Der Präsident zieht in Erwägung:
1.
Eine Beschwerde an das Bundesgericht ist innert 30 Tagen nach der Eröffnung der vollständigen Ausfertigung des angefochtenen Entscheids beim Bundesgericht einzureichen (<ref-law>).
2.
Die angefochtene Verfügung des Obergerichts wurde der Post am 13. September 2019 zum Versand übergeben. Die mittels Einschreiben verschickte Sendung wurde dem Beschwerdeführer am 16. September 2019 zur Abholung gemeldet und am 24. September 2019 als nicht abgeholt retourniert. Die Zustellung einer eingeschriebenen Postsendung, die nicht abgeholt worden ist, gilt am siebten Tag nach dem erfolglosen Zustellungsversuch als erfolgt, sofern die Person mit einer Zustellung rechnen musste (<ref-law>; vgl. <ref-law>). Da der Beschwerdeführer gegen die Einstellungsverfügung der Staatsanwaltschaft Beschwerde an das Obergericht erhoben hatte, musste er mit gerichtlichen Zustellungen rechnen. Die angefochtene Verfügung gilt daher spätestens als am 23. September 2019 zugestellt. Die 30-tägige Beschwerdefrist der Strafrechtsbeschwerde begann damit am 24. September 2019 zu laufen und endete am 23. Oktober 2019. Die nochmalige Zusendung der Verfügung mit gewöhnlicher Post hatte bzw. hat keinen Einfluss auf Beginn und Ende der Beschwerdefrist, worauf der Beschwerdeführer bereits im Begleitschreiben des Obergerichts vom 27. September 2019 hingewiesen worden war. Am 30. September 2019 wurde er in einem gegen ihn geführten Strafverfahren vorläufig festgenommen und am 3. Oktober 2019 in Untersuchungshaft versetzt. Die Beschwerde gegen die angefochtene Verfügung übergab er der Gefängnisverwaltung gemäss seinen eigenen Angaben indessen am 15. November 2019 und damit nach Ablauf der Beschwerdefrist. Sie ist folglich verspätet.
3.
Auf die verspätet eingereichte Beschwerde ist folglich im Verfahren nach <ref-law> nicht einzutreten. Im Übrigen wäre diese auch deshalb unzulässig, weil sie den Begründungsanforderungen von <ref-law> nicht entspricht.
4.
Auf die Erhebung von Kosten ist ausnahmsweise zu verzichten (<ref-law>).

Demnach erkennt der Präsident:
1.
Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2.
Es werden keine Kosten erhoben.
3.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Schaffhausen schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 26. November 2019
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Denys
Die Gerichtsschreiberin: Arquint Hill