Fatti:
A.
Il 27 novembre 2018 la Corte penale del Tribunale penale federale ha condannato X._ a una pena detentiva di 3 anni e 8 mesi per partecipazione a un'organizzazione criminale, sostegno a un'organizzazione criminale, ricettazione e ripetuta infrazione alla legge sulle armi.
B.
La sentenza motivata è stata notificata a X._ il 14 dicembre 2018. In data 3 gennaio 2019 X._ ha presentato una dichiarazione d'appello alla Corte d'appello del Tribunale penale federale, che l'ha trasmessa al Tribunale federale per competenza.
In data 28 gennaio 2019 X._ ha presentato un ricorso in materia penale avverso la sentenza del 27 novembre 2018 della Corte penale del Tribunale penale federale, chiedendo la sospensione della relativa procedura fino all'emanazione di un giudizio definitivo nella procedura d'appello. Con decreto del 30 gennaio 2019 il Presidente della Corte di diritto penale del Tribunale federale ha dato seguito a tale richiesta di sospensione (incarto 6B_37/2019).
C.
Il 27 marzo 2019 la Corte d'appello del Tribunale penale federale ha dichiarato inammissibile l'appello, respingendo al contempo una domanda di ricusazione presentata da X._ contro i giudici Claudia Solcà, Giorgio Bomio-Giovanascini e Rosa Maria Cappa.

Diritto:
1.
1.1. Il ricorrente contesta innanzitutto la competenza della Corte d'appello del Tribunale penale federale a pronunciarsi essa medesima sulla domanda di ricusazione formulata nei confronti dei suoi membri. Nel merito, egli ritiene che l'appello sia ammissibile.
1.2. In una recente sentenza il Tribunale federale ha avuto occasione di stabilire che - in applicazione analogica dell'<ref-law> - l'appello è inammissibile avverso una sentenza emanata dalla Corte penale del Tribunale penale federale prima del 1° gennaio 2019 (sentenza 6B_523/2019 del 4 giugno 2019 consid. 1.3). Nella fattispecie in esame la sentenza della Corte penale del Tribunale penale federale è stata emanata il 27 novembre 2018. L'appello è quindi inammissibile e il ricorso al riguardo infondato.
1.3. La questione di sapere se la Corte d'appello del Tribunale penale federale era competente per pronunciarsi sulla domanda di ricusazione formulata dal ricorrente può restare indecisa. Un rinvio per nuovo giudizio non si giustificherebbe infatti a prescindere dalla risposta a tale quesito, ritenuto che l'appello non è, comunque sia, ammissibile.
2.
Il ricorso deve essere respinto. Le spese giudiziarie seguono la soccombenza (<ref-law>). La domanda di assistenza giudiziaria deve essere respinta, essendo il gravame sin dall'inizio privo di possibilità di successo (<ref-law>). Vista la situazione finanziaria del ricorrente, si giustifica tuttavia di prelevare una tassa di giudizio ridotta (<ref-law>).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1.
Il ricorso è respinto.
2.
La domanda di assistenza giudiziaria è respinta.
3.
Le spese giudiziarie di fr. 1'200.-- sono poste a carico del ricorrente.
4.
Comunicazione alle parti e alla Corte d'appello del Tribunale penale federale.