Sachverhalt:
A.
A._ ist seit Januar 2011 als stellvertretender Chefarzt bei der Logistikbasis der Armee, Geschäftsfeld Sanität, angestellt und in der Lohnklasse 27 eingereiht. Als Arbeitszeitmodell wurde Vertrauensarbeitszeit (VAZ) vereinbart, mit einem entsprechenden Lohnzuschlag von zunächst 5 Prozent und später 6 Prozent.
Seit April 2015 ist A._ krankheitsbedingt vollständig arbeitsunfähig. Mit Schreiben vom 6. November 2015 orientierte ihn der Arbeitgeber darüber, dass das "Arbeitszeitmenu" per 1. November 2015 angepasst werde. Ab diesem Zeitpunkt gelte die Jahresarbeitszeit mit 100 Prozent Lohn. Der Lohnzuschlag von 6 Prozent werde nicht mehr gewährt. Auf die von A._ beim Bundesverwaltungsgericht erhobene Rechtsverweigerungsbeschwerde hin verfügte der Chef Logistikbasis der Armee am 9. März 2016 die Aufhebung der Arbeitszeitvereinbarung mit Wirkung ab 8. Mai 2015.
B.
Die von A._ dagegen erhobene Beschwerde hiess das Bundesverwaltungsgericht mit Entscheid vom 11. April 2017 gut. Es hob die Verfügung vom 9. März auf mit der Feststellung, dass der Arbeitsvertrag vom 10./26. November 2010 in Bezug auf das Arbeitszeitmodell nicht einseitig geändert werden dürfe.
C.
Der Chef der Armee führt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten mit dem Rechtsbegehren, der vorinstanzliche Entscheid sei aufzuheben.
A._ schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Das Bundesverwaltungsgericht verzichtet auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1.
Das Bundesgericht prüft seine Zuständigkeit (<ref-law>) und die weiteren Eintretensvoraussetzungen von Amtes wegen und mit freier Kognition (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1 S. 116).
2.
2.1. Anfechtungsgegenstand bildet ein Endentscheid des Bundesverwaltungsgerichts (Art. 86 Abs. 1 lit. a und Art. 90 BGG). Dieser hat die Aufhebung des vereinbarten Arbeitszeitmodells in einem öffentlich-rechtlichen Arbeitsverhältnis zum Gegenstand. Es handelt sich damit um eine öffentlich-rechtliche Angelegenheit im Sinne von <ref-law>. Weiter geht es um eine vermögensrechtliche Streitigkeit, weshalb der Ausschlussgrund von <ref-law> nicht gegeben ist (Urteil 8C_21/2017 vom 19. Juni 2017 E. 1.1). Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ist somit zulässig, wenn der Streitwert wenigstens Fr. 15'000.- beträgt (<ref-law>) oder wenn sich eine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung stellt (<ref-law>).
2.2. Der Streitwert bestimmt sich gemäss <ref-law> nach den Begehren, welche vor Vorinstanz streitig geblieben sind. Als Wert wiederkehrender Nutzungen oder Leistungen gilt der Kapitalwert. Bei ungewisser oder unbeschränkter Dauer gilt als Kapitalwert der zwanzigfache Betrag der einjährigen Nutzung oder Leistung, bei Leibrenten jedoch der Barwert (<ref-law>; vgl. Urteil 8C_21/2017 vom 19. Juni 2017 E. 1.2). Seit 7. April 2015 ist der Beschwerdegegner zufolge Krankheit daran gehindert, seiner Arbeit nachzugehen. Laut Verfügung vom 9. März 2016 soll das gewählte VAZ-Modell ab 8. Mai 2015 aufgehoben werden. Diese Massnahme greift während der Dauer der Lohnfortzahlungsfrist bei Krankheit gemäss Art. 56 Abs. 1 und Abs. 2 der Bundespersonalverordnung vom 3. Juli 2001 (BPV; SR 172.220.111.3). Im Krankheitsfall kann eine ordentliche Auflösung des Arbeitsverhältnisses nicht vor Ablauf einer mindestens zwei Jahre dauernden Arbeitsverhinderung erfolgen (Art. 31a Abs. 1 BPV). Damit und mit Blick auf die unbestritten gebliebenen betraglichen Angaben des Beschwerdeführers resultiert ein Streitwert von mehr als Fr. 15'000.-. Auf die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ist damit grundsätzlich einzutreten.
3.
Zur Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten berechtigt sind nach <ref-law> die Bundeskanzlei, die Departemente des Bundes oder, soweit das Bundesrecht es vorsieht, die ihnen unterstellten Dienststellen, wenn der angefochtene Akt die Bundesgesetzgebung in ihrem Aufgabenbereich verletzen kann. Dabei genügt im Unterschied zu <ref-law> die Ermächtigung im Rahmen einer Verordnung (<ref-ruling> E. 2.2 S. 541 mit Hinweisen; Florence Aubry Girardin, in Commentaire de la LTF, 2. Aufl. 2014, N. 39 zu Art. 89 LTF S. 1026). Gemäss Art. 4 Abs. 2 der Organisationsverordnung für das Eidgenössische Departement für Verteidigung, Bevölkerung und Sport vom 7. März 2003 (OV-VBS; SR 172.214.1) sind die Chefs oder Chefinnen der im 2. Kapitel genannten Verwaltungseinheiten des VBS, die dem Departementschef oder der Departementschefin direkt unterstellt sind, in ihrem Zuständigkeitsbereich zur Beschwerde an das Bundesgericht berechtigt. Im 2. Kapitel "Gruppen, Ämter und weitere Verwaltungseinheiten" ist die Gruppe Verteidigung im 5. Abschnitt aufgeführt. Gemäss <ref-law> wird sie vom Chef der Armee geleitet. Ihr ist als Verwaltungseinheit die Logistikbasis der Armee unterstellt (<ref-law>). Der Chef der Armee untersteht mithin direkt dem Departementschef und ist demnach zur Beschwerde legitimiert. Dies gilt unter Vorbehalt, dass der angefochtene Akt die Bundesgesetzgebung in seinem Aufgabenbereich verletzen kann. Ob damit die Beschwerdebefugnis in personalrechtlichen Streitigkeiten eingeschlossen wird, scheint nicht ohne Weiteres klar. Das Bundesgericht hat diese Frage in einem ähnlichen Fall offen gelassen (Urteil 8C_810/2014 vom 1. April 2015 E. 1.4). Dies kann mit Blick auf die nachstehenden Erwägungen auch im vorliegenden Fall geschehen.
4.
4.1. Mit der Beschwerde kann eine Rechtsverletzung nach Art. 95 und 96 BGG geltend gemacht werden. Das Bundesgericht wendet das Recht grundsätzlich von Amtes wegen an (<ref-law>). Trotzdem obliegt es dem Beschwerdeführer, sich in seiner Beschwerde sachbezogen mit den Darlegungen im angefochtenen Entscheid auseinanderzusetzen (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG). Das Bundesgericht prüft unter Berücksichtigung der allgemeinen Rüge- und Begründungspflicht - vorbehältlich offensichtlicher Fehler - nur die in seinem Verfahren geltend gemachten Rechtswidrigkeiten (<ref-ruling> E. 1.4.1 S. 254). Es ist jedenfalls nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu untersuchen, wenn diese vor Bundesgericht nicht mehr vorgetragen werden (<ref-ruling> E. 2.2.1 S. 389; siehe auch <ref-ruling> E. 1.1 S. 104).
4.2. Nach <ref-law> legt das Bundesgericht seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Abs. 1). Es kann diese Sachverhaltsfeststellung von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (Abs. 2). Die Voraussetzungen für eine Sachverhaltsrüge nach <ref-law> und für eine Berichtigung des Sachverhalts von Amtes wegen nach <ref-law> stimmen im Wesentlichen überein.
5.
Streitig ist die verfügungsweise Aufhebung der von den Parteien vereinbarten Arbeitszeitvereinbarung durch den Arbeitgeber mit Wirkung ab 8. Mai 2015. Zu prüfen ist, ob die Aufhebung der entsprechenden Verfügung vom 9. März 2016 durch das Bundesverwaltungsgericht vor Bundesrecht standhält.
6.
6.1. Das Bundespersonalgesetz vom 24. März 2000 (BPG; SR 172.220.1) regelt das Arbeitsverhältnis des Bundespersonals (Art. 1). Das Arbeitsverhältnis entsteht durch den Abschluss eines schriftlichen öffentlich-rechtlichen Arbeitsvertrags (Art. 8 Abs. 1 BPG). Gemäss Art. 6 Abs. 3 BPG wird das Arbeitsverhältnis im Rahmen von Abs. 2 derselben Bestimmung (sinngemässe Anwendung des OR, vorbehältlich abweichender Bestimmungen des BPG und anderer Bundesgesetze) durch Ausführungsbestimmungen (Art. 37), insbesondere den Gesamtarbeitsvertrag (Art. 38) und den Arbeitsvertrag (Art. 8) näher geregelt. Art. 37 Abs. 1 Satz 1 BPG überträgt dem Bundesrat die grundsätzliche Kompetenz zum Erlass der Ausführungsbestimmungen zum BPG. In Art. 25 Abs. 2 BPV nennt dieser Punkte, über welche die Parteien im Arbeitsvertrag eine Regelung vereinbaren müssen. Die Festlegung der Arbeitszeit gehört nicht dazu. Der Arbeitsvertrag hat sich auf das Grundsätzliche und Dauerhafte zu beschränken. Damit soll verhindert werden, dass nicht bei jeder Veränderung das arbeitsrechtliche Änderungs- und Kündigungsverfahren eingehalten werden muss (PETER HELBLING, in: Bundespersonalgesetz [BPG], 2013, N. 103 und 105 zu Art. 8 BPG).
6.2. Abgesehen von der Höchstarbeitszeit nach Art. 17 BPG werden Arbeitszeit, Ferien, Urlaub und Umfang sowie Ausgleich von Mehrarbeit und Überzeit in den Ausführungsbestimmungen geregelt (Art. 17a Abs. 1 BPG, in der Fassung vom 14. Dezember 2012 [AS 2013 1493]; vgl. auch den bis Ende Juni 2013 in Kraft gestandenen Art. 17 BPG). Der Bundesrat ist diesem Regelungsauftrag mit Bezug auf die Arbeitszeit in Art. 64 BPV gefolgt. Nach Abs. 4bis dieser Bestimmung (in der Fassung vom 1. Mai 2013 [AS 2013 1515]) leisten die Angestellten ihre Arbeitszeit mit den Arbeitszeitmodellen der Jahresarbeitszeit oder der Vertrauensarbeitszeit gemäss Art. 64a BPV. Die Departemente können aus betrieblichen Gründen zusätzlich das Arbeitszeitmodell der gleitenden Arbeitszeit anbieten. Laut Art. 64a Abs. 1 BPV sind Angestellte mit Vertrauensarbeitszeit von der Erfassung der Arbeitszeit befreit. Sie können keine Mehrarbeit, Überzeit und Gleitzeit kompensieren. Für Angestellte der Lohnklassen 30 bis 38 ist Vertrauensarbeitszeit obligatorisch (Abs. 2). Angestellte der Lohnklassen 24 bis 29 können sie mit ihren Vorgesetzten vereinbaren (Abs. 3). Anstelle der Kompensation für Mehrarbeit, Überzeit und Gleitzeit erhalten Angestellte mit Vertrauensarbeitszeit eine jährliche Entschädigung in Form einer Barvergütung von 6 Prozent des Jahreslohnes. Im Einvernehmen mit den Vorgesetzten können sie sich anstelle der Barvergütung ausnahmsweise zehn Ausgleichstage oder 100 Stunden auf ein Sabbaticalkonto gutschreiben lassen (Abs. 5). Die Ausgleichstage sind im Kalenderjahr ihres Entstehens zu beziehen. Ansonsten verfallen sie entschädigungslos, es sei denn, der Bezug ist wegen Krankheit, Unfall oder Mutterschaftsurlaub nicht möglich (Abs. 6).
6.3. Arbeitgeber sind nach Art. 3 Abs. 2 BPG die Departemente, die Bundeskanzlei, die Gruppen und Ämter sowie die dezentralisierten Verwaltungseinheiten, soweit ihnen der Bundesrat die entsprechenden Befugnisse überträgt. Die Verwaltungseinheiten, denen der Bundesrat Arbeitgeberbefugnisse nach Art. 3 Abs. 2 übertragen hat, erlassen die Ausführungsbestimmungen unter Vorbehalt der Genehmigung durch den Bundesrat (Art. 37 Abs. 3bis BPG in der Fassung vom 14. Dezember 2012 [AS 2013 1493]). Gemäss Art. 115 BPV kann das VBS im Einvernehmen mit dem EFD unter anderem im Bereich der Arbeitszeit (lit. f) für das militärische Personal abweichende Bestimmungen erlassen. Die Zuständigkeit für Arbeitgeberentscheide wird bei den Bundesämtern oder den ihnen gleichzustellenden Organisationseinheiten vermutet, sofern die Departemente nichts anderes bestimmen (Art. 2 Abs. 5 BPV).
7.
7.1. Arbeitsverträge können grundsätzlich jederzeit, unter Einhaltung der schriftlichen Form (Art. 13 BPG in der Fassung vom 14. Dezember 2012 [AS 2013 1493]; Art. 30 BPV), im gegenseitigen Einvernehmen modifiziert werden. Können sich die Parteien nicht auf eine Lösung einigen und ist eine Anpassung des Vertrages unumgänglich, so muss dieser - unter Vorbehalt der Fälle nach Art. 25 Abs. 3, 3bis und 4 BPG - nach den Bestimmungen von Art. 10 Abs. 3 und 4 BPG gekündigt werden (Art. 30 Abs. 2 BPV in der Fassung vom 1. Mai 2013 [AS 2013 1515]; PETER HÄNNI, Personalrecht des Bundes, in: Schweizerisches Bundesverwaltungsrecht [SBVR], Organisationsrecht, Teil 2, 3. Aufl. 2017, N. 92 S. 33). Der Beschwerdeführer sprach keine Kündigung unter der Bedingung aus, dass der Beschwerdegegner einer Änderung des Arbeitszeitmodells nicht zustimmen sollte. Es ist auch nicht ersichtlich, dass eine allfällige Kündigung implizit in Aussicht gestellt worden wäre. Vielmehr änderte der Arbeitgeber das vereinbarte Arbeitszeitmodell gestützt auf Art. 34 Abs. 1 BPG einseitig mittels Verfügung ab, nachdem zwischen den Parteien keine Einigung zustande gekommen war.
7.2. Gemäss den vorinstanzlichen Erwägungen kann der Arbeitgeber ein öffentlich-rechtliches Arbeitsverhältnis nicht aus beliebigen Gründen auflösen. Er habe jedoch die Möglichkeit, dieses - sofern über eine Änderung keine Einigung zu Stande komme - einseitig anzupassen, wenn sich die Verhältnisse geändert haben. Die einseitige Vertragsänderung mittels Verfügung müsse sich indessen auf einen sachlichen bzw. dienstlichen Grund stützen können. Ein solcher könne etwa in organisatorischen Veränderungen (vgl. Art. 25 Abs. 3 BPV), Veränderungen der zu erfüllenden Bundesaufgaben oder Budgetrestriktionen liegen. Die einseitige Änderung des Arbeitsvertrages konkurrenziere mit dem Anspruch des Arbeitnehmers auf Vertrauensschutz. Eine einseitige Anpassung der Lohnregelung werde beispielsweise nur dann als zulässig erachtet, wenn sie nicht allzu drastisch ausfalle und eine angemessene Übergangsfrist bestehe bzw. die Zeitspanne bis zum Wirksamwerden der Änderung zumindest der Kündigungsfrist entspreche.
7.3. Da sich der Beschwerdeführer für die einseitige Anpassung des Arbeitszeitmodells auf die Richtlinien des Personalchefs VBS über die Arbeitszeitmodelle im Departement vom 1. Oktober 2013 stützte, prüfte die Vorinstanz, ob diese eine hinreichende Grundlage für die Anpassung des Arbeitszeitmodells darstellen. Nach der Grundsatzbestimmung von Ziffer 2.3 sind die Arbeitszeitmodelle zwischen den Vorgesetzten und den Mitarbeitenden schriftlich zu vereinbaren. Die Vereinbarung wird für ein Jahr abgeschlossen. Die Angemessenheit des Arbeitszeitmodells muss jährlich überprüft werden. Wenn keine Änderung des Arbeitszeitmodells notwendig ist, verlängert sich die Vereinbarung um ein weiteres Jahr. Nach Ziffer 4.1 der Richtlinien können Mitarbeitende der Lohnklassen 24 bis 29 im Einvernehmen mit ihren Vorgesetzten Vertrauensarbeitszeit vereinbaren. Dabei gilt es zu beachten, dass die Vertrauensarbeitszeit für Mitarbeitende mit überdurchschnittlicher zeitlicher Belastung vorgesehen ist. Diese Vereinbarung ist jährlich für das Folgejahr neu zu beurteilen. Ziffer 4.7 sieht vor, dass bei unbezahlten und zusammenhängenden bezahlten Abwesenheiten (z.B. Militär, Krankheit, Unfall, Mutterschaft) von mehr als 30 Tagen die VAZ-Vereinbarungen für den Rest des Jahres aufgehoben werden, wobei Ferien, Ausgleichstage, Treueprämien und GLAZ-Bezug nicht als bezahlte Abwesenheiten gelten. Diese Richtlinien ersetzen jene über die flexible Arbeitszeit im VBS vom 27. März 2009.
7.4. Nach den Feststellungen der Vorinstanz wurden die Richtlinien dem Beschwerdegegner nicht zur Kenntnis gebracht. Sie sind auch nicht zum Bestandteil des Arbeitsvertrages erklärt worden. Daher bilden sie keine Grundlage für eine einseitige Änderung des Arbeitsvertrages in Bezug auf das Arbeitszeitmodell. Auch das allgemeine Weisungsrecht gemäss <ref-law>, welches gemäss Art. 6 Abs. 2 BPG sinngemäss zur Anwendung kommt, soweit das BPG und andere Bundesgesetze nichts Abweichendes bestimmen, vermöge der Richtlinie mangels vertraglicher Vereinbarung keine unmittelbare Verbindlichkeit im Arbeitsverhältnis mit dem heutigen Beschwerdegegner zu verschaffen. Der Arbeitnehmer habe daher auf die Beibehaltung des vereinbarten Arbeitszeitmodells vertrauen dürfen, zumal keine betrieblichen Gründe für eine einseitige Änderung ersichtlich seien. Das Bundesverwaltungsgericht hat zudem erwogen, die Richtlinien über die Arbeitszeitmodelle seien nicht vom Arbeitgeber, sondern vom Leiter Personalabteilung innerhalb des Generalsekretariats des VBS unterzeichnet worden. Eine entsprechende Rechtsetzungsbefugnis (vgl. Art. 37 Abs. 3 BPG) ergebe sich weder aus der OV-VBS noch aus Art. 41 ff. des Regierungs- und Verwaltungsorganisationsgesetzes (RVOG; SR 172.010), weshalb den betreffenden Richtlinien nicht der Charakter einer kompetenzgemäss erlassenen Rechtsverordnung zukomme.
7.5. Laut Vorinstanz erscheint es zwar sachgerecht, das Arbeitsverhältnis hinsichtlich des vereinbarten Arbeitszeitmodells periodisch zu überprüfen. Auch müsse es dem Arbeitgeber grundsätzlich möglich sein, das Arbeitsverhältnis einseitig mittels Verfügung zu ändern und ein anderes Arbeitszeitmodell vorzuschreiben, falls darüber keine Einigung zu Stande komme. Mit Bezug auf die vom heutigen Beschwerdeführer verfügte Änderung des Anstellungsvertrages fehle jedoch ein dienstlicher oder sachlicher Grund. Diese sei einzig wegen der krankheitsbedingten Arbeitsverhinderung des Beschwerdegegners erfolgt. Laut angefochtenem Entscheid würde es Sinn und Zweck der Lohnfortzahlungspflicht bei Krankheit und Unfall gemäss Art. 56 Abs. 1 und Abs. 2 BPV widersprechen, allein wegen einer aus diesen Gründen ausbleibenden Arbeits- bzw. Mehrleistung eine einseitige Änderung des Arbeitsvertrages zuzulassen. Auch das Eidgenössische Personalamt gehe in den Erläuterungen zu diesen Bestimmungen davon aus, dass der Lohnanspruch während Krankheit alle dauernd und regelmässig ausbezahlten Lohnbestandteile und Zulagen einschliesslich der Barvergütung VAZ umfasse.
7.6. Da sich die einseitige Änderung des Arbeitsvertrages somit weder auf eine arbeitsvertragliche noch auf eine generell-abstrakte Regelung stützen kann und auch keine dienstlichen oder sachlichen Gründe ersichtlich sind, welche diese rechtfertigen können, hob die Vorinstanz die Verfügung vom 9. März 2016 auf.
8.
8.1. Gegenstand von Verfügungen ist die Regelung oder Feststellung von Rechten und Pflichten von Rechtssubjekten. Die Verfügung wird in diesem Zusammenhang von der internen oder organisatorischen Anordnung abgegrenzt, welche Situationen innerhalb der Verwaltung regelt. Die interne Anordnung hat nicht die Normierung der Rechtslage eines Rechtssubjekts als solches zum Gegenstand. Zudem ist die Verwaltung selber in der Ausübung ihrer Aufgaben Adressatin der internen Anordnung. Bei Anordnungen, welche auf die Rechte und Pflichten eines (öffentlich-rechtlichen) Angestellten als Rechtssubjekt einwirkt und zum Beispiel seine Entlöhnung oder verschiedene Entschädigungen festlegt oder Disziplinarmassnahmen anordnet, handelt es sich um eine Verfügung. Dagegen stellt eine Anordnung, welche die Ausführung der ihm obliegenden Aufgaben an sich zum Gegenstand hat, die mit dem Dienst verbundenen Pflichten regelt und etwa die Tätigkeiten in einem Pflichtenheft umschreibt oder über die Art der Abwicklung eines Geschäfts instruiert, einen internen organisatorischen Akt ohne Verfügungscharakter dar (<ref-ruling> E. 4.4 S. 329; Urteil 8D_1/2016 vom 23. Januar 2017 E. 5.1; vgl. auch die Aufzählung und Kasuistik bei HELBLING, a.a.O., N. 44 ff. zu Art. 34 BPG). Innerdienstlicher Natur ist auch die Regelung der Modalitäten der gleitenden Arbeitszeit (TOMAS POLEDNA, Verfügung und verfügungsfreies Handeln im öffentlichen Personalrecht - ein Praxisüberblick, in AJP 1998 S. 920). Den Erlass einer Verfügung verlangt hingegen die Verweigerung der Abgeltung von Zeitguthaben durch Freizeit oder Entschädigung (HELBLING, a.a.O., N. 57 zu Art. 34 BPG). Mit Blick auf die finanzielle Tragweite des Widerrufs der gewährten VAZ (vgl. Art. 64a Abs. 5 BPV) ist es von der Sache her richtig, dass der Beschwerdeführer den Verfügungsweg beschritten hat.
8.2. Der Vorinstanz ist sodann darin beizupflichten - und es wird auch nicht bestritten -, dass die Richtlinien über die Arbeitszeitmodelle im VBS nicht zum vereinbarten Bestandteil des Arbeitsvertrages des Beschwerdegegners gehörten. Sie stellen auch keine verbindlichen Rechtssätze (Erlasse) dar. Es handelt sich vielmehr um allgemeine Dienstanweisungen generell-abstrakter Natur, die der Durchsetzung einer einheitlichen Verwaltungspraxis zum Durchbruch verhelfen sollen. Als Grundlage für eine einseitige Aufhebung der getroffenen Abrede kommen die Richtlinien daher nicht in Betracht.
8.3. Die in Art. 25 Abs. 2 BPV statuierte Parteiautonomie darf der Arbeitgeber nur dann durch den Erlass einer einseitig-hoheitlichen Verfügung regeln, wenn trotz angemessener Bemühungen keine Einigung zu Stande kommt (Art. 34 Abs. 1 BPG; HELBLING, a.a.O., N. 20 zu Art. 8 BPG). Die Arbeitszeit war dem Beschwerdeführer auf seinen Antrag hin vom Beschwerdeführer gewährt worden. Es handelt sich dabei um eine vertragliche Nebenabrede im Sinne von Art. 64a Abs. 3 BPV.
8.4. Art. 64a Abs. 3 BPV ist - auch in der französischen ("peuvent appliquer") und italienischen Fassung ("possono convenire") - ausdrücklich als Kann-Vorschrift ausgestaltet und räumt damit der zuständigen Behörde ein Ermessen ein. Für das mittlere Kader (Lohnklassen 24 - 29) besteht somit kein Anspruch auf Gewährung von VAZ. Bei diesem Arbeitszeitmodell geht es insbesondere darum, das Anhäufen von Überzeitguthaben zu verhindern (Urteil des Bundesverwaltungsgerichts A-3753/2013 vom 22. August 2013 E. 3.3 und E. 3.4.1). Mit der Vorinstanz ist davon auszugehen, dass dieses - trotz des Entstehungsgrundes im Rahmen einer Vereinbarung - einseitig widerrufen werden kann, wenn die Voraussetzungen nicht mehr gegeben sind. Dementsprechend sehen auch die Richtlinien über die Arbeitszeitmodelle im VBS eine jährliche Überprüfung der vereinbarten VAZ für das Folgejahr vor (Ziff. 4.1 der Richtlinien).
8.5. In Art. 25 Abs. 3 und 3bis BPV räumt der Verordnungsgeber dem Arbeitgeber unter bestimmten Voraussetzungen die Befugnis zur einseitigen Änderung des Arbeitsvertrages ein (mit und ohne Einhaltung der Kündigungsfrist, aber ohne eigentliche Kündigung). Dies ist als Indiz dafür zu betrachten, dass dies erst recht in Bezug auf Abreden möglich sein muss, die nicht zum unerlässlichen Mindestinhalt des Arbeitsvertrages gehören.
8.6. Öffentlich-rechtliche Anstellungsverträge schaffen aufgrund einer zweiseitigen Vereinbarung eine gegenseitige Vertrauensbasis. Sowohl die Behörde wie auch die Arbeitnehmer dürfen davon ausgehen und darauf vertrauen, dass die Arbeitsverträge, so wie sie abgeschlossen wurden, vorbehältlich besonderer Vorkommnisse, tatsächlich eingehalten und aufrechterhalten werden (Urteil 1C_168/2008 vom 21. April 2009 E. 4.3; zur Anpassung öffentlich-rechtlicher Dienstverhältnisse an die Entwicklung der Gesetzgebung vgl. <ref-ruling> E. 7.1 S. 35; WIEDERKEHR/RICHLI, Praxis des allgemeinen Verwaltungsrechts, Bd. I, 2012, Rz. 3011 S. 1024). Im Falle erfolgter Gewährung der VAZ entsteht eine Bindungswirkung an die damit getroffene Vereinbarung insofern, als das einseitige Rückkommen willkürfrei zu geschehen hat und daher eines sachlichen Grundes bedarf. Einen solchen Grund verneint die Vorinstanz mit Bezug auf den Beschwerdegegner unter Hinweis auf die Lohnfortzahlungspflicht des Arbeitgebers (Art. 56 Abs. 1 BPV), da der dafür angerufene Umstand der krankheitsbedingten Arbeitsverhinderung und der damit einher gehende Ausfall der Mehrleistung nicht genügten. Im Fall der Arbeitsverhinderung wegen Unfall oder Krankheit haben die Angestellten während zwölf Monaten Anspruch auf den vollen Lohn gemäss Art. 15 und 16 BPG und während weiteren zwölf Monaten auf 90 Prozent des Lohnes (Art. 29 Abs. 1 BPG in Verbindung mit Art. 56 Abs. 1 und Abs. 2 BPV).
8.7. Bei vereinbarter VAZ überträgt der Arbeitgeber dem Arbeitnehmer die Zeitsouveränität. Je geringer das Pensum, desto freier ist der Mitarbeiter, dieses auf die Woche zu verteilen. Bei einer Arbeitsverhinderung von mehreren Wochen oder gar Monaten kann der Lohnfortzahlungsanspruch aufgrund des vereinbarten Pensums relativ einfach bestimmt werden. Hingegen ist bei Arbeitsverminderung im Stunden- oder Tagebereich oft unklar, ob in dieser Zeit überhaupt gearbeitet worden wäre (GILLES BRUGGER, Die Arbeitsverhinderung bei Teilzeiterwerbstätigen und Mehrfachbeschäftigten, 2017, Rz. 384 S. 119). Da bei Arbeitsverhinderung - auch bei Vollzeitbeschäftigten - die sachliche Rechtfertigung für die VAZ samt entsprechender Entschädigung dahinfällt, stellt sich zumindest nach einer gewissen Dauer die Frage des Widerrufs. Die Vorinstanz hat jedoch kein Bundesrecht verletzt, wenn sie der Lohnfortzahlungspflicht Rechnung getragen und in der krankheitsbedingten Arbeitsverhinderung keinen sachlichen Grund für eine einseitige Aufhebung der Nebenabrede gesehen hat.
8.8. Die Lohnfortzahlung bezieht sich gemäss Art. 56 Abs. 1 BPV auf den "vollen Lohn" nach Art. 15 und Art. 16 BPG. Das im Verordnungswortlaut verwendeten Attribut "voll" ist namentlich mit Blick auf Abs. 2 der Bestimmung und die dort vorgesehene Reduktion des Lohnanspruchs nach Ablauf von zwölf Monaten auf 90 Prozent zu verstehen. Das Gesetz spricht in Art. 15 BPG von Lohn (Abs. 1) und von Zuschlägen (Abs. 4). Beim Lohn gemäss Art. 15 Abs. 1 BPG handelt es sich um den Grundlohn (JASMIN MALLA, in: Bundespersonalgesetz, a.a.O., N. 101 zu Art. 15 BPG; HÄNNI, a.a.O., N. 133 S. 49), so wie er gemäss Art. 36 PBV mit 38 verschiedenen Klassen festgesetzt wird. Dazu kommen die Zulagen und Zuschläge, die ihre Gesetzesgrundlage in Art. 15 Abs. 4 BPG oder in anderen Bestimmungen finden (vgl. Art. 18 Abs. 2 und Art. 32 lit. a BPG). Sie werden im Rahmen der Ausführungsbestimmungen (vgl. Art. 15 Abs. 3 BPG), insbesondere in Art. 43 ff. BPV näher geregelt. In diesem Zusammenhang ist auch die VAZ-Barvergütung zu sehen, die an sich als Sonderzulage nach Art. 48 BPV ("zur Abgeltung besonderer Verhältnisse") zu qualifizieren wäre. Ihre spezifischen rechtlichen Grundlagen finden sich jedoch in Art. 17a Abs. 2 BPG und Art. 64a BPV. Dies ist indessen nicht massgebend. Für die rechtliche Behandlung der als Lohnzulagen oder -zuschläge genannten Leistungen entscheidend ist nämlich nicht deren Bezeichnung, sondern die Rechtsnatur bzw. der Wille des Verordnungsgebers (MALLA, a.a.O., N. 18 zu Art. 15 BPG). Die VAZ-Barvergütung stellt zwar eine Zulage zum Grundlohn dar. Von der Sache her geht es indessen um einen Ausgleich für die nicht kompensierbare Leistung von Mehrarbeit, was nichts anderes als Lohn nach Art. 15 BPG darstellt. Der Lohnfortzahlungsanspruch im Krankheitsfall erstreckt sich daher grundsätzlich auch auf die betreffende Entschädigung.
8.9. Dem steht nicht entgegen, dass Art. 57 Abs. 1 BPV die Sozialleistungen explizit in die Lohnfortzahlung einschliesst, während eine entsprechende Regelung für andere Zulagen fehlt. Als Sozialzulagen gelten die Familienzulage, die ergänzenden Leistungen zur Familienzulage, die Zulage für Verwandtschaftsunterstützung, der Ortszuschlag und die Auslandzulage (vgl. 25 der Verordnung des EFD vom 6. Dezember 2001 zur Bundespersonalverordnung [VBPV; SR 172.220.111.31]). Ihre ausdrückliche Nennung bei der Lohnfortzahlung hat ihren Grund darin, dass es dabei nicht um eigentlichen Lohn im Sinne von Abgeltung der Arbeitsleistung geht.
8.10. Würde die Lohnfortzahlungspflicht im vorliegend zu beurteilenden Zusammenhang ausser Acht gelassen, ergäbe sich eine Ungleichbehandlung zu den Angestellten der Lohnklasse 30 bis 38, für die gemäss Art. 64a Abs. 2 BPV obligatorisch die VAZ gilt, weshalb dort eine Anpassung von vornherein ausser Betracht fällt. Das finanzielle Interesse des Arbeitgebers genügt nicht zur Rechtfertigung einer gegenteiligen Sicht. Die Lohnfortzahlungspflicht des Arbeitgebers bei Verhinderung des Arbeitnehmers stellt eine sozialpolitisch begründete Ausnahme vom Prinzip dar, dass das Ausbleiben einer Leistung den Vertragspartner berechtigt, seine Gegenleistung zu verweigern. Sie ist eine wichtige Konkretisierung der arbeitgeberischen Fürsorgepflicht (Art. 6 Abs. 2 BPG in Verbindung mit <ref-law>; GEISER/MÜLLER, Arbeitsrecht in der Schweiz, 3. Aufl. 2015, Rz. 426 S. 175; BRUGGER, a.a.O., Rz. 221 S. 70) und Gegenstück zur Treuepflicht des Arbeitnehmers. Darauf soll gerade der wegen Krankheit oder Unfall an der Arbeit verhinderte Arbeitnehmer vertrauen dürfen, zumal er während dieser Zeit in seiner Dispositionsfreiheit faktisch eingeschränkt ist. Er soll finanziell so gestellt werden, wie wenn er ungehindert gearbeitet hätte.
9.
Zusammenfassend ist die Vorinstanz ohne Bundesrecht zu verletzen zum Schluss gelangt, dass die Barabgeltung für das Arbeitszeitmodell VAZ nicht wegen Krankheit des Beschwerdegegners einseitig entzogen werden durfte. Die Beschwerde ist daher abzuweisen.
10.
Das Verfahren ist kostenpflichtig. Der unterliegende Beschwerdeführer hat die Gerichtskosten zu tragen (<ref-law>). Er hat den Beschwerdegegner angemessen zu entschädigen (Art. 68 Abs. 1 und 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 1000.- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3.
Der Beschwerdeführer hat den Beschwerdegegner für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2800.- zu entschädigen.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Bundesverwaltungsgericht schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 22. Januar 2018
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Maillard
Die Gerichtsschreiberin: Hofer