Faits :
A.
A.a. B._, né en 1967, a travaillé depuis le 1 er janvier 1993 pour le compte de C._ SA, devenue depuis lors C._ SA. A ce titre, il était affilié pour la prévoyance professionnelle auprès de la Fondation de prévoyance A._ (ci-après: la Fondation).
A.b. Selon la fiche d'assurance au 1 er janvier 2011, établie par la Fondation le 15 mars 2011, le salaire assuré de B._ s'élevait à 504'669 fr., et la rente d'invalidité à 368'390 fr. A la suite d'un rachat de 250'000 fr. effectué par l'assuré le 5 décembre 2011, la Fondation lui a fait parvenir une nouvelle fiche d'assurance, le 20 décembre 2011. Le salaire assuré a par ailleurs été augmenté avec effet au 1 er janvier 2012 (cf. fiche d'assurance au 1 er janvier 2012, datée du 15 mars 2012, mentionnant un salaire assuré de 675'999 fr. et une rente d'invalidité de 437'707 fr.).
Par courrier du 22 juin 2012, la Fondation a informé l'assuré qu'en raison de la modification de salaire intervenue au 1 er janvier 2012 et de l'augmentation des prestations à réassurer en découlant, elle était tenue, conformément au contrat de réassurance qui la liait à la D._ SA, de l'inviter à se soumettre à un examen médical; elle le priait donc de se rendre chez son médecin d'ici au 31 juillet 2012 et de lui retourner le rapport d'examen médical annexé dûment complété. Un échange de correspondances s'en est suivi entre les intéressés, et une réunion a eu lieu le 5 septembre 2012. En substance, B._ a expliqué que dans la mesure où les augmentations des prestations assurées lui avaient été accordées sans réserve les 5 décembre 2011 et 1 er janvier 2012, et où il était en arrêt de travail à 50% depuis le 9 janvier 2012 (recte: 11 janvier 2012), la Fondation ne pouvait pas lui imposer ultérieurement de se soumettre à un examen médical dans le but d'émettre une éventuelle réserve de santé rétroactive (courriers des 26 juillet 2012 et 16 octobre 2012). La Fondation a quant à elle indiqué qu'un examen médical pouvait être exigé en cas d'augmentation des prestations de décès ou d'invalidité assurées, et qu'en cas de refus de l'intéressé de se soumettre à celui-ci, les prestations de décès ou d'invalidité pouvaient être limitées au minimum fixé par la LPP (courriers des 12 septembre et 4 décembre 2012). Le 14 janvier 2013, B._ a transmis le rapport médical rempli le même jour par la doctoresse E._, spécialiste en médecine interne générale et en oncologie médicale. Par courrier du 15 juillet 2013, la Fondation a informé l'assuré que son réassureur avait "confirmé la réserve médicale".
A.c. Entre-temps, le 1 er juin 2012, B._ a déposé une demande de prestations de l'assurance-invalidité. Il y indiquait souffrir d'une maladie de la greffe contre l'hôte à la suite d'une greffe de la moelle osseuse et être en incapacité de travail à 50% depuis le mois de janvier 2012. L'Office de l'assurance-invalidité pour le canton de Vaud (ci-après: l'office AI) a alloué à l'assuré une demi-rente d'invalidité à compter du 1er décembre 2012 (taux d'invalidité de 50%; décision du 8 mai 2014), puis une rente entière dès le 1er janvier 2013 (taux d'invalidité de 93%; décision du 16 décembre 2015 qui annule et remplace la précédente).
A.d. La Fondation a reconnu à B._ le droit à une rente d'invalidité depuis le 1er décembre 2012, en reprenant les taux d'invalidité arrêtés par l'office AI; dans la mesure où l'intéressé a perçu son salaire jusqu'au 31 janvier 2015, la rente entière d'invalidité lui a été versée dès le 1er février suivant (soit une rente mensuelle de 27'853 fr., déterminée sur la base du salaire assuré 2011, et sans prendre en considération le rachat du 5 décembre 2011; courriers à B._ des 18 avril 2016 et 20 février 2017).
B.
Le 13 juillet 2017, B._ a ouvert action devant la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre des assurances sociales. Il a conclu à la condamnation de la Fondation au paiement de la somme de 250'055 fr. 40 avec intérêts à 5% l'an dès le 13 juillet 2017 et d'une rente mensuelle de 36'475 fr. 60 de juillet 2017 à novembre 2032 avec intérêts à 5% dès le dernier jour de chaque mois, ainsi qu'à la constatation que cette rente devait être adaptée à l'évolution des prix conformément aux dispositions réglementaires. Il a également requis que la Fondation soit condamnée à créditer son compte épargne d'une bonification de vieillesse d'un montant mensuel de 10'140 fr. de février 2014 à décembre 2021, respectivement de 12'675 fr. de janvier 2022 à novembre 2032. En substance, l'assuré a exposé que dans la mesure où le cas d'assurance était survenu le 11 janvier 2012, date du début de l'incapacité de travail, dont la cause était à l'origine de son invalidité actuelle, le salaire assuré à cette date, d'un montant de 675'999 fr., était déterminant pour le calcul des prestations d'invalidité, et non pas le salaire assuré 2011. La Fondation a conclu au rejet de la demande.
La Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre des assurances sociales a, par jugement du 3 avril 2018, partiellement admis la demande de B._. Elle a condamné la Fondation à verser à ce dernier, sous déduction des prestations déjà acquittées, une rente mensuelle d'invalidité de 36'475 fr. 60 dès le 1 er février 2015, avec intérêt moratoire de 1% l'an à partir du 13 juillet 2017, ainsi qu'à créditer le compte épargne de B._ d'une bonification de vieillesse d'un montant mensuel de 10'140 fr. de janvier 2013 à décembre 2021, respectivement de 12'675 fr. de janvier 2022 à novembre 2032.
C.
La Fondation interjette un recours en matière de droit public contre ce jugement. Elle conclut à l'annulation de celui-ci et au rejet de la demande introduite par B._ le 13 juillet 2017.
B._ conclut au rejet du recours, tandis que l'Office fédéral des assurances sociales a renoncé à se déterminer.
Les parties ont toutes deux présenté des observations complémentaires.

Considérant en droit :
1.
Le recours contre une décision doit être déposé devant le Tribunal fédéral dans les 30 jours qui suivent la notification de l'expédition complète (<ref-law>). Ni le droit à la réplique (cf. art. 29 al. 1 et 2 Cst., art. 6 ch. 1 CEDH; <ref-ruling> consid. 3.2 p. 191; <ref-ruling> consid. 2.3.3 p. 157), ni un éventuel second échange d'écritures ordonné par le juge (<ref-law>) - qui n'a pas été mis en oeuvre en l'espèce -, pas plus que le droit de consulter le dossier (art. 29 al. 2 Cst.), ne fondent le droit d'énoncer de nouveaux griefs qui auraient déjà pu être soulevés dans l'acte de recours (arrêts 9C_478/2017 du 5 mars 2018 consid. 2; 8C_478/2016 du 7 octobre 2016 consid. 2.1). Le dépôt d'un mémoire complémentaire après l'échéance du délai de recours ne peut être autorisé qu'en matière d'entraide pénale internationale (<ref-law>; arrêt 9C_599/2017 du 26 juin 2018 consid. 1.1).
Il ne sera dès lors pas tenu compte de l'argumentation de la recourante relative à la "protection de l'institution de prévoyance contre le risque de l'antisélection, en général", au "comblement de lacunes de prévoyance par un rachat, en général", et à la "protection contre l'antisélection en cas d'augmentation des prestations de survivants et d'invalidité en cours d'assurance" (cf. observations spontanées de la Fondation du 17 juillet 2018). Elle relève de griefs supplémentaires qui auraient déjà pu et dû être invoqués dans l'écriture de recours.
2.
Le recours en matière de droit public (<ref-law>) peut être formé pour violation du droit au sens des art. 95 et 96 LTF. Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (<ref-law>). Il statue sur la base des faits retenus par la juridiction précédente (<ref-law>), qu'il peut rectifier ou compléter d'office si des lacunes et erreurs manifestes apparaissent aussitôt (<ref-law>). Il n'examine en principe que les griefs allégués et motivés (<ref-law>) surtout s'ils portent sur la violation des droits fondamentaux (<ref-law>). Il ne peut pas aller au-delà des conclusions des parties (<ref-law>). Le recourant n'est habilité à critiquer les constatations de fait que si les faits ont été établis de manière manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'<ref-law>, et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (<ref-law>; cf. <ref-ruling> consid. 4.3 p. 62 et les références).
3.
Le litige, qui relève incontestablement du domaine de la prévoyance plus étendue, a trait au montant de la rente d'invalidité de la prévoyance professionnelle de l'intimé à compter du 1 er février 2015, ainsi qu'à celui des bonifications de vieillesse devant être créditées sur son avoir de vieillesse jusqu'à l'âge de la retraite.
Le jugement entrepris expose de manière complète les dispositions légales et les principes jurisprudentiels relatifs notamment au droit à des prestations d'invalidité de la prévoyance professionnelle (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 3.1 p. 414 s. et les arrêts cités), ainsi qu'à la possibilité d'émettre des réserves de santé (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 4 et 5 p. 13 ss; cf. aussi sur la formulation de réserves rétroactives, arrêt 9C_810/2011 du 4 juin 2012 consid. 4.2) et aux exigences de précision auxquelles doit répondre la formulation de celles-ci (arrêt 9C_806/2015 du 20 juin 2016 consid. 3.3). Il suffit d'y renvoyer.
4.
4.1. Dans un premier grief, la recourante reproche aux premiers juges d'avoir établi les faits de manière manifestement arbitraire et d'avoir violé l'<ref-law>, ainsi que le principe de l'interdiction de l'arbitraire (art. 9 Cst.), en lien avec les art. 8, 14 et 15 du règlement de prévoyance de 2011, pour retenir qu'elle avait émis une réserve de santé rétroactive à l'égard de l'intimé. Elle fait en substance valoir qu'il ne s'agit pas d'une réserve de santé, mais d'une limitation de la couverture d'assurance aux prestations de risque acquises avant le rachat de décembre 2011 et l'augmentation de salaire au 1 er janvier 2012, prononcée en application de l'art. 8 du règlement de prévoyance, en raison du fait que l'intimé "a refusé de donner les renseignements médicaux demandés", violant ainsi son devoir d'information; faute de disposer des éléments médicaux nécessaires, la recourante soutient qu'elle n'était précisément pas en mesure de procéder à un examen du risque, et donc, d'émettre une éventuelle réserve.
4.2. En dehors du grief selon lequel la juridiction cantonale aurait à tort retenu qu'elle avait émis une réserve de santé, la recourante ne conteste pas les considérations des premiers juges selon lesquelles une telle réserve - eût-elle été effectuée - n'était pas admissible en raison de son caractère rétroactif et de sa formulation imprécise. Il n'y a donc pas lieu d'examiner plus avant cet aspect du litige. En revanche, il faut admettre, à la suite de la recourante, que la juridiction cantonale n'a pas examiné les conséquences d'une éventuelle réticence commise par l'assuré, aspect sur lequel il y a dès lors lieu de se pencher.
4.3.
4.3.1. Selon la jurisprudence, dans le domaine de la prévoyance plus étendue, la réticence et ses conséquences doivent être examinées en fonction des dispositions statutaires et réglementaires; en l'absence de telles dispositions, les institutions de prévoyance sont fondées à se départir du contrat de prévoyance, par application analogique des <ref-law> (<ref-ruling> consid. 2.1 p. 11 s.; <ref-ruling> consid. 4 p. 225 s.; arrêt 9C_308/2016 du 17 août 2016 consid. 3.2.2). Les dispositions statutaires et réglementaires déterminantes sont celles qui étaient en vigueur lors de la conclusion du contrat de prévoyance (arrêt 9C_532/2014 du 23 octobre 2014 consid. 3.1 et les arrêts cités), respectivement au moment où une augmentation des prestations est intervenue.
4.3.2. L'art. 8 du règlement de prévoyance 2011 - en vigueur au moment où le rachat a été effectué (le 5 décembre 2011) et où l'augmentation de salaire a eu lieu (le 1 er janvier 2012) -, intitulé "Réserves de santé", a la teneur suivante:
"Si, à la date du début de l'assurance ou de l'augmentation des prestations de décès ou d'invalidité assurées par la Fondation, l'assuré ne jouit pas de sa pleine capacité de travail, il doit en informer immédiatement la Fondation. Une telle annonce doit notamment avoir lieu si l'assuré bénéficie de prestations de l'AI ou a déposé une demande de prestations auprès de l'AI, s'il bénéficie d'indemnités journalières de l'assurance-maladie ou de l'assurance-accidents ou s'il est, pour des raisons médicales, en arrêt de travail total ou partiel.
La Fondation ou son assureur peuvent exiger du nouvel assuré qu'il remplisse un questionnaire médical et qu'il se soumette à un examen médical auprès d'un médecin désigné par eux ou agréé par eux, et à leurs frais. Le médecin peut également se fonder sur le dossier médical de l'assuré. En cas de refus, la Fondation réduira ses prestations au minimum fixé par la LPP.
S'il ressort du questionnaire médical ou de l'examen médical l'existence de risques accrus, la Fondation et son assureur peuvent fixer par écrit une ou plusieurs nouvelles réserves pour la part des prestations de risque excédant celles rachetées par la prestation de libre passage apportée lors de l'entrée dans la Fondation [...].
Les alinéas précédents s'appliquent par analogie lors de toute augmentation des prestations de décès ou d'invalidité assurées par la Fondation, résultant notamment d'une hausse du salaire annuel considéré (article 9), d'un rachat de l'assuré (article 52 et article 53) [...].
[5 eet 6 e paragraphes].
Si, lors de son entrée ou de l'augmentation des prestations, l'assuré n'a pas informé la Fondation de la réduction de sa capacité de travail ou a répondu de façon inexacte ou incomplète à des questions se rapportant à son état de santé, la Fondation verse uniquement les prestations minimales selon la LPP. Elle notifie la réduction définitive des prestations à l'assuré dans un délai de six mois à compter de la connaissance des faits fondant la réticence."
4.4. La recourante ne peut rien tirer à son avantage du refus "initial" de l'intimé de lui remettre le rapport médical requis (cf. art. 8 par. 2 et 4 du règlement de prévoyance). Si l'intimé a certes, dans un premier temps, indiqué à la Fondation que sa demande du 22 juin 2012 tendant à ce qu'il se soumette à un examen médical lui paraissait "inutile" (courrier du 26 juillet 2012), et contesté qu'il doive donner suite à celle-ci (courrier du 16 octobre 2012), il ressort néanmoins des constatations cantonales qu'il n'a pas refusé de faire remplir le questionnaire médical à son médecin traitant. Par un courriel du 14 janvier 2013, l'assuré a en effet transmis à l'intéressée le rapport d'examen médical, complété par la doctoresse E._. A cet égard, la recourante ne saurait donc être suivie lorsqu'elle affirme qu'en mai 2013, l'assuré n'avait toujours pas "dit à son médecin de prendre contact avec le médecin-conseil du réassureur". Par ailleurs, dès lors que la recourante a finalement disposé du questionnaire médical exigé, elle ne pouvait se fonder sur l'éventualité prévue par l'art. 8 par. 2 du règlement de prévoyance ("En cas de refus... ") pour réduire ses prestations.
4.5. Quant à la question de savoir si l'intimé a tardé à annoncer ses problèmes de santé et son incapacité de travail à la recourante, violant ainsi son obligation de renseigner la Fondation et autorisant dès lors celle-ci à verser uniquement les prestations minimales selon la LPP, en application de l'art. 8 par. 7 du règlement de prévoyance relatif à la réticence, elle peut demeurer ouverte. En effet, si la disposition précitée autorise la Fondation à limiter ses prestations à celles fixées par la LPP, lorsque, à la suite d'une augmentation des prestations, l'assuré ne l'informe pas (ou à tout le moins, tarde à l'informer) de la réduction de sa capacité de travail, il n'en demeure pas moins que ladite disposition impose à l'intéressée de "notifie[r] la réduction définitive des prestations à l'assuré dans un délai de six mois à compter de la connaissance des faits fondant la réticence".
En l'espèce, l'intimé a adressé à la recourante le rapport d'examen médical en date du 14 janvier 2013, à la suite de quoi cette dernière a été informée de l'atteinte à la santé et de l'incapacité de travail de longue durée. En réponse, la Fondation lui a indiqué, par courrier du 15 juillet 2013, que son réassureur avait "confirmé la réserve médicale". Or cette correspondance ne peut être considérée comme une notification des conséquences prévues par l'art. 8 par. 7 du règlement de prévoyance pour un cas de réticence. Elle ne fait en effet aucune référence à une réduction définitive des prestations en lien avec une violation de l'obligation d'informer.
Contrairement à ce que soutient la recourante, une telle notification valable de la limitation des prestations au minimum légal ne ressort pas non plus des précédents courriers qu'elle a adressés à l'intimé. En particulier, dans sa correspondance du 4 décembre 2012, la Fondation a indiqué à l'assuré que conformément à l'art. 8 par. 4 du règlement de prévoyance, "vos prestations pour les risques du décès et de l'invalidité ne peuvent être majorées pour tenir compte, tant de votre rachat de prestations du 5 décembre 2011 que de l'augmentation de votre salaire assuré au 1 er janvier 2012". Elle a en même temps réitéré sa demande relative au questionnaire médical. Son courrier concernait donc la nécessité de compléter les données médicales dans l'optique de la fixation éventuelle d'une réserve au sens de l'art. 8 par. 2, 3 et 4 du règlement de prévoyance. Il ne contenait aucune mention d'un défaut d'information de la part de l'assuré ou d'une information que celui-ci aurait donnée de manière incomplète ou inexacte. On ne saurait donc en déduire que la Fondation entendait limiter ses prestations au minimum prévu par la LPP en raison d'une violation, par l'assuré, de son obligation de renseigner, en application de l'art. 8 par. 7 du règlement de prévoyance.
La simple mention d'un calcul ne tenant pas compte "de votre réserve de santé" sur la fiche d'assurance 2013 que la recourante a établie le 22 mars 2013, ne correspond pas non plus à une notification de la réduction prévue par l'art. 8 al. 7 du règlement de prévoyance. Dès lors que la recourante n'a pas clairement et explicitement indiqué, dans le délai de six mois fixé par le règlement, qu'elle entendait limiter ses prestations au minimum fixé par la LPP en raison de la violation, par l'intimé, de son obligation d'annoncer, elle doit se laisser opposer les augmentations de prestations dont il est question.
5.
Dans un second grief, tiré d'une violation des art. 65 al. 1 et 67 al. 1 LPP en lien avec l'<ref-law> et les art. 42 et 43 al. 1 let. a OPP 2, la recourante se plaint de ce que le jugement entrepris "méprise [...] arbitrairement les exigences légales de sécurité typiquement prévues pour [les] cas où les prestations assurées atteignent des montants conséquents" et "crée une incertitude sur la sécurité du financement qui est intolérable et qui met en péril les couvertures de réassurance". Ce motif est également mal fondé. Dès lors que les dispositions légales invoquées par la Fondation ne régissent pas les prestations d'assurance, mais portent sur l'organisation et le financement des institutions de prévoyance, ses considérations y relatives sont dépourvues de toute pertinence pour l'issue du litige (cf. arrêt 9C_98/2015 du 5 août 2015 consid. 5.3).
6.
Pour le surplus, la recourante ne conteste pas en tant que tel le calcul des prestations d'invalidité opéré par la juridiction cantonale, en tenant compte du salaire 2012 et du rachat effectué en décembre 2011 ("calcul abstraction faite de la réserve prononcée"). Il n'y a dès lors pas lieu de s'écarter des constatations de l'autorité cantonale quant au montant des prestations que la Fondation est tenue de verser à l'intimé.
7.
Le recours est entièrement mal fondé.
8.
La recourante, qui succombe, supportera les frais de la procédure (<ref-law>) ainsi que les dépens de l'intimé (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 800 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3.
La recourante versera à l'intimé la somme de 2800 fr. à titre de dépens pour la procédure devant le Tribunal fédéral.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux parties, à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre des assurances sociales, et à l'Office fédéral des assurances sociales.
Lucerne, le 27 septembre 2018
Au nom de la IIe Cour de droit social
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente : Pfiffner
La Greffière : Perrenoud