Faits :
A.
A._ SA, propriétaire de l'immeuble n° 51 de l'avenue Victor-Ruffy sis sur la parcelle n° 3440 de Lausanne, y a développé un projet de rénovation d'un appartement de 3 pièces au 1er étage.
A.a. Le 6 juillet 2018, A._ SA a demandé au Service des communes et du logement du canton de Vaud (aujourd'hui: la Division logement de la Direction générale du territoire et du logement du canton de Vaud) une dispense d'autorisation pour les travaux projetés, en application de l'art. 11 de la loi vaudoise du 10 mai 2016 sur la préservation et la promotion du parc locatif (LPPPL; RSV 840.15), dès lors que ces travaux constituaient en grande partie des travaux d'entretien périodique englobant le remplacement de parties techniques. Elle précisait que la part de travaux à plus-value restait en-dessous du 20 % de la valeur de l'assurance incendie ECA (cf. art. 11 al. 1 LPPPL).
Le 20 juillet 2018, la Division logement a rendu une décision de principe, statuant qu'en cas de travaux mixtes, l'ensemble des travaux d'entretien, d'entretien différé et à plus-value doivent être pris en compte (en l'espèce 60'755 francs, ou les 27,70 % de la valeur ECA du logement) pour savoir si une dispense d'autorisation au sens de l'art. 11 LPPPL peut ou non être délivrée. Elle a précisé qu'elle peut dans certains cas refuser une dispense d'autorisation même lorsque les travaux sont inférieurs au 20 % de la valeur ECA et qu'elle traitera le moment venu la rénovation en cause selon la procédure usuelle en matière de rénovation de "logements isolés", soit avec un contrôle du loyer durant une certaine période (en principe trois ans ou cinq ans).
Saisie d'un recours, la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal (CDAP) a confirmé cette décision par arrêt du 22 février 2019. Les juges cantonaux ont en substance considéré que, contrairement à ce que soutenait A._ SA, l'adoption de la LPPPL n'avait pas modifié les critères permettant l'octroi d'une dispense d'autorisation fixés en application de l'ancienne loi vaudoise du 4 mars 1985 concernant la démolition, la transformation et la rénovation de maisons d'habitation, ainsi que l'utilisation de logements à d'autres fins que l'habitation (LDTR; abrogée le 31 décembre 2017).
Le recours en matière de droit public formé par A._ SA contre cet arrêt a été déclaré irrecevable par la Ire Cour de droit public du Tribunal fédéral par arrêt 1C_174/2019 du 29 octobre 2019, en raison du caractère incident de l'acte attaqué.
A.b. Le 20 janvier 2020, A._ SA a déposé auprès de l'autorité cantonale une demande formelle de dispense d'autorisation pour les travaux projetés.
B.
Par décision du 10 février 2020, la Division logement a autorisé la rénovation projetée de l'appartement, moyennant un contrôle de son loyer d'une durée de trois ans à compter de sa première mise en location après travaux. Le loyer ne devra pas excéder 1'393 francs par mois net.
Le Tribunal cantonal a rejeté le recours interjeté par A._ SA et confirmé la décision de la Division logement par arrêt du 5 novembre 2020. Il a pour l'essentiel renvoyé au contenu de son arrêt du 22 février 2019.
C.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public, A._ SA demande au Tribunal fédéral, principalement, de réformer l'arrêt du 5 novembre 2020 du Tribunal cantonal et la décision du 10 février 2020 de la direction, en ce sens qu'une dispense d'autorisation lui est accordée pour la rénovation projetée de l'appartement et qu'elle est en conséquence en droit d'exécuter les travaux de rénovation de peu d'importance du logement selon sa demande du 20 janvier 2020. Elle conclut, subsidiairement, à l'annulation de la décision précitée et, plus subsidiairement, à l'annulation de l'arrêt précité.
Le Service du logement et des gérances de la commune de Lausanne expose se rallier entièrement à la décision cantonale et s'en remettre à justice au surplus. Le Tribunal cantonal déclare renoncer à se déterminer et se référer aux considérants de l'arrêt attaqué. La Division logement conclut à la confirmation de l'arrêt cantonal du 5 novembre 2020 et de la décision du 10 février 2020.

Considérant en droit :
1.
Dirigé contre une décision finale (<ref-law>) prise en dernière instance cantonale (art. 86 al. 1 let. d LTF) dans une cause de droit public (<ref-law>), le recours est en principe recevable comme recours en matière de droit public selon les <ref-law>, aucune des exceptions prévues à l'<ref-law> n'étant réalisée. La recourante est propriétaire de l'appartement dans lequel elle entend réaliser certains travaux d'entretien et de rénovation, pour lesquels une dispense d'autorisation a été refusée. Elle est donc particulièrement touchée par l'arrêt attaqué qui confirme ce refus. Elle peut ainsi se prévaloir d'un intérêt personnel et digne de protection à l'annulation de l'arrêt attaqué et a dès lors qualité pour agir au sens de l'<ref-law>.
Les autres conditions de recevabilité du recours en matière de droit public sont réunies, si bien qu'il y a lieu d'entrer en matière sur le fond.
Le recours est également recevable dans la mesure où il est dirigé contre l'arrêt du 22 février 2019, qui présente un caractère incident au sens de l'<ref-law> et influe sur l'arrêt du 5 novembre 2020.
2.
La recourante reproche à l'instance précédente d'avoir appliqué arbitrairement l'art. 11 al. 1 LPPPL en lien avec l'art. 10 al. 1 LPPPL.
2.1.
2.1.1. Sauf dans les cas cités expressément à l'<ref-law>, le recours ne peut pas être formé pour violation du droit cantonal en tant que tel. En revanche, il est toujours possible de faire valoir que la mauvaise application du droit cantonal constitue une violation du droit fédéral, en particulier qu'elle est arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. ou contraire à d'autres droits constitutionnels (<ref-ruling> consid. 4.4.1; <ref-ruling> consid. 2.5; <ref-ruling> consid. 2.3).
Appelé à revoir l'application d'une norme cantonale ou communale sous l'angle de l'arbitraire, le Tribunal fédéral ne s'écarte de la solution retenue que si celle-ci apparaît insoutenable ou en contradiction manifeste avec la situation effective, ou encore si elle a été adoptée sans motifs objectifs et en violation d'un droit certain. En outre, il ne suffit pas que les motifs de la décision critiquée soient insoutenables, encore faut-il que celle-ci soit arbitraire dans son résultat. Si l'application de la loi défendue par l'autorité cantonale ne se révèle pas déraisonnable ou manifestement contraire au sens et au but de la disposition ou de la législation en cause, cette interprétation sera confirmée, même si une autre solution - éventuellement plus judicieuse - paraît possible (<ref-ruling> consid. 4.4.1; <ref-ruling> consid. 5.8; <ref-ruling> consid. 7.3).
2.1.2. Selon la jurisprudence, la loi s'interprète en premier lieu selon sa lettre. Si le texte n'est pas absolument clair, si plusieurs interprétations de celui-ci sont possibles, il convient de rechercher quelle est la véritable portée de la norme, en la dégageant de tous les éléments à considérer, soit notamment des travaux préparatoires, du but de la règle, de son esprit, ainsi que des valeurs sur lesquelles elle repose ou encore de sa relation avec d'autres dispositions légales. Le Tribunal fédéral ne privilégie aucune méthode d'interprétation, mais s'inspire d'un pluralisme pragmatique pour rechercher le sens véritable de la norme; en particulier, il ne se fonde sur la compréhension littérale du texte que s'il en découle sans ambiguïté une solution matériellement juste (<ref-ruling> consid. 7.1; <ref-ruling> consid. 1.3; <ref-ruling> consid. 6).
Par ailleurs, les dispositions d'exception ne doivent être interprétées ni restrictivement ni extensivement, mais conformément à leur sens et à leur but, dans les limites de la règle générale (<ref-ruling> consid. 2.1; <ref-ruling> consid. 5.2; <ref-ruling> consid. 5.2).
2.1.3. Aux termes de l'art. 10 al. 1 LPPPL, la rénovation consiste en tous travaux générant une plus-value pour l'immeuble ou le logement loué concerné sans en modifier la distribution, mais en améliorant son confort. Les travaux de pur entretien ne sont pas inclus dans cette notion.
L'art. 11 LPPPL est intitulé "Requête de dispense d'autorisation en cas de rénovation de peu d'importance". Selon l'art. 11 al. 1 LPPPL, sur requête, les travaux de rénovation n'impliquant pas de restructuration, d'une part, et dont le coût est inférieur à 20 % de la valeur à neuf assurance incendie (ECA) indexée de l'immeuble, d'autre part, peuvent faire l'objet d'une dispense d'autorisation.
2.2.
2.2.1. Le Tribunal cantonal, dans ses arrêts des 22 février 2019 et 5 novembre 2020, a considéré en substance que lorsque l'art. 10 al. 1 LPPPL prévoit que les "travaux de pur entretien" ne sont pas inclus dans la notion de rénovation, cela signifie que le propriétaire d'appartement qui se limite à effectuer de tels travaux n'est pas soumis à la procédure d'autorisation; il n'est pas non plus tenu de requérir une dispense d'autorisation sur la base de l'art. 11 LPPPL. En revanche, dès que des travaux plus importants sont envisagés, pour une rénovation qui comporte généralement en pratique une partie de travaux d'entretien, c'est une appréciation sur la base du coût global qui s'impose. Autrement dit, en cas de travaux mixtes, soit des travaux destinés tant à l'entretien de l'immeuble qu'à sa rénovation, la part des travaux destinés à l'entretien doit être prise en compte pour déterminer si le taux seuil de 20 % de l'art. 11 al. 1 LPPPL est atteint ou non. Les juges cantonaux ont à cet égard exposé que la lettre de la loi n'est pas claire, mais que la LDTR et la LPPPL présentent une convergence d'objectifs, ce qui justifierait de conserver le régime juridique inchangé pour les travaux mixtes. Ils ont en outre précisé que l'analyse des travaux préparatoires de la LPPPL n'imposait pas une autre interprétation.
La recourante soutient à l'inverse que, pour calculer le coût de travaux de rénovation n'impliquant pas de restructuration et pour déterminer s'ils sont de peu d'importance selon le titre de l'art. 11 LPPPL, il ne faut pas tenir compte des travaux de pur entretien, en application de l'art. 10 al. 1 2 ème phrase LPPPL. Elle reproche à la cour cantonale d'avoir procédé à une interprétation du texte légal, alors qu'il n'y avait pas lieu de le faire, le texte étant à son avis clair. Il en découlerait un résultat arbitraire. Elle en veut pour preuve que la notion de source jurisprudentielle de "travaux mixtes" n'a pas été introduite dans la LPPPL, alors que cette dernière distingue dorénavant clairement entre les travaux de rénovation et ceux de pur entretien.
2.2.2. A l'instar de la cour cantonale, le Tribunal fédéral retient que le texte des art. 10 al. 1 et 11 al. 1 LPPPL n'est pas clair lorsque l'on se trouve en présence de travaux mixtes. Une disposition claire, qui prévoirait que le coût des travaux d'entretien doit être déduit du coût global des travaux pour le calcul de la limite de 20 % fixée par l'art. 11 al. 1 LPPPL, fait manifestement défaut dans le texte légal concerné. Le fait que la notion de travaux mixtes ne figure pas telle quelle dans la LPPPL ne permet pas de conclure autre chose, puisque c'est précisément le sort de tels travaux qui est problématique.
L'art. 10 LPPPL définit la notion de rénovation et délimite celle-ci par rapport aux autres travaux - "travaux de pur entretien" d'une part, "transformation" d'autre part. L'art. 11 LPPPL règle quant à lui le type de travaux pour lesquels les autorités peuvent renoncer à l'exigence d'une autorisation. D'un point de vue systématique, il sied donc de relever que la disposition d'exception prévue à la seconde phrase de l'art. 10 al. 1 LPPPL a justement été rattachée à la notion générale de rénovation (art. 10 al. 1 LPPPL), plutôt qu'à la dispense d'autorisation et au calcul de la limite des 20 % (art. 11 al. 1 LPPPL), ce qui tend à confirmer l'interprétation faite par les autorités intimées.
Sous l'angle téléologique, la cour de céans, avec les premiers juges, constate une convergence dans les objectifs par la LDTR et la LPPPL, qui consistent notamment en la préservation du parc locatif vaudois ou, autrement dit, à lutter contre la pénurie de logements en conservant sur le marché des logements loués qui correspondent aux besoins de la population (cf. art. 1 al. 1 LDTR et art. 1 LPPPL). Il s'agit là d'un intérêt public pertinent. Or, l'interprétation de la recourante, qui tend à élargir le champ des travaux pouvant être dispensés d'autorisation, ne va pas dans le sens de cet intérêt public. Elle apparaît par ailleurs difficile d'application, dans la mesure où la distinction entre travaux d'entretien courant et travaux de rénovation est souvent délicate dans la pratique.
Au plan historique enfin, force est de constater que les travaux préparatoires, en particulier les passages retranscrits par la recourante dans son écriture de recours, ne démontrent en rien que le législateur ait entendu changer le régime juridique applicable aux travaux mixtes. Ils ne font que souligner l'exclusion des travaux de pur entretien de la rénovation, comme l'indique l'art. 10 LPPPL. Ils ne permettent pas de déduire quoi que ce soit s'agissant de la manière de déterminer la limite des 20 % prévue par l'art. 11 al. 1 LPPPL, aucune de ces citations ne se rapportant à cette disposition. De même, c'est de façon appellatoire que la recourante affirme qu'une éventuelle renonciation délibérée, de la part du législateur, à recourir à la notion jurisprudentielle de travaux mixtes devrait nécessairement signifier que les 20 % de l'art. 11 al. 1 LPPPL doivent exclure le montant des travaux d'entretien.
2.2.3. En définitive, en retenant qu'en cas de travaux mixtes une appréciation sur la base du coût global s'impose pour savoir si une dispense d'autorisation au sens de l'art. 11 LPPPL peut ou non être délivrée, le Tribunal cantonal n'a pas versé dans l'arbitraire.
Le grief est donc rejeté.
3.
Le recours doit par conséquent être rejeté, aux frais de la recourante qui succombe (art. 65 et 66 al. 1 LTF). Il n'y a pas lieu d'allouer des dépens à la direction cantonale et au service communal (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 4'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3.
Le présent arrêt est communiqué au mandataire de la recourante, à la Direction générale du territoire et du logement du canton de Vaud, au Service du logement et des gérances de la Commune de Lausanne et au Tribunal cantonal du canton de Vaud, Cour de droit administratif et public.
Lausanne, le 12 mai 2021
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Kneubühler
La Greffière : Sidi-Ali