Sachverhalt:
A.
X._ wird zur Last gelegt, er habe zwischen dem 1. November 2016 und dem 7. Februar 2017 im gleichen Bett wie sein Sohn B._, geb. 7. April 2010, übernachtet und hierbei seinen Penis am Rücken seines bekleideten Kindes gerieben. Ausserdem soll er B._ in der erwähnten Zeitspanne mehrfach geschlagen haben.
B.
Die Prozessbeiständin von B._ teilte der Staatsanwaltschaft des Kantons Zürich am 4. September 2017 mit, dass sie für B._ vom Aussageverweigerungsrecht Gebrauch mache und er kein zweites Mal aussagen werde.
C.
Am 23. Februar 2018 schützte die Kindes- und Erwachsenenschutzbehörde Bezirk Affoltern (nachfolgend "KESB") den Entscheid der Beiständin hinsichtlich der Aussageverweigerung und lehnte deren Auswechslung ab.
D.
Die Staatsanwaltschaft des Kantons Zürich stellte das Verfahren gegen X._ wegen sexueller Handlungen mit Kindern und wiederholter Tätlichkeiten, angeblich begangen zum Nachteil von B._, am 27. Februar 2018 ein. Die Staatsanwaltschaft begründete die Verfahrenseinstellung damit, dass die Prozessbeiständin eine zweite, parteiöffentliche Einvernahme abgelehnt habe und somit keine beweisverwertbare Aussage vorliege.
E.
Am 7. September 2018 wies das Obergericht des Kantons Zürich die dagegen von der Kindsmutter A._ erhobene Beschwerde ab. Es auferlegte ihr die Gerichtsgebühr von Fr. 1'500.-- und verpflichtete sie, X._ eine Prozessentschädigung von Fr. 2'000.-- zu bezahlen.
F.
A._ führt Beschwerde in Strafsachen. Sie beantragt, der Beschluss des Obergerichts des Kantons Zürich vom 7. September 2018 sei aufzuheben und das Strafverfahren sei zu sistieren bzw. die Staatsanwaltschaft sei anzuweisen, das Strafverfahren so lange zu sistieren, bis die Beschwerde gegen den Entscheid der KESB vom 26. Februar 2018 (recte: 23. Februar 2018) rechtskräftig entschieden sei. Es sei ihr für das ober- und bundesgerichtliche Verfahren eine angemessene Entschädigung zuzusprechen. Der Beschwerde sei die aufschiebende Wirkung zu gewähren, unter Kosten- und Entschädigungsfolgen. X._ beantragt die Abweisung der Beschwerde. Das Obergericht und die Oberstaatsanwaltschaft des Kantons Zürich verzichten auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1.
1.1. Die Privatklägerschaft ist nach Art. 81 Abs. 1 lit. a und b Ziff. 5 BGG zur Beschwerde in Strafsachen berechtigt, wenn sie vor der Vorinstanz am Verfahren teilgenommen oder keine Möglichkeit zur Teilnahme erhalten hat und wenn sich der angefochtene Entscheid auf die Beurteilung ihrer Zivilansprüche auswirken kann. Sie hat vor Bundesgericht darzulegen, dass die Legitimationsvoraussetzungen erfüllt sind und unter Vorbehalt klarer, zweifelsfreier Fälle insbesondere zu erläutern, weshalb und inwiefern sich der angefochtene Entscheid im Ergebnis und aufgrund der Begründung negativ auf ihre Zivilansprüche auswirken kann (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG). Das Bundesgericht stellt an die Begründung strenge Anforderungen. Fehlt es daran, tritt es auf die Beschwerde nicht ein (<ref-ruling> E. 1.1 mit Hinweisen).
1.2. Die Beschwerdeführerin hat am vorinstanzlichen Verfahren als Partei teilgenommen. Sie macht geltend, die Einstellung des Strafverfahrens wirke sich auf ihre Zivilansprüche aus, ohne letztere zu konkretisieren. Auch wenn die Beschwerdeführerin nur ungenügend auf die Frage ihrer Legitimation eingeht, so ergibt sich diese aus dem Urteil 1B_380/2017 vom 22. Dezember 2017, in welchem die Beschwerdeführerin als Privatklägerin zugelassen wurde. In Erwägung 4 des betreffenden Urteils hat das Bundesgericht ausgeführt, es bestehe eine genügende Wahrscheinlichkeit, dass der Beschwerdeführerin Schadenersatz- und Genugtuungsansprüche gegenüber dem Beschuldigten aus den ihm zum Nachteil von B._ vorgeworfenen Straftaten entstanden sein könnten. Daher ist die Legitimation der Beschwerdeführerin zu bejahen und auf ihre Beschwerde unter Vorbehalt der nachfolgenden Erwägungen einzutreten.
1.3. Nicht einzutreten ist auf die Beschwerde, soweit die Beschwerdeführerin von den für das Bundesgericht verbindlichen vorinstanzlichen Sachverhaltsfeststellungen abweicht, ohne Willkür geltend zu machen und zu begründen (vgl. <ref-law>, <ref-ruling> E. 2.3.1 mit Hinweisen). Dies betrifft namentlich die Frage, ob die Beschwerdeführerin den Entscheid der KESB vom 23. Februar 2018 angefochten hat.
1.4. Ebenso ist der von der Beschwerdeführerin eingereichte Entscheid des Bezirksrates Affoltern vom 6. November 2018, welcher nach dem angefochtenen Entscheid des Obergerichts des Kantons Zürich vom 7. September 2018 datiert, als echtes Novum für das Bundesgericht unbeachtlich (<ref-law>; <ref-ruling> E. 2.1 S. 343 f. mit Hinweisen). Auf entsprechende Vorbringen ist nicht einzutreten.
2.
2.1. Die Beschwerdeführerin macht eine Verletzung des Grundsatzes "in dubio pro duriore" sowie eine Verletzung des Verfolgungszwangs nach <ref-law> geltend. Die Vorinstanz verletze Bundesrecht, indem sie die Einstellung des Verfahrens schütze. Sie habe dem Beschleunigungsgebot zu Unrecht eine höhere Bedeutung beigemessen, als dem Strafverfolgungszwang. Derzeit stehe zwar noch keine Anklageerhebung im Vordergrund, da zunächst eine verwertbare Zweitbefragung des Kindes B._ durchgeführt werden müsse. Die Prozessbeiständin habe jedoch ihre Pflicht verletzt, indem sie das Zeugnisverweigerungsrecht für das Kind B._ gegen dessen Willen und gegen die Empfehlung der Psychologin in Anspruch genommen habe. Die Vorinstanz überschreite ihr Ermessen und ihre Kompetenzen, wenn sie prüfe, ob die Beiständin das Zeugnisverweigerungsrecht zu Recht wahrgenommen habe, da dieser Entscheid dem Bezirksrat obliege. Sie verletze zudem den Anspruch auf rechtliches Gehör des Kindes und dessen Partizipationsrecht am Verfahren.
2.2. Die Vorinstanz stellt das Verfahren mit der Begründung ein, es liege keine als Beweis verwertbare Einvernahme des von den angeblichen Straftaten betroffenen Kindes vor. Ob die Beiständin eine Pflichtverletzung begangen habe, indem sie im Namen des Kindes auf eine zweite parteiöffentliche Aussage des Kindes verzichtet habe, sei nicht Gegenstand des obergerichtlichen Verfahrens, sondern desjenigen vor der KESB. Aufgrund der Aktenlage sei unklar, ob die Beschwerdeführerin tatsächlich eine Beschwerde gegen den Entscheid der KESB vom 23. Februar 2018 erhoben habe. Selbst wenn aber von einer solchen Beschwerde auszugehen wäre, sei der Ausgang eines entsprechenden Beschwerdeverfahrens nicht abzuwarten, denn eine Pflichtverletzung der Beiständin sei nicht ersichtlich. Entgegen der Auffassung der Beschwerdeführerin dränge sich aus den Ausführungen der Beiständin nicht der Schluss auf, dass diese in Unkenntnis über die Konsequenzen auf eine zweite Befragung verzichtet habe. Die Beiständin habe betont, dass sie bei ihrem Entscheid über eine Zweitbefragung nicht die Frage der Verwertbarkeit der Aussage, sondern die Interessen des Kindes in den Vordergrund stelle. Sie habe eine sekundäre Viktimisierung und eine von Aussenstehenden beeinflusste Zweitbefragung vermeiden wollen. Bei ihrem Entscheid habe sie ausschliesslich die konkreten Kindesinteressen wahrgenommen und sei in Abwägung der ihr relevant erscheinenden Umstände zum Schluss gekommen, dass eine Zweitbefragung nicht im Interesse und Wohl des Kindes liege. Es bestünden keine Anzeichen dafür, dass die Beiständin dereinst aus ihrem Amt entlassen werden könnte. Zudem sei ungewiss, ob eine neue Beiständin im Namen des Kindes ebenfalls auf eine Zweitbefragung verzichten würde. Schliesslich widerspreche es dem Beschleunigungsgebot, den Abschluss des vorliegenden Strafverfahrens weiter zu verzögern, da dieses schon 1.5 Jahre andaure, weshalb die Einstellung des Verfahrens zu schützen sei (angefochtener Entscheid S. 7 ff.).
2.3.
2.3.1. Die Staatsanwaltschaft verfügt gemäss <ref-law> u.a. die Einstellung des Verfahrens, wenn kein Tatverdacht erhärtet ist, der eine Anklage rechtfertigt (lit. a) oder wenn Prozessvoraussetzungen definitiv nicht erfüllt werden können oder Prozesshindernisse aufgetreten sind (lit. d). Der Entscheid über die Einstellung eines Verfahrens hat sich nach dem Grundsatz "in dubio pro duriore" zu richten. Danach darf eine Einstellung durch die Staatsanwaltschaft grundsätzlich nur bei klarer Straflosigkeit oder offensichtlich fehlenden Prozessvoraussetzungen angeordnet werden. Hingegen ist, sofern die Erledigung mit einem Strafbefehl nicht in Frage kommt, Anklage zu erheben, wenn eine Verurteilung wahrscheinlicher erscheint als ein Freispruch. Ist ein Freispruch genauso wahrscheinlich wie eine Verurteilung, drängt sich in der Regel, insbesondere bei schweren Delikten, eine Anklageerhebung auf. Bei zweifelhafter Beweis- oder Rechtslage hat nicht die Staatsanwaltschaft über die Stichhaltigkeit des strafrechtlichen Vorwurfs zu entscheiden, sondern das zur materiellen Beurteilung zuständige Gericht. Der Grundsatz, dass im Zweifel nicht eingestellt werden darf, ist auch bei der Überprüfung von Einstellungsverfügungen zu beachten (<ref-ruling> E. 2.2.1 mit Hinweisen).
2.3.2. Stehen sich gegensätzliche Aussagen gegenüber ("Aussage gegen Aussage"-Situation) und ist es nicht möglich, die einzelnen Aussagen als glaubhafter oder weniger glaubhaft zu bewerten, ist nach dem Grundsatz "in dubio pro duriore" in der Regel Anklage zu erheben. Dies gilt insbesondere, wenn typische "Vier-Augen-Delikte" zu beurteilen sind, bei denen oftmals keine objektiven Beweise vorliegen. Auf eine Anklageerhebung kann verzichtet werden, wenn der Strafkläger ein widersprüchliches Aussageverhalten offenbarte und seine Aussagen daher wenig glaubhaft sind oder wenn eine Verurteilung unter Einbezug der gesamten Umstände aus anderen Gründen als von vornherein unwahrscheinlich erscheint (<ref-ruling> E. 2.2.2 mit Hinweisen).
2.4.
2.4.1. Bei den zur Diskussion stehenden Tatvorwürfen der sexuellen Handlungen mit einem Kind handelt es sich um Delikte, bei welchen es typischerweise keine direkte Tatzeugen gibt. Die Strafbehörden sind bei der Beurteilung solcher Vorwürfe regelmässig auf beweisverwertbare Aussagen des Beschuldigten und des Opfers angewiesen. Dies ist auch vorliegend der Fall. Gemäss dem angefochtenen Entscheid gründen die Vorwürfe auf einer Gefährdungsmeldung des Kinderarztes und den Aussagen der Beschwerdeführerin. Zur Hauptsache beruhen sie jedoch auf den Aussagen des Kindes B._. Der Beschwerdegegner 2 selbst bestreitet sämtliche Vorwürfe (angefochtener Entscheid S. 3 ff.). Die Vorinstanz hat sich nicht zur materiellen Begründetheit der Vorwürfe (und somit auch nicht zur Frage, ob klare Straflosigkeit vorliegt) geäussert, da der belastende Sachverhalt ihrer Auffassung nach ohne die Zweitaussage von B._ aus prozessualen Gründen weder gegenwärtig noch in absehbarer Zeit rechtsgenüglich erstellt werden kann (angefochtener Entscheid S. 8). Nachdem offensichtliche Straflosigkeit kein Thema vor Vorinstanz war, stellt sich vor Bundesgericht lediglich die Frage, ob die Prozessvoraussetzungen zur Fortführung des Strafverfahrens offensichtlich fehlen und die Einstellung des Strafverfahrens unter diesem Titel gerechtfertigt ist (<ref-ruling> E. 2.2.1 mit Hinweisen).
2.4.2. Im Zusammenhang mit der Überprüfung des staatsanwaltschaftlichen Einstellungsbeschlusses ist die Vorinstanz entgegen den Einwendungen der Beschwerdeführerin befugt, den verwaltungsrechtlichen Entscheid der KESB vom 23. Februar 2018 vorfrageweise zu prüfen. Die Vorinstanz hat sich bei der Prüfung auf offensichtliche Rechtsverletzung und Ermessensmissbrauch beschränkt und somit die ihr zustehende Kognition eingehalten (<ref-ruling> E. 2.1 und 2.2; <ref-ruling> E. II.4a S. 307 f.; Urteil 6B_1006/2008 vom 5. März 2009 E. 3.3.5.2; je mit Hinweisen).
2.4.3. Gestützt auf die für das Bundesgericht verbindlichen Sachverhaltsfeststellungen der Vorinstanz stand im Zeitpunkt des angefochtenen Entscheids nicht mit Gewissheit fest, ob im Rahmen des Strafverfahrens eine zweite, parteiöffentliche und somit beweisverwertbare Aussage des Kindes gemäss <ref-law> erhältlich gemacht werden kann oder ob die Zeugnisverweigerung definitiv ist. Denn gemäss Vorinstanz ist unklar, ob die Beschwerdeführerin den Entscheid der KESB vom 23. Februar 2018, mit welchem die KESB die Inanspruchnahme des Zeugnisverweigerungsrechts für das Kind B._ schützte, angefochten hat (angefochtener Entscheid S. 11). Die Vorinstanz hat nicht ausgeschlossen, dass die Prozessvoraussetzungen für eine Fortführung des Strafverfahrens irgendwann gegeben sein könnten.
Der Umstand, dass (noch) keine verwertbare Zweitaussage des Kindes vorliegt, rechtfertigt die Einstellung des Verfahrens nicht und es ist von der Vorinstanz zu prüfen, ob eine solche noch erhältlich gemacht werden kann. Beim Vorwurf der sexuellen Handlungen mit Kindern handelt es sich um einen schwerwiegenden Tatvorwurf, der durch die Strafverfolgungsbehörden nicht leichthin fallen gelassen werden darf. Dies gilt umso mehr, als das betroffene Kind (nicht verwertbare weil nicht parteiöffentliche) Erstaussagen gemacht hat und weiterhin aussagewillig ist. Zwar ist nach den zutreffenden vorinstanzlichen Erwägungen nicht zu übersehen, dass das Interesse des Kindes an einer weiteren verwertbaren Aussage kritisch zu hinterfragen ist, nachdem die Beschwerdeführerin im Verfahren 1B_380/2017 vor Bundesgericht ausgeführt hat, sie müsse ihren traumatisierten Sohn rund um die Uhr betreuen, um ihn zu stabilisieren und die Folgen (depressive Schübe, Angstzustände, Schlaflosigkeit und Wutattacken) der in Frage stehenden Delikte zu mildern. Dies ist aber im vorliegenden Fall nicht entscheidend, solange nicht ausgeschlossen ist, dass die zuständigen Verwaltungsinstanzen auf ihren Entscheid betreffend die Zeugnisverweigerung von B._ zurückkommen. Schliesslich erscheint es auch möglich, dass das Kind selbst auf die Zeugnisverweigerung zurückkommt, wenn es genügend alt ist, um darüber zu entscheiden.
Hinzu kommt, dass die bisherige Verfahrensdauer von nunmehr zwei Jahren für den untersuchten Tatvorwurf der sexuellen Handlungen mit Kindern nach <ref-law> als moderat zu bezeichnen ist. Setzt man sie in Relation zur Verfolgungsverjährung, die bis mindestens zum 25. Lebensjahr des Opfers andauert (<ref-law>), so ist nicht ersichtlich, weshalb mit der Einstellung des Strafverfahrens nicht zugewartet werden könnte, bis gegebenenfalls die zuständigen Verwaltungsbehörden mit voller Kognition über die Zeugnisverweigerung von B._ entschieden haben. Die nicht näher begründete vorinstanzliche Annahme, ein solcher Entscheid sei "nicht absehbar", genügt für eine Einstellung nicht. Die Vorinstanz verfügt nicht über hinreichende Gewissheit, dass das für die Einstellung massgebende Prozesshindernis endgültig wäre. Nach dem gegenwärtigen Verfahrensstand kann ni cht mit hinreichender Sicherheit auf offensichtlich fehlende Prozessvoraussetzungen im Sinne von <ref-law> geschlossen werden, welche eine Einstellung des Verfahrens gebieten. Indem die Vorinstanz unter den gegebenen Umständen der Einstellung des Verfahrens Priorität einräumt, verletzt sie Bundesrecht. Dass der Tatvorwurf der mehrfachen Tätlichkeiten nach <ref-law> bei einer Fortführung des Verfahrens verjähren kann, ist dabei hinzunehmen, zumal es sich um eine blosse Übertretung handelt, und dem Tatbestand der sexuellen Handlungen mit Kindern bereits aufgrund der Ausgestaltung als Verbrechen ein erheblich grösseres Gewicht zukommt.
3.
Die Beschwerde ist gutzuheissen. Der angefochtene Entscheid ist aufzuheben und die Sache zu neuer Entscheidung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Bei der vorliegenden Sachlage rechtfertigt es sich, auf die Erhebung von Kosten zu verzichten (Art. 66 Abs. 1 und 4 BGG) und der Beschwerdeführerin für das bundesgerichtliche Verfahren eine Parteientschädigung zulasten des Kantons Zürich zuzusprechen (<ref-law>). Die Entschädigung ist antragsgemäss auf Fr. 2'606.35 festzusetzen (Fr. 2'420.-- zuzüglich Mehrwertsteuer von 7.7 %, entsprechend Fr. 186.35; Art. 12 Abs. 1 des Reglements über die Parteientschädigung und die Entschädigung für die amtliche Vertretung im Verfahren vor dem Bundesgericht; SR 173.110.210.3). Mit dem Entscheid in der Sache wird der Antrag um aufschiebende Wirkung gegenstandslos.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird gutgeheissen. Der Entscheid des Obergerichts des Kantons Zürich vom 7. September 2018 wird aufgehoben und die Sache zu neuer Entscheidung an die Vorinstanz zurückgewiesen.
2.
Es werden keine Kosten erhoben.
3.
Der Kanton Zürich hat die Beschwerdeführerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2'606.35 zu entschädigen.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Zürich, III. Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 13. Mai 2019
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Denys
Der Gerichtsschreiber: Reut