Sachverhalt:
A.
Die Staatsanwaltschaft Zürich-Limmat verurteilte X._ mit Strafbefehl vom 13. Oktober 2014 wegen rechtswidrigen Aufenthaltes (Art. 115 Abs. 1 lit. b AuG) im Zeitraum vom 12. August 2014 bis am 12. Oktober 2014 zu einer bedingten Geldstrafe von 30 Tagessätzen zu je Fr. 30.--.
Die Staatsanwaltschaft See/Oberland verurteilte ihn mit Strafbefehl vom 11. Juni 2015 wegen rechtswidrigen Aufenthaltes im Zeitraum vom 14. Oktober 2014 bis am 11. Juni 2015 und bestrafte ihn mit einer Geldstrafe von 50 Tagessätzen zu je Fr. 30.--. Die Strafe wurde in der Folge in eine Ersatzfreiheitsstrafe von 50 Tagen umgewandelt und im Umfang von zwei Dritteln vollzogen.
Die Staatsanwaltschaft Zürich-Sihl verurteilte ihn mit Strafbefehl vom 12. Februar 2016 wegen rechtswidrigen Aufenthaltes im Zeitraum vom 11. August 2014 bis am 10. Februar 2016 sowie Verletzung der Mitwirkungspflicht bei der Beschaffung der Ausweispapiere (Art. 120 Abs. 1 lit. e AuG) zu einer unbedingten Freiheitsstrafe von 90 Tagen.
Die Staatsanwaltschaft Winterthur/Unterland stellte das Verfahren wegen rechtswidrigen Aufenthaltes am 6. September 2017 ein.
B.
Mit Revisionsbegehren vom 9. Oktober 2017 gelangte X._ an das Obergericht des Kantons Zürich und verlangte die Aufhebung des Strafbefehls der Staatsanwaltschaft Zürich-Limmat vom 13. Oktober 2014, des Strafbefehls der Staatsanwaltschaft See/Oberland vom 11. Juni 2015 sowie des Strafbefehls der Staatsanwaltschaft Zürich-Sihl vom 12. Februar 2016.
C.
Das Obergericht des Kantons Zürich wies das Revisionsgesuch betreffend den Strafbefehl der Staatsanwaltschaft Zürich-Limmat vom 13. Oktober 2014 und den Strafbefehl der Staatsanwaltschaft See/ Oberland vom 11. Juni 2015 ab. Den Strafbefehl der Staatsanwaltschaft Zürich-Sihl vom 12. Februar 2016 hob es auf und wies das Verfahren zur Neubeurteilung an die Staatsanwaltschaft Zürich-Sihl zurück.
D.
X._ führt Beschwerde in Strafsachen. Er beantragt, die Abweisung des Revisionsgesuchs betreffend den Strafbefehl der Staatsanwaltschaft Zürich-Limmat vom 13. Oktober 2014 sowie den Strafbefehl der Staatsanwaltschaft See/Oberland vom 11. Juni 2015 und die genannten Strafbefehle seien aufzuheben. Die Strafverfahren betreffend rechtswidrigen Aufenthaltes der Staatsanwaltschaft Zürich-Limmat und der Staatsanwaltschaft See/Oberland seien einzustellen resp. er sei vom Vorwurf des rechtswidrigen Aufenthaltes freizusprechen. Eventualiter seien die zwei letztgenannten Strafverfahren zur neuen Behandlung an die Staatsanwaltschaften zurückzuweisen. Subeventualiter beantragt er, die Angelegenheit sei zur Durchführung eines ordnungsgemässen Verfahrens an das Obergericht zurückzuweisen. Er ersucht um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung.
E.
Das Obergericht und die Oberstaatsanwaltschaft des Kantons Zürich haben auf eine Vernehmlassung verzichtet.
Das Bundesgericht hat die Angelegenheit am 24. April 2019 in einer öffentlichen Sitzung beraten.

Erwägungen:
1.
Der Beschwerdeführer rügt eine Verletzung von <ref-law>.
1.1. Wer durch ein rechtskräftiges Urteil, einen Strafbefehl, einen nachträglichen richterlichen Entscheid oder einen Entscheid im selbstständigen Massnahmeverfahren beschwert ist, kann die Revision verlangen, wenn neue, vor dem Entscheid eingetretene Tatsachen oder neue Beweismittel vorliegen, die geeignet sind, einen Freispruch, eine wesentlich mildere oder wesentlich strengere Bestrafung der verurteilten Person oder eine Verurteilung der freigesprochenen Person herbeizuführen (<ref-law>).
Revisionsrechtlich beachtlich sind neue Tatsachen und Beweismittel, die geeignet sind, die tatsächlichen Feststellungen, auf denen die Verurteilung basiert, zu erschüttern und die einen günstigeren Entscheid zugunsten der verurteilten Person ermöglichen (<ref-ruling> E. 5.1.4 S. 68; Urteile 6B_965/2017 vom 18. April 2018 E. 4.2; je mit Hinweisen). Hingegen sind Verfahrensverstösse grundsätzlich mittels Revision nicht korrigierbar, sondern müssen im ordentlichen Rechtsmittelverfahren geltend gemacht werden (Urteile 6B_965/2017 vom 18. April 2018 E. 4.2; 6B_22/2018 vom 15. März 2018 E. 5; 6B_986/2013 vom 11. Juli 2014 E. 4.1; je mit Hinweisen). Die Revision ist zuzulassen, wenn die Abänderung des früheren Urteils wahrscheinlich erscheint (<ref-ruling> E. 4e S. 360 f.). Die Revision dient nicht dazu, rechtskräftige Entscheide jederzeit infrage zu stellen oder frühere prozessuale Versäumnisse zu beheben (<ref-ruling> E. 2.2 S. 74; Urteil 6B_399/2018 vom 16. Mai 2018 E. 3.1).
Ein Gesuch um Revision eines Strafbefehls muss als missbräuchlich qualifiziert werden, wenn es sich auf Tatsachen stützt, die der verurteilten Person von Anfang an bekannt waren, die sie ohne schützenswerten Grund verschwieg und die sie in einem ordentlichen Verfahren hätte geltend machen können, welches auf Einsprache hin eingeleitet worden wäre. Demgegenüber kann die Revision eines Strafbefehls in Betracht kommen wegen wichtiger Tatsachen oder Beweismittel, die die verurteilte Person im Zeitpunkt, als der Strafbefehl erging, nicht kannte oder die schon damals geltend zu machen für ihn unmöglich waren oder keine Veranlassung bestand (<ref-ruling> E. 2.3 S. 75 f.). Rechtsmissbrauch ist nur mit Zurückhaltung anzunehmen. Es ist in jedem Einzelfall zu prüfen, ob unter den gegebenen Umständen das Revisionsgesuch dazu dient, den ordentlichen Rechtsweg zu umgehen (vgl. <ref-ruling> E. 2.2 S. 74 und E. 2.4 S. 76).
1.2. Die Vorinstanz erwägt, die vom Beschwerdeführer vorgetragene Fremdsprachigkeit in Kombination mit seinem Analphabetismus sei nicht als neue Tatsache im Sinne von <ref-law> zu werten. Ferner seien dem Beschwerdeführer in den Verfahren durch den Beizug eines Dolmetschers Dokumente übersetzt und erklärt worden, womit seinen fehlenden Sprachkenntnissen und seinem Analphabetismus genügend Rechnung getragen worden sei. Ein Fall einer notwendigen Verteidigung sei zu verneinen.
Die Vorinstanz erwägt weiter, mit dem Strafbefehl vom 12. Februar 2016 habe die Staatsanwaltschaft Zürich-Sihl eine unbedingte Freiheitsstrafe verhängt, ohne ihrem Entscheid das pendente Rückführungsverfahren zugrunde zu legen. Eine Freiheitsstrafe sei geeignet, ein pendentes Rückführungsverfahren zu erschweren, weswegen eine solche im Sinne der bisherigen Rechtsprechung erst ausgesprochen werden könne, wenn alles Zumutbare für den Vollzug der Rückkehr unternommen worden sei. Demnach sei der Stand des Rückführungsverfahrens als neue Tatsache im Sinne von <ref-law> zu qualifizieren. Der Strafbefehl vom 12. Februar 2016 sei aufzuheben und das Verfahren an die Staatsanwaltschaft zurückzuweisen. Insofern könne offengelassen werden, ob eine Rückweisung aufgrund des Umstandes, dass der Strafbefehl vom 12. Februar 2016 dieselbe Deliktsdauer wie die vorangehenden Strafbefehle betreffe, zu erfolgen habe. Eine Geldstrafe hingegen erschwerte die Rückführung nicht, weswegen der Stand des Rückführungsverfahrens im Zusammenhang mit den mit Strafbefehlen vom 13. Oktober 2014 und 11. Juni 2015 ausgesprochenen Geldstrafen nicht erheblich sei.
1.3. Der Beschwerdeführer wendet nichts gegen die vorinstanzlichen Erwägungen ein, gemäss welchen die von ihm vorgebrachte Fremdsprachigkeit in Kombination mit seinem Analphabetismus nicht als neue Tatsachen im Sinne von <ref-law> zu qualifizieren seien. Er macht hingegen geltend, den Strafbefehlen vom 13. Oktober 2014 und vom 11. Juni 2015 komme keine Rechtswirkung zu, da sie nicht übersetzt worden seien und damit gegen <ref-law>, <ref-law> und Art. 6 Ziff. 3 lit. a und e EMRK verstossen würden. Ferner bringt er vor, sein Anspruch auf notwendige Verteidigung gemäss <ref-law> sei verletzt worden. Er habe aufgrund seiner Fremdsprachigkeit und seinem Analphabetismus weder Tragweite noch Regelungsgehalt der Strafbefehle erkennen und sich nicht wirksam verteidigen können.
1.3.1. Mit seinen Vorbringen macht der Beschwerdeführer keinen Revisionsgrund nach <ref-law> geltend. So ist insbesondere die Rüge der fehlenden notwendigen Verteidigung nicht revisionsrelevant (vgl. Urteile 6B_986/2013 vom 11. Juli 2014 E. 4.1 betreffend die amtliche Verteidigung; 6B_288/2012 vom 6. Dezember 2012 E. 1.5 unter Anwendung von kantonalem Recht). Seine Ausführungen zur fehlenden Übersetzung der Strafbefehle und zur notwendigen Verteidigung zielen auf die Geltendmachung von Verfahrensverstössen, welche revisionsrechtlich grundsätzlich unbeachtlich sind (vorne E. 1.2).
1.3.2. Sofern er vorbringt, den Strafbefehlen vom 13. Oktober 2014 und 11. Juni 2015 komme aufgrund des geltend gemachten Verstosses gegen seinen Anspruch auf Übersetzung (<ref-law>, <ref-law>, Art. 6 Ziff. 3 lit. a und e EMRK) und notwendige Verteidigung (<ref-law>) keine Rechtswirkung zu, macht er sinngemäss deren Nichtigkeit geltend.
Fehlerhafte amtliche Verfahrenshandlungen sind in der Regel nicht nichtig, sondern anfechtbar und werden durch Nichtanfechtung rechtsgültig (<ref-ruling> E. 1.4.3 S. 367 f.; <ref-ruling> E. 3.1 S. 275; je mit Hinweisen). Fehlerhafte Entscheide sind nach bundesgerichtlicher Rechtsprechung nichtig, wenn der ihnen anhaftende Mangel besonders schwer ist, wenn er sich als offensichtlich oder zumindest leicht erkennbar erweist und die Rechtssicherheit durch die Annahme der Nichtigkeit nicht ernsthaft gefährdet wird. Inhaltliche Mängel einer Entscheidung führen nur ausnahmsweise zur Nichtigkeit. Als Nichtigkeitsgründe fallen vorab funktionelle und sachliche Unzuständigkeit der entscheidenden Behörde sowie krasse Verfahrensfehler in Betracht (wie beispielsweise der Umstand, dass der Betroffene keine Gelegenheit hatte, am Verfahren teilzunehmen). Die Nichtigkeit eines Entscheides ist jederzeit und von sämtlichen rechtsanwendenden Behörden von Amtes wegen zu beachten (<ref-ruling> E. 1.4.3 S. 368; <ref-ruling> E. 3.1 S. 503; <ref-ruling> E. 3.1 S. 275; je mit Hinweisen). Im Bereich des Strafrechts kommt der Rechtssicherheit eine besondere Bedeutung zu (Urteil 6B_667/2017 vom 15. Dezember 2017 E. 3.2 mit Hinweis).
1.3.3. Gemäss <ref-law> wird der beschuldigten Person, auch wenn sie verteidigt wird, in einer ihr verständlichen Sprache mindestens der wesentliche Inhalt der wichtigsten Verfahrenshandlungen mündlich oder schriftlich zur Kenntnis gebracht. Ein Anspruch auf vollständige Übersetzung aller Verfahrenshandlungen sowie der Akten besteht nicht (<ref-law>).
Der Umfang der Beihilfen, die einer beschuldigten Person, deren Muttersprache nicht der Verfahrenssprache entspricht, zuzugestehen sind, ist nicht abstrakt sondern aufgrund ihrer effektiven Bedürfnisse und den konkreten Umständen des Falles zu würdigen (<ref-ruling> E. 3.1 S. 120 f.). Einen Anspruch auf integrale Übersetzung des schriftlichen Urteils oder der Entlassungsverfügung bei bedingter Entlassung aus dem Strafvollzug hat das Bundesgericht verneint (<ref-ruling> E. 6.b S. 64; Urteil 6B_587/2010 vom 13. Januar 2011 E. 3.2, in: Pra, 2011 Nr. 130 S. 960). In der Lehre wird der Anspruch auf Übersetzung des Strafbefehls grundsätzlich bejaht, wobei hinsichtlich Umfang und Erfordernis einer schriftlichen oder mündlichen Übersetzung unterschiedliche Meinungen bestehen (ausführlich FRANZ RIKLIN, in: Basler Kommentar, Schweizerische Strafprozessordnung, 2. Aufl. 2014, N 8 - 10 zu Art. 353 mit Hinweisen; ADRIAN URWYLER, in: Basler Kommentar, Schweizerische Strafprozessordnung, 2. Aufl. 2014, N 7 zu Art. 68). Das Bundesgericht hat festgehalten, dass das Dispositiv des Strafbefehls sowie der Rechtsmittelweg zu übersetzen sind (Urteile 6B_667/2017 vom 15. Dezember 2017 E. 5.4; 6B_964/2013 vom 6. Februar 2015 E. 3.3.3).
Die beschuldigte Person ist grundsätzlich nicht davon entbunden, ihren Übersetzungsbedarf anlässlich nicht übersetzter Verfahrenshandlungen zu signalisieren, resp. gehalten, sich über den Inhalt einer Verfügung zu erkundigen (vgl. <ref-ruling> E. 2.b S. 465; Urteile 6B_719/2011 vom 12. November 2012 E. 2.5.3 und 2.6.2; 6B_587/2010 vom 13. Januar 2011 E. 1.3.2, in: Pra, 2011 Nr. 130 S. 960; 6B_833/2009 vom 17. November 2009 E. 3.1). Dem Beschwerdeführer war vorab durch Beizug eines Dolmetschers der gegen ihn erhobene Vorwurf sowie dessen Tragweite erklärt worden (Einvernahmerapport vom 11. Juni 2015, S. 2, act. 8/2; Einvernahmerapport vom 13.10.2014, S. 2 act. 10/2). Er bringt nicht vor, dass er seinen Übersetzungsbedarf bezüglich der Strafbefehle signalisiert hätte oder sich nach dem Inhalt der Strafbefehle erkundigt hätte und ihm die Übersetzung dennoch verweigert worden wäre. Es kann unter den dargelegten Umständen jedenfalls nicht gesagt werden, dass die vorgebrachte Rechtsverletzung nach Massgabe der Evidenztheorie offensichtlich ist. Die geltend gemachte Verletzung von <ref-law> genügt nicht, um den Strafbefehlen jegliche Rechtsverbindlichkeit abzusprechen. Die fehlende Übersetzung eines Strafbefehls stellt keinen Nichtigkeitsgrund dar (Urteil 6B_667/2017 vom 15. Dezember 2017 E. 3.2).
Anders als in den Urteilen 6B_667/2017 vom 15. Dezember 2017 und 6B_964/2013 vom 6. Februar 2015 stellt sich vorliegend die Frage nach der Wiederherstellung der Einsprachefrist nicht. Der Beschwerdeführer hat seinen Übersetzungsbedarf weder infolge der Zustellung der Strafbefehle (vgl. Urteil 6B_964/2013 vom 6. Februar 2015 E. 3.4) noch im Zusammenhang mit der Strafvollzugsverfügung (vgl. Urteil 6B_667/2017 vom 15. Dezember 2017 E. 5.3 f.), sondern erst zwei Jahre später nach Vollzug der ausgesprochenen Strafen im Rahmen eines Revisionsverfahrens vorgebracht.
1.3.4. Gemäss <ref-law> muss die beschuldigte Person verteidigt werden, wenn sie wegen ihres körperlichen oder geistigen Zustandes oder aus anderen Gründen ihre Verfahrensinteressen nicht ausreichend wahren kann und die gesetzliche Vertretung dazu nicht in der Lage ist (notwendige Verteidigung). Fehlende Sprachkenntnisse können in Kombination mit weiteren Gründen einen Anspruch auf notwendige Verteidigung gemäss <ref-law> begründen (VIKTOR LIEBER, in: Zürcher Kommentar StPO, 2. Aufl. 2014, N. 21 zu Art. 130; vgl. NIKLAUS RUCKSTUHL, in: Basler Kommentar StPO, 2. Aufl. 2014, N. 32 zu <ref-law>).
Dem Beschwerdeführer waren vorab durch Beizug eines Dolmetschers der ihm gemachte Vorwurf sowie dessen Tragweite erklärt worden (vorne E. 1.3.3). Dass der Beschwerdeführer die Tragweite des ihm gemachten Vorwurfs und des Strafverfahrens aufgrund der fehlenden Sprachkenntnisse und des Analphabetismus nicht erfasst hat, legt er nicht dar. Er hat den ihm vorgeworfenen Sachverhalt anlässlich seiner Einvernahmen stets anerkannt und angegeben, sich seiner Ausreisepflicht sowie seines Verstosses dagegen bewusst zu sein. Seine Unwilligkeit zur Ausreise hat er mehrfach bestätigt (Einvernahmerapport vom 11. Juni 2015, S. 2, act. 8/2; Einvernahmerapport vom 13. Okto-ber 2014, S. 2, act. 10/2). Es ist unter diesen Umständen vielmehr von einem renitenten Verhalten des Beschwerdeführers und nicht davon auszugehen, dass er sich im Verfahren aufgrund seiner Fremdsprachigkeit und seines Analphabetismus offenkundig nicht zurechtgefunden hat. Schliesslich ist das Urteil 6B_941/2015 vom 2. März 2016 E. 4.2 f., auf welches sich der Beschwerdeführer beruft, nicht einschlägig, da dieses die Frage des Strafvollzugs einer aufgrund ihrer intellektuellen Defizite schuldunfähigen Person betraf. Von der Fremdsprachigkeit und dem Analphabetismus des Beschwerdeführers ist nicht auf dessen Minderintelligenz zu schliessen.
Es ist insgesamt nicht von derart offensichtlichen Verfahrensfehlern auszugehen, dass die für krasse Ausnahmefälle vorgesehene Annahme der Nichtigkeit gerechtfertigt und den fraglichen Strafbefehlen jegliche Rechtsverbindlichkeit abzusprechen wäre.
1.4. Ferner beanstandet der Beschwerdeführer, die Vorinstanz sei im Zusammenhang mit dem Strafbefehl vom 11. Juni 2015 fälschlicherweise davon ausgegangen, dass der Stand des Rückführungsverfahrens keine erhebliche Tatsache sei. Die mit Strafbefehl vom 11. Ju-ni 2015 ausgefällte Geldstrafe sei in eine Ersatzfreiheitsstrafe von 50 Tagen umgewandelt worden, welche er im Umfang von zwei Dritteln zu verbüssen hatte. Demnach sei der Stand des Rückführungs-verfahrens auch in Bezug auf diesen Strafbefehl als erhebliche Tat-sache zu qualifizieren. Schliesslich beanstandet er die Höhe des aus-gesprochenen Tagessatzes, die Anordnung zum Vollzug der Ersatz-freiheitsstrafe durch die Zentrale Inkassostelle des Obergerichts im Rahmen der Umwandlung nach <ref-law> und die fehlende Be-treibung.
1.4.1. Der Beschwerdeführer plädiert weitgehend wie in einem ordentlichen Rechtsmittelverfahren, wobei er die strafprozessuale Beschränkung der Rügegründe auf revisionsrelevante Umstände ausser Acht lässt. Insbesondere beruft er sich im Zusammenhang mit seiner Kritik an der Höhe des Tagessatzes und an der fehlenden Betreibung auf keine neuen Tatsachen im Sinne von <ref-law>, weswegen darauf nicht einzugehen ist.
1.4.2. Als neue Tatsachen im Sinne von <ref-law> hat der Beschwerdeführer im vorinstanzlichen Verfahren bezüglich den dem Strafbefehl vom 11. Juni 2015 vorangehenden Zeitraum seine Vorladung durch das Migrationsamt vom 29. Juli 2014 (act. 1/2/10) und die Aufforderung des Bundesamtes für Migration an die afghanische Botschaft vom 8. September 2014 zur Überprüfung seiner Identität und allenfalls Ausstellung der Reisepapiere (act. 1/2/11) vorgebracht. Die beiden Schreiben befanden sich nicht in den Akten des Strafbefehlsverfahrens.
1.4.3. Die Richtlinie (EG) Nr. 2008/115 des Europäischen Parlaments und des Rates über gemeinsame Normen und Verfahren in den Mitgliedstaaten zur Rückführung illegal aufhältiger Drittstaatsangehöriger vom 16. Dezember 2008 (Rückführungsrichtlinie) kommt in der Schweiz zur Anwendung (<ref-ruling> E. 1.2 S. 251 mit Verweis auf den Bundesbeschluss vom 18. Juni 2010 über die Genehmigung und die Umsetzung des Notenaustauschs zwischen der Schweiz und der EG betreffend die Übernahme der EG-Rückführungsrichtlinie; AS 5925 2010). Das Bundesgericht hat in <ref-ruling> E. 1.9 festgehalten, dass eine Rückführungsrichtlinien-konforme Anwendung von Art. 115 Abs. 1 lit. b AuG verlangt, dass auf die Verhängung und den Vollzug einer Freiheitsstrafe verzichtet wird, wenn gegen den Betroffenen mit illegalem Aufenthalt ein Wegweisungsentscheid erging und die erforderlichen Entfernungsmassnahmen noch nicht ergriffen wurden. Die Verhängung einer Geldstrafe ist demgegenüber mit der Rückführungsrichtlinie vereinbar, vorausgesetzt sie erschwert das Verfahren der Entfernung nicht. Eine solche Sanktion kann unabhängig von den für die Umsetzung der Wegweisung erforderlichen Massnahmen ausgesprochen werden (<ref-ruling> E. 1.9 S. 260 f.).
1.4.4. Mit Strafbefehl vom 11. Juni 2015 hat die Staatsanwaltschaft den Beschwerdeführer zu einer Geldstrafe verurteilt. Inwiefern die tatsächlichen Grundlagen des Strafbefehls durch die genannten Schreiben erschüttert sein sollten, ist nicht ersichtlich. Seine finanziellen Verhältnisse waren bei der Bemessung des Tagessatzes zu berücksichtigen (vgl. im Zusammenhang mit der Geldstrafe wegen rechtswidrigem Aufenthalt gemäss Art. 115 Abs 1 lit b AuG Urteile 6B_1081/2017 vom 21. Dezember 2017 E. 3; 6B_1055/2017 vom 9. November 2017 E. 2.7), womit ihm die Bezahlung der ausgesprochenen Geldstrafe grundsätzlich zumutbar war. Seine Kritik bezüglich der Höhe des Tagessatzes beruht nicht auf neuen Tatsachen im Sinne von <ref-law>, womit sie nicht revisionsrelevant ist (vgl. vorne E. 1.4.1). Inwiefern der Vollzug der Ersatzfreiheitsstrafe im Umfang von 33,3 Tagen die Rückführung des Beschwerdeführers hätte massgebend erschweren können, ist angesichts der von ihm dargelegten Verweigerung der Mitwirkung bei der Beschaffung der Ausweispapiere (Einvernahmerapport vom 11. Juni 2015, S. 2, act. 8/2) und der stark beschränkten Dauer der Ersatzfreiheitsstrafe nicht ersichtlich. Unter diesen Umständen kann nicht von einer im Sinne der Rückführungsrichtlinie relevanten Verzögerung der Rückführung durch die angeordnete Ersatzfreiheitsstrafe ausgegangen werden. Die Staatsanwaltschaft konnte im Hinblick auf die ausgesprochene Geldstrafe davon absehen, den Stand des Rückführungsverfahrens abschliessend abzuklären und zu den Akten zu nehmen. Nach dem Vorstehenden kann offenbleiben, ob dem Beschwerdeführer vorzuwerfen ist, seine Vorbringen gegen den Strafbefehl nicht im ordentlichen Einspracheverfahren geltend gemacht zu haben (vgl. <ref-ruling> E. 2.3 S. 75 f.; vorne E. 1.1).
1.4.5. Der Beschwerdeführer reicht erstmals vor Bundesgericht das Schreiben der Zentralen Inkassostelle der Gerichte des Obergerichts des Kantons Zürich betreffend Anordnung zum Vollzug der Ersatzfreiheitsstrafe (Geldstrafe) vom 17. Dezember 2015 und den Vollzugsauftrag des Amts für Justizvollzug des Kantons Zürich vom 26. Ja-nuar 2016 ein und kritisiert darauf beruhend das Verfahren zur Um-wandlung der Geldstrafe. Neue Tatsachen und Beweismittel dürfen im Verfahren vor dem Bundesgericht nur so weit vorgebracht werden, als erst der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gibt (<ref-law>). Der Beschwerdeführer macht damit Tatsachen geltend, die er im vorinstanzlichen Verfahren nicht vorbrachte, und welche die Vorinstanz mangels eines entsprechenden Einwandes nicht in ihre Würdigung miteinbeziehen musste. Auf das verspätete Vorbringen ist im bundesgerichtlichen Verfahren nicht einzutreten, da nicht gesagt werden kann, erst der angefochtene Entscheid habe dazu Anlass gegeben.
2.
Der Beschwerdeführer rügt, die Vorinstanz verletze <ref-law> und <ref-law>, indem sie sich mit seinen Vorbringen zur fehlenden Übersetzung des Strafbefehls und notwendigen Verteidigung nicht auseinandergesetzt habe. Nach konstanter Rechtsprechung hat das Gericht seinen Entscheid zwar zu begründen, doch ist nicht erforderlich, dass es sich mit allen Parteistandpunkten einlässlich auseinandersetzt und jedes einzelne Vorbringen ausdrücklich widerlegt. Vielmehr kann es sich auf die für den Entscheid wesentlichen Punkte beschränken. Die Begründung muss so abgefasst sein, dass sich der Betroffene über die Tragweite des Entscheids Rechenschaft geben und ihn in voller Kenntnis der Sache an die höhere Instanz weiterziehen kann (<ref-ruling> E. 3.2.4 S. 41; <ref-ruling> E. 2.2 S. 183; je mit Hinweisen).
Die Vorinstanz hat dargelegt, dass sie die Vorbringen des Beschwerdeführers nicht als Revisionsgrund im Sinne von <ref-law> erachtet und aufgezeigt, aus welchen Gründen sie den Fall von notwendiger Verteidigung verneint (vorne E. 1.2). Es war dem Beschwerdeführer denn auch ohne Weiteres möglich, den Entscheid in Kenntnis von dessen Tragweite an das Bundesgericht weiterzuziehen. Gleiches gilt, soweit er vorbringt, die Vorinstanz habe sich nicht zur Umwandlung der Geldstrafe in eine Ersatzfreiheitsstrafe geäussert und dadurch sein rechtliches Gehör verletzt. Eine Verletzung der Begründungspflicht ist nicht ersichtlich. Die Rüge, die Vorinstanz sei dadurch auch in Willkür verfallen (<ref-law>), geht nicht über seine Kritik unter dem Titel des rechtlichen Gehörs hinaus.
3.
Die Beschwerde ist abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung ist indessen gutzuheissen (<ref-law>). Der Rechtsvertreter ist aus der Bundesgerichtskasse zu entschädigen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf eingetreten wird.
2.
Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird gutgeheissen.
3.
Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
4.
Der Rechtsvertreter des Beschwerdeführers, Rechtsanwalt Michael Brülhart, wird aus der Bundesgerichtskasse mit Fr. 3'000.-- entschädigt.
5.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Zürich, II. Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 24. April 2019
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Denys
Die Gerichtsschreiberin: Bianchi