Sachverhalt:
A.
A.a. Der 1965 geborenen, im kaufmännischen Bereich und als Sozialtherapeutin tätigen A._ gewährte die IV-Stelle des Kantons Zürich aufgrund einer 50%igen Arbeitsunfähigkeit infolge einer HIV-Infektion und Hepatitis C (vgl. Bericht des Spitals B._ vom 27. April 2001) ab 1. Mai 2000 eine halbe Rente (Verfügung vom 13. Juli 2001). Dieser Anspruch wurde revisionsweise mit den Mitteilungen vom 3. September 2004 und 28. September 2010 an die Wohnadresse der Versicherten in C._ bestätigt.
A.b. Im Juni 2012 reichte A._ der IV-Stelle einen Arbeitsvertrag ein, wonach sie ab dem 1. Juli 2012 in einem 80 %-Pensum als Sozialtherapeutin im D._ arbeite. Die Verwaltung fordert sie daraufhin auf, einen Fragebogen auszufüllen. Nachdem sie dem keine Folge geleistet hatte, verfügte die IV-Stelle nach Durchführung des Mahn- und Bedenkzeitverfahrens am 15. November 2012 die sofortige Renteneinstellung.
A.c. Im Juli 2013 meldete sich A._ erneut bei der Invalidenversicherung zum Leistungsbezug an. Gestützt auf die (Teil-) Gutachten der Dr. med. E._, Fachärztin FMH für Innere Medizin, Spital B._, vom 3. Juni 2015 und des Dr. med. F._, Facharzt für Psychiatrie und Psychotherapie, vom 18. Mai 2015 sprach ihr die IV-Stelle nach durchgeführtem Vorbescheidverfahren mit Verfügung vom 8. Juni 2016 rückwirkend ab 1. Juli 2013 eine halbe Rente zu.
B.
Die dagegen erhobene Beschwerde wies das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich mit Entscheid vom 9. Februar 2018 ab.
C.
A._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen und beantragen, der angefochtene Entscheid sei aufzuheben. Eventualiter sei die Angelegenheit an die IV-Stelle, subeventualiter an die Vorinstanz zur Neuberechnung der Invalidenrente zurückzuweisen. Ferner sei ihr die unentgeltliche Rechtspflege (Prozessführung, Verbeiständung) zu gewähren.

Erwägungen:
1.
Das Bundesgericht entscheidet kassatorisch oder reformatorisch. Ein blosser Antrag auf Aufhebung des angefochtenen Entscheids ist nicht zulässig, ausser wenn das Bundesgericht ohnehin nicht reformatorisch entscheiden könnte (<ref-ruling> E. 1.3 S. 383). Mit ihrem formellen Begehren, der angefochtene Entscheid sei aufzuheben, eventuell sei die Sache an die Beschwerdegegnerin bzw. Vorinstanz zurückzuweisen, stellt die Beschwerdeführerin an sich ein rein kassatorisches Rechtsbegehren (<ref-law>). Der Beschwerdebegründung ist jedoch der sinngemässe reformatorische Antrag auf Zusprache einer ganzen Rente zu entnehmen (<ref-law>; vgl. <ref-ruling> E. 1.3 S. 383 f.; Urteil 8C_83/2016 vom 28. Juni 2017 E. 1, nicht publ. in: <ref-ruling>, aber in SVR 2017 IV Nr. 80 S. 250). Das Rechtsbegehren ist in diesem Sinn aufzufassen (<ref-ruling> E. 1.2 S. 135) und auf die Beschwerde daher einzutreten.
2.
Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann u.a. die Verletzung von Bundesrecht gerügt werden (<ref-law>). Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law>). Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law>).
3.
3.1. Strittig und zu prüfen ist, ob die Vorinstanz Bundesrecht verletzte, indem sie den durch die Beschwerdegegnerin am 8. Juni 2016 verfügten Anspruch auf eine halbe Rente bestätigte.
3.2. Der angefochtene Entscheid gibt die massgeblichen Rechtsgrundlagen zutreffend wieder. Es betrifft dies die Bestimmungen und Grundsätze zur Rentenrevision (<ref-law>; siehe auch <ref-law>; <ref-ruling> E. 3.5 S. 349 f.; vgl. ferner <ref-ruling> E. 5.2 S. 205; <ref-ruling> E. 3 S. 132 f.; <ref-ruling> E. 6 S. 546 ff. und E. 7 S. 548 f.), insbesondere im Zusammenhang mit einer Renteneinstellung gestützt auf <ref-law> (<ref-ruling>), sowie zu den in revisionsrechtlicher Hinsicht relevanten Vergleichszeitpunkten (vgl. <ref-ruling> E. 5 S. 110 ff.). Darauf wird verwiesen.
4.
4.1. Die Vorinstanz erwog, mit Verfügung der Beschwerdegegnerin vom 15. November 2012 sei die halbe Rente der Beschwerdeführerin eingestellt worden, nachdem diese im Rentenrevisionsverfahren ihrer Mitwirkungspflicht im Sinne von <ref-law> nicht nachgekommen sei. Mit Anmeldung im Juli 2013 habe sie alsdann die erforderlichen Auskünfte erteilt und damit ihre Bereitschaft zur Mitwirkung signalisiert. Damit falle die Sanktion der Renteneinstellung dahin und die Beschwerdeführerin habe ab Juli 2013 wiederum Anspruch auf eine halbe Rente. Ihre Anmeldung im Juli 2013 sei ferner als Gesuch um eine Rentenerhöhung zu qualifizieren. Dazu bedürfe es eines Revisionsgrundes (<ref-law>). Ein solcher liege aber nicht vor.
4.2. Die Beschwerdeführerin bringt dagegen im Wesentlichen vor, es kämen nicht die Bestimmungen zur Rentenrevision, sondern jene zur Neuanmeldung zur Anwendung. Sie habe ab Juli 2012 ein rentenausschliessendes Einkommen erzielt, weshalb drei Monate später der Rentenanspruch erloschen sei. Sie habe damals nicht ihre Mitwirkungspflicht verletzt, sondern sich mit Schreiben vom 16. Juni 2012 vielmehr - zumindest implizit - vom Bezug einer Invalidenrente abgemeldet.
5.
Um die umstrittene Frage zu beurteilen, ob die Beschwerdeführerin ein Rentenerhöhungsgesuch stellte oder dann eine Neuanmeldung vornahm, sei der Ablauf des Geschehens, soweit er unbestritten ist, rekapituliert:
5.1. Mit Schreiben vom 16. Juni 2012 teilte die Beschwerdeführerin, die seit Mai 2000 Anspruch auf eine halbe Rente hat, mit, sie werde ab Juli 2012 erneut in der Schweiz wohnen und eine Anstellung in einem 80 %-Pensum aufnehmen. Als Beilagen reichte sie insbesondere den Arbeitsvertrag mit dem D._ ein. Die IV-Stelle holte in der Folge einen Auszug aus dem Individuellen Konto der Beschwerdeführerin ein, in welchem nach 1999 keine Einträge mehr verzeichnet waren. Ferner ersuchte die IV-Stelle die Beschwerdeführerin am 12. Juli 2012, einen Fragebogen auszufüllen. Dieser Aufforderung kam sie nicht nach, weshalb die Beschwerdegegnerin nach Durchführung des Mahn- und Bedenkzeitverfahrens (Schreiben vom 17. September 2012) sowie des Vorbescheidverfahrens am 15. November 2012 die sofortige Renteneinstellung verfügte.
5.2.
5.2.1. Aufgrund des Schreibens der Beschwerdeführerin vom 16. Juni 2012 und des eingereichten Arbeitsvertrages mit dem D._ konnte die Beschwerdegegnerin nicht ausreichend wissen, ob die Beschwerdeführerin am 1. Juli 2012 diese Anstellung effektiv antreten und ob daraus ein Arbeitsverhältnis von länger als drei Monaten resultieren würde, was zu einer Rentenrevision berechtigt hätte (vgl. <ref-law> und <ref-law>). Angesichts der Gesamtumstände durfte die Beschwerdegegnerin diesbezüglich vielmehr ernsthafte Zweifel haben: Die Beschwerdeführerin war über Jahre (mindestens seit Mai 1999) wegen anhaltender, nicht heilbarer Erkrankungen (HIV-Infektion und Hepatitis C) zu 50 % in ihrer Arbeitsfähigkeit eingeschränkt, wohingegen die Anstellung ab Juli 2012 im D._ ein Pensum von 80 % beinhaltete. Weitere Abklärungen durch die Beschwerdegegnerin waren somit indiziert.
Die Beschwerdegegnerin durfte das Schreiben der Beschwerdeführerin vom 16. Juni 2012 entgegen deren Auffassung auch (noch) nicht dahingehend verstehen, dass die Versicherte damit auf einen Rentenanspruch verzichtete. Das Schreiben enthält keine ausdrückliche Verzichtserklärung. Zudem konnte ein entsprechender Leistungsverzicht auch nicht vorbehaltlos erfolgen, waren doch auch die Interessen der Tochter, geboren 1998, betroffen (<ref-law>). Selbst wenn die Beschwerdegegnerin das Schreiben vom 16. Juni 2012 als Verzichtserklärung hätte entgegen nehmen sollen, wie die Beschwerdeführerin rügt, wäre sie somit gehalten gewesen, abzuklären, ob die Voraussetzungen hiezu erfüllt waren.
5.2.2. Die Beschwerdegegnerin hatte der Beschwerdeführerin daher im Juli 2012 zu Recht einen Fragebogen zugestellt. Nachdem die Beschwerdeführerin diesen in Verletzung ihrer Mitwirkungspflicht nicht ausgefüllt hatte, erfolgte anschliessend mit Verfügung vom 15. November 2012 die sofortige Renteneinstellung. Dieses Vorgehen ist mit Blick auf <ref-law> in Verbindung mit <ref-law> bundesrechtskonform.
5.3. Nachdem die Beschwerdeführerin mit Anmeldung von Juli 2013 ihrer Mitwirkungspflicht nachgekommen war, schlussfolgerte die Vorinstanz, der Rentenanspruch lebe wieder auf und das Revisionsverfahren sei weiter zu führen. Diese Vorgehensweise verletzt, da eine Sanktion verhältnismässig zu sein hat, kein Bundesrecht (<ref-ruling> E. 6.3.7.5 S. 390 f.). Dies wirkt sich zudem zu Gunsten der Beschwerdeführerin aus, weil sie zum einen - anders als bei einer Neuanmeldung - die in <ref-law> statuierte sechsmonatige Frist nicht abwarten muss und zum anderen, wie nachstehend aufgezeigt wird (E. 6.4.1), eine Berechnung des Valideneinkommens nach Massgabe des Lohnes als Sozialtherapeutin im D._ auch bei einer Neuanmeldung nicht in Frage käme. In der Tat bestehen, was die Beschwerde übersieht, keine strukturellen Unterschiede zwischen Revision und Neuanmeldung, weil es da wie dort um Änderungen im für den IV-Rentenanspruch massgeblichen Tatsachenspektrum geht, und nicht um eine Prüfung ab initio wie bei der erstmaligen Beurteilung der Rentenberechtigung.
6.
6.1. Die Vorinstanz verneinte im Weiteren das Vorliegen eines Revisonsgrundes im Sinne von <ref-law>.
6.2. Eine Veränderung in gesundheitlicher Hinsicht wird nicht geltend gemacht. Die Beschwerdeführerin anerkennt vielmehr, dass sie - wie bereits bei Gewährung der halben Rente mit Verfügung vom 13. Juli 2001 und den diesen Anspruch bestätigenden Mitteilungen vom 3. September 2004 sowie 28. September 2010 - weiterhin zu 50 % arbeitsfähig ist.
6.3. Die Beschwerdeführerin bringt aber vor, sie wäre ohne Gesundheitsschaden in einem 100 %-Pensum erwerbstätig. Davon wurde jedoch bereits in der Rentenverfügung vom 13. Juli 2001 ausgegangen. Ein Revisions- oder Neuanmeldungsgrund aufgrund eines Statuswechsels ist daher nicht erkennbar.
6.4. Vorliegend besteht aus folgenden Gründen auch kein Anlass, Validen- und Invalideneinkommen neu zu bestimmen:
6.4.1. Es kann der Beschwerdeführerin nicht gefolgt werden, wenn sie das Valideneinkommen (neu) auf der Basis des Lohnes, welchen sie als Sozialtherapeutin im D._ verdiente, ermittelt haben möchte. Diese Anstellung wird gemäss der gutachterlichen Einschätzung des Dr. med. F._ und der Dr. med. E._ vom 18. Mai und 3. Juni 2015 als für die Beschwerdeführerin ungeeignet eingestuft, was jedoch nicht auf einen in invalidenversicherungsrechtlicher Hinsicht relevanten Gesundheitsschaden (i.c. HIV-Infektion und Hepatitis C) zurückzuführen ist, sondern im Wesentlichen in der Suchtmittelgefährdung begründet liegt, wie die Vorinstanz überzeugend darlegte (SVR 2016 IV Nr. 3 S. 7, 8C_582/2015 E. 2.2.2 und 5.11 mit Hinweisen). Es gilt somit - wie schon bei der am 13. Juli 2001 verfügten Berentung -, dass die Versicherte in einer ihren Fähigkeiten entsprechenden Tätigkeit im kaufmännischen oder sozialen Bereich zu 50 % arbeitsfähig ist. Damit könnte sie immer noch die Hälfte des Einkommens, welches sie als Gesunde zu verdienen in der Lage wäre, erzielen.
6.4.2. In der Beschwerde wird ferner gefordert, es sei ein Abzug beim Invalideneinkommen vorzunehmen (<ref-ruling> E. 5.2 S. 301). Die gutachterliche Arbeitsfähigkeitsschätzung gemäss den Dres. med. F._ und E._ von 50 % umfasst indessen bereits sämtliche gesundheitlichen Beeinträchtigungen, weshalb nicht (zusätzlich) ein Abzug vom Tabellenlohn wegen erhöhter Ermüdbarkeit und/oder vermehrten Pausenbedarfs gewährt werden darf, ansonsten dieser Umstand doppelt berücksichtigt würde (SVR 2015 IV Nr. 1 S. 1, 8C_97/2014 E. 4.2; Urteile 9C_841/2013 vom 7. März 2014 E. 4.6, 9C_325/2013 vom 22. Oktober 2013 E. 4.2 und 8C_673/2010 vom 16. Mai 2013 E. 5.2, je mit Hinweisen). Andere Gründe für einen Abzug sind nicht erkennbar und wurden nicht geltend gemacht.
6.5. Die Vorinstanz verneinte somit zu Recht einen Revisionsgrund. Der angefochtene Entscheid ist bundesrechtskonform, die Beschwerde unbegründet.
7.
Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend hat die unterliegende Beschwerdeführerin die Gerichtskosten zu tragen (<ref-law>). Ihrem Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege für das bundesgerichtliche Verfahren (im Sinne der unentgeltlichen Prozessführung und Verbeiständung) kann indessen entsprochen werden, da die Bedürftigkeit ausgewiesen ist, die Beschwerde nicht als aussichtslos zu bezeichnen und die anwaltliche Vertretung geboten war (Art. 64 Abs. 1 und 2 BGG). Ausdrücklich wird jedoch auf <ref-law> aufmerksam gemacht, wonach die begünstigte Partei der Gerichtskasse Ersatz zu leisten haben wird, wenn sie später dazu in der Lage ist.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen.
2.
Der Beschwerdeführerin wird die unentgeltliche Rechtspflege gewährt und Rechtsanwalt Dr. Pierre Heusser wird als unentgeltlicher Anwalt bestellt.
3.
Die Gerichtskosten von Fr. 800.- werden der Beschwerdeführerin auferlegt, indes vorläufig auf die Bundesgerichtskasse genommen.
4.
Dem Rechtsvertreter der Beschwerdeführerin wird aus der Bundesgerichtskasse eine Entschädigung von Fr. 2'800.- ausgerichtet.
5.
Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 8. Juni 2018
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Pfiffner
Die Gerichtsschreiberin: Möckli