Faits :
A.
Le 3 février 2020, R._, les membres de l'hoirie de V._, S._ et la société U._ SA ont recouru auprès du Tribunal administratif fédéral contre la décision de l'Office fédéral des transports du 17 décembre 2019 qui approuve les plans concernant la nouvelle halte ferroviaire d'Avry et la fermeture des points d'arrêt des gares de Rosé et de Matran et qui écarte leur opposition.
Le même jour, W._, les membres de l'hoirie A._ et B.A._ et les membres de l'hoirie L._ et M.L._ ont formé trois recours au contenu matériellement identique contre la même décision auprès du Tribunal administratif fédéral.
Les Chemins de fer fédéraux suisses CFF SA et l'Office fédéral des transports ont déposé leur réponse aux recours respectivement les 31 août et 11 septembre 2020.
Le Tribunal administratif fédéral a procédé à une inspection locale le 1er septembre 2021.
Les parties à la procédure ont déposé leurs observations finales dans les délais impartis à cet effet.
Par arrêt du 2 décembre 2021, le Tribunal administratif fédéral a déclaré le recours de R._ et consorts irrecevable. Il a rejeté le recours de W._ et a rejeté les recours des hoirs A._ et L._ dans la mesure de leur recevabilité.
B.
Par acte du 31 janvier 2022, R._, S._ et U._ SA forment un recours en matière de droit public contre cet arrêt. Ils demandent au Tribunal fédéral de constater que le Tribunal administratif fédéral a violé leur droit d'être entendus, d'annuler l'arrêt attaqué et de renvoyer la cause à l'autorité précédente pour nouvelle décision avec pour instruction de déclarer leur recours recevable et d'entrer en matière sur ses mérites.
Par un acte commun du 31 janvier 2022, complété le 1er février 2022, les membres de l'hoirie A._ et B.A._ et les membres de l'hoirie L._ et M.L._ ont recouru contre cet arrêt en concluant à son annulation et au renvoi de la cause à l'autorité précédente pour nouvelles décisions et instructions.
Les Chemins de fer fédéraux suisses CFF SA concluent au rejet des recours et des requêtes d'effet suspensif dont ils étaient assortis. L'Office fédéral des transports s'oppose à l'octroi de l'effet suspensif aux recours et conclut à leur irrecevabilité. Le Tribunal administratif fédéral s'en remet à l'appréciation du Tribunal fédéral quant à la requête d'effet suspensif et se réfère au surplus à son arrêt sans autre observation.

Considérant en droit :
1.
La voie du recours en matière de droit public est ouverte contre une décision du Tribunal administratif fédéral relative à l'approbation de plans ferroviaires, aucune exception de l'<ref-law> n'étant réalisée. Les recours, qui soulèvent des griefs formels identiques, peuvent être joints pour leur traitement (<ref-law> en relation avec l'<ref-law>).
2.
Les recourants reprochent au Tribunal administratif fédéral d'avoir violé leur droit d'être entendus en statuant sans tenir compte des observations qu'ils avaient produites spontanément et en temps utile en réponse aux déterminations finales de la constructrice et de l'Office fédéral des transports.
2.1. Compris comme l'un des aspects de la notion générale de procès équitable au sens de l'art. 29 Cst., le droit d'être entendu garantit notamment au justiciable le droit de s'expliquer avant qu'une décision ne soit prise à son détriment, de prendre connaissance de toute argumentation présentée au tribunal et de se déterminer à son propos, dans la mesure où il l'estime nécessaire, que celle-ci contienne ou non de nouveaux éléments de fait ou de droit, et qu'elle soit ou non concrètement susceptible d'influer sur la décision à rendre (<ref-ruling> consid. 4.1.1). Il appartient aux parties, et non au juge, de décider si une prise de position ou une pièce nouvellement versée au dossier contient des éléments déterminants qui appellent des observations de leur part. Toute prise de position ou pièce nouvelle versée au dossier doit dès lors être communiquée aux parties pour leur permettre de décider si elles veulent ou non faire usage de leur faculté de se déterminer (<ref-ruling> consid. 3.2). Lorsque la partie est représentée par un avocat, la jurisprudence du Tribunal fédéral considère que le droit de répliquer n'impose pas à l'autorité judiciaire l'obligation de fixer un délai à la partie pour déposer d'éventuelles observations. On peut attendre de l'avocat à qui une détermination ou une pièce est envoyée pour information qu'il connaisse la pratique selon laquelle, s'il entend prendre position, il le fasse directement ou demande à l'autorité de lui fixer un délai pour ce faire; sinon, il est réputé avoir renoncé à se prononcer (<ref-ruling> consid. 2.2; <ref-ruling> consid. 4.8). Pour que le droit de réplique soit garanti, il faut toutefois que le tribunal laisse un laps de temps suffisant à la partie concernée, entre la remise de la prise de position ou des pièces nouvelles et le prononcé de sa décision, pour qu'elle ait la possibilité de déposer des observations si elle l'estime nécessaire à la défense de ses intérêts (<ref-ruling> consid. 4.1.1). A cet égard, le Tribunal fédéral considère qu'un délai inférieur à dix jours ne suffit pas à garantir l'exercice du droit de répliquer, tandis qu'un délai supérieur à vingt jours permet, en l'absence de réaction, d'inférer qu'il a été renoncé au droit de répliquer (arrêt 9C_345/2021 du 11 août 2021 consid. 3.1). En d'autres termes, une autorité ne peut considérer, après un délai de moins de dix jours depuis la communication d'une détermination à une partie, que celle-ci a renoncé à répliquer et rendre sa décision (arrêt 1C_338/2020 du 19 janvier 2021 consid. 2.3). Ces principes valent également au stade d'un second échange d'écritures (arrêt 1C_398/2020 du 16 octobre 2020 consid. 2.1).
2.2. En l'occurrence, le Tribunal administratif fédéral a, par courrier du 30 novembre 2021, porté à la connaissance des recourants une copie des déterminations finales de l'intimée du 22 novembre 2021 en leur signalant que la cause était gardée à juger sous réserve d'éventuelles mesures d'instruction complémentaires. Il a statué le 2 décembre 2021 de sorte qu'il n'a pas été en mesure de prendre en considération les observations spontanées que les recourants lui ont adressées dans le délai de dix jours tenu pour usuel par la jurisprudence pour se déterminer sur de nouvelles prises de position des parties adverses. L'intimée se bornait certes à renvoyer intégralement à sa réponse du 31 août 2020 et à réfuter le contenu des écritures des recourants. Elle relevait toutefois également, s'agissant du recours formé par R._, les membres de l'hoirie V._, S._ et U._ SA, que la vision locale avait permis de démontrer que leurs terrains étaient très éloignés du projet de nouvelle halte ferroviaire et laissait à penser que les recours visaient avant tout d'autres enjeux, mettant ainsi implicitement en cause la recevabilité du recours. Les recourants ne s'y sont pas trompés puisqu'ils ont consacré leurs observations spontanées à tenter de démontrer leur qualité pour recourir, relevant au surplus que l'intimée n'avait pas donné suite aux offres de preuves qu'ils avaient requises et répondant par une argumentation détaillée à l'allégation de l'intimée selon laquelle leurs griefs ne se rapporteraient pas à la nouvelle halte d'Avry. Le fait que les recourants se soient déjà prononcés sur leur légitimation à recourir dans leurs observations sur le procès-verbal de la vision locale ne les privait pas de la faculté de prendre position sur les déterminations finales de l'intimée. Il s'ensuit que le droit d'être entendus de R._ et consorts a été violé.
2.3. Le droit d'être entendu est une garantie de nature formelle dont la violation entraîne en principe l'annulation de la décision attaquée, indépendamment des chances de succès du recours sur le fond (<ref-ruling> consid. 5.3; <ref-ruling> consid. 1.4.1). Sa violation peut cependant être réparée lorsque la partie lésée a la possibilité de s'exprimer devant une autorité de recours jouissant d'un pouvoir d'examen complet en fait et en droit (<ref-ruling> consid. 4.4; <ref-ruling> consid. 2.8.1). Dans les cas où la violation du droit d'être entendu porte sur une question juridique, le Tribunal fédéral peut la réparer s'il dispose du même pouvoir d'examen que l'instance précédente (arrêt 1C_302/2018 du 14 mars 2019 consid. 2.1).
2.4. Il est vrai que l'<ref-law>, qui régit la qualité pour recourir devant le Tribunal administratif fédéral, correspond à l'<ref-law> et s'interprète de la même manière que cette dernière disposition (<ref-ruling> consid. 3.2) et que, s'agissant de droit fédéral, le Tribunal fédéral examine cette question librement (cf. art. 95 let. a et 106 al. 1 LTF; arrêt 1C_56/2015 du 18 septembre 2015 consid. 3). Toutefois, R._ et consorts reprochent au Tribunal administratif fédéral d'avoir apprécié de manière arbitraire les faits pertinents pour juger de leur qualité pour recourir et, plus particulièrement, de ne pas avoir tenu compte des éléments de fait invoqués dans leur observation spontanée pour leur dénier tout intérêt digne de protection à l'annulation de la décision d'approbation des plans. Cela étant, dès lors qu'il appartient à l'instance précédente d'établir les faits et que le pouvoir d'examen de la Cour de céans est limité sur cette question (cf. art. 105 al. 1 et 2 LTF), une réparation de la violation du droit d'être entendus des recourants dans le cadre de la procédure fédérale n'entre pas en considération. L'annulation de l'arrêt attaqué et le renvoi de la cause à l'autorité précédente pour nouvelle décision ne constituent pas une vaine formalité puisqu'il appartiendra au Tribunal administratif fédéral d'examiner si le fait nouveau allégué par R._ et consorts, lié à l'augmentation du trafic sur la route d'accès à leurs parcelles inhérente à la réalisation de la nouvelle halte, est de nature à apprécier de manière différente leur qualité pour recourir. Une réparation de la violation du droit d'être entendu des recourants se conçoit d'autant moins en l'espèce que le Tribunal administratif fédéral intervient comme unique instance de recours dans le domaine de l'approbation des plans ferroviaires. Ce constat conduit également, en raison de la jonction des recours opérée par l'instance précédente, à annuler l'arrêt attaqué en tant qu'il concerne les membres de l'hoirie A._ et les membres de l'hoirie L._.
3.
Il s'ensuit que les recours doivent être admis et l'arrêt attaqué annulé en tant qu'il concerne les recourants, ce qui rend sans objet les requêtes d'effet suspensif assorties aux recours. La cause sera renvoyée au Tribunal administratif fédéral pour qu'il statue à nouveau en tenant compte des observations spontanées des recourants.
L'intimée, qui a conclu au rejet des recours, prendra en charge une partie des frais judiciaires même si elle n'est pas responsable du vice de procédure incriminé, dès lors qu'ils ne peuvent être mis à la charge de la Confédération en vertu de l'<ref-law> (arrêt 1C_398/2020 du 16 octobre 2020 consid. 3).
Les recourants R._ et consorts, qui obtiennent gain de cause avec l'assistance d'un avocat, ont droit à des dépens à la charge pour moitié chacun de l'intimée et de la Confédération (<ref-law>). Les membres des hoiries ont agi seuls et ne peuvent prétendre à des dépens.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Les causes 1C_69/2022, 1C_70/2022 et 1C_72/2022 sont jointes.
2.
Les recours sont admis. L'arrêt attaqué est annulé en tant qu'il concerne les recourants et la cause est renvoyée au Tribunal administratif fédéral pour qu'il statue à nouveau en tenant compte des observations spontanées des recourants.
3.
Une partie des frais judiciaires, arrêtée à 500 fr., est mise à la charge de l'intimée.
4.
Une indemnité de 2'000 fr. à verser à R._, S._ et U._ SA, créanciers solidaires, à titre de dépens est mise pour moitié à la charge de l'intimée et pour moitié à la charge de la Confédération.
5.
Le présent arrêt est communiqué aux parties, à l'Office fédéral des transports et au Tribunal administratif fédéral.
Lausanne, le 8 mars 2022
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Kneubühler
Le Greffier : Parmelin