Erwägungen:
1.
1.1. Das Bundesamt für Landwirtschaft (BLW) führte 2015 ein Überprüfungsverfahren betreffend Pflanzenschutzmittel mit den Wirkstoffen Dimethoate, Epoxiconazole, Etofenprox und Quinoclamine durch. Am 30. September 2015 ersuchte die Stiftung B._ (nachfolgend Stiftung) das BLW um Beiladung und Akteneinsicht im Verfahren. Das BLW wies das Gesuch am 26. November 2015 ab, soweit es das hängige Verfahren zu Quinoclamine-haltigen Pflanzenschutzmitteln betraf, und trat auf das Gesuch nicht ein, soweit es sich auf die bereits Mitte September 2015 abgeschlossenen Verfahren zu den drei anderen Wirkstoffen bezog. Es erwog, die Stiftung könne mangels gesetzlicher Grundlage nicht als Partei am Verfahren beteiligt werden.
1.2. Gegen die Verfügung des BLW erhob die Stiftung Beschwerde an das Bundesverwaltungsgericht. Dieses eröffnete in der Folge mehrere Verfahren und hiess am 25. April 2017 die Beschwerde betreffend den Wirkstoff Quinoclamine gut. Es wies das BLW an, die Stiftung als Partei am Überprüfungsverfahren zu beteiligen. Die dagegen erhobene Beschwerde wies das Bundesgericht am 12. Februar 2018 ab (Urteil 1C_312/2017 = <ref-ruling>). In der Folge hiess das Bundesverwaltungsgericht am 3. April 2019 die Beschwerde gegen die A._ AG hinsichtlich der Pflanzenschutzmittel Osiris, Opus Top, Opus, Opera, Capalo, Bell, Allegro und Adexar gut, hob die am 23. September 2015 erlassenen Bewilligungen auf und wies die Sache wegen Verletzung des rechtlichen Gehörs zum Neuentscheid an das BLW zurück.
1.3. Mit Beschwerde vom 27. Mai 2019 beantragt die A._ AG dem Bundesgericht, die Sache sei an das Bundesverwaltungsgericht zurückzuweisen und dieses sei anzuweisen, das Beschwerdeverfahren zu sistieren, bis ein Wiedererwägungsentscheid des BLW zu den betroffenen Pflanzenschutzmitteln ergangen sei. In prozessualer Hinsicht beantragt sie die Sistierung des bundesgerichtlichen Verfahrens. Das Bundesgericht hat weder die vorinstanzlichen Akten eingeholt noch andere Instruktionsmassnahmen verfügt.
2.
2.1. Das angefochtene Urteil unterliegt grundsätzlich der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten (Art. 82 lit. a, Art. 83 e contrario und <ref-law>). Die Beschwerdeführerin ist zur Erhebung des Rechtsmittels legitimiert (<ref-law>) und die Beschwerde wurde form- und fristgerecht eingereicht (Art. 42 und Art. 100 Abs. 1 BGG).
2.2. Das Bundesverwaltungsgericht hat die Sache wegen einer Gehörsverletzung an die Erstinstanz zum Neuentscheid zurückgewiesen. Folglich liegt ein Zwischenentscheid vor, der nach <ref-law> nur anfechtbar ist, wenn er einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken kann (lit. a) oder die Gutheissung der Beschwerde sofort einen Endentscheid herbeiführen und damit einen bedeutenden Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren ersparen würde (lit. b). Nachdem die Beschwerdeführerin vor Bundesgericht selber eine Rückweisung beantragt, liegen die Voraussetzungen von <ref-law> von vornherein nicht vor. Zu prüfen ist deshalb, ob das angefochtene Urteil einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken kann. Es ist Sache der beschwerdeführenden Partei, diesen in der Beschwerdebegründung aufzuzeigen, ausser er ist offensichtlich (<ref-ruling> E. 1.2 S. 28). In der Beschwerde lässt sich in dieser Hinsicht nichts entnehmen; die Beschwerdeführerin vertritt im Gegenteil die Auffassung, dass ein Endentscheid nach <ref-law> vorliege (S. 5 der Beschwerde). Aus den einleitenden Bemerkungen (S. 4 der Beschwerde) ergibt sich immerhin, dass die Beschwerdeführerin befürchtet, durch die Aufhebung der Bewilligungen drohe ein sofortiges Verkaufsverbot.
2.3. Das Bundesverwaltungsgericht hat die streitigen Bewilligungen weder materiell geprüft noch die offenbar früher erteilten Vorgängerbewilligungen nach Art. 29 der Pflanzenschutzmittelverordnung vom 12. Mai 2010 (PSMV; SR 916.161) widerrufen. Die von der Beschwerdeführerin als verletzt gerügten Verfahrensvorschriften der PSMV sind deshalb von vornherein nicht einschlägig. Das BLW hat ein Überprüfungsverfahren durchgeführt und mit dem Erlass neuer Bewilligungen abgeschlossen. Weil das BLW die Stiftung nicht am Verfahren beteiligt hat, hat die Vorinstanz diese - noch gar nicht in Rechtskraft erwachsenen - Bewilligungen aufgehoben. Dies führt dazu, dass das BLW das Überprüfungsverfahren - unter Einbezug der Stiftung - weiterzuführen hat. Der Beschwerdeführerin stehen in diesem Verfahren die von ihr angerufenen Parteirechte gemäss PSMV zu. Welche Auswirkungen die Aufhebung der Bewilligungen auf den Verkauf der entsprechenden Pflanzenschutzmittel hat, war nicht Streitgegenstand des vorinstanzlichen Verfahrens und ist deshalb auch nicht vom Bundesgericht zu prüfen. Dies wird vom BLW im weiterzuführenden Überprüfungsverfahren zu beurteilen sein, wobei die Beschwerdeführerin bereits entsprechende Anträge gestellt hat. Folglich ist nicht ersichtlich, welcher nicht wieder gutzumachende Nachteil der Beschwerdeführerin alleine dadurch drohen könnte, dass das BLW das Überprüfungsverfahren weiterzuführen hat. Sollte das BLW ein Verkaufsverbot aussprechen, kann die Beschwerdeführerin den entsprechenden Entscheid anfechten. Auch soweit die Beschwerdeführerin die vorinstanzlichen Kosten- und Entschädigungsfolgen rügt, liegt kein nicht wieder gutzumachender Nachteil vor, weil sie den vorliegenden Zwischenentscheid zusammen mit dem Endentscheid anfechten und dabei die Kostenverlegung rügen kann (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1.1 S. 365 f.).
2.4. Zusammenfassend bewirkt das angefochtene Urteil keinen nicht wieder gutzumachenden Nachteil für die Beschwerdeführerin. Auf die offensichtlich unzulässige Beschwerde ist im vereinfachten Verfahren nicht einzutreten (<ref-law>). Ist die Beschwerde nicht zulässig, stellt sich die Frage nach der Sistierung des bundesgerichtlichen Verfahrens von vornherein nicht.
3.
Bei diesem Verfahrensausgang sind die Gerichtskosten der Beschwerdeführerin aufzuerlegen (<ref-law>). Mangels Umtriebe ist keine Parteientschädigung geschuldet (<ref-law>).

Demnach erkennt der Präsident:
1.
Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3.
Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten, dem Bundesverwaltungsgericht, Abteilung II, und dem Eidgenössischen Departement für Wirtschaft, Bildung und Forschung, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 5. Juni 2019
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Seiler
Der Gerichtsschreiber: Businger