Fatti:
A.
A._ SA è proprietaria della particella xxx del Comune di Grono, ubicata in zona villaggio, e in minima parte in quella residenziale. Il 12 maggio 2014, il Municipio dell'allora Comune di Leggia, oggi frazione di Grono, ha rilasciato alla A._ SA la licenza edilizia per edificare sul citato fondo una residenza plurifamiliare con sei appartamenti e un'autorimessa sotterranea. Il 19 settembre 2016 ha concesso all'interessata una proroga sino al 31 ottobre 2017 per ultimare i lavori autorizzati. Finora i lavori non sono stati terminati. Il 14 settembre 2020 la proprietaria ha inoltrato una notifica a posteriori per la realizzazione di una copertura provvisoria per proteggere il tetto, non ancora ultimato.
B.
Dopo un incontro con il Municipio, nell'ambito del quale la proprietaria ha manifestato l'intenzione di ampliare il progetto approvato, con decisione del 19 settembre 2020 l'Esecutivo comunale le ha intimato l'immediato fermo dei lavori e richiesto l'inoltro di una nuova domanda di costruzione. Il 9 novembre 2020 la proprietaria ha presentato una domanda volta all'ampliamento del progetto approvato nel 2014. Il Municipio, ritenuto che secondo il suo consulente architettonico il progetto sarebbe in contrasto con la legge edilizia frazione di Leggia del 17 giugno 2002 (LE), l'ha invitata a inoltrare una nuova domanda. Con decisione del 24 marzo 2021 il Municipio ha respinto la domanda. Adito dalla proprietaria, dopo aver esperito un sopralluogo, con giudizio del 6 dicembre 2021 il Tribunale amministrativo del Cantone dei Grigioni ne ha respinto il ricorso.
C.
Avverso questa sentenza A._ SA presenta un ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale. Chiede di riformarla nel senso di accogliere il ricorso da essa inoltrato alla Corte cantonale e di annullare la decisione municipale del 24 marzo 2021 nel senso di rilasciarle la licenza edilizia come alla domanda del 9 novembre 2020.
Non è stato ordinato uno scambio di scritti.

Diritto:
1.
1.1. Il Tribunale federale vaglia d'ufficio se e in che misura un ricorso può essere esaminato nel merito (<ref-ruling> consid. 1).
1.2. Presentato tempestivamente contro una decisione finale dell'ultima istanza cantonale in materia edilizia, il ricorso in materia di diritto pubblico è ammissibile sotto il profilo degli art. 82 lett. a, 86 cpv. 1 lett. d e 90 LTF (<ref-ruling> consid. 1.1). La legittimazione della ricorrente è pacifica.
1.3. Secondo l'art. 42 cpv. 1 e 2 LTF, il ricorso dev'essere motivato in modo sufficiente, spiegando nei motivi perché l'atto impugnato viola il diritto. Il Tribunale federale, che non è un'istanza di appello, esamina in linea di principio solo le censure sollevate (<ref-ruling> consid. 1.2). Quando la ricorrente invoca la violazione di diritti costituzionali (buona fede) il Tribunale federale, in applicazione dell'<ref-law>, vaglia le censure solo se siano state esplicitamente sollevate e motivate in modo chiaro e preciso (<ref-ruling> consid. 2.1). La stessa conclusione vale anche quando si adduce l'arbitrio nell'accertamento dei fatti e nella valutazione delle prove (<ref-ruling> consid. 2.2). Come si vedrà, l'atto di ricorso disattende in larga misura queste esigenze di motivazione.
1.4. La vertenza concerne l'interpretazione e l'applicazione di norme del diritto comunale e cantonale, esaminate sotto il ristretto profilo dell'arbitrio (<ref-ruling> consid. 3.5 in fine, 32 consid. 5.1). Non basta quindi che la decisione impugnata sia insostenibile nella motivazione, ma occorre che lo sia anche nel risultato (<ref-ruling> consid. 6.1; <ref-ruling> consid. 6.1), ciò che spetta alla ricorrente dimostrare (<ref-ruling> consid. 2). Non risulta per contro arbitrio dal semplice fatto che anche un'altra soluzione potrebbe entrare in linea di conto o sarebbe addirittura preferibile (<ref-ruling> consid. 7.1 pag. 124). Per poter essere ritenuta come arbitraria, la violazione del diritto dev'essere manifesta ed essere accertabile di primo acchito (<ref-ruling> consid. 2).
2.
2.1. La Corte cantonale ha rilevato che al momento dell'adozione del diniego municipale del 24 marzo 2021, relativo alla domanda di costruzione del 9 novembre 2020, era già in vigore la regola dell'art. 91 cpv. 2 della legge del 6 dicembre 2004 sulla pianificazione territoriale del Cantone dei Grigioni (LPTC; CSC 801.100), secondo cui le licenze edilizie si estinguono qualora i lavori di costruzione non siano stati avviati entro due anni a decorrere dal passaggio in giudicato della licenza edilizia o qualora il progetto di costruzione non sia stato ultimato entro tre anni dall'inizio dei lavori; l'autorità competente per l'autorizzazione può, su richiesta motivata, prolungare questi termini in maniera adeguata comunicando la proroga anche a eventuali opponenti. Ha rilevato che questa modifica è entrata in vigore il 1° aprile 2019. Ha lasciato aperto il quesito di sapere se per la licenza edilizia rilasciata nel 2014 e per i lavori connessi dovrebbe essere applicata la vecchia versione della citata norma, poiché anch'essa e la relativa giurisprudenza prevedevano termini per l'inizio e la conclusione dei lavori, termini parimenti scaduti. Per l'inizio dei lavori essi erano di un anno a decorrere dalla data d'inizio ammissibile, rispettivamente, per la conclusione, di due dall'inizio dei lavori. L'istanza precedente ha poi osservato che dopo il rilascio della licenza edilizia del 2014 la ricorrente ha chiesto una proroga per terminare i lavori, protrazione accordata fino al 31 ottobre 2017. Ha accertato che i lavori non sono stati tuttavia ultimati. Ne ha concluso che la licenza edilizia del 2014 è quindi scaduta. Ha poi stabilito che il fermo lavori disposto il 19 settembre 2020 dal Municipio è avvenuto dopo l'estinzione della licenza edilizia, motivo per cui questa circostanza non ha impedito alla ricorrente di portare a termine i lavori.
I giudici cantonali hanno stabilito che, pertanto, la domanda di costruzione del 9 novembre 2020 dev'essere considerata come una domanda a posteriori. Ne hanno dedotto che il Comune poteva deciderla riguardo all'intero progetto di costruzione, incluso il richiesto ampliamento, con pieno potere discrezionale, senza essere vincolato dalla precedente decisione, visto che la ricorrente non può appellarsi a nessuna approvazione pregressa della costruzione litigiosa.
2.2. La ricorrente, precisato che potrebbe anche accettare che la domanda di costruzione del 9 novembre 2020 sia valutata sull'intero progetto, incluso l'ampliamento, contesta per contro la conclusione della Corte cantonale secondo cui la licenza edilizia del 12 maggio 2014 sarebbe scaduta. Al riguardo osserva che l'inizio dei lavori entro il termine legale è incontestato, ma ammette che la loro fine non è ancora intervenuta. Sulla mancata conclusione dei lavori si limita ad addurre che sarebbe scioccante pretendere che nonostante il loro tempestivo inizio la licenza sia scaduta, allorquando essi sarebbero quasi conclusi, rimproverando all'autorità comunale di non aver tenuto conto al riguardo delle conseguenze della decadenza della licenza edilizia. Asserisce che in tale ipotesi essa potrebbe avanzare un'importante richiesta di risarcimento nei confronti del Comune, che le avrebbe impedito di ultimare i lavori entro i termini previsti. Questa questione, prematura, esula dall'oggetto del litigio. La ricorrente parrebbe inoltre misconoscere che tale fattispecie è disciplinata tra l'altro dall'art. 91 cpv. 3 e dagli art. 93 segg. LPTC.
Rimproverando al Comune di averle impedito di terminare i lavori, la ricorrente neppure tenta di contestare l'accertamento dei giudici cantonali secondo cui il fermo dei lavori del 19 settembre 2020 è avvenuto dopo l'estinzione della licenza edilizia, e che anche la nuova domanda di costruzione del 9 novembre 2020 è successiva al fermo dei lavori e dev'essere considerata pertanto come una domanda a posteriori. Decisiva è inoltre la circostanza che la ricorrente, disattendendo il suo obbligo di motivazione (vedi <ref-law>), non si confronta del tutto con la normativa cantonale che disciplina l'estinzione della licenza edilizia, segnatamente l'art. 91 cpv. 2 LPTC, non tentando neppure di spiegare perché la Corte cantonale avrebbe applicato in maniera arbitraria questa norma. È inoltre un fatto notorio che qualora ciò sia previsto dalla normativa comunale o cantonale, le licenze edilizie possono estinguersi per il mancato inizio o compimento dei lavori. In tali circostanze il generico richiamo della ricorrente al principio della buona fede (art. 5 cpv. 3 e art. 9 Cost.) è privo di pertinenza. La licenza edilizia del 2014 è quindi estinta.
2.3. I giudici cantonali hanno osservato che durante la procedura ricorsuale e nell'ambito del sopralluogo la ricorrente ha presentato una modifica al progetto inoltrato il 9 novembre 2020, asserendo ch'esso potrebbe essere approvato con l'imposizione di disposizioni accessorie ai sensi dell'art. 90 cpv. 1 LPTC. Secondo questa norma, se difetti di contenuto o formali del progetto di costruzione possono essere eliminati senza particolari difficoltà, oppure se si impongono disposizioni per la creazione o il mantenimento dello stato legale, alla licenza vanno associate adeguate disposizioni accessorie (oneri, condizioni, scadenze). La Corte cantonale ha rilevato che la proposta modifica prevede un innalzamento del tetto di 52 cm, allo scopo di rispettare la pendenza minima di 25 gradi per la zona villaggio imposta dall'art. 18 cpv. 2 LE. Ha stabilito che non si tratta di una modifica di poco conto, visto che occorrerebbe rielaborare i piani del tetto e che, verosimilmente, sarebbe necessario il rilascio di un permesso di costruzione eccezionale, poiché non parrebbe essere rispettata l'altezza massima al colmo del tetto. Ne ha concluso che la domanda non può essere sanata con l'imposizione di disposizioni accessorie, motivo per cui dev'essere presentata una nuova domanda di costruzione. Ritenuta l'indiscussa inosservanza della pendenza del tetto, ha quindi confermato il diniego municipale litigioso.
Al riguardo la ricorrente si limita a osservare, in maniera del tutto generica, che contrariamente a quanto accertato dai giudici cantonali l'innalzamento del tetto di 52 cm, costituirebbe una modifica di poco conto, che potrebbe essere approvata mediante l'adozione di disposizioni accessorie ai sensi dell'art. 90 LE. La ricorrente, che non si confronta del tutto con lo scopo e la portata di questa norma, non spiega minimamente perché la stessa sarebbe stata applicata in maniera addirittura insostenibile e quindi arbitraria, né dimostra che le citate, ulteriori motivazioni addotte dai giudici cantonali lederebbero le menzionate norme cantonali e comunali. La censura è quindi inammissibile per carenza di motivazione.
3.
3.1. Per motivi di economia processuale, i giudici cantonali hanno esaminato anche l'ulteriore argomento posto a fondamento del rifiuto della licenza edilizia, segnatamente il mancato inserimento del progetto nel contesto esistente, questione che si ripresenterebbe con l'inoltro di una nuova domanda di costruzione includente l'innalzamento del tetto di 52 cm. La Corte cantonale ha rilevato che secondo l'art. 38 cpv. 2 LE le nuove costruzioni devono infatti inserirsi nell'insediamento esistente per quanto concerne la posizione, le proporzioni, la struttura del tetto e l'aspetto esterno. Ha osservato che in tale ambito non le compete una verifica dell'adeguatezza della scelta operata dal Comune, dovendosi limitare a intervenire in caso di abusi discrezionali. Ha rilevato che, fondandosi principalmente sulla valutazione del suo consulente architettonico, il Comune ha ritenuto che la progettata costruzione non si inserisce nel contesto esistente. Ciò poiché, in particolare, le volumetrie sarebbero eccessive e comprometterebbero la vista da e sull'imponente chiesa e il profilo dell'edificazione storica. Inoltre, il linguaggio architettonico e l'uso dei materiali scelti sarebbero estranei alla tipologia del luogo. La sopraelevazione in questo spazio determinerebbe l'unione della zona residenziale con il nucleo storico principale, rubando spazio alla chiesa. La ricorrente ha per contro proposto la valutazione di un altro architetto, già pianificatore del Comune, secondo il quale il progetto dovrebbe essere esaminato anche sotto il profilo della revisione della pianificazione locale del 2005. Al suo dire essa perseguiva l'obiettivo di raggiungere un insediamento di nucleo densificato, valorizzando così gli indizi insediativi preesistenti; tendeva inoltre a rafforzare la riconoscibilità dell'insediamento del nucleo dal resto della zona residenziale a tessuto puntuale e sparso. Con la sua posizione al limite della zona villaggio, il progettato edificio concorrerebbe quindi a rafforzare la presenza del nucleo e a segnarne la distinzione. La scelta di collocare i posteggi in un'autorimessa accessibile tramite un monta-veicoli, invece di una rampa d'accesso, tutelerebbe il carattere del nucleo e degli spazi esterni, le automobili e i parcheggi essendone degli elementi estranei.
3.2. Contrariamente all'assunto ricorsuale la decisione impugnata è motivata in maniera sufficiente, poiché si esprime su tutti i punti decisivi e pertinenti per il giudizio (<ref-ruling> consid. 2.2.7; <ref-ruling> consid. 3.1). La ricorrente si limita d'altra parte ad addurre che la valutazione espressa dal consulente del Comune costituirebbe un parere soggettivo, che non considererebbe gli obiettivi pianificatori della zona villaggio e che non riconoscerebbe gli obiettivi della pianificazione, rifiutando un progetto che asseritamente li perseguirebbe. Adduce, in maniera del tutto generica, che per contro l'opinione dell'allora pianificatore del Comune sarebbe conforme agli obiettivi pianificatori comunali.
Ora, incentrandosi in sostanza sull'aspetto della densificazione in relazione alla sopraelevazione della progettata costruzione, la ricorrente non considera l'aspetto della tutela dei monumenti, segnatamente della Chiesa e della relativa ponderazione dei contrapposti interessi in gioco effettuata dal Comune. D'altra parte, la Corte cantonale, rispettando a ragione l'ampio margine di apprezzamento che compete all'autorità comunale, dopo aver esperito un sopralluogo non ha ritenuto che si sia in presenza di un abuso di tale potere di valutazione. Certo, il riserbo a tutela dell'autonomia comunale nell'esaminare le decisioni di apprezzamento non comporta che l'autorità di ricorso debba limitarsi a un esame dell'arbitrio, poiché una siffatta limitazione non sarebbe compatibile con la garanzia della via giudiziaria (<ref-law>) e l'applicazione dell'art. 33 cpv. 3 lett. b LPT (<ref-ruling> consid. 3.1.4, 3.1.5 e 3.2.1 e rinvii). Ciò nondimeno, quando esaminano l'opportunità di una decisione impugnata i tribunali cantonali devono imporsi un certo riserbo, allo scopo di rispettare l'autonomia comunale, notoria per i comuni grigionesi in materia edilizia e pianificatoria (art. 3 cpv. 1 e art 22 LPTC; <ref-ruling> consid. 3.6 con riferimenti anche alla dottrina; sentenza 1C_499/2017 del 19 aprile 2018 consid. 3.1.2). Il Tribunale federale si impone un certo riserbo nell'apprezzamento di circostanze locali, meglio conosciute dalle autorità cantonali (<ref-ruling> consid. 4.2; <ref-ruling> consid. 3.2). In questo campo, queste ultime dispongono infatti di un ampio potere di apprezzamento, segnatamente laddove devono valutare se una costruzione o un impianto possano compromettere l'aspetto o il carattere di un sito, di una località, di un quartiere o di una strada (<ref-ruling> consid. 3.1.4 e rinvii; <ref-ruling> consid. 3d, 363 consid. 3b). In effetti, nella misura in cui la citata norma comunale contiene concetti giuridici di natura indeterminata, essa, quale norma di diritto comunale autonomo, conferisce al Municipio una certa latitudine di giudizio riguardo all'individuazione dei loro contenuti precettivi, che le istanze di ricorso devono rispettare, imponendosi un certo riserbo, allo scopo di rispettare l'autonomia comunale (<ref-ruling> consid. 3.6; sentenza 1C_650/2019 del 10 marzo 2020 consid. 2).
3.3. La ricorrente adduce che la diversa lettura dell'art. 38 cpv. 2 LE, incentrata sull'interpretazione storica della norma, proposta dal suo architetto sarebbe preferibile a quella operata dalle autorità cantonali. Con quest'assunto essa disattende tuttavia che non risulta arbitrio dal semplice fatto che la soluzione da essa proposta potrebbe entrare in linea di conto o sarebbe addirittura preferibile; non spetta infatti al Tribunale federale valutare qual'è l'interpretazione corretta che l'autorità cantonale avrebbe dovuto dare alla citata norma o quale sarebbe la lettura storica e urbanistica più corretta della stessa, dovendo soltanto stabilire se l'interpretazione fattane è sostenibile (<ref-ruling> consid. 2; sull'interpretazione delle leggi vedi <ref-ruling> consid. 5.7.1; <ref-ruling> consid. 2.3.1 pag. 317). Né la ricorrente motiva, in modo chiaro e preciso (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 4.1.2), che in tale ambito si sarebbe in presenza di un accertamento dei fatti svolto in modo manifestamente inesatto, vale a dire arbitrario (art. 97 cpv. 1 e art. 105 cpv. 1 LTF; <ref-ruling> consid. 2.2; <ref-ruling> consid. 2). La circostanza che le conclusioni poste a fondamento del giudizio impugnato, peraltro fondate su valutazioni condivisibili, non concordino con quelle ricorsuali non ne dimostra l'arbitrarietà (<ref-ruling> consid. 3.6.2). Le generiche critiche ricorsuali non dimostrano neppure che le conclusioni dei giudici cantonali sarebbero manifestamente contrarie al senso e allo scopo dell'art. 38 cpv. 2 LE e quindi arbitrarie (<ref-ruling> consid. 6.1). Per di più, la ricorrente non si confronta con gli ulteriori argomenti ritenuti nella decisione impugnata, secondo cui il linguaggio architettonico e l'uso dei materiali scelti sarebbero estranei alla tipologia del luogo. Ora, quando la decisione impugnata, come in concreto, si fonda su diverse motivazioni indipendenti e di per sé sufficienti per definire l'esito della causa, la ricorrente è tenuta, pena l'inammissibilità, a dimostrare che ognuna di esse viola il diritto (<ref-ruling> consid. 2.4 in fine; <ref-ruling> consid. 4.1.4).
4.
In quanto ammissibile, il ricorso dev'essere pertanto respinto. Le spese seguono la soccombenza (<ref-law>).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1.
Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è respinto.
2.
Le spese giudiziarie di fr. 4'000.-- sono poste a crico della ricorrente.
3.
Comunicazione ai patrocinatori delle parti e al Tribunale amministrativo del Cantone dei Grigioni.