Faits :
A.
Par ordonnance du 22 juin 2020, le Ministère public de la République et canton de Genève a partiellement classé la procédure P/23747/2018 ouverte à l'encontre de B._ en tant qu'elle concernait les infractions de séquestration et enlèvement, injures, voies de fait et infractions contre l'intégrité sexuelle dénoncées par A._ et dit que la procédure suivait son cours pour le surplus.
B.
Statuant sur le recours interjeté par A._ contre l'ordonnance de classement partiel précitée, la Chambre pénale de recours de la Cour de justice de la République et canton de Genève (ci-après: la CPR) l'a rejeté par arrêt du 3 septembre 2020.
L'arrêt attaqué se fonde en substance sur les faits suivants.
B.a. Le 27 novembre 2018, A._ a déposé plainte pénale contre B._, avec qui elle a cohabité entre la fin de l'année 2014 et le début de l'année 2016. Elle lui reprochait de nombreuses violences et mauvais traitements, que le ministère public annonçait poursuivre, par ailleurs, et qui n'étaient pas restés sans conséquence sur sa santé mentale, à teneur de diverses pièces délivrées par le corps médical. En ce qui concerne les faits litigieux dans le cadre du recours contre le classement partiel, A._ accusait B._ de l'avoir enfermée "une grande partie de l'après-midi" du 28 août 2014, soit "quelques heures", dans leur appartement de X._. Elle l'accusait également de l'avoir, en tout cas après avoir subi un avortement le 26 septembre 2014, contrainte à subir des pénétrations anales, vaginales et digitales.
B.b. En lien avec les éléments précités, la cour cantonale a relevé que A._ avait joint à sa plainte une copie d'une fiche de renseignements de police, à teneur de laquelle une patrouille était intervenue à X._ le 28 août 2014 à 22h28, à la demande d'une amie de la prénommée qui aurait mal interprété des messages de sa part. La patrouille avait constaté que B._ était présent, que tout allait bien et que A._ avait souhaité rester avec lui. A._ avait également annexé à sa plainte la capture d'écran d'un message que B._ aurait envoyé à sa mère (à elle, à une date inconnue), dans lequel il écrivait: "elle me dit [...] qu elel fesai [sic] des trucs avec moi juste pr me faire plaisir".
B._, qui a été détenu entre les 16 mai et 18 juin 2019, puis libéré sous mesure de substitution, ne contestait pas les éclats, heurts ou coups qui l'avaient opposé à A._, mais niait toute violence ou toute contrainte à caractère sexuel, ainsi que toute séquestration.
L'amie qui avait appelé la police en août 2014 avait déclaré que A._ l'avait contactée par facebook, pour lui expliquer que B._, absent pour un entraînement de boxe, l'avait "enfermée à l'intérieur". Après avoir contacté la mère de l'intéressée et d'entente avec elle, elle avait prévenu la police.
Les six témoins entendus avaient déclaré que A._ ne leur avait jamais parlé de relations sexuelles forcées avec B._ ou s'était limitée à dire n'être pas heureuse de ces rapports. L'un des témoins, qui se présente comme la meilleure amie de la plaignante, avait pris soin de préciser qu'elles se disaient "tout".
B.c. Le 6 février 2020, le ministère public a émis un avis de prochaine clôture de l'instruction, annonçant que les accusations de séquestration et de violences sexuelles seraient classées, et qu'il rendrait un acte d'accusation concernant les infractions de lésions corporelles simples, de voies de faits réitérées, de menaces, de contrainte et l'infraction à la Loi fédérale sur les armes. En date du 4 juin 2020, le ministère public a émis un avis de prochaine clôture complémentaire, précisant qu'il prononcerait prochainement un classement concernant les infractions de voies de fait réitérées et que le précédent avis de prochaine clôture était confirmé pour le surplus.
B.d. Dans son ordonnance de classement partielle du 22 juin 2020, le ministère public a estimé insuffisants les soupçons de séquestration, au motif que le prévenu contestait les faits et que la plaignante avait, sur le moment, renvoyé la police. Pour les violences sexuelles, il retenait que la souffrance de A._ était étayée et crédible, sous la forme d'un mal-être. Ses sentiments amoureux pour B._ avaient cependant été sincères et réciproques. Rien n'objectivait les accusations qu'elle portait contre celui-ci. La probabilité d'une condamnation de B._ n'était, ainsi, pas équivalente à celle d'un acquittement, "bien au contraire".
C.
A._ forme un recours en matière pénale au Tribunal fédéral contre l'arrêt de la Chambre pénale de recours de la Cour de justice de la République et canton de Genève. Elle conclut, principalement, avec suite de frais et dépens, à l'annulation de l'arrêt attaqué et à ce qu'il soit ordonné aux autorités genevoises compétentes de renvoyer en jugement B._ pour viol, contrainte sexuelle et séquestration. Subsidiairement, elle conclut à l'annulation de l'arrêt attaqué et au renvoi de la cause devant l'autorité précédente. Elle sollicite également le bénéfice de l'assistance judiciaire.
D.
Invitée à se déterminer, la Chambre pénale de recours s'est référée aux considérants de son arrêt et a renoncé à présenter des observations. Le ministère public a pour sa part conclu au rejet du recours, avec suite de frais, en se référant à la motivation de son ordonnance de classement ainsi qu'à la motivation de l'arrêt attaqué, tout en précisant renoncer à formuler d'autres observations. L'intimé, qui a quant à lui déposé des observations et dont le conseil a été désigné en qualité de conseil d'office, a conclu, avec suite de frais et dépens, au rejet du recours. La recourante, par son conseil, a renoncé à répliquer.

Considérant en droit :
1.
Le Tribunal fédéral examine d'office (<ref-law>) et librement la recevabilité des recours qui lui sont soumis (<ref-ruling> consid. 2 p. 188).
1.1. Selon l'art. 81 al. 1 let. a et b ch. 5 LTF, la partie plaignante qui a participé à la procédure de dernière instance cantonale est habilitée à recourir au Tribunal fédéral, si la décision attaquée peut avoir des effets sur le jugement de ses prétentions civiles. Constituent de telles prétentions celles qui sont fondées sur le droit civil et doivent en conséquence être déduites ordinairement devant les tribunaux civils. Il s'agit principalement des prétentions en réparation du dommage et du tort moral au sens des <ref-law>.
1.2. En l'espèce, la recourante a notamment déposé une plainte pénale contre l'intimé pour contrainte sexuelle et viol, soit de graves infractions contre l'intégrité sexuelle, qui sont susceptibles de fonder des prétentions en réparation d'un tort moral. La nature des infractions alléguées par la recourante permet par conséquent d'admettre sa qualité pour recourir.
2.
La recourante fait grief à la cour cantonale d'avoir établi les faits de manière arbitraire en écartant de nombreux éléments essentiels du dossier, propres, selon elle, à établir le climat de violence extrême dans lequel elle évoluait et à démontrer l'existence de soupçons justifiant une mise en accusation pour contrainte sexuelle, viol et séquestration. Elle se plaint également d'une violation de l'<ref-law>, ainsi que du principe "in dubio pro duriore".
2.1. Aux termes de l'<ref-law>, le ministère public ordonne le classement de tout ou partie de la procédure lorsqu'aucun soupçon justifiant une mise en accusation n'est établi (let. a), lorsque les éléments constitutifs d'une infraction ne sont pas réunis (let. b), lorsque des faits justificatifs empêchent de retenir une infraction contre le prévenu (let. c), lorsqu'il est établi que certaines conditions à l'ouverture de l'action pénale ne peuvent pas être remplies ou que des empêchements de procéder sont apparus (let. d) ou lorsqu'on peut renoncer à toute poursuite ou à toute sanction en vertu de dispositions légales (let. e). L'<ref-law> prévoit encore deux autres motifs de classement exceptionnels (intérêt de la victime [let. a] ou consentement de celle-ci au classement [let. b]).
La décision de classer la procédure doit être prise en application du principe "in dubio pro duriore". Ce principe vaut également pour l'autorité judiciaire chargée de l'examen d'une décision de classement. Il signifie qu'en règle générale, un classement ou une non-entrée en matière ne peut être prononcé par le ministère public que lorsqu'il apparaît clairement que les faits ne sont pas punissables ou que les conditions à la poursuite pénale ne sont pas remplies. Le ministère public et l'autorité de recours disposent, dans ce cadre, d'un pouvoir d'appréciation que le Tribunal fédéral revoit avec retenue. La procédure doit se poursuivre lorsqu'une condamnation apparaît plus vraisemblable qu'un acquittement ou lorsque les probabilités d'acquittement et de condamnation apparaissent équivalentes, en particulier en présence d'une infraction grave. En effet, en cas de doute s'agissant de la situation factuelle ou juridique, ce n'est pas à l'autorité d'instruction ou d'accusation mais au juge matériellement compétent qu'il appartient de se prononcer (<ref-ruling> consid. 2.2.1 p. 243; <ref-ruling> consid. 4.1.2 p. 91 et les références citées). L'autorité de recours ne saurait ainsi confirmer un classement au seul motif qu'une condamnation n'apparaît pas plus probable qu'un acquittement (arrêts 6B_116/2019 du 11 mars 2019 consid. 2.1; 6B_1239/2018 du 11 mars 2019 consid. 3.1.2 et les arrêts cités).
2.2. Dans les procédures où l'accusation repose essentiellement sur les déclarations de la victime, auxquelles s'opposent celles du prévenu et lorsqu'il n'est pas possible d'estimer que certaines dépositions sont plus crédibles que d'autres, le principe "in dubio pro duriore" impose en règle générale que le prévenu soit mis en accusation (<ref-ruling> consid. 2.2.2 p. 243 et les arrêts cités; arrêt 6B_874/2017 du 18 avril 2018 consid. 5.1). Cela vaut en particulier lorsqu'il s'agit de délits commis typiquement "entre quatre yeux" pour lesquels il n'existe souvent aucune preuve objective. Il peut toutefois être renoncé à une mise en accusation lorsque la partie plaignante fait des dépositions contradictoires, rendant ses accusations moins crédibles ou encore lorsqu'une condamnation apparaît au vu de l'ensemble des circonstances a priori improbable pour d'autres motifs (<ref-ruling> consid. 2.2.2 p. 243; arrêts 6B_116/2019 précité consid. 2.1; arrêt 6B_1239/2018 précité consid. 3.1.2 et les arrêts cités). En outre, face à des versions contradictoires des parties, il peut être exceptionnellement renoncé à une mise en accusation lorsqu'il n'est pas possible d'apprécier l'une ou l'autre version comme étant plus ou moins plausible et qu'aucun résultat n'est à escompter d'autres moyens de preuve (arrêt 6B_1239/2018 précité consid. 3.1.2 et les arrêts cités).
Déterminer si l'autorité précédente a correctement compris la portée du principe "in dubio pro duriore" et s'est fondée sur une notion juridiquement correcte du "soupçon suffisant" visé par l'<ref-law> est une question de droit, soumis au libre examen du Tribunal fédéral. Le principe "in dubio pro duriore", en tant que règle de droit, est notamment violé lorsque l'instance précédente a admis dans ses considérants un soupçon suffisant mais, pour des motifs ne concernant pas l'objet du litige et en violation de son pouvoir d'appréciation, n'a pas engagé l'accusation, lorsqu'il ressort des considérants de l'arrêt attaqué que l'autorité précédente a établi l'état de fait comme un juge du fond, en faisant application du principe "in dubio pro reo" ou lorsqu'elle a méconnu de toute autre manière le principe "in dubio pro duriore" (<ref-ruling> consid. 2.3.3 p. 245 ss; arrêts 6B_116/2019 précité consid. 2.1; 6B_1239/2018 précité consid. 3.1.2 et les arrêts cités).
3.
Les griefs de la recourante visent en premier lieu la confirmation du classement partiel en rapport avec les accusations de contrainte sexuelle et de viol qu'elle formule à l'encontre de l'intimé.
3.1. A teneur de l'<ref-law>, celui qui, notamment en usant de menace ou de violence envers une personne, en exerçant sur elle des pressions d'ordre psychique ou en la mettant hors d'état de résister l'aura contrainte à subir un acte analogue à l'acte sexuel ou un autre acte d'ordre sexuel, sera puni d'une peine privative de liberté de dix ans au plus ou d'une peine pécuniaire. D'après l'<ref-law>, celui qui, notamment en usant de menace ou de violence, en exerçant sur sa victime des pressions d'ordre psychique ou en la mettant hors d'état de résister, aura contraint une personne de sexe féminin à subir l'acte sexuel, sera puni d'une peine privative de liberté de un à dix ans.
Les art. 189 et 190 CP visent à protéger la libre détermination en matière sexuelle, en réprimant l'usage de la contrainte aux fins d'amener une personne à faire ou à subir, sans son consentement, l'acte sexuel ou un autre acte d'ordre sexuel (<ref-ruling> consid. 2.2 p. 109; arrêts 6B_146/2020 du 5 mai 2020 consid. 2.1; 6B_159/2020 du 20 avril 2020 consid. 2.4.1). Il s'agit de délits de violence, qui doivent être considérés principalement comme des actes d'agression physique (<ref-ruling> consid. 2.2 p. 109 et les arrêts cités; arrêt 6B_146/2020 précité consid. 2.1; 6B_159/2020 précité consid. 2.4.1). Pour qu'il y ait contrainte en matière sexuelle, il faut que la victime ne soit pas consentante, que l'auteur le sache ou accepte cette éventualité et qu'il passe outre en profitant de la situation ou en utilisant un moyen efficace (<ref-ruling> consid. 2b p. 100; arrêts 6B_935/2020 du 25 février 2021 consid. 4.1; 6B_159/2020 précité consid. 2.4.1). Les art. 189 et 190 CP ne protègent des atteintes à la libre détermination en matière sexuelle que pour autant que l'auteur surmonte ou déjoue la résistance que l'on pouvait raisonnablement attendre de la victime (<ref-ruling> consid. 4 p. 52 s. et l'arrêt cité; arrêt 6B_935/2020 précité consid. 4.1).
En introduisant la notion de "pressions psychiques", le législateur a voulu viser les cas où la victime se trouve dans une situation sans espoir, sans pour autant que l'auteur ait recouru à la force physique ou à la violence. Les pressions d'ordre psychique concernent les cas où l'auteur provoque chez la victime des effets d'ordre psychique, tels que la surprise, la frayeur ou le sentiment d'une situation sans espoir, propres à la faire céder (<ref-ruling> consid. 3a/bb p. 110 s.; <ref-ruling> consid. 2b p. 100). Ainsi, l'infériorité cognitive et la dépendance émotionnelle et sociale peuvent - en particulier chez les enfants - induire une pression psychique extraordinaire et, partant, une soumission comparable à la contrainte physique, les rendant incapables de s'opposer à des atteintes sexuelles. La jurisprudence parle de "violence structurelle" pour désigner cette forme de contrainte d'ordre psychique commise par l'instrumentalisation de liens sociaux. La pression psychique générée par l'auteur et son effet sur la victime doivent atteindre une intensité particulière (<ref-ruling> consid. 3.1 p. 170 s. et les références citées; arrêts 6B_935/2020 précité consid. 4.1; 6B_693/2020 du 18 janvier 2021 consid. 3.1).
Pour déterminer si l'on se trouve en présence d'une contrainte sexuelle, il faut procéder à une appréciation globale des circonstances concrètes déterminantes (<ref-ruling> consid. 2.2 p. 109; arrêt 6B_935/2020 précité consid. 4.1).
3.2. En l'espèce, il est constant que les accusations formulées par la recourante s'inscrivent dans un contexte qui renvoie à la configuration dite du délit commis "entre quatre yeux". La cour cantonale a de surcroît relevé, en soi à juste titre, que les déclarations des parties étaient irréductiblement contradictoires sur la question décisive du consentement. Sachant que la mise en accusation du prévenu constitue en principe la règle dans une telle configuration, la question litigieuse est celle de savoir si les éléments mis en exergue par la cour cantonale lui permettaient de s'en écarter pour confirmer le classement.
A cet égard, la recourante fait à juste titre valoir que la cour cantonale n'a nullement relevé l'existence de dépositions contradictoires de sa part, susceptibles de rendre ses accusations d'emblée moins crédibles. En outre, la cour cantonale évoque certes différents éléments de nature à fragiliser les accusations de la recourante, notamment en soulignant l'absence de constat médico-légal objectivant ses dires ou d'autres éléments corroboratifs indirects tels que des confidences faites à des tiers. Pour autant, les différents motifs invoqués n'apparaissent pas - au stade d'une discussion qui doit s'appréhender à l'aune du principe "in dubio pro duriore" - suffisamment déterminants pour permettre d'anticiper l'issue d'une procédure devant le juge du fond. La cour cantonale relève elle-même que les pratiques, gestes ou comportements dénoncés par la recourante, ne sont pas contestés par le prévenu, même si elle souligne qu'il réfute toute contrainte. Il n'en demeure pas moins que la matérialité d'une partie des faits ne semble pas contestée. Quant à la question de la contrainte, la cour cantonale l'isole d'un contexte qui apparaît tout à fait singulier. Le classement partiel litigieux s'inscrit en effet, ainsi que cela ressort de l'arrêt attaqué, dans un contexte plus large, dans lequel la recourante reproche à l'intimé de nombreuses violences et mauvais traitements que le ministère public entend poursuivre après avoir annoncé un acte d'accusation (cf. supra B.a et B.c), sans compter les difficultés psychologiques évoquées, en rapport avec lesquelles il est question d'une tentative de suicide, ou encore l'avortement que mentionne la cour cantonale. En tout état, les motifs avancés par la cour cantonale pour confirmer le classement traduisent en réalité une argumentation par laquelle les premiers juges ont apprécié les éléments du dossier et établi les faits en endossant le rôle du juge du fond, avec les prérogatives qui sont les siennes en termes de libre appréciation des preuves et d'application du principe "in dubio pro reo" (cf. <ref-ruling> consid. 3.3 p. 79). Les observations de l'intimé, qui reprennent pour l'essentiel la motivation cantonale, n'infirment pas ce qui précède. Cela étant, eu égard aux enjeux liés à la poursuite des infractions contre l'intégrité sexuelle, le Tribunal fédéral a souligné à plusieurs reprises dans sa jurisprudence récente que les déclarations de la victime constituaient un élément de preuve qu'il incombe au juge du fond d'apprécier librement, dans le cadre d'une évaluation globale de l'ensemble des éléments probatoires figurant au dossier (arrêts 6B_238/2020 du 14 décembre 2020 consid. 1.3; 6B_772/2020 du 8 décembre 2020 consid. 1.3; 6B_219/2020 du 4 août 2020 consid. 2.1 et les arrêts cités). En définitive, le grief de violation du principe "in dubio pro duriore" soulevé par la recourante s'avère fondé et le recours doit être admis sur ce point, sans qu'il soit nécessaire d'examiner plus avant les griefs d'arbitraire dans l'établissement des faits que soulève également la recourante.
4.
Les griefs de la recourante ciblent en second lieu la confirmation du classement partiel en ce qui concerne l'accusation de séquestration.
4.1. Aux termes de l'<ref-law>, celui qui, sans droit, aura arrêté une personne, l'aura retenue prisonnière, ou l'aura, de toute autre manière, privée de sa liberté (al. 1) ou qui, en usant de violence, de ruse ou de menace, aura enlevé une personne (al. 2) sera puni d'une peine privative de liberté de cinq ans au plus ou d'une peine pécuniaire.
Le bien juridique protégé est la liberté de déplacement. Les éléments objectifs constitutifs sont réalisés si la personne est privée de sa liberté d'aller et venir et de choisir le lieu où elle souhaite rester. Il n'est pas nécessaire que la privation de liberté soit de longue durée. Quelques minutes suffisent (arrêts 6B_1070/2017 du 20 avril 2018 consid. 4.2; 6B_637/2011 du 13 avril 2012 consid. 3.3.1). Une personne peut être séquestrée par le recours à la menace, à la violence, en soustrayant les moyens dont elle a besoin pour partir ou encore en la plaçant dans des conditions telles qu'elle se sent dans l'impossibilité de s'en aller (arrêts 6B_1070/2017 précité consid. 4.2; 6B_637/2011 précité consid. 3.3.1 et la référence citée).
4.2. En l'espèce, les motifs énoncés plus haut en rapport avec le classement partiel concernant les infractions contre l'intégrité sexuelle en cause valent mutatis mutandis pour ce qui concerne les accusations de séquestration et d'enlèvement. Sur ce point également, les éléments mis en évidence par la cour cantonale ne suffisent pas à justifier de s'écarter de la règle selon laquelle, en présence d'une configuration telle que celle qui prévaut dans le cas d'espèce, la mise en accusation du prévenu s'impose. Les griefs de violation du principe "in dubio pro duriore" s'avèrent donc fondés dans ce contexte également.
5.
Au vu de ce qui précède, le recours doit être admis, l'arrêt attaqué annulé et la cause renvoyée à la cour cantonale pour nouvelle décision.
La recourante, qui obtient gain de cause, ne supporte pas de frais judiciaires (<ref-law>) et peut prétendre à une indemnité de dépens à la charge du canton de Genève (art. 68 al. 1 et 2 LTF), ce qui rend sans objet sa requête d'assistance judiciaire.
L'intimé a d'ores et déjà été mis au bénéfice de l'assistance judiciaire et Me Mattia Deberti lui a été désigné en qualité de conseil d'office. Il doit ainsi être dispensé des frais de procédure et il convient d'indemniser son conseil d'office (art. 64 al. 1 et 2 LTF). Dans la configuration propre au cas d'espèce, il n'y a pas lieu de mettre des dépens à sa charge.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est admis, l'arrêt attaqué est annulé et la cause est renvoyée à la cour cantonale pour nouvelle décision.
2.
Il n'est pas perçu de frais judiciaires.
3.
Le canton de Genève versera à la recourante, en main de son défenseur, la somme de 3'000 fr. à titre de dépens pour la procédure devant le Tribunal fédéral.
4.
La caisse du Tribunal fédéral versera en main de Me Mattia Deberti, avocat à Genève et conseil d'office de l'intimé, la somme de 1'500 fr. à titre d'indemnité.
5.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre pénale de recours.
Lausanne, le 10 juin 2021
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Juge présidant : Denys
Le Greffier : Dyens