Faits :
A.
A.a. Les époux A._ se sont mariés en 1996 à U._.
Trois enfants sont issus de cette union, à savoir C._ (1996), D._ (2002) et E._ (2005).
Les époux A._ vivent séparés depuis le 21 décembre 2007.
A.b. A.A._ est propriétaire individuel de la parcelle 329 de la commune de V._. Ledit bien-fonds a été acquis par donation de son père le 2 août 1999 moyennant reprise de la dette hypothécaire de 110'000 fr. Les parties, des amis de celles-ci, ainsi que la famille de B.A._ ont fait d'importants travaux sur ladite parcelle.
B.
B.a. Le 18 janvier 2010, A.A._ a adressé une demande unilatérale en divorce au Tribunal civil de l'arrondissement de La Côte (ci-après: Tribunal d'arrondissement), concluant notamment à ce que le régime matrimonial soit liquidé selon précisions à fournir.
B.b. Par réponse du 19 avril 2010, B.A._ a notamment conclu à ce que le régime matrimonial de la participation aux acquêts des époux soit dissous et liquidé et s'est réservé le droit de préciser cette conclusion en cours d'instance sur la base de l'expertise qu'elle avait requise.
B.c. En cours d'instance, une expertise comptable a été mise en oeuvre et l'expert-comptable F._, de la société Fiduciaire G._ SA, a été désigné en qualité d'expert. Son rapport a été adressé le 28 septembre 2012 au Tribunal d'arrondissement.
B.d. Par avis du 23 janvier 2012, le Président du Tribunal d'arrondissement a désigné Me I._ en qualité de notaire commis à la liquidation du régime matrimonial.
Par courrier du 26 juin 2014 adressé à Me I._, A.A._ a notamment indiqué qu'il n'avait pas eu accès aux comptes de son épouse. De même, il a précisé qu'il avait retiré 50'000 fr. au guichet d'une banque liechtensteinoise afin d'acquérir du mobilier pour son nouveau logement.
Le 9 octobre 2014, B.A._ a adressé des pièces à la notaire. Il en ressort notamment qu'elle a versé la somme de 68'450 fr. sur le compte commun dont elle était titulaire avec A.A._ au mois de juillet 1999, dont 19'979 fr. provenant de ses avoirs LPP. Il en ressort également que A.A._ a versé la somme de 15'000 fr. sur le compte commun à la même période.
Le 24 septembre 2015, la notaire a adressé son rapport au Président du Tribunal d'arrondissement.
B.e. Par avis du 28 septembre 2015, le Président du Tribunal d'arrondissement a fixé aux parties un délai pour présenter leurs observations sur l'expertise de Me I._ et pour requérir un complément d'expertise ou une seconde expertise.
Par courrier du 29 octobre 2015, le conseil de B.A._ a déclaré que sa mandante acceptait le rapport en liquidation du régime matrimonial.
Dans une lettre du 29 janvier 2016, le conseil de A.A._ s'est déterminé sur l'expertise susmentionnée. Il a contesté plusieurs points de celle-ci, demandé que ses observations soient prises en considération et requis la production de pièces complémentaires.
Par avis du 1 er février 2016, le Président du Tribunal d'arrondissement a déclaré que les remarques faites par A.A._ au sujet du rapport d'expertise relevaient de l'appréciation des preuves et devraient être plaidées à l'audience de jugement. Il a de plus précisé qu'il n'y avait pas matière à complément d'expertise. Il a toutefois fixé à B.A._ un délai pour produire les pièces établissant le montant retenu par l'expert immobilier mandaté par la notaire comme coût des travaux sur l'immeuble de V._. Elle s'est exécutée le 18 février suivant.
B.f. Dans une écriture du 11 juillet 2016, A.A._ a actualisé ses conclusions, notamment en sollicitant la liquidation et dissolution du régime matrimonial en ce sens que B.A._ soit condamnée à lui verser la somme de 3'225 fr. 66 à ce titre.
B.g. A l'audience de jugement du 22 novembre 2017, B.A._ a notamment conclu à ce que A.A._ lui verse la somme de 246'614 fr. 70 à titre de liquidation du régime matrimonial.
Pour sa part, A.A._ a modifié ses conclusions du 11 juillet 2016 notamment en ce sens que B.A._ soit condamnée à lui payer la somme de 42'536 fr. 20 à titre de liquidation du régime matrimonial.
B.h. Par jugement du 13 février 2018, le Tribunal d'arrondissement a notamment liquidé le régime matrimonial des époux A._ en ce sens que A.A._ doit payer à B.A._ la somme de 246'614 fr. 70 (chiffre XII.1 du dispositif), que A.A._ reste seul propriétaire de la parcelle 329 de V._ et reste seul débiteur de la dette hypothécaire y relative (ch. XII.2), que B.A._ reste seule propriétaire de la parcelle 1983 de W._ et des parcelles 11153 et 11958 de X._ et seule débitrice de la dette hypothécaire relative à chacun de ces biens-fonds (ch. XII.3), que chacun des époux A._ reste seul créancier et débiteur des comptes ouverts à son nom (ch. XII.4), que A.A._ reste seul titulaire de l'assurance-vie dont il est titulaire auprès de H._ (ch. XII.5), que B.A._ reste seule titulaire et propriétaire de son entreprise individuelle (ch. XII.6), que chacun des époux A._ reste seul propriétaire des véhicules en sa possession (ch. XII.7) et que A.A._ pourra récupérer au domicile de B.A._, moyennant entente préalable des parties sur la date de l'enlèvement des objets, un tableau nature morte, un grand miroir, ainsi que des photos et des films (ch. XII.8), et a constaté qu'au surplus, le régime matrimonial était dissous et liquidé (ch. XIII).
C.
C.a. Par actes des 9 et 16 mars 2018, les parties ont toutes deux interjeté un appel contre le jugement du 13 février 2018. Au titre de la liquidation du régime matrimonial, B.A._ a toutefois requis uniquement de pouvoir conserver les photos de famille exclusivement prises par elle. A.A._, quant à lui, a conclu à la réforme du chiffre XII.1 du dispositif du jugement entrepris en ce sens que B.A._ doit lui verser la somme de 42'536 fr. 20, subsidiairement 4'184 fr. 70. Plus subsidiairement, il a conclu à l'annulation du jugement querellé et au renvoi de la cause aux premiers juges pour nouvelle décision.
C.b. Par arrêt du 3 août 2018, communiqué aux parties le 7 suivant, la Cour d'appel a rejeté l'appel de B.A._ (ch. I du dispositif) et a partiellement admis celui de A.A._ (ch. II). Elle a réformé le jugement entrepris au chiffre XII.1 de son dispositif en ce sens que A.A._ est condamné à payer la somme de 81'470 fr. 85 à B.A._ au titre de la liquidation du régime matrimonial (ch. III)
D.
Par acte du 14 septembre 2018, A.A._ interjette un recours en matière civile au Tribunal fédéral contre l'arrêt du 3 août 2018. Il conclut principalement à son annulation et à sa réforme en ce sens que B.A._ est condamnée à lui verser la somme de 44'981 fr. 30 au titre de la liquidation du régime matrimonial. Subsidiairement, il conclut à l'annulation du chiffre III de l'arrêt attaqué et au renvoi de la cause à l'instance précédente pour nouvelle décision dans le sens des considérants.
Invitées à se déterminer, la Cour d'appel s'est référée aux considérants de son arrêt et l'intimée a conclu implicitement au rejet du recours. Avant d'être invitée à répondre et de se voir communiquer les écritures de recours, l'intimée avait, dans une détermination spontanée du 20 septembre 2018, conclu à l'irrecevabilité du recours pour cause de tardiveté.
Le recourant a répliqué le 27 mai 2019.

Considérant en droit :
1.
Interjeté en la forme prévue par la loi (<ref-law>), le recours est dirigé contre une décision finale (<ref-law>), prise par un tribunal cantonal supérieur statuant en dernière instance cantonale (art. 75 al. 1 et 2 LTF), dans une affaire de nature pécuniaire, dont la valeur litigieuse est supérieure à 30'000 fr. (<ref-law>). Le recours a été interjeté en temps utile contrairement à ce qu'affirme l'intimée, cette dernière ayant manifestement omis de tenir compte de la suspension du délai de recours durant les féries d'été (art. 100 al. 1 et 46 al. 1 let. b LTF). Le recourant, qui a succombé devant la juridiction précédente, a qualité pour recourir (<ref-law>). Le recours est donc en principe recevable au regard des dispositions qui précèdent.
2.
2.1. Le recours en matière civile peut être formé pour violation du droit, tel qu'il est délimité par les art. 95 et 96 LTF. Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (<ref-law>); cela étant, eu égard à l'exigence de motivation contenue à l'art. 42 al. 1 et 2 LTF, il n'examine en principe que les griefs soulevés (<ref-ruling> consid. 1.4; <ref-ruling> consid. 1.1). En outre, le Tribunal fédéral ne connaît de la violation de droits fondamentaux que si un tel grief a été invoqué et motivé par le recourant (" principe d'allégation ", <ref-law>; <ref-ruling> consid. 3.3; <ref-ruling> consid. 3.2), c'est-à-dire s'il a été expressément soulevé et exposé de façon claire et détaillée (<ref-ruling> consid. 1.2; <ref-ruling> consid. 1.4.2). Les critiques de nature appellatoire sont irrecevables (<ref-ruling> consid. 2.3; <ref-ruling> consid. 10.1 et les arrêts cités).
2.2. Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>); il ne peut s'en écarter que si ces faits ont été constatés de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> (<ref-law>), et si la correction du vice est susceptible d'influencer le sort de la cause (<ref-law>). La partie recourante qui soutient que les faits ont été établis d'une manière manifestement inexacte (<ref-law>), à savoir arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (<ref-ruling> consid. 1.2), doit démontrer, par une argumentation précise, en quoi consiste la violation (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 2.2).
Dans la partie " En fait " (p. 7 à 18) de ses écritures, le recourant expose sa propre version des faits. En tant que ces éléments divergent de ceux constatés dans la décision attaquée et que ces derniers ne sont pas critiqués sous l'angle de l'établissement arbitraire des faits, il n'en sera pas tenu compte.
2.3. Les faits et moyens de preuve nouveaux sont prohibés, à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 5.2.4; <ref-ruling> consid. 2.1). Par ailleurs, en vertu de l'<ref-law>, toute conclusion nouvelle - qu'elle soit principale ou subsidiaire (arrêts 5A_228/2018 du 30 avril 2018 consid. 1.2; 5A_758/2013 du 15 avril 2014 consid. 2 non publié aux <ref-ruling>) - est irrecevable.
Le décompte des prétendus encaissements de loyers non déclarés par le recourant qui accompagne la détermination de l'intimée du 17 mai 2019 constitue une pièce nouvelle irrecevable, dont il n'y a par conséquent pas lieu de tenir compte. Le même sort doit être réservé aux conclusions nouvelles prises par l'intimée dans sa réponse et tendant au paiement par le recourant, d'une part, d'un intérêt de retard de 5% sur le capital de 81'470 fr. 85 qu'il a été condamné à lui verser et, d'autre part, des " encaissements loyers non déclarés selon décompte annexé ".
2.4. Des mesures probatoires devant le Tribunal fédéral (<ref-law>) ne sont qu'exceptionnellement ordonnées dans une procédure de recours, dès lors que le Tribunal fédéral statue et conduit en principe son raisonnement sur la base des faits établis par l'autorité précédente (cf. <ref-ruling> consid. 2). A contrario, elles sont envisageables en présence de nova exceptionnellement admissibles au regard de l'<ref-law> (arrêt 2C_1058/2017 du 5 février 2019 consid. 3.1).
En l'espèce, l'intimée sollicite que le Tribunal de céans convoque et procède à l'audition de Me I._. Aucun élément ne permet toutefois d'inférer ici l'existence de circonstances exceptionnelles justifiant d'accéder à une telle réquisition. Il n'y a dès lors pas lieu d'y donner suite.
3.
Le recourant soulève en premier lieu un grief d'arbitraire dans l'établissement des faits.
3.1. Il reproche à la cour cantonale d'avoir déclaré irrecevable, au motif qu'elle était nouvelle, la pièce n° 16, correspondant à son propre " récapitulatif " de la liquidation du régime matrimonial, produite à l'appui de ses écritures d'appel. Ce constat était arbitraire dans la mesure où il avait clairement mentionné dans son appel le fait que cette pièce avait déjà été produite en première instance. Celle-ci avait en effet été déposée lors de l'audience de jugement du 22 novembre 2017 et portait alors le numéro 12. Le dossier de procédure avait été transmis par le Tribunal d'arrondissement à la Cour d'appel, de sorte que cette dernière ne pouvait ignorer son existence.
3.2. Le recourant se contente de reprocher à la cour cantonale l'absence de prise en compte d'une pièce sans exposer pourquoi elle aurait été utile à la résolution du litige. On peine en effet à discerner en quoi cette pièce aurait pu être déterminante pour l'issue du litige dès lors qu'elle ne consiste qu'en une proposition de liquidation du régime matrimonial, à savoir un simple allégué de partie dénué de véritable force probante (cf. arrêt 5D_59/2018 du 31 août 2018 consid. 4.2.1 et 4.2.3 et les arrêts cités). Dans ces circonstances, le grief ne peut qu'être écarté.
4.
Le recourant soulève un grief d'arbitraire dans l'établissement des faits en tant que la cour cantonale a refusé de considérer qu'un versement de 50'000 fr. en faveur de l'intimée était intervenu à tort. Invoquant pêle-mêle des dispositions du Code de procédure civile et de l'ancien Code de procédure civile vaudois, le recourant conteste également le rôle endossé par l'experte I._ quant à l'établissement des motifs de ce versement.
4.1. Les premiers juges ont relevé que l'experte - qui avait considéré le régime matrimonial comme liquidé avec effet au 31 décembre 2009 - s'en était tenue aux pièces qui faisaient état de deux versements de, respectivement, 50'000 fr. et 53'289 fr. 65 intervenus selon ordres de paiement des 5 février et 5 mars 2008 en faveur de l'intimée et provenant du compte n° aaa.aaa.aa de J._. Dès lors que ce compte présentait un solde de 154'501 fr. 95 au 1er décembre 2007, l'intimée aurait dû recevoir la somme de 77'249 fr. 45 (soit la moitié du solde moins les 3 fr. de frais). Elle devait ainsi la somme de 26'040 fr. 20 ([50'000 fr. + 53'289 fr. 65] - 77'249 fr. 45) au recourant au titre du partage du compte susmentionné et non 51'038 fr. 70 comme le soutenait ce dernier. Quant à la Cour d'appel, elle a compris de la motivation de l'appel que le recourant soutenait avoir versé à tort à l'intimée une somme de 50'000 fr. en mars 2008 dès lors qu'il était fondé à pouvoir meubler son appartement sans que l'intimée perçoive un montant équivalent. Elle a estimé que l'on ne pouvait faire grief à l'experte de s'être basée sur les pièces comptables en sa possession et qu'il ne lui appartenait pas d'apprécier la cause des versements effectués. De plus, si le recourant estimait pouvoir dépenser la somme de 50'000 fr. sans que son épouse puisse disposer d'un montant équivalent, on ignorait pourquoi il avait donné l'ordre de paiement du 5 mars 2008. Le moyen soulevé ne permettait quoi qu'il en soit pas de remettre en cause le bien-fondé de l'expertise et de son appréciation par les premiers juges, de sorte qu'il devait être rejeté.
4.2. Pour autant qu'on le comprenne, le recourant semble soutenir que l'intimée avait conservé l'intégralité du mobilier des parties, dont la valeur avoisinait 60'000 fr. à 100'000 fr., de sorte qu'il était légitimé à opérer un prélèvement de 50'000 fr. sur le compte litigieux pour garnir l'appartement de cinq pièces qu'il avait loué pour accueillir ses enfants. L'intimée n'avait d'ailleurs jamais contesté que cette somme avait été utilisée à cette fin. C'était par conséquent à tort qu'il avait effectué un versement de 50'000 fr. en faveur de l'intimée en mars 2008 pour compenser son prélèvement. Ce versement avait été opéré dans un contexte où les parties étaient désireuses de trouver un accord et avaient effectué un partage de l'ensemble des comptes bancaires. Plus tard, les parties s'étaient toutefois mises d'accord pour ne pas partager leur mobilier puisque chacun des logements était équipé, de sorte qu'aucun paiement équivalent au retrait effectué en mars 2008 n'aurait dû intervenir. Le montant perçu en trop par l'intimée n'était ainsi pas de 26'040 fr. 20 comme l'avait retenu la cour cantonale mais de 51'038 fr. 70 ([50'000 fr. + 53'289 fr. 65] - [154'501 fr. 95 + 50'000 fr.]).
S'agissant du travail effectué par l'experte, le recourant reproche essentiellement à la cour cantonale d'avoir considéré qu'il n'appartenait pas à cette dernière d'apprécier la cause des versements effectués. Il estime au contraire que ce moyen de preuve a justement pour but qu'un spécialiste apprécie un état de fait et ses circonstances. L'experte ne pouvait par conséquent se borner à lire les pièces comptables sans déterminer les raisons qui avaient donné lieu à l'ordre de paiement de 50'000 fr. Or, le motif pour lequel ce montant avait été prélevé était illustré tant par le moment auquel il était intervenu que par l'absence de partage des biens mobiliers de l'intimée d'une valeur de 60'000 fr. à 100'000 fr. Par ailleurs, l'intimée n'avait jamais contesté le motif du versement allégué. En définitive, faute pour l'experte de s'être penchée sur cette question, la cour cantonale aurait dû selon lui considérer le rapport d'expertise comme entaché d'erreurs et/ou de défauts à ce point importants qu'il ne pouvait être suivi.
4.3. Bien que le recourant évoque à de multiples reprises le versement de 50'000 fr. opéré en faveur de l'intimée en mars 2008, force est de constater, au regard de son argumentation, que seule est en définitive pertinente la question de savoir s'il était légitimé à faire un prélèvement de 50'000 fr. le 17 décembre 2007 sur le compte litigieux et, partant, si ce montant aurait dû être déduit du solde du compte à partager arrêté au 1er décembre 2007. En effet, dans la mesure où le versement de 50'000 fr. en faveur de l'intimée a bien été déduit de la moitié du solde du compte litigieux auquel elle avait droit selon la cour cantonale, on peine à comprendre l'argumentation du recourant en tant qu'elle porterait sur ce versement. Alors que les parties étaient déjà séparées à ce moment-là, il apparaît d'ailleurs peu vraisemblable que le recourant ait versé à l'intimée un tel montant s'il estimait en définitive ne pas le lui devoir. L'ensemble de l'argumentation du recourant repose sur ses propres allégations selon lesquelles cet argent lui avait servi à acheter du mobilier, ce qu'il estimait être en droit de faire dès lors que les parties avaient convenu de ne pas partager le mobilier se trouvant dans le logement occupé par l'intimée. Or, le recourant ne fournit aucune preuve à l'appui de ses déclarations, si ce n'est qu'il soutient que le moment auquel serait intervenu ce prélèvement en constituerait une. Des prélèvements concomitants à une séparation peuvent toutefois tout aussi bien indiquer une volonté de soustraire des avoirs à la liquidation du régime matrimonial, de sorte que l'on ne saurait y voir une preuve de ce que le recourant allègue. A cet égard, on peine par ailleurs à percevoir en quoi des investigations plus poussées de l'experte aurait pu conduire à un résultat différent. L'experte s'est donc à juste titre fondée sur les faits qui ressortaient de manière certaine des pièces produites, à savoir le solde du compte litigieux à la date du 1er décembre 2007 et les montants perçus par l'intimée de la part du recourant postérieurement à cette date. Son rapport d'expertise est donc exempt de critique sur ce point.
5.
Le recourant se plaint également d'arbitraire dans l'établissement des faits en tant que la Cour d'appel a considéré que l'ensemble des comptes bancaires des parties avait été partagé d'un commun accord entre elles.
5.1. Les premiers juges ont retenu que l'experte avait relevé que, selon les dires de l'intimée, les comptes bbbbbbbb ouvert auprès de K._, ccccc.cc.cc et ddddd.dd.dd ouverts auprès de L._ et ee e.eee.eee.ee ouvert auprès de M._ avaient déjà été partagés d'entente entre les parties. Ils ont considéré que le recourant n'apportait aucune preuve qui viendrait contredire les constatations de l'experte. Les premiers juges ont rappelé que le recourant n'avait requis ni un complément d'expertise ni l'audition de l'experte à l'audience de jugement, ce qui aurait permis d'apporter des précisions ou des rectifications sur ces points. Il n'y avait dès lors pas lieu de s'écarter des conclusions de l'expertise.
Selon la cour cantonale, il ressortait du rapport d'expertise que Me I._ n'avait pas été en mesure d'identifier les transferts d'argent prétendument intervenus en 2008, à l'exception des transferts de 50'000 fr. et 53'289 fr. 65 en faveur de l'intimée, provenant du compte n° aaa.aaa.aa de J._ (cf. supra consid. 4). Cela étant, elle avait repris les soldes des différents comptes des parties en vue de déterminer une éventuelle créance entre époux à ce titre. Le recourant faisait ainsi fausse route lorsqu'il soutenait que l'experte s'était fondée sur les dires de l'intimée, puisqu'elle s'en était précisément écartée pour fonder son raisonnement sur les pièces comptables en sa possession. Il ne remettait par ailleurs pas en cause le montant de la créance retenue par l'experte au titre du partage des comptes, de sorte qu'il n'y avait pas lieu d'y revenir. L'expertise pouvait par conséquent être suivie sur ce point.
5.2. Contrairement à ce que semble penser le recourant, dont toute l'argumentation part de cette prémisse erronée, l'experte n'a pas pris en compte le partage allégué des seuls comptes bancaires de l'intimée. Elle a simplement constaté que, faute d'être en possession de la documentation nécessaire malgré de multiples demandes adressées aux époux, elle n'était pas en mesure de confirmer les allégations de l'intimée selon laquelle le partage des comptes avait d'ores et déjà eu lieu. Partant, elle a divisé les " soldes connus " de l'ensemble des comptes bancaires des parties au 31 décembre 2009 et a compensé les montants ainsi obtenus. Sans remettre directement en cause cette méthode, le recourant soutient que les chiffres ainsi retenus par l'experte seraient erronés dans la mesure où ses propres comptes avaient bien été partagés au 31 décembre 2009 mais non ceux de l'intimée. Il n'apporte toutefois aucune preuve à l'appui de cette allégation et, contrairement à ce qu'il soutient, on ne discerne aucunement en quoi le " simple calcul " dont il fait mention, sans toutefois le détailler, serait susceptible de démontrer que l'experte s'est fondée sur les seules déclarations de l'intimée pour rendre son rapport. L'experte mentionne certes à plusieurs reprises que " [s]elon Madame, ce compte a déjà été partagé d'entente entre les époux ". On ne peut toutefois en déduire qu'elle s'est fiée à ces déclarations puisqu'elle a en définitive procédé à un nouveau partage par moitié des comptes bancaires des époux. On peine enfin à comprendre l'argumentation du recourant en tant qu'il reproche sur le même point à la cour cantonale d'avoir mal apprécié le rapport d'expertise puisqu'une appréciation correcte aurait selon lui dû permettre de constater que le tableau récapitulatif y figurant ne tenait pas compte de l'absence de partage des comptes bancaires de l'intimée. Le recourant semble se méprendre une fois encore sur le sens à donner aux conclusions de l'experte puisqu'elle n'a pas pris en compte le partage allégué par l'intimée tant s'agissant de ses propres comptes que de ceux dont le recourant est titulaire, indiquant précisément que les pièces produites ne lui avaient pas permis d'établir exactement la situation des comptes en 2008 et 2009 ni les transferts effectués. Force est en définitive de constater que l'argumentation du recourant est infondée, de sorte que son grief ne peut qu'être écarté.
6.
Toujours dans le chapitre traitant de la constatation inexacte des faits et des moyens de preuve, le recourant se plaint de l'absence de prise en compte de la valeur de l'entreprise individuelle de l'intimée dans le cadre de la liquidation du régime matrimonial.
6.1. La Cour d'appel a relevé qu'il ressortait du rapport d'expertise établi par F._ que l'entreprise individuelle de l'intimée avait été évaluée à 5'452 fr. 52 au 31 décembre 2010, correspondant au capital de son activité commerciale. La valeur de son entreprise au 31 décembre 2009 n'avait en revanche pas été évaluée par l'expert, de sorte qu'elle n'était pas établie. Contrairement à ce que soutenait le recourant, dans la mesure où cette valeur n'était pas déterminée, l'experte I._ et, partant, les premiers juges, n'avaient pas pu intégrer cette valeur dans les acquêts de l'intimée. Le recourant n'avait par ailleurs pas contesté le rapport d'expertise rendu par F._.
6.2. Si l'on peine à comprendre pour quel motif aucune valeur n'a été prise en compte au titre de l'entreprise individuelle de l'intimée dans le rapport d'expertise de I._, il apparaît toutefois que le recourant ne s'en prend pas valablement à la motivation de la cour cantonale sur ce point. En effet, cette dernière a pour l'essentiel considéré qu'il aurait appartenu au recourant de requérir un complément d'expertise sur cette question. Le recourant prétend certes avoir sollicité un tel complément durant les plaidoiries, il n'apporte toutefois aucune preuve de cette allégation. Il soutient par ailleurs qu'un complément d'expertise aurait de toute façon été inutile compte tenu de l'absence de volonté de collaborer et de l'attitude peu transparente de l'intimée. Ces éléments ne ressortent toutefois pas de l'arrêt cantonal et le recourant ne soulève aucun grief d'arbitraire dans l'établissement des faits sur ce point précis. L'on ne saurait par ailleurs déduire du seul constat de l'expert F._, selon lequel le recourant avait fourni des informations claires et complètes sur son activité alors que l'intimée s'était montrée " très réservée ", que cette dernière aurait fait obstruction à un complément d'expertise portant précisément sur cette question. Il ne s'agit là en effet que d'une supposition qu'il appartenait au recourant de faire vérifier en requérant le complément d'expertise en question. Dans ces circonstances, le grief du recourant apparaît infondé, de sorte qu'il n'y a pas lieu de se pencher plus avant sur sa proposition de calcul destinée à établir la valeur de l'entreprise de l'intimée au 31 décembre 2010.
7.
Le recourant se plaint d'une violation des art. 206 et 209 al. 3 CC ainsi que des <ref-law> et 331e CO en lien avec la participation financière de l'intimée aux travaux effectués entre 1994 et 2002 sur la maison de V._. Il soulève le même grief sous l'angle de l'arbitraire dans l'établissement des faits, estimant que la cour cantonale aurait arbitrairement établi le montant de la participation de l'intimée. Il n'y a toutefois pas lieu d'examiner ce grief séparément dès lors qu'il se recoupe intégralement avec celui de violation du droit.
7.1. Le recourant reproche à la cour cantonale d'avoir intégré dans la masse des acquêts de l'intimée la somme de 68'450 fr. investie par cette dernière dans les travaux de rénovation de la maison de V._, dont il est incontesté qu'il s'agit d'un bien propre du recourant. Or, une partie de ce montant (19'979 fr.) provient d'un versement anticipé du deuxième pilier de l'intimée qui devait être considéré comme un prêt et ne pouvait donc être pris en compte dans le cadre de la liquidation du régime matrimonial. C'était donc en violation du droit que la Cour d'appel avait considéré la somme de 19'979 fr. comme un acquêt de l'intimée et ainsi calculé une créance variable sur la totalité du montant de 68'450 fr.
Les premiers juges avaient par ailleurs évalué le montant de la prévoyance professionnelle de l'intimée à 3'675 fr. 50. Force était donc de constater que le versement anticipé de 19'979 fr. n'avait pas été pris en compte dans le cadre du partage des avoirs de prévoyance professionnelle de l'intimée, ce qui créait une inégalité de traitement entre les parties.
7.2.
7.2.1. Lorsqu'un époux a contribué sans contrepartie correspondante à l'acquisition, à l'amélioration ou à la conservation de biens de son conjoint qui se retrouvent à la liquidation avec une plus-value, sa créance est proportionnelle à sa contribution et elle se calcule sur la valeur actuelle des biens (<ref-law>). L'<ref-law> a adopté la théorie des récompenses variables. Le bien considéré fait toujours et entièrement partie du patrimoine de l'époux qui en est juridiquement propriétaire. Mais le conjoint qui a contribué à l'acquisition, à l'amélioration ou à la conservation du bien profite, en sus de sa créance en remboursement, de la plus-value. Au moment de l'investissement, les époux peuvent écarter ou modifier la part à la plus-value du bien (<ref-ruling> consid. 5.4.2 et les références).
7.2.2. Selon l'<ref-law>, il y a lieu à récompense lorsqu'une masse a contribué à l'amélioration ou à la conservation de biens appartenant à l'autre masse. La récompense, en cas de plus-value ou de moins-value, est proportionnelle à la contribution fournie et elle se calcule sur la valeur de ces biens à la liquidation ou à l'époque de leur aliénation. Lorsque plusieurs masses ont contribué à l'amélioration ou à la conservation d'un bien au sens de l'<ref-law> et qu'une partie du financement a été assurée par une hypothèque, se pose la question de savoir comment répartir la plus-value afférente au financement par ces fonds étrangers. En tant que dette, l'hypothèque grève la masse à laquelle est attribué l'immeuble, conformément à l'<ref-law>, et la plus-value doit être répartie proportionnellement entre les diverses masses qui ont financé l'amélioration ou la conservation de l'immeuble (<ref-ruling> consid. 4.3.1; <ref-ruling> consid. 5.4.4 et 5.4.5; <ref-ruling> consid. 2.3.2; arrêts 5A_168/2016 du 29 septembre 2016 consid. 5.2; 5A_397/2015 du 23 novembre 2015 consid. 4.1, publié in FamPra.ch 2016 p. 466; 5A_339/2015 du 18 novembre 2015 consid. 9.3).
7.2.3. En vertu des art. 30c s. LPP (pour le deuxième pilier A) et 331e CO (pour le deuxième pilier B), l'assuré peut faire valoir auprès de son institution de prévoyance le droit au versement d'un montant pour la propriété d'un logement pour ses propres besoins. Lorsqu'il est marié, il doit obtenir le consentement écrit de son conjoint (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 4.2).
L'assuré ou ses héritiers doivent rembourser le montant perçu à l'institution de prévoyance dans les cas énumérés à l'<ref-law>, notamment en cas de vente du logement. L'assuré peut par ailleurs rembourser en tout temps le montant perçu, à condition de respecter les dispositions fixées à l'alinéa 3 de cette disposition (<ref-law>). L'obligation de remboursement est garantie par une restriction du droit d'aliéner dont l'institution de prévoyance est tenue de requérir la mention au registre foncier lors du versement anticipé ou lors de la réalisation du gage grevant l'avoir de prévoyance (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 2.2; arrêt 1B_288/2017 du 26 octobre 2017 consid. 2.2.2; HANS-ULRICH STAUFFER, in Commentaire LPP et LFLP, 2010, n° 6 ad <ref-law>).
7.2.4. Jusqu'à la survenance d'un cas de prévoyance, le versement anticipé, qui se rapporte à une expectative, doit être considéré comme un prêt de l'institution de prévoyance. Il n'exerce donc pas d'influence sur le rattachement de l'immeuble à l'actif d'une des masses de l'acquéreur; ce rattachement obéit aux règles ordinaires (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 4.2.1, 4.2.2 et 4.3.1 et les références). L'immeuble est intégré à la masse de l'époux propriétaire qui, lors de l'acquisition, a apporté la contribution au comptant la plus importante ou, en cas d'égalité, aux acquêts (<ref-law>); l'immeuble acquis entièrement à crédit pendant le mariage entre dans les acquêts (arrêt 5A_111/2007 du 8 janvier 2008 consid. 4.2.3, in FamPra.ch 2008 p. 380). Le versement anticipé grève à titre de dette la masse à laquelle l'immeuble est rattaché (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 4.2.1, 4.2.2 et 4.3.1 et les références; <ref-ruling> consid. 2.3.2).
En ce qui concerne le sort de la plus-value conjoncturelle de l'immeuble afférente à ce versement, lorsque le régime matrimonial est dissous avant la survenance d'un cas de prévoyance, les règles valant pour les dettes hypothécaires (ATF <ref-ruling>) s'appliquent. La plus-value est ainsi répartie selon la contribution effective de chacune des masses de l'acquéreur au financement de l'immeuble (<ref-ruling> consid. 4.3.2).
7.3. La Cour d'appel a en définitive arrêté le montant des travaux effectués par les parties sur l'immeuble de V._ à 523'809 fr. 20 (76'751 fr. 05 [travaux effectués avant le mariage] + 416'218 fr. 85 [travaux effectués entre le 31 mai 1996 et 2000] + 30'839 fr. 30 [travaux effectués entre 2000 et 2002]). Elle s'est fondée sur une valeur de la parcelle de 820'000 fr. en 1994 et de 1'695'000 fr. en 2008, conformément aux conclusions de l'expertise établie par N._ de O._ à la requête de Me I._. S'agissant du montant de 19'979 fr. prélevé par l'intimée sur son deuxième pilier en 1999 pour financer une partie des travaux en question, son assimilation par la cour cantonale à un versement anticipé dans le cadre de la liquidation du régime matrimonial n'est pas contestée. A cet égard, la cour cantonale ne s'est pas expressément référée à la jurisprudence susmentionnée (cf. supra consid. 7.2.4). Le recourant s'en plaint toutefois en vain. En effet, il n'apparaît pas qu'elle s'en soit en définitive écartée puisque le bien considéré a été intégré à la masse qui a apporté la contribution la plus importante, à savoir aux biens propres du recourant. Cela étant, dans son argumentation et dans le calcul qu'il propose en lieu et place de celui retenu par la cour cantonale, le recourant omet totalement que l'intimée a à tout le moins droit à la plus-value conjoncturelle de l'immeuble afférente à ce versement. Le recourant confond par ailleurs manifestement l'absence de prise en compte du versement anticipé pour déterminer à quelle masse le bien doit être attribué avec la créance en remboursement que l'intimée a envers lui du fait du capital investi dans le bien immobilier dont il est seul propriétaire. Dans la mesure où elle n'y réside plus, l'intimée doit en effet, ou a d'ores et déjà dû, assurer elle-même le remboursement auprès de sa caisse de prévoyance de ce montant qu'elle a pu investir dans un bien immobilier dont elle n'était pas propriétaire (cf. ANDREA BÄDER FEDERSPIEL, Wohneigentumsförderung und Scheidung, thèse 2008, n° 333 p. 180).
En définitive, il apparaît que le calcul effectué par la cour cantonale pour déterminer la créance variable de l'intimée relative au montant qu'elle a investi dans le bien immobilier de son époux est exempt de critique (68'450 fr. [19'979 fr. (versement anticipé) + 48'471 fr. (acquêts de B.A._)] / 1'312'969 fr. 90 [820'000 fr. (valeur du bien en 1994) + 76'751 fr. 05 (travaux effectués avant le mariage) + 416'218 fr. 85 (travaux effectués entre 1996 et 2000; en 1999 selon B.A._)] x 1'695'000 fr. [valeur du bien en 2008]). Le montant de 88'366 fr. 65 ainsi établi lui permet en effet à la fois de bénéficier de la part à la plus-value engendrée par son investissement et de récupérer le capital investi qu'elle devra ou a déjà dû restituer à sa caisse de prévoyance. Seule la prise en compte de la valeur que le bien immobilier avait en 2008 (1'695'000 fr.) est sujette à caution dans ce calcul. Dans la mesure où la cour cantonale a calculé la créance variable de l'intimée en deux étapes, procédant ensuite à un second calcul pour les travaux complémentaires qui ont eu lieu entre 2000 et 2002, elle aurait en effet dû établir la valeur du bien en 2000 et prendre en compte le montant ainsi déterminé pour procéder au calcul ici litigieux. Cela étant, cet élément n'est pas remis en cause par le recourant, qui reprend d'ailleurs la valeur de 1'695'000 fr. dans le calcul qu'il propose. Dans ces circonstances, il n'y a pas lieu de se pencher plus avant sur cette question.
Enfin, en tant que le recourant se plaint d'inégalité de traitement et d'une violation du droit au motif que le versement anticipé n'avait pas été réintégré dans les avoirs LPP de l'intimée pour déterminer le montant à partager au titre des <ref-law> et 331e al. 6 CO, son grief est irrecevable. En effet, si le premier juge établit certes les faits d'office pour toutes les questions qui touchent à la prévoyance professionnelle et statue à leur sujet même en l'absence de conclusions des parties (cf. arrêts 5A_97/2017 et 5A_114/2017 du 23 août 2017 consid. 5.1.3; 5A_862/2012 du 30 mai 2013 consid. 5.3.2), dites maximes ne s'imposent toutefois pas devant l'autorité de deuxième instance (cf. arrêts 5A_407/2018 du 11 janvier 2019 consid. 5.3 in fine; 5A_862/2012 précité consid. 5.3.3). Or, la critique du recourant est dirigée uniquement contre la motivation des juges de première instance et il n'apparaît pas qu'il aurait soulevé ce grief de violation du droit devant l'instance précédente. Il est par conséquent forclos à le faire valoir devant le Tribunal fédéral (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 1.1 et les références).
8.
En définitive, le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable, aux frais du recourant (<ref-law>). L'intimée, qui n'est pas assistée d'un avocat, n'a pas droit à une indemnité de dépens (art. 68 al. 1 et 2 LTF; <ref-ruling> consid. 4).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 4'000 fr., sont mis à la charge du recourant.
3.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour d'appel civile du Tribunal cantonal du canton de Vaud.
Lausanne, le 12 juin 2019
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Herrmann
La Greffière : Hildbrand