Faits :
A.
A.a. X._ SA, Y._ SA et Z._ S.A. sont les promotrices d'un immeuble sis à... dans le canton de Neuchâtel. Agissant en société simple comme entreprise générale (ci-après: l'entreprise générale), elles ont adjugé à U._ - U1._ (ci-après: l'entrepreneur) - entreprise individuelle spécialisée dans le revêtement de sol, en particulier la pose de carrelage - les travaux liés au relèvement des balcons et terrasses de l'immeuble. Ces travaux, qui devaient initialement être réalisés au mois d'octobre 2011, ont finalement été exécutés au printemps 2012.
Le 7 mai 2012, l'entreprise générale a indiqué à l'entrepreneur avoir constaté des défauts affectant notamment les joints extérieurs des balcons. Le 31 août 2012, elle a invité l'entrepreneur à remettre en état les balcons, à ses frais; elle a renouvelé cette demande les 22 mars et 4 juin 2013.
A.b. L'entreprise générale a sollicité en juillet 2013 une expertise technique privée auprès de l'Association suisse du carrelage (ASC), pour expliquer notamment le décollement du carrelage observé et contrôler si le choix de celui-ci était adapté. Il ressort du rapport d'expertise privée établi par L._, expert reconnu ASC, que le désordre dû au décollement a été causé par plusieurs facteurs, comme l'exposition et la grandeur de l'objet extérieur, le choix de la couleur et du format des carreaux, la section des joints et le manque de joints de dilatation. En outre, l'entrepreneur n'avait pas suivi les préconisations de pose assurant un travail dans les règles de l'art de la profession de carreleur. L'expert privé a estimé le coût des travaux de réfection à 78'000 fr. TTC.
A.c. L'entrepreneur a contesté sa responsabilité pour les défauts allégués. Il a exposé que les matériaux utilisés lors de la réalisation des travaux avaient été commandés et fournis par l'entreprise générale sans qu'il ait eu le moindre mot à dire. Celle-ci avait aussi choisi la manière de poser le carrelage. Au début de l'année 2012, l'entrepreneur avait signalé à l'entreprise générale le caractère inapproprié des matériaux ainsi que du procédé imposés, mais celle-ci avait refusé de tenir compte de ces avertissements et avait exigé la pose du carrelage. En outre, les échafaudages permettant l'accès aux balcons par l'extérieur avaient été enlevés prématurément, de sorte qu'il lui avait été impossible d'effectuer les travaux restants. Dès lors, les éventuels dégâts, causés par des infiltrations d'eau dues à l'absence de joints des têtes de dalles des balcons, étaient selon lui exclusivement dus aux matériaux ainsi qu'à la méthode imposés par l'entreprise générale, ainsi qu'au démontage prématuré des échafaudages décidé par celle-ci.
Le 23 août 2013, l'entrepreneur a fait notifier à l'entreprise générale un commandement de payer pour un montant de 20'000 fr., correspondant au solde ouvert de sa dernière facture, auquel l'entreprise générale a fait opposition totale.
Le 26 septembre 2013, l'entreprise générale a fait notifier à l'entrepreneur un commandement de payer de 150'000 fr. Cet acte a été frappé d'opposition totale.
B.
B.a. Le 30 avril 2014, X._ SA, Y._ SA et Z._ S.A. ont saisi le Tribunal régional du Littoral et du Val-de-Travers d'une demande tendant, sous suite de frais et dépens, au paiement par U._ de la somme de 78'203 fr. plus intérêts à 5% l'an dès le 9 septembre 2013 sur la somme de 78'000 fr., ainsi qu'à la mainlevée définitive de l'opposition totale formée au commandement de payer dans la poursuite introduite le 26 septembre 2013 à hauteur de 78'203 fr. plus intérêts.
Par mémoire du 16 juillet 2014, U._ a déposé une réponse et une demande reconventionnelle par laquelle il a conclu, sous suite de frais et dépens, au rejet de la demande et à la condamnation des demanderesses à lui payer le solde ouvert de sa dernière facture, soit 20'000 fr., avec intérêts à 5% dès le 15 juillet 2012.
Les demanderesses ont conclu au rejet de la conclusion reconventionnelle prise par le défendeur.
Le 16 novembre 2015, U._ a informé le tribunal que la société A._ Sàrl (ci-après: la défenderesse ou l'entrepreneur), ayant son siège à... (NE), avait repris l'ensemble des actifs et passifs de sa raison individuelle. Le juge instructeur a pris acte de la substitution de partie.
Le 25 janvier 2016, les demanderesses ont augmenté leurs conclusions à 102'034 fr. 95, en produisant deux factures établies par l'entrepreneur de substitution B._ & Cie, auquel elles avaient fait appel pour procéder aux travaux de réfection.
Le 17 février 2016, soit après l'ouverture des débats principaux, elles ont à nouveau amplifié leurs conclusions.
B.b. Dans le cadre de la procédure probatoire, le tribunal a procédé à l'interrogatoire des parties ainsi qu'à l'audition de cinq témoins; une expertise judiciaire a été mise en oeuvre.
B.b.a. L'instruction a permis d'établir que l'entreprise générale avait fourni les carrelages à l'entrepreneur, lequel avait cependant commandé et fourni le matériel de pose.
L'entrepreneur a allégué avoir signalé à l'entreprise générale, notamment à M._, dessinateur architecte employé par Y._ SA, le caractère inapproprié des matériaux fournis. Il a offert de prouver cette allégation par l'audition des parties, par témoins et par l'expertise judiciaire.
Seul le témoin O._, employé de U._, a indiqué que son patron l'avait informé qu'il avait eu des discussions, auxquelles ce témoin n'avait pas assisté, au sujet de la technique de pose et du matériel à utiliser. La défenderesse n'avait pas été d'accord avec ce que voulaient les demanderesses, composées d'architectes, mais celles-ci lui avaient demandé d'effectuer le travail sans discuter.
Les parties et les autres témoins ne sont pas revenus sur le choix du carrelage. Le témoin M._ a déclaré qu'il ne savait pas qui avait opéré le choix du carrelage sur les balcons mais qu'en général cette décision émanait des clients. L'expert judiciaire a précisé qu'un carreleur devait refuser de débuter l'ouvrage s'il ne voulait pas voir sa responsabilité engagée lorsque l'environnement qui lui était proposé et les moyens à sa disposition ne lui convenaient pas. Quant à L._, il a notamment déclaré: « En principe, c'est au carreleur de déterminer si un carrelage est adéquat et quels joints sont nécessaires. Si l'architecte demande autre chose, il doit dire non. »
B.b.b. L'entrepreneur a également allégué que l'entreprise générale lui avait imposé le mode de faire. Il lui avait signalé que cette méthode était inappropriée, notamment s'agissant des pentes à créer au moyen de colle seulement. Il a offert de prouver cette allégation par l'audition des parties, par témoins et par l'expertise judiciaire.
N._, administrateur de Y._ SA, interrogé en qualité de partie, et le témoin M._, employé de la société précitée, ont tous deux indiqué ne pas avoir donné d'instructions à la défenderesse concernant la manière d'améliorer la pente du balcon ou la taille des joints de carrelage.
Entendu en qualité de partie, U._, associé gérant de la défenderesse, a notamment déclaré ce qui suit: « L'entreprise C._ s'est déplacée pour constater qu'aucune pente n'était faite sur les balcons. Aucun balcon n'avait de pente. C'est M. N._ qui nous a dit de faire les pentes à la colle. Je lui ai dit que les pentes se faisaient en principe avec un produit de réagréage. Aucun budget n'avait été prévu pour cela. Les pentes des balcons du haut ont été faites au mortier, ceux du bas à la colle. » Il a ajouté ce qui suit: « On nous a toujours demandé des petits joints. Nous avons toujours eu cette façon de faire. Je n'ai pas rendu attentif le maître d'ouvrage sur la nécessité d'utiliser des joints plus épais (...). En 2011, je ne savais pas qu'il fallait mettre des joints de dilatation tous les 2 mètres (...). La direction des travaux ne nous a jamais demandé pourquoi nous ne mettions pas des joints de dilatation tous les deux mètres. »
Les témoins O._ et P._ ont déclaré qu'ils avaient reçu des instructions selon lesquelles ils devaient créer les pentes avec de la colle, mais ils n'ont pas indiqué qui avait pris cette décision. O._ a bien rapporté que la défenderesse avait eu des discussions avec les demanderesses au sujet de la technique de pose, mais il n'y avait pas assisté.
Selon l'expert privé L._, la section des joints et le manque de joints de dilatation étaient aussi des facteurs qui avaient causé le désordre dû au décollement. L'expert judiciaire a confirmé l'appréciation de l'expert privé L._ selon laquelle les joints devaient mesurer au moins 5 millimètres alors que la largeur de ceux posés sur les balcons était de 3 millimètres.
B.b.c. L'entrepreneur a enfin allégué avoir averti l'entreprise générale qu'il lui était impossible de protéger les têtes de dalles des balcons en l'absence d'échafaudages; il en aurait notamment informé M._. Il a offert de prouver ces allégations par l'audition des parties, par témoins et par l'expertise judiciaire.
Lors de son interrogatoire, U._ a notamment déclaré ce qui suit: « Nous n'avions pas besoin d'échafaudages pour la pose du carrelage mais seulement pour la finition des têtes de dalles. Pendant les séances de chantier, j'ai informé M. M._ que nous avions besoin d'un échafaudage pour finir les têtes de dalles. Je précise que le carrelage a bien été posé avec un double encollage. Il faut de toute façon intervenir sur les têtes de dalles pour les finitions. »
Le témoin M._ a exposé que les échafaudages avaient été enlevés avant la remise des clés, qu'il y avait un planning et des délais à tenir et qu'il ne se souvenait pas de discussions avec la défenderesse concernant les échafaudages. Les autres témoins n'ont pas indiqué avoir informé l'entreprise générale de la nécessité d'avoir des échafaudages ou une nacelle pour exécuter correctement l'ouvrage sur les balcons.
Lors de son interrogatoire, N._ a notamment fait les déclarations suivantes: « En ce qui concerne les échafaudages, ils ont été retirés en novembre 2011 et l'entreprise défenderesse a posé le carrelage sur les balcons au printemps 2012. Elle ne nous a jamais dit qu'elle avait besoin d'échafaudage pour ces travaux. Ce n'est qu'après que nous ayons (sic) fait valoir la garantie que l'entreprise a parlé des échafaudages. »
Les échafaudages ont été démontés le 14 novembre 2011. Les procès-verbaux de chantier ne font aucune référence à la nécessité d'un échafaudage ou d'une nacelle pour la finition des têtes de dalles, étant précisé que le procès-verbal du 8 mai 2012 mentionne qu'il y a lieu d'effectuer les finitions des têtes des balcons et de poser le carrelage autour des écoulements. Ce n'est que dans un courrier daté du 21 juin 2013 que l'entrepreneur a expliqué à l'entreprise générale la nécessité d'un échafaudage ou d'une nacelle pour réaliser les joints de carrelage des têtes de dalles des balcons.
L'expert judiciaire a estimé que la direction des travaux devait savoir qu'un échafaudage ou une nacelle était nécessaire pour exécuter les travaux dans les règles de l'art. A près la visite des lieux du 18 janvier 2017 et compte tenu de la hauteur de l'immeuble, il estimait que, pour effectuer un travail dans les règles de l'art, les balcons devaient être libres de tout élément pouvant gêner le travail du carreleur et celui-ci devait disposer d'un échafaudage ou d'une nacelle.
B.b.d. L'expert judiciaire a indiqué que l'expertise privée L._, qui faisait état d'un devis estimatif de 78'000 fr. TTC pour les travaux de réfection, constituait un bon document de base pour calculer l'indemnisation que devait verser la défenderesse. Selon lui, il convenait de retirer du montant total ressortant de la facture établie par l'entreprise B._ & Cie pour les travaux de réfection la somme de 12'000 fr., correspondant à l'estimation de l'installation d'un échafaudage - qui n'avait pas été facturée par ladite société aux demanderesses -, pour le mettre en rapport avec le devis estimatif établi par l'expert privé L._ sans les échafaudages. Il est ainsi parvenu à un montant total de 83'758 fr. 15, soit de 90'458 fr. 80 TTC. L'expert judiciaire a précisé que ce montant prenait en compte, de manière raisonnable, les travaux supplémentaires effectués par l'entreprise B._ & Cie - en raison de son intervention dans des appartements déjà aménagés et habités - par rapport au devis estimatif établi par l'expert privé L._.
B.c. Par jugement du 25 juin 2018, le Tribunal régional du Littoral et du Val-de-Travers a déclaré irrecevables les conclusions modifiées du 17 février 2016. Il a condamné la défenderesse à verser solidairement aux demanderesses la somme de 90'458 fr. 80 avec intérêts à 5% l'an dès le 9 septembre 2013, a prononcé la mainlevée définitive de l'opposition totale formée au commandement de payer dans la poursuite initiée le 26 septembre 2013 à hauteur de 90'458 fr. 80 avec intérêts à 5% l'an dès le 9 septembre 2013 et a condamné reconventionnellement les demanderesses à payer à la défenderesse la somme de 20'000 fr.
En substance, le tribunal a estimé que la défenderesse ne pouvait pas se prévaloir du fait que les demanderesses, bien qu'actives dans la construction ou exploitant un bureau d'architecture, disposaient des qualifications requises pour le choix des carrelages. En conséquence, la défenderesse, munie d'un savoir-faire particulier de carreleur, devait donner aux demanderesses un avis formel relatif au caractère inapproprié des matériaux fournis; or, n'ayant pas démontré l'avoir fait, elle endossait la pleine responsabilité pour ce défaut. Elle n'avait pas davantage prouvé avoir reçu des instructions relatives à la manière de procéder ni avoir émis le moindre avis sur ce point, de sorte qu'elle était pleinement responsable de ce défaut. Le tribunal a considéré que l'avis de la défenderesse concernant la nécessité d'avoir des échafaudages ou une nacelle pour effectuer les finitions sur les têtes de dalles était tardif. Partant, elle ne pouvait pas se prévaloir de ces circonstances pour échapper à ses responsabilités; en outre, il lui appartenait de se procurer les échafaudages en vue d'exécuter les travaux de finition, si bien qu'elle était responsable des défauts liés, selon elle, au démontage prématuré des échafaudages. Le tribunal a retenu que les demanderesses n'avaient pas accepté les défauts et en avaient avisé en temps utile la défenderesse. Comme celle-ci ne s'était pas exécutée dans le délai imparti pour remédier aux défauts, elle devait être condamnée à payer les travaux de réfection effectués par l'entrepreneur de substitution B._ & Cie à hauteur de 90'458 fr. 80. Enfin, les demanderesses devaient verser à la défenderesse le montant de 20'000 fr. représentant le solde de sa rémunération.
B.d. Par arrêt du 4 décembre 2018, la Cour d'appel civile du Tribunal cantonal du canton de Neuchâtel a rejeté, avec suite de frais et dépens de deuxième instance, l'appel interjeté par la défenderesse contre le jugement du 25 juin 2018, qu'elle a confirmé.
C.
Par acte du 22 janvier 2019, la défenderesse a interjeté un recours en matière civile au Tribunal fédéral contre cet arrêt. Elle a conclu, avec suite de frais et dépens, principalement à sa réforme en ce sens que les conclusions principales prises par les demanderesses soient rejetées, et subsidiairement au renvoi de la cause à la cour cantonale pour nouvelle décision au sens des considérants.
Par réponse du 21 février 2019, les demanderesses ont conclu, avec suite de frais et dépens, au rejet du recours, dans la mesure de sa recevabilité, et à la confirmation de l'arrêt attaqué.
L'autorité précédente a déclaré se référer aux considérants de son arrêt.

Considérant en droit :
1.
Déposé en temps utile (art. 46 al. 1 let. c et 100 al. 1 LTF) par la défenderesse qui a succombé dans ses conclusions libératoires (<ref-law>) et dirigé contre un arrêt final (<ref-law>) rendu sur recours par le tribunal supérieur du canton (<ref-law>) dans une contestation civile pécuniaire dont la valeur litigieuse est supérieure à 30'000 fr. (art. 72 al. 1 et 74 al. 1 let. b LTF), le recours en matière civile est recevable au regard de ces dispositions.
2.
2.1. Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>). Il ne peut rectifier ou compléter les constatations de l'autorité précédente que si elles sont manifestement inexactes ou découlent d'une violation du droit au sens de l'<ref-law> (<ref-law>). "Manifestement inexactes" signifie ici "arbitraires" (<ref-ruling> consid. 2 p. 117; <ref-ruling> consid. 1.5). Encore faut-il que la correction du vice soit susceptible d'influer sur le sort de la cause (<ref-law>).
La critique de l'état de fait retenu est soumise au principe strict de l'invocation énoncé par l'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 2.3 p. 266 et les références). La partie qui entend attaquer les faits constatés par l'autorité précédente doit expliquer clairement et de manière circonstanciée en quoi ces conditions seraient réalisées (<ref-ruling> consid. 1.3.1 p. 18 et les références). Si elle souhaite obtenir un complètement de l'état de fait, elle doit aussi démontrer, par des renvois précis aux pièces du dossier, qu'elle a présenté aux autorités précédentes, en conformité avec les règles de la procédure, les faits juridiquement pertinents à cet égard et les moyens de preuve adéquats (<ref-ruling> consid. 2 p. 90). Si la critique ne satisfait pas à ces exigences, les allégations relatives à un état de fait qui s'écarterait de celui de la décision attaquée ne pourront pas être prises en considération (<ref-ruling> consid. 1.3.1 p. 18).
2.2. Le Tribunal fédéral applique d'office le droit (<ref-law>) à l'état de fait constaté dans l'arrêt cantonal. Cela n'implique pas qu'il examine toutes les questions juridiques qui pourraient se poser, à l'instar d'un juge de première instance. Eu égard à l'obligation de motiver imposée par l'<ref-law>, l'autorité de céans ne traite que les questions qui sont soulevées devant elle par les parties, à moins que la violation du droit ne soit manifeste (<ref-ruling> consid. 2 p. 116; <ref-ruling> consid. 2).
2.3. En l'espèce, la défenderesse soulève à l'encontre de l'arrêt attaqué un certain nombre de griefs tirés tant d'une constatation manifestement inexacte des faits que d'une violation du droit matériel, qu'il convient d'examiner (cf. consid. 4 infra) après avoir rappelé les principes juridiques applicables (cf. consid. 3 infra).
3.
3.1. Aux termes de l'<ref-law>, le contrat d'entreprise est un contrat par lequel une des parties (l'entrepreneur) s'oblige à exécuter un ouvrage, moyennant un prix que l'autre partie (le maître) s'engage à lui payer. La responsabilité de l'entrepreneur est soumise, de manière générale, aux mêmes règles que celle du travailleur dans les rapports de travail (<ref-law>).
3.2. Sauf usage ou convention contraire, l'entrepreneur est tenu de se procurer à ses frais les moyens, engins et outils qu'exige l'exécution de l'ouvrage (<ref-law>). Cette disposition vise avant tout les outils directement nécessaires pour l'exécution de l'ouvrage, tels que pioche, marteau, pinceau (FRANÇOIS CHAIX, in Commentaire romand, Code des obligations I, 2e éd. 2012, no 31 ad <ref-law>; PETER GAUCH, Der Werkvertrag, 5e éd. 2011, n° 70). Elle concerne également les installations temporaires comme les échafaudages (CHAIX, op. cit., no 31 ad <ref-law>; TERCIER ET ALII, Les contrats spéciaux, 5e éd. 2016, no 3683). Cette règle est de droit dispositif. S'agissant d'une présomption, il appartient à l'entrepreneur de la renverser (CHAIX, op. cit., no 32 ad <ref-law>).
3.3. Si, dans le cours des travaux, la matière fournie par le maître ou le terrain désigné par lui est reconnu défectueux, ou s'il survient telle autre circonstance qui compromette l'exécution régulière ou ponctuelle de l'ouvrage, l'entrepreneur est tenu d'en informer immédiatement le maître de l'ouvrage, sous peine de supporter les conséquences de ces faits (<ref-law>). Cette obligation d'information découle du constat que l'entrepreneur est habituellement la partie la plus expérimentée au contrat (<ref-ruling> consid. 2c/cc). Ainsi, l'entrepreneur, en tant que spécialiste, est en principe tenu d'examiner la matière (arrêt 4C.297/2003 du 20 février 2004 consid. 2.2.1; TERCIER ET ALII, op. cit., no 3695; ZINDEL ET ALII, in Basler Kommentar, 6e éd. 2015, no 17 ad <ref-law>; CHAIX, op. cit., no 21 ad <ref-law>; GAUCH, op. cit., no 2000). L'entrepreneur est délié de son obligation lorsqu'il démontre que l'ouvrage aurait de toute façon été exécuté au moyen de la matière, malgré un avis immédiat au maître de l'ouvrage (CHAIX, op. cit., no 23 ad <ref-law>; ZINDEL ET ALII, op. cit., no 42 ad <ref-law>; GAUCH, op. cit., no 832).
3.4. Le maître de l'ouvrage ne peut pas invoquer les droits résultant pour lui des défauts de l'ouvrage lorsque l'exécution défectueuse lui est personnellement imputable, soit à raison des ordres qu'il a donnés contrairement aux avis formels de l'entrepreneur, soit pour toute autre cause (<ref-law>).
3.4.1. L'application de cette règle est subordonnée à trois conditions cumulatives. Premièrement, il faut que le défaut soit le fait du maître de l'ouvrage, notamment en raison des instructions données par celui-ci, des modes et moyens d'exécution ou encore du choix de la technique proposée. Deuxièmement, il faut que l'entrepreneur ait donné un avis formel au maître de l'ouvrage pour le rendre attentif aux risques qui peuvent découler de ses instructions et au fait qu'il dégage sa responsabilité pour le cas où un défaut résulterait des instructions que le maître de l'ouvrage maintient. Troisièmement, il faut que le fait imputé au maître de l'ouvrage soit une cause adéquate du défaut de l'ouvrage; s'il en constitue la cause unique, l'entrepreneur est entièrement libéré (arrêt 4C.217/2005 du 20 février 2006 consid. 3.2.1).
3.4.2. La deuxième condition requise par l'<ref-law> - soit le devoir pour l'entrepreneur de donner un avis formel au maître de l'ouvrage - découle de la conception légale selon laquelle l'entrepreneur est le spécialiste auquel s'adresse un maître inexpérimenté (HERIBERT TRACHSEL, Die Verantwortlichkeit des Bestellers bei Werkmängel, 2000, p. 207). C'est pourquoi il lui incombe de vérifier les apports et instructions du maître de l'ouvrage et de le rendre formellement attentif aux risques qui peuvent en découler. S'il omet cet avis, il endosse une pleine responsabilité (TERCIER ET ALII, op. cit., no 3794).
Une réserve s'impose toutefois quand le maître de l'ouvrage est lui-même plus compétent que l'entrepreneur ou qu'il recourt aux services de spécialistes, tels que des architectes, ingénieurs ou géomètres. Dans ce cas, l'entrepreneur doit être dispensé de vérifier le bien-fondé de l'instruction; il est donc libéré de l'obligation de garantie même s'il n'a pas donné l'avis formel (<ref-ruling> consid. 2c/aa; arrêt 4A_166/2008 du 7 août 2008 consid. 2.1).
Toutefois, les qualifications du côté du maître de l'ouvrage se rapportent toujours à l'ordre donné. Des connaissances générales ne suffisent pas. Il faut que le maître de l'ouvrage ou son conseiller dispose de connaissances spéciales qui permettent d'apprécier les ordres et d'en déceler les insuffisances (<ref-ruling> consid. 2c/aa). Dès lors, un entrepreneur qui a omis l'avis formel ne peut pas se prévaloir des ordres d'un architecte chargé de la direction des travaux dans la mesure où il en va de son savoir-faire particulier d'artisan qui ne peut pas être attendu d'un architecte (GAUCH, op. cit., no 1962).
En tous les cas, l'entrepreneur reste toujours tenu par les règles de la bonne foi de signaler au maître de l'ouvrage les risques qu'il constate même sans vérification. De plus, l'omission du devoir d'aviser doit être excusable, ce qui suppose que l'entrepreneur n'ait pas su ni dû savoir que les instructions du maître de l'ouvrage étaient inconsidérées (<ref-ruling> consid. 2c/cc; <ref-ruling> consid. 2c/cc; TERCIER ET ALII, op. cit., no 3795). Lorsque l'entrepreneur s'aperçoit des risques que peut entraîner l'application des ordres erronés qu'il reçoit, il lui incombe d'y rendre le maître de l'ouvrage attentif et une omission ne serait dès lors pas excusable (CHAIX, op. cit., no 15 ad <ref-law>; GAUCH, op. cit., no 1964). A défaut d'avis, la responsabilité de l'entrepreneur est pleinement engagée. Malgré les qualifications du maître de l'ouvrage, l'entrepreneur doit s'en tenir au principe qui découle de son obligation générale de diligence (CHAIX, op. cit., no 15 ad <ref-law>).
4.
4.1.
4.1.1. La cour cantonale a considéré que la qualité d'architectes des demanderesses ne changeait rien à l'obligation de la défenderesse d'aviser celles-ci de la mauvaise qualité du carrelage et des instructions erronées fournies concernant les joints et les pentes des balcons. En effet, en tant qu'entreprise spécialisée dans le carrelage, la défenderesse ne pouvait pas se prévaloir des ordres éventuellement donnés par des architectes, dont elle n'avait pas établi qu'ils avaient des compétences spécifiques en la matière.
4.1.2. La défenderesse soutient que les juges cantonaux auraient dû reconnaître que la qualité de spécialistes des demanderesses la dispensait de leur donner un avis formel pour les rendre attentives aux risques qui pouvaient découler de la mauvaise qualité du carrelage et des instructions erronées données. Elle se réfère à cet égard à l'interrogatoire de N._, architecte et administrateur de Y._ SA, lors duquel celui-ci a déclaré bénéficier d'une expérience professionnelle de 32 ans dans la construction de bâtiments, et au rapport d'expertise judiciaire, dans lequel l'expert a indiqué que « dans le cas particulier, il [lui] sembl[ait] que la direction des travaux devait savoir que pour exécuter les travaux dans les règles de l'art, un échafaudage ou une nacelle était nécessaire. »
4.1.3. Force est toutefois de constater que la défenderesse n'a pas établi - même en tenant compte des éléments exposés ci-dessus, à supposer ceux-ci recevables - que les demanderesses auraient bénéficié de compétences spécifiques en matière de carrelage leur permettant d'apprécier les ordres donnés et d'en déceler les insuffisances. Partant, la défenderesse, au regard de son savoir-faire particulier d'artisan spécialisé dans la pose de carrelage, restait tenue d'aviser formellement l'entreprise générale (cf. consid. 3.4.2 supra).
4.2.
4.2.1. A la suite du premier juge, la cour cantonale a retenu que la défenderesse n'avait pas établi que les demanderesses auraient donné des instructions quant à la réalisation des travaux.
4.2.2. C'est en vain que la défenderesse se plaint à cet égard d'une constatation manifestement inexacte des faits. En effet, elle se contente d'opposer, de manière purement appellatoire, sa propre interprétation des témoignages de O._ et P._ à l'appréciation des autorités cantonales, fondée sur l'ensemble des éléments du dossier, sans nullement démontrer en quoi celle-ci serait arbitraire.
4.3.
4.3.1. La défenderesse fait grief aux juges cantonaux d'avoir conclu sans raison à sa pleine responsabilité, tout en admettant que la faute des demanderesses (choix d'un carrelage inapproprié, cf. lettre B.b.a supra) était l'un des facteurs à l'origine du dommage.
4.3.2. Ce grief tombe à faux. En effet, si la cour cantonale a considéré que la défenderesse devait supporter l'entier du dommage, c'est parce qu'elle n'avait pas avisé formellement les demanderesses de la mauvaise qualité du carrelage alors que ce devoir lui incombait légalement. En d'autres termes, la réalisation partielle de la troisième des conditions cumulatives posées par l'<ref-law> ne saurait conduire à la libération partielle de la défenderesse dès lors que la deuxième condition (cf. consid. 3.4.1 supra) n'est - selon les constatations de la cour cantonale dont la défenderesse ne démontre pas le caractère arbitraire - pas remplie.
4.4.
4.4.1. Dans la mesure où l'expert judiciaire avait indiqué que les demanderesses devaient selon lui savoir qu'un échafaudage était nécessaire pour réaliser les joints de carrelage des têtes de dalles des balcons (cf. lettre B.b.c supra), la cour cantonale a considéré que la question de savoir si celles-ci disposaient, sur ce point, des mêmes compétences que la défenderesse se posait. Cette question pouvait toutefois demeurer ouverte étant donné qu'il incombait de toute façon à la défenderesse, en vertu des règles de la bonne foi, de rendre les demanderesses attentives aux risques de démonter prématurément les échafaudages. Or cet avis faisait défaut. En effet, s'il ressortait du témoignage de M._, ancien employé de Y._ SA, que l'architecte avait proposé des solutions alternatives, on ne pouvait pas déduire de ces déclarations, ni du fait qu'il y ait eu des discussions entre les parties, qu'un avis formel avait été émis. L'expert avait d'ailleurs relevé que les avis devaient être donnés par écrit, précisant que s'ils étaient effectués oralement, ils devaient être consignés dans un procès-verbal, ce qui n'était pas le cas en l'espèce. Dès lors, le seul avis pouvant être retenu était celui du 21 juin 2013 (cf. lettre B.b.c supra), lequel était tardif. En outre, l'omission d'aviser devait être excusable, ce qui n'était pas le cas en l'occurrence puisque la défenderesse savait que l'ordre de démonter les échafaudages pouvait entraîner des problèmes dans l'exécution de son travail et donc des dommages. La défenderesse supportait ainsi la pleine responsabilité de ce dommage.
4.4.2. La défenderesse ne conteste pas qu'elle savait que l'ordre de démonter les échafaudages pouvait entraver la réalisation de ses travaux et donc provoquer des dommages. Dès lors, même si l'on devait considérer que les demanderesses disposaient sur ce point de compétences équivalentes aux siennes, il lui incombait de les rendre attentives aux risques, qui lui étaient connus, de démonter prématurément les échafaudages (cf. consid. 3.4.2 supra). Or la défenderesse échoue à démontrer en quoi la constatation de la cour cantonale selon laquelle un tel avis n'avait été donné que le 21 juin 2013 - soit tardivement - serait arbitraire. Elle se borne en effet à soutenir, à nouveau de manière purement appellatoire, qu'il faudrait déduire des déclarations du témoin M._ qu'elle avait émis un avis formel quant à la nécessité de conserver ou monter un échafaudage.
4.5.
4.5.1. La cour cantonale a considéré que, faute de convention contraire, il incombait légalement à la défenderesse de se procurer un échafaudage après le 14 novembre 2011 si l'exécution des travaux l'exigeait.
4.5.2. A l'encontre de ce raisonnement, la défenderesse fait valoir que l'expert judiciaire a estimé - à l'instar de l'expert privé L._ - que, vu la hauteur de l'immeuble, le carreleur devait disposer d'un échafaudage ou d'une nacelle pour exécuter un travail dans les règles de l'art, cette installation devant être payée par le maître de l'ouvrage (cf. lettre B.b.c supra). Elle reproche dès lors à l'autorité cantonale de s'être écartée sans motif des conclusions de l'expertise judiciaire.
4.5.3. Ce grief tombe à faux. En effet, s'il est bien du ressort de l'expert de s'exprimer sur la nécessité d'un échafaudage pour effectuer certains travaux, la question de savoir qui devait fournir l'échafaudage et donc en assumer le coût ne relève pas de constatations techniques, mais constitue une question de droit (cf. consid. 3.2 supra) qui doit être tranchée par le juge. Il y a en effet lieu de rappeler qu'une expertise se limite à l'examen de points de fait et que la solution des questions de droit ressortit exclusivement au juge (<ref-ruling> consid. 5.4.1 p. 345; <ref-ruling> consid. 3a p. 432 in limine).
4.6.
4.6.1. La Cour d'appel civile a fixé l'indemnité due par la défenderesse à 90'458 fr. 80, montant correspondant au coût des travaux de réfection tels qu'arrêtés par l'expert judiciaire (cf. lettre B.b.d supra).
4.6.2. La défenderesse soutient que la cour cantonale aurait considéré dans ses motifs que « l'expertise privée constituait un bon document de base pour calculer l'indemnisation » et qu' « il conv[enait] donc de retenir les montants de l'expertise privée ». Or comme ladite expertise privée estimait le montant total des travaux de réfection à 78'000 fr., les juges cantonaux seraient tombés dans l'arbitraire et auraient commis une « erreur dans le dispositif » en confirmant le jugement de première instance qui la condamnait à payer un montant de 90'458 fr. 80.
Ce grief tombe à faux. En effet, les juges cantonaux n'ont fait que relater, à l'instar du Tribunal régional, l'appréciation de l'expert judiciaire selon laquelle l'expertise privée constituait un bon document de base pour calculer l'indemnisation. Ils n'en ont ainsi pas moins arrêté l'indemnité due par la défenderesse sur la base de l'expertise judiciaire, et on ne discerne à cet égard aucune « erreur dans le dispositif » de l'arrêt attaqué.
4.6.3. Devant la Cour d'appel civile, la défenderesse avait argué de la différence selon elle exorbitante entre la facture de l'entreprise B._ & Cie (83'758 fr. 15 HT après déduction d'un montant de 12'000 fr. pour les échafaudages) et la sienne (20'976 fr. TTC), soit un écart de 62'782 fr. 15. Les juges cantonaux ont considéré que cette différence restait acceptable. Selon l'expert judiciaire, l'entreprise B._ & Cie avait dû effectuer des travaux supplémentaires par rapport à ceux réalisés par la défenderesse, soit la mise en place et l'évacuation de protections pour les corridors, l'ascenseur, les appartements, le déplacement de meubles sur le balcon et des bacs à fleurs ainsi que l'évacuation de matériaux.
La défenderesse soutient que les juges cantonaux seraient tombés dans l'arbitraire en comparant le prix de ses propres prestations toutes taxes comprises (20'976 fr.) avec le prix hors taxe retenu par l'expert (83'758 fr. 15).
Force est toutefois de constater que la défenderesse ne démontre pas que cette circonstance rendrait insoutenable la constatation que la différence de prix restait acceptable au vu des travaux supplémentaires effectués par l'entreprise B._ & Cie. Son grief ne peut dès lors qu'être rejeté, dans la mesure où il est recevable (cf. consid. 2.1 supra).
4.6.4. La défenderesse fait enfin valoir que les juges cantonaux auraient comparé des prestations non comparables, et ce à deux égards. D'une part, ils auraient considéré à tort que le prix de l'échafaudage (12'000 fr.) ne devait pas être déduit du montant à sa charge, alors qu'elle-même n'avait pas bénéficié d'un échafaudage pour réaliser ses travaux. D'autre part, comme il résulte de l'expertise judiciaire que l'entreprise B._ & Cie avait exécuté des travaux supplémentaires par rapport à ceux effectués par la défenderesse, une somme proportionnelle aurait dû être retirée du prix retenu par la cour cantonale.
Ces griefs se révèlent dénués de fondement. En effet, d'une part, les juges cantonaux, suivant les conclusions de l'expert judiciaire, ont précisément déduit de la facture de l'entrepreneur de substitution un montant de 12'000 fr. correspondant aux frais d'échafaudage (cf. lettre B.b.d supra). D'autre part, ils ont exposé que l'entrepreneur supportait le risque de frais supplémentaires résultant de l'exécution par substitution, raison pour laquelle aucune déduction ne devait être opérée sur la facture de l'entreprise B._ & Cie, ce qui ne prête pas le flanc à la critique (cf. GAUCH, op. cit., no 1815).
5.
Il résulte de ce qui précède que le recours doit être rejeté dans la mesure où il est recevable.
Vu l'issue du recours, les frais de la présente procédure seront mis à la charge de la défenderesse (<ref-law>), qui versera en outre aux demanderesses, créancières solidaires, une indemnité de 6'000 fr. à titre de dépens (art. 68 al. 1 et 2 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 5'000 fr., sont mis à la charge de la défenderesse.
3.
La défenderesse versera aux demanderesses, créancières solidaires, une indemnité de 6'000 fr. à titre de dépens.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux mandataires des parties et à la Cour d'appel civile du Tribunal cantonal du canton de Neuchâtel.
Lausanne, le 30 avril 2019
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente : Kiss
Le Greffier : O. Carruzzo