Fatti:
A.
La società B._SA gestisce l'aeroporto di Lugano-Agno e le relative infrastrutture, di cui è concessionaria la Città di Lugano. Nel settembre del 2014 ha presentato al Dipartimento federale dell'ambiente, dei trasporti, dell'energia e delle comunicazioni (DATEC) una domanda di approvazione dei piani per la costruzione presso l'aeroporto di uno stabile con due nuovi hangar, un terminal per l'aviazione generale e spazi destinati ai servizi dei pompieri, agli uffici doganali e all'impresa C._. Il progetto è previsto sul fondo part. n. 1047 di Agno, di complessivi 10'417 m2, di proprietà del Comune di Lugano. Il complesso è destinato allo stazionamento dei velivoli al coperto e comporta la demolizione di strutture attualmente esistenti per i pompieri e le altre attività, di cui è previsto il trasferimento nei nuovi spazi. La sua realizzazione implica inoltre lo spostamento di 20 posteggi.
B.
Nel periodo di pubblicazione della domanda, tra altre, è stata presentata un'opposizione del 22 ottobre 2014 di A._, proprietario di un fondo confinante con quello dedotto in edificazione. Egli ha, tra le altre critiche, contestato la compatibilità del progetto con il piano settoriale dell'infrastruttura aeronautica (PSIA).
C.
Con decisione del 30 dicembre 2015 il DATEC ha approvato i piani del progetto, respingendo contestualmente le opposizioni, tra cui quella di A._.
D.
Con sentenza del 23 novembre 2017 la Corte I del Tribunale amministrativo federale (TAF), dopo avere esperito un sopralluogo, ha segnatamente respinto un ricorso di A._ contro la decisione di approvazione dei piani. Ha ritenuto il progetto conforme al PSIA ed ha respinto le censure relative alla sua sostenibilità economica, alla sufficienza dell'accesso, alle dimensioni di alcuni locali ed all'impatto ambientale, in particolare per quanto concerne lo smaltimento delle acque meteoriche. Ha inoltre negato una violazione del principio della parità di trattamento.
E.
A._ impugna questa sentenza con un ricorso del 9 gennaio 2018 al Tribunale federale, chiedendo in via principale di annullarla e di negare l'approvazione al progetto. In via subordinata, chiede di rinviare gli atti all'autorità inferiore per una nuova decisione. Il ricorrente fa valere la violazione del diritto federale.
F.
Il TAF comunica di rinviare integralmente alla sua sentenza. L'autorità federale e B._SA chiedono di respingere il ricorso. Il Comune di Agno non ha presentato una risposta al gravame. L'opponente ha comunicato il 5 luglio 2018 di non avere ulteriori osservazioni da formulare e di confermarsi nella propria risposta.
G.
Con decreto presidenziale del 14 febbraio 2018 è stata respinta la domanda di conferimento dell'effetto sospensivo contenuta nel ricorso.

Diritto:
1.
Presentato contro una decisione finale (<ref-law>) emanata dal TAF (<ref-law>) in una causa di diritto pubblico (<ref-law>), il ricorso è di principio ammissibile giusta gli art. 82 segg. LTF, non essendo realizzata alcuna eccezione prevista dall'<ref-law>.
Il ricorrente è proprietario di un fondo confinante con quello su cui è prevista la realizzazione del progettato impianto aeroportuale ed ha partecipato alla procedura dinanzi alle precedenti istanze. È quindi legittimato a ricorrere giusta l'<ref-law>, essendo particolarmente toccato dalla decisione impugnata ed avendo un interesse degno di protezione all'annullamento della stessa.
Il gravame è tempestivo (<ref-law> in relazione con l'art. 46 cpv. 1 lett. c LTF).
2.
Il TAF ha accertato che l'impianto, progettato all'interno del perimetro dell'aeroporto, costituisce una costruzione provvisoria, di carattere soltanto temporaneo. Ha rilevato che all'esercente dell'aeroporto erano state rilasciate il 19 settembre 1996 una concessione quadro relativa al programma di ampliamento dell'aeroporto, valida per una durata di 15 anni, e una concessione per l'esercizio, che definiva i diritti e gli obblighi della concessionaria, valida per una durata di 30 anni. Dopo avere riassunto la portata delle concessioni e ricordato che le stesse erano state sostanzialmente confermate dal Tribunale federale con sentenza del 15 novembre 1999 (<ref-ruling>), il TAF ha constatato che la concessione quadro era di per sé decaduta. Ha quindi rilevato che, nella misura in cui rinviava su diversi punti al contenuto della concessione quadro, la scheda di coordinamento del PSIA concernente l'aeroporto di Lugano-Agno, adottata dal Consiglio federale il 18 agosto 2004, non era ancora stata aggiornata. La precedente istanza ha ritenuto che il PSIA rimaneva applicabile laddove riprendeva espressamente determinati elementi dello sviluppo aeroportuale della concessione quadro. Ha stabilito che il progetto di costruzione litigioso sostituiva semplicemente delle strutture già esistenti e non costituiva un intervento di ampliamento dell'aeroporto. Il TAF ha rilevato che, in quanto costruzioni provvisorie, di principio ammissibili secondo il PSIA, i nuovi hangar potranno se del caso essere smontati in modo da non pregiudicare un'eventuale estensione dell'aeroporto in futuro. I precedenti giudici hanno quindi ritenuto l'intervento edilizio conforme al PSIA.
3.
3.1. Il ricorrente sostiene che il TAF avrebbe ammesso a torto la conformità dell'intervento edilizio al PSIA fondandosi esclusivamente sul carattere provvisorio delle costruzioni progettate, senza esaminare l'adempimento delle condizioni restrittive previste dal piano settoriale per le costruzioni provvisorie, segnatamente per quanto concerne la loro necessità ai fini del mantenimento dell'esercizio aeroportuale. Rimprovera altresì alla precedente istanza di non avere motivato il proprio giudizio su questo aspetto.
Contrariamente all'opinione della controparte, questa censura rispetta le esigenze di motivazione dell'<ref-law>, giacché il ricorrente si confronta con il considerando n. 5 della sentenza impugnata, ove è trattata la questione della conformità del progetto al PSIA. Ribadendo anche in questa sede un preteso contrasto con il PSIA e lamentando una motivazione insufficiente della sentenza impugnata su questo punto, egli fa poi valere una violazione del diritto federale e segnatamente quella del diritto di essere sentito.
3.2. Giusta l'art. 37 cpv. 1 della legge federale sulla navigazione aerea, del 21 dicembre 1948 (LNA; RS 748.0), per la costruzione e la modifica di edifici e impianti che servono totalmente o preponderantemente all'esercizio di un aerodromo (impianti aeroportuali) occorre un'approvazione dei piani. Sono considerati impianti aeroportuali anche le strutture di raccordo e i cantieri connessi con gli impianti e l'esercizio. L'art. 27d cpv. 1 lett. a dell'ordinanza sull'infrastruttura aeronautica, del 23 novembre 1994 (OSIA; RS 748.131.1) prevede in particolare che i piani sono approvati se il progetto è conforme agli obiettivi e alle esigenze del PSIA. Questo piano settoriale, elaborato dalla Confederazione (art. 13 cpv. 1 LPT), stabilisce in modo vincolante per le autorità gli obiettivi e le esigenze relativi all'infrastruttura dell'aviazione civile svizzera (<ref-law>). Esso definisce, per ogni installazione aeronautica che serve all'esercizio civile di aeromobili, in particolare l'obiettivo, l'area richiesta, le grandi linee di utilizzo, le infrastrutture e le condizioni d'esercizio generali. Descrive inoltre i suoi effetti sulla pianificazione del territorio e sull'ambiente (<ref-law>). Ciò assicura che le decisioni di apprezzamento importanti siano prese dall'autorità della pianificazione settoriale, che dispone della distanza necessaria e della competenza per potere ponderare nell'ambito di una valutazione complessiva di rango superiore gli interessi in discussione, senza correre il rischio di limitarsi a determinati interessi specifici (<ref-ruling> consid. 4.2 pag. 510; <ref-ruling> consid. 3.3). L'esigenza della pianificazione settoriale, che si basa su un ampio processo di collaborazione, garantisce nel contempo il coordinamento con i piani direttori ed i piani di utilizzazione dei Cantoni interessati (DTF <ref-ruling> consid. 3.3).
3.3. Il TAF ha accertato sulla base degli atti della domanda di approvazione dei piani, segnatamente sulla scorta della relazione tecnica del 18 aprile 2014, che il progetto concerne una costruzione provvisoria, di carattere temporaneo, che potrà essere facilmente smontata e spostata in altro luogo nel caso di un futuro sviluppo dell'aeroporto. Questo accertamento, relativo alla natura provvisoria dell'impianto progettato, non è censurato d'arbitrio con una motivazione conforme all'<ref-law> (cfr., su questa esigenza di motivazione, <ref-ruling> consid. 1.4.1). Esso è quindi vincolante per il Tribunale federale (cfr. <ref-law>). Del resto, nemmeno la controparte, nella sua risposta al ricorso, contesta questa conclusione.
3.4.
3.4.1. La scheda di coordinamento del PSIA concernente l'aerodromo regionale di Lugano-Agno, adottata dal Consiglio federale il 18 agosto 2004 (parte IIIC / 3a serie), prevede che "gli edifici provvisori che non soddisfano la concessione quadro sono ammessi solo in motivati casi eccezionali. Essi devono essere necessari per il mantenimento dell'esercizio e non devono ostacolare l'ampliamento degli impianti aeroportuali secondo la concessione quadro. Queste costruzioni devono adempiere i criteri concordati tra i Comuni di ubicazione e l'esercente dell'aerodromo". Questa decisione è indicata nel PSIA quale dato acquisito. Nelle relative spiegazioni è precisato che "a causa del calo registrato nel traffico aereo, viene procrastinata la realizzazione dell'infrastruttura secondo la concessione quadro. Per mantenere un esercizio aeroportuale sicuro e in grado di soddisfare le esigenze della clientela occorre però, in attesa di una sistemazione definitiva, procedere a continui lavori di ristrutturazione. Allo scopo di disciplinare le costruzioni provvisorie, l'esercente e i Comuni hanno definito insieme i criteri di valutazione per la costruzione di edifici provvisori che esulano dalla concessione quadro".
Come rilevato dai precedenti giudici, la concessionaria non ha attuato l'ampliamento dell'aeroporto previsto dalla concessione quadro. Hanno quindi accertato che la citata scheda di coordinamento del PSIA fa ancora riferimento, perlomeno in termini generali, alla concessione quadro nel frattempo scaduta e finora non è stata aggiornata. Essi hanno constatato che in ogni caso il progetto litigioso non costituisce una tappa del programma di potenziamento stabilito a suo tempo dalla concessione quadro, che prevedeva la realizzazione di un'aerostazione per 700'000 passeggeri all'anno. Sulla base delle statistiche della concessionaria, hanno accertato che il numero dei passeggeri è sempre rimasto ampiamente inferiore al limite di 500'000, a partire dal quale per il potenziamento dell'impianto sarebbe necessariamente occorso presentare una domanda di concessione edilizia. Come rilevato dalla precedente istanza, dalle statistiche del traffico aereo contenute nel rapporto di gestione del 2016 di B._SA, risulta per l'anno 2016 un numero totale di 176'698 passeggeri. Questo documento, esplicitamente richiamato nella sentenza impugnata, attesta inoltre un totale di 19'577 movimenti aerei per l'anno 2016, in calo dell'8 % rispetto all'anno precedente (21'275 movimenti). I dati registrati sul traffico aereo sono quindi sensibilmente inferiori per rapporto alle previsioni di 38'000 movimenti annui (rispettivamente di 700'000 passeggeri), su cui si fondavano le concessioni rilasciate nel 1996 (cfr. <ref-ruling>).
3.4.2. Secondo l'<ref-law> (RS 700.1), in caso di mutate condizioni o di nuovi compiti o quando sia possibile una soluzione complessivamente migliore, le concezioni e i piani settoriali vanno riesaminati e, se del caso, rielaborati nel loro complesso o adattati. Lo stesso PSIA, nella sua parte concettuale adottata il 18 ottobre 2000 dal Consiglio federale, precisa che "la pianificazione dell'infrastruttura aeronautica civile costituisce un processo permanente. Il PSIA rappresenta un'istantanea dell'attuale stato della coordinazione ed è pertanto il risultato della corrente cooperazione tra i servizi della Confederazione con un'attività d'incidenza territoriale e i Cantoni. Affinché il PSIA resti uno strumento di gestione dinamico e i suoi contenuti rimangano un punto di riferimento per le autorità e gli ambienti interessati, esso deve essere continuamente aggiornato" (cfr. PSIA, parte I, pag. 5). Come per il piano direttore cantonale, anche la funzione del piano settoriale non è limitata alla descrizione di un determinato stato di fatto, ma consiste principalmente nella concezione e nella conduzione di processi pianificatori futuri (<ref-ruling> consid. 4.2 pag. 509).
Secondo la scheda M9 (Infrastruttura aeronautica) del piano direttore del Cantone Ticino, entrata in vigore il 18 novembre 2015 e parzialmente aggiornata il 1° agosto 2017, l'evoluzione dell'offerta di trasporto aereo, in particolare per quanto concerne i voli low cost e lo sviluppo dell'aviazione d'affari, combinata con i nuovi collegamenti ferroviari veloci, ha modificato la tipologia dell'utenza dell'aeroporto di Lugano-Agno. Detta scheda del piano direttore cantonale precisa che alla luce di questa circostanza e considerato che il contesto territoriale del basso Vedeggio non permette un ulteriore sviluppo delle infrastrutture aeroportuali, "gli obiettivi definiti negli anni novanta (700'000 passeggeri annui) vanno ridefiniti". In tema di mobilità può essere qui di rilievo anche la scheda di piano direttore M8 (Collegamenti ferroviari transfrontalieri con l'Italia dal Mendrisiotto), che contempla, tra altri aspetti, il miglioramento del collegamento ferroviario tra Lugano e l'aeroporto di Milano-Malpensa.
3.4.3. Alla luce di quanto esposto, è quindi verosimile che le circostanze rilevanti per la pianificazione dell'aeroporto siano mutate rispetto sia alla situazione esistente il 15 novembre 1999, quando il Tribunale federale ha statuito sui gravami contro il rilascio della concessione quadro e della concessione per l'esercizio (cfr. <ref-ruling> consid. 8c), sia a quella vigente al momento dell'adozione, il 18 agosto 2004, della scheda di coordinamento del PSIA relativa all'aerodromo regionale di Lugano-Agno. Spetterà di conseguenza alla pianificazione settoriale, in coordinazione con la pianificazione direttrice cantonale, riesaminare il PSIA e se del caso adattarlo, determinando la futura evoluzione auspicata per l'impianto aeroportuale (cfr. art. 13 cpv. 2 LPT in relazione con l'<ref-law>; DTF <ref-ruling> consid. 3.3.4 pag. 74).
3.5.
3.5.1. Ciò non significa tuttavia che allo stadio attuale il PSIA in vigore sia privo di portata, segnatamente per quanto concerne la possibilità di realizzare edifici provvisori. Come visto, esso prevede che questa tipologia di costruzioni, nella misura in cui non soddisfa la concessione quadro, è ammessa soltanto in motivati casi eccezionali: deve essere necessaria per il mantenimento dell'esercizio e non deve ostacolare l'ampliamento degli impianti aeroportuali secondo la predetta concessione. Queste condizioni restrittive sono legate al carattere temporaneo delle opere provvisorie, che non devono pregiudicare l'evoluzione da pianificare dell'aeroporto. Si tratta di esigenze che in concreto rimangono attuali in vista dei prevedibili futuri adattamenti del piano settoriale. Esse sono pertanto tutt'ora giustificate, anche se un ampliamento dell'aeroporto conformemente alla concessione quadro non è stato attuato e non entra verosimilmente più in considerazione. Contrariamente a quanto ritenuto dall'autorità di approvazione dei piani, il fatto che la concessione quadro sia scaduta non autorizza l'esercente a realizzare costruzioni provvisorie in modo incondizionato, senza limitazioni. Permane infatti un interesse a che l'evoluzione futura che sarà pianificata per l'aeroporto non sia pregiudicata e, quindi, a realizzare nel frattempo unicamente quelle opere che sono necessarie per la continuazione dell'esercizio dell'impianto (cfr. DTF <ref-ruling> consid. 3.3.3).
3.5.2. Nella fattispecie, il TAF ha ammesso la conformità dell'impianto progettato al PSIA semplicemente sulla base della sua natura provvisoria. Ha addotto ch'esso non dovrebbe ostacolare un futuro sviluppo dell'aeroporto, siccome le strutture potranno essere verosimilmente smontate senza comportare problemi tecnici insormontabili. I precedenti giudici non hanno però esaminato approfonditamente la giustificazione del progetto e non si sono quindi espressi sulle ragioni per cui esso sarebbe necessario per il mantenimento dell'esercizio dell'aeroporto. Il ricorrente ha infatti sollevato diverse contestazioni in merito al mancato adempimento del requisito della necessità, adducendo in particolare che esisterebbero sufficienti capacità di stazionamento degli aerei all'interno di hangar già esistenti. Ha altresì sostenuto che le strutture sarebbero difficilmente rimovibili a causa degli ingenti investimenti richiesti. Ha pure addotto che la realizzazione di queste opere pregiudicherebbe la procedura volta a ridefinire la pianificazione dell'aeroporto. Fondandosi essenzialmente solo sul carattere provvisorio dell'impianto, la precedente istanza non ha vagliato puntualmente queste censure, violando conseguentemente il diritto di essere sentito del ricorrente. Questa garanzia (<ref-law>) esige che l'autorità si confronti con le censure sollevate e le esamini seriamente, dando atto di questo esame nella motivazione della sua decisione. Il diritto di essere sentito impone all'autorità di motivare il suo giudizio in modo da permettere all'interessato di afferrarne la portata e, se del caso, di impugnarlo con cognizione di causa, nonché all'autorità di ricorso di esaminarne la fondatezza (<ref-ruling> consid. 1.3.1; <ref-ruling> consid. 2.2; <ref-ruling> consid. 5.1). Spetterà quindi alla precedente istanza ripronunciarsi sul progetto litigioso, ponderando tutti gli interessi in discussione ed esaminando puntualmente anche la sua giustificazione e la sua eventuale necessità per il mantenimento dell'esercizio dell'aeroporto.
4.
4.1. Ne segue che il ricorso deve essere accolto. La sentenza impugnata è di conseguenza annullata e la causa è rinviata alla precedente istanza per un nuovo giudizio nel senso dei considerandi.
4.2. Le spese giudiziarie e le ripetibili seguono di regola la soccombenza (art. 66 cpv. 1 e art. 68 cpv. 1 LTF). Esse sono quindi poste a carico dell'opponente, che non dimostra di avere agito nell'ambito oggetto del litigio come un'organizzazione incaricata di compiti di diritto pubblico (<ref-law>; cfr. DTF <ref-ruling> consid. 14.2 pag. 117 seg.).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1.
Il ricorso è accolto. La sentenza emanata il 23 novembre 2017 dalla Corte I del Tribunale amministrativo federale è annullata e la causa le è rinviata per una nuova decisione nel senso dei considerandi.
2.
Le spese giudiziarie di fr. 3'000.-- sono poste a carico dell'opponente, che rifonderà al ricorrente un'indennità di fr. 2'000.-- a titolo di ripetibili di questa sede.
3.
Comunicazione ai patrocinatori delle parti, al Dipartimento federale dell'ambiente, dei trasporti, dell'energia e delle comunicazioni e al Tribunale amministrativo federale, Corte I.