Sachverhalt:
A.
A.a. X._ betrieb in U._ einen Landwirtschaftsbetrieb. Das Veterinäramt Appenzell Ausserrhoden, vertreten durch den Kantonstierarzt, erstattete am 1. März 2013 Strafanzeige gegen X._. Die Staatsanwaltschaft erhob gegen diesen am 5. März 2014 Anklage wegen mehrfacher Widerhandlung gegen die Tierschutz- und die Tierseuchengesetzgebung, begangen in der Zeit von August 2012 bis Mai 2013.
A.b. Das Kantonsgericht Appenzell Ausserrhoden sprach X._ mit Urteil vom 8. Oktober 2015 in mehreren Anklagepunkten vom Vorwurf der Widerhandlung gegen das Tierseuchengesetz vom 1. Juli 1966 (TSG; SR 916.40) und das Tierschutzgesetz vom 16. Dezember 2005 (TSchG; SR 455) frei. Es erklärte ihn der mehrfachen Tierquälerei gemäss <ref-law>, der mehrfachen übrigen Widerhandlungen gegen das Tierschutzgesetz gemäss <ref-law> und der mehrfachen Widerhandlung gegen das Tierseuchengesetz schuldig. Es verurteilte ihn zu einer unbedingten Geldstrafe von 210 Tagessätzen zu Fr. 85.-- und einer Busse von Fr. 10'000.--, beides als Zusatz zum Urteil des Kantonsgerichts Appenzell Ausserrhoden vom 27. Juni 2013.
Auf Berufung von X._ bestätigte das Obergericht des Kantons Appenzell Ausserrhoden am 5. Dezember 2017 das erstinstanzliche Urteil, soweit es in Bezug auf die Freisprüche nicht in Rechtskraft erwachsen war.
B.
X._ beantragt mit Beschwerde in Strafsachen, das Urteil vom 5. Dezember 2017 sei aufzuheben und er sei vollumfänglich freizusprechen. Eventualiter sei die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
C.
Das Obergericht des Kantons Appenzell Ausserrhoden verzichtete auf eine Vernehmlassung. Die Staatsanwaltschaft liess sich nicht vernehmen.

Erwägungen:
1.
1.1. Der Beschwerdeführer rügt in formeller Hinsicht, die Protokolle der unangemeldeten Betriebskontrollen vom 11. Februar, 6. März und 14. Mai 2013 seien gemäss <ref-law> als Beweismittel nicht verwertbar, weil die Kontrollen ohne entsprechende Verfügung erfolgt seien. Das Veterinäramt und die von diesem beigezogene Polizei habe auf mündliche Anweisung des Kantonstierarztes gehandelt. Schriftliche Einsatzbefehle oder gar eine Verfügung für die Betriebskontrollen habe es nicht gegeben. <ref-law> sei verfassungskonform auszulegen. Nicht nachvollziehbar sei, weshalb bei der Durchsuchung von Räumen gestützt auf das Tierschutzgesetz - im Gegensatz zur Durchsuchung von Räumen gestützt auf <ref-law> - vom Erfordernis der schriftlichen Verfügung oder des schriftlichen Befehls abgesehen werden könne.
1.2. Kontrollen in Landwirtschaftsbetrieben durch die von den Kantonstierärzten geleiteten kantonalen Fachstellen sind gesetzlich vorgesehen (vgl. etwa <ref-law>, Art. 210 Abs. 1 i.V.m. Art. 213 Abs. 1 der Tierschutzverordnung vom 23. April 2008 [TSchV; SR 455.1], Verordnung vom 16. Dezember 2016 über den nationalen Kontrollplan für die Lebensmittelkette und die Gebrauchsgegenstände [NKPV; SR 817.032]). Die kantonalen Fachstellen haben hierfür Zutritt zu den Räumen, Einrichtungen, Fahrzeugen, Gegenständen und Tieren (<ref-law>). Dass den Kontrollen eine schriftliche Verfügung vorausgehen muss, sehen die erwähnten Bestimmungen nicht vor. Zumindest beruft sich der Beschwerdeführer auf keine solche Gesetzesbestimmung. Weshalb <ref-law> auf die vom Beschwerdeführer beanstandeten Kontrollen analog anwendbar sein soll, ist nicht ersichtlich. Der Beschwerdeführer begründet auch nicht näher, weshalb er aus Art. 8 EMRK und <ref-law> eine Pflicht des Veterinäramtes ableitet, vor der Kontrolle eine schriftliche Verfügung zu erlassen. Soweit der Beschwerdeführer eine Verletzung von Art. 8 EMRK und <ref-law> rügt, vermag seine Beschwerde den gesetzlichen Begründungsanforderungen daher nicht zu genügen (<ref-law>). Abgesehen davon erklärt <ref-law> lediglich diejenigen Beweise für unverwertbar, die mittels einer verbotenen Beweiserhebungsmethode (Art. 141 Abs. 1 i.V.m. <ref-law>) oder in strafbarer Weise oder unter Verletzung von Gültigkeitsvorschriften (<ref-law>) erhoben wurden. Beweise, bei deren Erhebung Ordnungsvorschriften verletzt worden sind, sind verwertbar (<ref-law>). Die Rüge ist unbegründet, soweit darauf einzutreten ist.
2.
2.1. Der Beschwerdeführer beanstandet, die Vorinstanz habe zu Unrecht kein Gutachten eingeholt. Die strafrechtlichen Grundsätze seien auch zu beachten, wenn die Abklärung des Sachverhalts wie vorliegend überwiegend durch den Kantonstierarzt im Verwaltungsverfahren erfolge. Das Gericht müsse die rechtserheblichen Tatsachen selber ermitteln. Es wäre daher Sache des Gerichts gewesen, darüber zu entscheiden, wann von ausreichend trockener Einstreu, rechtzeitiger Klauenpflege, übermässiger Verschmutzung oder Beeinträchtigung des Tierwohls gesprochen werden könne. Der Kantonstierarzt sei vorbefasst und könne im Strafverfahren nicht als Sachverständiger fungieren. In komplexen Wissensgebieten wie der Human- oder der Tiermedizin dürfe die Sachkunde von Experten auch nicht einfach durch Recherchen des Richters in der entsprechenden Fachliteratur oder im Internet ersetzt werden. Der Beschwerdeführer beanstandet insbesondere die Auffassung der Vorinstanz, wonach ein Kantonstierarzt befugt und fachlich qualifiziert sei, Feststellungen über den Zustand und die Haltung der Tiere abzugeben. Die Kontrollberichte des Veterinäramtes seien nicht lediglich sachliche Beweismittel im Sinne von <ref-law>. Sie würden unmissverständliche Beweiswürdigungen und Wertungen bzw. fachliche Beurteilungen enthalten, auf welche das Obergericht abgestellt habe, obschon der Kantonstierarzt nicht Sachverständiger sei.
2.2. Dem Beschwerdeführer ist insofern beizupflichten, als die Beweiswürdigung und Sachverhaltsfeststellung im Strafverfahren dem Strafrichter vorbehalten sind. Fehlt es diesem an den für die Sachverhaltsfeststellung erforderlichen besonderen Kenntnissen und Fähigkeiten, muss er einen unabhängigen Sachverständigen beiziehen (<ref-law>). Den vorinstanzlichen Erwägungen, wonach der Kantonstierarzt befugt und fachlich qualifiziert ist, Feststellungen über den Zustand und die Haltung der Tiere abzugeben (vgl. angefochtenes Urteil E. 1.4.3 S. 11), kann daher nicht gefolgt werden. Der Kantonstierarzt kann als Verwaltungsbehörde im Strafverfahren keine Feststellungen treffen. Der Grundsatz "in dubio pro reo" als Beweiswürdigungs- und Beweislastregel gilt im Verwaltungsverfahren nicht (vgl. etwa <ref-ruling> E. 6.3.1 S. 299; <ref-ruling> E. 4.5.3 S. 322; Urteile 2C_331/2017 vom 6. April 2017 E. 3.4; 2C_1021/2013 vom 28. März 2014 E. 5.2). Nur schon um diesem Grundsatz Rechnung zu tragen, muss der Strafrichter den Sachverhalt, den er der strafrechtlichen Verurteilung zugrunde legt, selber feststellen. Der Kantonstierarzt kann aufgrund seiner Vorbefassung im Strafverfahren auch nicht als Sachverständiger im Sinne von <ref-law> beigezogen werden. Soweit der Kantonstierarzt in seiner Funktion als Mitarbeiter des Veterinäramtes des Kantons Appenzell Ausserrhoden Kenntnis von strafrechtlich relevanten Tatsachen erlangte, ist er jedoch als (sachverständiger) Zeuge zu betrachten. Als Zeuge kann er sich allerdings nur zu konkret von ihm wahrgenommenen Tatsachen äussern und es ist nicht an ihm, solche Tatsachen für den Strafrichter zu bewerten oder gar rechtlich zu würdigen.
Dem Strafrichter ist es daher nicht untersagt, für die Sachverhaltsfeststellung auch verwaltungsrechtliche Kontrollberichte heranzuziehen (vgl. etwa Urteile 6B_482/2015 vom 20. August 2015; 6B_660/2010 vom 8. Februar 2011). Die StPO kennt keinen numerus clausus der Beweismittel (Urteil 6B_921/2014 vom 21. Januar 2015 E. 1.3.2). Im Kontrollbericht wiedergegebene (würdigungsfreie) Wahrnehmungen des Kantonstierarztes sind ebenso verwertbar wie die darin enthaltene Fotodokumentation. Die Kontrollberichte unterliegen der freien Beweiswürdigung des Strafrichters. Entscheidend ist, dass der Strafrichter den Sachverhalt in Berücksichtigung des Grundsatzes "in dubio pro reo" dennoch selber feststellt. Um dem Strafrichter eine eigene Sachverhaltsfeststellung zu ermöglichen, müssen die Kontrollberichte des Veterinäramtes - wenn im Strafverfahren nach einer Strafanzeige des Veterinäramtes darauf abgestellt werden soll - das vorwerfbare Verhalten soweit möglich z.B. anhand von Fotografien ausreichend dokumentieren, so dass daraus die tatsächlichen Verhältnisse ausreichend klar hervorgehen.
2.3. Die Tierschutzgesetzgebung operiert verschiedentlich mit unbestimmten Formulierungen, deren Auslegung den rechtsanwendenden Behörden überlassen wird. Dies ist beispielsweise bei der Frage der Fall, was unter "ausreichend geeignetem Futter" im Sinne von <ref-law> zu verstehen ist und ob bzw. wann der Liegebereich "ausreichend sauber" und "ausreichend trocken" im Sinne von Art. 34 Abs. 1 und <ref-law> ist. Tat- und Rechtsfrage sind insoweit eng miteinander verknüpft. Die Beantwortung der sich stellenden Rechtsfragen ist Sache des Gerichts. Es gilt der Grundsatz "iura novit curia". Zu Rechtsfragen werden grundsätzlich keine Sachverständigen beigezogen (Urteil 6B_454/2015 vom 26. November 2015 E. 4.2 mit Hinweis; SCHMID/JOSITSCH, Schweizerische Strafprozessordnung, Praxiskommentar, 3. Aufl. 2018, N. 2 zu <ref-law>). Zur Rechtsauslegung sind die rechtsanwendenden Verwaltungs- und Strafbehörden gleichermassen befugt, wobei das Gesetz durch alle Behörden einheitlich auszulegen ist. Soweit es um die Rechtsauslegung geht, hat der Strafrichter daher auch Präjudizien der Verwaltungsbehörden heranzuziehen, auch wenn er daran im Einzelfall nicht gebunden ist.
2.4. Allgemeine Grundsätze, inwieweit die Strafgerichte auf dem Strafverfahren vorausgegangene Verwaltungsentscheide abstellen dürfen, lassen sich nach dem Gesagten daher nur beschränkt herausarbeiten. Ob die Vorinstanz, wie vom Beschwerdeführer geltend gemacht, einen Sachverständigen hätte beiziehen müssen, ist - soweit gerügt - daher im Zusammenhang mit den einzelnen Tatvorwürfen zu prüfen.
3.
3.1. Der Beschwerdeführer macht weiter geltend, das Veterinäramt habe vor dem Erlass der Verfügung vom 14. Februar 2013 seinen Anspruch auf rechtliches Gehör verletzt.
3.2. Das Veterinäramt des Kantons Appenzell Ausserrhoden forderte den Beschwerdeführer im Anschluss an die unangemeldete Tierschutz- und Tierverkehrskontrolle vom 11. Februar 2013 mit Verfügung vom 14. Februar 2013 auf, verschiedene Massnahmen zur Herstellung des rechtmässigen Zustands u.a. im Schaf- und Ziegenstall zu ergreifen. Es erwog dabei, aufgrund der herrschenden extremen Witterung müssten die draussen gehaltenen Schafe und Ziegen geeignet untergebracht werden. Diese dringliche Massnahme erfordere es, dass dem Beschwerdeführer das rechtliche Gehör nicht im Voraus gewährt werden könne. Es entzog einem allfälligen Rekurs wegen Dringlichkeit (herrschende extreme Witterung) die aufschiebende Wirkung und räumte dem Beschwerdeführer nachträglich die Möglichkeit zur Stellungnahme bis zum 25. Februar 2013 ein. Für den Fall, dass sich aus der Stellungnahme des Beschwerdeführers grundsätzliche Abweichungen ergeben sollten, behielt sich das Veterinäramt vor, die Verfügung vom 14. Februar 2013 in Wiedererwägung zu ziehen (kant. Akten, act. 1.1 Beilage 24 S. 4 und 6).
3.3. Die Vorinstanz weist zutreffend darauf hin, dass der Beschwerdeführer die Verletzung seines rechtlichen Gehörs im entsprechenden Verwaltungsverfahren hätte rügen müssen (angefochtenes Urteil S. 18). Weder ersichtlich noch rechtsgenügend dargetan ist, was er daraus, dass ihm das rechtliche Gehör im erwähnten Verwaltungsverfahren lediglich nachträglich gewährt wurde, im Strafverfahren zu seinen Gunsten ableiten will.
4.
Die Vorinstanz sprach den Beschwerdeführer der Widerhandlung gegen das Tierseuchengesetz im Sinne von <ref-law> i.V.m. <ref-law>, Art. 15e Abs. 1 der Tierseuchenverordnung vom 27. Juni 1995 (TSV; SR 916.401) und Art. 8 Abs. 1 lit. a der Verordnung vom 26. Oktober 2011 über die Tierverkehrsdatenbank (TVD-Verordnung; SR 916.404.1) schuldig, weil er zwei Pferde nicht bzw. erst viel zu spät der Tierverkehrsdatenbank (TVD) meldete (angefochtenes Urteil S. 24 f.).
Der Beschwerdeführer ficht diesen Schuldspruch mit der Begründung an, die Kontrollberichte vom 11. Februar und 14. Mai 2013 seien nicht verwertbar. Diesbezüglich kann auf das zuvor Gesagte verwiesen werden. Der Beschwerdeführer bestritt im vorinstanzlichen Verfahren nicht, dass er Pferde nicht registrieren liess, sondern machte geltend, er sei im Umgang mit dem Computer auf die Hilfe seiner Kinder angewiesen; aufgrund der grossen Arbeitsbelastung sei er nicht dazu gekommen, die Pferde zu registrieren. Dies vermag ihn gemäss den zutreffenden Erwägungen der Vorinstanz nicht zu entlasten. Der vorinstanzliche Schuldspruch verstösst nicht gegen Bundesrecht.
5.
5.1. Den Tatbestand der Tierquälerei im Sinne von <ref-law> erfüllt, wer vorsätzlich ein Tier misshandelt, vernachlässigt, es unnötig überanstrengt oder dessen Würde in anderer Weise missachtet.
Eine strafrechtlich relevante Vernachlässigung, Misshandlung oder Überanstrengung im Sinne von <ref-law> muss mit einer Missachtung der Würde des Tieres einhergehen, ansonsten nicht von einer Tierquälerei gesprochen werden kann und allenfalls der Übertretungstatbestand von <ref-law> zur Anwendung gelangt. Die Begriffe der Würde und des Wohlergehens werden in Art. 3 lit. a und b TSchG definiert. Die Würde des Tieres wird missachtet, wenn seine Belastung nicht durch überwiegende Interessen gerechtfertigt werden kann. Eine Belastung liegt vor, wenn dem Tier insbesondere Schmerzen, Leiden oder Schäden zugefügt werden, es in Angst versetzt oder erniedrigt wird, wenn tief greifend in sein Erscheinungsbild oder seine Fähigkeiten eingegriffen oder es übermässig instrumentalisiert wird (<ref-law>). Von einer Missachtung der Würde ist auszugehen, wenn das Wohlergehen des Tieres beeinträchtigt ist, weil Schmerzen, Leiden, Schäden oder Angst nicht vermieden werden (vgl. <ref-law>). Die Leiden oder Schmerzen eines kranken Tieres brauchen nicht besonders stark zu sein. Ob der Tatbestand der Tierquälerei durch Vernachlässigung erfüllt ist, beurteilt sich bei der unterlassenen Pflege eines kranken Tieres in erster Linie nach dem Krankheitsbild (zum Ganzen: Urteile 6B_482/2015 vom 20. August 2015 E. 2.2; 6B_653/2011 vom 30. Januar 2012 E. 3.3 mit Hinweis).
5.2. Die vorsätzliche Tierquälerei wird mit einer Freiheitsstrafe von bis zu drei Jahren oder Geldstrafe bestraft (vgl. <ref-law>). Die Missachtung von Vorschriften über die Tierhaltung, welche nicht unter den Tatbestand der Tierquälerei von <ref-law> fällt, wird als übrige Widerhandlung gegen die Tierschutzgesetzgebung mit einer blossen Busse, d.h. als Übertretung geahndet (<ref-law>). Die Busse beträgt bis zu Fr. 20'000.--, wenn der Täter vorsätzlich handelt (<ref-law>).
5.3.
5.3.1. Die Feststellung des Sachverhalts kann vor Bundesgericht nur gerügt werden, wenn sie willkürlich im Sinne von <ref-law> ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (Art. 97 Abs. 1 und Art. 105 Abs. 1 BGG; <ref-ruling> E. 1.1 S. 503, 241 E. 2.3.1 S. 244). Willkür liegt vor, wenn die vorinstanzliche Beweiswürdigung schlechterdings unhaltbar ist, d.h. wenn die Behörde in ihrem Entscheid von Tatsachen ausgeht, die mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch stehen oder auf einem offenkundigen Fehler beruhen. Dass eine andere Lösung ebenfalls möglich erscheint, genügt nicht (<ref-ruling> E. 2.3.1 S. 244; <ref-ruling> E. 6.3 S. 375; je mit Hinweisen). Dem Grundsatz "in dubio pro reo" kommt in seiner Funktion als Beweiswürdigungsregel im Verfahren vor Bundesgericht keine über das Willkürverbot von <ref-law> hinausgehende Bedeutung zu (<ref-ruling> E. 1.1 S. 503; <ref-ruling> E. 7 S. 82; Urteil 6B_804/2017 vom 23. Mai 2018 E. 2.2.3.3, zur Publikation vorgesehen).
Die Rüge der Willkür muss in der Beschwerde explizit vorgebracht und substanziiert begründet werden (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1.1 S. 503). In der Beschwerde muss im Einzelnen dargelegt werden, inwiefern der angefochtene Entscheid an einem qualifizierten und offensichtlichen Mangel leidet. Auf eine rein appellatorische Kritik am angefochtenen Entscheid, wie sie z.B. im Berufungsverfahren vor einer Instanz mit voller Kognition vorgebracht werden kann, tritt das Bundesgericht nicht ein (<ref-ruling> E. 4.4 S. 354 f.; <ref-ruling> E. 2.4 S. 368; <ref-ruling> E. 6.3 S. 375; je mit Hinweisen).
5.3.2. Was der Täter wusste, wollte und in Kauf nahm, betrifft sogenannte innere Tatsachen, welche das Bundesgericht nur unter dem Gesichtspunkt der Willkür überprüft (BGE <ref-ruling> E. 6.3 S. 375; <ref-ruling> E. 4.2.3 S. 4 f.).
5.4. Ob Vorschriften des Bundesrechts über die Tierhaltung (insb. des Tierschutzgesetzes und der Tierschutzverordnung) verletzt wurden, überprüft das Bundesgericht als Rechtsfrage mit freier Kognition (Art. 95 lit. a und Art. 106 Abs. 1 BGG). Sind die Feststellung der Tatsachen und die Auslegung eines unbestimmten Rechtsbegriffs eng miteinander verflochten (siehe dazu oben E. 2.3), gesteht das Bundesgericht dem Sachrichter bei der rechtlichen Würdigung praxisgemäss jedoch ein gewisses Ermessen zu. Es auferlegt sich in solchen Konstellationen daher eine gewisse Zurückhaltung bei der Überprüfung der vorinstanzlichen Würdigung (vgl. <ref-ruling> E. 1.3 S. 192; <ref-ruling> E. 2a/bb S. 61; je mit Hinweisen; Urteil 6B_675/2018 vom 26. Oktober 2018 E. 4.2).
6.
6.1. Die Vorinstanz sprach den Beschwerdeführer der mehrfachen vorsätzlichen Widerhandlung gegen die Vorschriften über die Tierhaltung im Sinne von <ref-law> schuldig, weil seinen Schafen trotz extremer Witterung kein genügender Unterstand und keine ausreichend trockene Liegefläche zur Verfügung gestanden sei und die Tiere aufgrund der nassen und teilweise dreckigen Einstreu gut sichtbare Verschmutzungen aufgewiesen hätten (angefochtenes Urteil S. 27-30, 55-58, 94 f.).
6.2. Der Beschwerdeführer wendet sich gegen die vorinstanzliche Sachverhaltsfeststellung. Dass und weshalb diese geradezu willkürlich sein soll, legt er indes nicht dar. Er rügt beispielsweise, aus der Fotodokumentation in den Akten könne entgegen der Vorinstanz nicht geschlossen werden, die Einstreu im Schafstall sei nass gewesen und den Schafen sei keine trockene Liegefläche zur Verfügung gestanden, da die dunkle Verfärbung der Einstreu auch andere Ursachen gehabt haben könne. Die Vorinstanz stellt auf die Fotodokumentation in den Akten ab. Nicht zu beanstanden ist, wenn sie die dunkle Verfärbung der flach gedrückten Einstreu auf Nässe zurückführt. Der Beschwerdeführer zeigt nicht ansatzweise auf, welche andere Ursache die Verfärbung gehabt haben könnte. Dies deckt sich auch mit den Angaben des Kantonstierarztes im Kontrollbericht (vgl. Kontrollbericht vom 11. Februar 2013 S. 2), was die Vorinstanz ohne Willkür in die Beweiswürdigung miteinfliessen lassen durfte.
6.3.
6.3.1. In rechtlicher Hinsicht beanstandet der Beschwerdeführer im Wesentlichen, offene Freilaufställe seien in der modernen Tierhaltung stark verbreitet und als sehr tierfreundlich einzustufen. Die Vorinstanz habe nicht genügend abgeklärt, welche konkreten Auswirkungen die Haltung in einem geschützten Unterstand auf die Schafe habe. Die Unterstände seien ausreichend gewesen und zweimal am Tag einstreuen sei üblich und genügend. Schnee unter den Unterständen sei sehr selten vorgekommen und nicht von ihm zu vertreten. Nicht jede Verschmutzung stelle eine Vernachlässigung der gebotenen Tierpflege dar.
6.3.2. Die Tierschutzverordnung enthält in <ref-law> allgemeine Bestimmungen zur Tierhaltung und zum Umgang mit Tieren, namentlich zur erforderlichen Unterkunft, zur Fütterung und zur Pflege. <ref-law> bestimmt etwa, dass Tiere so zu halten sind und mit ihnen so umzugehen ist, dass ihre Körperfunktionen und ihr Verhalten nicht gestört werden und ihre Anpassungsfähigkeit nicht überfordert wird. Unterkünfte und Gehege müssen mit geeigneten Futter-, Tränke-, Kot- und Harnplätzen, Ruhe- und Rückzugsorten mit Deckung, Beschäftigungsmöglichkeiten, Körperpflegeeinrichtungen und Klimabereichen versehen sein (<ref-law>). <ref-law> verpflichtet den Tierhalter für den notwendigen Schutz der Tiere zu sorgen, die sich der Witterung nicht anpassen können. Unterkünfte und Gehege müssen so gebaut und eingerichtet sein, dass die Verletzungsgefahr für die Tiere gering ist, die Gesundheit der Tiere nicht beeinträchtigt wird und die Tiere nicht entweichen können (Art. 7 Abs. 1 lit. a-c TSchV). Unterkünfte und Gehege müssen so gebaut und eingerichtet und so geräumig sein, dass sich die Tiere darin arttypisch verhalten können (<ref-law>). Böden müssen so beschaffen sein, dass die Gesundheit der Tiere nicht beeinträchtigt wird (<ref-law>). Der Tierhalter muss das Befinden der Tiere und den Zustand der Einrichtungen so oft wie nötig überprüfen. Er muss Mängel an den Einrichtungen, die das Befinden der Tiere beeinträchtigen, unverzüglich beheben oder geeignete Massnahmen zum Schutz der Tiere treffen (Art. 5 Abs. 1 Satz 1 und 2 TSchV).
Daneben sind in der TSchV auch besondere Bestimmungen für Haustiere (<ref-law>) sowie für einzelne Tiergattungen (<ref-law>) verankert. Danach müssen Böden im Liegebereich ausreichend trocken sein sowie dem Wärmebedürfnis der Tiere genügen (<ref-law>). Für Schafe muss ein Liegebereich vorhanden sein, der mit ausreichend geeigneter Einstreu versehen ist (<ref-law>). Haustiere dürfen nicht über längere Zeit extremer Witterung schutzlos ausgesetzt sein. Werden die Tiere unter solchen Bedingungen nicht eingestallt, so muss ein geeigneter natürlicher oder künstlicher Schutz zur Verfügung stehen, der allen Tieren gleichzeitig Platz und Schutz vor Nässe und Wind sowie starker Sonneneinstrahlung bietet. Es muss ein ausreichend trockener Liegeplatz vorhanden sein (<ref-law>).
6.3.3. Dass Schafen gerade auch bei Regen und Schnee sowie sehr kalten Temperaturen ein ausreichend trockener Liegeplatz zur Verfügung stehen muss, ergibt sich folglich aus dem Gesetz. Die Vorinstanz verstösst nicht gegen Bundesrecht, wenn sie die Einstreu, wie sie sich aus der Fotodokumentation ergibt, und den nur teilweise überdachten Schafunterstand als unzureichend qualifiziert. Der Gesetzgeber ging davon aus, dass Schafe für ihr Wohlergehen einen ausreichend trockenen Liegeplatz brauchen. Ob dies aus tiermedizinischer Sicht zutrifft, braucht daher nicht hinterfragt zu werden. Wann die Einstreu als ausreichend trocken zu qualifizieren ist, betrifft eine Frage der Gesetzesauslegung und damit eine Rechtsfrage (vgl. vorne E. 2.3). Die Vorinstanz war entgegen der Kritik des Beschwerdeführers daher nicht verpflichtet, für die Beurteilung, ob der Schafunterstand und die Einstreu im Schafgehege mangelhaft waren, einen Sachverständigen beizuziehen.
6.3.4. Nicht jede Verschmutzung eines Tieres geht mit einer Vernachlässigung der Tierpflege einher. Vorliegend stellt die Vorinstanz indes willkürfrei und damit verbindlich fest, die gut sichtbare Verschmutzung der Schafe sei auf die nasse und teilweise dreckige Einstreu zurückzuführen. Ursache der Verschmutzung der Tiere war daher eine Verletzung anderer Bestimmungen über die Tierhaltung, sei es weil der Unterstand nicht ausreichend vor Schnee und Regen geschützt war, sei es weil der Liegebereich nicht ausreichend oft ausgemistet wurde. Nicht zu beanstanden ist, wenn die Vorinstanz dem Beschwerdeführer auch die Verschmutzung seiner Schafe als Verletzung der Bestimmungen über die Tierhaltung anlastet. Die vorinstanzlichen Schuldsprüche sind bundesrechtskonform.
7.
7.1. Die Vorinstanz sprach den Beschwerdeführer der Tierquälerei im Sinne von <ref-law> schuldig, weil das provisorische Ziegengehege anlässlich der Kontrolle vom 11. Februar 2013 nicht genügend vor der extremen Witterung geschützt gewesen sei und die Zicklein unter der Kälte gelitten hätten (angefochtenes Urteil S. 34-37). Die Lücke im Ziegengehege, durch welche Jungtiere entweichen konnten (angefochtenes Urteil S. 37 f.), die ungenügende Fressplatzbreite (angefochtenes Urteil S. 40 f.), der mangelhafte Witterungsschutz (angefochtenes Urteil S. 55 f.) und die fehlende (trockene) Einstreu (angefochtenes Urteil S. 96 f.) qualifizierte sie als übrige Widerhandlungen gegen die Vorschriften über die Tierhaltung im Sinne von <ref-law>.
7.2. Konkret beanstandet die Vorinstanz, im provisorischen Ziegengehege sei kein geeigneter Witterungsschutz im Sinne von <ref-law> vorhanden gewesen, da das Schaf- und Ziegengehege nicht komplett überdacht gewesen sei und ein Windschutz nur auf zwei Seiten bestanden habe. Ziegen seien gegenüber Kälte empfindlicher als Schafe. Sie würden im Winter deshalb einen Stall resp. einen trockenen und zugfreien Unterstand benötigen (angefochtenes Urteil S. 34 ff. und 55 f.). Der Beschwerdeführer setzt sich damit sowie mit den gesetzlichen Anforderungen an den Witterungsschutz im Sinne von <ref-law> nicht auseinander, sondern bringt einzig vor, die Tiere seien durch den Unterstand in Kombination mit ihrer natürlichen Widerstandsfähigkeit genügend geschützt gewesen (vgl. Beschwerde S. 15 und 27). Zutreffen mag zwar, dass das Ziegengehege überdacht war und die Ziegen demnach entgegen dem Kontrollbericht vom 11. Februar 2013 (vgl. S. 3 und 11 f.) über einen Unterstand verfügten, der sie vor Regen und Schnee schützte. Dies erklärt auch, weshalb die Einstreu im Ziegengehege, anders als im daneben gelegenen Schafgehege, nicht nass und schneebedeckt war, sondern anlässlich der Kontrolle vom 11. Februar 2013 keinen Anlass zu Beanstandungen gab. Die Vorinstanz hält denn auch ausschliesslich fest, das "Ziegen- und Schafgehege" insgesamt sei nicht komplett überdacht gewesen.
<ref-law> sieht jedoch vor, dass Haustiere bei extremer Witterung nicht nur vor Nässe, sondern auch vor Wind zu schützen sind, was der Beschwerdeführer mit seiner Kritik übergeht. Ein Windschutz bestand gemäss der Vorinstanz im Ziegengehege nur auf zwei Seiten. Die Ziegen waren in ihrem Unterstand daher nicht ausreichend vor Wind und der extremen Kälte geschützt, weshalb der Witterungsschutz nicht den gesetzlichen Anforderungen von <ref-law> entsprach.
7.3.
7.3.1. Ob die Zicklein im Februar 2013 unter Kältestress litten, lässt sich aufgrund der Fotografien nicht beurteilen. Die Vorinstanz stellt hierfür einzig auf den Kontrollbericht vom 11. Februar 2013 ab, wonach die vorhandenen Bretterwände die Ziegen im Ziegengehege nicht ausreichend vor der aktuell herrschenden extremen Witterung geschützt hätten. Dies führe zu einem "Kältestress", welcher vor allem den Zicklein anlässlich der Kontrolle anzumerken gewesen sei. Zum Schutz vor der herrschenden Kälte hätten sie Unterschlupf unter der Futterraufe gesucht und sich nur für sehr kurze Momente davon entfernt aufgehalten (Kontrollbericht vom 11. Februar 2013 S. 3). Gleichzeitig geht aus dem Kontrollbericht jedoch hervor, dass mehrere Zicklein während der Anwesenheit der Kontrolleure die Umfriedung durch eine Lücke im Bretterverschlag verliessen und wieder zurückkehrten (Kontrollbericht vom 11. Februar 2013 S. 3). Die Vorinstanz erwägt dazu, das Entweichen der Tiere spreche nicht gegen "Kältestress". Dass die Jungtiere immer wieder durch die Lücke im Verschlag entwichen seien, möge einerseits auf ihren Spieltrieb und ihre Neugierde zurückzuführen sein. Indes sei auch denkbar, dass die Jungtiere sich gerade wegen der extremen Kälte viel bewegt hätten. Da sie selbstverständlich nicht dauernd umherspringen könnten, sei es andererseits nicht verwunderlich, dass sie in Ruhephasen Schutz unter der Futterkrippe gesucht hätten (angefochtenes Urteil S. 38).
7.3.2. Ein Schuldspruch wegen Tierquälerei setzt wie dargelegt voraus, dass das Wohlergehen des Tieres beeinträchtigt ist, weil Schmerzen, Leiden, Schäden oder Angst nicht vermieden werden (oben E. 5.1). Inwiefern dies vorliegend der Fall war, d.h. die Jungtiere unter der Kälte regelrecht litten, geht aus dem angefochtenen Entscheid nicht hervor. Unklar ist bereits, was unter dem nicht näher erläuterten "Kältestress" zu verstehen ist und inwiefern sich dieser auf das Wohlergehen der Tiere konkret ausgewirkt haben soll. Der Beschwerdeführer macht zudem zu Recht geltend, dass der Kontrollbericht insofern widersprüchlich ist, als darin einerseits der Eindruck vermittelt wird, die Zicklein hätten sich wegen der Kälte fast ausschliesslich unter der Futterraufe aufgehalten, andererseits jedoch die Rede davon ist, dass die Tiere ungehindert durch die Umfriedung entwichen und wieder zurückkehrten (Beschwerde S. 11 f. und 15). Die Vorinstanz stellt auf Ersteres denn auch nicht ab, wenn sie argumentiert, die Jungtiere hätten sich viel bewegt. Zu prüfen gewesen wäre, ob die Zicklein - die zumindest teilweise bereits vor einiger Zeit zur Welt kamen (vgl. angefochtenes Urteil S. 41) - litten, weil sie sich zum Schutz vor der Kälte zeitweise unter der Futterraufe verkriechen mussten bzw. ob sie auch dort unter der Kälte litten. Der ungenügende Windschutz im Ziegengehege war für die Jungtiere bestimmt nicht optimal. Der Beschwerdeführer wurde deswegen der Widerhandlung gegen die Vorschriften über die Tierhaltung im Sinne von <ref-law> schuldig gesprochen (oben E. 7.2). Ein zusätzlicher Schuldspruch wegen Tierquälerei darf nur ergehen, wenn die Vorschriften über die Tierhaltung in qualifizierter Weise verletzt wurden und damit zugleich auch eine Missachtung der Würde des Tieres einherging. Die Beschwerde ist in diesem Punkt begründet.
7.4. Der Beschwerdeführer bestreitet nicht, dass die Zicklein durch die Lücke im Bretterverschlag ungehindert durch die Umfriedung schlüpfen konnten. Das Gehege entsprach daher nicht den gesetzlichen Vorschriften, da die Jungtiere daraus entweichen konnten (vgl. <ref-law>). Daran ändert gemäss den zutreffenden Erwägungen der Vorinstanz nichts, dass die Tiere danach selbstständig wieder zurückkehrten und ihr Wohlergehen insofern nicht konkret gefährdet war (vgl. Beschwerde S. 16).
7.5. Die gesetzlichen Mindestanforderungen an die Fressplatzbreite pro Tier sind in Anhang 1 Tabelle 5 Ziff. 31 der Tierschutzverordnung geregelt. Danach beträgt die minimale gesetzliche Fressplatzbreite pro Tier bei Zicklein (bis 12 kg) je 15 cm, bei Ziegen und Zwergziegen (12-22 kg) je 20 cm, bei grösseren Ziegen und Zwergziegen (23-40 kg) je 30 cm, bei Ziegen und Böcken (40-70 kg) je 35 cm und bei Ziegen über 70 kg je 40 cm. Der Beschwerdeführer rügt, er selber habe nicht genau berechnet, wie viel Platz die Tiere benötigen würden. Das Gewicht der Ziegen sei auch bei der Kontrolle vom 11. Februar 2013 nicht genau ermittelt worden. Es stehe daher nicht fest, ob die Fressplatzbreite tatsächlich ungenügend gewesen sei. Er selber sei aufgrund seiner Erfahrung in den Vorjahren und der Tatsache, dass die Fressplatzbreite bisher nie beanstandet worden sei, davon ausgegangen, die bestehende Länge genüge.
Die Vorinstanz legt dar, dass der Fressplatz mit einer Breite von 5 Metern auch ungenügend gewesen wäre, wenn beim Ziegenbock von einem Gewicht von 40-70 kg und bei den 11 erwachsenen Ziegen von einem Gewicht von 23-40 kg ausgegangen würde (angefochtenes Urteil S. 40). Der Beschwerdeführer setzt sich damit nicht auseinander und begründet nicht, weshalb der Schuldspruch auch ausgehend davon gegen Bundesrecht verstossen soll. Ebenso wenig behauptet er, die Vorinstanz stelle in ihrer Eventualbegründung auf falsche Gewichtsangaben der Tiere ab.
7.6.
7.6.1. Der Vorwurf der "fehlenden trockenen Einstreu im Ziegengehege" basiert einzig auf der Aussage im Kontrollbericht vom 14. Mai 2013, wonach "auch" bei den Ziegen im Ziegenprovisorium "keine trockene Einstreu" festgestellt werden konnte. Fotobelege für den angeklagten Sachverhalt fehlen (vgl. angefochtenes Urteil S. 97). Die Vorinstanz erwägt unter Hinweis auf das erstinstanzliche Urteil, es könne auf die Fachkompetenz des Kantonstierarztes vertraut werden. Dieser sei kompetent, um die Qualität der Einstreu zu beurteilen (angefochtenes Urteil S. 97).
7.6.2. Dem kann nicht gefolgt werden. Der Strafrichter muss den Sachverhalt selber feststellen (vgl. dazu oben E. 2.2). Die Formulierung im Kontrollbericht vom 14. Mai 2013 erscheint zudem unpräzise, da nicht davon ausgegangen werden kann, dass es im ganzen Ziegengehege keine Einstreu gab oder die gesamte vorhandene Einstreu nass war. Wäre dies der Fall gewesen, hätte der Kantonstierarzt wohl auch Fotografien vom Extremzustand erstellt oder diesen eindeutiger umschrieben und nicht durch das Adverb "auch" auf die Einstreu im Schafgehege Bezug genommen. Der Kantonstierarzt wollte im Kontrollbericht offensichtlich zum Ausdruck bringen, die Einstreu im Ziegengehege sei - wie auch im Schafgehege - lediglich nicht ausreichend trocken gewesen. Damit fehlt es im Kontrollbericht jedoch nicht nur an einer Fotodokumentation, sondern auch an einer Umschreibung der tatsächlichen Verhältnisse. Unklar ist daher, wie sich die Vorinstanz ein Bild von der Einstreu im Ziegengehege hätte machen können, um beurteilen zu können, ob diese für den Liegebereich geeignet und ausreichend trocken war (Art. 34 Abs. 1 und Art. 55 Abs. 3 TSchV). Beweise für diesen Vorwurf liegen nicht vor (vgl. Beschwerde Ziff. 3 S. 49). Diesbezüglich fällt zudem ins Gewicht, dass anlässlich der früheren Kontrollen vom 11. Februar und 6. März 2013 die Einstreu im Ziegengehege nicht beanstandet wurde, sondern lediglich diejenige bei den Schafen. Die Vorinstanz verstösst gegen Bundesrecht, wenn sie den Beschwerdeführer einzig gestützt auf die Passage im Kontrollbericht vom 14. Mai 2013 "auch bei den Ziegen konnte keine trockene Einstreu festgestellt werden" schuldig spricht.
8.
8.1. Die Vorinstanz wirft dem Beschwerdeführer vor, die zwei Pferde hätten mangels einer Trennwand über keine Rückzugsmöglichkeit verfügt, die Einstreu in der Pferdebox sei mangelhaft gewesen bzw. habe gefehlt und die Tiere seien aufgrund der nassen, mit Kot und Urin versetzten Einstreu mittelgradig bis völlig verschmutzt gewesen (angefochtenes Urteil S. 41-45, 99-102). Die Vorinstanz qualifiziert dies als übrige Widerhandlungen gegen das Tierschutzgesetz im Sinne von <ref-law>.
8.2. Liegeplätze von Pferden in Unterkünften müssen ausreichend mit geeigneter, sauberer und trockener Einstreu versehen sein (<ref-law>; vgl. auch <ref-law>). Werden Equiden in Gruppen gehalten, so müssen Ausweich- und Rückzugsmöglichkeiten vorhanden sein; keine Ausweich- und Rückzugsmöglichkeiten sind erforderlich für abgesetzte Fohlen sowie Jungtiere bis zum Beginn der regelmässigen Nutzung, längstens jedoch bis zum Alter von 30 Monaten. Es dürfen keine Sackgassen vorhanden sein (<ref-law>). Als Gruppenhaltung gilt die Haltung von mehreren Tieren einer oder mehrerer Arten in einer Unterkunft oder in einem Gehege, bei der sich jedes Tier frei bewegen kann (<ref-law>).
8.3. Die vorinstanzlichen Schuldsprüche basieren auf der Fotodokumentation in den Akten. Eine willkürliche Beweiswürdigung macht der Beschwerdeführer weder rechtsgenügend geltend noch ist eine solche ersichtlich. Auf den Fotos ist ohne Weiteres erkennbar, dass die Einstreu in der Pferdebox nicht den gesetzlichen Anforderungen entsprach, was gemäss den ebenfalls willkürfreien Feststellungen der Vorinstanz auch der Grund für die übermässige Verschmutzung der Tiere war. Nicht zu hören ist der Beschwerdeführer, soweit er geltend macht, die Pferde hätten nicht ihm, sondern seiner minderjährigen Tochter gehört (Beschwerde S. 19 f.). Die Vorinstanz legt zutreffend dar, dass der Beschwerdeführer - auch wenn sich seine Tochter um die Pferde zu kümmern hatte - gemäss <ref-law> dennoch für die Tiere verantwortlich war (vgl. angefochtenes Urteil S. 41 f.).
8.4. Unbegründet ist der Einwand des Beschwerdeführers, die Vorinstanz überlasse die Beurteilung, was eine gehörige Rückzugsmöglichkeit darstelle, dem Kantonstierarzt und sie habe zu dieser Frage zu Unrecht Recherchen im Internet getätigt (Beschwerde Ziff. 3 S. 19, Ziff. 3 S. 51). Was unter Ausweich- und Rückzugsmöglichkeiten im Sinne von <ref-law> zu verstehen ist, ist eine Frage der Gesetzesauslegung. Die Vorinstanz durfte für die Beantwortung dieser Rechtsfrage auf die Literatur, namentlich die im Internet zugänglichen Fachinformationen zum Tierschutz des Bundesamtes für Lebensmittelsicherheit und Veterinärwesen (BLV), Bezug nehmen. Eine Verletzung von Bundesrecht ist nicht ersichtlich. Weshalb die unstrukturierte Einraumbox entgegen der Auffassung der Vorinstanz den gesetzlichen Anforderungen genügt haben soll, begründet der Beschwerdeführer nicht.
9.
9.1. Die Vorinstanz wirft dem Beschwerdeführer unter dem Titel der übrigen Widerhandlungen gegen die Vorschriften über die Tierhaltung im Sinne von <ref-law> weiter vor, die Einstreu im Hühnerstall sei anlässlich der Kontrolle vom 11. Februar 2013 nass sowie schmutzig und die Hühner deswegen hochgradig verschmutzt gewesen (angefochtenes Urteil S. 47-50). Anlässlich der Kontrolle vom 6. März 2013 habe der Beschwerdeführer lediglich neue Hobelspäne über die nasse und verpappte Einstreu am Boden gestreut, ohne diese zu entfernen (angefochtenes Urteil S. 61 f.).
9.2. Besondere Bestimmungen über die Haltung von Hausgeflügel sind in Art. 66 f. TSchV enthalten. Der Zustand der Einstreu im Hühnerstall und der Hühner anlässlich der Kontrollen vom 11. Februar und 6. März 2013 ergibt sich aus der Fotodokumentation in den Akten, auf welche die Vorinstanz abstellt. Eine willkürliche Beweiswürdigung macht der Beschwerdeführer weder (rechtsgenügend) geltend noch ist eine solche ersichtlich. Die Frage, ob die nasse und verschmutzte Einstreu im Hühnerstall den gesetzlichen Anforderungen entsprach, ist rechtlicher Natur. Nicht zu hören ist der Beschwerdeführer daher, soweit er geltend macht, das nicht fachkundige Obergericht könne nicht als Experte fungieren.
10.
10.1. Als übrige Widerhandlungen im Sinne von <ref-law> ahndet die Vorinstanz überdies den mangelhaften Kuhtrainer im Kuhstall des Beschwerdeführers (angefochtenes Urteil S. 50-52, 62 f., 82-84), die diversen mittel- bis hochgradig bzw. übermässig verschmutzten Rinder (angefochtenes Urteil S. 52 f., 63-65, 89 f., 104-106), die zu kleine Haltefläche für Kälber (angefochtenes Urteil S. 54 f.), das mangelhaft eingestreute Kuh- und Rindviehläger (angefochtenes Urteil S. 86 f., 106 f.) und den fehlenden Auslauf für Rindvieh (angefochtenes Urteil S. 107-110).
10.2.
10.2.1. Die Vorinstanz hält gestützt auf die Fotodokumentation und die entsprechenden Kontrollberichte für erwiesen, dass anlässlich der Kontrolle vom 11. Februar 2013 diverse Rinder und anlässlich der Kontrolle vom 6. März 2013 deren drei alte, eingetrocknete Schmutzspuren sowie Kotrollen aufwiesen, welche der Beschwerdeführer durch die fehlende regelmässige Pflege seiner Tiere im Sinne von <ref-law> in Kauf genommen habe (angefochtenes Urteil S. 53 und 65). Bei einem Tier sei nach dem Abfallen der Kotrolle eine nackte Hautstelle aufgetreten (angefochtenes Urteil S. 53). Anlässlich der Kontrolle vom 14. Mai 2013 sei das Kuhläger und das Rindviehläger im "alten Stall" mangelhaft eingestreut gewesen. Die Fotodokumentation des Kuhlägers spreche dafür, dass das Ausmisten und frisch Einstreuen längere Zeit zurückliege. Von trockenen Liegebereichen und ausreichend geeigneter Einstreu könne keine Rede sein (angefochtenes Urteil S. 86 f.). Die Abbildungen des Rindviehlägers würden zeigen, dass sich an der Kopfseite der Läger teilweise noch etwas Sägemehl befunden habe. Im hinteren Teil (ca. ab Mitte der sich darauf befindlichen Tiere) seien die Läger praktisch ohne Einstreu, dafür aber kotverschmutzt gewesen (angefochtenes Urteil S. 106). Das ungenügend eingestreute Läger sei Grund für die starke Verschmutzung des Stiers und der sechs teils stark verschmutzten Rinder (je ohne Kontrollenbildung) gewesen (angefochtenes Urteil S. 89 f. und 105).
10.2.2. Bestimmungen zum Liegebereich von Rindern sind zusätzlich zur allgemeinen Bestimmung betreffend Haustiere von <ref-law> auch in <ref-law> enthalten. Für Kälber bis vier Monate, für Kühe, für hochträchtige Rinder, für Zuchtstiere sowie für Wasserbüffel und Yaks muss der Liegebereich mit ausreichend geeigneter Einstreu versehen werden (<ref-law>). Für übrige Rinder muss ein Liegebereich vorhanden sein, der mit ausreichend geeigneter Einstreu oder mit einem weichen, verformbaren Material versehen ist (<ref-law>).
10.2.3. Eine willkürliche Beweiswürdigung macht der Beschwerdeführer erneut weder (rechtsgenügend) geltend noch ist eine solche ersichtlich. Soweit er von den tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz abweicht, ist auf seine Beschwerde daher nicht einzutreten. Ob die Liegebereiche in den Rindviehlägern den gesetzlichen Anforderungen entsprachen und ob der Beschwerdeführer seine Rinder regelmässig hätte reinigen müssen, um alte Verschmutzungen mit der Bildung von Kotrollen zu vermeiden, betrifft Rechtsfragen. Nicht zu hören ist der Beschwerdeführer, soweit er auch insofern vorträgt, das nicht fachkundige Obergericht könne nicht als Experte fungieren.
10.2.4. Die Pflege im Sinne von <ref-law> erfasst auch die Reinigung von stark verschmutzten Tieren. Die Pflege ist angemessen, wenn sie nach dem Stand der Erfahrung und den Erkenntnissen der Physiologie, Verhaltenskunde und Hygiene den Bedürfnissen der Tiere entspricht (<ref-law>). Die Pflege soll Krankheiten und Verletzungen vorbeugen (<ref-law>). Bei der Reinigung von stark verschmutzten Tieren geht es, wie der Fall des Rindes mit der nackten Hautstelle zeigt, auch darum, Verletzungen und Krankheiten der Tiere zu verhindern. Unbegründet ist der Einwand des Beschwerdeführers, die Vorinstanz lasse die Frage nach dem Mass der erforderlichen Fellpflege bei Rindern unbeantwortet (Beschwerde Ziff. 5 S. 25; Ziff. 5 S. 32). Die Vorinstanz hatte sich lediglich zur Frage zu äussern, ob die Pflege der Tiere bei den vorliegend zu beurteilenden alten, eingetrockneten Verschmutzungen ungenügend war, was sie bejahen durfte. Die Verschmutzungen dauerten bei diesen Tieren gemäss den willkürfreien Feststellungen der Vorinstanz bereits länger an. Allgemeine Erwägungen zum Mass der erforderlichen Fellpflege erübrigten sich daher.
Zutreffend ist zwar, dass ein Tierhalter nicht jede Verschmutzung bei seinen Tieren sofort beseitigen kann (vgl. Beschwerde Ziff. 3 und 5 S. 32, Ziff. 3 S. 42, Ziff. 5 S. 44). Dies wird vom Beschwerdeführer im angefochtenen Entscheid auch nicht verlangt. Bezüglich der übrigen Tiere, die zwar übermässig verschmutzt waren, jedoch keine alten, eingetrockneten Verschmutzungen mit Kotrollen aufwiesen, erfolgte ein Schuldspruch in erster Linie deshalb, weil der Beschwerdeführer die übermässigen Verschmutzungen hätte vermeiden können, wenn er seinen Tieren den gesetzlich vorgesehenen trockenen Liegebereich mit ausreichend geeigneter Einstreu zur Verfügung gestellt hätte.
10.3. Die Vorinstanz hält für erwiesen, dass der Kuhtrainer im Stall des Beschwerdeführers in Verletzung von Art. 35 Abs. 4 lit. a und e TSchV nicht individuell auf die Kühe angepasst war, der Elektrobügel den Mindestabstand von 5 cm zum Widerrist bei mehreren Tieren unterschritt resp. diesen zum Teil sogar ständig berührte (angefochtenes Urteil S. 51 und 63). Über dem Läger einer Kuh habe sich kein individuell verstellbarer Elektrobügel, sondern ein elektrifiziertes Leitrohr befunden, wobei der Mindestabstand von 5 cm unterschritten worden sei (angefochtenes Urteil S. 83 f.). Die Vorinstanz stellt hierfür auf die Fotodokumentation in den Akten sowie die Kontrollberichte vom 11. Februar, 6. März und 14. Mai 2013 ab. Der Beschwerdeführer wendet sich gegen die vorinstanzliche Sachverhaltsfeststellung, ohne jedoch Willkür darzutun (Beschwerde S. 24, 30, 38 ff.). Darauf ist nicht einzutreten.
10.4. Für die Berechnung der Haltefläche für die drei Kälber geht die Vorinstanz von einem Alter der Tiere von mehr als drei Monaten aus. Die den Tieren zur Verfügung stehende Fläche von 3.4 m2 habe daher nicht der in Anhang 1 Tabelle 1 Ziff. 31 geforderten Mindestfläche entsprochen (angefochtenes Urteil S. 54 f.). Der Beschwerdeführer wendet dagegen ein, das Alter der drei Kälber sei nirgends gerichtsverbindlich festgestellt worden und aus den Unterlagen sei nicht ersichtlich, wie die Fläche der Kälberbucht ermittelt worden sei (Beschwerde Ziff. 3 S. 26). Damit ficht er die vorinstanzliche Sachverhaltsfeststellung an, ohne jedoch aufzuzeigen, dass und weshalb diese geradezu willkürlich sein könnte.
10.5. Gemäss <ref-law> müssen Rinder, die angebunden gehalten werden, regelmässig, mindestens jedoch an 60 Tagen während der Vegetationsperiode und an 30 Tagen während der Winterfütterungsperiode, Auslauf erhalten. Sie dürfen höchstens zwei Wochen ohne Auslauf bleiben. Die Vorinstanz wirft dem Beschwerdeführer einen Verstoss gegen <ref-law> vor, weil seine Kühe mehr als zwei Wochen nicht im Freien waren. Der Vorwurf basiert im Wesentlichen auf dem Kontrollbericht der Kantonspolizei, die den Auslauf der Tiere im Auftrag der Staatsanwaltschaft in der Zeit vom 30. März bis zum 15. April 2013 überwachte, indem sie zum Teil zweimal pro Tag Kontrollen vor Ort machte, jedoch erstmals am 15. April 2013 Tiere auf der Wiese oder im Auslauf antraf und auch am 15. April 2013 erstmals Auslaufspuren feststellte (angefochtenes Urteil S. 107-110). Der Beschwerdeführer wendet sich gegen die vorinstanzliche Sachverhaltsfeststellung, ohne jedoch Willkür darzutun. Eine Begründung, weshalb der Schuldspruch gegen Bundesrecht verstossen soll, kann seiner Beschwerde nicht entnommen werden (vgl. Beschwerde S. 56).
11.
11.1. Die Vorinstanz erklärte den Beschwerdeführer der Widerhandlung gegen die Vorschriften über die Tierhaltung im Sinne von <ref-law> i.V.m. <ref-law> schuldig, weil sich im provisorischen Schaf- und Ziegengehege mehrere hervorstehende Nägel und Schrauben im Bereich des Aufenthaltsortes der Tiere befunden hätten, womit eine Verletzungsgefahr einhergegangen sei (angefochtenes Urteil S. 33 f., 38 f., 95 f.).
11.2. Der Beschwerdeführer beanstandet, er habe eine Verletzung seiner Tiere durch die hervorstehenden Nägel und Schrauben im Schaf- und Ziegenstall nicht in Kauf genommen. Unklar sei, ob für die Ziegen aufgrund ihrer Grösse eine Verletzungsgefahr bestanden habe. Der Beschwerdeführer begründet auch insofern nicht, weshalb die vorinstanzliche Beweiswürdigung an einem offensichtlichen Mangel leiden könnte. Die vorinstanzliche Beweiswürdigung basiert auf der Fotodokumentation des Veterinäramtes in den Akten und ist nicht willkürlich. Die Fotodokumentation zeigt, dass im Straf- und Ziegenstall Nägel und Schrauben im Bereich der Tiere teils bis zu 5 cm aus der Bretterverkleidung hervorstanden. Die Vorinstanz verfällt nicht in Willkür, wenn sie die Behauptung des Beschwerdeführers, dieser Zustand sei erst anlässlich der Kontrollen vom 11. Februar und 14. Mai 2013 in seiner Abwesenheit geschaffen worden, als Schutzbehauptung einstuft.
Die Vorinstanz entschied zu Recht, die hervorstehenden Nägel und Schrauben im Schaf- und Ziegengehege würden gegen <ref-law> verstossen.
12.
12.1. Ein weiterer Schuldspruch im Sinne von <ref-law> betrifft das mangelhafte Ziegen-, Kuh- und Pferdefutter (angefochtenes Urteil S. 46 f., 88 f., 97-99, 102-104). Die Vorinstanz wirft dem Beschwerdeführer insbesondere vor, das Raufutter der Pferde sei anlässlich der Kontrolle vom 11. Februar 2013 verschimmelt und mit Fremdkörpern wie Schnüren und Plastiksäcken versehen gewesen. Pferde würden sehr empfindlich auf schimmliges Heu und falsch gelagerte Silage reagieren. Bei der Fütterung sei zudem darauf zu achten, dass keine Verpackungsmaterialien wie Schnüre und Plastikfolien ins Futter gelangen (angefochtenes Urteil S. 46 f.). Anlässlich der Kontrolle vom 14. Mai 2013 habe sich Silage in Gärung sowie mit Schimmelspuren in der Futterkrippe der Pferde befunden (angefochtenes Urteil S. 102 ff.). Zudem seien in der Futterraufe im Ziegengehege Plastikrückstände sowie "vergrautes" Futter vorgefunden worden (angefochtenes Urteil S. 97 ff.). Das verschmutzte und mit Fremdkörpern durchsetzte Kuhfutter sei für die Kühe zwar noch nicht erreichbar gewesen, es habe sich jedoch direkt vor resp. nahe der Futterkrippe befunden. Es habe daher die Gefahr bestanden, dass dieses bei Zeitdruck oder schlechten Lichtverhältnissen doch in der Krippe lande (angefochtenes Urteil S. 88 f.).
12.2. Nicht zu hören ist der Beschwerdeführer, soweit er sich gegen die vorinstanzliche Sachverhaltsfeststellung wendet und beispielsweise geltend macht, es stelle eine reine Mutmassung dar, dass den Kühen das verschmutzte Futter vorgesetzt worden sei (Beschwerde Ziff. 3 und 5 S. 43). Dass die vorinstanzliche Beweiswürdigung geradezu willkürlich sein könnte, zeigt der Beschwerdeführer nicht auf.
12.3. In rechtlicher Hinsicht beanstandet der Beschwerdeführer, auch bei bester Kontrolle könne Plastik ins Futter der Tiere und gelegentlich auch in die Futterkrippe gelangen. Dieser sei beim Öffnen von Futterballen nicht immer direkt oder leicht erkennbar. Ihn treffe diesbezüglich kein Verschulden. Ziegen seien bei der Futterwahl sehr wählerisch. Sie würden um Plastik in der Regel einen grossen Bogen machen und diesen in der Futterkrippe liegen lassen, wo er bei der nächsten Fütterung entfernt werde.
Die Vorinstanz geht zutreffend davon aus, dass Tierfutter frei von ungeniessbaren Verpackungsmaterialien, gesundheitsschädigendem Schimmel oder anderen Verunreinigungen sein muss. Der Tierhalter muss seine Tiere gemäss <ref-law> mit geeignetem Futter versorgen und falls erforderlich zuvor daher allfällige Fremdkörper aussondern. Angesichts der Vielzahl der festgestellten Verunreinigungen kann beim Beschwerdeführer nicht von einem einmaligen Versehen gesprochen werden. Auch seine Argumentation im vorliegenden Verfahren zeigt, dass diesem nicht versehentlich Fremdkörper im Futter entgangen sind, sondern dass er diese hinnahm, weil er sich zu Unrecht auf den Standpunkt stellte, der mit deren Aussonderung verbundene Mehraufwand sei ihm nicht zuzumuten. Dass Ziegen bei der Futteraufnahme wählerisch sind, mag zutreffen. Dies ändert jedoch nichts daran, dass auch dieser Tiergattung geeignetes Futter zur Verfügung gestellt werden muss.
Die Schuldsprüche im Sinne von <ref-law> i.V.m. <ref-law> und <ref-law> sind bundesrechtskonform.
13.
13.1. Die Vorinstanz sprach den Beschwerdeführer der Widerhandlung im Sinne von <ref-law> i.V.m. <ref-law> und <ref-law> schuldig, weil anlässlich der Kontrolle vom 14. Mai 2013 eine Kuh an den Hinterbeinen zu lange Klauen aufgewiesen habe (angefochtenes Urteil S. 84-86). Auch bei zwei Schafen und einer Ziege sei die Klauenpflege schlecht gewesen, da Klauen überlang gewesen seien und bei der Ziege zudem eine ausgerissene Klaue festgestellt worden sei (angefochtenes Urteil S. 91 f.).
13.2. Der Beschwerdeführer bestreitet, die Klauenpflege vernachlässigt zu haben. Die Bilder mit den angeblich zu langen Klauen seien für Laien kaum interpretierbar. Die Vorinstanz hätte eine Expertise zur Klauenpflege einholen müssen. Stattdessen überlasse sie die Beurteilung der Klauenpflege einzig dem Kantonstierarzt. Die Klauen seien nie so lang gewesen, dass sie den Tieren Beschwerden verursacht hätten.
13.3. Hufe, Klauen, Nägel und Krallen sind soweit nötig regelmässig und fachgerecht zu pflegen und zu beschneiden (<ref-law>). Die Vorinstanz geht in rechtlicher Hinsicht davon aus, die Klauenpflege bei Kühen, Schafen und Ziegen dürfe nicht einfach routinemässig zweimal pro Jahr vorgenommen werden, sondern sie habe so oft wie nötig zu erfolgen. Dies ergebe sich daraus, dass die Pflegeintervalle direkt von der Haltungsform abhängen würden, d.h. ob die Tiere vorwiegend auf weichem oder hartem Untergrund gehalten würden. Insbesondere wenn Tiere dazu gekauft würden, könne sich der Tierhalter nicht auf die halbjährlich stattfindende Pflege berufen (angefochtenes Urteil S. 85 f. und 92). Der Beschwerdeführer ficht dies nicht an. Mit der Klauenpflege sollen Krankheiten (Klauenentzündungen etc.) sowie das Tierwohl beeinträchtigende Fehlstellungen vermieden werden. Letztere können gemäss der Vorinstanz entstehen, wenn das Körpergewicht des Tieres etwa bei zu langen Klauen nur auf einem Teil der Klaue liegt (angefochtenes Urteil S. 86).
13.4. Die Vorinstanz stellt auch bezüglich dieser Schuldsprüche auf die Fotodokumentation ab. Der Zustand der beanstandeten Klauen ist damit dokumentiert und es ist weder ersichtlich noch rechtsgenügend dargetan, dass und inwiefern die Vorinstanz von einem willkürlichen Sachverhalt ausgegangen sein könnte. Der Beizug eines Sachverständigen war insofern nicht zwingend. Der Beschwerdeführer zeigt denn auch nicht konkret auf, was ein solcher zur Klärung des Sachverhalts hätte beitragen sollen.
Soweit der Beschwerdeführer geltend macht, die betroffenen Tiere hätten keine Beschwerden gehabt, wendet er sich gegen die rechtliche Würdigung der Vorinstanz. Dabei verkennt er, dass mit der Klauenpflege Fehlstellungen vermieden werden sollen, die allenfalls - wenn auch nicht zwingend - zu Beschwerden führen können. Die Klauenpflege kann daher auch ungenügend sein, wenn die Tiere noch keine Beschwerden hatten. Ebenso wenig vermag den Beschwerdeführer zu entlasten, dass er sich gemäss eigenen, von der Vorinstanz nicht widerlegten Angaben zweimal pro Jahr um die Klauen seiner Tiere kümmerte. Die Klauen müssen nicht nur regelmässig, sondern auch fachgerecht und bei Bedarf in kürzeren Abständen als alle sechs Monate gepflegt werden. Andere Gründe, weshalb die vorinstanzlichen Schuldsprüche gegen Bundesrecht verstossen könnten, macht der Beschwerdeführer nicht geltend. Nicht einzutreten ist auf dessen pauschale Kritik, er habe die Klauenpflege nicht vernachlässigt. Da Tat- und Rechtsfragen bei der Beurteilung der Frage, ob die Klauenpflege gesetzeskonform war, eng miteinander verknüpft sind, ist der Vorinstanz bei der rechtlichen Würdigung ein gewisses Ermessen zuzugestehen (vgl. oben E. 5.4). Eine Verletzung von Bundesrecht ist nicht ersichtlich.
14.
14.1. Die Vorinstanz sprach den Beschwerdeführer schliesslich der mehrfachen vorsätzlichen Tierquälerei im Sinne von <ref-law> schuldig, weil er kranke Tiere nicht angemessen behandelt habe. So habe er ein an Klauenfäule leidendes Schaf nicht ausreichend konsequent oder intensiv behandelt, da das Tier drei Wochen später immer noch oder schon wieder an der schmerzhaften Erkrankung gelitten habe. Das betreffende Schaf habe wegen der Erkrankung über mehrere Wochen hinweg eine kniende Entlastungshaltung eingenommen (angefochtenes Urteil S. 58-61). Ein anderes Schaf mit einer infektiös-eitrigen Zwischenklauenentzündung habe er nicht behandelt und trotz der Ansteckungsgefahr für die weiteren Tiere nicht von diesen getrennt (angefochtenes Urteil S. 92-94). Ein an Lungenentzündung erkranktes, apathisch wirkendes Kalb und drei weitere Kälber, welche an Husten, Fieber, teilweise chronischer Lungenentzündung und anderen Erkrankungen gelitten hätten, seien ebenfalls nicht von ihren Artgenossen abgesondert und nicht ausreichend medizinisch versorgt worden; der Beschwerdeführer habe keinen Tierarzt beigezogen, obschon die Behandlung, welche er den seit längerer Zeit kranken Tieren (angeblich) habe angedeihen lassen, nicht erfolgreich gewesen sei (angefochtenes Urteil S. 65-69 und 70-76). Zudem habe er eine seit längerer Zeit festliegende Kuh in sehr schlechtem Allgemeinzustand nicht ihren Bedürfnissen entsprechend gelagert und behandelt und keinen Tierarzt beigezogen (angefochtenes Urteil S. 76-79). Auch eine weitere Kuh mit einem geschwollenen Knie habe er zu Unrecht nicht durch einen Tierarzt behandeln lassen (angefochtenes Urteil S. 79-81).
14.2. Soweit sich der Beschwerdeführer gegen die vorinstanzliche Sachverhaltsfeststellung wendet, vermag seine Beschwerde den gesetzlichen Begründungsanforderungen nicht zu genügen. Dieser beschränkt sich darauf, dem von der Vorinstanz festgestellten Sachverhalt seine eigenen, nicht näher begründeten Tatsachenbehauptungen gegenüberzustellen, indem er beispielsweise vorträgt, er habe den kranken Tieren auch ohne Beizug eines Tierarztes die erforderliche und sachgerechte Behandlung zukommen lassen (vgl. etwa Beschwerde S. 29 f., 33, 35) bzw. er habe nicht erkennen können, dass die übliche Behandlung mit Antibiotika nicht genügte bzw. dass eine andere Krankheit vorlag (Beschwerde S. 36, 37 und 38). Dass und weshalb die vorinstanzliche Beweiswürdigung geradezu willkürlich sein könnte, zeigt er nicht auf.
Der Beschwerdeführer beanstandet zudem, die nicht fachkundige Vorinstanz ziehe tiermedizinische Schlussfolgerungen (Beschwerde Ziff. 5 S. 46). Damit ist er ebenfalls nicht zu hören, da er nicht erläutert, welche Feststellungen er mit seiner Kritik konkret anspricht.
14.3. Der Tierhalter ist gemäss <ref-law> dafür verantwortlich, dass kranke oder verletzte Tiere unverzüglich ihrem Zustand entsprechend untergebracht, gepflegt und behandelt oder getötet werden. Die dafür notwendigen Einrichtungen müssen im Bedarfsfall innerhalb nützlicher Frist zur Verfügung stehen (<ref-law>). Zu den Pflichten gemäss <ref-law> gehört auch, falls erforderlich einen Tierarzt beizuziehen (vgl. etwa Urteil 6B_660/2010 vom 8. Februar 2011 E. 4). Die Vorinstanz entschied zu Recht, der Beschwerdeführer habe nicht aus wirtschaftlichen Gründen (Vermeidung von Kosten) auf den Beizug eines Tierarztes verzichten oder sich ohne entsprechendes Fachwissen auf den Standpunkt stellen dürfen, der Beizug eines Tierarztes könne am Krankheitsverlauf nichts ändern (vgl. angefochtenes Urteil S. 69 und 77).
14.4. Der Beschwerdeführer beanstandet zudem, entgegen der Auffassung der Vorinstanz ergebe sich aus dem Tierschutzgesetz und der dazugehörigen Verordnung keine Pflicht, kranke Tiere abzusondern. Schafe seien Herdentiere, die Kontakt zu Artgenossen bräuchten (vgl. etwa Beschwerde Ziff. 3 und 5 S. 33 f., Ziff. 6 S. 35 f., Ziff. 3 S. 46). Dem kann ebenfalls nicht gefolgt werden. Der Tierhalter ist verpflichtet, Krankheiten vorzubeugen (vgl. <ref-law>). Bei der Absonderung von kranken Tieren geht es einerseits darum, eine Übertragung von infektiösen Krankheiten auf andere Tiere zu vermeiden. Andererseits kann damit den besonderen Bedürfnissen eines kranken Tieres Rechnung getragen werden. Die vorinstanzlichen Erwägungen sind auch insofern nicht zu beanstanden. Der Tierhalter muss kranke Tiere ihrem Zustand entsprechend unterbringen und die dafür notwendigen Einrichtungen innerhalb nützlicher Frist zur Verfügung stellen (<ref-law>). Die Separierung eines kranken Tieres hat daher zu erfolgen, wenn dies aus tiermedizinischer Sicht förderlich ist - wovon je nach Umständen auch der Beschwerdeführer ausgeht (vgl. Beschwerde Ziff. 3 S. 33).
15.
Den Antrag auf volle Entschädigung begründet der Beschwerdeführer nicht bzw. nur mit den beantragten Freisprüchen. Darauf ist daher nicht weiter einzugehen.
16.
Die Beschwerde ist teilweise gutzuheissen (vgl. E. 7.3.2 und 7.6.2) und im Übrigen abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Der Kanton Appenzell Ausserrhoden hat dem Beschwerdeführer im Umfang seines Obsiegens eine angemessene Parteientschädigung auszurichten (Art. 68 Abs. 1 und 2 BGG). Soweit dieser unterliegt, hat er für die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens aufzukommen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird teilweise gutgeheissen, der Entscheid des Obergerichts Appenzell Ausserrhoden vom 5. Dezember 2017teilweise aufgehoben und die Sache zu neuer Entscheidung an die Vorinstanz zurückgewiesen. Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.
Dem Beschwerdeführer werden Gerichtskosten von Fr. 2'500.-- auferlegt.
3.
Der Kanton Appenzell Ausserrhoden hat den Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 1'000.-- zu entschädigen.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht Appenzell Ausserrhoden, 1. Abteilung, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 25. Februar 2019
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Denys
Die Gerichtsschreiberin: Unseld