Sachverhalt:
A.
X._ wollte am 8. Oktober 2016 mit einem Fahrzeug über den Grenzübergang Koblenz in die Schweiz einreisen. Im Strafbefehl vom 7. Juni 2017 wird ihm vorgeworfen, anlässlich der Zollkontrolle angegeben zu haben, Waren innerhalb der Toleranzgrenze mitzuführen. Eine Beschau des Kofferraums durch einen Grenzwächter habe jedoch ergeben, dass X._ Alkohol und Fleisch über der Freimenge mit sich geführt habe. Zwecks Erledigung der Angelegenheit sei X._ in den Schalterraum der Grenzwache gebeten worden. Da er sich nicht habe entscheiden können, ob er das ordentliche oder das abgekürzte Zollstrafverfahren in Betracht ziehen und die Waren zur Einfuhr veranlagen wolle, sei ihm eine kurze Bedenkzeit eingeräumt worden. Ohne sich mit dem Grenzwächter abzusprechen, habe X._ kurz darauf den Schalterraum verlassen, sich in sein Fahrzeug gesetzt und sei Richtung Deutschland weggefahren. Damit habe er die Beamten an der Durchführung einer ordnungsgemässen Zollkontrolle gehindert. Die Bundesanwaltschaft sprach X._ der Hinderung einer Amtshandlung schuldig und bestrafte ihn mit einer bedingten Geldstrafe von 10 Tagessätzen zu Fr. 30.-- und einer Busse von Fr. 100.--. X._ erhob Einsprache gegen den Strafbefehl.
B.
Das Bundesstrafgericht sprach X._ am 8. November 2017 der Hinderung einer Amtshandlung schuldig und bestrafte ihn mit einer bedingten Geldstrafe von 10 Tagessätzen zu Fr. 30.-- und einer Busse von Fr. 60.--.
C.
X._ führt Beschwerde in Strafsachen und subsidiäre Verfassungsbeschwerde vor Bundesgericht. Er beantragt, das Urteil des Bundesstrafgerichts vom 8. November 2017 sei aufzuheben und er sei freizusprechen. Eventualiter sei das Strafverfahren gegen ihn einzustellen. Weiter verlangt er die Neuregelung der Kosten- und Entschädigungsfolgen und die Zusprechung einer Entschädigung für Reisespesen. Schliesslich beantragt X._, der Beschwerde sei die aufschiebende Wirkung zuzuerkennen und er ersucht für das bundesgerichtliche Verfahren um unentgeltliche Rechtspflege.

Erwägungen:
1.
Die Beschwerde ist zulässig gegen Entscheide letzter kantonaler Instanzen und des Bundesstrafgerichts (<ref-law>). Anfechtungsobjekt bildet das Urteil des Bundesstrafgerichts vom 8. November 2017. Soweit der Beschwerdeführer sich auf andere Verfahren bzw. Verfahrenshandlungen bezieht und Ausführungen zur Beschwerde gegen Untersuchungshandlungen im Sinne von Art. 27 Abs. 4 des Bundesgesetzes vom 22. März 1974 über das Verwaltungsstrafrecht (VStrR; SR 313.0) und das Schreiben der Eidgenössischen Zollverwaltung (EZV) vom 7. März 2018 macht, kann auf die Beschwerde nicht eingetreten werden.
2.
Mit der Beschwerde in Strafsachen kann auch die Verletzung von Verfassungsrecht gerügt werden (<ref-law>). Für die subsidiäre Verfassungsbeschwerde besteht kein Raum (<ref-law>).
3.
Der Beschwerdeführer macht geltend, die Vorinstanz habe das Urteil nicht rechtzeitig begründet und damit <ref-law> verletzt.
Muss das Gericht das Urteil begründen, so stellt es innert 60 Tagen, ausnahmsweise 90 Tagen, der beschuldigten Person und der Staatsanwaltschaft das vollständige begründete Urteil zu (<ref-law>). Das vorinstanzliche Urteilsdispositiv wurde im Anschluss an die Verhandlung am 8. November 2017 mündlich eröffnet und dem Beschwerdeführer ausgehändigt. Der Beschwerdeführer verlangte mit Eingabe vom 18. November 2017 die Zustellung des begründeten Entscheids. Das begründete Urteil wurde dem Vertreter des Beschwerdeführers am 7. März 2018 zugestellt. Damit wurde die vorliegend geltende Frist von 60 Tagen zur Begründung des Urteils nicht eingehalten.
Bei <ref-law> handelt es sich um blosse Ordnungsvorschriften. Der Beschwerdeführer legt nicht näher dar, dass ihm aus der nur leicht verspätet zugestellten Urteilsbegründung ein Nachteil erwachsen sei. Ein solcher ist auch nicht erkennbar. Mangels Rechtsschutzinteresses ist somit auf die Rüge der nicht fristgemässen Urteilsbegründung nicht einzutreten (vgl. Urteil 6B_265/2016 vom 1. Juni 2016 E. 3 mit Hinweis).
4.
4.1. Wer eine Behörde, ein Mitglied einer Behörde oder einen Beamten an einer Handlung hindert, die innerhalb ihrer Amtsbefugnisse liegt, wird mit Geldstrafe bis zu 30 Tagessätzen bestraft (<ref-law>). Der Beschwerdeführer beanstandet in mehrfacher Hinsicht die vorinstanzlichen Sachverhaltsfeststellungen in Zusammenhang mit der Anwendung der vorgenannten Bestimmung. Zudem rügt er eine Verletzung des rechtlichen Gehörs, da ihm im vorinstanzlichen Verfahren nicht gestattet worden sei, seine Beweisanträge zu stellen.
4.2. Die vorinstanzliche Sachverhaltsfeststellung kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law>; vgl. auch Art. 105 Abs. 1 und 2 BGG). Offensichtlich unrichtig im Sinne von <ref-law> ist die Sachverhaltsfeststellung, wenn sie willkürlich ist (<ref-ruling> E. 2.3.1 S. 244; <ref-ruling> E. 2.2 S. 313; je mit Hinweis). Die Rüge der Verletzung von Grundrechten (einschliesslich Willkür bei der Sachverhaltsfeststellung) muss in der Beschwerde anhand des angefochtenen Entscheids präzise vorgebracht und substanziiert begründet werden, anderenfalls darauf nicht eingetreten wird (<ref-law>; <ref-ruling> E. 2.4 S. 368; <ref-ruling> E. 2.5 S. 210; <ref-ruling> E. 1.5 S. 144; je mit Hinweisen).
Der Anspruch auf rechtliches Gehör umfasst unter anderem das Recht auf Abnahme rechtzeitig und formrichtig angebotener rechtserheblicher Beweismittel. Das Gericht kann auf die Abnahme beantragter Beweismittel verzichten, wenn es auf Grund bereits abgenommener Beweise seine Überzeugung gebildet hat und ohne Willkür in vorweggenommener Beweiswürdigung annehmen kann, dass seine Überzeugung durch weitere Beweiserhebungen nicht geändert würde (<ref-ruling> E. 3.3 S. 64; Urteil 6B_887/2017 vom 8. März 2018 E. 1.1; je mit Hinweisen).
4.3. Die Vorinstanz stützt sich bei der Feststellung des objektiven Tatbestands auf den Anzeigerapport vom 10. Oktober 2016 von Wm W._, den Wahrnehmungsbericht vom 9. Oktober 2016 von Kpl K._ sowie die Aussagen des Beschwerdeführers. Sie erwägt, der Beschwerdeführer bestreite nicht, dass er, wie in der Anklageschrift umschrieben, am 8. Oktober 2016 um ca. 19.10 Uhr bei der Einreise in die Schweiz am Grenzübergang Koblenz einer Zollkontrolle unterzogen wurde, anlässlich welcher festgestellt wurde, dass er im Kofferraum des Fahrzeugs nicht deklarierte Ware (Whisky und Fleisch) über der Freimenge mitführte. Der Beschwerdeführer sei zwecks Erledigung der Angelegenheit vom kassenführenden Beamten Wm W._ in den Schalterraum der Grenzwache gebeten worden. Nach einer gewissen Zeit habe der Beschwerdeführer, als er für kurze Zeit allein gelassen worden sei, ohne Absprache mit dem Beamten den Schalterraum verlassen, sei in sein Fahrzeug gestiegen und weggefahren. Damit sei der Sachverhalt in objektiver Hinsicht erstellt.
4.3.1. Der Beschwerdeführer wendet sich gegen die Abweisung bzw. Nichtbehandlung seiner Beweisanträge. An der vorinstanzlichen Verhandlung sei er gehindert worden, seine Beweisanträge zu stellen. Er habe insbesondere aufzeigen wollen, dass die Beschwerdegegnerin bzw. die Grenzbeamten nicht glaubwürdig seien. Weiter macht der Beschwerdeführer geltend, es treffe nicht zu, dass er sich nicht habe entscheiden können, welchem Verfahren er sich unterwerfen wolle. Es sei ihm auch keine Bedenkzeit eingeräumt worden. Weiter sei ihm gesagt worden, wenn er die Ware zurückbringe, sei die Sache erledigt. Schliesslich sei es auch unrichtig, dass er das Zollamt einfach verlassen habe und trotz Rufens des Beamten davongefahren sei.
4.3.2. Bei diesen Vorbringen handelt es sich um blosse Behauptungen im Sinne von appellatorischer Kritik, was nicht geeignet ist, Willkür im angefochtenen Entscheid aufzuzeigen. Gleiches gilt für die Behauptungen, gegen ihn würden betrügerische und korrupte Machenschaften laufen und der Bericht von Kpl K._ sowie die Aussagen der Beamten seien nicht glaubhaft. Auch diese Behauptungen werden in der Beschwerde nicht ausreichend begründet, weshalb darauf nicht einzugehen ist. Weiter macht der Beschwerdeführer geltend, die Vorinstanz hätte feststellen müssen, wie lange die Kontrolle gedauert habe. Inwiefern die Feststellung der Dauer der Kontrolle jedoch die Beweiswürdigung beeinflussen oder gar als willkürlich erscheinen lassen würde, führt der Beschwerdeführer weder aus noch ist dies ersichtlich. Vielmehr begründet die Vorinstanz in nachvollziehbarer Weise, weshalb diese Feststellung für die Beurteilung des vorliegenden Falles nicht von Bedeutung ist. Soweit der Beschwerdeführer geltend macht, er habe ein Gesuch um Ergänzung der Untersuchung gestellt, legt er nicht dar, welche Untersuchungshandlungen bzw. Beweiserhebungen noch zu erfolgen hätten. Darauf kann nicht eingetreten werden.
Dass der Beschwerdeführer an der Verhandlung vor Vorinstanz, wie von ihm behauptet, seine Beweisanträge nicht stellen konnte, ist nicht zutreffend. Wie sich aus dem Verhandlungsprotokoll ergibt, konnte der Beschwerdeführer sämtliche seiner Beweisanträge stellen. Die Vorinstanz nahm die Unterlagen, welche der Beschwerdeführer bezüglich der Sonnenscheindauer eingereicht hat, zu den Akten. Im Übrigen wurden die Beweisanträge abgewiesen. Inwiefern die Abweisung der Beweisanträge in antizipierter Beweiswürdigung gegen Bundesrecht verstossen würde, legt der Beschwerdeführer nicht dar. Vielmehr verweist er auf seine Eingaben im vorinstanzlichen Verfahren. Es ist jedoch nicht Aufgabe des Bundesgerichts, die Akten von sich aus nach entsprechenden Beweismitteln zu durchsuchen (vgl. <ref-ruling> E. 6.2 S. 288). Dies gilt umso mehr, da der Beschwerdeführer jeweils mehrere, schwer verständliche Eingaben einreicht.
Die Rüge schliesslich, die Vorinstanz äussere sich nicht zu seinen Anträgen und Eingaben ("Gesuchsschrift") und verletze damit ihre Begründungspflicht, ist nicht stichhaltig. Die Vorinstanz musste sich nicht mit jedem einzelnen Vorbringen auseinandersetzen. Vielmehr konnte sie sich auf die für ihren Entscheid wesentlichen Punkte beschränken. Die Begründung muss so abgefasst sein, dass sich der Betroffene über die Tragweite des Entscheids Rechenschaft geben und ihn in voller Kenntnis der Sache an die höhere Instanz weiterziehen kann. In diesem Sinne müssen wenigstens kurz die Überlegungen genannt werden, von denen sich die Behörde hat leiten lassen und auf die sich ihr Entscheid stützt (<ref-ruling> E. 5.2 S. 70 f.; <ref-ruling> E. 2.2 S. 183; je mit Hinweisen). Aus dem angefochtenen Entscheid geht klar hervor, auf welche Überlegungen die Vorinstanz ihren Entscheid im Wesentlichen stützt (vgl. E. 4.3).
4.4. Der Beschwerdeführer wendet sich auch gegen die vorinstanzlichen Feststellungen zum subjektiven Tatbestand. Er macht geltend, nicht gewusst zu haben, dass er sich rechtswidrig verhalte. Er habe gemeint, dass die Busse entfalle, wenn er die Ware wieder nach Deutschland verbringe. Er sei somit einem Irrtum nach <ref-law> unterlegen, was die Vorinstanz zu Unrecht nicht beachtet habe.
4.4.1. Was der Täter wusste, wollte und in Kauf nahm, betrifft sogenannte innere Tatsachen und damit eine Tatfrage. Solche prüft das Bundesgericht nur unter dem Gesichtspunkt der Willkür (<ref-ruling> E. 6.3 S. 375).
4.4.2. In subjektiver Hinsicht erwägt die Vorinstanz, dem Anzeigenrapport sei zu entnehmen, dass der Beschwerdeführer im Schalterraum der Grenzwache von Wm W._ darüber orientiert worden sei, dass gegen ihn ein Strafverfahren eröffnet werde. Es sei ihm erklärt worden, dass die Busse wegen Nichtanmeldens von abgabepflichtigen Waren im abgekürzten Verfahren Fr. 150.-- betrage, im ordentlichen Verfahren komme noch eine Spruchgebühr von Fr. 70.-- hinzu. Er sei auch über die übrigen Verfahrensmodalitäten und Kosten orientiert worden. Da der Beschwerdeführer sich nicht habe entscheiden können, welches Verfahren er in Betracht ziehen wolle, sei ihm eine Bedenkzeit eingeräumt worden. Wm W._ habe in der Zwischenzeit eine andere Person bedient. Keine Minute später sei der Beschwerdeführer aus dem Schalterraum hinausgegangen, in sein Fahrzeug gestiegen und davongefahren. Es sei erstellt, dass der Beschwerdeführer gleichentags um 22.00 Uhr in Begleitung einer Frau wieder am Grenzübergang Koblenz erschienen sei. Er habe in der Zwischenzeit die Mehrmenge an Waren nach Deutschland zurückgebracht und seine Bekannte vom Flughafen Zürich abgeholt.
Anschliessend befasst sich die Vorinstanz mit den Einwänden des Beschwerdeführers. Insbesondere brachte der Beschwerdeführer vor, es sei ihm erklärt worden, dass er nicht bezahlen müssen, wenn er die Waren aus dem Zollgebiet verbringe. Zudem habe der Zollbeamte von ihm immer wieder eine Barzahlung verlangt. Er sei unter Zeitdruck gestanden, da er eine Bekannte vom Flughafen in Zürich habe abholen müssen. Er habe jedenfalls gedacht, dass es in seinem Ermessen liege, die Waren zurückzubringen. Er habe sich nicht eingesperrt gefühlt und habe daher, als ihm eine Bedenkzeit eingeräumt worden sei, den Raum guten Gewissens verlassen, sei ins Auto gestiegen und weggefahren, um die Ware zurück nach Deutschland zu bringen.
Die Vorinstanz gelangt zum Schluss, es stehe ausser Frage, dass der Beschwerdeführer gewusst habe, dass er einer Zollkontrolle unterzogen wurde. Aus seinen Aussagen gehe hervor, dass ihm klar gewesen sei, dass der für die Zollkontrolle zuständige Beamte neben Einfuhrabgaben zusätzlich eine Busse thematisiert habe, die im Unterschied zu den Einfuhrabgaben unabhängig davon zu leisten sei, ob die Waren in die Schweiz eingeführt würden oder nicht. Es müsse ihm folglich bewusst gewesen sein, dass mit dem Verbringen der Waren zurück nach Deutschland die Angelegenheit nicht erledigt sein würde. Der Beschwerdeführer sei angeblich der Meinung gewesen, der Beamte fordere unberechtigterweise eine Geldzahlung von ihm. Indem er ohne Erlaubnis des Beamten die Zollstelle mit den Waren verlassen habe, habe er sich dennoch wissentlich und willentlich dem aus seiner Sicht unrechtmässigen Handeln einer Amtsperson widersetzt. Es liege auch kein Vorsatz ausschliessender Sachverhaltsirrtum im Sinne von <ref-law> vor. Hierfür wäre erforderlich, dass der Beschwerdeführer von der Nichtigkeit des gehinderten Amtsaktes ausging. Nichts deute darauf hin und es werde vom Beschwerdeführer auch nicht behauptet, dass er von einem derart krass fehlerhaften Handeln des Beamten ausgegangen sei, man von einer Nichtigkeit sprechen könnte. Der subjektive Tatbestand der Hinderung einer Amtshandlung sei daher erfüllt.
4.4.3. Die Vorinstanz würdigt die Beweislage auch bezüglich des subjektiven Tatbestands ausführlich und in nachvollziehbarer Weise und befasst sich mit den Einwänden des Beschwerdeführers. Die Vorinstanz prüft, ob ein Irrtum nach <ref-law> vorliegt. Der Beschwerdeführer beruft sich auf einen Irrtum nach <ref-law>. Die Vorinstanz wendet jedoch die bundesgerichtliche Rechtsprechung zutreffend an, wonach der Vorsatz bei <ref-law> einzig durch die Annahme der völligen Unbeachtlichkeit des gehinderten Amtsakts berührt wird (Urteil 6B_132/2008 vom 13. Mai 2008 E. 3.3 mit Hinweis). Dass der Beschwerdeführer von der Nichtigkeit der Amtshandlung ausging, macht er nicht geltend. Im Übrigen stellt die Vorinstanz verbindlich fest, dass der Beschwerdeführer um die Amtshandlung wusste und sich dieser wissentlich und willentlich widersetzte. Der Beschwerdeführer kann sich daher nicht auf einen Irrtum berufen.
4.5. Die rechtliche Würdigung der Vorinstanz beanstandet der Beschwerdeführer nicht, weshalb sich diesbezügliche Erwägungen erübrigen.
5.
5.1. Der Beschwerdeführer wendet sich gegen die vorinstanzliche Strafzumessung. Im Wesentlichen macht er geltend, die Strafzumessung sei nicht ausreichend begründet worden. Zudem hätte die Vorinstanz Art. 23, Art. 52 und <ref-law> anwenden und ihm gestützt darauf eine Strafmilderung zugestehen müssen.
5.2. Das Bundesgericht hat die Grundsätze der Strafzumessung nach <ref-law> wiederholt dargelegt (<ref-ruling> E. 6.1.1 S. 66 f.; <ref-ruling> E. 5.4 ff. S. 59 ff.; <ref-ruling> E. 2.1 S. 19 f.; je mit Hinweisen). Darauf kann verwiesen werden. Es liegt im Ermessen des Sachgerichts, in welchem Umfang es die verschiedenen Strafzumessungsfaktoren berücksichtigt. Das Bundesgericht greift auf Beschwerde hin in die Strafzumessung nur ein, wenn das Sachgericht den gesetzlichen Strafrahmen über- oder unterschritten hat, wenn es von rechtlich nicht massgebenden Kriterien ausgegangen ist oder wesentliche Gesichtspunkte ausser Acht gelassen bzw. in Überschreitung oder Missbrauch ihres Ermessens falsch gewichtet hat (BGE <ref-ruling> E. 5.6 S. 61 mit Hinweis).
5.3. Die Vorinstanz erwägt, die Zollkontrolle sei durch das Verhalten des Beschwerdeführers nicht verhindert, sondern lediglich verzögert worden, da er am späteren Abend wieder auf der Grenzwache erschienen sei. Dies wertet sie zu seinen Gunsten. Leicht strafmildernd berücksichtigt die Vorinstanz auch, dass sich der Beschwerdeführer in einer Stresssituation befunden habe. Das Tatverschulden wiege insgesamt leicht. Aus dem Vorleben und den persönlichen Verhältnissen würden sich keine strafzumessungsrelevanten Faktoren ergeben. Es sei daher eine Geldstrafe von 10 Tagessätzen auszusprechen.
5.4. Der Beschwerdeführer rügt, die Vorinstanz habe den Strafmilderungsgrund von <ref-law> (Rücktritt und tätige Reue) zu Unrecht nicht angewendet. Gemäss dieser Bestimmung kann das Gericht die Strafe mildern oder von einer Bestrafung absehen, wenn der Täter die strafbare Tätigkeit aus eigenem Antrieb nicht zu Ende führt oder dazu beiträgt, die Vollendung der Tat zu verhindern (<ref-law>). Der Tatbestand der Hinderung einer Amtshandlung ist ein Erfolgsdelikt. Dabei ist nicht erforderlich, dass der Täter die Handlung einer Amtsperson überhaupt verunmöglicht; es genügt, dass er deren Ausführung erschwert, verzögert oder behindert (<ref-ruling> E. 2 S. 117 f.; <ref-ruling> E. 3a S. 129). Die Vorinstanz hat die Tatsache, dass der Beschwerdeführer am Abend auf den Grenzwachtposten zurückkehrte, erheblich strafmildernd berücksichtigt und die Strafe sehr tief angesetzt. Indem die Vorinstanz <ref-law>, welcher im Übrigen als Kann-Bestimmung formuliert ist, nicht zusätzlich zur Anwendung brachte, verletzt sie kein Bundesrecht.
Gemäss <ref-law> sieht die zuständige Behörde von einer Strafverfolgung, einer Überweisung an das Gericht oder einer Bestrafung ab, wenn Schuld und Tatfolgen geringfügig sind. Beide Voraussetzungen müssen kumulativ erfüllt sein. Mit der Regelung hat der Gesetzgeber nicht beabsichtigt, dass in allen Bagatellstraftaten generell auf eine strafrechtliche Sanktion verzichtet wird. Eine Strafbefreiung kommt nur bei Delikten in Frage, bei denen keinerlei Strafbedürfnis besteht. Auch bei einem Bagatelldelikt kann daher wegen Geringfügigkeit von Schuld und Tatfolgen eine Strafbefreiung nur angeordnet werden, wenn es sich von anderen Fällen mit geringem Verschulden und geringen Tatfolgen qualitativ unterscheidet. Das Verhalten des Täters muss im Quervergleich zu typischen unter dieselbe Gesetzesbestimmung fallenden Taten insgesamt - vom Verschulden wie von den Tatfolgen her - als unerheblich erscheinen, sodass die Strafbedürftigkeit offensichtlich fehlt. Die Behörde hat sich mithin am Regelfall der Straftat zu orientieren. Für die Anwendung der Bestimmung bleibt somit nur ein relativ eng begrenztes Feld (zum Ganzen: <ref-ruling> E. 5.3.2 f. S. 135 f. mit Hinweisen). Vorliegend unterscheiden sich die Tatfolgen vom Regelfall nicht in einer Weise, welche sie als geringfügig im Sinne von <ref-law> erscheinen lassen würden. Der Beschwerdeführer legt auch nicht dar, inwiefern die Voraussetzungen von <ref-law> erfüllt sein sollen.
Auch den Strafmilderungsgrund von <ref-law> (Wiedergutmachung) musste die Vorinstanz nicht zur Anwendung bringen, da der Beschwerdeführer den Normbruch nicht anerkannt hat, was gemäss bundesgerichtlicher Rechtsprechung (vgl. <ref-ruling> E. 3.4.3 S. 23; Urteil 6B_1200/2016 vom 30. März 2017 E. 2.2) gerade Voraussetzung für eine Anwendung von <ref-law> ist. Die Vorinstanz verletzt kein Bundesrecht, wenn sie von einer Strafbefreiung im Sinne von <ref-law> absieht.
5.5. Die Vorinstanz geht von einem geringen Verschulden aus und siedelt die Strafe im untersten Drittel des Strafrahmens von <ref-law> an. Ihr Ermessen überschreitet sie dabei nicht. Ferner ist auch nicht ersichtlich, dass die Vorinstanz bei der Strafzumessung methodisch falsch vorgegangen wäre oder wesentliche Strafzumessungsfaktoren nicht berücksichtigt oder falsch gewichtet hätte. Weitere Rügen in Zusammenhang mit der Strafzumessung bringt der Beschwerdeführer nicht vor. Die Beanstandungen hinsichtlich der vorinstanzlichen Strafzumessung erweisen sich insgesamt als unbegründet. Auch der Einwand, die vorinstanzliche Strafzumessung sei nicht hinreichend begründet, ist nach dem Gesagten unzutreffend.
6.
6.1. Der Beschwerdeführer beanstandet die Höhe der ihm auferlegten Verfahrenskosten und Gerichtsgebühren. Diese seien mit Fr. 400.-- für das Vorverfahren und Fr. 3'000.-- für das vorinstanzliche Verfahren deutlich zu hoch. Nach Art. 5 des Reglements des Bundesstrafgerichts vom 31. August 2010 über die Kosten, Gebühren und Entschädigungen in Bundesstrafverfahren (BStKR; SR 173.713.162) müssten die Kosten nach Schwierigkeit und Aufwand des Falles sowie der finanziellen Situation des Betroffenen beurteilt werden. Seine finanziellen Verhältnisse seien bei der Festsetzung der Verfahrenskosten nicht berücksichtigt worden. Auch sei aus dem vorinstanzlichen Urteil nicht ersichtlich, wie die Kosten festgelegt worden seien, denn es fehle an einer Kostenaufstellung nach <ref-law>. Zudem sei sein Antrag auf Ersatz der Reisespesen, welche aufgrund der Anreise zur unnötigen vorinstanzlichen Verhandlung angefallen seien, ohne Begründung abgewiesen worden.
6.2. Die Vorinstanz erwägt, gemäss <ref-law> richte sich die Höhe der Gebühr nach Bedeutung und Schwierigkeit der Sache, der Vorgehensweise der Parteien, ihrer finanziellen Situation und dem Kanzleiaufwand. Die Bemessung erfolge nach Art. 6 und Art. 7 BStKR. Die Vorinstanz setzt die Gebühr für das Vorverfahren auf Fr. 400.-- (Art. 5 und <ref-law>) und für das vorinstanzliche Verfahren auf Fr. 3'000.-- inkl. Auslagen (Art. 1 Abs. 4, Art. 5 und <ref-law>) fest.
6.3. Bund und Kantone regeln die Berechnung der Verfahrenskosten und legen die Gebühren fest (<ref-law>). Gerichtskosten sind Kausalabgaben, weshalb sie dem Kostendeckungs- und Äquivalenzprinzip genügen müssen. Nach dem Äquivalenzprinzip darf eine Gebühr nicht in einem offensichtlichen Missverhältnis zum objektiven Wert der Leistung stehen und muss sich in vernünftigen Grenzen halten. Dabei muss die Gebühr nicht in jedem Fall genau dem Verwaltungsaufwand entsprechen; sie soll indessen nach sachlich vertretbaren Kriterien bemessen werden und nicht Unterscheidungen treffen, für die keine vernünftigen Gründe ersichtlich sind. Die Gebühr darf im Übrigen die Inanspruchnahme bestimmter staatlicher Leistungen nicht verunmöglichen oder übermässig erschweren (Rechtsweggarantie, <ref-law>). Bei der Festsetzung der Gerichtsgebühr verfügt das Gericht über einen grossen Ermessensspielraum.
6.4. <ref-law> sieht für ein Vorverfahren, das mit einem Strafbefehl abgeschlossen wird, einen Gebührenrahmen von Fr. 200.-- bis Fr. 20'000.-- vor. Der Gebührenrahmen für das erstinstanzliche Hauptverfahren vor dem Einzelrichter beträgt Fr. 200.-- bis Fr. 50'000.-- (<ref-law>). Die Vorinstanz setzte die Gebühr sowohl für das Vorverfahren als auch für das vorinstanzliche Verfahren am unteren Rand des jeweiligen Gebührenrahmens fest. Das vorinstanzliche Urteil ist mit etwas über zehn Seiten relativ kurz. Die Beurteilung des vorliegenden Falles ist weder in tatsächlicher noch in rechtlicher Hinsicht komplex. Mit der festgelegten Höhe der Verfahrenskosten bringt die Vorinstanz zum Ausdruck, dass das Verfahren keine besonderen Schwierigkeiten bot respektive keinen überdurchschnittlichen Aufwand mit sich brachte. Ein offensichtliches Missverhältnis zwischen der vorinstanzlichen Gerichtsgebühr und dem objektiven Wert der bezogenen Leistung ist nicht erkennbar. Demnach hat die Vorinstanz das ihr bei der Festsetzung der Höhe der Gerichtsgebühr zustehende Ermessen nicht überschritten. Sie hat die wesentlichen Faktoren berücksichtigt und das Äquivalenzprinzip nicht verletzt. Unwesentlich ist vorliegend, dass keine Aufstellung über die angefallenen Kosten erstellt wurde. Denn sowohl im Vorverfahren als auch im vorinstanzlichen Verfahren bestehen die auferlegten Kosten nur aus einem Posten. So wurde für das Vorverfahren eine Gebühr von Fr. 400.-- gestützt auf Art. Art. 5 und <ref-law> festgelegt. Für das vorinstanzliche Verfahren wurde eine Pauschale festgelegt, welche nebst der Gerichtsgebühr auch allfällige Auslagen enthält. Dies ist gestützt auf <ref-law> zulässig. Auch darauf hat die Vorinstanz explizit hingewiesen.
6.5. Was die geltend gemachten Reisespesen bzw. den Antrag auf Entschädigung betrifft, so ist zunächst festzuhalten, dass die vorinstanzliche Hauptverhandlung keine unnötige Verfahrenshandlung darstellt. Zudem machte der Beschwerdeführer diese Kosten erst nach Urteilseröffnung geltend. Ob die Reisekosten überhaupt entschädigungsfähig sind, kann offenbleiben. Da der Beschwerdeführer verurteilt wurde, hat er grundsätzlich die Verfahrenskosten zu tragen. Der Kostenentscheid präjudiziert die Entschädigungsfrage. Bei Auferlegung der Kosten ist grundsätzlich keine Entschädigung auszurichten. Umgekehrt hat die beschuldigte Person Anspruch auf Entschädigung, soweit die Kosten von der Staatskasse übernommen werden (<ref-ruling> E. 2.4.2 S. 357; Urteile 6B_877/2016 vom 13. Januar 2017 E. 5.4; je mit Hinweisen).
7.
Der Beschwerdeführer ruft eine Vielzahl weiterer Gesetzesbestimmungen an (z.B. <ref-law>, Bestimmungen der EMRK, <ref-law> usw.). Inwiefern diesbezüglich eine Bundesrechtsverletzung vorliegen soll, begründet der Beschwerdeführer nicht. Dies genügt den minimalen Begründungsanforderungen von Art. 42 Abs. 2 und <ref-law> nicht, weshalb nicht darauf eingetreten werden kann.
8.
Der Beschwerdeführer stellt den Eventualantrag, es sei das Verfahren einzustellen. Es bleibt jedoch bei der vorinstanzlichen Verurteilung, weshalb eine Einstellung nicht in Frage kommt und auf den Antrag nicht eingetreten werden kann.
9.
Die Beschwerde ist abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Bei diesem Ausgang des Verfahrens sind die bundesgerichtlichen Kosten dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (<ref-law>). Sein Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege ist abzuweisen, da die Beschwerde von vornherein aussichtslos war (<ref-law> e contrario). Seinen angespannten finanziellen Verhältnissen ist mit reduzierten Gerichtskosten Rechnung zu tragen (<ref-law>). Mit dem Entscheid in der Sache wird das Gesuch um aufschiebende Wirkung gegenstandslos.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.
Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird abgewiesen.
3.
Die Gerichtskosten von Fr. 1'200.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt
4.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Bundesstrafgericht, Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 20. Juni 2018
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Denys
Die Gerichtsschreiberin: Schär