Faits :
A.
Le 6 mai 2014, la banque B.G._ SA a déposé plainte pénale contre l'un de ses employés, C._, gestionnaire de fortune, pour gestion déloyale, abus de confiance, faux dans les titres, puis, selon un complément de plainte, blanchiment d'argent. C._ a été mis en prévention pour ces infractions le 27 mai 2014; il lui est reproché d'avoir, alors qu'il gérait les avoirs de plusieurs clients n'ayant pas octroyé de mandat de gestion à la banque susmentionnée, commis de nombreuses malversations entre 2010 et 2014. En septembre 2014, les chefs de prévention ont été étendus à celui d'escroquerie.
Lors de l'audition du 25 septembre 2014, C._ a notamment expliqué avoir effectué, le 20 décembre 2012, un virement bancaire de 330'000 fr. du compte 1 sans l'accord de sa titulaire - D._ - en faveur du compte détenu par la société E._ SA - entité derrière laquelle se trouvait A._ - auprès de l'établissement bancaire F._ Ldt; pour ce faire, C._ aurait établi un faux contrat, ainsi que de faux relevés de compte. Selon ses déclarations, ce transfert visait à rembourser un prêt d'un montant identique accordé par A._, emprunt effectué pour compléter l'acquisition d'un appartement à U._.
Par ordonnance du 11 décembre 2017 - notifiée le 14 suivant -, le Ministère public de la République et canton de Genève a ordonné le séquestre des avoirs, à hauteur de 330'000 fr., détenus par A._ auprès de la banque B._ SA, ainsi que la saisie des documents d'ouverture, des relevés de compte, d'un état des avoirs et du dossier "titres" y relatifs; l'intéressé pouvait être informé de la mesure.
Le recours déposé contre cette décision par A._ a été rejeté le 3 mai 2018 par la Chambre pénale de recours de la Cour de justice de la République et canton de Genève. Par arrêt du 26 septembre 2018, le Tribunal fédéral a partiellement admis le recours formé par le susmentionné (cause 1B_269/2018). Le Tribunal fédéral a considéré qu'il existait des soupçons suffisants de la commission d'infractions pouvant justifier, le cas échéant, le séquestre d'avoirs appartenant à des tiers (cf. consid. 4.3). Il a ensuite retenu qu'au vu (1) des motifs invoqués (prêt par A._ à C._ en vue d'un achat immobilier à hauteur de 380'000 fr. [transféré en février 2011 à un notaire valaisan avec un libellé mentionnant le nom du prévenu]), (2) de l'utilisation d'un seul et même compte du point de vue du prêteur et (3) des montants versés sur le compte de A._ en 2012 (49'988 fr. [15 juin] + 330'000 fr. [20 décembre] = 379'988 fr.), un lien entre le versement de février 2011 et celui de décembre 2012 pouvait être retenu, le premier apparaissant comme la contre-prestation adéquate du second (cf. consid. 4.4). La cause a ensuite été renvoyée à l'autorité précédente pour qu'elle examine la condition de la bonne foi du tiers (consid. 4.5).
B.
Dans le cadre de l'échange d'écritures qui s'en est suivi, le Ministère public, la banque partie plaignante et A._ se sont déterminés. Le 3 mai 2019, la Chambre pénale de recours a admis le recours du 22 décembre 2017 formé par le troisième précité et a annulé l'ordonnance du 11 décembre 2017.
C.
Par acte du 4 juin 2019, B.G._ SA forme un recours en matière pénale contre cet arrêt, concluant à la constatation de la nullité de l'arrêt de la Chambre pénale de recours du 3 mai 2018, ainsi que de celui 1B_269/2018 du 26 septembre 2018 et au renvoi de la cause à l'autorité précédente afin qu'elle statue sur les griefs qu'elle-même avait formés en lien avec la condition de la contre-prestation adéquate avec plein pouvoir de cognition et sans être liée par l'arrêt 1B_269/2018. A titre subsidiaire, la recourante demande l'annulation de l'arrêt attaqué et le maintien du séquestre ordonné le 11 décembre 2017 et, encore plus subsidiairement, le renvoi de la cause pour nouvelle décision. La recourante sollicite également l'effet suspensif du recours en ce sens que le compte 2 détenu par A._ auprès de la banque B._ SA demeure séquestré jusqu'à droit connu sur le présent recours.
L'autorité précédente ne s'est pas opposée à l'octroi de l'effet suspensif et n'a pas formulé d'observation sur le fond. Quant à A._ (ci-après : l'intimé), il a conclu au rejet de la requête d'effet suspensif, ainsi que du recours. Le 7 août 2019, le Ministère public a appuyé le recours. Par courriers du 15 août et du 4 septembre 2019, respectivement du 3 septembre 2019, la recourante et l'intimé ont persisté dans leurs conclusions. A la suite de l'envoi de ces différentes écritures, la recourante a déposé des déterminations spontanées le 10 décembre 2019.
Par ordonnance du 28 juin 2019, le Président de la Ire Cour de droit public a admis la demande d'effet suspensif.

Considérant en droit :
1.
Eu égard à l'issue du présent litige, les questions de recevabilité - dont l'existence de conclusions civiles (art. 81 al. 1 let. b ch. 5 LTF), respectivement celle d'un préjudice irréparable (<ref-law>), vu le séquestre civil demandé par la recourante sur le même compte bancaire et pour le même montant que ceux concernés par la présente cause - peuvent rester indécises.
2.
Dans un premier grief, la recourante se plaint d'une violation de son droit d'être entendu. Elle soutient en substance qu'en tant que partie plaignante, elle aurait dû pouvoir participer à la procédure de recours contre l'ordonnance de séquestre du 11 décembre 2017 et ayant abouti à l'arrêt 1B_269/2018; faute d'une telle participation, elle ne serait pas liée par les considérations émises par le Tribunal fédéral dans l'arrêt précité en lien avec la contre-prestation adéquate.
Peu importe toutefois de savoir si tel serait le cas dès lors que la recourante ne développe aucun élément permettant de remettre en cause l'appréciation effectuée, qui se référait à des circonstances précises (décomptes 2011 et 2012 d'une même relation bancaire, libellé du premier versement et montants en cause). La recourante fonde en effet l'essentiel de son raisonnement sur les circonstances relatives à la relation entre le prévenu et l'intimé; or, de telles considérations peuvent, certes le cas échéant, entrer en considération lors de l'examen de la bonne foi de l'intimé au moment du versement en sa faveur des fonds litigieux, mais n'apparaissent pas déterminantes s'agissant d'évaluer la contre-prestation retenue sur la base des éléments objectifs précités.
En tout état, l'appréciation effectuée ne saurait être remise en cause par de pures spéculations, à savoir que le versement de 50'000 fr. en 2014 de l'intimé en faveur du prévenu constituerait la restitution des 49'988 fr. reçus en juin 2012. Dans une telle situation, C._ n'aurait eu aucune raison d'établir une reconnaissance de dette en faveur de l'intimé, ce que le premier a pourtant fait; la recourante n'apporte d'ailleurs aucune explication à cet égard. L'hypothèse d'un second prêt sans lien avec le premier s'impose au demeurant d'autant plus vu la chronologie et les nouvelles difficultés auxquelles pouvait être confronté le prévenu à la suite de sa mise en prévention le 27 mai 2014; ayant été licencié et privé ainsi des accès lui ayant permis a priori les agissements reprochés, il ne parait pas impossible que le précité puisse alors avoir voulu solliciter ses anciens contacts/clients, respectivement leur démontrer sa fiabilité en émettant une reconnaissance de dette.
Partant, ce premier grief peut être écarté.
3.
La recourante reproche ensuite à l'autorité précédente une constatation inexacte des faits; elle aurait ainsi à tort retenu que l'intimé aurait appris le remboursement du prêt par ses relevés bancaires (cf. ad III Fait p. 6 du recours).
Une telle constatation ne ressort cependant pas de l'arrêt attaqué, la recourante ne faisant d'ailleurs aucune référence précise à cet égard. Au contraire, la Chambre pénale de recours a retenu que "la manière dont [l'intimé avait] compris, ou été informé, que les CHF 330'000.- reçus en décembre 2012 constituaient le remboursement partiel du prêt consenti au prévenu n'[était] pas de nature à renseigner sur son éventuelle connaissance de l'origine délictuelle des fonds" (cf. consid. 4.3 p. 10 de l'arrêt attaqué).
Cette appréciation - qui peut certes déplaire à la recourante - répond d'ailleurs aussi à l'argument soulevé par celle-ci en lien avec une éventuelle information donnée par le banquier de l'intimé, ce qui permet donc d'écarter la violation du droit d'être entendu soulevée sur ce point.
4.
Invoquant des violations des <ref-law> et 70 al. 2 CP, la recourante reproche ensuite en substance à l'autorité précédente d'avoir considéré au stade du séquestre que la bonne foi de l'intimé serait clairement et définitivement établie.
4.1. S'agissant du droit applicable, il peut être renvoyé au consid. 4.1 et 4.2 de l'arrêt 1B_269/2018 et on se limitera à rappeler ici les éléments relatifs à la condition encore litigieuse posée par l'<ref-law>, soit l'ignorance des faits qui justifieraient une éventuelle confiscation.
Pour qu'un séquestre puisse être refusé à ce stade de la procédure en application de la disposition susmentionnée, il faut qu'une confiscation soit d'emblée et indubitablement exclue, respectivement que la bonne foi du tiers soit clairement et définitivement établie. La notion de bonne foi pénale du tiers porte sur l'ignorance des faits qui justifieraient la confiscation, soit de son caractère de récompense ou de produit d'une infraction. Selon la jurisprudence, elle ne se rapporte pas à la notion civile consacrée à l'<ref-law>. La confiscation ne peut ainsi pas être prononcée si le tiers sait simplement qu'une procédure pénale a été ouverte contre son partenaire commercial, mais ne dispose pas d'informations particulières. Il faut que le tiers ait une connaissance certaine des faits qui auraient justifié la confiscation ou, à tout le moins, considère leur existence comme sérieusement possible, soit qu'il connaisse les infractions d'où provenaient les valeurs ou, du moins, ait eu des indices sérieux que les valeurs provenaient d'une infraction. En d'autres termes, la confiscation à l'égard d'un tiers ne sera possible que si celui-ci a une connaissance - correspondant au dol éventuel - des faits justifiant la confiscation. La violation d'un devoir de diligence ou d'un devoir de se renseigner ne suffit pas pour exclure la bonne foi du tiers (arrêt 1B_59/2019 du 21 juin 2019 consid. 3.2 et les arrêts cités).
4.2. La Chambre pénale de recours a estimé qu'aucun élément au dossier ne permettait de retenir que l'intimé savait, au moment de la réception des 330'000 fr. versés par le prévenu, que cette somme était le produit d'une infraction pénale commise par ce dernier; en 2012, la procédure pénale contre C._ n'était pas ouverte, de sorte que l'intimé ne pouvait se douter que le remboursement du prêt provenait d'un versement frauduleux. La cour cantonale a relevé que le Ministère public et la recourante estimaient que l'intimé aurait dû nourrir des soupçons vu le remboursement en deux fois du prêt par des deux donneurs d'ordre différents et inconnus de l'intimé; ce faisant, ils lui reprochaient une violation de son devoir de diligence et/ou d'un devoir de se renseigner, ce qui ne suffisait pas pour écarter sa bonne foi.
Les actes d'instruction sollicités par la recourante (audition de l'intimé sur ses liens avec le prévenu et sur les circonstances du prêt de 2011; investigation sur la manière dont l'intimé aurait compris ou appris que la somme était le remboursement partiel du prêt octroyé, sur ses liens avec la société à l'origine du versement des 49'988 fr. et sur les raisons du prêt de 2014) ont été écartés par l'autorité précédente, n'étant pas de nature à renverser le défaut de connaissance - même sous l'angle du dol éventuel - par l'intimé des faits commis par le prévenu au moment de la réception du montant séquestré. Selon la Chambre pénale de recours, la question de la bonne foi ne concernait en effet que ce moment particulier et peu importait donc les raisons du prêt en 2011, respectivement de celui de 2014. La cour cantonale a encore relevé que la nature des relations entre l'intimé et le prévenu avant le remboursement ou la manière dont le premier avait été informé du versement des 330'000 fr. reçus en décembre 2012 n'étaient pas propres à renseigner sur son éventuelle connaissance de l'origine délictuelle des fonds au moment de la réception de ceux-ci.
4.3. Ce raisonnement ne prête pas le flanc à la critique et la recourante ne développe aucune argumentation pour le remettre en cause.
En particulier, elle ne conteste pas que la bonne foi de l'intimé doit être examinée eu égard au moment du versement litigieux, soit en décembre 2012. Or, il est établi que l'avis de crédit de la banque n'avait pas été transmis à l'intimé ("banque restante"), ce dont le prévenu - gestionnaire de fortune - pouvait se douter (cf. au demeurant ses propos rapportés par l'intimé [p. 4 des observations du 20 juin 2019]), respectivement utiliser lors des agissements qui lui sont reprochés afin de les dissimuler. De plus, l'intimé ne nie pas toute connaissance du virement litigieux puisqu'il reconnaît avoir reçu - en décembre 2012 ou peu après - le décompte de l'année 2012. Selon ce document, la somme des versements crédités en 2012 - libellés uniquement "Payement" - correspondait quasiment au prêt concédé en 2011. L'intimé pouvait ainsi légitimement croire que cela constituait le remboursement du prêt octroyé, situation qui pouvait dès lors n'appeler aucune vérification supplémentaire que ce soit auprès de la banque et/ou de l'emprunteur (cf. aussi les propos du prévenu relatés dans les observations de l'intimé du 20 juin 2019 en lien avec un échange téléphonique [p. 4 de cette écriture]). La nécessité d'un tel contrôle semble d'autant moins s'imposer si, à suivre la recourante, il existait des liens de confiance particuliers entre l'intimé et le prévenu (cf. d'ailleurs dans ce sens, le défaut de forme écrite).
Au vu de ces éléments ("banque restante", montants reçus quasi identiques à celui prêté, remboursement intervenu rapidement, probable relation de confiance), la cour cantonale pouvait retenir, sans arbitraire, que la bonne foi de l'intimé au moment du versement litigieux de 330'000 fr. était déjà définitivement établie; les conditions permettant un séquestre afin de garantir une confiscation des biens d'un tiers n'étant plus réunies (art. 263 al. 1 let. d CPP en lien avec l'<ref-law>), cette mesure devait donc être levée. Peu importe de savoir si des éléments ultérieurs, dont les éventuelles interrogations que la banque pourrait avoir eues vu ses - propres - obligations en matière de lutte contre le blanchiment, auraient été susceptibles de remettre en cause cette appréciation du point de vue de l'intimé. A ce titre, on peut d'ailleurs relever que les transactions effectuées en 2012 n'apparaissent pas fondamentalement différentes de celles comptabilisées en 2011 et que l'intimé a concédé un nouveau prêt au prévenu en 2014. A cela s'ajoute encore le fait que le Ministère public - qui n'a pas recouru contre la levée du séquestre - n'avait pas jugé utile à la suite de l'arrêt du Tribunal fédéral de septembre 2018 d'instruire immédiatement plus en avant cette problématique particulière, afin d'étayer le cas échéant sa position au cours de la procédure de recours.
5.
Il s'ensuit que le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
La recourante, qui succombe, supporte les frais judiciaires (<ref-law>). L'intimé, qui procède avec l'assistance d'un avocat, a droit à des dépens à la charge de la recourante (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2.
Les frais judiciaires, fixés à 3'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3.
Une indemnité de dépens, arrêtée à 3'500 fr., est allouée à l'intimé, à la charge de la recourante.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux mandataires des parties, au Ministère public de la République et canton de Genève et à la Chambre pénale de recours de la Cour de justice de la République et canton de Genève.
Lausanne, le 8 janvier 2020
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Chaix
La Greffière : Kropf