Faits :
A.
Par jugement du 20 novembre 2018, le Tribunal de police de l'arrondissement de l'Est vaudois a libéré X._ des infractions de conduite en présence d'un taux d'alcool qualifié, de conduite d'un véhicule automobile sans autorisation, de circulation sans permis de circulation ou de plaques de contrôle, de circulation sans assurance responsabilité civile et d'usage abusif de permis et/ou de plaques de contrôle, l'a déclaré coupable de violations simples des règles de la circulation routière et l'a condamné à une amende de 2'500 francs.
B.
Par jugement du 18 février 2019, la Cour d'appel pénale du Tribunal cantonal du canton de Vaud a admis l'appel formé par le ministère public contre le jugement de première instance. Elle a reconnu X._ coupable de conduite en présence d'un taux d'alcool qualifié (<ref-law>), conduite d'un véhicule sans autorisation (<ref-law>), conduite sans permis de circulation ou plaques de contrôle et sans assurance responsabilité civile (<ref-law>) et usage abusif d'un permis ou de plaques de contrôle (<ref-law>). Elle a condamné X._ à une peine privative de liberté de 6 mois, cette peine étant partiellement complémentaire à celle prononcée le 6 juillet 2018 par le ministère public fribourgeois ainsi qu'à une amende de 300 francs.
Le jugement entrepris repose sur les faits suivants.
B.a. A Oron-la-Ville, le 8 février 2018, vers 2h15, X._ a circulé au guidon de son cyclomoteur alors qu'il se trouvait fortement sous l'influence de l'alcool (1,2 mg/l) et sous le coup d'une mesure de retrait de permis de conduire pour toutes catégories depuis 2011. De plus, les plaques d'immatriculation (hors circulation depuis 2011) ne correspondaient pas à ce cyclomoteur, lequel n'était par ailleurs pas couvert par une assurance responsabilité civile.
Le 8 juin 2018, X._ a circulé au guidon d'un autre cyclomoteur alors qu'il était sous le coup d'une mesure de retrait de son permis de conduire pour toutes catégories depuis 2011, que les plaques d'immatriculation ne correspondaient pas à ce cyclomoteur, lequel n'était par ailleurs pas couvert par une assurance responsabilité civile.
B.b. Le casier judiciaire de X._ fait état de seize condamnations entre mars 2011 et juillet 2018, dont quatorze concernent notamment des infractions en matière de circulation routière. Quinze mesures administratives ont également été prononcées, telles que des avertissements, des retraits de permis et un cours d'éducation.
C.
X._ forme un recours en matière pénale auprès du Tribunal fédéral contre le jugement cantonal et conclut, avec suite de frais et dépens, à son annulation et à la confirmation du jugement de première instance. Il requiert le bénéfice de l'assistance judiciaire.
Invités à se déterminer sur le mémoire de recours, tant la cour cantonale que le ministère public y ont renoncé, en se référant au jugement cantonal.

Considérant en droit :
1.
Il est établi et incontesté que le recourant a circulé, le 8 février 2018, au guidon d'un cyclomoteur alors qu'il présentait un taux d'alcool qualifié (1,2 mg/l).
Selon le recourant, seule une contravention peut être retenue, dès lors qu'il conduisait un cyclomoteur.
1.1. Considérant que les conducteurs de motocycles (recte: cyclomoteurs) devaient respecter les prescriptions applicables aux cyclistes, le tribunal de première instance a reconnu le recourant coupable de conduite d'un véhicule sans moteur dans l'incapacité de conduire au sens de l'art. 91 al. 1 let. c LCR et l'a condamné à une amende.
La cour cantonale a, quant à elle, considéré que le cyclomoteur entrait dans la catégorie des véhicules automobiles avec moteur, de sorte que le recourant avait commis un délit au sens de l'<ref-law>.
1.2. A teneur de l'art. 31 al. 2 de la loi fédérale du 19 décembre 1958 sur la circulation routière (LCR; RS 741.01), toute personne qui n'a pas les capacités physiques et psychiques nécessaires pour conduire un véhicule parce qu'elle est sous l'influence de l'alcool, de stupéfiants, de médicaments ou pour d'autres raisons, est réputée incapable de conduire pendant cette période et doit s'en abstenir.
L'<ref-law> fixe les conséquences pénales de la conduite malgré une incapacité de conduire et distingue notamment les véhicules automobiles des véhicules sans moteur.
Alors que la conduite d'un véhicule sans moteuren état d'incapacité de conduire constitue une contravention en vertu de l'art. 91 al. 1 let. c LCR, quel que soit le degré d'incapacité, l'<ref-law> punit d'une peine privative de liberté de trois ans au plus ou d'une peine pécuniaire celui qui conduit un véhicule automobileen état d'ébriété et présente un taux d'alcool qualifié dans le sang ou dans l'haleine.
1.3. Il s'agit de déterminer en l'espèce si le cyclomotoriste qui présente un taux d'alcool qualifié commet une contravention au sens de l'art. 91 al. 1 let. c LCR ou un délit au sens de l'<ref-law>.
1.3.1. A teneur de l'<ref-law>, est réputé véhicule automobile au sens de la présente loi tout véhicule pourvu d'un propre dispositif de propulsion lui permettant de circuler sur terre sans devoir suivre une voie ferrée.
L'<ref-law> autorise le Conseil fédéral à soustraire totalement ou partiellement à l'application des dispositions du titre 2 [véhicules et conducteurs], certaines catégories de véhicules (énumérées aux let. a à d) dont ne font pas partie expressément les cyclomoteurs.
Le titre deuxième de l'OETV (ordonnance du 19 juin 1995 concernant les exigences techniques requises pour les véhicules routiers; RS 741.41) présente une "classification des véhicules". Alors que le chapitre 2 définit les voitures automobiles (art. 10 à 13 OETV), le chapitre 3 (art. 14 à 18 OETV) concerne les "autres véhicules automobiles". A teneur de l'<ref-law> sont réputés «cyclomoteurs» les véhicules monoplaces, à roues placées l'une derrière l'autre, pouvant atteindre une vitesse de 30 km/h au maximum de par leur construction, dont la puissance du ou des moteurs n'excède pas 1,00 kW au total et équipés: d'un moteur à combustion dont la cylindrée n'est pas supérieure à 50 cm 3 (ch. 1), ou d'un système de propulsion électrique et d'une éventuelle assistance au pédalage jusqu'à 45 km/h (ch. 2). L'art. 18 let. b à d OETV donne la définition d'autres engins équipés d'un système à propulsion tels que les cyclomoteurs légers (let. b), les fauteuils roulants motorisés (let. c) et les gyropodes électriques (let. d). Intitulé "véhicules sans moteur", le chapitre 4 de l'OETV (art. 19 à 24) définit les différents types de véhicules dépourvus de moteur, dont font partie les cycles (<ref-law>).
A teneur de l'<ref-law> (ordonnance du 27 octobre 1976 réglant l'admission des personnes et des véhicules à la circulation routière; RS 741.51), les cyclomoteurs sont admis à circuler s'ils sont munis du permis de circulation pour cyclomoteurs, de la plaque de contrôle mentionnée dans celui-ci et d'une vignette d'assurance valable.
Sous le titre marginal "motocycles, cyclomoteurs et cycles; généralités", l'art. 42 al. 4 OCR (ordonnance du 13 novembre 1962 sur les règles de la circulation routière; RS 741.11) prévoit que les conducteurs de cyclomoteurs doivent se conformer aux prescriptions concernant les cyclistes.
1.3.2. La jurisprudence n'a pas développé la question des conséquences pénales de la conduite d'un cyclomoteur en état d'ébriété qualifiée, à l'aune de la législation actuelle.
Les aspects pénaux liés à la conduite d'un cyclomoteur ont toutefois été abordés par le Tribunal fédéral avant la modification de la LCR (cf. Message du 31 mars 1999 concernant la modification de la LCR; FF 1999 4106; ci-après: le Message). Dans un arrêt publié aux ATF en 1964, le Tribunal fédéral a retenu que les cyclomoteurs ne devaient pas être considérés comme des véhicules automobiles au sens de l'<ref-law> et devaient être assimilés aux cycles. Aussi, celui qui conduisait un cyclomoteur en état d'ébriété se rendait coupable d'une contravention et non d'un délit (<ref-ruling> consid. 1 p. 84 s.). Cet arrêt se fonde sur l'ancien arrêté du Conseil fédéral du 15 novembre 1960 sur les cyclomoteurs et les motocycles légers (en vertu de la délégation de compétence prévue à l'<ref-law>), lequel prévoyait que les cyclomoteurs tombaient sous le coup des prescriptions relatives aux cycles. Depuis lors, l'arrêté du Conseil fédéral a été abrogé et remplacé par l'ordonnance du 28 août 1969 sur les constructions et l'équipement des véhicules routiers (ancienne OCE; ancien RS 741.41), laquelle a été, à son tour, abrogée et remplacée par l'actuelle OETV. Dans un arrêt ultérieur de 1992, portant sur l'obligation des cyclomotoristes de porter un casque, le Tribunal fédéral a relativisé l'assimilation des cyclomoteurs aux cycles en précisant que celle-ci n'était jamais totale (<ref-ruling> consid. 2f p. 195).
Récemment, dans un arrêt rendu en matière de droit administratif, le Tribunal fédéral a retenu qu'un conducteur de cyclomoteur présentant un taux d'alcool qualifié commettait une infraction grave aux règles de la circulation au sens de l'<ref-law> et non une infraction moyennement grave au sens de l'<ref-law> (arrêt 1C_766/2013 du 1er mai 2014 consid. 4.6). Il ressort de cet arrêt que des violations graves des règles de la circulation routière au guidon de cyclomoteurs peuvent causer de graves dangers tant pour le conducteur que pour les autres usagers de la route, à l'instar des motocycles légers (cf. <ref-law>; cf. consid. 4.4). Dans son analyse, tout en rappelant que les cyclomoteurs étaient en principe assimilés aux véhicules automobiles (<ref-law>), la Ière Cour de droit public s'est penchée sur l'aspect pénal d'un tel comportement, considérant qu'il était constitutif d'une simple contravention au sens de l'art. 91 al. 1 let. c LCR par renvoi de l'art. 42 al. 4 OCR (consid. 4.1). Cette analyse - qui n'était pas pertinente pour l'issue du litige de droit administratif - avait ainsi valeur d' obiter dictum. Elle avait d'ailleurs essentiellement pour but de mettre en évidence une prétendue incohérence entre les conséquences pénales et administratives de la conduite en état d'ébriété d'un cyclomoteur (consid. 4.4).
1.3.3. Selon la majorité des auteurs de doctrine contemporaine, les cyclomoteurs ne sauraient être qualifiés de véhicules sans moteur au sens de l'art. 91 al. 1 let. c LCR (PHILIPPE WEISSENBERGER, Kommentar Strassenverkehrsgesetz und Ordnungsbussengesetz, 2 e éd. 2015, n° 36 et 42 ad <ref-law>; BUSSY/RUSCONI/JEANNERET/KUHN/MIZEL/MÜLLER, Code suisse de la circulation routière commenté, 4 e éd. 2015, n° 7.5 ad <ref-law> et n° 3.4.2 ad <ref-law>; FAHRNI/HEIMGARTNER, in Basler Kommentar, Strassenverkehrsgesetz, 2014, n° 12 ad <ref-law>; QUELOZ/ZIEGLER, La conduite en état d'incapacité: une cible d'action prioritaire pour la sécurité routière, in Journées du droit de la circulation routière 7-8 juin 2010, p. 125; YVAN JEANNERET, Les dispositions pénales de la Loi sur la circulation routière, 2007, n° 13 ad <ref-law> et n° 83 ss ad définitions; voir cependant: BERNARD CORBOZ, Les infractions en droit suisse, vol. II, 3 e éd. 2010, n° 10 ad <ref-law> en référence notamment aux art. 42 al. 4 OCR, ancien <ref-law> et ancien <ref-law>). JEANNERET motive en détails sa position, ce notamment au regard du libellé de la loi (le cyclomoteur est intrinsèquement un véhicule à moteur) et de l'évolution des normes relatives aux cyclomoteurs (nécessité d'un permis de conduire, abolition du régime particulier de permis de conduire, retrait du permis M en cas de conduite en état d'incapacité).
1.3.4. A rigueur de texte, force est de constater qu'un cyclomoteur est un véhicule automobile au sens de l'<ref-law>, dès lors qu'il est, par définition, équipé d'un moteur (cf. <ref-law>). En cela, il se distingue des véhicules sans moteur et en particulier des cycles (cf. <ref-law>).
On ne saurait déduire le contraire du Message, en tant qu'il mentionne que les conducteurs de véhicules à moteur " de faible puissance " sont punis de l'amende (cf. FF 1999 4142 ad <ref-law>). En effet, contrairement à certains engins équipés de moteurs à plus faible puissance (cf. notamment les cyclomoteurs légers dont la puissance du moteur n'excède pas 0.50 kW au total [<ref-law>]), le cyclomoteur, tel que celui conduit par le recourant, fait l'objet de prescriptions spéciales, notamment en matière de permis de conduire (permis " M ", cf. infra consid. 2.1), de permis de circulation et de plaques (cf. <ref-law>; cf. infra consid. 3) et de port du casque (cf. art. 3b OCR). Aussi, rien dans le Message ne permet de traiter les cyclomoteurs comme des cycles, s'agissant de la répression de la conduite en état d'incapacité.
La mise en perspective des dispositions topiques des différentes ordonnances d'exécution de la LCR conduit au même résultat. Si, dans leur ancienne teneur, les <ref-law> (nouvelle teneur selon le ch. I de l'ordonnance du 12 octobre 2011, en vigueur depuis le 1 er janvier 2012; RO 2011 4941), 175 al. 1 OETV (nouvelle teneur selon le ch. 1 de l'ordonnance du 2 mars 2012, en vigueur depuis le 1er mai 2012; RO 2012 1825) et 38 al. 1 OAV (ordonnance du 20 novembre 1959 sur l'assurance des véhicules; RS 741.31) prévoyaient que les cyclomoteurs étaient soumis aux prescriptions concernant les cycles, ce n'est plus le cas dans leur nouvelle teneur. Ainsi, le raisonnement opéré dans l'arrêt publié aux <ref-ruling> ne saurait être transposé au régime légal actuel.
Par ailleurs, si l'art. 42 al. 4 OCR fait obligation aux conducteurs de cyclomoteurs de se conformer aux prescriptions concernant les cycles, cette disposition n'a pas la portée que semblait lui prêter, dans un obiter dictumet sans autre approfondissement, l'arrêt 1C_766/2013 (cf. supra consid. 1.3.2). Dans la mesure où cette disposition concerne uniquement certaines prescriptions de la LCR (cf. notamment <ref-law>: interdiction d'être remorqué par des véhicules ou des animaux), on ne saurait en inférer une assimilation systématique des cyclomoteurs aux cycles. On ne peut pas davantage déduire de l'art. 42 al. 4 OCR que les cyclomoteurs échapperaient à la qualification de " véhicules automobiles " au sens de l'<ref-law>, faute de référence en ce sens (cf. <ref-law>).
1.4. Il résulte de ce qui précède que, au regard de la législation en vigueur (LCR et ordonnances d'exécution), les cyclomoteurs (cf. <ref-law>) ne peuvent être assimilés sans réserve aux véhicules sans moteur.
En tant que le Tribunal fédéral a, d'une part, relativisé l'assimilation des cyclomoteurs aux cycles en matière pénale (cf. <ref-ruling> consid. 2f p. 195) et d'autre part, traité, sous l'angle administratif, la conduite d'un cyclomoteur en état d'ivresse qualifiée comme une infraction grave (arrêt 1C_766/2013 du 1 er mai 2014), force est de constater que l'évolution de la jurisprudence abonde dans le même sens. Il en va de même de la doctrine contemporaine (étant relevé que CORBOZ se fondait sur les dispositions qui sont, depuis lors, abrogées ou modifiées).
Par conséquent, le conducteur d'un cyclomoteur, tel que défini à l'<ref-law>, ne saurait bénéficier de la forme privilégiée de l'infraction de conduite en état d'incapacité au sens de l'art. 91 al. 1 let. c LCR. Le cyclomotoriste doit être appréhendé en tant que conducteur d'un véhicule automobile, en fonction de son état d'ébriété, respectivement de son état d'incapacité de conduire, ce sur la base des al. 1 et 2 de l'<ref-law>.
1.5. En l'occurrence, compte tenu du taux d'alcool que présentait le recourant au guidon de son cyclomoteur, c'est sans violer le droit fédéral que la cour cantonale l'a reconnu coupable de conduite en état d'ébriété qualifiée au sens de l'<ref-law>.
2.
Selon le recourant, la conduite d'un cyclomoteur malgré un retrait de permis constitue une contravention au sens de l'<ref-law> et non un délit au sens de l'<ref-law>.
2.1. A teneur de l'<ref-law>, est puni d'une peine privative de liberté de trois ans au plus ou d'une peine pécuniaire quiconque conduit un véhicule automobile alors que le permis d'élève conducteur ou le permis de conduire lui a été refusé, retiré ou qu'il lui a été interdit d'en faire usage. Selon l'<ref-law>, est puni de l'amende quiconque conduit un cycle alors que la conduite lui en a été interdite.
L'<ref-law> prévoit que le permis de conduire "M" est établi pour la catégorie spéciale des cyclomoteurs. Les anciens ch. 1 et 2 de l'<ref-law> punissaient des arrêts ou de l'amende, celui qui conduisait un cyclomoteur sans être en possession d'un permis de conduire ou malgré un refus ou un retrait du permis de conduire pour cyclomoteur ou à qui l'usage d'un tel véhicule avait été interdit. Ces dispositions ont été abrogées par le ch. I de l'ordonnance du 3 juillet 2002, avec effet au 1 er avril 2003 (RO 2002 3259).
L'<ref-law> prévoit la possibilité d'interdire de conduite les personnes conduisant un cycle qui souffrent d'une maladie physique ou mentale ou d'une forme de dépendance qui les rend inaptes à conduire un véhicule de ce type en toute sécurité (al. 2) ou les personnes qui ont mis en danger la circulation de façon grave ou à plusieurs reprises, ou encore qui ont circulé en étant prises de boisson (al. 3).
2.2. Associant les cyclomoteurs aux cycles de manière générale, le tribunal de première instance a retenu que la conduite par le recourant d'un cyclomoteur, alors qu'il se savait sous une mesure de retrait, était appréhendée par l'<ref-law>. La cour cantonale a, quant à elle, considéré que le comportement du recourant tombait sous le coup de l'<ref-law>.
2.3. Dans sa teneur actuelle, la législation ne prévoit pas de régime spécial pour la conduite d'un cyclomoteur sans autorisation ou malgré un retrait. Au contraire, l'abrogation des anciens art. 145 ch. 1 et 2 OAC, qui réprimaient la conduite d'un cyclomoteur sans permis de conduire ou malgré un retrait, implique que désormais, un tel comportement tombe dans le champ d'application de l'<ref-law>.
Dès lors que l'interdiction de conduire au sens de l'<ref-law> vise exclusivement les cycles, dont la conduite ne nécessite pas de permis, la contravention régie par l'<ref-law> s'applique uniquement et expressément aux conducteurs de ceux-ci (cf. également HANS MAURER, in Kommentar StGB/JStG, mit weiteren Erlassen und Kommentar zu den Strafbestimmungen des SVG, BetmG und AuG/AIG, 20 e éd. 2018, n° 4 ad <ref-law>; WEISSENBERGER, op. cit., n° 4 ad <ref-law> et n° 15 ad <ref-law>; ADRIAN BUSSMANN, in Basler Kommentar, op. cit., n° 93 ad <ref-law>; JEANNERET, op. cit., n° 90 ad définitions; n° 5 et n° 99 ss ad <ref-law> et n° 154 ad <ref-law>), à l'exclusion des cyclomotoristes.
2.4. Il est établi et incontesté que le recourant a circulé, les 8 février et 8 juin 2018, au guidon d'un cyclomoteur alors qu'il était sous le coup d'une mesure de retrait de son permis de conduire pour toutes catégories. Il n'est pas question de conduite d'un cycle malgré une interdiction au sens de l'<ref-law>. Aussi, c'est en conformité avec le droit fédéral que la cour cantonale a reconnu le recourant coupable d'infraction à l'<ref-law>.
3.
Selon le recourant, les infractions de conduite d'un cyclomoteur sans plaques de contrôle, sans permis de circulation et sans assurance responsabilité civile (<ref-law>) et d'usage abusif de plaques (<ref-law>) ne peuvent être retenues contre lui. Il s'agirait de contraventions au sens de l'<ref-law>.
3.1. A teneur de l'<ref-law>, est puni de l'amende quiconque conduit un véhicule automobile avec ou sans remorque sans le permis de circulation ou les plaques de contrôle requis. L'al. 2 punit d'une peine privative de liberté de trois ans au plus ou d'une peine pécuniaire quiconque conduit un véhicule automobile en sachant qu'il n'est pas couvert par l'assurance responsabilité civile prescrite ou qui devrait le savoir s'il avait prêté toute l'attention commandée par les circonstances. La peine privative de liberté est assortie d'une peine pécuniaire. Dans les cas de peu de gravité, la sanction est la peine pécuniaire.
A teneur de l'<ref-law>, est puni d'une peine privative de liberté de trois ans au plus ou d'une peine pécuniaire quiconque fait usage d'un permis ou de plaques de contrôle qui n'étaient destinés ni à lui-même, ni à son véhicule.
Selon l'<ref-law>, sera puni de l'amende, celui qui aura conduit un cyclomoteur sans le permis de circulation ou la plaque nécessaires (al. 1) et celui qui aura fait usage d'un cyclomoteur muni illégalement d'un permis de circulation (al. 3). L'<ref-law> punit de l'amende celui qui aura conduit un cyclomoteur non couvert par l'assurance-responsabilité civile prescrite (al. 1).
L'admission à la circulation des cyclomoteurs et les conditions de délivrance du permis de circulation les concernant sont régies par les <ref-law>. Les permis de circulation sont généralement remis par l'autorité aux fabricants et importateurs pour chaque cyclomoteur (cf. <ref-law>), alors que les plaques sont délivrées directement par l'autorité cantonale au détenteur du cyclomoteur, sur présentation notamment de l'attestation d'assurance exigée (cf. art. 94 al. 1 et 2 OAC). Les permis de circulation des autres véhicules automobiles (cf. art. 71 s. OAC) sont quant à eux délivrés par le canton au détenteur sur présentation notamment de l'attestation d'assurance (<ref-law>).
Les <ref-law> régissent les questions de responsabilité civile et d'assurance des cyclomoteurs. L'annexe 1 de l'ordonnance du 4 mars 1996 sur les amendes d'ordre (OAO; RS 741.031) prévoit expressément que l'utilisation d'un cyclomoteur qui n'est pas assuré est punie d'une amende de 120 fr. (ch. 700.1.4).
3.2. Alors que le premier juge a fait application de l'art. 145 ch. 3 et 4 OAC, la cour cantonale a reconnu le recourant coupable de circulation sans permis de circulation ou plaques de contrôle et sans assurance responsabilité civile (art. 96 al. 1 et 2 LCR) ainsi que d'usage abusif de permis et/ou de plaques (<ref-law>), au motif que le cyclomoteur est un véhicule automobile et non un cycle.
3.3. Il y a lieu de distinguer les infractions reprochées en l'espèce.
3.3.1. S'agissant de la conduite d'un cyclomoteur sans plaques et assurance responsabilité civile nécessaires, force est de relever que l'<ref-law> aménage un régime pénal applicable expressément et exclusivement aux conducteurs de cyclomoteurs, en conformité avec la délégation de compétence prévue à l'<ref-law>. Aussi, en tant que lex specialis, l'art. 145 ch. 3 et 4 OAC l'emporte sur l'art. 96 al. 1 et 2 LCR (cf. MAURER, op. cit., n° 3 ad <ref-law>; JEANNERET, op. cit., n° 65 s. ad <ref-law>). Contrairement à ce que suggère la cour cantonale, ces dispositions ne s'appliquent pas aux cycles, lesquels ne nécessitent pas de permis de circulation ou de plaques de contrôle (cf. art. 71 et 90 OAC a contrario).
En tant que la cour cantonale a appliqué l'art. 96 al. 1 et 2 LCR pour sanctionner la conduite d'un cyclomoteur sans les plaques nécessaires et sans couverture par l'assurance responsabilité civile, elle a violé le droit fédéral. Compte tenu du véhicule en cause, ces infractions constituent des contraventions, lesquelles sont appréhendées par l'art. 145 ch. 3 et 4 OAC et sanctionnées d'une amende. Le recours doit être admis sur ce point, le jugement entrepris doit être annulé en tant qu'il reconnaît le recourant coupable de violation de l'art. 96 al. 1 et 2 LCR, et la cause renvoyée à la cour cantonale pour qu'elle fasse application de l'<ref-law> et fixe une peine en conséquence.
3.3.2. Quant à la conduite de cyclomoteurs munis de plaques d'immatriculation qui ne correspondaient pas à ces véhicules, elle n'est pas visée par l'<ref-law>, contrairement à ce que prétend le recourant. Cette disposition ne concerne que l'usage d'un cyclomoteur muni illégalement d'un permis de circulation.
Le recourant dénonce une différence de traitement entre, d'une part, le cyclomotoriste pour lequel la sanction de l'usage abusif de plaques serait plus grave que l'usage abusif de permis, et d'autre part, l'automobiliste pour lequel ces deux comportements sont d'égale gravité (cf. <ref-law>). Selon lui, il serait logique d'assimiler une plaque de contrôle à un permis de circulation, les deux allant de pair lorsqu'un véhicule circule. Or le recourant semble perdre de vue que les systèmes de délivrance de permis de circulation sont différents selon qu'il s'agit d'une voiture automobile (cf. <ref-law>) ou d'un cyclomoteur (cf. <ref-law>). Cela explique la précaution particulière de l'<ref-law> à l'égard des permis de circulation des cyclomoteurs, étant relevé que la remise du permis au détenteur échappe au contrôle de l'administration, à la différence des plaques qui sont délivrées à chaque détenteur, directement par l'autorité (cf. supra consid. 3.1; JEANNERET, op. cit., n° 157 ad <ref-law>).
Si le véhicule conduit porte des plaques de contrôle qui ne lui sont pas destinées et n'est en outre pas couvert par une assurance responsabilité civile, l'<ref-law> est applicable en concours parfait avec l'<ref-law>, dans la mesure où il s'agit de comportements clairement distincts (cf. JEANNERET, op. cit., n° 38 ad <ref-law>, s'agissant du concours entre les art. 96 al. 2 et 97 al. 1 let. a LCR).
Il en résulte que la cour cantonale n'a pas violé le droit fédéral en reconnaissant le recourant coupable d'usage abusif de plaques au sens de l'<ref-law>.
4.
Au vu de ce qui précède, le recours doit être partiellement admis (cf. supra consid. 3.3.1), le jugement entrepris annulé s'agissant de la condamnation au sens de l'<ref-law> et la cause renvoyée à la cour cantonale pour nouvelle décision dans le sens des considérants. Pour le surplus, le recours doit être rejeté. Le recourant a requis l'assistance judiciaire. Cette requête est sans objet dans la mesure où il obtient gain de cause et peut, à ce titre, prétendre à des dépens réduits de la part du canton de Vaud (art. 64 al. 2 et 68 al. 1 LTF). Bien que rejeté pour le surplus, le recours n'était pas dénué de chances de succès et la situation économique du recourant justifie l'octroi de l'assistance judiciaire (<ref-law>). La complexité de la cause et les intérêts en jeu permettent qu'un avocat d'office lui soit désigné et soit indemnisé par la caisse du Tribunal (<ref-law>). Il n'y a pas lieu de prélever de frais (art. 66 al. 1 et 4 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est partiellement admis, le jugement attaqué annulé s'agissant de la conduite sans permis de circulation ou plaques de contrôle et sans assurance responsabilité civile, et la cause renvoyée à l'autorité cantonale pour nouvelle décision. Pour le surplus, le recours est rejeté, dans la mesure où il est recevable.
2.
Il n'est pas perçu de frais judiciaires.
3.
La demande d'assistance judiciaire du recourant est admise, dans la mesure où elle n'est pas sans objet. Me Christophe Marguerat, avocat à Lausanne, lui est désigné comme avocat d'office et une indemnité de 2'000 fr., supportée par la caisse du Tribunal fédéral, lui est allouée à titre d'honoraires.
4.
Une indemnité de 1'000 fr., à verser au conseil du recourant à titre de dépens, est mise à la charge du canton de Vaud.
5.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour d'appel pénale du Tribunal cantonal du canton de Vaud.
Lausanne, le 18 juin 2019
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Denys
La Greffière : Klinke