Faits :
A.
E.B._ est décédé le 26 octobre 1981. Par testament du 14 décembre 1976, il avait institué héritiers à parts égales ses quatre enfants B.B._, C.B._, D.B._ et A._, et légué à son épouse F.B._ l'usufruit de l'entier de sa succession.
Par procuration du 16 janvier 1982, C.B._, D.B._, A._ et F.B._ ont conféré à B.B._ un mandat consistant, d'une part, à gérer la part de E.B._ à l'hoirie G.B._, père du défunt, et contrôler tous les comptes dans cette hoirie pour la part de feu E.B._ et, d'autre part, notamment à les représenter dans la succession de E.B._ qui était intéressé pour une part dans la société H.B._ SA et dans la société I._ SA, reprise par H.B._ SA, et faire les démarches nécessaires pour déterminer la valeur des actions de E.B._ dans ces sociétés.
B.
B.a. Par requête du 23 septembre 1999, A._ a ouvert action en partage de la succession de son père (cause n° xxx). Par jugement du Tribunal civil du district d'Yverdon du 10 avril 2000, confirmé par arrêt de la Chambre des recours du Tribunal cantonal du canton de Vaud du 25 juin 2002, l'action en partage des valeurs bancaires de l'hoirie de feu E.B._ a été admise. S'agissant du dossier de titres, l'arrêt retenait que l'usufruit conféré à F.B._ était un usufruit de disposition. Le 30 septembre 2002, Me J._ a été désignée en qualité de notaire commise au partage de la succession de feu E.B._ avec pour mission de stipuler le partage à l'amiable si faire se pouvait ou, à défaut, de constater les points sur lesquels portait le désaccord et de faire des propositions en vue du partage.
F.B._ est décédée le 19 juillet 2006, laissant pour héritiers ses quatre enfants. Elle avait désigné B.B._ comme exécuteur testamentaire de sa succession. Le 2 février 2007, B.B._ a introduit une requête en partage successoral concernant la succession de sa mère (cause yyy).
Les causes xxx et yyy ont été jointes par jugement de la Présidente du Tribunal d'arrondissement de la Broye et du Nord vaudois du 16 juillet 2013, qui a également prononcé le partage des biens et tranché les diverses prétentions litigieuses. Par arrêt du 16 avril 2014, la Cour d'appel civile du Tribunal cantonal du canton de Vaud (ci-après: la Cour d'appel civile) a admis l'appel interjeté par A._ contre ce jugement, l'a annulé et a renvoyé la cause à l'autorité précédente pour instruction et nouvelle décision. Elle a notamment considéré que l'usufruit de feu F.B._ sur la succession de feu E.B._ était un usufruit de disposition et que l'expertise notariale était manifestement insuffisante sur le point de savoir ce qu'il était advenu du prix de vente des actions de la société H.B._ SA ainsi que sur les explications relatives à la diminution de l'actif de la succession de E.B._, de sorte qu'elle ne pouvait pas se prononcer sur la qualité de la gestion du patrimoine par B.B._.
B.b. A la suite de cet arrêt de renvoi, le notaire K._, désigné en qualité d'expert, a rendu un rapport le 26 septembre 2016 et un rapport complémentaire le 23 mars 2017. Par jugement du 12 juin 2019, le Président du Tribunal civil de l'arrondissement de la Broye et du Nord vaudois a notamment ordonné la jonction des causes xxx et yyy (I), prononcé le partage des biens de la succession de E.B._ (II) et celui des biens de la succession de F.B._ (III) et dit que A._ est débitrice de B.B._ de la somme de 72'473 fr. 20, valeur échue (VII). Il a mis les frais de justice de première instance à raison de 7'559 fr. 60 chacun à la charge de B.B._, C.B._, D.B._ et A._ (X) et dit qu'il n'était pas alloué de dépens (XIII).
Statuant par arrêt du 31 janvier 2020, la Cour d'appel civile a rejeté l'appel interjeté par A._ contre cette décision. Les frais judiciaires de deuxième instance ont été arrêtés à 2'564 fr. et mis à la charge de A._, qui a en outre été condamnée à verser 2'300 fr. à B.B._ et 2'300 fr. à C.B._ et à D.B._, créancières solidaires, à titre de dépens de deuxième instance.
C.
Par acte du 5 mars 2020, A._ exerce un recours en matière civile au Tribunal fédéral. Elle conclut principalement à l'annulation de l'arrêt cantonal et au renvoi de la cause à la Cour d'appel civile pour nouvelle décision. Subsidiairement, elle sollicite la réforme de l'arrêt cantonal, en ce sens que B.B._ est débiteur de A._ de la somme de 83'968 fr., valeur échue, et que les frais de justice de première instance sont mis à raison de 10'079 fr. 50 chacun à la charge de B.B._, de C.B._ et de D.B._. Elle conclut aussi à la réforme de l'arrêt cantonal en ce sens que les frais judiciaires de deuxième instance, arrêtés à 2'564 fr., sont mis à la charge de B.B._, que celui-ci doit lui verser 2'300 fr. à titre de dépens de deuxième instance et qu'il doit verser 2'300 fr. à C.B._ et à D.B._, créancières solidaires, à titre de dépens de deuxième instance.
Les parties et la cour cantonale ont été invitées à déposer une réponse limitée à la question de la violation du droit d'être entendu, à savoir l'un des griefs soulevés par la recourante dans son recours fédéral. B.B._ a conclu au rejet du recours dans la mesure de sa recevabilité. C.B._ et D.B._ ne se sont pas déterminées. La Cour d'appel civile a indiqué " se référer aux considérants de l'arrêt, étant précisé qu'elle a implicitement rejeté le moyen tiré de l'application de l'<ref-law> en retenant l'absence de dommage (consid. 3.2), respectivement de perte de jouissance (consid. 4) ". La recourante a répliqué.

Considérant en droit :
1.
Le recours a été introduit en temps utile (<ref-law>), contre une décision finale (<ref-law>) rendue en matière civile (<ref-law>), par une partie ayant succombé devant l'autorité cantonale de dernière instance (art. 75 al. 1 et 76 al. 1 LTF). La recourante est en droit d'agir seule et a à juste titre mis en cause tous ses cohéritiers comme intimés (<ref-ruling> consid. 2.1.2). La valeur litigieuse requise est atteinte (<ref-law>). Le recours est recevable au regard des dispositions qui précèdent.
2.
2.1. Le recours en matière civile peut être formé pour violation du droit, tel qu'il est délimité par les art. 95 s. LTF. Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (<ref-law>). Cela étant, eu égard à l'exigence de motivation contenue à l'art. 42 al. 1 et 2 LTF, il n'examine en principe que les griefs soulevés; il n'est pas tenu de traiter, à l'instar d'une autorité de première instance, toutes les questions juridiques qui pourraient se poser, lorsque celles-ci ne sont plus discutées devant lui (<ref-ruling> consid. 2.4 et les références). Le recourant doit par conséquent discuter les motifs de la décision entreprise et indiquer précisément en quoi il estime que l'autorité précédente a méconnu le droit (<ref-ruling> consid. 1.7.1; <ref-ruling> consid. 2.4 et la référence). Le Tribunal fédéral ne connaît par ailleurs de la violation de droits fondamentaux que si un tel grief a été expressément invoqué et motivé de façon claire et détaillée par le recourant (" principe d'allégation ", <ref-law>; <ref-ruling> consid. 2.1; <ref-ruling> consid. 2.4).
3.
Dans un grief d'ordre formel qu'il convient d'examiner en premier lieu, la recourante fait valoir la violation de son droit d'être entendue (art. 29 al. 2 Cst.), en tant que la cour cantonale n'aurait pas analysé du tout, respectivement pas fourni de motivation s'agissant du grief tiré de la violation de l'<ref-law> qu'elle avait soulevé dans son mémoire d'appel en p. 12 à 14. Or, l'application de l'<ref-law> aurait dû selon elle conduire à retenir que B.B._ était tenu de restituer l'intégralité des actifs dont il avait eu l'usage exclusif ensuite du décès de son père (soit, après déduction de la somme qu'il avait partiellement restituée, un montant de 310'286 fr.), respectivement de répondre de leur perte, et ceci que l'on retienne ou non l'existence d'un mandat entre les membres de la communauté héréditaire de B.B._.
3.1. Selon la jurisprudence, commet un déni de justice formel proscrit par l'art. 29 al. 1 Cst. l'autorité qui ne traite pas un grief relevant de sa compétence, motivé de façon suffisante et pertinent pour l'issue du litige (<ref-ruling> consid. 4.2; <ref-ruling> consid. 3.2.1; <ref-ruling> consid. 2.1; arrêts 5A_1062/2019 du 16 avril 2020 consid. 4.1; 5A_669/2019 du 7 février 2020 consid. 3.2; 5A_441/2019 du 25 octobre 2019 consid. 3.1). De même, la jurisprudence a déduit du droit d'être entendu de l'art. 29 al. 2 Cst. l'obligation pour l'autorité de motiver sa décision, afin que l'intéressé puisse se rendre compte de la portée de celle-ci et l'attaquer en connaissance de cause (<ref-ruling> consid. 5.2; <ref-ruling> consid. 2.1; <ref-ruling> consid. 5.1; <ref-ruling> consid. 4.2).
3.2. En l'espèce, l'autorité cantonale a en substance considéré que B.B._ avait fait usage de la procuration délivrée par les nus-propriétaires conjointement à l'usufruitière F.B._ pour gérer les actifs de la succession de E.B._ soumis à l'usufruit, celui-ci devant être qualifié d'usufruit de disposition. Elle a ensuite relevé que A._ se prévalait, pour sa quote-part successorale dans le cadre du partage, d'une prétention en responsabilité civile contre B.B._ sur la base de ce contrat de mandat, et jugé que la responsabilité de B.B._ n'était en l'occurrence pas établie à satisfaction. La Cour d'appel civile ne s'est cependant pas prononcée sur le grief soulevé par A._ en lien avec l'application de l'<ref-law> (p. 12-14 de l'appel). Comme le relève A._ dans son recours fédéral, un grief de violation par le premier juge de l'<ref-law> avait été soulevé dans le mémoire d'appel, dont il ressort en substance que B.B._, de par sa seule qualité de cohéritier, qu'il ait ou non exercé la possession des avoirs en exécution d'un mandat, était tenu de les restituer dans le cadre du partage, cette obligation de restitution étant en outre imprescriptible tant que dure la communauté et devant être le cas échéant augmentée d'une indemnité. A teneur de l'appel, ce constat s'imposait d'ailleurs même dans l'hypothèse où une relation contractuelle avait été nouée avec le débiteur non par les héritiers, mais par l'usufruitière.
Dans ses observations adressées à la Cour de céans, la cour cantonale indique avoir " implicitement rejeté le moyen tiré de l'application de l'<ref-law> en retenant l'absence de dommage (consid. 3.2), respectivement de perte de jouissance (consid. 4) ". Or, au considérant 4 de son arrêt, il est indiqué ceci: " Pour le cas où la responsabilité de l'intimé B.B._ sur la base du contrat de mandat confié selon procuration du 16 janvier 1982 serait niée, l'appelante soutient qu'elle serait en droit de se prévaloir d'une créance de F.B._ contre l'intéressé correspondant à la différence de 310'286 fr. qui ne lui aurait jamais été remise en usufruit, en violation du mandat. On relèvera toutefois que la perte de jouissance qui aurait été propre à l'usufruitière n'est nullement établie en fait et ne saurait résulter d'une diminution de la valeur en capital. En outre, si l'appelante évoquait un dommage aux nus-propriétaires de ce chef, c'est l'usufruitière qui en répondrait à leur égard, et l'argument de la confusion retenu par le premier juge fonctionnerait alors pleinement, conformément aux considérations de l'autorité précédente résumées ci-dessus ". Il apparaît que ce considérant est difficilement compréhensible et ne permet pas en l'état de considérer que le moyen tiré de l'<ref-law> a été traité. Le fait que la cour cantonale ait retenu l'absence de dommage au consid. 3.2 de son arrêt n'y change rien puisque dans son moyen relatif à l'application de l'<ref-law>, l'appelante A._ soutenait que l'obligation de restitution des biens successoraux par l'héritier qui les possédait existait indépendamment du point de savoir si la possession desdits biens avait été exercée en exécution d'un mandat. Contrairement à ce que fait valoir B.B._ dans sa réponse au présent recours, il ne s'agissait dès lors pas à proprement parler d'une argumentation subsidiaire à celle fondée sur le droit du mandat.
Vu ce qui précède, la cour cantonale a enfreint l'art. 29 Cst., en sorte que le grief doit être admis et la cause renvoyée à l'autorité précédente pour qu'elle se prononce sur le moyen tiré de la violation de l'<ref-law>, en indiquant clairement ses motifs. Ces considérations scellent le sort du recours sans qu'il y ait lieu d'examiner les autres griefs soulevés par la recourante.
4.
En conclusion, le recours doit être admis, l'arrêt attaqué annulé et la cause renvoyée à la cour cantonale pour nouvelle décision. Les frais judiciaires et les dépens seront mis solidairement à la charge de l'intimé B.B._ - qui, bien qu'il ne soit pas responsable du vice de procédure, a cependant conclu au rejet du recours dans la mesure de sa recevabilité (art. 66 al. 1 et 68 al. 1 et 2 LTF; cf. <ref-ruling> consid. 5; parmi plusieurs: arrêts 5A_81/2020 du 13 novembre 2020 consid. 4; 5A_107/2019 du 19 juin 2019 consid. 3 et la jurisprudence citée) - et de C.B._ et de D.B._ qui, bien qu'invitées à le faire, n'ont pas formulé d'observations ni pris de conclusions en instance fédérale, de sorte qu'elles sont réputées avoir succombé (BERNARD CORBOZ, in Commentaire de la LTF, 2e éd. 2014, n° 38 ad <ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est admis, l'arrêt entrepris annulé et la cause renvoyée à l'autorité cantonale pour nouvelle décision dans le sens des considérants.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 5'000 fr., sont mis à la charge de B.B._, C.B._ et D.B._, solidairement entre eux.
3.
Une indemnité de 5'500 fr., à payer à la recourante à titre de dépens, est mise à la charge de B.B._, C.B._ et D.B._, solidairement entre eux.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour d'appel civile du Tribunal cantonal du canton de Vaud.
Lausanne, le 6 septembre 2021
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Herrmann
La Greffière : Dolivo