Sachverhalt:
A.
Das Obergericht des Kantons Zürich sprach A._ am 3. März 2020 im Berufungsverfahren gegen ein Urteil des Bezirksgerichts Zürich vom 28. Januar 2019 zweitinstanzlich von den Vorwürfen der Vergewaltigung und der mehrfachen sexuellen Nötigung frei. Die Schadenersatzforderung von B._ verwies es auf den Zivilweg, während es ihre Genugtuungsforderung abwies.
Das Obergericht hielt zusammengefasst folgenden Sachverhalt für erwiesen:
B._, A._, C._ und D._ verliessen zusammen die Weihnachtsfeier der Stiftung E._. B._ war in dieser Einrichtung in einem Aufbautraining der Invalidenversicherung eingebunden. A._ war ihr Gruppenchef. D._ ging nach Hause, während die anderen zunächst noch in den Ausgang gehen wollten. Nachdem sie sich an einem Imbissstand verpflegt hatten, machten sie sich aber auf den Heimweg und fuhren mit dem Taxi an die Haltestelle U._. Als sie B._ nach Hause begleiteten, trafen sie deren Bruder und seine Freunde, die ebenfalls auf dem Weg an die V._strasse xxx waren. Der Bruder ging mit seinen Begleitern in die Wohnung, während B._ und ihre beiden Arbeitskollegen auf der Strasse verblieben. Als die Freundin von C._ eintraf, um ihn abzuholen, lehnte A._ deren Angebot ab, bei ihnen zu übernachten. Er wollte auch kein Taxi nach Hause bestellen. Da B._ ihren angetrunkenen Kollegen nicht alleine auf der Strasse lassen wollte, bot sie ihm an, bei ihr auf dem Sofa zu schlafen, was dieser zunächst ablehnte. Beim zweiten Mal nahm er das Angebot jedoch an und ging mit ihr in die Wohnung, wo der Bruder mit seinen Freunden, in seinem Zimmer mit verschlossener Tür laut Musik hörte. B._ brachte A._ eine Decke und ein Kissen in das Wohnzimmer und zog sich in ihr Zimmer zurück. Als sie ihr Pyjama anziehen wollte, stand der Arbeitskollege unangekündigt in ihrem Zimmer. Sie begleitete ihn zurück auf das Sofa. Als er wieder in ihrem Zimmer stand, forderte sie ihn auf, zurück ins Wohnzimmer zu gehen; wohin sie ihn dann begleitete. Kaum war sie wieder in ihrem Zimmer, kam er erneut und setzte sich zu ihr auf das Bett. Er erklärte ihr, dass er nicht schlafen könne und mit ihr reden wolle. Er fing an, B._ anzufassen. Sie forderte ihn auf, damit aufzuhören und ins Wohnzimmer zurückzukehren. Nach einem erneuten Versuch sie anzufassen, machte sie ihm wieder klar, dass sie das nicht wünsche und er gehen solle. Sie rutschte dabei von ihm weg und forderte ihn wieder auf, zu gehen. A._ kam der Aufforderung jedoch nicht nach, drehte sich seiner Kollegin zu, wobei er den Gürtel sowie den Hosenknopf öffnete und sagte ihr, sie wolle das doch auch. Dabei bückte er sich halb zu ihr nach unten und hatte die sitzende B._ zwischen seinen aufs Bett ausgestreckten Armen eingeklemmt. Diese fühlte sich dadurch bedrängt. Als sie nach ihrem Bruder rief, legte ihr A._ seine Hand auf den Mund und meinte, dass sie das nicht tun dürfe. B._ war dadurch eingeschüchtert und sagte ihrem Kollegen, nichts von ihm zu wollen, da sie einen Freund habe, aber auch sonst nicht an ihm interessiert sei. A._ bedrängte sie weiter, fasste sie an der Hüfte an und versuchte mehrmals, sie zu küssen. Er forderte sie auf, ihm "eins zu blasen", was diese ablehnte. A._ schob ihr die Pyjama- und Unterhosen bis zu den Fussknöcheln runter. Die auf dem Rücken liegende B._ versuchte mehrmals, ihn mit den Beinen von sich wegzustossen, was ihr nicht gelang, da er ihr körperlich überlegen war. Während ihrem Widerstand wiederholte er, dass sie das doch auch wolle. Aufgrund der körperlichen Überlegenheit von A._ und des durch die Arbeitssituation vorhandenen Abhängigkeitsverhältnisses war sie nicht in der Lage, sich dem Ansinnen ihres Kollegen, den Geschlechtsverkehr zu vollziehen, zu widersetzen. Es gelang B._ aufgrund der Übermacht von A._ und der auswegslosen Situation nicht mehr, sich zielgerichtet zur Wehr zu setzen. Sie akzeptierte ihre Hilflosigkeit, insbesondere auch nachdem sie bereits vergebens nach ihrem Bruder gerufen hatte. A._ drang mit seinem Penis vaginal in sie ein. Dabei hielt er die auf dem Rücken unter ihm liegende B._ an den Handgelenken fest.
B.
Die Oberstaatsanwaltschaft des Kantons Zürich und B._ führen Beschwerde in Strafsachen. Die Oberstaatsanwaltschaft beantragt im Wesentlichen, das Urteil des Obergerichts des Kantons Zürich vom 3. März 2020 sei aufzuheben. A._ sei der Vergewaltigung schuldig zu sprechen und mit einer Freiheitsstrafe von 3 1⁄2 Jahren zu bestrafen. Eventualiter sei das Urteil des Obergerichts aufzuheben und die Sache zur neuen Beurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen (Verfahren 6B_479/2020). B._ stellt den Antrag, das Urteil des Obergerichts des Kantons Zürich vom 3. März 2020 sei aufzuheben und die Sache sei zur neuen Beurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen (Verfahren 6B_493/2020).
A._ gelangt mit Beschwerde in Strafsachen an das Bundesgericht. Er beantragt, Ziff. 1 und 2 des Urteils des Obergerichts des Kantons Zürich seien aufzuheben. Er sei vollumfänglich freizusprechen und die Schadenersatzforderung sei abzuweisen. Eventualiter sei die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Er ersucht um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung (Verfahren 6B_594/2020).
C.
Das Obergericht des Kantons Zürich verzichtet in den Verfahren 6B_479/2020 und 6B_493/2020 auf eine Vernehmlassung. B._ lässt sich im Verfahren 6B_479/2020 innert Frist nicht vernehmen. A._ nimmt zu den Beschwerden in den Verfahren 6B_479/2020 und 6B_493/2020 Stellung, beantragt jeweils die Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei, und ersucht um unentgeltliche Prozessführung sowie Verbeiständung. Die Oberstaatsanwaltschaft des Kantons Zürich reicht im Verfahren 6B_493/2020 eine Stellungnahme ein.

Erwägungen:
1.
Das Bundesgericht vereinigt mehrere Verfahren, wenn diese in einem engen sachlichen Zusammenhang stehen, namentlich, wenn sie sich gegen denselben Entscheid richten und wenn sie die gleichen Parteien sowie ähnliche oder gleiche Rechtsfragen betreffen (<ref-ruling> E. 1 S. 217; <ref-ruling> E. 1 S. 285; <ref-ruling> E. 1 S. 394; je mit Hinweisen). Diese Voraussetzungen sind hier erfüllt. Es rechtfertigt sich daher, die drei Verfahren zu vereinigen und die Beschwerden in einem einzigen Entscheid zu behandeln.
Beschwerdeverfahren 6B_479/2020 und 6B_493/2020
2.
Die Privatklägerschaft ist zur Beschwerde in Strafsachen unter Vorbehalt gewisser Ausnahmen nur berechtigt, wenn sie im kantonalen Verfahren adhäsionsweise Zivilansprüche geltend gemacht hat und der angefochtene Entscheid sich auf die Beurteilung dieser Zivilansprüche auswirken kann (Art. 81 Abs. 1 lit. b Ziff. 5 BGG; <ref-ruling> E. 1.2.3 S. 439).
Die Beschwerdeführerin 2 beantragte im kantonalen Verfahren adhäsionsweise Schadenersatz und Genugtuung. Im angefochtenen Entscheid wird ihr Genugtuungsbegehren abgewiesen und ihr Schadenersatzbegehren unter anderem infolge des Freispruchs des Beschwerdegegners auf den Zivilweg verwiesen. Mithin wirkt sich das angefochtene Urteil auf die Zivilforderungen der Beschwerdeführerin 2 aus. Sie ist zur Beschwerde in Strafsachen legitimiert.
3.
3.1. Die Beschwerdeführerinnen wenden sich gegen den Freispruch des Beschwerdegegners vom Vorwurf der Vergewaltigung. Die Vorinstanz hält in tatsächlicher Hinsicht fest, der objektive Tatbestand gemäss Anklageschrift lasse sich vollständig erstellen. Die Ausführungen der Beschwerdeführerin 2 hierzu seien überzeugend, weshalb keine unüberwindbaren Zweifel verblieben. Ob dasselbe auch in Bezug auf den subjektiven Tatbestand gelte, könne offen bleiben (Urteil S. 23 E. 8). Die Vorinstanz gelangt zum Schluss, eine ausreichende Nötigungshandlung im Sinne von <ref-law> sei nicht gegeben (Urteil S. 23 ff. E. 1).
3.2. Der Beschwerdegegner bestreitet, die fragliche Nacht bei der Beschwerdeführerin 2 verbracht und mit dieser Geschlechtsverkehr gehabt zu haben. Er wendet zusammengefasst ein, die Vorinstanz würdige die Beweise willkürlich und stelle den Sachverhalt offensichtlich unrichtig fest. Aufgrund von Fehlschlüssen qualifiziere sie seine Aussagen als unglaubhaft und billige den Angaben der Beschwerdeführerin 2 in willkürlicher sowie aktenwidriger Weise eine hohe Glaubhaftigkeit zu. Indem die Vorinstanz verschiedene seiner Argumente, unter anderem hinsichtlich der Frage der Glaubhaftigkeit der Aussagen der Beschwerdeführerin 2 zum Tatgeschehen, ausser Acht lasse, verletze sie überdies seinen Anspruch auf rechtliches Gehör. Mit seinen Einwänden, wonach insbesondere gestützt auf die Ausführungen von F._ erkennbar sei, dass die Beschwerdeführerin 2 unterschiedliche Geschichten erzählen könne, setze sich die Vorinstanz ebenfalls nicht auseinander.
3.3. Die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz kann vor Bundesgericht nur gerügt werden, wenn sie willkürlich ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law>; vgl. auch Art. 105 Abs. 1 und 2 BGG; <ref-ruling> E. 2.1 S. 118, 88 E. 1.3.1 S. 91 f.). Willkür bei der Sachverhaltsfeststellung liegt nach ständiger Rechtsprechung vor, wenn die vorinstanzliche Beweiswürdigung schlechterdings unhaltbar ist, d.h. wenn die Behörde in ihrem Entscheid von Tatsachen ausgeht, die mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch stehen oder auf einem offenkundigen Fehler beruhen. Dass eine andere Lösung ebenfalls möglich erscheint, genügt nicht (<ref-ruling> E. 1.3.1 S. 92; <ref-ruling> E. 2.3.1 S. 244; <ref-ruling> E. 6.3 S. 375; je mit Hinweisen). Die Willkürrüge muss in der Beschwerde anhand des angefochtenen Entscheids explizit vorgebracht und substanziiert begründet werden (<ref-law>). Auf ungenügend begründete Rügen oder allgemeine appellatorische Kritik am angefochtenen Entscheid tritt das Bundesgericht nicht ein (<ref-ruling> E. 2.1 S. 118, 88 E. 1.3.1 S. 92).
3.4.
3.4.1. Der Beschwerdegegner vermag mit seinen Vorbringen nicht aufzuzeigen, dass die Vorinstanz die Beweise willkürlich würdigt und den Sachverhalt offensichtlich unrichtig feststellt. Seine Einwände erschöpfen sich hauptsächlich in appellatorischer Kritik. Soweit er sich darauf beschränkt, den tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz und ihrer Beweiswürdigung seine eigene Sicht der Dinge gegenüberzustellen, ohne darzulegen, inwiefern die vorinstanzlichen Feststellungen auch im Ergebnis schlechterdings unhaltbar sein sollen, ist darauf nicht einzutreten. Dies ist etwa der Fall, wenn der Beschwerdegegner ausführt, er sei wegen seines Alkoholkonsums bereits einmal negativ aufgefallen, weshalb es verständlich sei, dass er seinen Konsum im Zusammenhang mit einer weiteren Strafuntersuchung relativiere. Auch die Einwände des Beschwerdegegners zur Würdigung der Aussagen der Beschwerdeführerin 2 betreffend den Geschehensablauf vor der Tat (Urteil S. 12 f. E. 6.1) und nach der Tat (Urteil S. 18 ff. E. 6.3) gehen nicht über eine appellatorische Kritik am angefochtenen Urteil hinaus, auf die das Bundesgericht nicht eintritt. Soweit sich der Beschwerdegegner gegen die Würdigung der Aussagen von G._ und seinen Freunden wendet, setzt er sich nicht hinreichend mit den diesbezüglichen Erwägungen der Vorinstanz auseinander (Urteil S. 13 E. 6.1). Diese stellt fest, der Bruder der Beschwerdeführerin 2 habe sich an die Begegnung erinnert. Damit habe er den äusseren Ablauf bestätigt, wonach er seine Schwester zusammen mit deren Kollegen getroffen habe. Ferner habe er erklärt, danach mit seinen Freunden in seinem Zimmer laut Musik gehört zu haben. Die Vorinstanz hält weiter fest, dass die erste Instanz den Aussagen von G._ jegliche Glaubhaftigkeit abspreche, weil er bei der Staatsanwaltschaft, fast zweieinhalb Jahre nach dem Vorfall, angegeben habe, das Treffen habe sich an einem Nachmittag ereignet, sei etwas voreilig, zumal er gegenüber der Polizei - und damit fast ein Jahr zuvor - in Übereinstimmung mit den Angaben der Beschwerdeführerin 2 von einer Begegnung in der Nacht gesprochen habe (Urteil S. 13 E. 6.1; kantonale Akten act. 2/1 S. 6). Diese Schlussfolgerung ist nicht zu beanstanden. Der Umstand, dass die Angaben von G._ bezüglich Zeitpunkt der Begegnung nicht übereinstimmen, betrifft eine Frage der Beweiswürdigung und nicht der Verwertbarkeit dieser Aussagen. Diesbezüglich ist lediglich darauf hinzuweisen, dass der Bruder der Beschwerdeführerin 2 in seiner staatsanwaltschaftlichen Einvernahme, die in Anwesenheit des Beschwerdegegners und dessen Verteidiger erfolgte, im Übrigen die Wahrheit seiner Aussagen bestätigte, die er gegenüber der Polizei im Rahmen seiner telefonischen Befragung gemacht hatte (kantonale Akten act. 6/9 S. 5 Frage 26).
3.4.2. Der Beschwerdegegner macht geltend, die Vorinstanz erachte die Gla ubhaftigkeit seiner Aussagen als herabgesetzt, weil er - entgegen anderer Ausführungen - verneine, das Weihnachtsessen zusammen mit der Beschwerdeführerin 2 sowie weiteren Personen verlassen zu haben, und weil er erkläre, an dieser Feier nicht besonders alkoholisiert gewesen zu sein.
Die Vorbringen erweisen sich als unbegründet, soweit darauf überhaupt eingetreten werden kann. Die Vorinstanz stellt hierzu fest, der Beschwerdegegner habe jeweils erklärt, er habe das Weihnachtsessen alleine verlassen und er sei nicht besonders alkoholisiert gewesen. Diese Darstellung weiche offensichtlich von den Schilderungen der Beschwerdeführerin 2 ab, auf deren Aussagen der Anklagesachverhalt vorwiegend beruhe. Auch D._ habe anlässlich seiner polizeilichen Befragung angegeben, dass der Beschwerdegegner das Essen zusammen mit anderen Leuten, mitunter der Beschwerdeführerin 2, verlassen habe (Urteil S. 10 E. 5). Entgegen dem Einwand des Beschwerdegegners durfte die Vorinstanz auf diese Aussage abstellen, selbst wenn D._ in seiner staatsanwaltschaftlichen Einvernahme keine Angaben mehr dazu machte bzw. machen konnte, mit wem der Beschwerdegegner das Weihnachtsessen verlassen hat. Im Übrigen ist anzumerken, dass D._ seine Aussagen anlässlich seiner polizeilichen Befragung in seiner staatsanwaltschaftlichen Einvernahme, die in Anwesenheit des Beschwerdegegners und dessen Verteidiger erfolgte, vorgehalten wurden (kantonale Akten act. 6/5). Weiter hält die Vorinstanz fest, der Zeuge H._, Leiter der Stiftung E._, erkläre glaubhaft, dass der Beschwerdegegner anlässlich des Weihnachtsessens betrunken gewesen sei und bestätige damit die Aussagen der Beschwerdeführerin 2. Ferner berichte der Zeuge, der Beschwerdegegner habe das Weihnachtsessen zusammen mit der Beschwerdeführerin 2, D._ und C._ verlassen (Urteil S. 10 f. E. 5; erstinstanzliches Urteil S. 21 E. 6.5). Die Vorinstanz gelangt zum Schluss, die Schilderungen von D._ und H._ liessen die Aussagen des Beschwerdegegners zum fraglichen Abend als zweifelhaft erscheinen (Urteil S. 11 E. 6). Der Beschwerdegegner weist zutreffend darauf hin, dass die Vorinstanz in diesem Zusammenhang unerwähnt lässt, dass er und die Beschwerdeführerin 2 übereinstimmend ausgesagt haben, H._ habe die Weihnachtsfeier vor ihnen verlassen (Einvernahme des Beschwerdegegners vom 23. April 2018, kantonale Akten act. 4/4 S. 2 Frage 7; Einvernahme der Beschwerdeführerin 2, Protokoll der Berufungsverhandlung, vorinstanzliche Akten act. 70 S. 22). Dies scheint im Widerspruch zur vorinstanzlichen Feststellung zu stehen, wonach H._ ausgesagt habe, der Beschwerdegegner habe die Feier mit der Beschwerdeführerin 2 und weiteren Personen verlassen. Im Ergebnis ist die vorinstanzliche Schlussfolgerung, wonach die Schilderungen von H._ die Aussagen des Beschwerdegegners als zweifelhaft erscheinen liessen, trotzdem nicht zu beanstanden, denn der Zeuge erklärte auf entsprechende Nachfrage, er wisse nicht, ob der Beschwerdegegner nach Hause gegangen sei [nachdem er ihn wegen seiner Trunkenheit nach Hause geschickt habe], er sei einfach aus dem Saal rausgegangen. Sie seien zu viert (die Beschwerdeführerin 2, D._ und C._) gegangen (kantonale Akten act. 6/7 S. 3 f. Fragen 15-18).
3.4.3. Die Vorinstanz begründet nach eingehender Beweiswürdigung ebenfalls eingehend und nachvollziehbar, weshalb sie zum Schluss kommt, die Schilderungen der Beschwerdeführerin 2 zum Kerngeschehen seien trotz teilweiser Ungenauigkeiten sowie Widersprüchen in ihrer Gesamtheit in sich stimmig und würden die eigentliche Vergewaltigung glaubhaft wiedergeben, weshalb das Kerngeschehen gemäss Anklage erstellt sei (Urteil S. 14-17 E. 6.2; erstinstanzliches Urteil S. 12-17 E. 6.2). Soweit sich der Beschwerdegegner überhaupt hinreichend mit dieser Beweiswürdigung auseinandersetzt, begnügt er sich damit, darzulegen, wie seiner Auffassung nach die Aussagen der Beschwerdeführerin 2 richtigerweise zu würdigen gewesen wären. Seine Einwände setzen jedoch eine freie Prüfung in tatsächlicher Hinsicht voraus, welche das Bundesgericht nicht vornimmt. Was der Beschwerdeführer vorbringt, vermag keine Willkür aufzuzeigen.
3.4.4. Ferner genügt der vorinstanzliche Entscheid den gesetzlichen Begründungsanforderungen. Die Vorinstanz musste sich nicht mit allen Stand punkten einlässlich auseinandersetzen und jedes einzelne Vorbringen ausdrücklich widerlegen. Vielmehr durfte sie sich auf die für den Entscheid wesentlichen Punkte beschränken (<ref-ruling> E. 5.2 S. 70 f. mit Hinweisen). Dem Beschwerdegegner war es denn auch ohne Weiteres möglich, sich über die Tragweite des Entscheids Rechenschaft zu geben.
3.5. D ie Vorbringen des Beschwerdegegners erweisen sich als unbegründet, soweit darauf überhaupt eingetreten werden kann.
4.
4.1. Die Beschwerdeführerinnen rügen eine Verletzung von <ref-law>. Der Beschwerdegegner habe aufgrund des erstellten Sachverhalts Gewalt im Sinne von <ref-law> angewandt und die Beschwerdeführerin 2 auch unter psychischen Druck im Sinne dieser Bestimmung gesetzt. Die Beschwerdeführerin 2 habe dem Beschwerdegegner mehrfach zu verstehen gegeben, dass sie keinen Geschlechtsverkehr wünsche. Er habe ihr seine Hand auf den Mund gelegt und damit gewaltsam ein Herbeirufen des Bruders unterbunden. Weiter habe er die auf dem Rücken liegende Beschwerdeführerin 2 an ihren Handgelenken festgehalten und sie dabei an den Armen runtergedrückt. Der gesamte Tatablauf beinhalte mehrere nötigende Elemente, die in ihrer Gesamtheit sehr wohl das erforderliche Mass der Gewalt im Sinne von <ref-law> erfüllen würden. Die von der Vorinstanz angeführten Handlungen "zwischen den Armen einklemmen", "den Mund zuhalten" etc. seien nicht einzeln zu betrachten, sondern es sei der ganze Tatablauf zu berücksichtigen. Ebenso sei einzubeziehen, dass die Beschwerdeführerin 2 im Tatzeitpunkt 20 Jahre alt gewesen sei und sich wegen psychischer Probleme in einem IV-Aufbauprogramm befunden habe. Der Beschwerdegegner sei ihr Vorgesetzter gewesen und habe vom Aufbauprogramm gewusst. Aufgrund der mehrfachen Wegweisung und unmissverständlichen Äusserungen der Beschwerdeführerin 2, wonach der Beschwerdegegner ihr Schlafzimmer verlassen solle und sie keinen Geschlechtsverkehr wünsche, sei diesem klar gewesen, dass er sich bewusst über den Widerstand der Beschwerdeführerin 2 hinweggesetzt habe, was er auch gezeigt habe, indem er ihr den Mund zugehalten und ihr verboten habe, ihren Bruder herbeizurufen. Sein Verhalten erfülle den Tatbestand der Vergewaltigung in objektiver und subjektiver Hinsicht.
4.2. Die Vorinstanz erwägt, hinsichtlich der vom Beschwerdegegner angewandten Gewalt schildere die Beschwerdeführerin 2 zunächst, jener habe sie zwischen seinen auf dem Bett ausgestreckten Armen eingeklemmt. Ausserdem habe er ihren Versuch, ihren Bruder zu rufen, unterbunden, indem er ihr die Hand auf den Mund gelegt und erklärt habe, dass sie dies nicht tun dürfe. Schliesslich habe der Beschwerdegegner die auf dem Rücken liegende Beschwerdeführerin 2 an deren Handgelenken festgehalten bzw. sie bei den Armen runtergedrückt. Insbesondere was den eigentlichen Geschlechtsverkehr betreffe habe die Beschwerdeführerin 2 kein nötigendes Element erwähnt, das über das übliche Mass hinausgehe. Denkbar wäre allenfalls, dass sie durch das Einklemmen zwischen den Armen genötigt worden sei, indem ihr dadurch eine Flucht verunmöglicht worden sei. Dagegen spreche jedoch, dass sie sich dem Beschwerdegegner habe entziehen können, indem sie rückwärts auf dem Bett weggerutscht sei, ohne dass er sie daran gehindert habe. Ausserdem habe sie selber bestätigt, dass sich ihr sowohl davor als auch danach Möglichkeiten zur weiteren körperlichen oder verbalen Gegenwehr, die sie nicht wahrgenommen habe, oder solche zur Flucht geboten hätten, sie aber nicht daran gedacht habe, das Zimmer zu verlassen. Übrig bleibe somit lediglich das Zuhalten des Mundes durch den Beschwerdegegner, nachdem die Beschwerdeführerin 2 ihren Bruder gerufen habe. Der Gewaltaspekt dieser Handlung sei zweifelsfrei gering, da der Beschwerdegegner seine Hand sogleich wieder weggenommen habe, ohne dass die Beschwerdeführerin 2 einen weiteren Versuch unternommen habe, um Hilfe zu rufen. Allerdings sei diese Handlung auch im Zusammenhang mit einer möglichen Drucksituation zu betrachten, die eine Gegenwehr für die Beschwerdeführerin 2 unzumutbar erscheinen lassen könne (Urteil S. 25 E. 1).
Die Vorinstanz hält fest, die Beschwerdeführerin 2 sei zum Tatzeitpunkt 20 Jahre alt gewesen. Aufgrund ihres Anstellungsverhältnisses habe ein gewisses Abhängigkeitsverhältnis zum Beschwerdegegner bestanden. Auch ihre psychische Vorbelastung sei zu berücksichtigen, zumal der Beschwerdegegner zumindest insofern darüber informiert gewesen sei, dass sie angesichts ihrer persönlichen Umstände auf eine Unterstützungsorganisation zur Wiedereingliederung in den Arbeitsmarkt angewiesen gewesen sei. Auch unter diesen Gesamtumständen sei jedoch keine Nötigungshandlung zu erkennen. Die von der Beschwerdeführerin 2 geschilderte Angst sei weder durch eine Handlung des Beschwerdegegners noch durch eine psychische Drucksituation objektivierbar. So habe die Beschwerdeführerin 2 selber angegeben, der Beschwerdegegner habe ihr nicht gedroht. Auch vor dem Ereignis sei er ihr gegenüber nicht einschüchternd oder gewalttätig gewesen. Gesamthaft entstehe vielmehr der Eindruck, die Beschwerdeführerin 2 habe den Beschwerdegegner bzw. die Situation - mitunter auch aufgrund seines betrunkenen Zustands - selbst dann nicht ernst genommen, als seine Absichten aufgrund seines wiederholten Erscheinens in ihrem Zimmer deutlich zutage getreten seien. Zusammenfassend könne somit festgehalten werden, dass der Beschwerdeführerin 2 zahlreiche Möglichkeiten zur Verfügung gestanden hätten, sich weiterhin körperlich oder verbal zu wehren, um Hilfe zu rufen, oder aus dem Zimmer zu flüchten. Hierauf komme es vorliegend aber nicht an. Entscheidend sei, dass der Beschwerdegegner aufgrund des passiven Verhaltens der Beschwerdeführerin 2 kein Nötigungsmittel jedweder Art habe anwenden müssen, um ihren (gegenteiligen) Willen zu brechen. Unter diesen Umständen seien ihre Selbstzweifel, wonach sie sich zu wenig gewehrt habe, umso verständlicher. Die von ihr geschilderte Abwehr mit den Füssen habe sie gemäss eigenen Aussagen eingestellt, ohne dass der Beschwerdegegner etwas beigetragen habe, z.B. indem er ihre Beine heruntergedrückt oder sich aufgrund seiner körperlichen Überlegenheit bei einem Gerangel durchgesetzt hätte. Eine ausreichende Nötigungshandlung im Sinne von <ref-law> sei nicht auszumachen, weshalb er vom Vorwurf der Vergewaltigung freizusprechen sei (Urteil S. 26 f. E. 1).
4.3.
4.3.1. Eine Vergewaltigung im Sinne von <ref-law> begeht, wer eine Person weiblichen Geschlechts zur Duldung des Beischlafs nötigt, namentlich indem er sie bedroht, Gewalt anwendet, sie unter psychischen Druck setzt oder zum Widerstand unfähig macht.
4.3.2. <ref-law> bezweckt - wie auch der Tatbestand der sexuellen Nötigung im Sinne von <ref-law> - den Schutz der sexuellen Selbstbestimmung. Das Individuum soll sich im Bereich des Geschlechtslebens unabhängig von äusseren Zwängen oder Abhängigkeiten frei entfalten und entschliessen können. Die sexuellen Nötigungstatbestände von Art. 189 und <ref-law> setzen übereinstimmend voraus, dass der Täter das Opfer durch eine Nötigungshandlung dazu bringt, eine sexuelle Handlung zu erdulden oder vorzunehmen. Die Tatbestände erfassen alle erheblichen Nötigungsmittel, auch solche ohne unmittelbaren Bezug zu physischer Gewalt. Es soll ebenfalls das Opfer geschützt werden, das in eine ausweglose Situation gerät, in der es ihm nicht zuzumuten ist, sich dem Vorhaben des Täters zu widersetzen, auch wenn dieser keine Gewalt anwendet. Dementsprechend umschreibt das Gesetz die Nötigungsmittel nicht abschliessend. Es erwähnt namentlich die Ausübung von Gewalt und von psychischem Druck sowie das Bedrohen und das Herbeiführen der Widerstandsunfähigkeit, wobei der zuletzt genannten Variante kaum eigenständige Bedeutung zukommt (<ref-ruling> E. 3 S. 169 f.; Urteile 6B_941/2019 vom 14. Februar 2020 E. 4.2.2; 6B_145/2019 vom 28. August 2019 E. 3.2.2; je mit Hinweisen).
4.3.3. D ie sexuellen Nötigungstatbestände gelten als Gewaltdelikte und sind damit prinzipiell als Akte physischer Aggression zu verstehen. Das ist nicht schon mit jedem beliebigen Zwang gegeben. Die Einwirkung auf das Opfer muss erheblich sein (<ref-ruling> E. 3.1 S. 170 f.). Gewalt im Sinne von <ref-law> ist nach der Rechtsprechung gegeben, wenn der Täter ein grösseres Mass an körperlicher Kraft aufwendet, als zum blossen Vollzug des Akts notwendig ist bzw. wenn sich der Täter mit körperlicher Kraftentfaltung über die Gegenwehr des Opfers hinwegsetzt. Eine körperliche Misshandlung, rohe Gewalt oder Brutalität etwa in Form von Schlägen und Würgen ist indes nicht erforderlich. Es genügt, wenn der Täter seine überlegene Kraft einsetzt, indem er die Frau festhält oder sich mit seinem Gewicht auf sie legt. Vom Opfer wird nicht verlangt, dass es sich gegen die Gewalt mit allen Mitteln zu wehren versucht. Dieses muss sich nicht auf einen Kampf einlassen oder Verletzungen in Kauf nehmen. Die von der Rechtsprechung geforderte Gegenwehr des Opfers meint eine tatkräftige und manifeste Willensbezeugung, mit welcher dem Täter unmissverständlich klargemacht wird, mit sexuellen Handlungen nicht einverstanden zu sein (Urteil 6B_1149/2014 und 6B_1166/2014 vom 16. Juli 2015 E. 5.1.3 mit Hinweisen). Der Tatbestand der sexuellen Nötigung oder Vergewaltigung ist auch erfüllt, wenn das Opfer unter dem Druck des ausgeübten Zwangs zum Voraus auf Widerstand verzichtet oder ihn nach anfänglicher Abwehr aufgibt (<ref-ruling> E. 3c S. 130; <ref-ruling> E. 2b S. 54; je mit Hinweis; Urteile 6B_145/2019 vom 28. August 2019 E. 3.2.3; 6B_95/2015 vom 25. Januar 2016 E. 5.1).
4.3.4. Die Tatbestandsvariante des Unter-Druck-Setzens stellt klar, dass sich die Ausweglosigkeit der Situation auch ergeben kann, ohne dass der Täter eigentliche Gewalt anwendet. Es kann vielmehr genügen, dass dem Opfer eine Widersetzung unter den gegebenen Umständen aus anderen Gründen nicht zuzumuten ist. Damit wird deutlich, dass eine Situation für das Opfer bereits aufgrund der sozialen und körperlichen Dominanz des Täters aussichtslos im Sinne der sexuellen Nötigungtatbestände sein kann. Diese Dominanz muss nicht notwendigerweise mit der Furcht des Opfers vor körperlicher Gewalt verknüpft sein (<ref-ruling> E. 3a/bb S. 110 f. mit Hinweis). Der psychische Druck, welchen der Täter durch die Schaffung einer Zwangslage erzeugen muss, hat indes von besonderer Intensität zu sein. Zwar wird nicht verlangt, dass er zur Widerstandsunfähigkeit des Opfers führt. Die Einwirkung auf dasselbe muss aber immerhin erheblich sein und eine der Gewaltanwendung oder Bedrohung vergleichbare Intensität erreichen. Dies ist der Fall, wenn vom Opfer unter den gegebenen Umständen und in Anbetracht seiner persönlichen Verhältnisse verständlicherweise kein Widerstand erwartet werden kann bzw. ihm ein solcher nicht zuzumuten ist, der Täter mithin gegen den Willen des Opfers an sein Ziel gelangt, ohne dafür Gewalt oder Drohungen anwenden zu müssen (<ref-ruling> E. 3.1 S. 170 f. mit Hinweisen). Die Auslegung der Art. 189 f. StGB hat sich insoweit insbesondere an der Frage der zumutbaren Selbstschutzmöglichkeiten des Opfers zu orientieren (<ref-ruling> E. 3b S. 113; Urteil 6B_145/2019 vom 28. August 2019 E. 3.2.4; je mit Hinweis).
4.3.5. Der Tatbestand der Vergewaltigung ist nur erfüllt, wenn der Täter vorsätzlich handelt, wobei Eventualvorsatz genügt (<ref-ruling> E. 3 S. 70 f.). Dieser muss wissen oder zumindest in Kauf nehmen, dass das Opfer mit dem Beischlaf bzw. den sexuellen Handlungen nicht einverstanden ist (Urteile 6B_1149/2014 und 6B_1166/2014 vom 16. Juli 2015 E. 5.1.4; 6B_494/2012 vom 21. Februar 2013 E. 2.2).
4.4. Die Beschwerdeführerin 2 kritisiert die Vorgehensweise der Vorinstanz, weil diese die nötigenden Handlungen des Beschwerdegegners - die auf dem Bett sitzende Beschwerdeführerin 2 zwischen seinen Armen einklemmen; Zuhalten ihres Mundes, nachdem sie nach ihrem Bruder gerufen hatte; die auf dem Rücken liegende Beschwerdeführerin 2 an den Handgelenken festhalten bzw. an den Armen herunter drücken - einzeln hinsichtlich ihrer Intensität prüft, anstatt auch dem ganzen Tatablauf Rechnung zu tragen und abzuwägen, ob diese nötigenden Elemente in ihrer Gesamtheit das erforderliche Mass der Gewalt im Sinne von <ref-law> erfüllen. Gemäss der Rechtsprechung ist vorliegend von einer Gewaltanwendung im Sinne dieser Bestimmung auszugehen. Nach den vorinstanzlichen Feststellungen zum äusseren Geschehensablauf musste die Beschwerdeführerin 2 den Beschwerdegegner jeweils zurück in das Wohnzimmer begleiten, nachdem dieser immer wieder in ihr Zimmer gekommen war. Gemäss Vorinstanz traten seine Absichten bereits da deutlich zutage. Als sich der Beschwerdegegner sodann neben ihr auf das Bett setzte und versuchte, ihr körperlich näher zu kommen, konnte die Beschwerdeführerin 2 wegrutschen und sich ihm entziehen, womit sie ihren Widerwillen erneut, zumindest nonverbal, zum Ausdruck brachte. Weiter ist erstellt, dass sie seinem Wunsch nach Oralverkehr nicht nachkam. Ausserdem rief sie nach ihrem Bruder, was der Beschwerdegegner unterband. Schliesslich versuchte sie, ihn fernzuhalten, indem sie mehrmals mit ihren Beinen bzw. Füssen gegen dessen Brust stiess (vgl. Urteil S. 22 E. 7). Mit dieser eindeutigen und fortwährenden Gegenwehr gab die Beschwerdeführerin 2 dem Beschwerdegegner hinreichend klar zu verstehen, keinen Geschlechtsverkehr zu wollen. Von einem passiven Verhalten ihrerseits kann selbst dann nicht die Rede sein (Urteil S. 26 f. E. 1), wenn gemäss den vorinstanzlichen Erwägungen zum subjektiven Tatbestand unklar ist, ob die Beschwerdeführerin 2 dem Beschwerdegegner während dem Vorfall etwas sagte bzw. was sie ihm genau mitteilte (Urteil S. 22 E. 7). Daher ist an dieser Stelle nicht weiter auf den Widerspruch in den vorinstanzlichen Erwägungen bezüglich der verbalen Gegenwehr der Beschwerdeführerin 2 einzugehen; die Vorinstanz kam beim objektiven Tatbestand nämlich zum Schluss, dieser lasse sich gemäss Anklageschrift, welche die verbale Gegenwehr der Beschwerdeführerin 2 wiederholt erwähnt, vollumfassend erstellen (Urteil S. 23 E. 8). Ferner wird vom Opfer nicht verlangt, dass es sich mit allen Mitteln zu wehren versucht. Dieses muss sich nicht auf einen Kampf einlassen oder Verletzungen in Kauf nehmen (E. 4.3.3). Die Vorinstanz weist daher zutreffend darauf hin, dass es hier nicht ausschlaggebend ist, dass sich die Beschwerdeführerin 2 (noch) mehr hätte wehren können (siehe Urteil S. 26 E. 1); insbesondere sind ihre im Nachhinein geäusserten Selbstzweifel und -vorwürfe in diesem Zusammenhang nicht massgebend. Ob sich die Beschwerdeführerin 2 mehr hätte wehren können, ist für die Frage, ob sie zum Geschlechtsverkehr genötigt wurde, nicht relevant. Denn eine Vergewaltigung ist auch dann gegeben, wenn das Opfer unter dem Druck des ausgeübten Zwangs zum Voraus auf Widerstand verzichtet oder ihn nach anfänglicher Abwehr aufgibt. Wie dargelegt, brachte die Beschwerdeführerin 2 klar zum Ausdruck, dass sie mit dem vom Beschwerdegegner geforderten Geschlechtsverkehr nicht einverstanden war. Dieser setzte sich über diesen klar manifestierten Willen hinweg. Trotz ihrer deutlichen und beständigen Gegenwehr liess der Beschwerdegegner nicht von der Beschwerdeführerin 2 ab. Er bedrängte sie immer weiter und mehr. Nachdem sie ihn schon mehrmals aus ihrem Zimmer zurückgewiesen hatte, sie weggerutscht war, als er sich neben sie gesetzt und versucht hatte, sie unter ihrem Oberteil zu berühren, öffnete er seinen Hosenknopf sowie seinen Gürtel und klemmte sie zwischen seinen Armen ein. Die Beschwerdeführerin 2 versuchte dieser Situation zu entkommen, indem sie nach ihrem Bruder rief. Auch darüber setzte sich der Beschwerdegegner hinweg, legte ihr seine Hand auf den Mund und sagte ihr, sie dürfe nicht nach ihrem Bruder rufen. In diesem Moment bekam die Beschwerdeführerin 2 grosse Angst, was im Lichte der gesamten Umstände nachvollziehbar ist. Der Beschwerdegegner machte beharrlich weiter, fasste sie an, versuchte sie zu küssen, forderte die Beschwerdeführerin 2 auf, ihm "eins zu blasen", was diese ablehnte, und schob ihr die Pyjama- sowie Unterhosen runter. Die auf dem Rücken liegende Beschwerdeführerin 2 versuchte mehrmals, ihn mit den Beinen von sich wegzustossen, was ihr jedoch nicht gelang, da ihr der Beschwerdegegner körperlich überlegen war. Dieser hielt sie an den Handgelenken bzw. an ihren Armen fest, als er mit seinem Penis vaginal in sie eindrang. Diese physische Einwirkung erfüllt das Tatbestandsmerkmal der Gewaltanwendung ohne Weiteres. Anzumerken ist weiter, dass die Beschwerdeführerin 2 zum Tatzeitpunkt 20 Jahre alt und ihr der Beschwerdegegner nicht nur körperlich überlegen war. Es bestand auch ein gewisses Abhängigkeitsverhältnis, da er ihr direkter Vorgesetzter war. Wegen ihrer psychischen Vorbelastung befand sie sich in einem IV-Aufbauprogramm zur Wiedereingliederung in den normalen Arbeitsmarkt, was dem Beschwerdegegner bekannt war. Sie war auf diese Anstellung angewiesen. Entgegen den vorinstanzlichen Erwägungen ist die von der Beschwerdeführerin 2 geschilderte Angst angesichts der gesamten Umständen ohne Weiteres nachvollziehbar. Trotz ihrer deutlichen und beständigen Gegenwehr liess der Beschwerdegegner nicht von ihr ab. Er bedrängte sie immer weiter und mehr. Die Beschwerdeführerin 2 versuchte, wie bereits erwähnt, dieser Situation zu entkommen, indem sie nach ihrem Bruder rief. Als sich der Beschwerdegegner auch darüber hinwegsetzte, bekam die Beschwerdeführerin 2 grosse Angst, was im Lichte der gesamten Umstände nachvollziehbar ist. Der Beschwerdegegner machte beharrlich weiter. Unter den gegebenen Umständen, insbesondere der körperlichen Dominanz des Beschwerdegegners und seines unbeirrten sowie forschen Vorgehens konnte von der Beschwerdeführerin 2 auch in Anbetracht all ihrer erfolglosen Abwehrversuche kein weiterer Widerstand erwartet werden bzw. war ihr ein solcher nicht zumutbar.
4.5. Die Vorinstanz verletzt Bundesrecht, wenn sie zum Schluss gelangt, der Tatbestand der Vergewaltigung sei in objektiver Hinsicht nicht gegeben. Die Beschwerden erweisen sich insofern als begründet. Weil die Vorinstanz offen lässt, ob sich der Tatvorwurf in subjektiver Hinsicht erstellen lässt (Urteil S. 23 E. 8), ist die Sache zur diesbezüglichen Sachverhaltsfeststellung und rechtlichen Würdigung an sie zurückzuweisen.
Beschwerdeverfahren 6B_594/2020
5.
Die Beschwerden in den Verfahren 6B_479/2020 und 6B_493/2020 erweisen sich als begründet. Das angefochtene Urteil ist aufzuheben und die Sache zu neuer Entscheidung an die Vorinstanz zurückzuweisen (<ref-law>). Bei diesem Ausgang wird die Beschwerde im Verfahren 6B_594/2020 gegenstandslos.
Kosten- und Entschädigungsfolgen
6.
Die Beschwerden in den Verfahren 6B_479/2020 und 6B_493/2020 sind gutzuheissen. Die Gerichtskosten sind dem Beschwerdegegner, der mit seinem Antrag auf Abweisung der Beschwerden unterliegt, aufzuerlegen (<ref-law>). Der Beschwerdegegner stellt indes ein Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege. Dieses kann gutgeheissen werden. Es sind ihm daher keine Kosten aufzuerlegen. Seinem Rechtsvertreter ist aus der Bundesgerichtskasse eine angemessene Entschädigung auszurichten (<ref-law>). Dem Kanton Zürich sind keine Kosten aufzuerlegen (<ref-law>).
Die Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege und Verbeiständung befreit nicht von der Entschädigungspflicht. Der Kanton Zürich und der Beschwerdegegner haben die Parteientschädigung an die Beschwerdeführerin 2 zu gleichen Teilen unter solidarischer Haftung zu tragen (Art. 68 Abs. 2 und 4 i.V.m. <ref-law>).
Die Beschwerde im Verfahren 6B_594/2020 ist als gegenstandslos abzuschreiben. Eine summarische Beurteilung der Kosten- und Entschädigungsfolgen, d.h. eine Einschätzung, wer im Entscheidfall mit überwiegender Wahrscheinlichkeit als unterliegende Partei zu betrachten gewesen wäre (vgl. <ref-law> i.V.m. <ref-law>), entfällt vorliegend. Ohnehin sind in diesem Verfahren keine Vernehmlassungen eingeholt worden.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Verfahren 6B_479/2020, 6B_493/2020 und 6B_594/2020 werden vereinigt.
2.
Die Beschwerden in den Verfahren 6B_479/2020 und 6B_493/2020 werden gutgeheissen. Das Urteil des Obergerichts des Kantons Zürich vom 3. März 2020 wird aufgehoben und die Sache zur neuen Entscheidung an die Vorinstanz zurückgewiesen.
3.
Das Verfahren 6B_594/2020 wird als gegenstandslos abgeschrieben.
4.
Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
5.
Das Gesuch des Beschwerdegegners um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege wird gutgeheissen. Seinem Rechtsvertreter wird für das bundesgerichtliche Verfahren eine Entschädigung von Fr. 3'000.-- aus der Bundesgerichtskasse ausgerichtet.
6.
Der Kanton Zürich und der Beschwerdegegner haben die Beschwerdeführerin 2 mit je Fr. 1'5 00.--, unter solidarischer Haftung für den gesamten Betrag, zu entschädigen.
7.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Zürich, II. Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 19. Januar 2021
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Jacquemoud-Rossari
Die Gerichtsschreiberin: Pasquini