Sachverhalt:
A.
Im Rahmen eines Tarifprüfungsverfahrens bei der Energie Wasser Bern (ewb) korrigierte die Eidgenössische Elektrizitätskommission (ElCom) mit Verfügung vom 17. November 2016 diverse buchhalterische Positionen im Zusammenhang mit den Vorliegerkosten Netz für das Jahr 2009, dem Netznutzungstarif für das Jahr 2010 und den Elektrizitätstarifen für die Jahre 2009 und 2010. Zudem auferlegte die ElCom der Energie Wasser Bern (ewb) eine Gebühr von Fr. 293'940.--.
B.
Gegen diese Verfügung der ElCom erhob die Energie Wasser Bern (ewb) am 16. Januar 2017 Beschwerde beim Bundesverwaltungsgericht. Das Bundesverwaltungsgericht wies die Beschwerde mit Urteil vom 20. Februar 2019 ab, soweit es darauf eintrat.
C.
Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 25. März 2019 gelangt die Energie Wasser Bern (ewb) an das Bundesgericht. Sie beantragt die Aufhebung des Urteils vom 20. Februar 2019. Im Weiteren verlangt sie - wie bereits vor dem Bundesverwaltungsgericht - die Aufhebung der Dispositiv-Ziffern 4, 5, 6, 7, 8, 9und 10 der Verfügung der ElCom vom 17. November 2016.
Es seien in Abänderung der Dispositiv-Ziffer 5der Verfügung der EICom die kalkulatorischen Restwerte für das Jahr 2010 auf mindestens Fr. 334'897'248.--, die kalkulatorischen Abschreibungen auf mindestens Fr. 11'873'063.-- und die kalkulatorischen Zinsen auf dem Anlagevermögen auf mindestens Fr. 13'687'447.-- festzulegen.
Sodann sei in Abänderung der Dispositiv-Ziffer 6der Verfügung der EICom die anrechenbare Verzinsung des für die Vorlieger- und Kapitalkosten betriebsnotwendigen Nettoumlaufvermögens für das Jahr 2010 auf mindestens Fr. 293'239.-- festzulegen.
Im Weiteren sei die Dispositiv-Ziffer 7der Verfügung der EICom wie folgt neu zu formulieren: "Die sich im Bereich Netz ergebende Deckungsdifferenz betragt höchstens Fr. 2'775'485.-- und ist gemäss Weisung 1/2012 der ElCom zu behandeln."
Ferner seien in Abänderung der Dispositiv-Ziffer 8der Verfügung der EICom die anrechenbaren Kosten für die Energielieferung in der Grundversorgung für das Jahr 2009 auf mindestens Fr. 88'330'812.-- festzusetzen. Im Weiteren sei festzustellen, dass die Beschwerdeführerin für das Jahr 2009 zu Recht eine Gewinnabgabe als Bestandteil der Energiekosten an die Stadt Bern in der Höhe von Fr. 36'397'796.-- leistete und ihr dadurch eine Unterdeckung im Bereich Energie in der Höhe von mindestens Fr. 29'204'152.-- entstand. Die Beschwerdeführerin sei zu ermächtigen, diese Unterdeckung gemäss Weisung 1/2012 der EICom in die künftigen Elektrizitätstarife einzurechnen.
Zudem seien in Abänderung der Dispositiv-Ziffer 9der Verfügung der EICom die anrechenbaren Kosten für die Energielieferung in der Grundversorgung für das Jahr 2010 auf mindestens Fr. 46'973'000.-- festzusetzen. Im Weiteren sei festzustellen, dass die Beschwerdeführerin für das Jahr 2010 zu Recht eine Gewinnabgabe als Bestandteil der Energiekosten an die Stadt Bern in der Höhe von Fr. 35'516'554.-- leistete und ihr dadurch eine Unterdeckung im Bereich Energie in der Höhe von mindestens Fr. 10'561'033.-- entstand. Die Beschwerdeführerin sei zu ermächtigen, diese Unterdeckung gemäss Weisung 1/2012 der EICom in die künftigen Elektrizitätstarife einzurechnen.
Schliesslich sei die Gebühr der Verfügung der ElCom auf maximal Fr. 100'000.-- festzulegen. Eventualiter sei die vorinstanzliche Gebühr angemessen zu kürzen.
Die Vorinstanz verzichtet auf eine Vernehmlassung, während das Eidgenössische Departement für Umwelt, Verkehr, Energie und Kommunikation (UVEK) sinngemäss die Abweisung der Beschwerde beantragt. Die ElCom nimmt mit Eingabe vom 28. Juni 2019 Stellung, worauf die Beschwerdeführerin mit Eingabe vom 2. September 2019 repliziert. In den darauffolgenden Eingaben halten die Verfahrensbeteiligten an ihren Anträgen fest.

Erwägungen:
1.
Die frist- (<ref-law>) und formgerecht (<ref-law>) eingereichte Eingabe betrifft eine Angelegenheit des öffentlichen Rechts (<ref-law>) und richtet sich gegen ein verfahrensabschliessendes (<ref-law>) Urteil des Bundesverwaltungsgerichts (<ref-law>). Das Rechtsmittel ist als Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten zulässig, da kein Ausschlussgrund (<ref-law>) - namentlich nicht derjenige von Art. 83 lit. w BGG - vorliegt.
1.1. Soweit die Beschwerdeführerin beantragt, es sei festzustellen, dass sie zu Recht eine Gewinnabgabe an die Stadt Bern in der Höhe von Fr. 36'397'796.-- im Jahr 2009 und von Fr. 35'516'554.-- im Jahr 2010 geleistet hat und ihr dadurch eine Unterdeckung im Bereich Energie in der Höhe von mindestens Fr. 29'204'152.-- im Jahr 2009 und von mindestens Fr. 10'561'033.-- im Jahr 2010 entstanden ist, handelt es sich um zwei Feststellungsbegehren. Feststellungsbegehren sind im bundesgerichtlichen Verfahren zulässig, sofern an der Feststellung ein schutzwürdiges Interesse besteht und dieses nicht ebenso gut mit einem Leistungsbegehren gewahrt werden kann (vgl. <ref-ruling> E. 2c S. 303; Urteile 2C_131/2019 vom 27. August 2019 E. 1.1; 2C_1055/2014 vom 2. Oktober 2015 E. 1.3.4). Diese Voraussetzungen sind vorliegend nicht erfüllt, da im Rahmen eines Leistungsbegehrens darüber befunden werden kann, ob die Beschwerdeführerin diese Unterdeckung in die künftigen Elektrizitätstarife einrechnen darf. Auf die Feststellungsbegehren ist nicht einzutreten.
1.2. Im Übrigen ist die Beschwerdeführerin als selbständige, öffentlich-rechtliche Anstalt bereits im bundesverwaltungsgerichtlichen Verfahren als Partei beteiligt gewesen und dort mit ihren Anträgen nicht durchgedrungen. Ausserdem ist sie durch das angefochtene Urteil in ihren schutzwürdigen Interessen besonders berührt. Sie ist somit zur Erhebung des Rechtsmittels legitimiert (<ref-law>; vgl. Urteil 2C_226/2016 vom 9. November 2016 E. 1.2). Auf die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ist in diesem Umfang einzutreten.
2.
Mit der Beschwerde kann namentlich die Verletzung von Bundes- und Völkerrecht gerügt werden (<ref-law>). Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>), wobei es - unter Berücksichtigung der allgemeinen Rüge- und Begründungspflicht (<ref-law>) - grundsätzlich nur die Vorbringen prüft, sofern allfällige weitere rechtliche Mängel nicht geradezu offensichtlich sind (vgl. <ref-ruling> E. 1.5 S. 144; <ref-ruling> E. 1.4.1 S. 254). Der Verletzung von Grundrechten geht das Bundesgericht nur nach, falls eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und ausreichend begründet worden ist (<ref-law>; vgl. <ref-ruling> E. 1.2.2 S. 286; <ref-ruling> E. 2.2 S. 232). Diese qualifizierte Rüge- und Begründungsobliegenheit nach <ref-law> verlangt, dass in der Beschwerde klar und detailliert anhand der Erwägungen des angefochtenen Entscheids dargelegt wird, inwiefern verfassungsmässige Rechte verletzt worden sein sollen (vgl. <ref-ruling> E. 1.4 S. 5; <ref-ruling> E. 1.4.2 S. 254).
Seinem Urteil legt das Bundesgericht den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Der festgestellte Sachverhalt kann nur erfolgreich gerügt sowie berichtigt oder ergänzt werden, wenn er offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht und die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law>; <ref-law>; vgl. <ref-ruling> E. 1.6 S. 144 f.; <ref-ruling> E. 1.3.1 S. 17 f.). Rügt die beschwerdeführende Partei eine offensichtlich unrichtige Sachverhaltsfeststellung, haben ihre Vorbringen den Anforderungen von <ref-law> zu genügen (vgl. <ref-ruling> E. 9.2.3.6 S. 96; <ref-ruling> E. 1.4.3 S. 255).
3.
Gemäss Art. 6 Abs. 3 des Bundesgesetzes vom 23. März 2007 über die Stromversorgung (Stromversorgungsgesetz, StromVG; SR 734.7) sind die Elektrizitätstarife aufgeschlüsselt nach Netznutzung, Energielieferung, Abgaben und Leistungen an Gemeinwesen zu veröffentlichen (vgl. <ref-ruling> E. 5.1 S. 112; <ref-ruling> E. 3.6.3 S. 463 f.; siehe auch Art. 4b der Stromversorgungsverordnung vom 14. März 2008 [StromVV; SR 734.71]; vgl. auch Seiler, Tariffragen im Elektrizitätsrecht, in: Heselhaus/Hänni/Schreiber [Hrsg.], Rechtsfragen der Energiewirtschaft, 2019, N. 9).
3.1. Die Festlegung der Tarife ist nicht Sache der ElCom, sondern der Verteilnetzbetreiber und -betreiberinnen (vgl. Art. 6 Abs. 1 und Abs. 3 StromVG). Die ElCom überwacht die Einhaltung des Stromversorgungsgesetzes, trifft die Entscheide und erlässt die Verfügungen, die für den Vollzug dieses Gesetzes und der Ausführungsbestimmungen notwendig sind (vgl. Art. 22 Abs. 1 StromVG). Sie ist insbesondere für die Überprüfung der Elektrizitätstarife zuständig und kann Absenkungen verfügen oder Erhöhungen untersagen (vgl. Art. 22 Abs. 2 lit. b StromVG). Die ElCom hat nur bei Gesetzesverstössen einzugreifen und kann sich nicht in das Ermessen der Netzbetreiber und -betreiberinnen einmischen (vgl. <ref-ruling> E. 4.5.2 S. 466; Urteile 2C_969/2013 vom 19. Juli 2014 E. 7.4; 2C_367/2012 vom 20. November 2012 E. 2.2 und E. 3.4.1). Wenn der Aufsichtsbehörde nur eine Gesetzmässigkeits- und keine Ermessensprüfung zukommt, kann auch das Bundesverwaltungsgericht nicht in den Ermessensbereich der beaufsichtigten Person eingreifen. Zugleich hat es darüber zu wachen, dass die Aufsichtsbehörde diesen Bereich respektiert (vgl. <ref-ruling> E. 4.5.2 f. S. 466 f.; <ref-ruling> E. 4.2 S. 389).
3.2. Streitgegenstand der vorliegenden Angelegenheit sind die für den Tarifbestandteil der Netznutzung ( Netznutzungstarif) relevanten anrechenbaren Netzkosten (vgl. Art. 6 Abs. 4 StromVG i.V.m. Art. 14 f. StromVG) und die für den Tarifbestandteil der Energielieferung ( Energietarif) relevanten Energiekosten (vgl. Art. 6 Abs. 4 StromVG) sowie die von der ElCom aufgrund des Tarifprüfungsverfahrens auferlegte Gebühr von Fr. 293'940.-- (vgl. E. 10 hiernach).
3.3. Im Rahmen der anrechenbaren Netzkosten sind folgende buchhalterisch relevanten Positionen umstritten: Die Kosten für den Abbruch und die Provisorien (vgl. E. 4 hiernach) und die Schlüsselung der Betriebskosten (vgl. E. 5 hiernach). Mit Blick auf die Energiekosten sind die Gewinnablieferung an die Stadt Bern (vgl. E. 6 hiernach), die Regulierung des ökologischen Mehrwerts auf den alternativen Energieprodukten (vgl. E. 7 hiernach), die Aufteilung in Grund- und Spitzenlast (vgl. E. 8 hiernach) sowie die Berechnung der Kosten für die Pumpenergie (vgl. E. 9 hiernach) umstritten.
4.
Nach Auffassung der Beschwerdeführerin sind sowohl die Kosten für den Abbruch alter Anlagen als auch die Kosten für Provisorien zu den Anschaffungs- und Herstellungskosten der neu erstellten Anlagen hinzuzurechnen. Sie beanstandet damit die Auffassung der Vorinstanz, wonach die Abbruchkosten zu den anrechenbaren Betriebskosten des entsprechenden Jahres hinzuzurechnen seien.
4.1. Die Vorinstanz erwägt, unter den Verfahrensbeteiligten sei umstritten, ob diejenigen Kosten, die für den Abbruch der Altanlage sowie für die Errichtung von Provisorien anfielen, zu den Kapitalkosten der neu erstellten Ersatzanlagen oder zu den anrechenbaren Betriebskosten des entsprechenden Jahres hinzuzurechnen seien. Von der bundesverwaltungsgerichtlichen Rechtsprechung sei bereits geklärt worden, dass die Kosten für geplante Anlagen, die sich noch nicht im Bau befänden, bei den anrechenbaren Kapitalkosten nicht berücksichtigt werden dürften. Der ElCom sei zuzustimmen, dass dies auch für die hier strittigen Abbruchkosten und Kosten für Provisorien zu gelten habe, da es sich hierbei um Werte handle, die nicht mehr bestünden. Selbst wenn die fraglichen Arbeiten Voraussetzung wären, um die Ersatzanlagen überhaupt errichten zu können, seien die Altanlagen wie auch die Provisorien untergegangen und nicht zu einem Bestandteil der neuen Anlage geworden. Folglich dürfe die Beschwerdeführerin die Abbruchkosten und die Kosten für die Provisorien gemäss den gesetzlichen Vorgaben nicht zu den Anschaffungs- und Herstellkosten der neu erstellten Anlagen hinzurechnen (vgl. E. 8 des angefochtenen Urteils).
4.2. Gegenstand des durch das Stromversorgungsgesetz regulierten Netznutzungstarifs sind die Tarife des Übertragungs- und Verteilnetzes. Die Netzbetreiberinnen sind zuständig für die Festlegung des Netznutzungstarifs (vgl. <ref-law>). Der Netznutzungstarif fliesst in der Höhe seiner anrechenbaren Kosten in das Netznutzungsentgelt ein. Das Netznutzungsentgelt darf die anrechenbaren Kosten (Netznutzungstarif) sowie die Abgaben und Leistungen an Gemeinwesen nicht übersteigen (vgl. Art. 14 Abs. 1 StromVG). Als anrechenbare Kosten gelten die Betriebs- und Kapitalkosten eines sicheren, leistungsfähigen und effizienten Netzes. Sie beinhalten einen angemessenen Betriebsgewinn (vgl. Art. 15 Abs. 1 StromVG). Als Betriebskosten gelten gemäss Art. 15 Abs. 2 StromVG die Kosten für die mit dem Betrieb der Netze direkt zusammenhängenden Leistungen. Laut Art. 15 Abs. 3 StromVG müssen die Kapitalkosten auf der Basis der ursprünglichen Anschaffungs- beziehungsweise Herstellkosten der bestehenden Anlagen ermittelt werden. Als Kapitalkosten anrechenbar sind höchstens die kalkulatorischen Abschreibungen und die kalkulatorischen Zinsen auf den für den Betrieb der Netze notwendigen Vermögenswerten (vgl. BGE <ref-ruling> E. 3.6.3 S. 463; <ref-ruling> E. 4.2 S. 471 und E. 8.6.4 S. 496; Urteile 2C_969/2013 vom 19. Juli 2014 E. 4.4; 2C_367/2012 vom 20. November 2012 E. 2.2; vgl. auch <ref-ruling> E. 8.3 S. 53 f.).
4.3. Die Beschwerdeführerin macht geltend, die Auslegung von Art. 15 Abs. 3 StromVG nach seinem Wortlaut lasse den Schluss zu, dass Abbruchkosten unter die Kosten der bestehenden Anlagen subsumiert werden könnten. Auch aufgrund des Sinns und Zwecks der genannten Norm sei darauf zu schliessen, dass die Abbruchkosten zu den Kosten bestehender Anlagen gezählt werden dürften. Denn der Abbruch einer alten Anlage am gleichen Standort wie die neue zu errichtende Anlage sei eine Voraussetzung für den Bau einer neuen Anlage. Deshalb handle es sich bei den Abbruchkosten der alten Anlage um Kosten der neuen, in Betrieb befindlichen Anlage.
4.4. Der Beschwerdeführerin ist aus folgenden Erwägungen nicht zu folgen:
4.4.1. <ref-law> sieht im letzten Satz vor, dass als Anschaffungs- beziehungsweise Herstellkosten nur die Baukosten der betreffenden Anlagen gelten. Dieser Satz ist im Lichte von Art. 15 Abs. 3 StromVG zu lesen, wonach die Kapitalkosten auf Basis der ursprünglichen Anschaffungs- beziehungsweise Herstellkosten der bestehenden Anlage ermittelt werden. Die Gesetzesbestimmung und ihre Konkretisierung in der Stromversorgungsverordnung zielen darauf ab, dass nicht beliebige Kosten akzeptiert werden sollen, sondern ausschliesslich diejenigen, die bei der anfänglichen Errichtung der betreffenden Anlage entstanden sind (vgl. dazu Seiler, a.a.O., N. 28; Spielmann, in: Kommentar zum Energierecht, Band 1, 2016, N. 6 zu Art. 15 StromVG; vgl. auch Botschaft zur Änderung des Elektrizitätsgesetzes und zum Stromversorgungsgesetz vom 3. Dezember 2004, BBl 2004 1611 ff., S. 1653).
4.4.2. Die Verwendung des Begriffs der Baukosten durch den Verordnungsgeber spricht grundsätzlich für eine restriktive Annahme des Vorliegens von anrechenbaren Kapitalkosten. Die Beschränkung auf die Baukosten ist nach bundesgerichtlicher Rechtsprechung nur insoweit zu eng, als sich Art. 15 Abs. 3 StromVG auch darauf beziehen kann, dass bestimmte Anlagen schon zu Beginn nicht hergestellt, sondern fertig gekauft und damit angeschafft worden sind. Damit erfasst <ref-law> auch den Teil eines Kaufpreises, der mit Blick auf die Erstellung der Anlage bezahlt worden ist und sich mit den ursprünglichen Herstellkosten deckt (vgl. <ref-ruling> E. 5.5.3 S. 422 f. und E. 5.9 S. 427; vgl. auch Petrik-Haltiner, Spannungsfelder rund um die Stromkosten und -tarife, 2017, S. 178 f.).
4.4.3. Die Auffassung der Beschwerdeführerin, wonach der Abbruch einer alten Anlage am gleichen Standort wie die neue zu errichtende Anlage eine Voraussetzung für den Bau einer neuen Anlage sei, mag zwar zutreffen, entspricht aber nicht dem gesetzeskonformen Wortlaut der Verordnungsbestimmung. Abbruchkosten sind im wörtlichen Sinne das Gegenteil der im Verordnungstext erwähnten Baukosten. Damit geht die Argumentation fehl, der Gesetzes- und Verordnungstext regle nicht ausdrücklich die Frage, ob die Abbruchkosten den bestehenden Anlagen zugerechnet werden dürfen oder nicht. Ausserdem wird eine unabhängige Drittperson nicht gewillt sein, über den Wert einer bestehenden Anlage hinaus die vor deren Erstellung angefallenen Abbruchkosten mit dem Kaufpreis zu bezahlen. Der Teil des Kaufpreises, der den ursprünglichen Herstellkosten der Anlage entspricht und deshalb im Rahmen einer Anschaffung einer Anlage als Kapitalkosten angerechnet werden können, erfasst daher regelmässig keine Abbruchkosten einer vormaligen Anlage. Der Auffassung der Beschwerdeführerin steht damit auch die genannte bundesgerichtliche Rechtsprechung entgegen (vgl. E. 4.4.2 hiervor).
4.5. Soweit die Beschwerdeführerin in diesem Zusammenhang eine Verletzung des Grundsatzes von Treu und Glauben nach <ref-law> rügt, vermögen ihre Vorbringen nicht zu überzeugen. Die Vorinstanz erwägt, es erscheine vorliegend fraglich, ob die kurze Protokollstelle über die gemeinsame Sitzung vom 15. September 2014 für sich geeignet wäre, berechtigtes Vertrauen zu begründen. Selbst wenn in dieser Protokollstelle eine mögliche Vertrauensgrundlage zu erblicken wäre, würde ein allfälliges Vertrauen durch den nachfolgenden Satz im Protokoll wieder aufgehoben. Dort werde ausdrücklich festgehalten, dass über die Abbruchkosten kein Konsens herrsche (vgl. E. 8.6 des angefochtenen Urteils). Wenn die Beschwerdeführerin dagegen lediglich vorbringt, die ElCom verhalte sich widersprüchlich und dem Vertrauensschutz stehe nicht entgegen, wenn über die Abbruchkosten kein Konsens herrsche, ist ihr nicht zu folgen. Die ElCom verhält sich aufgrund dieses ausdrücklichen Hinweises gerade nicht widersprüchlich. Ausserdem ist damit offensichtlich, dass die Beschwerdeführerin nicht berechtigterweise in die Protokollstelle hat vertrauen dürfen.
4.6. Zusammenfassend ergibt sich, dass die Beschwerdeführerin die Abbruchkosten nicht als ursprüngliche Anschaffungs- beziehungsweise Herstellkosten zu den anrechenbaren Kapitalkosten im Sinne von Art. 15 Abs. 3 StromVG hinzurechnen kann, sondern lediglich in die Betriebskosten der betreffenden Jahre einberechnen darf. Da sich das vorinstanzliche Urteil mit Blick auf die Anwendung von Art. 15 Abs. 3 StromVG als rechtmässig erweist, läuft die Rüge der Beschwerdeführerin ins Leere, wonach die Vorinstanz das Subsidiaritätsprinzip im Sinne von Art. 3 Abs. 2 StromVG verletze.
5.
Die Beschwerdeführerin beanstandet, dass sie die Betriebskosten des eigenen Netzes unter Verwendung von Ist-Werten und anhand einer sachgerechten Schlüsselung neu zu ermitteln habe.
5.1. Die Vorinstanz erwägt, während die Einzelkosten dem Netz direkt zugeordnet werden könnten, sei bei den Gemeinkosten eine direkte Zuordnung aufgrund betrieblicher Gegebenheiten entweder nicht möglich oder zu aufwendig. Diese seien daher mit sachgerechten Schlüsseln auf diejenigen Kostenstellen aufzuteilen, welche die Kosten verursacht hätten. Ein Schlüssel sei somit sachgerecht, wenn er zu einer verursachergerechten Kostenaufteilung führe. Die Kostenaufteilung sei verursachergerecht, wenn sie dazu führe, dass der durch den Netzbetrieb verursachte Kostenanteil der Gemeinkosten realistisch abgebildet werde. Die Vorinstanz gelangt zum Schluss, dass zur Schlüsselung der Betriebskosten des eigenen Netzes grundsätzlich Ist-Werte und keine Planwerte zu verwenden seien. Sodann sei eine Gemeinkostenaufteilung nach dem Umsatz - wie von der Beschwerdeführerin vorgenommen -, nicht hinreichend verursachergerecht und werde den rechtlichen Voraussetzungen von Art. 10 Abs. 1 StromVG und <ref-law> nicht gerecht. Die Beschwerdeführerin stehe deshalb in der Pflicht, die Betriebskosten des eigenen Netzes für das Jahr 2010 neu zu schlüsseln und der ElCom zur Prüfung einzureichen (vgl. E. 5 des angefochtenen Urteils).
5.2. Gemäss Art. 11 Abs. 1 StromVG erstellen die Betreiberinnen und Eigentümerinnen von Verteil- und Übertragungsnetzen für jedes Netz je eine Jahresrechnung sowie eine Kostenrechnung, die beide von den übrigen Tätigkeitsbereichen entflochten sind. Jede Netzbetreiberin und Netzeigentümerin muss dem Netz Einzelkosten direkt und Gemeinkosten über verursachergerechte Schlüssel zuordnen. Die zugrunde gelegten Schlüssel müssen sachgerecht, nachvollziehbar und schriftlich festgehalten sein sowie dem Grundsatz der Stetigkeit entsprechen (vgl. <ref-law>). Quersubventionierungen zwischen dem Netzbetrieb und den übrigen Tätigkeitsbereichen sind untersagt (vgl. Art. 10 Abs. 1 StromVG).
5.3. Die Beschwerdeführerin macht in tatsächlicher Hinsicht geltend, bloss die Festlegung des Umlageschlüssels basiere auf Planwerten, die umgelegten Kosten seien hingegen Ist-Kosten. Sie bestreitet in rechtlicher Hinsicht im Weiteren nicht, dass bei der Kostenverlegung die Ist-Kosten zu verwenden seien. Sie macht indes geltend, aus den gesetzlichen Vorgaben ergebe sich nicht, dass die Verwendung von Planwerten für die Bestimmung der Umlageschlüssel (Prozentsätze zur Verlegung der Betriebskosten auf die Netze) nicht zulässig sei. Gerade zur Einhaltung des Grundsatzes der Stetigkeit sei ein Abstellen auf Planwerte für die Bestimmung der Umlageschlüssel zur sachgerechten Verteilung der Gemeinkosten auf die Kostenträger in der Ist-Kostenrechnung notwendig. Mit Blick auf die Verwendung des Umsatzes als Umlageschlüssel macht die Beschwerdeführerin geltend, weder die Vorinstanz noch die ElCom vermöchten aufzuzeigen, weshalb sich der von der Beschwerdeführerin verwendete Umlageschlüssel zur Verlegung der Gemeinkosten als nicht verursachergerecht und nicht sachgerecht erweisen würde.
5.4. Unter den Verfahrensbeteiligten umstritten ist die Verwendung von Planwerten (vgl. E. 5.4.1 hiernach) sowie des Umsatzes als Umlageschlüssel zur Bestimmung der Betriebskosten des eigenen Netzes (vgl. E. 5.4.2 hiernach).
5.4.1. Die ElCom bringt in der Vernehmlassung des bundesgerichtlichen Verfahrens zu Recht vor, dass die von <ref-law> geforderte Stetigkeit sich auf die verwendeten Prinzipien und nicht auf die exakten Werte, Beträge oder Proportionen bezieht. Soweit die Beschwerdeführerin dartut, die Verwendung von Planwerten führe zu geringeren Schwankungen und sei deshalb zulässig, da stetig im Sinne von <ref-law>, ist ihr nicht zu folgen. Ein auf Planwerten basierender Umlageschlüssel, der Planungs- und Schätzungsfehler umfasst, führt auch nach erfolgter Umlegung der Ist-Gemeinkosten anhand des Umschlageschlüssels zu den identischen Planungs- und Schätzungsfehlern. Damit ist es unerheblich, ob bloss die Festlegung des Umlageschlüssels auf Planwerten basiere, wie dies die Beschwerdeführerin in tatsächlicher Hinsicht vorbringt. Für das bundesgerichtliche Verfahren besteht von vornherein keine Veranlassung von der vorinstanzlichen Sachverhaltsermittlung abzuweichen, wonach die Umlegung der Gemeinkosten auf Planwerten basiere, da die diesbezügliche Sachverhaltsrüge der Beschwerdeführerin den Ausgang des Verfahrens nicht zu beeinflussen vermag (vgl. E. 2 hiervor; <ref-law>).
5.4.1.1. Nach dem sogenannten Basisjahrprinzip bilden die Kosten des der Tarifberechnung vorangehenden Geschäftsjahrs die Grundlage für die Berechnung der anrechenbaren Betriebs- und Kapitalkosten (vgl. auch E. 4.2 hiervor). Der Netznutzungstarif beruht damit grundsätzlich auf den Ist-Kosten des letzten abgeschlossenen Geschäftsjahrs, welches der jeweiligen Tarifperiode vorangeht. Planwerte sind nur unter bestimmten Voraussetzungen zu verwenden (vgl. Spielmann, a.a.O., N. 69 zu Art. 15 StromVG; Petrik-Haltiner, a.a.O., S. 152 f.). Folglich ist auch der Umlageschlüssel grundsätzlich anhand von Ist-Werten zu bestimmen, indem auf die Ist-Werte aus dem letzten abgeschlossenen Geschäftsjahr abgestellt wird.
5.4.1.2. Im Weiteren ist die Verwendung von Planwerten auch im Lichte von Art. 10 Abs. 1 StromVG zu kritisieren. Die Verwendung von Planwerten geht gleichzeitig mit einer gewissen Gefahr der Quersubventionierung einher, da die effektiv entstandenen Gemeinkosten anhand eines geplanten - mithin beeinflussbaren - Umlageschlüssels auf die verschiedenen Kostenträger umgelegt werden. Im Lichte des Dargelegten bringt die Beschwerdeführerin keine stichhaltigen Gründe vor, weshalb die Verwendung von Planwerten geboten wäre. Insbesondere erschliesst sich nicht, weshalb die Verwendung von Ist-Werten - wie von der Beschwerdeführerin geltend gemacht - rechtswidrig sein soll.
5.4.2. Ausserdem ist umstritten, ob die Beschwerdeführerin im Rahmen der Bestimmung der Betriebskosten des eigenen Netzes den Umsatz als Umlageschlüssel verwenden darf, um die Gemeinkosten zu verlegen. Die Rechtmässigkeit der Verwendung des Umsatzes als Umlageschlüssel erscheint zumindest fraglich (vgl. in diesem Zusammenhang etwa die Auffassung der Preisüberwachung, wonach bei der Verwendung des Umsatzes als Umlageschlüssel ein Widerspruch zum Verursacherprinzip entstehe; Preisüberwachung PUE, Anrechenbare Kosten im schweizerischen Elektrizitätsnetz, Mai 2008, <https://www.preisueberwacher.admin.ch> Dokumentation > Publikationen > Studien & Analysen > 2008 [besucht am 28. Mai 2020], S. 16). Da die Beschwerdeführerin die Verlegung der Gemeinkosten zur Bestimmung der Betriebskosten des eigenen Netzes anhand von Ist-Werten ohnehin erneut vorzunehmen hat, muss diese Frage vorliegend nicht abschliessend beantwortet werden.
5.4.2.1. Festzuhalten ist dagegen, dass die Beschwerdeführerin den Umsatz als Umlageschlüssel dann verwenden dürfte, wenn sie aufzuzeigen vermöchte, dass damit eine verursachergerechte Zuordnung der Gemeinkosten im Sinne von <ref-law> einhergeht. Das Fachsekretariat hat im Verlaufe des Tarifprüfungsverfahrens verschiedene Hilfestellungen geleistet, wie ein sachgerechter Schlüssel transparent herzuleiten und anzuwenden wäre (vgl. E. 5.7 des angefochtenen Urteils; Ziff. 115 der Verfügung der ElCom vom 17. November 2016 mit Verweisung auf act. 82). Die Beschwerdeführerin hat sich während des Verfahrens mit diesen Vorschlägen, die sowohl die Erfassung der Kosten als auch konkrete Vorschläge für die Schlüsselung (etwa Anzahl Personen pro Tätigkeitsbereich) umfasst haben, nicht hinreichend auseinandergesetzt.
5.4.2.2. Unbehelflich ist jedenfalls das Vorbringen, die Beschwerdeführerin habe sich den strengen finanzbuchhalterischen Rechnungslegungsvorschriften von Swiss GAAP FER unterstellt. Diese Vorschriften sind nicht im Hinblick auf die Stromversorgungsregulierung erstellt worden. Ausserdem ist es nicht ausreichend, bloss pauschal vorzubringen, ihre Unternehmensstruktur lasse eine Verlegung der Gemeinkosten mittels eines anderen Umlageschlüssels nicht zu. Vielmehr hat die Beschwerdeführerin die bestehenden Zweifel der ElCom an der verursachergerechten Zuordnung der Gemeinkosten auszuräumen und nachvollziehbar zu begründen, weshalb der Umsatz als Umlageschlüssel im Lichte ihrer Unternehmensstruktur (mehrdimensionale Matrix-Organisation) als verursachergerecht zu betrachten sei, falls und solange sie an diesem Schlüssel festhalten will.
5.4.2.3. Fehl geht sodann das Vorbringen der Beschwerdeführerin, die ElCom habe im mehrjährigen Tarifprüfungs- und darauffolgenden Gerichtsverfahren nie einen Umlageschlüssel aufzuzeigen vermocht, der für alle Geschäftsfelder praktikabel sei. Die ElCom hat über die Prüfung der Gesetzmässigkeit der anrechenbaren Netzkosten hinaus keine Überprüfungskompetenz (vgl. E. 3.1 hiervor). Soweit die Beschwerdeführerin einen Umlageschlüssel festlegt, der den Vorgaben von <ref-law> entspricht, darf die ElCom deren Angemessenheit nicht überprüfen. Im Umkehrschluss darf die ElCom der Beschwerdeführerin auch nicht vorschreiben, was für einen Umlageschlüssel sie zu verwenden hätte. Dies liegt - wie dies die Beschwerdeführerin andernorts auch selbst fordert (vgl. E. 9.4 hiernach) - in ihrem Ermessen.
5.4.3. Soweit die Beschwerdeführerin zudem vorbringt, die Gemeinkosten würden neben dem Umsatz auch zu 50 % anhand des Kriteriums der "Management Attention" verlegt, ist auf Folgendes hinzuweisen: Die Verlegung der Gemeinkosten anhand des Kriteriums der "Management Attention" erscheint im Lichte des Quersubventionierungsverbots (vgl. Art. 10 Abs. 1 StromVG) als problematisch, da - in Abhängigkeit davon, wie die Verwaltung der Beschwerdeführerin die Prioritäten und Tätigkeiten zwischen dem Netzbetrieb und den übrigen Tätigkeiten gewichtet - die Kostenverlegung bewusst beeinflusst werden kann. Auch diesem Bedenken ist bei der durch die Beschwerdeführerin neu vorzunehmenden Verlegung der Gemeinkosten zur Bestimmung der Betriebskosten des eigenen Netzes Beachtung zu schenken.
5.5. Zusammenfassend ergibt sich, dass sich die Verwendung von Planwerten nicht als verursachergerecht im Sinne von <ref-law> erweist. Die Beschwerdeführerin hat die Betriebskosten des eigenen Netzes anhand von Ist-Werten erneut zu bestimmen und dabei den Bedenken mit Blick auf den Umsatz und die "Management Attention" als Umlageschlüssel Rechnung zu tragen.
5.6. Da das vorinstanzliche Urteil mit Blick auf die Anwendung dieser Norm nicht zu beanstanden ist, läuft die Rüge der Beschwerdeführerin ins Leere, wonach die Vorinstanz das Subsidiaritätsprinzip im Sinne von Art. 3 Abs. 2 StromVG verletze. Insoweit die Beschwerdeführerin eine Verletzung der Rechtsgleichheit rügt (vgl. <ref-law>), vermag sie nicht hinreichend aufzuzeigen, inwiefern bei anderen Netzbetreiberinnen vergleichbare Verhältnisse vorliegen würden. Da die verwendeten Rechnungslegungsstandards ferner nicht mit Blick auf die Stromversorgungsregulierung erstellt worden sind, ergibt sich auch nicht, weshalb die Vorinstanz ihre Auffassung, wonach die Anwendung der Rechnungslegungsstandards nicht zugleich zur Einhaltung des Stromversorgungsgesetzes führen würde, hätte weiter begründen müssen. In diesem Sinne ist die Rüge einer Verletzung des Anspruchs auf rechtliches Gehör nach <ref-law> nicht hinreichend begründet (vgl. <ref-law>).
6.
Mit Blick auf die Gewinnablieferung der Stadt Bern macht die Beschwerdeführerin geltend, erst seit anfangs 2011 herrsche Klarheit darüber, dass die Abgaben und Leistungen an die Gemeinwesen einen Bestandteil des Netznutzungsentgelts seien und nicht in den Tarifbestandteil der Energielieferungeingerechnet werden dürften. Für die Jahre 2009 und 2010 könne dies noch keine Wirkung zeitigen.
6.1. Die Vorinstanz führt aus, in der Verfügung vom 17. November 2016 erachte sich die ElCom zuständig, um zu prüfen, ob die Gewinnablieferung an die Stadt Bern korrekt ausgewiesen worden sei. Ob diese Rechtsauffassung der ElCom den gesetzlichen Vorgaben entspreche, sei durch Auslegung von Art. 22 Abs. 2 StromVG zu ermitteln. Es sei unter anderem zu berücksichtigen, dass der Begriff der "Abgaben und Leistungen an Gemeinwesen" im Stromversorgungsgesetz mehrfach erwähnt würde. So müssten beispielsweise Abgaben und Leistungen an Gemeinwesen bei der Tarifpublikation korrekt ausgewiesen werden (vgl. Art. 6 Abs. 3 StromVG; Art. 12 Abs. 2 StromVG) und sie würden im Zusammenhang mit der Kostenüberwälzung genannt (vgl. Art. 14 Abs. 1 StromVG; Art. 15 Abs. 4 lit. b StromVG). Um die Einhaltung dieser Bestimmungen wirksam prüfen und die in Art. 22 Abs. 2 lit. a und lit. b StromVG der ElCom zugewiesenen Aufgaben ausüben zu können, erscheine es systemimmanent, dass die ElCom zumindest beurteilen dürfe, ob Abgaben und Leistungen an Gemeinwesen korrekt ausgewiesen würden. Diese Überprüfung sei Bestandteil der wirksamen Wahrnehmung ihrer Aufsichtsfunktion (vgl. E. 11 des angefochtenen Urteils).
In der Sache selbst sei strittig, so die Vorinstanz weiter, ob die Beschwerdeführerin die Gewinnablieferung an die Stadt Bern über den Energietarif abrechnen dürfe oder ob diese zum Bestandteil des Netznutzungsentgelts oder zu einer eigenen tariflichen Komponente gehöre. Soweit Art. 6 Abs. 3 StromVG von Abgaben und Leistungen an Gemeinwesen spreche, stehe dies im Zusammenhang mit der Transparenzvorgabe, welche sowohl für den Bereich Energielieferung als auch für den Bereich Netznutzung gelte. Wie die ElCom aber zu Recht einwende, bestünde die Gefahr, dass die Endverbraucher in der Grundversorgung Abgaben und Leistungen an Gemeinwesen allein tragen müssten, würden diese beim Tarifbestandteil der Energielieferung einberechnet. Deshalb sei zu folgern, dass die Gewinnablieferung an die Stadt Bern nicht als Bestandteil der Energiekosten oder des Tarifbestandteils der Energielieferung gesehen werden dürfe. Seit dem Jahr 2013 behandle denn auch die Beschwerdeführerin diese als Teil des Netznutzungsentgelts (vgl. E. 12 des angefochtenen Urteils).
6.2. Das Gesetz legt abschliessend fest, welche Komponenten der Elektrizitätstarif für den Endverbraucher in der Grundversorgung enthalten darf. Hierzu zählen die anrechenbaren Kosten für die Netznutzung, die Kosten für die Energielieferung sowie die Abgaben und Leistungen an Gemeinwesen (vgl. Art. 6 Abs. 3 Satz 2 StromVG; vgl. auch E. 3 hiervor). Die einzige Komponente des Elektrizitätstarifs, die nicht in der Stromversorgungsgesetzgebung geregelt ist und nicht der Regulierung durch die ElCom unterliegt, sind die Abgaben und Leistungen an Gemeinwesen. Diese richten sich nach den einschlägigen Gesetzen des Bundes und der Kantone und müssen transparent ausgewiesen werden (vgl. Art. 12 Abs. 2 StromVG). Der Begriff der Abgaben und Leistungen an Gemeinwesen kann weit ausgelegt werden. Es muss sich aber um Leistungen an ein Gemeinwesen handeln (vgl. <ref-ruling> E. 1.2.4 S. 287; <ref-ruling> E. 3.6.2 S. 462; <ref-ruling> E. 2.5 S. 472; <ref-ruling> E. 3.6.3 S. 463 f.). Gemäss Art. 22 Abs. 2 lit. b StromVG ist die ElCom insbesondere für die Überprüfung der Netznutzungstarife und -entgelte sowie der Elektrizitätstarife von Amtes wegen zuständig. Vorbehalten bleiben Abgaben und Leistungen an Gemeinwesen. Sie kann Absenkungen verfügen oder Erhöhungen untersagen.
6.3. Die Beschwerdeführerin bringt vor, aufgrund des klaren Wortlauts von Art. 22 Abs. 2 lit. b StromVG sei die Zuständigkeit der ElCom für die Prüfung von Abgaben und Leistungen an Gemeinwesen zu verneinen. In der Sache selbst vertritt sie die Auffassung, dass die Vorinstanz sich nicht mit ihrer Argumentation auseinandersetze. Ihrer Auffassung nach sei die Änderung der Praxis, wonach Abgaben und Leistungen an Gemeinwesen zum Netznutzungsentgelt gehören würden, nicht rückwirkend anzuwenden. Erst mit der Mitteilung der ElCom vom 17. Februar 2011 sei geklärt, dass Abgaben und Leistungen an Gemeinwesen nicht mehr als Teil des Energietarifs ausgewiesen werden dürften.
6.4. Der Beschwerdeführerin ist mit Blick auf die Zuständigkeit der ElCom nicht zu folgen.
6.4.1. Nach der Rechtsprechung des Bundesgerichts ergibt sich aus Art. 14 Abs. 1 StromVG, dass das Netznutzungsentgelt die anrechenbaren Kosten (Netznutzungstarif) sowie Abgaben und Leistungen an Gemeinwesen umfasst (vgl. <ref-ruling> E. 1.2.4 S. 287; vgl. auch Urteil 4A_582/2014 vom 17. April 2015 E. 3 i.f.; Petrik-Haltiner, a.a.O., S. 318 f.; Seiler, a.a.O., N. 33; vgl. auch E. 4.2 hiervor). Gemäss Art. 22 Abs. 2 lit. b StromVG ist die ElCom für die Überprüfung der Netznutzungstarife im Sinne von Art. 14 Abs. 3 StromVG und der Netznutzungsentgelte im Sinne von Art. 14 Abs. 1 StromVG sowie der Energietarife von Amtes wegen zuständig. Da das Netznutzungsentgelt sowohl den Netznutzungstarif als auch die Abgaben und Leistungen an Gemeinwesen umfasst, erwägt die Vorinstanz daher zu Recht, dass die ElCom zumindest beurteilen darf, ob Abgaben und Leistungen an Gemeinwesen im Rahmen des Netznutzungsentgelts korrekt ausgewiesen werden.
6.4.2. Der Vorbehalt in Art. 22 Abs. 2 lit. b Satz 2 StromVG bezieht sich lediglich auf die materielle Überprüfung der Abgaben und Leistungen an Gemeinwesen. Denn gemäss dem dritten Satz von Art. 22 Abs. 2 lit. b StromVG kann die ElCom Absenkungen verfügen oder Erhöhungen untersagen. Für Abgaben und Leistungen an Gemeinwesen, die nicht bundesrechtlich geregelt sind oder nicht der Regulierung durch die ElCom unterliegen, soll es der ElCom aber gerade nicht möglich sein, Absenkungen zu verfügen oder Erhöhungen zu untersagen. Der Vorbehalt im zweiten Satz ist folglich im Lichte des darauffolgenden Satzes zu verstehen. Jedenfalls insoweit die ElCom die Netznutzungsentgelte überprüft, darf sie auch kontrollieren, ob die Abgaben und Leistungen an Gemeinwesen korrekt - insbesondere als Teil des richtigen Tarifbestandteils - ausgewiesen sind.
6.5. In der Sache ergibt sich aus der bundesgerichtlichen Rechtsprechung, dass die Kosten für die Energielieferung (im Bereich der Grundversorgung) sowie die anrechenbaren Kosten für die Netznutzung bundesrechtlich geregelt und von der ElCom reguliert werden. Die Abgaben und Leistungen an Gemeinwesen richten sich demgegenüber nach der Gesetzgebung des jeweils zuständigen Gemeinwesens - also gegebenenfalls der Kantone und Gemeinden (vgl. <ref-ruling> E. 1.2.4 S. 287; <ref-ruling> E. 2.4 f. S. 472; Urteil 2C_399/2017 vom 28. Mai 2018 E. 4.2; vgl. auch Art. 6 Abs. 1 und Abs. 4 StromVG; Art. 14 ff. StromVG; Art. 22 Abs. 2 lit. a und lit. b StromVG).
6.5.1. Daraus ergibt sich, dass grundsätzlich der kantonale oder kommunale Gesetzgeber festlegen darf, worauf das Gemeinwesen eine Abgabe oder Leistung erhebt. Das Bundesrecht bestimmt lediglich, dass die Abgaben und Leistungen an Gemeinwesen einerseits transparent ausgewiesen werden müssen (vgl. BGE <ref-ruling> E. 2.5 S. 472; <ref-ruling> E. 3.6.3 S. 463; Art. 12 Abs. 2 StromVG; <ref-law>). Andererseits drängt die bundesrechtliche Regelung in Art. 14 Abs. 1 StromVG - neben dem Umstand, dass es sich bei den Abgaben und Leistungen an Gemeinwesen um eine eigene Komponente des Elektrizitätstarifs handelt (vgl. Art. 6 Abs. 3 StromVG; E. 3, E. 4.2 und E. 6.2 hiervor) - die Ansicht auf, dass die netzbezogenen Abgaben und Leistungen an Gemeinwesen in das Netznutzungsentgelt einfliessen müssen.
Diese beiden bundesrechtlichen Vorgaben schliessen indes nicht aus, dass es auch Abgaben und Leistungen an Gemeinwesen gibt, die energiebezogen sind und demzufolge in den Tarifbestandteil der Energielieferung (Energietarif) einfliessen. Als Ausfluss daraus sind die Abgaben und Leistungen an Gemeinwesen aufzuteilen in solche, die mit der Energieproduktion zusammenhängen (z.B. Wasserzinsen) und in jene, die sich aus dem Netzbetrieb ergeben (vgl. Urteil 2C_399/2017 vom 28. Mai 2018 E. 9.2.2.1). Dem steht auch nicht die vorinstanzliche Auffassung entgegen, dass die Abgaben und Leistungen an Gemeinwesen als Bestandteil des Netznutzungsentgelts ausgewiesen werden müssten, um zu verhindern, dass die Endverbraucher in der Grundversorgung Abgaben und Leistungen an Gemeinwesen über den regulierten Energietarif allein tragen müssen. Die Vorinstanz lässt bei dieser Erwägung ausser Acht, dass die energiebezogenen Abgaben und Leistungen an Gemeinwesen auch beim marktbestimmten Energiepreis einkalkuliert werden und damit auch die freien Kunden ausserhalb der Grundversorgung - zumindest teilweise - belasten.
6.5.2. Ausserdem ist auf beiden regulierten Tarifbestandteilen ein angemessener Gewinnanteil zulässig (vgl. Art. 15 Abs. 1 Satz 2 StromVG; <ref-law>; vgl. auch <ref-ruling> E. 6 S. 476 ff.). Erhebt die Stadt Bern eine kommunalrechtlich geregelte Gewinnablieferung, liegt eine Abschöpfung dieses - im Grundsatz zulässigen - Gewinnanteils vor. Diese Gewinnablieferung ist im Sinne von Art. 6 Abs. 3 StromVG als Abgaben und Leistungen an Gemeinwesen und damit grundsätzlich als eine eigene Komponente des Elektrizitätstarifs zu betrachten. Diese Tarifkomponente ist lediglich dann als Bestandteil des Netznutzungsentgelts auszuweisen, falls sich die Gewinnablieferung als netzbezogen erweist (vgl. Art. 14 Abs. 1 StromVG). Die ElCom und - im Rahmen des Beschwerdeverfahrens - die Vorinstanz haben nur zu prüfen, ob für die Gewinnablieferung eine gesetzliche Grundlage besteht und ob die Kosten entsprechend dieser Grundlage transparent ausgewiesen werden. Hingegen richtet sich der Rechtsschutz für die Prüfung der Rechtmässigkeit solcher Abgaben nach den ordentlichen Rechtsmitteln. Die ElCom ist hierfür nicht zuständig (vgl. <ref-ruling> E. 1.2.4 S. 287). Folglich hängt die Zulässigkeit der Gewinnablieferung im Sinne einer Abgabe an das Gemeinwesen nicht vom Stromversorgungsgesetz, sondern von den allgemeinen staatsrechtlichen Grundsätzen ab (vgl. Urteil 2C_399/2017 vom 28. Mai 2018 E. 4.2 und E. 6 ff.; vgl. auch <ref-ruling> E. 3 S. 291 ff.). Das Stromversorgungsgesetz schränkt die Kompetenz der Kantone und Gemeinden, Abgaben zu erheben, nicht ein (vgl. Urteil 2C_399/2017 vom 28. Mai 2018 E. 9.2.2.1).
6.5.3. Vorliegend macht die Beschwerdeführerin geltend, es gebe in der Stadt Bern eine gesetzliche Grundlage, welche eine Belastung des Energietarifs ermöglicht. In die Zuständigkeit der ElCom und der Vorinstanz fällt diesfalls nur die Prüfung, ob eine solche Grundlage besteht und diese eine Erhebung der Gewinnablieferung an die Stadt Bern auf der Tarifkomponente der Energielieferung vorsieht. Erweist sich das Vorbringen der Beschwerdeführerin als zutreffend, ist die entsprechende Abgabe auf den Energietarif zuzulassen. Im Tarifprüfungsverfahren lässt sich die Rechtmässigkeit der Abgabe jedenfalls nicht überprüfen. Wer die Rechtmässigkeit der Abgabe bestreiten möchte, hat hierfür ein ordentliches (abgaberechtliches) Rechtsmittel zu ergreifen.
6.5.4. Da die Vorinstanz die Auffassung vertritt, wonach Abgaben und Leistungen an Gemeinwesen nur im Rahmen des Netznutzungsentgelts auszuweisen seien, hat sie zu Unrecht nicht geprüft, ob die von der Beschwerdeführerin behauptete gesetzliche Grundlage, eine Abgabe (Gewinnablieferung) auf dem Energietarif vorsieht. Die Beschwerde ist daher in diesem untergeordneten Punkt gutzuheissen. Da sich aus dem vorinstanzlichen Urteil keine weiteren Hinweise zur gesetzlichen Grundlage ergeben und auch die Beschwerdeführerin dazu keine weiteren Ausführungen macht, ist die Angelegenheit zur Prüfung der gesetzlichen Grundlage an die ElCom zurückzuweisen (vgl. <ref-law>).
6.6. Zusammenfassend ergibt sich, dass sich die Zuständigkeit der ElCom jedenfalls soweit erstreckt, als sie überprüfen darf, ob die Abgaben und Leistungen an Gemeinwesen korrekt ausgewiesen sind. Im Rahmen dieser Prüfung hat sie zu prüfen, ob die Gewinnablieferung an die Stadt Bern eine Erhebung der Abgabe auf dem Energietarif vorsieht. Erweist sich das diesbezügliche Vorbringen der Beschwerdeführerin als zutreffend, hat sie den Zuschlag auf dem Energietarif zuzulassen. Ergibt die Prüfung, dass die Abgabe netzbezogen ist, hat die Beschwerdeführerin die Gewinnablieferung im Sinne von Art. 14 Abs. 1 StromVG als Bestandteil des Netznutzungsentgelts auszuweisen und die daraus entstehende Überdeckung im Energietarif der Jahre 2009 und 2010 den Endverbrauchern in der Grundversorgung über die künftigen Energietarife zurückzuerstatten. Die Beschwerde ist insoweit gutzuheissen.
7.
Die Beschwerdeführerin beanstandet sodann die vorinstanzliche Auffassung, wonach die ElCom für die Überprüfung und Regulierung der ökologischen Mehrwerte und Zusatzqualitäten als Bestandteil des Energietarifs zuständig sei.
7.1. Nach Auffassung der Vorinstanz beinhaltet der Strom aus erneuerbaren Energiequellen im Wesentlichen zwei Komponenten: Einerseits den eigentlichen Strom im physikalischen Sinne sowie andererseits den ökologischen Mehrwert, welcher beispielsweise mittels Zertifikate auch separat vom physischen Strom handelbar sei. Es sei durch Auslegung von Art. 22 Abs. 2 lit. a und lit. b StromVG zu ermitteln, ob die ElCom für die Überprüfung des ökologischen Mehrwerts als Element der Elektrizitätstarife zuständig sei. Dabei ergebe sich sowohl aus dem Wortlaut als auch dem Sinn und Zweck von Art. 22 Abs. 2 lit. a und lit. b StromVG, dass der ökologische Mehrwert von der Überprüfungsbefugnis der ElCom erfasst sei. Wie die ElCom in der angefochtenen Verfügung zu Recht erkannt habe, verblieben die Endverbraucher in der Grundversorgung, selbst wenn sie sich für ein alternatives Energieprodukt entscheiden würden, welches ihnen ihr Verteilnetzbetreiber oder ihre Verteilnetzbetreiberin anbiete. Es handle sich lediglich um unterschiedliche Produktangebote innerhalb der Grundversorgung. Die Vorinstanz habe somit ihre Kompetenzen durch die Überprüfung der Zusatzqualitäten nicht überschritten (vgl. E. 15 des angefochtenen Urteils).
7.2. Die Stromversorgungsgesetzgebung unterscheidet drei Gruppen von Endverbrauchern: Erstens feste Endverbraucher, nämlich Haushalte und andere Endverbraucher mit einem Jahresverbrauch von weniger als 100 MWh (vgl. Art. 6 Abs. 2 StromVG). Diese haben keinen Anspruch auf Netzzugang (vgl. Art. 6 Abs. 6 StromVG i.V.m. Art. 13 Abs. 1 StromVG), aber dafür Anspruch auf Grundversorgung (vgl. Art. 6 Abs. 1 StromVG). Zweitens Endverbraucher mit einem Jahresverbrauch von mindestens 100 MWh, die auf den Netzzugang verzichtet haben. Diese haben ebenfalls Anspruch auf Grundversorgung (vgl. Art. 6 Abs. 1 StromVG). Drittens andere Endverbraucher mit einem Jahresverbrauch von mindestens 100 MWh. Diese haben Anspruch auf Netzzugang (vgl. Art. 13 StromVG; sog. freie Kunden). Während die Netznutzungstarife infolge des natürlichen Netzmonopols für alle Endverbraucher durch das Stromversorgungsgesetz und die ElCom reguliert werden (vgl. Art. 14 ff. StromVG), werden die Energietarife nur für die Endverbraucher mit Grundversorgung gesetzlich reguliert (vgl. Art. 6 StromVG; <ref-law>). Dagegen können nach Art. 4 Abs. 1 lit. d StromVG Endverbraucher mit Netzzugang die Elektrizität von einem Lieferanten freier Wahl beziehen (vgl. <ref-ruling> E. 4.2.1 S. 464; Urteil 2C_518/2012 vom 23. November 2012 E. 2.2, nicht publ. in: BGE <ref-ruling>; vgl. auch Urteil 2C_739/2010 vom 6. Juli 2011 E. 3.3). Die ElCom überwacht die Einhaltung des Stromversorgungsgesetzes, trifft die Entscheide und erlässt die Verfügungen, die für den Vollzug dieses Gesetzes und der Ausführungsbestimmungen notwendig sind (vgl. Art. 22 Abs. 1 StromVG). Gemäss Art. 22 Abs. 2 StromVG ist die ElCom für den Entscheid im Streitfall über den Netzzugang, die Netznutzungsbedingungen, die Netznutzungstarife und -entgelte sowie die Elektrizitätstarife (lit. a) wie auch für die Überprüfung der Netznutzungstarife und -entgelte sowie der Elektrizitätstarife von Amtes wegen (lit. b) zuständig.
7.3. Die Beschwerdeführerin bringt vor, bei Art. 22 Abs. 2 StromVG handle es sich um eine reine Zuständigkeitsnorm. Daraus ergebe sich nicht, dass die ökologischen Mehrwerte und Zusatzqualitäten Energielieferungen im engeren Sinne darstellen würden. Vielmehr sei zwischen den ökologischen Mehrwerten und Zusatzqualitäten und den eigentlichen Energielieferungen kein unmittelbarer Zusammenhang ersichtlich. Folglich würden die ökologischen Mehrwerte und Zusatzqualitäten nicht Bestandteil des Entgelts für die physische Energielieferung (Energietarif) bilden. Sodann laufe die vorinstanzliche Auffassung dem Gesetzeszweck von Art. 1 StromVG entgegen, wonach das Stromversorgungsgesetz die Rahmenbedingungen für eine zuverlässige und nachhaltige Versorgung mit Elektrizität festlege. Die vorinstanzliche Erwägung, das Vertrauen der Endverbraucher werde erschüttert, wenn die ElCom alternative Energieprodukte in der Grundversorgung nicht umfassend überprüfen könne, sei nicht überzeugend. Die alternativen Energieprodukte würden bereits heute auf dem freien Markt gehandelt und die Wahlfreiheit des Kunden widerspreche nicht dem Ziel einer nachhaltigen Versorgung. Dem Vertrauen der Endverbraucher und dem Ziel der nachhaltigen Stromversorgung werde sodann bereits seit Ende 2006 mit der Verordnung des UVEK vom 24. November 2006 über den Nachweis der Produktionsart und der Herkunft von Elektrizität (Herkunftsnachweis-Verordnung, HKNV; SR 730.010.1; Aufhebung per 1. Januar 2018) Rechnung getragen. Die heutige Verordnung des UVEK vom 1. November 2017 über den Herkunftsnachweis und die Stromkennzeichnung (HKSV; SR 730.010.1; Inkrafttreten am 1. Januar 2018) führe dies weiter.
7.4. Die Vorbringen der Beschwerdeführerin vermögen aus zweierlei Gesichtspunkten nicht zu überzeugen:
7.4.1. Art. 22 Abs. 1 StromVG räumt der ElCom in der Grundversorgung eine umfassende Aufsichtskompetenz zu, wobei Art. 22 Abs. 2 StromVG die verschiedenen Kompetenzen nicht abschliessend aufzählt (vgl. Petrik-Haltiner, a.a.O., S. 53 f.; Wyss, in: Kommentar zum Energierecht, Band 1, 2016, N. 4 und N. 10 zu Art. 22 StromVG). Die umfassende Aufsichtskompetenz in der Grundversorgung bezweckt den Schutz der festen Endverbraucher, der anderen Endverbraucher mit einem Jahresverbrauch von weniger als 100 MWh und der Endverbraucher, die auf den Netzzugang nach Art. 13 Abs. 1 StromVG verzichten (vgl. Art. 6 Abs. 1 und Abs. 2 StromVG) und bezieht sich unter anderem auf die Überprüfung der Elektrizitätstarife. Gemäss Art. 6 Abs. 3 StromVG hat die Beschwerdeführerin für die Endverbraucher in der Grundversorgung einen einheitlichen Elektrizitätstarif festzulegen. Den Endverbrauchern der Grundversorgung muss jederzeit die gewünschte Menge an Elektrizität zu diesem Elektrizitätstarif geliefert werden (vgl. Art. 6 Abs. 1 StromVG). Der Elektrizitätstarif ist nach Netznutzung (Netznutzungstarif), Energielieferung (Energietarif) und Abgaben und Leistungen aufzuschlüsseln (vgl. E. 3 hiervor). Der ElCom kommt ausser mit Blick auf Letzteres eine Überprüfungskompetenz zu (vgl. E. 6.2 hiervor). Dass es sich bei ökologischen Mehrwerten und Zusatzleistungen nicht um Abgaben und Leistungen an Gemeinwesen handelt, bedarf keiner weiteren Erläuterung. Folglich sind die ökologischen Mehrwerte und Zusatzleistungen als Teil des Elektrizitätstarifs jedenfalls einem der beiden anderen Tarifbestandteile zuzuordnen, die vollumfänglich der Überprüfungskompetenz der ElCom unterliegen. Im Lichte von Art. 6 Abs. 3 StromVG in Verbindung mit Art. 22 Abs. 1 und Abs. 2 StromVG erfasst der Begriff des Elektrizitätstarifs folglich auch ökologische Mehrwerte und Zusatzleistungen.
7.4.2. Entgegen der Auffassung der Beschwerdeführerin sind die ökologischen Mehrwerte und Zusatzqualitäten dem Entgelt für die physische Energielieferung (Energietarif) zuzurechnen, denn diese sind letztlich Ausfluss aus den allfällig höheren Gestehungskosten bei der Produktion von alternativer Energie oder aus der Internalisierung von negativen externen Effekten bei der Produktion traditioneller Energie. Gemäss <ref-law> orientiert sich der Tarifanteil für die Energielieferung an die Endverbraucher mit Grundversorgung an den Gestehungskosten einer effizienten Produktion und an langfristigen Bezugsverträgen des Verteilnetzbetreibers oder der Verteilnetzbetreiberin (vgl. auch E. 8.2 hiernach). Unabhängig davon, ob die Beschwerdeführerin über eigene Produktionskapazitäten an erneuerbaren Energien verfügt oder diese ökologischen Mehrwerte von anderen Produzenten (vertraglich) beschafft, hat sie sich an dieser "Cost plus"-Regulierung in der Grundversorgung zu orientieren. Die Einhaltung dieser Regulierung in Art. 6 StromVG in Verbindung mit <ref-law> fällt unter die Aufsichtskompetenz der ElCom.
7.5. Zusammenfassend ergibt sich, dass es sich bei den ökologischen Mehrwerten und Zusatzqualitäten um ein alternatives Energieprodukt innerhalb der Grundversorgung handelt, das sich ebenfalls an den Vorgaben der Stromversorgungsgesetzgebung zu orientieren hat. Die ElCom ist für die Einhaltung der entsprechenden Regulierung zuständig. Daran ändert auch die Verweisung der Beschwerdeführerin auf Art. 1 StromVG und die beiden Verordnungen (HKNV sowie HKSV; vgl. E. 7.3 hiervor) nichts.
8.
Die Beschwerdeführerin bringt vor, vor der Vorinstanz sei umstritten gewesen, wie die Gestehungskosten auf die Endverbraucher mit Grundversorgung und die freien Kunden aufzuteilen seien. Sie bestreitet, dass die vom Bundesgericht in <ref-ruling> als gesetzmässig anerkannte Durchschnittspreismethode die hierfür einzig zulässige Methode zur Kostenaufteilung darstelle.
8.1. Die Vorinstanz erwägt, mit der Anwendung der Durchschnittspreismethode liege die ElCom in der Linie der bisherigen Rechtsprechung. Selbst wenn es sich bei der Durchschnittspreismethode nicht um die einzige gesetzlich zulässige Methode handeln sollte, bringe die ElCom in ihren Erwägungen objektive Gründe gegen die Methode der Beschwerdeführerin vor, die in sich schlüssig erscheinen würden. Die ElCom zeige insbesondere auf, dass die ausschliessliche Verwendung der teureren Spitzenlast im Winter nicht begründet sei. Es könne daher auf die Erwägungen der fachkundigen ElCom abgestellt werden. Die Methode der Beschwerdeführerin sei nicht genügend ausgewiesen und sie orientiere sich nicht durchwegs an den Gestehungskosten einer effizienten Produktion sowie an langfristigen Bezugsverträgen im Sinne von <ref-law> (vgl. E. 19 des angefochtenen Urteils).
8.2. Die Elektrizitätstarife in der Grundversorgung werden in Art. 6 StromVG geregelt. Die Tarife müssen angemessen sein (vgl. Art. 6 Abs. 1 StromVG). Nicht angemessene Elektrizitätstarife oder Tarifbestandteile sind folglich gesetzwidrig und können zu einer Absenkung durch die ElCom führen (vgl. Art. 22 Abs. 2 lit. b StromVG; vgl. auch E. 3.1 hiervor). Was unter "angemessen" zu verstehen ist, ergibt sich aus dem Wortlaut des Gesetzes nicht näher. In der Beurteilung dessen, was als angemessen gilt, kommt der Aufsichtsbehörde ein gewisser Beurteilungsspielraum zu (vgl. <ref-ruling> E. 4.5.3 S. 467). Für den Tarifbestandteil der Energielieferung hat der Netzbetreiber eine Kostenträgerrechnung zu führen (vgl. Art. 6 Abs. 4 StromVG). Das Gesetz legt nicht fest, wie detailliert die Kostenträgerrechnung auszugestalten ist. Zudem dient die Kostenträgerrechnung der Kostentransparenz, besagt aber noch nicht, wie die ausgewiesenen Kosten auf die verschiedenen Gruppen von Endverbrauchern aufzuteilen sind (vgl. <ref-ruling> E. 5.2.3 S. 470). <ref-law> präzisiert, dass der Tarifanteil für die Energielieferung an Endverbraucher mit Grundversorgung sich an den Gestehungskosten einer effizienten Produktion und an langfristigen Bezugsverträgen des Verteilnetzbetreibers oder der Verteilnetzbetreiberin orientiert.
8.3. Die Beschwerdeführerin bringt vor, nach der Durchschnittspreismethode werde bei der Berechnung der Gestehungskosten der Grundversorgung die Gestehungskosten der Produktion und Beschaffung durch die gesamte produzierte und beschaffte Menge dividiert und mit der gesamten Menge der Grundversorgung multipliziert. Ausgehend von dieser vom Bundesgericht als gesetzmässig beurteilten Methode differenziere die Beschwerdeführerin nunmehr weiter zwischen Grund- und Spitzenlast. Bei dieser weiterentwickelten Methode würden die Gestehungskosten der Grundversorgung ermittelt, indem die Gestehungskosten der Produktion und Beschaffung separat für die Grund- und Spitzenlast ermittelt werde. Diese nach Grund- und Spitzenlast differenzierten Gestehungskosten würden durch die produzierte und beschaffte Menge an Grund- und Spitzenlast dividiert. Damit würden nach der Grund- und Spitzenlast differenzierte Durchschnittskosten ermittelt. Diese würde mit der nach Grund- und Spitzenlast differenzierten Mengen der Grundversorgung multipliziert. Die von der Beschwerdeführerin verwendete Methode orientiere sich an der Durchschnittspreismethode. Diese trage der Realität besser Rechnung, sei verursachergerechter als die vereinfachte Durchschnittspreismethode und daher angemessen.
8.4. Die ElCom bringt in ihrer Vernehmlassung vor, sie anerkenne grundsätzlich die Aufteilung in Grund- und Spitzenlast als Methode zur Aufteilung der Gestehungskosten auf die verschiedenen Kostenträger. Sie habe aber dargetan, dass die von der Beschwerdeführerin verwendete Aufteilung zwischen Grund- und Spitzenlast entweder nicht nachvollziehbar begründet oder nicht konsequent berücksichtigt worden sei. Derart habe die Beschwerdeführerin nie begründet, weshalb im Winter ausschliesslich die teurere Spitzenlast verwendet werde. Folglich richte sich die Kritik der ElCom nicht gegen die Methode der Beschwerdeführerin als solche, sondern gegen deren konkrete Anwendung.
8.5. Der Auffassung der Beschwerdeführerin ist nicht zu folgen.
8.5.1. Sie lässt ausser Acht, dass die ElCom nicht die Unterscheidung in Grund- und Spitzenlast im Allgemeinen, sondern die konkrete Anwendung der von der Beschwerdeführerin verwendeten Methode beanstandet. Dabei bemängelt sie insbesondere, dass die Beschwerdeführerin im Winter ausschliesslich die teurere Spitzenlast verwendet. Die Beschwerdeführerin legt auch im bundesgerichtlichen Verfahren lediglich dar, dass im Winter die Gestehungskosten der Produktion weniger stark und die Kosten der Handelseinkäufe stärker ins Gewicht fallen würden als im Sommer. Die Beschwerdeführerin produziere im Winter zu wenig eigene Energie, um den Bedarf der Endverbraucher jederzeit decken zu können. In Abhängigkeit von der Beschaffung am Markt würden die Kosten je nach Jahreszeit unterschiedlich ausfallen. Um diese saisonalen und tageszeitlichen Unterschiede möglichst genau abzubilden, kombiniere sie in ihrer Methode die differenzierte Berechnung nach Grund- und Spitzenlast. Weshalb aber im Winter lediglich die Spitzenlast zur Anwendung gelangt, erläutert die Beschwerdeführerin damit nicht. Sie hätte zumindest glaubhaft darlegen müssen, dass im Winter die Kosten dauerhaft der Spitzenlast entsprächen. Folglich kommt die Vorinstanz zu Recht zum Schluss, dass die von der Beschwerdeführerin verwendete Methode in ihrer Anwendung nicht angemessen im Sinne von <ref-law> ist, da sie sich nicht an den Gestehungskosten einer effizienten Produktion oder an langfristigen Bezugsverträgen orientiert.
8.5.2. Was die Beschwerdeführerin im Weiteren vorbringt, vermag im Lichte des Dargelegten ebenfalls nicht zu überzeugen. Derart ist nicht ersichtlich, weshalb die Vorinstanz gegen die Begründungspflicht nach <ref-law> verstossen würde. Die Vorinstanz begnügt sich zwar, lediglich auf das Verbot der direkten Einzelkostenzurechnung zu verweisen (vgl. <ref-ruling> E. 5.2.2 S. 470; E. 19.4 des angefochtenen Urteils) und sich nicht weiter mit der Kostenaufteilung der Beschwerdeführerin auseinanderzusetzen sowie die Auffassung der ElCom wiederzugeben (vgl. E. 19.3 i.V.m. E. 18.2 des angefochtenen Urteils). Nachdem die Vorinstanz mit Verweisung auf die Auffassung der ElCom aber erwogen hat, dass sich die Methode der Beschwerdeführerin bei deren konkreten Anwendung als mangelhaft erweist, ist ihr unbenommen, nicht weiter auf die Kostenaufteilung der Beschwerdeführerin einzugehen. Sie verletzt damit nicht den Anspruch auf rechtliches Gehör.
8.5.3. Sodann bleibt auch unzureichend begründet, worin ein Verstoss gegen den Grundsatz von Treu und Glauben sowie gegen das Rückwirkungsverbot zu sehen sein soll (vgl. E. 2 hiervor; <ref-law>). Dasselbe gilt mit Blick auf die geltend gemachte Verletzung des Subsidiaritätsprinzips nach Art. 3 Abs. 2 StromVG. Soweit die Beschwerdeführerin die von ihr verwendete Methode nachvollziehbar begründen kann, stellt diese durchaus eine zulässige saisonal differenzierte Durchschnittspreismethode dar. Mangels einer schlüssigen Begründung liegt indes keine über die Gesetzmässigkeitsprüfung hinaus gehende Tarifprüfung vor, womit auch nicht in den Ermessensbereich der Beschwerdeführerin eingegriffen wird (vgl. E. 3.1 hiervor).
8.6. Zusammenfassend ergibt sich, dass sich die Beschwerdeführerin zwar an der vom Bundesgericht als gesetzmässig beurteilten Durchschnittspreismethode orientiert und eine Unterscheidung zwischen Grund- und Spitzenlast methodisch nicht zu beanstanden ist. Sie kann die konkrete Anwendung ihrer Methode jedoch nicht sachlich nachvollziehbar begründen und bringt eine überzeugende Begründung auch im bundesgerichtlichen Verfahren nicht vor. Die vorinstanzliche Auffassung, wonach die von der Beschwerdeführerin gewählte Methode nicht angemessen im Sinne von Art. 6 Abs. 1 StromVG in Verbindung mit <ref-law> sei, ist demnach nicht zu beanstanden.
9.
Die Beschwerdeführerin macht geltend, dass ihre Methode zur Berechnung der Kosten für die Pumpenergie sachlich begründet, transparent und nachvollziehbar sei. Die Methode sei entgegen der Auffassung der Vorinstanz daher gesetzmässig.
9.1. Nach Ansicht der Vorinstanz stimmen die Verfahrensbeteiligten im Wesentlichen darin überein, dass die Beschwerdeführerin nicht in der Lage sei, die tatsächlichen Pumpenergiekosten für die Jahre 2009 und 2010 zu ermitteln. Die ElCom lege nachvollziehbar dar, weshalb die Methode der Beschwerdeführerin zur Bestimmung der Pumpenergiekosten als unzulässig zu erachten sei. Diese Methode beruhe zumindest teilweise auf Planwerten. Solche Werte seien stets mit gewissen Planungsunsicherheiten behaftet. Bei der Methode sei somit nicht sichergestellt, dass sie <ref-law> entspreche. Da es der Beschwerdeführerin nicht gelungen sei, die tatsächlichen Pumpenergiekosten für die Jahre 2009 und 2010 zu ermitteln oder eine taugliche Methode zu deren Bestimmung vorzulegen, dürfe die ElCom diese ersatzweise festlegen. Ein unzulässiger Eingriff in das Ermessen der Beschwerdeführerin gehe damit nicht einher.
Allerdings führt die Vorinstanz weiter aus, es sei nicht von der Hand zu weisen, dass die ElCom die komplexen Betriebsstrukturen, wie sie gemäss Angaben der Beschwerdeführerin beim Betrieb von Pumpspeicherkraftwerken zu verzeichnen seien, weitgehend unberücksichtigt lasse und die bei der Beschwerdeführerin angefallenen Kosten doch in einer deutlich vereinfachten Art und Weise berechne. Da es aber höchst ungewiss sei, wie eine realitätsnahe Methode aussähe, habe die ElCom nicht willkürlich auf eine vereinfachte Methode zurückgegriffen (vgl. E. 21 des angefochtenen Urteils).
9.2. In tatsächlicher Hinsicht macht die Beschwerdeführerin geltend, sie sei durchaus in der Lage, die tatsächlichen Pumpenergiekosten für die Jahre 2009 und 2010 zu ermitteln. Im Gegensatz zur ElCom, die die Kosten des Pumpenbetriebs zu Spotmarktpreisen bewerte, mache die Beschwerdeführerin die intern verrechneten Kosten geltend, die auf der tatsächlich bestellten Pumpenergie und den Terminmarktpreisen basiere. Den Terminmarktpreis berechne sie, indem sie einerseits die tages- und stundenpreisspezifischen historischen Preisinformationen der Energiebörsen - d.h. die Preise tatsächlicher vergangener Transaktionen - und andererseits die Preise der an den Energiebörsen gehandelten Monats-, Quartals- und Jahresterminkontrakte berücksichtige. Zudem würde die mutmassliche künftige Entwicklung von Faktoren wie die meteorologische Gegebenheit, die Konjunktur und die Erzeugungskapazitäten miteinbezogen. Für Termingeschäfte mit Drittpersonen werde der Preis nach der gleichen Methodik (Hourly Price Forward Curve) und den gleichen Parametern ermittelt. Die Kosten des internen Termingeschäfts stellten deshalb die tatsächlichen Ist-Kosten dar und entsprächen demnach in rechtlicher Hinsicht den Gestehungskosten.
9.3. Im Rahmen der Sachverhaltsrüge legt die Beschwerdeführerin zwar ausführlich dar, wie sie die Kosten für die Pumpenergie berechnet. Indessen lässt die Beschwerdeführerin dabei ausser Acht, dass sie lediglich ein Modell entworfen hat, das den Preis eines internen Termingeschäfts berechnet. Obwohl sie hierfür auf Preise vergangener Transaktionen abstellt und aktuelle Preise der Energiebörsen berücksichtigt, handelt es sich lediglich um einen modellierten und damit von ihr beeinflussbaren Preis eines internen Termingeschäfts. Indem die Beschwerdeführerin zudem die mutmasslich künftige Entwicklung von verschiedenen Faktoren miteinbezieht, wird ersichtlich, dass mit dem von ihr verwendeten Preismodell keine Ist-Kosten berechnet werden. Vielmehr liegt eine modellierte Annäherung an einen möglicherweise gehandelten Börsenpreis vor, den sie für die Pumpenergie bezahlen müsste. Dies gilt indes nur unter der Prämisse, dass der Markt effektiv dem von ihr modellierten Preismechanismus folgt. Folglich hat die Vorinstanz den Sachverhalt nicht offensichtlich falsch ermittelt, wenn sie davon ausgeht, die Beschwerdeführerin sei nicht in der Lage, die tatsächlichen Pumpenergiekosten für die Jahre 2009 und 2010 zu berechnen.
9.4. Zu beanstanden ist das vorinstanzliche Urteil hingegen in rechtlicher Hinsicht.
9.4.1. Die vorliegende Angelegenheit ist nicht vergleichbar mit der Ausgangslage, welche das Bundesgericht mit Urteil 2C_969/2013 vom 19. Juli 2014 beurteilt hat. Dort hat das Bundesgericht festgehalten, es werde nicht geltend gemacht, dass detaillierte Kostenschätzungen vorliegen würden. Zudem werde zu Recht eine Verletzung der Mitwirkungspflicht angenommen. Vom Fehlen solcher Schätzungen sei daher auszugehen (vgl. Urteil 2C_969/2013 vom 19. Juli 2014 E. 7.7). Demzufolge ist es der ElCom und der Vorinstanz in jener Angelegenheit nicht möglich gewesen, die Gesetzmässigkeit der geltend gemachten Kosten zu überprüfen, da die von der Untersuchung betroffene Person ihre Mitwirkungspflicht nicht wahrgenommen hat. Vorliegend wird der Beschwerdeführerin nicht vorgeworfen, sie sei ihrer Mitwirkungspflicht nicht nachgekommen. Mangels Verletzung der Mitwirkungspflicht ist die ElCom deshalb nicht befugt gewesen, die Pumpenergiekosten ersatzweise festzulegen und ihr Ermessen anstelle desjenigen der Beschwerdeführerin zu setzen. Es liegt folglich ein Eingriff in das Ermessen der Beschwerdeführerin vor (vgl. E. 3.1 hiervor).
9.4.2. Was die von der ElCom ersatzweise angewendete Methode betrifft, hält die Vorinstanz selber fest, die ElCom berechne die Pumpenergiekosten in einer vereinfachten Art und Weise, indem sie die durchschnittlichen Spotmarktpreise zur Anwendung bringe (vgl. E. 21.4 i.f. des angefochtenen Urteils). Falls die Beschwerdeführerin die Verwendung einer Methode aufzuzeigen vermag, die sich tatsächlich an den Marktbedingungen - mithin an den Gestehungskosten einer effizienten Produktion und an langfristigen Bezugsverträgen (vgl. <ref-law>; zur Norm vgl. auch E. 8.2 hiervor) - orientiert sowie sachlich begründbar und durch die ElCom überprüfbar ist, liegt es im Ermessen der Beschwerdeführerin, wie sie die Pumpenergiekosten berechnet. Der Beschwerdeführerin ist jedenfalls die Möglichkeit einzuräumen, die Pumpenergiekosten im Rahmen ihres Ermessens erneut selbst zu berechnen. Dabei hat die Beschwerdeführerin zu beachten, dass sich die Verwendung von Planwerten mangels Bezug zu den Marktbedingungen regelmässig als nicht vereinbar mit <ref-law> erweisen wird (vgl. auch E. 5.4.1 hiervor).
9.5. Zusammenfassend ergibt sich, dass eine Verletzung des Ermessensspielraums der Beschwerdeführerin vorliegt. Die Beschwerdeführerin hat der ElCom eine neuerliche Berechnung der Pumpenergiekosten vorzulegen, die die ElCom auf ihre Vereinbarkeit mit Art. 6 StromVG in Verbindung mit <ref-law> zu prüfen hat. Gelingt es der Beschwerdeführerin die Verwendung einer marktorientierten, sachlich begründbaren und überprüfbaren Methode aufzuzeigen, liegt keine Gesetzeswidrigkeit im Sinne von Art. 6 StromVG in Verbindung mit <ref-law> vor. Sollte dies der Beschwerdeführerin nicht gelingen, steht es der ElCom zu, die von ihr bereits ersatzweise verwendete Methode der durchschnittlichen Spotmarktpreise zur Anwendung zu bringen, zumal die Beschwerdeführerin mit dieser Methode ohnehin zu hohe Kosten für ihre Tarifgestaltung anrechnen dürfte. Die Beschwerde ist in diesem untergeordneten Punkt gutzuheissen.
10.
Die Beschwerdeführerin beanstandet die Höhe der ihr auferlegten Gebühr von Fr. 293'940.--. Diese erweise sich vor dem Hintergrund, dass die ElCom einen Grossteil der Komplexität ihres Entscheids selber verursacht habe sowie vor dem Hintergrund ihrer schleppenden, ausufernden Verfahrensführung als offensichtlich zu hoch und unverhältnismässig.
10.1. Die Vorinstanz erwägt, bei den Verfahrenskosten der ElCom handle es sich um eine Verwaltungsgebühr, mithin um eine Kausalabgabe, die dem Kostendeckungs- und Äquivalenzprinzip genügen müsse. Die von der ElCom angewandten Stundenansätze zwischen Fr. 180.-- und Fr. 250.-- stünden in Übereinstimmung mit der anwendbaren Verordnung vom 22. November 2006 über Gebühren und Aufsichtsabgaben im Energiebereich (GebV-En; SR 730.05) und seien nicht zu beanstanden. Verrechnet worden sei sodann der tatsächlich angefallene Zeitaufwand, als dieser von der Beschwerdeführerin verursacht worden sei. Die verbuchte Zahl von 1'605 Arbeitsstunden möge zwar der Beschwerdeführerin als hoch erscheinen, sie sprenge jedoch den Rahmen des Vernünftigen nicht und sei nachvollziehbar, wenn die Komplexität des Entscheids, die dabei abzuklärenden zahlreichen Fachfragen sowie die Notwendigkeit der ergänzenden Sachverhaltsabklärung berücksichtigt werde. Ferner sei zu beachten, dass sich die von der Vorinstanz vorgenommenen Korrekturen im zweistelligen Millionenbereich bewegen würden. Es stünden daher erhebliche wirtschaftliche Interessen auf dem Spiel. Aus den genannten Gründen sei ein offensichtliches Missverhältnis zwischen dem Wert des Tarifprüfungsverfahrens und der Gebührenhöhe nicht zu erkennen (vgl. E. 24 des angefochtenen Urteils).
10.2. Im Grundsatz sind die vorinstanzlichen Erwägungen zur auferlegten Gebühr nicht zu beanstanden. Die Beschwerdeführerin bringt nicht substanziiert vor, inwiefern die ElCom das Tarifprüfungsverfahren schleppend und ausufernd durchgeführt hätte. Insoweit die Beschwerdeführerin vorbringt, die ElCom habe einen Grossteil der Komplexität des Verfahrens selber verursacht und überflüssigen Aufwand betrieben, ist ihr nicht zu folgen. Die Beschwerdeführerin lässt ausser Acht, dass die ElCom sachdienliche Unterlagen teilweise wiederholt habe einfordern müssen, da diese fehlerhaft, unvollständig oder widersprüchlich gewesen seien (vgl. E. 23.2 des vorinstanzlichen Urteils). In diesem Lichte wäre ein allenfalls entstandener Mehraufwand durchaus auch von der Beschwerdeführerin zu tragen. Zu diesem Vorwurf äussert sich die Beschwerdeführerin indes nicht in überzeugender Weise entkräftend. Im Grundsatz ist die Gebührenhöhe daher zu bestätigen.
10.3. Nach dem Dargelegten und der teilweisen Gutheissung der Beschwerde hinsichtlich der Nebenpunkte der Gewinnablieferung an die Stadt Bern (vgl. E. 6 hiervor) und der Berechnung der Pumpenergiekosten (vgl. E. 9 hiervor) ist die Gebühr von Fr. 293'940.-- indes anteilsmässig zu kürzen. Ergibt sich im Rahmen der Überprüfung der gesetzlichen Grundlage der Gewinnablieferung an die Stadt Bern, dass die Abgabe - entgegen der Auffassung der Beschwerdeführerin - als Bestandteil des Netznutzungsentgelts zu erheben ist, drängt sich diesbezüglich keine Reduktion der Gebühr auf. Die ElCom hat die Gebühr im Sinne dieser Erwägungen entsprechend neu festzulegen.
11.
Im Ergebnis erweist sich die Beschwerde in den Hauptpunkten als unbegründet. Lediglich hinsichtlich der Nebenpunkte der Gewinnablieferung an die Stadt Bern (vgl. E. 6 hiervor) und der Berechnung der Pumpenergiekosten (vgl. E. 9 hiervor) sowie - als Ausfluss daraus - hinsichtlich der Gebühr von Fr. 293'940.-- (vgl. E. 10 hiervor) ist die Beschwerde begründet, weshalb sie in diesem Umfang gutzuheissen ist. Die ElCom hat erstens die gesetzliche Grundlage für die Gewinnablieferung an die Stadt Bern zu prüfen, zweitens der Beschwerdeführerin die Möglichkeit einzuräumen, die Pumpenergiekosten erneut zu berechnen und drittens die Gebühr von Fr. 293'940.-- anteilsmässig zu kürzen. Im Übrigen ist die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf eingetreten wird. Die Angelegenheit ist zur Neubeurteilung im Sinne der Erwägungen an die ElCom und zur Neuverlegung der Kosten- und Entschädigungsfolgen an die Vorinstanz zurückzuweisen. Bei diesem Verfahrensausgang wird die Beschwerdeführerin reduziert kostenpflichtig (<ref-law>), während die ElCom keine Kosten trägt (<ref-law>). Die ElCom hat der Beschwerdeführerin im Umfang ihres teilweisen Obsiegens für das bundesgerichtliche Verfahren eine Parteientschädigung auszurichten (<ref-law>). Der ElCom ist keine Parteientschädigung zuzusprechen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird teilweise gutgeheissen. Das Urteil des Bundesverwaltungsgerichts vom 20. Februar 2019 wird insoweit aufgehoben, als es die Gewinnablieferung, die Berechnung der Pumpenergiekosten und die Gebühr betrifft.
2.
Die Sache wird zur Neubeurteilung mit Blick auf die Gewinnablieferung, die Berechnung der Pumpenergiekosten und die Gebühr im Sinne der Erwägungen an die Eidgenössische Elektrizitätskommission ElCom zurückgewiesen.
3.
Die Sache wird zur Neuverlegung der Kosten- und Entschädigungsfolgen des bundesverwaltungsgerichtlichen Verfahrens an das Bundesverwaltungsgericht zurückgewiesen.
4.
Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
5.
Die Gerichtskosten von Fr. 35'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
6.
Die Eidgenössische Elektrizitätskommission ElCom hat die Beschwerdeführerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 5'000.-- zu entschädigen.
7.
Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten, dem Bundesverwaltungsgericht, Abteilung I, und dem Eidgenössischen Departement für Umwelt, Verkehr, Energie und Kommunikation (UVEK), schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 28. Mai 2020
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Seiler
Der Gerichtsschreiber: Zollinger