Fatti:
A.
B.B._, C.B._, D.B._ ed E._ sono comproprietari della particella n. 1841 del Comune di Lugano, F.F._, G.F._, H.F._ e I.F._ della confinante n. 1359, attribuita alla zona residenziale R7. Sui fondi n. 1359 e n. 1896 sorge un grande edificio, che figura tra i beni culturali di interesse locale (L43 Edificio industriale; Tipografia, uffici e atelier) ed è incluso nel perimetro di valorizzazione "PV 12: via Besso-via al Ponte" secondo la variante di piano regolatore approvata dal Consiglio di Stato con risoluzione del 12 aprile 2017. Il perimetro, definito all'art. 34 delle norme di attuazione del piano regolatore (NAPR), comprende le particelle n. 1864, 1896, 1359 e 1841.
B.
Il 23 gennaio 2017, la J._ SA (ora A._ SA) ha inoltrato una domanda di costruzione per il cambiamento parziale di destinazione dello stabile sito sul fondo n. 1359, da magazzino e laboratorio sanitario a deposito per lo stoccaggio di pesce fresco e surgelato, venduto all'ingrosso e al dettaglio con consegna alla clientela per mezzo di furgoni, progetto al quale si sono opposti tra altri i proprietari del fondo n. 1841. Il 26 febbraio 2019 il Municipio ha rilasciato il permesso richiesto. Adito dagli opponenti, con risoluzione del 25 settembre 2019, il Consiglio di Stato ne ha respinto il ricorso. I vicini sono allora insorti dinanzi al Tribunale cantonale amministrativo, che con giudizio del 12 ottobre 2021 ne ha accolto il ricorso e annullato la decisione governativa e quella municipale.
C.
Avverso questa decisione A._ SA presenta un ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale. Chiede di annullarla e di riformarla nel senso di confermare le decisioni annullate.
Non è stato ordinato uno scambio di scritti.

Diritto:
1.
1.1. Il Tribunale federale vaglia d'ufficio se e in che misura un ricorso può essere esaminato nel merito (<ref-ruling> consid. 1).
1.2. Secondo l'art. 42 cpv. 1 e 2 LTF, il ricorso dev'essere motivato in modo sufficiente, spiegando nei motivi perché l'atto impugnato viola il diritto. Il Tribunale federale, che non è un'istanza di appello, esamina in linea di principio solo le censure sollevate (<ref-ruling> consid. 1.2). Quando la ricorrente invoca la violazione di diritti costituzionali, il Tribunale federale, in applicazione dell'<ref-law>, vaglia le censure solo se siano state esplicitamente sollevate e motivate in modo chiaro e preciso (<ref-ruling> consid. 2.1). La stessa conclusione vale anche quando si adduce l'arbitrio nell'accertamento dei fatti e nella valutazione delle prove (<ref-ruling> consid. 2.2).
2.
2.1. La Corte cantonale ha dapprima accertato la conformità di zona sotto il profilo delle molestie prodotte dal nuovo progetto. Ha per contro ritenuto una violazione dell'art. 34 NAPR in relazione al vincolo di piano di quartiere assegnando, rettamente in applicazione del diritto di essere sentito, alle parti nell'ambito dell'istruttoria la possibilità di esprimersi sull'applicazione di questa norma (<ref-law>; al riguardo vedi <ref-ruling> consid. 4.1; <ref-ruling> consid. 3.1 pag. 109). Riguardo alla tutela dei beni culturali ha rilevato che, di massima, le domande di costruzione sono giudicate secondo il diritto vigente al momento della decisione, mentre il Tribunale cantonale amministrativo applica, per prassi costante, il diritto vigente al momento della decisione governativa, a meno che il diritto entrato successivamente in vigore sia più favorevole all'istante. Ha tuttavia precisato che in deroga a tale prassi, le domande di costruzione in sanatoria sono decise in base al diritto vigente al momento in cui l'opera edilizia è stata concretamente realizzata, accennando alla <ref-ruling> consid. 3a/bb. Ha nondimeno sottolineato che al riguardo occorre distinguere il caso in cui l'opera, come nel caso in esame, sia stata eseguita senza permesso allo scopo di sottrarla a un regime edilizio sfavorevole in procinto di entrare in vigore. Ha poi osservato, richiamando la <ref-ruling> consid. 2.4, secondo cui un'applicazione immediata del nuovo diritto si impone in pendenza di una procedura di ricorso qualora la nuova regola corrisponda a un interesse pubblico importante, la cui attuazione non ammette dilazioni e l'autorità di ricorso disponga di piena cognizione in diritto, che restano inoltre riservati motivi imperativi che impongano l'applicazione immediata del nuovo diritto, com'è il caso nell'ambito della legislazione sulle acque e della protezione della natura e del paesaggio o dell'ambiente.
2.2. La Corte cantonale ha ricordato che il 12 settembre 2011 il Consiglio comunale aveva adottato la variante di piano regolatore relativa ai beni culturali delle sezioni Lugano, Castagnola e Bré, che include i fondi n. 1864, 1896, 1359 e 1841 nel perimetro di valorizzazione "PV 12: via Besso-via al Ponte", variante approvata dal Consiglio di Stato con risoluzione del 12 aprile 2017. Ha accertato che l'attività di deposito litigiosa è iniziata, in assenza della necessaria autorizzazione, in concomitanza o in ogni caso poco tempo dopo la presentazione della domanda di costruzione, ossia nel gennaio 2017. Ha stabilito che in quel momento le restrizioni destinate a salvaguardare la pianificazione in via di elaborazione, segnatamente del blocco edilizio di cui all'art. 63 della legge sullo sviluppo territoriale del 21 giugno 2011 (LST; RL 701.100), secondo cui dalla data di pubblicazione del piano regolatore e sino all'approvazione del Consiglio di Stato non si possono attuare modifiche edilizie o altri interventi contrari alle previsioni del piano (cpv. 1), ricordato ch'esso decade se il Consiglio di Stato non lo approva entro due anni dalla scadenza del termine di pubblicazione, rispettivamente di adozione (cpv. 2), erano decadute automaticamente per legge da diversi anni, accertamento non criticato dalla ricorrente. In effetti, la variante di piano regolatore relativa alle particelle in esame era stata pubblicata dal 23 gennaio al 21 febbraio 2012, e approvata dal Governo il 12 aprile 2017 (sulla portata del blocco edilizio vedi MARCO LUCCHINI, Compendio giuridico per l'edilizia, 2a ed., 2015, pag. 138 segg.). Ciò nondimeno, per i giudici cantonali decisiva è la circostanza che la decisione governativa di approvazione è comunque intervenuta prima che il Municipio e il Governo rendessero le loro decisioni sul cambiamento di destinazione litigioso, motivo per cui hanno ritenuto applicabile la contestata normativa sui beni culturali, precisando espressamente che nessuno, quindi neppure la ricorrente, pretendeva il contrario.
Hanno poi deciso che in merito al PV 12, l'art. 34 NAPR sottopone l'area in questione al vincolo di piano di quartiere, disciplinato dagli art. 54 seg. LST, che definisce in maniera vincolante il quadro degli interventi ammissibili all'interno di un determinato comprensorio, ricordando che, di massima, il permesso di piano di quartiere non autorizza direttamente l'edificazione delle opere che contempla. Ha aggiunto che sebbene nulla impedirebbe di cumulare, in blocco o a tappe, la procedura di rilascio del permesso di piano di quartiere con quella di rilascio della licenza edilizia, il piano di quartiere dev'essere comunque presentato al più tardi al momento dell'inoltro della domanda per la prima costruzione. Ha aggiunto che nemmeno in seguito al sollecito da parte della Corte cantonale il Municipio nella sua risposta si è confrontato con il vincolo di piano di quartiere, e che anche il Governo cantonale ha negletto la portata dell'art. 34 NAPR. Ha stabilito che l'allestimento di detto piano deve avvenire al più tardi al momento dell'inoltro della prima domanda di costruzione, visto che le scelte operative del singolo proprietario non possono interferire con l'interesse pubblico all'attuazione di tale piano e dei suoi scopi. Ha constatato che la domanda di costruzione è suscettibile, se non di aggravare, almeno di consolidare e perpetuare una situazione esistente che il piano di quartiere si prefigge invece di modificare, motivo per cui l'intervento edilizio litigioso non può essere autorizzato prima dell'adozione di tale piano.
2.3. La ricorrente sostiene che la Corte cantonale avrebbe ritenuto applicabili a torto le norme relative alla tutela dei beni culturali, in particolare l'art. 34 NAPR, entrato in vigore il 12 aprile 2017, e il PV 12, poiché al suo dire la domanda di costruzione sarebbe stata presentata asseritamente il 23 gennaio 2017, dopo che il cambiamento di destinazione era già avvenuto. Al riguardo si limita a richiamare la <ref-ruling> consid. 3a/bb, senza tuttavia confrontarsi con la stessa. La ricorrente disconosce comunque che la Corte cantonale ha operato una distinzione nell'applicazione di tale prassi qualora, come nel caso in esame, l'opera sia stata realizzata senza permesso allo scopo di sottrarla a un regime edilizio sfavorevole in procinto di entrare in vigore. Ha inoltre ritenuto che in concreto la decisione di approvazione governativa è intervenuta prima che il Municipio e il Governo rendessero le loro decisioni sul cambiamento di destinazione, deducendone che, pertanto, la normativa sui beni culturali si applica al caso in esame, accertando per di più inequivocabilmente che "nessuno pretende il contrario". Ora, limitandosi semplicemente a rilevare che quest'ultimo accertamento sarebbe apodittico, la ricorrente non ne dimostra l'inesattezza e ancora meno l'arbitrarietà, motivo per cui esso è vincolante per il Tribunale federale (<ref-ruling> consid. 2.2), denotando inoltre un modo di procedere contraddittorio della ricorrente. Disattendendo il suo diritto di motivazione (<ref-law>), la ricorrente non si confronta con queste differenti e decisive argomentazioni. In effetti, quando la decisione impugnata, come nella fattispecie, si fonda su diverse motivazioni indipendenti e di per sé sufficienti per definire l'esito della causa, la ricorrente è tenuta, pena l'inammissibilità, a dimostrare che ognuna di esse viola il diritto (<ref-ruling> consid. 2.4; <ref-ruling> consid. 4.1.4).
2.4. Privo di rilievo è infine il generico rimprovero mosso alla Corte cantonale di non aver sospeso la decisione di merito inerente alla domanda di costruzione litigiosa, perché attualmente sarebbe pendente una domanda di approvazione del piano di quartiere. Indipendentemente dalla questione di sapere se si sia o no in presenza di un fatto nuovo, di massima, inammissibile (<ref-law>), la ricorrente nemmeno indica (cfr. <ref-law>) quale norma cantonale sulla sospensione, peraltro da essa non richiesta, sarebbe stata applicata in maniera arbitraria e perché i giudici cantonali avrebbero dovuto decidere quale prima e ultima istanza sulla portata del piano di quartiere in relazione alla domanda di costruzione litigiosa.
3.
Ne segue che, in quanto ammissibile, il ricorso dev'essere respinto. Le spese seguono la soccombenza (<ref-law>).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1.
Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è respinto.
2.
Le spese giudiziarie di fr. 2'000.-- sono poste a carico della ricorrente.
3.
Comunicazione ai patrocinatori delle parti, al Municipio di Lugano, al Dipartimento del territorio, Ufficio delle domande di costruzione, al Consiglio di Stato e al Tribunale amministrativo del Cantone Ticino.