Sachverhalt:
A.
Das Bundesamt für Verkehr (BAV) erteilte der Schweizerische Bundesbahnen SBB AG am 17. August 2015, unter Auflagen und Vorbehalten, die Plangenehmigung für das Bahnprojekt "Infrastrukturmassnahmen Zugersee Ost". Gleichzeitig wies das BAV die Einsprache des Vereins "Interessengemeinschaft (IG) Neat Zug" ab, soweit es darauf eintrat.
Gegen diesen Entscheid führte die IG Neat Zug erfolglos Beschwerde an das Bundesverwaltungsgericht. Gegen dessen Urteil vom 10. Januar 2017 erhob sie Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht. Dieses wies die Beschwerde am 25. Juni 2018 ab, soweit darauf einzutreten war (Urteil 1C_104/2017).
B.
Die IG Neat Zug ersucht am 13. September 2018 um Revision des bundesgerichtlichen Urteils. Zudem stellt die IG Neat Zug ein Gesuch um Wiederinkraftsetzung der aufschiebenden Wirkung.
Das Bundesgericht hat auf die Durchführung eines Schriftenwechsels verzichtet (Art. 127 BGG).

Erwägungen:
1.
Die Revision eines bundesgerichtlichen Urteils kann nur aus einem der im Gesetz abschliessend genannten Gründe (Art. 121-123 BGG) verlangt werden. Das Gesuch muss einen solchen anrufen oder zumindest Tatsachen nennen, die von einem gesetzlichen Revisionsgrund erfasst sind. Ob tatsächlich ein Grund zur Revision vorliegt, ist nicht eine Frage des Eintretens, sondern der materiellen Beurteilung. Immerhin gelten auch für das Revisionsgesuch die in Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG genannten Anforderungen, wonach die gestellten Begehren zu begründen sind (Urteil 4F_20/2013 vom 11. Februar 2014 E. 2.1).
Das vorliegende Revisionsgesuch enthält mehrere Anträge. Ihnen ist zu entnehmen, dass die Revision im Ergebnis zu einer Rückweisung des Geschäfts an die Vorinstanz führen soll. Ein solches Begehren ist zulässig. Dabei beruft sich die Gesuchstellerin zur Hauptsache auf die Revisionsgründe gemäss Art. 121 lit. c und lit. d BGG. Danach kann die Revision verlangt werden, wenn einzelne Anträge unbeurteilt geblieben sind (lit. c) oder das Gericht in den Akten liegende erhebliche Tatsachen aus Versehen nicht berücksichtigt hat (lit. d). Diese Rügen sind im Folgenden zu prüfen. Auf das durch die hierzu legitimierte ursprüngliche Beschwerdeführerin frist- und formgerecht eingereichte Revisionsgesuch ist somit grundsätzlich einzutreten.
Demgegenüber dient die Revision nicht dazu, um angebliche Rechtsfehler des Bundesgerichts zu korrigieren (vgl. <ref-ruling> E. 3 S. 280; Urteil 2F_20/2012 vom 25. September 2012 E. 2.1). Auf diesbezügliche Kritik kann nicht eingetreten werden. Gleich verhält es sich vorliegend beim zusätzlich vorgebrachten Revisionsgrund von Art. 123 Abs. 2 lit. a BGG, der sich auf das nachträgliche Beibringen von erheblichen Tatsachen und Beweismitteln bezieht. Insoweit reicht die Gesuchstellerin eine Mailauskunft des Bundesamts für Verkehr (BAV) vom 14. August 2018 zu Höchstgeschwindigkeiten auf Eisenbahnstrecken ein. Dieses Beweismittel ist nach dem Urteil 1C_104/2017 vom 25. Juni 2018 entstanden. Gemäss Art. 123 Abs. 2 lit. a BGG sind Tatsachen und Beweismittel, die erst nach dem Entscheid entstanden sind, bei der Revision ausgeschlossen.
2.
2.1. Die vom Bundesgericht zu beurteilenden Anträge im Sinne von Art. 121 lit. c BGG sind primär solche zur Sache, aber auch - soweit zulässig - Beweisanträge (Urteil 4F_20/2013 vom 11. Februar 2014, E. 3.2). Der entsprechende Revisionsgrund liegt nicht vor, soweit über einzelne Anträge mit dem Urteil implizit entschieden wurde (vgl. <ref-ruling> E. 2.1 S. 143). Zudem stellt die Begründung eines Begehrens keinen Antrag dar und ist eine Rüge keine revisionsrelevante Tatsache; das Übergehen einer prozesskonform vorgetragenen Kritik bildet deshalb keinen Revisionsgrund (Urteil 4F_1/2007 vom 13. März 2007 E. 5.1).
2.2. Der Revisionsgrund von Art. 121 lit. d BGG liegt nur vor, wenn das Gericht eine Tatsache oder ein bestimmtes Aktenstück übersehen oder mit einem falschen Wortlaut wahrgenommen hat; anders verhält es sich, wenn die Tatsache oder das Aktenstück in der äusseren Erscheinung richtig wahrgenommen wurde und allenfalls bloss eine unzutreffende beweismässige oder rechtliche Würdigung vorgenommen worden ist. Zudem betrifft dieser Revisionsgrund nur "erhebliche Tatsachen", d.h. solche, die zugunsten des Gesuchstellers zu einer anderen Entscheidung hätten führen müssen, wenn sie berücksichtigt worden wären (vgl. Urteil 4F_15/2017 vom 30. November 2017 E. 2.1 mit Hinweisen).
3.
3.1. Die Gesuchstellerin macht geltend, das Bundesgericht habe verschiedene Anträge der Beschwerdeschrift übersehen, und erwähnt Tatsachen, die ebenfalls übergangen worden sein sollen. Dabei nennt sie die Anträge 2.1, 2.2, 2.6, 2.7, 2.8. 2.9 und 2.11 der Beschwerdeschrift. Diese lauten:
"2.1 Es sei anzuordnen, dass die Vorinstanz der Beschwerdeführerin umfassende Akteneinsicht gewähre, insbesondere betreffend EMPA-Gutachten 23.4.2015 und betreffend Baupläne zur Kurven- begradigung nördlich Büeltunnel/Damm, als auch der erfolgten Notwendigkeitsabklärungen/Wirtschaftlichkeitsabklärungen seitens der SBB/BAV.
2.2 Es sei anzuordnen, dass die Vorinstanz der Beschwerdeführerin gerichtliche Beurteilung in voller Kognition gewähre zur Wahrung von Art. 6 Abs. 1 / Art. 13 EMRK und Art. 9 / Art. 29 / Art. 29a BV.
2.6 Es sei die Eidg. Kommission für Lärmbekämpfung (EKLB) aufzu- fordern, eine Stellungnahme betreffend der möglichen Veraltung der aktuell geltenden Lärmgrenzwerte, bzw. der Notwendigkeit der Überarbeitung der LSV Belastungsgrenzwerte und Anpassung an den aktuellen Stand der Wissenschaft abzugeben.
2.7 Es sei die EMPA aufzufordern, eine Stellungnahme betreffend der in die Lärmberechnung eingesetzten Quelldaten und Parameter für Vorbeifahrdauer, Topographie und Meteorologie abzugeben und diese offenzulegen.
2.8 Es sei anzuordnen, dass die Plangenehmigung ergänzt werde mit der Auflage, nach Inbetriebnahme der Doppelspurinsel das Kur- venkreischen zu erheben und in einer selbständigen Verfügung über bezügliche emissionsmindernde Massnahmen zu entschei- den.
2.9 Es sei anzuordnen, dass die Anwendung der aktuell rechtskräfti- gen LSV-Belastungsgrenzwerte für Eisenbahnlärm wegen Unver- einbarkeit mit höherrangigem Recht auszusetzen ist, bis gemäss dem Stand der Technik und Wissenschaft ausreichend fundierte, aktualisierte Belastungsgrenzwerte in Kraft treten.
Subeventualiter sei in der Emissionsprognose 2025 der Plange- nehmigung zu berücksichtigen
2.9.1 dass der generelle "Minimal-Schienenbonus" von 5 dB (A) inner- halb des sog. Schienenbonus (Korrekturfaktor I gemäss LSV Anhang 4 Ziff. 3) spätestens ab Inkrafttreten der Grenzwerte für Güterwagen (Art. 4 Abs. 3 und Abs. 4 BGLE) nicht mehr angewen- det werden darf.
2.9.2 dass die normative Kleinrechnung des nächtlichen Bahnlärms bei Strecken mit weniger als 80 Zügen pro Nacht gesetzwidrig ist bzw. dass diese Super-Privilegierung von bis 10 dB (A) innerhalb des sog. Schienenbonus (Korrekturfaktor I gemäss LSV Anhang 4 Ziff. 3) nicht angewendet werden darf;
2.9.3 dass die zusätzliche normative Kleinrechnung der Störwirkung des nächtlichen Bahnverkehrs (gegenüber der doppelt so langen Tagesperiode) nicht angewendet werden darf.
2.11 Es sei anzuordnen, dass die Züge der Linie Zugersee West in Walchwil während der gesamten Vorbeifahrdauer, in welcher sie von den Anwohnern deutlich wahrgenommen werden, beim Ermit- teln der Lärmimmissionen berücksichtigt werden müssen (Streu- effekt der Lärmausbreitung)."
Die Rügen betreffend diese Anträge fasst die Gesuchstellerin als Revisionsgrund A zusammen; einzig die parallelen Rügen zu den Anträgen 2.9 bis 2.9.3 gliedert sie als separaten Revisionsgrund D.
3.2. Unter dem Rechtsbegehren 2 der Beschwerdeschrift stehen die Anträge 2.1 bis 2.11; damit wurde insgesamt verlangt, dass die Sache eventualiter zur Neubeurteilung mit den entsprechenden Auflagen an die Vorinstanz zurückzuweisen sei. In E. 1.3 des Urteils 1C_104/2017 wurde dargelegt, dass diese Eventualanträge den Rügen zur Begründung des Hauptantrags der Beschwerde entsprachen und dazu dienten, die angestrebte Rückweisung zu konkretisieren. Die oben in E. 3.1 aufgeführten Anträge sind Teil der Beschwerdebegründung und stellen keine Anträge im Sinne von Art. 121 lit. c BGG dar. Im Übrigen wurde darüber implizit mit dem Urteil entschieden. Der Revisionsgrund von Art. 121 lit. c BGG ist insoweit nicht erfüllt (vgl. oben E. 2.1). Es handelt sich bei diesen Vorbringen - wie bei den weiteren Passagen aus der Beschwerde, die im Revisionsgesuch wiedergegeben werden, - auch nicht um übersehene Tatsachen im Sinne von Art. 121 lit. d BGG (vgl. oben E. 2.2). Dieses Ergebnis gilt nicht nur für die Anträge, welche im Gesuch unter dem Titel Revisionsgrund A erörtert werden, sondern auch für die als Revisionsgrund D angesprochenen Anträge 2.9 bis 2.9.3 zur vorfrageweisen Überprüfung der Lärmschutz-Verordnung (LSV; SR 814.41).
3.3. Im Zusammenhang mit der Akteneinsicht wird im Revisionsgesuch eingewendet, das Bundesgericht hätte bereits den oben in E. 3.1 genannten Antrag 2.1 in der Beschwerde und nicht erst die spätere Eingabe vom 27. Dezember 2017 als Akteneinsichtsgesuch behandeln müssen. Weiter beanstandet die Gesuchstellerin es als Gehörsverletzung, dass das Bundesgericht die Eingaben, die sie nach der am 23. März 2018 erfolgten Akteneinsicht eingereicht hat, den übrigen Verfahrensbeteiligten nicht zur Vernehmlassung zugestellt hat. Sie verlangt eine entsprechende Ergänzung des bundesgerichtlichen Verfahrens. Die Gesuchstellerin hatte jedoch im Beschwerdeverfahren keinen Anspruch darauf, dass zu allen ihren Eingaben Stellungnahmen bei der Gegenpartei oder anderen Verfahrensbeteiligten eingeholt werden. Im Übrigen richtet sich diese Kritik gegen die Rechtsanwendung durch das Bundesgericht und ist im Rahmen der Revision unzulässig (oben E. 1).
Ebenfalls mit Blick auf die Akteneinsicht führt die Gesuchstellerin ihre Eingaben vom 4. und vom 22. Dezember 2016 an das Bundesverwaltungsgericht als übersehene Tatsachen ins Feld. Diese Eingaben werden jedoch in E. 2.1 des Urteils 1C_104/2017 gewürdigt. Entgegen den Vorwürfen im Revisionsgesuch sind diese beiden Eingaben weder falsch noch unvollständig, sondern in der äusseren Erscheinung richtig wahrgenommen worden. Der Umstand, dass sie allenfalls unzutreffend gewürdigt worden sind, kann nicht zur Erfüllung des Revisionsgrunds von Art. 121 lit. d BGG führen (vgl. oben E. 2.2).
Im Revisionsgesuch steht ferner, das Bundesgericht habe dem Akteneinsichtsgesuch nur teilweise stattgegeben. Auch in dieser Hinsicht ist indessen kein Antrag im Sinne von Art. 121 lit. c BGG unbeurteilt geblieben. Es ist in Erinnerung zu rufen, dass der Beschwerdeführerin am 23. März 2018 Einsicht in die gesamten, beim Bundesgericht befindlichen Verfahrensakten gewährt worden ist. Auf die Vorbringen in der Beschwerde, die allenfalls unter dem Titel der Akteneinsicht eine Edition von Unterlagen bzw. Daten der Gesuchsgegnerin und der Eidg. Materialprüfungs- und Forschungsanstalt (Empa) anstrebten, wurde in E. 5.2 und 9.4 des Urteils 1C_104/2017 eingegangen.
4.
Der Revisionsgrund B des Gesuchs bezieht sich auf die Verkehrs- und Lärmprognose. Es wird gerügt, das Bundesgericht habe sich im fraglichen Urteil nur zum Prognosezustand 2025, nicht aber zum Ausgangszustand 2013 geäussert. Weiter habe es die substantiierten Vorbringen, wonach die Lärmbeurteilung auf Basis von falschen Verkehrsdaten sowie auf realitätsfremden und zu tiefen Fahrgeschwindigkeiten beruhe, ignoriert. Dabei habe es auch die geltenden Rechtsvorschriften missachtet. Ausserdem habe es die Eingabe vom 12. Juli 2018 nicht berücksichtigt.
Das Revisionsgesuch nennt als Beleg für höhere Fahrgeschwindigkeiten die Mailauskunft des BAV vom 14. August 2018. Dabei handelt es sich um ein unzulässiges Beweismittel im Sinne von Art. 123 Abs. 2 lit. a BGG (vgl. oben E. 1). Weiter wird im Revisionsgesuch nicht aufgezeigt, inwiefern der Ausgangszustand bei der Verkehrsprognose eine erhebliche Tatsache im Sinne von Art. 121 lit. d BGG darstellen soll. Im Übrigen wird im Urteil auf den Ausgangszustand genügend eingegangen, soweit er von Belang ist; die Voraussetzungen von Art. 121 lit. d BGG sind in dieser Hinsicht nicht gegeben. Darüber hinaus laufen die Rügen zur Verkehrs- bzw. Lärmprognose auf eine unzulässige Kritik an der Rechtsanwendung des Bundesgerichts hinaus (oben E. 1). Schliesslich ist im Hinblick auf die unaufgefordert eingereichte Eingabe vom 12. Juli 2018 anzumerken, dass diese dem Bundesgericht nach der Fällung, aber vor dem Versand des Urteils 1C_104/2017 zugegangen ist; folglich konnte sie im damaligen Urteil nicht berücksichtigt werden.
5.
Der Revisionsgrund C betrifft die Überprüfung der Angelegenheit unter dem Blickwinkel von Art. 8 USG (SR 814.01). Dem Bundesgericht wird vorgeworfen, diesen Punkt trotz den Vorbringen namentlich bei Ziffer 8.2 der Beschwerde nicht abgeklärt zu haben. Zu Unrecht habe es in E. 9.5.5 des Urteils 1C_104/2017 erwogen, die Rüge sei verspätet erhoben worden. Im Übrigen sei die entsprechende Rechtsverletzung offensichtlich, so dass die Frage von Amtes hätte wegen geprüft werden müssen.
Bei den entsprechenden Rügen in der Beschwerdeschrift wurde konkret geltend gemacht, der Bahnlärm vom Westufer des Zugersees sei nicht korrekt in die Lärmermittlung einbezogen worden (vgl. E. 9.3 des Urteils 1C_104/2017). Namentlich die Erwägungen 9.5.1 und 9.5.2 des Urteils gehen auf diesen Punkt ein, auch wenn dabei Art. 8 USG nicht ausdrücklich erwähnt wird. Als verspätete Rüge wurde in E. 9.5.5 des Urteils die verlangte Gesamtbetrachtung unter Einbezug von Strassenverkehrs- und Fluglärm bezeichnet. Die diesbezüglichen Ausführungen der Gesuchstellerin im bundesgerichtlichen Beschwerdeverfahren und die dabei angesprochenen Tatsachen sind vom Bundesgericht in der äusseren Erscheinung richtig wahrgenommen worden. Auch bei diesem Punkt sind die Revisionsgründe von Art. 121 lit. c und lit. d BGG nicht erfüllt. Wenn die Gesuchstellerin dem Bundesgericht vorhält, es hätte bezüglich Art. 8 USG eine offensichtliche Rechtsverletzung annehmen müssen, übt sie wiederum rechtliche Kritik am Urteil, die bei der Revision nicht zulässig ist (oben E. 1).
6.
Nach dem Gesagten ist das Revisionsgesuch abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Damit wird der Antrag auf Gewährung aufschiebender Wirkung gegenstandslos.
Bei diesem Ausgang des Verfahrens trägt die Gesuchstellerin die Gerichtskosten und hat keinen Anspruch auf eine Parteientschädigung (Art. 66 und 68 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Das Revisionsgesuch wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden der Gesuchstellerin auferlegt.
3.
Es werden keine Parteientschädigungen zugesprochen.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien, dem Bundesamt für Verkehr (BAV), dem Bundesverwaltungsgericht, Abteilung I, und dem Bundesamt für Umwelt schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 29. Oktober 2018
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Merkli
Der Gerichtsschreiber: Kessler Coendet