Faits :
A.
A.a. En juin 2008, A._ (ci-après: l'employé ou le demandeur) a été engagé par contrat oral en qualité de responsable de projets par X._ SA (ci-après: l'employeuse ou la défenderesse), société anonyme de droit suisse, dont le but est la conception, le développement, la fabrication et la commercialisation de dispositifs médicaux. Le groupe X1._, dont X._ SA est une filiale, comprend également un établissement de fabrication à V._ (France) et une filiale à W._ (Maroc). Durant son contrat avec X._ SA, A._ était domicilié à Genève.
A.b. L'employé était inscrit comme administrateur de X._ SA du 4 juin 2008 au 1er avril 2014. A son engagement en 2008, il était responsable de projets sur le site français de V._, puis, de janvier 2009 à novembre 2010, il a exercé la fonction de directeur de projet en vue de la création d'une filiale au Maroc et la mise en place d'une unité de production. La société X._ Maroc, dont A._ était le gérant avec signature individuelle, a été créée le 7 avril 2009. De novembre 2010 à février 2012, l'employé a été directeur des programmes R&D et directeur du site d'assemblage de W._ ainsi que directeur à titre intérimaire du site de production de V._. De mars 2012 à février 2014, il s'est exclusivement consacré à sa fonction de directeur du site d'assemblage de W._. Il percevait en qualité d'employé de X._ SA un salaire mensuel brut de 12'000 fr. et en qualité d'employé de X._ Maroc un salaire mensuel net de 2'300 MAD, soit environ 248 fr. (au taux de change du 1er mars 2012).
En septembre 2013, l'employé a entamé une formation en vue de l'obtention d'un " Master of business administration " (ci-après: " MBA "), diplôme qu'il a obtenu le 24 novembre 2016. Afin de suivre cette formation universitaire destinée aux cadres et responsables en emploi, l'employeuse lui a demandé d'être présent à W._ trois jours pleins par semaine, lui laissant le vendredi de libre pour lui permettre de travailler sur son MBA. Elle a entièrement payé cette formation, dont le coût total s'est élevé à 28'800 fr., en versant 15'900 fr. le 26 août 2013 et 12'900 fr. le 14 octobre 2014.
A.c. Selon plusieurs employés de X._ SA, un système de " primes " existait au sein de l'entreprise lorsque A._ y travaillait. Les montants étaient variables sans être liés aux résultats de l'entreprise et récompensaient l'année écoulée.
En sus de son salaire mensuel brut de 12'000 fr., l'employé a perçu les montants bruts suivants: 12'000 fr versés en juillet 2009 pour l'année 2008, 24'000 fr. versés en juillet 2010 pour l'année 2009, 28'000 fr. versés en juillet 2011 pour l'année 2010 et 28'000 fr. versés en août 2012 pour l'année 2011. Il ressort des documents intitulés " suivi de salaire " que ces montants ont été versés à titre de primes et des fiches de salaire qu'ils étaient soumis aux charges sociales. Le " suivi des salaires 2009 " mentionne en outre le versement d'une " gratification " de 2'000 fr.
Les parties sont en litige sur la qualification de ces montants - comme éléments du salaire ou comme gratification.
A.d. Par courriel du 20 août 2013, l'employé a demandé à B._, administrateur-président de l'employeuse avec signature individuelle, s'il avait fixé le montant de son bonus pour l'année écoulée. B._ lui a répondu le 24 août 2013 qu'il y aurait une prime, mais qu'il devait réaliser que tout n'était pas possible et que son " package " pour la durée de ses études était le financement de sa formation, un salaire " à la mode suisse " et des vacances à la mode française, sans compter les petits ajustements. Par courriel du 27 août 2013, l'employé a fait savoir à B._ qu'il ne comprenait pas si sa prime était finalement " minorée " et qu'elle devait être le " reflet de la récompense d'une année passée de travail très dur et avec un certain nombre de réussites ". Il a alors également précisé que l'impact du financement et du temps de la formation devaient " éventuellement se projeter sur l'éventuel bonus de l'année prochaine " (art. 105 al. 2 LTF). Le 27 septembre 2013, l'employé a relancé B._ au sujet de la prime, lequel lui a répondu par SMS " Oui merci de me le rappeler: 25000EUR? ".
A.e. L'employé a été licencié par courrier du 20 décembre 2013 avec effet au 31 décembre 2013. L'employeuse a précisé que, compte tenu du préavis de deux mois, l'employé serait libre de tout engagement à compter du 28 février 2014. L'employé a continué à gérer des questions administratives à tout le moins jusqu'au 21 janvier 2014. Par courrier du 23 janvier 2014, il a démissionné au 31 janvier 2014 de ses fonctions de gérant de X._ Maroc. Le 8 février 2014, il a proposé une convention à B._, qui mentionnait notamment:
" [...]
- Versement de la prime 2013 au montant identique au montant versé en 2012: 28'000 CHF.
- le montant de cette prime 2013 sera intégrée dans mes revenus 2013.
- Versement d'un BONUS de départ: 1 année de salaire (montant annuel 2013). "
Par courrier du 27 février 2014, l'employé, se prévalant du droit marocain, a formellement contesté son licenciement, le considérant comme injustifié.
L'employé a été en incapacité de travail à 100% du 13 février 2014 au 31 juillet 2014 et a touché des indemnités journalières.
Par courrier du 2 février 2015, l'employé a mis en demeure l'employeuse de lui verser, d'ici au 20 février 2015, le montant de 60'590 fr. 35, sous déduction des charges légales et conventionnelles, à titre de solde de vacances et de primes 2012 et 2013.
A.f. L'employé a introduit deux actions judiciaires à l'encontre de X._ Maroc, l'une devant le Tribunal de commerce de W._ tendant à obtenir " l'annulation de la décision de révocation de son mandat de gestion " et l'autre devant le Tribunal social de W._ tendant à obtenir une indemnisation au titre de rupture du contrat de travail. Il a été débouté de ces deux procédures le 17 juillet 2014 respectivement le 28 juillet 2015.
B.
B.a. Par demande du 18 août 2015 déposée devant le Tribunal civil de l'arrondissement de la Broye et du Nord vaudois, l'employé a conclu à ce que X._ SA soit condamnée à lui payer un montant de 81'866 fr. 70 (30'700 fr. qui auraient dû être versés en 2013 pour l'année 2012; 30'700 fr. qui auraient dû être versés en 2014 pour l'année 2013; 20'466 fr. 70 qui auraient dû être versés en 2015 pour l'année 2014), sous déduction des charges sociales applicables, avec intérêts à 5% l'an dès le 1er août 2013 et à ce qu'ordre soit donné à X._ SA de lui remettre un certificat de travail complet au sens de l'art. 330a CO, modifié selon précisions qui seraient fournies en cours d'instance, dans un délai à dire de justice. L'employé a par la suite augmenté ses conclusions à 82'648 fr. 50, sous déduction des charges sociales applicables sur 81'866 fr. 70, avec intérêts à 5% l'an dès le 1er août 2013.
Par réponse du 14 décembre 2015, la défenderesse a conclu au rejet de la demande et, reconventionnellement, à ce que le demandeur soit condamné à lui verser les sommes de 24'900 fr., 55'187.46 MAD et 50'000 EUR, avec intérêts à 5% dès le 15 janvier 2015.
Par jugement du 4 juillet 2017, le tribunal, admettant partiellement la demande, a condamné la défenderesse à payer au demandeur la somme de 46'666 fr. 65 brute - soit 28'000 fr. qui auraient dû être versés en 2013 pour l'année 2012, aucun versement en 2014 pour l'année 2013 vu le financement par de la formation du demandeur et 18'666 fr. 65 qui auraient dû être versés en 2015 pour l'année 2014, compte tenu du salaire versé jusqu'au 31 août 2014 - sous déduction des charges sociales, avec intérêts à 5% l'an dès le 21 février 2015, et a ordonné à la défenderesse de remettre au demandeur un certificat de travail complet conforme à l'art. 330a CO. Il a rejeté les conclusions reconventionnelles formées par la défenderesse.
B.b. Statuant sur l'appel de l'employeuse, la Cour d'appel civile du Tribunal cantonal l'a rejeté et confirmé le jugement attaqué.
En substance, la cour cantonale a retenu que, depuis son engagement en 2008, l'employé avait perçu régulièrement un montant, qualifié en principe de prime dans les fiches de salaire, versé en juillet ou août pour l'année écoulée; ce montant figurait dans la rubrique salaire et faisait partie du total des salaires annuels soumis aux déductions sociales. Elle a considéré que, s'il n'était pas établi que les montants ainsi perçus étaient liés à l'accomplissement d'objectifs personnels ou aux résultats de l'entreprise, il était établi que le bonus faisait partie intégrante du salaire, puisqu'aucune réserve n'avait été émise quant au caractère facultatif de la rétribution versée, dont le montant ne variait pas en fonction des différentes responsabilités de l'employé.
C.
Contre cet arrêt, l'employeuse a interjeté un recours en matière civile au Tribunal fédéral le 16 août 2018, concluant à sa réforme en ce sens, principalement, que le demandeur est débouté de toutes ses conclusions et, subsidiairement, que l'arrêt attaqué est annulé et la cause renvoyée à la cour cantonale pour nouvelle décision dans le sens des considérants. Elle se plaint d'arbitraire dans la constatation des faits et de violation des art. 121 et 116 LDIP ainsi que des art. 322d et 18 CO.
Le demandeur intimé a conclu au rejet du recours et la cour cantonale s'est référée aux considérants de son arrêt.

Considérant en droit :
1.
Interjeté en temps utile (art. 46 al. 1 let. b, 48 al. 1, 100 al. 1 LTF) et sous la forme requise par la loi (art. 42 LTF) par la défenderesse qui a succombé partiellement dans ses conclusions en libération (art. 76 al. 1 LTF) et dirigé contre une décision finale (art. 90 LTF) prise sur recours par le tribunal supérieur du canton (art. 75 LTF) dans une contestation du contrat de travail dont la valeur litigieuse est supérieure à 15'000 fr. (art. 72 al. 1 et 74 al. 1 let. a LTF), le recours en matière civile est recevable.
2.
2.1. Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF). Il ne peut s'en écarter que si ces faits ont été établis de façon manifestement inexacte - ce qui correspond à la notion d'arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (<ref-ruling> consid. 4.1.2; <ref-ruling> consid. 5.1) - ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (art. 105 al. 2 LTF), et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1 LTF). La partie recourante qui soutient que les faits ont été constatés d'une manière arbitraire doit satisfaire au principe d'allégation (art. 106 al. 2 LTF), c'est-à-dire soulever expressément ce grief et exposer celui-ci de façon claire et détaillée (<ref-ruling> consid. 1.2; <ref-ruling> consid. 1.4.2).
2.2. Le Tribunal fédéral applique d'office le droit (art. 106 al. 1 LTF), sous réserve de la violation des droits constitutionnels (art. 106 al. 2 LTF). Il n'est pas limité par les arguments soulevés dans le recours, ni par la motivation retenue par l'autorité précédente; il peut donc admettre un recours pour d'autres motifs que ceux qui ont été articulés ou, à l'inverse, rejeter un recours en adoptant une argumentation différente de celle de l'autorité précédente (<ref-ruling> consid. 1.4 et l'arrêt cité).
Lorsque la décision attaquée comporte plusieurs motivations indépendantes dont chacune suffit à sceller le sort de la cause, il appartient au recourant, sous peine d'irrecevabilité, de s'attaquer conformément aux art. 42 al. 2 et 106 al. 2 LTF à chacune d'entre elles, et, pour obtenir gain de cause, de démontrer que ces deux motivations sont contraires au droit (parmi plusieurs: <ref-ruling> consid. 2.4; <ref-ruling> consid. 4.1.4; <ref-ruling> consid. 3.4).
3.
Se plaignant de violation des art. 116 et 121 LDIP, la recourante conteste l'application du droit suisse à la cause.
3.1. La cause revêt un aspect international puisqu'il apparaît que l'employé, domicilié en Suisse et au service d'une société sise en Suisse, accomplissait son travail, à tout le moins en partie, au Maroc. Le Tribunal fédéral examine d'office la question du droit applicable au litige, sur la base du droit international privé suisse en tant que lex fori (<ref-ruling> consid. 2.1 p. 483; <ref-ruling> consid. 3.2 p. 144, 232 consid. 5 p. 234 s.).
Aux termes de l'art. 121 al. 1 LDIP, le contrat de travail est régi par le droit de l'État dans lequel le travailleur accomplit habituellement son travail. Si le travailleur accomplit habituellement son travail dans plusieurs Etats, le contrat de travail est régi par le droit de l'Etat de l'établissement ou, à défaut d'établissement, du domicile ou de la résidence habituelle de l'employeur (art. 121 al. 2 LDIP). Une élection de droit est toutefois possible, mais elle ne peut désigner que le droit de l'État dans lequel le travailleur a sa résidence habituelle ou celui dans lequel l'employeur a son établissement, son domicile ou sa résidence habituelle (art. 121 al. 3 LDIP).
3.2. Faisant sien le raisonnement des juges de première instance, la cour cantonale a retenu que l'employé avait principalement travaillé pendant une période au sein de X._ Maroc, puisque la création de cette société lui avait été confiée. Il était toutefois domicilié à Genève depuis qu'il était entré en fonction au sein de l'employeuse, son activité au Maroc était organisée depuis la Suisse et son salaire, duquel étaient déduites des charges sociales suisses, était versé en francs suisses sur un compte suisse. En outre, l'employé était affilié à une caisse de pension suisse et avait effectué un MBA à l'Université de Genève, payé par son employeur, raison pour laquelle il partageait son temps entre le Maroc et la Suisse. Enfin, une élection tacite en faveur du droit suisse résultait du versement du salaire en francs suisses et de la déduction de charges sociales suisses.
3.3. Plaidant pour l'application du droit marocain à la cause, la recourante se prévaut de ce que l'employé travaillait exclusivement au Maroc dès 2012 et qu'il séjournait plusieurs jours par semaine à W._. Celui-ci s'était en outre fondé sur le droit marocain dans le cadre des procédures qu'il avait introduites au Maroc et s'était prévalu à plusieurs reprises de ses connaissances de ce droit. Compte tenu de la familiarité de l'employé avec le droit marocain, la recourante soutient que l'on ne saurait considérer qu'il existe des liens beaucoup plus étroits avec la Suisse, justifiant de s'écarter de la règle de l'art. 121 al. 1 LDIP.
3.4. Cette argumentation de la recourante repose en partie sur des faits s'écartant de ceux retenus dans l'arrêt cantonal, respectivement sur des faits qui ne sont pas déterminants pour juger de la question du droit applicable. En tous les cas, l'on n'y retrouve aucune critique quant à la seconde motivation de la cour cantonale, selon laquelle les parties étaient tacitement convenues de l'application du droit suisse à leur rapport de travail. Cette motivation suffit pourtant à sceller le sort de la cause, de sorte que la recourante aurait également dû l'attaquer pour tenter d'obtenir gain de cause sur la question (cf. consid. 2.2 in fine). Faute pour elle d'y avoir procédé, son grief fondé sur le droit applicable doit être déclaré irrecevable.
4.
Restent litigieuses la prime qui devait être versée en 2013 pour l'année 2012 et celle qui devait être versée en 2015 pour l'année 2014. Les juridictions cantonales ont considéré qu'aucune prime ne devait être versée en 2014 pour l'année 2013, compte tenu du financement par l'employeuse de la formation MBA suivie par l'employé, ce que celui-ci n'a pas remis en cause (cf. consid. B.a supra).
5.
Dans plusieurs arrêts récents, le Tribunal fédéral a eu l'occasion de résumer sa jurisprudence en matière de bonus (notamment: 4A_78/2018 du 10 octobre 2018 consid. 4.2 et 4.3 et les références citées; 4A_463/2017 du 4 mai 2018 consid. 3; 4A_290/2017 du 12 mars 2018 consid. 4.1).
Il en résulte qu'il faut distinguer les trois cas suivants: (1) le salaire - variable -, (2) la gratification à laquelle l'employé a droit et (3) la gratification à laquelle il n'a pas droit. Ce n'est que lorsque l'employé n'a pas de droit à la gratification - cas n° 3 - que la question de la requalification du bonus en salaire, en vertu du principe de l'accessoriété lorsque les salaires sont modestes ou moyens et supérieurs, se pose, ce principe étant en revanche inapplicable pour les très hauts revenus.
5.1. On se trouve dans le cas n° 1 lorsqu'un montant (même désigné comme bonus ou gratification) est déterminé ou objectivement déterminable, c'est-à-dire qu'il a été promis par contrat dans son principe et que son montant est déterminé ou doit l'être sur la base de critères objectifs prédéterminés comme le bénéfice, le chiffre d'affaires ou une participation au résultat de l'exploitation, et qu'il ne dépend pas de l'appréciation de l'employeur; il doit alors être considéré comme un élément du salaire (variable), que l'employeur est tenu de verser à l'employé (art. 322 s. CO; <ref-ruling> consid. 4.1; <ref-ruling> consid. 2 p. 317; <ref-ruling> consid. 2 p. 278; <ref-ruling> consid. 5c p. 448).
5.2. En revanche, on se trouve en présence d'une gratification - dans les cas n°s 2 et 3 - lorsque le bonus est indéterminé ou objectivement indéterminable (<ref-ruling> consid. 4.1 et 4.2 p. 407 s.; <ref-ruling> consid. 3.1 p. 157; arrêt 4A_485/2016 du 28 avril 2017 consid. 4.1.2).
5.2.1. Il y a un droit à la gratification - cas n° 2 - lorsque, par contrat, les parties sont tombées d'accord sur le principe du versement d'un bonus et n'en ont réservé que le montant; il s'agit d'une gratification que l'employeur est tenu de verser ( Anspruch auf die Gratifikation), mais il jouit d'une certaine liberté dans la fixation du montant à allouer (ATF <ref-ruling> consid. 2 p. 317; <ref-ruling> consid. 5.2 p. 620; arrêt 4A_172/2012 du 22 août 2012 consid. 8.2).
De même, lorsqu'au cours des rapports contractuels, un bonus a été versé régulièrement sans réserve de son caractère facultatif pendant au moins trois années consécutives, il est admis qu'en vertu du principe de la confiance, il est convenu par actes concluants (tacitement), que son montant soit toujours identique ou variable: il s'agit donc d'une gratification à laquelle l'employé a droit (ATF <ref-ruling> consid. 2.1; <ref-ruling> consid. 5.2; arrêt 4A_172/2012 précité consid. 8.2), l'employeur jouissant d'une certaine liberté dans la fixation de son montant au cas où les montants étaient variables.
Il convient d'ajouter que, dans les deux situations, le travailleur n'a droit, aux termes de l'art. 322d al. 2 CO, à une part proportionnelle de la gratification en cas d'extinction des rapports de travail avant l'occasion qui y donne lieu que s'il en a été convenu ainsi, ce qu'il lui incombe de prouver en vertu de l'art. 8 CC.
5.2.2. Il n'y a pas de droit à la gratification - cas n° 3 - lorsque, par contrat, les parties ont réservé tant le principe que le montant du bonus; il s'agit alors d'une gratification facultative; le bonus n'est pas convenu et l'employé n'y a pas droit, sous réserve de l'exception découlant de la nature de la gratification (principe de l'accessoriété; cf. supra consid. 5).
De même, lorsque le bonus a été versé d'année en année avec la réserve de son caractère facultatif, il n'y a en principe pas d'accord tacite: il s'agit d'une gratification qui n'est pas due.
Toutefois, il a été admis par exception que, en dépit de la réserve (sur le principe et sur le montant), un engagement tacite peut se déduire du paiement répété de la gratification pendant des décennies ( jahrzehntelang), lorsque l'employeur n'a jamais fait usage de la réserve émise, alors même qu'il aurait eu des motifs de l'invoquer, tels qu'une mauvaise marche des affaires ou de mauvaises prestations de certains collaborateurs lorsqu'il l'a versée: il s'agit alors d'une gratification à laquelle l'employé a droit (ATF <ref-ruling> consid. 2.3 p. 280 s.).
Il en va de même lorsque la réserve du caractère facultatif n'est qu'une formule vide de sens (c'est-à-dire une clause de style sans portée) et qu'en vertu du principe de la confiance, il y a lieu d'admettre que l'employeur montre par son comportement qu'il se sent obligé de verser un bonus (arrêts 4A_463/2017 déjà cité consid. 3.1.3.2; 4A_172/2012 déjà cité consid. 8.2).
6.
Il s'agit tout d'abord de déterminer s'il y a lieu de qualifier le bonus de salaire (cas n° 1, consid. 6.1 infra) ou de gratification (cas n° 2 et n° 3, consid. 6.2 infra), comme le soutient la recourante.
6.1. En l'espèce, il n'est nullement établi que les parties seraient convenues du versement d'un montant déterminé ou objectivement déterminable. En particulier, aucun élément de fait n'indique que le montant versé à titre de " prime " aurait été déterminé à l'avance, en fonction de critères objectifs prédéterminés. Au contraire, dans ses courriels d'août 2013 à B._, l'employé demandait si le bonus pour l'année écoulée avait été fixé dans son montant, évoquant la possibilité que celui-ci soit minoré et se prévalant de ce que son bonus devait représenter la récompense pour le travail effectué et les réussites accomplies. L'employé précisait en outre que certains facteurs, soit le financement et le temps investi dans sa formation, ne pouvaient que venir réduire son éventuel bonus l'année suivante. Contrairement à ce qu'en a déduit la cour cantonale, le SMS de B._ du 27 septembre 2013, envoyé après interpellation de l'employé (" Oui merci de me le rappeler: 25'000EUR? "), atteste également du caractère discrétionnaire du bonus, puisque le montant qui y est énoncé figure sous la forme interrogative, ce qui infirme l'hypothèse du versement d'un montant fixe ou fixé en fonction de critères prédéfinis. L'ensemble de ces éléments confirme que le montant du bonus était laissé à la libre appréciation de l'employeur, ce qui exclut que le bonus puisse être considéré comme un élément du salaire, et ce sans égard au fait que les bonus ont été versés pendant plusieurs années consécutives. En réalité, en admettant que le bonus faisait partie intégrante du salaire parce qu'aucune réserve quant au caractère facultatif de son montant n'a été émise, la cour cantonale a confondu la notion de salaire (cas n° 1) avec celle de droit à la gratification (cas n° 2).
Les éléments présentés par l'intimé en faveur de l'assimilation de son bonus au salaire dans son mémoire de réponse - soit la perception de charges sociales sur les montants versés et l'indication " salaire " comme motif de versement sur les avis bancaires - ne sont pas propres à changer cette appréciation.
6.2. Comme il s'agit d'une gratification, il s'impose d'examiner si l'employé dispose d'un droit à en percevoir une (cas n° 2 ou exceptions au cas n° 3). En l'occurrence, il apparaît que l'employeuse a versé régulièrement et sans réserve un bonus à l'employé, pendant quatre années consécutives. Conformément à la jurisprudence exposée (cf. consid. 5.2.1 supra), l'on peut en déduire que les parties ont convenu, par actes concluants, du versement d'un bonus dans son principe. Il s'agit donc d'une gratification à laquelle l'employé a droit (cas n° 2).
Dans ces circonstances, nul n'est besoin d'examiner si, pour conclure à la qualification du bonus comme élément du salaire, la cour cantonale a violé l'art. 18 CO.
7.
Il s'impose de déterminer les conséquences de ce qui précède sur les montants accordés par la cour cantonale pour l'année 2012 (consid. 7.1 infra) et pour l'année 2014 (consid. 7.2 infra).
7.1. Suivant le raisonnement des premiers juges, la cour cantonale a considéré que l'employeuse aurait dû verser un bonus de 28'000 fr. en 2013 pour l'année 2012. Pour ce faire, elle s'est fondée sur les montants versés les années précédentes, sans considérer les performances ou objectifs qui auraient été réalisés, de sorte que la qualification erronée du bonus comme élément du salaire n'affecte pas le montant retenu. La recourante ne s'en prend au demeurant pas directement au montant de 28'000 fr. retenu, de sorte qu'il n'y a pas lieu d'y revenir.
7.2. Pour l'année 2014, la cour cantonale a retenu la somme de 18'666 fr. 65, qui correspond au résultat d'un calcul " pro rata temporis " pour la période écoulée entre le 1er janvier et le 31 août 2014, date de la fin des rapports de travail. C'est néanmoins à juste titre que la recourante plaide qu'aucun bonus ne doit être payé en 2015 pour cette année-là. Les rapports contractuels s'étant terminés le 31 août 2014, soit avant l'occasion qui aurait donné lieu à une rétribution en été 2015, une part proportionnelle de la gratification n'est due à l'employé que si celui-ci parvient à prouver qu'il en a été convenu ainsi (cf. consid. 5.2.1 in fine). Or, l'employé intimé n'a rapporté aucune preuve à ce propos et ne soutient pas qu'il aurait droit à un quelconque montant afférent à l'année 2014, pour le cas où le bonus serait qualifié de gratification. Partant, aucun montant n'est dû au titre de gratification pour l'année 2014.
Au vu de ce qui précède, la somme de 18'666 fr. 65 doit être retranchée de la somme de 46'666 fr. 65 que la recourante a été condamnée à payer à l'intimé par arrêt cantonal. Faute d'avoir une influence sur le montant afférent à l'année 2012, seul dû en l'espèce, il est superflu de traiter du grief de la recourante relatif aux périodes pour lesquelles les bonus devaient être payés.
8.
Il s'ensuit que le recours doit être partiellement admis et l'arrêt cantonal réformé, en ce sens que la recourante est condamnée à payer à l'intimé la somme de 28'000 fr.
Compte tenu de l'issue de la cause, les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 fr., seront mis à la charge de la recourante à hauteur de 1'200 fr. et à la charge de l'intimé à hauteur de 800 fr. La recourante versera à l'intimé des dépens à hauteur de 1'500 fr.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est partiellement admis et l'arrêt cantonal est réformé comme suit:
La recourante est condamnée à payer à l'intimé la somme de 28'000 fr. brute, sous déduction des charges sociales, avec intérêts à 5% l'an dès le 21 février 2015.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 fr., sont mis à la charge de la recourante à hauteur de 1'200 fr. et à la charge de l'intimé à hauteur de 800 fr.
3.
La recourante versera à l'intimé des dépens à hauteur de 1'500 fr.
4.
La cause est renvoyée à l'autorité précédente pour nouvelle décision sur les frais et dépens cantonaux.
5.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et au Tribunal cantonal du canton de Vaud, Cour d'appel civile.
Lausanne, le 4 février 2019
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente : Kiss
La Greffière : Schmidt