto.
1.5. Si può rilevare infine che neppure l'art. 89 cpv. 2 lett. d LTF, in relazione con l'art. 34 cpv. 2 lett. b LPT norma peraltro non richiamata dal ricorrente, secondo cui i Comuni sono legittimati a ricorrere contro le decisioni cantonali di ultima istanza concernenti la conformità alla destinazione della zona di edifici fuori della zona edificabile, conferisce ai Comuni la legittimazione a ricorrere contro un'autorizzazione edilizia in zona edificabile (sentenza 1C_523/2009 del 12 marzo 2010 consid. 2, in: RDAF 2010 I pag. 244).
Il ricorrente rettamente non fa poi valere che la decisione impugnata lo obbligherebbe a rilasciare una licenza edilizia che non sarebbe soltanto annullabile ma addirittura nulla, motivo che potrebbe essere fatto valere dinanzi a tutte le istanze statali (sulla legittimazione a ricorrere di un comune contro una decisione che gli impone di rilasciare una licenza edilizia, che a suo avviso sarebbe nulla secondo l'<ref-law> relativo alle disposizioni transitorie in merito alle abitazioni secondarie, vedi <ref-ruling>).
1.6. Si può nondimeno aggiungere che il gravame sarebbe stato inammissibile anche per carenza di motivazione (art. 42 cpv. 1 e 2 LTF). In effetti, censurando in maniera generica e appellatoria gli accertamenti di fatto posti a fondamento dell'impugnato giudizio, esso non si confronta con i diversi argomenti addotti dai giudici cantonali in merito alle immissioni foniche, questione compiutamente trattata. I relativi accertamenti di fatto, non contestati con la necessaria motivazione qualificata (<ref-ruling> consid. 1.2 pag. 380; <ref-ruling> consid. 2.2 pag. 23) e dei quali il ricorrente non dimostra l'arbitrarietà (su questa nozione vedi <ref-ruling> consid. 2), sarebbero quindi vincolanti per il Tribunale federale (art. 97 cpv. 1 e 105 cpv. 1 LTF).
2.
Ne segue che il ricorso è inammissibile. Si può nondimeno rinunciare a prelevare spese giudiziarie, visto che il Comune nella causa non ha interessi pecuniari (art. 66 cpv. 1 e 4 LTF).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1.
Il ricorso è inammissibile.
2.
Non si prelevano spese giudiziarie.
3.
Comunicazione ai patrocinatori delle parti, al Dipartimento del territorio, Ufficio delle domande di costruzione, al Consiglio di Stato e al Tribunale amministrativo del Cantone Ticino.