Sachverhalt:
A.
Die B._ GmbH (Klägerin, Beschwerdegegnerin) mietete von der A._ AG (Beklagte, Beschwerdeführerin) das Tenniscenter C._ in U._. Im Laufe des Mietverhältnisses kam es zu Unstimmigkeiten zwischen den Parteien.
B.
Am 1. September 2017 und am 24. November 2017 reichte die Klägerin bei der Schlichtungsbehörde für Miete und Pacht des Bezirks Bremgarten ein Schlichtungsgesuch gegen die Beklagte ein. Die Schlichtungsbehörde eröffnete für die beiden Gesuche je ein Verfahren und führte am 11. Dezember 2017 beide Schlichtungsverhandlungen durch. Da sich die Parteien in beiden Verfahren nicht einigten, stellte die Schlichtungsbehörde gleichentags für jedes Verfahren eine Klagebewilligung aus.
Die Klägerin erhob am 11. Januar 2018 am Bezirksgericht Bremgarten Klage. Sie fasste dabei Ansprüche aus beiden Schlichtungsverfahren zusammen und beantragte in einer einzigen Klage das Folgende:
"1. Die Beklagte sei zu verpflichten, der Klägerin infolge der Kosten der von letzterer getätigten Ersatzvornahmen CHF 24'338.45 zu bezahlen.
2. Es sei der monatliche Mietzins ab 2. Juni 2017 bis 10. Juli 2017 um 3 % zu reduzieren und die Beklagte folglich zu verpflichten, der Klägerin CHF 429.40 zu bezahlen.
3. Die Beklagte sei zu verpflichten, der Klägerin infolge Ausfalls der Kühlanlage Schadenersatz von CHF 70.00 zu bezahlen.
4. Die Beklagte sei zu verpflichten, der Klägerin den Zugang zur Werkstatt über die ordentliche Zufahrt zu gewähren.
5. Die Beklagte sei zu verpflichten, der Klägerin entlang der Zufahrt zur Werkstatt einen Platz zum Deponieren einer Palette mit Reparatursand sowie zwei Grüncontainern einzuräumen.
6. Die Beklagte sei zu verpflichten, der Klägerin das Trennnetz sowie die zwei Ständer für die Schleppnetze und Besen in der Traglufthalle wieder zur Verfügung zu stellen.
7. Die Beklagte sei zu verpflichten, der Klägerin eine Parteientschädigung im Umfang dieser entstehenden Anwaltskosten zu bezahlen.
8. Die Gerichtskosten seien der Beklagten aufzuerlegen."
Mit Eingabe vom 15. März 2018 ergänzte die Klägerin ihre Klagebegehren dahingehend, dass die bei der Gerichtskasse hinterlegten Mietzinse im Umfang der geltend gemachten Ansprüche zu Gunsten der Klägerin freizugeben seien.
Mit Zwischenentscheid vom 13. Juli 2018 trat die Gerichtspräsidentin des Bezirksgerichts auf die Klage ein. Die dagegen von der Beklagten erhobene Berufung wies das Obergericht des Kantons Aargau mit Entscheid vom 19. Februar 2019 ab.
C.
Gegen den Entscheid des Obergerichts erhob die Beschwerdeführerin Beschwerde in Zivilsachen an das Bundesgericht. Sie beantragte, der Entscheid des Obergerichts sei aufzuheben und auf die Klage der Beschwerdegegnerin sei nicht einzutreten. Die Kosten der vorinstanzlichen Verfahren seien der Beschwerdegegnerin aufzuerlegen und die Beschwerdegegnerin sei zu verpflichten, der Beschwerdeführerin für die vorinstanzlichen Verfahren eine angemessene Parteientschädigung zu bezahlen. Eventualiter sei die Sache an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Die Beschwerdegegnerin beantragte, die Beschwerde sei abzuweisen. Die Vorinstanz verzichtete auf Vernehmlassung. Die Beschwerdeführerin replizierte.
Mit Präsidialverfügung vom 21. Mai 2019 wurde der Beschwerde mangels Opposition die aufschiebende Wirkung erteilt.

Erwägungen:
1.
Das Bundesgericht prüft von Amtes wegen und mit freier Kognition, ob ein Rechtsmittel zulässig ist (<ref-law>; <ref-ruling> E. 2.1 mit Hinweisen).
Mit Zwischenentscheid vom 13. Juli 2018 trat das Bezirksgericht auf die Klage der Beschwerdegegnerin ein. Es entschied, dass eine gültige Klagebewilligung vorliege und das Bezirksgericht sachlich zuständig sei. Das Obergericht des Kantons Aargau bestätigte mit dem angefochtenen Entscheid beide Punkte. Dieser selbstständig eröffnete Vor- und Zwischenentscheid betrifft die Zuständigkeit des angerufenen Gerichts und kann somit nach <ref-law> mit Beschwerde beim Bundesgericht angefochten werden (vgl. <ref-ruling> E. 1.3; Urteile 4A_509/2015 vom 11. Februar 2016 E. 1; 4A_28/2013 vom 3. Juni 2013 E. 1.1, nicht publ. in: <ref-ruling>).
Nach dem Grundsatz der Einheit des Verfahrens sind Vor- und Zwischenentscheide mit dem in der Hauptsache zulässigen Rechtsmittel anzufechten (<ref-ruling> E. 1.4; <ref-ruling> E. 2.2). Das vorinstanzliche Verfahren betrifft eine mietrechtliche Angelegenheit mit einem Streitwert von über Fr. 15'000.--. In der Hauptsache ist demnach gemäss <ref-law> die Beschwerde in Zivilsachen gegeben, womit diese auch gegen den angefochtenen Zwischenentscheid offen steht. Auf die Beschwerde ist daher einzutreten, unter Vorbehalt einer hinlänglichen Begründung (Art. 42 Abs. 2 und Art. 106 Abs. 2 BGG).
2.
Die Beschwerdegegnerin leitete als Mieterin gegen die Beschwerdeführerin als Vermieterin zwei Schlichtungsverfahren ein, nämlich mit Schlichtungsgesuch vom 1. September 2017 und vom 24. November 2017. Ab November 2017 hinterlegte sie den Mietzins. Die Schlichtungsbehörde eröffnete für jedes Schlichtungsgesuch ein Verfahren und führte am 11. Dezember 2017 die Schlichtungsverhandlungen durch. Mangels Einigung stellte sie gleichentags für jedes Verfahren eine Klagebewilligung aus. Die Beschwerdegegnerin erhob am Bezirksgericht fristgerecht Klage gegen die Beschwerdeführerin und machte darin Ansprüche aus beiden Schlichtungsverfahren geltend. Dagegen brachte die Beschwerdeführerin vor den Vorinstanzen vor, dass die Beschwerdegegnerin ihre Ansprüche aus zwei Schlichtungsverfahren nicht in einer einzigen Klage habe zusammenfassen dürfen. Es liege daher für die vereinigte Klage keine gültige Klagebewilligung vor. Zudem sei das Handelsgericht und nicht das Bezirksgericht zuständig.
Die Vorinstanz verwarf beide Vorbringen. Sie kam zusammengefasst zum Schluss, die Beschwerdegegnerin habe die Ansprüche, die sie in zwei Schlichtungsgesuchen anhängig gemacht habe, in einer Klage nach <ref-law> vereinigen können. Es sei der Erstinstanz keine Rechtsverletzung vorzuwerfen, wenn sie vom Vorliegen gültiger Klagebewilligungen ausgegangen sei. Die Beschwerdegegnerin mache in ihrer Klage Ansprüche auf Mängelbeseitigung, Mietzinsherabsetzung und Schadenersatz zufolge von Mängeln an der Mietsache geltend. Die Mietzinsen seien ab November 2017 hinterlegt worden. An den Schlichtungsverhandlungen vom 11. Dezember 2017 seien in den beiden von der Beschwerdegegnerin eingeleiteten Schlichtungsverfahren sämtliche vorliegend eingeklagten Ansprüche verhandelt worden. Nachdem die erstinstanzlich eingeklagten Ansprüche allesamt im Rahmen eines Hinterlegungsverfahrens geltend gemacht worden seien, komme streitwertunabhängig das vereinfachte Verfahren nach <ref-law> zur Anwendung. Zur Beurteilung der Klagebegehren sei somit nicht das Handelsgericht, sondern das angerufene Bezirksgericht zuständig. Dieses sei daher zu Recht auf die Klage der Beschwerdegegnerin eingetreten.
3.
3.1. Dagegen beharrt die Beschwerdeführerin vor Bundesgericht auf ihrem Standpunkt, dass eine unzulässige Verfahrensvereinigung vorliege. Die Beschwerdegegnerin habe die mit zwei separaten Schlichtungsgesuchen anhängig gemachten Ansprüche nicht in einer Klage vereinigen dürfen. Indem die Vorinstanz davon ausgegangen sei, die Beschwerdegegnerin habe eine gültige Klagebewilligung für ihre Klage vorweisen können, verletzte sie Art. 59, Art. 62 Abs. 1, Art. 64 Abs. 1, Art. 90 und <ref-law>.
3.2. Das Gericht tritt auf eine Klage ein, sofern die Prozessvoraussetzungen erfüllt sind (<ref-law>). Wo dem Prozess ein Schlichtungsversuch vorauszugehen hat, ist das Vorliegen einer gültigen Klagebewilligung der Schlichtungsbehörde nach <ref-law> eine Prozessvoraussetzung, die das Gericht gemäss <ref-law> von Amtes wegen zu prüfen hat (<ref-ruling> E. 2.1; <ref-ruling> E. 3.2; <ref-ruling> E. 2.1).
Die Beschwerdegegnerin machte mit dem Schlichtungsgesuch vom 1. September 2017 die Klagebegehren Ziff. 1 bis 5 (Ziff. 1 im Teilbetrag von Fr. 19'436.25) rechtshängig, mit dem Schlichtungsgesuch vom 24. November 2017 die Begehren Ziff. 6 und Ziff. 1 im Umfang von Fr. 4'902.20. Es ist unbestritten, dass für alle von der Beschwerdegegnerin in der Klage gestellten Rechtsbegehren eine Klagebewilligung vorliegt. Unstrittig ist auch, dass für jeden der mit Klage geltend gemachten Ansprüche ein korrekt durchgeführter Schlichtungsversuch vor der zuständigen Schlichtungsbehörde stattgefunden hat (vgl. dazu: <ref-ruling> E. 2.1 f.). Die Beschwerdeführerin beruft sich auch nicht darauf, dass die Beschwerdegegnerin vor Gericht unzulässigerweise neue oder geänderte Ansprüche geltend mache, als sie am 15. März 2018 ihre Klage dahingehend ergänzte, dass die bei der Gerichtskasse hinterlegten Mietzinse im Umfang der geltend gemachten Ansprüche freizugeben seien (vgl. dazu: Urteile 4A_266/2016 vom 25. Juli 2016 E. 3; 4A_482/2015 vom 7. Januar 2016 E. 2.1).
Fraglich ist einzig, ob die Beschwerdegegnerin Ansprüche, die sie in zwei separaten Schlichtungsgesuchen anhängig machte, erst in ihrer Klage vor Gericht vereinigen konnte.
3.3. Nach <ref-law> kann der Kläger mehrere Ansprüche gegen dieselbe Partei in einer Klage vereinigen, sofern das gleiche Gericht dafür sachlich zuständig (lit. a) und die gleiche Verfahrensart anwendbar ist (lit. b). Sind diese Voraussetzungen gegeben, steht es dem Kläger zu, ob er mehrere Ansprüche gegen dieselbe Partei in einer einzigen Klage vereinigt oder je separat geltend macht (Urteil 4A_658/2012 vom 15. April 2013 E. 2.3). Die Klagenhäufung ist somit ein Wahlrecht des Klägers (<ref-ruling> E. 3.2.3; <ref-ruling> E. 4.2.4). Dem Gericht steht es immerhin frei, selbstständig eingereichte Klagen zur Vereinfachung des Prozesses zu vereinigen und gemeinsam eingereichte Klagen zu trennen (<ref-law>).
Der Kläger kann bereits im Schlichtungsgesuch mehrere Ansprüche gegen den Beklagten geltend machen. Es ist aber auch möglich, dass der Kläger für einzelne Ansprüche gegen den Beklagten separate Schlichtungsverfahren anstrengt und die Ansprüche erst anschliessend im Gerichtsverfahren vereinigt. Neben den Anforderungen von <ref-law> ist dafür vorausgesetzt, dass die Klage für alle Ansprüche rechtzeitig im Sinne von Art. 209 Abs. 3 und 4 ZPO erhoben wurde (François Bohnet, Commentaire Romand, Code de procédure civile, 2. Aufl. 2019, N. 3 zu <ref-law>).
3.4. Kann der Kläger separate Schlichtungsverfahren gegen den Beklagten einleiten und erstmals vor Gericht mehrere Ansprüche gegen diesen in einer Klage zusammenfassen, muss es auch zulässig sein, dass er dem Gericht mehr als eine Klagebewilligung einreicht. Das Vorliegen einer gültigen Klagebewilligung ist eine Prozessvoraussetzung (dazu Erwägung 3.2). Gemeint ist damit aber nicht, dass eine einzige Klagebewilligung für die in einer Klage geltend gemachten Ansprüche vorzuliegen hat. Vielmehr dient die Klagebewilligung als Nachweis, dass über die Ansprüche ein Schlichtungsversuch vor der Schlichtungsbehörde stattgefunden hat, aber keine Einigung zwischen den Parteien erzielt werden konnte (<ref-law>). Aus wie vielen verschiedenen Klagebewilligungen sich solches ergibt, ist - unter dem Vorbehalt des Rechtsmissbrauchs (<ref-law>) - irrelevant.
3.5. Die Beschwerdegegnerin verlangte in ihrer Klage von der Beschwerdeführerin die Übernahme der Kosten der von ihr getätigten Ersatzvornahmen, die Herabsetzung des Mietzinses, Schadenersatz, die Beseitigung von verschiedenen Mängeln und die Freigabe der hinterlegten Mietzinsen. Die Mängelrechte beruhen alle auf dem gleichen Mietverhältnis der Parteien und betreffen das gleiche Mietobjekt. Für diese Ansprüche ist das gleiche Gericht sachlich zuständig und auch die gleiche Verfahrensart anwendbar, wie nachher noch gezeigt wird (Erwägung 4.4). Da die Beschwerdegegnerin die Klage unbestrittenermassen fristgerecht im Sinne von <ref-law> erhob, konnte sie ihre Ansprüche, die sie in zwei separaten Schlichtungsgesuchen anhängig gemacht hatte, in einer Klageschrift vereinigen. Damit ist auch nicht zu beanstanden, dass die Beschwerdegegnerin zwei Klagebewilligungen einreichte.
3.6. Was die Beschwerdeführerin im Weiteren dagegen vorbringt, vermag daran nichts zu ändern.
3.6.1. Sie trägt vor, mit Einreichung der Schlichtungsgesuche seien die jeweils geltend gemachten Ansprüche rechtshängig geworden. Solange die Rechtshängigkeit bestehe, verbleibe für eine Klagenhäufung nach <ref-law> kein Raum. Vielmehr könne einzig das Gericht nach <ref-law> selbstständig eingereichte Klagen zur Vereinfachung eines Prozesses vereinigen.
Es ist zutreffend, dass die Zivilprozessordnung einzig bestimmt, dass das Gericht selbstständig eingereichte Klagen zur Vereinfachung des Prozesses vereinigen kann (<ref-law>). Nicht ausdrücklich geregelt ist, dass der Kläger Ansprüche, die er in zwei separaten Schlichtungsgesuchen anhängig machte, in einer einzigen Klage zusammenfassen kann. Das kann aber aus <ref-law> abgeleitet werden (dazu oben Erwägung 3.3).
Auch die bereits bestehende Rechtshängigkeit steht einer solchen parteiautonomen "Prozessvereinigung" durch den Kläger nicht entgegen: Geht dem Entscheidverfahren ein Schlichtungsversuch vor einer Schlichtungsbehörde voraus (<ref-law>), begründet die Einreichung des Schlichtungsgesuchs die Rechtshängigkeit (<ref-law>). Die Rechtshängigkeit bewirkt insbesondere, dass der Streitgegenstand zwischen den gleichen Parteien nicht anderweitig rechtshängig gemacht werden kann (<ref-law>) und die örtliche Zuständigkeit erhalten bleibt (<ref-law>). Sie führt auch zu einer Fixierung des Streitgegenstandes und der Prozessparteien (<ref-ruling> E. 3.1.3.1 mit Hinweisen).
Die Rechtshängigkeit bewirkt damit zwar die Fixierung des Streitgegenstandes, sie schliesst aber dessen Änderung nicht kategorisch aus. Eine Modifikation ist aber nur unter den gesetzlich vorgesehenen, restriktiven Voraussetzungen möglich (<ref-ruling> E. 3.1.3.1; Urteile 4A_266/2016 vom 25. Juli 2016 E. 3; 4A_482/2015 vom 7. Januar 2016 E. 2.1), eine Änderung des Streitgegenstandes im erstinstanzlichen Verfahren also nur unter den Voraussetzungen von Art. 227 und Art. 230 ZPO. Danach kann die Partei unter bestimmten Voraussetzungen trotz Rechtshängigkeit ihren geltend gemachten Anspruch ändern oder selbst neue Ansprüche ins Verfahren einführen. Darüberhinaus kann der Prozessgegner über die Widerklage neue Ansprüche ins hängige Verfahren einbringen (<ref-law>). Wenn nach der Rechtshängigkeit sogar solches zulässig ist, ist nicht ersichtlich, warum die Rechtshängigkeit einer Klagenhäufung entgegenstehen sollte, bei der lediglich unterschiedliche Ansprüche aus zwei verschiedenen Schlichtungsverfahren in einer gemeinsamen Klage zusammengefasst werden.
3.6.2. Die Beschwerdeführerin trägt vor, die Beschwerdegegnerin habe sich bewusst dafür entschieden, zwei separate Schlichtungsgesuche mit einem Streitwert von jeweils unter Fr. 30'000.-- einzuleiten, um die Zuständigkeit des Handelsgerichts zu umgehen.
Sofern sie damit der Beschwerdegegnerin ein rechtsmissbräuchliches Verhalten unterstellt, geht ihre Rüge fehl: Wie jedes Handeln unterliegt auch die von der Beschwerdegegnerin vorgenommene Klagenhäufung dem Rechtsmissbrauchsverbot (dazu Erwägung 3.4). Ob Rechtsmissbrauch vorliegt, ist anhand der konkreten Umstände des Einzelfalls zu bestimmen. Die Partei, die der anderen Rechtsmissbrauch vorwirft, hat die besonderen Umstände nachzuweisen, auf Grund derer anzunehmen ist, dass Rechtsmissbrauch vorliegt (<ref-ruling> E. 5.2; <ref-ruling> E. 3.3.1 S. 170; <ref-ruling> E. 2.1).
Diesen Anforderungen kommt die Beschwerdeführerin mit ihrem pauschalen, nicht weiter ausgeführten Vorwurf nicht nach. Unabhängig davon, macht es vorliegend nicht den Eindruck, dass die Beschwerdegegnerin sich in rechtsmissbräuchlicher Art und Weise dafür entschieden hätte, zwei Prozesse mit Streitwerten von je unter Fr. 30'000.-- einzuleiten, "um die Zuständigkeit des Handelsgerichts zu umgehen". Vielmehr scheint es, dass die Beschwerdegegnerin ein zweites Schlichtungsgesuch einreichte, weil zwei Monate nach dem ersten Gesuch weitere Mängel am Mietobjekt auftauchten und sie weitere Ersatzvornahmen tätigte. Im Übrigen ist fraglich, braucht aber nicht beurteilt zu werden (dazu unten Erwägung 4.6), ob der Streitwert all er Ansprüche die Streitwertgrenze nach <ref-law> von Fr. 30'000.-- überschreiten würde und daher eine Klage am Handelsgericht überhaupt möglich wäre.
3.6.3. Die Beschwerdeführerin moniert, die Einreichung beider Klagebewilligungen stelle eine "unzulässige Auswahlsendung" dar. Sie könne nicht einfach im Ungewissen gelassen werden, welches Verfahren prosequiert werde. Hätte die Beschwerdegegnerin beide Verfahren prosequieren wollen, so hätte sie dies separat tun müssen.
Inwiefern für die Beschwerdeführerin durch die Klagenhäufung der Beschwerdegegnerin eine Unsicherheit bestanden hätte, legt sie mit diesen allgemeinen Ausführungen nicht hinreichend dar. Solches ist auch nicht ersichtlich: Aufgrund der in der Klageschrift gestellten Rechtsbegehren konnte sich die Beschwerdeführerin im vorliegenden Fall ohne Weiteres im Klaren sein, welche Ansprüche aus den Schlichtungsverfahren die Beschwerdegegnerin prosequierte.
3.6.4. Die Beschwerdeführerin bringt vor, dass die korrekte, separate Prosequierung der beiden Verfahren zu höheren Kostenvorschüssen, Gerichtskosten und Parteientschädigungen geführt hätte.
Es ist zwar denkbar, dass je nach Ausgestaltung des kantonalen Tarifs höhere Gerichtskosten und Parteientschädigungen anfallen können, wenn zwei separate statt eine gemeinsame Klage eingereicht wird. Im Umstand, dass sich aus der Klagenhäufung allenfalls eine Ersparnis bei den Prozesskosten ergibt, kann aber keine Verletzung von schützenswerten Interessen der Beschwerdeführerin erblickt werden. Vielmehr ist dies eine hinzunehmende Folge des Wahlrechts der Beschwerdegegnerin (dazu oben Erwägung 3.3), ob sie ihre Ansprüche gegen die Beschwerdeführerin in einer oder mehreren Klagen geltend macht.
3.7. Zusammenfassend konnte die Beschwerdegegnerin somit ihre Ansprüche, die sie in zwei separaten Schlichtungsgesuchen anhängig machte, in einer Klage vereinigen.
4.
4.1. Die Beschwerdeführerin rügt, die Beschwerdegegnerin habe zunächst diverse Ansprüche mit ihrem ersten Schlichtungsgesuch vom 1. September 2017 rechtshängig gemacht und erst danach die Hinterlegung der Mietzinse angedroht und diese anschliessend hinterlegt. Die Vorinstanz gehe irrtümlich davon aus, dass es bei der Klage um eine Streitigkeit der Hinterlegung der Mietzinse nach <ref-law> gehe. Es gehe aber nicht an, den Mietzins erst im Nachhinein zu hinterlegen und damit die Zuständigkeit des Handelsgerichts zu umgehen. Sonst könne die handelsgerichtliche Zuständigkeit bei jeder mietrechtlichen Streitigkeit jederzeit dadurch umgangen werden, dass ein einziger Mietzins hinterlegt werde. Da sämtliche Voraussetzungen von <ref-law> erfüllt seien und das vereinfachte Verfahren nach <ref-law> nicht zur Anwendung komme, sei für die Klage der Beschwerdegegnerin das Handelsgericht zuständig. Die Vorinstanz habe Art. 259g, Art. 259h und <ref-law> i.V.m. Art. 243 Abs. 2 lit. c und <ref-law> verletzt.
4.2. Nach <ref-law> gilt das vereinfachte Verfahren einerseits für vermögensrechtliche Streitigkeiten bis zu einem Streitwert von Fr. 30'000.-- (Abs. 1). Andererseits kommt es nach Abs. 2 für bestimmte Streitigkeiten ohne Rücksicht auf den Streitwert zur Anwendung. Insbesondere gilt nach <ref-law> das vereinfachte Verfahren ohne Rücksicht auf den Streitwert für Streitigkeiten aus Miete und Pacht von Wohn- und Geschäftsräumen sowie aus landwirtschaftlicher Pacht, sofern die Hinterlegung von Miet- und Pachtzinsen, der Schutz vor missbräuchlichen Miet- und Pachtzinsen, der Kündigungsschutz oder die Erstreckung des Miet- oder Pachtverhältnisses betroffen ist.
Das Bundesgericht hat sich bereits mehrfach zum Begriff des "Kündigungsschutzes" nach <ref-law> geäussert und dabei den Begriff zum Schutze des Mieters weit verstanden (<ref-ruling> E. 1.2.2.1; <ref-ruling> E. 4, 402 E. 2, 515 E. 2.2.4, 690 E. 3.1; <ref-ruling> E. 5). Vorliegend ist nun strittig, ob es sich bei der Klage der Beschwerdegegnerin um eine Streitigkeit handelt, bei der die "Hinterlegung von Mietzinsen" nach <ref-law> betroffen ist. Dafür ist der Begriff der "Hinterlegung von Mietzinsen" zu klären, wozu das Bundesgericht bis anhin noch keine Gelegenheit hatte.
4.3. In der Lehre und kantonalen Rechtsprechung ist der Anwendungsbereich des Begriffs der Mietzinshinterlegung nach <ref-law> umstritten.
Nach einem Teil der Lehre fallen unabhängig vom Streitwert alle im Hinterlegungsverfahren geltend gemachten Mängelrechte nach <ref-law> darunter (Michel Heinzmann, La procédure simplifiée, Habil., 2018, Rz. 118; Stephan Mazan, Basler Kommentar, Schweizerische Zivilprozessordnung, 3. Aufl. 2017, N. 19b zu <ref-law>; wohl auch Bernd Hauck; in: Kommentar zur Schweizerischen Zivilprozessordnung [ZPO], Sutter-Somm/Hasenböhler/Leuenberger [Hrsg.], 3. Aufl. 2016, N. 20 zu <ref-law>). In diesem Sinn erwog das Obergericht des Kantons Zürich, dass der Begriff der Hinterlegung nach <ref-law> so zu verstehen sei, dass davon sämtliche Mängelrechte nach <ref-law> umfasst würden, welche der Mieter im konkreten Fall zu haben glaube und im Rahmen des Hinterlegungsverfahrens durchsetzen wolle (Urteil des Obergerichts des Kantons Zürich vom 13. November 2015, ZR 115 [2016], Nr. 6, S. 33 f., E. 4.4 insb. E. 4.4.3.b; zustimmend: Raymond Bisang/Zinon Koumbarakis, SVIT-Kommentar, Das schweizerische Mietrecht, 4. Aufl. 2018, N. 117 i.Vm. N. 90 zum Schlichtungsverfahren und gerichtlichen Verfahren in Mietsachen; Beat Brüllhardt / Richard Püntener, Mietrecht für die Praxis, 9. Aufl. 2016, S. 103 Fn. 30; Thomas Engler, Das vereinfachte Verfahren im Zivilprozess, ZZZ 39 [2016], S. 220 ff., S. 224 f.; Andreas Maag, Urteil des Bundesgerichts 4A_270/2015 vom 14. April 2016, MRA 2016 S. 156 ff., S. 165; Richard Püntener, Zivilprozessrecht für die Mietrechtspraxis, 2016, Rz. 891 Fn. 1179; Paola Wullschleger, Sachliche Zuständigkeit des Handelsgerichts in Mietsachen, ZZZ 38 [2016], S. 178 ff., S. 182).
Eine andere Lehrmeinung schränkt obige Definition ein. Erfasst seien Mängelrechte, die nach erfolgter Hinterlegung im Hinterlegungsverfahren geltend gemacht würden (Patricia Dietschy-Martenet, Bail à loyer et procédure civile, 2018, Rz. 330; Manfred Strik, Das Verfahrensrecht bei der Wohn- und Geschäftsraummiete nach der Schweizerischen Zivilprozessordnung [ZPO], 2018, Rz. 263; François Bohnet, in: Bohnet/Carron/Montini [Hrsg.], Droit du bail à loyer et à ferme, 2. Aufl. 2017, N. 3 zu Art. 243 - 247 ZPO, derselbe, Le droit du bail en procédure civile suisse, in: Bohnet/Wessner [Hrsg.], 16e Séminaire sur le droit du bail, 2010, Rz. 111), oder Mängelrechte bzw. Schadenersatzansprüche, welche die Hinterlegung ergänzten oder rechtfertigten (Carole Aubert, in: Bohnet/Carron/Montini [Hrsg.], Droit du bail à loyer et à ferme, 2. Aufl. 2017, N. 2 zu Art. 259h-259i OR; David Lachat, Le bail à loyer, édition 2019, Rz. 4.4.3 S. 173; David Lachat / Boris Lachat, Procédure civile en matière de baux et loyers, édition 2019, Rz. 3.2.1 S. 226).
Hofmann/Lüscher sind schliesslich der Auffassung, dass als Hinterlegung nur die Mängelbeseitigung bzw. deren Ersatzvornahme gelte, nicht aber ein Schadenersatzanspruch von über Fr. 30'000.-- (David Hofmann/Christian Lüscher, Le Code de procédure civile, 2. Aufl. 2015, S. 222 Fn. 609; offengelassen: Laurent Killias, Berner Kommentar, Schweizerische Zivilprozessordnung, 2012, N. 51 zu <ref-law>; Urteil des Kantonsgerichts St. Gallen vom 29. Juni 2016, GVP 2016 Nr. 57, E. III.1a.bb).
4.4.
4.4.1. Das Gesetz muss in erster Linie aus sich selbst heraus, das heisst nach dem Wortlaut, Sinn und Zweck und den ihm zugrunde liegenden Wertungen auf der Basis einer teleologischen Verständnismethode ausgelegt werden. Die Gesetzesauslegung hat sich vom Gedanken leiten zu lassen, dass nicht schon der Wortlaut die Norm darstellt, sondern erst das an Sachverhalten verstandene und konkretisierte Gesetz. Gefordert ist die sachlich richtige Entscheidung im normativen Gefüge, ausgerichtet auf ein befriedigendes Ergebnis der ratio legis. Dabei befolgt das Bundesgericht einen pragmatischen Methodenpluralismus und lehnt es namentlich ab, die einzelnen Auslegungselemente einer hierarchischen Prioritätsordnung zu unterstellen (<ref-ruling> E. 2.1 mit Hinweisen).
4.4.2. Für Streitigkeiten des Miet- und Pachtrechts gilt für die Anwendbarkeit des vereinfachten Verfahrens grundsätzlich die Streitwertgrenze von Fr. 30'000.-- nach <ref-law>. Für "besonders sensible Materien des sozialen Privatrechts" wurde in Abs. 2 der Bestimmung aber vorgesehen, dass das vereinfachte Verfahren ohne Rücksicht auf den Streitwert zur Anwendung gelangt (Botschaft zur Schweizerischen Zivilprozessordnung [ZPO] vom 28. Juni 2006, BBl 2006 S. 7221 ff., S. 7346). Währenddem der Entwurf des Bundesrats lediglich "im Kernbereich des Mieterschutzes (Kündigungsschutz und Schutz vor missbräuchlichen Mietzinsen) " eine Ausnahme von der Streitwertgrenze vorsah (Botschaft, a.a.O., S. 7347), erweiterten die Räte den Katalog um zwei weitere Materien, nämlich wenn die "Erstreckung des Miet- oder Pachtverhältnisses" und die "Hinterlegung von Miet- und Pachtzinsen" ("la consignation du loyer ou du fermage", "deposito di pigioni o fitti") betroffen ist. Diese Ergänzung erfolgte ohne weitere Diskussion im Parlament (AB SR 2007 S. 530; AB NR 2008 S. 967; AB SR 2008 S. 729).
4.4.3. Mit dem Begriff der Hinterlegung von Mietzinsen in <ref-law> wird auf ein Rechtsinstitut im materiellen Recht Bezug genommen, nämlich auf die Hinterlegung im Mietrecht, die im Obligationenrecht in Art. 259g - 259i OR normiert ist. <ref-law> bestimmt, dass der Mieter einer unbeweglichen Sache dem Vermieter schriftlich eine angemessene Frist ansetzen muss, wenn er von ihm die Beseitigung eines Mangels verlangt. Er kann ihm androhen, dass er bei unbenütztem Ablauf der Frist Mietzinse, die künftig fällig werden, bei einer vom Kanton bezeichneten Stelle hinterlegen wird. Er muss die Hinterlegung dem Vermieter schriftlich ankündigen. Mit der Hinterlegung gelten die Mietzinse als bezahlt (<ref-law>).
<ref-law> regelt, dass nicht schon mit der Hinterlegung des Mietzinses ein Verfahren um die Berechtigung der Hinterlegung eröffnet wird. Vielmehr ist der Mieter gehalten, seine Ansprüche gegenüber dem Vermieter innert 30 Tagen seit Fälligkeit des ersten hinterlegten Mietzinses geltend zu machen, ansonsten der hinterlegte Mietzins dem Vermieter zufällt. Gleichzeitig kann der Vermieter bei der zuständigen Schlichtungsbehörde die Herausgabe der zu Unrecht hinterlegten Mietzinse verlangen, sobald ihm der Mieter die Hinterlegung angezeigt hat (<ref-law>). <ref-law> verweist für das Verfahren der Hinterlegung pauschal auf die Bestimmungen der Zivilprozessordnung.
4.4.4. Das Gesetz knüpft in <ref-law> die Hinterlegung der Mietzinse somit an die "Beseitigung eines Mangels" an (Urteil 4A_739/2011 vom 3. April 2012 E. 2.3). Schon aus dem Gesetzeswortlaut folgt daher, dass die Hinterlegung nur möglich ist, wenn ein Anspruch auf Mängelbeseitigung geltend gemacht wird (<ref-ruling> E. 8.3.3 S. 565; Urteil 4A_163/2007 vom 8. August 2007 E. 4.2.1). Entsprechend dient die Hinterlegung unmittelbar der Verwirklichung des Anspruchs auf Mängelbeseitigung, indem sie dem Mieter ein Druckmittel für dessen Durchsetzung in die Hand gibt (<ref-ruling> E. 2b S. 122; <ref-ruling> E. 2d S. 203; Urteile 4A_347/2013 vom 7. November 2013 E. 1.4.2; 4A_739/2011 vom 3. April 2012 E. 2.3; 4A_163/2007 vom 8. August 2007 E. 4.2.1; 4C.35/2003 vom 3. Juni 2003 E. 2.2).
Indes kann der Mieter im Hinterlegungsprozess zusammen mit dem Mängelbeseitigungsanspruch, der die Hinterlegung erst rechtfertigt, weitere Mängelrechte geltend machen. Er kann insbesondere die Herabsetzung des Mietzinses (<ref-law>) und Schadenersatz (<ref-law>) verlangen (Urteil 4C.319/2005 vom 8. Februar 2006 E. 2.4.1; Hans Giger, Berner Kommentar, 2015, N. 11 zu <ref-law>; Peter Higi / Christoph Wildisen, Zürcher Kommentar, 5. Aufl. 2019, N. 8 zu <ref-law>, David Lachat / Xavier Rubli, Le bail à loyer, édition 2019, Rz. 7.5.2 S. 342; Claude Roy, Mietrecht für die Praxis, 9. Aufl. 2016, Rz. 11.7.7.2 S. 270; Matthias Tschudi, SVIT-Kommentar, Das schweizerische Mietrecht, 4. Aufl. 2018, N. 4 zu <ref-law>; vgl. auch Roger Weber, Basler Kommentar, Obligationenrecht I, 6. Aufl. 2015, N. 2 zu Art. 259h/259i OR).
Mit der Hinterlegung steht dem Mieter somit ein Rechtsbehelf zu, die Beseitigung des Mangels zu bewirken, und kumulativ eine Klärung über weitere Mängelansprüche herbeizuführen (Tschudi, a.a.O., N. 6 zu <ref-law>). Insoweit dient die Hinterlegung zusätzlich zur Mängelbeseitigung der Durchsetzung der weiteren, im Hinterlegungsverfahren geltend gemachten Mängelrechte (vgl. Higi/Wildisen, a.a.O., N. 9 zu <ref-law>). In diesem Sinne kann die Hinterlegung auch für diese Mängelrechte als Druckmittel wirken (vgl. Pierre Tercier/ Laurent Bieri / Blaise Carron, Les contracts spéciaux, 5. Aufl., 2016, Rz. 1805). Entsprechend wurde schon in der Botschaft zur Revision des Miet- und Pachtsrechts die Wirkung des Druckmittels der Hinterlegung nicht bloss auf den Mängelbeseitigungsanspruch eingeschränkt, sondern es wurde ausgeführt, dass dem Mieter mit der Hinterlegung ein Druckmittel "zur Durchsetzung seiner Ansprüche auf Beseitigung von Mängeln, Herabsetzung des Mietzinses und Schadenersatz in die Hand gegeben" werde (Botschaft vom 27. März 1985 zur Volksinitiative "für Mieterschutz", zur Revision des Miet- und Pachtrechts im Obligationenrecht und zum Bundesgesetz über Massnahmen gegen Missbräuche im Mietwesen, BBl 1985 I S. 1389 ff. S. 1437, vgl. aber S. 1415 f.; zur Entwicklung der Bestimmung vgl. <ref-ruling> E. 8.3.2).
4.4.5. Diesem Ziel der Hinterlegung entsprechend ist auch der Begriff der "Hinterlegung von Mietzinsen" in <ref-law> zu verstehen. Gemeint ist damit nicht nur die blosse Streitigkeit um den hinterlegten Mietzins und den damit unmittelbar zusammenhängenden Beseitigungsanspruch. Vielmehr umfassen die Streitigkeiten, bei denen die "Hinterlegung von Mietzinsen" betroffen ist, streitwertunabhängig alle Mängelrechte nach <ref-law>, welche der Mieter im Rahmen des Hinterlegungsverfahrens durchsetzen will und für die ihm die Hinterlegung als Druckmittel mittelbar dient.
Wie bei der Definition des Begriffes des "Kündigungsschutzes" der gleichen Verfahrensbestimmung ist der Begriff der Hinterlegung zum Schutze des Mieters somit weit zu verstehen (dazu oben Erwägung 4.2). Denn es ist nicht ersichtlich, warum die Schutzfunktion des vereinfachten Verfahrens allein deshalb entfallen soll, weil der Mieter im Hinterlegungsprozess neben der Mängelbeseitigung noch von weiteren gesetzlichen Mängelrechten Gebrauch macht. Es wäre sodann prozessökonomisch nicht sinnvoll, über die weiteren Mängelrechte ein zweites Verfahren durchzuführen, zumal diesen in der Sache häufig die gleichen Mängel zu Grunde liegen dürften.
4.5. Die Beschwerdegegnerin fordert mit ihrer Klage gegenüber der Beschwerdeführerin die Übernahme der Kosten von getätigten Ersatzvornahmen, eine Mietzinsherabsetzung, Schadenersatz über Fr. 70.-- und die Beseitigung von Mängeln. Sie hinterlegte dafür Mietzinse und verlangt vom Gericht in ihrer Klageergänzung ausdrücklich deren Freigabe. Diese von der Beschwerdegegnerin zusammen mit der Hinterlegung geltend gemachten Mängelrechte werden vom Begriff der "Hinterlegung von Mietzinsen" in <ref-law> im oben genannten Sinn erfasst, was auch die Beschwerdeführerin nicht in Abrede stellt.
Sie moniert hingegen, dass die Beschwerdegegnerin vorab verschiedene Mängelansprüche anhängig machte, und erst anschliessend Mietzinse hinterlegte, weshalb kein Hinterlegungsprozess vorliege. In der Tat wird der Mieter bei Mängeln an der Mietsache in aller Regel zunächst Mietzinse hinterlegen und erst anschliessend (innert der 30-tägigen Frist nach <ref-law>) zusammen mit der Prosequierung der Hinterlegung weitere Mängelrechte vor der Schlichtungsbehörde geltend machen. In diesem Sinne geht ein Teil der Lehre auch davon aus, dass die Hinterlegung der Mietzinse nach <ref-law> umfasse Mängelrechte, die der Mieter nacherfolgter Hinterlegung im Hinterlegungsverfahren geltend macht (oben Erwägung 4.3).
Das bedeutet aber nicht, dass vorliegend keine Streitigkeit über die Hinterlegung von Mietzinsen im Sinne von <ref-law> vorliegen würde: Mit der Klagenhäufung fasste die Beschwerdegegnerin die Streitigkeit um die hinterlegten Mietzinse, die Beseitigungsansprüche und mehrere weitere Mängelrechte zulässigerweise in einer Klage zusammen (dazu oben Erwägung 3.4). Ob gewisse Mängelansprüche zeitlich vor der Hinterlegung anhängig gemacht wurden, ist nicht entscheidend, denn das Gericht hat aufgrund der Klagenhäufung in einem Verfahren über die Beseitigung von Mängeln, die hinterlegten Mietzinse und über weitere Mängelansprüche zu entscheiden. Wird die Klage als Gesamtes betrachtet, handelt es sich um eine Streitigkeit, bei der die Hinterlegung von Mietzinsen im Sinne von <ref-law> betroffen ist.
Mit der Beschwerdeführerin ist aber davon auszugehen, dass es nicht angeht, in Mietstreitigkeiten einen Mietzins erst nach Stellung des Schlichtungsgesuches zu hinterlegen mit dem blossen Ziel die Zuständigkeit des Handelsgerichts zu umgehen. Ein solches Verhalten verdient keinen Rechtsschutz (<ref-law>). Die Beschwerdeführerin vermag aber vorliegend nicht aufzuzeigen, dass die Beschwerdegegnerin in diesem Sinne rechtsmissbräuchlich handelte (dazu bereits oben Erwägung 3.6.2).
4.6. Zusammenfassend bilden die von der Beschwerdegegnerin geltend gemachten Ansprüche Gegenstand des Hinterlegungsverfahrens im Sinne von <ref-law>. Damit kommt das vereinfachte Verfahren zur Anwendung, womit die ordentlichen Gerichte und nicht das Handelsgericht zuständig ist (<ref-ruling> E. 2.2; <ref-ruling> E. 4.1).
Bei dieser Sachlage braucht auf die von der Beschwerdeführerin angestellten Berechnungen zum Streitwert für die Zuständigkeit des Handelsgerichts nach <ref-law> nicht eingegangen zu werden.
5.
Die Beschwerdeführerin beantragt eine andere Verlegung der vorinstanzlichen Prozesskosten. Sie begründet diesen Antrag aber nicht. Nach Treu und Glauben ist davon auszugehen, dass sie für den Fall der Gutheissung ihrer Beschwerde eine andere Prozesskostenverteilung begehrt. Da ihre Beschwerde aber nach dem vorstehend Gesagten nicht gutgeheissen wird, ist diesen Anträgen nicht zu entsprechen.
6.
Nach dem Ausgeführten ist die Beschwerde abzuweisen, soweit auf sie eingetreten werden kann. Bei diesem Ausgang des Verfahrens wird die Beschwerdeführerin kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 Abs. 1, Art. 68 Abs. 1 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3.
Die Beschwerdeführerin hat die Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2'500.-- zu entschädigen.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Aargau, Zivilgericht, 1. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 4. November 2019
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Kiss
Der Gerichtsschreiber: Brugger