Erwägungen:
1.
1.1. Die A._ AG (nachfolgend: die Steuerpflichtige) wurde am 22. Februar 2008 gegründet und hat seither statutarischen Sitz in U._/BS. Mit öffentlich beurkundetem Kaufvertrag vom 17./18. April 2008 erwarb sie von unabhängigen Dritten zum Kaufpreis von Fr. 7'816'675.-- ein am Ort gelegenes Grundstück (Grundbuch U._, Sektion xx, Parzelle yy). Die Urkundsperson meldete den Vertrag am 22. April 2008 zum Eintrag im Grundbuch an, worauf die Finanzverwaltung des Kantons Basel-Stadt die Handänderungssteuer (mit Visum für den Empfang der Anmeldung) auf Fr. 234'500.-- festsetzte (3,0 Prozent des gemeldeten Kaufpreises; § 1 Abs. 2 des Gesetzes [des Kantons Basel-Stadt] vom 26. Juni 1996 über die Handänderungssteuer [HStG/BS; SG 650.100]).
1.2. Am 3. Mai 2013 trat die Steuerverwaltung des Kantons Basel-Stadt (KSTV/BS), die eine Meldung der Steuerverwaltung des Kantons Basel-Landschaft (KSTV/BL) erhalten hatte, an die Steuerpflichtige heran und gab ihr bekannt, auch "Nebenverträge" fielen unter die Handänderungssteuer. Nachdem die Steuerpflichtige der Aufforderung zur Einreichung derartiger Verträge nicht nachgekommen war, ermittelte die KSTV/BS das massgebende Entgelt von Amtes wegen. Zum bereits erfassten Kaufpreis von Fr. 7'816'675.-- rechnete sie einerseits die Entschädigung für die Abtretung eines Totalunternehmervertrages (Fr. 16'000'000.---) und anderseits den ermessensweise ermittelten Wert dieses Vertrags hinzu. Bei einem geschätzten Vertragswert von Fr. 44'500'000.-- ergab sich nunmehr eine Bemessungsgrundlage von Fr. 68'316'675.--, was zu einer Handänderungssteuer von Fr. 1'815'000.25 (nebst Verzugszins) führte (Veranlagungsverfügung vom 25. November 2013). Auf Einsprache der Steuerpflichtigen hin bestätigte die KSTV/BS dies mit Einspracheentscheid vom 6. März 2014. Die Steuerrekurskommission des Kantons Basel-Stadt schloss sich dieser Sichtweise grundsätzlich an, wies die Sache zur neuen Ermittlung der Bemessungsgrundlage aber an die KSTV/BS zurück (Entscheid vom 22. September 2016).
1.3.
1.3.1. Dagegen gelangte die Steuerpflichtige an das Appellationsgericht des Kantons Basel-Stadt als Verwaltungsgericht, das mit Entscheid VD.2017.67 vom 16. April 2018 den Rekurs abwies. Das Appellationsgericht erwog zunächst in prozessualer Hinsicht, der KSTV/BS verbleibe aufgrund des angefochtenen Rückweisungsentscheids hinsichtlich der Frage der Zulässigkeit einer Korrektur der Selbstveranlagung wie auch hinsichtlich der Frage des Einbezugs der Nebenverträge in die Handänderungs-Steuerpflicht kein Entscheidungsspielraum mehr. Zudem lasse sich bei Gutheissung des Rekurses ein weitläufiges weiteres Verfahren vermeiden, weshalb auf das Rechtsmittel einzutreten sei (angefochtener Entscheid E. 1.2.3).
1.3.2. In der Sache selbst erkannte das Appellationsgericht, dem Visum (im Sinne eines Eingangsstempels) komme kein Verfügungscharakter zu, weshalb die KSTV/BS berechtigt geblieben sei, eine von der ursprünglichen Grundbuchanmeldung abweichende Veranlagung vorzunehmen (§ 11 Abs. 1 lit. b und c HStG/BS; E. 3). Die Verjährung sei, entgegen der Darstellung der Steuerpflichtigen, keineswegs eingetreten (E. 4). Der Grundbuchanmeldung sei nicht zu entnehmen gewesen, dass die Steuerpflichtige mit dem Erwerb des Grundstücks die Verpflichtung eingegangen sei, in einen (vorbestehenden) Totalunternehmervertrag einzutreten, den ihr die Aktionäre und einzigen Verwaltungsräte B._ und C._ abgetreten hätten (E. 5). Schliesslich sei, so das Appellationsgericht, die für die Hinzurechnung erforderliche innere Verbindung von Kauf- und Totalunternehmervertrag gegeben (E. 6), weshalb der Rekurs abzuweisen sei.
1.4. Mit Eingabe vom 28. Juni 2016 (Poststempel) erhebt die Steuerpflichtige beim Bundesgericht Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten. Sie beantragt, der angefochtene Entscheid sei aufzuheben und die Sache an die Vorinstanz zurückzuweisen.
2.
2.1. Das Bundesgericht soll sich der Konzeption nach nur einmal mit derselben Angelegenheit befassen müssen und diese hierbei abschliessend beurteilen können (<ref-ruling> E. 1.3 S. 366; <ref-ruling> E. 2.2 S. 800 f.). Die (Einheits-) Beschwerde ist daher an sich nur zulässig gegen Entscheide, die das Verfahren ganz oder teilweise abschliessen (End- oder Teilentscheide gemäss Art. 90 und 91 BGG).
2.2. Gegen Vor- und Zwischenentscheide, die weder zu Ausstandsbegehren noch zur Zuständigkeit ergehen (<ref-law>), ist die Beschwerde lediglich unter den Voraussetzungen von <ref-law> gegeben. Folglich ist sie (nur) zulässig, wenn solche Entscheide entweder einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil rechtlicher Natur bewirken können (lit. a; <ref-ruling> E. 1.1.3 S. 95 f.; <ref-ruling> E. 1 S. 465) oder die Gutheissung der Beschwerde sofort einen Endentscheid herbeiführen und damit einen bedeutenden Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren ersparen würde (lit. b; <ref-ruling> E. 1.1 S. 28; <ref-ruling> E. 1.2 S. 332). Will die beschwerdeführende Person einen Zwischenentscheid anfechten, hat sie darzutun, dass die Voraussetzungen zur Anfechtung gegeben sind, es sei denn, deren Vorliegen springe geradezu in die Augen (<ref-ruling> E. 1.2 S. 28; <ref-ruling> E. 1.2 S. 81; <ref-ruling> E. 2.3 S. 287).
2.3. Rückweisungsentscheide führen begrifflich zu keinem Verfahrensabschluss, weshalb es sich bei ihnen grundsätzlich um einen Zwischenentscheid handelt (<ref-ruling> E. 1.1 S. 366; <ref-ruling> E. 3.2 S. 555; <ref-ruling> E. 1.1 S. 332). Davon besteht eine Ausnahme: Wenn die Rückweisung nämlich einzig noch der (rechnerischen) Umsetzung der oberinstanzlichen Anordnungen dient und der Unterinstanz daher keinerlei Entscheidungsspielraum mehr verbleibt, nimmt die Praxis einen anfechtbaren (Quasi) Endentscheid im Sinne von <ref-law> an (<ref-ruling> E. 1.2 S. 24; <ref-ruling> E. 3.2 S. 325). Im Übrigen bleibt es dabei, dass Rückweisungsentscheide im bundesgerichtlichen Verfahren nur unter den Voraussetzungen von <ref-law> anfechtbar sind.
3.
3.1. Die Steuerrekurskommission hat - insoweit übereinstimmend mit der KSTV/BS - den Standpunkt eingenommen, der Nacherfassung der noch nicht berücksichtigten Teile der Bemessungsgrundlage stehe grundsätzlich nichts entgegen, die KSTV/BS habe aber die - teilweise ermessensweise erhobene - Bemessungsgrundlage der Höhe nach zu überprüfen. Entsprechend wies sie die Sache an die KSTV/BS zurück. Das Appellationsgericht erachtet diese Konstellation als kantonalrechtlich beschwerdefähig, was es damit begründet, dass der KSTV/BS keinerlei Entscheidungsspielraum mehr verbleibe. Überdies lasse sich bei Gutheissung des Rekurses ein weitläufiges weiteres Verfahren vermeiden, sodass auf das Rechtsmittel einzutreten sei (vorne E. 1.3.1). Die Steuerpflichtige begründet die Beschwerdefähigkeit vor Bundesgericht ausschliesslich mit dem Vorliegen eines (Quasi-) Endentscheids.
3.2. Der angefochtene, einheitliche (da nicht in separat anfechtbare Komponenten aufgeteilte) Rückweisungsentscheid bringt das Verfahren unstreitig zu keinem Abschluss. Entgegen der Auffassung von Vorinstanz und steuerpflichtiger Person lässt sich aber nicht sagen, der KSTV/BS obliege einzig noch die rein rechnerische Umsetzung der von der Steuerrekurskommission getroffenen Anordnung. Denn geklärt (aber von der Steuerpflichtigen weiterhin bestritten) ist einzig der Grundsatz, dass die "Nebenverträge" einzubeziehen sind. Anders als dieses "Ob" ist das "Wie" noch offen. Die Steuerrekurskommission hat die Höhe der Aufrechnungen als nicht nachvollziehbar beurteilt. In Bezug auf die Entschädigung für die Abtretung des Totalunternehmervertrags werde die Steuerverwaltung zu prüfen haben, ob 16,0 oder 16,8 Mio. Franken aufzurechnen seien. Auch über die Höhe des Totalunternehmervertrags sei nicht nachvollziehbar entschieden worden, weshalb 54,3 und nicht 54,0 Mio. Franken aufzurechnen seien. Abzuziehen davon wären mindestens die Landkosten. Die Steuerrekurskommission wies daher die Sache zur Ermittlung der korrekten Bemessungsgrundlagen an die Steuerverwaltung zurück. Die KSTV/BS wird die Unterlagen einzuholen und diese zu würdigen, den Sachverhalt also zu ergänzen und, gestützt darauf, neu zu entscheiden haben. Dies sprengt den Rahmen dessen, was unter einer "rechnerischen Umsetzung" verstanden werden kann (siehe Urteil 2C_1076/2017 vom 3. Januar 2018 E. 3.4 zu einer ähnlichen Sachlage).
3.3. Entsprechend verbietet es sich, den streitbetroffenen Rückweisungsentscheid als (Quasi-) Endentscheid (vorne E. 2.3) zu würdigen. Er hat vielmehr als Zwischenentscheid zu gelten. Ein solcher ist im bundesgerichtlichen Verfahren nur unter den Voraussetzungen von <ref-law> anfechtbar, was die beschwerdeführende Person nachzuweisen hat (vorne E. 2.2). Ein solcher Nachweis liegt zwar nicht vor, der angefochtene Entscheid liesse sich aber ohnehin nicht unter <ref-law> subsumieren. Ein nicht wieder gutzumachender Nachteil (<ref-law>) ist nicht schon darin zu erblicken, dass der Rückweisungsentscheid verbindliche Vorgaben enthält. Die Neufestsetzung der Handänderungssteuer kann nach erfolgter neuer Veranlagung angefochten werden (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1.1 S. 366). Sodann fällt auch <ref-law> ausser Betracht. Hierzu wäre erforderlich, dass durch die Gutheissung der Beschwerde sofort ein Endentscheid herbeigeführt und damit ein bedeutender Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren eingespart werden kann. Wie dargelegt, ist zwar von keiner rein "rechnerischen Umsetzung" zu sprechen, dass aber von einem geradezu "weitläufigen" Beweisverfahren auszugehen wäre, ist mit Blick auf die Sachumstände eher unwahrscheinlich.
3.4. Mangels Vorliegens eines (Quasi-) Endentscheids oder zumindest eines selbständig anfechtbaren Zwischenentscheids ist auf die Beschwerde nicht einzutreten, was im vereinfachten Verfahren durch Entscheid des Abteilungspräsidenten als Einzelrichter erfolgen kann (<ref-law>). Der Steuerpflichtigen entstehen dadurch, abgesehen von den Kostenfolgen, keinerlei Rechtsnachteile, wird der angefochtene Zwischenentscheid doch durch Beschwerde gegen den Endentscheid anfechtbar sein, soweit er sich auf dessen Inhalt auswirkt (<ref-law>; vorne E. 3.3).
4.
Nach dem Unterliegerprinzip (<ref-law>) sind die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens der Steuerpflichtigen aufzuerlegen. Dem Kanton Basel-Stadt, der in seinem amtlichen Wirkungskreis obsiegt, ist keine Entschädigung zuzusprechen (<ref-law>).

Demnach erkennt der Präsident:
1.
Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2.
Die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens von Fr. 6'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3.
Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten und dem Appellationsgericht des Kantons Basel-Stadt als Verwaltungsgericht, Dreiergericht, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 16. August 2018
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Seiler
Der Gerichtsschreiber: Kocher