Faits :
A.
A.a. Par contrat de bail à loyer du 20 juin 2011, A.X._ et B.X._ (ci-après: les bailleurs ou les défendeurs) ont remis à bail à Z._ Sàrl (ci-après: la locataire ou la demanderesse), dont A.M._ et B.M._ sont les associées gérantes, des locaux commerciaux à l'usage d'un " restaurant bar-café de 135 m2 " ainsi que " deux locaux sous-sols de 11 m2 " chacun, dans leur immeuble sis à.... Le loyer mensuel net, actuellement de 2'200 fr., était initialement et pour les deux premières années de location de 1'800 fr. A ce loyer s'ajoutait un acompte de chauffage, eau chaude et frais accessoires de 150 fr. Le contrat de bail prévoyait une durée initiale du 1er juillet 2011 au 30 juin 2021, se renouvelant ensuite de 5 ans en 5 ans, sauf avis de résiliation donné par l'une ou l'autre des parties un an à l'avance.
La locataire a repris le fonds de commerce de l'ancien locataire, qui disposait d'un contrat de bail à loyer portant notamment sur une " salle café à boire de 60 places " et une terrasse de 8 places. D'après le témoignage livré en procédure par L._, technicien auprès du Service de l'urbanisme de la Commune de Montreux (ci-après: la Commune), la capacité d'accueil de l'établissement loué par l'ancien locataire était de 50 places dans la zone " café " et de 10 places dans la zone " bureau " du plan, qui était une salle à manger.
Au moment de la reprise, l'établissement pouvait donc contenir 60 personnes et la terrasse 8 personnes. Il ne disposait toutefois que d'une seule issue de secours (ce qui était légalement insuffisant, une sortie de secours ne suffisant que pour 50 personnes), l'issue de la zone " bureau " ayant été fermée par l'ancien gérant à l'aide de matériaux métalliques.
A.b. Pendant l'été 2011, la locataire a procédé à des travaux de transformation, consistant pour l'essentiel à déplacer la cuisine dans la zone " bureau ", qui était auparavant une salle à manger. Les bailleurs ont toléré ces travaux de transformation, n'en ayant eu connaissance qu'après leur commencement.
Ils ont cependant entrepris de murer avec des briques la porte située dans la zone " bureau ", sans pour autant solliciter une autorisation de construire qui était nécessaire pour de tels travaux.
Le 18 octobre 2012, la Commune a écrit aux bailleurs pour les informer de ce que l'établissement, dans la mesure où il pouvait accueillir 60 personnes, devait comprendre une sortie de secours au droit de la cuisine, les prescriptions de protection incendie exigeant une sortie de secours par tranche de 50 personnes. Elle leur a enjoint d'effectuer les travaux nécessaires jusqu'au 16 novembre 2012.
Le 9 novembre 2012, la Police cantonale du commerce a délivré à la locataire une licence de café restaurant pour l'exploitation d'un local commercial comprenant une salle de consommation de 50 places, une salle à manger de 10 places et une terrasse de 8 places.
Le 16 novembre 2012, la Commune a informé la locataire que selon les prescriptions de protection incendie, une voie d'évacuation ne pouvait transiter dans un lieu à risque, telle une cuisine professionnelle. L'établissement ne pouvant pas être équipé d'une seule sortie de secours, la licence devait être limitée à 50 places. Selon le témoin L._, personne ne s'était rendu compte auparavant que l'issue, qui se trouvait dans la zone " bureau ", devenue la cuisine, ne pouvait plus être utilisée comme telle selon les normes en vigueur. Cela expliquait pourquoi le courrier du 18 octobre 2012 demandait la création d'une issue de secours dans la cuisine et pourquoi le courrier du 16 novembre 2012 informait qu'une issue de secours ne pouvait transiter par la cuisine. En réalité, comme on le verra plus loin (cf. infra B.b.a), une sortie de secours à travers une cuisine est admissible si l'accès est parfaitement dégagé, signalé correctement et bien éclairé.
A.c. Le 17 novembre 2012, C.M._, un proche des associées gérantes de la locataire, a entrepris de démolir une partie de la façade du bâtiment pour rétablir l'issue sur l'extérieur depuis la zone " bureau " devenue la cuisine, qui avait été condamnée par le précédent gérant, puis murée par les bailleurs, afin de créer la seconde issue de secours évoquée par la Commune dans son courrier du 18 octobre 2012.
A.X._ a alors immédiatement fait intervenir la police. Celle-ci a conseillé à C.M._ de mettre provisoirement un terme à son activité et d'attendre jusqu'au 19 novembre pour éclaircir la situation, comme A.X._ et lui-même n'arrivaient pas à se mettre d'accord sur ce qui avait finalement été ordonné par la Commune.
Le 19 novembre 2012, C.M._ a pourtant poursuivi l'activité de démolition, créant un trou béant dans la façade de l'immeuble. La police est intervenue à nouveau.
Par décision du 22 novembre 2012, la Police cantonale du commerce a annulé la licence qu'elle avait délivrée à la locataire le 9 novembre 2012 et lui en a délivré une nouvelle portant sur une salle de consommation de 40 places, une salle à manger de 10 places et une terrasse de 8 places.
Le 27 novembre 2012, les bailleurs ont reproché par écrit à la locataire d'avoir démoli la façade de l'immeuble en toute illégalité et lui ont imparti un délai au 3 décembre 2012 pour remettre les lieux en état.
Ils ont aussi porté plainte pénale à l'encontre de la locataire pour dommage à la propriété le 24 décembre 2012.
Le 12 février 2013, les bailleurs ont imparti à la locataire un ultime délai au 25 février 2013 pour remettre en état les lieux, sous la menace d'une résiliation pour justes motifs. Ils l'ont également mise en demeure de payer le solde des loyers dus et lui ont réclamé 6'180 fr. 85 à titre de dédommagement pour les dégâts causés par les travaux de transformation effectués en été 2011.
A.d. Le 1er mars 2013, les bailleurs ont résilié le bail pour le 30 avril 2013, au motif d'un manquement grave de la locataire à son devoir de diligence au sens de l'<ref-law>. Le courrier joint en annexe évoquait les mises en demeure relatives à la suppression de l'ouverture pratiquée en façade du côté de la cuisine, mises en demeure auxquelles la locataire n'avait pas donné suite.
Le 12 mars 2013, la locataire s'est plainte de nombreux défauts affectant les locaux loués. Elle s'est notamment prévalue de ce que le contrat de bail prévoyait expressément une capacité de 60 personnes, qui avait été réduite à 50 personnes en raison du problème d'issue de secours, dont les bailleurs étaient à l'origine. Elle a imparti un délai au 30 avril 2013 aux bailleurs afin qu'ils remédient à ce qu'elle qualifiait de défaut grave, faute de quoi elle se réservait le droit de consigner les loyers à échoir.
A.e. Le 3 avril 2013, la locataire a annoncé aux bailleurs qu'elle consignerait désormais le loyer, compte tenu du refus de ces derniers de prendre au sérieux les nombreux défauts évoqués dans son courrier du 12 mars 2013. A partir du mois de juillet 2013, elle a consigné mensuellement les sommes de 2'200 fr. à titre de loyer net et 150 fr. à titre d'acompte de charges.
B.
B.a. Entre mars et septembre 2013, la locataire a déposé trois demandes devant le Tribunal des baux. La première demande tendait notamment à la constatation que les locaux commerciaux étaient utilisés de manière conforme à l'usage pour lequel ils étaient loués, au prononcé de la nullité d'une partie du contrat de bail, à la réduction du loyer mensuel net de 268 fr., ainsi qu'au paiement de 1'000 fr. de dommages-intérêts pour tort moral; la seconde visait l'annulation de la résiliation de bail notifiée le 1er mars 2013 pour le 30 avril 2013; la troisième tendait à ce que la validité de la consignation de loyer soit constatée et à ce qu'il soit ordonné aux défendeurs de mettre en oeuvre toute une série de mesures visant à l'élimination des défauts, subsidiairement à ce que le loyer soit réduit de 900 fr. par mois dès le début du bail.
Le 16 juillet 2013, les bailleurs défendeurs ont déposé une demande tendant notamment à l'évacuation de la locataire des locaux loués, au paiement d'un montant de 10'000 fr. à titre de dommages-intérêts pour les frais de remise en état ensuite des transformations effectuées, au paiement de 1'950 fr. par mois plus frais accessoires jusqu'au 30 juin 2013, puis 2'200 fr. par mois plus frais accessoires à titre d'indemnité pour occupation illicite, enfin à la déconsignation en sa faveur de l'entier des montants consignés.
B.b. Parallèlement à cette procédure civile, les parties ont initié une procédure administrative et une procédure pénale.
B.b.a. La locataire demanderesse a initié une procédure administrative en recourant contre la décision de la Police cantonale du commerce du 22 novembre 2012.
Par arrêt du 25 février 2015, la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal vaudois a rejeté le recours de la locataire. Elle a retenu que la voie d'évacuation aménagée dans la cuisine ne pouvait pas être considérée comme une issue de secours conforme aux normes et directives applicables en matière de prévention incendie, la cuisine étant un " local à risque " dans lequel il n'était pas possible de prévoir une issue de secours. L'établissement ne disposait donc que d'une seule issue de secours conforme, de sorte que la licence d'exploitation devait être limitée à 50 personnes.
Saisi d'un recours de la locataire, le Tribunal fédéral a renvoyé la cause à l'instance précédente par arrêt du 3 novembre 2015, afin qu'elle procède à une nouvelle constatation des faits concernant l'emplacement exact de la voie de secours et les conditions du parcours à effectuer pour la rejoindre. Il a précisé que ce n'était que si l'accès à l'issue de secours était aisé et sans obstacles que la licence du 22 novembre 2012 pourrait être annulée.
Par arrêt du 21 novembre 2016, rendu ensuite de l'arrêt de renvoi du Tribunal fédéral du 3 novembre 2015, la Cour de droit administratif et public a annulé la décision de la Police cantonale du commerce du 22 novembre 2012 limitant la capacité de l'établissement à 50 places. En substance, elle a retenu que l'accès par l'issue de secours à travers la cuisine était parfaitement dégagé, signalé correctement et bien éclairé. Sous deux réserves, cet accès était aisé et sans obstacle. Elle a par ailleurs retenu que la fermeture de cette issue, réalisée par les bailleurs, était illicite dans la mesure où ceux-ci n'avaient préalablement requis aucune autorisation de construire et que ces travaux revenaient à supprimer la seconde issue de secours nécessaire à l'exploitation d'un établissement de 60 places. En conséquence de cette illicéité, il appartenait à la Commune d'ordonner aux perturbateurs, soit aux bailleurs, la remise en état de cette issue de secours à bref délai.
Par décision du 23 janvier 2017, la Commune a ordonné aux défendeurs de remettre en état la sortie de secours dans un délai échéant au 15 février 2017. Les défendeurs ont recouru contre cette décision. La Cour de droit administratif et public a rejeté leur recours par arrêt du 30 octobre 2017, en considérant notamment que la demanderesse était en droit d'exiger des défendeurs la réouverture de la deuxième issue de secours, indépendamment du volet civil du litige, puisque les questions de validité de la résiliation et de défaut de la chose louée n'étaient pas pertinentes sous l'angle du droit public.
B.b.b. Les défendeurs ont initié une procédure pénale en déposant plainte le 24 décembre 2012. Cette procédure a abouti à la condamnation de la demanderesse pour dommages à la propriété, par arrêt définitif de la Cour d'appel pénale du 11 juin 2015. La Cour d'appel pénale a retenu que la démolition d'une partie de la façade du bâtiment à côté de la cuisine pour créer la seconde issue de secours, initialement envisagée par la Commune, était constitutive de travaux qui, de par leur ampleur, requéraient une autorisation de construire et étaient du ressort des propriétaires, non de la locataire.
B.c. Par jugement du 17 février 2016, le Tribunal des baux a jugé que la résiliation était valable, qu'ordre était donné à la demanderesse de restituer les locaux et, à défaut de départ volontaire de celle-ci dans un délai de 30 jours, a d'ores et déjà chargé l'huissier du tribunal de procéder à l'exécution forcée sur requête des bailleurs, ordre étant donné aux agents de la force publique de concourir à l'exécution forcée sur requête de l'huissier. Il a également jugé que les montants consignés étaient immédiatement déconsignés, 75'950 fr. revenant aux défendeurs à titre de loyer et d'indemnité pour occupation illicite pour la période d'avril 2013 à février 2016 et le solde revenant à la demanderesse.
Statuant le 29 janvier 2018 sur l'appel de la demanderesse et l'appel des défendeurs, la Cour d'appel civile du Tribunal cantonal vaudois les a rejetés les deux. Elle a cependant renvoyé la cause au Tribunal des baux s'agissant de la fixation des montants à déconsigner ainsi que des frais et dépens de première instance.
C.
C.a. Contre cet arrêt, la demanderesse a interjeté un recours en matière civile au Tribunal fédéral le 4 mai 2018, concluant à sa réforme en ce sens que son appel soit admis et la résiliation du bail annulée, qu'il soit constaté que la résiliation est inefficace, qu'ordre soit donné aux défendeurs de lui permettre d'exploiter les 60 places assises de son établissement en éliminant le défaut, c'est-à-dire en procédant aux travaux ordonnés par la Commune, d'accorder une réduction de loyer d'un montant de 366 fr. 70 sur son loyer net pour la période du 30 avril 2013 jusqu'au jour où le défaut lié à la capacité de l'établissement sera totalement résolu.
C.b. Contre cet arrêt, les défendeurs ont interjeté recours en matière civile au Tribunal fédéral le 4 mai 2018, en concluant à sa réforme en ce sens que les montants consignés par la demanderesse soient immédiatement déconsignés en leur faveur, dans leur intégralité pour la période d'avril 2013 jusqu'à la date à laquelle le jugement du Tribunal des baux deviendra définitif et exécutoire. Ils concluent également à ce que les frais judiciaires de deuxième instance afférant à leur appel soient mis à la charge de la demanderesse et à ce que la demanderesse leur verse de pleins dépens.
C.c. Les défendeurs ont répondu au recours de la demanderesse, puis les parties ont répliqué et dupliqué. Le recours des défendeurs n'a donné lieu à aucun échange d'écritures. La cour cantonale s'est référée aux considérants de son arrêt.
C.d. La demande d'effet suspensif de la demanderesse a été acceptée par ordonnance du 21 juin 2018.

Considérant en droit :
1.
Le Tribunal fédéral examine d'office et librement la recevabilité des recours qui lui sont soumis (<ref-ruling> consid. 1 p. 143; <ref-ruling> consid. 2.1; <ref-ruling> consid. 1 p. 475; <ref-ruling> consid. 1).
1.1. Les recours ont été interjetés en temps utile (art. 46 al. 1 let. b et art. 100 al. 1 LTF) contre un arrêt rendu en matière civile (<ref-law>) par le tribunal supérieur du canton statuant sur recours (<ref-law>) dans une cause dont la valeur litigieuse atteint le seuil de 15'000 fr. prévu en matière de droit du bail (<ref-law>).
1.2. Les recours étant tous deux dirigés contre le même arrêt et les questions juridiques qui se posent étant liées, il y a lieu de joindre les deux procédures.
1.3. La cour cantonale ne s'est pas prononcée sur toutes les prétentions élevées par les parties. Si elle a jugé que la résiliation du bail était valable et que la locataire devait être expulsée, elle a renvoyé la cause au Tribunal des baux en ce qui concerne la fixation des montants à déconsigner. Il ne s'agit donc pas d'une décision finale (<ref-law>).
1.3.1. Aux termes de l'<ref-law>, le recours est recevable contre toute décision qui statue sur un objet dont le sort est indépendant de celui qui reste en cause. La décision partielle est une variante de la décision finale au sens de l'<ref-law> (ATF <ref-ruling> consid. 2.2 p. 397 et les arrêts cités) : elle statue de manière finale sur un ou plusieurs chefs d'une demande, mais renvoie l'examen d'un ou de plusieurs autres chefs de la demande à une décision ultérieure; il doit s'agir de prétentions distinctes, et non pas seulement de diverses questions de droit matériel se rapportant à la même prétention (ATF <ref-ruling> consid. 1.2.1 p. 217 et les arrêts cités). L'indépendance prescrite à l'<ref-law> suppose, d'une part, que les conclusions traitées auraient pu, théoriquement, donner lieu à un procès séparé et, d'autre part, que la décision attaquée tranche définitivement une partie du litige, sans qu'il n'existe de risque que la décision à rendre sur le reste de la demande se trouve en contradiction avec la décision déjà entrée en force (ATF <ref-ruling> consid. 2.4 p. 398; <ref-ruling> consid. 1.2.2 et 1.2.3 p. 217).
1.3.2. En l'espèce, la cour cantonale a statué définitivement sur la question de la résiliation du bail et celle de l'expulsion qui lui est liée. Ces questions sont distinctes de celle de la fixation des montants à déconsigner et n'entraînent pas un risque de décisions contradictoires. L'arrêt attaqué est donc sur ces questions une décision partielle au sens de l'<ref-law>.
En revanche, il est une décision incidente en ce qui concerne la déconsignation des loyers, en raison du renvoi de la cause en première instance.
1.4. Les décisions de renvoi à une instance cantonale inférieure ne mettent pas fin à la procédure et ne sont donc pas des décisions finales, mais des décisions préjudicielles ou incidentes (<ref-ruling> consid. 1.3 p. 253; <ref-ruling> consid. 1.4; <ref-ruling> consid. 1.2 p. 216). Comme telles, pour autant qu'elles ne portent pas sur la compétence ou la récusation visées par l'<ref-law>, elles ne peuvent être attaquées par la voie d'un recours au Tribunal fédéral qu'aux conditions spécifiques prévues par l'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 1.3 p. 253).
En vertu de l'<ref-law>, le recours est recevable contre les décisions préjudicielles ou incidentes notifiées séparément si la décision attaquée peut causer un préjudice irréparable, ce qui suppose que la partie recourante soit exposée à un préjudice de nature juridique (<ref-ruling> consid. 2.2; <ref-ruling> consid. 1.2 p. 80; <ref-ruling> consid. 1.3.1). Un dommage économique ou de pur fait, tel que l'accroissement des frais de la procédure ou la prolongation de celle-ci, n'est pas considéré comme un préjudice irréparable de ce point de vue (<ref-ruling> consid. 2.2; <ref-ruling> consid. 1.2 p. 80; <ref-ruling> consid. 2.3.1 et les arrêts cités). Il appartient au recourant d'établir l'existence d'un tel risque, en démontrant dans quelle mesure il est concrètement menacé d'un préjudice irréparable de nature juridique, sous peine de voir son recours déclaré irrecevable (<ref-ruling> consid. 2.2; <ref-ruling> consid. 1.2).
En vertu de l'<ref-law>, le recours est également recevable, lorsque son admission peut conduire immédiatement à une décision finale et éviter ainsi une procédure probatoire longue et coûteuse. Selon la jurisprudence, il incombe à la partie recourante d'établir, si cela n'est pas manifeste, qu'une décision finale immédiate permettrait d'éviter une procédure probatoire longue et coûteuse; cette partie doit indiquer de manière détaillée, en particulier, quelles questions de fait sont encore litigieuses, et quelles preuves, déjà offertes ou requises, doivent encore être administrées, et en quoi celles-ci entraîneraient une procédure probatoire longue et coûteuse (ATF <ref-ruling> consid. 2.4.2 p. 633; voir aussi <ref-ruling> consid. 1 p. 28; <ref-ruling> consid. 1.2 p. 47; arrêt 4A).
En l'occurrence, les bailleurs recourants ne se disent pas menacés d'un préjudice juridique irréparable. Ils ne démontrent notamment pas en quoi le fait d'attendre que les instances cantonales se prononcent sur la question des montants à déconsigner serait de nature à leur causer un tel préjudice. Les bailleurs recourants ne prétendent pas non plus qu'une procédure probatoire longue et coûteuse serait encore nécessaire pour parvenir au jugement qui terminera le procès. Ils ne détaillent par exemple en rien les questions de fait à ce stade litigieuses et les mesures probatoires qui devraient être prises à cet égard. Partant, leur recours est irrecevable sur cet objet.
2.
2.1. Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>). Il ne peut s'en écarter que si ces faits ont été établis de façon manifestement inexacte - ce qui correspond à la notion d'arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (<ref-ruling> consid. 4.1.2; <ref-ruling> consid. 5.1) - ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> (<ref-law>), et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (<ref-law>).
2.2. Sous réserve de la violation des droits constitutionnels (<ref-law>), le Tribunal fédéral applique le droit d'office (<ref-law>). Il n'est toutefois lié ni par les motifs invoqués par les parties, ni par l'argumentation juridique retenue par l'autorité cantonale; il peut donc admettre le recours pour d'autres motifs que ceux invoqués par le recourant, comme il peut le rejeter en opérant une substitution de motifs (<ref-ruling> consid. 1.4 et l'arrêt cité).
3.
Dans un premier grief, la locataire recourante se plaint de constatation manifestement inexacte des faits.
Selon la locataire, la cour cantonale n'a pas retenu que la fermeture de la sortie sur l'extérieur située dans la zone " bureau " devenue la cuisine, effectuée par les bailleurs en août 2011, était illicite. Or, cette fermeture était illicite, puisqu'elle n'avait fait l'objet d'aucune autorisation de construire et revenait à supprimer une issue de secours nécessaire à l'exploitation d'un établissement de 60 places assises. L'illicéité préexistait à la réouverture de cette issue qu'elle avait effectuée en novembre 2012 et qui était censée légitimer la résiliation du bail pour violation du devoir de diligence. La remise en état exigée par les bailleurs dans les courriers des 27 novembre 2012 et 12 février 2013 conduisait donc à reproduire une situation reconnue comme illicite, de sorte qu'il est insoutenable que cette circonstance ait pu conduire à la résiliation du bail.
Cette argumentation de la locataire part toutefois d'une prémisse erronée, puisque la cour cantonale a expressément considéré comme illicites les travaux réalisés par les bailleurs en août 2011, en référence à ce qui a été retenu dans l'arrêt de la Cour de droit administratif et public du 21 novembre 2016. Pour le surplus, ce que la cour cantonale a déduit de cette illicéité pour juger de la validité de la résiliation ne relève pas des faits, mais du droit. Il n'y a donc pas lieu d'entrer en matière sur les critiques de fait émises par la locataire recourante.
4.
Dans un deuxième grief, la locataire recourante se plaint de violation de l'<ref-law>, en lien avec l'<ref-law>.
4.1. Aux termes de l'<ref-law>, lorsque le maintien du bail est devenu insupportable pour le bailleur ou les personnes habitant la maison parce que le locataire, nonobstant une protestation écrite du bailleur, persiste à enfreindre son devoir de diligence ou à manquer d'égards envers les voisins, le bailleur peut résilier le contrat avec effet immédiat; les baux d'habitation et de locaux commerciaux peuvent être résiliés moyennant un délai de congé minimum de 30 jours pour la fin d'un mois.
Selon la jurisprudence, la résiliation prévue par l'<ref-law> suppose la réalisation des cinq conditions cumulatives suivantes: (1) une violation du devoir de diligence incombant au locataire, (2) un avertissement écrit préalable du bailleur, (3) la persistance du locataire à ne pas respecter son devoir en relation avec le manquement évoqué par le bailleur dans sa protestation, (4) le caractère insupportable du maintien du contrat pour le bailleur et, enfin, (5) le respect d'un préavis de trente jours pour la fin d'un mois (<ref-ruling> consid. 5; arrêt 4A_173/2017 du 11 octobre 2017 consid. 3.1.1). Lorsque les conditions de l'<ref-law> ne sont pas remplies, la résiliation anticipée est inefficace, sans conversion possible en une résiliation ordinaire (<ref-ruling> consid. 3.3; Peter Higi, Zürcher Kommentar, n. 72 ad <ref-law>; David Lachat, Le droit du bail à loyer, 2008, p. 682 n. 3.2.2).
La violation du devoir de diligence (première condition) consiste notamment dans le non-respect par le locataire de ses obligations légales (<ref-law>). Les travaux effectués par le locataire sans autorisation du bailleur peuvent constituer une telle violation (p.ex. arrêts 4A_647/2017 du 7 mars 2018 consid. 6; 4A_277/2007 du 26 septembre 2007 consid. 5), en particulier s'ils sont effectués de manière inappropriée, s'ils portent atteinte à la chose louée ou s'ils lui causent un défaut (Higi, op. cit., n. 31 ad <ref-law>; Hans Bätti g, in SVIT Kommentar, Das schweizerische Mietrecht, 4e éd. 2018, n. 65 ad art. 260-260a CO; Blaise Carron, Bail et travaux de construction: aménagement, entretien, rénovation et modification des locaux, in 17e Séminaire sur le droit du bail, 2012, n. 138 p. 85).
Le juge du fait apprécie librement, dans le cadre du droit et de l'équité selon l'<ref-law>, si le manquement imputable au locataire est suffisamment grave pour justifier la résiliation anticipée du contrat (quatrième condition), en prenant en considération tous les éléments concrets du cas d'espèce. De son côté, le Tribunal fédéral ne revoit qu'avec retenue la décision d'équité prise par l'instance précédente (<ref-ruling> consid. 2.5 p. 72; <ref-ruling> consid 2 p. 111 s.; arrêt 4A_173/2017 du 11 octobre 2017 consid. 3.1.2).
4.2. La cour cantonale a confirmé la validité de la résiliation du 1er mars 2013 pour le 30 avril 2013. Elle a retenu dans sa motivation que la locataire devait aviser les bailleurs de l'injonction de la Commune et leur laisser le temps de réagir, au lieu de procéder elle-même à la réouverture de la sortie sur l'extérieur depuis la zone " bureau " devenue la cuisine. Que l'ouverture ait été réalisée au même endroit que l'ancienne issue, murée sans autorisation de construire par les bailleurs en août 2011 (et donc illicite selon l'arrêt du 21 novembre 2016 de la Cour de droit administratif et public), n'y changeait rien. Contrairement à ce qu'affirmait la locataire, par leurs courriers des 27 novembre 2012 et 12 février 2013, les bailleurs n'indiquaient aucunement qu'ils étaient prêts à maintenir le bail, mais impartissaient des délais pour la remise en état des lieux, sous peine de résiliation pour " justes motifs " (pour ce qui est du courrier du 12 février 2013). Enfin, s'il était vrai que les arrêts rendus en matière administrative postérieurement au jugement civil de première instance ôtaient à la résiliation sa nécessité objective, il n'en restait pas moins qu'au moment où la résiliation avait été notifiée, la locataire avait persévéré dans son acte de démolition, nonobstant l'opposition des bailleurs.
4.3. La locataire conteste avoir violé son devoir de diligence (1ère condition de l'<ref-law>).
4.3.1. Selon elle, la cour cantonale a retenu de manière inadmissible qu'elle aurait dû aviser les bailleurs et leur laisser le temps de réagir, alors que, sommés par les autorités municipales de réaliser la sortie de secours, ces derniers n'ont rien entrepris. D'une part, l'ouverture de la seconde issue de secours qu'elle avait effectuée depuis la cuisine supprimait un défaut, soit la diminution de la capacité d'accueil de l'établissement. En vertu de l'<ref-law>, elle était fondée à y remédier aux frais des bailleurs, sans avoir à le leur signaler ni à les sommer de le réparer, puisqu'ils en avaient déjà pleinement connaissance. D'autre part, l'ouverture de l'issue de secours remédiait à une situation reconnue comme illicite, puisqu'elle se trouvait au même endroit que la porte située dans l'ancienne salle à manger, murée par les bailleurs en août 2011 sans permis de construire. Elle en conclut qu'elle n'a pas violé son devoir de diligence en remédiant elle-même à un défaut que les bailleurs ont causé de manière illicite et qu'ils ont omis de supprimer.
4.3.2. S'il est vrai que la Commune a, par courrier du 18 octobre 2012, enjoint aux bailleurs d'effectuer les travaux nécessaires en vue de la réalisation d'une seconde issue de secours au droit de la cuisine, elle s'est ravisée peu après, dans un courrier envoyé à la locataire. Dans ce courrier du 16 novembre 2012, elle exposait que les prescriptions de protection incendie applicables empêchaient qu'une issue de secours se trouve dans une cuisine professionnelle et qu'en conséquence la licence d'exploitation devait être limitée à 50 places assises. L'impossibilité pour la seconde issue de secours de se trouver dans la cuisine a été confirmée par la Cour de droit administratif et public dans un arrêt du 25 février 2015. Ce n'est que dans son arrêt du 21 novembre 2016, rendu ensuite de l'arrêt du Tribunal fédéral du 3 novembre 2015, que la juridiction précitée a admis que la seconde issue de secours pouvait, en l'espèce, se trouver dans la cuisine.
Dans ces circonstances, il paraît étonnant qu'à réception du courrier du 16 novembre 2012, C.M._ ait immédiatement entrepris de rouvrir l'issue extérieure de la cuisine en démolissant la façade, soi-disant pour créer l'issue de secours mentionnée dans le courrier du 18 octobre 2012, alors que la Commune venait de lui signaler qu'une sortie de secours ne pouvait transiter dans un lieu à risque comme une cuisine professionnelle. En tous les cas, le revirement de la Commune prive de fondement l'argument selon lequel les bailleurs n'ont pas procédé à la réalisation d'une issue de secours au droit de la cuisine dans le délai qui leur avait été fixé au 16 novembre 2012. Il implique également que la création de cette seconde issue de secours ne permettait en rien à la locataire d'obtenir une licence d'exploitation correspondant à une capacité d'accueil de 60 places. Cette dernière ne saurait donc se prévaloir de ce qu'elle ne faisait, à ce moment-là, que remédier à un défaut en vertu de l'<ref-law>.
4.3.3. En définitive, force est d'admettre, avec la cour cantonale, que la locataire ne pouvait pas procéder de son propre chef à la réouverture de l'issue sur l'extérieur de la cuisine en démolissant la façade, ignorer l'opposition des bailleurs qui ont fait appel à la police pour poursuivre le travail de démolition qu'elle avait entrepris et ignorer ensuite leur sommation de remise en état des lieux, le dépôt de la plainte pénale et leur seconde sommation de remise en état, avec menace de résiliation du bail pour justes motifs. Si elle estimait que l'absence d'issue de secours au droit de la cuisine était constitutive d'un défaut, elle aurait dû agir conformément aux <ref-law>, en demandant par exemple aux bailleurs une réduction du loyer pour diminution de la capacité d'accueil de l'établissement, voire des dommages-intérêts pour le manque à gagner en résultant. Le seul fait qu'il a été reconnu, des années plus tard et au terme d'une procédure judiciaire, que l'issue de secours condamnée par l'ancien gérant avait été murée de manière illicite (sans autorisation de construire) par les bailleurs et qu'une seconde issue de secours pouvait se situer au droit de la cuisine, ne l'autorisait pas à agir directement comme elle l'a fait sans violer les droits de propriété des bailleurs et, partant, son devoir de diligence à leur égard. A noter que les faits de la présente cause se distinguent de ceux de l'arrêt 4A_476/2015, dans le cadre duquel les travaux entrepris par la fille de la locataire présentaient un caractère d'urgence évident (consid. 4.4.2).
4.4. La locataire conteste qu'il y ait eu un avertissement préalable valable des bailleurs (2ème condition de l'<ref-law>) et qu'elle aurait persisté à ne pas respecter son devoir de diligence (3ème condition de l'<ref-law>).
4.4.1. La locataire affirme que l'injonction reçue des bailleurs le 12 février 2013 pour remettre la chose en état était déjà à ce moment-là illicite, compte tenu de ce que ceux-ci avaient supprimé l'issue de secours sans requérir d'autorisation de construire. Elle se prévaut par ailleurs du caractère ponctuel de la contravention qui lui est reprochée, sans antécédent ni réitération.
4.4.2. Par là même, la recourante oublie que l'illicéité de la situation au niveau administratif ne l'autorisait pas à procéder elle-même à la démolition d'une partie de la façade de l'immeuble. Cette illicéité n'est en tout cas pas de nature à entacher la validité des avertissements donnés par les bailleurs, qui ont appelé la police par deux fois, ont déposé plainte pénale et l'ont sommée les 27 novembre 2012 et 12 février 2013 de remettre la façade en état. Elle n'empêche pas plus de retenir qu'elle a persisté à violer son devoir de diligence en ne remettant pas la façade en état, comme les bailleurs lui ont enjoint de le faire.
4.5. La recourante conteste le caractère insupportable du maintien du contrat de bail (4ème condition de l'<ref-law>).
4.5.1. La locataire allègue que le bail s'est poursuivi après les 17 et 19 novembre 2012 (moment de la démolition litigieuse) jusqu'à février 2013 (moment de la mise en demeure avec fixation d'un ultime délai pour la remise en état), sans remise en état de la chose ni remise en question de la continuation du bail. Près de trois mois se sont donc écoulés entre la connaissance de la contravention par les bailleurs et l'avertissement selon lequel le bail allait être résilié, un laps de temps trop long pour retenir que l'ouverture pratiquée en novembre 2012 a rendu insupportable la continuation du bail. En outre, la cour cantonale n'aurait pas exposé les arguments qui l'ont conduite à retenir le caractère insupportable du maintien du bail et aurait violé son pouvoir d'appréciation en ne tenant pas compte de certaines circonstances, parmi lesquelles: le défaut affectant la chose louée, l'injonction de l'autorité pour la réouverture de l'issue litigieuse, l'illicéité des travaux entrepris sans demande de permis de construire par les bailleurs, l'écoulement d'un certain temps entre la contravention et l'avertissement.
4.5.2. Ce faisant, la recourante ne parvient pas à démontrer que la cour cantonale aurait violé le pouvoir d'appréciation dont elle dispose quant au caractère insupportable du maintien du contrat pour le bailleur. En démolissant une partie de la façade, la locataire s'est arrogée le droit de modifier la chose louée, faisant fi de l'opposition exprimée par les bailleurs. Dans ce contexte, il ne peut être fait grief à la cour cantonale de ne pas avoir tenu compte du défaut affectant la chose louée ou de l'illicéité résultant de l'absence d'autorisation de construire, ces éléments ne jouant pas de rôle direct dans l'appréciation du caractère insupportable du maintien du bail. Il en va de même de l'injonction du service de l'urbanisme de la commune de réouvrir l'ouverture litigieuse, cette injonction ayant été en quelque sorte révoquée par le courrier de la commune du 16 novembre 2012. L'argument selon lequel le bail s'est poursuivi pendant trois mois sans remise en état de la chose ni remise en question de sa continuation confine à la mauvaise foi, les bailleurs ayant dans cet intervalle reproché deux fois à la locataire d'avoir démoli la façade en lui impartissant un délai pour remettre la chose en l'état (les 27 novembre 2012 et 12 février 2013) et déposé plainte pénale pour dommage à la propriété (le 24 décembre 2012).
Dans ces circonstances, compte tenu de la retenue avec laquelle le Tribunal fédéral intervient dans l'appréciation de la juridiction cantonale, l'on ne voit pas que celle-ci aurait violé son pouvoir d'appréciation en retenant le caractère insupportable du maintien du bail.
Par ailleurs, bien que succincte, la motivation de l'arrêt entrepris ne consacre aucune violation du droit d'être entendu, étant rappelé que le juge n'a pas l'obligation d'exposer et de discuter tous les faits, moyens de preuve et griefs invoqués par les parties, mais peut au contraire se limiter à l'examen des questions qui lui paraissent décisives pour l'issue du litige (cf. <ref-ruling> consid. 3.3.1; <ref-ruling> consid. 4.1 et les arrêts cités).
4.6. Au vu de ce qui précède, l'on ne voit pas que l'autorité précédente ait transgressé le droit fédéral en retenant la validité de la résiliation du bail donnée le 1er mars 2013 pour le 30 avril 2013. Le recours de la locataire doit donc être rejeté, en ce qu'il concerne l'annulation de la résiliation du bail, et par voie de conséquence l'élimination du défaut.
5.
5.1. Il résulte de ce qui précède que le recours des bailleurs est irrecevable et le recours de la locataire est rejeté.
5.2. Les recourants supporteront les frais judiciaires et les dépens liés au recours qu'ils ont chacun déposé. La locataire demanderesse supportera des frais judiciaires à hauteur de 5'000 fr. et des dépens à hauteur de 6'000 fr., tandis que les bailleurs défendeurs supporteront des frais judiciaires à hauteur de 2'000 fr. Faute d'avoir demandé une réponse au recours déposé par les bailleurs défendeurs, la locataire demanderesse n'aura pas droit à des dépens.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Les causes 4A_257/2018 et 4A_259/2018 sont jointes.
2.
2.1. Le recours 4A_257/2018 des défendeurs est irrecevable.
2.2. Le recours 4A_259/2018 de la demanderesse est rejeté.
3.
3.1. Les frais judiciaires relatifs au recours 4A_257/2018, arrêtés à 2'000 fr., sont mis solidairement à la charge des défendeurs.
3.2. Les frais judiciaires relatifs au recours 4A_259/2018, arrêtés à 5'000 fr., sont mis à la charge de la demanderesse.
4.
La demanderesse versera aux défendeurs, créanciers solidaires, une indemnité de dépens de 6'000 fr.
5.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et au Tribunal cantonal du canton de Vaud, Cour d'appel civile.
Lausanne, le 24 octobre 2018
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente : Kiss
La Greffière : Schmidt