Fatti:
A.
Sul Foglio ufficiale del Cantone Ticino n. 56/2017 del 14 luglio 2017 la Sezione del militare e della protezione della popolazione (di seguito: SMPP) del Dipartimento delle istituzioni del Cantone Ticino ha pubblicato una regolamentazione, che non occorre riprendere qui, concernente il "Tiro militare fuori servizio; comprensori di tiro, attribuzioni delle Società di tiro ad un poligono - Commissioni cantonali di tiro" che adattava rispettivamente modificava quella che era stata pubblicata sul Foglio ufficiale n. 40/2014 del 20 maggio 2014 sotto il titolo "Tiro militare fuori servizio: comprensori di tiro - Giurisdizione delle società di tiro - Commissioni cantonali di tiro".
B.
L'11 agosto 2017 il Comune di X._ ha contestato dinanzi al Consiglio di Stato del Cantone Ticino la nuova regolamentazione, chiedendone l'annullamento. In sintesi, ha addotto l'incompetenza della SMPP, l'assenza di una base legale formale, in particolare per potere imporre dei nuovi obblighi a carico dei Comuni. Esso ha inoltre criticato la tabella relativa all'assegnazione dei poligoni di tiro di alcuni Comuni, in particolare con riferimento a quello di Y._ di cui era il Comune di riferimento, asserendo che quest'ultimo oltre ad essere inutilizzabile, poiché vi era un divieto d'uso decretato dal Municipio, era insufficientemente attrezzato e carente dal profilo della sicurezza.
Con risoluzione governativa n. 2284 del 15 maggio 2019 il Consiglio di Stato ha respinto il ricorso e confermato la regolamentazione contestata.
C.
Adito il 13 giugno 2019 dal Comune di X._, che ha riproposto le medesime censure di quelle formulate dinanzi al Governo ticinese, il Tribunale amministrativo federale, Corte I, ne ha respinto il gravame con sentenza del 19 aprile 2021.
D.
Il 25 maggio 2021 il Comune di X._, rappresentato dal suo Municipio, ha esperito dinanzi al Tribunale federale un ricorso in materia di diritto pubblico con cui chiede l'annullamento della sentenza impugnata.
Non è stato ordinato alcun atto istruttorio.

Diritto:
1.
1.1. Il Tribunale federale esamina d'ufficio e con piena cognizione la sua competenza (<ref-law>), rispettivamente l'ammissibilità dei gravami che gli vengono sottoposti (<ref-ruling> consid. 1 e richiamo). Ciononostante, incombe alla parte ricorrente (<ref-law>) dimostrare l'adempimento, nel caso non sia evidente, delle condizioni di ammissibilità del gravame, pena l'inammissibilità dello stesso (<ref-ruling> consid. 3.1 e rinvii).
1.2. Il ricorso è diretto contro una decisione finale (<ref-law>) pronunciata in una causa di diritto pubblico (<ref-law>) da parte del Tribunale amministrativo federale (<ref-law>). Il motivo di esclusione dell'<ref-law>, secondo cui il ricorso in materia di diritto pubblico è inammissibile contro le decisioni in materia di servizio militare, civile o di protezione civile non entra in considerazione nella fattispecie. Come già precisato dal Tribunale federale, tale inammissibilità riguarda essenzialmente l'obbligo di prestare servizio, ossia le relazioni tra chi deve prestare servizio militare e l'esercito, non invece i litigi con terzi (sentenza 2C_1032/2018 del 4 dicembre 2019 consid. 1; FLORENCE AUBRY GIRARDIN, in: Commentaire de la LTF, 2a ed. 2014, n. 110 e 113 all'art. 83). Nella presente causa, oggetto di disamina è una regolamentazione fondata sulla legislazione federale (vedasi BU n. 56/2017 del 14 luglio 2017) che disciplina, tra l'altro, l'assegnazione delle piazze di tiro ai Comuni nonché i vari contributi posti a carico dei citati Comuni, quesiti che non rientrano nel campo di applicazione dell'<ref-law>, motivo per cui il ricorso ordinario al Tribunale federale rimane proponibile.
1.3. Il ricorso al Tribunale federale deve contenere, fra l'altro, le conclusioni (<ref-law>). Esso ha carattere riformatorio, potendo questo Tribunale di massima giudicare una causa nel merito (<ref-law>), ma non oltre le conclusioni delle parti (<ref-law>). In linea di principio la parte ricorrente non può pertanto limitarsi a chiedere l'annullamento della decisione impugnata o il rinvio della causa all'istanza precedente per nuovo giudizio, ma deve formulare una conclusione sul merito della vertenza (<ref-ruling> consid. 1.3). La mancata ottemperanza a tali esigenze conduce all'inammissibilità del ricorso, a meno che la motivazione dello stesso, eventualmente letta in combinazione con la decisione impugnata, permetta senz'altro di comprendere ciò che la parte ricorrente voglia ottenere nel merito (<ref-ruling> consid. 1.3; <ref-ruling> consid. 1.4.2). Una conclusione cassatoria (semplice domanda di annullamento della decisione impugnata o richiesta di rinvio della causa all'autorità inferiore per nuova decisione) è eccezionalmente ammissibile qualora il Tribunale federale, pur ammettendo il ricorso, non potrebbe statuire esso stesso nel merito. Incombe alla parte ricorrente dimostrare questo presupposto, a meno che esso non emerga senz'altro dalla decisione impugnata (<ref-ruling> consid. 1.3; <ref-ruling> consid. 3.1 e 3.2).
Nel caso specifico, il Comune ricorrente, sebbene patrocinato da un avvocato, si è limitato a formulare delle conclusioni cassatorie, ignorando che il ricorso in materia di diritto pubblico ha di regola carattere riformatorio (<ref-law>). Dalla motivazione del ricorso risulta tuttavia chiaro che esso si oppone all'utilizzazione della piazza di tiro di Y._ quale poligono di tiro, di cui esso è il Comune di riferimento, nonché critica il fatto che maggiori obblighi finanziari verrebbero posti a suo carico. Interpretate alla luce delle motivazioni addotte, anche le conclusioni formulate non ostano pertanto a un'entrata in materia sul ricorso (<ref-ruling> consid. 1.3 e richiami; sentenza 2C_913/2020 del 14 aprile 2021 consid. 1.1).
1.4. Il ricorso è stato presentato in tempo utile (<ref-law>) ed è quindi sotto i citati aspetti di principio ammissibile.
2.
2.1. Per giustificare la propria legittimazione ricorsuale il Comune ricorrente si richiama in primo luogo all'art. 89 cpv. 1 lett. a a c LTF. Rammentato la propria partecipazione alla procedura davanti alle precedenti istanze (lett. a) e il fatto di essere destinatario della decisione impugnata, afferma di essere particolarmente toccato dalla regolamentazione litigiosa (lett. b) e, di riflesso, di avere un interesse degno di protezione al suo annullamento e/o modifica (lett. c) in quanto pone a suo carico maggiori obblighi, anche di natura finanziaria, di quanto previsto dalla legge o addirittura privi di base legale, oltre al fatto che inserisce tra i poligoni di tiro anche la struttura di Y._, che non è conforme alle prescrizioni tecniche e di sicurezza vigenti in materia.
Appellandosi in seguito all'art. 89 cpv. 2 lett. c LTF adduce che la decisione impugnata, per gli stessi motivi di quelli sopra elencati, viola l'autonomia comunale garantitagli dagli <ref-law> e 16 Cost./TI.
2.2. Il diritto di ricorso del Comune e degli altri enti di diritto pubblico è innanzitutto disciplinato dall'art. 89 cpv. 2 lett. c LTF, secondo cui essi sono legittimati a ricorrere se fanno valere la violazione di garanzie loro conferite dalla costituzione cantonale o da quella federale. Questa disposizione consente in particolare al Comune di fare valere la violazione della sua autonomia. Nella fattispecie, il Comune ricorrente non invoca però la violazione di simili garanzie che, alla stregua delle censure concernenti i diritti fondamentali del cittadino, sono peraltro soggette alle esigenze di motivazione accresciute dell'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 1.1; sentenza 8C_723/2020 del 4 maggio 2021 consid. 1.2. e rinvii). Il ricorrente - il quale si limita ad invocare gli <ref-law> e 16 Cost./TI - non sostiene né tantomeno spiega puntualmente per quali ragioni la sentenza impugnata violerebbe la sua autonomia. In particolare, non precisa in che misura esso disporrebbe, nei campi disciplinati dalla regolamentazione ora querelata - segnatamente per quanto concerne gli elementi da lui rimessi in discussione cioè le modalità dell'assolvimento del tiro fuori servizio, l'assegnazione di Comuni a un comprensorio di tiro rispettivamente la designazione di una struttura di tiro quale poligono e la determinazione dei vari contributi e/o oneri posti a carico dei Comuni - di un margine di decisione e di apprezzamento che rientrerebbe nell'autonomia tutelabile. Nella fattispecie, la legittimazione sulla base dell'art. 89 cpv. 2 lett. c LTF non è quindi data.
2.3.
2.3.1. Se le condizioni dell'<ref-law> non sono adempiute, il Comune può prevalersi della legittimazione ricorsuale fondata sulla clausola generale dell'<ref-law>. Secondo questa disposizione, ha diritto di interporre ricorso in materia di diritto pubblico chi ha partecipato al procedimento dinanzi all'autorità inferiore o è stato privato della possibilità di farlo (lett. a), è particolarmente toccato dalla decisione impugnata (lett. b) e ha un interesse degno di protezione al suo annullamento o alla sua modifica (lett. c). Questa norma si indirizza in primo luogo ai privati, ma anche una corporazione di diritto pubblico può fondarvisi, quando impugna una sentenza che la colpisce analogamente a un privato oppure quando è toccata nei suoi interessi di pubblico imperio degni di protezione (<ref-ruling> consid. 2.1; <ref-ruling> consid. 1.2; <ref-ruling> consid. 1.4). Per ammettere questa seconda ipotesi, un interesse generale a una corretta applicazione del diritto non è sufficiente, così come non lo è un qualsiasi interesse pecuniario che scaturisce direttamente o indirettamente dall'esecuzione di un compito pubblico (<ref-ruling> consid. 2.3; <ref-ruling> consid. 1.2.2 e rinvii). L'ente pubblico deve dimostrare di essere toccato in maniera qualificata nei suoi interessi di pubblico imperio e che sono in gioco interessi pubblici centrali (<ref-ruling> consid. 2.3; <ref-ruling> consid. 1.2.2). Una simile lesione qualificata è di regola data in relazione a prestazioni in materia di assistenza sociale (<ref-ruling> consid. 6), in ambito di perequazione finanziaria intercomunale (<ref-ruling> consid. 1.2.2 e rinvii), o nel caso in cui le prestazioni finanziarie in discussione raggiungono un ammontare considerevole e il quesito giuridico da risolvere ha valore pregiudiziale per l'esecuzione di un compito pubblico implicante un onere finanziario importante che travalica la fattispecie specifica (<ref-ruling> consid. 2.3). La legittimazione ricorsuale delle corporazioni di diritto pubblico in applicazione della clausola generale dell'<ref-law> può quindi essere ammessa soltanto a condizioni restrittive (<ref-ruling> consid. 3.1; <ref-ruling> consid. 2.1).
2.3.2. Nel caso specifico il Comune ricorrente non è toccato - e nemmeno lo pretende - alla stregua di un cittadino privato, bensì nella sua veste di ente pubblico, cui spetta l'adempimento di compiti attinenti al tiro militare fuori servizio. Rimane quindi da vagliare se sia colpito nei suoi interessi di pubblico imperio. Ora, al riguardo esso si limita ad asserire che la nuova regolamentazione contestata pone a suo carico maggiori obblighi finanziari. Esso tuttavia non dimostra e nemmeno specifica in che consisterebbero le implicazioni economiche rilevanti che scaturirebbero dalla normativa in questione, tali da toccarlo nei suoi interessi di pubblico imperio. In altre parole in quanto menziona un impatto finanziario scaturente dalla regolamentazione contestata sulle proprie finanze, il Comune ricorrente tuttavia non spiega quale sarebbe. Ora, come già accennato (cfr. supra consid. 1.1) gli incombe, in applicazione dell'<ref-law>, dimostrare l'adempimento, nel caso non sia evidente, delle condizioni di ammissibilità del gravame, pena l'inammissibilità dello stesso (<ref-ruling> consid. 3.1 e rinvii). Al riguardo può comunque essere aggiunto che, come risulta dalla regolamentazione in questione, i diversi oneri finanziari legati all'assolvimento del tiro militare fuori servizio, comprese le spese urgenti, inerenti in particolare alle infrastrutture di tiro, vengono ripartiti tra i Comuni componenti il comprensorio, in base ad un tariffario cantonale (vedasi ad esempio le cifre 2, 5, 8 della regolamentazione litigiosa, in BU n. 56/2017 del 14 luglio 2017). Sostenendo che le spese in questione, o perlomeno parte delle stesse, dovrebbero, conformemente a quanto prescritto dalla normativa determinante (tra cui l'art. 9 dell'ordinanza del 15 novembre 2004 sugli impianti per il tiro fuori del servizio [RS 510.512]), essere sopportate dalle società di tiro, non dai Comuni (cfr. ricorso pag. 15 punto 8), il Comune ricorrente in realtà agisce nel suo interesse finanziario generale e in quello ad una corretta applicazione del diritto, ciò che non basta tuttavia a conferirgli la legittimazione ricorsuale (cfr. <ref-ruling> consid. 2.3 in fine). Considerato poi che le spese vengono ripartite tra i Comuni componenti il comprensorio, il Comune ricorrente non è colpito in maniera qualificata nei suoi interessi pubblici centrali.
Premesse queste considerazioni, ne discende che non sono realizzate le condizioni per riconoscere eccezionalmente la facoltà dell'ente pubblico di fondarsi sull'<ref-law> per adire il Tribunale federale.
2.4. Ne segue che il ricorso deve essere dichiarato inammissibile.
2.5. Le spese della procedura davanti al Tribunale federale sono poste a carico del Comune ricorrente, soccombente e toccato dall'esito della causa nei suoi interessi pecuniari (art. 65 e 66 cpv. 1 e 4 LTF). Non si assegnano ripetibili ad autorità vincenti (<ref-law>).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1.
Il ricorso è inammissibile.
2.
Le spese giudiziarie di fr. 2'000.-- sono poste a carico del ricorrente.
3.
Comunicazione al patrocinatore del ricorrente rispettivamente della parte interessata, alla Sezione del militare e della protezione della popolazione del Dipartimento delle istituzioni e al Consiglio di Stato del Cantone Ticino nonché al Tribunale amministrativo federale, Corte I.