Sachverhalt:
Gestützt auf eine Gefährdungsmeldung errichtete das Familiengericht Baden für A._ im Zusammenhang mit einer komplexen Erbschaftsangelegenheit mit Entscheid vom 16. Februar 2017 eine Vertretungsbeistandschaft mit Einkommens- und Vermögensverwaltung und ernannte B._ als Beiständin.
Auf die dagegen erhobene Beschwerde trat das Obergericht des Kantons Aargau mit Entscheid vom 28. März 2017 nicht ein mit der Begründung, sie sei verspätet eingereicht worden.
Die hiergegen erhobene Beschwerde hiess das Bundesgericht gut und es wies die Sache zurück zur materiellen Behandlung mit der Begründung, entgegen dem auf dem Umschlag erfassten Datum sei die Sendung bereits am Vortag gegen 22:30 Uhr auf der Sihlpost aufgegeben worden (Urteil 5A_458/2017).
Mit Eingabe vom 14. März 2017 ersuchte die Beiständin B._ das Familiengericht Baden um Übertragung der Massnahme auf den Berufsbeistand C._. Sodann beantragte sie mit Eingabe vom 21. Juni 2017 die Aufhebung der Massnahme und ihre Entlassung aus dem Amt. Auch A._ beantragte am 28. Juli 2017 die Aufhebung der Massnahme.
Nach persönlicher Anhörung hielt das Familiengericht Baden mit Entscheid vom 21. März 2018 fest, die Erwachsenenschutzmassnahme werde nicht aufgehoben, sondern bleibe mit unverändertem Aufgabenkatalog bestehen, ebenso die Pflichten der Beiständin. Dieser Entscheid wurde A._ am 2. Juli 2018 zugestellt und blieb unangefochten.
Mit Verfügung vom 29. August 2018 schrieb das Obergericht die Beschwerde gegen den Entscheid vom 16. Februar 2017 zufolge Gegenstandslosigkeit ab mit der Begründung, dieser sei durch den unangefochten gebliebenen und somit zwischenzeitlich rechtskräftigen Entscheid vom 21. März 2018 ersetzt worden.
Mit Beschwerde vom 9. Oktober 2018 (Postaufgabe 10. Oktober 2018) verlangt A._ beim Bundesgericht die Aufhebung der obergerichtlichen Verfügung vom 29. August 2018 und die Anweisung, das kantonale Beschwerdeverfahren an die Hand zu nehmen. Inhaltlich macht er zusammengefasst geltend, es widerspreche rechtsstaatlichen Gepflogenheiten, wenn seine (vom Bundesgericht mit dem Urteil 5A_458/2017 als rechtzeitig anerkannte) Beschwerde einfach beiseite geschoben und dem neuen Entscheid des Familiengerichts der Vorzug gegeben werde.
Mit Schreiben vom 16. bzw. 17. Oktober 2018 haben das Familiengericht und das Obergericht auf eine Vernehmlassung verzichtet. Die Beiständin hat sich nicht vernehmen lassen. Es wurden die kantonalen Akten beigezogen, aus welchen sich auch das Zustellungsdatum der angefochtenen Verfügung ergibt.

Erwägungen:
1.
Die angefochtene Verfügung vom 29. August 2018 wurde dem Beschwerdeführer am 31. August 2018 zur Abholung bis am 7. September 2018 avisiert und bis dahin nicht abgeholt. Gemäss <ref-law> und <ref-law> gelten gerichtliche Sendungen, die nicht (rechtzeitig) abgeholt worden sind, am siebten Tag nach dem erfolglosen Zustellungsversuch als zugestellt, soweit der Empfänger mit der Sendung rechnen musste. Dies ist bei hängigen Verfahren durchwegs der Fall (<ref-ruling> E. 1.2.3 S. 399; <ref-ruling> E. 3.1 S. 227) und der Verfahrensbeteiligte ist diesfalls bei Abwesenheit gehalten, die geeigneten Massnahmen treffen, damit ihm Mitteilungen und Entscheide tatsächlich zukommen, wobei ein Postrückbehaltungsauftrag keine genügende Massnahme darstellt (<ref-ruling> E. 3.1 S. 431 f.).
Vorliegend begann die 30-tägige Beschwerdefrist von <ref-law> somit am 8. September 2018 zu laufen (<ref-law>) und endete am Montag, 8. Oktober 2018 (<ref-law>). Die erst am 9. Oktober 2018 verfasste und am 10. Oktober 2018 der Post übergebene Beschwerde ist somit verspätet.
2.
Am Ende seiner Eingabe hält der Beschwerdeführer fest, zwischen dem 27. Juni und dem 30. August 2018 unter einer schmerzhaften Entzündung des Backenzahns gelitten zu haben; das Zeugnis des Zahnarztes sei aber nicht auffindbar, er werde dieses nachreichen. Zusätzlich sei sein Kreislauf geschwächt gewesen. Er habe deshalb nicht innerhalb der Rechtsmittelfrist eine Beschwerde einreichen können.
Sodann meldete er sich nochmals mit Schreiben vom 28. Oktober 2018. Er hielt fest, dass er im Anschluss an die Zahnschmerzen ein Exposé für eines seiner Studienfächer habe verfassen und sich danach auf Prüfungen vorbereiten müssen; anschliessend habe das Wintersemester begonnen und er sei mit dem Studium beschäftigt. In diesem Zusammenhang fragte er an, ob man ihm etwas Zeit zur Beibringung der in Aussicht gestellten Dokumente (Zahnschmerzen, Prüfungen) geben könne, da er am Studieren bzw. Lernen sei.
Soweit mit diesen Ausführungen sinngemäss ein Gesuch um Fristwiederherstellung im Sinn von <ref-law> verbunden sein sollte, wäre jedenfalls kein genügender Verhinderungsgrund dargetan. Vorausgesetzt ist, dass die Verfahrenspartei unverschuldeterweise abgehalten worden ist, fristgemäss zu handeln (<ref-law>). Typische Hinderungsgründe sind Naturkatastrophen, Kriegswirren oder schwere Krankheit, wobei ein strenger Massstab gilt; insbesondere muss der Verfahrensbeteiligte auch ausserstande gewesen sein, einen Vertreter zu mandatieren (AMSTUTZ/ARNOLD, in: Basler Kommentar, N. 5, 7, 11 und 16 zu <ref-law> m.w.H.).
Was vorliegend geltend gemacht wird (Schmerzen mit dem Backenzahn, so dass er die ganze Zeit auf der Couch habe liegen müssen; Prüfungsvorbereitungen; Studium), wäre zur Begründung eines Fristwiederherstellungsgesuches - soweit ein solches überhaupt formell gestellt worden sein sollte - nicht ansatzweise tauglich; abgesehen davon entspricht die für Zahnschmerzen genannte Zeitspanne gar nicht derjenigen, während welcher die Beschwerdefrist lief. Vielmehr scheint sich im verspäteten Handeln der Umstand zu manifestieren, wofür die Erwachsenenschutzmassnahme angeordnet wurde, nämlich die Überforderung mit administrativen Angelegenheiten aller Art, namentlich im Verkehr mit Behörden, Ämtern, Versicherungen und sonstigen Institutionen.
3.
Zusammenfassend ergibt sich, dass die Beschwerde zufolge Fristablaufes offensichtlich unzulässig ist und - soweit ein entsprechendes Gesuch gestellt sein sollte - offensichtlich keine Fristwiederherstellungsgründe ersichtlich wären. Somit ist der Präsident als Einzelrichter entscheidzuständig (<ref-law>).
4.
Angesichts der konkreten Umstände wird auf die Erhebung von Gerichtskosten verzichtet (<ref-law>).

Demnach erkennt der Präsident:
1.
Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2.
Es werden keine Kosten erhoben.
3.
Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, dem Bezirksgericht Baden, Familiengericht, der Beiständin B._ und dem Obergericht des Kantons Aargau, Kammer für Kindes- und Erwachsenenschutz, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 19. November 2018
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: von Werdt
Der Gerichtsschreiber: Möckli