Faits :
A.
A la suite de la plainte pénale déposée par B._ le 26 août 2019, le Ministère public du canton du Jura (ci-après: le Ministère public) a ouvert, le 6 mai 2020, une instruction pénale contre A._ pour contrainte, utilisation abusive d'une installation de télécommunication et infraction à la LCR. Il lui est reproché de s'être rendu pratiquement tous les vendredis, samedis et dimanches soir devant le domicile de la plaignante (son épouse dont il est séparé depuis novembre 2017), dans le but de la contraindre à sortir de chez elle pour pouvoir parler avec elle et lui demander encore une chance, d'avoir fait du vacarme, d'avoir frappé sans discontinuer à sa porte et d'avoir sonné à réitérées reprises, de l'avoir attendue et suivie, de s'être présenté à plusieurs reprises sur son lieu de travail, entre le 1 er novembre 2017 et le 26 août 2019.
Par décision du 5 juin 2020, le Juge des mesures de contrainte du canton du Jura a imposé au prénommé sept mesures de substitution à la détention provisoire pour une durée de six mois (interdiction de prendre contact avec la plaignante sous quelque forme que ce soit; interdiction de la suivre dans ses déplacements; interdiction d'attendre notamment aux abords de son domicile ou de son lieu de travail; interdiction de se rendre au Mc Donald's à U._; interdiction de poster sur les réseaux sociaux des textes, images, photos concernant la plaignante; interdiction de l'importuner de toute autre manière; obligation de s'éloigner s'il la croise par hasard).
Le 29 septembre 2020, l'instruction pénale a été étendue pour des faits constitutifs de viol, de menaces, de lésions corporelles simples et de séquestration. Il est notamment reproché au prénommé d'avoir violé son épouse à cinq reprises en 2016, de lui avoir dit "si tu me quittes, je te tue" à deux ou trois reprises en 2017 et de lui avoir, le 3 septembre 2016, à la suite d'une dispute débutée dans le garage, donné des coups de pied dans les jambes, de l'avoir traînée dans la chambre à coucher et de l'y avoir enfermée, celle-ci ayant finalement pu s'échapper par la fenêtre. Le 29 septembre 2020, A._ a été placé en détention provisoire, en raison des risques de réitération et de passage à l'acte. Le 30 septembre 2020, le Ministère public a requis la mise en détention provisoire de A._ pour une durée de trois mois.
Par décision du 1 er octobre 2020, le Juge des mesures de contrainte a ordonné la libération immédiate du prénommé assortie de dix mesures de substitution (aux sept mesures ordonnées le 5 juin 2020 s'ajoutent: obligation de poursuivre son suivi médical auprès du Dr C._ qui produira un rapport médical aux autorités pénales dans le délai d'un mois; obligation de prendre rendez-vous jusqu'au 9 octobre 2020 avec le Service de la probation; charger le Service de probation de surveiller la bonne exécution des mesures de substitution et faire un rapport immédiatement à la direction de la procédure en cas de non-respect des rendez-vous, d'interruption de la thérapie ou en cas de tout autre événement notable et d'adresser un rapport à la direction de la procédure après un délai d'un mois).
Le Ministère public a déposé un recours contre cette décision auprès de la Chambre pénale des recours du Tribunal cantonal du canton du Jura (ci-après: le Tribunal cantonal). Par décision du 9 octobre 2020, celle-ci a ordonné la mise en détention provisoire du prévenu pour une durée de trois mois, soit jusqu'au 29 décembre 2020. En substance, la cour cantonale a considéré que les charges étaient suffisantes, que des risques de collusion, de récidive et de passage à l'acte existaient qu'aucune mesure de substitution ne pouvait pallier et que le principe de la proportionnalité était respecté.
B.
Agissant par la voie du recours en matière de droit pénal, A._ demande principalement au Tribunal fédéral d'annuler la décision du 9 octobre 2020 et d'ordonner sa mise en liberté immédiate. Il conclut subsidiairement à sa mise en liberté assortie de onze mesures de substitution (aux dix mesures ordonnées le 1 er octobre 2020 s'ajoute l'obligation de suivre une thérapie auprès du Service pour les auteurs-e-s de violence conjugale SAVC à Marin). Il sollicite, à titre encore plus subsidiaire, le renvoi de la cause au Tribunal cantonal ou au Tribunal de première instance pour nouvelle décision au sens des considérants. Il requiert aussi l'assistance judiciaire.
Le Tribunal cantonal conclut au rejet du recours, tandis que Ministère public ne s'exprime pas sur le recours. Le recourant a renoncé à formuler des observations complémentaires, par courrier du 23 novembre 2020.

Considérant en droit :
1.
Le recours en matière pénale (<ref-law>) est ouvert contre une décision relative à la détention provisoire ou à la détention pour des motifs de sûreté au sens des <ref-law>. Selon l'art. 81 al. 1 let. a et b ch. 1 LTF, le recourant, prévenu détenu, a qualité pour recourir. Le recours a été formé en temps utile (<ref-law>) contre une décision prise en dernière instance cantonale (<ref-law>) et les conclusions présentées sont recevables au regard de l'<ref-law>. Il y a donc lieu d'entrer en matière.
2.
Le recourant conteste l'existence de forts soupçons à son encontre, justifiant sa mise en détention.
2.1. Une mesure de détention provisoire ou pour des motifs de sûreté n'est compatible avec la liberté personnelle (art. 10 al. 2 Cst. et 5 CEDH) que si elle repose sur une base légale (art. 31 al. 1 et 36 al. 1 Cst.), soit en l'espèce l'<ref-law>. Elle doit en outre correspondre à un intérêt public et respecter le principe de la proportionnalité (art. 36 al. 2 et 3 Cst.; art. 212 al. 3 et 237 al. 1 CPP). Pour que tel soit le cas, la privation de liberté doit être justifiée par les besoins de l'instruction, un risque de fuite ou un danger de collusion ou de réitération (cf. art. 221 al. 1 let. a, b et c CPP).
Préalablement à ces conditions, il doit exister des charges suffisantes, soit de sérieux soupçons de culpabilité, à l'égard de l'intéressé (<ref-law>; art. 5 par. 1 let. c CEDH), c'est-à-dire des raisons plausibles de le soupçonner d'avoir commis une infraction. Il n'appartient cependant pas au juge de la détention de procéder à une pesée complète des éléments à charge et à décharge et d'apprécier la crédibilité des personnes qui mettent en cause le prévenu. Il doit uniquement examiner s'il existe des indices sérieux de culpabilité justi-fiant une telle mesure. L'intensité des charges propres à motiver un maintien en détention préventive n'est pas la même aux divers stades de l'instruction pénale; si des soupçons, même encore peu précis, peuvent être suffisants dans les premiers temps de l'enquête, la perspective d'une condamnation doit apparaître vraisemblable après l'accomplissement des actes d'instruction envisageables (<ref-ruling> consid. 3.1 et 3.2 p. 318).
2.2. En l'occurrence, le Tribunal cantonal a d'abord résumé les déclarations de la plaignante entendue par le Ministère public le 5 juin 2020: elle avait alors reproché au recourant de s'être rendu pratiquement tous les vendredis, samedis et dimanches soir devant son domicile, dans le but de la contraindre à sortir de chez elle pour pouvoir parler avec elle et lui demander encore une chance, d'avoir fait du vacarme, d'avoir frappé sans discontinuer à sa porte et d'avoir sonné à réitérées reprises, de l'avoir attendue et suivie, de s'être présenté plusieurs fois sur son lieu de travail, entre le 1 er novembre 2017 et le 26 août 2019. Lors de la deuxième audition, le 28 septembre 2020, la plaignante a fait grief au prénommé de l'avoir violée à cinq reprises en 2016, de lui avoir dit "si tu me quittes, je te tue" à deux ou trois reprises en 2017 et de lui avoir, le 3 septembre 2016, à la suite d'une dispute débutée dans le garage, donné des coups de pied dans les jambes, de l'avoir traînée dans la chambre à coucher et de l'y avoir enfermée (elle a précisé avoir finalement pu s'échapper par la fenêtre).
Le Tribunal cantonal a ensuite exposé que le prévenu contestait tous les faits qui lui étaient reprochés. La cour cantonale a retenu qu'il ne lui appartenait pas d'apprécier les déclarations opposées de la plaignante et du recourant; il n'en demeurait pas moins que trois certificats médicaux corroboraient la version de la plaignante; le premier certificat, établi le 5 septembre 2016 par l'Hôpital de Zurich, attestait la présence d'hématomes douloureux au bras droit et aux jambes de la plaignante le 3 septembre 2016 (la plaignante avait déclaré qu'à cette date le prévenu lui avait donné des coups de pied forts au bas des jambes); dans le deuxième certificat médical, daté du 9 juillet 2020 et émanant de la Clinique psychiatrique universitaire de Bâle, le médecin posait le diagnostic de trouble de stress post-traumatique et d'épisode dépressif modéré avec syndrome somatique; le troisième certificat médical daté du 14 septembre 2020 confirmait ce diagnostic.
Le Tribunal cantonal a ensuite souligné qu'il n'était pas insolite, s'agissant en particulier d'infractions contre l'intégrité sexuelle, qu'une victime ne dévoile pas d'emblée les infractions commises à son préjudice, en raison notamment de sa gêne, voire de l'existence d'une certaine soumission de sa part, telle que cela semblait résulter des faits en question.
Le recourant avance quant à lui que les charges reposent essentiellement sur les déclarations de la plaignante, avec laquelle il entretient une relation conflictuelle depuis leur séparation. Il soutient que les certificats médicaux versés au dossier ne permettent pas de relier le recourant aux faits qui lui sont reprochés; en particulier le certificat du 9 juillet 2020 rapporte uniquement les faits décrits par la plaignante (discours indirect et emploi du Konditional 1de la langue allemande) et intervient quatre ans après les faits reprochés au recourant. Il relève aussi que les déclarations faites par la plaignante sont contradictoires et fluctuantes, s'agissant des violences conjugales dont elle aurait été victime: le certificat médical du 9 juillet 2020 fait état de violence d'une à deux fois par semaine alors que lors de son audition du 28 septembre 2020, elle a estimé ces prétendues violences à deux ou trois fois par an.
Partant, le recourant perd de vue qu'il n'appartient pas au juge de la détention provisoire d'examiner en détail ces considérations de fait, pas plus que de procéder à une appréciation complète des éléments à charge et à décharge; il lui incombe uniquement de vérifier, sous l'angle de la vraisemblance, que le maintien en détention avant jugement repose sur des indices de culpabilité suffisants. Or, à ce stade initial de l'enquête, il peut encore être admis que ces éléments constituent des indices suffisants à l'encontre du prévenu s'agissant des actes de contrainte exercés par le prévenu, des lésions corporelles à l'égard de la plaignante et, dans une moindre mesure, des viols, étant rappelé que c'est au juge du fond et non à celui de la détention qu'il incombera de résoudre définitivement les questions de qualification juridique des faits poursuivis, d'apprécier la culpabilité de l'intéressé ainsi que la valeur probante des différentes déclarations. Cela vaut particulièrement dans une situation comme celle-ci de "déposition contre déposition" ("Aussage gegen Aussage"), dans laquelle les déclarations du recourant et de la plaignante représentent un moyen de preuve dont la connaissance directe par le tribunal apparaît nécessaire au prononcé du jugement, au sens de l'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 4.4.3 p. 200; arrêt 1B_352/2016 du 13 octobre 2016 consid. 2.2).
Vu ces éléments, l'appréciation de la cour cantonale selon laquelle il existerait de forts soupçons à l'encontre du prévenu ne viole pas l'<ref-law>.
3.
Le recourant reproche ensuite au Tribunal cantonal d'avoir retenu l'existence d'un risque de collusion au sens de l'<ref-law>.
3.1. Pour retenir l'existence d'un risque de collusion au sens de l'<ref-law>, l'autorité doit démontrer que les circonstances particulières du cas d'espèce font apparaître un danger concret et sérieux de manoeuvres propres à entraver la manifestation de la vérité, en indiquant, au moins dans les grandes lignes et sous réserve des opérations à conserver secrètes, quels actes d'instruction elle doit encore effectuer et en quoi la libération du prévenu en compromettrait l'accomplissement. Dans cet examen, entrent en ligne de compte les caractéristiques personnelles du détenu, son rôle dans l'infraction ainsi que ses relations avec les personnes qui l'accusent. Entrent aussi en considération la nature et l'importance des déclarations, respectivement des moyens de preuves susceptibles d'être menacés, la gravité des infractions en cause et le stade de la procédure (<ref-ruling> consid. 4.2 p. 127 s.; <ref-ruling> consid. 3.2 p. 23 s. et les références citées). Plus l'instruction se trouve à un stade avancé et les faits sont établis avec précision, plus les exigences relatives à la preuve de l'existence d'un risque de collusion sont élevées (<ref-ruling> consid. 4.2 p. 128; <ref-ruling> consid. 3.2.2 p. 24).
3.2. En l'espèce, la cour cantonale a retenu l'existence d'un risque de collusion au motif que l'enquête n'en était qu'à ses débuts s'agissant des soupçons de viols, et que de nombreuses personnes devaient être entendues. Elle n'a toutefois pas précisé quelles étaient les personnes à auditionner. Elle a estimé qu'il existait un risque que le prévenu puisse influencer ces personnes, vu sa personnalité et son comportement tels qu'ils ressortaient du dossier.
Par trop succinct, un tel raisonnement en reste au stade des hypothèses et ne met pas en avant un risque concret et sérieux de collusion. Le Ministère public lui-même n'a d'ailleurs pas retenu un tel risque puisqu'il a déjà entendu la plaignante et le recourant. En outre, si les parents et le frère du recourant doivent être entendus, les déclarations de la plaignante, lors de son audition du 28 septembre 2020, permettent d'exclure tout risque de collusion. En effet, la plaignante a précisé, à propos de ses accusations de viol et de lésions corporelles, que "les beaux-parents n'étaient pas présents" (procès-verbal d'audition du 28 septembre 2020, ligne 43), que "ça se passait un week-end quand les beaux-parents n'étaient pas là" (lignes 56 et 57) et que "le frère de mon mari [qui vivait aussi au domicile de ses beaux-parents] n'a jamais été témoin des actes de violence subies" (lignes 187 et 188).
S'ajoute à cela que la plainte pénale a été déposée le 26 août 2019 et qu'à ce moment-là le journal intime de la plaignante - duquel il ressort qu'elle a été " zum Sex gezwungen " (pièce A1.19) - a été produit au dossier. Le recourant, qui a eu accès au dossier, a ainsi déjà pris connaissance des accusations de viol portées à son encontre en 2019. Il a dès lors déjà eu tout loisir de s'entretenir notamment avec ses parents et son frère sur les faits en question.
Dans ces circonstances particulières, il paraît difficile de retenir un risque de collusion, plus d'une année après le dépôt de la plainte.
4.
Le recourant met aussi en cause l'existence de risques de récidive et de passage à l'acte.
4.1. Pour admettre un risque de récidive au sens de l'art. 221 al. 1 let. c CPP, les infractions redoutées, tout comme les antécédents, doivent être des crimes ou des délits graves. Ce sont en premier lieu les infractions contre l'intégrité corporelle et sexuelle qui sont visées (<ref-ruling> consid. 2.3.1 p. 13). Plus l'infraction et la mise en danger sont graves, moins les exigences sont élevées quant au risque de réitération. Il demeure qu'en principe le risque de récidive ne doit être admis qu'avec retenue comme motif de détention. Dès lors, un pronostic défavorable est nécessaire pour admettre l'existence d'un tel risque (<ref-ruling> consid. 2.9 p. 17). Pour établir le pronostic de récidive, les critères déterminants sont la fréquence et l'intensité des infractions poursuivies. Cette évaluation doit prendre en compte une éventuelle tendance à l'aggravation telle qu'une intensification de l'activité délictuelle, une escalade de la violence ou une augmentation de la fréquence des agissements. Les caractéristiques personnelles du prévenu doivent en outre être évaluées (<ref-ruling> consid. 2.3.2 p. 13; <ref-ruling> consid. 3.2 p. 86).
Bien qu'une application littérale de l'art. 221 al. 1 let. c CPP suppose l'existence d'antécédents, le risque de réitération peut aussi être admis dans des cas particuliers alors qu'il n'existe qu'un antécédent, voire aucun dans les cas les plus graves. La prévention du risque de récidive doit en effet permettre de faire prévaloir l'intérêt à la sécurité publique sur la liberté personnelle du prévenu (<ref-ruling> consid. 3 et 4 p. 18). Le risque de récidive peut également se fonder sur les infractions faisant l'objet de la procédure pénale en cours, si le prévenu est fortement soupçonné de les avoir commises (<ref-ruling> consid. 2.3.1 p. 12).
4.2. En l'espèce, il convient d'examiner le risque de récidive en deux temps. En premier lieu, s'agissant des infractions de contrainte et d'utilisation abusive d'un téléphone, il y a lieu de prendre en compte le fait qu'elles se sont produites à de nombreuses reprises sur une longue période et à différents endroits. Il n'est donc pas possible, à ce stade, d'écarter tout risque de récidive à l'encontre de la victime; il y a en effet lieu de craindre que le prévenu cherche à nouveau à importuner la plaignante et qu'il commette des infractions du même genre, s'il se trouve en liberté.
En second lieu, s'agissant des infractions de séquestration, de viol et de lésions corporelles simples, il faut relever que les infractions dénoncées datent de 2016. S'ajoute à cela que le prévenu a un casier judiciaire vierge et ne fait état d'aucun épisode de violence physique ou de viol. De plus, il n'est pas contesté que le recourant a respecté les mesures de substitution ordonnées le 5 juin 2020 et qu'il n'a pas repris contact avec la plaignante. La plaignante reconnaît elle-même que depuis le 5 juin 2020 le recourant ne l'a plus importunée. Le Ministère public admet aussi, dans sa prise de position du 1er octobre 2020, que "dans la mesure où le harcèlement a cessé depuis de nombreux mois, on doit admettre que des mesures de substitution pouvaient suffire à la lecture des faits reprochés au prévenu en juin 2020". Quant aux caractéristiques personnelles du prévenu, la cour cantonale a retenu que le recourant avait rencontré une nouvelle amie et souhaitait se marier avec elle en 2021. Ainsi, comme l'a jugé le Juge des mesures de contrainte, à mesure que le recourant entretient une nouvelle relation amoureuse, aucun élément au dossier ne permet de retenir qu'il y a un risque qu'il cherche à s'en prendre physiquement et sexuellement à son ancienne épouse. S'ajoute à cela que le Tribunal cantonal a aussi souligné que le recourant travaillait comme polisseur dans une entreprise jurassienne depuis 6 ans. A cet égard, le recourant explique, pièce à l'appui, que depuis son arrestation, son employeur a été contraint de mettre un terme provisoire à ses rapports de travail mais qu'il reste disposé à le réengager une fois qu'il sera remis en liberté. Or l'exercice d'une activité professionnelle n'est de loin pas dénuée de toute pertinence pour réduire le risque de la commission de nouvelle infraction (arrêt 1B_48/2020 du 13 février 2020 consid. 2.4).
Il résulte de ce qui précède qu'aucune tendance à l'aggravation telle une intensification de l'activité délictuelle peut être constatée. Par conséquent, la cour cantonale ne peut être suivie lorsqu'elle soutient qu'il peut être raisonnablement redouté que le prévenu soit susceptible de s'en prendre à nouveau à l'intégrité physique et sexuelle de la plaignante, l'enquête ne faisant que débuter. Dans les circonstances particulières de la présente cause, la seule aggravation des charges retenues à l'encontre du recourant en septembre 2020 (pour des faits qui se sont passés en 2016) ne suffit pas à retenir un risque de récidive pour les infractions de séquestration, de viol et de lésions corporelles simples.
Vu ces nombreux éléments, et sauf à violer le principe de proportionnalité, un motif de détention, pour les infractions de séquestration, de viol et de lésions corporelles simples, ne saurait pas non plus résulter du seul fait qu'une expertise psychiatrique est attendue. L'argument du Tribunal cantonal selon lequel la détention provisoire peut se prolonger jusqu'au dépôt de l'expertise psychiatrique - que le Ministère public a ordonnée le 28 octobre 2020 - afin de mieux cerner la personnalité du prévenu, ne saurait être suivi.
En définitive, l'intensité du risque de récidive retenu pour les infractions de contrainte et d'utilisation abusive du téléphone peut être qualifiée de modérée et ne permet pas de justifier le maintien du recourant en détention provisoire. Par conséquent, la mise en place de mesures de substitution constitue, comme relevé ci-après (consid. 5), des garanties suffisantes pour préserver la sécurité d'autrui.
4.3. S'agissant du risque de passage à l'acte, l'<ref-law> permet d'ordonner la détention lorsqu'il y a lieu de craindre un passage à l'acte, même en l'absence de toute infraction préalable. Il doit s'agir d'un crime grave et non seulement d'un délit (<ref-ruling> consid. 5 p. 129). Il convient de faire preuve de retenue dans l'admission de ce risque et ne l'admettre que lorsque le pronostic est très défavorable. Il n'est toutefois pas nécessaire que la personne soupçonnée ait déjà pris des dispositions concrètes pour passer à l'exécution des faits redoutés. Il suffit que le passage à l'acte apparaisse comme hautement vraisemblable sur la base d'une appréciation globale de la situation personnelle de l'intéressé et des circonstances. En particulier en cas de menace d'infractions violentes, on doit prendre en considération l'état psychique de la personne soupçonnée, son imprévisibilité ou son agressivité (<ref-ruling> consid. 2.1.1 p. 21; <ref-ruling> consid. 5 p. 129). Plus l'infraction redoutée est grave, plus la mise en détention se justifie lorsque les éléments disponibles ne permettent pas une évaluation précise de ce risque (<ref-ruling> consid. 2.1.1 p. 22).
En l'espèce, la cour cantonale a retenu, pour les mêmes motifs que pour le risque de récidive, que le risque de passage à l'acte devait être considéré, en l'état, l'enquête ne faisant que débuter, comme hautement vraisemblable. Comme le Juge des mesures de contrainte, il convient cependant de relever que les menaces de mort prétendument proférées par le prévenu datent de 2017; par ailleurs, le risque que le recourant - en raison d'un comportement inadéquat - perde son emploi et qu'il ne puisse pas concrétiser ses nouveaux projets de mariage sont des éléments laissant à penser au contraire que l'hypothèse d'un passage à l'acte n'est pas vraisemblable. Ainsi, vu la situation personnelle de l'intéressé et les circonstances particulières du cas d'espèce, on ne saurait retenir un risque de passage à l'acte, ce d'autant moins que le juge de la détention s'impose une retenue dans l'admission de ce risque.
5.
Le recourant se plaint enfin d'une violation du principe de la proportionnalité. Il soutient que les mesures de substitution qu'il a proposées permettraient d'écarter le risque de récidive, ce d'autant plus qu'elles ont déjà prouvé leur efficacité depuis leur instauration le 5 juin 2020.
5.1. Conformément au principe de la proportionnalité (art. 36 al. 3 Cst.), il convient d'examiner les possibilités de mettre en oeuvre d'autres solutions moins dommageables que la détention (règle de la nécessité). Cette exigence est concrétisée par l'<ref-law>, qui prévoit que le tribunal compétent ordonne une ou plusieurs mesures moins sévères en lieu et place de la détention provisoire ou de la détention pour des motifs de sûreté si ces mesures permettent d'atteindre le même but que la détention. Selon l'art. 237 al. 2 let. f CPP, font notamment partie des mesures de substitution, l'interdiction de se rendre dans un certain lieu ou un certain immeuble (let. c), l'obligation de se présenter régulièrement à un service administratif (let. d), l'obligation d'avoir un travail régulier (let. e), l'obligation de se soumettre à un traitement médical ou à des contrôles (let. f) et/ou l'interdiction d'entretenir des relations avec certaines personnes (let. g). Cette liste est exemplative et le juge de la détention peut également, le cas échéant, assortir les mesures de substitution de toute condition propre à en garantir l'efficacité (<ref-ruling> consid. 2.1 p. 370).
Conformément à l'<ref-law>, le tribunal peut en tout temps révoquer les mesures de substitution, en ordonner d'autres ou prononcer la détention provisoire ou la détention pour des motifs de sûreté si des faits nouveaux l'exigent ou si le prévenu ne respecte pas les obligations qui lui ont été imposées. Dans ces deux cas, de nouveaux développements sont nécessaires (arrêt 1B_173/2013 du 29 mai 2013 consid. 4.2).
5.2. En l'espèce, le Tribunal cantonal a considéré que les mesures de substitution telles qu'ordonnées par le Juge des mesures de contrainte le 1er octobre 2020 et celles proposées par le recourant n'étaient pas à même d'éviter le risque de récidive.
Cette appréciation ne saurait être partagée. En effet, en juin 2020, le Ministère public avait considéré que vu la gravité des infractions reprochées de contrainte et d'utilisation abusive du téléphone et le risque de récidive, des mesures de substitution étaient aptes à pallier ce risque. Aucune infraction nouvelle n'est survenue depuis l'instauration des mesures de substitution le 5 juin 2020. Au contraire, le recourant n'a contrevenu à aucune des mesures qui lui étaient imposées. Comme les faits dénoncés par la plaignante en septembre 2020 remontent - pour autant qu'ils aient été commis - à plusieurs années, ils ne permettent pas, à eux seuls, de justifier une révocation des mesures de substitution et une mise en détention provisoire, ce d'autant moins que le recourant n'a pas d'antécédent.
Dans ce contexte, il faut admettre que, sous réserve des conclusions qui pourraient ressortir de l'expertise psychiatrique, le prononcé de mesures de substitution, tel qu'ordonné le 1er octobre 2020, est suffisamment apte à préserver la sécurité d'autrui et ainsi réduire le risque de récidive retenu, tout en respectant le principe de la proportionnalité.
6.
Il s'ensuit que le recours doit être admis. La décision du Tribunal cantonal du 9 octobre 2020 est annulée. Sous réserve de l'existence d'un autre titre de détention, la libération immédiate du recourant, assortie des mesures de substitution à la détention provisoire prononcées par le Juge des mesures de contrainte dans sa décision du 1 er octobre 2020, est ordonnée, à charge du Ministère public d'organiser sans délai les modalités de celle-ci. Il convient encore d'attirer avec la plus grande fermeté l'attention du recourant sur le fait que, s'il ne respecte pas les obligations qui lui ont été imposées par le Juge des mesures de contrainte, celui-ci pourra, le cas échéant, révoquer les mesures de substitution dont il bénéficie et ordonner sa mise en détention (<ref-law>).
Conformément à l'<ref-law>, une copie du présent arrêt sera communiquée à la partie plaignante (cf. <ref-ruling> consid. 5 p. 127 s.; FRANÇOIS CHAIX, in Commentaire romand, Code de procédure pénale suisse, 2e éd. 2019, n. 14-16 ad <ref-law>; ULRICH WEDER, in Donatsch/Lieber/Summers/Wohlers [éd.], Kommentar zur Schweizerischen Strafprozessordnung, 3e éd. 2020, n. 32 ad <ref-law>).
7.
Le recourant, qui obtient gain de cause avec l'assistance d'un avocat, a droit à des dépens pour les procédures fédérale et cantonale, à la charge du canton du Jura (art. 68 al. 1 et 5 LTF). Dans ces conditions, sa demande d'assistance judiciaire pour la présente procédure est sans objet. Il n'y a pas lieu de percevoir des frais judiciaires pour les procédures fédérale et cantonale (art. 66 al. 4 et 67 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est admis. La décision du 9 octobre 2020 de la Chambre pénale des recours du Tribunal cantonal jurassien est annulée.
2.
La libération immédiate du recourant, assortie des mesures de substitution à la détention provisoire prononcées par le Juge des mesures de contrainte dans sa décision du 1 er octobre 2020, est ordonnée, à charge du Ministère public d'organiser sans délai les modalités de celle-ci.
3.
Une indemnité de dépens de 2'500 fr. est allouée au mandataire du recourant pour les procédures fédérale et cantonale à la charge du canton du Jura.
4.
Il n'est pas perçu de frais judiciaires pour les procédures fédérale et cantonale.
5.
Le présent arrêt est communiqué au mandataire du recourant, au Ministère public du canton du Jura et à la Chambre pénale des recours du Tribunal cantonal du canton du Jura ainsi qu'au Juge des mesures de contrainte du canton du Jura et au mandataire de B._.
Lausanne, le 2 décembre 2020
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Chaix
La Greffière : Tornay Schaller