Faits :
A.
Le 12 novembre 2015, X._ a déposé une plainte pénale contre inconnu pour lésions corporelles graves. Il a expliqué que, le 8 septembre 2015, il avait subi une opération de la cataracte à l'oeil gauche, pratiquée par la Dresse A._, et que cette opération avait entraîné la cécité totale de cet oeil; à l'âge de 17 ans, il avait déjà perdu l'usage de son oeil droit.
B.
Le 6 novembre 2017, le Ministère public neuchâtelois a ordonné le classement de la procédure pénale dirigée contre A._ et laissé les frais à la charge de l'Etat. Cette ordonnance se fonde sur l'expertise établie le 20 janvier 2017 par le Dr B._, médecin-chef ophtalmologiste de l'Hôpital E._.
C.
Par arrêt du 9 avril 2018, l'autorité de recours en matière pénale du Tribunal cantonal neuchâtelois a rejeté le recours formé par X._ dans la mesure de sa recevabilité.
D.
Contre ce dernier arrêt, X._ dépose un recours en matière pénale devant le Tribunal fédéral. Il conclut, principalement, à l'annulation de l'arrêt attaqué et au renvoi de la cause au Ministère public pour qu'il reprenne l'instruction. A titre subsidiaire, il demande l'annulation de l'arrêt attaqué et le renvoi de la cause à l'autorité précédente pour nouveau jugement. En outre, il sollicite l'assistance judiciaire.

Considérant en droit :
1.
Le Tribunal fédéral examine d'office et librement la recevabilité des recours qui lui sont soumis (<ref-ruling> consid. 1 p. 197).
1.1. Selon l'art. 81 al. 1 let. a et b ch. 5 LTF, la partie plaignante qui a participé à la procédure de dernière instance cantonale est habilitée à recourir au Tribunal fédéral si la décision attaquée peut avoir des effets sur le jugement de ses prétentions civiles. Constituent de telles prétentions celles qui sont fondées sur le droit civil et doivent en conséquence être déduites ordinairement devant les tribunaux civils. Il s'agit principalement des prétentions en réparation du dommage et du tort moral au sens des <ref-law> (<ref-ruling> consid. 1.1 p. 4).
En vertu de l'<ref-law>, il incombe au recourant d'alléguer les faits qu'il considère comme propres à fonder sa qualité pour recourir. Comme il n'appartient pas à la partie plaignante de se substituer au ministère public ou d'assouvir une soif de vengeance, la jurisprudence entend se montrer restrictive et stricte, de sorte que le Tribunal fédéral n'entre en matière que s'il ressort de façon suffisamment précise de la motivation du recours que les conditions précitées sont réalisées, à moins que l'on puisse le déduire directement et sans ambiguïté compte tenu notamment de la nature de l'infraction alléguée (<ref-ruling> consid. 1.1 p. 4 s.).
1.2. L'opération litigieuse a été effectuée dans les locaux de l'Hôpital C._ à D._. Il ne s'agit pas d'un établissement de droit public, mais d'une fondation de droit privé dont le but social consiste à " accueillir les malades, les blessés et les infirmes de toute confession religieuse et de toute nationalité ". Partant, les éventuelles prétentions du recourant contre A._ relèvent bien du droit privé.
Dans son mémoire de recours, le recourant a exposé de manière suffisamment détaillée les prétentions qu'il entendait faire valoir (perte de gain passé et atteinte à l'avenir économique, dommage normatif passé et futur, dommage de perte de rente vieillesse, tort moral et de traitement à intervenir jusqu'à la fin de sa vie). Il chiffre le montant total de ses prétentions à 1'800'000 francs.
La qualité pour recourir du recourant doit donc être admise.
2.
Le recours s'ouvre sur une présentation personnelle des faits sans que le grief d'arbitraire ne soit soulevé, de sorte qu'il n'y a pas lieu d'analyser ces allégations plus en avant. La cour de céans n'examinera les points ainsi exposés qu'autant que le recourant développe, dans la suite de son mémoire, des griefs répondant aux exigences de motivation des art. 42 al. 2 et 106 al. 2 LTF.
3.
Le recourant conteste le classement prononcé par la cour cantonale à la suite de sa plainte pour lésion corporelle grave par négligence.
3.1. Selon l'<ref-law>, le ministère public ordonne le classement de tout ou partie de la procédure notamment lorsqu'aucun soupçon justifiant une mise en accusation n'est établi (let. a) ou lorsque les éléments constitutifs d'une infraction ne sont pas réunis (let. b).
La décision de classer la procédure doit être prise en application du principe " in dubio pro duriore ". Ce principe vaut également pour l'autorité judiciaire chargée de l'examen d'une décision de classement. Il signifie qu'en règle générale, un classement ou une non-entrée en matière ne peut être prononcé par le ministère public que lorsqu'il apparaît clairement que les faits ne sont pas punissables ou que les conditions à la poursuite pénale ne sont pas remplies. Le ministère public et l'autorité de recours disposent, dans ce cadre, d'un pouvoir d'appréciation que le Tribunal fédéral revoit avec retenue. La procédure doit se poursuivre lorsqu'une condamnation apparaît plus vraisemblable qu'un acquittement ou lorsque les probabilités d'acquittement et de condamnation apparaissent équivalentes, en particulier en présence d'une infraction grave. En effet, en cas de doute s'agissant de la situation factuelle ou juridique, ce n'est pas à l'autorité d'instruction ou d'accusation mais au juge matériellement compétent qu'il appartient de se prononcer (<ref-ruling> consid. 2.2.1 p. 243; <ref-ruling> consid. 4.1.2 p. 91 et les références citées).
3.2. L'<ref-law> réprime le comportement de celui qui, par négligence, aura fait subir à une personne une atteinte à l'intégrité corporelle ou à la santé. La négligence suppose, d'une part, que l'auteur ait violé un devoir de prudence que les circonstances lui imposaient pour ne pas excéder les limites du risque admissible et, d'autre part, qu'il n'ait pas prêté l'attention ou fait les efforts que l'on pouvait attendre de lui pour se conformer à ce devoir. Il y a violation d'un devoir de prudence lorsque l'auteur, au moment des faits, aurait pu, compte tenu de ses connaissances et de ses capacités, se rendre compte de la mise en danger d'autrui. Cette violation, le cas échéant, doit être imputable à faute; il faut que l'on puisse reprocher à l'auteur, compte tenu des ses circonstances personnelles, d'avoir fait preuve d'un manque d'effort blâmable.
4.
Le recourant fait valoir que l'expert aurait dû être récusé et que l'expertise aurait dû être annulée.
4.1. Selon l'art. 56 let. f CPP - applicable aux experts par renvoi de l'<ref-law> -, l'expert est tenu de se récuser lorsque d'autres motifs, notamment un rapport d'amitié étroit ou d'inimitié avec une partie ou son conseil juridique, sont de nature à le rendre suspect de prévention. Cette disposition a la portée d'une clause générale recouvrant tous les motifs de récusation non expressément prévus aux lettres a à e de l'<ref-law>. Elle concrétise les droits déduits de l'art. 29 al. 1 Cst. garantissant l'équité du procès et assure au justiciable une protection équivalente à celle découlant de l'art. 30 al. 1 Cst. s'agissant des exigences d'impartialité et d'indépendance requises d'un expert. Les parties à une procédure ont ainsi le droit d'exiger la récusation d'un expert dont la situation ou le comportement sont de nature à faire naître un doute sur son impartialité. Cette garantie vise à éviter que des circonstances extérieures à l'affaire puissent influencer le jugement en faveur ou au détriment d'une partie. Il suffit que les circonstances donnent l'apparence de la prévention et fassent redouter une activité partiale de l'expert, mais seules des circonstances constatées objectivement doivent être prises en considération; les impressions purement individuelles du plaideur ne sont pas décisives (<ref-ruling> consid. 3.2.1 p. 608; <ref-ruling> consid. 4.2 p. 21, <ref-ruling> consid. 2.1 p. 240 et les arrêts cités; <ref-ruling> consid. 1.1 p. 25)
4.2. En dernière page de son rapport, sous la rubrique " Remarques ", l'expert, se référant à une question de l'avocat du recourant, a indiqué qu'il avait fait la connaissance de A._ sur le plan professionnel lorsque celle-ci était médecin assistante en ophtalmologie à l'Hôpital H._ à I._, où lui-même était un des chefs de clinique et qu'il l'avait revue occasionnellement par la suite lors de congrès en ophtalmologie sans plus jamais collaborer sur le plan professionnel. De son côté, A._ a confirmé qu'elle n'avait aucun lien particulier avec l'expert lorsqu'elle se trouvait en formation à l'Hôpital H._ et qu'elle n'avait par la suite maintenu avec lui aucune relation amicale ni autre, les contacts se limitant à de simples salutations lors de congrès. Ces contacts purement professionnels, remontant à plus de vingt ans, n'éveillent pas chez un observateur objectif une apparence de prévention. Pour le surplus, il s'agit de rapports sociaux et professionnels usuels qui ne sont pas suffisamment étroits pour constituer un motif de récusation. Le grief tiré de la violation de l'<ref-law> doit donc être rejeté.
5.
Le recourant critique l'expertise sur plusieurs points.
5.1.
5.1.1. Aux termes de l'<ref-law>, la direction de la procédure fait, d'office ou à la demande d'une partie, compléter ou clarifier une expertise par le même expert ou désigne un nouvel expert, notamment si l'expertise est incomplète ou peu claire (let. a) ou si l'exactitude de l'expertise est mise en doute (let. c). Selon la jurisprudence, si les conclusions d'une expertise judiciaire sont douteuses sur des points essentiels, le juge doit recueillir des preuves complémentaires pour essayer de dissiper les doutes. A défaut, il pourrait commettre une appréciation arbitraire des preuves et violer l'article 9 Cst. en se fondant sur une expertise non concluante (<ref-ruling> consid. 2.1.3 p. 53).
5.1.2. Lorsque l'autorité cantonale juge l'expertise concluante et en fait sien le résultat, le Tribunal fédéral n'admet le grief d'appréciation arbitraire que si l'expert n'a pas répondu aux questions posées, si ses conclusions sont contradictoires ou si, d'une quelconque autre façon, l'expertise est entachée de défauts à ce point évidents et reconnaissables, même sans connaissances spécifiques, que le juge ne pouvait tout simplement pas les ignorer. Il n'appartient pas au Tribunal fédéral de vérifier si toutes les affirmations de l'expert sont exemptes d'arbitraire; sa tâche se limite bien plutôt à examiner si l'autorité intimée pouvait, sans arbitraire, se rallier au résultat de l'expertise (<ref-ruling> consid. 5).
5.2.
5.2.1. Le recourant relève d'abord que l'expert réalisait pour la première fois une expertise.
Ce grief n'est pas pertinent. Il n'est en effet pas contesté que le Dr B._, médecin-chef ophtalmologiste de l'Hôpital E._, possédait les connaissances et les compétences nécessaires pour exécuter l'expertise (<ref-law>).
5.2.2. Le recourant reproche à l'expert de n'avoir fait aucune anamnèse.
Ce grief tombe à faux. La mission de l'expert n'était pas de procéder à un examen médical du recourant, mais de déterminer si la Dresse A._ avait commis une négligence lors de l'opération de la cataracte du 8 septembre 2015, qui serait à l'origine de la cécité du recourant. Dans ces conditions, une anamnèse du recourant, qui retrace ses antécédents médicaux et son histoire, n'était pas utile. Au demeurant, l'expert n'a pas méconnu les antécédents du recourant en relation avec les risques de l'opération (réponse 2, dossier 78).
5.2.3. Le recourant se plaint du fait que l'expert ne l'a pas entendu.
Le droit d'être entendu n'est pas applicable à l'égard de l'expert. En principe, l'expert n'a aucune compétence pour mener des actes d'instruction de manière autonome (cf. JEANNERET/KUHN, Précis de procédure pénale, 2e éd., 2018, n° 13011). Certes, par exception à ce principe, l'<ref-law> autorise l'expert à procéder à des investigations simples qui ont un rapport étroit avec le mandat qui lui a été confié et à convoquer des personnes à cet effet, à condition d'y être autorisé par la direction de la procédure. On pense notamment, aux entretiens personnels que l'expert psychiatre doit avoir avec l'expertisé en cas d'expertise psychiatrique.
Comme vu ci-dessus, l'objet de l'expertise n'était pas de procéder à un examen de la santé du recourant, mais d'établir si la Dresse A._ avait respecté les règles de l'art lors de son intervention. L'expert pouvait répondre à cette question en se fondant sur les éléments objectifs (médicaux) réunis au dossier. A cet égard, l'état de santé du recourant était suffisamment documenté par les différents procès-verbaux menés avec le recourant et les deux différents médecins, respectivement avec les dossiers médicaux. Le recourant n'expose du reste pas sur quels points son audition aurait été déterminante. Dès lors, le grief soulevé doit être rejeté dans la mesure de sa recevabilité.
5.2.4. Le recourant fait grief à l'expert d'avoir constaté que l'anesthésie s'était déroulée selon les standards médicaux, alors qu'il n'aurait pas eu accès au dossier anesthésique. Selon le recourant, il aurait eu des douleurs insupportables pendant l'opération, de sorte qu'il aurait bougé alors qu'il avait des instruments médicaux dans l'oeil.
En l'espèce, l'expert s'est prononcé sur le déroulement de l'anesthésie, en se fondant sur les documents mis à sa disposition (cf. dans le dossier de C._, le document relevant les tensions artérielles mesurées durant l'opération, les mesures de saturation en oxygène, le début et la fin de l'opération, les anesthésies effectuées ainsi que l'ajout du Rapifen vers la fin de l'opération). Il a constaté qu'une anesthésie topique (de surface) et une anesthésie intra-camérulaire (par le chirurgien) avaient été effectuées. Il a expliqué que les douleurs ressenties par le recourant pendant l'opération pouvaient provenir des incisions pratiquées dans la cornée, puis, par la suite, qu'elles étaient plus en relation avec l'iris et la traction zonulaire sur le corps ciliaire. Il a évoqué également une composante psychique et affirmé qu'un patient adéquatement rassuré par l'équipe soignante ressentira moins fortement les douleurs. Il a estimé que l'intensité de ces douleurs ne devait pas être très importante, dès lors que la pression artérielle et le rythme cardiaque du recourant n'avaient pas augmenté. Enfin, l'expert a relevé qu'il était en théorie possible que les douleurs ressenties par le recourant pendant l'opération soient liées à une hémorragie expulsive débutante, mais que cette éventualité était fort peu probable, car elle aurait entraîné une modification rapide du champ opératoire, que la Dresse A._ aurait remarquée tout de suite et surtout au premier jour post-opératoire.
L'expert a expliqué de manière claire et convaincante le déroulement de l'anesthésie et les raisons qui pouvaient expliquer pourquoi le recourant avait ressenti des douleurs pendant l'opération. Les conclusions, auxquelles il a abouti, n'apparaissent ni contradictoires ni entachées de défauts manifestes. Il ne ressort nullement des déclarations de la Dresse A._ et de l'infirmière anesthésiste, auxquelles renvoie le recourant, que le recourant ait bougé lors de l'opération, ce qui aurait entraîné un geste maladroit de la Dresse A._. Dans ces conditions, on ne saurait reprocher à la cour cantonale d'avoir suivi les conclusions de l'expertise et conclu que l'anesthésie s'était déroulée conformément aux règles de l'art.
5.2.5. Le recourant fait grief à l'expert d'avoir retenu, comme cause de sa cécité, une hémorragie expulsive, alors que, de l'aveu de l'expert, ce phénomène est extrêmement rare.
Pour l'expert, c'est une hémorragie expulsive qui est la cause de la cécité de l'oeil gauche du recourant (expertise, réponse 15). De telles hémorragies sont certes très rares (entre 0,013 et 0,5 %), mais le recourant présentait des facteurs de risques: il était diabétique (augmentation de la fragilité vasculaire), il était un hypertendu traité, avait subi la pose de stents cardiaques et était sous un traitement de sintrom (médicament liquéfiant le sang et donc augmentant le risque d'hémorragies) (expertise, réponse 2). Selon l'expert, " les hémorragies choroïdiennes et intravitréennes massives étaient survenues durant le trajet de D._ à G._ ". L'expert a en effet expliqué qu'une comparaison entre la description clinique retranscrite dans le dossier de la Dresse A._ et les constats effectués en imagerie à l'Hôpital F._ montrait une nette aggravation de la situation. A D._, la chambre antérieure était formée, il n'y avait pas d'hyphéma (sang) en chambre antérieure et la pression intraoculaire était à 30 mmHg (ce qui n'était pas inhabituel au premier jour post-opératoire). A G._, on constatait une quasi-athalamie (quasi-disparition de la chambre antérieure), un petit hyphéma de 0,5 mm (présence de sang sédimenté en chambre antérieure) et une pression qui avait nettement augmenté (expertise, réponse 13).
L'expert a expliqué de manière convaincante la cause de la cécité de l'oeil gauche du recourant. En se fondant sur les documents mis à sa disposition par la Dresse A._ et l'Hôpital F._ à G._, il a pu établir que l'hémorragie avait eu lieu lors du transport du recourant à G._. Ses conclusions n'apparaissent ni contradictoires ni entachées de défauts manifestes. Dans tous les cas, le recourant ne le démontre pas. Dans cette mesure, l'argumentation du recourant est insuffisante et, partant, irrecevable.
6.
Le recourant reproche au ministère public d'avoir refusé de poser des questions complémentaires à la Dresse A._ en lien avec l'expertise du 20 janvier 2017. Il dénonce la violation des art. 317 et 318 CPP.
L'<ref-law> prévoit une audition finale du prévenu pour consigner par écrit, dans une forme concise et claire, les délits reprochés au prévenu. En principe, une telle audition sera effectuée uniquement en cas de renvoi devant un tribunal (MOREILLON/PAREIN-REYMOND, Petit commentaire du Code de procédure pénale, 2e éd., 2016, n° 5 ad <ref-law>). Elle sera en revanche inutile en cas d'ordonnance de classement (SCHMID/JOSITSCH, Schweizerische Strafprozessordnung, Praxiskommentar, 3e éd., 2018, n° 2 ad art. 317). Le recourant ne saurait tirer un droit de cette disposition.
Dans la mesure où le recourant reproche à la cour cantonale d'avoir rejeté ses réquisitions de preuves (cf. <ref-law>), son grief est également infondé. Au vu des preuves administrées et des éclaircissements apportés par l'expertise, la cour cantonale a considéré, sans arbitraire, que la responsabilité pénale de la Dresse A._ n'était pas engagée sans qu'une nouvelle audition de celle-ci ne soit nécessaire. Le recourant ne démontre pas en quoi cette appréciation serait arbitraire.
Le recourant fait grief aux autorités cantonales de ne pas avoir tenu compte des questions complémentaires qu'il a déposées le 5 juillet 2017, au motif que le dépôt de ces questions était tardif. L'<ref-law> prévoit que la direction de la procédure porte le rapport d'expertise écrit à la connaissance des parties et leur fixe un délai pour observations. En l'espèce, le ministère public a imparti aux parties le 27 janvier 2017 un délai échéant au 7 février 2017 afin de faire valoir leurs éventuelles observations ou demandes de complément, voire de clarification du rapport d'expertise. Dans ces conditions, c'est à juste titre que la cour cantonale a considéré que le dépôt des questions complémentaires intervenu cinq mois après le délai fixé en application de l'<ref-law> était tardif et, partant, irrecevable. Pour le surplus, l'<ref-law> ne permet pas de poser des questions complémentaires à l'expert, mais de présenter des réquisitions de preuves complémentaires.
7.
Le recourant soutient que la cour cantonale a établi les faits de manière arbitraire sur plusieurs points.
7.1. Le Tribunal fédéral ne peut revoir les faits établis par l'autorité précédente que si ceux-ci l'ont été de manière manifestement inexacte (<ref-law>), c'est-à-dire arbitraire (sur cette notion, cf. <ref-ruling> consid. 6.1 p. 205) et pour autant que la correction du vice soit susceptible d'influer sur le sort de la cause (<ref-law>). En bref, une décision n'est pas arbitraire du seul fait qu'elle apparaît discutable ou même critiquable; il faut qu'elle soit manifestement insoutenable, et cela non seulement dans sa motivation, mais aussi dans son résultat (<ref-ruling> consid. 2.3.1 p. 244).
Le grief d'arbitraire doit être invoqué et motivé de manière précise (<ref-law>). Le recourant doit exposer, de manière détaillée et pièces à l'appui, que les faits retenus l'ont été d'une manière absolument inadmissible, et non seulement discutable ou critiquable. Il ne saurait se borner à plaider à nouveau sa cause, contester les faits retenus ou rediscuter la manière dont ils ont été établis comme s'il s'adressait à une juridiction d'appel (<ref-ruling> consid. 3 p. 352; <ref-ruling>). Le Tribunal fédéral n'entre pas en matière sur les critiques de nature appellatoire (<ref-ruling> consid. 2.4 p. 368).
7.2. Le recourant reproche à la cour cantonale d'avoir versé dans l'arbitraire en retenant qu'il avait consenti à ce que l'opération vise également à corriger la myopie. Selon le recourant, la Dresse A._ aurait choisi seule de l'opérer également de sa myopie, sans l'informer à cet égard et il n'aurait jamais donné son consentement sur ce point.
Ce grief est sans objet. Bien que l'opération dût également porter sur la pose d'une lentille pour corriger la myopie du recourant, la Dresse A._ n'a effectué aucun geste tendant à cette opération. En effet, compte tenu de la fragilité du sac contenant le cristallin naturel (sa capsulaire) et des risques liés à une rupture de ce sac, elle s'est limitée à enlever aussi bien que possible ce cristallin naturel, tout en renonçant à implanter un nouveau cristallin artificiel (cf. arrêt attaqué p. 2 s.; 6).
7.3. Le recourant fait grief à la cour cantonale d'avoir versé dans l'arbitraire en déclarant qu'elle ne voyait pas pour quel motif l'expert aurait dû se récuser.
Savoir si les conditions de la récusation de l'expert sont réalisées est une question de droit. A juste titre, la cour cantonale a retenu que les circonstances du cas d'espèce n'éveillaient pas une apparence de prévention (cf. consid. 4.2). Pour le surplus, le recourant ne soutient pas ni n'établit que la cour cantonale aurait omis, de manière arbitraire, un élément qui aurait pu donner à penser que l'expert aurait eu une activité partiale. Dans cette mesure, le grief du recourant est insuffisamment motivé et, partant, irrecevable.
7.4. Le recourant se plaint que la cour cantonale aurait arbitrairement retenu que l'expert pouvait renoncer à entendre le recourant; elle aurait également arbitrairement écarté le grief du recourant, selon lequel l'expert n'avait pas eu connaissance des procès-verbaux d'audition des trois personnes entendues à titre de renseignements.
Le recourant mélange les questions de fait, de droit et de recevabilité. Comme vu ci-dessus, le ministère public n'a pas violé l'<ref-law> en n'entendant pas la Dresse A._ avant de clore l'instruction (cf. consid. 6). Pour le reste, la cour cantonale a déclaré irrecevable le grief du recourant, selon lequel l'expert n'avait pas eu connaissance de certains procès-verbaux, pour défaut de motivation suffisante; le recourant ne peut soulever devant le Tribunal fédéral que des griefs relatifs à l'irrecevabilité. Ses critiques ne permettent pas de mettre en cause le motif d'irrecevabilité retenu en instance cantonale.
7.5. Le recourant reproche à la cour cantonale d'avoir arbitrairement considéré que l'expertise était complète et que le recourant avait omis de déposer des observations dans les délais fixés par le ministère public.
Le recourant n'explique pas sur quels points l'expertise serait incomplète. En outre, il n'expose pas pourquoi la cour cantonale aurait dû fixer un nouveau délai pour déposer des observations après le refus de la demande de récusation. Sa critique est irrecevable.
7.6. Le recourant fait grief à la cour cantonale de s'être arbitrairement fondée sur le rapport d'expertise.
Le recourant conteste les conclusions de la cour cantonale. Il n'expose toutefois pas pour quels motifs la cour cantonale aurait dû s'écarter de l'expertise (cf. consid. 5). Insuffisamment motivé, le grief soulevé est irrecevable.
7.7. Le recourant reproche à la cour cantonale d'avoir versé dans l'arbitraire en retenant que l'expert s'était fondé sur les documents à disposition et que ceux-ci lui avaient permis de constater qu'une anesthésie topique (de surface) et une anesthésie intra-camérulaire avaient été effectuées.
Selon le recourant, l'expert n'avait pas dans les mains l'ensemble des éléments lui permettant de conclure à une hémorragie expulsive choroïdienne. Le recourant relève que quelqu'un a pu omettre des gouttes dans son oeil. Cette argumentation est purement appellatoire: elle ne démontre pas que l'expertise arrive à des conclusions contradictoires et/ou est affectée de défauts graves. Elle est donc irrecevable.
7.8. Le recourant reproche à la cour cantonale d'avoir arbitrairement retenu, sur la base de l'expertise, que la cause de la cécité est une hémorragie survenue pendant le transfert à G._. Il soutient que l'hémorragie a débuté juste après l'opération et met en cause le suivi catastrophique effectué à l'Hôpital C._ et par la Dresse A._, lequel aurait conduit à sa cécité.
La cour cantonale a suivi les conclusions de l'expertise. Le recourant ne démontre pas en quoi celles-ci seraient contradictoires ou entachées de défauts manifestes (cf. consid. 5.2.5). Insuffisamment motivé, le grief soulevé est irrecevable.
7.9. Le recourant se plaint du fait que la Dresse A._ n'a pas été entendue avant la fin de l'instruction (<ref-law>).
Ce grief ne relève pas de l'établissement des faits. Il a déjà été traité au considérant 6.
8.
Le recours doit ainsi être rejeté dans la mesure où il est recevable.
Comme ses conclusions étaient vouées à l'échec, l'assistance judiciaire ne peut être accordée (<ref-law>). Le recourant devra donc supporter les frais judiciaires (<ref-law>), dont le montant sera toutefois fixé en tenant compte de sa situation financière.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2.
La demande d'assistance judiciaire est rejetée.
3.
Les frais judiciaires, arrêtés à 1'200 fr., sont mis à la charge du recourant.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et au Tribunal cantonal de la République et canton de Neuchâtel, Autorité de recours en matière pénale.
Lausanne, le 25 juillet 2018
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Denys
La Greffière : Kistler Vianin