Fatti:
A.
A.a. Il 24 giugno 2009 la A._SA e l'associazione B._ hanno sottoscritto un diritto di compera, cedibile e che poteva essere esercitato fino al 30 giugno 2012, concernente una quota di una comproprietà per piani sita a Lugano. La validità del contratto era stata sottoposta alla condizione sospensiva dell'ottenimento di una decisione di non assoggettamento nel senso dell'art. 2 cpv. 2 lett. a della legge federale sull'acquisto di fondi da parte di persone all'estero (LAFE; RS 211.412.41). Le parti hanno anche convenuto che il contratto non era condizionato dal rilascio della licenza edilizia né dal fatto, di cui la beneficiaria del diritto era consapevole, che l'amministrazione e l'assemblea condominiale non dovevano sollevare obbiezioni per quanto riguarda il previsto cambiamento di destinazione da clinica diurna a luogo di culto e centro culturale. La beneficiaria doveva pure assumersi le spese condominiali dal 1° luglio 2009 e versare acconti per complessivi fr. 540'000.--, i quali in caso di rinuncia anticipata o omesso esercizio del diritto di compera sarebbero rimasti alla concedente quale pena convenzionale.
A.b. Il 30 giugno 2009 l'assemblea condominiale ha negato con il solo voto contrario della A._SA l'autorizzazione al cambiamento di destinazione, perché ha ritenuto che la nuova utilizzazione non rientrasse in quelle previste dall'atto costitutivo e dal regolamento condominiale. La A._SA ha impugnato la delibera assembleare con petizione 28 luglio 2009. Il 5 agosto 2009, adita dalla B._, l'Autorità di prima istanza del distretto di Lugano per l'applicazione della LAFE (in seguito: Autorità LAFE) ha rilasciato una decisione di non assoggettamento sottoposta a due condizioni e cioè l'ottenimento sia dell'approvazione condominiale sia della licenza edilizia, entrambe riferite al cambiamento di destinazione e cresciute in giudicato. La licenza edilizia chiesta il 21 settembre 2009 e concessa dal Comune di Lugano è stata annullata con decisione 30 novembre 2010 dal Consiglio di Stato del Cantone Ticino, che ha giudicato gli atti incompleti. La domanda non è più stata riproposta.
A.c. Dopo aver pagato i previsti acconti e assunto le spese condominiali di fr. 59'329.75, il 2 luglio 2012 la B._ ha invano chiesto alla A._SA di restituire le somme versate oppure di prorogare il diritto di compera o di costituirne uno nuovo.
A.d. La B._ ha quindi convenuto in giudizio innanzi al Pretore del distretto di Lugano la A._SA, chiedendo che quest'ultima fosse condannata a pagarle fr. 599'329.75, oltre interessi, e che l'opposizione interposta a un precetto esecutivo fattole in precedenza notificare fosse rigettata in via definitiva. La convenuta si è opposta alla petizione e ha postulato in via riconvenzionale la condanna dell'attrice al versamento di fr. 29'693.15 per spese condominiali e spese relative alla procedura di contestazione della decisione assembleare. Il Pretore ha, con sentenza 12 maggio 2016, integralmente accolto la petizione e respinto l'azione riconvenzionale.
B.
Con sentenza 23 febbraio 2018 la II Camera civile del Tribunale di appello del Cantone Ticino ha respinto, nella misura in cui era ricevibile, un appello presentato dalla A._SA. Dopo aver ritenuto insufficientemente motivata la censura concernente la mancata applicazione del principio dell'affidamento, ha indicato che la condizione sospensiva a cui soggiaceva il diritto di compera non si era verificata: la decisione dell'Autorità LAFE non poteva infatti essere considerata una decisione di non assoggettamento nel senso previsto dal rogito, poiché dipendeva da due condizioni che non si sono realizzate. Ha rilevato che tale circostanza rendeva impossibile l'iscrizione del trapasso di proprietà in caso di esercizio del diritto di compera, facendo diventare irrilevanti le argomentazioni concernenti la volontà delle parti. Ha inoltre negato che l'attrice avesse assunto una responsabilità nell'evenienza in cui l'autorizzazione LAFE non fosse stata concessa. Ha poi reputato l'appello inammissibile con riferimento all'asserita intervenuta prescrizione della pretesa di restituzione, per aggiungere a titolo abbondanziale che, in ragione della cedibilità prevista nel rogito, il termine di prescrizione ha unicamente cominciato a decorrere dopo la scadenza del diritto di compera. Ha infine ritenuto l'appello irricevibile, in ragione della sua carente motivazione, anche per quanto riguarda la domanda riconvenzionale.
C.
Con ricorso in materia civile del 16 aprile 2018 la A._SA postula, previo conferimento dell'effetto sospensivo al gravame, la reiezione della petizione e l'accoglimento dell'azione riconvenzionale. Narrati e completati i fatti, ne lamenta un accertamento inesatto. Si duole poi di un'errata applicazione degli art. 310 segg. CPC e lamenta una mancata applicazione del principio dell'affidamento. Afferma pure che l'attrice aveva rinunciato ad adempiere le condizioni e che, prevalendosi della nullità del contratto, sarebbe incorsa in un abuso di diritto. Invoca altresì una violazione dell'<ref-law> con riferimento alle possibilità di ottenere tempestivamente la licenza edilizia e l'autorizzazione condominiale. Asserisce infine che l'autorità inferiore sarebbe incorsa nell'arbitrio per non aver ritenuto la pretesa di restituzione prescritta e reputa "spiccia" l'argomentazione sulla domanda riconvenzionale.
Con risposta 28 maggio 2018 la B._ propone di respingere sia la domanda di conferimento dell'effetto sospensivo sia il ricorso.
Le parti hanno spontaneamente proceduto a un secondo scambio di scritti.
Con decreto del 9 luglio 2018 la Presidente della Corte adita ha conferito effetto sospensivo al ricorso.

Diritto:
1.
Il ricorso in materia civile è un rimedio di carattere riformativo e l'allegato ricorsuale deve contenere fra l'altro le conclusioni e i motivi (<ref-law>). Come rettamente rilevato dall'opponente, nelle conclusioni del ricorso la ricorrente si limita a chiedere la riforma del giudizio del Pretore (nel senso di respingere la petizione e di accogliere la domanda riconvenzionale, ponendo gli oneri processuali per entrambe le procedure a carico dell'attrice) e una nuova ripartizione delle spese e delle ripetibili della procedura di appello. Dalla motivazione del ricorso si evince tuttavia che la ricorrente ha inteso ottenere - anche - la riforma della sentenza di secondo grado con l'accoglimento delle domande già presentate in prima istanza (cfr. <ref-ruling> consid. 1.3). Da questo profilo il ricorso risulta ammissibile.
2.
2.1. Il Tribunale federale applica d'ufficio il diritto federale (<ref-law>). Tuttavia, tenuto conto dell'onere di allegazione e motivazione imposto dall'art. 42 cpv. 1 e 2 LTF, di regola esso considera solo gli argomenti proposti nell'atto di ricorso (<ref-ruling> consid. 2; <ref-ruling> consid. 1.1). Giusta l'<ref-law> nei motivi di un ricorso occorre spiegare in modo conciso perché l'atto impugnato viola il diritto. Per soddisfare l'obbligo di motivazione, il ricorrente deve discutere le considerazioni della decisione impugnata e indicare con precisione in che consiste la violazione del diritto (<ref-ruling> consid. 2). Quando la sentenza impugnata (o parte di essa) si fonda su più motivazioni indipendenti (alternative o sussidiarie), il ricorrente deve confrontarsi con ognuna di esse in modo conforme agli art. 42 cpv. 2 e 106 cpv. 2 LTF, pena l'inammissibilità (<ref-ruling> consid. 2.4 con rinvii).
2.2. Il Tribunale federale fonda la sua sentenza sui fatti accertati dall'autorità inferiore (<ref-law>). A questi appartengono sia le constatazioni concernenti le circostanze relative all'oggetto del litigio sia quelle riguardanti lo svolgimento della procedura innanzi all'autorità inferiore e in prima istanza, vale a dire gli accertamenti che attengono ai fatti procedurali (<ref-ruling> consid. 1.3.1 con riferimenti). Il Tribunale federale può unicamente rettificare o completare l'accertamento dei fatti dell'autorità inferiore, se esso è manifestamente inesatto o risulta da una violazione del diritto ai sensi dell'<ref-law> (<ref-law>). "Manifestamente inesatto" significa in questo ambito "arbitrario" (<ref-ruling> consid. 2; <ref-ruling> consid. 1.5). L'eliminazione del vizio deve inoltre poter essere determinante per l'esito del procedimento (<ref-law>).
La parte che critica la fattispecie accertata nella sentenza impugnata deve sollevare la censura e motivarla in modo preciso, come esige l'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 2.3, con rinvii). Essa deve spiegare in maniera chiara e circostanziata in che modo queste condizioni sarebbero soddisfatte (<ref-ruling> consid. 1.3.1 con rinvii). Se vuole completare la fattispecie deve dimostrare, con precisi rinvii agli atti della causa, di aver già presentato alle istanze inferiori, rispettando le regole della procedura, i relativi fatti giuridicamente pertinenti e le prove adeguate (<ref-ruling> consid. 2). Se la critica non soddisfa queste esigenze, le allegazioni relative a una fattispecie che si scosta da quella accertata non possono essere prese in considerazione (<ref-ruling> consid. 1.3.1).
3.
Dopo essersi espressa sulla ricevibilità formale dell'impugnativa, la ricorrente presenta nelle sezioni intitolate " 3. RIASSUNTO DEI FATTI, COSÌ COME ACCERTATI DALL'AUTORITÀ INFERIORE " e " 4.1 ACCERTAMENTO INESATTO DEI FATTI (<ref-law>); ARBITRIO EX ART. 9 CST " una propria versione della fattispecie, avulsa da quella constatata nella sentenza impugnata. Tale modo di procedere, privo di un qualsiasi - preciso - rinvio agli atti in cui le circostanze descritte nel ricorso sarebbero già state validamente presentate, non soddisfa le predette esigenze di motivazione. Non soccorre la ricorrente nemmeno lapidariamente affermare che " invocare la violazione dell'<ref-law> è un'impresa ardua ". La presente sentenza sarà quindi fondata sulla fattispecie accertata dalla Corte di appello.
4.
L'autorità cantonale ha dichiarato irricevibile l'appello nella misura in cui veniva lamentata la mancata applicazione del principio dell'affidamento, perché lo ha ritenuto una semplice trascrizione degli allegati presentati al Pretore. La ricorrente si duole di un'errata applicazione dell'art. 310 segg. CPC, ma omette di nuovo di supportare la sua critica con un preciso riferimento agli atti. La censura si rivela pertanto inammissibile, in ragione della sua carente motivazione.
5.
5.1. La Corte di appello ha ritenuto che il diritto di compera era stato sottoposto a una condizione sospensiva che non si è realizzata, ragione per cui la convenuta deve restituire quanto ricevuto sulla base di tale contratto. Essa ha indicato che la condizione prevista dal rogito non era adempiuta, perché l'Autorità LAFE aveva a sua volta fatto dipendere il non assoggettamento da due condizioni (ottenimento sia dell'approvazione condominiale sia della licenza edilizia per il cambiamento di destinazione) che non si sono verificate. Ha considerato irrilevante che queste due condizioni coincidessero con due circostanze, menzionate nel rogito e di cui le parti avevano stabilito di non far dipendere l'efficacia del diritto di compera. Ha poi reputato inutile indagare sulla volontà delle parti, perché senza una decisione di non assoggettamento efficace da parte dell'autorità LAFE, il trapasso di proprietà non avrebbe potuto essere iscritto a registro fondiario. Ha anche indicato che la convenuta non aveva neppure dimostrato che l'attrice aveva assunto l'obbligo di battersi ad oltranza per soddisfare le condizioni poste dall'Autorità LAFE.
5.2. La ricorrente riconosce che il contratto era stato sospensivamente condizionato all'ottenimento di una decisione di non assoggettamento alla LAFE, ma afferma che il notaio non le aveva comunicato che la decisione emanata dall'Autorità LAFE conteneva delle condizioni e lamenta che la Corte cantonale non ha interpretato la convenzione in base al principio dell'affidamento. Sostiene che l'opponente non aveva eccepito alcunché e aveva adempiuto il contratto senza impugnare la menzionata decisione LAFE o denunciare l'accordo, ragione per cui non potrebbe prevalersi della sua nullità. L'opponente avrebbe pure violato l'<ref-law> non chiedendo " la modifica di destinazione, rispettivamente la licenza edilizia ".
5.3. Giova innanzi tutto osservare che la predetta censura è in larga misura inammissibilmente basata su circostanze che non risultano o che sono addirittura contraddette dalla fattispecie accertata dalla Corte cantonale. Per il resto occorre rilevare che l'argomentazione ricorsuale secondo cui la Corte cantonale avrebbe violato l'<ref-law> è infondata. La ricorrente rimprovera infatti delle omissioni alla beneficiaria del diritto di compera, mentre la predetta disposizione, che si riferisce al periodo in cui la condizione è pendente, specifica gli obblighi del debitore della prestazione. È opportuno osservare, sempre per quanto attiene alle norme che disciplinano le condizioni, che nemmeno la ricorrente afferma che sarebbero dati i presupposti previsti dall'<ref-law> per considerare la condizione realizzata perché l'adempimento della condizione sarebbe stato impedito da una delle parti in urto con la buona fede. Inconferente risulta la contestazione della nullità della convenzione, atteso che un contratto condizionale diventa unicamente efficace dal momento in cui la condizione sospensiva si verifica e che se questa viene meno le prestazioni già effettuate devono essere restituite conformemente alle regole sull'indebito arricchimento (<ref-ruling> consid. 3.2.2, con numerosi riferimenti). La ricorrente omette poi di spiegare perché la suddetta motivazione della sentenza impugnata, con la quale in sostanza la Corte cantonale ha ritenuto prioritaria sulle altre pattuizioni la mancata realizzazione della condizione di non assoggettamento alla LAFE, viola il diritto federale. Inammissibile si palesa infine la lamentela concernente una violazione dell'<ref-law> per quanto concerne le probabilità di ottenere in tempo utile la licenza edilizia e l'accordo degli altri condomini: l'avverbio "verosimilmente", su cui è basata la censura, era infatti stato utilizzato nel giudizio di primo grado, pronunzia che non può essere impugnata con il presente ricorso (<ref-law>).
6.
6.1. La Corte cantonale ha dichiarato inammissibile l'appello - in ragione della sua carente motivazione - per quanto riguarda l'inizio del termine di prescrizione dell'<ref-law> per ottenere il rimborso delle prestazioni effettuate in ragione del rogito. In via abbondanziale ha aggiunto che il diritto di compera era cedibile fino alla sua scadenza e che, qualora i tentativi dell'attrice di trovare in tempo utile un subentrante che non sottostava alla LAFE fossero stati coronati da successo, il diritto di compera avrebbe potuto essere esercitato fino al 30 giugno 2012. Del resto, soggiunge l'autorità inferiore, la convenuta ha beneficiato degli sforzi profusi nella ricerca di un cessionario, perché ha poi effettivamente venduto a interessati che erano in precedenza in contatto con l'attrice.
6.2. La ricorrente afferma che l'opponente ha rinunciato a esercitare il diritto di compera non continuando le procedure iniziate per soddisfare le condizioni poste nella decisione LAFE. A mente della ricorrente il termine di prescrizione inizia quindi a decorrere dalla data in cui è stata emanata la decisione dell'autorità LAFE oppure al più tardi quando la procedura giudiziaria contro gli altri condomini era stata sospesa o quando il governo ticinese ha accolto il ricorso contro la licenza edilizia.
6.3. Con la predetta argomentazione la ricorrente dimentica completamente la motivazione principale della Corte cantonale secondo cui l'appello risultava irricevibile perché consisteva in una semplice ricopiatura di quanto esposto negli allegati presentati al Pretore. Per questo motivo la censura si rivela di primo acchito inammissibile (sopra, consid. 2.1).
7.
Il ricorso risulta infine pure inammissibile laddove si riferisce al mancato accoglimento della domanda riconvenzionale. La ricorrente non si confronta infatti in alcun modo con il considerando in cui la Corte cantonale ha constatato che la frase contenuta nell'appello e riportata nella sentenza impugnata non costituiva una motivazione conforme all'<ref-law>.
8.
Da quanto precede discende che il ricorso si palesa infondato nella ridotta misura in cui è ammissibile. Le spese giudiziarie e le ripetibili seguono la soccombenza (art. 66 cpv. 1 e 68 cpv. 1 LTF).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1.
Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è respinto.
2.
Le spese giudiziarie di fr. 8'500.-- sono poste a carico della ricorrente, che rifonderà all'opponente fr. 9'500.-- a titolo di ripetibili per la procedura innanzi al Tribunale federale.
3.
Comunicazione ai patrocinatori delle parti e alla II Camera civile del Tribunale d'appello del Cantone Ticino.