Sachverhalt:
A.
Die Staatsanwaltschaft IV des Kantons Zürich führt eine Strafuntersuchung gegen A._ wegen Geiselnahme. Anlässlich einer Hausdurchsuchung vom 10. April 2018 am Wohnort des Beschuldigten und seiner anschliessenden Verhaftung liess die Staatsanwaltschaft diverse elektronische Datenträger sicherstellen. Gleichentags verlangte der Beschuldigte die Siegelung der sichergestellten Gegenstände. Am 30. April 2018 stellte die Staatsanwaltschaft beim kantonalen Zwangsmassnahmengericht das Entsiegelungsgesuch.
B.
Mit Urteil vom 3. August 2018 hiess das Bezirksgericht Zürich, Zwangsmassnahmengericht, Vizepräsident (ZMG), das Entsiegelungsgesuch gut, indem es der Staatsanwaltschaft die Durchsuchung sämtlicher elektronischer Datenträger erlaubte.
C.
Gegen den Entsiegelungsentscheid des ZMG gelangte der Beschuldigte mit Beschwerde vom 5. September 2018 an das Bundesgericht. Er beantragt, der angefochtene Entscheid sei aufzuheben, und auf das Entsiegelungsgesuch sei nicht einzutreten.
Das ZMG und die Staatsanwaltschaft verzichteten am 10. bzw. 12. September 2018 je auf Vernehmlassungen. Mit prozessleitender Verfügung vom 20. September 2018 hat das Bundesgericht der Beschwerde die aufschiebende Wirkung zuerkannt.

Erwägungen:
1.
Der angefochtene Entscheid schliesst das Strafverfahren nicht ab. Es handelt sich um einen strafprozessualen Zwischenentscheid. Zu prüfen ist, inwieweit dem Beschwerdeführer (im Sinne von Art. 93 Abs. 1 lit. a BGG) ein nicht wieder gutzumachender Nachteil droht. Das Bundesgericht beurteilt diese Frage von Amtes wegen und mit freier Kognition (<ref-ruling> E. 1.1 S. 197; <ref-ruling> E. 2 S. 59 mit Hinweisen; vgl. Art. 29 Abs. 1 und Art. 106 Abs. 1 i.V.m. Art. 78 ff. BGG).
1.1. Die Beschwerde in Strafsachen gegen Entsiegelungsentscheide der Zwangsmassnahmengerichte ist nur zulässig, wenn dem Betroffenen wegen eines Eingriffs in seine rechtlich geschützten Geheimnisinteressen ein nicht wieder gutzumachender Rechtsnachteil droht (Art. 93 Abs. 1 lit. a BGG i.V.m. Art. 248 Abs. 1 StPO; <ref-ruling> E. 1 S. 244; <ref-ruling> E. 1.1-1.2 S. 291 f. mit Hinweisen; nicht amtl. publ. E. 1 von <ref-ruling>, E. 2.1 von <ref-ruling> und E. 2 von <ref-ruling>; s.a. <ref-ruling> E. 4.4 und E. 5 S. 82 ff.; <ref-ruling> E. 3.2 S. 32; <ref-ruling> E. 6.1 S. 227 f.).
Das blosse Motiv, dass eine beschuldigte Person strafprozessuale Beweiserhebungen möglichst unterbinden möchte, begründet für sich allein noch kein rechtlich geschütztes Geheimnisinteresse im Sinne von Art. 248 Abs. 1 StPO und damit keinen drohenden nicht wieder gutzumachenden Rechtsnachteil (<ref-ruling> E. 2.6 S. 79 f.; <ref-ruling> E. 11 S. 228). Auch der alleinige Umstand, dass ein Beweismittel, dessen Verwertbarkeit bestritten wird, in den Akten bleibt bzw. durchsucht wird, stellt nach der Praxis des Bundesgerichtes grundsätzlich keinen Nachteil im Sinne von Art. 93 Abs. 1 lit. a BGG dar, zumal der Betroffene seinen Einwand nötigenfalls bis zum Abschluss des Strafverfahrens erneut vorbringen kann. Er kann die Frage der Verwertbarkeit des Beweismittels namentlich dem Sachrichter unterbreiten. Beruft sich der Beschwerdeführer bei der Anfechtung von Entsiegelungsentscheiden nicht auf konkrete bereits im Vorverfahren zu schützende Geheimnisgründe, sondern ausschliesslich auf allgemeine Beschlagnahme- und Durchsuchungshindernisse, droht ihm daher in der Regel kein nicht wieder gutzumachender Rechtsnachteil (vgl. <ref-ruling> E. 7.6 S. 285; 387 E. 4.4 S. 394; <ref-ruling> E. 9.8 S. 227; <ref-ruling> E. 1 S. 291 f.; je mit Hinweisen).
Der Beschwerdeführer hat die betreffenden Sachurteilsvoraussetzungen ausreichend zu substanziieren, soweit sie nicht offensichtlich erfüllt sind (Art. 42 Abs. 1-2 BGG; <ref-ruling> E. 1.1 S. 4 f.; 284 E. 2.3 S. 287; 289 E. 1.3 S. 292; je mit Hinweisen; Urteil 1B_196/2018 vom 26. November 2018 E. 1.3-1.4).
1.2. Der anwaltlich vertretene Beschwerdeführer begründet den drohenden nicht wieder gutzumachenden Nachteil wie folgt:
Der Entsiegelungsentscheid führe zu einer "Verletzung der Persönlichkeitsrechte und des Rechts auf Privatsphäre des Beschwerdeführers". Ein solcher Eingriff könne auch in einem Endurteil "nicht mehr rückgängig gemacht werden". Mithin drohe ihm ein nicht wieder gutzumachender Nachteil (Beschwerdeschrift, S. 3 f. Rz. 4).
1.3. Diese Vorbringen genügen den gesetzlichen Anforderungen an die Substanziierung des nicht wieder gutzumachenden Rechtsnachteils nicht.
Der Beschwerdeführer legt nicht dar, welche konkreten "Persönlichkeitsrechte" hier einer Entsiegelung inwiefern entgegen stehen könnten. Daran ändert auch der Hinweis nichts, seine Privatsphäre sei tangiert. Jede durch einen richterlichen Entsiegelungsentscheid bewilligte Durchsuchung von privaten Aufzeichnungen und Datenträgern (Art. 246-248 StPO) tangiert den betroffenen Inhaber zwangsläufig in seinen Grundrechten, insbesondere dem Anspruch auf Privatsphäre (vgl. Art. 196-197 StPO i.V.m. Art. 13 Abs. 1 BV). Ein gesetzliches Entsiegelungshindernis (und ein entsprechender nicht wieder gutzumachender Rechtsnachteil) kommt nach Art. 248 Abs. 1 StPO aber nur in Frage, wenn ein Zeugnisverweigerungsrecht oder andere rechtlich geschützte Geheimnisinteressen (wie z.B. das Anwaltsgeheimnis, das ärztliche Patientengeheimnis oder private Geschäfts- und Fabrikationsgeheimnisse etc.) der Durchsuchung entgegenstehen. Nach der oben dargelegten Praxis des Bundesgerichtes sind solche konkreten Geheimnisinteressen bei Beschwerden gegen Entsiegelungsentscheide daher wenigstens knapp und kursorisch zu substanziieren.
1.4. Wie erwähnt, obliegt es der beschwerdeführenden Partei, die Sachurteilsvoraussetzungen der Beschwerde in Strafsachen nachvollziehbar darzulegen. Es gehört grundsätzlich nicht zu den Aufgaben des Bundesgerichtes, umfangreiche Beschwerdeeingaben und die vorinstanzlichen Akten nach allfälligen Hinweisen abzusuchen, mit denen sich ein drohender nicht wieder gutzumachender Rechtsnachteil indirekt begründen liesse (<ref-ruling> E. 2.2.3 S. 48; <ref-ruling> E. 1.1 S. 251; 353 E. 1 S. 356; 400 E. 2 [Ingress] S. 404; Urteil 1B_196/2018 vom 26. November 2018 E. 1.5; vgl. Annette Dolge, in: Spühler/ Aemisegger/Dolge/Vock [Hrsg.], Praxiskommentar BGG, 2. Aufl., Zürich 2013, Art. 42 N. 28; Laurent Merz, in: Basler Kommentar BGG, 3. Auflage 2018, Art. 42 N. 70).
Selbst wenn die materiellen Vorbringen der Beschwerdeschrift noch auf entsprechende weitere Hinweise durchforscht würden, wäre kein nicht wieder gutzumachender Rechtsnachteil (im Sinne von Art. 93 Abs. 1 lit. a BGG) ersichtlich:
Der Beschwerdeführer bestreitet die schweizerische Strafrechtshoheit für eine ihm vorgeworfene Auslandtat. Er macht geltend, das Strafverfahren gegen ihn hätte "gar nicht stattfinden" dürfen. Dabei verweist er auf Art. 309 StPO. Nach ständiger Praxis des Bundesgerichtes stellt auch der blosse Umstand, dass gegen eine beschuldigte Person eine Strafuntersuchung eröffnet worden ist (Art. 309 StPO), noch keinen Rechtsnachteil dar, der in einem späteren Endurteil nicht mehr korrigiert werden könnte (<ref-ruling> E. 4 S. 141; Urteile 1B_318/ 2017 vom 30. November 2017 E. 3; 1B_70/2009 vom 7. April 2009 E. 2.1; 6B_149/2007 vom 17. Juli 2007 E. 1; 6B_23/2007 vom 2. April 2007 E. 1.1.2; je mit Hinweisen). Die Einleitung des Vorverfahrens ist von Gesetzes wegen nicht anfechtbar, zumal der Beschwerdeführer keine Verletzung des Verbots der doppelten Strafverfolgung rügt (vgl. Art. 300 Abs. 2 StPO).
2.
Der Beschwerdeführer macht noch geltend, es liege hier ein Sonderfall gemäss Art. 93 Abs. 1 lit. b BGG vor, da bei einer Verneinung der schweizerischen Strafrechtshoheit sofort ein Endentscheid in der Strafsache herbeigeführt und damit ein bedeutender Aufwand an Zeit und Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren erspart werden könnte. Nach der Praxis des Bundesgerichtes ist Art. 93 Abs. 1 lit. b BGG auf strafprozessuale Zwischenentscheide grundsätzlich nicht anwendbar (vgl. BGE <ref-ruling> E. 1.1 S. 291). Ob in der vorliegenden Konstellation ein Ausnahmefall gegeben sein könnte, erschiene zumindest fraglich, kann hier aber im Ergebnis offen bleiben. Wie sich aus den folgenden Erwägungen ergibt, erweist sich die Beschwerde jedenfalls auch materiell als unbegründet.
3.
Der Beschwerdeführer rügt eine Verletzung von Art. 185 Ziff. 5 StGB. Er bestreitet die "Zuständigkeit" der Zürcher Staatsanwaltschaft bzw. die schweizerische Strafrechtshoheit. Es werde ihm vorgeworfen, sich an Geiselnahmen im Sudan beteiligt zu haben. Das StGB sehe nur in wenigen Ausnahmefällen einen Anknüpfungspunkt für Auslandtaten vor. Dieser könne nur für schwere Verbrechen angenommen werden, die von der internationalen Rechtsgemeinschaft geächtet würden. Art. 185 Ziff. 5 StGB sehe zwar die Strafbarkeit bei Geiselnahmen im Ausland vor, wenn der Beschuldigte in der Schweiz verhaftet wird; dies gelte jedoch nur für den Fall, dass er nicht an den Tatortstaat ausgeliefert würde. Aus dem Fehlen eines Auslieferungsersuchens ergebe sich keine Strafrechtshoheit der Schweiz. Zudem sei er in der Schweiz "nicht dauerhaft" verhaftet worden.
3.1. Das Vorverfahren ist spätestens seit den ersten Zwangsmassnahmen (Hausdurchsuchung und vorläufige Verhaftung am 10. April 2018) eröffnet worden (vgl. Art. 300 Abs. 1 i.V.m. Art. 309 Abs. 1 lit. b StPO). Bis zur Einstellung oder Anklageerhebung leitet die Staatsanwaltschaft das Verfahren (Art. 61 lit. a i.V.m. Art. 308 Abs. 1 StPO). Folglich war die das Vorverfahren leitende Staatsanwaltschaft hier auch für das Entsiegelungsgesuch zuständig (Art. 248 Abs. 2 StPO). Zusätzliche Fragen der örtlichen, sachlichen oder innerbehördlichen Zuständigkeiten im Strafverfahren oder der internationalstrafrechtlichen Strafhoheit hatte die Vorinstanz im Entsiegelungsverfahren - gemäss den hier massgeblichen gesetzlichen Vorschriften - nicht vertieft und endgültig zu beurteilen:
Die Strafbehörden, darunter die Staatsanwaltschaft, prüfen ihre Zuständigkeit von Amtes wegen (Art. 39 Abs. 1 i.V.m. Art. 12 lit. b StPO). Will eine Partei die Zuständigkeit der mit dem Strafverfahren befassten Behörde anfechten, so hat sie dieser unverzüglich die Überweisung des Falles an die zuständige Strafbehörde zu beantragen (Art. 41 Abs. 1 StPO). Im Falle einer Anklageerhebung wird das mit dem Fall befasste Gericht sowohl die schweizerische Strafrechtshoheit für allfällige Auslandtaten zu beurteilen haben (vgl. Art. 5-7 StGB), als auch seine Zuständigkeit im Hinblick auf den Gerichtsstand in der Schweiz (vgl. Art. 31-42 StPO).
3.2. Dass die Vorinstanz im Lichte von Art. 248 StPO (i.V.m. Art. 197 Abs. 1 lit. b StPO und Art. 185 Ziff. 5 StGB) weder ein Entsiegelungshindernis noch einen Nichteintretensgrund wegen offensichtlichen Fehlens der schweizerischen Strafrechtshoheit (oder mangels Gerichtsstandes im Kanton Zürich) erkannt hat, hält vor dem Bundesrecht stand:
Der Beschwerdeführer bestreitet den von der Vorinstanz dargelegten hinreichenden Tatverdacht der Teilnahme an Geiselnahme (Art. 185 StGB) nicht in substanziierter Weise. Die kantonalen Strafbehörden werfen ihm vor, er sei zwischen April und Juni 2015 als Dolmetscher und Gehilfe von Nomaden in der sudanesischen Wüste bzw. in der Nähe von Khartum aktiv gewesen. Im April 2015 habe die Täterschaft sechs Frauen aus einem Flüchtlingskonvoi entführt sowie ca. 50-60 Tage lang festgehalten, vergewaltigt und täglich geschlagen. Der Beschwerdeführer werde durch eines der Opfer persönlich belastet.
Ist eine Straftat im Ausland verübt worden oder kann der Tatort nicht ermittelt werden, so sind für die Verfolgung und Beurteilung die Behörden des Ortes zuständig, an dem die beschuldigte Person ihren Wohnsitz oder ihren gewöhnlichen Aufenthalt hat (Art. 32 Abs. 1 StPO). Der Beschwerdeführer macht geltend, er sei eritreischer Nationalität. Er sei im Kanton Zürich wohnhaft, und für seine Lebenshaltungskosten werde er vollumfänglich von den Zürcher Asylfürsorgebehörden unterstützt. Der Beschwerdeschrift liegen entsprechende Belege bei. Bei dieser Sachlage ist ein Gerichtsstand im Kanton Zürich grundsätzlich gegeben. Auch die Strafrechtshoheit der Schweiz zur Verfolgung von Auslandtaten erscheint hier (angesichts der Regelungen von Art. 7 i.V.m. Art. 185 Ziff. 5 StGB) nicht bereits als zum Vornherein ausgeschlossen. Qualifizierte Fälle von Geiselnahmen wären denn auch zu den schweren Verbrechen zu zählen, die von der internationalen Rechtsgemeinschaft geächtet werden (vgl. Art. 3 Abs. 2 lit. d IRSG; UNO-Übereinkommen gegen Geiselnahme vom 17. Dezember 1979 [SR 0.351.4]). Im Entsiegelungsverfahren ist in diesem Zusammenhang nicht weiter zu prüfen, ob der Standpunkt des Beschwerdeführers, er könne - im Falle eines entsprechenden Auslieferungsersuchens - an den Sudan zur Strafverfolgung ausgeliefert werden, zutreffend wäre oder nicht.
Soweit die prozessualen und internationalstrafrechtlichen Vorbringen des Beschwerdeführers gar nicht Gegenstand des Entsiegelungsverfahrens (im Vorverfahren) bilden, ist darauf nicht einzutreten.
4.
Die Beschwerde ist abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann.
Der Beschwerdeführer stellt ein Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege. Da die Beschwerde sich als zum Vornherein aussichtslos erweist, ist das Gesuch abzuweisen (Art. 64 Abs. 1 BGG). Auf die Erhebung von Gerichtskosten kann hier (angesichts der dargelegten Mittellosigkeit des Beschwerdeführers) ausnahmsweise verzichtet werden (Art. 66 Abs. 1 Satz 2 BGG). Eine Parteientschädigung ist nicht zuzusprechen (Art. 68 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit auf sie einzutreten ist.
2.
Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird abgewiesen.
3.
Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
4.
Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten und dem Bezirksgericht Zürich, Zwangsmassnahmengericht, Vizepräsident, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 13. Dezember 2018
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Merkli
Der Gerichtsschreiber: Forster