Faits :
A.
A.a. Par contrat du 23 avril 1971, X._ SA (ci-après: la bailleresse ou la défenderesse) a remis à bail à M.U._ un appartement de sept pièces au 3e étage de son immeuble à Genève pour une durée initiale de trois ans et deux mois, se renouvelant ensuite tacitement d'année en année, le préavis de résiliation étant de trois mois. Le loyer a été fixé à 21'000 fr. par an, soit 1'750 fr. par mois. En dernier lieu, il s'est élevé à 32'736 fr. par an, soit 2'728 fr. par mois.
Par contrat de bail du 20 juillet 1973, la bailleresse a également loué à son locataire deux boxes situés dans le même immeuble.
A.b. Le 31 mars 1995, la bailleresse a remis à bail à A.Z._, et à sa femme B.Z._, un appartement de trois pièces et demie contigu à l'appartement de ses parents pour une durée initiale d'un an, renouvelable ensuite tacitement d'année en année, le préavis de résiliation étant de trois mois.
A.c. En 2003, à la suite du décès de M.U._, son épouse N.U._ en est devenue locataire, selon avenant au contrat de bail du 26 février 2003.
Le 30 novembre 2010, celle-ci est décédée à son tour, laissant pour héritiers ses enfants A.Z._ et C.Z._.
B.
B.a. A.Z._ a entamé des démarches afin que les baux, de l'appartement de sept pièces et des deux boxes, de sa mère soient établis à son seul nom. Il a ainsi rencontré l'administrateur-président de la bailleresse, V._, notamment le 29 novembre 2010, pour lui demander le transfert du bail à son nom. Les prénommés divergent quant au contenu de cet entretien, le premier soutenant qu'il a obtenu un accord oral au transfert du bail et le second soutenant qu'il n'a rien promis.
Le 5 janvier 2011, la régie de la bailleresse, R._ SA, dont le responsable du service location est S._, lui a écrit un courrier, dont il ressort que la société propriétaire est " disposée " à conclure les baux aux mêmes conditions. Ce courrier, qui a été rédigé par la secrétaire T._, à laquelle S._ avait dicté les grandes lignes, et qui a été signé par les deux prénommés, est interprété différemment par les parties.
A réception de la lettre du 5 janvier 2011, soit le lendemain, A.Z._ a téléphoné à la régie, déclarant être surpris de n'avoir pas reçu un simple avenant au contrat de bail, comme cela avait été le cas lors du décès de son père.
Par lettre du 11 janvier 2011, A.Z._ a fourni la demande de location, l'attestation de l'Office des poursuites, une photocopie de sa carte d'identité et les attestations de salaire de sa femme et de lui-même qui lui étaient demandées par la régie.
La régie a accusé réception de ces pièces par courrier du 24 janvier 2011 et rappelé qu'elle demeurait encore dans l'attente d'un certificat d'héritiers.
Par courrier du 23 février 2011, elle a à nouveau requis la production d'un certificat d'héritiers, afin de pouvoir " statuer sur [la] demande ". Ce certificat lui a été transmis le 1er mars 2011.
En février 2011, la propriétaire a pris la décision de ne pas conclure le bail.
B.b. Les 14 et 17 mars 2011, par avis de résiliation adressés à l'hoirie de la mère décédée, la bailleresse a résilié les baux de l'appartement de sept pièces et des deux boxes pour le 30 juin 2011, respectivement le 31 mars 2012. Elle a précisé qu'elle entendait les attribuer à un locataire de son choix.
Le 13 avril 2011, les héritiers ont saisi la Commission de conciliation en matière de baux et loyers d'actions en contestation de ces résiliations, puis ont déposé leur demande devant le Tribunal des baux et loyers. Ils ont précisé que la soeur cohéritière consentait à ce que son frère soit le seul locataire. Cette procédure est actuellement suspendue.
C.
Le 13 avril 2011, A.Z._ (ci-après: le demandeur) a saisi la Commission de conciliation en matière de baux et loyers du canton de Genève d'une demande en exécution des contrats de bail (portant sur l'appartement de sept pièces et les deux boxes) conclus en fin d'année 2010 contre la bailleresse propriétaire (ci-après: la défenderesse) et, à la suite de l'échec de la conciliation, a déposé sa demande devant le Tribunal des baux et loyers du canton de Genève le 8 août 2011. En audience du 21 février 2012, il a précisé qu'il demandait la constatation de l'existence d'un bail portant sur l'appartement de sept pièces, ainsi que sur les deux boxes, puis l'exécution de ces baux.
Par un premier jugement du 10 juin 2014, le Tribunal a rejeté la demande. La Chambre des baux et loyers de la Cour de justice l'a annulé et a renvoyé l'affaire au Tribunal par arrêt du 26 janvier 2015, lui enjoignant de procéder à l'interrogatoire de V._ sur le contenu et les circonstances de l'entretien informel qu'il avait eu avec A.Z._ et sur l'accord oral dont celui-ci se prévalait.
Le Tribunal des baux a alors entendu l'administrateur-président de la bailleresse, V._, à deux reprises, lors de ses audiences des 15 septembre et 15 décembre 2015. Puis, il a à nouveau rejeté la demande, par jugement du 4 avril 2016.
Statuant le 14 novembre 2016 sur l'appel du demandeur, la Chambre des baux et loyers de la Cour de justice du canton de Genève l'a admis et a constaté l'existence d'un contrat de bail portant sur l'appartement de 7 pièces et sur les deux boxes entre le demandeur et la défenderesse, à la suite du transfert du 6 janvier 2011.
Un premier recours de la bailleresse a été admis par le Tribunal fédéral le 22 juin 2017 (arrêt 4A_1/2017), au motif que la composition de l'autorité d'appel avait changé entre son premier arrêt de renvoi du 26 janvier 2015 et son arrêt du 14 novembre 2016 et qu'elle n'en avait pas indiqué les motifs. La cause a donc été renvoyée à la cour cantonale pour qu'elle indique ceux-ci.
D.
Par arrêt séparé du 8 novembre 2017, adressé aux parties le même jour, la Chambre des baux et loyers a indiqué les motifs pour lesquels il y avait eu un changement dans la composition de la cour.
Puis, par arrêt final du 29 janvier 2018, liée par l'arrêt de renvoi du Tribunal fédéral, la Chambre a repris les motifs sur le fond de son arrêt du 14 novembre 2016 et admis l'existence d'un contrat de bail portant sur l'appartement de 7 pièces et sur les deux boxes, qui avait été transféré le 6 janvier 2011.
E.
Contre ce dernier arrêt, la bailleresse a interjeté un recours en matière civile au Tribunal fédéral, concluant principalement à son annulation et au renvoi de la cause à la cour cantonale pour qu'elle rende un nouvel arrêt dans une composition identique à celle de son arrêt initial du 26 janvier 2015. Elle invoque à cet égard la violation de l'art. 30 al. 1 Cst., considérant que la composition de la cour cantonale entre l'arrêt de renvoi du 26 janvier 2015 et la décision finale sur le fond prise le 29 janvier 2018 est irrégulière, en l'absence de motif de changement valable.
Sur le fond et subsidiairement, elle conclut à la réforme de l'arrêt attaqué en ce sens que la demande est rejetée. Elle conteste l'existence d'un accord de transfert de bail oral, se plaignant que des faits ont été omis, invoquant l'appréciation arbitraire des faits et des preuves (art. 9 Cst.) dans la recherche de la volonté subjective des parties, ainsi que la violation des art. 1 et 18 CO dans l'interprétation de la volonté objective du courrier de la régie du 5 janvier 2011 à laquelle a procédé la cour.
L'intimé conclut à l'irrecevabilité et, au fond, au rejet du recours.
La cour cantonale se réfère aux considérants de son arrêt.
Chacune des parties a encore déposé de brèves observations.

Considérant en droit :
1.
1.1. Le principe de l'autorité de l'arrêt de renvoi du Tribunal fédéral, que prévoyait expressément l'art. 66 al. 1 aOJ, est un principe juridique qui demeure applicable sous l'empire de la LTF (<ref-ruling> consid. 2 p. 335; arrêt 5A_139/2013 du 31 juillet 2013 consid. 3.1, non publié in <ref-ruling> mais in Pra. 2014 n° 19 p. 136; 4A_58/2017 du 23 mai 2017 consid. 2).
En vertu de ce principe, l'autorité cantonale à laquelle une affaire est renvoyée est tenue de fonder sa nouvelle décision sur les considérants de droit de l'arrêt du Tribunal fédéral; sa cognition est limitée par les motifs de l'arrêt de renvoi (<ref-ruling> consid. 5.2 p. 94 s.; arrêt 5A_139/2013 déjà cité, ibidem).
Saisi d'un recours contre la nouvelle décision, le Tribunal fédéral est aussi lié par son arrêt de renvoi (<ref-ruling> consid. 2a p. 423); il ne saurait se fonder sur des motifs qu'il avait écartés ou dont il avait fait abstraction dans sa précédente décision (<ref-ruling> consid. 2 p. 95).
1.2. Par arrêt de renvoi du 22 juin 2017 (4A_1/2017), le Tribunal fédéral a admis le recours, annulé l'arrêt attaqué et renvoyé la cause à la cour cantonale pour complètement de l'état de fait et nouvelle décision dans le sens des considérants. Il résulte des considérants de cet arrêt que le Tribunal fédéral a renvoyé la cause à la cour cantonale pour qu'elle indique les motifs pour lesquels il y avait eu changement dans sa composition entre l'arrêt de renvoi du 26 janvier 2015 et l'arrêt final du 14 novembre 2016, motifs qui n'étaient pas indiqués dans ce dernier arrêt cantonal. En pratique, dans un tel cas, pour des raisons d'économie de procédure, le Tribunal fédéral annule également l'arrêt attaqué (cf. art. 112 al. 3 LTF), de façon à ce que le recourant puisse interjeter un nouveau recours en matière civile, en se déterminant sur les motifs que la cour cantonale aura indiqués (en l'occurrence au sujet de la violation de l'art. 30 al. 1 Cst.).
En vertu de cet arrêt de renvoi du Tribunal fédéral, la cour cantonale ne pouvait qu'indiquer ses motifs, mais ne pouvait modifier ni la composition de la cour pour rendre son nouvel arrêt, ni les motifs de son admission de l'action du demandeur. Elle aurait pu choisir d'indiquer les motifs qui lui étaient demandés dans un seul arrêt final (art. 90 LTF). Elle a choisi de rendre d'abord un arrêt séparé le 8 novembre 2017 en indiquant les motifs pour lesquels la composition de la Chambre avait changé, puis un arrêt final sur le fond le 29 janvier 2018.
Cet arrêt séparé du 8 novembre 2017, adressé aux parties le même jour, et à la fin duquel, la cour a indiqué aux parties quelle était la voie de droit - le recours en matière civile au Tribunal fédéral - et le délai - 30 jours - pour le contester, est une décision incidente au sens de l'art. 92 LTF. En effet, toute décision qui se prononce séparément sur la composition régulière de l'autorité qui entend statuer ensuite sur le fond est une décision au sens de cette disposition. Il s'agit en effet d'une question préliminaire qui doit être définitivement liquidée sans attendre la suite de la procédure (BERNARD CORBOZ, in Commentaire de la LTF, 2e éd. 2014, no 18 ad art. 92 LTF, avec référence au Message du Conseil fédéral FF 2001 p. 4131) et qui est irrecevable parce que tardive si elle est soulevée seulement avec l'arrêt final (art. 92 al. 2 LTF). Comme en matière de compétence, il n'est pas nécessaire qu'un point du dispositif soit expressément consacré à la composition régulière; il suffit que l'on puisse déduire de la décision que l'autorité a tranché la question de sa " compétence " (cf. <ref-ruling> consid. 5 p. 191).
Il s'ensuit que les griefs d'" arbitraire dans l'établissement des faits (art. 9 Cst.) ", en réalité d'établissement incomplet des éléments de fait (qui résultent de l'arrêt du 8 novembre 2017 au sujet de la composition de la Chambre des baux et loyers et qui n'ont pas été repris dans l'arrêt sur le fond du 29 janvier 2018), et le grief de composition irrégulière de la Chambre en violation de l'art. 30 al. 1 Cst., formulés par la recourante dans son recours du 5 mars 2018 sont tardifs puisqu'ils n'ont pas été interjetés dans le délai de 30 jours à compter de la réception de l'arrêt du 8 novembre 2017, adressé aux parties le même jour, comme le lui précisait la mention de l'indication du délai et de la voie de recours. Il est sans incidence que la cour cantonale ait complété les faits sur ce point dans son arrêt final du 29 janvier 2018; un tel complément ne fait pas courir un nouveau délai de recours au Tribunal fédéral. Il est également sans importance que, dans son arrêt du 8 novembre 2017, la cour cantonale ait fixé aux parties un délai pour déposer des observations et que la bailleresse ait requis que la cour rende son arrêt sur le fond dans une nouvelle composition, dès lors qu'à la suite de l'arrêt de renvoi du Tribunal fédéral du 22 juin 2017, la bailleresse ne pouvait soulever ses griefs au sujet de la composition de la Chambre des baux et loyers que par un nouveau recours au Tribunal fédéral.
Tardifs, les griefs relatifs à la composition régulière de la Chambre sont donc irrecevables.
2.
En tant qu'il concerne le fond de la cause, le recours a été interjeté en temps utile (art. 100 al. 1 et 45 al. 1 LTF) et les autres conditions de recevabilité sont réunies comme cela a déjà été constaté dans l'arrêt de renvoi du 22 juin 2017 (4A_1/2017 consid. 1).
3.
3.1. Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF). Il ne peut s'en écarter que si ces faits ont été établis de façon manifestement inexacte - ce qui correspond à la notion d'arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (<ref-ruling> consid. 4.1.2; <ref-ruling> consid. 5.1) - ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (art. 105 al. 2 LTF), et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1 LTF).
Concernant l'appréciation des preuves, le Tribunal fédéral n'intervient, du chef de l'art. 9 Cst., que si le juge du fait n'a manifestement pas compris le sens et la portée d'un moyen de preuve, a omis sans raisons objectives de tenir compte des preuves pertinentes ou a effectué, sur la base des éléments recueillis, des déductions insoutenables (<ref-ruling> consid. 4.2; <ref-ruling> consid. 4.2; <ref-ruling> consid. 4.3).
La critique de l'état de fait retenu est soumise au principe strict de l'allégation énoncé par l'art. 106 al. 2 LTF (<ref-ruling> consid. 2.3 p. 266 et les références). La partie qui entend attaquer les faits constatés par l'autorité précédente doit expliquer clairement et de manière circonstanciée en quoi ces conditions seraient réalisées (<ref-ruling> consid. 1.3.1 p. 18 et les références). Si la critique ne satisfait pas à ces exigences, les allégations relatives à un état de fait qui s'écarterait de celui de la décision attaquée ne pourront pas être prises en considération (<ref-ruling> consid. 1.3.1 p. 18). Les critiques de nature appellatoires sont irrecevables (<ref-ruling> consid. 1.3 p. 261 s.).
Lorsqu'il reproche à la cour cantonale d'avoir omis un fait juridiquement pertinent, le recourant peut obtenir qu'il soit constaté s'il démontre qu'en vertu des règles de la procédure civile, l'autorité précédente aurait objectivement pu en tenir compte et s'il désigne précisément les allégués et les offres de preuves qu'il lui avait présentés, avec référence aux pièces du dossier (art. 106 al. 2 LTF; <ref-ruling> consid. 2).
3.2. Sous réserve de la violation des droits constitutionnels (art. 106 al. 2 LTF), le Tribunal fédéral applique le droit d'office (art. 106 al. 1 LTF). Il n'est toutefois lié ni par les motifs invoqués par les parties, ni par l'argumentation juridique retenue par l'autorité cantonale; il peut donc admettre le recours pour d'autres motifs que ceux invoqués par le recourant, comme il peut le rejeter en opérant une substitution de motifs (<ref-ruling> consid. 1.4 et l'arrêt cité).
4.
La bailleresse recourante soutient tout d'abord qu'un transfert du bail de la défunte à un seul des héritiers nécessite l'accord du ou des autres héritiers. Elle se plaint à cet égard d'un état de fait incomplet, la cour n'ayant pas constaté que le demandeur s'était présenté à elle comme seul héritier, et qu'elle ne pouvait donc conclure un bail avec le demandeur tant qu'elle n'était pas certaine qu'il n'existait pas d'autre héritier.
4.1. Selon l'art. 560 CC, les héritiers acquièrent de plein droit l'universalité de la succession dès que celle-ci est ouverte (al. 1); ils sont saisis des créances et actions, des droit de propriété et autres droits réels, ainsi que des biens qui se trouvaient en la possession du défunt, et ils sont personnellement tenus de ses dettes, sous réserve des exceptions prévues par la loi (al. 2).
Le bail du défunt fait partie de sa succession et passe de plein droit aux héritiers, qui prennent sa place dans la relation contractuelle avec le bailleur. Selon la jurisprudence toutefois, seul le ou les héritiers qui habitaient avec le défunt dans le logement et qui lui succèdent dans la relation contractuelle jouissent de la protection conférée par l'art. 271a al. 1 let. f CO; lorsqu'un enfant adulte succède au locataire décédé, cette protection est réservée à une personne qui habitait le logement à titre principal avec le défunt, mais est refusée à celui qui ne séjournait que de manière intermittente avec le défunt (arrêt 4A_34/2017 du 18 avril 2017 consid. 5; 4A_195/2016 du 9 septembre 2016 consid. 1.2).
Selon la jurisprudence également, par exception à la règle de l'action commune des membres de la communauté héréditaire (art. 602 CC), chaque héritier peut agir seul en annulation de la résiliation (respectivement en nullité ou inefficacité de cette résiliation) lorsque son ou ses cohéritiers s'y refusent, pour autant qu'il assigne également celui ou ceux-ci en justice à côté du bailleur (cf. ATF 4A_689/2016 du 28 août 2017 consid. 4.1). Il en découle que l'héritier qui habitait à titre principal avec le défunt a la qualité pour agir seul en annulation de la résiliation du bail (respectivement en nullité ou inefficacité de cette résiliation) et, s'ils étaient plusieurs dans ce cas et que leur (s) cohéritier (s) refuse (nt) d'agir en justice, à condition d'assigner celui-ci (ou ceux-ci) en justice à côté du bailleur.
4.2. En l'espèce, la cour cantonale n'a pas constaté si le demandeur et sa famille utilisaient l'appartement (et les deux boxes) avec la défunte. En revanche, elle a retenu au consid. 4.7 p. 14 de son arrêt qu'il était établi que la soeur était d'accord avec le transfert du bail à son frère, et donc qu'elle ne faisait valoir aucune prétention à ce titre.
Il s'ensuit que, puisque la bailleresse ne soutient même pas que la soeur résidait dans l'appartement litigieux et qu'elle aurait eu, à ce titre, un droit à se voir transférer le bail, son grief d'établissement incomplet des faits porte sur un fait non pertinent.
5.
La bailleresse recourante fait grief à la cour cantonale d'avoir admis que le bail a été transféré au demandeur sur la base d'une interprétation objective du courrier de la régie du 5 janvier 2011. Elle lui reproche d'avoir omis un fait, d'avoir apprécié arbitrairement les preuves en constatant l'absence de volonté réelle et commune des parties (art. 9 Cst.) et d'avoir violé le principe de la confiance dans l'interprétation du courrier de la régie du 5 janvier 2011.
5.1.
5.1.1. En droit suisse des contrats, la question de savoir si les parties ont conclu un accord est soumise au principe de la priorité de la volonté subjective sur la volonté objective (<ref-ruling> consid. 5.2.1; <ref-ruling> consid. 2b p. 39).
Lorsque les parties se sont exprimées de manière concordante (échange de manifestations de volonté concordantes; übereinstimmende Willenserklärungen), qu'elles se sont effectivement comprises et, partant, ont voulu se lier, il y a accord de fait ( tatsächliches Konsens); si au contraire, alors qu'elles se sont comprises, elles ne sont pas parvenues à s'entendre, ce dont elles étaient d'emblée conscientes, il y a un désaccord patent ( offener Dissens) et le contrat n'est pas conclu.
Subsidiairement, si les parties se sont exprimées de manière concordante, mais que l'une ou les deux n'ont pas compris la volonté interne de l'autre, ce dont elles n'étaient pas conscientes dès le début, il y a désaccord latent ( versteckter Dissens) et le contrat est conclu dans le sens objectif que l'on peut donner à leurs déclarations de volonté selon le principe de la confiance; en pareil cas, l'accord est de droit (ou normatif) (cf. <ref-ruling> précité consid. 5.2.1; <ref-ruling> précité consid. 2b p. 39; GAUCH/SCHLUEP/SCHMID, Schweizerisches Obligationenrecht, Allgemeiner Teil, T. I, 2014, n. 308 ss).
5.1.2. En procédure, le juge doit donc rechercher, dans un premier temps, la réelle et commune intention des parties (interprétation subjective), le cas échéant empiriquement, sur la base d'indices (<ref-ruling> consid. 2.3.2, 626 consid. 3.1 p. 632; <ref-ruling> consid. 4.1). Constituent des indices en ce sens non seulement la teneur des déclarations de volonté - écrites ou orales -, mais encore le contexte général, soit toutes les circonstances permettant de découvrir la volonté réelle des parties, qu'il s'agisse de déclarations antérieures à la conclusion du contrat ou de faits postérieurs à celle-ci, en particulier le comportement ultérieur des parties établissant quelles étaient à l'époque les conceptions des contractants eux-mêmes.
L'appréciation de ces indices concrets par le juge, selon son expérience générale de la vie, relève du fait (arrêts 4A_508/2016 du 16 juin 2017 consid. 6.2 et les arrêts cités; 4A_98/2016 du 22 août 2016 consid. 5.1). Si le juge parvient à la conclusion que les parties se sont comprises ou, au contraire, qu'elles ne se sont pas comprises, il s'agit de constatations de fait qui lient le Tribunal fédéral (art. 105 al. 1 LTF), à moins qu'elles ne soient manifestement inexactes (art. 97 al. 1 et 105 al. 2 LTF), c'est-à-dire arbitraires au sens de l'art. 9 Cst. (<ref-ruling> consid. 5.2.2).
5.1.3. Si le juge ne parvient pas à déterminer la volonté réelle et commune des parties - parce que les preuves font défaut ou ne sont pas concluantes - ou s'il constate qu'une partie n'a pas compris la volonté exprimée par l'autre à l'époque de la conclusion du contrat - ce qui ne ressort pas déjà du simple fait qu'elle l'affirme en procédure, mais doit résulter de l'administration des preuves -, il doit recourir à l'interprétation normative (ou objective), à savoir rechercher leur volonté objective, en déterminant le sens que, d'après les règles de la bonne foi, chacune d'elles pouvait et devait raisonnablement prêter aux déclarations de volonté de l'autre. Il s'agit d'une interprétation selon le principe de la confiance (<ref-ruling> consid. 5.2.3 et les arrêts cités; arrêts 4A_508/2016 déjà cité consid. 6.2; 4A_98/2016 déjà cité consid. 5.1).
Ainsi, en cas d'échec dans la détermination de la volonté subjective des parties, il n'y a pas place pour une application de la règle sur le fardeau de la preuve de l'art. 8 CC, car si le juge ne parvient pas à déterminer leur volonté réelle et commune, il doit encore rechercher comment leurs déclarations pouvaient et devaient être comprises selon la bonne foi. L'art. 8 CC ne joue de rôle que dans l'établissement des circonstances concrètes nécessaires pour procéder à l'interprétation (qu'il s'agisse d'ailleurs de l'interprétation subjective ou objective; <ref-ruling> consid. 5.1.1; arrêts 4A_463/2017 du 4 mai 2018 consid. 4.1; 4A_290/2017 du 12 mars 2018 consid. 5.1).
5.1.4. L'interprétation selon le principe de la confiance consiste à rechercher comment chacune des parties pouvait et devait comprendre de bonne foi les déclarations de l'autre, en fonction du contexte dans lequel elles ont traité. Même s'il est apparemment clair, le sens d'un texte écrit n'est pas forcément déterminant, de sorte que l'interprétation purement littérale est prohibée (art. 18 al. 1 CO); en effet, lorsque la teneur d'un texte paraît limpide à première vue, il peut résulter d'autres éléments du contrat, du but poursuivi par les parties ou d'autres circonstances que le texte ne restitue pas exactement le sens de l'accord conclu. Cependant, il n'y a pas lieu de s'écarter du sens littéral d'un texte lorsqu'il n'y a aucune raison sérieuse de penser que celui-ci ne corresponde pas à la volonté ainsi exprimée (<ref-ruling> consid. 5.2 et les arrêts cités). D'après le principe de la confiance, la volonté interne de s'engager du déclarant n'est pas seule déterminante; une obligation à sa charge peut découler de son comportement, dont l'autre partie pouvait, de bonne foi, déduire une volonté de s'engager. Ce principe permet ainsi d'imputer à une partie le sens objectif de sa déclaration ou de son comportement, même si celui-ci ne correspond pas à sa volonté intime (<ref-ruling> consid. 5.2.3; <ref-ruling> consid. 3.2 p. 424 et les arrêts cités).
La détermination de la volonté objective des parties, selon le principe de la confiance, est une question de droit, que le Tribunal fédéral examine librement; pour la trancher, il faut cependant se fonder sur le contenu des manifestations de volonté et sur les circonstances, lesquelles relèvent du fait. Les circonstances déterminantes à cet égard sont uniquement celles qui ont précédé ou accompagné la manifestation de volonté, mais non pas les événements postérieurs (<ref-ruling> consid. 5.2.3; <ref-ruling> consid. 2.2.1 p. 67 et les arrêts cités).
5.2. Selon le système légal, la représentation de la société anonyme se fait par le conseil d'administration, chaque membre de ce conseil ayant, sauf disposition contraire des statuts ou du règlement d'organisation, le pouvoir de représenter la société (art. 718 al. 1 CO).
La société peut toutefois prévoir conventionnellement d'autres systèmes de représentation et, notamment, recourir - comme l'a fait la bailleresse en mandatant la régie - à un représentant au sens des art. 32 ss CO. Lorsqu'une partie au contrat manifeste sa volonté par l'intermédiaire d'un représentant (art. 32 al. 1 CO), c'est la volonté exprimée par le représentant qui est déterminante pour savoir si un contrat a été conclu (art. 1 CO). Dès lors, l'interprétation de celui-ci quant à son contenu (art. 18 al. 1 CO) se détermine en fonction de ce que voulait le représentant. Les déclarations du représentant sont imputées au représenté conformément à l'art. 32 al. 1 CO, le représentant engageant également le représenté par ce qu'il savait ou devait savoir (<ref-ruling> consid. 4.1 et les références; à propos des vices de la volonté à apprécier en la personne du représentant, cf. arrêt 4A_303/2007 du 29 novembre 2007 consid. 3.4.3).
5.3. En l'occurrence, d'un côté, le demandeur se prévalait d'avoir obtenu l'accord oral de l'administrateur de la bailleresse au transfert du bail en sa faveur lors d'un entretien qu'ils ont eu le 29 novembre 2011, accord concrétisé dans le courrier de la régie du 5 janvier 2011 et, de l'autre côté, la bailleresse défenderesse soutenait que son administrateur n'avait alors jamais donné son accord à un transfert, invitant le demandeur à s'adresser à la régie, une décision ne pouvant être prise qu'une fois son dossier complet.
La cour cantonale a constaté que le contenu des échanges oraux qu'ont eu le demandeur et l'administrateur n'a pas pu être établi. Les parties divergeant sur la question de savoir qui avait informé la régie de la demande de transfert du bail, la cour cantonale a déclaré ne pas être convaincue par les témoignages des employés de la régie, qui affirmaient en procédure que c'était le demandeur, sans pour autant lui reprocher d'avoir faussement indiqué qu'il avait obtenu l'accord oral de l'administrateur, et elle a estimé qu'il n'était pas exclu que l'administrateur ait donné son accord puisqu'il lui arrivait d'intervenir directement auprès de la régie pour favoriser un locataire de son choix et qu'il n'était donc pas impossible qu'il ait voulu, dans un premier temps, favoriser le demandeur. Elle a également constaté que le courrier de la régie du 5 janvier avait été établi dans des circonstances peu claires et que la demande de documents complémentaires un mois plus tard n'est pas décisive pour déterminer si, le 5 janvier 2011, une volonté de s'engager au transfert existait.
Curieusement la cour cantonale a conclu que " les parties se sont exprimées de manière concordante en déclarant toutes deux vouloir le transfert du bail, mais [qu']il apparaît que la volonté de [la bailleresse] de transférer le bail n'a, elle, pas pu être démontrée ", alors qu'on ne voit pas quelles manifestations de volonté concordantes de transfert auraient été exprimées oralement et mal comprises. Toutefois, force est d'admettre qu'en présence d'interprétations divergentes d'un entretien oral dont le contenu n'a pas été établi et de circonstances peu claires de la rédaction du courrier de la régie du 5 janvier 2011, la cour cantonale n'est pas tombée dans l'arbitraire en constatant l'échec de la détermination de la volonté subjective des parties.
La bailleresse souhaiterait démontrer que cette volonté subjective a au contraire été établie, en ce sens qu'elle avait réservé son accord final et que le demandeur l'avait bien compris. Elle laisse ainsi entendre que les parties se sont comprises, mais qu'elles ne se sont pas entendues sur le transfert du bail. Il existerait dès lors un désaccord patent ( offener Dissens) sur ce dernier point, ce qui permettrait de conclure à l'absence d'accord et exclurait de procéder à l'interprétation selon le principe de la confiance (cf. supra consid. 5.1.1). Par ses critiques appellatoires, la bailleresse recourante ne parvient toutefois pas à démontrer que les parties ont eu la réelle et commune volonté de permettre au demandeur de seulement déposer une demande de location, de produire toutes les pièces nécessaires et de laisser à la bailleresse la décision d'accepter ou non cette demande, ce d'autant que l'administrateur, qui avait l'intention d'attribuer l'appartement à quelqu'un d'autre de sa connaissance n'a pas mentionné au demandeur qu'il n'entendait pas lui remettre les baux pour cette raison. En particulier, ni ses affirmations au sujet de la crédibilité des témoignages des employés de la régie, ni le fait que le demandeur a été invité à produire des documents complémentaires " pour le bon ordre de nos dossiers " n'attestent du fait que la bailleresse avait réservé son accord final et que le demandeur l'avait compris. Les autres éléments invoqués pêle-mêle (i.e. la mise en garde contre une répudiation, le défaut d'envoi d'un avenant) n'y changent rien. On relève enfin que, contrairement à ce qu'affirme la recourante, la cour cantonale n'a pas omis que la bailleresse avait déclaré que son administrateur passait systématiquement par la régie pour conclure des baux, mais que la cour a estimé, par appréciation des preuves, qu'il n'était pas exclu qu'il ait donné son accord au demandeur puisqu'il lui arrivait d'intervenir auprès de la régie pour favoriser un locataire de son choix. Or, la recourante ne démontre pas l'arbitraire de cette constatation.
C''est donc à raison que la cour cantonale a constaté l'échec de la recherche de la volonté subjective des parties et a procédé à la détermination de leur volonté objective, en application du principe de la confiance.
5.4. Pour ce faire, la cour cantonale s'est fondée sur le courrier de la régie du 5 janvier 2011, dont la teneur est la suivante:
" Vous avez été en contact avec la société propriétaire et celle-ci est disposée à conclure les baux aux mêmes conditions pour les objets cités en marge (i.e. appartement de sept pièces et deux garages). Pour le bon ordre de nos dossiers et afin que nous puissions procéder à l'établissement de ces documents, nous vous saurions gré de nous transmettre la photocopie du certificat d'héritiers. En outre, vous voudrez également nous retourner la demande de location ci-jointe, dûment complétée et signée, avec photocopie des pièces d'identité, trois dernières fiches de salaire et attestations de l'Office des poursuites."
La cour cantonale a considéré que lorsque la propriétaire, par sa régie, écrit " être disposée " à transférer le bail, elle pouvait être comprise de bonne foi par le destinataire comme ayant " décidé " de transférer le bail, précisant que cette déclaration est une affirmation dénuée d'ambiguïté de l'accord de la propriétaire de transférer le bail. Elle a ajouté que cette déduction était renforcée par la demande de production de documents complémentaires " pour le bon ordre de nos dossiers ", qui implique que ces documents ne sont exigés que pour la forme, et non en vue de l'examen d'une demande de location, et que la formule de demande de location peut être comprise comme destinée à recueillir des informations à jour sur le locataire, afin d'établir le contrat écrit. Elle a ajouté qu'il n'existe pas d'éléments antérieurs suffisamment établis qui permettent de modifier l'interprétation de ce texte. Les événements postérieurs ne peuvent être pris en considération dans le cadre de l'interprétation objective. Elle a donc jugé que le demandeur, destinataire du courrier, doit être protégé dans sa compréhension de ce courrier.
Cette appréciation (juridique) ne peut qu'être confirmée dès lors que, de bonne foi, on déduit de ce courrier que le transfert du bail était accepté, les pièces requises l'étant pour la bonne forme (et non en vue de l'examen d'une demande). Les critiques de la recourante, qui joue sur les mots, n'y changent rien. Comme elle semble l'ignorer, c'est le lieu de lui rappeler, trois choses: premièrement, si la recherche de la volonté subjective n'a pas abouti, il n'y a pas place pour l'application de la règle sur le fardeau de la preuve de l'art. 8 CC, mais le juge doit déterminer comment la déclaration de volonté de la bailleresse pouvait ou devait être comprise selon la bonne foi; deuxièmement, selon le principe de la confiance, la volonté interne de s'engager de la bailleresse n'est pas seule déterminante, une obligation à sa charge pouvait découler de son comportement, dont l'autre partie pouvait de bonne foi déduire une volonté de s'engager; troisièmement, lorsque la bailleresse manifeste sa volonté par l'intermédiaire d'un représentant - en l'occurrence sa régie -, c'est la volonté du représentant telle qu'elle a été exprimée et pouvait ou devait être comprise de bonne foi qui est déterminante, même si elle ne correspond pas à la volonté interne de celui-ci ou encore à la volonté interne de la bailleresse.
6.
Il s'ensuit que le recours doit être rejeté dans la mesure où il est recevable.
Les frais et les dépens de la procédure fédérale doivent être mis à la charge de la recourante (art. 66 al. 1 et 68 al. 1 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 5'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. La recourante versera à l'intimé une indemnité de 6'000 fr. à titre de dépens.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour de justice du canton de Genève, Chambre des baux et loyers.
Lausanne, le 4 septembre 2018
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente : Kiss
Le Greffier : Piaget