Sachverhalt:
A.
A._, geb. 1953, arbeitete seit 1970 bei der B._ AG, zuletzt als Staplerfahrer, und war dadurch bei der Suva gegen die Folgen von Unfällen versichert. Am 18. September 2013 erlitt er bei einem Motorradunfall in Italien ein Polytrauma u.a. mit Schulterluxation links, Radiusköpfchenfraktur links und einer Kettenverletzung am linken Bein, die eine Oberschenkelamputation nach sich zog. Die Suva erbrachte die gesetzlichen Leistungen in Form von Heilbehandlung, Taggeld und Hilfsmitteln (insbesondere Beinprothese und Rollstuhl). Gestützt auf die Ergebnisse der kreisärztlichen Schlussuntersuchung vom 11. Juni 2015 durch Dr. med. C._, Fachärztin für Chirurgie FMH, stellte die Suva mit Schreiben vom 24. Juni 2015 die Heilungskosten- und Taggeldleistungen per 31. August 2015 ein. Sodann sprach sie A._ mit Verfügung vom 19. August 2015 eine Invalidenrente entsprechend einem Invaliditätsgrad von 30 % sowie eine Integritätsentschädigung von Fr. 63'000.-, gestützt auf eine Integritätseinbusse von 50 %, zu. Daran hielt die Suva im Einspracheentscheid vom 13. Januar 2016 fest.
B.
Mit Entscheid vom 31. Mai 2017 hiess das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich die dagegen erhobene Beschwerde teilweise gut und änderte den Einspracheentscheid dahingehend ab, dass es A._ eine Invalidenrente bei einem Invaliditätsgrad von 35 % zusprach.
C.
Die Suva erhebt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten und beantragt, in Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheids sei der Einspracheentscheid vom 13. Januar 2016 zu bestätigen.
A._ schliesst auf Nichteintreten; eventualiter sei die Beschwerde abzuweisen.
Das Sozialversicherungsgericht und das Bundesamt für Gesundheit verzichten auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1.
1.1. Das Bundesgericht prüft die Eintretensvoraussetzungen von Amtes wegen und mit freier Kognition (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1 S. 365 mit Hinweis).
1.2. Die Sachurteilsvoraussetzungen sind erfüllt, da die Beschwerde unter Einhaltung der gesetzlichen Frist (<ref-law>) und Form (<ref-law>) von einer durch die Entscheidung besonders berührten Partei mit einem schutzwürdigen Interesse an deren Aufhebung oder Änderung (<ref-law>) eingereicht wurde, das Rechtsmittel sich gegen einen von einer letzten kantonalen Instanz (<ref-law>) gefällten Endentscheid (<ref-law>; vgl. <ref-ruling>) in einer Angelegenheit des öffentlichen Rechts (<ref-law>) richtet und keine der in <ref-law> erwähnten Ausnahmen greift.
1.3. Daran ändern die Einwände des Beschwerdegegners nichts. Denn die Frage, ob die Vorinstanz ihr Ermessen rechtsfehlerhaft ausgeübt hat, ist im Rahmen der Begründetheit der Beschwerde zu prüfen, zumal die Beschwerdeführerin ihre Auffassung hinreichend begründet hat (vgl. <ref-law>).
2.
2.1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann wegen Rechtsverletzungen gemäss Art. 95 und 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Immerhin prüft es, unter Berücksichtigung der allgemeinen Rüge- und Begründungspflicht im Beschwerdeverfahren (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG), grundsätzlich nur die geltend gemachten Vorbringen, falls allfällige weitere rechtliche Mängel nicht geradezu offensichtlich sind (<ref-ruling> E. 1 S. 236; <ref-ruling> E. 1.6 S. 280). Es ist jedenfalls nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu untersuchen, wenn diese vor Bundesgericht nicht mehr vorgetragen werden (<ref-ruling> E. 1.4.1 S. 254).
2.2. Im Beschwerdeverfahren um die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung ist das Bundesgericht nicht an die vorinstanzliche Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts gebunden (Art. 97 Abs. 2 und Art. 105 Abs. 3 BGG). Eine freie bundesgerichtliche Ermessensprüfung im Sinne einer Angemessenheitskontrolle ist auch auf dem Gebiet der Geldleistungen der Militär- und Unfallversicherung ausgeschlossen (Urteile 8C_622/2016 vom 21. Dezember 2016 E. 4.1; 8C_548/2010 vom 23. Dezember 2010 E. 1 mit Hinweisen).
3.
3.1. Die Vorinstanz hat die rechtlichen Grundlagen betreffend den Anspruch auf eine Invalidenrente (<ref-law> in Verbindung mit <ref-law>) und die Bemessung des Invaliditätsgrads (<ref-law>) zutreffend dargelegt. Gleiches gilt für die Ausführungen zum Beweiswert ärztlicher Berichte, zur Festsetzung des trotz Gesundheitsschädigung zumutbarerweise noch erzielbaren Einkommens (Invalideneinkommen) nach den vom Bundesamt für Statistik (BFS) in der Lohnstrukturerhebung (LSE) ermittelten Tabellenlöhnen und den von diesen zulässigen Abzügen (<ref-ruling> E. 5.2 S. 301; <ref-ruling>) sowie zum anwendbaren Recht gemäss den Übergangsbestimmungen zur Änderung des UVG vom 25.September 2015. Darauf wird verwiesen.
3.2. Das kantonale Gericht ging gestützt auf die Ausführungen der Kreisärztin Dr. med. C._ in den Berichten vom 13. November 2014 und 11. Juni 2015 sowie in der ärztlichen Beurteilung vom 21. Dezember 2015 davon aus, dass der Beschwerdegegner in einer leidensangepassten Tätigkeit ganztags arbeitsfähig sei. Dies ist ebenso unbestritten wie das von der Vorinstanz festgesetzte Valideneinkommen von Fr. 83'255.80 und das als Basis für die Berechnung des Invalideneinkommens herangezogene statistische Einkommen von Fr. 71'692.70 (gemäss LSE-Tabelle 2012 TA1, Total, Kompetenzniveau 2 für Männer). Strittig und zu prüfen bleibt einzig, ob das kantonale Gericht Bundesrecht verletzt hat, indem es den von der Beschwerdeführerin gewährten leidensbedingten Abzug von 20 % auf 25 % erhöht hat.
4.
4.1. Praxisgemäss kann von dem anhand der LSE-Tabellenlöhne ermittelten Invalideneinkommen unter bestimmten Voraussetzungen ein leidensbedingter Abzug vorgenommen werden. Damit soll der Tatsache Rechnung getragen werden, dass persönliche und berufliche Merkmale, wie Art und Ausmass der Behinderung, Lebensalter, Dienstjahre, Nationalität oder Aufenthaltskategorie und Beschäftigungsgrad Auswirkungen auf die Lohnhöhe haben können (<ref-ruling> E. 1.3 S. 181; <ref-ruling> E. 3b/aa S. 323) und je nach Ausprägung die versicherte Person deswegen die verbliebene Arbeitsfähigkeit auch auf einem ausgeglichenen Arbeitsmarkt nur mit unterdurchschnittlichem erwerblichem Erfolg verwerten kann (BGE <ref-ruling> E. 5b/aa i.f. S. 80). Ohne für jedes zur Anwendung gelangende Merkmal separat quantifizierte Abzüge vorzunehmen, ist der Einfluss aller Merkmale auf das Invalideneinkommen unter Würdigung der Umstände im Einzelfall nach pflichtgemässem Ermessen gesamthaft zu schätzen (BGE <ref-ruling> E. 5b/bb S. 80). Der Abzug darf 25 % nicht übersteigen (<ref-ruling> E. 5.2 S. 301; <ref-ruling> E. 5b/bb-cc S. 80; vgl. auch Urteile 8C_253/2017 vom 29. Juni 2017 E. 4.3.2, 8C_114/2017 vom 11. Juli 2017 E. 3.1).
4.2. Ob ein behinderungsbedingt oder anderweitig begründeter Abzug vom Tabellenlohn vorzunehmen ist, stellt eine frei überprüfbare Rechtsfrage dar (<ref-ruling> E. 3.3 S. 399; Urteil 8C_604/2011 vom 23. Januar 2012 E. 4.2.1). Die Festlegung der Höhe eines solchen Leidensabzugs hingegen beschlägt eine typische Ermessensfrage, welche angesichts der dem Bundesgericht zukommenden Überprüfungsbefugnis letztinstanzlicher Korrektur nur mehr dort zugänglich ist (Art. 95 und 97 BGG), wo das kantonale Gericht sein Ermessen rechtsfehlerhaft ausgeübt hat, also bei Ermessensüberschreitung oder -unterschreitung bzw. bei Ermessensmissbrauch als Formen rechtsfehlerhafter (<ref-law>) Ermessensbetätigung (<ref-ruling> E. 2.2 S. 396 und E. 3.3 S. 399). Ermessensmissbrauch ist gegeben, wenn eine Behörde zwar im Rahmen des ihr eingeräumten Ermessens bleibt, sich aber von unsachlichen, dem Zweck der massgebenden Vorschriften fremden Erwägungen leiten lässt oder allgemeine Rechtsprinzipien, wie das Verbot von Willkür oder rechtsungleicher Behandlung, das Gebot von Treu und Glauben sowie den Grundsatz der Verhältnismässigkeit verletzt (<ref-ruling> E. 2 S. 152 mit Hinweisen; zum Ganzen: Urteil 8C_64/2008 vom 4. Februar 2009 E. 3.2; Urteil 8C_114/2017 vom 11. Juli 2017 E. 3.2).
4.3. Im Gegensatz zur Kognition des Bundesgerichts ist diejenige der Vorinstanz in diesem Zusammenhang nicht auf Rechtsverletzung (einschliesslich Ermessensüberschreitung, -missbrauch oder -unterschreitung) beschränkt, sondern erstreckt sich auch auf die Beurteilung der Angemessenheit der Verwaltungsverfügung (<ref-ruling> E. 5.2 S. 73). Bei der Angemessenheit geht es um die Frage, ob der zu überprüfende Entscheid, den die Behörde nach dem ihr zustehenden Ermessen im Einklang mit den allgemeinen Rechtsprinzipien in einem konkreten Fall getroffen hat, nicht zweckmässigerweise anders hätte ausfallen sollen. Allerdings darf das kantonale Gericht sein Ermessen nicht ohne triftigen Grund an die Stelle desjenigen der Verwaltung setzen; es muss sich somit auf Gegebenheiten abstützen können, die seine abweichende Ermessensausübung als naheliegender erscheinen lassen (<ref-ruling> E. 5.2 S. 73 mit Hinweis). Aus dem Gesagten folgt, dass das kantonale Gericht bei der Überprüfung der Ermessensausübung durch die Verwaltung betreffend die Festlegung des Abzugs vom Invalideneinkommen seine Aufmerksamkeit auf die verschiedenen Lösungen zu richten hat, die sich der Verwaltung anboten. Es hat sich ein Urteil darüber zu bilden, ob ein höherer oder tieferer Abzug (aber begrenzt auf 25 %) angemessener erscheine und sich aus einem triftigen Grund aufdränge, ohne jedoch sein eigenes Ermessen an die Stelle desjenigen der Verwaltung zu setzen (<ref-ruling> E. 5.2 S. 74; Urteil 8C_114/2017 vom 11. Juli 2017 E. 3.3).
5.
5.1. Die Beschwerdeführerin legte den leidensbedingten Abzug auf 20 % fest und begründete ihn im Einspracheentscheid mit der leidensbedingten Einschränkung, dem Alter und dem Dienstalter des Versicherten. Demgegenüber verwies die Vorinstanz auf das medizinische Belastungsprofil und führte aus, dass der ursprünglich vorwiegend körperlich arbeitende Beschwerdegegner in seiner Erwerbsfähigkeit nunmehr qualitativ erheblich eingeschränkt sei, was einen maximalen Abzug von 25 % rechtfertige.
5.2.
5.2.1. Im Rahmen der kreisärztlichen Untersuchung vom 13. November 2014 diagnostizierte Dr. med. C._ eine endgradige Bewegungseinschränkung und belastungsabhängige Schulterbeschwerden links bei Scapula alata bei Status nach Schulterluxation und geschlossener Reposition im September 2013, ein diskretes Streckdefizit im linken Ellenbogengelenk bei Status nach Radiusköpfchenfraktur Mason Typ I links, konservativ behandelt (das den Versicherten jedoch kaum einschränke), eine Oberschenkelamputation links im Oktober 2013 bei Kettenverletzung der unteren Extremität sowie belastungsabhängige Kniegelenksbeschwerden rechts bei medial beginnender Gonarthrose. Die Fingerendphalanxfrakturen links seien vollständig unauffällig abgeheilt, ohne Einschränkungen. Insgesamt liege ein gutes rehabilitiertes Ergebnis nach den dokumentierten Verletzungen vor. Vor einem Fallabschluss empfehle sie eine erneute Behandlung der Scapula alata links.
5.2.2. Anlässlich der Schlussuntersuchung vom 11. Juni 2015 erhob die Kreisärztin keine neuen Diagnosen. Der Versicherte habe angegeben, dass er die Prothese im Winter insgesamt längere Zeit (5-6 Stunden) habe tragen können, während an warmen/heissen Tagen nach 2-2.5 Stunden ein Ausschlag am Stumpf entstehe und er die Prothese danach über mehrere Tage nicht tragen könne. Betreffend das rechte Knie habe sich die Gesamtsituation (seit der letzten Untersuchung im November 2014) verbessert, er habe nur noch ab und zu bei Belastung Beschwerden. In der klinischen Untersuchung stellte Dr. med. C._ fest, dass die Scapula alata weniger ausgeprägt und das Schultergelenk besser stabilisiert und bewegt sei als im November 2014. Bezüglich des linken Ellenbogens und der Finger zeige sich keine Veränderung seit November 2014. Der Oberschenkelstumpf erscheine reizlos, die Narben seien insgesamt weich, es lägen keine trophischen Störungen vor und die Beweglichkeit im Hüftgelenk sei seitengleich gut. Aufgrund der klinischen Untersuchung und der fortbestehenden körperlichen Einschränkungen schätze sie den Versicherten in einer leichten, vor allem sitzenden Tätigkeit, bei der er sich die Pausen/Bewegung selbst einteilen könne, nur selten auf geradem, guten Untergrund (50-100 m) gehen und selten Treppen steigen müsse, als ganztags arbeitsfähig ein.
5.3.
5.3.1. Nach ständiger Rechtsprechung können gesundheitliche Einschränkungen, die bereits bei der Beurteilung des medizinischen Zumutbarkeitsprofils enthalten sind, nicht zusätzlich in die Bemessung des leidensbedingten Abzuges einfliessen und so zu einer doppelten Anrechnung desselben Gesichtspunktes führen (Urteile 8C_805/2016 vom 22. März 2017 E. 3.1; 8C_536/2014 vom 20. Januar 2015 E. 4.3; je mit Hinweisen). Dabei rechtfertigt der Umstand, dass eine grundsätzlich vollzeitlich arbeitsfähige versicherte Person gesundheitlich bedingt lediglich reduziert leistungsfähig ist, an sich keinen Abzug vom Tabellenlohn (Urteil 8C_536/2014 vom 20. Januar 2015 E. 4.3; 9C_728/2009 vom 21. September 2010 E. 4.3.2, in: SVR 2011 IV Nr. 31 S. 90 mit Hinweisen). Bestehen jedoch über das ärztlich beschriebene Beschäftigungspensum hinaus zusätzliche Einschränkungen, wie beispielsweise ein vermindertes Rendement pro Zeiteinheit wegen verlangsamter Arbeitsweise oder ein Bedarf nach ausserordentlichen Pausen oder ist die funktionelle Einschränkung ihrer besonderen Natur nach nicht ohne weiteres mit den Anforderungen vereinbar, wie sie sich aus den gewöhnlichen betrieblichen Abläufen ergeben, kann dies bei der Bemessung des leidensbedingten Abzugs vom statistischen Tabellenlohn berücksichtigt werden (Urteil 8C_163/2015 vom 16. Juni 2015 E. 3.2.2 mit Hinweisen).
5.3.2. Der Beschwerdegegner ist aufgrund des ärztlichen Zumutbarkeitsprofils in einer angepassten Tätigkeit ganztags arbeitsfähig. Die Beeinträchtigungen und Unannehmlichkeiten, die sich aus dem Verlust des linken Beins ergeben, namentlich die Komplikationen bei längerem Tragen der Prothese (Kontaktekzem, Anschwellen des Stumpfs, vor allem bei warmem/heissem Wetter), die belastungsabhängigen Beschwerden im rechten Knie und der linken Schulter, die verbliebenen diskreten Funktionseinschränkungen im linken Ellenbogen sowie das Bedürfnis nach einer selbständigen Einteilung der Pausen und Bewegungsmöglichkeiten bewirken jedoch eine erschwerte Verwertbarkeit der trotz des Gesundheitsschadens noch zumutbaren Arbeitsfähigkeit. Dem Beschwerdegegner steht daher selbst innerhalb der zumutbaren Verweistätigkeiten nur noch ein beschränktes Tätigkeitsspektrum offen, was eine Reduktion des potenziell angebotenen Lohns zur Folge hat. Dies anerkannte auch die Beschwerdeführerin, indem sie die leidensbedingten Einschränkungen bei der Bemessung des Abzugs mitberücksichtigte.
5.4. Weiter fällt auf, dass die Beschwerdeführerin in der Bemessung des Abzugs mit dem Alter und dem Dienstalter zwei Faktoren berücksichtigte, die gemäss Rechtsprechung nicht zwingend zu einem Abzug führen:
5.4.1. Dem Alter kommt im Zusammenhang mit dem Leidensabzug nur beschränkte Bedeutung zu. So fällt der Umstand, dass die Stellensuche altersbedingt erschwert sein mag, als invaliditätsfremder Faktor regelmässig ausser Betracht. Ausserdem steht fest, dass sich das Alter bei Männern im Alterssegment von 50 bis 64/65 bei Stellen ohne Kaderfunktion eher lohnerhöhend auswirkt (vgl. LSE 2008, 2010, 2012 und 2014, je Tabelle TA9, Median; Urteile 9C_535/2017 vom 14. Dezember 2017 E. 4.6; 8C_477/2016 vom 23. November 2016 E. 4.2; je mit Hinweisen). Hinsichtlich des Dienstalters erachtet es die Rechtsprechung zwar einerseits als plausibel, dass der Verlust einer Arbeitsstelle nach einer lang dauernden Anstellung auch den Verlust des (allenfalls) lohnrelevanten Vorteils der bisherigen Dienstjahre nach sich zieht. Andererseits ist eine lange Dienstdauer beim gleichen Arbeitgeber auf dem ausgeglichenen Arbeitsmarkt aber grundsätzlich positiv zu werten, indem die durch die langjährige Betriebstreue ausgewiesene Zuverlässigkeit und Tüchtigkeit sich bei einem anderen Arbeitgeber im Anfangslohn niederschlägt (Urteile 9C_477/2016 vom 23. November 2016 E. 4.2; 8C_97/2014 vom 16. Juli 2014 E. 4.2 und 9C_455/2013 vom 4. Oktober 2013 E. 4.1).
5.4.2. Der Beschwerdegegner war im Unfallzeitpunkt 60 und im Zeitpunkt der Rentenverfügung 62 Jahre alt, und er hatte zuvor sein ganzes Berufsleben lang (43 Jahre) beim gleichen Arbeitgeber gearbeitet. Obwohl somit eine besondere Treue zum Arbeitgeber vorliegt, ist nicht anzunehmen, dass ein neuer Arbeitgeber dies - bei einem kurz vor der Pensionierung stehenden Arbeitnehmer - noch mit einem erhöhten Einstiegslohn honorieren würde. Dass die Beschwerdeführerin diesen an sich invaliditätsfremden Faktoren bei der Festsetzung des Abzugs Rechnung trug, ist angesichts der besonderen Umstände hier nicht weiter zu hinterfragen.
5.5. Die Vorinstanz begründet die Erhöhung des Abzugs lediglich damit, dass der Beschwerdegegner ursprünglich körperlich gearbeitet habe und nun in seiner Erwerbsfähigkeit qualitativ erheblich eingeschränkt sei. Allerdings legt sie nicht dar, worin diese qualitativen Einschränkungen ihrer Ansicht nach bestehen. Der Verweis auf das medizinische Belastungsprofil genügt dafür jedenfalls nicht, nachdem die Beschwerdeführerin bei der Festsetzung des Leidensabzugs - im Wissen um das betreffende Profil - bereits auf die bestehenden leidensbedingten Einschränkungen Bezug nahm (vgl. E. 5.1 und 5.3.2). Anders als die Beschwerdeführerin führt die Vorinstanz sodann lediglich das Belastungsprofil an und setzt sich weder mit den Faktoren Alter und Dienstalter auseinander noch nennt sie weitere Umstände, die eine Erhöhung rechtfertigen könnten. Das kantonale Gericht vermag somit keinen triftigen Grund aufzuzeigen, der es erlaubt hätte, sein Ermessen an die Stelle desjenigen der Versicherung zu setzen. Indem es ohne nachvollziehbare Begründung den leidensbedingten Abzug auf den Maximalwert von 25 % festlegte, hat es sein Ermessen rechtsfehlerhaft ausgeübt, was einer Bundesrechtsverletzung gleichkommt (Urteil 8C_114/2017 vom 11. Juli 2017 E. 3.3). Die Beschwerde ist daher gutzuheissen.
6.
Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend hat der Beschwerdegegner die Gerichtskosten zu tragen (<ref-law>)

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird gutgeheissen. Der Entscheid des Sozialversicherungsgerichts des Kantons Zürich vom 31. Mai 2017 wird aufgehoben und der Einspracheentscheid der Suva vom 13. Januar 2016 bestätigt.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 800.- werden dem Beschwerdegegner auferlegt.
3.
Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich und dem Bundesamt für Gesundheit schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 18. Januar 2018
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Maillard
Die Gerichtsschreiberin: Betschart