Faits :
A.
Dans le canton du Valais, la société Salanfe SA, dont l'actionnaire est Alpiq SA, possède le barrage de Salanfe et l'usine hydroélectrique de Miéville où elle exploite, en vertu de concessions communales, des eaux des bassins versants de Salanfe et de la Vièze. Si les apports de la Vièze sont mesurés avant qu'ils ne se déversent dans le barrage, ceux de Salanfe ne peuvent pas l'être, faute de cours d'eau persistant où des appareils de mesure pourraient être installés à cette fin.
Le barrage de Salanfe n'est pas entièrement utilisable, parce qu'une partie des eaux qui s'y accumulent se perd dans les failles d'un sous-sol karstique. Initialement, ces pertes se produisaient dès que le niveau des eaux dépassait 1900 mètres sur mer. Les travaux d'étanchement mis en oeuvre entre 1991 et 1994 ont réduit les pertes et permis de relever la cote d'exploitation du barrage à 1910.15 mètres sur mer. Cette cote n'a plus progressé depuis qu'une faille a été détectée en 2006 à 1912.12 mètres sur mer.
Jusqu'en 1989, le Service de l'énergie et des forces hydrauliques du canton du Valais (ci-après: le Service cantonal) a prélevé auprès de Salanfe SA l'impôt spécial sur les forces hydrauliques (ci-après : l'impôt spécial) en se fondant sur la production effective de l'usine de Miéville, soit sur le volume d'eau turbiné.
De 1989 à 1993, le Service cantonal a majoré le volume d'eau turbiné de 15%, pour tenir compte des pertes d'eau dues à l'infiltration dans les failles. De 1994 à 2001, il a ramené cette majoration à 10%, dans l'attente des conclusions d'études sur le résultat des travaux d'étanchement menés de 1991 à 1994. Dès 2002, cette majoration a été à nouveau fixée à 15%, car la production d'énergie n'avait pas augmenté, ce qui démontrait que les pertes d'eau persistaient.
Par arrêt du 16 octobre 2009, le Tribunal cantonal du canton du Valais (ci-après : le Tribunal cantonal) a rejeté le recours administratif que Salanfe SA avait interjeté contre un prononcé du Conseil d'Etat du 17 juin 2009 arrêtant l'impôt spécial dû pour les années 2002 à 2006, pour contester la prise en compte des eaux qu'elle perdait dans le calcul de l'assiette de l'impôt spécial (soit le nombre de kilowatts théoriques). Dans cet arrêt, le Tribunal cantonal a confirmé le prononcé du Conseil d'Etat, estimant par ailleurs que la majoration de 15% qui avait été appliquée n'était pas critiquable. Cet arrêt n'a pas fait l'objet d'un recours.
B.
Par décision du 26 mars 2014, le Service cantonal a taxé Salanfe SA pour l'impôt spécial des années 2007 à 2012 comme suit :
Période fiscale Nombre de kilowatts théoriques Impôt spécial 2007 18'732 899'136 fr. 2008 17'548 842'304 fr. 2009 15'916 763'968 fr. 2010 17'671 848'208 fr. 2011 15'010 990'600 fr. 2012 19'075 1'144'500 fr.
Le 30 mars 2015, l'actuel Département des finances et de l'énergie du canton du Valais (ci-après: le Département cantonal) a rejeté la réclamation formée par Salanfe SA contre cette décision de taxation. Statuant sur recours de la Société, le Conseil d'Etat l'a déboutée par décision du 12 avril 2017.
Le 19 mai 2017, Salanfe SA a recouru contre cette décision du Conseil d'Etat auprès du Tribunal cantonal, concluant à l'annulation des taxations 2007 à 2012 et au renvoi de l'affaire au Service cantonal, afin qu'il rende une nouvelle décision de taxation d'impôt spécial réduite, faisant abstraction des eaux perdues par le barrage.
Par arrêt du 16 novembre 2018, le Tribunal cantonal a rejeté le recours dans la mesure de sa recevabilité.
C.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public, Salanfe SA demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, principalement, de réformer l'arrêt du 16 novembre 2018 du Tribunal cantonal en ce sens que la recourante ne doit aucun impôt spécial pour les années 2007 à 2012 et d'annuler les décisions de taxation y relatives; subsidiairement, d'annuler l'arrêt du 16 novembre 2018 du Tribunal cantonal et de renvoyer la cause à cette instance ou à l'autorité de première instance pour nouvelle décision dans le sens des considérants.
Le Conseil d'Etat conclut au rejet du recours. Le Tribunal cantonal et le Service cantonal se sont déterminés et concluent implicitement au rejet du recours. L'Administration fédérale des contributions a renoncé à prendre position.

Considérant en droit :
1.
1.1. La voie du recours en matière de droit public est ouverte (art. 82 let. a, art. 86 al. 1 let. d et al. 2, art. 90 LTF), la cause ne relevant d'aucune des exceptions prévues à l'art. 83 LTF.
1.2. Le recours a été formé en temps utile (art. 100 al. 1 LTF) par la destinataire de l'arrêt attaqué, qui a qualité pour recourir (cf. art. 89 al. 1 LTF). La conclusion tendant à l'annulation de la décision de taxation du Service cantonal est irrecevable, en raison de l'effet dévolutif complet du recours déposé devant le Tribunal cantonal (<ref-ruling> consid. 1.2 p. 104). Il convient donc d'entrer en matière sur le recours dans la mesure de sa recevabilité.
2.
D'après l'art. 106 al. 1 LTF, le Tribunal fédéral applique le droit d'office. En vertu de l'art. 106 al. 2 LTF toutefois, il n'examine la violation de droits fondamentaux ainsi que celle de dispositions de droit cantonal et intercantonal que si ce grief a été invoqué et motivé par le recourant. L'acte de recours doit alors sous peine d'irrecevabilité contenir un exposé succinct des droits et principes constitutionnels violés et préciser de manière claire et détaillée en quoi consiste la violation (cf. <ref-ruling> consid. 1.2.2 p. 286; <ref-ruling> consid. 2.2 p. 232 s.).
3.
Le présent litige concerne l'impôt spécial sur les forces hydrauliques prélevé dans le canton du Valais. Selon l'art. 49 al. 2 2e phrase de la loi fédérale sur l'utilisation des forces hydrauliques (LFH; RS 721.80), le canton peut prélever un impôt spécial, si la législation cantonale fixe une redevance maximum inférieure au taux admis par les prescriptions fédérales. Cette disposition ne fait que fixer le cadre (limite supérieure) dans lequel doit s'inscrire l'impôt spécial, à l'intérieur duquel le canton est libre d'aménager à sa guise cette contribution (arrêt 2P.272/2000 du 17 janvier 2001 consid. 2b non publié in <ref-ruling>, mais in RDAF 2002 II 369). Dans la mesure où le canton respecte ce cadre, la problématique relève du pur droit cantonal. Or, sauf dans les cas cités expressément à l'art. 95 LTF, le recours ne peut pas être formé pour violation du droit cantonal en tant que tel. En revanche, il est toujours possible de faire valoir que la mauvaise application du droit cantonal constitue une violation du droit fédéral, en particulier, qu'elle est arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. ou contraire à d'autres motifs de droits constitutionnels (<ref-ruling> consid. 2 p. 149; <ref-ruling> consid. 1.2 p. 145). La cognition du Tribunal fédéral est alors limitée à l'examen des griefs constitutionnels invoqués de manière conforme à l'art. 106 al. 2 LTF (<ref-ruling> consid. 5.2 p. 61; <ref-ruling> consid. 2.1 p. 211).
4.
Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF). En l'espèce, indépendamment de ses griefs d'arbitraire dans l'établissement des faits, qui seront traités ci-après (consid. 5), la recourante complète ou modifie librement l'état de fait retenu dans l'arrêt attaqué, comme elle le ferait devant une instance d'appel. Le Tribunal fédéral ne tiendra donc pas compte de ces faits, dans la mesure où ils ne résultent pas de l'arrêt entrepris.
5.
Le litige porte sur le montant de l'impôt spécial dû par la recourante pour les périodes fiscales 2007 à 2012.
Se fondant sur l'arrêt qu'il avait rendu le 16 octobre 2009 à l'égard de la recourante en lien avec l'impôt spécial dû pour les périodes fiscales 2002 à 2006, le Tribunal cantonal a d'abord confirmé, dans l'arrêt attaqué, que l'impôt spécial devait aussi être prélevé sur les eaux concédées, mais que la recourante ne pouvait pas turbiner, parce qu'elles se perdaient dans des failles de son barrage. Dans le canton du Valais, l'assiette de l'impôt spécial était en effet le nombre de kilowatts théoriques (KW, ou puissance théorique) sur la quantité d'eau disponible en vertu de la concession octroyée, autrement dit le débit utilisable. Celui-ci était en principe déterminé par des mesures aux prises d'eau ou aux points de déversement; s'il n'était pas possible de procéder à de telles mesures à cause de difficultés techniques, les dispositions légales applicables prévoyaient alors un calcul du débit utilisable qui prenait pour point de départ l'énergie effectivement produite, mais qui devait toutefois être majoré pour tenir compte de la hauteur de chute et du débit disponible non utilisés. Il en découlait que les eaux concédées à la recourante, mais que celle-ci perdait, devaient bien être prises en compte dans la détermination de l'assiette de l'impôt spécial. Par ailleurs, l'examen de la situation financière de la recourante telle qu'elle ressortait de ses comptes permettait d'exclure que la perception de l'impôt spécial présentât un caractère confiscatoire, contrairement à ce que soutenait la recourante. Il fallait du reste aussi tenir compte du fait que les charges de la recourante étaient transférées sur son actionnaire, conformément au modèle de société de partenaires qui s'appliquait. Enfin, la recourante ne pouvait rien tirer de la règle, figurant à l'art. 48 al. 2 de la loi fédérale sur l'utilisation des forces hydrauliques (LFH; RS 721.80), selon laquelle la totalité des prestations dues par le concessionnaire ne doit pas grever sensiblement l'utilisation, puisque l'impôt spécial ne pouvait pas être compris dans la notion de prestations figurant dans cette disposition.
6.
La recourante se plaint d'abord d'une appréciation arbitraire des faits (art. 97 al. 1 LTF) dans l'analyse que les juges précédents ont faite de sa situation financière pour déterminer si l'impôt spécial présentait, comme elle le soutenait, un caractère confiscatoire.
6.1. En vertu de l'art. 97 al. 1 LTF, le recours ne peut critiquer les constatations de fait que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte - notion qui correspond à celle d'arbitraire (<ref-ruling> consid. 4.1.2 p. 62) - ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF, et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (<ref-ruling> consid. 4.2 p. 234; <ref-ruling> consid. 1.5 p. 129 s.), ce que la partie recourante doit démontrer dans une motivation conforme aux exigences de l'art. 106 al. 2 LTF (cf. <ref-ruling> consid. 1.4.3 p. 254 s.). Lorsque le recourant s'en prend à l'appréciation des preuves et à l'établissement des faits, la décision n'est arbitraire que si le juge n'a manifestement pas compris le sens et la portée d'un moyen de preuve, s'il a omis, sans raison sérieuse, de tenir compte d'un moyen important propre à modifier la décision attaquée ou encore si, sur la base des éléments recueillis, il a procédé à des déductions insoutenables (cf. <ref-ruling> consid. 2.3 p. 266; <ref-ruling> consid. 4.2 p. 560; <ref-ruling> consid. 4.3 p. 62).
6.2. La recourante soutient d'abord que l'arbitraire tient dans le fait que l'autorité intimée a considéré que sa comptabilité permettait d'établir ses revenus réels, " alors que la construction juridique de la société de partenaire est non seulement notoire mais surtout bien connue des autorités valaisannes ". En outre, pour apprécier sa situation financière réelle, il ne fallait pas, contrairement à ce qu'avaient arbitrairement fait les juges précédents, tenir compte du " transfert " de ses charges à l'actionnaire, car il ne s'agissait pas d'un transfert de charges, mais de la mise en oeuvre du modèle de société de partenaires qui s'appliquait.
6.2.1. Dans le domaine de l'électricité produite par énergie hydraulique, une société de partenaires est une société créée par plusieurs autres (les sociétés partenaires), dans le but qu'elle leur fournisse de l'électricité, en contrepartie de quoi les actionnaires/partenaires lui versent une contre-prestation qui, traditionnellement, est égale à la somme des charges annuelles qu'elle a encourues, à quoi s'ajoute un montant (en principe appelé " dividende ") établi sur la base du montant du capital-actions de la société de partenaires (méthode du coût majoré d'un dividende; cf. sur ce point arrêt 2C_495/2017 du 27 mai 2019 consid. 7.1).
6.2.2. Le paiement par les partenaires des charges de la société de partenaires ne représente donc pas un transfert de charges, dans le sens où la recourante n'aurait pas à les payer elle-même, mais fait partie du mode de calcul de la rémunération due par les partenaires en contrepartie de la prestation de livraison d'électricité fournie par la société de partenaires. Les charges comptabilisées par la recourante gardent donc leur caractère de charges. Le fait que la contre-prestation versée par les partenaires soit calculée de manière à les couvrir n'y change rien.
6.2.3. En l'espèce, lors de l'examen de la situation financière de la recourante, les juges précédents ont souligné qu'en vertu de son statut de société de partenaires, il fallait tenir compte du fait qu'elle pouvait " répercuter " ses charges sur son actionnaire en vertu du modèle de société de partenaires qui s'appliquait (arrêt consid. 6 p. 9). Cette affirmation, qui pourrait laisser croire que la recourante n'a pas de véritables charges, ne correspond pas à la réalité. Cela étant, la lecture de l'arrêt attaqué montre que les juges précédents ont, quoi qu'il en soit, bel et bien tenu compte des charges comptabilisées dans les comptes de la recourante pour évaluer sa situation financière (cf. aussi infra consid. 10.2). L'arrêt attaqué échappe donc à l'arbitraire sur ce point.
6.3. La recourante soutient aussi que les juges précédents ont arbitrairement tenu compte du " dividende " comptabilisé pour évaluer sa situation financière.
Ce montant, qui est fixé par rapport au montant du capital-actions de la société de partenaires, est un élément de rémunération de celle-ci (supra consid. 5.2.1). On ne voit partant pas en quoi les juges précédents sont tombés dans l'arbitraire en prenant ce montant en considération pour apprécier la situation financière de la recourante.
6.4. La recourante reproche également aux juges précédents de s'être contredits, parce qu'ils se sont fondés sur ses comptes pour apprécier sa situation financière, quand il est notoire que la pratique des autorités valaisannes consiste précisément à s'en écarter pour procéder à l'imposition du bénéfice des sociétés de partenaires rémunérées selon la méthode du coût majoré d'un dividende. L'arrêt attaqué serait partant arbitraire pour ce motif.
Pour examiner la situation financière de la recourante, il n'est pas insoutenable de se fonder sur ses comptes. Autre est la question de savoir comment est établie l'assiette du bénéfice aux fins de la perception de l'impôt sur le bénéfice. Ainsi, le fait que l'assiette de l'impôt sur le bénéfice de la recourante soit établi en fonction d'une méthode spécifique s'écartant des comptes (sur ces questions, cf. arrêt 2C_495/2017 du 29 mai 2019 précité) n'est pas contradictoire avec une évaluation de la situation financière de cette même société reposant sur ses comptes. Le grief d'arbitraire est partant aussi rejeté sur ce point.
6.5. La recourante soutient ensuite que les juge précédents ont arbitrairement écarté l'expertise privée qu'elle avait produite pour évaluer sa situation financière.
6.5.1. Les résultats issus d'une expertise privée sont soumis au principe de la libre appréciation des preuves et sont considérés comme des simples allégués de parties (<ref-ruling> consid. 6 p. 372 s.). Il en découle que, comme tout moyen de preuve, lorsque l'autorité cantonale ne juge pas concluante une expertise produite par une partie, la tâche du Tribunal fédéral se limite à examiner si elle pouvait sans arbitraire aboutir à cette conclusion (cf. <ref-ruling> consid. 6 p. 359).
6.5.2. En l'espèce, les juges précédents ont considéré que les chiffres synthétisés dans l'expertise privée produite par la recourante n'étaient pas fiables. S'agissant des prix des marchés à terme de l'électricité, l'expertise relevait elle-même que ces prix n'étaient publiés que depuis 2015 et qu'une valorisation sur cette base du barrage de Salanfe pour la période de 2007 à 2015 n'était guère envisageable. Les chiffres de production mensuelle moyenne des dimanches qui y figuraient ne couvraient pas les années 2007 et 2008, pourtant aussi litigieuses, et il en allait de même des chiffres représentant l'activation mensuelle moyenne du réglage secondaire. Les prix des enchères hebdomadaires qui y étaient mentionnés n'étaient publiés que depuis 2011, ce qui excluait une estimation des revenus pour les périodes 2007 à 2010 aussi litigieuses. Il n'existait aucune base de prix transparente pour estimer la valeur du marché " intraday " avant le 26 juin 2013, aucune bourse européenne n'était à même de fournir une information transparente sur les prix de l'électricité, et l'expert avait admis avoir dû procéder par estimation pour évaluer les prix des certificats d'origine hydraulique; quant aux revenus provenant des prestations de service-système (SDL), ils n'étaient pas publiés pour les années 2007-2010 litigieuses. Dans ces circonstances, les chiffres synthétisés dans l'expertise n'étaient pas fiables et ne justifiaient en tout cas pas de dénier aux comptes de la recourante tout caractère probant.
6.5.3. En écartant l'expertise privée pour examiner la situation financière de la recourante à la seule lumière de ses comptes, les juges précédents n'ont pas fait preuve d'arbitraire. Le droit comptable est dominé par le principe de prudence, ce qui implique en particulier qu'en matière d'évaluation des actifs, les comptes sont présentés, dans le doute, sous la forme la moins favorable à l'entreprise (cf. <ref-ruling> consid. 6.2 p. 360; <ref-ruling> consid. 5.3 p. 98; <ref-ruling> consid. 5b p. 59 s.). Examiner la situation financière de la recourante sur la base de ses comptes ne revenait donc pas à en avoir une vision trop optimiste, la recourante n'ayant du reste pas allégué que ses comptes n'auraient pas été établis conformément aux règles du droit comptable. Au surplus, la recourante se limite à opposer aux juges précédents sa propre appréciation des chiffres de l'expertise qu'elle a produite, sans expliquer en quoi celle des juges précédents serait insoutenable. Le grief d'arbitraire est partant rejeté également sous cet angle.
6.6. La recourante soutient enfin que les juges précédents ont violé son droit d'être entendue, en refusant de diligenter une expertise judiciaire, alors même qu'ils avaient rejeté l'expertise privée qu'elle avait produite. Elle y voit une violation du droit à la preuve et du droit à la motivation, les juges ayant rejeté cette requête d'expertise judiciaire sans motivation.
6.6.1. Le droit d'être entendu comprend le droit pour le justiciable d'obtenir l'administration des preuves pertinentes et valablement offertes. L'autorité peut toutefois mettre un terme à l'instruction lorsque les preuves administrées lui ont permis de former sa conviction et que, procédant d'une manière non arbitraire à une appréciation anticipée des preuves qui lui sont encore proposées, elle a la certitude qu'elles ne pourraient l'amener à modifier son opinion (<ref-ruling> consid. 4.1 p. 170 s.; <ref-ruling> consid. 6.3.1 p. 299 et les arrêts cités). Le droit d'être entendu implique aussi pour l'autorité l'obligation de motiver sa décision (<ref-ruling> consid. 5.2 p. 70; <ref-ruling> consid. 4.2 p. 157). La motivation peut toutefois être implicite et résulter des différents considérants de la décision (<ref-ruling> consid. 3.2.1 p. 565).
6.6.2. En l'espèce, il faut concéder à la recourante que les juges précédents ne motivent pas expressément leur refus de mettre en oeuvre une expertise judiciaire. Ce refus découle toutefois implicitement des différents considérants de la décision attaquée et, en particulier, du constat, non arbitraire (cf. supra consid. 5.2 à 5.5), que c'est sur la base des comptes que la situation financière de la recourante devait être examinée. Cette motivation implicite est suffisante dans ce contexte et permet par là même d'exclure une violation du droit à la preuve. Par ailleurs, dans la mesure où les juges précédents se sont fondés sans arbitraire sur les comptes de la recourante pour apprécier sa situation financière, c'est aussi sans arbitraire qu'ils ont, sous l'angle d'une appréciation anticipée des preuves, refusé de diligenter une expertise judiciaire à cet effet.
Le grief de violation du droit d'être entendu est partant rejeté.
7.
La recourante reproche à l'autorité cantonale de ne jamais avoir apporté la preuve de l'existence de pertes par infiltration, alors que le fardeau de cette preuve lui incombait. La taxation de ces prétendues pertes par infiltration serait de ce fait arbitraire (art. 9 Cst.).
Une fois qu'un fait est tenu pour établi, la question du fardeau de la preuve ne se pose plus devant le Tribunal fédéral (<ref-ruling> consid. 4.3 p. 235; <ref-ruling> consid. 2d p. 25). En l'occurrence, l'arrêt attaqué constate, de manière à lier le Tribunal fédéral (art. 105 al. 1 LTF), que le barrage de Salanfe présente des failles entraînant des pertes d'eaux concédées.
Le grief de violation des règles relatives au fardeau de la preuve est partant sans objet, ce qui entraîne le rejet du grief d'arbitraire de l'imposition.
8.
Au fond, la recourante soutient que les juges précédents ont violé le principe de légalité (art. 127 al. 1 Cst.) et qu'ils sont tombés dans l'arbitraire (art. 9 Cst.) en soumettant à l'impôt spécial les eaux concédées qui se perdent dans des failles de son barrage (recours p. 22 ss). En droit valaisan, l'art. 71 de la loi cantonale du 28 mars 1990 sur l'utilisation des forces hydrauliques (LcFH/VS; RS/VS 721.8) prévoit que l'impôt spécial est égal à 60 pour cent du taux maximum prévu dans la loi fédérale sur l'utilisation des forces hydrauliques. Par ce renvoi, le législateur cantonal a voulu établir un impôt spécial qui reprenne l'objet et les bases de calcul applicables à la redevance hydraulique, qui figurent notamment aux art. 51 LFH et 16 RDE. Or, la recourante soutient qu'il n'y a pas de base légale permettant de soumettre à la redevance hydraulique les eaux qui se perdent dans les failles d'un barrage, ces eaux ne constituant pas des " débits utilisables " au sens des art. 51 al. 1 LFH et 16 al. 1 et 2 RDE. Dès lors, l'impôt spécial ne pourrait donc pas non plus être prélevé sur ces eaux perdues, sauf à interpréter de manière arbitraire l'art. 51 al. 1 LFH et l'art. 16 RDE comme droit cantonal supplétif et violer le principe de légalité. Partant, l'arrêt entrepris conduirait à un résultat insoutenable tant dans son principe que dans son résultat (recours p. 22 ss).
En outre, même à supposer que l'impôt spécial (et la redevance) puissent être prélevés sur des eaux qui se perdent dans les failles d'un barrage, l'imposition ne pourrait être effectuée que sur la base d'une estimation de ce débit non utilisé. Or, la base légale formelle nécessaire pour procéder par estimation ferait défaut. La recourante se plaint finalement de ce que l'autorité cantonale n'aurait apporté aucun élément expliquant le calcul du correctif de 15% qu'elle pratique annuellement depuis 2002.
8.1. En droit fiscal, le principe de la légalité est un droit constitutionnel indépendant déduit de l'art. 127 al. 1 Cst. Cette norme, qui s'applique à toutes les contributions publiques, prévoit que les principes généraux régissant le régime fiscal, notamment la qualité de contribuable, l'objet de l'impôt et son mode de calcul, doivent être définis par la loi au sens formel (<ref-ruling> consid. 3.4 p. 461; <ref-ruling> consid. 5.1.1 p. 224).
8.2. Dans le canton du Valais, le prélèvement de la redevance hydraulique et de l'impôt spécial sont régis par la loi cantonale du 28 mars 1990 sur l'utilisation des forces hydrauliques (LcFH/VS; RS/VS 721.8), complétée par le Règlement concernant l'exécution de la loi sur l'utilisation des forces hydrauliques [RELcFH/VS; RS/VS 721.800].
En droit valaisan, les dispositions topiques sont notamment les suivantes:
Art. 65 LcFH/VS
1 Dès le moment où le premier groupe commence à produire régulièrement du courant, le concessionnaire est tenu de verser à la communauté qui dispose de la force la redevance pour le droit d'eau concédé, redevance calculée d'après la puissance théorique et payable pour chaque année à la fin janvier de l'année suivante.
2 Aussi longtemps que le prix de la matière première force hydraulique n'est pas déterminé selon le marché libre, la redevance correspond au plus à 40 pour cent du montant maximum tel que fixé par la loi fédérale sur l'utilisation des forces hydrauliques et dans la mesure où la concession de droits d'eau n'a pas expressément prévu un montant inférieur. Si la redevance maximum selon le droit fédéral est modifiée, le maximum de la redevance appliqué dans le canton subira une modification proportionnelle.
Art. 66 LcFH/VS
1 Fait règle pour le calcul de la redevance hydraulique la puissance théorique moyenne, calculée d'après la hauteur de chute et le débit utilisables.
2 La hauteur de chute utilisable correspond à la différence de niveau dans le cours d'eau naturel entre la prise d'eau et le point de restitution.
3 Est considérée comme débit utilisable la quantité d'eau disponible en vertu de la concession de droits d'eau, pour autant que celle-ci ne dépasse pas la capacité d'absorption des installations autorisées.
4 Si la détermination de la puissance théorique moyenne rencontre des difficultés d'ordre technique particulières, celle-ci peut être calculée sur la base de l'énergie produite, compte tenu de la hauteur de chute et du débit disponible non utilisés. Le département compétent décide dans quels cas ce mode de calcul peut être adopté et ordonne au besoin les mesures nécessaires. Il tient à la disposition des communes toutes les données techniques et les assiste de ses conseils pour le calcul de la redevance.
(...)
Art. 71 al. 1 LcFH/VS
Le canton perçoit de toute entreprise utilisant des forces hydrauliques, dès la mise en service de l'usine, un impôt spécial sur les forces hydrauliques égal à 60 pour cent du taux maximum prévu dans la loi fédérale sur l'utilisation des forces hydrauliques.
Art. 21 RELcFH/VS
1 Le débit annuel moyen utilisable est déterminé en premier lieu par les mesurages aux prises d'eau.
2 Dans les bassins d'accumulation naturels ou artificiels, le débit annuel moyen utilisable du bassin versant naturel peut se déterminer par les variations du niveau de l'eau dans la retenue et par le bilan des débits de ladite retenue.
Art. 22 RELcFH/VS
1 Pour calculer les débits utilisables, on détermine tout d'abord les débits totaux du cours d'eau public, puis on en retranche les débits qui, en vertu de la concession, doivent rester dans le cours d'eau public ou que le concessionnaire doit fournir d'après les prescriptions de la loi ou de la concession.
2 Les débits restants représentent les débits utilisables en tant qu'ils ne dépassent pas la capacité de l'installation prévue dans la concession; la capacité d'absorption des moteurs hydrauliques qui sont prévus dans la concession comme moteurs de réserve permanents n'entre pas en ligne de compte.
Art. 24 RELcFH/VS
1 Si la détermination des hauteurs de chute et des débits utilisables rencontre des difficultés particulières, la puissance théorique moyenne peut être calculée à partir de l'énergie produite aux bornes du générateur, compte tenu des hauteurs de chute et des débits disponibles non utilisés, selon la formule suivante: (...)
8.3. De manière générale, comme déjà évoqué ci-dessus (consid. 3), l'impôt spécial est lié à la redevance hydraulique, l'art. 49 al. 2 LFH ne permettant à un canton de percevoir un impôt spécial que si la législation cantonale fixe une redevance maximale inférieure au taux admis par les prescriptions fédérales, qui figure à l'art. 49 al. 1 LFH (pour les taux maximaux applicables aux périodes litigieuses, cf. l'art. 49 al. 1 aLFH en vigueur jusqu'au 31 décembre 2019 [RO 1997 991 998], qui prévoit un taux maximum de 80 fr. par kilowatt théorique jusqu'à fin 2010 et de 100 fr. jusqu'à fin 2014). Hormis le taux maximum, la loi fédérale ne contient aucune indication ou restriction concernant l'impôt spécial ou la manière de le coordonner avec la redevance (arrêt 2P.272/2000 du 17 janvier 2001 consid. 2b non publié in <ref-ruling>, mais in RDAF 2002 II 369).
8.4. Dans le canton du Valais, l'art. 71 LcFH/VS prévoit que le canton perçoit un impôt spécial égal à 60 pour cent du taux maximum prévu dans la loi fédérale sur l'utilisation des forces hydrauliques, ce qui renvoie clairement au montant maximum prévu à l'art. 49 al. 1 LFH/49 al. 1 aLFH. Le législateur cantonal a ainsi manifesté de manière reconnaissable son intention, par le renvoi à la législation fédérale, d'établir un impôt spécial qui reprenne l'objet et les bases de calcul applicables à la redevance. Il permet de déterminer tant l'objet de l'impôt spécial (les kilowatts théoriques) que son taux (60 pour cent du taux maximum admis par la loi fédérale) (cf. <ref-ruling> consid. 6b p. 118). La question de savoir si le droit cantonal peut valablement, par le simple jeu d'un renvoi, laisser au droit fédéral le soin de définir l'objet et l'assiette d'un impôt cantonal peut rester ouverte, puisque, dans le cas particulier, et comme l'a souligné le Tribunal fédéral (<ref-ruling> consid. 6c p. 119), la loi valaisanne décrit de manière claire et précise les contours de la redevance hydraulique, en prévoyant que c'est la puissance théorique moyenne, calculée d'après la hauteur de chute et le débit utilisables, qui fait généralement règle pour le calcul de cette contribution (cf. art. 65 al. 1 et 66 al. 1 LcFH/VS), sauf difficultés d'ordre technique particulières (cf. art. 66 al. 4 LcFH/VS). Or, le renvoi à la loi fédérale qui, s'agissant de la redevance, procède de l'art. 65 al. 2 LcFH/VS, est formulé de manière tout à fait comparable à celui que consacre l'art. 71 al. 1 LFH/VS pour déterminer le taux de l'impôt spécial. Il existe donc, dans la loi cantonale, une évidente symétrie entre la redevance et l'impôt spécial en ce qui concerne l'objet et l'assiette de ces contributions, qui est encore soulignée par la complémentarité que présentent les taux d'imposition applicables à chacune des contributions en cause, soit respectivement 60 et 40 pour cent (au plus) du montant maximum fixé à l'art. 49 al. 1 LFH (<ref-ruling> consid. 6c p. 119).
L'art. 66 al. 1 à 3 LcFH/VS, qui définissent la puissance théorique moyenne, la hauteur de chute et le débit utilisables, trouvent en droit fédéral leur pendant à l'art. 51 al. 1 à 3 LFH.
8.5. En l'occurrence, le barrage de Salanfe est alimenté par les eaux de la Vièze et de la Salanfe. Il ressort des faits constatés que si les apports de la Vièze sont mesurés avant qu'ils ne se déversent dans le barrage, ceux de la Salanfe ne peuvent pas l'être, faute de cours d'eau persistant où des appareils de mesure pourraient être installés à cette fin. La question qui se pose en l'occurrence est de savoir comment établir la puissance théorique moyenne en cas de difficultés d'ordre technique particulières.
A cet égard, l'art. 66 al. 4 LcFH/VS prévoit que si la détermination de la puissance théorique moyenne rencontre des difficultés d'ordre technique particulières, celle-ci peut être calculée sur la base de l'énergie produite, compte tenu de la hauteur de chute et du débit disponible non utilisés. Le département compétent décide dans quels cas ce mode de calcul peut être adopté et ordonne au besoin les mesures nécessaires. Il tient à la disposition des communes toutes les données techniques et les assiste de ses conseils pour le calcul de la redevance.
L'art. 66 al. 3 LcFH/VS n'a pas son pendant dans la LFH, mais un principe similaire figure toutefois à l'art. 2 al. 6 RDE. Cette disposition réglementaire, qui est d'ailleurs rédigée, à l'instar de l'art. 66 al. 4 LcFH/VS, de manière potestative, laisse ainsi une marge de manoeuvre aux cantons sur le mode de calcul à adopter, puisqu'il renvoie à l'autorité concédante le soin d'arrêter les dispositions nécessaires. Or, en cas de difficulté dans la détermination de la puissance théorique moyenne, la solution ne peut pas être prévue de manière abstraite dans un texte de loi, mais dépend à l'évidence des conditions géologiques locales. Il en découle qu'en laissant le département cantonal le soin de trouver une solution, le droit cantonal ne saurait violer l'art. 127 Cst.
9.
Encore faut-il se demander si la solution mise en place en l'occurrence n'est pas arbitraire.
9.1. Le Tribunal fédéral ne s'écarte de la solution retenue par l'autorité de dernière instance cantonale que si la décision attaquée apparaît insoutenable, en contradiction manifeste avec la situation effective, adoptée sans motifs objectifs ou en violation d'un droit certain (<ref-ruling> consid. 5.2 p. 61). Ainsi, pour qu'une décision soit annulée pour cause d'arbitraire, il ne suffit pas que sa motivation soit insoutenable; il faut encore que cette décision soit arbitraire dans son résultat (<ref-ruling> consid. 7.1 p. 51 et les arrêts cités).
9.2. En l'occurrence, il ressort de l'arrêt attaqué, qui reprend sur ce point les chiffres figurant dans la décision du Conseil d'Etat du 12 avril 2017, que la recourante produisait en moyenne 115 GWh/an d'électricité avant les travaux d'étanchement opérés durant les années 1991 à 1994, que sa production moyenne avait ensuite reculé à 110 GWh/an jusqu'en 2005, et qu'elle était ensuite remontée à 115GWh de 2007 à 2012 (2007 : 120.1GWh; 2008 : 139.1 GWh; 2009 : 98.454 GWh; 2010 : 107.966 GWh; 2011 : 97.190 GWh; 2012 : 131.091 GWh). Sur la base de ces chiffres, le Conseil d'Etat avait estimés à la suite du Département cantonal, qu'il n'y avait eu aucune modification significative de la production d'énergie, en dépit des efforts entrepris par la recourante pour y remédier (art. 105 al. 2 LTF). D'autre part, la capacité maximale du barrage de Salanfe avait été utilisée à hauteur de 35.55 en 2007 (cote 1912 mètres sur mer), 14% en 2008 (1901.17 mètres sur mer), 17% en 2009 (cote 1902.34 mètres sur mer), 22% en 2010 (cote 1904.23 mètres sur mer), 21% en 2011 (cote 1903.95 mètres sur mer), 14.5% en 2012 (cote 1901.23 mètres sur mer). Dans ce contexte, le coefficient de 15% se justifiait, du moment que la recourante avait baissé le niveau de son lac artificiel de 1912 à 1901 mètres, afin d'éviter des pertes plus significatives et pouvoir maintenir sa moyenne de production d'énergie (arrêt attaqué p. 4 et décision du Conseil d'Etat, p. 3 s.).
9.3. Dans son recours, la recourante n'explique pas en quoi le Tribunal cantonal serait tombé dans l'arbitraire en confirmant le bien-fondé d'une majoration de 15% sur la base des éléments précités. Elle ne fait en particulier pas valoir que les juges précédents auraient arbitrairement fait abstraction de faits déterminants qu'elle aurait allégués devant eux et qui auraient été de nature à remettre en cause la majoration de 15% retenue par le Département cantonal et confirmée par le Conseil d'Etat. Enfin, elle ne fait pas valoir que la perception de l'impôt spécial, cumulée avec celle de la redevance hydraulique, dépasserait le maximum légal défini à l'art. 49 al. 1 aLFH, en violation du droit fédéral.
Dans ces circonstances, le grief ne peut être que rejeté.
10.
La recourante reproche ensuite à l'arrêt attaqué de n'avoir pas considéré que l'impôt spécial présentait un caractère confiscatoire au sens de l'art. 26 Cst.
10.1. En vertu de l'art. 26 al. 1 Cst., la propriété est garantie. De jurisprudence constante, en matière fiscale, ce droit fondamental ne va toutefois pas au-delà de l'interdiction d'une imposition confiscatoire. Ainsi, une prétention fiscale ne doit pas porter atteinte à l'essence même de la propriété privée. Pour juger si une imposition a un effet confiscatoire, le taux de l'impôt exprimé en pour cent n'est pas seul décisif; il faut examiner la charge que représente l'imposition sur une assez longue période, en faisant abstraction des circonstances extraordinaires; à cet effet, il convient de prendre en considération l'ensemble des circonstances concrètes, la durée et la gravité de l'atteinte ainsi que le cumul avec d'autres taxes ou contributions et la possibilité de reporter l'impôt sur d'autres personnes. Le Tribunal fédéral a notamment jugé que l'essence de la propriété privée n'est pas touchée si, pendant une courte période, le revenu à disposition du contribuable ne suffit pas à s'acquitter de la charge fiscale sans entamer la fortune (<ref-ruling> consid. 5.1 p. 75 s. et les arrêts cités, notamment <ref-ruling> consid. 10b/bb p. 126).
10.2. Pour juger en l'occurrence du caractère ou non confiscatoire de l'impôt spécial au sens de l'art. 26 Cst., les juges précédents ont examiné la situation financière de la recourante sur la base de ses comptes. Ils ont ainsi constaté qu'en 2007, la recourante avait réalisé un bénéfice de 1'255'000 fr. après impôts, distribué un dividende de 1'170'000 fr. et investi 333'281 fr. 70, alors que la charge cumulée de la redevance hydraulique et de l'impôt spécial représentait 1'434'134 francs. Ils en ont déduit qu'au vu du bénéfice de 1'255'500 fr. et des dépenses de l'exercice, ce total était loin d'obérer à l'excès la recourante. Le constat était analogue pour 2008 (bénéfice de 1'255'500 fr.; dividende de 1'170'000 fr.; investissement de 6'701'794 fr.; charges de 1'389'654 fr. comprenant redevances et impôt spécial). Enfin, si les exercices 2009 à 2012 s'étaient soldés par un résultat nul, il fallait tenir compte du fait que la recourante avait investi 8'364'863 fr. en 2009, 10'419'081 fr. en 2010, 3'133'660 fr. en 2011 et 3'008'915 fr. en 2012, alors que le total des redevances et de l'impôt spécial avait représenté respectivement 1'110'246 fr. en 2009, 1'668'398 fr. en 2010, 1'546'443 fr. en 2011 et 1'778'007 fr. en 2012. En résumé, l'impôt spécial litigieux représentait 60% du total des charges comptabilisées entre 2007 à 2012. Il fallait en outre tenir compte du fait que la recourante transférait ses charges sur son actionnaire. L'impôt spécial n'était donc pas confiscatoire au sens de l'art. 26 Cst.
10.3. La recourante fait valoir, en substance, qu'elle a fait expertiser ses résultats des périodes 2007 à 2012 et ceux des exercices 2013 et 2014 et qu'il était ressorti de cette analyse économique que ses seuls exercices positifs avaient été ceux de 2008 et de 2010, grâce au caractère exceptionnellement élevé des prix de l'électricité, et que, sans l'impôt spécial, ses résultats auraient été positifs en 2007, 2009, 2012 et 2013. Pour les années 2011 et 2014, la baisse des prix de l'électricité avait eu un impact négatif sur ses résultats, de sorte que l'impôt spécial frappait une entreprise qui était déjà en situation économique défavorable. La charge de l'impôt spécial dépassait ses revenus et l'obligeait à se financer auprès de tiers pour assumer ses charges. Ces éléments démontraient le caractère confiscatoire de cette charge.
Cette argumentation de la recourante repose sur des faits qui ne sont pas constatés par l'arrêt attaqué, et en particulier sur des chiffres qui s'écartent des comptes sur lesquels les juges précédents se sont fondés de manière non arbitraire (cf. consid. 6.5 ci-dessus). Dans ces circonstances, le grief de violation de l'art. 26 Cst. ne sera pas examiné plus avant (art. 105 al. 1 LTF).
11.
La recourante fait valoir que la charge de l'impôt spécial aboutit à une situation contraire à l'art. 48 al. 2 LFH. Or, cette disposition l'emporterait sur les maximas de l'art. 49 al 1 LFH, repris par le droit cantonal valaisan (cf. art. 65 al. 2 et 71 a. 1 LcFH/VS). Ce serait partant à tort que les juges précédents ont nié que la charge de l'impôt spécial grevait sensiblement l'utilisation de la force au sens de l'art. 48 al. 2 LFH.
11.1. Sous le titre " Obligations du concessionnaire, I/En vertu de la concession ", l'art. 48 LFH dispose que:
1 L'autorité concédante fixe, conformément au droit cantonal, les prestations et conditions imposées au concessionnaire, telles que taxes, redevance annuelle, livraison d'eau ou d'énergie, durée de la concession, normes des tarifs électriques, participation de la communauté au bénéfice, droit de retour et rachat.
2 La totalité de ces prestations ne doit pas grever sensiblement l'utilisation de la force.
3 Si les prestations grèvent d'une façon excessive l'utilisation de la force, le département peut, après avoir entendu le canton, fixer le maximum des charges du concessionnaire en plus de la redevance annuelle et des taxes. Il peut en réserver l'augmentation pour le cas où les circonstances se modifieraient sensiblement en faveur du concessionnaire.
11.2. L'impôt spécial n'est pas mentionné dans la liste de l'art. 48 al. 1 LFH. Certes, cette liste est exemplative (" telles que "; MERKER/ CONRADIN-TRIACA, in op. cit., n° 11 ad art. 48 LFH), mais elle ne peut comprendre l'impôt spécial. L'impôt spécial est en effet une contribution due indépendamment de la décision d'octroi de la concession hydraulique (<ref-ruling> consid. 10d p. 127), qui résulte de l'application de la législation cantonale sur l'utilisation des forces hydrauliques. Il ne peut donc pas être considéré comme une prestation imposée par l'autorité concédante au sens de l'art. 48 al. 1 LFH. Comme déjà souligné, hormis le taux maximum de l'art. 49 al. 1 LFH, la LFH ne contient aucune indication ou restriction concernant l'impôt spécial ou la manière de le coordonner avec la redevance (cf. supra consid. 3: cf. aussi JACQUES FOURNIER, Vers un nouveau droit des concessions hydroélectriques, 2002, p. 210, qui relève qu'une intervention du département au sens de l'art. 48 al. 3 LFH se réduit aux prestations issues de la concession et qui ne rentrent pas dans la composition de l'art. 49 al. 1 LFH, ce qui exclut en particulier l'impôt spécial, dont la limite est fixée à l'art. 49 al. 1 LFH).
11.3. L'impôt spécial ne faisant pas partie des prestations au sens de l'art. 48 al. 2 LFH, le grief de violation de cette disposition ne peut qu'être rejeté.
12.
Hormis les eaux perdues, la recourante s'en prend finalement au principe même de l'impôt spécial dans le canton du Valais, pour en conclure que sa perception serait contraire aux principes d'égalité de traitement et de la capacité contributive garantis par l'art. 127 al. 2 Cst. et qu'il serait par ailleurs dénué de base légale depuis l'entrée en vigueur le 1er janvier 2011 de la modification de l'art. 49 al. 1 LFH, qui a augmenté les taux maxima de la redevance.
L'impôt spécial valaisan repose sur une base légale suffisante (<ref-ruling> consid. 6 et 7 p. 118 ss). Le point de savoir s'il défavorise les producteurs d'énergie hydraulique par rapport à d'autres producteurs d'électricité est une question qui relève de la politique énergétique et non de l'art. 8 Cst., les situations des intéressés étant différentes. Quant au montant de l'impôt dans son ensemble, on a vu qu'il n'était pas confiscatoire pour la recourante (cf. supra consid. 10). Savoir si, de manière générale, le canton du Valais a adopté une approche excessive relève aussi de la politique énergétique mise en place, dès lors que les limites fixées par la loi sont respectées.
13.
Ce qui précède conduit au rejet du recours dans la mesure de sa recevabilité. La recourante, qui succombe, doit supporter les frais judiciaires (art. 66 al. 1 LTF). Il n'est pas alloué de dépens (art 68 al. 1 et 3 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté dans la mesure de sa recevabilité.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 25'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3.
Le présent arrêt est communiqué aux représentants de la recourante, au Tribunal cantonal du canton du Valais, Cour de droit public, au Conseil d'Etat du canton du Valais, au Service de l'énergie et des forces hydrauliques du canton du Valais et à l'Administration fédérale des contributions.
Lausanne, le 10 mars 2020
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Seiler
La Greffière : Vuadens