Sachverhalt:
A.
Die A._ AG (nachfolgend: die Steuerpflichtige bzw. übernehmende Gesellschaft) hat steuerrechtlichen Sitz in U._/TG. Sie weist ein Aktienkapital von Fr. 100'000.-- aus. Mit Fusionsvertrag vom 26. September 2011 übernahm sie, rückwirkend auf den 31. März 2011, fusionsweise die D._/AG (nachfolgend: die übernommene Gesellschaft), deren Sitz sich in V._/SG befand. In beiden Gesellschaften wirkte E._ als einziges Mitglied des Verwaltungsrates. Er verfügte über Einzelunterschrift.
B.
Dem Fusionsvertrag vom 26. September 2011 zufolge wies die übernommene Gesellschaft am Stichtag (31. März 2011) Vorräte von insgesamt Fr. 497'000.-- aus (Warenlager von Fr. 400'000.-- und Warenlager Ersatzteile von Fr. 97'000.--). In den Steuerperioden 2011, 2012 und 2013 verbuchte die Steuerpflichtige alsdann Abnahmen des Warenbestandes um Fr. 46'000.--, Fr. 101'000.-- und Fr. 31'000.--, indem sie erfolgswirksam passivseitige "Warenlagerreserven" bildete. Bei Vornahme der Veranlagung 2011 hielt die Steuerverwaltung des Kantons Thurgau (KSTV/TG) den eingebuchten Warenbestand von Fr. 497'000.-- insgesamt für nicht werthaltig, unter anderem, weil ordnungsmässige Inventare fehlten (sowohl für die Zeit vor wie auch nach der Fusion) und die übernommene Gesellschaft zuletzt einen Mietaufwand von lediglich Fr. 2'000.-- ausgewiesen habe, was zur Unterbringung der Waren nicht ausreiche. Entsprechend rechnete die KSTV/TG in den hier interessierenden Steuerperioden 2011-2013 die Abschreibungen auf den beiden als Nonvaleur betrachteten Posten in vollem Umfang auf (Fr. 46'000.--, Fr. 101'000.-- und Fr. 31'000.--). Hinsichtlich der Steuerperiode 2012 erachtete die KSTV/TG zudem die Kosten für die Herstellung eines Buches ("F._") als geschäftsmässig unbegründet und nahm sie im entsprechenden Umfang eine Aufrechnung vor (Fr. 78'594.--).
C.
Gegen die Veranlagungsverfügungen 2011-2013 vom 7. März 2016 erhob die Steuerpflichtige Einsprache. In den Einspracheentscheiden vom 4. Juli 2016 liess die KSTV/TG zusätzliche Steuerrückstellungen zu. Im Übrigen bestätigte sie die Veranlagungsverfügungen. Dementsprechend gelangte sie zu folgenden Faktoren: steuerbarer Gewinn Fr. 66'581.--, steuerbares Kapital Fr. 100'000.-- (2011); steuerbarer Gewinn Fr. 166'359.--, steuerbares Kapital Fr. 100'000.-- (2012); steuerbarer Gewinn Fr. 37'524.--, steuerbares Kapital Fr. 100'000.-- (2013). Die von der Steuerpflichtigen angerufene Steuerrekurskommission des Kantons Thurgau wies die Rechtsmittel mit Entscheiden vom 15. August 2017 ab. Dagegen gelangte die Steuerpflichtige an das Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau, welches die Beschwerden ebenso abwies (Entscheid VG.2017.137/E, VG.2017.138/E, VG.2017.139/E vom 21. Februar 2018).
D.
Das Verwaltungsgericht erkannte hauptsächlich, die Steuerpflichtige habe weder ordnungsmässige Inventare der übernommenen Gesellschaft für die Zeit bis zur Fusion noch solche der übernehmenden Gesellschaft für die Zeit danach vorlegen können. Die je eine einzige Seite umfassenden Dokumente mit dem Titel "Inventar 2011", "Inventar 2012" und "Inventar 2013" und die Kontoblätter 1260 (Warenlager) und 1250 (Warenlager Ersatzteile) liessen keinen Rückschluss auf die tatsächlichen Vorräte zu. Sie wiesen lediglich den angeblichen Wert der beiden Positionen aus, was nicht einmal einen Ermessenszuschlag auf Grundlage einer gesicherten Basis erlaube. Die Dokumente "Inventar 2008/2009", "Inventar 2009/2010" und "Inventar 2010/ 2011" seitens der übernommenen Gesellschaft seien in gleicher Weise "äusserst rudimentär" gehalten und vermöchten den Bestand der Vorräte in keiner Weise darzulegen. Daran änderten auch die dokumentierten Bestellungen aus dem Zeitraum von Januar 2007 bis Oktober 2008 nichts. Der letzte nachgewiesene Warenzugang gehe auf Ende Februar 2009 zurück, mehr als zwei Jahre vor der Fusion. Wenn auch ein "gewisser Materialfluss" bestanden habe, sprächen die Umstände trotzdem dafür, dass die übernommene Gesellschaft im Fusionszeitpunkt über "kein umfangreiches Warenlager" verfügt habe.
E.
Mit Eingabe vom 16. April 2018 erhebt die Steuerpflichtige beim Bundesgericht Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten. Sie beantragt, der angefochtene Entscheid sei aufzuheben und der steuerbare Gewinn und das steuerbare Kapital wie folgt festzusetzen: Steuerbares Einkommen Fr. 29'581.-- (TG) bzw. Fr. 29'500.-- (CH), steuerbares Kapital Fr. 423'509.-- (2011); steuerbares Einkommen Fr. 81'359.-- (TG) bzw. Fr. 81'300.-- (CH), steuerbares Kapital Fr. 401'274.-- (2012); steuerbares Einkommen Fr. 11'524.-- (TG) bzw. Fr. 11'500.-- (CH), steuerbares Kapital Fr. 387'798.--.
Der Abteilungspräsident als Instruktionsrichter (<ref-law> [SR 173.110]) hat von Instruktionsmassnahmen abgesehen.

Erwägungen:
I. Prozessuales
1.
1.1. Die Sachurteilsvoraussetzungen der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten liegen vor (Art. 82 lit. a, Art. 83 e contrario, Art. 86 Abs. 1 lit. d und Abs. 2, Art. 89 Abs. 1, Art. 90, Art. 100 Abs. 1 BGG in Verbindung mit <ref-law> [SR 642.11] und Art. 73 StHG [SR 642.14]). Auf die Beschwerde ist einzutreten.
1.2. Das Bundesgericht prüft das Bundesrecht von Amtes wegen (<ref-law>; <ref-ruling> E. 2.3 S. 23 f.) und mit uneingeschränkter (voller) Kognition (<ref-law>; <ref-ruling> E. 2 S. 236).
1.3. Im Unterschied dazu geht das Bundesgericht der angeblichen Verletzung verfassungsmässiger Individualrechte (unter Einschluss der Grundrechte) nur nach, falls eine solche Rüge in der Beschwerde überhaupt vorgebracht und ausreichend begründet worden ist (<ref-law>; qualifizierte Rüge- und Begründungsobliegenheit; <ref-ruling> E. 1.2.2 S. 286). In der Beschwerde ist daher klar und detailliert anhand der Erwägungen des angefochtenen Entscheids darzulegen, inwiefern verfassungsmässige Individualrechte verletzt worden sein sollen (<ref-ruling> E. 1.4 S. 5).
1.4. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1.1 S. 503). Zu den tatsächlichen Feststellungen zählt auch die Beweiswürdigung (<ref-ruling> E. 2.3.3 S. 245). Das Bundesgericht kann die tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz nur berichtigen oder ergänzen (<ref-ruling> E. 4.4.3 S. 417 f.), soweit sie offensichtlich unrichtig - das heisst willkürlich - sind oder auf einer anderen Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruhen (<ref-law>; <ref-ruling> E. 2.3.1 S. 244). Auf Kritik an den tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz, die den Anforderungen von <ref-law> (vorne E. 1.3) nicht genügt, geht das Bundesgericht nicht ein (<ref-law>; <ref-ruling> E. 2.2 S. 23).
II. Direkte Bundessteuer
2.
2.1. Das harmonisierte Steuerrecht von Kantonen und Gemeinden kennt für juristische Personen keine eigenständigen Regeln über die Buchführung und Rechnungslegung. Es greifen die Bestimmungen des Obligationenrechts. Das revidierte Recht über die kaufmännische Buchführung und Rechnungslegung (<ref-law> in der Fassung vom 23. Dezember 2011) ist am 1. Januar 2013 in Kraft getreten (AS 2012 6679). Es erfasst damit zwar die Steuerperiode 2013, nicht aber die beiden Vorjahre, die hier ebenso von Belang sind. Dennoch kann das neue Recht herangezogen werden, nachdem es hinsichtlich der Inventarpflicht (<ref-law>) gegenüber dem vorrevidierten Recht (Art. 958 Abs. 1 und 2, <ref-law> in der ursprünglichen Fassung vom 18. Dezember 1936 [AS 1937 185]) keine hier erhebliche Änderung bringt.
2.2.
2.2.1. Der Bestand aller einzelnen Positionen in der Bilanz und im Anhang ist "durch ein Inventar oder auf andere Art nachzuweisen" (<ref-law>). Der Gesetzgeber verlangt einen "Nachweis", welcher anhand der tatsächlich vorgenommenen Bestandesaufnahme zu erbringen ist. Das Inventar bildet eine unerlässliche Voraussetzung der Bewertung und Aktivierung (HENRI TORRIONE/AURÉLIEN BARAKAT, in: Basler Kommentar, Code des Obligations II, 2. Aufl. 2017, N. 79 zu <ref-law>). Sein Zweck besteht darin, dass die in der Bilanz ausgewiesenen Bestände tatsächlich und vollständig vorhanden sind und auch entsprechend bilanziert werden. Dies erfordert, dass einmal jährlich eine Inventur erfolgt, in deren Rahmen der Bestand anhand Messen, Zählen oder Wägen festgestellt und im Inventar bescheinigt wird. Die Inventur ist praxisgemäss nicht später als zwei Monate nach dem Bilanzstichtag vorzunehmen (zum Ganzen LUKAS MÜLLER/DAVID P. HENRY/PETER BARMETTLER, in: Dieter Pfaff/Stephan Glanz/Thomas Stenz/Florian Zihler [Hrsg.], Rechnungslegung nach Obligationenrecht, 2014, N. 81-84 zu <ref-law>).
2.2.2. Die Bedeutung des Inventars reicht indes über die Bilanz und den Anhang hinaus. Sie erfasst auch die Erfolgsrechnung, sind etwaige Bestandesänderungen doch in jedem Fall erfolgswirksam zu verbuchen (KARL KÄFER, Berner Kommentar, Band VIII/2/2, Die kaufmännische Buchführung, 1981, N. 83 zu Art. 958 OR 1936). In welcher Weise zu inventarisieren sei, überlässt der Gesetzgeber an sich der Praxis. Da das Inventar aber einen Bestandteil der Bücher bildet, sind zumindest die Grundsätze ordnungsmässiger Buchführung zu beachten, wie sie aus <ref-law> hervorgehen. Vom Inventar wird daher erwartet, dass es vollständig, wahrheitsgetreu, systematisch, klar, zweckmässig und nachprüfbar angelegt ist.
2.2.3. Was insbesondere die Inventarisierung von Vorräten (Rohstoffe, Halbfabrikate, Fertigfabrikate, Handelswaren; <ref-law>) betrifft, wie sie hier zur Diskussion steht, erfolgt die stichtagsnahe körperliche Aufnahme (KÄFER, a. a. O., N. 106 zu Art. 958 OR 1936) häufig nach der Detailhandels-Inventurmethode. Diese äussert sich in der "vereinfachenden Bestandesaufnahme (und Bewegungsrechnung) zu Verkaufspreisen und mit retrograder Rechnung (Prozentabzug für zugeschlagenen Bruttogewinn) zur Ermittlung des Inventarwerts" (KÄFER, a. a. O., N. 108 zu Art. 958 OR 1936). Bei umfangreichen Lagerbeständen können bestimmte Stichprobeverfahren am Platz sein (auch dazu KÄFER, a. a. O., N. 109 zu Art. 958 OR 1936). Letztlich bedarf es in allen Fällen aber einer ordnungsmässig erstellten Liste der Vorräte, aus welcher sich die Art, die Menge und die Kosten ergeben (MARKUS R. NEUHAUS/DANIEL SUTER, Basler Kommentar, OR II, 5. Aufl. 2016, N. 22 zu <ref-law>). Ausgangspunkt der Erstbewertung der Vorräte sind die tatsächlichen Anschaffungs- oder Herstellungskosten; diese bilden den Höchstansatz (<ref-law>). Diese Obergrenze setzt sich in der Folgebewertung fort (<ref-law>), wobei ein niedrigerer Veräusserungswert vorbehalten bleibt (<ref-law>).
3.
3.1. Den für das Bundesgericht verbindlichen vorinstanzlichen Feststellungen (<ref-law>; vorne E. 1.4) ist zu entnehmen, dass die streitbetroffene Fusion zu Buchwerten erfolgte. Die Steuerpflichtige übernahm Vorräte von insgesamt Fr. 497'000.--. Sie machte alsdann in den Steuerperioden 2011-2013 eine Abnahme des Warenbestandes um Fr. 46'000.--, Fr. 101'000.-- und Fr. 31'000.-- geltend (Sachverhalt lit. B), was ihren Grund darin finde, dass Vorräte verkauft worden sein sollen (ohne dass es seit 2011 zu Zukäufen gekommen sei).
3.2.
3.2.1. Bestand und Höhe der Vorräte sind nach dem Gesagten durch die zumindest jährlich vorzunehmende Inventur festzuhalten. Die Vorinstanz erwägt, die vorgelegten rudimentären Aufzeichnungen vermöchten den aus der Inventarpflicht folgenden Anforderungen nicht zu genügen. Die Steuerpflichtige bzw. die übernommene Gesellschaft hätten sich damit begnügt, lediglich den Wert von Handelswaren bzw. Ersatzteilen zu beziffern. Der Blick in die Beschwerdebeilagen verdeutlicht, was darunter zu verstehen ist. So besteht etwa das "Inventar 2008/2009" aus vier Produkten, wobei die betragsmässig weit überwiegenden drei Positionen unter dem Titel "Ersatzteile" wie folgt gegliedert sind: "div. zu xxx: Fr. 387'500.--, div. zu yyy: Fr. 36'500.--, div. zu zzz: Fr. 11'600.--". Die Vorinstanz ist zum Schluss gelangt, es werde nur "äusserst rudimentär auf die Ersatzteile drei verschiedener Modelle" hingewiesen. Dabei handelt es sich um eine beweiswürdigende Aussage (<ref-law>; vorne E. 1.4), die als solche nur unter Beachtung der qualifizierten Rüge- und Begründungsobliegenheit (<ref-law>; vorne E. 1.3) angefochten werden kann.
3.2.2. Was die Steuerpflichtige gegen die tatsächlichen Feststellungen vorbringt, vermag den gesetzlichen Anforderungen offensichtlich nicht zu genügen. Sie scheint das Fehlen eines ordnungsmässigen Inventars im Grunde auch gar nicht bestreiten zu wollen, gesteht sie doch ein, die Aufzeichnungen seien "nicht so detailliert, wie es die Steuerverwaltung wünscht" und verweist sie auf "das aktuelle, detaillierte Inventar per 31. Dezember 2017". Dieses erweist sich als wesentlich gehaltvoller, findet sich doch zu jedem Artikel die Artikelnummer, Stückzahl und Beschreibung. Im Gegenzug fehlt der Bewertungsansatz. So oder anders bleibt es dabei, dass zu den Jahren vor der Fusion, zur Fusion und zu den Jahren nach der Fusion kein Nachweis vorliegt, der als Inventar dienen könnte.
3.2.3. Die Vorinstanz geht davon aus, dass zwar ein "gewisser Materialfluss" erfolgt sei, dass im Fusionszeitpunkt aber jedenfalls "kein umfangreiches Warenlager" bestanden habe (Sachverhalt, lit. D). Entsprechend handle es sich bei den Vorräten von Fr. 497'000.--, wie sie aus der Fusionsbilanz hervorgehen, um einen Nonvaleur. Die Steuerpflichtige hält diesen Schluss - trotz Fehlens von Inventaren - für willkürlich, wozu sie sich hilfsweise auf die Bruttogewinnmargen beruft. Diese seien in den drei streitbetroffenen Jahren "sehr konstant" ausgefallen, und der Blick in das Konto Warenaufwand (4200) zeige, dass der ausgewiesene Warenaufwand einzig auf die Abnahme des Warenbestandes zurückzuführen sei. Lediglich im Geschäftsjahr 2009/2010 sei es zu einem Materialeinkauf gekommen. Die Bruttogewinnmarge habe sich durchwegs auf rund 64 Prozent belaufen. Aufgrund der Nichtberücksichtigung des Warenaufwandes sei es zu der unerklärlichen Verbesserung ab dem 1. April 2011 gekommen.
3.2.4. Das Inventar stellt einen unverzichtbaren Bestandteil der Bücher dar. Gemäss <ref-law> sind Kapitalgesellschaften ausnahmslos zur Buchführung und Rechnungslegung verpflichtet, sodass sie eine Inventur durchzuführen haben (vorne E. 2.2.1). Die Vorinstanz hat bundesrechtskonform und willkürfrei erwogen, dass die Steuerpflichtige elementar gegen die Inventarpflicht verstossen habe. Dies schliesst steuerrechtlich nicht zwangsläufig aus, dass Bestand und Höhe der einzelnen Positionen in der Bilanz und im Anhang "auf andere Weise" nachgewiesen werden, folgt dies doch bereits aus <ref-law>. Zu dieser materiellrechtlichen Überlegung kommt hinzu, dass steuerbegründende und steuererhöhende Tatsachen durch die Steuerverwaltung, steuermindernde und steuerausschliessende Tatsachen durch die steuerpflichtige Person nachzuweisen sind (Normentheorie; <ref-ruling> E. 3.8.2 S. 508). Die Steuerpflichtige beansprucht direkte oder indirekte Abschreibungen auf den Vorräten, was zur Steuerminderung führte, würden sie anerkannt. Entsprechend ist sie beweisbelastet.
3.2.5. Die Begründung der Steuerpflichtigen geht dahin, es habe eine konstante Bruttogewinnmarge geherrscht. Diese werde nun aber dadurch verfälscht, dass die Veranlagungsbehörde die erfolgswirksam verbuchte Abnahme der Vorräte aufrechne. Die Vorinstanz hat sich mit der Bruttogewinnmarge nur am Rande auseinandergesetzt. Die Vorbringen erweisen sich aber als unbegründet. Abgesehen davon, dass offenbleiben kann, ob das Excel-Dokument, das die Steuerpflichtige im bundesgerichtlichen Verfahren vorlegt, unter das Novenverbot fällt (<ref-law>; <ref-ruling> E. 6.2.3), vermöchte es die vorinstanzliche Rechtsanwendung nicht zurückzudrängen. Entgegen dem von der Steuerpflichtigen vertretenen Sichtweise verzeichnete die Bruttomarge keineswegs einen konstanten Verlauf. Folgt man dem Excel-Dokument, wäre in den Jahren 2007-2010 von 38,07, 27,59, 40,93 und 37,09 Prozent auszugehen. Für die Jahre 2011-2013 wären - immer nach Darstellung der Steuerpflichtigen - Werte von 34,83, 23,49 und 27,73 Prozent massgebend. Unter Berücksichtigung der Aufrechnungen gelangte man dagegen zu Ansätzen von 46,70, 42,59 und 36,71 Prozent, was hinsichtlich der Konstanz zu keiner nennenswerten Abweichung führt. Auffallend ist einzig der Anstieg von 37,09 (2010) auf 46,70 Prozent (2011), was aber auch fusionsbedingte Gründe haben kann, nachdem ab 2011 die beiden Warenlager zusammengeflossen waren. Davon zu sprechen, ein derartiger Anstieg sei "gar nicht möglich", entbehrt der Grundlage, zumal zu berücksichtigen ist, dass in den Jahren 2011-2013 nicht etwa der gesamte verbuchte Warenaufwand aufgerechnet wurde, sondern einzig die direkte oder indirekte Abschreibung des Warenlagers zufolge der angeblichen Bestandesabnahmen.
3.2.6. Nichts Anderes ergibt sich aus den Rechnungen, die vorgelegt werden, und der "Stichprobenberechnung", denn dies allein vermag die tatsächlichen Annahmen der Vorinstanz weder als verfassungsrechtlich unhaltbar noch die Rechtsanwendung als bundesrechtswidrig darzustellen. Ebenso wenig willkürlich erscheint die vorinstanzliche Würdigung, wonach es kaum vorstellbar sei, dass für das angemietete Warenlager ein Jahresmietzins von lediglich Fr. 2'000.-- angefallen sei.
3.3. Zur Aufrechnung der geldwerten Leistung von Fr. 78'594.-- in der Steuerperiode 2012 (Druckkosten des Buches; Sachverhalt, lit. B) anerkennt die Steuerpflichtige, dass eine verdeckte Gewinnausschüttung vorliege, nachdem die Steuerpflichtige es unterlassen hatte, die Kosten an die G._ Holding AG weiterzubelasten, die ihrerseits die Erträge aus dem Verkauf beanspruchen konnte. Die Steuerpflichtige scheint einzig vorbringen zu wollen, dass Destinatär der geldwerten Leistung nicht etwa E._ (Sachverhalt, lit. A), sondern die Holdinggesellschaft gewesen sei. Da vorliegend aber einzig die Veranlagung der Steuerpflichtigen streitig ist, muss dieser Rüge nicht weiter nachgegangen werden. Dies wäre in der Veranlagung von E._ zu tun, die hier nicht streitbetroffen ist. Abgesehen davon ergibt sich aus dem Handelsregisterauszug, dass E._ auch einziges Mitglied des Verwaltungsrates der G._ Holding AG ist.
3.4. Die Beschwerde erweist sich damit als unbegründet. Sie ist abzuweisen.
III. Staats- und Gemeindesteuern des Kantons Thurgau
4.
Das harmonisierte Steuerrecht der Kantone und Gemeinde folgt, soweit hier interessierend, uneingeschränkt dem Recht der direkten Bundessteuer. Nachdem das Harmonisierungsrecht in das Gesetz (des Kantons Thurgau) vom 14. September 1992 über die Staats- und Gemeindesteuern (StG/TG; RB 640.1) Eingang gefunden hat, kann in allen Teilen auf das Gesagte verwiesen werden. Die Beschwerde ist auch im kantonalen Punkt unbegründet und abzuweisen.
IV. Kosten und Entschädigungen
5.
5.1. Nach dem Unterliegerprinzip (<ref-law>) sind die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens der Steuerpflichtigen aufzuerlegen.
5.2. Dem Kanton Thurgau, der in seinem amtlichen Wirkungskreis obsiegt, steht keine Entschädigung zu (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde betreffend die direkte Bundessteuer, Steuerperioden 2011-2013, wird abgewiesen.
2.
Die Beschwerde betreffend die Staats- und Gemeindesteuern des Kantons Thurgau, Steuerperioden 2011-2013, wird abgewiesen.
3.
Die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens von Fr. 2'500.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
4.
Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten, dem Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau und der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 7. Mai 2018
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Seiler
Der Gerichtsschreiber: Kocher