Faits :
A.
A.a. B.A._ et A.A._ (ci-après: les époux A._ ou les contribuables) étaient, en 2012, domiciliés à C._, dans le canton de Genève. A.A._ est l'unique actionnaire de la société anonyme D._ SA (ci-après: la société), qui a son siège à E._, dans le canton d'Obwald. Le 12 décembre 2011, la société, qui bouclait ses comptes au 30 septembre de chaque année, a distribué un dividende de 15'000'000 fr. à son actionnaire. L'impôt anticipé retenu sur ce dividende, par 5'250'000 fr., a été versé le 18 janvier 2012 à l'Administration fédérale des contributions (ci-après: l'Administration fédérale). A.A._ a perçu le solde de 9'750'000 fr. le 19 janvier 2012.
A.b. Le 8 février 2012, les époux A._ ont sollicité de l'Administration fiscale cantonale du canton de Genève (ci-après: l'Administration cantonale) d'être dispensés des acomptes d'impôt pour l'année fiscale 2012, car le montant retenu pour l'impôt anticipé sur le dividende susmentionné en couvrait la totalité.
Le 17 février 2012, l'Administration cantonale a dispensé les époux A._ des acomptes 2012 pour les impôts cantonal et communal (ci-après: ICC). Elle leur a remis des bulletins de versement pour l'impôt fédéral direct (ci-après: IFD), avec la mention que le paiement de cet impôt par tranches demeurait facultatif. Le 15 mars 2013, elle leur a adressé un bordereau provisoire pour l'IFD 2012, d'un montant de 507'794 fr., avec un délai de paiement au 15 avril 2013. Les contribuables ne l'ont pas acquitté.
A.c. Dans leur déclaration fiscale 2012, les époux A._ ont déclaré, en revenu de la fortune mobilière, le dividende précité, ainsi que 115'432 fr. d'intérêts bruts soumis à l'impôt anticipé. Ils ont demandé l'imputation d'un montant d'impôt anticipé de 5'290'565 fr. 95 sur leurs impôts directs.
B.
Par bordereaux du 18 janvier 2016, l'Administration cantonale a taxé les contribuables pour l'année fiscale 2012 tant en matière d'ICC que d'IFD.
Le décompte final ICC 2012 faisait notamment état, au débit, d'un montant d'impôt dû de 3'958'324 fr. 55 et, au crédit, d'un montant d'impôt anticipé de 5'290'556 fr. 95, inscrit à la date valeur du 31 mars 2013. Le solde de l'impôt anticipé en faveur des contribuables était transféré, à la date du 18 janvier 2016, à hauteur de 1'152'405 fr. 60 sur le compte de l'impôt fédéral direct 2012 et à hauteur de 179'806 fr. 80 sur le compte de l'impôt fédéral direct 2013.
Le décompte final IFD 2012 faisait état, au débit, du montant d'impôt de 507'794 fr. résultant du bordereau provisoire du 15 mars 2013, d'intérêts moratoires par 38'905 fr. 75 dus sur ce montant et d'un supplément d'impôt de 672'083 fr. en date valeur du 18 janvier 2016 (total d'impôt de 1'179'877 fr.). Au crédit, figurait un report d'ICC 2011, ainsi que le montant d'impôt anticipé dû aux contribuables et reporté du décompte ICC (1'152'405 fr. 60), pris en compte à la date du 18 janvier 2016. Le solde était égal à zéro.
Le 8 février 2016, les époux A._ ont élevé réclamation contre le bordereau IFD 2012, en s'opposant aux intérêts moratoires par 38'905 fr. 75. Par décision du 4 mars 2016, l'Administration cantonale a maintenu les montants des intérêts moratoires inscrits sur le relevé de compte IFD.
Contre la décision du 4 mars 2016, les contribuables ont formé un recours auprès du Tribunal administratif de première instance de la République et canton de Genève (ci-après: le Tribunal administratif de première instance). Par jugement du 24 avril 2017, le Tribunal administratif de première instance, considérant que les intérêts moratoires n'étaient pas dus, a admis le recours et renvoyé la cause à l'Administration cantonale pour nouvelle décision. L'Administration cantonale a formé un recours contre ce jugement auprès de la Chambre administrative de la Cour de justice de la République et canton de Genève (ci-après: la Cour de justice), qui l'a rejeté par arrêt du 17 avril 2018. En substance, la Cour de justice a confirmé que les intérêts moratoires n'étaient pas dus, car l'Administration cantonale avait procédé à une compensation entre la créance d'IFD et la créance des contribuables en remboursement de l'impôt anticipé et l'extinction des créances qui en résultait remontait au jour de l'exigibilité de la créance compensante (15 avril 2013).
C.
Agissant séparément par la voie du recours en matière de droit public, l'Administration fédérale (2C_451/2018) et l'Administration cantonale (2C_452/2018) demandent au Tribunal fédéral, sous suite de frais, d'annuler l'arrêt de la Cour de justice du 17 avril 2018 et de confirmer la décision de l'autorité fiscale cantonale du 4 mars 2016. Subsidiairement, l'Administration fédérale conclut au renvoi de la cause à la Cour de justice pour nouvelle décision.

La Cour de justice, qui n'a pas d'observations à formuler, s'en rapporte à justice quant à la recevabilité des recours et persiste dans les considérants et le dispositif de son arrêt. Les contribuables considèrent l'arrêt du 17 avril 2018 comme entièrement fondé. L'Administration cantonale a confirmé ses conclusions et s'est ralliée à celles ressortant du recours de l'Administration fédérale. Celle-ci n'a pas déposé d'observations finales.
Considérant en droit :
1.
Les recours en matière de droit public interjetés par l'Administration fédérale et l'Administration cantonale sont dirigés contre le même arrêt de la Cour de justice et ils portent sur la même problématique. Il est donc justifié de joindre les causes et de statuer dans un seul arrêt, pour des motifs d'économie de procédure (<ref-law> [RS 273] en relation avec l'<ref-law>).
2.
2.1. L'arrêt attaqué est une décision finale (<ref-law>). En effet, il met définitivement fin au litige, le jugement de renvoi du Tribunal administratif de première instance n'ayant lui-même pas un caractère incident, dès lors qu'il ne laissait aucune marge de manoeuvre à l'Administration cantonale, chargée d'annuler les intérêts moratoires figurant dans le décompte IFD 2012 (cf. <ref-ruling> consid. 1.2 p. 148; arrêt 2C_823/2017 du 23 mars 2018 consid. 1.1).
Cet arrêt a en outre été rendu en dernière instance cantonale par un tribunal supérieur (art. 86 al. 1 let. d et al. 2 LTF), dans une cause de droit public (<ref-law>), qui ne tombe sous le coup d'aucune des exceptions prévues à l'<ref-law>. La voie du recours en matière de droit public est donc ouverte.
2.2. L'Administration fédérale des contributions a la qualité pour recourir en matière d'impôt fédéral direct (<ref-law> et art. 4 al. 1 et 12 de l'ordonnance du 17 février 2010 sur l'organisation du Département fédéral des finances [Org DFF; RS 172.215.1]). Son recours a de surcroît été déposé en temps utile (<ref-law>) et dans les formes prescrites (<ref-law>). Il est donc recevable.
2.3. L'Administration cantonale a également qualité pour recourir (art. 89 al. 2 let. d LTF; <ref-law> [RS 642.11]), étant relevé que le litige ne porte pas directement sur l'impôt anticipé, domaine dans lequel l'Administration cantonale ne dispose en principe pas de la qualité pour recourir (cf. arrêts 2C_750/2013 du 9 octobre 2014 consid. 1.3; 2C_971/2012 du 28 juin 2013 consid. 2.2.2), mais sur les éventuels intérêts moratoires dus par les contribuables en matière d'IFD 2012. Son recours a en outre été déposé en temps utile (<ref-law>) et dans les formes prescrites (<ref-law>). Il est donc recevable.
3.
3.1. D'après l'<ref-law>, le Tribunal fédéral applique le droit d'office. Conformément à l'<ref-law>, il n'examine la violation de droits fondamentaux ainsi que celle de dispositions de droit cantonal et intercantonal que si ce grief a été invoqué et motivé par le recourant.
3.2. Le Tribunal fédéral conduit son raisonnement juridique sur la base des faits constatés par l'autorité précédente (<ref-law>), sous réserve des cas prévus à l'<ref-law>.
4.
Le litige porte sur la question de savoir si c'est à juste titre que la Cour de justice a confirmé l'annulation par le Tribunal administratif de première instance des intérêts moratoires de 38'905 fr. 75 mis à la charge des contribuables dans le bordereau du 18 janvier 2016 relatif à l'IFD 2012.
Le Tribunal administratif de première instance et la Cour de justice ont considéré en substance que ces intérêts moratoires devaient être annulés en raison de l'effet rétroactif de la compensation effectuée par l'autorité fiscale entre sa créance en IFD et la créance des contribuables en remboursement de l'impôt anticipé. Les recourantes estiment que les intérêts sont dus en vertu du droit fiscal fédéral.
5.
5.1. L'impôt fédéral direct est en principe échu au terme fixé par le Département fédéral des finances (ci-après: le DFF) (terme général d'échéance) (<ref-law>), soit le 1er mars de l'année civile qui suit l'année fiscale (art. 1 al. 1 de l'ordonnance du DFF du 10 décembre 1992 sur l'échéance et les intérêts en matière d'impôt fédéral direct [RS 642.124], ci-après: l'ordonnance sur l'échéance et les intérêts). Un bordereau définitif ou provisoire est établi pour ce terme d'échéance (art. 1 de l'ordonnance sur l'échéance et les intérêts et <ref-law>). Le terme d'échéance prévu est maintenu, même si le contribuable n'a reçu, à cette date, qu'un calcul provisoire de l'impôt ou qu'il a déposé une réclamation ou un recours contre la taxation (<ref-law>). Les impôts doivent être acquittés dans les 30 jours suivant l'échéance. La perception des impôts par acomptes est réservée (<ref-law>). Le débiteur de l'impôt qui n'a pas acquitté les montants dus dans les délais doit verser un intérêt moratoire fixé par le DFF (<ref-law>). L'intérêt commence à courir 30 jours après la notification du bordereau définitif ou provisoire (art. 3 al. 1 let. a de l'ordonnance sur l'échéance et les intérêts).
5.2. En l'occurrence, il n'est pas contesté que l'Administration cantonale a adressé, le 15 mars 2013, un bordereau provisoire pour l'IFD 2012 aux contribuables et que ceux-ci ne l'ont pas acquitté. Sur le principe, des intérêts moratoires, qui ont commencé à courir le 15 avril 2013, étaient partant dus.
6.
Dans leur déclaration fiscale 2012, les contribuables, qui ont déclaré les revenus soumis à l'impôt anticipé, ont demandé l'imputation du montant qui leur était dû à ce titre sur leurs impôts directs.
6.1. La Confédération perçoit un impôt anticipé sur les revenus de capitaux mobiliers, les gains faits dans les loteries et les prestations d'assurances (art. 1 al. 1 de la loi fédérale sur l'impôt anticipé du 13 octobre 1965 [LIA; RS 642.21]). L'impôt anticipé est remboursé aux contribuables domiciliés en Suisse déclarant correctement les rendements qui en sont frappés (<ref-law>). Cet impôt a ainsi une fonction de garantie des impôts sur le revenu et la fortune, qui est remplie aussitôt que la déclaration des montants soumis à l'impôt est effectuée en bonne et due forme, dans le délai imparti (arrêt 2C_939/2011 du 7 août 2012 consid. 8). La prétention en remboursement de l'impôt anticipé, formulée par écrit par le contribuable au plus tard au moment de la déclaration d'impôt, doit faire l'objet d'une décision de l'autorité fiscale, tant sur son principe que sur sa quotité (<ref-law>). Les personnes physiques doivent adresser leur demande aux autorités fiscales cantonales (<ref-law>). Après clôture de son enquête, l'office cantonal de l'impôt anticipé rend une décision sur le droit au remboursement, qui peut être liée à la décision de taxation (<ref-law>).
6.2. Les cantons remboursent l'impôt anticipé, en règle générale, sous forme d'imputation sur les impôts cantonaux et communaux que doit payer le requérant, le surplus étant versé en espèces; ils peuvent prévoir, dans leurs dispositions d'exécution, le remboursement total de l'impôt en espèces (<ref-law>). Les impôts cantonaux et communaux sur lesquels l'impôt anticipé est imputé sont désignés dans les dispositions cantonales d'exécution (<ref-law>). A Genève, l'imputation a lieu sur les impôts cantonaux et communaux sur le revenu et la fortune des personnes physiques, sur l'impôt immobilier complémentaire des personnes physiques et sur la taxe personnelle (art. 16 al. 1 du règlement du 30 décembre 1958 d'application de diverses dispositions fiscales fédérales [RDDFF/GE; RS/GE D 3 80.04]) et l'impôt anticipé excédant les impôts sur lesquels se fait l'imputation est remboursé en espèces (art. 17 RDDFF).
6.3. Un remboursement, par les cantons, de l'impôt anticipé par imputation sur d'autres impôts, notamment l'IFD, n'est pas envisagé par la LIA (cf. arrêt 2C_1110/2018 du 27 juin 2019 consid. 5.1; cf. PFUND/ZWAHLEN, Die Eidgenössische Verrechnungssteuer, II. Teil, 1985, n. 2.2, p. 210; BERNARD ZWAHLEN, in Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht, Bundesgesetz über die Verrechnungssteuer, 2e éd. 2012, n° 5 ad <ref-law>). Par ailleurs, l'art. 13 de l'ordonnance sur l'impôt anticipé du 19 décembre 1966 (OIA; RS 642.211), qui prévoit une règle de compensation, ne vise que les situations où c'est l'Administration fédérale qui doit rembourser l'impôt anticipé, ce qui est le cas pour les demandes de remboursement formulées par les personnes morales notamment (cf. <ref-law>), mais pas par les personnes physiques comme en l'espèce, pour lesquelles le remboursement est effectué par les cantons (cf. supra consid. 6.2). Il n'existe ainsi pas de règle de droit fiscal relative à une compensation entre une créance en impôt fédéral direct et le remboursement de l'impôt anticipé aux personnes physiques.
6.4. Reste envisageable la possibilité d'une compensation au sens des <ref-law> (cf. PFUND/ZWAHLEN, ibid.; B ÉGUIN/STOYANOV, La créance d'impôt, in OREF [éd.], Les procédures en droit fiscal, 3e éd. 2015, p. 901). En effet, le principe général de la compensation énoncé à l'<ref-law> trouve application en droit public en cas de silence de celui-ci et sous réserve d'incompatibilité (<ref-ruling> consid. 2.2 p. 214; <ref-ruling> consid. 6.1.1 p. 135; ANDRÉ GRISEL, Traité de droit administratif, vol. II, 1984, p. 658). La jurisprudence admet plus particulièrement la compensation avec ou entre des créances fiscales (<ref-ruling> consid. 3 p. 158 s.; <ref-ruling> consid. 2 p. 142 s.; <ref-ruling> consid. 2 p. 377 s.; <ref-ruling> consid. 2 p. 293 ss; <ref-ruling> consid. 2 p. 159; RO 72 I 372, 378 s.; arrêts 2C_432/2010 du 9 novembre 2010 consid. 4; 2A.149/2006 du 28 juin 2006 consid. 2.2; 2P.5/2006 du 20 février 2006 consid. 4), sauf exceptions (cf. <ref-ruling> [compensation prévue par le droit cantonal entre les contributions dues au titre de la réduction des primes d'assurance maladie et des dettes d'impôt jugée incompatible avec le but de la LAMal]). En l'occurrence, on ne voit pas qu'il y aurait une incompatibilité à compenser le montant dû au titre du remboursement de l'impôt anticipé avec la créance de l'autorité en matière d'IFD.
6.5. Il résulte de l'arrêt entrepris que l'Administration cantonale a arrêté le montant d'impôt anticipé à rembourser aux contribuables en date du 18 janvier 2016 en même temps qu'elle a fixé les ICC et IFD 2012 et a procédé à l'imputation de cet impôt anticipé sur les ICC 2012. Son calcul n'est pas contesté. Au terme de celui-ci, il restait encore un solde d'impôt anticipé à rembourser aux contribuables. Au lieu de procéder à un remboursement en espèces, l'Administration cantonale a porté le montant en déduction de l'IFD 2012 dû par les contribuables. Comme cette opération n'est pas une imputation au sens de l'<ref-law> et qu'elle n'est prévue, pour l'IFD, par aucune loi fiscale, seule entre en ligne de compte une compensation au sens des <ref-law>, effectuée par l'autorité, entre la créance en IFD 2012, notamment celle résultant du bordereau provisoire du 15 mars 2013 et sur laquelle les intérêts moratoires litigieux ont été calculés, et la créance des contribuables en remboursement de l'impôt anticipé, ainsi que l'ont retenu les juridictions précédentes. Ce point n'est au demeurant pas contesté en tant que tel.
6.6. Conformément à l'<ref-law>, la compensation a pour effet que les deux dettes sont réputées éteintes, jusqu'à concurrence du montant de la plus faible, depuis le moment où elles pouvaient être compensées. La compensation déploie un effet rétroactif et inclut également les accessoires de la créance, notamment les intérêts. Partant, dès le moment où la compensation prend effet, les intérêts moratoires ne sont plus dus (cf. arrêts 4A_17/2013 du 13 mai 2013 consid. 3.1; 4A_27/2012 du 16 juillet 2012 consid. 5.4.1, in SJ 2012 I 513; 4A_285/2011 du 1er septembre 2011 consid. 3.1; 4A_475/2008 du 8 janvier 2009 consid. 3.3). Le moment déterminant n'est pas nécessairement le même pour l'une et l'autre partie, dès lors que l'exigibilité des créances concernées n'est pas forcément simultanée et qu'il suffit, pour que la compensation ait lieu, que la créance compensante soit exigible (cf. infra consid. 7.4). Les effets de la compensation remontent par conséquent au moment où la créance de la partie qui veut exercer son droit de compenser est devenue exigible et donc opposable à la créance de l'autre partie et où la créance compensée est susceptible d'être acquittée (arrêts 4A_17/2013 du 13 mai 2013 consid. 3.1; 4A_27/2012 du 16 juillet 2012 consid. 5.4.1; WOLFGANG PETER, in Basler Kommentar, Obligationenrecht I, Art. 1-529 OR, 6e éd. 2015, no 5 ad <ref-law>; NICOLAS JEANDIN, in Commentaire romand, CO I, 2e éd. 2012, no 8 ad <ref-law>; VIKTOR AEPLI, in Zürcher Kommentar, 1991, no 81 ad art. 120 et no 119 ad <ref-law>; critique: CORINNE ZELLWEGER-GUTKNECHT, in Berner Kommentar, 2012, no 108 ad <ref-law>).
En l'occurrence, la créance en IFD résultant du bordereau provisoire du 15 mars 2013 est devenue exigible le 15 avril 2013 (cf. supra consid. 5.2). Dès lors, les effets de la compensation rétroagissent à cette date. C'est partant à juste titre que la Cour de justice a considéré, à l'instar du Tribunal administratif de première instance, que les intérêts moratoires calculés sur le bordereau provisoire du 15 mars 2013 et facturés aux contribuables dans le décompte d'IFD 2012 du 18 janvier 2016 devaient être annulés.
7.
Les recourantes se plaignent de la violation des <ref-law>. Elles estiment que les conditions d'une compensation n'étaient pas réalisées. On peut se demander si l'Administration cantonale, qui a procédé d'elle-même à la compensation dans le décompte IFD 2012 des contribuables, n'adopte pas un comportement contradictoire contraire à la bonne foi en alléguant que les conditions de la compensation ne sont pas réalisées ( venire contra factum proprium; sur cette notion, cf. <ref-ruling> consid. 4.1 p. 76). Ce point peut demeurer indécis compte tenu des reproches similaires formulés par l'Administration fédérale à l'égard de l'arrêt entrepris et de l'issue du litige.
7.1. Selon l'<ref-law>, lorsque deux personnes sont débitrices l'une envers l'autre de sommes d'argent ou d'autres prestations de même espèce, chacune des parties peut compenser sa dette avec sa créance, si les deux dettes sont exigibles. Le débiteur peut opposer la compensation même si sa créance est contestée (<ref-law>). En raison de l'<ref-law>, qui prévoit que ne peuvent être éteintes par compensation contre la volonté du créancier les créances dérivant du droit public en faveur de l'Etat et des communes, l'autorité est beaucoup plus libre que le contribuable débiteur de compenser si les conditions des <ref-law> sont remplies (arrêt 2C_432/2010 du 9 novembre 2010 consid. 4.2).
7.2. Ainsi que cela ressort du texte de l'<ref-law>, la compensation suppose l'identité et la réciprocité des créances: chaque partie doit être à la fois créancière et débitrice de l'autre de prestations de même espèce (cf. <ref-ruling> consid. 4.3 p. 350; TERCIER/PICHONNAZ, Le droit des obligations, 5e éd. 2012, n. 1523, p. 340). En droit public, il faut donc que la même collectivité publique soit à fois créancière et débitrice du même administré; peu importe en revanche qu'il s'agisse d'unités organisationnelles différentes (cf. ATF <ref-ruling> consid. 2 p. 377; <ref-ruling> consid. 2 p. 293 s.; sur la condition de réciprocité en assurances sociales: <ref-ruling> consid. 2.4 p. 510 s.).
Bien que l'impôt fédéral direct relève de la Confédération (<ref-law>), les cantons, qui taxent et perçoivent l'impôt (<ref-law>), en sont les créanciers (cf. <ref-ruling> consid. 3.3 p. 165; arrêt 5P.471/2000 du 19 février 2001 consid. 5; B ÉGUIN/STOYANOV, op. cit., p 902-903). Les cantons, autorités d'exécution (<ref-law>), sont par ailleurs les débiteurs du remboursement de l'impôt anticipé aux personnes physiques; ils adressent ensuite leur décompte à la Confédération (cf. art. 52, 57 et 58 LIA; B ÉGUIN/STOYANOV, p. 902 et 904). L'Administration cantonale et les contribuables sont donc, en l'espèce, à la fois débiteurs et créanciers l'un envers l'autre de prestations de même nature (dettes d'argent). Les recourantes ne le remettent au reste pas en cause.
7.3. La compensation nécessite une déclaration du débiteur (<ref-law>). La déclaration de compensation nécessaire selon l'<ref-law> est un acte unilatéral soumis à réception. Elle n'est assujettie à aucune exigence de forme et elle peut résulter d'actes concluants (arrêts 4A_27/2012 du 16 juillet 2012 consid. 5.4.1; 4A_23/2011 du 23 mars 2011 consid. 3.2). Dire si une telle déclaration est intervenue ou non est une question de fait (cf. arrêt 4A_84/2013 du 7 août 2013 consid. 2.6).
En l'occurrence, la Cour de justice a retenu que, d'après le décompte final d'ICC 2012 du 18 janvier 2016 et le relevé de compte IFD 2012 de la même date, l'Administration cantonale avait manifesté sa volonté de compenser sa créance en IFD et la créance des contribuables en remboursement de l'impôt anticipé. La condition de la déclaration de compensation est donc réalisée. Les recourantes ne contestent pas cette constatation de fait sous l'angle de l'arbitraire. Celle-ci lie partant le Tribunal fédéral (<ref-law>).
7.4. Selon le texte de l'<ref-law>, pour qu'il y ait compensation, il faut que les dettes soient exigibles.
7.4.1. Malgré le texte de l'<ref-law>, la condition d'exigibilité ne concerne pas les deux créances, mais uniquement la créance compensante, soit la créance de celui qui exerce la compensation. Celui-ci ne peut en effet compenser sa dette qu'avec une créance dont il pourrait réclamer le paiement de l'autre partie. Il suffit en revanche que la créance compensée, soit la dette du compensant et créance de l'autre partie, soit exécutable (cf., en droit public général, ANDRÉ GRISEL, Traité de droit administratif, vol. II, 1984, p. 657; en assurances sociales, ATF <ref-ruling> consid. 6.4.3.1 p. 143 s.; en droit privé, PETER, op. cit., no 4 ad <ref-law>; JEANDIN, op. cit., n° 8 ad <ref-law>; TERCIER/PICHONNAZ, op. cit., n. 1535 p. 343; AEPLI, op. cit., no 81 ad <ref-law>).
7.4.2. En l'occurrence, l'Administration fédérale et l'Administration cantonale font valoir que la créance en remboursement de l'impôt anticipé, qu'elles qualifient de créance compensante, n'était pas encore exigible le 15 mars 2013, de sorte que la compensation ne pourrait être admise à cette date.
Les recourantes se méprennent sur la qualification des créances entre la créance compensante et la créance compensée et mélangent les conditions de la compensation avec ses effets. En l'occurrence, ainsi qu'il a été vu, c'est, selon l'arrêt entrepris, l'Administration cantonale qui a, au terme du décompte du 18 janvier 2016, déclaré sa volonté de compenser. Dès lors que l'Administration cantonale est la partie qui a compensé, la créance compensante est en l'espèce la créance en matière d'IFD, non la créance en remboursement de l'impôt anticipé comme le soutiennent les recourantes. Puisque la créance en matière d'IFD découlant du bordereau provisoire du 15 mars 2013 était exigible et la créance en remboursement de l'impôt anticipé exécutable, l'Administration cantonale pouvait valablement compenser.
7.5. L'argumentation des recourantes ne serait pertinente que si les contribuables étaient à l'origine de la compensation. A cet égard, il résulte certes de l'arrêt entrepris que les contribuables ont requis de l'autorité, le 8 février 2012, d'être dispensés des acomptes 2012, y compris d'IFD, en relevant que le montant d'impôt anticipé prélevé couvrait leurs impôts directs, et qu'ils ont demandé l'imputation de l'impôt anticipé sur "leurs impôts directs" au moment de leur déclaration fiscale 2012. La possibilité de compenser est toutefois restreinte pour les contribuables et suppose le consentement de l'autorité (cf. <ref-law>; cf. supra consid. 7.1). Or, selon les faits de l'arrêt entrepris, l'Administration fiscale cantonale n'a pas donné son consentement, puisqu'elle a adressé aux contribuables des bulletins de versement pour l'IFD 2012 le 17 février 2012, puis, le 15 mars 2013, un bordereau provisoire. On ne saurait donc retenir en l'espèce que la compensation est le fait des contribuables. La question de l'exigibilité de leur propre créance en remboursement de l'impôt anticipé n'est partant pas pertinente, puisqu'il ne s'agit pas de la créance compensante.
La critique des recourantes est par conséquent rejetée, ce qui entraîne le rejet du grief tiré de la violation de l'<ref-law>.
8.
Les recourantes font valoir divers arguments tirés de la LIFD et de la LIA pour s'opposer à l'annulation des intérêts moratoires sur le bordereau provisoire d'IFD 2012.
8.1. L'Administration fédérale soutient que la Cour de justice a violé l'art. 52 al. 1 et 2 LIA, qui prévoit que l'office cantonal rend une décision sur le droit au remboursement de l'impôt anticipé (cf. supra consid. 6.1), en admettant la compensation avant que l'Administration cantonale n'ait statué sur le droit au remboursement de l'impôt anticipé.
En l'espèce, il n'est pas contesté que la décision de remboursement de l'impôt anticipé a été rendue le 18 janvier 2016, en même temps que la décision de taxation définitive ICC et IFD. A la même date, l'Administration cantonale a choisi de procéder à une compensation entre sa créance en IFD et sa dette en remboursement de l'impôt anticipé. Or, l'acte du 18 janvier 2016 est bien une décision. Il n'y a donc pas eu de compensation avant le 18 janvier 2016 comme le prétend l'Administration fédérale. La recourante semble confondre la déclaration unilatérale de compensation et les effets de la compensation, rétroactifs au moment de l'exigibilité de la créance compensante, soit en l'occurrence le 15 avril 2013.
8.2. L'Administration cantonale fait pour sa part valoir que les effets rétroactifs de la compensation, en tant qu'ils impliquent l'extinction des des intérêts, sont contraires au principe des intérêts moratoires en matière d'IFD (cf. <ref-law>; cf. supra consid. 5.1) d'une part, et à l'<ref-law>, d'après lequel les montants à imputer ou à rembourser au titre de l'impôt anticipé ne portent pas intérêt, d'autre part.
8.2.1. S'agissant des intérêts moratoires en matière d'IFD, il est indéniable que si l'autorité n'avait pas procédé à la compensation, les contribuables auraient dû s'acquitter d'intérêts moratoires sur le bordereau d'IFD notifié le 15 mars 2013 (cf. supra consid. 5.2). Comme l'a relevé la Cour de justice, l'Administration cantonale a toutefois choisi de compenser. Elle n'avait aucune obligation légale de le faire. Si elle y a néanmoins procédé, les conséquences juridiques des <ref-law> s'appliquent et lui sont opposables.
8.2.2. S'agissant des intérêts sur le remboursement de l'impôt anticipé, l'Administration cantonale soutient qu'en faisant remonter les effets de la compensation au 15 avril 2013, les contribuables se trouveraient dans la même position que s'ils s'étaient acquittés du montant d'IFD dû dans les temps et que des intérêts rémunératoires avaient été portés en leur faveur. Dans le résultat, les contribuables auraient ainsi obtenu, en violation de l'<ref-law>, des intérêts sur le remboursement de l'impôt anticipé.
L'Administration cantonale ne peut être suivie. Le "compensé" bénéficie certes de la rétroactivité prévue à l'<ref-law> en ce sens que la compensation éteint non seulement sa dette, mais aussi les intérêts moratoires qu'il devait sur celle-ci. En revanche, il n'obtient pas, pour sa propre créance qui se voit éteinte, des intérêts du fait de la compensation. A cet égard, c'est à juste titre que l'Administration cantonale a, dans le décompte IFD 2012, inscrit au crédit le montant d'impôt anticipé dû aux contribuables et avec lequel elle a compensé sa propre créance à la date valeur du 18 janvier 2016 et non au 31 mars 2013 comme le souhaitaient les contribuables. La compensation n'a ainsi pas pour effet de générer des intérêts sur le montant à rembourser au titre de l'impôt anticipé, contrairement à ce que soutient l'autorité fiscale. Il n'y a partant pas de violation de l'<ref-law>.
8.3. Les recourantes relèvent que l'Administration cantonale ne disposait pas du montant d'impôt anticipé à rembourser aux contribuables avant février 2016. Ce n'est qu'une fois la décision de remboursement prise et le remboursement aux contribuables effectué que le canton pouvait adresser à la Confédération un relevé des montants d'impôt anticipé qu'il avait remboursés ou imputés, en vue de se faire lui-même rembourser lesdits montants, conformément à l'<ref-law>. L'Administration cantonale souligne également que, ne disposant pas des fonds relatifs à l'impôt anticipé, elle perdrait des intérêts en devant renoncer aux intérêts sur l'IFD.
Comme le souligne l'Administration fédérale, ce sont les cantons qui procèdent au remboursement de l'impôt anticipé aux personnes physiques. Ils s'adressent ensuite à la Confédération pour se faire eux-mêmes rembourser (cf. <ref-law>; cf. supra consid. 7.2). Il n'est donc pas question d'une compensation avec des montants dont l'Administration cantonale ne disposait pas encore.
8.4. L'Administration cantonale mentionne enfin l'arrêt du Tribunal fédéral 2C_939/2011 du 7 août 2012.
Cette affaire portait sur les intérêts compensatoires négatifs prévus par la loi fiscale valaisanne en matière d'impôts cantonaux et communaux et l'imputation de l'impôt anticipé sur l'impôt cantonal selon les dispositions cantonales. La question de la date de l'imputation du remboursement de l'impôt anticipé a ainsi été envisagée en lien avec un autre impôt que l'impôt fédéral direct et sous l'angle restreint de l'arbitraire. Comme il ne s'agissait pas d'une compensation au sens des <ref-law>, l'Administration cantonale ne peut rien déduire de cette affaire pour la présente cause.
8.5. En définitive, on ne voit pas que la compensation, en tant qu'elle implique l'extinction de la créance en IFD au jour de son exigibilité et partant l'annulation des intérêts moratoires calculés sur le bordereau provisoire d'IFD du 15 mars 2013 dans le décompte d'IFD 2012 du 18 janvier 2016, soit contraire à la LIFD et/ou à la LIA. Les griefs des recourantes en ce sens sont rejetés.
9.
Les considérants qui précèdent conduisent au rejet des recours. Succombant, l'Administration fédérale des contributions ainsi que l'Administration cantonale des impôts du canton de Genève, qui agissent dans l'exercice de leurs attributions officielles et dont l'intérêt patrimonial est en cause, doivent supporter les frais de la procédure fédérale, à parts égales et solidairement entre elles (art. 66 al. 1, 4 et 5 LTF). Les intimés, qui obtiennent gain de cause avec l'aide d'un représentant, ont droit à une indemnité de dépens (<ref-law>), à charge des recourantes, à parts égales et solidairement entre elles (art. 68 al. 4 et 66 al. 5 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Les causes 2C_451/2018 et 2C_452/2018 sont jointes.
2.
Les recours sont rejetés.
3.
Les frais judiciaires, arrêtés à 4'000 fr., sont mis à la charge des recourantes, solidairement entre elles.
4.
Les recourantes, débitrices solidaires, verseront aux intimés un montant de 4'000 fr. à titre de dépens.
5.
Le présent arrêt est communiqué à l'Administration fédérale des contributions, à l'Administration fiscale cantonale du canton de Genève, au mandataire des intimés et à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre administrative, 4ème section.
Lausanne, le 27 septembre 2019
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Seiler
La Greffière : Kleber