Sachverhalt:
A.
Im Zuge der Aushubarbeiten für die Überbauung MITTIM beim Bahnhof Wallisellen wurde am 11. November 2008 der Austritt von Tetrachlorethen (Per), das zu den chlorierten Kohlenwasserstoffen (CKW) gehört, festgestellt. Die Grundstückseigentümerin und Bauherrin, die B._ AG, beauftragte daraufhin die C._ AG mit den altlastenrechtlichen Abklärungen und der abfallrechtlichen Bauleitung. Die C._ AG informierte die am Bau beteiligten Parteien sowie die Behörden. Anlässlich einer Besprechung vom 3. Dezember 2008 beurteilte das Amt für Abfall, Wasser, Energie und Luft des Kantons Zürich (AWEL) den Standort auf der neuen Parzelle Nr. 10634 als provisorisch sanierungsbedürftig. Zur Vermeidung von Bauverzögerungen, insbesondere im Hinblick auf die Inbetriebnahme der Glattalbahn, verzichtete es jedoch auf die Anordnung einer Detailuntersuchung.
Die C._ AG schlug als Sicherungs- und Sanierungsmassnahmen die Verlängerung des gegen die Schwarzackerstrasse hin bestehenden Baugrubenabschlusses in westlicher Richtung, die Entfernung des stark mit Per belasteten Untergrundes zwischen Rühlwand und Relaisstation und das Hinterfüllen mit unverschmutztem Geröll vor. Das AWEL genehmigte diese Massnahmen mit Verfügung vom 6. April 2009.
Gestützt auf die von der C._ AG durchgeführten Untersuchungen wurde bereits im Februar 2009 offensichtlich, dass sich die Verschmutzung nicht auf die Überbauung MITTIM bzw. auf die Zufahrtsrampe zur unterirdischen Garage, wo das Per entdeckt worden war, beschränkte, sondern auf die angrenzende Schwarzackerstrasse ausdehnte (Parzelle Nr. 7097). Die Gemeinde Wallisellen beauftragte deshalb im März 2009 die D._ AG mit ergänzenden Untersuchungen. Die stärksten Belastungen wurden nordwestlich der Relaisstation der SBB festgestellt. Dies und die weiteren Untersuchungsergebnisse der D._ AG sind in einem Bericht vom 24. September 2009 dokumentiert. Gestützt darauf wurde der Standort unter der Nummer 0069/I.N005-001 im Kataster der belasteten Standorte (KbS) eingetragen. Da das Schadstoffpotenzial im Baubereich zu 85 % entfernt werden konnte, wird der Standort heute gemäss Katastereintrag nicht mehr als sanierungsbedürftig, sondern nur noch als teilweise überwachungsbedürftig qualifiziert.
Am 8. Dezember 2009 reichte die B._ AG dem AWEL ein Kostenverteilungsgesuch ein. Ab Mai 2010 versuchte das AWEL, potenzielle Verursacher der Per-Belastung zu ermitteln. Mit Schreiben vom 14. September 2012 stellte es den Verfügungsentwurf über die Kostenverteilung der Gemeinde Wallisellen, der B._ AG und der A._ AG zur Stellungnahme zu.
Mit Verfügung vom 19. Juni 2013 nahm das AWEL die Kostenverteilung vor. Entgegen der Vorbringen der SBB AG und der Gemeinde bejahte es die Sanierungsbedürftigkeit des Standorts. Die anrechenbaren Sanierungskosten bezifferte es auf Fr. 600'127.30, wovon der Hauptteil von der B._ AG, ein kleinerer Teil von der SBB AG und der Gemeinde vorfinanziert worden waren. Diese Kosten lastete es der A._ AG zu 55 %, der B._ AG zu 20 % und der Gemeinde zu 25 % an. Zur Begründung hielt es fest, die E._ AG als Rechtsvorgängerin der A._ AG habe an der Bahnhofstrasse 25 (damals Parzelle Nr. 8196, heute Parzelle Nr. 10634) von 1980 bis 1994 eine chemische Reinigung betrieben. Bis ca. 1991 habe sie das betriebliche Abwasser in die Kanalisation eingeleitet. Im Zeitpunkt des Baubewilligungsverfahrens sei der Standort der chemischen Reinigung denn auch noch im KbS eingetragen gewesen, wobei vermerkt gewesen sei, dass keine schädlichen oder lästigen Einwirkungen zu erwarten seien. Als Verhaltensverursacherin identifizierte das AWEL neben der A._ AG die Gemeinde Wallisellen, weil diese über Jahre hinweg verstopfte, schlecht verputzte, nicht fachgerecht eingebaute und sogar lecke Kanalisationsleitungen geduldet habe, obwohl sich die Anwohner beschwert hätten. Deshalb habe das schadstoffhaltige Abwasser aus der Kanalisation in den Untergrund austreten können. Weiter qualifizierte das AWEL auch die B._ AG als Verhaltensstörerin, weil deren Bauarbeiten die Freisetzung stationärer Schadstoffe bewirkt hätten. Als Zustandsstörerinnen gelten nach der Kostenverteilungsverfügung schliesslich die B._ AG (als Eigentümerin der Parzelle Nr. 10634) und die Gemeinde (als Eigentümerin der Parzelle Nr. 7097).
Gegen die Kostenverteilungsverfügung erhoben sowohl die B._ AG als auch die A._ AG Rekurs. Mit Verfügung vom 14. Januar 2015 wies die Baudirektion des Kantons Zürich den Rekurs der B._ AG ab, denjenigen der A._ AG hiess sie dagegen gut. Sie reduzierte den Kostenanteil der A._ AG auf 40 %, erhöhte denjenigen der Gemeinde auf 40 % und beliess denjenigen der B._ AG bei 20 %.
Die B._ AG und die A._ AG erhoben gegen die Verfügung der Baudirektion Beschwerde. Mit Urteil vom 12. Mai 2016 vereinigte das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich die beiden Verfahren. Die Beschwerde der B._ AG wies es ab. Die Beschwerde der A._ AG hiess es dagegen gut. Die Sanierungskosten auferlegte es neu zu 35 % der B._ AG und zu 65 % der Gemeinde.
B.
Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ans Bundesgericht vom 24. Juni 2016 beantragt die B._ AG, das Urteil des Verwaltungsgerichts sei aufzuheben und sie selbst von der Kostenpflicht zu befreien. Eventualiter sei die Sache zur neuen Beurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen (Verfahren 1C_294/2016).
Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ans Bundesgericht vom 16. Juni 2016 beantragt die Gemeinde Wallisellen ebenfalls die Aufhebung des Urteils des Verwaltungsgerichts, die Befreiung von der Kostenpflicht sowie, eventualiter, die Rückweisung der Sache zur neuen Beurteilung (Verfahren 1C_282/2016).
Die Baudirektion verzichtet auf eine Stellungnahme. Das Verwaltungsgericht beantragt die Abweisung der Beschwerden, das AWEL deren teilweise Abweisung, eventualiter die Rückweisung zur Neubeurteilung. Die Gemeinde verzichtet auf einen Antrag zur Beschwerde der B._ AG, während Letztere im Wesentlichen beantragt, die Beschwerde der Gemeinde abzuweisen. Die A._ AG beantragt die Abweisung der Beschwerden, eventualiter die Rückweisung der Sache an die Vorinstanz zur Abklärung der Rechtsnachfolge der E._ AG.
Das ebenfalls zur Vernehmlassung eingeladene Bundesamt für Umwelt (BAFU) bezeichnet den Sanierungsbedarf als nicht ausreichend geklärt. Seien die ergriffenen Massnahmen keine Sanierungsmassnahmen, so stelle <ref-law> (SR 814.01) keine Rechtsgrundlage für eine Kostenverteilung dar. Dagegen sei die Notwendigkeit für Untersuchungs- und Überwachungsmassnahmen ausgewiesen, weshalb die entsprechenden Kosten nach <ref-law> auf die Störer überwälzt werden könnten. Zu berücksichtigen sei insofern, dass bezüglich der Untersuchungs- und Überwachungskosten für nicht baubedingte Massnahmen auf dem Projektperimeter die Bauherrin Zustandsstörerin, aber nicht Verhaltensstörerin sei, weil sie mit ihrem Verhalten nicht dazu beigetragen habe, dass Schadstoffe auf den Standort gelangt seien. Für die Kosten der übrigen Untersuchungs- und Überwachungsmassnahmen zur Abklärung der Belastung unter der Schwarzackerstrasse ausserhalb des Projektperimeters sei sie weder Zustands- noch Verhaltensstörerin. Hingegen sei die A._ AG, anders als von der Vorinstanz angenommen, bezüglich aller nicht baubedingten Untersuchungs- und Überwachungsmassnahmen Verhaltensstörerin. Schliesslich weist das BAFU darauf hin, dass das AWEL gemäss Art. 24 der Verordnung vom 26. August 1998 über die Sanierung von belasteten Standorten (Altlasten-Verordnung, AltlV; SR 814.680) nicht hätte vom in der Verordnung geregelten Verfahren abweichen dürfen.
Die Beschwerdeführerinnen haben dazu Stellung genommen, ebenso das AWEL und die A._ AG.

Erwägungen:
1.
1.1. Die beiden Beschwerden richten sich gegen den gleichen Entscheid und hängen inhaltlich eng zusammen. Es rechtfertigt sich deshalb, die beiden Verfahren zu vereinigen.
1.2. Angefochten ist ein kantonal letztinstanzlicher Entscheid über die Verteilung der Kosten der Überwachung, Untersuchung und Sanierung eines mit CKW belasteten Standorts. Da die Arbeiten abgeschlossen und die Kosten bekannt sind, handelt es sich um einen Endentscheid (vgl. Urteile 1C_46/2012 vom 10. Oktober 2012 E. 1.2 mit Hinweisen, in: URP 2013 S. 50; 1C_366/2015 vom 4. Juli 2016 E. 1, in: URP 2016 S. 470). Die Beschwerdeführerinnen wurden zur Kostentragung verpflichtet und sind deshalb nach <ref-law> zur Beschwerde befugt.
2.
2.1. Gemäss <ref-law> trägt der Verursacher die Kosten für notwendige Massnahmen zur Untersuchung, Überwachung und Sanierung belasteter Standorte. Belastete Standorte sind Orte, deren Belastung von Abfällen stammt und die eine beschränkte Ausdehnung aufweisen. Dazu gehören insbesondere Betriebsstandorte (<ref-law>). Es ist unter den Beteiligten des vorliegenden Verfahrens unbestritten, dass die Verschmutzung des Bodens mit CKW Massnahmen zur Untersuchung und Überwachung notwendig gemacht hat (vgl. zur Verteilung der Kosten dieser Massnahmen E. 3 hiernach). Uneinigkeit herrscht in Bezug auf die Frage, ob auch ein Sanierungsbedarf bestand und die in dieser Hinsicht geltend gemachten Kosten nach <ref-law> verlegt werden können. Das Verwaltungsgericht hat diese Frage nicht erörtert, sondern ist stillschweigend von einem Sanierungsbedarf ausgegangen und insofern der Auffassung des AWEL gefolgt.
2.2. Zur Begründung eines Sanierungsbedarfs genügt die Belastung eines Standorts mit Abfällen nicht, sondern es ist zusätzlich erforderlich, dass die Belastung zu schädlichen oder lästigen Einwirkungen führt oder die konkrete Gefahr solcher Einwirkungen besteht (<ref-law>; <ref-law>). Der Standort als solcher stellt somit kein eigenständiges Schutzgut dar, vielmehr bildet er mögliche Quelle von Einwirkungen auf die gesetzlich vorgesehenen Schutzgüter, wozu das Grundwasser, oberirdische Gewässer, die Luft und der Boden gehören (i.S.v. <ref-law>, d.h. die oberste, unversiegelte Erdschicht, in der Pflanzen wachsen können). Nach dieser Definition der Altlast liegt noch kein Sanierungsbedarf vor (sondern i.d.R. ein Überwachungsbedarf), wenn sich gefährliche Substanzen im Untergrund des belasteten Standorts ausbreiten (z.B. im Sickerwasser), solange noch keine Einwirkung auf oder eine konkrete Gefahr für die genannten Schutzgüter besteht (zum Ganzen: Urteil 1C_44/2013 vom 16. Januar 2014 E. 5.2 mit Hinweisen, in: URP 2014 S. 265).
2.3. Entfernt der Inhaber eines Grundstücks Material aus einem belasteten Standort, der nicht saniert werden muss, so kann er nur unter den besonderen Voraussetzungen nach <ref-law> Rückgriff auf den Verursacher der Belastung nehmen. Dieser Anspruch ist auf dem Zivilrechtsweg geltend zu machen (Abs. 2). Eine derartige Entfernung von Material aus einem belasteten, aber nicht sanierungsbedürftigen Grundstück kann geboten sein um zu verhindern, dass der Sanierungsbedarf durch das Bauvorhaben selbst ausgelöst wird, denn gemäss <ref-law> dürfen belastete Standorte durch die Erstellung oder Änderung von Bauten und Anlagen nur verändert werden, wenn sie nicht sanierungsbedürftig sind und durch das Vorhaben nicht sanierungsbedürftig werden. Eine Kostenverteilungsverfügung kann der Inhaber des Grundstücks unter diesen Umständen somit nicht verlangen (Urteil 1C_366/2015 vom 4. Juli 2016 E. 2 f. mit Hinweisen, in: URP 2016 S. 470).
2.4.
2.4.1. Das BAFU geht davon aus, dass vorliegend allenfalls die Beeinträchtigung des Grundwassers in Betracht falle (<ref-law>). Gemäss der Gewässerschutzkarte des Kantons Zürich sei der Standort dem Gewässerschutzbereich Au zugeteilt und liege im Randbereich eines nutzbaren Gewässerschutzvorkommens. Die D._ AG halte jedoch in ihrem Bericht vom 24. September 2009 fest, dass es sich beim Grundwasser am Standort um sogenannt "schwebendes Grundwasser" handle, das stellenweise in den ansonsten wenig durchlässigen Seeablagerungen vorkomme und nicht nutzbar sei. Diese Einschätzung werde auch vom AWEL und der C._ AG durchwegs gestützt. Letztere verneine in Kapitel 10 ihres Berichts vom 26. September 2009 sogar das Vorhandensein von Grundwasser. In den verschiedenen Berichten und Stellungnahmen werde mehrfach erwähnt, es lasse sich mangels klarer Fliessrichtung kein direkter Abstrom ermitteln, was die geringe Bedeutung des Grundwassers an diesem Standort ebenfalls verdeutliche. Das Freisetzungspotenzial der vorhandenen Schadstoffe werde von der D._ AG, dem AWEL und der C._ AG aufgrund des geringen Wasserflusses im Untergrund und mangels zusammenhängendem Grundwasservorkommen als gering eingestuft, was plausibel und nachvollziehbar sei. Somit sei nicht nachgewiesen, dass nutzbares Grundwasservorkommen jemals durch die CKW-Belastung gefährdet gewesen sei. Sei nicht nutzbares Grundwasser betroffen, liege ein Sanierungsbedarf nur vor, wenn die Konzentration der Stoffe im direkten Abstrombereich das Doppelte eines Konzentrationswerts nach Anhang 1 AltlV überschreite (<ref-law>). Im vorliegenden Fall sei weder der direkte Abstrombereich ermittelt noch der Konzentrationswert der Stoffe gemessen worden. Dafür, dass nie ein Sanierungsbedarf bestanden habe, spreche auch die Tatsache, dass das AWEL den gesamten Standort nach der Teildekontamination des Bauperimeters nur noch als überwachungsbedürftig beurteilt habe, obwohl nach dem Bauvorhaben und der Teildekontamination des Bauperimeters auf dem gleichen Standort unter der Schwarzackerstrasse ausserhalb des Projektperimeters eine erhebliche Per-Belastung verblieben sei. Es habe den Standort im Übrigen auch immer nur als provisorisch sanierungsbedürftig bezeichnet, wobei es eine derartige Klassierung im Altlastenrecht gar nicht gebe.
2.4.2. Die Gemeinde bezeichnet den Sanierungsbedarf ebenfalls als fraglich. Die private Beschwerdeführerin bringt vor, sie habe diesen bereits im erstinstanzlichen Verfahren bezweifelt, zumal das AWEL ihn nur provisorisch festgestellt und auch keine Sanierungsverfügung erlassen habe. Weder das Bestehen noch das Fehlen eines Sanierungsbedarfs nach <ref-law> sei bisher nachvollziehbar belegt worden. Für den Fall, dass das Bundesgericht der Auffassung des BAFU folge, werde beantragt, die Sache zur ergänzenden Sachverhaltsfeststellung ans AWEL zurückzuweisen. Auch die A._ AG weist darauf hin, dass sie bei erster Gelegenheit den Sanierungsbedarf bestritten habe.
2.4.3. Das AWEL hält dem entgegen, da sich der Standort im Gewässerschutzbereich Au befinde, sei nicht der doppelte, sondern der halbe Konzentrationswert massgebend (<ref-law>). Da bei der Untertunnelung der Relaisstation Per in reiner (flüssiger) Form ausgetreten sei, sei eine Ausbreitung bis ins Grundwasser nicht auszuschliessen gewesen. Es habe somit eine konkrete Gefahr bestanden. Für eine Untersuchung des Bauperimeters habe jedoch keine Möglichkeit bestanden, da die Baute unter Zeitdruck fertiggestellt werden musste und im Bereich der Relaisstation keine Erschütterungen zulässig seien. Im Bauperimeter seien 42.5 kg Per entfernt worden und nur 7 kg Per seien verblieben. Der Standort sei damals als "provisorisch" sanierungsbedürftig bezeichnet worden, weil die Schadstoffquelle noch nicht bekannt gewesen sei. Im Zeitpunkt der Entdeckung des Per Ende 2008 habe aber nach seiner Einschätzung bereits ein Sanierungsbedarf bestanden (Per in Phase, Gefährdung des Grundwassers durch Mobilisierung). Später seien weitere Untersuchungen nördlich des Bauperimeters erfolgt. Die Per-Menge betrage dort 6 kg. Die Grundwasserqualität im direkten Abstrom habe aufgrund der gestörten Grundwasserverhältnisse nicht erfasst werden können, weshalb eine Sickerwasserprobe entnommen und das Eluat analysiert worden sei. Gestützt darauf sei der Standort als überwachungsbedürftig eingestuft worden.
2.5. <ref-law> unterscheidet zwischen der Schadstoffkonzentration im Grundwasser einerseits und im Eluat des Materials bzw. im Sickerwasser von Deponien (Anh. 1 Abs. 3 AltlV) andererseits: Während die Überschreitung eines Konzentrationswerts im Eluat bzw. im Sickerwasser lediglich die Überwachungsbedürftigkeit begründet (<ref-law>), führt die Überschreitung schon des halben Konzentrationswerts im Abstrombereich des Grundwassers zur Sanierungspflicht (<ref-law>). Dies beruht auf der Überlegung, dass im zweiten Fall bereits eine Grundwasserverunreinigung und damit eine Einwirkung i.S.v. <ref-law> und <ref-law> vorliegt, während verunreinigtes Sickerwasser nur dann die Sanierungsbedürftigkeit begründet, wenn die konkrete Gefahr besteht, dass es mit dem Grundwasser in Kontakt kommen könnte (<ref-law>; zum Ganzen: Urteil 1C_44/2013 vom 16. Januar 2014 E. 6.2 mit Hinweisen, in: URP 2014 S. 265).
2.6. Wie das BAFU dargelegt hat, ist bei der Beurteilung des Sanierungsbedarfs zwischen dem nutzbaren Grundwasser der Zone Au und "schwebenden Grundwasserspiegeln" zu unterscheiden. Letztere können entstehen, wenn sich das Niederschlagswasser auf undurchlässigen Schichten sammelt. Sofern diese Wasserspiegel auf den Untergrund eines belasteten Standorts beschränkt sind und keinen Zusammenhang mehr mit dem allgemeinen Grundwasserstrom aufweisen, liegt keine Einwirkung auf das nutzbare Grundwasser der Zone Au vor (Urteil 1C_44/2013 vom 16. Januar 2014 E. 6.3 mit Hinweis, in: URP 2014 S. 265). Diesen Umstand verkennt das AWEL, wenn es zur Begründung des Sanierungsbedarfs einzig darauf abstellt, dass sich der Standort im Gewässerschutzbereich Au befinde. Wie das BAFU zu Recht vorbringt, wird die Qualifikation als "schwebendes Grundwasser" durch die Fachberichte der D._ AG und der C._ AG bestätigt. Hinzu kommt, dass das AWEL zur Begründung des Sanierungsbedarfs auf die Gefährdung des Grundwassers durch die Mobilisierung verweist und damit auf das Bauvorhaben selbst. In seiner Kostenverteilungsverfügung führt es wörtlich aus: "Die CKW-Belastung wurde durch die Bauarbeiten mobilisiert, d.h. die Schadstoffe wurden erst mit dem Eingriff überhaupt oder mindestens in einem erheblich grösseren Umfang freigesetzt, sodass es zum Sanierungsbedarf kam." Wie oben ausgeführt, kann jedoch der Inhaber eines Grundstücks für Sanierungen, die aufgrund eines Bauvorhabens notwendig werden, keine Kostenverteilungsverfügung verlangen.
2.7. Unter diesen Umständen ist das Verwaltungsgericht zu Unrecht von einem Sanierungsbedarf ausgegangen. Der angefochtene Entscheid verletzt <ref-law> und ist deshalb aufzuheben.
3.
3.1. In einem zweiten Schritt ist zu untersuchen, wie es sich mit der Verteilung der Kosten für die Massnahmen der Untersuchung und Überwachung des belasteten Standorts verhält. Diese Kosten können nach <ref-law> den Verursachern auferlegt werden, selbst wenn die Voraussetzungen für eine Sanierung nicht gegeben sind (vgl. ALAIN GRIFFEL/HERIBERT RAUSCH, Kommentar zum Umweltschutzgesetz: Ergänzungsband zur 2. Aufl., 2011, N. 3 zu <ref-law>). Die Gemeinde macht in dieser Hinsicht geltend, dass die im Jahr 2004 entdeckten Mängel der Kanalisationsrohre nicht zur Schadstoffbelastung geführt hätten und kritisiert, dass das Verwaltungsgericht ihr statt dem Kanton die Ausfallkosten auferlegte. Die private Beschwerdeführerin ist der Auffassung, sie könne nicht als Verhaltensstörerin qualifiziert werden. Als Zustandsstörerin sei sie von den Kosten zu befreien, weil sie bei der Anwendung der gebotenen Sorgfalt von der Belastung des Standorts keine Kenntnis haben konnte. Zudem habe das Verwaltungsgericht die A._ AG zu Unrecht nicht als Verhaltensstörerin betrachtet.
3.2. Die Rechtsprechung stellt für die Umschreibung des Verursacherbegriffs auf den polizeirechtlichen Störerbegriff ab (<ref-ruling> E. 3 S. 108 ff. mit Hinweisen). Der Begriff des in die Kostenverteilung einzubeziehenden Verursachers nach <ref-law> erfasst in Anlehnung an den polizeirechtlichen Störerbegriff sowohl den Verhaltensstörer, der den Schaden oder die Gefahr selbst oder durch das unter seiner Verantwortung erfolgende Verhalten Dritter unmittelbar verursacht hat, als auch den Zustandsstörer, der über die Sache, die den ordnungswidrigen Zustand bewirkt, rechtliche oder tatsächliche Gewalt hat. Als kostenpflichtiger Verhaltensstörer bzw. -verursacher gilt nur, wer eine Massnahme unmittelbar verursacht hat (Unmittelbarkeitstheorie; vgl. Urteil 1C_418/2015 vom 25. April 2016 E. 2.1 f., nicht publ. in: <ref-ruling>, aber in: URP 2016 S. 449).
Das Verursacherprinzip ist ein Kostenzurechnungsprinzip und bezweckt nicht die Pönalisierung rechtswidrigen Verhaltens. Eine Rechtswidrigkeit der Verursachungshandlung ist daher nicht erforderlich. Die Bedeutung des Verursacherprinzips liegt gerade darin, dass es - im Gegensatz zum Haftpflichtrecht - auch Umweltbeeinträchtigungen erfasst, welche die Rechtsordnung an sich duldet (<ref-ruling> E. 3.4 S. 236 mit Hinweisen). Die Pflicht zur Sanierung von Altlasten und zur Tragung der Kosten besteht folglich unabhängig davon, ob die entsprechende Handlung zur Zeit der Verursachung dem Stand der Technik entsprach und behördlich bewilligt war (zum Ganzen: Urteil 1C_170/2017 vom 7. September 2017 E. 2 mit Hinweisen).
3.3.
3.3.1. Das Verwaltungsgericht wie auch seine Vorinstanzen gehen davon aus, dass das CKW über eine schlecht unterhaltene Kanalisationsleitung in den Boden gelangt ist. Das AWEL, auf dessen Ausführungen das Verwaltungsgericht in diesem Punkt abstellt, führte in der Kostenverteilungsverfügung aus, das Schmutz- und Meteorwasser sei ursprünglich in der Bahnhof- und der Schwarzackerstrasse in der gleichen Kanalisation abgeführt worden. Die Anwohner hätten sich bei starkem Regen wegen des sich in der zu kleinen Leitung zurückstauenden Abwassers und überschwemmten Kellern beschwert. Bei Untersuchungen im Jahr 2004 seien insbesondere verstopfte Einläufe, ausgewaschene sowie schlecht verputzte Stellen und sogar ein Loch in der Rohrwand festgestellt worden. Das Loch befinde sich innerhalb des heute im KbS eingetragenen Standorts Nr. 0069/I.N005-001. Gemäss § 15 Abs. 1 des kantonalen Einführungsgesetzes vom 8. Dezember 1974 zum Gewässerschutzgesetz (EG GSchG; LS 711.1) seien die Gemeinden verantwortlich für die Erstellung, den Betrieb und den Unterhalt der öffentlichen Kanalisation und der zentralen Abwasserreinigungsanlagen. Es sei denkbar, dass sich eine Schwachstelle in der Rohrwand oder einer Muffe durch die Rückstauproblematik zu einer undichten Stelle oder einem durchlässigen Loch entwickeln konnte.
3.3.2. Die Gemeinde hält dem in ihrer Beschwerde entgegen, CKW habe in der Kanalisation nichts zu suchen. Zudem sei es kaum denkbar, dass ein Loch in der oberen Rohrwand als Ursache für die Verschmutzung in Frage komme, denn CKW sei schwerer als Wasser. Selbst eine neuwertige, mängelfreie Kanalisation sei längerfristig nicht gegen CKW in Phase resistent. Es erscheine als verfehlt und mit dem Willkürverbot unvereinbar, sie als Verhaltens- und Zustandsstörerin zu qualifizieren.
3.3.3. Das AWEL hält dazu in seiner Stellungnahme im bundesgerichtlichen Verfahren fest, durch die stosshafte Fliessbewegung des Abwassers und den hohen Dampfdruck (Flüchtigkeit) könnten die CKW durchaus auch in den oberen Teil einer Röhre gelangen. Zudem sei das Kanalisationssystem seit Längerem überlastet gewesen. Es sei deshalb mehrmals unmittelbar an jener Stelle zu Rückstau gekommen, an der die CKW-Belastung festgestellt worden sei. Auch das BAFU hält für plausibel, dass die CKW-Belastung hauptsächlich aus der Schmutzwasserkanalisation stammt, da diese offensichtliche Mängel aufgewiesen habe und zu klein dimensioniert gewesen sei. Für alle nicht baubedingten Untersuchungs- und Überwachungsmassnahmen sei die Gemeinde deshalb als Verhaltensstörerin zu bezeichnen.
3.3.4. Die Kritik der Gemeinde ist nicht geeignet, die Sachverhaltsfeststellung des Verwaltungsgerichts als willkürlich erscheinen zu lassen. Die Fachbehörden des Bundes und des Kantons Zürich haben nachvollziehbar dargelegt, dass das CKW selbst durch ein Loch an der Oberseite des Kanalisationsrohrs austreten konnte. Dafür spricht auch der Umstand, dass sich das betreffende Loch just innerhalb des heute im KbS eingetragenen Standorts Nr. 0069/I.N005-001 befindet. Wenn die kantonalen Instanzen zudem gestützt auf § 15 Abs. 1 EG GSchG davon ausgehen, die Gemeinde habe ihre Unterhaltspflicht verletzt, so ist dies ebenfalls nicht willkürlich. Hinsichtlich des Einwands, CKW habe in der Kanalisation nichts zu suchen, ist darauf hinzuweisen, dass der Kanton Zürich erst mit Kreisschreiben vom 27. Januar 1988 verlangte, dass das Kontaktwasser aus Reinigungsanlagen, die mit chlorierten Kohlenwasserstoffen oder anderen organischen Lösungsmitteln betrieben werden, über einen separaten Sicherheitsabscheider zu leiten und vor der Ableitung in die Kanalisation vorzubehandeln sei. Schliesslich ist die Kostentragungspflicht auch nicht dadurch ausgeschlossen, dass zur Verursachung durch Unterlassung (mangelnder Unterhalt) eine weitere Ursache hinzutreten musste (Ableiten von CKW), damit der Schaden bzw. die Schadstoffbelastung eintreten konnte (vgl. Urteil 1A.250/2005 vom 14. Dezember 2006 E. 5 bezüglich einer vergleichbaren Situation mit ebenfalls zwei zusammenwirkenden Teilursachen). Wenn das Verwaltungsgericht die Gemeinde als Verhaltensstörerin bezeichnete, so verletzte sie aus diesen Gründen kein Bundesrecht.
3.4.
3.4.1. Der Austritt von CKW aus einer lecken Kanalisationsleitung setzt voraus, dass CKW in die Kanalisation abgeleitet worden war. Gemäss der Kostenverteilungsverfügung des AWEL kommen dafür drei chemische Reinigungen an der Bahnhofstrasse 36, der Kirchstrasse 4 und der Bahnhofstrasse 25 in Betracht. Die SBB scheide dagegen aus, da es keine Hinweise auf Verwendung von CKW auf dem Bahnareal gebe. An der Bahnhofstrasse 36 sei zwar offenbar eine Fluorkohlenwasserstoff-Reinigungsmaschine installiert worden, doch seien gemäss dem Bericht der D._ AG in den Abwasserleitungen auf der Liegenschaft keine CKW gefunden worden. Dies passe zu den Aussagen eines ehemaligen Grundeigentümers und der Geschäftsführung der früher hier domizilierten Textilreinigung, wonach das Lokal eine Annahmestelle für eine chemische Reinigung gewesen und der Umsatz bis zur Aufgabe der Filiale im Jahr 1982 vor allem durch den Betrieb von Münz-Waschautomaten erwirtschaftet worden sei. Insgesamt gebe es keine Beweise, dass in dieser Liegenschaft CKW in substanzieller Menge verwendet worden seien, weshalb insofern eine Qualifizierung als Verhaltensstörer ausgeschlossen werden könne. Auch die etwas weiter entfernte chemische Reinigung an der Kirchstrasse 4 sei aus dem Kreis der potenziellen Verursacher auszuschliessen, denn deren Abwasser werde in die Rotackerstrasse geleitet. Damit bleibe die Bahnhofstrasse 25. Die E._ AG habe hier von ca. 1980 bis 1994 eine chemische Reinigung betrieben, welche erst 1991 mit einem geschlossenen System ausgestattet worden sei. Es sei deshalb mit überwiegender Wahrscheinlichkeit davon auszugehen, dass die verwendeten CKW von der damaligen Betreiberin bis 1991 in die Kanalisation geleitet worden seien. Die von einem Dritten am gleichen Ort nach 1994 betriebene chemische Reinigung falle dagegen ausser Betracht, da sie von Anfang an über ein geschlossenes System verfügt habe. Damit sei die A._ AG als Rechtsnachfolgerin der E._ AG als Verhaltensstörerin zu qualifizieren.
3.4.2. Das Verwaltungsgericht teilt die Einschätzung des AWEL nicht. Die D._ AG habe die Quelle des Per als unklar und eine Verlagerung aus dem Bereich der ehemaligen Bahnhofstrasse 25 als unwahrscheinlich bezeichnet, ohne indessen einen untergeordneten Beitrag auszuschliessen. Die F._ AG habe die Betriebe an der Kirchgasse 4 und der ehemaligen Bahnhofstrasse 25 als wahrscheinlichste Verursacher bezeichnet. Eine klare Zuordnung sei ihrer Einschätzung nach jedoch nicht möglich. Die A._ AG sei damit jedenfalls nicht kostenpflichtig und es könne offenbleiben, ob sie als Rechtsnachfolgerin der E._ AG zu gelten habe.
3.4.3. Die D._ AG hielt in ihrem Bericht fest, dass eine Verlagerung von Per aus dem Bereich der Bahnhofstrasse 25 in die Schwarzackerstrasse durch den geologischen Untergrund unwahrscheinlich bzw. von untergeordneter Bedeutung sei, weil im Abstrombereich nur geringe Werte festgestellt worden seien. Diese Aussage bezieht sich nicht auf einen Schadstoffeintrag via die Kanalisation. Die Differenzierung ist wesentlich, geht aus den Ausführungen der Vorinstanz jedoch nicht hervor. Zutreffend ist der angefochtene Entscheid insofern, als die D._ AG in ihrem Bericht andere Verursacher als die chemischen Reinigungen an der Bahnhofstrasse 25 und 36 nicht ausschloss und die Quelle deshalb insgesamt als unklar bezeichnete. Immerhin hielt sie jedoch auch fest, dass die Belastungen am ehesten aus der Schmutzwasserkanalisation stammen, wovon nach dem Ausgeführten auch das Verwaltungsgericht ausgeht. In der Folge tätigte das AWEL zudem eigene Nachforschungen und beauftragte gestützt darauf die F._ AG mit der Ermittlung des Herkunftsorts der CKW. Diese gelangte zum Ergebnis, dass die beiden chemischen Reinigungen die wahrscheinlichsten Herkunftsorte seien, zwischen den beiden jedoch nicht sicher unterschieden werden könne. Weiter führte sie aus, dass die Verteilungsmuster in Feststoff, Grund-/Sickerwasser und Porenluft nur anhand der beiden chemischen Reinigungen an der Bahnhofstrasse 25 und 36 erklärt werden können.
Im Urteil 1C_570/2011 vom 20. September 2012 hielt das Bundesgericht fest, dass die Ausfallkostenregelung von <ref-law> nicht zum Zug kommt, wenn alle Verursacher ermittelt werden können, aber eine Unsicherheit über die einzelnen Anteile an der Belastung besteht. Da die Mitverursachung einer Belastung insbesondere wegen des Zeitablaufs oftmals nicht mit letzter Sicherheit bestimmt werden könne, sei diesbezüglich auf die überwiegende Wahrscheinlichkeit abzustellen (a.a.O., E. 2, in: URP 2013 S. 37). Die Entbindung von der Kostentragungspflicht kann somit nicht damit begründet werden, dass eine sichere Differenzierung zwischen zwei Mitverursachern in Bezug auf die ihnen zuzurechnenden Anteile an einer Schadstoffbelastung nicht möglich sei.
Wie es sich damit abschliessend verhält, hat vorliegend aus Gründen des rechtlichen Gehörs offenzubleiben. Die A._ AG bringt vor, dass sie nicht die Rechtsnachfolgerin der damaligen Betreiberin der chemischen Reinigung an der Bahnhofstrasse 25 sei und nennt alternativ zwei Personen, auf die dies ihrer Ansicht nach zutrifft. Da der angefochtene Entscheid ohnehin aufzuheben und an die Vorinstanz zurückzuweisen ist, obliegt es dieser, falls erforderlich, die möglichen Rechtsnachfolger ins weitere Verfahren einzubeziehen und ihnen zur Frage der Rechtsnachfolge sowie der Kostentragungspflicht das rechtliche Gehör zu gewähren. Das Verwaltungsgericht wird zudem im Rahmen der neuen Beurteilung die vorangehenden Erwägungen zu berücksichtigen haben.
3.5.
3.5.1. Umstritten ist schliesslich, ob die private Beschwerdeführerin kostenpflichtig ist, sei es als Verhaltensstörerin, sei es als Zustandsstörerin. Das Verwaltungsgericht führte aus, es sei in dieser Hinsicht irrelevant, ob die Per-Belastung bereits im Zeitpunkt des Grundstückskaufs bestanden habe oder erst später, insbesondere im Rahmen des Aushubs, eingetreten sei. Jedenfalls habe die private Beschwerdeführerin als Standortinhaberin und Bauherrin mit den Bauarbeiten die Schadstoffe mobilisiert und sei deshalb als kostenpflichtige Verhaltensverursacherin zu qualifizieren. Den Sorgfaltsnachweis im Sinne von <ref-law> habe sie nicht erbracht. Die private Beschwerdeführerin kritisiert diese Beurteilung als bundesrechtswidrig.
3.5.2. Da es nach dem Ausgeführten entgegen der Auffassung der Vorinstanzen nicht um Sanierungsmassnahmen, sondern nur um Massnahmen zur Untersuchung und Überwachung geht, ändert sich die Ausgangslage auch in Bezug auf die Frage der Verursachereigenschaft. Ob zutrifft, dass die private Beschwerdeführerin bei den Bauarbeiten die Schadstoffe mobilisiert hat, ist in dieser Hinsicht nicht entscheidend. Massgeblich ist vielmehr, ob sie die (nicht baubedingten) Untersuchungs- und Überwachungskosten unmittelbar durch ihr Verhalten verursacht hat. Das Verwaltungsgericht wird diesen Umstand im Rahmen seiner neuen Beurteilung berücksichtigen müssen.
Da sich die Frage, inwieweit die private Beschwerdeführerin als Verhaltensverursacherin kostenpflichtig ist, direkt auf die weiteren Kostenpflichtigen auswirkt, muss diesen zunächst das rechtliche Gehör gewährt werden. Dies setzt voraus, dass die Rechtsnachfolge der E._ AG geklärt wird. Eine abschliessende Beurteilung durch das Bundesgericht ist deshalb nicht möglich, auch wenn vorliegend von keiner Seite geltend gemacht wurde, die private Beschwerdeführerin habe mit ihrem Verhalten dazu beigetragen, dass die CKW auf den Standort gelangt sind.
3.5.3. In Bezug auf die mögliche Eigenschaft der Beschwerdeführerin als Zustandsstörerin ist zu berücksichtigen, dass sich diese von vornherein nur auf Massnahmen zur Untersuchung und Überwachung auf ihrem eigenen Grundstück beziehen kann und nicht auf die im Eigentum der Gemeinde stehende Strassenparzelle. Ob ihr in dieser Hinsicht der Sorgfaltsbeweis gelingt, ist davon abhängig, ob die Belastung auf ihrem Grundstück im Zeitpunkt des Kaufs bereits vorhanden war oder, wie sie selbst behauptet, erst bei der Abgrabung durch den Grundwasserzufluss vom Nachbargrundstück her eintrat. Das Verwaltungsgericht wird diese Frage zu prüfen haben.
4.
4.1. Die Gemeinde wirft dem Verwaltungsgericht schliesslich vor, ihr in willkürlicher Anwendung von § 12 Abs. 2 des Abfallgesetzes des Kantons Zürich vom 25. September 1994 (AbfG; LS 712.1) die Ausfallkosten auferlegt zu haben. Nach dieser Bestimmung habe der Staat die Kosten zu übernehmen, wenn der Verursacher nicht ermittelt werden könne. Sie habe im Verfahren vor Verwaltungsgericht hierauf hingewiesen. Das Verwaltungsgericht habe dies jedoch nicht beachtet und damit die Begründungspflicht verletzt.
4.2. Gemäss <ref-law> trägt das zuständige Gemeinwesen den Kostenanteil der Verursacher, die nicht ermittelt werden können. Fehlt eine kantonale Regelung, die die Ausfallkosten der Gemeinde auferlegt, so trägt diese der Kanton (Urteil 1C_524/2014 vom 24. Februar 2016 E. 6.2.2, in: URP 2016 S. 477 mit dem Hinweis, dass es nach <ref-law> die Kantone sind, die dafür zu sorgen haben, dass belastete Standorte nötigenfalls saniert werden). Vorliegend hat das Verwaltungsgericht allein auf eine Stellungnahme der Gemeinde hingewiesen, daneben aber keine entsprechende kantonale Norm angeführt und ist zudem auch nicht auf den Hinweis der Gemeinde auf § 12 Abs. 2 AbfG eingegangen, der eine Kostentragungspflicht des Staats vorsieht, wenn der Verursacher nicht ermittelt werden kann oder zahlungsunfähig ist. Damit setzte es sich in willkürlicher Weise über die erwähnte kantonale Bestimmung hinweg und verletzte <ref-law>.
5.
Die Beschwerden sind aus den genannten Gründen teilweise gutzuheissen. Der angefochtene Entscheid ist aufzuheben und die Sache zur neuen Beurteilung im Sinne der Erwägungen, allenfalls nach Vornahme zusätzlicher Instruktionsmassnahmen, ans Verwaltungsgericht zurückzuweisen.
Bei diesem Verfahrensausgang ist gerechtfertigt, die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens je zu einem Drittel den Parteien aufzuerlegen. Auch die beschwerdeführende Gemeinde ist kostenpflichtig, da sie Vermögensinteressen verfolgt (<ref-law>). Unter den konkreten Umständen erscheint es zudem als angebracht, keiner Partei eine Entschädigung zuzusprechen (vgl. Urteil 1C_524/2014 vom 24. Februar 2016 E. 11, in: URP 2016 S. 477).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Verfahren 1C_282/2016 und 1C_294/2016 werden vereinigt.
2.
Die Beschwerden werden teilweise gutgeheissen. Das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Zürich vom 12. Mai 2016 wird aufgehoben und die Sache zur neuen Beurteilung im Sinne der Erwägungen an das Verwaltungsgericht zurückgewiesen.
3.
Die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens von Fr. 9'000.-- werden zu je Fr. 3'000.-- der Gemeinde Wallisellen, der B._ AG und der A._ AG auferlegt.
4.
Es wird keine Parteientschädigung zugesprochen.
5.
Dieses Urteil wird den Parteien, dem Amt für Abfall, Wasser, Energie und Luft (AWEL), der Baudirektion und dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 1. Abteilung, 1. Kammer, sowie dem Bundesamt für Umwelt schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 21. Februar 2018
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Merkli
Der Gerichtsschreiber: Dold