Sachverhalt:
A.
Das Landesgericht Innsbruck verurteilte Y._ am 26. Mai 2010 wegen gemeinsam mit Z._ abgewickelter Betäubungsmittelgeschäfte zu 11 Jahren Freiheitsstrafe. A._ hatte im deliktsrelevanten Zeitraum als Treuhänderin Kontakt zu Y._. In der Folge führte die Staatsanwältin X._ gegen A._ ein Strafverfahren wegen Verbrechens gegen das Betäubungsmittelgesetz sowie Geldwäscherei und erhob hinsichtlich diverser Zufallsfunde am 20. Februar 2013 Anklage wegen Betrugs etc.
Das Bezirksgericht Bülach sprach A._ am 23. Oktober 2013 der qualifizierten Geldwäscherei, des Diebstahls, des Betrugs, der mehrfachen Urkundenfälschung, der Erschleichung einer falschen Beurkundung und der Gehilfenschaft zu mehrfachem Steuerbetrug im Sinne von § 261 Abs. 1 des Steuergesetzes des Kantons Zürich vom 8. Juni 1997 (StG/ZH; LS 631.1) sowie Art. 186 Abs. 1 des Bundesgesetzes über die direkte Bundessteuer vom 14. Dezember 1990 (DBG; SR 642.11) schuldig. Es bestrafte sie unter Anrechnung der erstandenen Haft von 92 Tagen mit einer teilbedingten Freiheitsstrafe von 36 Monaten und einer teilbedingten Geldstrafe von 100 Tagessätzen zu Fr. 30.--.
Gegen dieses Urteil erhob A._ Berufung. Am 28. November 2014 sistierte das Obergericht des Kantons Zürich das Berufungsverfahren bis zur rechtskräftigen Erledigung der Strafuntersuchung gegen Staatsanwältin X._, welche Gegenstand des vorliegenden Verfahrens bildet.
B.
Am 27. September 2013 erstattete A._ bei der Oberstaatsanwaltschaft des Kantons Zürich Strafanzeige gegen X._ und Y._ wegen falscher Anschuldigung, Freiheitsberaubung, Veruntreuung etc. Mit weiteren Strafanzeigen vom 29. Januar 2014 sowie vom 8. Juni 2016 warf A._ X._ Unterdrückung von Urkunden und allenfalls Amtsmissbrauch bzw. Y._ Erpressung vor.
Gemäss A._ habe X._ Y._ unter Druck gesetzt und begünstigt, um ihn zu einer Falschaussage zum Nachteil von A._ zu veranlassen. Am 29. November 2011, als er nicht mehr habe aussagen wollen, habe X._ ihn unter Vorlage eines Faxes der Staatsanwaltschaft Innsbruck und unter Drohung einer Rücklieferung nach Österreich zu einer verwertbaren Aussage gegen A._ genötigt. X._ habe nur das per Post versandte Exemplar des Faxes einakturiert. Das Original habe sie dem Verteidiger von Y._ übergeben und davon keine Kopie zu den Akten genommen, sodass der genaue Zeitpunkt des Empfangs des Faxes verdunkelt worden sei. X._ habe weiter Y._ ein beschlagnahmtes Fahrzeug herausgegeben und Belohnungen wie die Freigabe einer gesperrten Liegenschaft sowie die Einstellung des Verfahrens in Aussicht gestellt. Zudem habe X._ A._ in der Anklage vom 20. Februar 2013 offenkundig falsch beschuldigt.
Y._ habe nach Ansicht von A._ diese fälschlicherweise beschuldigt, Fr. 100'000.-- für den Anbau von Marihuana investiert, sein mit Betäubungsmittelhandel verdientes Geld gewaschen sowie Fr. 497'000.-- von B._ veruntreut zu haben. Aufgrund dieser angeblich falschen Vorwürfe sei A._ verhaftet worden. Zudem habe Y._ ihr in Aussicht gestellt, für eine Beteiligung an der C._ AG seine Strafanzeige gegen sie zurückzuziehen.
C.
Am 13. Februar 2015 eröffnete die Staatsanwaltschaft I des Kantons Zürich eine Strafuntersuchung gegen X._ und legte dafür acht Dossiers an.
Am 31. März 2017 stellte die Staatsanwaltschaft die Strafuntersuchung gegen X._ ein. Die Einstellungen betreffend Dossiers 1 sowie 3-8 erwuchsen in Rechtskraft. Gegen die Einstellungsverfügung betreffend Dossier 2 (Amtsmissbrauch etc.) erhob A._ Beschwerde.
D.
Gegen Y._ nahm die Staatsanwaltschaft am 26. Mai 2014 eine Untersuchung nicht an die Hand. Eine dagegen von A._ erhobene Beschwerde hiess das Obergericht am 2. Oktober 2014 gut und wies die Sache zur neuen Entscheidung an die Staatsanwaltschaft zurück.
Am 13. Februar 2015 eröffnete die Staatsanwaltschaft eine Strafuntersuchung gegen Y._ wegen falscher Anschuldigung etc. Sie legte für die Strafuntersuchung sechs Dossiers an.
Am 4. April 2017 stellte die Staatsanwaltschaft die Strafuntersuchungen gegen Y._ ein. Die Einstellung betreffend Dossier 5 (Freiheitsberaubung) erwuchs in Rechtskraft. Gegen die Einstellungsverfügungen betreffend Dossiers 1-3 (falsche Anschuldigungen), 4 (Veruntreuung) und 6 (Erpressung) erhob A._ Beschwerde.
E.
Das Obergericht vereinigte das Verfahren gegen X._ und die fünf Verfahren gegen Y._ und wies die Beschwerden von A._ am 29. Dezember 2017 ab, soweit es auf diese eintrat.
F.
A._ führt Beschwerde in Strafsachen. Sie beantragt, der Beschluss des Obergerichts sei aufzuheben sowie die Sache zur allfälligen Ergänzung und zur Erhebung einer Anklage gegen X._ und Y._ durch eine neutrale Staatsanwaltschaft an die kantonalen Instanzen zurückzuweisen. A._ ersucht um unentgeltliche Rechtspflege.

Erwägungen:
1.
1.1. Die Beschwerdeberechtigung richtet sich nach Art. 81 Abs. 1 lit. a und b Ziff. 5 BGG. Die Privatklägerschaft ist zur Beschwerde legitimiert, wenn der angefochtene Entscheid sich auf die Beurteilung ihrer Zivilansprüche auswirken kann (Art. 81 Abs. 1 lit. b Ziff. 5 BGG). Als Zivilansprüche gelten solche, die ihren Grund im Zivilrecht haben und deshalb ordentlicherweise vor dem Zivilgericht durchgesetzt werden müssen. In erster Linie handelt es sich um Ansprüche auf Schadenersatz und Genugtuung nach <ref-law>. Als Privatklägerschaft gilt die geschädigte Person, die ausdrücklich die Absicht ihrer Beteiligung am Strafverfahren als Straf- oder Zivilklägerin erklärt hat (<ref-law>). Geschädigt ist, wer durch die Straftat in seinen Rechten unmittelbar verletzt worden ist, das heisst wer Träger des durch die verletzte Strafnorm geschützten oder zumindest mitgeschützten Rechtsguts ist (<ref-law>; <ref-ruling> E. 2.2 S. 78).
Richtet sich die Beschwerde gegen die Einstellung oder Nichtanhandnahme eines Verfahrens, hat die Privatklägerschaft nicht notwendigerweise bereits vor den kantonalen Behörden Zivilansprüche geltend gemacht. Selbst wenn sie schon adhäsionsweise privatrechtliche Ansprüche geltend gemacht hat, werden in der Einstellungs- bzw. Nichtanhandnahmeverfügung keine Zivilklagen behandelt (Art. 320 Abs. 3 i.V.m. <ref-law>). In jedem Fall muss die Privatklägerschaft im Verfahren vor Bundesgericht darlegen, aus welchen Gründen sich der angefochtene Entscheid inwiefern auf welche Zivilforderung auswirken kann. Das Bundesgericht stellt an die Begründung der Legitimation strenge Anforderungen. Genügt die Beschwerde diesen nicht, kann darauf nur eingetreten werden, wenn aufgrund der Natur der untersuchten Straftat ohne Weiteres ersichtlich ist, um welche Zivilforderung es geht (<ref-ruling> E. 1.1 S. 4 f.).
Nach ständiger Rechtsprechung können öffentlich-rechtliche Ansprüche, auch solche aus öffentlichem Staatshaftungsrecht, nicht adhäsionsweise im Strafprozess geltend gemacht werden und zählen nicht zu den Zivilansprüchen im Sinne von Art. 81 Abs. 1 lit. b Ziff. 5 BGG (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1.2.4; Urteile 6B_263/2018 vom 24. Januar 2019 E. 1.1.1; 6B_1200/2017 vom 4. Juni 2018 E. 2.4.1; 6B_1344/2017 vom 8. März 2018 E. 3; je mit Hinweisen).
Unbekümmert um die fehlende Legitimation in der Sache selbst kann die Privatklägerschaft die Verletzung von Verfahrensrechten geltend machen, deren Missachtung eine formelle Rechtsverweigerung darstellt. Zulässig sind Rügen formeller Natur, die von der Prüfung der Sache getrennt werden können. Nicht zu hören sind Rügen, die im Ergebnis auf eine materielle Überprüfung des angefochtenen Entscheids abzielen (<ref-ruling> E. 1.1 S. 5; <ref-ruling> E. 2 S. 250; je mit Hinweisen). Ein in der Sache nicht legitimierter Beschwerdeführer kann weder die Beweiswürdigung kritisieren noch geltend machen, die Begründung sei materiell unzutreffend (<ref-ruling> E. 1.4 S. 44; <ref-ruling> E. 3.2 S. 436 f.; je mit Hinweisen). Er kann vorbringen, auf ein Rechtsmittel sei zu Unrecht nicht eingetreten worden, er sei nicht angehört worden, er habe keine Gelegenheit erhalten, Beweisanträge zu stellen, oder er habe keine Einsicht in die Akten nehmen können (sog. "Star-Praxis"; <ref-ruling> E. 1.1 S. 5; <ref-ruling> E. 1.3 S. 79 f.; je mit Hinweisen).
1.2. Zur ihrer Beschwerdelegitimation macht die Beschwerdeführerin Folgendes geltend:
In Bezug auf die Einstellung der Strafuntersuchung gegen den Beschwerdegegner 3 seien die Voraussetzungen von Art. 81 Abs. 1 lit. b Ziff. 5 BGG erfüllt. Die Delikte, welche die Beschwerdeführerin diesem vorwerfe, stellten eine unerlaubte Handlung im Sinne von <ref-law> dar. Sie habe gegenüber dem Beschwerdegegner 3 diverse Schadenersatz- und Genugtuungsansprüche.
Betreffend die Einstellung der Strafuntersuchung gegen die Beschwerdegegnerin 2 als Amtsperson ergebe sich die Legitimation aufgrund der Star-Praxis. Die Beschwerdeführerin macht eine Verletzung von Verfahrensrechten gel tend. Die Beschwerdegegnerin 2 habe in den Ausstand treten müssen, nachdem ihre Voreingenommenheit aufgrund von Vorverurteilungen im Gesuch um Telefonüberwachung vom 5. März 2010 bekannt geworden sei. Die Vorinstanz habe sich mit ihren Rügen nicht auseinandergesetzt und den Grundsatz in dubio pro duriore verletzt. Sie, die Beschwerdeführerin, sei in der Untersuchung gegen die Beschwerdegegner 2 und 3 kein einziges Mal befragt worden, wodurch ihr Anspruch auf rechtliches Gehör verletzt worden sei.
1.3. Es ist nicht ersichtlich, inwiefern sich der angefochtene Beschluss auf Zivilforderungen der Beschwerdeführerin gegen den Beschwerdegegner 3 auswirken könnte. Die von ihr geltend gemachten, angeblich noch vor Bewilligung der amtlichen Verteidigung angefallenen Verteidigungskosten im gegen sie gerichteten und sistierten Strafverfahren sind Gegenstand jenes und nicht des vorliegenden Verfahrens. Die Beschwerdeführerin legt zudem nicht hinreichend dar, dass jenes Strafverfahren und die behaupteten über die amtliche Verteidigung hinaus gehenden Verteidigungskosten aufgrund angeblich unerlaubter Handlungen des Beschwerdegegners 3 verursacht wurden. Die Vorinstanz stellt für das Bundesgericht vielmehr verbindlich fest (vgl. <ref-law>), dass die Beschwerdeführerin im deliktsrelevanten Zeitraum als Treuhänderin Kontakt zum Beschwerdegegner 3 hatte, ihm u.a. eine Bestätigung zur Einfuhr von Bargeld ausstellte und Z._ im entsprechenden Verfahren in Österreich wegen Betäubungsmitteldelikten aussagte, sie habe alles Finanzielle für den Beschwerdegegner 3 abgewickelt (angefochtener Beschluss, E. I. 1.1 S. 3). Auch die von der Beschwerdeführerin im Zusammenhang mit dem gegen sie gerichteten Strafverfahren geltend gemachten und nicht näher begründeten Krankheitskosten, verminderte wirtschaftliche Leistungsfähigkeit sowie den anwaltlichen Aufwand gegen die von B._ in jenem Verfahren adhäsionsweise geltend gemachten Forderung von Fr. 500'000.-- sind nicht Gegenstand des vorliegenden Verfahrens. Ein aus zu Unrecht erstandener Haft resultierender Anspruch auf Genugtuung wäre darüber hinaus nicht etwa durch den Beschwerdegegner 3, sondern durch die Staatskasse zu befriedigen, weshalb auch insoweit keine Zivilforderung erkennbar ist. Die angeblich bis 18. Mai 2015 von der Beschwerdeführerin selber getragenen Kosten für die Strafanzeige gegen die Beschwerdegegner 2 und 3 stellen ebenso wenig eine Zivilforderung dar, ansonsten jeder anzeigende Privatkläger zur Beschwerde in der Sache legitimiert wäre.
Inwiefern sich der angefochtene Entscheid auf welche Zivilforderungen auswirken könnte, ergibt sich ferner auch nicht ohne Weiteres aus der Natur der von der Beschwerdeführerin beanzeigten Straftaten. Die geltend gemachte Veruntreuung beging der Beschwerdegegner 3 nach ihrer Darstellung nicht etwa zu ihrem Nachteil, sondern zu demjenigen von B._.
Zur Begründung ihrer Legitimation betreffend die Einstellung des Strafverfahrens gegen die Beschwerdegegnerin 2 als Staatsanwältin wiederholt die Beschwerdeführerin weitgehend die von ihr erhobenen Vorwürfe strafbaren Verhaltens. Diese Umstände seien von einem neutralen Sachgericht mit umfassender Kognition und nicht von der Vorinstanz mit beschränkter Befugnis zu prüfen. Dabei handelt es sich um keine formellen Rügen, zu welchen die Beschwerdeführerin unbesehen der fehlenden Legitimation mangels möglicher gegen eine Amtsperson des Kantons Zürich bestehender Zivilansprüche im Sinne von Art. 81 Abs. 1 lit. b Ziff. 5 BGG in der Sache befugt wäre. Zwar behauptet die Beschwerdeführerin auch eine Verletzung ihres Anspruchs auf rechtliches Gehör. Sie begründet dies jedoch damit, dass die Vorinstanz den Grundsatz in dubio pro duriore verletzt habe und sich mit den Rügen nicht auseinandergesetzt habe, wonach die Beschwerdegegnerin 2 diverse Pflichten und Ansprüche verletzt habe. Solche Vorbringen betreffen Fragen materieller Natur und begründen nach dem Gesagten keine Legitimation zur Beschwerde.
Die Beschwerdeführerin bestreitet sodann nicht, dass sie vom Inhalt der Einstellungsverfügungen Kenntnis erhielt und diese vorinstanzlich anfechten konnte. Eine Verletzung des rechtlichen Gehörs oder eine formelle Rechtsverweigerung ist nicht ersichtlich. Dass die Beschwerdeführerin in der Untersuchung gegen die Beschwerdegegner 2 und 3 nicht mündlich befragt worden sei, ändert daran nichts. Mangels Ausschöpfen des Instanzenzugs von vornherein nicht zu hören sind schliesslich ihre Vorbringen, welche sich gegen das Verhalten der Beschwerdegegnerin 2 im von dieser gegen die Beschwerdeführerin geführten Strafverfahren richten. Die Beschwerdeführerin verkennt auch diesbezüglich, dass das gegen sie gerichtete Strafverfahren nicht Gegenstand des vorliegend angefochtenen Entscheids ist.
Dass die Vorinstanz auf das von ihr erhobene Rechtsmittel zu Unrecht teilweise nicht eingetreten sei, rügt die Beschwerdeführerin nicht. Damit ist die Beschwerdeführerin vor Bundesgericht nicht zur Beschwerde legitimiert.
2.
Auf die Beschwerde ist nicht einzutreten. Ausgangsgemäss trägt die Beschwerdeführerin die Gerichtskosten, zumal ihr Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege infolge Aussichtslosigkeit abzuweisen ist. Ihren finanziellen Verhältnissen ist bei der Kostenbemessung Rechnung zu tragen (Art. 64 Abs. 1 und 66 Abs. 1 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2.
Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird abgewiesen.
3.
Die Gerichtskosten von Fr. 1'200.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Zürich, III. Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 15. Mai 2019
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Denys
Der Gerichtsschreiber: Weber