Sachverhalt:
A.
Das Bezirksgericht Zürich sprach D._ am 31. Mai 2017 u.a. der mehrfachen Veruntreuung (Art. 138 Ziff. 1 Abs. 1 und 2 i.V.m. <ref-law>), der ungetreuen Geschäftsbesorgung (Art. 158 Ziff. 1 Abs. 1 und 3 StGB) und der Misswirtschaft (Art. 165 Ziff. 1 i.V.m. <ref-law>) schuldig und bestrafte ihn mit einer Freiheitsstrafe von 6 1 /2 Jahren. Es verpflichtete ihn, zahlreichen Privatklägern Schadenersatzzahlungen zu leisten. A.A._, B.A._ und C.A._ verpflichtete es als andere Verfahrensbeteiligte, dem Staat nach Eintritt der Rechtskraft als Ersatz für nicht mehr vorhandenen, widerrechtlich erlangten Vermögensvorteil Fr. 150'000.-- (A.A_), Fr. 685'000.-- (B.A._) bzw. Fr. 30'000.-- (C.A._) zu bezahlen (Dispositiv-Ziff. 27-29). Es wies die Kasse des Bezirksgerichts Zürich an, die Erträge der Ersatzforderungen von A.A._, B.A._ und C.A._ anteilsmässig auf neun von D._ im Strafverfahren zu entschädigende Privatkläger zu verteilen (Dispositiv-Ziff. 30). Die Beschlagnahme der Barschaften von A.A_ von Fr. 10'050.65, Fr. 10'004.50, Fr. 1'178.80 und Fr. 24.75 erhielt es bis zur Bezahlung der Ersatzforderung von Fr. 150'000.-- aufrecht (Dispositiv-Ziff. 27). Auf das Entschädigungsbegehren von A.A._, B.A._ und C.A._ trat es nicht ein (Dispositiv-Ziff. 40). A.A._, B.A._ und C.A._ erhoben gegen die Ersatzforderungen sowie die Aufrechterhaltung der Beschlagnahme Berufung.
B.
Das Obergericht des Kantons Zürich trat mit Beschluss vom 18. Oktober 2017 auf die Berufung nicht ein, weil A.A._, B.A._ und C.A._ der ihnen mit Präsidialverfügung vom 3. Oktober 2017 auferlegten Pflicht zur Leistung von Prozesskautionen von Fr. 20'000.-- (A.A_), Fr. 42'000.-- (B.A._) und Fr. 7'000.-- (C.A._) auch innert erstreckter Frist nicht nachkamen. Das Bundesgericht hiess die von A.A._, B.A._ und C.A._ gegen den Nichteintretensbeschluss erhobene Beschwerde am 17. Januar 2018 gut und wies die Sache zu neuer Entscheidung an die Vorinstanz zurück (Urteil 6B_1356/2017, teilweise publ. in: <ref-ruling>).
C.
Mit Urteil vom 24. Januar 2019 hiess das Obergericht des Kantons Zürich die Berufung von A.A._, B.A._ und C.A._ teilweise gut, indem es die von ihnen zu bezahlenden Ersatzforderungen auf Fr. 26'000.-- (A.A_), Fr. 82'000.-- (B.A._) bzw. Fr. 5'000.-- (C.A._) reduzierte. Es wies die Kasse des Bezirksgerichts Zürich an, die Erträge der Ersatzforderungen von A.A._, B.A._ und C.A._ anteilsmässig auf zehn von D._ im Strafverfahren zu entschädigende Privatkläger zu verteilen. Das Gesuch von A.A_ um Herausgabe der beschlagnahmten Vermögenswerte wies es ab.
D.
Das Bundesgericht hiess die von A.A._, B.A._ und C.A._ gegen das Urteil des Obergerichts des Kantons Zürich vom 24. Januar 2019 erhobene Beschwerde gut, soweit darauf einzutreten war. Es hob das angefochtene Urteil teilweise auf und wies die Sache zu neuer Entscheidung an die Vorinstanz zurück (Urteil 6B_334/2019 vom 28. Januar 2020).
Das Bundesgericht entschied im Wesentlichen, die Voraussetzungen für die Einziehung der Vermögenswerte von A.A._, B.A._ und C.A._ seien nicht erfüllt, weil der Beschuldigte D._ mit den indirekt über eine Anwaltskanzel der Familie A._ überwiesenen Fr. 650'000.-- eine Schuld diesen gegenüber beglichen habe. Hinweise, dass er ihnen die Vermögenswerte grundlos bzw. als Schenkung zukommen liess oder weil diese in seine kriminellen Machenschaften verwickelt waren, könnten dem angefochtenen Entscheid nicht entnommen werden (Urteil 6B_334/2019 vom 28. Januar 2020 E. 4.4.1). Das gegen C.A._ in einem anderen Zusammenhang in Österreich ergangene Strafurteil habe entgegen der Vorinstanz nicht zur Folge, dass es diesem verwehrt sei, seine vertraglichen Ansprüche gegenüber dem Beschuldigten D._ geltend zu machen, zumal C.A._ den Schaden gemäss dem österreichischen Strafurteil "zur Gänze gutgemacht" haben. Selbst wenn noch offene Ansprüche bestünden, wäre es am österreichischen Staat bzw. an den für die Kapitalertragssteuer haftenden Kreditinstituten gewesen, gegen diesen vorzugehen. Die Vorinstanz werfe A.A._, B.A._ und C.A._ zu Unrecht vor, sie hätten für die Zahlung von Fr. 650'000.-- keine gleichwertige Gegenleistung erbracht (Urteil 6B_334/2019 vom 28. Januar 2020 E. 4.4.2).
E.
Mit Urteil vom 19. Juni 2020 sah das Obergericht des Kantons Zürich von der Verpflichtung von A.A._, B.A._ und C.A._ zur Bezahlung einer Ersatzforderung an den Staat ab. Zudem hob es die Beschlagnahme der Barschaften von A.A_ auf. Es sprach A.A._, B.A._ und C.A._ für das erstinstanzliche Verfahren eine Prozessentschädigung von Fr. 12'000.--, für die anwaltliche Vertretung im ersten Berufungsverfahren eine Prozessentschädigung von Fr. 10'698.15 und für die anwaltliche Vertretung im zweiten Berufungsverfahren eine solche von Fr. 1'709.05 aus der Gerichtskasse zu (Dispositiv-Ziff. 3 und 6).
F.
A.A_ beantragt, seine Beschwerde in Strafsachen betreffend Anspruch auf Entschädigung und Genugtuung, rechtliches Gehör, gegen das Urteil vom 19. Juni 2020 sei gutzuheissen und die Vorinstanz sei anzuweisen, alle Ansprüche nach Art. 429 Abs. 1 lit. a, b und c StPO (auch jene aus dem 6-jährigen Vorverfahren) zuzüglich Schadenszins vollumfänglich neu zu beurteilen. Eventualiter sei in der Sache selbst zu entscheiden.
G.
Die Staatsanwaltschaft und die Vorinstanz verzichteten auf eine Stellungnahme.

Erwägungen:
1.
1.1. Der Beschwerdeführer rügt, die Vorinstanz habe zu Unrecht nur seinen Anspruch auf eine Entschädigung für die anwaltliche Vertretung im Berufungsverfahren geprüft (Art. 436 Abs. 1 und 2 i.V.m. <ref-law>). Unerwähnt gelassen habe sie seine sonstigen Ansprüche nach Art. 429 Abs. 1 lit. a, b und c StPO. Die Vorinstanz hätte diese weiteren Ansprüche von Amtes wegen prüfen und ihn in Anwendung von <ref-law> vor ihrem Entscheid zur Frage der Entschädigung und Genugtuung anhören müssen. Die Vorinstanz habe es unterlassen, grundsätzlich von Amtes wegen über seine bereits im 6-jährigen Vorverfahren entstandenen Entschädigungs- und Genugtuungsansprüche zu befinden.
Seine weiteren Schadenersatz- und Genugtuungsansprüche begründet der Beschwerdeführer im Wesentlichen damit, dass er im Jahr 2012 eine erste Hausdurchsuchung und am 5. November 2015 zwei weitere Hausdurchsuchungen in seiner Erst- und Zweitwohnung über sich habe ergehen lassen müssen. Die Hausdurchsuchungen vom 5. November 2015 hätten von 10 Uhr bis 17.30 Uhr und unter Kenntnisnahme aller übrigen Hausbewohner stattgefunden. Damals sei er elf Tage vor seinem Studienabschluss gestanden. Da die Polizei am 5. November 2015 alle bei ihm vorhandenen Datenträger (fünf USB-Sticks, vier Laptops, drei Tablets, drei Mobiltelefone), auf welchen sich auch alle Forschungsunterlagen und Forschungsergebnisse befunden hätten, sowie zusätzlich seine handschriftlichen Forschungsnotizen sichergestellte habe, habe er seine Masterarbeit nicht rechtzeitig einreichen können, was seine Exmatrikulation zur Folge gehabt habe. Wegen der Hausdurchsuchung vom 5. November 2015 habe er seinen Master nicht wie ursprünglich vorgesehen am 6. April 2016, sondern erst am 4. Oktober 2019 sowie nach einem aufwändigen Rechtsmittelverfahren über mehrere Instanzen erlangt. Dadurch habe er einen Einkommensverlust, eine jahrelange wirtschaftliche und persönliche Belastung sowie einen Karriereschaden erlitten.
Mit Verfügung des Zwangsmassnahmengerichts vom 23. Januar 2017 sei das Entsiegelungsgesuch als gegenstandslos erledigt abgeschrieben worden und die sichergestellten Unterlagen, Gegenstände und elektronischen Datenträger seien ihm zurückgegeben worden. Die Regelung der Kostenfolgen für das Entsiegelungsverfahren sei dem Sachgericht vorbehalten worden.
Mit Schreiben vom 10. Juni 2016 habe die Staatsanwaltschaft ihm für die Einvernahme vom 15. Juni 2016 sicheres Geleit zugesichert. Er sei für die Einvernahme aus Wien angereist. Seine damalige Rechtsanwältin habe die Belege für die als notwendig zu vergütenden Barauslagen (Reise-, Verpflegungs- und Hotelkosten) anlässlich der Einvernahme vom 15. Juni 2016 der Staatsanwaltschaft übergeben. Eine Entschädigung für die Auslagen sei ihm weder von der Staatsanwaltschaft noch von der Vorinstanz im Endentscheid zugesprochen worden.
Weiter habe er seit der Beschlagnahme vom 5. November 2015 nicht über seine Vermögenswerte verfügen können.
1.2.
1.2.1. Wird die beschuldigte Person ganz oder teilweise freigesprochen oder wird das Verfahren gegen sie eingestellt, so hat sie gemäss <ref-law> Anspruch auf Entschädigung ihrer Aufwendungen für die angemessene Ausübung ihrer Verfahrensrechte (lit. a), Entschädigung der wirtschaftlichen Einbussen, die ihr aus ihrer notwendigen Beteiligung am Strafverfahren entstanden sind (lit. b), und Genugtuung für besonders schwere Verletzungen ihrer persönlichen Verhältnisse, insbesondere bei Freiheitsentzug (lit. c). Die Strafbehörde prüft den Anspruch von Amtes wegen. Sie kann die beschuldigte Person auffordern, ihre Ansprüche zu beziffern und zu belegen (<ref-law>). Dies bedeutet indessen nicht, dass die Strafbehörde im Sinne des Untersuchungsgrundsatzes von <ref-law> alle für die Beurteilung des Entschädigungsanspruchs bedeutsamen Tatsachen von Amtes wegen abzuklären hat. Sie hat aber die Parteien zur Frage mindestens anzuhören und gegebenenfalls gemäss <ref-law> aufzufordern, ihre Ansprüche zu beziffern und zu belegen (<ref-ruling> E. 1.3; <ref-ruling> E. 1.3.1; <ref-ruling> E. 1.3.1; Urteil 6B_2/2021 vom 25. Juni 2021 E. 1.1.1). Die beschuldigte Person trifft insofern eine Mitwirkungspflicht. Fordert die Behörde die beschuldigte Person auf, ihre Ansprüche zu beziffern und reagiert diese nicht, kann gemäss konstanter bundesgerichtlicher Rechtsprechung von einem (impliziten) Verzicht auf eine Entschädigung ausgegangen werden (<ref-ruling> E. 1.3 mit Hinweisen).
1.2.2. Dritte haben Anspruch auf angemessenen Ersatz ihres nicht auf andere Weise gedeckten Schadens sowie auf Genugtuung, wenn sie durch Verfahrenshandlungen oder bei der Unterstützung von Strafbehörden Schaden erlitten haben (<ref-law>). Über die Ansprüche ist im Rahmen des Endentscheids zu befinden. In klaren Fällen kann die Staatsanwaltschaft schon im Vorverfahren darüber entscheiden (<ref-law>). <ref-law>, wonach die Entschädigungsforderung bei der Strafbehörde zu beantragen, zu beziffern und zu belegen ist, ist sinngemäss anwendbar (<ref-law>). Nach der zu <ref-law> ergangenen Rechtsprechung haben die Strafbehörden die anspruchsberechtigte Person - gleich wie die beschuldigte Person nach <ref-law> - auf ihr Recht, eine Entschädigung zu beantragen, als auch auf ihre Pflicht, eine solche zu beziffern und zu belegen, hinzuweisen (Urteile 6B_242/2020 vom 6. Juli 2020 E. 3.4; 6B_928/2018 vom 26. März 2019 E. 2.2.3; je mit Hinweisen).
1.3.
1.3.1. Der Beschwerdeführer verlangt zusammengefasst Schadenersatz und Genugtuung für die erlittenen Zwangsmassnahmen (Hausdurchsuchungen, Beschlagnahme von Vermögenswerten, Datenträgern und Unterlagen), Auslagenersatz (Reise-, Hotel- und Verpflegungskosten) für die Einvernahme vom 15. Juni 2016 sowie den Ersatz seiner Parteikosten für das Entsiegelungsverfahren, je zuzüglich Zins. Er wirft der Vorinstanz vor, sie hätte ihn in Berücksichtigung seines Anspruchs auf rechtliches Gehör auffordern müssen, seine Ansprüche geltend zu machen und zu beziffern.
1.3.2. Der Beschwerdeführer war im Strafverfahren gegen D._ formell weder Beschuldigter noch Privatkläger, sondern durch Verfahrenshandlungen beschwerter Dritter. Indes ist aktenkundig, dass der Beschwerdeführer mehrere Hausdurchsuchungen sowie eine mehrjährige Beschlagnahme von Vermögenswerten hinnehmen musste, weil ihm vorgeworfen wurde, vom Beschuldigten D._ deliktische Vermögenswerte ohne Gegenleistung entgegengenommen zu haben. Die Vorinstanz begründete die Einziehung der Vermögenswerte des Beschwerdeführers im Urteil vom 24. Januar 2019 zudem mit der Verurteilung von C.A._ wegen (Steuer-) Betrugs in Österreich im Jahr 2007 (vgl. Urteil 6B_334/2019 vom 28. Januar 2020 E. 2.4). Sie geht daher zutreffend davon aus, der Beschwerdeführer habe im Strafverfahren gegen D._ eine beschuldigtenähnliche Stellung gehabt (vgl. angefochtenes Urteil E. 1 S. 23).
1.3.3. Die Vorinstanz lud den Beschwerdeführer, vertreten durch Rechtsanwalt Christian T. Suffert, nach dem Bundesgerichtsurteil 6B_334/2019 vom 28. Januar 2020 mit Beschluss vom 27. März 2020 ein, innert einer Frist von 20 Tagen schriftlich Berufungsanträge zu stellen und zu begründen (kant. Akten, Urk. 421). Rechtsanwalt Christian T. Suffert beantragte mit Eingabe vom 21. April 2020 im Namen seiner Mandanten, die Ersatzforderungen seien vollumfänglich abzuweisen und es seien die beschlagnahmten Barwerte herauszugeben. Zudem sei er für seine Aufwendungen wie folgt zu entschädigen: Fr. 1'500.-- für das bundesgerichtliche Verfahren, Fr. 10'698.15 für das obergerichtliche Verfahren, Fr. 14'062.50 für das erstinstanzliche Verfahren (kant. Akten, Urk. 424). Rechtsanwalt Christian T. Suffert reichte mit seiner Stellungnahme eine Honorarnote über Fr. 14'062.50 für die Zeit ab seiner Mandatierung im Januar 2017 bis zum 5. Juni 2017 (kant. Akten, Urk. 425/1) sowie eine Honorarnote über Fr. 1'709.50 für die Zeit nach dem Bundesgerichtsurteil 6B_334/2019 vom 28. Januar 2020 (kant. Akten, Urk. 425/2) ein. Für seine anwaltlichen Aufwendungen im ersten Berufungsverfahren verwies er auf die Honorarnote in den Akten.
1.3.4. Diese Entschädigungsforderungen betrafen für die Vorinstanz erkennbar nur die Anwaltskosten für die Zeit ab der Mandatierung von Rechtsanwalt Christian T. Suffert im Januar 2017, was vom Anwalt auch so kommuniziert wurde. Hingegen äusserte sich dieser nicht zu allfälligen Entschädigungsansprüchen betreffend das Untersuchungsverfahren und damit die Zeit vor seiner Mandatierung. In dieser Zeit war der Beschwerdeführer durch einen anderen Rechtsanwalt vertreten. Die Vorinstanz hätte dem Beschwerdeführer vor ihrem Entscheid über die Entschädigungsfolgen daher mitteilen müssen, dass sie in Erwägung ziehe, von einer Einziehung seiner Vermögenswerte abzusehen, und ihn in Anwendung von <ref-law> und Art. 434 Abs. 1 Satz 2 i.V.m. <ref-law> sowie der dazu ergangenen bundesgerichtlichen Rechtsprechung auffordern müssen, allfällige Schadenersatz- und Genugtuungsansprüche geltend zu machen, zu beziffern und zu belegen. Dies drängte sich auch deshalb auf, weil der Entscheid über die Entschädigungsfolgen des Entsiegelungsverfahrens in der Verfügung des Bezirksgerichts Zürich vom 23. Januar 2017 explizit dem Endentscheid des Sachgerichts vorbe-halten wurde.
Anhaltspunkte, dass der Beschwerdeführer im bisherigen Verfahren bereits aufgefordert wurde, allfällige Schadenersatz- und Genugtuungsansprüche zu beziffern und zu belegen, können dem angefochtenen Entscheid nicht entnommen werden. Auch liessen sich die Vorinstanz und die Staatsanwaltschaft zu dieser Frage nicht vernehmen. Das Bezirksgericht trat im Urteil vom 31. Mai 2017 auf den Entschädigungsantrag des Beschwerdeführers sowie seiner Eltern mangels Bezifferung und mangels Belegs nicht ein (erstinstanzliches Urteil E. 3.3 S. 298 und Dispositiv-Ziff. 40). Die Vorinstanz bestätigte dies im Urteil vom 24. Januar 2019 mit der Begründung, dem Beschwerdeführer und seinen Eltern seien - wenn auch massiv reduzierte - Ersatzforderungen auferlegt worden, weshalb kein Raum für eine Abänderung des erstinstanzlichen Entscheids hinsichtlich der Entschädigungsfolgen bestehe (Urteil, a.a.O., E. 1 S. 66).
Die Rüge des Beschwerdeführers, die Vorinstanz habe ihn in Verletzung seines Anspruchs auf rechtliches Gehör nicht aufgefordert, seine allfälligen Schadenersatz- und Genugtuungsansprüche geltend zu machen, ist daher begründet.
2.
Die Beschwerde ist gutzuheissen. Der angefochtene Entscheid ist aufzuheben und die Sache zu neuer Entscheidung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Der Kanton Zürich trägt keine Gerichtskosten (<ref-law>). Er hat den Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren angemessen zu entschädigen (Art. 68 Abs. 1 und 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird gutgeheissen, das Urteil des Obergerichts des Kantons Zürich vom 19. Juni 2020 aufgehoben und die Sache zu neuer Entscheidung an die Vorinstanz zurückgewiesen.
2.
Es werden keine Kosten erhoben.
3.
Der Kanton Zürich hat den Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 3'000.-- zu entschädigen.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Zürich, II. Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 20. Oktober 2021
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Jacquemoud-Rossari
Die Gerichtsschreiberin: Unseld