Fatti:
A.
A._ (1955), cittadino croato, il quale non ha mai beneficiato di un'autorizzazione di soggiorno in Svizzera, si è sposato il 2 aprile 2014 con B._, sua connazionale titolare di un permesso di domicilio in Ticino. La coppia ha avuto tre figli, C._ (2004), D._ (2007) ed E._ (2014).
B.
A._ ha interessato le autorità giudiziarie penali svizzere nei seguenti termini:
- il 5 novembre 1992 il Procuratore pubblico del Cantone Ticino l'ha condannato alla pena detentiva di tre giorni, sospesa condizionalmente per un periodo di prova di due anni, per il reato di furto;
- con decreto d'accusa del 14 dicembre 2005 è stato condannato alla pena detentiva di 15 giorni, sospesa condizionalmente per un periodo di prova di tre anni e ad una multa di fr. 500.--, per guida senza licenza di circolazione o targhe di controllo e guida senza assicurazione per la responsabilità civile;
- con decreto d'accusa dell'11 dicembre 2006 è stato condannato alla pena detentiva di 60 giorni, sospesa condizionalmente per un periodo di prova di quattro anni e ad una multa di fr. 1'800.--, per guida in stato di inattitudine (concentrazione qualificata di alcol) e infrazione alle norme di circolazione.
Preso atto di questi fatti l'Ufficio federale della migrazione (ora Segreteria di Stato della migrazione SEM) ha pronunciato il 4 aprile 2007 nei confronti di A._ un divieto d'entrata in Svizzera della durata di cinque anni, cioè fino al 3 aprile 2012, il quale è cresciuto in giudicato incontestato.
C.
Dopo l'emanazione del divieto d'entrata A._ ha di nuovo avuto modo di interessare le autorità giudiziarie svizzere, ossia:
- con decreto d'accusa del 4 giugno 2007 è stato condannato alla pena pecuniaria di 90 aliquote giornaliere di fr. 50.-- cadauna, sospesa condizionalmente per un periodo di prova di quattro anni, e ad una multa di fr. 1'500.--, per guida in stato di inattitudine (concentrazione qualificata di alcol) e guida senza licenza di condurre o nonostante revoca.
- il 22 ottobre 2007 il Ministero pubblico del Cantone Ticino l'ha condannato ad una pena pecuniaria di 90 aliquote giornaliere di fr. 110.-- ciascuna, sospesa condizionalmente per un periodo di prova di quattro anni e ad una multa di fr. 1'000.-- per delitto contro l'ora abrogata legge federale del 26 marzo 1931 concernente la dimora e il domicilio degli stranieri (LDDS; CS 1 117);
- il 9 aprile 2008 è stato condannato alla pena detentiva di 20 giorni per avere guidato senza licenza di condurre o nonostante revoca;
- con decreto d'accusa del 30 aprile 2014 è stato condannato ad una pena pecuniaria di 25 aliquote giornaliere di fr. 40.-- cadauna, sospesa condizionalmente per un periodo di prova di due anni, e ad una multa di fr. 200.-- siccome riconosciuto colpevole di truffa, guida nonostante revoca della licenza di condurre, entrata e soggiorni illegali;
- il 2 febbraio 2015 è stato condannato a una pena pecuniaria di 90 aliquote giornaliere di fr. 30.-- ciascuna per guida in stato di inattitudine (concentrazione qualificata di alcol), furto d'uso di un veicolo, ripetuta guida senza autorizzazione e guida senza assicurazione per la responsabilità civile.
Alla luce di queste nuove condanne, in particolare dei decreti d'accusa del 30 aprile 2014 e del 2 febbraio 2015, la Segreteria di Stato della migrazione SEM, dopo avere tentato più volte, ma senza successo, d'invitare A._ ad esprimersi al riguardo, ha emanato il 25 agosto 2015 un nuovo divieto d'entrata in Svizzera nei suoi confronti valevole fino al 24 agosto 2018. La citata autorità si è ugualmente fondata sulle infrazioni penali commesse dall'interessato in Croazia, di cui era venuta nel frattempo a conoscenza. A._ vi era infatti stato condannato a dieci riprese tra il 1994 e il 2012 per truffa (1994), appropriazione indebita (1997), per avere provocato un incidente della circolazione (1998), per truffa e per furto (1998), nuovamente per furto (2000), per furto (2006), per truffa e falsità in documenti (due condanne nel 2010) e ancora per truffa (2012). Un ritorno in Svizzera di A._ è stato considerato indesiderato per motivi di ordine e di sicurezza pubblici visti i ripetuti comportamenti delittuosi tenuti. La decisione è stata intimata all'interessato il 2 novembre 2015.
D.
Con sentenza del 20 marzo 2017 il Tribunale amministrativo federale ha confermato la liceità del provvedimento, osservando che non erano stati disattesi né l'art. 67 cpv. 2 lett. a della legge federale del 16 dicembre 2005 sugli stranieri (LStr; RS 142.20) né il principio della proporzionalità né, infine, l'art. 8 CEDU. Su questo ultimo punto il Tribunale amministrativo federale ha giudicato che i rapporti familiari intrattenuti dall'insorgente con la moglie e i figli stabiliti in Svizzera non raggiungevano l'intensità richiesta dalla prassi affinché potesse appellarsi al disposto convenzionale né dal profilo affettivo né da quello economico.
E.
Il 15 maggio 2017 A._ ha presentato dinanzi al Tribunale federale un ricorso in materia di diritto pubblico con cui lamenta una violazione dell'art. 67 cpv. 2 lett. a LStr nonché dell'art. 8 CEDU.
Chiamati ad esprimersi il Tribunale amministrativo federale, Corte VI, ha rinunciato a formulare osservazioni, mentre l'Ufficio federale della migrazione SEM ha proposto di respingere il ricorso.
Con decreto presidenziale del 12 giugno 2017 è stato concesso l'effetto sospensivo al ricorso.
Dopo aver chiesto nel proprio gravame di essere esentato dal dovere versare spese giudiziarie il ricorrente, invitato il 23 maggio 2017 a fornire la prova della propria indigenza o a pagare la somma esatta, ha provveduto il 12 giugno 2017 al pagamento richiesto.

Diritto:
1.
Il Tribunale federale esamina d'ufficio e con piena cognizione la sua competenza (<ref-law>), rispettivamente l'ammissibilità dei gravami che gli vengono sottoposti (<ref-ruling> consid. 1.1 pag. 87 e rinvii).
2.
2.1. L'impugnativa è stata presentata contro una decisione del Tribunale amministrativo federale in una causa di diritto pubblico; va quindi esaminato se sia ricevibile quale ricorso in materia di diritto pubblico. La facoltà di interporre ricorso sussidiario in materia costituzionale è invece a priori esclusa (<ref-law>).
2.2. Giusta l'art. 83 lett. c cifra 1 LTF, il ricorso in materia di diritto pubblico è inammissibile contro le decisioni in materia di diritto degli stranieri concernenti l'entrata in Svizzera. Il motivo d'esclusione non si applica però nel caso di un gravame inoltrato da uno straniero che può prevalersi dell'Accordo, concluso il 21 giugno 1999, tra la Confederazione Svizzera, da una parte, e la Comunità europea ed i suoi Stati membri, dall'altra, sulla libera circolazione delle persone (di seguito: Accordo sulla libera circolazione o ALC; RS 0.142.112.681), quindi del diritto alla doppia istanza di ricorso garantito dall'art. 11 cpv. 1 e 3 ALC (<ref-ruling> consid. 1. 2 pag. 354 seg.; sentenza 2C_110/2012 del 26 aprile 2012 consid. 1.1).
2.3. Come già rilevato dal Tribunale federale, l'Accordo sulla libera circolazione è stato esteso (con delle restrizioni concernenti l'accesso al mercato del lavoro che non sono determinanti nel caso concreto) ai cittadini croati a partire dal 1° gennaio 2017 (RU 2016 5233 e 5251; sentenza 2C_1032/2016 del 9 maggio 2017 consid. 4) e va loro immediatamente applicato (vedasi Protocollo del 4 marzo 2016 all'Accordo tra la Confederazione svizzera, da una parte, e la Comunità europea e i suoi stati membri, dall'altra, sulla libera circolazione delle persone, relativo alla partecipazione, in qualità di parte contraente, della Repubblica di Croazia, a seguito della sua adesione all'Unione europea [Protocollo III; RU 2016 5251] nonché Circolare del 21 dicembre 2016 della Segreteria di Stato della migrazione SEM concernente l'estensione dell'Accordo sulla libera circolazione delle persone (ALC) alla Croazia al 1° gennaio 2017; sentenza 2C_471/2017 del 22 dicembre 2017 consid. 2.1 e rinvio). Dal 1° gennaio 2017 i cittadini croati godono quindi della libera circolazione garantita dall'ALC ciò che implica, tra l'altro, che un divieto d'entrata emanato in virtù dell'art. 67 LStr può essere pronunciato nei confronti di un cittadino croato unicamente se se sono rispettate le esigenze di cui all'art. 5 Allegato I ALC, ossia se si tratta di una misura giustificata da motivi di ordine pubblico, pubblica sicurezza e pubblica sanità (vedasi anche infra consid. 4.3).
2.4. In ragione della cittadinanza croata del ricorrente l'art. 83 lett. c cifra 1 LTF non trova pertanto applicazione nella fattispecie. Tempestiva (art. 46 cpv. 1 lett. a in relazione con l'<ref-law>) e presentata da persona legittimata a ricorrere (<ref-law>), l'impugnativa è ammissibile quale ricorso in materia di diritto pubblico.
3.
3.1. In virtù del principio jura novit curia, il Tribunale amministrativo federale avrebbe dovuto esaminare d'ufficio (<ref-law> in relazione con l'<ref-law>) se il divieto d'entrata contestato rispettasse le esigenze derivanti dall'art. 5 Allegato I ALC, tale aspetto attenendo alla valutazione giuridica della fattispecie sottopostagli. Perché non l'ha fatto non risulta dagli atti né esso lo spiega nelle proprie determinazioni. Ciò appare tanto più incomprensibile che nel concedere l'effetto sospensivo al gravame sottopostogli il Tribunale amministrativo federale ha dapprima, con decisione incidentale del 14 gennaio 2016, accordato il provvedimento in questione appellandosi proprio all'ALC, per poi rettificare detta decisione e rimpiazzarla con una nuova decisione incidentale del 3 febbraio 2016, ove procedendo ad una sostituzione di motivi la misura cautelare richiesta è stata fondata sull'art. 8 CEDU. Non occorre tuttavia indagare oltre. Non avendo valutato la fattispecie sottopostagli (anche) dal profilo dell'ALC, il Tribunale amministrativo federale ha violato il diritto federale siccome non ha esaminato d'ufficio, come gli incombeva invece per legge, il diritto applicabile (causa 2C_471/2017 del 22 dicembre 2017 consid. 2.3 e rinvii). Ciò tuttavia non porta necessariamente all'annullamento della sentenza impugnata. Infatti, occorre ancora valutare se ciò ha avuto un'incidenza concreta sull'esito del giudizio, altrimenti detto se, in base ai fatti accertati (<ref-law>), il divieto d'entrata pronunciato nei confronti del qui ricorrente risulta comunque conforme al diritto determinante (causa 2C_44/2017 del 28 luglio 2017 consid. 3 e riferimento).
3.2. Per quanto riguarda i fatti, il Tribunale federale fonda il suo ragionamento sull'accertamento svolto dall'autorità inferiore (<ref-law>). Esso può scostarsene se è stato eseguito violando il diritto ai sensi dell'<ref-law>, oppure in modo manifestamente inesatto (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 4.2 pag. 560).
Dato che non vengono validamente messi in discussione nel ricorso con una motivazione conforme all'<ref-law> che ne dimostri un accertamento rispettivamente un apprezzamento arbitrario, i fatti che emergono dal giudizio impugnato vincolano il Tribunale federale anche nel caso concreto (<ref-ruling> consid. 2.2 pag. 246; 133 Il 249 consid. 1.2.2 pag. 252).
4.
4.1. Come accennato in precedenza, oggetto di disamina è la questione di sapere se il ricorrente rappresenti tuttora una minaccia effettiva e sufficientemente grave dell'ordine pubblico ai sensi dell'art. 5 Allegato I ALC tale da giustificare l'emanazione di un divieto d'entrata nei suoi confronti fondato sull'art. 67 cpv. 2 lett. a LStr.
4.2. La LStr si applica nei confronti dei cittadini degli Stati membri della CE unicamente quando prevede disposizioni più favorevoli o quando l'ALC non contiene disposizioni derogatorie (art. 2 cpv. 2 LStr). Siccome l'ALC non regolamenta il divieto d'entrata, si applica quindi l'art. 67 LStr (cfr. art. 24 dell'ordinanza del 22 maggio 2002 sull'introduzione della libera circolazione delle persone [OLCP; RS 142.203]). A norma dell'art. 67 cpv. 2 lett. a LStr la Segreteria di Stato della migrazione SEM può vietare l'entrata in Svizzera allo straniero che ha violato o espone a pericolo l'ordine e la sicurezza pubblici in Svizzera o all'estero.
Il divieto d'entrata viene oggi pronunciato per una durata massima di cinque anni; può essere pronunciato per una durata più lunga se l'interessato costituisce un grave pericolo per l'ordine e la sicurezza pubblici (art. 67 cpv. 3 LStr). Sempre nell'ottica del diritto interno, l'art. 96 cpv. 1 LStr prescrive d'altra parte che, nell'esercizio del loro potere discrezionale, le autorità competenti tengano conto degli interessi pubblici e della situazione personale, nonché del grado d'integrazione dello stesso.
4.3. Per i cittadini dell'Unione europea determinante è inoltre l'ALC (art. 2. cpv. 2 LStr). In base al citato Accordo sulla libera circolazione delle persone, le parti contraenti ammettono nel rispettivo territorio i cittadini dell'altra parte contraente e i membri della loro famiglia ai sensi dell'art. 3 cpv. 2 Allegato I ALC dietro semplice presentazione di una carta di identità o di un passaporto validi (art. 1 cpv. 1 Allegato I ALC in relazione con l'art. 3 ALC); tale diritto può essere limitato solo da misure giustificate da motivi di ordine pubblico, pubblica sicurezza e pubblica sanità (art. 5 cpv. 1 Allegato I ALC; vedasi anche <ref-ruling> consid. 5.3 pag. 125 seg.; <ref-ruling> consid. 3.4 pag. 12 seg.).
Secondo la giurisprudenza, che si orienta alla direttiva CEE 64/221 del 25 febbraio 1964 ed alla prassi della Corte di giustizia dell'Unione europea ad essa relativa (art. 5 cpv. 2 allegato I ALC), l'adozione di misure d'allontanamento presuppone la sussistenza di una minaccia effettiva e sufficientemente grave dell'ordine pubblico da parte della persona che ne è toccata. Una condanna può venir presa in considerazione a giustificazione di un simile provvedimento soltanto se dalle circostanze che l'hanno determinata emerga un comportamento personale che implica una minaccia attuale per l'ordine pubblico; escluso è quindi che lo stesso possa essere preso unicamente a titolo preventivo o dissuasivo. A dipendenza delle circostanze, già la sola condotta tenuta in passato può comunque adempiere i requisiti di una simile messa in pericolo dell'ordine pubblico. Per valutare l'attualità della minaccia, non occorre prevedere quasi con certezza che lo straniero commetterà altre infrazioni in futuro; d'altro lato, per rinunciare a misure di ordine pubblico, non si deve esigere che il rischio di recidiva sia praticamente nullo. La misura dell'apprezzamento dipende in sostanza dalla gravità della potenziale infrazione: tanto più questa appare importante, quanto minori sono le esigenze in merito al rischio di recidiva (<ref-ruling> consid. 5.3 pag. 125 seg.; <ref-ruling> consid. 4.2 pag. 20; sentenze 2C_110/2012 del 26 aprile 2012 consid. 2.2 e 2C_903/2010 del 6 giugno 2011 consid. 4.3 non pubblicato in <ref-ruling>).
4.4. Come emerge dal giudizio querelato il ricorrente è stato colpito da un primo divieto d'entrata della durata di cinque anni (2007-2012), passato in giudicato incontestato, in seguito a tre condanne pronunciate nei suoi confronti tra il 2005 e il 2007 (segnatamente per infrazioni alla legge federale sulla circolazione stradale (LCStr; RS 741.01). Egli è poi stato ulteriormente condannato quattro volte nel nostro Paese tra il 2007 e il 2015 per truffa, conduzione di un veicolo nonostante la revoca della licenza e infrazione alla LStr (entrata e soggiorno illegali), guida in stato di inattitudine malgrado fosse già stato condannato nel 2006 e nel 2007 per analogo reato, furto d'uso, guida senza autorizzazione, rispettivamente senza le necessarie assicurazioni per veicoli a motore, sviamento della giustizia nonché impedimenti di atti dell'autorità. Inoltre, ha subito tra il 1994 e il 2012 numerose condanne nel proprio paese d'origine, cioè quattro condanne per truffa, due condanne per furto, due condanne per falsità in documenti nonché per appropriazione indebita e per avere provocato un incidente della circolazione.
Senza contestare quanto addebitatogli il ricorrente fa valere che si tratta di infrazioni di portata limitata, che peraltro risalgono nel tempo. Ora, se effettivamente l'ultimo reato da lui compiuto risale al mese di ottobre 2014, altrettanto vero è che quando è stato pronunciato il divieto d'entrata, cioè il 25 agosto 2015 - che costituisce in via di principio il momento determinante per la valutazione (sentenza 2C_66/2018 del 7 maggio 2018 consid. 5.3.1 e riferimento) - detto reato era ancora recente. È altresì vero che, prese singolarmente, neanche una delle infrazioni per cui è stato condannato in Svizzera permette di giungere alla conclusione che egli rappresenta una minaccia reale per la sicurezza e l'ordine pubblico tale da giustificare un divieto d'entrata in Svizzera in deroga alla libera circolazione delle persone ai sensi dei combinati art. 67 cpv. 2 lett. a LStr e 5 Allegato I ALC. Per converso se si considera l'insieme di quanto addebitatogli, sia in Svizzera che nel proprio paese d'origine (reati di cui si può tener conto così come disposto dall'art. 67 cpv. 2 lett. a in fine LStr) ne emerge che egli ha infranto la legge su un lungo periodo (più di dieci anni), che è recidivo (sull'importanza di questo aspetto con riguardo all'ALC vedasi <ref-ruling> consid. 5.5.1 pag. 127 e richiami) e che niente l'ha distolto da un'attività delittuosa, in particolare non il primo divieto d'entrata pronunciato nei suoi confronti nel 2007 né il fatto di essere diventato padre. Non si è quindi confrontati con atti isolati, ma con una delinquenza persistente che non consente, in assenza di nuovi elementi, di formulare un pronostico favorevole per il futuro: i precedenti penali del ricorrente dimostrano invece una propensione a trasgredire la legge nonché un'incapacità a cambiare comportamento. Al riguardo ci si limita a ricordare che in materia di circolazione stradale è stato condannato più volte per avere guidato in stato di inattitudine (ebrietà nel 2006 e nel 2015 [<ref-law>] e concentrazione qualificata di alcol nel 2007 [<ref-law>]), ciò che comprova il suo disinteresse per le regole della circolazione nonché per la sicurezza stradale essendo noto che guidare in stato di ubriachezza mette gravemente in pericolo la vita del conduttore e degli altri utenti della strada (<ref-ruling> consid. 5.5.1 pag. 127 e rinvio).
Quantunque ne dica l'interessato egli ha dimostrato di non essere capace rispettivamente di non volere conformarsi al sistema giuridico svizzero. E niente, nei fatti accertati dall'autorità precedente (<ref-law>) permette di giungere ad un'opposta conclusione. La regolarità delle condanne - sia in Svizzera che nel proprio paese di origine - e la mancanza di un cambiamento di atteggiamento sono pertanto sufficienti nel caso specifico per ammettere un rischio di recidiva e, di conseguenza, che il ricorrente rappresenta una minaccia effettiva, attuale e sufficientemente grave per la società, tale da legittimare un provvedimento per ragioni di ordine pubblico ai sensi dell'art. 67 cpv. 2 lett. a LStr combinato con l'art. 5 cpv. 1 Allegato I ALC.
4.5. Rimane pertanto da verificare la proporzionalità della misura. Il divieto di entrata in Svizzera si giustifica infatti solo se dalla ponderazione degli interessi da effettuare emerge che esso rispetta il principio della proporzionalità sia dal profilo dell'art. 96 LStr che da quello dell'art. 8 CEDU (<ref-ruling> consid. 6.5.1 pag. 132; <ref-ruling> consid. 4.3 pag. 381; sentenza della Corte europea dei diritti dell'uomo in re Trabelsi contro Germania del 13 ottobre 2011, n. 41548/06, § 53 segg.). Come emerge dalla sentenza impugnata, il qui ricorrente non ha mai vissuto in Svizzera e sebbene sia padre di tre figli nati nel nostro Paese e ivi domiciliati, egli si è sposato con la loro madre solo nel 2014 allorché la prima figlia aveva già dieci anni, il secondogenito sette anni e il terzo figlio era in procinto di nascere. Come riconosciuto dall'interessato stesso egli non ha mai vissuto con la compagna, diventata nel 2014 sua moglie, rispettivamente con lei e i figli salvo durante viaggi turistici nel paese di origine compiuti dalla consorte e dai figli nel periodo delle vacanze scolastiche oppure durante i suoi soggiorni in Svizzera al beneficio di visti turistici; una richiesta di rilascio di permesso di soggiorno è stata presentata per la prima volta nel settembre 2014, dieci anni rispettivamente tre anni dopo la nascita dei primi due figli. Inoltre, egli non ha mai fornito la prova di provvedere rispettivamente di contribuire al mantenimento della propria famiglia, non essendovi niente negli atti che permette di pensare che egli sia professionalmente attivo. Premesse queste considerazioni e rammentato che il ricorrente ha comunque beneficiato dell'effetto sospensivo sia dinanzi all'autorità precedente che davanti a questa Corte ne discende che il provvedimento litigioso ossequia il principio della proporzionalità.
4.6. Per i motivi illustrati il ricorso si avvera infondato e va quindi respinto.
5.
Il ricorrente ha chiesto di essere posto al beneficio dell'assistenza giudiziaria (<ref-law>). Sennonché, invitato a fornire le prove della propria indigenza, egli non ha prodotto alcun documento nel termine assegnatogli a tale fine, ma ha invece pagato l'anticipo chiestogli a titolo di garanzia delle spese giudiziarie presunte. In queste condizioni, ci si può chiedere se l'istanza viene mantenuta. La questione può comunque rimanere irrisolta siccome viste le particolarità della fattispecie, segnatamente il fatto che l'autorità precedente, in violazione del diritto, non si è pronunciata sulla questione dell'applicabilità dell'ALC, il Tribunale federale rinuncia a prelevare spese (<ref-law>), motivo per cui l'istanza si rivela priva d'oggetto. Non vengono assegnate ripetibili ad autorità vincenti (<ref-law>).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1.
Il ricorso è respinto.
2.
La domanda di assistenza giudiziaria è priva d'oggetto.
3.
Non si prelevano spese giudiziarie.
4.
Comunicazione al ricorrente, alla Segreteria di Stato della migrazione SEM e al Tribunale amministrativo federale, Corte VI nonché al Dipartimento delle istituzioni del Cantone Ticino, Sezione della popolazione (per informazione).