Faits :
A.
Par décision du 19 décembre 2017, l'Office de l'exécution judiciaire du canton de Berne (OEJ), par sa Section de la probation et de l'exécution des sanction pénales (SPESP), a rejeté la demande de X._ tendant à la levée de la mesure institutionnelle de traitement des troubles mentaux (art. 59 CP) ordonnée à son égard le 29 mars 2017 par la Cour suprême du canton de Berne.
Dans sa décision rendue sur recours le 19 avril 2018, la Direction de la police et des affaires militaires du canton de Berne (POM) a confirmé le rejet de la demande de levée de la mesure.
B.
Par jugement du 21 septembre 2018, la 2 e chambre pénale de la Cour suprême du canton de Berne a rejeté, dans la mesure où il était recevable et où il n'était pas devenu sans objet, le recours formé par X._ contre la décision du 19 avril 2018.
En substance, les faits suivants peuvent être déduits du jugement.
B.a. X._, ressortissant algérien né en 1971, a fait l'objet, depuis 2002, de diverses condamnations à des peines fermes de privation de liberté pour des infractions contre le patrimoine (vols et brigandages) et à l'intégrité sexuelle.
B.b. Par jugement du 29 mars 2017, la Cour suprême du canton de Berne a condamné X._ pour actes d'ordre sexuel commis sur une personne incapable de discernement ou de résistance, contrainte sexuelle, brigandage, désagréments causés par la confrontation à un acte d'ordre sexuel, violation de domicile, vol, infraction à la Loi fédérale sur les étrangers et contravention à la Loi fédérale sur les stupéfiants à une peine privative de liberté de 6 ans ainsi qu'à une amende de 800 francs. Elle a en outre ordonné une mesure institutionnelle de traitement des troubles mentaux (art. 59 CP), l'intéressé étant maintenu en détention pour garantir l'exécution de la mesure prononcée (art. 231 al. 1 let. a CPP).
Dans le cadre de l'instruction ayant conduit au jugement du 29 mars 2017, une expertise psychiatrique a été réalisée par le Prof. A._, directeur médical des Services B._. Dans son rapport du 22 septembre 2015, complété les 28 octobre 2015 et 16 janvier 2017, l'expert a relevé l'existence chez l'expertisé d'un trouble dyssocial de la personnalité et de troubles mentaux et du comportement liés à l'utilisation de drogues. Le risque de récidive était alors qualifié de hautement élevé. L'expert a relevé qu'un traitement psychothérapeutique était susceptible de diminuer le risque de nouvelles infractions, à condition que l'expertisé s'y engage pleinement. A défaut d'un tel engagement, l'expert a suggéré la mise en oeuvre d'entretiens motivationnels préalablement à la prise en charge psychothérapeutique.
B.c. Le 7 septembre 2018, la SPESP a décidé du placement de X._ à l'Etablissement pénitentiaire de C._ ( Justizvollzugsanstalt C._) à compter du 12 septembre 2018, dans le cadre de l'exécution de la mesure institutionnelle ordonnée le 29 mars 2017.
Jusqu'alors, faute de place disponible dans des institutions adaptées à l'exécution de la mesure ordonnée, l'intéressé avait séjourné dans diverses prisons régionales du canton de D._, depuis sa mise en détention provisoire, ordonnée le 28 janvier 2015.
B.d. Le 10 septembre 2018, la Section des évaluations de psychologie légale du Concordat de la Suisse du Nord-Ouest et de la Suisse centrale a établi, sur mandat du SPESP, une évaluation psycho-criminologique de X._.
C.
X._ forme un recours en matière pénale au Tribunal fédéral contre le jugement du 21 septembre 2018. Il conclut, avec suite de frais et dépens, principalement à sa réforme en ce sens que la mesure est levée et qu'il est constaté la violation de l'art. 5 par. 4 CEDH (droit à ce qu'il soit statué à bref délai sur la légalité de la détention). Subsidiairement, il conclut à l'annulation du jugement et au renvoi de la cause à la cour cantonale pour nouvelle décision. Il sollicite en outre le bénéfice de l'assistance judiciaire.
Invitée à se déterminer, la Cour suprême du canton de Berne a présenté des observations, renvoyant pour le surplus aux considérants de son jugement. Le recourant n'a pas déposé d'observations complémentaires après la communication de l'écriture de la Cour suprême. Le Parquet général du canton de Berne a renoncé à se déterminer.

Considérant en droit :
1.
Le recourant soutient qu'il n'a pas pu valablement se déterminer sur le rapport d'évaluation psycho-criminologique réalisé le 10 septembre 2018. Il invoque une violation de son droit d'être entendu (art. 6 par. 1 CEDH et 29 al. 2 Cst.)
1.1. Compris comme l'un des aspects de la notion générale de procès équitable au sens de l'art. 29 Cst., le droit d'être entendu garantit notamment au justiciable le droit de s'expliquer avant qu'une décision ne soit prise à son détriment, d'avoir accès au dossier, de prendre connaissance de toute argumentation présentée au tribunal et de se déterminer à son propos, dans la mesure où il l'estime nécessaire, que celle-ci contienne ou non de nouveaux éléments de fait ou de droit, et qu'elle soit ou non concrètement susceptible d'influer sur le jugement à rendre (<ref-ruling> consid. 4.1.1 p. 52). Il appartient aux parties, et non au juge, de décider si une prise de position ou une pièce nouvellement versée au dossier contient des éléments déterminants qui appellent des observations de leur part (<ref-ruling> consid. 3.2 p. 192). Ce droit à la réplique vaut pour toutes les procédures judiciaires (<ref-ruling> consid. 2.5 p. 157).
Toute prise de position ou pièce nouvelle versée au dossier doit dès lors être communiquée aux parties pour leur permettre de décider si elles veulent ou non faire usage de leur faculté de se déterminer (<ref-ruling> consid. 3.2 p. 192). Pour que le droit de réplique soit garanti, il faut que le tribunal laisse un laps de temps suffisant à la partie concernée, entre la remise de la prise de position ou des pièces nouvelles et le prononcé de sa décision, pour qu'elle ait la possibilité de déposer des observations si elle l'estime nécessaire à la défense de ses intérêts (<ref-ruling> consid. 4.1.1 p. 54). A cet égard, le Tribunal fédéral considère qu'un délai inférieur à dix jours ne suffit pas à garantir l'exercice du droit de répliquer, tandis qu'un délai supérieur à vingt jours permet, en l'absence de réaction, d'inférer qu'il a été renoncé au droit de répliquer (arrêt 6B_1271/2016 du 10 novembre 2017 consid. 5.1 et les arrêts cités). En d'autres termes, une autorité ne peut considérer, après un délai de moins de dix jours depuis la communication d'une détermination à une partie, que celle-ci a renoncé à répliquer et rendre sa décision (arrêt 1B_485/2017 du 7 février 2018 consid. 3.1).
1.2. En l'espèce, la cour cantonale a remis au recourant un exemplaire du rapport d'évaluation par pli recommandé du 13 septembre 2018, précisant alors que son jugement serait rendu " dès le 21 septembre 2018 ". Le conseil du recourant ayant retiré le pli en question le 17 septembre 2018, il n'a disposé que de quatre jours pour se déterminer sur celui-ci avant que la cour cantonale ne rende son jugement du 21 septembre 2018, étant observé qu'il n'est pas établi que le recourant a pris connaissance du rapport litigieux avant sa communication par la cour cantonale.
Dans ces circonstances, force est de constater que la cour cantonale a violé le droit d'être entendu du recourant en statuant moins de dix jours après la communication du rapport d'évaluation à son conseil.
On relève au demeurant que le mandataire du recourant a expressément fait part de sa volonté de se déterminer, en annonçant à la cour cantonale, par courrier du vendredi 21 septembre 2018, anticipé par fax du même jour, qu'il était prévu qu'il rencontre son mandant la semaine suivante (soit dès le lundi 24 septembre 2018) et qu'il serait donc en mesure de présenter ses observations d'ici la fin de la semaine en question (soit d'ici le vendredi 28 septembre 2018). La cour cantonale ne pouvait se satisfaire de lui répondre que la décision avait déjà été rendue et que le jugement allait lui parvenir dans les prochains jours.
En outre, si le principe de célérité (art. 5 al. 2 CPP) prévaut tout particulièrement en matière de détention, les instances judiciaires devant en principe statuer dans de brefs délais, il n'apparaît pas qu'il existait en l'espèce une urgence telle qu'elle justifiait le refus de laisser au recourant le temps nécessaire pour faire valoir son droit d'être entendu.
1.3. Selon la jurisprudence, la violation du droit d'être entendu peut cependant être réparée lorsque la partie lésée a la possibilité de s'exprimer devant une autorité de recours jouissant d'un plein pouvoir d'examen. Toutefois, une telle réparation doit rester l'exception et n'est admissible, en principe, que dans l'hypothèse d'une atteinte qui n'est pas particulièrement grave aux droits procéduraux de la partie lésée. Cela étant, une réparation de la violation du droit d'être entendu peut également se justifier, même en présence d'un vice grave, lorsque le renvoi constituerait une vaine formalité et aboutirait à un allongement inutile de la procédure, ce qui serait incompatible avec l'intérêt de la partie concernée à ce que sa cause soit tranchée dans un délai raisonnable (<ref-ruling> consid. 2.8.1 p. 226 s. et les arrêts cités; arrêt 6B_975/2017 du 27 juillet 2018 consid. 4.2).
Par ailleurs, le droit d'être entendu n'est pas une fin en soi. Il constitue un moyen d'éviter qu'une procédure judiciaire ne débouche sur un jugement vicié en raison de la violation du droit des parties de participer à la procédure, notamment à l'administration des preuves. Lorsqu'on ne voit pas quelle influence la violation du droit d'être entendu a pu avoir sur la procédure, il n'y a pas lieu d'annuler la décision attaquée (<ref-ruling> consid. 1.4.1 p. 386 et les références citées).
En l'espèce, le rapport d'évaluation sur lequel le recourant souhaitait se déterminer consiste en une discussion par une psychologue spécialisée, sur une quarantaine de pages, de la situation du recourant, lors de laquelle sont notamment évoqués son comportement durant les derniers mois, ses intentions quant à un départ de Suisse à l'issue de sa détention, sa motivation à entreprendre un traitement ainsi que les risques de récidive. Il apparaît ainsi que, dans le jugement entrepris, la cour cantonale a fait référence à plusieurs reprises à des passages du rapport.
Dans ces circonstances, on ne saurait d'emblée retenir que l'absence de déterminations du recourant et la violation du droit d'être entendu n'ont pas porté à conséquence. On ne saurait non plus considérer que, dans le contexte d'une demande de levée de mesure au sens de l'art. 62c CP, un renvoi à la cour cantonale pour donner à l'intéressé la possibilité de se déterminer sur un rapport tel que celui réalisé le 10 septembre 2018 constitue une vaine formalité.
2.
Il s'ensuit que le recours doit être admis et le jugement attaqué annulé, sans qu'il soit nécessaire d'examiner les autres griefs soulevés. La cause sera renvoyée à la cour cantonale pour nouvelle décision, après avoir octroyé au recourant la possibilité d'exercer son droit à la réplique.
Conformément à l'art. 68 al. 1 LTF, le recourant a droit à des dépens à la charge du canton de Berne. La demande d'assistance judiciaire devient ainsi sans objet (art. 64 al. 1 LTF). Il est statué sans frais.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est admis. Le jugement attaqué est annulé et la cause renvoyée à l'autorité précédente pour nouvelle décision.
2.
Le canton de Berne versera une indemnité de 2000 fr. au recourant à titre de dépens.
3.
La demande d'assistance judiciaire est sans objet.
4.
Il n'est pas perçu de frais judiciaires.
5.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour suprême du canton de Berne, 2e Chambre pénale.
Lausanne, le 17 décembre 2018
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Denys
Le Greffier : Tinguely