Faits :
A.
Par ordonnance du 10 décembre 2020, le Ministère public genevois a refusé d'entrer en matière sur la plainte déposée par A._ SA contre B._ pour violation de domicile et appropriation illégitime.
B.
Par arrêt du 13 juillet 2021, la Chambre pénale de recours de la Cour de justice genevoise a rejeté le recours formé par A._ SA contre l'ordonnance précitée.
Il en ressort les éléments suivants.
B.a. A._ SA est une société anonyme de droit suisse dont le siège est à U._. Son but social consiste dans l'exploitation de tout établissement public. C._ en est l'administrateur unique.
B.b. B._ est le propriétaire de l'immeuble sis rue V._, U._.
B.c. Le 30 septembre 2011, A._ SA et B._ ont conclu un contrat de bail portant sur les locaux professionnels - affectés à l'exploitation d'un restaurant appelé " D._ " - au rez-de-chaussée de l'immeuble précité.
B.d. Depuis, à tout le moins, le mois de mai 2019, B._ et A._ SA sont en litige concernant les locaux loués, le premier reprochant au second d'avoir accumulé un retard important dans le paiement des loyers et le second faisant grief au premier de l'avoir privé de la possession des lieux.
B.e. Dans ce contexte, le 12 décembre 2019, A._ SA a déposé plainte pénale contre B._ des chefs de violation de domicile et d'appropriation illégitime.
L'actif de la société était le fonds de commerce à l'enseigne restaurant " D._ ". Dès la fin de l'année 2018, l'exploitation de l'établissement n'avait plus permis de dégager suffisamment de liquidités pour s'acquitter de certains loyers. Elle avait ainsi fait part à B._ de son intention de vendre le fonds de commerce afin de régler notamment l'arriéré de loyers; des démarches concrètes avaient été effectuées à ces fins. Or, par pli du 12 juin 2019, B._ l'avait mise en demeure de régler les montants dus sous 30 jours et informée de son opposition à tout transfert du contrat de bail ainsi qu'à la cession de l'usage des locaux à un tiers. Le 1er juillet 2019, B._ avait saisi le Tribunal des baux et loyers (ci-après TBL) d'une requête en expulsion et demande en paiement, avant de constater, dans une lettre du 12 septembre 2019, que la résiliation du contrat de bail du 1er mai 2019 n'avait pas été faite correctement; il avait retiré sa requête quelques jours plus tard. Ainsi, à partir du 12 septembre 2019 à tout le moins, il savait que le contrat de bail était toujours en vigueur. Ce nonobstant, A._ SA a relevé, dans sa note de plaidoirie devant le TBL du 9 septembre 2019, que l'arcade était occupée par un nouveau locataire. Alors que, selon elle, le mis en cause n'avait aucun pouvoir de disposition au vu du bail en cours, il avait permis à un tiers de s'accaparer un fonds de commerce ne lui appartenant pas, puisque les nouveaux locataires avaient repris l'enseigne lui appartenant. Enfin, le nouveau congé notifié par B._, le 13 septembre 2019, avait été contesté devant l'autorité compétente, le 11 octobre 2019.
B.f. Parallèlement, B._ a déposé plainte pénale, le 24 janvier 2020, contre C._, A._ SA et E._, pour contrainte, voire tentative de contrainte, à la suite d'un commandement de payer, notifié le 17 janvier 2020, à la demande des susnommés, tendant au recouvrement d'un montant de 700'000 fr. censé être dû au titre de " fonds de commerce à l'enseigne " Restaurant D._ " rue V._, U._ ". Cette plainte fait l'objet d'une procédure pénale.
B.g. Entendu par la police le 22 juillet 2020, B._ a contesté les faits reprochés. F._ avait succédé à A._ SA dans la location des locaux, un contrat de bail signé le 19 juillet 2019 étant entré en vigueur le 1er août 2019. Lors de la prise de possession des locaux par ce nouveau locataire, l'arcade était vide et avait été remise en état à ses frais, en particulier s'agissant du nettoyage. L'arcade avait été abandonnée par A._ SA; les employés et les fournisseurs n'étaient plus payés. C._ avait débarrassé les locaux de tout ce qui avait de la valeur et avait quitté définitivement la Suisse.
Pour le surplus, il se référait au courrier rédigé par son conseil le jour même et signé par ses soins dans les locaux de la police, accompagné des pièces justificatives. Dans le cadre du litige lié aux locaux loués, il avait requis un inventaire auprès de l'Office des poursuites, lequel l'avait exécuté, le 21 juin 2019, et avait estimé le montant des biens à 21'000 francs. A._ SA avait abandonné l'arcade et entrepris de soustraire des biens portés à l'inventaire, ce dont il avait informé l'office, le 10 juillet 2019. L'office s'était ainsi rendu sur place avec les services de police, avait mis fin au déménagement et changé le cylindre de la serrure. Les clefs de l'arcade lui ont été remises. Il s'était alors chargé de la faire nettoyer et vider avant de la louer à F._ à compter du 1er août 2019. A._ SA devait encore la somme de 21'600 fr. au titre de loyers impayés. Ainsi, selon B._, il ne s'était pas introduit de son propre chef dans l'arcade prise à bail par A._ SA, mais à la suite de l'intervention de l'office secondé par la police au vu de l'activité illicite de la société qui avait entrepris de vider les locaux de biens saisis, constitutif d'une infraction pénale. Les cylindres avaient été changés sous l'égide de l'office, de sorte que la société avait perdu la possession des locaux et donc leur maîtrise effective. Il avait reloué l'arcade à un tiers dans le but de diminuer son dommage, étant relevé que A._ SA s'était approprié illicitement les biens de valeur, en main de l'office, et avait abandonné les autres restés dans l'arcade, en violation de son obligation de restitution. Il avait été contraint d'engager des dépenses supplémentaires pour remettre les locaux en état d'être loués.
B.h. Par jugement du 27 mai 2020, produit par le mis en cause, le TBL a déclaré irrecevable la demande en paiement et en libération des sûretés déposée par B._ à l'encontre de A._ SA, faute de compétence ratione materiae. Il en ressortait notamment que la prise d'inventaire avait été obtenue pour le non-paiement des loyers d'avril et mai 2019 et que la locataire s'en était acquittée, les 19 et 25 juin 2019. Le 25 septembre 2019, la locataire avait mis en demeure le bailleur de mettre fin immédiatement à l'occupation des locaux; elle estimait que le bailleur avait loué l'arcade à un tiers illicitement, dès lors que son propre bail n'avait pas encore pris fin.
B.i. Par pli du 30 juillet 2020, B._ a précisé que G._, nouvel administrateur de A._ SA, avait expliqué, lors d'une audience devant le Tribunal de première instance, que la société n'avait pas d'autre activité que celle de gestion. Cette déclaration confirmait que A._ SA avait fait déréliction de l'arcade et n'avait plus d'activité conforme à son but statutaire, de sorte qu'il n'avait pas pu faire main basse sur le fonds de commerce.
B.j. Par missive du 8 octobre 2020, A._ SA a transmis au ministère public une copie de la requête en conciliation déposée par-devant le Tribunal de première instance le 18 septembre 2020, au terme de laquelle elle concluait à la condamnation de B._ et de la société H._ SA, conjointement et solidairement, au paiement de la somme de 700'000 fr. avec intérêts à 5% dès le 30 septembre 2019, et au prononcé de la mainlevée définitive des commandements de payer notifiés à ceux-ci. Il en ressortait également qu'en 2018 et 2019, C._ avait entamé des démarches auprès de courtiers en vue de la vente du fonds de commerce. Au mois de juin 2018, un acheteur avait proposé un montant de plus d'un million de francs et au mois de mai 2019, une agence de la place le proposait à des clients pour la somme de 1'500'000 francs. Selon A._ SA, B._ avait remis le fonds de commerce, qui ne lui appartenait pas, à des tiers, soit à la société H._ SA, qui avait ainsi repris l'enseigne sans l'avoir jamais acquise auprès de son propriétaire. Ce faisant, B._ avait causé un dommage important.
B.k. Le ministère public a rendu une ordonnance de non-entrée en matière le 10 décembre 2020 contre laquelle A._ SA a fait recours devant la Chambre pénale de recours de la Cour de justice genevoise. Dans ses observations à la cour cantonale, le ministère public a relevé que B._ avait bien été entendu par la police et que la procédure actuellement en cours devant le TBL portait notamment sur les questions de la résiliation du contrat de bail à loyer qui liait les parties, du paiement du loyer et de l'abandon de l'arcade louée par A._ SA, c'est-à-dire des éléments en lien avec les agissements dénoncés par la recourante dans sa plainte pénale.
C.
A._ SA forme un recours en matière pénale au Tribunal fédéral contre l'arrêt du 13 juillet 2021 et conclut, principalement à son annulation et qu'il est ordonné à la Chambre pénale de la Cour de justice de la République et canton de Genève, respectivement au Ministère public genevois d'ouvrir une instruction pénale contre B._ sur les faits dénoncés.
Subsidiairement, elle conclut au renvoi de la cause à la cour cantonale pour nouvelle décision dans le sens des considérants.

Considérant en droit :
1.
Selon l'art. 81 al. 1 let. a et b ch. 5 LTF, la partie plaignante qui a participé à la procédure de dernière instance cantonale est habilitée à recourir au Tribunal fédéral, si la décision attaquée peut avoir des effets sur le jugement de ses prétentions civiles.
Constituent de telles prétentions celles qui sont fondées sur le droit civil et doivent en conséquence être déduites ordinairement devant les tribunaux civils. Il s'agit principalement des prétentions en réparation du dommage et du tort moral au sens des <ref-law> (<ref-ruling> consid. 1.1).
En vertu de l'<ref-law>, il incombe à la partie recourante d'alléguer les faits qu'elle considère comme propres à fonder sa qualité pour recourir. Lorsque le recours est dirigé contre une décision de non-entrée en matière ou de classement de l'action pénale, la partie plaignante n'a pas nécessairement déjà pris des conclusions civiles. Quand bien même la partie plaignante aurait déjà déclaré des conclusions civiles (cf. <ref-law>), il n'en reste pas moins que le procureur qui refuse d'entrer en matière ou prononce un classement n'a pas à statuer sur l'aspect civil (cf. <ref-law>). Dans tous les cas, il incombe par conséquent à la partie plaignante d'expliquer dans son mémoire au Tribunal fédéral quelles prétentions civiles elle entend faire valoir contre l'intimé. Comme il n'appartient pas à la partie plaignante de se substituer au ministère public ou d'assouvir une soif de vengeance, la jurisprudence entend se montrer restrictive et stricte, de sorte que le Tribunal fédéral n'entre en matière que s'il ressort de façon suffisamment précise de la motivation du recours que les conditions précitées sont réalisées, à moins que l'on puisse le déduire directement et sans ambiguïté compte tenu notamment de la nature de l'infraction alléguée (<ref-ruling> consid. 1.1).
1.1. Lorsque la partie plaignante se plaint d'infractions distinctes, elle doit mentionner, par rapport à chacune d'elles, en quoi consiste son dommage (arrêts 6B_941/2021 du 9 mars 2022 consid. 2.1; 6B_670/2021 du 7 décembre 2021 consid. 2.1; 6B_942/2021 du 8 novembre 2021 consid. 2.1). Si le dommage n'est motivé qu'en ce qui concerne une des infractions, le recours est irrecevable pour les autres (arrêts 6B_436/2021 du 23 août 2021 consid. 1.1; 6B_341/2021 du 20 juillet 2021 consid. 3.1).
1.2. En l'espèce, la recourante mentionne uniquement qu'elle a réclamé " le paiement d'indemnités en réparation de son préjudice par-devant le (sic) juridictions civiles ". Elle admet donc elle-même que les prétentions civiles font l'objet d'une procédure civile parallèle, ce qui exclut sa qualité pour recourir sur le fond (cf. arrêt 6B_1285/2019 du 22 décembre 2020 consid. 2.4.2).
Partant, la qualité pour recourir au fond doit être déniée à la recourante (art. 81 al. 1 let. a et b ch. 5 LTF).
2.
La recourante se plaint d'une violation de son droit de porter plainte, s'agissant des infractions de violation de domicile (<ref-law>) et d'appropriation illégitime sans dessein d'enrichissement (<ref-law>). Ce faisant, elle a la qualité pour recourir sur ce point au sens de l'art. 81 al. 1 let. b ch. 6 LTF.
2.1. La poursuite de certaines infractions implique le dépôt d'une plainte pénale au sens de l'<ref-law>. Tel est notamment le cas des infractions réprimées aux art. 186 et 137 ch. 2 CP. Selon l'<ref-law>, le délai de plainte est de trois mois. Il court dès le jour où l'ayant droit a connaissance de l'auteur et de l'acte délictueux, c'est-à-dire des éléments constitutifs objectifs et subjectifs de l'infraction. Cette connaissance doit être suffisante pour permettre à l'ayant droit de considérer qu'il aurait de fortes chances de succès en poursuivant l'auteur, sans s'exposer au risque d'être attaqué pour dénonciation calomnieuse ou diffamation. De simples soupçons ne suffisent pas, mais il n'est pas nécessaire que l'ayant droit dispose déjà de moyens de preuve (<ref-ruling> consid. 2a; 101 VI 113 consid. 1b).
2.2. La violation de domicile est un délit contre la liberté. Plus particulièrement, le bien protégé est la liberté du domicile qui comprend la faculté de régner sur des lieux déterminés sans être troublé et d'y manifester librement sa propre volonté. La liberté du domicile appartient donc à celui qui a le pouvoir de disposer des lieux que ce soit en vertu d'un droit réel ou personnel ou encore d'un rapport de droit public (<ref-ruling> consid. 3a; <ref-ruling> consid. 1c; <ref-ruling> consid. 3). La qualité pour déposer une plainte fondée sur l'<ref-law> n'a pas sa source dans la personne même du lésé comme c'est le cas pour les atteintes à l'honneur ou à l'intégrité corporelle, mais exclusivement dans le contenu de la relation de droit fondant le pouvoir de disposer des lieux. Ainsi, dans l'hypothèse d'un bail à ferme ou d'un bail à loyer, l'ayant droit est le fermier ou le locataire à l'exclusion du propriétaire des lieux (ATF <ref-ruling> consid. 1c; <ref-ruling> consid. 3a).
La violation de domicile est un délit continu (Dauerdelikt), poursuivable aussi longtemps que l'auteur n'a pas quitté les lieux qu'il occupe sans droit, de sorte que le délai de plainte (de trois mois) ne commence à courir que lorsque l'auteur a quitté les lieux (<ref-ruling> consid. 2a; <ref-ruling> consid. 1c). Lorsqu'une plainte pénale est déposée alors que le délit continu est toujours en cours de réalisation, les effets de la plainte s'étendent en principe aussi aux faits dénoncés qui perdurent après le dépôt de la plainte. La plainte vaut alors également à l'égard de tout participant qui viendrait, postérieurement au dépôt de plainte, prendre part au délit continu (<ref-ruling> consid. 1.3; <ref-ruling> consid. 2a).
2.3. En substance, la cour cantonale a retenu qu'il ressortait de la note de plaidoirie de la recourante devant le TBL, le 9 septembre 2019, que l'arcade était occupée par un nouveau locataire et qu'ainsi elle savait à cette date que B._ s'était approprié " sans droit " son fonds de commerce et qu'il avait a fortiori pénétré dans les locaux contre sa volonté. Dès lors elle a estimé qu'en déposant plainte à raison de ces faits le 12 décembre 2019, soit après l'échéance du délai de plainte de trois mois, la recourante avait agi tardivement et laissé périmer son droit. La cour cantonale a également souligné qu'en tout état, la question de savoir si B._ était en droit de remettre les locaux en location, alors que la résiliation du bail conclu avec la recourante ne semblait pas encore effective était un problème de nature strictement civile, qu'il n'appartenait pas aux juridictions pénales de trancher. La recourante avait d'ailleurs elle-même agi dans un premier temps devant les autorités civiles.
2.4. Se prévalant d'une constatation arbitraire des faits par la cour cantonale, la recourante soutient avoir respecté le délai de trois mois de l'<ref-law>.
2.5. Le Tribunal fédéral n'est pas une autorité d'appel, auprès de laquelle les faits pourraient être rediscutés librement. Il est lié par les constatations de fait de la décision entreprise (<ref-law>), à moins qu'elles n'aient été établies en violation du droit ou de manière manifestement inexacte au sens des art. 97 al. 1 et 105 al. 2 LTF, à savoir, pour l'essentiel, de façon arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. Une décision n'est pas arbitraire du seul fait qu'elle apparaît discutable ou même critiquable; il faut qu'elle soit manifestement insoutenable et cela non seulement dans sa motivation mais aussi dans son résultat (<ref-ruling> consid. 1.3.1; <ref-ruling> consid. 1.1; <ref-ruling> consid. 1.1; sur la notion d'arbitraire voir <ref-ruling> consid. 4.1.2 et les arrêts cités). Le Tribunal fédéral n'entre en matière sur les moyens fondés sur la violation de droits fondamentaux, dont l'interdiction de l'arbitraire, que s'ils ont été invoqués et motivés de manière précise (<ref-law>); les critiques de nature appellatoire sont irrecevables (<ref-ruling> consid. 4.1.2 et les arrêts cités).
2.6. La recourante prétend que le 9 septembre 2019, elle aurait uniquement remarqué un encart annonçant l'exploitation à venir d'un nouvel exploitant, mais qu'elle n'aurait pas disposé d'autre information. Ainsi, elle aurait ignoré si le nouvel exploitant avait ou non déjà pris physiquement possession de l'arcade. Ce faisant, elle se limite à rediscuter librement l'appréciation à laquelle s'est livrée la cour cantonale sans démontrer en quoi celle-ci serait arbitraire. Partant, la cour cantonale a retenu, sans que la recourante n'en démontre l'arbitraire, qu'en date du 9 septembre 2019, au regard de ses notes de plaidoiries, elle avait déjà connaissance de la situation dénoncée. Purement appellatoires les critiques de la recourante sont irrecevables.
2.7. La recourante prétend que le délai de trois mois de l'<ref-law> aurait été respecté.
La recourante fait valoir que l'infraction de violation de domicile est un délit continu qui perdure aussi longtemps que l'auteur n'a pas quitté les lieux. Elle soutient que le délai de plainte n'aurait pas commencé à courir faute de libération de l'arcade par B._. Il est vrai que l'infraction de violation de domicile est un délit continu, toutefois, la recourante n'explique pas en quoi un tel délit aurait perduré. Dans l'hypothèse où B._ aurait pénétré sans droit dans l'arcade, au mois de juillet 2019, le délai de plainte serait effectivement échu conformément au calcul de la cour cantonale, dès lors qu'il aurait commencé à courir le 9 septembre 2019. Il ressort de l'arrêt cantonal que B._, qui pensait avoir valablement résilié le bail de la recourante, avait conclu un bail avec un nouveau locataire en date du 19 juillet 2019 entrant en vigueur le 1er août 2019. B._ avait eu connaissance uniquement en date du 12 septembre 2019 du fait que la résiliation du contrat de bail de la recourante n'avait pas été faite correctement. Pour toute explication, la recourante relève qu'en date du 25 septembre 2019, elle avait sommé B._ de lui remettre l'arcade. Or, contrairement à ce que semble penser la recourante, il ne s'agit pas d'une situation où l'auteur demeure sur place malgré une injonction de sortir. En effet, aucun élément ne laisse supposer que B._, qui avait mis son bien en location dès le 1er août 2019, aurait, après cette date, pénétré dans les lieux ou serait resté dans les lieux. D'ailleurs, la recourante ne le prétend pas. S'agissant du nouveau locataire occupant l'arcade, titulaire d'un bail de la part de B._, la recourante n'explique pas en quoi il pourrait s'agir d'un participant à l'infraction principale. Il n'y a ainsi pas lieu de traiter cet aspect faute de toute motivation. Les critiques de la recourante sont rejetées dans la mesure où elles sont recevables.
2.8. La recourante fait valoir qu'il n'y avait pas d'empêchement de procéder s'agissant de l'infraction d'appropriation illégitime sans dessein d'enrichissement (<ref-law>). Elle se réfère à ses précédents développements sur la question de la péremption du droit de plainte s'agissant de l'infraction de violation de domicile. En tant que la recourante voudrait soutenir, de la sorte, que le délai de plainte pour appropriation illégitime ne courrait pas tant que perdure l'appropriation, il suffit de relever qu'en elle-même l'appropriation est un comportement illicite unique de l'auteur et non un résultat de l'infraction, laquelle constitue une pure infraction de comportement et non un délit continu, de sorte que le délai de prescription commence à courir du jour où l'auteur a agi et non de celui où il a cessé d'agir (cf. arrêt 6B_198/2017 du 24 novembre 2017 consid. 2.3 et les auteurs cités). Faute de toute discussion sur ces questions s'agissant de l'infraction d'appropriation illégitime sans dessein d'enrichissement illégitime, le grief n'apparaît pas motivé à satisfaction de droit. Il est dès lors irrecevable.
2.9. En conséquence, la cour cantonale était fondée à retenir que la plainte était tardive pour les deux infractions visées.
2.10. Pour le surplus, s'agissant de l'infraction d'appropriation illégitime, la recourante fait valoir l'éventuelle existence d'un dessein d'enrichissement illégitime, hypothèse selon laquelle, le dépôt d'une plainte n'était pas nécessaire. Toutefois, elle se borne à critiquer l'absence de mesures d'instruction permettant de mettre en lumière un tel dessein et invoque une violation du principe in dubio pro druore. Faute de qualité pour recourir au fond (cf. supra consid. 1.2), le grief est irrecevable.
3.
Indépendamment des conditions posées par l'<ref-law>, la partie plaignante est habilitée à se plaindre d'une violation de ses droits de partie équivalant à un déni de justice formel, sans toutefois pouvoir faire valoir par ce biais, même indirectement, des moyens qui ne peuvent être séparés du fond (<ref-ruling> consid. 1.1). En l'espèce, la recourante ne fait pas valoir expressément une violation de ses droits de partie susceptibles d'être invoqués séparément du fond. En effet, ses critiques relatives à l'absence de mesures d'instruction sur les conditions de reprise du fonds de commerce par la société H._ SA ne peuvent être séparées du fond et sont ainsi irrecevables. Il en va de même de ses critiques, qui sont de surcroit appellatoires, sur une prétendue audition " de façade " de B._ qui aurait, selon elle, violé le principe de l'oralité " non pas au titre de l'exercice du droit d'être entendu, mais [...] en relation avec le droit du plaignant d'obtenir que l'instruction de son dossier se fasse de façon diligente, à charge et à décharge ".
4.
Le recours doit être rejeté, dans la mesure de sa recevabilité. La recourante, qui succombe, supporte les frais judiciaires (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 3000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre pénale de recours.
Lausanne, le 2 mai 2022
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Juge présidant : Denys
La Greffière : Meriboute