Faits :
A.
A.a. B._, née le 17 janvier 2015 est issue d'une union libre entre A._ (1990) et C._ (1993).
Le 18 février 2015, A._ a reconnu sa fille devant l'Officier d'Etat civil de Morges (VD).
Par déclaration approuvée par le Juge de paix du district de Morges le 23 février 2015, C._ et A._ ont convenu d'exercer conjointement l'autorité parentale sur leur fille.
A.b. Le 7 janvier 2017, C._ a déposé une plainte pénale à l'encontre de A._ pour voies de fait, menace et injure, en lien avec des faits qui se seraient déroulés la veille.
A.c. Par décision du 8 mai 2017, la Juge de paix du district de Nyon (ci-après: Juge de paix) a notamment ouvert une enquête en détermination du lieu de résidence de l'enfant B._ et en fixation du droit de visite de A._ (ch. I du dispositif), dit que A._ exercerait son droit de visite sur sa fille par l'intermédiaire du Point Rencontre deux fois par mois, pour une durée maximale de deux heures, à l'intérieur des locaux exclusivement, les six premières visites, puis pour une durée maximale de trois heures, avec l'autorisation de sortir des locaux en fonction du calendrier d'ouverture et conformément au règlement et aux principes de fonctionnement du Point Rencontre, qui étaient obligatoires pour les deux parents (III).
A.d. Dans un rapport d'évaluation du 22 décembre 2017 établi à la demande de la Juge de paix, le Service de protection de la jeunesse (ci-après: SPJ) a proposé de maintenir le lieu de résidence de B._ auprès de sa mère, d'élargir le droit de visite du père à six heures à l'extérieur du Point Rencontre jusqu'à ce qu'une évaluation médicale ait été effectuée et, en fonction de ce bilan, si aucun élément ne s'y opposait, d'élargir le droit de visite de A._ du samedi matin au dimanche en fin de journée, avec passage de l'enfant dans un lieu neutre.
A.e. Par acte du 28 mars 2018, B._, représentée par sa mère C._, a introduit une action en modification de la contribution d'entretien avec mesures superprovisionnelles et provisionnelles par-devant le Tribunal civil de l'arrondissement de La Côte. Elle a notamment conclu, sur mesures superprovisionnelles, à ce que l'autorité parentale et la garde exclusives la concernant soient attribuées à C._ et à ce qu'un droit de visite restreint d'une durée maximale de deux heures par quinzaine, dans le cadre du Point Rencontre, avec interdiction de sortir des locaux, soit conféré à A._. Sur mesures provisionnelles et au fond, elle a notamment repris les mêmes conclusions.
A.f. Par ordonnance de mesures superprovisionnelles du 3 avril 2018, la Présidente du Tribunal civil de l'arrondissement de La Côte (ci-après; Présidente) a notamment dit que le droit de visite de A._ sur sa fille s'exercerait dorénavant de manière restreinte dans le cadre du Point Rencontre, à raison d'une durée maximale de deux heures par quinzaine avec interdiction de sortir des locaux.
A.g. Par ordonnance de mesures provisionnelles du 26 juillet 2018, la Présidente a notamment dit que l'autorité parentale demeurait conjointe (ch. I du dispositif), a confié la garde de l'enfant à sa mère (II), a dit que l'exercice du droit de visite de A._ sur sa fille s'exercerait par l'intermédiaire du Point Rencontre deux fois par mois, pour une durée de six heures, avec l'autorisation de sortir des locaux, en fonction du calendrier d'ouverture et conformément au règlement et aux principes de fonctionnement du Point Rencontre, qui étaient obligatoires pour les deux parents (IV).
B.
B.a. Par acte du 13 août 2018, B._ a interjeté appel contre cette ordonnance concluant à son annulation et à sa réforme en ce sens notamment que l'autorité parentale et la garde exclusives soient attribuées à sa mère et qu'un droit de visite restreint d'une durée maximale de deux heures par quinzaine, dans le cadre du Point Rencontre, avec interdiction de sortir des locaux, soit conféré à A._, jusqu'à droit jugé au fond. Elle a également requis l'octroi de l'effet suspensif à son appel.
B.b. Par ordonnance du 20 août 2018, la Juge déléguée de la Cour d'appel civile du Tribunal cantonal du canton de Vaud (ci-après: Juge déléguée) a admis la requête d'effet suspensif.
C.
Par acte du 21 septembre 2018, A._ interjette un recours en matière civile au Tribunal fédéral contre cette ordonnance sollicitant son annulation et sa réforme en ce sens que la requête d'effet suspensif formée par B._ dans le cadre de son appel du 13 août 2018 est rejetée. Il sollicite également l'octroi de l'effet suspensif pour la procédure fédérale ainsi que d'être mis au bénéfice de l'assistance judiciaire.
Des déterminations n'ont pas été requises.
D.
Par ordonnance présidentielle du 9 octobre 2018, la requête d'effet suspensif assortissant le recours a été rejetée.

Considérant en droit :
1.
1.1. L'arrêt querellé, qui suspend l'exécution d'une ordonnance de mesures provisionnelles rendue dans le contexte d'une action en modification d'aliments dus à un enfant né hors mariage et portant également sur l'exercice de l'autorité parentale et des relations personnelles entre dit enfant et son père, contre laquelle un appel a été formé, constitue une décision incidente en matière civile (art. 72 al. 1 et 93 LTF; <ref-ruling> consid. 1).
La Cour d'appel n'a pas statué sur recours mais en qualité d'instance cantonale unique sur l'effet suspensif requis dans le cadre d'une procédure d'appel; le recours en matière civile est cependant admissible en vertu de l'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 1.1; <ref-ruling> consid. 2.2).
Le recours contre une décision incidente est soumis à la même voie de droit que celle qui est ouverte contre la décision principale (<ref-ruling> consid. 1.1). La cause pour laquelle l'effet suspensif a été attribué porte en particulier sur l'exercice des relations personnelles et de l'autorité parentale sur un enfant; le litige a ainsi pour objet une affaire non pécuniaire, de sorte que le recours est recevable indépendamment de la valeur litigieuse (arrêts 5A_781/2015 du 14 mars 2016 consid. 1; 5A_331/2015 du 20 janvier 2016 consid. 1). Le présent recours a en outre été interjeté dans le délai (<ref-law>) et en la forme (<ref-law>) prévus par la loi par une partie qui a succombé dans ses conclusions en instance cantonale (<ref-law>).
1.2. Hormis les décisions mentionnées à l'<ref-law>, une décision préjudicielle ou incidente ne peut être entreprise immédiatement que si elle peut causer un préjudice irréparable (<ref-law>) ou si l'admission du recours peut conduire immédiatement à une décision finale qui permet d'éviter une procédure probatoire longue et coûteuse (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 1.3).
Le " préjudice irréparable " au sens de l'<ref-law> doit être de nature juridique et ne pas pouvoir être réparé ultérieurement par une décision finale favorable au recourant, en particulier parce que la décision incidente contestée ne peut plus être attaquée avec la décision finale, rendant ainsi impossible le contrôle par le Tribunal fédéral. Il appartient au recourant d'alléguer et d'établir la possibilité que la décision préjudicielle ou incidente lui cause un tel dommage (<ref-ruling> consid. 1.2), à moins que celui-ci ne fasse d'emblée aucun doute (<ref-ruling> consid. 1.2; <ref-ruling> consid. 2.3.1).
Selon la jurisprudence, la décision entreprise est de nature à causer un préjudice irréparable au sens de l'<ref-law>, car l'exercice du droit de visite du père a été fixé pour la durée de la procédure, de sorte que même s'il obtient finalement gain de cause au fond, aucune réparation ne sera possible pour la période écoulée (<ref-ruling> consid. 1; arrêt 5A_438/2015 du 25 juin 2015 consid. 1.2).
Il y a donc lieu d'entrer en matière sur le recours.
2.
2.1. La décision accordant l'effet suspensif, comme celle d'exécution provisoire ou de retrait de l'effet suspensif (<ref-ruling> consid. 2), est une décision de mesures provisionnelles au sens de l'<ref-law>, de sorte que seule la violation de droits constitutionnels peut être invoquée. Le Tribunal fédéral n'examine en outre les griefs de violation de droits constitutionnels que s'ils ont été invoqués et motivés (" principe d'allégation ", <ref-law>), à savoir expressément soulevés et exposés de manière claire et détaillée (<ref-ruling> consid. 2.4 et les références; <ref-ruling> consid. 2.2 et les références). Le recourant qui se plaint de la violation d'un droit fondamental ne peut donc se borner à critiquer la décision attaquée comme il le ferait en instance d'appel, où l'autorité de recours jouit d'une libre cognition; il ne peut, en particulier, se contenter d'opposer sa thèse à celle de l'autorité cantonale, mais doit démontrer ses allégations par une argumentation précise (<ref-ruling> consid. 3; <ref-ruling> consid. 3.2; arrêt 5A_663/2018 du 12 septembre 2018 consid. 4).
Selon la jurisprudence, l'arbitraire ne résulte pas du seul fait qu'une autre solution serait envisageable ou même préférable. Le Tribunal fédéral n'annule la décision attaquée que lorsque celle-ci est manifestement insoutenable, méconnaît gravement une norme ou un principe juridique clair et indiscuté, ou heurte de manière choquante le sentiment de la justice et de l'équité; il ne suffit pas qu'une autre solution paraisse concevable, voire préférable; pour que cette décision soit annulée, encore faut-il que le recourant démontre qu'elle se révèle arbitraire non seulement dans ses motifs, mais aussi dans son résultat (<ref-ruling> consid. 4.1; <ref-ruling> consid. 3.2.5; <ref-ruling> consid. 4.3; <ref-ruling> consid. 3.1).
2.2. Le Tribunal fédéral statue sur la base de l'état de fait établi par l'autorité précédente (<ref-law>) qu'il peut toutefois compléter ou rectifier même d'office si les constatations de fait se révèlent manifestement inexactes (<ref-law>). Dans l'hypothèse d'un recours soumis à l'<ref-law>, le recourant qui entend invoquer que les faits ont été établis de manière manifestement inexacte ne peut obtenir la rectification ou le complètement des constatations de fait de l'arrêt cantonal que s'il démontre la violation de droits constitutionnels, particulièrement de l'art. 9 Cst., conformément au principe d'allégation (cf. supra consid. 2.1). Le recourant ne peut pas se borner à contredire les constatations litigieuses par ses propres allégations ou par l'exposé de sa propre appréciation des preuves; une critique des faits qui ne satisfait pas au principe d'allégation est irrecevable (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 1.4.3).
3.
Le recourant se plaint d'une application arbitraire de l'<ref-law>.
3.1. Il soutient que l'autorité précédente se serait fondée sur trois motifs pour admettre la requête d'effet suspensif de l'intimée. Or, chacun d'eux procédait d'une appréciation arbitraire des pièces versées au dossier. En premier lieu, la Juge déléguée avait arbitrairement fait siennes les craintes exprimées par la mère de l'intimée en retenant que, si les doutes émis par cette dernière devaient s'avérer, l'intérêt de l'enfant risquait d'être compromis. En d'autres termes, elle avait considéré que la sécurité de l'intimée pourrait être mise en péril par un élargissement immédiat de son droit de visite. Or, aucune pièce au dossier ne permettait de retenir qu'il constituait un danger pour sa fille, ce qu'avait d'ailleurs relevé la Présidente dans son ordonnance de mesures provisionnelles du 26 juillet 2018. Le SPJ avait attesté dans son rapport d'évaluation du 27 (recte: 22) décembre 2017 qu'aucun élément majeur ne permettait de retenir que le recourant serait inadéquat ou violent avec sa fille, qu'il était attentif et soucieux de son enfant, à l'aise avec elle et qu'un fort attachement réciproque les liait. L'essentiel de l'argumentation de la mère de l'enfant reposait sur le message prétendument incriminant de D._. Or, comme l'avait souligné la Présidente, celle-ci avait affirmé durant son audition avoir envoyé ce message par vengeance, qu'il ne valait rien et ne correspondait pas forcément à la vérité. On pouvait dès lors d'autant plus s'étonner que la Juge déléguée se soit fiée " sans autre " aux propos de la mère de l'enfant. Les craintes exprimées par cette dernière consistaient en des considérations générales relatives à l'éventuelle existence d'un danger qui n'était étayé par aucun moyen de preuve tangible. Il avait d'ailleurs eu l'occasion d'exercer durant plusieurs mois son droit de visite en-dehors du Point Rencontre sans que les craintes émises par l'intimée ne se concrétisent. La Juge déléguée avait en conséquence fait preuve d'arbitraire en retenant que l'élargissement immédiat du droit de visite présentait un risque pour la sécurité de l'enfant en se fondant uniquement sur des allégations fermement contestées et contredites par les pièces au dossier.
L'autorité précédente avait également fait preuve d'arbitraire dans son interprétation du critère de la continuité qui impose de privilégier le maintien des modalités qui ont prévalu les derniers mois afin d'éviter de faire subir à l'enfant des changements trop importants. En retenant que ce critère militait pour l'octroi de l'effet suspensif, la Juge déléguée avait fait une lecture erronée de l'état de fait. La Juge de paix avait en effet prévu un élargissement progressif de son droit de visite par décision du 8 mai 2017, de sorte qu'il avait déjà pu exercer durant plusieurs mois son droit de visite à l'extérieur des locaux du Point Rencontre à raison de trois heures toutes les deux semaines. C'était donc de manière arbitraire que la Juge déléguée avait appliqué le critère de la continuité en tenant compte uniquement du système qui avait prévalu immédiatement avant l'ordonnance de mesures provisionnelles du 26 juillet 2018 et en occultant totalement celui mis en oeuvre durant la longue période qui l'avait précédé.
Enfin, la Juge déléguée avait minimisé de manière arbitraire, voire ignoré, le préjudice causé à sa fille et à lui-même par l'octroi de l'effet suspensif litigieux. Les modalités d'exercice actuelles du droit de visite au Point Rencontre étaient en effet inadaptées au grand besoin de l'enfant de voir son père, lequel avait été constaté par le SPJ. La Juge déléguée avait par ailleurs retenu arbitrairement qu'il n'avait pas contesté valablement ne pas avoir exercé son droit de visite régulièrement dans la mesure où il ne s'était pas déterminé sur l'ensemble des allégations de l'intimée. S'agissant de " l'événement " du 2 juin 2018, il était malade ce jour-là, ce dont il avait informé le Point Rencontre et tenté de faire de même avec la mère de l'enfant. On ne pouvait par ailleurs lui tenir rigueur de ne pas s'être déterminé sur l'ensemble des allégations de l'intimée dans la mesure où il n'avait pour l'heure été invité qu'à se déterminer sur la requête d'effet suspensif et ce dans un délai de 48 heures.
3.2.
3.2.1. L'appel n'a en principe pas d'effet suspensif lorsqu'il a pour objet des décisions portant sur des mesures provisionnelles (<ref-law>). En vertu de l'<ref-law>, l'exécution des mesures provisionnelles peut toutefois être exceptionnellement suspendue si la partie concernée risque de subir un préjudice difficilement réparable.
3.2.2. Le préjudice difficilement réparable peut être de nature factuelle; il concerne tout préjudice, patrimonial ou immatériel, et peut même résulter du seul écoulement du temps pendant le procès. Le dommage est constitué, pour celui qui requiert les mesures provisionnelles, par le fait que, sans celles-ci, il serait lésé dans sa position juridique de fond et, pour celui qui recourt contre le prononcé de telles mesures, par les conséquences matérielles qu'elles engendrent. Saisie d'une demande d'effet suspensif, l'autorité de recours doit ainsi procéder à une nouvelle pesée des intérêts entre les deux préjudices difficilement réparables, celui du demandeur à l'action si la mesure n'était pas exécutée immédiatement et celui qu'entraînerait pour le défendeur l'exécution de cette mesure (<ref-ruling> consid. 6.3 et les références; <ref-ruling> consid. 4.1). L'autorité de recours doit par ailleurs faire preuve de retenue et ne modifier la décision de première instance que dans des cas exceptionnels; elle dispose cependant d'un large pouvoir d'appréciation permettant de tenir compte des circonstances concrètes du cas d'espèce (<ref-ruling> consid. 4.1; arrêts 5A_403/2015 du 28 août 2015 consid. 5; 5A_419/2014 du 9 octobre 2014 consid. 7.1.2).
En matière de garde, des changements trop fréquents peuvent être préjudiciables à l'intérêt de l'enfant. Par conséquent, lorsque la décision de mesures provisionnelles statue sur la garde ou modifie celle-ci de sorte que l'enfant devrait être séparé du parent qui prenait régulièrement soin de lui au moment de l'ouverture de la procédure ayant donné lieu à la décision attaquée, le bien de l'enfant commande alors, dans la règle, de maintenir les choses en l'état et de laisser celui-ci auprès de la personne qui lui sert actuellement de référence. La requête d'effet suspensif du parent qui entend conserver la garde doit ainsi être admise, sauf si le maintien de la situation antérieure met en péril le bien de l'enfant ou encore si l'appel paraît sur ce point d'emblée irrecevable ou manifestement infondé (<ref-ruling>consid. 4.2.1; <ref-ruling> consid. 4.3.2; arrêts 5A_648/2014 du 3 octobre 2014 consid. 3.2.2; 5A_780/2012 du 8 novembre 2012 consid. 3.3.2). Les mêmes principes s'appliquent s'agissant de l'exercice du droit aux relations personnelles.
3.3. En l'espèce, la Juge déléguée a procédé à une pesée des intérêts en présence et a conclu que l'intérêt de l'enfant à la stabilité l'emportait sur celui du père à l'exécution immédiate de l'ordonnance querellée. Le besoin de stabilité de l'enfant est ainsi l'élément central de la motivation de la décision querellée et le recourant n'avance aucun argument qui ferait apparaître l'appréciation de la Juge déléguée sur ce point comme arbitraire. Cette dernière a effectivement considéré que, compte tenu du jeune âge de l'enfant, le critère de continuité devait être pris en considération et les modalités d'exercice du droit de visite, telles que prévues dans l'ordonnance de mesures superprovisionnelles du 3 avril 2018, maintenues. Le droit de visite du recourant devait en conséquence continuer à être exercé de manière restreinte dans le cadre du Point Rencontre, à raison d'une durée maximale de deux heures par quinzaine avec interdiction de sortir des locaux. Le recourant soutient certes que, avant le prononcé de dite ordonnance de mesures superprovisionnelles, il avait déjà exercé pendant " plusieurs mois " son droit de visite à l'extérieur des locaux du Point Rencontre à raison de trois heures toutes les deux semaines conformément à la décision de la Juge de paix du 8 mai 2017. Le principe de continuité sur lequel la Juge déléguée fondait son argumentation préconisait dès lors que ce soit ce dernier système qui soit maintenu. Par son argumentation, le recourant omet que le rejet de la requête d'effet suspensif de l'intimée n'aurait pas pour effet le maintien des modalités d'exercice du droit de visite dont il se prévaut mais bien celles arrêtées dans l'ordonnance de mesures provisionnelles du 26 juillet 2018 qui fait l'objet de l'appel pendant, à savoir un droit de visite s'exerçant par l'intermédiaire du Point Rencontre deux fois par mois, pour une durée de six heures, avec autorisation de sortir des locaux. Un tel droit de visite qui représente le double de celui qu'il allègue avoir précédemment exercé ne consiste dès lors pas en une application du principe de continuité contrairement à ce qu'il soutient. Le maintien de la situation actuelle pour la durée de la procédure est dès lors conforme à la jurisprudence susmentionnée (cf. supra consid. 3.2) et n'apparaît en conséquence pas arbitraire, nonobstant le préjudice qu'il invoque pour sa fille et lui-même du fait du " grand besoin de l'enfant de voir son père ". Sur ce dernier point, le recourant soutient à juste titre qu'il n'avait pas à contester l'intégralité des allégués de l'intimée au stade de ses déterminations sur effet suspensif. La Juge déléguée a toutefois explicitement précisé que c'était uniquement dans le cadre de ces dernières déterminations qu'il n'avait pas contesté ne pas avoir exercé régulièrement son droit de visite. Le recourant pourra dès lors encore faire valoir son point de vue sur cette question dans le cadre de ses déterminations sur le fond.
Au surplus, il est vrai que la Juge déléguée a également estimé devoir octroyer l'effet suspensif en application du principe de précaution sur la seule base de craintes émises par la mère de l'enfant. Cette dernière soutenait en effet que le recourant avait des comportements dangereux et imprévisibles et qu'il exposait l'enfant à un dommage irréparable puisqu'elle était amenée, à l'âge de trois ans, à consommer passivement le cannabis que son père fumait en sa présence. A cet égard, il convient de rappeler qu'une décision d'octroi ou de rejet de l'effet suspensif doit être rendue rapidement puisqu'elle vise à maintenir un état de fait ou à sauvegarder des intérêts compromis jusqu'à droit connu sur un appel ou un recours et que l'instruction de la requête se limite donc en principe à un échange d'écritures (cf. arrêts 5A_941/2018 du 23 janvier 2019 consid. 6.2; 5A_350/2013 du 8 juillet 2013 consid. 2). A la lecture de sa motivation, il apparaît que la Juge déléguée n'a pas considéré les allégations de l'intimée quant au risque que le recourant représentait pour elle comme établies et il appartiendra au juge du fond de vérifier la véracité de ces allégations dans le cadre de la procédure actuellement pendante. Il n'était toutefois pas arbitraire de prendre en compte le risque évoqué pour maintenir en l'état les modalités actuelles d'exercice du droit de visite eu égard à la nature de la décision litigieuse.
4.
En définitive, le recours doit être rejeté. Celui-ci étant d'emblée voué à l'échec, la requête d'assistance judiciaire du recourant doit être rejetée (<ref-law>). Les frais judiciaires, arrêtés à 1'000 fr., sont donc mis à sa charge (<ref-law>). L'intimée, qui n'a pas été invitée à répondre au fond mais a obtenu gain de cause sur l'effet suspensif, se verra allouer une indemnité de dépens réduite, à charge du recourant (art. 68 al. 1 et 2 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté.
2.
La requête d'assistance judiciaire est rejetée.
3.
Les frais judiciaires, arrêtés à 1'000 fr., sont mis à la charge du recourant.
4.
Une indemnité de 300 fr., à payer à l'intimée à titre de dépens, est mise à la charge du recourant.
5.
Le présent arrêt est communiqué aux parties, à la Juge déléguée de la Cour d'appel civile du Tribunal cantonal du canton de Vaud et au Tribunal d'arrondissement de La Côte.
Lausanne, le 6 février 2019
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Herrmann
La Greffière : Hildbrand