Sachverhalt:
A.
Die Eheleute A.A._ und B.A._ erwarben am 7. September 2011 die Parzelle Nr. xxx in U._ zum Preis von Fr. 2'100'000.-- (Fr. 1'185.80/m2) hälftig im Miteigentum. In der Folge erteilte ihnen die Baubehörde U._ die Baubewilligung für ein Einfamilienhaus mit der im Grundbuch angemerkten Auflage der Erstwohnungspflicht. Nach Abschluss der Bauarbeiten bezogen die Eheleute ihr Einfamilienhaus und beantragten eine Grundstückschätzung.
B.
Mit Verfügung des kantonalen Schätzungsbezirks 3 vom 5. Juli 2016 wurden u.a. der Mietwert auf Fr. 96'240.--, der Ertragswert auf Fr. 1'604'000.-- und der Verkehrswert auf Fr. 10'775'000.-- geschätzt. Auf Beschwerde hin wies das Amt für Schätzungswesen (seit 1. Januar 2018: Amt für Immobilienbewertung) des Kantons Graubünden die Sache am 19. Januar 2017 zur Neueinschätzung zurück mit der Anweisung, der Bodenwert sei auf Fr. 790.--/m2, der Realwert auf Fr. 9'944'500.--, der Mietwert auf Fr. 95'160.--, der Ertragswert - bei unverändertem Kapitalisierungssatz von 6 % - auf Fr. 1'586'000.--, der Verkehrswert auf Fr. 9'184'600.-- und der Neu- und Zeitwert auf Fr. 7'685'700.-- festzulegen. Die dagegen erhobene Beschwerde der Eheleute wies das Verwaltungsgericht des Kantons Graubünden am 12. Juni 2018 ab.
C.
Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 13. August 2018 beantragen A.A._ und B.A._ dem Bundesgericht, das angefochtene Urteil sei aufzuheben und die Sache zur Neufestlegung des Verkehrswerts und des Eigenmietwerts zurückzuweisen. Das Amt für Immobilienbewertung des Kantons Graubünden und das Verwaltungsgericht des Kantons Graubünden schliessen auf Abweisung der Beschwerde. Mit Eingabe vom 18. Oktober 2018 halten A.A._ und B.A._ an ihren Anträgen fest.

Erwägungen:
1.
1.1. Das Verfahren der Grundstückschätzung und damit auch der Bestimmung des Miet- und Verkehrswerts ist im Kanton Graubünden als selbständiges Verfahren mit einem eigenen Instanzenzug ausgestattet. Das Schätzungsverfahren bildet insofern einen (wenn auch verfahrensrechtlich selbständigen) Teil des Veranlagungsverfahrens, als sich die Steuerbehörde bei der Besteuerung des Eigenmietwerts und des Verkehrswerts im Rahmen des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (StHG; SR 642.14) auf die amtliche Schätzung stützt. Das kantonale Schätzungsverfahren ist somit Teil des harmonisierten Steuerrechts im Sinn von Art. 73 Abs. 1 StHG (Urteil 2C_1236/2012 vom 20. Juni 2013 E. 1.1). Das angefochtene Urteil unterliegt der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten (Art. 82 lit. a, Art. 86 Abs. 1 lit. d und Abs. 2 BGG). Die Beschwerdeführer sind zur Erhebung des Rechtsmittels legitimiert (<ref-law>) und haben die Beschwerde fristgerecht eingereicht (<ref-law>).
1.2. Die Beschwerde ist zulässig gegen Entscheide, die das Verfahren abschliessen (<ref-law>). Der angefochtene Entscheid schliesst das Verfahren nicht ab; das Amt für Schätzungswesen hat die Sache an die Erstinstanz zum Neuentscheid zurückgewiesen und das Verwaltungsgericht hat den Rückweisungsentscheid bestätigt. Nach bundesgerichtlicher Rechtsprechung werden Rückweisungsentscheide wie Endentscheide behandelt, falls der unteren Instanz, an welche die Sache zurückgewiesen wird, kein Entscheidungsspielraum mehr verbleibt und die Rückweisung nur noch der rechnerischen Umsetzung des oberinstanzlich Angeordneten dient (<ref-ruling> E. 3.2 S. 325; <ref-ruling> E. 1.3 S. 127). Diese Voraussetzung ist vorliegend erfüllt. Das Amt für Schätzungswesen hat der Erstinstanz detaillierte Vorgaben zur Neuschätzung gemacht und namentlich den hier streitigen Eigenmietwert und Verkehrswert verbindlich festgelegt. Der Erstinstanz verbleibt deshalb kein wesentlicher Entscheidungsspielraum mehr.
1.3.
1.3.1. Die Beschwerde hat ein Rechtsbegehren zu enthalten (<ref-law>). Da die Beschwerde an das Bundesgericht ein reformatorisches Rechtsmittel ist (<ref-law>), genügt ein blosser Aufhebungs- oder Rückweisungsantrag nicht; in der Beschwerde muss ein Antrag in der Sache gestellt werden (<ref-ruling> E. 1.3 S. 317; <ref-ruling> E. 1.2 S. 135 f.). Ein Rückweisungsantrag genügt indessen ausnahmsweise, wenn das Bundesgericht ohnehin nicht reformatorisch entscheiden könnte, etwa weil die erforderlichen Sachverhaltsfeststellungen der Vorinstanz fehlen oder ein Ermessensentscheid zu treffen ist (<ref-ruling> E. 1.3 S. 383 f.; <ref-ruling> E. 3.1 S. 489 f.; LAURENT MERZ, in: Basler Kommentar, Bundesgerichtsgesetz, 3. Aufl. 2018, N. 16 zu <ref-law>).
1.3.2. Die Beschwerdeführer beschränken sich darauf, lediglich die Rückweisung der Sache zu beantragen, obwohl sie ihre Begehren hätten beziffern können, wie ihre Beschwerde vom 3. August 2016 an das Amt für Schätzungswesen beweist. Ob die Voraussetzungen für die Zulässigkeit eines Rückweisungsantrags im vorliegenden Fall erfüllt sind, weil die Behörden bei Schätzungen einen Ermessensspielraum besitzen und sich die Schätzung überdies nach kantonalem Recht richtet, was die Kognition des Bundesgerichts erheblich einschränkt (vgl. nachfolgend E. 1.4), kann offengelassen werden, da die Beschwerde in der Sache unbegründet ist.
1.4. Mit der Beschwerde kann namentlich die Verletzung von Bundesrecht gerügt werden (<ref-law>). Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es prüft frei, ob die Auslegung und Anwendung des kantonalen Rechts im harmonisierten Bereich mit den bundesrechtlichen Vorschriften übereinstimmen. Räumt das Gesetz den Kantonen allerdings einen Gestaltungsspielraum ein, prüft das Bundesgericht diesen nur unter dem Gesichtspunkt der Grundrechte, namentlich des Willkürverbots (<ref-ruling> E. 2 S. 210), wobei hierfür eine qualifizierte Rüge- und Begründungspflicht besteht (<ref-law>). Das ist hier insoweit der Fall, als das Steuerharmonisierungsgesetz für die Festsetzung des Eigenmietwerts für die Einkommenssteuer und die Bewertung des Vermögens für die Vermögenssteuer nur sehr allgemeine Grundsätze enthält und den Kantonen einen erheblichen Gestaltungsspielraum belässt (Art. 7 Abs. 1 und Art. 14 Abs. 1 StHG; Urteil 2C_834/2015 vom 15. Februar 2016 E. 1.2 mit Hinweisen).
1.5. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den von der Vorinstanz festgestellten Sachverhalt zugrunde (<ref-law>), es sei denn, dieser sei offensichtlich unrichtig oder beruhe auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> (Art. 105 Abs. 2 bzw. <ref-law>).
2.
Die Beschwerdeführer wenden sich gegen die Festsetzung des amtlichen Verkehrswerts ihrer Liegenschaft.
2.1. Die Kantone haben von den natürlichen Personen eine Vermögenssteuer zu erheben (Art. 2 Abs. 1 lit. a StHG) und dabei das Vermögen, insbesondere die nicht land- oder forstwirtschaftlich genutzten Grundstücke (vgl. Art. 14 Abs. 2 StHG), zum Verkehrswert zu bewerten; dabei kann der Ertragswert angemessen berücksichtigt werden (Art. 14 Abs. 1 StHG). Nach welchen Regeln der Verkehrswert zu ermitteln ist, sagt das Gesetz nicht. Den Kantonen verbleibt sowohl bei der Wahl der anzuwendenden Methode als auch bei der Frage, ob und in welchem Mass der Ertragswert in die Bewertung einbezogen werden soll ("Kann-Vorschrift"), ein grosser Regelungs- und Anwendungsspielraum (<ref-ruling> E. 3.1.1 S. 248).
2.2. Auf die Schätzung der Liegenschaft ist das alte Recht, d.h. das Gesetz (des Kantons Graubünden) über die amtlichen Schätzungen vom 30. August 2006 (SchG/GR) samt zugehöriger Verordnung vom 19. Dezember 2006 (SchV/GR), anwendbar (Art. 21 Abs. 1 lit. a des Gesetzes über die amtliche Immobilienbewertung vom 7. Dezember 2016 [IBG/GR; BR 850.100]). Nach Art. 7 Abs. 1 SchG/GR haben sich die Schätzungswerte am Markt zu orientieren, wobei nach Art. 4 Abs. 1 SchV/GR alle den betreffenden Wert beeinflussenden Faktoren zu berücksichtigen sind.
2.3. Streitig ist zunächst der Wert des (unbebauten) Baulandes.
2.3.1. Die Beschwerdeführer bringen vor, die Behörden hätten den Bodenpreis angesichts der Erstwohnungsauflage und der späteren Annahme der Zweitwohnungsinitiative zu wenig stark reduziert. Es seien keine aktuellen Vergleiche vorgenommen worden; bei den Akten lägen keine Zahlen von zum Kauf angebotenem Erstwohnungsland. Die Behörden hätten selber zugegeben, dass relativ wenig Daten für U._ zur Verfügung stünden. Heute gebe es vereinzelte Fälle aus dem Raum U._, bei denen der Marktwert unter dem beantragten Baulandwert von Fr. 600.-- bis Fr. 690.--/m2 liege.
2.3.2. Die Beschwerdeführer haben für den Boden einen Kaufpreis von Fr. 2'100'000.--, d.h. Fr. 1'186.--/m2, bezahlt. Rund sechs Monate später ist ihre Parzelle mit einer Erstwohnungsauflage belastet worden. Die Erstinstanz hat deshalb einen Bodenpreisvergleich mit vier erstwohnungsbelasteten Grundstücken im Gebiet V._ vorgenommen, der einen durchschnittlichen Wert von Fr. 728.--/m2ergeben hat. In der Beschwerde wird nicht substanziiert vorgebracht, weshalb das Heranziehen von Vergleichspreisen aus der näheren Region nicht zulässig und aussagekräftig sein soll. Namentlich der Hinweis auf das Urteil 2C_1236/2012 vom 20. Juni 2013 geht fehl, weil dort gemeindeübergreifende Vergleichsobjekte nicht ausgeschlossen werden. Der ermittelte Durchschnittswert ist wegen der besseren Lage und der grösseren Fläche des Grundstücks der Beschwerdeführer auf Fr. 790.--/m2erhöht worden, was zu einem Bodenwert von Fr. 1'399'100.-- führt. Somit haben die Vorinstanzen der Erstwohnungsauflage insoweit Rechnung getragen, als dass sie den Bodenwert im Verhältnis zum bezahlten Kaufpreis um einen Drittel reduziert haben. Die Behauptung der Beschwerdeführer, der Bodenpreis habe sich durch die Erstwohnungsauflage bzw. die später erfolgte Annahme der Zweitwohnungsinitiative fast halbiert, wird nicht einmal ansatzweise belegt; ihre Vergleichspreise aus dem Raum U._ werden weder näher substanziiert noch nachgewiesen. Zu berücksichtigen ist auch, dass die Schätzung per Stichtag vom 5. Juli 2016 vorzunehmen ist und aktuelle Vergleichspreise daher keine Rolle spielen, was bereits die Vorinstanz zutreffend festgehalten hat. Nachdem sich die Vorbringen der Beschwerdeführer somit weitgehend in appellatorischer Kritik erschöpfen, ist die Ermittlung des Bodenpreises unter dem Gesichtspunkt der Willkürprüfung nicht zu beanstanden.
2.4. Streitig ist weiter die Berechnung des Neuwerts bzw. die Berücksichtigung der Baukosten.
2.4.1. Die Beschwerdeführer rügen, die Vorinstanzen würden von den effektiven Baukosten ausgehen, ohne zu beachten, dass die Höhe der Baukosten von der Auftragslage abhängig sei. Bei der Arbeitsvergabe im Jahr 2012 seien die Auftragsbücher voll gewesen; im Schätzungszeitpunkt seien sie wegen der Zweitwohnungsinitiative leer gewesen. Der Verweis des Verwaltungsgerichts auf den Baukostenindex gehe fehl; dieser treffe vielleicht für die Grossregion Ostschweiz zu, nicht aber für die Ferienorte in Graubünden. Die pauschale Reduktion des Gebäudewerts von nur 10 % sei viel zu tief. Schliesslich stütze die Vorinstanz die bisherige Schätzungspraxis, obwohl dieses Vorgehen den Verhältnissen nach der Zweiteilung von Erst- und Zweitwohnungsmarkt nicht mehr gerecht werde. Im eingebrochenen Erstwohnungsmarkt - namentlich bei luxuriösen Eigenheimen - führe die Verkehrswertberechnung aufgrund der Baukosten zu keinem adäquaten Resultat.
2.4.2. Beim Einfamilienhaus der Beschwerdeführer handelt es sich unbestrittenermassen um einen Neubau. Nach Art. 12 Abs. 1 SchV/ GR ist für die Schätzung deshalb von der Bauabrechnung auszugehen. Diesen Wert haben die Vorinstanzen mit Blick auf den Stichtag vom 5. Juli 2016 zeitlich aktualisiert, wobei sie auf den Baukostenindex für das Jahr 2016 abgestellt haben. Auch bei diesem Vorgehen ist keine Willkür erkennbar. Die Beschwerdeführer beschränken sich erneut auf appellatorische Kritik am angefochtenen Entscheid. Sie behaupten, die Baukosten seien zumindest in U._ zwischen 2012 und dem Stichtag regelrecht eingebrochen, ohne diesen Preiszerfall auch nur im Ansatz nachzuweisen. Dieser ergibt sich auch nicht aus dem im vorinstanzlichen Verfahren eingereichten Bericht der Bank C._ und den von den Beschwerdeführern vorgebrachten Beispielen. Die Beschwerdeführer zeigen dort - wenn überhaupt - nur auf, dass die Preise für Erstwohnungen gesunken sind, was unbestritten ist. Über die Entwicklung der Baukosten lässt sich den Beispielen nichts entnehmen. Der Erstwohnungsauflage des Schätzungsobjekts ist bereits beim Bodenpreis mit der Reduktion um einen Drittel umfassend Rechnung getragen worden. Was schliesslich die pauschale Kritik der Beschwerdeführer an der geltenden Schätzungspraxis betrifft, ist darauf hinzuweisen, dass die Kantone bei der anzuwendenden Schätzungsmethode einen erheblichen Ermessensspielraum besitzen (vgl. vorne E. 2.1).
2.5. Die Beschwerdeführer dringen folglich mit ihren Rügen nicht durch und vermögen in Bezug auf die Schätzung des amtlichen Verkehrswerts keine Willkür darzutun.
3.
Die Beschwerdeführer wenden sich schliesslich gegen die Festsetzung des Eigenmietwerts.
3.1. Nach Art. 7 Abs. 1 StHG unterliegen der Einkommenssteuer alle wiederkehrenden und einmaligen Einkünfte, insbesondere solche aus unselbständiger und selbständiger Erwerbstätigkeit, aus Vermögensertrag, eingeschlossen die Eigennutzung von Grundstücken, aus Vorsorgeeinrichtungen sowie aus Leibrenten. Mit dieser Regelung ist den Kantonen die Besteuerung des Eigenmietwerts von Grundstücken ausdrücklich vorgeschrieben. Während bei der direkten Bundessteuer ausschliesslich der objektive Marktwert massgebend ist, kann der Eigenmietwert für die kantonalen Steuern tiefer angesetzt werden, sofern er im Einzelfall die verfassungsrechtliche Untergrenze von 60 % der Marktmiete nicht unterschreitet. Das Steuerharmonisierungsgesetz als Rahmengesetz sieht weder eine unterschiedliche Besteuerung von Erst- und Zweitwohnungen vor, noch schliesst es eine solche aus, sondern belässt dem kantonalen Gesetzgeber einen Gestaltungsspielraum. Art. 7 Abs. 1 StHG enthält für die Kantone bei der Bemessung des Eigenmietwerts in der genannten Bandbreite grundsätzlich keine engeren Schranken, als sich auch aus dem verfassungsrechtlichen Gleichbehandlungsgebot von <ref-law> und den Besteuerungsgrundsätzen von <ref-law> ergeben (<ref-ruling> E. 3.3 S. 162; <ref-ruling> E. 3.3 S. 140 f.; je mit Hinweisen).
3.2. Die Beschwerdeführer bringen zusammengefasst vor, die Vorinstanzen hätten sich an Marktangeboten bei einschlägigen Portalen (Zeitungen; Internet) orientieren müssen. Zudem hätten sie einen Vergleich im Erstwohnungsmarkt vornehmen und zwischen Wohnungen und Wohnhäusern differenzieren müssen. Eine Extrapolation von Mietpreisen pro Quadratmeter auf grössere Flächen in Erstwohnhäusern führe zu Verzerrungen. Im vorliegenden Fall seien Vier- bis Sieben-Zimmerwohnungen mit einer Wohnfläche von 137 bis 175 m2 hochgerechnet worden. Auch wenn es für das Schätzungsobjekt keinen Markt gebe, sei der Frage nachzugehen, zu welchem Mietzins sich ein Einheimischer das Objekt leisten könne. Die Vorinstanzen seien zu Unrecht davon ausgegangen, dass eine Vermietung von unter 1.2 % Bruttorendite nicht üblich sei. Schliesslich sei das von den Vorinstanzen herangezogene Punktesystem willkürlich.
3.3. Gemäss Art. 22 Abs. 2 des Steuergesetzes für den Kanton Graubünden vom 8. Juni 1986 (StG/GR; BR 720.000) gilt als Mietwert von Gebäuden und Gebäudeteilen der Betrag, den der Eigentümer oder Nutzungsberechtigte bei einer Drittvermietung erzielen würde. Nach der für das Bundesgericht verbindlichen vorinstanzlichen Sachverhaltsfeststellung ist ein Marktvergleich des Schätzungsobjekts mit vergleichbaren Objekten im Schätzungsbezirk nicht möglich gewesen. Deshalb ist ein Vergleich mit vier Objekten aus der näheren Umgebung vorgenommen worden, die als Erstwohnungen vermietet werden. Der so ermittelte durchschnittliche Mietwert ist auf die Nutzfläche des Schätzungsobjekts von 406 m2 hochgerechnet worden, was zu einem Mietwert von Fr. 139'664.-- führt. Entgegen den Rügen der Beschwerdeführer war den Vorinstanzen bewusst, dass der Eigenmietwert bei einer kleineren Liegenschaft verhältnismässig höher ist und die Hochrechnung des durchschnittlichen Mietwerts auf die sehr grosse Nutzfläche des Schätzungsobjekts nicht ohne Korrektur erfolgen darf. Der Mietwert ist deshalb bereinigt und auf Fr. 90'000.-- (für den Wohnteil) bzw. Fr. 95'160.-- (für die ganze Liegenschaft) herabgesetzt worden. Nachdem die Beschwerdeführer selber einräumen, dass es für das Schätzungsobjekt keinen Markt gebe, ist es widersprüchlich, wenn sie verlangen, es sei zur Mietwertschätzung auf die Angebote in einschlägigen Portalen abzustellen. Zudem hat das Verwaltungsgericht in haltbarer Weise auf die Unterschiede zwischen dem im Mietrecht relevanten Mietzins und dem steuerlichen Mietwert hingewiesen. Vor diesem Hintergrund ist nicht ersichtlich, inwieweit es relevant sein soll, zu welchem Mietzins sich ein Einheimischer das Schätzungsobjekt leisten könnte. In Bezug auf die vorinstanzlichen Ausführungen zur Bruttorendite belassen es die Beschwerdeführer einmal mehr bei einer appellatorischen Kritik, ohne substanziiert darzulegen, inwieweit die Annahmen der Vorinstanzen willkürlich sind. Was schliesslich das von den Beschwerdeführern kritisierte Punktesystem betrifft, so hat sich das Verwaltungsgericht eingehend mit dem Vorwurf der Intransparenz auseinandergesetzt und die entsprechende Bewertung detailliert aufgezeigt; auf diese Erwägungen gehen die Beschwerdeführer nicht näher ein.
3.4. Zusammenfassend ist auch bei der Festlegung des Eigenmietwerts keine Willkür ersichtlich. Die Beschwerde erweist sich als unbegründet und ist vollumfänglich abzuweisen.
4.
Bei diesem Verfahrensausgang sind die Gerichtskosten den Beschwerdeführern aufzuerlegen (<ref-law>). Parteientschädigungen sind nicht geschuldet (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 2'500.-- werden den Beschwerdeführern unter solidarischer Haftbarkeit auferlegt.
3.
Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten und dem Verwaltungsgericht des Kantons Graubünden, 4. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 5. April 2019
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Seiler
Der Gerichtsschreiber: Businger