Faits :
A.
A._, ressortissant français domicilié à Genève, est un des membres fondateurs et l'administrateur président de la société B._ SA, active dans le domaine de l'informatique et des télécommunications. Depuis le 1er septembre 2011, il en est l'administrateur unique. Le capital-actions de cette société est composé de 100'000 actions nominatives (devenues actions au porteur le 29 mai 2012) à 1 franc. A._ est également fondateur et administrateur de la société C._ SA, société holding dont il détient la totalité du capital-actions composé de 100'000 actions à 1 franc.
Par contrat du 22 mars 2011, A._ a vendu à son ancienne compagne, mère de ses enfants, la moitié des actions de la société C._ SA pour un prix de 50'000 fr., ce montant devant être acquitté à terme, à la demande du vendeur, mais au plus tard le 31 décembre 2015. Le même jour, A._ et la mère de ses enfants ont également conclu une convention, par laquelle celle-ci confiait à celui-là la gestion de ses 50'000 actions à titre fiduciaire. Le 11 juillet 2011, A._ a encore vendu 8'100 actions de la société C._ SA à d'autres personnes (deux fois 1'500 et une fois 5'100).
Le 15 juillet 2011, A._ et la société C._ SA, agissant par son administrateur A._, ont signé un contrat portant sur la vente de l'entier des actions de la société B._ SA détenues par celui-ci, pour un montant de 2'031'750 fr. (soit 45'000 actions au prix unitaire de 45 fr. 15). Le prix de vente a été réglé par l'inscription d'une créance en faveur de l'intéressé dans la comptabilité de la société C._ SA.
En 2011, A._, au bénéfice d'une autorisation de séjour en Suisse, a été imposé à la source. Il a été imposé de manière ordinaire les années suivantes.
B.
Par courrier du 27 novembre 2014, après que l'Administration fédérale des contributions (ci-après: l'Administration fédérale) eut communiqué à l'Administration fiscale cantonale de la République et canton de Genève (ci-après: l'Administration fiscale) l'existence d'un éventuel cas de transposition, celle-ci a informé A._ de l'ouverture de procédures en rappel et en soustraction d'impôt pour les années 2010 et 2011. A la suite de l'analyse de sa déclaration fiscale 2012 et étant donné sa fortune imposable, l'Administration fiscale est arrivée à la conclusion que le contribuable aurait dû être imposé selon la procédure ordinaire dès la période fiscale 2010. Le 4 septembre 2015, après avoir en particulier procédé à une instruction en relation avec la vente des actions de la société B._ SA, l'Administration fiscale a clos les procédures en rappel et en soustraction d'impôt précitées, fixant notamment l'ICC 2011 à 482'985 fr. 90, l'IFD 2011 à 176'486 fr. 05 et les amendes à 197'763 fr. pour l'ICC 2011, respectivement à 73'310 fr. pour l'IFD 2011, soit à 40% du montant d'impôt soustrait. Le 28 septembre 2015, A._ a formé réclamation contre cette décision en tant que celle-ci avait trait au rappel et à la soustraction d'impôt de la période fiscale 2011. Par deux décisions du 26 octobre 2015, l'Administration fiscale a rejeté cette réclamation. Le contribuable a contesté ces décisions sur réclamation le 26 novembre 2015 devant le Tribunal administratif de première instance de la République et canton de Genève (ci-après: le Tribunal administratif de première instance). Après avoir entendu les parties lors d'une audience d'instruction qui s'est tenue le 27 février 2017, cette autorité, dans un jugement du 7 avril 2017, a rejeté le recours et renvoyé la cause à l'Administration fiscale, afin que celle-ci notifie de nouvelles amendes d'ICC et d'IFD 2011. Procédant à une reformatio in peius, elle a considéré que le contribuable n'avait pas agi par négligence, mais intentionnellement ou à tout le moins par dol éventuel et que la quotité de l'amende devait être fixée à une fois le montant de l'impôt soustrait. A._ a contesté ce jugement le 18 mai 2017 auprès de la Chambre administrative de la Cour de justice de la République et canton de Genève (ci-après: la Cour de justice). Celle-ci, après avoir également procédé à une audience d'instruction qui s'est tenue le 11 décembre 2017, a partiellement admis le recours par arrêt du 5 juin 2018. Elle a jugé que le contribuable avait agi par négligence et a de ce fait confirmé les amendes prononcées initialement par l'Administration fiscale dans ses décisions sur réclamation du 26 octobre 2015. Elle a rejeté le recours pour le surplus.
C.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public (cause 2C_681/2018), A._ demande en substance au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, outre l'effet suspensif, d'annuler l'arrêt de la Cour de justice du 5 juin 2018 et les décisions sur réclamation de l'Administration fiscale du 26 octobre 2015; subsidiairement, d'annuler l'arrêt précité et de renvoyer la cause à l'autorité précédente pour nouvelle décision dans le sens des considérants.
Agissant également par la voie du recours en matière de droit public (cause 2C_692/2018), l'Administration fiscale demande pour sa part au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, d'annuler l'arrêt de la Cour de justice du 5 juin 2018 et de confirmer le jugement du Tribunal administratif de première instance du 7 avril 2017; subsidiairement d'annuler l'arrêt précité et de renvoyer la cause à l'autorité précédente.
Par ordonnance du 4 septembre 2018, le Juge présidant de la IIe Cour de droit public du Tribunal fédéral a rejeté la requête d'effet suspensif.
La Cour de justice persiste dans les considérants et le dispositif de son arrêt. Chaque partie conclut au rejet du recours de l'autre partie. L'Administration fédérale conclut quant à elle au rejet du recours déposé par A._ et à l'admission de celui de l'Administration fiscale.

Considérant en droit :
1.
Les deux recours déposés devant le Tribunal fédéral sont dirigés contre le même arrêt cantonal. Ils concernent des faits de même nature et portent sur des questions juridiques connexes. Il se justifie par conséquent de joindre les causes et de les traiter en un seul arrêt (cf. <ref-law> et 24 PCF [RS 273]).
2.
2.1. Les recours concernent une décision rendue dans une cause de droit public (cf. <ref-law>), par une autorité judiciaire cantonale supérieure de dernière instance (cf. art. 86 al. 1 let. d et al. 2 LTF) sans qu'aucune des exceptions prévues à l'<ref-law> ne soit réalisée. Il en découle que la voie du recours en matière de droit public est en principe ouverte (cf. aussi <ref-law> [RS 642.11] et 73 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes [LHID; RS 642.14]). Pour le surplus, le recours de l'Administration fiscale a été déposé en temps utile (<ref-law>) et dans les formes requises (<ref-law>), étant précisé que cette autorité a qualité pour recourir en application du droit fédéral (cf. <ref-law>, 73 al. 2 LHID et 89 al. 2 let. d LTF). Il est donc recevable. Quant au contribuable, il a participé à la procédure devant l'autorité précédente, est particulièrement atteint par la décision entreprise et a un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification. Il a ainsi qualité pour recourir (cf. <ref-law>). Son recours a en outre également été déposé en temps utile (<ref-law>) et dans les formes requises (<ref-law>), si bien qu'il est recevable, sous réserve de ce qui suit.
2.2. Dans la mesure où le contribuable recourant demande l'annulation des décisions sur réclamation de l'Administration fiscale du 26 octobre 2015, sa conclusion est irrecevable en raison de l'effet dévolutif complet du recours déposé auprès de la Cour de justice (<ref-ruling> consid. 1.2 p. 543).
3.
Saisi d'un recours en matière de droit public, le Tribunal fédéral applique le droit d'office (<ref-law>) sans être lié ni par les motifs de l'autorité précédente, ni par les moyens des parties; il peut donc admettre le recours en se fondant sur d'autres arguments que ceux invoqués par la partie recourante, comme il peut le rejeter en opérant une substitution de motifs (<ref-ruling> consid. 3 p. 783).
4.
Il se pose en premier lieu la question de la recevabilité du recours de l'Administration fiscale en tant que celle-ci demande, avec la confirmation de l'arrêt entrepris, la confirmation de la quotité de l'amende pour soustraction d'impôt à une fois le montant d'impôt soustrait. Il convient en effet de rappeler qu'initialement, cette autorité n'avait prononcé qu'une amende représentant 40% de l'impôt soustrait et que c'est le Tribunal administratif de première instance, procédant à une reformatio in peius, qui a augmenté la quotité de cette amende.
En l'occurrence, si les conclusions nouvelles sont exclues par l'<ref-law> et que l'autorité décisionnelle ne saurait en principe demander plus que ce qui figure dans les dernières conclusions devant l'autorité précédente, force est de constater que, devant le Tribunal administratif de première instance, l'Administration fiscale a expressément conclu à une reformatio in peiuset à la fixation de la quotité de l'amende à une fois le montant d'impôt soustrait. Dans ces conditions et sur le vu du fait que, devant la Cour de justice, l'Administration fiscale a conclu au rejet du recours du contribuable et à la confirmation du jugement du Tribunal administratif de première instance, les conclusions prises devant le Tribunal fédéral ne sont pas nouvelles et ne sauraient, par conséquent, être déclarées irrecevables.
5.
Le présent litige concerne la reprise effectuée pour la période fiscale 2011, aussi bien en matière d'IFD que d'ICC, par l'Administration fiscale auprès du contribuable en raison d'un cas de transposition. Il a également trait à l'amende prononcée à l'encontre de celui-ci pour soustraction d'impôt (IFD et ICC 2011). Dans la mesure où le recours du contribuable remet en question l'existence d'un cas de transposition, respectivement du rappel d'impôt et que celui de l'Administration fiscale ne concerne que la quotité de l'amende, respectivement du caractère intentionnel de l'infraction, il se justifie de traiter en premier lieu le recours du contribuable avant d'examiner celui de l'Administration fiscale.
6.
Le contribuable recourant, ainsi que l'Administration fiscale recourante se prévalent d'un établissement inexact des faits.
6.1. Le Tribunal fédéral statue en principe sur la base des faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>), sous réserve des cas prévus à l'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 4.4.3 p. 156). Le recourant ne peut critiquer les constatations de fait ressortant de la décision attaquée que si celles-ci ont été effectuées en violation du droit au sens de l'<ref-law> ou de manière manifestement inexacte, c'est-à-dire arbitraire, et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 6 p. 358). Conformément à l'<ref-law>, le recourant doit expliquer de manière circonstanciée en quoi ces conditions seraient réalisées. Les faits invoqués de manière appellatoire sont irrecevables (<ref-ruling> consid. 6.3 p. 375). Par ailleurs, aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut en principe être présenté devant le Tribunal fédéral (<ref-law>).
Selon la jurisprudence, une décision est arbitraire lorsqu'elle est manifestement insoutenable, méconnaît gravement une norme ou un principe juridique clair et indiscuté, ou heurte de manière choquante le sentiment de la justice et de l'équité; il ne suffit pas qu'une autre solution paraisse concevable, voire préférable; pour que cette décision soit annulée, encore faut-il qu'elle se révèle arbitraire non seulement dans ses motifs, mais aussi dans son résultat (<ref-ruling> consid. 7.3 p. 174 s. et les références). Lorsque la partie recourante s'en prend à l'appréciation des preuves et à l'établissement des faits, la décision n'est arbitraire que si le juge n'a manifestement pas compris le sens et la portée d'un moyen de preuve, s'il a omis, sans raison sérieuse, de tenir compte d'un moyen important propre à modifier la décision attaquée ou encore si, sur la base des éléments recueillis, il a procédé à des déductions insoutenables (<ref-ruling> consid. 6 p. 358).
6.2. Le contribuable recourant conteste en substance la façon dont l'autorité précédente a retenu que "la chronologie rapprochée des diverses ventes d'actions a permis au recourant de soustraire de sa fortune mobilière le produit du transfert et d'opérer ainsi une substantielle économie d'impôts". Selon lui, ce raisonnement ne tient pas compte de ses explications données lors des enquêtes de première et deuxième instance, ni de ses écritures. Il présente ensuite toute une série d'explications censées démontrer que la création de la société C._ SA répondait principalement à une obligation commerciale, en particulier à financer la société B._ SA et lui permettre de continuer d'exister. Il réfute tout stratagème de soustraction fiscale et explique que la modification de l'état de fait a une incidence sur l'issue du recours en ce que la chronologie des événements n'est pas insolite et exclut toute soustraction.
Le contribuable recourant ne saurait cependant être suivi. Par ses explications, il ne fait en réalité que présenter ses propres vision et appréciation des faits et les opposer à celles de la Cour de justice, ce qui ne saurait constituer une motivation suffisante au sens de l'<ref-law>. En outre, comme on le verra ci-après, les raisons qui ont poussé le recourant à créer la société C._ SA n'ont pas d'incidence sur l'issue de la cause. Dans ces conditions, il convient d'écarter le grief d'établissement inexact des faits.
6.3. Pour sa part, l'autorité recourante estime que la Cour de justice est tombée dans l'arbitraire en examinant la volonté du contribuable sous l'angle de considérations relatives à une autre personne (en l'occurrence son ancienne compagne) et en analysant les conditions du rappel d'impôt et pas de la faute. Selon la recourante, l'analyse de l'autorité précédente en relation avec la volonté du contribuable n'est pas pertinente. En outre, l'Administration fiscale est également d'avis que certains faits n'ont à tort pas été retenus par la Cour de justice. Ainsi, celle-ci aurait dû examiner la volonté du recourant, notamment en prenant en compte la chronologie des ventes d'actions et constater que celui-ci avait connaissance des implications fiscales de son procédé. Selon la recourante, l'autorité précédente aurait également dû tenir compte du défaut de remise d'informations complètes dès le début du litige. Pour l'Administration fiscale, une prise en compte correcte des éléments de fait aurait conduit la Cour de justice à ne pas retenir une négligence, mais une intention de la part du contribuable.
En l'occurrence, si la position de l'Administration fiscale peut paraître concevable, il n'en demeure pas moins que les conclusions de l'autorité précédente quant à l'appréciation des preuves et l'établissement des faits ne sont pas arbitraires. La Cour de justice, qui, il faut le rappeler, a entendu personnellement le contribuable, a jugé crédibles les déclarations de celui-ci en relation avec sa volonté de mettre sa famille à l'abri de futures difficultés financières en procédant à la vente d'actions à son ancienne compagne, mère de ses enfants. Elle a retenu de manière soutenable qu'il n'existait pas d'élément probant permettant d'établir que les contrats conclus avec l'ancienne compagne avaient pour seul but une économie fiscale, le recourant n'ayant en particulier jamais varié dans ses déclarations à ce propos. Contrairement à ce que semble penser la recourante, la Cour de justice n'a pas examiné exclusivement la volonté de l'ancienne compagne du contribuable, mais également la volonté de celui-ci, concordante avec la volonté de celle-là. La Cour de justice a également considéré la chronologie des divers contrats et en a fait une appréciation exempte d'arbitraire, ne déniant pas la connaissance des implications fiscales par le contribuable, mais reconnaissant sa volonté de mettre ses proches à l'abri de difficultés financières. Elle a par ailleurs constaté sans arbitraire que les contrats avaient été exécutés. La Cour de justice, qui n'a pas tu la remise tardive du contrat de fiducie par le contribuable, a finalement démontré de manière soutenable qu'avec ce contrat conclu entre le recourant et son ancienne compagne, la continuité opérationnelle de la société était organisée et permettait à la direction stratégique du groupe de prendre les mesures adéquates pour la suite, sauvegardant de la sorte la valeur intrinsèque de ce groupe. Dans ces conditions, et compte tenu du fait que les autres éléments soulevés par l'Administration fiscale n'ont pas d'incidence sur l'issue de la cause, il convient également d'écarter le grief d'établissement inexact des faits soulevé par l'administration recourante.
6.4. Le Tribunal fédéral vérifiera ainsi la correcte application du droit sur la seule base des faits retenus par l'autorité précédente.
I. Impôt fédéral direct
7.
7.1. Aux termes de l'<ref-law>, lorsque des moyens de preuve ou des faits jusque-là inconnus de l'autorité fiscale lui permettent d'établir qu'une taxation n'a pas été effectuée, alors qu'elle aurait dû l'être, ou qu'une taxation entrée en force est incomplète ou qu'une taxation non effectuée ou incomplète est due à un crime ou à un délit commis contre l'autorité fiscale, cette dernière procède au rappel de l'impôt qui n'a pas été perçu, y compris les intérêts. Le rappel d'impôt est soumis à des conditions objectives. Il faut d'abord qu'une taxation n'ait, à tort, pas été établie ou soit restée incomplète, de sorte que la collectivité publique a subi une perte fiscale. Le rappel d'impôt suppose ensuite l'existence d'un motif de rappel. A cet égard, l'<ref-law> envisage en premier lieu la découverte de moyens de preuve ou de faits jusque-là inconnus de l'autorité fiscale. Il y a ainsi motif à rappel d'impôt lorsque l'autorité découvre des faits ou des moyens de preuve qui ne ressortaient pas du dossier dont disposait l'autorité fiscale au moment de la taxation. Le rappel d'impôt ne peut porter que sur les points pour lesquels l'autorité fiscale dispose de nouveaux éléments (arrêt 2C_760/2017 du 15 juin 2018 consid. 6.1 et les références).
7.2.
7.2.1. Lorsque l'Administration fiscale a imposé le contribuable à la source pour l'année 2011, elle n'avait pas connaissance de l'existence de la vente des actions de la société B._ SA à la société C._ SA et des participations du contribuable dans cette dernière société, respectivement du contrat de fiducie passé avec son ancienne compagne. Ce n'est qu'en juillet 2013 que l'Administration fiscale a eu connaissance de l'existence de la vente des actions. De plus, le contrat de vente d'actions du 22 mars 2011 a été transmis à l'Administration fiscale le 17 février 2014, alors que l'existence du contrat de fiducie n'a été dévoilée à cette autorité que le 26 novembre 2015, dans le cadre du recours auprès du Tribunal administratif de première instance. Sur cette base, l'Administration fiscale a décidé, et la Cour de justice l'a confirmé, qu'il existait un cas de transposition au sens de l'<ref-law>, disposition qui prévoit en substance qu'est considéré comme du rendement de la fortune mobilière le produit du transfert d'une participation d'au moins 5% au capital-actions d'une société de capitaux représentant un transfert de la fortune privée à la fortune commerciale d'une personne morale dans laquelle le vendeur détient une participation d'au moins 50% au capital après le transfert, dans la mesure où le total de la contre-prestation reçue est supérieur à la valeur nominale de la participation transférée. L'<ref-law> constitue un cas particulier de l'art. 20 al. 1 let. c LIFD (cf. arrêt 2C_168/2017 du 26 octobre 2017 consid. 2.1), qui dispose pour sa part que sont notamment imposables les dividendes, les parts de bénéfice, les excédents de liquidation et tous autres avantages appréciables en argent provenant de participations de tout genre (y compris les actions gratuites, les augmentations gratuites de la valeur nominale, etc.).
7.2.2. Il ressort des faits retenus par la Cour de justice que la société C._ SA a été créée le 16 mars 2011, que le contribuable recourant a cédé la moitié de ses actions à son ancienne compagne le 22 mars 2011, qu'il a vendu à trois co-contractants 8'100 actions le 11 juillet 2011 et que dans la même semaine, soit le 15 juillet 2011, il a cédé 45'000 actions de la société B._ SA dont il était titulaire à la société C._ SA, au prix unitaire de 45 fr. 15 par action pour un total de 2'031'750 francs. La Cour de justice en a conclu que "cette chronologie des événements, et en particulier le fait de se dessaisir de 50% des actions de la société C._ SA au bénéfice de son ex-compagne, moins de quatre mois avant de vendre à cette même société 45'000 actions de la société B._ SA, lui a permis de soustraire de sa fortune mobilière le produit de ce transfert et d'opérer ainsi une substantielle économie d'impôt, puisqu'il n'était alors plus en possession de plus de 50% du capital-actions de la société à laquelle les actions étaient transférées". Elle a de ce fait admis l'existence d'un cas de transposition.
7.2.3. On ne saurait cependant retenir, sans autres explications, que le contribuable n'était plus en possession d'au moins 50% du capital-actions de la société C._ SA (en l'occurrence 41,9%: 100%, moins 50% vendus à l'ancienne compagne, moins 8,1% vendus à des tiers) et, dans un même temps, admettre un cas de transposition, qui nécessite justement la détention d'au moins 50% de participation au capital de la société acquéreuse. En l'occurrence, il convient bien plus d'examiner dans quelle mesure la construction juridique élaborée par le contribuable constitue un cas d'évasion fiscale, comme l'avait admis le Tribunal administratif de première instance dans son jugement du 7 avril 2017 (cf. arrêt 2C_168/2017 du 26 octobre 2017 consid. 2.4 et les références), respectivement un cas d'acte simulé.
7.3.
7.3.1. Selon la jurisprudence, il y a évasion fiscale: a) lorsque la forme juridique choisie par le contribuable apparaît comme insolite, inappropriée ou étrange, en tout cas inadaptée au but économique poursuivi, b) lorsqu'il y a lieu d'admettre que ce choix a été arbitrairement exercé uniquement dans le but d'économiser des impôts qui seraient dus si les rapports de droit étaient aménagés de façon appropriée, c) lorsque le procédé choisi conduirait effectivement à une notable économie d'impôt dans la mesure où il serait accepté par l'autorité fiscale (sur la signification de ces conditions, cf. <ref-ruling> consid. 4.1 p. 243 ss et les références). Si ces trois conditions sont remplies, l'imposition doit être fondée non pas sur la forme choisie par le contribuable, mais sur la situation qui aurait dû être l'expression appropriée au but économique poursuivi par les intéressés (<ref-ruling> consid. 4.2 p. 408 et les références).
L'autorité fiscale doit en principe s'arrêter à la forme juridique choisie par le contribuable. Ce dernier est libre d'organiser ses relations de manière à générer le moins d'impôt possible. Il n'y a rien à redire à une telle planification fiscale, tant que des moyens autorisés sont mis en oeuvre. L'état de fait de l'évasion fiscale est bien plutôt réservé à des constellations extraordinaires, dans lesquelles il existe un aménagement juridique (élément objectif) qui - abstraction faite des aspects fiscaux - va au-delà de ce qui est raisonnable d'un point de vue économique. Une intention abusive (élément subjectif) ne peut de surcroît pas être admise si d'autres raisons que la seule volonté d'épargner des impôts jouent un rôle décisif dans la mise en place de la forme juridique. Une certaine structure peut en effet se justifier pour d'autres raisons commerciales ou personnelles (<ref-ruling> consid. 4.2 p. 408 et les références). L'instrument de l'évasion fiscale n'entre finalement en ligne de compte que lorsque la norme fiscale - malgré la prise en considération du motif économique qu'elle contient - ne peut pas être interprétée de manière satisfaisante (<ref-ruling> consid. 4.2 p. 245 ss).
7.3.2. En l'espèce, si quatre mois avant de vendre ses actions de la société B._ SA à la société C._ SA, le contribuable n'avait pas cédé 50% de ses actions dans la société C._ SA à son ancienne compagne, il ne fait aucun doute qu'il aurait réuni toutes les conditions de l'<ref-law> relatives au cas de transposition en détenant 91,9% de participation dans cette dernière société (le contribuable ayant vendu l'équivalent de 8,1% de ses actions à des tiers quatre jours avant la vente des actions de la société B._ SA). Il faut rappeler que le contribuable a vendu ses actions de la société B._ SA d'une valeur de 1 fr. pour un montant total de 2'031'750 fr., soit 45 fr. 15 par action.
Le cas de transposition a donc été évité en vendant plus de la moitié de la participation dans la société C._ SA en mars, respectivement juillet 2011. La vente de mars 2011 a toutefois été conclue à terme, c'est-à-dire que le contribuable a renoncé à être payé directement en contrepartie de la cession de ses parts, le paiement n'étant finalement intervenu que le 24 décembre 2015, soit plus de quatre ans après la cession précitée. Une telle vente paraît déjà en elle-même surprenante, même s'il ressort de l'arrêt entrepris que le versement est intervenu aussi tard en raison, pour l'ancienne compagne du recourant, de l'obligation de rassembler l'argent nécessaire. Cette vente est d'autant plus surprenante que le jour où elle a été conclue, les parties ont également signé un contrat de fiducie, selon lequel le contribuable, s'il n'était plus bénéficiaire économique des actions, en gardait malgré tout la gestion. Par conséquent, le jour de la vente des actions de la société B._ SA, le recourant ne détenait effectivement plus que 41,9% des actions de la société C._ SA, mais n'avait pas été payé pour le dessaisissement de 50% de ses actions, actions sur lesquelles il gardait toutefois la gestion. Sur le vu de ces éléments, on peut admettre que le contribuable réunit les conditions de la forme juridique insolite et de la notable économie d'impôt.
En revanche, il ressort des faits retenus sans arbitraire par l'autorité précédente, de sorte que ceux-ci lient le Tribunal fédéral (<ref-law>), qu'aucun "élément probant [ne permet] d'établir que les contrats conclus avec son ex-compagne avaient pour seul but une économie fiscale. Au contraire, le recourant n'a jamais varié dans ses déclarations, que ce soit lorsqu'il a été interrogé par l'autorité fiscale, ou en cours de procédure. Il a toujours soutenu que sa première intention était celle de trouver une solution pour régler sa succession et mettre sa famille à l'abri de futures difficultés financières". Par conséquent, dans la mesure où la volonté du contribuable est une question de fait (cf. arrêt 2C_1107/2014 du 14 septembre 2015 consid. 5.3) dont la démonstration incombe à l'autorité (arrêt 2C_117/2017 du 13 février 2018 consid. 3.2.3) et qu'à ce propos l'autorité précédente, en procédant à une appréciation des moyens de preuve à sa disposition exempte d'arbitraire, a retenu que le recourant avait des raisons familiales liées à des considérations successorales permettant de justifier la structure choisie, force est d'admettre que, dans les circonstances spécifiques et compte tenu des constatations cantonales qui lient le Tribunal fédéral, il ne saurait être question de retenir un cas d'évasion fiscale, faute d'élément subjectif (cf. <ref-ruling> consid. 4.1 p. 244). Seule reste donc à examiner la présence d'un acte simulé.
7.4.
7.4.1. Un acte est simulé au sens de l'<ref-law> lorsque les deux parties sont d'accord que les effets juridiques correspondant au sens objectif de leurs déclarations ne doivent pas se produire et qu'elles n'ont voulu créer que l'apparence d'un acte juridique à l'égard des tiers. Leur volonté véritable tend soit à ne produire aucun effet juridique, soit à produire un autre effet que celui de l'acte apparent; dans ce dernier cas, les parties entendent en réalité conclure un second acte dissimulé. Juridiquement inefficace d'après la volonté réelle et commune des parties, le contrat simulé est nul tandis que le contrat dissimulé - que, le cas échéant, les parties ont réellement conclu - est valable si les dispositions légales auxquelles il est soumis quant à sa forme et à son contenu ont été observées (<ref-ruling> consid. 5c/cc p. 68; arrêt 2C_42/2014 du 17 octobre 2014 consid. 3.3 et les références).
En matière fiscale, la simulation a le plus souvent pour but d'éviter une imposition. La nullité par le droit civil déploie alors également ses effets en matière fiscale: les autorités fiscales sont légitimées à soumettre l'acte dissimulé à la norme fiscale pertinente et à lui donner ainsi plein effet sur le plan du droit fiscal. Les auteurs d'un acte simulé ne peuvent toutefois pas invoquer leur simulation pour échapper aux conséquences des apparences qu'ils ont créées; un tel résultat constituerait un abus de droit (arrêt 2C_42/2014 du 17 octobre 2014 consid. 3.3 et les références).
7.4.2. En l'occurrence, comme on l'a vu précédemment (cf. consid. 6.3 ci-dessus), la Cour de justice a retenu sans arbitraire que le recourant avait apporté la preuve que la réelle volonté des parties était celle d'exécuter les contrats, ceux-ci ayant par ailleurs été effectivement exécutés. Dans ces conditions, il est exclu de retenir que l'acte de vente d'actions de la société C._ SA, conclu entre le recourant et son ancienne compagne, constitue un acte simulé. Même si l'on ne peut exclure que le recourant ait eu l'intention d'économiser des impôts en procédant à cette vente, celle-ci a malgré tout eu lieu et les effets correspondant au sens objectif des déclarations de volonté du recourant et de son ancienne compagne se sont effectivement produits. Leur volonté véritable était sans conteste le transfert de propriété des actions.
7.5. En résumé, sur le vu des développements qui précèdent, la vente des actions de la société B._ SA à la société C._ SA ne constitue ni un cas de transposition, ni un cas d'évasion fiscale. En outre, la vente, par le recourant, de 50% des actions de la société C._ SA à son ancienne compagne ne constitue pas un acte simulé. Partant, le recourant ne saurait être imposé sur le bénéfice issu de la vente de ses actions de la société B._ SA, de sorte que le rappel d'impôt est infondé. Dans ces conditions, rien ne justifie le prononcé d'une amende pour soustraction d'impôt, les conditions objectives de cette infraction, c'est-à-dire le fait qu'une taxation ne soit pas effectuée ou qu'une taxation entrée en force soit incomplète, n'étant pas réunies (cf. <ref-law>).
Ainsi, le recours du contribuable, en tant qu'il concerne l'impôt fédéral direct de la période fiscale 2011, doit être admis, dans la mesure où il est recevable, et l'arrêt de la Cour de justice annulé. Le recours de l'Administration fiscale, qui portait essentiellement sur l'élément subjectif de l'infraction de soustraction d'impôt, doit pour sa part être rejeté.
II. Impôts cantonal et communal
8.
Concernant les conditions du rappel d'impôt, les art. 53 al. 1 phr. 1 LHID et 59 al. 1 de la loi genevoise de procédure fiscale du 4 octobre 2001 (LPFisc/GE; RSGE D 3 17) correspondent à l'<ref-law> (cf. arrêt 2C_760/2017 du 15 juin 2018 consid. 7.3 et les références). En outre, pour ce qui relève de la transposition, la teneur de l'<ref-law> correspond à celle des <ref-law> et 23 al. 1 let. b de la loi genevoise du 27 septembre 2009 sur l'imposition des personnes physiques (LIPP/GE; RSGE D 3 08). La théorie de l'évasion fiscale s'applique par ailleurs de la même manière en droit cantonal harmonisé qu'en droit de l'impôt fédéral direct (arrêt 2C_993/2018 du 11 juillet 2019 consid. 11), de même que celle relative à la simulation. Par conséquent, les considérations développées pour l'impôt fédéral direct s'appliquent aussi aux impôts cantonal et communal de la période fiscale 2011. En outre, d'un point de vue des impôts cantonal et communal, les dispositions de la LHID (art. 56 al. 1 et 2 LHID) et du droit cantonal genevois (art. 69 et 70 LPFisc/GE) relatives à la soustraction d'impôt ont des teneurs et une portée similaires à celles de la LIFD (cf. arrêt 2C_129/2018 du 24 septembre 2018 consid. 11.1). Il s'ensuit que le recours du contribuable doit être admis, dans la mesure où il est recevable, en tant qu'il concerne l'ICC 2011, alors que celui de l'Administration fiscale doit être rejeté.
9.
Les frais judiciaires sont mis à la charge du canton de Genève, dont l'intérêt patrimonial est en cause (art. 66 al. 1 et 4 LTF). Le canton de Genève doit en outre verser au recourant une indemnité à titre de dépens (cf. <ref-law>). La Cour de justice procédera à une nouvelle répartition des frais et dépens de la procédure qui s'est déroulée devant elle (art. 67 et 68 al. 5 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Les causes 2C_681/2018 et 2C_692/2018 sont jointes.
2.
Le recours du contribuable (cause 2C_681/2018) est admis dans la mesure où il est recevable, en tant qu'il concerne l'impôt fédéral direct de la période fiscale 2011.
3.
Le recours du contribuable (cause 2C_681/2018) est admis dans la mesure où il est recevable, en tant qu'il concerne les impôts cantonal et communal de la période fiscale 2011.
4.
Le recours de l'Administration fiscale (cause 2C_692/2018) est rejeté en tant qu'il concerne l'impôt fédéral direct de la période fiscale 2011.
5.
Le recours de l'Administration fiscale (cause 2C_692/2018) est rejeté en tant qu'il concerne les impôts cantonal et communal de la période fiscale 2011.
6.
L'arrêt rendu le 5 juin 2018 par la Cour de justice est annulé.
7.
Les frais judiciaires, arrêtés à 12'000 fr., sont mis à la charge du canton de Genève.
8.
Le canton de Genève versera au recourant une indemnité de 7'000 fr. à titre de dépens pour la procédure devant le Tribunal fédéral.
9.
La cause est renvoyée à la Cour de justice pour nouvelle décision sur les frais et dépens de la procédure antérieure.
10.
Le présent arrêt est communiqué au mandataire du contribuable recourant, à l'Administration fiscale cantonale et à la Chambre administrative de la Cour de justice de la République et canton de Genève, ainsi qu'à l'Administration fédérale des contributions.
Lausanne, le 16 janvier 2020
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Seiler
Le Greffier : Tissot-Daguette