Faits :
A.
La Fondation des Oeuvres sociales de A._ SA (ci-après: la fondation) avec siège social à U._ a été créée par acte constitutif du 30 août 1951. Les statuts ont été modifiés à plusieurs reprises, la version actuellement applicable date du 4 juillet 2006 (ci-après: les statuts). Selon l'art. 4 al. 1 des statuts, la fondation a pour but de venir en aide au personnel de A._ SA ainsi qu'à leurs proches, atteints par les événements tels que vieillesse, la maladie, les accidents, l'invalidité ou la mort (let. a), d'améliorer ou de maintenir les prestations assurées par la Caisse de retraite et de prévoyance en faveur du personnel de A._ SA (let. b). D'après l'art. 4 al. 2, la fondation peut également en cas de chômage et de service militaire allouer des prestations aux personnes concernées se trouvant dans une situation de nécessité et, de manière générale, promouvoir ou encourager toute activité présentant une utilité sociale en faveur des employés de A._ SA se trouvant dans le besoin. Selon l'art. 5 des statuts, les ressources de la fondation proviennent des revenus de sa fortune, des versements effectués librement par A._ SA, des dons et legs éventuels.
A la suite de l'annonce de licenciements d'employés par A._ SA, et d'une demande du syndicat pour qu'un plan de mesures d'accompagnement en leur faveur fût mis sur pied, le conseil de la fondation a décidé, le 17 juin 2009, de financer des mesures d'accompagnement en faveur des employés de A._ SA licenciés dans le cadre de la réorganisation intervenue au sein de l'entreprise en 2009, correspondant suivant les cas à un ou deux mois de salaire. Le 23 septembre 2009, A._ SA, le syndicat B._ et l'Association C._ ont signé un accord dans le cadre d'une procédure de consultation prévue en cas de licenciement collectif. Cet accord fixait les conditions financières en cas de départ volontaire et de licenciement. Au final, les indemnités versées ont été financées par la fondation à hauteur de 239'083 fr. 20.
Par décision du 3 mai 2016, l'Autorité de surveillance LPP et des fondations de Suisse occidentale a enjoint à la fondation d'exiger de A._ SA le remboursement des montants versés dans le cadre du plan social du 23 septembre 2009.
B.
La fondation a recouru contre cette décision auprès du Tribunal administratif fédéral, qui a rejeté le recours par jugement du 20 août 2018.
C.
La fondation interjette un recours en matière de droit public contre ce jugement. Sous suite de frais et dépens, elle conclut à son annulation ainsi qu'à celle de la décision du 3 mai 2016 de l'Autorité de surveillance. Elle requiert l'octroi de l'effet suspensif à son recours.

Considérant en droit :
1.
Le recours en matière de droit public peut être formé pour violation du droit, tel qu'il est délimité par les art. 95 et 96 LTF. Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (<ref-law>), sans être limité par les arguments du recourant ou par la motivation de l'autorité précédente. Le Tribunal fédéral n'examine en principe que les griefs invoqués, compte tenu de l'exigence de motivation prévue à l'<ref-law>, et ne peut aller au-delà des conclusions des parties (<ref-law>). Il fonde son raisonnement sur les faits retenus par la juridiction de première instance (<ref-law>) sauf s'ils ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> (<ref-law>). Le recourant qui entend s'écarter des faits constatés doit expliquer de manière circonstanciée en quoi les conditions de l'<ref-law> sont réalisées sinon un état de fait divergent ne peut être pris en considération (cf. <ref-law>).
2.
Le litige porte sur la question de savoir si la recourante peut être contrainte de réclamer à A._ SA le montant des indemnités qu'elle a versées aux employés touchés par l'accord du 23 septembre 2009, singulièrement sur la possibilité statutaire que la recourante avait de financer ces prestations.
3.
3.1. La recourante reproche à la juridiction inférieure d'avoir établi les faits de façon manifestement inexacte en rapport avec les art. 97 et 105 al. 2 LTF. Elle estime que la juridiction inférieure aurait dû retenir que A._ SA s'était trouvée dans une situation financière extrêmement difficile en 2009, l'ayant conduite à un grave manque de liquidités et à l'obligation de licencier le tiers de son personnel. Dans ces circonstances, A._ SA n'avait aucun moyen pour financer le plan social exigé par le syndicat. Elle considère que la prise en compte de ces faits aurait dû conduire l'autorité inférieure à admettre qu'elle avait agi en conformité de ses statuts en mettant directement à disposition des employés licenciés des fonds qu'ils n'auraient pas pu obtenir sans cette aide vu la situation financière critique de A._ SA.
3.2. L'argumentation de la recourante est dénuée de pertinence. En effet, il ressort du jugement entrepris qu'à l'époque des versements, A._ SA était confrontée à une obligation de licenciements collectifs en application des <ref-law> et à l'établissement d'un plan social réclamé par le syndicat. Ces seules circonstances montrent l'existence de difficultés financières importantes chez A._ SA. De plus, la situation financière de celle-ci au moment du versement des fonds n'est pas déterminante. En effet, l'objet du présent litige est de savoir si le versement de certaines indemnités par la recourante aux employés faisant l'objet du plan social était conforme aux statuts de celle-ci, respectivement au but assigné aux fondations patronales.
Aussi, la juridiction inférieure n'a pas omis de tenir compte de faits relatifs à la situation financière de l'employeur.
4.
La juridiction inférieure a considéré que les versements de la recourante devaient être effectués sur la base d'une décision de son conseil et qu'en l'espèce, celle-ci faisait défaut, car le conseil avait décidé de versements pour un montant d'environ 71'000 fr. alors qu'en réalité les versements avaient représenté une somme totale d'environ 240'000 fr. De ce fait, il n'était pas possible d'admettre l'existence d'une décision couvrant l'ensemble des versements.
La recourante conteste cette appréciation. Elle est d'avis que la décision prise par son conseil le 17 juin 2009 fixait le nombre de mois de salaire à verser à chaque licencié selon les circonstances propres à chacun, de sorte que le montant global était susceptible de varier en fonction du nombre de licenciements.
Cette question peut être laissée ouverte, car même si le conseil de fondation avait décidé de financer le plan social à concurrence de 240'000 fr. environ, pareille décision aurait de toute manière été contraire aux buts de la fondation (cf. consid. 5 ci-après).
5.
5.1. L'autorité inférieure a retenu que les buts de la recourante, tels qu'ils sont prévus à l'art. 4 des statuts, permettent une participation à un plan social si les prestations versées ne constituaient pas un retour à l'employeur des ressources et si elles avaient un caractère de prévoyance professionnelle. Pour l'autorité inférieure, la recourante a payé des indemnités de départ, respectivement de licenciement, sans établir ni rendre vraisemblable qu'elles étaient versées dans un but de prévoyance professionnelle.
5.2. La recourante conteste l'interprétation de l'art. 4 des statuts faite par la juridiction inférieure. Elle affirme que le versement d'indemnités de départ aux employés licenciés est conforme à ses buts qui sont de venir en aide au personnel, entre autres motifs lorsque celui-ci est au chômage (art. 4 al. 2 des statuts). Elle soutient que le bénéficiaire d'indemnités journalières de l'assurance-chômage se trouve systématiquement dans une situation de besoin, en raison de la différence entre le salaire versé par l'employeur et le montant moindre des indemnités de chômage. La recourante évalue cette différence entre 30 % et 40 % sans tenir compte des frais liés à la recherche d'un nouvel emploi. Dans ces conditions, la recourante devait être autorisée à compléter les prestations de l'assurance-chômage. Ne pas admettre une telle manière de faire rendrait lettre morte l'art. 4 al. 2 des statuts.
5.3.
5.3.1. La prévoyance professionnelle comprend l'ensemble des mesures prises sur une base collective pour permettre aux personnes âgées, aux survivants et aux invalides, ensemble avec les prestations de l'assurance vieillesse, survivants et invalidité fédérale (AVS/AI), de maintenir leur niveau de vie de manière appropriée, lors de la réalisation d'un cas d'assurance-vieillesse, décès ou invalidité (<ref-law>).
Sont également considérées comme poursuivant un tel but les prestations d'assistance d'un fonds patronal qui peuvent être versées en cas de détresse économique aux assurés ou à leurs survivants, en cas de maladie, d'accident, d'invalidité ou de chômage (HERMANN WALSER, SBVR, 3e éd., n. 115 p. 2201; ISABELLE VETTER-SCHREIBER, BVG/FZG, ad art. 1 n° 4), voire dans le cas d'une restructuration (JACQUES-ANDRÉ SCHNEIDER, LPP et LFLP, ad art. 80 n° 9 s.). Certaines mesures, prévues dans un plan social et destinées à alléger les conséquences d'un licenciement, peuvent aussi être considérées comme servant à l'exécution des obligations de l'employeur liées à la prévoyance professionnelle. Une telle manière de procéder ne doit cependant pas permettre à l'employeur de récupérer l'argent de la fondation (arrêt 9C_608/2014 du 19 décembre 2014 consid. 6.1, in SVR 2015 BVG n° 22 p. 84; HANS-ULRICH STAUFFER, Die berufliche Vorsorge BVG/FZG/ZGB/OR/FusG/ZPO, 3e éd. 2013, n. 7 ad <ref-law>). Le fait qu'une fondation bénéficie d'une exonération d'impôt conformément à l'<ref-law> lui impose de limiter ses buts statutaires à la prévoyance professionnelle à l'exclusion de toutes autres fins, l'accomplissement de tâches relevant de l'employeur en vertu du droit du travail, telles que les salaires, les gratifications pour ancienneté de service et les indemnités de départ, étant ainsi exclue (cf. <ref-ruling> consid. 5.5.2 p. 361; PASCAL MONTAVON, Le recours aux fondations patronales de bienfaisance dans le cadre de l'adoption de plans sociaux, L'Expert Fiduciaire, 5/2014, ch. 3.2; STAUFFER, Berufliche Vorsorge, 2eed. 2012, n. 2009 p. 759). Il n'y a pas d'affectation durable et exclusive des ressources de la prévoyance professionnelle en cas de versement de prestations dues par l'employeur (SCHNEIDER, op. cit., ad art. 80 n° 14 ss.).
Le but des fondations patronales servant à la prévoyance doit clairement indiquer la vocation de l'institution au sens de l'<ref-law> afin de pouvoir bénéficier de l'exonération fiscale au sens de l'<ref-law>. Elles ne peuvent du fait de leur vocation fiscalement reconnue effectuer des prestations qui relèveraient par nature de l'employeur (FRANZISKA BUR BÜRGIN, Wohlfahrtsfonds, Vorsorgeeinrichtungen im luftleeren Raum? in: Hans-Ulrich Stauffer [édit.], Berufliche Vorsorge im Wandel der Zeit, Mélanges "25 ans LPP", 2009, p. 74). Dans leurs activités elles doivent respecter les règles de la bonne foi, l'interdiction de l'arbitraire, le principe de l'égalité de traitement et ne pas commettre d'abus de droit, principes qui trouvent application en droit privé des fondations (<ref-ruling> consid. 4c p. 54; <ref-ruling> consid. 4 p. 442; arrêt 2A.402/2005 du 15 février 2006 consid. 3.2; BUR BÜRGIN, op. cit., p. 80 ss).
Le conseil d'une fondation patronale a un large pouvoir discrétionnaire dans le cadre de l'activité de la fondation et de prestations non réglementaires versées à ses bénéficiaires selon les statuts de l'entité (cf. arrêt 2A.402/2005 cité consid. 3.2 et les références). Il ne dispose toutefois pas d'un pouvoir entièrement discrétionnaire en matière d'attribution de prestations, plus généralement d'affectation de sa fortune au but de prévoyance conformément à l'<ref-law> (SCHNEIDER in: LPP et LFLP, Introduction générale, n° 219). Il est lié par les principes généraux précités qui constituent les bases d'appréciation de l'autorité de surveillance qui se doit toutefois de respecter le principe d'autonomie de la fondation (cf. <ref-ruling>).
5.3.2. En l'espèce, il est incontesté que la recourante est une fondation patronale qui n'a été alimentée que par des versements de l'employeur et qu'elle verse des prestations discrétionnaires. De plus, elle a été exonérée des impôts en application de l'<ref-law>. Il y a lieu d'examiner si les montants versés par la recourante servaient à la prévoyance professionnelle.
Dans son mémoire, la recourante se prévaut essentiellement de la situation de nécessité ou de besoin dans laquelle se trouvaient les employés licenciés se retrouvant au chômage. Toutefois, il ressort de la décision du 17 juin 2009 que le conseil de fondation l'a adoptée en se fondant sur le principe de verser à chaque employé licencié un certain nombre de mois de salaire sur la base d'une liste nominative jointe à la décision. De plus, le nombre de mois devait être déterminé en fonction de la durée d'activité et du comportement de l'employé dans l'entreprise. Ultérieurement, l'engagement pris par A._ SA dans le cadre de l'accord du 23 septembre 2009 a porté sur un mois de salaire pour les employés immédiatement libérés de leur obligation de travailler lors de l'annonce du licenciement et deux mois pour ceux effectuant entièrement leur temps de dédite.
Compte tenu de ces éléments et conformément aux constatations du Tribunal administratif fédéral, rien ne permet de considérer que les versements de la recourante poursuivaient un but de prévoyance professionnelle des employés licenciés. Au contraire, il apparaît qu'ils étaient liés aux engagements pris par l'employeur à l'égard de B._ et C._ quant à l'octroi aux personnes licenciées pour raison économique ou qui se portent volontaires au départ d'une indemnité nette correspondant à un salaire mensuel ou plus (ch. 3.2.4 de l'accord du 23 septembre 2009). Les versements effectués par la recourante reposaient dès lors sur le départ (volontaire ou non) des employés, indépendamment de leur âge ou de leur situation après le licenciement (nouveau travail, chômage, pré-retraite ou retraite). Correspondant à une indemnité de départ fixée en mois de salaire - au paiement duquel l'employeur s'était engagé - ils constituaient l'équivalent d'un salaire et non d'une attribution ayant un caractère de prévoyance professionnelle.
Par ailleurs, la recourante n'a pas non plus examiné chaque cas concret, mais a payé les montants dus aux salariés licenciés sur la base de critères ne prenant pas en compte la situation personnelle de chacun. Les versements en cause ont donc été effectués indépendamment d'une situation de nécessité concrète. La recourante se réfère donc en vain au droit qu'elle aurait eu "de venir en aide aux employés qui devaient être licenciés en raison de la situation de crise subie par l'employeur". A cet égard, c'est inutilement qu'elle soutient que ses buts s'inscrivent dans la tradition historique des buts assignés aux fondations patronales de bienfaisance, pour qui la notion de prévoyance a eu une acceptation large qui ne se limitait pas seulement à la seule prévoyance vieillesse, survivants et invalidité", les buts comprenant le "versement d'une prestation forfaitaire et limitée en cas de chômage dans le contexte d'un licenciement économique". Si cette possibilité existe bien selon ses statuts, l'exonération dont elle a bénéficié ne lui permet que de fournir aux employés des prestations visant à améliorer leur situation dans le cadre de la prévoyance professionnelle telle que définie par l'<ref-law>.
Ainsi, à défaut de but en rapport avec la prévoyance professionnelle, l'autorité inférieure pouvait sans arbitraire et sans violer le droit fédéral admettre que ces versements n'étaient pas conformes aux buts de la recourante. En effet, on se trouve précisément dans la situation où un paiement de prestations dues par un employeur en cette qualité, bien qu'ayant un but d'assistance en période de difficultés économiques, ne poursuit pas un but de prévoyance (MONTAVON, op. cit., ch. 3.2).
Les autres arguments de la recourante, en rapport avec un éventuel excès du pouvoir d'appréciation de l'autorité de surveillance, respectivement une violation du principe de légalité, ne permettent pas d'arriver à une solution différente.
6.
6.1. La recourante conteste l'obligation qui lui a été faite par la décision attaquée d'exiger de la part de A._ SA le remboursement des montants versés dans le cadre de l'accord du 23 septembre 2009. Elle considère qu'un procès civil contre l'employeur serait voué à l'échec, les conditions d'une action en restitution d'un enrichissement illégitime (<ref-law>) n'étant pas données, et entrainerait des frais portant atteinte à sa fortune en violation de l'<ref-law>. A son avis, l'employeur n'a jamais été enrichi car les versements ont été faits directement aux employés.
La jurisprudence (arrêt 5C.51/2004 du 28 mai 2004 consid. 7.1) et la doctrine (GILLES P ETITPIERRE, Commentaire romand, Code des obligations I, n. 5 ad <ref-law>) admettent que l'enrichissement peut avoir lieu par attribution directe ou indirecte. Le fait que les versements ont eu lieu directement aux employés sans passer par les comptes de l'employeur n'exclut pas l'enrichissement de celui-ci.
6.2. La recourante allègue que l'employeur n'était pas en mesure d'assumer les paiements des indemnités de départ lorsqu'il a signé l'accord du 23 septembre 2009 et qu'il n'avait aucune obligation légale ou contractuelle de verser ces indemnités. Dans ces conditions, il n'est pas possible de retenir l'existence d'un enrichissement par "non-diminution" de son patrimoine.
Cette manière de voir méconnaît la situation qui prévalait en matière de plan social le 23 septembre 2009. En effet, à l'époque - soit avant l'entrée en vigueur des art. 335h à 355k CO le 1er janvier 2014 -, les plans sociaux ne faisaient pas l'objet d'une règlementation expresse en droit suisse. Cependant, la jurisprudence (<ref-ruling> consid. 6 p. 45) avait déjà fait une distinction entre les plans sociaux selon qu'ils résultaient d'une déclaration d'intention unilatérale de l'employeur, auquel cas celui-ci pouvait le rapporter en tout temps, et les plans sociaux qui étaient le fruit d'un accord entre l'employeur et les travailleurs, soit individuellement, soit par l'intermédiaire de la commission du personnel ou encore par celui d'un syndicat, auquel cas les dispositions prévues par le plan social étaient considérées comme étant incorporées au contrat individuel de travail ou comme une forme de convention collective de travail.
En l'espèce, l'accord du 23 septembre 2009, conclu entre A._ SA, le syndicat B._ et l'Association C._, revêt une forme proche d'une convention collective de travail par laquelle A._ SA s'est engagée à payer des indemnités de départ (art. 3.2.4 de l'accord). De ce fait, en signant l'accord en question, A._ SA a pris un engagement contractuel envers le personnel licencié, engagement qu'elle assumait personnellement selon l'accord.
Le fait que A._ SA n'ait éventuellement pas été en mesure de payer ces indemnités n'altère pas la validité de son engagement. Que celui-ci soit ou non de nature salariale, ne change rien à l'obligation contractée lors de la signature de l'accord. Les versements de la recourante ont ainsi éteint une dette de A._ SA. Dans ces conditions, la juridiction inférieure pouvait retenir sans violer le droit fédéral que l'action contre A._ SA ne devait pas être considérée comme étant d'emblée dépourvue de chance de succès.
7.
Vu ce qui précède, le recours doit être rejeté.
La cause étant tranchée, la requête d'effet suspensif devient sans objet.
8.
Les frais judiciaires sont mis à la charge de la recourante qui succombe (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 7'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3.
Le présent arrêt est communiqué aux parties, au Tribunal administratif fédéral, Cour I, et à l'Office fédéral des assurances sociales.
Lucerne, le 10 mai 2019
Au nom de la IIe Cour de droit social
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente : Pfiffner
Le Greffier : Berthoud