Faits :
A.
A.a. A._ exploite un bureau d'architecture à Vernier (GE), par l'intermédiaire de B._ SA, dont il est l'administrateur unique. Il est inscrit au tableau des mandataires professionnellement qualifiés (ci-après également: MPQ) prévu par la loi cantonale sur l'exercice des professions d'architecte et d'ingénieur du 17 décembre 1982 (LPAI; RS/GE L 5 40).
A.b. C._ SA est co-propriétaire, avec D._ SA, de la parcelle n° 308, feuillet 9 de la Commune de Genève. Situé rue U._, dans le quartier des Eaux-Vives, en deuxième zone de construction, ce bien-fonds supporte un bâtiment d'habitation. C._ SA en détient une part de propriété par étages de 276,8 o/oo, avec un droit exclusif sur les parties " appartement " du 5ème étage et des combles ainsi que sur la terrasse. D._ SA est, quant à elle, propriétaire d'une part de 723,2 o/oo, lui donnant un droit exclusif sur les appartements des étages inférieurs.
B.
En 2004, le Département du logement, de l'aménagement et de l'énergie, devenu le Département du territoire (ci-après: le Département), a autorisé C._ SA à rénover et à transformer les combles de l'immeuble en logements, à installer un ascenseur, à transformer la toiture ainsi qu'à rafraîchir la façade et la cage d'escaliers (DD 98'683/1). En 2006, puis en 2014, il lui a accordé des autorisations de construire complémentaires visant à faire apparaître sur les plans, dans les niveaux supérieurs, deux courettes et deux conduits de cheminée existants (DD 98'683/2), respectivement l'installation de panneaux solaires en toiture (DD 98'683/3).
Enfin, en 2015, le Département a délivré à C._ SA une autorisation de construire complémentaire visant à régulariser des travaux réalisés de manière non conforme, se rapportant à la modification de la typologie des pièces dans les combles avec la suppression et la modification des conduits de cheminées et des courettes ainsi que la pose d'un nouveau garde-corps en toiture (DD 98'683/4).
C.
C.a. Par décision du 22 août 2017, qui faisait suite à un ordre d'arrêt de travaux prononcé le 21 janvier 2016 par le Département, celui-ci a notamment ordonné à C._ SA de déposer une requête complémentaire en autorisation de construire concernant toutes les modifications effectuées ne figurant pas dans les autorisations DD 98'683/1 à 98'683/4.
C.b. Le 21 novembre 2017, B._ SA, par A._, a informé le Département avoir été mandatée par C._ SA aux fins de déposer une autorisation de construire complémentaire permettant la mise en conformité des travaux, précisant que " le déroulement et l'ensemble des éléments liés à ce dossier antérieurs à la date de reprise du mandat (21.11.2017) ne pourront en aucun cas être pris sous [sa] responsabilité ".
C.c. Par décision du 23 mars 2018, le Département a notamment imparti à A._ un délai de 60 jours " soit [pour] rétablir les locaux concernés en conformité à la requête autorisée DD 98'683/4 ", " soit [pour] déposer une requête complémentaire concernant toutes les modifications effectuées ne figurant pas dans les requêtes autorisées DD 98'683 1 à 4 ".
C.d. Lors d'un contrôle sur place effectué le 26 septembre 2018, le Département a relevé qu'aucun travail de remise en conformité n'avait été entrepris, aucune requête complémentaire concernant l'ensemble des modifications effectuées n'ayant du reste été enregistrée.
Après que, le 31 octobre 2018, le Département avait imparti à A._ un délai de 10 jours pour se déterminer sur l'ordre de remise en état prononcé par décisions des 22 août 2017 et 23 mars 2018, ce dernier avait sollicité du Département, le 1er novembre 2018, un rendez-vous afin d'obtenir des explications.
Deux séances se sont par la suite tenues entre A._ et des collaborateurs du Département, lors desquelles notamment les points à corriger ont été énumérés.
C.e. Par décision du 18 juin 2019, le Département a rejeté la requête d'autorisation de construire complémentaire portant sur la création d'une terrasse en toiture (DD 98'683/5) que C._ SA, par A._, avait déposée le 12 décembre 2018.
D.
D.a. Le 18 juin 2019 également, le Département a adressé à A._ un ordre de remise en état, lui fixant un délai de 90 jours pour y procéder. Il lui appartenait de mettre en conformité, d'une part, les 5èmeet 6ème étages de l'immeuble et sa toiture conformément à l'autorisation DD 98'683/4, ainsi que, d'autre part, le sous-sol, le rez-de-chaussée et les étages-types restants, conformément aux conditions et plans visés ne varietur de l'autorisation initiale. Un rapport photographique ou tout autre élément attestant de la bonne exécution de l'ordre devant parvenir au Département dans le même délai. Dans l'intervalle, l'interdiction de l'entrée en occupation ou de l'habitation des 5èmeet 6ème étages, initialement prononcée le 22 août 2017, était maintenue jusqu'à l'obtention d'une attestation globale de conformité, l'ensemble du chantier devant en outre être accessible aux agents du Département.
Le Département a par ailleurs expressément réservé le prononcé d'une sanction administrative à l'égard de A._ portant sur la réalisation de travaux sans autorisation. A défaut d'exécution ou sans nouvelles de sa part dans le délai imparti, A._ s'exposait à de nouvelles mesures ou sanctions justifiées par la situation.
D.b. Divers échanges sont ensuite intervenus entre A._ et le Département, dont une visite sur place le 18 octobre 2019, des entrevues les 2 juillet et 1er novembre 2019 ainsi que des correspondances adressées par le premier au second les 4 juillet, 24 septembre et 14 octobre 2019.
Le 6 novembre 2019, A._ a remis au Département une attestation partielle de conformité concernant les 5èmeet 6ème étages et la toiture ainsi qu'un rapport photographique attestant du démontage de deux limons métalliques à l'étage supérieur.
D.c. Par décision du 22 novembre 2019, le Département a infligé une amende de 2000 fr. à A._.
Saisi d'un recours formé par A._ et B._ SA contre la décision du 22 novembre 2019, le Tribunal administratif de première instance de la République et canton de Genève l'a annulée par jugement du 8 septembre 2020, estimant en particulier que le retard dans l'exécution de l'ordre du 18 juin 2019 ne pouvait être imputé à A._.
Statuant par arrêt du 9 février 2021, la Chambre administrative de la Cour de justice genevoise a admis le recours formé par le Département contre le jugement du 8 septembre 2020, celui-ci étant annulé et la décision du 22 novembre 2019 rétablie.
E.
Par acte du 15 mars 2021, A._ et B._ SA forment un recours en matière de droit public au Tribunal fédéral contre l'arrêt du 9 février 2021. Ils concluent, avec suite de frais et dépens, à sa réforme en ce sens qu'aucune amende n'est infligée. Subsidiairement, ils concluent à l'annulation de l'arrêt et au renvoi de la cause à la cour cantonale pour nouvelle décision. Plus subsidiairement, ils demandent que l'amende n'excède pas un montant de 100 francs.
Invité à se déterminer, le Département conclut au rejet du recours. La cour cantonale ne formule pas d'observations, se référant aux considérants de son arrêt.
Le 20 mai 2021, A._ et B._ SA persistent dans leurs conclusions.

Considérant en droit :
1.
Dirigé contre une décision finale (art. 90 LTF) prise en dernière instance cantonale (art. 86 al. 1 let. d LTF) dans le domaine du droit public de l'aménagement du territoire et des constructions (art. 82 let. a LTF) et déposé en temps utile (art. 100 al. 1 LTF), le recours est en principe recevable comme recours en matière de droit public selon les art. 82 ss LTF, aucune des exceptions prévues à l'art. 83 LTF n'étant réalisée.
Les recourants ont pris part à la procédure devant la Cour de justice. En tant que destinataire du prononcé d'amende administrative, le recourant A._ est particulièrement touché par l'arrêt attaqué et peut ainsi se prévaloir d'un intérêt digne de protection à ce que la décision attaquée soit annulée. Par ailleurs, même si l'amende litigieuse n'a apparemment pas été infligée à la recourante B._ SA à titre personnel, il ressort néanmoins de l'arrêt attaqué qu'en vertu du droit cantonal (cf. art. 44 al. 2 et 3 de la loi sur les démolitions, transformations et rénovations de maisons d'habitation du 25 janvier 1996 [LDTR; RS/GE L 5 10]), celle-ci répond solidairement de l'amende et des frais - dès lors que le recourant A._ pourrait avoir agi en son nom (cf. arrêt attaqué, consid. 3d p. 9) -, de sorte qu'elle peut aussi se prévaloir d'un intérêt digne de protection. Les recourants disposent ainsi tous deux de la qualité pour recourir (cf. art. 89 al. 1 LTF).
2.
Les recourants contestent le bien-fondé de l'amende litigieuse. Ils invoquent principalement une constatation arbitraire des faits (art. 9 Cst.) ainsi qu'une violation des art. 44 LDTR et 137 de la loi genevoise sur les constructions et les installations diverses du 14 avril 1988 (LCI; RS/GE L 5 05).
2.1. Le Tribunal fédéral ne revoit l'interprétation et l'application du droit cantonal que sous l'angle de l'arbitraire (<ref-ruling> consid. 3.1.5). Une décision est arbitraire lorsqu'elle viole gravement une norme ou un principe juridique clair et indiscuté, ou lorsqu'elle contredit d'une manière choquante le sentiment de la justice et de l'équité. Le Tribunal fédéral n'a pas à déterminer quelle est l'interprétation correcte que l'autorité cantonale aurait dû donner des dispositions applicables; il doit uniquement examiner si l'interprétation qui a été faite est défendable. Par conséquent, si celle-ci ne se révèle pas déraisonnable ou manifestement contraire au sens et au but de la disposition ou de la législation cantonale en cause, elle sera confirmée, même si une autre solution paraît également concevable, voire préférable. De plus, il ne suffit pas que les motifs de la décision attaquée soient insoutenables, encore faut-il que cette dernière soit arbitraire dans son résultat (<ref-ruling> consid. 7.3; arrêt 1C_452/2020 du 23 mars 2021 consid. 4.1). Dans ce contexte, le recours est soumis aux exigences accrues de motivation de l'art. 106 al. 2 LTF.
En outre, le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF), sauf s'ils ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (art. 105 al. 2 LTF). Si le recourant entend s'écarter de ces constatations de fait, il doit expliquer de manière circonstanciée en quoi les conditions de l'art. 105 al. 2 LTF seraient réalisées et la correction du vice susceptible d'influer sur le sort de la cause (cf. art. 97 al. 1 LTF; <ref-ruling> consid. 1.6; <ref-ruling> consid. 3). A défaut, il n'est pas possible de tenir compte d'un état de fait divergent de celui qui est contenu dans l'arrêt attaqué (<ref-ruling> consid. 2; 141 IV 416 consid. 4).
2.2.
2.2.1. Dans le but de préserver l'habitat et les conditions de vie existants ainsi que le caractère habituel de l'habitat (art. 1 al. 1 LDTR), la LDTR prévoit notamment des restrictions à la transformation des bâtiments comportant des locaux qui, par leur aménagement et leur distribution, sont affectés à l'habitation (art. 2 al. 1 let. b LDTR). Ainsi en particulier, l'art. 9 LDTR prévoit qu'une autorisation est nécessaire pour toute transformation ou rénovation.
2.2.2. Celui qui contrevient aux dispositions de la LDTR est passible des mesures et des sanctions administratives prévues par les art. 129 à 139 LCI ainsi que des peines plus élevées prévues par le Code pénal (art. 44 al. 1 LDTR).
Lorsque l'état d'une construction n'est pas conforme à la LCI, aux règlements qu'elle prévoit ou aux autorisations délivrées en application de dispositions légales ou réglementaires, le département peut notamment ordonner sa remise en état (art. 129 let. e et 130 LCI).
Selon l'art. 137 al. 1 LCI, est passible d'une amende administrative de 100 fr. à 150'000 fr. tout contrevenant à la LCI (let. a), aux règlements et arrêtés édictés en vertu de la LCI (let. b) et aux ordres donnés par le département dans les limites de la LCI et des règlements et arrêtés édictés en vertu de celle-ci (let. c). Le montant maximum de l'amende est de 20'000 fr. lorsqu'une construction, une installation ou tout autre ouvrage a été entrepris sans autorisation mais que les travaux sont conformes aux prescriptions légales (art. 137 al. 2 LCI). Il est tenu compte, dans la fixation du montant de l'amende, du degré de gravité de l'infraction; constituent notamment des circonstances aggravantes la violation des prescriptions susmentionnées par cupidité, les cas de récidive et l'établissement, par le mandataire professionnellement qualifié, d'une attestation, au sens de l'art. 7 LCI, non conforme à la réalité (art. 137 al. 3 LCI).
2.3. La cour cantonale a retenu que le recourant A._ avait certes réalisé, conformément à l'ordre qui lui avait été notifié le 18 juin 2019, les travaux de remise en état portant sur les 5èmeet 6ème étages du bâtiment et correspondant à la partie de l'immeuble où C._ SA disposait d'un droit exclusif.
Pour autant, alors que les travaux à effectuer avaient été clairement identifiés dans l'ordre de remise en état du 18 juin 2019, mais également dans les décisions antérieures du 22 août 2017 et 23 mars 2018, le recourant n'avait pas procédé à la mise en conformité des étages inférieurs, du rez-de-chaussée et du sous-sol conformément aux conditions et aux plans de l'autorisation initiale. Il n'avait pas non plus informé le Département des raisons l'ayant empêché d'exécuter l'ordre reçu, voire de déposer une requête en autorisation de construire complémentaire. Ce faisant, le recourant avait à tout le moins fait preuve de négligence. L'amende prononcée par le Département en vertu de l'art. 137 al. 1 LCI, en lien avec l'art. 44 al. 1 LDTR, était dès lors fondée dans son principe (cf. arrêt attaqué, consid. 5a p. 11 s.).
2.4. Les recourants contestent l'appréciation de la cour cantonale, en s'en prenant en particulier à l'absence de clarté des exigences du Département quant à l'ampleur des travaux de remise en état à effectuer. Ils font ainsi valoir que la cour cantonale n'a pas pris en considération la teneur exacte de la décision du 23 mars 2018, par laquelle le Département leur avait ordonné, alternativement - et non cumulativement -, soit de rétablir les locaux concernés en conformité à l'autorisation de construire DD 98'683/4, soit de déposer une requête complémentaire concernant toutes les modifications effectuées ne figurant pas dans les autorisations DD 98'683'1 à 4.
On ne voit toutefois pas que la teneur de l'ordre de remise en état du 18 juin 2019 soit équivoque quant à la nécessité de mettre également en conformité les étages inférieurs, le rez-de-chaussée et le sous-sol du bâtiment. On ne voit pas non plus que, par les termes utilisés dans ses décisions antérieures - en particulier celle du 23 mars 2018 -, qui n'avaient apparemment pas fait l'objet de recours, le Département avait initialement limité ses exigences de mise en conformité aux seules parties exclusives de C._ SA, alors que les travaux réalisés par cette dernière l'avaient également été dans les parties communes de l'immeuble (ascenseur, cage d'escaliers). A tout le moins, si un doute devait néanmoins subsister aux yeux des recourants, ceux-ci ne rendent pas vraisemblable qu'il leur avait été impossible d'éclaircir la situation dans le cadre des divers échanges de correspondances intervenus depuis l'annonce de leur mandat ou lors des séances tenues avec des représentants du Département, tant antérieurement à l'ordre de remise en état du 18 juin 2019 (notamment les séances des 11 janvier 2018 et 25 mai 2018) que dans le délai de 90 jours imparti à la suite de celui-ci (celle du 2 juillet 2019). C'est à cet égard en vain que les recourants se prévalent de l'absence de réponse donnée à leur demande de rendez-vous du 1er novembre 2018.
2.5. Pour le reste, les critiques des recourants se perdent dans une argumentation essentiellement appellatoire, ne permettant pas d'établir le caractère arbitraire du raisonnement de l'autorité précédente quant à l'étendue de la remise en état exigée et au bien-fondé de l'amende administrative. De tels développements, qui ne répondent pas aux exigences de l'art. 106 al. 2 LTF, sont irrecevables.
Il suffit dans ce contexte de constater que les recourants ne se prévalent pas de l'invalidation des décisions du Département, qui aurait par hypothèse été obtenue ensuite de l'usage de voies de droit contre celles-ci par leur mandante C._ SA ou par eux-mêmes. Ils ne soutiennent pas non plus avoir obtenu ou même simplement sollicité, par exemple en raison d'incompréhensions résultant de la lecture de l'ordre de remise en état du 18 juin 2019, une prolongation du délai de 90 jours qui leur avait été imparti, ceci alors que le recourant A._ n'avait établi une attestation de conformité partielle que le 6 novembre 2019, soit manifestement après l'échéance de ce délai. A cet égard, la tenue de nouvelles entrevues avec le Département les 18 octobre 2019 et 1er novembre 2019 ne permettent pas encore de considérer que ce dernier avait renoncé à sanctionner le non-respect par le recourant A._ des exigences signifiées le 18 juin 2019.
Les recourants ne démontrent par ailleurs pas avoir clairement informé le Département, dans le même délai de 90 jours, que le mandat qui leur avait été confié se limitait aux parties exclusives de l'immeuble. Ils ne font enfin pas valoir que le prononcé d'une amende au sens de l'art. 137 LCI serait exclu au regard du droit cantonal dès lors que seul un comportement commis par négligence est en définitive reproché au recourant A._.
2.6. Les recourants se plaignent à titre subsidiaire du montant de l'amende infligée - 2000 fr. -, qu'ils estiment excessif.
S'il faut concéder aux recourants que la motivation de la cour cantonale est à cet égard succincte, il ressort néanmoins expressément des développements de la cour cantonale, que celle-ci a tenu la quotité de l'amende pour proportionnée eu égard à la gravité de la violation réalisée, le montant en cause se situant largement en-deçà de celui maximal de 150'000 fr. prévu par l'art. 137 al. 1 LCI (cf. arrêt attaqué, consid. 5b p. 13). On comprend par ailleurs des autres considérants de l'arrêt attaqué, en particulier de ceux relatifs au bien-fondé de l'amende dans son principe (cf. arrêt attaqué, consid. 5a p. 11 s.), que l'absence de remise en état entièrement réalisée, en dépit de la succession de décisions rendues et de vains pourparlers avec le Département durant plusieurs années, traduisait pour la cour cantonale un comportement dilatoire, peu compatible avec le crédit qu'il convenait d'accorder à un mandataire professionnellement qualifié, ce qui est propre à constituer un facteur aggravant.
Pour autant, en tant que les critiques des recourants consistent essentiellement à relativiser la gravité de la violation qui est reprochée au recourant A._, dès lors qu'il se serait conformé aux instructions et qu'il aurait constamment cherché à obtenir des précisions du Département, on ne voit pas qu'ils ont été empêchés de contester utilement les critères pris en considération au moment de fixer la quotité de la sanction. Le grief tiré d'une violation du droit d'être entendu (art. 29 al. 2 Cst.) est dès lors infondé.
Il en va de même des développements en lien avec une violation de l'égalité de traitement (art. 8 Cst.), les deux exemples jurisprudentiels cités par les recourants (ATA/422/2020 et ATA/440/2019) ne permettant pas de se convaincre que la Cour de justice avait jusqu'alors systématiquement prononcé des sanctions plus clémentes s'agissant de situations similaires, alors que les amendes infligées dans le cadre des arrêts précités portent sur des montants plus élevés (4000 fr. et 5000 fr.).
Cela étant, on ne voit pas que l'appréciation de la cour cantonale consacre un abus ou un excès du large pouvoir d'appréciation qui lui est reconnu au moment de fixer à 2000 fr. le montant de l'amende, qui demeure mesuré s'agissant de travaux paraissant revêtir une certaine envergure.
3.
Il résulte de ce qui précède que le recours doit être rejeté dans la mesure où il est recevable.
Conformément à l'art. 66 al. 1 LTF, les frais judiciaires sont mis à la charge des recourants, qui succombent, solidairement entre eux. Il n'est pas alloué de dépens.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 2000 fr., sont mis à la charge des recourants, solidairement entre eux.
3.
Le présent arrêt est communiqué à la mandataire des recourants, au Département du territoire de la République et canton de Genève et à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre administrative.
Lausanne, le 7 juillet 2021
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Kneubühler
Le Greffier : Tinguely