Sachverhalt:
A.
Die Staatsanwaltschaft Zofingen-Kulm führte gegen X._eine Strafuntersuchung unter anderem wegen einfacher Körperverletzung, Sachbeschädigung, Beschimpfung, Drohung und Nötigung zum Nachteil seiner Ehefrau A._ und seiner Tochter B._, mutmasslich begangen am 10. August 2014.
Am 12. Januar 2015 erklärten A._ und B._ ihr Desinteresse an der Weiterführung des Strafverfahrens und zogen sämtliche Strafanträge zurück. Hierauf sistierte die Staatsanwaltschaft Zofingen-Kulm das Verfahren am 2. Juni 2015 für die Dauer von 6 Monaten und stellte es mit Verfügung vom 26. September 2016 schliesslich ein. Sie auferlegte X._ die Verfahrenskosten, sprach ihm weder eine Entschädigung noch eine Genugtuung zu und verpflichtete ihn zur Zahlung der Auslagen für die Rechtsvertretung von A._ und B._. Die gegen diese Punkte der Einstellungsverfügung erhobene Beschwerde von X._ wies das Obergericht des Kantons Aargau am 14. März 2017 ab.
B.
X._ führt Beschwerde in Strafsachen mit dem Antrag, der Entscheid des Obergerichts des Kantons Aargau vom 14. März 2017 sei aufzuheben. Die Kosten des Verfahrens seien dem Staat aufzuerlegen, die Auslagen für die Rechtsvertretung von A._ und B._ von diesen selbst zu bezahlen und die Sache zum neuen Entscheid über die an ihn zu zahlende Entschädigung und Genugtuung an die Vorinstanz zurückzuweisen. X._ersucht um unentgeltliche Rechtspflege und um Erteilung der aufschiebenden Wirkung seiner Beschwerde.

Erwägungen:
1.
1.1. Der Beschwerdeführer rügt, die Vorinstanz verletze die Unschuldsvermutung, wenn sie ihm trotz Verfahrenseinstellung die Kosten auferlege mit der Begründung, er sei seiner Ehefrau und seiner Tochter gegenüber gewalttätig geworden.
1.2. Gemäss <ref-law> können der beschuldigten Person bei Einstellung des Verfahrens die Verfahrenskosten ganz oder teilweise auferlegt werden, wenn sie rechtswidrig und schuldhaft die Einleitung des Verfahrens bewirkt oder dessen Durchführung erschwert hat. Unter den gleichen Voraussetzungen kann nach <ref-law> eine Entschädigung herabgesetzt oder verweigert werden. In diesen Fällen besteht gestützt auf <ref-law> ein Entschädigungsanspruch der Privatklägerschaft gegenüber der beschuldigten Person.
Nach der Rechtsprechung des Bundesgerichts verstösst eine Kostenauflage bei Freispruch oder Einstellung des Verfahrens gegen die Unschuldsvermutung (<ref-law>, <ref-law> und Art. 6 Ziff. 2 EMRK), wenn der beschuldigten Person in der Begründung des Kostenentscheids direkt oder indirekt vorgeworfen wird, es treffe sie ein strafrechtliches Verschulden. Damit käme die Kostenauflage einer Verdachtsstrafe gleich. Dagegen ist es mit Verfassung und Konvention vereinbar, einer nicht verurteilten beschuldigten Person die Kosten zu überbinden, wenn sie in zivilrechtlich vorwerfbarer Weise, d.h. im Sinne einer analogen Anwendung der sich aus <ref-law> ergebenden Grundsätze, eine geschriebene oder ungeschriebene Verhaltensnorm, die sich aus der Gesamtheit der schweizerischen Rechtsordnung ergeben kann, klar verletzt und dadurch das Strafverfahren veranlasst oder dessen Durchführung erschwert hat. In tatsächlicher Hinsicht darf sich die Kostenauflage nur auf unbestrittene oder bereits klar nachgewiesene Umstände stützen (<ref-ruling> E. 3b S. 155; <ref-ruling> E. 1b S. 334; <ref-ruling> E. 2c-e S. 168 ff.; Urteile 6B_1273/2016 vom 6. September 2017 E. 1.4; 6B_1172/2016 vom 29. August 2017 E. 1.3; je mit Hinweisen).
Eine solche Kostenauflage kann sich auf <ref-law> stützen (Urteil 6B_1172/2016 vom 29. August 2017 E. 1.3 mit Hinweisen). Die Persönlichkeitsrechte werden durch Angriffe auf die physische und die psychische Integrität verletzt. Darunter fällt auch ein Verhalten, das andere terrorisiert und verängstigt und diese in ihrem seelischen Wohlbefinden gefährdet bzw. erheblich stört. Allerdings kann nicht jede noch so geringfügige Beeinträchtigung der Persönlichkeit als rechtlich relevante Verletzung verstanden werden. Die Verletzung muss eine gewisse Intensität erreichen. Auf die subjektive Empfindlichkeit des Betroffenen kommt es dabei nicht an. Für die Beurteilung der Schwere des Eingriffs ist ein objektiver Massstab anzulegen (Urteile 6B_414/2016 vom 29. Juli 2016 E. 2.4.1; 6B_1130/2014 vom 8. Juni 2015 E. 3.1; 6B_990/2013 vom 10. Juni 2014 E. 1.2).
Zwischen dem zivilrechtlich vorwerfbaren Verhalten und den durch die Untersuchung entstandenen Kosten muss ein adäquater Kausalzusammenhang bestehen (BGE <ref-ruling> E. 2c S. 170; Urteile 6B_1273/2016 vom 6. September 2017 E. 1.4; 6B_1172/2016 vom 29. August 2017 E. 1.3; je mit Hinweisen).
Das Bundesgericht prüft frei, ob der Kostenentscheid direkt oder indirekt den Vorwurf strafrechtlicher Schuld enthält und ob die beschuldigte Person in zivilrechtlich vorwerfbarer Weise gegen geschriebene oder ungeschriebene Verhaltensnormen klar verstossen und dadurch das Strafverfahren veranlasst hat (Urteile 6B_1273/2016 vom 6. September 2017 E. 1.4; 6B_1172/2016 vom 29. August 2017 E. 1.3; je mit Hinweisen). Lediglich unter Willkürgesichtspunkten prüft es hingegen die diesbezüglichen Sachverhaltsfeststellungen (vgl. <ref-law>). Die Rüge der Willkür muss in der Beschwerde substanziiert vorgebracht und begründet werden (<ref-law>; <ref-ruling> E. 6.3 S. 379).
1.3. Die Vorinstanz erwägt (Urteil, S. 7 ff.), es könne nicht von unbestrittenen Umständen ausgegangen werden, da der Beschwerdeführer den ihm zur Last gelegten Sachverhalt stets abgestritten habe. Gestützt auf folgende Beweislage bestünden allerdings keine Zweifel daran, dass sich der Sachverhalt so zugetragen habe, wie von der Ehefrau und der Tochter des Beschwerdeführers geschildert. Sämtliche Aussagen der Ehefrau bei der Polizei und gegenüber der Staatsanwaltschaft seien ausführlich, detailreich und im Wesentlichen übereinstimmend, in sich selbst und im Vergleich zueinander stimmig und folgerichtig. Dies gelte nicht nur in Bezug auf die Kernhandlung, sondern auch hinsichtlich weiterer Begebenheiten. Sodann habe die Ehefrau den Beschwerdeführer auch nicht übermässig belastet, sondern angegeben, dass es einzig vor ca. zehn Jahren schon einmal zu tätlichen Auseinandersetzungen zwischen ihnen gekommen sei, er seiner Tochter gegenüber jedoch nie zuvor handgreiflich geworden sei. Weshalb sie den Beschwerdeführer zu Unrecht hätte beschuldigen sollen, sei nicht ersichtlich. Die Aussagen der Ehefrau seien deshalb glaubhaft. Auch die Tochter des Beschwerdeführers habe detaillierte und in sich selbst wie auch im Vergleich zueinander stimmige Aussagen gemacht, die sich mit jenen ihrer Mutter weitestgehend deckten. Ausserdem habe ein Nachbar und Bekannter der Familie die Angaben von Ehefrau und Tochter bestätigt. Auch dieser habe seine Wahrnehmungen detailliert geschildert und den Beschwerdeführer nicht übermässig belastet. Er habe angegeben, das Gefühl gehabt zu haben, Ehefrau und Tochter des Beschwerdeführers seien erschrocken gewesen und hätten Angst gehabt. Er glaube, was ihm die Ehefrau erzähle, die Gewaltbereitschaft des Beschwerdeführers schätze er hoch ein, und insbesondere wenn dieser Alkohol getrunken habe, traue er ihm die Umsetzung seiner Drohungen zu. Diese Aussagen des Zeugen würden untermauert durch das Vorabgutachten der Psychiatrischen Dienste Aargau AG vom 28. Oktober 2014, das dem Beschwerdeführer eine Alkoholabhängigkeit, akzentuierte Persönlichkeitszüge vom impulsiven Typ sowie einen dysfunktionalen Gebrauch von Cannabis diagnostiziere. Das Risiko, dass der Beschwerdeführer eine Straftat mit Gewaltanwendung gegenüber Ehefrau und Tochter begehen könnte, sei als hoch eingestuft worden. Es sei vorstellbar, dass der Beschwerdeführer die mutmasslich ausgestossenen Todesdrohungen in die Tat umsetzen könnte. Schliesslich seien die von der Ehefrau des Beschwerdeführers erlittenen Verletzungen in den Akten fotografisch dokumentiert. Zusammenfassend könne festgehalten werden, dass die Aussagen der Ehefrau und der Tochter des Beschwerdeführers glaubhaft seien und darüber hinaus durch weitere Indizien wie fotografisch dokumentierte Verletzungen der Ehefrau sowie Aussagen eines Zeugen untermauert würden. Demgegenüber habe sich der Beschwerdeführer darauf beschränkt festzuhalten, dass die Aussagen seiner Ehefrau zu 80 Prozent und jene des Zeugen zu 50 Prozent eine grosse Lüge seien. Mehr habe er dazu nicht zu sagen gehabt. Die Frage, weshalb seine Ehefrau und der Zeuge übereinstimmend ausgesagt hätten, habe er damit beantwortet, dass alle gegen ihn seien bzw. dass sich alle zusammengetan und dies schon vor langer Zeit geplant hätten. Eine nachvollziehbare Erklärung für dieses angebliche Vorhaben habe er jedoch nicht nennen können. Diese Beweislage lasse keine Zweifel daran, dass der Beschwerdeführer seiner Ehefrau die fotografisch dokumentierten Verletzungen zugefügt sowie seine Tochter mit einem Messer und verbal mit dem Tod bedroht habe. Damit habe er gegen <ref-law> verstossen und somit die Einleitung des Strafverfahrens rechtswidrig und schuldhaft verursacht, womit er gestützt auf <ref-law> für sämtliche Kosten aufzukommen habe.
1.4.
1.4.1. Eine Verletzung der Unschuldsvermutung liegt nicht vor. Die Vorinstanz wirft dem Beschwerdeführer weder direkt noch indirekt ein strafrechtliches Verschulden vor, sondern begründet die Kostenauflage zu seinen Lasten mit einer durch ihn begangenen Persönlichkeitsverletzung im Sinne von <ref-law>.
1.4.2. In tatsächlicher Hinsicht nimmt die Vorinstanz eine eingehende sowie plausible Beweiswürdigung vor und gelangt zum Schluss, dass die Schilderungen der Ehefrau und der Tochter des Beschwerdeführers von diesem zwar bestritten seien, aufgrund der gesamten Beweislage jedoch als zweifelsfrei erwiesen erachtet werden könnten. Entgegen der Auffassung des Beschwerdeführers (Beschwerde, S. 9) ist die Vorinstanz durchaus befugt bzw. sogar verpflichtet, eine Beweiswürdigung vorzunehmen zur Beantwortung der Frage, ob die rechtlich relevanten Umstände als "bereits klar nachgewiesen" (vgl. oben E. 1.2) qualifiziert werden können (vgl. Urteil 6B_1172/2016 vom 29. August 2017 E. 1.5).
1.4.3. Der Beschwerdeführer zieht zur Begründung seiner Rüge das Urteil 6B_150/2014 vom 23. September 2014 heran, in dem das Bundesgericht einen Entscheid der dortigen Vorinstanz aufhob, weil diese ihre Kostenauflage auf denjenigen Sachverhalt gestützt habe, der Gegenstand des eingestellten Verfahrens gewesen sei, obschon dieser weder unbestritten, eingestanden noch klar nachgewiesen gewesen sei (Beschwerde, S. 11). Wie im vorliegenden Fall habe die Vorinstanz die wesentlichen Aussagen der Beteiligten dargelegt und es gestützt darauf als erwiesen erachtet, dass der dortige Beschuldigte seine damalige Ehefrau bedroht habe, obschon dieser das bestritten habe. Gemäss Bundesgericht verstosse ein solches Vorgehen gegen die Unschuldsvermutung.
Damit gibt der Beschwerdeführer die betreffenden Erwägungen des Bundesgerichts verkürzt und ungenau wieder. Im Verfahren 6B_150/2014 ging es darum, dass aufgrund aller vorliegenden Aussagen unklar geblieben war, wodurch genau die Angst der dortigen Geschädigten ausgelöst worden war - ob durch das Verhalten ihres Ehemannes oder ihres Vaters konnte nicht ausreichend geklärt werden. Folglich war die dortige Vorinstanz zu Unrecht davon ausgegangen, der Sachverhalt sei bereits klar nachgewiesen. Vorliegend stehen demgegenüber keine alternativen Szenarien im Raum, welche die dem Beschwerdeführer vorgeworfenen Auswirkungen bei seiner Ehefrau und seiner Tochter ebenfalls hätten verursachen können. Entgegen der Darlegung des Beschwerdeführers stützt die Vorinstanz ihre Beweiswürdigung auch nicht allein auf die Aussagen derjenigen Personen, die ihre Anzeigen zurückgezogen haben, und auf Fotografien von Verletzungen, deren Ursache nicht bewiesen sei. Vielmehr standen ihr auch die Aussagen eines unabhängigen Zeugen zur Verfügung, die sie in ihre Beweiswürdigung entscheidend miteinbezieht. Anders als im Urteil 6B_150/2014 ist am Resultat der vorinstanzlichen Beweiswürdigung hier deshalb nichts auszusetzen.
1.4.4. Was der Beschwerdeführer im Übrigen gegen die vorinstanzliche Beweiswürdigung vorbringt (Beschwerde, S. 12 f.), ist rein appellatorischer Natur. Darauf ist nicht einzugehen, da das Bundesgericht die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz ausschliesslich unter Willkürgesichtspunkten prüft (vgl. vorne E. 1.2; zum Begriff der Willkür: <ref-ruling> E. 2.3.1 mit Hinweisen).
1.4.5. Nicht zu hören ist der Beschwerdeführer mit seinem Einwand, es liege kein zivilrechtlich schuldhaftes Verhalten im Sinne von <ref-law> vor, da Ehefrau und Tochter ihre Strafanträge zurückgezogen sowie ihr Desinteresse an der Strafverfolgung erklärt hätten, womit infolge Einwilligung die Widerrechtlichkeit entfalle (Beschwerde, S. 14). Der Rückzug eines Strafantrags ist eine rein prozessuale Erklärung, mittels welcher die antragsberechtigte Person auf die strafrechtliche Verfolgung einer Straftat verzichtet und die nichts an der materiellen Widerrechtlichkeit einer Handlung bzw. an deren Tatbestandsmässigkeit ändert. Dies zeigt sich insbesondere darin, dass ein Strafantragsrückzug als Prozesshindernis zur Verfahrenseinstellung und nicht zum Freispruch der beschuldigten Person führt (vgl. Art. 319 Abs. 1 lit. d, Art. 329 Abs. 1 lit. b und Abs. 4 StPO; <ref-ruling> E. 5.3 S. 116 mit Hinweis). Entsprechend kann aus dem Strafantragsrückzug keine nachträgliche Einwilligung in die erfolgte Persönlichkeitsverletzung abgeleitet werden.
1.4.6. Der Beschwerdeführer macht geltend, die Staatsanwaltschaft sei mit der Anordnung der Untersuchungshaft von vier Monaten völlig über das Ziel hinausgeschossen, habe das Haftgericht bemüht und ein unnötiges, teures psychiatrisches Gutachten in Auftrag gegeben, obschon eine polizeiliche Wegweisung für 15 Tage der Eskalation genügend Rechnung getragen hätte. Dadurch habe sie Kosten generiert, die in keinem Verhältnis zum ihm vorgeworfenen Verhalten stünden (Beschwerde, S. 14).
Damit dringt der Beschwerdeführer nicht durch. Der vorinstanzlichen Sachverhaltsfeststellung zufolge hat er immerhin seine Tochter verbal und mit einem Messer mit dem Tod bedroht sowie seiner Ehefrau Verletzungen zugefügt, worauf nicht nur diese beiden befürchteten, er könnte seine Drohung in die Tat umsetzen. Auch ein Nachbar der Familie traute dies dem Beschwerdeführer zu. Ausserdem stufte das Vorabgutachten der Psychiatrischen Dienste Aargau AG vom 28. Oktober 2014 das Risiko, dass der Beschwerdeführer eine Straftat mit Gewaltanwendung gegenüber seiner Ehefrau und seiner Tochter begehen könnte, als hoch ein und erachtete es als vorstellbar, dass er gar die ausgestossenen Todesdrohungen in die Tat umsetzen könnte. Unter diesen Umständen erscheinen die von den Strafverfolgungsbehörden ergriffenen Massnahmen nicht übertrieben, sondern als im Zeitpunkt ihrer Anordnung durchaus angezeigt. Die Vorinstanz bejaht den adäquaten Kausalzusammenhang zwischen dem zivilrechtlich vorwerfbaren Verhalten des Beschwerdeführers und den durch die Strafuntersuchung entstandenen Kosten zu Recht.
2.
Die Beschwerde ist abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Das Gesuch des Beschwerdeführers um unentgeltliche Rechtspflege ist gutzuheissen, da seine Bedürftigkeit erstellt scheint und sein Rechtsbegehren nicht aussichtslos war (Art. 64 Abs. 1 und 2 BGG). Der Rechtsvertreterin des Beschwerdeführers ist für das bundesgerichtliche Verfahren aus der Bundesgerichtskasse eine angemessene Entschädigung auszurichten. Mit dem Entscheid in der Sache wird das Gesuch um aufschiebende Wirkung gegenstandslos.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.
Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird gutgeheissen.
3.
Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
4.
Der Rechtsvertreterin des Beschwerdeführers, Rechtsanwältin Therese Hintermann, wird aus der Gerichtskasse eine Entschädigung von Fr. 3'000.-- ausgerichtet.
5.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Aargau, Beschwerdekammer in Strafsachen, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 18. Januar 2018
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Denys
Die Gerichtsschreiberin: Siegenthaler