Faits :
A.
Le 3 juillet 1986, B._, a acquis les actions de la société immobilière C._ (ci-après: la SI), alors propriétaire de la parcelle n o 1845. Le 3 novembre 1993, la fiduciaire D._ SA a indiqué à la banque E._ que le frère de B._, A._, deviendrait propriétaire de l'ensemble des actions de la SI, à compter du 1 er janvier 1994. A la suite de la dissolution de la SI, le 8 février 2005, et sa liquidation, le 21 décembre 2005, la propriété dudit bien-fonds a été transférée à son unique actionnaire - et actuel propriétaire -, A._. La parcelle n o 1845, comprend deux bâtiments d'habitation-activités (A203 et A202), à l'adresse 17, rue X._ à Genève (ci-après également: bâtiment 17).
B._ est, pour sa part, actuellement propriétaire du bien-fonds n o 1838, situé au 15, rue X._; celui-ci supporte un bâtiment d'habitation-activités (A127B) (ci-après également: bâtiment 15). Cette parcelle avait, à l'origine, été acquise par les deux frères, pour moitié chacun, le 29 mars 1984; B._ a racheté la part de son frère, le 21 septembre 1984.
B.
Le 14 octobre 1988, le département cantonal compétent a délivré à A._ une autorisation de construire (APA 1'103) concernant les bâtiments sis sur ces deux parcelles, afin, notamment, d'y aménager des locaux commerciaux. L'autorisation indiquait la SI en qualité de propriétaire des deux parcelles (n os 1845 et 1838).
Le 5 mai 1989, une autorisation de construire complémentaire (APA 1'103/2) a été délivrée à A._; celle-ci porte sur l'"intégration des 2 arcades du n o 17-utilisation sous-sol-mur de grimpe" et, selon l'état de fait cantonal, sur la création d'une ventilation débouchant en toiture pour la cuisine du restaurant; le prénommé et la SI figurent en qualité de propriétaires des parcelles sur l'autorisation délivrée.
Le 9 avril 1991, un contrôle a été effectué par un inspecteur de la police des constructions, dans le cadre de l'autorisation APA 1'103, en vue de la délivrance du permis d'occuper. Le 17 avril 1991, à la suite de cette inspection, un délai de soixante jours a été imparti à A._ pour "déposer une requête complémentaire pour la réfection de la toiture et la création d'une terrasse".
Le 20 janvier 1992, le département compétent a délivré une autorisation de construire APA 6'301, relative aux deux parcelles et portant sur les objets suivants: "ouverture mur pignon - réfection toiture - création d'une terrasse". La décision mentionnait A._ et la SI C._ comme propriétaires.
Par acte notarié du 1 er mai 1992, la SI et B._ ont convenu de constituer sur la parcelle n o 1838 une servitude d'usage de terrasse; celle-ci est à exercer sur le toit du bâtiment A127B (bâtiment 15), situé sur ce bien-fonds, au profit de la parcelle voisine n o 1845 (bâtiment 17). Les frais d'entretien de ladite terrasse seraient supportés par le fonds dominant (n o 1845). Un extrait du plan cadastral était joint à l'acte, visé par la police des constructions, le 20 janvier 1992; celui-ci figure, sur la parcelle n o 1838, un rectangle portant la mention "future terrasse" d'une largeur d'environ 5 m. Cette servitude d'usage a été inscrite au registre foncier le 5 mai 1992.
C.
Lors d'un contrôle effectué sur place le 12 mars 2007, la police des construction a constaté que des travaux avaient été exécutés sans autorisation sur le toit de l'immeuble sis 15, rue xxx, en particulier la création d'une terrasse accessible depuis les combles de l'immeuble voisin (bâtiment 17); ont été constatés la pose d'un plancher en bois et de garde-corps non conformes, la création d'un bûcher et l'installation de plusieurs tables et chaises, bacs à fleurs et d'un barbecue. Cette inspection a fait l'objet d'un rapport d'enquête I/3'893 du 5 mars 2007.
Le 26 mars 2007, le département a requis de B._ l'arrêt immédiat des travaux; il lui était par ailleurs enjoint de déposer une demande d'autorisation pour les travaux exécutés et ceux éventuellement encore projetés. En réponse, B._, propriétaire de la parcelle n o 1838, a exposé au département, le 3 avril 2007, que son frère était au bénéfice d'une servitude d'usage sur la terrasse.
Le 19 avril 2007, le département a requis de A._ qu'il dépose une demande d'autorisation de construire portant sur les travaux déjà réalisés sur la terrasse. Le 25 juin 2007, A._ s'est engagé auprès du département à ramener la terrasse aux dimensions figurant sur l'extrait cadastral joint à l'acte constitutif de servitude; les arbres seraient enlevés; une barrière métallique d'une hauteur de 1 m délimiterait enfin la terrasse. Par courrier du 6 août 2007, adressé au département, le prénommé a confirmé avoir effectué les travaux demandés et refait les garde-corps; des photographies étaient jointes à son envoi.
Sur cette base, la police des constructions a classé le dossier d'infraction (I/3'893), le 8 août 2007.
D.
Le 27 janvier 2016, B._ a dénoncé au département l'édification, à son insu, d'un cabanon sur la terrasse ainsi que l'installation d'une ventilation importante pour les restaurants.
Le 17 février 2016, le département a informé A._ avoir constaté, lors d'un contrôle du 8 février 2016, la réalisation de travaux excédant l'autorisation APA 6'301 du 20 janvier 1992 (cf. let. B ci-dessus); ceux-ci ne correspondaient de surcroît pas non plus aux engagements pris par courrier du 25 juin 2007 (cf. let. C ci-dessus). Il s'agissait notamment de la création d'un auvent, d'un édicule, ainsi que la mise en place d'une conduite de ventilation; la présence d'arbres et arbustes a également été relevée.
Une visite des lieux s'est tenue le 10 mars 2016. A cette occasion, le département a établi que la terrasse avait été agrandie et sa géométrie modifiée; elle présentait une largeur d'environ 6,9 m et ne concordait ni avec les plans liés à l'autorisation APA 6'301 ni avec celui de la servitude. La configuration de l'appartement avait par ailleurs été modifiée, la cuisine, la chambre ainsi que la salle de bains ayant été déplacées.
Le 5 avril 2016, A._ a signalé au département que l'édicule, de même que les arbres et arbustes, installés par le locataire, avaient été retirés au départ de celui-ci. Le 30 mai 2016, le prénommé a déposé une demande d'autorisation de construire portant sur le solde des modifications constatées (transformation et rénovation d'un appartement au 4 ème étage et adaptation de la terrasse). Le 20 juin 2016, le département a ordonné au prénommé de fournir la signature de tous les propriétaires concernés. En réponse, A._ a indiqué qu'en raison d'un conflit l'opposant à son frère, B._, la signature de ce dernier ne pouvait être obtenue.
Le 22 août 2016, B._ s'est opposé, auprès du département - comme il l'avait du reste déjà fait les 17 et 30 juin 2016 -, à l'agrandissement de la terrasse et à toute demande complémentaire et future relative à la terrasse sise sur le toit de son immeuble.
Consultés dans le cadre de l'instruction, les différents services cantonaux ont préavisé favorablement, sous conditions, la demande d'autorisation du 30 mai 2016. La Ville de Genève s'est en revanche prononcée en défaveur du projet.
E.
Par décision du 17 octobre 2016, le département a ordonné à A._ de procéder à la remise en état des lieux en réduisant la largeur de la terrasse, dans un délai de soixante jours; dans ce même délai, il lui appartenait en outre de démanteler la ventilation et le dépôt existant conformément à l'APA 6'301 (cf. let. B ci-dessus). La demande d'autorisation (régularisation) ne pouvait porter que sur la transformation de l'appartement, faute de signature du propriétaire de l'immeuble voisin, s'agissant de l'agrandissement de la terrasse. Une amende administrative de 5'000 fr. était enfin infligée au prénommé pour avoir procédé à des transformations sans autorisation.
Par acte du 17 novembre 2016, A._ a recouru contre cette décision au Tribunal administratif de première instance (ci-après: TAPI). Dans son jugement du 23 juin 2017, le TAPI a partiellement admis le recours; il a annulé l'amende administrative, confirmant la décision du département pour le surplus.
Le 28 août 2017, A._ s'est pourvu contre ce jugement devant la Chambre administrative de la Cour de justice de la République et canton de Genève. Par arrêt du 10 avril 2018, la Cour de justice a rejeté le recours dont elle était saisie. Elle a en substance nié que le recourant puisse se prévaloir de sa bonne foi; elle a par ailleurs estimé que les travaux illicites ne pouvaient être autorisés, faute d'avoir été avalisés par le propriétaire de l'immeuble dominant. La Cour de justice a en conséquence écarté la demande d'autorisation de construire et confirmé l'ordre de remise en état.
F.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public, A._ demande principalement au Tribunal fédéral d'annuler l'arrêt attaqué et, ceci fait, d'annuler la décision du département du 17 octobre 2016 et de lui accorder le permis de construire requis, voire d'ordonner au département d'octroyer cette autorisation ou encore de lui retourner le dossier pour nouvelle décision dans le sens des considérants; toujours à titre principal, il requiert que le département soit condamné à lui verser une indemnité de 5'000 fr. à titre de dépens pour la procédure devant le TAPI et une indemnité d'un montant identique pour ses frais de défense devant le Cour de justice. A titre subsidiaire, le recourant conclut à l'annulation de l'arrêt attaqué et au renvoi de la cause à l'instance précédente pour nouvelle décision dans le sens des considérants. Il sollicite encore l'octroi de l'effet suspensif.
La Cour de justice persiste dans les considérants et le dispositif de son arrêt. Le Département du territoire propose le rejet du recours. Le recourant a répliqué, confirmant ses conclusions.
Par ordonnance du 13 juin 2018, le Président de la Ire Cour de droit public a admis la requête d'effet suspensif.

Considérant en droit :
1.
Compte tenu de l'effet dévolutif du recours cantonal (cf. <ref-ruling> consid. 1.2 p. 104 et les arrêts cités; arrêt 1C_55/2016 du 3 mars 2016 consid. 1), la recevabilité des conclusions dirigées contre la décision de remise en état du 17 octobre 2016, respectivement contre le jugement du TAPI du 23 juin 2017, apparaît douteuse. Cet aspect peut toutefois demeurer indécis, les conclusions en annulation de l'arrêt attaqué permettant, en l'occurrence, d'entrer en matière. En effet, en tant qu'il est dirigé contre l'arrêt de la Cour de justice du 10 avril 2018, le recours s'en prend à une décision finale (<ref-law>) prise en dernière instance cantonale (art. 86 al. 1 let. d LTF) dans le domaine du droit public des constructions (<ref-law>). Dans cette mesure, le pourvoi est recevable comme recours en matière de droit public selon les <ref-law>, aucune des exceptions prévues à l'<ref-law> n'étant réalisée. Pour le surplus, le recourant a pris part à la procédure de recours devant le Tribunal cantonal. En tant que destinataire de l'ordre de remise en état et du refus d'autorisation de construire, il est particulièrement touché par l'arrêt attaqué et peut ainsi se prévaloir d'un intérêt digne de protection à son annulation. Il bénéficie donc de la qualité pour agir au sens de l'<ref-law>.
2.
Se plaignant d'un déni de justice formel, le recourant reproche à l'instance précédente de ne pas avoir examiné son grief en lien avec la violation du principe de la légalité. Devant la Cour de justice, il avait soutenu que l'art. 2 de la loi cantonale du 14 avril 1988 sur les constructions et les installations diverses (LCI; RS/GE L 5 05) ne constituait pas une base légale suffisante pour imposer la signature du propriétaire de l'immeuble sur la demande d'autorisation de construire, tel que le prévoit l'art. 11 al. 4 de son règlement d'application 27 février 1978 (RCI; RS/GE L 5 05.01); au stade du recours fédéral, le recourant réitère cette même critique de fond, en parallèle à son grief formel.
2.1. Selon la jurisprudence, l'autorité qui ne traite pas un grief relevant de sa compétence, motivé de façon suffisante et pertinente pour l'issue du litige, commet un déni de justice formel proscrit par l'art. 29 al. 1 Cst. (<ref-ruling> consid. 2.1 p. 9; <ref-ruling> consid. 3a p. 117; arrêt 1B_461/2016 du 9 février 2017 consid. 2.1.1 et les références citées). De même, la jurisprudence a déduit du droit d'être entendu de l'art. 29 al. 2 Cst. l'obligation pour l'autorité de motiver sa décision, afin que l'intéressé puisse se rendre compte de la portée de celle-ci et l'attaquer en connaissance de cause (<ref-ruling> consid. 2.1 p. 145; <ref-ruling> consid. 5.1 p. 237; <ref-ruling> consid. 4.2 p. 355). L'obligation de motiver, telle qu'elle découle du droit d'être entendu (art. 29 al. 2 Cst), est respectée lorsque le juge mentionne, au moins brièvement, les motifs qui l'ont guidé et sur lesquels il a fondé sa décision, de manière à ce que l'intéressé puisse se rendre compte de la portée de celle-ci et l'attaquer en connaissance de cause (<ref-ruling> consid. 3.4.3 p. 47 et les références citées). L'autorité n'a pas l'obligation d'exposer et de discuter tous les faits, moyens de preuve et griefs invoqués par les parties, mais elle peut au contraire se limiter à ceux qui lui paraissent pertinents (<ref-ruling> consid. 4.2 p. 157).
2.2. Selon l'art. 2 al. 1 LCI, les demandes d'autorisation sont adressées au département. Le règlement d'application détermine les pièces qui doivent être déposées par le demandeur et les indications que celui-ci doit fournir concernant les objets destinés à occuper le sous-sol de façon permanente (al. 2). Les plans et autres documents joints à toute demande d'autorisation publiée dans la Feuille d'avis officielle doivent être établis et signés par une personne inscrite au tableau des mandataires professionnellement qualifiés dans la catégorie correspondant à la nature de l'ouvrage, au sens de la loi sur l'exercice des professions d'architecte et d'ingénieur, du 17 décembre 1982. Demeurent réservés les projets de construction ou d'installation d'importance secondaire qui font l'objet de dispositions spéciales édictées par voie réglementaire (al. 3). Quant à l'art. 11 RCI, il définit, en substance, à ses alinéas 1 à 3, les exigences requises en matière d'établissement des plans d'enquête. L'art. 11 al. 4 RCI prévoit enfin que toutes les demandes d'autorisation doivent être datées et signées par le propriétaire de l'immeuble intéressé, ainsi que par le requérant ou l'éventuel mandataire professionnellement qualifié, conformément à l'article 2, alinéa 3, de la loi.
2.3. Dans l'état de fait de son arrêt, la Cour de justice, résumant les griefs du recourant, mentionne que, selon celui-ci, la signature du propriétaire ne saurait constituer une condition indispensable à la régularisation des constructions litigieuses, sauf à violer le principe de la légalité. Nonobstant l'expression de ce grief, l'instance précédente n'a pas formellement examiné si l'art. 2 LCI contenait une délégation législative permettant au gouvernement de subordonner l'entrée en matière sur une demande à sa signature par le propriétaire de l'immeuble concerné. La Cour de justice s'est en effet limitée à considérer que le texte de l'art. 11 al. 4 RCI était à cet égard clair et non sujet à interprétation. Elle a ensuite précisé, se référant notamment à l'arrêt 1C_7/2009 du du 20 août 2009 consid. 5.2, que cette condition n'était pas uniquement une prescription de forme; celle-ci permettait de s'assurer que les travaux n'étaient pas d'emblée exclus, le propriétaire donnant à tout le moins son assentiment de principe.
Que l'instance précédente n'ait en l'occurrence pas formellement traité le grief du recourant ne saurait toutefois conduire à l'annulation de l'arrêt attaqué. En effet, plus que l'exigence formelle de signature, qui n'a en l'occurrence pas été observée, c'est l'accord du propriétaire de l'immeuble qui fait ici défaut, celui-ci s'étant même expressément opposé aux travaux litigieux. Or, cet élément doit être pris en compte dans le cadre de la pesée des intérêts que commande non seulement l'analyse de l'ordre de remise en état, mais aussi l'examen de la demande de régularisation (cf. art. 3 de l'ordonnance sur l'aménagement du territoire du 29 juin 2000 [OAT; RS 700.1]). Sous peine d'aboutir à une solution incohérente, cette question ne saurait ainsi être traitée distinctement selon le volet de la procédure considéré; une pesée des intérêts globale s'impose par conséquent. Cela est d'autant plus vrai lorsque la régularisation et la remise en état font, comme en l'espèce, l'objet d'une unique décision.
2.4. Dans ce contexte, il convient de rappeler que la remise en état d'une construction édifiée sans droit n'est en soi pas contraire au principe de la proportionnalité. L'autorité renonce toutefois à ordonner une telle mesure si les dérogations à la règle sont mineures, si l'intérêt public lésé n'est pas de nature à justifier le dommage que la démolition causerait au maître de l'ouvrage, si celui-ci pouvait de bonne foi se croire autorisé à construire ou encore s'il y a des chances sérieuses de faire reconnaître la construction comme conforme au droit (<ref-ruling> consid. 6 p. 35; <ref-ruling> consid. 3a/bb p. 252; <ref-ruling> consid. 6b p. 224 s.; <ref-ruling> consid. 4 p. 69; arrêt 1C_82/2015 du 18 novembre 2015 consid. 4.1 non publié in <ref-ruling>). Même un constructeur qui n'est pas de bonne foi peut invoquer le principe de proportionnalité. Toutefois, celui qui place l'autorité devant un fait accompli doit s'attendre à ce qu'elle se préoccupe plus de rétablir une situation conforme au droit que d'éviter les inconvénients qui en découlent pour lui (ATF <ref-ruling> consid. 4a p. 255; <ref-ruling> consid. 6b p. 224 et la jurisprudence citée).
2.5. Comme cela a été exposé précédemment, la Cour de justice a constaté que la demande de régularisation ne comportait pas la signature du propriétaire de l'immeuble 15 et a confirmé le refus du permis de construire (régularisation). Il ressort néanmoins de l'examen du principe de la proportionnalité auquel s'est ensuite adonnée l'instance précédente, que le motif pour lequel les constructions illicites ne pouvaient être maintenues ne réside pas tant dans ce critère formel, mais dans le refus du propriétaire, exprimé à réitérées reprises. L'instance précédente a considéré qu'on ne se trouvait ainsi pas en présence de dérogations mineures à la loi. L'ordre de remise en état était propre à atteindre le but poursuivi et le seul moyen d'atteindre le respect de la réglementation en matière de construction. La Cour de justice a par ailleurs estimé que, dès lors qu'il s'agissait d'examiner la régularisation d'une situation dans laquelle des travaux non autorisés avaient été effectués contre l'avis du propriétaire de l'immeuble, il existait un intérêt public prépondérant à la suppression des installations litigieuses primant l'intérêt privé du recourant à leur maintien. La cour cantonale a enfin considéré, s'agissant plus particulièrement de la ventilation, qu'il n'était pas établi qu'une installation alternative, sur l'immeuble voisin - propriété du recourant - fût exclue.
Par ailleurs, la Cour de justice a considéré, s'agissant du comportement et de la prétendue bonne foi du recourant, que celui-ci ne pouvait ignorer qu'il n'était pas propriétaire de la parcelle (bâtiment 15) puisque, indépendamment du litige l'opposant à son frère, il n'était pas inscrit au registre foncier; cela justifiait de refuser la demande de régularisation. L'instance précédente a en outre considéré que c'était en raison de déclarations faites par le recourant en 2007, que le département avait classé la procédure d'infraction; l'intéressé avait alors faussement affirmé avoir procédé aux travaux de remise en état. L'instance précédente a encore rappelé que le département n'avait donné aucune assurance que les constructions litigieuses étaient susceptibles d'être autorisées; l'autorité n'avait pas non plus toléré les travaux puisqu'elle en avait demandé la réfection, en particulier la réduction de la taille de la terrasse; le département n'avait en outre, avant 2016, jamais constaté les autres manquements, à savoir l'installation d'une ventilation et du cabanon.
L'instance précédente a enfin jugé que le droit d'ordonner la remise en état n'était pas périmé, les travaux litigieux ayant, en tout état de cause, été réalisés moins de 30 ans auparavant.
2.5.1. Le recourant ne conteste tout d'abord pas que le délai de péremption de trente ans pour ordonner une remise en état, retenu par l'instance précédente, est applicable au cas d'espèce (cf. arrêts 1C_318/2013 du 10 décembre 2013 consid. 4.1.2; cf. également arrêt 1A.78/2005 du 19 janvier 2006 consid. 5.1 avec renvoi à l'<ref-ruling> consid. 1 p. 123 s.; <ref-ruling> consid. 6.3 p. 39); il ne soutient pas non plus que le droit cantonal prévoirait un délai plus court à l'intérieur de la zone à bâtir (cf. arrêt 1C_150/2016 du 20 septembre 2016 consid. 10.5). Il n'affirme au demeurant pas explicitement que ce délai serait en l'occurrence échu, mentionnant uniquement que les installations litigieuses auraient été érigées "il y a plus de vingt-sept ans". Quoi qu'il en soit, force est, avec l'instance précédente, de reconnaître que, même en retenant l'année 1991, alléguée par le recourant, selon les constatations cantonales (<ref-law>), la péremption ne serait à ce jour pas acquise. Il est donc sans importance de savoir si c'est à juste titre que la Cour de justice a fixé la date de référence au jour de la découverte des infractions (inspection locale du 5 mars 2007), ce que conteste le recourant, ou s'il s'imposait de se référer à la date de la décision de remise en état. Dans ces circonstances, il ne saurait être fait grief à l'instance précédente d'avoir jugé que le droit d'ordonner la remise en état n'était en l'occurrence pas périmé.
2.5.2. Le recourant affirme ensuite s'être de bonne foi cru propriétaire des deux bâtiments. Il feint d'ignorer que c'est à la suite d'une dénonciation de son frère, propriétaire inscrit au registre foncier, qu'il s'est vu contraint de déposer une demande de régularisation. Dans ces circonstances, il est douteux qu'il ait pu de bonne foi se croire autorisé à se passer de l'accord du propriétaire. Quoi qu'il en soit, le recourant ne saurait se prévaloir des autorisations, qui lui ont été délivrées précédemment pour prétendre au maintien des constructions. Celles-ci ont été octroyées à la suite d'une confusion née, selon les constatations cantonales, des transferts d'actions de la SI opérés par les deux frères, notamment pour des motifs fiscaux; ces précédents permis n'interdisaient pas au département de corriger son erreur (cf. PIERRE MOOR ET AL., Droit administratif, vol. I, 3e éd. 2012, 6.4.2.3 p. 930; cf. également cf. <ref-ruling> consid. 2c p. 390 s.; arrêt 2A.62/1997 du 3 mai 1999 consid. 2 b/aa publié in RDAF 2000 II 217), respectivement d'adopter une position conforme au droit, à l'occasion d'une nouvelle demande de régularisation. Ce faisant, l'autorité n'a pas adopté un comportement contradictoire, dont le recourant pouvait déduire un droit inconditionnel d'obtenir de nouveaux permis de construire.
Il ressort en outre de l'état de fait cantonal qu'à la suite du contrôle du 12 mars 2007 le département a ordonné l'arrêt immédiat de travaux non autorisés en cours sur le toit de l'immeuble voisin; il a par ailleurs requis du recourant, le 19 avril 2007 de déposer une demande de régularisation portant sur les travaux déjà réalisés sur la terrasse. Sans que cela ne soit contesté, le recourant a, le 6 août 2007, confirmé - appuyant ses propos par la production de photographies -, que les travaux demandés avaient été réalisés; sur cette base l'autorité a classé le dossier. Or, à l'occasion d'un contrôle réalisé le 8 février 2016 et de l'inspection locale du 10 mars 2016, le département a constaté qu'en dépit des assurances données par le recourant les travaux réalisés sur le toit ne correspondaient pas à ceux de l'autorisation APA 6'301; la terrasse présentait en outre une largeur ne concordant ni avec le contenu de cette autorisation ni avec le plan de la servitude d'usage. Le recourant ne le discute d'ailleurs pas et apparaît ainsi malvenu de prétendre avoir adopté un comportement conforme à la bonne foi. C'est d'ailleurs en vain que le recourant prétend que le cabanon et la ventilation existaient déjà lors de ce contrôle et qu'elles auraient ainsi été tolérées par le département. Il se fonde sur des photographies qui auraient été prises à cette occasion. Il n'apparaît pas, à la lumière de l'arrêt attaqué, que la cour cantonale en ait tenu compte; ces clichés ne figurent d'ailleurs pas au dossier. Le recourant ne prétend cependant pas qu'il en résulterait un établissement manifestement inexact des faits, de sorte que cette critique doit également être écartée (art. 97 al. 1, 105 al. 1 et 106 al. 2 LTF; cf. arrêt 2C_674/2018 du 18 décembre 2018 consid. 2 et la jurisprudence citée).
2.5.3. On ne saurait pas non plus suivre le recourant lorsqu'il prétend que la remise en conformité ne reposerait que sur l'intérêt privé du propriétaire voisin et que le refus de régularisation procéderait d'un formalisme excessif. C'est perdre de vue que l'aval du tiers propriétaire ne tend pas uniquement à protéger les intérêts propres à celui-ci, mais vise également, de façon générale, à préserver la propriété en tant qu'institution de l'ordre juridique suisse, garantie par la Constitution fédérale (cf. MICHEL HOTTELIER, La garantie constitutionnelle de la propriété en droit fédéral suisse, in Revue internationale de droit comparé, 1997, p. 149 ss). L'obtention de l'accord du propriétaire vise en outre à assurer que des projets de construction ne soient pas remis en cause pour des motifs de représentation - prévenant en cela d'éventuels litiges civils (cf. arrêt 1C_846/2013 du 4 juin 2014 consid. 7.2) -, compte tenu non seulement des démarches administratives importantes que suppose l'octroi d'une autorisation, mais également l'impact des constructions sur l'environnement. Le refus de tolérer, voire de régulariser les travaux fondés sur l'opposition du propriétaire, lequel est d'ailleurs aussi l'auteur de la dénonciation, repose ainsi sur un intérêt digne de protection et non pas sur le seul défaut d'une condition de forme.
Dans ces circonstances, la conformité matérielle des travaux litigieux - fût-elle établie par les préavis positifs des services de l'Etat et, aux dires du recourant, par celui de la Ville de Genève - ne saurait à elle seule faire échec à leur suppression. Outre que les constructions litigieuses ont été réalisés non seulement - on l'a dit - contre la volonté du propriétaire, mais également à l'insu des autorités, le recourant n'explique pas précisément en quoi ses intérêts privés commanderaient de renoncer à la remise en état (<ref-law>; cf. <ref-ruling> consid. 2.8 p. 494; arrêt 1C_618/2014 du 29 juillet 2015 consid. 5.2, publié in RDAF 2015 I 499). Il ne se prévaut en particulier pas de coûts de remise en état disproportionnés ni d'une éventuelle impossibilité technique, ou d'un autre ordre, empêchant le déplacement de la cheminée du restaurant sur l'immeuble voisin, comme l'a pourtant suggéré l'instance précédente. Prétendre, sans autre forme de motivation, que la suppression de cette installation conduirait à la fermeture du restaurant est à cet égard insuffisant au regard des exigences de motivation de l'<ref-law> ( ibidem). Quant aux conséquences de la réduction de la terrasse, également au centre de l'arrêt cantonal, le recours est également muet.
2.6. Sur le vu de ce qui précède, on ne discerne en définitive aucun élément commandant de revenir sur la solution entérinée par la Cour de justice, en particulier s'agissant de la pesée des intérêts opérée par celle-ci; tant le refus de régularisation que la remise en état doivent partant être confirmés.
3.
Se prévalant à cet égard également d'un déni de justice formel et d'une violation du droit d'être entendu, le recourant reproche à l'instance précédente de n'avoir pas examiné sa critique portant sur l'omission du TAPI de statuer sur l'indemnité de procédure qu'il avait requise devant cette instance.
3.1. Le droit d'être entendu est une garantie de nature formelle, dont la violation entraîne en principe l'annulation de la décision attaquée, indépendamment des chances de succès du recours sur le fond. Selon la jurisprudence, sa violation peut cependant être réparée lorsque la partie lésée a la possibilité de s'exprimer devant une autorité de recours jouissant d'un plein pouvoir d'examen (<ref-ruling> consid. 2.8.1 p. 226). La réparation de la violation du droit d'être entendu doit toutefois rester l'exception et n'est admissible que dans l'hypothèse d'une atteinte aux droits procéduraux de la partie lésée qui n'est pas particulièrement grave. Si par contre l'atteinte est importante, il n'est en règle générale pas possible de remédier à la violation. Une réparation de la violation du droit d'être entendu peut également se justifier, même en présence d'un vice grave, lorsque le renvoi constituerait une vaine formalité et aboutirait à un allongement inutile de la procédure (cf. <ref-ruling> consid. 2.3.2 p. 197 s.; arrêt 2C_980/2013 du 21 juillet 2014 consid. 4.3).
3.2. La Cour de justice a exposé que, selon le droit cantonal et sa propre jurisprudence, elle était compétente pour connaître d'une contestation portant sur les frais de procédure, émoluments et indemnités arrêtés par la juridiction administrative. L'instance précédente s'est ainsi saisie de cette question et a examiné, sur le fond, si c'était à bon droit que le TAPI n'avait pas alloué d'indemnité au recourant; ce dernier critique d'ailleurs céans les considérations développées à cet égard par la cour cantonale. Dans ces conditions, compte tenu du plein pouvoir d'examen dont dispose la Cour de justice (cf. art. 6 al. 1 let. c et 61 de la loi sur procédure administrative du 12 septembre 1985 [LPA; RS/GE E 5 10]; arrêts 2C_906/2017 du 7 mai 2018 consid. 4.4; 1C_686/2017 du 31 août 2018 consid. 2.4), le vice éventuel affectant la procédure de première instance a, en tout état de cause, été guéri au stade du recours devant la Chambre administrative.
3.3. Mal fondé, le grief est rejeté.
4.
Toujours au sujet de l'indemnité de partie, le recourant se plaint, sur le fond, d'une application arbitraire de l'art. 87 al. 2 LPA.
4.1. Selon l'art. 87 al. 2 LPA, la juridiction administrative peut, sur requête, allouer à la partie ayant entièrement ou partiellement gain de cause, une indemnité pour les frais indispensables causés par le recours. La juridiction administrative statue dans les limites établies par règlement du Conseil d'Etat et cela conformément au principe de proportionnalité (al. 2).
Appelé à revoir l'interprétation d'une norme cantonale sous l'angle restreint de l'arbitraire, le Tribunal fédéral ne s'écarte de la solution retenue par l'autorité cantonale de dernière instance que si celle-ci apparaît insoutenable, en contradiction manifeste avec la situation effective, adoptée sans motifs objectifs et en violation d'un droit certain. En revanche, si l'application de la loi défendue par l'autorité cantonale ne s'avère pas déraisonnable ou manifestement contraire au sens et au but de la disposition ou de la législation en cause, cette interprétation sera confirmée, même si une autre solution - éventuellement plus judicieuse - paraît possible (<ref-ruling> consid. 5.8 p. 143; arrêt 2C_201/2018 du 15 octobre 2018, destiné à publication, consid. 4.4.1). Dans ce contexte, le recourant est soumis aux exigences de motivation accrues de l'<ref-law>; il lui appartient en particulier de démontrer en quoi les dispositions cantonales auraient été appliquées arbitrairement (cf. arrêt 1C_279/2018 du 17 décembre 2018 consid. 4.1.1 et la jurisprudence citée).
4.2. Dans son jugement du 23 juin 2017, le TAPI a expressément jugé que "les faits constitutifs de l'amende et la faute du recourant [étaient] avérés, de sorte que le principe de l'amende [était] en soi justifié" (cf. arrêt du TAPI n. 43). La date exacte des travaux n'ayant pu être déterminée, le TAPI a jugé, mettant le recourant au bénéfice du doute, que la prescription pour prononcer une sanction était acquise. Le TAPI a pour le surplus rejeté le recours dont il était saisi, sans allouer de dépens au recourant. La Cour de justice a, pour sa part, confirmé ce jugement; elle a en substance considéré que, compte tenu des motifs ayant mené à l'admission partielle du recours, il était conforme à l'art. 87 al. 2 LPA de ne pas avoir alloué d'indemnité de partie au recourant.
Compte tenu de la marge d'appréciation que confère l'art. 87 al. 2 LPA - et sa formulation potestative -, l'appréciation de l'instance précédente ne saurait être taxée d'arbitraire. Le TAPI a en effet rejeté les conclusions formulées par le recourant sur les points principaux de la cause, à savoir le refus de l'autorisation de construire et l'ordre de remise en état. Force est dès lors de constater que celui-ci n'a obtenu que très partiellement gain de cause. Il ne le conteste d'ailleurs pas sérieusement. Il se contente d'affirmer - en dépit des termes pourtant sans équivoque du TAPI -, que ce dernier n'aurait pas confirmé l'amende dans son principe; le recourant occulte ainsi que c'est uniquement en raison d'un doute lié à l'incertitude quant à la date de commission de l'acte illicite que le Tribunal de première instance a annulé la sanction. Au regard du contexte décrit précédemment, il n'est pas plus pertinent - voire frise la témérité - de prétendre que ce serait en réalité l'amende infligée "illégalement" qui serait à l'origine du litige et non le comportement du recourant. Enfin, l'arrêt 4A_382/2008 du 12 novembre 2008 consid. 4.2.5, mentionné par l'intéressé, ne lui est d'aucun secours Au contraire, ce précédent tend à confirmer la solution des autorités cantonales: dans cette affaire, le Tribunal fédéral avait déjà souligné le caractère potestatif de l'art. 87 al. 2 LPA et rappelé qu'il appartenait, le cas échéant, à la partie recourante de démontrer que le refus d'une indemnité fondée sur cette disposition était insoutenable.
Mal fondé et à la limite de la recevabilité, sous l'angle de la motivation, le grief est rejeté.
5.
Les considérants qui précèdent conduisent au rejet du recours dans la mesure de sa recevabilité. Le recourant, qui succombe, supportera les frais judiciaires (art. 65 et 66 LTF). Il n'est pas alloué de dépens (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2.
Les frais de justice, arrêtés à 4'000 fr., sont mis à la charge du recourant.
3.
Le présent arrêt est communiqué au mandataire du recourant, au Département du territoire de la République et canton de Genève et à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre administrative, 3 ème section.
Lausanne, le 29 janvier 2019
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Chaix
Le Greffier : Alvarez