Faits :
A.
A._ est la mère d'un enfant né en 2010 et scolarisé à Genève.
L'association B._ est une association au sens des art. 60 ss du Code civil, ayant son siège à Genève (art. 1 et 2 des statuts). Elle a pour but statutaire d'assurer la promotion de l'éducation physique et du sport (art. 3.1 des statuts), la défense des intérêts et la profession des maîtres d'éducation physique, des projets sportifs et de la place de l'éducation physique dans les cursus scolaires obligatoires et post-obligatoires (art. 3.2 des statuts), ainsi que de représenter les maîtres d'éducation physique devant diverses autorités (art. 3.3 des statuts). A cette fin, elle entreprend toute action qu'elle juge appropriée (art. 4.2 des statuts). Est notamment admis en qualité de membre tout maître d'éducation physique en activité à Genève (art. 5.1.1 des statuts).
B.
B.a. La loi fédérale du 17 juin 2011 sur l'encouragement du sport et de l'activité physique (loi sur l'encouragement du sport; LESp; RS 415.0) est entrée en vigueur le 1er octobre 2012. D'après l'<ref-law>, "l'enseignement à l'école obligatoire doit prévoir au moins trois périodes hebdomadaires d'éducation physique".
B.b. Dans un arrêt du 19 mai 2016, la Chambre constitutionnelle de la Cour de justice de la République et canton de Genève (ci-après: la Cour de justice) a rejeté, dans la mesure où il était recevable, un recours formé notamment par A._ et l'Association B._ tendant à ce qu'il soit fait injonction au Grand Conseil de Genève d'adopter une réglementation prévoyant au moins trois périodes hebdomadaires d'éducation physique à l'école obligatoire genevoise.
En substance, la Chambre constitutionnelle de la Cour de justice a retenu que l'obligation prévue à l'<ref-law> ne nécessitait pas de transposition par les cantons dans un acte de rang législatif. Directement applicable, cette obligation s'imposait indépendamment de toute considération d'ordre financier, organisationnel ou ayant trait aux infrastructures en place.
B.c. A la suite de cet arrêt, différents parents d'élèves et l'Association B._ ont adressé un courrier à la Conseillère d'Etat en charge du Département de l'instruction publique, de la culture et du sport, devenu le Département de l'instruction publique, de la formation et de la jeunesse de la République et canton de Genève (ci-après: la Conseillère d'Etat et le Département) mettant celle-ci en demeure de procéder à la mise en oeuvre d'une troisième période hebdomadaire d'éducation physique. Le 15 juin 2016, la Conseillère d'Etat a répondu que l'instauration de trois périodes hebdomadaires d'éducation physique ne pourrait pas avoir lieu à la rentrée scolaire 2016.
Par arrêt du 23 août 2016 (ATA/693/2016), la Chambre administrative de la Cour de justice a rejeté dans la mesure de sa recevabilité le recours formé contre ce courrier notamment par A._ et l'Association B._. Par arrêt du 24 mai 2017 (2C_901/2016), le Tribunal fédéral a rejeté, dans la mesure de sa recevabilité, le recours interjeté contre cet arrêt. En substance, le Tribunal fédéral a considéré que la confirmation par la Cour de justice du courrier du Département du 15 juin 2016 indiquant aux recourants que la troisième période d'éducation physique ne pourrait pas être introduite à la rentrée 2016, respectivement au cours de l'année scolaire 2016/2017, ne violait pas l'<ref-law>, qui ne fixait notamment pas de calendrier de mise en oeuvre. Le Tribunal fédéral a toutefois précisé qu'il appartenait au canton d'introduire une troisième période d'éducation physique hebdomadaire pour tous les niveaux de l'école obligatoire dans les plus brefs délais (consid. 6.4).
B.d. Courant 2016 et 2017, divers échanges entre l'Association B._ et la Conseillère d'Etat ont eu lieu au sujet du calendrier de mise en oeuvre de la troisième période d'éducation physique hebdomadaire.
Les 23 février et 27 mars 2017, la Conseillère d'Etat a confirmé à l'Association B._ qu'une troisième période hebdomadaire d'éducation physique au cycle d'orientation (degré secondaire), en "9e R1 et R2" serait prévue à la rentrée scolaire 2017, puis étendue à l'ensemble des classes dès la révision de la grille horaire, prévue à l'horizon de la rentrée scolaire 2018 ou 2019.
Le 4 décembre 2017, l'Association B._ s'est enquise auprès de la Conseillère d'Etat de l'avancement de ses engagements.
Le 20 décembre 2017, celle-ci a répondu que le déploiement partiel de la troisième heure de sport hebdomadaire pour les élèves du cycle d'orientation lors de la rentrée scolaire 2017-2018 serait poursuivi lors de l'adaptation de la grille horaire prévue à la rentrée 2018-2019.
Par courrier du 22 décembre 2017, l'Association B._ a mis en demeure la Conseillère d'Etat de lui proposer un calendrier précis de mise en oeuvre. Le 9 janvier 2018, la Conseillère d'Etat a fait savoir à l'association qu'elle l'associerait aux travaux liés à la révision de la grille horaire au plus tard avant la fin de l'année scolaire 2017-2018.
Le 11 janvier 2018, l'Association B._ a réitéré ses précédentes demandes.
B.e. Le 17 janvier 2018, A._, notamment, et l'Association B._ ont saisi la Chambre administrative de la Cour de justice d'un recours pour déni de justice, concluant au renvoi de la cause au Département aux fins de la mise en oeuvre dans les plus brefs délais de la troisième période d'éducation physique dans tous les degrés de l'école obligatoire à Genève, à défaut, que le Département rende une décision sujette à recours.
Par arrêt du 24 avril 2018 (ATA/386/2018), la Cour de justice a déclaré le recours irrecevable. Cet arrêt est entré en force.
B.f. Le 10 juillet 2018, l'Association B._ a écrit à la Conseillère d'Etat en lui indiquant ne pas avoir été invitée à participer à la réforme de la grille horaire en cours. Elle a souligné que la mise en oeuvre projetée n'était toujours pas conforme au droit fédéral, tout en lui impartissant un délai pour ce faire.
Le 18 juillet 2018, la Conseillère d'Etat lui a proposé une rencontre. Celle-ci a eu lieu le 3 septembre 2018.
Le 19 septembre 2018, la Conseillère d'Etat a confirmé à l'Association B._ le déploiement progressif d'un dispositif permettant à tous les élèves du cycle d'orientation de bénéficier de trois périodes d'éducation physique sur les deux des trois années de scolarité (soit en sus des élèves des sections "R1 et R2" en 9e année, les élèves de la section "LS" en 10e année, puis l'ensemble des élèves de 11e année), étant précisé qu'au regard des contraintes organisationnelles, matérielles et budgétaires, la perspective d'étendre la mesure à l'ensemble des élèves sur les trois années du cycle d'orientation était complexe. Afin de trouver des solutions alternatives, elle l'invitait à participer à un groupe de travail.
Le 17 décembre 2018, A._ et l'Association B._ ont répondu à la Conseillère d'Etat que le calendrier qu'elle proposait ne respectait pas les exigences du Tribunal fédéral. Ils la mettaient ainsi en demeure de leur transmettre un calendrier précis, prévoyant une mise en oeuvre effective de la mesure.
Le 15 janvier 2019, la Conseillère d'Etat leur a répondu que la révision de la grille horaire se poursuivait et a réitéré l'invitation faite à l'Association B._ de participer à un groupe de travail.
Le 26 février 2019, l'Association B._ a répété sa demande consistant à obtenir de la Conseillère d'Etat un planning précis de mise en oeuvre. Le 1er mars 2019, la Conseillère d'Etat a renvoyé à la teneur de ses précédents courriers, précisant que la proposition d'un travail concret impliquait que l'Association B._ prenne contact avec ses services en vue de participer aux séances de travail projetées, afin de définir les modalités pratiques de la mise en oeuvre de la troisième heure de sport.
C.
C.a. Le 9 janvier 2020, A._ et l'Association B._ ont invité la Conseillère d'Etat à rendre une décision formelle au sujet de la situation, notamment au regard de l'arrêt du Tribunal fédéral du 24 mai 2017 (cf. <ref-law>), et à confirmer qu'une troisième période d'éducation physique hebdomadaire pour tous les niveaux de l'école obligatoire serait introduite à la rentrée 2020.
Le 28 janvier 2020, la Conseillère d'Etat s'est référée à la teneur de ses précédents courriers, précisant qu'au vu de la décision du Grand Conseil refusant le budget, les options prises avaient dû être reconsidérées. Elle avait maintenu l'introduction de la troisième période d'éducation physique pour les élèves de 10e année en section "LS", mais la finalisation de la mise en oeuvre de cette troisième heure pour tous les élèves du cycle d'orientation à compter de la rentrée scolaire 2021 était dépendante du budget devant être voté en fin d'année.
C.b. Le 2 mars 2020, A._ et l'Association B._ ont saisi la Chambre administrative de la Cour de justice d'un recours pour déni de justice, concluant à ce que ce déni soit constaté et au renvoi de la cause au Département pour prise d'une décision formelle.
Par arrêt du 30 juin 2020, la Cour de justice a déclaré le recours pour déni de justice irrecevable.
D.
Contre l'arrêt du 30 juin 2020, A._ (ci-après: la recourante 1) et l'Association B._ (ci-après: l'association ou la recourante 2) forment un recours en matière de droit public au Tribunal fédéral. Elles concluent à l'annulation de l'arrêt attaqué, au constat de la recevabilité de leur recours formé le 2 mars 2020 et au renvoi de la cause à la Cour de justice pour instruction complémentaire et nouvelle décision dans le sens des considérants.
La Cour de justice s'en rapporte à justice quant à la recevabilité du recours et persiste dans les considérants et le dispositif de son arrêt. Le Département demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais, de déclarer irrecevable le recours et de le rejeter sur le fond. Les recourantes ont répliqué, en persistant intégralement dans les termes et conclusions de leur recours.

Considérant en droit :
1.
Le Tribunal fédéral examine d'office et librement la recevabilité des recours qui lui sont soumis (<ref-ruling> consid. 3).
1.1. Dans une procédure administrative, l'auteur d'un recours déclaré irrecevable, notamment pour défaut de qualité pour recourir, est habilité à contester l'arrêt d'irrecevabilité par un recours en matière de droit public lorsque l'arrêt au fond aurait pu être déféré au Tribunal fédéral par cette voie de droit (<ref-ruling> consid. 3.2; <ref-ruling> consid. 1; <ref-ruling> consid. 1b; arrêt 2C_711/2018 du 7 juin 2019 consid. 1.1, non publié in <ref-ruling>).
En l'espèce, le litige porte au fond sur le droit à l'obtention d'une décision du Département s'agissant de la mise en oeuvre de la troisième période d'éducation physique hebdomadaire à l'école obligatoire à Genève. La matière relève donc du droit public (<ref-law>) et ne tombe pas sous le coup des exceptions de l'<ref-law>. Sur le principe, l'arrêt au fond, en tant que décision finale (<ref-law>) rendue dans une cause de droit public par une autorité cantonale de dernière instance (art. 86 al. 1 let. d et al. 2 LTF), aurait pu faire l'objet d'un recours en matière de droit public, de sorte que cette voie de droit est ouverte pour contester l'arrêt d'irrecevabilité.
1.2. En tant que représentante légale de son enfant (<ref-law>), la recourante 1 est habilitée à former un recours aussi bien en son nom qu'au nom de son enfant (arrêt 2C_824/2019 du 31 janvier 2020 consid. 1.2 et les arrêts cités). Les recourantes ont toutes deux participé à la procédure devant la Cour de justice et sont particulièrement touchées par le refus d'entrer en matière sur leur recours pour déni de justice (art. 89 al. 1 let. a et b LTF). Elles ont en outre un intérêt digne de protection (art. 89 al. 1 let. c LTF) à ce qu'il soit statué sur le point de savoir si c'est à juste titre que la Cour de justice a nié leur qualité pour recourir devant elle. Elles ont donc la qualité pour recourir au sens de l'<ref-law>. Il convient de préciser que le motif d'irrecevabilité retenu par la Cour de justice constitue l'objet de la contestation devant le Tribunal fédéral, à l'exclusion du fond de l'affaire (<ref-ruling> consid. 3.1; <ref-ruling> consid. 4; arrêt 2C_711/2018 du 7 juin 2019 consid. 1.2; non publié in <ref-ruling>). En effet, si la Cour de justice a relevé, s'agissant du recours de la mère de l'enfant, que "même à admettre la recevabilité du recours, celui-ci devrait en tout état de cause être rejeté" (p. 13 de l'arrêt attaqué), laissant entendre qu'elle avait procédé aussi à un examen matériel subsidiaire (cf., sur ce cas de figure, <ref-ruling> consid. 3.2), les arguments qu'elle a développés se rapportent tous à l'entrée en matière.
1.3. Pour le surplus, le recours a été formé en temps utile compte tenu des féries (art. 46 al. 1 let. b et 100 LTF) et dans les formes prescrites (<ref-law>). Il est donc en principe recevable.
2.
Saisi d'un recours en matière de droit public, le Tribunal fédéral applique le droit d'office (<ref-law>). Conformément à l'<ref-law>, il ne connaît toutefois de la violation des droits fondamentaux, ainsi que de celle de dispositions de droit cantonal et intercantonal, que si ce grief a été invoqué et motivé par la partie recourante, c'est-à-dire s'il a été expressément soulevé et exposé de façon claire et détaillée (<ref-ruling> consid. 2.4; <ref-ruling> consid. 1.3; <ref-ruling> consid. 1.2).
3.
Le litige porte sur le point de savoir si c'est à juste titre que la Cour de justice a refusé d'entrer en matière sur le recours formé devant elle par les intéressées.
3.1. Dans leur demande du 9 janvier 2020, les recourantes ont invité la Conseillère d'Etat à rendre une décision formelle s'agissant de la mise en oeuvre de la troisième période d'éducation physique hebdomadaire à l'école obligatoire à Genève. Dans son courrier du 28 janvier 2020, la Conseillère d'Etat ne s'est pas explicitement prononcée sur la demande de décision, se référant seulement à de précédents courriers et faisant état de contraintes budgétaires.
3.2. Dans leur recours du 2 mars 2020 devant la Cour de justice, les recourantes se sont plaintes d'un déni de justice, en relevant que les mesures organisationnelles prises par le Département relatives à la troisième période d'éducation physique hebdomadaire avaient des effets sur leur situation juridique et devaient pouvoir faire l'objet d'une décision sujette à un contrôle juridictionnel. La Cour de justice a déclaré ce recours irrecevable. En résumé, s'agissant de la recourante 1, la Cour de justice a relevé que son enfant, né en 2010, était encore au degré primaire de la scolarité, où trois périodes d'éducation physique hebdomadaires étaient dispensées. Elle n'avait donc pas d'intérêt direct, actuel et concret à recourir. Elle a aussi noté que l'enfant, pour le même motif, n'était pas touché de manière directe, concrète et avec une intensité plus grande que les autres élèves par l'absence de mesure organisationnelle relative à la troisième période d'éducation physique au degré secondaire. Partant, selon la Cour de justice, même si le recours était recevable, il devrait être rejeté, car la recourante ne pouvait pas prétendre au prononcé d'une décision au sens de l'art. 4A de la loi genevoise sur la procédure administrative du 12 septembre 1985 (LPA/GE; RS/GE E 5 10).
S'agissant de la recourante 2, la Cour de justice a retenu, en se référant à son précédent arrêt du 24 avril 2018, que celle-ci n'avait pas qualité pour recourir en l'absence d'intérêt digne de protection tant de ses membres que d'elle-même à la mise en oeuvre de la troisième période hebdomadaire d'éducation physique, un tel intérêt ne pouvant être reconnu qu'aux élèves concernés par l'école obligatoire.
3.3. Les recourantes dénoncent la violation de l'<ref-law> en lien avec l'<ref-law> dans la mesure où la Cour de justice leur a dénié un intérêt digne de protection à recourir pour déni de justice formel et a partant déclaré irrecevable leur recours faute de qualité pour recourir.
4.
4.1. En vertu de l'art. 4A LPA/GE, toute personne qui a un intérêt digne de protection peut exiger que l'autorité compétente pour des actes fondés sur le droit fédéral, cantonal ou communal et touchant à des droits ou des obligations: a) s'abstienne d'actes illicites, cesse de les accomplir, ou les révoque; b) élimine les conséquences d'actes illicites; c) constate le caractère illicite de tels actes (al. 1). L'autorité statue par décision (al. 2).
L'art. 4A LPA/GE, qui est formulé de manière presque identique à l'art. 25a de la loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA; RS 172.021), met en oeuvre, au niveau cantonal, le droit à l'accès au juge garanti par l'art. 29a Cst. s'agissant du contrôle des actes matériels de l'administration (arrêt 1C_150/2020 du 24 septembre 2020 consid. 5.3; cf. arrêt 8C_775/2019 du 17 mars 2020 consid. 3.1). La disposition s'interprète de la même manière que l'<ref-law> (cf. arrêt 1C_150/2020 du 24 septembre 2020 consid. 5.3).
En vertu de l'art. 4 al. 4 LPA/GE, lorsqu'une autorité mise en demeure refuse sans droit de statuer ou tarde à se prononcer, son silence est assimilé à une décision. Une partie peut recourir en tout temps à la chambre administrative pour déni de justice ou retard non justifié si l'autorité concernée ne donne pas suite rapidement à la mise en demeure prévue à l'art. 4 al. 4 LPA/GE (art. 62 al. 6 LPA/GE).
4.2. La qualité pour recourir devant la Cour de justice est définie par l'art. 60 LPA/GE. Toutefois, aux termes de l'<ref-law>, la qualité de partie à la procédure devant toute autorité cantonale précédente doit être reconnue à quiconque a qualité pour recourir devant le Tribunal fédéral. Il résulte de cette disposition que la qualité pour recourir devant les autorités cantonales ne peut pas s'apprécier de manière plus restrictive que la qualité pour recourir devant le Tribunal fédéral, les cantons demeurant libres de concevoir cette qualité de manière plus large (<ref-ruling> consid. 2.1.1; <ref-ruling> consid. 5). Le droit genevois ne conçoit pas la qualité pour recourir de façon plus large que l'<ref-law>, de sorte qu'il convient d'examiner la qualité pour recourir sous l'angle de cette dernière disposition (<ref-ruling> consid. 2.1). S'agissant de droit fédéral (<ref-law>), le Tribunal fédéral examine librement cette question (<ref-ruling> consid. 2.1).
4.3. La qualité pour recourir au sens de l'<ref-law> exige notamment que la partie recourante soit particulièrement atteinte par la décision attaquée et qu'elle ait un intérêt digne de protection à l'annulation ou à la modification de celle-ci (let. b et c). L'intérêt digne de protection suppose que la personne qui l'invoque soit touchée de manière directe, concrète et dans une mesure et avec une intensité plus grandes que la généralité des administrés; l'intérêt invoqué - qui peut être un intérêt de pur fait - doit se trouver, avec l'objet de la contestation, dans un rapport étroit, spécial et digne d'être pris en considération (cf. <ref-ruling> consid. 4.2). Ces exigences visent à éviter l'action populaire (<ref-ruling> consid. 2.3). L'intérêt digne de protection doit en outre être actuel et pratique (<ref-ruling> consid. 1.3; <ref-ruling> consid. 1.3.1; <ref-ruling> consid. 1.2).
4.4. En vertu de l'<ref-law>, l'enseignement à l'école obligatoire doit prévoir de manière obligatoire au moins trois périodes hebdomadaires d'éducation physique (cf. arrêt 2C_824/2019 du 31 janvier 2020 consid. 7.1). La scolarité obligatoire comprend les écoles enfantines, dans la mesure où elles sont obligatoires, le degré primaire et le degré secondaire I (cf. art. 48 al. 1 de l'ordonnance du 23 mai 2012 sur l'encouragement du sport et de l'activité physique [ordonnance sur l'encouragement du sport, OESp; RS 415.01], qui correspond à la jurisprudence fédérale rendue à propos de l'art. 19 en lien avec l'art. 62 Cst.; cf. <ref-ruling> consid. 2.3.1; cf. arrêt 2C_824/2019 du 31 janvier 2020 consid. 7.1).
Dès lors qu'il existe une obligation pour les cantons de mise en oeuvre de trois périodes hebdomadaires d'éducation physique, imposée par le droit fédéral, les mesures prises par les autorités administratives du canton de Genève en lien avec l'introduction de la troisième période hebdomadaire doivent, sur le principe, pouvoir faire l'objet d'un contrôle judiciaire en vertu de l'art. 29a Cst. (cf. arrêt 2C_272/2012 du 9 juillet 2012 consid. 4 à propos de la suppression d'heures de sport imposées par le droit fédéral dans des écoles professionnelles cantonales). A fortiori, un contrôle judiciaire s'impose lorsque l'autorité administrative, comme en l'espèce, invoque des obstacles à la concrétisation de cette obligation, mais ne rend pas de décision formelle (qu'il s'agisse d'une non-entrée en matière ou d'un rejet), alors qu'il lui est demandé de prendre formellement position. La Cour de justice devait donc, a priori, entrer en matière sur le recours pour déni de justice formé par les recourantes au motif que le Département n'avait pas rendu de décision formelle à la suite de leur (énième) demande tendant à ce que la troisième période d'éducation physique hebdomadaire soit mise en oeuvre. La question qui se pose est de savoir si la Cour de justice pouvait néanmoins refuser en l'espèce d'entrer en matière pour défaut de qualité pour recourir.
4.5. La Cour de céans relève que, dans son arrêt du 24 mai 2017 qui portait sur l'introduction de la troisième période d'éducation physique à l'école obligatoire à Genève à la rentrée 2016, elle a déjà admis la qualité pour recourir de la recourante 1. On ne voit pas qu'il puisse en aller différemment dans le cadre du présent litige, relatif à l'absence de décision concernant la mise en oeuvre de la troisième période d'éducation physique. Il faut partant reconnaître à la recourante 1 un intérêt digne de protection à obtenir qu'une autorité judiciaire contrôle la conformité au droit du courrier du Département du 20 janvier 2020, eu égard notamment à l'arrêt de la Cour constitutionnelle de la Cour de justice du 19 mai 2016 retenant que la mise en oeuvre de la troisième période d'éducation physique hebdomadaire s'impose indépendamment des considérations d'ordre financier, organisationnel ou ayant trait aux infrastructures, d'une part, et à l'arrêt du Tribunal fédéral du 24 mai 2017 donnant pour injonction aux autorités de mettre en oeuvre la troisième période d'éducation physique hebdomadaire dans les plus brefs délais, d'autre part.
La Cour de justice ne pouvait partant pas refuser d'entrer en matière sur le recours en tant qu'il était formé par la recourante 1.
4.6. En ce qui concerne la recourante 2, celle-ci est une association qui a pour buts statutaires d'assurer la promotion de l'éducation physique et du sport, ainsi que de défendre les intérêts des maîtres d'éducation physique et la place de l'éducation physique dans les cursus scolaires obligatoires genevois. La recourante 2 met en doute le fait que le canton de Genève respecte la loi fédérale sur l'encouragement du sport et de l'activité physique, en particulier l'<ref-law> relatif au nombre d'heures d'éducation physique hebdomadaires imposées à l'école obligatoire. Or, eu égard à ses buts de promotion de l'éducation physique et de défense de la place de l'éducation physique dans les cursus scolaires obligatoires, on doit admettre que la recourante 2 a un intérêt digne de protection propre à ce qu'une autorité judiciaire vérifie la conformité de la position du Département au regard des exigences posées par le droit fédéral et des injonctions des autorités judiciaires. C'est partant également à tort que la Cour de justice a dénié à la recourante 2 la qualité pour recourir pour déni de justice. L'association ayant qualité pour recourir à titre personnel, il n'est pas nécessaire d'examiner si les conditions du recours au nom des membres de l'association (recours corporatif) sont également réunies (cf. <ref-ruling> consid. 1.4.3; arrêt 2C_168/2019 du 15 avril 2019 consid. 1.3).
4.7. En définitive, la Cour de justice a violé l'<ref-law> en lien avec l'<ref-law> en déniant aux recourantes la qualité pour recourir pour déni de justice. Le recours doit donc être admis et la cause renvoyée à la Cour de justice pour qu'elle entre en matière, sans qu'il ne soit nécessaire de trancher l'autre grief, tiré de la violation de l'art. 49 Cst., développé dans le recours.
5.
Les considérants qui précèdent conduisent à l'admission du recours. L'arrêt de la Cour de justice du 30 juin 2020 doit être annulé et la cause renvoyée à cette autorité pour qu'elle entre en matière sur le recours formé pour déni de justice.
Succombant dans l'exercice de ses attributions officielles sans que son intérêt patrimonial ne soit en cause, le canton de Genève ne peut pas être condamné au paiement des frais de justice (<ref-law>). Ayant obtenu gain de cause avec l'aide d'un mandataire professionnel, les recourantes, créancières solidaires, ont droit à des dépens, à la charge du canton de Genève (art. 68 al. 1 et 2 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est admis. L'arrêt de la Cour de justice du 30 juin 2020 est annulé. La cause est renvoyée à cette autorité pour qu'elle entre en matière sur le recours interjeté devant elle.
2.
Il n'est pas perçu de frais judiciaires.
3.
Le canton de Genève versera aux recourantes, créancières solidaires, une indemnité de 2'500 fr. à titre de dépens.
4.
Le présent arrêt est communiqué au mandataire des recourantes, au Département de l'instruction publique, de la formation et de la jeunesse et à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre administrative, ainsi qu'au Département fédéral de la défense, de la protection de la population et des sports (DDPS).
Lausanne, le 18 juin 2021
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Seiler
La Greffière : Kleber