Faits :
A.
Le 19 octobre 2000, le Grand Conseil du canton de Fribourg a modifié la loi cantonale sur le domaine public (LDP; RS/FR 750.1). Dans sa nouvelle teneur, entrée en vigueur le 1 er janvier 2002, l'<ref-law> prévoit que les Entreprises électriques fribourgeoises (EEF) disposent, contre paiement d'une redevance, d'une concession réglée par convention pour l'utilisation des forces hydrauliques du canton pour la production d'énergie. Précédemment, les EFF jouissaient d'un monopole et disposaient d'une concession générale. En vertu de la nouvelle disposition, une convention a été approuvée le 27 janvier 2004 par le Conseil d'Etat et signée le 11 février 2004 entre le canton et les EEF, devenues dès 2005 Groupe E SA. Cette convention fixe dans ses annexes la durée des concessions, les caractéristiques des installations ainsi que le montant des redevances pour les six centrales hydroélectriques de Montbovon-Rossinière, Lessoc, Montsalvens, Rossens, La Maigrauge et Schiffenen. Diverses mesures d'assainissement sont réservées.
B.
Le 13 juin 2016, l'association Aqua Viva (association habilitée à recourir selon le ch. 1 de l'annexe 1 de l'ordonnance relative à la désignation des organisations habilitées à recourir dans les domaines de la protection de l'environnement ainsi que de la protection de la nature et du paysage - ODO, RS 814.076) a recouru auprès du Tribunal cantonal du canton de Fribourg contre la convention du 11 février 2004. Elle relevait que les concessions avaient été accordées sans mise à l'enquête ni étude d'impact sur l'environnement.
Par arrêt du 18 août 2017, la II e Cour administrative du Tribunal cantonal a déclaré le recours irrecevable. A supposer que les concessions ne soient pas accordées ex lege et que la convention du 11 février 2004 soit sujette à recours, celui-ci serait tardif; la recourante connaissait la teneur de l'art. 55 al. 2 LDP dès son entrée en vigueur en 2002 et devait donc s'attendre à la conclusion prochaine d'une convention. Il était donc contraire à la bonne foi d'attendre 14 ans avant de se renseigner. La recourante avait participé activement à la procédure d'assainissement des installations de l'intimée, sans s'interroger sur l'existence d'une convention. La validité de celle-ci avait d'ailleurs été contestée en 2009 par des associations partenaires de la recourante. Avec un minimum d'attention, la recourante, spécialisée dans ce domaine et active sur territoire fribourgeois, ne pouvait donc ignorer que la convention exigée par la loi de 2002 avait été conclue depuis longtemps.
C.
Aqua Viva forme un recours en matière de droit public contre cet arrêt. Elle en demande l'annulation et le renvoi de la cause à la cour cantonale pour jugement sur le fond.

La cour cantonale se réfère à son arrêt et conclut au rejet du recours. Groupe E SA conclut à l'irrecevabilité du recours. Invité à présenter des observations, l'Office fédéral de l'environnement (OFEV) considère que, faute de décision notifiée, la recourante aurait été indûment privée de la possibilité de faire valoir les dispositions sur la protection des eaux, les débits résiduels et l'utilisation rationnelle des ressources hydrauliques. La Direction cantonale de l'aménagement, de l'environnement et des constructions (DAEC) conclut au rejet du recours. Dans leurs écritures ultérieures, la recourante et Groupe E SA persistent dans leurs conclusions respectives.
Considérant en droit :
1.
Le recours est dirigé contre une décision finale de dernière instance cantonale rendue dans une cause de droit public. Il est en soi recevable comme recours en matière de droit public selon les <ref-law>, aucune des exceptions prévues à l'<ref-law> n'étant réalisée.
1.1. La recourante fait partie des organisations habilitées à recourir conformément aux <ref-law> et 12 LPN (ch. 1 de l'annexe 1 de l'ordonnance relative à la désignation des organisations habilitées à recourir dans les domaines de la protection de l'environnement ainsi que de la protection de la nature et du paysage - ODO, RS 814.076). Elle dispose en principe de la qualité pour agir sur le fond, dès lors notamment que les exploitations concernées par la convention litigieuse sont soumises à l'étude d'impact sur l'environnement. Dans la mesure où le recours cantonal a été déclaré irrecevable, la recourante a de toute façon qualité au sens de l'<ref-law> pour contester ce prononcé. Pour le surplus, le recours a été interjeté dans le délai et dans les formes utiles. Il y a lieu par conséquent d'entrer en matière.
1.2. Selon l'<ref-law>, aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente. Les documents produits en annexe à la réponse de l'intimée apparaissent ainsi comme des éléments nouveaux, dès lors irrecevables.
2.
Se plaignant d'établissement partiellement inexact des faits, la recourante relève qu'elle n'avait pas eu concrètement connaissance de l'art. 55 al. 2 LDP entré en vigueur en 2002, relevant qu'elle n'aurait pas à suivre tous les changements législatifs puisqu'elle ne peut recourir que contre des décisions. Elle admet avoir signé avec d'autres associations des observations dans le cadre d'une procédure de remplacement des turbines de l'usine de Hauterive, mais relève qu'il s'agissait d'une procédure générale d'assainissement dans le canton de Fribourg. Elle n'aurait pas de collaboration régulière avec les autres organisations.
Le Tribunal fédéral conduit son raisonnement juridique sur la base des faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>). Il ne peut s'en écarter que si les faits ont été constatés de façon manifestement inexacte - ce qui correspond à la notion d'arbitraire (<ref-ruling> consid. 2.4 p. 313 s.) - ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> (<ref-law>), et pour autant que la correction du vice soit susceptible d'influer sur le sort de la cause. La partie recourante qui entend s'écarter des constatations de l'autorité précédente doit expliquer de manière circonstanciée en quoi les conditions d'une exception prévue par l'<ref-law> seraient réalisées (cf. <ref-law>).
Même à les considérer comme établis, les faits invoqués par la recourante seraient sans incidence sur l'issue de la cause dans la mesure où celle-ci dépend essentiellement non pas de ce que la recourante savait, mais de ce qu'elle devait savoir, ce qui constitue une question de droit.
3.
Se plaignant d'arbitraire, la recourante relève que la convention du 11 février 2004 n'a pas été mise à l'enquête contrairement aux exigences du droit cantonal et fédéral. Elle soutient qu'elle n'avait pas eu connaissance de l'adoption de l'art. 55 al. 2 LDP; cette disposition ne pouvait faire échec à l'obligation de publier une demande de concession et les décisions y relatives, dans la mesure où la loi ne fixait pas les détails des concessions (durée, débits résiduels notamment). La recourante ne pouvait donc s'attendre à ce que la convention prévue à l'art. 55 al. 2 LDP permette à elle seule l'octroi, respectivement le transfert des concessions à une personne privée. Elle relève encore qu'elle ne peut recourir contre les actes normatifs et qu'on ne saurait attendre d'elle, qui ne disposait - particulièrement à cette époque - que d'un personnel très restreint et n'a pas de sections cantonales, qu'elle surveille l'évolution de la législation dans tous les cantons. S'agissant de la prise de position du 21 novembre 2014, la recourante relève qu'elle avait pour cadre une procédure générale d'assainissement sans rapport avec une concession, et que ce document lui avait simplement été soumis pour signature afin d'appuyer les autres organisations de défense de l'environnement. La recourante estime qu'elle pouvait de bonne foi considérer que les activités de l'intimée se fondaient sur une concession valable. Rien ne permettrait d'affirmer qu'elle devait découvrir l'irrégularité avant d'effectuer son étude comparative sur les concessions et d'accéder au dossier au mois de mai 2016. L'absence de recours contre les différents projets de l'intimée ne saurait non plus lui être reprochée dans ce cadre, et la procédure relative au remplacement des turbines de l'usine de Hauterive ne pouvait lui être opposée puisqu'elle n'y avait pas participé et que rien ne permettrait de penser qu'elle devrait être informée par les organisations qui y avaient pris part. On ne saurait enfin exiger de la recourante qu'elle consulte le Bulletin du Grand Conseil où figure une réponse à une question parlementaire évoquant l'existence de la convention. En définitive, la diligence dont elle devait faire preuve aurait été définie de manière manifestement excessive par la cour cantonale, et il n'appartiendrait pas à la recourante de pâtir de l'irrégularité initiale que constituait le défaut de publication.
Outre qu'elle conteste ces arguments, l'intimée estime qu'il n'existait aucun acte attaquable puisqu'elle bénéficiait déjà avant 2002/2004 d'une concession ex lege et que la convention ne faisait que confirmer cette situation sans constituer une prolongation ou une nouvelle concession. Cette question est restée indécise au niveau cantonal et peut l'être également à ce stade, compte tenu des considérants suivants.
3.1. Selon la jurisprudence, lorsqu'un tiers n'a pas pu participer à la procédure, le délai pour recourir contre une décision commence à courir à partir de la connaissance effective de celle-ci. Selon les principes de la bonne foi (art. 5 al. 3 Cst.) et de la sécurité du droit, la partie ne saurait reporter à sa guise le départ du délai de recours lorsqu'elle prend connaissance, d'une quelconque manière, de l'existence d'une décision qui ne lui a pas été notifiée. Il lui appartient de se renseigner et de réagir en temps utile (<ref-ruling> consid. 4.2 p. 312 s.). Ainsi, lorsqu'il existe des indices qu'une décision a été rendue, ou lorsqu'elle apprend l'existence d'une telle décision par une voie non officielle, la personne ou l'association habilitée à recourir ne peut rester inactive; elle doit entreprendre certaines démarches pour que l'on puisse admettre qu'elle a agi à temps, en cherchant notamment à connaître le contenu de la décision. Avec l'écoulement du temps, le principe de sécurité du droit aura tendance à l'emporter sur la protection juridique; il n'existe toutefois pas de délai de péremption absolue, de sorte qu'il convient d'effectuer une pesée des intérêts en présence (<ref-ruling> consid. 4.2 p. 312; arrêt 1C_150/2012 du 6 mars 2013 consid. 2.3 et les exemples cités).
3.2. La recourante dispose du droit de recours dans les domaines du droit visés depuis dix ans au moins par ses statuts (<ref-law>; consid. 1.1). Selon ses statuts, elle s'engage au niveau national pour une protection globale des eaux, marais, régions humides et sites marécageux, pour le maintien de la beauté des cours d'eaux, des lacs et des rives, la protection qualitative et quantitative des eaux de surface ou souterraines, la renonciation à des nouvelles centrales électriques dans les secteurs encore intacts (art. 2). Ses missions sont notamment de mettre sur pied et de soutenir des projets au niveau national et régional (art. 3 let. a), d'élaborer des prises de position et de collaborer avec les autorités (let. b), et de faire valoir ses objectifs dans le cadre des procédures de planification, d'autorisation de construire ou de recours (let. c).
3.3. En tant qu'organisation spécialisée, active au niveau national et investie d'un droit de recours, la recourante doit prêter une attention particulière aux décisions rendues dans les matières dont elle s'occupe. La brièveté des délais d'opposition et de recours imposent une certaine vigilance, sous peine de déchéance du droit de recourir. L'<ref-law> prévoit par ailleurs que les organisations qui n'ont pas formé de recours ne peuvent intervenir comme partie dans la suite de la procédure que si une modification de la décision leur porte atteinte (al. 1). Si elle n'a pas participé à une procédure d'opposition prévue par le droit fédéral ou le droit cantonal, elle ne peut plus former de recours (al. 2). Il en va de même s'agissant des plans d'affectation à caractère décisionnel (al. 3). On peut également exiger de la part des organisations spécialisées une certaine vigilance à l'égard des changements de législation importants dans leurs domaines d'activité, quand bien même le droit de recours ne s'étend pas aux actes normatifs.
3.4. En l'occurrence, la nouvelle loi fribourgeoise du 19 octobre 2000 sur le statut des Entreprises électriques fribourgeoises et de leur Caisse de pensions, entrée en vigueur le 1er janvier 2002, transforme les EEF en société anonyme. Parallèlement, le législateur cantonal a supprimé le droit d'utilisation général dont bénéficiaient les EEF, et modifié l'<ref-law> consacré à l'utilisation des forces hydrauliques, dont la nouvelle teneur, entrée en vigueur à la même date, est la suivante:
1 Le droit d'utiliser l'eau pour la production d'énergie est soumis à concession.
2 Les Entreprises électriques fribourgeoises disposent, contre paiement d'une redevance, d'une concession réglée par convention pour l'utilisation des forces hydrauliques du canton pour la production d'énergie.
Outre le message du Conseil d'Etat à l'appui de la LEEF et les travaux parlementaires y relatifs, la loi a fait l'objet d'une demande de référendum qui a abouti. Elle a été acceptée en votation populaire le 10 juin 2001. Un recours formé contre cette votation a été rejeté par le Tribunal fédéral le 4 septembre 2001 (arrêt 1P.377/2001). Le changement de statut des EEF a ainsi connu un large écho médiatique, et ce changement posait nécessairement la question du sort des concessions accordées à l'entité précédente. A ce sujet, la rédaction de l'art. 55 LDP (les EEF disposent... d'une concession) semble évoquer davantage un état de fait préexistant; rien ne permettait dès lors de supposer, comme le prétend la recourante, qu'une nouvelle demande de concession allait nécessairement être mise à l'enquête. La conclusion de cette convention a d'ailleurs fait l'objet d'un communiqué de presse. La recourante était donc en mesure d'intervenir après avoir constaté, dans la période qui a suivi l'entrée en vigueur de la loi, qu'aucune mise à l'enquête ou publication n'avait eu lieu, et ne pouvait se contenter d'attendre sans s'interroger sur l'existence d'une concession pour l'exploitation de pas moins de six installations hydroélectriques. Il n'y a pas lieu dès lors de rechercher si les procédures ultérieures d'assainissement, de construction et de remplacement de turbines auraient également constitué des occasions de contester la convention de 2004.
Dans le cadre de la pesée d'intérêt, il apparaît ainsi que la recourante aurait eu l'occasion d'intervenir pour faire valoir les irrégularités dont elle se plaint maintenant. Dans le cadre de cette même pesée d'intérêt, il y a lieu de tenir compte, sous l'angle de la sécurité du droit, de la très longue période écoulée depuis la conclusion de la convention, soit quatorze ans, ainsi que les procédures ultérieures dans le cadre desquelles le principe de la validité de la concession n'a pas été mis en question (cf. notamment arrêt 1C_379/2016 du 13 juin 2017). C'est dès lors à juste titre que l'intervention de la recourante a été considérée comme tardive.
4.
Le recours doit dès lors être rejeté. Conformément à l'<ref-law>, les frais judiciaires sont mis à la charge de la recourante. Une indemnité de dépens, également à la charge de la recourante, est allouée à l'intimée qui obtient gain de cause (art. 68 al. 1 et 2 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté.
2.
Une indemnité de dépens de 3'000 fr. est allouée à l'intimée Groupe E SA, à la charge de la recourante.
3.
Les frais judiciaires, arrêtés à 1'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux mandataires des parties, au Conseil d'Etat du canton de Fribourg, au Tribunal cantonal de l'Etat de Fribourg, II e Cour administrative, et à l'Office fédéral de l'environnement.
Lausanne, le 3 décembre 2018
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Merkli
Le Greffier : Kurz