Faits :
A.
A._ SA (ci-après: l'entreprise), dont le siège social est à U._, a pour but statutaire de "réaliser des prestations de services, de conseils, d'assistance technique, de veille et d'expertise dans les domaines des analyses chimiques, des contrôles métallographiques, horlogers, microtechniques ainsi que des essais de vieillissement". Les travailleurs qu'elle emploie sont assurés contre les accidents auprès d'Axa Winterthur.
En octobre 2015, la Caisse nationale suisse d'assurance en cas d'accidents (CNA) a ouvert une procédure visant à déterminer si les travailleurs de l'entreprise étaient assurés obligatoirement auprès d'elle. Après instruction et par décision du 22 août 2017, confirmée sur opposition le 6 novembre 2017, elle a déclaré soumettre à l'assurance obligatoire auprès d'elle l'ensemble de l'entreprise à compter du 1 er janvier 2018 et l'a attribuée à la classe 62B (Bureau d'architecture et d'ingénieurs).
B.
Par jugement du 29 novembre 2019, le Tribunal administratif fédéral a admis le recours interjeté par l'entreprise contre la décision sur opposition du 6 novembre 2017 en ce sens qu'il a annulé cette décision et renvoyé la cause à la CNA pour complément d'instruction au sens des considérants et nouvelle décision. Il a considéré en bref que l'entreprise ne pouvait pas être affiliée obligatoirement auprès de la CNA sur la base de l'art. 66 al. 1 let. m LAA et que la CNA devrait examiner, après instruction complémentaire, si elle pouvait l'être sur la base de l'art. 66 al. 1 let. e LAA, voire de l'art. 66 al. 1 let. f LAA.
C.
La CNA interjette un recours en matière de droit public contre ce jugement, en concluant à son annulation en tant qu'il exclut un assujettissement obligatoire de l'entreprise fondé sur l'art. 66 al. 1 let. m LAA et à la confirmation de la décision sur opposition du 6 novembre 2017.
L'intimée conclut principalement à l'irrecevabilité du recours et subsidiairement à son rejet. Le Tribunal administratif fédéral renonce à prendre position sur le recours. L'Office fédéral de la santé publique ne s'est pas déterminé.

Considérant en droit :
1.
1.1. Le jugement attaqué a été rendu par le Tribunal administratif fédéral (art. 86 al. 1 let. a LTF) dans une cause de droit public (art. 82 let. a LTF) qui ne tombe pas sous le coup des exceptions de l'art. 83 LTF, de sorte qu'il peut en principe faire l'objet d'un recours en matière de droit public devant le Tribunal fédéral (arrêt 8C_817/2010 du 12 avril 2011 consid. 1, non publié in <ref-ruling>).
1.2. Le recours est recevable contre les décisions finales, à savoir contre les décisions qui mettent fin à la procédure (art. 90 LTF), et contre les décisions partielles, soit celles qui statuent sur un objet dont le sort est indépendant de celui qui reste en cause (art. 91 let. a LTF) ou qui mettent fin à la procédure à l'égard d'une partie des consorts (art. 91 let. b LTF). Les décisions préjudicielles et incidentes autres que celles concernant la compétence ou les demandes de récusation (cf. art. 92 LTF) ne peuvent faire l'objet d'un recours que si elles peuvent causer un préjudice irréparable (art. 93 al. 1 let. a LTF) ou si l'admission du recours peut conduire immédiatement à une décision finale qui permet d'éviter une procédure probatoire longue et coûteuse (art. 93 al. 1 let. b LTF).
1.3. En règle générale, une décision de renvoi ne met pas fin à la procédure (<ref-ruling> consid. 1.2 p. 283; <ref-ruling> consid. 2 p. 284) et n'est pas non plus de nature à causer un préjudice irréparable aux parties, le seul allongement de la durée de la procédure ou le seul fait que son coût s'en trouve augmenté n'étant pas considéré comme constitutif d'un tel dommage (<ref-ruling> consid. 5.2.1 et 5.2.2 p. 483). Néanmoins, si l'arrêt de renvoi ne laisse aucune latitude de jugement à l'autorité administrative appelée à statuer (à nouveau), il est assimilé à une décision finale et peut, de ce fait, faire l'objet d'un recours en matière de droit public (<ref-ruling> consid. 1.2 précité; <ref-ruling> consid. 1.1 p. 143; arrêt 9C_611/2015 du 8 mars 2016 consid. 1.2). Lorsque l'autorité administrative à laquelle la cause est renvoyée dispose de la qualité pour recourir au Tribunal fédéral, elle doit également pouvoir attaquer un arrêt de renvoi lui enjoignant de rendre une décision qu'elle juge contraire au droit; à défaut, elle subirait en effet un préjudice irréparable au sens de l'art. 93 al. 1 let. a LTF, étant contrainte de rendre une décision qu'elle considère comme contraire au droit sans pouvoir ensuite la remettre en cause devant l'autorité de recours, respectivement devant le Tribunal fédéral (<ref-ruling> consid. 1 p. 379 s.; <ref-ruling> consid. 1.2 p. 28 s.).
En l'espèce, le jugement attaqué s'analyse comme une décision de renvoi qui, en tant qu'elle interdit à la CNA de retenir l'art. 66 al. 1 let. m LAA comme base d'affiliation obligatoire de l'intimée, est susceptible de lui causer un préjudice irréparable en la contraignant - si les autres bases possibles d'affiliation obligatoire devaient être écartées - à rendre une décision qu'elle considère comme contraire au droit. En effet, elle ne pourrait alors pas attaquer sa propre décision devant le Tribunal administratif fédéral, faute de lésion formelle (formelle Beschwer), et l'intimée n'aurait quant à elle pas de raison de porter devant cette instance une décision qui lui serait favorable, de sorte que la fausse application du droit ne pourrait en définitive pas être corrigée (ATF <ref-ruling> consid. 1.2 précité; <ref-ruling> précité consid. 5.2.4 p. 484 s.).
1.4. Il convient dès lors d'entrer en matière sur le recours, qui a été formé en temps utile (art. 100 al. 1 LTF) et dans les formes requises (art. 42 LTF).
2.
Le jugement attaqué ne concernant pas l'octroi ou le refus de prestations en espèces de l'assurance-accidents (cf. art. 105 al. 3 LTF), le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF). Il ne peut s'en écarter que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (art. 105 al. 2 LTF). En l'espèce, la recourante se réfère à l'état de fait du jugement attaqué, qu'elle ne remet pas en cause, si bien que c'est à la lumière des faits ainsi établis qu'il sera statué.
3.
Est litigieuse la question de savoir si l'intimée est soumise à l'obligation de s'assurer auprès de la CNA sur la base de l'art. 66 al. 1 let. m LAA. Sur le plan temporel, le Tribunal administratif fédéral a rappelé la pratique - qui n'est pas contestée dans le cas d'espèce - selon laquelle l'assujettissement obligatoire à la CNA ne déploie pas d'effet jusqu'au moment où la décision contestée portant sur le principe de l'assujettissement entre en force; ainsi, lorsque l'assujettissement est confirmé, il appartient à la CNA de rendre une nouvelle décision tenant compte des conditions d'assurance applicables à l'entrée en vigueur du contrat d'assurance.
4.
4.1.
4.1.1. L'art. 66 al. 1 LAA énumère les entreprises et administrations dont les travailleurs sont assurés obligatoirement auprès de la CNA. Chargé de désigner de manière détaillée les entreprises soumises à l'obligation de s'assurer auprès de la CNA (cf. art. 66 al. 2 LAA), le Conseil fédéral a fait usage de cette compétence en édictant les art. 73 ss OLAA (RS 832.202). Comme l'a relevé à bon droit le Tribunal administratif fédéral, pour déterminer si une entreprise doit ou non être assurée de manière obligatoire auprès de la CNA, la loi impose de procéder préalablement à certaines distinctions, dont la première consiste à se demander si l'on est en présence d'une entreprise unitaire, par opposition à une entreprise composite. Est une entreprise unitaire celle qui se consacre essentiellement à des activités appartenant à un seul domaine; elle présente donc un caractère homogène ou prédominant, par exemple en tant qu'entreprise de construction, entreprise commerciale, société fiduciaire, etc., et n'exécute essentiellement que des travaux qui relèvent du domaine d'activité habituel d'une entreprise de ce genre. En présence d'une entreprise unitaire, celle-ci est soumise, avec tout son personnel, à l'assurance obligatoire auprès de la CNA, pour autant qu'elle entre dans le champ d'application des entreprises énumérées à l'art. 66 al. 1 LAA (<ref-ruling> consid. 3.1 p. 115 s. et les arrêts cités).
4.1.2. En l'espèce, il n'est pas contesté que l'intimée est une entreprise unitaire, dès lors qu'elle n'effectue que des tâches relevant de son domaine d'activité, à savoir mener des analyses et essais dans les domaines horloger, métallographique et chimique.
4.2.
4.2.1. Aux termes de l'art. 66 al. 1 let. m LAA, sont assurés à titre obligatoire auprès de la CNA les travailleurs des entreprises de préparation, de direction ou de surveillance techniques des travaux mentionnés aux lettres b à l. La lettre e, à laquelle il est notamment fait renvoi, concerne les entreprises qui travaillent avec des machines le métal, le bois, le liège, les matières synthétiques, la pierre ou le verre, ainsi que les fonderies. La lettre f concerne quant à elle les entreprises qui produisent, emploient en grande quantité ou ont en dépôt en grande quantité des matières inflammables, explosibles ou pouvant entraîner des maladies professionnelles.
4.2.2. Selon la jurisprudence, l'art. 66 al. 1 let. m LAA vise notamment les bureaux techniques divers, par exemple un bureau d'ingénieur ou un bureau d'architecte, dès lors qu'ils s'occupent de la réalisation d'un projet déterminé, en établissant des plans concrets; la notion de bureaux techniques s'oppose à celle de bureaux d'études qui ne s'occupent que d'études et de calculs, sans obligation par rapport à un projet concret, dans les domaines de la recherche, du développement, de l'aménagement du territoire, etc. (arrêts du Tribunal fédéral des assurances [actuellement Cours de droit social du Tribunal fédéral] U 416/05 du 25 janvier 2006 consid. 3.4 et la référence; U 484/05 du 9 juin 2006 consid. 3.2.1). Il s'agit dans le cas des bureaux d'études principalement de modèles de pensées, de déclarations de mission ou de variantes qui servent d'orientation préliminaire ou de base de décision pour la direction de l'entreprise, les autorités ou les commissions; le produit d'un bureau d'études ne peut ainsi généralement être utilisé qu'indirectement, car il doit être concrétisé et adapté aux besoins d'un client spécifique pour pouvoir être mis en oeuvre dans la pratique; l'assurance des travailleurs de tels bureaux d'études ne tombe pas dans le domaine d'activité de la CNA (RAMA 1988 n° U 51 p. 289 consid. 4d; arrêt U 484/05 consid. 3.2.1 précité).
4.2.3. La distinction entre bureaux techniques et bureaux d'études ne vaut pas seulement pour les bureaux d'ingénieur ou d'architecte. Ainsi, le Tribunal fédéral des assurances a considéré que les prestations d'une entreprise qui effectue des travaux de coordination, de planification et de surveillance pour des exploitants de réseaux électriques ne consistent pas à apporter des connaissances de base, mais à fournir des solutions spécifiques dans le contrôle du réseau électrique, de sorte qu'il s'agit d'une entreprise visée par l'art. 66 al. 1 let m LAA en relation avec l'art. 66 al. 1 let. l LAA. Il a précisé qu'il importe peu que l'activité en question conduise à des propositions non contraignantes, dès lors que le pouvoir de donner des instructions n'est pas requis pour les opérations visées par l'art. 66 al. 1 let. m LAA (arrêt U 92/02 du 13 septembre 2002 consid. 3).
Dans le même arrêt, le Tribunal fédéral des assurances a rappelé que le fait que les employés des bureaux techniques ne sont pas exposés aux mêmes risques accrus que ceux des entreprises mentionnées aux lettres b à l de l'art. 66 al. 1 LAA est sans pertinence; en effet, le critère des risques inhérents aux entreprises, qui prévalait sous le régime de la LAMA, n'est pas pertinent sous l'empire de la LAA, dont la réglementation sur la soumission n'a plus une fonction sociale, mais purement économique (arrêt U 92/02 consid. 3 précité et les références à la RAMA 1988 n° U 51 p. 289 consid. 4c et à l'<ref-ruling> consid. 2a-c p. 330 s.; cf. aussi décision du 18 juillet 2003 de la Commission fédérale de recours en matière d'assurance-accidents [REKU 525/02] consid. 6b/cc, in JAAC 2004 n° 39 p. 493).
5.
5.1. Selon les constatations de fait de l'autorité précédente, qui lient le Tribunal fédéral (cf. consid. 2 supra), il ressort du site internet de l'intimée que celle-ci n'a cessé, depuis sa création en 1977, de diversifier les produits et matériaux sur lesquels elle réalise des contrôles, essais et analyses; elle est actuellement active dans le secteur médical ainsi que dans ceux de l'horlogerie, de la bijouterie, de la maroquinerie, de la microtechnique et de l'environnement et bénéficie d'une accréditation ISO 17025 notamment pour des activités de contrôles métallographiques ou d'essais de matériaux. Lors d'un entretien avec la CNA, l'intimée a expliqué ne pas effectuer de surveillance technique pour le compte de ses clients, mais leur offrir un service d'analyses et de tests des matériaux que ceux-ci lui soumettent; ainsi, elle détient un département "matériaux", dans lequel sont testées des pièces métalliques au moyen de machines provoquant des chocs, simulant des frottements et reproduisant certaines conditions climatiques; par ailleurs, un laboratoire chimique fournit des analyses d'eaux ou de composants chimiques de métaux et utilise à ces fins des produits chimiques, toutefois à faible dose. Un article de presse versé en cause par la CNA illustre certains équipements de l'intimée - soit notamment un "banc d'essai traction torsion" - et définit l'activité de celle-ci comme consistant à mener des analyses et des tests sur des pièces principalement horlogères pour en vérifier la fiabilité et la qualité, voire proposer des pistes pour les améliorer.
5.2. En droit, l'autorité précédente a exposé que l'intimée livrait à ses clients des résultats d'analyses et leur adressait des perspectives d'amélioration. S'il ne faisait ainsi pas de doute qu'elle communiquait des informations prises concrètement en compte par les entreprises qui la mandataient, encore fallait-il toutefois, pour qu'elle puisse tomber sous le coup de l'art. 66 al. 1 let. m LAA, qu'elle soit investie du pouvoir de décision nécessaire à la préparation, à la direction ou à la surveillance des activités de ses clients. Or même si elle fournissait des analyses concrètes concernant des produits spécifiques, l'intimée ne s'ingérait pas directement ou de manière contraignante dans les travaux mentionnés aux lettres b à l de l'art. 66 al. 1 LAA. Il ressortait au contraire des buts statutaires de l'intimée, de ses déclarations en procédure et des autres pièces au dossier que son rôle se résumait à mener des tests sur les produits ou matériaux mis à sa disposition, pour fournir ensuite des résultats et appréciations susceptibles, lorsqu'ils étaient concrétisés par les clients, d'améliorer leur processus de production, mais sans obligation pour ceux-ci d'adapter leur activité en conséquence. Faute ainsi d'influencer directement et de manière contraignante l'activité de ses clients, l'intimée ne constituait pas une entreprise de préparation, de direction ou de surveillance techniques des travaux mentionnés aux lettres b à l de l'art. 66 al. 1 LAA, de sorte qu'elle n'était pas soumise à l'obligation de s'assurer auprès de la CNA sur la base de l'art. 66 al. 1 let. m LAA.
5.3.
5.3.1. La recourante reproche au Tribunal administratif fédéral d'avoir fait une mauvaise application de l'art. 66 al. 1 let. m LAA et de la jurisprudence y relative en considérant que pour tomber sous le coup de cette disposition, l'intimée devrait être investie d'un pouvoir de décision, respectivement intervenir de manière contraignante dans l'activité de ses clients. Dans la mesure où l'intimée fournit à ses clients, ensuite des tests et analyses sur les produits et matériaux confiés par ceux-ci, des informations destinées à des projets concrets, spécifiques au processus de production de ses clients et directement applicables en vue d'améliorer ce processus, son activité entre selon la recourante clairement dans la catégorie préparation voire surveillance de la qualité au sens de l'art. 66 al. 1 let. m LAA, en relation avec l'art. 66 al. 1 let. e LAA.
5.3.2. L'intimée fait quant à elle valoir que son rôle se limite à effectuer des tests, sans influence sur ce que ses clients en feront. Son activité est externe et indépendante de celle de ses clients, qui n'ont aucune obligation de faire appel à elle pour développer leurs produits et décident librement de la suite qu'ils donneront aux rapports qu'ils auront obtenus. Ses rapports ne sont qu'une aide destinée à permettre à ses clients d'évaluer l'opportunité de modifier ou non leur production, ce qu'ils feront le cas échéant sur la base d'une planification à laquelle elle ne participe pas. L'intimée estime ainsi ne pas avoir une fonction de préparation, de direction ou de surveillance techniques de travaux au sens de l'art. 66 al. 1 let. m LAA.
5.4. Les griefs de la recourante sont fondés. Il est constant que l'activité de l'intimée consiste à effectuer des tests et analyses sur les produits et matériaux que lui confient ses clients et à remettre à ceux-ci des rapports destinés à leur permettre d'évaluer l'opportunité de modifier leur production, respectivement d'améliorer leur processus de production. En cela, elle fournit à ses clients des informations concrètes, directement utilisables, tout comme une entreprise qui fournit à ses clients exploitant des réseaux électriques des solutions spécifiques pour optimiser le contrôle du réseau électrique dans l'arrêt U 92/02 cité plus haut (cf. consid. 4.2.3 supra). Comme précisé dans cet arrêt, il importe peu que l'activité en question conduise à des propositions non contraignantes, dès lors que le pouvoir de donner des instructions n'est pas requis pour les opérations visées par l'art. 66 al. 1 let. m LAA. Il va en effet de soi qu'une entreprise qui choisit de s'adresser à une autre entreprise indépendante pour des tâches de préparation ou de surveillance de ses travaux de production reste libre de la suite qu'elle entend donner aux rapports qui lui sont livrés et de planifier elle-même la mise en oeuvre des pistes concrètes qui lui sont proposées. Il n'est donc pas déterminant que l'intimée n'ait pas de pouvoir de décision, respectivement n'intervienne pas de manière contraignante dans l'activité de ses clients, et que ceux-ci décident librement de modifier ou non leur production sur la base des propositions d'amélioration soumises par l'intimée. Dans la mesure où son activité consiste à effectuer des travaux techniques - que ceux-ci soient qualifiés de travaux de planification ou de surveillance - relatifs à des travaux mentionnés aux lettres e et f de l'art. 66 al. 1 LAA, l'intimée est soumise à l'obligation de s'assurer auprès de la CNA sur la base de l'art. 66 al. 1 let. m LAA, selon une distinction purement économique et sans égard au fait que ses travailleurs ne sont pas exposés aux mêmes risques que les travailleurs des entreprises qui font appel à elle (cf. consid. 4.2.3 supra).
6.
Il s'ensuit que le recours doit être admis et le jugement attaqué réformé en ce sens que la décision sur opposition de la CNA du 6 novembre 2017 est confirmée en tant qu'elle déclare soumettre à l'assurance obligatoire auprès d'elle l'ensemble de l'entreprise de l'intimée. Il appartiendra à la CNA de rendre une nouvelle décision tenant compte des conditions d'assurance applicables à l'entrée en vigueur du contrat d'assurance (cf. consid. 3 supra).
7.
L'intimée, qui succombe, supportera les frais judiciaires (art. 66 al. 1 LTF)

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est admis. La décision du Tribunal administratif fédéral, Cour III, du 29 novembre 2019 est annulée et la décision sur opposition de la Caisse nationale suisse d'assurance en cas d'accidents (CNA) du 6 novembre 2017 confirmée au sens des considérants.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 4000 fr., sont mis à la charge de l'intimée.
3.
Le présent arrêt est communiqué aux parties, au Tribunal administratif fédéral, Cour III, et à l'Office fédéral de la santé publique.
Lucerne, le 8 avril 2020
Au nom de la Ire Cour de droit social
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Maillard
La Greffière : Castella