Faits :
A.
A.a. En juin 2010, X._ (ci-après: le demandeur), qui était à la recherche d'un investisseur pour développer un nouveau projet horloger, et A._, qui a accepté d'assurer le financement de ce projet, ont fondé Z._ SA (ci-après: Z._, la société ou la défenderesse), société anonyme qui a pour but la conception, la réalisation, la production et la distribution de tous produits horlogers, accessoires et produits de luxe.
Le capital-actions de Z._, composé de 100 actions d'une valeur nominale de 1'000 fr., a été réparti en parts égales entre X._ et U._, société dont A._ était le directeur. X._ et A._ ont chacun été nommés administrateur président de Z._, avec signature collective à deux; ils étaient les seuls membres du conseil d'administration.
A.b. Le 17 juin 2010, X._ et U._, représentée par A._, ont signé une convention portant sur l'exercice des droits et obligations liés à l'actionnariat de Z._. Cette convention prévoyait notamment la délégation de la gestion de Z._ à un CEO (chief executive officer), à l'exception de certaines attributions réservées exclusivement au conseil d'administration. Il était prévu que la rémunération initiale du CEO s'élèverait à 250'000 fr. bruts par année.
La fonction de CEO prévue dans la convention du 17 juin 2010 a été exercée par X._. A._ n'assumait aucune fonction opérationnelle au sein de Z._, à l'instar des autres sociétés dans lesquelles il avait investi de l'argent. X._ a perçu pour sa fonction de CEO une rémunération brute de 54'000 fr. entre le 1er octobre et le 31 décembre 2010, de 240'000 fr. entre le 1er janvier et le 31 décembre 2011, de 234'000 fr. entre le 1er janvier et le 31 décembre 2012 et de 247'000 fr. entre le 1er janvier et le 31 décembre 2013. Des déductions en faveur des assurances sociales étaient retranchées de cette rémunération.
Une fois par mois, au cours d'une séance organisée par et avec A._, X._ devait présenter un compte-rendu de l'activité déployée. Il devait également faire avaliser ses choix de gestion par A._.
A.c. Par convention du 14 décembre 2011, X._ et U._ ont convenu d'augmenter le capital-actions de Z._ à 125'000 fr., par la création de 25 nouvelles actions d'une valeur nominale de 1'000 fr. chacune, et de constituer un agio de 5'975'000 fr. L'apport financier de ces opérations a été exclusivement supporté par U._. La part de celle-ci dans l'actionnariat de Z._ a ainsi augmenté à 60%, tandis que celle de X._ a été réduite à 40%. Cette convention précisait que toutes les décisions inhérentes à l'engagement et au licenciement de personnel au sein de Z._ devaient désormais être prises à l'unanimité du conseil d'administration de la société.
A.d. Par courriel du 15 février 2012, X._ s'est plaint auprès de A._ du fait qu'il s'occupait seul de la gestion du marketing, du commercial, de la logistique, du secrétariat, de l'administratif, du travail de création, de la production et du service après-vente de Z._, fonctions qui n'étaient jamais confiées à une seule personne dans les sociétés horlogères. Il s'est également plaint de ne pas avoir d'assistante et de ce que A._ avait unilatéralement décidé de ne pas lui verser son salaire durant les mois d'août et septembre 2012, ce que ni les statuts ni les accords passés ne permettaient.
Par la suite et à plusieurs reprises, X._ a encore attiré l'attention de A._ sur sa charge de travail qu'il considérait comme importante, en indiquant notamment consacrer tous ses week-ends au travail et n'avoir, depuis trois ans, pas eu la possibilité de prendre des vacances.
Les 12 janvier et 4 février 2013, X._ s'est plaint de ne pas avoir reçu ses salaires des mois de décembre 2012 et janvier 2013.
A.e. Le 8 février 2013, R.A._, le fils de A._ qui avait été nommé CFO (chief financial officer) de Z._ un an plus tôt, a été nommé administrateur de la société avec signature collective à deux.
Afin de remplacer son fils qui s'absentait de Suisse pendant trois mois minimum, A._ a, sans consulter préalablement X._, engagé un nouveau CFO en la personne de B._. X._ a fait part à plusieurs reprises de son désaccord avec cet engagement à A._, lui rappelant que, selon la convention du 14 décembre 2011 (cf. consid. A.c. supra), l'engagement d'un nouvel employé nécessitait une décision unanime du conseil d'administration de Z._. A._ n'a pas tenu compte de ce désaccord.
A.f. Le 28 février 2013, parallèlement à la notification de deux commandements de payer pour le salaire impayé du mois de janvier 2013 et le solde de salaire pour la période du 1er novembre 2010 au 31 décembre 2012, X._, B._ et R.A._ ont signé une convention aux termes de laquelle il était convenu qu'une somme de 52'022 fr. 25, correspondant à trois mois de salaire impayé, serait versée à X._. En contrepartie, X._ s'est engagé à remettre un plan d'assainissement et à présenter de nouveaux investisseurs potentiels à A._.
A.g. Le 6 avril 2013, au cours d'une assemblée extraordinaire des actionnaires, différents accords ont été passés, ensuite formalisés dans une convention du 22 avril 2013 signée par X._ et U._, représentée par A._. Cette convention indiquait que Z._ était confrontée à des difficultés financières importantes, qu'elle se trouvait en cessation de paiement et qu'il existait une forte probabilité pour qu'elle se trouve en situation de surendettement. A titre de mesure d'assainissement, il était convenu que X._ vendrait à U._ dix actions de Z._ au prix de 500'000 fr. et que le capital-actions de la société serait augmenté à 2'900'000 fr., par la création de 2'775 nouvelles actions d'une valeur nominale de 1'000 fr. chacune, acquises par U._. La part d'actionnariat de cette dernière dans Z._ a ainsi été augmentée à 98.62% et celle de X._ réduite à 1.38%. Les parties ont pour le surplus confirmé ne plus être liées par la précédente convention d'actionnaires du 17 juin 2010 et son complément du 14 décembre 2011 à compter du 6 avril 2013.
Il n'est pas contesté que les parties ont été liées par un contrat de travail à compter de ce moment, soit dès le 7 avril 2013. Est en revanche litigieuse la qualification de leur relation pour la période précédant la signature des accords du 6 avril 2013, soit pour la période du 10 octobre 2010 au 6 avril 2013.
A.h. A compter du 1er juin 2013, X._ n'a plus été autorisé à se servir de la carte de crédit délivrée au nom de Z._ pour régler ses frais professionnels, ce qui l'a obligé à avancer lui-même les montants nécessaires au paiement desdits frais.
Au mois d'août 2013, X._ a transmis à B._ et A._ le planning de ses déplacements professionnels entre les mois de septembre et décembre 2013.
Par courrier du 27 novembre 2013, B._ a sommé X._ de prendre des jours de congé et lui a indiqué que ses vacances restantes pour 2011 et 2012 ne seraient pas reportées sur 2014.
Le 13 décembre 2013, B._ a fait part à X._ d'une proposition visant à modifier son salaire pour l'année 2014 en l'indexant aux ventes. X._ a informé A._ de son refus catégorique à ce propos par courriel du 23 décembre 2013.
Après une mise en demeure infructueuse, les salaires dus à X._ ont été acquittés par Z._ le 3 février 2014. Pour justifier ce retard, la société a invoqué des problèmes de liquidités.
A.i. Du 10 janvier au 4 juillet 2014, X._ a été totalement incapable de travailler, pour des raisons de santé.
A.j. Par courrier recommandé du 21 janvier 2014, X._ a mis en demeure A._ de lui verser la somme de 127'139 fr. 25, correspondant aux salaires des mois de décembre 2013, janvier 2014, au solde de salaires pour la période du 1er novembre 2010 au 31 décembre 2012, ainsi qu'aux indemnités pour les jours de vacances non pris en nature.
A.k. Par courrier recommandé du 16 avril 2014, Z._ a informé X._ qu'elle mettait un terme à son contrat de travail pour le 30 juin 2014, l'a libéré avec effet immédiat de son obligation de travailler et lui a signifié que le solde de ses jours de vacances devait être pris d'ici à la fin des rapports de travail. En réponse à X._, qui s'est opposé au congé en invitant la société à lui en indiquer les motifs, Z._ a répondu que le lien de confiance nécessaire à toute relation contractuelle de travail était irrémédiablement rompu, étant donné l'existence de visions diamétralement opposées quant à la manière de conduire les affaires de la société.
B.
B.a. Par demandes des 12 mai 2014 et 18 août 2014 déposées devant le Tribunal des prud'hommes, X._ a conclu au paiement par Z._ d'une somme totale de 137'287 fr. 40, respectivement 209'073 fr. 20, soit: 34'500 fr. 25 bruts, avec intérêts moratoires, à titre de solde de salaire entre le 1er novembre 2010 et le 31 décembre 2012; 62'500 fr. 05 bruts, avec intérêts moratoires, à titre de salaire pour les mois d'avril à juin 2014; 72'960 fr. 70 bruts (62'548 fr. 20 entre le 1er octobre 2010 et le 31 décembre 2013 et 10'412 fr. 50 entre le 1er janvier et le 30 juin 2014), avec intérêts moratoires, à titre d'indemnités pour les jours de vacances non pris en nature pour la période du 1er octobre 2010 au 30 juin 2014; 31'899 fr. 60 bruts, avec intérêts moratoires, à titre de remboursement des frais professionnels pour les mois de septembre à décembre 2013; 124'500 fr. nets à titre d'indemnité pour licenciement abusif et 20'000 fr. nets à titre d'indemnité pour tort moral.
La défenderesse a conclu, préalablement, au constat que les parties n'étaient pas liées par un rapport de travail et que le Tribunal des prud'hommes n'était pas compétent pour connaître du litige et, cela fait, à ce que les demandes en paiement déposées par le demandeur soient déclarées irrecevables, respectivement rejetées. Elle a en outre formé une demande reconventionnelle à l'encontre du demandeur, concluant à ce que celui-ci soit condamné à lui verser une somme provisoire et minimale de 220'000 fr., par la suite augmentée à 1'369'409 fr.
Par jugement du 7 août 2017, le Tribunal des prud'hommes, retenant l'existence d'un contrat de travail entre les parties pour toute la durée contractuelle, a condamné la défenderesse à verser au demandeur la somme brute de 167'247 fr. 70 avec intérêts moratoires à 5% l'an dès le prononcé du jugement, soit 34'500 fr. à titre de différence de salaire pour la période du 1er novembre 2010 au 31 décembre 2012, 62'500 fr. à titre d'indemnités journalières perte de gain pour les mois d'avril à juin 2014 et 70'247 fr. 70 à titre d'indemnité pour jours de vacances non pris en nature pour la période du 1er novembre 2010 au 30 juin 2014, la partie en ayant la charge étant invitée à opérer les déductions sociales et légales usuelles. Il a également condamné la défenderesse à verser au demandeur la somme nette de 60'732 fr. 60 avec intérêts moratoires à 5% l'an dès le prononcé du jugement, soit 31'899 fr. 60 à titre de remboursement de frais professionnels, 20'833 fr. à titre d'indemnité pour licenciement abusif et 8'000 fr. à titre de tort moral.
B.b. Statuant le 14 août 2018 sur appel de la défenderesse, la Chambre des prud'hommes de la Cour de justice a réformé le jugement entrepris et condamné la défenderesse à verser au demandeur la somme brute de 86'210 fr. 50 avec intérêts moratoires à 5% l'an dès le 1er juillet 2014, soit 0 fr. à titre de différence de salaire pour la période du 1er novembre 2010 au 31 décembre 2012, 62'500 fr. à titre d'indemnités journalières perte de gain pour les mois d'avril à juin 2014 et 23'710 fr. 50 à titre d'indemnité pour jours de vacances non pris en nature pour la période du 1er novembre 2010 au 30 juin 2014. Elle a également condamné la défenderesse à verser au demandeur la somme nette de 26'342 fr. 85 avec intérêts moratoires à 5% l'an dès le 1er juillet 2014, soit 1'509 fr. 85 à titre de remboursement de frais professionnels, 20'833 fr. à titre d'indemnité pour licenciement abusif et 4'000 fr. à titre de tort moral.
Entres autres considérations, la cour cantonale a retenu qu'il n'existait aucun lien de subordination entre les parties du 1er octobre 2010 au 6 avril 2013, seule question litigieuse dans la présente procédure.
C.
Contre l'arrêt de la cour cantonale, qui lui a été notifié le 16 août 2018, le demandeur a interjeté un recours en matière civile au Tribunal fédéral le 14 septembre 2018, concluant principalement à sa réforme, en ce sens que l'arrêt soit annulé et que la défenderesse soit condamnée à lui verser la somme brute de 167'247 fr. 70 avec intérêts moratoires à 5% l'an dès le 1er juillet 2014 et la somme nette de 60'732 fr. 60 avec intérêts moratoires à 5% l'an dès le 1er juillet 2014, et subsidiairement à son annulation et au renvoi de la cause à l'instance précédente. Il se plaint de violation de l'art. 319 CO ainsi que des art. 9 et 29 Cst. Il demande également que l'état de fait soit complété sur quelques points.
Invitées à se prononcer sur le recours, la cour cantonale s'est référée aux considérants de son arrêt et la défenderesse a conclu au rejet du recours.

Considérant en droit :
1.
Le recours est interjeté en temps utile (art. 100 al. 1 LTF) par le demandeur qui a succombé partiellement dans son action en paiement (art. 76 al. 1 LTF), contre une décision finale (art. 90 LTF) rendue en matière civile (art. 72 al. 1 LTF) sur appel par un tribunal supérieur (art. 75 LTF). La cause atteint le seuil de 15'000 fr. fixé à l'art. 74 al. 1 let. a LTF, étant précisé qu'un litige de droit du travail existe déjà lorsqu'il s'agit de savoir si l'accord des parties doit être qualifié de contrat de travail (<ref-ruling> consid. 2.1 p. 34; arrêt 4A_10/2017 du 19 juillet 2017 consid. 1). Déposé dans le délai (art. 100 al. 1 LTF) et la forme (art. 42 LTF) prévus par la loi, le recours est en principe recevable.
2.
2.1. Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF). Il ne peut s'en écarter que si ces faits ont été établis de façon manifestement inexacte - ce qui correspond à la notion d'arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (<ref-ruling> consid. 4.1.2; <ref-ruling> consid. 5.1) - ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (art. 105 al. 2 LTF), et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1 LTF).
La critique de l'état de fait retenu est soumise au principe strict de l'allégation énoncé par l'art. 106 al. 2 LTF (<ref-ruling> consid. 2.3 p. 266 et les références). La partie qui entend attaquer les faits constatés par l'autorité précédente doit expliquer clairement et de manière circonstanciée en quoi ces conditions seraient réalisées (<ref-ruling> consid. 1.3.1 p. 18 et les références). Si elle souhaite obtenir un complètement de l'état de fait, elle doit aussi démontrer, par des renvois précis aux pièces du dossier, qu'elle a présenté aux autorités précédentes, en conformité avec les règles de la procédure, les faits juridiquement pertinents à cet égard et les moyens de preuve adéquats (<ref-ruling> consid. 2 p. 90). Si la critique ne satisfait pas à ces exigences, les allégations relatives à un état de fait qui s'écarterait de celui de la décision attaquée ne pourront pas être prises en considération (<ref-ruling> consid. 1.3.1 p. 18).
2.2. Le Tribunal fédéral applique d'office le droit (art. 106 al. 1 LTF) à l'état de fait constaté dans l'arrêt cantonal (ou à l'état de fait qu'il aura rectifié ou complété après examen des griefs du recours). Il n'est pas limité par les arguments soulevés dans le recours ni par la motivation retenue par l'autorité précédente; il peut donc admettre un recours pour d'autres motifs que ceux qui ont été articulés ou, à l'inverse, rejeter un recours en adoptant une argumentation différente de celle de l'autorité précédente (<ref-ruling> consid. 1.4 et l'arrêt cité).
3.
Le demandeur se plaint d'abord de ce que la cour cantonale n'aurait pas constaté trois éléments factuels, pourtant pertinents pour l'analyse de l'art. 319 CO.
3.1. Il reproche aux juges précédents de n'avoir pas retenu qu'il était tenu d'exercer son activité dans un lieu déterminé, alors que A._ lui imposait de travailler depuis les bureaux loués par la société à Genève et, une fois le bail pour ces bureaux résilié, depuis son domicile. Les arguments qu'il avance ne permettent toutefois pas de tenir ce fait pour établi et donc de procéder au complètement voulu. L'on ne saurait déduire du seul fait que la société louait des locaux à Genève une obligation pour le demandeur d'y travailler, comme l'on ne saurait déduire du seul fait que le demandeur se soit opposé au transfert des bureaux de la société de Genève au Locle une obligation pour lui de travailler à domicile.
3.2. Le demandeur fait ensuite grief à la cour cantonale de n'avoir pas retenu qu'il était soumis aux instructions de A._. A l'appui de sa thèse, il cite pêle-mêle différentes pièces et procès-verbaux d'audience, sans aucunement exposer ce que ceux-ci sont censés démontrer. Dans les quelques éléments qu'il prend la peine de développer, il énonce que la signature de certains contrats comme différents aspects commerciaux étaient soumis à l'approbation de A._ et que ce dernier organisait une réunion un samedi par mois. Ne lui en déplaise, ces éléments ont dûment été retenus par la cour cantonale dans son état de fait (cf. consid. A.b supra), de sorte qu'il n'y a pas matière à complètement. Pour le reste, le fait que A._ aurait décidé de transférer le compte bancaire de la société d'un canton à un autre, sans l'accord écrit de X._, et qu'il aurait ordonné un paiement de 2'000 fr., en violation de la convention signée avec la banque prévoyant une double signature des administrateurs, n'est d'aucune pertinence pour déterminer si le demandeur était soumis à des instructions.
3.3. Enfin, lorsqu'il reproche aux juges précédents d'avoir occulté l'inégalité flagrante existant entre les deux actionnaires, le demandeur oublie que la cour cantonale a constaté en fait que lui-même était venu avec une idée et que A._ avait massivement contribué au financement (cf. consid. A.a supra).
3.4. Dès lors, l'on ne voit pas que la cour cantonale aurait omis de constater les éléments factuels énumérés dans le recours, encore moins qu'elle aurait violé le droit d'être entendu du demandeur.
4.
4.1. La qualification juridique d'un contrat est une question de droit (<ref-ruling> consid. 3 p. 219). Le juge détermine librement la nature de la convention d'après l'aménagement objectif de la relation contractuelle ( objektive Vertragsgestaltung), sans être lié par la qualification même concordante donnée par les parties (<ref-ruling> consid. 3.1 p. 667; <ref-ruling> consid. 2 p. 496).
Par le contrat individuel de travail, le travailleur s'engage, pour une durée déterminée ou indéterminée, à travailler au service de l'employeur et celui-ci à payer un salaire fixé d'après le temps ou le travail fourni (art. 319 al. 1 CO). Les éléments caractéristiques de ce contrat sont une prestation de travail, un rapport de subordination, un élément de durée et une rémunération (arrêts 4A_10/2017 précité consid. 3.1; 4A_200/2015 du 3 septembre 2015 consid. 4.2.1 et 4P.337/2005 du 21 mars 2006 consid. 3.3.2).
Le contrat de travail se distingue avant tout des autres contrats de prestation de services, en particulier du mandat, par l'existence d'un lien de subordination (<ref-ruling> consid. 4 p. 81; <ref-ruling> consid. 1a/aa p. 46 et consid. 1a/bb in fine p. 47), qui place le travailleur dans la dépendance de l'employeur sous l'angle personnel, organisationnel et temporel ainsi que, dans une certaine mesure, économique. Le travailleur est assujetti à la surveillance, aux ordres et instructions de l'employeur; il est intégré dans l'organisation de travail d'autrui et y reçoit une place déterminée (arrêt 4A_10/2017 précité consid. 3.1 et les arrêts cités).
Les critères formels, tels l'intitulé du contrat, les déclarations des parties ou les déductions aux assurances sociales, ne sont pas déterminants. Il faut bien plutôt tenir compte de critères matériels relatifs à la manière dont la prestation de travail est effectivement exécutée, tels le degré de liberté dans l'organisation du travail et du temps, l'existence ou non d'une obligation de rendre compte de l'activité et/ou de suivre les instructions, ou encore l'identification de la partie qui supporte le risque économique (arrêt 2C_714/2010 du 14 décembre 2010 consid. 3.4.2). En principe, des instructions qui ne se limitent pas à de simples directives générales sur la manière d'exécuter la tâche, mais qui influent sur l'objet et l'organisation du travail et instaurent un droit de contrôle de l'ayant droit, révèlent l'existence d'un contrat de travail plutôt que d'un mandat (cf. arrêt 4C.216/1994 du 21 mars 1995 consid. 1a; PHILIPPE CARRUZZO, Le contrat individuel de travail, 2009, n° 4 ad art. 319 CO p. 3 s.).
S'agissant des rapports juridiques entre une personne morale et ses organes, singulièrement entre une société anonyme et les membres du conseil d'administration ou de la direction, ils peuvent relever à la fois du droit des sociétés et du droit des contrats. Sous ce dernier aspect, la tendance est plutôt de considérer que les directeurs sont liés par un contrat de travail et les administrateurs par un mandat ou un contrat sui generis analogue au mandat. En tous les cas, lorsque l'organe dirigeant exerce son activité à titre principal, le critère décisif en faveur du contrat de travail est le rapport de subordination, l'intéressé étant alors soumis à des instructions, par exemple du conseil d'administration (<ref-ruling> consid. 2.1 p. 216; <ref-ruling> consid. 1a/aa p. 131 s.; arrêts 4A_10/2017 précité consid. 3.1; 4A_293/2015 du 10 décembre 2015 consid. 5 et 4C.39/2005 du 8 juin 2005 consid. 2.3). Par définition, il n'existe aucun rapport de subordination lorsqu'il y a identité économique entre la personne morale et son organe dirigeant; un contrat de travail ne saurait ainsi lier une société anonyme et son actionnaire et administrateur unique (<ref-ruling> consid. 4 p. 81).
Seul l'examen de l'ensemble des circonstances du cas concret permet de déterminer si l'activité en cause est exercée de manière dépendante ou indépendante (<ref-ruling> consid. 2.1 p. 216; <ref-ruling> consid. 3.2 p. 668; <ref-ruling> consid. 1a/aa p. 132).
4.2. Se plaignant pêle-mêle d'arbitraire dans la constatation des faits et de violation de l'art. 319 CO, le recourant soutient que la cour cantonale aurait nié à tort l'existence d'un rapport de subordination entre les parties pendant la période litigieuse.
4.2.1. Selon l'arrêt attaqué, le demandeur était l'un des fondateurs de la société, dont il était également coadministrateur et actionnaire à hauteur de 50% jusqu'au 14 décembre 2011, de sorte qu'il avait pris part aux décisions relatives à sa nomination en qualité de CEO et à la fixation de sa rémunération. Compte tenu de sa qualité de coadministrateur et d'actionnaire à 50%, respectivement du contenu de la convention d'actionnaires du 14 décembre 2011, il ne pouvait en outre être destitué de son poste sans son consentement pendant toute la période litigieuse.
Le demandeur n'entreprend aucune démonstration de l'arbitraire des faits retenus et ne s'en prend pas directement à cette argumentation, mais se contente d'affirmer que " rien ne l'eût empêché d'exiger dès l'origine un contrat de longue durée ". L'on peine à comprendre l'argument, puisqu'il n'avait précisément pas à négocier un contrat de longue durée tant qu'il ne pouvait être démis de son poste sans son consentement, soit jusqu'au 6 avril 2013. A cette date, les accords liant précédemment les parties, qui notamment conféraient au demandeur la fonction de CEO et stipulaient que toute décision relative à l'engagement et au licenciement du personnel devait être prise à l'unanimité du conseil d'administration de la société, ont été dénoncés.
4.2.2. La cour cantonale a retenu que le demandeur était libre dans l'aménagement de son temps de travail; il fixait lui-même ses horaires sans devoir accomplir un nombre d'heures prédéfinies et planifiait librement ses périodes de vacances ou ses déplacements professionnels. La sommation qui lui avait été faite de prendre ses jours de vacances pour les années 2011 et 2012 avant la fin de l'année 2013 tout comme la transmission du planning de ses déplacements de septembre à décembre 2013 étaient intervenues postérieurement au 6 avril 2013, soit hors période litigieuse.
Le demandeur soutient qu'il était CEO de la société et qu'il était donc normal qu'il jouisse d'une entière liberté dans l'organisation de son travail et la planification de ses déplacements professionnels. Il n'empêche que rien dans ces éléments, constatés sans arbitraire, ne plaide en faveur de l'existence d'un lien de subordination. A noter que le demandeur, qui affirme que son travail a toujours été le même durant toute la durée contractuelle, n'explique pas pour quelle raison il a été sommé de prendre ses jours de congé et ses vacances pour les années 2011 et 2012 en novembre 2013 seulement et pour quelle raison il a transféré le planning de ses déplacements professionnels uniquement durant la période postérieure au 6 avril 2013, si ce n'est parce que la relation contractuelle était alors devenue un rapport de travail.
4.2.3. S'agissant du lieu de travail, la cour cantonale a retenu que le demandeur n'était pas tenu d'exercer son activité dans un lieu déterminé. Le siège de la société se trouvait d'ailleurs à son domicile, ce qui est inhabituel pour un employé.
Le recourant soutient que la cour cantonale a omis de prendre en considération les pièces démontrant que la société louait des locaux à Genève et qu'ensuite de la résiliation du bail il était contraint de travailler depuis chez lui. Or, comme retenu au consid. 3.1 supra, l'on ne saurait déduire du seul fait que la société louait des locaux à Genève une obligation pour le demandeur d'y travailler, comme l'on ne saurait déduire du seul fait que celui-ci se soit opposé au transfert des bureaux de la société de Genève au Locle une obligation pour lui de travailler à domicile. C'est donc sans arbitraire que la cour cantonale a retenu que le demandeur était libre dans le choix de son lieu de travail, élément qui ne plaide pas en faveur d'un lien de subordination.
4.2.4. S'agissant des instructions, la cour cantonale a retenu qu'il n'était pas établi que le demandeur effectuait, pendant toute la période litigieuse, ses tâches de gestion sur la base d'instructions de la société, respectivement de A._. Sa qualité d'actionnaire aux côtés de ce dernier à 50%, puis à 40%, rendait d'ailleurs difficile son assujettissement à des directives particulières. L'obligation faite au demandeur de rendre compte de son activité et de faire avaliser ses choix de gestion par A._ ne démontrait notamment pas une relation hiérarchique, puisqu'il était légitime que ce dernier, en sa qualité de cofondateur, de coadministrateur et d'actionnaire, souhaite exercer une surveillance sur la marche des affaires de la société. L'engagement de B._ sans le consentement du demandeur et en dépit de l'opposition manifestée par ce dernier montrait d'ailleurs que le demandeur estimait disposer du même pouvoir décisionnel que A._ dans ce domaine.
A l'encontre de ce raisonnement, le demandeur plaide l'existence d'une relation hiérarchique, ce qu'il déduit essentiellement du fait qu'il n'avait pas la signature bancaire individuelle et qu'il ne pouvait prendre aucune décision, même simple et courante, sans l'aval de A._. Il ajoute à cela les réunions organisées mensuellement par A._, soit bien plus que ne le fait généralement un conseil d'administration, pour conclure que ses faits et gestes devaient être validés par ce dernier. Ce faisant, le demandeur ne démontre pas que la cour cantonale aurait commis l'arbitraire en refusant de tenir pour établi qu'il effectuait ses tâches de gestion sur la base d'instructions de la société, sachant que l'arbitraire ne résulte pas du seul fait qu'une autre solution serait concevable. Le demandeur ne nie par ailleurs pas qu'il était légitime que A._, qui supportait entièrement le financement du projet par l'intermédiaire de la société U._, surveille les coûts et les choix de gestion effectués par le demandeur. Il ne nie pas non plus qu'il avait un pouvoir décisionnel fort au sein de la société, puisque son accord était nécessaire à tout engagement ou licenciement de personnel, en vertu des accords passés. Dans ces circonstances particulières, l'on ne saurait donc retenir que le demandeur, bien que soumis à une certaine surveillance de la part de son coadministrateur, était soumis à des instructions comme le serait un travailleur.
4.2.5. Selon l'arrêt attaqué, il était indéniable que le demandeur se trouvait dans un rapport de dépendance économique à l'égard de A._, l'unique investisseur, ce rapport ne constituant toutefois qu'un critère secondaire insuffisant pour retenir un rapport de subordination.
Le demandeur réfute le caractère secondaire du critère et soutient sans autres explications que la subordination économique, dans une entreprise comme Z._, est un élément fondamental. L'on ne saurait toutefois le suivre, d'une part, parce que le critère économique n'est pas tenu pour être déterminant dans la jurisprudence; d'autre part, parce que la dépendance économique était propre à la société depuis sa constitution, étant établi que le demandeur apportait une idée et A._ l'entier du financement nécessaire à son développement.
4.2.6. Enfin, le demandeur soutient que le traitement fixe qu'il percevait, l'établissement de fiches de salaire et les déductions sociales opérées n'ont pas été pris en compte par la cour cantonale. Selon la jurisprudence constante, ces critères ne sont toutefois que formels et n'apparaissent pas comme déterminants pour la qualification des relations contractuelles en cause.
4.3. En conséquence, il n'apparaît pas que la cour cantonale aurait commis l'arbitraire dans la constatation des faits ni qu'elle aurait erré en ne retenant pas, au vu de l'ensemble des circonstances particulières du cas d'espèce, l'existence d'un lien de subordination entre le 1er octobre 2010 et le 6 avril 2013. C'est donc à juste titre que les prétentions du demandeur tendant au versement d'un solde de salaire pour la période du 1er novembre 2010 au 31 décembre 2012 et d'une indemnité pour jours de vacances non pris en nature pour la période du 1er octobre 2010 au 6 avril 2013 ont été rejetées.
5.
Il s'ensuit que le recours doit être rejeté dans la mesure où il est recevable.
Les frais judiciaires et les dépens sont mis à la charge du recourant qui succombe (art. 66 al. 1 et 68 al. 1 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 5'000 fr., sont mis à la charge du recourant.
3.
Le recourant versera à l'intimée une indemnité de 6'000 fr. à titre de dépens.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour de justice du canton de Genève, Chambre des prud'hommes.
Lausanne, le 11 avril 2019
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente : Kiss
La Greffière : Schmidt