Faits :
A.
Le Ministère public de la République et canton de Genève instruit une enquête contre A._, ressortissant suisse né en 1996, pour menaces (art. 180 CP), actes d'ordre sexuel avec des enfants (art. 187 CP), contrainte sexuelle (art. 189 CP), tentative de viol (art. 22 et 190 CP) et inceste (art. 213 CP). Il lui est reproché d'avoir, déjà pendant sa minorité, abusé de façon répétée de sa soeur B._, née en 2000. Le prévenu conteste les faits.
A._ a été placé en détention provisoire entre le 5 août et le 4 septembre 2015, date à laquelle il a été remis en liberté moyennant le prononcé de mesures de substitution, dont la prise d'un domicile séparé et l'interdiction de tout contact avec sa soeur. Ces mesures - modifiées dans l'intervalle sur quelques points - ont été levées le 31 octobre 2017 par le Ministère public qui avait également averti les parties de son intention de classer la procédure.
Le 27 novembre 2017 - dans le délai dûment prolongé -, la curatrice de B._ a remis au Procureur l'enregistrement d'une conversation entre cette dernière et le prévenu tenue le 24 précédent, expliquant que B._ l'avait effectué à l'insu de son frère; la première aurait mis en confiance le second, notamment en affirmant avoir menti, et ce dernier y reconnaîtrait les abus sexuels reprochés; B._ craignait la réaction de son frère lorsqu'il apprendrait l'existence de cet enregistrement. Le 6 décembre 2017, le Procureur a écouté ladite conversation en présence des parties; à l'annonce de cet enregistrement, le prévenu avait répondu "Et ? J'étais déjà informé", affirmant que les propos tenus exprimaient ses regrets sur son attitude générale avec sa soeur, mais n'étaient pas en lien avec des atteintes à l'intégrité sexuelle de celle-ci.
A._ a demandé, le 9 février 2018, le retrait du dossier de cet enregistrement et a déposé plainte pénale contre sa soeur, soutenant que celle-ci aurait créé un climat de confiance fallacieux entre eux, lui aurait posé des "questions suggestives" et aurait même affirmé qu'il n'était pas enregistré. Le 28 février 2018, le Ministère public a rejeté cette requête. Il a considéré que l'enregistrement n'avait pas été obtenu par une tromperie de B._ au détriment de A._, dont le libre arbitre n'avait pas été altéré. Le Procureur a encore relevé que, lors de l'audience consacrée à l'écoute dudit enregistrement, le prévenu, assisté par un avocat, avait déclaré maintenir les propos enregistrés, sans se plaindre d'une tromperie. Selon le magistrat, l'autorité pénale aurait pu ordonner elle-même l'enregistrement et l'intérêt à la manifestation de la vérité sur les infractions sexuelles commises dans le cadre familial sur une mineure l'emportait sur tout autre intérêt.
Le 8 février 2018, A._ a été à nouveau placé en détention provisoire (art. 105 al. 2 LTF). Par ordonnance du 26 [recte 23] février 2018, le Tribunal des mesures de contrainte (Tmc) a prolongé la détention provisoire du prévenu jusqu'au 26 mai 2018, estimant notamment que le contenu de l'enregistrement litigieux "pouvait être compris" comme des aveux. Cette décision a été annulée par la Chambre pénale de recours de la Cour de justice de la République et canton de Genève le 23 mars 2018 et la cause renvoyée au Tmc pour qu'il ordonne des mesures de substitution.
B.
Le 4 avril 2018, la Chambre pénale de recours a rejeté le recours formé par A._ contre l'ordonnance du Ministère public du 28 février 2018.
Cette autorité a considéré que, même si la conversation enregistrée reposait sur une violation de l'art. 179ter CP, son inexploitabilité était loin d'être manifeste. Elle a ainsi relevé que l'enregistrement avait été effectué par la partie plaignante et que les circonstances l'entourant (déroulement et questions posées) n'atteignaient pas l'intensité d'une tromperie ou d'une astuce inadmissibles au sens de l'art. 140 CPP, dans la mesure où cette disposition s'appliquerait; à cet égard, les extraits sélectionnés du dialogue par le prévenu ne démontraient pas que la plaignante serait totalement parvenue à endormir tout sens critique du premier. La cour cantonale a également estimé que, malgré l'intention du Ministère public de classer la procédure, une mesure de surveillance au sens de l'art. 280 let. a CPP aurait pu être valablement ordonnée vu les faits abordés dans l'enregistrement et la procédure pénale ouverte depuis deux ans.
C.
Par acte du 8 mai 2018, A._ forme un recours en matière pénale contre cet arrêt, concluant à son annulation, au retrait de l'enregistrement réalisé par B._ de la procédure, ainsi qu'à celui de tous les éléments fondés sur cet enregistrement et de tous les documents le mentionnant. Le recourant sollicite également l'octroi de l'assistance judiciaire.
Invitée à se déterminer, la cour cantonale s'est référée aux considérants de sa décision. Quant au Ministère public, il a conclu à l'irrecevabilité du recours et, subsidiairement, à son rejet. Le 13 juillet 2018, le recourant a persisté dans ses conclusions.

Considérant en droit :
1.
Le Tribunal fédéral examine d'office sa compétence (art. 29 al. 1 LTF) et contrôle librement la recevabilité des recours qui lui sont soumis (<ref-ruling> consid. 1 p. 358).
2.
Une décision relative à l'exploitation des moyens de preuve (art. 140 et 141 CPP) ne met pas fin à la procédure pénale; elle a donc un caractère incident. Le recours en matière pénale contre une telle décision n'est dès lors recevable qu'aux conditions de l'art. 93 al. 1 let. a LTF, soit en présence d'un préjudice irréparable, l'art. 93 al. 1 let. b LTF n'étant généralement pas applicable en matière pénale (<ref-ruling> consid. 1.3 p. 130).
En matière pénale, le préjudice irréparable au sens de l'art. 93 al. 1 let. a LTF se rapporte à un dommage de nature juridique qui ne puisse pas être réparé ultérieurement par un jugement final ou une autre décision favorable au recourant. Le seul fait qu'un moyen de preuve dont la validité est contestée demeure au dossier ne constitue en principe pas un tel préjudice, dès lors qu'il est possible de renouveler ce grief jusqu'à la clôture définitive de la procédure. En particulier, la question de la légalité des moyens de preuve peut être soumise au juge du fond (art. 339 al. 2 let. d CPP), autorité dont il peut être attendu qu'elle soit en mesure de faire la distinction entre les moyens de preuve licites et ceux qui ne le seraient pas, puis de fonder son appréciation en conséquence. Les motifs retenus par le juge de première instance peuvent ensuite être contestés dans le cadre d'un appel (cf. art. 398 ss CPP) et, en dernier ressort, le prévenu peut remettre en cause ce jugement devant le Tribunal fédéral (art. 78 ss LTF; <ref-ruling> consid. 1.3.1 p. 130 s.; <ref-ruling> consid. 4.4 p. 394).
Cette règle comporte toutefois des exceptions. Tel est notamment le cas lorsque la loi prévoit expressément la restitution immédiate, respectivement la destruction immédiate, des preuves illicites (cf. par exemple les art. 248, 271 al. 3, 277 et 289 al. 6 CPP). Il en va de même quand, en vertu de la loi (pour un exemple, <ref-ruling> consid. 1.3.3 p. 131) ou de circonstances spécifiques liées au cas d'espèce, le caractère illicite des moyens de preuve s'impose d'emblée. De telles circonstances ne peuvent être admises que dans la situation où l'intéressé fait valoir un intérêt juridiquement protégé particulièrement important à un constat immédiat du caractère inexploitable de la preuve (<ref-ruling> consid. 1.3.1 p. 131).
En vertu de l'art. 42 al. 1 LTF, il incombe au recourant d'alléguer les faits qu'il considère comme propres à fonder sa qualité pour recourir et ceux permettant de démontrer l'existence d'un préjudice irréparable lorsque celui-ci n'est pas d'emblée évident (<ref-ruling> consid. 2.3 p. 287).
3.
Il s'agit dès lors d'examiner si la confirmation par la cour cantonale du refus du Ministère public de retirer du dossier pénal l'enregistrement litigieux cause un préjudice irréparable au recourant.
3.1. Sous l'angle de la recevabilité, le recourant ne développe aucune argumentation en lien avec l'art. 140 CPP. Cela étant, il soutient au fond que l'enregistrement litigieux aurait été obtenu par le biais d'une tromperie illicite au sens de l'art. 140 al. 1 CPP, situation qui exclurait toute exploitation de ce moyen de preuve (art. 141 al. 1 CPP). On comprend donc que son maintien au dossier pénal, respectivement son exploitation en tant que preuve contre le recourant, lui causerait un préjudice irréparable.
La procédure pénale contient des dispositions sur les méthodes d'administration des preuves interdites (art. 140 CPP) et sur l'exploitation des moyens de preuves obtenus illégalement (art. 141 CPP). Elle ne règle en revanche pas de manière explicite dans quelle mesure ces dispositions s'appliquent quand les moyens de preuve sont récoltés, non pas par les autorités, mais par des personnes privées (arrêts 6B_911/2017 du 27 avril 2018 consid. 1.1; 1B_76/2016 du 30 mars 2016 consid. 2.2). Dans une telle situation, il n'existe donc pas d'interdiction de principe de les exploiter (arrêt 1B_76/2016 du 30 mars 2016 consid. 2.1; SABINE GLESS, in Basler Kommentar, Schweizerische Strafprozessordnung, Art. 1-196 StPO, 2e éd. 2014, n° 40c ad art. 141 CPP). Cela étant, selon la jurisprudence, de tels moyens de preuve sont uniquement exploitables si, cumulativement, ils auraient pu être obtenus par les autorités de poursuite pénale conformément à la loi et si une pesée des intérêts en présence justifie leur exploitation (arrêt 6B_911/2017 du 27 avril 2018 consid. 1.1 et les nombreux arrêts cités). En tout état de cause, au stade de l'instruction, il convient de ne constater l'inexploitabilité de ce genre de moyen de preuve que dans des cas manifestes (MOREILLON/PAREIN-REYMOND, Petit commentaire, Code de procédure pénale, 2 e éd. 2016, n° 5 ad art. 141 CPP).
En l'occurrence et dans la mesure où l'art. 140 CPP s'appliquerait, les circonstances d'espèce ne permettent pas de retenir que la partie plaignante - mineure victime des comportements dénoncés - aurait eu un tel ascendant sur le recourant - son frère aîné de quatre ans auteur présumé des graves infractions reprochées - pour retenir que les déclarations éventuellement mensongères de la première constitueraient des moyens de contrainte, des menaces ou des tromperies au sens de l'art. 140 CPP (sur cette dernière notion en lien avec le comportement d'autorités, voir <ref-ruling> consid. 4.2 p. 25 ss) qui auraient été susceptibles de restreindre le libre arbitre du second. Cela paraît d'autant moins être le cas que le recourant s'est lui-même interrogé à différentes reprises au moment des faits sur la possibilité que la conversation en cause puisse être enregistrée (cf. en particulier ad 51/iii, iv, v et vi de son mémoire de recours). L'enregistrement peut-être obtenu de manière illicite par la partie plaignante n'apparaît ainsi pas d'emblée manifestement inexploitable au sens de l'art. 141 al. 1 CPP et le recourant ne subit par conséquent aucun préjudice irréparable justifiant d'entrer en matière sur son recours. Il pourra d'ailleurs réitérer ses griefs devant le juge du fond, à qui il appartient de se prononcer sur ces questions (légalité et exploitabilité des moyens de preuve notamment dans des cas d'application de l'art. 141 al. 2 CPP).
3.2. Aucune autre circonstance spécifique du cas d'espèce ne justifie non plus une entrée en matière immédiate.
En effet, la prolongation de la détention provisoire n'est pas l'objet du présent litige et dès lors, un préjudice au sens de l'art. 93 al. 1 let. a LTF ne découle pas de cette situation particulière. Cela vaut d'ailleurs d'autant plus que les charges au sens de l'art. 221 al. 1 CPP retenues à son encontre par la Chambre pénale de recours dans son arrêt du 23 mars 2018 sont en lien, non pas avec les faits relatifs à l'enregistrement litigieux, mais avec les menaces proférées en janvier et février 2018 (cf. consid. 2.2 p. 6 s. de ce jugement) et que le recourant - certes soumis à des mesures de substitution - a été remis en liberté à la suite de ce prononcé.
Un préjudice irréparable ne saurait non plus résulter du défaut de classement de la procédure, même si cette mesure avait été envisagée par le Ministère public dans son avis de prochaine clôture du 27 octobre 2017. En effet, la reprise de l'instruction à la suite de la production de l'enregistrement litigieux - simple aléa de procédure pouvant résulter de différentes causes (réquisitions de preuve à la suite de l'avis de clôture ou en application de l'art. 323 CPP) - n'exclut en tout cas pas de manière définitive qu'une autre décision favorable au recourant puisse être rendue ultérieurement.
4.
Il s'ensuit que le recours est irrecevable.
Le recourant a demandé l'octroi de l'assistance judiciaire (art. 64 al. 1 LTF). Vu l'issue du litige, celui-ci était manifestement dénué de chances de succès et cette requête doit être rejetée. Le recourant supporte donc les frais judiciaires (art. 66 al. 1 LTF); ceux-ci seront toutefois exceptionnellement réduits afin de tenir compte de sa situation financière.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est irrecevable.
2.
La requête d'assistance judiciaire est rejetée.
3.
Les frais, fixés à 500 fr., sont mis à la charge du recourant.
4.
Le présent arrêt est communiqué au mandataire du recourant, au Ministère public de la République et canton de Genève et à la Chambre pénale de recours de la Cour de justice de la République et canton de Genève.
Lausanne, le 27 juillet 2018
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Merkli
La Greffière : Kropf