Faits :
A.
A._ (ci-après: l'employé), né le xxx 1958, a été engagé en qualité de peintre en automobile par la B._ SA (ci-après: l'employeuse) dès le 26 avril 1999, pour une durée indéterminée. Son salaire annuel brut a finalement atteint 82'940 francs.
Le rapport de travail était soumis à la Convention collective de travail pour les métiers de la carrosserie (ci-après: la CCT), qui a fait l'objet d'arrêtés d'extension successifs.
Le 16 avril 2016, l'employé a été victime d'un accident à son domicile impliquant sa jambe gauche et a été en incapacité totale de travail depuis cette date. La Caisse nationale suisse d'assurance en cas d'accidents (ci-après: la CNA) a versé des prestations dès le 19 avril 2016.
Le 21 octobre 2016, l'employeuse a résilié les rapports de travail avec effet au 31 janvier 2017.
Par décision du 17 novembre 2016, la CNA a mis un terme à ses prestations au 30 novembre 2016, en considérant qu'une incapacité de travail n'était plus justifiée.
L'employeuse a libéré l'employé de son obligation de travailler dès le 1 er décembre 2016.
L'employé s'est une nouvelle fois trouvé en incapacité totale de travail du 18 au 25 janvier 2017, en raison d'une atteinte à un genou relevant d'une maladie de nature rhumatismale.
L'employé a encore été incapable de travailler du 31 janvier au 3 juillet 2017 à cause d'une maladie pulmonaire. Selon ses explications, il s'agissait d'une forme d'allergie aux solvants. A cette dernière date, son pneumologue a attesté la reprise du travail dans un autre emploi que celui occupé jusqu'ici, le patient étant devenu inapte à exercer le métier de peintre en automobile.
Par décision du 23 juin 2017, faisant suite à une demande de prestations de l'assurance-invalidité déposée le 9 novembre 2016 par l'employé, l'Office cantonal genevois des assurances sociales (ci-après: l'OCAS) a refusé de lui octroyer des prestations, en raison de son manque de collaboration aux mesures de réinsertion professionnelle préconisées.
Compte tenu des périodes d'incapacité de travailler, le rapport de travail a pris fin le 31 août 2017.
Le 25 septembre 2017, l'employé a mis en demeure l'employeuse de lui payer 961,50 heures supplémentaires qu'il aurait effectuées entre le 1er janvier 2013 et le 16 avril 2016, majorées de 25 %, ainsi qu'une indemnité pour les vacances non prises.
Par décision du 16 avril 2018, la CNA a considéré l'employé comme inapte à l'activité de peintre en carrosserie, avec effet rétroactif au 1 er février 2017. Le 13 mars 2019, elle a alloué une indemnité pour changement d'occupation pendant une durée de quatre ans, à compter du 1 er juin 2017.
B.
B.a. Après une tentative infructueuse de conciliation, l'employé a saisi le Tribunal des prud'hommes du canton de Genève d'une demande contre l'employeuse en vue d'obtenir le paiement de la somme de 59'395 fr. 12 avec intérêts moratoires à 5 % l'an dès le 31 août 2017. Cette somme comprenait 46'796 fr. 21 à titre d'heures supplémentaires réalisées entre le 1 er janvier 2013 et le 15 avril 2016 et 12'598 fr. 91 à titre d'indemnité pour les vacances non prises.
Statuant le 30 janvier 2019, le Tribunal des prud'hommes a condamné l'employeuse à verser à l'employé la somme brute de 10'511 fr. 50 avec intérêts moratoires à 5 % l'an dès le 1 er septembre 2017 (chiffre 2 du dispositif), en invitant la partie qui en avait la charge à opérer les déductions sociales et légales usuelles; il a rejeté la demande pour le surplus. Le tribunal a considéré que l'accomplissement d'heures supplémentaires n'apparaissait pas hautement vraisemblable. En revanche, il a retenu que l'employé avait droit au paiement de 35,67 jours de vacances non prises, lesquels ne pouvaient pas être compensés durant la période de libération de l'obligation de travailler.
B.b. L'employé a interjeté appel contre ce jugement auprès de la Chambre des prud'hommes de la Cour de justice du canton de Genève. Il a fait grief au tribunal de l'avoir intégralement débouté de ses conclusions en paiement des heures supplémentaires et a contesté le mode de calcul de l'indemnité liée aux 35,67 jours de vacances. L'employeuse a déposé un appel joint, en soutenant que l'employé avait disposé, durant le délai de congé, du temps nécessaire pour compenser les vacances non prises. Par arrêt du 11 juin 2020, la Cour de justice a annulé le chiffre 2 du jugement entrepris et a condamné l'employeuse à verser à l'employé la somme de 7'594 fr. 96 avec intérêts à 5 % dès le 1 er septembre 2017. Elle a confirmé le jugement pour le surplus.
En substance, la cour cantonale a retenu que l'employé avait effectué 211,50 heures supplémentaires à la demande de l'employeuse en 2013, 2014 et 2015. Selon la CCT, ces heures devaient être compensées par des congés équivalents accordés dans les six mois de l'année suivante. Elles n'avaient cependant pas pu être compensées en nature à temps, de sorte qu'il convenait de les rémunérer. Elles devaient être rétribuées sur la base du salaire annuel brut, déduction faite du treizième salaire (soit 76'569 fr.), et sans majoration. En revanche, les 29,10 heures supplémentaires que l'employé avait réalisées en 2016 pouvaient encore être compensées jusqu'au 30 juin 2017 d'après la CCT. Durant son absence de l'entreprise, entre le 16 avril 2016 et le 31 août 2017, l'employé avait bénéficié de 79 jours ouvrés, après déduction des jours d'incapacité de travailler, soit de suffisamment de temps pour compenser ces heures supplémentaires. Elles n'avaient donc pas à être payées. Par ailleurs, l'employé avait disposé de 99,50 jours [sic] ouvrés, déduction faite des 29,10 heures supplémentaires, pour prendre son solde de vacances de 35,67 jours. Ce dernier pouvait également être compensé, puisque l'employé avait eu le temps nécessaire pour solder ses jours de vacances et pour se consacrer à ses démarches en vue de sa réinsertion professionnelle, respectivement pour effectuer des recherches d'emploi.
C.
L'employé (ci-après: le recourant) a formé un recours en matière civile au Tribunal fédéral, en concluant à ce que l'employeuse (ci-après: l'intimée) soit condamnée à lui verser la somme brute de 24'298 fr. 80 plus intérêts à 5 % l'an dès le 1 er septembre 2017.
L'intimée a proposé le rejet du recours et la cour cantonale s'est référée à son arrêt.
Les parties ont spontanément déposé une réplique et une duplique, dans lesquelles elles ont maintenu leurs conclusions respectives.

Considérant en droit :
1.
Les conditions de recevabilité du recours en matière civile sont réalisées sur le principe, notamment celles afférentes à la valeur litigieuse minimale de 15'000 fr. (<ref-law>) et au délai de recours (art. 45 al. 1 et art. 100 al. 1 LTF).
2.
2.1. Le recours peut être formé pour violation du droit fédéral (<ref-law>). Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (<ref-law>). Eu égard, toutefois, à l'exigence de motivation qu'impose l'<ref-law>, sous peine d'irrecevabilité (<ref-law>), il n'examine d'ordinaire que les griefs invoqués, sauf en cas d'erreurs juridiques manifestes (<ref-ruling> consid. 2).
2.2. Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>). Il ne peut rectifier ou compléter les constatations de l'autorité précédente que si elles sont manifestement inexactes ou découlent d'une violation du droit au sens de l'<ref-law> (<ref-law>). " Manifestement inexactes " signifie ici " arbitraires " (<ref-ruling> consid. 2; <ref-ruling> consid. 1.5). Encore faut-il que la correction du vice soit susceptible d'influer sur le sort de la cause (<ref-law>). La critique de l'état de fait retenu est soumise au principe de l'allégation énoncé par l'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 2.3 et les références citées).
3.
A ce stade subsistent uniquement trois points litigieux. Il s'agit tout d'abord du tarif applicable à la rémunération des 211,50 heures supplémentaires réalisées par le recourant en 2013, 2014 et 2015. Ensuite, se pose la question de savoir si les 29,10 heures supplémentaires accomplies en 2016 pouvaient être compensées durant la période où il a été libéré de son obligation de travailler ou si elles devaient être rémunérées. Il en va de même s'agissant du solde de vacances non prises, s'élevant à 35,67 jours.
4.
4.1. Dans un premier grief, le recourant se prévaut d'une violation de l'<ref-law>. Il soutient que le montant octroyé par la cour cantonale pour les 211,50 heures supplémentaires effectuées de 2013 à 2015 devait être calculé avec une majoration de 25 % et la prise en compte d'un treizième salaire. Il tient le raisonnement de l'instance précédente pour arbitraire.
4.2. Aux termes de l'<ref-law>, l'employeur est tenu de rétribuer les heures de travail supplémentaires qui ne sont pas compensées par un congé en versant le salaire normal majoré d'un quart au moins, sauf clause contraire d'un accord écrit, d'un contrat-type de travail ou d'une convention collective. Le salaire normal comprend tous les éléments composant la rémunération obligatoirement due par l'employeur, y compris le treizième salaire et les diverses indemnités prévues contractuellement en relation avec le travail (arrêts 4A_352/2010 du 5 octobre 2010 consid. 3.1; 4C.414/2005 du 29 mars 2006 consid. 5.2 et les références citées). Sous l'une des formes prescrites, les parties peuvent ainsi déroger au système légal et convenir, notamment, que les heures supplémentaires accomplies à l'avenir seront rémunérées sans supplément ou ne seront pas rémunérées, à tout le moins lorsque la rémunération des heures supplémentaires est forfaitairement comprise dans le salaire de l'intéressé (<ref-ruling> consid. 3a; arrêts 4A_485/2019 du 4 février 2020 consid. 6.2.2.2; 4A_227/2016 du 24 octobre 2016 consid. 4.2). Les parties peuvent aussi prévoir que le treizième salaire sera exclu du calcul (WYLER/HEINZER, Droit du travail, 4e éd. 2019, p. 149 s.).
4.3. Sauf disposition contraire de la convention collective de travail, les clauses relatives à la conclusion, au contenu et à l'extinction des contrats individuels de travail ont, pour la durée de la convention, un effet direct et impératif envers les employeurs et travailleurs qu'elles lient (<ref-law>). Elles sont appelées clauses normatives. Elles doivent être interprétées de la même manière qu'une loi (<ref-ruling> consid. 2.3.1 et les références citées).
D'après la jurisprudence, la loi s'interprète en premier lieu selon sa lettre (interprétation littérale). On peut cependant s'écarter de cette interprétation s'il y a des raisons sérieuses de penser que le texte de la loi ne reflète pas la volonté réelle du législateur; de tels motifs peuvent découler des travaux préparatoires, du but et du sens de la disposition, ainsi que de la systématique de la loi. Lorsque plusieurs interprétations sont possibles, il convient de rechercher quelle est la véritable portée de la norme, en la dégageant de tous les éléments à considérer, soit notamment des travaux préparatoires, du but de la règle, de son esprit, ainsi que des valeurs sur lesquelles elle repose ou encore de sa relation avec d'autres dispositions; le Tribunal fédéral ne privilégie aucune méthode d'interprétation, mais s'inspire d'un pluralisme pragmatique. Dans le domaine de l'interprétation des dispositions normatives d'une convention collective, il ne faut pas exagérer la distinction entre les règles sur l'interprétation des lois et les règles sur l'interprétation des contrats; la volonté des cocontractants et ce que l'on peut comprendre selon le principe de la bonne foi constituent également des moyens d'interprétation (<ref-ruling> consid. 2.3.1 et les références citées).
4.4. Selon l'art. 26.2 CCT, sont considérées comme heures supplémentaires celles qui, conformément aux dispositions figurant à l'art. 23.1 CCT, excèdent la durée du travail fixée au sein de l'entreprise jusqu'à 50 heures par semaine; les heures supplémentaires effectuées doivent être compensées par du temps libre d'égale durée au plus tard dans les six mois de l'année suivante; un éventuel versement en espèces est effectué selon la pratique appliquée par l'entreprise.
4.5. La cour cantonale a notamment retenu ce qui suit: " conformément aux art. 26 ch. 2 et 34 ch. 10 CCT, les heures supplémentaires sont en principe compensées par des congés équivalents qui doivent être accord [ é] s par l'employeur dans les six mois de l'année suivante. Si l'employeur n'accorde pas le congé compensatoire dans ce délai, ou ne peut plus les compenser avant la fin des rapports de travail, la CCT prévoit une rémunération en lieu et place de la compensation en nature, mais au tarif conventionnel ordinaire, sans majoration de salaire, en dérogation à l'<ref-law>, à moins que le travailleur n'ait effectué un horaire cumulé égal ou supérieur à 50 heures par semaine, ce qu'aucune des parties à la procédure ne soutient ". Par la suite, la cour cantonale a répété que les heures supplémentaires étaient rémunérées au tarif horaire conventionnel usuel, en mentionnant l'art. 26.1 CCT.
Toutefois, la CCT ne prévoit pas explicitement que les heures supplémentaires seraient rétribuées sans majoration de salaire. Au contraire, l'art. 26.2 CCT, auquel se réfère la cour cantonale, dispose de manière claire et sans équivoque qu'un " éventuel versement en espèces est effectué selon la pratique appliquée par l'entreprise ". Au demeurant, il contient une note de bas de page citant l'<ref-law>; on ne peut en tous cas pas conclure qu'il entend d'emblée déroger au régime légal.
Les autres dispositions mentionnées par la cour cantonale ne conduisent pas à une interprétation différente et ne sont d'ailleurs pas utiles pour résoudre la question litigieuse. L'art. 26.1 CCT se limite à énoncer que les heures supplémentaires sont rétribuées seulement si elles ont été ordonnées par l'employeur ou ont fait l'objet d'un visa après coup. Quant à l'art. 34.10 CCT, il concerne les heures qui n'auraient pas été réalisées par l'employé.
Le reste des dispositions de la CCT ne permet pas non plus de conclure à la rémunération des heures supplémentaires sans aucune majoration. Contrairement à ce que soutient l'intimée, le fait qu'une majoration est expressément prévue dans d'autres cas (cf. notamment art. 26.3 CCT pour le travail supplémentaire; art. 26.4 CCT pour le travail de nuit) n'autorise pas à considérer que l'absence de mention en ce sens pour les heures supplémentaires exclurait une telle majoration. Sur ce point, la CCT ne contient pas de " silence qualifié ", puisqu'elle renvoie expressément à la pratique appliquée dans l'entreprise.
La cour cantonale a encore retenu que la rémunération des heures supplémentaires se fondait sur le salaire annuel brut, treizième salaire déduit. Les dispositions de la CCT sur lesquelles elle se base concernent le calcul du salaire (cf. art. 34.2 et 34.3) et de " l'indemnité de fin d'année " (cf. art. 38.1 CCT, qui prévoit le versement d'une indemnité égale à 100 % du salaire mensuel moyen au plus tard en décembre). Cela supposerait que les heures supplémentaires soient rémunérées au tarif conventionnel, ce qui ne peut toutefois être d'emblée retenu ici. Du reste, on ne voit pas comment ces dispositions pourraient être interprétées comme excluant l'indemnité de fin d'année dans le calcul de la rétribution due pour les heures supplémentaires (cf. arrêt 4A_352/2010 du 5 octobre 2010 consid. 3.2 in fine).
Au vu de ce qui précède, l'interprétation que fait la cour cantonale de la CCT est manifestement erronée. On ne dégage pas non plus de ses explications qu'elle se serait fondée sur la pratique de l'employeuse intimée pour conclure à une rémunération des heures supplémentaires sans majoration, et sans prise en compte de l'indemnité de fin d'année, ce qui relèverait d'une constatation des faits (cf. <ref-law>). D'ailleurs, devant la cour cantonale, l'employeuse n'a pas allégué, et encore moins établi, quelle était sa pratique. Elle s'est limitée à affirmer que l'art. 26.2 CCT excluait une majoration. Ce point était déjà contesté par l'employé, sans que la cour cantonale ne réponde à ses arguments.
En définitive, la CCT prévoit de manière claire, en matière d'indemnisation des heures supplémentaires, de se référer à la pratique de l'entreprise. Celle-ci n'a pas été établie. Il convient dès lors d'appliquer la règle de droit dispositif de l'<ref-law> pour calculer la rétribution des 211,50 heures supplémentaires - non contestées - effectuées de 2013 à 2015. La rémunération doit ainsi être calculée sur la base du salaire normal majoré d'un quart au moins; ce salaire contient également le treizième salaire et les diverses indemnités prévues contractuellement (cf. consid. 4.2 supra).
La cour cantonale a constaté que le salaire annuel brut incluant l'indemnité de fin d'année (qu'elle qualifie de treizième salaire) s'élevait à 82'940 francs. Elle a également retenu que le salaire annuel devait être divisé par le nombre d'heures dues, soit 2'132 heures par année selon la CCT (cf. art. 34.2 CCT), pour obtenir le salaire horaire. Ces chiffres ne sont pas contestés. Il convient donc de diviser le salaire de 82'940 fr. par 2'132 heures, et de multiplier le résultat par 1,25 (correspondant à la majoration d'un quart pour les heures supplémentaires; arrêt 4A_178/2017 du 14 juin 2018 consid. 7), ce qui aboutit à un taux horaire de 48,62 francs. Les 211,50 heures supplémentaires doivent donc être indemnisées à hauteur de 10'283 fr. 13, arrondi à 10'283 fr. 15 (211,50 heures x 48,62 fr.).
La quotité et le point de départ des intérêts, soit 5 % l'an dès le 1er septembre 2017 n'étant pas critiqués, il n'y a pas lieu d'en discuter.
5.
5.1. Dans un deuxième moyen, le recourant dénonce une violation de l'<ref-law>. Il reproche à la cour cantonale d'avoir considéré qu'il avait disposé du temps nécessaire, pendant la libération de son obligation de travailler, pour compenser ses 29,10 heures supplémentaires effectuées en 2016. Il relève que son consentement n'était pas nécessaire dans la mesure où la CCT prévoyait une compensation des heures supplémentaires en nature, mais se prévaut de circonstances particulières pour la décliner. Il avait notamment subi de nombreux jours d'incapacité de travail et devait entamer une reconversion professionnelle, avec des chances réduites de retrouver un emploi vu son âge. Il fait valoir que la cour cantonale n'a pas tenu compte de ces éléments et a procédé à un simple calcul mathématique, qui plus est, erroné.
5.2. Les heures supplémentaires sont compensées en nature ou payées en espèces. Avec l'accord du travailleur, elles peuvent être compensées par un congé d'une durée au moins égale, qui doit être accordé au cours d'une période appropriée (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 5a; arrêt 4A_484/2017 du 17 juillet 2018 consid. 2.3). Cet accord peut être tacite ou conclu à l'avance, inclus dans le contrat individuel de travail ou dans une convention collective de travail (arrêt 4C.32/2005 du 2 mai 2005 consid. 2.3).
Lorsque le travailleur est libéré de l'obligation de travailler durant le délai de congé, les heures supplémentaires ne peuvent également être compensées par un congé qu'avec l'accord du travailleur (<ref-ruling> consid. 5a). En l'absence d'accord, si la période de libération de l'obligation de travailler se prolonge, le refus du travailleur de compenser ses heures supplémentaires peut être constitutif d'un abus de droit. Il convient de faire preuve de retenue pour admettre un tel abus, car lorsque le contrat est résilié, le travailleur doit bénéficier du temps nécessaire pour rechercher un nouvel emploi (<ref-ruling> loc. cit.). Il s'agira d'apprécier les circonstances au cas par cas, en particulier le rapport existant entre la durée de la libération et le nombre d'heures supplémentaires à compenser (JEAN-PHILIPPE DUNAND, in Commentaire du contrat de travail, Dunand/Mahon [éd.], 2013, n° 38 ad <ref-law>).
5.3. En l'occurrence, la cour cantonale a considéré que les 29,10 heures supplémentaires réalisées en 2016 pouvaient encore être régulièrement compensées jusqu'au 30 juin 2017, conformément à l'art. 26.2 CCT. Elle a déterminé que le recourant avait été absent de l'entreprise du 16 avril 2016 au 31 août 2017, soit pendant 350 jours ouvrés. Elle a retranché 271 jours d'incapacité de travail (du 16 avril au 30 novembre 2016, du 18 au 25 janvier 2017 et du 31 janvier au 3 juillet 2017), pour retenir 79 jours ouvrés. Elle en a conclu que l'employé avait bénéficié du temps nécessaire durant les rapports de travail pour compenser ces heures en nature.
5.4. Le recourant ne remet pas en question le principe prévu par la CCT, soit la compensation des heures supplémentaires jusqu'au 30 juin de l'année suivante. Il se prévaut de circonstances particulières pour y déroger.
Il n'en est rien. Compte tenu de l'horaire conventionnel de 41 heures par semaine constaté par la cour cantonale (cf. art. 34.2 CCT), les 29,10 heures supplémentaires correspondaient à 3,54 jours de travail. Que l'on retienne 37 jours ouvrés - soit jusqu'au 30 juin 2017, comme l'allègue le recourant - ou 79 jours, une compensation en nature était exigible au vu des circonstances du présent cas et du pouvoir d'appréciation dont dispose la cour cantonale. Cette dernière a pris en considération l'incapacité de travail du recourant, puisqu'elle n'a pas tenu compte de ces jours-là dans son calcul. Quant aux différents éléments qu'il invoque en lien avec sa reconversion professionnelle et ses recherches d'emploi, son comportement apparaît difficilement compatible avec les règles de la bonne foi. En effet, il ne saurait se prévaloir du fait qu'il avait besoin de beaucoup de temps pour rechercher un emploi, alors que l'OCAS lui a reproché, au cours de cette même période, de ne pas avoir collaboré aux mesures de réinsertion professionnelle qu'il préconisait, au point que cet office a refusé l'allocation de prestations de l'assurance-invalidité. Les mesures auxquelles le recourant n'a pas fait l'effort de participer lui auraient justement permis d'entreprendre des démarches concrètes en vue de retrouver un travail.
5.5. Le recourant prétend encore que la théorie de l'imprévision permettrait de renoncer à une compensation en nature des heures supplémentaires. Il allègue une application analogique de l'arrêt 4A_485/2019 du 4 février 2020, dans lequel une clause prévue dans le contrat de travail excluait toute rétribution des heures supplémentaires. Le Tribunal fédéral relevait que la théorie de l'imprévision intervenait, le cas échéant, en ce sens que si le travailleur était amené à accomplir des heures supplémentaires en nombre excédant notablement ce qui était prévisible lors de la conclusion de l'accord, l'employeur ne pouvait pas se prévaloir dudit accord pour refuser une rémunération spécifique (arrêt précité, consid. 6.2.2.1 et 6.2.2.2).
L'arrêt cité ne fait référence qu'à la théorie de l'imprévision à appliquer dans toute espèce de relation contractuelle, selon laquelle la partie liée par un contrat peut se dégager partiellement ou totalement de ses obligations en cas de changement important et imprévisible des circonstances, ayant pour effet de créer une disproportion si grave, entre sa prestation et la contre-prestation de l'autre partie, que le maintien du contrat se révélerait abusif ( clausula rebus sic stantibus; arrêt 4A_73/2011 du 2 mai 2011 consid. 4 et les références citées). Point n'est besoin de discuter si cette théorie pouvait être appliquée à la clause de compensation des heures supplémentaires prévue dans la CCT; de toute façon, on ne peut retenir un changement important et imprévisible des circonstances. Au demeurant, une telle compensation était exigible du recourant, de sorte qu'elle ne saurait être considérée comme abusive. Ce grief est ainsi clairement infondé.
6.
6.1. Dans un troisième et ultime grief, le recourant se plaint d'une violation de l'<ref-law>. Il reproche à l'autorité cantonale d'avoir considéré qu'il pouvait compenser son solde de vacances de 35,67 jours durant la période de libération de l'obligation de travailler. La cour aurait procédé à une appréciation schématique de la situation, sans tenir compte des circonstances du cas d'espèce, et se serait en outre fondée sur un calcul erroné.
6.2. Aux termes de l'<ref-law>, tant que durent les rapports de travail, les vacances ne peuvent pas être remplacées par des prestations en argent ou d'autres avantages. En règle générale, l'interdiction de remplacer les vacances par des prestations en argent s'applique aussi après la résiliation des rapports de travail. Ce principe n'est toutefois pas absolu; en effet, une fois le contrat dénoncé, le travailleur doit chercher un autre emploi et l'employeur doit lui accorder le temps nécessaire pour le faire (<ref-law>); cette recherche étant incompatible avec la prise effective de vacances, il faut examiner dans chaque cas, au vu de l'ensemble des circonstances, si l'employeur pouvait exiger que les vacances fussent prises pendant le délai de congé ou s'il doit les payer en espèces à la fin des rapports de travail (arrêts 4A_83/2019 du 6 mai 2019 consid. 4.1; 4A_748/2012 du 3 juin 2013 consid. 2.5). Des prestations en argent peuvent ainsi remplacer les vacances lorsque celles-ci ne peuvent être prises avant la fin des rapports de travail ou lorsqu'on ne peut exiger qu'elles le soient (<ref-ruling> consid. 4a/aa).
Si le salarié, comme dans le cas présent, a été libéré de l'obligation de travailler jusqu'au terme du contrat, le point de savoir si le solde de vacances non prises doit être indemnisé en espèces repose sur le rapport entre la durée de la libération de l'obligation de travailler et le nombre de jours de vacances restants. Il faut en particulier que, durant cette période, le salarié congédié, en plus de ses vacances, ait suffisamment de temps à consacrer à la recherche d'un nouvel emploi (arrêt 4A_83/2019 loc. cit.). A titre d'exemple, la cour de céans a tenu pour admissible la compensation de 13 jours de vacances au cours d'une période de libération de travailler de 35 jours (arrêt 4A_178/2017 du 14 juin 2018 consid. 8), ou encore de 40 jours de vacances durant un délai de quatre mois (<ref-ruling> consid. 4b).
6.3. Selon l'art. 28.8 CCT, le droit aux vacances du travailleur ne peut être remplacé ni par de l'argent ni par d'autres avantages; les vacances dues au travailleur au moment de la résiliation des rapports de service doivent être accordées pendant le délai de résiliation; si toutefois les rapports de service sont résiliés avant l'octroi des vacances dues au travailleur, ce dernier a droit à une indemnisation.
6.4. En l'espèce, la cour cantonale a retenu qu'après la compensation en nature des 29,10 heures supplémentaires effectuées en 2016, le recourant disposait encore, pour prendre son solde de vacances de 35,67 jours, de " 99,50 jours " ouvrés. Ledit solde représentait 35,8 % de jours de libre dont l'employé avait bénéficié jusqu'à l'échéance de son contrat de travail, le 31 août 2017. Le recourant avait dès lors eu le temps nécessaire pour prendre son solde de vacances et se consacrer à ses démarches en vue de sa réinsertion professionnelle faisant suite à son inaptitude à exercer le métier de peintre en automobile ou pour se consacrer à ses recherches en vue d'un nouvel emploi.
Ainsi que le relève le recourant, l'instance précédente n'explique pas comment elle parvient au montant de 99,50 jours, si ce n'est qu'il tient déjà compte de la compensation des 29,10 heures supplémentaires précitées.
Il conviendrait bien plutôt de se fonder sur le nombre de 79 jours ouvrés qu'elle a déterminé dans le cadre de ses considérations relatives aux heures supplémentaires. Le recourant a en effet été libéré de son obligation de travailler du 1 er décembre 2016 au 31 août 2017, soit 191 jours ouvrés (cf. <ref-ruling> consid. 4b), dont à déduire 112 jours ouvrés d'incapacité de travail (du 18 au 25 janvier 2017 et du 31 janvier au 3 juillet 2017). Les heures supplémentaires susmentionnées, par 3,54 jours (cf. consid. 5.4 supra), doivent également être retranchées, portant le montant final à 75,46 jours ouvrés.
Dès lors, le solde de vacances de 35,67 jours - non contesté - représenterait, en comparaison aux jours de libre, un pourcentage plus élevé que celui déterminé par la cour cantonale. Toutefois, au vu de la marge d'appréciation en la matière, et des circonstances bien particulières du cas d'espèce, une compensation reste encore dans les limites admissibles. En effet, ainsi que cela a déjà été relevé ci-dessus, le recourant adopte un comportement difficilement compatible avec les règles de la bonne foi lorsqu'il allègue qu'il devait disposer de beaucoup de temps pour rechercher un emploi, alors qu'il est établi qu'à cette période, il n'a pas collaboré aux mesures préconisées par l'OCAS (cf. consid. 5.4 supra). Contrairement à ce que soutient le recourant, cet élément est pertinent. Il ne suffit pas de constater qu'il avait objectivement besoin de temps pour apprendre un nouveau métier; il convient au contraire d'analyser toutes les circonstances du cas d'espèce. Au demeurant, on peut également se demander si les incapacités de travail constatées dès janvier 2017 (en particulier celle liée à une allergie aux solvants) faisaient réellement obstacle à une recherche d'emploi. L'OCAS a pour sa part considéré que l'intéressé était apte à participer à des mesures de réinsertion pendant cette période.
Par conséquent, la cour cantonale n'a pas enfreint le droit fédéral en considérant que le recourant devait compenser son solde de vacances durant la période où il a été libéré de son obligation de travailler. Ce solde n'a ainsi pas à être rétribué.
7.
En définitive, le recours doit être partiellement admis (cf. consid. 4.5 supra).
Au regard des conclusions présentées, aucune des parties n'obtient entièrement gain de cause. Les frais judiciaires doivent donc être répartis entre elles (art. 66 al. 1 et 68 al. 1 LTF), à raison de 4/5èmes à la charge du recourant et de 1/5ème à la charge de l'intimée. Il convient d'arrêter l'émolument judiciaire à 2'000 fr. et de l'imputer à hauteur de 1'600 fr. au recourant et de 400 fr. à l'intimée. La charge des dépens, évaluée à 2'500 fr. tant pour le recourant que pour l'intimée, doit être répartie dans la même proportion. Le recourant doit verser 2'000 fr. et recevoir 500 francs. Après compensation, le solde à sa charge s'élève à 1'500 francs.
La cour cantonale n'a pas perçu de frais judiciaires ni alloué de dépens; il n'y a donc pas lieu de lui renvoyer la cause sur ces points.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est partiellement admis. L'arrêt de la Cour de justice est réformé en ce sens que l'intimée doit payer au recourant la somme de 10'283 fr. 15 avec intérêts au taux de 5 % l'an dès le 1 er septembre 2017. L'arrêt attaqué est confirmé pour le surplus.
2.
Les parties acquitteront un émolument judiciaire de 2'000 fr., à raison de 1'600 fr. à la charge du recourant et de 400 fr. à la charge de l'intimée.
3.
Le recourant versera une indemnité de 1'500 fr. à l'intimée à titre de dépens.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour de justice du canton de Genève.
Lausanne, le 22 octobre 2020
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente : Kiss
La Greffière : Raetz