Sachverhalt:
A._ ist Miteigentümer der Liegenschaft U._-GBB-xxx. B._ ist Eigentümer der im Nordwesten angrenzenden Liegenschaft GBB-yyy.
Am 23. März 2016 stellte A._ beim Friedensrichteramt ein Schlichtungsgesuch mit dem Begehren, die Gegenseite sei zu verpflichten, die Mauer, Treppe und Lichtsäule auf seinem Land zu entfernen.
Auf die Klage vom 10. Juli 2016 trat das Kantonsgericht Schaffhausen nach zweimaliger Gewährung einer Verbesserungsfrist mit Verfügung vom 7. April 2017 nicht ein.
Auf die Berufung mit dem sinngemässen Begehren um Verpflichtung der Gegenseite, "alle Dinge" von seinem Grundstück zu entfernen, trat das Obergericht mit Verfügung vom 31. August 2018 nicht ein.
Gegen die obergerichtliche Verfügung hat A._ am 24. September 2018 beim Bundesgericht eine Beschwerde eingereicht.

Erwägungen:
1.
Die Beschwerde hat ein Rechtsbegehren und eine Begründung zu enthalten (Art. 42 Abs. 1 BGG), in welcher in gedrängter Form dargelegt wird, inwiefern der angefochtene Entscheid Recht verletzt (Art. 42 Abs. 2 BGG), was eine Auseinandersetzung mit der Begründung des angefochtenen Entscheides erfordert (<ref-ruling> E. 2 S. 116).
2.
Die Beschwerde enthält die Aufforderung, sein Land zu besuchen, um die beschriebene illegale Arbeit seiner Nachbarn zu sehen. Dies kommt sinngemäss einem Antrag auf Augenschein gleich und stellt kein konkretes Rechtsbegehren in der Sache dar; ebenso wenig stellen die Anliegen, es müssten alle Dinge von seinem Land entfernt und ihm eine Entschädigung ausgerichtet werden, konkrete bzw. bezifferte Begehren dar.
Sodann mangelt es auch an einer sachgerichteten Auseinandersetzung mit den Ausführungen des angefochtenen Entscheides. Insbesondere müsste dargelegt werden, inwiefern die Nichteintretenserwägungen (namentlich diejenigen zu den Begründungsanforderungen bei erstinstanzlichen Alternativbegründungen und zum Fehlen einer gültigen Klagebewilligung für die geänderte Klage) gegen Recht verstossen sollen und das Obergericht die Berufung materiell hätte behandeln müssen. Hierzu genügen die allgemeinen Ausführungen zum Verfahren vor dem Friedensrichteramt und vor dem Obergericht nicht.
3.
Nach dem Gesagten erweist sich die Beschwerde als offensichtlich nicht hinreichend begründet, weshalb auf sie nicht eingetreten werden kann und der Präsident im vereinfachten Verfahren entscheidet (Art. 108 Abs. 1 lit. b BGG).
4.
Angesichts der konkreten Umstände wird auf die Erhebung von Gerichtskosten verzichtet (Art. 66 Abs. 1 BGG).

Demnach erkennt der Präsident:
1.
Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2.
Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
3.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Schaffhausen schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 26. September 2018
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: von Werdt
Der Gerichtsschreiber: Möckli