Fatti:
A.
A._ è assicurato contro la perdita di guadagno presso la B._SA tramite un'assicurazione collettiva sottoscritta da un suo datore di lavoro per il quale era attivo a un tasso di occupazione del 50%. Il 1° luglio 2014 la B._SA ha deciso di interrompere il versamento delle indennità giornaliere corrisposte dal 14 marzo 2014 in seguito a un'incapacità lavorativa.
B.
A._ ha convenuto in giudizio la predetta compagnia di assicurazione innanzi al Pretore di Mendrisio-Nord per ottenerne la condanna al pagamento di fr. 47'480.--, importo aumentato con la replica a fr. 64'629.59. La convenuta si è opposta alla domanda.
Il 20 settembre 2016 il Gran Consiglio ticinese ha modificato la legge di applicazione della legge federale sull'assicurazione malattie (LCAMal), cambiando l'art. 75 nel senso che " le contestazioni degli assicuratori tra loro, con i loro membri o con terzi concernenti le assicurazioni complementari all'assicurazione sociale contro le malattie o altri rami d'assicurazione sono decise dal Tribunale cantonale delle assicurazioni " e prevedendo all'art. 83d che " le procedure pendenti inoltrate dopo il 31 dicembre 2010 sono trasmesse d'ufficio al Tribunale cantonale delle assicurazioni ". La modifica legislativa è entrata in vigore il 1° gennaio 2017 (Bollettino ufficiale delle leggi del Cantone Ticino n. 54/2016, pag. 511).
Il 12 giugno 2017 la perita giudiziaria ha consegnato il proprio referto al Pretore,il quale ha trasmesso il 20 giugno 2017 la causa al Tribunale delle assicurazioni del Cantone Ticino. Il 27 giugno 2017 quest'ultimo ha assegnato alle parti un termine per presentare osservazioni scritte alla perizia. La convenuta si è determinata il 5 luglio 2017, mentre il 24 luglio 2017 l'attore ha depositato uno scritto contenente segnatamente un'istanza di completamento e delucidazione peritale ai sensi dell'<ref-law>. Il Tribunale delle assicurazioni ha respinto la petizione con sentenza 28 agosto 2017.
C.
A._ è insorto al Tribunale federale con ricorso in materia civile del 29 settembre 2017 con cui postula l'annullamento della decisione cantonale e il rinvio della causa all'autorità inferiore per nuova decisione dopo aver provveduto a far completare/delucidare la perizia e dato modo alle parti di determinarsi sulle risultanze istruttorie. Si duole del fatto che la causa, iniziata nella procedura ordinaria, sia terminata nella procedura semplificata. Sostiene poi che l'autorità inferiore ha violato sia il suo diritto di essere sentito, in particolare l'<ref-law>, che l'<ref-law>.
Invitato a determinarsi il Tribunale cantonale delle assicurazioni si è limitato a comunicare, il 4 ottobre 2017, di avere sospeso la trattazione della parallela causa incoata dal ricorrente contro l'assicuratore dell'al tro suo datore di lavoro in attesa del giudizio sul presente ricorso. Con risposta 24 ottobre 2017 la B._SA propone invece la reiezione dell'impugnativa.

Diritto:
1.
Il ricorso in materia civile è diretto contro una sentenza finale emanata dal Tribunale delle assicurazioni del Cantone Ticino quale istanza cantonale unica nel senso dell'<ref-law>, che decide le controversie derivanti da assicurazioni complementari all'assicurazione sociale contro le malattie ed è quindi impugnabile al Tribunale federale senza riguardo al valore di lite (<ref-ruling> consid. 1.1).
2.
2.1. Il ricorrente sostiene che l'autorità inferiore ha violato il suo diritto di essere sentito e in particolare l'<ref-law>, perché non lo ha avvisato della conclusione dell'istruttoria, non gli ha dato la possibilità di prendere visione e di esprimersi sugli incarti richiamati dalla convenuta né di determinarsi sulla perizia prima di conoscere le risposte alla sua richiesta di completamento/delucidazione. Rimprovera pure alla Corte cantonale di non aver tenuto un'udienza di arringhe finali e di non avergli trasmesso le osservazioni alla perizia formulate dalla convenuta.
2.2. L'<ref-law> riprende e concretizza il diritto di essere sentito garantito dall'<ref-law>, la cui violazione - vista la sua natura formale- implicain linea di principio l'annullamento della decisione impugnata, a prescindere dalle possibilità di successo nel merito. Tale censura va pertanto esaminata in primo luogo (<ref-ruling> consid. 2.2 con rinvio).
2.2.1. Il diritto di essere sentito è un aspetto della garanzia generale dell'equo processo secondo gli <ref-law> e 6 n. 1 CEDU. Comprende segnatamente il diritto di prendere conoscenza di ogni argomentazione sottoposta al tribunale e di potersi esprimere al proposito, indipendentemente dalla circostanza che contenga argomenti di fatto o di diritto nuovi o che si presti concretamente a influire sul giudizio. Spetta infatti alle parti, e non al giudice, decidere se una presa di posizione o un documento versato agli atti contiene degli elementi determinanti che richiedono delle osservazioni (<ref-ruling> consid. 2.1 con rinvii). Il diritto di replica fondato sull'<ref-law> vale per tutte le procedure giudiziarie, comprese quelle che non rientrano nel campo di applicazione dell'art. 6 n. 1 CEDU (<ref-ruling> consid. 4.6). Prima della pronuncia della sua decisione, il giudice deve pertanto comunicare alle parti ogni presa di posizione o documento versato agli atti per permettere loro di decidere se vogliono o meno fare uso della loro facoltà di esprimersi (<ref-ruling> consid. 2.3.1 con rinvii).
2.2.2. Giusta il rinvio contenuto nell'<ref-law>, gli art. 232 e 233 CPC sono pure applicabili alla procedura semplificata. L'<ref-law> prevede che, chiusa l'assunzione delle prove, alle parti è data facoltà di esprimersi sulle risultanze probatorie e sul merito della lite. In virtù dell'<ref-law> le parti possono, di comune accordo, rinunciare al dibattimento. Una tale rinuncia può anche avvenire per atti concludenti, ma non va ammessa alla leggera (<ref-ruling> consid. 3.2 pag. 454).
2.3. Nella fattispecie il ricorrente non spiega né è ravvisabile perché egli non avrebbe potuto prendere visione degli incarti richiamati dall'opponente. La lamentela appare invece giustificata con riferimento alla mancata trasmissione delle osservazioni alla perizia della convenuta (fatto nuovo che può essere addotto in quanto è la decisione stessa dell'autorità inferiore a darne motivo giusta l'<ref-law>). Tale fatto non viene contestato dall'autorità cantonale, la quale nelle sue osservazioni si è limitata a comunicare la sospensione della parallela causa incoata contro l'assicuratore dell'altro datore di lavoro del ricorrente. Fondata si rivela la censura inerente alla mancata tenuta delle arringhe finali. Atteso che l'ultimo atto prima dell'emanazione della sentenza consisteva nello scritto 24 luglio 2017 con cui il ricorrente ha pure inoltrato una domanda di delucidazione e completamento peritale non è nemmeno possibile ritenere che egli abbia rinunciato per atti concludenti alle arringhe finali. Il ricorso si rivela pertanto fondato per quanto attiene alla violazione del diritto di essere sentito del ricorrente. La decisione impugnata va pertanto annullata e la causa rinviata all'autorità cantonale per nuova decisione. Atteso che la Corte cantonale dovrà continuare la procedura occorre esaminare anche le rimanenti censure che la riguardano.
3.
Il ricorrente lamenta che innanzi al Pretore la causa si era svolta nella procedura ordinaria, mentre secondo il Tribunale delle assicurazioni essa va giudicata nella procedura semplificata.
Ora, a giusta ragione la Corte cantonale ha indicato che alla liteè appli cabile la procedura semplificata (art. 243 cpv. 2 lett. f CPC) nella quale il giudice accerta d'ufficio i fatti (<ref-law>; massima inquisitoria sociale; sentenza 4A_360/2015 del 12 novembre 2015 consid. 4.2). Poiché tale ordinamento non può essere sostituito da un accordo fra le parti, il fatto che la scelta del Pretore di applicare la procedura ordinaria non è stata contestata appare del tutto inconferente. Non si vede poi in quale modo il ricorrente sarebbe leso dall'applicazione della cosiddetta massima inquisitoria sociale, atteso che questa ha per scopo di proteggere la parte debole del contratto, di garantire l'uguaglianza fra le parti nel processo e di accelerare la procedura (<ref-ruling> consid. 2.3.1). Anche per quanto attiene alla mancata convocazione alle arringhe finali il cambiamento della procedura è, come esposto al precedente considerando, ininfluente in ragione del rinvio previsto dall'art. 219 all'<ref-law>.
4.
4.1. Il ricorrente si duole pure di una violazione dell'<ref-law>. Afferma che l'autorità inferiore non poteva respingere la richiesta di delucidazione/completamento della perizia con la sentenza finale, ma avrebbe dovuto emanare una decisione impugnabile separatamente e che i motivi addotti per rigettare l'istanza sarebbero manifestamente errati.
4.2. Giova innanzi tutto rilevare che la pretesa violazione dell'<ref-law> cade nel vuoto, poiché la Corte cantonale ha dato la possibilità alle parti di esprimersi sulla perizia e il ricorrente ha inoltrato la sua istanza di delucidazione/completamento. A giusta ragione egli non contesta che la stessa sia stata decisa con la sentenza finale, nella quale la Corte cantonale ha - contrariamente a quanto affermato nel gravame - esaustivamente spiegato perché non riteneva necessario dare seguito a tale domanda. Egli pare poi dimenticare che qualora l'autorità inferiore avesse emanato una decisione incidentale separata dal merito, tale decisione in materia di prove non sarebbe stata immediatamente impugnabile al Tribunale federale (<ref-ruling> consid. 1.2), ma avrebbe dovuto essere attaccata con la decisione finale (<ref-law>). Il ricorrente non può nemmeno essere seguito quando reputa che una richiesta di delucidazione/completamento della perizia debba sempre essere incondizionatamente accolta. Spetta al tribunale adito con la domanda deciderla, facendo uso del suo potere di apprezzamento (SVEN RÜETSCHI, Commento bernese, n. 10 ad <ref-law>; HEINRICH ANDREAS MÜLLER, in Schweizerische Zivilprozessordnung, a cura di Brunner/Gasser/Schwander, 2aed. 2016, n. 17 ad <ref-law>; cfr. anche <ref-ruling> consid. 1).
Il ricorrente pare poi pure misconoscere le esigenze di motivazione poste dall'<ref-law> a un ricorso diretto contro l'apprezzamento delle prove (<ref-ruling> consid. 1.4) e segnatamente le possibilità di impugnazione in materia di perizie. Se la Corte cantonale ritiene la perizia concludente e fa proprie le sue risultanze, il Tribunale federale accoglie la censura di apprezzamento arbitrario delle prove unicamente se il perito non ha risposto a quesiti posti, se le sue conclusioni sono contraddittorie o se in altro modo la perizia è inficiata da vizi talmente evidenti e riconoscibili senza conoscenze specifiche che il giudice non poteva semplicemente ignorarli. Non spetta al Tribunale federale verificare se tutte le affermazioni del perito sono esenti da arbitrio: esso si limita a controllare se l'autorità inferiore poteva, senza arbitrio, aderire alle conclusioni del perito (sentenza 4A_551/2015 del 14 aprile 2016 consid. 4.1; cfr. anche <ref-ruling> consid. 6.1). Ora, nella fattispecie il ricorrente si limita inammissibilmente a contrapporre il suo parere a quello dell'autorità inferiore per quanto concerne la necessità di completare rispettivamente delucidare la perizia. Ne segue che l'argomentazione ricorsuale dev'essere interamente disattesa.
5.
Da quanto precede discende che il ricorso va parzialmente accolto, la decisione impugnata annullata e la causa rinviata all'autorità inferiore per nuovo giudizio dopo aver garantito al ricorrente il diritto di essere sentito di cui al consid. 2, ricordato che la Corte cantonale ha già evaso la domanda di delucidazione/completamento della perizia. Le spese giudiziarie e le ripetibili seguono la soccombenza, ricordato che la parte che ottiene il rinvio della causa per nuova decisione va di regola considerata vincente ai sensi degli art. 66 cpv. 1 e 68 cpv. 1 e 2 LTF (<ref-ruling> consid. 11.1).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1.
Il ricorso è parzialmente accolto, la sentenza impugnata è annullata e la causa è rinviata al Tribunale delle assicurazioni del Cantone Ticino per nuova decisione nel senso dei considerandi.
2.
Le spese giudiziarie di fr. 2'000.-- sono poste a carico dell'opponente, che rifonderà al ricorrente fr. 2'500.-- a titolo di ripetibili della procedura innanzi al Tribunale federale.
3.
Comunicazione alle parti e al Tribunale delle assicurazioni del Cantone Ticino.