Sachverhalt:
A.
A.a. Die F._ (nachstehend Bauherrin) ist Eigentümerin des Grundstücks mit der Katasternummer (KTN) 238 in der Gemeinde Altendorf und betreibt darauf ein Werftgebäude mit Bootslager und einer Werkstätte. Westlich angrenzend an dieses Grundstück befindet sich das ebenfalls im Eigentum der Bauherrin stehende Grundstück KTN 2017.
A.b. Am 4. Dezember 2019 ersuchte die Bauherrin den Gemeinderat Altendorf um die Bewilligung für den Teilabbruch und Neubau des südlichen Teils der Werfthalle zu einem vierstöckigen Werftgebäude mit Bootsstationierungs- und Parkanlage sowie einer Bootswerkstatt auf dem Grundstück KTN 238. Gegen das im Amtsblatt publizierte Bauvorhaben erhoben unter anderem die Nachbarn A. und B. A._, B._, C. und D. C._, D._ und E._ (nachstehend Nachbarn) Einsprache. Mit Gesamtentscheid vom 15. April 2019 erteilte das Amt für Raumentwicklung des Kantons Schwyz der Bauherrin die kantonale Baubewilligung unter Auflagen und Nebenbestimmungen. Unter Eröffnung dieses Entscheids wies der Gemeinderat Altendorf die Einsprachen mit Beschluss vom 24. Mai 2019 ab und erteilte der Bauherrin die kommunale Baubewilligung; ebenfalls unter Auflagen und Nebenbestimmungen. Die von den Nachbarn hiergegen erhobene Beschwerde wies der Regierungsrat des Kantons Schwyz mit Beschluss vom 29. Oktober 2019 ab. Die Nachbarn fochten diesen Beschluss mit Beschwerde an das Verwaltungsgericht des Kantons Schwyz an. Dieses hiess das Rechtsmittel mit Entscheid vom 27. Mai 2020 insoweit teilweise gut, als es die Baubewilligung vom 24. Mai 2019 mit der Auflage ergänzte, dass als Voraussetzung für die Baufreigabe der Baubewilligungsbehörde nachgebesserte Baupläne im Sinne der verwaltungsgerichtlichen Erwägungen und ein Dienstbarkeitsvertrag betreffend das dem Baugrundstück eingeräumte Näherbaurecht gegenüber dem Grundstücks KTN 2017, der die tatsächliche Unterschreitung des Grenzabstands beinhaltet, einzureichen seien. Im Übrigen wies es die Beschwerde ab.
B.
Die Nachbarn erheben mit Eingabe vom 15. Juli 2020 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten mit dem Antrag, den Entscheid des Verwaltungsgerichts vom 27. Mai 2020 aufzuheben. Eventualiter sei die Sache an die Vorinstanz zur weiteren Abklärung des Sachverhalts zurückzuweisen.
Die Bauherrin (Beschwerdegegnerin) beantragt die Abweisung der Beschwerde. Das Verwaltungsgericht, der Regierungsrat, das kantonale Amt für Raumentwicklung und der Gemeinderat Altendorf schliessen ebenfalls auf Abweisung der Beschwerde. Das zur Beschwerdevernehmlassung eingeladene Bundesamt für Umwelt (BAFU) stellt keinen Antrag, erachtet den angefochtenen Entscheid aber als konform mit der bundesrechtlichen Umweltgesetzgebung. Das Bundesamt für Raumentwicklung (ARE) hat auf eine Beschwerdevernehmlassung verzichtet. Die Beschwerdeführenden und die Beschwerdegegnerin haben repliziert. Die Beschwerdeführenden haben sich zudem wiederholt spontan zur Sache geäussert.

Erwägungen:
1.
1.1. Das Bundesgericht prüft seine Zuständigkeit und die Zulässigkeit der Beschwerde von Amtes wegen und mit freier Kognition (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1).
1.2. Die Beschwerde richtet sich gegen einen kantonal letztinstanzlichen Entscheid über die Erteilung einer Baubewilligung. Dagegen steht die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten grundsätzlich offen (<ref-ruling> E. 1.1; Urteil 1C_416/2019 vom 2. Februar 2021 E. 1.1). Die Beschwerdeführenden haben am vorinstanzlichen Verfahren teilgenommen und sind als Eigentümer bzw. Eigentümerinnen sowie Mieter bzw. Mieterinnen von Liegenschaften in unmittelbarer Nähe zum streitbetroffenen Grundstück zur Beschwerde legitimiert (vgl. <ref-law>). Zu prüfen ist, ob es sich beim angefochtenen Urteil um einen anfechtbaren Endentscheid im Sinne von <ref-law> handelt.
1.3. Das Verwaltungsgericht befand, die Baupläne des projektierten Werftgebäudes seien teilweise unklar und missverständlich. Zusätzlich weise der Dienstbarkeitsvertrag betreffend das dem Baugrundstück eingeräumte Näherbaurecht gegenüber des ebenfalls im Eigentum der Bauherrin stehenden Grundstücks KTN 2017 nicht die tatsächliche Unterschreitung des Grenzabstands auf. Es erteilte jedoch nicht den Bauabschlag, sondern verpflichtete die Bauherrschaft, der Baubewilligungsbehörde vor Baufreigabe verbesserte Baupläne im Sinne der verwaltungsgerichtlichen Erwägungen sowie einen Dienstbarkeitsvertrag, der die Unterschreitung des Grenzabstands gegenüber dem Grundstück KTN 2017 im korrekten Umfang beinhaltet, einzureichen. Es handelt sich hierbei um Nebenbestimmungen zur Baubewilligung, die vorliegend als aufschiebende Bedingungen formuliert sind (vgl. E. 5.1 des angefochtenen Entscheids). Bis zu ihrer Realisierung kann daher die Baubewilligung keine praktische Wirksamkeit entfalten.
Nach der Rechtsprechung führt eine derartige Bedingung dazu, dass das Baubewilligungsverfahren als noch nicht abgeschlossen gilt, sofern der Baubehörde bei der Beurteilung der Erfüllung der Bedingung noch ein Entscheidungsspielraum offensteht (vgl. Urteile 1C_513/2020 vom 3. Mai 2021 E. 1.1; 1C_697/2020 vom 30. März 2021 E. 1.3; je mit Hinweisen). Vorliegend kommt der Gemeinde Altendorf bei der Prüfung der verbesserten Baupläne sowie des Dienstbarkeitsvertrags kein Entscheidungsspielraum mehr zu. Vielmehr hat das Verwaltungsgericht bereits konkret festgehalten, welche Messpunkte und welche Unklarheiten in den Bauplänen entsprechend seinen Vorgaben zu korrigieren sind. Mithin hat die Gemeinde Altendorf nur noch zu prüfen, ob die Beschwerdegegnerin die Baupläne sowie den Dienstbarkeitsvertrag entsprechend den Anordnungen des Verwaltungsgerichts korrekt überarbeitet hat. Die praktische Wirksamkeit der vom Verwaltungsgericht beurteilten Baubewilligung hängt damit nicht mehr von den nachzubessernden Plänen ab, da es die zu revidierenden Aspekte der Baugesuchsunterlagen in seiner Beurteilung der Bewilligungsfähigkeit des Bauvorhabens bereits miteinbezogen hat. Der angefochtene Entscheid ist damit als Endentscheid im Sinne von <ref-law> zu qualifizieren. Auf die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ist grundsätzlich einzutreten.
1.4. Nicht einzutreten ist hingegen auf sämtliche Vorbringen, die sich gegen bestehende Werftbauten und Anlagen richten (Seetankstelle; Benzin- und Diesellager), die durch das Bauprojekt nicht verändert werden und damit nicht Teil der strittigen Baubewilligung sind. Gleiches gilt für den Einwand, es fehle ein Betriebsstörungskonzept für die Autoliftanlagen. Wie die Vorinstanz zutreffend ausgeführt hat, ist dies Gegenstand einer allenfalls erforderlichen Betriebsbewilligung und damit nicht Teil des Baubewilligungsverfahrens. Nicht einzutreten ist zudem auf sämtliche Rügen, mit welchen die Beschwerdeführenden im bundesgerichtlichen Verfahren erstmals die Überprüfung der Rechtmässigkeit des kommunalen Zonenplans der Gemeinde Altendorf von 1996 sowie des kommunalen Baureglements verlangen. Einerseits gehen auch diese Rügen über den Streitgegenstand hinaus. Andererseits handelt es sich hierbei um im bundesgerichtlichen Verfahren unzulässige Noven nach <ref-law>. Gleich verhält es sich mit den vor Bundesgericht als Noven eingereichten Fotoaufnahmen, mit welchen die Beschwerdeführenden erstmalig geltend machen, Anlageteile der bestehenden Werft seien illegal errichtet worden (vgl. zum Novenrecht <ref-ruling> E. 1.2 mit Hinweisen).
2.
2.1. Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann insbesondere die Verletzung von Bundesrecht - einschliesslich Überschreitung oder Missbrauch des Ermessens - gerügt werden (<ref-law>). Das Bundesgericht wendet das Bundesrecht grundsätzlich von Amtes wegen an (<ref-law>). Die Verletzung von Grundrechten - einschliesslich die willkürliche Anwendung von kantonalem und kommunalem Recht - prüft es dagegen nur insoweit, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und genügend begründet worden ist (<ref-law>). Wird eine Verletzung des Willkürverbots (<ref-law>) gerügt, genügt es nicht, bloss zu behaupten, der angefochtene Entscheid sei willkürlich. Es ist vielmehr anhand der Erwägungen des angefochtenen Entscheids im Einzelnen aufzuzeigen, inwiefern dieser an einem qualifizierten und offensichtlichen Mangel leidet. Auf Rügen, mit denen bloss allgemein gehaltene, appellatorische Kritik am angefochtenen Entscheid geübt wird, tritt das Bundesgericht nicht ein (<ref-ruling> E. 4.2; <ref-ruling> E. 1.3; Urteil 1C_235/2018 vom 29. April 2019 E. 1.3; je mit Hinweisen).
Soweit die Beschwerdeführenden in ihrer Beschwerde kantonal- oder kommunalrechtliche Bestimmungen nennen und sie als verletzt erachten, ohne jedoch geltend zu machen, inwiefern deren Anwendung durch die Vorinstanz gegen das Willkürverbot verstosse, ist nach dem Gesagten nicht darauf einzugehen. Gleiches gilt, soweit sie Verfassungsrügen erheben, dabei jedoch lediglich ihre Sichtweise einer korrekten Rechtsanwendung darlegen, ohne sich substanziiert mit den entsprechenden Erwägungen des angefochtenen Entscheids auseinanderzusetzen. Nicht einzutreten ist nach dem Gesagten namentlich auf sämtliche Rügen, mit welchen die Beschwerdeführenden geltend machen, das Bauvorhaben sei mangelhaft erschlossen und störe aufgrund seiner Kubatur das Ortsbild. Insoweit wiederholen sie im Wesentlichen einzig ihre bereits im vorinstanzlichen Verfahren vertretenen Standpunkte, ohne dabei auf die Argumentation der Vorinstanz einzugehen.
2.2. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Es kann die Sachverhaltsfeststellungen der Vorinstanz von Amtes wegen oder auf Rüge hin berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig sind oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruhen und wenn die Behebung des Mangels für den Verfahrensausgang entscheidend sein kann (Art. 97 Abs. 1 und 105 Abs. 2 BGG). Eine entsprechende Rüge ist substanziiert vorzubringen (Art. 42 Abs. 2 i.V.m. <ref-law>). Zur Sachverhaltsfeststellung gehört auch die Beweiswürdigung (<ref-ruling> E. 3.3.4).
Die Beschwerdeführenden rügen mehrfach eine offensichtlich unrichtige bzw. willkürliche vorinstanzliche Sachverhaltsfeststellung. Die hinreichend begründeten und entscheidrelevanten Sachverhaltsrügen werden nachfolgend im geeigneten Sachzusammenhang behandelt.
3.
Die Beschwerdeführenden beantragen im bundesgerichtlichen Verfahren die Durchführung eines Augenscheins. Dieser Antrag ist abzuweisen, weil sich der für den vorliegenden Entscheid rechtlich relevante Sachverhalt mit hinreichender Klarheit aus den umfangreichen Akten ergibt und nicht ersichtlich ist, inwiefern die Abnahme weiterer Beweise zusätzliche entscheidwesentliche Erkenntnisse liefern könnte (vgl. auch E. 4.2 f. hiernach).
4.
4.1. In formeller Hinsicht rügen die Beschwerdeführenden, die Vorinstanz habe ohne jegliche Begründung auf die von ihnen beantragte Durchführung eines Augenscheins verzichtet und damit ihren Anspruch auf rechtliches Gehör (<ref-law>) verletzt. Weitere Gehörsverletzungen erblicken die Beschwerdeführenden im Umstand, dass die Vorinstanz mehrere ihrer vorgebrachten Rügen nicht bzw. nur ungenügend behandelt habe.
4.2. Zum Anspruch auf rechtliches Gehör (<ref-law>) gehört das Recht des Betroffenen, sich vor Erlass eines in seine Rechtsstellung eingreifenden Entscheids zur Sache zu äussern sowie das Recht auf Abnahme der rechtzeitig und formrichtig angebotenen rechtserheblichen Beweismittel. Indes kann das Gericht das Beweisverfahren schliessen, wenn die Anträge nicht erhebliche Tatsachen betreffen. Gleichermassen kann es Beweisanträge ohne Verletzung des rechtlichen Gehörs ablehnen, wenn es aufgrund bereits abgenommener Beweise seine Überzeugung gebildet hat und ohne Willkür in vorweggenommener antizipierter Beweiswürdigung annehmen kann, dass seine Überzeugung durch weitere Beweiserhebungen nicht geändert würde (<ref-ruling> E. 5.3 mit Hinweisen; Urteil 1C_318/2019 vom 31. August 2020 E. 3.1).
4.3. Der rechtlich relevante Sachverhalt ergab sich für die Vorinstanz in genügender Weise aus den ihr vorliegenden Akten. Sie konnte sich auf die in den Akten liegenden Pläne, Fotografien und weiteren Unterlagen stützen. Sie durfte deshalb ohne Willkür und ohne Verletzung des Anspruchs auf rechtliches Gehör annehmen, dass sich ihre Überzeugung mit der Durchführung eines Augenscheins nicht ändern würde. Der Verzicht auf die Durchführung eines Augenscheins führte damit zu keiner Verletzung von <ref-law>.
4.4. Die aus dem Anspruch auf rechtliches Gehör (<ref-law>) fliessende grundsätzliche Pflicht der Behörde, ihren Entscheid zu begründen, bedeutet sodann nicht, dass sie sich mit jeder tatbeständlichen Behauptung und jedem rechtlichen Einwand auseinandersetzen muss. Vielmehr kann sie sich auf die für den Entscheid wesentlichen Punkte beschränken (vgl. <ref-ruling> E. 9.2; <ref-ruling> E. 5.2; je mit Hinweisen). Diesen Anforderungen genügt das angefochtene Urteil. Die Vorinstanz hat es eingehend begründet und sich mit allen wesentlichen Einwänden der Beschwerdeführenden in ausreichender Weise auseinandergesetzt, sodass diese in der Lage waren, es sachgerecht anzufechten. Dass sie dabei nicht jedes der zahlreichen Vorbringen der Beschwerdeführenden einzeln widerlegt hat, ist mit Blick auf die genannte Rechtsprechung nicht zu beanstanden. Eine Verletzung der Begründungspflicht gemäss <ref-law> ist somit zu verneinen.
5.
5.1. In materieller Hinsicht machen die Beschwerdeführenden zunächst in mehrfacher Hinsicht geltend, die Baugesuchsunterlagen seien unvollständig, fehlerhaft und dazu missverständlich (fehlende oder unklare Messpunkte sowie Abstands- und Höhenangaben, keine einheitliche Terminologie, nicht deckungsgleiche Baupläne, fehlender Nachweis der Tragfähigkeit der Baustatik). Indem das Verwaltungsgericht das Bauvorhaben trotz der erkannten und offensichtlichen Mängel in den Bauplänen bewilligte, habe es gegen das Willkürverbot nach <ref-law> verstossen.
5.2. Zusammenfassend hielt das Verwaltungsgericht dazu fest, die von der Beschwerdegegnerin eingereichten Baugesuchsunterlagen wiesen zwar in mehreren Punkten Mängel auf. Diese liessen sich jedoch mit entsprechenden Auflagen beheben. Ungeachtet gewisser Unklarheiten, namentlich in den verschiedenen Bauplänen, lasse ein Vergleich zwischen den bewilligten und den im vorinstanzlichen Beschwerdeverfahren nachgereichten Planunterlagen die Beurteilung zu, dass mit dem Bauvorhaben die zulässigen Höhen und Grenz-, Gebäude- sowie Strassenabstände gemäss dem Baureglement der Gemeinde Altendorf vom 2. Dezember 1990 (BauR/Altendorf) eingehalten würden. Das Verwaltungsgericht hielt es daher nicht für erforderlich, die Sache zur Verbesserung der Baugesuchsunterlagen an die Vorinstanz zurückzuweisen. Hinsichtlich der als mangelhaft gerügten Baustatik führte das Verwaltungsgericht aus, die Beschwerdegegnerin habe überzeugend aufgezeigt, dass gemäss ihren Berechnungen der Neubau vom bereits bestehenden Unterbau getragen werden könne. Zum mittels Dienstbarkeitsvertrag eingeräumten Näherbaurecht des Baugrundstücks KTN 238 zu Lasten des westlich gelegenen Grundstücks KTN 2017, welches ebenfalls im Eigentum der Beschwerdegegnerin steht, erwog das Verwaltungsgericht, aus den Bauplänen gehe hervor, dass bereits die bestehende Werfthalle das eingeräumte Näherbaurecht im Umfang von 3 m ab Fassadenflucht der Werft bis zur gemeinsamen westlichen Grundstücksgrenze unterschreite. Da die geplante Baute im Westbereich auf der bereits bestehenden Grundmauer zu liegen komme, sei deshalb insoweit einzig das Näherbaurecht vor der Bauausführung im Umfang des tatsächlichen und bereits bestehenden Abstands anzupassen.
5.3. Die Beschwerdeführenden üben in ihrer Rechtsschrift ganz allgemeine Kritik an diesen Ausführungen und an den beteiligten Behörden. Indem sie beispielsweise anmerken, es sei augenscheinlich, dass der vierzigjährige Unterbau den geplanten Aufbau nicht tragen könne und dass sie durch die falschen Massangaben in den Bauplänen in ihrer Rechtsstellung benachteiligt würden, beschränken sie sich darauf, der insbesondere hinsichtlich der mangelhaften Baugesuchsunterlagen einlässlichen Begründung des Verwaltungsgerichts auf appellatorische Weise ihre eigene Sicht der Dinge gegenüberzustellen. Damit vermögen sie jedenfalls unter dem Gesichtswinkel der Willkür (<ref-law>) nicht darzutun, inwiefern die Urteilsbegründung bzw. das Urteil rechts- bzw. verfassungswidrig sein soll. Dies ist auch nicht ersichtlich.
Im Umstand, dass die Vorinstanz das Bauvorhaben trotz der teilweise fehlerhaften Baugesuchsunterlagen und des noch nachzubessernden Dienstbarkeitsvertrags als rechtskonform erachtete, ist sodann auch keine Ungleichbehandlung zwischen den Verfahrensbeteiligten ersichtlich. Vielmehr ist die Vorinstanz in Übereinstimmung mit der bundesgerichtlichen Rechtsprechung (vgl. Urteile 1C_663/2015 vom 5. April 2016 E. 2.3; 1C_218/2008 vom 13. Oktober 2008 E. 2.2) zu Recht davon ausgegangen, dass es unverhältnismässig wäre, die Baubewilligung aufzuheben, wenn die Prüfung der Übereinstimmung des Bauvorhabens mit dem massgebenden Recht - trotz allfälliger Mängel in den Baugesuchsunterlagen - möglich ist.
6.
6.1. Als unbegründet erweist sich weiter die Rüge, § 78 Abs. 3 des Planungs- und Baugesetzes des Kantons Schwyz vom 14. Mai 1987 (PBG/SZ;SRSZ 400.100) sei vorliegend willkürlich angewandt worden, weil die Bauprofile zu früh entfernt worden seien. Nach dieser Bestimmung muss das Baugespann bis zur rechtskräftigen Erledigung des Baugesuches stehen gelassen werden, wobei die Bewilligungsbehörde die vorzeitige Entfernung gestatten kann, wenn es der Stand des Verfahrens erlaubt.
6.2. Die zu frühe Entfernung des Baugespanns war bereits im vorinstanzlichen Verfahren unbestritten. Das Verwaltungsgericht erwog, die erfolgte - wenn auch in zeitlicher Hinsicht zu kurze - Profilierung sowie die aktenkundigen Planunterlagen seien genügend klar gewesen, um sich ein hinreichendes Bild über das Bauprojekt zu machen. Damit sei es den Beschwerdeführenden trotz der verfrühten Entfernung der Profile möglich gewesen, das Bauvorhaben sachgerecht anzufechten, was die detaillierten Einwendungen in der Verwaltungsgerichtsbeschwerde belegten. Infolgedessen sei nicht ersichtlich und dies werde auch nicht dargetan, inwiefern den Beschwerdeführenden aus der mangelhaften Profilierung ein Rechtsnachteil erwachsen sei. Diese Beurteilung ist haltbar und damit jedenfalls nicht willkürlich. Eine Aufhebung des angefochtenen Entscheids zur Vornahme einer erneuten Aussteckung käme zudem einem formalistischen Leerlauf gleich (vgl. Urteile 1C_332/2019 vom 18. Dezember 2020 E. 2.3; vgl. auch <ref-ruling> E. 2.2). Die Vorinstanz hat damit kein Bundesrecht verletzt, wenn sie die Baubewilligung trotz der verfrühten Entfernung des Baugespanns nicht aufhob.
7.
7.1. Die Beschwerdeführenden machen weiter geltend, das Bauvorhaben könne sich nicht auf die Bestandesgarantie von § 72 Abs. 1 PBG/SZ stützen und unterschreite den zulässigen Gewässerabstand.
7.2. Diese Rügen gehen fehl. In Übereinstimmung mit den Ausführungen des BAFU ist festzuhalten, dass der Gewässerraum im vorliegenden Projektperimeter durch den Kanton Schwyz noch nicht ausgeschieden wurde, weshalb ein übergangsrechtlicher Gewässerraum von 20 m gilt (Abs. 2 lit. c der Übergangsbestimmung vom 4. Mai 2011 zur Gewässerschutzverordnung vom 28. Oktober 1998 (GSchV; SR 814.201). Nach den für das Bundesgericht verbindlichen und unbestrittenen Feststellungen der Vorinstanz betrifft das Bauvorhaben nur den südlichen Teil des bestehenden Werftgebäudes, welcher vollständig in der kommunalen Gewerbezone 2 (Art. 41 BauR/Altendorf) liegt und einen Gewässerabstand von 26.47 m (Werftgebäude) bzw. 23.43 m (Autoliftanlage) aufweist. Entgegen der Behauptung der Beschwerdeführenden unterschreitet der Neubau damit den übergangsrechtlichen Gewässerabstand von 20 m nicht und erweist sich insoweit als bundesrechtskonform. Die Anlageteile der Werft, welche den Gewässerabstand teilweise deutlich unterschreiten (Untergeschoss der Werft inkl. darüberliegendem Gebäudeteil; bestehende Zufahrtswege zum Werftgebäude und den geplanten Autoliftanlagen), werden gemäss den verbindlichen Feststellungen der Vorinstanz durch das Bauvorhaben nicht tangiert und bleiben unverändert. Wie die Vorinstanz und auch das BAFU zutreffend ausführten, geniessen sie damit Bestandesschutz im Sinne von Art. 41c Abs. 2 GSchV.
7.3. Soweit die Beschwerdeführenden vorbringen, das Bauprojekt geniesse keine Bestandesgarantie gemäss § 72 Abs. 1 PBG/SZ, geht ihre Rüge an der Sache vorbei. Sie verkennen mit dieser Kritik, dass, wie vorstehend ausgeführt, schon die kantonalen Behörden davon ausgingen, dass nur die vom Bauprojekt nicht tangierten Gebäudeteile Bestandesschutz geniessen, nicht aber der geplante Neubau (vgl. E. 4.3.5 des angefochtenen Urteils).
8.
Die Beschwerdeführenden rügen weiter, das Bauvorhaben verursache übermässige Lärmimmissionen und verletzte das Vorsorgeprinzip gemäss Art. 11 Abs. 2 des Bundesgesetzes über den Umweltschutz vom 7. Oktober 1983 (USG; SR 814.01).
8.1. Mit dem Bauvorhaben ist geplant, den oberirdischen südlichen Teil des bestehenden Werftgebäudes auf der bestehenden Länge von knapp 55 m abzubrechen und auf der gleichen Länge, jedoch einer um 30 m auf 50 m vergrösserten Breite, in der Gestalt eines vierstöckigen Werftgebäudes mit Bootslager und Parkplatzanlage wieder aufzubauen. Im verbreiterten Erweiterungsbereich befinden sich aktuell ebenerdige Park- und Bootsabstellplätze, welche durch den geplanten Neubau in das vierstöckige Werftgebäude hinein verlegt werden und deshalb neu angeordnet werden müssen. Das bestehende Untergeschoss weist bereits die für den Neubau oberirdisch geplanten Ausmasse auf und bleibt unverändert. Im Erdgeschoss ist ein Parkhaus, eine Werkstatt und ein Showroom geplant. Im ersten bis vierten Obergeschoss befinden sich Parkebenen mit Park- und Bootsabstellplätzen. Erschlossen werden die Parkebenen mit einem auf der Nord- und einem auf der Südseite vorgesehenen Parklift. Für die Werft mit dem bestehenden Bootshafen liegt eine Konzession für 360 Stationierungsplätze vor und auf der Bauparzelle KTN 360 sind 150 Parkplätze rechtskräftig bewilligt.
8.2. In lärmrechtlicher Hinsicht bestreiten die Beschwerdeführenden nicht, dass es sich beim strittigen Bauprojekt um eine wesentliche Änderung einer ortsfesten Anlage im Sinne von Art. 8 der Lärmschutz-Verordnung vom 15. Dezember 1986 (LSV; SR 814.41) handelt. Dieser Beurteilung ist beizupflichten (vgl. dazu die im Urteil 1C_104/2017 vom 25. Juni 2018 E. 6.3 f. dargelegten Kriterien). Die Lärmimmissionen wesentlich geänderter oder erweiterter Anlagen müssen die Immissionsgrenzwerte (IGW) einhalten (<ref-law>). Wie die Vorinstanz zutreffend festgehalten hat, sind die Grundstücke der Beschwerdeführenden der Empfindlichkeitsstufe (ES) II zugeordnet. Die IGW betragen bei der ES II 60 dB (A) am Tag und 50 dB (A) bei Nacht (Ziff. 2 Anhang 6 LSV).
8.3. Im angefochtenen Urteil wird unter Bezugnahme auf das Lärmgutachten "Parkierungsanlagen" der G._ GmbH vom 25. Februar 2019 (nachfolgend Lärmgutachten) dargelegt, dass die Lärmberechnungen an den exponiertesten Gebäuden "Säge 2 und 3" entlang der östlichen Grundstücksgrenze der Bauparzelle und an den Gebäuden Bahnhofstrasse 19 und 21 entlang der südlichen Nachbarsgebäude vorgenommen worden seien. Die Lärmmessungen hätten ergeben, dass selbst wenn alle Bootsplätze inkl. der dazu nötigen Parkfelder in Betrieb seien, die massgebenden IGW der Empfindlichkeitsstufe II mit den gemessenen Werten von 37 dB (A) bei Tag und 31 dB (A) bei Nacht deutlich unterschritten würden. Bei einer derart klaren Unterschreitung der IGW sei auch dem lärmschutzrechtlichen Vorsorgeprinzip genügend Rechnung getragen. Gegen eine entscheidende Veränderung der Lärmsituation im Vergleich zum gegenwärtigen Zustand spreche zudem der Umstand, dass sich die Zahl der Einstell- und Parkplätze durch den Neubau nicht verändere, weswegen mit keinem bzw. zumindest keinem erheblichen Mehrverkehr zu rechnen sei. Durch die Aufhebung der sich bis anhin mehrheitlich im Freien befindlichen Park- und Bootsabstellplätze in das Gebäudeinnere sei überdies ohnehin tendenziell von einer Verminderung der Lärmimmissionen auszugehen. Hinsichtlich der befürchteten Lärmbelastung in die Nachtstunden hinein, hat die Vorinstanz ausgeführt, dass sich die Nutzung der Werftanlage durch die privaten Bootsbesitzer namentlich in den Sommermonaten zweifelsohne auch in die Nacht hinein erstrecken werde. Angesichts der deutlichen Unterschreitung der IGW sowie dem Umstand, dass die Werftanlage gänzlich in der Gewerbezone liege, stehe dies einer Bewilligungserteilung nicht entgegen. Insoweit sei zudem auch zu beachten, dass die sich in der Nähe befindliche öffentliche Badeanstalt, die wie die Werft über die Seestrasse erschlossen sei und deren Parkplätze sich unmittelbar vor der Werft befänden bzw. 21 Parkplätze der Badeanstalt sogar auf dem Werftareal angesiedelt seien, in den Sommermonaten bis 23:00 Uhr geöffnet habe. In Anbetracht dessen führe die gegebenenfalls verlängerte Nutzung der Werftanlage durch Privatpersonen in den Sommermonaten im Vergleich zur aktuellen Situation, wenn überhaupt, dann jedenfalls zu keiner merklichen Lärmzunahme.
8.4. Das BAFU stimmt dieser Lärmbeurteilung der Vorinstanz zu. Es führt in seiner Stellungnahme ergänzend aus, das aktenkundige Lärmgutachten äussere sich zwar nicht zu den Lärmquellen wie Lüftungen, Ventilatoren oder Liften. Angesichts der deutlichen Unterschreitung der IGW sei jedoch davon auszugehen, dass die IGW selbst unter Berücksichtigung dieser potentiellen Lärmquellen nicht überschritten würden. Überdies habe die Beschwerdegegnerin plausibel dargelegt, die neue Lüftung werde leiser und der Autolift verursache im Vergleich zu fahrenden Autos weniger Lärm. In Anbetracht der in sich nicht schlüssigen und noch zu korrigierenden Baupläne der Parkebenen hat das BAFU überdies erwogen, selbst eine Verdoppelung der Parkplätzvorgänge hätte nur eine Pegelzunahme von rund 3 dB (A) zur Folge. Weiter sei auch die Befürchtung der Beschwerdeführenden unbegründet, aufgrund der automatisierten Betriebsabläufe und der Vergrösserung der Kubatur der Werft resultiere eine übermässige Lärmbelastung. Vielmehr sei angesichts der Verlagerung der meisten lärmverursachenden Arbeitsvorgänge in das Gebäudeinnere und der aufgrund der Vergrösserung der Werfthalle verringerten Transportfahren in das Winterlager insgesamt sogar von einer Verminderung der Lärmimmissionen auszugehen.
8.5. An diesen Lärmprognosen üben die Beschwerdeführenden wiederum hauptsächlich pauschale Kritik, die sich, sofern die Begründungsanforderungen (vgl. vorne E. 2) überhaupt erfüllt sind, als unbegründet erweist. Haltlos ist zunächst ihre Behauptung, die Lärmimmissionen seien in östlicher Richtung nicht geprüft worden, befanden sich doch gemäss Lärmgutachten zwei Messpunkte an den an der östlichen Grundstücksgrenze der Bauparzelle gelegenen Gebäuden "Säge 2 und 3". Gleich verhält es sich mit dem Einwand, der Lärm, der durch das Zuschlagen der Autotüren verursacht werde, sei nicht berücksichtigt worden. Auch insoweit lässt sich dem Lärmgutachten entnehmen (Ziff. 6.1.2), dass diese Begleitgeräusche bei der Lärmprognose miteinbezogen wurden. Weiter haben das BAFU und die Vorinstanz überzeugend dargelegt, dass die vergrösserte Kubatur der Werft keinen zusätzlichen Lärm verursacht und aufgrund der damit verbundenen Verlagerung der wesentlichen Betriebsabläufe in das Gebäudeinnere insgesamt vermutlich sogar eine Verringerung der Lärmbelastung zu erwarten ist. Nicht näher einzugehen ist deshalb auf die appellatorischen Einwände, die geänderten Betriebsabläufe (Autolifte; Manövrierlärm in der Parkanlage; vermehrte Nutzung durch private Bootsbesitzer in den Abendstunden) und insbesondere die Vergrösserung der Kubatur der Werft verursachten offenkundig mehr Lärm. Insoweit setzen sich die Beschwerdeführenden nicht mit den entsprechenden Ausführungen der Vorinstanz und der übereinstimmenden Einschätzung des BAFU auseinander und wiederholen im Wesentlichen einzig ihre bereits im vorinstanzlichen Verfahren vorgebrachten Argumente.
8.6. Die Beschwerdeführenden machen in lärmrechtlicher Hinsicht weiter geltend, die geplante Werftanlage führe zu einer Erhöhung der Anzahl der rechtskräftig bewilligten Parkplätze. Dieser Umstand und der damit einhergehende Mehrverkehr sei bei der Erstellung des Lärmgutachtens nicht mitberücksichtigt worden. Auch diese Vorbringen vermögen nicht zu überzeugen. Sämtliche kantonalen Instanzen haben festgehalten, das Bauvorhaben sei mit keiner Erhöhung der Anzahl der rechtskräftig bewilligten Bootsabstell- und Parkplätze verbunden. Das Verwaltungsgericht hat insoweit zwar zugestanden, dass die Baupläne der Parkebenen teilweise nicht mit dem Plan "Stellplätze" übereinstimmten und hat deshalb als Auflage angeordnet, diese Unklarheiten in den Bauplänen seien vor Baubeginn zu beheben. Weiter hat das Verwaltungsgericht erkannt, dass die im Plan "Stellplätze" ausgewiesene Anzahl von 196 Parkplätzen für das gesamte Werftareal im Widerspruch zu den auf der Bauparzelle rechtskräftig bewilligten 150 Parkplätzen stehe. Zur Erklärung hat es insoweit jedoch ausgeführt, dies sei nur ein vordergründiger Widerspruch, seien in den 196 Parkplätzen auch jene mit Doppelnutzung (87 Plätze) als Parkplatz und Bootsabstellplatz sowie jene Parkplätze (21 Plätze), welche der Werft nur in den Wintermonaten zur Verfügung stünden und in den Sommermonaten für die Besucher der kommunalen Badeanstalt reserviert seien, miteinbezogen. Diese Erklärung der Diskrepanz der Anzahl Parkplätze auf dem Plan "Stellplätze" mit den Plänen der Parkebenen erschliesst sich zwar nicht ohne Weiteres. Indes vermögen die Beschwerdeführenden mit ihrem Einwand, die auf dem Plan "Stellplätze" ausgewiesenen 196 Parkplätze zeigten auf, dass die Anzahl von 150 rechtskräftig bewilligten Parkplätzen durch das Bauprojekt überschritten werde, nicht darzutun, inwieweit die Feststellung der Vorinstanz, das Bauvorhaben sei mit keiner Erhöhung der rechtskräftig bewilligten Bootsabstell- und Parkplätze verbunden, offensichtlich unhaltbar und damit willkürlich sein soll (vgl. vorne E. 2). Bleibt die Anzahl Bootsabstell- und Parkplätze unverändert, erweist sich schliesslich auch die vorinstanzliche Annahme, das Bauvorhaben verursache keinen lärmrelevanten Mehrverkehr, der bei der Erstellung des Lärmgutachtens hätte miteinbezogen werden müssen, als bundesrechtlich haltbar.
8.7. Nach dem Dargelegten ist es nicht zu beanstanden, wenn die Vorinstanz davon ausgegangen ist, der geplante Neubau der Bootswerft halte die IGW ein. Dies entbindet jedoch grundsätzlich nicht von der Prüfung von Lärmschutzmassnahmen zur vorsorglichen Emissionsbegrenzung (vgl. Art. 7 Abs. 1 lit. a und Art. 8 Abs. 1 LSV). Nach <ref-law> und <ref-law> sind Emissionen im Rahmen der Vorsorge so weit zu begrenzen, als dies technisch und betrieblich möglich und wirtschaftlich tragbar ist (Urteil 1C_315/2017 vom 4. September 2018 E. 3.4).
Das BAFU hat insoweit festgehalten, es seien vorliegend keine weiteren Massnahmen ersichtlich, mit denen mit verhältnismässigem Aufwand eine weitergehende Lärmreduktion zu erreichen wäre. Insbesondere hätte die Ausgestaltung der Gebäudefassade mit schallabsorbierendem Material nur eine geringe Wirkung auf wenige Betroffene, weshalb dies vorliegend keine verhältnismässige Massnahme darstellen würde. Nachdem die Beschwerdeführenden nicht aufzeigen, welche Massnahmen im Sinne der vorsorglichen Emissionsbegrenzungen vorliegend angezeigt wären, besteht für das Bundesgericht kein Anlass, von der Einschätzung der Fachbehörde des Bundes abzuweichen.
8.8. Zusammenfassend ist festzuhalten, dass die geplante Werftanlage mit Bootslager und Werkstätte den bundesrechtlichen Lärmschutzvorschriften entspricht.
9.
9.1. Die Beschwerdeführenden machen weiter geltend, das Bauvorhaben führe durch die Beleuchtung der auf vier Etagen geplanten Parkebenen und die Scheinwerfer der wegfahrenden Autos zu übermässigen Lichtimmissionen. Zudem kritisieren sie, die gemäss den neusten Bauplänen vorgesehene grossflächige Verglasung der Südfassade sei mit übermässigen Sonnenlichtreflexionen verbunden.
9.2. Künstliches Licht besteht aus elektromagnetischen Strahlen und gehört daher zu den Einwirkungen i.S.v. Art. 7 Abs. 1, die beim Austritt aus Anlagen als Emissionen, am Ort ihres Einwirkens als Immissionen bezeichnet werden (<ref-law>). Auch Strahlen sind nach <ref-law> unabhängig von der bestehenden Umweltbelastung im Rahmen der Vorsorge so weit zu begrenzen, als dies technisch und betrieblich möglich und wirtschaftlich tragbar ist. Es gibt für Lichtimmissionen weder Immissionsgrenzwerte (zur Beurteilung der Schädlichkeit bzw. Lästigkeit) noch gelten vorsorgliche Anlagegrenzwerte oder Planungswerte. Die Behörden müssen die Lichtimmissionen daher im Einzelfall beurteilen, unmittelbar gestützt auf die Art. 11 bis 14 USG sowie Art. 16 bis 18 USG. Dabei kann sich die Vollzugsbehörde auf Angaben von Experten und Fachstellen abstützen (zum Ganzen <ref-ruling> E. 3.2 f.; <ref-ruling> E. 4.2; je mit Hinweisen).
9.3. Die Vorinstanz hat hinsichtlich der zu erwartenden Lichtbelastung erwogen, es bestünden keine Anhaltspunkte, dass mit dem geplanten Neubau des Werftgebäudes zusätzliche und/oder intensivere Lichtimmissionen einhergingen. Die Beschwerdegegnerin halte hinsichtlich der Rüge der übermässigen Lichtimmissionen zu Recht entgegen, die Beleuchtung der Parkebenen könnten durch moderne LED-Lampen optimal gedimmt werden. Das BAFU teilt diese Einschätzung und erachtet das Bauvorhaben auch insoweit als konform mit den immissionsschutzrechtlichen Bestimmungen des Bundes. Es führt ergänzend aus, selbst bei der von den Beschwerdeführenden befürchteten Vollverglasung der Südfassade und einer durchgehenden nächtlichen Innenbeleuchtung der Werft sei keine übermässige Wohnraumaufhellung der angrenzenden Wohngebäude zu erwarten. In Bezug auf die geltend gemachte störende Blendung hält das BAFU fest, eine von innen erleuchtete grossflächige Glasfassade sei aufgrund der ansonsten dunklen Umgebung der Werft gut wahrnehmbar und könne deshalb von der Nachbarschaft als lästig empfunden werden. Die Beleuchtung von solch grossen Glasflächen lasse sich indes durch Storen effektiv reduzieren. Im Falle einer grossflächigen Verglasung der Südfassade hält das BAFU deshalb im Sinne der vorsorglichen Emissionsbegrenzung die Installation von Storen entlang der Südfassade für angezeigt. Nach Ansicht des BAFU führen aufgrund der voraussichtlich begrenzten Anzahl Nächte, in denen spät abends noch mit wegfahrenden Autos zu rechnen sei, auch die Autoscheinwerfer auf den Parkebenen zu keinen übermässigen Lichtimmissionen. Schliesslich prüfte das BAFU einlässlich die vom geplanten Werftgebäude ausgehenden Lichtemissionen in der Form der Sonnenreflexionen. Es hielt hierzu fest, aufgrund der Lage und des Einfallwinkels der Sonne sei mit grosser Wahrscheinlichkeit mit keinen störenden Strahlenemissionen zu rechnen.
9.4. Was die Beschwerdeführenden gegen diese Beurteilungen vorbringen überzeugt nicht: Wie die Vorinstanz zutreffend ausführte, ergeben sich aus den Akten keine konkreten Anhaltspunkte dafür, dass vom geplanten Werftgebäude im Vergleich zur derzeitigen Situation übermässige Lichtimmissionen zu erwarten sind, bleiben doch die Betriebszeiten der Werft unverändert und lässt sich die Beleuchtung der Parkebenen mittels dimmbaren modernen LED-Lampen auf das für Sicherheitszwecke erforderliche Minimum reduzieren. Zwar steht die genaue Aussengestaltung des Bauvorhabens noch nicht fest und ist das entsprechende Farb- und Materialisierungskonzept der Fassade der kommunalen Baubehörde vor Baubeginn zur Bewilligung einzureichen. Entgegen dem unbelegten Vorbringen der Beschwerdeführenden finden sich in den Akten jedoch keine Hinweise für die behauptete Vollverglasung der Südfassade. Im Gegenteil hat die Beschwerdegegnerin im vorinstanzlichen Verfahren sogar erklärt, sie plane keine grossen Glasflächen entlang der südlichen Gebäudeseite. Da sich die Beschwerdeführenden zudem nicht substanziiert mit den überzeugenden Ausführungen des BAFU auseinandersetzen, besteht wiederum kein Anlass, von der Beurteilung des BAFU als Fachbehörde abzuweichen, wonach von der geplanten Werftanlage keine übermässigen Lichtimmissionen und insbesondere auch keine relevanten Sonnenreflexionen zu erwarten sind. Sind nach dem Ausgeführten keine grossen Glasflächen entlang der Südfassade vorgesehen, erübrigt sich die Prüfung der diesfalls vom BAFU vorgeschlagenen Installation von emissionsbegrenzenden Storen. Soweit die Beschwerdeführenden darüber hinaus eine Verletzung des Vorsorgeprinzips gemäss <ref-law> geltend zu machen scheinen, substanziieren sie diese Rügen nicht näher. Es bleibt insoweit der Hinweis, dass Massnahmen zur Emissionsbegrenzung zu prüfen wären, wenn sich nach dem Abschluss der Bauarbeiten herausstellen sollte, dass doch übermässige Lichtimmissionen vorliegen, auch wenn hierfür - wie gesagt - keine gesetzlich definierten Grenzwerte bestehen (vgl. dazu ausführlich Urteil 1C_63/2019 vom 29. Januar 2020 E. 5).
9.5. Das Bauvorhaben erweist sich damit auch in Bezug auf die Lichtimmissionen als bundesrechtskonform.
10.
Die kommunale Baubewilligung vom 24. Mai 2019 wurde unter verschiedenen Nebenbestimmungen erteilt. Mit Disp.-Ziff. 17 wurde verfügt, dass das Farb- und Materialisierungskonzept vor Ausführungsbeginn in geeigneter Form am Bau zu bemustern und dem Gemeinderat Altendorf zur Genehmigung einzureichen sei. Die Beschwerdeführenden machen geltend, die mit dieser Nebenbestimmung verbundene Aufsplittung der Baubewilligung in mehrere Teilbaubewilligungen sei unzulässig.
10.1. Entgegen der Auffassung der Beschwerdeführenden kommt es im Baubewilligungsverfahren regelmässig vor, dass die Bewilligung des Farb- und Materialkonzepts nicht gleichzeitig mit der Hauptbewilligung erteilt wird, sondern in der Hauptbewilligung verfügt wird, die entsprechenden Pläne seien rechtzeitig einzureichen und bewilligen zu lassen. Beim Farb- und Materialkonzept handelt es sich um Projektbestandteile, aus denen sich bei Bauvorhaben üblicherweise keine so wesentlichen neuen Auswirkungen oder Änderungen für das Projekt ergeben, dass sie zwingend zusammen mit der Hauptbewilligung erlaubt werden müssten. Die Einordnung einer Baute hängt in der Regel nicht von ihrer Material- und Farbgebung ab. Daran vermag nichts zu ändern, dass bei einem in dreidimensionaler Hinsicht hinreichend eingegliederten Bauvorhaben eine ungünstige Material- und Farbwahl zu einer ungenügenden Eingliederung führen könnte. Dieser Eventualfall kann durch den Vorbehalt der nachträglichen Genehmigung der Materialien und Farben verhindert werden. Die optische Wirkung der gewählten Farben und Materialien kann anhand von grossflächigen Mustern am Rohbau im direkten Vergleich mit der Umgebung naturgemäss besser beurteilt werden als gestützt auf Muster, die vor der Errichtung der Baute zu beurteilen sind. Demnach erlaubt die zeitlich aufgeschobene Beurteilung der Farben und Materialien für die Betroffenen und die Behörden eine präzisere Beurteilung der Gesamtwirkung (vgl. zum Ganzen Urteile 1C_25/2019 vom 5. März 2020 E. 8.3; 1C_327/2016 vom 22. März 2017 E. 9.4).
10.2. Die Beschwerdeführenden erörtern nicht näher, weshalb die Farb- und Materialwahl für die Bewilligungsfähigkeit des geplanten Werftgebäudes derart entscheidrelevant ist, dass sie zwingend gleichzeitig mit der Hauptbewilligung hätte beurteilt werden müssen. Ebenso wenig legen sie substanziiert dar, inwieweit sie durch die nachgelagerte Prüfung des definitiven Farb- und Materialisierungskonzepts in ihren Rechten beschnitten werden. Unter diesen Umständen ist es in Anbetracht der vorgenannten Rechtsprechung jedenfalls unter dem Gesichtswinkel der Willkür nicht zu beanstanden, wenn die Vorinstanz unter Hinweis auf die kantonale Baubewilligungspraxis die auflageweise angeordnete, nachgelagerte Prüfung der Farb- und Materialwahl als rechtskonform beurteilte.
11.
Soweit die Beschwerdeführenden in einem letzten Vorbringen die Kosten- und Entschädigungsregelung im kantonalen Verfahren als willkürlich bezeichnen, legen sie nicht dar, welche Norm des kantonalen Verfahrensrechts das Verwaltungsgericht willkürlich angewendet haben soll (vgl. vorne E. 2.1). Auf die Rüge ist damit nicht einzutreten.
12.
Nach dem Gesagten ist die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Bei diesem Verfahrensausgang sind die Gerichtskosten den unterliegenden Beschwerdeführenden aufzuerlegen (<ref-law>). Diese haben der anwaltlich vertretenen privaten Beschwerdegegnerin eine angemessene Parteientschädigung auszurichten (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 4'000.-- werden den Beschwerdeführenden auferlegt.
3.
Die Beschwerdeführenden haben die private Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 3'000.-- zu entschädigen.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien, dem Gemeinderat Altendorf, dem Amt für Raumentwicklung des Kantons Schwyz, dem Regierungsrat des Kantons Schwyz, dem Verwaltungsgericht des Kantons Schwyz, Kammer III, dem Bundesamt für Umwelt und dem Bundesamt für Raumentwicklung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 3. November 2021
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Kneubühler
Der Gerichtsschreiber: Hahn