Faits :
A.
A.a. A._ SA (ci-après: la société), avec siège à B._ et ayant pour but notamment l'étude et la réalisation d'installations frigorifiques, de climatisation, de ventilation et de pompes à chaleur, a été inscrite au Registre du commerce genevois en 1999. Son administrateur est C._. La société a été affiliée en tant qu'employeur à la Caisse cantonale genevoise de compensation (ci-après: la caisse de compensation) en mai 1999.
A.b. A la suite d'un contrôle d'employeur effectué auprès de la société le 13 septembre 2017, la caisse de compensation a constaté que celle-ci avait rémunéré la société portugaise D._ pour des travaux de sous-traitance en Suisse durant les années 2013, 2014 et 2016. Elle a invité A._ SA à lui transmettre des attestations A1 relatives à la législation applicable en matière de sécurité sociale dans l'Union européenne, tant pour la société portugaise que pour les salariés détachés du Portugal en Suisse pour l'exécution des travaux (correspondances des 13 septembre, 25 octobre et 4 décembre 2017). Par décisions du 9 janvier 2018, confirmées sur opposition le 6 novembre suivant, la caisse de compensation a réclamé à la société les cotisations AVS/AI/APG/AC/AMat et les contributions aux allocations familiales dues pour les années 2013, 2014 et 2016, en lien avec les montants versés à D._. Elle a fixé le montant des reprises sur salaires à 260'325 fr. pour l'année 2013, 281'748 fr. pour 2014 et 624'510 fr. pour 2016. Ces montants conduisaient à des factures complémentaires de 46'137 fr. 85 pour 2013, 42'690 fr. 30 pour 2014, et 100'123 fr. 05 pour 2016.
B.
Le 10 décembre 2018, A._ SA a formé recours contre la décision sur opposition du 6 novembre 2018. Après avoir entendu les parties lors d'une audience de comparution personnelle le 15 octobre 2019, la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre des assurances sociales, a rejeté le recours par jugement du 10 décembre 2019. Elle a renvoyé la cause à la caisse de compensation pour examen de la demande de remise de la recourante puis décision sur cette question.
C.
A._ SA interjette un recours en matière de droit public contre ce jugement. En substance, elle conclut principalement à son annulation et à ce qu'il soit dit qu'il n'y a pas lieu à une reprise pour les années 2013, 2014 et 2016. A titre subsidiaire, elle requiert qu'il soit ordonné à la caisse de compensation d'établir de nouvelles factures, en ce sens que le montant des reprises sur salaires est fixé à 80'000 fr. pour l'année 2013, 120'000 fr. pour l'année 2014 et 192'000 fr. pour l'année 2016.

Considérant en droit :
1.
1.1. La IIe Cour de droit social du Tribunal fédéral est compétente pour statuer en matière de fixation des cotisations à l'AVS, à l'AI et à l'APG (<ref-law> et 35 let. a RTF). Cela vaut aussi lorsque le litige a trait également, comme en l'espèce, à l'obligation de payer des cotisations à l'assurance-chômage et aux caisses d'allocations familiales. Bien que l'assurance-chômage et les allocations familiales entrent formellement dans la compétence de la Ière Cour de droit social (<ref-law>), des raisons d'économie de procédure justifient que la IIe Cour de droit social traite également des aspects du litige y relatifs (arrêt 9C_105/2011 du 12 octobre 2011 consid. 1; cf. aussi arrêt 9C_800/2017 du 17 juillet 2018 consid. 2.1).
1.2. Le recours en matière de droit public peut être interjeté pour violation du droit, tel qu'il est délimité par les art. 95 et 96 LTF. Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (<ref-law>). Il statue par ailleurs sur la base des faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>), sauf s'ils ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> (<ref-law>). Le recourant qui entend s'en écarter doit expliquer de manière circonstanciée en quoi les conditions de l'<ref-law> sont réalisées sinon un état de fait divergent ne peut pas être pris en considération.
2.
2.1. Le litige porte sur le point de savoir si les rémunérations que la recourante a versées en 2013, 2014 et 2016 à D._, une société sous-traitante sise au Portugal, sont soumises au paiement de cotisations sociales à la charge de A._ SA.
2.2. Au regard du caractère transfrontalier des faits déterminants, il est incontesté que le litige doit être résolu à la lumière des dispositions de droit européen auquel renvoie l'annexe II de l'Accord du 21 juin 1999 entre la Confédération suisse, d'une part, et la Communauté européenne et ses Etats membres, d'autre part, sur la libre circulation des personnes (ALCP; RS 0.142.112.681), à savoir en particulier le Règlement (CE) n° 883/2004 du Parlement européen et du Conseil du 29 avril 2004 portant sur la coordination des systèmes de sécurité sociale (RS 0.831.109.268.1; ci-après: règlement n° 883/2004) et son règlement d'exécution, le Règlement (CE) n° 987/2009 du Parlement européen et du Conseil du 16 septembre 2009 fixant les modalités d'application du règlement (CE) n° 883/2004 portant sur la coordination des systèmes de sécurité sociale (RS 0.831.109.268.11; ci-après: règlement n° 987/2009), applicables pour la Suisse dès le 1er avril 2012 (<ref-ruling> consid. 5 p. 86).
2.3. Le jugement entrepris expose de manière complète le système de coordination des différents régimes nationaux de sécurité sociale mis en place par le règlement n° 883/2004, en particulier les règles relatives à la détermination de la législation applicable aux travailleurs qui se déplacent à l'intérieur des Etats membres, lesquelles tendent notamment à ce que les personnes concernées soient soumises au régime de la sécurité sociale d'un seul Etat membre (principe de l'unicité de la législation; art. 11 à 16 du règlement n° 883/2004). Il rappelle également les dispositions légales et principes jurisprudentiels applicables à la détermination du caractère dépendant ou indépendant des revenus soumis au paiement des cotisations (art. 5 al. 2 et 9 al. 1 LAVS; <ref-ruling> consid. 6 p. 112 s; <ref-ruling> consid. 1 p. 162 s. et les arrêts cités) - singulièrement s'agissant des revenus perçus par des sous-traitants (arrêt 8C_597/2011 du 10 mai 2012 consid. 2.3 et les références citées) -, et à l'obligation de l'employeur de payer les cotisations (<ref-law> en relation avec les <ref-law>). Le jugement cantonal expose finalement les principes régissant la procédure en matière d'assurances sociales, à savoir, notamment, la maxime inquisitoire (<ref-law>) et le devoir de collaborer de l'assuré (<ref-law>), ainsi que les règles sur l'appréciation des preuves (art. 61 let. c LPGA) et le degré de la preuve (<ref-ruling> consid. 5.3 p. 186 et les arrêts cités). Il suffit d'y renvoyer.
3.
La juridiction cantonale a constaté que la recourante avait sous-traité divers travaux, en 2013, 2014 et 2016, à D._, une entreprise sise au Portugal, et que des employés de celle-ci étaient venus travailler en Suisse. Dans la mesure où la recourante ne s'était pas souciée de la situation en matière d'assurances sociales de la société portugaise et n'avait pas produit une copie de l'attestation A1 émise par l'organisme de sécurité sociale portugais compétent confirmant la soumission des employés de cette société aux assurances sociales portugaises, les premiers juges ont considéré que l'activité déployée par l'entreprise sous-traitante portugaise en Suisse devait être analysée sous l'angle du droit suisse, conformément à la règle posée par l'art. 11 par. 3 let. a du règlement n° 883/2004. Après avoir constaté que le risque économique avait été encouru par la recourante pour les travaux effectués par les ouvriers portugais sur divers chantiers qu'elle devait terminer, et que rien ne laissait penser que D._ aurait été très libre dans son organisation, la juridiction de première instance est parvenue à la conclusion que les travailleurs portugais avaient exercé une activité dépendante pour le compte de la recourante. Au vu de l'absence d'éléments tangibles de preuve sur le nombre d'employés de D._ venus travailler en Suisse et sur le matériel prétendument fourni par celle-ci et ses frais de fonctionnement, la juridiction cantonale a considéré que l'intégralité des sommes versées par la recourante à la société portugaise devait être considérée comme du salaire soumis à cotisations, de sorte qu'elle a confirmé le montant des arriérés de cotisations réclamés par l'intimée.
4.
La recourante reproche aux premiers juges d'avoir établi les faits de manière manifestement inexacte et violé le droit fédéral et international en ce qu'ils ont admis que les rémunérations qu'elle a versées à D._ étaient soumises au paiement des charges sociales.
4.1. Contrairement à ce que soutient d'abord la recourante, "tous les critères de rattachement" ne permettent pas, en l'espèce, d'établir, au degré de la vraisemblance prépondérante, que "le lieu d'exercice de l'activité salariée des employés de la société [portugaise] était bien au Portugal", et donc qu'ils étaient demeurés assujettis au régime de sécurité sociale portugais.
4.1.1. Sous l'angle d'abord de l'art. 12 du règlement n° 883/2004, qui énonce les règles particulières applicables en cas de détachement de travailleurs, on constate, à la suite des premiers juges, qu'aucune copie de l'attestation A1, qui aurait été émise par l'organisme de sécurité sociale portugais compétent confirmant la soumission des employés aux assurances sociales portugaises, ne figure au dossier, alors que la recourante n'a fourni aucune information sur l'identité des ressortissants portugais avec lesquels elle a convenu d'une sous-traitance et ayant travaillé sur ses chantiers, ni sur la situation de la société portugaise et de ses employés en matière d'assurances sociales. Quoi qu'en dise la recourante, le fait qu'il appartenait en principe à la société portugaise ou aux travailleurs venant du Portugal de requérir l'attestation A1 auprès des autorités portugaises dans une situation de détachement (cf. art. 19 par. 2 du règlement n° 987/2009), et non pas à elle, n'est pas déterminant en l'espèce. Dans un premier temps, la caisse de compensation n'a certes procédé à aucune vérification à cet égard dans le cadre de la coopération prévue par l'art. 76 du règlement n° 883/2004, en se limitant à indiquer à la recourante que les reprises étaient justifiées puisque A._ SA n'avait pas produit l'attestation A1 (cf. décision sur opposition du 6 novembre 2018). En procédure cantonale, elle a toutefois pris des renseignements par le biais de l'OFAS. Celui-ci a indiqué, après avoir entrepris les vérifications nécessaires auprès des autorités portugaises compétentes, qu'aucune attestation A1 n'avait été émise pour un employeur du nom de D._ (courriel du 17 janvier 2019). L'éventualité du détachement de travailleurs portugais au sens de l'art. 12 du règlement n° 883/2004 ne saurait dès lors être admise.
4.1.2. S'agissant ensuite de l'éventualité prévue par l'art. 13 par. 1 let. a du règlement n° 883/2004, selon lequel la personne qui exerce normalement une activité salariée dans deux ou plusieurs Etats membres est soumise à la législation de l'Etat membre de résidence, si elle exerce une partie substantielle de son activité dans cet Etat membre, auquel se réfère la recourante, elle n'est pas non plus établie au degré de la vraisemblance prépondérante. A l'inverse de ce que soutient A._ SA, l'affirmation selon laquelle la société portugaise aurait maintenu les moyens nécessaires à l'exercice de son activité au Portugal pendant que "ses deux seuls et uniques employés" se trouvaient en Suisse, ne suffit pas pour établir que les intéressés étaient soumis à la législation de leur Etat de résidence au sens de la disposition de droit européen.
Tout au long de la procédure administrative et de première instance, la recourante n'a apporté aucun indice ou élément tangible qui aurait rendu vraisemblable que les deux ressortissants portugais - dont elle a admis la présence sur ses propres chantiers - auraient exercé leur activité également dans leur Etat de résidence. Se limitant à alléguer qu'elle avait traité avec la société portugaise en question, dont les "deux seuls et uniques employés" auraient travaillé avec elle, elle n'a produit aucune pièce ni donné aucune indication qui auraient permis d'identifier ces personnes, voire les responsables de D._. Interrogé par la juridiction cantonale, l'administrateur de la recourante a mentionné avoir travaillé "avec les deux responsables de la société portugaise" - dont il n'a jamais indiqué l'identité -, qu'il n'avait pas demandé de document et que "tout se faisait oralement" (procès-verbal de l'audience du 15 octobre 2019). Produisant les courriers qu'elle avait adressés à D._ au Portugal (cf. p. ex. courrier du 21 septembre 2017 à "D._, A l'attention de la Direction, [adresse]"), la recourante a encore indiqué que la société portugaise n'avait répondu ni à ses appels, ni à ses demandes. Dans ces circonstances, en l'absence de toute indication concrète sur l'identité des ressortissants portugais en cause, une instruction complémentaire à cet égard n'aboutirait à aucun résultat effectif, de sorte que la recourante doit se laisser opposer le fait que l'allégation d'une activité également exercée par les travailleurs en cause au Portugal au sens de l'art. 13 par. 1 du règlement n° 883/2004 n'est pas établie. A ce sujet, elle invoque en vain avoir ignoré devoir "entreprendre des démarches, pour des employés d'une autre entreprise". En tant que société active dans le domaine de la construction et du second-oeuvre, elle ne saurait ignorer les obligations qui lui incombent en matière de sous-traitance à un prestataire de services étranger (cf. en particulier l'art. 8c de l'ordonnance du 21 mai 2003 sur les travailleurs détachés en Suisse [Odét; RS 823.01], selon lequel le devoir de diligence de l'entrepreneur contractant lui impose de prendre les dispositions contractuelles et organisationnelles nécessaires afin d'être en mesure d'exiger des sous-traitants censés effectuer des travaux dans le cadre ou à la fin de la chaîne contractuelle qu'ils démontrent leur respect des conditions minimales de salaire et de travail).
4.1.3. En conséquence de ce qui précède, c'est à bon droit que les premiers juges ont admis que la situation devait être résolue en appliquant le principe général de l'art. 11 par. 3 let. a du règlement n° 883/2004, selon lequel la personne qui exerce une activité salariée ou non salariée dans un Etat membre est soumise à la législation de cet Etat membre, et donc, que le droit suisse était applicable.
4.2.
4.2.1. Selon la jurisprudence, dûment rappelée par la juridiction cantonale, le point de savoir si l'on a affaire, dans un cas donné, à une activité indépendante ou salariée ne doit pas être tranché d'après la nature juridique du rapport contractuel entre les partenaires. Ce qui est déterminant, bien plutôt, ce sont les circonstances économiques (<ref-ruling> consid. 4.2 p. 245 et les références). Les rapports de droit civil peuvent certes fournir, éventuellement, quelques indices, mais ils ne sont pas déterminants. D'une manière générale, est réputé salarié celui qui dépend d'un employeur quant à l'organisation du travail et du point de vue de l'économie de l'entreprise, et ne supporte pas le risque encouru par l'entrepreneur (<ref-ruling> consid. 1 p. 162; arrêt 9C_213/2016 du 17 octobre 2016 consid. 3.2).
4.2.2. En l'espèce, il ressort des constatations cantonales que le risque économique était encouru par la recourante, qui était seule tenue de rendre des comptes aux entreprises qui l'avaient mandatée, et que rien ne permettait de penser que D._ aurait été très libre dans son organisation, l'administrateur de la recourante ayant à cet égard indiqué qu'il supervisait lui-même les chantiers. En ce qu'elle se limite à indiquer que contrairement à ce qu'ont retenu les premiers juges, elle a soutenu tout au long de la procédure que les employés de D._ étaient "bel et bien indépendants", la recourante ne s'en prend pas de façon précise aux constatations de la juridiction cantonale sur les éléments concrets dont elle a déduit la qualification de personnes salariées des travailleurs concernés au regard des dispositions de la LAVS sur la qualification des revenus, pas plus que lorsqu'elle indique disposer de factures datées et numérotées émises par ladite société, détaillant la durée de l'activité, et parfois, le nombre d'employés ayant travaillé.
Ces factures (consid. 4.3.2 infra), qui constituent les seuls documents produits par la recourante faisant état de ses rapports avec la société portugaise, ne suffisent pas pour admettre que les ressortissants portugais ayant travaillé sur ses chantiers agissaient pour le compte et au nom de D._ et non pas directement pour A._ SA. En l'absence de contrat écrit - la recourante s'étant prévalue d'accords conclus oralement - et de toute précision quant à l'identité des employés qui auraient travaillé pour le compte de la société portugaise, ainsi que de celle des personnes ayant signé les factures libellées au nom de l'entreprise étrangère et ayant apparemment reçu de main à main les montants (importants) indiqués, on ne saurait retenir que les travaux en cause avaient été exécutés au nom de D._ et non directement pour le compte de la recourante. Celle-ci doit se laisser opposer l'absence de tout indice ou élément allant dans le sens qu'elle invoque. Il n'y a dès lors pas lieu de s'écarter de la qualification retenue par la juridiction cantonale, selon laquelle la rémunération versée comptant par la recourante constituait un salaire relevant d'une activité dépendante exercée pour son propre compte.
4.3.
4.3.1. La recourante allègue finalement, à titre subsidiaire, que même à considérer que le droit suisse est applicable en l'espèce, les rémunérations qu'elle a versées à D._ comprenaient, en sus des salaires, d'autres frais encourus par la société portugaise (frais liés au déplacement depuis le Portugal, à l'hébergement et à la nourriture pendant la durée de l'exécution des travaux, ainsi qu'au matériel nécessaire à l'exécution du contrat de sous-traitance, charges sociales portugaises et marge de la société portugaise). En se référant aux salaires prévus par la CCT métallurgie GE, elle considère que les reprises sur salaires ne pouvaient porter que sur une somme de 80'000 fr. en 2013, 120'000 fr. en 2014 et 192'000 fr. en 2016.
4.3.2. L'argumentation subsidiaire de la recourante ne peut pas être suivie. En l'occurrence, A._ SA a transmis à la caisse de compensation diverses factures libellées au nom de la société portugaise. Dans chacune d'elles, il est fait mention d'un montant total correspondant au travail effectué en Suisse ("várias tarefas de instalação ne Suiça"), sans aucune autre précision. En ce qu'elle se contente d'affirmer qu'en considérant que le montant total des factures constitue du salaire, "on arrive à des salaires astronomiques et fant[ai]sistes", qui ne correspondent pas à la réalité du marché, et que seuls deux travailleurs seraient venus travailler sur divers de ses chantiers en Suisse, la recourante n'établit pas que les montants facturés comprendraient des éléments autres que les salaires. L'indication du nombre de travailleurs ne figure par ailleurs que dans trois factures (soit, deux travailleurs pour les mois de mars et avril 2014, respectivement un travailleur pour les mois de mai à juillet et août à novembre 2014), si bien que l'on ne saurait reprocher aux premiers juges d'avoir considéré qu'il n'était pas établi "au vu des sommes en jeu" que seuls deux employés au maximum avaient travaillé en Suisse sur les chantiers de la recourante. Compte tenu de son devoir de collaborer à l'instruction, il incombait à la recourante de démontrer, au degré de la vraisemblance prépondérante, que les montants versés comprenaient également d'autres frais que les salaires. Partant, faute d'éléments tangibles de preuve sur le nombre d'employés venus travailler en Suisse et sur le matériel prétendument fourni par la société portugaise sous-traitante et ses frais de fonctionnement, c'est à bon droit et sans arbitraire que la juridiction cantonale a considéré que l'intégralité des sommes versées par la recourante aux personnes (non identifiées) ayant signé les factures devait être considérée comme du salaire soumis à cotisations.
5.
Compte tenu de ce qui précède, les motifs invoqués pour contester l'obligation de l'employeur de s'acquitter des cotisations arriérées, objet de la décision sur opposition du 6 novembre 2018, sont mal fondés. Les montants réclamés par l'intimée à titre de reprises sur salaires pour les années 2013, 2014 et 2016 doivent être confirmés.
6.
Au vu de l'issue de la procédure, les frais de justice sont mis à la charge de la recourante qui succombe (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 6000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3.
Le présent arrêt est communiqué aux parties, à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre des assurances sociales, et à l'Office fédéral des assurances sociales.
Lucerne, le 10 février 2021
Au nom de la IIe Cour de droit social
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Parrino
La Greffière : Perrenoud