Die Präsidentin zieht in Erwägung:
1.
Der Beschwerdeführer befindet sich im Vollzug einer stationären therapeutischen Massnahme gemäss <ref-law>. Die Vorinstanz trat im angefochtenen Entscheid auf eine Beschwerde gegen die Verweigerung der bedingten Entlassung mangels rechtsgenügender Begründung im Sinne von § 54 Abs. 1 des Verwaltungsrechtspflegegesetzes des Kantons Zürich (VRG/ZH; LS 175.2) nicht ein.
2.
Dagegen wendet sich der Beschwerdeführer mit Eingabe vom 2. November 2021 an das Bundesgericht. Er beantragte seine sofortige Entlassung aus der Massnahme, weil er seine Lehre zu Ende bringen möchte.
3.
Gemäss <ref-law> ist in der Beschwerdebegründung in gedrängter Form unter Bezugnahme auf den angefochtenen Entscheid darzulegen, inwiefern dieser Recht verletzt. Beruht der angefochtene Entscheid (wie vorliegend) auf kantonalem (Verfahrens-) Recht, kann im Wesentlichen bloss die Verletzung verfassungsmässiger Rechte, namentlich Willkür bei dessen Anwendung, gerügt werden; entsprechende Rügen bedürfen gemäss <ref-law> besonderer Geltendmachung und Begründung (<ref-ruling> E. 1.3 S. 41 mit Hinweisen).
4.
Das Bundesgericht wies den Beschwerdeführer am 4. November 2021 auf die gesetzlichen Anforderungen an eine Beschwerdebegründung gemäss <ref-law> sowie darauf hin, dass er seine Be schwerdeeingabe noch bis zum Ablauf der Beschwerdefrist in diesem Sinne ergänzen könne. Der Beschwerdeführer reichte innert Frist keine weitere Beschwerdebegründung ein. Die Beschwerde ist somit alleine aufgrund der Eingabe vom 2. November 2021 zu beurteilen.
5.
Anfechtungsobjekt ist nur die vorinstanzliche Nichteintretensverfügung, welche sich alleine auf § 54 Abs. 1 VRG/ZH und damit auf kantonales Verfahrensrecht stützt. Die Vorinstanz leitet aus § 54 Abs. 1 VRG/ZH, wonach die Beschwerdeschrift einen Antrag und dessen Begründung zu enthalten hat, ab, dass die beschwerdeführende Partei sich substanziiert mit den massgeblichen Erwägungen des angefochtenen Entscheids auseinandersetzt. Vor Bundesgericht kann es damit nur um die Begründungsanforderungen im kantonalen Beschwerdeverfahren gemäss § 54 Abs. 1 VRG/ZH gehen sowie um die Frage, ob die Vorinstanz auf die Beschwerde zu Unrecht nicht eingetreten ist. Damit befasst sich der Beschwerdeführer in seiner Eingabe vom 2. November 2021 nicht. Er zeigt nicht auf, inwiefern die Vorinstanz § 54 Abs. 1 VRG/ZH willkürlich oder sonstwie bundesrechtswidrig ausgelegt und angewandt haben soll. Aus der Beschwerde ergibt sich mithin nicht, dass und inwiefern die angefochtene Nichteintretensverfügung schweizerisches Recht im Zusammenhang mit der Auslegung/Anwendung des kantonalen Verfahrensrechts verletzen könnte. Auf die Beschwerde ist im Verfahren nach <ref-law> mangels einer tauglichen Begründung nicht einzutreten.
6.
Ausnahmsweise kann auf eine Kostenauflage verzichtet werden (<ref-law>).

Demnach erkennt die Präsidentin:
1.
Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2.
Es werden keine Kosten erhoben.
3.
Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 3. Abteilung, Einzelrichter, und B._, Zürich, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 13. Dezember 2021
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Jacquemoud-Rossari
Die Gerichtsschreiberin: Arquint Hill