Faits :
A.
A._, né en 1973, informaticien, a déposé une demande de prestations de l'assurance-invalidité le 29 octobre 2012. En se fondant sur les conclusions de l'expertise psychiatrique réalisée par le docteur B._, spécialiste en psychiatrie et psychothérapie (rapport du 14 septembre 2015), l'Office de l'assurance-invalidité du canton de Genève (ci-après: l'office AI) a nié le droit de l'assuré à des prestations de l'assurance-invalidité (décision du 27 juin 2016).
B.
A._ a déféré cette décision à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre des assurances sociales, qui a ordonné la réalisation d'une expertise judiciaire. Dans un rapport établi le 20 avril 2018, le docteur C._, spécialiste en psychiatrie et psychothérapie, a diagnostiqué - avec effet sur la capacité de travail - un trouble panique sévère (actuellement en rémission partielle), un trouble dépressif récurrent (épisode actuel sévère, en rémission partielle) et des troubles mixtes de la personnalité (traits évitants et dépendants); l'assuré avait été dans l'incapacité de travailler de novembre 2011 à avril 2017, puis avait recouvré une capacité de travail de 50 % dans son activité habituelle dès le 1er mai 2017.
Statuant par jugement du 31 octobre 2018, la Cour de justice a admis le recours formé par l'assuré, annulé la décision de l'office AI du 27 juin 2016, dit que l'assuré avait droit à une rente entière d'invalidité dès le 1er avril 2013 et à trois quarts de rente d'invalidité dès le 1er août 2017, puis renvoyé la cause à l'intimé pour nouvelle décision sur mesures de réadaptation.
C.
L'office AI forme un recours en matière de droit public contre ce jugement dont il demande l'annulation en tant qu'il accorde trois quarts de rente à l'intimé dès le 1er août 2017. Il conclut à l'octroi d'une demi-rente d'invalidité en faveur de l'assuré dès le 1er août 2017 et à la confirmation du jugement entrepris pour le surplus. Le recours est assorti d'une requête d'effet suspensif.
A._ conclut au rejet du recours. Il sollicite par ailleurs d'être mis au bénéfice de l'assistance judiciaire pour la procédure fédérale.
L'Office fédéral des assurances sociales a renoncé à se déterminer sur le recours.

Considérant en droit :
1.
En ce qui concerne le droit à la rente d'invalidité, la juridiction cantonale a statué définitivement sur les points contestés. Le recours de l'office AI est dès lors recevable puisqu'il est dirigé contre un jugement final (<ref-law>; arrêt 9C_453/2017 du 6 mars 2018 consid. 2).
2.
2.1. Le recours en matière de droit public peut être formé notamment pour violation du droit fédéral (<ref-law>), que le Tribunal fédéral applique d'office (<ref-law>), n'étant limité ni par les arguments de la partie recourante, ni par la motivation de l'autorité précédente. Le Tribunal fédéral fonde son raisonnement sur les faits retenus par la juridiction de première instance (<ref-law>) sauf s'ils ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> (<ref-law>).
2.2. Dans sa réponse du 21 janvier 2019, l'intimé soutient que le recours ne répond pas aux exigences de motivation définies à l'<ref-law>. Certes succincte, la motivation du recours expose clairement sur quels points la décision entreprise est attaquée. Contrairement à ce que l'intimé semble croire, il n'est par ailleurs pas indispensable que le recourant indique expressément les dispositions légales (le numéro des articles de loi) qui auraient été, selon lui, transgressées (<ref-ruling> consid. 2 p. 88 et les références). On ne voit pour le reste pas en quoi une requête en interprétation ou en rectification aurait dû être déposée devant la juridiction cantonale dans le cas présent. L'office recourant ne se plaint en effet pas d'une formulation peu claire, incomplète, équivoque ou en elle-même contradictoire du dispositif du jugement attaqué, respectivement d'une erreur de calcul, mais d'une violation du droit matériel en relation avec l'évaluation du taux d'invalidité (au sens de l'<ref-law>). Il y a dès lors lieu d'entrer en matière sur le recours.
3.
Compte tenu des motifs et conclusions du recourant, est seul litigieux en l'occurrence le point de savoir si l'intimé a droit à trois quarts de rente dès le 1 er août 2017, comme l'a jugé l'autorité précédente, ou à une demi-rente d'invalidité. L'office recourant conteste plus particulièrement la manière dont les premiers juges ont appliqué le facteur d'abattement (de 15 %) dans le calcul du revenu d'invalide. A cet égard, le jugement entrepris expose de manière complète les règles légales et les principes jurisprudentiels applicables à la notion d'invalidité (<ref-law> et <ref-law>), à son évaluation (<ref-law>), ainsi qu'à la fixation du taux d'abattement du revenu d'invalide (<ref-ruling>). Il suffit d'y renvoyer.
4.
4.1. La juridiction cantonale a, en se fondant sur les conclusions de l'expertise judiciaire, retenu que l'assuré avait présenté une incapacité de travail totale de novembre 2011 à avril 2017, puis de 50 % dès le 1 er mai 2017. Elle a considéré que les revenus avec et sans invalidité reposaient sur les mêmes données statistiques en 2017, de sorte qu'il était superflu de les chiffrer avec exactitude. Dans la mesure où le recourant ne pouvait travailler qu'à temps partiel et qu'il avait été éloigné du marché du travail pendant plusieurs années, elle a procédé à un abattement de 15 % sur le revenu d'invalide. Il en résultait un taux d'invalidité de 65 %, ce qui ouvrait le droit à l'assuré à trois quarts de rente d'invalidité dès le 1 er août 2017.
4.2. Dans son recours, l'office AI reproche à la juridiction cantonale d'avoir cumulé le facteur d'abattement (15 %) au taux d'incapacité de travail (50 %). Il soutient que le facteur d'abattement devait être déduit de la part du salaire statistique que l'assuré était toujours en mesure de réaliser. Le taux d'invalidé s'élèverait dès lors à 57,5 % et donnerait droit à une demi-rente d'invalidité dès le 1 er août 2017.
4.3. Dans sa réponse, l'intimé soutient que la juridiction cantonale a mentionné par erreur un taux d'abattement de 15 % alors qu'elle considérait en réalité un taux de 20 à 25 %. Dans la mesure où le calcul précis du taux d'abattement n'est pas explicité dans le jugement attaqué, une erreur sur la mention du taux d'abattement ne serait en tout cas pas moins crédible qu'une erreur sur le calcul du degré d'invalidité.
5.
5.1. Il n'est pas contesté entre les parties qu'en l'absence d'activité exercée par l'intimé, il convient de se référer aux données statistiques pour déterminer le taux d'invalidité et qu'en raison d'une capacité résiduelle de travail dans toute activité (50 %), il faut se fonder sur les mêmes données statistiques pour déterminer les revenus avec et sans invalidité. Or, comme indiqué par les premiers juges, dans ces circonstances, il n'est pas nécessaire de chiffrer précisément les revenus avec et sans invalidité dans la mesure où le taux d'invalidité se confond avec le taux d'incapacité de travail. Même s'il n'est pas indispensable de déterminer avec précision les salaires de références, il n'en demeure pas moins que, dans cette situation, l'évaluation de l'invalidité repose sur des données statistiques. Par conséquent, une réduction supplémentaire du revenu d'invalide (abattement) est possible en fonction des circonstances personnelles et professionnelles du cas particulier (arrêt 9C_692/2017 du 12 mars 2018 consid. 5 et les références).
5.2. En l'occurrence, l'autorité précédente a fixé le facteur d'abattement à 15 % et l'a cumulé avec le taux d'incapacité de travail de 50 % pour arrêter le taux d'invalidité à 65 %. Cette façon de procéder est contraire à la jurisprudence constante dès lors que l'abattement doit être appliqué au revenu d'invalide (<ref-ruling>). Concrètement, il convient d'appliquer l'abattement de 15 % à la part du salaire statistique que l'intimé est toujours susceptible de réaliser (15 % de 50 %, soit 7,5 %), puis de déduire le résultat obtenu de ladite part salariale (50 % - 7,5 % = 42,5 %). La différence obtenue correspond à la perte de gain effective, soit 57,5 % (100 % - 42,5 %). Ce taux d'invalidité ouvre, comme le soutient à juste titre l'office AI, le droit à une demi-rente d'invalidité (<ref-law>).
5.3. Pour le surplus, on ne saurait suivre l'intimé lorsqu'il affirme que la juridiction cantonale entendait en réalité prendre en considération un facteur d'abattement de 20 à 25 %. Il s'agit là d'une pure conjecture dont le bien-fondé n'est en aucune façon démontré et qui ne trouve aucun appui dans les constatations cantonales.
6.
Ensuite des considérations qui précèdent, le recours de l'office AI est admis et le jugement attaqué réformé en ce sens que l'intimé a droit à une demi-rente d'invalidité dès le 1 er août 2017. Le présent arrêt rend sans objet la demande d'effet suspensif déposée par l'office recourant.
7.
Vu l'issue de la procédure, les frais afférents à la présente procédure seront supportés par A._ (<ref-law>). Dès lors que l'intimé est dans le besoin et que ses conclusions ne paraissaient pas d'emblée vouées à l'échec (<ref-ruling> consid. 2.3 p. 477), sa requête d'assistance judiciaire doit être admise.
L'intimé est rendu attentif au fait qu'il devra rembourser la Caisse du Tribunal fédéral, s'il retrouve ultérieurement une situation financière lui permettant de le faire (<ref-law>).
L'issue du litige n'a en revanche pas d'incidence sur la répartition des frais et dépens de première instance (cf. <ref-law> et 68 al. 5 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est admis. Le chiffre 4 du dispositif de la décision de la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre des assurances sociales, du 31 octobre 2018 est modifié en ce sens que A._ a droit à une rente entière d'invalidité dès le 1 er avril 2013, puis à une demi-rente d'invalidité dès le 1 er août 2017.
2.
L'assistance judiciaire est accordée et M e David Metzger est désigné comme avocat d'office de l'intimé.
3.
Les frais judiciaires, arrêtés à 800 fr., sont mis à la charge de l'intimé. Ils sont toutefois supportés provisoirement par la Caisse du Tribunal fédéral.
4.
Une indemnité de 2'400 fr. est allouée à l'avocat de l'intimé à titre d'honoraires à payer par la Caisse du Tribunal fédéral.
5.
Le présent arrêt est communiqué aux parties, à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre des assurances sociales, et à l'Office fédéral des assurances sociales.
Lucerne, le 7 mars 2019
Au nom de la IIe Cour de droit social
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente : Pfiffner
Le Greffier : Bleicker