Faits :
A.
A.a. Par avis de taxation du 21 septembre 2017, le Service cantonal des contributions de l'Etat de Fribourg (ci-après: SCC) a fixé, pour la période fiscale 2016, à 6'708 fr. 60 l'impôt fédéral direct dû par A._.
Par décompte du 21 septembre 2017 de l'impôt fédéral 2016, le SCC a arrêté à 6'795 fr. 80 le solde échu en sa faveur, dont 6'708 fr. 60 en capital.
Par décision du 17 octobre 2017, le SCC a rejeté la réclamation formée par A._ contre l'avis de taxation du 21 septembre 2017 concernant l'impôt cantonal et l'impôt fédéral direct.
Par courrier du 23 août 2018 concernant l'impôt fédéral direct 2016, le SCC a sommé le contribuable de s'acquitter dans un délai de 30 jours du montant de 6'825 fr. 80.
Le 14 mars 2019, le SCC a adressé au contribuable, à la demande de celui-ci, le relevé de compte concernant l'impôt fédéral direct 2016, dont le solde était de 7'149 fr. 55, comprenant une créance d'impôt de 6'708 fr. 60.
A.b. Par avis de taxation du 16 juin 2017, le SCC a fixé, pour la période fiscale 2017, à 16'636 fr. l'impôt cantonal et à 6'688 fr. 15 l'impôt fédéral direct sur les prestations en capital dû par le contribuable.
Par décomptes séparés du 16 juin 2017 de l'impôt sur la prestation en capital 2017, le SCC a arrêté à 16'636 fr. le solde échu en sa faveur pour l'impôt cantonal et à 6'688 fr. 15 pour l'impôt fédéral direct.
Par courrier du 25 septembre 2017 concernant l'impôt cantonal sur la prestation en capital 2017, le SCC a sommé le contribuable de s'acquitter dans un délai de 30 jours du montant de 16'666 fr.
Par courrier du même jour concernant l'impôt fédéral direct sur la prestation en capital 2017, le SCC a sommé le contribuable de s'acquitter dans un délai de 30 jours du montant de 6'718 fr. 15.
Le 14 mars 2019, le SCC a adressé au contribuable, à la demande de celui-ci, le relevé de compte concernant l'impôt cantonal sur la prestation en capital 2017, dont le solde était de 14'342 fr. 85, comprenant une créance d'impôt de 16'636 fr. et un paiement de 3'000 fr., effectué le 1 er février 2008 sur cette créance.
Le même jour, le SCC lui a adressé, toujours à sa demande, le relevé de compte concernant l'impôt fédéral direct sur la prestation en capital 2017, dont le solde était de 14'342 fr. 85, comprenant une créance d'impôt de 6'688 fr. 15.
A.c. Par décision du 15 janvier 2018, le SCC a refusé les demandes du contribuable de compenser les trois créances précitées avec le surplus d'acomptes versés sur le compte de l'impôt cantonal direct 2013, dont le solde se montait à 90'857 fr. 20 et dont il refusait le remboursement.
Le 14 mars 2019, il a été attesté que cette décision n'avait fait l'objet d'aucune réclamation.
A.d. Le 29 octobre 2019, le SCC, agissant pour le compte de la Confédération suisse et de l'Etat de Fribourg, a fait notifier à A._ un commandement de payer la somme de 6'708 fr. 60 plus intérêts à 3% dès le 25 octobre 2018, au titre de l'impôt fédéral direct 2016 (poursuite n° xxx._ de l'Office des poursuites de la Sarine).
Le même jour, agissant pour le compte de l'Etat de Fribourg, il a fait notifier à ce contribuable un commandement de payer la somme de 13'636 fr. plus intérêts à 3% dès le 25 octobre 2018, au titre de l'impôt cantonal - prestation en capital - 2017 (poursuite n° yyy._ de l'Office des poursuites de la Sarine).
Le même jour, agissant pour le compte de la Confédération suisse et de l'Etat de Fribourg, il a fait notifier à ce contribuable un commandement de payer la somme de 6'688 fr. 15 plus intérêts à 3% dès le 25 octobre 2018, au titre de l'impôt - prestation en capital - 2017 (poursuite n° zzz._ de l'Office des poursuites de la Sarine).
Le poursuivi a fait opposition totale à ces trois poursuites.
B.
B.a. Par requêtes séparées du 14 mars 2019, le SCC, agissant pour le compte de la Confédération suisse et de l'Etat de Fribourg, a requis du Président du Tribunal d'arrondissement de la Sarine la mainlevée définitive de ces oppositions. Outre, notamment, les commandements de payer, les avis de taxation et les décomptes finaux, le SCC a produit la décision de refus de compenser des créances d'impôt mises en poursuite.
Invité à se déterminer, le poursuivi a conclu à ce qu'il ne soit pas donné suite à ces requêtes et exigé du SCC le retrait des poursuites. A l'appui de ses conclusions, il a produit un document intitulé " Relevé général du dossier " du 17 janvier 2019, dressé par le SCC. Il a allégué sur cette base que le décompte faisait apparaître un crédit de 158'111 fr. 55 en sa faveur duquel le SCC avait retranché les " i mpôts ouverts " de 43'693 fr. 25 au total, dont faisaient partie les créances mises en poursuite, ramenant ainsi sa dette à 114'418 fr. Il a exposé qu'il fallait assimiler ce document à une reconnaissance de dette à hauteur de 158'111 fr. 55 du SCC en sa faveur et que les créances mises en poursuite avaient donc été compensées par ce service.
Le président a transmis une copie du courrier du poursuivi au poursuivant, en informant celui-ci que sa décision lui parviendrait prochainement.
Par décisions séparées du 16 avril 2019, le président a prononcé la mainlevée dans les trois poursuites, pour les montants de 6'708 fr. 60, 16'636 fr. et 6'688 fr. 15 en capital, plus accessoires, exposant dans ses motifs que le poursuivi n'avait pas prouvé par titre que ses dettes étaient éteintes.
B.b. A._ a recouru auprès du Tribunal cantonal de l'Etat de Fribourg (ci-après: tribunal cantonal) contre ces trois décisions, concluant implicitement au rejet des requêtes de mainlevée. Il a repris son argument avancé en première instance selon lequel il ressortait du document intitulé " Relevé général du dossier " du 17 janvier 2019, valant reconnaissance de dette, que les créances mises en poursuite étaient éteintes.
Le SCC n'a pas fait usage de la possibilité de répondre au recours dans un délai de 10 jours que lui a offerte le tribunal cantonal.
Par arrêt du 15 juillet 2019, le tribunal cantonal, joignant au préalable les trois causes, a admis les recours et refusé en conséquence la mainlevée définitive des oppositions.
C.
Par acte posté le 11 septembre 2019, le SCC interjette un recours en matière civile contre cet arrêt. Il conclut principalement à sa réforme, en ce sens que la mainlevée définitive des oppositions aux commandements de payer n° xxx._, yyy._ et zzz._ est prononcée, et, subsidiairement, à son annulation et au renvoi de la cause à l'instance cantonale pour nouvelle décision dans le sens des considérants. En substance, il se plaint d'arbitraire dans la consta-tation des faits (art. 9 Cst.) et de la violation des art. 120 al. 1 et 125 ch. 3 CO, ainsi que de l'<ref-law>.
Invités à se déterminer, l'autorité cantonale a déclaré n'avoir pas d'observations à formuler, alors que l'intimé a conclu principalement à l'irrecevabilité du recours et subsidiairement à son rejet.

Considérant en droit :
1.
1.1. Le recours a été déposé en temps utile (<ref-law>) à l'encontre d'une décision de mainlevée définitive, soit une décision finale (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 1.1) rendue en matière de poursuite pour dettes (<ref-law>) par un tribunal supérieur ayant statué sur recours en dernière instance cantonale (<ref-law>). En tant qu'ils ont échoué à obtenir la mainlevée des oppositions aux commandements de payer qu'ils ont fait notifier, les créanciers poursuivants, agissant par l'intermédiaire du SCC, ont qualité pour recourir (<ref-law>). A cet égard, on notera que le SCC se présente à tort en qualité du recourant; il est toutefois évident qu'il ne se considère pas lui-même créancier poursuivant mais entend agir pour le compte et au nom de la Confédération suisse et de l'Etat de Fribourg. Ces deux entités ont d'ailleurs été avisées de la réception du recours interjeté par le SCC en leur nom et n'ont pas réagi pour contester les pouvoirs de représentation de ce service.
1.2.
1.2.1. L'autorité cantonale a fixé la valeur litigieuse à plus de 30'000 fr. L'intimé estime que celle-ci se monte à 29'605 fr. 05 étant donné qu'il ressort du décompte du SCC du 14 mars 2019 un crédit de 3'000 fr. en sa faveur.
1.2.2. La valeur litigieuse se détermine par les conclusions restées litigieuses devant l'autorité précédente (<ref-law>). En cas de jonction des causes, la valeur litigieuse de celles-ci se cumule par application analogique de l'<ref-law> (TAPPY, in Commentaire romand, CPC, 2 ème éd., 2019, n° 18 ad <ref-law>). En conséquence, quels que soient les arguments de fond de l'intimé, il demeure que la valeur litigieuse atteint le seuil légal (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 1.3) et que le recours en matière civile est recevable.
2.
2.1. Le recours en matière civile peut être formé pour violation du droit, tel qu'il est délimité par les art. 95 et 96 LTF (<ref-ruling> consid. 1.3.2; <ref-ruling> consid. 1.5). Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (<ref-law>), sans être lié ni par les motifs de l'autorité précédente, ni par les moyens des parties; il peut donc admettre le recours en se fondant sur d'autres arguments que ceux invoqués par le recourant, comme il peut le rejeter en opérant une substitution de motifs (<ref-ruling> consid. 3; <ref-ruling> consid. 1.4). Cela étant, eu égard à l'exigence de motivation contenue à l'art. 42 al. 1 et 2 LTF, il n'examine en principe que les griefs soulevés; il n'est pas tenu de traiter, à l'instar d'une autorité de première instance, toutes les questions juridiques pouvant se poser, lorsque celles-ci ne sont plus critiquées devant lui (<ref-ruling> consid. 2; <ref-ruling> consid. 1.3; <ref-ruling> consid. 1.4). Le recourant doit par conséquent discuter les motifs de la décision entreprise et indiquer précisément en quoi il estime que l'autorité précédente a méconnu le droit (ATF 140 précité et les références).
Par exception à la règle selon laquelle il applique le droit d'office, le Tribunal fédéral ne connaît de la violation des droits fondamentaux que si de tels griefs ont été invoqués et motivés par le recourant (" principe d'allégation ", <ref-law>), c'est-à-dire s'ils ont été expressément soulevés et exposés de façon claire et détaillée (<ref-ruling> consid. 2.1; <ref-ruling> consid. 2.4). Les critiques de nature appellatoire sont irrecevables (ATF <ref-ruling> consid. 2.4 et la référence).
2.2.
2.2.1. Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>). Il ne peut s'en écarter que si ces faits ont été établis de façon manifestement inexacte - ce qui correspond à la notion d'arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (<ref-ruling> consid. 4.1.2; <ref-ruling> consid. 5.1) - ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> (<ref-law>), et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (<ref-law>).
2.2.2. En l'occurrence, l'autorité précédente était saisie d'un recours stricto sensu, recevable pour violation du droit et/ou constatation manifestement inexacte des faits (art. 320 let. a et b CPC). Selon la jurisprudence, " manifestement inexacte " signifie arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (arrêt 4D_13/2015 du 3 juin 2015 consid. 5; cf. aussi <ref-ruling> consid. 1.2.2, concernant les art. 97 et 105 LTF). Le pouvoir d'examen de l'autorité cantonale était donc limité à l'arbitraire s'agissant des faits retenus par le premier juge.
Dans une telle situation, le Tribunal fédéral examine librement la manière dont l'autorité cantonale de dernière instance a fait usage de sa cognition restreinte. Dans le cadre des griefs articulés par la partie recourante, il recherchera si cette autorité a admis à tort l'arbitraire de l'appréciation en fait opérée par le premier juge. L'examen du Tribunal de céans porte ainsi concrètement sur l'arbitraire du jugement de l'autorité inférieure, au regard des griefs soulevés dans l'acte de recours. En effet, il ne saurait y avoir une double limitation du pouvoir d'examen du Tribunal fédéral (interdiction de l'" arbitraire au carré "; arrêts 4D_13/2015 précité consid. 5; 4A_683/2010 du 22 novembre 2011 consid. 2.1; 4D_2/2008 du 28 mars 2008 consid. 2.2).
2.3.
2.3.1. En vertu des principes de la bonne foi et de l'épuisement des griefs, le recours n'est ouvert qu'à l'encontre des décisions rendues par une autorité cantonale de dernière instance (<ref-law>; cf. supra consid. 2.1), ce qui signifie que les voies de droit cantonales doivent avoir été non seulement utilisées sur le plan formel, mais aussi épuisées sur le plan matériel (<ref-ruling> consid. 1.1). Lorsque l'autorité de dernière instance cantonale peut se limiter à examiner les griefs régulièrement soulevés, le principe de l'épuisement matériel des instances cantonales veut que les griefs soumis au Tribunal fédéral aient déjà été invoqués devant l'instance précédente (arrêts 5A_4/2019 du 13 août 2019 consid. 2.3; 5A_404/2019 du 15 juillet 2019 consid. 2.3; 5A_339/2019 du 17 mai 2019 consid. 2.2; 5A_605/2018 du 7 décembre 2018 consid. 5.2; 4A_32/2018 du 11 juillet 2018 consid. 5.2.1-5.2.2). Ce principe s'applique également lorsqu'une partie n'a pas soulevé de moyen de droit dans la procédure cantonale et était de ce fait uniquement partie intimée (arrêt 5A_176/2019 du 26 juin 2019 consid. 2.2 et les références; pour l'application de ce principe devant le Tribunal fédéral: <ref-ruling> consid. 2).
Cela étant, pour déterminer si le principe de l'épuisement matériel des instances cantonales est respecté, il faut s'attacher uniquement aux griefs soulevés que l'autorité cantonale a dû trancher. Peu importe en revanche la partie qui a invoqué devant l'autorité cantonale le grief soumis au Tribunal fédéral. Ainsi, lorsque le recourant était partie intimée en instance cantonale, il peut soumettre au Tribunal fédéral la question juridique que l'intimé, partie recourante devant l'instance cantonale, avait soulevée.
2.3.2. En l'espèce, les recourants, parties intimées devant l'autorité cantonale, n'ont pas déposé de réponse au recours. Ils soulèvent toutefois les seuls et mêmes griefs dénoncés par l'intimé devant l'instance cantonale, mais en requérant que le jugement de première instance soit confirmé en fait et en droit, soit la violation de l'<ref-law>, en lien avec l'<ref-law>, et l'arbitraire dans l'établissement des faits portant sur la volonté de l'Etat de compenser. Il suit de là que les griefs sont recevables car ils faisaient partie du litige dont l'autorité cantonale a été saisie et sur lesquels elle s'est prononcée. S'agissant du grief de fait cependant, les recourants doivent se laisser opposer leur omission de répondre en ce sens qu'ils ne peuvent critiquer que l'appréciation des preuves qu'a faite l'autorité cantonale sur la base des critiques formulées par l'intimé contre l'état de fait tel qu'arrêté en première instance, soit en l'occurrence la portée du relevé général du dossier du 17 janvier 2019 à la lumière de la décision de refus de l'Etat de compenser du 15 janvier 2018. Il suit de là que le fait allégué par les recourants selon lequel l'intimé aurait bénéficié d'un remboursement de 140'000 fr. le 21 janvier 2019 pour l'impôt cantonal 2018 doit être déclaré irrecevable en raison de son caractère nouveau (<ref-law>).
3.
3.1. L'autorité cantonale a retenu que les poursuivants s'étaient opposés à la compensation par décision du 15 janvier 2018 et que la créance en remboursement de l'impôt cantonal direct pour l'année 2013 invoquée en compensation par l'intimé ne résultait pas d'un titre exécutoire. Elle a néanmoins jugé qu'il résultait des pièces produites tant par les poursuivants à l'appui de leurs requêtes de mainlevée du 14 mars 2019, notamment la décision du 15 janvier 2018, que par le poursuivi à l'appui de sa détermination du 21 mars 2019, notamment le relevé général du dossier du 17 janvier 2019, que la créance invoquée en compensation par le débiteur avait été admise sans réserve par les créanciers postérieurement à la décision du 15 janvier 2018, ce d'autant que ces derniers ne s'étaient déterminés ni en première instance ni devant elle. Au vu de ces éléments, l'autorité cantonale a admis les recours et refusé de prononcer la mainlevée des oppositions.
3.2. Les recourants se plaignent tout d'abord d'arbitraire dans l'établissement des faits (art. 9 Cst.). A ce titre, ils reprochent à l'autorité cantonale d'avoir ignoré que le relevé général du dossier avait été adressé à l'intimé à sa demande, dans un but d'information, et qu'ils ont exprimé à maintes reprises leur volonté de ne pas compenser, en particulier dans la décision du 15 janvier 2018. Ils se plaignent ensuite de la violation des <ref-law> et 125 ch. 3 CO. Ils exposent que le document précité ne constitue pas un titre de mainlevée et que les conditions de la compensation d'une créance de droit public ne sont pas remplies: premièrement, il n'y a pas de rapport de réciprocité entre le débiteur et le créancier vu que les montants excessifs versés par l'intimé sur le compte de l'impôt cantonal direct pour l'année 2013 visent également à s'acquitter de son impôt fédéral direct; secondement, ils se sont opposés à la compensation.
3.3. Dans la première partie de son écriture, l'intimé ne fait que relater les faits tels qu'il les conçoit, la plupart sans lien avec la décision attaquée, de sorte qu'il n'y a pas lieu d'en tenir compte. Pour le reste, il reprend les arguments des juges cantonaux, notamment que les recourants ont établi un relevé général le 17 janvier 2019 par lequel ils ont procédé de eux-même à la compensation avec les créances mises en poursuite et que, en conséquence, les dettes sont éteintes.
4.
La question est de savoir si les créances d'impôt mises en poursuite ont été éteintes par compensation.
4.1. Dans la procédure de mainlevée définitive, les moyens de défense du débiteur sont fortement limités (<ref-law>); un titre à la mainlevée définitive ne peut être remis en cause qu'au moyen de pièces totalement univoques (<ref-ruling> consid. 3.1). Le titre de mainlevée au sens de l'<ref-law> créant la présomption que la dette existe, cette présomption ne peut être renversée que par la preuve stricte du contraire (<ref-ruling> consid. 4.2.1). Lorsque l'opposant se prévaut de l'extinction de la dette par compensation, il ne peut le prouver que par la production de titres qui justifieraient eux-mêmes la mainlevée définitive ou à tout le moins la mainlevée provisoire (<ref-ruling> consid. 4; arrêt 5P.459/2002 du 29 janvier 2003 consid. 2.2.1). L'expression de créance " admise sans réserve par le poursuivant " telle que formulée à l'<ref-ruling> consid. 4.2.1 ne doit pas être comprise autrement que comme l'exigence d'une dette exprimée dans une reconnaissance de dette valant titre de mainlevée provisoire (cf. arrêts 5A_65/2019 du 26 novembre 2019 consid. 4.2; 5P.458/2004 du 28 février 2005 consid. 3.3, publié in Pra 2005 (94) p. 848 n° 123).
4.2. L'<ref-law> prévoit que les créances dérivant du droit public en faveur de l'Etat et des communes ne peuvent être éteintes par compensation contre la volonté du créancier. Cette disposition exprime un principe général et vaut aussi lorsque, comme en l'espèce, les deux prétentions reposent sur le droit public. La possibilité pour le contribuable débiteur de l'impôt de compenser est ainsi fortement limitée, alors qu'à l'inverse, l'autorité est beaucoup plus libre de compenser si les conditions des <ref-law> sont remplies (arrêts 2C_432/2010 du 9 novembre 2010 consid. 4.2; 5P.427/1996 du 11 décembre 1996 consid. 4a).
4.3. Lorsque le poursuivi invoque la compensation, le juge n'est pas tenu dans tous les cas d'inviter formellement le poursuivant à répliquer, en lui accordant un délai à ces fins. En particulier, lorsque celui-ci sait que le poursuivi entend faire valoir son droit de compenser, il doit déjà prendre position sur cette exception dans sa requête de mainlevée de l'opposition (arrêt 5P.31/2002 du 22 mars 2002 consid. 3).
4.4. En l'espèce, l'autorité cantonale a elle-même jugé que le poursuivi n'avait pas démontré sa créance compensante au moyen d'un titre, ce qui suffit déjà à admettre le recours. En retenant que les poursuivants avaient admis sans réserve la compensation sur la base d'un moyen de preuve ne constituant pas un titre de mainlevée, définitive ou provisoire, cette autorité a méconnu la jurisprudence fédérale précitée relative à la compensation dans la procédure de mainlevée définitive. A cela s'ajoute que, dans tous les cas, l'accord des poursuivants de compenser n'avait pas été arrêté en fait par le premier juge. Cet accord est pourtant une condition supplémentaire à l'existence de la créance compensante posée à l'<ref-law>. Or, l'autorité cantonale ne pouvait juger arbitraire cette omission sur la base des pièces produites par le poursuivi, ce qu'elle n'a au demeurant même pas examiné: le relevé général du 17 janvier 2019 est une simple pièce comptable, qui fait état des actifs et des passifs de tous les comptes concernant le contribuable, de plus dressée à la demande de celui-ci. En aucun cas, sous prétexte que le résultat comptable fait apparaître une créance en faveur du contribuable, on ne peut déduire de cette pièce que l'Etat exprimait son accord à la compensation, ce d'autant plus qu'une décision dans le sens contraire avait été rendue, dont le poursuivi ne prétend pas avoir obtenu la révocation. Enfin, le reproche de l'autorité cantonale selon lequel les recourants ne se seraient jamais exprimés sur la compensation ne porte pas: ils se sont en effet positionnés dans leurs requêtes de mainlevée, en produisant la décision de refus de compenser.
Il suit de là que les griefs des recourants doivent être admis.
5.
En définitive, le recours est admis. La décision attaquée est réformée en ce sens que les recours contre les décisions du Président du Tribunal civil de l'arrondissement de la Sarine du 16 avril 2019 sont rejetés. L'intimé, qui succombe, supportera les frais judiciaires (<ref-law>). Aucuns dépens ne sont dus aux recourants qui ont agi par le biais d'un service cantonal (<ref-law>). La cause est renvoyée à l'autorité cantonale pour qu'elle statue à nouveau sur les frais et dépens de la procédure cantonale (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est admis et la décision attaquée est réformée en ce sens que les recours contre les décisions du Président du Tribunal civil de l'arrondissement de la Sarine du 16 avril 2019 sont rejetés.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 fr., sont mis à la charge de l'intimé.
3.
La cause est renvoyée à l'autorité cantonale pour nouvelle décision sur les frais et dépens de la procédure cantonale.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et au Tribunal cantonal de l'Etat de Fribourg, IIe Cour d'appel civil.
Lausanne, le 27 avril 2020
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Herrmann
La Greffière : Achtari