Sachverhalt:
A.
Der 1976 geborene A._ zog sich bei einem Motorradunfall am 7. Mai 2011 eine leichte traumatische Hirnverletzung, eine Thoraxkontusion und eine Distorsion der oberen Sprunggelenke zu. Die Schweizerische Unfallversicherungsanstalt (Suva) erbrachte Taggelder und kam für die Heilbehandlung auf. Am 24. November 2011 meldete sich A._ bei der Invalidenversicherung zum Leistungsbezug an. Nach Einnahme einer überhöhten Dosis Medikamente in suizidaler Absicht wurde er vom 25. September bis 24. November 2016 im Psychiatriezentrum B._ stationär behandelt. Im Wesentlichen gestützt auf ein psychiatrisches und neurologisch-neuropsychologisches Gutachten der Klinik C._ vom 16. Februar 2016 sowie eine Stellungnahme des Regionalen Ärztlichen Dienstes (RAD) und ein psychiatrisches Konsilium der Psychiatrie D._ (vom 2. August 2016) lehnte die IV-Stelle des Kantons Schaffhausen das Leistungsgesuch mit Verfügung vom 7. Juni 2017 ab, weil keine Leistungseinbusse vorliege.
Der 1976 geborene A._ zog sich bei einem Motorradunfall am 7. Mai 2011 eine leichte traumatische Hirnverletzung, eine Thoraxkontusion und eine Distorsion der oberen Sprunggelenke zu. Die Schweizerische Unfallversicherungsanstalt (Suva) erbrachte Taggelder und kam für die Heilbehandlung auf. Am 24. November 2011 meldete sich A._ bei der Invalidenversicherung zum Leistungsbezug an. Nach Einnahme einer überhöhten Dosis Medikamente in suizidaler Absicht wurde er vom 25. September bis 24. November 2016 im Psychiatriezentrum B._ stationär behandelt. Im Wesentlichen gestützt auf ein psychiatrisches und neurologisch-neuropsychologisches Gutachten der Klinik C._ vom 16. Februar 2016 sowie eine Stellungnahme des Regionalen Ärztlichen Dienstes (RAD) und ein psychiatrisches Konsilium der Psychiatrie D._ (vom 2. August 2016) lehnte die IV-Stelle des Kantons Schaffhausen das Leistungsgesuch mit Verfügung vom 7. Juni 2017 ab, weil keine Leistungseinbusse vorliege.
B. Die von A._ hiegegen eingereichte Beschwerde wies das Obergericht des Kantons Schaffhausen mit Entscheid vom 7. September 2018 ab.
B. Die von A._ hiegegen eingereichte Beschwerde wies das Obergericht des Kantons Schaffhausen mit Entscheid vom 7. September 2018 ab.
C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten lässt der Versicherte beantragen, unter Aufhebung des angefochtenen Entscheids sei ihm eine Invalidenrente zuzusprechen; eventuell sei die Sache zu weiteren Abklärungen und neuer Entscheidung an das kantonale Gericht oder die IV-Stelle zurückzuweisen. Ferner ersucht er um die Bewilligung der unentgeltlichen Rechtspflege. Er legt einen Bericht des Psychiaters Prof. Dr. med. E._ vom 6. Dezember 2017 ins Recht, welchen der Rechtsvertreter von A._ am 7. Dezember 2017 dem Obergericht des Kantons Schaffhausen eingereicht hatte.
Während die IV-Stelle auf Abweisung der Beschwerde schliesst, verzichtet das Bundesamt für Sozialversicherungen auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1.
Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann u.a. die Verletzung von Bundesrecht gerügt werden (<ref-law>), die Feststellung des Sachverhalts nur, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law>). Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law>).
2.
Das kantonale Gericht hat die Bestimmungen über den Anspruch auf eine Invalidenrente (<ref-law>) und die Abstufung der Renten nach Massgabe des Invaliditätsgrades (<ref-law>), den Begriff der Erwerbsunfähigkeit (<ref-law>) sowie die Rechtsprechung zum Grundsatz der freien Beweiswürdigung (Urteile 8C_590/2017 vom 22. November 2017 E. 5.1, 8C_909/2017 vom 26. Juni 2018 E. 4) zutreffend dargelegt. Darauf wird verwiesen.
Das kantonale Gericht hat die Bestimmungen über den Anspruch auf eine Invalidenrente (<ref-law>) und die Abstufung der Renten nach Massgabe des Invaliditätsgrades (<ref-law>), den Begriff der Erwerbsunfähigkeit (<ref-law>) sowie die Rechtsprechung zum Grundsatz der freien Beweiswürdigung (Urteile 8C_590/2017 vom 22. November 2017 E. 5.1, 8C_909/2017 vom 26. Juni 2018 E. 4) zutreffend dargelegt. Darauf wird verwiesen.
3. 3.1 Die Vorinstanz gelangte in Würdigung der medizinischen Unterlagen, insbesondere des Gutachtens der Klinik C._, des Berichts der Psychiatrie D._ und der Stellungnahme des RAD, jedoch ohne Einbezug des fachärztlichen Berichts des behandelnden Psychiaters Prof. E._ vom 6. Dezember 2017, zum Schluss, dass der Beschwerdeführer entgegen der Auffassung der Psychiatrie D._ nicht an einer posttraumatischen Belastungsstörung leide. Vielmehr sei gestützt auf die von Administrativgutachter Dr. med. F._ abgegebene Beurteilung von einer Anpassungsstörung auszugehen, welche nicht objektiviert werden kann und deren Ursachen im langdauernden Versicherungsverfahren, in einer fehlenden geistigen und körperlichen Förderung und dem sozialen Abstieg zu sehen seien. Ein Gesundheitsschaden, der mit überwiegender Wahrscheinlichkeit eine den Anspruch auf eine Invalidenrente begründende Arbeitsunfähigkeit annehmen lässt, liege nicht vor.
3.2 Der Beschwerdeführer wendet ein, der rechtserhebliche Sachverhalt sei unvollständig und offensichtlich unrichtig festgestellt worden. Der Untersuchungsgrundsatz sei missachtet worden und ihm sei das rechtliche Gehör vorenthalten worden. Der behandelnde Psychiater Prof. E._ habe in einem Bericht vom 6. Dezember 2017 eine hirnorganische Symptomatik und eine wenig beeinflussbare Wesensveränderung festgestellt, sodass von irreversiblen psychischen Schäden ausgegangen werden müsse. Es bestehe eine schlechte medizinische Prognose mit einer vollen Arbeitsunfähigkeit. Bei weiterer psychoorganischer Verschlechterung sei mit einer Pflegebedürftigkeit zu rechnen. Der Psychiater diagnostiziert neu eine organische wahnhafte schizophrenieforme Psychose im Sinne von ICD 10 F 06.2. Die Vorinstanz habe diesen Bericht inhaltlich nicht zur Kenntnis genommen und sich nicht dazu geäussert, womit sie den Anspruch des Versicherten auf rechtliches Gehör missachtet habe.
3.3 Die Vorinstanz hat den ihr zugestellten Bericht des Psychiaters Prof. Dr. med. E._ vom 6. Dezember 2017 in ihrem Entscheid in Bezug auf das Unfallversicherungsverfahren erwähnt und diesen demnach zur Kenntnis genommen, indessen nicht gewürdigt. Damit liegt jedoch keine unvollständige Sachverhaltsfeststellung vor. Prof. E._ stellte zwar als erster Arzt die Diagnose einer organischen wahnhaften schizophrenieformen Psychose (ICD 10 F 06.2) infolge des Unfalls vom 7. Mai 2011. Aufgrund von zwei testpsychologischen Verfahren hielt er überdies fest, der Versicherte liege im Bereich der leichten Demenz und sei auf fremde Hilfen angewiesen. Er erachtete den Beschwerdeführer als voll arbeitsunfähig. Eigenen Angaben zufolge behandelt Prof. E._ den Versicherten seit dem 31. Mai 2017. Seine Feststellungen zum Gesundheitszustand beziehen sich im Wesentlichen auf den Zeitraum von Juni bis Anfang Dezember 2017. Namentlich die für die Diagnose einer organischen wahnhaften schizophrenieformen Psychose massgebenden Befunde (Unruhezustände, Angst, von Schatten umgebracht zu werden, fehlende zeitliche Orientierung, akustische optische und haptische Halluzinationen, Denkstörungen mit paranoider Verarbeitung der aktuellen Prozesse und Situationen) sind offenbar erst in dieser Zeitspanne und damit ganz oder grösstenteils nach dem für die gerichtliche Beurteilung praxisgemäss (<ref-ruling> E. 1b S. 366; SVR 2016 KV Nr. 15 S. 77; RKUV 2001 Nr. U 419 E. 2) massgebenden Datum des Verfügungserlasses (7. Juni 2017) eingetreten. Dazu spricht insbesondere der Umstand, dass in den von der Vorinstanz gewürdigten medizinischen Stellungnahmen Hinweise auf Wahnideen oder Halluzinationen bzw. auf Phobien, Zwänge oder Sinnestäuschungen verneint worden sind (Gutachten der Klinik C._ vom 16. Februar 2016 und Bericht des Psychiatrie D._ vom 2. August 2016). Die Tatsache, dass das Obergericht sich nicht mit dem Bericht von Prof. E._ auseinandergesetzt hat, verletzt im Ergebnis kein Bundesrecht.
3.4 Die weiteren Einwendungen des Beschwerdeführers sind nicht stichhaltig. Insbesondere hat der Neurologe Dr. G._ entgegen seiner Behauptung lediglich eine Arbeitsunfähigkeit von 0 bis 20% in einer angepassten Tätigkeit attestiert. Soweit der Beschwerdeführer die Diagnose der Anpassungsstörung in Frage stellt, zeigt er nicht auf, inwiefern die Würdigung der Arbeitsfähigkeit durch die Vorinstanz, die bei psychischen Krankheiten in der Regel anhand einer Indikatorenprüfung durch zu führen ist, ein willkürliches Resultat ergeben haben sollte. Die Behauptung, ein sozialer Rückzug sei von verschiedenen Therapeuten beschrieben worden, genügt nicht.
3.4 Die weiteren Einwendungen des Beschwerdeführers sind nicht stichhaltig. Insbesondere hat der Neurologe Dr. G._ entgegen seiner Behauptung lediglich eine Arbeitsunfähigkeit von 0 bis 20% in einer angepassten Tätigkeit attestiert. Soweit der Beschwerdeführer die Diagnose der Anpassungsstörung in Frage stellt, zeigt er nicht auf, inwiefern die Würdigung der Arbeitsfähigkeit durch die Vorinstanz, die bei psychischen Krankheiten in der Regel anhand einer Indikatorenprüfung durch zu führen ist, ein willkürliches Resultat ergeben haben sollte. Die Behauptung, ein sozialer Rückzug sei von verschiedenen Therapeuten beschrieben worden, genügt nicht.
4. Dem Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege ist stattzugeben, da die gesetzlichen Voraussetzungen (<ref-law>) erfüllt sind. Der Beschwerdeführer ist indessen auf <ref-law> aufmerksam zu machen. Danach hat die Partei der Gerichtskasse Ersatz zu leisten, wenn sie später dazu in der Lage ist.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen.
2.
Dem Beschwerdeführer wird die unentgeltliche Rechtspflege gewährt.
3.
Die Gerichtskosten von Fr. 800.- werden dem Beschwerdeführer auferlegt, indes vorläufig auf die Gerichtskasse genommen.
4.
Rechtsanwalt lic. iur. Martin Keiser wird aus der Bundesgerichtskasse eine Entschädigung von Fr. 2'800.- ausgerichtet.
5.
Dieses Urteil wird den Parteien, dem Obergericht des Kantons Schaffhausen und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 4. Februar 2019
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Pfiffner
Der Gerichtsschreiber: Widmer