Faits :
A.
A.a. Le 18 janvier 2019, la société E._ SA (ci-après : E._ ou la société plaignante), représentée par F._ - l'un de ses administrateurs avec signature individuelle -, a déposé plainte pénale auprès du Ministère public vaudois pour gestion déloyale, violation du secret de fabrication ou du secret commercial et délit contre la loi fédérale du 19 décembre 1986 contre la concurrence déloyale (LCD; RS 241) contre C._, D._ et G._ (cause F_1). Selon la société plaignante, les faits reprochés se seraient déroulés entre décembre 2016 et octobre 2017.
Cette plainte faisant écho à des procédures déjà ouvertes dans le canton de Fribourg, cette cause a été reprise, le 19 février 2019, par le Ministère public fribourgeois.
A.b. A la suite d'un mandat de perquisition et de séquestre du 20 février 2019, quatre personnes du Ministère public, deux inspecteurs de la Brigade financière, un inspecteur de la police vaudoise et un informaticien ont effectué une perquisition dans les locaux professionnels des prévenus, soit aux sièges de A._, H._ SA, I._ SA, sis à la rue U._, à Lausanne. Selon le mandat, la perquisition et le séquestre concernaient également, dans ces mêmes locaux, la société B._; son siège à V._ ne présentait aucune activité et son site internet renvoyait à l'adresse de A._. Plusieurs documents - en format papier et électronique - ont été saisis. Les prévenus ont immédiatement requis la mise sous scellés de l'ensemble de ces pièces et données, mesure de protection qui a été accordée. Sur requête du Ministère public, l'avocat commun des prévenus - Me J._ -, ainsi que les quatre sociétés perquisitionnées ont confirmé et précisé leur requête de mise sous scellés; à cette même occasion, les prévenus ont déposé plainte pénale contre F._ et inconnus pour dénonciation calomnieuse (cause F _2).
Par requête du 11 mars 2019, le Ministère public a demandé auprès du Tribunal des mesures de contrainte (Tmc) la levée des scellés. Dans le cadre de cette procédure, différents échanges d'écritures sont intervenus et les parties ont produit de nombreuses pièces; en particulier, le Ministère public a complété sa demande le 21 août 2019. Le 9 octobre 2019, le Tmc a brisé les scellés et établi, les 9, 10 et 11 suivants, une liste des documents papier concernés par cette mesure, puis a remis les scellés. Les 18, 19 novembre, 2 et 17 décembre 2019, les documents ont été triés en présence du Ministère public et des prévenus; quant aux quatre sociétés concernées par la perquisition, représentées depuis le 15 novembre 2019 par Me Denis Mathey, elles n'ont participé qu'à la dernière séance, leur mandataire ayant renoncé formellement à se présenter à celle du 2 décembre 2019. Me Denis Mathey et K._, directeur adjoint de A._, ont encore procédé au tri de certains documents le 8 janvier 2020. A chacune de ces séances, des pièces ont été transmises au Ministère public, respectivement restituées immédiatement aux prévenus.
Après consultation des parties, le Tmc a mandaté, le 21 janvier 2020, un expert pour effectuer le tri des données électroniques.
Par ordonnance du 24 février 2020, le Tmc a partiellement admis la demande de levée des scellés s'agissant des documents papier. Il a ordonné la levée de cette mesure (ch. 1 let. a), respectivement maintenu cette protection (ch. 1 let. b), sur les éléments examinés - qui seront, le cas échéant, caviardés - au sens des considérants; ces documents seront transmis au Ministère public (ch. 1 let. a), respectivement restitués aux prévenus (ch. 1 let. b), dès l'entrée en force de cette décision. Le Tmc a considéré que la perquisition opérée était licite et respectait le principe de proportionnalité (cf. consid. 4/b/bb p. 8 s.), notamment vu l'existence de soupçons suffisants de la commission d'infractions (cf. consid. 4/c p. 9 ss). Il a ensuite relevé l'utilité potentielle des pièces sous scellés (cf. consid. 5 p. 15 s.) et écarté les secrets invoqués pour obtenir le maintien de cette mesure de protection (cf. consid. 6/b et 7 p. 16 ss).
A.c. Le 4 juin 2019, la Chambre pénale du Tribunal cantonal fribourgeois a déclaré irrecevables les recours formés contre le mandat de perquisition et de séquestre par C._, D._, G._, A._, H._ SA, I._ SA et B._, vu la procédure de levée des scellés en cours.
B.
Par deux actes séparés du 26 mars 2020, A._ (cause 1B_153/2020) et B._ (cause 1B_154/2020) forment chacune un recours en matière pénale contre l'ordonnance du 24 février 2020 du Tmc, concluant à son annulation, à celle du mandat de perquisition du 20 février 2019, au rejet de la demande de levée des scellés du 11 mars 2019, à la restitution en leur faveur des "objets séquestrés" et à l'allocation d'une indemnité à titre de dépens (s'agissant de la première de 9'908 fr. 40, respectivement de 1'723 fr. 20 pour la seconde). A titre subsidiaire, les recourantes demandent le renvoi de la cause à l'autorité précédente pour nouvelle décision au sens des considérants. Les deux recourantes requièrent l'octroi de l'effet suspensif.
Invité à se déterminer, le Tmc a conclu au rejet des demandes d'effet suspensif et des recours (actes 7 [1B_153/2020 et 1B_154/2020]). Quant au Ministère public, il a en substance considéré les requêtes d'effet suspensif sans objet et a conclu à l'irrecevabilité des recours (actes 8 [1B_153/2020 et 1B_154/2020]). Le 7 mai 2020, les recourantes ont persisté dans leurs conclusions (actes 11 [1B_153/2020 et 1B_154/2020]).
Par ordonnances du 21 avril 2020, le Président de la Ire Cour de droit public a déclaré sans objet les requêtes d'effet suspensif (actes 10 [1B_153/2020 et 1B_154/2020]).
Sur réquisition du Tribunal fédéral, le Tmc a produit son dossier, ainsi qu'une copie de la plainte du 18 janvier 2019 et du mandat de perquisition et de séquestre du 20 février 2019 (actes 12, 13, 14 [1B_153/2020 et 1B_154/2020]). Le 26 juin, le 9 et le 14 juillet 2020, cette autorité a transmis les échanges d'écritures intervenus entre elle-même, les parties et le Ministère public, dont le courrier du 19 juin 2020 reçu de Me Denis Mathey et son annexe, la réponse du Ministère public du 30 juin 2020 et les déterminations subséquentes de l'avocat (actes 15, 16 et 17 [1B_153/2020 et 1B_154/2020]).

Considérant en droit :
1.
Les recours en matière pénale dans les causes 1B_153/2020 et 1B_154/2020 sont dirigés contre la même décision. Les deux sociétés recourantes sont représentées par un même mandataire professionnel et développent des griefs similaires dans leur mémoire de recours respectif en lien avec un même complexe de faits. Partant, il se justifie de joindre ces deux causes et de statuer dans un seul arrêt (<ref-law> et 71 LTF).
2.
Conformément à l'art. 393 al. 1 let. c CPP, un recours n'est ouvert contre les décisions du Tmc que dans les cas prévus par ledit code. Aux termes de l'<ref-law>, cette juridiction statue définitivement sur la demande de levée des scellés au stade de la procédure préliminaire. Le code ne prévoit pas de recours cantonal contre les autres décisions rendues par le Tmc dans le cadre de la procédure de levée des scellés. La voie du recours en matière pénale au Tribunal fédéral est ainsi en principe directement ouverte contre de tels prononcés (art. 80 al. 2 in fine LTF; <ref-ruling> consid. 1 p. 465).
Dans la mesure où les recourantes ne sont pas prévenues mais des tiers intéressés par un acte de procédure au sens de l'art. 105 al. 1 let. f CPP, le prononcé attaqué - qui autorise le versement au dossier pénal des documents papier saisis - met un terme définitif à la procédure relative à ces éléments prétendument protégés notamment par le secret des affaires et commercial. Cette décision revêt donc en ce qui concerne les recourantes le caractère d'une décision partielle (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 1 p. 465).
Pour le surplus, les recourantes, détentrices des documents papier saisis et pour lesquels la mesure de protection est levée, disposent de la qualité pour recourir (<ref-law>). Le recours a été déposé en temps utile (<ref-law>) et les conclusions qui y sont prises sont recevables (<ref-law>). Partant, il y a lieu d'entrer en matière.
3.
Dans la mesure où les pièces transmises par le Tmc les 26 juin, 9 et 14 juillet 2020 sont ultérieures à l'arrêt attaqué, elles sont irrecevables.
4.
Invoquant notamment l'<ref-law>, les recourantes se plaignent en substance d'un défaut de motivation (cf. ad G p. 20 ss du recours [1B_153/2020 et 1B_154/2020]).
Ce grief peut cependant être écarté. Il ne suffit en effet pas que la motivation donnée soit contestée ou que les arguments avancés par les recourantes au cours de la procédure n'aient pas été suivis pour retenir une telle violation (cf. pour des exemples : "Page 24 16ème post-it" p. 26 s. [1B_153/2020 et 1B_154/2020], "Page 25 25ème post-it" p. 28 [1B_153/2020 et 1B_154/2020], "Page 26 5ème post-it" p. 29 [1B_153/2020 et 1B_154/2020], "Page 30-31 deuxième onglet « livrables B._ » p. 31 [1B_153/2020 et 1B_154/2020], "Page 34 et 35, troisième onglet « ETUDES/DRAFT février-mars 2016 » p. 34 [1B_153/2020 et 1B_154/2020], "Pages 38-39 fourre transparente n° 5" p. 35 [1B_153/2020 et 1B_154/2020], "Page 40 documents 32 et 33" p. 36 [1B_153/2020] et p. 35 s. [1B_154/2020]); cela vaut d'autant plus lorsqu'aucune motivation spécifique n'est apportée à l'appui de la contestation, notamment afin de démontrer en quoi le raisonnement effectué serait erroné ou arbitraire.
Dans le cadre particulier de l'examen des pièces sous scellés, le renvoi aux "reproches faits aux prévenus", à l'enquête et/ou à la période temporelle retenue est également suffisant pour comprendre que le Tmc se réfère à ses considérants précédents, ce qui ne semble d'ailleurs pas avoir échappé aux recourantes au vu des arguments soulevés dans leur recours. L'autorité précédente a en outre fait état des arguments avancés par les parties par rapport à chaque document; selon l'issue donnée, on comprend qu'elle a fait siens les arguments des uns ou des autres, appréciation qui doit également être mise en parallèle avec les raisons invoquées - et rappelées par le Tmc - par le Ministère public pour démontrer l'utilité potentielle des pièces, soit notamment afin d'identifier les personnes impliquées et leur rôle (cf. les procès-verbaux, les contrats, les fiches de salaire, les actions, les informations générales sur les sociétés, la correspondance et le Grand livre de la recourante A._), d'examiner l'éventuelle soustraction d'actifs reprochée (cf. les documents bancaires et comptables), ainsi que de déterminer la propriété des brevets (cf. les pièces en lien avec le concept énergétique [cf. consid. 6b p. 17 s.]). Le Tmc n'a d'ailleurs pas manqué, le cas échéant, d'apporter des explications complémentaires (cf. pour des exemples de pièces relatives à la détermination des responsabilités : "Page 23 14ème post-it F" p. 26 [1B_153/2020 et 1B_154/2020]; et au concept énergétique : "Page 26 4ème post-it" p. 29 [1B_153/2020] et p. 28 [1B_154/2020], "Page 30-31 deuxième onglet «livrables B._»" p. 31 [1B_153/2020 et 1B_154/2020], "Page 34, deuxième onglet protocole de décision «V._» p. 33 [1B_153/2020 et 1B_154/2020], "Pages 37-38, fourre transparente bleue n° 100" p. 35 [1B_153/2020] et 34 s. [1B_154/2020]).
5.
Saisi d'une demande de levée de scellés au sens de l'<ref-law>, le Tmc doit examiner, d'une part, s'il existe des soupçons suffisants de l'existence d'une infraction et, d'autre part, si les documents présentent apparemment une pertinence pour l'instruction en cours (cf. art. 197 al. 1 let. b et d CPP). Il convient aussi de vérifier l'existence d'un secret protégé par la loi (cf. <ref-law>). Enfin, la mesure ne doit pas porter atteinte au principe de la proportionnalité (cf. art. 197 al. 1 let. c CPP).
6.
Invoquant des violations des art. 197, 242, 246 et 263 CPP, les recourantes reprochent à l'autorité précédente d'avoir considéré que la motivation du mandat de perquisition serait suffisante, respectivement que cette mesure serait licite et proportionnée. Elles soutiennent également qu'il n'existerait pas de soupçons suffisants de la commission d'infractions; l'autorité précédente aurait arbitrairement omis de prendre en considération différentes pièces figurant au dossier (en particulier l'audition de F._ du 20 août 2019, le rapport de police du 19 juin 2019, les dépositions effectuées entre le 3 et le 17 juin 2019, le rapport de la fiduciaire X._ du 28 mars 2019 produit par l'avocat des prévenus et les explications données par le prévenu C._ [cf. notamment ad I/A p. 6 ss et I/D p. 16 s. [1B_153/2020 et 1B_154/2020]). Selon les recourantes, le Tmc aurait également violé le principe de proportionnalité en considérant notamment qu'il n'existait pas de mesure moins contraignante (cf. en particulier ad I/A p. 9 s. et I/F p. 20 [1B_153/2020] et p. 19 [1B_154/2020]).
6.1. La perquisition (<ref-law>), le séquestre (<ref-law>) et/ou l'obligation de dépôt (<ref-law>) sont des actes de procédure qui portent atteinte aux droits fondamentaux, en particulier à la sphère privée des personnes intéressées (<ref-law> et 13 al. 1 Cst.). En tant que mesures de contrainte, elles ne peuvent être prononcées que lorsque des soupçons suffisants de la commission d'une infraction pèsent sur le prévenu (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 1.3.1 p. 90; arrêts 1B_98/2018 du 29 mai 2018 consid. 3.2).
Pour constituer des soupçons suffisants, les indices de la commission d'infractions doivent être sérieux et concrets (<ref-ruling> consid. 1.3.1 p. 90). Selon la jurisprudence, il n'appartient cependant pas au juge de la levée de scellés - contrairement au juge du fond, qui applique en outre dans ce cadre le principe "in dubio pro reo" - de procéder à une pesée minutieuse et complète des éléments à charge et à décharge. Lorsque l'existence de charges est contestée, ce juge doit uniquement examiner si, sur la base des actes d'instruction disponibles, il existe des indices suffisants et concrets de la commission d'une infraction (arrêt 1B_336/2018 du 8 novembre 2018 consid. 4.2 et les arrêts cités). Si le séquestre - mesure conservatoire provisoire - est fondé sur la vraisemblance (cf. <ref-law>), il n'en va pas différemment de l'examen entrant en considération dans le cadre d'une requête de levée des scellés (arrêt 1B_98/2018 du 29 mai 2018 consid. 3.2).
6.2. S'agissant tout d'abord du mandat de perquisition, le Tmc a retenu qu'au moment de sa délivrance et vu les infractions graves examinées - dont la gestion déloyale au sens de l'<ref-law> -, il n'appartenait pas au Ministère public de prendre en compte les objections alléguées quant aux faits par les prévenus, la sécurité publique l'emportant sur les intérêts privés. L'autorité précédente a ensuite considéré que le principe de proportionnalité avait été respecté eu égard au lieu de la perquisition indiqué (locaux professionnels des prévenus et éventuel endroit de commission des infractions examinées), par rapport à l'ampleur des documents saisis (nécessité d'obtenir des informations complémentaires aux éléments figurant déjà dans les autres procédures), quant au contenu du mandat (indication des infractions en cause) et vu la liste précise des documents visés utilisée lors de la perquisition; un premier tri avait de plus été effectué sur place (cf. consid. 4/b/bb p. 8 s.).
Les recourantes ne développent aucune argumentation propre à remettre en cause cette appréciation. Elles ne prétendent ainsi pas que le mandat n'indiquait pas le lieu de la perquisition (cf. p. 1 de cette pièce) ou que la liste du Ministère public ne permettait pas de délimiter la mesure de la saisie, ce qui permet d'ailleurs d'exclure tout grief en lien avec une prétendue recherche indéterminée de preuves (cf. en particulier ad I/B p. 13 [1B_153/2020 et 1B_154/2020]). Dans la mesure où les infractions reprochées aux prévenus pourraient avoir été commises dans les locaux des sociétés qu'ils administrent ou dirigent, la période visée par la mesure peut être déterminée, soit celle dénoncée dans la plainte et durant laquelle ils exerçaient ces prérogatives. Dès lors que ces mandats perdurent, cette constatation suffit également pour écarter tous les griefs s'agissant de la période retenue par l'autorité précédente allant au-delà de l'année 2017 (cf. consid. 5 p. 16 de l'ordonnance attaquée). Cela permet également de confirmer l'utilité potentielle des pièces saisies ultérieures notamment à mai 2017 (cf. notamment ad I/D p. 17 [1B_153/2020] et 16 s. [1B_154/2020], "Page 28 post-it 3 et 4" p. 30 [1B_153/2020] et 29 s. [1B_154/2020], "Page 33 huitième onglet, dépôt Y._ 2019" p. 33 [1B_153/2020 et 1B_154/2020], "Page 40 document 31" p. 35 [1B_153/2020 et 1B_154/2020]), ainsi que la nécessité de ne pas se limiter dans la présente cause à la production de la comptabilité de la partie plaignante (cf. ad I/A p. 10 [1B_153/2020 et 1B_154/2020]).
Les recourantes ne prétendent enfin pas avoir requis un prononcé préalable sur la question de la validité du mandat de perquisition de la part du Tmc et/ou avoir ensuite été empêchées de faire valoir l'ensemble de leurs griefs sur cette problématique au cours de la procédure de levée des scellés, que ce soit avant la suspension de la procédure de levée des scellés vu le recours intenté auprès de la Chambre pénale ou lors de sa reprise à la suite du prononcé d'irrecevabilité du 4 juin 2019. Elles ne soutiennent pas non plus que l'autorité précédente ne les aurait pas traités et/ou que son appréciation ne pouvait pas être contestée devant le Tribunal fédéral. Peu importe donc en particulier de savoir si le Tmc aurait dû constater formellement la validité du mandat de perquisition dans son dispositif (cf. en particulier ad I/G p. 23 [1B_153/2020] et 22 s. [1B_154/2020]).
Il découle de ces considérations que l'autorité précédente pouvait sans violer le droit fédéral ou procéder de manière arbitraire, confirmer le mandat de perquisition, notamment quant à ses buts (lieux, entités visées et documents recherchés).
6.3. S'agissant ensuite plus précisément de l'existence de soupçons suffisants, le Tmc a procédé à un examen détaillé des circonstances d'espèce, relevant notamment les éléments suivants :
- les nombreuses plaintes pénales déposées par les uns et par les autres, notamment contre L._, fondateur et administrateur de M._ SA, ainsi que de E._;
- les liens des prévenus avec les différentes sociétés perquisitionnées, respectivement avec la société plaignante, ainsi que les interactions existant notamment entre les sociétés perquisitionnées (administrateurs, locaux);
- la détention alléguée par la partie plaignante de brevets et autres droits relevant de la propriété intellectuelle depuis le contrat du 10 juin 2016 avec M._ SA et l'allégation d'un transfert illicite de ses actifs par ses administrateurs - les prévenus D._ et C._ - en faveur notamment de la recourante B._ (cf. la plainte pénale du 18 janvier 2019);
- le contrat-cadre conclu en août 2016 entre M._ SA et la N._, la seconde étant intéressée par le concept de distribution d'énergie développée par la première;
- la perquisition en janvier 2017 des locaux de M._ SA et l'arrestation de L._ en lien avec certes un autre complexe de faits;
- l'engagement du prévenu G._, ingénieur, par la recourante B._, respectivement par la recourante A._, alors que ce travailleur était a priori encore sous contrat avec M._ SA;
- la cession des demandes de brevets entre M._ SA et la recourante B._ en février 2017 et la procédure notamment de mesures provisionnelles intentée devant le Tribunal fédéral des brevets par la seconde afin d'interdire en particulier à L._ de disposer de six brevets;
- le rapport de police du 19 juin 2019 relevant qu'il semblait "difficile d'impliquer les prévenus dans les faits qui leur [étaient] reprochés";
- le complément à la requête de levée des scellés du 21 août 2019.
Selon l'autorité précédente, il découlerait de ces éléments que la société plaignante aurait démontré ce qui la pousserait à prétendre à la propriété de certains brevets et autres droits de propriété intellectuelle; le litige auprès du Tribunal fédéral des brevets - certes entre d'autres parties - venait d'ailleurs confirmer l'existence d'une contestation sur ces problématiques (cf. consid. 4/c/bb p. 12 et consid. 4/c/dd p. 13). Le Tmc a encore retenu qu'il apparaissait que la société plaignante, qui "chapeautait" la conception d'un nouveau concept énergétique, l'avait subitement arrêtée lorsque les prévenus C._ et D._ avaient sa gouvernance; ce projet avait pourtant a priori continué au sein d'autres sociétés, dont la recourante B._, société (i) nouvellement constituée par les deux précités alors même qu'ils n'avaient pas quitté leur fonction d'administrateurs auprès de la société plaignante et (ii) dans laquelle le prévenu G._, ancien employé de M._ SA, travaillait comme ingénieur; les actifs de la société plaignante pourraient également avoir été cédés à l'une ou l'autre des sociétés dans lesquelles les prévenus C._ et D._ étaient actionnaires et administrateurs, ce que les documents sous scellés pourraient permettre de confirmer ou d'infirmer (cf. consid. 4/c/ff p. 14).
Dans le cadre d'une procédure de levée des scellés, ce raisonnement ne prête pas le flanc à la critique. En particulier, cette appréciation ne saurait être remise en cause du seul fait que les prévenus contestent toute culpabilité (cf. les écritures de ceux-ci citées par les recourantes à l'appui de leur argumentation [dont ad I/A p. 8 s. [1B_153/2020 et 1B_154/2020]). Une décision n'est pas non plus arbitraire au seul motif que l'appréciation effectuée par l'autorité précédente ne corresponde pas à celle attendue par les recourantes.
De plus, les recourantes, certes tiers intéressés, ne contestent pas leurs liens avec les prévenus C._ (directeur de A._, associé gérant de O._ Sàrl qui deviendra B._ et administrateur président de I._ SA, société détentrice d'une grande partie de O._ Sàrl, respectivement de B._) et D._ (directeur de A._ et administrateur de I._ SA). Cette configuration et les intérêts en découlant suffisent d'ailleurs pour confirmer la pertinence du choix de procéder par le biais d'une perquisition au lieu d'un ordre de dépôt (<ref-law>). Les recourantes ne remettent pas non plus en cause le fait que les deux précités aient également été des administrateurs de la société plaignante, notamment durant la période concernée par la plainte pénale (décembre 2016 à octobre 2017). Elles ne soutiennent enfin pas que ces différents mandats et les activités exercées seraient matériellement et chronologiquement sans rapport (cf. notamment le développement de concept[s] énergétique[s]), respectivement qu'il n'y aurait ainsi eu à aucun moment de possibles conflits d'intérêts. Vu le litige entourant la propriété de certains brevets - revendiquée, d'une part, par la société plaignante au cours de la procédure pénale et, d'autre part, par la recourante B._ auprès du Tribunal fédéral des brevets -, il n'apparaît ainsi pas arbitraire de retenir que la propriété de certains brevets est discutée. Cette appréciation semble au demeurant confirmée, dans la mesure de sa recevabilité, par le courrier du 4 février 2019 adressé le 19 juin 2020 par l'avocat des recourantes au Tmc. Peu importe de savoir pourquoi la société plaignante n'a pas agi également devant le Tribunal fédéral des brevets ou dans le cadre de la procédure de faillite concernant M._ SA.
A ce stade de la procédure et eu égard aux principes de célérité, ainsi que d'économie de procédure, la chronologie des événements, les liens entre les différents intervenants - respectivement les reproches faits les uns aux autres vu les différentes procédures pénales en cours -, le litige existant s'agissant de la propriété de brevets et le défaut de transparence - notamment quant aux intérêts défendus par les actes des prévenus - suffisent pour retenir l'existence de soupçons de la commission d'infractions, en particulier de violations des secrets des affaires, de fabrication et/ou de gestion déloyale. Compte tenu du complément apporté par le Ministère public le 21 août 2019 - ultérieur aux éléments invoqués par les recourantes - et de l'absence, en l'état, de classement, il ne peut pas non plus être reproché au Tmc, autorité statuant sous l'angle de la vraisemblance et à qui il n'incombe pas d'examiner l'ensemble des éléments à charge et à décharge, d'avoir considéré que les soupçons pesant contre les prévenus persistaient au moment de rendre sa décision.
7.
Les recourantes soutiennent que les pièces saisies seraient dénuées de pertinence pour l'enquête (cf. ad I/B p. 12 [1B_153/2020 et 1B_154/2020]).
Elles ne développent toutefois aucune argumentation conforme à leurs obligations en matière de motivation (cf. <ref-ruling> consid. 2.1 p. 466; <ref-ruling> consid. 4.3 p. 81 et 5.6 p. 87; <ref-ruling> consid. 7.1 p. 229) afin de démontrer que les pièces saisies seraient dénuées de pertinence. Elles se limitent en effet en substance à affirmer que le concept énergétique qu'elles auraient développé serait différent de celui de M._ SA. Elles relèvent pourtant qu'en l'état et faute d'indication de la société plaignante sur "son soi-disant concept énergétique", il "n'est pas possible de faire une comparaison" de ce produit avec "celui réellement développé" par la recourante B._ (cf. ad I/C p. 15 [1B_153/2020] et p. 14 [1B_154/2020]). Il n'est ainsi de loin pas définitivement établi qu'il s'agirait de deux concepts totalement différents et sans aucun lien. Cette appréciation est d'ailleurs confortée par les litiges en cours avec les problématiques de propriété intellectuelle. Les pièces - en mains des sociétés perquisitionnées - en lien avec le concept énergétique, celles entourant les prises de décisions y relatives des sociétés concernées et leur comptabilité paraissent ainsi en l'état potentiellement utiles pour l'enquête.
Partant, ce grief peut être rejeté.
8.
Les recourantes ne contestent pas que les secrets des affaires invoqués, notamment celui découlant de l'art. 68 de la loi fédérale du 25 juin 1954 sur les brevets d'invention (LBI; RS 232.14), ne bénéficient pas de la même protection que le secret de fonction ou le secret professionnel visés par les art. 170 et 171 CPP. Elles considèrent en revanche que la décision attaquée viole le principe de la proportionnalité en n'en tenant pas compte.
8.1. En présence d'un secret avéré, l'autorité de levée des scellés élimine les pièces couvertes par ce secret. Elle prend également les mesures nécessaires pour préserver, parmi les documents remis aux enquêteurs, la confidentialité des tiers non concernés par l'enquête en cours. Il en va de même lorsque des pièces ou objets bénéficient de la protection conférée par l'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 2.1 p. 466; arrêt 1B_85/2018 du 3 juillet 2018 consid. 2.1).
A teneur de l'art. 68 LBI, les secrets de fabrication ou d'affaires des parties seront sauvegardés (al. 1) et il ne sera donné connaissance à la partie adverse des moyens de preuve propres à révéler de tels secrets que dans la mesure compatible avec leur sauvegarde (al. 2). Cette disposition se trouvant dans le chapitre intitulé "Dispositions commune à la protection de droit civil et de droit pénal", elle paraît donc également pouvoir trouver application dans le cadre d'une procédure pénale.
L'art. 68 LBI ne figure cependant pas dans la liste des secrets professionnels figurant à l'<ref-law>; il en va d'ailleurs de même des art. 148 ss de la loi fédérale du 23 juin 2006 sur les placements collectifs de capitaux (LPCC; RS 951.31) et de l'art. 69 de la loi fédérale du 15 juin 2018 sur les services financiers (LSFin; RS 950.1) invoqués par les recourantes (ad I/b p. 13 [1B_153/2020), respectivement du secret professionnel posé à l'art. 69 de la loi fédérale du 15 juin 2018 sur les établissements financiers (LEFin; RS 954.1, disposition entrée en vigueur au 1er janvier 2020 et abrogeant notamment l'art. 148 al. 1 let. k et l LPCC [RO 2018 5247; FF 2015 8101]). C'est donc le régime prévu à l'<ref-law> qui prévaut (STÉPHANE WERLY, in Commentaire romand, 2e éd. 2019, n° 15 ad <ref-law>; ANDREAS DONATSCH, in DONATSCH/HANSJAKOB/LIEBER, Kommentar zur Schweizerischen Strafprozessordnung [StPO], 2e éd. 2014, n° 11 ad <ref-law>).
Les détenteurs d'autres secrets protégés par la loi - dont notamment le secret des affaires ou un secret au sens de l'<ref-law> (arrêt 1B_295/2016 du 10 novembre 2016 consid. 3.1) - sont tenus de déposer (art. 173 al. 2 1ère phrase CPP); la direction de la procédure peut les libérer de l'obligation de témoigner lorsqu'ils rendent vraisemblable que l'intérêt au maintien du secret l'emporte sur l'intérêt à la manifestation de la vérité (art. 173 al. 2 2ème phrase CPP). Cette disposition constitue un simple cas d'application du principe de la proportionnalité. Il appartient en outre à celui qui s'en prévaut de rendre vraisemblable l'existence d'un intérêt prépondérant au maintien du secret (<ref-ruling> consid. 3.3 p. 277).
8.2. En l'occurrence, les recourantes ne développent aucune argumentation tendant à démontrer pourquoi le maintien du secret devrait primer la recherche de la vérité, que ce soit sous l'angle d'un secret professionnel découlant en particulier de l'<ref-law>, d'un secret des affaires, ainsi que d'une atteinte à la sphère privée (art. 13 Cst.) et/ou à leur liberté économique (art. 27 Cst.).
Leur raisonnement repose à nouveau essentiellement sur la prémisse - non établie - que leur concept énergétique ne serait pas celui concerné par les brevets litigieux (cf. ad I/C p. 14 [1B_153/2020 et 1B_154/2020]). Elles omettent également de prendre en compte que l'un des buts de l'instruction est justement d'examiner cette problématique. En tout état de cause, la direction de la procédure prend les mesures nécessaires pour prévenir les abus et les retards et pour protéger les intérêts légitimes au maintien des secrets (art. 102 al. 1 CPP), ce qui permet, le cas échéant, au Ministère public de faire respecter le prescrit de l'art. 68 al. 2 LBI (voir également l'<ref-law> en cas de soupçons d'abus de droit d'une partie). On relève aussi que le Tmc a préconisé à différentes reprises le caviardage de certains documents, sans que les recourantes se plaignent dans leur recours de l'insuffisance de la protection alors assurée, en particulier eu égard à leurs clients (cf. en particulier ad I/B p. 13 [1B_153/2020 et 1B_154/2020]); elles ne développent au demeurant aucune argumentation tendant à obtenir une telle mesure vis-à-vis d'autres pièces. Elles ne prétendent enfin pas avoir été dans l'incapacité de faire valoir l'ensemble de leurs revendications sur ces questions durant les nombreuses séances de tri.
Au vu de ces considérations et de l'absence de motivation, le Tmc pouvait retenir, sans violer le droit fédéral, que la recherche de la vérité primait en l'occurrence les secrets invoqués.
9.
Il s'ensuit que les recours sont rejetés.
Les recourantes, qui succombent, supportent, pour moitié chacune, les frais judiciaires (<ref-law>). Il n'y a pas lieu d'allouer de dépens (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Les causes 1B_153/2020 et 1B_154/2020 sont jointes.
2.
Les recours dans les causes 1B_153/2020 et 1B_154/2020 sont rejetés.
3.
Les frais judiciaires, fixés à 3'000 fr., sont mis à la charge, pour moitié chacune, des recourantes.
4.
Le présent arrêt est communiqué au mandataire des recourantes, au Ministère public de l'Etat de Fribourg et au Tribunal des mesures de contrainte de l'Etat de Fribourg.
Lausanne, le 24 juillet 2020
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Chaix
La Greffière : Kropf