Faits :
A.
A.a. A._ SA (ci-après: l'employeuse, la défenderesse, la recourante) a engagé C._ (ci-après: le travailleur, le demandeur, l'intimé) à compter du 8 février 2010 en qualité de délégué technico-commercial pour un salaire mensuel brut garanti de 2'500 fr. et de 2'000 fr. d'avance sur commissions, soit un total mensuel de 4'500 fr. auquel s'ajoutait 10% du chiffre d'affaires traitées, étant précisé que le chiffre d'affaires minimum requis pour ce poste était de 250'000 fr. par année. Le travailleur bénéficiait en outre d'un véhicule de fonction. Le contrat prévoyait qu'en cas d'absence due à la maladie, l'employeur versait le salaire durant trois mois de la cinquième à la dixième année de service.
Le travailleur a été promu directeur commercial par la suite.
Dès 2012, la rémunération convenue est litigieuse entre les parties.
L'employeuse soutient être convenu avec le travailleur ainsi qu'un autre collaborateur, B._, d'un salaire déterminé uniquement en fonction des résultats enregistrés, avec le versement d'avances mensuelles.
Le travailleur conteste qu'un tel accord ait abouti. Il soutient qu'un salaire fixe était convenu, ainsi que le versement d'une prime en cas de bénéfice.
Entre février et juillet 2012, le salaire mensuel versé au travailleur a fluctué entre 9'500 fr. et 12'724 fr. 35, son salaire garanti, hors avances sur commissions, passant de 2'500 fr. à 7'300 fr. en mai 2012, à 6'500 fr. en juin 2012 et à 5'000 fr. en juillet 2012. Dès le mois d'août 2012, son salaire mensuel brut s'est élevé à 4'500 fr. puis à 6'000 fr. de septembre 2013 à mars 2014, puis à 8'000 fr. d'avril 2014 à avril 2016, à l'exception des mois de juin 2014, d'octobre 2014 et de mai 2015 où il s'est élevé à respectivement 10'970 fr., 13'000 fr. et 12'000 fr. A compter du mois de mai 2016, son salaire mensuel brut s'est élevé à 8'070 fr.
A.b. A compter du 26 mars 2018, le travailleur et B._ se sont tous deux trouvés en incapacité de travailler pour cause de maladie. Le travailleur a recouvré sa pleine capacité de travail le 16 juillet 2018. Le travailleur a bénéficié d'indemnités journalières à hauteur de 1'485 fr. 75 du 25 au 31 mai 2018, de 6'367 fr. 50 pour le mois de juin 2018 ainsi que de 3'183 fr. 75 du 1er au 15 juillet 2018 sur la base d'une assurance collective d'indemnités journalières en cas de maladie conclue par l'employeuse dès le 1er janvier 2016. A teneur de cette assurance, le versement d'indemnités journalières était prévu à hauteur de 80% du salaire dès le 61ème jour de maladie.
A.c. Par courrier du 11 avril 2018, l'employeuse a informé le travailleur du fait que l'exercice comptable de la société pour l'année 2016 laissait apparaître un solde à charge du travailleur et en faveur de l'employeuse, d'un montant avoisinant 70'000 fr. et qu'elle procéderait à une adaptation immédiate de son salaire afin de ne pas mettre en péril la stabilité financière de l'entreprise. L'employeuse demandait au travailleur de lui soumettre une proposition d'arrangement pour procéder au réajustement des comptes d'ici au 20 avril 2018. A défaut, elle se verrait contrainte de prendre toutes les mesures à sa disposition, y compris une éventuelle consignation des salaires.
Dès cette date, le travailleur a perçu un salaire mensuel brut de 4'070 fr. pour le mois de février 2018, un montant de 4'000 fr. ayant été retenu sur son salaire. Il a touché le même montant pour le mois de mars 2018.
Par courrier du 26 avril 2018, le travailleur a contesté devoir un montant de 70'000 fr., a rappelé qu'il était en incapacité de travail et a mis l'employeuse en demeure de lui verser l'intégralité de son salaire de février à avril 2018 dans un délai de dix jours, faute de quoi il agirait par voie de poursuite. Il a en sus réclamé sa participation au bénéfice de l'exercice 2017.
Le travailleur a entamé une poursuite le 6 juin 2018 portant sur la somme de 16'070 fr. et correspondant au montant encore dû à titre de salaire des mois de février à avril 2018. L'employeuse y a fait opposition totale.
Le 11 juillet 2018, le travailleur a résilié son contrat de travail avec effet immédiat par courrier recommandé.
Le 31 août 2018, l'employeuse a fait notifier au travailleur un commandement de payer portant sur la somme de 47'000 fr. correspondant au trop-perçu du salaire pour les années 2016 et 2017. Le travailleur y a fait opposition totale.
B.
Par demande du 10 décembre 2018, suite à l'échec de la conciliation, le travailleur a conclu au paiement par l'employeuse, d'une somme de 74'881 fr. 50 avec intérêts, à titre de salaires pour les mois de février 2018 à septembre 2018, ainsi que de vacances non prises et d'indemnités pour tort moral. Il a conclu en outre au prononcé de la mainlevée de l'opposition au commandement de payer du 6 juin 2018.
La caisse D._ s'est subrogée au travailleur, à concurrence d'un montant net de 8'096 fr. 35 avec intérêts, correspondant aux indemnités de chômage versées au travailleur pour la période du 16 juillet au 31 août 2018.
L'employeuse a conclu au déboutement du travailleur et de la caisse D._ de toutes leurs conclusions. Reconventionnellement, elle a conclu au remboursement d'avances sur salaires payées en trop de 32'368 fr. pour l'année 2016, et de 10'618 fr. 50 pour l'année 2017 avec intérêts, ainsi qu'au prononcé de la mainlevée définitive de l'opposition formée par le travailleur au commandement de payer du 31 août 2018. Elle a également conclu à la restitution de son véhicule de fonction par le travailleur, sous la menace de la peine d'amende prévue par l'<ref-law>, ainsi qu'à un montant de 9'275 fr. pour l'utilisation du véhicule du 26 mars 2018 au 1er avril 2019, puis à un montant de 25 fr. par jour dès le 2 avril 2019 et jusqu'à restitution du véhicule.
Le travailleur a conclu au déboutement de l'employeuse de toutes ses conclusions reconventionnelles.
En audience de plaidoiries finales, le 6 novembre 2019, l'employeuse a amplifié ses conclusions, réclamant désormais 14'470 fr. avec intérêts pour l'appropriation et l'utilisation du véhicule de fonction ainsi que 25 fr. par jour dès le 7 novembre 2019. Elle a persisté pour le surplus dans ses conclusions (<ref-law>). Le travailleur a maintenu ses conclusions.
Par jugement du 22 avril 2020, le Tribunal des prud'hommes a déclaré irrecevable l'amplification de la demande reconventionnelle intervenue après l'ouverture des débats principaux, l'employeuse n'ayant pas invoqué de nova pour la justifier. Au fond, il a considéré que le travailleur n'avait pas perçu trop de salaire pour les années 2016 et 2017, de sorte qu'il ne devait aucun remboursement à l'employeuse à ce titre. L'employeuse, elle, devait au travailleur le versement de plusieurs salaires. Ainsi, le Tribunal des prud'hommes a condamné l'employeuse à payer au travailleur les sommes de:
- 4'000 fr. bruts à titre de solde du salaire du mois de février 2018;
- 4'000 fr. bruts à titre de solde du salaire du mois de mars 2018;
- 8'070 fr. bruts à titre de salaire du mois d'avril 2018;
- 8'164 fr. 35 bruts à titre de salaire du mois de mai 2018;
- 4'035 fr. bruts à titre de solde du salaire du mois de juillet 2018;
- 8'070 fr. bruts à titre de salaire du mois d'août 2018;
- 6'018 fr. 20 bruts à à titre d'indemnités pour vacances non prises, le tout avec intérêts.
Des sommes précitées devait être déduit le montant de 8'096 fr. 35 qui revenait à la caisse D._. Le Tribunal des prud'hommes a invité la partie qui en avait la charge, à opérer les déductions sociales et légales usuelles et a ordonné la mainlevée de l'opposition formée par l'employeuse au commandement de payer du 6 juin 2018. Le Tribunal des prud'hommes a en outre condamné l'employeuse à payer à la caisse D._, le montant de 8'096 fr. 35 avec intérêts, et a ordonné au travailleur de restituer à l'employeuse son véhicule de fonction dès l'entrée en force du jugement, sans toutefois le soumettre à la menace de l'amende selon l'<ref-law>. Le Tribunal des prud'hommes a débouté les parties de toute autre conclusion.
L'employeuse a appelé de ce jugement, concluant à ce que le travailleur soit condamné à lui payer un montant de 32'368 fr. pour le salaire perçu en trop en 2016, à un montant de 12'480 fr. 50 pour le salaire perçu en trop en 2017, et à un montant de 14'470 fr. pour l'appropriation et l'utilisation du véhicule de fonction du 26 mars 2018 au 6 novembre 2019. Le travailleur a formé un appel joint. La cour cantonale a statué à nouveau pour condamner le travailleur à restituer son véhicule de fonction dès la réception du paiement intégral des montants dus conformément au reste du dispositif du jugement de première instance, sous réserve de la réalisation du véhicule conformément à l'<ref-law>. La cour cantonale a confirmé le jugement entrepris pour le surplus, a débouté les parties de toutes autres conclusions et mis les frais de l'appel à la charge de l'employeuse.
C.
Contre cet arrêt qui lui a été notifié le 4 août 2021, l'employeuse a interjeté un recours en matière civile auprès du Tribunal fédéral le 14 septembre 2021 concluant à son annulation et au déboutement du travailleur et de la caisse D._ de toutes leurs conclusions, et à l'admission de sa demande reconventionnelle dans ses conclusions prises en appel. Elle a en outre requis la restitution de l'effet suspensif de son recours. Subsidiairement, elle conclut au renvoi de la cause à la cour cantonale pour nouvelle décision au sens des considérants.
L'intimé a présenté des observations relatives à la requête de restitution de l'effet suspensif mais n'a pas été invité à se déterminer sur le fond.
La cour cantonale se réfère aux considérants de son arrêt.
Par ordonnance du 27 octobre 2021, la requête de restitution de l'effet suspensif a été rejetée.

Considérant en droit :
1.
Interjeté en temps utile (<ref-law> et 46 al. 1 let. b LTF) par la partie qui a succombé dans ses conclusions (<ref-law>), dirigé contre un arrêt final (<ref-law>) rendu sur appel par un tribunal cantonal supérieur (<ref-law>) dans une affaire de droit du travail (<ref-law>), dont la valeur litigieuse atteint le seuil de 15'000 fr. requis en la matière (<ref-law>), le recours en matière civile est recevable au regard de ces dispositions.
2.
2.1. Le recours en matière civile peut être exercé pour violation du droit fédéral (<ref-law>), y compris le droit constitutionnel (<ref-ruling> consid. 2.1; <ref-ruling> consid. 2.4). Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (<ref-law>). Compte tenu de l'exigence de motivation contenue à l'art. 42 al. 1 et 2 LTF, sous peine d'irrecevabilité (<ref-law>), le Tribunal fédéral n'examine en principe que les griefs invoqués, sauf en cas d'erreurs juridiques manifestes. Il n'est pas tenu de traiter, comme le ferait une autorité de première instance, toutes les questions juridiques qui pourraient se poser, lorsque celles-ci ne sont plus discutées devant lui (<ref-ruling> consid. 2, 115 consid. 2; <ref-ruling> consid. 1.3). Par exception à la règle selon laquelle il applique le droit d'office, il n'examine la violation d'un droit constitutionnel que si le grief a été invoqué et motivé de façon détaillée (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 2.3; <ref-ruling> consid. 1.3; <ref-ruling> consid. 1.4 in fine).
2.2. Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>). Relèvent de ces faits tant les constatations relatives aux circonstances touchant l'objet du litige que celles concernant le déroulement de la procédure conduite devant l'instance précédente et en première instance, c'est-à-dire les constatations ayant trait aux faits procéduraux (<ref-ruling> consid. 1.3.1 et les références citées). Le Tribunal fédéral ne peut rectifier ou compléter les constatations de l'autorité précédente que si elles sont manifestement inexactes, c'est-à-dire arbitraires (<ref-ruling> consid. 1.3.1; <ref-ruling> consid. 2; <ref-ruling> consid. 1.5) ou ont été établies en violation du droit au sens de l'<ref-law> (<ref-law>). Encore faut-il que la correction du vice soit susceptible d'influer sur le sort de la cause (<ref-law>).
3.
La recourante invoque une appréciation arbitraire des preuves dans la constatation de la volonté des parties au contrat concernant le salaire du travailleur, une violation des règles sur l'interprétation du contrat de travail (art. 18, 322 et 324 CO), une violation des règles relatives au droit de rétention de son véhicule de fonction par le travailleur (art. 41, 97, 321b CO et 895 CC), de n'avoir pas astreint le travailleur à une sanction pénale en cas de non-respect de la décision à intervenir (<ref-law>, 895 CC et 292 CP) ainsi que d'une violation de l'exception d'inexécution dans la restitution des prestations des parties (art. 82, 321b CO et 895 CC).
4.
Sous le titre de l'appréciation arbitraire des faits et preuves (art. 9 Cst.), ainsi que sous le titre de la violation des art. 18, 322 et 324 CO, la recourante soutient que la cour cantonale, en établissant la volonté subjective des parties au contrat de travail, a retenu de manière arbitraire que le salaire du travailleur comportait une part fixe s'élevant à 8'070 fr. Elle prétend plutôt que celui-ci comportait une part fixe de 3'200 fr. et que la cour cantonale aurait dû établir ce fait en se fondant sur le témoignage de E._, employée de la recourante, et de celui de F._, représentant la fiduciaire de la recourante.
4.1. En droit suisse des contrats, la question de savoir si les parties ont conclu un accord est soumise au principe de la priorité de la volonté subjective sur la volonté objective (<ref-ruling> consid. 5.2.1; <ref-ruling> consid. 2b).
Lorsque les parties se sont exprimées de manière concordante (échange de manifestations de volonté concordantes; übereinstimmende Willenserklärungen), qu'elles se sont effectivement comprises et, partant, ont voulu se lier, il y a accord de fait (tatsächlicher Konsens); si au contraire, alors qu'elles se sont comprises, elles ne sont pas parvenues à s'entendre, ce dont elles étaient d'emblée conscientes, il y a un désaccord patent (offener Dissens) et le contrat n'est pas conclu (<ref-ruling> consid. 5.2.1).
Subsidiairement, si les parties se sont exprimées de manière concordante, mais que l'une ou les deux n'ont pas compris la volonté interne de l'autre, ce dont elles n'étaient pas conscientes dès le début, il y a désaccord latent (versteckter Dissens) et le contrat est conclu dans le sens objectif que l'on peut donner à leurs déclarations de volonté selon le principe de la confiance; en pareil cas, l'accord est de droit (ou normatif) (<ref-ruling> consid. 5.2.1; <ref-ruling> consid. 2b; GAUCH/SCHLUEP/SCHMID, Schweizerisches Obligationenrecht, Allgemeiner Teil, vol. I, 11e éd. 2020, n. 308 ss).
4.2.
4.2.1. En procédure, le juge doit donc rechercher, dans un premier temps, la réelle et commune intention des parties (interprétation subjective), le cas échéant empiriquement, sur la base d'indices. Constituent des indices en ce sens non seulement la teneur des déclarations de volonté - écrites ou orales -, mais encore le contexte général, soit toutes les circonstances permettant de découvrir la volonté réelle des parties, qu'il s'agisse de déclarations antérieures à la conclusion du contrat ou de faits postérieurs à celle-ci, en particulier le comportement ultérieur des parties établissant quelles étaient à l'époque les conceptions des contractants eux-mêmes (<ref-ruling> consid. 5.2.2; arrêt 4A_643/2020 du 22 octobre 2021 consid. 4.2.3).
4.2.2. L'appréciation de ces indices concrets par le juge, selon son expérience générale de la vie, relève du fait. Si le juge parvient à la conclusion que les parties se sont comprises ou, au contraire, qu'elles ne se sont pas comprises, il s'agit de constatations de fait qui lient le Tribunal fédéral (<ref-law>), à moins qu'elles ne soient manifestement inexactes (art. 97 al. 1 et 105 al. 2 LTF), c'est-à-dire arbitraires au sens de l'art. 9 Cst. (<ref-ruling> consid. 5.2.2 et les arrêts cités).
4.3. En l'espèce, la cour cantonale a interprété le contrat en recherchant en premier lieu la réelle et commune intention des parties. Elle a considéré, d'une part, le témoignage de E._ et de F._. D'autre part, elle a tenu compte du comportement des parties ultérieur à la conclusion du contrat. La cour cantonale a apprécié le témoignage de E._ avec réserve, en raison du fait qu'elle était encore employée de la recourante, qu'elle entretenait une relation d'amitié avec l'administrateur unique de la recourante et qu'ils partaient même en vacances ensemble. Quant au représentant de la fiduciaire de l'employeuse, la cour cantonale a considéré que ses déclarations étaient confuses, dans la mesure où il avait indiqué que le changement dans la rémunération du travailleur était intervenu en 2012-2013, avant d'affirmer que l'accord pour le nouveau mode de rémunération avait dû être passé après la fin 2014. En outre, la rémunération selon ce témoin ne correspondait pas aux allégués de l'employeuse.
Quant au comportement ultérieur des parties, la cour cantonale a considéré que la rémunération effectivement perçue par le travailleur n'était pas conforme à ce que soutenaient les témoins. De plus, les bénéfices annuels et chiffres d'affaires n'avaient jamais donné lieu à un ajustement du salaire du travailleur, comme cela aurait dû être le cas si le mode de rémunération allégué par l'employeuse avait été convenu par les parties. En outre, les bulletins de salaire désignaient le montant versé mensuellement comme " salaire " et non comme " avance " qui devrait faire l'objet d'un remboursement, une fois les comptes annuels établis.
4.4. Ce faisant, la cour cantonale a été en mesure, par appréciation des preuves, de déterminer la réelle et commune intention des parties, qui ressortit aux faits. Elle n'a pas commis l'arbitraire en retenant une valeur probante atténuée du témoignage de E._ et de celui de F._, compte tenu des relations de dépendance à l'employeuse et personnelles avec son administrateur unique de la première, et des contradictions du second. La démonstration de la recourante ne suffisant pas à démontrer l'arbitraire dans l'établissement des faits, son grief d'établissement manifestement inexact des faits est irrecevable.
4.5. Compte tenu de l'état de fait retenu par la cour cantonale, notamment pour ce qui a trait à l'établissement de la volonté réelle et commune des parties au contrat de travail, la cour cantonale n'a pas violé le droit en retenant cette interprétation subjective des manifestations de volonté des parties en vertu de l'<ref-law>. Le grief de la recourante doit ainsi être rejeté.
5.
5.1. Sous le titre de la violation des art. 41, 97 et 321b CO et 895 CC en lien avec l'appréciation arbitraire des faits, la recourante reproche à la cour cantonale d'avoir reconnu au travailleur un droit de rétention de son véhicule de fonction en garantie du paiement d'une créance retenue par la cour cantonale de manière arbitraire. Elle considère que, le travailleur n'ayant pas de créance à faire valoir à l'encontre de l'employeuse, il n'était pas en droit d'exercer de droit de rétention sur son véhicule de fonction.
5.2. La recourante fonde son argument sur un état de fait différent de celui établi sans arbitraire par la cour cantonale (cf. consid. 4). Dès lors qu'elle se prévaut d'une violation du droit fondée sur le fait que le travailleur n'aurait pas de créance à faire valoir contre l'employeuse, contrairement à ce qu'a retenu la cour cantonale, son grief doit être rejeté.
6.
6.1. Sous le titre de la violation des <ref-law>, 895 CC et 292 CP en lien avec l'appréciation arbitraire des preuves, la recourante soutient que la cour cantonale a arbitrairement considéré qu'il pouvait être renoncé à condamner le travailleur à restituer son véhicule de fonction sous la menace de la peine prévue à l'<ref-law>, dans l'hypothèse où les circonstances font apparaître que la décision à intervenir sera exécutée sans problème par le travailleur. La cour cantonale aurait arbitrairement retenu qu'il n'y avait, dans le cas d'espèce, aucun risque que le travailleur ne se conforme pas à la décision rendue.
L'employeuse soutient que, dès lors que le travailleur ne dispose d'aucune créance envers l'employeuse, sa rétention de son véhicule de fonction est injustifiée et qu'elle démontrerait qu'il n'est pas disposé à exécuter la décision à intervenir.
6.2. En fondant son argumentation sur l'absence de créance du travailleur envers l'employeuse, la recourante se base sur un fait non retenu par la cour cantonale. Il n'en sera donc pas tenu compte.
Dès lors, la cour cantonale a considéré qu'en vertu de l'état de fait qu'elle a retenu, aucune circonstance ne laisse penser que l'intimé ne se conformerait pas à la décision à intervenir. Cela découle en particulier du fait que le travailleur ne retient le véhicule qu'en vertu de son droit de rétention en attendant le paiement de sa créance. L'employeuse n'a en outre avancé aucun élément de nature à laisser craindre que le travailleur ne se conformerait pas à la décision à intervenir. L'application de l'<ref-law> par la cour cantonale ne prête donc pas le flanc à la critique et le grief de la recourante doit être rejeté.
7.
Sous le titre de la violation de l'art. 82 et 321b CO et 895 CC, la recourante soutient que la cour cantonale aurait à tort condamné la recourante au paiement intégral de la créance du travailleur avant que celui-ci ne doive restituer son véhicule de fonction. La recourante soutient qu'une telle obligation viole son droit à retenir l'exécution de sa prestation tant que son cocontractant n'a pas offert d'exécuter la sienne, en vertu de l'<ref-law>.
7.1. Aux termes de l'<ref-law>, celui qui poursuit l'exécution d'un contrat bilatéral doit avoir exécuté ou offrir d'exécuter sa propre obligation, à moins qu'il ne soit au bénéfice d'un terme d'après les clauses ou la nature du contrat. Selon le texte même de l'<ref-law>, cette disposition s'applique aux contrats bilatéraux; elle vise directement les prestations d'un seul et même contrat synallagmatique promises l'une en échange de l'autre, soit celles qui dépendent l'une de l'autre pour leur naissance et leur exécution (<ref-ruling> consid. 2b; <ref-ruling> consid. 3b; <ref-ruling> consid. 1). En ce sens, l'<ref-law> est une modalité d'exécution du contrat.
En vertu de l'<ref-law>, le créancier qui, du consentement du débiteur, se trouve en possession de choses mobilières appartenant à ce dernier, a le droit de les retenir jusqu'au paiement, à la condition que sa créance soit exigible et qu'il y ait un rapport naturel de connexité entre elle et l'objet retenu.
7.2. En l'espèce, la recourante ne poursuit plus l'exécution du contrat. Celui-ci a pris fin avec sa résiliation par l'employeuse au 31 janvier 2019. L'employeuse ne peut donc soulever une violation d'une modalité d'exécution du contrat, celui-ci ayant pris fin. En outre, la cour cantonale a accordé au travailleur son droit de retenir le véhicule en vertu de l'<ref-law> par renvoi de l'<ref-law>. Il découle de cette disposition, qu'il revient à l'employeuse d'exécuter son paiement au travailleur, qui, une fois celui-ci reçu, devra rendre son véhicule de fonction à l'employeuse, et non l'inverse. La cour cantonale n'a pas méconnu cette règle et le grief de la recourante doit par conséquent être rejeté.
8.
Au vu de ce qui précède, le recours est rejeté dans la mesure de sa recevabilité. La recourante qui succombe, supportera les frais de la procédure. L'intimé, qui a été invité à se déterminer uniquement sur la requête d'effet suspensif, a droit à des dépens réduits (art. 66 al. 1 et 68 al. 1-2 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 5'500 fr. sont mis à la charge de la recourante.
3.
La recourante versera à l'intimé un montant de 500 fr. à titre de dépens.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux mandataires des parties et à la Chambre des prud'hommes de la Cour de justice du canton de Genève.
Lausanne, le 4 mars 2022
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente : Hohl
Le Greffier : Botteron