Sachverhalt:
A.
Am 6. Juli 2012 bewilligte der Regierungsrat Luzern das Wasserbauprojekt Hochwasserschutz und Renaturierung Kleine Emme, Abschnitt Mündung Reuss bis Fontanne. Die Ausführung soll in Etappen erfolgen.
Am 28. Oktober 2014 erliess der Regierungsrat einen ersten Kostenaufteilungsbeschluss. Mit Dekret vom 27. Januar 2015 bewilligte der Kantonsrat den Sonderkredit für den Hochwasserschutz an der Kleinen Emme, Los 2, Abschnitt Stägmättli, 1. Etappe, GEWISS km 7.015-8.270, Gemeinde Malters. Die Referendumsfrist lief ungenutzt ab.
B.
Weil der Kostenteiler vom 28. Oktober 2014 ohne die gesetzlich vorgeschriebene vorgängige Anhörung der Gemeinde und der Wuhrgenossenschaften verfügt worden war, erliess der Regierungsrat am 28. August 2018 einen neuen Kostenaufteilungsentscheid. Danach trägt von den auf 9.35 Mio. Franken veranschlagten Gesamtkosten der Kanton einen Kostenanteil von Fr. 2.805 Mio. (30 %) und die Gemeinde Malters Fr. 2'337'500.-- (25 %). Die Wuhrgenossenschaften (Zwing Blatten und Dorfzwinggenossenschaft Malters) haben keine Kosten zu tragen. Der vom Bundesamt für Umwelt (BAFU) in Aussicht gestellte Bundesbeitrag beträgt 45 %. Ein Kostenanteil für (private) Interessierte wurde nicht ausgeschieden.
Der Entscheid enthält keine Rechtsmittelbelehrung. In Erw. 8 wird festgehalten, dass die Verwaltungsgerichtsbeschwerde gemäss § 20 Abs. 6 des Luzerner Wasserbaugesetzes vom 30. Januar 1979 (WBG; SRL 760) ausgeschlossen sei; sollte jedoch die Rechtsweggarantie Anwendung finden, könne der Entscheid mit Verwaltungsgerichtsbeschwerde beim Kantonsgericht angefochten werden.
C.
Am 28. September 2018 hat die Gemeinde Malters Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten bzw. subsidiäre Verfassungsbeschwerde gegen den Kostenteilungsentscheid an das Bundesgericht erhoben. Sie beantragt, der angefochtene Entscheid sei aufzuheben und die Sache im Sinne der Erwägungen an den Regierungsrat zurückzuweisen.
D.
Das Bau-, Umwelt- und Wirtschaftsdepartement beantragt namens des Regierungsrats, die Beschwerde sei abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei.
In ihrer Replik vom 27. Februar 2019 hält die Gemeinde Malters an ihren Anträgen fest.
E.
Mit Verfügung vom 25. Oktober 2018 wurde der Beschwerde die aufschiebende Wirkung erteilt.

Erwägungen:
1.
Das Bundesgericht prüft seine Zuständigkeit und die (weiteren) Eintretensvoraussetzungen von Amtes wegen und mit freier Kognition (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1 S. 44 mit Hinweisen).
2.
Nach <ref-law> ist die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht gegen kantonale Hoheitsakte (von hier nicht interessierenden Sonderfällen abgesehen) nur zulässig gegen Entscheide letzter kantonaler Instanzen (<ref-law>). Dafür müssen die Kantone als unmittelbare Vorinstanzen des Bundesgerichts obere Gerichte einsetzen (Abs. 2), soweit nicht nach einem anderen Bundesgesetz Entscheide anderer richterlicher Behörden der Beschwerde an das Bundesgericht unterliegen (<ref-law>). Für Entscheide mit vorwiegend politischem Charakter können die Kantone anstelle eines Gerichts eine andere Behörde als unmittelbare Vorinstanz des Bundesgerichts einsetzen (Abs. 3). Diese Bestimmung gilt gemäss <ref-law> auch für die subsidiäre Verfassungsbeschwerde.
2.1. In Übereinstimmung mit den Materialien legen Lehre und Rechtsprechung die in <ref-law> enthaltene Ausnahme vom kantonalen Gerichtszugang restriktiv aus (<ref-ruling> E. 1.2 S. 439; <ref-ruling> E. 1.5.2 - 1.5.4 S. 45 f. mit weiteren Hinweisen). Der politische Charakter eines Entscheids muss offensichtlich sein und allfällige rechtlich schutzwürdige Interessen als nebensächlich erscheinen lassen (<ref-ruling> E. 4.4.1 S. 180; <ref-ruling> E. 1.5.4 S. 46; je mit Hinweisen). Als Beispiel werden Regierungsakte genannt, bei denen sich vorwiegend politische Fragen stellen, die einer richterlichen Überprüfung nicht zugänglich und damit nicht justiziabel sind (Botschaft des Bundesrats über eine neue Bundesverfassung vom 20. November 1996, BBl 1997 I 524; Esther Tophinke, in Basler Kommentar zum Bundesgerichtsgesetz, 3. Aufl., N. 21 zu Art. 86).
Die Zuständigkeit einer obersten politischen Behörde oder die Einräumung von Ermessen bei der Entscheidfindung sind mögliche Indizien für den politischen Charakter, rechtfertigen aber für sich allein noch keine Ausnahme (Urteil 8C_103/2010 vom 19. August 2010 E. 1.3 betr. Kostenauflage in einem kantonalen Aufsichtsbeschwerdeverfahren; 8C_353/2013 vom 28. August 2013 E. 6.2 in ZBl 115/2014 S. 674). Analoges gilt für Streitfälle im Zusammenhang mit Autonomiespielräumen anderer Gemeinwesen oder Körperschaften (Urteil 1C_479/2018 vom 31. Januar 2019 E. 3.2).
Nicht als Entscheide mit vorwiegend politischem Charakter betrachtete die Rechtsprechung jährliche interkommunale Finanzausgleichsleistungen, die gemäss gesetzlichen Vorgaben berechnet und vom Departement zugesprochen werden (Urteil 2C_761/2012 vom 12. April 2013 E. 3 und 4, ZBl 114/2013 S. 683; RDAF 2014 I S. 338), die Erteilung von Wasserkraftkonzessionen, wenn diese nicht nur den Verleihungsakt umfasst, sondern auch die Rechte und Pflichten des Konzessionärs regelt (<ref-ruling> E. 1.3 S. 439), die Nichtwiederwahl von Mitgliedern der Verwaltungskommission der Sozialversicherungsanstalt, wenn die Rekrutierung nicht anhand politischer Kriterien, sondern aufgrund von Fachkenntnissen erfolgt (Urteil 8C_353/2013 vom 28. August 2013 E. 6.3, in ZBl 115/2014 S. 674) oder den Entscheid über die Befreiung einer gemeinnützigen Stiftung von der Registrierungs- und Erbschaftssteuer (BGE <ref-ruling> E. 1.6 S. 46 f.).
Als zulässig erachtet wurde dagegen der Ausschluss einer kantonalen gerichtlichen Beurteilung für den Beschluss des Zürcher Kantonsrats über die Richtplanfestsetzung (<ref-ruling> E. 1.1 S. 267), bei der aus staatspolitischen Gründen verlangten Ermächtigung zur Einleitung einer Strafuntersuchung gegen Magistratspersonen (<ref-ruling> E. 1 S. 116), für einen Regierungsratsbeschluss zur zwangsweisen Bildung eines Schulkreises aus Gründen einer "vernünftigen Schulplanung" (Urteil 2C_885/2011 vom 16. Juli 2012 E. 2.2, JdT 2012 I 135), die Ausübung der parlamentarischen Oberaufsicht über die Verwaltung (<ref-ruling> E. 4.4 und 4.5 S. 180 f.) und in Bezug auf einen dem fakultativen Referendum unterliegenden Entscheid des Tessiner Grossen Rats über die Zusammenlegung von Gemeinden (Urteil 1C_459/2011 vom 4. September 2013 E. 4, in: TtiD 2014 I S. 87).
3.
Im vorliegenden Fall geht es um einen Kostenteilungsentscheid für ein Wasserbauprojekt.
3.1. Gemäss § 20 WBG/LU teilt die Projektbewilligungsbehörde die Kosten des Wasserbaus unter dem Staat, den Gemeinden und den Interessierten oder Wuhrgenossenschaften auf. Die Gemeinden und die Wuhrgenossenschaften sind vorher anzuhören (Abs. 1). Die Überbindung von Kosten auf die Gemeinden richtet sich nach dem Nutzen und der Wirksamkeit des Vorhabens, jene auf die Interessierten nach ihrer Interessenlage (Abs. 2). Bringt der Wasserbau ausschliesslich oder vorwiegend den Anstössern und einem beschränkten Kreis von weiteren Interessierten Vorteile, insbesondere an kleineren Gewässern und Seen, kann die Projektbewilligungsbehörde davon absehen, Staats- und Gemeindebeiträge festzusetzen (Abs. 3). Dient der Wasserbau ausschliesslich oder vorwiegend den Interessen des Natur- und Landschaftsschutzes, können die Kosten von der Projektbewilligungsbehörde nur unter dem Staat und den Gemeinden aufgeteilt werden, nach vorheriger Anhörung der Gemeinden (Abs. 4). Die Beiträge der Interessierten an die Kosten des Wasserbaus sind von der Gemeinde bzw. den Wuhrgenossenschaften zu erheben und dem Kanton abzuliefern (§ 21 WBG/LU); deren Erhebung erfolgt im Perimeterverfahren gemäss §§ 109-112 des Luzerner Planungs- und Baugesetzes vom 7. März 1989 (PBG/LU; SRL Nr. 735).
3.2. Vorliegend war Plangenehmigungsbehörde der Regierungsrat, d.h. eine oberste politische Behörde. Diese verfügt bei der Festlegung der Kostenanteile über einen grossen Ermessensspielraum. Das Ermessen ist allerdings nicht nach politischen Kriterien auszuüben; massgeblich sind gemäss § 20 Abs. 2 WBG/LU vielmehr der Nutzen und die Wirksamkeit des Vorhabens für die Gemeinden und die Interessenlage der (privaten) Interessierten. Näher umschrieben sind (in Abs. 3 und 4) vor allem die Fälle, in denen auf eine Beteiligung von Interessierten bzw. von Gemeinden verzichtet werden darf. Die Gerichte können die Beachtung der rechtlichen Grenzen der Ermessensausübung und die Einhaltung der Verfahrensgarantien überprüfen (TOPHINKE, a.a.O., N. 21), zu denen insbesondere die in § 20 Abs. 1 und 4 WBG/LU ausdrücklich vorgesehene vorgängige Anhörung der Gemeinden gehört.
Ist die Justiziabilität des Entscheids somit zu bejahen, erweist sich der Ausschluss der Verwaltungsgerichtsbeschwerde in § 20 Abs. 6 WBG/LU als bundesrechtswidrig.
4.
Zusammengefasst kann der angefochtene Entscheid nicht unmittelbar vor Bundesgericht angefochten werden, sondern muss erst von einem oberen kantonalen Gericht überprüft werden (Art. 86 Abs. 2 und 3 BGG). Hierfür kommt einzig das Kantonsgericht Luzern in Frage (§ 148 Abs. 1 lit. b des Luzerner Verwaltungsrechtspflegegesetzes vom 3. Juli 1972 [VRG/LU; SRL 40]). Auf die Beschwerde ist daher nicht einzutreten und die Sache zuständigkeitshalber an das Kantonsgericht Luzern zu überweisen (<ref-law>).
Es sind keine Kosten zu erheben (<ref-law>) und keine Parteientschädigungen zuzusprechen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten. Die Streitsache wird dem Kantonsgericht Luzern zum Entscheid überwiesen.
2.
Es werden keine Kosten erhoben und keine Parteientschädigungen zugesprochen.
3.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Kantonsgericht Luzern schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 17. April 2019
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Chaix
Die Gerichtsschreiberin: Gerber