Sachverhalt:
A.
A.a. Der 1965 geborene A._ bezog im Zusammenhang mit einem Augenleiden bereits als Minderjähriger und über Jahre Leistungen der Invalidenversicherung in Form von Hilfsmitteln und medizinischen Massnahmen. Am 27. Februar 2014 meldete er sich unter Hinweis auf das bestehende Augenleiden sowie eine depressive Episode erneut bei der Invalidenversicherung zum Leistungsbezug an. Nach Abklärungen medizinischer und erwerblicher Art sprach die IV-Stelle Bern A._ mit Verfügungen vom 13. Dezember 2016 und 3. Januar 2017 nach durchgeführtem Vorbescheidverfahren ab 1. September 2014 eine halbe Invalidenrente zu. Eine dagegen erhobene Beschwerde hiess das Verwaltungsgericht des Kantons Bern mit Entscheid vom 8. Mai 2017 gut, hob die angefochtenen Verfügungen auf und wies die Sache zur Vornahme weiterer Abklärungen an die IV-Stelle zurück.
A.b. Die IV-Stelle holte ein bidisziplinäres Gutachten (psychiatrisch/ ophthalmologisch) der ABI Aerztliches Begutachtungsinstitut GmbH, Basel, vom 13. November 2017, einen Abklärungsbericht für Selbstständigerwerbende vom 1. Juni 2018 und - im Rahmen des Vorbescheidverfahrens - eine Stellungnahme des Regionalen Ärztlichen Dienstes (RAD) vom 27. August 2018 sowie des Bereichs Abklärungen vom 7. September 2018 ein. Gestützt darauf sprach sie A._ mit Verfügung vom 10. Oktober 2018 ab 1. September 2014 eine halbe Invalidenrente und ab 1. Februar 2017 eine Viertelsrente zu.
B.
Die Pensionskasse SBB liess hiegegen Beschwerde erheben und beantragen, die IV-Stelle sei in Aufhebung der Verfügung vom 10. Oktober 2018 anzuweisen zu verfügen, dass der Versicherte ab 1. Juli 2015 keinen Anspruch auf eine Invalidenrente mehr habe. Das Verwaltungsgericht des Kantons Bern wies die Beschwerde mit Entscheid vom 28. Juni 2019 ab.
C.
Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten lässt die Pensionskasse SBB beantragen, in Aufhebung des angefochtenen Entscheids sei festzustellen, dass A._ ab 1. Februar 2017 keinen Anspruch auf eine Invalidenrente mehr habe, eventualiter sei die Vorinstanz anzuweisen, diese Feststellung zu treffen, subeventualiter sei die IV-Stelle anzuweisen, entsprechend zu verfügen.
Während die IV-Stelle beantragt, auf die Beschwerde sei nicht einzutreten, schliesst A._ auf deren Abweisung. Das Bundesamt für Sozialversicherungen verzichtet auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1.
1.1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten (<ref-law>) kann wegen Rechtsverletzungen gemäss Art. 95 f. BGG erhoben werden. Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law>). Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zu Grunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law>).
1.2. Neue Tatsachen und Beweismittel dürfen nur so weit vorgebracht werden, als erst der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gibt (<ref-law>). Neue Tatsachen und Beweismittel in diesem Sinne sind Tatsachen, die weder im vorangegangen Verfahren vorgebracht noch von der Vorinstanz festgestellt worden sind. Eine Tatsache, die sich aus den vorinstanzlichen Akten ergibt, ist nicht neu (JOHANNA DORMANN, in: Basler Kommentar, Bundesgerichtsgesetz, 3. Aufl. 2018, N. 20 zu <ref-law>). Das gilt auch dann, wenn die Vorinstanz diese Tatsache in ihrem Entscheid nicht ausdrücklich festgestellt hat, wäre doch sonst von vornherein die Rüge unzulässig, die Vorinstanz habe den Sachverhalt unter Missachtung vorhandener Akten festgestellt (<ref-ruling> E. 3.3.1 S. 364 f.).
1.3. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>), doch prüft es, unter Berücksichtigung der allgemeinen Pflicht zur Begründung der Beschwerde (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG), grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern allfällige weitere rechtliche Mängel nicht geradezu offensichtlich sind (<ref-ruling> E. 1 S. 236 mit Hinweisen).
2.
2.1. Streitig und zu prüfen ist, ob das kantonale Gericht Bundesrecht verletzte, indem es dem Versicherten in Bestätigung der Verfügung der IV-Stelle vom 10. Oktober 2018 ab 1. Februar 2017 eine Viertelsrente zusprach. Im Zentrum steht dabei der Einkommensvergleich (<ref-law>; <ref-law>), insbesondere die Höhe des Invaliden- und des Valideneinkommens.
2.2. Nicht mehr streitig ist die ab 1. September 2014 bis 31. Januar 2017 zugesprochene halbe Invalidenrente. Unbestritten sind sodann das Eintreten eines Revisionsgrundes per 1. Februar 2017, der Status des Versicherten sowie die medizinisch attestierte Arbeits- und Leistungsfähigkeit.
2.3. Die für die Beurteilung der Streitsache massgeblichen Rechtsgrundlagen sind im angefochtenen Entscheid zutreffend dargelegt worden. Darauf wird verwiesen.
3.
3.1. Das kantonale Gericht bestätigte grundsätzlich den durch die IV-Stelle zur Ermittlung des Invaliditätsgrades für den Revisionszeitpunkt vom 1. Februar 2017 vorgenommenen Einkommensvergleich. Bei der Festsetzung des Valideneinkommens, mithin des ohne Gesundheitsschaden erzielbaren Einkommens, ging es davon aus, dass der Versicherte das Arbeitsverhältnis mit der SBB AG am 26. Mai 2015 aus gesundheitsfremden Gründen per 30. November 2015 gekündigt hatte. Es könne daher - so die Vorinstanz - nicht ein Einkommen als sogenannter...-Experte in der Höhe von Fr. 165'000.- herangezogen werden, da nicht überwiegend wahrscheinlich sei, dass der Versicherte weiterhin in diesem spezifischen Bereich tätig wäre. Vielmehr sei das Valideneinkommen, wie dies die IV-Stelle in nicht zu beanstandender Weise getan habe, anhand der Lohnstrukturerhebung des Bundesamtes für Statistik (LSE) zu ermitteln, was für das Jahr 2017 Fr. 148'286.- ergebe. Da der Versicherte per 1. Februar 2017 bei der B._ eine Stelle als wissenschaftlicher Fachreferent mit einem Pensum von 70 % angetreten hatte, wurde das Invalideneinkommen ab diesem Zeitpunkt nicht mehr anhand des für das Valideneinkommen beigezogenen Tabellenlohnes ermittelt. Das kantonale Gericht bestätigte das diesbezügliche Abstellen der IV-Stelle auf das tatsächlich für ein Pensum von 70 % erzielte Einkommen von Fr. 80'581.- (Fr. 6'198.50 x 13), was in Gegenüberstellung mit dem Valideneinkommen einen Invaliditätsgrad von gerundet 46 % und eine daraus resultierende Viertelsrente ergab.
3.2. Die Beschwerdeführerin rügt eine offensichtlich unrichtige Sachverhaltsfeststellung gemäss <ref-law>. Sie macht geltend, es sei dem kantonalen Gericht bezüglich Festsetzung des Invalideneinkommens ein offensichtlicher Irrtum unterlaufen, indem es auf das Netto- statt auf das Bruttoeinkommen der provisorischen Lohnberechnung der B._ abgestellt habe.
3.3.
3.3.1. Die Feststellung der Vergleichseinkommen nach <ref-law> (Validen- und Invalideneinkommen) stellt sich als Tatfrage dar, soweit sie auf konkreter Beweiswürdigung beruht, und nur dann als Rechtsfrage, wenn sich der Entscheid nach der allgemeinen Lebenserfahrung richtet (<ref-ruling> E. 3.3 S. 399). Aktenwidrige tatsächliche Feststellungen sind offensichtlich unrichtig im Sinne von <ref-law> (vgl. statt vieler <ref-ruling> E. 4.3 am Ende S. 317); in einem solchen Fall erfolgt eine Berichtigung oder Ergänzung des Sachverhalts auch von Amtes wegen. Das Bundesgericht legt seinem Entscheid daher den als zutreffend erkannten rechtserheblichen Sachverhalt zugrunde.
3.3.2. Die streitige Feststellung des Invalideneinkommens erfolgte anhand der provisorischen Lohnberechnung der B._ vom 24. Mai 2018 und stellt sich mithin als Tatfrage dar. Zu Recht widersetzt sich weder die Beschwerdegegnerin noch der Versicherte der Annahme, dass dem anhand der Tabellenlöhne ermittelten Bruttovalideneinkommen fälschlicherweise das Nettoinvalideneinkommen gegenübergestellt wurde. Hingegen wendet die Beschwerdegegnerin ein, die Beschwerdeführerin habe die unzutreffende Festsetzung des Invalideneinkommens im bisherigen Verfahren nie hinterfragt, obwohl das Invalideneinkommen und folglich der effektiv erzielte Verdienst bereits vor Vorinstanz Verfahrensgegenstand gewesen sei. Da das kantonale Gericht das von der IV-Stelle errechnete Invalideneinkommen lediglich bestätigt und nicht abgeändert habe, so die Beschwerdegegnerin weiter, gebe nicht erst der vorinstanzliche Entscheid zu den Vorbringen der Beschwerdeführerin Anlass, weshalb der Einwand vor Bundesgericht mit Blick auf <ref-law> unzulässig sei. Diesem Einwand ist entgegenzuhalten, dass eine Tatsache, die sich aus den vorinstanzlichen Akten ergibt, nicht im Sinne von <ref-law> neu ist (<ref-ruling> E. 3.3.1 S. 364; vgl. E. 1.2 hiervor). Bei den Vorbringen der Beschwerdeführerin, die sich auf ein bereits in den vorinstanzlichen Akten enthaltenes Dokument stützen, ist mithin nicht von neuen Tatsachen auszugehen; vielmehr zielen sie bloss auf eine zulässige Änderung in der Begründung ab.
3.3.3. Nach Gesagtem ist die offensichtlich unrichtige Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz zu korrigieren und es ist der Invaliditätsbemessung ab 1. Februar 2017 ein Invalideneinkommen von Fr. 96'998.- zu Grunde zu legen.
3.4.
3.4.1. Bezüglich Valideneinkommen macht sodann der Versicherte geltend, es sei nicht auf den Tabellenlohn von Fr. 148'286.- abzustellen, sondern gestützt auf den letzten Lohnausweis der SBB für das Jahr 2015 von einem Valideneinkommen in der Höhe von Fr. 169'112.- auszugehen. Es resultiere daher auch aus der Gegenüberstellung mit dem Bruttoinvalideneinkommen von Fr. 96'998.- ein Invaliditätsgrad von 43 %, der nach wie vor einen Anspruch auf eine Viertelsrente begründe.
3.4.2. Das kantonale Gericht hat dargelegt, aus welchen Gründen das Valideneinkommen gestützt auf die LSE, nicht gestützt auf den letzten Lohnausweis der SBB, zu ermitteln ist. So sei einerseits davon auszugehen, dass der Versicherte das Arbeitsverhältnis mit der SBB AG am 26. Mai 2015 aus gesundheitsfremden Gründen per 30. November 2015 gekündigt habe; andererseits sei nicht überwiegend wahrscheinlich, dass er weiterhin im spezifischen Bereich als...-Experte tätig sein könnte. Mit dieser Begründung setzt sich der Versicherte nicht ansatzweise auseinander, sondern beschränkt sich auf die Darlegung seiner Sicht der Dinge. Dies vermag keine Bundesrechtswidrigkeit des angefochtenen Entscheids zu begründen (E. 1.1 hiervor).
3.5. Zusammenfassend sind dem für die Invaliditätsbemessung ab 1. Februar 2017 vorzunehmenden Einkommensvergleich ein Valideneinkommen von Fr. 148'286.- und ein Invalideneinkommen von Fr. 96'998.- zu Grunde zu legen. Aus der Gegenüberstellung dieser Vergleichseinkommen resultiert ein Invaliditätsgrad von gerundet 35 % (zur Rundung vgl. <ref-ruling>), weshalb dem Versicherten ab 1. Februar 2017 kein Rentenanspruch mehr zusteht.
4.
Das Verfahren ist kostenpflichtig (<ref-law>). Die Gerichtskosten werden der unterliegenden Beschwerdegegnerin auferlegt (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird gutgeheissen. Der Entscheid des Verwaltungsgerichts des Kantons Bern vom 28. Juni 2019 und die Verfügung der IV-Stelle Bern vom 10. Oktober 2018 werden insoweit abgeändert, als der Versicherte ab 1. Februar 2017 keinen Rentenanspruch mehr hat.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 800.- werden der Beschwerdegegnerin auferlegt.
3.
Die Sache wird zur Neuverlegung der Gerichtskosten an das Verwaltungsgericht des Kantons Bern zurückgewiesen.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien, A._, dem Verwaltungsgericht des Kantons Bern und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 18. Dezember 2019
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Maillard
Die Gerichtsschreiberin: Kopp Käch