Sachverhalt:
A.
A._ und ihre Geschwister planen einen Neubau auf ihrer Parzelle Nr. 5 in Freienwil AG. In der Folge kam es zu längeren Diskussionen mit den Behörden, welche namentlich ortsbildschützerische Bedenken hegten. Am 29. September 2014 ersuchten die Grundeigentümer schliesslich den Gemeinderat von Freienwil um einen baurechtlichen Vorentscheid. Am 10. Oktober 2014 fasste der Gemeinderat von Freienwil hierzu einen Beschluss. Darin hielt er was folgt fest:
1. Vorbemerkung
Das Vorentscheidgesuch wurde nicht öffentlich aufgelegt. Deshalb ist dieser Vorentscheid nur verwaltungsintern gültig.
2. Pläne
[...]
3. Vorentscheid
Gestützt auf die vorliegenden Pläne genehmigt der Gemeinderat wie folgt:
Fassaden - Süden / Osten - Tiefgarage, Datum 05.10.2012, revidiert 25.09.2014 - Variante 1 (Fenster/Türen)
- Firsthöhe 1.40 m über heutiger First der Scheune
- Kniestock 0.90 m
- Gebäudelänge 26.40 m, Gebäudebreite 13.20 m, Balkonschichtbreite 2.00 m.
- Die Fassadengestaltung (Fassaden - Süden / Osten - Tiefgarage, Datum 05.10.2012, revidiert 25.09.2014 - Variante 1 Fenster / Türen) entspricht einem Kompromiss zwischen der Vorlage der Baukommission und den Konzessionen des Gemeinderates gegenüber der Bauherrschaft. Dieser Kompromissvorschlag wird vom Gemeinderat unterstützt.
- Die Gestaltung der Zufahrt in die Tiefgarage findet Unterstützung durch den Gemeinderat.
4. Vorbehalten
Die vorliegenden Bauakten wurden bau- und feuerpolizeilich nicht geprüft. Dieses Prüfungsergebnis bleibt ausdrücklich vorbehalten.
5. Gebühren
[...]
Gestützt darauf reichten die Gesuchsteller am 31. Oktober 2014 ein Baugesuch für den Ersatz-Neubau eines Mehrfamilienhauses ein; dieses wurde vom 13. November bis zum 12. Dezember 2014 öffentlich aufgelegt. Am 27. April 2015 erteilte der Gemeinderat die Baubewilligung gestützt auf Baupläne, welche die Baukommission in wesentlichen Punkten abgeändert hatte. Er hielt fest, die mit in den eingereichten Plänen in roter Korrekturfarbe vorgenommenen Vorgaben müssten zwingend eingehalten werden.
B.
Gegen diesen Entscheid führten die Gesuchsteller Verwaltungsbeschwerde beim Departement Bau, Verkehr und Umwelt (BVU) des Kantons Aargau mit dem Antrag, der Beschluss des Gemeinderats sei insoweit aufzuheben, als damit die durch die Baukommission abgeänderten Pläne verbindlich erklärt wurden.
Das BVU kam in seinem Entscheid vom 16. März 2016 zum Schluss, das Bauvorhaben sei in der nachgesuchten Form aus Gründen des Ortsbildschutzes nicht bewilligungsfähig; der Gemeinderat von Freienwil habe es zu Recht abgelehnt. Er hätte das Projekt indes nicht ohne Durchführung eines (vereinfachten oder ordentlichen) Baubewilligungsverfahrens in praktisch allen wesentlichen Punkten abändern und für verbindlich erklären dürfen. Darin liege eine schwere Verletzung der Verfahrensvorschriften. Aus diesem Grund sei die Beschwerde teilweise gutzuheissen und der Beschluss des Gemeinderats ersatzlos aufzuheben. Mit Urteil vom 7. April 2017 wies das Verwaltungsgericht des Kantons Aargau eine dagegen gerichtete Beschwerde ab.
C.
Die Gesuchsteller führen mit Eingabe vom 29. Mai 2017 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beim Bundesgericht. Sie beantragen, die Entscheide des Verwaltungsgerichts und des BVU seien aufzuheben und die Sache sei an den Gemeinderat von Freienwil zurückzuweisen, verbunden mit der Aufforderung, die Baubewilligung gemäss den von ihnen eingereichten Plänen zu erteilen.
Das Verwaltungsgericht und das BVU haben auf eine Vernehmlassung verzichtet. Die Gemeinde beantragt die Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei.

Erwägungen:
1.
1.1. Angefochten ist ein kantonal letztinstanzlicher Endentscheid eines obersten kantonalen Gerichts in einer Angelegenheit des öffentlichen Rechts, die unter keinen Ausschlussgrund gemäss Art. 82 lit. a und Art. 83 BGG fällt und daher mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht weitergezogen werden kann (Art. 82 lit. a, Art. 86 Abs. 1 lit. d und Abs. 2 sowie Art. 90 BGG). Die Beschwerdeführer sind durch den angefochtenen Entscheid beschwert und zu dessen Anfechtung befugt (<ref-law>).
1.2. Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann insbesondere die Verletzung von Bundesrecht und von kantonalen verfassungsmässigen Rechten gerügt werden (Art. 95 lit. a und c BGG). Das Bundesgericht prüft Rechtsverletzungen im Sinne von <ref-law> frei, die Anwendung kantonalen Rechts dagegen nur auf Bundesrechtsverletzungen, d.h. namentlich auf Willkür hin (<ref-ruling> E. 2 S. 149 f.).
Das Bundesgericht wendet das Recht grundsätzlich von Amtes wegen an (<ref-law>). Die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht prüft es aber nur insofern, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (<ref-law>).
1.3. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat, sofern die diesbezüglichen Feststellungen nicht offensichtlich unrichtig sind oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruhen (<ref-law>).
Gemäss <ref-law> dürfen neue Tatsachen und Beweismittel nur so weit vorgebracht werden, als erst der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gibt. Dies trifft auf verschiedene Vorbringen der Beschwerdeführer nicht zu, namentlich wenn sie geltend machen, der Entscheid des Gemeinderats sei nicht mit seiner aktuellen Bewilligungspraxis in der Ortsbildschutzzone vereinbar. Diese Vorbringen haben unbeachtet zu bleiben.
2.
Die Beschwerdeführer machen in rechtsgenüglicher Weise die Verletzung des Vertrauensprinzips und des Grundsatzes von Treu und Glauben (Art. 5 Abs. 3 und <ref-law>) geltend; darauf wird vertieft einzugehen sein (nachfolgend E. 3 und 4). Unbeachtlich bleiben müssen allerdings verschiedene sachverhaltliche Ausführungen, welche sie in diesem Zusammenhang vortragen, denn das Bundesgericht ist an die Feststellungen der Vorinstanz gebunden, soweit sie nicht offensichtlich unrichtig sind (s. E. 1.3 hiervor); solches behaupten sie in diesem Zusammenhang nicht.
Auf die Gemeindeautonomie können sich die Beschwerdeführer dagegen nicht berufen, denn sie verfechten eine andere Rechtsauffassung als die Gemeinde Freienwil und streben nicht die Bestätigung von deren Bauentscheid an, sondern im Gegenteil dessen Aufhebung. Soweit die Beschwerdeführer eine Verletzung ihres Anspruchs auf ein speditives und faires Verfahren (<ref-law>) rügen, genügt ihre Beschwerde den Begründungsanforderungen von <ref-law> nicht: Sie beklagen sich zwar darüber, sie bemühten sich seit über fünf Jahren um eine Baubewilligung und müssten - würde das Urteil des Verwaltungsgerichts bestätigt - wieder bei null anfangen, zeigen aber nicht auf, inwiefern ungerechtfertigte behördliche Verzögerungen zu dieser langen Verfahrensdauer geführt haben sollen.
3.
3.1. Das Verwaltungsgericht hat befunden, die Baubewilligung des Gemeinderats habe an einem schweren formellen Mangel gelitten. Das BVU habe sie deshalb aufgrund des überwiegenden öffentlichen Interesses an der richtigen Rechtsanwendung widerrufsweise aufheben dürfen. Darin liege zwar eine Verschlechterung (reformatio in peius), doch hätten die Baugesuchsteller (und heutigen Beschwerdeführer) die Gelegenheit gehabt, sich dazu zu äussern. Der Beschluss des Gemeinderats vom 10. Oktober 2014 stelle keinen verbindlichen Vorentscheid im Sinne von § 62 BauG dar, weil das Baugesuch nicht öffentlich aufgelegt und folglich kein Einwendungsverfahren durchgeführt worden sei. Schliesslich kam das Verwaltungsgericht auch zum Ergebnis, der genannte Beschluss stelle keine Vertrauensgrundlage dar, weil den Beschwerdeführern dessen formelle Mängel hätten bekannt sein müssen, und es seien auch keine Dispositionen ersichtlich, die sie getroffen hätten.
3.2. Die Beschwerdeführer rügen eine Verletzung von Treu und Glauben. Der Gemeinderat habe sich durch den Beschluss vom 10. Oktober 2014 ausdrücklich gebunden. Der Vorbehalt einer abschliessenden, bau- und feuerpolizeilichen Prüfung habe bloss rechnerische oder numerische Normen betroffen. Sie, die Beschwerdeführer, hätten auch ausdrücklich einen verbindlichen Vorentscheid beantragt. Der Hinweis, wonach der Entscheid "nur verwaltungsintern gültig" sei, könne nur so interpretiert werden, dass der Gemeinderat inhaltlich an den Beschluss gebunden sei, sofern keine Einwendungen erfolgten, die eine Neubeurteilung zwingend erfordern würden. Im übrigen habe der Gemeinderat seinen Vorentscheid nach umfassender Prüfung des Projekts getroffen; er habe das Recht gehabt, sich über die abweichenden Auffassungen der Baukommission und der Ortsbildbeauftragten hinweg zu setzen. Er habe daher gegen Treu und Glauben verstossen, als er die Baubewilligung schliesslich doch nur für ein wesentlich redimensioniertes Vorhaben erteilt habe.
3.3. Gemäss <ref-law> handeln staatliche Organe und Private nach Treu und Glauben. In Konkretisierung dieses Grundsatzes gewährleistet <ref-law> jeder Person einen Anspruch darauf, von den staatlichen Organen ohne Willkür und nach Treu und Glauben behandelt zu werden. Dadurch wird namentlich das berechtigte Vertrauen in behördliche Zusicherungen oder sonstiges, bestimmte Erwartungen begründendes Verhalten der Behörden geschützt. Vorausgesetzt ist weiter, dass die Person, die sich auf Vertrauensschutz beruft, berechtigterweise auf diese Grundlage vertrauen durfte und gestützt darauf nachteilige Dispositionen getroffen hat, die sie nicht mehr rückgängig machen kann; schliesslich scheitert die Berufung auf Treu und Glauben dann, wenn ihr überwiegende öffentliche Interessen gegenüberstehen (<ref-ruling> E. 4.1 mit Hinweisen; Urteil 2C_997/2016 vom 10. November 2016 E. 3.3.2).
3.4. Gemäss § 62 Abs. 1 und 2 des Aargauer Baugesetzes vom 19. Januar 1993 (BauG/AG; Erlass-Sammlung 713.100) kann der Gemeinderat um einen Vorentscheid über wichtige Bau- und Nutzungsfragen ersucht werden; der Vorentscheid ist im gleichen Verfahren zu treffen wie der Entscheid über das Baugesuch. Der vorliegend interessierende Beschluss des Gemeinderates von Freienwil vom 10. Oktober 2014 ist indessen nicht in diesem Verfahren erfolgt, denn § 60 Abs. 1 BauG/AG sieht vor, dass der Gemeinderat die Baugesuche veröffentlicht und sie während 30 Tagen öffentlich auflegt; das Projekt der Beschwerdeführer war vor dessen positiven Einschätzung durch den Gemeinderat nicht öffentlich aufgelegt worden. Formell handelt es sich bei diesem Beschluss somit nicht um einen Vorentscheid im Sinne des Aargauer BauG. In dessen Ziff. 1 hat der Gemeinderat von Freienwil das Fehlen der öffentlichen Auflage ausdrücklich angesprochen und festgehalten, der Beschluss sei aus diesem Grunde nur verwaltungsintern gültig. Ausserdem hat er in Ziff. 4 seines Entscheids auch ausdrücklich darauf hingewiesen, dass die Bauakten weder baupolizeilich noch feuerpolizeilich geprüft worden waren und dieses Prüfungsergebnis vorbehalten bleibe.
Aufgrund dieser Vorbehalte und Unsicherheiten durften die Beschwerdeführer höchstens von einer beschränkten Bindung des Gemeinderats an seine positiv lautende Stellungnahme vom 10. Oktober 2014 ausgehen. Sie durften immerhin erwarten, dass dieser dem Vorhaben unter dem Vorbehalt besserer Erkenntnisse gestützt auf Einsprachen Dritter bzw. auf bau- oder feuerpolizeiliche Einwendungen Wohlwollen entgegen bringen würde. Dagegen konnten die Beschwerdeführer aufgrund des klaren Hinweises im damaligen Zeitpunkt nicht darauf vertrauen, das Bauvorhaben in der von ihnen geplanten Weise ausführen zu können. Sie mussten namentlich damit rechnen, dass dem Projekt im Rahmen der öffentlichen Ausschreibung, die noch erfolgen musste, Widerstand erwachsen könnte und dieses sich als nicht bewilligungsfähig erweisen könnte. Der Beschluss des Gemeinderats war mit andern Worten bloss eine Grundlage, behördliche Gewogenheit zu erwarten, nicht aber, darauf zu vertrauen, das Bauvorhaben in den gewünschten Dimensionen ausführen zu können. Aus diesem Grund fällt der Antrag der Beschwerdeführer, die Sache an den Gemeinderat zurückzuweisen und diesen zu verpflichten, die Baubewilligung zu erteilen, ausser Betracht.
4.
Die Beschwerdeführer stellen keinen Eventualantrag, wonach ihnen ein finanzieller Schaden aufgrund von nutzlos gewordenem Planungsaufwand zu entschädigen sei. Ausführungen zu dieser Frage sind somit an sich entbehrlich. Wäre die Frage zu prüfen, wäre ein Entschädigungsanspruch zu verneinen:
Die Vorinstanz hat erwogen, abgesehen von der fehlenden Vertrauensgrundlage seien auch keine Dispositionen ersichtlich, welche die Beschwerdeführer getroffen hätten und nicht ohne Nachteil rückgängig gemacht werden könnten, denn sie würden selbst geltend machen, die zusammen mit dem Baugesuch vom 31. Oktober 2014 eingereichten Pläne seien inhaltlich deckungsgleich mit denjenigen, welche dem gemeinderätlichen Beschluss vom 10. Oktober 2014 zugrunde gelegen hätten. Diese sachverhaltliche Feststellung wird von den Beschwerdeführern nicht bestritten und ist für das Bundesgericht verbindlich.
Die Beschwerdeführer sind der Auffassung, es müsse "praktisch der gesamte Planungsaufwand, der sich auf gegen Fr. 200'000.-- [belaufe], in Betracht gezogen werden". Dies trifft indes nicht zu: Die Planungskosten, die ihnen vor dem gemeinderätlichen Beschluss vom 10. Oktober 2014 erwachsen sind, haben sie nicht gestützt auf irgend eine Vertrauensgrundlage getätigt. Im Gegenteil musste ihnen aufgrund der langen Planungsgeschichte und der kontroversen Diskussionen mit der Baukommission und dem Ortsbildschutzbeauftragten klar sein, dass ihr Bauvorhaben keineswegs unproblematisch war und erheblichen Widerstand seitens der Behörden hervorrief. Die Beschwerdeführer sprechen selbst von einer Annäherung der gegenseitigen Standpunkte "in vielen Schritten". Die ihnen erwachsenen Planungskosten basieren damit offensichtlich gerade nicht auf behördlichen Zusicherungen, sondern im Gegenteil auf behördlichen Einwendungen, die Projektanpassungen erforderlich machten. Die Beschwerdeführer haben also auch insoweit keinen Vertrauensschaden erlitten. Kosten, die einem Bauherrn anfallen, um sein Vorhaben bewilligungsfähig zu machen, hat er selbst zu tragen und kann er nicht auf die zuständigen Behörden, mithin die Allgemeinheit, überwälzen.
5.
Nach dem Gesagten ist die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Bei diesem Ausgang des Verfahrens werden die Beschwerdeführer kostenpflichtig (<ref-law>). Die Gemeinde, die in ihrem amtlichen Wirkungskreis tätig war, hat keinen Anspruch auf Parteientschädigung (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 5'000.-- werden den Beschwerdeführern auferlegt.
3.
Dieses Urteil wird den Beschwerdeführern, dem Gemeinderat Freienwil, dem Departement Bau, Verkehr und Umwelt des Kantons Aargau, und dem Verwaltungsgericht des Kantons Aargau, 3. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 20. März 2018
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Merkli
Der Gerichtsschreiber: Schoch