Sachverhalt:
A.
Am 25. September 2012/13. März 2013 genehmigte der Regierungsrat des Kantons Uri das Schutz- und Nutzungskonzept Erneuerbare Energien im Kanton Uri (SNEE). Das Konzept bestimmt unter anderem bei der Wasserkraftnutzung, welche Gewässer künftig grundsätzlich nutzbar sind, und legt davon ausgeschlossene Schutzzonen oder -landschaften fest. Nicht aufgeführte Gewässer dürfen, mit Ausnahme von Kleinstwasserkraftwerken und ähnlichen Anlagen, künftig nicht mehr genutzt werden.
Mit Publikation im Amtsblatt Nr. 8 vom 26. Februar 2016 legte der Regierungsrat das Reglement über den Schutz der Gewässer im Gebiet Uri Nord zwischen dem Urnersee und Erstfeld öffentlich auf. Dagegen erhob A._ Einsprache mit dem Antrag, das Reglement nicht zu erlassen. Hintergrund der Einsprache ist ein seit Januar 2010 hängiges Konzessionsgesuch von A._ für ein Kleinwasserkraftwerk, mit dem der Balmerbach, der Niemerstafelbach und die beiden Bäche zwischen Vorderen und Hinteren Rustigen genutzt werden sollen. Diese vier Bäche sollen nunmehr jedoch nach Art. 2 Abs. 1 des Reglements als Objekt Nr. 3 unter Schutz gestellt werden. Mit Beschluss vom 23. August 2016 wies der Regierungsrat die Einsprache ab, soweit er darauf eintrat.
Dagegen erhob A._ Verwaltungsgerichtsbeschwerde beim Obergericht des Kantons Uri. Dieses beurteilte das angefochtene Reglement mit Entscheid vom 24. November 2017 als Erlass, trat deswegen auf die Beschwerde nicht ein und überwies die Sache zuständigkeitshalber dem Bundesgericht. Der Entscheid blieb unangefochten. Mit Urteil 1C_652/2017 vom 20. August 2018 trat das Bundesgericht seinerseits auf die ihm überwiesene Beschwerde nicht ein und wies die Streitsache zur weiteren Behandlung zurück an das Obergericht. Im Wesentlichen begründete es das damit, die Rechtsnatur des angefochtenen Akts sei zwar auf den ersten Blick nicht eindeutig; es handle sich beim Reglement aber um eine anfechtbare Allgemeinverfügung mit generell-konkretem Inhalt und nicht um einen Erlass, weshalb das Obergericht für die dagegen erhobene Beschwerde zuständig gewesen wäre und nicht ein beim Bundesgericht einzig anfechtbarer kantonal letztinstanzlicher Entscheid vorliege.
B.
Am 6. September 2018 nahm das Obergericht das Verfahren wieder auf. Mit Entscheid vom 9. November 2018 trat es auf die Verwaltungsgerichtsbeschwerde erneut nicht ein. Zur Begründung führte es im Wesentlichen aus, der Rechtsmittelweg sei nach der Rückweisung durch das Bundesgericht an sich wieder offen und es sei von einem anfechtbaren Hoheitsakt auszugehen; A._ sei durch das angefochtene Reglement jedoch nicht unmittelbar aktuell betroffen, weshalb er zur Beschwerdeerhebung nicht legitimiert sei. Mit Urteil 1C_642/2019 vom 10. April 2019 hiess das Bundesgericht eine dagegen von A._ erhobene Beschwerde gut, hob den Entscheid des Obergerichts vom 9. November 2018 auf und wies die Streitsache zur weiteren Behandlung an das Obergericht zurück. Dieses wies die bei ihm hängige Verwaltungsgerichtsbeschwerde am 25. Oktober 2019 ab.
C.
Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 22. November 2019 an das Bundesgericht beantragt A._, den Entscheid des Obergerichts vom 25. Oktober 2019 aufzuheben. Zur Begründung macht er im Wesentlichen geltend, der angefochtene Entscheid verletze seine Wirtschaftsfreiheit nach <ref-law>, indem ihm ein faires Konzessionsverfahren verunmöglicht werde, sowie das Legalitätsprinzip gemäss <ref-law>, weil das fragliche Reglement nicht auf einer ausreichenden gesetzlichen Grundlage beruhe.
Die Justizdirektion verzichtete für den Regierungsrat des Kantons Uri auf eine Stellungnahme. Das Obergericht führt in seiner Vernehmlassung an das Bundesgericht, ohne einen Antrag zu stellen, aus, das Reglement verfüge über eine genügende gesetzliche Grundlage und A._ gestehe ein, schon relativ bald nach Einreichung des Konzessionsgesuchs von der Erarbeitung des SNEE erfahren zu haben.

Erwägungen:
1.
1.1. Beim angefochtenen Entscheid handelt es sich um einen kantonal letztinstanzlichen Endentscheid, gegen den die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht grundsätzlich offen steht (<ref-law>).
1.2. Streitgegenstand bildet die Frage der Rechtmässigkeit des Reglements über den Schutz der Gewässer im Gebiet Uri Nord zwischen dem Urnersee und Erstfeld gemäss dem entsprechenden Einspracheentscheid des Regierungsrats des Kantons Uri vom 23. August 2016. Dabei ist nach dem Urteil des Bundesgerichts 1C_652/2017 vom 20. August 2018 davon auszugehen, dass es sich beim Reglement um eine Allgemeinverfügung handelt, und gemäss dem Urteil des Bundesgerichts 1C_642/2018 vom 10. April 2019 ist verbindlich entschieden, dass der Beschwerdeführer im kantonalen Verfahren beschwerdelegitimiert war.
1.3. Der Beschwerdeführer war am vorinstanzlichen Verfahren beteiligt und ist vom angefochtenen Nichteintretensentscheid besonders berührt. Überdies hat er ein aktuelles schutzwürdiges Interesse an der Beschwerdeerhebung, weshalb er zur Beschwerde an das Bundesgericht berechtigt ist (vgl. <ref-law>).
1.4. In rechtlicher Hinsicht kann mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten insbesondere die Verletzung von Bundesrecht gerügt werden (<ref-law>). Die Auslegung und Anwendung von kantonalem Recht überprüft das Bundesgericht grundsätzlich nur auf Vereinbarkeit mit dem Bundesrecht, insbesondere mit dem Willkürverbot nach <ref-law>.
1.5. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>), prüft jedoch unter Berücksichtigung der allgemeinen Rüge- und Begründungspflicht (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG) nur die geltend gemachten Vorbringen, sofern rechtliche Mängel nicht geradezu offensichtlich sind (<ref-ruling> E. 1.5 S. 144). Soweit die Verletzung von Grundrechten gerügt wird, gelten besondere Begründungsanforderungen (vgl. <ref-law>; zum Ganzen <ref-ruling> E. 1.4 S. 176; <ref-ruling> E. 1.6 S. 130).
1.6. Der Beschwerdeführer erhebt keine Sachverhaltsrügen und anerkennt die tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz als korrekt, weshalb diese für das Bundesgericht verbindlich sind (vgl. Art. 97 und 105 BGG).
2.
2.1. Der Beschwerdeführer rügt, der angefochtene Entscheid verletze die Wirtschaftsfreiheit nach <ref-law>. Zwar stehe ihm aufgrund des Verfügungsrechts des Kantons über die öffentlichen Kantonsgewässer kein Anspruch auf Erteilung einer Konzession zur Nutzung eines Gewässers zu; er habe aber jedenfalls ein Recht auf die Durchführung eines fairen, willkürfreien und das Verhältnismässigkeitsprinzip respektierenden Konzessionsverfahrens.
2.2. Im vorliegenden Verfahren ist noch nicht ein Konzessionsgesuch bzw. das damit verbundene Verfahren zu beurteilen, sondern lediglich die Rechtmässigkeit des strittigen Schutzreglements, das in der Form einer Allgemeinverfügung erging. Der Beschwerdeführer betreibt schon heute ein Wasserkraftwerk im erfassten Gebiet. Selbst wenn ihm die bisher konzessionierte Nutzung im Sinne einer Besitzstandsgarantie weiterhin erlaubt bleiben sollte, schränkt das neue Reglement die bis anhin grundsätzlich zulässigen Nutzungsmöglichkeiten ein (vgl. das Urteil des Bundesgericht 1C_642/2018 vom 10. April 2019 E. 3.4), was insoweit grundsätzlich Gegenstand des vorliegenden Verfahrens bildet. Inwiefern mit Blick auf diese bereits bestehende Gewässernutzung das strittige Schutzreglement ein Konzessionsverfahren in unfairer bzw. willkürlicher Weise beeinträchtigen sollte, legt der Beschwerdeführer indessen nicht dar und ist auch nicht ersichtlich. Hingegen benötigt er für die geplante Erweiterung der Gewässernutzung durch ein weiteres Kraftwerk eine neue Konzession. Das entsprechende Konzessionsverfahren ist aber vom vorliegenden Prozess über die Rechtmässigkeit des Schutzreglements zu unterscheiden und zählt nicht zum hier zu beurteilenden Streitgegenstand. Ob der Entscheid über die angestrebte Konzession fair und willkürfrei bzw. unter Beachtung des Verhältnismässigkeitsprinzips erfolgt und ob es rechmässig ist, dem Beschwerdeführer die Konzession für die angestrebte Nutzungserweiterung zu verweigern, ist im entsprechenden Verfahren zu prüfen.
3.
3.1. Der Beschwerdeführer rügt, das strittige Reglement beruhe nicht auf einer ausreichenden gesetzlichen Grundlage. Dazu beruft er sich einzig auf das Legalitätsprinzip gemäss <ref-law>. Der Beschwerdeführer macht geltend, das allgemeine rechtsstaatliche Legalitätsprinzip selbständig anrufen zu können, und führt im Wesentlichen aus, das strittige Schutzreglement müsse sich primär auf das kantonale Gewässernutzungsgesetz und nicht auf das kantonale Gesetz über den Natur- und Heimatschutz stützen. So oder so enthielten beide Rechtserlasse keine ausreichende Rechtsgrundlage.
3.2. Gemäss der auch vom Beschwerdeführer zitierten Rechtsprechung überprüft das Bundesgericht kantonale Entscheide, die auf kantonalem Recht beruhen, ausserhalb von Grundrechtseingriffen wegen Verletzung der rechtsstaatlichen Verfassungsprinzipien gemäss <ref-law> nur auf Vereinbarkeit mit dem Willkürverbot (vgl. <ref-ruling> E. 4 S. 156 ff.; <ref-ruling> E. 5.8.2 S. 199 f.). Was der Beschwerdeführer darüber hinausreichend aus der von ihm angegebenen Kommentarstelle (MARKUS SCHOTT, in: Niggli et al. [Hrsg.], Bundesgerichtsgesetz, Basler Kommentar, 3. Aufl. 2018, Art. 95, N. 47 ff.) ableiten will, ist nicht nachvollziehbar und entspricht nicht der Rechtsprechung.
3.3. Gemäss der ständigen Praxis des Bundesgerichts ist ein Entscheid willkürlich, wenn er offensichtlich unhaltbar ist, mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht, eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz krass verletzt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft. Das Bundesgericht hebt einen Entscheid jedoch nur auf, wenn nicht bloss die Begründung, sondern auch das Ergebnis unhaltbar ist; dass eine andere Lösung ebenfalls als vertretbar oder gar zutreffender erscheint, genügt nicht (<ref-ruling> E. 7.3 S. 174 f. mit Hinweisen; <ref-ruling> E. 2.1 S. 18 f.; 167 E. 2.1 S. 168; <ref-ruling> E. 2.4 S. 5; <ref-ruling> E. 4.1 S. 133; je mit Hinweisen).
3.4. Wie dem Ingress des strittigen Reglements zu entnehmen ist, stützt sich dieses sowohl auf Art. 10 Abs. 1 des Urner Gesetzes vom 18. Oktober 1987 über den Natur- und Heimatschutz (KNHG; RB 10.5101) als auch auf Art. 13 des Gewässernutzungsgesetzes des Kantons Uri vom 16. Februar 1992 (GNG; RB 40.4101). Der Beschwerdeführer sieht in Art. 10 KNHG keine Grundlage für das strittige Schutzreglement und erachtet auch Art. 13 GNG als ungenügend. Nach Abs. 1 dieser Bestimmung strebt der Kanton ein Gesamtkonzept über die Nutzung der Gewässer an und führt ein Verzeichnis über die erteilten Konzessionen und Bewilligungen. Art. 11 Abs. 1 GNG untersagt jede Gewässernutzung, die überwiegende öffentliche Interessen verletzt, unter anderem namentlich die Umwelt in unverhältnismässiger Weise beeinträchtigt oder die zweckmässige Nutzung der Gewässer vereitelt oder gefährdet. Art. 1 Abs. 2 GNG behält die besonderen Vorschriften wie insbesondere diejenigen über den Natur- und Heimatschutz ausdrücklich vor. Gemäss Art. 10 Abs. 1 KNHG erlässt der Regierungsrat Schutzmassnahmen für Schutzobjekte von nationaler und regionaler Bedeutung. Voraussetzungen, Inhalt, Verfahren und Weiteres zu den Schutzmassnahmen sind in den Art. 4 ff. KNHG geregelt.
3.5. Eine Allgemeinverfügung, wie sie hier zu beurteilen ist, ergeht grundsätzlich wie eine individuell-konkrete Verfügung unmittelbar gestützt auf entsprechende gesetzliche Bestimmungen. Besondere Verfahrensabläufe ergeben sich abgesehen von solchen gestützt auf die allgemeinen verfassungsrechtlichen Anforderungen wie der Gewährung des Anspruchs auf rechtliches Gehör (<ref-law>) nur auf spezifische Anordnung in Verfassung oder Gesetz hin, wie das etwa für die Einrichtung einer Einsprachemöglichkeit zutreffen kann. Im vorliegenden Zusammenhang ist es insbesondere nicht nötig, dass das Gesetz ausdrücklich die Möglichkeit vorsieht, Massnahmen in Form eines Schutzreglements zu treffen. Art. 10 Abs. 1 KNHG enthält die allgemeine Kompetenz des Regierungsrats zum Erlass von Schutzmassnahmen. Welche Form angewendet wird, schreibt das Gesetz nicht vor, schliesst Allgemeinverfügungen aber auch nicht aus. Es ist nicht unhaltbar, solche als zulässig zu beurteilen, solange die gesetzliche Zuständigkeit nicht überschritten wird und die übrigen gesetzlichen Modalitäten eingehalten werden. Das strittige Schutzreglement bezweckt die Erhaltung der darin aufgelisteten Gewässer aufgrund ihres hohen landschaftlichen und ökologischen Wertes. Der Beschwerdeführer macht nicht geltend, dass die vorgesehenen Schutzmassnahmen der Sache nach nicht gerechtfertigt seien. Auch Art. 11 Abs. 1 GNG behält im Übrigen die Verfolgung verhältnismässiger Umweltanliegen für die Gewässernutzung vor. Es ist nicht ersichtlich, weshalb das zuständige Staatsorgan, hier der Regierungsrat, solche Interessen nicht mit einer hoheitlichen Allgemeinverfügung schützen können dürfte. Diese Vorgehensweise widerspricht weder krass dem Zweck der beiden einschlägigen Gesetze noch erscheint sie stossend. Die gesetzliche Kompetenz mit einem als Allgemeinverfügung ausgestalteten Schutzreglement wahrzunehmen, ist mithin nicht unverhältnismässig und stellt keine willkürliche Auslegung und Anwendung der beiden in Frage stehenden kantonalen Erlasse dar.
3.6. Der angefochtene Entscheid verletzt das Legalitätsprinzip nach <ref-law> nicht.
4.
Was der Beschwerdeführer im Übrigen geltend macht, wird nicht ausreichend als Bundesrechtsverletzung begründet, weshalb darauf nicht einzugehen ist (vgl. vorne E. 1.5). Insbesondere führt der Beschwerdeführer nicht substanziiert aus, weshalb für ihn nicht rechtzeitig absehbar gewesen wäre, dass die vier Bäche, die er für die Energiegewinnung nutzen möchte, unter Schutz gestellt würden bzw. welche bundesrechtlichen Auswirkungen mit einer solchen allenfalls mangelnden Vorhersehbarkeit mit Blick auf das angefochtene Schutzreglement verbunden wären.
5.
Die Beschwerde erweist sich als unbegründet und ist abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann.
Bei diesem Verfahrensausgang wird der unterliegende Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren kostenpflichtig (Art. 66 Abs. 1, Art. 65 BGG). Eine Parteientschädigung ist nicht zuzusprechen (vgl. <ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3.
Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, dem Regierungsrat des Kantons Uri und dem Obergericht des Kantons Uri, Verwaltungsrechtliche Abteilung, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 4. Mai 2020
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Chaix
Der Gerichtsschreiber: Uebersax