Faits :
A.
A._, né en 1962, est titulaire du permis de conduire les véhicules des catégories A1, B, B1, D1, BE, D1E, F, G et M depuis le 3 avril 1980, des catégories C, CE, C1, C1E ainsi que les taxis - code 121. Il est également titulaire d'un certificat fédéral de capacité de conducteur de camion.
Le 20 novembre 2010, A._ a fait l'objet d'un contrôle alors qu'il conduisait en état d'ébriété (alcoolémie minimum retenue: 1,95 o/oo). Le Service des automobiles et de la navigation (SAN) a requis un rapport du médecin traitant de l'intéressé et de sa neurologue, intervenue à l'occasion d'un épisode épileptique.
Par décision du 13 avril 2011, le SAN a maintenu le droit de A._ de conduire des véhicules automobiles du 3 ème groupe à certaines conditions, tout en fixant l'échéance du prochain rapport médical. Par une seconde décision du même jour, il a prononcé un retrait de sécurité du permis de conduire pour les véhicules du 2 ème groupe (catégories C, CE, C1, C1E et TPP - code 121), soumettant une éventuelle restitution à plusieurs conditions, dont la présentation d'un rapport médical favorable de sa neurologue. Se fondant sur le rapport de cette dernière, daté du 28 février 2012, le SAN a, par décision du 15 mars 2012, maintenu les conditions posées à l'aptitude de la conduite des véhicules du 3 ème groupe.
Le 24 août 2012, A._ a fait l'objet d'un nouveau contrôle alors qu'il conduisait en état d'ébriété qualifié (alcoolémie minimum retenue : 2,29 o/oo).
Son permis de conduire lui a été retiré préventivement. Son aptitude à la conduite a fait l'objet d'une expertise confiée à l'Unité de médecine et psychologie du trafic (UMPT) qui, dans un rapport du 8 octobre 2012, a conclu que l'intéressé devait être considéré comme inapte à la conduite des 2ème et 3 ème groupes pour un motif alcoologique et, s'agissant spécifiquement de la conduite des véhicules du 2 ème groupe, pour un motif neurologique (épilepsie). Ce rapport proposait également d'imposer à A._ plusieurs mesures relatives au contrôle de l'abstinence, tout en soulignant que le pronostic à court, moyen et long terme était actuellement incertain et que son évolution dépendrait de la prise en charge effectuée par l'intéressé.
Par courrier du 22 octobre 2012, le SAN a informé A._ qu'au vu du résultat de l'expertise, il envisageait de prononcer le retrait de sécurité de son permis de conduire pour une durée indéterminée et lui a imparti un délai de 20 jours pour consulter le dossier et déposer ses observations, délai dont il n'a pas fait usage. Par décision du 23 novembre 2012, le SAN a prononcé le retrait de sécurité du permis de conduire de A._ pour une durée indéterminée, mais d'au minimum douze mois, et soumis la restitution aux conditions prévues par l'expertise de l'UMPT. Cette décision n'a fait l'objet d'aucune réclamation dans le délai légal.
Le 8 janvier 2014, le SAN a rendu une décision prolongeant le délai d'attente à vingt-quatre mois, l'intéressé ayant conduit le 13 juillet 2013 un véhicule malgré le retrait de permis de conduire dont il faisait l'objet. Cette nouvelle décision n'a fait l'objet d'aucun recours de l'intéressé.
B.
Par courriel du 12 octobre 2020, A._ a demandé au SAN de pouvoir consulter les pièces de son dossier, notamment l'expertise de l'UMPT du 8 octobre 2012 et les rapports des médecins traitants. Deux jours plus tard, il a demandé à la même autorité d'étudier la possibilité d'une restitution du permis de conduire des véhicules du 3 ème groupe en levant le suivi de l'Unité socio-éducative (USE) et les contrôles cliniques ainsi qu'une restitution du permis de conduire pour les véhicules du 2 ème groupe, sur présentation d'un rapport actualisé de sa neurologue. Il a répété sa demande par courriel du 17 octobre 2020. Le 19 octobre 2020, le SAN l'a informé que les conditions fixées à la restitution de son permis de conduire par les décisions des 23 novembre 2012 et 8 janvier 2014 étaient définitives et exécutoires, tout en soulignant qu'une course de contrôle serait mise en oeuvre avant toute restitution.
Dans l'intervalle, à savoir le 16 décembre 2020, A._ a adressé au SAN une requête tendant à l'annulation de la décision de retrait du 23 novembre 2012 en raison de la violation de son droit d'être entendu, à la restitution " dans les meilleurs délais " de son permis de conduire les véhicules du 3 ème groupe et du 2 ème groupe, sur présentation d'un rapport de son neurologue, ainsi qu'à la suppression des données relatives aux événements des 24 août 2012 et 13 juillet 2013 dans le Registre ADMAS (désormais SIAC - Système d'information relatif à l'admission à la circulation routière). Il a également conclu au paiement d'une somme d'argent à titre de réparation du tort moral. Dans un courriel du 4 janvier 2021, l'intéressé a précisé que sa requête devait être traitée comme une demande de révision.
Par décision du 11 janvier 2021, le SAN a rejeté la demande de révision. Se fiant aux voies de droit figurant sur la décision, A._ a déposé le 9 février 2021 un recours auprès de la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal vaudois (CDAP). Informé par le Juge instructeur de ce que la décision attaquée était susceptible de réclamation, A._ a déposé le 22 février 2021 une réclamation auprès du SAN, a requis la suspension de la procédure de recours devant la CDAP et complété ses prétentions financières chiffrées à 1'889'311 francs.
Par arrêt du 24 février 2021, la CDAP a déclaré le recours irrecevable, la décision du 11 janvier 2021 étant susceptible d'une réclamation auprès du SAN. Par décision sur réclamation du 23 mars 2021, le SAN a rejeté la demande de réexamen et, par courrier du même jour, a refusé d'entrer en matière sur les prétentions financières de A._.
C.
Par acte du 25 mars 2021, A._ a déposé un nouveau recours contre cette décision auprès de la CDAP et parallèlement a ouvert action contre l'État de Vaud devant la Chambre patrimoniale cantonale pour faire valoir ses prétentions financières en lien avec les faits de la cause.
Par arrêt du 26 avril 2021, la CDAP a rejeté le recours dans la mesure de sa recevabilité et confirmé la décision sur réclamation du SAN du 23 mars 2021; elle n'a pas perçu d'émoluments, ni alloué de dépens. En substance, la cour a rejeté le grief de violation du droit d'être entendu. Tout en qualifiant les diverses écritures de A._ de demande de réexamen, elle n'est pas entrée en matière, considérant que les conditions du réexamen posées par les art. 64 al. 2 et 65 de la loi vaudoise sur la procédure administrative (LPA/VD; RSV 173.36) n'étaient pas remplies.
D.
Par recours du 25 mai 2021, A._ demande au Tribunal fédéral d'annuler l'arrêt attaqué et de renvoyer la cause au SAN pour nouvelle décision et, subsidiairement, de renvoyer la cause au SAN pour nouvelle décision, sous réserve d'une expertise simplifiée auprès de l'UMPT, le tout avec suite de frais et dépens. Il requiert également le bénéfice de l'assistance judiciaire.
Le SAN a renoncé à se déterminer et la cour cantonale s'est référée à son arrêt. L'Office fédéral des routes (OFROU) a conclu au rejet du recours. Le recourant s'est déterminé par écriture du 10 août 2021.

Considérant en droit :
1.
Le recours en matière de droit public a été déposé en temps utile (art. 100 L TF) et en la forme prévue (<ref-law>) à l'encontre d'un arrêt rendu par une autorité cantonale de dernière instance (art. 86 al. 1 let. d LTF) statuant dans une cause de droit public (<ref-law>) par l'intéressé qui a la qualité pour recourir (<ref-law>).
2.
Dans un premier grief, citant les art. 21 de la loi vaudoise sur la circulation routière (LVCR, RSV 741.01), 29 al. 2 Cst. et 6 CEDH, le recourant se plaint d'une violation de son droit d'être entendu.
2.1. Le droit d'être entendu garanti par l'art. 29 al. 2 Cst. comprend notamment le droit pour l'intéressé de s'exprimer sur les éléments pertinents avant qu'une décision ne soit prise touchant sa situation juridique, d'avoir accès au dossier, de produire des preuves pertinentes, d'obtenir qu'il soit donné suite à ses offres de preuves pertinentes, de participer à l'administration des preuves essentielles ou à tout le moins de s'exprimer sur son résultat, lorsque cela est de nature à influer sur la décision à rendre (<ref-ruling> consid. 4.1.1; <ref-ruling> consid. 6.3.1 et les références). En revanche, l'art. 29 al. 2 Cst. ne confère pas le droit d'être entendu oralement (<ref-ruling> consid. 9.6.1; <ref-ruling> consid. 5.3).
Le principe de publicité de la procédure judiciaire énoncé à l'art. 6 par. 1 CEDH confère aux parties le droit d'être entendues oralement devant un tribunal lors d'une séance publique (cf. ATF 130 Il 425 consid. 2.2), sauf renonciation explicite ou implicite des parties (cf. ATF 125 Il 417 consid. 4f). Seules relèvent du champ d'application de l'art. 6 par. 1 CEDH les contestations portant sur des droits ou des obligations de caractère civil ou sur des accusations en matière pénale.
Selon la jurisprudence, les garanties découlant de l'art. 6 par. 1 CEDH s'appliquent au retrait de permis d'admonestation, dès lors qu'il s'agit d'une sanction poursuivant à la fois un but répressif et préventif et, partant, d'une décision sur le bien-fondé d'une accusation en matière pénale au sens de cette disposition. Le contentieux relatif au retrait de sécurité du permis - qui vise un but sécuritaire - ne tombe en revanche pas dans le champ de protection de cette disposition, à moins toutefois que le permis de conduire ne soit directement nécessaire à l'exercice de la profession (ATF 122 Il 464 consid. 3c; arrêt 1C_580/2012 du 13 novembre 2013 consid. 2.1). En application de l'art. 6 par. 1 CEDH, le recourant peut prétendre à des débats publics devant les autorités judiciaires cantonales (cf. <ref-ruling> consid. 4.2; arrêt 2C_636/2019 du 22 janvier 2020 consid. 2.2 et les références). L'obligation d'organiser des débats publics fondée sur l'art. 6 par. 1 CEDH suppose, sous réserve de règles procédurales particulières, une demande formulée de manière claire et indiscutable (ATF 130 Il 425 consid. 2.4; <ref-ruling> consid. 2.3 p. 333). Une requête de preuve (demande tendant à la comparution personnelle, à l'interrogatoire des parties, à l'audition de témoins ou à une inspection locale) ne suffit pas à fonder une telle obligation (ATF 134I 140 consid. 5.2; arrêt 2C_636/2019 du 22 janvier 2020 consid. 2.2 et les références).
2.2. En l'espèce, le recourant se plaint de la violation de son droit d'être entendu au motif qu'il est un chauffeur professionnel et, qu'à ce titre, le tribunal devait en application de l'art. 6 CEDH organiser des débats publics, dont il a été privé. Il reproche également à la cour cantonale de ne pas avoir statué sur ce point.
En réalité et comme l'a souligné l'autorité précédente, le recourant méconnaît la portée de l'art. 6 par. 1 CEDH. Il est vrai que, s'agissant d'un retrait de sécurité du permis de conduire pour un conducteur professionnel, l'administré peut prétendre à l'organisation de débats publics. Reste qu'il n'appartient pas aux autorités judiciaires de les mettre en oeuvre d'office, mais au destinataire de la décision de requérir de façon claire et indiscutable, sous réserve de règles procédurales particulières, l'organisation de tels débats.
L'instance précédente a dès lors, à juste titre, estimé qu'elle n'était pas tenue d'organiser une audience publique en application de l'art. 6 par. 1 CEDH en l'absence de toute requête du recourant dans ce sens. Elle a en outre clairement et suffisamment motivé sa décision sur ce point, échappant ainsi au grief de motivation insuffisante qui n'a au demeurant pas été véritablement formulé par le recourant.
3.
Le recourant demande, dans une argumentation confuse, le réexamen des décisions de retrait de permis du SAN des 13 avril 2011 et 23 novembre 2012, au motif qu'il n'a pas pu consulter le rapport d'expertise de l'UMPT du 12 octobre 2012, que ce rapport est lacunaire et contraire aux recommandations de sa neurologue.
3.1. Sauf exceptions non pertinentes en l'espèce (cf. art. 95 let. c, d et e LTF), le recours ne peut pas être formé pour violation du droit cantonal. En revanche, il est toujours possible de faire valoir que la mauvaise application du droit cantonal constitue une violation du droit fédéral, en particulier qu'elle est arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. ou contraire à d'autres droits ou principes constitutionnels (<ref-ruling> consid. 2; <ref-ruling> consid. 1.2). Le Tribunal fédéral n'examine alors de tels moyens que s'ils sont formulés conformément aux exigences de motivation qualifiée prévues à l'art. 106 al. 2 L TF (<ref-ruling> consid. 3.2 et la référence).
3.2. Lorsque l'autorité saisie d'une demande de réexamen refuse d'entrer en matière, comme en l'espèce, un recours ne peut porter que sur le bien-fondé de ce refus (ATF 113 la 146 consid. 3c). Il appartenait donc au recourant d'invoquer l'art. 9 Cst. et de démontrer concrètement en quoi l'instance précédente aurait, le cas échéant, appliqué de manière arbitraire le droit de procédure cantonal en particulier l'art. 64 LPA/VD, ce qu'il n'a pas fait d'une manière qui soit conforme aux exigences de motivation de l'<ref-law>. Le recours est est donc irrecevable sur ce point.
Au demeurant, le recourant savait qu'il pouvait demander la consultation de son dossier et prendre connaissance du contenu de l'expertise de l'UMPT. Il a d'ailleurs lui-même produit devant l'instance précédente la lettre du SAN du 22 octobre 2012 qui l'informait du résultat de l'expertise et qui lui impartissait un délai pour consulter le dossier et se déterminer par écrit. Il n'a cependant pas réagi à ce courrier et n'a pas non plus contesté la décision de retrait de sécurité du 23 novembre 2012. L'instance précédente pouvait sans arbitraire considérer que le recourant n'avait invoqué, à l'appui de sa demande de réexamen de la décision du 23 novembre 2012, aucun fait nouveau, ni aucun moyen de preuve nouveau permettant de remettre en cause la décision du SAN. Il en va de même pour la demande de réexamen portant sur la décision du 13 avril 2011, qui au demeurant a été remplacée par celle du 23 novembre 2012. L'instance précédente pouvait donc conclure de manière soutenable que les conditions pour un réexamen n'étaient pas remplies. Cela est d'autant plus vrai que le réexamen de décisions administratives entrées en force ne doit pas être admis trop facilement. Il ne saurait en particulier servir à remettre sans cesse en cause des décisions exécutoires ou à détourner les délais prévus pour les voies de droit ordinaires (<ref-ruling> consid. 2.1; 120 lb 42 consid. 2b).
Dans ces circonstances, le grief de la violation de l'art. 64 LPA/VD est irrecevable pour défaut de motivation.
4.
Dans un dernier grief, le recourant se réfère au principe de la bonne foi (art. 9 Cst.) sans toutefois indiquer en quoi ce principe aurait été violé, de sorte que ce grief est irrecevable (<ref-law>)
5.
Le recours doit donc être rejeté dans la mesure où il est recevable. Comme il était dépourvu de chances de succès, la demande d'assistance judiciaire doit être rejetée (<ref-law>). Le recourant, qui succombe, supportera les frais judiciaires (<ref-law>), dont le montant sera fixé en tenant compte de sa situation financière, laquelle n'apparaît pas favorable.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2.
La demande d'assistance judiciaire est rejetée.
3.
Les frais judiciaires, arrêtés à 1'000 fr., sont mis à la charge du recourant.
4.
Le présent arrêt est communiqué au recourant, au Service des automobiles et de la navigation du canton de Vaud, au Tribunal cantonal du canton de Vaud, Cour de droit administratif et public, et à l'Office fédéral des routes.
Lausanne, le 8 novembre 2021
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Kneubühler
La Greffière : Arn