Sachverhalt:
A.
Am 9. November 2017 erhob B._ (Beschwerdegegner) vor dem Arbeitsgericht des Bezirks Meilen Klage gegen die A._ GmbH (Beschwerdeführerin) auf Bezahlung von Fr. 23'619.45 "Schadenersatz Lohn von Juli-September 2017" und Fr. 20'000.-- "Pönalentschädigung" (jeweils zuzüglich Zins), definitive Rechtsöffnung sowie Ausstellung eines Arbeitszeugnisses.
Die A._ GmbH erhob Widerklage auf Rückzahlung von "Mitarbeiterdarlehen" in der Höhe von Fr. 8'431.50 zuzüglich Zins.
Mit Beschluss vom 29. Juni 2018 trat das Arbeitsgericht auf die Widerklage nicht ein. Die von der A._ GmbH dagegen erhobene Berufung wies das Obergericht des Kantons Zürich mit Urteil vom 3. Dezember 2018 ab.
B.
Die A._ GmbH verlangt mit Beschwerde an das Bundesgericht, das Urteil des Obergerichts sei aufzuheben und die Sache sei zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Eventualiter sei die Sache "an die 1. Instanz zur Neubeurteilung bzw. Wiederklage[ei]ntritt anzuweisen".
B._ begehrt, die Beschwerde sei abzuweisen. Die Vorinstanz hat auf Vernehmlassung verzichtet.

Erwägungen:
1.
1.1. Das Bundesgericht prüft von Amtes wegen und mit freier Kognition, ob eine bei ihm eingereichte Beschwerde zulässig ist (<ref-law>; <ref-ruling> E. 2.1 mit weiteren Hinweisen).
1.2. Das angefochtene Urteil des Obergerichts ist ein Teilentscheid (<ref-law>) einer Vorinstanz im Sinne von <ref-law>. Der Streitwert erreicht die Grenze von <ref-law> nicht (siehe <ref-law>). Unter diesen Umständen ist die Beschwerde in Zivilsachen dennoch zulässig, wenn sich eine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung stellt (<ref-law>).
1.3. Der Begriff der Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung wird restriktiv ausgelegt (<ref-ruling> E. 1.3 S. 4; <ref-ruling> E. 1.2 S. 269; <ref-ruling> E. 1.1 S. 495). Nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung ist diese Voraussetzung dann erfüllt, wenn ein allgemeines und dringendes Interesse besteht, dass eine umstrittene Frage höchstrichterlich geklärt wird, um eine einheitliche Anwendung und Auslegung des Bundesrechts herbeizuführen und damit eine erhebliche Rechtsunsicherheit auszuräumen (<ref-ruling> E. 1 S. 165; <ref-ruling> E. 1.2 mit weiteren Hinweisen). Die Frage muss von allgemeiner Tragweite sein (<ref-ruling> E. 1.3; <ref-ruling> E. 1.2 S. 269 mit weiteren Hinweisen). Eine neue Rechtsfrage kann vom Bundesgericht beurteilt werden, wenn dessen Entscheid für die Praxis wegleitend sein kann, namentlich, wenn von unteren Instanzen viele gleichartige Fälle zu beurteilen sein werden (<ref-ruling> E. 1.3; <ref-ruling> E. 1.3 S. 4 mit Hinweis). Ist eine Beschwerde nur unter der Voraussetzung zulässig, dass sich eine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung stellt, so ist auszuführen, warum diese Voraussetzung erfüllt ist (<ref-law>).
Das Obergericht legte <ref-law> aus und gelangte zum Schluss, diese Bestimmung stehe der Widerklage entgegen, weil diese aufgrund ihres Streitwerts gemäss <ref-law> nicht in der gleichen Verfahrensart zu beurteilen sei wie die Hauptklage. Dabei liess es offen, ob dies auch gelte, wenn es sich bei der Widerklage nicht um eine Streitigkeit aus dem Arbeitsverhältnis handle, sondern um eine "reine Darlehensforderung", da in diesem Fall das Arbeitsgericht nach kantonalem Recht sachlich nicht zuständig sei.
Die Beschwerdeführerin argumentiert, "im Sinne einer einheitlichen Rechtsprechung" sei "ein Urteil des Bundesgerichtes in der Rechtsfrage der Zulässigkeit der W[i]derklage gefordert". Zudem formuliert sie eine Reihe von Teilaspekten ihrer Beschwerdebegründung, denen sie grundsätzliche Bedeutung zumisst, in Frageform. Es erscheint zweifelhaft, ob sie ihrer Begründungsobliegenheit nachkommt, zumal sie sich nicht mit der bisherigen bundesgerichtlichen Rechtsprechung zu <ref-law> auseinandersetzt und nicht im Einzelnen aufzeigt, inwiefern die von ihr aufgeworfenen Fragen zur Beurteilung der Beschwerde zwingend grundsätzlich beantwortet werden müssten.
Die Voraussetzung von <ref-law> ist aber ohnehin nicht erfüllt: Wohl hat das Bundesgericht in <ref-ruling> ausdrücklich unbeurteilt gelassen, ob im ordentlichen Verfahren eine Widerklage erhoben werden kann, für die aufgrund ihres - Fr. 30'000.-- nicht übersteigenden - Streitwerts gemäss <ref-law> das vereinfachte Verfahren gilt, unter Hinweis auf den Meinungsstand in der Literatur (E. 3.2.4). An der Beantwortung dieser Frage durch das Bundesgericht besteht allerdings im heutigen Zeitpunkt kein allgemeines und dringendes Interesse: Der Bundesrat hat im Rahmen der laufenden Bestrebungen, die ZPO zu überarbeiten, beim Verhältnis zwischen den Regelungen der Artikel 94 und 224 "gesetzliche[n] Klärungs- und Anpassungsbedarf" ausgemacht und schlägt in seiner Revisionsvorlage vor, in <ref-law> "allgemein die Voraussetzung der gleichen Verfahrensart" zu streichen. <ref-law> soll neu lauten: "Die beklagte Partei kann in der Klageantwort Widerklage erheben, wenn der geltend gemachte Anspruch in einem sachlichen Zusammenhang steht und nicht nur für die Widerklage das summarische oder ein besonderes familienrechtliches Verfahren anwendbar ist." Nach Auffassung des Bundesrats soll also "auch eine verfahrensartübergreifende Widerklage" grundsätzlich zulässig werden (Erläuternder Bericht zur Änderung der Zivilprozessordnung [Verbesserung der Praxistauglichkeit und der Rechtsdurchsetzung] vom 2. März 2018 S. 70 f.). Zudem soll ein neuer Art. 224 Abs. 2bis was folgt bestimmen: "Sind einzelne Ansprüche aufgrund ihrer Natur im vereinfachten Verfahren zu beurteilen, so gilt für diese Artikel 247 sinngemäss, auch wenn Klage und Widerklage im ordentlichen Verfahren beurteilt werden." Somit steht in Aussicht, dass die umstrittene Rechtslage demnächst durch den Gesetzgeber geklärt wird. Im Lichte dieser Revisionsbestrebungen besteht kein Anlass, dass sich das Bundesgericht heute grundsätzlich mit dieser Frage auseinandersetzt. Sollte der Gesetzgebungsprozess zu keiner positivrechtlichen Beantwortung der Frage führen, wäre die Situation unter dem Aspekt von <ref-law> neu zu beurteilen.
1.4. Damit ist die Beschwerde in Zivilsachen nicht zulässig und es steht die subsidiäre Verfassungsbeschwerde im Sinne der Art. 113 -119 BGG offen.
2.
Beschwerden an das Bundesgericht sind hinreichend zu begründen, ansonsten darauf nicht eingetreten werden kann (<ref-ruling> E. 2 S. 116; <ref-ruling> E. 2.1). Dafür muss in der Beschwerdeschrift unter Bezugnahme auf die Erwägungen des angefochtenen Entscheids dargelegt werden, inwiefern dieser Recht verletzt (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG; <ref-ruling> E. 2 S. 116, 86 E. 2 S. 89).
Mit der Verfassungsbeschwerde kann die Verletzung von verfassungsmässigen Rechten gerügt werden (<ref-law>). Diesbezüglich gilt eine qualifizierte Rügepflicht. Das Bundesgericht prüft die Verletzung von Grundrechten nicht von Amtes wegen, sondern nur insofern, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (Art. 117 in Verbindung mit <ref-law>). Dies bedeutet, dass klar und detailliert anhand der Erwägungen des angefochtenen Entscheids darzulegen ist, inwiefern verfassungsmässige Rechte verletzt worden sein sollen (<ref-ruling> E. 1.2; <ref-ruling> E. 3.2; je mit weiteren Hinweisen).
Die Beschwerde enthält keine hinreichend begründete Verfassungsrüge, soweit die Beschwerdeführerin darin bloss beiläufig und ohne schlüssige Begründung behauptet, der angefochtene Entscheid unterliege "der Willkür", da nicht ersichtlich sei, inwiefern sich ein Sachentscheid von einem Nichteintretensentscheid unterscheide. Im Übrigen ist nicht erkennbar, inwiefern die zumindest nachvollziehbare Rechtsauffassung der Vorinstanz, wonach <ref-law> der Widerklage entgegensteht, vom Bundesgericht auf ihre Vereinbarkeit mit <ref-law> überprüft werden könnte (siehe <ref-law>).
3.
Die Beschwerde ist abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Bei diesem Ausgang des Verfahrens wird die Beschwerdeführerin kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 Abs. 1 sowie Art. 68 Abs. 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 1'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3.
Die Beschwerdeführerin hat den Beschwerdegegner für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 1'500.-- zu entschädigen.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Zürich, I. Zivilkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 2. April 2019
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Kiss
Der Gerichtsschreiber: Kölz