Faits :
A.
X._, ressortissant tunisien né en 1982, s'est marié le 19 octobre 2011 dans son pays avec une Suissesse. Entré en Suisse le 21 avril 2012, il s'est installé au domicile de son épouse, avec les trois enfants de cette dernière issus de précédentes unions. Il a été mis au bénéfice d'une autorisation de séjour par regroupement familial, valable jusqu'au 20 avril 2013 et a travaillé comme aide installateur sanitaire d'août à octobre 2012. De fin 2012 à janvier 2016, les époux ont vécu séparément, l'intéressé résidant essentiellement en Tunisie. Son épouse lui a rendu visite trois à quatre fois par an et le recourant a séjourné trois mois en Suisse de mai à août 2015. Le 30 janvier 2016, X._ est revenu s'installer chez son épouse en Suisse. Il a obtenu une nouvelle autorisation de séjour par regroupement familial, valable jusqu'au 29 janvier 2017.
Le 10 juillet 2017, son épouse a déposé une requête de mesures protectrices de l'union conjugale auprès du Président du Tribunal d'arrondissement de La Côte, se plaignant notamment de disputes et de difficultés de communication avec son époux et en précisant qu'il avait tenté de la frapper. Le 27 juillet 2017, l'intéressé a porté plainte à la police contre son épouse pour voies de fait qualifiées et injure. Le même jour, celle-ci a porté plainte contre son époux pour voies de fait et désagrément causés par la confrontation à un acte d'ordre sexuel. Par convention valant prononcé de mesures protectrices de l'union conjugale du 22 septembre 2017, les époux ont en particulier convenu de vivre séparés pour une durée indéterminée à partir du 27 juillet 2017, date à laquelle l'intéressé avait quitté le domicile de son épouse. A la demande du Service de la population du canton de Vaud (ci-après: le Service de la population), la police cantonale a entendu l'intéressé le 29 janvier 2018 et son épouse le 6 février 2018.
Le 12 juin 2018, le Ministère public de l'arrondissement de la Côte a ordonné le classement des procédures pénales introduites, respectivement, par l'intéressé et son épouse le 27 juillet 2017, l'accord à la proposition de suspension de la procédure n'ayant pas été révoqué par les époux dans le délai de six mois prévu par l'art. 55a du code pénal suisse (CP; RS 311.0).
B.
Par décision du 8 juin 2018, le Service de la population, après avoir entendu l'intéressé, a révoqué son autorisation de séjour et prononcé son renvoi de Suisse. Il a constaté que les époux n'avaient pas eu d'enfant, qu'ils étaient séparés depuis le mois de janvier 2017, que l'union conjugale avait été très courte, que l'intéressé ne faisait pas état de qualifications professionnelles particulières et que les violences psychologiques invoquées n'étaient pas avérées. Il en a conclu que le droit au regroupement familial avait pris fin et que les conditions à la poursuite du séjour après la dissolution de la famille n'étaient pas remplies.
Par arrêt du 24 janvier 2019, la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal du canton de Vaud (ci-après: le Tribunal cantonal) a rejeté le recours formé par l'intéressé contre la décision précitée du Service de la population.
C.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public, X._ demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, outre l'octroi de l'effet suspensif et de l'assistance judiciaire limitée aux frais, principalement, d'annuler l'arrêt rendu le 24 janvier 2019 et de lui accorder le renouvellement de son autorisation de séjour. Subsidiairement, il requiert l'annulation de l'arrêt précité et le renvoi de la cause à l'autorité précédente pour nouvelle décision accordant le renouvellement de son autorisation de séjour. Il n'a pas été ordonné d'échange d'écritures.

Considérant en droit :
1.
1.1. Le recours en matière de droit public est irrecevable contre les décisions en matière de droit des étrangers qui concernent une autorisation à laquelle ni le droit fédéral ni le droit international ne donnent droit (art. 83 let. c ch. 2 LTF). En l'occurrence, le recourant se prévaut d'un droit à la prolongation de son autorisation de séjour fondé sur l'art. 50 al. 1 loi fédérale du 16 décembre 2005 sur les étrangers et l'intégration (LEI; RS 142.20), selon lequel, après dissolution de la famille, le droit du conjoint à l'octroi d'une autorisation de séjour et à la prolongation de sa durée de validité subsiste dans certains cas. Dès lors qu'il n'est pas d'emblée exclu que les conditions de cette disposition soient remplies, il convient d'admettre que le recours échappe à la clause d'irrecevabilité de l'art. 83 let. c ch. 2 LTF (cf. arrêt 2C_917/2018 du 29 janvier 2019 consid. 3). Le point de savoir si les conditions posées par la loi sont effectivement réunies relève de l'examen au fond (cf. <ref-ruling> consid. 1.1 p. 332; arrêt 2C_14/2014 du 27 août 2014 consid. 1, non publié in <ref-ruling>). La voie du recours en matière de droit public est donc ouverte.
1.2. Au surplus, déposé en temps utile (<ref-law>) et dans les formes prescrites par la loi (<ref-law>), par le destinataire de l'arrêt attaqué qui a un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification (<ref-law>), le présent recours, dirigé contre une décision finale (<ref-law>) rendue dans une cause de droit public (<ref-law>) par une autorité cantonale supérieure de dernière instance (art. 86 al. 1 let. d et al. 2 LTF), est recevable.
2.
Dans un premier grief, le recourant se plaint d'arbitraire dans la constatation des faits.
2.1. Le Tribunal fédéral conduit son raisonnement juridique sur la base des faits constatés par l'autorité précédente (<ref-law>), sous réserve des cas prévus à l'<ref-law>. Selon l'<ref-law>, le recours ne peut critiquer les constatations de fait que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte - notion qui correspond à celle d'arbitraire - ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (<ref-ruling> consid. 6 p. 358; <ref-ruling> consid. 1.6 p. 377). La partie recourante doit expliquer de manière circonstanciée en quoi ces conditions seraient réalisées (cf. <ref-law>). A défaut, il n'est pas possible de tenir compte d'un état de fait qui diverge de celui qui est contenu dans l'acte attaqué (<ref-ruling> consid. 5.1 p. 356; <ref-ruling> consid. 6.2 p. 288).
L'appréciation des preuves et l'établissement des faits sont arbitraires lorsque le juge s'est manifestement mépris sur le sens et la portée d'un moyen de preuve, lorsqu'il a omis, sans raison sérieuse, de tenir compte d'un moyen important propre à modifier la décision attaquée, ou encore lorsqu'il a tiré des déductions insoutenables à partir des éléments recueillis (<ref-ruling> consid. 6.3 p. 375; <ref-ruling> consid. 2.3 p. 266; <ref-ruling> consid. 4.2 p. 560).
2.2. Le recourant reproche au Tribunal cantonal d'avoir retenu qu'il avait été violent à l'encontre de son épouse et qu'il n'avait pas subi de violences conjugales systématiques et graves.
Dans l'arrêt querellé, le Tribunal cantonal a retenu que l'on ne pouvait pas exclure l'existence de violences mutuelles, exercées dans un contexte de graves dissensions conjugales. Selon lui, le recourant n'avait produit aucune preuve des violences dont il aurait été la victime et l'intensité de la violence verbale qu'il aurait subi n'était pas démontrée. En particulier, les juges cantonaux ont estimé que le certificat médical du 21 septembre 2017 indiquait seulement que le recourant avait souffert d'un état dépressif et anxieux consécutif à la séparation du couple, mais ne prouvait pas les violences alléguées ou leur intensité.
En l'espèce, le recourant se contente d'opposer sa propre version des faits à celle retenue par les juges précédents, sans démontrer en quoi cette dernière serait insoutenable. Il mentionne certes l'existence de certificats médicaux versés au dossier et les déclarations de son employeur qui démontreraient, selon lui, les effets des violences subies sur sa santé, mais sans indiquer de quels certificats ou déclaration il s'agit. Il ne précise pas non plus en quoi l'autorité précédente aurait fait preuve d'arbitraire dans l'appréciation des pièces figurant au dossier, notamment pour ce qui concerne le certificat médical du 21 septembre 2017. L'argumentation du recourant est ainsi insuffisante au regard des exigences de motivation accrues de l'<ref-law>.
Le grief tiré d'un établissement des faits arbitraire doit, sur le vu de ce qui précède, être écarté. Le Tribunal fédéral examinera donc le recours sur la seule base des faits retenus par l'autorité précédente.
3.
Le recourant fait également valoir une violation de son droit de participer à l'administration des preuves, en invoquant l'art. 29 al. 2 Cst. En particulier, il se plaint de ne pas voir pu participer à l'audition de son épouse par la police et estime que le Tribunal cantonal aurait dû soit procéder à une audition en contradictoire des époux, soit l'interpeller pour lui demander de prendre position sur les déclarations de cette dernière.
3.1. Le droit d'être entendu découlant de l'art. 29 al. 2 Cst. comprend notamment pour le justiciable le droit de s'exprimer sur les éléments pertinents avant qu'une décision ne soit prise touchant sa situation juridique, de produire des preuves pertinentes, d'obtenir qu'il soit donné suite à ses offres de preuves pertinentes, de participer à l'administration des preuves essentielles ou à tout le moins de s'exprimer sur son résultat, lorsque cela est de nature à influer sur la décision à rendre (<ref-ruling> consid. 3.2 p. 67; <ref-ruling> consid. 2.3 p. 222 s.). L'autorité peut cependant renoncer à procéder à des mesures d'instruction, notamment à auditionner des témoins, lorsque les preuves administrées lui ont permis de forger sa conviction et que, procédant d'une manière non arbitraire à une appréciation anticipée des preuves qui lui sont encore proposées, elle a la certitude que ces dernières ne pourraient l'amener à modifier son opinion (<ref-ruling> consid. 6.3.1 p. 299). Le refus d'une mesure probatoire par appréciation anticipée des preuves ne peut être remis en cause devant le Tribunal fédéral qu'en invoquant l'arbitraire (art. 9 Cst.) de manière claire et détaillée (<ref-law>; cf. arrêts 2C_1125/2018 du 7 janvier 2019 consid. 5.1; 2C_124/2016 du 31 janvier 2017 consid. 4.1 et les références citées). Sous l'angle de l'art. 29 al. 2 Cst., il n'existe pas de droit à être entendu oralement (<ref-ruling> consid. 9.6.1 p. 76; <ref-ruling> consid. 5.3 p. 148).
3.2. En l'occurrence, le recourant s'est exprimé sur les violences conjugales devant le Tribunal cantonal en s'appuyant, à tout le moins, au stade de la réplique, sur les déclarations que son épouse avait faites à la police cantonale lors de son audition du 27 juillet 2017, en joignant d'ailleurs la déposition concernée à son écrit (dossier du Service de la population; <ref-law>). Contrairement à ce qu'il prétend, le recourant a ainsi eu la possibilité de se prononcer sur les dires de son épouse. Concernant l'audition de celle-ci par la police cantonale le 6 février 2018, réalisée à la demande du Service de la population, le recourant n'allègue pas que la déposition en cause ne lui aurait pas été communiquée par les autorités, ni que celle-ci ne figurait pas au dossier ou qu'un accès à celui-ci lui aurait été refusé. Par ailleurs, et bien que cela concerne les procédures pénales pour violence conjugale, il ressort également du dossier que le recourant a aussi pu s'exprimer sur les déclarations de son épouse lors de l'audition de confrontation du 25 octobre 2017 par devant le Ministère public de l'arrondissement de la Côte (dossier du Service de la population; <ref-law>). Dans ces circonstances, on ne peut pas reprocher aux juges cantonaux de ne pas avoir interpelé le recourant sur les dépositions de son épouse qui figuraient au dossier. De plus, le recourant n'allègue pas qu'il aurait requis devant l'instance précédente, l'audition, notamment, de cette dernière, ni que les juges cantonaux lui auraient arbitrairement refusé certains moyens de preuve. Il est de plus rappelé que l'art. 29 Cst. ne garantit pas le droit d'être entendu oralement (cf. supra consid. 4.1), ni n'empêche la prise en compte de témoignage écrit. Enfin, le recourant ne prétend pas que le droit de procédure cantonal serait plus large que le droit fédéral sur ce point.
Le grief de violation du droit d'être entendu est partant infondé, dans la mesure où il pouvait être examiné (<ref-law>).
4.
Le recourant se prévaut de l'art. 50 al. 1 let. b LEI, en invoquant tout d'abord être victime de violences conjugales.
4.1. L'art. 50 al. 1 let. b LEI prévoit qu'après la dissolution de la famille, le droit du conjoint et des enfants à l'octroi d'une autorisation de séjour et à la prolongation de sa durée de validité en vertu des art. 42 et 43 LEI subsiste si la poursuite du séjour en Suisse s'impose pour des raisons personnelles majeures, notamment en raison de violences conjugales (art. 50 al. 2 LEtr et 77 al. 2 OASA), qui doivent revêtir une certaine intensité (<ref-ruling> consid. 5.3 p. 4), la personne admise dans le cadre du regroupement familial devant établir qu'on ne peut plus exiger d'elle qu'elle poursuive l'union conjugale, parce que cette situation risque de la perturber gravement (<ref-ruling> consid. 3.1 p. 395; arrêts 2C_1125/2018 du 7 janvier 2019 consid. 6.1; 2C_401/2018 du 17 septembre 2018 consid. 4.1 et autre référence citée). La notion de violence conjugale inclut également la violence psychologique. A l'instar de violences physiques, seuls des actes de violence psychique d'une intensité particulière peuvent justifier l'application de l'art. 50 al. 1 let. b LEI (cf. <ref-ruling> consid. 3.2 p. 232 ss; arrêts 2C_12/2018 du 28 novembre 2018 consid. 3.1; 2C_401/2018 du 17 septembre 2018 consid. 4.1 et les autres références citées). Lorsque des contraintes psychiques sont invoquées, il incombe à la personne d'illustrer de façon concrète et objective, ainsi que d'établir par preuves le caractère systématique de la maltraitance, respectivement sa durée, ainsi que les pressions subjectives qui en résultent. Des affirmations d'ordre général ou des indices faisant état de tensions ponctuelles sont insuffisants (cf. <ref-ruling> consid. 3.2.3 p. 235; arrêts 2C_12/2018 du 28 novembre 2018 consid. 3.2; 2C_401/2018 du 17 septembre 2018 consid. 4.2 et les autres références citées).
4.2. En l'occurrence, comme déjà mentionné, il ressort des faits retenus sans arbitraire par le Tribunal cantonal que le recourant n'a produit aucune preuve des violences dont il aurait été victime. Sans nier l'existence d'altercations au cours desquelles de dures paroles auraient pu être prononcées, les juges cantonaux ont estimé qu'il n'était pas établi que les violences invoquées par le recourant (majoritairement des insultes, des propos dénigrants, des menaces et des tentatives de contrôle) s'inscrivaient dans un schéma durable de pouvoir et de domination et qu'elles revêtaient une intensité telle qu'elles empêchaient la poursuite de l'union conjugale. A cet égard, ils ont relevé que le recourant avait déclaré à la police en janvier 2018 qu'il aimait toujours sa femme et ne souhaitait pas divorcer, laissant ainsi entendre que le comportement de son épouse n'empêchait pas toute poursuite de leur relation. Sur le vu de ces éléments, le Tribunal cantonal ne prête pas le flanc à la critique lorsqu'il retient que les violences conjugales invoquées ne revêtent pas le degré d'intensité suffisant pour ouvrir au recourant le droit à une autorisation de séjour sur la base de l'art. 50 al. 1 let. b LEI.
5.
Le recourant fait également valoir qu'un retour en Tunisie constituerait un cas de rigueur au sens de l'art. 50 al. 1 let. b LEI. Il invoque notamment les difficultés à retrouver un emploi dans ce pays et le fait qu'il y serait livré à lui-même, sans moyen de subsistance.
5.1. S'agissant de la réintégration sociale dans le pays de provenance, l'art. 50 al. 2 LEtr exige qu'elle semble fortement compromise. La question n'est donc pas de savoir s'il est plus facile pour la personne concernée de vivre en Suisse, mais uniquement d'examiner si, en cas de retour dans le pays d'origine, les conditions de sa réintégration sociale, au regard de sa situation personnelle, professionnelle et familiale, seraient gravement compromises (cf. <ref-ruling> consid. 3.1 p. 232 et les références; arrêt 2C_301/2018 du 24 septembre 2018 consid. 5.1). Le simple fait que l'étranger doive retrouver des conditions de vie qui sont usuelles dans son pays de provenance, ne constitue pas une raison personnelle majeure au sens de l'art. 50 LEtr, même si ces conditions de vie sont moins avantageuses que celles dont cette personne bénéficie en Suisse (cf. arrêt 2C_12/2018 du 28 novembre 2018 consid. 3.4).
5.2. En l'espèce, le Tribunal cantonal a retenu que le recourant avait passé la majeure partie de son existence en Tunisie, où se trouvent ses racines socio-culturelles et où il dispose d'un réseau familial important. Il y a vécu trois ans après son mariage et a continué de s'y rendre régulièrement après la reprise de la vie commune avec son épouse en janvier 2016. En retenant en outre, que le recourant était âgé de 36 ans, en bonne santé et sans enfants, les juges cantonaux ont a bon droit considéré qu'un retour en Tunisie ne le confronterait pas à des difficultés de réintégration particulières. Dans ces circonstances, l'instance précédente n'a pas violé le droit fédéral en estimant que le recourant ne remplissait pas les conditions de l'art. 50 al. 1 let. b et 2 LEI.
6.
Les considérants qui précèdent conduisent au rejet du recours. La requête d'effet suspensif est devenue sans objet. Le recours étant d'emblée dénué de chance de succès, la requête d'assistance judiciaire est rejetée (<ref-law>). Succombant, le recourant doit supporter les frais judiciaires (<ref-law>). Il n'est pas alloué de dépens (art. 68 al. 1 et 3 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté.
2.
La requête d'assistance judiciaire est rejetée.
3.
Les frais judiciaires, arrêtés à 1'000 fr., sont mis à la charge du recourant.
4.
Le présent arrêt est communiqué au recourant, au Service de la population et au Tribunal cantonal du canton de Vaud, Cour de droit administratif et public, ainsi qu'au Secrétariat d'Etat aux migrations.
Lausanne, le 16 avril 2019
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Seiler
Le Greffier : de Chambrier