Sachverhalt:
A.
Die E._ AG will auf der Parzelle Nr. 733, Grundbuch Hergiswil, drei Gebäude errichten. Das Grundstück grenzt südlich und nördlich an Wald; westlich (hangseitig) wird es von der Sonnenbergstrasse begrenzt. Es befindet sich in der zweigeschossigen Wohnzone in landschaftlich empfindlicher Lage (W2C), die von einer Gefahrenzone überlagert wird, im Gestaltungsplangebiet "Untere Rüti".
Mit Beschluss vom 6. März 2012 erteilte der Gemeinderat Hergiswil eine Bewilligung für den Bau eines Zweifamilienhauses sowie für zwei Einfamilienhäuser mit Autogaragen. Dagegen erhoben F._, A._, D. C._ und D._, deren Grundstücke östlich an die Bauparzelle angrenzen, Beschwerde an den Regierungsrat und anschliessend an das Verwaltungsgericht des Kantons Nidwalden. Dieses wies die Beschwerde am 18. November 2013 ab (Entscheid VA 13 18).
In der Folge verlängerte der Gemeinderat Hergiswil mehrmals die Gültigkeit der Baubewilligung, zuletzt bis zum 27. August 2017. Mit Beschluss vom 22. August 2017 stimmte er einem Baubeginn am 24. August 2017 unter Bedingungen und Auflagen zu.
B.
Am 9. Oktober 2017 stellte die E._ AG ein Projektänderungsgesuch. Das neue Projekt sieht den Neubau von drei Zweifamilienhäusern vor.
Hiergegen erhoben A._, A. und B. B._, C. und D. D._ sowie D._ Einwendungen. Mit kantonalem Gesamtentscheid vom 4. Dezember 2017 verfügte die Baudirektion, dass der Mindestabstand zum Wald unter bestimmten Bedingungen unterschritten werden könne. Am 20. März 2018 bewilligte der Gemeinderat Hergiswil die Projektänderungen und wies die Einwendungen ab, soweit er darauf eintrat.
Die dagegen erhobene Beschwerde wies der Regierungsrat am 29. Januar 2019 ab.
Dagegen gelangten die Einwender mit Beschwerde an das Verwaltungsgericht. Dieses wies die Beschwerde am 16. September 2019 im Wesentlichen ab (Disp.-Ziff. 2-4) und im Kostenpunkt teilweise gut (Disp.-Ziff. 1).
C.
Am 19. Mai 2020 haben A._, A. und B. B._, C. und D. D._ sowie D._ Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht erhoben. Sie beantragen, Disp.-Ziff. 2-4 des angefochtenen Entscheids und der Entscheid des Gemeinderats Hergiswil vom 20. März 2018 seien aufzuheben; eventualiter sei die Sache zur Neubeurteilung an den Gemeinderat Hergiswil bzw. das Verwaltungsgericht zurückzuweisen.
D.
Der Gemeinderat Hergiswil beantragt, die Beschwerde sei abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. Die E._ AG und der Regierungsrat schliessen auf Abweisung der Beschwerde. Das Verwaltungsgericht hat auf eine Stellungnahme verzichtet.
In der Replik halten die Beschwerdeführer an ihren Anträgen fest. Die Beschwerdegegnerin hat auf eine Duplik verzichtet.
E.
Mit Verfügung vom 23. Juni 2020 wies das Bundesgericht das Gesuch der Beschwerdeführer um Gewährung der aufschiebenden Wirkung bzw. um Anordnung vorsorglicher Massnahmen ab.

Erwägungen:
1.
Gegen den kantonal letztinstanzlichen Endentscheid des Verwaltungsgerichts steht grundsätzlich die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht offen (Art. 82 lit. a, 86 Abs. 1 lit. d und 90 BGG).
1.1. Die Beschwerdeführenden haben am vorinstanzlichen Verfahren teilgenommen und sind als Eigentümer der direkt angrenzenden Grundstücke (Nrn. 156, 1141, 1142 und 836) zur Beschwerde legitimiert (<ref-law>). Auf die rechtzeitig erhobene Beschwerde (<ref-law>) ist daher grundsätzlich einzutreten.
1.2. Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann insbesondere die Verletzung von Bundesrecht gerügt werden (<ref-law>). Das Bundesgericht wendet dieses grundsätzlich von Amtes wegen an (<ref-law>). Die Verletzung von Grundrechten (einschliesslich die willkürliche Anwendung von kantonalem Recht) prüft es dagegen nur insoweit, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und genügend begründet worden ist (<ref-law>); hierfür gelten qualifizierte Begründungsanforderungen (<ref-ruling> E. 1.4.2 S. 254 mit Hinweisen).
Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat, sofern dieser nicht offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (Art. 105 und Art. 97 Abs. 1 BGG). Auch dies ist von den Beschwerdeführern detailliert, unter Auseinandersetzung mit den vorinstanzlichen Erwägungen, darzulegen (<ref-ruling> E. 1.4.3 S. 255).
Soweit die Beschwerdeschrift diesen Begründungsanforderungen nicht entspricht, sondern die Beschwerdeführer lediglich ihre eigene Version der Sach- und Rechtslage darlegen, ist darauf nicht einzutreten.
2.
Streitig ist in erster Linie, ob die Baubewilligung vom 6. März 2012 erloschen ist, weil mit dem Bau nicht rechtzeitig begonnen wurde. Der Baubeginn und die Geltungsdauer der Baubewilligung sind im kantonalen Gesetz über die Raumplanung und das öffentliche Baurecht vom 21. Mai 2014 (PBG/NW; NG 611.1) wie folgt geregelt:
Baubeginn
Art. 157 Grundsatz
1 Mit den Bauarbeiten darf erst begonnen werden, wenn:
1. die Baubewilligung in Rechtskraft erwachsen ist;
2. eine allfällige Sicherheitsleistung gemäss Art. 162 erbracht worden ist; und
3. die Einhaltung von Bedingungen, die vor Baubeginn zu erfüllen sind, nachgewiesen ist.
2 Der Gemeinderat kann in begründeten Fällen auf Risiko der Gesuchstellerin oder des Gesuchstellers die Ausführung von Aushubarbeiten bereits vorher bewilligen.
Art. 158 Während eines Rechtsmittelverfahrens
1 Die Instanz, bei der das Verfahren hängig ist, oder deren Vorsitzende oder Vorsitzender kann die Bauausführung ganz oder teilweise bewilligen, sofern dadurch die Entscheidungsfreiheit nicht eingeschränkt wird.
2 (...)
Geltungsdauer der Baubewilligung
Art. 159 Grundsatz
1 Die Baubewilligung erlischt, wenn:
1. die Baute oder Anlage nicht binnen Jahresfrist, vom Tage des Eintritts der Rechtskraft der Baubewilligung oder im Falle einer Zivilklage vom Tage der rechtskräftigen Erledigung an gerechnet, begonnen wird; oder
2. die Bauarbeiten unterbrochen beziehungsweise über unverhältnismässig lange Zeit erstreckt wurden und innerhalb einer vom Gemeinderat mittels Verfügung festzusetzenden Frist nicht vollendet werden.
2 Der Gemeinderat kann die Gültigkeit einer Baubewilligung höchstens zweimal um höchstens je ein Jahr erstrecken; der Regierungsrat regelt in einer Verordnung die Voraussetzungen für die Verlängerung der Geltungsdauer.
Die Vorinstanzen gingen davon aus, mit den Bauarbeiten sei am 24. August 2017 und damit rechtzeitig vor Fristablauf (am 27. August 2017) begonnen worden. Die Beschwerdeführer bestreiten dies; ihres Erachtens ist die Baubewilligung vom 6. März 2012 deshalb erloschen. Sie rügen, das Verwaltungsgericht habe den Sachverhalt ungenügend abgeklärt, durch die Nichtabnahme der beantragten Beweise (Augenschein, Parteibefragung) ihr rechtliches Gehör verletzt (unten E. 3) und den Baubeginn willkürlich bejaht (unten E. 4).
3.
Das rechtliche Gehör nach <ref-law> verlangt, dass die Behörde die Vorbringen der Parteien auch tatsächlich hört, prüft und in der Entscheidfindung berücksichtigt (<ref-ruling> E. 5.2 S. 236 mit Hinweis). Gleiches gilt für rechtzeitig und formgültig angebotene Beweisanträge, soweit diese erhebliche Tatsachen betreffen und nicht offensichtlich beweisuntauglich sin d (<ref-ruling>, nicht publizierte E. 2.2; <ref-ruling> E. 2b S. 56; je mit Hinweisen). Die Behörde kann jedoch auf die Abnahme beantragter Beweismittel verzichten, wenn sie auf Grund der bereits abgenommenen Beweise ihre Überzeugung gebildet hat und ohne Willkür in vorweggenommener Beweiswürdigung annehmen kann, dass ihre Überzeugung durch weitere Beweiserhebungen nicht geändert würde (<ref-ruling> E. 5.3 S. 236 f. mit Hinweisen).
3.1. Vorliegend erachtete es das Verwaltungsgericht aufgrund der von der Gemeinde aufgelegten, elektronisch auf den 28. August 2017 datierten Fotos als erstellt, dass um den 24. August 2017 herum Bauarbeiten vorgenommen worden waren. Auf den Fotos seien ein Bauzaun sowie eine Bauschuttmulde, ein Bagger und Erdreichabtragungen zu erkennen. Den Einwand der Beschwerdeführer, wonach diese Arbeiten einzig dem Strassenbauprojekt der Gemeinde Hergiswil gedient hätten, wies das Verwaltungsgericht ab: Auf den von den Beschwerdeführern eingereichten, undatierten Fotos sei kein Bagger, sondern eine Strassenwalze und eine Baubaracke der Implenia zu sehen, daneben ein Toitoi-WC und Baumaterial. Angesichts der augenfälligen Abweichungen zwischen beiden Fotoserien erscheine es kaum plausibel, dass die beschwerdeführerischen Lichtbilder Ende August 2017 aufgenommen worden seien. Im Übrigen sei die auf den Fotos der Gemeinde erkennbare Erdreichabtragung nicht strassenseitig des metallenen Bauzauns erfolgt, sondern auf der strassenab- und grundstückszugewandten Seite desselben. Die Behauptung der Beschwerdeführer, die Bauherrin habe vorinstanzlich klar eingestanden, dass das Verschieben von Humus nicht der Verwirklichung des eigenen Bauprojekts, sondern einzig dem Ausbau der Sonnenbergstrasse gedient habe, qualifizierte das Verwaltungsgericht als aktenwidrig (unter Verweis auf die Beschwerdeantwort vom 28. Mai 2018).
3.2. Die Beschwerdeführer mutmassen, dass der auf den Fotos der Gemeinde sichtbare Humus nicht abgegraben, sondern aufgeschüttet worden sei, um am Strassenrand eine Schotterfläche für die Baufahrzeuge zum Ausbau der Sonnenbergstrasse zu schaffen. Sie legen damit jedoch lediglich ihre Interpretation der Fotos dar, ohne aufzuzeigen, inwiefern die Beweiswürdigung des Verwaltungsgerichts offensichtlich unrichtig bzw. willkürlich sei. Dies liegt auch nicht auf der Hand. Durfte das Verwaltungsgericht somit willkürfrei davon ausgehen, dass Umfang und Art der Bauarbeiten bereits aufgrund der Akten erstellt seien, konnte es den Antrag der Beschwerdeführer auf Durchführung eines Augenscheins in antizipierter Beweiswürdigung abweisen.
3.3. Die Beschwerdeführer hatten weiter eine Parteibefragung des Beschwerdeführers 1 zu einem Telefonat mit einer Mitarbeiterin der Eberli Entwicklung AG beantragt. Diese habe gesagt, im Projekt seien noch diverse Punkte offen. So sei der Radius der geplanten Zufahrtsstrasse zu den Garagen zu eng; es gebe offene Fragen zum Aushub, weshalb mit diesem noch nicht begonnen werden könne. Zudem sei der Hang und die Umgebungsgestaltung noch unsicher.
Das Verwaltungsgericht erwog, der Beschwerdeführer 1 habe sich über die Instanzen hinweg mehrfach und ausführlich schriftlich äussern können, auch bezüglich des angeblichen Telefonats. Hierbei handle es sich ohnehin um die blosse Wiedergabe vom Hörensagen über Aussagen einer Person, die nicht befugt sei, namens der Eberli Entwicklung AG rechtsverbindlich zu sprechen. Eine Befragung der Mitarbeiterin sei nicht beantragt worden und ihre angeblich getätigte Aussage - wonach noch diverse Punkte im Rahmen des Projekts offen seien - sei schwerlich geeignet, grundlegend neue Erkenntnisse zu verschaffen.
Die Beschwerdeführer rügen, es sei willkürlich zu unterstellen, dass die Mitarbeiterin nicht zu einer Auskunft ermächtigt gewesen sei. Sie äussern sich jedoch nicht zu den übrigen vom Verwaltungsgericht genannten Gründen, insbesondere zur Erheblichkeit der angeblichen Auskünfte. Diese ist auch nicht ohne weiteres ersichtlich, denn es ist unstreitig, dass am 24. August 2017 noch verschiedene Punkte des Projekts offen waren. Insbesondere waren die in der Baubewilligung verlangten Ausführungsprojekte für die Zufahrtsstrasse, die Kanalisation und die Liegenschaftsentwässerung noch nicht von der Gemeinde genehmigt worden, weshalb der Beginn der Aushubarbeiten von der Gemeinde nach Art. 157 Abs. 2 PBG/NW genehmigt werden musste.
3.4. Schliesslich rügen die Beschwerdeführer, das Verwaltungsgericht habe ausser Acht gelassen, dass die Beschwerdegegnerin ihre Aktivitäten unmittelbar nach dem 24. August 2017 wieder eingestellt habe und bis heute keine weiteren Bauarbeiten vorgenommen habe; insoweit sei der Sachverhalt offensichtlich unvollständig festgestellt worden. Es ist jedoch unstreitig, dass nach dem 24. August 2017 keine Aushubarbeiten mehr vorgenommen wurden, weshalb es insoweit keiner Abklärungen und Feststellungen des Verwaltungsgerichts bedurfte. Fraglich ist daher nur, ob das Verwaltungsgericht dieses Element in rechtsverletzender Weise ausser Acht gelassen hat. Dies ist keine Frage des Sachverhalts, sondern der materiellen Beurteilung (vgl. dazu unten E. 4.5).
4.
Gemäss Art. 159 PBG/NW erlischt die Baubewilligung, wenn die Baute oder Anlage nicht binnen Jahresfrist, vom Tage des Eintritts der Rechtskraft der Baubewilligung an gerechnet, begonnen wird (Abs. 1 Ziff. 1). Der Gemeinderat kann die Gültigkeit einer Baubewilligung höchstens zweimal um maximal je ein Jahr erstrecken (Abs. 2). Vorliegend wurde die Geltungsdauer der Baubewilligung zweimal vom Gemeinderat verlängert, zuletzt bis zum 27. August 2017. Streitig ist, ob innerhalb dieser Frist rechtzeitig mit dem Bau begonnen wurde.
4.1. Das Verwaltungsgericht führte einleitend aus, massgeblich seien alle objektiven und subjektiven Momente, anhand derer der Betrachter zur Überzeugung gelange, dass die Bauherrschaft ernsthaft mit den Bauarbeiten beginne. Dies sei der Fall, wenn die Bauherrschaft Arbeiten ausführe, die sie ohne rechtskräftige Baubewilligung nicht vornehmen würde. In der Regel dürfte bei Neubauten der Aushub als Baubeginn gewertet werden. Erfolge dieser jedoch nur deshalb, weil damit das Ablaufen der Baubewilligung verhindert werden solle, und würden die Arbeiten im Anschluss nicht weitergeführt, könnten sie als rechtsmissbräuchlich gewertet werden, womit ein Baubeginn zu verneinen wäre (E. 3.2.2 des angefochtenen Entscheids, mit Verweis u.a. auf MISCHA BERNER, Luzerner Planungs- und Baurecht, 2012, Rz. 94 f.; ERICH ZIMMERLIN, Baugesetz des Kantons Aargau, Kommentar, 2. Aufl. 1985, N. 4 zu § 154 BauG-AG). Dabei dürfe der Begriff des Baubeginns nicht allzu eng aufgefasst werden, zumal der Verfall der Baubewilligung mit dem Baubeginn nicht endgültig abgewendet werde, sondern die Baubewilligung trotz Baubeginns nachträglich, bei erheblicher, sachlich nicht gerechtfertigter Unterbrechung der Arbeiten, erlöschen könne (Art. 159 Abs. 1 Ziff. 2 PBG/NW).
Vorliegend habe die Beschwerdegegnerin mit der Erdreichabtragung am 24. August 2017 objektiv Arbeiten ausgeführt, die sie ohne rechtskräftige Baubewilligung nicht vorgenommen hätte, denn ohne eine ernsthafte Bauabsicht wären diese Arbeiten entweder widerrechtlich oder aber unsinnig gewesen. Die von den Beschwerdeführern vorgebrachten Prozentzahlen und Relationen zwischen der Fläche des Grundstücks und der Erdreichabtragung seien wenig zielführend. Entscheidend sei, dass ein unbefangener Betrachter vorliegend zur Überzeugung gelangt wäre, dass die Bauherrin mittels Aushubarbeiten in objektiver Hinsicht ernsthaft mit den Bauarbeiten begonnen habe und diese nicht bloss in rechtsmissbräuchlicher Weise vorgespiegelt worden seien. Damit sei in objektiver Hinsicht ein Baubeginn zu bejahen.
Das Verwaltungsgericht erwog weiter, die Bauherrin habe die noch fehlenden Unterlagen (bezüglich der grundstücksinternen Zufahrt, Kanalisation und Entwässerung) am 10. August 2017 fristgerecht und vollständig eingereicht; sie habe keinen Einfluss darauf gehabt, zu welchem Zeitpunkt die Gemeinde in der Lage sein werde, die Unterlagen zu prüfen und die Genehmigung zu erteilen. Sodann habe sie ein - mit finanziellen Aufwendungen verbundenes - Projektänderungsgesuch eingereicht. Dies spreche dafür, dass sie auch in subjektiver Hinsicht mit dem Bau beginnen wollte. Ein unbefangener Beobachter gelange somit im vorliegenden Fall zur Überzeugung, dass die Bauherrin ernsthaft gewillt sei, nach Bewilligung der Projektänderungen das Bauprojekt ungesäumt, beförderlich und verzögerungslos zu verwirklichen.
4.2. Die Beschwerdeführer halten diese Erwägungen für willkürlich. Sie machen geltend, die Aktivitäten hätten offensichtlich nur dazu gedient, den Ablauf der Baubewilligung vom 6. März 2012 zu verhindern; ein eigentlicher Baubeginn sei nicht gewollt gewesen. Sie berufen sich auf ein Urteil des Verwaltungsgerichts St. Gallen vom 24. März 2016, wonach es für den Baubeginn nicht genüge, an einem Tag 1'500 m2 abzuhumusieren, wenn die Baugrube ein Ausmass von über 2'000 m2 aufweisen müsste. Dies müsse erst recht im vorliegenden Fall gelten, wo - wenn überhaupt - nur ganz geringfügige Arbeiten (Entfernung von rund 100 m2 Humus) auf einem Grundstück von 6'252 m2 Fläche vorgenommen worden seien, obwohl drei in den Hang hineingebaute Zweifamilienhäuser samt Garagen geplant seien, die einen Aushub von mehreren 1'000 m3 voraussetzten.
Auch subjektiv müsse davon ausgegangen werden, dass es der Bauherrin nicht um die Realisierung des 2012 bewilligten Baus gegangen sei, sondern einzig darum, das Erlöschen der Baubewilligung zu verhindern. Einerseits sei das Projekt noch gar nicht baureif gewesen, weil verschiedene in der Baubewilligung vorbehaltene Genehmigungen gefehlt hätten. Andererseits sei schon kurze Zeit später ein umfassendes Projektänderungsgesuch eingereicht worden. Dies zeige klar und deutlich, dass man gerade nicht gewillt gewesen sei, mit dem Bau zu beginnen, geschweige denn, ihn ohne Verzögerung und unnötige Unterbrechung zu Ende zu führen. Die angeblichen Bauarbeiten seien denn auch gleich nach dem 24. August 2017 wieder eingestellt worden und ruhten bis heute. Das Verwaltungsgericht sei auf diesen Umstand und die diesbezüglichen Vorbringen der Beschwerdeführer auch nicht ansatzweise eingegangen, womit der Entscheid auch die Begründungspflicht und das rechtliche Gehör verletze.
4.3. Die Beschwerdegegnerin ist dagegen der Auffassung, sie habe mit den am 24. August 2017 getätigten Arbeiten und der Einreichung des Planänderungsgesuchs ihren klaren Bauwillen kundgetan. Die Bauarbeiten seien lediglich vorläufig eingestellt worden, einerseits wegen der hängigen Projektänderungen und andererseits weil die Erschliessung bzw. Zufahrt noch angepasst und bewilligt werden musste. Man habe zugleich verhindern wollen, dass der Aushub über den Winter offen bleibe. Die Arbeiten würden nach Bewilligung der Projektänderung umgehend weitergeführt.
4.4. Der Baubeginn ist ein Begriff des kantonalen Rechts, den das Bundesgericht nur auf Willkür hin prüft. Willkür liegt nach der Rechtsprechung nicht schon dann vor, wenn eine andere Lösung ebenfalls vertretbar erscheint oder sogar vorzuziehen wäre. Das Bundesgericht weicht vom Entscheid der kantonalen Instanz nur ab, wenn dieser offensichtlich unhaltbar ist, mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht, eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz krass verletzt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft (<ref-ruling> E. 2.2.2 S. 318 f. mit Hinweisen). Dass eine andere Lösung ebenfalls als vertretbar oder gar zutreffender erscheint, genügt nicht (<ref-ruling> E. 2.2.2 S. 319). Insofern genügt es nicht, auf Entscheide der Gerichte anderer Kantone mit strengerer Praxis zu verweisen, um Willkür zu belegen.
4.4.1. Grundsätzlich erscheint es vertretbar und jedenfalls nicht offensichtlich unhaltbar, den Anfang der Aushubarbeiten als Baubeginn zu qualifizieren. Dies gilt auch, wenn nur ein kleiner Teil der Erdabtragungen (hier: ca. 100 m2 Humus) vor Fristablauf erfolgt, die Aushubarbeiten aber in der Folge fortgesetzt werden. Werden dagegen nur geringfügige Arbeiten kurz vor Fristablauf vorgenommen und die Bauarbeiten anschliessend gleich wieder eingestellt, stellt sich die Frage, ob tatsächlich ein Bauwillen vorhanden ist, oder der Baubeginn lediglich zwecks Fristwahrung vorgeschoben wurde. Davon ging grundsätzlich auch das Verwaltungsgericht aus (vgl. oben E. 4.1).
4.4.2. Der Regierungsrat hatte die Einstellung der Bauarbeiten nach dem 24. August 2017 mit dem Vorliegen öffentlich-rechtlicher Hindernisse erklärt: Die Gemeinde habe nicht sämtliche erforderlichen Genehmigungen für die Ausführung vor dem Ablauf der Baubewilligung erteilen können; damit sei der Lauf der Fristen gehemmt worden.
Diese Aussage steht jedoch im Widerspruch zu der im gleichen Absatz getroffenen Feststellung, wonach die Gemeinde der Ausführung von Aushubarbeiten nach Art. 157 Abs. 2 PBG/NW zugestimmt habe, obwohl die in der Baubewilligung verlangten Bedingungen (Genehmigung der Ausführungsprojekte für die interne Zufahrtsstrasse und die Kanalisation) noch nicht vorlagen. Damit durften - trotz der noch fehlenden Genehmigungen - Aushubarbeiten durchgeführt werden (so auch das Verwaltungsgericht im angefochtenen Entscheid, E. 3.2.4.2 und 3.2.4.3), weshalb die fehlenden Genehmigungen kein Ausführungshindernis (mehr) darstellten.
Die Argumentation des Regierungsrats erscheint auch hinsichtlich der angeblichen Fristhemmung widersprüchlich: Würde das Fehlen der Genehmigungen für die Ausführungsprojekte (Zufahrt, Kanalisation) die Frist für den Baubeginn hemmen, dann hätte diese noch gar nicht zu laufen begonnen. Alle Vorinstanzen gingen jedoch davon aus, dass die (bereits zweimal verlängerte) Frist für den Baubeginn am 27. August 2017 endete, auch wenn die in der Baubewilligung verlangten Genehmigungen für die interne Zufahrtsstrasse und die Kanalisation noch fehlten.
4.4.3. Das Verwaltungsgericht erachtete als ausschlaggebend, dass die Bauherrin stets fristgerecht gehandelt habe und ein mit finanziellen Aufwendungen verbundenes Projektänderungsgesuch eingereicht habe. Daraus lasse sich schliessen, dass sie ernsthaft gewillt sei, das Bauprojekt nach Bewilligung der Projektänderungen ungesäumt, beförderlich und verzögerungslos zu realisieren. Dies bedeutet jedoch im Umkehrschluss, dass am 24. August 2017, vor Bewilligung der Projektänderungen, gerade kein Willen mehr bestand, das Bauvorhaben so zu realisieren, wie es in der Baubewilligung vom 6. März 2012 bewilligt worden war, und ungesäumt, beförderlich und verzögerungslos mit den am 24. August 2017 eingeleiteten Aushubsarbeiten fortzufahren. Die vom Verwaltungsgericht erwähnten finanziellen Aufwendungen dienten denn auch nicht der Ausführung der rechtskräftig bewilligten Bauten - was ein Indiz für den Bauwillen wäre (vgl. ZIMMERLIN, a.a.O., § 154 N. 4) - sondern der Ausarbeitung eines anderen Projekts.
4.5. Zusammenfassend erscheint die Argumentation des Verwaltungsgerichts widersprüchlich oder jedenfalls unvollständig. Da die (von der Gemeinde bewilligten) Aushubarbeiten kurz vor Fristablauf eingeleitet und sogleich wieder eingestellt wurden, lag genau der Sachverhalt vor, den das Verwaltungsgericht einleitend selbst als Indiz für einen rechtsmissbräuchlichen, nur vorgeschobenen Baubeginn bezeichnet hatte. Unter diesen Umständen hätte Anlass bestanden, die Einstellung der Bauarbeiten zu thematisieren und zu begründen, weshalb ein Rechtsmissbrauch dennoch zu verneinen sei. Der Hinweis auf das Projektänderungsgesuch allein reicht dafür - wie aufgezeigt - nicht aus, sofern dieses (bzw. der Projektänderungsentscheid) die Ausführung des bewilligten Vorhabens nicht hindert bzw. die Frist für den Baubeginn nicht unterbricht oder hemmt. Dazu finden sich im angefochtenen Entscheid keinerlei Hinweise.
Die fehlende Auseinandersetzung mit diesem, für die Argumentation der Beschwerdeführer zentralen, Element stellt eine Verletzung des rechtlichen Gehörs und der Begründungspflicht dar.
Schon aus diesem Grund ist die Beschwerde gutzuheissen und die Sache zu neuem Entscheid an die Vorinstanz zurückzuweisen.
5.
Die Beschwerdeführer rügen weiter eine Verletzung des rechtlichen Gehörs im Zusammenhang mit der Unterschreitung des kantonalen Waldabstands. Sie machen geltend, das Verwaltungsgericht habe ihre Rügen einzig mit der Begründung abgewiesen, die Frage des Waldabstands sei bereits mit Urteil vom 18. November 2013 rechtskräftig entschieden worden. Dabei habe die Vorinstanz verkannt, dass ein neuer, noch nicht in Rechtskraft erwachsener kantonaler Gesamtbewilligungsentscheid vom 4. Dezember 2017 vorliege; zu diesem habe sich das Verwaltungsgericht nicht bzw. nur ganz oberflächlich geäussert, ohne auf die Argumente der Beschwerdeführer einzugehen. Auch dies stelle eine Verletzung des rechtlichen Gehörs dar.
5.1. Grundsätzlich ist mit dem Verwaltungsgericht davon auszugehen, dass sich der Streitgegenstand auf die Projektänderung beschränkte, d.h. Unterschreitungen des Waldabstands, die bereits Gegenstand der ersten Bewilligung (2012) bildeten und vom Verwaltungsgericht in seinem Entscheid vom 18. November 2013 bestätigt worden waren, nicht mehr angefochten werden konnten.
Der Regierungsrat hielt in seinem Beschwerdeentscheid fest, verändert habe sich lediglich die Auskragung des Balkons zum Wald im südlichen Teil der Liegenschaft; dies wurde von den Beschwerdeführern nicht in Frage gestellt. Allerdings beschränkt sich der neue kantonale Gesamtentscheid nicht auf den Waldabstand des Balkons im südlichen Teil der Liegenschaft, sondern äussert sich in Ziff. 2.2 nochmals zur gesamten Waldabstandsproblematik, d.h. auch zu den geplanten Waldabständen von 10 m zur Fassade auf der Nord- und Südseite.
Damit stellt sich in der Tat die Frage, ob der neue Gesamtentscheid den Rechtsweg gegen die Unterschreitung des Waldabstands für das gesamte Projekt (und nicht nur für den südlich auskragenden Balkon) neu eröffnet, wie die Beschwerdeführer meinen. Zu dieser Frage wird das Verwaltungsgericht in seinem neuem Entscheid Stellung nehmen müssen, sofern es zum Ergebnis kommt, die Baubewilligung 2012 sei nicht erloschen.
5.2. Ist dagegen die Baubewilligung vom 6. März 2012 erloschen, so entfaltet auch der diesbezügliche Entscheid des Verwaltungsgerichts vom 8. November 2013 keine Wirkung mehr. Allerdings stellt sich diesfalls die Frage, ob und inwiefern die Projektänderungsbewilligung vom 20. März 2018 und der Gesamtbewilligungsentscheid vom 4. Dezember 2017 unabhängig von der Baubewilligung 2012 Bestand haben können.
6.
Nach dem Gesagten ist die Beschwerde gutzuheissen und die Sache zu neuem Entscheid im Sinne der Erwägungen an das Verwaltungsgericht zurückzuweisen.
Bei diesem Ausgang des Verfahrens wird die Beschwerdegegnerin kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 und 68 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird gutgeheissen, soweit darauf einzutreten ist, und der Entscheid des Verwaltungsgerichts Nidwalden, Verwaltungsabteilung, vom 16. September 2019 aufgehoben. Die Sache wird zu neuer Beurteilung im Sinne der Erwägungen an das Verwaltungsgericht zurückgewiesen.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 4'000.-- werden der Beschwerdegegnerin auferlegt.
3.
Die Beschwerdegegnerin hat die Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 4'000.-- zu entschädigen.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien, dem Gemeinderat Hergiswil, dem Regierungsrat und dem Verwaltungsgericht des Kantons Nidwalden, Verwaltungsrechtliche Abteilung, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 27. Oktober 2020
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Chaix
Die Gerichtsschreiberin: Gerber