Sachverhalt:
A.
Am 12. September 2005 entzog die Gesundheitsdirektion des Kantons Zürich Dr. med. A._ wegen mangelnder Vertrauenswürdigkeit die Bewilligung zur selbständigen ärztlichen Tätigkeit auf unbestimmte Zeit. Das Bundesgericht wies die dagegen erhobene Beschwerde am 10. Januar 2007 letztinstanzlich ab.
Aufgrund verschiedener, zwischen 2007 und 2011 erstatteter Anzeigen der Gesundheitsdirektion führte die Staatsanwaltschaft I des Kantons Zürich ein Verfahren gegen Dr. med. A._ wegen Verdacht auf Ausübung der ärztlichen Tätigkeit trotz fehlender Bewilligung. Dieses Verfahren stellte sie am 26. Februar 2016 ein.
B.
Nach Hinweisen auf eine weiterhin nicht bewilligte Tätigkeit führte die Gesundheitsdirektion am 22. Juli 2015 in den auf Dr. med. A._ beschilderten Räumlichkeiten eine Inspektion durch und stellte diverse Krankenakten sicher. Am 27. Juli 2015 erstattete sie erneut Anzeige wegen Betrug sowie Widerhandlungen gegen das Betäubungsmittelgesetz und das kantonale Gesundheitsgesetz. Die Staatsanwaltschaft Zürich-Limmat eröffnete wiederum ein Verfahren, welches sie am 25. September 2017 abermals einstellte. Die Kosten der amtlichen Verteidigung nahm sie auf die Staatskasse, auferlegte dem Beanzeigten aber zwei Drittel der Verfahrenskosten und sprach ihm weder eine Entschädigung noch eine Genugtuung zu. Das Obergericht des Kantons Zürich wies die dagegen erhobene Beschwerde am 19. Februar 2018 ab.
C.
Mit Beschwerde in Strafsachen beantragt Dr. med. A._, die Sache sei an das Obergericht zurückzuweisen; eventualiter seien ihm keine Verfahrenskosten aufzuerlegen sowie eine angemessene Genugtuung und Entschädigung zuzusprechen. Er ersucht um unentgeltliche Prozessführung im bundesgerichtlichen Verfahren.

Erwägungen:
1.
1.1. Zur Beschwerde in Strafsachen ist berechtigt, wer vor der Vorinstanz am Verfahren teilgenommen oder keine Möglichkeit zur Teilnahme erhalten hat und ein rechtlich geschütztes Interesse an der Aufhebung oder Änderung des angefochtenen Entscheids hat (Art. 81 Abs. 1 lit. a und b BGG). Das Interesse muss ein aktuelles und praktisches sein (<ref-ruling> E. 2.3.1; <ref-ruling> E. 1.3.1; je mit Hinweisen). Die Beschwerde ist zu begründen, wobei in gedrängter Form darzulegen ist, inwiefern der angefochtene Entscheid Recht verletzt (Art. 42 Abs. 1 und 42 Abs. 2 Satz 1 BGG). Hinsichtlich der Verletzung von Grundrechten gilt eine qualifizierte Rügepflicht. Das Bundesgericht prüft solche Rügen nur, wenn sie in der Beschwerde vorgebracht und anhand der Erwägungen des angefochtenen Entscheids substanziiert begründet werden (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1.3.1; <ref-ruling> E. 2.2; je mit Hinweisen).
1.2. Soweit die Beschwerde Ausführungen zum Entzug der Berufsbewilligung enthält, ist darauf nicht einzutreten. Die Rechtmässigkeit des Entzugs sowie diesbezüglich behauptete Verfahrensfehler sind nicht Gegenstand des vorliegenden Verfahrens. Im Übrigen genügt die Beschwerde insoweit den gesetzlichen Begründungsanforderungen offensichtlich (oben E. 1.1) nicht. Der Beschwerdeführer legt nicht ansatzweise dar, dass der Bewilligungsentzug nichtig und daher unbeachtlich wäre. Dies ist etwa der Fall, wenn er geltend macht, der Europäische Gerichtshof für Menschenrechte (EGMR) habe im ihn betreffenden Urteil vom 19. April 1993 festgestellt, dass das Recht auf Berufsausübung eine Zivilsache im Sinne von Art. 6 Abs. 1 EMRK sei. Entgegen seiner Auffassung begründet dies keine sachliche Unzuständigkeit der damaligen Verwaltungsbehörden. Auch die offensichtliche Verletzung zwingenden Völkerrechts oder eines vom Bundesgericht angeblich anzuwendenden, den Beschwerdeführer betreffenden Entscheids des EGMR sind nicht dargetan.
2.
Der Beschwerdeführer wendet sich sinngemäss gegen die teilweise Kostenauflage sowie die Verweigerung einer Entschädigung und Genugtuung.
2.1. Wird die beschuldigte Person ganz oder teilweise freigesprochen oder wird das Verfahren gegen sie eingestellt, so hat sie Anspruch auf Entschädigung ihrer Aufwendungen für die angemessene Ausübung ihrer Verfahrensrechte; Entschädigung der wirtschaftlichen Einbussen, die ihr aus ihrer notwendigen Beteiligung am Strafverfahren entstanden sind; Genugtuung für besonders schwere Verletzungen ihrer persönlichen Verhältnisse, insbesondere bei Freiheitsentzug (Art. 429 Abs. 1 lit. a-c StPO). Die Strafbehörde kann die Entschädigung oder Genugtuung namentlich herabsetzen oder verweigern, wenn die beschuldigte Person rechtswidrig und schuldhaft die Einleitung des Verfahrens bewirkt oder dessen Durchführung erschwert hat (<ref-law>). Die Grundsätze zur Auflage von Verfahrenskosten trotz Freispruch oder Verfahrenseinstellung gemäss <ref-law> gelten auch bei der Beurteilung, ob eine Entschädigung (oder Genugtuung) im Sinne von <ref-law> herabzusetzen oder zu verweigern ist. Der Kostenentscheid präjudiziert die Entschädigungsfrage. Bei Auferlegung der Kosten ist grundsätzlich keine Entschädigung auszurichten. Umgekehrt hat die beschuldigte Person Anspruch auf Entschädigung, soweit die Kosten von der Staatskasse übernommen werden (<ref-ruling> E. 2.4.2; Urteil 6B_1040/2016 vom 2. Juni 2017 E. 1.1.2; je mit Hinweisen).
Nach der Rechtsprechung verstösst eine Kostenauflage bei Freispruch oder Einstellung des Verfahrens gegen die Unschuldsvermutung (<ref-law>, <ref-law> und Art. 6 Ziff. 2 EMRK), wenn der beschuldigten Person in der Begründung des Kostenentscheids direkt oder indirekt vorgeworfen wird, es treffe sie ein strafrechtliches Verschulden. Damit käme die Kostenauflage einer Verdachtsstrafe gleich. Dagegen ist es mit Verfassung und Konvention vereinbar, einer nicht verurteilten beschuldigten Person die Kosten zu überbinden, wenn sie in zivilrechtlich vorwerfbarer Weise, d.h. im Sinne einer analogen Anwendung der sich aus <ref-law> ergebenden Grundsätze, eine geschriebene oder ungeschriebene Verhaltensnorm, die sich aus der Gesamtheit der schweizerischen Rechtsordnung ergeben kann, klar verletzt und dadurch das Strafverfahren veranlasst oder dessen Durchführung erschwert hat. In tatsächlicher Hinsicht darf sich die Kostenauflage nur auf unbestrittene oder bereits klar nachgewiesene Umstände stützen. Das Bundesgericht prüft frei, ob der Kostenentscheid direkt oder indirekt den Vorwurf strafrechtlicher Schuld enthält und ob die beschuldigte Person in zivilrechtlich vorwerfbarer Weise gegen geschriebene oder ungeschriebene Verhaltensnormen klar verstiess und dadurch das Strafverfahren veranlasste. Unter Willkürgesichtspunkten prüft es die diesbezügliche Sachverhaltsfeststellung sowie gegebenenfalls kantonales Recht (Urteil 6B_957/2017 vom 27. April 2018 E. 2.2, zur Publikation vorgesehen; <ref-ruling> E. 3b; <ref-ruling> E. 1b; <ref-ruling> E. 2a).
2.2. Die Vorinstanz erachtet nachvollziehbar als erstellt, dass der Beschwerdeführer trotz rechtskräftig entzogener Bewilligung zur selbständigen Berufsausübung ärztliche Dienstleistungen angeboten und teilweise erbracht sowie an diverse Personen rezeptpflichtige Medikamente verordnet oder abgegeben hat. Sie erwägt, damit habe er das Strafverfahren in einer gegen <ref-law> sowie Art. 2 des Bundesgesetzes vom 19. Dezember 1986 gegen den unlauteren Wettbewerb (UWG; SR 241) verstossenden Weise widerrechtlich und schuldhaft veranlasst. Ein Rechtfertigungsgrund, namentlich die geltend gemachte Nothilfe, liege nicht vor. Das Verfahren betreffe neue Vorwürfe, da es hauptsächlich auf den Erkenntnissen der Inspektion vom 22. Juli 2015 basiere. Diese habe einen hinreichenden Tatverdacht auf Übertretungen des kantonalen Gesundheitsgesetzes sowie auf Widerhandlungen gegen das Betäubungsmittelgesetz ergeben. Zudem sei der Verdacht entstanden, der Beschwerdeführer habe seine Patienten über die fehlende Berufsbewilligung und die daraus resultierende Rückerstattungsunfähigkeit der Arztkosten arglistig getäuscht. Die Staatsanwaltschaft habe daher zu Recht ein Verfahren eröffnet. Zwischen diesem und dem vorwerfbaren Verhalten bestehe ein hinreichender Kausalzusammenhang. Da indes ein Teil der Verstösse bereits Gegenstand eines Verfahrens gebildet habe, rechtfertige sich die Kostenauflage zu zwei Dritteln, was angemessen sei. Die Kostenauflage verletze auch nicht die Unschuldsvermutung, da die nachgewiesenen Verstösse weder direkt noch indirekt den Vorwurf strafrechtlichen Verhaltens enthielten. Ebenso wenig liege eine Verletzung des Beschleunigungsgebots vor, zumal die früheren Vorwürfe vom vorliegenden Verfahren unabhängig seien. Schliesslich habe die Staatsanwaltschaft die Verfahrenseinstellung und Kostenauflage angekündigt und damit das rechtliche Gehör gewahrt.
Die Vorinstanz fährt fort, der Beschwerdeführer beziffere den angeblichen Schaden nicht. Dieser könne von vorneherein nicht im entgangenen Gewinn für eine unzulässige Tätigkeit bestehen. Eine legale Tätigkeit mache er weder geltend noch sei dies ersichtlich. Gleiches gelte für etwaige Aufwände oder Einbussen aufgrund des Verfahrens, da er nur einmal befragt worden und ohne Anwalt erschienen sei. Er sei weder in Haft gewesen, noch habe die Inspektion des Gesundheitsdepartements in der Öffentlichkeit besondere Beachtung gefunden, sodass trotz der bloss teilweisen Kostenauflage kein Genugtuungsanspruch bestehe.
2.3. Die Beschwerde genügt den gesetzlichen Begründungsanforderungen auch in der Sache selbst (oben E. 1.1) nicht.
Der Beschwerdeführer setzt sich mit dem angefochtenen Entscheid nicht auseinander und zeigt nicht auf, inwiefern dieser bezüglich der Sachverhaltsfeststellung willkürlich und in der Rechtsanwendung bundesrechtswidrig sein soll. Er wiederholt vielmehr im Wesentlichen die im kantonalen Verfahren erhobenen Rügen. Seine neuerlichen Ausführungen zum rechtskräftigen Entzug der Berufsbewilligung gehen an der Sache vorbei. Dies gilt ebenso, soweit er die Notwendigkeit einer Bewilligung an sich bestreitet. Der Beschwerdeführer beziffert oder begründet auch seine Ansprüche auf Schadenersatz und Genugtuung weiterhin nicht. Dazu genügt es nicht, die Widerrechtlichkeit der Strafuntersuchung und eine dadurch verursachte Verletzung von Persönlichkeitsrechten zu behaupten. Die sich einzig auf willkürfrei erwiesene Tatsachen stützende Kostenauflage verstösst ferner weder unter dem Gesichtspunkt der Bundesverfassung noch der EMRK gegen die Unschuldsvermutung. Die Ansicht, die Kostenauflage bei Freispruch oder Verfahrenseinstellung habe stets Strafcharakter, ist unzutreffend. Wie die Vorinstanz richtig ausführt, beinhalten die Verstösse gegen <ref-law> und <ref-law> praxisgemäss keinen strafrechtlichen Vorwurf (Urteil 6B_792/2016 vom 18. April 2017 E. 5 mit Hinweisen). Auch ein darüber hinausgehendes, besonders schweres Verschulden oder eine besondere Widerrechtlichkeit sind nicht erforderlich. Ebenso verneint die Vorinstanz einen Rechtfertigungsgrund bzw. eine Notsituation der jeweiligen Patienten nachvollziehbar, zumal diese, soweit sie befragt wurden, solches nicht behauptet haben. Dass sie sich selber als behandlungsbedürftig betrachteten, begründet keine Notsituation. Entgegen der nicht weiter substanziierten Auffassung des Beschwerdeführers war die Staatsanwaltschaft zur Verfahrenserhebung zuständig und erscheinen die Kosten nicht übermässig. Ein Anspruch auf deren Bekanntgabe im Voraus besteht ebenfalls nicht, sodass kein Verstoss gegen den Anspruch auf rechtliches Gehör vorliegt.
3.
Auf die Beschwerde ist nicht einzutreten. Die Gerichtskosten sind dem Beschwerdeführer aufzuerlegen, zumal sein Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege infolge Aussichtslosigkeit abzuweisen ist. Seiner finanziellen Lage ist bei der Bemessung Rechnung zu tragen (Art. 66 Abs. 1 i.V.m. Art. 64 Abs. 1 und Art. 65 Abs. 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2.
Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird abgewiesen.
3.
Die Gerichtskosten von Fr. 1'200.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Zürich, III. Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 21. August 2018
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Denys
Der Gerichtsschreiber: Matt