Sachverhalt:
A.
Die A._ GmbH (nachfolgend Klägerin, Beschwerdeführerin) führte auf verschiedenen Baustellen der B._ AG (Beklagte, Beschwerdegegnerin) auf Basis mündlicher Werkverträge Gipserarbeiten als Unterakkordantin durch. Mit Anerkennungsklage vom 17. Oktober 2018 machte die Klägerin mit Bezug auf die Wohnüberbauung X._ in U._ Forderungen von insgesamt Fr. 65'592.30 zuzüglich Verzugszins von 5% seit dem 6. Januar 2018 geltend und beantragte im entsprechenden Umfang die Beseitigung des Rechtsvorschlags.
A.a. Im Verlauf des beim Handelsgericht des Kantons Aargau hängigen Verfahrens reduzierte die Klägerin den Forderungsbetrag auf Fr. 64'700.-- zuzüglich Zins. Nachdem das Handelsgericht die Klage ohne Durchführung einer Hauptverhandlung abgewiesen hatte, ordnete das von der Klägerin angerufene Bundesgericht am 18. Juni 2020 eine mündliche Hauptverhandlung an (Urteil 4A_14/2020 vom 18. Juni 2020). Anlässlich derselben kamen die Parteien zum Vortrag; Zeugen wurden nicht einvernommen. Am 4. November 2020 wies das Handelsgericht die Klage ab, soweit sie nicht infolge Klagerückzugs im Betrag von Fr. 892.30 abzuschreiben war. Es auferlegte der Klägerin die Gerichtskosten und verpflichtete sie zur Bezahlung einer Parteientschädigung an die Beklagte.
B.
Mit Beschwerde in Zivilsachen beantragt die Beschwerdeführerin, das Urteil des Handelsgerichts sei aufzuheben und die Sache sei zur Durchführung einer formellen richterlichen Parteibefragung und Einvernahme von drei Zeugen an das Handelsgericht zurückzuweisen. Die entsprechenden Beweisanträge habe die Beschwerdeführerin im Vorverfahren form- und fristgerecht gestellt.

Erwägungen:
1.
1.1. Die Beschwerde betrifft eine Zivilsache (<ref-law>), sie richtet sich gegen den Endentscheid (<ref-law>) eines oberen kantonalen Gerichts, das als Fachgericht in handelsrechtlichen Streitigkeiten entschieden hat (<ref-law>). Es besteht kein Streitwerterfordernis (<ref-law>). Die Beschwerdefrist ist gewahrt (Art. 100 Abs. 1 i.V.m. <ref-law>).
1.2. Die Beschwerde hat ein Rechtsbegehren zu enthalten (<ref-law>). Da die Beschwerde an das Bundesgericht ein reformatorisches Rechtsmittel ist (<ref-law>), darf sich die beschwerdeführende Partei grundsätzlich nicht darauf beschränken, die Aufhebung des angefochtenen Entscheids zu beantragen, sondern muss einen Antrag in der Sache stellen. Grundsätzlich ist ein materieller Antrag erforderlich; Anträge auf Rückweisung der Sache an die Vorinstanz zu neuer Entscheidung oder blosse Aufhebungsanträge genügen nicht und machen die Beschwerde unzulässig. Ein blosser Rückweisungsantrag reicht ausnahmsweise aus, wenn das Bundesgericht im Falle der Gutheissung in der Sache nicht selbst entscheiden könnte, weil die erforderlichen Sachverhaltsfeststellungen der Vorinstanz fehlen (<ref-ruling> E. 3.1 S. 490 f. mit Hinweisen).
Die Beschwerdeführerin stellt ein rein kassatorisches Rechtsbegehren. Entgegen ihrer Auffassung wäre es ihr ohne Weiteres möglich gewesen, ein reformatorisches Begehren zu stellen, namentlich die Verurteilung der Beschwerdegegnerin zur Bezahlung des vereinbarten Werklohns zu beantragen und in diesem Rahmen die Verletzung des Rechts auf Beweis resp. der Grundsätze der Behauptungs- und Substanziierungslast zu rügen. Überdies trifft es nicht zu, dass es für den Fall der Gutheissung der Beschwerde an den erforderlichen Sachverhaltsfeststellungen fehlen würde. Die Vorinstanz erachtet vielmehr den Nachweis einer Vereinbarung für Regiearbeiten zum Stundenlohn bezüglich der Gebäudeteile D1-D4 als nicht erbracht, resp. nicht genügend substanziiert, und stützt die Klageabweisung auf die Einlassungen der Parteien in der Hauptverhandlung sowie die schriftlichen Parteivorbringen. Auf die Beschwerde ist nicht einzutreten, zumal daraus nicht hinreichend klar hervorgeht was die Beschwerdeführerin überhaupt will. Im Übrigen wäre die Beschwerde abzuweisen, wie nachfolgend kurz zu zeigen ist.
2.
2.1. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Mit Blick auf die allgemeinen Begründungsanforderungen (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG) behandelt es aber grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind. Es ist jedenfalls nicht gehalten, wie ein erstinstanzliches Gericht alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu untersuchen, wenn diese vor Bundesgericht nicht mehr vorgetragen werden (<ref-ruling> E. 2 mit Hinweisen).
2.2. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Dazu gehören sowohl die Feststellungen über den streitgegenständlichen Lebenssachverhalt als auch jene über den Ablauf des vorinstanzlichen Verfahrens, also die Feststellungen über den Prozesssachverhalt (<ref-ruling> E. 1.3.1 S. 17 f. mit Hinweisen). Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law>). "Offensichtlich unrichtig" bedeutet dabei "willkürlich" (<ref-ruling> E. 2 S. 117, 264 E. 2.3 S. 266). Überdies muss die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein können (<ref-law>). Das Bundesgericht hebt einen Entscheid zudem nur auf, wenn er nicht bloss in der Begründung, sondern auch im Ergebnis willkürlich ist (<ref-ruling> E. 4.1; <ref-ruling> E. 2.1, 167 E. 2.1; <ref-ruling> E. 3.2.5 S. 339; je mit Hinweisen).
Für eine Kritik am festgestellten Sachverhalt gilt das strenge Rügeprinzip von <ref-law> (<ref-ruling> E. 2.3 S. 266 mit Hinweisen). Die Partei, welche die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz anfechten will, muss klar und substanziiert aufzeigen, inwiefern die genannten Voraussetzungen erfüllt sein sollen (<ref-ruling> E. 1.3.1 S. 18 mit Hinweisen). Wenn sie den Sachverhalt ergänzen will, hat sie zudem mit präzisen Aktenhinweisen darzulegen, dass sie entsprechende rechtsrelevante Tatsachen und taugliche Beweismittel bereits bei den Vorinstanzen prozesskonform eingebracht hat (<ref-ruling> E. 2 S. 90). Genügt die Kritik diesen Anforderungen nicht, können Vorbringen mit Bezug auf einen Sachverhalt, der vom angefochtenen Entscheid abweicht, nicht berücksichtigt werden (<ref-ruling> E. 1.3.1 S. 18).
3.
3.1.
3.1.1. Das Recht auf Beweis ist in <ref-law> gesetzlich vorgesehen und wird aus <ref-law> abgeleitet. Danach hat die beweispflichtige Partei einen bundesrechtlichen Anspruch darauf, für rechtserhebliche bestrittene Vorbringen zum Beweis zugelassen zu werden, wenn ihr Beweisantrag nach Form und Inhalt den Vorschriften des anwendbaren Prozessrechts entspricht (vgl. <ref-ruling> E. 7.1; <ref-ruling> E. 2a). Dieses Recht wird auch vom Anspruch auf rechtliches Gehör gemäss <ref-law> umfasst (<ref-ruling> E. 3 mit Hinweisen).
Das Recht auf Beweis schliesst eine vorweggenommene (antizipierte) Würdigung von Beweisen nicht aus (vgl. <ref-ruling> E. 9.3.2). Eine antizipierte Beweiswürdigung liegt vor, wenn das Gericht zum Schluss kommt, ein an sich taugliches Beweismittel vermöge seine Überzeugung von der Wahrheit oder Unwahrheit einer strittigen Tatsache, die es insbesondere aufgrund der bereits abgenommenen Beweismittel gewonnen hat, nicht zu erschüttern (<ref-ruling> E. 9.3.2; <ref-ruling> E. 6.3.1; <ref-ruling> E. 4.3.2). Bei dieser Überlegung hat das Gericht zu unterstellen, dass das Beweismittel zu Gunsten der Partei ausfällt, die es angerufen hat, und dafür spricht, dass die zu beweisende Behauptung zutrifft. Das Gericht kann auf ein beantragtes Beweismittel verzichten, wenn es ohne Willkür in vorweggenommener Beweiswürdigung annehmen durfte, eine weitere Beweiserhebung würde seine Überzeugung nicht beeinflussen (<ref-ruling> E. 5.3; <ref-ruling> E. 2.1; je mit Hinweisen). Der Beweisanspruch ist jedoch verletzt, wenn einem Beweismittel zum vornherein jede Erheblichkeit abgesprochen wird, ohne dass hierfür sachliche Gründe angegeben werden können (BGE <ref-ruling> E. 2a). Ob die kantonalen Instanzen diese Grundsätze verletzt haben, prüft das Bundesgericht nur unter dem Gesichtswinkel der Willkür, da insoweit nicht der Umfang des bundesrechtlichen Anspruchs auf Beweis oder rechtliches Gehör, sondern lediglich eine Frage der Beweiswürdigung zu beurteilen ist (<ref-ruling> E. 3; <ref-ruling> E. 5b/bb). Von einer antizipierten Beweiswürdigung ist ebenfalls die Rede, wenn das Gericht einem beantragten Beweismittel die Erheblichkeit oder die Tauglichkeit abspricht, um die behauptete Tatsache zu erstellen, zu deren Beweis es angerufen wurde. Das Gericht verzichtet diesfalls darauf, das von ihm als untauglich eingestufte Beweismittel abzunehmen - und zwar losgelöst von seiner Überzeugung hinsichtlich der Verwirklichung der damit zu erstellenden Tatsache, also insbesondere auch bei offenem Beweisergebnis (zum Ganzen: Urteil 4A_279/2020 vom 23. Februar 2021 E. 6.3 mit Hinweisen).
3.1.2. Nach <ref-law> haben unter der Geltung des Verhandlungsgrundsatzes die Parteien dem Gericht die Tatsachen darzulegen, auf die sie ihre Begehren stützen, und die Beweismittel anzugeben. Eine Tatsachenbehauptung hat nicht alle Einzelheiten zu enthalten. Es genügt, wenn die Tatsachen, die unter die das Begehren stützenden Normen zu subsumieren sind, in einer den Gewohnheiten des Lebens entsprechenden Weise in ihren wesentlichen Zügen oder Umrissen behauptet werden (<ref-ruling> E. 3.4.2). Ein solchermassen vollständiger Tatsachenvortrag wird als schlüssig bezeichnet, da er bei Unterstellung, er sei wahr, den Schluss auf die anbegehrte Rechtsfolge zulässt (<ref-ruling> E. 2b).
Die Behauptungs- und Substanziierungslast zwingt die damit belastete Partei nicht, sämtliche möglichen Einwände der Gegenpartei vorweg zu entkräften. Nur soweit der Prozessgegner den schlüssigen Tatsachenvortrag der behauptungsbelasteten Partei bestreitet, greift eine über die Behauptungslast hinausgehende Substanziierungslast. Die Vorbringen sind diesfalls nicht nur in den Grundzügen, sondern in Einzeltatsachen zergliedert, so umfassend und klar darzulegen, dass darüber Beweis abgenommen oder dagegen der Gegenbeweis angetreten werden kann (<ref-ruling> E. 5.2.1.1; <ref-ruling> E. 2b mit Hinweisen). Bestreitungen sind so konkret zu halten, dass sich bestimmen lässt, welche einzelnen Behauptungen des Klägers damit bestritten werden; die Bestreitung muss ihrem Zweck entsprechend so konkret sein, dass die Gegenpartei weiss, welche einzelne Tatsachenbehauptung sie beweisen muss (vgl. <ref-law>). Der Grad der Substanziierung einer Behauptung beeinflusst insofern den erforderlichen Grad an Substanziierung einer Bestreitung; je detaillierter einzelne Tatsachen eines gesamten Sachverhalts behauptet werden, desto konkreter muss die Gegenpartei erklären, welche dieser einzelnen Tatsachen sie bestreitet. Je detaillierter mithin ein Parteivortrag ist, desto höher sind die Anforderungen an eine substanziierte Bestreitung. Diese sind zwar tiefer als die Anforderungen an die Substanziierung einer Behauptung; pauschale Bestreitungen reichen indessen nicht aus. Erforderlich ist eine klare Äusserung, dass der Wahrheitsgehalt einer bestimmten und konkreten gegnerischen Behauptung infrage gestellt wird (<ref-ruling> E. 2.6 mit Hinweisen). Eine hinreichende Bestreitung lässt die behauptungsbelastete Partei erkennen, welche ihrer Behauptungen sie weiter zu substanziieren und welche Behauptungen sie schliesslich zu beweisen hat. Dagegen ist die beweisbefreite Partei grundsätzlich nicht gehalten, darzutun, weshalb eine bestrittene Behauptung unrichtig sei (<ref-ruling> E. 5.2.2.2; <ref-ruling> E. 2; zum Ganzen: Urteil 4A_542/2020 vom 3. März 2021 E. 4.3 mit Hinweisen).
3.2. Die Vorinstanz erwog, nicht nur habe die Beschwerdeführerin ungenügend substanziiert, an welchem Gebäudeteil welcher Mitarbeiter welche der von der Beschwerdegegnerin bestrittenen Arbeiten getätigt haben solle, sodass eine gezielte Zeugenbefragung anstelle einer blossen unzulässigen Beweisausforschung möglich gewesen wäre. Der Vortrag der Beschwerdeführerin sei streckenweise auch widersprüchlich, damit unverständlich und müsse daher unbeachtlich bleiben. So habe sie betreffend den Gebäudeteil A6 einmal behauptet, sie sei mit Regiearbeiten beauftragt worden, weshalb die Rechnung auch eine bestimmte Anzahl Regiestunden zu einem bestimmten Stundenansatz aufweise. Ein andermal habe die Beschwerdeführerin hingegen behauptet, die Parteien hätten einen Pauschalpreis von Fr. 16'000.-- vereinbart.
Ebenso widersprüchlich sei es, wenn die Beschwerdeführerin vorbringe, die Parteien hätten betreffend die Gebäudeteile D1-D4 Regieleistungen vereinbart. Die entsprechende Rechnung weise anstelle der geleisteten Regiestunden und eines Stundenansatzes gewisse Prozente an ausgeführten Arbeiten aus. Damit sei mithin ein Pauschalhonorar verrechnet worden, was Regiearbeiten gerade ausschliesse. Mit Bezug auf die Gebäudeteile D1-D4 habe die Beschwerdeführerin sodann nicht substanziiert, wie die Vereinbarung von Regiearbeiten, die jeweilige Beauftragung durch die Beschwerdegegnerin und der Stundenansatz von Fr. 48.-- zustande gekommen sein sollen. Insbesondere habe die Beschwerdeführerin nicht dargelegt, mit wem ausser C._, wann und wie eine mündliche Einigung erfolgt sein soll. Dort, wo die Beschwerdeführerin annäherungsweise auf solches eingehe, nenne sie keine Beweismittel. Selbst wenn ihr Vortrag genügend substanziiert wäre, bliebe er daher unbewiesen. Die in der Replik genannten Beweismittel würden die Anforderungen an die Beweismittelverbindung jedenfalls nicht erfüllen. Es sei unzulässig, über zehn Seiten lang Tatsachen zu behaupten und anschliessend über eine ganze Seite eine Vielzahl von Beweismitteln vorzubringen. In einem solchen Fall bleibe unklar, mit welchem Beweismittel welche Tatsache bewiesen werden soll.
3.3. Die Vorinstanz erachtet den Nachweis von Regiearbeiten mit Bezug auf die strittigen Gebäudeteile D1-D4 nachvollziehbar als nicht erbracht. Ebenso begründet sie überzeugend, weshalb sie auf die Befragung der beantragten Zeugen verzichtet. Sie geht aufgrund der Akten sowie der beschwerdeführerischen Vorbringen augenscheinlich von einer Pauschalvereinbarung aus. Die Beschwerdeführerin bringt nichts vor, was diese Annahme sowie den Verzicht auf weitere Beweiserhebungen als willkürlich erscheinen liesse. Sie zeigt auch nicht auf, weshalb die vorinstanzliche Auffassung unhaltbar sein soll, wonach die strittige Vereinbarung von Regiearbeiten zum Stundenlohn selbst bei Befragung der beantragten Zeugen unbewiesen geblieben wäre. Die Beschwerdeführerin hat gemäss plausibler Würdigung der Vorinstanz nicht substanziiert behauptet, wann, wie und mit wem ausser C._ eine mündliche Einigung über Regiearbeiten an den Gebäudeteilen D1-D4 erfolgt sein soll. Die Beschwerdeführerin legt nach wie vor nicht schlüssig dar, welche konkreten Angaben die beantragten Zeugen zu angeblich vereinbarten Regiearbeiten machen könnten. Sie bringt in der Beschwerde, soweit ersichtlich, lediglich vor, die Zeugen könnten zur Frage aussagen, in welchen Gebäudeteilen sie welche Arbeiten verrichtet hätten. Damit liesse sich indes keine Vereinbarung von Regiearbeiten belegen und die vorinstanzliche Annahme einer Pauschale somit nicht als willkürlich widerlegen. Unter den vorinstanzlich festgestellten Umständen ist es im Gegenteil naheliegend, dass auch mit Bezug auf die strittigen Gebäudeteile D1-D4 Pauschalzahlungen vereinbart wurden. Indem die Beschwerdeführerin neuerlich Gegenteiliges behauptet, begründet sie keine Willkür. Das Gesagte gilt gleichermassen für die in der Beschwerde geforderte Befragung des Geschäftsführers der Beschwerdegegnerin im Rahmen von Parteibefragungen, zumal kaum anzunehmen ist, dieser würde dem Standpunkt seiner Arbeitgeberin widersprechen. Im Übrigen ist nicht ersichtlich oder genügend dargetan, dass der angefochtene Entscheid im Ergebnis willkürlich wäre. Dies gilt insbesondere für die beschwerdeführerischen Ausführungen hinsichtlich der behaupteten Schuldanerkennung im Rahmen aussergerichtlicher Parteiverhandlungen, was die Vorinstanz schlüssig verwirft.
4.
Ausgangsgemäss hat die Beschwerdeführerin die Gerichtskosten zu tragen und die Beschwerdegegnerin angemessen zu entschädigen (Art. 66 Abs. 1 und Art. 68 Abs. 1 und 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf eingetreten wird.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 3'500.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3.
Die Beschwerdeführerin hat die Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 4'000.-- zu entschädigen.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Handelsgericht des Kantons Aargau, 2. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 9. September 2021
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Hohl
Der Gerichtsschreiber: Matt