Faits :
A.
A.a. Une autorisation de procéder leur ayant été délivrée le 10 mars 2015, les deux sociétés B._ SA (ci-après: la première société demanderesse ou l'intimée) et E._ SA (ci-après: la seconde société demanderesse), toutes deux cessionnaires de la masse en faillite de la société F._ Sàrl (ci-après: F._) (<ref-law>), ont déposé, le 9 juin 2015, une demande en paiement contre les organes gérants de la faillie, soit C._ et D._, et contre son organe de révision, soit la Fiduciaire A._ SA, devant le Tribunal civil des Montagnes et du Val-de-Ruz. Invoquant l'<ref-law>, qui renvoie par analogie aux art. 752 ss et 725 CO, les demanderesses ont conclu à ce que les trois défendeurs soient condamnés à leur payer différents montants.
La seconde société demanderesse E._ n'ayant pas été valablement représentée à l'audience de conciliation, les défendeurs ont conclu à l'irrecevabilité de la demande, ce que le tribunal civil a admis par jugement du 19 septembre 2017.
A.b. Le tribunal a imparti à la première demanderesse un délai pour modifier sa demande, dans la mesure où la seconde demanderesse n'était plus partie à la procédure.
Par demande modifiée du 7 mars 2018, la première demanderesse a conclu à ce que les trois défendeurs soient condamnés à lui payer solidairement le montant de 272'766 fr. et à ce que les deux défendeurs gérants soient condamnés solidairement à lui payer le montant de 43'492 fr. Elle précisait qu'elle avait éliminé tous les allégués qui concernaient la seconde demanderesse, ainsi que ceux relatifs à la procédure de conciliation et remanié les bordereaux de pièces et les listes de témoins.
A.c. Les parties défenderesses ont soulevé deux moyens: l'irrecevabilité de la demande modifiée, pour défaut d'allégation et de preuve de l'existence d'une conciliation préalable, et le rejet pour défaut d'allégation suffisante.
Par ordonnance du 6 mai 2020, le tribunal civil a rejeté ces moyens.
A.d. Les deux parties défenderesses ont chacune formé appel contre cette ordonnance.
Statuant le 28 septembre 2020, la Cour d'appel civile du Tribunal cantonal du canton de Neuchâtel a rejeté les deux appels et confirmé l'ordonnance querellée. Elle a ainsi confirmé la recevabilité de l'action de la demanderesse et le rejet du moyen des défendeurs tiré de l'allégation insuffisante.
En ce qui concerne en particulier la défenderesse, organe de révision, la cour cantonale a rejeté les (trois) griefs relatifs à l'insuffisance des allégués de la demande et celui relatif au défaut d'allégation et de preuve de la conciliation préalable.
Concernant le premier grief, elle a considéré que l'étendue du devoir de l'organe de révision dans le cadre d'un contrôle restreint est une question de droit, qui est pertinente en relation avec le sort du litige au fond, mais non en rapport avec la question de savoir si la demanderesse a suffisamment allégué les faits. Elle a jugé que la demanderesse avait clairement allégué les manquements reprochés à l'organe de révision et que savoir si ceux-ci sont prouvés ou non, et s'ils constituent des violations de ses devoirs d'organe de révision, sont des questions qui n'ont pas été abordées par le premier juge, qu'elles ne devaient pas l'être et qu'elles ne font pas l'objet de la présente procédure.
Examinant le deuxième grief relatif à l'allégation du dommage, la cour cantonale a retenu, d'une part, que la demanderesse avait allégué que le financement initial de la société était insuffisant, que celle-ci était sous-dotée dès sa constitution en 2004 et que l'organe de révision a violé ses devoirs en ne procédant à aucun contrôle au sujet du financement initial de la société. Elle a considéré que, sous l'angle du devoir d'allégation, la date à laquelle la demanderesse soutient que la faillite aurait dû être prononcée peut être la même que pour les organes gérants, soit au 31 décembre 2008, car en tout état de cause, la demanderesse a allégué que l'organe de révision aurait dû communiquer l'avis de surendettement au juge le 5 juin 2009 au plus tard. La cour cantonale a retenu, d'autre part, que la demanderesse avait allégué un second manquement puisqu'elle a commandé (entre le 30 septembre et le 13 novembre 2009) et payé d'avance (entre le 2 décembre 2009 et le 26 février 2010) du matériel qui ne lui a jamais été livré et que, sous cet angle-là aussi, l'organe de révision aurait dû aviser le juge du surendettement au plus tard le 5 juin 2009.
Examinant le troisième grief d'absence d'allégation précise quant aux manquements de l'organe de révision, la cour cantonale a considéré que ceux-ci ressortent clairement de la demande modifiée et qu'à ce stade, il ne s'agit pas de savoir s'ils sont prouvés ou non et s'ils constituent des violations de ses devoirs, ni s'ils peuvent être reprochés à l'organe de révision, vu son mandat de contrôle restreint.
Quant au grief tiré du défaut d'allégation et de preuve de la conciliation préalable, la cour l'a rejeté. Elle a considéré qu'il y avait seulement modification de la demande initiale et qu'il serait excessivement formaliste d'exiger que la demanderesse doive alléguer à nouveau avoir satisfait à l'exigence de la conciliation préalable et obtenu une autorisation de procéder.
B.
Contre cet arrêt qui lui a été notifié le 1er octobre 2020, la défenderesse, organe de révision, a interjeté un recours en matière civile au Tribunal fédéral le 30 octobre 2020, concluant à sa réforme en ce sens que la demande est déclarée irrecevable, subsidiairement rejetée. Invoquant la violation des <ref-law> et 55 al. 1 CPC, elle relève l'absence d'allégations relatives au surendettement " manifeste " et aux manquements à ses obligations (faits pertinents selon les art. 755 et 729c CO), l'absence d'allégation précise relative au prétendu dommage, spécialement en ce qui concerne la date projetée de la faillite et, enfin, l'absence d'allégation en lien avec la phase de la conciliation préalable.
La demanderesse conclut à l'irrecevabilité du recours, les conditions de l'<ref-law> n'étant pas remplies. Subsidiairement, elle conclut au rejet du recours sur le fond.
La cour cantonale se réfère à son arrêt.

Considérant en droit :
1.
Dès lors que la défenderesse recourante insiste sur les différences existant entre la responsabilité des organes gérants et la sienne en tant que réviseur, qu'elle reproche à la cour cantonale d'avoir mélangé leurs situations, il est étonnant qu'elle sollicite la jonction des causes. Il s'impose bien plutôt de traiter les deux recours en parallèle, mais séparément dès lors que les trois défendeurs font valoir des motifs communs, mais aussi des motifs propres.
2.
2.1. Le recours en matière civile au Tribunal fédéral n'est recevable que contre les décisions finales (<ref-law>), contre les décisions partielles (<ref-law>) et, sous réserve des cas visés par l'<ref-law>, contre les décisions incidentes (<ref-law>) si celles-ci peuvent causer un préjudice irréparable (let. a) ou si l'admission du recours peut conduire immédiatement à une décision finale qui permet d'éviter une procédure probatoire longue et coûteuse (let. b).
2.2. La recevabilité du recours de l'<ref-law> suppose la réalisation de deux conditions cumulatives.
2.2.1. La première condition suppose que l'admission du recours conduirait immédiatement à une décision finale. Il faut que le Tribunal fédéral lui-même puisse mettre fin définitivement à la procédure dans l'hypothèse où il parviendrait à la solution inverse de celle retenue par l'autorité cantonale, c'est-à-dire en jugeant différemment la question tranchée dans la décision incidente attaquée (<ref-ruling> consid. 2.4.1; <ref-ruling> consid. 4.1 et les arrêts cités). Le Tribunal fédéral doit pouvoir rendre lui-même la décision finale (cf. <ref-law>).
2.2.2. Quant à la seconde condition posée par l'<ref-law>, elle suppose que la décision finale permette d'éviter une procédure probatoire longue et coûteuse. Il appartient à la partie recourante d'établir la réalisation de cette condition, sauf si elle découle manifestement de la décision attaquée ou de la nature de la cause; le recourant doit en particulier indiquer de manière détaillée quelles questions de fait sont encore litigieuses, quelles preuves - déjà offertes ou requises - devraient encore être administrées et en quoi celles-ci entraîneraient une procédure probatoire longue et coûteuse (<ref-ruling> consid. 2.4.2). Tout complément d'instruction entraîne nécessairement des frais et un prolongement de la procédure, de sorte qu'une telle mesure ne suffit pas en soi pour ouvrir le recours immédiat. La procédure probatoire, par sa durée et son coût, doit s'écarter notablement des procès habituels. Si l'administration des preuves doit se limiter à l'audition des parties, à la production de pièces et à l'interrogatoire de quelques témoins, un recours immédiat n'est pas justifié. Il en va différemment s'il faut envisager une expertise complexe, plusieurs expertises, l'audition de très nombreux témoins ou l'envoi de commissions rogatoires dans des pays lointains (arrêts 4A_295/2020 du 28 décembre 2020 consid. 1.2, non publié in <ref-ruling>; 4A_441/2020 du 1er octobre 2020 consid. 2; 4A_436/2015 du 17 mai 2016 consid. 1.3.1).
2.2.3. La réglementation de l'<ref-law>, à la différence de celle de l'<ref-law>, repose sur le principe que le Tribunal fédéral ne doit en principe s'occuper d'une affaire qu'une seule fois, lorsqu'il est certain que la partie recourante subit effectivement un dommage définitif. Les deux conditions de cette disposition doivent donc être examinées de manière restrictive, le recours immédiat revêtant un caractère exceptionnel (<ref-ruling> consid. 1.3.2; arrêt 4A_210/2010 du 1er octobre 2010 consid. 3.3.1, non publié in <ref-ruling>; Bernard Corboz, in Commentaire de la LTF, 2e éd. 2014, n° 19 ad <ref-law>; pour l'ancien recours en réforme, cf. <ref-ruling> consid. 2a).
3.
En l'occurrence, l'arrêt attaqué contient en réalité deux décisions: la première sur le prétendu défaut d'allégation et de preuve d'une conciliation préalable, que la cour cantonale a nié; la deuxième sur le prétendu défaut d'allégation des autres éléments, que la cour cantonale a également écarté.
Ces deux décisions ne peuvent être potentiellement que des décisions au sens de l'<ref-law>. Elles doivent être examinées indépendamment l'une de l'autre s'agissant de la recevabilité du recours au Tribunal fédéral à leur encontre.
4. Décision d'irrecevabilité pour défaut d'allégation et de preuve de l'existence d'une conciliation préalable
4.1. La première décision rejette le moyen de l'irrecevabilité de la demande que la défenderesse recourante déduit du défaut d'allégation et de preuve de l'existence d'une conciliation préalable, décision confirmée en appel par la cour cantonale. La recourante fait valoir que la nouvelle demande ne fait mention d'aucune conciliation ou autorisation de procéder, de sorte qu'elle doit être déclarée irrecevable.
La première condition de l'<ref-law> est remplie en l'espèce. En effet, s'il devait admettre ce moyen, le Tribunal fédéral pourrait prononcer immédiatement l'irrecevabilité de la demande introduite par la société demanderesse.
La seconde condition est également remplie, car en cas d'irrecevabilité, c'est tout le procès et donc toute l'administration des preuves qui deviennent superflus.
Il y a donc lieu d'entrer en matière.
4.2.
4.2.1. Sous réserve des exceptions énumérées à l'<ref-law>, la procédure au fond doit être précédée d'une tentative de conciliation devant une autorité de conciliation (<ref-law>). Cette obligation a été introduite par le législateur dans le but de décharger les tribunaux des affaires qui sont susceptibles d'être conciliées. Ce but ne peut être atteint que si les parties comparaissent personnellement à l'audience de conciliation, ce à quoi l'<ref-law> les oblige, et, s'il s'agit de personnes morales, que si les personnes physiques qui comparaissent pour elles ont qualité pour les représenter (<ref-ruling> consid. 1.2.2 et 2.3; <ref-ruling> consid. 4.3 s.).
Si la tentative de conciliation n'aboutit pas, l'autorité de conciliation consigne l'échec au procès-verbal et délivre l'autorisation de procéder (<ref-law>). Cette autorisation de procéder est une condition de recevabilité de la demande. Le demandeur doit joindre l'autorisation de procéder à sa demande (<ref-law>). Le tribunal doit vérifier d'office son existence (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 4.4.2 et les arrêts cités). Le moyen tiré de l'invalidité de l'autorisation de procéder doit être soulevé en temps utile devant le tribunal, sous peine de violation des règles de la bonne foi (<ref-law>).
4.2.2. La cour cantonale a constaté que la demande initiale de 2015 formée au nom des deux sociétés demanderesses a été déclarée irrecevable en tant qu'elle concernait la seconde. La demanderesse restante a expressément demandé au juge qu'un délai lui soit imparti afin de " modifier [sa demande] et d'y écarter les allégués (y compris les moyens de preuve y relatifs) " qui concernent la société dont la demande a été déclarée irrecevable. Le juge a imparti à cette demanderesse un délai pour " modifier " sa demande et celle-ci a déposé une " demande en paiement modifiée ".
La cour cantonale en a déduit qu'il s'agit d'une demande modifiée au sens de l'<ref-law>, laquelle présente un lien de connexité extrêmement fort avec la première demande: la demanderesse prend les mêmes conclusions, soulève les mêmes prétentions contre les mêmes parties adverses, sur la base des mêmes faits et en vertu des mêmes disposions légales. La modification visait à simplifier le travail du tribunal et des parties par la suppression des allégués, moyens de preuve et considérations qui concernaient la seconde société. Il ne s'agit pas d'un élargissement mais d'un rétrécissement de l'objet de la procédure. Les défendeurs ont eux-mêmes expressément demandé cette modification. Exiger que la demande modifiée contienne l'allégation de l'obtention d'une autorisation de procéder et la production de celle-ci constituerait un formalisme excessif.
4.2.3. Sur la base des faits susmentionnés, il est évident que la demande du 7 mars 2018 est liée à la demande de 2015, celle-ci ayant été expurgée des conclusions et allégués concernant la seconde société demanderesse, qui n'était plus partie à la procédure. Au vu du dispositif du jugement du 19 septembre 2017 (<ref-law>), qui a déclaré l'irrecevabilité de la demande de la seconde société demanderesse (pour invalidité de l'autorisation de procéder) et dit que la demande de la première société demanderesse contre les trois défendeurs était recevable, la demande modifiée pouvait omettre les allégués relatifs à la procédure de conciliation.
La critique de la recourante est manifestement infondée. Le but de la production de l'autorisation de procéder est de s'assurer que la conciliation a bien eu lieu. Or, les parties savent qu'elle a eu lieu et, indépendamment de tout allégué à ce sujet dans l'écriture du 7 mars 2018, il est notoire pour le tribunal que la conciliation a eu lieu. Soutenir que la demande est irrecevable, faute d'allégation et de preuve de la conciliation, par une argumentation alambiquée, est non seulement en contradiction avec les faits, mais également en contradiction avec le but visé par l'exigence formelle de la production de l'autorisation de procéder prévue par l'<ref-law>, qui doit seulement permettre au tribunal de vérifier qu'il y a bien eu conciliation préalable entre les parties.
Il s'ensuit que le recours doit être rejeté en tant qu'il s'en prend à cette première décision.
5. Décision de rejet de l'exception de défaut d'allégation
La seconde décision de l'arrêt attaqué rejette le moyen de la défenderesse tiré du défaut d'allégation du surendettement manifeste et des manquements à ses obligations, ainsi que des éléments permettant de calculer le dommage occasionné par le retard mis par l'organe de révision à communiquer le surendettement de la société, précisément de l'allégation de la première des dates déterminantes pour ce calcul, soit celle à laquelle la faillite aurait dû être prononcée.
5.1. Avant d'examiner le grief de défaut d'allégation, et pour sa compréhension, il s'impose de rappeler brièvement les faits pertinents qui doivent être allégués, autrement dit les conditions de la responsabilité de l'organe de révision (<ref-law> applicable par analogie en vertu de l'<ref-law>).
Cette responsabilité est subordonnée à la réunion des quatre conditions générales suivantes: la violation d'un devoir, une faute (intentionnelle ou par négligence), un dommage et l'existence d'un rapport de causalité (naturelle et adéquate) entre la violation du devoir et la survenance du dommage (arrêts 4A_597/2016 du 22 janvier 2018 consid. 4; 4A_344/2020 du 29 juin 2021 consid. 5). En ce qui concerne en particulier le dommage occasionné par le retard dans le prononcé de la faillite, il est déterminé en comparant le montant du patrimoine de la société au moment de l'ouverture effective de la faillite avec celui qui existait au moment où la faillite aurait dû être prononcée, la valeur de liquidation des biens étant déterminante et devant être établie par expertise (<ref-ruling> consid. 3; arrêts 4A_97/2017 du 4 octobre 2017 consid. 4; 4A_218/2020 du 19 janvier 2021 consid. 6).
5.2. L'allégation des faits pertinents nécessaires pour l'application du droit matériel repose sur deux principes fondamentaux.
5.2.1. Dans les procès soumis à la maxime des débats (Verhandlungs maxime; massima dispositiva), les parties supportent le fardeau de l'allégation subjectif des faits pertinents (premier principe; <ref-law>; subjektive Behauptungslast; onere di allegazione), le juge n'ayant qu'un devoir d'interpellation limité selon l'<ref-law>. Cette maxime délimite les rôles respectifs, d'une part, des parties et, d'autre part, du juge. Il incombe donc aux parties, et non au juge, de réunir les éléments du procès. Le juge peut ainsi se baser, pour statuer, sur tous les faits allégués par les parties, sans égard à la personne de l'allégant (demandeur ou défendeur); autrement dit, il suffit que les faits fassent partie du cadre du procès pour que le juge puisse en tenir compte (<ref-ruling> consid. 4.1; arrêts 4A_288/2018 du 29 janvier 2019 consid. 3.1.2; 4A_11/2018 du 8 octobre 2018 consid. 6.1, non publié in <ref-ruling>; 4A_559/2016 du 18 janvier 2017 consid. 3.1; 4A_555/2015 du 18 mars 2016 consid. 2.3; 4A_566/2015 du 8 février 2016 consid. 4.2.1; cf. Hans-Peter Walter, Berner Kommentar, 2012, n° 183in fine ad <ref-law>; Paul-Henri Steinauer, Le titre préliminaire du Code civil, TDPS vol. II/1, 2009, n. 640; Fabienne Hohl, Procédure civile, t. I, 2e éd. 2016, n. 1291 s.).
5.2.2. La partie qui supporte le fardeau de la preuve ( Beweislast; onere della prova) selon, en principe, la règle générale de l'<ref-law>, supporte, sauf exceptions, également le fardeau de l'allégation objectif (deuxième principe; objektive Behauptungslast; onere di allegazione oggettivo). Si un fait pertinent n'a pas été allégué par elle ou par sa partie adverse, il ne fait pas partie du cadre du procès et le juge ne peut pas en tenir compte, ni ordonner l'administration de moyens de preuve pour l'établir. La partie qui supporte les fardeaux de l'allégation objectif et de la preuve d'un fait supporte l'échec de l'allégation, respectivement de la preuve de ce fait. Cette partie a donc toujours intérêt à alléguer elle-même tous les faits justifiant sa prétention, ainsi qu'à indiquer au juge les moyens propres à les établir (<ref-ruling> consid. 4.1; cf. Hohl, op. cit., n. 1231, 1257 et 1291 s.). Autrement dit, elle ne devrait pas compter sur le fait que sa partie adverse le fasse à sa place. Si toutefois, celle-ci le fait, les allégués font alors partie du cadre du procès sur lequel le juge doit se baser pour rendre son jugement.
5.3. La recourante méconnaît ces principes, confondant le fardeau de l'allégation subjectif des parties (obligation découlant de l'<ref-law>) avec le fardeau de l'allégation objectif pesant, en principe, sur la partie demanderesse (obligation liée au fardeau de la preuve de l'<ref-law>). Elle se borne en effet à reprocher à la demanderesse de n'avoir pas elle-même allégué et suffisamment motivé les faits pertinents. Dans la mesure où, dans sa décision, la cour cantonale n'a pas évoqué les faits introduits au procès par la défenderesse et n'a donc statué que sur une partie seulement du cadre du procès (soit sur les seuls faits allégués dans la demande), il ne serait pas possible au Tribunal fédéral de rejeter immédiatement la demande pour défaut d'allégation.
Le recours doit être déclaré irrecevable en tant qu'il s'en prend à cette seconde décision, la première condition de l'<ref-law> n'étant pas remplie. Il s'ensuit qu'il est superflu d'examiner la seconde condition prévue par cette disposition.
6.
Le recours étant, respectivement, rejeté et déclaré irrecevable, les frais judiciaires et les dépens seront mis à la charge de la recourante qui succombe (art. 66 al. 1 et 68 al. 1 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
En tant qu'il tend à l'irrecevabilité de la demande pour défaut d'allégation et de preuve de la conciliation, le recours est rejeté.
2.
En tant qu'il tend au rejet de la demande pour défaut d'allégation de conditions de fond, le recours est irrecevable.
3.
Les frais judiciaires, arrêtés à 6'500 fr., sont mis à la charge de la recourante.
4.
La recourante versera à l'intimée une indemnité de 7'500 fr. à titre de dépens.
5.
Le présent arrêt est communiqué aux parties, à C._, à D._ et au Tribunal cantonal du canton de Neuchâtel, Cour d'appel civile.
Lausanne, le 27 septembre 2021
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente : Hohl
La Greffière : Raetz