Faits :
A.
A.a. X._ GmbH (ci-après: la bailleresse ou la demanderesse), qui a notamment pour but d'acquérir, de gérer et de mettre en location des immeubles de toute nature, est titulaire d'un droit de superficie sur un immeuble sis dans la Commune de..., à Genève, sur lequel est érigé le Centre U._ (ci-après: " le centre "). Le centre était géré, jusqu'au 1er janvier 2015, par une société spécialisée dans la gestion d'immeubles résidentiels et commerciaux, A._ AG, soit pour elle B._.
Y1._ SA, devenue Y._ SA en juillet 2018 par reprise des actifs et passifs (ci-après: la locataire ou la défenderesse), intéressée à reprendre des locaux situés dans un bâtiment du centre, est entrée en pourparlers avec X._ GmbH, à travers A._ AG et C._ (ci-après également: la régie), soit pour elle D._. Selon D._, Y1._ SA est devenue cliente de C._ par l'intérêt qu'elle a manifesté pour reprendre les locaux, quand bien même la régie avait été mandatée par le locataire désireux de remettre ceux-ci.
A.b. Le 6 décembre 2013, A._ AG a transmis à C._ une " version non-finale du bail ainsi que celle des conditions particulières ". Cette version portait sur une surface de 1'200 m2 au 3e étage de l'immeuble, prévoyait un bail d'une durée initiale de dix ans dès le 1er janvier 2014, renouvelable de dix ans en dix ans sauf résiliation avec un préavis de douze mois, un loyer de 372'000 fr. par an, des acomptes de chauffage et eau chaude de 24'000 fr. par an, des acomptes d'autres frais accessoires de 54'000 fr. et la constitution d'une garantie bancaire de 90'000 fr. Elle prévoyait une exemption de loyer (charges et frais accessoires exclus) du 1er janvier au 30 avril 2014, en vue des travaux à effectuer dans les locaux par la locataire.
Le 20 décembre 2013, Y1._ SA a informé D._ de ce qu'elle avait modifié le bail en prolongeant l'exemption de loyer (et des frais accessoires) jusqu'au 30 juin 2014, compte tenu des délais nécessaires pour l'obtention des autorisations de construire et la durée projetée des travaux.
Le 23 décembre 2013, A._ AG a transmis à D._ une nouvelle version du bail à loyer, laquelle tenait compte de l'exemption de loyer voulue par Y1._ SA. Dans les clauses particulières du bail figuraient les art. 34 et 36, dont la teneur est source de litige dans la présente procédure.
L'art. 34 des clauses particulières avait le contenu suivant:
" Les espaces sont loués en l'état et ont été visités et acceptés comme tels par le locataire. Il a pris bonne note du fait que le bailleur n'effectuera aucun travaux, de rafraîchissement ou à quelque autre titre que ce soit. "
L'art. 36 des clauses particulières prévoyait que:
" Le locataire prend à sa charge les travaux d'aménagement liés à ses besoins. Toute modification structurelle de l'espace loué devra être approuvée par le propriétaire et sera à la charge du locataire. Le locataire sera responsable de toute demande, tout traitement et réception des autorisations réglementaires ainsi que des permis qui concernent ou sont nécessaires à l'occupation et à l'utilisation des locaux. Le locataire transmettra au bailleur un business plan relatif aux travaux prévus dans les locaux. Le locataire sera tenu de fournir au propriétaire une preuve qu'il possède une couverture d'assurance suffisante et appropriée. "
Le même jour, D._ a transmis à Y1._ SA cette nouvelle version du bail à loyer, mentionnant qu'il s'agissait du " bail définitif dûment corrigé par le propriétaire, selon votre demande ".
Le 9 janvier 2014, D._ a confirmé à Y1._ SA que sa demande de baisse de loyer avait été acceptée. Elle lui a également envoyé un document (ci-après: " la lettre d'intention ") qui reprenait les termes du contrat, en indiquant une date d'entrée en vigueur du bail au 1er janvier 2014 et un loyer annuel de 360'000 fr., TVA, charges et frais accessoires compris. La rubrique " clauses complémentaires " reprenait l'essentiel des termes des art. 34 et 36 des clauses particulières du bail datées du 23 décembre 2013. D._ a invité Y1._ SA à consulter la lettre d'intention pour ensuite la renvoyer signée, ce qui devait permettre à B._ de rédiger le bail définitif.
Le 14 janvier 2014, B._ a envoyé à D._ une version, qualifiée de " finale ", du contrat de bail et des clauses complémentaires, accompagnée d'une lettre d'intention révisée. La surface des locaux était portée à 1'204 m2, pour un loyer de 301'008 fr. par an, des acomptes de frais accessoires de 60'192 fr. par an, une durée de bail du 15 janvier 2014 au 31 janvier 2024, renouvelable de cinq ans en cinq ans sauf résiliation moyennant un préavis de douze mois, et une garantie bancaire à fournir de 80'000 fr. La lettre d'intention et le contrat, sous la rubrique " clauses complémentaires ", comportaient la version modifiée suivante de l'art. 34 (les adjonctions sont soulignées, la mise en gras figure comme telle dans les documents produits) :
" Les espaces sont loués en l'état et ont été visités et acceptés comme tels par le locataire. Il a pris bonne note du fait que le bailleur n'effectuera aucun travaux, de rafraîchissement ou à quelque autre titre que ce soit. L'attention du locataire est expressément attirée sur le fait que les entreprises présentes dans l'immeuble exercent des activités de R&D (laboratoires) très sensibles, notamment au bruit et aux vibrations. Le locataire promet et garantit au bailleur que l'activité qu'il exercera dans les locaux loués (exploitation d'un fitness) ne sera source d'aucune vibration, émissions sonores ou autres formes de nuisances décelables hors des locaux loués, même de façon très faible ou très passagère. Le locataire confirme avoir inspecté et testé le bâtiment et en être pleinement satisfait; le locataire confirme en particulier qu'il ne devra procéder à aucun travaux (renforcement, isolation, insonorisation...) pour se conformer au présent engagement. En cas de violation par le locataire de cette disposition, le locataire indemnisera le bailleur pour tout dommage que ce dernier pourrait subir, par exemple en cas de demandes de réductions de loyer et/ou dommages-intérêts réclamés par d'autre (s) locataire (s) ou départ d'un ou plusieurs locataires. Le bailleur sera en outre fondé à mettre fin immédiatement au bail en application de l'article 257f CO ou de toute autre disposition légale applicable ".
L'art. 36 des clauses complémentaires du bail n'avait pas été modifié.
Le 16 janvier 2014, B._ a rappelé à D._ qu'elle attendait, avant la date d'emménagement prévue pour le 23 janvier 2014 et le début des travaux d'aménagement, la version signée du contrat de bail, la lettre d'intention et la preuve de la constitution de la garantie bancaire.
Le 20 janvier 2014, E._, directeur financier de Y1._ SA, a précisé à D._ que la version du bail en sa possession comportait une erreur, puisqu'elle indiquait une gratuité de loyer de cinq mois hors charges, au lieu de six mois charges comprises. Le 21 janvier 2014, B._ a transmis à D._ et E._ une version révisée du bail, en précisant que le contrat indiquait une durée du bail du 15 janvier 2014 au 14 janvier 2024 et une gratuité du loyer, des charges et autres frais accessoires du 15 janvier au 14 juillet 2014. Si l'art. 34 des clauses complémentaires était identique à la version précédente (soit celle du 14 janvier 2014), l'art. 36 était modifié pour avoir la teneur suivante (les adjonctions sont soulignées) :
" Le locataire prend à sa charge les travaux d'aménagement liés à ses besoins. Toute modification structurelle de l'espace loué, et plus généralement tous travaux de rénovation ou de modification de la chose louée, devront être approuvés par le propriétaire (qui pourra librement les refuser)et sera à la charge du locataire. Le locataire sera responsable de toute demande, tout traitement et réception des autorisations réglementaires ainsi que des permis qui concernent ou sont nécessaires à l'occupation et à l'utilisation des locaux. Le locataire transmettra au bailleur un business plan relatif aux travaux prévus dans les locaux. Le locataire sera tenu de fournir au propriétaire une preuve qu'il possède une couverture d'assurance suffisante et appropriée. "
Pour la bailleresse, la version du bail et des clauses particulières dans cette version du 21 janvier 2014 lie les parties.
Le 24 janvier 2014, G._, directeur des opérations au sein de Y1._ SA, a écrit à H._, conseiller juridique de Y1._ SA, pour lui demander de relire le bail et les clauses complémentaires remises par B._ le 21 janvier 2014. Il indiquait qu'une clause sur les nuisances sonores et les vibrations figurant dans le bail devait à son sens être retirée. Dans ses commentaires, H._ a précisé que certaines adjonctions n'étaient, de manière générale, pas opportunes pour la locataire. Il a par ailleurs modifié les art. 34 et 36 des clauses complémentaires.
L'art. 34 avait la teneur suivante (les adjonctions sont soulignées et les portions retirées barrées; la mise en gras figure comme telle dans les documents produits) :
" Les espaces sont loués en l'état (sous réserve de l'art. 46§3 ci-dessous)et ont été visités et acceptés comme tels par le locataire. Il a pris bonne note du fait que le bailleur n'effectuera aucun travaux, de rafraîchissement ou à quelque autre titre que ce soit. Le bailleur est rendu attentif au fait que le locataire procèdera, dans les locaux, aux travaux nécessaires à l'aménagement d'un centre de culture physique. L'attention du locataire est expressément attirée sur le fait que les entreprises présentes dans l'immeuble exercent des activités de R&D (laboratoires) très sensibles, notamment au bruit et aux vibrations. Le locataire promet et garantit au bailleur que l'activité qu'il exercera dans les locaux loués (exploitation d'un fitness) ne sera source d'aucune vibration, émissions sonores ou autres formes de nuisances décelables hors des locaux loués, même de façon très faible ou très passagère , autres que les bruits usuels de musique et de machines inhérents à l'exploitation normale d'un centre de fitness. Le locataire confirme avoir inspecté et testé le bâtiment et en être pleinement satisfait; le locataire confirme en particulier qu'il ne devra procéder à aucun travaux (renforcement, isolation, insonorisation...) pour se conformer au présent engagement. En cas de violation par le locataire de cette disposition, le locataire indemnisera le bailleur pour tout dommage que ce dernier pourrait subir, par exemple en cas de demandes de réductions de loyer et/ou dommages-intérêts réclamés par d'autre (s) locataire (s) ou départ d'un ou plusieurs locataires. L le bailleur sera en outre fondé à mettre fin immédiatement au bail en application de l'article 257f CO ou de toute autre disposition légale applicable ".
L'art. 36 était quant à lui modifié de la manière suivante (les adjonctions sont soulignées et les portions retirées barrées) :
" Le locataire prend à sa charge les travaux d'aménagement liés à ses besoins. Le bailleur consent à la réalisation de ces travaux par le locataire et accepte par la présente de fournir son aval à toute demande que pourrait devoir formuler le locataire dans ce cadre vis-à-vis des autorités (enseigne, APA, etc.). Toute modification structurelle de l'espace loué,et plus généralement tous travaux de rénovation ou de modification de la chose louée, devr a ont être approuvés par le propriétaire (qui pourra librement les refuser)et sera à la charge du locataire. Le locataire sera responsable de toute demande, tout traitement et réception des autorisations réglementaires ainsi que des permis qui concernent ou sont nécessaires à l'occupation et à l'utilisation des locaux. Le locataire transmettra au bailleur un business plan relatif aux travaux prévus dans les locaux. Le locataire sera tenu de fournir au propriétaire une preuve qu'il possède une couverture d'assurance suffisante et appropriée. "
Le même jour, une réunion s'est tenue dans les locaux du centre. Lors de cette réunion, étaient présents les administrateurs (I._, J._, K._) et le directeur général (L._) de Y1._ SA, la gérante de l'immeuble (B._) et la représentante de la régie (D._). Les représentants de Y1._ SA ont signé le bail et les conditions complémentaires à celui-ci, dans la version modifiée par H._. A l'issue de la réunion, B._ a transmis les documents signés à X._ GmbH et remis à Y1._ SA les clés des locaux.
Par courriel du 5 février et courrier du 11 février 2014, A._ AG a transmis à Y1._ AG et D._ le contrat de bail contresigné par la bailleresse.
A.c. Au cours du mois de février 2014, la locataire a entrepris les travaux d'aménagement des locaux, en s'adjoignant les services d'un architecte et d'une entreprise spécialisée en acoustique, chargée de vérifier que l'installation du fitness dans les locaux respectait la norme SIA 181, cas échéant de proposer des solutions d'isolation du bruit aux fins du respect de cette norme, nécessaire pour l'obtention du permis de construire. Le rapport établi par cette entreprise le 17 février 2014, complété le 5 mars 2014, concluait que les normes SIA en matière de bruit ne pouvaient pas complètement être respectées, malgré la mise en place de mesures, mais qu'une dérogation pouvait être demandée au Service de l'air, du bruit et des rayonnements non ionisants.
En lien avec ces travaux, la bailleresse était assistée de F._, consultant indépendant, et d'une entreprise chargée de contrôler la nature des travaux projetés par la locataire, avec l'appui d'une entreprise spécialisée en acoustique.
Dans le cadre des discussions qui ont suivi sur les travaux à entreprendre, il est apparu que la bailleresse se référait non seulement aux normes SIA en matière de nuisances sonores et vibrations, mais aussi à des clauses du contrat de bail allant au-delà de ces normes. Lorsque, le 6 mai 2014, E._ a demandé à F._ à quel article du contrat de bail il se référait, celui-ci s'est rendu compte que le contrat signé par les parties ne correspondait pas à celui négocié par la bailleresse, notamment s'agissant de l'art. 34.
Le 11 mai 2014, dans un courriel à la locataire, F._ a déclaré que la bailleresse n'était pas liée par l'art. 34 modifié à la dernière minute sans préavis, mais par le texte du bail et des clauses complémentaires rédigés le 21 janvier 2014. La bailleresse proposait donc de signer un avenant au bail pour corriger la situation et, à défaut, se réservait le droit d'invalider le contrat pour dol et de réclamer des dommages-intérêts. La locataire a toutefois refusé la signature de l'avenant évoqué et imparti un délai au 23 mai 2014 à la bailleresse pour signer les demandes de réalisation de travaux, sous peine de mettre un terme aux relations contractuelles pour cause d'inexécution.
Questionnée par la bailleresse sur les discussions qui avaient eu lieu le jour de la signature du bail par la locataire, B._ a indiqué que les modifications du contrat et de ses clauses complémentaires n'avaient pas été discutées. Questionnée également, D._ a affirmé que la locataire avait reçu le bail avant la séance du 24 janvier 2014, qu'il n'avait pas été lu pendant la réunion et qu'elle-même était partie lorsqu'il avait été signé. Elle a par la suite précisé qu'elle n'avait pas suivi toute la discussion entre B._ et la locataire, puisqu'elle n'avait pas assisté à toute la réunion.
A.d. Par courrier du 4 juin 2014, la locataire a informé A._ AG qu'elle se départissait du contrat conformément à l'<ref-law>, restituait les locaux dès réception du courrier et demandait des dommages-intérêts. Contestant ces allégations, la bailleresse a fixé un délai à la locataire pour qu'elle signe l'avenant du bail rétablissant les art. 34 et 36 des clauses complémentaires tels que négociés le 21 janvier 2014, faute de quoi elle partait du principe que la locataire renonçait à exécuter le contrat et se réservait le droit de mettre fin à celui-ci et réclamer des dommages-intérêts. Elle se réservait en outre le droit de résilier le bail en vertu de l'<ref-law>, dans la mesure où des travaux avaient été réalisés sans son accord.
Le 22 juillet 2014, la bailleresse a mis la locataire en demeure de s'acquitter du loyer et de l'acompte de frais accessoires pour la période du 15 juillet au 14 août 2014, la menaçant de résilier le bail selon l'<ref-law>. La locataire a répondu que, lors de la séance du 24 janvier 2014, l'attention des représentants de la bailleresse avait été attirée sur la modification des clauses complémentaires. B._ et D._, considérant ces modifications comme importantes, avaient refusé de signer le contrat pour le soumettre aux représentants de la bailleresse, lesquels avaient retourné le bail signé dix-huit jours après la réunion. La locataire confirmait la résolution du contrat et précisait que la clef des locaux avait été remise au responsable technique du centre en mai 2014.
A.e. Par avis officiel du 26 août 2014, la bailleresse a résilié le bail pour le 30 septembre 2014, pour non-paiement du loyer. Le 24 mars 2015, elle a fait notifier un commandement de payer pour un montant de 1'027'528 fr. 30 à titre de coût de remise en état des locaux, perte de loyer, honoraires de courtage, frais d'avocats et coûts internes, auquel la locataire a fait opposition. Le 27 avril 2015, la locataire a à son tour fait notifier un commandement de payer à la bailleresse pour un montant de 200'000 fr. à titre de dommage subi à la suite de l'inexécution par celle-ci de ses obligations contractuelles. La bailleresse y a fait opposition.
B.
B.a. Par requête du 15 janvier 2015 et, après échec de la conciliation, par demande du 16 avril 2015 déposée devant le Tribunal des baux et loyers, la bailleresse a conclu au paiement par la locataire des loyers et charges de retard, respectivement des indemnités pour occupation illicite depuis le 15 juillet 2014, avec intérêts, au paiement de dommages-intérêts, soit une somme totale de 961'301 fr., et à la mainlevée définitive de l'opposition formée au commandement de payer qu'elle avait fait notifier. Elle se réservait le droit d'amplifier ses conclusions.
La locataire a conclu, sur demande principale, au rejet des conclusions de la bailleresse et, sur demande reconventionnelle, au paiement par celle-ci de dommages-intérêts, soit une somme totale de 157'047 fr. 20, et à la mainlevée définitive du commandement de payer qu'elle lui avait fait notifier. Elle a exposé avoir déboursé 33'288 fr. 40 à titre de frais et honoraires pour la réalisation des travaux dans les locaux loués, 18'718 fr. 80 pour les honoraires de H._ et environ 105'040 fr. pour le coût interne d'environ 546 heures des membres de sa direction, des services marketing et des ressources humaines pour le développement du projet d'implantation dans le centre, y compris la négociation du contrat de bail.
La bailleresse a persisté dans ses conclusions et conclu au rejet de la demande reconventionnelle.
En cours de procédure de première instance, les parties ont accepté de limiter la procédure à la question de leur réelle et commune intention à propos du contrat de bail, dans la mesure où la locataire s'estimait liée par le bail signé les 24 janvier et 5 février 2014, la bailleresse par le bail convenu le 21 janvier 2014.
Par jugement du 31 octobre 2016, le Tribunal des baux et loyers a considéré que, dans les circonstances tout à fait particulières de l'espèce, les parties étaient liées par le contrat signé les 24 janvier et 5 février 2014. La Cour de justice a confirmé ce jugement par arrêt du 12 juin 2017; les motifs retenus dans ce contexte seront discutés ultérieurement et dans la mesure utile.
Par arrêt du 7 septembre 2017 rendu dans la cause 4A_402/2017, la Cour de céans a déclaré le recours de la bailleresse à l'encontre de l'arrêt du 12 juin 2017 manifestement irrecevable, considérant qu'il s'agissait d'une décision incidente tombant sous le coup de l'<ref-law>.
B.b. Lors d'une audience qui s'est tenue le 13 décembre 2017, les parties ont convenu qu'il revenait au Tribunal des baux et loyers de statuer sur le seul point de la réparation du dommage à laquelle concluait la locataire, compte tenu de l'arrêt de la Cour de justice du 12 juin 2017. La bailleresse a précisé qu'elle solliciterait l'audition de témoins quant à son dommage si elle obtenait gain de cause devant le Tribunal fédéral.
Par jugement du 2 mai 2018, le Tribunal des baux et loyers a considéré que la locataire était fondée à résilier le contrat de bail en application de l'<ref-law> et que la bailleresse lui devait la somme de 50'716 fr. 40 correspondant aux frais engagés pour l'installation du fitness, à l'exclusion des autres postes du dommage allégué. Quant à la bailleresse, elle n'avait pas repris ses conclusions ensuite du jugement du Tribunal des baux et loyers du 31 octobre 2016 et devait être déboutée.
Par arrêt du 17 décembre 2018, la Cour de justice a réformé le jugement rendu, en ce sens que la bailleresse était condamnée à payer 51'916 fr. 40 avec intérêts à 5% dès le 4 juin 2014 à la locataire.
C.
Contre cet arrêt, la bailleresse a interjeté un recours en matière civile au Tribunal fédéral, concluant principalement à sa réforme, en ce sens qu'il est dit que les parties sont liées par le contrat de bail dans sa version du 21 janvier 2014, que la locataire est en substance condamnée à lui payer les sommes réclamées dans sa demande en paiement du 16 avril 2015 et que la mainlevée définitive de l'opposition formée par la locataire est prononcée. Subsidiairement, elle conclut au renvoi de la cause au Tribunal des baux et loyers pour reprise de l'administration des preuves, principalement s'agissant de son dommage, et plus subsidiairement encore, elle conclut au renvoi de la cause à la cour cantonale pour nouvelle décision dans le sens des considérants. Sur demande reconventionnelle, elle conclut au rejet intégral de la demande. Elle se plaint d'établissement manifestement inexact des faits (<ref-law>) et de violation des <ref-law>, 29 al. 1 Cst., 241 CPC, 109 CO et 8 CC.
La cour cantonale s'est référée aux considérants de son arrêt. La locataire a conclu à l'irrecevabilité du recours, subsidiairement à son rejet, et à la confirmation des arrêts entrepris. La bailleresse a encore répliqué.

Considérant en droit :
1.
Le recours a été interjeté en temps utile (art. 100 al. 1 et 46 al. 1 let. c LTF) par la partie bailleresse qui a succombé dans ses conclusions (<ref-law>) et dirigé contre un arrêt final (<ref-law>) rendu par un tribunal supérieur statuant sur appel (<ref-law>), dans une affaire de bail (<ref-law>) dont la valeur litigieuse est supérieure à 15'000 fr. (<ref-law>).
La locataire soutient que la bailleresse a interjeté deux recours, l'un contre l'arrêt du 12 juin 2017, l'autre contre l'arrêt du 17 décembre 2018, et que le recours à l'encontre du premier arrêt est irrecevable, dans la mesure où il s'agit d'une décision incidente. Il apparaît certes que l'arrêt du 12 juin 2017 tranche la question du contrat de bail applicable aux relations entre les parties, soit une question de droit qui constitue un préalable à l'admission des conclusions principales respectivement reconventionnelles des parties (cf. 4A_402/2017 du 7 septembre 2017 consid. 2.2) constitutive d'une décision incidente au sens de l'<ref-law>. Son influence sur l'arrêt du 17 décembre 2018, qui tranche la question des prétentions de la locataire à l'encontre de la bailleresse de manière à constituer une décision finale, est néanmoins incontestable et ouvre la voie du recours en vertu de l'<ref-law>.
Le recours en matière civile est par conséquent recevable.
2.
2.1. Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>). Il ne peut s'en écarter que si ces faits ont été établis de façon manifestement inexacte - ce qui correspond à la notion d'arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (<ref-ruling> consid. 4.1.2; <ref-ruling> consid. 5.1) - ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> (<ref-law>), et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (<ref-law>).
La critique de l'état de fait retenu est soumise au principe strict de l'allégation énoncé par l'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 2.3 p. 266 et les références). La partie qui entend attaquer les faits constatés par l'autorité précédente doit expliquer clairement et de manière circonstanciée en quoi ces conditions seraient réalisées (<ref-ruling> consid. 1.3.1 p. 18 et les références). Si la critique ne satisfait pas à ces exigences, les allégations relatives à un état de fait qui s'écarterait de celui de la décision attaquée ne pourront pas être prises en considération (<ref-ruling> consid. 1.3.1 p. 18). Les critiques de nature appellatoire sont irrecevables (<ref-ruling> consid. 1.3 p. 261 s.).
2.2. Saisi d'un recours en matière civile, le Tribunal fédéral applique le droit d'office (<ref-law>). Il n'est toutefois lié ni par les motifs invoqués par les parties, ni par l'argumentation juridique retenue par l'autorité cantonale; il peut donc admettre le recours pour d'autres motifs que ceux invoqués par le recourant, comme il peut le rejeter en opérant une substitution de motifs (<ref-ruling> consid. 1.4 et l'arrêt cité).
3.
3.1. Selon l'<ref-law>, le contrat est parfait lorsque les parties ont, réciproquement et d'une manière concordante, manifesté leur volonté. Autrement dit, le contrat n'est conclu qu'à partir du moment où les manifestations de volonté des parties sont concordantes (Tercier/Pichonnaz, Le droit des obligations, 5e éd. 2012, n° 604). En outre, les parties doivent s'être mises d'accord sur tous les éléments essentiels du contrat, faute de quoi celui-ci n'est pas venu à chef (<ref-ruling> consid. 3d p. 254).
L'offre de contracter est la proposition de conclure un contrat que fait une partie à l'autre. Il s'agit d'une manifestation de volonté, qui doit comprendre tous les éléments objectivement et subjectivement essentiels et manifester la volonté de se lier (cf. <ref-law>; Tercier/Pichonnaz, op. cit., n° 607). L'acceptation est la manifestation de volonté de l'autre partie, par laquelle celle-ci déclare acquiescer à l'offre. Pour qu'il y ait accord, il faut en effet que l'acceptation coïncide à l'offre (arrêt 4A_431/2013 du 10 janvier 2014 consid. 2.2). Si l'acceptation n'est pas identique par son contenu à l'offre ou en diverge sur un point qui est objectivement ou subjectivement essentiel, il ne s'agit pas d'une acceptation, mais d'une nouvelle offre, soit d'une contre-offre. Les règles de l'offre s'appliquent à la contre-offre, en ce sens que la partie destinataire doit manifester sa volonté d'accepter la contre-offre (Gauch/Schluep/Schmid, Schweizerisches Obligationenrecht - Allgemeiner Teil, 10e éd. 2014, n° 441 s.; Tercier/Pichonnaz, op. cit., n° 624).
3.2. Savoir s'il y a eu acceptation de l'offre ou de la contre-offre s'effectue selon les règles applicables à l'interprétation des manifestations de volonté. Si le juge ne parvient pas à déterminer la volonté réelle et commune des parties - parce que les preuves font défaut ou ne sont pas concluantes - ou s'il constate qu'une partie n'a pas compris la volonté exprimée par l'autre à l'époque de la conclusion du contrat - ce qui ne ressort pas déjà du simple fait qu'elle l'affirme en procédure, mais doit résulter de l'administration des preuves -, il doit recourir à l'interprétation normative (ou objective), à savoir rechercher leur volonté objective, en déterminant le sens que, d'après les règles de la bonne foi, chacune d'elles pouvait et devait raisonnablement prêter aux déclarations de volonté de l'autre. Il s'agit d'une interprétation selon le principe de la confiance (<ref-ruling> consid. 5.2.3). D'après ce principe, la volonté interne de s'engager du déclarant n'est pas seule déterminante; une obligation à sa charge peut découler de son comportement, dont l'autre partie pouvait, de bonne foi, déduire une volonté de s'engager. Le principe de la confiance permet ainsi d'imputer à une partie le sens objectif de sa déclaration ou de son comportement, même si celui-ci ne correspond pas à sa volonté intime (<ref-ruling> consid. 3.2 p. 424 et les arrêts cités).
La détermination de la volonté objective des parties, selon le principe de la confiance, est une question de droit, que le Tribunal fédéral examine librement; pour la trancher, il faut cependant se fonder sur le contenu des manifestations de volonté et sur les circonstances, lesquelles relèvent du fait. Les circonstances déterminantes à cet égard sont uniquement celles qui ont précédé ou accompagné la manifestation de volonté, mais non pas les événements postérieurs (<ref-ruling> consid. 5.2.3; <ref-ruling> consid. 2.2.1 p. 67 et les arrêts cités).
4.
4.1. La bailleresse soutient que la locataire a accepté son offre du 21 janvier 2014.
La cour cantonale a considéré que les parties étaient liées par la version du contrat de bail et des annexes signée les 24 janvier et 5 février 2014 et non pas par la version du 21 janvier 2014. Elle a retenu que les parties s'étaient mises d'accord sur les éléments objectivement essentiels du contrat, à savoir les locaux désignés dans le contrat pour un loyer et une durée correspondant à ceux indiqués, mais que les clauses relatives au bruit et vibrations ainsi qu'aux travaux à réaliser demeuraient litigieuses. Selon elle, les modifications introduites aux art. 34 et 36 en janvier 2014 n'étaient pas si importantes pour la bailleresse, puisqu'elle était prête à signer le contrat dans sa version du 23 décembre 2013 et n'avait pas indiqué subordonner sa volonté à un accord sur ces points.
Il apparaît toutefois que l'importance du problème de bruit, des vibrations et des travaux à réaliser est apparue au cours des négociations entre les parties, ce dont témoignent les modifications apportées de part et d'autre aux projets de contrats et les mandats donnés à des entreprises spécialisées dans l'acoustique pour effectuer les travaux d'aménagement. L'on ne saurait dès lors retenir, comme la cour cantonale, que les clauses en question ne relevaient pas de points, si ce n'est objectivement à tout le moins subjectivement, essentiels du contrat. Que les modifications successives des art. 34 et 36 n'aient pas fait l'objet de discussions effectives entre les parties ou n'aient pas été signalées au contractant n'y change rien. Il ne pouvait y avoir accord entre les parties sans offre et acceptation de ces articles, que l'accord porte sur l'offre faite par la bailleresse le 21 janvier 2014 ou la contre-offre faite par la locataire le 24 janvier 2014.
En l'occurrence, il y a lieu d'admettre que la locataire n'a pas accepté l'offre faite par la bailleresse le 21 janvier 2014. Par sa proposition du 24 janvier 2014, signée lors de la réunion du même jour, elle a fait une contre-offre, que la bailleresse était libre de refuser en cas de désaccord.
4.2. Les divers arguments que la bailleresse présente dans son recours ne changent rien au fait que la locataire n'a pas accepté l'offre faite par la bailleresse le 21 janvier 2014, mais qu'elle a fait une contre-offre à celle-ci le 24 janvier 2014.
D'abord, l'on ne voit pas que la réunion du 24 janvier 2014, dont le but était pour certains de ratifier le contrat, pour d'autres d'échanger encore sur certaines questions, excluerait que des modifications aient pu être apportées à la version du 21 janvier 2014. La bailleresse n'y avait dépêché aucun représentant susceptible de ratifier le contrat et a au final attendu près de deux semaines pour renvoyer le contrat signé. L'on ne saurait en outre retenir, comme le voudrait la bailleresse, que la locataire avait assuré son approbation quant à la version du 21 janvier 2014 lors de la réunion du 24 janvier 2014, cet élément ne résultant aucunement de la procédure. En tout état, les impressions personnelles de B._ sur le fait que les art. 34 et 36 du contrat n'avaient pas été modifiés ne changent rien au fait que la locataire n'a pas accepté l'offre faite par la bailleresse le 21 janvier 2014. Enfin, les suppositions auxquelles se livre la bailleresse sur les intentions qui auraient animé la locataire en son for intérieur sont dénuées de fondement.
Dans ces circonstances, l'on ne saurait conclure, comme le voudrait la recourante, qu'il y avait concordance des volontés sur la version du contrat de bail et de ses annexes du 21 janvier 2014.
4.3. Reste à savoir si la bailleresse a accepté la contre-offre faite par la locataire le 24 janvier 2014, en y apposant sa signature.
La cour cantonale a retenu que la bailleresse avait retourné le contrat du 24 janvier 2014 à la locataire près de deux semaines plus tard, après avoir eu le loisir de le relire et, si tel était le cas, de faire connaître son désaccord à la locataire. En sa qualité de professionnelle de l'immobilier, la bailleresse ne pouvait être considérée comme une partie faible au contrat et ne soutenait d'ailleurs pas qu'elle n'avait pas ou mal compris le texte soumis. Elle ne pouvait en outre se plaindre de ce que la locataire avait modifié certains passages sans particulièrement attirer son attention à cet égard, puisqu'elle-même avait agi de cette manière et n'avait pas plus de raison que la locataire de prendre garde à la modification non signalée des clauses litigieuses. Enfin, la locataire n'avait pas de raison de penser, à réception du contrat en février 2014, que la bailleresse n'était pas d'accord avec le contrat qu'elle avait signé.
Rien dans le recours n'est propre à remettre en cause cette interprétation. En particulier, il importe peu que la bailleresse ait mis en évidence la modification d'une phrase isolée de l'art. 34 dans la documentation du 14 janvier 2014, mise en évidence d'ailleurs reprise par la locataire dans la documentation modifiée du 24 janvier 2014. La locataire n'avait par cette modification pas plus de raison de penser que sa cocontractante n'était pas d'accord avec le contrat finalement signé par elle le 5 février 2014. De même, savoir si la locataire avait effectivement connaissance des modifications apportées par la bailleresse dans sa version du 21 janvier 2014 et pourquoi elle n'a pas réagi à celles-ci n'est pas déterminant pour apprécier si cette dernière a accepté le contrat dans sa version du 24 janvier 2014.
Il s'ensuit que, selon le principe de la confiance, il y a lieu d'admettre que la bailleresse est liée par son acceptation des termes du contrat du 24 janvier 2014 qu'elle a signé le 5 février 2014, même si elle ne correspondait pas à sa volonté intime.
5.
5.1. Examinant la demande reconventionnelle, la cour cantonale a reconnu que la locataire avait droit à être dédommagée pour les frais d'architecte, d'ingénieur et d'avocat qu'elle avait encourus à la suite de sa résolution du contrat, pour une somme totale de 51'916 fr. 40 (12'916 fr. 80 pour les honoraires d'architecte, 5'529 fr. 60 pour les honoraires d'acousticien, 120 fr. à titre d'émolument pour une autorisation administrative, 32'150 fr. pour la transformation des locaux et 1'200 fr. à titre d'honoraires d'avocat).
5.2. La bailleresse soutient que la cour cantonale a violé l'<ref-law>, en octroyant à l'intimée le remboursement de certains frais évoqués ci-dessus avant la conclusion du contrat.
5.2.1. Aux termes de l'<ref-law>, le créancier qui se départ du contrat peut refuser la prestation promise et répéter ce qu'il a déjà payé (al. 1). Il peut en outre demander la réparation du dommage résultant de la caducité du contrat, si le débiteur ne prouve qu'aucune faute ne lui est imputable (al. 2).
Selon la jurisprudence, les dommages-intérêts dits négatifs de l'<ref-law> se calculent de manière à placer le créancier dans la situation patrimoniale qui serait la sienne s'il n'avait pas conclu le contrat devenu caduc (<ref-ruling> consid. 3.1 p. 233; <ref-ruling> consid. 4b p. 22; <ref-ruling> consid. 3 p. 294). Le créancier ne peut pas réclamer de dédommagement à calculer d'après la situation que l'exécution correcte du contrat lui aurait procurée, cela parce que les dommages-intérêts dits positifs, remplaçant la prestation contractuelle que l'autre partie n'a pas fournie, ne sont prévus à l'<ref-law> que dans l'hypothèse où le contrat est maintenu; ainsi, le créancier y renonce s'il se départ du contrat (arrêt 4A_251/2010 du 12 août 2010 consid. 3).
Les dommages-intérêts négatifs doivent principalement couvrir les dépenses faites par le créancier pour la négociation, la conclusion et la préparation de l'exécution du contrat devenu caduc, ou les dommages-intérêts dus à des tiers en raison de l'inexécution de ce contrat, ou encore le gain manqué sur d'autres affaires auxquelles le créancier a renoncé en raison dudit contrat (Wolfgang Wiegand, in Basler Kommentar - Obligationenrecht I, 6e éd. 2015, n° 9 ad <ref-law>; Luc Thévenoz, Commentaire romand - Code des obligations I, 2e éd. 2012, n° 14 ad <ref-law>).
5.2.2. Selon la bailleresse, la locataire ne saurait prétendre à l'intégralité du remboursement des honoraires d'architecte, dont devraient être retranchées 37.75 heures équivalant à la somme de 5'300 fr. 10 effectuées du 19 décembre 2013 au 24 janvier 2014, de même que les honoraires d'acousticien devraient être réduits d'au moins 4'174 fr. 20, compte tenu de l'activité effectuée pendant la phase précontractuelle. Or, ces frais entrent dans la définition des dommages-intérêts négatifs telle que consacrée par la jurisprudence, s'agissant de frais engagés en vain dans la négociation et en vue de la conclusion, puis le début d'exécution du contrat résolu. Il n'y a donc pas matière à les réduire, au seul motif qu'ils auraient été engagés avant la conclusion du contrat.
5.3. La bailleresse soutient que la cour cantonale aurait violé l'<ref-law>, en retenant la facture pour les travaux d'aménagement émise à hauteur de 32'150 fr. La société mandatée aurait requis le paiement de sa facture avant le début des travaux et sur la base d'un devis, alors qu'à teneur d'un rapport établi par huissier les travaux à entreprendre étaient bien loin d'être achevés. La locataire aurait donc failli à démontrer l'étendue des travaux réalisés, de sorte que seules des prestations à hauteur de 3'000 fr. devraient être retenues.
En tant qu'il règle le fardeau de la preuve, l'<ref-law> ne s'applique pas lorsque la cour cantonale retient, comme en l'espèce, que les travaux d'aménagement effectués par la locataire s'élèvent à 32'150 fr. selon une facture, dûment produite et dont le paiement n'est pas contesté. En critiquant l'étendue des travaux réalisés, la bailleresse s'en prend en réalité, et apparemment pour la première fois, à la constatation des faits, sans invoquer ni démontrer en quoi celle-ci serait entachée d'un quelconque arbitraire.
6.
Au vu de ce qui précède, le recours doit être rejeté. Les frais et dépens de la procédure sont mis à la charge de la bailleresse recourante, qui succombe (art. 66 al. 1 et 68 al. 1 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 15'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3.
La recourante versera à l'intimée une indemnité de 17'000 fr. à titre de dépens.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour de justice du canton de Genève, Chambre des baux et loyers.
Lausanne, le 27 septembre 2019
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente : Kiss
La Greffière : Schmidt