Sachverhalt:
A.
A._ ist Eigentümer des Grundstücks Nr. xxx in der Gemeinde Werthenstein. Auf dem Grundstück befindet sich unter anderem eine Schweinescheune. Am 1. Mai 2012 ersuchte A._ um die Baubewilligung für einen neuen Schweinestall auf dem genannten Grundstück, den Neubau von zwei Futtersilos sowie die Umnutzung der bestehenden Schweinescheune in einen Lagerraum. Der Gemeinderat Werthenstein erteilte am 2. Oktober 2012 die nachgesuchte Baubewilligung unter Bedingungen und Auflagen und eröffnete gleichzeitig die entsprechende Bewilligung der kantonalen Dienststelle Raumentwicklung, Wirtschaftsförderung und Geoinformation vom 28. September 2012. Auf die Beschwerde eines Nachbars hin hob das Kantonsgericht Luzern die erwähnten Bewilligungen mit Urteil vom 19. Februar 2014 wieder auf. Es wies die Sache an die Baubewilligungsbehörden zurück. Auf eine von A._ gegen den Rückweisungsentscheid des Kantonsgerichts erhobene Beschwerde trat das Bundesgericht nicht ein (Urteil 1C_173/2014 vom 24. Juli 2014).
B.
Am 6. Oktober 2016 reichte A._ ein abgeändertes Baugesuch für den Neubau einer Schweinescheune auf dem Grundstück Nr. xxx ein.
Am 13. Juli 2017 verfügte die kantonale Dienststelle Umwelt und Recht unter Androhung der Einleitung des Vollstreckungsverfahrens im Unterlassungsfall, der Schweinemastbetrieb von A._ auf dem Grundstück Nr. xxx sei spätestens bis zum 31. Oktober 2017 vollständig einzustellen, nachdem es zu Beschwerden von Nachbarn wegen Geruchsimmissionen gekommen war. Gleichzeitig entzog die kantonale Dienststelle Umwelt und Recht einer allfälligen Verwaltungsgerichtsbeschwerde die aufschiebende Wirkung. Gegen die Verfügung der kantonalen Dienststelle Umwelt und Recht erhob A._ am 11. August 2017 Beschwerde ans Kantonsgericht Luzern mit dem Antrag, es sei auf eine Stilllegung des Schweinemastbetriebs zu verzichten. In verfahrensrechtlicher Hinsicht beantragte er, seiner Beschwerde sei die aufschiebende Wirkung zu erteilen und das Beschwerdeverfahren bis zum Abschluss des Baubewilligungsverfahrens zu sistieren.
Am 22. August 2017 wies der Gemeinderat Werthenstein das Baugesuch von A._ ab. Gleichzeitig eröffnete es den entsprechenden negativen Entscheid der kantonalen Dienststelle für Raum und Wirtschaft vom 4. Juli 2017. Gegen die verweigernden Bewilligungen des Gemeinderats sowie der Dienststelle für Raum und Wirtschaft erhob A._ am 12. September 2017 wiederum Beschwerde ans Kantonsgericht Luzern mit dem Antrag, ihm sei die ersuchte Baubewilligung zu erteilen.
C.
Am 12. September 2017 erliess das Kantonsgericht im Verfahren betreffend Einstellung des Schweinemastbetriebs eine Verfügung. Es hiess das Gesuch von A._ um aufschiebende Wirkung seiner Beschwerde vom 11. August 2017 gut und stellte die aufschiebende Wirkung der Beschwerde wieder her (Dispositiv-Ziffer 1). Hingegen wies es das Gesuch um Sistierung des Beschwerdeverfahrens bis zum Abschluss des Baubewilligungsverfahrens ab (Dispositiv-Ziffer 2).
D.
Gegen die Verfügung des Kantonsgerichts vom 12. September 2017 (versandt am 19. September 2017) hat A._ am 19. Oktober 2017 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ans Bundesgericht erhoben. Er beantragt, Dispositiv-Ziffer 2 der angefochtenen Verfügung sei aufzuheben und das Beschwerdeverfahren betreffend Einstellung des Schweinemastbetriebs bis zum rechtskräftigen Abschluss des vor dem Kantonsgericht hängigen Baubewilligungsverfahrens zu sistieren. Die Vorinstanz hat auf Vernehmlassung verzichtet und beantragt Beschwerdeabweisung. Die Dienststelle Umwelt und Energie beantragt sinngemäss ebenfalls Beschwerdeabweisung. Der Gemeinderat Werthenstein beantragt, die Beschwerde sei abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. Mit Eingabe vom 29. Januar 2018 hat der Beschwerdeführer an der Beschwerde festgehalten.

Erwägungen:
1.
Bei der angefochtenen Verfügung handelt es sich um einen kantonal letztinstanzlichen Entscheid in einer öffentlich-rechtlichen Angelegenheit im Sinne von Art. 82 lit. a i.V.m. <ref-law>.
2.
2.1. Die angefochtene Verfügung, mit welcher die Vorinstanz das Gesuch des Beschwerdeführers um Sistierung des Beschwerdeverfahrens abgelehnt hat, ist kein Endentscheid im Sinne von <ref-law>, sondern ein Zwischenentscheid. Zwischenentscheide sind - von den hier nicht gegebenen Ausnahmen gemäss <ref-law> abgesehen - beim Bundesgericht nur unter den Voraussetzungen von <ref-law> anfechtbar, d.h. wenn sie einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken können (lit. a) oder wenn die Gutheissung der Beschwerde sofort einen Endentscheid herbeiführen und damit einen bedeutenden Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren ersparen würde (lit. b). Es obliegt der beschwerdeführenden Partei, detailliert darzutun, inwiefern die Voraussetzungen von <ref-law> erfüllt sind, soweit diese nicht offensichtlich vorliegen (<ref-law>; <ref-ruling> E. 2.2 S. 801; <ref-ruling> E. 1.2 S. 81; je mit Hinweisen). Ist die Beschwerde gegen einen Zwischenentscheid gemäss <ref-law> nicht zulässig oder wurde von ihr kein Gebrauch gemacht, bleibt der Zwischenentscheid im Rahmen einer Beschwerde gegen den Endentscheid anfechtbar, sofern er sich auf dessen Inhalt auswirkt (<ref-law>).
2.2. Nach ständiger Praxis zu <ref-law> ist ein Vor- oder Zwischenentscheid ausnahmsweise selbstständig anfechtbar, sofern ein konkreter Nachteil droht, der auch durch einen für die rechtsuchende Partei günstigen Endentscheid nachträglich nicht mehr behoben werden könnte (<ref-ruling> E. 3.6 S. 326 f.; <ref-ruling> E. 3.2 S. 607; <ref-ruling> E. 1 S. 115; <ref-ruling> E. 1.1 S. 239 f.; <ref-ruling> E. 1.2.1 S. 382; je mit Hinweisen).
Während des Beschwerdeverfahrens vor dem Kantonsgericht betreffend die Einstellung des Schweinemastbetriebs kann der Beschwerdeführer den Schweinemastbetrieb weiterführen, zumal die Vorinstanz der Beschwerde die aufschiebende Wirkung zuerkannt hat. Die Vorinstanz wird im Beschwerdeverfahren unter anderem zu prüfen haben, wie der Umstand zu werten ist, dass das Baugesuch für das abgeänderte Bauprojekt noch nicht rechtskräftig abgewiesen wurde. Sollte der Beschwerdeführer mit seiner Beschwerde ans Kantonsgericht gegen die Einstellung des Schweinemastbetriebs nicht durchdringen, steht ihm insoweit die Beschwerde ans Bundesgericht gemäss <ref-law> offen. Über ein allfälliges Gesuch um aufschiebende Wirkung hätte das Bundesgericht dannzumal zu entscheiden (vgl. Art. 103 Abs. 1 und 3 BGG). Inwiefern dem Beschwerdeführer bereits mit der Nicht-Sistierung durch die Vorinstanz ein konkreter Nachteil drohen sollte, der auch durch einen für ihn günstigen Endentscheid nicht mehr behoben werden könnte, ist nicht ersichtlich. Auch soweit der Beschwerdeführer geltend macht, die Nicht-Sistierung könnte zu sich widersprechenden Entscheiden führen bzw. eine erzwungene Stilllegung des Schweinemastbetriebs würde das ganze Baubewilligungsverfahren in Frage stellen, handelt es sich hierbei nicht um konkrete Nachteile, die im weiteren Verfahren nicht mehr behoben werden könnten.
2.3. Die Gutheissung der vorliegenden Beschwerde würde keinen Endentscheid herbeiführen. Die Variante nach <ref-law> fällt somit ebenfalls ausser Betracht.
3.
Nach dem Ausgeführten ist auf die Beschwerde nicht einzutreten. Bei diesem Verfahrensausgang trägt der Beschwerdeführer die Gerichtskosten (vgl. <ref-law>). Eine Parteientschädigung ist nicht auszurichten (vgl. <ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 1'500.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3.
Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, dem Gemeinderat Werthenstein, der Dienststelle Umwelt und Energie, der Dienststelle Landwirtschaft und Wald sowie dem Kantonsgericht Luzern, 4. Abteilung, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 7. März 2018
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Merkli
Der Gerichtsschreiber: Mattle