Faits :
A.
La société A._ SA a notamment pour but l'exploitation de garages et de carrosseries comportant en particulier le commerce de véhicules automobiles, la réparation et l'entretien de tels véhicules ainsi que l'exploitation d'un service de dépannage. Elle est titulaire de quatre permis de circulation collectifs et possède des plaques professionnelles. La dernière décision lui octroyant un permis de circulation collectif et des plaques professionnelles a été rendue le 13 décembre 2012.
B.
Par décision du 21 novembre 2019, le Service des automobiles et de la navigation du canton de Vaud (SAN) a ordonné le retrait des permis de circulation collectifs et des plaques professionnelles délivrés à A._ SA pour une durée indéterminée. Il a en particulier retenu que l'activité de cette société, qui portait essentiellement sur le dépannage sur route de véhicules immatriculés, ne nécessitait pas l'usage de plaques professionnelles.
Statuant le 17 juin 2020 sur le recours déposé par A._ SA contre cette décision, la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal du canton de Vaud (Tribunal cantonal) l'a rejeté.
C.
Par acte du 17 juillet 2020, A._ SA forme un recours en matière de droit public au Tribunal fédéral contre cet arrêt. Principalement, elle conclut à sa réforme en ce sens que la décision du SAN du 21 novembre 2019 est purement et simplement annulée. Subsidiairement, elle requiert le renvoi du dossier de la cause à l'autorité inférieure pour nouvelle instruction et/ou décision dans le sens des considérants. Dans son mémoire ampliatif déposé le 17 août 2020, la recourante maintient ses conclusions.
Le Tribunal cantonal renonce à se déterminer sur le recours et se réfère aux considérants de l'arrêt attaqué. Le SAN et l'Office fédéral des routes (OFROU) concluent au rejet du recours. Dans ses dernières observations, la recourante confirme l'intégralité de ses conclusions.
Par ordonnance rendue le 7 août 2020, le Président de la I re Cour de droit public du Tribunal fédéral a admis la requête d'effet suspensif présentée par la recourante.

Considérant en droit :
1.
Dirigé contre une décision finale (art. 90 LTF) prise en dernière instance cantonale (art. 86 al. 1 let. d LTF) au sujet d'une mesure administrative ordonnant le retrait des permis de circulation collectifs et des plaques professionnelles (arrêts 1C_98/2020 du 21 février 2020 consid. 2; 1C_567/2018 du 22 juillet 2019 consid. 1), le recours est en principe recevable comme recours en matière de droit public selon les art. 82 et ss LTF, aucune des exceptions prévues à l'art. 83 LTF n'étant réalisée. Déposé en temps utile (art. 46 al. 1 let. b et 100 al. 1 LTF) et en la forme prévue (art. 42 LTF) par la destinataire de l'arrêt attaqué qui a un intérêt digne de protection à l'annulation ou à la modification de celui-ci (art. 89 al. 1 LTF), le présent recours, y compris le mémoire ampliatif déposé le 17 août 2020, est recevable.
2.
La recourante produit diverses pièces à l'appui de son mémoire ampliatif, sans indiquer si elles sont nouvelles, respectivement sans démontrer que les conditions de l'art. 99 al. 1 LTF sont réalisées (<ref-ruling> consid. 1.2). Elles n'ont de toute façon aucune incidence sur l'issue du recours.
3.
Le litige porte sur la question de savoir si le SAN était fondé à ordonner le retrait des permis de circulation collectifs et des plaques professionnelles octroyés à la recourante.
3.1. Selon la jurisprudence, le permis de circulation collectif ne donne aucun droit subjectif à son titulaire, même s'il a été utilisé pendant une certaine durée par l'entreprise qui en bénéficie (cf. <ref-ruling> consid. 3a; <ref-ruling> consid. 2b; arrêts 1C_26/2015 du 23 juin 2015 consid. 2.6; 2A.63/1997 du 13 juin 1997 consid. 2a). A cet égard, l'intérêt public à l'application uniforme et sans entorses du droit positif prime l'intérêt du titulaire à pouvoir poursuivre ses activités (cf. <ref-ruling> consid. 3a; arrêt 2A.63/1997 précité, ibidem).
Dès lors, les violations de la garantie de la propriété (art. 26 Cst.) et de la liberté économique (art. 27 Cst.) alléguées par la recourante, respectivement les conséquences graves qu'aurait le retrait litigieux sur son activité économique, outre qu'elles ne sont aucunement établies en l'espèce (cf. art. 97 al. 1 et 106 al. 2 LTF), ne permettent pas de remettre en cause la décision attaquée; celle-ci repose au demeurant sur des intérêts publics particulièrement importants (cf. <ref-ruling> consid. 3.5; <ref-ruling> consid. 2.3), tels que la sécurité routière, la protection de l'environnement et l'égalité de traitement (cf. décision entreprise consid 4c, p. 7), que la recourante ne remet pas valablement en cause.
C'est ainsi à tort que la recourante prétend que l'arrêt entrepris ne citerait aucun intérêt public prépondérant justifiant la décision de révocation, étant au surplus relevé que la seule évocation du principe de proportionnalité ne remplit pas les exigences de motivation de l'art. 106 al. 2 LTF. Cela vaut également en ce qui concerne son argumentation relative au principe de la bonne foi, qui aurait été violé selon elle. On ne discerne au demeurant pas la promesse ou l'assurance qui lui aurait été faite par le SAN.
En définitive, la question de savoir si les conditions du retrait litigieux sont remplies est une question de droit, qui se détermine selon les critères contenus à l'art. 23 de l'ordonnance du 20 novembre 1959 sur l'assurance des véhicules (OAV; RS 741.31), lesquels laissent un certain pouvoir d'appréciation aux autorités cantonales (arrêts 2A.608/2002 du 1 er avril 2003 consid. 2.1; 2A.63/1997 précité, ibidem).
3.2. En vertu du système de la loi sur la circulation routière et de l'ordonnance sur l'assurance des véhicules, le permis de circulation et la plaque minéralogique correspondante se rapportent en principe à un véhicule déterminé, dûment expertisé et admis à la circulation. La remise de permis de circulation collectifs et de plaques professionnelles font exception à ce principe, en ce sens qu'il est fait exception à l'immatriculation individuelle du véhicule concerné. Il en résulte que des personnes et des entreprises déterminées sont autorisées, sous certaines conditions, à faire circuler des véhicules qui n'ont pas été expertisés. Pour ne pas accroître inutilement le risque occasionné par de tels véhicules, les plaques professionnelles ne peuvent être utilisées qu'aux fins limitativement énumérées à l'art. 24 OAV. Le permis de circulation collectif et les plaques minéralogiques correspondantes ne doivent donc être délivrées qu'avec retenue (<ref-ruling> consid. 5d). L'art. 25 al. 2 let. d LCR définit le cercle des bénéficiaires d'une façon générale comme étant les " entreprises de la branche automobile ".
Selon l'art. 23 al. 1 OAV, le permis de circulation ne sera délivré qu'aux entreprises qui satisfont aux conditions énoncées à l'annexe 4 et: qui disposent des autorisations nécessaires pour le type d'exploitation (a), qui offrent la garantie de l'utilisation irréprochable du permis de circulation collectif (b) et qui ont conclu l'assurance prescrite à l'art. 71, al. 2, de la loi, pour autant qu'il s'agisse d'entreprises de la branche automobile (c). Selon l'alinéa 2, l'autorité cantonale peut exceptionnellement déroger aux conditions énoncées à l'annexe 4 en faveur du requérant ou du titulaire si l'évaluation générale de l'entreprise révèle qu'il est possible de délivrer les plaques professionnelles sans risques pour la sécurité routière et pour l'environnement.
S'agissant des ateliers de réparation de voitures automobiles légères et de véhicules assimilés, l'annexe 4 OAV, intitulée " Exigences minimales de l'attribution de permis de circulation collectifs ", requiert qu'ils effectuent des travaux de réparation payants qui nécessitent des courses de transfert ou d'essai, sur 50 véhicules au minimum par année (ch. 4.21).
Le permis de circulation collectif sera retiré lorsque les conditions de la délivrance ne sont plus remplies (art. 23a al. 1 OAV). Cette disposition prévoit également un cas particulier à son alinéa 2, où la garantie de l'usage irréprochable du permis de circulation collectif n'est plus assurée, notamment lorsque le titulaire du permis en a fait ou a toléré un usage abusif, par exemple en négligeant d'exercer la surveillance nécessaire ou en mettant en circulation un véhicule qui ne présente pas toutes les garanties de sécurité. Dans les cas de peu de gravité, le titulaire du permis peut être menacé d'un retrait.
3.3. La recourante se réfère à l'art. 24 al. 4 let. c OAV, qui dispose notamment que les véhicules automobiles lourds munis de plaques professionnelles ne peuvent être utilisés que pour les remorquages, dépannages et transferts de véhicules en panne ou endommagé à la suite d'un accident. Elle ne fait que l'énoncer, sans rien en déduire, respectivement n'expose pas en quoi cet article ferait apparaître le retrait prononcé par le SAN comme contraire au droit fédéral. Cette disposition ne concerne au demeurant pas le cas d'espèce, dans la mesure où elle énumère les transports pour lesquels les véhicules automobiles lourds munis de plaques professionnelles peuvent être utilisés et non les conditions auxquelles ces dernières sont délivrées.
Ensuite, sous couvert d'arbitraire, la recourante prétend que le SAN aurait fait usage de la clause dérogatoire de l'art. 23 al. 2 OAV lors de sa décision du 13 décembre 2012. Cela ne ressort toutefois ni de cette décision ni de l'arrêt attaqué. Elle prétend encore que les circonstances ne se seraient pas modifiées depuis lors.
Or, la cour cantonale a retenu à cet égard que l'activité de la recourante avait évolué au fil des ans; cette dernière avait ainsi eu une activité de réparation plus marquée auparavant, laquelle s'était progressivement effacée devant l'activité actuelle principale, le dépannage; toutefois, la recourante avait comblé ce manque d'atelier de réparation initial par la conclusion de contrats avec des garages tiers qui garantissaient dans un premier temps les réparations nécessaires à effectuer; il n'était cependant plus établi aujourd'hui que la recourante disposait toujours de relations avec d'autres garages.
La recourante se prévaut notamment du formulaire pour plaques professionnelles qu'elle a dûment complété le 10 novembre 2012 et qui indique, sous la question " nature de l'entreprise, selon définition de l'annexe 4 ", qu'il s'agit d'une " Entreprise de dépannage automobiles et camions sur route et en atelier ". On ne voit toutefois pas en quoi cet élément, ni d'ailleurs les autres faits allégués par la recourante, pourraient faire apparaître les constatations cantonales précitées comme arbitraires (art. 9 Cst.; cf. <ref-ruling> consid. 3.6.2; <ref-ruling> consid. 6), respectivement démontreraient que la situation de la prénommée ne se serait pas modifiée depuis le 13 décembre 2012.
Quoi qu'il en soit, même en admettant que tel soit le cas, force est de constater que l'intéressée ne rentre pas dans l'une des catégories énumérées à l'annexe 4 OAV, ce qu'elle ne conteste d'ailleurs pas. Les permis et les autorisations devant être retirés lorsqu'il est constaté que les conditions légales de leur délivrance ne sont pas ou plus remplies (cf. art. 16 al. 1 LCR), le SAN était en l'espèce habilité à retirer les permis de circulation collectifs et les plaques professionnelles à la recourante sur cette base, respectivement en application de l'art. 23a al. 1 OAV.
Peu importe, dès lors, que la recourante offre ou non la garantie de l'utilisation irréprochable des permis de circulation collectifs, dans la mesure où les conditions énoncées à l'art. 23 al. 1 OAV sont cumulatives (arrêts 1C_567/2018 du 22 juillet 2019 consid. 4.2; 1C_26/2015 du 23 juin 2015 consid. 2.6). Dans ces circonstances, la recourante ne saurait reprocher au SAN de n'avoir pas fait usage de la menace d'un retrait énoncée à l'art. 23a al. 2 in fine OAV.
Reste à savoir si la recourante pouvait bénéficier d'une dérogation aux conditions posées par l'art. 23 al. 1 OAV et l'annexe 4 de l'ordonnance à la délivrance d'un permis de circulation collectif.
4.
4.1. L'art. 23 al. 2 OAV, introduit par la modification du 11 avril 2001, est entré en vigueur le 1 er juin 2001 (RO 2001 1383 ss). Selon l'OFROU, depuis cette date, les exigences minimales de l'annexe 4 OAV ne servent plus que de directives, les autorités cantonales pouvant s'en écarter lorsque l'évaluation globale de l'entreprise le justifie (arrêts 2C_522/2012 du 28 décembre 2012 consid. 2.2; 2A.406/2005 du 7 novembre 2005 consid. 4.2). Dans sa lettre d'accompagnement des " Instructions et explications concernant les permis de circulation collectifs avec plaques professionnelles " rédigées en application des art. 106 al. 1 LCR et 76a OAV et adressées aux autorités cantonales, le Département fédéral de justice et police (DFJP) avait déjà relevé, le 5 août 1994, la volonté d'assouplir les conditions prévalant jusqu'alors pour l'octroi des plaques professionnelles; un commerçant de véhicules ne devait pas posséder les installations exigées par cette activité s'il pouvait en disposer contractuellement et il importait peu que les travaux soient confiés à des tiers; cet assouplissement a encore été accru ultérieurement, lors de la modification du 11 avril 2001 (arrêt 2C_522/2012 précité, consid. 3.2).
4.2. Selon la jurisprudence, les directives administratives s'adressent aux organes d'exécution. Le juge peut les prendre en considération lorsqu'elles permettent une application correcte des dispositions légales dans un cas d'espèce. Il doit en revanche s'en écarter lorsqu'elles établissent des normes qui ne sont pas conformes aux règles légales applicables (cf. <ref-ruling> consid. 4.2.2; <ref-ruling> consid. 5.4.2; <ref-ruling> consid. 2.3). Ces directives ne lient pas le Tribunal fédéral mais, dans la mesure où il n'a pas de motifs juridiques de s'en écarter, ce dernier les prend en principe en considération (arrêt 2C_522/2012 précité, consid. 2.3).
4.3. Le Tribunal cantonal a en substance retenu que la recourante ne satisfaisait pas aux conditions minimales prévues par le chiffre 4.21 de l'annexe 4 OAV, en ce sens qu'elle n'effectuait pas elle-même les travaux de réparation nécessitant des courses de transfert ou d'essai, sur 50 véhicules au minimum par année; que l'absence de telles réparations ou de telles courses impliquait nécessairement un manque de pratique pouvant constituer un risque pour la sécurité routière, qui ne pouvait être toléré, ainsi que des dangers d'abus; se référant à la lettre d'accompagnement du DFJP du 5 août 1994 précitée, la cour cantonale a encore relevé qu'il n'était pas établi que la recourante ait besoin de plaques professionnelles de façon identique aux diverses catégories d'entreprises mentionnées dans l'ordonnance; elle n'exposait pas non plus en quoi ces permis spécifiques seraient nécessaires à l'exploitation de ses véhicules de dépannage; en outre, la recourante ne remplissait pas de manière analogue aux autres entreprises énoncées à l'annexe 4 OAV les exigences en la matière.
4.4. Il est rappelé que le but du permis de circulation collectif est avant tout de permettre à des professionnels l'utilisation de véhicules automobiles non immatriculés et qui n'ont pas subi de contrôle officiel (cf. supra consid. 3.2; BUSSY/RUSCONI/JEANNERET/KUHN/MIZEL/MÜLLER, Code suisse de la circulation routière commenté, 4 e éd. 2015, n o 2 ad art. 22 OAV). On ne distingue dès lors pas les raisons qui poussent la recourante - hormis des motifs d'ordre économique qui n'ont en l'espèce pas d'incidence (cf. supra consid. 3.1) - à vouloir obtenir ces permis collectifs pour ses propres véhicules de dépannage, alors que ceux-ci doivent en principe être immatriculés individuellement et dûment expertisés. De plus, outre qu'elle n'entre dans aucune des catégories d'entreprises citées à l'annexe 4 de l'OAV pouvant bénéficier de ces permis, la recourante n'expose nullement, comme l'a relevé la cour cantonale, en quoi son besoin serait identique à ces dernières, ni en quoi elle remplirait de manière identique les exigences en la matière (cf. instructions et explications du DFJP ch. 1.1). Dans ces conditions, et quoi qu'en dise la recourante, le risque d'abus mis en évidence par la cour cantonale - qui pourrait conduire à utiliser sur la voie publique des véhicules qui ne correspondraient pas aux prescriptions légales et ne seraient pas en parfait état de fonctionnement - est bien réel. Or, ce risque d'abus, conjugué au manque de pratique en lien avec les travaux de réparation, qui n'est pas remis en cause par la recourante, peuvent, ainsi que l'autorité précédente l'a retenu, constituer un risque pour la sécurité routière et l'environnement.
Au vu de ces éléments, et dès lors que les permis de circulation collectifs et les plaques minéralogiques correspondantes ne doivent être délivrés qu'avec retenue, on ne saurait considérer que le Tribunal cantonal a violé le droit, respectivement excédé ou abusé de son pouvoir d'appréciation en jugeant qu'une dérogation au sens de l'art. 23 al. 2 OAV n'entrait pas en considération.
5.
Il s'ensuit que le recours doit être rejeté. La recourante, qui succombe, doit supporter les frais judiciaires (art. 66 al. 1 LTF). Il n'est pas alloué de dépens (art. 68 al. 3 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3.
Le présent arrêt est communiqué au mandataire de la recourante, au Service des automobiles et de la navigation du canton de Vaud, au Tribunal cantonal du canton de Vaud, Cour de droit administratif et public, et à l'Office fédéral des routes.
Lausanne, le 31 mars 2021
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Kneubühler
La Greffière : Nasel