Faits :
A.
Le 18 décembre 2015, les Chemins de fer fédéraux suisses SA (ci-après: les CFF ou encore la société ferroviaire) ont, sur la base des art. 18 ss de la loi fédérale sur les chemins de fer du 20 décembre 1957 (LCdF; RS 742.101), soumis à l'Office fédéral des transports (ci-après: OFT), pour approbation, les plans relatifs à la démolition et la reconstruction du Passage supérieur (PS) de Beaulieu, sur la Commune de Sierre. Ces travaux étaient nécessaires en vue de permettre le passage des trains à deux étages entre Lausanne et Loèche. L'OFT a ouvert une procédure ordinaire d'approbation des plans, le 24 février 2016.
Par parution dans le Bulletin officiel du canton du Valais du 18 mars 2016, le projet a été mis à l'enquête publique, sous l'intitulé "Démolition et reconstruction du passage supérieur de Beaulieu". A._ SA, D._ ainsi que les copropriétaires de la PPE B._, notamment, se sont opposés au projet.
Ils faisaient notamment valoir que l'enquête publique ne faisait aucunement référence aux adaptations routières prévues dans le projet, en particulier la création d'une nouvelle voie de circulation conduisant à la gare (Esplanade de la Gare), la construction d'un giratoire et le réaménagement d'une rue (à savoir la rue du Quai), qui devaient permettre l'agencement d'un nouvel accès routier à la gare par l'ouest et le sud. Ces aménagements routiers ne présentaient aucun lien avec la démolition et la construction du PS de Beaulieu, de sorte qu'ils ne pouvaient être intégrés à la procédure d'approbation des plans au sens de l'<ref-law>, mais devraient faire l'objet d'une procédure cantonale.
Le 29 avril 2016, le canton du Valais - pour lui le Service des routes, transports et cours d'eau - se référant aux préavis positifs des différents services cantonaux concernés, a émis un préavis positif, avec charges et conditions. Les 21 et 23 juin 2016, l'Office fédéral de la culture (OFC) et l'Office fédéral de l'environnement (OFEV) ont également transmis leurs prises de position à l'OFT.
Le 20 septembre 2016, les CFF ont notamment relevé que les amé nagements routiers - en particulier le giratoire et la nouvelle rampe d'accès menant à la gare (Esplanade de la Gare) - étaient nécessaires d'un point de vue technique en raison du rehaussement du PS de Beaulieu. La reconstruction du PS de Beaulieu devait condamner son passage inférieur (zone Cargo CFF), utilisé par les piétons et les cyclistes pour rejoindre la gare par son côté ouest, ainsi que par les automobilistes en cas de fermeture au trafic routier de l'avenue Général-Guisan. Ce passage était voué à être remplacé par la rampe de l'Esplanade de la Gare.
B.
Le 7 novembre 2016, l'OFT a demandé au canton du Valais de procéder à une nouvelle mise à l'enquête avec un intitulé complet, à savoir "Démolition et reconstruction du passage supérieur de Beaulieu, construction d'une nouvelle route menant à la gare et différentes adaptations routières". L'office fédéral priait, par ailleurs, les autorités cantonales de mentionner les aménagements routiers prévus de manière plus précise dans le descriptif du projet.
Le 6 janvier 2017, le projet a été remis à l'enquête publique avec les corrections et précisions requises par l'OFT. Le 7 février 2017, A._ SA, D._ ainsi que les copropriétaires de la PPE B._ ont confirmé leurs oppositions. Renvoyant à leurs contenus, ils ont ajouté que le plan d'aménagement de la commune de Sierre n'avait jamais prévu la création de la nouvelle route que se proposaient de réaliser les CFF.
Par décision du 30 août 2017, l'OFT a approuvé la demande d'approbation des plans des CFF du 18 décembre 2015, avec charges. S'agissant des oppositions, il a en particulier rejeté celles de A._ SA, D._ et des copropriétaires de la PPE B._, dans la mesure où elles n'étaient pas sans objet. L'office fédéral a considéré que le projet respectait les prescriptions de l'ordonnance sur la protection contre le bruit du 15 décembre 1986 (OPB; RS 814.41). L'OFT a par ailleurs souligné que la démolition et la reconstruction du pont constituaient les éléments principaux du projet; les agencements routiers étaient accessoires. Le projet devait tenir compte du passage en canalisation - à l'intérieur du pont - du cours d'eau de la Mondérèche, et que, sur le plan technique, il était impératif de réaliser d'un seul tenant le pont, le giratoire et les adaptations routières, le tout étant intrinsèquement lié et imbriqué. L'OFT a en définitive estimé que le projet pouvait, dans son ensemble, être approuvé par ses soins, en application de la législation en matière de construction et d'exploitation des chemins de fer. Scinder la reconstruction du pont et l'aménagement des routes annexes en deux procédures aurait entraîné une augmentation de la durée des travaux, des nuisances et des coûts.
C.
Par mémoire du 29 septembre 2017, A._ SA, D._ ainsi que les copropriétaires de la PPE B._ ont recouru contre la décision d'approbation de l'OFT. Ils demandaient notamment que les CFF présentent un nouveau projet portant exclusivement sur la démolition et la reconstruction du PS de Beaulieu, à l'exclusion de l'aménagement d'une nouvelle voie routière et d'un rond-point.
Par arrêt du 25 septembre 2019, le Tribunal administratif fédéral a rejeté, dans la mesure de sa recevabilité, le recours dont il était saisi. Le tribunal a en substance considéré que les conditions étaient réunies pour que le projet fasse l'objet d'une procédure fédérale unique d'approbation des plans menée par l'OFT; il a en particulier estimé que le projet litigieux, dans son ensemble, répondait au premier chef aux besoins de l'exploitation ferroviaire.
D.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public, A._ SA, D._ ainsi que les copropriétaires de la PPE B._ demandent au Tribunal fédéral d'annuler l'arrêt attaqué ainsi que la décision d'approbation du 30 août 2017. Ils requièrent qu'ordre soit donné aux CFF de présenter un nouveau projet portant exclusivement sur la démolition et la reconstruction du passage supérieur de Beaulieu, à l'exclusion de l'aménagement d'une nouvelle voie routière et d'un rond-point. Ils sollicitent également l'octroi de l'effet suspensif.
Le Tribunal administratif fédéral se réfère intégralement à son arrêt. L'OFT conclut au rejet du recours, de même que les CFF. La Ville de Sierre se réfère à l'arrêt attaqué ainsi qu'à la prise de position des CFF. Selon l'Office fédéral de l'environnement (ci-après: OFEV), également appelé à se prononcer, la décision d'approbation des plans du 30 août 2017 est conforme aux dispositions fédérales sur la protection de l'environnement. Aux termes d'un second échange d'écritures, les parties persistent dans leurs conclusions respectives.
Par ordonnance du 24 janvier 2020, le Président de la Ire Cour de droit public a partiellement admis la requête d'effet suspensif; il a accordé l'effet suspensif au recours s'agissant de la construction du giratoire et de l'Esplanade de la Gare, le rejetant au surplus, en particulier en ce qui concerne le nouveau pont de Beaulieu et la culée. Par acte du 19 juin 2020, les CFF ont demandé la reconsidération de cette ordonnance, sollicitant la levée de l'effet suspensif en tant qu'il porte sur la réalisation du giratoire litigieux. Par ordonnance du 23 juillet 2020, cette demande de reconsidération a été rejetée.

Considérant en droit :
1.
Le Tribunal fédéral examine d'office et librement la recevabilité des recours qui lui sont soumis.
1.1. Dirigé contre une décision finale (<ref-law>) émanant du Tribunal administratif fédéral (<ref-law>) et rendue dans une cause de droit public (<ref-law>), le recours est en principe recevable comme recours en matière de droit public selon les <ref-law>, aucune exception de l'<ref-law> n'étant réalisée. L'erreur de désignation de l'arrêt attaqué est à cet égard sans incidence.
1.2. Aux termes de l'<ref-law>, la qualité pour recourir est reconnue à toute personne atteinte par la décision attaquée et qui dispose d'un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification. Selon la jurisprudence, l'intérêt digne de protection consiste dans l'intérêt pratique que l'admission du recours apporterait au recourant en lui évitant de subir un préjudice de nature économique, idéale, matérielle ou autre que la décision attaquée lui occasionnerait. Il implique que le recourant soit touché de manière directe, concrète et dans une mesure et avec une intensité plus grandes que la généralité des administrés. L'intérêt invoqué, qui peut être un intérêt de fait, doit se trouver dans un rapport étroit, spécial et digne d'être pris en considération avec l'objet de la contestation. Il doit en outre être actuel et subsister non seulement au moment du dépôt du recours, mais encore au moment où l'arrêt est rendu (<ref-ruling> consid. 1.3.1 p. 143). Le recours d'un particulier formé dans l'intérêt d'un tiers ou dans l'intérêt général est en revanche exclu (<ref-ruling> consid. 2.1 p. 46; <ref-ruling> consid. 5.1 p. 512; <ref-ruling> consid. 2.1 p. 52). En matière de droit des constructions, le voisin direct de la construction ou de l'installation litigieuse a en principe la qualité pour recourir (<ref-ruling> consid. 2.3 p. 219; <ref-ruling> consid. 2.2 p. 504).
D._ a participé à la procédure devant l'instance précé dente. En sa qualité de propriétaire de la parcelle no 450 de la Commune de Sierre, sise à environ 25 m de la rue "Place Beaulieu" et du giratoire projeté, il est particulièrement touché par l'arrêt attaqué qui confirme l'approbation des plans délivrée par l'OFT pour la réalisation du projet des CFF, plus particulièrement pour la construction de ce dernier ouvrage routier. Il en va de même de la communauté des copropriétaires d'étages de la PPE B._, dont l'immeuble de base est adjacent à la rue "Place Beaulieu" (cf. arrêt 1C_32/2017 du 6 mars 2018 consid. 1.2 et les arrêts cités). La question de la qualité pour recourir de la société A._ SA - mise en doute par l'OFT et contestée par les CFF - peut par conséquent demeurer indécise, tout comme devant l'instance précédente.
1.3. Les autres conditions de recevabilité étant au surplus réunies, il convient d'entrer en matière sur le recours.
2.
Dans une première partie de leur écriture, les recourants présentent leur propre version des faits, laquelle diverge partiellement des constatations des juges précédents. Une telle argumentation, dans la mesure où elle s'écarte des faits établis dans l'arrêt attaqué ou les complète, sans qu'il soit indiqué que ceux-ci seraient manifestement inexacts ou arbitraires, est irrecevable (cf. <ref-ruling> consid. 2 p. 116 s.; arrêt 1C_518/2019 du 8 juillet 2020 consid. 2).
3.
Sur le plan formel, les recourants font valoir une violation de leur droit d'être entendus. Ils se plaignent de n'avoir eu accès au rapport complémentaire d'août 2017 établi, sur ordre des CFF, par le bureau E._ SA (ci-après: rapport complémentaire), qu'au stade du recours devant le Tribunal administratif fédéral. Ils estiment que, compte tenu de l'influence importante de ce rapport sur la décision d'approbation du 30 août 2017, ce vice ne pouvait être réparé devant l'instance précédente.
3.1. Le droit d'être entendu est une garantie de nature formelle, dont la violation entraîne en principe l'annulation de la décision attaquée, indépendamment des chances de succès du recours sur le fond (<ref-ruling> consid. 2.2 p. 190; <ref-ruling> consid. 2d/bb p. 24). Selon la jurisprudence, sa violation peut cependant être réparée lorsque la partie lésée a la possibilité de s'exprimer devant une autorité de recours jouissant d'un plein pouvoir d'examen (<ref-ruling> consid. 2.6.1 p. 285; <ref-ruling> consid. 2.2 p. 204; <ref-ruling> consid. 4b p. 120 s.; <ref-ruling> consid. 2 p. 95). Toutefois, une telle réparation doit rester l'exception et n'est admissible, en principe, que dans l'hypothèse d'une atteinte qui n'est pas particulièrement grave aux droits procéduraux de la partie lésée; cela étant, une réparation de la violation du droit d'être entendu peut également se justifier, même en présence d'un vice grave, lorsque le renvoi constituerait une vaine formalité et aboutirait à un allongement inutile de la procédure, ce qui serait incompatible avec l'intérêt de la partie concernée à ce que sa cause soit tranchée dans un délai raisonnable (<ref-ruling> consid. 2.8.1 p. 226 s.; <ref-ruling> consid. 2.3.2 p. 197 s.).
3.2. Devant le Tribunal administratif fédéral, les recourants reprochaient à l'OFT de ne pas leur avoir transmis le rapport complémentaire d'août 2017, répondant aux différents éclaircissements requis par le canton du Valais à propos du rapport de synthèse d'octobre 2015 sur le trafic et le bruit. Ce rapport aurait trait à des questions importantes, en lien avec le trafic journalier prévu sur les voies touchées par le projet litigieux, dont se plaignaient précisément les recourants.
En réponse à ce grief, l'instance précédente a reconnu que les recourants n'avaient pas eu accès au rapport complémentaire, avant la décision d'approbation du 30 août 2017. Ce rapport portait sur les conséquences du projet sur la circulation routière, aspect qui constituait, selon le Tribunal administratif fédéral, la pierre angulaire du recours dont il était saisi. Il s'agissait d'une pièce technique faisant partie intégrante du dossier. Le grief de violation du droit de consulter le dossier devait par conséquent être retenu. Ce vice pouvait toutefois être considéré comme guéri: les recourants avaient eu accès à ce document en instance de recours et s'étaient expliqués librement à son propos devant le Tribunal administratif fédéral, dont la cognition était aussi étendue que celle de l'OFT.
3.3. Devant le Tribunal fédéral, les recourants ne contestent pas que la cognition dont jouit le Tribunal administratif fédéral répond aux exigences de la jurisprudence en matière de réparation d'une violation du droit d'être entendu (cf. art. 49 et 62 al. 4 de la loi fédérale sur la procédure administrative du 20 décembre 1968 [PA; RS 172.021]). Ils estiment en revanche que ce vice ne pouvait être réparé; selon eux, l'atteinte à leurs droits serait grave au sens de la jurisprudence. Les recourants n'auraient en particulier par été en mesure d'offrir de contre-preuves aux conclusions du rapport complémentaire, qui concernent l'état actuel de la circulation sur la place de la Gare et l'état futur tel qu'attendu avec la nouvelle rampe d'accès prévue dans le projet litigieux. Ce faisant, les recourants n'expliquent cependant pas où résiderait la prétendue gravité dans la lésion dont ils ont été victimes dans le cadre de la procédure devant l'OFT. Ils ne nient pas avoir eu accès au rapport complémentaire d'août 2017, au stade ultérieur du recours, ni ne prétendent n'avoir pu se déterminer à son propos. Ils ne soutiennent au demeurant pas non plus que les mesures de "contre-preuves", qu'ils allèguent céans sans autre forme de précision, ne pouvaient alors plus être administrées; ils ne se plaignent du reste pas que le tribunal aurait écarté d'éventuelles requêtes formulées en lien avec ce rapport en violation de leur droit d'être entendus.
Le grief doit par conséquent être écarté.
4.
Les recourants se plaignent d'une violation des art. 18 et 18m LCdF. Ils soutiennent en substance que les aménagements routiers projetés parallèlement au rehaussement du PS de Beaulieu, singulièrement la création d'un giratoire et d'une rampe (Esplanade de la Gare), ainsi que les travaux d'adaptation de la rue du Quai et de la rue "Place Beaulieu", ne constitueraient pas des ouvrages servant exclusivement ou principalement aux installations ferroviaires. Leur approbation ne relèverait par conséquent pas de la compétence de l'OFT; ces aménagements auraient, selon les recourants, dû faire l'objet d'une procédure d'autorisation cantonale.
4.1. Aux termes de l'<ref-law>, les constructions et installations servant exclusivement ou principalement à la construction et à l'exploitation d'un chemin de fer (installations ferroviaires) ne peuvent être établies ou modifiées que si les plans du projet ont été approuvés par l'autorité compétente, à savoir l'OFT (cf. <ref-law>; avant le 1 er janvier 2016 également le DETEC s'agissant de grands projets; à ce sujet cf. Message du Conseil fédéral du 4 septembre 2013 relatif à la modification du droit des entreprises de transport routier et du droit pénal des transports, in FF 2013 6466 ch. 2.4). L'approbation des plans couvre toutes les autorisations requises par le droit fédéral (<ref-law>). Aucune autorisation ni aucun plan relevant du droit cantonal ne sont requis; le droit cantonal est pris en compte dans la mesure où il n'entrave pas de manière disproportionnée l'accomplissement des tâches de l'entreprise ferroviaire (<ref-law>). Par opposition, l'établissement et la modification de constructions ou d'installations ne servant pas exclusivement ou principalement à l'exploitation ferroviaire (installations annexes) sont régis par le droit cantonal; l'accord de l'entreprise ferroviaire ou la consultation de l'OFT sont toutefois nécessaires dans certains cas (art. 18m al. 1 et 2 LCdF).
Selon la jurisprudence, est considéré comme une installation servant exclusivement ou principalement le chemin de fer, le projet qui présente, d'un point de vue matériel et spatial, un rapport nécessaire et étroit avec l'exploitation ferroviaire (<ref-ruling> consid. 4.1 p. 224 s.; 127II 227 consid. 4 p. 234; arrêt 1C_32/2017 du 6 mars 2018 consid. 6.1). Servent toutefois simultanément l'exploitation ferroviaire et la circulation routière notamment les carrefours entre rail et route; il s'agit de constructions mixtes qui contiennent régulièrement des éléments en lien avec l'exploitation ferroviaire et d'autres étrangers à ce domaine. En principe, une procédure unique d'approbation doit être suivie (cf. <ref-ruling> consid. 4.1 p. 224 s.; <ref-ruling> consid. 4a p. 234; arrêt 1C_463/2010 du 24 janvier 2011 consid. 2.2, publié in: RtiD 2011 II 228). Selon l'objectif principal poursuivi par l'installation en cause, celle-ci devra faire l'objet d'une procédure d'approbation relevant du droit ferroviaire ou, au contraire, être autorisée par le biais de la procédure cantonale applicable (cf. <ref-ruling> consid. 4.1 p. 224 s.; <ref-ruling> consid. 4 p. 234 s.). Dans ce cadre, il ne s'agit pas seulement de se fonder sur l'ampleur des modifications projetées, sur le plan respectivement routier ou ferroviaire, mais essentiellement sur l'objectif principal poursuivi par le projet; en d'autres termes, il convient, dans chaque cas particulier, de déterminer si la construction ou l'installation répond au premier chef aux besoins de l'exploitation ferroviaire ou à ceux de la circulation routière (cf. <ref-ruling> consid. 4.1 p. 224 s.; <ref-ruling> consid. 5 p. 236 s.; arrêts 1C_32/2017 précité consid. 6.1; 1C_463/2010 du 24 janvier 2011 consid. 2.2, publié in: RtiD 2011 II 228, et les arrêts cités; 1A.117/2003 du 31 octobre 2003 consid. 2.3, publié in: ZBl 105/2004 p. 497).
4.2. Selon le rapport technique versé au dossier d'approbation des plans (ci-après: DAP), le projet de PS de Beaulieu regroupe les éléments suivants: réaménagement de la Place Beaulieu; nouveau giratoire Beaulieu; démolition et réalisation du nouveau PS de Beaulieu; réaménagement de la route de la Mondérèche et chemin des Condémines; réaménagement de la rue du Quai; réalisation de la rue de l'Esplanade de la Gare (rapport technique [DAP, pièce 3.1], ch. 6.1 p. 12; cf. également Convention d'utilisation [DAP, pièce 04], ch. 1.6 p. 5 ss).
4.2.1. Examinant la question de l'unité constructive et fonctionnelle de ces différents ouvrages, le Tribunal administratif fédéral a considéré que les routes attenantes au PS de Beaulieu devaient être adaptées à son nécessaire rehaussement. L'aménagement du giratoire en amont, en partie sur la culée nord du pont, ainsi que l'adaptation des routes existantes reliées au giratoire, étaient des conséquences techniques inévitables de la construction du nouveau pont. De surcroît, toutes ces installations étaient, du point de vue constructif et spatial, unies les unes aux autres. La nouvelle Esplanade de la Gare (rampe) était également matériellement reliée au giratoire. L'unité constructive apparaissait ainsi patente.
4.2.2. L'unité fonctionnelle était également réalisée. A l'origine du rehaussement du PS de Beaulieu se trouvait la nécessité de laisser circuler les trains à deux étages, et donc de favoriser l'exploitation ferroviaire. Or, dès l'instant où les éléments routiers s'avéraient nécessaires, sous l'angle technique, au rehaussement du pont, ils servaient aussi à l'exploitation ferroviaire. Tel était en tout état de cause le cas du giratoire ainsi que des travaux d'adaptation de la rue du Quai et de la rue "Place Beaulieu" y menant. L'Esplanade de la Gare était également liée, sous un angle fonctionnel, au reste de l'ouvrage. Sa construction s'inscrivait dans l'optique de maintenir l'exploitation du rail et celle de la route, dans le cadre de la modification d'un carrefour entre le chemin de fer et la route; la rampe était vouée à remplacer la zone Cargo CFF - utilisée par les piétons et les cyclistes et, exceptionnellement par les véhicules motorisés en cas de fermeture de l'avenue Général-Guisan - condamnée par la reconstruction du PS de Beaulieu. Le lien avec l'exploitation ferroviaire était donc donné.
4.2.3. S'agissant plus particulièrement de la rampe, le Tribunal administratif fédéral a examiné si son ouverture à la circulation routière quotidienne et bidirectionnelle permettait de retenir l'existence d'un projet mixte répondant essentiellement à des impératifs ferroviaires. Le Tribunal administratif fédéral a retenu que l'avancement de la culée nord du PS de Beaulieu condamnait le passage inférieur, notamment utilisé par le trafic motorisé lors de la fermeture d'axes routiers du centre-ville pour cause de manifestations. La réalisation de la rampe était ainsi nécessaire au maintien de la situation routière prévalant avant les travaux. Le chemin des Cheminots, actuellement utilisé par les piétons disparaitrait également. La nécessité d'ouvrir la rampe au trafic, à tout le moins les jours de manifestations, découlait ainsi du rehaussement du PS de Beaulieu et relevait de l'exploitation ferroviaire. Son ouverture au trafic permanent ne découlait cependant pas principalement des besoins ferroviaires; toutefois, dès lors que l'objectif originaire et prioritaire du projet était le rehaussement du pont, en vue de permettre le passage des trains à deux étages, les aménagements routiers rendus nécessaires par la construction du nouveau pont, dont en particulier la nouvelle rampe, répondaient principalement aux besoins de l'exploitation ferroviaire.
4.2.4. Enfin, pour des motifs de coordination et d'optimisation des coûts, il n'était pas souhaitable de répartir les différents éléments du projet en deux procédures distinctes. Il n'était en particulier pas envisageable d'aménager l'Esplanade de la Gare séparément des autres ouvrages.
4.3. Les recourants contestent cette appréciation. Selon eux, il ne ferait aucun doute que la construction d'une nouvelle route communale (rampe de l'Esplanade de la Gare) ayant pour but le transfert de la majeure partie de la circulation du centre-Ville (en particulier le trafic transitant actuellement par l'avenue Général-Guisan) sur un nouvel axe, avec les nuisances générées, et la création, à cette fin, d'un nouveau rond-point, ne présenteraient aucun lien direct avec la démolition et la reconstruction, en vue de son rehaussement, du PS de Beaulieu. Il n'existerait aucun rapport entre le nouveau pont et les objectifs de la politique de la Ville de Sierre en matière de circulation, la proximité géographique des ouvrages étant à cet égard insuffisante. L'absence de lien fonctionnel serait en outre démontrée par le fait que l'exploitation du chemin de fer n'avait jamais été entravée ou perturbée par l'inexistence d'un accès reliant la gare directement au pont de Beaulieu. Les recourants contestent également que des motifs d'optimisation des coûts et de coordination permettraient de lier les ouvrages projetés, de tels motifs relevant, selon eux, de l'opportunité. S'agissant plus particulièrement de l'Esplanade de la Gare, ils soutiennent qu'il ne s'agirait pas d'une conséquence nécessaire du rehaussement du PS de Beaulieu, ce projet étant en soi indépendant; l'Esplanade de la Gare répondrait au premier chef aux besoins de la circulation routière.
4.4. Il n'est pas contesté que le rehaussement du PS de Beaulieu est indispensable pour permettre le passage de trains à deux étages. Cette intervention commande non seulement que le chemin des Condémines, mais également et surtout la route de la Mondérèche - dans le prolongement du pont - soient adaptés au nouveau gabarit du PS de Beaulieu. A la lumière des plans (cf. Réseau routier, plan de situation routière [dossier d'approbation - DAP, pièce 14.1]; voir également, Réseau routier, route de la Mondérèche, profil en long [DAP, pièce 14.2]; Convention d'utilisation [DAP, pièce 04], ch. 1.1 p. 2), il ne s'agit cependant que d'une adaptation de la situation existante, sans modification du schéma de circulation routière; le trafic journalier moyen (TJM) au niveau de la route de la Mondérèche ne devrait d'ailleurs pas connaître de fluctuation (5'700 vhc/j avant et après les travaux; voir Rapport sur l'environnement [pièce 6 du DAP], annexe 2 figures 1 et 2 p. 2 et 4). Les recourants n'émettent au demeurant aucune critique à cet égard, de sorte qu'on ne discerne pas de motifs d'exclure ces éléments routiers de la procédure fédérale unique diligentée par l'OFT.
4.5. Les recourants soutiennent en revanche, que le réaménagement de la rue du Quai et du chemin des Cheminots, la création de la rampe de l'Esplanade de la Gare, le réaménagement de la Place Beaulieu et du rond-point vers lequel convergent ces axes, au nord du PS de Beaulieu, ne présenteraient aucun lien de connexité avec le rehaussement nécessaire au passage des trains à deux étages entre Lausanne et Brigue.
4.5.1. Afin de réduire l'impact du rehaussement sur les routes de part et d'autre du pont, c'est un "pont en auge" qui a été choisi comme système statique. La portée du nouveau PS de Beaulieu doit être réduite par rapport à l'ouvrage antérieur, pour des motifs techniques liés à la diffusion longitudinale des charges, d'une part, et afin de garantir un confort acceptable aux cyclistes et aux piétons, d'autre part. Il n'est pas discuté que cette réduction n'est envisageable qu'en amont, au nord, notamment par l'avancement de la culée nord de la nouvelle construction; cela entraîne la suppression du passage inférieur existant (rue du Quai/chemin des Cheminots) à proximité des voies. La géométrie des voies ne permet en effet pas de réaliser un pilier intermédiaire, de sorte que le nouveau PS de Beaulieu doit nécessairement enjamber les voies avec une seule portée (cf. réponse des CFF du 16 novembre 2017 au Tribunal administratif fédéral, ch. 18 p. 4 s.; Rapport technique [DAP, pièce 3.1], ch. 2.1 p. 5;).
4.5.2. La nécessité du déplacement de la culée nord apparaît ainsi techniquement justifiée et sans conteste liée au rehaussement du pont, élément central du projet ferroviaire litigieux. On cherche cependant en vain, tant dans les plans et documents composant le DAP, que dans les prises de position successives de la société ferroviaire intimée, des explications démontrant que cette surélévation du pont imposerait la réalisation des différentes mesures routières projetées au nord du PS de Beaulieu.
S'agissant tout d'abord du giratoire prévu directement au sortir du pont, il n'est pas discuté que son demi-cercle "côté Italie" repose entièrement sur la culée nord ("côté montagne"). Il est également établi que la nouvelle rampe (Esplanade de la Gare) conduisant à la gare est directement reliée à ce giratoire (cf. notamment Plan de situation [DAP, pièce 8]). Le dossier soumis à l'approbation de l'OFT ne renseigne toutefois pas sur les motifs qui rendraient ces ouvrages indispensables à la réalisation d'un pont compatible avec le passage de trains à deux étages, ni qu'un nouvel accès à la gare transitant par ces ouvrages, au détriment de l'accès actuel, par l'avenue Général-Guisan, serait nécessaire. La décision d'approbation n'est à ce propos guère plus étayée: après avoir décrit les différents aspects routiers envisagés par le projet, l'OFT indique uniquement que ceux-ci sont imbriqués les uns dans les autres et qu'il est impératif qu'il soient réalisés d'un seul tenant (cf. décision d'approbation des plans du 18 décembre 2015, ch. 4.19.4 (iii) p. 48 s.). Il n'est en revanche nullement question du caractère ferroviaire de ces ouvrages, spécialement s'agissant de la réponse qu'ils apporteraient aux besoins de l'exploitation ferroviaire au sens de l'<ref-law>.
4.5.3. Il est vrai - comme déjà évoqué - que la modification de la culée nord supprime le passage inférieur existant. Comme le rappellent les CFF (cf. réponse du 31 janvier 2020, p. 10), le chemin des Cheminots (dans le prolongement de la rue du Quai) servait, dans l'ancienne configuration, à accéder à pied à la gare voyageurs; il servait aussi à un accès motorisé sporadique à la gare, ainsi qu'au parking P+R. Le dossier ne fournit cependant pas d'explication démontrant que la suppression de ce passage compromettrait la réalisation du rehaussement du pont, son utilisation à des fins ferroviaires, ou encore, de façon générale, qu'elle remettrait en cause l'exploitation des installations ferroviaires de la gare de Sierre. Il n'est de surcroît pas non plus retenu que le remplacement du passage inférieur par une rampe routière bidirectionnelle serait dicté par de tels motifs.
A cet égard, le Tribunal administratif fédéral a certes retenu que cette voie était jusqu'à présent utilisée au titre de déviation routière pour mener à la gare, lors de manifestation interdisant la circulation sur l'avenue Général-Guisan. Devant l'instance précédente, la commune a produit la liste complète des autorisations octroyées à ce titre (cf. rapport de police du 26 février 2019, produit en annexe des déterminations de la Ville de Sierre du 5 mars 2019, dossier TAF pièce 60) : 5 manifestations sur un total de 7 jours en 2016; 4 manifestations sur 6 jours en 2017 et 3 événements sur un total de 5 jours en 2018. Avec les recourants, force est de reconnaître que l'utilisation de l'ancien passage inférieur à titre de déviation pour le trafic motorisé est relativement rare; on peine ainsi à y voir la justification de la réalisation de la rampe litigieuse, étant rappelé que celle-ci est destinée à un trafic bidirectionnel permanent. Devant l'instance précédente, les CFF ont expliqué que l'utilisation d'un tracé de déviation alternatif n'irait pas sans poser d'importantes difficultés; le tribunal a retenu que ce parcours constituerait un important détour de cinq kilomètres par le sud de la ville; le tracé devrait tout de même passer par une portion de route fermée, habituellement, en cas de manifestation, coupant celle-ci en deux parties. Cela étant, compte tenu du nombre annuel limité de manifestations, de telles difficultés n'apparaissent cependant pas insurmontables; elles ne convainquent quoi qu'il en soit pas que la rampe litigieuse répondrait exclusivement, à tout le moins principalement, à l'exploitation ferroviaire au sens de l'<ref-law> (installations ferroviaires). A cela, il convient encore d'ajouter que les CFF ont - à tout le moins implicitement -, reconnu que la culée nord aurait pu être percée pour assurer le maintien d'un passage proche de la situation préexistante (cf. réponse des CFF devant l'instance précédente, du 16 novembre 2017, p. 5).
4.5.4. La société ferroviaire intimée a par ailleurs encore reconnu que, sur le principe, le rehaussement du pont et les ouvrages routiers litigieux pourraient constituer deux projets distincts (cf. réponse du 16 novembre 2017 p. 8). Pour justifier le traitement de ces ouvrages en une procédure fédérale unique, les CFF s'appuient essentiellement sur des questions de coûts et de nuisances liées à la succession de deux chantiers; ils reconnaissent cependant expressément qu'une démarche unique ne serait pas indispensable (cf. déterminations du 8 juillet 2019, dossier TAF, pièce 74).
La société ferroviaire a également indiqué, devant l'instance précédente, que la Ville de Sierre avait voulu profiter des modifications liées au rehaussement du PS de Beaulieu pour améliorer les infrastructures routières concernées: élargissement de la rue du Quai, remplacement du chemin piétonnier des Cheminots et de la route sise sous le pont par une rampe - comprenant route et trottoirs - descendant vers la gare. Quant au plan directeur communal, dont un extrait est versé au dossier (pièce 24 annexée aux observations du 30 juillet 2018, dossier TAF, pièce 41), il indique que la rampe remplacera l'actuel passage inférieur; le régime de circulation prévu sera la circulation bidirectionnelle à 30 km/h. La future rampe permettra de prendre en charge le trafic de/vers la gare CFF à l'ouest de la ville, cet accès étant actuellement assuré par l'avenue Général-Guisan et la rue des Polychromes (cf. PDCom, ch. 4.3). Le Tribunal administratif fédéral a du reste reconnu que la création de la rampe de l'Esplanade de la Gare entraînait une redistribution des charges de trafic dans le centre-ville. Selon l'arrêt attaqué, la rampe vient "se greffer au projet afin que la construction du nouveau pont soit intégrée au nouveau concept de circulation du centre-ville de Sierre"; "ce projet est en soi indépendant, mais il ne peut se mettre en place sans tenir compte de cette nouvelle donne, afin d'en tirer le meilleur parti possible" (cf. arrêt attaqué, consid. 6.2.3). Le rapport sur l'environnement versé au DAP confirme d'ailleurs cette redistribution (DAP, pièce 6, annexe 2, p. 2 et p. 4, par comparaison du nombre de véhicules avant et après travaux).
En résumé, les mesures routières litigieuses modifient les accès actuels à la gare de Sierre dans le but d'améliorer les flux routiers au centre-ville de Sierre (cf. déterminations du 8 juillet 2019, dossier TAF, pièce 74), sans toutefois être nécessaires et indissociables de la réalisation du projet ferroviaire en tant que tel; le rehaussement du pont et la fermeture du passage inférieur n'entrainent en particulier pas un report du trafic important (piétons et utilisation motorisée sporadique) que le réseau existant ne pourrait absorber (cf. a contrario <ref-ruling> consid. 4.3.1 p. 226; arrêt 1C_32/2017 du 6 mars 2018 consid. 6.3.2).
4.5.5. Il faut cependant reconnaître que les ouvrages routiers contestés présentent un lien matériel et spatial indéniable avec le pont, dans lequel ils s'imbriquent. Une procédure fédérale unique présenterait ainsi des avantages, notamment en lien avec l'avancement des travaux projetés. Toutefois, ces aspects ne permettent en tant que tels pas de qualifier les ouvrages discutés d'installations ferroviaires au sens des <ref-law>; s'agissant d'installations annexes, celles-ci devaient être régies par le droit cantonal (art. 18m al. 1 et LCdF). Par ailleurs, si les questions de coordination et de coûts doivent certes être considérées (cf. <ref-ruling> consid. 4.3.3 p. 227), elles ne permettent pas non plus de revenir sur le caractère non ferroviaire des installations contestées. En effet, il ne ressort pas des éléments du projet soumis à l'approbation de l'OFT, que la réalisation de son élément principal, à savoir le rehaussement du pont, entraînerait des difficultés routières que le réseau existant ne pourrait pallier, sans les aménagements discutés; ceux-ci ne remplissent ainsi pas un rôle de mesure d'accompagnement nécessaire (cf. <ref-ruling> consid. 4.3.3 p. 227). Le principe de coordination ne commande dès lors pas la mise en oeuvre d'une procédure unique. Il n'en demeure pas moins que ce principe impose que la procédure fédérale d'approbation des plans ferroviaires soit coordonnée avec la procédure cantonale prévue par la législation routière (cf. art. 25a de la loi fédérale sur l'aménagement du territoire du 22 juin 1979 [LAT; RS 700]; cf. arrêt 1C_515/2014 du 22 juin 2016 consid. 3.1 et 3.6), dont devraient faire l'objet les ouvrages routiers litigieux.
4.6. En définitive, et s'il faut certes concéder aux CFF, aux autorités précédentes, ainsi qu'à la Ville de Sierre - qui craint notamment le prolongement des désagréments subis par les usagers de la route -, que l'issue du litige est susceptible d'entraîner certains retards dans la réalisation des ouvrages prévus, on ne saurait toutefois, dans le cas particulier, sauf à violer le droit fédéral, valider l'option d'une procédure fédérale unique d'approbation ferroviaire des plans. Pour l'ensemble des motifs qui précèdent, le grief doit être admis.
5.
Les considérants qui précèdent conduisent à l'admission du recours, sans qu'il soit nécessaire d'examiner les critiques soulevées en lien avec la violation des art. 33 LAT et 47 de l'ordonnance sur l'aménagement du territoire du 28 juin 2000 (OAT; RS 700.1), d'une part, et des art. 10 et 11 de la loi fédérale sur la protection de l'environnement du 7 octobre 1983 (LPE; RS 814.01), d'autre part. Les aspects liés à la protection juridique ainsi qu'à la protection de l'environnement devront en effet être considérés dans le cadre de la procédure cantonale qu'il appartient aux autorités compétentes de mener si elles entendent maintenir les projets routiers exclus de la procédure fédérale d'approbation des plans (giratoire, réaménagement de la rue du Quai, de la Place Beaulieu, et création d'une rampe/Esplanade de la Gare).
En conséquence, l'arrêt attaqué est réform é en ce sens que le recours déposé le 29 septembre 2017 devant le Tribunal administratif fédéral est admis; la décision d'approbation du 30 août 2017 est partiellement annulée en tant qu'elle approuve les éléments routiers suivants: réaménagement de la rue du Quai; réaménagement/création Esplanade de la Gare; réaménagement de la place Beaulieu; nouveau giratoire de Beaulieu. La décision d'approbation est confirmée pour le surplus. La cause est renvoyée à l'instance précédente pour nouvelle décision sur les frais et dépens de la procédure devant le Tribunal administratif fédéral (cf. <ref-law>). Il n'est pas perçu de frais judiciaires, la société de transports intimée exerçant une tâche de droit public (<ref-law>). Celle-ci versera cependant des dépens aux recourants, qui obtiennent gain de cause avec l'assistance d'un avocat (art. 68 al. 1 et 4 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est admis. L'arrêt attaqué est réformé en ce sens que le recours déposé le 29 septembre 2017 devant le Tribunal administratif fédéral est admis; la décision d'approbation du 30 août 2017 est partiellement annulée dans le sens des considérants; elle est confirmée pour le surplus. La cause est renvoyée à l'instance précédente pour nouvelle décision sur les frais et dépens de la procédure devant le Tribunal administratif fédéral.
2.
Il n'est pas perçu de frais judiciaires.
3.
Une indemnité de 3'000 fr. est allouée aux recourants, solidairement entre eux, à titre de dépens, à la charge des Chemins de fer fédéraux suisses (CFF).
4.
Le présent arrêt est communiqué aux parties, à l'Office fédéral des transports, à la Ville de Sierre, au Tribunal administratif fédéral, Cour I, et à l'Office fédéral de l'environnement.
Lausanne, le 19 août 2020
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Chaix
Le Greffier : Alvarez