Sachverhalt:
A.
Die Eidgenössische Steuerverwaltung (ESTV) führt eine besondere Strafuntersuchung (Art. 190 ff. des Bundesgesetzes vom 14 Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer, DBG [SR 642.11]) gegen die B._ AG, die C._ Ltd. und D._ wegen mutmasslichen schweren Steuerwiderhandlungen (bzw. Teilnahme daran). Gleichzeitig hat die ESTV gegen D._ ein Verwaltungsstrafverfahren eröffnet wegen mutmasslicher Hinterziehung von Verrechnungssteuern (im Geschäftsbereich der B._ AG). In diesem Zusammenhang forderte die ESTV am 29. Mai 2019 die A._ AG (als ehemalige Steuerberaterin von D._) auf, diverse Unterlagen zu edieren.
B.
Am 27. Juni 2019 übermittelte die Steuerberaterin der ESTV Unterlagen in einer mit Klebeband umwickelten und mit der Aufschrift "versiegelt vdCRA" versehenen Kartonschachtel. Gleichzeitig stellte sie in einem separatem Schreiben an die ESTV ein Siegelungsbegehren bzw. erhob "Einsprache" gegen die Durchsuchung der Dokumente.
C.
Am 28. Juni 2019 teilte die ESTV der Steuerberaterin mit, dass der interne Postdienst der ESTV die zugestellte Kartonschachtel zwar geöffnet habe; diese sei aber von den zuständigen Juristen der Fachgruppe Steuerrecht der Abteilung Strafsachen und Untersuchungen der ESTV unmittelbar nach Erhalt mit Siegelband amtlich versiegelt worden.
D.
Am 23. August 2019 stellte die ESTV beim Bundesstrafgericht ein Gesuch um Entsiegelung der betreffenden Unterlagen. Gleichzeitig reichte sie dem Gericht ein "vertrauliches" Dossier ein ("Beilage A"), in dem der Tatverdacht beschrieben werde ("Beilage A1") und welches "weitere Beweismittel" ("Beilagen A2-5") enthalte. Die Steuerberaterin beantragte am 12. September 2019 im Hauptstandpunkt die Abweisung des Entsiegelungsgesuches, soweit darauf eingetreten werden könne, und die Rückgabe der edierten Unterlagen.
E.
Am 25. November 2019 forderte die Verfahrensleitung der Beschwerdekammer des Bundesstrafgerichtes die ESTV auf, die versiegelten Akten integral umgehend einzureichen. Der Einladung kam die ESTV nicht nach. Statt dessen teilte sie der Beschwerdekammer am 29. November 2019 mit, ihrer Ansicht nach sei es nicht gerechtfertigt, dass die Kammer über die Relevanz der versiegelten Papiere und die Ausscheidung von Akten "anstelle der Untersuchungsbehörde" entscheiden wolle. Ebenso wenig sei es Aufgabe der Kammer, "anstelle der Untersuchungsbehörde" eine summarische Sichtung der Akten vorzunehmen.
F.
Mit Beschluss vom 3. Dezember 2019 trat das Bundesstrafgericht, Beschwerdekammer, auf das Entsiegelungsgesuch nicht ein.
G.
Gegen den Nichteintretensentscheid des Bundesstrafgerichtes gelangte die ESTV mit Beschwerde vom 23. Dezember (Posteingang: 30. Dezember) 2019 an das Bundesgericht. Sie beantragt neben der Aufhebung des angefochtenen Entscheides, die Sache sei an die Vorinstanz zurückzuweisen zum materiellen Entscheid über die Entsiegelung, gestützt auf die bisherigen Verfahrensakten.
Die Vorinstanz verzichtete am 14. Januar 2020 auf eine Stellungnahme. Die verfahrensbeteiligte Steuerberaterin beantragt mit Vernehmlassung vom 30. Januar 2020 die Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten wäre. Die Beschwerdeführerin replizierte am 17. Februar 2020. Die Replik wurde den Verfahrensbeteiligten am 6. April 2020 zur Kenntnisnahme zugestellt.

Erwägungen:
1.
1.1. Angefochten ist ein Entscheid der Beschwerdekammer des Bundesstrafgerichtes über Zwangsmassnahmen im Sinne von <ref-law> i.V.m. <ref-law> und Art. 50 VStrR (vgl. <ref-ruling> E. 1.3 S. 248).
1.2. Auch nach dem Inkrafttreten der Eidgenössischen Strafprozessordnung und des Strafbehördenorganisationsgesetzes des Bundes (StBOG [SR 173.71]) am 1. Januar 2011 bleibt das Bundesgesetz vom 22. März 1974 über das Verwaltungsstrafrecht (VStrR [SR 312.0]) auf Fälle der Bundesgerichtsbarkeit in Verwaltungsstrafsachen weiterhin anwendbar. Das VStrR wurde durch die StPO (Anhang 1 Ziff. II/11) und das StBOG (Anhang Ziff. II/9) teilweise geändert. Die Bestimmungen der StPO sind insoweit ergänzend oder sinngemäss anwendbar, als das VStrR dies ausdrücklich festlegt (vgl. Art. 22, Art. 30 Abs. 2-3, Art. 31 Abs. 2, Art. 41 Abs. 2, Art. 43 Abs. 2, Art. 58 Abs. 3, Art. 60 Abs. 2, Art. 80 Abs. 1, Art. 82, Art. 89 und Art. 97 Abs. 1 VStrR). Soweit das VStrR einzelne Fragen nicht abschliessend regelt, sind die Bestimmungen der StPO grundsätzlich analog anwendbar (<ref-ruling> E. 1.2 S. 248, E. 3.2 S. 249; Urteile 1B_210/2017 vom 23. Oktober 2017 E. 1.1; 1B_91/2016 vom 4. August 2016 E. 4.1, mit Hinweis).
1.3. Ist die Verfolgung und Beurteilung von Widerhandlungen einer Verwaltungsbehörde des Bundes übertragen, so findet das VStrR Anwendung (Art. 1 VStrR). Im vorliegenden Fall ist die ESTV für die Strafuntersuchungen zuständig (vgl. <ref-law> i.V.m. Art. 67 Abs. 1 des Bundesgesetzes vom 13. Oktober 1965 über die Verrechnungssteuer [VStG, SR 642.12]). Über die Zulässigkeit einer Durchsuchung von versiegelten (angeblich geheimnisgeschützten) Aufzeichnungen und Gegenständen entscheidet im Verwaltungsstrafverfahren auf Gesuch der untersuchenden Verwaltungsstrafbehörde hin die Beschwerdekammer des Bundesstrafgerichts (Art. 50 Abs. 3 i.V.m. Art. 25 Abs. 1 VStrR und <ref-law>; s. <ref-ruling> E.1.3 S. 248).
1.4. Die Legitimation der ESTV zur Beschwerdeführung ans Bundesgericht ist zu bejahen, zumal sie eine formelle Rechtsverweigerung beanstandet (Art. 81 Abs. 1 lit. b Ziff. 7, Art. 93 Abs. 1 lit. a und Art. 94 BGG). Die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen der Beschwerde (<ref-law>) geben zu keinen weiteren Vorbemerkungen Anlass.
2.
Nach den Feststellungen des Bundesstrafgerichtes weigerte sich die ESTV im vorinstanzlich anhängig gemachten Entsiegelungsverfahren, die versiegelten Unterlagen integral einzureichen. Sie stellte sich auf den Standpunkt, es sei nicht Aufgabe des Bundesstrafgerichtes, "anstelle der Untersuchungsbehörde" über die Relevanz der versiegelten Papiere und die allfällige Ausscheidung von Akten zu entscheiden oder eine summarische Sichtung der Unterlagen vorzunehmen. Für eine eigene Beurteilung der Untersuchungsrelevanz der versiegelten Unterlagen könne sich die Beschwerdekammer auf die Begründung des Entsiegelungsgesuches bzw. den Schriftenwechsel abstützen. Weitergehende Informationen könne sie auch einem "detaillierten Inhaltsverzeichnis" entnehmen, welches noch bei der beschwerdegegnerischen Gesellschaft eingefordert werden könnte, die das Siegelungsbegehren stellte.
Die Vorinstanz erwägt im angefochtenen Nichteintretensentscheid, es sei ausschliesslich ihre Aufgabe als Entsiegelungsgericht, und nicht die der ESTV, die versiegelten Dokumente zu sichten und im Rahmen einer richterlichen Triage die allfällig zu entsiegelnden Gegenstände zu benennen. Dabei habe die Beschwerdekammer "diejenigen Unterlagen auszuscheiden, die für die Untersuchung nicht von Bedeutung sind und/oder die aufgrund schützenswerter Geheimnisse (Art. 50 Abs. 2 VStrR) nicht durchsucht werden dürfen". Im vorliegenden Fall habe die private Beschwerdegegnerin diverse Dokumente einzeln bezeichnet, die ihrer Ansicht nach mit dem Gegenstand der Untersuchungen in keinem Zusammenhang stünden bzw. der Geheimhaltung unterlägen. Ohne Einsicht in die versiegelten Unterlagen sei es ihr, der Beschwerdekammer, nicht möglich zu überprüfen, ob diese Einwendungen gegen die Entsiegelung begründet seien. Die ESTV sei in diesem Zusammenhang auch darauf hinzuweisen, dass es alleine im Ermessen des Entsiegelungsrichters stehe, "ob die richterliche Triage nach vorgängiger Sichtung der versiegelten Unterlagen oder lediglich gestützt auf ein (detailliertes) Aktenverzeichnis vorgenommen werden" könne.
Die beschwerdeführende ESTV rügt sinngemäss, das Nichteintreten auf ihr Entsiegelungsgesuch begründe eine formelle Rechtsverweigerung und verletze bundesrechtliche Verfahrensvorschriften (bzw. das Willkürverbot), darunter Art. 50 VStrR.
3.
3.1. Edierte Gegenstände, die als Beweismittel von Bedeutung sein können, dürfen von der Untersuchungsbehörde beschlagnahmt bzw. vorläufig sichergestellt werden (Art. 46 Abs. 1 lit. a VStrR). "Papiere" und nach der Praxis des Bundesgerichtes auch andere Datenträger sind mit grösster Schonung der Privatgeheimnisse zu durchsuchen. Insbesondere sollen sie nur dann durchsucht werden, wenn anzunehmen ist, dass sich Aufzeichnungen darunter befinden, die für die Untersuchung von Bedeutung sind (Art. 50 Abs. 1 VStrR). Bei der Durchsuchung sind auch Berufsgeheimnisse, die zum Beispiel Rechtsanwälten oder Ärzten in Ausübung ihres Berufes anvertraut wurden, zu wahren (Art. 50 Abs. 2 VStrR). Den Inhabern der Aufzeichnungen ist wenn immer möglich Gelegenheit zu geben, sich vor der Durchsuchung über ihren Inhalt auszusprechen. Erheben sie gegen die Durchsuchung "Einsprache", so werden die Datenträger versiegelt und verwahrt (Art. 50 Abs. 3 VStrR). Über die Zulässigkeit der Durchsuchung entscheidet dann auf Gesuch der untersuchenden Verwaltungsstrafbehörde die Beschwerdekammer des Bundesstrafgerichts als Entsiegelungsgericht (Art. 50 Abs. 3 i.V.m. Art. 25 Abs. 1 VStrR und <ref-law>).
3.2. Anwendbar ist hier primär das VStrR. Soweit dieses Verfahrensgesetz einzelne Fragen nicht abschliessend regelt, sind die Bestimmungen der StPO grundsätzlich analog anwendbar (vgl. oben, E. 1.2).
Aufzeichnungen und Gegenstände, die nach Angaben der Inhaberin oder des Inhabers wegen eines Aussage- oder Zeugnisverweigerungsrechts oder aus anderen Gründen nicht durchsucht oder beschlagnahmt werden dürfen, sind zu versiegeln und dürfen von den Strafbehörden weder eingesehen noch verwendet werden (<ref-law> i.V.m. Art. 50 Abs. 3 VStrR). Stellt die Untersuchungsbehörde im Vorverfahren ein Entsiegelungsgesuch, hat der Entsiegelungsrichter auf entsprechende substanziierte Vorbringen von Siegelungsberechtigten hin zu prüfen, ob schutzwürdige Geheimnisinteressen oder andere gesetzliche Entsiegelungshindernisse einer Durchsuchung entgegenstehen (Art. 248 Abs. 2-4 StPO i.V.m. Art. 50 Abs. 3 VStrR; vgl. <ref-ruling> E. 2.2 S. 77; <ref-ruling> E. 4.1 S. 81). Der Entsiegelungsrichter darf eine für die Entscheidfindung notwendige richterliche Triage der versiegelten Gegenstände bzw. die Aussonderung von geheimnisgeschützten Aufzeichnungen und Unterlagen nicht an die Untersuchungsbehörde oder an die Polizei "delegieren". Falls er spezialisierte Polizeidienste oder externe Fachexperten (z.B. Informatiker) zur Unterstützung seiner Triage beiziehen will (vgl. <ref-law>), hat er dafür zu sorgen, dass die betreffenden Personen nicht auf den Inhalt von (mutmasslich) geheimnisgeschützten Dateien zugreifen können (<ref-ruling> E. 3.1 S. 374 f.; <ref-ruling> E. 5.5.1 S. 84 f.; <ref-ruling> E. 7.1 S. 229; <ref-ruling> E. 5.1.2 S. 196 f.; s.a Urteile 1B_550/2018 vom 6. August 2019 E. 2.1; 1B_555/2017 vom 22. Juni 2018 E. 3.1 und 3.3; 1B_519/2017 vom 27. März 2018 E. 2.1-2.2; je mit Hinweisen).
3.3. Art. 29 Abs. 1 und Art. 29a BV verbieten die formelle Rechtsverweigerung. Eine solche liegt nach der Praxis des Bundesgerichts insbesondere vor, wenn eine Behörde auf eine ihr frist- und formgerecht unterbreitete Sache nicht eintritt, obschon sie darüber befinden müsste. Überspitzter Formalismus ist gegeben, wenn für ein Verfahren rigorose Formvorschriften aufgestellt werden, ohne dass die Strenge sachlich gerechtfertigt wäre, wenn die Behörde formelle Vorschriften mit übertriebener Schärfe handhabt oder an Rechtsschriften überspannte Anforderungen stellt und damit Bürgern oder anderen Behörden den Rechtsweg in unzulässiger Weise versperrt. Ob eine solche Rechtsverweigerung vorliegt, prüft das Bundesgericht mit freier Kognition (<ref-ruling> E. 2.1 S. 9 mit Hinweisen).
4.
Entgegen der Ansicht der beschwerdeführenden ESTV muss das Bundesstrafgericht als zuständiges Entsiegelungsgericht - nach der oben dargelegten gesetzlichen Regelung und Rechtsprechung - selber prüfen können, ob und auf welche Weise es eine Triage der versiegelten Unterlagen vorzunehmen hat. Zur Erfüllung dieser gesetzlichen Aufgabe muss die Vorinstanz in die versiegelten Unterlagen grundsätzlich integral Einsicht nehmen können. Die ESTV verkennt dabei, dass der Entsiegelungsrichter bei der Prüfung der Zulässigkeit und des allfälligen Umfanges der Entsiegelung nicht bloss auf die Vorbringen der Untersuchungsbehörde in deren Entsiegelungsgesuch abstellen kann. Vielmehr muss er seine Sachverhaltsfeststellungen auf die relevanten Akten stützen. Es ist auch klarerweise Sache des Entsiegelungsrichters - und nicht die Aufgabe der ESTV -, prozessleitend zu entscheiden, ob für eine gebotene richterliche Triage der versiegelten Unterlagen deren Sichtung notwendig erscheint oder ob in begründeten Ausnahmefällen auch schon aufgrund von "Aktenverzeichnissen" der edierenden Person oder Gesellschaft entschieden werden könnte.
Festzustellen ist gleichzeitig auch, dass hier ein formgültig erhobenes Entsiegelungsgesuch vorliegt. Sofern die ESTV an diesem festhalten möchte, hat sie der Vorinstanz unverzüglich alle versiegelten Unterlagen integral nachzureichen. Diesfalls hätte die Beschwerdekammer noch über das hängige Entsiegelungsgesuch zu entscheiden; andernfalls könnte die Vorinstanz das Entsiegelungsverfahren als erledigt abschreiben.
Auf materielle (akzessorische) Vorbringen der Verfahrensbeteiligten in der hängigen Entsiegelungssache, die gar nicht Gegenstand des angefochtenen Nichteintretensentscheides bilden, ist hingegen nicht einzutreten.
5.
Die Beschwerde ist folglich (im Sinne der obigen Erwägungen) abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann.
Bei diesem Verfahrensausgang sind keine Gerichtskosten zu erheben (<ref-law>). Der anwaltlich vertretenen privaten Beschwerdegegnerin ist eine angemessene Parteientschädigung zuzusprechen (<ref-law>). Eine Kostennote wurde nicht eingereicht.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird im Sinne der Erwägungen abgewiesen, soweit auf sie einzutreten ist.
2.
Das Bundesgericht stellt von Amtes wegen fest, dass die Entsiegelungssache bei der Beschwerdekammer des Bundesstrafgerichtes noch rechtshängig ist und dass die Eidgenössische Steuerverwaltung dem Bundesstrafgericht unverzüglich alle versiegelten Unterlagen integral nachzureichen hat, sofern sie an ihrem Entsiegelungsgesuch festhalten möchte.
3.
Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
4.
Die Schweizerische Eidgenossenschaft (Kasse der Eidgenössischen Steuerverwaltung) hat der privaten Beschwerdegegnerin eine Parteientschädigung von Fr. 2'500.-- (pauschl, inkl. MWST) zu entrichten.
5.
Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten und dem Bundesstrafgericht, Beschwerdekammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 17. Dezember 2020
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Chaix
Der Gerichtsschreiber: Forster