Sachverhalt:
A.
A.a. Am 8. September 2017 reichten die Schweizerischen Bundesbahnen (SBB) im Rahmen ihrer bestehenden Konzession Nr. 584 ein Gesuch beim Bundesamt für Verkehr (BAV) ein. Darin beantragten sie unter anderem die Erneuerung bzw. Erteilung der gesamten Fernverkehrs-Netzkonzession ab dem 10. Dezember 2017 für die Dauer von 15 Jahren. Ebenfalls am 8. September 2017 und mit überarbeiteten Unterlagen vom 5. bzw. 16. März 2018 stellte die BLS AG (BLS) beim BAV ein Gesuch für eine Fernverkehrskonzession; darin beantragte sie die Erteilung von Konzessionsrechten für einzelne Linien mit Wirkung ab verschiedenen Daten und jeweils für eine Dauer zwischen 20-25 Jahren ab rechtskräftiger Verfügung.
A.b. Aufgrund der eingegangenen Konzessionsgesuche und der knappen Frist für deren Beurteilung verlängerte das BAV mit Verfügung vom 27. November 2017 im Sinne einer Übergangslösung die bestehende Fernverkehrskonzession Nr. 584 der SBB um zwei Jahre vom 10. Dezember 2017 bis 14. Dezember 2019. Diese Verfügung erwuchs unangefochten in Rechtskraft.
A.c. Mit Verfügung vom 12. Juni 2018 erteilte das BAV:
- den SBB mit Wirkung ab 15. Dezember 2019 und Gültigkeit bis 8. Dezember 2029 die Konzessionsrechte für die Personenbeförderung mit der Bahn für das gesamte Fernverkehrs-IC-Netz sowie den überwiegenden Teil des Fernverkehrs-Basis-Netzes, inklusive der Linie Bern-Neuchâtel-La Chaux-de-Fonds.
- der BLS mit Wirkung ab 15. Dezember 2019 und Gültigkeit bis 8. Dezember 2029 die Konzessionsrechte für die Personenbeförderung mit der Bahn für die Fernverkehrs-Basislinien Biel-Bern sowie Bern-Burgdorf-Olten.
B.
B.a. Die SBB erhoben gegen diese Verfügung am 12. Juli 2018 Beschwerde an das Bundesverwaltungsgericht. Darin beantragten sie unter anderem, dass ihnen auch die Fernverkehrskonzession für die Linien Bern-Burgdorf-Olten sowie Biel-Bern erneuert werde. In ihrer Beschwerdeantwort vom 5. September 2018 beantragte die BLS, die Beschwerde sei abzuweisen, soweit auf sie einzutreten sei. Zudem beantragte sie, der Beschwerde sei die aufschiebende Wirkung zu entziehen. Die gleichen Anträge stellte auch das BAV in seiner Vernehmlassung vom 6. September 2018. Mit Stellungnahme vom 12. Oktober 2018 beantragten die SBB, auf die Anträge der BLS und des BAV betreffend Entzug der aufschiebenden Wirkung sei nicht einzutreten. Eventualiter seien die Anträge abzuweisen und die mit Zwischenverfügung des BAV vom 27. November 2017 angeordnete, bis 14. Dezember 2019 befristete Übergangsregelung sei im Sinne einer vorsorglichen Massnahme ab 15. Dezember 2019 bis zum Abschluss des Beschwerdeverfahrens vor dem Bundesverwaltungsgericht weiterzuführen.
B.b. Mit Zwischenverfügung vom 14. November 2018 verfügte das Bundesverwaltungsgericht unter anderem:
1. Die Anträge der Beschwerdegegnerin [d.h. der BLS] sowie der Vorinstanz auf Entzug der aufschiebenden Wirkung werden abgewiesen.
2. Der Antrag der Beschwerdeführerin [d.h. der SBB] um Anordnung vorsorglicher Massnahmen wird gutgeheissen.
Die mit Verfügung des Bundesamtes für Verkehr vom 27. November 2017 angeordnete, bis 14. Dezember 2019 befristete Übergangsregelung wird im Sinne einer vorsorglichen Massnahme ab 15. Dezember 2019 bis zum Abschluss des Beschwerdeverfahrens vor dem Bundesverwaltungsgericht weitergeführt.
C.
Die BLS erhebt mit Eingabe vom 11. Dezember 2018 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht mit dem Antrag, die Zwischenverfügung vom 14. November 2018 sei aufzuheben und die Sache zu neuer Beurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Eventualiter sei die Zwischenverfügung aufzuheben und es sei der beim Bundesverwaltungsgericht hängigen Beschwerde der SBB vom 12. Juli 2018 die aufschiebende Wirkung zu entziehen.
Die SBB beantragen, auf die Beschwerde sei nicht einzutreten, eventualiter sei sie abzuweisen. Das Bundesverwaltungsgericht hat keine Bemerkungen anzubringen. Das Eidgenössische Departement für Umwelt, Verkehr, Energie und Kommunikation (UVEK) verzichtet auf Vernehmlassung, während das BAV auf Gutheissung der Beschwerde schliesst. Mit Eingaben vom 22. Januar 2019 und 1. Februar 2019 hielten die BLS und die SBB an ihren Anträgen fest.

Erwägungen:
1.
1.1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten gegen den Zwischenentscheid des Bundesverwaltungsgerichts (Art. 86 Abs. 1 lit. a BGG) ist zulässig, sofern auch in der Hauptsache die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten zulässig ist und der angefochtene Entscheid einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken kann (Art. 93 Abs. 1 lit. a BGG). Die erste Voraussetzung ist erfüllt; namentlich kommt der Ausschlussgrund von Art. 83 lit. f bis BGG i.V.m. Art. 32i des Personenbeförderungsgesetzes vom 20. März 2009 (PBG; SR 745.1) nicht zum Tragen, da es nicht um eine Ausschreibung für bestelltes Verkehrsangebot im Sinne der Art. 32 ff. PBG geht, sondern um eine Personenbeförderungskonzession im Sinne von Art. 6 PBG. In Bezug auf den nicht wieder gutzumachenden Nachteil macht die BLS geltend, es sei nicht absehbar, wann das Verfahren vor der Vorinstanz abgeschlossen sein werde. Es sei damit zu rechnen, dass die SBB weiterhin die durch die Verfügung des BAV eigentlich der BLS zugesprochenen Linien werde fahren können. Dadurch würde sich die auf zehn Jahre festgelegte Konzessionsdauer verkürzen, selbst wenn die SBB im Verfahren vor der Vorinstanz unterliegen werden. Möglicherweise könnte das zur Folge haben, dass die BLS die Konzessionsvoraussetzung des wirtschaftlichen Betriebs für die verbleibende Konzessionsdauer nicht mehr zu erfüllen vermöge, so dass ihr im Endeffekt möglicherweise die Konzession doch nicht zugesprochen werden könnte. Diese Konsequenz wäre in der Tat ein nicht wieder gutzumachender rechtlicher Nachteil. Ein solcher ergibt sich auch schon, wenn der BLS schliesslich die Konzession verbleibt, aber nur für eine verkürzte Dauer. Der Eintritt dieses Nachteils setzt allerdings voraus, dass das vorinstanzliche Verfahren nicht vor Ende der auf 14. Dezember 2019 festgesetzten Übergangsfrist beendet sein wird (bzw. genügend lange vorher, um eine reibungslose Übernahme der Streckenkonzession zu ermöglichen). Das ist zwar zur Zeit noch hypothetisch, aber doch nicht völlig unwahrscheinlich. Das hinreichende Interesse der BLS ist zu bejahen. Die Beschwerde ist daher zulässig. Die BLS als im vorinstanzlichen Verfahren mit ihren Anträgen unterlegene Gesuchstellerin ist zur Beschwerde legitimiert (Art. 89 Abs. 1 BGG).
1.2. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ist ein reformatorisches Rechtsmittel (Art. 107 Abs. 2 BGG), weshalb auch ein Rechtsbegehren reformatorisch gestellt sein muss. Ein rein kassatorisches Begehren ist jedoch zulässig, wenn das Bundesgericht ohnehin nicht in der Sache entscheiden könnte, namentlich bei einer vor Bundesgericht nicht heilbaren Gehörsverletzung (Urteil 2C_144/2016 vom 22. Juli 2016 E. 1.2). Eine solche macht die BLS geltend, weshalb das kassatorische Hauptbegehren zulässig ist.
2.
2.1. Die BLS rügt eine Verletzung des rechtlichen Gehörs und des Replikrechts (Art. 29 Abs. 2 BV). Die Vorinstanz habe die Stellungnahme der SBB vom 12. Oktober 2018, in welcher diese vorsorgliche Massnahmen beantragt habe, ihr - der BLS - erst zusammen mit der Zwischenverfügung vom 14. November 2018 zugestellt und ihr nicht Gelegenheit gegeben, sich dazu zu äussern. Zudem habe die Vorinstanz den in dieser Stellungnahme gestellten Antrag um vorsorgliche Massnahmen gutgeheissen, ohne dass die BLS überhaupt Kenntnis davon erhalten hätte, dass ein solcher Antrag gestellt worden sei. Es habe keine Dringlichkeit bestanden, die diese Verletzung des rechtlichen Gehörs und des Replikrechts rechtfertigen könnte.
2.2. Der Anspruch auf rechtliches Gehör (Art. 29 Abs. 2 BV) umfasst den Anspruch, sich zu den von der Gegenpartei gestellten Anträgen zu äussern, bevor diese gutgeheissen werden (<ref-ruling> E. 4.1.2 S. 54), sowie das Recht, von allen beim Gericht eingereichten Stellungnahmen Kenntnis zu erhalten und sich dazu äussern zu können, unabhängig davon, ob die Eingaben neue und/oder wesentliche Vorbringen enthalten (<ref-ruling> E. 2.1 S. 485 f. mit Hinweisen). Der Gehörsanspruch ist formeller Natur; eine Verletzung führt in der Regel ungeachtet der materiellen Begründetheit des Rechtsmittels zur Gutheissung der Beschwerde und zur Aufhebung des angefochtenen Entscheids (<ref-ruling> E. 2.2 S. 197).
2.3. Das Recht auf Replik gilt grundsätzlich auch in Verfahren über vorsorgliche Massnahmen (<ref-ruling> E. 3.1 S. 191), doch kommt ihm dabei nicht die gleiche Tragweite zu wie in einem Verfahren betreffend die Hauptsache. Insbesondere liegt es in der Natur von richterlichen Verfügungen bezüglich der aufschiebenden Wirkung, dass sie rasch und ohne lange zusätzliche Erhebungen getroffen werden müssen. Sofern keine besonderen Umstände vorliegen, braucht die entscheidende Behörde vor dem Erlass einer einstweiligen Massnahme keinen zweiten Schriftenwechsel durchzuführen. Grundsätzlich ist der Gehörsanspruch des Gesuchstellers mit der Einreichung seines Antrags betreffend die aufschiebende Wirkung gewahrt (<ref-ruling> E. 3.3 S. 192). Dies begründet sich auch damit, dass der Entscheid über die aufschiebende Wirkung oder vorsorgliche Massnahmen - anders als das Urteil in der Hauptsache - nur in beschränktem Mass in materielle Rechtskraft erwächst; seine provisorische Natur bringt es mit sich, dass er leicht abgeändert werden kann. Entsprechend kann die betroffene Partei bei veränderten Verhältnissen auch verlangen, dass die einstweilige Verfügung abgeändert werde (<ref-ruling> E. 3.5 S. 193 f.; Urteil 5A_569/2013 vom 18. November 2013 E. 3.2). Das Recht auf Replik kann indessen gerechtfertigt sein, wenn die Beschwerdeantwort neue, entscheidende Elemente enthält, auf die sich das Gericht stützen will (<ref-ruling> E. 3.5 S. 193 f.).
2.4. Es ist nicht bestritten, dass die Vorinstanz der BLS die Stellungnahme der SBB vom 12. Oktober 2018 vor Erlass ihrer Zwischenverfügung nicht zugestellt hat. In dieser Stellungnahme hat die SBB erstmals den Antrag auf Erlass vorsorglicher Massnahmen gestellt. Die BLS konnte somit nicht bloss ihr Replikrecht nicht ausüben, sondern auch zu einem neu gestellten Antrag nicht Stellung nehmen. Die Stellungnahme der SBB ist offenkundig rechtserheblich gewesen, nachdem sich die Vorinstanz im angefochtenen Entscheid massgeblich darauf abgestützt und den Antrag auf Erlass vorsorglicher Massnahmen gutgeheissen hat. Es ist nicht ersichtlich, dass im vorinstanzlichen Verfahren eine derart grosse Dringlichkeit bestanden hat, die den Verzicht auf das rechtliche Gehör bzw. Replikrecht allenfalls gerechtfertigt hätte. Folglich hätte die Vorinstanz die Stellungnahme der BLS zustellen und ihr die Möglichkeit einräumen müssen, sich hierzu zu äussern. Eine Verletzung des rechtlichen Gehörs liegt vor. Die restriktiven Voraussetzungen für eine Heilung im bundesgerichtlichen Verfahren (vgl. <ref-ruling> E. 2.3.2 S. 197 f.) sind nicht erfüllt. Die Beschwerde ist folglich gutzuheissen und die Sache an das Bundesverwaltungsgericht zur Gewährung des rechtlichen Gehörs und zum Neuentscheid zurückzuweisen.
3.
Bei diesem Verfahrensausgang trägt die SBB die Kosten des Verfahrens (Art. 66 Abs. 1 BGG). Die obsiegende BLS hat Anspruch auf eine Parteientschädigung (Art. 68 Abs. 1 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird gutgeheissen. Die Zwischenverfügung des Bundesverwaltungsgerichts vom 14. November 2018 wird aufgehoben und die Sache wird zum Neuentscheid an die Vorinstanz zurückgewiesen.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 5'000.- werden der Beschwerdegegnerin auferlegt.
3.
Die Beschwerdegegnerin hat die Beschwerdeführerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 5'000.-- zu entschädigen.
4.
Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten, dem Bundesverwaltungsgericht, Abteilung I, und dem Eidgenössischen Departement für Umwelt, Verkehr, Energie und Kommunikation (UVEK), schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 13. Februar 2019
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Seiler
Der Gerichtsschreiber: Businger