Fatti:
A.
A.a. Il Consiglio di Stato del Cantone Ticino ha nominato l'11 gennaio 2011 A._, nata nel 1981, come Segretaria assessore giurista dal 1° febbraio 2011 presso la Pretura di Lugano e l'ha iscritta nella classe 30a con 4 aumenti. Il 4 febbraio 2016 l'allora Presidente della Pretura di Lugano, Pretore Francesco Trezzini, ha iscritto retroattivamente A._ nella classe 32a con 5 aumenti dal 1° febbraio 2011, per eliminare la disparità salariale con altri colleghi neoassunti.
A.b. Il 23 gennaio 2017 il Gran Consiglio del Cantone Ticino ha promulgato una nuova legge sugli stipendi degli impiegati dello Stato e dei docenti, la quale è entrata in vigore il 1° gennaio 2018 (LStip/TI, RL 173.300). A._, invitata a formulare osservazioni alla proposta di nuova classificazione secondo la LStip/TI, si è espressa il 27 ottobre 2017 rilevando che al 31 dicembre 2017 avrebbe dovuto essere inserita nella classe 32a con 11 anziché con 10 aumenti. Il 13 novembre 2017 il Pretore Trezzini ha rettificato la precendete decisione del 4 febbraio 2016, inserendo A._ nella 32a classe con 6 aumenti retroattivamente alla data dell'assunzione.
A.c. Il 28 settembre 2018 il Presidente della Pretura di Lugano, carica nel frattempo assunta dal Pretore Matteo Pedrotti, ha emanato una decisione con la quale ha inserito A._ nella nuova classe 10a con 9 aumenti quale Segretaria assessore II dal 1° gennaio 2018. Il Presidente della Pretura ha ritenuto che A._ non potesse dedurre alcun diritto dalla decisione del 13 novembre 2017. Quel provvedimento sarebbe stato emanato da un'autorità incompetente, poiché a quel momento il Pretore Trezzini non era più Presidente della Pretura di Lugano. Per questa ragione l'aggancio alla nuova classe salariale secondo la LStip/TI è avvenuto, partendo dalla carriera professionale definita con la decisione del 4 febbraio 2016.
B.
Il 13 agosto 2020 la Commissione di ricorso sulla magistratura del Cantone Ticino ha respinto il ricorso di A._ contro la decisione del Presidente della Pretura di Lugano.
C.
A._ presenta un ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale, chiedendo in via principale l'annullamento del giudizio impugnato e l'attribuzione secondo la LStip/TI nella nuova classe 10a con 10 aumenti retroattivamente dal 1° gennaio 2018. In via subordinata, postula il rinvio alla Commissione di ricorso per nuovo giudizio o che sia accolto il ricorso sussidiario in materia costituzionale.
Chiamati ad esprimersi, il Presidente della Pretura di Lugano chiede la reiezione del ricorso, mentre la Commissione di ricorso sulla magistratura non formula nessuna osservazione e si rimette al giudizio del Tribunale federale.

Diritto:
1.
1.1. A norma dell'<ref-law> in materia patrimoniale il ricorso in materia di diritto pubblico è inammissibile nel campo dei rapporti di lavoro di diritto pubblico, se il valore litigioso è inferiore a fr. 15'000.-. Nel giudizio della Corte cantonale e nel ricorso viene esposto come sulla base della differenza tra le due situazioni salariali e l'eventuale obbligo di restituzione degli importi ricevuti il limite di fr. 15'000.- è superato (<ref-law>). Non vi sono motivi per scostarsene. La condizione dell'<ref-law> è quindi adempiuta.
1.2. A norma dell'art. 65 della legge ticinese del 15 marzo 1995 sull'ordinamento degli impiegati dello Stato e dei docenti (LORD/TI; RL 173.100) contro le decisioni delle istanze subordinate e dei Municipi è dato ricorso al Consiglio di Stato. Secondo l'art. 66 cpv. 1 LORD/TI contro le decisioni del Consiglio di Stato (in prima istanza o su ricorso) è dato ricorso al Tribunale cantonale amministrativo. Invece, per l'art. 66 cpv. 2 LORD/TI contro le decisioni del Tribunale di appello, del Ministero pubblico e delle altre Magistrature permanenti è dato ricorso alla Commissione di ricorso sulla magistratura. Sono applicabili le norme sul ricorso al Tribunale cantonale amministrativo secondo la legge ticinese sulla procedura amministrativa del 24 settembre 2013 della legge ticinese del sulla procedura amministrativa (LPAmm/TI; RL 165.100). La pronuncia impugnata è una decisione finale (<ref-law>) ed è stata resa dalla Commissione di ricorso sulla magistratura, la quale può essere considerata un tribunale superiore cantonale (<ref-law>; cfr. in dettaglio sentenza 2D_48/2015 del 1 agosto 2016 consid. 1.2), contro una decisione di una magistratura permanente, ossia del Presidente della Pretura di Lugano.
1.3. Posto che il ricorso della ricorrente può essere tratto come ricorso in materia di diritto pubblico, il ricorso sussidiario in materia costituzionale (art. 113 segg. LTF) presentato in via subordinata deve essere dichiarato inammissibile (sentenza 8C_440/2017 del 25 giugno 2018 consid. 2, non pubblicato in <ref-ruling>, ma in SVR 2018 IV n. 67 pag. 213 ff.).
2.
2.1. Il ricorso in materia di diritto pubblico (<ref-law>) può essere presentato per violazione del diritto, conformemente a quanto stabilito dagli art. 95 e 96 LTF. Per quanto attiene invece all'accertamento dei fatti operato dal giudice precedente, esso può essere censurato unicamente se è avvenuto in modo manifestamente inesatto oppure in violazione del diritto ai sensi dell'<ref-law> e se l'eliminazione del vizio può essere determinante per l'esito del procedimento (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 1.6 pag. 144 seg.).
2.2. La violazione del diritto cantonale non costituisce motivo di ricorso. Tuttavia è possibile fare valere che l'errata applicazione del diritto cantonale costituisce una violazione del diritto federale - in particolare perché arbitraria ai sensi dell'<ref-law> - o di una disposizione direttamente applicabile del diritto internazionale. Secondo giurisprudenza l'arbitrio non si realizza già qualora la soluzione proposta con il ricorso possa apparire sostenibile o addirittura preferibile a quella contestata; il Tribunale federale annulla la pronuncia criticata solo se il giudice del merito ha emanato un giudizio che appare - e ciò non solo nella motivazione bensì anche nell'esito - manifestamente insostenibile, in aperto contrasto con la situazione reale, gravemente lesivo di una norma o di un principio giuridico chiaro e indiscusso oppure in contraddizione urtante con il sentimento della giustizia e dell'equità (<ref-ruling> consid. 4.2 pag. 516; <ref-ruling> consid. 6.2 pag. 239).
2.3. Laddove è invocata la violazione di diritti fondamentali o di norme del diritto cantonale, nonché l'arbitrio nell'accertamento dei fatti, il Tribunale federale esamina soltanto le censure motivate in modo chiaro e preciso (<ref-law>). Le esigenze di motivazione in queste evenienze sono accresciute e i ricorrenti devono esporre in maniera chiara e dettagliata, confrontandosi puntualmente con i considerandi del giudizio impugnato, in quale misura sarebbero violati i loro diritti fondamentali (<ref-ruling> consid. 2.2 pag. 232; <ref-ruling> consid. 2.2 pag. 69).
2.4. A norma dell'<ref-law> possono essere addotti dinanzi al Tribunale federale nuovi fatti e nuovi mezzi di prova soltanto se ne dà motivo la decisione dell'autorità inferiore. Se tale eventualità sia realizzata deve essere esposta nel ricorso (cfr. <ref-law>). L'atto di nomina di una collaboratrice amministrativa emesso con decisione del 25 giugno 2020 del Pretore Trezzini è un nova e perciò non può essere considerato. La ricorrente non espone in alcun modo perché non le sarebbe stato possibile addurre questa prova già davanti all'autorità inferiore.
3.
Oggetto del contendere è sapere se il giudizio cantonale che conferma la decisione del Presidente della Pretura di Lugano concernente l'inserimento della ricorrente nella nuova classe 10a con 9 aumenti dal 1° gennaio 2018 sia lesivo del diritto federale, in modo particolare dei diritti fondamentali.
4.
4.1. La Commissione di ricorso sulla magistratura ha ritenuto che decisivo è se il Presidente della Pretura di Lugano poteva con la decisione impugnata dichiarare nulla la decisione emanata il 13 novembre 2017 dal suo collega Pretore della Sezione X. A quel momento il Pretore Trezzini non era più Presidente della Pretura di Lugano. Il Regolamento delle Preture dell'11 novembre 2003 (RL 177.120) è silente sulla competenza in materia di nomina dei funzionari, di modo che è rilevante solo l'art. 33 cpv. 2 della legge ticinese del del 10 maggio 2006 sull'organizzazione giudiziaria (LOG/TI; RL 177.100). In base a quest'ultima norma solo il Presidente della Pretura del Distretto di Lugano (rispettivamente il vicepresidente in caso di urgenza od di un'assenza prolungata del titolare) è competente per la direzione dell'ufficio giudiziario e di conseguenza per le decisioni relative alla carriera professionale dei funzionari attribuiti a quella Pretura. La decisione del 13 novembre 2017 è stata emanata dal Pretore Trezzini nella sua qualità di titolare della Sezione X e non più in qualità di Presidente della Pretura del Distretto di Lugano. L'incompetenza sarebbe quindi stata manifesta alla semplice lettura delle norme applicabili. Si è trattato quindi di stabilire se la decisione del 13 novembre 2017 fosse nulla per tale vizio oppure fosse comunque valida, siccome non contestata nei termini di legge ed eseguita dall'Amministrazione cantonale, come sostiene la ricorrente. Richiamata la costante giurisprudenza del Tribunale federale, la Commissione di ricorso ha ricordato che la decisione emanata da un'autorità incompetente è nulla e la nullità deve essere rilevata d'ufficio in ogni momento. Il Presidente della Pretura di Lugano con decisione del 29 settembre 2018 (recte: 28 settembre) poteva e doveva quindi constatare la nullità della decisione del 13 novembre 2017. A giusta ragione pertanto l'inserimento della ricorrente nel nuovo sistema salariale del Cantone è avvenuto sulla base della carriera professionale scaturente dalla decisione del 4 febbraio 2016, pacificamente emanata dall'allora Presidente della Pretura di Lugano.
4.2. La ricorrente ritiene che il giudizio impugnato sia insostenibile perché si fonderebbe sull'arbitraria interpretazione degli art. 2 lett. c LORD/TI e dell'art. 33 cpv. 2 LOG/TI. Le citate disposizioni non attribuirebbero al Presidente della Pretura di Lugano la funzione di nomina. L'autorità di nomina sarebbe unicamente il Pretore della relativa Sezione. Infatti ogni Pretore sceglie, dopo le consuete audizioni in seguito alla pubblicazione di concorsi, il proprio personale amministrativo, dal personale di cancelleria (segretariato) al personale giuridico (Segretari assessori). Non è il Presidente ad operare questa scelta. Ciascun Pretore deciderebbe quindi del suo organico in piena autonomia. Non sarebbe per niente giusto né tollerato che a Lugano, unicamente perché vi sono 6 Sezioni, il Presidente della Pretura proceda alle audizioni e alla scelta del personale dei propri colleghi. La conclusione a cui giunge la Commissione di ricorso sulla magistratura sarebbe pertanto arbitraria e fantasiosa. La legge non conferirebbe al Presidente nemmeno la facoltà di decidere sulla nullità di una decisione giudiziale. I presupposti per annullare la decisione del 13 novembre 2017 non sarebbero adempiuti. La Divisione delle risorse umane del Cantone Ticino avrebbe esplicitamente accettato la decisione del 13 novembre 2017. Il presunto errore non sarebbe nemmeno stato rilevato da tutti gli altri enti statali coinvolti e conseguentemente non potrebbe certo essere considerato una lacuna grave e riconoscibile. Secondo la ricorrente sarebbe stata messa in discussione anche la sicurezza del diritto. La ricorrente sostiene inoltre che non sarebbe stato minimamente analizzato il quesito a sapere quando un atto amministrativo può essere ritenuto nullo. Quand'anche si volesse ritenere che il Presidente della Pretura sia l'autorità competente, questa carenza non sarebbe in ogni modo atta a generare la nullità dell'atto del 13 novembre 2017. A maggior ragione se tale atto è passata in giudicato. La decisione impugnata risulterebbe arbitraria quindi anche nel suo esito.
5.
5.1. A norma dell'art. 2 lett. c LORD/TI il conferimento della nomina e dell'incarico è di competenza del Tribunale di appello, del Ministero pubblico e delle altre Magistrature permanenti per i propri dipendenti. L'art. 32 cpv. 2 LOG/TI prescrive che nel Distretto di Lugano vi è una Pretura (unica), con sede a Lugano, nella quale vi sono sei pretori e quattro pretori aggiunti; essa è presieduta da un pretore. Secondo l'art. 33 LOG/TI il Pretore dirige la Pretura, vigila sul buon funzionamento dell'ufficio e ripartisce le cause (cpv. 1). Nella Pretura del Distretto di Lugano, il presidente dirige la Pretura, attribuisce i pretori aggiunti e i funzionari, ripartisce le cause, decide l'uso delle risorse ed è responsabile dell'organizzazione della pretura; il vicepresidente sostituisce il presidente in caso di urgenza o di sua assenza prolungata; il presidente e il vicepresidente sono nominati dal Collegio dei Pretori al suo interno (cpv. 2). Il Consiglio di Stato disciplina mediante regolamento l'organizzazione e la ripartizione delle cause della pretura di Lugano (cpv. 3). L'art. 1 del Regolamento delle Preture ripete ancora che la Pretura è diretta da un Pretore. Egli è responsabile del buon funzionamento dell'ufficio. Giusta l'art. 9 del Regolamento la Pretura del Distretto di Lugano è suddivisa in sei Sezioni. Ciascun Pretore dirige una Sezione.
5.2. Contrariamente alla tesi della ricorrente la Commissione di ricorso sulla magistratura non è caduta nell'arbitrio con la sua interpretazione delle norme citate. Ella ha considerato che il Regolamento delle Preture è silente sulla competenza in materia di nomina dei funzionari. Per questo motivo ha concluso che è rilevante solo l'art. 33 cpv. 2 LOG/TI, in base al quale norma solo il Presidente della Pretura del Distretto di Lugano (rispettivamente il vicepresidente in caso di urgenza o di un'assenza prolungata del titolare) è competente per la direzione dell'ufficio giudiziario e di conseguenza per le decisioni relative alla carriera professionale dei funzionari attribuiti all'intera Pretura. Certo, un chiaro riparto delle competenze interne stabilito dalla legge sarebbe stato preferibile. Tuttavia, contrariamente all'opinione della ricorrente l'interpretazione della legge cantonale svolta dalla Commissione di ricorso sulla magistratura non si rivela arbitraria anche se a causa dell'imprecisione dell'intera normativa sarebbero possibili anche altre soluzioni: tale competenza potrebbe anche essere individuata nel Collegio dei Pretori o nei singoli Pretori di ciascuna Sezione. Del resto, nelle altre nove Preture del Cantone Ticino ogni Pretore è competente per l'assunzione del personale dell'ufficio giudiziario (cfr. invece per esempio art. 15 cpv. 1 lett. b e f e art. 17 cpv. 4 lett. c LTF). Però, come è stato esposto (consid. 2.2), secondo giurisprudenza l'arbitrio non si realizza già qualora la soluzione proposta con il ricorso possa apparire sostenibile o addirittura preferibile a quella contestata, ma soltanto se essa è insostenibile non solo nella motivazione, ma anche nel suo risultato.
6.
6.1. Accanto all'impugnabilità (o annullabilità) di una decisione, la nullità è una delle due conseguenze possibili per atti amministrativi viziati, la quale è - anche in assenza di un'esplicita base legale nelle leggi di procedura amministrativa - riconosciuta in maniera unanime dalle normative federali e cantonali (cfr. art. 63 cpv. 1 LPAmm/TI; sentenza 8C_7/2020 del 3 novembre 2020 consid. 6.2.3.2; cfr. anche giudizio del Tribunale amministrativo del Cantone Ticino 52.2016.431 del 24 aprile 2018 consid. 3.1; sul tema nell'insieme si veda: PETER SALADIN, Die sogenannte Nichtigkeit von Verfügungen, Festschrift für Ulrich Häfelin zum 65. Geburtstag, 1989, pag. 539 segg.; MARCO BORGHI/GUIDO CORTI, Compendio di procedura amministrativa ticinese, 1997, pag. 208 seg.).
6.2. Di regola gli atti amministrativi non sono nulli, ma sono soltanto impugnabili e sono considerati validi se questi non sono impugnati. Per giurisprudenza, una decisione è nulla quando il vizio è particolarmente grave e sia riconoscibile con evidenza o perlomeno con una certa facilità (cosiddetta Evidenztheorie). L'accertamento della nullità non deve inoltre mettere in pericolo in modo serio la sicurezza del diritto. Quali motivi di nullità entrano innanzitutto in considerazione gravi errori di procedura, come l'incompetenza dell'autorità amministrativa; errori relativi al merito di una decisione comportano la sua nullità unicamente in casi eccezionali (<ref-ruling> consid. 7.6 pag. 184; <ref-ruling> consid. 4; <ref-ruling> consid. 3.1; sentenze 8C_7/2020 del 3 novembre 2020 consid. 6.2.3.2; 2C_364/2020 del 30 ottobre 2020 consid. 4.1). I requisiti per la nullità secondo la teoria dell'evidenza devono essere adempiuti cumulativamente (sentenza 8C_7/2020 del 3 novembre 2020 consid. 6.2.3.2 e 6.2.3.6). Secondo dottrina e giurisprudenza, l'incompetenza funzionale e materiale costituiscono un vizio grave, che comporta la nullità dell'atto amministrativo, salvo che l'autorità che lo abbia emanato fruisca, nel campo in questione, di un potere decisionale generale oppure che sia compromessa la sicurezza del diritto (DTF <ref-ruling> consid. 4 pag. 440; <ref-ruling> consid. 2.4.3; <ref-ruling> consid. 3g pag. 47 seg.; HÄFELIN/MÜLLER/UHLMANN, Allgemeines Verwaltungsrecht, 2020, nota marginale n. 1105). Di principio la nullità, ossia l'assenza di qualsiasi forza obbligatoria per una decisione, deve essere rilevata in ogni momento e d'ufficio dall'autorità adita, quindi anche dal Tribunale federale (DTF <ref-ruling> consid. 3 pag. 438; <ref-ruling> consid. 2.4.3 pag. 226; sentenza 2C_364/2020 del 30 ottobre 2020 consid. 4.1).
6.3. Le critiche della ricorrente non tengono conto della particolare organizzazione della Pretura di Lugano. Infatti, non si può concludere che il Pretore (o anche più in generale un magistrato dell'ordine giudiziario) abbia un potere decisionale generale in materia di personale. Anzi, di regola è un'autorità amministrativa a fungere da autorità di nomina (art. 2 cpv. 1 LORD/TI). È vero che nelle altre Preture è il singolo titolare a statuire sul personale sottoposto, ma questa circostanza è motivata dal fatto che si tratta di giurisdizioni separate e il magistrato titolare assume il ruolo di direzione della Pretura (art. 33 cpv. 1 LOG/TI). La sicurezza del diritto non è messa in alcun modo in dubbio dalla nullità della decisione del Pretore Trezzini del 13 novembre 2017 siccome sin dall'inizio il Pretore Pedrotti, allora Presidente della Pretura di Lugano, aveva eccepito l'incompetenza ([la decisione] "non è stata discussa e non è passata dalla presidenza"; messaggio di posta elettronica del 16 gennaio 2018). La Commissione di ricorso senza arbitrio poteva concludere in tal senso. Anche in questo caso non si può ravvisare alcuna lesione dei diritti fondamentali.
7.
7.1. Dal principio generale dell'uguaglianza giuridica ancorato all'<ref-law> deriva in generale per il datore di lavoro di diritto pubblico l'obbligo di retribuire il medesimo impiego con lo stesso salario. Nei limiti del divieto dell'arbitrio (<ref-law>), le autorità cantonali godono di un grande margine di apprezzamento, in particolare per quanto attiene gli aspetti organizzativi e retributivi (<ref-ruling> consid. 5.2 pag. 67). In tale contesto il principio della parità di trattamento e del divieto dell'arbitrio sono chiaramente legati. La disparità si rivela essere una forma qualificata di arbitrio (sentenza 2P.70/2004 del 17 gennaio 2005 consid. 2.2). Il giudice deve osservare un particolare riserbo quando si tratta di confrontare non solo due dipendenti, ma di valutare un intero sistema salariale. Infatti, modificando una situazione, il giudice arrischierebbe di creare successivamente ulteriori disuguaglianze (<ref-ruling> consid. 3.2 pag. 165; <ref-ruling> consid. 6b pag. 8; cfr. nel dettaglio sentenza 8C_104/2019 del 29 agosto 2019 consid. 5.1).
7.2. Modifiche del sistema nella scala salariale dei dipendenti pubblici possono avere come conseguenza quella che due o più funzionari con la medesima mansione siano retribuiti diversamente. Contrariamente all'assunto della ricorrente, tale situazione non è ancora lesiva per questo semplice motivo del principio della parità di trattamento, a condizione che la differenza sia contenuta entro limiti ragionevoli (<ref-ruling> consid. 5d pag. 258). L'ammissibilità di differenze salariali, purché basata su ragioni oggettive, è in definitiva una questione di misura (<ref-ruling> consid. 6 pag. 330; per una casistica si veda sentenza citata 8C_104/2019 consid. 5.3). Al di là della retorica, la ricorrente non tenta in alcuna maniera di dimostrare una disparità di trattamento nel merito del suo trattamento salariale (consid. 2.3). Ella si limita a evocare nel ricorso la collega Segretaria assessora B._, senza illustrare in alcun modo la sua situazione professionale, i propri anni di esperienza e l'ottenimento di un CAS, ma senza dimostrare una disparità di trattamento nel senso della giurisprudenza. Anche in questo caso il ricorso si dimostra infondato.
8.
Ne discende che il ricorso deve essere respinto. Le spese giudiziarie seguono la soccombenza (<ref-law>).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1.
Il ricorso è respinto.
2.
Le spese giudiziarie di fr. 1'000.- sono posto a carico della ricorrente.
3.
Comunicazione alle parti e alla Commissione di ricorso sulla magistratura del Cantone Ticino.