Sachverhalt:
A.
A.a. Die am 15. Juli 1995 geborene und am 10. September 2016 verstorbene A._ litt am Geburtsgebrechen Ziff. 384 der Verordnung über Geburtsgebrechen (GgV). Am 20. Juli 2001 meldeten sie ihre Eltern bei der IV-Stelle des Kantons Zürich zum Leistungsbezug an. Mit Verfügung vom 19. September 2001 sprach ihr diese für die Zeit vom 17. Juli 2001 bis 31. Juli 2011 medizinische Massnahmen zu. In der Folge erteilte sie diverse Kostengutsprachen, unter anderem für Hörgeräte und Signalübertragungsanlagen. Mit Mitteilung vom 8. Juni 2011 verlängerte die IV-Stelle die Kostengutsprache für die Behandlung des Geburtsgebrechens Ziff. 384 bis 31. Juli 2015. Sie übernahm insbesondere die Kosten für stationäre Behandlungen und für eine erstmalige berufliche Ausbildung der Versicherten zur Gärtnerin Zierpflanzen (EBA) ab 13. August 2012 bis 12. August 2014. Mit Verfügung vom 6. Februar 2015 sprach ihr die IV-Stelle ab 1. August 2014 eine ganze Invalidenrente zu.
A.b. Die SWICA Krankenversicherung AG (nachfolgend SWICA) teilte der IV-Stelle am 30. Juni 2014 mit, die Versicherte sei vom 27. März bis 7. August 2012 physiotherapeutisch und vom 3. bis 24. April 2012 ergotherapeutisch behandelt worden. Diese Behandlungen seien im Zusammenhang mit ihrem Geburtsgebrechen Ziff. 384 erfolgt, weshalb dafür um Kostengutsprache ersucht werde. Mit Verfügung vom 19. Januar 2016 wies die IV-Stelle dieses Begehren ab.
B.
Die gegen letztgenannte Verfügung von der SWICA erhobene Beschwerde hiess das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich teilweise gut. Es stellte fest, dass die IV-Stelle für die physiotherapeutische Behandlung vom 27. März bis 7. August 2012 sowie für die ergotherapeutische Behandlung vom 3. bis 24. April 2012 der Versicherten leistungspflichtig sei. Im Übrigen trat es auf die Beschwerde nicht ein (Entscheid vom 29. September 2017).
C.
Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beantragt die IV-Stelle die Aufhebung des kantonalen Entscheides und Bestätigung ihrer Verfügung vom 19. Januar 2016. Ferner verlangt sie die Gewährung der aufschiebenden Wirkung der Beschwerde.
Die SWICA und das Bundesamt für Sozialversicherungen verzichten auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1.
Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann eine Rechtsverletzung nach Art. 95 f. BGG gerügt werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Dennoch prüft es - offensichtliche Fehler vorbehalten - nur die in seinem Verfahren gerügten Rechtsmängel (Art. 42 Abs. 1 f. BGG; <ref-ruling> E. 2.2.1 S. 389). Es legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Es kann ihre Sachverhaltsfeststellung von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Verfahrensausgang entscheidend sein kann (Art. 97 Abs. 1, Art. 105 Abs. 2 BGG). Rechtsfragen sind die vollständige Feststellung erheblicher Tatsachen, die Beachtung des Untersuchungsgrundsatzes bzw. der Beweiswürdigungsregeln nach <ref-law> und der Anforderungen an den Beweiswert von Arztberichten (<ref-ruling> E. 5.1 S. 232). Bei den aufgrund dieser Berichte getroffenen Feststellungen zum Gesundheitszustand und zur Arbeitsfähigkeit und bei der konkreten Beweiswürdigung geht es um Sachverhaltsfragen (nicht publ. E. 1 des Urteils <ref-ruling>).
2.
Das kantonale Gericht hat die rechtlichen Grundlagen betreffend den Anspruch auf medizinische Massnahmen bei Geburtsgebrechen (<ref-law> in Verbindung mit Art. 13 f. IVG; Art. 1 f. GgV; <ref-ruling> E. 7 S. 211 mit Hinweisen) richtig dargelegt. Gleiches gilt betreffend die Geltendmachung des Leistungsanspruchs und deren Folgen (<ref-law>; <ref-law>; <ref-ruling> E. 2 S. 196; SVR 2013 UV Nr. 16 S. 61, 8C_888/2012 E. 3.4), die Nachzahlung von Leistungen (<ref-law>), das Prinzip der absoluten Priorität im Sinne der ausschliesslichen Leistungspflicht einer einzigen Sozialversicherung (<ref-law>; <ref-ruling> E. 6.1 S. 2) und die Vorleistungspflicht in Zweifelsfällen (<ref-law>). Darauf wird verwiesen.
3.
3.1. Strittig ist, ob das kantonale Gericht zu Recht eine Leistungspflicht der IV-Stelle für die Behandlung des Geburtsgebrechens Ziff. 384 der Versicherten bejaht hat. Im Einzelnen geht es um physiotherapeutische Behandlung vom 27. März bis 7. August 2012 sowie um ergotherapeutische Behandlung vom 3. bis 24. April 2012. In beiden Fällen war die SWICA im Rahmen ihrer Vorleistungspflicht für die Kosten aufgekommen.
3.2. Das kantonale Gericht hat richtig erkannt, dass kein Anwendungsfall von <ref-law> vorliegt, da die SWICA im Zeitpunkt der Leistungserbringung keine Zweifel daran hatte, dass die IV-Stelle für das Geburtsgebrechen der Versicherten leistungspflichtig war (vgl. <ref-ruling> E. 2 S. 80).
3.3. Das letztinstanzlich erneuerte Argument der IV-Stelle, das Kostenübernahmegesuch der SWICA vom 30. Juni 2014 sei mit Blick auf <ref-law> verspätet eingereicht worden, verfängt nicht, wie das kantonale Gericht zutreffend ausgeführt hat. Denn die IV-Stelle hat ihre Leistungspflicht gegenüber der Versicherten für das Geburtsgebrechen Ziff. 384 mit Verfügung vom 19. September 2001 in grundsätzlicher Hinsicht anerkannt und insbesondere mit Kostengutsprache vom 8. Juni 2011 für medizinische Massnahmen bis 31. Juli 2015 bekräftigt. Zwar stellt die Kostengutsprache kein verbindliches Leistungsversprechen dar (vgl. allgemein zur Kostengutsprache <ref-ruling> E. 4.2 S. 483 mit Hinweisen). Das schliesst aber nicht aus bzw. verlangt sogar - dem Wesen der Kostengutsprache gemäss -, dass die prioritär leistungspflichtige IV-Stelle (vgl. Art. 64 Abs. 2 lit. c und d ATSG) die ihr von der SWICA vorgelegten Abrechnungen einer näheren Prüfung unterzieht und insbesondere klärt, ob die zugrunde liegenden Behandlungen davon erfasst werden und namentlich den Anforderungen gemäss Art. 2 Abs. 3 GgV entsprechen. Dass letzteres auf die im Streit liegenden Behandlungen nicht zuträfe, ist nach den insofern unbeanstandet gebliebenen vorinstanzlichen Feststellungen nicht der Fall. Wieso es unter diesen Umständen einer weiteren Anmeldung bei der IV-Stelle bedurft hätte, ist nicht einzusehen.
Aus dem von ihr ins Feld geführten Urteil <ref-ruling> kann die IV-Stelle in der vorliegenden Konstellation nichts zu ihren Gunsten ableiten. Dort ging es um die Anwendung von <ref-law> auf die Krankenkasse und um die Frage, ob sich diese bei der Prüfung der Rechtzeitigkeit der Anmeldung das Wissen der versicherten Person um den anspruchsbegründenden Sachverhalt anrechnen lassen muss.
4.
Mit dem Entscheid in der Sache wird das Gesuch der IV-Stelle um aufschiebende Wirkung gegenstandslos.
5.
Die unterliegende IV-Stelle hat in diesem Verfahren im eigenen Vermögensinteresse gehandelt, weshalb sie die Gerichtskosten trägt (<ref-law>). Da sich zwei Versicherer gegenüberstehen, gilt für die Gerichtsgebühr der ordentliche Rahmen nach <ref-law>, während <ref-law> keine Anwendung findet (nicht. publ. E. 6.1 des Urteils <ref-ruling>53; Urteil 8C_236/2008 vom 14. Oktober 2008 E. 9.1). Als Organisation mit öffentlich-rechtlichen Aufgaben, welche in ihrem amtlichen Wirkungskreis handelt, hat die Beschwerdegegnerin keinen Anspruch auf Parteientschädigung (<ref-law>; Urteil 8C_236/2008 E. 9.2).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 3000.- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3.
Dieses Urteil wird den Parteien, der Erbengemeinschaft A._, dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 22. Februar 2018
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Maillard
Der Gerichtsschreiber: Jancar