Faits :
A.
Le 6 janvier 2019, B._ a déposé plainte pénale contre inconnu pour viol. En substance, elle a expliqué que son agresseur l'aurait, le jour même au petit matin, abordée, puis raccompagnée jusqu'à la porte de son appartement. L'individu lui aurait ensuite sauté dessus, l'aurait déshabillée, puis contrainte à subir, malgré plusieurs refus, ses cris et ses mouvements de résistance, une relation sexuelle complète, entre autres actes d'ordre sexuel.
Le 8 janvier 2019, le Ministère public de l'arrondissement de l'Est vaudois a ouvert une instruction pénale en raison de ces faits.
Le 25 janvier 2019, la police a appréhendé A._, alors que les prélèvements ADN effectués sur le corps de la plaignante avaient permis d'identifier celui-ci comme étant son agresseur. Entendu par la police puis le Ministère public le jour de son arrestation, A._ a en substance expliqué avoir eu une relation sexuelle consentie avec la plaignante.
Par ordonnance du 26 janvier 2019, le Tribunal des mesures de contraintes (Tmc) a ordonné la détention provisoire de A._ et a fixé la durée maximale de la détention provisoire à un mois, soit au plus tard jusqu'au 25 février 2019. Cette ordonnance a été confirmée par arrêt de la Chambre des recours pénale du Tribunal cantonal vaudois du 8 février 2019.
B.
Par ordonnance du 25 février 2019, le Tmc a ordonné la prolongation de la détention provisoire du prévenu dont il a fixé la durée maximale à trois mois, soit au plus tard jusqu'au 25 mai 2019.
Statuant sur recours de l'intéressé, la Chambre des recours pénale du Tribunal cantonal a confirmé cette décision par arrêt du 13 mars 2019.
C.
Agissant par la voie du recours en matière pénale, A._ demande au Tribunal fédéral de réformer l'arrêt cantonal en ce sens qu'il est immédiatement libéré. Subsidiairement, il demande la mise en place des mesures de substitution suivantes: dépôt de toutes ses pièces d'identité, obligation de se présenter régulièrement - soit plusieurs fois par semaine - auprès du poste de gendarmerie de Gland, mise en place d'une surveillance électronique, versement d'une caution de 20'000 francs par sa famille ou toute autre mesure de substitution jugée utile par le Tribunal fédéral.
Il sollicite en outre l'octroi de l'assistance judiciaire.
La cour cantonale renonce à se déterminer et se réfère aux considérants de son arrêt. Le Ministère public conclut au rejet du recours. Le recourant réplique et persiste dans ses conclusions.

Considérant en droit :
1.
Le recours en matière pénale (art. 78 al. 1 LTF) est ouvert contre les décisions relatives à la détention provisoire ou pour des motifs de sûreté au sens des art. 212 ss CPP. Formé en temps utile (art. 100 al. 1 LTF) contre une décision prise en dernière instance cantonale (art. 80 LTF) et qui touche le recourant dans ses intérêts juridiquement protégés (art. 81 al. 1 let. a et b ch. 1 LTF), le recours en matière pénale est recevable.
2.
Une mesure de détention provisoire n'est compatible avec la liberté personnelle garantie aux art. 10 al. 2 Cst. et 5 CEDH que si elle repose sur une base légale (art. 31 al. 1 et art. 36 al. 1 Cst.), soit en l'espèce l'art. 221 CPP. Elle doit en outre correspondre à un intérêt public et respecter le principe de la proportionnalité (art. 36 al. 2 et 3 Cst.). Pour que tel soit le cas, la privation de liberté doit être justifiée par un risque de fuite ou par un danger de collusion ou de réitération (art. 221 al. 1 let. a, b et c CPP). Préalablement à ces conditions, il doit exister des charges suffisantes, soit de sérieux soupçons de culpabilité, à l'égard de l'intéressé (art. 221 al. 1 CPP, art. 5 par. 1 let. c CEDH), c'est-à-dire des raisons plausibles de le soupçonner d'avoir commis une infraction.
3.
Dans deux griefs qu'il convient d'examiner en commun, le recourant se plaint d'une constatation manifestement inexacte des faits au sens des art. 97 al. 1 et 105 al. 2 LTF et d'une violation de l'art. 221 al. 1 CPP en ce sens qu'il n'existerait pas de forts soupçons à son égard.
3.1. Le Tribunal fédéral statue en principe sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF), sous réserve des cas prévus à l'art. 105 al. 2 LTF. Selon l'art. 97 al. 1 LTF, la partie recourante ne peut critiquer la constatation de faits que si ceux-ci ont été établis en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF ou de manière manifestement inexacte - en particulier en violation de l'interdiction constitutionnelle de l'arbitraire - et pour autant que la correction du vice soit susceptible d'influer sur le sort de la cause. Conformément à l'art. 106 al. 2 LTF, la partie recourante doit expliquer de manière circonstanciée en quoi ces conditions seraient réalisées. A défaut, il n'est pas possible de tenir compte d'un état de fait divergent de celui qui est contenu dans l'acte attaqué. En particulier, le Tribunal fédéral n'entre pas en matière sur des critiques de type appellatoire (<ref-ruling> consid. 1.3 p. 30; <ref-ruling> consid. 2.4 p. 368; <ref-ruling> consid. 10.1 p. 445).
Conformément à l'art. 221 al. 1 CPP, pour qu'une personne soit placée en détention provisoire, il doit exister à son égard des charges suffisantes ou des indices sérieux de culpabilité, c'est-à-dire des raisons plausibles de la soupçonner d'avoir commis une infraction. Il n'appartient cependant pas au juge de la détention de procéder à une pesée complète des éléments à charge et à décharge et d'apprécier la crédibilité des personnes qui mettent en cause le prévenu. Il doit uniquement examiner s'il existe des indices sérieux de culpabilité justifiant une telle mesure. L'intensité des charges propres à motiver un maintien en détention provisoire n'est pas la même aux divers stades de l'instruction pénale; si des soupçons, même encore peu précis, peuvent être suffisants dans les premiers temps de l'enquête, la perspective d'une condamnation doit apparaître vraisemblable après l'accomplissement des actes d'instruction envisageables (<ref-ruling> consid. 3.2 p. 126 s.; <ref-ruling> consid. 3c p. 146).
3.2. Le recourant reproche à la cour cantonale de s'être fondée exclusivement sur le rapport médical faisant état des lésions constatées sur le corps de la plaignante, sans avoir tenu compte des déclarations qu'il a faites, qu'il qualifie de crédibles. Il revient en détail sur les indications qu'il a données lors de ses auditions, en particulier celles qui expliqueraient les lésions constatées dans le cadre d'une relation sexuelle consentie par la plaignante.
Ce faisant, le recourant ne conteste pas véritablement les faits, mais bien plus l'appréciation que la cour cantonale en a faite. Il ne conteste en particulier pas la présence de contusions sur le corps de la plaignante aux termes du rapport médical. Le grief n'a ainsi pas trait à la constatation des faits au sens des art. 97 al. 1 et 105 LTF, mais bien plus à l'examen de la réalisation d'une condition posée à l'art. 221 CPP, à savoir l'existence de forts soupçons, question qui relève de l'appréciation. Dans ce cadre, le recourant ne fait qu'opposer sa propre interprétation des faits à celle retenue par la cour cantonale. Il n'expose pas en quoi il faudrait déduire des contusions constatées une relation sexuelle consentie "intense" plutôt qu'un viol. Il expose de façon appellatoire avoir présenté une version des faits selon lui "crédible", ce qui est insuffisant - et au demeurant douteux, certaines de ses déclarations (notamment l'aveu à sa compagne d'une précédente infidélité dans une discothèque, dossier cantonal p.-v. 2 p. 5 et p.-v. 8 p. 5) étant en contradiction manifeste avec celles de sa compagne. Le recourant fait en outre abstraction d'autres indices corroborant les soupçons de viol, comme les déclarations du voisin qui dit avoir entendu des pleurs dans lesquels il a reconnu de la douleur et de la souffrance. Or un tel élément est propre à faire prévaloir, au niveau de l'examen du cas par le juge de la détention, la version des faits relatés par la plaignante.
Il y a ainsi lieu de confirmer l'appréciation de la cour cantonale selon laquelle il y a, en l'état, de forts soupçons de commission d'un viol par le recourant.
4.
Le recourant conteste qu'il existe un risque de collusion justifiant son maintien en détention provisoire.
4.1. Pour retenir l'existence d'un risque de collusion au sens de l'art. 221 CPP, l'autorité doit démontrer que les circonstances particulières du cas d'espèce font apparaître un danger concret et sérieux de manoeuvres propres à entraver la manifestation de la vérité, en indiquant, au moins dans les grandes lignes et sous réserve des opérations à conserver secrètes, quels actes d'instruction elle doit encore effectuer et en quoi la libération du prévenu en compromettrait l'accomplissement. Dans cet examen, entrent en ligne de compte les caractéristiques personnelles du détenu, son rôle dans l'infraction ainsi que ses liens avec les autres prévenus (<ref-ruling> consid. 4.2 p. 127 s.; <ref-ruling> consid. 3.2 p. 23 s. et les références citées). Plus l'instruction se trouve à un stade avancé et les faits sont établis avec précision, plus les exigences relatives à la preuve de l'existence d'un risque de collusion sont élevées (<ref-ruling> consid. 4.2 p. 128; <ref-ruling> consid. 3.2.2 p. 24). Au demeurant, lorsqu'un prévenu est placé en détention, la procédure doit être conduite en priorité (art. 5 al. 2 CPP). Dans l'appréciation du respect de cette disposition, les circonstances concrètes du cas d'espèce sont déterminantes. Il y a lieu de tenir compte de la complexité de l'affaire et du comportement du prévenu (arrêt 1B_234/2015 du 22 juillet 2015 consid. 2.2 et les arrêts cités).
4.2. En l'espèce, la cour cantonale a retenu un risque que le recourant tente d'influencer la partie plaignante. Il serait en outre possible selon les premiers juges que l'analyse des données du téléphone du prévenu permette d'identifier des personnes auxquelles celui-ci aurait pu faire des déclarations utiles pour la manifestation de la vérité. Enfin, le prévenu pourrait également retrouver le chauffeur du taxi qu'il a emprunté après les faits litigieux. La cour cantonale en conclut qu'il pourrait tenter d'influencer ces personnes quant à la teneur de leurs éventuels témoignages.
Telle que présentée dans l'arrêt attaqué, cette appréciation est peu convaincante en l'état de l'instruction. En premier lieu, le téléphone du recourant a été saisi, de sorte qu'on ne voit pas de quelle manière il pourrait entraver la récolte de données sur cet objet. Ensuite, comme le relève le recourant, on doute qu'il soit à même de retrouver le chauffeur de taxi que la police n'a elle-même pas pu identifier. Enfin, la cour cantonale expose expressément que le risque que le recourant tente d'influencer la plaignante "est peu probable". Dans la mesure où ce dernier élément est le seul envisageable susceptible d'étayer un risque de récidive, on ne saurait le considérer, sans autre forme de motivation, comme suffisamment concret et sérieux pour satisfaire aux exigences légales.
Les déterminations du Ministère public devant le Tribunal fédéral n'étayent pas plus cette appréciation.
Dans ces circonstances, le risque de collusion ne saurait justifier le maintien du recourant en détention provisoire.
5.
La cour cantonale a également retenu un risque de fuite du recourant, ce que celui-ci conteste.
5.1. Conformément à l'art. 221 al. 1 let. a CPP, la détention provisoire peut être ordonnée s'il y a sérieusement lieu de craindre que le prévenu se soustraie à la procédure pénale ou à la sanction prévisible en prenant la fuite. Selon la jurisprudence, le risque de fuite doit s'analyser en fonction d'un ensemble de critères tels que le caractère de l'intéressé, sa moralité, ses ressources, ses liens avec l'Etat qui le poursuit ainsi que ses contacts à l'étranger, qui font apparaître le risque de fuite non seulement possible mais également probable. La gravité de l'infraction ne peut pas, à elle seule, justifier la prolongation de la détention, même si elle permet souvent de présumer un danger de fuite en raison de l'importance de la peine dont le prévenu est menacé (<ref-ruling> consid. 3a p. 62 et les arrêts cités).
5.2. En l'occurrence, la cour cantonale a constaté que le recourant, de nationalité portugaise, entretenait dans son pays d'origine des relations familiales et amicales, vu qu'il y avait notamment passé les fêtes, ce sans sa compagne. Le recourant se prévaut de nombreux faits qui ne résultent pas de l'arrêt attaqué, censés démontrer la stabilité de ses attaches en Suisse (travail à plein temps, future épouse, fille de trois ans). Or, selon les informations relevées par le Ministère public figurant au dossier, la plupart de ces éléments se révèlent n'être pas significatifs au sens des art. 97 al. 1 et 105 al. 2 LTF. Ainsi, le travail à plein temps dont fait état le recourant est en réalité sujet à caution, les indications qu'il a données étant contredites par celles fournies par sa concubine. Le recourant se contente de fournir, dans sa réplique, de nouvelles explications dans lesquelles il tente de minimiser de façon confuse cette contradiction. Il fait état d'un contrat de travail et de rapports d'heures disponibles dans les e-mails de son téléphone portable. Il n'explique pas les raisons pour lesquelles il n'aurait pu produire directement de tels documents, par l'intermédiaire de sa compagne ou de son employeur par exemple. Le recourant met ensuite en avant la relation avec sa compagne, alors que le Ministère public émet des doutes quant à la réalité de son concubinage. Vu l'infidélité résultant de la présente affaire, on ne saurait quoi qu'il en soit accorder un poids décisif à cet élément. Enfin, en dépit de l'attachement à sa fille de trois ans dont le recourant fait état, il ressort du dossier que le recourant ne l'a pas encore reconnue.
Dans ces circonstances, il y a lieu de confirmer l'existence du risque de fuite constatée par les instances précédentes.
6.
Le Ministère public fait également état d'un risque de récidive, que ni le Tmc ni la cour cantonale n'ont examiné. Il relève toutefois à juste titre que les précédentes condamnations l'ont été pour des infractions d'un autre genre. Aussi, vu le risque de fuite confirmé s'agissant du maintien en détention provisoire, il n'y a effectivement pas lieu d'examiner cette question en l'état.
7.
Le recourant fait valoir qu'il devrait être mis au bénéfice de mesures de substitution. Il évoque le dépôt de ses pièces d'identité, l'obligation de se présenter plusieurs fois par semaine à un poste de police, la soumission à une surveillance électronique, le versement d'une caution de 20'000 francs ou toute autre mesure jugée utile par le Tribunal fédéral. Il se plaint à cet égard d'une violation de son droit d'être entendu, jugeant que la cour cantonale aurait dû exposer pour chaque mesure de substitution proposée les raisons de son refus.
7.1. A teneur de l'art. 197 al. 1 let. c CPP, qui concrétise le principe de la proportionnalité, les mesures de contrainte ne peuvent être prises que si les buts poursuivis ne peuvent pas être atteints par des mesures moins sévères. L'art. 212 al. 2 let. c CPP rappelle cette exigence en prévoyant que les mesures de contrainte entraînant une privation de liberté doivent être levées dès que des mesures de substitution permettent d'atteindre le même but. L'art. 237 al. 1 CPP prévoit que le tribunal compétent ordonne une ou plusieurs mesures moins sévères en lieu et place de la détention provisoire ou de la détention pour des motifs de sûreté si ces mesures permettent d'atteindre le même but que la détention.
Tel qu'il est garanti par l'art. 29 al. 2 Cst., le droit d'être entendu comprend notamment le devoir, pour l'autorité, de motiver sa décision, afin que le justiciable puisse la comprendre, la contester utilement s'il y a lieu et exercer son droit de recours à bon escient. Pour répondre à ces exigences, l'autorité doit mentionner, au moins brièvement, les motifs qui l'ont guidée et sur lesquels elle a fondé sa décision, de manière à ce que l'intéressé puisse se rendre compte de la portée de celle-ci et l'attaquer en connaissance de cause (<ref-ruling> consid. 2.2 p. 84; <ref-ruling> consid. 4.1 p. 88 et les références). La motivation peut être implicite et résulter des différents considérants de la décision (arrêts 2C_23/2009 du 25 mai 2009 consid. 3.1, publié in RDAF 2009 II p. 434; 5A_878/2012 du 26 août 2013 consid. 3.1; 1B_176/2015 du 2 juin 2015 consid. 3.1).
7.2. En l'occurrence, il est constant que la mesure de surveillance électronique, tout comme l'obligation de se présenter régulièrement à un poste de police ne sont pas de nature à prévenir un départ à l'étranger, mais uniquement à le constater a posteriori (cf. arrêts 1B_168/2019 du 30 avril 2019 consid. 2.4; 1B_496/2018 du 21 novembre 2018 consid. 4.2; 1B_386/2015 du 18 novembre 2015 consid. 2.4). Il en va de même du dépôt des papiers d'identité sans lesquels il demeure le plus souvent possible de passer la frontière ( ibidem). En l'absence de circonstances particulières exposées par le recourant, on ne saurait dès lors considérer que ces mesures permettraient de pallier le risque de fuite à l'étranger. Pour ces mêmes motifs, la motivation succincte de la cour cantonale de son refus de tenir pour adéquates ces mesures de substitution est suffisante et ne viole pas le droit d'être entendu du recourant.
Quant au dépôt de 20'000 francs par la famille du recourant, ce montant, mis en rapport avec la peine encourue pour viol, n'apparaît effectivement pas suffisant pour prévenir un risque de départ à l'étranger. L'intensité des liens familiaux invoquée par le recourant n'est en outre pas de nature à démontrer son intention de ne pas perdre cette somme.
En définitive, en l'état de la procédure, aucune mesure de substitution ne paraît propre à éviter tout risque de fuite, de sorte que la mesure de détention provisoire doit être confirmée.
8.
Il résulte de ce qui précède que le recours est rejeté.
Les conditions posées à l'art. 64 al. 1 LTF étant réunies, il convient de mettre le recourant au bénéfice de l'assistance judiciaire, de lui désigner Me Julien Gafner comme avocat d'office et d'allouer à celui-ci une indemnité à titre d'honoraires, qui seront supportés par la caisse du tribunal. Il n'est en outre pas perçu de frais judiciaires (art. 64 al. 1 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté.
2.
La demande d'assistance judiciaire est admise; Me Julien Gafner est désigné comme avocat d'office du recourant et une indemnité de 1'500 fr. lui est allouée à titre d'honoraires, à payer par la caisse du Tribunal fédéral. Il n'est pas perçu de frais judiciaires.
3.
Le présent arrêt est communiqué aux mandataires du recourant et de B._, au Ministère public central du canton de Vaud et au Tribunal cantonal du canton de Vaud, Chambre des recours pénale.
Lausanne, le 7 mai 2019
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Chaix
La Greffière : Sidi-Ali