Fatti:
A.
A._ è domiciliato a Y._ dove ha lavorato per un decennio ed è membro del Consiglio comunale. È cresciuto nell'attuale quartiere di Z._, in cui è comproprietario di un'abitazione famigliare. Nel 2010 ha contratto un matrimonio dal quale è nato nello stesso anno un figlio. Nel 2013, a seguito della sua nomina quale vicedirettore della Divisione delle contribuzioni del Cantone Ticino, con sede a X._, ha annunciato il suo arrivo in questo Comune quale soggiornante, unitamente alla moglie ed al figlio. Il 20 novembre 2013 l'autorità comunale di X._ ha stabilito d'ufficio il domicilio di A._ e degli altri due membri della sua famiglia nel Comune di X._. In considerazione di un'impugnativa di A._ contro tale decisione, il Municipio ha deciso di rilasciare eccezionalmente alla famiglia A._ un'autorizzazione di soggiorno fino al 31 dicembre 2014. Nel corso del 2015, l'autorità comunale ha nuovamente sollecitato l'interessato a trasferire il domicilio a X._. Dopo una serie di atti che non occorre qui evocare, con decisione del 22 febbraio 2016 il Municipio ha respinto la richiesta di A._ di rinnovare l'autorizzazione di soggiorno ed ha stabilito d'ufficio il domicilio di tutti i membri della famiglia A._ a X._ con effetto al 1° luglio 2015.
B.
A._ si è aggravato dinanzi al Consiglio di Stato contro la decisione municipale. La moglie e il figlio non l'hanno invece impugnata. Con decisione del 7 settembre 2016 il Governo ha accolto il gravame, annullando la determinazione del suo domicilio a X._ e rinviando gli atti all'autorità comunale affinché gli fosse rilasciata l'autorizzazione di soggiorno.
C.
Con sentenza del 17 settembre 2018 il Tribunale cantonale amministrativo ha accolto un ricorso presentato dal Comune di X._ contro la decisione governativa, annullandola e confermando la risoluzione municipale che respingeva la richiesta di rilascio di un'autorizzazione di soggiorno e fissava il domicilio di A._ a X._ a far tempo dal 1° luglio 2015.
D.
A._ impugna questa sentenza con un ricorso in materia di diritto pubblico del 19 ottobre 2018 al Tribunale federale, chiedendo di annullarla e di annullare contestualmente la risoluzione municipale nella misura in cui respinge il rilascio dell'autorizzazione di soggiorno e fissa d'ufficio il suo domicilio nel Comune di X._. Il ricorrente fa valere l'accertamento manifestamente inesatto dei fatti, la violazione dell'art. 23 CC e degli art. 9, 24 e 29 cpv. 2 Cost.
E.
La Corte cantonale si conferma nella sua sentenza. Il Consiglio di Stato si rimette al giudizio del Tribunale federale. Il Comune di X._ chiede di respingere il ricorso nella misura della sua ammissibilità. Con osservazioni del 12 dicembre 2018 il ricorrente si è confermato nelle sue conclusioni.
Con decreto presidenziale del 15 novembre 2018 è stato conferito effetto sospensivo al ricorso.

Diritto:
1.
Il ricorso è diretto contro una decisione finale (art. 90 LTF) pronunciata in una causa di diritto pubblico (art. 82 lett. a LTF) da un'autorità cantonale di ultima istanza (art. 86 cpv. 1 lett. d LTF). Il ricorso è tempestivo (art. 100 cpv. 1 LTF) e di principio ammissibile, non essendo realizzata alcuna eccezione prevista dall'art. 83 LTF. Il ricorrente è particolarmente toccato dalla sentenza impugnata e ha un interesse degno di protezione all'annullamento della stessa (art. 89 cpv. 1 LTF).
2.
Nell'ambito di un ricorso al Tribunale federale non possono di principio essere addotti fatti e mezzi di prova nuovi (cfr. art. 99 cpv. 1 LTF). In particolare, questa Corte non può tenere conto di fatti o mezzi di prova sopraggiunti dopo l'emanazione dell'atto impugnato, vale a dire veri nova (<ref-ruling> consid. 7.2; <ref-ruling> consid. 3.1.2). I documenti del 1° ottobre 2018 e dell'11 dicembre 2018, che attestano l'iscrizione del figlio del ricorrente agli scout di Y._, sono successivi all'emanazione della sentenza impugnata e non possono quindi essere presi in considerazione in questa sede.
3.
3.1. Conformemente a quanto stabilito dagli art. 95 e 96 LTF, il ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale può essere presentato per violazione del diritto, nel quale rientra pure il diritto costituzionale (<ref-ruling> consid. 3; <ref-ruling> consid. 1.4.1). II Tribunale federale esamina le censure di violazione di diritti costituzionali solo se adempiono le rigorose esigenze di motivazione dell'art. 106 cpv. 2 LTF. Ciò significa che, con riferimento ai motivi della decisione impugnata, il ricorrente deve indicare in modo chiaro e dettagliato in che modo sarebbero stati violati i suoi diritti costituzionali (<ref-ruling> consid. 2.2). Critiche appellatorie non sono ammesse (<ref-ruling> consid. 2). Il Tribunale federale fonda inoltre la sua sentenza sui fatti accertati dalla precedente istanza, che sono di principio vincolanti (art. 105 cpv. 1 LTF). Il ricorrente può quindi censurare l'accertamento dei fatti soltanto se è stato svolto in modo manifestamente inesatto o in violazione del diritto ai sensi dell'art. 95 LTF e l'eliminazione del vizio può essere determinante per l'esito del procedimento (cfr. art. 97 cpv. 1 e 105 cpv. 2 LTF). Ciò deve tuttavia essere motivato in modo preciso, secondo le esigenze accresciute dell'art. 106 cpv. 2 LTF (<ref-ruling> consid. 1.1; <ref-ruling> consid. 2.4).
3.2. Il ricorrente invoca l'art. 23 CC e gli art. 9, 24 e 29 Cost. Non fa tuttavia valere la violazione dei citati diritti costituzionali con una motivazione conforme alle esposte esigenze, giacché si limita ad accennarne brevemente soltanto nella penultima pagina del ricorso. Né egli censura esplicitamente la violazione dell'art. 6 della legge organica comunale, del 10 marzo 1987 (LOC; RL 181.100), che disciplina il domicilio comunale. Nell'argomentazione ricorsuale, il ricorrente fa essenzialmente valere l'accertamento arbitrario dei fatti. Non si confronta però con specifici accertamenti contenuti nel giudizio impugnato, spiegando con una motivazione conforme alle esigenze dell'art. 106 cpv. 2 LTF per quali ragioni essi sarebbero in chiaro contrasto con gli atti, manifestamente insostenibili o fondati su una svista evidente (cfr., sull'accertamento arbitrario dei fatti, <ref-ruling> consid. 4.1 e 4.2; <ref-ruling> consid. 1.1 e rinvii).
Il ricorrente rimprovera alla Corte cantonale di avere determinato il suo domicilio a X._, fondandosi esclusivamente sul domicilio della moglie e del figlio in quello stesso Comune, trascurando per contro altri elementi che attesterebbero l'esistenza di un legame duraturo e prevalente con Y._. Non adduce tuttavia specifici fatti rilevanti che i giudici cantonali avrebbero omesso di accertare, ma critica in realtà la valutazione da essi eseguita, che li ha portati a concludere che il suo domicilio è a X._. Si tratta al riguardo di una questione che non concerne le constatazioni di fatto, ma l'applicazione degli art. 6 LOC e 23 CC, che disciplinano la nozione di domicilio (cfr. <ref-ruling> consid. 4.3; <ref-ruling> consid. 2a). La Corte cantonale non ha infatti trascurato gli elementi che indicavano l'esistenza di un legame con il Comune di Y._ (attività politica, strette relazioni sociali e familiari con i genitori e la sorella, abitazione in proprietà, mantenimento del medico, del dentista e del garagista in quella città). Non li ha però ritenuti decisivi rispetto a quelli che portavano a concludere che il centro dei suoi interessi personali è situato a X._, dove vive con la famiglia ed esercita in prevalenza la sua attività professionale. In tali circostanze, i fatti accertati in sede cantonale sono vincolanti per il Tribunale federale (art. 105 cpv. 1 LTF). È per contro litigiosa la conclusione che i precedenti giudici ne hanno tratto quanto alla fissazione del domicilio.
4.
4.1. La tesi di fondo del ricorrente consiste nel ritenere decisiva la circostanza ch'egli torna regolarmente nella sua casa di Y._ con la famiglia nel fine settimana e in generale nel tempo libero. Sostiene che le relazioni familiari più strette si svolgerebbero perciò a Y._, e non a X._. Reputa irrilevante il fatto che sua moglie sia domiciliata a X._, giacché tale domicilio le sarebbe stato imposto dal Municipio e il trasferimento in questo Comune non sarebbe il frutto di una libera scelta, ma sarebbe riconducibile esclusivamente al nuovo lavoro del marito. Il ricorrente evidenzia i suoi impegni politici ed i suoi legami sociali e familiari, che sarebbero prevalenti a Y._. Precisa di soggiornare a X._ soltanto per ragioni professionali e di non avere alcuna intenzione di stabilirvisi durevolmente. Rimprovera alla Corte cantonale di avere a torto dato peso anche al fatto che il figlio frequenta la scuola a X._.
4.2. Richiamato l'art. 24 Cost., la precedente istanza ha rilevato che secondo l'art. 6 LOC è domiciliato in un Comune chi vi risiede con l'intenzione di stabilirvisi durevolmente. Ha precisato che la nozione di domicilio comunale ai sensi di questa disposizione si riallaccia a quella dell'art. 23 cpv. 1 CC. Questa norma prevede in particolare che il domicilio di una persona è nel luogo dove essa dimora con l'intenzione di stabilirvisi durevolmente. Essa fa dipendere la costituzione del domicilio da due condizioni: da una parte, la residenza, vale a dire la dimora di una certa durata in un luogo determinato e la creazione in questo luogo di rapporti abbastanza stretti; dall'altra parte, l'intenzione di stabilirsi per un periodo durevole nel luogo di residenza. Questa intenzione deve essere riconoscibile per i terzi e deve quindi risultare da circostanze esterne ed oggettive. Il domicilio di una persona si trova conseguentemente nel luogo in cui ha le relazioni più strette tenuto conto dell'insieme delle circostanze (<ref-ruling> consid. 5.2; <ref-ruling> consid. 5.1; <ref-ruling> consid. 3.6; <ref-ruling> consid. 4.3). In generale, esso corrisponde al luogo di residenza della famiglia, e non al luogo di lavoro (sentenza 1C_297/2008 del 4 novembre 2008 consid. 3.2, in: SJ 2009 I pag. 291 segg.). L'intenzione di lasciare in seguito il luogo di residenza, non esclude di per sé la presa di domicilio. Il domicilio stabilito continua infatti a sussistere fino a quando l'interessato non ne abbia acquistato uno nuovo (cfr. art. 24 cpv. 1 CC; sentenza 9C_600/2017 del 9 agosto 2018 consid. 2.2).
4.3. Il ricorrente sostiene che la Corte cantonale avrebbe stabilito il suo domicilio a X._ fondandosi esclusivamente sul fatto che lo stesso corrisponde a quello della moglie e del figlio. In realtà, la precedente istanza ha eseguito una valutazione accurata dell'insieme delle circostanze personali, familiari e professionali dell'interessato. Non si è quindi limitata a dedurre semplicemente il suo domicilio da quello della moglie. Come rilevato dai giudici cantonali, dopo l'entrata in vigore della revisione del diritto matrimoniale, il 1° gennaio 1988, non esiste più la nozione di dimora coniugale. In questo senso un coniuge può di per sé stabilire un domicilio volontario indipendente da quello dell'altro coniuge, di modo che il domicilio deve essere esaminato separatamente per ognuno di essi (<ref-ruling> consid. 5b; <ref-ruling> consid. 4a). Poiché tuttavia il criterio principale per determinare il domicilio di una persona rimane quello del centro delle sue relazioni personali, segnatamente familiari, il domicilio dei coniugi sarà di principio comune, a meno ch'essi non abbiano chiaramente stabilito il centro delle loro rispettive relazioni personali in luoghi diversi a seguito di una separazione o per altri motivi (sentenza 2C_413/2011 del 13 aprile 2012 consid. 3.4). Quando i coniugi hanno figli comuni, il domicilio comune corrisponde di regola al luogo in cui questi ultimi frequentano la scuola o seguono un'altra formazione o sono presi in cura (cfr. art. 25 cpv. 1 CC; PETER BREITSCHMID, in: Handkommentar zum Schweizer Privatrecht, 3aed. 2016, n. 4 all'art. 23 CC).
In concreto, il ricorrente vive da quasi sei anni durante la settimana lavorativa a X._ in comunione domestica con la moglie e il figlio, che lì frequenta pure la scuola. Il ricorrente vi esercita inoltre la parte prevalente della sua attività professionale alle dipendenze dello Stato. Egli stesso riconosce in questa sede di essersi trasferito da Y._ a X._ con tutta la famiglia per poterla vedere regolarmente e mantenere rapporti familiari più intensi, in particolare con il figlio, con il quale si intrattiene al mattino, alla sera e a volte anche sul mezzogiorno. Il ricorrente rientra quindi giornalmente presso l'abitazione di X._ e vi pernotta durante la maggior parte della settimana. Certo, egli ha un rapporto anche con Y._, dove è in particolare proprietario di un appartamento nella casa in cui vivono anche i genitori e la sorella e dove torna regolarmente con la propria famiglia nel fine settimana. Vi lavora inoltre occasionalmente e vi esercita un'attività politica. Nelle esposte circostanze, risulta tuttavia che è a X._ ch'egli intrattiene i rapporti familiari e professionali più stretti ed intensi. Vi risiede infatti da quasi sei anni con la moglie e il figlio durante la maggior parte della settimana e vi esercita in prevalenza la sua attività professionale. In questo Comune ha quindi preso in locazione da tempo un appartamento adeguato ad ospitare tutti i membri della sua famiglia, dove rientra di regola quotidianamente, ricongiungendosi con la moglie e con il figlio e trascorrendovi le notti. Si tratta pertanto di un'abitazione coniugale (art. 162 CC) in cui si trova il focolare domestico (cfr. sentenze 1C_297/2008, citata, consid. 3.3 e 2P.418/1996 del 15 aprile 1997 consid. 3a). In queste condizioni, la circostanza ch'egli si rechi con una certa frequenza a Y._ per impegni di lavoro, vi eserciti un'attività politica e vi trascorra il fine settimana e il tempo libero con la famiglia non è tale da sovvertire la conclusione che il centro dei suoi interessi personali è situato a X._, dove intrattiene i rapporti familiari e professionali più stretti. Il fatto ch'egli rientri regolarmente a Y._ il fine settimana, aspetto su cui insiste particolarmente il ricorrente, potrebbe eventualmente essere di rilievo nel caso in cui egli abitasse in un luogo diverso da quello in cui lavora e tornasse regolarmente nel luogo dell'abitazione per trascorrere il tempo libero con la famiglia lì rimasta (cfr. <ref-ruling> consid. 4.2 e 4.3). Ciò non è però il caso in concreto, giacché il luogo di lavoro e quello in cui abita con i propri congiunti coincidono e si trovano entrambi a X._. La Corte cantonale ha di conseguenza rettamente determinato in questo Comune il suo domicilio.
5.
Ne segue che il ricorso deve essere respinto. Le spese giudiziarie seguono la soccombenza e sono quindi poste a carico del ricorrente (art. 66 cpv. 1 LTF). Non si assegnano ripetibili ad autorità vincenti (art. 68 cpv. 3 LTF).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1.
Il ricorso è respinto.
2.
Le spese giudiziarie di fr. 2'000.-- sono poste a carico del ricorrente.
3.
Comunicazione al ricorrente, al Comune di X._, al Consiglio di Stato e al Tribunale amministrativo Cantone Ticino.