Sachverhalt:
A.
A.a. A._ ist Eigentümer der Parzellen Nrn. 440 und 1245 in der Gemeinde Oberwil-Lieli. Im November 2001 unterbreitete das Departement Bau, Verkehr und Umwelt des Kantons Aargau (BVU) dem Eidgenössischen Departement für Umwelt, Verkehr und Kommunikation (UVEK) das Ausführungsprojekt für die Folgemassnahmen N20/N4 zur Genehmigung. Dieses sah unter anderem den Ausbau der Kantonsstrasse NK 410 als Zubringer zum Nationalstrassenanschluss der N20 bei Birmensdorf sowie den Bau eines Tunnels in der Gemeinde Oberwil-Lieli vor. Der Tunnel unterquert die damals noch in einer gemeinsamen Parzelle Nr. 440 verbundenen Parzellen Nrn. 440 und 1245 von A._.
Mit Plangenehmigungsverfügung vom 2. Februar 2004 bewilligte das UVEK das Projekt unter gleichzeitiger Gutheissung einer Einsprache von A._. Unter anderem verfügte es dabei, statt der vollen Entschädigung sei "die Einräumung der erforderlichen beschränkten dinglichen Rechte vorzusehen".
In der Folge fanden zwischen dem Staat Aargau und A._ Gespräche statt. Am 8. August 2006 einigten sie sich über ein Baurecht für den Staat Aargau und über die Höhe der Entschädigung in einem öffentlich beurkundeten Dienstbarkeitsvertrag. Am 5. November 2007 schrieb die Eidgenössische Schätzungskommission Kreis 8 ein bei ihr hängiges Verfahren als durch ausseramtliche Verständigung erledigt ab. Die im Dienstbarkeitsvertrag eingeräumten Rechte wurden als "Tunneldienstbarkeit" im Grundbuch eingetragen.
Über die Auslegung des Vertrages ergaben sich jedoch bald Differenzen, insbesondere über die Art und die Anzahl der einer Entschädigungspflicht unterliegenden Anker und Nägel. Dabei handelt es sich um Bauteile zur Sicherung der Baugrube, mit denen Zugkräfte in den Boden oder Fels eingeleitet werden. In einem Parallelverfahren zum ebenfalls vom Ausführungsprojekt betroffenen Grundstück Nr. 435 entschied das Bundesgericht mit Urteil 4A_116/2010 vom 28. Juni 2010, dass das Vertragsverhältnis öffentlich-rechtlicher Natur sei.
A.b. In der Folge stellte A._ bei der Eidgenössischen Schätzungskommission Kreis 8 das Begehren, den Staat Aargau zu verpflichten, ihm eine Entschädigung von Fr. 420'341.25 nebst Verzinsung für alle sog. vorgespannten Anker und ungespannten Anker (Nägel) zu bezahlen. Am 26. Juni 2014 verpflichtete die Schätzungskommission den Staat Aargau im Wesentlichen, A._ für 127 Anker und für 894 Nägel zu entschädigen und setzte die entsprechenden Beträge, zuzüglich Zins von 3,5 %, fest.
B.
B.a. Dagegen erhob A._ Beschwerde beim Bundesverwaltungsgericht. Dieses hiess die Beschwerde mit Urteil vom 21. Oktober 2015 teilweise gut, soweit es darauf eintrat, und wies sie im Übrigen ab. Dabei bestimmte es die zu leistenden Beträge neu.
Mit Entscheid 1C_613/2015 und 1C_637/2015 vom 10. August 2016 beurteilte das Bundesgericht den Dienstbarkeitsvertrag vom 8. August 2006 als verwaltungsrechtlichen Enteignungsvertrag und stellte dessen Nichtigkeit wegen eines versteckten Dissenses fest. Es hob die Abschreibungsverfügung der Schätzungskommission vom 5. November 2007 sowie das Urteil des Bundesverwaltungsgerichts vom 21. Oktober 2015 auf und wies die Streitsache zu neuem Entscheid im Sinne der Erwägungen an die Schätzungskommission zurück. In den Erwägungen hielt es unter anderem fest: "Ist der Dienstbarkeitsvertrag nicht zustande gekommen, so muss noch das formelle Enteignungsverfahren durchgeführt und die Entschädigung von der Schätzungskommission festgesetzt werden".
B.b. Am 16. November 2016 führte die Schätzungskommission erfolglos eine Einigungsverhandlung durch. Am 8. Februar 2017 stellte der Staat Aargau bei der Schätzungskommission einen Enteignungsantrag. In der Folge wurde die Dienstbarkeit im Grundbuch gelöscht. Am 16. Februar 2017 liess der Staat Aargau den Enteignungsbann im Grundbuch eintragen.
Mit Entscheid vom 14. Juni 2018 verpflichtete die Schätzungskommission den Staat Aargau, A._ als Enteignungsentschädigung Fr. 207'837.50 zu bezahlen und allfällige sich bei einer weiteren Überbauung der Grundstücke Nrn. 440 und 1245 anfallende Kosten zu übernehmen. Überdies wies sie das zuständige Grundbuchamt an, die Dienstbarkeit "Baurecht für unterirdischen Strassentunnel" zugunsten des Staats Aargau auf den Parzellen Nrn. 440 und 1245 der Gemeinde Oberwil-Lieli einzutragen.
B.c. Dagegen führten A._ Beschwerde und der Staat Aargau Anschlussbeschwerde beim Bundesverwaltungsgericht. Dieses hiess die Beschwerde von A._ mit Urteil vom 24. April 2020 teilweise gut und wies sie im Übrigen ab und wies die Anschlussbeschwerde des Staats Aargau vollumfänglich ab. Es hob den Entscheid der Schätzungskommission vom 14. Juni 2018 auf und überwies die Sache für den Plangenehmigungsentscheid an das UVEK. Ausserdem regelte es die Kosten und Entschädigungen für das Verfahren vor der Schätzungskommission und dem Bundesverwaltungsgericht. Zur Begründung führte dieses im Wesentlichen aus, die erforderlichen beschränkten dinglichen Rechte seien nie rechtmässig festgelegt worden. Im ursprünglichen Plangenehmigungsentscheid vom 2. Februar 2004 sei lediglich angeordnet worden, die Einräumung dieser Rechte vorzusehen, und den nachfolgenden Dienstleistungsvertrag habe das Bundesgericht als nichtig beurteilt. Für die Nachholung der erforderlichen dinglichen Rechte sei das UVEK im Plangenehmigungsverfahren zuständig, weshalb die Angelegenheit an dieses zu überweisen sei.
C.
C.a. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 29. Mai 2020 an das Bundesgericht beantragt der Staat Aargau, die Sache an die Vorinstanz zurückzuweisen zur materiellen Behandlung der Beschwerde und der Anschlussbeschwerde. Zur Begründung wird im Wesentlichen geltend gemacht, beim Urteil des Bundesverwaltungsgerichts handle es sich um einen anfechtbaren Zwischenentscheid über die Zuständigkeit. Da das UVEK mit seinem ursprünglichen Plangenehmigungsentscheid entgegen der Auffassung des Bundesverwaltungsgerichts auch die beantragten Enteignungen gutgeheissen und damit einen Enteignungstitel geschaffen habe, beruhe der angefochtene Entscheid auf der falschen Vorstellung, über die fraglichen Dienstbarkeiten sei bisher nicht entschieden worden.
A._ schliesst auf Nichteintreten auf die Beschwerde mangels anfechtbaren Entscheides und subsidiär auf Abweisung der Beschwerde, weil das Bundesverwaltungsgericht zu Recht das Vorliegen eines ausreichenden Enteignungstitels verneint habe. Das Bundesverwaltungsgericht verzichtete unter Verweis auf sein Urteil auf eine Stellungnahme.
C.b. Mit prozessleitender Verfügung vom 16. Dezember 2020 stellte die Instruktionsrichterin der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung des Bundesgerichts dem UVEK den angefochtenen Entscheid sowie verschiedene Unterlagen des bundesgerichtlichen Verfahrens und die vorinstanzlichen Akten zu und gab ihm Gelegenheit, sich zur Sache zu äussern. Mit Vernehmlassung vom 27. Januar 2021 stellte das UVEK den Antrag, die Beschwerde gutzuheissen.
Mit Eingabe vom 10. Februar 2021 schloss sich der Staat Aargau den Ausführungen des UVEK vollumfänglich an. Mit Stellungnahme vom 18. Februar 2021 hielt A._ an seinem Standpunkt und seinem Begehren fest. Das Bundesverwaltungsgericht verzichtete erneut, sich zur Sache zu äussern.

Erwägungen:
1.
1.1. Streitgegenstand bildet eine enteignungsrechtliche Streitsache aus dem Bereich des öffentlichen Rechts (vgl. schon das Urteil des Bundesgerichts 4A_116/2010 vom 28. Juni 2010 zur Rechtsnatur des damals zu beurteilenden Dienstbarkeitsvertrags). Ein Ausschlussgrund nach <ref-law> liegt nicht vor. Gegen den angefochtenen Entscheid des Bundesverwaltungsgerichts steht daher grundsätzlich die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten offen (Art. 82 lit. a i.V.m. <ref-law>).
1.2. Der beschwerdeführende Kanton Aargau hat am vorinstanzlichen Verfahren teilgenommen und ist als Enteigner durch die Überweisung der Streitsache an das UVEK durch das Bundesverwaltungsgericht zwecks Entscheids über einen Enteignungstitel formell und materiell belastet. Er ist zur Beschwerdeführung legitimiert (<ref-law>; vgl. das Urteil des Bundesgerichts in gleicher Sache 1C_613/2015 und 1C_637/2015 vom 10. August 2016 E. 1.4 mit Verweis auf <ref-ruling> 3a S. 427 f. mit Hinweisen; Urteil 1C_141/2013 vom 5. September 2013 E. 1, in: SJ 2014 I S. 129).
2.
2.1. Nach <ref-law> ist die Beschwerde zulässig gegen Entscheide, die das Verfahren abschliessen. Gegen selbstständig eröffnete Vor- und Zwischenentscheide steht die Beschwerde nur ausnahmsweise offen, namentlich bei solchen über die Zuständigkeit (<ref-law>) sowie, wenn sie einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken können (<ref-law>). Im vorliegenden Fall bestreitet der Beschwerdegegner eine solche Ausnahme.
2.2. Der Beschwerdeführer steht auf dem Standpunkt, es liege ein Zwischenentscheid über die Zuständigkeit vor, da das Bundesverwaltungsgericht die Schätzungskommission als für die Streitsache unzuständig erachtete, weshalb es die Angelegenheit dem UVEK überwiesen habe. Der Beschwerdegegner wendet dagegen ein, das Bundesverwaltungsgericht habe nicht über einen Zuständigkeitsstreit entschieden, sondern den Entscheid der Schätzungskommission wegen eines schweren Mangels aufgehoben, weil die fraglichen beschränkten dinglichen Rechte gar nie rechtsgültig begründet worden seien.
Zwar trifft es zu, dass das Bundesverwaltungsgericht vordergründig einen inhaltlichen Entscheid und nicht ein auf die Zuständigkeit beschränktes Urteil gefällt hat. Da die von ihm beurteilte materielle Rechtsfrage aber unmittelbar mit der Zuständigkeit verknüpft ist bzw. das Bundesverwaltungsgericht wegen der Verneinung des Vorliegens eines ausreichenden Enteignungstitels von der Zuständigkeit einer anderen Behörde ausging, entschied es auch über die Kompetenzfrage. Im Ergebnis beschränkt sich das Urteil auf die Überweisung der Streitsache an das UVEK ohne weitere inhaltliche Anordnungen. Die Beschwerde erweist sich daher mit Blick auf <ref-law> als zulässig.
2.3. Überdies erleidet der Beschwerdeführer durch den angefochtenen Entscheid einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil.
2.3.1. Das vorliegende Enteignungsverfahren dauert nunmehr seit bald 20 Jahren. Zwar genügt die blosse Verzögerung des Verfahrens als solche nicht, um einen sofortigen Entscheid des Bundesgerichts zu erwirken (<ref-ruling> E. 1.2; <ref-ruling> E. 1.3). Jedoch muss sichergestellt werden, dass das Verfahren insgesamt dem verfassungsrechtlichen Gebot genügt, im Rahmen eines fairen Verfahrens innert angemessener Frist einen wirksamen Rechtsschutz zu gewähren (<ref-law>, Art. 6 Ziff. 1 EMRK). Unter diesem Aspekt kann es ausnahmsweise verfassungsrechtlich geboten sein, bereits auf einen Zwischenentscheid einzutreten, wenn es rechtsstaatlich unzumutbar wäre, die Parteien auf die Anfechtung des Endentscheids zu verweisen (<ref-ruling> E. 1.2.1; Urteil des Bundesgerichts 1C_636/2017 vom 22. Mai 2018 E. 2.4).
2.3.2. Die vom Bundesverwaltungsgericht angeordnete Überweisung an das UVEK brächte eine weitere Verfahrensschlaufe von zwei zusätzlichen Instanzen, nämlich zunächst des UVEK und daraufhin nochmals der Schätzungskommission, mit sich und würde zu einer weiteren erheblichen Verzögerung führen. Ob sich allerdings der Beschwerdeführer als staatliches Gemeinwesen mit Blick auf <ref-law> auf das verfassungsrechtliche Beschleunigungsgebot berufen kann, erscheint fraglich. Immerhin ist er im vorliegenden Fall wie ein Privater betroffen. Wie es sich damit verhält, kann jedoch offenbleiben.
2.3.3. Das Bundesverwaltungsgericht widersetzt sich letztlich der Rückweisung der Streitsache an die Schätzungskommission, wie sie das Bundesgericht in seinem Urteil 1C_613/2015 und 1C_637/2015 vom 10. August 2016 angeordnet hat. Das Bundesgericht hielt in E. 6.3 des damaligen Entscheids fest, es müsse noch das formelle Enteignungsverfahren durchgeführt und die Entschädigung von der Schätzungskommission festgesetzt werden, und wies die Streitsache mit der Schätzungskommission an jene Behörde zurück, die der Beschwerdegegner selbst mit "Klage" angerufen hatte. Indem das Bundesverwaltungsgericht nunmehr das Vorliegen eines ausreichenden Enteignungstitels verneinte, stellte es den Beschwerdeführer schlechter, als er nach dem Bundesgerichtsentscheid vom 10. August 2016 dastand. Dadurch erlitt dieser einen irreversiblen Nachteil.
2.4. Auf die Beschwerde ist demnach einzutreten.
3.
Das Bundesgericht prüft die Anwendung des Bundesrechts frei und von Amtes wegen (Art. 95 lit. a und Art. 106 Abs. 1 BGG). Die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem Recht prüft es nur auf entsprechende Rüge hin (<ref-law>). Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat. Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz auf genügend begründete Rüge hin (<ref-law>) oder von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (Art. 97 Abs. 1, Art. 105 Abs. 1 und 2 BGG).
4.
4.1. Wie bereits in E. 2.3.3 erwähnt, wich das Bundesverwaltungsgericht im angefochtenen Entscheid vom Urteil des Bundesgerichts 1C_613/2015 und 1C_637/2015 vom 10. August 2016 ab. Es stellt sich daher die Frage, ob das Bundesverwaltungsgericht nicht den Streitgegenstand, wie er im Rückweisungsentscheid des Bundesgerichts an die Schätzungskommission festgelegt war, nachträglich erweitert hat und ob dies gegebenenfalls zulässig gewesen wäre. Zugleich ist fraglich, ob nicht eine reformatio in peius vorliegt. In der Sache handelte es sich nicht um eine reine Zuständigkeitsfrage, sondern das Bundesgericht hielt damals fest, es müsse noch das formelle Enteignungsverfahren durchgeführt und über die Entschädigung entschieden werden. Das Bundesverwaltungsgericht ging gestützt darauf davon aus, es liege noch kein Enteignungstitel für die strittige Dienstbarkeit vor, worüber die Schätzungskommission jedoch nicht befinden könne, sondern im Plangenehmigungsverfahren durch das UVEK zu entscheiden sei. Es erkannte darin zumindest sinngemäss einen zu korrigierenden Mangel im Urteil des Bundesgerichts.
4.2. Es mag zutreffen, dass die Formulierung im bundesgerichtlichen Urteil vom 10. August 2016 möglicherweise missverständlich oder zumindest nicht völlig eindeutig war, indem es festhielt, es sei noch das formelle Enteignungsverfahren - statt: das Verfahren der formellen Enteignung - durchzuführen. Das bedeutet aber nicht, dass die Rückweisung an die Schätzungskommission nicht mit der Rechtsordnung vereinbar war und das Bundesverwaltungsgericht deswegen aufgrund eines erheblichen Mangels vom bundesgerichtlichen Entscheid abweichen und auch das Vorliegen eines Enteignungstitels verneinen durfte. Grundsätzlich erwächst ein Urteil des Bundesgerichts am Tag seiner Ausfällung in Rechtskraft (<ref-law>) und bindet auch die Vorinstanzen, darunter namentlich das Bundesverwaltungsgericht. Davon abzuweichen bestünde im Übrigen auch in der Sache kein Anlass.
5.
5.1. Auf den vorliegenden Fall ist unbestrittenermassen noch das Bundesgesetz über die Enteignung vom 20. Juni 1930 (Enteignungsgesetz, EntG; SR 711) in seiner bis zum 31. Dezember 2020 geltenden Fassung (nachfolgend: aEntG) anwendbar. Auf die neuen Bestimmungen, die am 1. Januar 2021 in Kraft getreten sind, kommt es noch nicht an (vgl. die Übergangsbestimmungen des Enteignungsgesetzes zur Änderung vom 19. Juni 2020; AS 2020 4085).
5.2. Nach Art. 27 aEntG hat der Enteigner für jede Gemeinde, deren Gebiet durch das Werk berührt wird, einen Plan zu erstellen, aus dem Art, Umfang und Lage des Werkes, die notwendigen Sicherheitszonen sowie die zur Wahrung der öffentlichen Interessen vorgesehenen Vorkehren ersichtlich sind (Abs. 1). Überdies sind für jede Gemeinde ein Enteignungsplan und eine Grunderwerbstabelle anzufertigen, in der die zu enteignenden Grundstücke mit Angabe ihrer Eigentümer, des Flächenmasses sowie der aus dem Grundbuch oder den sonstigen öffentlichen Büchern ersichtlichen und zu enteignenden beschränkten dinglichen Rechte verzeichnet sind (Abs. 2). Die Pläne und Verzeichnisse liegen in der Folge öffentlich auf und es können dagegen Einsprachen, Planänderungsbegehren und Forderungen für die zu enteignenden Rechte angemeldet werden (Art. 28 ff. aEntG). Dazu kommt es zu einem Einigungsverfahren (Art. 45 ff. aEntG). Der Präsident der Schätzungskommission übermittelt insbesondere die streitig gebliebenen Einsprachen über die Enteignung dem in der Sache zuständigen Departement (Art. 50 aEntG), das darüber entscheidet (Art. 55 aEntG). Kommt eine Einigung über die Entschädigungen nicht zustande, so wird das Schätzungsverfahren vor der zuständigen Schätzungskommission eingeleitet (Art. 57 ff. aEntG).
5.3. Gemäss den nachvollziehbaren Ausführungen des UVEK in dessen Stellungnahme an das Bundesgericht wurde Art. 27 Abs. 1 aEntG in der Praxis so umgesetzt, dass die Plangenehmigungsbehörde die zu enteignenden Rechte festlegte, namentlich die entsprechenden beschränkten dinglichen Rechte. Im Übrigen war es Sache der zuständigen Eidgenössischen Schätzungskommission, im Rahmen der im Enteignungsgesetz vorgesehenen Einigungs- und Schätzungsverfahren den genauen Inhalt, der jeweils im Zusammenhang mit der Entschädigung massgeblich wurde, zu bestimmen. Im Jahre 2018 schlug der Bundesrat in seiner Botschaft vom 1. Juni 2018 zur Änderung des Enteignungsgesetzes (AS 2018 4713) vor, das Enteignungsverfahren anzupassen und auf dieses in der Praxis den Regelfall bildende sog. kombinierte Verfahren zuzuschneiden. Art. 27 EntG enthält nunmehr die grundsätzliche Regelung des Verfahrens, wohingegen Art. 28 EntG an die Stelle des früheren Art. 27 aEntG getreten ist. Art. 28 Abs. 3 EntG legt neu im Zusammenhang mit enteignungsrechtlichen Errichtungen von Dienstbarkeiten fest, dass die Grundzüge von deren Inhalt im Plangenehmigungsverfahren bekannt zu geben sind. Ein entsprechender Vorschlag des Bundesrats (vgl. BBl 2020 4099) wurde von der Bundesversammlung diskussionslos verabschiedet und trat am 1. Januar 2021 in Kraft. Hier ist diese neue Bestimmung aber wie dargelegt (vgl. vorne E. 5.1) noch nicht anwendbar.
5.4. Im vorliegenden Fall lief von November 2001 bis zur entsprechenden Verfügung des UVEK vom 2. Februar 2004 das Plangenehmigungsverfahren. Dabei wurde die Einsprache des Beschwerdegegners gegen die vollständige Enteignung seines Grundstücks gutgeheissen. Stattdessen sah das UVEK in der Plangenehmigungsverfügung antragsgemäss die Einräumung der erforderlichen beschränkten dinglichen Rechte, d.h. konkret der für den Tunnelbau erforderlichen Tunneldienstbarkeit, vor. Dem Antrag des Beschwerdegegners wurde mithin vollumfänglich entsprochen. Anstelle einer Enteignung des Grundstücks als solchem trat die Errichtung einer Dienstbarkeit mit in deren Umfang beschränkender Wirkung des Eigentumsrechts. Dabei handelt es sich um eine formelle Enteignung. Die während des Verfahrens öffentlich publizierten Gesuchsunterlagen enthielten alle notwendigen Pläne wie die Landerwerbstabelle, den Landerwerbsplan und den Baulinienplan. Damit war der Umfang der Enteignung bzw. der erforderlichen Dienstbarkeiten inhaltlich und namentlich räumlich bestimmt. Da sich die beanspruchten und genehmigten Rechte abschliessend aus den Unterlagen und Plänen ergaben, wurde über die Plangenehmigung ohne weitere Zusatzangaben entschieden. Die Plangenehmigungsverfügung des UVEK blieb unbestritten, wurde im März 2004 rechtskräftig und diente praxisgemäss als Enteignungstitel. Dem später vom Bundesgericht als nichtig beurteilten Dienstbarkeitsvertrag zwischen den Parteien vom 8. August 2006 kam demnach so oder so keine rechtsbegründende Wirkung für die Errichtung der Tunneldienstbarkeit mehr zu, sondern er verfügte hinsichtlich der Enteignung höchstens noch über einen feststellenden Charakter. Rechtsgestaltende Natur hatte er nur hinsichtlich der vereinbarten Entschädigung. Diese Vereinbarung fiel jedoch später mit dem Bundesgerichtsentscheid 1C_613/2015 und 1C_637/2015 vom 10. August 2016 dahin.
5.5. In der Folge wurde das Bauwerk gemäss der Genehmigungsverfügung realisiert. Das unterstreicht, dass mit der Plangenehmigungsverfügung bereits ein Enteignungstitel vorliegen musste, denn andernfalls wäre eine Realisierung des Bauprojekts gar nicht zulässig gewesen. Soweit der erforderliche Enteignungstitel gefehlt hätte, würde das ohnehin nichts daran ändern, dass durch die Errichtung des Bauwerks der Eingriff ins Eigentum des Beschwerdegegners bereits erfolgt ist. Es könnte sich insofern einzig die Frage stellen, ob über die Enteignung im entsprechenden Umfang im Verfahren der nachträglichen Forderungseingabe zu entscheiden wäre. Auch wenn im Übrigen mit dem UVEK vom Vorliegen eines Enteignungstitels ausgegangen wird, bliebe die Möglichkeit bestehen, dass im Rahmen der Realisierung des Projekts bauliche Bedürfnisse aufgetreten sind, die bei der Plangenehmigung noch nicht vorhergesehen wurden und zu neuen unvermeidlichen Eingriffen in die Eigentumsrechte des Beschwerdegegners führten. Wie das UVEK in seiner Eingabe an das Bundesgericht dazu zutreffend ausführt, würden sich solche Forderungen nach Art. 41 Abs. 1 lit. b aEntG richten und wären innerhalb der Verwirkungsfrist von sechs Monaten nach Art. 41 Abs. 2 lit. b aEntG beim Präsidenten der Schätzungskommission geltend zu machen gewesen. Auch insofern ergibt sich demnach keine Zuständigkeit des UVEK zur nachträglichen Schaffung eines Enteignungstitels, sondern eine solche der Schätzungskommission. Ob im vorliegenden Fall Anlass für nachträgliche Forderungseingaben bestand und ob diese korrekt geltend gemacht wurden, insbesondere ob der Beschwerdegegner gegebenenfalls die Verwirkungsfrist eingehalten hätte, braucht hier nicht entschieden zu werden.
5.6. Enthält die Plangenehmigungsverfügung des UVEK den Enteignungstitel bzw. wäre für allenfalls während der Realisierung der Baute neu entstandene Eigentumseingriffe ohnehin die Schätzungskommission zuständig, besteht weder Anlass noch Bedarf für eine Überweisung der Streitsache an das UVEK. Hingegen oblag es der Schätzungskommission, über die Höhe der allfälligen Enteignungsentschädigung und dabei im Bedarfsfall, soweit sich das nicht ausreichend aus der Plangenehmigung ergeben sollte, vorfrageweise über den genauen Inhalt und Umfang der fraglichen Tunneldienstbarkeit zu entscheiden. Diesen Entscheid hat die Schätzungskommission am 14. Juni 2018 gefällt, indem sie sowohl die Eintragung der Tunneldienstbarkeit im Grundbuch anordnete als auch die Höhe der Enteignungsentschädigung festsetzte. Der Entscheid wurde jedoch in der Folge vom Bundesverwaltungsgericht mit dem angefochtenen Urteil wieder aufgehoben.
5.7. Daraus ergibt sich, dass das Bundesgericht die Streitsache in seinem Urteil 1C_613/2015 und 1C_637/2015 vom 10. August 2016 zu Recht an die Schätzungskommission zurückgewiesen hat und damit kein Anlass für das Bundesverwaltungsgericht bestand, die Angelegenheit in Abweichung davon an das UVEK zu überweisen. Vielmehr hätte das Bundesverwaltungsgericht den ihm mit Beschwerde und Anschlussbeschwerde unterbreiteten Entscheid der dafür zuständigen Schätzungskommission und dabei im Wesentlichen die Höhe der dem Beschwerdegegner zustehenden Entschädigung inhaltlich überprüfen müssen. Dies wird nachzuholen sein.
6.
Die Beschwerde erweist sich als begründet und ist gutzuheissen. Der angefochtene Entscheid ist aufzuheben. Die Streitsache ist an das Bundesverwaltungsgericht zurückzuweisen zu neuem Entscheid im Sinne der Erwägungen. Das Bundesverwaltungsgericht wird dabei auch über die Kosten und Entschädigungen in den vorinstanzlichen Verfahren neu zu befinden haben.
Bei diesem Verfahrensausgang wird der unterliegende Beschwerdegegner kostenpflichtig (Art. 66 Abs. 1, Art. 65 BGG). Eine Parteientschädigung ist nicht zuzusprechen (vgl. Art. 68 Abs. 1 und 3 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird gutgeheissen, und das Urteil des Bundesverwaltungsgerichts vom 24. April 2020 wird aufgehoben. Die Streitsache wird an das Bundesverwaltungsgericht zurückgewiesen zu neuem Entscheid im Sinne der Erwägungen.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 4'000.-- werden dem Beschwerdegegner auferlegt.
3.
Dieses Urteil wird den Parteien, der Eidgenössischen Schätzungskommission, Kreis 8, dem Bundesverwaltungsgericht, Abteilung I, und dem Eidgenössischen Departement für Umwelt, Verkehr, Energie und Kommunikation (UVEK), schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 12. Mai 2021
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Kneubühler
Der Gerichtsschreiber: Uebersax