Sachverhalt:
A.
A._, Mutter von drei Kindern (Jahrgang 1993, 1999 und 2000) arbeitete in einem Teilpensum bei der Firma B._. Im Mai 2006 meldete sie sich wegen Depression, chronischer Sinusitis mit Kopfschmerzen und einem vegetativen Schmerzsyndrom seit der Geburt des 3. Kindes bei der Invalidenversicherung zum Bezug einer Rente an. Die Sozialversicherungsanstalt des Kantons Zürich, IV-Stelle, sprach der Versicherten nach Abklärung der medizinischen und erwerblichen Verhältnisse mit Verfügung vom 17. Juli 2008 bei einem ermittelten Invaliditätsgrad von 40 % eine Viertelsrente ab Mai 2005 zu.
Mit Schreiben vom 30. Mai 2014 stellte A._ mit Verweis auf einen Austrittsbericht der Klinik C._ vom 7. April 2014 ein - erneutes - Gesuch um Rentenerhöhung. Die IV-Stelle liess die Versicherte bei der Academy of Swiss Insurance Medicine (asim), Basel, polydisziplinär begutachten (Expertise vom 26. November 2015). Nach Vorbescheid vom 10. Dezember 2015 verneinte die IV-Stelle mit Verfügung vom 21. April 2016 einen Anspruch auf weitere Leistungen der Invalidenversicherung.
B.
B.a. Das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich wies eine gegen die Verfügung erhobene Beschwerde mit Entscheid vom 27. Juni 2017 ab. Die von A._ dagegen erhobene Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten hiess das Bundesgericht insofern teilweise gut, als es den kantonalen Entscheid vom 27. Juni 2017 aufhob und die Sache zu neuer Entscheidung an die Vorinstanz zurückwies (Urteil 8C_612/2017 vom 13. April 2018).
B.b. Das Sozialversicherungsgericht wies die Beschwerde unter Mitberücksichtigung eines Austrittsberichts der Klinik C._ vom 22. März 2016 mit Entscheid vom 21. Juni 2018 erneut ab.
C.
Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten lässt A._ beantragen, in Aufhebung des angefochtenen Entscheides sei ihr mindestens eine halbe, eventualiter eine Viertelsrente auszurichten. Subeventualiter sei die Sache zu erneuter Beurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Die IV-Stelle schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Die Vorinstanz und das Bundesamt für Sozialversicherungen verzichten auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1.
Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann u.a. die Verletzung von Bundesrecht gerügt werden (<ref-law>), die Feststellung des Sachverhalts nur, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law>). Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law>).
2.
Streitig und zu prüfen ist, ob das kantonale Gericht den Rentenanspruch über den 31. Mai 2016 hinaus zu Recht verneinte.
2.1.
2.1.1. Die Vorinstanz hat in ihrem Entscheid vom 27. Juni 2017 die gesetzlichen Bestimmungen und die von der Rechtsprechung entwickelten Grundsätze, namentlich diejenigen zum Begriff der Invalidität (<ref-law> in Verbindung mit <ref-law>), der Arbeitsunfähigkeit (<ref-law>) und der Erwerbsunfähigkeit (<ref-law>) zutreffend dargelegt. Gleiches gilt für die Ausführungen zum Anspruch und Umfang des Rentenanspruchs (Art. 28 Abs. 1 und 2 IVG), zur Bemessung des Invaliditätsgrades bei erwerbstätigen Versicherten nach der allgemeinen Methode des Einkommensvergleichs (<ref-law> in Verbindung mit <ref-law>; <ref-ruling> E. 3.4 S. 348; <ref-ruling> E. 1 S. 30; <ref-ruling> E. 2a und b S. 136) sowie zur Aufgabe von Ärztinnen und Ärzten im Rahmen der Invaliditätsbemessung (<ref-ruling> E. 4 S. 261) und zum Beweiswert medizinischer Berichte und Gutachten (<ref-ruling> E. 3a S. 352). Darauf wird verwiesen.
2.1.2. Richtig hat das kantonale Gericht auch ausgeführt, dass die Rente von Amtes wegen oder auf Gesuch hin für die Zukunft entsprechend erhöht, herabgesetzt oder aufgehoben wird (<ref-law>; <ref-law>), wenn sich der Invaliditätsgrad eines Rentenbezügers erheblich ändert. Anlass zur Rentenrevision gibt jede wesentliche Änderung in den tatsächlichen Verhältnissen seit Zusprechung der Rente, die geeignet ist, den Invaliditätsgrad und damit den Anspruch zu beeinflussen. Insbesondere ist die Rente bei einer wesentlichen Änderung des Gesundheitszustandes oder der erwerblichen Auswirkungen des an sich gleich gebliebenen Gesundheitszustandes revidierbar (<ref-ruling> E. 3 S. 132).
2.2.
2.2.1. Bei der Beurteilung der Arbeitsfähigkeit stützt sich die Verwaltung und im Beschwerdefall das Gericht auf Unterlagen, die von ärztlichen und gegebenenfalls auch anderen Fachleuten zur Verfügung zu stellen sind. Ärztliche Aufgabe ist es, den Gesundheitszustand zu beurteilen und dazu Stellung zu nehmen, in welchem Umfang und bezüglich welcher Tätigkeiten die versicherte Person arbeitsunfähig ist. Hinsichtlich des Beweiswertes eines Arztberichtes ist entscheidend, ob dieser für die streitigen Belange umfassend ist, auf allseitigen Untersuchungen beruht, auch die geklagten Beschwerden berücksichtigt, in Kenntnis der Vorakten (Anamnese) abgegeben worden ist, in der Beurteilung der medizinischen Zusammenhänge sowie der medizinischen Situation einleuchtet und ob die Schlussfolgerungen der Experten begründet sind (<ref-ruling> E. 3.2 S. 195; <ref-ruling> E. 5.1 S. 232; <ref-ruling> E. 3a S. 352 mit Hinweis).
2.2.2. Bei den vorinstanzlichen Feststellungen zum Gesundheitszustand und zur Arbeitsfähigkeit bzw. deren Veränderung in einem bestimmten Zeitraum handelt es sich grundsätzlich um Entscheidungen über Tatfragen (<ref-ruling> E. 3.2 S. 397 ff.). Die konkrete Beweiswürdigung stellt ebenfalls eine Tatfrage dar. Dagegen ist die Beachtung des Untersuchungsgrundsatzes und der Beweiswürdigungsregeln eine frei überprüfbare Rechtsfrage (für viele: <ref-ruling> E. 3.2 und 4 S. 397 ff.; SVR 2014 IV Nr. 1 S. 1, 9C_228/2013 E. 1.2; 2014 IV Nr. 20 S. 72, 9C_460/2013 E. 1.3).
3.
3.1. Das kantonale Gericht erachtete das Gutachten der asim vom 26. November 2015 als umfassend und überzeugend. Es könne darauf abgestellt werden. Demnach bestehe keine psychiatrische Diagnose mit Einfluss auf die Arbeitsfähigkeit. Die Berichte und Stellungnahmen der behandelnden Ärzte (med. pract. D._ vom Zentrum für Psychiatrie und Psychotherapie, psychcentral, vom 18. Februar 2016 zu diesem Gutachten und der Bericht der Klinik C._ vom 22. März 2016) vermöchten am asim-Gutachten vom November 2015 keine Zweifel zu erwecken. Diese würden keine objektiv feststellbaren Gesichtspunkte enthalten, welche im Rahmen der psychiatrischen Begutachtung der asim unerkannt geblieben und geeignet seien, zu einer abweichenden Beurteilung zu führen. Die Diagnosestellung der Ärzte der Klinik C._ sei zu hinterfragen, das sich deren Befunde infolge der häufigen Abwesenheit der Patientin kaum hätten verifizieren lassen. Auch dürfe bei der unzureichend wahrgenommenen Therapiemöglichkeit auf einen eher geringen Leidensdruck schliessen lassen. Entscheidend aber sei, dass sowohl aus dem Bericht des med. pract. D._ vom Februar 2016, als auch aus jenem der Klinik C._ vom März 2016 und selbst aus dem Bericht des Dr. med. E._, Arzt für Neurologie, vom 28. Juni 2016 hervorgehe, dass eine schwerwiegende psychosoziale Belastungssituation im Vordergrund stehe. Unter Ausklammerung der psychosozialen Faktoren sei lediglich von einem geringen Schweregrad der Gesundheitsschädigung auszugehen. Gestützt auf das asim-Gutachten vom November 2015 stehe damit fest, dass sich der Gesundheitszustand der Beschwerdeführerin seit der erstmaligen Rentenzusprache im Juli 2008 verbessert habe. Sie sei wegen ihrer Migränebeschwerden noch zu 20 % arbeitsunfähig. Von weiteren medizinischen Abklärungen seien keine neuen entscheidrelevanten Erkenntnisse zu erwarten. Auch im Haushaltsbereich sei von einer gleich hohen Einschränkung auszugehen. Angesichts der genannten geringen Einschränkung könne davon abgesehen werden zu entscheiden, ob die Versicherte als voll Erwerbstätige oder als teilweise im Haushalt Tätige zu qualifizieren sei. Die Versicherte habe keinen Anspruch mehr auf eine Rente.
3.2. Die Beschwerdeführerin bringt vor, angesichts der sich aus medizinischer Sicht widersprechenden Aktenlage könne nicht von einer rechtsgenügend nachgewiesenen Verbesserung des psychischen Gesundheitszustandes ausgegangen werden. Dem asim-Gutachten vom 26. November 2015 würden insbesondere der Austrittsbericht der Klinik C._ vom 22. März 2016 sowie der Austrittsbericht des Sanatoriums F._ vom 13. Juni 2017 entgegenstehen. Diese wichen auch bezüglich der Diagnose vom Administrativgutachten ab. Während die asim-Gutachter von einer Remission der psychischen Erkrankung ausgingen, werde im Austrittsbericht der Klinik C._ eine gegenwärtig schwere Episode der rezidivierenden depressiven Störung diagnostiziert.
4.
4.1. Das kantonale Gericht legte den Bericht der Klinik C._ vom 22. März 2016 - welcher erst mit Eingabe vom 18. Juli 2016 und damit im Verlaufe des erstinstanzlichen Beschwerdeverfahrens aufgelegt worden war - weder der IV-Stelle noch den Gutachtern der asim zur Stellungnahme vor. Insbesondere holte es auch kein Gerichtsgutachten ein. Stattdessen äusserte es Zweifel an der von den Ärzten der Klinik C._ und des behandelnden Psychiaters med. pract. D._ gestellten Diagnosen einer rezidivierenden depressiven Störung, gegenwärtig schwere Episode gemäss ICD-10 F33.2. Ohne entsprechendes Fachwissen (vgl. E. 2.2.1 hievor) traf die Vorinstanz eigene medizinische Interpretationen; so insbesondere darüber, dass die von der Klinik C._ erhobenen Befunde in den psychosozialen und soziokulturellen Umständen ihre hinreichende Erklärung fänden und daher kein invalidisierender Gesundheitsschaden vorliege. Für diese Feststellung fehlt es indessen an einer genügenden medizinischen Grundlage. Es ist weiterhin ungeklärt, ob es sich bei der von der asim anlässlich ihrer gutachterlichen Untersuchung am 10. September 2015 diagnostizierten vollständigen Remission der psychischen Erkrankung um eine gefestigte Verbesserung des Gesundheitszustandes gehandelt hatte, oder ob es im Zeitpunkt der Hospitalisation in der Klinik C._ im Februar 2016 zu einer erneuten Verschlechterung gekommen und das psychische Beschwerdebild damit als labil zu beurteilen war.
4.2.
4.2.1. Hinzu kommt, dass nach der Rechtsprechung bei psychischen Leiden unabhängig von der diagnostischen Einordnung auf objektivierter Beurteilungsgrundlage zu prüfen ist, ob eine rechtlich relevante Arbeits- und Erwerbsunfähigkeit nachzuweisen ist (<ref-ruling> E. 4.5.2 S. 416). Bei der Frage der funktionellen Auswirkungen einer Störung haben sich sowohl die medizinischen Sachverständigen als auch die Organe der Rechtsanwendung bei ihrer Einschätzung des Leistungsvermögens an den normativen Vorgaben zu orientieren (<ref-ruling> E. 4.3 S. 53 f.; <ref-ruling> E. 6 S. 427). Weder die asim-Gutachter noch die Vorinstanz haben sich im Lichte von <ref-ruling> sowie <ref-ruling> und BGE <ref-ruling> zu den gesundheitlichen Beeinträchtigungen der Beschwerdeführerin geäussert.
4.2.2. Aus Gründen der Verhältnismässigkeit kann dort von einem strukturierten Beweisverfahren abgesehen werden, wo es nicht nötig oder auch gar nicht geeignet ist. Daher bleibt es entbehrlich, wenn im Rahmen beweiswertiger fachärztlicher Berichte eine Arbeitsunfähigkeit in nachvollziehbar begründeter Weise verneint wird und allfälligen gegenteiligen Einschätzungen mangels fachärztlicher Qualifikation oder aus anderen Gründen kein Beweiswert beigemessen werden kann (BGE <ref-ruling> E. 7.1 S. 428). Namentlich in Fällen, bei denen nach bestehender Aktenlage überwiegend wahrscheinlich von einer bloss leichtgradigen depressiven Störung auszugehen ist, die ihrerseits nicht schon als chronifiziert gelten kann und auch nicht mit Komorbiditäten einhergeht, bedarf es in aller Regel keiner Weiterungen in Form eines strukturierten Beweisverfahrens (<ref-ruling> E. 4.5.3 S. 417; Urteil 8C_415/2018 vom 12. Dezember 2018 E. 4.2).
Die bei Beschwerdebildern aus dem depressiven Formenkreis neuerdings grundsätzlich ebenfalls regelmässig vorzunehmende Indikatorenprüfung dient dazu, eine im Rahmen einer psychischen Diagnose attestierte Arbeitsunfähigkeit zu validieren (vgl. etwa Urteil 8C_241/2018 vom 25. September 2018 E. 7.5.1). Darauf verzichtet werden kann nach dem Dargelegten ausnahmsweise in Fällen, in denen im Rahmen beweiswertiger fachärztlicher Berichte eine Arbeitsunfähigkeit glaubhaft verneint wird und allfälligen gegenteiligen Einschätzungen mangels fachärztlicher Qualifikation oder aus anderen Gründen kein Beweiswert beigemessen werden kann. Eine derartige Konstellation ist hier aber gerade nicht gegeben. Vorliegend stehen sich widersprechende ärztliche Diagnosen (einerseits "depressive Episode, gegenwärtig remittiert [ICD-10 F32.4]" und andererseits "rezidivierende depressive Störung, gegenwärtig schwere Episode [ICD-10 F33.2]") gegenüber. Dem Austrittsbericht der Klinik C._ vom 22. März 2016 ist der Beweiswert nicht grundsätzlich abzusprechen. Den Ärzten der Klinik C._ mangelt es auch nicht an fachärztlicher Qualifikation. Damit liegt keine Unverhältnismässigkeit im dargelegten Sinne vor.
4.2.3. Für die Beantwortung der Frage, ob sich der Gesundheitszustand der Beschwerdeführerin seit der Rentenzusprechung im Juli 2008 wesentlich verbessert und das Vorliegen einer invalidenversicherungsrechtlich relevanten depressiven Störung nunmehr verneint werden kann, ist es deshalb erforderlich, ein Gerichtsgutachten einzuholen und ein den Grundsätzen von <ref-ruling> Rechnung tragendes strukturiertes Beweisverfahren durchzuführen.
5.
Die Sache wird zur weiteren Abklärung und zur neuen Entscheidung an die Vorinstanz zurückgewiesen. Dies gilt für die Frage der Auferlegung der Gerichtskosten als vollständiges Obsiegen im Sinne von Art. 66 Abs. 1 und Art. 68 Abs. 1 und 2 BGG, unabhängig davon, ob sie überhaupt beantragt oder ob das entsprechende Begehren im Haupt- oder im Eventualantrag gestellt wird (vgl. <ref-ruling> E. 7.1 S. 281). Dementsprechend sind die Gerichtskosten der Beschwerdegegnerin zu überbinden und sie hat der Beschwerdeführerin eine Parteientschädigung auszurichten.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird teilweise gutgeheissen und der Entscheid des Sozialversicherungsgerichts des Kantons Zürich vom 21. Juni 2018 aufgehoben. Die Sache wird zu weiteren Abklärungen und neuer Entscheidung an die Vorinstanz zurückgewiesen. Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 800.- werden der Beschwerdegegnerin auferlegt.
3.
Die Beschwerdegegnerin hat die Beschwerdeführerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2800.- zu entschädigen.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 22. März 2019
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Maillard
Die Gerichtsschreiberin: Schüpfer