Faits :
A.
A.a. Le 16 mai 2012, Z._ SA (ci-après : la propriétaire et maîtresse de l'ouvrage, ou la demanderesse ou l'intimée), dont le siège est à Genève, a conclu avec X._ SA (ci-après : l'entreprise ou la défenderesse ou la recourante), à Dietlikon, un contrat d'entreprise générale à prix forfaitaire pour la construction d'un bâtiment à Genève. Ce contrat a fait l'objet de plusieurs avenants.
La livraison de l'ouvrage a eu lieu le 11 août 2015.
A.b. Dès le mois de février 2016, la propriétaire s'est plainte de défauts affectant principalement la façade.
A la suite de l'appel à garantie invoqué par la propriétaire, l'entreprise lui a communiqué qu'elle suspendait les travaux de réfection.
B.
Le 7 juin 2016, conformément à la clause compromissoire de l'art. 14-4 du contrat, la propriétaire a initié la présente procédure arbitrale, sous l'égide de la Swiss Chambers' Arbitration Institution.
Le tribunal arbitral composé de trois membres a son siège à Genève. Le droit suisse est applicable au contrat. Les <ref-law> sont applicables à la procédure arbitrale. En outre, le tribunal arbitral a conduit la procédure selon le Règlement suisse d'arbitrage international des Chambres de commerce suisse (version 2012).
Le 30 janvier 2017, la propriétaire, maître de l'ouvrage, a déposé son mémoire de demande et, dans ses dernières conclusions du 16 avril 2018, a conclu notamment et principalement au versement d'une avance, pour les frais des travaux de réfection non encore exécutés au 13 novembre 2017, d'un montant de 55'779'483 fr. 25.
Le 26 mai 2017, l'entrepreneur a déposé son mémoire en défense et de demande reconventionnelle et, dans ses dernières conclusions du 29 juin 2018, a conclu notamment au rejet de la demande d'avance de frais de réfection.
Le tribunal arbitral a rendu plusieurs ordonnances de procédure.
Par sentence arbitrale du 21 juin 2019, le tribunal arbitral a notamment, sur demande principale, dit que la défenderesse est condamnée à verser à la demanderesse une avance de 25'375'097 fr. 67 (35'600'839 fr. 80 - 10'000'000 fr. - 225'742 fr. 13) et prononcé qu'après la réfection par un tiers, celle-ci devra rendre compte à celle-là des frais et qu'en fonction des travaux de substitution effectués, l'entreprise sera condamnée à payer les coûts des travaux de substitution non couverts par l'avance versée ou se verra rembourser la part excédentaire de cette avance.
Le tribunal arbitral a rejeté les demandes reconventionnelles, puis a statué sur les frais.
C.
Contre cette sentence arbitrale, la défenderesse a interjeté un recours en matière civile au Tribunal fédéral. Elle conclut, sur demande principale, à l'annulation de certains chiffres du dispositif et, sur demande reconventionnelle, à son annulation, ainsi qu'à l'annulation du dispositif sur les frais de la procédure arbitrale. Subsidiairement, elle conclut à l'annulation intégrale de la sentence et au renvoi de la cause au tribunal arbitral pour nouvelle décision dans le sens des considérants.
La demanderesse intimée conclut à l'irrecevabilité du recours en tant qu'il est dirigé contre le dispositif sur la demande principale, sur les demandes reconventionnelles et sur les frais de la procédure, respectivement à son rejet en tant qu'il est dirigé contre le dispositif ch. II b dans la mesure de sa recevabilité.
Le tribunal arbitral a déclaré s'en remettre à justice.
Alors que l'échange d'écritures était terminé, les parties ont encore déposé chacune à deux reprises des observations sur les écritures de leur partie adverse, qui pour simplifier seront dénommées réplique, duplique, triplique et quadruplique.
La requête d'effet suspensif a été rejetée par ordonnance présidentielle du 29 octobre 2019.

Considérant en droit :
1.
Dans l'arbitrage interne, le recours en matière civile est recevable contre les décisions arbitrales aux conditions prévues aux art. 389 à 395 CPC (<ref-law>).
Seuls les motifs de recours de l'<ref-law> sont recevables. Il est donc exclu de faire valoir, dans un tel recours, que la sentence viole le droit fédéral, au sens de l'<ref-law>, qu'il s'agisse de la Constitution fédérale ou de la législation fédérale (arrêts 4A_422/2015 du 16 mars 2016 consid. 2, non publié aux <ref-ruling>; 4A_355/2016 du 5 août 2016 consid. 2.1).
La procédure est régie par la LTF, sauf disposition contraire du CPC contenue aux art. 389 à 395 (<ref-law>).
2.
L'entreprise recourante conclut à l'annulation des ch. II a, b et c, III et IV du dispositif de la sentence attaquée. La propriétaire intimée conclut à l'irrecevabilité des ch. II a et c, III et IV, comme aussi du chef de conclusions subsidiaire en annulation de l'entier de la sentence arbitrale, pour défaut de motivation. Dans sa réplique, la recourante fait valoir qu'elle a développé ses griefs à l'appui du ch. II b de la sentence et que, même si elle n'a pas exposé de griefs en relation avec ces ch. II a et c et III et VI, l'annulation du ch. II b aurait pour conséquence inévitable de conduire à la modification des ch. II a et c, III et IV puisqu'ils dépendent dans une mesure plus ou moins grande du ch. II b.
Comme elle l'admet elle-même, la recourante n'a pas exposé de griefs motivés en relation avec les ch. II a et c et III. Dès lors que toutes ses critiques concernent l'avance des frais de 30 millions de francs relative aux frais de réfection de la façade, l'admission de son recours ne pourrait entraîner que l'annulation du montant de 30'000'000 fr. inclus dans le calcul découlant des n. 934 et 933 de la sentence et, partant, l'annulation du ch. II b. On ne voit pas en quoi les montants qu'elle a été condamnée à payer ou à avancer pour d'autres objets non critiqués seraient dépendants et, partant, devraient automatiquement entraîner l'annulation du ch. II a et c et III.
Le chef de conclusions en annulation du ch. IV s'entend comme conséquence de l'admission du recours en annulation de la sentence et est recevable dans cette mesure.
Il n'y a pas lieu de se prononcer sur les autres critiques de l'intimée.
3.
Seule l'avance des frais de substitution pour les travaux de réfection de la façade du bâtiment du montant de 30'000'000 fr. fait l'objet de griefs motivés de la recourante. Celle-ci se plaint tout d'abord d'une violation de l'art. 393 let. e CPC, se plaignant de constatations arbitraires des faits et de violations manifestes du droit, puis de violation de l'art. 393 let. d CPC, sous son aspect de violation du droit d'être entendu.
4.
Il s'impose d'examiner tout d'abord le grief de violation manifeste du droit au sens de l'art. 393 let. e, 2ème hypothèse, CPC, la recourante reprochant au tribunal arbitral d'avoir manifestement violé les art. 366 al. 2 (par analogie) et 368 al. 2 CO en déterminant une avance des frais sans avoir tranché au préalable la question litigieuse de la méthode de réparation et sans avoir fixé de délai à la propriétaire pour procéder à la réparation.
4.1. Aux termes de l'art. 393 let. e, 2ème hypothèse, CPC, la sentence arbitrale est arbitraire dans son résultat si elle constitue une violation manifeste du droit. Selon la jurisprudence, seul le droit matériel est visé par là, à l'exclusion du droit de procédure (<ref-ruling> consid. 3.2; arrêt 4A_378/2014 du 24 novembre 2014 consid. 2.1). Conformément à la définition générale de l'arbitraire, une décision ne mérite ce qualificatif, s'agissant de l'application du droit, que si elle méconnaît gravement une norme ou un principe juridique clair et indiscuté. Il ne suffit donc pas qu'une autre solution paraisse concevable, voire préférable (<ref-ruling> consid. 6.1 et les arrêts cités). Le choix d'une solution ne peut pas être qualifié d'arbitraire lorsque la question est controversée en doctrine (<ref-ruling> consid. 4.3; <ref-ruling> consid. 4b in fine).
4.2.
4.2.1. Selon l'<ref-law>, en cas d'exécution défectueuse de l'ouvrage, le maître a notamment le droit d'obliger l'entrepreneur à réparer l'ouvrage à ses frais. Il n'y a pas lieu d'examiner la condition des dépenses excessives qui n'est pas critiquée par la recourante.
4.2.2. Ce droit initial du maître en exécution contre l'entrepreneur, c'est-à-dire en réparation par l'entrepreneur lui-même, est remplacé par un droit du maître à l'exécution par un tiers (ou par lui-même) (droit à l'exécution par substitution; Recht auf Ersatzvornahme), en vertu de l'<ref-law>, applicable par analogie (<ref-ruling> consid. 3.3), soit lorsque l'entrepreneur n'exécute pas son obligation de réparer, tarde à le faire ou en paraît incapable (PIERRE TERCIER/LAURENT BIERI/BLAISE CARRON, Les contrats spéciaux, 5ème éd. 2016, n. 3891). Le maître renonce définitivement à l'exécution par l'entrepreneur et il en confie le soin à un tiers (ou y procède lui-même) aux frais et risques de l'entrepreneur. L'obligation de faire qui incombait à l'origine à l'entrepreneur en vertu du contrat d'entreprise se transforme en une obligation de payer les frais de l'exécution par substitution (<ref-ruling> consid. 7a/aa). Le droit du maître de se faire payer les frais de réparation par un tiers est ainsi une prétention en exécution, et non en dommages-intérêts (<ref-ruling> consid. 3.3; <ref-ruling> consid. 7a/aa). Ce droit du maître à l'exécution par substitution de l'<ref-law>, appliqué par analogie, n'est soumis ni à une sommation à adresser à l'entrepreneur, ni à la fixation à celui-ci d'un délai convenable selon l'<ref-law>, ni à une autorisation du juge, comme c'est le cas du droit à l'exécution par substitution découlant de l'<ref-law>; pour empêcher une exécution défectueuse qui est prévisible avec certitude, le maître doit en effet pouvoir, selon les circonstances, agir rapidement, sans avoir à requérir au préalable une autorisation du juge (<ref-ruling> consid. 7a).
Le maître peut faire procéder à la réfection par un tiers sans s'en faire avancer les frais. Il devra, après la réparation des défauts, agir contre l'entrepreneur pour faire valoir à la fois son droit à la réfection par substitution, ainsi que sa prétention en remboursement des dépenses effectivement engagées pour cette réfection par le tiers (<ref-ruling> consid. 3.3).
Le maître peut aussi agir d'abord en paiement d'une avance pour les frais de réfection par un tiers (sur le fondement de ce droit à une avance, cf. <ref-ruling> consid. 4.2.2).
4.2.3. Le droit à une avance des frais de réfection par substitution d'un tiers représente une nouvelle modification de la prétention initiale en exécution (<ref-ruling> consid. 3.3).
Il suppose donc (1) que le maître ait un droit à la réfection de l'ouvrage au sens de l'<ref-law>, (2) qu'il ait un droit à l'exécution par substitution d'un tiers conformément à l'<ref-law> par analogie et (3) qu'il ait effectivement l'intention de faire réparer l'ouvrage par le tiers (<ref-ruling> consid. 4.2.2; cf. MARTHA NIQUILLE-EBERLE, Probleme rund um die Ersatzvornahme, insbesondere die Bevorschussung der Kosten, in Neue und alte Fragen zum privaten Baurecht, St. Galler Baurechtstagung 2004, p. 80 n. 30).
Cette avance est une estimation des frais présumés (ou prévisibles) de réfection. Elle n'est qu'un acompte, qui est, par définition, versé sous réserve d'un règlement définitif des frais (<ref-ruling> consid. 3.3). Comme dans le cas où le maître procède à la réfection sans avance de frais, le coût de la réfection devra être examiné à la fin des travaux; un éventuel excédent sera remboursé à l'entrepreneur. Le maître est tenu d'adresser un décompte à l'entrepreneur une fois la réparation terminée par le tiers (<ref-ruling> consid. 4.2.2).
Le jugement concernant l'avance de frais ne règle donc ni la prétention de l'entrepreneur en restitution de l'avance excédentaire, ni la prétention complémentaire du maître en paiement des coûts non couverts par l'avance (<ref-ruling> consid. 3.3). En revanche, la question du droit du maître à la substitution par un tiers, qui est une condition du droit à l'avance jouit de l'autorité de la chose jugée et ne peut être revue dans le second procès sur le décompte des coûts effectifs ( ibidem).
Si, dans l'affaire ayant donné lieu à l'<ref-ruling>, il a été jugé que la décision sur la prétention en réparation par substitution incluait le mode de réparation, c'est parce que la principale question litigieuse était alors de savoir si le maître était en droit de procéder à la réparation par un tiers avec le revêtement déterminé " G " et, par suite, de demander une avance pour cette réparation; jouissant ainsi de l'autorité de la chose jugée, le mode de réparation ne pouvait donc plus être remis en question dans le procès ultérieur portant sur le décompte des coûts effectifs. Dans l'<ref-ruling> consid. 3.3, le Tribunal fédéral a déjà précisé la formulation équivoque de l'<ref-ruling> consid. 4.2.2 in fine dans le sens sus-mentionné.
4.3. Par une décision à la majorité, le tribunal arbitral a considéré que la méthode de réparation ne doit pas nécessairement être prédéterminée pour qu'une avance de frais puisse être octroyée. C'est le résultat qui importe : le tiers doit réaliser l'objet de l'obligation que l'entrepreneur n'a pas réalisé. Dès lors que le maître de l'ouvrage doit se substituer, il fait appel à ses risques et périls à une entreprise tierce et, si celle-ci utilise une méthode inadéquate ou trop onéreuse, il devra en subir les conséquences lorsque les comptes définitifs seront opérés par le juge ou par l'arbitre. Le tribunal arbitral a retenu que l'<ref-ruling> ne pose pas la condition de la prédétermination : parce que la question du mode de réparation avait déjà été jugée dans le cadre d'un premier procès, il se justifiait qu'elle ne puisse pas être modifiée dans un second. Cela ne signifie pas pour autant que, de manière générale, la méthode doive être nécessairement fixée dans le cadre d'un premier procès.
4.4. Tout d'abord, l'entreprise recourante reproche au tribunal arbitral d'avoir violé les art. 366 al. 2 (par analogie) et 368 al. 2 CO en refusant de statuer sur la méthode de réparation (" sur la méthode, la nature et l'étendue des travaux à entreprendre ").
4.4.1. La recourante soutient que la demande d'avance des frais est une prétention en exécution et que, s'agissant d'une question de fond, elle doit s'appuyer sur des preuves suffisantes quant au caractère justifié et adéquat des travaux de réfection choisis (et de leurs coûts prévisibles), que le maître de l'ouvrage doit donc alléguer avec précision - et preuves à l'appui - en quoi consiste l'exécution, puisqu'il supporte le fardeau de la preuve de la nécessité et de l'adéquation des travaux de réparation (<ref-law>), et que l'entreprise doit pouvoir les contester (n. 74 et 78). Se basant sur BRÄNDLI, elle soutient que la preuve doit être apportée sur la base d'offres ou de devis d'entreprises ou encore d'expertises (ROGER BRÄNDLI, die Nachbesserung im Werkvertrag, Eine Gesamtdarstellung unter Berücksichtigung der SIA-Norm 118, 2007, n. 916). Selon elle, la question ne saurait être reportée, par économie de procédure ou pour un autre motif, à un stade ultérieur. Lorsque la question de la méthode de réparation est litigieuse devant le juge, qu'elle est au coeur des débats, elle doit être tranchée par une décision ayant l'autorité de la chose jugée, et non dans le procès relatif au décompte. La recourante fait valoir qu'elle avait déjà insisté sur ce point en réaction à l'ordonnance procédurale n° 7.
Elle estime aussi qu'en allouant une avance de 30 millions de francs, le tribunal arbitral a donné carte blanche à la propriétaire pour procéder à des travaux de modification, d'amélioration ou de modernisation de la façade, que l'écart entre les différentes propositions de réparation ne permettait pas de laisser la question ouverte de la méthode de réparation et que la sentence rendue l'obligerait à engager un nouvel arbitrage, dans lequel le tribunal arbitral serait alors placé devant le fait accompli. Elle soutient que la sentence arbitrale est également arbitraire dans son résultat.
4.4.2. L'intimée estime que l'interprétation donnée par la recourante à l'<ref-ruling> est erronée. Premièrement, le fait que l'avance soit une prétention en exécution n'implique pas que la méthode de réparation doive être prédéterminée; l'avance étant de nature provisoire, dont le sort définitif ne sera réglé que dans la phase du décompte, après la fin des travaux, il n'est pas nécessaire de déterminer strictement le coût au moment de l'avance. Deuxièmement, l'<ref-ruling> n'exige pas la prédétermination de la méthode de réfection pour la fixation de l'avance. Troisièmement, le tribunal arbitral n'était pas en mesure de déterminer la méthode de réfection.
4.4.3. On ne saurait reprocher au tribunal arbitral d'avoir appliqué arbitrairement l'<ref-law> (par analogie) en considérant que la détermination de la méthode de réparation n'est pas une condition du droit à la substitution par un tiers et, partant, du droit à une avance des frais présumés.
La recourante se trompe lorsqu'elle affirme que le Tribunal fédéral aurait tranché la question dans son sens dans l'<ref-ruling> consid. 3.3 : dans cet arrêt, comme on l'a vu, le Tribunal fédéral a précisé l'<ref-ruling> consid. 4.2.2 en ce sens que la question litigieuse dans cette affaire avait porté sur le droit du maître de procéder à la réparation par un tiers avec le revêtement déterminé " G " et sur le droit à une avance de frais pour cette réparation précise.
La recourante se trompe également lorsqu'elle essaie de déduire l'obligation de trancher préalablement la question du mode de réparation en se basant sur deux auteurs : ces auteurs se limitent à prévoir que l'avance doit s'appuyer sur des offres d'entrepreneurs tiers ou sur des expertises, ce qui n'impose pas de qualifier d'arbitraire la solution du tribunal arbitral qui refuse d'en déduire que la détermination de la méthode de réparation devrait être une condition du droit à une avance.
Si, lorsqu'il effectue lui-même la réparation, l'entrepreneur choisit en principe le mode de réparation, il n'est pas arbitraire de considérer, comme l'a fait le tribunal arbitral, que lorsque le maître de l'ouvrage a le droit de faire procéder à la réparation par un tiers, il choisit le mode de réparation à ses risques et périls et, s'il utilise une méthode inadéquate ou trop onéreuse, il en subira les conséquences lorsque les décomptes définitifs seront établis. L'avance n'est qu'une estimation, un acompte.
4.5. Ensuite, l'entreprise recourante reproche au tribunal arbitral de n'avoir pas fixé un délai à la propriétaire pour faire procéder à la réfection des défauts, qui, selon elle, serait une condition du droit à l'octroi d'une avance.
La recourante ne peut rien déduire du passage de l'<ref-ruling> consid. 4.2.2, qu'elle cite, et selon lequel " le maître est tenu de restituer la totalité de l'avance versée par l'entrepreneur s'il ne fait pas exécuter les réparations dans un délai convenable ".
Alors même qu'elle ne démontre pas avoir elle-même requis dans ses conclusions qu'un délai soit fixé, comme le soutient l'intimée, il ne saurait être arbitraire de ne pas fixer de délai et d'attendre que l'entrepreneur ouvre action en remboursement de l'avance si les travaux n'ont pas été effectués dans un délai convenable.
5.
S'agissant de la fixation du montant de l'avance des frais de réfection, l'entreprise recourante soulève tout d'abord des griefs en relation avec l'application arbitraire du droit (art. 393 let. e, 2 ème hypothèse, CPC).
5.1. Selon la jurisprudence, le montant de l'avance correspond aux frais présumés (ou prévisibles) de la réparation des défauts. Il s'agit d'une estimation à laquelle le juge procède, notamment sur la base de devis, voire d'une expertise. Le fait que l'avance soit fondée sur une expertise ne change rien au fait qu'elle n'a que la valeur d'un acompte, versé sous réserve du règlement ultérieur définitif des coûts; elle n'a pas autorité de la chose jugée, mais si elle est ainsi basée sur une expertise, des exigences de motivation élevées seront nécessaires pour s'en écarter (<ref-ruling> consid. 3.3 et les nombreuses références à la doctrine).
Puisque le bien-fondé du montant de l'avance de frais peut être revu au moment du décompte final des coûts effectifs et que le maître, qui a choisi une méthode trop onéreuse, en supporte le risque, cette avance des frais n'est logiquement qu'une prestation provisoire ( vorläufige Leistung).
5.2. Le tribunal arbitral en a déduit, en se référant à la doctrine, que les allégués relatifs au montant de l'avance ne sont pas soumis à une preuve stricte ( i.e. une preuve certaine), mais à la simple vraisemblance ( nur glaubhaft; cf. MARTHA NIQUILLE-EBERLE, op. cit., n. 37; sur la distinction entre ces deux degrés de preuve en général, cf. <ref-ruling> consid. 3.3). Se basant toujours sur la doctrine, il a admis que le montant de l'avance puisse se fonder sur des offres de réfection faites par des entreprises tierces ou des rapports d'expertise privés. Il en a conclu que le degré de la preuve n'est pas celui requis par l'<ref-law>, mais un degré inférieur comme la doctrine l'admet en se référant à la notion de vraisemblance ( i.e. glaubhaft) et à l'<ref-law>.
5.3. La recourante se plaint uniquement d'application arbitraire de l'<ref-law>. Elle ne s'en prend pas au principe que le degré de la preuve, pour l'allocation d'une prétention provisoire, n'est que la simple vraisemblance ( Glaubhaftmachen). Son grief est d'ores et déjà irrecevable pour ce motif. Au surplus, comme elle le relève, l'estimation selon l'<ref-law>, que propose la doctrine, ne devrait se faire que par analogie et ne saurait donc conduire à appliquer, comme elle le soutient, les mêmes exigences que pour un jugement sur une prétention au fond.
Il s'ensuit que son grief subsidiaire de violation de l'équité selon l'art. 393 let. e, 3 ème hypothèse, CPC, formulé pour le cas où l'<ref-law> serait applicable, est sans portée.
6.
To ujours en ce qui concerne le montant de l'avance des frais de réfection, l'entreprise recourante reproche au tribunal arbitral d'avoir violé l'art. 393 let. e, 1ère hypothèse, CPC en procédant à des constatations de fait arbitraires, tout d'abord en écartant arbitrairement la proposition de réparation n° 1 de A._ de 6,5 millions de francs et, ensuite, en se basant sur la pièce C-581, qui n'a selon elle aucune valeur probante, pour arrêter l'avance à 30 millions de francs.
6.1. Selon l'art. 393 let. e, 1ère hypothèse, CPC, la sentence arbitrale peut être attaquée lorsqu'elle est arbitraire dans son résultat parce qu'elle repose sur des constatations manifestement contraires aux faits résultant du dossier. Ce motif de recours a été repris de l'art. 36 let. f aCA; la jurisprudence relative à cette ancienne disposition conserve toute sa valeur (arrêts 5A_978/2015 du 17 février 2016 consid. 3; 4A_511/2013 du 27 février 2014 consid. 2.3.2, in ASA 2014 609; 4A_395/2012 du 16 octobre 2012 consid. 3.1, in ASA 2013 167).
Une constatation de fait est manifestement contraire aux faits résultant du dossier, et partant entraîne un résultat arbitraire, au sens de l'art. 393 let. e, 1ère hypothèse, CPC, lorsque le tribunal arbitral, à la suite d'une inadvertance, s'est mis en contradiction avec les pièces du dossier, soit en perdant de vue certains passages d'une pièce déterminée ou en leur attribuant un autre contenu que celui qu'ils ont réellement, soit en admettant par erreur qu'un fait est établi par une pièce alors que celle-ci ne donne en réalité aucune indication à cet égard. L'objet de ce grief est donc restreint : il ne porte pas sur l'appréciation des preuves et les conclusions qui en sont tirées, mais uniquement sur les constatations de fait manifestement réfutées par des pièces du dossier. La façon dont le tribunal arbitral exerce son pouvoir d'appréciation ne peut pas faire l'objet d'un recours; le grief d'arbitraire est limité aux constatations de fait qui ne dépendent pas d'une appréciation, c'est-à-dire à celles qui sont inconciliables avec des pièces du dossier (<ref-ruling> consid. 3.6 et 3.7; arrêts 4A_599/2014 du 1er avril 2015 consid. 3.1; 5A_978/2015 précité consid. 3 et les arrêts cités). En d'autres termes, l'erreur sanctionnée autrefois par l'art. 36 let. f CA et aujourd'hui par l'art. 393 let. e CPC s'apparente davantage à la notion d'inadvertance manifeste qu'utilisait l'art. 63 al. 2 aOJ qu'à celle d'établissement des faits de façon manifestement inexacte qui figure à l'<ref-law> et qui correspond à l'arbitraire (arrêts 5A_978/2015 précité consid. 3; 4A_378/2014 du 24 novembre 2014 consid. 2.1; 4A_274/2014 du 30 septembre 2014 consid. 1.3; 4A_112/2014 du 28 avril 2014 consid. 1.3 et les références).
6.2. Considérant que la méthode précise de réfection n'est pas encore définitivement fixée, le tribunal arbitral en a conclu que son coût faisait défaut et qu'il ne disposait pas des éléments permettant de fixer l'avance avec exactitude.
Après avoir écarté différentes estimations de 2015 et 2016, et d'avril 2017, il a comparé la proposition n° 1 du sous-traitant A._ (nettoyer les verres affectés de fogging et remplacer les moteurs, les engrenages et les stores) du 24 juillet 2017, qui se montait à 6'543'457,56 euros et dont il discute la viabilité, avec quatre offres (pièce C-581) reçues de tiers à la suite de l'appel d'offres lancé par la propriétaire le 13 novembre 2017, qui comprenaient une explication sommaire des travaux à réaliser et dont le montant s'élevait à une moyenne de 46'827'504 euros. Estimant que la solution " A " présentée dans la pièce C-581 correspond au montant le moins élevé de ces offres pour une réparation (avec la description : réutilisation des cadres de la façade, y compris ceux endommagés, nettoyage des vitrages intérieurs, remplacement des stores, des vis sans fin et du moteur intérieur, remplacement des vitrages extérieurs, le problème d'accessibilité aux cavités CFF n'étant pas réglé), il a fixé l'avance à 30 millions de francs.
6.3. Sous couvert de constatations arbitraires, l'entreprise recourante conteste en réalité l'appréciation des preuves par le tribunal arbitral, ce qui est inadmissible dans un recours contre une sentence arbitrale.
Lorsqu'elle discute l'appréciation faite par le tribunal arbitral de la proposition n° 1, sur la base des considérations de l'expert B._, elle ne s'en prend qu'à l'appréciation des preuves du tribunal arbitral, ce qui est inadmissible dans le cadre d'un recours contre une sentence arbitrale. Il en va de même lorsqu'elle dénie toute valeur probante à la pièce C-581, résumant les devis obtenus ensuite de l'appel d'offres. Ses griefs sont donc irrecevables.
En tant qu'elle se plaint de n'avoir pas été en mesure d'analyser en détail les offres reçues, qui n'ont pas été produites par la demanderesse, son grief sera examiné ci-après (consid. 7).
Lorsqu'elle invoque en réplique, que l'expert B._ a intégralement validé la proposition n° 1 de A._, que la solution " A " est une solution d'amélioration, et non seulement de réparation, et que la pièce C-581 n'a aucune valeur probante, elle rediscute également l'appréciation des preuves, qu'elle a déjà exposée pour l'essentiel dans son recours, ce qui est inadmissible dans ce recours.
7.
Dans les deux dernières pages de son recours, l'entreprise recourante invoque encore la violation de l'art. 393 let. d CPC, sous son aspect de violation du droit d'être entendu.
7.1. L'art. 393 let. d CPC précise que la sentence issue d'un arbitrage interne peut être attaquée si l'égalité des parties ou leur droit d'être entendues en procédure contradictoire n'a pas été respecté. Ce motif de recours a été repris des règles régissant l'arbitrage international. En conséquence, la jurisprudence relative à l'art. 190 al. 2 let. d LDIP est, en principe, également applicable dans le domaine de l'arbitrage interne.
Tel qu'il est garanti par l'art. 182 al. 3 et l'art. 190 al. 2 let. d LDIP, le droit d'être entendu en procédure contradictoire n'a en principe pas un contenu différent de celui consacré en droit constitutionnel (art. 29 al. 2 Cst.). Ainsi, il a été admis, dans le domaine de l'arbitrage, que chaque partie a le droit de s'exprimer sur les faits essentiels pour le jugement, de présenter son argumentation juridique, de proposer, pour autant qu'elle le fasse à temps et dans les formes prévues, ses moyens de preuve sur des faits pertinents et de prendre part aux séances du tribunal arbitral (<ref-ruling> consid. 4.1 et les arrêts cités).
7.2. Le tribunal arbitral a estimé que, puisque la méthode de réparation n'avait pas encore été déterminée, il n'y avait pas lieu d'ordonner une réouverture des débats pour discuter de chacune des offres de réparation, ce qui aurait entraîné des frais importants en nécessitant de nouveaux rapports d'experts, de nouvelles auditions, le tout pour débattre d'offres dont la majorité ne seraient finalement pas retenues.
7.3. La recourante reproche au tribunal arbitral de s'être basé sur la pièce C-581, qui est une synthèse d'une page des offres reçues, établie par C._, mandataire de la propriétaire, et qui est censée résumer les offres reçues. La demanderesse n'a pas produit les offres dans l'instance arbitrale. La recourante soutient avoir été en conséquence empêchée de vérifier la réalité et le sérieux des offres présentées, de commenter les travaux de réfection envisagés et les prix et n'avoir pas pu démontrer que ces prétendues offres étaient en réalité des offres de modification et d'amélioration de la façade. Elle relève qu'elle avait expressément dénoncé ce fait, soupçonnant que l'appel d'offres dissimulât une amélioration de la façade et que, si le tribunal arbitral voulait se fonder sur cette pièce, il aurait dû ordonner la production des offres reçues de façon à les soumettre à un débat contradictoire.
L'intimée soulève l'irrecevabilité du grief, qui n'a pas été invoqué en fin de procédure lorsque le tribunal arbitral a demandé aux parties si elles avaient des réserves à formuler sur la manière dont la procédure avait été menée et si elles pensaient que leur droit d'être entendues avait été bafoué. Subsidiairement, sur le fond, elle estime que ce grief est en réalité une critique de l'appréciation des preuves; elle relève que le tribunal arbitral a procédé à une appréciation anticipée de ces documents et considéré que leur production ne se justifiait pas, le directeur général de C._ ayant été entendu comme témoin pendant près de deux heures en audience.
7.4. Dans sa réplique, la recourante se limite à affirmer qu'elle ne serait pas forclose à se prévaloir de son droit d'être entendue : elle mentionne qu'elle a relevé durant les audiences que les offres de réfection n'avaient pas été produites, mais elle ne conteste pas n'avoir pas formulé à l'issue de l'audience des réserves sur la manière dont la procédure avait été conduite, ni invoqué la violation de son droit d'être entendue, faute de production des offres en question. Le renvoi aux motifs de son recours ne permet pas de réfuter ces objections de l'intimée et il n'appartient pas au Tribunal fédéral de les rechercher d'office. Il s'ensuit que le grief de violation du droit d'être entendu est irrecevable.
8.
Il s'ensuit que le recours doit être rejeté, dans la mesure où il est recevable, et les frais et dépens mis à la charge de son auteur qui succombe (art. 66 al. 1 et 68 al. 1 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté, dans la mesure où il est recevable.
2.
Les frais de la procédure fédérale, arrêtés à 95'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3.
La recourante versera à l'intimée une indemnité de 110'000 fr. à titre de dépens.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et au Tribunal arbitral avec siège à Genève.
Lausanne, le 2 mars 2020
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La présidente : Kiss
Le greffier : Thélin