Sachverhalt:
A.
A.a. Die A._ GmbH (nachfolgend: Arbeitgeberin) schloss sich mit Vereinbarung vom 26. Mai 2005 mit Wirkung ab 1. Januar 2005 an die Stiftung Auffangeinrichtung BVG (nachfolgend: Auffangeinrichtung) an.
A.b. Die Auffangeinrichtung leitete am 14. August 2017 die Betreibung ein für eine Forderung für den Zeitraum vom 1. Juli 2014 bis 31. Juli 2017 im Umfang von Fr. 133'409.40 nebst Zins zu 5 % seit 14. August 2017, für Betreibungskosten von Fr. 100.- sowie für 5 % Verzugszins vor der Betreibung von Fr. 8292.40. Gegen den Zahlungsbefehl vom 29. August 2017 erhob die Arbeitgeberin am 22. September 2017 Rechtsvorschlag. Mit Schreiben vom 16. Oktober 2017 gewährte ihr die Auffangeinrichtung das rechtliche Gehör und verfügte am 28. November 2017 wie folgt:
"I. Der Arbeitgeber hat der Stiftung Auffangeinrichtung BVG CHF 133'637.91
zuzüglich
Verzugszins 5 % auf CHF 133'409.40 seit 14.08.17 bis 17.08.17
Verzugszins 5 % auf CHF 125'826.40 seit 17.08.17 bis 05.09.17
Verzugszins 5 % auf CHF 120'826.40 seit 05.09.17 bis 26.09.17
Verzugszins 5 % auf CHF 115'826.40 seit 26.09.17 bis 04.10.17
Verzugszins 5 % auf CHF 110'826.40 seit 04.10.17 bis 25.10.17
Verzugszins 5 % auf CHF 105'826.40 seit 25.10.17 bis 08.11.17
Verzugszins 5 % auf CHF 100'826.40 seit 08.11.17
und
Gebühren für Einleitung Betreibung Nr. xxx CHF 100.00
Verzugszins bis zum 14. August 2017 CHF 8'292.40
zu bezahlen.
II. Der Rechtsvorschlag in der Betreibung Nr. xxx des Betreibungsamts B._ wird im Betrag von CHF 109'218.80 aufgehoben. [...]"
B.
Die von der Arbeitgeberin gegen die Verfügung vom 28. November 2017 erhobene Beschwerde hiess das Bundesverwaltungsgericht mit Entscheid vom 6. Februar 2019 teilweise gut, soweit es darauf eintrat. Im Übrigen wies es die Beschwerde ab. Es stellte fest (Dispositiv-Ziffer 1), dass die Verfügung vom 28. November 2017 im Sinne der Erwägungen (E. 6, 8 und 10) im Umfang von Fr. 1100.- nichtig sei. Dispositiv-Ziffer I und II der angefochtenen Verfügung der Auffangeinrichtung vom 28. November 2017 seien wie folgt abzuändern:
"I. Der Arbeitgeber [bzw. die Arbeitgeberin] hat der Stiftung Auffangeinrichtung BVG CHF 99'954.91 zuzüglich
Verzugszins 5 % auf CHF 131'059.40 seit 14.08.17 bis 17.08.17
Verzugszins 5 % auf CHF 123'476.40 seit 17.08.17 bis 05.09.17
Verzugszins 5 % auf CHF 118'476.40 seit 05.09.17 bis 26.09.17
Verzugszins 5 % auf CHF 113'476.40 seit 26.09.17 bis 04.10.17
Verzugszins 5 % auf CHF 108'476.40 seit 04.10.17 bis 25.10.17
Verzugszins 5 % auf CHF 103'476.40 seit 25.10.17 bis 08.11.17
Verzugszins 5 % auf CHF 98'476.40 seit 08.11.17
und
Gebühren für Einleitung Betreibung Nr. xxx CHF 100.00
Verzugszins bis zum 14. August 2017 CHF 8'292.40
zu bezahlen.
II. Der Rechtsvorschlag in der Betreibung Nr. xxx des Betreibungsamts B._ wird im Betrag von CHF 108'118.80 aufgehoben."
C.
Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beantragt die Auffangeinrichtung die Aufhebung der Dispositiv-Ziffer 1 des vorinstanzlichen Entscheids. Dispositiv Ziffer I und II der Beitragsverfügung vom 26. Juli 2016 (recte: 28. November 2017) seien wie folgt anzupassen:
"I. Der Arbeitgeber hat der Stiftung Auffangeinrichtung BVG CHF 101'054.91 zuzüglich
Verzugszins 5 % auf CHF 133'259.40 seit 14.08.2017 bis 17.08.2017
Verzugszins 5 % auf CHF 125'676.40 seit 17.08.2017 bis 05.09.2017
Verzugszins 5 % auf CHF 120'676.40 seit 05.09.2017 bis 26.09.2017
Verzugszins 5 % auf CHF 115'676.40 seit 26.09.2017 bis 04.10.2017
Verzugszins 5 % auf CHF 110'676.40 seit 04.10.2017 bis 25.10.2017
Verzugszins 5 % auf CHF 105'676.40 seit 25.10.2017 bis 08.11.2017
Verzugszins 5 % auf CHF 100'676.40 seit 08.11.2017
und
Gebühren für Einleitung Betreibung Nr. xxx CHF 100.00
Verzugszins bis zum 14. August 2017 CHF 8'292.40
zu bezahlen.
II. Der Rechtsvorschlag in der Betreibung Nr. xxx des Betreibungsamts B._ wird im Betrag von CHF 109'218.80 aufgehoben."
Am 19. Juli 2019 gibt die Auffangeinrichtung eine Eingabe zu den Akten.
Die Arbeitgeberin, das Bundesamt für Sozialversicherungen und die Oberaufsichtskommission Berufliche Vorsorge OAK BV verzichten auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1.
Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann u.a. die Verletzung von Bundesrecht gerügt werden (<ref-law>). Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law>). Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht (<ref-law>).
2.
Streitig und zu prüfen ist zunächst, ob die mit Entscheid des Bundesverwaltungsgerichts vom 13. September 2016 rechtskräftig geschützten Kosten in der Höhe von Fr. 1100.- (Fr. 900.- für neun rückwirkende Lohnänderungen und Fr. 200.- für zwei zu spät gemeldete Austritte) zu Unrecht in die Verfügung vom 28. November 2017 eingeflossen sind.
2.1. Hierbei ist die Eingabe der Auffangeinrichtung vom 19. Juli 2019 zu berücksichtigen, mit der sie vorbringt, die Arbeitgeberin habe seit der Verfügung vom 28. November 2017 regelmässig Zahlungen über Fr. 5000.- getätigt. Es hätten dabei jeweils weder gültige Erklärungen noch Quittungen vorgelegen, welche Schulden getilgt werden sollten. Die Zahlungen seien somit gemäss <ref-law> an die Schuld anzurechnen, welche zuerst betrieben worden sei. Nach aktuellem Stand sei nun die gesamte betriebene Forderung, welche Gegenstand des vorliegenden Verfahrens sei, bezahlt. Es bestehe jedoch ein Rechtsschutzinteresse seitens beider Parteien, dass der Prozess aufrechterhalten bleibe.
2.2. Vorab ist darauf hinzuweisen, dass es hier nicht um das Rechtsschutzinteresse der Parteien geht - soweit die Auffangeinrichtung überhaupt dasjenige der Gegenpartei wahren kann -, sondern um die Frage nach dem Bestand oder Nichtbestand der Forderung bzw. ob und inwieweit die Betreibung aufgrund der Bezahlung der Forderung materiell (noch) gerechtfertigt ist resp. ob und inwieweit im vorliegenden Verfahren noch ein Streitgegenstand gegeben ist. Im Übrigen nimmt die Beschwerdeführerin - zu Recht - mangels eines gegenseitigen Abrechnungsverhältnisses nicht das Vorliegen eines Kontokorrentvertrags an (wie er bereits in <ref-ruling> definiert wird), zumal ein solcher einer Anrechnung nach Art. 86 f. OR grundsätzlich entgegensteht. Die Bezeichnung "Kontokorrent" auf den Kontoauszügen ist unerheblich (LEANDER D. LOACKER, in: Basler Kommentar, Obligationenrecht I, 7. Aufl. 2019, N. 6 und N. 10 zu <ref-law>).
2.2.1. Die Vorbringen der Auffangeinrichtung in der Eingabe vom 19. Juli 2019 werden von der Arbeitgeberin weder im Grundsatz noch im Masslichen bestritten. Ebenso wenig erfolgt ein Einwand gegen die Anrechnung auf die einzelnen Ausstände. Die Arbeitgeberin hat ihre Zahlungen an die Auffangeinrichtung im Sinne von <ref-law> nicht weiter spezifiziert. Ebenfalls liegen den jeweiligen Zahlungen keine (betraglichen) Vorbehalte zugrunde. Die Ausgangslage präsentiert sich folglich so, dass mittlerweile von der Begleichung der gesamten von der Auffangeinrichtung geltend gemachten Forderung auszugehen ist, was auch die hier streitigen Kosten von Fr. 1100.- (vgl. E. 2 oben) einschliesst.
2.2.2. Beruht die Forderung auf einem vollstreckbaren Entscheid eines schweizerischen Gerichts oder einer schweizerischen Verwaltungsbehörde, so wird die definitive Rechtsöffnung erteilt, wenn nicht der Betriebene durch Urkunden beweist, dass die Schuld seit Erlass des Entscheids getilgt oder gestundet worden ist, oder die Verjährung anruft (<ref-law>). Grundsätzlich wird die definitive Rechtsöffnung folglich abgewiesen, wenn der Schuldner durch Urkunden beweist, dass seine Schuld nach dem Erlass der Verfügung getilgt wurde (vgl. hierzu <ref-ruling> E. 2 S. 128; <ref-ruling> E. 3a S. 503). Kein Urkundenbeweis ist erforderlich, wenn der Gläubiger die entsprechende Einrede im Rechtsöffnungsverfahren ausdrücklich anerkennt (Urteil 5P.151/2000 vom 6. Juni 2000 E. 2c; DANIEL STAEHELIN, in: Basler Kommentar, Bundesgesetz über Schuldbetreibung und Konkurs I, 2. Aufl. 2010, N. 4 zu <ref-law> unter anderem mit Hinweis auf BGE 38 I 26 S. 29).
Im vorliegenden Verfahren weist zwar nicht die Arbeitgeberin als Schuldnerin, sondern die Auffangeinrichtung als Gläubigerin auf die getilgte Schuld hin. Nach dem Gesagten genügt es jedoch, dass die Auffangeinrichtung im Rahmen des Rechtsöffnungsverfahrens die Tilgung anerkennt, was mit der Eingabe vom 19. Juli 2019 geschehen ist. Dadurch kann die (definitive) Rechtsöffnung im Sinne von <ref-law> nicht erteilt werden. Es ist festzustellen, dass die Arbeitgeberin (integral) gültig Rechtsvorschlag erhoben hat. Der vorinstanzliche Entscheid sowie die Verfügung vom 28. November 2017 sind diesbezüglich aufzuheben. Gleichzeitig ist festzuhalten, dass über Fr. 109'218.80 hinaus - hinsichtlich des hier streitigen Zeitraumes - keine Schuld bestanden hat, an die Zahlungen angerechnet werden konnten (vgl. <ref-law> und Sachverhalt lit. C vorne).
2.2.3. Anzufügen bleibt: Soweit die Arbeitgeberin infolge ihrer vorbehaltlosen und nicht spezifizierten Zahlungen an die Auffangeinrichtung (vgl. E. 2.2.1 oben) auch die im vorliegenden Punkt streitigen Fr. 1100.- beglichen hat und dadurch - im Vergleich zum vorinstanzlichen Entscheid - eine Schlechterstellung erfährt (vgl. Sachverhalt lit. B), so ist darauf hinzuweisen, dass <ref-law>, wonach nicht über die Begehren der Parteien hinausgegangen werden darf, einer reformatio in peius der Beschwerdegegnerin nicht im Wege steht (Urteil 8C_144/2010 vom 4. August 2010 E. 6).
3.
Streitig und zu prüfen ist im Weiteren, ob auf - ausserordentlichen administrativen - Kosten resp. Gebühren von insgesamt Fr. 2350.- (für nach Ablauf der Meldefrist mitgeteilte Lohnänderungen, zu spät gemeldete Ein- und Austritte, Mahnungen, ein Fortsetzungsbegehren, ein Konkursbegehren und einen Tilgungsplan; vgl. dazu das der Anschlussvereinbarung vom 26. Mai 2005 angehängte Kostenreglement) Verzugszinsen geschuldet sind.
3.1.
3.1.1. Das Bundesverwaltungsgericht hat dazu erwogen, dass in der beruflichen Vorsorge eine spezialgesetzliche Grundlage zur Erhebung von Verzugszinsen lediglich in Bezug auf Beitragsforderungen bestehe (Art. 66 Abs. 2 Satz 2 BVG), nicht jedoch betreffend Nebenforderungen wie Kosten, denen kein Kapitalschuldcharakter zukomme. Der Verzugszins diene dem Vorteilsausgleich wegen verspäteter Zahlung der Hauptschuld. Nebst dem pauschalen Ausgleich von Zinsgewinn und -verlust bezwecke er, den administrativen Aufwand für die verspätete bzw. nachträgliche Beitragserhebung und für die Erhebung des Verzugszinses selbst abzugelten (<ref-ruling> E. 3.3.2.2 S. 305).
3.1.2. Die Auffangeinrichtung bringt dagegen vor, unter "Beiträge" im Sinne von Art. 66 Abs. 2 BVG würden auch reglementarische Verwaltungskosten fallen. Denn gemäss bundesgerichtlicher Rechtsprechung (<ref-ruling> E. 2f S. 574) beziehe sich Art. 66 BVG nicht nur auf die zu deckenden Risiken, sondern auf die gesamten Aufwendungen der Vorsorgeeinrichtung. Auch wenn es sich bei den Kosten nicht um Beiträge im Sinne von Art. 66 Abs. 2 BVG handeln sollte, könne auf die Kosten und Gebühren ein Verzugszins in Anlehnung an <ref-law> erhoben werden. Hierfür sei die Schuldnerin gemäss <ref-law> durch Mahnung in Verzug zu setzen. Die Auffangeinrichtung legt - unter Auflage neuer Aktenstücke - dar, welche Kosten sie mit welcher Rechnung eingefordert und in Verzug gesetzt hat und bringt dazu vor, Mahnungen für Kosten im Umfang von Fr. 150.- könnten nicht mehr belegt werden, weshalb der Abzug der Vorinstanz in diesem Umfang nicht mehr bestritten werde.
3.2.
3.2.1. Ausgangspunkt für die Frage, ob auf die Kosten und Gebühren Verzugszinsen erhoben werden können, bildet die gesetzliche Grundlage nach Art. 66 Abs. 2 BVG. Danach schuldet der Arbeitgeber der Vorsorgeeinrichtung die gesamten Beiträge. Für nicht rechtzeitig bezahlte Beiträge kann die Vorsorgeeinrichtung Verzugszinsen verlangen. Bei der Gesetzesauslegung ist in erster Linie der Wortlaut der Bestimmung massgebend (<ref-ruling> E. 3 S. 331). Nach dem hier klaren Wortlaut können Verzugszinsen nur auf nicht rechtzeitig bezahlte Beiträge erhoben werden. Triftige Gründe, um davon abzuweichen, lassen sich nicht ausmachen. Wohl umfasst Art. 66 BVG auch Verwaltungskosten (<ref-ruling> E. 2f S. 574). Gemeint sind damit die ordentlichen Verwaltungskosten (Art. 65 Abs. 3 BVG i.V.m. Art. 48a BVV2), welche im Sinne von Art. 66 Abs. 1 BVG (ebenfalls) paritätisch zu leisten und durch die Beiträge der Arbeitnehmer und Arbeitgeber zu finanzieren sind. Davon gerade nicht erfasst sind die hier zur Diskussion stehenden Kosten, bei denen es sich um ausserordentliche administrative Umtriebe handelt, die hier einzig und allein zu Lasten der Arbeitgeberin gehen (so denn auch ausdrücklich Ziffer 4 Abs. 5 und 8 der Anschlussvereinbarung vom 26. Mai 2005; vgl. auch das der Anschlussvereinbarung angehängte Kostenreglement). Ausserdem sind in den Materialien zu Art. 66 BVG keine Hinweise darauf zu finden, dass der Gesetzgeber im Rahmen von Art. 66 Abs. 2 BVG die Erhebung von Verzugszinsen auf etwas anderes als auf Beiträge (im vorgenannten Sinne) zulassen wollte (Botschaft des Bundesrates an die Bundesversammlung zum Bundesgesetz über die berufliche Alters-, Hinterlassenen- und Invalidenvorsorge [vom 19. Dezember 1975], BBl 1976 I 226 und 292; Protokoll der Sitzung [Kommission des Nationalrates] vom 13. und 14. Mai 1976 S. 81; Protokoll der Sitzung [Kommission des Ständerates] vom 30. Mai bis 1. Juni 1979 S. 54 ff., vom 10. und 11. September 1979 S. 14 f. sowie vom 7. und 8. Januar 1980 S. 80; Amtliches Bulletin der Bundesversammlung [AB] N vom 5. Oktober 1977 S. 1308 ff.; AB S vom 10. Juni 1980 S. 267 f.; AB S vom 12. Juni 1980 S. 314 f.; AB N vom 29. September 1981 S. 1102 ff.; AB S vom 26. Januar 1982 S. 22).
Zusammengefasst ergibt sich aus Art. 66 Abs. 2 BVG kein Anspruch auf Verzugszins in Bezug auf die geltend gemachten (ausserordentlichen) Kosten resp. Gebühren. Ebenso wenig belässt er Raum für das (subsidiäre) Heranziehen von <ref-law>.
3.2.2. Anzumerken bleibt, dass sich die aufgezeigte Rechtslage (zutreffend) auch in Ziffer 4 Abs. 7 der Anschlussvereinbarung vom 26. Mai 2005 findet. Danach ist ein Verzugszins unmissverständlich und ausschliesslich auf ausstehenden Beiträgen vorgesehen. Dem Arbeitgeber in Kosten gestellte ausserordentliche administrative Umtriebe, sei es hinsichtlich der Durchführung der Vorsorge als auch betreffend das Inkasso, bilden Forderungen, denen pönaler Charakter zukommt. Sie dienen der (pauschalen) Begleichung eines konkret entstandenen Mehraufwandes und sollen nicht weiter ausgeglichen werden. Die Beschwerde ist daher auch aufgrund dieser Vereinbarung unbegründet. Schliesslich ist darauf aufmerksam zu machen, dass sich das Urteil 9C_488/2018 vom 18. Januar 2019 insoweit vom vorliegenden unterscheidet, als dort eine "Schuldanerkennung Tilgungsplan" im Vordergrund gestanden hat, eine solche hier nicht ansatzweise thematisiert oder ersichtlich ist.
4.
Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend hat die Beschwerdeführerin die Gerichtskosten zu tragen (<ref-law>). Die Beschwerdegegnerin hat sich nicht vernehmen lassen, weshalb ihr keine Parteientschädigung zuzusprechen ist (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen.
2.
Die in Dispositiv-Ziffer 1 des Entscheids des Bundesverwaltungsgerichts vom 6. Februar 2019 enthaltene Ziffer (römisch) II und Dispositiv-Ziffer 2 des nämlichen Entscheids sowie Dispositiv-Ziffer II der Verfügung der Stiftung Auffangeinrichtung BVG vom 28. November 2017 werden von Amtes wegen aufgehoben.
3.
Die Gerichtskosten von Fr. 5000.- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
4.
Die Sache wird zur Neuverlegung der Kosten des vorangegangenen Verfahrens an das Bundesverwaltungsgericht zurückgewiesen.
5.
Dieses Urteil wird den Parteien, dem Bundesverwaltungsgericht, der Oberaufsichtskommission Berufliche Vorsorge OAK BV und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 2. März 2020
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Parrino
Die Gerichtsschreiberin: Huber