Sachverhalt:
A.
Die Genossenschaft A._ ist eine schweizweit tätige privatrechtliche Genossenschaft gemäss <ref-law>. Im Jahr 1950/ 1951 erstellte sie vier Mehrfamilienhäuser mit insgesamt 48 Wohnungen auf den Parzellen Kat.-Nrn. 5226, 3129 und 5227 in Opfikon-Glattbrugg (Bruggackerstrasse 31-34 und 36-38), die zusammen eine genossenschaftliche Wohnsiedlung bilden. Eine Teilfläche im östlichen Bereich von Kat.-Nr. 3129 liegt im 1.25° Anflugkorridor der Piste 34 (Südanflüge).
B.
Mit Einführung der sogenannten "4. Welle" im Herbst 1996 kam es zu einer erheblichen Zunahme der Südabflüge von der Piste 16. Am 27. November 1998 stellte die Genossenschaft A._ beim Kanton Zürich, dem damaligen Flughafenhalter, eine Entschädigungsforderung für den übermässigen Fluglärm und die Direktüberflüge.
Der Kanton überwies alle Entschädigungsbegehren aus Opfikon als Sammelverfahren an die Eidgenössische Schätzungskommission Kreis 10 (nachfolgend: ESchK). Am 25. Mai 2001 wurde die Flughafen Zürich AG (nachfolgend: FZAG) als neue Flughafenhalterin zum Verfahren beigeladen. Gegenstand war vorerst die Verjährungseinrede; diese wurde mit Entscheid vom 11. Juni 2003 abgewiesen, was vom Bundesgericht bestätigt wurde (<ref-ruling>). In der Folge wurde das Verfahren bis zur rechtskräftigen Beurteilung verschiedener Pilotfälle aus Opfikon-Glattbrugg zurückgestellt.
Anfangs 2013 nahm die ESchK das Verfahren der Genossenschaft A._ wieder an die Hand. Das Entschädigungsbegehren für den Direktüberflug wurde abgetrennt und sistiert. Für das übrige Verfahren fand am 26. Oktober 2015 eine kombinierte Einigungs- und Schätzungsverhandlung statt. Am 21. März 2016 sprach die ESchK der Genossenschaft A._ (Enteignete) eine Entschädigung für den Minderwert aus übermässigem Fluglärm von insgesamt Fr. 1'652'302.- zu, zuzüglich Zins seit dem 1. Januar 2002. Sie stellte fest, dass die von der FZAG zu leistenden Schallschutzkosten von Fr. 245'491.- an die Entschädigung anzurechnen seien.
C.
Dagegen erhoben die Flughafen Zürich AG und der Kanton Zürich am 15. April 2016 Beschwerde beim Bundesverwaltungsgericht mit dem Hauptantrag, es sei keine Entschädigung zuzusprechen; eventualiter sei eine Verzinsungspflicht zu verneinen.
Am 3. Mai 2016 erhob auch die Genossenschaft A._ Beschwerde gegen den Entscheid der ESchK mit dem Antrag, die Anrechnung der Schallschutzkosten sei zu reduzieren und die zugesprochene Parteientschädigung angemessen zu erhöhen.
Das Bundesverwaltungsgericht vereinigte die Verfahren. Am 10. Mai 2017 hiess es beide Beschwerden teilweise gut: Es hob die Verzinsungspflicht auf und wies die Sache zur Berechnung der anrechenbaren Schallschutzkosten an die ESchK zurück. Im Übrigen wies es die Beschwerden ab.
D.
Gegen den bundesverwaltungsgerichtlichen Entscheid haben die FZAG und der Kanton Zürich am 9. Juni 2017 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beim Bundesgericht erhoben. Sie beantragen, Ziff. 3 des angefochtenen Entscheids sei aufzuheben und es sei die Ausrichtung einer Entschädigung an die Beschwerdegegnerin abzulehnen; allenfalls sei eine Rückweisung an die Vorinstanz zwecks Vornahme weiterer Abklärungen anzuordnen. Eventualiter seien die Schallschutzkosten voll anzurechnen und dementsprechend Ziff. 2 des angefochtenen Urteils aufzuheben.
E.
Die Enteignete (Beschwerdegegnerin) beantragt Abweisung der Beschwerde. Das Bundesverwaltungsgericht und die ESchK haben auf eine Vernehmlassung verzichtet.
Im weiteren Schriftenwechsel halten die Parteien an ihren Standpunkten fest.

Erwägungen:
1.
Gegen Entscheide des Bundesverwaltungsgerichts steht grundsätzlich die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beim Bundesgericht offen (Art. 82 lit. a, 86 Abs. 1 lit. a BGG).
Der angefochtene Entscheid weist die Sache zur Berechnung der anrechenbaren Schallschutzkosten an die ESchK zurück; insofern handelt es sich formell um einen Zwischenentscheid. Materiell wurde jedoch bereits über den Umfang der Anrechnung entschieden: Dieser wurde auf 10 % des Gebäudeminderwerts beschränkt. Insofern bleibt der ESchK kein eigener Entscheidspielraum mehr, sondern die Rückweisung dient nur noch der rechnerischen Umsetzung des bereits Angeordneten. Damit ist der Entscheid prozessual einem Endentscheid gleichzustellen (<ref-law>; vgl. <ref-ruling> E. 1.2 S. 148 mit Hinweis).
Die Beschwerdeführer sind befugt, sich mittels Beschwerde gegen die ihnen auferlegte Entschädigungspflicht zu wehren (<ref-law>). Auf die rechtzeitig erhobene Beschwerde (<ref-law>) ist daher einzutreten.
2.
Ein Entschädigungsanspruch für eine Unterdrückung nachbarlicher Abwehrrechte gegenüber Lärmeinwirkungen setzt voraus, dass kumulativ die drei Bedingungen der Unvorhersehbarkeit der Lärmimmissionen, der Spezialität der Immissionen sowie der Schwere des immissionsbedingten Schadens gegeben sind (vgl. dazu <ref-ruling> E. 7 S. 266 mit Hinweisen). Vorliegend ist lediglich die dritte Voraussetzung streitig.
2.1. Praxisgemäss hat der Grundeigentümer Anspruch auf Ersatz des Minderwertes, den sein Grundstück durch die Belastung erleidet, d.h. auf die Vergütung der Wertdifferenz, die sich zwischen dem Verkehrswert des unbelasteten Grundstücks und jenem des belasteten Grundstücks ergibt (vgl. Art. 19 lit. b EntG; HESS/WEIBEL, Enteignungsrecht des Bundes, Bern 1986, Band I, Art. 19 N. 173 mit Hinweisen; vgl. zuletzt <ref-ruling> E. 7.7 S. 151 f.). Der Verkehrswert entspricht dem Erlös, der für das enteignete Recht bei Veräusserung im freien Handel am massgebenden Stichtag objektiv hätte erzielt werden können (<ref-ruling> E. 4a S. 250 mit Hinweisen). Dieser hängt nicht (nur) von der gegenwärtigen Verwendung des Grundstücks ab, sondern in erster Linie von den Erwartungen, die Kaufinteressenten hinsichtlich Art und Intensität der möglichen Nutzung hegen würden. Zu berücksichtigen ist daher auch die Möglichkeit einer (wirtschaftlich) besseren Verwendung; dies wird in Art. 20 Abs. 1 EntG ausdrücklich festgehalten. Voraussetzung ist, dass diese Möglichkeit (in rechtlicher und tatsächlicher Hinsicht) am Stichtag bereits bestand oder ohne die Enteignung in nächster Zukunft eingetreten wäre. Bloss theoretische Möglichkeiten oder vage Aussichten auf eine künftig günstigere Nutzung genügen dagegen praxisgemäss nicht (<ref-ruling> E. 11.4 S. 179 mit Hinweisen).
Diese Grundsätze werden von allen Parteien anerkannt. Streitig ist dagegen ihre Anwendung im vorliegenden Fall.
2.2. ESchK und Bundesverwaltungsgericht bejahten einen schweren Schaden: Zwar erleide die Beschwerdegegnerin - eine Wohnbaugenossenschaft - aktuell keine Ertragseinbusse, weil die von ihr praktizierten (und in den Statuten vorgeschriebenen) Kostenmieten 40 - 60 % unter Marktniveau lägen und daher vom Fluglärm nicht beeinflusst würden. Dagegen hätte sie die Möglichkeit, ihre Liegenschaften auf dem freien Immobilienmarkt zu verkaufen. Ein Verkauf würde aller Voraussicht nach eine bessere wirtschaftliche Nutzung der Liegenschaften ermöglichen, da ein gewinnorientierter Käufer die Mieten sukzessive an die Marktmieten anpassen würde. Angesichts des guten Unterhalts der streitbetroffenen Liegenschaften könne eine solche Renditeerwartung auch nicht als unrealistisch bezeichnet werden. Der bei einem Verkauf zu erwartende Erlös (bemessen nach dem hypothetischen Ertragswert) wurde von der ESchK auf Fr. 7.3 Mio. geschätzt. Dieser werde (gemäss hedonischem Modell ESchK) um rund 18 % gemindert.
Die Vorinstanzen räumten ein, dass ein Verkauf von Siedlungen nach den zum Stichtag (1. Januar 1997) geltenden Statuten der Beschwerdegegnerin nur zulässig sei, wenn deren Rendite nicht auf das Niveau der Selbsttragung gebracht werden könne. Zudem bedürfe es für den Entscheid einer Zweidrittelmehrheit in der Delegiertenversammlung und es müssten die Vorgaben zum Schutz der Rechte der Genossenschafter gewahrt werden (vgl. <ref-law>). Daraus lasse sich jedoch nicht der Schluss ziehen, eine dem Genossenschaftszweck dienende Einrichtung wäre unverkäuflich. Vielmehr stehe es auch einer Genossenschaft - wie jeder anderen juristischen oder natürlichen Person - grundsätzlich frei, sich unter Einhaltung der entsprechenden gesetzlichen Vorgaben von einer Liegenschaft zu trennen und diese auf dem freien Immobilienmarkt zum Verkauf anzubieten.
Zwar habe die Beschwerdegegnerin letztmals vor 1968 eine ihrer Siedlungen veräussert. Die konkrete Verkaufsbereitschaft am Stichtag sei jedoch ohne Bedeutung für das Eintreten des immissionsbedingten Schadens. Ob die Genossenschaft am Stichtag gewillt gewesen wäre, die lärmbelasteten Liegenschaften zu veräussern und dafür an der Delegiertenversammlung die erforderliche Zweidrittelmehrheit hätte erreichen können, sei deshalb nicht von Bedeutung. Auch die statutarische Vorgabe, dass ein Verkauf nur dann erfolgen dürfe, wenn keine kostendeckende Rendite erwirtschaftet werden könne, beschlage die konkrete Verkaufsbereitschaft im Innenverhältnis, welche sich die Enteignete überdies freiwillig auferlegt habe und mittels Statutenänderung jederzeit hätte aufheben können.
2.3. Die Beschwerdeführer machen dagegen geltend, der Beschwerdegegnerin sei weder am Stichtag noch danach ein entschädigungspflichtiger Schaden entstanden. Die Vorinstanz habe anerkannt, dass ihr Mietertrag durch die übermässige Fluglärmbelastung nicht beeinflusst werde. Der Verkauf der Liegenschaften (als bessere Verwendungsmöglichkeit) erscheine aus statutarischen und genossenschaftsrechtlichen Gründen ausgeschlossen:
Im Raum Zürich könnten ältere, gut erhaltene Mietwohnungen stets zu einem kostendeckenden Preis vermietet werden, weshalb die Voraussetzung nach Art. 4 Abs. 2 der Statuten (Rendite unter dem Niveau der Selbsttragung) nie eintreten könne. Eine Querfinanzierung anderer, nicht rentabler Siedlungen sei gemäss Art. 4 Abs. 3 der Statuten verboten. Auch das Zustandekommen einer Zweidrittelmehrheit der Delegierten für einen Verkauf könne ausgeschlossen werden, würden die Genossenschafter doch ihren eigenen billigen Wohnraum nicht aufgeben, zumal ein Liquidationsüberschuss nicht ihnen zugute käme, sondern statutarisch für gemeinnützige Wohnbauzwecke zu verwenden wäre. Eine Statutenrevision habe nie zur Diskussion gestanden und wäre auch nicht erreichbar gewesen, zumal sie dem Zweck der Beschwerdegegnerin klar widersprochen hätte. Hinzu komme, dass ein Verkauf gegenüber den betroffenen Mietern/Genossenschaftern auf einen faktischen Entzug der Genossenschaftsleistungen und damit auf eine nach <ref-law> unzulässige Ungleichbehandlung hinauslaufe, die nur aus wichtigen Gründen zulässig sei.
Die Beschwerdeführer verweisen auf zwei Entscheide des Bundesgerichts (Urteil 1E.14/2007 vom 6. Mai 2008 E. 6.2 betreffend Hotel/Restaurant und <ref-ruling> E. 11.4 S. 180 f. betreffend städtischen Kindergarten und Sozialwohnungen) : Dort habe das Bundesgericht nicht auf eine hypothetische, gewinnbringendere Bewirtschaftung abgestellt, obwohl eine Umnutzung rechtlich gesehen möglich gewesen wäre, sondern auf die schon seit vielen Jahren gehandhabte Bewirtschaftung, mit der Begründung, es sei von der Fortsetzung dieser Nutzung auszugehen. Gleiches müsse vorliegend gelten: Die Beschwerdegegnerin bewirtschafte die fraglichen Liegenschaften seit über 60 Jahren, ohne dass je eine Abschaffung der Kostenmiete oder ein Verkauf zur Diskussion gestanden hätte. Es handle sich um eine rein hypothetische Möglichkeit, die enteignungsrechtlich nicht massgeblich sei.
2.4. Die Beschwerdegegnerin hält die statutarischen Vorgaben für die interne Willensbildung der Genossenschaft für enteignungsrechtlich irrelevant. Im Übrigen stellten diese keine Hindernisse für einen Verkauf dar: Sie verfüge über 1'280 Wohnungen in 18 Siedlungen und 9 Kantonen; da kein Vetorecht der Vertreter einer Siedlung für deren Verkauf bestehe, sei es ohne weiteres möglich, die Zweidrittelmehrheit für den Verkauf einer fluglärmbeschallten Liegenschaft zu erhalten. Bei Art. 4 Abs. 3 der Statuten handle es sich um eine blosse Zielvorschrift, die im Übrigen jederzeit geändert werden könnte. Auch aus dem Genossenschaftsrecht ergebe sich kein Verkaufsausschluss. Beim Verkauf stellten sich dieselben Probleme wie bei Totalsanierungen oder Ersatzneubauten, die schon öfters realisiert worden seien, mit schadensmindernden Massnahmen zugunsten der Betroffenen (z.B. Umsiedlung in andere eigene Liegenschaften oder Unterstützung bei der Aufnahme in andere Genossenschaften).
Im Übrigen ist die Beschwerdegegnerin der Auffassung, dass sie unabhängig von der Verkäuflichkeit ihrer Liegenschaften durch die übermässige Fluglärmbelastung einen Schaden erleide (vgl. dazu den Parallelfall 1C_62/2017).
3.
Für die Ermittlung des Verkehrswerts wird auf die objektiven Verhältnisse, in der Regel am Stichtag, abgestellt (vgl. oben E. 2). Die subjektive Verkaufsbereitschaft (am Stichtag oder in naher Zukunft) spielt dagegen praxisgemäss keine Rolle.
3.1. Dies wurde vom Bundesgericht für selbstgenutztes Wohneigentum ausdrücklich festgehalten: Es entspreche der allgemeinen Lebenserfahrung, dass Wohnliegenschaften durch übermässigen Lärm entwertet würden; die ruhige Lage stelle eines der Elemente dar, die den Wert einer Liegenschaft ausmachten. Gehe dieses Element verloren, nehme der Markt- bzw. der Verkehrswert des Grundstücks ab und entstehe somit ein Schaden. Dass sich die Entwertung einer Liegenschaft bei Weiternutzung durch den bisherigen Eigentümer (noch) nicht in einem niedrigeren Verkaufspreis niederschlage, ändere an der Werteinbusse nichts. Dem Grundeigentümer verbleibe nach dem Auftreten der übermässigen Lärmimmissionen nur noch ein Teil des früheren Marktwerts. Dieser Wertverlust sei nach Art. 19 lit. b EntG zu entschädigen, ohne dass die Entwertung durch einen Verkauf nachgewiesen werden müsse (<ref-ruling> E. 9 S. 65).
Nach dieser Rechtsprechung spielt es somit keine Rolle, ob im Einzelfall aufgrund der konkreten Umstände (z.B. langjähriger Familienbesitz, familien- oder erbrechtliche Verhältnisse) in naher Zukunft mit einem Verkauf zu rechnen gewesen wäre.
3.2. Im Urteil <ref-ruling> sprach das Bundesgericht einer religiösen Gemeinschaft eine Entschädigung für die Belastung eines Kirchengrundstücks mit einer Eisenbahnbetriebsservitut zu. Es führte aus, der Verkehrswert bestimmte sich nach dem Preis, den ein Käufer für die Liegenschaft bezahlt hätte. Zwar erlaube das Kirchengebäude keine nach Bauordnung zulässige und gewinnbringende Nutzung, so dass ein Erwerber dafür höchstens einen symbolischen Wert zahlen würde; dagegen habe die Parzelle als Bauland einen erheblichen Wert; dieser werde aufgrund der Servitut um rund 15 %, d.h. Fr. 2.4 Mio., vermindert (E. 4a S. 250 f.). Den Einwand der Enteignerinnen, dass die Enteignete nach eigenem Bekunden nicht beabsichtige, die heutige religiöse Nutzung ihres Grundstücks aufzugeben und das Kirchengebäude zudem im kommunalen Inventar der allenfalls schützenswerten Bauten verzeichnet sei, mass das Bundesgericht keine Bedeutung zu (E. 4c S. 251). Die Frage, ob und unter welchen Voraussetzungen die religiöse Gemeinschaft nach ihren Statuten zu einem Verkauf befugt gewesen wäre, wurde nicht einmal gestellt.
3.3. Diese Überlegungen lassen sich - entgegen der Auffassung der Beschwerdeführer - auch auf den vorliegenden Fall übertragen: Massgeblich für den Verkehrswert sind die objektiven Umstände am Stichtag, wie Lage, Nutzung, baulicher Zustand der Liegenschaften, bestehende Dienstbarkeiten oder andere Rechte Dritter. Keine Rolle spielt dagegen, ob die Beschwerdegegnerin zum Verkauf gewillt war bzw. in naher Zukunft mit einem Verkauf zu rechnen gewesen wäre.
Es handelt sich um gut unterhaltene Wohnbauten, die ohne Weiteres auf dem freien Immobilienmarkt hätten verkauft werden können. Damit unterscheidet sich der vorliegende Fall von den Entscheiden 1E.14/2007 (Hotelliegenschaft mit erst kurz vor dem Stichtag grosszügig ausgebautem Restaurant) und <ref-ruling> (Kindergarten), wo für eine Wohnnutzung erhebliche bauliche Massnahmen und Investitionen nötig gewesen wären.
Anders als im Parallelfall 1C_62/2017 vom 19. April 2018 oder im Entscheid A-2154/2012 des Bundesverwaltungsgerichts vom 1. April 2014 ist die Beschwerdeführerin nicht an die Vorgaben eines Baurechtsvertrags gebunden, der den Verkauf ausschliesst oder nur an andere gemeinnützige Wohnbaugenossenschaften zulässt, sondern kann (im Aussenverhältnis) frei über ihre Liegenschaften verfügen.
Unter diesen Umständen durften die Vorinstanzen einen schweren fluglärmbedingten Schaden bejahen.
4.
Eventualiter machen die Beschwerdeführer geltend, die Schallschutzkosten von Fr. 245'491.-- seien vollständig auf die Entschädigung anzurechnen.
4.1. Die Beschwerdeführerin ist als Inhaberin des Flughafens Zürich - einer wesentlich geänderten Anlage im Sinne von Art. 8 Abs. 2 der Lärmschutz-Verordnung vom 15. Dezember 1986 (LSV; SR 814.41) - verpflichtet, die Kosten für die notwendige Schalldämmung der Fenster in Gebieten zu tragen, in denen die Immissionsgrenzwerte nicht eingehalten werden können (Art. 10 f. LSV; vgl. dazu <ref-ruling> E. 5.1 S. 86 f. und E. 7.1 S. 113). Diese Verpflichtung gilt unabhängig vom Vorliegen eines Enteignungstatbestands.
Schallschutzmassnahmen können aber auch als Form des Realersatzes im Enteignungsverfahren angeordnet werden. Nach der bundesgerichtlichen Rechtssprechung sind die Schätzungskommissionen sogar verpflichtet, die Enteignungsentschädigung teilweise in Form von Schallschutzmassnahmen an bestehenden Gebäuden anzuordnen, um deren Bewohner wirksam zu schützen und den enteignungsbedingten Schaden zu mindern (grundlegend <ref-ruling> E. 6c S. 364 ff.). Damit soll - in Übereinstimmung mit den Grundsätzen des Umweltrechts - sichergestellt werden, dass die beschränkten finanziellen Ressourcen in erster Linie zur Lärmbegrenzung an der Quelle oder, wenn dies nicht möglich ist, zum passiven Schallschutz verwendet werden, d.h. für Massnahmen, die dem Schutz der Gesundheit dienen und den unmittelbar Betroffenen (insbesondere auch Mietern) zugutekommen (<ref-ruling> E. 8.1 S. 270).
Es ist Aufgabe der Schätzungskommission, für die nötige Koordination von Enteignungs- und Umweltrecht zu sorgen. Dieser Aufgabe kommt besondere Bedeutung zu, wenn (wie vorliegend) noch kein definitives Schallschutzkonzept für die lärmige Anlage besteht. Im Schätzungsverfahren müssen die nötigen Schallschutzmassnahmen angeordnet sowie über allfällige Rückerstattungsansprüche des Enteigneten für bereits realisierte Schallschutzmassnahmen und deren Konsequenzen für die Enteignungsentschädigung entschieden werden. Es gilt zu vermeiden, dass im Anschluss an das Schätzungverfahren weitere Verfahren zur Durchsetzung umweltrechtlicher Ansprüche angestrengt werden müssen.
Vorliegend hat die Beschwerdeführerin die Holzfenster der aus den 50er Jahren stammenden Mehrfamilienhäuser durch Holz-Metall-Schallschutzfenster ersetzt. Im Jahr 2012 erfolgten bereits teilweise Rückerstattungen; die Rückerstattungspflicht für die übrigen Fenster ist unbestritten. Streitig ist dagegen, in welchem Umfang sie auf die Enteignungsentschädigung angerechnet werden müssen.
4.2. Art. 16 EntG verlangt - in Übereinstimmung mit <ref-law> - eine volle Entschädigung. Damit wird die Enteignungsentschädigung nach oben und nach unten beschränkt: Der Enteignete soll durch die Enteignung weder ärmer noch reicher werden, d.h. er soll wirtschaftlich nicht anders gestellt sein, als er es ohne die Enteignung wäre (HESS/WEIBEL, a.a.O. Art. 16 N. 4 mit Hinweisen). Der Enteignete hat Anspruch auf den Ersatz des Minderwerts, den sein Grundstück durch die dingliche Belastung erleidet (Art. 19 lit. b) sowie allfälliger weiterer Nachteile (lit. c); dagegen muss er sich besondere Vorteile, die ihm aus dem Unternehmen des Enteigneten entstehen, grundsätzlich anrechnen lassen. Dementsprechend bestimmt Art. 22 Abs. 1 EntG, dass bei einer Teilenteignung für den Minderwert des verbleibenden Teiles insoweit kein Ersatz zu leisten ist, als er durch besondere Vorteile, die ihm aus dem Unternehmen des Enteigners entstehen, aufgewogen wird.
Auf den vorliegenden Fall übertragen bedeutet dies, dass keine Entschädigung geschuldet wird, soweit der fluglärmbedingte Minderwert des Grundstücks durch Schallschutzleistungen des Enteigners aufgewogen wird. Entscheidend sind dabei nicht die vom Enteigner aufgewandten Kosten, sondern der damit verbundene Vorteil des Enteigneten (so schon <ref-ruling> E. 9 S. 348; Urteil des BVGer A-2161/2012 vom 1. April 2014 E. 19.3; ADRIAN GOSSWEILER, Entschädigungen für Lärm von öffentlichen Verkehrsanlagen, Elemente für eine Neuordnung durch den Gesetzgeber, Diss. Zürich 2014, Rz. 510 S. 304).
4.3. Zum Umfang der Vorteilsausgleichung bei Schallschutzmassnahmen besteht - entgegen der Auffassung der Beschwerdeführerin - keine gefestigte Rechtsprechung.
Im Urteil <ref-ruling> (E. 8 S. 366) wurde die Sache zurückgewiesen, um die erforderlichen Schallschutzmassnahmen zu präzisieren (deren Kosten noch nicht feststanden) und das Ausmass des danach noch verbleibenden Minderwerts zu schätzen, um eine integrale Entschädigung der Enteigneten sicherzustellen. Insofern lässt sich diesem Urteil keine Aussage zum Ausmass der Anrechnung entnehmen.
In <ref-ruling> E. 7 entschied das Bundesgericht, dass für die Kosten von als Realersatz angeordneten Schallschutzmassnahmen auf die aktuellen Preise und verfügbaren Techniken abzustellen sei; selbstverständlich müssten die dadurch erreichten Verbesserungen bei der Berechnung des verbleibenden Minderwerts der Baute berücksichtigt werden (gemäss Art. 19 lit. b EntG). Dagegen finden sich keine Ausführungen zum Ausmass der Anrechnung bzw. zur Bezifferung des noch verbleibenden Minderwerts.
Diese Frage stellte sich dagegen in <ref-ruling> E. 9 S. 348. Damals ging das Bundesgericht davon aus, dass der Einbau von Schallschutzfenstern als Form des Realersatzes nicht sämtliche Nachteile abdecke: Der Land-Minderwert werde von vornherein nicht beeinflusst, und ein Gebäude-Minderwert verbleibe insofern, als die Fenster über lange Zeiträume nicht geöffnet werden könnten und Terrassen, Balkon etc. weiterhin dem Lärm ausgesetzt seien. Die bundesgerichtlichen Experten schätzten den verbleibenden Minderwert auf Fr. 582'660.--, d.h. auf 90 % des Betrags, der ohne Realersatz zu leisten gewesen wäre (Fr. 647'400). Damit beschränkten sie die Anrechenbarkeit der Schallschutzkosten auf 10 % des Gebäudeminderwerts. Allerdings handelt es sich um einen Einzelfallentscheid, d.h. das Bundesgericht stellte keine generelle Regel zum Ausmass der Anrechnung auf.
Seither hatte das Bundesgericht keine Gelegenheit, sich mit dieser Frage zu befassen. Die von der ESchK in mehreren Leitentscheiden betreffend Opfikon-Glattbrugg angeordnete volle Anrechnung der Schallschutzkosten (vgl. z.B. <ref-ruling> Sachverhaltsabschnitt B S. 79) wurde von den Enteigneten nicht bestritten, so dass das Bundesgericht keine Veranlassung hatte, die Frage näher zu prüfen (so Urteil <ref-ruling> E. 19 S. 92).
Im Entscheid A-2161/2012 vom 1. April 2014 hielt das Bundesverwaltungsgericht es für "nicht von Vornherein ausgeschlossen", dass die Aufwendungen für Schallschutzmassnahmen zu einer Wertsteigerung in gleicher Höhe führen und deshalb vollständig anzurechnen sein könnten (E. 19.4), prüfte die Frage aber nicht weiter.
4.4. Vorliegend erachtete es die ESchK als plausibel, dass die von der FZAG erstatteten Schallschutz-Investitionen von Fr. 245'491.-- zu einer Wertsteigerung in gleicher Höhe geführt hätten.
Das Bundesverwaltungsgericht räumte ein, dass der Ersatz der bisherigen Holzfenster durch Holz-Metall-Fenster wertsteigernd gewesen sei; dagegen sei nicht einsichtig, weshalb dies zu einer Wertsteigerung in Höhe der gesamten Schallschutzkosten geführt habe. Dies sei weder von der ESchK noch von den Enteignern plausibel begründet worden.
Die dagegen vorgebrachten Einwände der Beschwerdeführer dringen nicht durch. Zwar erfolgte der Ersatz der Fenster auch aus energetischen Gründen; dagegen ist weder dargetan noch offenkundig, weshalb dies zwangsläufig zu einer Wertsteigerung des Gebäudes in Höhe der gesamten Investionssumme führte. Wie die Beschwerdegegnerin detailliert darlegt, dient die Investition dem langfristigen Werterhalt der Liegenschaft und wirkt sich nicht zwingend 1:1 auf den Ertrag bzw. die nach der Ertragswertmethode vorgenommene Liegenschaftsschätzung aus.
4.5. Das Bundesverwaltungsgericht hielt fest, grundsätzlich müsse der Wert der fluglärmbelasteten Liegenschaft mit und ohne Schallschutzmassnahmen geschätzt werden. Allerdings dürfte sich kaum je zufriedenstellend nachweisen lassen, in welchem Umfang sich der Einbau von Schallschutzfenstern auf den Wert der Liegenschaft der Enteigneten auswirke. Eine solche Schätzung wäre mit erheblichen Unsicherheiten behaftet, weshalb ein schematischer Lösungsansatz angezeigt erscheine. Das Bundesverwaltungsgericht ordnete daher eine Anrechnung der Schallschutzkosten in Höhe von 10 % des auf die Gebäude entfallenden Minderwerts an, gestützt auf die in <ref-ruling> E. 9 S. 348 vorgenommene Schätzung. Die Anwendung dieser Rechtsprechung erlaube es, die anrechenbaren Schallschutzkosten einzelfallbezogen, aber ohne zusätzliche Abklärungen festzulegen. Im vorliegenden Fall erscheine eine Anrechnung der Schallschutzkosten im Umfang von 10 % des auf die Gebäude entfallenden Minderwerts massvoll und halte sich im Rahmen der zulässigen Schematisierung.
Bei <ref-ruling> handelt es sich jedoch um einen Einzelfallentscheid, der zudem selbstbewohnte Einfamilienhäuser betraf. Diese waren damals nach der Realwertmethode geschätzt worden, unter separater Ausweisung von Landwert und Gebäudezeitwert. Vorliegend geht es dagegen um Mehrfamilienhäuser, die nach der Ertragswertmethode geschätzt wurden, basierend auf den Mieteinnahmen, unter Berücksichtigung von Rückstellungen für Erneuerungs- und Bewirtschaftungskosten. Bei dieser Methode werden Land- und Gebäudewert nicht separat geschätzt; die Kosten für Schallschutzfenster wirken sich vielmehr bei den Mieteinnahmen (soweit überwälzbar) und bei den Rückstellungen für den Erneuerungsfonds aus.
4.6. Grundsätzlich ist auch der nach Art. 22 Abs. 1 EntG zu berücksichtigende Vorteil im Einzelfall zu schätzen. Da sich die Entschädigungsberechnung vorliegend nach Art. 20 Abs. 1 EntG (Möglichkeit einer besseren Verwendung) bemisst (oben E. 3), sind nicht die konkreten Verhältnisse der Wohngenossenschaft massgeblich (Erhöhung der Kostenmiete nach Schallschutzinvestitionen). Vielmehr ist zu prüfen, inwiefern die getätigten Investitionen in schall- und wärmeisolierte Fenster bei einem Verkauf der Liegenschaften auf dem freien Immobilienmarkt den zu erwartenden Erlös steigern würden.
Sollte sich bei dieser Prüfung herausstellen, dass diese Schätzung einen unverhältnismässigen Aufwand erfordert oder mit erheblichen Unsicherheiten behaftet ist, wie die Vorinstanz befürchtete, würde sich eine schematische Lösung aufdrängen (vgl. dazu Urteil 1C_256/2014 vom 17. März 2016 E. 5.4; <ref-ruling> E. 13 S. 163). Zum jetzigen Zeitpunkt ist dies aber noch nicht erstellt. Da es sich um eine grundsätzliche Frage handelt, erscheint ihre Abklärung im Rahmen des vorliegenden Pilotfalls geboten.
4.7. Die Sache ist daher zur Vornahme ergänzender Abklärungen an die Vorinstanz zurückzuweisen, die - sofern nötig - Experten der Oberschätzungskommission beiziehen kann (Art. 82 EntG). Angesichts der bereits langen Verfahrensdauer erscheint dagegen eine Rückweisung an die (zurzeit weitgehend handlungsunfähige) ESchK ausgeschlossen. Zur Vermeidung einer reformatio in peius ist eine Korrektur nur vorzunehmen, soweit die Anrechenbarkeit 90 % des Gebäudeminderwerts übersteigt.
5.
Bei diesem Ausgang des Verfahrens unterliegen die Beschwerdeführer in der Hauptsache. Sie dringen lediglich teilweise mit ihrem Eventualantrag durch (Rückweisung zur Abklärung des anrechenbaren Umfangs der Schallschutzkosten). Da sie in ihrem Vermögensinteresse prozessieren, werden sie kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 Abs. 4 und Art. 68 BGG). Im (geringen) Umfang ihres Unterliegens werden der Beschwerdegegnerin ein Teil der Kosten auferlegt und ihre Parteientschädigung gekürzt.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird teilweise gutgeheissen. Disp.-Ziff. 2, 2. Absatz, des Urteils des Bundesverwaltungsgerichts, Abteilung I, vom 10. Mai 2017, wird aufgehoben und die Sache zur Bemessung der anrechenbaren Schallschutzkosten an das Bundesverwaltungsgericht im Sinne der Erwägungen zurückgewiesen. Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 10'000.-- werden den Beschwerdeführern zu Fr. 9'000.-- und der Beschwerdegegnerin zu Fr. 1'000.-- auferlegt.
3.
Die Beschwerdeführer haben die Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 9'000.-- zu entschädigen.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien, der Eidgenössischen Schätzungskommission, Kreis 10, und dem Bundesverwaltungsgericht, Abteilung I, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 25. April 2018
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Merkli
Die Gerichtsschreiberin: Gerber