Faits :
A.
Le 19 août 2016, le Département de l'aménagement, du logement et de l'énergie de la République et canton de Genève (ci-après: le département) a délivré à Pharmacie B._ SA (ci-après: Pharmacie B._) l'autorisation de construire relative à l'aménagement d'une pharmacie dans les locaux existants, au rez-de-chaussée et au premier étage de l'immeuble situé sur la parcelle no 5'945 de la commune de Genève-Cité, propriété de C._ SA (ci-après: C._).
Pharmacie A._ (ci-après: Pharmacie A._), dont l'une des officines est située à moins de dix mètres de l'arcade que Pharmacie B._ prévoit d'aménager, a interjeté un recours auprès du Tribunal administratif de première instance genevois (ci-après: TAPI) contre la décision du département. Par courriers des 10 et 29 mars 2017, Pharmacie A._ a sollicité une inspection des locaux dans lesquels Pharmacie B._ entendait s'installer, ainsi que l'audition du fonctionnaire de la Ville en charge du préavis et d'un représentant de l'ancienne bailleresse de Pharmacie B._.
Par jugement du 11 mai 2017, le TAPI a rejeté le recours formé par Pharmacie A._.
B.
Celle-ci a recouru auprès de la Chambre administrative de la Cour de justice du canton de Genève (ci-après: la Chambre administrative). Elle a en outre déposé une requête de mesures " superprovisionnelles " et provisionnelles tendant à l'arrêt immédiat des travaux en cours sur la parcelle no 5'945. Dans ce cadre, le 4 juillet 2017, le juge délégué de la Chambre administrative a procédé à une inspection locale en présence des parties.
Par arrêt du 19 décembre 2017, la Chambre administrative a rejeté le recours. Elle a notamment retenu que les auditions demandées ne s'avéraient pas utiles, car, d'une part, le dossier contenait des plans des locaux et différents préavis permettant de se rendre compte de la situation géographique, et, d'autre part, l'audition d'un représentant de l'ancienne bailleresse de Pharmacie B._ n'avait pas de lien direct avec la présente affaire. En outre, la Chambre administrative a confirmé que l'art. 9 du règlement relatif aux plans d'utilisation du sol de la Ville de Genève (RPUS) n'avait pas été violé.
C.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public, Pharmacie A._ demande au Tribunal fédéral d'annuler cet arrêt ainsi que l'autorisation de construire. Subsidiairement, elle requiert que celle-ci soit modifiée en ce sens que l'activité déployée par Pharmacie B._ soit limitée à la vente et à la prescription de produits cosmétiques. Elle sollicite également l'effet suspensif, ce qui a été refusé par ordonnance du 7 mars 2018.
La Chambre administrative persiste dans les considérants et le dispositif de son arrêt. Pharmacie B._, le département et C._ concluent au rejet du recours. Les parties ont renoncé à déposer des écritures ultérieures.

Considérant en droit :
1.
Le recours est dirigé contre une décision finale (<ref-law>), rendue en dernière instance cantonale (art. 86 al. 1 let. d LTF) dans une cause de droit public (<ref-law>) ne tombant pas sous le coup de l'une des exceptions prévues à l'<ref-law>. Il a été déposé en temps utile (<ref-law>). Au vu de la proximité quasiment immédiate entre l'officine de la recourante et la construction litigieuse, il y a lieu d'admettre sa qualité pour recourir (<ref-ruling> consid. 2.1 p. 52), laquelle n'a d'ailleurs pas été contestée. Partant, il y a lieu d'entrer en matière.
2.
Sur le plan formel, la recourante soutient que la Chambre administrative aurait violé son droit d'être entendue (art. 29 al. 2 Cst.) à deux égards. En premier lieu, elle lui reproche de ne pas avoir procédé à une inspection locale dans des circonstances adéquates. Elle reconnaît qu'une telle mesure a certes eu lieu dans le cadre de la procédure incidente sur mesures superprovisionnelles et provisionnelles, mais elle a été effectuée par le seul juge délégué et non par la cour dans sa composition complète. La recourante précise qu'une vision locale aurait permis de constater la redondance des activités déployées au centre-ville dans un périmètre très restreint, ainsi que de se rendre compte du type de vitrage employé. En deuxième lieu, la recourante critique le fait qu'il n'ait pas été donné suite à sa réquisition tendant à l'audition d'un fonctionnaire de la Ville de Genève, ainsi qu'à celle d'un représentant de l'ancienne bailleresse de Pharmacie B._. Elle considère que cela permettrait d'éclaircir les raisons pour lesquelles la Ville a rendu un préavis favorable, à condition que les vitrines soient traitées afin d'en garantir la transparence, alors même que l'art. 9 du règlement relatif à son plan d'utilisation du sol (RPUS - LC 21211) serait violé.
2.1. Tel qu'il est garanti par l'art. 29 al. 2 Cst., le droit d'être entendu comprend en particulier le droit pour le justiciable de participer à l'administration des preuves (<ref-ruling> consid. 2.3 p. 222). Cette garantie constitutionnelle n'empêche pas l'autorité de mettre un terme à l'instruction lorsque les preuves administrées lui ont permis de former sa conviction et que, procédant d'une manière non arbitraire à une appréciation anticipée des preuves qui lui sont encore proposées, elle a la certitude qu'elles ne pourraient l'amener à modifier son opinion. Le droit d'être entendu ne peut être exercé que sur les éléments qui sont déterminants pour décider de l'issue du litige. Il est ainsi possible de renoncer à l'administration de certaines preuves offertes, lorsque le fait dont les parties veulent rapporter l'authenticité n'est pas important pour la solution du cas, lorsque les preuves résultent déjà de constatations versées au dossier ou lorsque le juge parvient à la conclusion qu'elles ne sont pas décisives pour la solution du litige ou qu'elles ne pourraient l'amener à modifier son opinion. Ce refus d'instruire ne viole le droit d'être entendu des parties que si l'appréciation anticipée de la pertinence du moyen de preuve offert, à laquelle le juge a ainsi procédé, est entachée d'arbitraire (<ref-ruling> consid. 6.3.1 p. 299).
La violation du droit constitutionnel d'être entendu (art. 29 al. 2 Cst.) est examinée librement par le Tribunal fédéral, pour autant que le grief soit motivé conformément aux exigences découlant de l'<ref-law>, à savoir expressément soulevé et exposé de manière claire et circonstanciée (<ref-ruling> consid. 1.2.2 p. 266).
2.2. En l'espèce, la recourante n'explique pas en quoi l'inspection locale ou les auditions sollicitées seraient susceptibles de démontrer des faits pouvant influencer l'issue du litige.
2.2.1. L'affectation et la situation des deux commerces sont des éléments de fait incontestés qui ressortaient également des plans des locaux dont disposait l'autorité précédente. Il n'y avait dès lors pas besoin de procéder à une inspection locale pour se rendre compte de la situation géographique. Une vision sur place a néanmoins eu lieu dans le cadre de la procédure incidente sur mesures superprovisionnelles et provisionnelles en présence du juge délégué et non de la composition complète de la cour. La recourante semble s'en plaindre, mais elle n'indique pas en quoi ce mode de faire serait contraire au droit (<ref-law>). Elle ne remplit dès lors pas les exigences de motivation accrues en la matière, de sorte que ce grief doit être déclaré irrecevable.
2.2.2. Concernant le refus de procéder aux deux auditions requises, la recourante n'en évoque succinctement en définitive qu'une seule, à savoir celle du fonctionnaire de la Ville de Genève. La nécessité de procéder à une telle audition n'est pas claire. Elle porte sur une question de droit que l'instance cantonale peut examiner librement. Au demeurant, le préavis ne contient pas de contradiction, l'autorité cantonale n'ayant pas considéré que le projet contrevenait au RPUS. Ce grief est donc rejeté. Quant à l'audition d'un représentant de l'ancienne bailleresse de Pharmacie B._, la recourante n'explique pas en quoi une telle audition serait utile, ni dans quelle mesure son droit d'être entendue aurait été violé à cet égard (<ref-law>), de sorte que ce grief est irrecevable. Les griefs d'ordre formel sont dès lors écartés.
3.
Sur le fond, la recourante soutient que l'instance précédente aurait appliqué les art. 61 de la loi sur la procédure administrative genevoise (LPA/GE - E 5 10) et 9 RPUS de manière arbitraire. Selon elle, l'autorité cantonale aurait tenu un raisonnement insoutenable et choquant en retenant que la question de l'affectation des locaux aurait dû être soulevée dans le cadre des autorisations de construire précédentes puisque c'étaient celles-ci qui autorisaient le principe de la " rénovation de l'enveloppe d'un bâtiment administratif et la transformation des espaces intérieurs de bureaux et de commerces ". La recourante ne critique pas l'affectation commerciale des locaux mais l'aménagement de ceux-ci en tant que pharmacie, car cela violerait l'obligation de diversité et d'équilibre prévue par le RPUS.
3.1. Sous réserve des cas visés à l'art. 95 let. c à e LTF, la violation du droit cantonal en tant que tel ne peut être invoquée devant le Tribunal fédéral. Il est néanmoins possible de faire valoir que son application consacre une violation du droit fédéral, comme la protection contre l'arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. ou la garantie d'autres droits constitutionnels (<ref-ruling> consid. 6.2 p. 239). Appelé à revoir l'application d'une norme cantonale sous l'angle de l'arbitraire, le Tribunal fédéral ne s'écarte de la solution retenue que si celle-ci apparaît insoutenable ou en contradiction manifeste avec la situation effective. Lorsque l'interprétation défendue par l'autorité cantonale ne se révèle pas déraisonnable ou manifestement contraire au sens et au but de la disposition ou de la législation en cause, elle est confirmée, même si une autre solution paraît également concevable, voire préférable (<ref-ruling> consid. 2.2 p. 72). En outre, il ne suffit pas que les motifs de la décision critiquée soient insoutenables, encore faut-il que cette dernière soit arbitraire dans son résultat (<ref-ruling> consid. 6.1 p. 324).
3.2. L'art. 9 al. 1 RPUS prévoit qu'afin de développer l'animation et l'attractivité des quartiers concernés, en maintenant et en favorisant l'implantation des activités de manière harmonieuse, diversifiée et équilibrée, les surfaces au rez-de-chaussée des bâtiments doivent, pour la nette majorité de chaque surface, être destinées ou rester destinées à des activités accessibles au public, lorsqu'elles donnent sur des lieux de passage ouverts au public.
3.3. L'arrêt attaqué retient que la pharmacie est une activité ouverte et accessible au public au sens de l'art. 9 RPUS, qu'il ne ressortait pas du dossier que l'activité qu'entend y déployer l'intimée modifierait l'affectation des locaux, lesquels étaient dévolus à des activités administratives et commerciales, de sorte que l'usage qu'elle entend en faire serait conforme au règlement.
La formulation de l'art. 9 RPUS laisse une large place à l'appréciation. Comme l'a relevé l'instance précédente, le but d'intérêt public poursuivi par l'art. 9 al. 1 RPUS réside dans l'interdiction d'affecter à des bureaux fermés au public les surfaces au rez-de-chaussée donnant sur des lieux de passage ouverts au public, afin de lutter contre les " vitrines mortes ", en particulier dans les zones fréquentées et animées (arrêt 1C_317/2009 du 15 janvier 2010 consid. 8.2). L'objectif principal de cette disposition est donc d'avoir des commerces ouverts au public afin que le quartier soit animé, ce qui est le cas en l'espèce. L'art. 9 RPUS n'interdit en revanche aucune affectation spécifique et n'a pas pour but d'interférer dans la concurrence entre les acteurs économiques du quartier. Certes, l'esprit de cette disposition tend à garantir une certaine diversité des commerces, mais la portée de cette norme ne va pas jusqu'à exiger une variété des commerces dans un périmètre restreint. La recourante se prévaut de cet élément de manière purement appellatoire.
Vu ce qui précède, il est sans pertinence de savoir dans quelle procédure (autorisation de construire relative à la rénovation du bâtiment ou la présente procédure relative aux aménagements intérieurs) elle aurait pu se prévaloir d'une violation du règlement en raison de l'activité de pharmacie.
Pour conclure, la solution retenue par l'autorité cantonale n'est pas en violation manifeste de l'art. 9 RPUS et ne conduit pas à un résultat arbitraire. Le grief est dès lors mal fondé.
4.
Les considérants qui précèdent conduisent au rejet du recours, dans la mesure de sa recevabilité. Succombant, la recourante doit supporter les frais de la procédure (<ref-law>), ainsi que les indemnités de dépens allouées à chacune des intimées (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 3'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3.
La recourante versera à chaque intimée une indemnité de 2'500 fr. à titre de dépens.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux mandataires des parties, au Département de l'aménagement, du logement et de l'énergie, et à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre administrative, 3ème section.
Lausanne, le 19 avril 2018
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Merkli
La Greffière : Sidi-Ali