Erwägungen:
1.
1.1. Die Kraftwerk Eglisau-Glattfelden AG (nachfolgend: die Konzessionärin) wurde am 30. September 2002 gegründet, ist eine 100-prozentige Tochtergesellschaft der Axpo Power AG und hat statutarischen Sitz in Glattfelden/ZH. Am 16. Dezember 1998 erteilte das Eidgenössische Departement für Umwelt, Verkehr, Energie und Kommunikation (UVEK) der Axpo Power AG zuhanden der noch zu gründenden Konzessionärin die bis zum 31. Dezember 2049 befristete Konzession, dem Oberwasser beim Wasserkraftwerk Eglisau/ZH rund 500 m3 /s (bis dahin: 400 m3 /s) zu entnehmen und so die Wasserkraft des Rheins zu nutzen. Das zur Nutzung zugewiesene Teilstück des Rheins befindet sich auf Boden der Kantone Zürich und Schaffhausen sowie der Bundesrepublik Deutschland.
1.2. Die Konzessionärin erneuerte und erweiterte das Wasserkraftwerk Eglisau von Oktober 2008 bis Juni 2012 im Sinne der Vorgaben der Konzedentin. Den jeweils per 30. Juni ermittelten Wasserzins der Jahre 2008 und 2009 bezahlte sie vorbehaltlos, ehe sie am 18. Mai 2010 die Kantone Zürich und Schaffhausen darum ersuchte, den Wasserzins während der Bauzeit nachträglich herabzusetzen. Dies sollte der Auffassung der Konzessionärin zufolge dadurch geschehen, dass der Wasserzins im Verhältnis der erlittenen Produktionsverluste zum langjährigen Produktionsdurchschnitt vermindert würde. Die Konzessionärin ermittelte nach dieser Formel einen Betrag gegenüber dem Kanton Zürich von Fr. 1'823'515.05 und gegenüber dem Kanton Schaffhausen einen solchen von Fr. 950'619.35. Anlass dazu gaben Bauverzögerungen: So sah die Bauplanung ursprünglich vor, die sieben im Kraftwerk installierten Maschinengruppen ab Juli 2008 bis Ende März 2012 umzubauen, wobei jede Maschinengruppe während rund 14 Monaten ausser Betrieb genommen werden sollte. Die Arbeiten beanspruchten mehr Zeit als gedacht. Der Umbau der ersten Maschinengruppe erforderte 16 Monate, jener der weiteren Gruppen zwischen rund 20 und 21 Monaten.
1.3. Die Baudirektion des Kantons Zürich wies das Gesuch vom 18. Mai 2010, soweit gegen den Kanton Zürich gerichtet, mit Verfügung vom 12. Juli 2011 ab, was das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 3. Abteilung, mit Entscheid VB.2012.00398 vom 28. Februar 2013 bestätigte. In der Folge hiess das Bundesgericht die dagegen gerichtete Beschwerde der Konzessionärin mit Urteil 2C_338/2013 vom 21. August 2013 gut. Es erkannte, die sachliche Zuständigkeit liege beim UVEK - und nicht bei den beiden Kantonen. Mit Verfügung vom 20. Oktober 2016 wies das UVEK das Gesuch vom 18. Mai 2010 ab. Dagegen gelangte die Konzessionärin an das Bundesverwaltungsgericht, das die Beschwerde im Sinne der Erwägungen teilweise guthiess, die Verfügung vom 20. Oktober 2016 aufhob und die Sache zu neuem Entscheid an das UVEK zurückwies (Entscheid A-7178/2016 vom 13. November 2017).
1.4.
1.4.1. Das Bundesverwaltungsgericht erwog hauptsächlich, die Auslegung von Art. 50 des Bundesgesetzes vom 22. Dezember 1916 über die Nutzbarmachung der Wasserkräfte (WRG; SR 721.80) verdeutliche, dass unter einem "Bau" nicht nur der Neubau, sondern auch ein kapazitätssteigernder "Ausbau" zu verstehen sei, wie er hier vorliegt (E. 5.1 bis 5.7). Auf die zusätzliche Wassermenge von 100 m3 /s dürfe gemäss <ref-law> solange kein Wasserzins erhoben werden, als diese nicht genutzt werden könne und dürfe (E. 5.8 Abs. 1). Fraglich bleibe, wie es sich mit dem Wasserzins auf der bisherigen Nutzmenge von 400 m3 /s verhalte, die Gegenstand des Herabsetzungsgesuchs bilde. Hierfür sei <ref-law> massgebend. Die in Ausführung des WRG ergangene Verordnung über die Berechnung des Wasserzinses (WZV; SR 721.831) gehe darüber nicht hinaus, ebenso wenig das kantonale Recht (E. 5.8 Abs. 2). Zu berücksichtigen sei in jedem Fall, dass die Konzessionärin die Wasserzinsen für die streitbetroffenen Jahre 2008 und 2009 vorbehaltlos bezahlt habe, was dahingehend zu würdigen sei, dass sie den vorhersehbaren Produktionsausfall - Ausserbetriebnahme jeder Maschinengruppe während rund 14 Monaten - hingenommen und insoweit auf die Herabsetzung verzichtet habe. Ansonsten hätte die Konzessionärin einen Vorbehalt anzubringen gehabt (E. 6.4 S. 21).
1.4.2. Insoweit habe das UVEK das Gesuch mit Recht abgewiesen, nicht jedoch, was den unvorhersehbaren Produktionsausfall - die 14 Monate übersteigende Ausserbetriebnahme - betreffe (E. 6.5). Für den Entscheid darüber, ob der Wasserzins im genannten Rahmen rückwirkend herabzusetzen sei, bedürfe es jedoch weiterer Sachverhaltsabklärungen. Insbesondere habe das UVEK zu klären, ob die von der Konzessionärin angewandte Herabsetzungsformel sachgerecht sei und den gesetzlichen Anforderungen von WRG und WZV genüge. Die angefochtene Verfügung vom 20. Oktober 2016 sei daher in teilweiser Gutheissung der Beschwerde aufzuheben und zur ergänzenden Sachverhaltsfeststellung und zum neuen Entscheid im Sinne der Erwägungen an das UVEK zurückzuweisen (E. 6.6).
1.5. Mit Eingabe vom 20. Dezember 2017 erhebt die Konzessionärin beim Bundesgericht Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten. Sie beantragt, der angefochtene Entscheid sei aufzuheben und die Sache zur neuen Entscheidung (Herabsetzung auch im Bereich des vorhersehbaren Produktionsausfalls) an das UVEK, eventualiter an das Bundesverwaltungsgericht zurückzuweisen. Sie stellt sich auf den Standpunkt, beim angefochtenen Entscheid handle es sich um einen (Quasi-) Endentscheid im Sinne von <ref-law> (SR 173.110).
1.6. Der Abteilungspräsident hat von Instruktionsmassnahmen abgesehen (<ref-law>).
2.
2.1. Das Bundesgericht soll sich der Konzeption nach nur einmal mit derselben Angelegenheit befassen müssen und diese hierbei abschliessend beurteilen können (<ref-ruling> E. 1.3 S. 366). Die (Einheits-) Beschwerde ist daher grundsätzlich nur zulässig gegen Entscheide, die das Verfahren ganz oder teilweise abschliessen (End- oder Teilentscheide gemäss Art. 90 und 91 BGG). Gegen Vor- und Zwischenentscheide, die weder zu Ausstandsbegehren noch zur Zuständigkeit ergehen (dazu <ref-law>), ist die Beschwerde lediglich unter den Voraussetzungen von <ref-law> gegeben. Dieser Bestimmung zufolge ist die Beschwerde (nur) zulässig, wenn solche Entscheide entweder einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken können (lit. a) oder die Gutheissung der Beschwerde sofort einen Endentscheid herbeiführen und damit einen bedeutenden Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren ersparen würde (lit. b; <ref-ruling> E. 1.1 S. 28; <ref-ruling> E. 1.2 S. 332).
2.2. Will die beschwerdeführende Person einen Zwischenentscheid anfechten, hat sie darzutun, dass die Voraussetzungen zur Anfechtung gegeben sind, es sei denn, deren Vorliegen springe geradezu in die Augen (<ref-ruling> E. 1.2 S. 28; <ref-ruling> E. 1.2 S. 81).
2.3. Rückweisungsentscheide führen begrifflich zu keinem Verfahrensabschluss, weshalb es sich bei ihnen grundsätzlich um einen Zwischenentscheid handelt (<ref-ruling> E. 1.1 S. 366; <ref-ruling> E. 3.2 S. 555; <ref-ruling> E. 1.1 S. 332). Wenn die Rückweisung aber einzig noch der (rechnerischen) Umsetzung des oberinstanzlich Angeordneten dient und der Unterinstanz daher keinerlei Entscheidungsspielraum mehr verbleibt, nimmt die Praxis einen anfechtbaren (Quasi-) Endentscheid im Sinne von <ref-law> an (<ref-ruling> E. 1.2 S. 24; <ref-ruling> E. 3.2 S. 325). Im Übrigen bleibt es dabei, dass Rückweisungsentscheide im bundesgerichtlichen Verfahren nur unter den Voraussetzungen von <ref-law> anfechtbar sind.
2.4. Heisst ein Gericht eine Beschwerde gut und weist es die Angelegenheit zur neuen Beurteilung an die Vorinstanz zurück, darf diese sich lediglich noch mit jenen Punkten auseinandersetzen, die zwar Gegenstand des angefochtenen Entscheids gebildet hatten, vom zurückweisenden Gericht aber aufgehoben worden sind. Die anderen Teile des angefochtenen Urteils haben Bestand und sind in das neue Urteil zu übernehmen (<ref-ruling> E. 5.2.1 S. 220).
3.
3.1. Das Bundesverwaltungsgericht ist zum Schluss gekommen, soweit der eingetretene Produktionsausfall vorhersehbar gewesen sei (Ausserbetriebnahme jeder Maschinengruppe während 14 Monaten) habe die Konzessionärin durch die vorbehaltlose Bezahlung der Wasserrechtszinsen für die Jahre 2008 und 2009 konkludent auf die Herabsetzung verzichtet (vorne E. 1.4.1). Im Übrigen bestehe in sachverhaltlicher Hinsicht weiterer Abklärungsbedarf, dem das UVEK nachzukommen habe (vorne E. 1.4.2). Die Konzessionärin misst dieser Urteilsstruktur den Charakter eines (Quasi-) Endentscheids bei (vorne E. 1.5 und 2.3).
3.2. Diese Sichtweise wäre zutreffend, wenn von zwei Teilentscheiden auszugehen wäre. Solcherlei findet sich etwa im Steuerrecht, wenn der angefochtene Entscheid mehrere Steuerperioden umfasst, wobei das Gericht hinsichtlich einzelner Steuerperioden kassatorisch, bezüglich anderer aber bestätigend bzw. reformatorisch entscheidet. In einem derartigen Fall verbietet sich eine einheitliche Qualifikation. Es liegt für die Zwecke des bundesgerichtlichen Verfahrens für jede streitbetroffene Steuerperiode je ein Teilentscheid im Sinne von <ref-law> vor. Wurde in dem eine Steuerperiode betreffenden Teilentscheid kassatorisch geurteilt, liegt ein Rückweisungsentscheid vor, der - je nach Ausgestaltung - entweder als Zwischen- oder als (Quasi-) Endentscheid zu würdigen ist. Wenn zu einer Steuerperiode jedoch bestätigend oder reformatorisch entschieden wurde, handelt es sich bei diesem Teilentscheid in jedem Fall um einen Endentscheid (zum Ganzen Urteil 2C_824/2017 vom 20. Oktober 2017 E. 3.3.2).
3.3. Der angefochtene Entscheid weist die Beschwerde teilweise ab;teilweise heisst er sie gut und weist die Sache insoweit zurück. Die Abgrenzung zwischen der Abweisung und der Gutheissung erfolgt nach dem Kriterium, ob der Produktionsausfall vorhersehbar war oder nicht (E. 6.5 und 7 des angefochtenen Entscheids). Diese Abgrenzung scheint zwar nach Auffassung der Vorinstanz auch eine zeitliche Komponente zu haben (E. 6.4 des angefochtenen Entscheids), doch wird nicht restlos klar, ob das Kriterium der Vorhersehbarkeit des Produktionsausfalls mit der Unterscheidung der Jahre 2008 und 2009 einerseits und der späteren Jahre andererseits völlig übereinstimmt. Es liegt nicht eine analoge Situation vor wie bei mehreren klar abgrenzbaren Steuerperioden, sondern vielmehr ein einheitlicher Streitgegenstand. Auch hat das Bundesverwaltungsgericht nicht bloss einen Teil der gestellten Begehren behandelt (<ref-law>), sondern es hat in einem einheitlichen Entscheid über den ganzen Streitgegenstand entschieden. Damit stellt der angefochtene Entscheid vom 13. November 2017 für die Zwecke der Anfechtung vor Bundesgericht nicht zwei Teilentscheide, sondern einen Entscheid dar.
3.4. Der angefochtene - einheitliche - Rückweisungsentscheid bringt das Verfahren nicht zum Abschluss. Entgegen der Auffassung der Konzessionärin dient die Rückweisung nicht bloss der rechnerischen Umsetzung, sondern das UVEK wird aufgrund des angefochtenen Entscheids den Sachverhalt weiter abklären und gestützt darauf neu zu entscheiden haben. Der angefochtene Entscheid erweist sich damit als Zwischenentscheid. Ein solcher ist im bundesgerichtlichen Verfahren nur unter den Voraussetzungen von <ref-law> anfechtbar (vorne E. 2.1), was die beschwerdeführende Person nachzuweisen hat (vorne E. 2.2). Ein nicht wieder gutzumachender Nachteil (<ref-law>) liegt nicht schon darin, dass der Rückweisungsentscheid verbindliche Vorgaben enthält, da diese Vorgaben auch im Rahmen des Endentscheids noch anfechtbar sein werden (<ref-law>). Auch <ref-law> kommt entgegen der Auffassung der Konzessionärin nicht zur Anwendung. Diese Norm bedingt, dass durch die Gutheissung der Beschwerde sofort ein Endentscheid herbeigeführt und damit ein bedeutender Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren erspart werden könnte. Diese Voraussetzungen sind schon deshalb nicht erfüllt, weil die Konzessionärin selber in ihrem Rechtsbegehren keinen reformatorischen Endentscheid des Bundesgerichts, sondern die Rückweisung an das UVEK, eventualiter an das Bundesverwaltungsgericht, beantragt. Ein Rechtsbegehren, das bei Gutheissung zu einem sofortigen Endentscheid führen könnte, liegt somit nicht vor.
3.5. Mangels Vorliegens eines selbständig anfechtbaren Zwischenentscheids ist auf die Beschwerde nicht einzutreten, was im vereinfachten Verfahren durch Entscheid des Abteilungspräsidenten als Einzelrichter erfolgen kann (<ref-law>). Der Konzessionärin entstehen dadurch, abgesehen von den Kostenfolgen, keinerlei Rechtsnachteile, wird der angefochtene Zwischenentscheid doch durch Beschwerde gegen den Endentscheid anfechtbar sein, soweit er sich auf dessen Inhalt auswirkt (<ref-law>).
4.
Nach dem Unterliegerprinzip (<ref-law>) sind die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens der Beschwerdeführerin aufzuerlegen. Den Beschwerdegegnern und dem UVEK, die in ihrem amtlichen Wirkungskreis obsiegen, steht keine Entschädigung zu (<ref-law>).

Demnach erkennt der Präsident:
1.
Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2.
Die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens von Fr. 6'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3.
Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten und dem Bundesverwaltungsgericht, Abteilung I, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 3. Januar 2018
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Seiler
Der Gerichtsschreiber: Kocher