Fatti:
A.
A.a. Il 13 marzo 2015 A._, nata nel 1993, allora commessa e responsabile di un negozio, è stata coinvolta in un incidente della circolazione come passeggera posteriore, lamentando poi dolori alla spalla destra e alla nuca. Vaudoise Generale Compagnia di Assicurazioni SA (di seguito: la Vaudoise) con decisione del 25 novembre 2015, confermata su opposizione il 19 maggio 2016, ha ritenuto che non ci fosse un nesso causale tra i disturbi alla spalla sinistra e l'infortunio del 13 marzo 2015.
A.b. Il Tribunale delle assicurazioni del Cantone Ticino con giudizio del 14 novembre 2016 (35.2016.52) ha accolto il ricorso di A._, rinviando la causa all'assicuratore per esperire un approfondimento specialistico peritale e statuire nuovamente sui disturbi alla spalla sinistra.
A.c. Dopo aver ordinato una perizia, la Vaudoise con decisione del 30 novembre 2017, confermata su opposizione il 24 luglio 2018, ha negato che i disturbi alla spalla sinistra fossero in nesso causale con l'incidente del 13 marzo 2015. Per quanto attiene alle problematiche alla spalla destra e al rachide cervicale, la Vaudoise ha dichiarato estinto il proprio obbligo prestativo dal 1° gennaio 2016.
B.
Il Tribunale cantonale delle assicurazioni ha respinto con giudizio del 15 novembre 2018 il ricorso contro la nuova decisione su opposizione. La Corte cantonale ha anche respinto la domanda di assistenza giudiziaria.
C.
A._ presenta un ricorso al Tribunale federale, chiedendo che il giudizio cantonale sia riformato nel senso di riconoscere indennità giornaliere al 100% anche per il periodo successivo al 1° gennaio 2016 fino a data da determinare. Rinnova la domanda di assistenza giudiziaria.
La Vaudoise postula la reiezione del ricorso, mentre la Corte cantonale rinuncia a presentare osservazione.

Diritto:
1.
1.1. Il ricorso in materia di diritto pubblico può essere presentato per violazione del diritto, conformemente a quanto stabilito dagli art. 95 e 96 LTF. L'accertamento dei fatti può venir censurato solo se è stato svolto in modo manifestamente inesatto o in violazione del diritto ai sensi dell'art. 95 LTF e se l'eliminazione del vizio può essere determinante per l'esito del procedimento (art. 97 cpv. 1 e 105 cpv. 1 e 2 LTF). Se, tuttavia, il ricorso è presentato contro una decisione d'assegnazione o rifiuto di prestazioni pecuniarie dell'assicurazione militare o dell'assicurazione contro gli infortuni - come nel caso concreto - può essere censurato qualsiasi accertamento inesatto o incompleto dei fatti giuridicamente rilevanti (art. 97 cpv. 2 LTF); il Tribunale federale in tal caso non è vincolato dall'accertamento dei fatti operato dall'autorità inferiore (art. 105 cpv. 3 LTF).
1.2. Benché in queste controversie il Tribunale federale abbia un pieno potere d'esame nell'accertamento dei fatti, di massima non è comunque possibile allegare nuove prove (art. 99 cpv. 1 LTF; <ref-ruling>). Invano la ricorrente può quindi rinviare a ulteriore documentazione medica che dovrebbe presentare in futuro.
2.
Oggetto del contendere è sapere se sia corretto il giudizio del Tribunale cantonale delle assicurazioni con cui è stata confermata la decisione su opposizione dell'assicuratore, il quale, ha negato ogni nesso causale con l'infortunio del 13 marzo 2015 con i disturbi alla spalla sinistra e ha dichiarato estinto un diritto alle prestazioni dal 1° gennaio 2016 per le problematiche alla spalla destra e al rachide cervicale.
3.
3.1. Il Tribunale cantonale delle assicurazioni, ricordate le norme e la prassi ritenute applicabili, ha osservato che la decisione su opposizione si fonda sulla perizia elaborata dal Dr. med. B._, come da precedente giudizio di rinvio. La Corte cantonale ha rilevato che l'assicurata è stata visitata personalmente, esponendo in dettaglio le risultanze del referto medico sullo status clinico, sulla questione eziologica e sulle risultanze oggettive al rachide cervicale, alla spalla sinistra. La prima Corte ha preso atto che la disamina del Dr. med. B._ adempie le condizioni dell'art. 44 LPGA e che contro la persona dello specialista non sono state sollevate eccezioni. Lo stesso vanta quindi di piena forza probante. Il Tribunale cantonale delle assicurazioni ha fondato pertanto il suo giudizio sulla perizia, scartando tutte le obiezioni della ricorrente.
3.2. La ricorrente contesta le conclusioni del Dr. med. B._. Ella ritiene che vi sia stato un malinteso per quanto attiene ai disturbi alla spalla sinistra. A parer suo al pronto soccorso il Dr. med. C._ avrebbe confuso la spalla sinistra con la spalla destra. Successivamente sia il Dr. med. D._ sia il primo perito consultato dall'assicuratore si sono riferiti nei loro rapporti correttamente alla spalla sinistra e non alla spalla destra. Tale malinteso avrebbe viziato tutta la procedura.
4.
4.1. Diversamente dai (semplici) rapporti medici interni all'assicuratore, ove è sufficiente un minimo dubbio sull'affidabilità e sulla concludenza degli stessi, perché l'assicurato sia sottoposto a esame medico esterno, alle perizie esperite nell'ambito della procedura amministrativa (art. 44 LPGA) da medici specialisti esterni deve essere riconosciuta piena forza probante nell'ambito dell'apprezzamento dei fatti, nella misura in cui non si presentano indizi concreti sull'affidabilità della perizia stessa (<ref-ruling> consid. 4.4 pag. 470; <ref-ruling> consid. 3b/bb pag. 353). Tali perizie amministrative non vanno messe in dubbio, soltanto perché esse dovessero giungere a conclusioni diverse dai medici curanti. Rimangono riservati i casi in cui si dovesse imporre un complemento al fine di chiarire alcuni aspetti o direttamente una conclusione opposta, poiché i medici curanti lasciano emergere aspetti importanti e non solo un'interpretazione medica puramente soggettiva. A tal riguardo occorre ricordare la natura differente del mandato di cura e di perito (fra tante sentenze 8C_55/2018 del 30 maggio 2018 consid. 6.2 e 8C_820/2016 del 27 settembre 2017 consid. 5.3).
4.2. Come rettamente esposto dal Tribunale cantonale delle assicurazioni, il Dr. med. B._ è stato incaricato dall'assicuratore, con comunicazione del 19 gennaio 2017, come perito esterno dopo che la stessa Corte cantonale aveva rinviato la causa all'assicuratore. La ricorrente con scritto del 10 febbraio 2017 ha riferito di non avere "né osservazioni né domande complementari da porre al medico al quale intendete sottoporre la fattispecie in esame", riservandosi la facoltà di porre quesiti di delucidazione. La ricorrente è stata in definitiva visitata personalmente il 9 maggio 2017. Pertanto, soltanto in presenza di indizi concreti, il giudice delle assicurazioni può scostarsi dalle risultanze della perizia.
4.3. La ricorrente incentra il suo ricorso al Tribunale federale, riprendendo a lunghi tratti - e impropriamente - quanto già esposto senza successo in sede cantonale. Infatti, l'assicurata sostanzialmente soltanto genericamente critica l'accertamento della Corte cantonale, senza indicare alcun elemento oggettivo che possa sovvertire le conclusioni del Tribunale cantonale delle assicurazioni, a cui si può rinviare. Infatti, al pronto soccorso il Dr. med. C._ ha indicato in occasione della prima consultazione del 18 aprile 2015 sia in maniera testuale sia con uno schizzo che i disturbi erano localizzati alla spalla destra e alla nuca. Nemmeno nel rapporto del 27 aprile 2015 del Dr. med. E._ figura nulla al riguardo. Quest'ultimo specialista soltanto il 7 luglio 2015 mette in luce una problematica alla spalla sinistra, che trova ancora rilievo nel referto del 15 settembre 2015 del Dr. med. D._. Gli eventuali dubbi sono ad ogni modo stati chiariti dalla perizia del Dr. med. B._: lo specialista ha concluso che deve essere esclusa una causalità tra l'infortunio del 13 marzo 2015 e i disturbi alla spalla sinistra. Egli si è confrontato anche con le valutazioni del Dr. med. D._, concludendo che l'accertamento di questo medico non permette di stabilire un nesso causale. Ora, la ricorrente non dà indizi oggettivi, forte per esempio di esami medici specialisitici aggiornati, che potrebbero mettere seriamente in dubbio gli accertamenti della perizia amministrativa. Per il resto, è opportuno ricordare come la circostanza che dopo un infortunio sia insorto un disturbo non è ancora sufficiente per concludere all'esistenza di un nesso causale (<ref-ruling> consid. 2b/bb pag. 341; cfr. anche sentenza 8C_16/2014 del 3 novembre 2014 consid. 4.2 con riferimento).
4.4. Nella misura in cui la ricorrente rinnova la domanda di assistenza giudiziaria in sede cantonale, il ricorso è inammissibile siccome non spende una parola nel contestare i considerandi della promuncia cantonale (art. 42 cpv. 2 LTF; <ref-ruling> consid. 2 pag. 116).
5.
Ne segue che il ricorso deve essere respinto, nella misura della sua ammissibilità. La domanda di assistenza giudiziaria non può trovare accoglimento siccome il ricorso era fin dall'inizio destinato all'insuccesso (art. 64 cpv. 1 LTF). Le spese giudiziarie sono pertanto poste a carico della ricorrente (art. 66 cpv. 1 LTF).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1.
Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è respinto.
2.
La domanda di assistenza giudiziaria è respinta.
3.
Le spese giudiziarie di fr. 800.- sono poste a carico della ricorrente.
4.
Comunicazione alle parti, al Tribunale delle assicurazioni del Cantone Ticino e all'Ufficio federale della sanità pubblica.