Faits :
A.
A._ Anstalt (ci-après: A._) est une Anstalt (" établissement ") incorporée au Liechtenstein depuis 1962, dont le but consiste en la détention et l'administration de fortune mobilière et immobilière de toute nature. Son capital n'est pas divisé en parts sociales et est " détenu " (arrêt attaqué p. 2) par B.X._. Au Liechtenstein, A._ est imposée comme une " private wealth structure " (structure de fortune privée) et elle s'acquitte à ce titre d'un montant d'impôt fixe de 1'200 fr. par année. En Suisse, respectivement dans le canton du Valais, elle est assujettie de manière limitée à l'impôt depuis 1985, année durant laquelle elle a acquis un chalet sis sur la commune de U._.
Ce chalet a été loué, par le biais d'agences immobilières, du 1er décembre 2010 au 30 avril 2011 pour un loyer de 150'000 fr. puis du 1er décembre 2012 au 31 décembre 2012 pour un loyer de 60'000 francs. En 2013, les revenus locatifs ont représenté un montant de 240'000 francs. Dans la prestation de location étaient inclus d'autres services (nourriture, diverses autres prestations).
Durant l'année 2013, B.X._ a mandaté l'avocat D._, ce qui a donné lieu à une note d'honoraires de 108'000 francs. Intitulée " Affaires diverses C.X._ c/B.X._ ", cette note comporte les rubriques " frais extra-judiciaires " (correspondances, recherches juridiques, documentations etc.) et " frais judiciaires " (liquidation du régime matrimonial). Elle a été acquittée en mars 2013 et comptabilisée comme charge dans les comptes de A._.
Le 11 novembre 2014, A._ a vendu le chalet pour le prix de 22 millions de francs.
B.
Par décisions de taxation des périodes 2012 et 2013 datées du 21 août 2015, le Service des contributions du canton du Valais (ci-après: le Service cantonal) a appliqué à A._, tant pour l'impôt fédéral direct que pour l'impôt cantonal et communal, les taux de l'impôt sur le bénéfice réservés aux sociétés de capitaux et coopératives et non pas les taux, inférieurs, prévus notamment pour les fondations. S'agissant de la période fiscale 2013, le Service cantonal a par ailleurs entièrement repris la charge de 108'000 fr. dans son bénéfice imposable, au motif que la note d'honoraires concernait B.X._.
Par décision de taxation de la période fiscale 2014 datée du 4 septembre 2015, le Service cantonal a fixé le bénéfice imposable de A._ à 14'859'009 fr., auquel il a également appliqué, pour l'impôt fédéral direct et pour l'impôt cantonal et communal, les taux réservés aux sociétés de capitaux et coopératives.
Le 21 septembre 2015, A._ a formé réclamation contre ces décisions de taxation pour demander, d'une part, que les taux d'imposition sur le bénéfice réservés aux fondations et aux autres personnes morales lui soient appliqués et, d'autre part, pour contester la reprise de 108'000 fr., soutenant que ce montant constituait une charge déductible dans la mesure où la note d'honoraires y afférente couvrait en partie des services que l'avocat D._ lui avait fournis. Le 22 septembre 2015, A._ a transmis au Service cantonal un courrier de cet avocat, selon lequel la note d'honoraires de 108'000 fr. concernait pour un quart les services rendus à B.X._ dans le cadre de sa procédure de divorce et pour trois quarts des services rendus à A._. Cette dernière en déduisait que la reprise devait être limitée au quart du montant de la note, soit à 27'000 francs.
Le Service cantonal a rejeté la réclamation par décision sur réclamation du 9 octobre 2015, contre laquelle A._ a interjeté recours auprès de la Commission cantonale de recours en matière fiscale du canton du Valais (ci-après: la Commission de recours). S'agissant de la reprise liée à la note d'honoraires, elle demandait qu'elle soit limitée à 27'000 francs et sollicitait l'audition de D._ en cas de besoin, le cas échéant par écrit.
Après avoir refusé de donner suite à cette demande d'audition, la Commission de recours a rejeté le recours par décision du 16 novembre 2016.
C.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public, A._ demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, principalement, de réformer la décision du 16 novembre 2016 de la Commission de recours, tant pour l'impôt fédéral direct que pour l'impôt cantonal, en annulant la reprise effectuée et lui appliquant les taux d'impôt sur le bénéfice réservés aux fondations et aux autres personnes morales; subsidiairement, d'annuler la décision entreprise et de renvoyer la cause à l'instance précédente dans le sens de ses griefs.
La Commission de recours et le Service cantonal concluent au rejet du recours en renvoyant à la décision attaquée. L'Administration fédérale des contributions s'en remet à justice quant à l'issue du recours.

Considérant en droit :
I. Procédure et droit d'être entendu
1.
1.1. La décision attaquée est finale (<ref-law>) et a été rendue en dernière instance cantonale par un tribunal supérieur (art. 86 al. 1 let. d et al. 2 LTF), dans une cause de droit public (<ref-law>) qui ne tombe sous le coup d'aucune des exceptions prévues à l'<ref-law>. La voie du recours en matière de droit public est donc ouverte. La jurisprudence autorise le dépôt d'un seul acte de recours au Tribunal fédéral, lorsqu'il ressort clairement du mémoire qu'il porte sur les deux types d'impôt (cf. <ref-ruling> consid. 1.3.2 p. 263 s.), ce qui est le cas en l'espèce. Le recours a par ailleurs été déposé en temps utile (art. 45 al. 1 et 100 al. 1 LTF) et dans les formes prescrites (cf. <ref-law>) par la destinataire de la décision attaquée, qui a qualité pour recourir (cf. <ref-law>). Il convient donc d'entrer en matière.
1.2. Alors qu'elle a admis, durant la procédure cantonale, que les honoraires de 108'000 fr. facturés par l'avocat D._ fassent l'objet d'une reprise à hauteur de 27'000 fr., la recourante conclut devant le Tribunal fédéral à l'annulation de l'ensemble de la reprise. Il s'agit là d'une conclusion nouvelle inadmissible en tant qu'elle élargit l'objet de la contestation concernant les 27'000 fr. précédemment admis (<ref-law>; arrêt 2C_701/2013 du 26 juillet 2014 consid. 3.3 non publié in <ref-ruling> mais in Pra 2015/10 p. 83). Seul donc sera examiné le bien-fondé de la reprise à hauteur de 81'000 fr. (108'000 fr. - 27'000 fr.).
2.
Saisi d'un recours en matière de droit public, le Tribunal fédéral examine d'office le droit fédéral (art. 95 let. a et 106 al. 1 LTF), ainsi que le droit cantonal harmonisé (<ref-ruling> consid. 2 p. 210). Il conduit son raisonnement juridique sur la base des faits constatés par l'autorité précédente (<ref-law>), sous réserve des cas prévus à l'<ref-law>. Selon l'<ref-law>, le recours ne peut critiquer les constatations de fait que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte - notion qui correspond à celle d'arbitraire - ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (<ref-ruling> consid. 1.6 p. 377). La partie recourante doit expliquer de manière circonstanciée en quoi ces conditions seraient réalisées (cf. <ref-law>). A défaut, il n'est pas possible de tenir compte d'un état de fait qui diverge de celui qui est contenu dans l'acte attaqué (<ref-ruling> consid. 5.1 p. 356; <ref-ruling> consid. 6.2 p. 288).
Dans la mesure où la recourante complète librement les constatations cantonales sans faire valoir ni a fortiori établir que les juges cantonaux auraient établi les faits de manière arbitraire, le Tribunal fédéral n'en tiendra pas compte.
3.
Invoquant les art. 9 et 29 al. 2 Cst., ainsi que les art. 124 de la loi fiscale valaisanne (LF; RS/VS 642.1) et 115 LIFD, la recourante se plaint d'une violation de son droit d'être entendu et d'arbitraire en tant que les juges cantonaux ont estimé que le courrier de D._ du 22 septembre 2015, par lequel ce mandataire indique la manière dont sa note d'honoraires devait être ventilée, n'était pas probant, tout en refusant d'auditionner cet avocat, le cas échéant par écrit.
3.1. Le droit d'être entendu découlant de l'art. 29 al. 2 Cst. comprend notamment pour le justiciable le droit d'obtenir l'administration des preuves pertinentes et valablement offertes, de participer à l'administration des preuves essentielles et de se déterminer sur son résultat lorsque cela est de nature à influer sur la décision à rendre. L'autorité peut cependant renoncer à procéder à des mesures d'instruction lorsque les preuves administrées lui ont permis de forger sa conviction et que, procédant d'une manière non arbitraire à une appréciation anticipée des preuves qui lui sont encore proposées, elle a la certitude que ces dernières ne pourraient l'amener à modifier son opinion (<ref-ruling> consid. 6.3.1 p. 299 et les références). Il n'y a arbitraire (art. 9 Cst.) dans l'appréciation des preuves que si le juge n'a manifestement pas compris le sens et la portée d'un moyen de preuve, s'il a omis, sans raison sérieuse, de tenir compte d'un moyen important propre à modifier la décision attaquée ou encore si, sur la base des éléments recueillis, il a fait des déductions insoutenables (<ref-ruling> consid. 2.3 p. 266; I 285 consid. 6.3.1 p. 299). Le droit à la preuve de la recourante est aussi violé lorsque le juge charge le justiciable de lui fournir lui-même des attestations de tiers qui échappent à son contrôle direct et qu'il lui fait supporter les conséquences de l'échec de l'administration desdites preuves (arrêt 2C_104/2016 du 28 novembre 2016 consid. 5.3).
En droit de l'impôt fédéral direct, le droit d'être entendu est notamment concrétisé à l'<ref-law>, qui prévoit que les offres de preuves du contribuable doivent être acceptées, à condition qu'elles soient propres à établir des faits pertinents pour la taxation. Le droit cantonal harmonisé (<ref-law>) et le droit cantonal valaisan (art. 124 LF) prévoient une disposition similaire.
3.2. Les juges précédents ont refusé d'auditionner l'avocat D._, le cas échéant par écrit, au motif que le Service cantonal avait toujours contesté la déductibilité de la note d'honoraires dans le chef de A._ et qu'il aurait dès lors été aisé à cette dernière de demander directement à D._ des explications détaillées sur sa note d'honoraires de 108'000 fr., " afin d'ébranler la conviction " du Service cantonal (arrêt p. 10 consid. c3).
En refusant de donner suite à l'offre de preuves subsidiaire du recourant, au motif qu'il aurait pu produire spontanément des informations complémentaires " afin d'ébranler la conviction " du Service cantonal, l'in stance précédente perd de vue que, saisie d'un recours, c'était désormais à elle et non pas au Service cantonal de trancher cette question, qu'elle disposait à cet effet d'un pouvoir d'examen complet de la cause et que, chargée de l'instruction, elle ne pouvait déléguer à une partie la tâche d'obtenir directement d'un tiers une attestation. Cela étant, dans les circonstances du cas d'espèce, le fait d'avoir renoncé à procéder à des mesures d'instruction n'est pas arbitraire dans son résultat.
La note d'honoraires produite est intitulée " Affaires diverses C.X._ c/B.X._ ". Elle comporte les rubriques " frais extra-judiciaires " (correspondances, recherches juridiques, documentations etc.) et " frais judiciaires ", soit la liquidation du régime matrimonial. Cette note concerne donc expressément un litige entre ces deux personnes et elle ne contient du reste aucune mention de services fournis à A._, alors qu'elle est censée couvrir pour trois quarts des services rendus à celle-ci. Par ailleurs, A._ étant assujettie à l'impôt de manière limitée en Suisse, respectivement dans le canton du Valais en raison de la propriété d'un chalet, seules en principe les charges afférentes à cet immeuble sont susceptibles de représenter des charges déductibles. Or, la recourante s'est toujours limitée à alléguer avoir bénéficié de services de cet avocat, sans fournir aucune explication sur la nature de ces services et en particulier en quoi ils auraient été liés spécifiquement à cet immeuble. Ces éléments sont suffisants pour faire apparaître la conclusion selon laquelle les 108'000 fr. d'honoraires ne se rapportent pas à la recourante comme soutenable. On ne voit pas, dans ces circonstances, que les juges précédents ont violé le droit d'être entendu de la recourante ou le droit fédéral.
II. Impôt fédéral direct
4.
Le litige porte, d'une part, sur la question du taux d'impôt sur le bénéfice applicable à la recourante pour les périodes fiscales 2012 à 2014 et, d'autre part, sur le point de savoir si le montant de 81'000 fr., correspondant aux trois quarts de la note d'honoraires établie par l'avocat D._ en 2013, constitue une charge déductible du bénéfice de la recourante. Ces points sont traités successivement ci-après.
5.
5.1. Selon l'art. 49 al. 1 let. a et b LIFD, les personnes morales soumises à l'impôt sur le bénéfice sont les sociétés de capitaux (sociétés anonymes, sociétés en commandite par actions, sociétés à responsabilité limitée), les sociétés coopératives, les associations, fondations et les autres personnes morales. L'expression " autre personne morale " recouvre les corporations et les établissements de droit public (cf. <ref-law>; PETER LOCHER, Kommentar zum DBG, II. Teil, 2004, nos 12-15 ad art. 49 DBG; PASCHOUD/GANI, Impôt fédéral direct. Commentaire de la loi sur l'impôt fédéral direct, 2e éd. 2017, n° 22 ad <ref-law>). Le taux de l'impôt sur le bénéfice des sociétés de capitaux et des sociétés coopératives est de 8,5 % (<ref-law>), alors que celui des associations, fondations et autres personnes morales s'élève à 4,25 % (<ref-law>).
5.2. Une entité étrangère peut être assujettie à l'impôt sur le bénéfice en Suisse, soit parce qu'il s'agit d'une personne morale étrangère administrée effectivement en Suisse (cf. <ref-law>), soit parce qu'il s'agit d'une entité étrangère qui dispose d'un critère de rattachement économique à l'impôt. L'assujettissement en raison d'un critère de rattachement économique intervient tant lorsque l'entité étrangère est une personne morale (<ref-law>) que lorsqu'elle n'a pas la personnalité juridique, par le renvoi, dans ce dernier cas, de l'<ref-law> aux dispositions applicables aux personnes morales (PASCHOUD/ GANI, in op. cit., n° 38 ad <ref-law>). L'existence d'un critère de rattachement économique à l'impôt implique un assujettissement limité au bénéfice imposable en Suisse au sens de l'<ref-law> (<ref-law>).
5.3. Pour procéder à l'imposition d'une entité étrangère assujettie à l'impôt en Suisse, la LIFD prévoit qu'il faut l'assimiler à une personne morale suisse. L'<ref-law> prévoit ainsi que les personnes morales étrangères ainsi que les sociétés commerciales et les communautés étrangères de personnes imposables selon l'art. 11 sont assimilées aux personnes morales suisses dont elles se rapprochent le plus par leur forme juridique ou leur structure effective. Il s'ensuit que si une entité étrangère est assimilée à une société de capitaux ou une société coopérative, son bénéfice imposable en Suisse sera soumis au taux de 8,5 % prévu à l'<ref-law>, alors que si elle est assimilée à une association ou à une fondation, elle sera imposée au taux de 4,25 % prévu à l'<ref-law>.
Le litige porte sur l'application de la règle d'assimilation de l'<ref-law>.
La Commission de recours est d'avis que la recourante doit être assimilée à une société de capitaux. Même si sa forme juridique est proche de celle d'une fondation, car son capital n'est pas divisé en parts sociales, le critère de la structure effective, qui doit prévaloir en l'espèce, la rapprocherait plus d'une société de capitaux. En effet, son activité de location d'un chalet de luxe au travers d'agences immobilières serait comparable à celle d'une société anonyme immobilière. Ses comptes seraient du reste similaires à ceux d'une société de capitaux et non pas à ceux d'une " simple fondation ". Le fait que, selon la jurisprudence et la pratique publiée de l'Administration fédérale des contributions, une Anstalt de droit liechtensteinois non divisée en parts ne soit pas assimilée à une société de capitaux dans le contexte de la réduction pour participations ou de l'imposition partielle des dividendes n'impliquerait pas que l'on doive aboutir au même résultat lorsqu'il s'agit de déterminer le taux de l'impôt sur le bénéfice. Au surplus, jusqu'à la vente du chalet, A._ n'a jamais remis en cause l'application du taux de 8,5 % qui lui avait toujours été appliqué.
La recourante soutient que les juges précédents ont violé l'<ref-law> en l'assimilant à une société de capitaux. Elle est d'avis qu'elle doit être assimilée à une fondation en vertu du critère de la forme juridique, car son patrimoine n'est pas divisé en parts sociales. Subsidiairement, même si l'on admettait que le critère de la structure effective était déterminant dans son cas, il ne permettrait pas non plus de l'assimiler à une société de capitaux, car son activité de location du chalet au travers d'une agence ne dépassait pas le cadre de la simple gestion de la fortune privée.
5.4. La résolution du litige commande de procéder en premier lieu à l'interprétation des critères de l'<ref-law>.
5.4.1. L'<ref-law> prévoit deux critères d'assimilation: celui de la forme juridique et celui de la structure effective.
Le critère de la forme juridique renvoie aux caractéristiques formelles typiques de l'entité étrangère (ATHANAS/GIGLIO, in Kommentar zum schweizerischen Steuerrecht, I/2a, Bundesgesetz über die direkte Bundessteuer, Art. 1-82, 2e éd. 2008, n° 20 ad art. 49 DBG). Le critère de la structure effective est plus équivoque, parce que le terme " structure " (en italien: " forma") peut être compris comme un synonyme du mot " forme ", ce qui rend malaisée une distinction nette par rapport au critère de la forme juridique. Le texte allemand (" tatsächlich ") est plus clair et dénote que le critère de la structure effective renvoie aux caractéristiques factuelles de l'entité étrangère. Il s'agit donc d'examiner l'activité effective que celle-ci exerce. C'est aussi en ce sens que ce critère est compris en doctrine (cf. ATHANAS/GIGLIO, in op. cit., n° 22 ad art. 49 DBG; PASCHOUD/GANI, in op. cit., n° 37 ad <ref-law>; LOCHER, op. cit., n° 35 ad art. 49 DBG et les références).
5.4.2. Pour mettre concrètement en oeuvre la règle d'assimilation de l'<ref-law>, la doctrine majoritaire distingue selon que l'entité étrangère est ou non dotée de la personnalité juridique. Pour les personnes morales étrangères, ces auteurs sont d'avis que le critère de la forme juridique doit être privilégié, alors qu'en présence d'une entité étrangère qui relève de l'<ref-law> ( cf. arrêt 2C_894/2013 du 18 septembre 2015 consid. 2.5, in StE 2015 A 31.4 Nr. 21, traduit in RDAF 2018 II 598), il faudrait avant tout recourir au critère de la structure effective (LOCHER, op. cit., nos 33 à 35 ad art. 49 DBG; ATHANAS/GIGLIO, in op. cit., nos 21 et 22 ad art. 49 DBG; PASCHOUD/GANI, in op. cit., nos 34 et 37 ad <ref-law>; cf. aussi implicitement OESTERHELT/SCHREIBER, in Kommentar zum schweizerischen Steuerrecht, I/2a, Bundesgesetz über die direkte Bundessteuer, Art. 1-82, 3e éd. 2017, nos 44-49 ad art. 49 DBG). AGNER/JUNG/STEINMANN privilégient aussi le critère de la structure effective pour les entités étrangères qui relèvent de l'<ref-law>; ils ajoutent que le principe d'égalité de traitement plaide en faveur d'une assimilation à une société de capitaux lorsque l'établissement stable (cause du rattachement économique à l'impôt en Suisse) exerce une activité commerciale en Suisse, mais pas si l'entité n'est assujettie à l'impôt en Suisse qu'en tant que propriétaire de bien-fonds et que son activité se limite à leur administration, comme tel est le cas de l'immeuble de placement d'une société en commandite (AGNER/JUNG/STEINMANN, Commentaire de la loi sur l'impôt fédéral direct, 2001, n° 10 ad <ref-law>; dans le même sens, PASCHOUD/GANI, in op. cit., n° 37 ad <ref-law>, pour qui toutefois la mise sur le marché du logement d'un immeuble par une entité étrangère dénuée de personnalité juridique impliquerait déjà une assimilation à une société de capitaux).
RICHNER/FREI/KAUFMANN/MEUTER relèvent que, pour les personnes morales étrangères, il convient de tenir compte aussi bien des caractéristiques juridiques que de l'activité effective poursuivie (RICHNER/FREI/KAUFMANN/MEUTER, op. cit., n° 38 ad art. 49 DBG). En revanche, GRIESSHAMMER privilégie pour toutes les entités étrangères le critère de la structure effective (ERWIN R. GRIESSHAMMER, in Kommentar zum Aargauer Steuergesetz, 4e éd. 2015, nos 7 et 10 ad par. 5 SG).
L'approche de la doctrine majoritaire est convaincante dans son principe. Il est en effet logique d'appliquer en priorité le critère de la forme juridique en présence d'une entité étrangère qui dispose de la personnalité juridique, surtout lorsque la forme juridique de cette entité étrangère permet de la rapprocher aisément d'une personne morale suisse (par exemple: une société anonyme), alors que, précisément en raison du défaut de personnalité juridique, le critère de la structure effective paraît a priori le mieux à même de déterminer à quelle personne morale suisse une entité étrangère sans personnalité juridique ressemble le plus. Comme le soulignent à juste titre AGNER/ JUNG/STEINMANN, le recours à ce critère contribue aussi à assurer le respect du principe d'égalité de traitement s'agissant des entités étrangères dénuées de personnalité juridique et qui exercent en Suisse une activité comparable à celle d'une société de capitaux.
Cette approche ne doit toutefois pas être comprise de manière rigide. Il faut garder à l'esprit que le but de l'<ref-law> consiste à trouver la personne morale suisse à laquelle l'entité étrangère se rapproche " le plus " (" am ähnlichsten ", " maggior affinità "). Ainsi, en présence d'une entité étrangère dotée de la personnalité juridique, il faut certes appliquer prioritairement le critère de la forme juridique. Cependant, il convient de vérifier si le critère de la structure effective n'aboutirait pas à un résultat contraire. En cas de divergence claire, il convient de choisir dans chaque cas d'espèce la solution qui permet d'assimiler l'entité étrangère en question à la personne morale suisse de laquelle elle se rapproche le plus.
5.4.3. En l'occurrence, A._ est une Anstalt, soit une figure juridique spécifique à l'ordre juridique liechtensteinois et inconnue du droit suisse. Régie aux art. 534 à 551 de la loi liechtensteinoise sur les personnes et les sociétés (Personen- und Gesellschaftsrecht [PGR]; RS/LI 216.0), elle est définie comme une entreprise juridiquement indépendante, qui poursuit de manière durable un but économique ou un autre but, qui est inscrite au registre du commerce, qui dispose de moyens matériels, et éventuellement personnels, propres, et qui ne relève pas du droit public (cf. art. 534 PGR; <ref-ruling> consid. 3a p. 312 s.; arrêts 2C_487/2013 du 13 février 2013 consid. 1.3; 2C_146/2010 du 15 août 2012 consid. 4.1.1). Une Anstalt possède ainsi la personnalité juridique selon le droit privé liechtensteinois (cf. aussi art. 538 al. 2 PGR) et elle est aussi un sujet fiscal au Liechtenstein, où elle est soumise à l'impôt sur le bénéfice (art. 44 al. 1 let. a de la loi fiscale liechtensteinoise- Gesetz über die Landes- und Gemeindesteuern [SteG; RS/LI 640.0]; DIETER ROTH, Die Anstalt im liechtensteinischen Recht, 2012, p. 22 s., qui précise qu'avec la réforme fiscale entrée en vigueur en 2011, l'impôt forfaitaire de 1'200 fr. dont pouvait bénéficier les Anstalten à certaines conditions a été remplacé par un taux de 12,5 %, avec un délai transitoire de trois ans).
Il faut donc d'abord regarder de quelle personne morale suisse la recourante se rapproche le plus par sa forme juridique. L'approche des juges précédents, pour qui l'activité exercée prévaut d'emblée sur la structure juridique (arrêt attaqué consid. 1b p. 14), ne peut donc pas être suivie.
5.5. Le débat se situe entre l'assimilation à une société de capitaux, plus précisément une société anonyme, ou à une fondation.
Une société anonyme est celle qui se forme sous une raison sociale, dont le capital-actions est déterminé à l'avance et divisé en actions (cf. <ref-law>). Ses organes sont l'assemblée des actionnaires, organe suprême (cf. <ref-law>), le conseil d'administration, qui gère les affaires de la société qui ne sont pas attribuées à l'assemblée générale (707 ss CO), et l'organe de révision (727 ss CO). Une société anonyme doit tenir une comptabilité et présenter des comptes conformément aux dispositions du code des obligations relatives à la comptabilité commerciale et à la présentation des comptes (<ref-law>).
La fondation a pour objet l'affectation de biens en faveur d'un but spécial (<ref-law>). Elle peut se définir comme une masse de biens personnalisée, affectée à la poursuite d'un but déterminé et dotée d'une organisation propre (PARISIMA VEZ, in Code civil I, Art. 1-539 CC, Commentaire romand, 2010, n° 1 ad <ref-law>; HAROLD GRÜNINGER, in Zivilgesetzbuch I, Art. 1-456 ZGB, Basler Kommentar, 6e éd. 2018, n° 1 ad art. 80 ZGB). En tant qu'établissement, une fondation n'a ni membres ni propriétaires, mais des destinataires (VEZ, in op. cit., n° 2 ad <ref-law>; GRÜNINGER, in op. cit., n° 20 ad art. 80 ZGB). L'acte de fondation indique les organes de la fondation et son mode d'administration (<ref-law>). Les dispositions du code des obligations relatives à la comptabilité commerciale et à la présentation des comptes sont applicables par analogie à la fondation (cf. le renvoi de l'<ref-law>) et seules les fondations qui n'ont pas l'obligation de requérir leur inscription au registre du commerce (soit les fondations de famille et ecclésiastiques au sens de l'<ref-law>) et les fondations qui sont dispensées de l'obligation de désigner un organe de révision peuvent se limiter à tenir une comptabilité des recettes et des dépenses ainsi que du patrimoine (art. 957 al. 2 ch. 2 et 3 CC).
5.6. La lecture des dispositions du PGR liechtensteinois consacrées à l'Anstalt montre que si, du point de vue systématique, l'Anstalt est réglementée dans le même chapitre que la fondation (" Stiftung "), ce qui dénote qu'il existe une parenté entre ces deux personnes morales, une Anstalt peut être concrètement organisée soit à la manière d'une fondation, soit à la manière d'une société de capitaux (cf. <ref-ruling> consid. 3b p. 313). Une Anstalt peut en effet être divisée en parts sociales, si cela est prévu par les statuts (cf. art. 540 PGR). Tel n'est toutefois pas le cas en l'espèce. Le fait que la recourante ne soit pas divisée en parts la rapproche plus d'une fondation que d'une société anonyme.
L'argument des juges précédents, selon lequel les bilans de la recourante seraient similaires aux bilans de sociétés de capitaux et non à ceux d'une " simple fondation " (arrêt attaqué consid. b1 p. 14) n'est pas décisif, la tenue d'une comptabilité en la forme commerciale représentant une obligation tant pour les fondations que pour les sociétés anonymes même si, à certaines conditions, les fondations peuvent se limiter à la tenue de comptes de recettes et de dépenses et de patrimoine.
Il s'ensuit que le critère de la forme juridique rapproche plus la recourante d'une fondation que d'une société anonyme.
5.7. Le recours au critère de la structure effective n'est pas de nature à remettre en cause ce qui précède. En effet, une fondation n'est pas limitée à la poursuite de seuls buts idéaux et peut poursuivre un but économique (cf. <ref-ruling> consid. 2c p.340; VEZ, in op. cit., n° 15 ad <ref-law>; GRÜNINGER, in op. cit., n° 22 ad art. 80 ZGB). Le critère de la structure effective n'est donc pas propre à remettre en cause le constat selon lequel la recourante se rapproche plus d'une fondation que d'une société anonyme.
5.8. Enfin, le fait que la recourante n'ait jamais contesté, avant le présent litige, l'application du taux de 8,5 % réservé aux sociétés de capitaux n'est pas un argument que l'instance précédente peut utiliser pour appliquer la règle d'assimilation de l'<ref-law>, chaque période fiscale s'appréciant distinctement.
5.9. Il découle de ce qui précède que la recourante est plus proche d'une fondation que d'une société de capitaux. C'est partant à juste titre que la recourante se plaint que la Commission de recours a violé l'<ref-law> en la rapprochant d'une société de capitaux.
5.10. Cela étant, on pourrait s'interroger sur le point de savoir si la personnalité juridique de la recourante peut être véritablement reconnue. Le Tribunal fédéral a déjà émis des doutes s'agissant de la figure juridique de l'Anstalt de droit liechtensteinois (cf. <ref-ruling>; <ref-ruling> consid. 3c p. 314; cf. aussi <ref-ruling> consid. 2b p. 148; <ref-ruling> consid. 7a p. 361). Par ailleurs, dans le contexte, proche, des fondations de droit liechtensteinois, le Tribunal fédéral a, déjà dans des arrêts anciens, refusé de reconnaître fiscalement la personnalité de ces entités, car elles restaient sous le contrôle du fondateur et qu'elles avaient été constituées afin d'éluder les obligations fiscales de ce dernier (arrêt du 15 septembre 1949, in Archives 13 p. 323; arrêt du 13 mai et du 21 octobre (sic) 1966, in Archives 35 p. 466, cités par ANDREA OPEL, Steuerliche Behandlung von Familienstiftungen, Stiftern und Begünstigten - in nationalen und internationalen Verhältnissen, 2009, p. 296 ss). Enfin, comme le droit liechtensteinois prévoit que le fondateur d'une Anstalt peut en principe changer en tout temps les statuts et le but (art. 549 PGR), on pourrait aussi se demander dans quelle mesure une Anstalt ne devrait pas se voir appliquer un traitement comparable à celui du trust révocable, dont les biens restent attribués au settlor faute de dessaisissement définitif (cf. <ref-ruling> consid. 5.2 et 5.3 p. 358; ANDREA OPEL, Familienstiftung und Trust - Postulat für eine kohärente Besteuerung, in Archives 78 p. 277 s. et les références).
Un traitement en transparence de la recourante aurait pour conséquence une imposition non pas dans son chef, mais dans celui de B.X._. Or, dans le cas d'espèce, la Cour de céans est tenue par l'<ref-law>, qui prévoit que le Tribunal fédéral ne peut aller au-delà des conclusions des parties, et la recourante a conclu à l'application du taux de 4,25 %, sans remettre en cause le principe même de son imposition. Le Tribunal fédéral est aussi lié par les faits constatés par l'instance précédente (<ref-law>), et si l'arrêt attaqué contient des indices de nature à remettre en cause la reconnaissance de la personnalité de la recourante, il ne constate pas suffisamment d'éléments pour se prononcer définitivement sur la question. Au surplus, B.X._, dont la situation fiscale devrait être envisagée en parallèle, n'est pas partie à la présente procédure.
6.
Le second point litigieux porte sur le point de savoir si c'est à bon droit que les juges précédents ont refusé d'admettre que la note d'honoraires de D._ soit admise en déduction du bénéfice imposable de la recourante pour la période fiscale 2013 à hauteur de 81'000 francs. La recourante fait valoir une violation de l'<ref-law>.
6.1. Le bénéfice net imposable comprend le solde du compte de résultats, compte tenu du solde reporté de l'exercice précédent (<ref-law>), ainsi que, notamment, tous les prélèvements opérés sur le résultat commercial avant le calcul du compte de résultat, qui ne servent pas à couvrir des dépenses justifiées par l'usage commercial (<ref-law>).
Une dépense est justifiée par l'usage commercial lorsqu'il existe un lien de causalité objectif entre celle-ci et le but économique poursuivi par la société (arrêts 2C_589/2013 du 17 janvier 2014 consid. 7.2, in RDAF 2014 II 78, Pra 2014/101 p. 798; 2P.153/2002 du 29 novembre 2002, in StE 2003 B 72.14.2 Nr. 31).
6.2. En l'occurrence, les juges précédents ont retenu sans arbitraire (cf. consid. 3) que l'entier de la note d'honoraires de 108'000 fr. établie par l'avocat D._ concernait B.X._ et non pas A._. Dans ces circonstances, c'est à bon droit qu'ils en ont conclu que cette dépense ne constituait pas une charge déductible du bénéfice du recourant. Le grief de violation de l'<ref-law> est, partant, rejeté.
III. Impôt cantonal et communal
7.
Les doutes émis ci-dessous quant à la reconnaissance de la recourante comme sujet fiscal sont aussi valables s'agissant de l'impôt cantonal et communal. En cas de traitement en transparence, les taxations émises à l'encontre de la recourante devraient être considérées comme nulles ou à tout le moins annulables, alors que des conséquences fiscales seraient à tirer pour B.X._. Pour les mêmes raisons que pour l'impôt fédéral direct (consid. 5.10), cette question ne sera pas examinée plus avant en lien avec l'impôt cantonal et communal.
8.
Hormis des différences irrelevantes en l'espèce, les art. 72 al. 2 et 81 al. 1 let. a et b LI posent les mêmes règles que les art. 49 al. 3 et 58 al. 1 let. a et b LIFD et correspondent en substance aux art. 20 al. 2 et 24 al. 1 let. a LHID. Dès lors, le raisonnement développé en matière d'impôt fédéral direct peut être repris s'agissant de l'impôt cantonal et communal. Il s'ensuit que le bénéfice imposable de la recourante dans le canton du Valais doit être soumis, pour l'impôt cantonal et communal au taux prévu pour les fondations (cf. art. 93 al. 1 LF) et que c'est à bon droit que les juges précédents ont confirmé la reprise litigieuse dans le bénéfice imposable de la période fiscale 2013.
IV. Conséquences, ainsi que frais et dépens
9.
Ce qui précède conduit à l'admission partielle du recours dans la mesure de sa recevabilité, tant en matière d'impôt fédéral direct que d'impôt cantonal pour les périodes fiscales 2012 à 2014. Cela signifie que l'arrêt attaqué est réformé en ce sens que le bénéfice de la recourante imposable en Suisse, respectivement dans le canton du Valais, doit être soumis aux taux appliqués aux fondations. L'arrêt attaqué doit être confirmé pour le surplus. La cause sera renvoyée au Service cantonal pour nouvelles décisions de taxation dans le sens des considérants (art. 107 al. 2 2e phrase LTF).
10.
Comme la recourante obtient gain de cause sur le point litigieux principal et qu'elle ne succombe que sur la question de la reprise de 81'000 fr. (cf. consid. 1.2), qui ne représente qu'un supplément d'impôt marginal au regard de la valeur litigieuse globale, il y a lieu de mettre à sa charge une part réduite des frais de la cause, le solde étant supporté par l'autorité intimée, qui agit dans l'exercice de ses attributions officielles et dont l'intérêt patrimonial est en jeu (art. 66 al. 1 et 4 LTF). Des dépens réduits dans les mêmes proportions seront alloués à la recourante (art. 68 al. 1 et 2 LTF). Aucun dépens ne sera alloué à l'autorité intimée (<ref-law>).
Le Tribunal fédéral ne fera pas usage de la faculté prévue aux art. 67 et 68 al. 5 LTF et renverra la cause à l'autorité précédente pour qu'elle statue à nouveau sur les frais et dépens de la procédure accomplie devant elle.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est partiellement admis dans la mesure de sa recevabilité en tant qu'il concerne l'impôt fédéral direct. L'arrêt attaqué est réformé en ce sens que le bénéfice imposable de la recourante pour les périodes fiscales 2012 à 2014 est soumis au taux appliqué aux fondations. L'arrêt attaqué est confirmé pour le surplus.
2.
Le recours est partiellement admis dans la mesure de sa recevabilité en tant qu'il concerne l'impôt cantonal et communal. L'arrêt attaqué est réformé en ce sens que le bénéfice imposable de la recourante pour les périodes fiscales 2012 à 2014 est soumis au taux appliqué aux fondations. L'arrêt attaqué est confirmé pour le surplus.
3.
La cause est renvoyée au Service cantonal pour nouvelles décisions de taxation dans le sens des considérants.
4.
Les frais judiciaires, arrêtés à 17'000 fr., sont mis à raison de 1'000 fr. à la charge de la recourante et de 16'000 fr. à la charge du canton du Valais.
5.
La recourante a droit à une indemnité de dépens fixée à 16'000 fr., à la charge du canton du Valais.
6.
La cause est renvoyée à la Commission de recours pour qu'elle statue à nouveau sur les frais et dépens de la procédure antérieure.
7.
Le présent arrêt est communiqué au mandataire de la recourante, au Service cantonal des contributions, à la Commission cantonale de recours en matière fiscale du canton du Valais et à l'Administration fédérale des contributions.
Lausanne, le 4 avril 2019
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Seiler
La Greffière : Vuadens