Sachverhalt:
A.
Das Bezirksgericht Dietikon sprach X._ am 10. Juli 2014 im abgekürzten Verfahren der mehrfachen ungetreuen Geschäftsbesorgung, der mehrfachen Urkundenfälschung, des Erschleichens einer Falschbeurkundung und der mehrfachen unwahren Angaben gegenüber Handelsregisterbehörden schuldig. Es verurteilte ihn zu einer teilbedingten Freiheitsstrafe von drei Jahren.
B.
Am 27. April 2018 stellte X._ beim Obergericht Zürich ein Revisionsgesuch. Darauf trat das Obergericht Zürich am 12. Juni 2018 nicht ein.
C.
Mit Beschwerde in Strafsachen beantragt X._, der Beschluss des Obergerichts vom 12. Juni 2018 sei aufzuheben. Das Obergericht sei zu verpflichten, sein Revisionsgesuch zu behandeln und die Gerichtsgebühr aufzuheben. In prozessualer Hinsicht beantragt X._, der Beschwerde sei superprovisorisch die aufschiebende Wirkung zu erteilen und er ersucht für das bundesgerichtliche Verfahren um unentgeltliche Rechtspflege.

Erwägungen:
1.
1.1. Der Beschwerdeführer ist der Ansicht, die Vorinstanz sei zu Unrecht nicht auf sein Revisionsbegehren eingetreten. Er rügt eine Verletzung von Bundesrecht (Art. 410 Abs. 1 lit. a und lit. c StPO sowie Art. 412 StPO). Zur Begründung führt der Beschwerdeführer im Wesentlichen aus, das Urteil des Bezirksgerichts Dietikon vom 10. Juli 2014 beruhe auf einem falschen Tatsachenfundament. Die angeblich durch ihn geschädigte Vorsorgestiftung habe nie einen Vermögensschaden erlitten und es habe auch nie eine Unterdeckung bestanden. Wie sich herausgestellt habe, habe der zuständige Sachwalter ein korruptes und mehrfach widersprüchliches Verhalten an den Tag gelegt, um ihn zu belasten und verurteilen zu lassen. Er habe ihn zermürben wollen, damit er der Verurteilung im abgekürzten Verfahren zustimme. Dazu habe der Sachwalter mehrfach entlastende Beweise unterschlagen und einen falschen Zwischenbericht erstellt. Zudem habe er gegenüber der Staatsanwaltschaft falsche Angaben gemacht. Die nachweislich kerngesunde Vorsorgestiftung sei grundlos liquidiert worden. Entsprechende Beweise hätten erst nachträglich wiederbeschafft werden können. Der Beschwerdeführer reichte bereits im vorinstanzlichen Verfahren diverse Unterlagen ein, welche seine Behauptungen belegen sollen.
1.2. Die Vorinstanz erwägt, der Beschwerdeführer berufe sich auf den Revisionsgrund von Art. 410 Abs. 1 lit. a StPO (Vorliegen neuer Tatsachen oder Beweismittel). Nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung seien neue Tatsachen oder Beweismittel allerdings keine zulässigen Revisionsgründe im abgekürzten Verfahren. Soweit der Beschwerdeführer vorbringe, durch das Zurückbehalten von entlastenden Dokumenten sei die Untersuchungshaft verlängert worden und der Sachwalter habe ihn zermürben wollen, sei ihm zu entgegnen, dass eine durch die Haft ausgelöste Drucksituation allein auf die strafprozessualen Gegebenheiten zurückzuführen sei. Sie könne deshalb keinen Grund für eine spätere Revision darstellen. Zudem sei der Beschwerdeführer im abgekürzten Verfahren anwaltlich vertreten gewesen.
Daneben berufe sich der Beschwerdeführer auf den Revisionsgrund von Art. 410 Abs. 1 lit. c StPO. In diesem Zusammenhang mache er geltend, der Sachwalter habe sich rechtswidrig verhalten (Falschaussagen, Unterdrücken von Beweismitteln, unwahre Angaben im Zwischenbericht, Bereicherungsvorwürfe). Seine Vorbringen liessen sich nicht eindeutig von den bereits in Zusammenhang mit dem Revisionsgrund nach Art. 410 Abs. 1 lit. a StPO vorgebrachten Argumenten abgrenzen. Einige der gegen den Sachwalter gerichteten Vorwürfe liessen sich letztlich ebenfalls auf die vom Beschwerdeführer (neu) vorgenommene, eigene Bewertung der Sachlage reduzieren. Sie könnten aufgrund der eingeschränkten Revisionsfähigkeit des Urteils im abgekürzten Verfahren nicht berücksichtigt werden. Soweit der Beschwerdeführer im Vorgehen des Sachwalters strafrechtlich relevantes Verhalten erblicke, sei festzuhalten, dass ein Revisionsantrag gestützt auf Art. 410 Abs. 1 lit. c StPO nicht mit blossen Tatsachenbehauptungen begründet werden könne. Vielmehr müsse sich der genannte Revisionsgrund aus einem Strafverfahren ergeben, soweit ein Täter noch strafrechtlich zur Rechenschaft gezogen werden könne. Ein Strafverfahren gegen den Sachwalter wäre grundsätzlich möglich. Zumindest lägen keine gegenteiligen Hinweise vor. Jedoch mache der Beschwerdeführer nicht geltend, dass gegen den Sachwalter ein Strafverfahren durchgeführt worden oder ein solches anhängig gemacht worden sei. Ein strafrechtlich relevantes Verhalten seitens des Sachwalters stehe damit nicht fest. Auf das Revisionsgesuch könne daher nicht eingetreten werden.
1.3. Mit der Zustimmung zur Anklageschrift im abgekürzten Verfahren wird grundsätzlich auf ein ordentliches Verfahren sowie auf Rechtsmittel verzichtet (vgl. Art. 360 Abs. 1 lit. h StPO). Die Revision des Urteils ist in einem beschränkten Rahmen möglich. Das Bundesgericht hielt die Grundsätze der (beschränkten) Rechtsmittel- und Revisionsmöglichkeit von Urteilen, die im abgekürzten Verfahren ergangen sind, wiederholt fest (vgl. <ref-ruling> E. 1.2 f. S. 122 f.; <ref-ruling> E. 3.2.1 ff. S. 123 ff.). Gemäss der bundesgerichtlichen Rechtsprechung sind neue Tatsachen und Beweismittel im Sinne von Art. 410 Abs. 1 lit. a StPO im abgekürzten Verfahren keine zulässigen Revisionsgründe. Bei strafbarer Einwirkung auf das abgekürzte Verfahren liegt hingegen ein Revisionsgrund vor (Art. 410 Abs. 1 lit. c StPO), ebenso bei schwerwiegenden Willensmängeln.
1.4. Die Vorinstanz gibt die bundesgerichtliche Rechtsprechung zum Revisionsgrund von Art. 410 Abs. 1 lit. a StPO im abgekürzten Verfahren zutreffend wieder. Der Verweis des Beschwerdeführers auf einen juristischen Aufsatz aus dem Jahr 2011, worin eine abweichende Lehrmeinung vertreten wird, vermag am Ergebnis nichts zu ändern. Die unlängst ergangene bundesgerichtliche Rechtsprechung ist klar und es besteht entgegen den Vorbringen des Beschwerdeführers kein Anlass für eine Rechtsprechungsänderung. Das Bundesgericht setzte sich in seinen Leitentscheiden eingehend mit der Frage der Revisionsfähigkeit von im abgekürzten Verfahren ergangenen Urteilen auseinander und wies darauf hin, dass diesbezüglich unterschiedliche Lehrmeinungen existieren. Der Beschwerdeführer verweist in diesem Zusammenhang auf <ref-ruling>. Daraus kann er allerdings nichts zu seinen Gunsten ableiten, da im genannten Entscheid die Frage der Zulässigkeit der Revision gestützt auf neue Tatsachen oder Beweismittel explizit offengelassen wurde (E. 2.7 des genannten Entscheids).
1.5. Weiter ist der Beschwerdeführer der Ansicht, die Vorinstanz habe auch den Revisionsgrund von Art. 410 Abs. 1 lit. c StPO zu Unrecht verneint. Das strafbare Verhalten des Sachwalters habe erst aufgrund der in der Zwischenzeit erhältlich gemachten Dokumente bewiesen werden können. Er habe unterdessen eine Strafanzeige gegen den Sachwalter eingereicht.
Revisionsbegehren gestützt auf Art. 410 Abs. 1 lit. c StPO können nicht mit blossen Tatsachenbehauptungen begründet werden. Der Revisionsgrund von Art. 410 Abs. 1 lit. c StPO muss sich aus dem Strafverfahren ergeben, wenn ein Täter strafrechtlich noch zur Rechenschaft gezogen werden kann und keine besondere Ausnahmesituation wie Tod, Schuldunfähigkeit oder Verjährung vorliegt. Verlangt wird, dass zumindest ein Strafverfahren gegen einen Verdächtigten eingeleitet wurde (vgl. Urteile 6B_965/2017 vom 18. April 2018 E. 4.1; 6B_293/2016 vom 1. Juli 2016 E. 1.2; je mit Hinweisen).
Die Vorinstanz stellt fest, dass weder eine Verurteilung des Sachwalters vorliegt noch ein Strafverfahren gegen diesen eingeleitet worden ist. Der Beschwerdeführer macht geltend, am 25. Juni 2018 eine Strafanzeige gegen den Sachwalter gestellt zu haben. Dabei handelt es sich um ein unzulässiges und daher nicht zu berücksichtigendes echtes Novum (Art. 99 Abs. 1 BGG). Daneben verweist der Beschwerdeführer auf Beilagen, welche belegen sollen, dass er bereits am 24. Juli 2017 und am 11. September 2017 Strafanzeigen gegen den Sachwalter eingereicht habe. Diese bilden jedoch nicht Gegenstand des vorinstanzlichen Entscheids. Zudem ist gänzlich unklar, ob es zu einer Verurteilung kam bzw. ob überhaupt ein Strafverfahren eingeleitet wurde. Blosse Behauptungen eines strafbaren Verhaltens genügen nicht. Auch damit vermag der Beschwerdeführer sein Revisionsbegehren nicht zu begründen. Dem Beschwerdeführer gelingt es damit nicht, eine Bundesrechtsverletzung aufzuzeigen.
2.
Der Beschwerdeführer beantragt, die vorinstanzliche Gerichtsgebühr sei aufzuheben. Er begründet diesen Antrag nicht. Es ist davon auszugehen, dass er die Neuregelung der vorinstanzlichen Kostenfolge infolge Gutheissung seiner Beschwerde beantragt. Es bleibt jedoch beim vorinstanzlichen Entscheid. Auf den Antrag ist damit nicht einzutreten.
3.
Die Beschwerde ist abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Bei diesem Ausgang des Verfahrens sind die bundesgerichtlichen Kosten dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 BGG). Sein Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege ist abzuweisen, da die Beschwerde von vornherein aussichtslos war (Art. 64 Abs. 1 BGG e contrario). Seinen angespannten finanziellen Verhältnissen ist mit reduzierten Gerichtskosten Rechnung zu tragen (Art. 65 Abs. 2 BGG). Mit dem Entscheid in der Sache wird das Gesuch um aufschiebende Wirkung gegenstandslos.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.
Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird abgewiesen.
3.
Die Gerichtskosten von Fr. 1'200.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Zürich, I. Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 3. Oktober 2018
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Denys
Die Gerichtsschreiberin: Schär