Fatti:
A.
A._ è proprietaria del fondo xxx di Lugano, di 514 m2, limitrofo al complesso della Chiesa di Santa Maria di Loreto, sul quale sorge un villino, ubicato all'interno di un giardino, edificato nel 1911 su progetto dell'arch. Giuseppe Bordonzotti. L'edificio è stato ristrutturato nel 1929 a opera dell'arch. Giovanni Geiser.
Durante la seduta del 12 settembre 2011, il Consiglio comunale ha adottato, con due emendamenti, la variante del piano regolatore relativa ai beni culturali delle Sezioni di Lugano, Castagnola e Bré, che annovera fra quelli d'interesse locale, elencati all'art. 34 lett. c delle norme di attuazione del piano regolatore (NAPR), l'edificio sito sulla particella xxx (L52). Il fondo è inoltre incluso nel perimetro di valorizzazione PV15 e nel perimetro di rispetto cantonale n. 12 relativo alla Chiesa di Santa Maria di Loreto.
B.
Avverso i citati vincoli A._ è insorta davanti al Consiglio di Stato. Riguardo a quello di bene culturale d'interesse locale, ha lamentato l'insufficienza di motivi atti a suffragarlo e l'assenza di chiare disposizioni volte a definire i contenuti e i limiti della tutela. Ha censurato inoltre una disparità di trattamento in relazione al convento di Santa Maria di Loreto e ad altre proprietà, indicate nell'Inventario federale degli insediamenti svizzeri da proteggere d'importanza nazionale (ISOS), ma escluse dalla variante. Anche riguardo all'inclusione del suo fondo nel PV15 e nel perimetro di rispetto cantonale ha sollevato le medesime censure.
C.
Adito dalla proprietaria, dopo aver esperito un sopralluogo, con risoluzione yyy del 12 aprile 2017 il Consiglio di Stato ha approvato la variante, apportandovi alcune modifiche, tra le quali la parziale riformulazione dell'art. 34 NAPR e, in parziale accoglimento del ricorso, lo stralcio del PV15. Ha ritenuto proporzionale e sorretto da un sufficiente interesse pubblico il vincolo di bene culturale d'interesse locale e stabilito che il perimetro di rispetto cantonale non comprometterebbe la fruizione attuale e futura dell'immobile, né una sua futura ristrutturazione o trasformazione. Con giudizio del 18 dicembre 2019 il Tribunale cantonale amministrativo ha respinto il ricorso della proprietaria.
D.
Avverso questa decisione A._ presenta un ricorso in materia di diritto pubblico e un ricorso sussidiario in materia costituzionale al Tribunale federale. Chiede di riformarla nel senso di non considerare il suo fondo quale bene d'interesse locale e di eliminarne la protezione istituita dalla variante di piano regolatore, nonché di estrometterlo dal perimetro di rispetto cantonale.
Non è stato ordinato uno scambio di scritti, ma è stato richiamato l'incarto cantonale.

Diritto:
1.
1.1. Presentato tempestivamente contro una decisione finale dell'ultima istanza cantonale in materia pianificatoria, il ricorso in materia di diritto pubblico è ammissibile sotto il profilo degli art. 82 lett. a, 86 cpv. 1 lett. d e 90 LTF (<ref-ruling> consid. 1.1 pag. 411). Ne segue che il ricorso sussidiario in materia costituzionale è inammissibile. La legittimazione della ricorrente è pacifica.
1.2. Secondo l'art. 42 cpv. 1 e 2 LTF, il gravame dev'essere motivato in modo sufficiente, spiegando nei motivi perché l'atto impugnato viola il diritto. Il Tribunale federale esamina in linea di principio solo le censure sollevate (<ref-ruling> consid. 1.7.1 pag. 106). Quando si invoca la violazione di diritti costituzionali (diritto di essere sentito), il Tribunale federale, in applicazione dell'<ref-law>, esamina le censure soltanto se siano state esplicitamente sollevate e motivate in modo chiaro e preciso (<ref-ruling> consid. 1.2 e 1.3 pag. 380).
1.3. La vertenza concerne l'interpretazione e l'applicazione di norme del diritto cantonale e comunale, esaminate sotto il ristretto profilo dell'arbitrio (<ref-ruling> consid. 3.5 pag. 77, 32 consid. 5.1 pag. 41). Non basta quindi che la decisione impugnata sia insostenibile nella motivazione, ma occorre che lo sia anche nel risultato (<ref-ruling> consid. 6.1 pag. 324), ciò che spetta alla ricorrente dimostrare (<ref-ruling> consid. 2 pag. 146). Non risulta per contro arbitrio dal semplice fatto che anche un'altra soluzione potrebbe entrare in linea di conto o sarebbe addirittura preferibile (<ref-ruling> consid. 7.1 pag. 124).
2.
La Corte cantonale, rilevato che gli studi relativi alla variante litigiosa sono stati avviati in vigenza della legge cantonale di applicazione della legge federale sulla pianificazione del territorio del 23 maggio 1990 (LALPT; BU 1990, 365), ha stabilito che la causa dev'essere esaminata, nel merito, in applicazione di detta legge (art. 117 della legge sullo sviluppo territoriale del 21 giugno 2011; LST, RL 701.100). La ricorrente non contesta questa conclusione.
Di massima, nella materia in esame la Corte cantonale non dispone del sindacato dell'adeguatezza. Può quindi censurare l'esercizio del potere di apprezzamento da parte del Comune solo nella misura in cui integri gli estremi dell'eccesso o dell'abuso (<ref-ruling> consid. 7.2 pag. 134; sentenza 1C_499/2016 del 10 marzo 2017 consid. 3.2, apparsa in: RtiD II-2017 n. 9 pag 36).
3.
3.1. La ricorrente fa valere che il Tribunale cantonale amministrativo avrebbe accertato i fatti in modo manifestamente inesatto, in violazione del diritto di essere sentito e del divieto dell'arbitrio. Queste critiche si incentrano in sostanza sulla circostanza ch'esso non avrebbe considerato la lettura storica e architettonica da lei proposta del contesto urbanistico relativo al suo fondo, lettura al suo dire diversa, ma che sarebbe preferibile a quella operata dall'autorità e che non comporterebbe la necessità di istituire una protezione. Adduce inoltre che il Consiglio di Stato prima e la Corte cantonale poi, non avrebbero sufficientemente motivato le rispettive decisioni.
3.2. Quando la ricorrente invoca l'arbitrio nell'accertamento dei fatti e nella valutazione delle prove, il Tribunale federale, in applicazione dell'<ref-law>, esamina le censure soltanto se siano state esplicitamente sollevate e motivate in modo chiaro e preciso (<ref-ruling> consid. 1.2.2 pag. 286). Esso fonda in effetti il suo ragionamento giuridico su quelli accertati dall'autorità inferiore (<ref-law>). Può scostarsene solo se l'accertamento è stato eseguito in violazione del diritto ai sensi dell'<ref-law> o in modo manifestamente inesatto, ovvero arbitrario (art. 97 cpv. 1 e 105 cpv. 2 LTF; <ref-ruling> consid. 1 pag. 328, 188 consid. 2 pag. 190).
3.3. Il diritto di essere sentito comprende, tra l'altro, il diritto dell'interessato di offrire prove pertinenti e di ottenerne l'assunzione (<ref-ruling> consid. 4.1 pag. 170 seg.; <ref-ruling> consid. 5.3 pag. 17). Come ancora si vedrà, il Tribunale cantonale amministrativo, senza violare l'invocato diritto, sulla base di un apprezzamento anticipato delle prove per nulla arbitrario (<ref-ruling> consid. 4.1 pag. 171; <ref-ruling> consid. 3.1.3 pag. 435), poteva rinunciare a esaminare in ogni dettaglio le affermazioni della ricorrente riguardo alla lettura personale da lei proposta del contesto storico del fondo, critica sulla quale è in sostanza imperniato il ricorso. Ne segue che non si è in presenza di un accertamento incompleto e quindi arbitrario dei fatti.
Contrariamente all'assunto ricorsuale, la motivazione posta a fondamento dell'impugnata decisione, come ancora si vedrà, adempie l'obbligo di motivare le sentenze, poiché spiega i motivi posti a fondamento delle criticate scelte (<ref-ruling> consid. 3.1 pag. 109; <ref-ruling> consid. 4.2 pag. 157).
4.
4.1. Riguardo alla protezione dei beni culturali, nel Cantone Ticino l'art. 28 cpv. 2 lett. h LALPT prevede espressamente la possibilità di fissare nelle rappresentazioni grafiche dei piani regolatori i vincoli speciali cui è assoggettata l'utilizzazione di taluni fondi, segnatamente la protezione degli edifici di pregio storico-culturale. Il piano regolatore può prevedere inoltre l'obbligo di mantenere costruzioni che concorrono a formare la bellezza e la caratteristica del paesaggio (art. 29 cpv. 2 lett. d LALPT), come pure stabilire regole sulla manutenzione degli edifici (art. 29 cpv. 1 lett. g LALPT). Questa tutela è disciplinata dalla legge sulla protezione dei beni culturali del 13 maggio 1997 (LBC; RL 445.100). Fondata su una nozione di cultura più aperta e dinamica rispetto a quella tradizionale, essa fa riferimento non più ai soli valori alti della civiltà, ma anche all'insieme di tutti quei valori, usi e costumi che caratterizzano il vivere sociale di un popolo e permette, di conseguenza, di tener conto di tutte quelle presenze che possono anche apparire minori, se misurate con i canoni classici, ma che non per questo sono prive di importanza, talvolta anche notevole, sotto angolazioni culturali diverse.
La protezione del pat rimonio culturale spetta all'ente pubblico e ai proprietari, che sono responsabili della tutela dei beni culturali di loro appartenenza (art. 5 LBC). Secondo l'art. 2 LBC, sono beni culturali i beni mobili e gli immobili che singolarmente o nel loro insieme rivestono interesse per la collettività, in quanto testimonianze dell'attività creativa dell'uomo in tutte le sue espressioni. La Corte cantonale ha rilevato che non si tratta soltanto di beni di interesse storico o artistico, ma anche d'interesse religioso, archeologico, architettonico, urbanistico ecc. Possono essere oggetto di tutela non solo oggetti singoli, ma pure una pluralità di beni, che riveste interesse nel suo insieme, come un nucleo. Ne ha dedotto che deve trattarsi di un prodotto del lavoro dell'uomo: è pertanto il territorio costruito (nuclei, giardini, vie storiche) che può essere protetto. Il paesaggio non costruito può essere assoggettato a limitazioni, nella misura in cui sia incluso nel perimetro di rispetto di un bene culturale protetto secondo l'art. 22 cpv. 2 LBC. Riguardo agli immobili, la legge distingue tra quelli d'interesse cantonale e locale. I primi sono protetti mediante una decisione del Consiglio di Stato (art. 20 cpv. 3 LBC), i secondi da una del legislativo comunale, che delimita, se del caso, il perimetro di rispetto (art. 20 cpv. 2 LBC).
4.2. L'art. 19 cpv. 1 LBC definisce le condizioni generali dell'istituzione della protezione e, pur senza fissare a priori criteri di giudizio intrinseci, indica ch'essa presuppone che si tratti di beni nei quali la collettività si identifichi e vi riconosca i propri valori essenziali, al punto da dover essere tramandati alle generazioni a venire. La legge affida alla commissione dei beni culturali (art. 45 LBC) il compito di farsi interprete della sensibilità culturale della collettività e di individuare l'interesse pubblico che giustifica la protezione di un bene. Questa tutela deve soddisfare due esigenze in parte contrapposte: da un lato, salvaguardare un oggetto del patrimonio collettivo, dall'altro consentire l'esercizio della proprietà sul medesimo bene (PATRIZIA CATTANEO BERETTA, La legge cantonale sulla protezione dei beni culturali, in: RDAT I-2000, pag. 139 segg., n. 4.3.2 pag. 152). Riguardo alla protezione dei beni immobili, la tutela si inserisce nella procedura di adozione o modifica del piano regolatore o del piano di utilizzazione cantonale: la legge impone infatti una precisa individuazione e descrizione di ogni singolo oggetto (art. 28 cpv. 2 lett. i LALPT). Spetta quindi al Municipio sottoporre, in fase d'elaborazione del piano, ai servizi cantonali la sua proposta relativa ai beni immobili d'interesse comunale. La commissione dovrà dare il suo preavviso e indicare, già in fase di esame preliminare, quali siano gli immobili d'interesse cantonale da proteggere (art. 20 cpv. 1 LBC).
Salvo disposizione contraria, la protezione di un bene culturale si estende all'oggetto nel suo insieme, in tutte le sue parti, strutture interne ed esterne (art. 22 LBC cpv. 1) e, se le circostanze lo esigono, nelle adiacenze del bene protetto è da delimitare un perimetro di rispetto entro il quale non sono ammessi interventi suscettibili di compromettere la sua conservazione o la sua valorizzazione (cpv. 2). Questa norma concretizza uno dei principi generali della LBC, secondo la quale un bene culturale dev'essere tutelato nella sua interezza e, per quanto possibile, nel suo contesto spaziale, e non più, come in passato, solo riguardo a singoli elementi.
5.
5.1. La ricorrente, ammessa la sussistenza di basi legali sufficienti, contesta che i provvedimenti litigiosi sarebbero sorretti da un interesse pubblico sufficiente e preponderante, poiché si fonderebbero su fatti e cenni storici al suo dire errati, a causa dell'asserita assenza di una conoscenza precisa dei fatti che avrebbero portato alla situazione urbanistica in esame. Adduce inoltre una violazione dei principi della proporzionalità e della parità di trattamento. Sostiene poi che i contenuti e i limiti dei criticati vincoli sarebbero in larga misura sconosciuti e comunque non chiari, a maggior ragione in seguito agli emendamenti introdotti dal Governo all'art. 34 NAPR, che ne avrebbero reso ancora più incomprensibile il contenuto.
5.2. La Corte cantonale ha rilevato che nella decisione governativa (pag. 139 seg.), riguardo ai contestati motivi posti a fondamento del vincolo di bene culturale, si indica quanto segue:
"Nel contesto del patrimonio monumentale conservatosi a Lugano, il villino al mapp. xxx è un'importante testimonianza dal punto di vista urbanistico e architettonico. È direttamente adiacente al complesso della chiesa di Santa Maria di Loreto comparto di grande valore urbanistico, riconosciuto anche dall'ISOS, formato dalla chiesa, dal convento e dalla piazza antistante. Il villino chiude il comparto verso est, essendo posizionato all'intersezione delle vie Loreto e Foscolo. Esso è stato inoltre progettato da Giuseppe Bordonzotti, uno dei più importanti architetti attivi in Ticino a cavallo tra il XIX e il XX secolo, ed è un buon esempio di architettura eclettica."
Riguardo al vincolo di bene culturale d'interesse locale, la Corte cantonale ha ritenuto manifestamente infondate le critiche della ricorrente, secondo cui non sarebbero chiari né i contenuti né i limiti del provvedimento che grava la sua proprietà. Ha osservato infatti che in applicazione dell'art. 16 cpv. 2 del regolamento sulla protezione dei beni culturali del 6 aprile 2004 (RBC; RL 445.110), che concreta l'art. 22 LBC, le NAPR definiscono i contenuti della protezione in base alla scheda di inventario e indicano i criteri di intervento sui beni protetti e all'interno dei perimetri di rispetto. Detti limiti sono stati definiti dal Consiglio comunale all'art. 34 NAPR. Questa norma pone il principio secondo cui, indipendentemente dal carattere cantonale o locale del vincolo, il proprietario di un bene ha l'obbligo di conservarlo nella sua sostanza e di provvedere alla sua manutenzione regolare (lett. a); sono poi elencati i beni culturali d'interesse cantonale (lett. b) e d'interesse locale (lett. c), tra i quali figura quello della ricorrente (L52). La lett. d, nella versione adottata dal Legislativo comunale, disciplina gli interventi ammissibili su questi ultimi, in particolare: l'obbligo di domanda di costruzione preliminare (cpv. 1); gli interventi ammissibili (cpv. 2); gli obblighi in caso di distruzione (cpv. 3); le aree libere adiacenti (cpv. 4); le condizioni supplementari per alcuni singoli oggetti (cpv. 5); le deroghe alle prescrizioni dell'art. 34 NAPR e quelle alle prescrizioni di PR (cpv. 10). La norma tratta infine i perimetri di valorizzazione dei beni culturali d'interesse locale (lett. e). Ne ha concluso che, alla luce di queste norme, la critica secondo cui non sarebbero chiari la portata e i limiti del vincolo è incomprensibile.
Ha aggiunto che, in sede di approvazione, il Consiglio di Stato ha apportato alcune modifiche all'art. 34 NAPR, stralciando in particolare i cpv. 6 e 9 della lett. d, riformulando inoltre il cpv. 2, ritenuto incompatibile con quanto stabilito dalla LBC. Nella versione adottata dal Consiglio comunale la norma prevedeva infatti che "... In generale - salvo specificazioni ai sottostanti paragrafi - devono essere mantenuti gli ingombri planovolumetrici e l'aspetto delle facciate (compresi materiali, tinteggi, aperture, coperture ecc.", mentre ora essa si limita a statuire che per gli edifici e i manufatti protetti quali beni culturali occorre prevedere interventi conservativi e di restauro.
5.3. La ricorrente insiste sul fatto che, sebbene la Corte cantonale abbia maggiormente chiarito come è stata effettuata la valutazione del villino, non avrebbe comunque delucidato i vincoli imposti alla proprietà. Ammette nondimeno che l'elenco appare abbastanza chiaro, motivo per cui non ne critica l'esaustività; aggiunge che sarebbe nondimeno abbastanza difficile comprendere quali siano i limiti imposti dal vincolo, in particolare riguardo alla sua applicazione nel caso concreto. Al riguardo si limita tuttavia ad addurre alcuni esempi nell'ambito dei quali l'applicazione dell'art. 34 NAPR, relativamente a interventi conservativi e di restauro, non sarebbe chiara, accennando a una presunta incertezza giuridica.
Il principio della legalità nel senso dell'<ref-law>, richiamato implicitamente dalla ricorrente, riguardo alla prevedibilità dell'azione statale impone una sufficiente e adeguata determinatezza delle norme giuridiche applicabili. La ricorrente disattende nondimeno che secondo la giurisprudenza, quest'esigenza non dev'essere intesa in modo assoluto e astratto. Il legislatore non può infatti rinunciare a utilizzare nozioni generali e più o meno indeterminate, la cui interpretazione e applicazione dev'essere lasciata alla prassi. Contrariamente all'assunto ricorsuale, il necessario grado di determinatezza non può essere stabilito in modo astratto, ma dipende tra l'altro dalla molteplicità delle fattispecie disciplinate e dalla possibilità di pronunciare una decisione oggettivamente giustificata solo nell'ambito della concretizzazione nel singolo caso (<ref-ruling> consid. 3.2.1 pag. 169; <ref-ruling> consid. 3.3.1 pag. 314 seg.).
5.4. La Corte cantonale ha accertato che la ricorrente non contesta i contenuti, da essa ritenuti chiari, di tale modifica, ma reputa che il Governo avrebbe introdotto ulteriori momenti d'incertezza per il fatto che l'art. 34 cpv. 5 lett. d NAPR non è stato adattato di conseguenza. La norma è stata infatti approvata nella versione adottata dal Consiglio comunale, che prevede: "Per gli oggetti singoli censiti con i numeri seguenti, al vincolo di mantenimento di volumetrie e facciate si aggiungono anche le condizioni supplementari sotto indicate: (...) ". Ha quindi stabilito che, a prescindere dal fatto che la proprietà della ricorrente non è menzionata nella norma, occorre dare atto che il Governo, non adattandolo al nuovo contenuto del cpv. 2, è incorso in una disattenzione, ritenuta tuttavia priva di conseguenze. Ciò poiché se da un lato l'art. 34 lett. a NAPR pone il principio generale, secondo cui il proprietario di un bene ha l'obbligo di conservarlo nella sua sostanza, dall'altro il contenuto del cpv. 5 della lett. d è chiaramente riferito alle condizioni supplementari ivi indicate per i singoli oggetti, fra i quali non risulta il fondo xxx. In siffatte circostanze mal si comprende la critica della ricorrente a queste considerazioni.
Il Tribunale amministrativo ha rilevato che il fondo in esame è direttamente limitrofo al complesso della Chiesa di Santa Maria di Loreto, con cui confina ad ovest. Sul fondo sorge il "villino Eremo", che il Consiglio di Stato, riprendendo i contenuti della scheda n. 2291 dell'Ufficio dei beni culturali così descrive:
"Il villino sorge in un comparto pregiato, sul sedime attiguo al complesso del convento di Santa Maria di Loreto, nel quartiere omonimo. Fu costruito per Emilia Mewes-Béha, figlia dell'albergatore Béha, nel 1911 su progetto dell'architetto Giuseppe Bordonzotti (1877-1932), una delle principali figure del panorama architettonico ticinese a cavallo tra il XIX e il XX secolo. (...) L'edificio, in posizione rialzata rispetto alla strada, è sito all'interno di un giardino sostenuto da un imponente muro di contenimento perimetrale in pietra e malta (oggi purtroppo intonacato), con una balaustra in cemento prefabbricato. Si accede alla proprietà da un portale ornato da decorazioni pittoriche, che si apre sulla scala d'ingresso con parapetto in ferro a motivi geometrici, che riprende il balconcino in facciata. Sul lato orientale è presente un portico sorretto da colonne con capitelli corinzi e sovrastato da una terrazza, mentre nell'angolo nord-occidentale si innesta un corpo emergente con loggetta all'ultimo piano, probabilmente aggiunto nel 1929.
I prospetti esterni sono decorati da un finto bugnato d'angolo, da una fascia sottogronda dipinta, recante motivi vegetali, cornucopie, putti, scudi con gigli e, in corrispondenza delle aperture, conchiglie. Le finestre dei lati sud nord sono ornate da riquadrature a graffito in finta architettura modanata, mentre quella della facciata orientale da un frontoncino centinato in cemento prefabbricato."
Ha aggiunto che la scheda "Inventario/valutazione" relativa al "villino Eremo" giudica l'oggetto sia per rapporto al suo "valore intrinseco" sia per rapporto al suo "valore urbanistico funzionale" secondo la seguente scala di valutazione: 5 eccellente; 4 importante; 3 degno di protezione; 2 privo di valore; 1 di disturbo. Il valore intrinseco è valutato nel modo seguente :
Valore architettonico 3
Interesse tipologico 2
Valore storico/memor ia 3
Integrità del bene 3
Stato di conservazione 3
Ha precisato che riguardo al suo valore urbanistico e funzionale, la scheda attesta al villino una situazione urbanistica importante (4), come pure un'appartenenza a un complesso omogeneo (4). Le difficoltà di gestione derivanti dal vincolo nonché le limitazioni d'uso, l'impossibilità di usufruire di tutti gli indici e la diminuzione del valore vengono valutate come importanti (4).
Ne ha concluso che da queste valutazioni emerge come il Comune abbia ritenuto determinante nel definire il vincolo il valore storico e architettonico del villino, oltre che la situazione urbanistica e la sua appartenenza a un complesso omogeneo. Dinanzi al Consiglio di Stato il Comune ha poi aggiunto "che l'immobile sorge nelle immediate adiacenze della pregevole Chiesa di S. Maria di Loreto, la cui costruzione risale al 1524, in un armonioso stile rinascimentale, sulla cui facciata vi è un interessante portico a 5 campate; nel complesso la Chiesa è tutelata quale bene culturale d'interesse cantonale. Inoltre, prospiciente alla Chiesa di Loreto e quindi allo stabile sul fondo xxx si trova il pregevole muro con due portali ad arco e con una cappella incastonata nel centro che delimita l'accesso alla retrostante proprietà comunale. Il muro delimita pure una piazza raccolta che si confronta direttamente con il porticato della Chiesa. Anche il muro è tutelato quale bene culturale d'interesse cantonale. L'edificio sul fondo xxx si inserisce in un contesto molto particolare dal profilo architettonico, e già nel 1911 l'allora progettista - l'architetto G. Bordonzotti - (...) optò per una soluzione armoniosa e non in contrasto con le preesistenze definite dalla Chiesa di Loreto e del muro posto in stretta correlazione con essa". Ne ha desunto un preminente interesse pubblico all'imposizione del vincolo, per salvaguardare la presenza di una testimonianza storica importante, motivazione condivisa dalla Corte cantonale.
5.5. La ricorrente ribadisce che la scelta urbanistica della posizione del villino non sarebbe stata dettata da presupposte intenzioni urbanistiche, ma da una chiara limitazione imposta all'acquirente dal venditore e proprietario dell'edificio esistente sul sottostante fondo www, al fine di allontanare il più possibile le nuove edificazioni dalla sua proprietà; ora, ciò non osterebbe comunque all'imposizione del vincolo litigioso. Contesta poi l'affermazione del Governo, secondo cui il villino chiude il comparto verso est, essendo posizionato all'intersezione delle vie Loreto e Foscolo, ritenendo invece che il punto culminante, sia sotto l'aspetto urbanistico che architettonico, sarebbe villa Franken, che non viene tutelata.
Con quest'argomentazione ella disattende che la Corte cantonale ha ritenuto che la scelta del Comune si fonda su più criteri, quello urbanistico costituendone solo uno degli elementi. Ha poi stabilito, ciò che la ricorrente non contestava, che l'analisi del comparto effettuata dal Governo, alla quale ella oppone la sua personale lettura, trova conferma anche nell'ISOS, il quale inserisce il villino nel Gruppo edilizio 11.1 facente capo al Complesso della Chiesa di S. Maria di Loreto. Ora, quando la decisione impugnata, come in concreto, si fonda su diverse motivazioni indipendenti e di per sé sufficienti per definire l'esito della causa, la ricorrente è tenuta, pena l'inammissibilità, a dimostrare che ognuna di esse viola il diritto (<ref-ruling> consid. 2.4 in fine pag. 368). Ella non dimostra del resto che i motivi addotti dal Comune non sarebbero pertinenti e oggettivi.
Anche con riferimento alla descrizione del villino, la ricorrente rimprovera alla Corte cantonale d'aver condiviso un asserito accertamento errato dei "fatti storici" rilevanti operato dal Consiglio di Stato. Ciò poiché al suo dire il muro di contenimento perimetrale sarebbe intonacato sin dalla sua erezione nel 1911, mentre i lavori di ampliamento e innalzamento eseguiti dall'arch. Geiser sarebbero stati ultimati nel 1929. La Corte cantonale ha respinto tali critiche in quanto insuscettibili di scalfire la valutazione dell'Esecutivo cantonale, ritenendo che alla luce delle motivazioni da esso addotte, le due imprecisioni in cui è incappato non hanno minimamente influito sull'esito della controversia. La ricorrente non dimostra perché questa conclusione, peraltro condivisibile, sarebbe addirittura arbitraria.
5.6. La ricorrente insiste sul fatto che, sebbene l'autorità comunale disponga di un ampio potere di apprezzamento, la Corte cantonale non avrebbe potuto disattendere le sue censure senza cadere in un accertamento arbitrario dei fatti. Al riguardo, rinviando a quanto esposto dinanzi alle autorità cantonali, ella misconosce che la motivazione dev'essere contenuta nell'atto di ricorso medesimo (<ref-ruling> consid. 2.2 pag. 23; <ref-ruling> consid. 1.2.3 pag. 286). Ora, in questa sede ella si limita a rilevare che, a livello cantonale, avrebbe precisato non solo la storia del villino, ma pure come in passato sarebbe stata decisa la realizzazione del comparto, asserendo che tutta l'area di villette costruite dall'arch. Bordonzotti sarebbe stata pianificata. Ne deduce che ha dato una lettura storica e architettonica diversa, ma preferibile a quella operata dalle autorità. Con quest'assunto ella disattende tuttavia che non risulta arbitrio dal semplice fatto che la soluzione da lei proposta potrebbe entrare in linea di conto o sarebbe addirittura preferibile; non spetta infatti al Tribunale federale valutare qual è l'interpretazione corretta che l'autorità cantonale avrebbe dovuto dare alle norme applicabili o quale sarebbe la lettura storica e urbanistica più corretta del fondo, dovendo soltanto stabilire se l'interpretazione fattane è sostenibile (<ref-ruling> consid. 2 pag. 146). Il fatto che le conclusioni poste a fondamento del giudizio impugnato, peraltro fondate su valutazioni condivisibili, non concordino con quelle ricorsuali non ne dimostra l'arbitrarietà (<ref-ruling> consid. 3.6.2 pag. 287).
5.7. La Corte cantonale ha respinto pure la critica di violazione della parità di trattamento, ritenendo che secondo la prassi il principio dell'uguaglianza dinanzi alla legge ha una portata necessariamente limitata nell'ambito di provvedimenti pianificatori e si identifica in sostanza con il divieto dell'arbitrio. Ha stabilito che la proprietaria non ha dimostrato perché la criticata scelta sarebbe insostenibile. Ha inoltre aggiunto che se da un lato, l'ISOS, che la ricorrente invoca a sostegno della sua tesi, include il suo fondo in un gruppo edilizio diverso da quello relativo agli edifici che si affacciano su via Loreto, dall'altro il Consiglio di Stato nella criticata decisione ha invitato il Comune a riconsiderare l'esclusione dalla variante del Convento di S. Maria. La ricorrente non spiega perché queste conclusioni sarebbero arbitrarie (<ref-ruling> consid. 3.7.2 pag. 170).
6.
6.1. La ricorrente sottolinea che non ha contestato l'istituzione del perimetro di rispetto cantonale per la Chiesa di S. Maria di Loreto, ma unicamente l'inclusione del suo fondo all'interno dello stesso. Nell'impugnata sentenza si osserva che nella decisione governativa il suo obiettivo è descritto nel modo seguente:
"Lo scopo primario del perimetro di rispetto è il controllo degli interventi architettonici e urbanistici nelle immediate adiacenze dei beni culturali tutelati, inseriti in un quartiere tipologicamente caratterizzato da ville dei primi decenni del Novecento entro giardini, comprendente anche la casa d'appartamenti sul mapp. zzz (bene culturale locale), parzialmente alterato dalla massiccia costruzione della casa per anziani.
Più precisamente, l'obiettivo principale è quello di mantenere la preminenza visiva e volumetrica del complesso ecclesiastico, di garantire la corretta relazione tra percorsi storici, edifici, giardini e aree libere, agendo specialmente sulle sistemazioni di quest'ultime e, di conseguenza, sull'ubicazione e sulle volumetrie di eventuali nuovi edifici, come pure sulla strutturazione architettonica (aperture, tinteggi) degli edifici principali e quelli utilitari esistenti nelle adiacenze."
La Corte cantonale ha precisato che nella decisione governativa si precisa che le modifiche architettoniche all'interno del perimetro di rispetto non compromettono la fruizione attuale e futura dell'immobile della ricorrente, rispettivamente una sua futura ristrutturazione o trasformazione, concludendone che nei suoi confronti il principio della proporzionalità è rispettato. In siffatte circostanze mal si comprende la critica ricorsuale di violazione di detto principio, che esige che il provvedimento sia idoneo e necessario a raggiungere lo scopo prefisso e che sussista un rapporto ragionevole tra questo scopo e i mezzi impiegati, rispettivamente tra gli interessi pubblici e privati interessati (<ref-ruling> consid. 2.4.3.1 pag. 303).
6.2. Con riferimento all'estensione del perimetro, il Consiglio di Stato ha inoltre spiegato quanto segue (pag. 31 seg.) :
" L'estensione del perimetro di rispetto viene stabilita includendo le zone (edificate e non edificate) direttamente adiacenti o che hanno una relazione spaziale con i beni culturali tutelati. In questo caso, vista la particolare ubicazione del complesso monumentale e del portale protetti, siti su un breve pianoro lungo antichi percorsi pedonali, per la conservazione del loro significato spaziale e monumentale si ritiene sufficiente un perimetro che racchiude le aree edificabili immediatamente adiacenti: il limite è dato da via Adamini (nord), dal sedime pubblico che ospita la casa anziani comunale (sud), dalle case e palazzine sorte sul pendio che digrada verso il lago (sud/est), dalla casa d'appartamenti al mapp. zzz (ovest), preminente sul pendio e in stretta relazione visiva con il sagrato del complesso."
La Corte cantonale ha negato l'estromissione del fondo in esame dal perimetro di rispetto, disattendendo l'asserita disparità di trattamento rispetto ad altri edifici che si affacciano su via Adamini, condividendo la motivazione governativa secondo cui la sua inclusione è motivata dal fatto ch'esso è direttamente adiacente al complesso della Chiesa. Ha accertato che la ricorrente non si è confrontata minimamente con tali motivazioni, limitandosi a contrapporre una lettura del tutto imprecisa dell'estensione del perimetro di rispetto. Ha stabilito che, allo stato attuale, l'estromissione del (solo) fondo xxx dal perimetro concorrerebbe a formare un vuoto incongruo al suo interno, contrario alle sue finalità. Poiché nel quartiere di Loreto non sono presenti altri beni culturali d'interesse cantonale che potrebbero richiamare la previsione di un perimetro di rispetto, mal si comprenderebbe la lesione del principio della parità di trattamento.
La ricorrente osserva che il vincolo litigioso si fonderebbe su valutazioni non coerenti e sarebbe lesivo dell'invocato principio sia per rapporto agli edifici che si affacciano su via Loreto, compresi nel perimetro 11.2 dell'ISOS con obiettivo di salvaguardia A ma non tutelati dalla revisione, sia per rapporto al Convento di S. Maria di Loreto, anch'esso non tutelato. Critica poi la lettura del contesto dov'è ubicato il fondo operata dalle autorità cantonali, rimproverando loro un accertamento inesatto, peraltro non meglio precisato, dei "fatti storici". Queste generiche critiche non dimostrano che dette conclusioni sarebbero manifestamente contrarie al senso e allo scopo delle norme applicabili e quindi arbitrarie (<ref-ruling> consid. 6.1 pag. 324).
7.
7.1. La proprietaria contesta infine l'assenza di un contributo finanziario da parte del Comune per gli oneri derivanti dal criticato vincolo. Al riguardo la Corte cantonale ha convenuto con ella che, contrariamente a quanto prevede l'art. 8 cpv. 1 LBC per i beni culturali d'interesse cantonale, per quelli d'interesse locale nell'ambito della revisione il Comune ha rinunciato a prevedere una partecipazione diretta ai costi derivanti dagli interventi sulle proprietà colpite dal vincolo, riservandosi di adottare eventuali iniziative dopo aver preso conoscenza del ritmo e dell'ampiezza dei lavori che i privati effettueranno dopo l'approvazione della variante. I giudici cantonali hanno rilevato che la LBC non impone ai Comuni di stabilire in una norma comunale un proprio obbligo contributivo per la conservazione dei beni. Hanno comunque aggiunto che ciò non significa che il proprietario colpito dal vincolo sarebbe inerme di fronte alle sue conseguenze di carattere finanziario, ritenuto che qualora queste siano particolarmente onerose e siano adempiuti i requisiti dell'espropriazione materiale, può essere reclamata e dovuta un'indennità, fondandosi al riguardo sulla sentenza 1P.474/1999 del 17 dicembre 1999 consid. 3 e 4.
7.2. Ora, disattendendo il suo obbligo di motivazione (<ref-law>), la ricorrente non si confronta con le differenti conclusioni poste a fondamento dell'impugnato giudizio, peraltro conformi alla normativa cantonale in vigore. Si limita a rilevare che tale soluzione darebbe adito a nuove procedure giudiziarie, motivo per cui anche il Comune, come il Cantone, avrebbe dovuto prevedere l'obbligo di indennità, sul cui ammontare si sarebbe poi potuto discutere in seguito. Ora, l'avvio se del caso di una procedura giudiziaria volta alla tutela dei propri interessi non configura di per sé gli estremi dell'arbitrio. Non lo costituisce neppure l'accenno al fatto che l'affermazione del Comune di adottare in seguito eventuali "iniziative" comporterebbe un'insanabile "confusione". Si può aggiungere nondimeno che nella dottrina si sostiene che la mancanza di una norma che imponga ai Comuni di erogare contributi finanziari ai proprietari di beni culturali d'interesse locale costituirebbe una lacuna, che dovrebbe essere colmata a livello di legge cantonale (LORENZO ANASTASI/DAVIDE SOCCHI, Conseguenze finanziarie della protezione di beni culturali immobili, in: RtiD I-2014 pag. 403 segg., pag. 416 e pag. 407; cfr. anche MARIO BRANDA, Salvaguardia del patrimonio architettonico: diritto e politica nell'esperienza della Città di Bellinzona, in: Il diritto edilizio, CFPG, 2016, pag. 105 segg., 129 segg.).
8.
Ne segue che, in quanto ammissibile, il ricorso dev'essere respinto. Le spese seguono la soccombenza (<ref-law>).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1.
Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è respinto.
2.
Le spese giudiziarie di fr. 4'000.-- sono poste a carico della ricorrente.
3.
Comunicazione al patrocinatore della ricorrente, al Comune di Lugano, al Consiglio di Stato, al Tribunale amministrativo del Cantone Ticino e all'Ufficio federale dello sviluppo territoriale.