Faits :
A.
La source de "La Tufière" est située sur la rive gauche de l'Orbe, au sud-ouest du territoire de la Commune de Montcherand, voisine de la Commune des Clées. Elle constitue une importante ressource en eaux souterraines d'origine karstique, exploitée depuis 1873. Elle alimente depuis longtemps la Commune d'Orbe en eaux de boissons.
A.A._ et B.A._ sont propriétaires de la parcelle n° 208 de la Commune des Clées, dans la localité de La Russille, colloquée en zone à bâtir ("zone du village") et zone agricole, et qui supporte une maison d'habitation. Ils sont également copropriétaires pour moitié chacun de la parcelle n° 207, qui sert notamment d'accès à la parcelle n° 208. Ces parcelles sont situées dans le bassin d'alimentation potentielle de la source de la Tufière.
Mandatée à la fin des années 2000 pour proposer une délimitation des zones de protection des eaux de la source de "La Tufière", C._ SA a déposé un rapport en ce sens le 3 mai 2012 proposant une délimitation des zones S et de l'aire Zu dans la région conformément aux instructions fédérales édictées en la matière en 2004 par l'Office fédéral de l'environnement (OFEV), à savoir la méthode dite "EPIK". Il prévoit le classement des parcelles n os 207 et 208 en zone de protection des eaux S3.
B.
Mis à l'enquête publique du 22 novembre au 23 décembre 2013, le plan de délimitation des eaux de la source et le règlement y relatif ont été adoptés le 8 août 2016 par le Département vaudois du territoire et de l'environnement (DTE). A cette occasion, le DTE a également levé les oppositions formées à l'encontre de cette délimitation, dont celle des époux Conod.
Statuant sur recours des prénommés, la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal vaudois a confirmé cette décision par arrêt du 1er novembre 2017.
C.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public, A.A._ et B.A._ demandent au Tribunal fédéral de réformer l'arrêt attaqué en ce sens que la décision du DTE du 8 août 2016 est annulée et la cause renvoyée à l'autorité de première instance pour nouvelle décision dans le sens des considérants.
Le Tribunal cantonal et les communes concernées renoncent à se déterminer. Le DTE, par la Direction générale de l'environnement (DGE), se détermine et conclut au rejet du recours. Consulté, l'Office fédéral de l'environnement dépose des observations.

Considérant en droit :
1.
Dirigé contre une décision finale (<ref-law>) prise en dernière instance cantonale (art. 86 al. 1 let. d LTF) dans le domaine du droit public fédéral relatif à la protection des eaux (<ref-law>), le recours est recevable comme recours en matière de droit public selon les <ref-law>, aucune des exceptions prévues à l'<ref-law> n'étant réalisée. Les recourants ont pris part à la procédure de recours devant le Tribunal cantonal. Ils sont particulièrement touchés par l'arrêt attaqué confirmant le classement des parcelles dont ils sont propriétaires dans la zone de protection des eaux S3.
La qualité pour déposer un recours en matière de droit public suppose notamment que l'intérêt digne de protection de la la partie recourante à l'annulation ou à la modification de la décision entreprise soit actuel (<ref-ruling> consid. 1.3.3 p. 78; <ref-ruling> consid. 1.1 p. 208; <ref-ruling> consid. 1.3.1 p. 25).
En l'occurrence, l'essentiel du recours tend à faire observer les nouvelles règles de l'ordonnance du 28 octobre 1998 sur la protection des eaux (OEaux; RS 814.201) pour la délimitation des zones de protection. A cet égard, l'OFEV souligne que les restrictions d'utilisation du sol seraient pour une grande partie identiques quel que soit le droit, ancien ou nouveau, appliqué, à tout le moins s'agissant de la problématique qui intéresse particulièrement les recourants, à savoir l'interdiction de tout nouveau forage pour l'installation d'une nouvelle pompe à chaleur. L'office en déduit que les assouplissements apportés par la nouvelle législation avec l'introduction d'un nouveau type de zone n'apporteraient aucun avantage aux recourants. Les recourants exposent quant à eux que "la nouvelle réglementation légale relative aux zones de protection Sh et Sm ne doit plus permettre d'exclure par principe, pour l'ensemble d'un secteur donné, une pompe à chaleur par sonde (PAC), qui n'a en soi aucun caractère polluant à moins d'entrer directement en contact avec une nappe phréatique ou une fissure". Ils ajoutent qu' "au contraire, celle-ci doit être autorisée si les données locales récoltées permettent d'exclure toute mise en contact de la PAC avec un aquifère". Les recourants ne précisent pas sur quelles bases ils se fondent pour affirmer que, désormais et contrairement à l'ancien droit, les nouvelles dispositions de l'OEaux permettraient d'accorder des dérogations pour la construction de pompes à chaleur. Le ch. 221 bis al. 1 let. f annexe 4 OEaux prévoit au contraire sans condition, selon la stricte même formulation que pour la zone S3 (ch. 221 al. 1 let. f annexe 4 OEaux), que les circuits thermiques qui prélèvent ou rejettent de la chaleur dans le sous-sol ne sont pas autorisés en zone Sm. On peut ainsi douter d'un intérêt pratique à recourir sur cet aspect précisément.
Cela étant, on peut considérer que les recourants ont un intérêt de fait à voir leurs terrains classés en une zone de protection des eaux de type plus affiné que ce que prévoyait l'ancien droit. Cette planification, appelée à durer dans le temps peut les toucher sur d'autres aspects que celui de la pompe à chaleur. Ils peuvent ainsi se prévaloir d'un intérêt personnel et digne de protection à l'annulation de l'arrêt attaqué, et ont qualité pour agir au sens de l'<ref-law>.
Les autres conditions de recevabilité sont réunies, si bien qu'il y a lieu d'entrer en matière sur le recours.
2.
Les recourants font valoir que le département aurait dû appliquer le droit en vigueur au moment où il a adopté le plan.
2.1. A teneur de l'art. 20 al. 1 de la loi fédérale sur la protection des eaux du 24 janvier 1991 (LEaux; RS 814.20), les cantons délimitent des zones de protection autour des captages et des installations d'alimentation artificielle des eaux souterraines qui sont d'intérêt public; ils fixent les restrictions nécessaires du droit de propriété. Selon l'<ref-law>, les cantons délimitent les zones de protection conformément à l'annexe 4, ch. 12 OEaux. Dans sa teneur en vigueur jusqu'au 31 janvier 2015, cette annexe prévoyait que les zones de protection des eaux souterraines se composaient de la zone de captage (zone S1), de la zone de protection rapprochée (zone S2) et de la zone de protection éloignée (zone S3). La version de l'OEaux en vigueur depuis le 1er janvier 2016 prévoit désormais que les zones de protection des eaux souterraines se composent des zones S1 et S2 ainsi que, dans les aquifères en roches meubles et les aquifères karstiques ou fissurés faiblement hétérogènes, de la zone S3 ou, dans les aquifères karstiques ou fissurés fortement hétérogènes, des zones Sh et Sm (annexe 4 ch. 121 OEaux). La disposition transitoire accompagnant cette modification dit que, pour les captages et installations d'alimentation artificielle dans des aquifères karstiques ou fissurés fortement hétérogènes, il n'est pas nécessaire de délimiter les zones Sh et Sm visées à l'annexe 4, ch. 125 OEaux, si les zones de protection des eaux souterraines et les aires d'alimentation ont été délimitées en vertu du droit en vigueur et si celles-ci ne font pas l'objet d'une révision importante. Le rapport explicatif de l'OFEV concernant la modification de l'ordonnance précisait que "les cantons ne sont pas obligés de modifier les zones S1, S2 et S3 de protection des eaux souterraines délimitées en vertu du droit en vigueur si les zones de protection appliquées jusqu'ici garantissent une protection au moins équivalente à celle assurée par les nouvelles zones Sh et Sm". Et: "Cette disposition transitoire n'est pas limitée dans le temps, c'est-à-dire que les zones de protection concernées peuvent être maintenues pour une période indéterminée; l'absence de délai évite de surcharger les autorités cantonales d'exécution [...]" (OFEV, Rapport explicatif concernant la modification sur la protection des eaux, 19.06.2015, p. 16).
De jurisprudence constante, en matière de situations déployant des effets dans la durée, l'autorité administrative doit appliquer le droit en vigueur au jour où elle statue (cf. <ref-ruling> consid. 6 p. 267; <ref-ruling> consid. 2b p. 211; <ref-ruling> consid. 5e/aa p. 598). En droit de l'environnement et en aménagement du territoire, la jurisprudence considère même qu'il existe le plus souvent un intérêt public justifiant l'application par une éventuelle instance de recours du nouveau droit entré en vigueur en cours de procédure (<ref-ruling> consid. 3 p. 177; 112 Ib p. 39 consid. 1c p. 43; <ref-ruling> consid. 1 p. 153).
2.2. Le plan adopté huit mois après l'entrée en vigueur de la modification de l'ordonnance ne désigne pas de zones Sh et Sm, mais des zones S3, en application de l'ancien droit. Les parcelles des recourants ont ainsi été classées en zone S3.
La cour cantonale a cautionné cette manière de faire. Se fondant sur la disposition transitoire, en particulier sur les explications de l'OFEV à ce propos, elle a considéré qu'il n'y avait pas lieu d'appliquer le nouveau droit, dès lors que ce ne serait pas tant la décision d'adoption du plan qui est de nature à surcharger les autorités cantonales d'exécution que les investigations hydrogéologiques et l'élaboration de la planification et de la réglementation qui la précédent. Elle en a déduit qu'était déterminant le droit en vigueur "au moment de la délimitation technique ou hydrogéologique des zones de protection".
Ce raisonnement est critiquable. Tout d'abord, conformément à la pratique, le nouveau droit, quand bien même les dispositions transitoires tempèrent expressément l'intérêt public à une mise à jour immédiate des plans, devrait être appliqué par une autorité administrative appelée à mettre en oeuvre l'OEaux dans une planification en cours. La disposition transitoire - et les explications de l'OFEV - ne fait en effet référence qu'à l'adaptation des planifications déjà en vigueur et aux révisions de peu d'importance, et n'est donc pas applicable au cas de figure de la présente procédure. Le maintien de l'ancien droit constitue une exception expressément prévue par le législateur. En tirer une analogie pour créer une autre exception, à savoir une exception à la règle du droit en vigueur comme droit déterminant au jour où l'autorité statue, semble hardi, voire injustifié. Il est ensuite hasardeux de définir une date de "délimitation technique ou hydrogéologique des zones", un tel procédé relevant souvent - et comme en l'espèce - d'un mandat donné à un bureau d'étude privé, et pouvant ensuite - même si tel n'a pas été cas en l'espèce - être revu par l'autorité administrative compétente. En outre, à supposer qu'il faille redéfinir les zones de protection après que les investigations techniques et leur appréciation ont eu lieu au regard de l'ancien droit, il n'apparaît pas si chronophage d'attendre des autorités qu'elles interprètent dites investigations à l'aune des zones S h et S m et délimitent nouvellement ces surfaces, de nouvelles mesures sur le terrain n'étant pas forcément indispensables. Enfin, il paraît douteux que l'on puisse refuser aux propriétaires concernés par une planification nouvelle des zones de protection des eaux l'application du droit en vigueur au moment où l'autorité statue si l'on procède par analogie avec l'art. 21 al. 2 LAT: cette disposition permet en effet à tout propriétaire concerné de demander une adaptation d'une planification en vigueur en cas de changement de circonstances, le changement de la législation applicable étant généralement considéré comme tel (arrêt 1C_568/2014 du 13 janvier 2016 consid. 7.1).
Aussi, si l'on peut encore concevoir que les projets déjà sous toit soient maintenus, vu l'absence d'urgence à adapter le droit - il serait alors opportun de se référer à une date plus formelle que la reddition d'un rapport par un bureau privé, comme par exemple la date de la mise à l'enquête publique du plan -, il demeure que, vu ce qui est exposé ci-dessus, les autorités doivent privilégier le nouveau droit, entré en vigueur avant qu'elles statuent. En tout état, elles doivent accéder à la demande des personnes concernées de procéder à la délimitation des zones en vertu du nouveau droit en vigueur.
C'est donc à tort que la cour cantonale a considéré que le nouveau plan tombait dans le champ d'application de la disposition transitoire et que l'autorité planificatrice n'avait pas à appliquer les nouvelles zones Sh et Sm. Ce faisant, elle a violé les dispositions de l'annexe 4 OEaux.
L'admission de ce grief impose le renvoi du dossier aux instances précédentes pour adaptation du plan litigieux aux nouvelles dispositions du droit fédéral.
3.
Dans un second grief de fond, les recourants se plaignent de l'absence de cohérence du plan en raison de la soustraction d'un périmètre occupé par une gravière à la zone de protection S3. Comme le relève la cour cantonale, "les recourants ne contestent pas tant l'inclusion de leur parcelle en zone S3 que l'exclusion de la gravière de cette même zone". A l'instar de ce qu'ont relevé les premiers juges, on ne voit pas quelle incidence la délimitation des zones de protection dans le secteur de la gravière aurait sur le classement de leurs propres parcelles. Les recourants ne se prévalent à cet égard pas d'une inégalité de traitement. Au demeurant, les recourants ne font en réalité valoir aucune norme de droit fédéral ou cantonal qui aurait été violée par la cour cantonale si bien que, à supposer qu'ils puissent contester une partie du plan qui ne les concerne pas - ce dont on peut douter - leur grief est quoi qu'il en soit insuffisamment motivé (<ref-law>). Il n'y a donc pas lieu de l'examiner.
4.
Il résulte de ce qui précède que le recours doit être admis, l'arrêt attaqué annulé, et le dossier renvoyé à la cour cantonale pour nouvelle décision dans le sens des considérants. Il n'y a pas lieu de percevoir des frais judiciaires (<ref-law>). En revanche, le canton de Vaud versera des dépens aux recourants, qui obtiennent gain de cause avec l'aide d'une avocate (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est admis. L'arrêt attaqué est annulé. La cause est renvoyée au Tribunal cantonal du canton de Vaud, Cour de droit administratif et public, pour nouvelle décision dans le sens des considérants.
2.
Il n'est pas perçu de frais judiciaires.
3.
Une indemnité de dépens de 3'000 fr. est accordée aux recourants, à la charge du canton du Vaud, pour la procédure devant le Tribunal fédéral.
4.
Le présent arrêt est communiqué à la mandataire des recourants, au Département du territoire et de l'environnement du canton de Vaud, à la Municipalité de L'Abergement, à la Municipalité des Clées, à la Municipalité de Lignerolle, à la Municipalité de Montcherand, à la Municipalité d'Orbe, au Tribunal cantonal du canton de Vaud, Cour de droit administratif et public, et à l'Office fédéral de l'environnement.
Lausanne, le 27 mars 2019
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Chaix
La Greffière : Sidi-Ali