Faits :
A.
A.a. Selon un rapport d'expertise psychiatrique du 30 juin 2014 et son complément du 23 septembre 2014, X._, né en 1985, souffrait d'un trouble affectif bipolaire de sévérité importante. Le prénommé ne reconnaissait pas souffrir d'un trouble psychiatrique, refusait de prendre un traitement et ne comprenait pas la nécessité de renoncer à la consommation de toxiques. Le risque de récidive de comportements hétéro-agressifs ne devait pas être minimisé. L'expert préconisait la prise régulière d'un traitement médicamenteux, l'abstinence aux toxiques ainsi qu'un travail psychoéducatif concernant le trouble et l'addiction. Le traitement devait, dans un premier temps, s'effectuer dans un milieu fermé.
Par arrêt du 25 août 2015, la Chambre pénale d'appel et de révision de la Cour de justice genevoise a déclaré X._ irresponsable de faits constitutifs d'infractions de vol, de dommages à la propriété, de violence ou menace contre les autorités et les fonctionnaires, d'empêchement d'accomplir un acte officiel, de séjour illégal, de voies de fait, de dommages à la propriété d'importance mineure et d'infraction à la LStup. Elle a ordonné en sa faveur l'instauration d'une mesure thérapeutique institutionnelle à titre de l'<ref-law>, avec interdiction de consommer des toxiques et obligation de se soumettre à des contrôles réguliers et aléatoires pour vérifier son abstinence.
Après avoir été détenu provisoirement à la prison de A._ dès février 2014, X._ a été transféré à la clinique B._ en octobre 2015.
A.b. Par jugement du 6 octobre 2016, le Tribunal d'application des peines et mesures (ci-après : TAPEM) a ordonné la poursuite du traitement institutionnel.
Le plan d'exécution de la mesure, établi en novembre 2016 par l'unité C._ de la clinique B._ préconisait une prise en charge thérapeutique de X._ dans un milieu institutionnel ouvert, puis l'octroi de sorties accompagnées.
A.c. Dans un rapport médical de l'unité C._ daté du 13 mars 2017, il a été fait état d'une évolution favorable des actes et comportements transgressifs de X._, malgré huit fugues de type retards d'une demi-heure à une heure et demie entre juillet et septembre 2016, d'une stabilisation de l'état psychique du prénommé ainsi que d'une bonne observance au travail de psychoéducation.
Dans un rapport médical de l'unité C._ daté du 12 décembre 2017, il a été relevé que, depuis le dernier rapport, une évolution clinique fluctuante et globalement défavorable de X._ avait été constatée, amenant la prise en charge psychiatrique en milieu ouvert à un échec, en raison notamment d'une perte de contact avec la réalité et de l'alliance thérapeutique, ce qui entraînait un risque de passage à l'acte agressif. Depuis avril 2017, l'intéressé était sujet à une décompensation psychotique prolongée et son état somatique s'était dégradé. A la fin septembre 2017, l'état psychique de X._ s'était détérioré rapidement, avec un délire de type mégalomaniaque. Afin notamment d'être placé dans un cadre moins stimulant et éloigné des toxiques, le prénommé avait été transféré, sous placement médical à des fins d'assistance, à l'unité D._, entre le 11 et le 30 octobre 2017. Dès son retour à l'unité C._, la reprise immédiate d'un comportement inadéquat avec une opposition à la thérapie et au cadre avait été constatée et X._ avait derechef été transféré à l'unité D._ le 16 novembre 2017.
Dans un courriel daté du 12 février 2018, le chef de clinique de l'unité C._ a expliqué que X._, raccompagné par la police au terme d'une fugue, présentait une négligence physique importante, un état de décompensation psychotique et une forte agitation psychomotrice nécessitant un transfert à l'unité D._ afin de stabiliser son état psychique. Dans un courriel du 26 mars 2018, il a été précisé que le prénommé avait, à nouveau, été ramené par la police, laquelle l'avait trouvé à l'aéroport avec une "tension interne moyenne" et une attitude d'opposition passive habituelle, et que le contrôle toxicologique effectué avait mis en évidence une consommation récente de cannabis ainsi que d'un médicament antipsychotique ne faisant pas partie du traitement de l'intéressé.
Dans un rapport médical de l'unité C._ daté du 13 avril 2018, il a été relevé que, depuis décembre 2017, l'évolution clinique de X._ restait défavorable. Les effets positifs des séjours effectués en milieu fermé à l'unité D._ ne duraient que quelques jours. Le prénommé s'était absenté, sans autorisation, une trentaine de fois, en plus de deux fugues ayant duré plusieurs jours. On constatait chez lui une dégradation cognitive progressive avec une prédominance des éléments délirants de type mégalomaniaque et une désorganisation du comportement, de sorte qu'il se marginalisait. Le lien thérapeutique était inexistant et l'attitude de X._ face à l'équipe soignante avait nécessité un transfert à l'unité D._ le 30 mars 2018, en raison d'un risque de passage à l'acte imminent. On constatait un échec des soins en milieu ouvert, dont le cadre ne semblait pas pouvoir contenir la "symptomatologie psychotique productive" de l'intéressé.
Dans un rapport de l'unité D._ du 20 juillet 2018, il a été relevé que X._ avait été hospitalisé au sein du service depuis le 30 mars précédent en raison d'une opposition aux soins, d'une hétéro-agressivité verbale devenue progressivement sévère et afin de le tenir à distance des toxiques. Dans le cadre de cette hospitalisation, la prise en charge avait été tout d'abord particulièrement difficile, en raison de l'irritabilité et de l'opposition aux soins du prénommé. Par la suite, une lente évolution favorable avait été constatée et un lien avec X._ s'était tissé, ce qui avait notamment facilité l'adhésion aux soins. Celui-ci était alors stable sur le plan comportemental, mais il était difficile de se prononcer sur sa capacité à le rester de manière durable en dehors d'un cadre fermé. Son état actuel était jugé compatible avec un retour à l'unité C._.
Dans un rapport médical de l'unité C._ daté du 22 août 2018, il a été expliqué qu'en raison d'une décompensation, X._ avait à nouveau dû être transféré à l'unité D._ le 8 août 2018. Une évolution globalement défavorable de ce dernier avec une intensité croissante des symptômes et une anosognosie était constatée. Ainsi, le cadre hospitalier ouvert ne semblait plus adéquat, tant pour X._ que pour la sécurité des équipes médicales et des autres patients. Les décompensations psychotiques de l'intéressé, à chaque retour de l'unité D._, survenaient de plus en plus rapidement, avec une intensité croissante.
Selon l'unité C._, depuis le début de l'année 2018, X._ était revenu 17 fois en retard d'un congé et avait fait sept fugues, dont deux de plusieurs jours.
B.
Par décision du 5 septembre 2018, le Service de l'application des peines et mesures a ordonné le passage de X._ en milieu fermé.
C.
Par arrêt du 31 octobre 2018, la Chambre pénale de recours de la Cour de justice genevoise a rejeté le recours formé par X._ contre cette décision.
D.
X._ forme un recours en matière pénale au Tribunal fédéral contre l'arrêt du 31 octobre 2018, en concluant, avec suite de frais et dépens, principalement à sa réforme en ce sens que son maintien en milieu ouvert est ordonné et, subsidiairement, à son annulation et au renvoi de la cause à l'autorité précédente pour nouvelle décision. Il sollicite par ailleurs le bénéfice de l'assistance judiciaire.

Considérant en droit :
1.
Le recourant reproche à la cour cantonale d'avoir ordonné son placement en milieu fermé.
1.1. Le traitement institutionnel s'effectue dans un établissement psychiatrique approprié ou dans un établissement d'exécution des mesures (<ref-law>). Il s'effectue dans un établissement fermé tant qu'il y a lieu de craindre que l'auteur ne s'enfuie ou ne commette de nouvelles infractions. Il peut aussi être effectué dans un établissement pénitentiaire au sens de l'<ref-law>, dans la mesure où le traitement thérapeutique nécessaire est assuré par du personnel qualifié (<ref-law>).
L'<ref-law> subordonne le traitement dans un établissement fermé à un risque de fuite ou de récidive. Selon la jurisprudence, il doit s'agir d'un risque qualifié, puisque toutes les mesures supposent un risque de récidive (cf. <ref-law>). Le risque est qualifié quand il est concret et qu'il est hautement probable que le condamné commette d'autres infractions dans l'établissement ou en dehors de celui-ci. Il s'agit d'un danger qui ne peut être combattu que par le placement dans un établissement fermé. Conformément au principe de la proportionnalité, l'exécution de la mesure dans un établissement fermé suppose une sérieuse mise en danger de biens juridiques essentiels (arrêts 6B_1243/2017 du 13 mars 2018 consid. 1.1; 6B_319/2017 du 28 septembre 2017 consid. 1.1; 6B_845/2016 du 29 juin 2017 consid. 3.1.2). Le risque de récidive doit être concret et hautement probable, c'est-à-dire résulter de l'appréciation d'une série de circonstances. Il vise la dangerosité interne du prévenu. Ce sera, par exemple, le cas d'un condamné qui profère des menaces bien précises ou qui combat sciemment l'ordre de l'établissement; en revanche, l'<ref-law> ne devrait pas s'appliquer à de simples difficultés de comportement ou à l'insoumission vis-à-vis des employés de l'établissement (arrêts 6B_1243/2017 précité consid. 1.1; 6B_319/2017 précité consid. 1.1; 6B_538/2013 du 14 octobre 2013 consid. 3.1).
1.2. La cour cantonale a exposé que, dès le mois d'avril 2017, l'évolution du recourant avait été fluctuante et globalement défavorable. L'intéressé avait présenté une décompensation psychotique prolongée ainsi qu'une dégradation de son état somatique. Au fil des mois, le lien thérapeutique était devenu inexistant. Depuis octobre 2017, le recourant avait fait plus de cinq séjours à l'unité D._, dont les effets positifs étaient de courte durée. Entre le 1er janvier et le 31 juillet 2018, il s'était absenté plus d'une vingtaine de fois, allant du simple retard à la fugue de plusieurs jours. Le recourant, désormais hospitalisé, présentait une perte de contact avec la réalité et une anosognosie totale, ce qui ne permettait pas d'assurer la sécurité des tiers. En milieu ouvert, il s'était montré incapable de respecter l'interdiction de prendre des toxiques, ce qui avait aggravé son état. Selon l'autorité précédente, l'adhésion du recourant au traitement ainsi que le lien thérapeutique ne pouvaient être obtenus en milieu ouvert. Le recourant avait dû être hospitalisé en août 2018 en raison d'une prise de toxique, de son opposition au traitement et de ses fugues. Un risque de passage à l'acte hétéro-agressif - constaté par les médecins de l'unité C._ et de l'unité D._ - devait être retenu. L'expert intervenu en 2014 avait d'ailleurs déjà retenu l'existence d'un tel risque. Ainsi, compte tenu de la dégradation de l'état psychique du recourant, il était désormais nécessaire que la mesure soit exécutée en milieu fermé.
1.3. Il apparaît tout d'abord que la cour cantonale n'a pas justifié le placement du recourant en milieu fermé par l'existence d'un risque de fuite, mais uniquement par celle d'un risque de récidive. Or, à cet égard, l'état de fait de l'autorité précédente ne permet pas d'examiner si l'existence d'un risque de récidive qualifié peut être retenue.
En effet, l'essentiel des faits retenus par la cour cantonale concerne la détérioration de l'état de santé psychique du recourant, la rupture du lien thérapeutique et l'inadéquation d'un milieu institutionnel ouvert pour une prise en charge efficace de son trouble mental. Il ne ressort cependant pas de l'arrêt attaqué que cette évolution médicale du recourant aurait un impact direct sur le risque de récidive présenté par celui-ci, en tout cas dans une mesure significative, étant rappelé qu'un placement en milieu fermé ne peut se justifier simplement par de meilleures perspectives de traitement de l'intéressé et indépendamment dudit risque.
On ignore en l'occurrence si le risque de récidive serait actuellement plus élevé que celui qui existait à l'époque de la condamnation de 2015, ensuite de laquelle le recourant a été placé en milieu ouvert. On ne comprend pas davantage quelles infractions - et avec quel degré de probabilité - pourraient être commises concrètement par l'intéressé dans et hors d'un établissement. Les divers rapports médicaux sur lesquels s'est fondée la cour cantonale font certes état d'un "risque de passage à l'acte agressif" qui ne pourrait être écarté (cf. rapport médical du 12 décembre 2017), d'un "risque de passage à l'acte imminent" (cf. rapport médical du 13 avril 2018), d'une "mise à l'abri d'un risque hétéro-agressif" et d'une "hétéro-agressivité verbale" (cf. rapport médical du 20 juillet 2018), ou encore de "réactions imprévisibles" et du temps passé en chambre fermée "pour la sécurité des équipes et des autres patients" (cf. rapport médical du 22 août 2018), sans que l'on puisse en déduire quels biens juridiques seraient exactement menacés, avec quelle intensité et selon quelle vraisemblance. Il ne ressort pas de l'état de fait de la cour cantonale que l'un ou l'autre des risques évoqués dans ces documents - dont on ne perçoit pas la gravité - se serait déjà concrétisé ou aurait été même sur le point de l'être. Le Tribunal fédéral ne peut donc, en l'état, déterminer si le risque de récidive présenté par le recourant doit être considéré comme qualifié et peut justifier son placement en milieu fermé.
Compte tenu de ce qui précède, l'arrêt attaqué doit être annulé et la cause doit être renvoyée à l'autorité cantonale afin que celle-ci complète l'état de fait. Il lui appartiendra ainsi de déterminer, par exemple au moyen d'une expertise, quelle est la nature et le degré du risque de récidive présenté actuellement par l'intéressé, avant d'examiner à nouveau si un placement dans un établissement fermé, au sens de l'<ref-law>, se justifie (cf. <ref-law>).
2.
Au vu de ce qui précède, le recours doit être admis, l'arrêt attaqué annulé et la cause renvoyée à l'autorité cantonale pour nouvelle décision. Le recourant, qui obtient gain de cause, ne supporte pas de frais judiciaires (<ref-law>). Il peut prétendre à de pleins dépens, pour la procédure devant le Tribunal fédéral, qui seront mis à la charge du canton de Genève (<ref-law>). Sa demande d'assistance judiciaire est dès lors sans objet (<ref-law>). Dès lors que l'admission du recours porte sur une insuffisance de l'état de fait, il peut être procédé au renvoi sans ordonner préalablement un échange d'écritures (cf. <ref-ruling> consid. 3.4.2 p. 296).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est admis, l'arrêt attaqué est annulé et la cause est renvoyée à l'autorité cantonale pour nouvelle décision.
2.
Il n'est pas perçu de frais judiciaires.
3.
Le canton de Genève versera au recourant une indemnité de 3'000 fr. à titre de dépens pour la procédure devant le Tribunal fédéral.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre pénale de recours.
Lausanne, le 16 janvier 2019
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Denys
Le Greffier : Graa