Sachverhalt:
A.
Mit Verfügung vom 10. Januar 2002 sprach die IV-Stelle des Kantons Zürich dem 1963 geborenen A._ ab 1. Juli 2001 ein ganze Rente der Invalidenversicherung zu.
Im November 2013 leitete die IV-Stelle von Amtes wegen ein Revisionsverfahren ein und holte bei der PMEDA Polydisziplinäre Medizinische Abklärungen, Klinik im Park Zürich (PMEDA) eine polydisziplinäre Expertise ein (Gutachten vom 16. Juli 2014). Daraufhin stellte die IV-Stelle dem Versicherten mit Vorbescheid vom 3. März 2016 bei einem Invaliditätsgrad von 20 % eine Aufhebung der laufenden Rente in Aussicht. Auf Einwand des Versicherten hin schlug die IV-Stelle die Durchführung einer Verlaufsbegutachtung durch die PMEDA vor. Der Versicherte erklärte sich als mit einer solchen Vorgehensweise nicht einverstanden. Daraufhin hob die IV-Stelle die laufende Rente mit Verfügung vom 21. Juli 2016 auf den ersten Tag des zweiten Monats nach Zustellung der Verfügung auf.
B.
Die von A._ hiegegen erhobene Beschwerde wies das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich mit Entscheid vom 5. März 2018 ab.
C.
Mit Beschwerde beantragt A._, die Beschwerdegegnerin sei unter Aufhebung des kantonalen Gerichtsentscheides zu verpflichten, ihre Rentenleistungen weiter auszurichten, eventuell seien Eingliederungsmassnahmen durchzuführen. Subeventuell sei die Angelegenheit an die Vorinstanz, allenfalls an die Beschwerdegegnerin zurückzuweisen.
Während die IV-Stelle auf Abweisung der Beschwerde schliesst, verzichtet das Bundesamt für Sozialversicherungen auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1.
1.1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann wegen Rechtsverletzungen gemäss Art. 95 und 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es ist folglich weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann sie mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen. Immerhin prüft das Bundesgericht, unter Berücksichtigung der allgemeinen Pflicht zur Begründung der Beschwerde (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG), grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind (<ref-ruling> E. 1 S. 236 mit Hinweisen).
1.2. Das Bundesgericht kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law>). Überdies muss die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein (Art. 97 Abs. 1 BGG). Neue Tatsachen und Beweismittel dürfen nur so weit vorgebracht werden, als erst der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gibt (<ref-law>).
Die beschwerdeführende Partei, welche die Sachverhaltsfeststellungen der Vorinstanz anfechten will, muss substanziiert darlegen, inwiefern die Voraussetzungen einer Ausnahme gemäss <ref-law> gegeben sind und das Verfahren bei rechtskonformer Ermittlung des Sachverhalts anders ausgegangen wäre; andernfalls kann ein Sachverhalt, der vom im angefochtenen Entscheid festgestellten abweicht, nicht berücksichtigt werden (<ref-ruling> E. 1.3.1 S. 18 mit Hinweisen).
2.
Streitig und zu prüfen ist, ob die Vorinstanz Bundesrecht verletzt hat, als sie die Aufhebung des Anspruchs auf eine ganze Rente auf den ersten Tag des zweiten Monats nach Zustellung der Verfügung hin bestätigte.
3.
3.1. Der Anspruch auf Leistungen der Invalidenversicherung setzt unter anderem voraus, dass die versicherte Person invalid oder von Invalidität unmittelbar bedroht ist. Invalidität ist gemäss <ref-law> die voraussichtlich bleibende oder längere Zeit dauernde ganze oder teilweise Erwerbsunfähigkeit.
3.2. Ändert sich der Invaliditätsgrad einer Rentenbezügerin oder eines Rentenbezügers erheblich, so wird die Rente nach <ref-law> von Amtes wegen oder auf Gesuch hin für die Zukunft entsprechend erhöht, herabgesetzt oder aufgehoben.
Renten, die bei pathogenetisch-ätiologisch unklaren syndromalen Beschwerdebildern ohne nachweisbare organische Grundlage gesprochen wurden, werden gemäss lit. a Abs. 1 der Schlussbestimmungen der Änderung vom 18. März 2011 (6. IV-Revision, erstes Massnahmenpaket) innerhalb von drei Jahren nach Inkrafttreten dieser Änderung überprüft. Sind die Voraussetzungen nach <ref-law> nicht erfüllt, so wird die Rente herabgesetzt oder aufgehoben, auch wenn die Voraussetzungen von <ref-law> nicht erfüllt sind.
3.3. Rechtsprechungsgemäss (vgl. <ref-ruling> E. 6.2.3 S. 200) sind laufende Renten vom Anwendungsbereich von lit. a Abs. 1 SchlB IVG 2011 nur auszunehmen, wenn und soweit sie auf erklärbaren Beschwerden beruhen. Lassen sich unklare Beschwerden von erklärbaren Beschwerden trennen, können die Schlussbestimmungen der 6. IV-Revision auf erstere Anwendung finden. Sodann bestimmt sich die Anwendung der SchlB IVG danach, ob die ursprüngliche Rentenzusprache zum Teil aufgrund eines syndromalen Gesundheitsschadens zugesprochen worden ist. Beim Vorliegen sowohl syndromaler wie nicht syndromaler Gesundheitsschäden hängt die Anwendbarkeit von lit. a Abs. 1 SchlB IVG 2011 sodann davon ab, dass letztere die anspruchserhebliche Arbeitsunfähigkeit nicht mitverursacht, das heisst letztlich nicht selbständig zur Begründung des Rentenanspruchs beigetragen haben. Damit bleibt eine Rentenrevision unter diesem Rechtstitel möglich, wenn sie die Auswirkungen des unklaren Beschwerdebildes bloss verstärkten (SVR 2014 IV Nr. 39 S. 137, 9C_121/2014 vom 3. September 2014 E. 2.6).
4.
Das kantonale Gericht hat in umfassender Würdigung der echtzeitlichen Akten für das Bundesgericht grundsätzlich verbindlich festgestellt, dass die ursprüngliche Rentenzusprache aufgrund eines unklaren Beschwerdebildes im Sinne der SchlB IVG 2011 erfolgte. Zwar habe neben der diagnostizierten somatoformen Schmerzstörung auch ein somatischer Gesundheitsschaden bestanden; dieser sei jedoch in einer angepassten Tätigkeit nicht einschränkend gewesen. Was der Beschwerdeführer gegen diese Feststellung vorbringt, lässt sie nicht als bundesrechtswidrig erscheinen. In der Tat kann der Stellungnahme des medizinischen Dienstes der Beschwerdegegnerin vom 23. November 2001 nicht entnommen werden, weshalb er einer ganzen Rente zugestimmt hatte. Aus dem Schreiben vom 5. Juni 2001 ergibt sich jedoch, dass dieser Dienst von einer vollen Arbeitsfähigkeit aus somatischer Sicht ausging. Demnach hat die Vorinstanz kein Bundesrecht verletzt, als sie die Überprüfbarkeit der laufenden Rente des Versicherten im Sinne von lit. a Abs. 1 der SchlB IVG 2011 bestätigte.
5.
5.1. Was den Gesundheitszustand im Zeitpunkt der rentenaufhebenden Verfügung betrifft, hat das kantonale Gericht in umfassender Würdigung der medizinischen Akten, insbesondere aber gestützt auf das Gutachten der PMEDA vom 16. Juli 2014 für das Bundesgericht verbindlich festgestellt, dass der Versicherte in einer körperlich leichten, wechselbelastenden oder überwiegend sitzenden Tätigkeit voll arbeitsfähig war. Der Beschwerdeführer rügt, das Abstellen auf dieses Gutachten sei bundesrechtswidrig.
5.2. Zunächst führt der Versicherte insgesamt zwölf Punkte an, in welchen das Gutachten nicht den Tatsachen entspreche. Die Vorinstanz hat nur zu einem Teil dieser Punkte einzeln Stellung genommen, zu den weiteren lediglich pauschal erwogen, ein Zusammenhang mit den vorliegend streitigen Belangen sei nicht erkennbar. Entgegen den Vorbringen des Beschwerdeführers verletzt diese vorinstanzliche Vorgehensweise seinen Anspruch auf rechtliches Gehör nicht. Letztlich will der Versicherte mit dem Hinweis auf diese angeblichen Falschaussagen im Gutachten nachweisen, die Gutachter hätten generell unsorgfältig gearbeitet. Da solches aber selbst dann nicht erstellt wäre, wenn die beanstandeten Aussagen nicht den Tatsachen entsprechen würden, kann auf Weiterungen zu ihrem Wahrheitsgehalt verzichtet werden. Selbst wenn diese Aussagen fehlerhaft wären, könnte dies auch auf andere Umstände als auf eine unsorgfältige Arbeitsweise der Gutachter zurückzuführen sein. Im Übrigen ist weder dargetan noch erkennbar, dass und weshalb sich die behaupteten Mängel auf die im Gutachten enthaltende Folgenabschätzung auswirken würden. Somit stellen die vom Versicherten monierten Punkte so oder anders kein konkretes Indiz dar, welches gegen die Zuverlässigkeit der Expertise sprechen würde (vgl. <ref-ruling> E. 4.4 S. 470).
5.3. Weiter rügt der Versicherte, das Gutachten sei insofern unvollständig, als es keine Auseinandersetzung mit den Indikatoren gemäss <ref-ruling> enthalte. Im Gutachten er PMEDA, das noch aus der Zeit vor dem genannten Grundsatzurteil stammt, vermochten die Experten nach Darlegung der Befunde und Diskussion mit abweichenden ärztlichen Einschätzungen keine psychische Erkrankung mit Auswirkungen auf die Arbeitsfähigkeit zu bestätigen; auch eine psychiatrische Diagnose, die ohne Folgen für das Leistungsvermögen bleibt, stellten sie nicht. Darauf durfte sich die Vorinstanz bei ihrer Beurteilung abstützen, ohne damit den Sachverhalt offensichtlich unrichtig festzustellen oder sonst wie - namentlich hinsichtlich der allgemeinen Anforderungen an den Beweiswert - Bundesrecht zu verletzen. Fehlt es somit am Nachweis eines Leidens im Sinne der geänderten Rechtsprechung (<ref-ruling> sowie <ref-ruling> und 418) und bestehen insbesondere keine Hinweise darauf, dass die Gutachter eine Arbeitsunfähigkeit lediglich gestützt auf die zwischenzeitlich überholte Überwindbarkeitspraxis verneinten, bestand auch aus rechtlicher Sicht kein Grund für eine weitere Befassung mit den Indikatoren gemäss <ref-ruling>.
5.4. Der Beschwerdeführer macht geltend, die IV-Stelle habe im August 2016 nicht mehr auf das Gutachten der PMEDA aus dem Jahre 2014 abstellen dürfen; dies gelte umso mehr, als die IV-Stelle mit der anfänglichen Anordnung einer Verlaufsbegutachtung diesen Mangel selber erkannt habe. Das kantonale Gericht hat in diesem Zusammenhang für das Bundesgericht verbindlich festgestellt, dass es im Zeitraum zwischen der Begutachtung und der rentenaufhebenden Verfügung nicht zu einer wesentlichen Verschlechterung des Gesundheitszustandes gekommen ist. Somit hat es zu den diesbezüglichen Vorbringen des Versicherten Stellung genommen, womit keine Verletzung des Anspruchs auf rechtliches Gehör vorliegt. Entgegen seinen Ausführungen kann der IV-Stelle auch kein widersprüchliches oder treuwidriges Verhalten vorgeworfen werden: Mit dem Einwand vom 17. Mai 2016 reichte der Versicherte der IV-Stelle neue medizinische Unterlagen ein, so dass diese mittels einer Verlaufsbegutachtung bei der PMEDA abklären wollte, ob sich der Gesundheitszustand seit der Begutachtung verschlechtert habe. Nachdem der bereits damals anwaltlich vertretene Versicherte jedoch in seiner Stellungnahme vom 23. Juni 2016 ausdrücklich erklärt hatte, es gehe ihm nicht um die Frage einer Verbesserung oder der Verschlechterung des Gesundheitszustandes seit der Begutachtung (sondern darum, dass er das Gutachten nicht akzeptieren könne), erscheint es als folgerichtig, dass die IV-Stelle auf diese Erklärung hin auf weitere medizinische Abklärungen verzichtete. Dementsprechend zielt auch die Rüge ins Leere, die Beschwerdegegnerin habe mit ihrer Weigerung, eine anfechtbare Zwischenverfügung über die Gutachterstelle zu erlassen, die Mitwirkungsrechte des Versicherten (vgl. <ref-ruling>) und Art. 6 EMRK verletzt.
5.5. Hat die Vorinstanz somit kein Bundesrecht verletzt, als sie dem Gutachten der PMEDA Beweiswert zuerkannte und ohne weitere Abklärungen von einer vollen Arbeitsfähigkeit in einer angepassten Tätigkeit ausging, so besteht unbestrittenermassen kein rentenbegründender Invaliditätsgrad. Soweit der Versicherte vorbringt, vor einer Rentenaufhebung wären Eingliederungsmassnahmen durchzuführen gewesen, hat die Vorinstanz für das Bundesgericht grundsätzlich verbindlich festgestellt, dass ihm von der IV-Stelle solche angeboten worden waren, er sich jedoch nicht in der Lage fühlte, daran teilzunehmen. Der Versicherte bringt nichts vor, was diese Feststellung bundesrechtswidrig erscheinen liesse. Soweit er geltend macht, es hätte diesbezüglich auf jeden Fall ein Mahn- und Bedenkzeitverfahren durchgeführt werden müssen, ist festzuhalten, dass bei fehlender subjektiver Eingliederungsfähigkeit, d.h. wenn die Eingliederungsbereitschaft aus invaliditätsfremden Gründen nicht gegeben ist, die Rente ohne vorgängige Prüfung von Massnahmen der (Wieder-) Eingliederung und ohne Durchführung des Mahn- und Bedenkzeitverfahrens nach <ref-law> herabgesetzt oder aufgehoben werden darf (vgl. Urteil 9C_442/2017 vom 8. Juni 2018 E. 3.2.3 mit zahlreichen weiteren Hinweisen). Die Beschwerde des Versicherten ist somit abzuweisen.
6.
Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend hat der Beschwerdeführer die Gerichtskosten zu tragen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 800.- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3.
Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 16. November 2018
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Maillard
Der Gerichtsschreiber: Nabold