Sachverhalt:
A.
Die B._ AG (nachfolgend: Unternehmerin, Klägerin, Beschwerdegegnerin) und die A._ AG (nachfolgend: Bestellerin, Beklagte, Beschwerdeführerin) schlossen am 16. Mai 2008 einen Werkvertrag über die Lieferung und den Einbau von Fenstern durch die Unternehmerin bei der Überbauung "X._", dessen Auftragssumme sich auf Fr. 239'836.95 netto inkl. MwSt. (bzw. Fr. 282'169.70 brutto exkl. MwSt.) belief.
Am 16. Dezember 2009 stellte die Unternehmerin der Bestellerin unter Bezugnahme auf den Werkvertrag vom 16. Mai 2008 (Brutto-Werkvertragspreis von Fr. 282'169.70) Rechnung im Betrag von Fr. 224'566.85 (netto), wobei davon gemäss Rechnung bereits zwei Zahlungen in der Höhe von insgesamt Fr. 129'940.-- erfolgt seien.
Mit Rechnung vom 27. Dezember 2010 forderte die Unternehmerin von der Bestellerin einen weiteren Betrag in der Höhe von Fr. 31'194.90 (netto) für Leistungen an den Häusern Y und Z am Objekt " X._ ". Die Bestellerin verweigerte die Bezahlung dieses Betrags.
B.
Nachdem das Bezirksgericht Aarau mit Entscheid vom 11. Januar 2017 mangels sachlicher Zuständigkeit nicht auf eine Klage der Unternehmerin vom 29. Dezember 2015 eingetreten war, reichte diese am 8. Februar 2017 beim Handelsgericht des Kantons Aargau Klage ein und beantragte, die Beklagte sei kostenfällig zu verpflichten, der Klägerin Fr. 31'194.90 zuzüglich 5 % Zins seit 27. Januar 2011 zu bezahlen.
Mit Urteil vom 11. Januar 2018 verpflichtete das Handelsgericht die Beklagte, der Klägerin Fr. 22'281.94 zuzüglich Zins zu 5 % seit dem 27. Januar 2011 zu bezahlen; im Mehrbetrag wies es die Klage ab. Als ausgewiesen erachtete es eine Forderung von Fr. 26'214.85 für die Lieferung und die Montage von Hebeschiebetüren im Haus Z. Dabei habe es sich um einen Nachtrag gehandelt, der eine Änderung gegenüber dem ursprünglichen Werkvertrag darstelle und in der Rechnung vom 16. Dezember 2009 ausgeklammert worden sei. Unter Berücksichtigung von verschiedenen Abzügen ergab sich ein Betrag von Fr. 22'281.94. Diese Forderung sei entgegen diversen Einwänden der Beklagten fällig. Eine in der Duplik erhobene Verrechnungsforderung der Beklagten in der Höhe von Fr. 2'300.15 sei unbegründet. Drei von der Beklagten beantragte Gutachten, gestützt auf welche sich weitere Verrechnungsforderungen hätten ergeben sollen, seien mangels substanziierter Behauptungen nicht einzuholen.
C.
Mit Beschwerde in Zivilsachen vom 14. Februar 2018 beantragt die Beklagte dem Bundesgericht, das Urteil des Handelsgerichts des Kantons Aargau vom 11. Januar 2018 sei kostenfällig aufzuheben und die Klage abzuweisen, eventualiter sei die Sache zur ergänzenden Feststellung des Sachverhalts und Neubeurteilung an das Handelsgericht zurückzuweisen.
Die Beschwerdegegnerin trägt auf kostenfällige Abweisung der Beschwerde an. Das Handelsgericht beantragt ebenfalls, die Beschwerde sei abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. Die Beschwerdeführerin hat unaufgefordert eine Beschwerdereplik eingereicht. Die Beschwerdegegnerin hat auf Gegenbemerkungen verzichtet.
Ein Gesuch der Beschwerdeführerin um Erteilung der aufschiebenden Wirkung wurde mit Präsidialverfügung vom 4. Mai 2018 abgewiesen.

Erwägungen:
1.
1.1. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es ist somit weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen oder eine Beschwerde mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen. Mit Blick auf die Begründungsanforderungen der beschwerdeführenden Partei (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG) behandelt es aber grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind; es ist jedenfalls nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu untersuchen, wenn diese vor Bundesgericht nicht mehr vorgetragen werden (<ref-ruling> E. 2 S. 116; <ref-ruling> E. 1.3 S. 584). Unerlässlich ist im Hinblick auf Art. 42 Abs. 2 und Art. 106 Abs. 2 BGG, dass die Beschwerde auf die Begründung des angefochtenen Entscheids eingeht und im Einzelnen aufzeigt, worin eine Rechtsverletzung liegt. Die beschwerdeführende Partei soll in der Beschwerdeschrift nicht bloss die Rechtsstandpunkte, die sie im vorinstanzlichen Verfahren eingenommen hat, erneut bekräftigen, sondern mit ihrer Kritik an den als rechtsfehlerhaft erachteten Erwägungen der Vorinstanz ansetzen (<ref-ruling> E. 2 S. 89, 115 E. 2 S. 116). Andernfalls wird auf die Beschwerde nicht eingetreten.
1.2. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Dazu gehören sowohl die Feststellungen über den streitgegenständlichen Lebenssachverhalt als auch jene über den Ablauf des vor- und erstinstanzlichen Verfahrens, also die Feststellungen über den Prozesssachverhalt (<ref-ruling> E. 1.3.1 S. 17 f. mit Hinweisen). Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law>). "Offensichtlich unrichtig" bedeutet dabei "willkürlich" (<ref-ruling> E. 2 S. 117, 264 E. 2.3 S. 266). Überdies muss die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein können (<ref-law>).
2.
Die Beschwerdeführerin rügt, die Vorinstanz habe zu Unrecht die Forderung über Fr. 22'281.94 als fällig erachtet. Sie macht geltend, bevor nicht eine genügende Schlussrechnung erstellt worden sei, könne der Werkpreis für die Hebeschiebetüren nicht fällig werden. Hinzu komme, dass gemäss den einschlägigen AGB eine " Erfüllungs- und Anzahlungsgarantie mit Solidarbürgschaft einer namhaften schweizerischen Bank oder Versicherungsgesellschaft" hätte geliefert werden müssen. Es sei aber nur eine " Solidarbürgschaft für verdeckte Mängel" geliefert worden. Auch aus diesem Grund sei die Forderung nicht fällig.
2.1. Dass wegen Fehlens einer genügenden Schlussrechnung die Forderung nicht fällig geworden sei, verneinte die Vorinstanz mit einer mehrfachen Begründung.
2.1.1. Sie erwog erstens, aus den AGB der Beschwerdeführerin würden sich keine konkreten Anforderungen an die Schlussrechnung ergeben. Sofern die Beschwerdeführerin geltend mache, die Beschwerdegegnerin schulde eine detaillierte, nach Positionen des Leistungsverzeichnisses aufgeschlüsselte Schlussrechnung, Lieferscheine, Dokumentationen und weitere Leistungsnachweise, finde sich hierfür keine Grundlage in ihren AGB. Auch aus der SIA-Norm 118 würden sich keine einschlägigen Anforderungen an die von der Beschwerdeführerin verlangte Schlussrechnung ergeben. Die Schlussabrechnung gemäss Art. 153 SIA-Norm 118 müsse lediglich bei Leistungen nach Einheitspreisen die Feststellung der Schlussabrechnungssumme aufgrund der endgültigen Ausmasse enthalten. Zweitens hätten die Parteien für die Hebeschiebetüren, die als Nachtrag offeriert worden seien, einen Pauschalpreis vereinbart, welchen die Beschwerdeführerin mit Entgegennahme der Leistung akzeptiert habe. Es fehle somit an einem schützenswerten Interesse daran, eine Rechnung zu erhalten, welche die erbrachten Leistungen im Detaillierungsgrad der Offerte wiedergebe. Drittens sei das Verhalten der Beschwerdeführerin rechtsmissbräuchlich, wenn sie sich im Rahmen einer bestehenden Geschäftsbeziehung erst Jahre später und nach zwei Mahnungen darauf berufe, die Rechnungsstellung sei nicht genügend. Die Beschwerdeführerin könne viertens ebenfalls nicht einwenden, sie habe auch bezüglich der übrigen werkvertraglichen Arbeiten keine Schlussrechnung erhalten, weil die diesbezügliche Rechnung der Beschwerdegegnerin vom 16. Dezember 2009 keine Schlussrechnung gewesen sei. In dieser Rechnung seien Nachträge ausgenommen gewesen; die einzige von der Beschwerdeführerin behauptete ausstehende Arbeit seien aber die Hebeschiebetüren gewesen. Die Rechnung vom 16. Dezember 2009 sei von der Beschwerdeführerin vorbehaltlos bezahlt worden, wobei keine Anhaltspunkte dafür bestünden, dass es sich nur um eine Akontorechnung gehandelt habe.
2.1.2. Die Beschwerdeführerin macht nicht (mehr) geltend, aus ihren AGB ergäben sich spezifische Anforderungen an die Schlussrechnung. Sie bestreitet aber, dass für die Hebeschiebetüren ein Pauschalpreis vereinbart worden sei. Auch soweit sie der Vorinstanz eine unrichtige Anwendung von Art. 153 f. SIA-Norm 118 vorwirft, beruht ihre Argumentation auf der Annahme, es seien Leistungen zu Einheitspreisen vereinbart worden, und hängt somit von der ersten Rüge ab. Sie wirft der Vorinstanz vor, diese habe den Sachverhalt unzulässig ergänzt und damit willkürlich festgestellt, denn die Parteien hätten nie behauptet, es sei ein Pauschalpreis vereinbart worden. Solches ergebe sich auch nicht aus der Auftragsbestätigung vom 26. November 2009. Vielmehr sei auch die Nachtragsofferte den Regeln des Hauptvertrages unterlegen, der ein Vertrag mit Einheitspreisen gewesen sei.
2.1.3. Nach den für das Bundesgericht verbindlichen Feststellungen der Vorinstanz zum Prozesssachverhalt (vgl. E. 1.2 hiervor) behauptete die Beschwerdegegnerin, man habe sich mit der Beschwerdeführerin über die Lieferung und Montage von Hebeschiebetüren für brutto Fr. 26'214.85 geeinigt. Die Beschwerdegegnerin habe sich hierfür auf die Auftragsbestätigung der Beschwerdeführerin vom 26. November 2009 bezogen, die diesen (Brutto-) Preis enthalten habe. Die Beschwerdeführerin habe eine solche Einigung bestritten. Unbestritten sei, dass es sich bei der Lieferung der Hebeschiebetüren um einen Nachtrag gehandelt habe, der eine Änderung gegenüber dem ursprünglichen Werkvertrag dargestellt habe und in der Rechnung vom 16. Dezember 2009 ausgeklammert worden sei. Die Vorinstanz schloss aus diesem Sachverhalt, indem die Beschwerdeführerin in der Folge im Januar 2010 mit der Beschwerdegegnerin Pläne zum Auftrag "Hebeschiebetüren" ausgetauscht habe und, ohne Einspruch zu erheben, die Beschwerdegegnerin die fraglichen Arbeiten in der zweiten Jahreshälfte habe vollenden lassen, habe sie die Auftragsbestätigung vom 26. November 2009 bzw. das dieser vorangehende Angebot der Beschwerdegegnerin genehmigt und damit auch den Preis. Die Beschwerdeführerin setzt sich mit diesen Erwägungen der Vorinstanz nicht im Einzelnen auseinander. Es ist deshalb fraglich, ob die Beschwerde insoweit den Begründungsanforderungen genügt (vgl. E. 1.1 hiervor). Die Frage kann offenbleiben. Denn jedenfalls ist die Würdigung der Vorinstanz rechtsfehlerfrei. Wenn sich die Beschwerdegegnerin auf eine vereinbarte Nachtragsofferte zu einem bestimmten Preis bezog, behauptete sie inhaltlich nichts anderes als eine Pauschalpreisabrede für diesen spezifischen Werkteil, auch wenn sie das Wort "Pauschalpreisabrede" selber nicht verwendete. Es kommt auch nicht darauf an, dass die Auftragsbestätigung selber nicht die Formulierung "Pauschalpreis" oder etwas Ähnliches enthielt. Von Bedeutung ist vielmehr, dass dieser einzelne Werkteil bzw. diese einzelnen Werkteile gemäss Auftragsbestätigung im Nachhinein zu einem separaten Preis vergeben wurden. Es ist ohne weiteres möglich, dass zwar grundsätzlich ein Werkvertrag mit Abrechnung nach Einheitspreisen vereinbart, hingegen ein bestimmter Werkteil pauschal vergeben wird (Urteil 4A_221/2015 vom 23. November 2015 E. 5.1 und 5.2, nicht publ. in: <ref-ruling>).
Die angeblich mangelnde Fälligkeit der Forderung kann damit nicht mit der fehlenden Schlussrechnung für die Hebeschiebetüren begründet werden. Auf die zusätzliche Begründung der Vorinstanz, das Verhalten der Beschwerdeführerin sei rechtsmissbräuchlich, muss nicht mehr eingegangen werden.
2.2. Die Feststellung der Vorinstanz, der entsprechenden Stelle in den AGB (S. 8), auf welche die Beschwerdeführerin verweise, lasse sich nichts über eine von der Beschwerdeführerin als Fälligkeitsvoraussetzung genannte "Erfüllungs- und Anzahlungsgarantie" entnehmen, ist offenkundig falsch und damit willkürlich, wie die Beschwerdeführerin zu Recht rügt. An der von der Vorinstanz angegebenen Stelle in der Duplik (N. 11.8) verwies die Beschwerdeführerin vielmehr auf S. 10 der AGB, wo unter der Überschrift "Garantie" handschriftlich eingefügt wurde "Erfüllungs- und Anzahlungsgarantie mit Solidarbürgschaft einer namhaften schweizerischen Bank oder Versicherungsgesellschaft".
Jedoch ist dieses Versehen der Vorinstanz für den Ausgang des Verfahrens nicht entscheidend (vgl. E. 1.2 hiervor). Die Lieferung einer Garantie in Form einer Solidarbürgschaft als Voraussetzung für die Fälligkeit der Schlusszahlung wird nämlich auf Seite 8 der AGB der Beschwerdeführerin erwähnt, auf welche Stelle die Vorinstanz verwies. Auch wenn zusätzlich eine " Erfüllungs- und Anzahlungsgarantie" gemäss S. 10 der AGB geschuldet war (und diese allenfalls vor der Inangriffnahme der Arbeiten nicht geleistet worden wäre), kann vorliegend nach Treu und Glauben im Zeitpunkt, da das Werk abgeliefert ist, die Garantie gemäss S. 8 der AGB nur als Gewährleistungsgarantie verstanden werden, wie die Vorinstanz richtig darlegte. Die Beschwerdegegnerin hat aber unbestritten eine solche Gewährleistungsgarantie geliefert. Weitere Rügen erhebt die Beschwerdeführerin unter dem Titel " Garantie" nicht, weshalb die Vorinstanz zu Recht von der Fälligkeit der Forderung über Fr. 22'281.94 ausging.
3.
Die Vorinstanz erachtete die zur Verrechnung gebrachte Forderung von Fr. 2'300.15 für Krankosten als nicht genügend substanziiert bzw. hielt fest, es fehle diesbezüglich an schlüssigen Behauptungen. So führe die Beschwerdeführerin lediglich aus, es habe (für die Hebeschiebetüren) extra ein Kran organisiert werden müssen, dessen Benützung gemäss Vertrag der Beschwerdegegnerin verrechnet werden könne. Diesbezüglich verweise sie auf eine handschriftliche Notiz auf Seite 13 des Werkvertrages. Diese laute: "zum Verteilen der Fenster muss bauseits ein Baukran mit Bedienung zur Verfügung stehen. Benützung gegen Verrechnung ". Daraus leite die Beschwerdeführerin ab, die Beschwerdegegnerin hätte in ihrer Rechnung vom 16. Dezember 2009 einen grösseren Abzug für den Nachtrag betreffend die Hebeschiebetüren machen müssen. Es bleibe indessen unerfindlich, in welchem Zusammenhang das Organisieren des besagten Krans - gemeint gemäss der Notiz auf Seite 13 des Werkvertrages - mit dem Nachtrag betreffend Hebeschiebetüren stehen solle. Sodann laute die handschriftliche Notiz " Benützung gegen Verrechnung". Die Beschwerdeführerin behaupte aber nicht, die Beschwerdegegnerin habe den Kran tatsächlich benützt.
Die Beschwerdeführerin wiederholt in ihrer Beschwerde - etwas ausführlicher, aber im Wesentlichen im gleichen Sinn wie in ihrer Duplik - ihre Vorbringen zu dieser Verrechnungsforderung. Das ist unzulässige appellatorische Kritik. Auf den entscheidenden Punkt im angefochtenen Entscheid, dass der Zusammenhang zwischen einerseits der Notiz auf S. 13 des Werkvertrags und andererseits den Kosten für die Hebeschiebetüren nicht ersichtlich sei, geht sie nicht ein. Darauf ist somit nicht einzutreten (vgl. E. 1.1 hiervor).
Wenn für die Vorinstanz entscheidend ist, dass die Beschwerdeführerin nicht behauptet habe, die Beschwerdegegnerin habe den Kran tatsächlich benutzt, müsste die Beschwerdeführerin in ihrer Beschwerde entweder mit Aktenhinweis aufzeigen, wo sie im kantonalen Verfahren eine entsprechende Behauptung prozesskonform aufgestellt hat oder darlegen, inwiefern die Vorinstanz insoweit in Bezug auf die Behauptungslast überhöhte Anforderungen stellt. Der blosse Verweis auf eine Duplikbeilage, in der angegeben sei, dass "ein Kran [...] zum Einsatz kam, dass Schiebetüren abgeladen wurden und dann Material aufs Dach gehoben wurde", belegt nicht, dass die Beschwerdeführerin Entsprechendes bereits vor der Vorinstanz prozesskonform behauptet hat. Fehlt es an einer rechtsgenüglichen Behauptung, kommt der angeblich fehlenden Bestreitung durch die Beschwerdegegnerin keine Bedeutung zu.
4.
Damit ist die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend wird die Beschwerdeführerin kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 Abs. 1 und Art. 68 Abs. 1 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3.
Die Beschwerdeführerin hat die Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2'500.-- zu entschädigen.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Handelsgericht des Kantons Aargau, 1. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 19. Oktober 2018
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Kiss
Der Gerichtsschreiber: Gross