Fatti:
A.
La società B._ SA in liquidazione gestisce l'aeroporto di Lugano-Agno e le relative infrastrutture, di cui è concessionaria la Città di Lugano. Nel settembre del 2014 ha presentato al Dipartimento federale dell'ambiente, dei trasporti, dell'energia e delle comunicazioni (DATEC) una domanda di approvazione dei piani per la costruzione presso l'aeroporto di uno stabile con due nuovi hangar, un terminal per l'aviazione generale e spazi destinati ai servizi dei pompieri, agli uffici doganali e all'impresa C._. Il progetto è previsto sul fondo part. n. 1047 di Agno, di complessivi 10'417 m2, di proprietà del Comune di Lugano. Il complesso è destinato allo stazionamento dei velivoli al coperto e comporta la demolizione di strutture attualmente esistenti per i pompieri e le altre attività, di cui è previsto il trasferimento nei nuovi spazi. La sua realizzazione implica inoltre lo spostamento di 20 posteggi.
B.
Nel periodo di pubblicazione della domanda, tra altre, è stata presentata un'opposizione del 22 ottobre 2014 di A._, proprietario di un fondo confinante con quello dedotto in edificazione. Egli ha, tra le altre critiche, contestato la compatibilità del progetto con il piano settoriale dell'infrastruttura aeronautica (PSIA).
C.
Con decisione del 30 dicembre 2015 il DATEC ha approvato i piani del progetto, respingendo contestualmente le opposizioni, tra cui quella di A._. Questi ha adito la Corte I del Tribunale amministrativo federale (TAF), che ne ha respinto il ricorso con sentenza del 23 novembre 2017.
D.
Con sentenza 1C_14/2018 dell'11 luglio 2018, il Tribunale federale ha accolto un ricorso presentato da A._ contro il giudizio del TAF, rinviandogli gli atti per una nuova decisione nel senso dei considerandi. Il Tribunale federale ha ravvisato una violazione del diritto di essere sentito del ricorrente, siccome il TAF non aveva esaminato determinate censure da lui sollevate.
E.
Statuendo nuovamente sul gravame di A._, con sentenza del 3 febbraio 2021 il TAF ha respinto il ricorso. Ha confermato la decisione di approvazione dei piani, imponendo inoltre alla Lugano Airport SA in liquidazione, frattanto sciolta con decisione dell'assemblea generale del 28 aprile 2020 e posta in liquidazione, un onere di smantellamento degli hangar su disposizione dell'autorità federale, allo scopo di garantire il loro carattere rimovibile. Il TAF ha ritenuto che i nuovi hangar erano necessari alla continuazione dell'esercizio dell'aeroporto e non ne ostacolavano la pianificazione futura.
F.
A._ impugna questa sentenza con un nuovo ricorso in materia di diritto pubblico del 9 marzo 2021 al Tribunale federale, chiedendo di annullarla e di accogliere il gravame che aveva presentato dinanzi al TAF.
G.
Invitati ad esprimersi sull'esistenza di un interesse pratico ed attuale delle parti alla trattazione della causa, il TAF ha comunicato di rinviare alla propria sentenza e di non avere osservazioni da formulare. La B._ SA in liquidazione e la Città di Lugano hanno ribadito quanto espresso dinanzi alla precedente istanza riguardo alla persistenza di un loro interesse alla realizzazione delle infrastrutture progettate, segnatamente in considerazione della mancanza di sufficienti spazi per lo stazionamento dei velivoli. Il DATEC, esprimendosi anche per conto dell'Ufficio federale dell'aviazione civile (UFAC), ha parimenti confermato di ritenere dato l'interesse a trattare la causa.
H.
Invitati ad esprimersi sul merito del ricorso, il TAF ha rinviato alla propria sentenza e non ha formulato osservazioni. Il DATEC ha comunicato di condividere la sentenza impugnata. L'opponente ha chiesto la reiezione del gravame.

Diritto:
1.
1.1. Presentato contro una decisione finale (<ref-law>) emanata dal TAF (<ref-law>) in una causa di diritto pubblico (<ref-law>), il ricorso, tempestivo (<ref-law>), è di principio ammissibile giusta gli art. 82 segg. LTF, non essendo realizzata alcuna eccezione prevista dall'<ref-law>.
1.2.
1.2.1. La legittimazione a ricorrere giusta l'<ref-law> presuppone che il ricorrente abbia un interesse pratico ed attuale all'esame del gravame, rispettivamente all'annullamento del giudizio impugnato (<ref-ruling> consid. 3.4; <ref-ruling> consid. 1.3.1 e rinvii). Quest'esigenza assicura che il Tribunale federale, nell'interesse dell'economia processuale, statuisca su questioni concrete e non soltanto teoriche (<ref-ruling> consid. 1.3 e rinvii). L'interesse pratico ed attuale a ricorrere contro la decisione impugnata deve esistere non soltanto quando è depositato il ricorso, ma anche al momento in cui è statuito sullo stesso (DTF <ref-ruling> consid. 1.3.1 e rinvii). Se l'interesse viene meno nel corso della procedura ricorsuale la causa diviene senza oggetto; se mancava già al momento del deposito del ricorso, lo stesso è inammissibile e non può quindi essere vagliato nel merito (DTF <ref-ruling> consid. 1.3.1; <ref-ruling> consid. 1.1; <ref-ruling> consid. 1.3.1).
1.2.2. Con la sentenza impugnata, il TAF ha confermato la decisione di approvazione dei piani per gli impianti progettati. Invitati in questa sede ad esprimersi sul loro interesse pratico ed attuale alla trattazione della causa, la B._ SA in liquidazione e la Città di Lugano hanno rilevato che a tutt'oggi v'è una mancanza di posti di stazionamento al coperto per velivoli già basati presso l'aeroporto, sicché il loro interesse a realizzare gli hangar litigiosi permane. Hanno precisato che la continuità della gestione dell'aeroporto è assicurata, fino al trapasso dell'attività a degli investitori privati, da una specifica unità organizzativa costituita all'interno dell'amministrazione comunale. Il Municipio ha a questo proposito pubblicato una manifestazione di interesse ("call for interest") per la ricerca di interessati a riprendere la gestione dello scalo, i cui documenti di gara comprendono pure il progetto di costruzione litigioso. Nell'ambito di questa gara, tuttora pendente, sono state inoltrate sette candidature. La B._ SA in liquidazione e la Città di Lugano adducono che gli hangar in questione verranno quindi realizzati dal gruppo privato che verrà selezionato o, nel caso in cui la procedura non dovesse andare a buon fine, direttamente dalla concessionaria stessa, al fine di garantire la continuazione dell'esercizio dell'aeroporto, che sarà principalmente orientato all'aviazione generale.
Alla luce di queste considerazioni, deve essere ammesso un interesse pratico ed attuale delle parti alla trattazione della causa, rispettivamente un interesse del ricorrente all'annullamento del giudizio impugnato. Tale interesse è stato sostanzialmente confermato in questa sede anche dall'autorità federale di approvazione dei piani.
2.
2.1. Conformemente a quanto stabilito dagli art. 95 e 96 LTF, il ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale può essere presentato per violazione del diritto, nel quale rientra pure il diritto costituzionale (<ref-ruling> consid. 3; <ref-ruling> consid. 1.4.1). Secondo l'<ref-law>, nel ricorso occorre spiegare per quali ragioni l'atto impugnato viola il diritto. Il ricorrente deve quindi confrontarsi con le considerazioni esposte nella sentenza impugnata, spiegando per quali motivi tale giudizio lede il diritto (<ref-ruling> consid. 1.7.1).
2.2. Il Tribunale federale fonda il suo ragionamento giuridico sull'accertamento dei fatti svolto dall'autorità inferiore (<ref-law>). Secondo l'<ref-law>, il ricorrente può censurare l'accertamento dei fatti soltanto se è stato svolto in modo manifestamente inesatto, vale a dire arbitrario (<ref-ruling> consid. 2.2), o in violazione del diritto ai sensi dell'<ref-law> e l'eliminazione del vizio può essere determinante per l'esito del procedimento. Il ricorrente può quindi censurare l'arbitrio nell'accertamento dei fatti e nella valutazione delle prove, ma deve motivare la censura in modo chiaro e preciso, conformemente alle esigenze poste dall'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 2.2; <ref-ruling> consid. 1.1; <ref-ruling> consid. 2.4).
2.3. Nella misura in cui il ricorrente si limita ad esporre una sua diversa valutazione di determinati fatti, senza tuttavia confrontarsi con gli accertamenti eseguiti dalla precedente istanza e senza sostanziarli d'arbitrio con una motivazione conforme alle esposte esigenze, il gravame denota carattere appellatorio e deve pertanto essere dichiarato inammissibile. Il ricorso è parimenti inammissibile laddove il ricorrente non spiega puntualmente le ragioni per cui i considerandi della sentenza impugnata violerebbero specifiche disposizioni del diritto federale.
3.
3.1. Il ricorrente sostiene che il progetto non sarebbe più di attualità a seguito della messa in liquidazione, il 28 aprile 2020, della B._ SA in liquidazione, come pure in considerazione del fatto che la Città di Lugano, concessionaria dell'aeroporto, prevede di trasferire la gestione dello scalo ad investitori privati. Secondo il ricorrente, in questa fase di transizione, né la Città di Lugano né la B._ SA in liquidazione sarebbero ancora interessate a realizzare gli hangar. La procedura di ricorso dinanzi al TAF sarebbe quindi divenuta per loro priva di interesse ed avrebbe dovuto essere stralciata dai ruoli.
3.2. Sollevando la censura, il ricorrente rimprovera genericamente ai precedenti giudici un'errata valutazione dei fatti. Non sostanzia tuttavia né l'arbitrio degli accertamenti eseguiti dai precedenti giudici né una violazione di determinate disposizioni legali con una motivazione conforme alle esigenze di motivazione degli art. 42 cpv. 2 e 106 cpv. 2 LTF. Il ricorrente non considera inoltre l'insieme dei fatti su cui è fondata la sentenza impugnata, in particolare l'approvazione da parte dell'UFAC, il 28 maggio 2020, delle modifiche del regolamento d'esercizio, volte a disciplinare la nuova organizzazione dell'aeroporto a seguito della messa in liquidazione della B._ SA in liquidazione. Allo scopo di assicurare il mantenimento dell'esercizio dell'aeroporto, la concessionaria ha infatti costituito un'apposita unità organizzativa all'interno della propria amministrazione. Il ricorrente disattende che la Città di Lugano dispone di una concessione per l'esercizio dell'aeroporto tuttora in vigore ed ha un interesse alla continuazione dell'attività dell'impianto, anche se non intende occuparsi direttamente della sua gestione in futuro. Del resto, un interesse pratico ed attuale alla trattazione della causa è come visto stato ammesso per quanto concerne l'esame del presente ricorso (cfr. consid. 1.2).
4.
4.1. Il ricorrente sostiene che il TAF avrebbe dovuto sospendere la procedura di ricorso in attesa dell'aggiornamento del PSIA e dei futuri sviluppi dell'aeroporto.
4.2. Limitandosi sostanzialmente a ribadire la sua richiesta di sospensione della procedura ricorsuale dinanzi al TAF, il ricorrente non si confronta puntualmente con i considerandi n. 3.1 e 3.2 della sentenza impugnata e non sostanzia quindi una violazione del diritto con una motivazione conforme alle esposte esigenze. Secondo quanto accertato dal TAF, l'aggiornamento della scheda di coordinamento del PSIA concernente l'aerodromo regionale di Lugano-Agno non è ancora terminata né risulta che si trovi in una fase avanzata o che la sua conclusione sia imminente. In tali circostanze, una sospensione sine die della procedura di ricorso contro l'approvazione degli hangar litigiosi, che sarebbero necessari al mantenimento dell'esercizio dello scalo, avrebbe potuto comportare una situazione di ritardata o denegata giustizia per le controparti (cfr. <ref-ruling> consid. 6.1; <ref-ruling> consid. 5). Pertanto, in mancanza di sufficienti elementi concreti che permettessero di ritenere conclusa a breve termine la procedura di aggiornamento del PSIA, una sospensione della causa in esame non si giustificava.
5.
5.1. Il ricorrente critica la conclusione dei precedenti giudici, secondo cui la costruzione dei nuovi hangar non costituisce un ostacolo alla revisione della scheda di coordinamento del PSIA concernente l'aerodromo di Lugano-Agno e quindi alla futura pianificazione del comparto. Richiama al riguardo le osservazioni presentate il 17 febbraio 2020 dall'UFAC dinanzi al TAF, secondo cui un settore dell'aeroporto sarà prevedibilmente ridimensionato, ciò che imporrà alla concessionaria di valutare l'integrazione degli hangar nell'ottica della progettata sistemazione dello scalo. Il ricorrente rileva inoltre che l'esercente non avrebbe raggiunto un accordo pianificatorio con il Comune di Agno, sul cui territorio sono previste le nuove costruzioni. Reputa altresì inconferenti le considerazioni esposte nella sentenza impugnata riguardo al finanziamento dell'opera e ritiene del tutto inutile l'imposizione dell'onere di rimuovere gli hangar su disposizione dell'autorità federale quando ne sarà data la necessità.
5.2. Secondo l'art. 37 cpv. 1 della legge federale sulla navigazione aerea, del 21 dicembre 1948 (LNA; RS 748.0), per la costruzione e la modifica di edifici e impianti che servono totalmente o preponderantemente all'esercizio di un aerodromo (impianti aeroportuali) occorre un'approvazione dei piani. Sono considerati impianti aeroportuali anche le strutture di raccordo e i cantieri connessi con gli impianti e l'esercizio. L'art. 27d cpv. 1 lett. a dell'ordinanza sull'infrastruttura aeronautica, del 23 novembre 1994 (OSIA; RS 748.131.1), nel tenore in vigore fino al 31 dicembre 2018, prevedeva che i piani sono approvati, in particolare, se il progetto è conforme agli obiettivi e alle esigenze del PSIA. Nel tenore vigente a partire dal 1° gennaio 2019, la disposizione prevede che i piani sono approvati se il progetto rispetta le decisioni del PSIA.
La scheda di coordinamento del PSIA concernente l'aerodromo regionale di Lugano-Agno, adottata dal Consiglio federale il 18 agosto 2004 (parte IIIC / 3a serie), prevede che "gli edifici provvisori che non soddisfano la concessione quadro sono ammessi solo in motivati casi eccezionali. Essi devono essere necessari per il mantenimento dell'esercizio e non devono ostacolare l'ampliamento degli impianti aeroportuali secondo la concessione quadro. Queste costruzioni devono adempiere i criteri concordati tra i Comuni di ubicazione e l'esercente dell'aerodromo". Nella citata sentenza 1C_14/2018 (consid. 3.3), questa Corte ha ritenuto vincolante (cfr. <ref-law>) l'accertamento del TAF, secondo cui il progetto in esame concerne una costruzione provvisoria, di carattere temporaneo, che potrà essere facilmente smontata e spostata in altro luogo nel caso di un futuro sviluppo dell'aeroporto. Il Tribunale federale ha rilevato che, pur dovendo il PSIA essere riesaminato ed adattato, rimaneva comunque possibile realizzare edifici provvisori necessari per la continuazione dell'esercizio dell'impianto e che non comportano un ostacolo per il suo ampliamento secondo la concessione quadro, rispettivamente per la sua pianificazione futura (sentenza 1C_14/2018, citata, consid. 3.4.3 e 3.5).
5.3. Richiamando essenzialmente un prevedibile ridimensionamento dell'aeroporto, il ricorrente non sostanzia seri motivi oggettivi per cui gli hangar progettati, tenuto conto del loro carattere rimovibile, impedirebbero l'evoluzione futura dell'impianto aeroportuale. Nemmeno dalle osservazioni del 17 febbraio 2020 dell'UFAC, citate dal ricorrente, risulta un impedimento di natura tecnica a tale sviluppo. L'autorità federale ha infatti rilevato che il coordinamento e l'integrazione del progetto in una strategia globale appaiono fattibili quantomeno a titolo provvisorio. Il TAF ha inoltre accertato che il progettista ha stimato in circa fr. 350'000.-- i costi per lo smontaggio e il rimontaggio delle infrastrutture. Il ricorrente non si confronta specificatamente con questo accertamento e non lo sostanzia quindi d'arbitrio. Non adduce ragioni per cui la spesa stimata sarebbe inattendibile. Si tratta di un importo tutto sommato sostenibile, che non appare di per sé suscettibile di fare ritenere inverosimile la rimozione o lo spostamento delle opere che dovessero risultare incompatibili con l'attuazione della futura nuova pianificazione del comparto.
Il ricorrente rileva altresì che non sarebbe stato raggiunto un accordo pianificatorio tra il Comune di Agno e l'esercente dell'aeroporto in merito alla realizzazione degli hangar. Tuttavia, il Comune di Agno ha presentato un'opposizione alla domanda di approvazione dei piani ed ha partecipato alla procedura dinanzi all'autorità federale, salvaguardando in quella sede i suoi interessi (<ref-law>). In tale contesto, il Comune ha potuto presentare eventuali domande sulla base del diritto cantonale e comunale, per quanto non limitassero in modo sproporzionato l'esercizio o la costruzione dell'impianto aeroportuale (<ref-law>). Contro la decisione di approvazione dei piani, il Comune di Agno ha pure adito il TAF, che beneficia di un ampio potere cognitivo (cfr. <ref-law>), e dinanzi al quale ha potuto nuovamente invocare le sue argomentazioni.
Nella misura in cui rispettano le esigenze degli art. 42 cpv. 2 e 106 cpv. 2 LTF, le censure sollevate dal ricorrente non permettono di rimettere seriamente in discussione la conclusione del TAF secondo cui la costruzione dei nuovi hangar, tenuto conto della possibilità di rimuoverli, non ostacola la revisione della scheda di coordinamento del PSIA e la futura pianificazione dell'aeroporto. Né occorre esaminare se il completamento della decisione di approvazione dei piani con un onere di smantellamento degli hangar sia superfluo o meno (cfr. <ref-law>). Si tratta semmai di un aggravio per l'esercente dell'aeroporto, obbligato a darvi seguito. Destinato a garantire l'accertato carattere rimovibile degli hangar, l'onere non riveste una portata pratica per il giudizio sul gravame del ricorrente, che lo ritiene semplicemente inutile.
6.
6.1. Il ricorrente contesta la necessità dei nuovi hangar adducendo ch'essi non sarebbero indispensabili per il mantenimento dell'esercizio aeroportuale, ma servirebbero al miglioramento dell'attività commerciale dello scalo. Sostiene che l'unico scopo perseguito dall'attuale gestione dell'aeroporto sarebbe quello di evitare il fallimento della società e di trasferire l'attività ad un'impresa privata. Ritiene che per svolgere un simile compito, la costruzione di nuovi hangar non sarebbe necessaria.
6.2. Sulla base dei dati forniti dall'esercente, il TAF ha accertato che l'aeroporto non dispone attualmente di spazi in proprietà per lo stazionamento dei velivoli al coperto per gli utenti dello scalo. Ha segnatamente rilevato che l'esercente fa capo ad un'infrastruttura privata messa a disposizione dalla società D._ SA su tre fondi situati nei Comuni di Bioggio e di Agno. Queste rimesse consentono lo stazionamento al coperto di dieci/dodici velivoli. Il TAF ha poi accertato che, sempre secondo i dati dell'opponente, allo stadio attuale gli aerei già basati a Lugano-Agno e che necessitano di posti in rimessa sono almeno diciannove, ciò che comporta la mancanza di circa dieci posti. Vi sarebbero inoltre almeno venticinque interessati alla sottoscrizione di un contratto di locazione per un posto di stazionamento per velivoli negli hangar. Il TAF ha quindi accertato che, nella situazione esistente, l'aeroporto non dispone di sufficienti spazi propri di rimessaggio per gli utenti dell'aeroporto. Il ricorrente non si confronta con questi accertamenti, che non sono censurati d'arbitrio con una motivazione conforme alle esigenze dell'<ref-law> e sono quindi vincolanti per il Tribunale federale (<ref-law>). Alla luce di questi fatti, rilevato che la disponibilità di sufficienti posti di stazionamento coperti costituisce un requisito importante per la funzionalità e l'attività dell'aeroporto, la conclusione del TAF, che ha ammesso la necessità degli hangar litigiosi per il mantenimento dell'esercizio dell'aeroporto, non disattende il PSIA e non viola pertanto il diritto federale. Per il resto, già si è detto che, a prescindere dall'organizzazione che gestirà in futuro l'aeroporto, permane un interesse della concessionaria a realizzare il progetto nell'ottica della continuazione dell'attività dello scalo.
6.3. Il ricorrente cita infine il caso di cui alla sentenza pubblicata in <ref-ruling> (in particolare consid. 3.3.3). La fattispecie qui in esame è tuttavia diversa da quella oggetto del giudizio citato. In concreto si tratta infatti di un intervento edilizio reversibile che permette di conservare un esercizio e una capacità sufficienti dello scalo, senza ostacolarne l'evoluzione futura.
7.
Ne segue che, in quanto ammissibile, il ricorso deve essere respinto. Le spese giudiziarie e le ripetibili seguono la soccombenza e sono quindi poste a carico del ricorrente (art. 66 cpv. 1 e art. 68 cpv. 1 LTF).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1.
Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è respinto.
2.
Le spese giudiziarie di fr. 4'000.-- sono poste a carico del ricorrente, che rifonderà all'opponente un'indennità di fr. 3'000.-- a titolo di ripetibili della sede federale.
3.
Comunicazione ai patrocinatori delle parti, all'Ufficio federale dell'aviazione civile UFAC, al Dipartimento federale dell'ambiente, dei trasporti, dell'energia e delle comunicazioni DATEC, e alla Corte I del Tribunale amministrativo federale.