Faits :
A.
A.a. Les 1er et 10 juin 2003, H.A._ (ci-après: le distributeur) et Z._ SA (ci-après: Z._), société dont le but est la conception, la production et la commercialisation de produits horlogers et apparentés, ont signé un contrat intitulé " sales and distribution agreement " pour la période du 1er mai 2003 au 31 décembre 2007.
Aux termes de l'accord, à défaut d'une résiliation donnée par écrit au moins six mois avant l'échéance du contrat, le contrat est renouvelé pour une période de trois ans (et ainsi de suite), sauf si, deux mois avant la fin de la période contractuelle, les parties ne parviennent pas à trouver un accord sur le " turnover " minimal (cf. infra le chiffre d'affaires min.) pour la nouvelle période de trois ans. Le distributeur a le droit exclusif de commercialiser les produits de Z._ au Royaume-Uni et en Irlande. Il s'engage à atteindre un chiffre d'affaires (calculé selon la facturation au prix d'usine par Z._) déterminé chaque année et, notamment, un montant de 1'200'000 fr. pour l'année 2006 et de 1'500'000 fr. pour l'année 2007.
Il résulte du contrat que Z._ peut y mettre un terme si le distributeur ne remplit pas ses obligations contractuelles: si le chiffre d'affaires n'est pas atteint et que le distributeur n'y remédie pas dans les soixante (ou trente) jours (" within a time limit of sixty (30) days " [sic]) suivant la notification par Z._ de la non-performance par lettre recommandée, celle-ci peut y mettre fin immédiatement; si le distributeur viole ses obligations de paiement (90 jours suivant la date d'émission de la facture), Z._ peut y mettre fin immédiatement après 15 jours (art. 30 du contrat).
Z._ peut aussi résilier le contrat en cas de non-atteinte des objectifs de " turnover " annuel en notifiant au distributeur une déclaration de résiliation au cours du mois suivant la fin de chaque année civile (i.e. janvier), pour la fin du mois suivant (i.e. février) (art. 1 4e par. du contrat).
A.b. Le 1er avril 2006, la raison sociale X._ Ltd (ci-après: X._) s'est substituée, avec le consentement de Z._, aux droits et obligations de H.A._ résultant du contrat de juin 2003.
A.c. A partir de mai 2006, X._ s'est plainte auprès de Z._ de retards dans ses livraisons, ce qui l'aurait empêchée d'honorer certains engagements pris auprès de sa clientèle.
Le 6 octobre 2006, une rencontre a eu lieu à Genève entre trois représentants de Z._, H.A._ et son épouse F.A._. Le contenu des discussions tenues durant cette séance est litigieux. X._ affirme que Z._ lui aurait alors communiqué la résiliation du contrat les liant (avec effet au 31 décembre 2006), ce que Z._ conteste.
Par lettre recommandée du 19 octobre 2006, Z._ a rappelé à X._ qu'elle l'avait informée de sa décision de cesser sa collaboration avec elle, pour les motifs évoqués lors de la séance du 6 octobre 2006, qu'il était dans l'intérêt des deux parties de mettre fin au contrat le 31 décembre 2006, qu'elle souhaitait qu'une lettre commune soit rédigée en temps voulu pour informer les détaillants de l'intention commune de Z._ et X._ de mettre un terme à leur collaboration à la fin de l'année, que X._ lui devait 401'614 fr.67, dont 254'197 fr. étaient en retard, et que les livraisons étaient suspendues jusqu'à ce que X._ s'acquitte de sa dette.
Le 31 octobre 2006, X._ a notamment répondu qu'elle n'acceptait pas la décision de Z._ de mettre fin de manière " prématurée, abrupte et injustifiable " à la relation contractuelle, celle-ci courant jusqu'à fin 2007, avec un délai de résiliation de six mois et qu'elle attendait une proposition d'indemnisation de la part de Z._, du fait de la résiliation prématurée et injustifiée du contrat.
Le 15 décembre 2006, X._ a communiqué à Z._ que, selon elle, le contrat de juin 2003 avait été résilié " en infraction manifeste avec l'échéance normale du contrat " et qu'elle évaluait son préjudice provisoire à 2'937'421 fr.
Par courrier du 16 janvier 2007 adressé à X._, Z._ a indiqué qu'il apparaissait déjà à l'époque de la séance du 6 octobre 2006 que les résultats fixés par le contrat pour l'année 2006 ne seraient pas atteints, que cela s'est ensuite confirmé, que les livraisons effectivement faites à X._ en 2006 avaient généré un chiffre d'affaires très nettement inférieur à celui qui aurait dû être atteint d'après le contrat et que, conformément aux dispositions contractuelles (art. 1 4e par. du contrat de juin 2003), Z._ résiliait le contrat " pour la fin février 2007 ". Elle ajoutait que des montants importants lui étaient toujours dus, qu'elle lui fixait un délai de 15 jours pour s'exécuter et qu'à défaut de versement dans ce délai, le contrat " pourra être résilié avec effet immédiat " (cf. art. 30 du contrat).
Par courrier du 6 février 2007 envoyé à Z._, X._ a relevé que le contrat avait été résilié unilatéralement le 6 octobre 2006 par Z._ (avec effet au 31 décembre 2006), que cette résiliation, confirmée par écrit le 19 octobre 2006, était constitutive " d'une rupture abusive " et qu'elle justifiait la réclamation de dommages-intérêts.
Le 7 février 2007, Z._ a déclaré résilier le contrat " avec effet immédiat au sens de son article 30 ". X._ s'est opposée à cette " nouvelle résiliation " le 9 février 2007, estimant que le contrat avait pris fin le 31 décembre 2006.
A.d. Les 16 et 17 janvier 2007, Z._ a rencontré un nouveau distributeur et conclu avec lui un contrat de distribution pour le Royaume-Uni en octobre 2007.
B.
Le 2 juillet 2007, H.A._ et X._ ont ouvert une action en paiement devant le Tribunal cantonal de Neuchâtel (le dossier ayant été ensuite transmis au Tribunal civil du Littoral et du Val-de-Travers), concluant en particulier à ce que Z._ soit condamnée à lui verser la somme de 2'590'858 fr.90, intérêts en sus.
Dans sa réponse et demande reconventionnelle du 14 mai 2008, la défenderesse a conclu au rejet de la demande et, reconventionnellement, au versement par X._ (ci-après: la demanderesse) d'un montant de 495'443 fr.67, plus 34'904 fr.82 d'intérêts au 14 mai 2008, intérêts en sus.
Les parties ont poursuivi les échanges d'écritures puis, le 5 décembre 2012, les demandeurs ont déposé une réplique et une réponse à la demande reconventionnelle après réforme, concluant à ce que la défenderesse soit condamnée à leur verser 2'463'308 fr.90, intérêts en sus.
Le 18 mars 2013, dans sa duplique après réforme, la défenderesse a conclu au rejet de la demande et à ce que X._ soit condamnée à lui payer 495'443 fr.67, intérêts en sus, plus 34'904 fr.82 d'intérêts au 14 mai 2008.
Par jugement du 15 mai 2016, le Tribunal civil a rejeté la demande de H.A._, faute de légitimation active, rejeté la demande de X._, condamné celle-ci à payer à la défenderesse la somme de 495'401 fr., intérêts en sus, plus 34'900 fr. à titre d'intérêts courus jusqu'au 14 mai 2008.
Par arrêt du 20 novembre 2017, la Cour d'appel civile du Tribunal cantonal neuchâtelois a admis très partiellement l'appel formé par la demanderesse et condamné celle-ci à verser à la défenderesse le montant de 481'651 fr., intérêts en sus, plus 34'900 fr. à titre d'intérêts courus jusqu'au 14 mai 2008. Elle a admis partiellement l'appel joint de la défenderesse qui portait exclusivement sur la répartition des frais et des dépens.
C.
La demanderesse exerce un recours en matière civile au Tribunal fédéral contre l'arrêt cantonal du 20 novembre 2017. Elle conclut à sa réforme en ce sens que, après compensation, sa partie adverse soit condamnée à lui payer le montant de 1'834'334 fr.85, intérêts en sus, subsidiairement au renvoi de la cause à l'autorité cantonale pour instruction et jugement au sens des considérants de la Cour de céans. La recourante explique que ce montant comprend une indemnité pour la clientèle, son manque à gagner pour les exercices 2006 et 2007 et des frais de marketing. Elle invoque " trois griefs d'ordre formel " (violation de l'art. 29 al. 2 Cst., de l'<ref-law>, ainsi que de l'art. 30 al. 1 Cst. et de l'art. 6 par. 1 CEDH), l'établissement manifestement inexact des faits (<ref-law>) et la violation du droit au sens de l'<ref-law>.
La défenderesse conclut au rejet du recours dans la mesure de sa recevabilité.
Invitée à fournir des sûretés en garantie des dépens, la recourante a versé le montant de 20'000 fr. à la Caisse du Tribunal fédéral.
La requête visant l'octroi de l'effet suspensif a été rejetée par ordonnance présidentielle du 18 mai 2018.

Considérant en droit :
1.
1.1. Interjeté en temps utile (<ref-law>) par la demanderesse qui a succombé partiellement dans ses conclusions (en paiement, sur demande principale, et libératoires, sur demande reconventionnelle) (<ref-law>) et dirigé contre un arrêt final (<ref-law>) rendu sur recours par le tribunal supérieur du canton (<ref-law>) dans une contestation relevant d'un contrat de représentation exclusive, dont la valeur litigieuse est supérieure à 30'000 fr. (art. 72 al. 1 et 74 al. 1 let. b LTF), le recours en matière civile est recevable au regard de ces dispositions.
1.2. Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>). Le Tribunal fédéral ne peut s'en écarter que si ces faits ont été établis de façon manifestement inexacte - ce qui correspond à la notion d'arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (<ref-ruling> consid. 4.1.2; <ref-ruling> consid. 5.1) - ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> (<ref-law>), et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (<ref-law>).
Le Tribunal fédéral se montre réservé en matière de constatations de fait et d'appréciation des preuves, vu le large pouvoir qu'il reconnaît en ce domaine aux autorités cantonales (<ref-ruling> consid. 4b; <ref-ruling> consid. 9 et les références). Il n'intervient, du chef de l'art. 9 Cst., que si le juge du fait n'a manifestement pas compris le sens et la portée d'un moyen de preuve, a omis sans raisons objectives de tenir compte des preuves pertinentes ou a effectué, sur la base des éléments recueillis, des déductions insoutenables (<ref-ruling> consid. 4.2; <ref-ruling> consid. 4.2).
La critique de l'état de fait retenu est soumise au principe strict de l'allégation énoncé par l'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 2.3 p. 266 et les références). La partie qui entend attaquer les faits constatés par l'autorité précédente doit expliquer clairement et de manière circonstanciée en quoi ces conditions seraient réalisées (<ref-ruling> consid. 1.3.1 p. 18 et les références). Si la critique ne satisfait pas à ces exigences, les allégations relatives à un état de fait qui s'écarterait de celui de la décision attaquée ne pourront pas être prises en considération (<ref-ruling> consid. 1.3.1 p. 18).
2.
Après avoir préalablement observé que les parties n'avaient pas contesté la qualification du contrat (contrat de concession de vente exclusive ou contrat de représentation exclusive), la cour cantonale a retenu que, le 6 octobre 2006, les représentants de la défenderesse n'avaient pas eu l'intention réelle de résilier unilatéralement le contrat pour le 31 décembre 2006, ce que le représentant de la demanderesse avait bien compris. La défenderesse avait en réalité cherché à mettre fin au contrat d'un commun accord pour fin 2006, mais aucun accord n'avait été trouvé avec la demanderesse. Le 16 janvier 2007, la défenderesse, faisant usage de la possibilité qui lui était donnée par le contrat, a invoqué le non-respect par la demanderesse de la clause de " turnover " minimal pour 2006 et le retard dans le paiement. Le 7 février 2007, en application de l'art. 30 du contrat, elle a mis un terme à la relation contractuelle en raison de ce retard, la cour cantonale relevant que la défenderesse aurait déjà pu faire usage de cette disposition dans le courant de l'année 2006. L'autorité précédente en a conclu que la demanderesse avait échoué à apporter la preuve d'une résiliation unilatérale contraire aux termes et délais contractuels qui déploierait des effets au 31 décembre 2006.
La défenderesse n'ayant pas violé le contrat, la cour cantonale a rejeté les prétentions de la demanderesse en découlant, qui visaient son prétendu manque à gagner pour l'année 2007.
L'autorité précédente a également jugé que la demanderesse n'avait pas apporté la preuve de son prétendu manque à gagner pour l'année 2006, que la demanderesse ne pouvait se retrancher derrière sa demande d'expertise (rejetée par la cour cantonale) pour éluder les obligations d'allégation qui lui incombaient et elle a signalé " par surabondance " ne pas voir en quoi une expertise aurait été utile sur ce point ou pour établir les frais généraux réclamés par la demanderesse.
Les autres prétentions de la demanderesse ont été rejetées par la cour cantonale qui a toutefois corrigé une erreur de calcul en sa faveur, retenant qu'un montant de 13'750 fr. devait être déduit du montant de 495'401 fr. réclamé par la défenderesse.
Enfin, la cour cantonale a corrigé, en faveur de la défenderesse, la répartition des frais et dépens.
3.
La demanderesse reproche à la cour cantonale de n'avoir pas respecté les règles sur la composition de l'autorité judiciaire (violation de l'art. 30 al. 1 Cst. et de l'art. 6 par. 1 CEDH sur l'exigence d'un tribunal indépendant et impartial), d'avoir refusé d'ordonner une expertise (transgression de son droit d'être entendue selon l'art. 29 al. 2 Cst. et de son droit à la preuve résultant de l'<ref-law>) et elle lui reproche d'avoir arbitrairement (art. 9 Cst.) établi les faits (acte de recours p. 16 ss) et apprécié les preuves.
Les deux premières critiques seront examinées préalablement (cf. infra consid. 3.1 et 3.2). Quant à celles tirées de l'arbitraire, elles seront reprises lors de l'examen au fond (cf. infra consid. 4), pour autant qu'elles aient une influence sur l'issue de la cause.
3.1. Dans un premier moyen, qui sous-entend le manque d'indépendance et d'impartialité de la Cour d'appel civile, la recourante critique la manière dont la procédure a été menée devant l'autorité cantonale. Elle se plaint de n'avoir pas été informée des changements qui sont intervenus, après le dépôt de son mémoire d'appel du 22 juin 2016, dans la composition de la cour suite au départ à la retraite de deux juges cantonaux, à l'entrée en fonction de deux nouveaux juges (Glassey à la fin du mois d'avril 2017 et Babaiantz le 1er août 2017), à la récusation des deux juges qui, au côté du juge Glassey, composent ordinairement la Cour d'appel civile, à savoir les juges Babaiantz (remplacé par le juge Tendon) et de Vries Reilingh (remplacée par la juge Wittwer) et, enfin, suite à la récusation de la juge Wittwer (remplacée par le juge Inderwildi), intervenue seulement quelques jours avant que la décision entreprise ne soit rendue.
La recourante ne conteste toutefois pas que la composition des cours du Tribunal cantonal de Neuchâtel fait chaque année (le 1er septembre) l'objet d'une publication officielle et qu'elle connaissait (ou aurait dû connaître) la composition de la Cour d'appel civile suite aux deux départs à la retraite en 2017. Elle ne conteste pas non plus avoir reçu une première communication le 17 octobre 2017, indiquant que la cour appelée à statuer était composée des juges Glassey, Tendon et Wittwer, puis une deuxième communication le 13 novembre 2017, faisant état de la nouvelle (et dernière) composition de la cour (juges Glassey, Tendon et Inderwildi). La recourante ne prétend pas (ni a fortiori ne prouve) avoir soulevé des critiques aussitôt après avoir réceptionné ces courriers et pris connaissance des changements intervenus, en particulier en ce qui concerne la composition de la cour ayant finalement statué, de sorte qu'elle est déchue du droit de s'en plaindre aujourd'hui (<ref-law>; cf. <ref-ruling> consid. 4.3 p. 496 s.).
La recourante relève que les deux communications écrites ne contenaient aucune motivation permettant de comprendre le motif des changements intervenus et qu'elle ignore la date à partir de laquelle les nouveaux juges ont participé à la procédure. A cet égard, on peut suivre la cour cantonale lorsqu'elle explique que les deux parties connaissaient pertinemment les motifs de la récusation des juges Babaiantz, de Vries Reilingh et Wittwer: la recourante ne pouvait ignorer le motif de la récusation du premier juge (Babaiantz) puisque le jugement du Tribunal régional attaqué devant le Tribunal cantonal avait été rendu par ce juge (dans le cadre de sa précédente fonction); la deuxième juge (de Vries Reilingh) n'était autre que l'épouse d'un associé du mandataire de l'intimée, ce que l'avocat de la recourante ne pouvait ignorer (cf. détermination de la cour cantonale du 15 janvier 2018 ch. 3 p. 2); enfin, la recourante ne pouvait pas non plus ignorer que la troisième juge (Wittwer) s'était récusée en raison de ses liens avec son propre avocat, celle-là ayant travaillé près de vingt ans avec celui-ci.
S'agissant de l'absence d'indication des dates précises auxquelles les changements ont eu lieu, la recourante n'explique pas en quoi ces informations permettraient en l'espèce de douter de l'impartialité et de l'indépendance de la cour et il n'y a donc pas lieu de s'y arrêter.
Quant au téléphone du président de la Cour d'appel civile (Glassey) visant à communiquer au mandataire de l'intimée le nom du juge instructeur (qui avait d'ailleurs déjà signé des courriers adressés préalablement aux parties), il est impropre à fonder objectivement un soupçon de prévention. Il s'agit certes d'une erreur du juge cantonal, qui le reconnaît d'ailleurs lui-même tout en soulignant que " cette pratique ne se reproduira pas " (détermination du 15 janvier 2018 ch. 7 p. 3), mais qui, dans les circonstances de l'espèce, ne permet pas de le suspecter de partialité (cf. arrêt 4P.299/2000 du 29 mars 2001 consid. 2c et les arrêts cités).
Enfin, lorsqu'elle se plaint de ce que le juge Inderwildi n'a rejoint la cour que quelques jours avant le prononcé de l'arrêt querellé, la recourante se borne à exprimer ses doutes quant au sérieux avec lequel ce juge a participé à la décision de la cour. Par l'expression de ses doutes, la recourante tente de suggérer que l'arrêt entrepris aurait été rendu de manière irrégulière. En procédant ainsi, par pure insinuation, la recourante n'invoque aucun grief valable, susceptible d'être examiné par le Tribunal fédéral. En outre, on voit mal comment on pourrait en soi se plaindre de l'efficacité des juges cantonaux, ou de l'un d'entre eux. Quant à savoir si la rapidité avec laquelle ceux-ci ont jugé la cause les a conduit à établir certains faits de manière arbitraire (art. 9 Cst.) ou à transgresser la loi, il s'agit là de questions étrangères à celle qui est ici insinuée.
3.2. Dans un deuxième grief, la recourante se plaint de ce que la preuve par expertise qu'elle proposait (notamment pour établir le dommage prétendument causé par la livraison tardive - par l'intimée - de certaines commandes durant l'année 2006) a été rejetée en violation des règles procédurales applicables et que la décision de rejet n'était pas suffisamment motivée (violation de son droit d'être entendue).
La recourante fait état d'une violation de l'<ref-law>, alors que l'ancien CPCN était en vigueur. Or, il lui appartenait de démontrer que la cour cantonale avait appliqué de manière arbitraire cette ancienne disposition cantonale. Son moyen se révèle dès lors irrecevable.
Quant au prétendu défaut de motivation, force est de constater que l'instance précédente a clairement exposé le motif pour lequel elle a refusé d'administrer les preuves proposées: la recourante (alors appelante) n'avait pas étayé ses prétentions, malgré les contestations de fait de la partie adverse et elle ne pouvait demander la mise en oeuvre d'une expertise pour pallier son défaut d'allégation. Par surabondance, la cour cantonale a considéré qu'une expertise n'était pas propre à établir le volume des pièces commandées par la recourante et n'ayant pas été livrées par l'intimée, ni la cause du défaut de livraison pour chaque pièce. Cette motivation permet parfaitement de comprendre pour quelle raison les magistrats précédents ont refusé d'ordonner une expertise et il ne saurait être question d'une violation du droit d'être entendu (cf. <ref-ruling> consid. 2.2; <ref-ruling> consid. 4.1 et les arrêts cités).
4.
Sur le fond, le litige porte sur la résiliation du contrat liant les parties avant son terme et les conséquences de cette résiliation. La demanderesse soutient que la résiliation lui a été notifiée le 6 octobre 2006, avec effet au 31 décembre 2006, tandis que la défenderesse considère qu'à ce moment-là, elle n'a fait que proposer de mettre un terme à la relation contractuelle d'un commun accord pour le 31 décembre 2006, que la demanderesse s'y est opposée et que la résiliation est alors intervenue le 7 février 2007, après une sommation notifiée le 16 janvier 2017.
4.1. La recourante invoque une " violation du droit ", sans toutefois expliquer de manière claire en quoi le droit fédéral aurait été transgressé. En renvoyant au grief qu'elle avait préalablement tiré de l'arbitraire dans l'appréciation des preuves (art. 9 Cst.), la recourante semble en réalité se référer à l'interprétation (subjective) de la déclaration de résiliation qui lui aurait été communiquée le 6 octobre 2006 pour en conclure que le résultat auquel est parvenu la cour cantonale est insoutenable.
4.1.1. Dans ce contexte, la recourante reproche à la cour cantonale d'avoir attribué, à deux courriers de l'intimée, un sens qui ne trouverait pourtant aucun appui dans leur texte et qui se révélerait contraire aux témoignages recueillis.
Elle se borne à se plaindre d'une " interprétation tronquée, inexacte et arbitraire " sans toutefois expliquer, en comparant le texte de ces courriers avec le sens retenu par la cour cantonale, en quoi celle-ci en aurait fait une lecture insoutenable. En outre, la recourante n'indique pas à quels témoignages elle fait référence. A défaut d'une motivation suffisante, la critique se révèle irrecevable.
4.1.2. La recourante revient ensuite sur la séance du 6 octobre 2006, en affirmant que les représentants de la société défenderesse y ont exprimé la volonté de celle-ci de résilier unilatéralement le contrat (avec effet au 31 décembre 2006).
Pour démontrer l'existence d'une telle intention, la demanderesse évoque divers éléments de fait, notamment ses difficultés de paiement dont il aurait été question pour la première fois durant cette séance. Ces éléments sont toutefois impropres à démontrer l'arbitraire de la cour cantonale. On ne voit en effet pas en quoi les difficultés de paiement de la demanderesse auraient d'emblée conduit la défenderesse à procéder, par l'intermédiaire de ses représentants, à la résiliation unilatérale du contrat plutôt que de tenter de mettre fin à celui-ci d'un commun accord avec son distributeur, comme l'a retenu la cour cantonale.
4.1.3. S'agissant des deux témoins qui, selon la recourante, ne seraient pas crédibles, la cour cantonale a expliqué les raisons pour lesquelles elle estimait pouvoir se fonder sur leurs déclarations, révélant que celles-ci étaient corroborées notamment par le contenu de courriels de la recourante et que les mots utilisés dans les échanges de correspondance étaient impropres à évoquer une résiliation unilatérale. La recourante, qui invoque l'arbitraire, réfute cette argumentation en relevant notamment que l'intimée a affirmé avoir pris la " décision " de mettre une fin prématurée aux relations contractuelles et qu'elle a elle-même utilisé le même terme dans deux courriers adressés à l'intimée, ce que celle-ci n'a pas contesté. Par ce procédé, la recourante se borne à extraire du dossier les formulations qui vont dans le sens de sa thèse, en occultant celles qui s'en écartent, ce qui n'équivaut pas à démontrer l'arbitraire dans l'appréciation des preuves.
4.1.4. La recourante soutient qu'elle n'était pas débitrice de montants en souffrance au moment de la séance du 6 octobre 2006 ou qu'elle aurait encore effectué des livraisons à divers clients après cette réunion. Elle en infère que l'intimée n'avait aucun motif de résilier le contrat le 7 février 2007, ce qui démontrerait que la résiliation était nécessairement antérieure (i.e. notifiée le 6 octobre 2006).
Cette argumentation, pour autant qu'on la comprenne bien, tombe à faux. D'autres éléments retenus par la cour précédente, déterminants, montrent que l'intimée a pris la décision de résilier le contrat avec effet immédiat le 7 février 2007 sur la base de motifs réels. La recourante ne revient pas sur ces éléments. En particulier, elle ne conteste pas avoir été mise en demeure de payer ses arriérés par courrier du 16 janvier 2017. Elle ne nie pas non plus ne pas avoir versé ceux-ci dans le délai imparti, ce qui a conduit à la résiliation du contrat. Cela étant, les critiques - par ailleurs essentiellement appellatoires - soulevées par la recourante sous l'angle de l'établissement manifestement inexact des faits sont impropres à démontrer une appréciation arbitraire des preuves par l'autorité cantonale (art. 9 Cst.).
S'agissant de l'argument selon lequel la cour précédente aurait fait la " démonstration de son a priori " en ne réduisant pas le montant des intérêts réclamés par l'intimée bien qu'une montre avait encore été livrée à la fin de l'année 2006, il vise un point de fait " marginal " - comme l'admet elle-même la recourante -, impropre à établir un quelconque arbitraire.
Quant au dernier point évoqué par la recourante, il traite indifféremment du refus d'octroyer une indemnité pour clientèle, du raisonnement de la Cour d'appel civile relatif au réseau des détaillants-revendeurs et il introduit la violation du droit, que la recourante traitera dans les paragraphes qui suivront de son recours. Cela étant, on peine à distinguer en quoi ces explications permettraient de démontrer que c'est en appréciant les preuves de manière arbitraire que la cour cantonale a exclu toute résiliation unilatérale du contrat lors de la réunion du 6 octobre 2006. La critique est irrecevable.
4.2. Toujours dans la partie de son mémoire consacrée à la " violation du droit ", la recourante (l'agente) fait grief à la cour cantonale d'avoir transgressé l'<ref-law> en refusant de lui accorder une indemnité de clientèle. Elle considère y avoir droit au motif que l'intimée (la mandante) a maintenu des relations commerciales avec le réseau qu'elle a elle-même constitué.
Force est toutefois de constater que la cour cantonale n'a pas ignoré la persistance des relations commerciales (entre la mandante et le réseau de clients monté par l'agente) et, partant, l'existence d'un profit effectif pour la mandante (principe de l'octroi d'une indemnité prévu à l'<ref-law>). Elle a tranché la question sur la base d'un constat différent: la clientèle étant restée utile et fidèle à l'agente, elle a considéré qu'il serait inéquitable de verser encore une indemnité à celle-ci (exception prévue à l'<ref-law>; cf. <ref-ruling> consid. 3a p. 282). La critique de la recourante tombe dès lors à faux.
Cela étant, il est inutile d'examiner les critiques relatives à l'établissement arbitraire des faits (art. 9 Cst.) soulevées par la recourante dans ce contexte.
4.3. Enfin, la recourante critique les dispositions appliquées par l'autorité précédente au regard des fardeaux de l'allégation et de la preuve. Elle se limite toutefois à fournir sa propre interprétation de l'art. 223 aCPCN (alors applicable), sans expliquer en quoi l'autorité précédente aurait appliqué cette disposition de manière arbitraire. Le moyen est irrecevable.
5.
Il résulte des considérations qui précèdent que le recours en matière civile doit être rejeté dans la mesure où il est recevable.
Les frais et les dépens sont mis à la charge de la recourante, qui succombe (art. 66 al. 1 et 68 al. 1 et 2 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 18'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3.
La recourante versera à l'intimée une indemnité de 20'000 fr. à titre de dépens. Cette indemnité sera acquittée au moyen des sûretés payées par la recourante à la Caisse du Tribunal fédéral.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et au Tribunal cantonal du canton de Neuchâtel, Cour d'appel civile.
Lausanne, le 12 novembre 2018
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente : Kiss
Le Greffier : Piaget