Faits :
A.
Le projet du CEVA (liaison ferroviaire Cornavin-Eaux-Vives-Annemasse) prévoit une nouvelle gare aux Eaux-Vives, située sur le lieu de l'ancienne gare du même nom. L'aménagement de la place de la gare fait l'objet d'importants travaux.
B.
Le 24 juillet 2015, les Transports publics genevois (ci-après: TPG) ont déposé une demande d'approbation des plans auprès de l'Office fédéral des transports (ci-après: OFT) pour la construction d'une nouvelle station de tramway sur la route de Chêne, au droit de la gare des Eaux-Vives, et d'une nouvelle boucle de rebroussement de tramway en cas d'incidents d'exploitation, passant à la rue de Savoie; celle-ci vise à remplacer la boucle existante sur l'avenue de la Gare des Eaux-Vives. Le projet est situé sur le domaine public de la Commune de Genève et concerne la ligne de tram 12, tronçon "Roches-Amandolier".
Ce projet a été mis à l'enquête publique du 2 au 31 octobre 2015. A._, B._, C._, D._, E._ et F._, G._, feu I._ et H._ (ci-après: les opposants ou encore A._ et consorts) se sont opposés au projet; ils ne remettaient pas en cause la réalisation du nouvel arrêt de tramway, mais la boucle de rebroussement prévue dans la rue de Savoie.
Le 17 décembre 2015, la Direction générale des transports de la République et canton de Genève (DGT) a émis un préavis cantonal favorable fondé sur les prises de position des différentes autorités de l'administration cantonale concernées. Le Service de l'environnement et des risques majeurs (SERMA) a en particulier préavisé favorablement, avec souhaits, le projet. En matière de protection contre le bruit, ledit service a notamment indiqué qu'une coordination avec la Ville de Genève devait avoir lieu entre le chantier d'assainissement de la rue de Savoie, dont la ville était détentrice, et le projet des TPG. Le SERMA a par ailleurs jugé que la rue de Savoie devait faire l'objet d'un assainissement obligatoire dans le délai légal du 31 mars 2018.
L'Office fédéral de l'environnement (ci-après: OFEV) a pris position le 17 février 2016. Selon l'office fédéral, le projet constitue une modification d'une installation fixe existante; il précise par ailleurs être d'accord avec les mesures intégrées au projet pour la phase d'exploitation et n'en voir pas d'autres. L'OFEV requérait encore que les demandes du SERMA soient respectées.
C.
Par décision du 6 décembre 2016, l'OFT a approuvé le projet des TPG, complété le 7 octobre 2015, dans le sens des considérants et avec charges. Il a rejeté les oppositions de A._ et consorts.
S'agissant de l'assainissement ordinaire du bruit routier, l'OFT a estimé que seul le bruit provenant du chemin de Granges-Canal devait nécessairement être assaini par la Commune de Chêne-Bougeries en coordination avec le présent projet, à l'exclusion de celui de la rue de Savoie.
Sur le plan de l'utilité du projet, la libération de l'esplanade devant la gare des Eaux-Vives et le maintien des fonctionnalités existantes du réseau des TPG représentaient deux intérêts publics avérés et importants. En outre, vu la configuration des lieux, aucune autre variante que celle passant par la rue de Savoie n'était réaliste.
Concernant la protection contre le bruit, les valeurs limites d'immission (ci-après: VLI) étaient d'ores et déjà dépassées, contrairement aux valeurs d'alarme (ci-après: VA) qui ne l'étaient en revanche pas, en particulier le long de la rue de Savoie; il n'y avait ainsi pas lieu d'intégrer l'assainissement du bruit routier de cette rue au projet ni d'urgence à intervenir avant 2018; la Ville de Genève prévoyait d'ailleurs de repenser la circulation à l'échelle du quartier, permettant de diminuer à la source les nuisances dans les zones les plus sensibles. Par ailleurs, les nuisances supplémentaires dues au projet n'atteindraient pas le seuil de perception au sens de l'Ordonnance sur la protection contre le bruit du 15 décembre 1986 (OPB; RS 814.41) et demeureraient en deçà des VA.
D.
Le 23 janvier 2017, A._ et consorts ont recouru contre cette décision au Tribunal administratif fédéral.
En cours d'instruction, par écriture du 6 décembre 2018, les TPG ont notamment produit une version corrigée de l'annexe 5.2.6 b de la notice d'impact sur l'environnement (NIE). Ces corrections portaient notamment sur le nombre de passages diurnes et nocturnes du tableau de circulation du tramway en ligne régulière et en zone mixte, la distance axe chaussée - récepteur (m), et les immissions jour/nuit; l'effet du revêtement phonoabsorbant projeté sur la rue de Savoie a en outre été ajouté.
Le 10 janvier 2019, les TPG ont requis la levée partielle de l'effet suspensif. A._ et consorts ont manifesté leur accord à ce propos. Par décision incidente du 24 janvier 2019, faisant droit à cette requête, le Tribunal administratif fédéral a partiellement levé l'effet suspensif au recours en tant qu'il portait sur la réalisation des plans ferroviaires afférents à la démolition et à la reconstruction des voies de tramway entre les points kilométriques 0 et 370 dans la route de Chêne, au quai tramway le long du parvis de la gare ferroviaire CEVA des Eaux-Vives, et à l'arrêt tramway "Gare des Eaux-Vives".
Par arrêt du 30 avril 2019, le Tribunal administratif fédéral a partiellement admis le recours, renvoyant la cause à l'OFT pour qu'elle statue à nouveau dans le sens des considérants. Le tribunal a établi que les VLI étaient dépassées au niveau de la rue de Savoie. Considérant que l'installation de la rue de Savoie était notablement modifiée par le projet, l'OFT aurait dû examiner si son assainissement simultanément à la réalisation du projet des TPG était réalisable, de manière à ce que le bruit du trafic routier respecte les VLI le jour et la nuit et, dans le cas contraire, vérifier si les conditions d'octroi d'allègements étaient remplies. Pour le surplus, le recours a été rejeté.
E.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public, les Transports publics genevois demandent au Tribunal fédéral d'annuler l'arrêt attaqué et de confirmer la décision d'approbation des plans du 6 décembre 2016.
Le Tribunal administratif fédéral renonce à prendre position sur le recours. L'OFT conclut à son admission. Sans prendre de conclusions formelles, l'OFEV estime que l'instance précédente s'est livrée à une application trop stricte des critères dégagés de l'<ref-ruling> (ci-après également: arrêt Grünau); selon lui la décision d'approbation des plans est conforme au droit fédéral de l'environnement. Le Département cantonal des infrastructures adhère aux écritures des TPG, dont il partage les conclusions. Il en va de même de la Ville de Genève. Les intimés A._ et consorts concluent au rejet du recours.
Aux termes d'un second échange d'écritures, les TPG, de même que les intimés, ont persisté dans leurs conclusions respectives. Par écriture du 11 février 2020, l'OFT a pour sa part maintenu qu'il serait inadéquat d'intégrer l'assainissement du bruit routier dans le projet ferroviaire. Maintenant leur position, les TPG se sont encore exprimés le 7 mai 2020.

Considérant en droit :
1.
Le Tribunal fédéral examine d'office sa compétence (<ref-law>) et contrôle librement la recevabilité des recours qui lui sont soumis (<ref-ruling> consid. 1 p. 186).
1.1. Le recours en matière de droit public est recevable contre les décisions qui mettent fin à la procédure (<ref-law>) ou contre les décisions partielles (<ref-law>). En vertu de l'<ref-law>, les décisions incidentes notifiées séparément qui ne portent pas sur la compétence ou sur une demande de récusation ne peuvent faire l'objet d'un recours en matière de droit public que si elles peuvent causer un préjudice irréparable (let. a), ou si l'admission du recours peut conduire immédiatement à une décision finale qui permet d'éviter une procédure probatoire longue et coûteuse (let. b).
L'arrêt attaqué, qui renvoie la cause à l'OFT pour qu'il statue à nouveau dans le sens des considérants, après avoir complété l'état de fait par rapport aux mesures de limitation des émissions sonores possibles, revêt un caractère incident. Pour ce motif, le recours est en principe irrecevable à moins de répondre aux conditions de l'art. 93 al. 1 let. a ou b LTF.
1.2. Les TPG prétendent notamment que l'admission du recours pourrait conduire immédiatement à une décision finale permettant d'éviter une procédure probatoire longue et coûteuse (cf. <ref-law>).
En l'occurrence, l'admission du recours, respectivement la réforme de l'arrêt attaqué dans le sens d'une confirmation, dans son intégralité, de la décision d'approbation de l'OFT du 6 décembre 2016 permettrait de mettre immédiatement fin à la procédure (cf. <ref-ruling> consid. 1.1 p. 636). Il faut par ailleurs concéder aux recourants que l'admission du recours éviterait une procédure probatoire longue et coûteuse au sens de l'<ref-law>. En effet, le renvoi ordonné par le Tribunal administratif fédéral suppose d'examiner l'assainissement de la rue de Savoie - seule concernée par la présente procédure - en lien avec le projet d'assainissement de la ville, prévu à l'échelle d'un secteur étendu, respectivement à l'échelle du quartier. La Ville de Genève confirme céans que ce projet d'assainissement sera établi ultérieurement; c'est dans ce cadre que d'autres mesures potentielles de réduction du bruit à la source seront examinées en collaboration avec le canton. Le projet d'assainissement de la ville suppose ainsi manifestement des mesures probatoires d'une ampleur certaine, à l'instar de nouvelles études techniques à mener pour un secteur plus étendu que la seule rue ici en cause; intégré au projet ferroviaire, le projet d'assainissement nécessitera en outre une nouvelle intervention des différentes autorités fédérales et cantonales concernées (cf. notamment <ref-law>, en particulier <ref-law>), de même que l'ouverture d'une enquête publique complémentaire selon les mesures ordonnées (cf. notamment <ref-law>, en particulier <ref-law>; voir également <ref-law>). Au stade de la recevabilité, il ne fait de surcroît pas de doute que les coûts générés par des mesures probatoires liées au projet d'assainissement de l'ensemble du quartier des Eaux-Vives dépassent, dans une large mesure, les coûts occasionnés par une instruction limitée à la seule rue de Savoie, longue d'environ 100 m.
Les conditions cumulatives de l'<ref-law> sont ainsi réunies. Sous cet angle, le recours apparaît recevable sans qu'il soit nécessaire d'examiner la recevabilité des pièces relatives au projet d'assainissement du secteur Noirettes à Carouge produites, à titre d'exemple, pour illustrer la longue durée et les coûts d'une procédure d'assainissement routier (cf. <ref-law>).
1.3. Les intimés contestent que les TPG revêtent la qualité pour recourir au sens de l'<ref-law>. Ils rappellent que les TPG sont un établissement de droit public (cf. art. 1 al. 1 de la loi sur les transports publics genevois du 21 novembre 1975 [RS/GE H1 55]); or, selon les intimés, en cette qualité, les TPG ne sauraient se prévaloir de l'<ref-law>.
Bien qu'ils soient un établissement de droit public, les TPG n'agissent en l'occurrence pas dans l'exercice de la puissance publique. Tout comme face à un refus de prolongation d'une concession pour transporter des personnes à titre professionnel (cf. arrêt 2C_1030/2017 du 5 juillet 2018 consid. 1), les TPG sont touchés à la manière d'un privé par une décision portant sur la réalisation d'un projet ferroviaire s'inscrivant dans l'exercice d'une telle concession. Plus particulièrement, s'agissant de l'arrêt attaqué, celui-ci sanctionne le projet ferroviaire des recourants, spécialement la réalisation d'une voie de rebroussement dans la rue de Savoie; il renvoie la cause à l'OFT pour nouvelle instruction et décision portant, en substance, sur l'examen de mesures de limitation des émissions sonores supplémentaires devant être intégrées au projet. Dans cette mesure, les TPG sont particulièrement touchés par l'arrêt attaqué et bénéficient d'un intérêt pratique à sa modification ou à son annulation. Ils jouissent par conséquent de la qualité pour agir au sens de l'<ref-law> (cf. également arrêt 1C_152/2018 du 8 mai 2019 consid. 1 non publié in <ref-ruling>).
1.4. Les autres conditions de recevabilité étant au surplus réunies, il convient d'entrer en matière sur le recours en matière de droit public.
2.
Dans son arrêt du 30 avril 2019, le Tribunal administratif fédéral a rejeté les griefs soulevés devant lui par les intimés en lien avec une violation des prescriptions en matière de protection contre les vibrations et le bruit solidien (cf. arrêt attaqué, consid. 6-6.4). Les considérations développées à ce sujet par l'instance précédente ne sont pas remises en cause céans par les TPG. Les intimés n'ont, pour leur part, pas recouru contre l'arrêt du Tribunal administratif fédéral. Pourtant ceux-ci réitèrent, dans leurs observations du 16 mars 2020, des critiques en lien avec le bruit solidien. Une telle manière de procéder est irrecevable, d'autant plus - même si les intimés n'ont conclu qu'au rejet du pourvoi des TPG - que le recours joint ( Anschlussbeschwerde, ricorso adesivo) n'est pas prévu par la LTF (cf. arrêt 1B_474/2019 du 6 mai 2020, destiné à publication, consid. 1.3.1).
3.
Le Tribunal fédéral statue en principe sur la base des faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>), sous réserve des cas prévus à l'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 4.4.3 p. 156). Le recourant ne peut critiquer les constatations de fait ressortant de la décision attaquée que si celles-ci ont été effectuées en violation du droit au sens de l'<ref-law> ou de manière manifestement inexacte, c'est-à-dire arbitraire, et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 6 p. 358). Conformément à l'<ref-law>, le recourant doit expliquer de manière circonstanciée en quoi ces conditions seraient réalisées. Les faits et les critiques invoqués de manière appellatoire sont irrecevables (ATF 141 I 369 consid. 6.3 p. 375). Par ailleurs, aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut en principe être présenté devant le Tribunal fédéral, à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente (<ref-law>).
3.1. Les TPG développent une série de considérations en lien avec la répartition des coûts de l'ensemble de leur projet, en particulier s'agissant de la boucle de rebroussement litigieuse. A l'appui de cette argumentation, ils produisent une note interne de l'Office cantonal des transports du 14 juin 2019.
Outre que ces éléments sont sans influence sur l'issue du litige, pour les motifs exposés ultérieurement, ceux-ci apparaissent irrecevables. Les recourants n'exposent en particulier pas en quoi les faits qu'ils allèguent auraient été omis arbitrairement (<ref-law>). Par ailleurs, contrairement à ce qu'ils soutiennent encore, les conditions de l'art. 99 al. 1 in fine LTF ne sont pas non plus réalisées: les faits et les pièces en lien avec les coûts ne sont pas devenus pertinents en raison de la décision attaquée; les coûts constituent l'un des critères définis par la jurisprudence pouvant influer sur le caractère notable ou non d'une modification (cf. <ref-ruling> consid. 4.6 p. 492); les parties ne pouvaient ainsi en exclure l'application au vu de l'objet du litige; les intimés s'étaient d'ailleurs prévalus d'une telle argumentation devant l'instance précédente (cf. arrêt attaqué, partie En fait, let. C.a). Ainsi formulée, la critique des TPG s'apparente en réalité à une violation du droit d'être entendu (cf. <ref-ruling> consid. 2.2 p. 504; arrêt 4A_268/2016 du 14 décembre 2016 consid. 3.1 non publié in <ref-ruling>; voir également arrêt 1C_597/2019 du 9 octobre 2020 consid. 2), grief qu'il n'appartient cependant pas au Tribunal fédéral d'examiner, faute d'avoir été expressément invoqué (cf. <ref-law>).
3.2. Sont par ailleurs également irrecevables les faits nouveaux - postérieurs à l'arrêt attaqué - articulés par les intimés à l'appui de leurs observations du 16 mars 2020 en lien avec l'"aménagement final" de la place de la Gare des Eaux-Vives.
4.
Dans sa décision d'approbation des plans du 6 décembre 2016, l'OFT a considéré que la création d'une boucle de rebroussement dans la rue de Savoie ne constituait ni une modification notable d'une installation existante, ni une installation nouvelle. Sur recours, le Tribunal administratif fédéral a en revanche considéré qu'au vu notamment de l'ampleur des travaux et de leur coût, la modification devait être qualifiée de notable; l'assainissement du bruit routier de la rue de Savoie aurait par conséquent dû être intégré au projet ferroviaire des TPG.
Les TPG contestent cette dernière appréciation. Se ralliant à la décision d'approbation des plans du 6 décembre 2016, ils soutiennent que l'instance précédente se serait livrée à une application trop schématique des critères dégagés de l'arrêt Grünau (<ref-ruling>). Ils se prévalent à cet égard d'une violation des art. 18 al. 1 de la loi fédérale sur la protection de l'environnement du 7 octobre 1983 (LPE; RS 814.01) et de l'art. 8 al. 1 et 3 OPB.
5.
La LPE distingue les installations fixes existantes, modifiées et nouvelles. L'entrée en vigueur de la LPE le 1 er janvier 1985 constitue la date de référence (<ref-law>).
5.1. De nouvelles installations fixes ne peuvent être construites que si les immissions causées par le bruit de ces seules installations ne dépassent pas les valeurs de planification dans le voisinage; l'autorité qui délivre l'autorisation peut exiger un pronostic de bruit (<ref-law>). Des allégements peuvent être accordés si l'observation des valeurs de planification constitue une charge disproportionnée pour une installation présentant un intérêt public prépondérant, relevant notamment de l'aménagement du territoire. Néanmoins, en cette circonstance et sous réserve de l'al. 3, les valeurs limites d'immissions ne doivent pas être dépassées (<ref-law>). Si, lors de la construction de nouvelles routes, d'aéroports, d'installations ferroviaires ou d'autres installations fixes publiques ou concessionnées, l'application de mesures à la source ne permet pas de respecter les valeurs limites d'immissions, les immeubles touchés par le bruit doivent être protégés par des fenêtres antibruit ou par d'autres aménagements similaires, aux frais du propriétaire de l'installation (<ref-law>).
5.2. Les installations existantes qui ne satisfont pas aux prescriptions légales doivent être assainies (cf. <ref-law>), dans la mesure où cela est réalisable sur le plan de la technique et de l'exploitation et économiquement supportable (<ref-law>), et de telle façon que les valeurs limites d'immission ne soient plus dépassées (let. b). Si l'assainissement entrave de manière excessive l'exploitation ou entraîne des frais disproportionnés ou encore se heurte à des intérêts prépondérants, des allégements peuvent être accordés; les valeurs d'alarme ne doivent cependant pas être dépassées (cf. <ref-law> et <ref-law>; <ref-ruling> consid. 3.2 p. 487 s.).
L'obligation d'assainir est concrétisée par la LPE (<ref-law>), qui prévoit en particulier des délais pour l'assainissement (<ref-law>). L'assainissement et les mesures d'isolation acoustique doivent être exécutés au plus tard dans les quinze ans qui suivent l'entrée en vigueur de l'OPB, le 1 er janvier 2000; les délais ont été prolongés jusqu'au 31 mars 2015 pour les routes nationales et au 31 mars 2018 pour les autres routes (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 3.2 p. 488).
5.3. La législation en matière de protection contre le bruit prévoit enfin des dispositions particulières pour les anciennes installations (notablement) modifiées (<ref-law> et <ref-law>).
L'<ref-law> dispose que la transformation ou l'agrandissement d'une installation sujette à assainissement est subordonnée à l'exécution simultanée de celui-ci (al. 1). Les allégements prévus à l'<ref-law> peuvent être limités ou supprimés (al. 2). Il ressort du message du Conseil fédéral, que les installations transformées ou agrandies de manière importante doivent, sur le principe, répondre aux mêmes exigences que les nouvelles installations (Message du Conseil fédéral du 31 octobre 1979 relatif à une loi fédérale sur la protection de l'environnement, FF 1979 III 791 ad art. 17 P-LPE; cf. également p. 792 s. ad art. 22 P-LPE [correspondant à l'<ref-law>] et <ref-ruling> consid. 5b p. 466 s.).
5.3.1. Les transformations ou les agrandissements non notables (ordinaires) n'entraînent en revanche pas l'obligation d'assainir les éléments de l'installation existants; ceux-ci restent soumis aux art. 16 et 17 LPE en lien avec les art. 14 et 15 OPB (cf. <ref-ruling> consid. 3.3.1 p. 488 s.). Selon l'<ref-law>, seules les émissions de bruit des éléments d'installation nouveaux ou modifiés devront être limitées dans la mesure où cela est réalisable sur le plan de la technique et de l'exploitation, et économiquement supportable.
5.3.2. Les immissions sonores d'installations notablement modifiées doivent être limitées de manière à respecter les valeurs limites d'immission et non pas les valeurs d'alarme, comme en présence de nouvelles installations au sens de l'<ref-law>. Si toutefois des allégements sont accordés - comme en cas de constructions nouvelles au sens de l'<ref-law> -, des mesures d'insonorisation devront être ordonnées, aux frais du propriétaire de l'installation, lorsque les valeurs limites d'immission sont dépassées (<ref-law> en lien avec les art. 10 et 11 OPB).
5.3.3. Dans certains cas particuliers, une pleine égalité de traitement avec les nouvelles constructions s'impose. C'est le cas lorsqu'une installation fixe existante est modifiée d'un point de vue constructif et fonctionnel dans une mesure telle que la partie restante de l'installation apparaît d'importance moindre par rapport à la partie rénovée; la modification est alors assimilée à une nouvelle installation et les valeurs de planification doivent être observées (cf. <ref-ruling> consid. 3.3.3 p. 489; <ref-ruling> consid. 5d/bb p. 443 ss; <ref-ruling> consid. 4c/aa p. 329; <ref-ruling> consid. 17a p. 670; arrêts 1C_104/2017 du 25 juin 2018 consid. 6.4, publié in: DEP 2018 p. 679; 1C_544/2008 du 27 août 2009 consid. 8.1). Il en va de même en présence d'installations fixes et de constructions dont l'affectation est entièrement modifiée (<ref-law>).
5.4. La distinction entre modifications notables et modifications ordinaires sert ainsi en premier lieu à déterminer si une obligation d'assainir s'impose pour les parties existantes d'une installation lorsque celle-ci est modifiée ou agrandie avant l'expiration du délai d'assainissement (141 II 483 consid. 4 et 4.5 p. 489 et 491 s.; arrêt 1C_104/2017 du 25 juin 2018 consid. 6.3, publié in: DEP 2018 p. 679).
5.4.1. Aux termes de l'<ref-law>, les transformations, agrandissements et modifications d'exploitation provoqués par le détenteur de l'installation sont considérés comme des modifications notables d'une installation fixe lorsqu'il y a lieu de s'attendre à ce que l'installation même ou l'utilisation accrue des voies de communication existantes entraînera la perception d'immissions de bruit plus élevées. La reconstruction d'installations est considérée dans tous les cas comme modification notable.
5.4.2. L'augmentation prévisible des immissions sonores ne constitue cependant pas le seul élément à prendre en compte pour établir l'existence d'une modification notable au sens de l'art. 8 al. 2 et 3 OPB (cf. arrêts 1C_104/2017 du 25 juin 2018 consid. 6.4, publié in: DPE 2018 p. 679; 1C_372/2009 consid. 3.2, publié in: DEP 2010 p. 723); c'est une approche globale qui doit déterminer si la modification est suffisamment importante pour être qualifiée de notable et soumise aux conséquences juridiques de l'<ref-law> en lien avec l'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 4.6 p. 492); des critères supplémentaires, liés à l'atteinte à l'installation ou aux coûts, doivent être considérés (cf. <ref-ruling> consid. 4.2 p. 489 s.). L'assainissement simultané d'une installation se justifie ainsi lorsque la modification touche profondément à la substance du bâti ou occasionne des coûts importants, et porte atteinte pendant une longue période à la capacité de fonctionner de l'installation; cela permet de limiter les coûts et d'éviter de mauvais investissements (<ref-ruling> consid. 4.3 p. 490 - et les nombreux auteurs cités - et consid. 4.4 p. 490 s.). Si l'étendue des travaux et les coûts se rapprochent de ceux d'une nouvelle construction ou d'une reconstruction au sens de l'art. 8 al. 3 2 ème phrase OPB, alors la modification doit en règle générale être qualifiée de notable. C'est le cas même si l'installation est simultanément assainie et que les émissions sonores s'en trouvent réduites. En principe, il faut également admettre une modification notable lorsque le projet prolonge considérablement la durée de vie de l'ensemble de l'installation (cf. <ref-ruling> consid. 4.6 p. 492; arrêt 1C_104/2017 du 25 juin 2018 consid. 6.4, publié in: DEP 2018 p. 679).
6.
6.1. Dans sa décision d'approbation des plans, l'OFT a estimé que la création de la boucle de rebroussement litigieuse ne constituait ni une modification notable d'une installation existante, ni une installation nouvelle. Ce projet s'inscrivait dans un quartier où la situation était déjà dégradée du point du vue du bruit routier. Les VLI étaient certes dépassées le jour et la nuit pour toutes les façades des immeubles riverains; les VA n'étaient en revanche pas atteintes. Les nuisances supplémentaires dues au projet seraient très faibles par rapport à celles occasionnées par le trafic individuel motorisé. Indépendamment de ce projet, la Ville de Genève prévoyait de repenser la circulation à l'échelle du quartier des Eaux-Vives. Il n'y avait pas de motif de passer outre ce programme d'assainissement du bruit routier ordinaire, comportant des outils spécifiques pour diminuer de façon significative les nuisances à la source. En prévoyant notamment la pose d'un revêtement phonoabsorbant, le projet litigieux apparaissait compatible avec le programme d'assainissement de la ville. Il n'y avait en définitive pas lieu d'intégrer au projet litigieux le projet d'assainissement du bruit routier de la rue de Savoie.
6.2. Le Tribunal administratif fédéral a, pour sa part, considéré que le projet ne se limitait pas à de purs travaux d'entretien. Des nouvelles bordures ainsi qu'un nouvel enrobé de la chaussée étaient prévus, touchant profondément à la substance du bâti. La durée projetée des travaux était en outre de sept mois. Leur emprise s'étendrait sur la totalité de la chaussée, impliquant la fermeture de la rue à la circulation. Par ailleurs, les coûts totaux du projet, y compris ceux de l'arrêt commercial et du tracé non litigieux, étaient estimés à 20'255'400 fr. Ainsi, par rapport tant aux travaux effectués qu'à leur coût, le projet de boucle de rebroussement se rapprochait d'une reconstruction. La modification de la rue de Savoie entraînée par le projet devait dès lors être qualifiée de notable quand bien même il était prévu de réduire les émissions sonores de 2 dB (A) par la pose d'un revêtement phonoabsorbant. L'OFT aurait dû examiner la faisabilité de l'assainissement de la rue de Savoie simultanément à la réalisation du projet ferroviaire, de manière à ce que le bruit du trafic routier respecte les VLI de jour comme de nuit. Le projet constituant une installation mixte devant être approuvée dans son ensemble par l'OFT, dit office fédéral aurait dû veiller, en appliquant la loi fédérale sur les chemins de fer du 20 décembre 1957 (LCdF; RS 742.101), à l'exécution des prescriptions sur la limitation des émissions du bruit (cf. <ref-law> et 45 al. 2 OPB). L'autorité inférieure aurait en particulier dû examiner si l'assainissement de la rue pouvait être fait simultanément à la réalisation du projet; dans ce cadre, il lui appartenait de contrôler si la pose du revêtement phonoabsorbant était de nature à permettre le respect des VLI ou, dans la négative si d'autres mesures constructives étaient envisageables. Dans le cas contraire, il incombait à l'OFT de vérifier si les conditions d'octroi d'allègements étaient remplies.
6.3. Les TPG contestent cette appréciation et - se reliant à la décision d'approbation de l'OFT - soutiennent que la modification de la rue de Savoie ne saurait être qualifiée de notable sous peine de violer le droit fédéral.
6.3.1. A cet égard, il faut concéder aux recourants - comme le reconnaît du reste le Tribunal administratif fédéral - que l'exploitation de la boucle de rebroussement dans la rue de Savoie n'entraînera pas la perception d'immissions de bruit plus élevées que celles actuellement perçues (cf. <ref-law>). L'instance précédente a de surcroît établi que l'affectation de la rue de Savoie ne serait pas entièrement modifiée; l'utilisation pour les véhicules à moteurs, les cycles et les piétons resterait son affectation principale, l'utilisation pour le tramway demeurant occasionnelle, limitée aux cas d'incidents d'exploitation. La structure de la rue ne serait au demeurant pas modifiée. A la lumière de ces éléments, comme le souligne au demeurant l'OFEV (cf. observations du 9 janvier 2020 p. 3), les travaux réalisés s'apparentent à de l'entretien, le corps routier (structure, axe) restant semblable à l'existant. Ces caractéristiques du projet militent déjà en défaveur de la qualification retenue par l'instance précédente (cf. <ref-ruling> consid. 5 p. 493 a contrario; voir également arrêt 1C_104/2017 du 25 juin 2018 consid. 6.4 publié in: DEP 2018 p. 679), indépendamment des coûts liés à la réalisation de la boucle de rebroussement, sur la quotité desquels les parties ne s'entendent pas.
6.3.2. Il apparaît de surcroît difficile - comme l'avance céans l'OFT - de comparer le présent projet à l'ouvrage concerné dans l'affaire Grünau : il s'agissait d'un tronçon de plus d'un kilomètre des installations autoroutières, lesquelles étaient soient reconstruites, soit ajoutées. Dans le périmètre concerné par le projet, l'ensemble du volume bâti en surface était pratiquement à remplacer (cf. <ref-ruling> consid. 5 p. 493). En l'espèce, il n'en va cependant pas ainsi. Le rebroussement litigieux s'inscrit dans un projet ferroviaire (cf. <ref-law>) plus large portant sur la construction d'une nouvelle station de tramway sur la route de Chêne, au droit de la gare des Eaux-Vives, ainsi que la réfection des voies ferrées sur une portion d'environ 335 m; le projet implique également la création d'une nouvelle voie de rebroussement sur la rue de Savoie, en remplacement de la boucle existante sur l'avenue de la Gare des Eaux-Vives. D'un point de vue fonctionnel, au regard de l'entier de l'installation et des travaux projetés, la nouvelle boucle envisagée, utilisée hors horaire, ne porte pas sur une part essentielle de ceux-ci. De plus, comme le soulignent tant l'OFEV que l'OFT, la création de la nouvelle boucle de rebroussement s'inscrit dans un contexte urbain, au sein duquel les axes routiers sont interdépendants les uns des autres. C'est à cette échelle, à tout le moins à l'échelle du quartier des Eaux-Vives, que la qualification de la modification subie par la rue de Savoie doit être examinée. A cet égard, il ressort du dossier que le tronçon routier concerné présente une longueur d'un peu plus de 100 m. Il s'agit tout au plus d'une route secondaire (cf. art. 3A al. 2 de la loi sur les routes du 28 avril 1967 [LRoutes; RS/GE L 1 10]) au sein du réseau routier relativement dense de la Ville de Genève, respectivement du quartier des Eaux-Vives. Dans ces circonstances, force est avec l'OFT (cf. observations du 26 juillet 2019 p. 2 s.) de reconnaître que le critère du remplacement de l'ensemble du bâti n'apparaît ici pas réalisée, à l'échelle du réseau routier dans lequel s'inscrit cette rue, et pour lequel un projet d'assainissement d'ensemble est prévu. Ces aspects commandent aussi de revenir sur le caractère notable de la modification, ce indépendamment - une nouvelle fois - de la question des coûts discutée par les parties. Quoi qu'il en soit, au regard de l'ensemble du projet, il n'apparaît pas manifestement déraisonnable de soutenir - comme le font les recourants - que les coûts liés à la boucle de rebroussement ne représentent qu'une moindre portion de la facture totale, qui s'élève à environ 20 mio de francs; selon l'OFEV, les coûts liés à la modification de la rue de Savoie ne représenteraient qu'un quart du budget total environ (cf. observations de l'OFEV du 9 janvier 2020 p. 3).
6.3.3. La comparaison avec l'arrêt Grünau opérée par l'instance précédente pèche également dans la mesure où, dans cette précédente affaire, une seule autorité (l'Office fédérale des routes [OFROU]) était concernée, ce qui n'est en revanche pas le cas en l'espèce. Même si le projet litigieux doit être qualifié de ferroviaire au sens des <ref-law> (et ainsi faire l'objet d'une approbation d'ensemble par l'OFT; cf. <ref-ruling> consid. 4.1 p. 224; <ref-ruling> consid. 4 p. 234), le tramway, exploité par les TPG, ne circulera pas exclusivement en site propre (en d'autres termes, un site réservé à l'installation de transport concernée; cf. notamment <ref-ruling>) dans la rue de Savoie: en site propre, il circulera au côté des voitures et, pour le surplus, en site mixte, cisaillera la circulation routière à trois endroits. La rue de Savoie conservera ainsi sa vocation essentiellement routière, d'autant que les voies projetées ne seront utilisées qu'occasionnellement. L'assainissement de cette rue, en tant qu'installation routière, implique dès lors également la République et canton de Genève ainsi que la Ville de Genève, qui en est propriétaire (cf. notamment art. 7, 22 et 25 LRoutes; voir également <ref-law> en lien avec l'<ref-law>); il n'est d'ailleurs pas contesté que le projet d'assainissement du bruit routier de la Ville de Genève englobe la rue de Savoie; les recourants déclarent à cet égard, que ce projet porte sur la modification du schéma de circulation pour l'apaiser autour de l'interface des Eaux-Vives; une baisse de trafic sur la rue de Savoie est notamment attendue. Or, les modifications du schéma routier, en tant qu'elles portent sur une partie du réseau routier excédant la seule rue de Savoie, ne servent pas exclusivement ou principalement l'installation de chemin de fer (cf. <ref-law>); rien de tel ne ressort du dossier, ni n'est prétendu par les parties. Dans ces conditions, les mesures d'assainissement d'ensemble, dans lesquelles s'inscrit la rue de Savoie, ne sauraient être intégrées au projet ferroviaire, respectivement approuvée par l'OFT en tant qu'autorité unique d'approbation (<ref-law>). Bien qu'elles tendent à l'assainissement du bruit routier, ces mesures relèvent de la politique de la ville en matière de circulation, spécialement s'agissant de l'adoption d'un nouveau plan de circulation (cf. arrêt 1C_593/2019 du 19 août 2020 consid. 4.5-4.5.5; voir également a contrario <ref-ruling> consid. 4.3.1), aspect ne relevant en l'occurrence pas de la compétence de l'office fédéral.
6.3.4. Il est vrai cependant que, dans le cadre de l'approbation d'un projet ferroviaire, il appartient à l'OFT d'imposer que sa réalisation réponde aux exigences du droit de l'environnement, notamment en matière de protection contre le bruit (cf. <ref-law> et 45 al. 2 OPB). L'OFT a en l'occurrence ordonné la pose d'un revêtement phonoabsorbant permettant de réduire les VLI de 2 dB (A), seule mesure techniquement imposable aux recourants, selon l'OFEV (cf. observations de l'OFEV du 9 janvier 2020, p. 4; également préavis de l'OFEV du 17 février 2016). Or cette mesure relève finalement de l'assainissement de la route et non pas, en tant que telle, de l'installation ferroviaire de rebroussement, dont il n'est pas discuté qu'elle n'engendre en soi pas une augmentation perceptible des immissions au sens de l'<ref-law>. Enfin, dès lors que le projet de boucle de rebroussement n'aura, en phase d'exploitation, que très peu, voire pas d'influence sur le trafic routier, les TPG ne sauraient se voir imposer la réalisation de mesures d'accompagnement routières s'étendant au-delà du périmètre des rues touchées par leur projet ferroviaire (cf. <ref-law>), respectivement de la seule rue de Savoie, le projet de boucle de rebroussement ne déployant en définitive pas d'effet au-delà de celle-ci (cf. a contrario <ref-ruling> consid. 4.3.1; voir également arrêt 1C_593/2019 du 19 août 2020 consid. 4.5-4.5.5, en particulier consid. 4.5.5 in fine); de telles mesures ne sauraient d'ailleurs, pour les motifs déjà exposés, être approuvées par l'OFT en tant qu'autorité unique au sens de l'<ref-law>.
6.3.5. Dans ces conditions, force est enfin de concéder, non seulement aux recourants, mais également à l'OFEV ainsi qu'à l'OFT - unanimes sur cette question -, que le renvoi ordonné par le Tribunal administratif fédéral pourrait conduire à une solution insatisfaisante du point de vue de la protection contre le bruit. Compte tenu de l'intérêt public lié à la réalisation d'infrastructures de transports en commun efficaces (à titre d'exemple, voir arrêt 1C_121/2018 du 8 mai 2019 consid. 8.2), il n'est pas exclu que les TPG se voient accorder des allégements dans l'hypothèse où les VLI ne pourraient être respectées par la seule pose d'un revêtement phonoabsorbant (cf. <ref-law> et <ref-law>; <ref-ruling> consid. 3.2 p. 487 s.), aucune autre mesure n'apparaissant envisageable sur le plan technique. Il s'ensuit qu'un assainissement efficace ne peut être obtenu par des mesures limitées à la seule rue de Savoie. Dans le contexte urbain et le réseau routier dense dans lesquels s'inscrit cette rue, il faut tenir compte du fait que le secteur fait partie d'un projet d'assainissement de la ville visant au respect des VLI (cf. <ref-law>; voir arrêt 1C_506/2014 consid. 7.3 non publié in <ref-ruling>, mais publié in RDAF 2016 I p. 396). L'OFT a d'ailleurs pris soin de vérifier que le projet, plus spécifiquement la pose d'un revêtement phonoabsorbant, était compatible avec ce projet d'assainissement ordinaire mené par la Ville de Genève. Cette dernière jouit d'ailleurs, dans ce domaine, de l'expérience et de moyens spécifiques plus étendus pour garantir un assainissement efficace, à la source, non seulement de la rue de Savoie, mais plus largement, de l'ensemble du réseau; on pense notamment à l'adoption d'un plan de circulation - dont il a déjà été question précédemment - permettant, à titre d'exemple, la modération du trafic par le report sur des rues adjacentes ou dans d'autres zones moins affectées.
6.4. Sur le vu de ce qui précède, c'est en définitive à tort que l'instance précédente a qualifié la modification entraînée par le projet de notable, au sens de la législation fédérale sur la protection contre le bruit - en particulier l'<ref-law> - et a renvoyé la cause à l'OFT pour qu'il examine la faisabilité de l'assainissement du bruit routier de la rue de Savoie simultanément à la réalisation du projet. La décision d'approbation de l'OFT du 6 décembre 2016 doit par conséquent être intégralement confirmée et l'arrêt attaqué réformé dans cette mesure.
7.
Les considérants qui précèdent conduisent à l'admission du présent recours. L'arrêt attaqué est réformé en ce sens que le recours des intimés formé le 23 janvier 2017 devant le Tribunal administratif fédéral est rejeté; la décision d'approbation de l'OFT du 6 décembre 2016 est intégralement confirmée. La cause est pour le surplus renvoyée au Tribunal administratif fédéral pour nouvelle décision sur les frais et dépens de la procédure de l'instance précédente. Les frais de justice relatifs à la présente procédure fédérale sont mis à la charge des intimés, qui succombent (art. 66 al. 1 et 5 LTF). Exerçant une tâche de droit public, les recourants ne sauraient prétendre à des dépens (<ref-law>; cf. arrêt 1C_125/2018 du 8 mai 2019 consid. 5 non publié in <ref-ruling>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est admis. L'arrêt attaqué est réformé en ce sens que le recours du 23 janvier 2017 est rejeté; la décision d'approbation de l'OFT du 6 décembre 2016 est intégralement confirmée. La cause est pour le surplus renvoyée au Tribunal administratif fédéral pour nouvelle décision sur les frais et dépens de l'instance précédente.
2.
Les frais judiciaires de la procédure devant le Tribunal fédéral, arrêtés à 4'000 fr., sont mis à la charge des intimés.
3.
Il n'est pas alloué de dépens.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux parties, à l'Office fédéral des transports, à la Ville de Genève, au Département des infrastructures de la République et canton de Genève, ainsi qu'au Tribunal administratif fédéral et à l'Office fédéral de l'environnement.
Lausanne, le 27 novembre 2020
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Juge présidant : Kneubühler
Le Greffier : Alvarez