Erwägungen:
1.
Die Eidgenössische Zollverwaltung hat am 13. November 2019 gegenüber der A._ AG eine VOC-Abgabe von Fr. 111'675.-- geltend gemacht (VOC = Volatile organic compounds [flüchtige organische [chemische] Verbindung]). Hiergegen gelangte die A._ AG an das Bundesverwaltungsgericht. Dieses erhob am 18. Dezember 2019 einen Kostenvorschuss von Fr. 6'000.--, welcher bis zum 8. Januar 2020 zu leisten war, andernfalls auf die Beschwerde nicht eingetreten würde. Da die A._ AG den Kostenvorschuss nicht rechtzeitig geleistet habe, trat das Bundesverwaltungsgericht am 13. Februar 2020 androhungsgemäss auf die Beschwerde nicht ein. Die A._ AG beantragt mit Beschwerde vom 18. März 2020 vor Bundesgericht, den Entscheid des Bundesverwaltungsgerichts aufzuheben und dieses anzuweisen, auf ihre Beschwerde einzutreten. Die Eidgenössische Zollverwaltung hat darauf verzichtet, zur Beschwerde Stellung zu nehmen. Das Bundesverwaltungsgericht beantragt unter Verweis auf den angefochtenen Entscheid, die Beschwerde abzuweisen.
2.
2.1. Auf das Beschwerdeverfahren vor Bundesverwaltungsgericht findet das VwVG (SR 172.021) Anwendung (Art. 37 VGG [SR 173.32]). Nach Art. 63 Abs. 4 VwVG erhebt die Beschwerdeinstanz von der beschwerdeführenden Partei einen Kostenvorschuss in der Höhe der mutmasslichen Verfahrenskosten; zu dessen Leistung ist eine angemessene Frist anzusetzen unter Androhung des Nichteintretens. Die Frist für die Zahlung eines Vorschusses ist gewahrt, wenn der Betrag rechtzeitig zugunsten der Behörde der Schweizerischen Post übergeben oder einem Post- oder Bankkonto in der Schweiz belastet worden ist (Art. 21 Abs. 3 VwVG). Die Beweislast für die Rechtzeitigkeit der Bezahlung des Kostenvorschusses trägt die rechtsuchende Partei. Bei einer Post- oder Banküberweisung muss im Fall, dass der Kostenvorschuss nicht innert der angesetzten Frist dem Gericht gutgeschrieben worden ist, das Gericht die vorschusspflichtige Person zum Nachweis auffordern, dass der Betrag am letzten Tag der Frist seinem Post- oder Bankkonto in der Schweiz (oder desjenigen des Vertreters oder der Vertreterin) belastet worden ist (<ref-ruling> E. 3.1 S. 365 und E. 3.2.2 S. 366 mit Hinweisen; Urteile 5A_61/2014 vom 13. März 2014 E. 2; 5A_61/2014 vom 13. März 2014 E. 2.1; 2C_250/2009 vom 2. Juni 2009 E. 4.1, in: RDAF 2009 II S. 516; 9C_94/2008 vom 30. September 2008 E. 5.2, in: SVR 2009 IV Nr. 17 S. 45).
2.2. Die Vorinstanz stellt fest, dass der verlangte Kostenvorschuss nicht geleistet worden sei. Aus dem angefochtenen Entscheid geht nicht hervor, dass der Beschwerdeführerin vorgängig des Nichteintretensentscheids zur Frage der Bezahlung des Kostenvorschusses das rechtliche Gehör gewährt wurde. Unter diesen Umständen kann die Beschwerdeführerin vor Bundesgericht neue Tatsachen vorbringen, um zu belegen, dass der Kostenvorschuss trotzdem bezahlt worden ist (Art. 99 Abs. 1 BGG).
2.3. Die Beschwerdeführerin legt vor Bundesgericht einen Buchungsbeleg vor, wonach sie am 30. Dezember 2019 den Auftrag zur Bezahlung des Betrags von Fr. 6'000.- zu Gunsten des Bundesverwaltungsgerichts gegeben hat, sowie eine Belastungsanzeige der Bank vom 31. Dezember 2019, wonach der Betrag von Fr. 6'000.-- Valuta 30. Dezember 2019 ihrem Konto zu Gunsten des Bundesverwaltungsgerichts (unter Angabe der zutreffenden Rechnungsnummer) belastet wurde. Da nach Art. 21 Abs. 3 VwVG nicht die Gutschrift beim Empfänger, sondern die Belastung des Bankkontos beim Bezahlenden massgebend ist, wäre damit grundsätzlich der Kostenvorschuss rechtzeitig geleistet.
2.4. Die Beschwerdeführerin bringt vor, sie habe nach Erhalt des Nichteintretensentscheids festgestellt, dass der Kostenvorschuss aus offenbar nicht eruierbaren Gründen auf ihr Konto retourniert worden sei. Es fragt sich, ob dies dazu führen kann, dass die grundsätzlich rechtzeitige Bezahlung (E. 2.3) als nicht erfolgt zu gelten hat und ob gegebenenfalls eine neue Zahlungsfrist anzusetzen wäre. Zur Prüfung dieser Fragen ist die Sache an die Vorinstanz zurückzuweisen. Diese wird unter Gewährung des rechtlichen Gehörs an die Beschwerdeführerin die genaueren Umstände abzuklären haben, welche die Beschwerdeführerin geltend macht; danach wird sie in der Sache neu zu befinden haben.
3.
3.1. Die Beschwerde ist gutzuheissen, der Nichteintretensentscheid der Vorinstanz vom 13. Februar 2020 aufzuheben und die Sache zu neuem Entscheid im Sinne der Erwägungen an die Vorinstanz zurückzuweisen.
3.2. Auf die Erhebung von Kosten (Art. 66 Abs. 4 BGG) wird verzichtet (Art. 66 Abs. 1 BGG). Die Eidgenossenschaft (Eidgenössische Zollverwaltung) hat die Beschwerdeführerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 800.-- zu entschädigen (Art. 68 Abs. 1 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird gutgeheissen und der Entscheid des Bundesverwaltungsgerichts vom 13. Februar 2020 aufgehoben. Die Sache wird zu neuem Entscheid im Sinne der Erwägungen an die Vorinstanz zurückgewiesen.
2.
Es werden keine Kosten erhoben.
3.
Die Eidgenossenschaft (Eidgenössische Zollverwaltung) hat die Beschwerdeführerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 800.-- zu entschädigen.
4.
Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten und dem Bundesverwaltungsgericht, Abteilung I, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 10. Juli 2020
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Seiler
Der Gerichtsschreiber: Hugi Yar