Faits :
A.
Par ordonnance du 16 mars 2017, le Tribunal des mineurs genevois a refusé d'entrer en matière sur la plainte déposée par X._, enfant alors mineur, agissant par sa mère Y._, contre A._, également mineur (<ref-law>).
B.
Par arrêt du 13 juillet 2017, la Cour de justice genevoise, Chambre pénale de recours, a refusé d'entrer en matière sur le recours formé par X._ contre l'ordonnance du 16 mars 2017, au motif que les sûretés exigées n'auraient pas été fournies dans le délai imparti (<ref-law>).
En substance, elle a retenu que le paiement de l'avance de frais, d'un montant de 500 fr., enregistré par les services financiers du pouvoir judiciaire genevois le 24 mai 2017, était tardif, compte tenu du délai fixé au 5 mai 2017.
C.
X._, agissant par sa mère Y._, forme un recours en matière pénale auprès du Tribunal fédéral contre l'arrêt cantonal et conclut, avec suite de frais et dépens, à son annulation et au renvoi de la cause au tribunal des mineurs pour qu'il entre en matière sur la plainte. Subsidiairement, il conclut au renvoi de la cause à la cour cantonale afin qu'elle entre en matière sur le recours.
D.
Invités à se déterminer sur le recours, le tribunal des mineurs et la cour cantonale y ont renoncé.

Considérant en droit :
1.
Selon l'<ref-law>, a qualité pour former un recours en matière pénale quiconque a pris part à la procédure devant l'autorité précédente ou a été privé de la possibilité de le faire et a un intérêt juridique à l'annulation ou à la modification de la décision attaquée. La partie plaignante est habilitée à recourir au Tribunal fédéral, si la décision attaquée peut avoir des effets sur le jugement de ses prétentions civiles (art. 81 al. 1 let. b ch. 5 LTF).
Indépendamment des conditions posées par l'<ref-law>, la partie plaignante est habilitée à se plaindre d'une violation de ses droits de partie équivalant à un déni de justice formel (<ref-ruling> consid. 1.1 p. 5).
En l'occurrence, le recourant prétend notamment que la cour cantonale a fait preuve de formalisme excessif et violé l'<ref-law> en refusant d'entrer en matière sur son recours. Une autorité commet un déni de justice formel si elle n'entre pas en matière sur une cause qui lui est soumise, dans le délai et les formes requis, alors qu'elle doit en connaître (<ref-ruling> consid. 2.1 p. 9; <ref-ruling> consid. 2.3 p. 232). Il y a lieu d'entrer en matière sur son recours.
2.
Dans un premier temps, le recourant reproche à la cour cantonale d'avoir arbitrairement omis qu'il a procédé à un premier paiement en date du 4 mai 2017, à savoir, avant le terme fixé au 5 mai 2017. Il se fonde sur un courrier de la Poste du 15 mai 2017, remis à la cour cantonale le 7 juillet 2017.
2.1. Le Tribunal fédéral est lié par les constatations de fait de la décision entreprise (<ref-law>), à moins que celles-ci n'aient été établies en violation du droit ou de manière manifestement inexacte au sens des art. 97 al. 1 et 105 al. 2 LTF, soit pour l'essentiel de façon arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. La notion d'arbitraire a été rappelée dans l'arrêt publié aux <ref-ruling>, auquel on peut se référer. En bref, une décision n'est pas arbitraire du seul fait qu'elle apparaît discutable ou même critiquable; il faut qu'elle soit manifestement insoutenable, et cela non seulement dans sa motivation mais aussi dans son résultat (<ref-ruling> consid. 4.3 p. 380). En matière d'appréciation des preuves et d'établissement des faits, il n'y a arbitraire que lorsque l'autorité ne prend pas en compte, sans aucune raison sérieuse, un élément de preuve propre à modifier la décision, lorsqu'elle se trompe manifestement sur son sens et sa portée, ou encore lorsque, en se fondant sur les éléments recueillis, elle en tire des constatations insoutenables (<ref-ruling> consid. 2.3 p. 266 et les références citées). Le Tribunal fédéral n'entre en matière sur les moyens fondés sur la violation de droits fondamentaux, dont l'interdiction de l'arbitraire, que s'ils ont été invoqués et motivés de manière précise (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 2.4 p. 368). Les critiques de nature appellatoire sont irrecevables (<ref-ruling> consid. 2.4 p. 368 et les références citées).
2.2. D'après l'arrêt entrepris, le recourant a produit des pièces le 7 juillet 2017, estimant prouver par là qu'il avait effectué à temps un premier paiement, toutefois refusé par la banque du pouvoir judiciaire, et que le paiement a été répété le 22 mai 2017. Il en résulte que la cour cantonale a pris en compte le courrier de la Poste, faisant état d'un versement effectué le 4 mai 2017. Le grief est infondé.
3.
Le recourant reproche à la cour cantonale d'avoir violé l'<ref-law> et d'avoir fait preuve de formalisme excessif en retenant que le paiement des sûretés était tardif alors que le montant de l'avance de frais a été versé à la Poste suisse le 4 mai 2017.
3.1. Selon l'<ref-law>, la direction de la procédure de l'autorité de recours peut astreindre la partie plaignante à fournir des sûretés dans un délai déterminé pour couvrir les frais et indemnités éventuels (al. 1, 1 ère phrase). Si les sûretés ne sont pas fournies dans le délai imparti, l'autorité de recours n'entre pas en matière sur le recours (al. 2).
A teneur de l'<ref-law>, un paiement à l'autorité pénale est effectué dans le délai prescrit lorsque le montant est versé en faveur de l'autorité pénale à la Poste suisse ou débité d'un compte bancaire ou postal en Suisse le dernier jour du délai au plus tard. Cette disposition correspond à l'<ref-law>, à l'<ref-law> (RS 172.021) et à l'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 2.4 p. 6 s.; <ref-ruling> consid. 3.1 p. 365).
3.1.1. Le moment déterminant pour constater l'observation ou l'inobservation du délai est celui auquel la somme a été versée en faveur de l'autorité à la Poste suisse (que ce soit au guichet d'un bureau de poste ou lors d'un transfert depuis l'étranger) ou celui auquel l'ordre de paiement en faveur de l'autorité a été débité du compte postal ou bancaire du recourant ou de son mandataire (ATF <ref-ruling> consid. 3.2.1 p. 366; arrêts 5A_297/2013 du 26 juillet 2013 consid. 3.1; 2C_1022/2012 du 25 mars 2013 consid. 6.3.2, RDAF 2013 II 186; 1F_34/2011 du 17 janvier 2012 consid. 2.3.2, SJ 2012 I 229; 9C_94/2008 du 30 septembre 2008 consid. 5.2, SJ 2009 I 164; cf. Message concernant la révision totale de l'organisation judiciaire fédérale du 28 février 2001, FF 2001 p. 4096 s.). Ce n'est pas la réception des fonds par l'autorité concernée qui est déterminante (<ref-ruling> consid. 2.6 p. 7 et références citées s'agissant de l'<ref-law>; ATF <ref-ruling> consid. 3.2.1 p. 366 en lien avec l'<ref-law>).
3.1.2. Le fardeau de la preuve s'agissant du respect des délais pour le versement des sûretés incombe à la partie plaignante (<ref-ruling> consid. 2.4 p. 6 s.; arrêt 6B_890/2016 du 6 mars 2017 consid. 3.1).
Lorsque les sûretés ne sont pas inscrites au crédit du compte de l'autorité pénale par un virement postal ou bancaire dans le délai prescrit, l'autorité pénale doit inviter le débiteur des sûretés à prouver que le montant a été débité de son compte postal ou bancaire en Suisse (ou de celui de son mandataire) le dernier jour du délai (<ref-ruling> consid. 2.7 p. 7 s. et références citées, notamment FF 2001 4096 s.).
3.2. En l'espèce, il est établi que la Poste suisse a reçu un montant de 500 fr. le 4 mai 2017 de la part du recourant, en faveur de l'autorité pénale. Contrairement à ce que retient la cour cantonale, c'est ce moment qui est déterminant et non celui de l'enregistrement du montant crédité sur le compte du pouvoir judiciaire. Le recourant a apporté la preuve à la cour cantonale, par courrier du 7 juillet 2017 et ses annexes, qu'il avait versé le montant le 4 mai 2017 à la Poste suisse.
Au regard de la jurisprudence précitée, et dès lors que le délai pour le paiement de l'avance de frais était fixé au 5 mai 2017, la cour cantonale devait reconnaître que celui-ci avait été observé.
3.3. Dans une affaire concernant une avance de frais exécutée depuis l'étranger, le Tribunal fédéral a retenu que l'intéressé avait satisfait les conditions légales mises à l'observation des délais (sous l'angle de l'<ref-law>) dès lors que son compte avait effectivement été débité et que le montant avait été reçu par la Poste suisse dans le délai, quand bien même le compte du destinataire final n'avait pas été crédité en raison d'une erreur en retranscrivant le numéro IBAN (International Bank Account Number). Le Tribunal fédéral a jugé que l'erreur était excusable en tant que le justiciable avait omis d'indiquer le vingt-et-unième et dernier caractère du numéro IBAN (arrêt 9C_94/2008 précité consid. 6). Cette solution a été retenue dans une situation analogue (erreur dans l'IBAN), la cause ayant toutefois fait l'objet d'un renvoi à l'autorité précédente pour instruction complémentaire des faits s'agissant notamment des causes de l'échec du transfert, de l'imputation de l'erreur au justiciable, et cas échéant du caractère excusable de l'erreur (arrêt 2C_1022/2012 précité consid. 6.3 et 6.4). Le premier raisonnement a également été suivi s'agissant d'un montant parvenu à la Poste suisse avant l'échéance de délai, qui n'a pas été crédité sur le compte de l'autorité compétente, en raison d'une erreur excusable dans l'indication de l'adresse; la Poste pouvait d'ailleurs facilement identifier l'adresse de l'autorité compétente (arrêt 9C_636/2009 du 26 novembre 2009 consid. 5).
Sous l'angle de l'<ref-law>, le Tribunal fédéral a également admis que le délai pour l'avance de frais avait été respecté du fait que le compte de l'intéressé avait été débité à temps. Dans la mesure où le numéro de compte et l'adresse du destinataire étaient corrects, le tribunal compétent était identifiable, quand bien même le numéro de compte avait été inscrit en lieu et place de l'IBAN. Dans un tel cas, il pouvait être attendu de la banque du bénéficiaire qu'elle affecte le paiement correctement. La cause a été renvoyée à l'autorité précédente pour traitement de celle-ci, sans examen de la question de la restitution du délai (arrêt 5A_61/2014 du 13 mars 2014 consid. 2.4 et 2.5).
Dans un cas relatif à l'<ref-law>, le Tribunal fédéral a considéré que le délai de paiement était observé dès lors que le recourant s'était acquitté des sûretés dans le délai imparti, malgré la désignation inexacte du numéro de procédure (arrêt 6B_890/2016 du 6 mars 2017 consid. 3.2 et 3.3).
Dès lors que l'<ref-law> correspond aux <ref-law>, 21 al. 3 PA et 48 al. 4 LTF (cf. supra consid. 3.1), les solutions adoptées supra doivent être suivies en l'espèce.
3.4. Il ressort de l'arrêt entrepris que le versement effectué le 4 mai 2017 a été refusé par la banque du pouvoir judiciaire dès lors qu'il comportait une mention erronée, car incomplète du numéro IBAN. Sur le bulletin de versement rempli par le recourant, versé au dossier, figurent le nom de la banque bénéficiaire, le numéro CPP, l'adresse complète de l'autorité compétente, ainsi que le numéro IBAN incomplet en ce sens que le dernier groupement de caractères (dix-sept à vingt) a été omis. Dans le courrier notifié le 20 avril 2017 par l'autorité cantonale, fixant un délai au 5 mai 2017 pour le paiement des sûretés, seul le numéro IBAN est indiqué, sans mention de l'établissement financier ni adresse. Les seize premiers caractères du numéro sont séparés des suivants par un renvoi à la ligne. Il n'apparaît pas qu'un bulletin de versement préimprimé fût adressé au recourant. Dans ces circonstances, force est de constater que, s'il y a lieu d'imputer une erreur exclusive au recourant, celle-ci est excusable.
En définitive, en déclarant le recours irrecevable faute de paiement des sûretés dans le délai imparti, la cour cantonale a violé l'<ref-law>.
3.5. Le recours doit être admis, l'arrêt cantonal annulé et la cause renvoyée à la cour cantonale pour traitement du recours dirigé contre l'ordonnance du 16 mars 2017. Dès lors que le montant de l'avance de frais a finalement été crédité sur le compte du pouvoir judiciaire, il n'y a pas lieu d'octroyer un délai au recourant pour procéder au versement des sûretés.
Le recourant, qui obtient gain de cause, peut prétendre à des dépens pour la procédure devant le Tribunal fédéral (<ref-law>). La demande d'assistance est sans objet dans cette mesure (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est admis, l'arrêt attaqué est annulé et la cause renvoyée à la cour cantonale pour nouvelle décision dans le sens des considérants.
2.
Il est statué sans frais.
3.
Le canton de Genève versera une indemnité de 3'000 fr. en mains du conseil du recourant à titre de dépens pour la procédure devant le Tribunal fédéral.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre pénale de recours.
Lausanne, le 22 février 2018
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Denys
La Greffière : Klinke