Faits :
A.
A.a. A.A._ est propriétaire des parcelles n° s ***1, ***2 et ***3 de la commune de C._, sises en zone agricole, d'une surface respectivement de 12'185 m2, de 10'659 m 2et de 10'118 m2. La partie sud des parcelles n° s ***2 et ***3, à savoir 12'000 m2, est actuellement consacrée à la viticulture et exploitée par A.A._ et B.A._. Ces 12'000 m2 sont inscrits au cadastre viticole en tant que "vigne protégée". La partie nord de ces deux parcelles, ainsi que la quasi-totalité de la parcelle n° ***3, c'est-à-dire une surface d'environ 20'000 m 2, ne sont pas cultivées et ne sont, en particulier, pas inscrites audit cadastre. Elles font en revanche partie des surfaces d'assolement. Au nord et à l'est de ces trois parcelles se trouve une grande surface de cultures céréalières de 20 hectares appartenant à D._. Au nord-ouest, se situe une vigne répertoriée au cadastre comme "vigne hors zone".
En 1981, A.A._ a entamé une première procédure tendant à obtenir le classement en zone viticole d'une surface de 13'200 m2 comprise dans la partie non cultivée au nord des trois parcelles en cause: l'Office fédéral de l'agriculture a rejeté cette demande.
A.A._ et B.A._, au bénéfice du préavis favorable de la Commune de C._, ont réitéré, en date du 7 juillet 2015, leur requête d'autorisation de planter de nouvelles vignes sur les mêmes 13'600 m2. Le 9 septembre 2015, la Direction générale de la nature et du paysage de la République et canton de Genève a délivré un préavis favorable, sous réserve d'éviter de planter ou d'effectuer des tournes sous la couronne des arbres. A l'inverse, après avoir procédé à une inspection locale, la Commission d'experts du cadastre viticole de la République et canton de Genève (ci-après: la Commission d'experts), suivi en cela par l'Interprofession du Vignoble et des Vins de la République et canton de Genève (ci-après: l'Interprofession), a émis un préavis défavorable. Se fondant sur ces préavis, la Direction générale de l'agriculture de la République et canton de Genève (ci-après: la Direction de l'agriculture), par décision du 4 avril 2016, a rejeté la demande des intéressés: bien que ni la nature du sol, ni le climat local, ni les conditions hydrologiques n'étaient incompatibles avec la culture de la vigne, les parties des parcelles en cause présentaient une orientation trop septentrionale conjuguée à une pente moyenne de 6 %, de sorte que la surface ne pouvait pas être considérée comme étant propice à la culture de la vigne; cette surface pouvait, en outre, être rationnellement affectée à d'autres cultures que la vigne et une autorisation à titre de fermeture de zone ne se justifiait donc pas.
A.b. La Cour de justice de la République et canton de Genève (ci-après: la Cour de justice) a, le8 juillet 2017, confirmé la décision du 4 avril 2016 de la Direction de l'agriculture.
B.
Dans un arrêt du4 mars 2019, le Tribunal administratif fédéral (compétent en vertu de l'art. 166 al. 2 de la loi fédérale du 29 avril 1998 sur l'agriculture [loi sur l'agriculture, LAgr; RS 910.1]), a rejeté le recours des intéressés pour les mêmes motifs que l'autorité de première instance, autorité qui n'avait, en outre, pas versé dans l'excès ou l'abus de son pouvoir d'appréciation. Il a en cela suivi l'avis de l'Office fédéral de l'agriculture qui avait rappelé que les critères d'aptitude à la viticulture fixés par le droit fédéral n'étaient pas exhaustifs et que les cantons bénéficiaient d'un large pouvoir d'appréciation dans la pondération de ceux-ci; ledit office avait encore précisé que la culture de la vigne devait avoir lieu dans les régions où elle était favorisée par les conditions naturelles de production; in casu, les critères minimaux arrêtés par la pratique cantonale genevoise pour l'octroi d'une autorisation de planter une vigne n'étaient, selon lui, pas remplis.
C.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public, A.A._ et B.A._ demandent principalement au Tribunal fédéral d'ordonner au Département du territoire de la République et canton de Genève (ci-après: le Département du territoire) de délivrer l'autorisation de planter de la vigne requise le 7 juillet 2015.
Le Département du territoire s'en remet à justice quant à la recevabilité du recours et conclut à son rejet sur le fond. La Cour de justice et l'Office fédéral de l'agriculture ont renoncé à déposer des observations. Le Tribunal administratif fédéral renvoie à son arrêt.
Les parties se sont encore prononcées par écriture du 16 septembre et 2 décembre 2019 pour les recourants et du 14 novembre 2019 pour ledit département.

Considérant en droit :
1.
Le Tribunal fédéral contrôle librement la recevabilité des recours qui lui sont soumis (<ref-ruling> consid. p. 186; <ref-ruling> consid. 1 p.143).
1.1. Selon l'art. 83 let. s ch. 2 LTF, le recours en matière de droit public est irrecevable contre les décisions en matière d'agriculture qui concernent la délimitation de zones dans le cadre du cadastre de production.
Il est fait mention de ce cadastre de production à l'<ref-law>. Selon cette disposition, lors de l'exécution de ladite loi, il y a lieu de prendre en considération d'une manière équitable les conditions difficiles de vie et de production, notamment dans la région de montagne et dans la région des collines (al. 1); en fonction de ces conditions, l'Office fédéral de l'agriculture subdivise en zones la surface utilisée à des fins agricoles et établit un cadastre de production à cet effet (al. 2). Le Conseil fédéral a ainsi adopté l'ordonnance fédérale du 7 décembre 1998 sur le cadastre de la production agricole et la délimitation de zones (ordonnance sur les zones agricoles; RS 912.1). Son art. 1 définit différentes zones pour la région de montagne (al. 1) et fait de même pour la région de plaine (al. 2).
Est ici en cause une autorisation de planter des vignes. On constate, à l'aune des dispositions susmentionnées, que le cadastre de production mentionné à l'art. 83 let. s ch. 2 LTF ne correspond pas au cadastre viticole, tel que défini à l'<ref-law> qui, pour sa part, répertorie et décrit les particularités des vignobles. Dès lors, il n'y a pas lieu d'examiner si la demande des recourants d'être mis au bénéfice d'une autorisation de planter de nouvelles vignes sur une surface qui n'est pas inscrite au cadastre viticole a potentiellement une répercussion sur celui-ci, répercussion que les recourants nient au demeurant. Partant, la présente cause ne tombe pas sous le coup de l'art. 83 let. s ch. 2 LTF.
1.2. A surplus, le recours en matière de droit public, déposé en temps utile (<ref-law>) et en la forme prévue (<ref-law>) à l'encontre d'un arrêt final (<ref-law>) rendu, dans une cause de droit public (<ref-law>), par le Tribunal administratif fédéral (<ref-law>), par les intéressés qui ont la qualité pour recourir (<ref-law>), est recevable.
2.
Le recours en matière de droit public peut être formé pour violation du droit, tel qu'il est délimité par les art. 95 et 96 LTF. Sous réserve de la violation de droits fondamentaux et de dispositions de droit cantonal et intercantonal, qui suppose un grief invoqué et motivé (cf. <ref-law>), le Tribunal fédéral applique le droit d'office (<ref-law>), sans être limité par les arguments de la partie recourante ou par la motivation de l'autorité précédente (<ref-ruling> consid. 2 p. 89; <ref-ruling> consid. 1.3 p. 336). Cela n'empêche pas une certaine retenue lorsque se posent des questions techniques ou d'appréciation (<ref-ruling> consid. 4.5.1 p. 466; <ref-ruling> consid. 6.4 p. 89; <ref-ruling> consid. 5.4.1 p.63).
3.
L'objet du litige porte sur l'autorisation de planter des nouvelles vignes sur la partie nord des parcelles n° s ***2 et ***3, ainsi que sur la parcelle n° ***1, sises en zone agricole, et qui ne sont pas inscrites au cadastre viticole.
4.
Les recourants estiment que l'art.11 al. 2 de la loi genevoise du 17 mars 2000 sur la viticulture (ci-après: la loi sur la viticulture ou LVit/GE; RS/GE M 2 50) viole la primauté du droit fédéral. L'<ref-law> prévoirait, comme unique condition à l'octroi d'une autorisation de planter des vignes, que l'endroit choisi soit propice à la viticulture. A son art. 2 al. 2, l'ordonnance fédérale du 14 novembre 2007 sur la viticulture et l'importation de vin (ordonnance sur le vin; RS 916.140) préciserait ce que constitue un tel endroit, en énumérant différents éléments. En prévoyant que ladite autorisation n'est accordée qu' "à condition" que ceux-ci soient remplis, l'art. 11 al. 2 LVit/GE ne respecterait pas le droit fédéral qui exigerait uniquement que l'endroit choisi soit propice à la viticulture. De plus, la pratique genevoise consistant à requérir que le terrain considéré présente certaines caractéristiques pour l'octroi d'une autorisation et à ériger l'orientation de celui-ci comme critère décisif violerait également le droit fédéral.
4.1. Selon l'art. 49 al. 1 Cst., le droit fédéral prime le droit cantonal qui lui est contraire. Ce principe de la primauté du droit fédéral fait obstacle à l'adoption ou à l'application de règles cantonales qui éludent des prescriptions de droit fédéral ou qui en contredisent le sens ou l'esprit, notamment par leur but ou par les moyens qu'elles mettent en oeuvre, ou qui empiètent sur des matières que le législateur fédéral a réglementées de façon exhaustive. Cependant, quand bien même la législation fédérale est considérée comme exhaustive dans un domaine donné, une loi cantonale peut subsister dans le même domaine en particulier si elle poursuit un autre but que celui recherché par le droit fédéral. En outre, même si, en raison du caractère exhaustif de la législation fédérale, le canton ne peut plus légiférer dans une matière, il n'est pas toujours privé de toute possibilité d'action. Ce n'est que lorsque la législation fédérale exclut toute réglementation dans un domaine particulier que le canton perd toute compétence pour adopter des dispositions complétives, quand bien même celles-ci ne contrediraient pas le droit fédéral ou seraient même en accord avec celui-ci (<ref-ruling> consid. 4.2.2 p. 113; <ref-ruling> consid. 5.1 p. 221; <ref-ruling> consid. 3.1 p. 137 et les arrêts cités).
Le Tribunal fédéral examine librement la conformité d'une règle de droit cantonal au droit fédéral lorsqu'il est appelé à examiner cette question au regard du grief de violation de l'art. 49 al. 1 Cst. (<ref-ruling> consid. 2.2 p. 354; <ref-ruling> consid. 3.2 p. 396).
4.2. Les dispositions topiques sont les suivantes:
4.2.1. L'art. 104 Cst. définit les compétences et les objectifs que doivent poursuivre les autorités fédérales en matière agricole. Aux termes de l'art. 104 al. 1 Cst., la Confédération veille à ce que l'agriculture, par une production répondant à la fois aux exigences du développement durable et à celles du marché, contribue substantiellement à la sécurité de l'approvisionnement de la population (let. a) et à la conservation des ressources naturelles et à l'entretien du paysage rural (let. b). La disposition constitutionnelle précitée dote la Confédération d'une compétence concurrente non limitée aux principes. La Confédération en a fait usage dans une très large mesure, en adoptant notamment la loi sur l'agriculture, ainsi que de nombreuses ordonnances, qui réduisent d'autant les compétences autonomes dont disposent les cantons dans le domaine agricole (ATF <ref-ruling> consid. 3.3 et 3.3.1 p. 447).
4.2.2. Selon l'art. 3 al. let. a LAgr, l'agriculture comprend la production de denrées se prêtant à la consommation et à la transformation et provenant de la culture de végétaux et de la garde d'animaux de rente. La Confédération fixe les conditions-cadre de la production et de l'écoulement des produits agricoles de sorte que la production soit assurée de manière durable et peu coûteuse et que l'agriculture tire de la vente des produits des recettes aussi élevées que possible (<ref-law>).
L'<ref-law> prévoit que quiconque plante de nouvelles vignes doit être titulaire d'une autorisation du canton (al. 1); le canton autorise la plantation de vignes destinées à la production de vin à condition que l'endroit choisi soit propice à la viticulture (al. 3); le Conseil fédéral fixe les principes régissant l'autorisation de planter des vignes et l'obligation d'annoncer (al. 4). Les cantons tiennent un cadastre viticole, dans lequel sont décrites les particularités des vignobles, conformément aux principes définis par la Confédération (<ref-law>).
Sur cette base, le Conseil fédéral a arrêté l'ordonnance sur le vin. L'art. 2 de cette ordonnance dispose:
" 1 Par nouvelle plantation, on entend la plantation de vignes sur une surface où la vigne n'a pas été cultivée depuis plus de dix ans.
2 Les nouvelles plantations de vignes destinées à la production vinicole ne peuvent être autorisées que dans les endroits propices à la viticulture. On tiendra compte notamment:
a. de l'altitude;
b. de la déclivité du terrain et de son exposition;
c. du climat local;
d. de la nature du sol;
e. des conditions hydrologiques du sol;
f. de l'importance de la surface au regard de la protection de la nature.
(...)
5 Le canton définit la procédure relative à l'autorisation et à la notification obligatoire. En ce qui concerne l'autorisation, il prévoit la consultation des services cantonaux de la protection de la nature et du paysage."
4.2.3. Compte tenu des compétences revenant aux cantons en la matière, le Parlement genevois a adopté la loi sur la viticulture qui a, notamment, pour but d'assurer l'application des dispositions fédérales relatives à la viticulture (art. 1 let. a LVit/GE).
D'après l'art. 7 LVit/GE, le cadastre viticole délimite les périmètres en dehors desquels la culture de la vigne est interdite; il comprend la zone viticole et les vignes situées en dehors de la zone viticole (al. 2); la zone viticole recense les surfaces appropriées à la culture de la vigne à des fins vinicoles (al. 3); la zone viticole protégée est la partie de la zone viticole destinée à l'exploitation de la vigne, à l'exclusion de toute autre culture pérenne (al. 4); on entend par vignes situées en dehors de la zone viticole, celles sur lesquelles la production vinicole à des fins commerciales a été tolérée par la Confédération avant999 (al. 5); on entend par nouvelles plantations, toutes plantations de vignes en dehors du cadastre viticole ou sur des surfaces qui, bien que comprises dans ce dernier, n'ont plus été cultivées en vigne depuis plus de 10 ans (al. 6).
L'art. 11 LVit/GE décrète:
" 1 Toute personne désireuse d'effectuer de nouvelles plantations de vignes doit obtenir une autorisation, à l'exclusion des vignes visées à l'article 9, alinéa 2, lettre b de la présente loi, qui sont soumises au régime de la notification obligatoire.
2 Pour la production vinicole commerciale, cette autorisation est délivrée à condition que les critères fixés à l'article 2, alinéa 2 de l'ordonnance fédérale soient remplis. Ces critères s'appliquent aussi bien aux surfaces sises hors du cadastre viticole qu'à celles situées à l'intérieur de celui-ci, si la culture de la vigne n'a plus été pratiquée depuis 10 ans.
3 Le Conseil d'Etat fixe par voie réglementaire les conditions régissant ces nouvelles plantations, ainsi que les détails des procédures d'autorisation et de notification."
Il appartient au département chargé de l'agriculture de délivrer les autorisations requises, après avoir obtenu le préavis de la commission compétente, de la commune concernée, ainsi que celui du service chargé de la protection de la nature et avoir consulté l'Interprofession (art. 12 LVit/GE).
En vertu de l'art. 11 al. 3 LVit/GE, le Conseil d'Etat a arrêté le règlement genevois du 20 mai 2009 sur la vigne et les vins de Genève (ci-après: le règlement sur la vigne ou RVV/GE; RS/GE M 2 50.05) qui a pour but de favoriser la production de raisins et de vins de qualité (art. 1 RVV/GE). Ledit règlement instaure une commission consultative d'experts du cadastre viticole qui préavise les requêtes relatives aux nouvelles plantations et celles visant à modifier le cadastre viticole (art. 5 al. 3 let. a RVV/GE).
En outre, selon l'art. 12 RVV/GE, les nouvelles plantations incorporées dans la zone viticole définie à l'art. 7 al. 3 LVit/GE ne peuvent être autorisées que dan s les endroits propices à la viticulture, conformément aux critères fédéraux (al. 1); une autorisation peut également être délivrée en cas de fermeture de zone, soit, notamment, lorsqu'un terrain est adjacent à une vigne existante et qu'il ne peut être rationnellement affecté à une autre culture; le terrain considéré doit néanmoins présenter des aptitudes à produire du raisin de qualité (al. 2); lors de l'examen des demandes, les critères relatifs à la protection de la nature, des sites et de l'environnement doivent également être examinés (al. 3).
4.3.
4.3.1. La Cour de céans constate que l'<ref-law> confère expressément aux cantons la compétence décisionnelle relative à l'octroi de l'autorisation de planter des nouvelles vignes. Cette disposition pose, néanmoins, une condition matérielle pour que cette autorisation soit accordée: l' endroit choisi doit être propice à la viticulture. La législation fédérale est exhaustive en tant qu'aucune condition supplémentaire que celle susmentionnée ne peut être fixée pour accorder une autorisation de planter des vignes (KLAUS A. VALLENDER, in: Roland Norer (éd.), Landwirtschaftsgesetz (LwG), ad art. 60 n° 17).
Cela étant, la condition susmentionnée fait appel à une notion juridique indéterminée, à savoir celle d' endroit propice à la viticulture. Or, dès lors qu'une norme fait appel à une telle notion, celle-ci doit forcément être définie et ses contours précisés. C'est ce à quoi a procédé le Conseil fédéral en usant de la compétence que lui confère l'<ref-law>. A cet égard, le Message du 26 juin 1996 concernant la réforme de la politique agricole: Deuxième étape (Politique agricole 2002) précise, en ce qui concerne l'octroi de l'autorisation de planter de nouvelles vignes (dont la compétence revient aux cantons: " l'élargissement des compétences cantonales a été revendiqué à de nombreuses occasions", FF996 IV95 n° 226.12), que la Confédération se borne à fixer les lignes générales nécessaires à garantir l'uniformité de l'application du droit fédéral dans les différents cantons (FF 1996 IV 195 n° 226.12); il souligne encore que le Conseil fédéral est habilité, par le biais de l'<ref-law>, à réglementer la procédure et les critères que les cantons doivent respecter en délivrant l'autorisation, autrement dit, en accordant le droit de produire du raisin de cuve (FF 1996 IV 198 n° 226.21). Ainsi, le Conseil fédéral a arrêté l'ordonnance sur le vin dont l'art. 2 al. 2 détermine une série de critères à prendre en considération, afin de juger si un terrain est propice à la viticulture. En cela, cette disposition ne fait que préciser la notion juridique indéterminée d' endroit propice à l'agriculture qui constitue la condition imposée par l'<ref-law>.
Quant à l'art. 11 al. 2 LVit/GE, Le Tribunal fédéral observe qu'il se contente de soumettre l'octroi de l'autorisation à la condition que les critères fixés à l'article 2 al. 2 de l'ordonnance fédérale soient remplis. Cet article cantonal ne prévoit pas de condition supplémentaire par rapport au droit fédéral, contrairement à ce que prétendent les recourants. Le principe de la primauté du droit fédéral n'est donc pas violé.
4.3.2. Les critères définis à l'art. 2 al. 2 de l'ordonnance sur le vin concrétisent donc la notion d'endroit propice à la viticulture. Cela étant, non seulement la liste de ces critères n'est pas exhaustive ("On tiendra compte notamment...") mais elle est, de plus, elle-même composée de notions juridiques indéterminées. En effet, l'altitude, la déclivité du terrain et son exposition, le climat local, la nature et les conditions hydrologiques du sol, ainsi que l'importance de la surface au regard de la protection de la nature, restent des éléments généraux en ce sens que, par exemple, s'il est fait mention de l'altitude, celle-ci n'est pas fixée. En cela, le Conseil fédéral a respecté la délégation du Parlement fédéral qui l'autorisait à fixer des principes régissant l'autorisation de planter des vignes (<ref-law>). Ainsi, tels quels, ces critères ne sont pas directement applicables. Il faut encore spécifier en quoi consiste une altitude, une déclivité, un climat, etc. propices à la viticulture. Il appartient aux cantons de les préciser.
Selon l'arrêt attaqué, la pratique de la Commission consultative d'experts du cadastre viticole consiste à exiger, a minima, une déclivité d'au moins 5 à 6 %, une orientation comprise entre le nord-est et le nord-ouest au maximum en passant par le sud, ainsi qu'un sol de nature légère. Ces éléments contribuent à la production de vin de qualité, ce qui est le but, comme le relève l'intimé, de la Confédération depuis le début des années 1950 et l'introduction du cadastre viticole qui avait pour dessein de restreindre la production vinicole de qualité inférieure et de réserver les fonds publics à l'encouragement de celle de qualité supérieure (Message du 11 février 1958 concernant l'institution de mesures temporaires en faveur de la viticulture, FF 1958 I 484; DANIEL GAY, Le statut du vin, p. 66). Les différents messages du Conseil fédéral en la matière mentionnent effectivement cette volonté d'assurer une production de qualité (Message susmentionné, FF 1958 I 477, 483, 484, 486, 495), précisant que les terrains que des facteurs naturels rendent propres à la production vinicole de qualité peuvent être attribués à la zone viticole délimitée par le cadastre (Message susmentionné, FF 1958 I 490). Cette volonté de renforcer des mesures promouvant une production de qualité a été confirmée les années suivantes (Message du 12 février 1969 concernant l'institution de mesures temporaires en faveur de la viticulture, FF 1969 I 241, 249, 251; Message du 21 décembre 1988 relatif à l'arrêté fédéral sur la viticulture, FF 1989 I 246-247, 253). Partant, en précisant les critères fédéraux qui doivent être remplis, afin d'obtenir une autorisation de planter de nouvelles vignes, la pratique cantonale ne fait que concrétiser la notion juridique indéterminée de surface propice à la viticulture, à même de produire du vin de qualité, arrêtée par le droit fédéral.
4.4.
4.4.1. Les recourants présentent des arguments tendant à démontrer que les parcelles en cause sont justement propices à la viticulture et ils en énumèrent les qualités, à savoir une altitude entre 460 et 480 mètres, une déclivité comprise principalement entre 5 et 6% avec une augmentation de la pente sur la partie des parcelles concernées entre 6 et 15%, un ensoleillement de qualité, un climat local adéquat, ainsi qu'un sol de grès siliceux. Ils prétendent ainsi que le terrain en question remplit les conditions de l'art. 2 al. 2 de l'ordonnance sur le vin et que l'autorisation de planter de nouvelles vignes doit, par conséquent, leur être accordée.
4.4.2. Dans sa décision du 4 avril 2016, la Direction de l'agriculture a suivi les conclusions de la Commission d'experts, composée notamment de cinq viticulteurs, ainsi que celles de l'Interprofession: la surface considérée est orientée nord/nord-ouest, ce qui ne correspond pas à l'orientation fixée par la pratique cantonale genevoise, à savoir nord-est/nord-ouest au maximum en passant par le sud; cet élément conjugué à une déclivité de 6% avait pour conséquence que les critères légaux n'étaient pas remplis.
Le Tribunal fédéral ne voit aucune raison de s'éloigner de cette appréciation selon laquelle les caractéristiques décrites ne sont pas favorables à la maturation du raisin. Il est d'ailleurs constaté que les intéressés concèdent implicitement que l'exposition n'est pas optimale, puisqu'ils mentionnent dans leur écriture que les cépages qu'ils souhaitent planter ne "nécessitent pas un grand ensoleillement". Il est encore relevé que le recourant 1 avait déjà requis une autorisation pour cette même surface en981 et que l'Office fédéral de l'agriculture, autorité administrative alors compétente, l'avait refusée au motif que la pente était insuffisante et l'exposition peu favorable. L'argument essentiel des recourants à cet égard repose sur le fait que la surface des parcelles n° s ***2 et ***3 déjà plantée avec de la vigne, ainsi que celle des parcelles alentour présentent ces mêmes caractéristiques. Ce fait n'est toutefois pas pertinent, puisque la vigne a été plantée sur ces terrains avant l'introduction de l'obligation d'obtenir une autorisation pour ce faire et que, comme le relève l'autorité intimée, ceux-ci ont été recensés dans le cadastre viticole comme zone B en tant que secteur déjà planté (<ref-law>). Partant, ils ne répondent pas forcément aux critères en question permettant de définir les terres propres à produire du raisin de qualité.
5.
Les recourants estiment que le Tribunal administratif fédéral a fait preuve d'arbitraire dans l'application de l'art. 12 al. 2 RVV/GE (cf. supra consid. 4.2.3 in fine) en leur refusant une autorisation de planter des nouvelles vignes pour cause de fermeture de zone: le terrain litigieux ne pouvait être considéré comme étant rationnellement adapté à une autre culture.
5.1. Le Tribunal fédéral ne revoit l'interprétation et l'application du droit cantonal que sous l'angle de l'arbitraire (art. 9 Cst.). Il ne s'écarte de la solution retenue que si celle-ci se révèle insoutenable, en contradiction manifeste avec la situation effective, ou si elle a été adoptée sans motifs objectifs et en violation d'un droit certain. Il ne suffit pas que la motivation de la décision critiquée soit insoutenable; encore faut-il que celle-ci se révèle arbitraire dans son résultat. En outre, il n'y a pas arbitraire du seul fait qu'une autre solution que celle adoptée par l'autorité intimée serait concevable, voire préférable (<ref-ruling> consid. 7.1 p.24; <ref-ruling> consid. 4.3 p. 380 et les arrêts cités).
5.2. Le Tribunal administratif fédéral a admis que les 13'600 m2 litigieux qui s'étendent au nord des parcelles n os ***1 et ***2, ainsi que sur la quasi-totalité de la parcelle n° ***3, pouvaient être rationnellement affectés à une autre culture, ce qui excluait une fermeture de zone. Pour cela, il s'est principalement fondé sur le fait que cette surface est répertoriée comme surface d'assolement.
Les surfaces d'assolement font partie du territoire qui se prête à l'agriculture (art. 6 al. 2 let. a LAT; RS 700); elles doivent être préservées en vertu de l'art. 3 al. 2 let. a LAT. Elles se composent des terres cultivables comprenant avant tout les terres ouvertes, les prairies artificielles intercalaires et les prairies naturelles arables; elles sont garanties par des mesures d'aménagement du territoire. Elles sont délimitées en fonction des conditions climatiques (période de végétation, précipitations), des caractéristiques du sol (possibilités de labourer, degrés de fertilité et d'humidité), ainsi que de la configuration du terrain (déclivité, possibilité d'exploitation mécanisée); une surface totale minimale d'assolement a pour but d'assurer au pays une base d'approvisionnement suffisante, comme l'exige le plan alimentaire, dans l'hypothèse où le ravitaillement serait perturbé (art. 26 de l'ordonnance fédérale du 28 juin 2000 sur l'aménagement du territoire [OAT; RS 700.1]).
En l'espèce, le terrain en cause fait effectivement partie de ce type de surface. En outre, il ressort du dossier que les terres litigieuses ont été cultivées jusqu'en 1997 par le père du recourant 1, puis par D._ (<ref-law>). Il apparaît également qu'au nord et à l'est des parcelles nos ***1, ***2 et ***3 se trouve une grande parcelle de cultures céréalières de 20 hectares. Compte tenu de ces éléments, considérer que le terrain en cause d'une surface de 2 hectares peut rationnellement être affecté à une autre culture que celle de la vigne ne saurait être qualifié d'insoutenable. Que celui-ci ne soit pas cultivé depuis de nombreuses années ne saurait modifier cette conclusion. Il en va de même du fait que certaines contraintes (forme et taille du terrain) peuvent le rendre plus compliqué à exploiter que des biens immobiliers plus importants en termes de surface. A ce sujet, les recourants se plaignent de ce que les juges précédents ont refusé d'entendre D._ qui, en tant que spécialiste de cultures céréalières, aurait pu attester que les surfaces en cause ne sont pas appropriées à de telles cultures "et qu'elles sont à tout le moins très difficiles à exploiter". Comme susmentionné, les caractéristiques du terrain, qui le rendent peut-être moins aisément cultivable que d'autres parcelles, ne sauraient suffire à conclure qu'il ne peut pas rationnellement être affecté à une autre culture. Partant, ce fait n'est pas qualifiable de pertinent, condition nécessaire pour qu'il soit donné suite à l'offre de preuve requise y relative (<ref-ruling> consid. 4.1 p. 72; <ref-ruling> consid. 2.3 p. 222). A cela s'ajoute que les juges précédents avaient à disposition de nombreux plans et photographies, ainsi qu'une étude de l'Ecole d'agriculture de Changins et que le juge délégué de la Cour de justice, ainsi que la Commission d'experts, se sont rendus sur les terres litigieuses.
En outre, la Cour de céans constate que l'art. 12 al. 2 RVV/GE soumet l'octroi d'une autorisation de planter de nouvelles vignes non seulement à la condition qu'une zone soit fermée mais en plus à celle que le terrain considéré présente des aptitudes à produire du raisin de qualité (art. 12 al. 2 2e phrase RVV/GE). Or, comme on l'a vu ci-dessus, la surface en cause n'est précisément pas propice à la viticulture. La seconde condition de l'art. 12 al. 2 RVV/GE n'est ainsi de toute façon pas remplie.
Par conséquent, le grief relatif à l'application arbitraire de l'art. 12 al. 2 RVV/GE est rejeté.
6.
Les considérants qui précèdent conduisent au rejet du recours.
Succombant, les recourants doivent supporter les frais judiciaires solidairement entre eux (art. 66 al. 1 et 5 LTF). Il n'y a pas lieu d'allouer des dépens (art. 68 al. 1 et 3 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 fr., sont mis à la charge des recourants solidairement entre eux.
3.
Le présent arrêt est communiqué au mandataire des recourants, au Département du territoire et à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre administrative, ainsi qu'au Tribunal administratif fédéral, Cour II, et à l'Office fédéral de l'agriculture.
Lausanne, le 26 février 2020
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Seiler
La Greffière : Jolidon