Sachverhalt:
A.
Der 1968 geborene A._ war im Rahmen einer stationären Massnahme gemäss Art. 59 des Strafgesetzbuches seit dem 1. April 2016 bei der Stiftung B._ als Schreiner ohne Ausbildung im geschützten Rahmen tätig. Er meldete sich am 12. Juli 2017 unter Hinweis auf Gelenk- und Rückenschmerzen bei der Invalidenversicherung zum Leistungsbezug an. Die Sozialversicherungsanstalt des Kantons Zürich, IV-Stelle, holte Berichte der behandelnden Ärzte und eine Stellungnahme ihres regionalen ärztlichen Dienstes (RAD, Dr. med. C._, Facharzt für orthopädische Chirurgie und Traumatologie) vom 11. Juni 2018 ein. Mit Verfügung vom 21. September 2018 lehnte sie den Anspruch auf eine Invalidenrente ab.
B.
Die dagegen erhobene Beschwerde wies das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich mit Entscheid vom 12. Juni 2019 ab, soweit es darauf eintrat.
C.
A._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen und beantragen, in Aufhebung des kantonalen Entscheides sei ihm eine ganze Invalidenrente zuzusprechen. Eventuell sei die Sache zu weiteren Abklärungen an die IV-Stelle zurückzuweisen. Darüber hinaus ersucht er um die Gewährung der unentgeltlichen Prozessführung.
Das Bundesgericht führt keinen Schriftenwechsel durch.

Erwägungen:
1.
1.1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann wegen Rechtsverletzungen gemäss Art. 95 und 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG). Es ist folglich weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann sie mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen. Immerhin prüft das Bundesgericht, unter Berücksichtigung der allgemeinen Pflicht zur Begründung der Beschwerde (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG), grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind (<ref-ruling> E. 1 S. 236 mit Hinweisen).
1.2. Das Bundesgericht kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht (Art. 105 Abs. 2 BGG). Überdies muss die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein (Art. 97 Abs. 1 BGG). Neue Tatsachen und Beweismittel dürfen nur so weit vorgebracht werden, als erst der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gibt (Art. 99 Abs. 1 BGG). Die beschwerdeführende Partei, welche die Sachverhaltsfeststellungen der Vorinstanz anfechten will, muss substanziiert darlegen, inwiefern die Voraussetzungen einer Ausnahme gemäss Art. 105 Abs. 2 BGG gegeben sind und das Verfahren bei rechtskonformer Ermittlung des Sachverhalts anders ausgegangen wäre; andernfalls kann ein Sachverhalt, der vom im angefochtenen Entscheid festgestellten abweicht, nicht berücksichtigt werden (<ref-ruling> E. 1.3.1 S. 18 mit Hinweisen).
2.
Der Beschwerdeführer reicht letztinstanzlich einen Bericht der Dr. med. D._, Fachärztin für Rheumatologie und allgemeine innere Medizin FMH, vom 28. August 2019 ein. Dabei handelt es sich um ein echtes Novum, das von vornherein unbeachtlich bleibt (Art. 99 Abs. 1 BGG; <ref-ruling> E. 1.2 S. 23; <ref-ruling> E. 3.2.2.2 S. 548; <ref-ruling> E. 3.1.2 S. 123).
3.
Streitig ist, ob das kantonale Gericht die rentenleistungsablehnende Verfügung vom 21. September 2018 zu Recht bestätigte.
Die Vorinstanz hat die massgebenden Bestimmungen und Grundsätze über die Begriffe der Invalidität (Art. 8 Abs. 1 ATSG) und der Erwerbsunfähigkeit (Art. 7 Abs. 1 ATSG) sowie den Anspruch auf eine Invalidenrente (Art. 28 Abs. 1 und 2 IVG) zutreffend dargelegt. Dasselbe gilt für die Aufgabe der Ärzte bei der Ermittlung des Invaliditätsgrades (<ref-ruling> E. 3.2 S. 195; <ref-ruling> E. 4 S. 99) und die beweisrechtlichen Anforderungen an einen ärztlichen Bericht (<ref-ruling> E. 2.2.2 S. 126; <ref-ruling> E. 5.1 S. 232; <ref-ruling> E. 3a S. 352). Darauf wird verwiesen.
4.
Das kantonale Gericht hat sämtliche sich in den Akten befindliche medizinischen Berichte, so namentlich diejenigen des Dr. med. E._, Spezialarzt FMH für physikalische Medizin und Rehabilitation, speziell Rheumaerkrankungen, vom 3. Dezember 2012, des Dr. med. F._, Facharzt für Neurologie FMH, vom 6. Oktober 2016, des Dr. med. G._ Facharzt für Hals-, Nasen- und Ohrenkrankheiten FMH, vom 25. April 2017, des Dr. med. H._, leitender Arzt am Institut für Nuklearmedizin am Spital I._ vom 18. Oktober 2017, des dipl. Arztes J._, Oberarzt der Psychiatrischen Dienste Aargau vom 17. November 2017, des PD Dr. med. K._, Facharzt für Chirurgie FMH, vom 23. März 2018, der Abteilung Urologie des Spitals I._ vom 28. März 2018 und die Stellungnahme des RAD-Arztes Dr. med. C._ vom 11. Juni 2018 wiedergegeben. Es hat unter Einbezug all der erwähnten Berichte in für das Bundesgericht verbindlicher Weise festgestellt, der RAD-Arzt habe sich mit seiner Beurteilung einer uneingeschränkten Arbeitsfähigkeit in einer dem Gesundheitsschaden des Versicherten angepassten leichten, rückenschonenden Tätigkeit auf die diagnostischen Einschätzungen und Berichte der behandelnden Ärzte gestützt. In den Akten fänden sich keine medizinischen Berichte, die Zweifel an der Einschätzung des RAD-Arztes aufkommen liessen. Es sei nicht zu beanstanden, dass die IV-Stelle ihre Ablehnung des Rentengesuchs auf die Beurteilung des Dr. med. C._ abgestellt habe. Da der Versicherte die Invaliditätsbemessung der IV-Stelle weder in tatsächlicher noch in rechtlicher Hinsicht beanstandet habe, bestehe angesichts des klar rentenausschliessenden Invaliditätsgrades kein Anlass für eine nähere Prüfung.
5.
5.1. Was der Beschwerdeführer dagegen vorbringt, vermag zu keinem anderen Ergebnis zu führen. Seine Einwendungen erschöpfen sich in weiten Teilen in einer im Rahmen der dem Bundesgericht gesetzlich eingeräumten Überprüfungsbefugnis (E. 1 hievor) unzulässigen Kritik an der vorinstanzlichen Beweiswürdigung. Darauf ist nicht einzugehen. Eine willkürliche Ermittlung des rechtserheblichen medizinischen Sachverhalts durch das kantonale Gericht wird nicht geltend gemacht. Der Versicherte hält zusammenfassend fest, es lägen Unterschiede bezüglich Diagnosen und Einschätzung der Arbeitsfähigkeit der Dres. med. K._ und E._ einerseits und des Dr. med. C._ andererseits vor, ohne diese Darstellung zu konkretisieren. Zu erwähnen ist dabei, dass der RAD-Arzt gar keine eigenen Diagnosen gestellt hat, sondern vielmehr diejenigen der behandelnden Ärzte zusammenfasste und daraus die invalidenversicherungsrechtlichen Schlüsse zog. Das kantonale Gericht hat sich darüber hinaus mit dem Bericht des Dr. med. K._ vom 23. März 2018 auseinandergesetzt und dargelegt, weshalb es dessen Angaben über den Umfang der noch zumutbaren angepassten Tätigkeiten als widersprüchlich erachtete und weshalb es zur Feststellung gelangte, dieser Arzt teile im Ergebnis die Ansicht des RAD-Arztes bezüglich einer angepassten Tätigkeit. Soweit der Beschwerdeführer sinngemäss eine Verletzung des Untersuchungsgrundsatzes behauptet, kann ihm nicht gefolgt werden, legt er doch selbst nicht dar, in welcher Hinsicht sein Gesundheitszustand weiterer Abklärung bedürfte. Er zeigt nicht auf, inwiefern die vorinstanzliche Beweiswürdigung als bundesrechtswidrig zu beanstanden sei. Jedenfalls kann von einer Verletzung des Untersuchungsgrundsatzes keine Rede sein. Auch eine rechtsfehlerhafte Ermessensbetätigung bei der Beweiswürdigung legt der Beschwerdeführer nicht dar.
5.2. Betreffend die Verwertbarkeit der bescheinigten vollen Arbeitsfähigkeit in einer leidensangepassten Tätigkeit berücksichtigte das kantonale Gericht das sowohl von Dr. med. K._ in seinem Bericht vom 23. März 2018 skizzierte als auch in der Stellungnahme des Dr. med. C._ vom 11. Juni 2018 noch näher ausgeführte Belastbarkeitsprofil. Danach sollte eine angepasste Arbeit angesichts der diagnostizierten schweren Osteoporose leicht, ohne häufige wirbelsäulenbelastende Zwangshaltungen sein und Tätigkeiten (Bücken, Hocken, Kauern, Knien, Überkopfarbeit, Arbeiten in weiter Armvorhalte) ohne häufige Rumpfrotationen und ohne häufiges Gehen auf unebenem Gelände beinhalten. Zudem seien Arbeiten mit Kindern und Jugendlichen aufgrund der Pädophilie des Versicherten auszuschliessen. Damit ist die Vorinstanz ihrer Pflicht, eine angepasste Tätigkeit zu umschreiben, nachgekommen. Der Nachweis einer konkreten Arbeitsstelle, wie es der Beschwerdeführer fordert, ist hingegen nicht notwendig. Mit diesem Einwand lässt er ausser Acht, dass die Anforderungen an die Umschreibung der noch zumutbaren Tätigkeiten rechtsprechungsgemäss nicht gross sind, und Vorinstanz sowie Verwaltung im Rahmen des Einkommensvergleichs keine konkreten Arbeitsstellen nachzuweisen haben, sondern vielmehr von einem ausgeglichenen Arbeitsmarkt ausgegangen wird (Urteil 8C_293/2016 vom 11. Juli 2016 E. 4.2 mit Hinweis auf SVR 2008 IV Nr. 62 S. 203 E. 5.1, 9C_830/2007). Verwaltung und Gericht haben deshalb nicht zu prüfen, ob der Versicherte tatsächlich eine entsprechende Arbeitsstelle erhält oder erhalten kann. Es reicht aus, dass solche auf dem Arbeitsmarkt vorhanden und nicht bloss theoretischer Natur sind (vgl. etwa Urteil 9C_286/2018 vom 25. Juni 2018 E. 5 mit weiteren Hinweisen).
Die vorinstanzliche Schlussfolgerung, die Restarbeitsfähigkeit sei verwertbar, erweist sich daher nicht als qualifiziert unrichtig.
6.
6.1. Die Beschwerde ist offensichtlich unbegründet, weshalb sie im vereinfachten Verfahren nach Art. 109 BGG ohne Durchführung des Schriftenwechsels und mit summarischer Begründung erledigt wird.
6.2. Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend hat der Beschwerdeführer die Gerichtskosten zu tragen (Art. 66 Abs. 1 BGG). Das Gesuch um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege wird infolge Aussichtslosigkeit der Beschwerde abgewiesen (Art. 64 Abs. 1 und 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen.
2.
Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird abgewiesen.
3.
Die Gerichtskosten von Fr. 800.- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 8. Oktober 2019
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Maillard
Die Gerichtsschreiberin: Schüpfer