Sachverhalt:
A.
Die Staatsanwaltschaft des Kantons Aargau warf mit Anklageschrift vom 4. November 2016 X._ qualifizierte Widerhandlung gegen aArt. 86 Abs. 1 lit. b und c i.V.m. aArt. 87 Abs. 1 lit. f und Abs. 2 des Bundesgesetzes über Arzneimittel und Medizinprodukte (Heilmittelgesetz [HMG; SR 812.21]) vor.
Nach der Anklage hatte X._ eine Vielzahl verschreibungspflichtiger oder nicht zugelassener Präparate hergestellt. Die Wirkstoffe und die Utensilien hatte er über verschiedene Lieferanten im In- und Ausland bezogen, hauptsächlich aus China. Die Endabnehmer stammten weitestgehend aus der Bodybuilder-Szene. Es handelte sich vorwiegend um anabole Steroide, weiter um Wachstumshormone, Wachstumsfaktoren, Aromatasehemmer, selektive Östrogen-Rezeptor-Modulatoren/Antiöstrogene, Potenzmittel und Appetitzügler. Diese Substanzen würden dem HMG unterliegen. Herstellung, Import und Handel bedürften der Bewilligung bzw. einer Fachausbildung als Apotheker. X._ habe weder eine Bewilligung noch sei er Apotheker. Er habe die Ware mit einem durchschnittlichen Gewinn von 890% an die Zwischenhändler verkauft, diese mit einem Aufschlag von 100% an die Endhändler und diese mit einem durchschnittlichen Gewinn von 50% an die Konsumenten.
In der Tatzeit vom 7. November 2009 bis 30. September 2012 habe er illegale Substanzen im Verkehrswert von Fr. 4'311'958.80 an die Zwischenhändler A._, Y._, B._ sowie an unbekannte Abnehmer verkauft. Er habe einen Teil dieser Verkäufe auf einem sichergestellten USB-Stick dokumentiert (vgl. das Y._ betreffende Urteil 6B_40/2018 gleichen Datums).
B.
Das Bezirksgericht Bremgarten stellte am 4. Juli 2017 das Strafverfahren für die Zeit vor dem 4. Juli 2010 infolge Verjährung ein und sprach X._ (im Übrigen) der qualifizierten Widerhandlung gegen das HMG schuldig.
Das Obergericht des Kantons Aargau bestätigte am 5. März 2018 die Verfahrenseinstellung, sprach ihn bezüglich eines anabolen Steroids frei, sprach ihn im Übrigen anklagegemäss schuldig und bestrafte ihn mit einer bedingten Geldstrafe von 320 Tagessätzen zu Fr. 100.-- (bei einer Probezeit von 3 Jahren) sowie einer Verbindungsbusse von Fr. 8'000.-- (ersatzweise 80 Tage Freiheitsstrafe). Es rechnete die ausgestandene Untersuchungshaft von 241 Tagen an die Geldstrafe an. Es verpflichtete ihn zu einer Ersatzforderung von Fr. 850'000.--.
C.
X._ beantragt mit Beschwerde in Strafsachen, das vorinstanzliche Urteil aufzuheben und ihn freizusprechen, eventualiter die Sache zur Neubeurteilung zurückzuweisen, für das Beschwerdeverfahren keine Kosten zu erheben, die kantonalen Kosten dem Kanton aufzuerlegen, ihm eine Parteientschädigung für das kantonale und das bundesgerichtliche Verfahren auszurichten sowie der Beschwerde die aufschiebende Wirkung zu erteilen.
D.
Der Präsident der Strafrechtlichen Abteilung gewährte der Beschwerde mit Verfügung vom 3. Mai 2018 die aufschiebende Wirkung (Art. 103 Abs. 3 i.V.m. <ref-law>).
Die Vorinstanz verzichtete auf Vernehmlassung und ersuchte im Falle einer Gutheissung um reformatorische Beurteilung. Die Staatsanwaltschaft reichte Gegenbemerkungen ein. X._ replizierte.

Erwägungen:
1.
Wie die Vorinstanz feststellt (Urteil S. 13 f.), hatte die Beschwerdegegnerin per 3. Juni 2014 unter der Verfahrensnummer STA.2014.42 eine Strafuntersuchung wegen qualifizierter Widerhandlung gegen Art. 22 Abs. 1 und 2 des Bundesgesetzes über die Förderung von Sport und Bewegung (Sportförderungsgesetz, in Kraft seit 1. Oktober 2012 [SpoFöG; SR 415.0]) und wegen qualifizierter Widerhandlung gegen aArt. 86 Abs. 1 und 2 HMG eröffnet.
Das Verfahren wurde mit Verfügungen vom 4. September 2014 und 11. August 2015 auf gewerbsmässige Geldwäscherei (<ref-law>) und auf Widerhandlung gegen Art. 11 des Bundesgesetzes über die Förderung von Turnen und Sport (aSpoFöG, in Kraft bis 30. September 2012) ausgedehnt. Am 29. Januar 2016 trennte die Beschwerdegegnerin den Verfahrenskomplex betreffend den Zeitraum Januar 2009 bis 30. September 2012 zufolge einer durch das aSpoFöG gegebenen Verjährungsproblematik ab (vorliegendes Verfahren STA.2016.8). Die Beschwerdegegnerin hatte bei Anklageerhebung die aus ihrer Sicht absolut unverwertbaren Akten ausgesondert (Urteil S. 14).
2.
2.1. Der Beschwerdeführer rügt hinsichtlich der E. 3.2.1 des angefochtenen Urteils, die Vorinstanz habe die Fernwirkung von Beweisverboten ausser Acht gelassen. Die Erkenntnisse aus den geheimen Überwachungsmassnahmen seien gestützt auf eine Katalogtat gemäss <ref-law> (<ref-law>) beantragt und bewilligt worden. Das seien keine Zufallsfunde im Sinne von <ref-law>. Durch den Beizug dieser Akten (ST.2014.42) seien aber etliche direkte und indirekte Erkenntnisse aus geheimen Überwachungsmassnahmen in das laufende Verfahren gelangt. Die Erkenntnisse seien im Hinblick auf das SpoFöG gewonnen worden und würden nun im Verfahren wegen Widerhandlung gegen das HMG verwendet (Beschwerde Ziff. 20). Es seien ihm Erkenntnisse vorgehalten worden, die den Zeitraum vor dem 1. Oktober 2012 beträfen, und die nur deshalb möglich gewesen seien. Daher stellten sich die Fragen der Fernwirkung im Sinne von <ref-law> sowie der Zufallsfunde im Sinne von <ref-law> (Ziff. 22). Der Standort U._ habe nur so ermittelt werden können (Ziff. 22), und Y._ sei erst aufgrund der geheimen Überwachung des Telefonanschlusses des Beschwerdeführers in das Visier der Strafverfolgungsbehörden geraten. Das sei im Hinblick auf das HMG nicht verwertbar (Ziff. 23).
Die Beschwerdegegnerin bemerkt in ihrer Vernehmlassung ad Ziff. 22, die beiden Kellerräumlichkeiten in U._, in denen der Beschwerdeführer sein Labor und sein Lager betrieben habe, hätten sich aus der Deklaration in der edierten Steuererklärung ergeben, und die Zahlungen seien aufgrund der edierten Bankunterlagen ersichtlich gewesen. Nach dem Grundbuchauszug habe es sich um Kellerräumlichkeiten gehandelt, sodass der Schluss auf illegale Tätigkeiten auf der Hand gelegen sei. Die GPS-Überwachung habe nur zusätzliche Auskunft über Häufigkeit und Verweildauer geliefert. Gegen Y._ habe bereits vor Eröffnung der Strafuntersuchung dringender Tatverdacht bestanden. Dieser Name sei in der Strafanzeige der Eidgenössischen Zollverwaltung (EZV) aufgeführt gewesen (ad Ziff. 23).
Der Beschwerdeführer repliziert, dass er Räume in U._ besessen habe, resultiere in erster Linie aus geheimen Überwachungen der EZV, die dafür nicht zuständig gewesen sei und dafür keine gesetzliche Grundlage gehabt habe. Die meisten Bankeditionen beruhten auf Erkenntnisse aus geheimen Überwachungen. Aus den Akten gehe nirgends hervor, dass im Zeitraum vor 2014 in U._ illegale Tätigkeiten stattgefunden hätten. Es sei widersprüchlich, sich nun auf den Standpunkt zu stellen, es gäbe einen alternativen Ermittlungsweg.
2.2. Wie die Vorinstanz ausführt (Urteil E. 3.2 und 3.2.1), machte der Beschwerdeführer mit Berufung geltend, sowohl der USB-Stick als auch sämtliche Einvernahmen seien unverwertbar. Unverwertbare Erkenntnisse hätten den Anfangsverdacht und die Grundlage zur Eröffnung der Strafuntersuchung gebildet. Mithin beruhe die Anzeige der Oberzolldirektion auf absolut unverwertbaren Erkenntnissen.
Die Vorinstanz hält dagegen, das Verfahren ST.2014.42 bilde nicht das per se "unverwertbare Fundament" für das zu beurteilende abgetrennte Verfahren ST.2016.8. Bei allfälligen, direkt aus den Überwachungen (<ref-law> oder <ref-law>) gewonnenen und das HMG betreffenden Erkenntnissen handle es sich um Zufallsfunde (<ref-law>), da die Überwachung gestützt auf <ref-law> (SpoFög) angeordnet worden sei und zu jenem Zeitpunkt kein dringender Tatverdacht bezüglich einer weiteren Katalogtat bestanden habe. Die von der Verteidigung aufgeworfene Frage (Art. 277 Abs. 2 sowie Art. 141 Abs. 2, 3 und 4 StPO) stelle sich nicht, weil die Überwachungen eine Katalogtat (SpoFög) für den Zeitraum nach dem 1. Oktober 2012 beträfen und damit keine Zufallsfunde im Sinne von <ref-law> seien. Das wäre nur der Fall, wenn ihm Erkenntnisse vor dem 1. Oktober 2012 vorgehalten worden wären.
Der USB-Stick sei das Ergebnis der an die Verhaftung anschliessenden Effektendurchsuchung und damit kein Zufallsfund. Das Verfahren sei von Beginn an auch wegen Verdachts der qualifizierten Widerhandlung gegen das HMG geführt worden. Diese Erkenntnisse seien verwertbar (Urteil S. 17). Selbst wenn das Verfahren wegen des SpoFög geführt worden wäre, wären die auf eine andere Straftat hindeutenden Erkenntnisse (<ref-law>) verwertbar, da es sich bei aArt. 86 und aArt. 87 Abs. 2 HMG um Vergehen handle. Dasselbe gelte für Aussagen, die den Zeitraum vom 1. Oktober 2012 auf Vorhalt von Erkenntnissen aus dem SpoFög-Verfahren beträfen.
2.3. Zwangsmassnahmen sind gemäss <ref-law> Verfahrenshandlungen der Strafbehörden, die in Grundrechte der Betroffenen eingreifen und die u.a. dazu dienen, Beweise zu sichern. Sie können nach <ref-law> nur ergriffen werden, wenn sie gesetzlich vorgesehen sind (lit. a), ein hinreichender Tatverdacht vorliegt (lit. b), die damit angestrebten Ziele nicht durch mildere Massnahmen erreicht werden können (lit. c) und die Bedeutung der Straftat die Zwangsmassnahme rechtfertigt (lit. d). Hinweise auf eine strafbare Handlung müssen erheblich und konkreter Natur sein, um einen hinreichenden Tatverdacht begründen zu können (<ref-ruling> E. 1.3.1 S. 90).
Nach <ref-law> dürfen Beweise, welche die Strafbehörden in strafbarer Weise oder unter Verletzung von Gültigkeitsvorschriften erhoben haben, nicht verwertet werden, es sei denn, ihre Verwertung sei zur Aufklärung schwerer Straftaten unerlässlich. Gemäss Abs. 3 derselben Bestimmung sind Beweise, bei deren Erhebung Ordnungsvorschriften verletzt worden sind, verwertbar. Ermöglichte ein Beweis, der nach <ref-law> nicht verwertet werden darf, die Erhebung eines weiteren Beweises, so ist dieser nicht verwertbar, wenn er ohne die vorhergehende Beweiserhebung nicht möglich gewesen wäre (<ref-law>).
Die von den Strafbehörden der Kantone oder des Bundes durchgeführten Verfahren unterstehen der StPO. Im Zuge der Strafuntersuchungen erfordert die Sachverhaltsabklärung jedoch teilweise geheime Überwachungsmassnahmen. Damit sie den Behörden zur Bekämpfung der Heilmittelkriminalität zur Verfügung stehen, waren Ergänzungen der StPO und des HMG vorzunehmen ( Botschaft vom 22. Februar 2017 zur Genehmigung und zur Umsetzung des Übereinkommens des Europarats über die Fälschung von Arzneimitteln und Medizinprodukten und über ähnliche die öffentliche Gesundheit gefährdende Straftaten [Medicrime-Konvention], BBl 2017 3135, S. 3157 f.). Weil das Verfahren der EZV nach den Bestimmungen des VStrR geführt wird, muss das HMG die Kompetenz der Behörden zur Anordnung der Überwachungsmassnahmen vorsehen (Botschaft, a.a.O., S. 3160). Damit die Überwachung und verdeckte Ermittlung für Straftaten im Heilmittelbereich möglich werden, wurden die <ref-law> und <ref-law> betreffend den revidierten Art. 86 Abs. 2 und 3 HMG in die Strafprozessordnung eingefügt (dazu Botschaft, a.a.O., S. 3158 ff.). Die neuen Bestimmungen der StPO sowie von Art. 86 und Art. 90a HMG (Geheime Überwachungsmassnahmen) wurden erst auf den 1. Januar 2019 in Kraft gesetzt (AS 2018 4771; zu weiteren Änderungen der Art. 86 und Art. 87 HMG mit Anlehnung an zwei EU-Verordnungen die Botschaft vom 30. November 2018 zur Änderung des Heilmittelgesetzes [neue Medizinprodukte-Regulierung], BBl 2019 1, S. 37 f.).
2.4. Soweit die Vorinstanz somit davon ausgeht, die Tatbestände wegen gewerbsmässiger Begehung im Sinne von aArt. 86 Abs. 2 HMG (das HMG bezeichnet den Tatbestand im Randtitel trotz Gefängnisstrafe bis zu fünf Jahren als "Vergehen") und von aArt. 87 Abs. 2 HMG stellten Vergehenstatbestände dar, ist das irrelevant. Gemäss <ref-law> können Zufallsfunde gegen die beschuldigte Person verwendet werden, "wenn zur Verfolgung dieser Straftaten eine Überwachung hätte angeordnet werden können". Im massgebenden Zeitraum waren Widerhandlungen gegen das HMG keine Katalogtaten im Sinne von <ref-law>. Diesbezügliche Aufzeichnungen sind gesondert aufzubewahren und nach Abschluss des Verfahrens zu vernichten (<ref-law>). Sie sind nicht verwertbar (<ref-ruling> E. 1.4.3 S. 261 ff.).
Ist keine Katalogtat gegeben, können die Zufallsfunde nicht verwertet werden (Urteil 6B_605/2018 vom 28. September 2018 E. 1.1). Ebenso verhält es sich im Rahmen der bisherigen Fassung des HMG bei personellen Zufallsfunden gemäss <ref-law> (<ref-ruling> E. 1.3 S. 257 f.) sowie von Erkenntnissen durch GPS-Ortungsgeräte (<ref-ruling>). Nach der allgemeinen Bestimmung in <ref-law> sind bei unverwertbaren Beweisen, wie sie bei <ref-law> gegeben sind, auch Sekundärbeweise im Sinne einer Fernwirkung unverwertbar (SCHMID/JOSITSCH, Handbuch des schweizerischen Strafprozessrechts, 3. Aufl. 2017, Rz. 1160). Ist der betreffende Straftatbestand im Katalog nicht aufgeführt, scheidet eine Überwachung aus; soweit ein Zufallsfund verwendet werden darf, bedarf dies der Genehmigung des Zwangsmassnahmengerichts, ohne welche der Zufallsfund nicht nur nicht verwertet, sondern auch nicht zum Anlass für weitere Ermittlungen verwendet werden darf (NIKLAUS OBERHOLZER, Grundzüge des Strafprozessrechts, 3. Aufl. 2012, Rz. 1184, 1210 f.).
2.5. Der Beschwerdeführer bringt vor, er habe entgegen der Vorinstanz nicht behauptet, es handle sich bei den Erkenntnissen bezüglich der Widerhandlung gegen das SpoFög um Zufallsfunde im Sinne von <ref-law>. Vielmehr habe er im Berufungsverfahren vorgebracht, es seien ihm unzulässig Vorhalte aus Erkenntnissen der geheimen Überwachungsmassnahmen im Zeitraum vor dem 1. Oktober 2012 gemacht worden (Beschwerde Ziff. 18-20). Zu den vorinstanzlichen Erwägungen, die über den USB-Stick erhaltenen Erkenntnisse seien das Ergebnis der an die Verhaftung anschliessenden Effektendurchsuchung und damit kein Zufallsfund (oben E. 2.2), wendet der Beschwerdeführer ein, es sei, wie er bereits im Berufungsverfahren dargelegt habe, nicht glaubhaft, dass die Beschwerdegegnerin am 16. März 2015 (dem Datum der Ausstellung des Haftbefehls und des Schreibens an die EZV bzgl. geplantem Zugriff) durch eine angeblich von den Thai Airways zugestellten Passagierliste (nicht Buchungsliste) mit Sicherheit gewusst habe, dass er per 31. März 2015 in die Schweiz einreisen würde. Eine Passagierliste stehe erst nach dem Check-In zur Verfügung, wie das auch die Formulierung in Art. 21f Abs. 2 des Bundesgesetzes über die Luftfahrt (Luftfahrtgesetz [LFG; SR 748.0]) bestätige (Beschwerde Ziff. 25-27). Die Vorinstanz setze sich damit zu wenig auseinander; die pauschale Verweisung auf die diversen Editionen und Zwangsmassnahmen, welche im Anschluss an die Strafanzeige der EZV angeordnet worden seien, genüge dazu nicht. Sie lasse offen, aufgrund welcher Erkenntnisse genau er am 31. März 2015 auf dem Flughafen Zürich verhaftet werden konnte (Ziff. 28-29). Die Beschwerdegegnerin habe dazu in ihrer Berufungsantwort ausgeführt, es habe bereits zu einem früheren Zeitpunkt der Tatverdacht bestanden. Sein Name sei aufgrund von Aussagen des Zwischenhändlers C._ im Jahre 2012 bekannt gewesen. Allerdings seien nach dem beigelegten Bericht von WM D._ vom 4. September 2014 die Ermittlungen gegen ihn nicht weitergeführt bzw. eingestellt worden, u.a. aufgrund der dürftigen Beweislage. Das habe sich mit der Strafanzeige der EZV vom 23. Mai 2014 geändert. Dies lasse einzig den Schluss zu, dass das Strafverfahren nur aufgrund der in der Anzeige vorhandenen umfangreichen Erkenntnisse aus geheimen Überwachungsmassnahmen eröffnet worden sei (Beschwerde Ziff. 37 ad vorinstanzliche E. 3.2.2).
Die Beschwerdegegnerin bemerkt in ihrer Vernehmlassung ad Ziff. 26, der dringende Tatverdacht habe bereits im Zeitpunkt der Eröffnung der Untersuchung bestanden. Wäre ein Haftbefehl ausgestellt worden, wäre er ebenfalls bei der Einreise kontrolliert und festgenommen worden. Sie hält ad 27-34 fest, auch diese Ausführungen seien klar falsch; seine Anhaltung habe eben erstelltermassen nicht auf Erkenntnissen geheimer Überwachungsmassnahmen beruht. Sie führt ebenfalls ad 35-38 aus, diese Ausführungen seien falsch. Der Tatverdacht habe bereits damals offensichtlich vorgelegen. Der Beschwerdeführer sei aufgrund der Aussagen von C._ klar identifiziert worden. Unter anderem aufgrund dieser Aussagen habe die EZV ermittelt und dann Anzeige erstattet. Der Grund, weshalb im damaligen Zeitpunkt kein Verfahren gegen den Beschwerdeführer eröffnet wurde, sei hinlänglich bekannt (ausländischer Wohnsitz) und liege mit Sicherheit nicht in der behaupteten dürftigen Beweislage. Dass der Beschwerdeführer auf der fraglichen Passagierliste tatsächlich aufgeführt gewesen sei, könne nicht in Frage gestellt werden, habe er sich doch tatsächlich auf dem Flug befunden (ad. Ziff. 44-48).
2.6. Die Vorinstanz erwägt in E. 3.2.2 ihres Urteils, die Vorbringen des Beschwerdeführers, der Anfangsverdacht und damit die Anzeige der EZV würden auf rechtswidrig erlangten Erkenntnissen beruhen, zielten ins Leere. Die EZV habe der Beschwerdegegnerin ihren Tatverdacht mitgeteilt, woraufhin diese das Strafverfahren eröffnet und die Untersuchung gemäss <ref-law> anhand genommen habe. Im Folgenden seien diverse Editionen verfügt (Passagierdaten, Kreditkartenunterlagen etc.) und diverse (geheime) Zwangsmassnahmen angeordnet worden. Per 31. März 2015 und damit rund 10 Monate später sei der Beschwerdeführer verhaftet und der USB-Stick sichergestellt worden. Die Vorinstanz erwägt weiter:
"Wie nachfolgend aufgezeigt wird, werden vorliegend lediglich solche Beweise verwertet und gewürdigt, welche von der Staatsanwaltschaft im Nachgang und gestützt auf den mitgeteilten Tatverdacht ermittelt worden sind und nicht solche, welche aus allenfalls von der Zollverwaltung angeordneten Massnahmen gewonnen worden sind. Es kann damit im vorliegenden Verfahren offen bleiben, ob der von der Eidgenössischen Zollverwaltung angeordnete Einsatz von Überwachungsgeräten und/oder von der Eidgenössischen Zollverwaltung angeordnete Observationen rechtmässig erfolgt sind bzw. gegen Grundrechte verstossen haben (Berufung [...]), womit auch unbeachtlich ist, dass diese bzw. deren Ergebnisse allenfalls zur Verhaftung des Beschuldigten geführt oder beigetragen haben. Selbst wenn die Verhaftung unrechtmässig erfolgt wäre, resultierte daraus keine Unverwertbarkeit sämtlicher im Nachgang rechtmässig erhobener Erkenntnisse und Beweise. Damit ist auch der Antrag des Beschuldigten, es seien die Akten sämtlicher von der Oberzolldirektion geführten Verfahren beizuziehen, die im Zusammenhang mit den gegen ihn geführten und hängigen Strafverfahren stehen, abzuweisen" (Urteil S. 18).
Mit diesen Erwägungen vermeidet es die Vorinstanz, auf die oben E. 2.3 und 2.4 aufgezeigte, unübersehbare Problematik effektiv einzutreten. Damit lässt sie die Gesetzmässigkeit des Strafverfahrens offen. Das Vorgehen verletzt Bundesrecht. Überwachungen sind besonders heikle Eingriffe in die Freiheitsrechte (SCHMID/JOSITSCH, a.a.O., Rz. 1136) und verlangen nach einem erhöhten Rechtsschutz der Betroffenen (OBERHOLZER, a.a.O., Rz. 1177).
Die Vorinstanz scheint sich ausserstande zu sehen, die Einhaltung eines gesetzmässigen Strafverfahrens tatsächlich feststellen zu können. Trotz der offenkundigen Problematik verzichtet sie auf eine Stellungnahme. Die Beschwerdegegnerin vermag in ihren Gegenbemerkungen die Gesetzmässigkeit der Strafuntersuchung weder darzulegen noch zu plausibilisieren. Sie beschränkt sich auf pauschale Zurückweisungen ohne jeden aktengestützten Nachweis und ohne die entscheidwesentlichen Vorschriften der StPO zu thematisieren.
2.7. Die Vorinstanz hält fest, der Beschwerdeführer habe anlässlich der erstinstanzlichen Hauptverhandlung anerkannt, die aufgeführten Produkte hergestellt und verkauft zu haben (ausgenommen zwei Produkte). Es lägen keine Anhaltspunkte vor, welche die Richtigkeit dieser Aussagen in Frage stellten (Urteil S. 20 f.). Sein Einwand blieb erfolglos, die Produkte erfüllten die Definition von Heilmitteln gemäss <ref-law> nicht (Urteil S. 22 ff.). Er habe anerkannt, solche Produkte an Y._ verkauft zu haben. Die relevanten Angaben würden sich dem USB-Stick entnehmen lassen (Urteil S. 34). Der USB-Stick wurde mithin zum zentralen Beweismittel. Die Vorinstanz geht zwar mit dem Beschwerdeführer davon aus,
"dass die Frage der Verwertbarkeit der (im ungeteilten Verfahren) gewonnenen Erkenntnisse von Amtes wegen zu beurteilen ist. Entgegen seinen Ausführungen (Berufung [...]) bildet aber das Verfahren ST.2014.42 nicht das per se 'unverwertbare Fundament' für das zu beurteilende abgetrennte Verfahren ST.2016.8" (Urteil S. 15 f.; oben E. 2.2).
Dieser Rechtsauffassung ist angesichts der den Urteilserwägungen zu entnehmenden strafprozessualen Überwachungs- und Verwertungsproblematik nicht beizupflichten. Vielmehr lässt sich zwischen dem "ungeteilten" und dem "abgetrennten" Verfahren ein nicht von der Hand zu weisender verfahrensrelevanter Zusammenhang in der Weise erkennen, dass das ungeteilte Verfahren das Fundament des abgetrennten Verfahrens bildet.
2.8. Auf die materielle Beurteilung ist bei diesem Verfahrensstand nicht einzutreten (dazu JUNOD/MEYSTRE, Les sanctions pénales de la contrefaçon de médicaments à teneur de la Loi sur les produits thérapeutiques, in: ZStrR 1/2019 S. 82).
2.9. Die Vorinstanz ersucht das Bundesgericht im Falle einer Gutheissung der Beschwerde um reformatorische Beurteilung (Vernehmlassung). Das Bundesgericht entscheidet angesichts des Gehörsrechts der Parteien (vgl. <ref-ruling> E. 5.3 S. 17 f.) nur zurückhaltend in der Sache selbst. Es ist kein Berufungsgericht und führt kein Beweisverfahren durch, sondern hat vorbehältlich <ref-law> seinem Urteil den vorinstanzlich festgestellten Sachverhalt zugrunde zu legen (Art. 105 Abs. 1 und Art. 112 Abs. 1 lit. b BGG). Das Urteil ist gemäss Art. 112 Abs. 1 lit. b i.V.m. Abs. 3 BGG aufzuheben.
3.
Die Beschwerde ist gutzuheissen, soweit darauf einzutreten ist, das Urteil ist aufzuheben und die Sache zu neuer Beurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen (<ref-law>). Es sind keine Kosten zu erheben (<ref-law>). Der Kanton Aargau ist zu verpflichten, dem Beschwerdeführer eine Parteientschädigung auszurichten (Art. 68 Abs. 1 und 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird gutgeheissen, soweit darauf einzutreten ist, das Urteil des Obergerichts des Kantons Aargau vom 5. März 2018 wird aufgehoben und die Sache zu neuer Beurteilung an die Vorinstanz zurückgewiesen.
2.
Es werden keine Kosten erhoben.
3.
Der Kanton Aargau hat den Beschwerdeführer mit Fr. 3'000.-- zu entschädigen.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Aargau, Strafgericht, 1. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 18. April 2019
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Denys
Der Gerichtsschreiber: Briw