Sachverhalt:
A.
Am 24. Oktober 2019 wies die Staatsanwaltschaft des Kantons Basel-Stadt u.a. den Antrag von A._ ab, das Strafverfahren gegen ihn mit dem gegen B._ geführten Verfahren zusammenzulegen. Diese Verfügung focht A._ beim Appellationsgericht des Kantons Basel-Stadt an und stellte dabei den Antrag, die Staatsanwaltschaft im Sinne einer vorsorglichen Massnahme anzuweisen, bis zum Abschluss des Beschwerdeverfahrens durch das Appellationsgericht keine Anklage zu erheben.
Mit Verfügung vom 25. November 2019 wies die Präsidentin des Appellationsgerichts diesen Antrag auf Erlass einer vorsorglichen Massnahme ab.
B.
Mit Beschwerde vom 26. November 2019 beantragt A._, diesen Entscheid aufzuheben und das Appellationsgericht zu verpflichten, die Staatsanwaltschaft anzuweisen, bis zum rechtskräftigen Abschluss des beim Appellationsgericht hängigen Beschwerdeverfahrens keine Anklage zu erheben. Weiter ersucht er das Bundesgericht, die Staatsanwaltschaft vorsorglich anzuweisen, bis zum Abschluss des bundesgerichtlichen Verfahrens keine Anklage zu erheben.
C.
Die Staatsanwaltschaft beantragt, auf die Beschwerde nicht einzutreten. Das Appellationsgericht hält an seiner Verfügung fest.

Erwägungen:
1.
1.1. Angefochten ist ein kantonal letztinstanzlicher Entscheid in einer strafrechtlichen Angelegenheit. Dagegen steht die Beschwerde nach <ref-law> offen. Es ist allerdings Sache des Beschwerdeführers, sowohl darzulegen, dass die Sachurteilsvoraussetzungen erfüllt sind, soweit das nicht offensichtlich ist (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1.1; 353 E. 1), als auch, dass der angefochtene Entscheid Bundesrecht verletzt (<ref-ruling> E. 1.6 S. 130; <ref-ruling> E. 2.1 und 2.2 S. 245 f.; je mit Hinweisen).
Im angefochtenen Entscheid hat es das Appellationsgericht abgelehnt, die Staatsanwaltschaft vorsorglich anzuweisen, bis zum rechtskräftigen Abschluss des bei ihm hängigen Beschwerdeverfahrens keine Anklage zu erheben; es handelt sich damit um einen Zwischenentscheid über eine vorsorgliche Massnahme. Dagegen steht die Beschwerde ans Bundesgericht offen, wenn er einen nicht wiedergutzumachenden Nachteil bewirken kann (<ref-law>); zulässig sind nur Verfassungsrügen (<ref-law>; Urteil 1B_54/2007 vom 17. Juli 2007 E. 1).
1.2. Wie der Beschwerdeführer selber vorbringt, ist eine Vereinigung der beiden Strafverfahren auch nach Anklageerhebung möglich, indem das erstinstanzliche Gericht die Anklage zurückweist. Insofern ist nicht ersichtlich, inwiefern ihm durch den angefochtenen Entscheid ein nicht wiedergutzumachender Nachteil rechtlicher Natur droht. Er bringt zwar vor, die erstinstanzlichen Gerichte würden "dazu neigen", der um Rückweisung ersuchenden Partei "eine Art Verwirkung" entgegenzuhalten, wenn sie den entsprechenden Antrag nicht bereits im Untersuchungsverfahren gestellt hätten. Wie es sich damit verhält, kann offen bleiben, da der Beschwerdeführer vorliegend einen solchen Antrag bereits im Untersuchungsverfahren gestellt hat.
1.3. Auf die Beschwerde ist damit im vereinfachten Verfahren nicht einzutreten. Mit dem Entscheid in der Sache wird das Gesuch um Erlass einer vorsorglichen Massnahme hinfällig.
Bei diesem Ausgang des Verfahrens trägt der Beschwerdeführer die Kosten (<ref-law>).

Demnach erkennt der Präsident:
1.
Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2.
Die Kosten des Verfahrens von Fr. 1'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3.
Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, der Staatsanwaltschaft des Kantons Basel-Stadt und dem Appellationsgericht Basel-Stadt, Präsidentin, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 18. Dezember 2019
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Chaix
Der Gerichtsschreiber: Störi