Faits :
A.
A.a. En septembre 2007, A._ SA et X._ SA ont conclu un contrat d'entreprise générale en vue de la construction de la résidence " U._ ". Par ce contrat, X._ SA s'engageait à construire l'ouvrage et à le livrer, prêt à être réceptionné, pour le 1er mars 2009.
Dans ce contexte, un contrat d'entreprise a été conclu le 30 septembre 2009 avec B._ SA pour la réalisation de travaux d'étanchéités spéciales pour un montant total de 55'375 fr., soit 59'583 fr. 50 toutes taxes comprises. Ce contrat mentionnait A._ SA comme maître de l'ouvrage, représentée par la direction des travaux X._ SA. Il y figurait à l'article 10: " Prorogation de for selon l'art. 37 al. 3 de la norme SIA 118: il est convenu que le for resp. le siège du tribunal arbitral est: Lausanne " (<ref-law>). Par avenant du 1er octobre 2009, B._ SA s'est également vu confier des travaux relatifs à des coursives pour un montant brut de 29'230 fr., soit 31'451 fr. 50 toutes taxes comprises. Le montant total des travaux qui lui ont été adjugés s'élevait donc à 91'035 fr.
Le 25 novembre 2009, B._ SA a adressé une facture présentant un solde en sa faveur de 69'825 fr. 90 à A._ SA, par l'intermédiaire de X._ SA. Le 22 mars 2010, après l'envoi d'un rappel, elle a mis en demeure A._ SA ainsi que X._ SA de lui payer le montant précité dans un délai de 10 jours.
Le présent litige concerne les parties au contrat du 30 septembre 2009. B._ SA soutient que le contrat a été conclu avec A._ SA, représentée par X._ SA. A._ SA soutient que, contrairement à ce qui y figure, le contrat a été conclu avec X._ SA.
A.b. Par courrier du 30 avril 2010, X._ SA a fait valoir différents défauts auprès de B._ SA et l'a informée qu'en conséquence, elle-même et A._ SA refusaient entièrement les travaux effectués. Ce courrier, dont copie a été remise à A._ SA, valait avis des défauts, selon X._ SA.
Le 20 novembre 2011, A._ SA a introduit une procédure de preuve à futur contre X._ SA, afin d'établir les défauts affectant la résidence " U._ ".
B.
B.a. Par requête de conciliation du 19 mai 2011, puis ensuite de l'échec de la conciliation par demande du 5 octobre 2011, B._ SA (ci-après: la demanderesse ou l'entrepreneur) a assigné A._ SA (ci-après: la défenderesse) devant la Chambre patrimoniale du canton de Vaud. Elle a conclu à ce que la défenderesse soit condamnée à lui payer immédiatement le montant de 109'171 fr., avec intérêts à 5% l'an dès le 25 décembre 2009.
La défenderesse a conclu principalement à l'irrecevabilité de la demande pour défaut de compétence ratione loci, subsidiairement à la dénonciation de l'instance à X._ SA, ainsi qu'à la constatation de ce qu'elle n'était pas débitrice de la demanderesse d'un montant de 109'171 fr. en capital, avec intérêts à 5% l'an dès le 25 décembre 2009.
B.b. Le 17 février 2012, le Juge délégué de la Chambre patrimoniale du canton de Vaud a limité la procédure à la question de la compétence ratione loci.
Par jugement incident du 26 mars 2013, dont la motivation a été envoyée pour notification aux parties le 12 juillet 2013, la Chambre patrimoniale du canton de Vaud a déclaré recevable la demande déposée le 5 octobre 2011 contre la défenderesse. Elle a retenu que le contrat d'entreprise du 30 septembre 2009 liait la défenderesse, en qualité de maître de l'ouvrage représenté par la direction des travaux X._ SA, et la demanderesse, en vertu de l'<ref-law>. Ce contrat, comme la clause de prorogation de for à Lausanne qu'il comportait, étaient donc opposables à la défenderesse.
Par courrier du 23 août 2013, la défenderesse a renoncé à contester le jugement incident du 26 mars 2013 et sollicité le traitement de la dénonciation d'instance à X._ SA.
B.c. Par jugement du 14 novembre 2016, la Chambre patrimoniale du canton de Vaud a refusé de revenir sur la question de la légitimation passive de la défenderesse, considérant que cette question avait été tranchée par jugement incident du 26 mars 2013, lequel était définitif et exécutoire faute d'avoir fait l'objet d'un appel. Sur le fond, elle a condamné la défenderesse à payer à la demanderesse le montant de 69'825 fr. 90 avec intérêts à 5% l'an dès le 3 avril 2010.
B.d. Statuant le 4 décembre 2017, la Cour d'appel civile du Tribunal cantonal du canton de Vaud a rejeté l'appel interjeté par la défenderesse dans la mesure où il était recevable et confirmé le jugement attaqué.
C.
Contre cet arrêt, la défenderesse a interjeté un recours en matière civile au Tribunal fédéral le 1er février 2018, concluant au rejet de la demande, à la constatation qu'elle ne doit pas à la demanderesse le montant de 69'825 fr. 90 avec intérêts à 5% l'an dès le 3 avril 2010, subsidiairement que son exception de compensation pour un montant de 109'171 fr. avec intérêts à 5% l'an dès le 25 septembre 2009 soit admise. Elle invoque un déni de justice formel, la violation de son droit d'être entendue, la violation de l'<ref-law> et la constatation manifestement inexacte des faits. Elle invoque également la violation de plusieurs dispositions du Code des obligations sur le contrat d'entreprise ainsi que la violation de l'<ref-law>.
La demanderesse intimée conclut au rejet du recours. La cour cantonale s'est référée aux considérants de son arrêt.
La recourante a spontanément déposé une réplique.

Considérant en droit :
1.
Interjeté en temps utile (<ref-law>) compte tenu de la notification de l'arrêt attaqué pendant les féries (art. 46 al. 1 let. c LTF) par la défenderesse qui a succombé dans ses conclusions libératoires (<ref-law>), contre une décision finale (<ref-law>) rendue sur appel par le tribunal supérieur du canton (<ref-law>) dans une affaire de contrat d'entreprise (<ref-law>), dont la valeur litigieuse est supérieure à 30'000 fr. (<ref-law>), le recours en matière civile est recevable au regard de ces dispositions.
2.
Sous réserve de la violation des droits constitutionnels (<ref-law>), le Tribunal fédéral applique le droit d'office (<ref-law>). Il n'est toutefois lié ni par les motifs invoqués par les parties, ni par l'argumentation juridique retenue par l'autorité cantonale; il peut donc admettre le recours pour d'autres motifs que ceux invoqués par le recourant, comme il peut le rejeter en opérant une substitution de motifs (<ref-ruling> consid. 1.4 et l'arrêt cité).
3.
La défenderesse recourante conteste la compétence ratione loci de la Chambre patrimoniale. Elle soutient qu'elle n'est pas partie au contrat d'entreprise conclu avec la demanderesse, lequel contient une clause de prorogation de for en faveur des juridictions lausannoises.
3.1. Dans un premier grief, la défenderesse recourante reproche à la cour cantonale d'avoir commis un déni de justice formel et une violation de son droit d'être entendue (art. 29 Cst.).
3.1.1. Il y a déni de justice formel (art. 29 al. 1 Cst.) notamment lorsque le juge refuse indûment de se prononcer sur une requête ou sur un moyen de droit qui lui est soumis et dont l'examen relève de sa compétence (<ref-ruling> consid. 2a). En revanche, lorsque le juge entre en matière et statue formellement sur le moyen de droit qui lui est soumis, il ne peut y avoir de déni de justice formel, mais seulement une violation du droit d'être entendu si la motivation de sa décision ne satisfait pas aux exigences minimales déduites de l'art. 29 al. 2 Cst. Pour satisfaire à ces exigences, il suffit que le juge mentionne au moins brièvement les motifs qui l'ont guidé et sur lesquels il a fondé sa décision, de manière à ce que le justiciable puisse se rendre compte de la portée de celle-ci et l'attaquer en connaissance de cause. Le juge n'a pas l'obligation d'exposer et de discuter tous les faits, moyens de preuve et griefs invoqués par les parties; il peut se limiter aux questions décisives pour l'issue du litige (<ref-ruling> consid. 5.2; <ref-ruling> consid. 3.2.1).
3.1.2. La recourante se méprend lorsqu'elle se plaint de ce que la cour cantonale n'aurait pas statué sur les moyens qu'elle a invoqués à l'appui de son appel. La cour cantonale a examiné le moyen tiré de la constatation inexacte des faits, pour considérer qu'il devait être traité " dans le cadre de l'examen des griefs de violation du droit ", puisque la question de l'existence d'un contrat entre les parties relève de l'appréciation des preuves. Elle a ensuite examiné les griefs de l'absence de compétence à raison du lieu et du défaut de légitimation passive au consid. 4, pour les déclarer irrecevables en application de l'<ref-law>. On ne voit donc pas en quoi il y aurait déni de justice, la cour cantonale s'étant prononcée sur les différents moyens soulevés par la défenderesse appelante.
On ne voit pas non plus en quoi la cour cantonale aurait violé le droit d'être entendu de l'appelante parce que son arrêt serait insuffisamment motivé. Contrairement à ce que soutient la recourante, l'arrêt attaqué reprend sur une page les motifs retenus par l'autorité de première instance, indique les moyens invoqués par l'appelante et comprend une motivation pour chacun d'entre eux.
Il s'ensuit que les juges cantonaux n'ont commis aucun déni de justice ni n'ont violé le droit d'être entendu de la recourante, autre étant la question de savoir si la motivation qu'ils ont adoptée est fondée en droit.
3.2. Dans un deuxième grief, la défenderesse recourante reproche à la cour cantonale d'avoir rejeté son exception d'incompétence à raison du lieu, au motif que cette exception n'avait pas été contestée en temps utile, soit par un appel contre la décision incidente du 26 mars 2013.
3.2.1. Il s'impose d'abord d'examiner l'application à la cause de la théorie de la double pertinence.
3.2.1.1. Aussi bien en matière internationale qu'en droit interne, le tribunal saisi doit, pour déterminer sa compétence, appliquer les principes jurisprudentiels développés sous le nom de théorie de la double pertinence (arrêt 4A_573/2015 du 3 mai 2016 consid. 5). Il doit d'abord déterminer si les faits pertinents pour l'examen de la compétence sont des faits " simples " ou des faits " doublement pertinents " (<ref-ruling> consid. 5.1).
Les faits sont simples ( einfachrelevante Tatsachen) lorsqu'ils ne sont déterminants que pour la compétence. Ils doivent être prouvés d'entrée de cause, lorsque la partie défenderesse soulève l'exception de déclinatoire en contestant les allégués du demandeur (<ref-ruling> consid. 5.1).
Les faits sont doublement pertinents ou de double pertinence ( doppelrelevante Tatsachen) lorsqu'ils sont déterminants non seulement pour la compétence du tribunal, mais aussi pour le bien-fondé de l'action. Ainsi, la commission d'un acte illicite (<ref-ruling> consid. 5.2) ou l'existence d'un contrat de travail (<ref-ruling> consid. 2.3 in fine et 2.4.1) sont des faits doublement pertinents puisqu'ils sont déterminants à la fois pour la compétence et pour le bien-fondé de l'action au fond. Conformément à la théorie dite de la double pertinence, le juge saisi examine sa compétence sur la base des allégués, moyens et conclusions de la demande, sans tenir compte des objections de la partie défenderesse (<ref-ruling> consid. 4 p. 487; arrêt 4A_73/2015 du 26 juin 2015 consid. 4.1.2). L'administration des preuves sur les faits doublement pertinents est renvoyée à la phase du procès au cours de laquelle est examiné le bien-fondé de la prétention au fond (<ref-ruling> consid. 2.3 p. 34; arrêt 4A_73/2015 précité consid. 4.1.2).
Il se peut qu'après l'administration des preuves sur les faits doublement pertinents, le tribunal se rende compte que, contrairement à ce qu'il avait décidé d'entrée de cause dans sa décision admettant sa compétence, celle-ci n'est en réalité pas donnée. Toutefois, il ne peut et ne doit pas alors rendre un nouveau jugement sur sa compétence, puisqu'il ne saurait revenir sur la décision qu'il a prise à ce sujet; il doit, lorsque par exemple l'existence d'un contrat de travail n'est pas prouvée, rejeter la demande par un jugement au fond, qui est revêtu de l'autorité de la chose jugée (arrêt 4A_73/2015 précité consid. 4.1.2).
3.2.1.2. En l'occurrence, l'existence d'un contrat d'entreprise entre les parties est un fait doublement pertinent. Il est déterminant pour la compétence, dans la mesure où ce contrat comporte une clause d'élection de for, et pour le fond, puisque les prétentions à l'encontre de la défenderesse ne peuvent être admises que si celle-ci est partie au contrat. Sans avoir administré les preuves, la cour cantonale a admis sa compétence, considérant que le contrat d'entreprise liait la défenderesse et que la clause d'élection de for que comportait celui-ci lui était donc opposable. Contrairement à ce que soutient la recourante, elle était parfaitement fondée à arriver à une telle conclusion sur la base des allégués de la demande et donc sans instruction complète sur la question de l'existence du contrat d'entreprise, en vertu de la théorie de la double pertinence. De même, il importe peu qu'il ressortirait de l'instruction au fond que seule X._ SA était liée à la demanderesse, à l'exclusion de la défenderesse. Cette circonstance conduirait tout au plus au rejet de la demande par un jugement au fond, sans remise en cause de la compétence.
3.2.2. Il s'impose ensuite d'examiner si la défenderesse, qui a soulevé l'exception d'incompétence ratione loci, peut remettre en cause l'admission de la compétence par le premier juge à l'occasion d'un appel contre le jugement final au fond.
3.2.2.1. En vertu de l'<ref-law>, le tribunal peut rendre une décision incidente lorsque l'instance de recours pourrait prendre une décision contraire qui mettrait fin au procès et permettrait de réaliser une économie de temps ou de frais appréciable (al. 1). La décision incidente est sujette à recours immédiat; elle ne peut être attaquée ultérieurement dans le recours contre la décision finale (al. 2).
3.2.2.2. En l'espèce, le jugement du 26 mars 2013, par lequel la Chambre patrimoniale a admis sa compétence sur la base de l'existence d'un contrat d'entreprise allégué par la demanderesse, est une décision incidente au sens de l'<ref-law>. En tant que tel, il devait faire immédiatement l'objet d'un appel devant la cour cantonale (308 CPC), puis, cas échéant, d'un recours devant le Tribunal fédéral (<ref-law>), ne pouvant pas être attaqué ultérieurement (<ref-law>). Il est à nouveau sans pertinence que la question de l'existence d'un contrat d'entreprise n'avait à l'époque encore fait l'objet d'aucune instruction au fond. En retenant que le jugement sur la compétence ratione loci ne pouvait plus être remis en cause dans le cadre de l'appel contre le jugement au fond, la cour cantonale n'a pas violé l'<ref-law>.
4.
La défenderesse recourante conteste encore sa légitimation passive (i.e. sa qualité pour défendre). Elle reproche également à la cour cantonale d'avoir violé l'<ref-law> précité, en n'admettant pas une " exception au caractère contraignant de la décision incidente " sur la compétence. Elle allègue qu'il ne lui était pas possible, au stade du jugement incident, de démontrer son absence de légitimation passive, ce qu'elle a toutefois pu démontrer dans la procédure au fond.
4.1. Comme énoncé (cf. consid. 3.2.1.2), le contrat d'entreprise entre les parties est un fait doublement pertinent, puisqu'il est pertinent tant pour la compétence que pour le fond. Son existence, et partant l'obligation de la recourante de payer l'entrepreneur, doit donc faire l'objet d'une administration des preuves dans la phase du procès au fond. Ce qui a été décidé de manière incidente pour la compétence, sur la base des seuls allégués de la partie demanderesse, n'est ni final ni décisif pour ce qui sera décidé sur le fond.
4.2. Selon l'arrêt entrepris, la Chambre patrimoniale a limité la procédure à la question de la compétence ratione loci par ordonnance du 17 février 2012. Compte tenu de cette limitation, il n'a pu y avoir, par jugement du 26 mars 2013, qu'une décision incidente sur la compétence et la défenderesse n'a pu renoncer, par son courrier du 23 août 2013, à contester cette décision qu'en rapport avec cette question. En effet, l'admission de l'existence d'un contrat d'entreprise par le juge dans ce contexte, avant toute instruction au fond, avait pour unique but d'admettre la compétence, soit la recevabilité de la demande. Or, la question de la légitimation passive ne concerne pas la recevabilité, mais le fond de la cause.
Faute de décision incidente sur la légitimation passive dans son jugement incident, la Chambre patrimoniale ne pouvait, dans son jugement du 14 novembre 2016, refuser de traiter les objections soulevées à ce propos par la recourante, au motif que la question avait déjà été tranchée. De même, la cour cantonale ne pouvait considérer sans violer l'<ref-law> que la question de la légitimation passive avait déjà été tranchée et aurait dû faire l'objet d'un recours immédiat.
En conséquence de cette violation, la cause sera renvoyée à la cour cantonale pour suite de la procédure, afin notamment que la question de la légitimation passive de la défenderesse soit tranchée.
5.
Au vu de ce qui précède, nul n'est besoin de traiter les autres griefs de la recourante.
Le recours de la défenderesse doit donc être admis, l'arrêt attaqué annulé et la cause renvoyée à la cour cantonale pour suite de la procédure. La demanderesse intimée ayant succombé, elle sera condamnée à payer les frais judiciaires et une indemnité de dépens à la défenderesse (art. 66 al. 1 et 68 al. 1 et 2 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours de la défenderesse est admis, l'arrêt attaqué est annulé et la cause est retournée à la cour cantonale pour suite de la procédure.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 4'000 fr., sont mis à la charge de l'intimée.
3.
L'intimée versera à la recourante une indemnité de 5'000 fr. à titre de dépens.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et au Tribunal cantonal du canton de Vaud, Cour d'appel civile.
Lausanne, le 15 novembre 2018
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente : Kiss
La Greffière : Schmidt