Sachverhalt:
A.
A.a. Auf Aufforderung des Gemeinderats Gontenschwil hin reichte A._ am 17. Mai 2015 ein nachträgliches Baugesuch für zwei bereits erstellte Parkplätze, einen Lagerplatz für Siloballen und einen Pferdeauslaufplatz auf der in der Landwirtschaftszone gelegenen Parzelle Nr. 13 in Gontenschwil ein. Das Baugesuch wurde am 19. Mai 2015 dem Departement Bau, Verkehr und Umwelt (BVU/AG), Abteilung für Baubewilligungen, des Kantons Aargau zur Stellungnahme unterbreitet. Am 9. September 2015 verfügte die Abteilung für Baubewilligungen des BVU/AG, was folgt:
a) Den zusätzlichen 16 m 2 Pferdeauslauffläche östlich des bewilligten Auslaufs kann bezüglich der kantonalen Prüfbelange ohne Auflagen zugestimmt werden.
b) Zusätzliche 40 m 2 Pferdeauslauffläche östlich des bewilligten Auslaufs werden abgewiesen, können aber toleriert werden.
c) Die hobbymässige Pferdehaltung von mehr als 4 Tieren wird abgewiesen.
d) Die restliche Pferdeauslauffläche östlich des bewilligten Auslaufs, der bereits teilweise erstellte Pferdeauslauf in der nordöstlichen Parzellengrenze, die zwei Parkplätze und der Siloballenlagerplatz werden abgewiesen und es wird der Rückbau angeordnet.
e) Der Rückbau der abgewiesenen Bauten sowie die Aufgabe der Haltung von mehr als 4 Tieren sind spätestens bis Ende des Jahres 2016 zu vollziehen.
Der Gemeinderat Gontenschwil beschloss am 7. Dezember 2015 Folgendes:
1. Frau A._, Schmiedrued-Walde, wird die Baubewilligung für zusätzliche 16 m 2 Pferdeauslauffläche des östlich der bewilligten Auslauffläche erstellten Auslaufs beim Gebäude Nr. 817, Parzelle 13, Steinig, unter Vorbehalt der nachfolgenden Bedingungen, Auflagen und Feststellungen erteilt.
2. Eine zusätzliche Pferdeauslauffläche von 40 m 2 östlich des bewilligten Auslaufs wird abgewiesen, jedoch toleriert (keine Rückbaupflicht).
3. Die hobbymässige Haltung von mehr als 4 Pferden wird abgewiesen. Die Anzahl gehaltener Pferde ist bis spätestens Ende des Jahres 2016 auf das erlaubte Mass zu reduzieren.
4. Die restliche Pferdeauslauffläche östlich des bewilligten Auslaufs, der bereits teilweise erstellte Pferdeauslauf an der nordöstlichen Parzellengrenze, die 2 Parkplätze und der Siloballenlagerplatz werden abgewiesen und sind bis spätestens Ende des Jahres 2016 zurückzubauen.
Gegen diesen Entscheid reichte A._ Verwaltungsbeschwerde an den Regierungsrat des Kantons Aargau ein. Mit Beschluss vom 24. August 2016 wies er die Beschwerde ab. Diesen Beschluss focht A._ mit Verwaltungsgerichtsbeschwerde beim Verwaltungsgericht des Kantons Aargau an. Mit Urteil vom 5. Mai 2017 wies dieses die Beschwerde ab, soweit es darauf eintrat. Die Ziffern 3 und 4 des Entscheids des Gemeinderats Gontenschwil vom 7. Dezember 2015 hob es von Amtes wegen auf und fasste diese wie folgt neu:
3. Die hobbymässige Haltung von mehr als 4 Pferden wird abgewiesen. Die Anzahl gehaltener Pferde ist bis spätestens zwölf Monate nach Rechtskraft des vorliegenden Entscheids auf das erlaubte Mass zu reduzieren.
4. Die restliche Pferdeauslauffläche östlich des bewilligten Auslaufs, der bereits teilweise erstellte Pferdeauslauf an der nordwestlichen Parzellengrenze, die 2 Parkplätze und der Siloballenlagerplatz werden abgewiesen und sind bis spätestens zwölf Monate nach Rechtskraft des vorliegenden Entscheids zurückzubauen.
Eine dagegen am 23. Juni 2017 eingereichte Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten wies das Bundesgericht mit Urteil 1C_347/2017 vom 23. März 2018 ab, soweit es darauf eintrat.
A.b. Am 18. August 2017, und damit während des bundesgerichtlichen Verfahrens, reichte A._ beim Gemeinderat Gontenschwil erneut ein Baugesuch für die Bewilligung von "Pferdehaltung mit Aussenanlagen" auf der Parzelle Nr. 13 in Gontenschwil ein. Das Baugesuch wurde am 4. September 2017 dem BVU/AG, Abteilung für Baubewilligungen, zur Stellungnahme unterbreitet. Am 18. Dezember 2017 verfügte das BVU/AG, Abteilung für Baubewilligungen:
Auf das Bau- bzw. Wiedererwägungsgesuch vom 18. August 2017 wird nicht eingetreten.
Der Gemeinderat Gontenschwil beschloss am 8. Januar 2018:
1. Gestützt auf die kantonale Verfügung vom 18. Dezember 2017 wird das Bau- resp. Wiedererwägungsgesuch von A._, Schmiedrued-Walde, für Pferdehaltung und -zucht mit Auslaufflächen bei den Gebäuden Nr. 414 und 817 verbunden mit dem Begehren der Prüfung nach Art. 16a bis RPG und <ref-law>, Parzelle 13, Steinig, abgewiesen.
2. Die Verfügung BVUAFB.17.1969 vom 18. Dezember 2017 des kantonalen Departements Bau, Verkehr und Umwelt, Abteilung für Baubewilligungen, i.S. Nichteintreten auf das Bau- bzw. Wiedererwägungsgesuch vom 18. August 2017 wird zum integrierenden Bestandteil dieses Entscheids erklärt. Bezüglich der Begründung und den Erwägungen wird auf die erwähnte Verfügung verwiesen.
Auf Verwaltungsbeschwerde von A._ hin wies der Regie-rungsrat des Kantons Aargau diese am 29. August 2018 ab, soweit er auf sie eintrat. Das Verwaltungsgericht des Kantons Aargau wies am 22. Februar 2019 eine am 3. Oktober 2018 dagegen erhobene Beschwerde ab, soweit es darauf eintrat.
B.
Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht stellt A._ am 28. März 2019 folgende Rechtsbegehren.
1. Im ersten Baugesuch wurde ein falscher Sachverhalt festgestellt. Dies führte zu einem falschen Urteil. Richtiger Sachverhalt sind neue Umstände welche zu einer anderen Beurteilung führen. Die Rechtslage hat sich erheblich und entscheidrelevant geändert mit dem neuen, richtigen Sachverhalt ist Art. 37a RPG und <ref-law> (über 30 Jahre bestehend) anwendbar. Die Behörden bestätigen erst im Brief BVUAFB an das Verwaltungsgericht vom 12. November 2018, dass die Pferdehaltung auch während der Ehe mit B._ auf dem Steinig 414 betrieben wurde. Es liegen Umstände vor, die sich erst nach Erlass der in Rechtskraft erwachsenen Verfügung ergaben (sog. echte Noven).
Echte Noven sind:
Steinig 414 immer von der Familie bewirtschaftet (siehe Betriebsdaten).
Pferdebetrieb immer aktiv auf dem Steinig 414 (siehe Luftbilder/Zeugenaussagen).
Ich, A._ hatte immer einen Landwirtschaftsbetrieb mit Familie oder Ehemann.
Ich habe jetzt eine Betriebsanerkennung. Ist ein Novum im BGE 1C_347/2017, P. 1.4.1.
Die Einstufung meines zweiten Baugesuchs als Wiedererwägung mit Nichteintreten verunmöglicht, den offensichtlich falschen Sachverhalt (<ref-law>) richtig zu stellen. Ich beantrage den Sachverhalt richtig zu stellen und mein Gesuch als Baugesuch neu zu beurteilen.
2. Das Urteil des Verwaltungsgericht des Kantons Aargau vom 22. Februar 2019 (erhalten am 1. März 2019) sei aufzuheben und mir sei die Fortführung des Familienbetriebes in 3ter Generation nicht zu verbieten auf dem Steinig 414. Der Allwetterplatz ist ebenfalls zu bewilligen, ev. mit Standort näher an den Betriebsgebäuden.
3. Widerspruch gegen nicht bewilligte Pferdeboxen im Gebäude 414 (WBE.2018.369, S. 14, Punkt 5). Gebäude 414 wurde vor über 50 Jahren erstellt. Ob mit oder ohne Bewilligung entzieht sich meiner Kenntnis. <ref-law> schützt, was über 30 Jahre bestanden hat. Zusätzlich schützt Art. 37a RPG den Pferdebetrieb. Mit welchem Recht wollen die Behörden, den Ställen, die nach wie vor ihrem ursprünglichen Zweck dienen, die Nutzung entziehen?
4. Eventualiter: Die Sache sei der Vorinstanz, eventualiter der Beschwerdeinstanz, subeventualiter der Erstinstanz zur Neubeurteilung zurückzuweisen.
5. Der Sachverhalt ist mit den Betriebsdaten xxx und yyy vom DFRLWAG richtig zu stellen, d.h. Hof Steinig 414 durchgehend bis heute von Familienmitgliedern bewirtschaftet und der Pferdebetrieb war durchgehend aktiv bis heute. Mit Zeugenaussagen und Luftbildern kann ich meine Darstellung beweisen.
6. Die Verfahrenskosten seien der Vorinstanz, eventualiter der Beschwerdeinstanz, subeventualiter der Erstinstanz aufzuerlegen und mir sei eine angemessene Parteientschädigung zuzusprechen (zzgl. MWST und Auslagen).
7. Infolge ungenügender finanzieller Mittel, bitte ich um unentgeltliche Rechtspflege.
Das BVU/AG beantragt die Beschwerdeabweisung. Das Verwaltungsgericht ersucht um kostenfällige Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei. Der Gemeinderat hat sich nicht vernehmen lassen.
A._ äussert sich am 3. Juli 2019 und reicht mit Postaufgabe vom 21. August 2019 weitere Bemerkungen ein.

Erwägungen:
1.
1.1. Gegen den angefochtenen, kantonal letztinstanzlichen Endentscheid im Bereich des Baurechts steht grundsätzlich die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten offen (<ref-law>; <ref-ruling> E. 2 S. 356). Die Beschwerdeführerin ist zur Beschwerdeführung legitimiert, da sie am vorinstanzlichen Verfahren teilgenommen hat und als Baugesuchstellerin vom Bauvorhaben besonders betroffen ist (<ref-law>).
1.2. Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann insbesondere geltend gemacht werden, der angefochtene Entscheid verletze Bundesrecht und kantonale verfassungsmässige Rechte (Art. 95 lit. a und c BGG). Die Anwendung des sonstigen kantonalen Rechts überprüft das Bundesgericht jedoch nur auf Vereinbarkeit mit dem Bundesrecht, namentlich mit dem Willkürverbot gemäss <ref-law> (<ref-ruling> E. 2.1 S. 372 mit Hinweisen).
1.3. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es prüft die bei ihm angefochtenen Entscheide grundsätzlich nur auf Rechtsverletzungen hin, die von den Beschwerdeführern geltend gemacht und begründet werden (vgl. <ref-law>). Erhöhte Anforderungen an die Begründung gelten, soweit die Verletzung von Grundrechten gerügt wird (<ref-law>; vgl. <ref-ruling> E. 1.7.1 und E. 1.7.2 S. 106 mit Hinweisen).
1.4. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den von der Vorinstanz festgestellten Sachverhalt zugrunde (<ref-law>), es sei denn, dieser sei offensichtlich unrichtig oder beruhe auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> (vgl. Art. 97 Abs. 1 und Art. 105 Abs. 2 BGG).
1.5. Das BVU/AG ist am 18. Dezember 2017 auf das Wiedererwägungsgesuch der Beschwerdeführerin vom 18. August 2017 mangels wesentlicher Änderung der Sachlage nicht eingetreten. Daher obliegt es den nachfolgenden Instanzen, diesen Nichteintretensentscheid zu überprüfen. Der Regierungsrat und sodann das Verwaltungsgericht haben diesen Entscheid bestätigt. Vor Bundesgericht beschränkt sich der Streitgegenstand deshalb auf die Frage, ob das Verwaltungsgericht dies zu Recht getan hat. Trifft seine Erwägung zu, hat es dabei sein Bewenden. Soweit die Beschwerdeführerin einen Sachentscheid des Bundesgerichts auch zu Anträgen verlangt, die über den Streitgegenstand hinausgehen, kann darauf nicht eingetreten werden.
2.
Bei den von der Beschwerdeführerin am 3. Juli 2019 eingereichten Betriebsdaten 2019 gestützt auf ein vom 18. März 2019 datiertes "Formular C - Flächenerhebung Beitragsjahr 2019" handelt es sich um echte Noven, die erst nach dem Urteil der Vorinstanz vom 22. Februar 2019 entstanden sind. Sie sind im vorliegenden Verfahren nicht zu berücksichtigen (vgl. <ref-law>; JOHANNA DORMANN, in: Basler Kommentar, Bundesgerichtsgesetz, 3. Aufl. 2018, N. 43 zu <ref-law> sowie LORENZ KNEUBÜHLER, Die Verfahrensgrundsätze des BGG, ZBJV 2019 S. 475 bei Anm. 27).
3.
3.1. Die Beschwerdeführerin verlangt in ihrem Verfahrensantrag die "erneute Überprüfung und Gewährung des rechtlichen Gehörs, diesmal durch andere Richter". Sinngemäss verlangt die Beschwerdeführerin somit den Ausstand der Richter, die am Urteil vom 23. März 2018 mitgewirkt hatten. Als Begründung macht die Beschwerdeführerin geltend, der Sachverhalt sei in jenem Urteil falsch dargestellt worden.
3.2. Nach <ref-law> hat die Partei, die den Ausstand einer Gerichtsperson des Bundesgerichts verlangt, die den Ausstand begründenden Tatsachen glaubhaft zu machen. Davon kann hier nicht die Rede sein. Die Mitwirkung einer Gerichtsperson in einem früheren Verfahren bildet für sich allein keinen Ausstandsgrund (<ref-law>). Im Ergebnis erweist sich das Ausstandsbegehren als unzulässig; das Bundesgericht tritt darauf nicht ein. Da es an einem zulässigen und hinreichend begründeten Ausstandsbegehren fehlt, braucht das Bundesgericht auch kein Verfahren nach <ref-law> durchzuführen (Urteil 1C_187/2017 und 1C_327/2017 vom 20. März 2018 E. 4.2 mit Hinweisen).
4.
4.1. Nach der Rechtsprechung folgt aus <ref-law> im Sinne einer verfahrensrechtlichen Minimalgarantie ein Anspruch auf Wiedererwägung. Diese soll aber nicht dazu dienen, rechtskräftige Entscheide immer wieder in Frage zu stellen (<ref-ruling> E. 2.1 S. 181; <ref-ruling> E. 2b S. 47 mit Hinweisen). Insoweit haben Verwaltungsbehörden ein rechtskräftiges Urteil eines Verwaltungsgerichts im Allgemeinen zu beachten. Der Anspruch auf Wiedererwägung greift gegenüber gerichtlich bestätigten Verwaltungsakten indes dann, wenn es darum geht, einen zeitlich offenen Dauersachverhalt an die im Laufe der Zeit geänderte Sach- und Rechtslage oder an neue Erkenntnisse anzupassen (<ref-ruling> E. 4b S. 752 f.; Urteile 2C_487/2012 vom 2. April 2013 E. 3.3; 1P.59/2002 vom 22. August 2002 E. 7 mit Hinweis). Nach der Rechtsprechung ist die Rechtskraftwirkung von Dauerverfügungen insoweit beschränkt, als die Verwaltungsbehörde verpflichtet ist, auf einen Verwaltungsakt zurückzukommen, wenn die Umstände sich seither wesentlich geändert haben oder wenn die Gesuchstellerin erhebliche Tatsachen und Beweismittel namhaft macht, die ihr im früheren Verfahren nicht bekannt waren oder die schon damals geltend zu machen für sie rechtlich oder tatsächlich unmöglich war oder keine Veranlassung bestand (<ref-ruling> E. 4.3 S. 72 f.; <ref-ruling> E. 2.1 S. 181; <ref-ruling> E. 3a S. 6; je mit Hinweisen). Die Beschwerdeführerin hat dabei im Einzelnen darzulegen, inwiefern die neuen Umstände zu einer anderen Beurteilung führen müssen (<ref-ruling> E. 2.2.1 S. 181 f.). Auch aus dem kantonalen Verwaltungsrechtspflegegesetz ergibt sich, dass bei Vorliegen eines Rechtsmittelentscheids die Wiedererwägung nur zulässig ist, sofern sich der dem rechtskräftigen Entscheid zugrunde liegende Sachverhalt oder die Rechtslage erheblich und entscheidrelevant geändert hat (§ 39 Abs. 2 des Gesetzes über die Verwaltungsrechtspflege des Kantons Aargau [VRPG; SAR 271.200]).
4.2. Im vorgenannten Urteil 1C_347/2017 wurde in E. 5.3 und 5.4 festgehalten, die Zonenwidrigkeit der Pferdehaltung der Beschwerdeführerin sei durch die Aufgabe der landwirtschaftlichen Tätigkeit und nicht durch die nachträgliche Änderung von Erlassen entstanden. Die Beschwerdeführerin könne sich somit nicht auf die gewerbliche Bestandesgarantie gemäss Art. 37a RPG (SR 700) in Verbindung mit <ref-law> (SR 700.1) berufen.
4.3. Am 16. Juni 2017 wurde der Betrieb xxx der Beschwerdeführerin vom kantonalen Departement Finanzen und Ressourcen, Landwirtschaft Aargau, als landwirtschaftlicher Betrieb im Sinne von Art. 6 der Verordnung über landwirtschaftliche Begriffe und die Anerkennung von Betriebsformen (LBV; SR 910.91) anerkannt. Dabei wurden bei den Betriebsdaten 2017 Pferde mit 8.5 Grossvieheinheiten (GVE; vgl. Art. 27 Abs. 1 LBV) angegeben, und zwar mit der Fussnote "effektiv gehaltene und deklarierte Tiere gemäss Betriebsstrukturdatenerhebung 2017, unabhängig von einer Haltungsbeschränkung gemäss laufendem Baurechtsverfahren".
4.4. Die Beschwerdeführerin will ihr erneutes Baugesuch vom 18. August 2017 darauf abstellen, dass ihr Betrieb gemäss der Landwirtschaft Aargau einen landwirtschaftlichen Betrieb darstelle. Tatsächlich hat sich jedoch gegenüber dem Zustand im Zeitpunkt des nachträglichen Baugesuchs vom 17. Mai 2015 nichts geändert. Vielmehr hat die Beschwerdeführerin die Anerkennung eines landwirtschaftlichen Betriebes nur erhalten, weil dabei die gar nicht zulässige Haltung von mehr als vier Pferden berücksichtigt wurde.
4.5. Wie die Vorinstanz im angefochtenen Urteil eingehend dargelegt hat, erreicht die Beschwerdeführerin mit ihrem Betrieb nicht die in Art. 29a LBV verlangte Zahl von 0,20 Standardarbeitskraft (SAK, Art. 3 LBV). Die Beschwerdeführerin stellt die von der Vorinstanz vorgenommene Berechnung nicht in Frage. Für vier zulässig gehaltene Pferde können maximal 0.0756 SAK resultieren (4 Tiere der Pferdegattung ergeben maximal 2,8 GVE [LBV Anhang "Faktoren für die Umrechnung des Tierbestandes in Grossvieheinheiten"] multipliziert mit 0.027 SAK pro GVE laut Art. 3 Abs. 2 LBV). Damit können, zusammen mit den von der Vorinstanz ermittelten Werten ohne Berücksichtigung der Pferdehaltung von 0.11002 SAK (2017) respektive 0.11402 SAK (2018), 0.2 SAK nicht erreicht werden. Bei diesem Ergebnis kann auch die Frage offen gelassen werden, ob die hobbymässige Haltung von vier Pferden, welche die Vorinstanz der Beschwerdeführerin mit ihrem Urteil vom 5. Mai 2017 in Anwendung von <ref-law> und der Wegleitung des Bundesamts für Raumentwicklung (ARE), Pferd und Raumplanung, zugestanden hat - was mit dem vorgenannten Urteil 1C_347/2017 in E. 4.4.1 als sachgerecht erachtet wurde -, in die Berechnung miteinzubeziehen sei oder nicht.
5.
Soweit die Beschwerdeführerin geltend macht, ihr Betrieb habe stets unter ihren Eltern und nachher auch in Fortführung des Betriebes durch sie einen landwirtschaftlichen Betrieb dargestellt, handelt es sich nicht um neue Tatsachen, die im Rahmen des erneuten Baubewilligungsverfahrens neu zu beurteilen wären. Vielmehr übt die Beschwerdeführerin damit Kritik an dem mit Urteil 1C_347/2017 vom 23. März 2018 abgeschlossenen Verfahren, über die nicht zu befinden ist. Aus diesen Gründen ist auch den diesbezüglichen Beweisanträgen nicht stattzugeben.
6.
Die Beschwerde erweist sich als unbegründet und ist abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann.
7.
Bei diesem Verfahrensausgang wird die Beschwerdeführerin kostenpflichtig (Art. 66 Abs. 1, Art. 65 BGG).
Angesichts der Aussichtslosigkeit des Verfahrens ist dem Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege nicht zu entsprechen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Auf das Ausstandsgesuch wird nicht eingetreten.
2.
Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit auf sie eingetreten werden kann.
3.
Das Gesuch um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege wird abgewiesen.
4.
Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
5.
Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin, dem Gemeinderat Gontenschwil, dem Regierungsrat des Kantons Aargau, dem Verwaltungsgericht des Kantons Aargau, 3. Kammer, und dem Bundesamt für Raumentwicklung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 12. November 2019
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Chaix
Der Gerichtsschreiber: Kessler Coendet