Faits :
A.
A.a. A._ est une société dont le siège se situe sur l'Ile de Man. Depuis 2000, elle dispose d'une succursale dans le canton de Genève. Dès 2015, celle-ci est inscrite au Registre du commerce sous la dénomination A1._, succursale T._.
A.b. A._ a engagé B._ (ci-après: l'employé) comme human resources organisational development manager affecté au Nigéria, à compter du 7 janvier 2007. Les rapports de travail ont été résiliés pour le 31 août 2011.
A.c. Sur réquisition de poursuite formée le 26 août 2016 par l'employé, un commandement de payer a été notifié à A._, au siège de sa succursale à Genève, pour les montants bruts de 289'796 fr. et 25'972 fr. 80 avec intérêts, au titre de créances émanant du contrat de travail; la première était liée à une indemnité de départ dite " Garantie zzz ", la seconde correspondait au bonus pour l'année 2011 au prorata. Il était également mentionné que les créances concernaient les affaires de la succursale et que la poursuite était fondée sur l'<ref-law>.
A._ y a fait opposition.
B.
B.a. Après l'échec de la tentative de conciliation requise le 13 décembre 2017, l'employé a saisi, le 4 juin 2018, le Tribunal des prud'hommes du canton de Genève d'une demande contre " A1._, ayant une succursale à Genève ", en vue d'obtenir le paiement des sommes précitées et la rectification de son certificat de travail.
Sur requête de A._, le tribunal a, par ordonnance du 26 octobre 2018, limité la procédure à la question de la prescription des prétentions formées par l'employé.
A._ a déposé une réponse le 20 novembre 2018, en lien avec cette question, accompagnée d'un bordereau de pièces dans lequel ne figurait pas la pièce n° 24, intitulée " courrier d'opposition totale au commandement de payer ". L'employé a déposé une réplique le 30 janvier 2019, également limitée à la problématique de la prescription.
A._ a sollicité un délai pour se prononcer sur l'écriture de la partie adverse. Le tribunal a rejeté cette requête par ordonnance du 25 février 2019.
Par avis du 1er mars 2019, le tribunal a informé les parties qu'il allait prochainement délibérer sur la question de la prescription.
Dans une écriture spontanée du 4 mars 2019, A._ s'est déterminée sur la réplique de l'employé, en produisant un nouveau bordereau de pièces.
Le 11 mars 2019, l'employé a demandé au tribunal de déclarer irrecevables les observations déposées le 4 mars 2019 par la partie adverse. Il a formulé des allégations en lien avec la pièce n° 24 précitée, qu'il a déposée, avec d'autres pièces y relatives.
Le 20 mars 2019, A._ a conclu à la recevabilité de ses écritures du 4 mars 2019.
Des pièces produites par les parties résultent notamment les éléments suivants:
- le contrat de travail établi à Genève mentionne A._ et son siège à..., Ile de Man, en qualité d'employeuse; il contient une clause d'élection de for en faveur des tribunaux genevois et d'élection du droit suisse; il réserve le droit de requérir de l'employé qu'il travaille pour une société affiliée ou une succursale en Suisse ou en dehors de la Suisse;
- divers courriers échangés par les parties lors de la conclusion puis de la rupture de leurs relations contractuelles, établis sur papier à l'en-tête de A._, font mention de l'adresse de la succursale à Genève et sont signés par un membre de la direction de la succursale;
- de janvier 2007 à mars 2008, les fiches de salaire de l'employé ont été établies par la succursale genevoise;
- le contrat de travail d'un salarié de la succursale genevoise mentionne " A._ Geneva Branch " en qualité d'employeuse.
Par décision incidente du 13 août 2019, le tribunal a notamment rectifié la qualité de la partie défenderesse en " A1._, prise dans sa succursale de Genève " (chiffre 2 du dispositif). Il a déclaré irrecevables les déterminations et les pièces déposées par les parties les 4 et 11 mars 2019 (chiffre 3). Il a constaté que la demande formée le 4 juin 2018 par l'employé avait valablement interrompu la prescription des prétentions contenues dans cette demande (chiffre 5).
En substance, le tribunal a retenu que la prétention en paiement d'un bonus pour l'année 2011 avait un lien avec l'activité de la succursale de Genève. Il existait donc un for de poursuite en Suisse, fondé sur l'<ref-law>. Dès lors, l'employé avait valablement interrompu la prescription en formant une réquisition de poursuite le 26 août 2016 à l'encontre de A._, au siège de sa succursale de Genève.
B.b. A._ a interjeté appel contre cette décision auprès de la Chambre des prud'hommes de la Cour de justice du canton de Genève. Elle a conclu à l'annulation du chiffre 2, du chiffre 3 - en tant que ses déterminations du 4 mars 2019 et les pièces y relatives étaient déclarées irrecevables - et du chiffre 5 du dispositif. Elle a demandé à la Cour de justice de rectifier sa raison sociale et de constater que les prétentions de l'employé à son encontre étaient prescrites. Dans sa réponse, l'employé a conclu à la confirmation de la décision attaquée.
Statuant le 28 avril 2020, la Cour de justice a modifié le chiffre 2 du dispositif de la décision incidente, en rectifiant la raison sociale de la partie défenderesse en " A._, sise..., Ile de Man, ayant une succursale à Genève, c/o X._ ". Elle a annulé l'entier du chiffre 3 du dispositif de la décision incidente et confirmé cette dernière pour le surplus.
La Cour de justice a retenu que les parties avaient exercé leur droit d'être entendues par leurs écritures des 4 et 11 mars 2019, de sorte que ces dernières étaient recevables. S'agissant de la problématique relative au for de poursuite, la Cour de justice a relevé que de nombreux éléments ressortant du dossier (par exemple, la clause d'élection de for et de droit suisse) permettaient de considérer que les créances qu'avait fait valoir l'employé par la réquisition de poursuite étaient en lien avec l'activité de la succursale genevoise. La Cour de justice a expressément renoncé à trancher la question du for de la poursuite, en expliquant que A._ avait été atteinte, de sorte que la réquisition de poursuite avait en tout état de cause interrompu la prescription. Dès lors, les prétentions en paiement n'étaient pas encore prescrites lorsque l'employé avait engagé la procédure. Il en allait de même s'agissant de celle en rectification du certificat de travail, soumise à un délai de prescription de dix ans dès la fin des rapports de travail.
C.
A._ (ci-après: la recourante) a formé un recours en matière civile au Tribunal fédéral. Elle a conclu à la réforme de l'arrêt attaqué dans le sens qu'il soit d'une part constaté que les écritures et les pièces déposées le 11 mars 2019 par l'employé (ci-après: l'intimé) sont irrecevables, et d'autre part que les prétentions en paiement et en rectification du certificat de travail formées par l'intimé sont prescrites. Sur ce second point, elle a conclu, subsidiairement, au renvoi de la cause à l'autorité inférieure pour nouvelle décision au sens des considérants.
L'intimé a conclu principalement à l'irrecevabilité du recours, subsidiairement à son rejet.
La cour cantonale s'est référée à son arrêt.
Les parties ont spontanément déposé une réplique et une duplique, dans lesquelles elles ont maintenu leurs conclusions respectives.

Considérant en droit :
1.
1.1. L'arrêt attaqué rejette le moyen tiré de la prescription. Il constitue une décision incidente, de sorte que le recours au Tribunal fédéral n'est recevable que dans les conditions posées par l'<ref-law>.
1.2. Selon l'<ref-law>, une telle décision peut être attaquée si l'admission du recours peut conduire immédiatement à une décision finale permettant d'éviter une procédure probatoire longue et coûteuse.
La jurisprudence exige que la partie recourante établisse, si cela n'est pas manifeste, qu'une décision finale immédiate permettrait d'éviter une procédure probatoire longue et coûteuse; cette partie doit indiquer de manière détaillée, en particulier, quelles questions de fait sont encore litigieuses et quelles preuves, déjà offertes ou requises, doivent encore être administrées, et en quoi celles-ci entraîneraient une procédure probatoire longue et coûteuse (<ref-ruling> consid. 1.3.3; <ref-ruling> consid. 2.4.2; voir également <ref-ruling> consid. 1.2). Tout complément d'instruction entraîne nécessairement des frais et un prolongement de la procédure; cela ne suffit pas pour ouvrir le recours immédiat. Pour que la condition légale soit remplie, il faut que la procédure probatoire, par sa durée et son coût, s'écarte notablement des procès habituels. Si l'administration des preuves doit se limiter à entendre les parties, à leur permettre de produire des pièces et à procéder à l'interrogatoire de quelques témoins, un recours immédiat n'est pas justifié. Il en va différemment s'il faut envisager une expertise complexe, plusieurs expertises, l'audition de très nombreux témoins ou l'envoi de commissions rogatoires dans des pays lointains (arrêts 4A_441/2020 du 1er octobre 2020 consid. 2; 4A_480/2019 du 30 octobre 2019 consid. 5.1; 5A_286/2019 du 10 septembre 2019 consid. 2.1).
Le Tribunal fédéral a par exemple admis qu'une décision de renvoi pouvait faire l'objet d'un recours immédiat lorsque, pour établir l'existence du dommage allégué, il n'était pas exclu qu'une expertise médicale soit nécessaire, de même que l'audition de certains témoins résidant à l'étranger. L'établissement des faits pertinents s'avérait, en outre, difficile en raison de l'éloignement du demandeur à l'étranger et de l'écoulement du temps entre la blessure de l'intéressé et l'instruction du dossier (arrêt 2C_111/2011 du 7 juillet 2011 consid. 1.1.3).
1.3. En l'occurrence, l'admission de l'exception de prescription mettrait fin à la cause, puisque le Tribunal fédéral pourrait prononcer sur le champ le rejet définitif des prétentions de l'intimé. La première condition requise par l'<ref-law> est donc réalisée.
La recourante soutient que la décision que pourrait rendre le Tribunal fédéral permettrait d'éviter une procédure probatoire longue et coûteuse. Après avoir expliqué quels points demeuraient litigieux, elle s'est référée à la demande de l'intimé, en exposant que pour 88 allégués, l'offre de preuve proposée était une déclaration de témoins. Elle a ajouté qu'elle n'employait plus personne en Suisse et que l'intimé n'y avait jamais travaillé. Il était donc probable que le recueil de témoignages devrait se faire, en partie du moins, par commission rogatoire. De plus, les parties n'étaient pas domiciliées en Suisse. Elles devraient en outre vraisemblablement encore verser des pièces à la procédure; puisqu'elles communiquaient en anglais, une traduction serait nécessaire. L'intimé avait également requis des expertises.
La procédure en première instance a été d'emblée limitée à la question de la prescription. A ce stade, on ne peut pas attendre de la recourante qu'elle apporte plus de précisions sur l'éventualité d'une procédure probatoire longue et coûteuse.
En particulier, dans sa demande, l'intimé n'a pas désigné les témoins qu'il comptait faire entendre. Se déterminant sur le présent recours, il fait valoir que le nombre de témoins est en réalité restreint. Il ne conteste toutefois pas avoir requis l'audition de témoins pour 88 allégués, même s'il soutient désormais qu'il s'agissait uniquement d'une précaution. Il ne formule pas de chiffre ou d'ordre de grandeur. Il reproche à la recourante de spéculer sur leur domicile, sans pour autant prétendre que ces témoins résideraient tous en Suisse. Il ne conteste pas ne jamais avoir travaillé en Suisse, ni être domicilié à l'étranger, tout comme la partie adverse. Si la recourante a certes une succursale à Genève, celle-ci se trouve en l'étude de Me X._, de sorte que l'on ne peut d'emblée conclure qu'elle dispose à Genève de personnel dont l'audition permettrait de se prononcer sur le fond du litige. Il est au contraire probable que l'audition de témoins résidant à l'étranger soit nécessaire, par la voie de l'entraide internationale, même si leur nombre n'est pas encore déterminable. Le litige porte en effet sur un conflit de travail dans un contexte multinational. Pour le surplus, il n'est pas exclu que des pièces doivent encore être versées au dossier, et traduites en français, puisque la procédure a d'emblée été limitée à la question de la prescription. Il ressort en outre de l'arrêt attaqué que les faits litigieux remontent, au plus tard, à 2011, de sorte que l'écoulement du temps rend plus difficile l'établissement des faits pertinents. Les expertises invoquées - sans plus amples explications - ne revêtent pas la complexité requise pour permettre de démontrer le risque d'une procédure longue et coûteuse; il s'agit en réalité d'une seule expertise portant sur la traduction et le sens d'un mot. Toutefois, au vu de l'ensemble des circonstances bien particulières du cas d'espèce, rappelées ci-avant, les motifs liés à l'économie de la procédure justifient d'admettre que l'arrêt litigieux puisse faire l'objet d'un recours immédiat au Tribunal fédéral. Les nouveaux points soulevés par la recourante dans sa réplique (qui ne ressortent pas de la décision attaquée) sont tardifs et n'ont pas à être pris en considération. Les éléments précités suffisent cependant à reconnaître la recevabilité du recours.
Il sied encore de préciser que l'intimé ne peut être suivi lorsqu'il allègue que seuls les frais à engager par la partie qui fait valoir que la procédure sera longue et coûteuse doivent être pris en considération. Cet argument n'est pas soutenu par les références jurisprudentielles et doctrinales auxquelles il se réfère à cet égard.
2.
Pour le surplus, les conditions de recevabilité du recours en matière civile sont réalisées, notamment celles afférentes à la valeur litigieuse minimale de 15'000 fr. (<ref-law>) et au délai de recours (art. 45 al. 1 et 2, <ref-law>).
3.
3.1. Le recours peut être formé pour violation du droit fédéral (<ref-law>). Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (<ref-law>). Eu égard, toutefois, à l'exigence de motivation qu'impose l'<ref-law>, sous peine d'irrecevabilité (<ref-law>), il n'examine d'ordinaire que les griefs invoqués, sauf en cas d'erreurs juridiques manifestes (<ref-ruling> consid. 2).
3.2. Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>). Il ne peut rectifier ou compléter les constatations de l'autorité précédente que si elles sont manifestement inexactes ou découlent d'une violation du droit au sens de l'<ref-law> (<ref-law>). " Manifestement inexactes " signifie ici " arbitraires " (<ref-ruling> consid. 2; <ref-ruling> consid. 1.5). Encore faut-il que la correction du vice soit susceptible d'influer sur le sort de la cause (<ref-law>).
4.
A ce stade subsistent trois points litigieux. Tout d'abord, est contestée la recevabilité des écritures et des pièces déposées par l'intimé le 11 mars 2019. Ensuite, il conviendra de déterminer quel délai de prescription s'applique à une action en rectification d'un certificat de travail. Enfin, se posera la question de savoir si les prétentions en paiement de l'intimé, liées à la " Garantie zzz " et au bonus de l'année 2011, sont atteintes par la prescription.
5.
5.1. La recourante reproche tout d'abord à la cour cantonale d'avoir enfreint les <ref-law>, 229 CPC, 29 al. 1 Cst. et 6 par. 1 CEDH en déclarant recevables les déterminations de l'intimé du 11 mars 2019 et les pièces déposées avec celles-ci (n os 46 à 48). La cour cantonale aurait notamment violé les principes de l'interdiction de la reformatio in pejuset de l'égalité des armes.
5.2. Ce point peut en l'occurrence demeurer indécis. En effet, la recourante admet expressément la recevabilité de la pièce n° 47, soit la lettre d'opposition au commandement de payer, produite à l'appui des déterminations litigieuses du 11 mars 2019. La recourante explique qu'elle correspond à la pièce n° 24 qu'elle avait voulu produire devant le tribunal de première instance, sans avoir été en mesure de le faire. Les deux autres pièces déposées par l'intimé avec les déterminations du 11 mars 2019 sont étroitement liées à la pièce n° 47; il s'agit en particulier de courriels adressés à la recourante pour lui demander de transmettre cette pièce.
En réalité, la recourante conteste uniquement la recevabilité des allégations de l'intimé, selon lesquelles le courrier d'opposition a été établi sur du papier à en-tête de la succursale genevoise, et signé par des personnes disposant d'une signature pour les affaires de la succursale. Elle fait valoir que la cour cantonale a pris ces allégations en considération lorsqu'elle a énuméré quelques éléments qui seraient de nature à créer un lien entre les prétentions de l'intimé et les activités de la succursale. Toutefois, contrairement à ce que soutient la recourante, la cour cantonale n'en a pas tenu compte, à juste titre. Elle a uniquement retenu des éléments relatifs à la correspondance échangée par les parties " lors de la conclusion ou la rupture de leurs relations contractuelles ". En effet, le papier à lettre et les signataires du courrier d'opposition, lequel a été établi près de cinq années après la fin des rapports de travail, à la suite d'un commandement de payer notifié au siège de la succursale, ne jouent aucun rôle pour déterminer si les prétentions de l'intimé constituent ou non des dettes de la succursale.
Dans ces circonstances, il n'y a pas lieu de trancher la question de la recevabilité des déterminations de l'intimé du 11 mars 2019 et des pièces y relatives.
6.
6.1. Ensuite, la recourante se plaint d'une violation des art. 127 et 128 CO, dans la mesure où la cour cantonale a retenu que l'action en rectification d'un certificat de travail se prescrivait par dix ans.
6.2. Jusqu'ici, le Tribunal fédéral n'a pas eu à examiner à quel délai de prescription était soumise l'action en délivrance, respectivement en rectification, d'un certificat de travail.
6.3. Selon l'<ref-law>, le travailleur peut demander en tout temps à l'employeur un certificat portant sur la nature et la durée des rapports de travail, ainsi que sur la qualité de son travail et sa conduite. D'après l'<ref-law>, les dispositions générales en matière de prescription sont applicables aux créances découlant du contrat de travail.
Aux termes de l'<ref-law>, toutes les actions se prescrivent par dix ans, lorsque le droit civil fédéral n'en dispose pas autrement. Tel est le cas de l'<ref-law>, qui prévoit un délai de prescription de cinq ans pour les actions des travailleurs pour leurs services ( Forderungen aus dem Arbeitsverhältnis von Arbeitnehmern, azioni per rapporti di lavoro di lavoratori, dans les versions allemande et italienne).
6.4. La loi s'interprète en premier lieu selon sa lettre (interprétation littérale). Si le texte se prête à plusieurs interprétations, s'il y a de sérieuses raisons de penser qu'il ne correspond pas à la volonté du législateur, il convient de rechercher sa véritable portée au regard notamment des travaux préparatoires (interprétation historique), du but de la règle, de son esprit, ainsi que des valeurs sur lesquelles elle repose, singulièrement de l'intérêt protégé (interprétation téléologique) ou encore de sa relation avec d'autres dispositions légales (interprétation systématique) (<ref-ruling> consid. 3.2; <ref-ruling> consid. 2.3.1; <ref-ruling> consid. 2.3.1). Lorsqu'il est appelé à interpréter une loi, le Tribunal fédéral adopte une position pragmatique en suivant ces différentes interprétations, sans les soumettre à un ordre de priorité (<ref-ruling> consid. 5.1; <ref-ruling> consid. 2.4; <ref-ruling> consid. 2.4.4 et les références).
6.5. Le texte de l'<ref-law> a une formulation large (<ref-ruling> consid. 4.1). Il ne distingue pas les différents types de prétentions que pourrait faire valoir l'employé sur la base de son contrat de travail. Ainsi, en s'arrêtant à la lettre de la loi, il conviendrait de soumettre les actions concernant le certificat de travail à cette disposition (en ce sens: STEPHEN BERTI, Zürcher Kommentar, 2002, n° 61 ad <ref-law>; arrêt du 20 novembre 1979 de l' Arbeitsgericht de Zurich, in JAR 1981 p. 274).
Une nette majorité de la doctrine conteste ce point de vue et soutient que le délai de 5 ans n'est pas applicable aux actions en lien avec le certificat de travail. Elle justifie sa position en expliquant qu'un tel délai ne concerne que les créances de salaires au sens large ou pécuniaires (ROBERT DÄPPEN, in Basler Kommentar, Obligationenrecht I, 7e éd. 2020, n° 13 et 13a ad <ref-law>; PORTMANN/RUDOLPH, in Basler Kommentar, op. cit., n° 1 ad <ref-law>; WYLER/HEINZER, Droit du travail, 4e éd. 2019, pp. 522, 894 s.; REHBINDER/STÖCKLI, Berner Kommentar, 201 4, n° 30 ad <ref-law>; BOHNET/DIETSCHY, in Commentaire du contrat de travail, 2013, nos 32 et 33 ad <ref-law>; STREIFF/VON KAENEL/RUDOLPH, Arbeitsvertrag, 7e éd. 2012, pp. 1300 s.; PASCAL PICHONNAZ, in Commentaire romand, Code des obligations I, 2e éd. 2012, n° 30 ad <ref-law>; GABRIEL AUBERT, in Commentaire romand, op. cit., n° 7 ad art. 330a C O; REHBINDER/STÖCKLI, Berner Kommentar, 2010, n° 16 ad <ref-law>; PHILIPPE CARRUZZO, Le contrat individuel de travail, 2009, pp. 406 s. et 610 s.; STAEHELIN/VISCHER, Zürcher Kommentar, 1996, n° 5a ad <ref-law> et n° 19 ad <ref-law>). Elle se réfère au but de cette disposition.
6.6. Jusqu'en 1971, l'<ref-law> prévoyait que se prescrivaient par cinq ans les actions " des commis, employés de bureau, domestiques, journaliers et ouvriers pour leur salaire " (RO 1911 357). Les versions allemande et italienne faisaient état de ce qui suit: " Forderungen aus Arbeit von Angestellten, Dienstboten, Tagelöhnern und Arbeitern " (AS 1911 355; <ref-ruling> consid. 3); " azioni per lavoro d'impiegati, giornalieri, domestici ed operai " (RU 1911 410).
Dans son message, le Conseil fédéral a indiqué, au sujet de l'art. 147 aCO (remplacé dès le 1er janvier 1912 par l'<ref-law>), que les obligations concernées par cette prescription de courte durée avaient en commun le fait qu'elles reposaient sur des contrats synallagmatiques dans lesquels il était d'usage de s'exécuter à bref délai et pour lesquels on ne dressait généralement pas d'acte ni ne gardait longtemps de quittance (<ref-ruling> consid. 6.1; <ref-ruling> consid. 2b; <ref-ruling> consid. 3b; Message du 27 novembre 1879 concernant le projet d'une loi fédérale sur les obligations et le droit commercial, FF 1880 I 115 s., p. 156). Le Conseil fédéral a ajouté que pour ces obligations, il était présumé que l'une des parties avait reçu quelque chose qui pouvait être estimé en argent (travail, chose mobilière) et qu'elle était par conséquent devenue débitrice d'une somme d'argent correspondante. Seule l'action ayant pour objet cette somme d'argent était soumise à la prescription de cette disposition (Message du Conseil fédéral précité, p. 157). Cela correspond d'ailleurs à la version française de la disposition, dans laquelle figure le terme de " salaires ".
A l'origine, le but de cette norme visait donc à favoriser la liquidation rapide des créances en rémunération des affaires courantes.
La formulation de l'<ref-law> a été quelque peu modifiée dans le cadre de la révision des dispositions sur le contrat de travail, entrée en vigueur le 1er janvier 1972. La nouvelle formule correspond à la teneur actuelle. Dans le message concernant cette révision, le Conseil fédéral a indiqué que les dispositions sur la prescription devaient être adaptées à la nouvelle terminologie adoptée (Message du 25 août 1967 concernant la révision des titres dixième et dixième bis du code des obligations, FF 1967 II 249, pp. 270 et 437). Désormais, les différentes catégories sont regroupées sous les termes de " travailleurs ", " Arbeitnehmer " et " lavoratori ". En revanche, le Conseil fédéral n'a pas expliqué pourquoi il a remplacé le terme " salaires " par " services ", ou " Arbeit " par " Arbeitsverhältnis ". A cet égard, les propositions de la commission n'ont pas été motivées et, dans le cadre des débats au Parlement, elles ont été approuvées sans discussion (BO 1969 CN 862; BO 1970 CE 366; WALTER HEUBERGER, Die Unverzichtbarkeit von arbeitsvertraglichen Ansprüche, Inauguraldissertation, 1988, p. 75). Il n'a pas été fait mention d'une quelconque volonté de modifier la réglementation relative à la prescription. Le seul remplacement des termes précités ne permet pas de conclure à un changement du droit matériel (HEUBERGER, loc. cit.). Sous l'angle de l'<ref-law>, le message du Conseil fédéral n'a pas abordé le thème de la prescription (Message du 25 août 1967 précité, p. 364) et les propositions de la commission, non motivées, ont également été approuvées sans discussion (BO 1969 CN 801 et BO 1970 CE 334). Ainsi, force est de constater que les modifications introduites par la révision entrée en vigueur en 1972 n'ont porté que sur la terminologie et ne visaient pas à élargir la portée de l'<ref-law> (REHBINDER/STÖCKLI, op. cit., n° 30 ad <ref-law>; STREIFF/VON KAENEL/RUDOLPH, op. cit., p. 1300; STAEHELIN/VISCHER, op. cit., n° 5a ad <ref-law> et n° 19 ad <ref-law>; HEUBERGER, op. cit., p. 76).
Avec le développement des usages commerciaux, la ratio legis de l'<ref-law> a perdu une partie de son sens, raison pour laquelle le Tribunal fédéral a fait état d'une interprétation restrictive de cette disposition (<ref-ruling> consid. 6.1; <ref-ruling> consid. 2b).
A cet égard, il sied de relever que dans le cadre de la révision du droit de la prescription du 15 juin 2018, le Conseil fédéral a proposé de supprimer les délais spéciaux de l'<ref-law>. Il a expliqué que les motifs ayant conduit à cette réglementation n'étaient actuellement plus pertinents, et que cette distinction conduisait non seulement à des incertitudes, mais aussi à des inégalités; il devenait difficile de justifier pourquoi, par exemple, les créances salariales se prescrivaient par cinq ans seulement, sans qu'il en aille de même pour les créances de l'employeur contre l'employé (cf. Message du 29 novembre 2013 du Conseil fédéral relatif à la modification du code des obligations [Droit de la prescription], FF 2014 221, p. 243 et les références citées; BO 2014 N 1783; BO 2015 E 1297 s.). Devant le Conseil national, la commission a toutefois proposé de maintenir l'<ref-law>, pour ne pas compliquer un système dont la pratique avait fini par s'accommoder (BO 2014 N 1783). Au final, le Conseil national et le Conseil des Etats ont décidé de conserver l'<ref-law> (BO précités; consultables sous https://www.parlament.ch/fr/ratsbetrieb/amtliches-bulletin/amtliches-bulletin-die-verhandlungen?SubjectId=30820). On peut déduire de cette analyse que plus récemment, le législateur n'a en tous cas pas voulu étendre le champ d'application de l'<ref-law>.
6.7. L'interprétation systématique conduit au constat que l'<ref-law> constitue une exception à l'<ref-law>. Pour cette raison également, il doit être appliqué restrictivement (ATF <ref-ruling> consid. 2a et les références citées; DÄPPEN, op. cit., n° 13a ad <ref-law>).
6.8. Dans sa jurisprudence plus récente, le Tribunal fédéral a certes soumis le droit aux vacances au délai de prescription de cinq ans (<ref-ruling>). Il ne s'est toutefois pas prononcé sur la position d'une grande partie de la doctrine, qui exclut l'application de ce délai pour certaines prétentions, dont celles relatives au certificat de travail (cf. de même, arrêt non publié 4C.175/2004 du 31 août 2004 consid. 3, où la question litigieuse se limitait à déterminer si le délai de prescription applicable était celui de l'<ref-law> ou de l'<ref-law>; aucune discussion n'a été menée quant au délai de l'<ref-law>; critiqué par DÄPPEN, op. cit., n° 13 ad <ref-law>). S'agissant du droit aux vacances, le Tribunal fédéral a expliqué que dans tous les cas, celui-ci comprenait un double aspect, soit le droit au temps libre et le droit au salaire, et qu'il se justifiait de soumettre l'entier au même délai de prescription. Il a ajouté qu'il était incontesté que l'indemnité pour les vacances non prises se prescrivait par cinq ans, et qu'il n'y avait pas lieu de prévoir un délai plus long pour le droit aux vacances, que cette indemnité remplaçait. Enfin, dans le message ayant conduit à la révision du droit aux vacances, le Conseil fédéral avait clairement exprimé que ce droit était assujetti au délai de prescription de cinq ans (<ref-ruling> consid. 4.1). Les motifs exposés ci-dessus ne se transposent pas aux prétentions concernant le certificat de travail.
Si les actions en délivrance ou en rectification du certificat de travail sont certes de nature pécuniaire (<ref-ruling> consid. 2b), cela ne suffit pas pour les soumettre au délai de prescription de l'<ref-law> (CARRUZZO, op. cit., p. 407). Elles ne présentent aucune caractéristique d'une créance de salaire, même prise au sens large, étant rappelé que seules les créances en rémunération étaient à l'origine visées par l'<ref-law> (cf. consid. 6.6 supra). Elles ne remplacent pas non plus une créance de ce type. On peut encore souligner que la position du travailleur serait injustement péjorée par rapport à celle de l'employeur si l'on retenait l'application de l'<ref-law> - qui constitue une exception au régime général - pour l'ensemble de ses prétentions découlant du contrat de travail, alors qu'il n'en va pas de même s'agissant des créances de l'employeur envers l'employé (REHBINDER/STÖCKLI, op. cit., n° 30 ad art. 341; STREIFF/VON KAENEL/RUDOLPH, op. cit., p. 1300; ALEX ENZLER, Der arbeitsrechtliche Zeugnisanspruch, 2012, p. 95). Pour cette raison aussi, le seul fait que les moyens de preuve sont plus difficilement disponibles en cas de long intervalle entre la fin des rapports de travail et l'introduction de l'action en justice ne permet pas de conclure à un délai de prescription de cinq ans. Il convient toutefois de réserver les cas d'abus de droit, par exemple si l'employé attend expressément le décès de la personne compétente ou la destruction des documents pertinents pour demander un certificat de travail ou la rectification de celui-ci. Il en va autrement d'un employé qui démissionne de son travail car il a trouvé un nouvel emploi et ne prête pas attention à se voir délivrer un certificat de travail (ou à son contenu), en pensant ne pas en avoir besoin; il se fait toutefois licencier six ans plus tard par son nouvel employeur et se rend compte de la nécessité d'obtenir un certificat de travail de son ancien employeur (au contenu correct) pour compléter son dossier de candidature. Dans ce cas, il n'y a en principe pas d'abus de droit (cf. ROLAND MÜLLER ET AL., Le certificat de travail en question, 2014, p. 103 s).
6.9. Au vu de ce qui précède, on doit retenir que les actions en délivrance, respectivement en rectification du certificat de travail, sont soumises au délai de prescription général de dix ans selon l'<ref-law>. Dès lors, lorsque l'intimé a déposé sa requête de conciliation, le 13 décembre 2017, soit moins de dix ans après la fin des rapports de travail intervenue le 31 août 2011, la prétention en rectification du certificat de travail n'était pas prescrite. L'arrêt de la cour cantonale doit donc être confirmé sur ce point.
7.
7.1. Enfin, s'agissant des prétentions en paiement de l'intimé, en lien avec la " Garantie zzz " et le bonus 2011 au prorata, la recourante fait grief à la cour cantonale d'avoir violé, en particulier, les <ref-law> et 50 al. 1 LP. Elle reproche également à la cour de ne pas avoir tranché le point de savoir si les conditions de l'<ref-law> étaient réalisées, à savoir s'il existait un lien entre les activités de sa succursale genevoise et les prétentions de l'intimé. La recourante réfute un tel lien.
7.2. A ce stade, les parties ne contestent pas que les prétentions en paiement de l'intimé sont soumises au délai de cinq ans prévu à l'<ref-law>.
La prescription court dès que la créance est devenue exigible (<ref-law>). Selon l'<ref-law>, elle est interrompue, entre autres hypothèses, lorsque le créancier fait valoir ses droits par des poursuites, par une requête de conciliation, ou par une action devant un tribunal.
En principe, le débiteur domicilié à l'étranger ne peut être poursuivi en Suisse. L'<ref-law> prévoit toutefois un for spécial: le débiteur domicilié à l'étranger qui possède un établissement en Suisse - par exemple une succursale - peut y être poursuivi pour les dettes de celui-ci (<ref-ruling> consid. 1c; arrêts 5P.327/1999 du 14 janvier 2000 consid. 4a et 7B.266/1997 du 20 janvier 1998 consid. 1).
7.3. La cour cantonale a relevé que les parties s'opposaient sur la question de savoir si les créances que l'employé avait fait valoir par la réquisition de poursuite du 26 août 2016 concernaient la succursale genevoise de l'employeuse et constituaient un for de poursuite à Genève au sens de l'<ref-law>. La cour cantonale a ajouté que de nombreux éléments ressortant du dossier permettaient de considérer que les prétentions de l'employé étaient en lien avec l'activité de cette succursale. La cour cantonale a toutefois expressément renoncé à trancher cette question, en expliquant que la réquisition de poursuite avait en tout état de cause interrompu la prescription, puisque le débiteur avait été atteint. Elle s'est fondée à cet égard sur l'<ref-ruling>.
Selon cet arrêt, la réquisition de poursuite adressée à un office incompétent à raison du lieu interrompt la prescription pour autant que le commandement de payer soit notifié au débiteur et qu'il ne soit pas annulé par la voie de la plainte LP (<ref-law>) (<ref-ruling> consid. 5). Le cas traité dans cet arrêt ne concernait pas une société ayant son siège à l'étranger et un établissement en Suisse. L'<ref-law> n'était ainsi pas en cause.
Il semblerait, comme le soutient la recourante, que l'application de cette jurisprudence dans les cas visés par l'<ref-law> viderait cette disposition de son sens. En effet, la prescription d'une dette d'un débiteur domicilié à l'étranger, ne concernant pas son établissement en Suisse, serait interrompue du seul fait de la notification d'un commandement de payer (non annulé par la suite) à cet établissement. En tout état de cause, cette jurisprudence ne peut pas être transposée au cas d'espèce, pour les motifs qui suivent.
Selon la jurisprudence relative à l'<ref-law>, déterminer si une dette concerne l'établissement en Suisse et non le siège à l'étranger est une question de fond, à résoudre dans la procédure de mainlevée (<ref-ruling> consid. 1; arrêts 5A_682/2018 du 27 septembre 2018 consid. 4; 6B_377/2011 du 23 septembre 2011 consid. 7.1.1; 7B.249/2001 du 26 novembre 2001). Le débiteur qui conteste que la dette se rattache à son établissement en Suisse doit former une opposition au commandement de payer et non procéder par la voie de la plainte LP; a été laissée indécise la question de savoir si cette dernière voie serait quand même ouverte dans le cas où il serait évident que les dettes n'avaient absolument aucun lien avec l'établissement (ATF 47 III 14 consid. 1).
En l'espèce, la recourante n'a pas agi par la voie de la plainte LP. En revanche, elle a formé opposition au commandement de payer. L'intimé n'a pas entrepris de procédure de mainlevée et ne requiert pas la mainlevée dans la présente procédure.
La jurisprudence citée par la cour cantonale en lien avec l'<ref-law> devrait quoi qu'il en soit être coordonnée avec celle concernant l'<ref-law>. Ainsi, on ne peut d'emblée retenir que le commandement de payer a été notifié à la recourante, sans qu'elle ne procède par la voie de la plainte LP, de sorte que la réquisition de poursuite a interrompu la prescription. En effet, la voie de la plainte LP n'est pas adéquate au regard de l'<ref-law>; il fallait former une opposition, ce que la recourante a fait.
Ainsi, dans tous les cas, la cour cantonale ne pouvait se limiter à se fonder sur l'<ref-ruling> pour admettre que la prescription avait été interrompue. Elle devait au contraire examiner si les conditions d'application de l'<ref-law> étaient réalisées, à savoir si les prétentions de l'intimé constituaient ou non des dettes de la succursale telles que visées par cette disposition. Ce n'est que dans l'affirmative que la réquisition de poursuite aurait valablement interrompu la prescription. La cour cantonale a énuméré quelques éléments en faveur de cette thèse mais a explicitement renoncé à trancher. Toutefois, il lui appartenait d'établir l'ensemble des faits pertinents en lien avec cette problématique, puis de statuer.
Au vu du pouvoir d'appréciation dont dispose l'autorité précédente, il s'impose de lui renvoyer la cause pour nouvelle décision au sens des considérants sur cette question.
8.
En définitive, le recours doit être partiellement admis (cf. consid. 7 supra). L'arrêt attaqué est annulé en tant qu'il constate que le dépôt de la demande formée le 4 juin 2018 par l'intimé à l'encontre de la recourante a valablement interrompu la prescription à l'égard des prétentions en paiement contenues dans cette demande (cf. chiffre 5 du dispositif de la décision du tribunal de première instance, intégralement confirmé par la cour cantonale). Sur ce point, la cause est renvoyée à la Cour de justice pour nouvelle décision au sens des considérants. Il lui appartiendra également de fixer à nouveau les frais de la procédure cantonale. L'arrêt attaqué est confirmé pour le surplus.
Au regard des conclusions présentées, aucune des parties n'obtient entièrement gain de cause. Les frais judiciaires doivent donc être répartis entre elles (art. 66 al. 1 et 68 al. 1 LTF), à raison de 1/4 à la charge de la recourante et de 3/4 à la charge de l'intimé. L'émolument judiciaire, arrêté à 6'500 fr., est imputé à hauteur de 1'625 fr. à la recourante et de 4'875 fr. à l'intimé. La charge des dépens, évaluée à 7'500 fr. tant pour la recourante que pour l'intimé, doit être répartie dans la même proportion. L'intimé doit verser 5'625 fr. et recevoir 1'875 francs. Après compensation, le solde à sa charge s'élève à 3'750 francs.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est partiellement admis. L'arrêt attaqué est annulé en tant qu'il constate que le dépôt de la demande formée le 4 juin 2018 par l'intimé à l'encontre de la recourante a valablement interrompu la prescription à l'égard des prétentions en paiement contenues dans cette demande. La cause est renvoyée à l'autorité cantonale pour nouvelle décision au sens des considérants sur ce point. Elle lui est également renvoyée pour qu'elle statue sur les frais de la procédure cantonale. L'arrêt est confirmé pour le surplus.
2.
Les parties acquitteront un émolument judiciaire de 6'500 fr., à raison de 1'625 fr. à la charge de la recourante et de 4'875 fr. à la charge de l'intimé.
3.
L'intimé versera une indemnité de 3'750 fr. à la recourante à titre de dépens.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Chambre des prud'hommes de la Cour de justice du canton de Genève.
Lausanne, le 28 décembre 2020
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente : Kiss
La Greffière : Raetz