Faits :
A.
Par jugement du 10 octobre 2013 et complément du 29 novembre 2013, le Tribunal pénal fédéral (ci-après: TPF) a condamné notamment U._ pour escroquerie et blanchiment d'argent répété et aggravé à une peine privative de liberté de 48 mois et à une peine pécuniaire de 270 jours-amende à 150 fr. le jour avec sursis pendant 2 ans et l'a acquitté de l'accusation de complicité de gestion déloyale. Il a prononcé une créance compensatrice en faveur de la Confédération contre U._ d'un montant de 204'109'183 fr., mis une part des frais s'élevant à 80'000 fr. à sa charge et lui a alloué des dépens à hauteur de 60'000 francs.
B.
Par arrêt du 22 décembre 2017, le Tribunal fédéral a partiellement admis le recours en matière pénale formé par U._ contre le jugement précité, annulé celui-ci et renvoyé la cause au TPF pour nouvelle décision (6B_688/2014). Il en a fait de même s'agissant de deux autres co-prévenus, soit X._ (6B_695/2014) et V._ (6B_659/2014).
C.
C.a. A la suite du renvoi des causes par le Tribunal fédéral, le TPF a repris, dans le cadre d'un même dossier, les causes concernant X._, U._ et V._ (SK.2017.76).
C.b. Le 17 janvier, respectivement le 26 janvier 2018, U._ et V._ ont requis la tenue de nouveaux débats. Le 14 février 2018, le TPF a imparti un délai au Ministère public de la Confédération (ci-après: MPC), aux deux prénommés et à X._ pour se déterminer sur l'ouverture d'un échange d'écritures en lieu et place d'une nouvelle audience de jugement. Le 21 février 2018, le MPC a déclaré s'en remettre à justice. Par écriture du 28 février 2018, U._ a confirmé sa requête, déjà formulée le 17 janvier 2018, tendant à la tenue de nouveaux débats. Le 19 mars 2018, X._ s'est exprimé à son tour en faveur d'une nouvelle audience de jugement. Le 22 mars, respectivement le 5 avril 2018, le TPF a avisé les parties que le réexamen des peines et des questions accessoires requis par le Tribunal fédéral pouvait être effectué sur la base du dossier. A cette occasion, le TPF a fixé un délai au MPC pour déposer des déterminations écrites sur les points devant être réexaminés. Par écriture du 26 avril 2018, le MPC a conclu au maintien des peines prononcées par le TPF selon son jugement du 10 octobre 2013 et complément du 29 novembre 2013. Il s'en est remis à justice s'agissant du sort des questions accessoires et a requis que les frais de procédure soient mis à la charge des prévenus. Le 30 avril 2018, le TPF a communiqué aux prévenus la détermination écrite du MPC et ils ont été invités à se déterminer par écrit sur le réexamen requis par le Tribunal fédéral. U._ et V._ ont chacun déposé une détermination écrite le 11 juin 2018. Quant à X._, il s'est déterminé par écrit le 20 juin 2018. U._ a conclu à ce que sa peine privative de liberté soit réduite à 24 mois et qu'il soit mis au bénéfice du sursis complet à l'exécution de celle-ci. Il a également requis que les frais de procédure soient mis à la charge de la Confédération et qu'une indemnité équitable lui soit octroyée pour ses frais de défense dans la présente procédure. Le 12 juin, respectivement le 21 juin 2018, le TPF a notifié au MPC les déterminations écrites des prévenus pour une réplique éventuelle. Le MPC ayant renoncé à répliquer, le TPF a prononcé la clôture de l'échange d'écritures le 3 juillet 2018. Le 17 juillet 2018, le TPF a imparti un délai aux défenseurs des prévenus pour qu'ils déposent une note d'honoraires indiquant précisément l'activité accomplie dans la présente procédure, afin que le TPF puisse se prononcer sur les indemnités pour les frais de défense requises par les prévenus. S'agissant du conseil de U._, celui-ci a déposé, le 20 août 2018, une note d'honoraires de 56'666 fr. 25. Après avoir été interpellé par le TPF, il a fait savoir, le 3 septembre 2018, qu'il renonçait à déposer une note d'honoraires détaillant son activité et qu'il ne s'opposait pas à la fixation d'une indemnité forfaitaire. Le 3 octobre 2018, le TPF a avisé les parties qu'il disposait désormais de toutes les informations nécessaires pour rendre son jugement.
C.c. Le TPF a rendu son jugement le 11 décembre 2018. Il a notamment condamné U._ pour escroquerie et blanchiment d'argent aggravé, à une peine privative de liberté de 46 mois et à une peine pécuniaire de 220 jours-amende à 110 fr. le jour, avec sursis et délai d'épreuve de deux ans. Il a arrêté la part des frais imputable à U._ à 78'516 fr. 75, mis celle-ci à la charge de U._ à raison de 52'000 fr. et laissé le solde à la charge de la Confédération. Il a en outre condamné la Confédération à verser, à titre d'indemnité pour l'exercice raisonnable des droits de procédure, un montant de 122'800 fr. à U._ et dit que cette indemnité est partiellement compensée avec la part des frais de procédure de 52'000 fr. mis à la charge de U._, la part restante de l'indemnité, soit 70'800 fr., étant portée en déduction des valeurs patrimoniales dont la saisie a été maintenue en vue de l'exécution de la créance compensatrice prononcée contre U._.
D.
U._ forme un recours en matière pénale au Tribunal fédéral contre le jugement précité. Il conclut, avec suite de frais et dépens, à sa réforme en ce sens qu'il est condamné à une peine privative de liberté de 24 mois avec sursis et que la part restante de l'indemnité allouée pour l'exercice raisonnable des droits de procédure par 70'800 fr. au minimum lui est versée et n'est pas compensée avec la créance compensatrice. Par ailleurs, il conclut au renvoi de la cause à l'autorité précédente pour nouvelle fixation des frais et de l'indemnité pour les dépenses occasionnées par l'exercice raisonnable des droits de procédure pour la procédure devant le TPF.
Invités à déposer des observations sur le recours, le TPF y a renoncé, se référant au jugement attaqué cependant que le MPC a conclu à son rejet. U._ s'est déterminé sur ces écritures par courrier du 18 juin 2019, lequel a été communiqué à titre de renseignements au MPC et au TPF le 19, respectivement 20, juin 2019.

Considérant en droit :
1.
Le recours en matière pénale au Tribunal fédéral est ouvert contre les décisions rendues, en première instance, par le TPF avant l'entrée en vigueur, le 1 er janvier 2019, de la modification du 17 mars 2017 de la LOAP prévoyant la création d'une Cour d'appel au TPF, et ce même si le délai de recours est arrivé à échéance postérieurement à cette entrée en vigueur (arrêt 6B_523/2019 du 4 juin 2019 consid. 1.3). Les autres conditions de recevabilité étant réunies, il y a lieu d'entrer en matière sur le fond du recours.
2.
Invoquant les art. 66, 157 al. 1 et 335 al. 2 CPP, le recourant conteste le refus du TPF de tenir une audience de débats à la suite du renvoi de la cause par le Tribunal fédéral.
2.1. Aux termes de l'<ref-law>, la procédure devant les autorités pénales est orale, à moins que le code ne prévoie la forme écrite.
2.2. Le principe de l'autorité de l'arrêt de renvoi découle du droit fédéral non écrit (<ref-ruling> consid. 5.3.3 p. 222). Conformément à ce principe, l'autorité précédente à laquelle la cause est renvoyée par le Tribunal fédéral est tenue de fonder sa nouvelle décision sur les considérants de droit de l'arrêt du Tribunal fédéral. Elle est ainsi liée par ce qui a déjà été définitivement tranché par le Tribunal fédéral et par les constatations de fait qui n'ont pas été attaquées devant lui ou l'ont été sans succès (<ref-ruling> consid. 5.2.1 p. 220; <ref-ruling> consid. 5.2 p. 94). La motivation de l'arrêt de renvoi détermine dans quelle mesure l'autorité précédente est liée à la première décision et fixe aussi bien le cadre du nouvel état de fait que celui de la nouvelle motivation juridique (<ref-ruling> consid. 2 p. 335).
2.3. La jurisprudence a déduit du principe de l'autorité de l'arrêt de renvoi et de l'<ref-law> que, si le Tribunal fédéral casse le jugement sur appel et renvoie la cause à l'autorité précédente, la question du caractère écrit ou oral de la procédure devant la juridiction d'appel sera résolue en considération du cadre du renvoi défini par le Tribunal fédéral. Ainsi, la procédure pourra être écrite lorsque le renvoi porte exclusivement sur des questions de droit (arrêts 6B_1220/2013 du 18 septembre 2014 consid. 1.4; 6B_4/2014 du 28 avril 2014 consid. 4; 6B_76/2013 du 29 août 2013 consid. 1.1). En revanche, des débats doivent être tenus dès qu'une question de fait est litigieuse, sous réserve de l'accord des parties avec une procédure écrite. En cas de doute sur la distinction des questions de fait et de droit, la juridiction d'appel doit tenir des débats (<ref-ruling> consid. 1.1 p. 292).
2.4. Conformément à l'<ref-law>, les cours des affaires pénales du TPF statuent en première instance sur les affaires pénales relevant de la juridiction fédérale, décisions qui pouvaient ensuite, selon le droit en vigueur jusqu'au 31 décembre 2018, être soumises directement au Tribunal fédéral (ancien <ref-law>). Les cours des affaires pénales appliquent les règles du CPP relatives à la procédure de première instance (<ref-law>; <ref-law>). Celle-ci se déroule, en principe, par oral (<ref-law>). Le CPP ne contient, en effet, pas de règle équivalant à l'<ref-law> qui permettrait de traiter, en première instance, certaines affaires en procédure écrite uniquement. Ni la LOAP, ni le CPP ne prévoient de règle quant à la procédure à suivre lorsque le Tribunal fédéral annule la décision attaquée et renvoie le dossier au TPF, soit à l'autorité de première instance. Avant l'entrée en vigueur du CPP, le Tribunal fédéral avait jugé que l'ancienne loi fédérale du 15 juin 1934 sur la procédure pénale (ci-après : PPF) n'octroyait pas à l'accusé un droit absolu à de nouveaux débats à la suite d'un arrêt de renvoi. En revanche, le TPF devait veiller au respect du droit d'être entendu de l'accusé ce qui impliquait qu'il devait lui donner une nouvelle occasion de s'exprimer. Il ne pouvait être fait exception à ce principe que lorsque l'autorité inférieure ne disposait d'aucune latitude quant à la décision à rendre (arrêt 6B_745/2009 du 12 novembre 2009 consid. 2.1 et 2.2). Dans les cas où la possibilité d'exercer son droit d'être entendu devait être offerte à l'accusé, des déterminations écrites pouvaient suffire lorsqu'il s'agissait de questions de droit ou de questions de fait qui pouvaient être aisément tranchées sur la base du dossier et qui n'obligeaient pas à une appréciation directe de la personnalité de l'accusé (<ref-ruling> consid. 2b p. 318; arrêt 6B_745/2009 précité consid. 2.1 et 2.2). On relèvera que l'ancienne PPF ne contenait pas de disposition équivalant à l'<ref-law>, la jurisprudence développée sous son empire se fondant uniquement sur le droit d'être entendu.
2.5. Le TPF a rejeté la requête du recourant tendant à la tenue d'une nouvelle audience de débats à la suite du renvoi de la cause par le Tribunal fédéral. En substance, il a retenu que, compte tenu des arrêts de renvoi du 22 décembre 2017 du Tribunal fédéral, les infractions dont le recourant, X._ et V._ avaient été reconnus coupables étaient définitives. Seules les peines et certaines questions accessoires devaient être revues. Les faits pertinents ayant été définitivement arrêtés par le Tribunal fédéral, il n'y avait pas lieu de procéder à une nouvelle instruction, respectivement à l'administration de nouvelles preuves, ce qui justifiait en principe de renoncer à une nouvelle audience de jugement. Le TPF a relevé que, durant les débats du jugement du 10 octobre 2013 et complément du 29 novembre 2013, il avait procédé à l'audition du recourant et V._, étant précisé que l'un et l'autre avaient refusé, après avoir invoqué leur droit de refuser de déposer et de collaborer, de répondre à la plupart des questions qui leur avaient été adressées. S'agissant de X._, il n'avait pas donné de suite aux citations à comparaître qui lui avaient été adressées et il n'avait pas comparu aux débats. Le prénommé avait été jugé par défaut et n'avait pas contesté la réalisation des conditions du défaut dans son recours au Tribunal fédéral. Le TPF a encore indiqué qu'à la suite des arrêts de renvoi du 22 décembre 2017, il avait invité les trois prévenus à un échange d'écritures sur le réexamen des peines et des questions accessoires. Après réception de la détermination écrite du MPC, il avait communiqué celle-ci aux prévenus. Il leur avait fixé un délai d'un mois pour déposer à leur tour des conclusions écrites motivées et les avait enjoints d'actualiser leur situation personnelle et financière. Le recourant, V._ et X._ avaient déposé des déterminations écrites le 11 juin 2018, respectivement le 20 juin 2018, et un délai complémentaire leur avait été donné pour le dépôt des notes d'honoraires de leurs défenseurs. Selon le TPF, les prévenus avaient donc eu la possibilité et le temps nécessaire pour se prononcer sur le réexamen requis par le Tribunal fédéral. Le TPF a ainsi estimé que, dans ces circonstances, leur droit d'être entendu avait été respecté et qu'il disposait de tous les éléments nécessaires pour rendre son nouveau jugement sur la base du dossier.
Le TPF a encore relevé qu'à l'appui de sa requête tendant à la tenue d'une nouvelle audience de jugement, le recourant avait invoqué le changement de la composition du tribunal depuis le jugement du 10 octobre 2013 et complément du 29 novembre 2013. Son audition par le TPF aurait été nécessaire pour permettre à celui-ci, dans sa nouvelle composition, de se forger sa propre conviction et de rendre son jugement. Selon le TPF, il ne résultait toutefois pas de l'<ref-law> que l'autorité de première instance à laquelle la cause était renvoyée dût statuer dans la même composition que celle dans laquelle elle avait rendu le premier jugement. Selon la jurisprudence du Tribunal fédéral, les débats qui avaient lieu ensuite du renvoi ne pouvaient être considérés comme une simple reprise des débats initiaux mais constituaient de nouveaux débats dont l'objet était délimité par la décision de renvoi. Ce qui importait était que le nouveau juge appelé à statuer soit en mesure de forger son intime conviction sur les points sur lesquels il était appelé à statuer. Dans le cas d'espèce, les arrêts de renvoi du 22 décembre 2017 délimitaient clairement le cadre du nouveau jugement à rendre, en ce sens que seules les peines et certaines questions accessoires devaient être revues, les faits pertinents ayant été définitivement arrêtés. En l'absence d'une nouvelle instruction, une audition complémentaire du recourant ne s'imposait pas. A cela s'ajoutait que le TPF avait permis au recourant de le renseigner sur sa situation personnelle et financière actuelle grâce à l'échange d'écritures intervenu durant la procédure. Conformément au principe de la libre appréciation des preuves, le TPF pouvait, dans sa nouvelle composition, se forger sa propre conviction sur les points devant faire l'objet du nouveau jugement sur la base du dossier ainsi complété, sans qu'il eût été besoin d'entendre le recourant. Le TPF a estimé que, dans ces conditions, le changement de la composition après le 29 novembre 2013 n'apparaissait pas déterminant et il ne justifiait pas la tenue d'une nouvelle audience.
2.6. Le CPP ne résout pas expressément le point de savoir si de nouveaux débats doivent être tenus après un arrêt de renvoi rendu par le Tribunal fédéral. L'<ref-law> en lien avec le principe de l'autorité de l'arrêt de renvoi règle la question lorsque l'affaire est renvoyée devant une autorité d'appel (cf. supra consid. 2.3). En l'absence d'une règle équivalant à l'<ref-law> concernant la procédure de première instance, une application stricte du principe de l'oralité prévu à l'<ref-law> pourrait conduire à l'obligation de tenir une audience dans tous les cas de renvoi de la cause par le Tribunal fédéral à l'autorité de première instance (cf. art. 107 al. 2, 2 e phrase LTF), y compris lorsque seules des questions de droit doivent être réexaminées. Le point de savoir si une audience de débats doit être tenue dans tous les cas de renvoi par le Tribunal fédéral à une autorité de première instance peut toutefois souffrir de demeurer indécis en l'espèce. En effet, à tout le moins lorsque des questions de fait doivent être réexaminées par l'autorité de première instance, une audience doit être tenue. Dès lors qu'une telle exigence existe pour l'autorité d'appel, il se justifie de l'imposer également lorsque la cause est renvoyée par le Tribunal fédéral à l'autorité de première instance. Cette solution se justifie également au regard de l'entrée en vigueur (le 1 er janvier 2019) de la modification du 17 mars 2017 de la LOAP prévoyant la création d'une Cour d'appel au TPF (RO 2017 5769), qui implique l'application de l'<ref-law> et de la jurisprudence y relative (cf. supra consid. 2.3) au renvoi devant la cour d'appel du TPF.
En l'espèce, la cause a été renvoyée au TPF pour qu'il acquitte le recourant pour trois opérations de blanchiment et pour qu'il fixe à nouveau la peine et les effets accessoires en conséquence (arrêt 6B_688/2014 du 22 décembre 2017 consid. 4.5.4). A cet égard, le Tribunal fédéral a relevé que le TPF était libre d'adopter une nouvelle motivation et de revoir dans son ensemble la peine infligée, mais qu'il se justifiait, pour des motifs d'économie de procédure, de relever un certain nombre de points. En particulier, dans le cadre de la fixation de la nouvelle peine, le TPF devait veiller à l'examen du droit applicable rationae temporis, au respect du principe de l'égalité de traitement et de l'obligation de motivation et devait examiner si la circonstance du long temps écoulé était applicable s'agissant de la fixation de la peine privative de liberté relative aux actes de blanchiment (arrêt 6B_688/2014 précité consid. 27.1 à 27.3). En outre, conformément à la jurisprudence, le TPF devait tenir compte, dans le cadre de la nouvelle fixation de la peine, de la situation personnelle du recourant au moment du nouveau prononcé (cf. <ref-ruling>; plus récemment arrêts 6B_695/2014 du 22 décembre 2017 consid. 18.8 in fine; 6B_1276/2015 du 29 juin 2016 consid. 1.2.1). Ainsi, même si le renvoi de la cause concernait essentiellement des questions de droit, l'application de celles-ci nécessitait l'établissement de certains faits, en particulier la situation personnelle et actuelle du recourant. Au vu de ce qui précède, il incombait au TPF de tenir une nouvelle audience. Bien fondé, le grief du recourant doit être admis, l'arrêt attaqué annulé et la cause renvoyée à la Cour des affaires pénales du TPF pour qu'elle tienne une nouvelle audience avant de statuer à nouveau sur la peine.
3.
Au vu de l'admission du recours, le TPF devra fixer à nouveau la peine. Toutefois, par économie de procédure, il convient de relever les éléments suivants.
3.1. Le recourant soutient que le TPF n'aurait pas suffisamment réduit sa peine en raison de la circonstance atténuante du long temps écoulé.
3.1.1. Le recourant débute sa critique par l'exposé d'exemples tirés de la jurisprudence. Dans la mesure où le recourant cite des arrêts du TPF, ceux-ci n'ont pas fait l'objet d'un contrôle par le Tribunal fédéral si bien qu'il ne peut en tirer aucun argument.
Pour le surplus, comme le Tribunal fédéral a eu l'occasion de le rappeler à maintes reprises, la comparaison d'une peine d'espèce avec celle prononcée dans d'autres cas concrets est d'emblée délicate, compte tenu des nombreux paramètres qui interviennent dans la fixation de la peine (<ref-ruling> consid. 6.3.2 p. 70). Elle est généralement stérile, dès lors qu'il existe presque toujours des différences entre les circonstances, objectives et subjectives, que le juge doit prendre en considération dans chacun des cas (<ref-ruling> consid. 3a p. 144). Les disparités en cette matière s'expliquent normalement par le principe de l'individualisation des peines, voulu par le législateur. Elles ne suffisent pas en elles-mêmes pour conclure à un abus du pouvoir d'appréciation (<ref-ruling> consid. 6.3.2 p. 70; <ref-ruling> consid. 3.1 p. 193; <ref-ruling> consid. 2a p. 153). La jurisprudence a par ailleurs toujours souligné la primauté du principe de la légalité sur celui de l'égalité (<ref-ruling> consid. 2c p. 47), de sorte qu'il ne suffirait pas que le recourant puisse citer l'un ou l'autre cas où une peine particulièrement clémente a été fixée pour prétendre à un droit à l'égalité de traitement (<ref-ruling> consid. 3a p. 144). Le recourant ne démontre pas en quoi les circonstances concrètes de son cas, y compris les circonstances personnelles, seraient similaires aux cas qu'il cite si bien que les comparaisons invoquées sont sans pertinence.
3.1.2. Le recourant se plaint de ce que sa peine de base pour l'infraction d'escroquerie n'a pas été réduite, respectivement que sa peine pour les actes de blanchiment n'a été réduite que de deux mois, par rapport à celle prononcée dans le jugement de 2013 alors que cinq ans se sont écoulés depuis sa condamnation. A cet égard, le recourant perd de vue que, selon la jurisprudence, pour déterminer si le temps écoulé est suffisamment long au sens de l'art. 48 let. e CP (en particulier si les deux tiers du délai de prescription sont écoulés), le juge doit se référer à la date à laquelle les faits ont été souverainement établis (<ref-ruling> consid. 3.1 p. 147 s. et les références citées). Or, en l'espèce, les faits ont été souverainement établis par le jugement du 10 octobre et complément du 29 novembre 2013. C'est donc à juste titre que le TPF s'est placé à ce moment pour l'examen de l'écoulement des deux tiers du délai de prescription. En outre, dans son jugement de 2013, le TPF avait déjà tenu compte de la circonstance atténuante du long temps écoulé s'agissant de la fixation de la peine de base relative à l'infraction d'escroquerie. A cet égard, contrairement à ce que soutient le recourant, l'arrêt de renvoi n'imposait pas au TPF qu'il tienne davantage compte de cette circonstance et qu'il fixe une peine plus clémente s'agissant de la peine de base relative à l'escroquerie. Le Tribunal fédéral a retenu qu'il ne ressortait pas de la motivation du TPF qu'il aurait tenu compte de l'écoulement du temps en tant que circonstance atténuante dans la fixation de la peine privative de liberté relative aux actes de blanchiment. Il a donc enjoint le TPF, dans le cadre de la nouvelle fixation de la peine, à examiner si cette circonstance était pertinente s'agissant des actes de blanchiment et à exposer ses motifs à cet égard (arrêt 6B_688/2014 précité consid. 27.3, plus particulièrement 27.3.3).
Le recourant se plaint également d'une inégalité de traitement avec V._. Celui-ci aurait, en effet, bénéficié d'une réduction de la peine de base relative à l'escroquerie de 5 mois par rapport au jugement de 2013. Ce faisant, le recourant ignore que la réduction en question fait notamment suite à l'annulation du jugement de 2013 et au renvoi de la cause par le Tribunal fédéral qui imposait au TPF de tenir compte du fait que le prénommé avait agi en qualité de complice.
3.2. Le recourant se plaint d'une violation du principe de célérité. Il soutient que le TPF aurait dû réduire sa peine afin de tenir compte de cette violation, en plus de la réduction opérée en raison de l'art. 48 let. e CP.
3.2.1. Les <ref-law> et 29 al. 1 Cst. garantissent notamment à toute personne le droit à ce que sa cause soit traitée dans un délai raisonnable. Ces dispositions consacrent le principe de la célérité et prohibent le retard injustifié à statuer. L'autorité viole cette garantie lorsqu'elle ne rend pas une décision qu'il lui incombe de prendre dans le délai prescrit par la loi ou dans le délai que la nature de l'affaire et les circonstances font apparaître comme raisonnable (<ref-ruling> consid. 1.3.1 p. 377; cf. <ref-ruling> consid. 5.1 p. 331 s.). Comme on ne peut pas exiger de l'autorité pénale qu'elle s'occupe constamment d'une seule et unique affaire, il est inévitable qu'une procédure comporte quelques temps morts. Lorsqu'aucun d'eux n'est d'une durée vraiment choquante, c'est l'appréciation d'ensemble qui prévaut; des périodes d'activités intenses peuvent donc compenser le fait que le dossier a été laissé momentanément de côté en raison d'autres affaires. Le principe de la célérité peut être violé, même si les autorités pénales n'ont commis aucune faute; elles ne sauraient exciper des insuffisances de l'organisation judiciaire (<ref-ruling> consid. 3.3.3 p. 56 s.). La violation du principe de la célérité peut avoir pour conséquence la diminution de la peine, parfois l'exemption de toute peine ou encore une ordonnance de classement en tant qu' ultima ratio dans les cas les plus extrêmes (<ref-ruling> consid. 1.4.1 p. 377 s.; <ref-ruling> consid 3.6 p. 26; arrêt 6B_1031/2016 du 23 mars 2017 consid. 8).
L'exigence découlant du principe de la célérité se distingue de la circonstance atténuante de l'écoulement du temps (art. 48 let. e CP). Cependant, lorsque les conditions de l'art. 48 let. e CP et d'une violation du principe de la célérité sont réalisées, il convient de prendre en considération les deux facteurs de réduction de peine (arrêts 6B_122/2017 du 8 janvier 2019 consid. 11.7.1; 6B_189/2017 du 7 décembre 2017 consid. 5.3.1; 6B_14/2007 du 17 avril 2007 consid. 6.8.1).
3.2.2. Le TPF n'a pas examiné l'éventuelle violation du principe de célérité et ses conséquences sur la peine. Il lui incombera de le faire dans le cadre de son nouveau jugement.
3.3. Le recourant fait grief au TPF de ne pas avoir motivé la peine infligée, sous l'angle de l'égalité de traitement avec Y._, contrairement à ce que lui imposait l'arrêt de renvoi du Tribunal fédéral. Son grief tombe à faux dès lors que le TPF a motivé ce point au consid. 4.8.4 de son jugement (jugement attaqué, p. 56 s.).
4.
Le recourant soutient que le TPF aurait violé l'<ref-law> en ordonnant la compensation entre le solde de l'indemnité due au titre de l'<ref-law> et la créance compensatrice.
Ce point est indépendant des débats oraux et peut être traité à ce stade.
4.1. Selon l'<ref-law>, les décisions qui peuvent faire l'objet d'un recours au Tribunal fédéral doivent indiquer « les motifs déterminants de fait et de droit » sur lesquels l'autorité s'est fondée. Si la décision attaquée ne satisfait pas à ces exigences, le Tribunal fédéral peut soit la renvoyer à l'autorité cantonale en invitant celle-ci à la parfaire, soit l'annuler (<ref-law>). Cette disposition concrétise le droit d'être entendu (art. 3 al. 2 let. c CPP, 29 al. 2 Cst. et art. 6 par. 1 CEDH) dont la jurisprudence a déduit le devoir pour l'autorité de motiver sa décision, afin que le destinataire puisse la comprendre, la contester utilement s'il y a lieu et que l'autorité de recours puisse exercer son contrôle. Pour répondre à ces exigences, il suffit que le juge mentionne, au moins brièvement, les motifs qui l'ont guidé et sur lesquels il a fondé sa décision (<ref-ruling> consid. 2.2 p. 183; <ref-ruling> consid. 5.1 p. 237).
4.2. Dans la partie du jugement consacrée à la fixation de l'indemnité allouée à V._ au titre de l'<ref-law>, le TPF a relevé que, conformément à l'<ref-law>, les autorités pénales pouvaient compenser les créances portant sur des frais de procédure avec les indemnités accordées à la partie débitrice dans la même procédure pénale et avec des valeurs séquestrées. Cette compétence appartenait tant à l'autorité chargée du recouvrement des frais qu'à l'autorité de jugement. Le TPF a indiqué, se référant à une auteure de doctrine (ANGELA CAVALLO, in Kommentar zur Schweizerischen Strafprozessordnung, 2 e éd., 2014, n° 16 ad <ref-law>), que la compensation de l'<ref-law> pouvait également être prononcée pour la créance compensatrice. En l'espèce, la part des frais de procédure mise à la charge de V._ se chiffrait à 55'000 francs. En outre, une créance compensatrice de 36'047'967 fr. avait été prononcée à son encontre en faveur de la Confédération. Par conséquent, en application de l'<ref-law>, l'indemnité de 296'925 fr. octroyée au prénommé pour ses frais de défense était partiellement compensée avec la part des frais de procédure de 55'000 fr. mise à sa charge. Quant à la part restante de l'indemnité, soit 241'925 fr., elle était portée en déduction des valeurs patrimoniales dont la saisie a été maintenue en vue de l'exécution de la créance compensatrice prononcée contre le recourant (jugement attaqué consid. 16.12 p. 126 s). C'est également ce que prévoit le dispositif de la décision attaquée (ch. X., 1. du dispositif).
Après avoir fixé l'indemnité au sens de l'<ref-law> allouée au recourant à 122'800 fr., le TPF a, dans la partie du jugement consacrée à la fixation de cette indemnité, indiqué que la part des frais mise à la charge de celui-ci était de 52'000 francs. Il a relevé qu'une créance compensatrice de 204'109'183 fr. avait été prononcée à son encontre en faveur de la Confédération. Il a estimé qu'en application de l'<ref-law>, l'indemnité de 122'800 fr. octroyée au recourant pour ses frais de défense devait être partiellement compensée avec la part des frais de procédure de 52'000 fr. mise à sa charge. Quant à la part restante de l'indemnité, soit 70'800 fr., elle était portée en déduction des valeurs patrimoniales dont la saisie a été maintenue en vue de l'exécution de la créance compensatrice prononcée contre le recourant (jugement attaqué consid. 17.6 et 17.7, p. 130). C'est également ce que prévoit le dispositif de la décision attaquée (ch. X., 2. du dispositif).
Le TPF a en outre indiqué, dans une autre partie de son jugement, consacrée tant à V._ qu'au recourant, que, dans le jugement du 10 octobre et complément du 29 novembre 2013, il avait prononcé une créance compensatrice de 36'047'967 fr. à l'encontre du premier nommé et de 204'109'183 fr. à l'encontre du recourant. Celles-ci étaient définitives dès lors qu'elles n'avaient pas été annulées par le Tribunal fédéral. Elles devaient être prononcées sous déduction d'un montant de 241'925 fr. pour V._ et de 70'800 fr. pour le recourant, ces montants correspondant à la part restante, après compensation avec les frais de justice, de l'indemnité octroyée au prénommé et au recourant en application de l'<ref-law> (jugement attaqué consid. 12.2, p. 97).
4.3. La motivation de la décision ne permet pas de comprendre sur quel montant le TPF entendait imputer le solde de l'indemnité allouée au titre de l'<ref-law>. Dans une première partie de son jugement (jugement attaqué consid. 12.2, p. 97), il indique expressément que la créance compensatrice est " prononcée sous déduction d'un montant de 70'800 fr. ", correspondant au solde de l'indemnité allouée au titre de l'<ref-law> après déduction des frais. Toutefois, dans une autre partie de son jugement (jugement attaqué consid. 17.7 p. 130) et dans le dispositif (ch. X., 2. du dispositif), la part restante de l'indemnité allouée est " portée en déduction des valeurs patrimoniales dont la saisie a été maintenue en vue de l'exécution de la créance compensatrice prononcée contre U._ ". Le point de savoir si le montant des valeurs patrimoniales dont la saisie a été maintenue en vue de l'exécution de la créance compensatrice est supérieur à celle-ci ou non ne ressort pas du jugement attaqué. Or si le montant des valeurs saisies en vue de l'exécution de la créance compensatrice est inférieur au montant de celle-ci, cela signifie que le recourant reste débiteur de la différence entre ces deux montants. Si l'on déduit le montant de l'indemnité due au recourant du montant des valeurs saisies, la différence entre le montant de la créance compensatrice et les valeurs saisies augmente d'autant. En d'autres termes, le solde de la créance compensatrice dû par le recourant augmente. Or la compensation entre l'indemnité allouée au recourant (une fois la part des frais déduite) et la créance compensatrice devrait aboutir à la réduction du solde de la dette du recourant et non à son augmentation. Par conséquent, telle que formulée par le TPF dans la seconde partie de son jugement et dans le dispositif, l'imputation prévue sur les valeurs patrimoniales saisies n'aboutit pas à une compensation entre la créance compensatrice et le solde de l'indemnité allouée au recourant au titre de l'<ref-law>. Si en revanche, le montant des valeurs patrimoniales dont la saisie a été maintenue en vue de l'exécution de la créance compensatrice prononcée contre le recourant est supérieur à celui de la créance compensatrice, alors l'imputation du solde de l'indemnité due au recourant sur ces valeurs permettra la restitution à celui-ci du montant excédentaire des valeurs saisies, augmenté du solde de l'indemnité.
Au vu de ce qui précède, la décision apparaît peu claire, voire contradictoire, et ne permet pas le contrôle de la bonne application du droit par le Tribunal fédéral. La cause doit par conséquent être renvoyée à la Cour des affaires pénales du TPF afin qu'elle indique si elle prononce la compensation de la part restante, après compensation avec les frais de justice, de l'indemnité octroyée au recourant en application de l'<ref-law>, avec la créance compensatrice. Elle indiquera également clairement sur quel montant (créance compensatrice ou valeurs saisies) elle entend imputer ce solde et pour quel motif cette imputation constituerait, le cas échéant, une compensation avec la créance compensatrice.
4.4. Cela étant, il convient, par économie de procédure, de relever les éléments suivants.
4.4.1. La loi s'interprète en premier lieu selon sa lettre (interprétation littérale). Si le texte n'est pas absolument clair, si plusieurs interprétations sont possibles, il convient de rechercher quelle est la véritable portée de la norme, en la dégageant de tous les éléments à considérer, soit notamment des travaux préparatoires (interprétation historique), du but de la règle, de son esprit, ainsi que des valeurs sur lesquelles elle repose, singulièrement de l'intérêt protégé (interprétation téléologique) ou encore de sa relation avec d'autres dispositions légales (interprétation systématique). Le Tribunal fédéral ne privilégie aucune méthode d'interprétation, mais s'inspire d'un pluralisme pragmatique pour rechercher le sens véritable de la norme; il ne se fonde sur la compréhension littérale du texte que s'il en découle sans ambiguïté une solution matériellement juste (<ref-ruling> consid. 1.2 p. 18 s. et les références citées).
4.4.2. Le principe de la compensation prévu à l'<ref-law> est une institution reconnue pour être générale, mais qui peut être exclue par le législateur (<ref-ruling> consid. 2.2 p. 214; <ref-ruling> consid. 5.1 p. 245). Les dispositions des <ref-law> sur la compensation sont applicables en droit public, en cas de silence de celui-ci et sous réserve d'incompatibilité (<ref-ruling> consid. 2.2 p. 214 et l'arrêt cité).
4.4.3. Aux termes de l'<ref-law>, les autorités pénales peuvent compenser les créances portant sur des frais de procédure avec les indemnités accordées à la partie débitrice dans la même procédure pénale et avec des valeurs séquestrées.
L'art. 512 al. 3 de l'Avant-projet de Code de procédure pénale suisse (ci-après : AP-CPP) avait la teneur suivante : " La Confédération et les cantons peuvent, dans la même procédure ou dans des procédures différentes, compenser leurs créances en frais et indemnités avec les prétentions d'indemnités de la partie débitrice, ainsi qu'avec les valeurs séquestrées qui se trouvent dans leurs mains en relation avec des procédures pénales ". Au sujet de cette disposition, le rapport explicatif relatif à l'AP-CPP indique : " l'alinéa 3 instaure un droit général de compensationen faveur de la Confédération et des cantons. Ceux-ci peuvent dès lors compenser leurs créances en frais et indemnités au sens de l'alinéa 1 avec les prétentions d'indemnités que la partie débitrice possède envers l'Etat à raison de la même procédure ou d'une procédure différente " (Rapport explicatif relatif à l'avant-projet d'un code de procédure pénale, Office fédéral de la justice, Berne, juin 2001, p. 307). L'al. 1, auquel il est renvoyé, traite de l'encaissement des frais, des peines pécuniaires ainsi que des prétentions financières à fournir en relation avec la procédure pénale. L'AP-CPP prévoyait donc un droit général de compenser non seulement les frais mais également les peines pécuniaires et toutes les prétentions financières découlant de la procédure pénale. La seule restriction envisagée était la compensation avec des prétentions du prévenu en réparation du dommage et du tort moral causés par les mesures de contrainte qu'il avait subies, notamment la privation de liberté (cf. ibidem). Lors de la procédure de consultation portant sur l'AP-CPP, deux participants, soit le canton de Lucerne et la Fédération suisse des avocats, se sont déterminés sur l'art. 512 al. 3 AP-CPP, tous deux prônant un renvoi aux règles générales du CO (cf. Synthèse des résultats de la procédure de consultation relative aux avant-projets de code de procédure pénale suisse et de loi fédérale régissant la procédure pénale applicable aux mineurs, Office fédéral de la justice, Berne, février 2003, p. 100). On ne discerne ainsi pas pourquoi la disposition correspondante, dans le projet présenté aux Chambres fédérales par le Conseil fédéral, n'évoquait plus que la compensation des frais et non plus des indemnités au sens de l'al. 1 de la même disposition (cf. art. 450 al. 4 du projet, FF 2006 1508). Le Message ne fournit aucune explication sur le motif de ce changement. Il prévoit toutefois que la compensation ne s'applique pas à toutes les prestations financières énumérées à l'al. 1. Puis, il indique que la compensation ne peut pas s'opérer avec la réparation du tort moral (cf. Message du 21 décembre 2005 relatif à l'unification du droit de la procédure pénale, FF 2006 1318, ch. 2.11.2). On ignore ainsi pourquoi la compensation entre les indemnités allouées au prévenu et les autres créances découlant de la procédure pénale dont l'Etat serait titulaire a été supprimée du projet. Cela s'explique d'autant moins que les seules remarques apportées lors de la procédure de consultation tendaient à une application des règles générales sur la compensation des <ref-law>, soit des règles encore plus larges que celles prévues dans l'AP-CPP. Les travaux législatifs ne permettent pas davantage de saisir les motifs de cette altération dès lors que l'art. 450 al. 4 P-CPP a été adopté par les deux Chambres sans discussion ni modification (cf. BO CE 2006 1060; BO CN 2007 1032). Il convient enfin de relever que l'Avant-projet de modification du Code de procédure pénale prévoit que la compensation sera également possible avec la réparation du tort moral. A cet égard, il ressort du rapport explicatif relatif à cet avant-projet que la Commission des affaires juridiques du Conseil national, qui exige que les autorités pénales puissent compenser les créances portant sur des frais de procédure avec les indemnités accordées à la partie débitrice, y compris celles allouées pour tort moral, avance des raisons d'économie de procédure pour motiver sa demande. Elle considère comme insatisfaisant le fait que l'Etat doive verser des indemnités à la personne condamnée pour ensuite entamer des démarches visant à recouvrer les frais de procédure mis à la charge de cette même personne. Or, si le recouvrement n'aboutit pas, ces frais sont mis à la charge du contribuable (Rapport explicatif concernant la modification du code de procédure pénale [mise en oeuvre de la motion 14.3383, Commission des affaires juridiques du Conseil des Etats, Adaptation du code de procédure pénale], Berne décembre 2017, ch. 2.1.68 p. 50 s.). Par conséquent, la volonté du législateur tend actuellement vers un élargissement, plutôt qu'une restriction, de la possibilité donnée aux autorités pénales de prononcer la compensation, et ce, en particulier, pour des motifs d'économie de procédure.
La majorité de la doctrine ne se prononce pas sur la possibilité de compenser une créance compensatrice avec des indemnités allouées au prévenu (SCHMID/JOSITSCH, Schweizerische Strafprozessordnung, Praxiskommentar, 3 e éd. 2018, n o 5 à 9 ad <ref-law>; KUHN/JEANNERET, Précis de procédure pénale, 2 e éd. 2018, n o 20010; SCHMID/JOSITSCH, Handbuch des schweizerischen Strafprozessrechts, 3 e éd. 2017, n° 1857; JO PITTELOUD, Code de procédure pénale suisse, 2012, n o 1401 ad <ref-law>; MICHEL PERRIN in Commentaire romand, Code de procédure pénale, Kuhn/Jeanneret [éd.], 2011, n o 10 ad <ref-law>). Toutefois, une minorité d'auteurs reprend la teneur du Message, sans autre discussion, indiquant que la compensation ne s'applique pas à toutes les prestations financières de l'<ref-law> (MOREILLON/PARREIN-REYMOND, Petit commentaire, Code de procédure pénale, 2 e éd. 2016, n o 8 ad <ref-law>; BENJAMIN F. BRÄGGER, in Basler Kommentar, Schweizerische Strafprozessordnung / Jugendstrafprozessordnung, 2 e éd. 2014, n o 2 ad <ref-law>). En revanche, deux auteures évoquent expressément la possibilité d'une compensation entre indemnité et créance compensatrice et l'approuvent (ANGELA CAVALLO, in Kommentar zur Schweizerischen Strafprozessordnung [StPO], Donatsch/ Hansjakob/Lieber [éd.], 2 e éd. 2014, n° 16 ad <ref-law>; SARA SCHÖDLER, Dritte im Beschlagnahme- und Einziehungsverfahren, 2012, p. 227).
Quant à la jurisprudence, elle a relevé que l'<ref-law> ne limitait pas l'autorité de recouvrement et ne l'empêchait pas de compenser une créance résultant d'une peine pécuniaire et de frais de procédure infligés à un prévenu dans une procédure pénale, à une dette issue d'une indemnité pour frais de défense à charge de l'Etat allouée à ce prévenu dans une autre procédure pénale, en application des règles générales sur la compensation prévues aux <ref-law> (<ref-ruling> consid. 2.3.3 p. 215). Dans cet arrêt, il est également relevé qu'une éventuelle limitation de la compétence de l'autorité pénale de compenser prévue par l'<ref-law> pourrait se comprendre par le fait que cette autorité, au moment où elle se prononce sur les frais et autres prestations financières, n'est saisie que d'une procédure pénale et ne devrait dès lors pas, sauf exception, traiter du sort de prétentions financières résultant d'autres procédures, dont elle n'est pas saisie (<ref-ruling> consid. 2.3.3 p. 215 s.). En d'autres termes, si l'on doit interpréter l'<ref-law> comme limitant la possibilité, pour l'autorité pénale, de prononcer une compensation, cette limitation concernerait le fait que les créances et dettes en jeu doivent résulter de la même procédure.
L'<ref-law> ne prévoit pas d'interdiction de compenser d'autres créances que celles portant sur des frais. Il rappelle aux autorités pénales qu'elles peuvent compenser celles-ci. Cette disposition n'exclut donc pas expressément l'application des dispositions générales sur la compensation (<ref-law>).
Au vu de l'ensemble des éléments exposés ci-dessus, il convient de retenir que l'autorité pénale peut prononcer la compensation, fondée sur les <ref-law>, dans la mesure où les dettes et créances concernées sont issues de la même procédure pénale. En effet, la volonté du législateur lors de l'élaboration du CPP ne peut être établie avec certitude. Quoi qu'il en soit, on peut déduire de la modification envisagée de l'<ref-law> que sa volonté actuelle est de tendre vers un élargissement des possibilités de compensation. En outre, le motif avancé à l'appui de cette modification est l'économie de procédure. Il est également valable s'agissant d'autoriser l'autorité pénale à prononcer la compensation de toute créance que l'Etat aurait contre le débiteur avec les indemnités allouées à celui-ci et qui seraient issues de la même procédure pénale. En effet, si le juge pénal ne pouvait pas prononcer une telle compensation, celle-ci pourrait de toute façon être opposée lors de la procédure devant l'autorité de recouvrement (cf. <ref-ruling>). Ainsi, l'économie de la procédure commande d'autoriser le juge pénal à ordonner cette compensation. Enfin, la compensation prononcée par l'autorité pénale devrait, en principe, concerner des dettes et des créances issues de la même procédure pénale. En effet, cette autorité ne devrait pas se prononcer sur des prétentions financières résultant d'autres procédures dont elle n'est pas saisie (cf. <ref-ruling> consid. 2.3.3 p. 216).
4.5. Dans le cadre de son nouvel examen (cf. supra consid. 4.3), il incombera au TPF de tenir compte des éléments exposés ci-dessus.
5.
Vu le sort du recours, il n'y a pas lieu d'examiner les autres griefs soulevés par le recourant qui deviennent sans objet. Le recourant obtient gain de cause. Il ne supporte pas de frais (<ref-law>). Il peut prétendre à de pleins dépens (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est admis, le jugement attaqué annulé et la cause renvoyée à la Cour des affaires pénales du Tribunal pénal fédéral pour nouvelle instruction et nouvelle décision.
2.
Il n'est pas perçu de frais judiciaires.
3.
La Confédération (Ministère public de la Confédération) versera au recourant une indemnité de 3000 fr. à titre de dépens pour la procédure devant le Tribunal fédéral.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et au Tribunal pénal fédéral, Cour des affaires pénales.
Lausanne, le 6 août 2019
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Denys
La Greffière : Livet