Sachverhalt:
A.
Der Gemeindevorstand der Gemeinde Klosters-Serneuserteilte A._ am 11. Dezember 2012 die Bewilligung für einen Garagenabbruch und einen Um- bzw. Anbau der Wohn- und Geschäftsliegenschaft "Rothuus" auf Parzelle Nr. xxx. In der Folge stellte A._ mehrere Projektänderungsgesuche, welche vom Gemeindevorstand jeweils bewilligt wurden. Insbesondere bewilligte er mit Entscheid vom 25. November 2014 den Einbau von vier zusätzlichen Dachfenstern, wobei unter "Bedingungen / Auflagen" insbesondere vermerkt war, dass die Dachfenster-Fläche maximal 1.44 m2 pro Fenster betragen dürfe.
Am 17. November 2016 ersuchte A._ um eine Ausnahmebewilligung und am 16. Januar 2017 um eine Projektänderung für ein bereits eingebautes Dachfenster mit einer Fläche von 2.00 m x 2.18 m. Der Gemeindevorstand lehnte das Projektänderungsgesuch am 26. September 2017 ab und stellte fest, dass es materiell baurechtswidrig sei.
Dagegen erhob A._ am 26. Oktober 2017 Beschwerde beim Verwaltungsgericht des Kantons Graubünden. Dieses wies die Beschwerde mit Urteil vom 5. Oktober 2018 ab.
B.
Gegen das verwaltungsgerichtliche Urteil gelangte der Beschwerdeführer mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 2. November 2018 an das Bundesgericht. Er beantragt die Aufhebung des vorinstanzlichen Urteils und die Gutheissung der Gesuche um Ausnahmebewilligung sowie um Projektänderung. Eventualiter sei das Urteil des Verwaltungsgerichts aufzuheben und die Angelegenheit im Sinne der Erwägungen zur Neubeurteilung an die Vorinstanz oder die Gemeinde Klosters-Serneus zurückzuweisen.
Die Gemeinde beantragt im Rahmen ihrer Vernehmlassung die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. Das Verwaltungsgericht beantragt ebenfalls die Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei, und verweist auf die Ausführungen im angefochtenen Entscheid. Der Beschwerdeführer hält im Rahmen seiner Replik an seinen Anträgen fest.
C.
Mit Präsidialverfügung vom 3. Dezember 2018 erkannte das Bundesgericht der Beschwerde die aufschiebende Wirkung zu.

Erwägungen:
1.
Mit dem angefochtenen Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Graubünden wird der abschlägige baurechtliche Entscheid des Gemeindevorstands der Gemeinde Klosters-Serneus bestätigt. Damit liegt ein kantonal letztinstanzlicher Endentscheid im Sinne von Art. 90 BGG vor, gegen den die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht offensteht (vgl. Art. 82 lit. a, Art. 86 Abs. 1 lit. d und Abs. 2 BGG). Der Beschwerdeführer nahm am vorinstanzlichen Verfahren teil und ist als Grundeigentümer des betroffenen Grundstücks und Adressat des angefochtenen Entscheids nach Art. 89 Abs. 1 BGG zur Beschwerde legitimiert. Da auch die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen gegeben sind, ist auf die Beschwerde einzutreten.
2.
Der Beschwerdeführer macht die Verletzung des Anspruchs auf rechtliches Gehör (Art. 29 Abs. 2 BV) sowie eine unvollständige und willkürliche Sachverhaltsfeststellung (Art. 97 Abs. 1 BGG) geltend. Zum einen habe die Vorinstanz von der Durchführung des von ihm beantragten Augenscheins abgesehen, obwohl ein solcher durchaus relevante Erkenntnisse gebracht und namentlich die gestalterisch-ästhetische Ähnlichkeit von Fotovoltaikanlagen und Dachfenstern belegt hätte. Zum anderen habe die Gemeinde zwei Gutachten eingeholt, wovon er keine Kenntnis erhalten habe.
2.1. Das rechtliche Gehör gemäss Art. 29 Abs. 2 BV dient einerseits der Klärung des Sachverhalts und stellt andererseits ein persönlichkeitsbezogenes Mitwirkungsrecht beim Erlass eines Entscheids dar, welcher in die Rechtsstellung des Einzelnen eingreift. Dazu gehört insbesondere das Recht der betroffenen Person, sich vor Erlass eines solchen Entscheids zur Sache zu äussern, erhebliche Beweise beizubringen, Einsicht in die Akten zu nehmen, mit erheblichen Beweisanträgen gehört zu werden und an der Erhebung wesentlicher Beweise entweder mitzuwirken oder sich zumindest zum Beweisergebnis zu äussern, wenn dieses geeignet ist, den Entscheid zu beeinflussen. Der Anspruch auf rechtliches Gehör umfasst als Mitwirkungsrecht somit alle Befugnisse, die einer Partei einzuräumen sind, damit sie in einem Verfahren ihren Standpunkt wirksam zur Geltung bringen kann (<ref-ruling> E. 5.1 S. 293 mit Hinweisen). Es liegt keine Verletzung des rechtlichen Gehörs vor, wenn ein Gericht auf die Abnahme beantragter Beweismittel verzichtet, weil es auf Grund der bereits abgenommenen Beweise seine Überzeugung gebildet hat und ohne Willkür in vorweggenommener Beweiswürdigung annehmen kann, dass seine Überzeugung durch weitere Beweiserhebungen nicht geändert würde (<ref-ruling> E. 5.3 S. 236 f. mit Hinweis).
2.2. Die Vorinstanz hält in ihrem Entscheid zu Recht fest, dass sich die tatsächlichen Verhältnisse insbesondere aus den Fotodokumentationen und den im Gesuch um Ausnahmebewilligung enthaltenen Bildern ergeben und dass von einem Augenschein keine weiteren entscheidrelevanten Erkenntnisse zu erwarten waren, weshalb in antizipierter Beweiswürdigung auf die Durchführung eines solchen verzichtet werden konnte. Wie nachfolgend zu zeigen ist, könnte der Beschwerdeführer aus einer mittels Augenschein belegten "gestalterisch-ästhetischen Ähnlichkeit" von Fotovoltaikanlagen und Dachfenstern zudem ohnehin nichts zu seinen Gunsten ableiten. Mithin durfte die Vorinstanz davon ausgehen, dass ein Augenschein zu keiner anderen Beurteilung der vorliegenden Angelegenheit führen würde. Das Vorgehen der Vorinstanz ist damit verfassungsrechtlich nicht zu beanstanden.
Eine unvollständige und willkürliche Sachverhaltsfeststellung, wie sie der Beschwerdeführer aufgrund des unterlassenen Augenscheins geltend macht, ist damit ebenfalls zu verneinen.
2.3. In Bezug auf die beiden vom Beschwerdeführer erwähnten Gutachten ist festzuhalten, dass er mit Blick auf die Wiederherstellung des rechtmässigen Zustands im Rahmen des Entscheids des Gemeindevorstands vom 26. September 2017 zur Stellungnahme zu den beiden Gutachten aufgefordert wurde. Die Vorinstanz geht angesichts deren Inhalt davon aus, sie bezögen sich nicht auf den Streitgegenstand des vorliegenden Verfahrens. Ob dies vollumfänglich zutrifft und ob diese Gutachten tatsächlich erst im Hinblick auf die mögliche Wiederherstellung des rechtmässigen Zustands eingeholt worden sind, kann vorliegend offen bleiben, da eine allfällige Verletzung des Anspruchs auf rechtliches Gehör im Rahmen des vorinstanzlichen Verfahrens geheilt worden wäre.
Mithin ist eine Verletzung des Anspruchs auf rechtliches Gehör vorliegend nicht ersichtlich.
2.4. Weiter beantragt der Beschwerdeführer die Durchführung eines Augenscheins. Wie soeben ausgeführt (E. 2.2), geht der rechtserhebliche Sachverhalt hinreichend aus den Akten hervor, weshalb darauf verzichtet werden kann.
3.
3.1. Der Beschwerdeführer bringt vor, dass das Dachfenster mit Blick auf die Ästhetik gleich zu behandeln sei wie eine Fotovoltaikanlage und beruft sich dabei auf das Gleichbehandlungsgebot gemäss Art. 8 BV.
Nach dem Gebot der Gleichbehandlung (Art. 8 Abs. 1 BV) muss Gleiches nach Massgabe seiner Gleichheit gleich und Ungleiches nach Massgabe seiner Ungleichheit ungleich behandelt werden. Das Gleichbehandlungsgebot ist verletzt, wenn für eine rechtliche Unterscheidung ein vernünftiger Grund in den zu regelnden Verhältnissen nicht ersichtlich ist (<ref-ruling> E. 3.2 S. 324 mit Hinweis).
Die Gleichsetzung von Dachfenstern mit Fotovoltaikanlagen erscheint sachfremd. Mit der jeweiligen gesetzlichen Normierung werden ganz unterschiedliche Zwecke verfolgt: Während bei Dachfenstern die Ästhetik und Wohnlichkeit im Vordergrund stehen, sind es bei Fotovoltaikanlagen energiepolitische Ziele. Nur schon deswegen beruht die in baurechtlicher Hinsicht unterschiedliche Behandlung von Dachfenstern und Fotovoltaikanlagen auf einem vernünftigen Grund. Eine Verletzung des Gleichbehandlungsgebots gemäss Art. 8 BV ist damit zu verneinen.
3.2. Weiter beruft sich der Beschwerdeführer sinngemäss auf die Gleichbehandlung im Unrecht, indem er vorbringt, die Gemeinde Klosters-Serneus bewillige in ständiger Praxis verschiedenste Arten von Glasdächern, Dachverglasungen und Dachfenstern, die allesamt die maximalen, nach kantonalem Recht zulässigen Masse überschreiten würden, was er erst kürzlich erfahren habe. Zum Beleg reicht er eine neue Fotodokumentation ein.
Gemäss Art. 99 Abs. 1 BGG dürfen neue Tatsachen und Beweismittel nur so weit vorgebracht werden, als erst der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gibt. Dies ist vorliegend nicht der Fall. Daran ändert auch nichts, dass der Beschwerdeführer erst nach Erhalt des angefochtenen Entscheids von der kommunalen Praxis erfahren haben will und die Vorinstanz seinen Antrag auf Augenschein ablehnte, zumal er damit ja nicht die ihm nach eigenen Angaben damals noch gar nicht bekannte Praxis aufzeigen wollte bzw. konnte.
4.
Der Beschwerdeführer führt in seiner Beschwerde sodann aus, dass Dachfenster der direkten oder passiven Nutzung der Solarenergie dienten und sich der Wortlaut von Art. 18a Abs. 4 RPG (SR 700) nicht auf die indirekte oder aktive Nutzung der Solarenergie beschränke.
Wie der Sachüberschrift von Art. 18a RPG zu entnehmen ist, hat diese Bestimmung "Solaranlagen" zum Gegenstand. Mit der Vorinstanz ist festzuhalten, dass ein Dachfenster offensichtlich nicht unter den Begriff der Solaranlage im Sinne von Art. 18a RPG zu subsumieren ist. Vielmehr sind darunter Anlagen zu verstehen, welche der Strom- oder der Wärmegewinnung dienen (Fotovoltaikanlagen oder Sonnenkollektoren), wobei auch eine Unterscheidung in kristalline Solarzellen und Dünnschichtzellen, in Inselanlagen und Netzverbundanlagen oder in integrierte Anlagen und Aufbauanlagen vorgenommen werden kann (CHRISTOPH JÄGER, in: Kommentar zum Bundesgesetz über die Raumplanung, 2010, N. 15 zu Art. 18a RPG). Ein Dachfenster wird davon jedenfalls nicht erfasst. Damit ist Art. 18a RPG vorliegend nicht anwendbar und ein Verstoss gegen diese Bestimmung zu verneinen.
Ebensowenig ist eine Verletzung der Bestimmungen von Art. 45 des Energiegesetzes vom 30. September 2016 (EnG; SR 730.0) und Art. 3 RPV (SR 700.1) erkennbar, auf die sich der Beschwerdeführer in der irrigen Annahme beruft, das Dachfenster diene der Nutzung erneuerbarer Energien.
5.
Nach dem Ausgeführten ist die Beschwerde abzuweisen.
Bei diesem Ausgang des Verfahrens sind die Gerichtskosten dem unterliegenden Beschwerdeführer aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 BGG). Die in ihrem amtlichen Wirkungskreis obsiegende Gemeinde Klosters-Serneus hat keinen Anspruch auf Parteientschädigung (Art. 68 Abs. 3 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3.
Es wird keine Parteientschädigung zugesprochen.
4.
Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, der Gemeinde Klosters-Serneus und dem Verwaltungsgericht des Kantons Graubünden, 5. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 26. März 2019
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Chaix
Die Gerichtsschreiberin: Dambeck