Faits :
A.
A._ est propriétaire de l'entier de la parcelle n° 1668 - folio 9 - et des trois quarts de la parcelle n° 469 - folio 9 -, le quart restant étant propriété de son épouse. Ces parcelles sont sises au lieu-dit "Les Paluds" sur le territoire de la commune de Massongex (ci-après: la commune). Elles sont colloquées en zone agricole selon le plan de zones de la commune homologué le 9 février 1994 par le Conseil d'Etat du canton du Valais.
Différentes autorisations de construire ont été délivrées en faveur des parcelles susmentionnées depuis 1995. Le Secrétariat cantonal des constructions a, lors de la vision locale tenue le 3 mai 2016, constaté que des travaux avaient été réalisés et un changement d'affectation effectué, sans autorisations valables.
B.
Par décision du 16 mars 2017, la Commission cantonale des constructions (ci-après: la CCC) a ordonné les remises en état suivantes:
- Sur la parcelle n° 469: la restitution de l'affectation "atelier" d'une remise/atelier, par la suppression des cuisines et des sanitaires et l'évacuation des autres éléments propres à l'habitation; la démolition et l'évacuation du local de rangement, du couvert et de l'escalier, en prenant cas échéant les mesures nécessaires pour ne pas déstabiliser les talus des CFF; l'évacuation des dallettes en béton préfabriqué et du gravier et la revégétalisation du sol.
- Sur la parcelle n° 1668: la suppression de tous les containers installés; le démontage et l'évacuation de l'annexe au hangar; la suppression de la grave et la revégétalisation naturelle du sol ou une mise en culture adéquate.
La CCC a en revanche décidé de tolérer notamment les modifications apportées à la remise/atelier autorisée en 2013 et réalisée sur la parcelle n° 1668, ainsi que d'autres éléments d'aménagements extérieurs (murs de soutènement et d'ornement en béton, rampe) réalisés sur la parcelle n° 469. Elle a par ailleurs décidé d'attendre les conclusions de l'enquête de police pour statuer sur le hangar nord détruit par le feu.
Par décision du 21 décembre 2018, le Conseil d'Etat du canton du Valais a rejeté le recours interjeté par A._ et confirmé l'ordre de remise en état de la CCC.
Par arrêt du 7 janvier 2020, la Cour de droit public du Tribunal cantonal du canton du Valais (ci-après: le Tribunal cantonal) a très partiellement admis le recours interjeté contre la décision du 21 décembre 2018. Les juges cantonaux ont retenu que la grave ne devait être supprimée que sous réserve d'une bande de huit mètres de large devant le hangar, reprenant ainsi la reconsidération opérée par la CCC et occultée par le Conseil d'Etat. Ils ont rejeté le recours pour le surplus.
C.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public, A._ demande au Tribunal fédéral, principalement, d'annuler l'arrêt attaqué, la décision du Conseil d'Etat du 21 décembre 2018 et l'ordre de remise en état de la CCC du 16 mars 2017, subsidiairement, de réformer l'arrêt en ce sens qu'un délai lui soit accordé pour déposer une demande de régularisation auprès de l'autorité compétente et, plus subsidiairement, de renvoyer le dossier au Tribunal cantonal, au Conseil d'Etat ou à la CCC pour nouvelle décision dans le sens des considérants.
Le Tribunal cantonal renonce à se déterminer. La commune et l'Office fédéral du développement territorial concluent au rejet du recours. Le recourant a répliqué.

Considérant en droit :
1.
Dirigé contre une décision finale (<ref-law>) prise en dernière instance cantonale (art. 86 al. 1 let. d LTF) dans le domaine du droit public des constructions (<ref-law>), le recours est en principe recevable comme recours en matière de droit public selon les <ref-law>, aucune des exceptions prévues à l'<ref-law> n'étant réalisée. Le recourant a pris part à la procédure de recours devant le Tribunal cantonal. En tant que destinataire des ordres de remise en état relatifs aux parcelles dont il est propriétaire, le recourant peut se prévaloir d'un intérêt personnel et digne de protection à l'annulation de l'arrêt attaqué. Il a dès lors qualité pour recourir au sens de l'<ref-law>. Les autres conditions de recevabilité sont au surplus réunies, si bien qu'il y a lieu d'entrer en matière.
2.
Dans un grief d'ordre formel, le recourant se plaint d'une violation du droit d'être entendu. Il reproche au Tribunal cantonal d'avoir refusé les offres de preuve qu'il a proposées, à savoir son audition, une inspection des lieux et l'édition de différents dossiers par la commune.
2.1. Garanti à l'art. 29 al. 2 Cst., le droit d'être entendu comprend notamment le droit pour l'intéressé d'offrir des preuves pertinentes, d'obtenir qu'il soit donné suite à ses offres de preuves pertinentes et de participer à l'administration des preuves essentielles lorsque cela est de nature à influer sur la décision à rendre (<ref-ruling> consid. 7.2.2.1 p. 103 et les références citées). L'autorité peut cependant renoncer à procéder à des mesures d'instruction lorsque les preuves administrées lui ont permis de forger sa conviction et que, procédant d'une manière non arbitraire à une appréciation anticipée des preuves qui lui sont encore proposées, elle a la certitude que ces dernières ne pourraient l'amener à modifier son opinion (<ref-ruling> consid. 4.1 p. 171 et les arrêts cités).
2.2. En l'espèce, les juges cantonaux ont exposé que le recourant avait pu s'exprimer par écrit à réitérées reprises, que deux visions locales avaient été effectuées par la CCC et que le dossier comprenait les pièces nécessaires pour trancher le litige, soit des photographies, des rapports, des plans et des documents divers. Ils ont ainsi procédé à une appréciation anticipée des preuves. Or, le recourant ne démontre pas ni même ne soutient que l'administration des preuves opérée par les instances précédentes était lacunaire et que l'appréciation anticipée opérée par les premiers juges était entachée d'arbitraire; il se borne, tout au contraire, à énumérer ses offres de preuve, à dire à quelle question elles se réfèrent et à prétendre qu'elles sont pertinentes pour l'issue du litige, ce qui est manifestement insuffisant sous l'angle des exigences de motivation des griefs constitutionnels (<ref-law>). Ce grief est dès lors irrecevable.
En tout état de cause, les offres de preuve requises n'ont aucunement vocation à modifier le sort du litige (cf. infra consid. 6, 7 et 8), à tel point que même s'il avait été recevable, le moyen tiré du droit d'être entendu aurait dû être rejeté.
3.
Le recourant fait encore valoir une constatation manifestement inexacte des faits.
3.1. Le Tribunal fédéral statue en principe sur la base des faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>), sous réserve des cas prévus à l'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 4.4.3 p. 156). Le recourant ne peut critiquer les constatations de fait ressortant de la décision attaquée que si celles-ci ont été effectuées en violation du droit au sens de l'<ref-law> ou de manière manifestement inexacte, c'est-à-dire arbitraire, et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 6 p. 358). Conformément à l'<ref-law>, le recourant doit expliquer de manière circonstanciée en quoi ces conditions seraient réalisées. Le Tribunal fédéral n'entre pas en matière sur des critiques de type appellatoire portant sur l'état de fait ou sur l'appréciation des preuves (<ref-ruling> consid. 6.3 p. 375).
3.2. Le recourant reproche en substance au Tribunal cantonal d'avoir éludé un certain nombre de faits allégués par ses soins et qui seraient pertinents pour l'issue du litige, en particulier les faits relatifs à la connaissance par les autorités communales et cantonales de l'existence des bâtiments litigieux. Ce faisant, il ne démontre pas ni même ne soutient que les constatations de fait opérées par les juges cantonaux l'ont été de manière manifestement inexacte ou arbitraire; il se contente d'énumérer les éléments qui à son avis auraient dû être mentionnés en fait, ce qui ne saurait suffire (<ref-law>). Ce grief est donc irrecevable.
Quoi qu'il en soit, les faits allégués par le recourant et prétendument éludés par l'instance précédente ne sont pas déterminants pour le sort de la cause (cf. infra consid. 8). Ainsi, même s'il avait été recevable, le moyen tiré de la constatation inexacte des faits aurait dû être rejeté.
4.
Dans un grief intitulé "dispositif incomplet", le recourant soutient que le point 6 du dispositif de l'ordre de remise en état des lieux de la CCC, concernant l'évacuation des dallettes en béton préfabriqué et du gravier et la revégétalisation du sol de la parcelle n° 469, n'avait pas d'objet, dans la mesure où la remise en état ordonnée avait déjà été effectuée dès avant le rendu de sa décision par la CCC. Il estime que le Tribunal cantonal aurait dû rectifier les décisions de la CCC et du Conseil d'Etat, réduire les frais judiciaires mis à sa charge et augmenter l'indemnité pour ses dépens.
Son raisonnement ne peut être suivi. En plaçant les autorités devant le fait accompli, le recourant a généré les procédures de rétablissement de l'état conforme au droit diligentées par elles. C'est en effet sans autorisation que le recourant a réalisé les travaux litigieux sur la parcelle n° 469. Aussi le recourant ne saurait-il, sans contrevenir aux règles de la bonne foi, reprocher aux autorités d'avoir dans leurs décisions ordonné la remise en état des lieux en question. Il ne peut pas non plus exiger d'elles qu'elles viennent constater in situ que la remise en état a bel et bien été effectuée avant de prononcer leurs décisions, dans le but de diminuer ses frais de procédure. Partant, ce grief est rejeté.
5.
Sur le fond, le recourant soutient d'abord que la parcelle n° 469 se situe dans le périmètre d'urbanisation au sens de l'art. 21 al. 2 de la loi valaisanne d'application de la LAT du 23 janvier 1987 (LcAT; RS/VS 701.1), qu'elle sera donc sans nul doute intégrée à la zone à bâtir dans le cadre de la révision de la planification en cours et que rien ne s'oppose dès lors à l'application immédiate des règles de la zone à bâtir.
La parcelle n° 469 est colloquée en zone agricole selon le plan de zones de la commune homologué le 9 février 1994 par le Conseil d'Etat. Il est donc en principe, par définition, exclu d'y appliquer les règles de la zone à bâtir.
Le fait que la parcelle concernée devrait passer en zone à bâtir dans le cadre de la révision de la planification en cours ne change rien à ce qui précède, un effet anticipé positif - à savoir l'application du droit futur qui n'est pas encore en vigueur en lieu et place du droit actuel - étant en principe inadmissible (cf. <ref-ruling> consid. 3.2 p. 145; arrêt 1C_531/2018 du 29 juillet 2019 consid. 5.4 et les références citées). Il se heurte en effet à l'impératif de la sécurité du droit et au principe de la légalité (<ref-ruling> consid. 4c p. 282; plus récemment arrêt 1C_531/2018 précité consid. 5.4 et les références citées).
En tout état de cause, dans la mesure où le plan directeur cantonal valaisan approuvé par le Conseil fédéral le 1er mai 2019 définit un périmètre d'urbanisation comprenant les besoins de développement pour les 25 à 30 prochaines années, l'on ne saurait inférer la mise en zone à bâtir prochaine d'une parcelle de sa prétendue appartenance audit périmètre. Le recourant, se contentant d'assertions, n'a d'ailleurs apporté aucun indice faisant augurer une mise en zone prochaine de la parcelle concernée. Ce grief est donc rejeté.
6.
Le recourant fait ensuite valoir que les travaux dans l'atelier (installation d'une kitchenette et de sanitaires) et le local de rangement n'étaient pas soumis à autorisation de construire selon l'art. 22 LAT.
6.1. L'art. 22 al. 1 LAT prévoit qu'aucune construction ou installation ne peut être créée ou transformée sans autorisation de l'autorité compétente. Une autorisation est délivrée si la construction ou l'installation est conforme à l'affectation de la zone et le terrain est équipé (art. 22 al. 2 LAT).
Si la notion de construction ou d'installation n'est pas définie dans la loi, elle a fait l'objet de nombreuses précisions jurisprudentielles. Sont ainsi considérés comme des constructions ou installations, tous les aménagements durables et fixes créés par la main de l'homme, exerçant une incidence sur l'affectation du sol par le fait qu'ils modifient sensiblement l'espace extérieur, qu'ils ont des effets sur l'équipement ou qu'ils sont susceptibles de porter atteinte à l'environnement (<ref-ruling> consid. 3a p. 227; voir aussi <ref-ruling> consid. 3.4.1 p. 479 s.). La procédure d'autorisation doit permettre à l'autorité de contrôler, avant la réalisation du projet, sa conformité aux plans d'affectation et aux diverses réglementations applicables. Pour déterminer si l'aménagement prévu est soumis à cette procédure, il faut évaluer si, en général, d'après le cours ordinaire des choses, cet aménagement entraînera des conséquences telles qu'il existe un intérêt de la collectivité ou des voisins à un contrôle préalable (<ref-ruling> consid. 3a p. 227; voir aussi <ref-ruling> consid. 3 p. 259).
6.2. En l'espèce, le local de rangement a une incidence directe sur l'affectation du sol; quant au changement d'affectation de l'atelier litigieux - en tant qu'il augmente la capacité d'habitation de la parcelle -, il a un impact sur l'équipement et l'environnement. Le fait que la parcelle n° 469 a perdu son affectation agricole depuis 1996 et est sans affectation n'y change rien. L'art. 24 LAT, qui renvoie à l'art. 22 LAT, exige d'ailleurs littéralement une autorisation dérogatoire non seulement pour les constructions contraires à la zone agricole, mais aussi en matière de changement d'affectation. Le local de rangement et le changement d'affectation de l'atelier litigieux sont donc soumis à autorisation de construire conformément à l'art. 22 al. 1 LAT.
Au demeurant, le recourant ne peut rien tirer de l'art. 18 al. 2 let. b de l'ordonnance valaisanne sur les constructions du 22 mars 2017 (OC; RS/VS 705.100), lequel prescrit que le changement d'affectation de constructions ayant un effet sur le respect des prescriptions applicables à la zone est soumis à autorisation de construire. Il se prévaut aussi en vain des art. 17 al. 3 let. a OC, dans la mesure où cette disposition s'applique à des petites constructions se situant à l'intérieur des zones à bâtir et non à celles se situant hors de la zone à bâtir.
7.
Le recourant soutient aussi que les travaux relatifs à l'annexe de la halle ainsi que le changement d'affectation de l'atelier devaient être autorisés a posteriori, en application des art. 16a LAT, 34 al. 3 de l'ordonnance sur l'aménagement du territoire du 28 juin 2000 (OAT; RS 700.1), 24, 24a, 24c, 24d LAT et 39 OAT.
7.1. S'agissant d'abord de l'atelier, le recourant fait valoir que le changement d'affectation de l'atelier est conforme à l'affectation de la zone agricole, dans la mesure où il permettrait au père du recourant à la retraite d'y loger, conformément à l'<ref-law>.
7.1.1. Selon l'art. 16a LAT, sont conformes à l'affectation de la zone agricole les constructions et installations qui sont nécessaires à l'exploitation agricole ou à l'horticulture productrice (al. 1) et celles qui servent au développement interne d'une exploitation (al. 2).
L'<ref-law> précise ces conditions: sont notamment conformes à l'affectation de la zone agricole les constructions et installations qui servent à l'exploitation tributaire du sol ou au développement interne (al. 1), ou au logement indispensable à l'entreprise agricole, y compris le logement destiné à la génération qui prend sa retraite (al. 3). Selon l'<ref-law>, l'autorisation ne peut être délivrée que si la construction ou l'installation est nécessaire à l'exploitation en question (let. a), si aucun intérêt prépondérant ne s'oppose à l'implantation de la construction ou de l'installation à l'endroit prévu (let. b), et s'il est prévisible que l'exploitation pourra subsister à long terme (let. c). La pesée des intérêts exigée à l'<ref-law> doit se faire à l'aune des buts et principes de l'aménagement du territoire énoncés aux art. 1 et 3 LAT (arrêt 1C_96/2018 du 11 octobre 2018 consid. 3.3.1). La question de savoir si un logement est nécessaire à l'exploitation doit être résolue sur la base de critères exclusivement objectifs; les simples désirs ou les considérations de commodité sont irrelevants. Il y a notamment lieu de tenir compte du genre et de la taille effective de l'exploitation, de la topographie et de l'environnement économique et des particularités de l'exploitation (<ref-ruling> consid. 3a p. 69; arrêt 1C_258/2018 du 11 décembre 2018 consid. 4.3).
7.1.2. En l'occurrence, il ressort du jugement attaqué, de manière à lier le Tribunal fédéral (<ref-law>), que le recourant et son père ne sont pas reconnus comme exploitants agricoles et que l'atelier en cause n'a plus aucune vocation agricole. Dès lors, en l'absence d'exploitation agricole, l'<ref-law> ne saurait trouver application (cf. <ref-ruling> consid. 2a p. 261; arrêt 1A.19/2001 du 22 août 2001 consid. 3e). L'instance précédente n'a donc pas violé le droit fédéral en jugeant qu'une autorisation fondée sur les art. 22 al. 2 et 16a LAT apparaissait ainsi exclue.
7.2. Le recourant affirme aussi qu'une autorisation dérogatoire fondée sur l'art. 24a al. 1 LAT devrait être accordée pour le changement d'affectation de l'atelier.
Aux termes de l'art. 24a al. 1 LAT, lorsque le changement d'affectation de constructions et d'installations sises hors de la zone à bâtir ne nécessite pas de travaux de transformation au sens de l'art. 22 al. 1 LAT, l'autorisation doit être accordée aux conditions suivantes: ce changement d'affectation n'a pas d'incidence sur le territoire, l'équipement et l'environnement (let. a); il ne contrevient à aucune autre loi fédérale (let. b).
Le recourant soutient que le changement d'affectation de l'atelier n'aurait nécessité aucun travail de transformation soumis à autorisation au sens de l'art. 22 al. 1 LAT, n'aurait pas d'incidence sur le territoire étant donné que la parcelle n° 469 n'est plus en zone agricole et n'aurait pas d'incidence sur l'équipement du fait que seule une personne supplémentaire vivrait dans ce bâtiment. Ce grief peut être d'emblée rejeté puisque le changement d'affectation de l'atelier a nécessité des travaux de transformation, soit pour l'essentiel la mise en place d'une kitchenette et de sanitaires, qui étaient soumis à autorisation (cf. supra consid. 6). Le recourant ne peut donc se prévaloir de l'art. 24a LAT dans ces conditions.
7.3. Le recourant prétend encore que le changement d'affectation de l'atelier aurait dû bénéficier d'une dérogation sur la base de l'art. 24d LAT.
7.3.1. Le droit cantonal peut autoriser l'utilisation de bâtiments agricoles conservés dans leur substance à des fins d'habitation sans rapport avec l'agriculture (art. 24d al. 1 LAT). Il peut également autoriser le changement complet d'affectation de constructions ou d'installations jugées dignes d'être protégées, à condition que celles-ci aient été placées sous protection par l'autorité compétente et que leur conservation à long terme ne puisse être assurée d'une autre manière (art. 24d al. 2 LAT).
Aux termes de l'art. 24d al. 3 LAT, une telle autorisation ne peut être accordée que si les conditions cumulatives suivantes sont remplies: la construction ou l'installation ne doit plus être nécessaire à son usage antérieur, se prêter à l'utilisation envisagée et ne pas impliquer de construction de remplacement que n'imposerait aucune nécessité (let. a); l'aspect extérieur et la structure architecturale du bâtiment doivent demeurer pour l'essentiel inchangés (let. b); une tout au plus légère extension des équipements existants est tolérée, tous les coûts supplémentaires d'infrastructure occasionnés par le changement complet d'affectation de la construction ou de l'installation étant à la charge du propriétaire (let. c); l'exploitation agricole des terrains environnants ne doit pas être menacée (let. d) et aucun intérêt prépondérant ne doit s'opposer aux travaux (let. e).
7.3.2. En l'espèce, le changement d'affectation de l'atelier ne peut pas bénéficier d'une autorisation fondée sur l'art. 24d al. 1 LAT, vu que l'on ne se trouve pas dans la situation d'un bâtiment d'habitation agricole existant transformé en habitation non agricole.
Quant au fait que le bâtiment sur la parcelle n° 469 serait classé en zone de conservation des sites selon le relevé de l'Office cantonal des monuments historiques, le recourant échoue à rendre vraisemblable que l'objet en question ait été placé sous protection par l'autorité compétente au sens de l'art. 24d al. 2 let. a LAT, la production d'un préavis communal au bas duquel une note fait référence à un classement en zone de conservation des sites ne suffisant pas (cf. pièce 5 jointe au recours interjeté devant le Tribunal cantonal). Si effectivement le bâtiment litigieux devait avoir été formellement mis sous protection, le recourant devrait pouvoir fournir de lui-même les preuves le démontrant. Le recourant ne fait par ailleurs aucunement valoir que l'objet concerné présente une qualité exceptionnelle et se révèle, de ce fait, matériellement digne de protection. Il ne soutient pas non plus que la conservation à long terme du bâtiment en question ne puisse être assurée d'une autre manière au sens de l'art. 24d al. 2 let. b LAT et que les autres conditions prévues par l'art. 24d al. 3 LAT seraient remplies.
Pour le reste, on peine à suivre le recourant lorsqu'il se plaint sommairement d'une application arbitraire de l'art. 6 (recte art. 7 al. 3 let. a) de la loi valaisanne sur la protection de la nature, du paysage et des sites du 13 novembre 1998 (LcPN; RS/VS 451.1) et de l'art. 2 al. 2 de l'ancien arrêté cantonal concernant le maintien du patrimoine bâti hors de la zone à bâtir du 22 décembre 1993 (abrogé depuis le 1 er janvier 2018) ainsi que d'une violation de l'<ref-law>. Faute de motivation, ces moyens sont irrecevables (art. 42 al. 2 et 106 al. 2 LTF).
7.4. Devant le Tribunal cantonal, le recourant a soutenu que l'annexe au hangar et le changement d'affectation de l'atelier devaient pouvoir bénéficier de la protection des droits acquis de l'art. 24c LAT. Si le recourant n'invoque plus directement l'art. 24c LAT devant le Tribunal fédéral, il reproche à la cour cantonale, dans la partie du recours relative au droit d'être entendu, de ne pas avoir requis l'édition par la commune du plan de zone en vigueur avant 1995 et 1996, qui aurait selon lui permis de traiter la question des droits acquis.
A teneur de l'art. 24c LAT, hors de la zone à bâtir, les constructions et installations qui peuvent être utilisées conformément à leur destination mais qui ne sont plus conformes à l'affectation de la zone bénéficient en principe de la garantie de la situation acquise (al. 1). L'autorité compétente peut autoriser la rénovation de telles constructions et installations, leur transformation partielle, leur agrandissement mesuré ou leur reconstruction, pour autant que les bâtiments aient été érigés ou transformés légalement (al. 2). Le champ d'application de l'art. 24c LAT est restreint aux constructions et installations qui ont été érigées ou transformées conformément au droit matériel en vigueur à l'époque, mais qui sont devenues contraires à l'affectation de la zone à la suite d'une modification de la législation ou des plans d'aménagement (<ref-law>). La date déterminante est en principe celle du 1er juillet 1972, date de l'entrée en vigueur de la loi fédérale du 8 octobre 1971 sur la protection des eaux contre la pollution, qui a introduit le principe de la séparation du territoire bâti et non bâti (<ref-ruling> consid. 4.2.1 p. 398; arrêt 1C_162/2019 du 25 novembre 2019 consid. 3.1; RUDOLF MUGGLI, Commentaire pratique LAT: construire hors zone à bâtir, 2017, n. 17 ss ad art. 24c LAT).
Pour peu qu'il soit recevable (cf. <ref-law>), le grief doit de toute manière être rejeté, dans la mesure où la présente occurrence n'entre pas dans le champ d'application de l'art. 24c LAT. En effet, l'annexe au hangar, construite en 1998, et le changement d'affectation de l'atelier, opéré après 2003, ne sont pas devenus contraires à l'affectation de la zone à la suite d'une modification de la législation ou des plans d'aménagement. Ils n'ont donc pas été réalisés légalement.
7.5. S'agissant de l'annexe au hangar, le recourant affirme qu'elle a une vocation agricole car elle est occupée par des outils, machines et véhicules nécessaires à l'entretien des parcelles agricoles voisines, que ce soit par leur exploitant ou par la famille du recourant. Il soutient qu'une autorisation dérogatoire au sens de l'art. 24 LAT doit être accordée, aucun intérêt prépondérant ne s'y opposant.
7.5.1. L'art. 24 LAT régit les exceptions prévues hors de la zone à bâtir. Selon cette disposition, des autorisations peuvent être délivrées pour de nouvelles constructions ou installations ou pour tout changement d'affectation, en dérogation à l'art. 22 al. 2 let. a LAT, lorsque sont réunies deux conditions. D'une part, l'implantation de ces constructions ou installations hors de la zone à bâtir est imposée par leur destination (let. a). D'autre part, aucun intérêt prépondérant ne s'y oppose (let. b). Ces conditions sont cumulatives (arrêt 1C_131/2019 du 17 juin 2019 consid. 3.2).
L'implantation d'une construction est imposée par sa destination au sens de l'art. 24 let. a LAT, lorsqu'un emplacement hors de la zone à bâtir est dicté par des motifs techniques, des impératifs liés à l'exploitation d'une entreprise, la nature du sol ou lorsque l'ouvrage est exclu de la zone à bâtir pour des motifs particuliers. Il suffit que l'emplacement soit relativement imposé par la destination: il n'est pas nécessaire qu'aucun autre emplacement n'entre en considération. Il doit toutefois exister des motifs particulièrement importants et objectifs qui laissent apparaître l'emplacement prévu plus avantageux que d'autres endroits situés à l'intérieur de la zone à bâtir (<ref-ruling> consid. 7.6.2 p. 253 s.; <ref-ruling> consid. 2.1 p. 218; plus récemment arrêt 1C_131/2019 du 17 juin 2019 consid. 3.2.1). Seuls des critères objectifs sont déterminants, à l'exclusion de préférences dictées par des raisons de commodité ou d'agrément (cf. ATF <ref-ruling> consid. 2.1 p. 218; <ref-ruling> consid. 3.1 p. 68; arrêt 1C_74/2018 du 12 avril 2019 consid. 2.1).
L'examen du caractère relativement imposé par sa destination de l'emplacement implique une pesée de l'ensemble des intérêts en présence, pesée qui se recoupe avec celle imposée par l'art. 24 let. b LAT (<ref-ruling> consid. 7.6.2 p. 254). L'application du critère de l'art. 24 let. a LAT doit toutefois être stricte, dès lors qu'elle contribue à l'objectif de séparation du bâti et du non-bâti (<ref-ruling> consid. 4a p. 256; encore récemment arrêt 1C_131/2019 du 17 juin 2019 consid. 3.2.1 et les références citées; sur le principe de la séparation de l'espace bâti et non bâti, voir infra consid. 8.1.1).
7.5.2. En l'occurrence, le Tribunal cantonal a retenu que le dossier et en particulier les photographies démontraient que cette construction était utilisée, pour sa plus grande part, à des fonctions non agricoles. Le recourant n'apporte pas la preuve du contraire et se borne à déclarer que ladite annexe accueillait l'exploitant horticole des terres voisines, ce qui n'est pas pertinent. Le besoin agricole de cette construction n'est d'ailleurs ni établi ni allégué. Celle-ci n'est donc pas conforme à l'affectation de la zone agricole au sens de l'art. 16a LAT.
Par ailleurs, l'annexe au hangar n'est pas imposée par sa destination, de sorte que la condition de l'art. 24 let. a LAT n'est pas remplie. Si le recourant le prétend certes, il ne fournit à cet égard aucune motivation. Il se contente en effet d'affirmer, sans aucunement le démontrer, que l'annexe au hangar est occupée par des outils, des machines et des véhicules nécessaires à l'entretien des parcelles agricoles voisines, que ce soit par leur exploitant ou par la famille du recourant. Cette assertion est insuffisante pour établir qu'un emplacement hors de la zone à bâtir est dicté par des motifs techniques, des impératifs liés à l'exploitation d'une entreprise ou par la nature du sol.
7.6. C'est dès lors à bon droit que le Tribunal cantonal a retenu que les travaux et le changement d'affectation réalisés par le recourant n'étaient pas autorisables a posteriori. Pour autant que recevables, ces griefs sont donc rejetés.
8.
Le recourant considère en outre que les mesures ordonnées ne respecteraient ni le principe de la proportionnalité ni le principe de la bonne foi.
Il fait en particulier valoir que, au regard du complexe de constructions existant sur les parcelles concernées, les dérogations sont mineures. Il précise que le local de rangement ne viole pas le principe de séparation de l'espace bâti et du non-bâti. Invoquant sa bonne foi, il expose, d'une part, notamment avoir ignoré qu'une autorisation de construire était requise pour un changement d'affectation; d'autre part, il se prévaut des assurances qu'aurait fait naître la commune quant à la légalité des travaux réalisés et du changement d'affectation. Il soutient que, comme le prévoit l'art. 57 al. 3 de la loi valaisanne sur les constructions du 15 décembre 2016 (LC; RS/VS 705.1), la possibilité de déposer une demande de régularisation aurait dû lui être offerte, dans la mesure où une telle démarche n'apparaissait pas manifestement exclue d'emblée. Il estime par ailleurs que le délai de péremption doit être réduit en sa faveur vu les assurances données par la commune. Enfin, il prétend que la commune lui aurait confirmé qu'une autorisation de construire n'était pas nécessaire pour le changement d'affectation de l'atelier.
8.1.
8.1.1. Lorsque des constructions ou des installations illicites sont réalisées en dehors de la zone à bâtir, le droit fédéral exige en principe que soit rétabli un état conforme au droit. Le principe de la séparation de l'espace bâti et non bâti, qui préserve différents intérêts publics, est de rang constitutionnel; il fait partie intégrante de la notion d'utilisation mesurée du sol de l'art. 75 al. 1 Cst. (cf. Message du Conseil fédéral du 20 janvier 2010 relatif à une révision partielle de la LAT, FF 2010 964 ch. 1.2.1 et 973 ch. 2.1). Cette séparation doit par conséquent, en dehors des exceptions prévues par la loi, demeurer d'application stricte (<ref-ruling> consid. 6.4 p. 40). Si des constructions illégales, contraires au droit de l'aménagement du territoire, sont indéfiniment tolérées en dehors de la zone constructible, le principe de la séparation du bâti et du non-bâti est remis en question et un comportement contraire au droit s'en trouve récompensé. S'ajoute à cela que la remise en état poursuit encore d'autres intérêts publics, à savoir la limitation du nombre et des dimensions des constructions en zone agricole (cf. <ref-ruling> consid. 6.4 p. 40) ainsi que le respect du principe de l'égalité devant la loi (arrêt 1C_76/2019 du 28 février 2020 consid. 7.1 et les références citées).
Selon la jurisprudence, l'autorité peut renoncer à un ordre de démolition, conformément au principe de la proportionnalité, si les dérogations à la règle sont mineures, si l'intérêt public lésé n'est pas de nature à justifier le dommage que la démolition causerait au maître de l'ouvrage, si celui-ci pouvait de bonne foi se croire autorisé à construire ou encore s'il y a des chances sérieuses de faire reconnaître la construction comme conforme au droit (<ref-ruling> consid. 6 p. 35; <ref-ruling> consid. 3a/bb p. 252). Celui qui place l'autorité devant un fait accompli doit s'attendre à ce que celle-ci se préoccupe plus de rétablir une situation conforme au droit que d'éviter les inconvénients qui en découlent pour lui (ATF <ref-ruling> consid. 4a p. 255; <ref-ruling> consid. 6b p. 224 et la jurisprudence citée). En outre, selon la jurisprudence, la compétence pour exiger le rétablissement d'une situation conforme au droit est soumise en principe à un délai de péremption de trente ans, inspiré du droit civil (<ref-ruling> consid. 8).
En règle générale, le Tribunal fédéral examine librement si un ordre de remise en état, qui constitue une restriction du droit de propriété garanti par l'art. 26 al. 1 Cst., est justifié par un intérêt public suffisant et respecte le principe de la proportionnalité. Même un constructeur qui n'est pas de bonne foi peut invoquer le principe de la proportionnalité.
8.1.2. Découlant directement de l'art. 9 Cst. et valant pour l'ensemble de l'activité étatique, le principe de la bonne foi protège le citoyen dans la confiance légitime qu'il met dans les assurances reçues des autorités, lorsqu'il a réglé sa conduite d'après des décisions, des déclarations ou un comportement déterminé de l'administration (<ref-ruling> consid. 6.2 p. 538). Une particularité du droit à la protection de la bonne foi consiste dans le fait qu'il peut, le cas échéant, contraindre l'autorité à prendre une décision contraire à la loi (AUER/MALINVERNI/ HOTTELIER, Droit constitutionnel suisse vol. II, 3e éd. 2013, n° 1180, p. 550; arrêt 1C_183/2018 du 22 juillet 2019 consid. 3.1).
Pour que le justiciable puisse invoquer cette protection, il faut, entre autres, que l'autorité qui a donné son assurance ait été compétente pour le faire, ou que le justiciable ait pu la considérer comme telle (<ref-ruling> consid. 3.6.2 p. 193; <ref-ruling> consid. 3a p. 35 s.). La bonne foi ne peut être exclue que lorsque l'incompétence de l'autorité est clairement reconnaissable. Cette question doit s'apprécier en fonction d'éléments objectifs et subjectifs. Au titre des premiers, entrent notamment en considération la nature de l'indication fournie et le rôle apparent du fonctionnaire dont elle émane; mais il y a en outre lieu de tenir compte de la position ou de la qualité, éventuellement particulières, du justiciable concerné (<ref-ruling> consid. 2d/aa p. 109).
Dans le cadre de la jurisprudence relative aux comportements contradictoires de l'administration, autre aspect du principe de la bonne foi, le respect des règles de la bonne foi par l'administration doit être examiné selon des critères objectifs, indépendamment de la personne des agents en cause; aussi l'administration peut-elle être rendue responsable d'un comportement contradictoire, même si celui-ci est dû à des personnes différentes, au besoin à l'insu des unes et des autres (<ref-ruling> consid. 2a p. 184; arrêt 2A.466/2002 du 6 février 2003 consid. 5.1.1).
Des exigences plus élevées sont imposées aux spécialistes. Par exemple, ne mérite pas de protection la partie dont l'avocat aurait pu déceler l'omission ou l'erreur affectant l'indication de la voie de droit par la seule lecture du texte légal, sans même recourir à la consultation de la jurisprudence ou de la doctrine (<ref-ruling> consid. 4.4 p. 494; <ref-ruling> consid. 2c p. 205).
8.2.
8.2.1. En l'espèce, s'agissant du principe de la proportionnalité, les dérogations à la règle ne sont pas mineures, dans la mesure où elles ont notamment pour objets le changement d'affectation d'un atelier en habitation, la démolition et l'évacuation d'une annexe à un hangar, d'un local de rangement, d'un couvert et d'un escalier, ainsi que la suppression de containers. L'argument du recourant selon lequel les dérogations seraient mineures au regard du complexe de constructions existant sur les parcelles concernées ne résiste pas à l'examen, puisque l'importance des travaux illégaux réalisés doit être évaluée de manière abstraite et non pas de façon relative en comparaison avec l'existant, sous peine de contrevenir au principe de l'égalité de traitement.
Par ailleurs, les intérêts publics majeurs que constituent la préservation des zones non constructibles et la distinction fondamentale entre espace bâti et non bâti l'emportent sur l'intérêt du recourant à maintenir les travaux effectués qui ne sont pas conformes à l'affectation de la zone. Contrairement à ce que soutient le recourant, le fait que les parcelles en question soient déjà largement bâties n'impacte aucunement cette appréciation. C'est le lieu de noter que le recourant n'a pas soutenu que les frais de démolition et de remise en état devraient être qualifiés d'excessifs.
8.2.2. Le recourant ne peut pas non plus se prévaloir de sa bonne foi ( bonne foi au sens subjectif), dans la mesure où il a effectivement déposé sept demandes d'autorisation de construire entre 1996 et 2013 et ne pouvait dès lors ignorer qu'une autorisation cantonale était requise pour pouvoir effectuer des travaux hors de la zone à bâtir. Le fait qu'il s'agisse en l'espèce notamment d'un changement d'affectation sans transformations extérieures ne change rien à cet égard.
Le recourant ne pouvant subjectivement se prévaloir de sa bonne foi, il ne saurait valablement se plaindre de l'assurance donnée par la commune quant à la légalité des travaux réalisés et du changement d'affectation (principe de la bonne foi ou bonne foi au sens objectif; à l'égard de cette distinction valable pour tout l'ordre juridique suisse, cf. <ref-ruling> consid. 4.3.3 p. 661 s.). Avec le Tribunal cantonal, on doit par ailleurs relever que le recourant ne peut tirer aucun parti des assurances orales qu'il déclare avoir reçues du municipal en charge de la police des constructions. Ce dernier n'était pas compétent pour autoriser les travaux entrepris. Ceux-ci n'ont en outre jamais fait l'objet d'une procédure écrite et n'ont jamais été mis à l'enquête publique; s'agissant des deux autorisations communales illicitement délivrées, la première, du 18 décembre 2012, concernait le hangar nord qui ne fait pas l'objet de la présente procédure, et la seconde, du 20 septembre 2013, concernait l'ouverture et la fermeture des containers et était de nature provisoire. Pareilles informalités, patentes, ne permettent pas de protéger, selon les règles de la bonne foi, la méconnaissance alléguée du recourant dans ce domaine. En tout état de cause, le recourant échoue à rendre les assurances prétendument reçues de la commune vraisemblables. Il n'a en particulier produit aucun écrit allant dans ce sens et se contente, somme toute, d'assertions ne reposant sur aucune forme de preuve. Il n'a d'ailleurs pas requis l'audition du municipal, qui lui aurait fait les promesses alléguées. En outre, le fait qu'un membre d'une autorité communale lui aurait oralement assuré qu'il allait "faire le nécessaire" ne saurait déjà consister en une autorisation de construire illégitime, au regard de la formulation utilisée, qui laisse entendre une action dans le futur.
Quoi qu'il en soit, même si la bonne foi du recourant avait dû être reconnue, elle ne saurait le prémunir contre l'intervention de l'autorité de surveillance destinée à rétablir une situation conforme au droit lorsque cette intervention est conforme au principe de la proportionnalité (arrêt 1C_250/2009 du 13 juillet 2009 consid. 4.2), ce qui est le cas en l'espèce.
Ainsi, l'audition du recourant et la production de dossiers divers n'ont aucunement vocation à modifier l'issue de litige. De même, le recourant ne saurait tirer argument du fait que le contrôle des habitants (à qui il avait annoncé son locataire), le service de taxation (qui a procédé à des visions locales pour évaluer ses biens) et la commune n'aient pas dénoncé les constructions illicites à la CCC. Les faits y relatifs n'ont donc à juste titre pas été relevés par les juges cantonaux.
8.3. Concernant la question d'une éventuelle régularisation des travaux effectués, c'est à tort que le Tribunal cantonal a examiné la question à l'aune de l'art. 57 al. 3 LC, invoqué par le recourant. En effet, le droit des constructions hors de la zone à bâtir est en principe exclusivement régi par le droit fédéral, le droit cantonal pouvant certes prévoir des restrictions selon l'art. 27a LAT. Cependant, dans la mesure où le droit fédéral ne permet de renoncer à un ordre de remise en état que lorsque le maître de l'ouvrage a des chances sérieuses de faire reconnaître la construction comme conforme au droit (<ref-ruling> consid. 6 p. 35; <ref-ruling> consid. 3a/bb p. 252), l'art. 57 al. 3 LC, moins restrictif dans sa formulation, ne saurait trouver application hors de la zone à bâtir.
En l'occurrence, le recourant ne disposait pas de chances sérieuses de faire reconnaître les travaux réalisés et le changement d'affectation opéré comme conformes au droit, ainsi que précédemment établi (cf. supra consid. 6 et 7).
8.4. Quant au délai de péremption de 30 ans prévu par la jurisprudence, il sied de noter qu'il est de droit fédéral et que les cantons ne sont pas habilités à l'assouplir (arrêt 1C_150/2016 du 20 septembre 2016 consid. 10.4 et 10.5). L'art. 57 al. 4 LC ne s'applique donc pas hors de la zone à bâtir et, contrairement à ce que soutient l'intimée, le Tribunal fédéral ne limite pas son pouvoir d'examen à l'arbitraire en pareille situation.
De l'avis du recourant, le délai de péremption devrait dans la présente espèce être réduit, au motif que l'autorité communale lui aurait donné certaines assurances ou aurait contribué à l'illégalité de la situation par sa passivité. Comme le recourant ne peut cependant se prévaloir de sa bonne foi, le Tribunal cantonal n'a pas violé le droit fédéral en retenant qu'il ne saurait bénéficier d'un délai de péremption plus court que le délai de trente ans généralement admis par la jurisprudence.
8.5. Le Tribunal cantonal n'a donc pas violé le principe de la proportionnalité en confirmant l'ordre de remise en état litigieux.
9.
Le recourant se prévaut enfin d'une violation du principe de l'égalité de traitement, arguant que de nombreux habitants, notamment son oncle, auraient bénéficié d'une pratique illégale constante de la commune et de la CCC.
9.1. Une décision ou un arrêté viole le principe de l'égalité de traitement consacré à l'art. 8 al. 1 Cst. lorsqu'il établit des distinctions juridiques qui ne se justifient par aucun motif raisonnable au regard de la situation de fait à réglementer ou qu'il omet de faire des distinctions qui s'imposent au vu des circonstances, c'est-à-dire lorsque ce qui est semblable n'est pas traité de manière identique et ce qui est dissemblable ne l'est pas de manière différente (<ref-ruling> consid. 6.1 p. 213 et les références).
Le principe de la légalité de l'activité administrative prévaut en principe sur celui de l'égalité de traitement. En conséquence, le justiciable ne peut généralement pas se prétendre victime d'une inégalité devant la loi lorsque celle-ci est correctement appliquée à son cas, alors qu'elle aurait été faussement, voire pas appliquée du tout, dans d'autres cas. Cela présuppose cependant, de la part de l'autorité dont la décision est attaquée, la volonté d'appliquer correctement à l'avenir les dispositions légales en question. Le citoyen ne peut prétendre à l'égalité dans l'illégalité que s'il y a lieu de prévoir que l'administration persévérera dans l'inobservation de la loi. Il faut encore que l'autorité n'ait pas respecté la loi selon une pratique constante, et non pas dans un ou quelques cas isolés, et qu'aucun intérêt public ou privé prépondérant n'impose de donner la préférence au respect de la légalité (<ref-ruling> consid. 7.1 p. 61 et les références; arrêt 2C_41/2020 du 24 juin 2020 consid. 5.1.2).
9.2. Si le recourant a tenté de prouver, photos à l'appui, que son oncle aurait érigé des constructions illicites, il ne démontre point la réalisation des autres conditions nécessaires à l'application du principe de l'égalité dans l'illégalité. En particulier, il n'explique pas dans quelle mesure son intérêt privé au maintien de la situation devait en l'espèce être privilégié par rapport à l'intérêt public au respect des normes en matière de police des constructions. Insuffisamment motivé (<ref-law>), le grief est irrecevable.
10.
Il s'ensuit que le recours doit être rejeté dans la mesure de sa recevabilité, aux frais du recourant, qui succombe (<ref-law>). Il n'y a pas lieu d'allouer de dépens (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 3'000 fr., sont mis à la charge du recourant.
3.
Le présent arrêt est communiqué aux mandataires du recourant et de la Commune de Massongex, à la Cour de droit public du Tribunal cantonal du canton du Valais, ainsi qu'à l'Office fédéral du développement territorial.
Lausanne, le 8 octobre 2020
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Chaix
La Greffière : Tornay Schaller