Sachverhalt:
A.
Der 1977 geborene B._ war zuletzt vom 1. Juli 2011 bis zum 31. Mai 2015 als Maschinenführer bei der C._ AG angestellt. Am 24. Juli 2015 meldete er sich wegen einer psychischen Erkrankung bei der Invalidenversicherung zum Leistungsbezug an. Die IV-Stelle des Kantons Zürich (nachfolgend: IV-Stelle) tätigte verschiedene Abklärungen in erwerblicher und medizinischer Hinsicht; zudem zog sie die Akten des Krankentaggeldversicherers bei. Mit Vorbescheid vom 13. April 2016 stellte sie B._ die Abweisung des Leistungsbegehrens in Aussicht. Nachdem dieser dagegen verschiedene Einwände erhoben hatte, veranlasste die IV-Stelle eine psychiatrische Begutachtung bei Dr. med. D._, FMH Psychiatrie und Psychotherapie (Expertise vom 4. September 2016). Gestützt darauf erliess die Verwaltung am 21. September 2016 einen neuen Vorbescheid, in welchem sie den Anspruch des B._ auf eine ganze Invalidenrente ab dem 1. Januar 2016 bejahte (Invaliditätsgrad 100 %). Dagegen liess die Pensionskasse der A._ verschiedene Einwände erheben. Am 11. und 20. Januar 2017 verfügte die IV-Stelle wie vorbeschieden.
B.
Die hiegegen von der Pensionskasse der A._ erhobene Beschwerde wies das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich ab (Entscheid vom 31. August 2018).
C.
Die Pensionskasse der A._ führt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten und beantragt, es sei der angefochtene Entscheid aufzuheben und das Rentenbegehren des B._ abzuweisen.

Erwägungen:
1.
Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann unter anderem die Verletzung von Bundesrecht gerügt werden (<ref-law>). Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law>). Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht (<ref-law>).
2.
Der Versicherte reicht letztinstanzlich einen Bericht des Dr. med. E._, FMH Psychiatrie und Psychotherapie, von der Klinik F._ vom 14. Januar 2019 ein. Dieser bleibt im Verfahren vor Bundesgericht als echtes Novum unbeachtlich (<ref-ruling> E. 3.2.2.2 S. 548; Urteile 8C_690/2011 vom 16. Juli 2012 E. 1.3 mit Hinweis, nicht publ. in: <ref-ruling>, aber in: SVR 2012 FZ Nr. 3 S. 7; 9C_185/2016 vom 8. August 2016 E. 2).
3.
Streitig und zu prüfen ist ob die Vorinstanz Bundesrecht verletzte, indem sie die Verfügungen der IV-Stelle vom 11. und vom 20. Januar 2017 schützte, womit diese dem Versicherten eine ganze Invalidenrente ab dem 1. Januar 2016 zugesprochen hatte.
3.1. Das kantonale Gericht hat die massgebenden rechtlichen Grundlagen zutreffend dargelegt. Es betrifft dies namentlich die Bestimmungen und Grundsätze zu den Begriffen der Erwerbsunfähigkeit (<ref-law>) und der Invalidität (<ref-law> in Verbindung mit <ref-law>), insbesondere auch im Zusammenhang mit psychischen Erkrankungen, bei denen die Festsetzung der Arbeitsfähigkeit im Rahmen eines strukturierten Beweisverfahrens anhand der sogenannten Standardindikatoren zu erfolgen hat (<ref-ruling> und 418; <ref-ruling>), sowie zum Anspruch auf eine Invalidenrente (Art. 28 Abs. 1 und 2 IVG). Richtig sind auch die Ausführungen zum Beweiswert und zur Beweiswürdigung medizinischer Berichte und Gutachten (<ref-ruling> E. 5.1 S. 232; <ref-ruling> E. 3 S. 352 mit Hinweisen). Darauf wird verwiesen.
3.2. Zu ergänzen ist folgendes: Aus Gründen der Verhältnismässigkeit kann dort von einem strukturierten Beweisverfahren abgesehen werden, wo es nicht nötig oder auch gar nicht geeignet ist. Die Frage der Notwendigkeit in diesem Sinne beurteilt sich nach dem konkreten Beweisbedarf. Sie fehlt ganz allgemein in Fällen, die sich durch die Erhebung prägnanter Befunde und übereinstimmende fachärztliche Einschätzungen hinsichtlich Diagnose und funktioneller Auswirkungen im Rahmen beweiswertiger Arztberichte und Gutachten auszeichnen. Was die Befunde angeht, ist etwa an Störungsbilder wie Schizophrenie, Zwangs-, Ess- und Panikstörungen zu denken, die sich aufgrund klinischer psychiatrischer Untersuchung bezüglich ihrer Überprüf- und Objektivierbarkeit mit somatischen Erkrankungen vergleichen lassen. Andererseits bleibt ein strukturiertes Beweisverfahren dort entbehrlich, wo im Rahmen beweiswertiger fachärztlicher Berichte eine Arbeitsunfähigkeit in nachvollziehbarer begründeter Weise verneint wird und allfälligen gegenteiligen Einschätzungen mangels fachärztlicher Qualifikation oder aus anderen Gründen kein Beweiswert beigemessen werden kann (<ref-ruling> E. 7.1 S. 428 f. mit Hinweisen).
4.
Die Vorinstanz erwog, das psychiatrische Gutachten vom 4. September 2016 erfülle die praxisgemässen Anforderungen an den Beweiswert einer medizinischen Expertise. Dr. med. D._ habe darin die ab Dezember 2014 attestierte vollständige Arbeitsunfähigkeit auf dem gesamten freien Arbeitsmarkt nachvollziehbar begründet. Ihre Einschätzung decke sich zudem mit derjenigen der behandelnden Ärzte. Eine detaillierte Validierung mittels Standardindikatoren könne unterbleiben. Die Rentenzusprache sei auch mit Blick auf den Grundsatz "Eingliederung vor Rente" korrekt, hätten die Gutachterin und der behandelnde Psychiater doch zu keinem Zeitpunkt eine Eingliederungsfähigkeit des Versicherten bejaht.
5.
Was in der Beschwerde dagegen vorgebracht wird, verfängt nicht:
5.1.
5.1.1. Die Beschwerdeführerin rügt, das kantonale Gericht habe der Expertise vom 4. September 2016 trotz verschiedener Unzulänglichkeiten und Widersprüche Beweiswert beigemessen. Sie bemängelt insbesondere, Dr. med. D._ habe aktenwidrig angenommen, der Versicherte sei in der Vergangenheit praktisch nur kurzzeitigen Anstellungen nachgegangen und diese seien ausschliesslich aufgrund sozialer Überforderung, paranoider Interpretation von Interaktionen mit Chefs oder Mitarbeitenden gekündigt worden. Dies sei offensichtlich nicht der Fall, habe er doch annähernd drei Jahre bei der Firma G._, nahezu zweieinhalb Jahre bei der H._ AG und letztmals fast vier Jahre bei der C._ AG gearbeitet. Dem ist entgegenzuhalten, dass Dr. med. D._ ausführte, der Versicherte sei an einer nicht eruierbar hohen Gesamtzahl an Arbeitsplätzen tätig gewesen. Sie wies zudem darauf hin, er habe grosse Mühe mit der exakten Chronologie sowie mit den Datierungen und erscheine sich der Historizität seines Lebens nur wenig bewusst. Die Gutachterin verfasste ihre Expertise somit im Wissen, dass die Angaben des Versicherten zu seiner Berufsanamnese gleichermassen lückenhaft wie ungenau waren. Ob deshalb weitere Akten zur Berufsanamnese hätten herangezogen oder fremdanamnestische Auskünfte hätten eingeholt werden müssen, lag alleine in ihrem fachärztlichen Ermessen (Urteil 8C_115/2018 vom 27. Juni 2018 E. 6.2.2 mit Hinweis). Zumindest auf das letzte mehrjährige Arbeitsverhältnis bei der C._ AG wies die Gutachterin explizit hin. Sie erstattete ihre Expertise demnach auch in Kenntnis dessen, dass der Versicherte in der Vergangenheit in der Lage gewesen war, über mehrere Jahre bei demselben Arbeitgeber tätig zu sein.
5.1.2. Unbehelflich ist der Einwand, die mehrjährigen Arbeitstätigkeiten stünden der im Gutachten diagnostizierten schweren kombinierten Persönlichkeitsstörung entgegen, weil eine solche den diagnostischen Kriterien von ICD-10 folgend seit der Kindheit oder spätestens seit der Adoleszenz in Erscheinung trete. Die Beschwerdeführerin lässt ausser Acht, dass spezifische Persönlichkeitsstörungen (ICD-10 Ziff. F60) gemäss den erwähnten Leitlinien wohl in der Kindheit oder Jugend beginnen, sich aber durchaus erst im Erwachsenenalter manifestieren können (vgl. Internationale Klassifikation psychischer Störungen, ICD-10 Kapitel V (F), Klinisch-diagnostische Leitlinien, Dilling/Mombour/Schmidt [Hrsg.], 10. Aufl. 2015, Ziff. F60-62 S. 274 ff.). Derlei bis in die Kindheit zurückreichende Entwicklungsumstände werden im Gutachten explizit als Grundstein der schweren Persönlichkeitsstörung genannt. Ob solche auch bei der im vorliegenden Fall diagnostizierten kombinierten Persönlichkeitsstörung gemäss ICD-10 Ziff. F61 zwingend vorliegen müssen, kann offen bleiben.
5.1.3. Andere Gründe, welche gegen den Beweiswert des Gutachtens vom 4. September 2016 sprächen, sind weder ersichtlich noch von der Beschwerdeführerin dargetan. Diese macht insbesondere zu Recht nicht geltend, die nach altem Verfahrensstand eingeholte Expertise erlaube keine schlüssige Beurteilung im Lichte der massgeblichen Indikatoren (vgl. dazu BGE <ref-ruling> E. 8 S. 309).
5.2. Die Beschwerdeführerin rügt eine Verletzung des Untersuchungsgrundsatzes und der Beweiswürdigungsregeln, weil das kantonale Gericht Berichte des RAD und des Dr. med. E._, wonach der psychiatrischen Expertise vom 4. September 2016 nicht gefolgt werden könne, nicht gewürdigt habe. Dieser Einwand zielt ins Leere: Zum einen hat die Vorinstanz mehrfach Bezug auf die Berichte des Dr. med. E._ genommen und insbesondere ausgeführt, diese stimmten grossmehrheitlich mit der Expertise vom 4. September 2016 überein. Zum anderen haben weder der RAD noch Dr. med. E._ ausgeführt, dem Gutachten könne nicht gefolgt werden. Während Letzterer gar nie Stellung dazu nahm (sein letzter bei den Akten liegender Bericht datiert vom Mai 2016), wies die RAD-Ärztin Dr. med. I._, FMH Psychiatrie und Psychotherapie, am 16. September 2016 darauf hin, die Expertise beantworte die gestellten Fragen, berücksichtige die geklagten Beschwerden, sei in Kenntnis und in Auseinandersetzung mit den Vorakten erstellt worden und leuchte in der Darlegung der medizinischen Zusammenhänge weitgehend ein. Ebenso würden die gezogenen Schlussfolgerungen in nachvollziehbarer Weise hergeleitet. Aus Sicht des RAD waren demnach exakt jene Anforderungen erfüllt, welche rechtsprechungsgemäss (<ref-ruling> E. 5.1 S. 232; <ref-ruling> E. 3 S. 352) an den Beweiswert eines medizinischen Gutachtens zu stellen sind. Andere Ausführungen, insbesondere dazu, inwiefern die Expertise in der Darlegung der medizinischen Zusammenhänge (teilweise) nicht einleuchten soll, finden sich bei Dr. med. I._ nicht. Sie unterstützte zwar die telefonisch platzierte Bitte des Dr. med. E._, es bei dem arbeitsmotivierten Versicherten anstelle einer Tätigkeit im geschützten Rahmen eine Potentialabklärung durchzuführen. Davon, dass sie deswegen der Expertise (zumindest implizit) nicht hätte folgen können, wie die Beschwerdeführerin behauptet, kann indessen keine Rede sein.
5.3. Insofern die Beschwerdeführerin eine Verletzung des Grundsatzes "Eingliederung vor Rente" geltend macht, unterlässt sie es darzutun, inwiefern die diesbezüglichen Feststellungen der Vorinstanz offensichtlich unrichtig sind. Eine solche Darlegung gelingt namentlich nicht mit dem blossen Hinweis auf einzelne Aussagen des Dr. med. E._ in verschiedenen Berichten aus dem Jahr 2015 und dem ersten Halbjahr 2016, woraus sich das Eingliederungspotential des Versicherten ergeben soll. Aus einer ganzheitlichen Betrachtung dieser Berichte erhellt vielmehr, dass sich die Einschätzung des Dr. med. E._ betreffend Eingliederungsfähigkeit des Versicherten zusehends verschlechterte: Am 18. Februar und am 3. Juli 2015 empfahl er noch gezielte berufliche Integrationsmassnahmen und ging prognostisch davon aus, der Versicherte könne in absehbarer Zeit wieder in seiner angestammten Tätigkeit als Maschinenführer tätig sein. Am 21. Dezember 2015 äusserte er immerhin noch die Hoffnung auf eine solche Steigerung der Arbeitsfähigkeit; eine diesbezügliche Prognose hielt er bereits nicht mehr für möglich. Am 15. Mai 2016 bezeichnete er gar als unwahrscheinlich, dass der Versicherte je wieder die volle Arbeits- und Leistungsfähigkeit erlangen könne. Dass die prognostische Einschätzung der Dr. med. D._ weitere dreieinhalb Monate später noch schlechter ausfiel ("Reintegrationsmassnahmen zum jetzigen Zeitpunkt aussichtslos"), steht dazu in keinerlei Widerspruch. Folglich ist auch der vorinstanzliche Schluss nicht zu beanstanden, die gutachterliche Einschätzung bezüglich Eingliederungsfähigkeit decke sich mit derjenigen des Dr. med. E._. Daran ändert nichts, dass dieser auf telefonische Nachfrage des RAD am 16. September 2016 mitteilte, er würde eher eine Potentialabklärung als die gutachterlich empfohlene Tätigkeit im geschützten Rahmen bevorzugen. Diese Empfehlung begründete der behandelnde Psychotherapeut einzig mit der subjektiven Eingliederungsfähigkeit (Motivation) des Versicherten, ohne indessen aufzuzeigen, inwiefern abweichend von der Expertise vom 4. September 2016 auch eine objektive Eingliederungsfähigkeit vorlag.
5.4.
5.4.1. Die Beschwerdeführerin wendet zu Recht ein, das kantonale Gericht hätte nicht (teilweise) auf die Validierung der in der Expertise vom 4. September 2016 ab Dezember 2014 attestierten vollen Arbeitsfähigkeit anhand eines strukturierten Beweisverfahrens nach BGE <ref-ruling> verzichten dürfen. Die Vorinstanz begründete ihre gegenteilige Auffassung damit, dass die attestierte vollständige Arbeitsunfähigkeit auf dem gesamten freien Arbeitsmarkt im Gutachten nachvollziehbar begründet worden sei und sich mit den Einschätzungen des behandelnden Arztes decke. Damit lässt sie ausser Acht, dass rechtsprechungsgemäss grundsätzlich sämtliche psychischen Erkrankungen einem strukturierten Beweisverfahren zu unterziehen sind. Es darf davon aus Gründen der Verhältnismässigkeit nur dort abgesehen werden, wo es nicht nötig oder auch gar nicht geeignet ist (vgl. E. 3.2 hievor). Dr. med. D._ diagnostizierte (mit Auswirkungen auf die Arbeitsfähigkeit) in dem nach altem Verfahrensstand eingeholten Gutachten vom 4. September 2016 eine schwere, kombinierte Persönlichkeitsstörung mit paranoiden, schizoiden, selbstunsicheren/ängstlich-vermeidenden und dependenten Zügen auf Borderline-Organisationsniveau (ICD-10 Ziff. F61). Gestützt darauf attestierte sie eine vollständige Arbeitsunfähigkeit ab Dezember 2014. Inwiefern sich mit Blick darauf eine Indikatorenprüfung erübrigen soll, vermag der angefochtenen Entscheid nicht aufzuzeigen. Anders als das kantonale Gericht anzunehmen scheint, ist eine solche jedenfalls nicht bereits deshalb entbehrlich, weil die Gutachterin begleitend zur Hauptdiagnose einer Persönlichkeitsstörung unter anderem schizophrenieforme Kurzschübe und eine Angststörung diagnostizierte.
5.4.2. Obwohl sie eine solche grundsätzlich für entbehrlich hielt, prüfte die Vorinstanz in der Folge die Standardindikatoren teilweise. Namentlich wies sie darauf hin, aus der Expertise der Dr. med. D._ gingen hochgradig reduzierte soziale Ressourcen hervor. Der gutachterliche Schluss, der Versicherte sei einem Arbeitsumfeld in der Privatwirtschaft nicht mehr zumutbar, erweise sich als nachvollziehbar. Damit übereinstimmend enthalte der geschilderte Tagesablauf kaum häusliche oder ausserhäusliche Aktivitäten. Das kantonale Gericht hielt zudem die bisherigen therapeutischen Bemühungen des Versicherten für adäquat. Die geltend gemachten Einschränkungen in erwerblicher Hinsicht bezeichnete die Vorinstanz als konsistent mit der Freizeitgestaltung und den in Anspruch genommenen Therapieoptionen. Soweit die Beschwerdeführerin in Bezug auf diese Ausführungen ihre eigene Indikatorenprüfung durchführt, vermag sie nicht darzutun, inwiefern die vorinstanzlichen Feststellungen offensichtlich unrichtig oder sonstwie bundesrechtswidrig sein sollen. Weiterungen dazu erübrigen sich.
5.4.3. Zu ergänzen ist, dass sich der Expertise der Dr. med. D._ zum Komplex Gesundheitsschädigung, insbesondere zur Ausprägung der diagnoserelevanten Befunde entnehmen lässt, es sei insgesamt von einem schwerwiegenden, "recht chronifizierten" Leiden auszugehen. Was den Indikator Behandlungs- und Eingliederungserfolg oder -resistenz anbelangt, zeigte Dr. med. D._ zwar weitergehende Behandlungsoptionen auf (erneute neuroleptische Dosissteigerung oder Präparatwechsel). Entgegen den Ausführungen in der Beschwerde lässt sich einzig daraus nicht auf eine unzureichende Behandlung oder eine fehlende Behandlungsresistenz schliessen. Im Gegenteil bezeichnete Dr. med. D._ die erfolgte intensive (ambulante, tagesklinische und stationäre) psychiatrische Behandlung und die zumindest zeitweise hoch dosierte medikamentöse Behandlung als "absolut adäquat". Gleichzeitig führte sie aus, diese intensive Behandlung habe bisher nur eine Stabilisierung auf sehr tiefem Funktionsniveau bewirkt, weshalb auch die arbeitsmedizinische Prognose sehr belastet ausfalle. In diesem Lichte ist auch die gutachterliche Empfehlung zu sehen, berufliche Massnahmen oder Integrationsmassnahmen erschienen gegenwärtig aussichtslos. Zu ergänzen ist, dass die Gutachterin nicht nur eine schwerwiegende Persönlichkeitsstörung beschrieb, sondern auch eine Vielzahl komplexer Komorbiditäten (wie paranoid fundierte Angststörungen, schizophrenieforme Schübe sowie depressive Episoden und Impulsdurchbrüche) mit hochgradigen Einschränkungen der Leistungsfähigkeit und der sozialen Ressourcen. Entgegen den Einwänden in der Beschwerde ändert an diesen Einschränkungen nichts, dass der Versicherte im Rahmen seines letzten Arbeitsverhältnisses über mehrere Jahre (bis Ende Mai 2015; letzter effektiver Arbeitstag 28. November 2014) eine Vollzeittätigkeit ausgeübt hatte. Dr. med. D._ attestierte eine Arbeitsunfähigkeit erst ab Dezember 2014.
5.5. Zusammenfassend ergibt sich, dass das Gutachten der Dr. med. D._ vom 4. September 2016 eine schlüssige Beurteilung der Arbeitsfähigkeit im Lichte der massgebenden Indikatoren erlaubt. Aus deren Gesamtbetrachtung ergibt sich, dass sowohl eine gesundheitliche Beeinträchtigung von erheblichem Schweregrad als auch deren funktionelle Auswirkungen in erwerblicher Sicht objektiv (vgl. <ref-law>), kohärent und widerspruchsfrei mit überwiegender Wahrscheinlichkeit nachgewiesen sind. Mithin kann der gutachterlichen Einschätzung der Arbeitsfähigkeit (Arbeitsunfähigkeit von 100 % in allen Tätigkeitsbereichen der freien Wirtschaft ab Dezember 2014) gefolgt werden.
6.
Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend hat die Beschwerdeführerin die Gerichtskosten zu tragen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 800.- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3.
Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich, B._ und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 12. März 2019
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Pfiffner
Der Gerichtsschreiber: Williner