Sachverhalt:
A.
Der 1959 geborene A._, gelernter Gärtner A (Topfpflanzengärtner), war seit April 1990 bei der B._ AG vorwiegend im Aussendienst tätig. Am 14. April 2011 meldete er sich wegen Rückenbeschwerden nach einem am 6. November 2010 erlittenen Verhebetrauma bei der Invalidenversicherung zum Leistungsbezug an. Die IV-Stelle des Kantons Luzern traf medizinische und erwerbliche Abklärungen. Darunter finden sich insbesondere Verlaufsberichte des Dr. med. C._, Chefarzt für Wirbel- und Rückenmarkschirurgie am Zentrum D._, Stellungnahmen der Dr. med. E._, Fachärztin für physikalische Medizin und Rehabilitation vom ärztlichen Dienst der IV-Stelle (RAD) und das von der beteiligten Taggeldversicherung in Auftrag gegebene Gutachten der Dr. med. F._, Fachärztin für orthopädische Chirurgie und Traumatologie des Bewegungsapparates, vom 11. Juli 2012. Der Versicherte gab einen Bericht der Dr. med. G._, Fachärztin für Rheumatologie FMH, vom 1. Oktober 2014 zu den Akten. Schliesslich veranlasste die IV-Stelle eine vom 24. September 2012 bis 19. Oktober 2012 dauernde Abklärung bei der beruflichen Abklärungsstelle (Befas) der Stiftung H._ (Bericht vom 25. Oktober 2012) und eine polydisziplinäre Begutachtung bei der medizinischen Abklärungsstelle Bern ZVMB GmbH (Medas) (Expertise vom 28. Dezember 2015). Mit Verfügung vom 26. August 2016 verneinte die IV-Stelle bei einem ermittelten Invaliditätsgrad von 34 % einen Anspruch auf eine Invalidenrente.
B.
Mit Entscheid vom 5. März 2018 hiess das Kantonsgericht Luzern die dagegen erhobene Beschwerde teilweise gut. Es hob die Verfügung vom 26. August 2016 auf und sprach dem Versicherten ab dem 1. November 2011 eine ganze und ab dem 1. April 2016 eine halbe Rente der Invalidenversicherung zu.
C.
Die IV-Stelle erhebt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten und stellt den Antrag, in Abänderung des kantonalen Entscheides habe der Beschwerdegegner ab dem 1. Februar 2013 nur noch Anspruch auf eine Viertelsrente. Eventualiter habe er ab dem 1. Februar 2013 Anspruch auf eine Dreiviertelsrente und ab dem 1. April 2016 auf eine Viertelsrente. Die Ziffern 2 und 3 des angefochtenen Dispositivs seien aufzuheben. Darüber hinaus sei der Beschwerde aufschiebende Wirkung zuzuerkennen.
Das Bundesamt für Sozialversicherungen und das Kantonsgericht verzichten auf eine Stellungnahme. A._ lässt auf Abweisung der Beschwerde schliessen.

Erwägungen:
1.
Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann eine Rechtsverletzung nach Art. 95 f. BGG gerügt werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Dennoch prüft es - offensichtliche Fehler vorbehalten - nur die in seinem Verfahren gerügten Rechtsmängel (Art. 42 Abs. 1 f. BGG; <ref-ruling> E. 2.2.1 S. 389). Es legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Es kann ihre Sachverhaltsfeststellung von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Verfahrensausgang entscheidend sein kann (Art. 97 Abs. 1, Art. 105 Abs. 2 BGG). Rechtsfragen sind die vollständige Feststellung erheblicher Tatsachen, die Beachtung des Untersuchungsgrundsatzes bzw. der Beweiswürdigungsregeln nach <ref-law> und der Anforderungen an den Beweiswert von Arztberichten (<ref-ruling> E. 5.1 S. 232). Die Frage nach der Erfüllung der Anforderungen an den Beweiswert ärztlicher Berichte und Gutachten ist eine frei überprüfbare Rechtsfrage (<ref-ruling> E. 5.1 S. 232).
2.
Streitig ist, ob die Höhe der Rentenzusprechung durch das kantonale Gericht vor Bundesrecht standhält, wobei die Beschwerdeführerin ausdrücklich den Anspruch des Versicherten auf eine ganze Rente vom 1. November 2011 bis 31. Januar 2013 anerkennt.
2.1. Die Vorinstanz hat die Bestimmungen und Grundsätze über die Invalidität (<ref-law>), den Anspruch auf eine Invalidenrente (<ref-law>) sowie zum Beweiswert und zur Beweiswürdigung medizinischer Berichte und Gutachten (<ref-ruling> E. 5.1 S. 232; <ref-ruling> E. 3 S. 352) zutreffend dargelegt. Es wird darauf verwiesen.
2.2. Beizufügen ist, dass die Rente von Amtes wegen oder auf Gesuch hin für die Zukunft entsprechend erhöht, herabgesetzt oder aufgehoben wird (<ref-law>; <ref-law>), wenn sich der Invaliditätsgrad eines Rentenbezügers erheblich ändert. Anlass zur Rentenrevision gibt jede wesentliche Änderung in den tatsächlichen Verhältnissen seit Zusprechung der Rente, die geeignet ist, den Invaliditätsgrad und damit den Anspruch zu beeinflussen. Insbesondere ist die Rente bei einer wesentlichen Änderung des Gesundheitszustandes oder der erwerblichen Auswirkungen des an sich gleich gebliebenen Gesundheitszustandes revidierbar (<ref-ruling> E. 3 S. 132). Nach der Rechtsprechung sind diese Revisionsbestimmungen bei der rückwirkenden Zusprechung einer abgestuften oder befristeten Rente analog anwendbar (<ref-ruling> E. 6.1 mit Hinweisen), weil noch vor Erlass der ersten Rentenverfügung eine anspruchsbeeinflussende Änderung eingetreten ist mit der Folge, dass dann gleichzeitig die Änderung mitberücksichtigt wird. Wird rückwirkend eine abgestufte oder befristete Rente zugesprochen, sind einerseits der Zeitpunkt des Rentenbeginns und anderseits der in Anwendung der Dreimonatsfrist von <ref-law> festzusetzende Zeitpunkt der Anspruchsänderung die massgebenden Vergleichszeitpunkte (Urteil 8C_458/2017 vom 6. August 2018 E. 2 mit Hinweisen). Die Verbesserung der Arbeitsfähigkeit aufgrund einer Angewöhnung oder Anpassung an die Behinderung kann auch ohne wesentliche Änderung des Gesundheitszustandes eine Rentenrevision rechtfertigen. Hingegen ist die lediglich unterschiedliche Beurteilung eines im Wesentlichen gleich gebliebenen Sachverhalts im revisionsrechtlichen Kontext unbeachtlich (<ref-ruling> E. 2.3 S. 10 f. mit Hinweisen).
3.
3.1. Das kantonale Gericht hat die medizinischen Akten umfassend und mit eingehender Begründung gewürdigt. Dabei kam es zur Erkenntnis, ab dem Verhebetrauma vom 6. November 2010 bis November 2012 bestehe unwidersprochen eine volle Arbeitsunfähigkeit in jeglicher Tätigkeit. Darüber hinaus sei hinsichtlich der ab jenem Zeitpunkt geltenden Arbeitsfähigkeit auf die Einschätzung einer 50 %igen Arbeitsfähigkeit durch die Befas-Abklärung (Bericht vom 25. Oktober 2012) abzustellen. Die Untersuchungsergebnisse und Schlussfolgerungen in der Medas-Expertise (Gutachten vom 28. Dezember 2015) seien nur ab dem Zeitpunkt der Begutachtung, nicht aber retrospektiv überzeugend und nachvollziehbar. Demzufolge sei erst ab dem 28. Dezember 2015 von einer weiteren wesentlichen Verbesserung des Gesundheitszustandes und einer 80 %igen Arbeitsfähigkeit in einer angepassten Tätigkeit auszugehen.
3.2. Die Vorinstanz ermittelte unter Berücksichtigung von Abzügen von 10 % (per 1. Februar 2013) beziehungsweise von 15 % (per 1. April 2016) von den anhand der Tabellen der Schweizerischen Lohnstrukturerhebung des Bundesamtes für Statistik (LSE) ermittelten Invalideneinkommen einen Invaliditätsgrad von (gerundet) 70 % für Februar 2013 und von 50 % ab April 2016. Entsprechend habe der Versicherte ab dem 1. November 2012 Anspruch auf eine ganze und ab April 2016 auf eine halbe Rente der Invalidenversicherung.
4.
Die Beschwerde führende IV-Stelle rügt vorerst die vorinstanzlichen Feststellungen bezüglich der dem Versicherten zumutbaren Arbeitsfähigkeit ab Anfang Dezember 2012.
4.1. Ausgangspunkt bildet der nunmehr auch von der Beschwerde führenden IV-Stelle anerkannte Anspruch des Versicherten auf eine ganze Rente ab dem 1. November 2011. Einig sind sich die Parteien, dass ab dem Zeitpunkt der Beendigung der Berufsabklärung bei der Befas (Abschlussbericht vom 25. Oktober 2012) eine gesundheitliche und erwerbliche Verbesserung eingetreten ist und damit ab November 2012 ein Revisionsgrund vorliegt. Uneinigkeit herrscht darüber, wie hoch die Arbeitsfähigkeit ab diesem Zeitpunkt einzuschätzen ist. Während die Vorinstanz gestützt auf die Befas-Abklärung feststellte, es könne von einer solchen von 50 % in einer angepassten Tätigkeit ausgegangen werden, hält die Beschwerdeführerin dafür, diese betrage gestützt auf das Medas-Gutachten vom 28. Dezember 2015 80 % bei einer vollen Präsenzzeit.
4.2.
4.2.1. Das kantonale Gericht hat im angefochtenen Entscheid einem Bericht über eine berufliche Abklärung bezüglich der Frage der zumutbaren Arbeitsfähigkeit einen höheren Beweiswert zuerkannt als einem Medas-Gutachten. Dies erfordert eine nähere Überprüfung, da nach der Rechtsprechung die Frage nach den noch zumutbaren Tätigkeiten und Arbeitsleistungen nach Massgabe der objektiv feststellbaren Gesundheitsschädigung in erster Linie durch die Ärzte und nicht durch die Eingliederungsfachleute auf der Grundlage der von ihnen erhobenen, subjektiven Arbeitsleistung zu beantworten ist (Urteile 8C_802/2017 vom 21. Februar 2018 E. 5.1.1, 9C_396/2014 vom 15. April 2015 E. 5.4 und 9C_401/2014 vom 26. November 2014 E. 4.2.2; je mit Hinweisen).
4.2.2. Beim Befas-Abklärungsbericht vom 25. Oktober 2012 handelt es sich nicht um einen medizinischen Bericht oder gar ein Gutachten. Während der Abklärung hatte der Versicherte lediglich ca. 6 Stunden täglich und damit im Rahmen von rund 70 % gearbeitet, da er 3 mal wöchentlich ein Fitnessprogramm absolvierte, 2 mal wöchentlich Physiotherapie und 1 mal in der Woche eine Massage beanspruchte. Zusätzlich waren Entlastungspausen zum Durchbewegen und Spaziergänge notwendig. Im Rahmen des Pensums erbrachte er eine Leistung von 50 %. Im Abschlussbericht wird angeführt, dass sich der Explorand vorstellen könne zu 50 % in einem 80 % Pensum zu arbeiten. Ein entsprechendes Leistungsvermögen wurde denn auch attestiert. Aufgrund der Formulierung im Bericht ist die Einschätzung einer 50 %igen Arbeitsfähigkeit damit nicht medizinisch begründet, sondern beruht weitgehend auf der Selbsteinschätzung des Exploranden. Obwohl der Bericht auch von einer Ärztin mitunterzeichnet wurde, werden darin keine medizinischen Fakten für die attestierte Einschränkung in der Leistungsfähigkeit angeführt. Insofern hat ihm die Vorinstanz in Verkennung der bundesgerichtlichen Vorgaben (<ref-ruling> E. 5.1 S. 232; <ref-ruling> E. 3a S. 352 mit Hinweis) zu Unrecht vollen Beweiswert zuerkannt und damit den Sachverhalt bundesrechtswidrig festgestellt.
4.2.3. Hinzu kommt, dass das kantonale Gericht auch dem Medas-Gutachten bezüglich des aktuellen Gesundheitszustandes und Leistungsvermögens vollen Beweiswert zuerkannt und mit Blick auf die zumutbare Arbeitsfähigkeit darauf abgestellt hat. Wenn aber ab Dezember 2015 nur noch eine Leistungseinschränkung von 20 % vorliegt, wovon im angefochtenen Entscheid ausgegangen wird, müssten sich die medizinischen Verhältnisse seit Ende Oktober 2012 erneut verändert, konkret verbessert, haben. Entsprechendes hat das kantonale Gericht denn auch festgestellt. Indessen wird nicht dargelegt, worin diese Verbesserung liegen könnte. Das blosse Attest einer höheren Arbeitsfähigkeit stellt keinen Revisionstatbestand dar. Aus dem Gutachten selbst lässt sich keine wesentliche Änderung des medizinischen Sachverhalts entnehmen. Im Gegenteil wird dort explizit ausgeführt, es sei retrospektiv seit mindestens Mitte Juli 2012 von den im Gutachtenszeitpunkt gefundenen Verhältnissen auszugehen. Indem die Vorinstanz von einem - erneuten - Revisionsgrund ausgegangen ist, ohne darzulegen, inwiefern sich der Sachverhalt verändert habe, hat sie Bundesrecht verletzt.
4.3. Zusammenfassend ist auch retrospektiv, das heisst ab Beendigung der beruflichen Befas-Abklärung und somit ab November 2012 von der im Medas-Gutachten vom 28. November 2015 attestierten Leistungsfähigkeit von 80 % bei einer ganztägigen den gesundheitlichen Einschränkungen angepassten Arbeit auszugehen.
5.
Es bleibt der daraus resultierende Invaliditätsgrad ab 1. Februar 2013 (<ref-law>) zu prüfen. Die Beschwerdeführerin rügt die vom kantonalen Gericht vorgenommene Berücksichtigung eines Abzuges vom massgebenden hypothetischen Invalideneinkommen.
5.1.
5.1.1. Für die Festsetzung des Invalideneinkommens können nach der Rechtsprechung unter anderem Tabellenlöhne gemäss den vom Bundesamt für Statistik periodisch herausgegebenen Lohnstrukturerhebungen (LSE) herangezogen werden (<ref-ruling> E. 4.2.1 S. 475 mit Hinweisen). Kann eine versicherte Person ihre gesundheitsbedingt eingeschränkte Arbeitsfähigkeit auf dem allgemeinen Arbeitsmarkt mutmasslich nur mit unterdurchschnittlichem erwerblichen Erfolg verwerten, so ist von den Tabellenlöhnen der LSE gegebenenfalls ein Abzug vorzunehmen. Ob ein (behinderungsbedingt oder anderweitig begründeter) Abzug vom Tabellenlohn vorzunehmen ist, stellt eine vom Bundesgericht frei überprüfbare Rechtsfrage dar (<ref-ruling> E. 5.1 S. 72 f. mit Hinweis, Urteil 8C_652/2008 vom 8. Mai 2009 E. 4 in fine, nicht publiziert in <ref-ruling>). Dagegen ist die Höhe des (im konkreten Fall grundsätzlich angezeigten) Abzuges eine Ermessensfrage und daher letztinstanzlich nur bei Ermessensüberschreitung, -missbrauch oder -unterschreitung korrigierbar (<ref-ruling> E. 5.1 S. 72 f. mit Hinweis, 132 V 393 E. 3.3 S. 399; 8C_327/2018 vom 31. August 2018 E. 3.3).
5.1.2. Dabei ist mit Bezug auf den behinderungs- beziehungsweise leidensbedingten Abzug zu beachten, dass das medizinische Anforderungs- und Belastungsprofil eine zum zeitlich zumutbaren Arbeitspensum tretende qualitative oder quantitative Einschränkung der Arbeitsfähigkeit darstellt, wodurch in erster Linie das Spektrum der erwerblichen Tätigkeiten (weiter) eingegrenzt wird, welche unter Berücksichtigung der Fähigkeiten, Ausbildung und Berufserfahrung der versicherten Person realistischerweise noch in Frage kommen. Davon zu unterscheiden ist die Gegenstand des Abzugs vom Tabellenlohn bildende Frage, ob mit Bezug auf eine konkret in Betracht fallende Tätigkeit bei ausgeglichener Arbeitsmarktlage verglichen mit einem gesunden Mitbewerber nur bei Inkaufnahme einer Lohneinbusse reale Chancen für eine Anstellung bestehen. Ist von einem genügend breiten Spektrum an zumutbaren Verweisungstätigkeiten auszugehen, können unter dem Titel leidensbedingter Abzug grundsätzlich nur Umstände berücksichtigt werden, die auch auf einem ausgeglichenen Arbeitsmarkt als ausserordentlich zu bezeichnen sind (Urteil 9C_826/2015 vom 13. April 2016 E. 3.2.1).
5.2.
5.2.1. Das Invalideneinkommen wurde im angefochtenen Entscheid aufgrund der Tabelle TA1 der LSE 2010, Niveau 4, Total Männer, ermittelt. Das wird von der Beschwerdeführerin nicht bestritten. Die Vorinstanz begründete den Abzug von 10 % bei der Invaliditätsbemessung per 1. Februar 2013 mit einer qualitativen Einschränkung der Arbeitsfähigkeit, dem Umstand, dass der Beschwerdegegner vor dem Unfall vom 6. November 2010 eine langjährige Betriebszugehörigkeit vorzuweisen hatte und damit, dass Männer in Teilzeitarbeit weniger verdienten.
5.2.2. Dem kann nicht gefolgt werden. Gemäss Zumutbarkeitsprofil, welches im Rahmen der Medas-Begutachtung erstellt wurde, ist die Arbeitsfähigkeit in einer rückenschonenden (ohne Überkopfarbeiten, verstärkte Vibrationen oder ständiges Arbeiten in Wirbelsäulen-Zwangshaltungen in Hocke oder knieender Stellung), wechselbelastenden körperlich leichten bis gelegentlich mittelschweren Tätigkeit zu verwerten, wobei gelegentliche Pausen und damit eine Leistungsverminderung von 20 % berücksichtigt sind. Ein behinderungsbedingter Abzug kommt in Frage, wenn sich das ärztlich definierte Anforderungsprofil selbst in leidensangepassten Tätigkeiten einschränkend auswirkt (vgl. SVR 2017 IV Nr. 63 S. 197, 8C_14/2017 E. 6.3). Solche Umstände sind hier nicht gegeben. Den Beeinträchtigungen des Beschwerdegegners wurde bereits mit dem gewählten Anforderungsniveau 4 und der um 20 % eingeschränkten Arbeitsfähigkeit umfassend Rechnung getragen. Weitere qualitative Einschränkungen sind nicht ersichtlich. Die gesundheitlich bedingte Unmöglichkeit, weiterhin körperlich schwere Arbeiten zu verrichten, führt nicht automatisch zu einer Verminderung des hypothetischen Invalidenlohns. Vielmehr ist der Umstand allein, dass nur mehr leichte bis mittelschwere Arbeiten zumutbar sind, auch bei eingeschränkter Leistungsfähigkeit kein Grund für einen zusätzlichen leidensbedingten Abzug, weil der Tabellenlohn im Kompetenzniveau 1 bereits eine Vielzahl von leichten und mittelschweren Tätigkeiten umfasst (Urteil 8C_805/2016 E. 3.4.2 mit Hinweisen). Auch dass der Versicherte vor Eintritt des Gesundheitsschadens eine langjährige Betriebszugehörigkeit ausweisen kann, wirkt sich höchstens auf das Validen-, nicht aber lohnmindernd auf das Invalideneinkommen aus. Schliesslich ergibt sich aus der gestützt auf die LSE 2012 erstellten Tabelle zu den nach Beschäftigungsgrad, Geschlecht und beruflicher Stellung differenzierten monatlichen Durchschnittsbruttolöhnen bei einem Beschäftigungsgrad zwischen 75 und 89 % bei Männern auf der untersten Stufe der beruflichen Stellung (ohne Kaderfunktion) keine Lohnminderung (Bundesamt für Sozialversicherungen, IV-Rundschreiben Nr. 328 vom 22. Oktober 2014, Anhang; vgl. dazu <ref-ruling> E. 2.5.1 S. 184 mit Hinweis). Auch mit dem Argument der Teilzeitarbeit lässt sich daher kein Abzug rechtfertigen.
5.2.3. Aufgrund des Dargelegten hat das kantonale Gericht sein Ermessen überschritten, indem es mit den angeführten Begründungen einen Abzug von 10 % des Tabellenlohnes berücksichtigte. Entsprechend beziffert sich das Invalideneinkommen per 1. Februar 2013 auf Fr. 50'275.- (Fr. 4'901.- : 40 x 41,7 x 12 x 1,025 x 0,8). Verglichen mit dem Valideneinkommen von Fr. 93'275.- resultiert ein Invaliditätsgrad von 46,1 %, weshalb der Beschwerdegegner ab diesem Zeitpunkt nur noch Anspruch auf eine Viertelsrente hat.
6.
Die Beschwerde führende IV-Stelle stellt zudem den Antrag, die Ziffern 2 und 3 des Dispositivs im angefochtenen Entscheid seien aufzuheben. Diese betreffen die Auferlegung der Gerichtskosten sowie die Ausrichtung einer Parteientschädigung an den Versicherten. Der Antrag wird nicht begründet.
Da dem Versicherten mit der vorinstanzlich angefochtenen Verfügung vom 26. August 2016 ein Anspruch auf eine Rente verweigert wurde, mit heutigem Urteil aber anerkannt wird, dass er vom 1. November 2011 Anspruch auf eine ganze Rente und ab dem 1. Februar 2013 noch einen solchen auf eine Viertelsrente hat, rechtfertigt es sich, die Kostenverteilung gemäss angefochtenem Entscheid zu belassen. Diesbezüglich ist die Beschwerde abzuweisen.
7.
Mit dem Entscheid in der Sache ist das Gesuch um aufschiebende Wirkung der Beschwerde gegenstandslos.
8.
Entsprechend dem Prozessausgang sind die Gerichtskosten dem weitgehend unterliegenden Beschwerdegegner aufzuerlegen (<ref-law>). Die obsiegende Beschwerdeführerin hat als mit öffentlich-rechtlichen Aufgaben betraute Institution keinen Anspruch auf eine Parteientschädigung (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird teilweise gutgeheissen. Der Entscheid des Kantonsgerichts Luzern, 3. Abteilung, vom 5. März 2018 wird insoweit aufgehoben, als der Beschwerdegegner ab dem 1. Februar 2013 noch Anspruch auf eine Viertelsrente hat. Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 800.- werden dem Beschwerdegegner auferlegt.
3.
Dieses Urteil wird den Parteien, dem Kantonsgericht Luzern, 3. Abteilung, und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 8. Januar 2019
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Maillard
Die Gerichtsschreiberin: Schüpfer