Sachverhalt:
A.
X._ mietete von A.A._ und B.A._ von 1989 bis Ende 2014 eine Werkstatt- und Lagerhalle. Diese befand sich unterhalb des Hühnerstalls von A.A._ und B.A._. Der Hühnerstall wurde sporadisch gereinigt, wobei das Desinfektionsmittel "Stalldes 03", welches Peroxyessigsäure enthält, eingesetzt wurde.
Am 28. Februar 2017 erstattete X._ Strafanzeige gegen A.A._ und B.A._ wegen fahrlässiger Körperverletzung. Er wirft ihnen vor, er sei durch das Desinfektionsmittel "Stalldes 03" vergiftet worden.
B.
Die Staatsanwaltschaft Emmen stellte das Verfahren am 24. Oktober 2017 ein. Sie auferlegte X._ die Kosten des Untersuchungsverfahrens von Fr. 1'300.-- und verpflichtete ihn, B.A._ eine Anwaltskostenentschädigung von Fr. 972.-- zu bezahlen sowie seine eigenen Anwaltskosten zu tragen.
Das Kantonsgericht Luzern wies die Beschwerde von X._ gegen die Einstellungsverfügung am 5. Juli 2018 ab. Es bestätigte die Kostenauferlegung für das Untersuchungsverfahren, gewährte X._ die unentgeltliche Rechtspflege und auferlegte ihm die Kosten für das Beschwerdeverfahren.
C.
X._ beantragt mit Beschwerde in Strafsachen, der Beschluss des Kantonsgerichts sei aufzuheben und die Strafuntersuchung sei an das Kantonsgericht oder die Staatsanwaltschaft zurückzuweisen zur weiteren Abklärung, insbesondere zur Einholung einer forensisch-toxikologischen Untersuchung einer Gewebeprobe sowie zur Abklärung der noch vorhandenen Spuren in der Halle unter dem Hühnerstall und an den eingelagerten Schallplatten und bei der Autoschwelle von X._. Subeventualiter beantragt er, die genannten Abklärungen seien durch das Bundesgericht vorzunehmen. Die Kosten des Vorverfahrens inkl. Anwaltskosten sowie des kantonsgerichtlichen Verfahrens seien A.A._ und B.A._ aufzuerlegen, eventualiter seien sie zu Lasten der Staatskasse zu verlegen, und die A.A._ und B.A._ (gemeint ist wohl nur B.A._, vgl. oben, Bst. B.) zugesprochene Parteientschädigung sei aufzuheben. X._ ersucht um unentgeltliche Rechtspflege.
Am 8. und 30. April 2019 reichte X._ dem Bundesgericht weitere Akten ein.

Erwägungen:
1.
1.1. Der Privatkläger ist zur Beschwerde in Strafsachen legitimiert, wenn der angefochtene Entscheid sich auf die Beurteilung seiner Zivilansprüche auswirken kann (Art. 81 Abs. 1 lit. b Ziff. 5 BGG).
In erster Linie geht es um Ansprüche auf Schadenersatz und Genugtuung gemäss <ref-law>, die üblicherweise vor den Zivilgerichten geltend gemacht werden müssen. Richtet sich die Beschwerde gegen die Einstellung oder Nichtanhandnahme eines Verfahrens, hat der Privatkläger nicht notwendigerweise bereits vor den kantonalen Behörden eine Zivilforderung geltend gemacht. Selbst wenn er bereits adhäsionsweise privatrechtliche Ansprüche geltend gemacht hat, werden in der Einstellungsverfügung keine Zivilklagen behandelt (<ref-law>). In jedem Fall muss der Privatkläger im Verfahren vor Bundesgericht darlegen, aus welchen Gründen sich der angefochtene Entscheid inwiefern auf welche Zivilforderung auswirken kann. Das Bundesgericht stellt an die Begründung der Legitimation strenge Anforderungen. Genügt die Beschwerde diesen nicht, kann darauf nur eingetreten werden, wenn aufgrund der Natur der untersuchten Straftat ohne Weiteres ersichtlich ist, um welche Zivilforderung es geht (<ref-ruling> E. 1.1 mit Hinweisen; Urteil 6B_1358/2016 vom 1. Juni 2017 E. 1.1, nicht publ. in <ref-ruling>).
1.2. Der Beschwerdeführer äussert sich nicht zu seinen Zivilforderungen. Er macht jedoch eine fahrlässige Körperverletzung geltend, die Anspruch auf Schadenersatz und Genugtuung geben könnte. Ob dies vorliegend für die Bejahung der Beschwerdelegitimation im Sinne von Art. 81 Abs. 1 lit. b Ziff. 5 BGG genügt, kann mit Blick auf den Ausgang des Verfahrens offenbleiben.
2.
Der Beschwerdeführer reichte dem Bundesgericht am 8. und 30. April 2019 mehrere medizinische Analysen sowie ein Datenblatt betreffend Peroxyessigsäuren und eine Produktbeschreibung betreffend das Desinfektionsmittel "Stalldes 03" ein (act. 9 - 12). Gewisse dieser Unterlagen sind erst nach dem angefochtenen Entscheid entstanden und sind damit als unzulässige echte Noven im bundesgerichtlichen Verfahren ohnehin nicht zu berücksichtigen (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1.2; <ref-ruling> E. 3.1.2; je mit Hinweisen). Im Übrigen erfolgten diese Eingaben nicht innert Frist nach <ref-law> und bleiben auch aus diesem Grund unbeachtlich.
3.
3.1. Der Beschwerdeführer wendet sich gegen die Einstellung des Verfahrens wegen fahrlässiger Körperverletzung. Er wirft der Vorinstanz eine Verletzung von Art. 308 Abs. 1 und <ref-law> vor.
3.2. In der Untersuchung klärt die Staatsanwaltschaft den Sachverhalt tatsächlich und rechtlich so weit ab, dass sie das Vorverfahren abschliessen kann (<ref-law>). Die Staatsanwaltschaft verfügt gemäss <ref-law> u.a. die Einstellung des Verfahrens, wenn kein Tatverdacht erhärtet ist, der eine Anklage rechtfertigt (lit. a), wenn kein Straftatbestand erfüllt ist (lit. b) oder wenn Rechtfertigungsgründe einen Straftatbestand unanwendbar machen (lit. c).
Der Entscheid über die Einstellung eines Verfahrens hat sich nach dem Grundsatz "in dubio pro duriore" zu richten. Danach darf eine Einstellung durch die Staatsanwaltschaft grundsätzlich nur bei klarer Straflosigkeit oder offensichtlich fehlenden Prozessvoraussetzungen angeordnet werden. Hingegen ist, sofern die Erledigung mit einem Strafbefehl nicht in Frage kommt, Anklage zu erheben, wenn eine Verurteilung wahrscheinlicher erscheint als ein Freispruch. Ist ein Freispruch genauso wahrscheinlich wie eine Verurteilung, drängt sich in der Regel, insbesondere bei schweren Delikten, eine Anklageerhebung auf. Bei zweifelhafter Beweis- oder Rechtslage hat nicht die Staatsanwaltschaft über die Stichhaltigkeit des strafrechtlichen Vorwurfs zu entscheiden, sondern das zur materiellen Beurteilung zuständige Gericht. Der Grundsatz, dass das Verfahren im Zweifel nicht eingestellt werden darf, ist auch bei der Überprüfung von Einstellungsverfügungen zu beachten (<ref-ruling> E. 2.2.1 f.; <ref-ruling> E. 4.1; je mit Hinweisen).
Wie die Beweise nach dem Grundsatz "in dubio pro duriore" zu würdigen sind und ob die Vorinstanz gestützt darauf einen hinreichenden Tatverdacht verneinen durfte, prüft das Bundesgericht nur auf Willkür. Es prüft aber im Rahmen einer Beschwerde gegen eine Einstellung nicht, wie beispielsweise bei einer Beschwerde gegen einen Schuldspruch, ob die vorinstanzlichen Sachverhaltsfeststellungen willkürlich sind (<ref-law>), sondern ob die Vorinstanz willkürlich von einer "klaren Beweislage" ausging oder gewisse Tatsachen willkürlich für "klar erstellt" annahm. Dies ist der Fall, wenn offensichtlich nicht gesagt werden kann, es liege ein klarer Sachverhalt vor, beziehungsweise wenn ein solcher Schluss schlechterdings unhaltbar ist. Als Rechtsfrage einer freien Prüfung durch das Bundesgericht zugänglich ist demgegenüber, ob die Vorinstanz die Tragweite des Grundsatzes "in dubio pro duriore" richtig erfasst hat und vom korrekten rechtlichen Begriff des hinreichenden Tatverdachts im Sinne von <ref-law> ausging. Der Grundsatz "in dubio pro duriore" als Rechtsregel ist beispielsweise verletzt, wenn die Vorinstanz in ihren Erwägungen einen hinreichenden Tatverdacht bejaht, aber aus sachfremden Gründen in Überschreitung ihres Ermessens dennoch keine Anklage erhebt, wenn aus ihren Erwägungen hervorgeht, dass sie den Sachverhalt wie ein urteilendes Gericht frei nach dem Grundsatz "in dubio pro reo" feststellte oder wenn die Vorinstanz die rechtliche Tragweite des Grundsatzes "in dubio pro duriore" sonstwie verkannt hat (<ref-ruling> E. 2.3.2 f.).
3.3. Die Vorinstanz erwägt, es sei nicht davon auszugehen, dass das im Hühnerstall bei der Reinigung verwendete Desinfektionsmittel durch eine undichte Stelle in die Werkstatt habe gelangen können. Das Mittel werde in der vorgeschriebenen Gebrauchskonzentration als ungefährlich beschrieben und verflüchtige sich nach Gebrauch schnell. Gemäss Reinigungsfirma sowie Kantonstierarzt werde der Stall nach Aufsprühen des Desinfektionsmittel nicht mehr nass ausgewaschen. Zum Wasserschaden am 14. Juli 2014 hält die Vorinstanz gestützt auf den Bericht der Gebäudeversicherung fest, angestautes Regenwasser sei langsam in die Halle eingedrungen. Gemäss Arbeitsrapport der Reinigungsfirma sei die Stallreinigung bereits am 24. Juni 2014 abgeschlossen gewesen, womit kein Zusammenhang mit der Stalldesinfektion erkennbar sei.
Trotz zahlreicher medizinischer Abklärungen in verschiedenen Spezialgebieten liege kein Nachweis einer Intoxikation durch das Desinfektionsmittel vor. Unter den dargelegten Umständen sei eine Intoxikation durch das Desinfektionsmittel unwahrscheinlich und weitere Beweiserhebungen seien nicht angezeigt.
3.4.
3.4.1. Der Beschwerdeführer bringt vor, entgegen den Ausführungen der Vorinstanz könne eine allfällige Intoxikation durch das Desinfektionsmittel aufgrund der Stallreinigungen nicht ausgeschlossen werden. Er stellt den von der Reinigungsfirma beschriebenen Ablauf der Stallreinigung mit der Begründung in Frage, diese habe ein Eigeninteresse und ihr Mitarbeiter, B._, sei parteiisch. Konkrete Hinweise auf unzutreffende Aussagen durch B._ oder mögliche Unregelmässigkeiten bei der Stallreinigung liegen indes keine vor. Der Verweis auf ein allfälliges Eigeninteresse der Reinigungsfirma vermag den geschilderten Reinigungsablauf nicht in Frage zu stellen.
Ferner macht der Beschwerdeführer geltend, das Desinfektionsmittel habe vor dem Eintritt des Wasserschadens in die Garage gelangen können. Die Vorinstanz habe zur Beurteilung der baulichen Substanz lediglich auf die im Zusammenhang mit dem Wasserschaden erstellten Polizeifotos abgestellt. Entgegen seinen Ausführungen hat sich die Vorinstanz auch mit dem Schadensentscheid der Gebäudeversicherung vom 29. August 2014 auseinandergesetzt. Der Beschwerdeführer bringt vor, darin werde ausgeführt, dass der Wassereinbruch durch ein stetig fortgesetztes Einwirken (ständige Feuchtigkeit und langsame Infiltration) und bauliche Mängel entstanden sei. Ferner habe sein Treuhänder, C._, gegenüber der Gebäudeversicherung ausgesagt, in den Jahren vor dem Wassereinbruch sei öfters ein wenig Flüssigkeit zwischen der Decke und der Betonwand der Halle herunter gelaufen. Wie die Vorinstanz zutreffend ausführt, hätte bei einer undichten Decke anlässlich der Vorreinigung mit Wasser jeweils Feuchtigkeit in die Halle eindringen müssen, was jedoch nicht dokumentiert sei. Unter Berücksichtigung der dargelegten Umstände ging die Vorinstanz zurecht davon aus, dass es höchst unwahrscheinlich sei, dass das Desinfektionsmittel, sei es in Flüssig- oder in Gasform, in die Miethalle gelangt sei und dort zu einer Intoxikation des Beschwerdeführers geführt habe.
3.4.2. Der Beschwerdeführer verweist zudem auf medizinische Berichte, welche die Möglichkeit der Verursachung einzelner Beschwerden durch eine Intoxikation durch das Desinfektionsmittel in Betracht ziehen. Wie von der Vorinstanz dargelegt, beruhten diese medizinischen Abklärungen auf den Aussagen des Beschwerdeführers, wonach er während eines längeren Zeitraums in extremer Weise dem Desinfektionsmittel ausgesetzt gewesen sei. Die Vorinstanz berücksichtigte bei der Würdigung dieser Arztberichte zurecht, dass entsprechend den obigen Ausführungen keine Anzeichen auf eine derartige Exposition vorliegen. Nach Einschätzung des von der Staatsanwaltschaft beigezogenen Prof. D._ des Instituts für Rechtsmedizin (IRM) Zürich spricht der Umstand, dass die Beschwerden erst nach langjähriger Mietdauer aufgetreten und drei Jahre nach Wegzug nicht besser, sondern schlechter geworden seien, gegen eine Intoxikation durch das Desinfektionsmittel. In diesem Zusammenhang zurecht berücksichtigt hat die Vorinstanz schliesslich, dass gemäss dem Bericht für Psychiatrie und Psychotherapie vom 25. Juni 2017 beim Beschwerdeführer ein Verdacht auf eine wahnhafte Störung (Intoxikationswahn) sowie eine Selbstgefährdung durch mögliche Malcompliance bei der Medikamenteneinnahme bestehe.
3.5. Die Vorinstanz konnte aufgrund der dargelegten Umstände willkürfrei von einer klaren Beweislage ausgehen. Sie begründet überzeugend, weshalb sie die angezeigte Straftat gestützt auf die gewürdigten Akten für klar nicht erfüllt erachtet und von weiteren Untersuchungen absieht. Vor diesem Hintergrund konnte die Vorinstanz in antizipierter Beweiswürdigung (vgl. dazu <ref-ruling> E. 3.1.3; <ref-ruling> E. 3.3; Urteil 6B_285/2019 vom 3. Mai 2019 E. 2.2.4; je mit Hinweisen) auf weitere Beweisabnahmen verzichten. Dies gilt insbesondere für die nach Angaben des Beschwerdeführers hängigen Abklärungen durch Frau Dr. E._ (Neurologie des Zuger Kantonspitals) und Dr. F._ aus Frankfurt sowie allfällige Abklärungen durch Prof. G._ (Biologe und Geflügelexperte am Tierspital Zürich) oder einen Arbeitsmediziner.
3.6. Soweit der Beschwerdeführer die Befragung seiner selbst, der mit ihm befreundeten H._ und seinem ehemaligen Treuhandexperten C._ durch das Bundesgericht beantragt, kann darauf nicht eingetreten werden. Das Bundesgericht ist an den Sachverhalt gebunden, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Es kann von einer Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz nur dann abweichen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law>). Mit anderen Worten ermittelt das Bundesgericht den rechtserheblichen Sachverhalt nicht selbst und führt demnach auch kein Beweisverfahren durch.
4.
4.1. Der Beschwerdeführer beanstandet, dass ihm die Kosten für das Untersuchungsverfahren auferlegt wurden. Die vorgenommenen Abklärungen seien wohl umfangreich, aber notwendig gewesen. Er habe keinen Aufwand betrieben, der es rechtfertige, ihm diese Kosten aufzuerlegen.
4.2. Die Verlegung der Kosten folgt dem Grundsatz, wonach die Kosten trägt, wer sie verursacht. Die Bestimmung von <ref-law> differenziert hinsichtlich der Kostenauflage zwischen der antragstellenden Person und der Privatklägerschaft. Während der Privatklägerschaft die Verfahrenskosten bei Freisprechung der beschuldigten Person oder Einstellung des Verfahrens ohne Einschränkung auferlegt werden können, ist dies beim Antragsteller, der auf seine Parteistellung verzichtet hat, nur bei mutwilliger oder grob fahrlässiger Einleitung des Verfahrens oder bei Erschwerung der Durchführung desselben zulässig (<ref-ruling> E. 4.2.2). Wird das Verfahren eingestellt oder die beschuldigte Person freigesprochen, können bei Antragsdelikten die Verfahrenskosten deshalb grundsätzlich dem Antragsteller auferlegt werden, sofern er nicht nur Strafantrag gestellt, sondern aktiv Einfluss auf den Gang des Verfahrens genommen hat, und soweit nicht der Beschuldigte nach <ref-law> kostenpflichtig ist (<ref-law>). Eine andere gesetzliche Einschränkung der Kostenauflage an den Privatkläger gibt es nicht. Der Antragsteller, der als Privatkläger am Verfahren teilnimmt, soll grundsätzlich auch das volle Kostenrisiko tragen. Die Regelung ist aber dispositiver Natur. Das Gericht kann davon abweichen, wenn es die Sachlage rechtfertigt. Ihm kommt ein weites Ermessen zu, bei dessen Überprüfung das Bundesgericht Zurückhaltung übt. Es greift nur ein, wenn sich der Ermessensentscheid als offensichtlich unbillig oder in stossender Weise als ungerecht erweist (<ref-ruling> E. 4.2.4 und E. 4.4.1; Urteil 6B_1032/2018 vom 9. Januar 2019 E. 4.2; mit Hinweisen).
4.3. Der Beschwerdeführer ist Antragsteller und konstituierte sich als Privatkläger. Seine aktive Beteiligung am Gang des Strafverfahrens ist unbestritten. Die Vorinstanz überschreitet oder missbraucht das ihr zustehende Ermessen nicht, wenn sie bei dieser Sachlage die Kosten des Untersuchungsverfahrens und des erstinstanzlichen Verfahrens dem Beschwerdeführer auferlegt. Die Kostenauflage an den Beschwerdeführer verletzt kein Bundesrecht.
4.4. Betreffend den Antrag, die B.A._ zugesprochene Parteientschädigung sei aufzuheben, gilt Folgendes. Obsiegt die beschuldigte Person bei Antragsdelikten im Schuldpunkt, so kann die antragstellende Person, sofern diese mutwillig oder grob fahrlässig die Einleitung des Verfahrens bewirkt oder dessen Durchführung erschwert hat, oder die Privatklägerschaft verpflichtet werden, der beschuldigten Person die Aufwendungen für die angemessene Ausübung ihrer Verfahrensrechte zu ersetzen (<ref-law>). Die Bestimmung lautet ähnlich wie <ref-law>. Die Anforderungen für die Anwendbarkeit beider Bestimmungen sind analog und <ref-law> ist konsequenterweise gleich auszulegen wie <ref-law>. Werden die Kosten der antragstellenden Person bzw. der Privatklägerschaft in Anwendung von <ref-law> auferlegt, kann eine der beschuldigten Person zugesprochene Entschädigung gestützt auf <ref-law> der antragstellenden Person bzw. der Privatklägerschaft auferlegt werden (Urteile 6B_1032/2018 vom 9. Januar 2019 E. 4.3; 6B_117/2016 vom 18. November 2016 E. 2.2 und 6B_467/2016 vom 14. Juni 2017 E. 2.7).
Der Beschwerdeführer legt nicht dar, aus welchen Gründen die Frage der Entschädigung vorliegend anders zu regeln wäre als diejenige der Kostenauflage. Die Vorinstanz verletzt das ihr zustehende Ermessen nicht, wenn sie den Beschwerdeführer zur Zahlung einer Prozessentschädigung an den Beschwerdegegner für dessen Aufwendungen im Untersuchungsverfahren verpflichtet.
5.
Die Beschwerde ist abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung ist infolge Aussichtslosigkeit der Beschwerde abzuweisen (Art. 64 Abs. 1 und 2 BGG). Die Gerichtskosten sind dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (<ref-law>). Seiner finanziellen Lage ist mit einer reduzierten Gerichtsgebühr Rechnung zu tragen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf eingetreten wird.
2.
Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird abgewiesen.
3.
Dem Beschwerdeführer werden die Gerichtskosten von Fr. 1'200.-- auferlegt.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Kantonsgericht Luzern, 1. Abteilung, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 20. Mai 2019
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Denys
Die Gerichtsschreiberin: Bianchi