Faits :
A.
Par jugement du 30 juin 2020, le Tribunal de police de l'arrondissement de U._ a constaté que A._ s'était rendu coupable de conduite en incapacité de conduire (alcoolémie qualifiée), conduite en incapacité de conduire (autres raisons) et violation des devoirs en cas d'accident et l'a condamné à une peine pécuniaire de 100 jours-amende à 60 fr. le jour, avec sursis pendant deux ans, ainsi qu'à une amende de 1'800 francs.
B.
Par jugement du 9 septembre 2020, la Cour d'appel pénale du Tribunal cantonal vaudois a partiellement admis l'appel formé par A._ à l'encontre de la décision de première instance. Elle l'a libéré de l'infraction de violation des devoirs en cas d'accident et l'a condamné à une peine de 90 jours-amende à 60 fr. le jour, avec sursis pendant deux ans, ainsi qu'à une amende de 1000 francs. Elle a confirmé le jugement entrepris pour le surplus.
En substance, elle a retenu que le 7 avril 2019 à 3h30, A._ avait conduit en état d'ivresse qualifiée, son taux étant de 0.46 mg/l soit 0.92 o/oo, et alors qu'il était en état de fatigue avancé, puisqu'il n'avait pas dormi depuis presque 24 heures. A._ s'était endormi au volant et avait perdu la maîtrise de son véhicule, qui avait percuté un candélabre en bordure droite de la chaussée puis terminé sa course environ 70 mètres en contrebas de la route, dans un pré.
C.
A._ forme un recours en matière pénale au Tribunal fédéral. Il conclut, avec suite de frais et dépens, à ce qu'il soit uniquement reconnu coupable de " conduite en état d'incapacité de conduire au sens de l'<ref-law> ", ainsi qu'à la modification de la peine infligée.

Considérant en droit :
1.
1.1. Le recourant ne conteste pas la réalisation des conditions des art. 91 al. 2 let. a et 91 al. 2 let. b LCR, soit la conduite d'un véhicule en état d'ébriété qualifié et de fatigue avancé. Il fait cependant grief à la cour cantonale d'avoir retenu une application concurrente de ces dispositions.
1.2. La cour cantonale a considéré que, selon la doctrine (Bussy/Rusconi/Jeanneret/Kuhn/Mizel/Müller, in Code suisse de la circulation routière commenté, 4e éd. 2015, n° 6.3 ad <ref-law>), une alcoolémie qualifiée en concours avec une substance énumérée à l'art. 2 al. 2 OCR ou une autre cause entraînant une incapacité de conduire est sanctionnée par une condamnation en concours parfait de l'<ref-law> avec l'<ref-law>. L'autorité précédente a ainsi conclu que le recourant devait être condamné pour la violation de ces deux dispositions.
1.3. A teneur de l'<ref-law>, toute personne qui n'a pas les capacités physiques et psychiques nécessaires pour conduire un véhicule parce qu'elle est sous l'influence de l'alcool, de stupéfiants, de médicaments ou pour d'autres raisons, est réputée incapable de conduire pendant cette période et doit s'en abstenir.
Selon le droit en vigueur jusqu'au 31 janvier 2004, l'incrimination de l'incapacité de conduire tombait alternativement sous le coup des art. 90 ou 91 aLCR selon la cause de l'incapacité du conducteur. Puis, du 1er janvier 2005 au 31 décembre 2013, l'art. 91 al. 1 aLCR prévoyait que quiconque avait conduit un véhicule automobile en état d'ébriété qualifié était puni de l'emprisonnement ou de l'amende, tandis que selon l'art. 91 al. 2 aLCR, quiconque avait conduit un véhicule automobile alors qu'il se trouvait dans l'incapacité de conduire pour d'autres raisons était puni de l'emprisonnement ou de l'amende. Désormais, les deux catégories d'incapacité ont été regroupées dans un seul alinéa, mais sous deux lettres différentes. Ainsi, l'<ref-law> punit d'une peine privative de liberté de trois ans au plus ou d'une peine pécuniaire quiconque conduit un véhicule en état d'ébriété et présente un taux d'alcool qualifié dans le sang ou dans l'haleine (let. a) ou conduit un véhicule automobile alors qu'il se trouve dans l'incapacité de conduire pour d'autres raisons (let. b).
D'après l'<ref-law>, si, en raison d'un ou de plusieurs actes, l'auteur remplit les conditions de plusieurs peines de même genre, le juge le condamne à la peine de l'infraction la plus grave et l'augmente dans une juste proportion. Il y a plusieurs peines identiques lorsque le tribunal prononce dans le cas d'espèce, pour chaque norme violée, des peines du même genre (<ref-ruling> consid. 5.2 p. 122 ss).
1.4. Le recourant soutient que. selon la nouvelle systématique de l'<ref-law> entrée en vigueur le 1er janvier 2014, l'<ref-law> prévoit une seule et même peine tant pour les cas d'application de la let. a (état d'ébriété qualifié) que pour ceux de la let. b (autres motifs d'incapacité). Aussi, le comportement qui tombe tant sous le coup de la let. a que de la let. b de cette disposition ne remplit pas les " conditions de plusieurs peines de même genre " au sens de l'<ref-law>. La doctrine sur laquelle s'était appuyée la cour cantonale se référait à une publication datant de l'ancien droit et n'était donc plus d'actualité. Le recourant en déduit qu'il doit être déclaré coupable uniquement de conduite en état d'incapacité de conduire en vertu de l'<ref-law> (recte: 91 al. 2 LCR) et la peine doit être adaptée en conséquence. Elle ne peut, en particulier, être aggravée en vertu de l'<ref-law>.
1.5. L'argumentation du recourant ne saurait être suivie. En effet, le fait que la même peine-menace soit prévue pour les deux catégories de cause d'incapacité de conduire de l'<ref-law> n'exclut pas qu'il puisse y avoir " plusieurs peines de même genre " au sens de l'<ref-law>. Lorsque, comme en l'espèce, l'intéressé a circulé en état d'incapacité de conduire à raison de son ébriété qualifiée ainsi qu'à raison d'une autre cause, la question pertinente est celle de savoir si les comportements visés par la norme entrent en concours parfait ou si l'un des cas de figure prévaut sur l'autre, de sorte que l'intéressé ne peut être condamné qu'à raison d'une seule infraction. L'<ref-law> trouvera application s'il y a lieu de retenir l'application concurrente des deux catégories d'incapacité de conduire, à la condition qu'une peine de même genre soit prononcée pour chaque infraction.
1.6. La jurisprudence du Tribunal fédéral n'a pas examiné la question du concours entre les deux catégories d'incapacité ressortant de l'<ref-law>. En doctrine, elle fait l'objet d'une controverse. Ainsi, selon une partie des auteurs, il convient de conclure à un concours imparfait entre l'incapacité de conduire pour d'autres raisons selon l'art. 91 al. 2 let. b et l'incapacité de conduire liée à l'alcool selon l'<ref-law> (Fahrni/Heimgartner, in Basler Kommentar, Strassenverkehrsgesetz, 2014, n° 65 ad <ref-law>; Niggli/Fiolka, SVG-Tagung 2010, Fahren in Fahrunfähigem Zustand: Voraussetzungen, Konsequenzen, Erfahrung, p. 116 s.; Bernard Corboz, Les infractions en droit suisse, vol. II, 3e éd. 2010, n° 51 ad <ref-law>). Selon Fahrni/Heimgartner, la conduite en état d'incapacité est punissable en soi, indépendamment des substances consommées ou d'autres causes. Le fait que l'incapacité de conduire soit due à une ou plusieurs causes est sans rapport avec la gravité de l'atteinte au bien juridique qu'elle entraîne (Fahrni/Heimgartner, op. cit., n° 65 ad <ref-law>). De manière similaire, Niggli/Fiolka exposent que l'incapacité de conduire est un concept homogène (" einheintliches Konzept "), dont le but est de sanctionner celui qui crée un danger en prenant part à la circulation routière alors qu'il n'a pas les ressources nécessaires pour faire face à des situations surprenantes. Le fait que cela soit dû à une ou plusieurs causes ne joue aucun rôle, de sorte que l'incapacité de conduire pour d'autres raisons absorbe l'incapacité de conduire liée à l'alcool (Niggli/Fiolka, op. cit., p. 116 s.).
Une autre partie de la doctrine plaide pour retenir l'existence, en principe, d'un concours parfait entre l'al. 1 et l'al. 2 de l'<ref-law> lorsque l'alcool et une autre cause étaient simultanément présents (Bussy/Rusconi/Jeanneret/Kuhn/Mizel/Müller, op. cit., n° 6.3 ad <ref-law>; Yvan Jeanneret, Les dispositions pénales de la loi sur la circulation routière, 2007, n°140 ad <ref-law>; Queloz/Ziegler, La conduite en état d'incapacité: une cible d'action prioritaire pour la sécurité routière, in Journées du droit de la circulation routière 7-8 juin 2010 p. 139). Yvan Jeanneret motive en détail sa position, laquelle s'appuie, tout d'abord, sur le fait que le législateur a créé deux catégories distinctes d'incapacité, à savoir l'ébriété qualifiée, d'une part, et les autres causes, d'autre part. Ensuite, sous réserve du cas où elle n'était que la conséquence directe de la consommation d'alcool, la cause d'incapacité concurrente à l'alcool est le fruit d'une volonté délictuelle différente de celle qui a emmené vers l'ébriété et qui n'est donc pas comprise dans cette dernière, excluant toute absorption de l'une par l'autre. Enfin, en maintenant la théorie de la spécialité de la répression de la conduite en état d'ébriété absorbant les autres causes d'incapacité (qui avait été défendue par une partie de la doctrine sous l'empire de l'ancien droit), on aboutirait à une solution absurde lorsque l'alcoolémie est simple - entre 0,5 et 0,79 o/oo - puisque le conducteur n'encourrait qu'une contravention [comme le prévoit l'<ref-law>], alors même qu'il existe une autre cause d'incapacité passible des peines délictuelles de
l'<ref-law>. L'auteur relève encore que la solution du concours parfait entre la conduite en état d'ébriété et les autres causes entraîne un traitement différent lorsqu'il n'y a pas d'alcool mais cumul de plusieurs autres causes - drogue et médicament par exemple - lesquelles ne peuvent être que sanctionnées globalement; cette différence résulte cependant du choix du législateur de créer deux catégories de causes d'incapacité réprimées distinctement. En outre, des exceptions à ce principe peuvent être retenues dans certains cas. Ainsi, lorsque l'alcool et une autre cause qui, pris individuellement, seraient insuffisants pour engendrer un état d'incapacité, interviennent conjointement et ont pour conséquence que le conducteur n'est pas en état de conduire, il y aura lieu de ne sanctionner que le comportement ayant un rôle prépondérant, considérant que la seconde cause n'est intervenue que comme facteur fragilisant l'auteur et diminuant son seuil de tolérance (Yvan Jeanneret, op. cit., p. 118 s.).
Selon un arrêt schwyzois rendu sous l'ancien droit, un concours parfait était admis lorsque l'intéressé avait conduit avec un taux d'alcool dans le sang de 0,8 o/oo, de surcroît dans un état de fatigue ou de surmenage. Selon cette décision cantonale, rien ne s'opposait à ce qu'il y ait concours entre les deux dispositions. Sur le plan pénal, elles faisaient l'objet de deux règles distinctes. Rien n'excluait en fait que l'état de fatigue ne soit pas provoqué par l'ivresse, mais lui soit antérieur ou concomitant (Schwyz, Tribunal administratif, 18 août 1988, EGV-SZ 1988 P. 98-100 n. 37, in JdT 1989 I 727).
A l'aune de la législation actuelle, le Tribunal pénal fédéral a également retenu, en se référant à l'opinion de Jeanneret, l'existence d'un concours parfait entre les deux dispositions de l'<ref-law> (jugement SK.2015.43 du 6 octobre 2016 et modification du 15 décembre 2016, consid. 7.1.3).
1.7. Il y a concours imparfait de dispositions légales lorsque, comme dans le cas de la spécialité, la définition légale d'une disposition spéciale renferme en elle-même tous les éléments constitutifs d'une disposition générale ou lorsque, comme dans le cas de l'absorption, l'une des deux dispositions considérées embrasse l'autre, sinon dans tous ses éléments constitutifs à tout le moins dans ses éléments essentiels que sont la culpabilité et l'illicéité, de telle sorte que cette disposition absorbe l'autre (<ref-ruling> consid. 2.1.2 p. 154; <ref-ruling> consid. 4). Ce dernier critère, dit de l'absorption, peut être utilisé pour régler les rapports entre les infractions de mise en danger et celles de résultat (<ref-ruling> consid. 2.1.2 p. 154; <ref-ruling> consid. 5b; <ref-ruling> consid. 4).
Les cas de figure des art. 91 al. 2 let. a et 91 al. 2 let. b LCR sont complémentaires, puisqu'une incapacité de conduire peut être due soit à l'état d'ébriété qualifié, soit à une autre cause, ou même avoir été entraînée à la fois par l'alcool et par une autre cause. Toutefois, à rigueur de texte, ces dispositions ne se recoupent pas: le cas de figure de l'<ref-law> se définit même par exclusion de l'hypothèse prévue à l'<ref-law> (" pour d'autres raisons "). En ce sens, il n'apparaît pas que l'une des dispositions embrasse l'autre.
Sous l'angle historique, comme vu ci-dessus, les deux catégories d'incapacité de conduire ont toujours été distinguées dans la loi. Leur rapprochement dans un seul alinéa (mais sous deux lettres différentes), à l'issue d'une modification législative intervenue dans le cadre de la réforme Via sicura, est de nature purement formelle (cf. FF 2010 7703, 7770; Fahrni/Heimgartner, op. cit., n° 5 ad <ref-law>). L'on ne saurait, dès lors, en déduire la volonté de sanctionner moins sévèrement, en excluant l'aggravation par le concours, l'incapacité de conduire lorsqu'elle émane non seulement de l'état d'ébriété qualifié, mais également d'une autre cause.
Comme le relevait déjà l'arrêt schwyzois précité, les deux catégories d'incapacité supposent chacune un comportement distinct de l'auteur, c'est-à-dire que celui-ci s'est rendu incapable de conduire en raison de sa consommation d'alcool, mais également parce qu'il a pris de la drogue, des médicaments, ou en raison de sa grande fatigue. Ainsi, à la différence des infractions de mise en danger absorbées par celles de résultat, l'incapacité due à l'alcool et celle due à une autre cause découlent de volontés délictuelles différentes, même si le résultat est identique. Par conséquent, il n'est pas contraire au droit fédéral que la réalisation de ces comportements soit sanctionnée plus sévèrement, par le biais de l'aggravation, que si une seule des deux causes d'incapacité était présente.
Compte tenu de ce qui précède, il y a lieu de retenir un concours parfait entre les art. 91 al. 2 let. a et 91 al. 2 let. b LCR, conduisant à appliquer l'<ref-law>.
Le grief du recourant est par conséquent sans fondement.
2.
Faute pour le recourant d'obtenir gain de cause sur le fond, son grief en rapport avec la fixation des frais de justice et l'allocation d'une indemnité de procédure est sans objet.
3.
Sur le vu de ce qui précède, le recours est rejeté. Le recourant, qui succombe, supporte les frais judiciaires ( <ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 3'000 fr., sont mis à la charge du recourant.
3.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour d'appel pénale du Tribunal cantonal du canton de Vaud.
Lausanne, le 8 avril 2021
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente : Jacquemoud-Rossari
La Greffière : Musy