Sachverhalt:
A.
Das Bezirksgericht Zürich verurteilte A._ am 18. Dezember 2018 wegen qualifizierter Widerhandlung gegen das Betäubungsmittelgesetz, qualifizierter Geldwäscherei, mehrfachen Pfändungsbetrugs, mehrfachen Fahrens ohne Berechtigung und falscher Anschuldigung zu einer Freiheitsstrafe von 11 Jahren, unter Anrechnung der Haft, sowie zu einer bedingten Geldstrafe von 360 Tagessätzen zu Fr. 30.--, letztere als teilweise Zusatzstrafe zur Geldstrafe von 100 Tagessätzen gemäss Strafbefehl der Staatsanwaltschaft Winterthur/Unterland vom 7. Oktober 2013. Zudem verpflichtete das Bezirksgericht A._, dem Kanton Zürich Fr. 1 Mio. als Ersatzforderung für unrechtmässig erlangten Vermögensvorteil zu bezahlen.
Auf Berufung von A._ hin bestätigte das Obergericht des Kantons Zürich am 6. Oktober 2020 den bezirksgerichtlichen Entscheid, soweit dieser nicht schon in Rechtskraft erwachsen war.
B.
A._ führt Beschwerde in Strafsachen. Er beantragt, das Urteil des Obergerichts sei aufzuheben und die Sache sei im Sinne der Erwägungen an dieses zurückzuweisen. Er sei vom Vorwurf der qualifizierten Widerhandlung gegen das Betäubungsmittelgesetz bezüglich der Anklageziffern 1.1.1.1 lit. a und 1.1.2.1 sowie vom Vorwurf der qualifizierten Geldwäscherei bezüglich der Anklageziffer 1.2.1.8 freizusprechen. Er sei mit einer Freiheitsstrafe von 3 Jahren, unter Anrechnung der Haft, und einer Geldstrafe von 120 Tagessätzen zu Fr. 30.-- zu bestrafen. Eventualiter sei die Sache zur Festlegung einer tieferen Strafe an das Obergericht zurückzuweisen und es sei festzustellen, dass gegen das Beschleunigungsgebot verstossen worden sei. Das Obergericht sei anzuweisen, eine Genugtuung wegen Überhaft festzulegen. Auf die Anordnung einer Ersatzforderung sei zu verzichten. A._ ersucht um unentgeltliche Rechtspflege und um aufschiebende Wirkung.
C.
Das Obergericht und die Oberstaatsanwaltschaft des Kantons Zürich verzichten auf Vernehmlassungen.

Erwägungen:
1.
1.1. Der Beschwerdeführer rügt einen Verstoss gegen das Anklageprinzip. Ziffer 1.1.1.1 lit. a der Anklageschrift umschreibe die ihm im Zeitraum von mindestens Januar 2010 bis Ende Dezember 2012 zur Last gelegten Betäubungsmitteldelikte nicht in hinreichend konkreter Weise.
1.2. Die Vorinstanz erwägt, die dem Beschwerdeführer vorgeworfene Tathandlung, zusammen mit den namentlich genannten Mittätern Cannabis aus Holland und Spanien in die Schweiz eingeführt zu haben und dabei grundsätzlich für den Einkauf, den Kontakt zu den Lieferanten und die Finanzierung sowie die Organisation des für den Kauf des Cannabis benötigten Bargeldes zuständig gewesen zu sein, sei genügend klar und genau umschrieben. Die Anklage halte fest, der Beschwerdeführer habe das für den Kauf benötigte Bargeld den genannten Mittätern teilweise selbst übergeben und sei schliesslich für den Verkauf des so importierten Cannabis in der Schweiz zuständig gewesen. Hieraus erhelle, dass ihm die Übergabe von Bargeld für den Kauf, mithin der Erwerb der Betäubungsmittel resp. die Organisation desselbigen vorgeworfen werde, ebenso wie der Verkauf in der Schweiz. Auch der Transport, in der Regel mit Reisecars der Firma B._ AG, teilweise jedoch auch mit Personenwagen, werde umschrieben. Die Busse sowie der Busfahrer würden sogar konkretisiert. So seien die Cannabiseinfuhren u.a. durch die Reisebusse C._, deutsche Kontrollschilder xxx und D._, Kontrollschilder yyy, erfolgt, welche u.a. durch E._ gelenkt worden seien. Die Anklageschrift nenne weiter die Mengen der Betäubungsmittel und den relevanten Zeitraum. So sei der Beschwerdeführer von mindestens Januar 2010 bis September 2013 an der Einfuhr von insgesamt mindestens 1'913 kg Cannabis (Marihuana und Haschisch) beteiligt gewesen. Bezeichnet seien weiter der Abladeort (Zweigniederlassung der B._ AG an der U._strasse in V._), der Verkaufsort (an verschiedenen nicht näher bekannten Örtlichkeiten, u.a. im Raum Zürich), der Verkaufspreis (rund Fr. 5'000.-- bis Fr. 7'000.-- pro Kilogramm Marihuana und rund Fr. 5'000.-- pro Kilogramm Haschisch) sowie der Umsatz (mindestens Fr. 9'565'000.-- [1'913 x Fr. 5'000.--]) und der grosse Gewinn (weit mehr als Fr. 10'000.--). Auch die Lieferanten seien genannt. So habe der Beschwerdeführer das Marihuana in der Regel bei einem nicht näher bekannten Lieferanten "F._" in Holland und das Haschisch über einen nicht näher bekannten Lieferanten namens "G._" in Spanien organisiert. Davon, dass dem Beschwerdeführer während einer nicht bekannten Zeit vorgeworfen werde, an einem nicht bekannten Ort eine nicht bekannte Menge von nicht genau bekannten Betäubungsmitteln mit nicht genau bekannten Fahrzeugen eingeführt und an nicht bekannte Personen verkauft zu haben, könne mithin keine Rede sein. Die Anklagebehörde habe nicht genau darzulegen, was er bei jeder Lieferung genau gemacht habe, nämlich wie er konkret die Finanzierung erledigt habe, wem genau er das Geld gegeben habe, mit wem er wann und wie und wo in Kontakt getreten sein soll, wann er die Lieferung bezahlt habe etc., so wie dies die Verteidigung geltend mache. Es genüge, wenn der Sachverhalt so umfassend umschrieben sei, dass sich der Beschwerdeführer dagegen zur Wehr setzen könne, was vorliegend der Fall sei. Dass es sich beim Vorwurf um einen langen Zeitraum, nämlich um über drei Jahre, und um eine grosse Menge Betäubungsmittel handle, sei kein Umstand, welcher dem Anklageprinzip nicht genüge, sondern Ausfluss der dem Beschwerdeführer vorgeworfenen Handlungen. Die Zeitdauer werde in der Anklageschrift zudem unterteilt und mit einzelnen Einfuhren auf einzelne Tage genau konkretisiert. Für den Zeitraum von mindestens Januar 2010 bis Ende Dezember 2012 werde ihm laut Anklageschrift monatlich mindestens ein Transport (mithin insgesamt 36 Transporte) von mindestens je 40 kg Cannabis vorgeworfen. Dem Beschwerdeführer sei mithin klar gewesen, was ihm genau vorgeworfen werde und es sei ihm auch möglich gewesen, sich dagegen ausreichend zu verteidigen. Sämtliche Vorwürfe seien ihm detailliert vorgehalten worden, ebenso sämtliche Beweismittel wie u.a. Aussagen der Tatbeteiligten, polizeiliche Telefonabhörprotokolle und Daten über seine Flüge. Er habe die Möglichkeit gehabt, Beweismittel zu sichten. Dass es ihm nicht möglich gewesen sein soll, einen Alibibeweis zu erbringen, erweise sich aufgrund der Aktenlage als schlichtweg falsch (vgl. angefochtenes Urteil, E. II. 2.1.1 S. 18 ff.).
1.3. Nach dem in <ref-law> festgeschriebenen Anklagegrundsatz bestimmt die Anklageschrift den Gegenstand des Gerichtsverfahrens (Umgrenzungsfunktion; vgl. auch Art. 29 Abs. 2 und Art. 32 Abs. 2 BV; Art. 6 Ziff. 1 und 3 lit. a und b EMRK). Die Anklage hat die der beschuldigten Person zur Last gelegten Delikte in ihrem Sachverhalt so präzise zu umschreiben, dass die Vorwürfe in objektiver und subjektiver Hinsicht genügend konkretisiert sind. Zugleich bezweckt das Anklageprinzip den Schutz der Verteidigungsrechte der angeschuldigten Person und garantiert den Anspruch auf rechtliches Gehör (Informationsfunktion; <ref-ruling> E. 2.2; <ref-ruling> E. 3.4.1; <ref-ruling> E. 1.3; je mit Hinweisen). Die beschuldigte Person muss aus der Anklage ersehen können, was ihr konkret vorgeworfen wird, damit sie ihre Verteidigungsrechte angemessen ausüben kann. Dies bedingt eine zureichende, d.h. möglichst kurze, aber genaue (<ref-law>) Umschreibung der Sachverhaltselemente, die für eine Subsumtion unter die anwendbaren Straftatbestände erforderlich sind. Entscheidend ist, dass die betroffene Person genau weiss, welcher konkreter Handlungen sie beschuldigt und wie ihr Verhalten rechtlich qualifiziert wird, damit sie sich in ihrer Verteidigung richtig vorbereiten kann (<ref-ruling> E. 2.2).
Ungenauigkeiten sind solange nicht von entscheidender Bedeutung, als für die beschuldigte Person keine Zweifel darüber bestehen, welches Verhalten ihr angelastet wird (Urteile 6B_460/2020 vom 10. März 2021 E. 1.4; 6B_1423/2019 vom 26. Oktober 2020 E. 2.2; 6B_49/2019 vom 2. August 2019 E. 1.2; je mit Hinweisen). Auch eine exakte Datums- und Zeitbeschreibung ist entbehrlich, wenn für die beschuldigte Person kein Zweifel besteht, welches Verhalten ihr vorgeworfen wird (vgl. Urteile 6B_489/2018 vom 31. Oktober 2018 E. 2.3; 6B_720/2018 vom 3. Oktober 2018 E. 1.3; je mit Hinweisen).
1.4. Mit 55-seitiger Anklageschrift vom 14. Februar 2018 wirft die Staatsanwaltschaft dem Beschwerdeführer in Ziffer 1.1.1.1 lit. a vor, im Zeitraum von mindestens Januar 2010 bis Ende Dezember 2012 sei monatlich mindestens ein Transport von mindestens 40 kg Cannabis durchgeführt worden, insgesamt in diesem Zeitraum also 36 Transporte à je mindestens 40 kg Cannabis, was 1'440 kg Cannabis entspreche (vgl. kant. Akten, act. 300006). Dieser Vorwurf ist in zeitlicher, örtlicher und sachlicher Hinsicht unpräzise.
Die von der Vorinstanz wiedergegebenen weiteren Angaben (vgl. E. 1.2 hiervor) aus den zwei Seiten vor dem soeben zitierten Abschnitt der Anklageschrift beziehen sich auch auf die in Ziffer 1.1.1.1 lit. b näher umschriebenen Tatvorwürfe an spezifischen Daten im späteren Zeitraum Februar 2013 bis September 2013. Die Unklarheiten in Ziffer 1.1.1.1 lit. a beseitigen sie indessen nur ansatzweise und Konkretisierungen für Tatzeitpunkte im diesbezüglich einschlägigen Zeitraum Januar 2010 bis Dezember 2012 sind der Anklageschrift, entgegen der Ansicht der Vorinstanz, nicht zu entnehmen. Die weiteren Angaben beschränken sich auf die Bezeichnung der zusätzlich beschuldigten Personen, der Herkunftsländer des Cannabis, der Transportart, des ungefähren Umsatzes und Mindestgewinns sowie des Abladeorts in der Schweiz. Bezogen auf den Beschwerdeführer selbst wird lediglich ausgeführt, er habe mit den restlichen Personen vereinbart, über das Busunternehmen B._ AG fortsetzt Cannabis einzuführen. Er sei grundsätzlich für die Organisation des Einkaufs und den Verkauf zuständig gewesen und habe das für den Kauf benötigte Bargeld den anderen beschuldigten Personen teilweise persönlich übergeben. Er habe das Cannabis am Abladeort abgeholt oder eine Drittperson damit beauftragt (vgl. kant. Akten, act. 300004 f.). Was der Beschwerdeführer jedoch konkret wann und wo getan haben soll, bleibt auch unter Berücksichtigung dieser Ausführungen unklar. Folgt man der Anklage, soll der Beschwerdeführer während drei Jahren an mindestens einem beliebigen Tag eines jeden Monats an der Einfuhr von jeweils mindestens 40 kg Cannabis an irgendeinem Ort in der Schweiz mitgewirkt haben. Insbesondere die angeblichen Tatzeitpunkte innerhalb des dreijährigen Anklagezeitraums nach Ziffer 1.1.1.1 lit. a sind unklar. Mit einer derart pauschalen Anklage kann nicht davon ausgegangen werden, dass der Beschwerdeführer genau wusste, welcher konkreter Handlungen er beschuldigt wird. Mit Blick auf nicht spezifizierte Tatzeitpunkte im Zeitraum von 2010 bis 2012 konnte er sich auch unbesehen von den örtlichen und sachlichen Unklarheiten kaum wirksam verteidigen. Der Beschwerdeführer hätte unmöglich lückenlos aufzeigen können, was er während dieser ganzen Zeit getan hatte und ein Alibibeweis erscheint geradezu unmöglich.
Damit grenzt die Anklageschrift die Tatvorwürfe für den Zeitraum gemäss Ziff. 1.1.1.1 lit. a insgesamt nicht genügend ein. Der diesbezügliche Schuldspruch verletzt den Anklagegrundsatz. Die Beschwerde ist in diesem Punkt folglich gutzuheissen und die Sache zur neuen Entscheidung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
2.
2.1. Der Beschwerdeführer macht sodann geltend, die Staatsanwaltschaft habe dem Mitbeschuldigten H._ das abgekürzte Verfahren mit teilbedingter Strafe nur unter der Voraussetzung belastender Aussagen zum Nachteil weiterer Beschuldigter angeboten. Es sei deshalb davon auszugehen, die Staatsanwaltschaft habe dies bei anderen Mitbeschuldigten, so I._, gleicherweise getan. Die Aussagen von I._, die für die Sachverhaltserstellung bezüglich Anklageziffer 1.1.1.1 zentral gewesen seien, seien demzufolge absolut unverwertbar. Der Beschwerdeführer habe diesbezüglich die Befragung von Mitbeschuldigten sowie die Herausgabe der Honorarnoten deren Verteidiger beantragt. Indem die Vorinstanz dies in antizipierter Beweiswürdigung verweigert und sich nicht explizit mit der Problematik der Kronzeugenregelung auseinandergesetzt habe, habe sie seinen Anspruch auf rechtliches Gehör verletzt. Lägen keine unzulässigen Versprechungen vor, die zu einem absoluten Verwertungsverbot führten, so sei zumindest die Glaubhaftigkeit der Aussagen von I._ derart erschüttert, dass die Sachverhaltserstellung als willkürlich zu bezeichnen sei.
2.2. Die Vorinstanz erwägt, der Einwand, es sei zu geheimen und nicht protokollierten Gesprächen zwischen Mitbeschuldigten und der Staatsanwaltschaft gekommen, könne gestützt auf die Akten beurteilt werden. Weitere Einvernahmen oder der Beizug von Honorarnoten seien nicht notwendig. Zu erwähnen sei zudem, dass sich in Honorarnoten wohl kaum Vermerke zu geheimen Gesprächen finden lassen würden. Die Vorinstanz verweist auf die erstinstanzlichen Erwägungen und nennt weitere Umstände, woraus erhelle, dass die Staatsanwaltschaft keinerlei Druck ausgeübt habe und die Akten vollständig seien und keiner weiteren Erhebungen bedürfen. So habe etwa der Mitbeschuldigte H._ ausdrücklich bestätigt, weder vom Staatsanwalt noch von anderen Personen unter Druck gesetzt worden zu sein, um Aussagen zu machen (vgl. angefochtenes Urteil, E. I. 3. S. 13).
Die Aussagen von I._, so die Vorinstanz weiter, seien verwertbar. Es habe eine staatsanwaltschaftliche Konfrontationseinvernahme mit dem Beschwerdeführer stattgefunden, anlässlich welcher er seine Rechte habe wahren können. I._ sei Jurist und kenne die strafprozessualen Regeln, insbesondere die Voraussetzungen des abgekürzten Verfahrens. Zudem sei er bei sämtlichen Einvernahmen anwaltlich verteidigt gewesen. Eine Drucksituation könne daher von vornherein nicht bestehen, wenn die Gesetzesbestimmungen befolgt würden, was vorliegend der Fall sei. Konkrete Umstände, aus denen das Gegenteil hervorgehe, mache der Beschwerdeführer nicht geltend. I._ habe nur ein Geständnis abgeben können, indem er auch Aussagen über seine Mittäter, mithin auch über den Beschwerdeführer und dessen Beteiligung an den Cannabiseinfuhren, gemacht habe. Dabei habe er sich massiv selbst belastet. Dass er als Mittäter gelte, sei ihm von Anfang an bewusst gewesen und vorgehalten worden. Entgegen der Ansicht des Beschwerdeführers habe sich I._ mit dessen Geständnis in erster Linie selbst und infolge der Mittäterschaft auch den Beschwerdeführer belastet. Die Aussagen von I._ seien glaubhaft. Schon an der polizeilichen Einvernahme vom 4. September 2017 habe er zugegeben, von den Betäubungsmitteleinfuhren gewusst zu haben. I._ habe sodann keinerlei Garantie dafür gehabt, dass die Staatsanwaltschaft einem abgekürzten Verfahren zustimme und dieses in der Folge vom Gericht genehmigt werde (vgl. angefochtenes Urteil, E. II. 2.1.1 S. 21 ff.).
2.3. Die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz kann vor Bundesgericht nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law>). Offensichtlich unrichtig ist die Sachverhaltsfeststellung, wenn sie willkürlich ist (<ref-ruling> E. 2.3.1 mit Hinweisen). Willkür liegt vor, wenn der angefochtene Entscheid offensichtlich unhaltbar ist oder mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht. Dass eine andere Lösung oder Würdigung ebenfalls vertretbar oder gar zutreffender erscheint, genügt für die Annahme von Willkür nicht (<ref-ruling> E. 1.1; <ref-ruling> E. 1.1; je mit Hinweisen). Eine entsprechende Rüge muss explizit vorgebracht und substanziiert begründet werden (<ref-law>). Auf eine rein appellatorische Kritik am angefochtenen Urteil tritt das Bundesgericht nicht ein (<ref-ruling> E. 1.1; <ref-ruling> E. 1.1; je mit Hinweisen).
Das rechtliche Gehör nach <ref-law> verlangt, dass die Behörde die Vorbringen des vom Entscheid in seiner Rechtsstellung Betroffenen auch tatsächlich hört, prüft und in der Entscheidfindung berücksichtigt. Daraus folgt die Verpflichtung der Behörde, ihren Entscheid zu begründen. Dabei ist es nicht erforderlich, dass sie sich mit allen Parteistandpunkten einlässlich auseinandersetzt und jedes einzelne Vorbringen ausdrücklich widerlegt. Vielmehr kann sie sich auf die für den Entscheid wesentlichen Punkte beschränken (<ref-ruling> E. 9.2 mit Hinweisen). Über Tatsachen, die unerheblich, offenkundig, der Strafbehörde bekannt oder bereits rechtsgenügend erwiesen sind, wird nicht Beweis geführt (<ref-law>). Die Strafbehörden können in ständiger Rechtsprechung ohne Verletzung des rechtlichen Gehörs auf die Abnahme weiterer Beweise verzichten, wenn sie in vorweggenommener (antizipierter) Beweiswürdigung annehmen können, ihre Überzeugung werde durch weitere Beweiserhebungen nicht geändert (vgl. <ref-ruling> E. 3.1.3; <ref-ruling> E. 3.3; <ref-ruling> E. 5.3 mit Hinweisen). Die Rüge unzulässiger antizipierter Beweiswürdigung prüft das Bundesgericht nur unter dem Aspekt der Willkür (Urteil 6B_986/2020 vom 6. Januar 2021 E. 2 mit Hinweis).
2.4. Entgegen der Kritik des Beschwerdeführers setzte sich die Vorinstanz mit seiner Rüge betreffend die Aussagen von I._ auseinander. Dass ihre Begründung Begriffe wie Verwertbarkeit und Druckausübung, nicht aber Kronzeuge oder Versprechungen enthält, ändert an der Vollständigkeit der vorinstanzlichen Prüfung und der Wahrung des Anspruchs des Beschwerdeführers auf rechtliches Gehör nichts.
Was der Beschwerdeführer weiter vorbringt, ist nicht geeignet, die vorinstanzliche Erkenntnis, es sei kein unzulässiger Druck auf I._ ausgeübt worden und seine Aussagen seien glaubhaft, als willkürlich erscheinen zu lassen. Der beschwerdeführerische Standpunkt, die Staatsanwaltschaft habe dem Mitbeschuldigten H._ das abgekürzte Verfahren nur unter der Voraussetzung belastender Aussagen zum Nachteil weiterer Beschuldigter angeboten, und infolgedessen sei davon auszugehen, dies sei bei I._ ebenfalls der Fall gewesen, ist spekulativ. Konkrete Fakten oder Aussagen von I._, die auf eine unzulässige Druckausübung auf diesen hindeuten, macht der Beschwerdeführer nicht geltend. Dies erscheint auch deshalb zumindest unwahrscheinlich, weil sich I._, wie von der Vorinstanz dargelegt, mit dessen Aussagen gegen den Beschwerdeführer als Mittäter selbst belastete. Ferner kommen beide Vorinstanzen auch nachvollziehbar zum Schluss, entgegen der Auffassung des Beschwerdeführers sei schon auf den Beschuldigten H._ keinerlei Druck ausgeübt worden, sondern dieser sei schlicht frustriert gewesen, dass der Staatsanwalt nicht früher dem abgekürzten Verfahren zugestimmt habe. Dazu äussert sich der Beschwerdeführer nicht.
Vor diesem Hintergrund durfte die Vorinstanz in antizipierter Beweiswürdigung ohne Verletzung des Anspruchs auf rechtliches Gehör auf die erneute Befragung von Mitbeschuldigten sowie die Herausgabe der Honorarnoten deren Verteidiger an den Beschwerdeführer verzichten. Schliesslich begründet der Beschwerdeführer auch nicht, weshalb mit allfälligen neuen Aussagen von I._ dessen früheren belastenden Aussagen und insbesondere die Erkenntnisse aus der Konfrontationseinvernahme mit dem Beschwerdeführer zwingend widerlegt würden.
3.
3.1. Der Beschwerdeführer bringt im Weiteren vor, die Vorinstanz habe die in Anklageziffer 1.1.2.1 bestimmte Betäubungsmittelmenge von ca. 4'095 kg Marihuana willkürlich falsch festgestellt, indem sie auf die Schätzung der Hanfpflanzen durch den Mitbeschuldigten J._ und das Gutachten des forensischen Institutes Zürich abgestellt habe. J._ habe die Hanfindooranlage nie in Betrieb gesehen und sei erst vor Ort gewesen, als die Anlage abgebaut gewesen sei. Das Gutachten sei nicht für den vorliegenden Fall erstellt worden. Es handle sich um einen Aktenbeizug aus einem anderen Verfahren und die Vorinstanz habe ihm keine Gelegenheit gegeben, sich dazu zu äussern. Auch die Berechnungen der Vorinstanz basierend auf dem Stromverbrauch seien willkürlich. Aus den Angaben des Beschwerdeführers ergebe sich die von ihm explizit anerkannte Menge von 364 kg Marihuana.
3.2. Die Vorinstanz erwägt, mit der ersten Instanz sei von der angeklagten Menge von 4'095 kg Marihuana auszugehen. Es könne diesbezüglich auf die Miet- und Stromkosten der Hanfindooranlage sowie die weiteren Beweismittel abgestellt werden. Die Stromabrechnungen ab Juli 2011 bis September 2014 zeigten durch deren konstante Höhe einen durchgehenden Betrieb der Anlage. Die hohen Miet-, Strom- und Wasserkosten sowie die bezahlten Löhne bewiesen Aufwendungen, welche gemäss wissenschaftlichen Daten und Untersuchungen zu einem regelmässigen Ertrag in Höhe der eingeklagten Menge führten. Die vom Beschwerdeführer behauptete Menge von 217,6 kg Marihuana sei völlig unrealistisch. Entgegen den Vorbringen des Beschwerdeführers sei nicht von lediglich vier Räumen auszugehen, in welchen Marihuana angepflanzt worden sei. Aus den handschriftlichen Notizen gingen zwei weitere Räume hervor. Insgesamt sei von sechs Räumen auszugehen. Aus den Notizen ergebe sich auch die Anzahl Setzlinge. Der Beschwerdeführer habe die Zahlen 500, 1'750 und 2'300 notiert. Mit Bezug auf einen Raum habe er die Zahl 1'750 festgehalten. Daraus und ausgehend von der Grösse der Anlage sei der Schluss zu ziehen, dass pro Raum mindestens 1'750 Setzlinge verwendet worden seien. Hierzu könnten auch die Aussagen von J._ herangezogen werden, welcher angegeben habe, es habe sich um eine riesige Hanfindooranlage gehandelt, so etwas habe er noch nie gesehen. Auch nach einem Vergleich der Anzahl Pflanzen mit denjenigen der anderen Hanfindooranlagen erscheine die Berechnung der Anklagebehörde nachvollziehbar und plausibel. Ausgehend von der Pflanzenmenge von total ca. 10'500, welche in einer Anlage in der Grösse der betroffenen angebaut werden können, und von vier Ernten pro Jahr sei laut Gutachten des Forensischen Instituts Zürich vom 2. April 2013 ein Ertrag von 30 g pro Pflanze und pro Ernte (gemäss Gutachten durchschnittlich 40 g) möglich, mithin insgesamt ca. 315 kg (10'500 x 30 g). Das Gutachten sei verwertbar. Der Beschwerdeführer hätte jederzeit Ergänzungsfragen stellen können, was er während des ganzen Verfahrens jedoch nicht getan habe, weshalb von einem Verzicht auszugehen sei. Der Sachverhalt sei somit in Bezug auf eine Menge von 4'095 kg Marihuana (13 Ernten à 315 kg; 2011: 2 Ernten, 2012: 4 Ernten; 2013: 4 Ernten; 2014: 3 Ernten) erstellt. Ausgehend von einem Kilopreis von Fr. 5'000.-- resultiere ein Umsatz von insgesamt mindestens Fr. 20'475'000.-- und damit ein Gewinn von weit mehr als Fr. 10'000.-- (vgl. angefochtenes Urteil, E. II. 2.1.6.1 S. 39 ff.).
3.3. Der Beschwerdeführer zeigt nicht auf, dass die Vorinstanz die ihm in Anklageziffer 1.1.2.1 zur Last gelegte Betäubungsmittelmenge, mithin den Sachverhalt, geradezu willkürlich feststellte, was für eine Gutheissung seiner Rüge im Verfahren vor Bundesgericht erforderlich wäre (vgl. E. 2.2. hiervor). Die Darlegung einer eigenen Beweiswürdigung, nach der zu einem von der Vorinstanz abweichenden Ergebnis zu kommen sei, reicht dafür nicht aus. Der Beschwerdeführer geht insbesondere nicht auf die schlüssige vorinstanzliche Berechnung ein, soweit diese sich auf seine eigenen Angaben und die daraus laut Vorinstanz resultierende Anzahl Räume und Pflanzen stützt. Auch dazu, dass er auf Ergänzungsfragen zum Gutachten verzichtet habe, äussert er sich nicht. Weshalb der mit 30 g bezifferte Ertrag pro Pflanze und Ernte offensichtlich falsch sein soll, ist ebenso wenig dargelegt oder erkennbar, zumal dem Forensischen Institut zufolge ein solcher von durchschnittlich 40 g möglich gewesen sein soll.
4.
4.1. Der Beschwerdeführer wendet überdies ein, die Reinvestition von deliktischem Geld in Gebrauchswerte sei keine Geldwäschereihandlung und die Anklageschrift verstosse diesbezüglich gegen das Anklageprinzip.
4.2. Die Vorinstanz erwägt, der Beschwerdeführer habe über keinerlei Post- oder Bankkonti in der Schweiz verfügt. Damit habe er eine Verbindung zu ihm mittels Papierspur verunmöglicht. Er habe auch weitere Vorkehrungen getroffen, um die Ermittlung, Herkunft, Auffindung oder Einziehung der Vermögenswerte zu vereiteln. So seien bei den Bargeldgeschäften keine Quittungen ausgestellt und die Beträge nicht verbucht worden. Mit Zwischenschaltungen von Drittpersonen oder Instituten sowie Geldwechsels seien die Geldflüsse verheimlicht und deren Ursprung verschleiert worden. Dabei habe der Beschwerdeführer, teilweise zusammen mit seinen Mittätern, ein ausgeklügeltes System entwickelt. Die Handlungen seien geeignet, die Einziehung der Vermögenswerte sowohl in der Schweiz als auch im Ausland zu vereiteln. Bei seinen Investitionen in Firmen könnten den eingebrachten Geldern keine entsprechenden Vermögenswerte zugeordnet werden. Er habe z.B. einen Teil des Betrags über seine Mutter überweisen lassen und einen anderen Teil in bar bezahlt. Das Gesagte gelte auch für die Investitionen in die Hanfplantagen, bei welchen der Beschwerdeführer Plantagenequipment, Rechnungen für Strom und Mietkosten etc. bezahlt habe. Er habe den Erlös aus den Straftaten zur Bezahlung anderweitiger Schulden verwendet, wobei weder der Originalwert noch ein unechtes oder echtes Surrogat übrig geblieben sei. Mangels Banküberweisungen habe er auch hier die Herkunft der Gelder verschleiert und es lägen Vereitelungshandlungen vor (vgl. angefochtenes Urteil, E. III. 2. S. 89 f.).
Betreffend die Rüge der Verletzung des Akkusationsprinzips erwägt die Vorinstanz, schon die erste Instanz habe auf die in der entsprechenden Anklageziffer genannten Hanfindooranlagen verwiesen, gemäss welchen die Finanzierung- resp. Mitfinanzierung durch den Beschwerdeführer erstellt sei. Ergänzend führe die Anklageschrift hinsichtlich jeder Plantage deren Ort, den relevanten Zeitraum, die Art der Investition sowie deren Höhe detailliert auf. Mit Bezug auf sämtliche Anlagen werden deren Betriebszeiten resp. die relevanten Zeiträume und der Gesamtbetrag der jeweils getätigten Investition angegeben. Dem Anklagegrundsatz sei damit Genüge getan. Dass die Vorwürfe eine längere Zeitperiode betreffen, gründe in den verschiedenen Handlungen des Beschwerdeführers. Er habe sich hinreichend gegen den Vorwurf verteidigen können (vgl. angefochtenes Urteil, E. II. 2.2.1.7 S. 68 f.).
4.3. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>), doch prüft es grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind (<ref-ruling> E. 1.3 mit Hinweisen). In der Beschwerdebegründung ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt (<ref-law>). Es ist auf die Motivation des angefochtenen Entscheids einzugehen und daran die geltend gemachte Bundesrechtsverletzung im Einzelnen darzulegen. Auf ungenügend begründete Rügen oder bloss allgemein gehaltene appellatorische Kritik am angefochtenen Entscheid tritt das Bundesgericht nicht ein (<ref-ruling> E. 1.3.1 mit Hinweisen).
4.4. Zur beanstandeten Verurteilung wegen Geldwäscherei macht der Beschwerdeführer ausschliesslich geltend, die Verwendung von deliktischem Geld sei nicht tatbestandsmässig. Mit dem entscheidwesentlichen Argument der Vorinstanz, wonach er die Herkunft der Vermögenswerte verschleiert habe, setzt er sich jedoch nicht auseinander. Hinsichtlich des diesbezüglich als verletzt gerügten Anklagegrundsatzes unterlässt er es gänzlich, sich mit den vorinstanzlichen Erwägungen auseinanderzusetzen. Damit kommt er seiner Begründungspflicht nicht nach und mangels offensichtlicher rechtlicher Mängel ist auf die Beschwerde in diesen Punkten jeweils nicht einzutreten (vgl. <ref-law>).
5.
5.1. Der Beschwerdeführer beanstandet im Weiteren, die vorinstanzliche Qualifikation der Geldwäscherei als gewerbsmässig sei bundesrechtswidrig. Er habe keinen Umsatz oder Gewinn erzielt, indem er die Einziehung des deliktischen Erlöses vereitelt haben möge. Gewerbsmässig handle nur jener Geldwäscher, der fremdes Geld wasche.
5.2. Die Vorinstanz erwägt mit Bezug auf den Tatbestand der Geldwäscherei, es sei sowohl das Qualifikationsmerkmal der Gewerbsmässigkeit als auch dasjenige der Bandenmässigkeit erfüllt. Der Beschwerdeführer habe dies nicht in Frage gestellt. Sämtliche erstellten Handlungen seien in einem Umfang erfolgt, welcher die Grenzwerte der Gewerbsmässigkeit klar überschreite. Der Beschwerdeführer habe teilweise auch zusammen mit anderen Personen gehandelt (vgl. angefochtenes Urteil, E. III. 2. S. 90 f.).
5.3. Der Beschwerdeführer unterlässt es, sich zur vorinstanzlichen Erwägung zu äussern, wonach er im bisherigen Verfahren die Qualifikation der Gewerbsmässigkeit nicht beanstandet habe. Es ist auch nicht Sache des Bundesgerichts, selbst in den Verfahrensakten nach Belegstellen für unsubstanziierte Vorbringen zu forschen. Vielmehr obliegt es den anwaltlich vertretenen Beschwerdeführern, die genauen Aktenstellen zu bezeichnen bzw. die Belege mit der Beschwerde einzureichen (vgl. <ref-ruling> E. 6.2; Urteile 6B_645/2018 vom 22. Mai 2019 E. 1.3.7 und 6B_129/2018 vom 23. November 2018 E. 5 mit Hinweisen). Auf die soweit ersichtlich erstmals vor Bundesgericht vorgetragenen Vorwürfe kann deshalb mangels materieller Ausschöpfung des kantonalen Instanzenzugs nicht eingetreten werden (vgl. <ref-law>; Urteile 6B_538/2019 und 6B_539/2019 vom 10. Dezember 2019 E. 1; 6B_1053/2018 vom 26. Februar 2019 E. 4; 6B_510/2016 vom 13. Juli 2017 E. 3.2.5; je mit Hinweisen).
6.
6.1. Der Beschwerdeführer trägt schliesslich vor, die Verpflichtung zur Bezahlung einer Ersatzforderung von Fr. 1 Mio. verunmögliche quasi seine Resozialisierung und verstosse gegen das Verhältnismässigkeitsprinzip. Die Vorinstanz habe die Betäubungsmittelmengen lebensfremd berechnet. Dass sich Verbrechen nicht lohnen, habe er verstanden.
6.2. Die Vorinstanz erwägt, es sei erstellt, dass der aus dem Betäubungsmittelhandel stammende Umsatz ca. Fr. 36 Mio. und derjenige aus der Geldwäscherei ca. Fr. 4 Mio. betragen habe. Mit diesem gesamthaft deliktisch erzielten Umsatz erweise sich die durch die erste Instanz festgesetzte Ersatzforderung in Höhe von Fr. 1 Mio. als angemessen und sei nicht zu beanstanden. Diese Rechtsfolge habe der Beschwerdeführer zu tragen und zwar ungeachtet davon, ob die Ersatzforderung dereinst schwer oder nicht einbringlich sein und seine wirtschaftliche Wiedereingliederung erschweren werde. Im vorliegenden Fall eines durch Verbrechen erzielten Millionenumsatzes von einer Ersatzforderung abzusehen würde dem Grundsatz der Einziehungsbestimmungen, wonach sich strafbares Verhalten nicht lohnen dürfe, diametral zuwiderlaufen. In Anbetracht des Umsatzes von mehreren Millionen Franken sei die Summe von Fr. 1 Mio. überaus zu Gunsten des Beschwerdeführers festgesetzt und entspreche dem Grundsatz der Verhältnismässigkeit. <ref-law> sei eine Kann-Vorschrift und räume dem Gericht ein sehr weites Ermessen ein. Es sei vom Bruttoprinzip auszugehen, weshalb der Erlös ohne Abzug der Aufwendungen des Bevorteilten massgebend sei. Dass bei einem Umsatz aus dem Cannabishandel von über Fr. 36 Mio. nicht ein Gewinn von Fr. 1 Mio. erzielt worden sein soll, sei zudem lebensfremd (vgl. angefochtenes Urteil, E. V. S. 108 f.).
6.3.
6.3.1. Gemäss <ref-law> verfügt das Gericht die Einziehung von Vermögenswerten, die durch eine Straftat erlangt wurden oder dazu bestimmt waren, eine Straftat zu veranlassen oder zu belohnen, sofern sie nicht dem Verletzten zur Wiederherstellung des rechtmässigen Zustandes ausgehändigt werden. Die Einziehung setzt ein Verhalten voraus, das den objektiven und den subjektiven Tatbestand einer Strafnorm erfüllt und rechtswidrig ist (<ref-ruling> E. 4.2.1 und 285 E. 2.2; <ref-ruling> E. 4.1; <ref-ruling> E. 4.1.1; je mit Hinweisen). Sind die der Einziehung unterliegenden Vermögenswerte nicht mehr vorhanden bzw. verfügbar, so erkennt das Gericht nach <ref-law> auf eine Ersatzforderung des Staates in gleicher Höhe, gegenüber einem Dritten jedoch nur, soweit dies nach den Voraussetzungen von <ref-law> nicht ausgeschlossen ist. Nach <ref-law> kann das Gericht von einer Ersatzforderung ganz oder teilweise absehen, wenn diese voraussichtlich uneinbringlich wäre oder die Wiedereingliederung des Betroffenen ernstlich behindern würde.
6.3.2. Einziehung und Ersatzforderung sind strafrechtliche sachliche Massnahmen; sie sind zwingend anzuordnen, wenn die gesetzlichen Voraussetzungen erfüllt sind (<ref-ruling> E. 5.3; Marcel Scholl, in: Jürg-Beat Ackermann [Hrsg.], Kommentar, Kriminelles Vermögen, Kriminelle Organisationen, [Einziehung/Kriminelle Organisationen/ Finanzierung des Terrorismus/Geldwäscherei], Bd. I, Zürich 2018, N. 105 zu <ref-law>; Niklaus Schmid, in: Kommentar, Einziehung Organisiertes Verbrechen Geldwäscherei, Bd. I, 2. Aufl. 2007, N. 98 zu Art. 70-72 StGB). Die Einziehung bezweckt den Ausgleich deliktischer Vorteile. Der Täter soll nicht im Genuss eines durch eine strafbare Handlung erlangten Vermögensvorteils bleiben. Damit dienen die Einziehungsbestimmungen der Verwirklichung des sozialethischen Gebots, nach welchem sich strafbares Verhalten nicht lohnen soll (<ref-ruling> E. 4.2.1; <ref-ruling> E. 4.1; je mit Hinweisen). Die gleichen Überlegungen gelten für Ersatzforderungen des Staates. Es soll verhindert werden, dass derjenige, der die Vermögenswerte bereits verbraucht bzw. sich ihrer entledigt hat, besser gestellt wird als jener, der noch über sie verfügt (BGE <ref-ruling> E. 4.1.2; <ref-ruling> E. 3; je mit Hinweisen). Die Ersatzforderung entspricht daher in ihrer Höhe grundsätzlich den Vermögenswerten, die durch die strafbaren Handlungen erlangt worden sind und der Vermögenseinziehung unterlägen, wenn sie noch vorhanden wären. Dem Sachgericht steht bei der Anordnung einer Ersatzforderung ein grosser Ermessensspielraum zu, den es unter Beachtung aller wesentlichen Gesichtspunkte pflichtgemäss auszuüben hat (Urteile 6B_542/2020 vom 8. April 2021 E. 4; 6B_765/2020 vom 23. Oktober 2020 E. 1.1.2; 6B_28/2018 vom 7. August 2018 E. 12.3; 6B_1304/2017 vom 25. Juni 2018 E. 5.3).
Hinsichtlich des Umfangs der Einziehung stellt sich auch die Frage, ob der gesamte Vermögenswert, ohne Berücksichtigung der dafür vorgenommenen Aufwendungen, abgeschöpft werden soll ("Bruttoprinzip") oder ob lediglich der nach Abzug der Aufwendungen und Gegenleistungen verbleibende Betrag, einzuziehen ist ("Nettoprinzip"). Die Rechtsprechung des Bundesgerichts neigt zur Anwendung des Bruttoprinzips, verlangt aber die Beachtung des allgemeinen Grundsatzes der Verhältnismässigkeit (vgl. <ref-ruling> E. 8.3 mit Hinweisen).
Von der in <ref-law> vorgesehenen Möglichkeit des ganzen oder teilweisen Absehens von einer Ersatzforderung ist nach der Rechtsprechung mit Zurückhaltung Gebrauch zu machen. Es müssen bestimmte Gründe vorliegen, die zuverlässig erkennen lassen, dass sich die ernsthafte Gefährdung der Resozialisierung nicht durch Zahlungserleichterungen beheben lässt und die Ermässigung der Ersatzforderung für eine erfolgreiche Wiedereingliederung des Täters unerlässlich ist (vgl. Urteile 6B_910/2019 vom 15. Juni 2020 E. 6.3.2; 6B_1304/2017 vom 25. Juni 2018 E. 5.3; 6B_988/2017 vom 26. Februar 2018 E. 3.3; je mit Hinweisen).
6.4. Aufgrund der teilweisen Gutheissung der Beschwerde infolge Verletzung des Anklagegrundsatzes durch Ziffer 1.1.1.1 lit. a der Anklageschrift und der daraus resultierenden Auswirkungen auf die Betäubungsmittelmenge und den Umsatz wird die Vorinstanz neu über die Bemessung der Ersatzforderung befinden müssen. Die Einwände des Beschwerdeführers gegen die angeordnete Ersatzforderung von Fr. 1 Mio. sind daher zu diesem Zeitpunkt nicht zu prüfen. Die Vorinstanz wird sich im Rahmen ihrer Neubeurteilung jedoch vertieft mit diesen und insbesondere auch mit der Frage der Gefährdung der Wiedereingliederung des Beschwerdeführers auseinandersetzen müssen.
7.
Die Beschwerde ist teilweise gutzuheissen. Das angefochtene Urteil ist hinsichtlich des Schuldspruchs wegen qualifizierter Widerhandlung gegen das Betäubungsmittelgesetz gemäss Ziffer 1.1.1.1 lit. a der Anklageschrift sowie hinsichtlich der Ersatzforderung aufzuheben und die Sache zu neuer Entscheidung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Diese wird insbesondere auch die Strafzumessung anzupassen haben, weshalb es sich erübrigt, die auf diese gerichteten Rügen des Beschwerdeführers zu prüfen. Im Übrigen ist die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist.
Der Beschwerdeführer wird im Umfang seines Unterliegens kostenpflichtig, während der Kanton Zürich keine Kosten zu tragen hat (Art. 66 Abs. 1 und 4 BGG). Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege ist abzuweisen, weil die Beschwerde insoweit von vornherein aussichtslos war. Der finanziellen Lage des Beschwerdeführers ist mit herabgesetzten Gerichtskosten Rechnung zu tragen (<ref-law>). Dem Kanton Zürich ist keine Entschädigung zuzusprechen, er hat jedoch dem Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren im Umfang dessen Obsiegens eine angemessene Entschädigung zu bezahlen (Art. 68 Abs. 1 bis 3 BGG). Diese ist praxisgemäss seinem Rechtsvertreter auszurichten. Insoweit wird das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege gegenstandslos. Mit dem Entscheid in der Sache wird auch das Gesuch um aufschiebende Wirkung gegenstandslos.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird teilweise gutgeheissen. Das Urteil des Obergerichts des Kantons Zürich vom 6. Oktober 2020 wird teilweise aufgehoben und die Sache zu neuer Entscheidung an das Obergericht zurückgewiesen. Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.
Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird abgewiesen, soweit es nicht gegenstandslos geworden ist.
3.
Die Gerichtskosten von Fr. 800.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
4.
Der Kanton Zürich hat den Rechtsvertreter des Beschwerdeführers, Rechtsanwalt Diego Reto Gfeller, für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 1'500.-- zu entschädigen.
5.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Zürich, II. Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 30. Juni 2021
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Jacquemoud-Rossari
Der Gerichtsschreiber: Weber