Faits :
A.
Par jugement du 6 février 2013, le Tribunal pénal de l'arrondissement de la Broye a constaté la prescription de l'action pénale relative aux chefs de prévention d'inobservation des prescriptions légales sur la comptabilité, de contravention à la loi fédérale sur l'agriculture, de contravention à la loi fédérale sur les produits thérapeutiques et de contravention à la loi fédérale sur les denrées alimentaires et les objets usuels, et a classé la procédure pénale dirigée contre Y._ sur ces points. Il a en outre acquitté le prénommé du chef de prévention de délit ou de crime contre la LStup et l'a condamné, pour délit contre la loi fédérale sur les produits chimiques, à une amende de 300 francs. Il a par ailleurs levé les séquestres qui avaient été ordonnés sur différents produits, en précisant que leur éventuelle restitution était suspendue au prononcé d'une décision administrative. Il a encore levé les séquestres portant sur le chanvre et les autres préparations à base de cette substance, a donné acte à X._ SA "de ses réserves sur les plans civil, ainsi qu'administratif, s'agissant de l'éventuel dommage subi" et lui a accordé une indemnité de 500 fr. pour sa constitution de partie dans la procédure.
B.
Le 16 décembre 2015, une demande d'indemnité portant sur divers postes et totalisant un montant de 1'842'076 fr., intérêts en sus, a été adressée au Conseil d'Etat du canton de Fribourg, par lettre signée par Y._ et établie sur papier à en-tête de la société X._ SA. Au terme de plusieurs échanges, cette demande a été transmise au Tribunal pénal de l'arrondissement de la Broye comme éventuel objet de sa compétence.
Par ordonnance du 22 février 2018, le Président du Tribunal pénal de l'arrondissement de la Broye a statué sur la recevabilité de la demande d'indemnisation du 16 décembre 2015, pour laquelle il a ouvert une procédure en cas de décision judiciaire ultérieure indépendante, en déclarant les prétentions de X._ SA irrecevables pour cause de péremption et celles de Y._ recevables s'agissant du remboursement des honoraires de son défenseur et des frais judiciaires relatifs aux "arrêts" le concernant.
C.
Par arrêt du 18 juin 2018, la Chambre pénale du Tribunal cantonal du canton de Fribourg a déclaré irrecevable le recours formé par Y._ et a rejeté celui formé par X._ SA contre l'ordonnance du 22 février 2018.
D.
X._ SA et Y._ forment un recours en matière pénale au Tribunal fédéral contre l'arrêt du 18 juin 2018, en concluant, avec suite de frais et dépens, principalement à sa réforme en ce sens que Y._ est admis à faire valoir l'intégralité de son dommage selon l'art. 429 CPP et que le dommage subi par X._ SA peut être "invoqué" par le prénommé. Subsidiairement, ils concluent à son annulation et au renvoi de la cause à l'autorité précédente pour nouvelle décision.

Considérant en droit :
1.
1.1. L'arrêt attaqué met fin à la procédure concernant X._ SA (recourante 1), puisqu'il confirme la péremption de ses prétentions et exclut sa participation à la procédure à titre de l'art. 363 CPP. Il s'agit, pour celle-ci, d'une décision finale, contre laquelle le recours en matière pénale doit être traité par la Cour de droit pénal du Tribunal fédéral (cf. art. 33 du règlement du Tribunal fédéral [RTF; RS 173.110.131]).
1.2.
1.2.1. L'ordonnance du 22 février 2018 constituait également, pour Y._ (recourant 2), une décision finale, dans la mesure où elle limitait les prétentions qui pourraient être élevées dans le cadre de la procédure. Elle revêtait par ailleurs, pour partie, un caractère incident, dans la mesure où cette décision admettait, sur le principe, la recevabilité des prétentions de l'intéressé et précédait donc une procédure au fond portant sur sa demande d'indemnisation.
Conformément à l'art. 29 al. 3 RTF, la I re Cour de droit public, qui traite les recours en matière pénale contre les décisions incidentes relevant de la procédure pénale, devrait connaître le recours en matière pénale pour ce qui regarde la décision incidente. Compte tenu de la similitude des griefs formulés par les deux recourants, il apparaît cependant expédient de traiter ceux formulés par le recourant 2 dans le présent arrêt.
1.2.2. En principe, la recevabilité du recours, s'agissant du recourant 2, dans la mesure où l'ordonnance du 22 février 2018 revêt pour ce dernier un caractère incident, est soumise aux conditions restrictives posées à l'art. 93 LTF, puisque la décision attaquée revêt un caractère incident. Toutefois, lorsque le recours porte sur le refus de reconnaître l'existence même d'un droit de recourir sur le plan cantonal, cela équivaut à un déni de justice formel; dans une telle situation, le Tribunal fédéral renonce à l'exigence d'un préjudice irréparable (<ref-ruling> consid. 1.2 p. 346; <ref-ruling> consid. 1.1 p. 261). Il convient donc également d'entrer en matière sur le recours à cet égard.
2.
La cour cantonale a déclaré irrecevable le recours formé par le recourant 2 contre l'ordonnance du 22 février 2018, en considérant que ce dernier n'avait pas la qualité pour recourir au sens de l'art. 382 CPP. L'autorité précédente a indiqué que l'ordonnance précitée se bornait, le concernant, à déclarer ses prétentions recevables. Elle a ajouté que si les considérants de la décision paraissaient entamer un tri parmi ces prétentions, rien n'était encore jugé à cet égard, seule la décision finale pouvant, cas échéant, faire l'objet d'un recours.
Le recourant 2 fait grief à la cour cantonale d'avoir violé l'art. 382 CPP en déclarant son recours irrecevable.
2.1. Selon l'art. 382 al. 1 CPP, toute partie qui a un intérêt juridiquement protégé à l'annulation ou à la modification d'une décision a qualité pour recourir contre celle-ci. L'intérêt doit être actuel et pratique. L'existence d'un intérêt de pur fait ou la simple perspective d'un intérêt juridique futur ne suffit pas. Une partie qui n'est pas concrètement lésée par la décision ne possède donc pas la qualité pour recourir et son recours est irrecevable (<ref-ruling> consid. 2.3.1 p. 85).
2.2. Dans l'ordonnance du 22 février 2018, le Président du Tribunal pénal a considéré qu'il convenait de traiter la demande d'indemnisation du 16 décembre 2015 par le biais d'une décision judiciaire ultérieure indépendante au sens des art. 363 ss CPP. Selon l'art. 157 al. 1 de la loi fribourgeoise sur la justice (LJ/FR; RS/FR 130.1), le président de l'autorité collégiale ayant rendu le jugement de première instance - soit en l'occurrence le Président du Tribunal pénal de l'arrondissement de la Broye - était compétent à cet égard.
S'agissant de l'indemnité réclamée par le recourant 2, le Président du Tribunal pénal a indiqué que celui-ci, qui avait été "largement acquitté des chefs de prévention retenus à son encontre" par le jugement du 6 février 2013, pouvait sur le principe réclamer une indemnité à titre de l'art. 429 al. 1 let. a CPP, relativement à ses dépens et aux frais judiciaires qu'il avait supportés. Il a en revanche estimé que l'intéressé ne pouvait, sur la base de l'art. 429 CPP, réclamer une indemnité fondée sur le temps qu'il avait consacré, en qualité de président de la recourante 1, à la défense en justice des droits de cette société. Le dispositif de l'ordonnance du 22 février 2018 énonce ainsi que les prétentions du recourant 2 sont recevables "s'agissant uniquement du volet du remboursement des honoraires de son défenseur et des frais judiciaires pour les arrêts concernant [le recourant 2]".
2.3. L'ordonnance du 22 février 2018 avait pour but de statuer sur la recevabilité de la demande en indemnisation du 16 décembre 2015 (cf. pièce 134 du dossier cantonal). Le Président du Tribunal pénal y a distingué les prétentions appartenant à la recourante 1 et celles pouvant être émises par le recourant 2. Tout en indiquant que ce dernier pouvait, sur le principe, fonder des prétentions en indemnisation sur l'art. 429 CPP, il a précisé que le recourant 2 ne pouvait se prévaloir, sur la base de la disposition précitée, des prétentions qui appartenaient à la recourante 1. Ce faisant, le Président du Tribunal pénal n'a fait qu'énoncer une évidence, sans examiner le bien-fondé des prétentions du recourant 2 au regard de l'art. 429 CPP.
Au regard de la jurisprudence, le Président du Tribunal pénal ne devait pas, en principe, permettre au recourant 2 de faire valoir - dans le cadre d'une procédure à titre des art. 363 ss CPP - des prétentions fondées sur l'art. 429 CPP alors que l'intéressé n'avait pas émis celles-ci dans le cadre de la procédure ayant donné lieu au jugement du 6 février 2013 ni contesté ledit jugement au moyen des voies de droit (cf. <ref-ruling> consid. 1.7 p. 211). Cependant, dès lors que le recourant 2 s'est vu reconnaître, dans l'ordonnance du 22 février 2018, la qualité pour réclamer une indemnité fondée sur l'art. 429 al. 1 let. a CPP par le biais d'une procédure en cas de décision judiciaire ultérieure indépendante, on ne perçoit pas dans quelle mesure celui-ci aurait pu être lésé par ladite ordonnance, ni quel pouvait être son intérêt juridiquement protégé à l'annulation ou à la modification de cette décision, étant rappelé, d'une part, que le Président du Tribunal pénal n'a pas violé le droit fédéral en déclarant irrecevables les prétentions fondées sur l'art. 429 al. 1 let. b et c CPP (cf. <ref-ruling> consid. 1.7 p. 211) et que, d'autre part, la recourante 1 a, quant à elle, pu former recours contre celle-ci afin de défendre ses propres intérêts.
L'argumentation du recourant 2, selon laquelle son intérêt au recours découlerait de l'"unité économique" qui existerait entre lui et la recourante 1, ne convainc pas. On ne voit pas, en effet, comment les recourants, qui font valoir des prétentions en indemnisation à des titres distincts et pour des motifs différents, pourraient disposer du même intérêt juridiquement protégé à l'annulation ou à la modification d'une décision.
Compte tenu de ce qui précède, la cour cantonale n'a pas violé le droit fédéral en déclarant irrecevable le recours formé par le recourant 2 contre l'ordonnance du 22 février 2018. Le grief doit être rejeté.
3.
Invoquant les règles de la bonne foi et l'interdiction de l'abus de droit, les recourants reprochent à l'autorité précédente d'avoir violé les art. 3 et 429 CPP ainsi que 9 Cst. en refusant d'admettre, selon la théorie de la transparence, que le dommage subi par la recourante 1 constituerait simultanément un dommage subi par le recourant 2.
3.1. La société anonyme est, en tant que personne juridique, titulaire autonome de son patrimoine. Son patrimoine n'est pas seulement propre à l'égard de l'extérieur, mais également par rapport aux organes de la société, cela même dans le cas d'une société anonyme unipersonnelle. Une telle société est également une autre personne vis-à-vis de l'actionnaire unique qui la dirige en tant qu'unique administrateur. Cette distinction des sujets de droit ainsi que le caractère propre du patrimoine de chaque sujet de droit par rapport à l'autre sont également fondamentaux en droit pénal (<ref-ruling> consid. 3.2 p. 105 s.; <ref-ruling> consid. 3b p. 265). L'indépendance juridique de la personne morale par rapport à la personne physique détenant celle-ci économiquement n'est qu'exceptionnellement rompue, par le biais de la théorie de la transparence ( Durchgriff). Cela suppose, d'une part, qu'il existe une identité économique entre la personne morale et la personne physique qui se trouve derrière elle et, d'autre part, que l'invocation de l'indépendance juridique de la personne morale serve à contourner des dispositions légales ou à violer les droits des tiers. Ainsi, on ne saurait s'en tenir sans réserve à l'existence formelle de deux personnes juridiquement distinctes lorsque l'une d'elles est une personne morale qui se révèle être un simple instrument dans la main de son auteur, lequel, économiquement, ne fait qu'un avec elle. On doit dès lors admettre, à certains égards, que, conformément à la réalité économique, il y a identité de personnes et que les rapports de droit liant l'une lient également l'autre; tel sera le cas chaque fois que le fait d'invoquer la diversité des sujets constitue un abus de droit ou a pour effet une atteinte manifeste à des intérêts légitimes (<ref-ruling> consid. 5.4 p. 60 s.; <ref-ruling> consid. 3.2 p. 493). La rupture de l'autonomie juridique de la société anonyme ne peut en revanche être envisagée dans le cas inverse. Celui qui, en tant que personne physique, se sert d'une personne morale doit se laisser opposer l'indépendance de cette dernière et ne peut se prévaloir d'une quelconque identité économique (<ref-ruling> consid. 5.4 p. 61; arrêt 6B_1053/2017 du 17 mai 2018 consid. 5.3 et les références citées).
3.2. Pour autant que l'on comprenne l'argumentation des recourants, ceux-ci prétendent que le recourant 2 pourrait, en raison d'une identité des personnes physique et morale, réclamer à titre personnel la réparation du dommage subi par la recourante 1 ensuite de la procédure pénale dirigée contre l'intéressé ayant abouti au jugement du 6 février 2013.
Il ne ressort nullement de l'arrêt attaqué qu'il existerait une identité de personnes, conformément à la réalité économique, entre les recourants, sans que ces derniers ne soulèvent, à cet égard, un grief répondant aux exigences de motivation découlant de l'art. 106 al. 2 LTF en matière d'établissement des faits. Quoi qu'il en soit, la condition de l'invocation abusive de la dualité n'est aucunement réalisée (cf. consid. 3.1 supra). Pour le reste, les recourants perdent de vue que la théorie de la transparence, dont ils réclament l'application, n'a pas été développée pour permettre à une personne physique de choisir, selon les circonstances et en fonction des avantages qu'elle pourrait en retirer, de procéder par le biais d'une société ou de faire abstraction de l'existence de celle-ci (cf. arrêts 1B_118/2017 du 13 juin 2017 consid. 3.3; 1B_372/2016 du 17 janvier 2017 consid. 3.2).
Le grief doit ainsi être rejeté.
4.
La recourante 1 reproche à la cour cantonale d'avoir violé les art. 363 ss, 429, 433 et 434 CPP.
4.1. Aux termes de l'art. 434 al. 1 CPP, les tiers qui, par le fait d'actes de procédure ou du fait de l'aide apportée aux autorités pénales, subissent un dommage ont droit à une juste compensation si le dommage n'est pas couvert d'une autre manière, ainsi qu'à une réparation du tort moral. L'art. 433 al. 2 CPP est applicable par analogie. Aux termes de cette disposition, la partie plaignante adresse ses prétentions à l'autorité pénale. Elle doit les chiffrer et les justifier. Si elle ne s'acquitte pas de cette obligation, l'autorité pénale n'entre pas en matière sur la demande.
L'art. 433 al. 2 CPP commande à la partie plaignante d'adresser ses prétentions à l'autorité pénale, de les chiffrer et de les justifier, sans quoi l'autorité pénale n'entre pas en matière sur la demande. Cette disposition s'explique par le fait que la maxime d'instruction ne s'applique pas à l'égard de la partie plaignante : celle-ci doit demeurer active et demander elle-même une indemnisation, sous peine de péremption. Nonobstant l'absence de maxime d'instruction, le juge doit rendre attentive la partie plaignante à son droit d'obtenir, le cas échéant, une indemnité au sens de l'art. 433 CPP, comme à son devoir de chiffrer et documenter celle-ci (arrêts 6B_1210/2017 du 10 avril 2018 consid. 4.1; 6B_965/2013 du 3 décembre 2013 consid. 3.1.2 et les références citées). Conformément à l'art. 81 al. 4 let. b CPP, le juge doit statuer sur l'indemnité prévue par l'art. 433 CPP dans le jugement lui-même. Selon la jurisprudence, la procédure pénale représente la seule voie ouverte à la partie plaignante pour faire valoir son droit au versement d'une indemnité par le prévenu pour ses dépenses obligatoires occasionnées par la procédure (arrêts 6B_233/2016 du 30 décembre 2016 consid. 2.1; 6B_923/2015 du 24 mai 2016 consid. 5.2). Il ne saurait être question d'une procédure séparée sur cet aspect (arrêt 6B_965/2013 précité consid. 3.1.2 et les références citées). Il résulte du régime légal que l'indemnité ne peut pas être requise en tout temps dans le cadre d'une procédure indépendante selon les art. 363 ss CPP. Elle doit être tranchée avec le jugement (arrêts 6B_233/2016 précité consid. 2.1; 6B_965/2013 précité consid. 3.3.2).
4.2. La cour cantonale a exposé que la recourante 1, qui était représentée par un avocat, avait, lors des débats ayant précédé le jugement du 6 février 2013, conclu à ce qu'il lui soit donné acte de ses réserves "sur les plans civil, ainsi qu'administratif, s'agissant de l'éventuel dommage subi". Elle avait ainsi révélé sa connaissance d'un droit à une éventuelle indemnisation et avait d'elle-même dispensé l'autorité de se pencher sur la question. Dans le jugement précité, il avait été précisé ce qui suit :
"En tant que propriétaire d'une partie des objets séquestrés, [la recourante 1] est directement touchée par le déroulement de la procédure pénale et a ainsi un intérêt juridiquement protégé à agir. Partant, il lui est donné acte de ses réserves sur les plans civil, ainsi qu'administratif, s'agissant de l'éventuel dommage subi."
Cela avait ensuite été repris dans le dispositif du jugement en question. Selon la cour cantonale, la recourante 1 avait ainsi sciemment décidé de ne pas faire valoir ses prétentions en indemnisation dans la procédure pénale, mais par le biais d'une procédure ultérieure civile ou administrative. D'ailleurs, la demande d'indemnité du 16 décembre 2015 avait été spontanément adressée au Conseil d'Etat fribourgeois. La demande précitée avait finalement été transmise au Président du Tribunal pénal après que le Conseil d'Etat eut décliné sa compétence en la matière, au terme d'un premier examen. La recourante 1 n'avait donc jamais eu l'intention d'élever une prétention fondée sur l'art. 434 CPP et avait elle-même écarté cette voie. En laissant l'autorité pénale rendre le jugement du 6 février 2013 après lui avoir indiqué ne pas souhaiter lui soumettre des prétentions en indemnisation, elle avait laissé son droit se périmer. En tant que tiers lésé par la procédure, il ne lui était plus possible d'agir en indemnisation postérieurement au prononcé du jugement pénal.
4.3. La recourante 1 ne prétend pas que l'autorité précédente aurait fait une mauvaise application des art. 434 al. 1 et 433 al. 2 CPP. Elle soutient qu'elle pourrait, indépendamment de sa qualité dans la procédure pénale ayant abouti au jugement du 6 février 2013, faire valoir ses prétentions sur la base de l'art. 429 CPP et par l'intermédiaire du recourant 2, respectivement que ce dernier pourrait, sur la base de la dernière disposition citée, prétendre à la réparation du dommage subi par la recourante 1. Cette dernière se réfère, à cet égard, à un arrêt du Tribunal administratif fédéral (A-3150/2016 du 3 juillet 2018), dont elle déduit que l'art. 429 CPP permettrait au prévenu acquitté de faire valoir ses prétentions en indemnisation, même si celui-ci avait préalablement demandé à l'autorité pénale de jugement de lui donner acte de ses réserves civiles. Or, contrairement à ce que semble suggérer la recourante 1, celle-ci ne revêtait pas la qualité de prévenue dans la procédure pénale et ne pouvait ainsi fonder ses prétentions sur l'art. 429 CPP. Pour le reste, l'argumentation de la recourante 1 est mal fondée dans la mesure où celle-ci suppose que les prétentions du recourant 2 et les siennes se confondraient, les deux intéressés formant deux personnes juridiques distinctes (cf. consid. 3.2 supra) et l'éventuel dommage subi par le recourant 2 en sa qualité de prévenu dans la procédure n'étant aucunement semblable à l'éventuel préjudice qu'aurait pu subir la recourante 1 en raison des séquestres ou de la destruction de ses propres biens.
4.4. La recourante 1 reproche encore à la cour cantonale une violation du principe de la bonne foi (art. 9 Cst.). Son argumentation consiste derechef à reprocher à l'autorité précédente de ne pas lui permettre de fonder ses prétentions sur l'art. 429 CPP, en affirmant que le préjudice du recourant 2 inclurait "l'intégralité du dommage subi, y compris au travers de sa société dont il est l'unique ayant-droit et qui forme une unité avec lui". Sur ce point, on peut renvoyer à ce qui a été exposé précédemment concernant l'absence d'identité juridique entre les deux recourants (cf. consid. 3.2 supra).
Pour le reste, il ressort du jugement du 6 février 2013 que la recourante 1 avait conclu, dans la procédure en question, à ce que les séquestres portant sur ses biens soient levés, à ce qu'il lui soit donné acte de ses réserves civiles et administratives ainsi qu'à l'octroi d'une indemnité de 500 fr. "pour sa constitution de partie à la procédure". Le tribunal a donné acte à celle-ci de ses réserves sur les plans civil et administratif, tout en lui allouant le montant de 500 fr. réclamé. Contrairement à ce qu'indique la recourante 1, on ne voit pas en quoi l'autorité pénale aurait - dans le cadre de la procédure ayant donné lieu au jugement du 6 février 2013 ou dans celle ayant débouché sur l'arrêt attaqué - trompé sa confiance ni fait preuve de mauvaise foi. Si la recourante 1 - qui était assistée par un avocat - entendait réclamer une indemnité en sa qualité de tiers lésé par la procédure, il lui appartenait, conformément aux exigences légales en la matière (cf. consid. 4.1 supra), de présenter ses prétentions, de chiffrer et de justifier celles-ci auprès de l'autorité pénale de jugement. L'intéressée ne prétend pas, à cet égard, que le Tribunal pénal de l'arrondissement de la Broye l'aurait alors dissuadée de faire valoir des prétentions fondées sur l'art. 434 CPP ni amenée à conclure à l'obtention de ses réserves civiles et administratives. Partant, son argumentation est inopérante dans la mesure où elle consiste à reprocher à la cour cantonale d'avoir retenu que la recourante 1 avait elle-même écarté la possibilité de fonder ses prétentions sur l'art. 434 CPP au profit d'une procédure civile ou administrative.
4.5. Compte tenu de ce qui précède, la cour cantonale n'a pas violé le droit fédéral en considérant, au regard du jugement du 6 février 2013, que la recourante 1 ne pouvait plus, dans le cadre de la procédure à titre des art. 363 ss, faire valoir des prétentions fondées sur l'art. 434 CPP. Le grief doit être rejeté.
5.
Le recours doit être rejeté. Les recourants, qui succombent, supporteront les frais judiciaires (art. 66 al. 1 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 3'000 fr., sont mis à la charge des recourants.
3.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et au Tribunal cantonal de l'Etat de Fribourg, Chambre pénale.
Lausanne, le 4 octobre 2018
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Denys
Le Greffier : Graa