Faits :
A.
Par ordonnance du 3 mai 2018, le Ministère public du canton de Fribourg a refusé d'entrer en matière sur la plainte pénale déposée le 16 mars 2018 par X._ contre le Procureur A._ pour entraves à l'action pénale et violation du secret de fonction.
B.
Par arrêt du 25 juin 2018, la Chambre pénale du Tribunal cantonal fribourgeois a rejeté les demandes de récusation des 9 et 12 mai 2018 concernant le Procureur général B._ dans la mesure de leur recevabilité, a rejeté le recours du 12 mai 2018 dans la mesure de sa recevabilité et confirmé l'ordonnance de non-entrée en matière du 3 mai 2018 et a rejeté les demandes d'assistance judiciaire pour les procédures de recours et de récusation.
C.
Contre cet arrêt cantonal, X._ dépose un recours en matière pénale devant le Tribunal fédéral. A titre préalable, il sollicite que la procédure de recours soit conduite en langue allemande. Ensuite, il demande que l'arrêt attaqué soit annulé, que la partialité du Procureur général soit constatée et que ses actes de procédure soient annulés et répétés conformément à l'<ref-law>, éventuellement que l'arrêt attaqué soit annulé et la question de la récusation, renvoyée à la cour cantonale pour nouvelle décision. En outre, il requiert que l'arrêt attaqué soit annulé et qu'il soit ordonné au ministère public d'ouvrir une enquête pénale à l'encontre du procureur A._, éventuellement que l'arrêt attaqué soit annulé et la cause, renvoyée à la cour cantonale pour nouvelle décision. Enfin, il demande l'assistance judiciaire, demande qu'il a toutefois retirée dans un courrier du 26 septembre 2018.

Considérant en droit :
1.
Selon l'<ref-law>, la procédure devant le Tribunal fédéral est conduite dans l'une des langues officielles (allemand, français, italien, rumantsch grischun), en règle générale dans la langue de la décision attaquée. L'art. 54 al. 1 2ème phrase LTF permet toutefois au Tribunal fédéral d'utiliser une autre langue officielle que celle de la décision attaquée. Il jouit à cet égard d'une grande marge d'appréciation. Le recourant peut rédiger le mémoire de recours dans la langue (officielle) de son choix, qui ne doit pas nécessairement correspondre à celle de la procédure devant le Tribunal fédéral (cf. arrêt 1B_401/2013 du 13 février 2014 consid. 1.1).
En l'occurrence, le recourant a recouru contre l'arrêt du 25 juin 2018, rendu en langue française, au moyen d'un mémoire rédigé en allemand. Il soutient qu'il ne comprend pas le français et sollicite que le Tribunal fédéral rende son arrêt en allemand, langue qui serait comprise de tous les participants à la procédure (Procureur général et cour cantonale). La motivation du recours montre toutefois que le recourant a saisi le sens des considérants de l'arrêt cantonal rédigé en français et qu'il comprend donc cette langue, de sorte qu'il n'y a pas lieu de s'écarter de la règle de l'art. 54 al. 1 première phrase LTF. L'arrêt sera donc rédigé en français.
2.
2.1. Selon l'art. 81 al. 1 let. a et b ch. 5 LTF, la partie plaignante qui a participé à la procédure de dernière instance cantonale est habilitée à recourir au Tribunal fédéral, si la décision attaquée peut avoir des effets sur le jugement de ses prétentions civiles.
Constituent de telles prétentions celles qui sont fondées sur le droit civil et doivent en conséquence être déduites ordinairement devant les tribunaux civils. Il s'agit principalement des prétentions en réparation du dommage et du tort moral au sens des <ref-law>. Si, pour les actes reprochés au prévenu, une collectivité publique assume une responsabilité de droit public exclusive de toute action directe contre l'auteur, la partie plaignante n'a pas de prétention civile (<ref-ruling> consid. 3.1 p. 88; <ref-ruling> consid. 2.3.3 p. 234; <ref-ruling> consid. 1.2.4 p. 461; <ref-ruling> consid. 2.2 p. 191).
En l'espèce, le Procureur A._ est un magistrat. L'art. 110 de la loi fribourgeoise du 31 mai 2010 sur la justice (LJ; RSF 130.1) prévoit que la responsabilité civile des magistrats est régie par la loi sur la responsabilité civile des collectivités publiques et de leurs agents (LResp.; RSF 16.1). Selon l'art. 6 de cette loi, les collectivités publiques répondent du préjudice que leurs agents causent d'une manière illicite à autrui dans l'exercice de leurs fonctions (art. 6 al. 1); le lésé ne peut faire valoir aucune prétention contre l'agent (art. 6 al. 2). Le canton de Fribourg a ainsi fait usage de la faculté réservée à l'<ref-law>, de sorte que le recourant ne disposerait, le cas échéant, que d'une prétention de droit public à faire valoir non pas contre le présumé auteur qu'il a dénoncé, mais contre l'Etat (cf. ATF <ref-ruling> consid. 2.2 p. 191; arrêts 6B_1028/2016 du 10 février 2017 consid. 1.3; 6B_589/2013 du 23 mars 2015 consid. 3.1). A défaut de prétentions civiles à raison des infractions dénoncées, le recourant n'a pas la qualité pour recourir sur le fond de la cause.
2.2. Indépendamment des conditions posées par l'<ref-law>, la partie plaignante est habilitée à se plaindre d'une violation de ses droits de partie équivalant à un déni de justice formel, sans toutefois pouvoir faire valoir par ce biais, même indirectement, des moyens qui ne peuvent être séparés du fond (cf. <ref-ruling> consid. 1.1 p. 5).
Le recourant est ainsi habilité à contester l'irrecevabilité de son recours en relation avec l'infraction d'entrave à l'action pénale (cf. consid. 3) ainsi que le rejet de sa demande de récusation (cf. consid. 4; arrêt 6B_1318/2017 du 9 février 2018 consid. 4.2).
3.
La cour cantonale a déclaré irrecevable le recours formé par le recourant concernant l'infraction d'entrave à l'action pénale au motif qu'il n'avait pas la qualité pour recourir au sens de l'<ref-law>. Le recourant conteste le caractère irrecevable de son recours cantonal.
Selon l'<ref-law>, toute partie qui a un intérêt juridiquement protégé à l'annulation ou à la modification d'une décision a qualité pour recourir contre celle-ci. Tel est, en particulier, le cas du lésé qui s'est constitué demandeur au pénal, indépendamment d'éventuelles conclusions civiles (<ref-ruling> consid. 3 p. 80 ss). La notion de lésé est définie à l'<ref-law>. Il s'agit de toute personne dont les droits ont été touchés directement par une infraction. En règle générale, seul peut se prévaloir d'une atteinte directe le titulaire du bien juridique protégé par la disposition pénale qui a été enfreinte (<ref-ruling> consid. 3.1 p. 5 s.).
En l'espèce, l'<ref-law>, qui définit l'entrave à l'action pénale, protège exclusivement le fonctionnement de la justice, à l'exclusion des intérêts privés (arrêt 6B_1318/2017 précité consid. 7.2.2). C'est donc à juste titre que la cour cantonale a nié la qualité pour recourir du recourant s'agissant de l'infraction d'entrave à l'action pénale.
4.
Le recourant conteste le rejet de sa demande de récusation du Procureur général. Il soutient qu'il y a lieu de prononcer la récusation du Procureur général aux motifs que ce dernier risquerait de compromettre sa réputation en cas d'ouverture d'une instruction pénale contre l'un de ses procureurs, qu'il se trouverait dans un lien de dépendance avec le Procureur A._, qu'il ne serait pas ouvert à mener une instruction pénale conforme aux dispositions légales et à procéder à une appréciation des preuves à charge et qu'il aurait gravement violé les règles de procédure.
4.1. Le recourant conteste que sa demande de récusation ait été tardive.
4.1.1. Selon l'<ref-law>, la demande de récusation doit être présentée " sans délai ", dès que la partie a connaissance du motif de récusation. Celui qui omet de se plaindre immédiatement de la prévention d'un magistrat et laisse le procès se dérouler sans intervenir agit contrairement à la bonne foi et voit son droit se périmer (<ref-ruling> consid. 2.2 p. 4; <ref-ruling> consid. 4.3.1; <ref-ruling> consid. 4.3 p. 496; <ref-ruling> consid. 4.3 p. 75; <ref-ruling> consid. 3c p. 253/254; <ref-ruling> consid. 2 p. 122). Dès lors, même si la loi ne prévoit aucun délai particulier, il y a lieu d'admettre que la récusation doit être formée aussitôt, c'est-à-dire dans les jours qui suivent la connaissance de la cause de récusation (arrêts 6B_695/2014 du 22 décembre 2017 consid. 3.1; 1B_390/2017 du 31 octobre 2017 consid. 2.1). La jurisprudence admet le dépôt d'une demande de récusation six à sept jours après la connaissance des motifs, mais considère qu'une demande déposée deux à trois semaines après est tardive (arrêts 6B_388/2015 du 22 juin 2015 consid. 1.1; 1B_499/2012 du 7 novembre 2012 consid. 2.3).
4.1.2. En l'espèce, le recourant a déposé sa plainte pénale contre le Procureur A._ auprès du Ministère public de la Confédération, qui l'a fait parvenir au Ministère public fribourgeois en date du 29 mars 2018, avec copie au recourant. La cour cantonale a donc admis que le recourant savait que la plainte serait traitée par le Ministère public fribourgeois, dont la direction est assurée par le Procureur général, fin mars/début avril. Elle a en outre expliqué qu'il s'était déjà adressé à ce dernier le 15 février 2018 pour se plaindre du Procureur A._ et qu'il lui avait écrit, le 27 avril 2018, pour s'enquérir de l'avancement de la procédure en relation avec sa plainte pénale du 16 mars 2018. Elle en a conclu que les motifs de récusation en raison de l'intérêt personnel du Procureur général à l'affaire et des liens professionnels unissant les deux hommes, ainsi que la demande de désignation d'un procureur extraordinaire étaient tardifs, dès lors qu'ils n'avaient été évoqués que le 9 mai 2018.
Le recourant conteste avoir agi tardivement. Il explique qu'il n'était pas conscient que le Procureur général s'occuperait lui-même du cas. En effet, la lettre du Ministère public de la Confédération ne mentionnait pas le nom du Procureur général, mais était adressée au Ministère public fribourgeois. C'est donc seulement en recevant l'ordonnance de non-entrée en matière le 3 mai 2018 qu'il a su que le Procureur général avait repris le cas. En déposant sa demande de récusation le 9 mai 2018, il aurait donc agi à temps.
4.1.3. Il est admis que si la partie connaît un motif de récusation concernant le membre d'une autorité (par exemple d'un tribunal), elle doit l'invoquer sans tarder, peu importe qu'elle ignore si la personne en question sera appelée à statuer (cf. <ref-ruling> consid. 3.2.1 s'agissant des juges). En recevant fin mars/début avril 2018 une copie de la lettre du Ministère public fédéral transmettant sa plainte au Ministère public fribourgeois, le recourant savait que sa plainte serait traitée par cette dernière autorité. Il savait également que le Procureur général travaillait avec le Procureur A._ (liens professionnels) et qu'il pourrait avoir un intérêt personnel à ne pas poursuivre l'un de ses subordonnés. Il devait donc faire valoir immédiatement ces motifs de récusation à l'encontre du Procureur général, même s'il ignorait qu'il traiterait le dossier, et demander, le cas échéant, la désignation d'un procureur extraordinaire. En attendant de recevoir l'ordonnance de non-entrée en matière pour invoquer ces motifs de récusation, il a agi tardivement. Son droit d'invoquer pareils moyens est donc périmé. En revanche, on peut admettre que le recourant a connu plus tard les motifs de récusation relatifs au comportement du Procureur général (cf. consid. 4.2.3 et 4.2.4) et que son droit d'invoquer ces motifs n'est pas périmé.
4.2. Il convient d'examiner si les motifs de récusation invoqués par le recourant sont ou non fondés.
4.2.1. Selon l'art. 56 let. f CPP, un magistrat est récusable "lorsque d'autres motifs, notamment un rapport d'amitié étroit ou d'inimitié avec une partie ou son conseil, sont de nature à le rendre suspect de prévention". Cette disposition a la portée d'une clause générale recouvrant tous les motifs de récusation non expressément prévus aux lettres précédentes (arrêt 1B_474/2018 du 22 novembre 2018 consid. 3). Elle correspond à la garantie d'un tribunal indépendant et impartial instituée par les art. 30 Cst. et 6 CEDH qui permet d'exiger la récusation d'un magistrat dont la situation ou le comportement est de nature à faire naître un doute sur son impartialité (<ref-ruling> consid. 3a p. 73). Elle n'impose pas la récusation seulement lorsqu'une prévention effective du juge est établie, car une disposition interne de sa part ne peut guère être prouvée. Il suffit que les circonstances donnent l'apparence de la prévention et fassent redouter une activité partiale du magistrat. Seules les circonstances constatées objectivement doivent être prises en considération. Les impressions purement individuelles d'une des parties au procès ne sont pas décisives (<ref-ruling> consid. 3.2 p. 74; <ref-ruling> consid. 3.2.1 p. 179; <ref-ruling> consid. 2.2 p. 3).
S'agissant de la récusation du ministère public, il y a lieu de distinguer à quel stade de la procédure celle-ci est demandée. En effet, selon l'<ref-law>, il incombe à cette autorité de conduire la procédure préliminaire et de poursuivre les infractions dans le cadre de l'instruction, d'une part, et de dresser l'acte d'accusation et de soutenir l'accusation, d'autre part. En l'espèce, le Procureur général mis en cause intervient au stade de l'instruction. A ce titre, il doit veiller au bon déroulement et à la légalité de la procédure (<ref-law>). Durant l'instruction il doit établir, d'office et avec un soin égal, les faits à charge et à décharge (<ref-law>); il doit statuer sur les réquisitions de preuves et peut rendre des décisions quant à la suite de la procédure (classement ou mise en accusation), voire rendre une ordonnance pénale pour laquelle il assume une fonction juridictionnelle (<ref-ruling> consid. 2; <ref-ruling> consid. 2b p. 144 ss). Dans ce cadre, le ministère public est tenu à une certaine impartialité même s'il peut être amené, provisoirement du moins, à adopter une attitude plus orientée à l'égard du prévenu ou à faire état de ses convictions à un moment donné de l'enquête (<ref-ruling> consid. 2.2.1 p. 145).
4.2.2. Le recourant soutient que le Procureur général, en sa qualité de chef du ministère public, a un intérêt personnel dans ce dossier, car l'ouverture d'une instruction pénale contre l'un de ses procureurs risquerait de nuire à sa carrière et à sa réputation, notamment au motif que l'on pourrait avoir l'impression qu'il ne dirige pas convenablement le ministère public. En outre, il invoque un lien de dépendance entre le Procureur général et le Procureur A._; ces deux magistrats seraient, de par leur travail, liés personnellement.
Comme vu ci-dessus, le recourant a soulevé tardivement ce motif de récusation, de sorte que son droit à l'invoquer est périmé. Dans tous les cas, même soulevé à temps, ce motif aurait été mal fondé.
En effet, selon la jurisprudence, un rapport de dépendance ou des liens particuliers entre un juge et une partie au procès, au sens de l'art. 56 let. f CPP, ne sauraient entraîner une récusation que s'il est objectivement à craindre que le magistrat ne perde ainsi sa liberté de jugement. De simples rapports professionnels ou collégiaux sont à cet égard insuffisants, en l'absence d'autres indices de partialité (<ref-ruling> consid. 6.4 p. 7; <ref-ruling> consid. 1d).
En l'espèce, le Procureur général et le Procureur A._ travaillent certes au sein du même ministère public, le premier en assurant la direction. Le recourant n'invoque toutefois aucune circonstance qui permettrait d'admettre l'existence d'un lien d'amitié étroit entre le Procureur général et le Procureur A._. En l'absence de telles circonstances, les seuls liens professionnels unissant le Procureur général et le Procureur A._ ne conduisent pas à suspecter le Procureur général de prévention, ni à craindre une attitude partiale.
4.2.3. Le recourant fait valoir en outre que le Procureur général n'était pas ouvert à mener une instruction conforme aux dispositions légales et à procéder à une appréciation des preuves à charge.
Le comportement d'un membre d'une autorité dans la procédure vis-à-vis de la partie peut constituer une cause de récusation. Une décision défavorable à une partie ou un refus d'administrer une preuve ne créent toutefois pas une suspicion de prévention (<ref-ruling> consid. 3b p. 140). Il appartient aux juridictions de recours normalement compétentes de constater et de redresser les erreurs éventuellement commises lors de la procédure. Seules des erreurs particulièrement lourdes ou répétées du juge, constituant des violations graves de ses devoirs, peuvent justifier le soupçon de parti pris. La procédure de récusation n'a pas pour objet de permettre aux parties de contester la manière dont est menée l'instruction et de remettre en cause les différentes décisions incidentes prises notamment par la direction de la procédure (<ref-ruling> consid. 3.2 p. 75; arrêt 1B_46/2016 du 29 avril 2016 consid. 3.1).
En l'espèce, l'absence de réponse au courrier du 15 février 2018 du recourant n'emporte pas un soupçon de prévention. Comme la cour cantonale l'a expliqué, le Procureur général n'a pas répondu à ce courrier, mais l'a transmis au procureur chargé de l'affaire, dès lors qu'il ne voulait pas interférer dans la conduite des procédures pénales menées par l'un de ses procureurs. Les autres reproches formulés à l'encontre du Procureur général ne suffisent pas non plus à fonder une prévention de partialité, dès lors qu'ils ne constituent pas des violations graves des devoirs du magistrat. Il appartenait au recourant de se plaindre de ces manquements dans le cadre d'un recours contre l'ordonnance de non-entrée en matière. Enfin, le fait de ne pas avoir désigné un procureur extraordinaire ne justifie pas non plus un soupçon de parti pris. La désignation d'un procureur extraordinaire reste l'exception. Il est admis qu'un Procureur général est capable de prendre le recul nécessaire par rapport aux liens professionnels l'unissant à ses procureurs et de se prononcer objectivement sur la plainte dirigée contre l'un d'eux. En définitive, le comportement du Procureur général dans le cadre de procédure ne saurait justifier un soupçon de prévention. Les griefs soulevés sont infondés.
4.2.4. Enfin, le recourant reproche au Procureur général d'avoir commis de graves erreurs de procédure, qui, prises dans leur ensemble, démontreraient la partialité du procureur. En particulier, il soutient que ce dernier aurait commis un déni de justice formel en ne traitant que deux des quatre infractions dénoncées. Il aurait en outre omis d'administrer certaines preuves en violation de la maxime d'instruction (<ref-law>). Enfin, il aurait violé le principe in dubio pro duriore (<ref-law>) en refusant d'entrer en matière sur les plaintes déposées par le recourant.
A supposer que ces critiques soient fondées, elles constituent des erreurs de procédure ou d'appréciation qui ne suffisent pas à fonder objectivement un soupçon de prévention. Il appartenait au recourant de soulever ces critiques dans la procédure de recours contre l'ordonnance de non-entrée en matière (cf. <ref-ruling> consid. 3a p. 138; arrêt 1P.51/2000 du 5 juillet 2000 consid. 1b). Les griefs soulevés doivent être rejetés.
5.
Le recourant conteste enfin que la cour cantonale ait mis à sa charge les frais de justice. Il soutient que le Procureur général n'a pas suffisamment motivé son ordonnance de non-entrée en matière, de sorte qu'il était obligé de former un recours et que, partant, celui-ci était justifié.
Selon l'<ref-law>, les frais de la procédure de recours sont mis à la charge de la partie qui succombe. Dans la mesure où la cour cantonale a rejeté le recours formé par le recourant, c'est à juste titre qu'elle a mis les frais de la procédure à la charge de celui-ci. Le grief soulevé doit donc être rejeté.
6.
Le recours doit être rejeté dans la mesure où il est recevable.
Le recourant qui succombe devra supporter les frais judiciaires (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 3'000 fr., sont mis à la charge du recourant.
3.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et au Tribunal cantonal de l'Etat de Fribourg, Chambre pénale.
Lausanne, le 7 décembre 2018
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Denys
La Greffière : Kistler Vianin