Faits :
A.
A.a. Dans le cadre de son projet immobilier portant sur la construction de deux villas sur deux parcelles à xxx lui appartenant, A._ (ci-après: la maîtresse de l'ouvrage ou la défenderesse ou la recourante) a mandaté successivement trois architectes: C._, D._ et E._. Par l'intermédiaire du premier de ceux-ci, la maîtresse de l'ouvrage a accepté l'offre de la société B._ SA, société d'entreprise générale de travaux du bâtiment et du génie civil (ci-après: l'entreprise ou la demanderesse ou l'intimée) du mois de décembre 2008 pour les travaux du gros oeuvre, dont le montant a été arrêté à 1'050'000 fr. TTC.
Par la suite, des travaux supplémentaires ont été demandés à l'entreprise.
Les parties ont procédé à la pré-réception du gros oeuvre le 15 septembre 2009.
Le 10 novembre 2009, un agrandissement du sous-sol a été demandé à l'entreprise.
L'entreprise a adressé différentes factures à la maîtresse de l'ouvrage.
A.b. Le 4 mars 2010, par l'intermédiaire de son architecte C._, la maîtresse de l'ouvrage a résilié, avec effet immédiat, le contrat passé avec l'entreprise. Il en est résulté que l'entreprise a transféré à la maîtresse de l'ouvrage un ouvrage partiellement inachevé.
L'entreprise a adressé sa facture finale à la maîtresse de l'ouvrage, l'invitant à lui payer le montant de 144'731 fr. 05. Elle l'a mise en demeure par courrier du 15 avril 2010.
A.c. La maîtresse de l'ouvrage a avisé l'entreprise que des défauts dans l'exécution de l'ouvrage avaient été mis en évidence.
B.
Le 6 mars 2012, l'entreprise a ouvert action en paiement contre la maîtresse de l'ouvrage, concluant au paiement du solde de ses factures qui, au dernier état de ses conclusions, se montait à 144'107 fr. 20.
La défenderesse a conclu au rejet de la demande et, reconventionnellement, à la condamnation de la demanderesse à lui verser le montant, arrêté dans ses plaidoiries finales, de 1'188'890 fr. 55 avec intérêts à 5% l'an dès le 4 mars 2010 en raison des défauts de l'ouvrage, subsidiairement un montant de 1'102'790 fr.
A la suite de l'ouverture de la faillite de la défenderesse le 17 décembre 2012, la procédure a été suspendue jusqu'au 13 août 2014.
Les débats d'instruction et principaux et les premières plaidoiries ont eu lieu le 13 octobre 2014.
Le Tribunal a ordonné, le 18 décembre 2015, une expertise judiciaire, confié à F._, visant notamment à lister les défauts existants et à identifier leur cause (défaut de conception, d'exécution ou de suivi de chantier). L'expert a déposé son rapport le 15 août 2016.
Par jugement du 19 février 2018, le Tribunal de première instance a condamné la défenderesse à verser à la masse en faillite de l'entreprise le montant de 102'806 fr. 80, avec intérêts à 5% l'an dès le 16 septembre 2010, au titre de solde du prix de l'ouvrage et a rejeté la demande reconventionnelle en garantie des défauts de la défenderesse. En ce qui concerne la demande principale, il a admis que la demanderesse avait droit au paiement du prix de 1'050'000 fr. pour les travaux prévus dans l'offre initiale, du prix des travaux supplémentaires de 21'091 fr. 40 et du prix de l'agrandissement du sous-sol de 160'852 fr. 30, soit au total le montant de 1'231'943 fr. 70. Compte tenu des montants déjà versés de 1'127'636 fr. 90, la demanderesse avait donc droit au paiement d'un solde de 104'306 fr. 80 (1'231'943 fr. 70 - 1'127'636 fr. 90). Le tribunal a rejeté la demande reconventionnelle, sous réserve du montant de 1'500 fr. que la demanderesse acceptait de payer par gain de paix. Montants compensés, la défenderesse était donc condamnée à payer le montant de 102'806 fr. 80 avec intérêts (104'306 fr. 80 - 1'500 fr.).
C.
Après avoir déposé son appel le 6 avril 2018, la maîtresse de l'ouvrage a, au cours de cette procédure, produit le 3 août 2018 une écriture intitulée " Faits nouveaux ", ainsi que le tirage d'un rapport d'expertise (G._) du 20 juillet 2018, lequel avait été déposé dans le cadre de la procédure qui l'opposait à son architecte et qui devait confirmer que l'ouvrage est entaché de multiples défauts. L'entreprise demanderesse a conclu à ce que cette écriture et la pièce produite soient écartées du dossier.
Statuant le 11 décembre 2018, la Chambre civile de la Cour de justice du canton de Genève a réformé le jugement entrepris, en réduisant le montant alloué au titre de solde du prix de l'ouvrage, et a condamné la défenderesse à payer à la masse en faillite de la demanderesse le montant de 74'423 fr. 90 avec intérêts à 5% l'an dès le 16 septembre 2010. Elle a aussi levé l'opposition au commandement de payer à concurrence de ce montant. Elle a confirmé le rejet de la demande reconventionnelle en garantie des défauts.
Corrigeant une erreur de calcul des montants déjà versés, qui était en réalité de 1'156'019 fr. 82, l'autorité cantonale a retenu que le solde dû pour les travaux s'élevait à 75'923 fr. 90 (1'231'943 fr. 70 - 1'156'019 fr. 82), ce qui, déduction faite du montant de 1'500 fr. admis, a entraîné la condamnation de la défenderesse à payer à la demanderesse le montant de 74'423 fr. 90.
D.
Contre cet arrêt, la maîtresse de l'ouvrage et défenderesse a interjeté un recours en matière civile au Tribunal fédéral le 8 février 2019, concluant en substance à sa réforme en ce sens que la demanderesse soit déboutée de toutes ses conclusions et soit condamnée à lui verser le montant de 964'385 fr. 15 avec intérêts à 5% l'an dès le 4 mars 2010. Subsidiairement, elle a conclu à l'annulation de l'arrêt cantonal et au renvoi de la cause à l'instance précédente.
La demanderesse intimée a conclu au rejet du recours et à la confirmation de l'arrêt attaqué.
La cour cantonale se réfère aux considérants de son arrêt.
L'effet suspensif a été attribué au recours par ordonnance présidentielle du 1er avril 2019.
La recourante a encore déposé des observations et l'intimée y a renoncé.
E.
La recourante ayant informé le Tribunal fédéral de son intention de déposer une demande de révision de l'arrêt cantonal, la présente procédure de recours a été suspendue jusqu'à droit connu sur cette demande. Par arrêt du 18 février 2020, la cour cantonale a déclaré celle-ci irrecevable et, par arrêt du 12 mai 2020, la Présidente de la cour de céans a déclaré irrecevable le recours dirigé contre ce dernier arrêt cantonal.
L'intimée a requis la reprise de la procédure de recours le 22 mai 2020. La recourante a communiqué le 29 mai 2020 qu'elle persistait dans les termes de son recours.
Par courrier du 4 juin 2020, l'avocat de la recourante a informé le Tribunal fédéral qu'il ne représentait plus celle-ci.

Considérant en droit :
1.
Interjeté en temps utile (art. 100 al. 1 LTF) par la défenderesse qui a succombé partiellement dans ses conclusions libératoires et entièrement dans ses conclusions reconventionnelles (art. 76 al. 1 LTF) et dirigé contre une décision finale (art. 90 LTF) prise sur appel par le tribunal supérieur du canton (art. 75 LTF) dans une contestation relevant du contrat d'entreprise, dont la valeur litigieuse est supérieure à 30'000 fr. (art. 72 al. 1 et 74 al. 1 let. b LTF), le recours en matière civile est recevable au regard de ces dispositions.
2.
2.1. Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF). Il ne peut s'en écarter que si ces faits ont été établis de façon manifestement inexacte - ce qui correspond à la notion d'arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (<ref-ruling> consid. 4.1.2; <ref-ruling> consid. 5.1) - ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (art. 105 al. 2 LTF), et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1 LTF).
Concernant l'appréciation des preuves, le Tribunal fédéral n'intervient, du chef de l'art. 9 Cst., que si le juge du fait n'a manifestement pas compris le sens et la portée d'un moyen de preuve, a omis sans raisons objectives de tenir compte des preuves pertinentes ou a effectué, sur la base des éléments recueillis, des déductions insoutenables (<ref-ruling> consid. 4.2; <ref-ruling> consid. 4.2; <ref-ruling> consid. 4.3).
La critique de l'état de fait retenu est soumise au principe strict de l'allégation énoncé par l'art. 106 al. 2 LTF (<ref-ruling> consid. 2.3 p. 266 et les références). La partie qui entend attaquer les faits constatés par l'autorité précédente doit expliquer clairement et de manière circonstanciée en quoi ces conditions seraient réalisées (<ref-ruling> consid. 1.3.1 p. 18 et les références). Si la critique ne satisfait pas à ces exigences, les allégations relatives à un état de fait qui s'écarterait de celui de la décision attaquée ne pourront pas être prises en considération (<ref-ruling> consid. 1.3.1 p. 18). Les critiques de nature appellatoire sont irrecevables (<ref-ruling> consid. 1.3 p. 261 s.).
2.2. Sous réserve de la violation des droits constitutionnels (art. 106 al. 2 LTF), le Tribunal fédéral applique le droit d'office (art. 106 al. 1 LTF) à l'état de fait constaté dans l'arrêt cantonal ou, cas échéant, à l'état de fait qu'il aura rectifié. Il n'est toutefois lié ni par les motifs invoqués par les parties, ni par l'argumentation juridique retenue par l'autorité cantonale; il peut donc admettre le recours pour d'autres motifs que ceux invoqués par le recourant, comme il peut le rejeter en opérant une substitution de motifs (<ref-ruling> consid. 1.4 et l'arrêt cité).
3.
Sur demande principale, la cour cantonale a admis que la demanderesse avait droit au paiement du forfait de 1'050'000 fr., du prix de travaux supplémentaires commandés de 21'091 fr. 40 et du prix de l'agrandissement du sous-sol par 160'852 fr. 30, soit du montant total de 1'231'943 fr. 70. Déduction faite des montants déjà versés par la défenderesse, la demanderesse avait donc droit au paiement du solde des travaux de 75'923 fr. 90 (1'231'943 fr. 70 - 1'156'019 fr. 82). Déduction faite du montant de 1'500 fr. admis, sur demande reconventionnelle, par gain de paix, le solde dû s'élève ainsi à 74'423 fr. 90.
4.
A propos du prix des travaux supplémentaires de 21'091 fr. 40, la recourante se plaint premièrement de la violation de l'art. 373 al. 2 CO et de l'art. 8 CC, considérant en substance que ces travaux étaient compris dans le forfait de 1'050'000 fr.
4.1. Lorsque les parties ont convenu d'un prix forfaitaire, qui est un prix ferme, pour la réalisation d'une construction, l'entrepreneur est tenu d'exécuter l'ouvrage pour la somme fixée et il ne peut réclamer une augmentation, même si l'ouvrage a exigé plus de travail ou de dépenses que ce qui avait été prévu (art. 373 al. 1 CO).
Toutefois, lorsque le maître de l'ouvrage requiert ou accepte une modification de commande, impliquant des travaux supplémentaires par rapport à ceux prévus dans le contrat à prix forfaitaire, l'entrepreneur a droit au prix de ces travaux, lequel se calcule, sauf convention spéciale, conformément à l'art. 374 CO, c'est-à-dire d'après la valeur du travail et les dépenses de l'entrepreneur (arrêt 4A_465/2017 du 2 mai 2018 consid. 2 et les arrêts cités).
En fonction de la description plus ou moins précise de l'ouvrage convenu, il est parfois difficile de déterminer si une prestation de l'entrepreneur constitue une modification de commande ou si elle fait encore partie des prestations convenues à l'origine. Dans la mesure où il cherche à obtenir un complément de rémunération, l'entrepreneur supporte le fardeau de la preuve de la modification de commande et des frais supplémentaires qui en résultent (arrêts 4A_465/2017 précité consid. 2).
4.2. La cour cantonale a constaté que l'entreprise a produit des devis pour les travaux supplémentaires et que ces devis ont été signés par l'architecte de la maîtresse de l'ouvrage. L'architecte a également validé les factures relatives à ces travaux supplémentaires et la maîtresse de l'ouvrage les a payées sans faire de réserve. La cour cantonale en a conclu que des travaux supplémentaires ont été effectués par l'entreprise et qu'ils n'étaient pas compris dans le prix forfaitaire, étant donné leur validation par l'architecte.
Cette constatation de la cour cantonale ne peut être remise en cause que par une démonstration de son arbitraire (art. 97 al. 1 LTF et 9 Cst. et 106 al. 2 LTF), ce que la recourante ne tente même pas, puisqu'elle se limite à invoquer la violation de l'art. 373 al. 2 CO et de l'art. 8 CC et à affirmer que l'entreprise n'a pas démontré en quoi consistaient ces prétendus travaux supplémentaires dont elle supporte le fardeau de la preuve.
5.
Toujours à propos du prix de ces travaux supplémentaires de 21'091 fr. 40, encore fallait-il que l'architecte ait le pouvoir de représenter la maîtresse de l'ouvrage pour convenir des modifications de commande correspondantes. La recourante reproche à la cour cantonale d'avoir considéré que son architecte C._ pouvait l'obliger, invoquant une violation des art. 32 al. 1, 33 al. 3 CO et de l'art. 157 CPC.
5.1. La représentation civile au sens des art. 32 ss CO est une institution qui permet à une personne - le représentant - d'accomplir un acte juridique avec un cocontractant, qui produit effet pour une autre personne - le représenté -. C'est donc la volonté exprimée par le représentant, comme ce qu'il savait ou devait savoir, qui sont déterminants pour la conclusion (et le contenu) du contrat avec le cocontractant (<ref-ruling> consid. 4.1 p. 91; arrêts 4A_562/2019 du 10 juillet 2020 consid. 4; 4A_344/2018 du 27 février 2019 consid. 3.1.2; 4A_141/2018 du 4 septembre 2018 consid. 5.2).
Selon le système des art. 32 ss CO, lorsque le représentant qui conclut le contrat manifeste agir au nom du représenté, celui-ci est lié dans trois cas de figure: (1) lorsque le représenté avait conféré les pouvoirs nécessaires au représentant dans leurs rapports internes (procuration interne; art. 32 al. 1 CO); (2) en l'absence de pouvoirs internes conférés au représentant par le représenté, lorsque le tiers pouvait déduire l'existence de tels pouvoirs du fait du comportement du représenté dans leurs rapports externes (procuration apparente; art. 33 al. 3 CO); et (3) en l'absence de pouvoirs internes conférés au représentant par le représenté, lorsque celui-ci a ratifié le contrat (art. 38 al. 1 CO) (<ref-ruling> consid. 7.1; <ref-ruling> consid. 3.1 p. 517; <ref-ruling> consid. 2 in initio p. 198).
5.1.1. La protection du tiers cocontractant présuppose normalement - c'est le premier cas de figure, régi par l'art. 32 al. 1 CO - que le représentant ait manifesté agir au nom du représenté (première condition) et qu'il se soit vu octroyer des pouvoirs de représentation internes (deuxième condition). L'art. 32 al. 1 CO protège ainsi essentiellement les intérêts du représenté.
5.1.2. Toutefois - et c'est le deuxième cas de figure, régi par l'art. 33 al. 3 CO -, en l'absence de pouvoirs internes du représentant, le tiers cocontractant est protégé exceptionnellement lorsque le représenté a porté (expressément ou tacitement) à sa connaissance une procuration (externe) qui va au-delà des pouvoirs qu'il a effectivement conférés au représentant (procuration interne) et que, se fiant à cette communication, le tiers a cru de bonne foi à l'existence des pouvoirs de celui-ci (arrêt 4A_504/2018 du 10 décembre 2019 consid. 3.3.2, destiné à la publication; <ref-ruling> consid. 2b; 120 III 197 consid. 2b/cc; arrêt 4C.389/2002 du 21 mars 2003 consid. 4.2.2). Le représenté qui a créé l'apparence d'un rapport de représentation ou laissé s'en créer un doit souffrir, en vertu du principe de la confiance (ou de l'apparence efficace), que le tiers de bonne foi lui impute tous les effets des actes accomplis en son nom (ATF <ref-ruling> consid. 3.2.1 p. 518; arrêt 4A_54/2009 du 20 avril 2009 consid. 3.1). Il est ainsi tenu compte, dans une certaine mesure, des intérêts du tiers cocontractant et du besoin de sécurité des transactions (arrêt 4A_562/2019 précité consid. 4.1.2).
Parallèlement, l'art. 34 al. 3 CO protège le tiers, auquel les pouvoirs du représentant ont été communiqués, en cas de restriction ou de révocation de ces pouvoirs par le représenté (CHRISTINE CHAPPUIS, Commentaire romand, Code des obligations, vol. I, no 11 ad art. 34 CO).
5.1.3. Enfin - c'est le troisième cas de figure, réglé par l'art. 38 al. 1 CO -, le représenté est lié si, malgré l'absence de pouvoirs internes de son représentant, il a ratifié l'acte de celui-ci.
5.2. Dans une première étape, le juge doit donc rechercher si le représentant a manifesté agir au nom d'autrui et s'il avait des pouvoirs de représentation internes (art. 32 al. 1 CO). Ce n'est que s'il arrive à la conclusion que le représentant a agi sans pouvoirs de représentation internes que le juge devra, dans une seconde étape, rechercher si le représenté est contractuellement lié, soit en vertu de l'art. 33 al. 3 CO, soit en vertu de l'art. 38 al. 1 CO.
5.3. Si la cour cantonale a admis que l'architecte avait agi au nom de la maîtresse de l'ouvrage (première condition), elle n'a en revanche pas pu déterminer s'il en avait obtenu les pouvoirs de représentation internes (deuxième condition) au sens de l'art. 32 al. 1 CO: le contrat que la maîtresse de l'ouvrage avait passé avec l'architecte n'ayant pas été produit, la cour cantonale a retenu qu'il ne pouvait être déterminé avec certitude si celle-là avait restreint les pouvoirs (internes) de celui-ci en exigeant que tous travaux supplémentaires devaient être approuvés non seulement par celui-ci en tant que directeur des travaux, mais également par elle-même.
Lorsqu'elle soutient que c'est à tort que la cour cantonale lui reproche de n'avoir pas produit le contrat passé avec son architecte, la recourante méconnaît que la cour cantonale n'en a rien déduit puisqu'elle a " laissé indécise " la question de savoir si l'architecte bénéficiait de pouvoirs internes. La cour cantonale n'ayant pas admis l'application de l'art. 32 al. 1 CO, le grief de la recourante, qui n'a d'ailleurs aucun intérêt à invoquer cette disposition, est donc sans objet. De son côté, l'intimée ne s'en prévaut pas.
5.4. Appliquant l'art. 33 al. 3 CO, la cour cantonale a considéré que la maîtresse de l'ouvrage avait laissé son architecte la représenter, que l'entreprise cocontractante a cru de bonne foi que celui-ci pouvait la représenter pour commander ces travaux supplémentaires et, partant, que la maîtresse de l'ouvrage devait en supporter le coût.
5.4.1. Aux termes de l'art. 33 al. 3 CO, si les pouvoirs ont été portés par le représenté à la connaissance d'un tiers, leur étendue est déterminée envers ce dernier par les termes de la communication qui lui a été faite. Comme on l'a vu (cf. supra consid. 5.1.2), cette disposition qui a pour but de protéger le tiers cocontractant et de garantir la sécurité des transactions ne s'applique qu'exceptionnellement, à savoir aux conditions restrictives qui y sont prévues.
Pour que la protection de l'art. 33 al. 3 CO entre en jeu, il faut donc (1) que le représentant ait agi au nom du représenté, sans avoir pour cela de pouvoirs de représentation internes, et (2) que le tiers ait cru de bonne foi à l'existence de pouvoirs internes du représentant parce que le représenté avait porté à sa connaissance des pouvoirs qui vont au-delà des pouvoirs qu'il avait effectivement conférés au représentant à titre interne.
5.4.2. En ce qui concerne la première condition (1), le représentant doit avoir agi au nom du représenté, mais il doit l'avoir fait en l'absence de pouvoirs internes au sens de l'art. 32 al. 1 CO.
5.4.3. Pour que la seconde condition (2) soit remplie, il faut, premièrement qu'il y ait eu communication de pouvoirs par le représenté au tiers (d'où la dénomination de procuration externe, qui n'est pas à proprement parler une procuration, c'est-à-dire un octroi de pouvoirs au représentant; GAUCH/SCHLUEP/SCHMID, Schweizerisches Obligationenrecht, Allgemeiner Teil, T. I, 10e éd. 2014, n. 1406 s.) et, deuxièmement, que le tiers soit de bonne foi (arrêt 4A_562/2019 précité consid. 6.3).
5.4.3.1. Pour qu'il y ait communication ( Vollmachtskundgabe), le représenté doit avoir porté à la connaissance du tiers une procuration externe qui va au-delà des pouvoirs qu'il a effectivement conférés au représentant (par procuration interne). Il ne s'agit pas d'un acte juridique, mais d'une action analogue à un acte juridique, dont l'effet ne dépend pas de la volonté de son auteur, mais de l'art. 33 al. 3 CO (arrêt 4A_562/2019 précité consid. 6.3.1; CHAPPUIS, op. cit., no 20 ad art. 33 CO; GAUCH/SCHLUEP/SCHMID, op. cit., n. 1394; cf. arrêt 4A_504/2018 déjà cité consid. 3.2.2).
Cette communication peut être expresse ou tacite (arrêt 4A_504/2018 déjà cité consid. 3.2.2).
Elle est expresse lorsque le représenté l'a fait connaître au représenté par ses déclarations, mais aussi lorsqu'elle résulte d'une clause contractuelle ou de conditions générales (arrêt 4A_562/2019 précité consid. 6.3.1; CHAPPUIS, op. cit., no 21 ad art. 33 CO; GAUCH/SCHLUEP/SCHMID, op. cit., n. 1394).
Lorsqu'elle est tacite, la volonté du représenté de faire connaître les pouvoirs au tiers sera déduite de son comportement et, au cas où le tiers n'a pas compris la communication comme le représenté l'entendait, selon le principe de la confiance (arrêt 4A_504/2018 déjà cité consid. 3.2.2; <ref-ruling> consid. 3.1.1). Conformément à ce principe, il faut que l'attitude du représenté puisse être objectivement comprise comme la communication de ces pouvoirs au tiers; il n'est pas nécessaire que le représenté ait conscience de faire une communication pourvu qu'elle lui soit objectivement imputable en raison des circonstances qu'il connaissait ou aurait dû connaître (ATF <ref-ruling> consid. 2b/cc; arrêt 4A_562/2019 précité consid. 6.3.1).
Selon la jurisprudence, il peut y avoir communication externe tacite des pouvoirs, soit par tolérance ( Duldung), soit en raison d'une apparence ( Anschein) (ATF <ref-ruling> consid. 2a p. 198). Il y a tolérance, c'est-à-dire procuration externe par tolérance ( externe Duldungsvollmacht) lorsque le représenté est au courant des actes du représentant, le laisse agir en tant que tel, ne faisant rien pour l'en empêcher, de sorte qu'il adresse ainsi au tiers une communication de pouvoirs (ATF <ref-ruling> consid. 2b/bb p. 201; arrêt 4A_313/2010 du 3 septembre 2010 consid. 3.4.2.3). Il y a apparence, c'est-à-dire procuration externe apparente ( externe Anscheinsvollmacht) lorsque le représenté n'avait pas connaissance qu'une personne agissait en son nom, mais qu'ayant porté l'existence de pouvoirs à la connaissance du tiers, il aurait pu et dû le savoir s'il avait fait preuve de l'attention que les circonstances permettaient d'exiger de lui et qu'il aurait dû réagir (art. 3 al. 2 CC; ATF <ref-ruling> consid. 2b/bb p. 201; arrêts 4A_562/2019 précité consid. 6.3.1; 4A_313/2010 déjà cité consid. 3.4.2.3).
5.4.3.2. Est exigée, deuxièmement, la bonne foi du tiers.
Le tiers doit avoir cru à l'existence des pouvoirs internes du représentant en se fiant à la communication reçue du représenté. Seule sa bonne foi permet de pallier le défaut des pouvoirs de représentation (cf. arrêt 4A_562/2019 précité consid. 6.3.2). La bonne foi étant présumée conformément à l'art. 3 al. 1 CC, il appartient au représenté de prouver la mauvaise foi du tiers (preuve du contraire); s'il admet que le tiers est subjectivement de bonne foi, le représenté peut également tenter d'établir, en conformité avec l'art. 3 al. 2 CC, que le tiers ne peut pas se prévaloir de sa bonne foi parce que celle-ci n'est pas compatible avec l'attention que les circonstances permettaient d'exiger de lui (art. 3 al. 2 CC). La preuve de la mauvaise foi du tiers relève du fait, alors que la mesure de l'attention exigée par les circonstances au sens de l'art. 3 al. 2 CC est une question de droit, soumise à l'appréciation du juge (art. 4 CC; <ref-ruling> consid. 4.3.3. p. 662 in fine; arrêts 4A_562/2019 précité consid. 6.3.2; 4A_504/2018 déjà cité consid. 3.2.3).
5.4.4. En ce qui concerne la première condition (cf. supra consid. 5.4.2), il n'est pas contesté que l'architecte a agi au nom de la maîtresse de l'ouvrage (ayant signé les devis des travaux supplémentaires et validé les factures y relatives au nom de celle-ci) et qu'il s'est vu octroyer, par la représentée, des pouvoirs internes. La portée de ceux-ci était toutefois limitée, la cour cantonale ayant retenu qu'il n'est pas établi que l'architecte se soit vu octroyer les pouvoirs internes lui permettant de convenir de modifications de commande (travaux supplémentaires).
5.4.5.
5.4.5.1. En ce qui concerne la deuxième condition (cf. supra consid. 5.4.3), la cour cantonale a tout d'abord constaté une communication externe de pouvoirs de la part de la maîtresse de l'ouvrage à l'entreprise: elle a constaté que l'architecte avait lui-même conclu le contrat d'entreprise par échange de courriels avec l'entreprise, qu'il avait personnellement assuré le suivi du chantier et assisté aux réunions hebdomadaires au cours desquelles certains travaux supplémentaires ont été validés, qu'il n'a pas été allégué que la maîtresse de l'ouvrage se serait opposée aux commandes supplémentaires, que l'architecte a également passé la commande des travaux d'agrandissement du sous-sol, au sujet de laquelle la maîtresse de l'ouvrage n'a pas démontré qu'elle aurait, de son côté, expressément communiqué à l'entreprise son accord; appréciant ces éléments, la cour cantonale en a conclu qu'en laissant son architecte procéder de la sorte, la maîtresse de l'ouvrage avait manifesté à l'entreprise que l'architecte pouvait valablement l'engager par sa signature, en particulier pour des modifications de commande.
Ce faisant, la cour cantonale a admis une procuration externe tacite par tolérance. La recourante ne s'en prend pas à cette argumentation: elle se limite à soutenir de manière appellatoire que sa signature était une condition nécessaire à la validation des devis pour des travaux supplémentaires, que l'entreprise en avait été clairement informée et qu'elle a toujours expressément précisé aux entreprises que tous les travaux supplémentaires devaient être soumis à son accord préalable. Le seul grief concret tiré du procès-verbal de chantier du 10 novembre 2009, selon lequel tout travail complémentaire doit faire l'objet d'un devis signé par la DT (direction des travaux) et le MO (maître de l'ouvrage) dont l'intimée ne conteste pas les termes -, ne suffit pas à démontrer l'arbitraire de l'appréciation de la cour cantonale, qui a déduit du comportement global de la maîtresse de l'ouvrage une communication externe de pouvoirs de représentation. La recourante ne démontre pas non plus que les devis des travaux supplémentaires ici litigieux de 21'091 fr. 40 auraient été postérieurs à ce procès-verbal.
5.4.5.2. Quant à la bonne foi de l'entreprise, la cour cantonale a conclu qu'elle pouvait inférer de bonne foi des circonstances que l'architecte avait le pouvoir de représenter la maîtresse de l'ouvrage et d'engager celle-ci par sa signature. Aucun élément ne fait apparaître que l'architecte aurait agi à l'encontre des intérêts de sa cliente et abusé de son pouvoir.
Lorsqu'elle invoque que la cour cantonale a violé l'art. 33 al. 3 CO et l'art. 157 CPC, parce que celle-ci n'aurait pas tenu compte du procès-verbal de la séance de chantier du 10 novembre 2009, ce qui rendrait son appréciation arbitraire, la recourante méconnaît qu'il ne s'agit là que de l'un des éléments pris en considération par la cour cantonale, comme on vient de le voir, et qu'il ne suffit pas à démontrer l'arbitraire de la constatation de la bonne foi de l'entreprise relativement à ces travaux supplémentaires.
5.4.6. Il s'ensuit qu'il est superflu d'examiner le grief que l'intimée veut tirer du paiement, sans émettre de réserve, des factures par la maîtresse de l'ouvrage, qui serait une ratification des modifications de commande, question que la cour cantonale a laissée ouverte.
6.
A propos du prix de l'agrandissement du sous-sol de 160'852 fr. 30, la recourante se plaint de violation de l'art. 375 al. 2 CO.
6.1. Sur la base de l'expertise, la cour cantonale a retenu qu'une meilleure planification du chantier aurait évité de devoir scier le béton pour agrandir le sous-sol et aurait permis de réduire le prix des ouvertures qui ont dû y être pratiquées de 17'500 fr. à 5'500 fr., mais que l'entreprise demanderesse n'en était pas responsable, cette tâche incombant à la direction des travaux.
Puis, elle a écarté le grief de dépassement de devis pour ces travaux, le délai d'un an (art. 31 CO) pour le faire valoir à compter de sa découverte étant dépassé, puisque la facture finale de l'entreprise a été adressée à la maîtresse de l'ouvrage en mars 2010, que celle-ci ne prétend pas n'avoir pas eu connaissance du dépassement à cette date et qu'elle n'a pas exercé son droit à la réduction avant le 6 avril 2018.
6.2. Ne contestant pas la motivation du premier point, mais persistant à réclamer une réduction du prix sur le second point - réduction qu'elle ne chiffre même pas et dont la recevabilité est donc douteuse (dès lors que le Tribunal fédéral n'est pas en mesure de déterminer de combien le montant alloué en appel cantonal devrait être réduit) -, la recourante reproche à la cour cantonale de s'être limitée à admettre un délai de un an pour faire valoir le droit formateur à la réduction de l'art. 375 al. 1 CO en se basant sur deux auteurs, alors que cette disposition ne prévoit aucun délai. Dans sa réponse, l'intimée fait valoir que le Tribunal fédéral a d'ores et déjà admis ce délai d'un an dans un arrêt 4A_577/2008 du 31 mars 2009 consid. 3.1, ce dont la recourante prend acte dans sa réplique. Dans la mesure où celle-ci soutient désormais que ce délai ne serait pas échu, en raison de la confusion créée par l'entreprise et en faisant valoir qu'elle a exprimé son opposition à tout paiement complémentaire, elle complète en réplique - hors délai (art. 100 al. 1 LTF) - la motivation de son recours, ce qui est inadmissible.
Il s'ensuit que son grief doit être déclaré irrecevable.
7.
En ce qui concerne la demande reconventionnelle en dommages-intérêts pour défauts de l'ouvrage, la cour cantonale a débouté la maîtresse de l'ouvrage défenderesse de sa prétention au montant de 1'152'216 fr. 10 avec intérêts. Celle-ci recourt, en concluant désormais à l'allocation d'un montant total de 964'385 fr. 15 comprenant 6 postes. Elle invoque tout d'abord une violation de l'art. 317 al. 1 CPC. Puis, elle fait état de la violation des art. 366 al. 2, 368 al. 2, 370 al. 2, 108 CO en relation avec 5 postes et la violation de l'art. 29 al. 1 Cst. en relation avec le poste " balcons ".
8.
Tout d'abord, la recourante reproche à la cour cantonale d'avoir refusé de tenir compte du rapport d'expertise G._ qu'elle a produit en cours de procédure d'appel, et ce en violation de l'art. 317 al. 1 CPC.
8.1. Selon l'art. 317 al. 1 CPC, les faits et moyens de preuve nouveaux sont admissibles en appel pour autant qu'ils soient invoqués ou produits sans retard (let. a) et qu'ils n'aient pas pu l'être en première instance, bien que la partie qui s'en prévaut ait fait preuve de la diligence requise (let. b). Il s'agit de conditions cumulatives.
8.1.1. S'agissant des vrais nova ( echte Noven), soit les faits qui se sont produits après la fin des débats principaux de première instance (art. 229 al. 1 CPC, dans sa teneur rectifiée), moment qui correspond au début des délibérations (sur cette notion lorsque la cause est gardée à juger, cf. <ref-ruling> consid. 2.3.2), la condition de la nouveauté de leur découverte posée par la let. b est sans autre réalisée et seule celle d'allégation immédiate de la let. a doit être examinée.
8.1.2. En ce qui concerne les pseudo- nova ( unechte Noven), soit ceux qui existaient déjà au début des délibérations de première instance, il appartient au plaideur qui entend les invoquer devant l'instance d'appel de démontrer qu'il a fait preuve de la diligence requise, ce qui implique notamment d'exposer précisément les raisons pour lesquelles le fait n'a pas pu être introduit en première instance (<ref-ruling> consid. 4.2.1; <ref-ruling> consid. 2.3). Il en va de même pour la production de moyens de preuve nouveaux. En particulier, la condition de la diligence est satisfaite lorsque des titres nouveaux (ou pièces nouvelles) qui existaient déjà au moment de la fin des débats principaux/début des délibérations de première instance n'ont été découverts qu'après coup et qu'ils ne pouvaient l'être avant (arrêt 4A_337/2019 du 18 décembre 2019 consid. 4.1.1).
En revanche, dès lors qu'il est toujours possible et même nécessaire de requérir, en temps utile, l'administration d'uneexpertise en première instance lorsque les faits ne peuvent être prouvés que par ce moyen (art. 8 CC; cf. <ref-ruling> consid. 3.5; <ref-ruling> consid. 2b p. 234-235), une telle réquisition présentée seulement en instance d'appel sera toujours considérée comme tardive. Plaçant cette problématique dans la perspective de la volonté des parties, la Cour de céans a récemment jugé que, lorsque l'invocation des faits ou la production de moyens de preuve nouveaux dépendent de la seule volonté d'une partie, ils ne peuvent être considérés comme des vrais nova (sur ces nova potestatifs [ Potestativ-noven], cf. arrêt 4A_583/2019 du 19 août 2020 consid. 5.3, destiné à la publication).
8.2. Il est indéniable que le rapport d'expertise G._ du 20 juillet 2018, qui a été produit le 3 août 2018, soit au cours de la procédure d'appel dirigée contre le jugement rendu le 19 février 2018, est un moyen de preuve postérieur par sa date à la fin des débats/début des délibérations de première instance. Il ne ressort toutefois pas des faits de l'arrêt attaqué qu'il aurait été destiné à apporter la preuve d'autres défauts (de vrais faits nouveaux) que ceux déjà invoqués régulièrement en première instance et qui auraient justifié de nouvelles prétentions, puisque la défenderesse a globalement réduit ses conclusions.
Ce moyen de preuve, dont la production dépendait de la seule volonté de la défenderesse, doit être qualifié de pseudo- nova car non seulement il est destiné à prouver des faits antérieurs, mais il aurait pu et dû être requis antérieurement, soit en temps utile en première instance (à supposer encore qu'une seconde expertise eût pu être obtenue alors que le premier juge avait déjà ordonné une première expertise, qui a été confiée à F._). Contrairement à ce que soutient la recourante dans sa réplique, la seule " postériorité " de l'expertise n'en fait pas un vrai nova.
Le grief de la recourante tiré de la violation de l'art. 317 CPC doit donc être rejeté, par substitution de motifs. Le grief de violation des art. 152 et 168 CPC (expertise privée) devient sans objet.
9.
En ce qui concerne les défauts de la rampe d'accès au parking, qu'elle chiffre au montant de 35'922 fr. 50, la recourante soutient qu'" en retenant qu'[elle] n'avait pas respecté les prescriptions des art. 366 al. 2, 368 al. 2 et 108 CO, l'arrêt entrepris a, par une constatation manifestement inexacte des faits, violé ces dispositions ".
9.1. La cour cantonale a adopté une double motivation: Premièrement, elle a constaté que les défauts affectant la rampe d'accès au parking provenaient des plans de l'architecte qui ne répondaient pas aux normes applicables en la matière et elle en a conclu que le défaut était personnellement imputable à la maîtresse de l'ouvrage en vertu de l'art. 101 CO. Deuxièmement, elle a considéré que la maîtresse de l'ouvrage ne pouvait pas faire effectuer les travaux de réparation par un tiers (par substitution) sans avoir fixé au préalable à l'entrepreneur un délai convenable pour remédier au défaut, ce qu'elle n'avait pas fait; elle avait certes allégué dans sa demande reconventionnelle que la rampe n'avait pas été réalisée conformément aux normes en vigueur et qu'elle en avait confié la réfection à un tiers, mais elle n'avait ni allégué, qu'elle avait sommé l'entreprise de remédier aux défauts, ni que la fixation d'un délai aurait été sans effet en raison de l'attitude de celle-ci.
9.2. Le grief de la recourante est déjà irrecevable parce qu'elle ne s'en prend qu'à la seconde de ces deux motivations. En outre, s'agissant de celle-ci, elle ne démontre pas où, dans sa demande reconventionnelle, elle aurait allégué que l'attitude de l'entreprise rendait inutile la fixation d'un délai convenable avec menace d'exécution par un tiers, se limitant à citer des passages de son appel avec référence à des pièces du dossier. Les faits pertinents doivent être allégués et motivés suffisamment dans les écritures de première instance (art. 221 al. 1 let. d et 222 al. 2 CPC; <ref-ruling> consid. 5.2.1). Son grief est donc aussi irrecevable sur ce point. Par ailleurs, elle méconnaît que les violations du droit fédéral ne se confondent pas avec la constatation manifestement inexacte des faits.
10.
Pour le chauffage, la maîtresse de l'ouvrage fait valoir un montant de 3'780 fr., invoquant à nouveau les violations des art. 366 al. 2, 368 al. 2 et 108 CO.
10.1. La cour cantonale a retenu qu'en omettant de réserver une ouverture dans la dalle devant la baie vitrée en vue de la pose de serpentins de chauffage, l'entreprise a commis une malfaçon. Pourtant, comme la maîtresse de l'ouvrage n'a pas imparti à l'entreprise un délai pour remédier à ce défaut, en la menaçant de confier le travail à un tiers si elle ne s'exécutait pas, et que la maîtresse de l'ouvrage a confié immédiatement les travaux à un tiers en n'alléguant pas, ni ne prouvant, qu'il était inutile de fixer un délai à l'entreprise, la cour cantonale a considéré que la maîtresse de l'ouvrage ne pouvait mettre la facture correspondante du tiers à la charge de l'entrepreneur.
10.2. Dès lors que la recourante se borne à renvoyer à son précédent grief, le présent grief ne peut être lui aussi qu'irrecevable.
11.
En ce qui concerne les canalisations, la recourante réclame un montant de 578'996 fr.
11.1. La cour cantonale a laissé indécise la question de savoir si le tribunal de première instance aurait dû ordonner une expertise pour déterminer si les canalisations étaient défectueuses, considérant qu'il résulte du dossier que la maîtresse de l'ouvrage n'a pas signalé à l'entreprise les prétendus défauts en temps utile. Elle a retenu que les prétendus défauts résultent, pour la première fois, d'un rapport du 15 février 2011, mais que la maîtresse de l'ouvrage n'a adressé immédiatement aucun avis de défaut à l'entreprise (art. 370 al. 3 CO), puisqu'elle ne s'en est plainte que le 18 mars 2011, soit quatre semaines plus tard.
11.2. La recourante soutient que le fait de retenir que l'avis des défauts n'a pas été donné en temps utile est une constatation manifestement inexacte. Elle invoque que les prétendus défauts ont été découverts lors de la rectification de la rampe du parking - dont elle n'indique toutefois pas la date -, que l'avis en a été donné à l'entreprise en janvier 2011 et que le rapport du 15 février 2011 est seulement la confirmation d'un spécialiste.
11.3. Sur la base de ce grief, il n'est pas possible de savoir si l'avis a été donné immédiatement, puisque non seulement la recourante n'indique pas quand les défauts ont été découverts, mais encore n'indique pas précisément la date à laquelle l'avis aurait été donné (" en janvier 2011 "). En outre, la recourante ne s'en prend pas à la constatation que l'avis du 27 janvier 2011 concerne uniquement le fait que les canalisations auraient été mal raccordées et endommagées, et non le fait que les canalisations présentent des contre-pentes à l'intérieur du radier. Dès lors, lorsqu'elle soutient que l'avis précité suivi du courrier du 18 mars 2011 suffirait vu l'importance du défaut, elle ne démontre nullement en quoi l'appréciation de la cour cantonale violerait la notion d'immédiateté (" aussitôt qu'il en a connaissance ") exigée par l'art. 370 al. 3 CO.
12.
Pour les infiltrations d'eau au sous-sol ( "murs du sous-sol "), la recourante fait valoir un montant de 9'908 fr. 40.
12.1. La cour cantonale a relevé que la défenderesse a allégué dans sa demande reconventionnelle de nombreux défauts ayant entraîné d'importantes infiltrations d'eau, que l'entreprise demanderesse a contesté que ce défaut lui ait été signalé en temps utile, mais que la défenderesse n'a établi ni le moment auquel elle avait eu connaissance du défaut ni que l'avis à l'entrepreneur était intervenu immédiatement. A cet égard, la cour cantonale considère qu'il ne suffit pas de se borner à affirmer de manière générale que les divers défauts étaient apparus à compter du mois de juin et avaient été immédiatement portés à la connaissance de l'entreprise.
12.2. En se limitant à affirmer qu'elle a avisé l'entreprise le 18 mars 2011 et également le 29 novembre 2011, la recourante ne s'en prend pas au reproche qui lui a été fait de ne pas avoir indiqué avec précision dans sa demande reconventionnelle, preuves à l'appui, la date de la découverte dudit défaut et celle à laquelle elle a porté celui-ci à la connaissance de l'entreprise. Purement appellatoire, son grief est irrecevable.
13.
En ce qui concerne les balcons, pour lesquels la recourante réclame le montant de 18'578 fr. 21, la recourante invoque la violation de l'art. 29 al. 1 Cst.
C'est à tort que la recourante reproche à la cour cantonale de n'avoir pas traité son grief. Celle-ci l'a fait au consid. 8.2.5 et elle l'a écarté au motif que les conditions de l'art. 229 CPC n'avaient pas été établies.
14.
Enfin, la recourante fait valoir une perte locative à hauteur de 317'200 fr.
Dès lors que son argumentation présuppose qu'elle ait obtenu gain de cause sur sa prétention en garantie des défauts à l'encontre de l'entreprise, ce qui n'est pas le cas au vu de ce qui précède, son grief ne repose sur rien.
15.
Il s'ensuit que le recours doit être rejeté dans la mesure où il est recevable, aux frais et dépens de son auteur (art. 66 al. 1 et 68 al. 1 et 2 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 15'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3.
La recourante versera à l'intimée une indemnité de 17'000 fr. à titre de dépens.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour de justice du canton de Genève, Chambre civile.
Lausanne, le 15 juillet 2020
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente : Kiss
Le Greffier : Piaget