Fatti:
A.
A.a. La A._SA ha assunto B._ con contratto di lavoro del 21 giugno 2013 quale " operatore della pietra ", impiegato nel settore "l avorazione dello gneiss ", inserito nella " categoria salariale C " con un salario orario di fr. 20.--. Il contratto menzionava pure che " vigenti sono le normative secondo l'attuale C.C.L. del granito TI e il codice delle obbligazioni svizzero ". Il contratto collettivo cantonale era tuttavia scaduto senza rinnovo alla fine del 2011. In seguito alla disdetta emessa dalla menzionata società il rapporto di lavoro è terminato il 30 settembre 2014.
A.b. Dopo un infruttuoso tentativo di conciliazione, B._ ha convenuto in giudizio il 22 luglio 2015 innanzi alla Pretura del distretto di Vallemaggia la A._SA, chiedendo che fosse condannata a pagargli fr. 19'856.85, oltre interessi, quale conguaglio fra il salario ricevuto e quello previsto dal Contratto nazionale mantello dell'edilizia e del genio civile 2012-2015 (in seguito: CNM). La convenuta si è integralmente opposta alla pretesa del suo ex dipendente. Con sentenza 11 novembre 2016 il Pretore ha respinto l'azione, perché in ogni caso l'art. 45 CNM avrebbe consentito alle parti di pattuire un salario inferiore a quello previsto da tale contratto collettivo di lavoro (CCL).
B.
Con sentenza 18 giugno 2018 la II Camera civile del Tribunale di appello del Cantone Ticino ha, in accoglimento dell'appello di B._, riformato il giudizio di primo grado nel senso che la petizione è accolta e la convenuta condannata a pagare all'attore fr. 19'856.85, oltre interessi al 5 %, e a rifondergli fr. 1'000.-- a titolo di ripetibili. La Corte cantonale ha considerato che al contratto di lavoro era applicabile il CNM, dichiarato obbligatorio dal Consiglio federale e ha ritenuto che nemmeno l'art. 45 CNM permetteva di corrispondere al dipendente una retribuzione inferiore a quella prevista dal CCL.
C.
Con ricorso in materia civile del 20 agosto 2018 la A._SA postula l'annullamento della sentenza di appello e la conferma del giudizio pretorile. Dopo aver narrato e completato i fatti, afferma che la Corte cantonale avrebbe violato l'art. 55 cpv. 1 CPC e l'art. 8 CC nonché accertato in maniera arbitraria i fatti. Asserisce poi di non sottostare al CNM poiché, occupandosi unicamente dell'estrazione e della lavorazione dello gneiss e del granito, fa parte del settore del marmo e del granito che sarebbe escluso dall'obbligatorietà generale e svolgerebbe un'attività di tipo industriale e non edile. Sostiene quindi che le parti sono unicamente vincolate dal contratto di lavoro individuale da loro sottoscritto. Termina il gravame aggiungendo che in ogni caso il salario convenuto sarebbe stato giustificato dall'applicazione dell'art. 45 CNM.
Con riposta 15 ottobre 2018 B._ propone la reiezione del ricorso e la conferma della sentenza impugnata.
Il 29 ottobre 2018 la A._SA ha inoltrato spontaneamente una replica, che l'opponente ha interamente contestato con scritto 14 novembre 2018.

Diritto:
1.
Il ricorso in materia civile è presentato dalla parte soccombente nella procedura cantonale (art. 76 cpv. 1 lett. a LTF), è tempestivo (art. 46 cpv. 1 lett. b combinato con l'art. 100 cpv. 1 LTF) ed è volto contro una sentenza finale (art. 90 LTF) emanata su ricorso dall'autorità ticinese di ultima istanza (art. 75 LTF) in una causa civile (art. 72 cpv. 1 LTF) concernente una controversia in materia di diritto del lavoro con un valore litigioso che supera la soglia fissata dall'art. 74 cpv. 1 lett. a LTF. Il ricorso è perciò in linea di principio ammissibile.
2.
Giusta l'art. 42 cpv. 2 LTF nei motivi del ricorso occorre spiegare, in modo conciso e confrontandosi con i considerandi della sentenza impugnata (<ref-ruling> consid. 2; <ref-ruling> consid. 2.1), perché l'atto attaccato viola il diritto (art. 42 cpv. 2 LTF). In virtù dell'art. 106 cpv. 2 LTF il Tribunale federale esamina la violazione di diritti costituzionali soltanto se tale censura è stata sollevata e motivata. Ciò significa che la parte ricorrente deve indicare in modo chiaro e dettagliato, con riferimento ai motivi della decisione impugnata, in che modo sarebbero stati violati i suoi diritti costituzionali (<ref-ruling> consid. 1.2; <ref-ruling> consid. 6).
Il Tribunale federale fonda la sua sentenza sui fatti accertati dall'autorità inferiore (art. 105 cpv. 1 LTF). A questi appartengono sia le constatazioni concernenti le circostanze relative all'oggetto del litigio sia quelle riguardanti lo svolgimento della procedura innanzi all'autorità inferiore e in prima istanza, vale a dire gli accertamenti che attengono ai fatti procedurali (<ref-ruling> consid. 1.3.1 con riferimenti). Il Tribunale federale può unicamente rettificare o completare l'accertamento dei fatti dell'autorità inferiore, se esso è manifestamente inesatto o risulta da una violazione del diritto ai sensi dell'art. 95 LTF (art. 105 cpv. 2 LTF). "Manifestamente inesatto" significa in questo ambito "arbitrario" (<ref-ruling> consid. 2; <ref-ruling> consid. 1.5). L'eliminazione del vizio deve inoltre poter essere determinante per l'esito del procedimento (art. 97 cpv. 1 LTF).
La parte che critica la fattispecie accertata nella sentenza impugnata deve sollevare la censura e motivarla in modo preciso, come esige l'art. 106 cpv. 2 LTF (<ref-ruling> consid. 2.3, con rinvii). Essa deve spiegare in maniera chiara e circostanziata in che modo queste condizioni sarebbero soddisfatte (<ref-ruling> consid. 1.3.1, con rinvii). Se vuole completare la fattispecie deve dimostrare, con precisi rinvii agli atti della causa, di aver già presentato alle istanze inferiori, rispettando le regole della procedura, i relativi fatti giuridicamente pertinenti e le prove adeguate (<ref-ruling> consid. 2). Se la critica non soddisfa queste esigenze, le allegazioni relative a una fattispecie che si scosta da quella accertata non possono essere prese in considerazione (<ref-ruling> consid. 1.3.1).
3.
3.1. Contrariamente al Pretore, che ha lasciato la questione indecisa, la Corte cantonale ha ritenuto che il rapporto di lavoro era sottoposto al CNM, dichiarato di obbligatorietà generale. Precisato che un assoggettamento dal profilo geografico e personale erano pacifici, ha esaminato se fosse dato pure quello aziendale. A tal fine ha innanzi tutto indicato che secondo l'attore, rappresentato da un sindacato, l'attività svolta riguardava l'estrazione della pietra in una cava ai sensi della lett. c dell'art. 2 cpv. 2 CNM, mentre la convenuta, pur non negando di effettuare un'attività estrattiva, sostiene che questa sia da includere nella lett. d del menzionato articolo a cui invece il Consiglio federale non aveva conferito effetto obbligatorio. Dopo aver richiamato la massima dispositiva e attitatoria, i Giudici d'appello hanno ritenuto incontestata " la rilevanza dell'attività di estrazione di granito da cava " e " che la convenuta non ha adeguamente allegato, prima ancora che provato, le circostanze specifiche che avrebbero permesso alla controparte di prendere posizione sul tema e far assumere le necessarie controprove ". Essi hanno quindi considerato che l'attore era un lavoratore di una ditta esercitante un'attività di cava e quindi obbligatoriamente assoggettata al CNM, " l'istruttoria non avendo rilevato elementi che permettano di escludere la convenuta dal campo di applicazione del CNM in virtù di particolari situazioni o che consentano di qualificare tale attività estrattiva di importanza minore rispetto a una successiva lavorazione e trasformazione ".
3.2. La ricorrente sostiene che " l'accertamento arbitrario dei fatti da parte del Tribunale di appello ha portato a una violazione del diritto federale, segnatamente della massima dispositiva attitatoria di cui all'art. 55 cpv. 1 CPC e dell'onere probatorio dell'art. 8 CC ", e si diffonde sulle esigenze allegatorie, le quali non sarebbero state adempiute dall'opponente, poiché questi non ha nemmeno indicato l'esistenza dei settori distinti menzionati alle lettere c e d dell'art. 2 cpv. 2 CNM.
3.3. Occorre innanzi tutto osservare che, contrariamente a quanto scritto nella sentenza impugnata, la causa non era retta dal principio attitatorio, ma dal cosiddetto principio inquisitorio sociale o limitato. Si tratta infatti di una controversia in materia di diritto del lavoro nel senso dell'art. 247 cpv. 2 lett. b CPC in cui il giudice accerta d'ufficio i fatti. Ciò significa che, come nelle procedure - ordinarie - rette dal principio attitatorio, spetta alle parti raccogliere gli elementi del processo. Il Tribunale le aiuta tuttavia con delle domande adeguate affinché le allegazioni necessarie e i mezzi di prova corrispondenti siano enumerati con precisione. Quando le parti sono patrocinate da un avvocato, il Tribunale può far prova di riserbo come nella procedura ordinaria (<ref-ruling> consid. 2.3.1). La circostanza che si tratta di una causa sottoposta al principio inquisitorio limitato è sfuggito anche alla ricorrente, che incentra inconferentemente la summenzionata critica sul mancato adempimento dei requisti posti a una procedura retta dal principio attitatorio.
Premesso che il ricorso non contiene alcuna ammissibile censura contro l'accertamento dei fatti della sentenza impugnata (v. sulle esigenze di motivazione di una tale censura, supra consid. 2), l'errore commesso dalla Corte cantonale non è tuttavia rilevante ai fini del giudizio. Infatti la stessa ricorrente afferma di aver " contestato strenuamente " innanzi al Pretore di essere vincolata dal CNM e che pure l'associazione di categoria di cui faceva parte controverteva che il settore dell'estrazione del granito fosse sottoposto al CNM. Anche nel ricorso in esame, introdotto dalla legale che ha cominciato a patrocinarla in sede di conclusioni, essa nega di essere sottomessa al CNM perché si occupa unicamente di gneiss e granito, ma non sostiene che l'attività di estrazione non fosse quella esercitata in maniera preponderante. Anzi, si lancia in spiegazioni, con riferimenti a opere specialistiche, sui tipi di cave esistenti in Svizzera. L'accertamento della Corte cantonale, invero non espresso con cristallina chiarezza e su cui è basato il giudizio impugnato, secondo cui la ricorrente è un'impresa che si occupa principalmente dell'estrazione di pietre naturali, può quindi essere considerato pacifico. In queste circostanze la questione dell'onere probatorio diviene priva d'oggetto (<ref-ruling> consid. 3.2 con rinvii). Occorre pertanto esaminare se, come affermato nel ricorso, per l'assoggettamento al CCL dell'impresa è determinante il tipo di pietra ricavato.
4.
L'art. 2 cpv. 3 lett. c. del decreto 15 gennaio 2013 del Consiglio federale che conferisce obbligatorietà generale al contratto nazionale mantello dell'edilizia e del genio civile (FF 2013 547; in seguito DCF CNM 2013) ha il seguente tenore:
"Le disposizioni di carattere obbligatorio generale, stampate in grassetto, del CNM che figurano nell'allegato devono essere applicabili a tutti i datori di lavoro (imprese e parti di imprese e cottimisti indipendenti) purché la loro attività principale, ossia quella che li caratterizza, rientri nel settore dell'edilizia principale.
L'attività che caratterizza l'impresa o la parte d'impresa rientra nel settore dell'edilizia principale quando l'impresa o la parte di impresa opera principalmente, ossia in misura preponderante, in uno dei o diversi dei seguenti ambiti:
c. lavorazione della pietra, attività di cava e imprese di selciatura."
4.1. I Giudici d'appello hanno ritenuto che la ricorrente opera principalmente nell'ambito dell'" attività di cava " nel senso dell'art. 2 cpv. 3 lett. c del citato decreto perché, come già osservato al precedente considerando, l'attività che la caratterizza è quella dell'estrazione. La ricorrente, non firmataria a titolo individuale del CCL né socia di un'associazione contraente, ribadisce invece che la predetta norma è stata ripresa dal corrispondente articolo del CNM; quest'ultimo alla lettera d menziona però la " lavorazione del marmo e del granito ", disposizione che non è stata dichiarata obbligatoria dal Consiglio federale. Sostiene che occupandosi di granito e gneiss (roccia analoga al granito), essa sarebbe quindi esclusa dal campo di applicazione - obbligatorio - del CNM. Afferma che l'esistenza delle due disposizioni sarebbe dovuta al fatto che in Svizzera esisterebbero due tipi di cave: dal primo - storicamente spesso di proprietà di imprenditori edili - si ricaverebbe il ghiaione, mentre dal secondo grandi blocchi che possono poi essere tagliati e lavorati. A titolo abbondanziale afferma pure di non essere un'impresa in concorrenza diretta con quelle dell'edilizia e del genio civile.
4.2. Le norme con cui l'autorità competente ha esteso, in virtù della legge federale del 28 settembre 1956 concernente il conferimento del carattere obbligatorio generale al contratto collettivo di lavoro (RS 221.215.311), il campo di applicazione di un CCL ai datori di lavoro e ai lavoratori del ramo o della professione che non vi erano vincolati sono da interpretare secondo i principi generali vigenti per l'interpretazione di leggi (<ref-ruling> consid. 4.4 con rinvii). Si parte quindi dal loro tenore. Dal senso così determinato occorre tuttavia derogare, se sussistono validi motivi per ritenere che il legislatore non abbia potuto volerlo. Tali motivi possono in particolare derivare dalla genesi della disposizione, dal suo scopo o dalla sua relazione con altre norme (<ref-ruling> consid. 3.2). La necessità della sicurezza del diritto riveste particolare importanza. Affinché un contratto collettivo di lavoro possa esplicare la sua funzione protettiva, le parti devono poter facilmente riconoscere se esse vi sono sottoposte o no (<ref-ruling> consid. 4.4).
In concreto il DCF CNM 2013 menziona espressamente che sia l'" attività di cava " che la " lavorazione della pietra " rientrano nel settore dell'edilizia principale, distinguendo l'estrazione dalla lavorazione. La disposizione del CCL, su cui si basa la ricorrente per escludere di essere interessata dal conferimento del carattere obbligatorio generale, si limita invece a indicare la " lavorazione del marmo e del granito ", rimanendo del tutto silente sull'estrazione degli appena menzionati tipi di pietra. Non ne può quindi essere dedotto, come invece sostenuto nel ricorso, che anche le cave di granito ricadano nel campo di applicazione della lettera d del CNM e siano per questo motivo escluse dall'estensione di tale CCL. Inconferente si rivela in queste circostanze la digressione, peraltro inammissibilmente basata su fatti non risultanti dalla sentenza impugnata, sui vari tipi di cava riscontrabili in Svizzera. Alla luce del chiaro tenore del decreto, la Corte cantonale non ha violato il diritto federale ritenendo che anche le cave di granito sono toccate dal DCF CNM 2013, soluzione peraltro consona al requisito della sicurezza del diritto. Non è del resto nemmeno ravvisabile né spiegato per quale motivo l'attività di cava della ricorrente non sarebbe in concorrenza con quella di altre cave di pietre naturali che sono pacificamente sottoposte al DCF CNM 2013.
5.
5.1. La Corte cantonale ha infine ritenuto che la decisione del Pretore di giustificare il salario corrisposto con l'art. 45 CNM era viziata da un erroneo apprezzamento delle circostanze e da un'applicazione scorretta del diritto.
5.2. La ricorrente afferma che, anche qualora il CNM dovesse essere applicabile, le richieste dell'opponente dovrebbero essere respinte, atteso che il contratto sottoscritto dalle parti costituirebbe, in virtù dell'art. 45 lett. a CNM, una valida deroga alla classe salariale prevista dal CCL. Asserisce che le sue allegazioni sull'assenza di esperienza nel campo lavorativo in questione e la mancanza di conoscenze specifiche del lavoratore erano rimaste incontestate. Aggiunge che la Corte cantonale sbaglia quando indica che il contratto di lavoro avrebbe dovuto essere sottoposto alla commissione paritetica per ratifica.
5.3. L'art. 45 CNM prevede che il contratto di lavoro individuale in cui viene pattuito un salario inferiore a quello previsto dal CCL deve contenere un rinvio all'appena menzionato articolo. Tale requisito non è adempiuto nella fattispecie. Inoltre la lettera a dell'articolo in discussione, su cui si basa la ricorrente per giustificare il salario corrisposto, si riferisce testualmente a " lavoratori che fisicamente e/o mentalmente non sono in grado di svolgere pienamente l'attività " e non a lavoratori non - completamente - formati. Quanto precede basta per escludere nel caso concreto la possibilità di derogare a quanto previsto dal CNM.
6.
Da quanto precede discende che il ricorso si palesa, nella misura in cui è ammissibile, infondato e come tale va respinto. Le spese giudiziarie e le ripetibili seguono la soccombenza e vengono poste a carico della ricorrente (art. 65 cpv. 4 lett. c, 66 cpv. 1 e 68 cpv. 1 LTF).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1.
Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è respinto.
2.
Le spese giudiziarie di fr. 600.-- sono poste a carico della ricorrente, che rifonderà all'opponente fr. 1'500.-- a titolo di ripetibili per la procedura innanzi al Tribunale federale.
3.
Comunicazione ai patrocinatori delle parti e alla II Camera civile del Tribunale d'appello del Cantone Ticino.