Fatti:
A.
A.a. A._ è affiliato presso Swica Assicurazione malattia SA (di seguito Swica) per l'assicurazione obbligatoria delle cure medico-sanitarie. L'interessato è al beneficio di prestazioni complementari per le quali la Cassa cantonale di compensazione AVS/AI/IPG (di seguito Cassa cantonale) gli ha riconosciuto, come ai suoi familiari, la presa a carico integrale delle spese relative al pagamento del premio di cassa malati. In seguito alla soppressione con effetto retroattivo da parte della Cassa cantonale della riduzione del premio per il periodo dal gennaio 2014 all'aprile 2016, SWICA ha chiesto a A._ il pagamento dei premi di cassa malati relativi a questo periodo. L'importo richiesto da Swica ammonta, per A._ e i suoi familiari, per il periodo in questione, a fr. 30'672.60, poi ridotti a fr. 29'397.60.
A.b. Con decisione del 25 gennaio 2017 Swica non è entrata nel merito della domanda di condono concernente il pagamento dei premi arretrati presentata dall'interessato e l'ha trasmessa alla Cassa cantonale per competenza. Questa procedura è attualmente sospesa. In data 24 agosto 2017 Swica ha inviato a A._ un precetto esecutivo concernente gli importi dovuti. Con decisione del 3 aprile 2018, Swica ha rigettato l'opposizione dell'interessato presentata contro il precetto esecutivo. A._ ha inoltrato un'opposizione contro la decisione del 3 aprile 2018.
A.c. A._ ha quindi contestato la legittimazione di Swica a domandare l'importo dei premi (non più coperto dai sussidi), sostenendo che spetterebbe alla Cassa cantonale richiedere la restituzione del sussidio versato a torto. Con giudizio del 10 aprile 2018, il Tribunale delle assicurazioni del Cantone Ticino ha accolto il ricorso per denegata giustizia presentato dall'assicurato e rinviato la causa a Swica affinché si pronunci sulla sua legittimazione a chiedere direttamente al ricorrente il pagamento dei premi da gennaio 2014 ad aprile 2016. Dando seguito al giudizio del 10 aprile 2018, Swica ha dapprima sospeso la procedura relativa al precetto esecutivo, in seguito con decisione del 13 agosto 2018 ha reiterato la propria legittimazione a chiedere il pagamento dei premi assicurativi per il periodo in questione. Con decisione su opposizione del 7 dicembre 2018, Swica ha confermato la decisione del 13 agosto 2018.
B.
Adito dall'interessato, il Tribunale cantonale ha accolto il ricorso e modificato la decisione del 7 dicembre 2018 nel senso che Swica non ha alcuna legittimazione a chiedere il pagamento dei premi.
C.
Swica inoltra un ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale al quale chiede, in via principale, di riconoscerle la legittimazione a chiedere il pagamento dei premi e, in via subordinata, di rinviare gli atti al Tribunale cantonale per ulteriori accertamenti e nuova decisione.
D.
Invitato a pronunciarsi sul ricorso, l'opponente ha chiesto di respingere il ricorso.

Diritto:
1.
Il ricorso in materia di diritto pubblico è di principio ammissibile contro le decisioni che mettono fine al procedimento (art. 90 LTF). Ora, con il giudizio del 14 marzo 2019, il Tribunale cantonale non si pronuncia materialmente sui premi dovuti, la procedura relativa al loro pagamento è in effetti sospesa (v. decisione di Swica del 3 aprile 2018 e giudizio del 10 aprile 2018). Negando tuttavia a Swica la legittimazione a chiedere a A._ il pagamento dei premi, il Tribunale cantonale avrebbe in realtà deciso la vertenza. Se il giudizio del 14 marzo 2019 dovesse passare in giudicato, Swica non potrebbe infatti più chiedere il loro pagamento. Si deve pertanto entrare nel merito del ricorso.
2.
Il ricorso in materia di diritto pubblico può essere presentato per violazione del diritto, così come stabilito dagli art. 95 e 96 LTF. Il Tribunale federale esamina d'ufficio l'applicazione del diritto federale (art. 106 cpv. 1 LTF), non essendo vincolato né dagli argomenti sollevati nel ricorso né dai motivi addotti dall'autorità precedente. Tuttavia, tenuto conto dell'onere di allegazione e motivazione imposto dall'art. 42 cpv. 1 e 2 LTF (sulle esigenze di motivazione cfr. <ref-ruling> consid. 2 pag. 88 seg. con riferimenti), il cui mancato rispetto conduce all'inammissibilità del gravame (art. 108 cpv. 1 lett. b LTF), esso considera di regola solo gli argomenti proposti nell'atto di ricorso (<ref-ruling> consid. 2 pag. 89 con riferimenti). Quanto ai fatti, in linea di principio il Tribunale federale fonda il suo ragionamento giuridico sugli accertamenti fattuali operati dall'autorità inferiore (art. 105 cpv. 1 LTF) e vi si può scostare solo se è stato effettuato in modo manifestamente inesatto (<ref-ruling> consid. 2.1 pag. 18 con riferimenti, rispettivamente 137 I 58 consid. 4.1.2 pag. 62 seg.) o in violazione del diritto ai sensi dell'art. 95 LTF (art. 105 cpv. 2 LTF), e a condizione che l'eliminazione dell'asserito vizio possa influire in maniera determinante sull'esito della causa (art. 97 cpv. 1 LTF).
3.
Per negare a Swica la legittimazione a chiedere il pagamento dei premi da gennaio 2014 ad aprile 2016, il Tribunale cantonale si è fondato su due tesi. In primo luogo i giudici cantonali hanno esposto che solo la Cassa cantonale, che ha versato il sussidio nell'ambito delle prestazioni complementari direttamente alla cassa malati, è legittimata a richiedere il pagamento dei premi, rispettivamente il rimborso della riduzione del premio. L'importo versato dalla Cassa cantonale alla cassa malati non deve infatti esserle retrocesso. A dimostrazione di questa tesi, il Tribunale cantonale si riferisce alla normativa cantonale, in particolare all'art. 49 della legge di applicazione della legge federale sull'assicurazione malattie (LCAMal) del 26 giugno 1997 (Raccolta sistematica ticinese 853.100). In secondo luogo i giudici cantonali menzionano la procedura pendente davanti alla Cassa cantonale relativa alla domanda di condono. Se questa domanda dovesse essere accolta, l'interessato non dovrebbe più rimborsare alcunché.
4.
4.1. L'insorgente fa valere che il Tribunale cantonale è incorso in un accertamento manifestamente inesatto dei fatti. Infatti, Swica, dopo la soppressione con effetto retroattivo del sussidio a carico delle prestazioni complementari per il pagamento dei premi di cassa malati, ha restituito alla Cassa cantonale gli importi ricevuti. Swica è quindi legittimata a richiedere il pagamento dei premi per il periodo da gennaio 2014 ad aprile 2016. Del resto, la giurisprudenza federale ha già riconosciuto agli assicuratori malattia il diritto / obbligo di richiedere il pagamento dei premi, a prescindere dal fatto che debba essere ancora accertato un eventuale diritto al sussidio cantonale al pagamento dei premi. Il fatto che la procedura di condono sia pendente davanti alla Cassa cantonale sarebbe quindi ininfluente sul suo diritto a richiedere il pagamento dei premi.
4.2. Con scritto del 4 giugno 2019 l'opponente chiede di respingere il ricorso e di confermare il giudizio impugnato, invocando la normativa cantonale in merito.
5.
5.1. Preliminarmente va osservato che la fattispecie come descritta dal Tribunale cantonale non è contestata dalle parti. I fatti così accertati sono vincolanti per il Tribunale federale (consid. 2). La soppressione della riduzione del premio riconosciuta dalla Cassa cantonale nell'ambito delle prestazioni complementari con effetto retroattivo da gennaio 2014 ad aprile 2016 è pacifica, come pure il fatto che gli importi di riduzione dei premi sono stati direttamente versati a Swica, in applicazione del diritto cantonale (art. 41 cpv. 1 LCAMal). In seguito alla soppressione della riduzione, restano dovuti fr. 29'397.60 corrispondenti ai premi di A._ e dei suoi familiari per il periodo sopracitato. La circostanza che la procedura di condono sia ancora sospesa davanti alla Cassa cantonale non è neppure contestata.
5.2. In alcune vertenze che riguardavano la riduzione dei premi da parte dei cantoni per gli assicurati di condizione economica modesta (art. 65 cpv. 1 LAMal), il Tribunale federale ha già avuto l'occasione di osservare come, in caso di versamento del sussidio direttamente all'assicuratore malattia, il cantone si sostituisce all'assicurato per quanto riguarda il pagamento dei premi. Se tuttavia l'assicurato non beneficia più della riduzione del premio, egli è tenuto a pagare direttamente all'assicuratore malattia l'importo dei premi. Inversamente, l'assicuratore malattia ha il diritto / dovere di riscuotere il pagamento dei premi (sentenza 9C_5/2008 del 13 febbraio 2008 consid. 1.4 con i riferimenti, v. anche GEBHARD EUGSTER, Rechtsprechung des Bundesgerichts zum KVG, 2a ed. 2018, n. 5 ad art. 65 LAMal e SZS 2003 pag. 545).
5.3.
5.3.1. Nella fattispecie, anche se la riduzione, rispettivamente la completa presa a carico, del premio è stata riconosciuta nell'ambito del diritto alle prestazioni complementari (art. 10 cpv. 3 lett. d LPC), la soluzione non può essere diversa. Il sussidio è stato versato direttamente a Swica. Venendo a mancare il diritto alla riduzione del premio, soppresso con effetto retroattivo, all'assicuratore malattia deve essere di nuovo riconosciuta la legittimazione per richiedere il versamento del premio. In altre parole si ristabilisce la situazione anteriore al riconoscimento (poi revocato) del sussidio in base alle prestazioni complementari. L'assicurato resta pertanto debitore del premio di cassa malati, i cui importi sono da ricalcolare senza tenere conto della mancata riduzione.
5.3.2. Il riferimento del Tribunale cantonale alla normativa cantonale (art. 49 LCAMal) non muta l'esito della vertenza né permette di mettere in discussione la costante giurisprudenza federale sopracitata (consid. 5.2 in fine). Con la norma cantonale si intende disciplinare la restituzione delle riduzioni dei premi indebitamente percepite, precisando che queste vanno restituite alla Cassa cantonale in caso di soppressione delle prestazioni complementari. Questo va da sé, anche perché spetta alla Cassa cantonale decidere sulla presa a carico dei premi di assicurazione malattia nell'ambito dell'art. 10 cpv. 3 lett. d LPC, quindi su un'eventuale restituzione, come anche sul loro condono. L'obbligo di pagare i premi di cassa malati si fonda invece su un altro rapporto giuridico che lega l'assicurato al proprio assicuratore malattia. In applicazione dell'art. 61 LAMal incombe di regola all'assicurato pagare il premio. Per quanto riguarda tale obbligo, il Cantone si sostituisce all'assicurato solo nella misura in cui quest'ultimo ha diritto a una riduzione del premio, ciò che è stato appunto negato nella fattispecie (sia pure con effetto retroattivo).
5.3.3. L'esistenza di una procedura di condono pendente davanti alla Cassa cantonale non è neppure di alcun pregio per l'assicurato. Infatti, come già precisato nella sentenza 9C_5/2008 sopracitata consid. 2, non vi è alcun obbligo per l'assicuratore malattia di sospendere la procedura di incasso dei premi fino a quando la vertenza sul diritto alla riduzione dei premi sarà conclusa. Non si vede quindi per quale ragione dovrebbe essere adottata nel caso specifico una soluzione diversa. Inoltre, anche se la procedura relativa alla restituzione delle riduzioni dei premi dovesse concludersi positivamente per l'assicurato, egli rimarrebbe comunque debitore dei premi di cassa malati nei confronti di Swica, avendo eventualmente diritto al riconoscimento di un importo come previsto dall'art. 10 cpv. 3 lett. d LPC da parte della Cassa cantonale.
5.4. Alla luce di quanto precede si deve concludere che l'insorgente ha la legittimazione per chiedere il rimborso dei premi di cassa malati per il periodo litigioso. Il giudizio cantonale va annullato con conferma della decisione su opposizione dell'assicuratore malattia.
6.
Le spese giudiziarie, che seguono la soccombenza, devono essere poste a carico dell'opponente (art. 66 cpv. 1 LTF). La ricorrente non ha diritto alle spese ripetibili (art. 68 cpv. 3 LTF).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1.
Il ricorso è accolto. La sentenza del Tribunale delle assicurazioni del Cantone Ticino del 14 marzo 2019 è annullata e la decisione su opposizione della SWICA Assicurazione malattia SA del 7 dicembre 2018 confermata.
2.
Le spese giudiziarie di fr. 2000.- sono poste a carico dell'opponente.
3.
Comunicazione alle parti, al Tribunale delle assicurazioni del Cantone Ticino e all'Ufficio federale della sanità pubblica.