Fatti:
A.
Il 23 febbraio 2018 il Dipartimento del territorio del Cantone Ticino, Divisione delle costruzioni, ha indetto un pubblico concorso sottoposto al concordato intercantonale sugli appalti pubblici del 25 novembre 1994/15 marzo 2001 (CIAP; RL/TI 730.500) ed impostato secondo la procedura libera, relativo alle opere da metalcostruttore per la sistemazione del nuovo nodo intermodale della stazione FFS di Bellinzona. La gara d'appalto concerne più precisamente la fornitura e la posa delle pensiline per il nuovo terminale dei bus in vicolo Nadi, delle pensiline per le biciclette nel piazzale Stazione, nonché di barriere, ringhiere e parapetti diversi. Il capitolato d'appalto, contro il quale non sono stati interposti ricorsi, descriveva tra l'altro la sequenza di montaggio, in sei fasi distinte, per la messa in opera delle pensiline, precisando che la stessa era "vincolante al fine di garantire un risultato finale estetico ottimale soprattutto per quanto riguarda la limitazione delle deformazioni della copertura".
B.
Entro il termine impartito, il committente ha ricevuto tre offerte, tra cui quella del Consorzio B._, di fr. [...] e quella della A._ SA, di fr. [...]. Proceduto alle necessarie valutazioni ed esclusa la terza offerta, con risoluzione dell'11 luglio 2018 il Consiglio di Stato ha aggiudicato la commessa al Consorzio B._, giunto primo in graduatoria con 586.2 punti.
C.
Adito su ricorso della A._ SA, seconda classificata con 570.8 punti, il Tribunale cantonale amministrativo ha parzialmente accolto il ricorso con sentenza del 12 novembre 2018, annullando la predetta decisione di aggiudicazione. La Corte cantonale ha ritenuto che sia l'offerta del Consorzio sia quella della ricorrente avrebbero dovuto essere escluse, siccome non rispettavano la sequenza delle fasi di montaggio stabilita dagli atti del concorso e non erano quindi conformi alle prescrizioni di gara.
D.
La A._ SA impugna questa sentenza con un ricorso sussidiario in materia costituzionale del 13 dicembre 2018 al Tribunale federale, chiedendo di annullarla, di annullare la decisione di aggiudicazione a favore del Consorzio e di attribuirle la commessa. La ricorrente fa valere la violazione del divieto dell'arbitrio.
E.
La Corte cantonale si conferma nella sua sentenza. Il Consiglio di Stato e il Consorzio B._ chiedono di respingere il ricorso. L'Ufficio di vigilanza sulle commesse pubbliche non ha presentato osservazioni. La ricorrente si è espressa con osservazioni dell'8 marzo 2019 sulle risposte degli opponenti, confermandosi nelle sue conclusioni. In via subordinata ha chiesto che gli atti siano rinviati al Consiglio di Stato, affinché le sia consentito di confrontarsi con il committente e il progettista su tutti gli aspetti tecnici dell'offerta, in particolare riguardo alla sequenza di montaggio.
Con decreto presidenziale del 23 gennaio 2019 è stata respinta la domanda di effetto sospensivo, rispettivamente di misure cautelari, contenuta nel gravame.

Diritto:
1.
1.1. Il litigio riguarda una decisione presa in ambito di commesse pubbliche. Il ricorso ordinario in materia di diritto pubblico è quindi ammissibile solo se il valore stimato della commessa raggiunge i valori soglia previsti dall'art. 83 lett. f n. 1 LTF e, cumulativamente (<ref-ruling> consid. 1.2, 113 consid. 1.2; <ref-ruling> consid. 1.2), se la fattispecie pone una questione di diritto d'importanza fondamentale, giusta l'art. 83 lett. f n. 2 LTF. Per stessa ammissione della ricorrente, non si pone in concreto nessuna questione di tale genere, motivo per cui è stato correttamente formulato un ricorso sussidiario in materia costituzionale.
1.2. La querelata sentenza è una decisione finale (art. 90 e 117 LTF) pronunciata da un'autorità giudiziaria cantonale di ultima istanza (art. 86 e 114 LTF), l'impugnativa inoltrata contro di essa è tempestiva (art. 100 cpv. 1 e 117 LTF) e l'insorgente ha un interesse giuridicamente protetto a contestare la decisione della Corte cantonale secondo cui anche la sua offerta avrebbe dovuto essere esclusa. La ricorrente, seconda classificata nella gara d'appalto, avrebbe infatti avuto una possibilità favorevole di ottenere la commessa se il suo ricorso fosse stato integralmente accolto (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 4.1 pag. 27). Per quanto precede, il ricorso sussidiario in materia costituzionale è ammissibile.
1.3. Con questo rimedio può venir censurata unicamente la violazione di diritti costituzionali (<ref-law>). Il rispetto di tali diritti non è esaminato d'ufficio, ma soltanto se il ricorrente ha sollevato le proprie critiche in modo preciso (art. 117 e 106 cpv. 2 LTF; <ref-ruling> consid. 2.2; <ref-ruling> consid. 3.2). Limitata è anche la possibilità di contestare l'accertamento dei fatti. Di principio, il Tribunale federale si fonda sui fatti stabiliti dall'autorità inferiore (<ref-law>); può rettificare o completare i relativi accertamenti se sono stati svolti in violazione del diritto ai sensi dell'<ref-law> (<ref-law>).
2.
2.1. La ricorrente rimprovera alla Corte cantonale di essere incorsa nell'arbitrio per avere sostituito il proprio potere di apprezzamento a quello del committente, ritenendo la sua offerta non conforme alle prescrizioni di gara. Sostiene che il Consiglio di Stato non aveva inizialmente ravvisato difformità riguardo alla sequenza delle fasi di montaggio delle pensiline indicata nell'offerta e che i giudici cantonali, invece di limitarsi a dimostrare per quali ragioni il committente avrebbe abusato o ecceduto del suo potere di apprezzamento ritenendola valida, avrebbero eseguito un controllo di opportunità dell'offerta, vietato dall'art. 16 cpv. 2 CIAP.
2.2. L'art. 16 cpv. 1 CIAP prevede che il ricorso in sede cantonale è proponibile contro le violazioni di diritto, compreso l'abuso e l'eccesso del potere di apprezzamento (lett. a); l'accertamento errato o incompleto dei fatti giuridicamente rilevanti (lett. b). Secondo l'art. 16 cpv. 2 CIAP, non può essere addotto il motivo dell'inadeguatezza. In materia di appalti pubblici il diritto materiale lascia di principio un'ampia libertà d'apprezzamento al committente, in particolare nella fase di valutazione e di confronto delle offerte. Se l'autorità giudiziaria sostituisce il proprio potere d'apprezzamento a quello del committente, essa emana un giudizio di opportunità, ciò che è vietato dall'art. 16 cpv. 2 CIAP (<ref-ruling> consid. 3). Questa regolamentazione corrisponde a quella prevista dall'art. 69 della legge ticinese sulla procedura amministrativa, del 24 settembre 2013 (LPAmm; RL/TI 165.100) con riferimento alle censure proponibili dinanzi al Tribunale cantonale amministrativo quale autorità di ricorso. L'art. 69 cpv. 2 LPAmm prevede infatti che la censura di inadeguatezza o inopportunità è ammissibile soltanto nei casi previsti dalla legge (cfr. messaggio n. 6645 del 23 maggio 2012 concernente la revisione totale della legge di procedura per le cause amministrative del 19 aprile 1966, pag. 43 seg.).
2.3. In concreto, il committente non aveva aggiudicato la commessa pubblica alla ricorrente, bensì al Consorzio opponente. Sul risultato di non assegnarle l'appalto, la decisione impugnata corrisponde quindi a quella del Consiglio di Stato. Nella risposta al ricorso in sede cantonale, il committente aveva inoltre rilevato che anche l'offerta della ricorrente era invero carente, in particolare siccome non rispettava completamente le fasi di montaggio prescritte dagli atti di gara e mancava del relativo schema. Sempre in quella sede, il committente ha quindi esplicitamente chiesto alla Corte cantonale di escludere tale offerta. In tali circostanze, decidendo di estromettere pure la ricorrente, la precedente istanza non ha sostituito il proprio potere di apprezzamento a quello del committente, ma ha sostanzialmente statuito nel senso prospettato da quest'ultimo. Inoltre, la Corte cantonale ha fondato il suo giudizio sull'art. 40 del regolamento di applicazione della legge sulle commesse pubbliche e del CIAP, del 12 settembre 2006 (RLCPubb/CIAP; RL/TI 730.110). Questa norma disciplina il contenuto dell'offerta e prevede in particolare che la partecipazione alla gara, con l'inoltro dell'offerta, implica l'accettazione di tutte le condizioni contenute negli atti di gara (art. 40 cpv. 2 RLCPubb/CIAP). La conformità dell'offerta alle condizioni del concorso costituisce un requisito preliminare per l'aggiudicazione di qualsiasi commessa pubblica (cfr. sentenza 2C_241/2012 del 28 giugno 2012 consid. 4.1, in: RtiD I-2013 pag. 91). In concreto, la Corte cantonale non ha abusato del proprio potere di apprezzamento emanando un giudizio di opportunità, ma ha statuito in applicazione del diritto sulla conformità dell'offerta alle prescrizioni di gara, confermando sostanzialmente, per quanto concerne l'esclusione dell'offerta della ricorrente, la conclusione esposta dal committente medesimo nel corso dello scambio degli scritti.
3.
3.1. La ricorrente sostiene che i giudici cantonali sarebbero incorsi nell'arbitrio per avere ritenuto la sua offerta non rispettosa della sequenza di montaggio dei manufatti descritta negli atti di gara. Adduce che non vi sarebbe altra possibilità, se non quella di lasciare dei "risparmi" attorno ai pilastri di sostegno delle pensiline e di chiuderli successivamente. A suo dire, in caso contrario, il sollevamento del tetto della pensilina dopo il suo assemblaggio non sarebbe tecnicamente possibile. Secondo la ricorrente, la sequenza di montaggio prevista dal bando di concorso sarebbe comunque rispettata, giacché anche la chiusura dei "risparmi" in corrispondenza dei pilastri verrebbe effettuata seguendo la procedura adottata per la parte già completata. Rileva che la copertura mancante concernerebbe una superficie limitata e sarebbe irrilevante sotto il profilo delle deformazioni, essendo situata in una zona d'appoggio.
3.2. L'arbitrio, vietato dall'<ref-law>, è ravvisabile quando la decisione impugnata risulta manifestamente insostenibile, in contraddizione palese con la situazione effettiva, gravemente lesiva di una norma o di un chiaro principio giuridico, o in contrasto intollerabile con il sentimento di giustizia e di equità. La decisione deve inoltre essere arbitraria nel suo risultato e non solo nella sua motivazione. Non risulta per contro arbitrio dal semplice fatto che anche un'altra soluzione potrebbe entrare in linea di conto o sarebbe addirittura preferibile (<ref-ruling> consid. 2.3; <ref-ruling> consid. 4.1; <ref-ruling> consid. 7.1).
3.3.
3.3.1. Le disposizioni del capitolato di appalto prevedono, riguardo al montaggio delle opere, la seguente posizione:
"La sequenza di montaggio per la messa in opera delle pensiline è descritta qui sotto. Essa risulta vincolante al fine di garantire un risultato finale estetico ottimale soprattutto per quanto riguarda la limitazione delle deformazioni della copertura.
1. Messa in opera dei pilastri.
2. Montaggio del graticcio composto dai profili scatolari.
3. Fissaggio delle mensole senza eseguire il serraggio completo dei bulloni.
4. Messa in opera della copertura (travetti in legno e pannelli).
5. Livellamento del filo della copertura, contrastando la deformazione dovuta al peso proprio con la regolazione dell'inclinazione delle mensole; serraggio completo dei bulloni delle mensole a lavorazione ultimata.
6. Messa in opera del rivestimento all'intradosso".
3.3.2. La Corte cantonale ha rilevato che la relazione tecnica allegata all'offerta della ricorrente indica che "le fasi di montaggio previste prevedono il tracciamento e posa dei pilastri a cominciare dalla pensilina A predisposta a Sud, la posa del graticcio infilata tra i pilastri, il montaggio delle mensole, la copertura, il serraggio e la regolazione delle mensole, ed il montaggio delle lamiere sandwich. Verranno lasciate indietro le aperture attorno ai pilastri e completate dopo il sollevamento e posa delle pensiline. Con interventi puntuali ed inferiori alla giornata, verranno ripristinati la copertura e montati i pannelli sandwich in corrispondenza dei pilastri".
La precedente istanza ha accertato che tale offerta prevedeva una parziale inversione delle fasi 4 e 5 in corrispondenza dei pilastri dopo il sollevamento del corpo orizzontale. Questo accertamento non è censurato d'arbitrio dalla ricorrente con una motivazione rispettosa delle esigenze di motivazione dell'<ref-law>. Esso corrisponde anzi alla citata descrizione tecnica ed è pertanto vincolante per il Tribunale federale (<ref-law>). I giudici cantonali hanno quindi correttamente concluso che, nella misura in cui la ricorrente prevedeva di completare la copertura dopo il montaggio, l'offerta non rispettava le prescrizioni di gara.
In questa sede la ricorrente tenta di sminuire la rilevanza della differenza tra la procedura di montaggio da lei seguita e quella descritta nel bando di concorso. Adduce essenzialmente che la suddivisione della realizzazione della copertura in una parte principale e in una minima parte residua, in corrispondenza dei pilastri di sostegno delle pensiline, non sarebbe vietata dalle condizioni di gara e sarebbe dettata da esigenze tecniche. Con queste argomentazioni si limita tuttavia ad esporre in modo appellatorio una sua diversa opinione, senza dimostrare l'arbitrarietà della decisione impugnata. La succitata disposizione del capitolato di appalto regola infatti in modo dettagliato, in sei fasi distinte, la sequenza di montaggio delle pensiline, specificando ch'essa è vincolante allo scopo di garantire un risultato finale estetico ottimale. La procedura di montaggio descritta dal committente non prevede di suddividere la realizzazione della copertura in più parti, completando in una fase successiva quella in corrispondenza dei pilastri. Partecipando alla gara, con l'inoltro dell'offerta, la ricorrente ha accettato tali condizioni (cfr. art. 40 cpv. 2 RLCPubb/CIAP). La regolamentazione dettagliata della sequenza di montaggio e la precisazione esplicita del suo carattere vincolante implicano che il capitolato d'appalto attribuiva un peso significativo al rispetto della procedura richiesta per la messa in opera della copertura. Il difetto dell'offerta della ricorrente riguarda perciò un aspetto rilevante ai fini dell'aggiudicazione della commessa, di modo che la decisione della Corte cantonale di escludere l'offerta siccome non conforme alle prescrizioni di gara non viola il divieto dell'arbitrio.
3.3.3. Il bando di concorso, unitamente ai relativi documenti di gara, costituisce un atto impugnabile a titolo indipendente (cfr. art. 15 cpv. 1bis lett. a CIAP). Eventuali censure contro le condizioni ivi stabilite devono di principio essere sollevate aggravandosi contro il bando stesso e non possono più essere invocate ulteriormente (<ref-ruling> consid. 4.2; <ref-ruling> consid. 3a). Se la ricorrente riteneva che la sequenza di montaggio delle pensiline imposta dal committente fosse problematica sotto il profilo tecnico, le sarebbe spettato aggravarsi tempestivamente contro il bando, esperendo il rimedio giuridico indicato nella pubblicazione del concorso. L'obiezione presentata in questa sede riguardo all'impossibilità tecnica di realizzare l'opera secondo la sequenza di montaggio prescritta è di conseguenza inammissibile.
4.
4.1. Nella risposta al ricorso, il Consiglio di Stato afferma che l'offerta della ricorrente non è stata inizialmente esclusa, siccome, essendo giunta soltanto seconda in classifica, non v'era motivo di approfondire la relazione tecnica: il committente avrebbe pertanto esaminato ulteriormente, mediante una discussione successiva, solo l'offerta della prima classificata.
4.2. Nelle osservazioni alla risposta governativa, la ricorrente rimprovera al committente di avere disatteso il principio della parità di trattamento e il diritto di essere sentita, permettendo soltanto alla concorrente un confronto con i responsabili del progetto. Oggetto della presente impugnativa è tuttavia la sentenza dell'ultima istanza cantonale (cfr. <ref-law>), che ha escluso sia l'offerta del Consorzio sia quella della ricorrente fondandosi sulle rispettive relazioni tecniche. Nella misura in cui ha ritenuto, già sulla base degli atti, che entrambe le offerte non rispettavano la sequenza di montaggio delle pensiline prescritta dai documenti di gara, la Corte cantonale ha ossequiato il principio della parità di trattamento tra i concorrenti e non ha violato il diritto della ricorrente di essere sentita.
5.
Ne segue che il ricorso deve essere respinto. Le spese giudiziarie e le ripetibili seguono la soccombenza e sono pertanto poste a carico della ricorrente (art. 66 cpv. 1 e art. 68 cpv. 1 LTF). Non si assegnano ripetibili ad autorità vincenti (<ref-law>).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1.
Il ricorso è respinto.
2.
Le spese giudiziarie di fr. 6'500.-- sono poste a carico della ricorrente, che rifonderà al Consorzio opponente un'indennità di fr. 6'500.-- a titolo di ripetibili della sede federale.
3.
Comunicazione ai patrocinatori, rispettivamente al rappresentante delle parti, all'Ufficio di vigilanza sulle commesse pubbliche del Dipartimento del territorio e al Tribunale amministrativo del Cantone Ticino.