Faits :
A.
A._ est propriétaire de la parcelle n° **** de la commune de B._, sise en zone agricole, d'une surface de 5'636 m2. La partie sud-est de la parcelle comprend une habitation de 179 m2, un garage privé de 20 m2, une véranda de 19 m2 et une cabane de jardin de 13 m2. A._ a acquis ce bien-fonds, ainsi que le droit distinct et permanent le grevant, par acte de vente du 15 décembre 1993. Le fermier exploitant celui-ci a alors renoncé à son bail.
Le 11 juin 2019, A._ a déposé, devant la Commission foncière agricole du canton de Genève (ci-après: la Commission foncière agricole), une demande tendant à soustraire ladite parcelle du champ d'application du droit foncier rural. Après avoir émis un préavis favorable, cette commission a fait savoir à A._ qu'elle attendait la décision de l'Office des autorisations de construire de la République et canton de Genève (ci-après: l'Office des autorisations de construire) relative aux constructions situées sur le bien-fonds, décision exigée par le droit topique lorsqu'une construction se trouve sur l'immeuble agricole concerné.
Selon une décision du 25 juin 2020, ledit office a constaté que la parcelle en cause comportait vingt constructions et installations dont dix-sept avaient été construites et/ou transformées sans autorisation (plusieurs terrasses, clôture, bacs à compost, cheminements en dalles, escaliers, etc.). Il a précisé que le rétablissement d'une situation conforme au droit serait ordonnée dans une décision séparée.
La Commission foncière agricole a, en date du 14 juillet 2020, estimé que la parcelle litigieuse pouvait être soustraite du champ d'application du droit foncier rural: celle-ci n'était plus affectée à l'agriculture et était utilisée comme jardin d'agrément; en outre, les aménagements illicites au regard du droit des constructions constituaient des irrégularités mineures.
B.
Par arrêt du 27 avril 2021, la Chambre administrative de la Cour de justice de la République et canton de Genève (ci-après: la Cour de justice) a admis le recours de l'Office cantonal de l'agriculture et de la nature de la République et canton de Genève (ci-après: l'Office de l'agriculture) et a annulé la décision du 14 juillet 2020 de la Commission foncière agricole. Elle a jugé en substance qu'en tant que A._ n'avait pas été invitée à se prononcer avant que l'Office des autorisations de construire rende la décision du 25 juin 2020, le droit d'être entendu de celle-ci n'avait pas été violé; sur le fond, elle a considéré, contrairement à la Commission foncière agricole, que la parcelle n° **** de la commune de B._ n'avait pas perdu sa nature agricole.
C.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public, A._ demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, d'annuler l'arrêt du 27 avril 2021 de la Cour de justice et de confirmer la validité de la décision du 14 juillet 2020 de la Commission foncière agricole prononçant le désassujettissement de la parcelle n° **** de la commune de B._.
La Commission foncière agricole s'en remet à justice quant à la suite à donner aux conclusions prises par A._. L'Office cantonal de l'agriculture conclut au rejet du recours. L'Office fédéral de la justice est d'avis, d'une part, que la Commission foncière agricole aurait dû attendre que la décision en matière d'aménagement du territoire soit définitive avant de rendre sa propre décision et, d'autre part, que le désassujettissement de bien-fonds n'aurait pas dû être prononcé. La Cour de justice persiste dans les considérants et le dispositif de son arrêt.
A._ s'est encore prononcée par écriture du 30 août 2021.

Considérant en droit :
1.
1.1. Le recours en matière de droit public a été déposé en temps utile (art. 100 LTF) et en la forme prévue (art. 42 LTF) à l'encontre d'un arrêt final (art. 90 LTF) rendu, dans une cause de droit public (art. 82 let. a LTF) par une autorité cantonale de dernière instance (art. 86 al. 1 let. d LTF), par l'intéressée qui a la qualité pour recourir (art. 89 al. 1 LTF). Il convient donc d'entrer en matière (cf. également art. 89 de loi fédérale du 4 octobre 1991 sur le droit foncier rural [LDFR ou la loi sur le droit foncier rural; RS 211.412.11] qui prévoit expressément la voie du recours en matière de droit public).
1.2. La recourante a produit des pièces nouvelles, à savoir la décision du 22 janvier 2021 de l'Office cantonal des autorisations de construire et son recours du 24 février 2021 auprès du Tribunal administratif de première instance de la République et canton de Genève à l'encontre de cette décision, devant le Tribunal fédéral qui ne peut pas les prendre en considération (art. 99 al. 1 LTF).
2.
Saisi d'un recours en matière de droit public, le Tribunal fédéral examine librement la violation du droit fédéral et du droit international (cf. art. 95 let. a et b, ainsi que 106 al. 1 LTF), sous réserve des exigences de motivation figurant aux art. 42 et 106 al. 2 LTF. Il y procède en se fondant sur les faits constatés par l'autorité précédente (cf. art. 105 al. 1 LTF), à moins que ces faits n'aient été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (cf. art. 105 al. 2 LTF).
3.
Sur le fond, le litige consiste à déterminer si la parcelle n° **** de la commune de B._ peut être soustraite du champ d'application du droit foncier rural; dans ce cadre, il s'agit également de définir la procédure à suivre par les autorités impliquées.
4.
La recourante invoque une violation de l'art. 4a de l'ordonnance fédérale du 4 octobre 1993 sur le droit foncier rural (ODFR; RS 211.412.110).
4.1. Lorsqu'un immeuble sis hors d'une zone à bâtir - et donc susceptible d'être considéré comme agricole - n'est pas approprié à un usage agricole ou horticole, l'art. 84 LDFR permet au propriétaire de faire constater, par l'autorité compétente, que l'immeuble considéré n'est pas soumis au champ d'application de la loi sur le droit foncier rural. Différentes conditions doivent alors être remplies. Une de celles-ci veut que les constructions et installations qui ont été érigées sur la parcelle doivent l'avoir été de manière légale, que ce soit par le biais d'une autorisation au sens des art. 22 et 24 ss de la loi fédérale du 22 juin 1979 sur l'aménagement du territoire (LAT; RS 700), ou qu'elles aient été implantées avant l'entrée en force de cette loi, respectivement lorsque l'immeuble se trouvait dans une zone alors constructible (art. 24c LAT) (<ref-ruling> consid. 3.3; dans un cas de morcellement: RNRF 90 2009 270, 5A.2/2007 consid. 3.2 et l'auteur cité). Ainsi, la procédure en matière de droit foncier rural implique une décision en matière de droit des constructions qui est prévue à l'art. 4a ODFR.
L'art. 4a ODFR "Coordination des procédures" a la teneur suivante:
" 1 Dans la procédure d'octroi d'une dérogation à l'interdiction de partage matériel ou de morcellement de même que dans la procédure d'octroi d'une décision en constatation y relative ou de non-application de la LDFR, l'autorité compétente en matière d'autorisation au sens de cette loi transmet le dossier pour décision à l'autorité cantonale compétente en matière de construction hors de la zone à bâtir (art. 25 al. 2 LAT [RS 700]) lorsqu'une construction ou une installation se trouve sur le bien-fonds concerné et qu'elle est située hors de la zone à bâtir au sens du droit de l'aménagement du territoire.
2 L'autorité compétente en matière d'autorisation au sens de la LDFR ne se prononce alors que s'il existe une décision exécutoire fondée sur le droit de l'aménagement du territoire et constatant la légalité de l'affectation de la construction ou de l'installation.
3 Il n'est pas nécessaire de procéder à la coordination des procédures s'il est évident:
a. qu'aucune dérogation au sens de la LDFR ne peut être accordée; ou que
b. que le bien-fonds considéré doit rester soumis à la LDFR."
4.2. La motivation relative à la violation de l'art. 4a ODFR contenue dans le recours met l'accent sur les exigences du principe de coordination des procédures prévues par cette disposition entre la Commission foncière agricole et l'Office des autorisations de construire, exigences qui n'auraient pas été respectées in casu ce qui entraînerait le risque de rendre des décisions contradictoires. La réplique fait, toutefois, passer ce principe au second plan et suit l'argumentation de l'Office fédéral de la justice: seraient en cause deux procédures et deux autorisations différentes dont la coordination impliquerait uniquement que la décision en matière du droit des constructions, requise par l'art. 4a al. 2 ODFR, précède celle concernant la soustraction au champ d'application du droit foncier rural et qu'elle soit exécutoire, lorsque la Commission foncière agricole rend la sienne.
4.3. La Cour de justice ne s'est pas directement prononcée sur la violation de l'art. 4a ODFR car ce grief n'avait pas été soulevé devant elle par l'Office de l'agriculture. Néanmoins, dans le cadre de l'examen du respect du droit d'être entendu de la recourante, elle a relevé que "la validité matérielle de la décision par laquelle le département [du territoire] statue sur l'absence de légalité de constructions, en application de l'art. 4a ODFR, est contrôlée dans le cadre du recours interjeté contre la décision de la Commission foncière agricole. Un recours interjeté contre la décision en constatation de l'Office des autorisations de construire est irrecevable".
4.4. Il convient donc d'interpréter l'art. 4a ODFR.
4.4.1. L'art. 4a al. 1 LDFR impose à l'autorité compétente en matière de droit foncier rural saisie d'un type de demande énoncé à l'art. 4a al. 1 ODFR, à savoir une demande en partage matériel, en morcellement ou en soustraction à la loi sur le droit foncier rural, de requérir une décision de l'autorité compétente en matière d'aménagement du territoire, décision dans laquelle sera examinée la légalité des constructions et installations présentes sur la parcelle en cause.
En ce qui concerne l'art. 4a al. 2 ODFR, le Tribunal fédéral a déjà relevé que cette disposition et l'art. 49 OAT imposent aux autorités compétentes en matière de droit foncier rural respectivement de droit des constructions de coordonner leurs procédures (RNRF 89 2008 224, 5A.14/2006 consid. 2.3.1; RNRF 87 2006 286, 5A.22/2003 consid. 5.2), ce qui doit être fait d'office (arrêt 2C_1208/2012 du 17 juillet 2013 consid. 5.1, non publié in <ref-ruling>; sur le sujet en général, cf. REINHOLD HOTZ, Les répercussions de la révision partielle de la loi fédérale sur l'aménagement du territoire [LAT] sur la loi fédérale sur le droit foncier rural [LDFR], in Territoire et Environnement, 2000, p. 1 ss, spéc. p. 7 ss).
La coordination de l'art. 4a ODFR est limitée (BEAT STALDER, in Das bäuerliche Bodenrecht, 2011, n° 22 ad Vorbemerkungen zu Art. 61-69). Comme exposé ci-dessous, cette coordination n'est pas aussi complexe que la procédure de coordination invoquée par la recourante, initiée à l'origine par la jurisprudence du Tribunal fédéral (<ref-ruling>), qui est apparue en relation avec le droit de l'environnement (KÖLZ/HÄNER/BERTSCHI, Verwaltungsverfahren und Verwaltungsrechtspflege des Bundes, 3e éd., n ° 117 p. 41; cf. art. 21 de l'ordonnance fédérale du 19 octobre 1988 relative à l'étude de l'impact sur l'environnement [OEIE; RS 814.011]).
En effet, le Tribunal fédéral constate qu'il ressort clairement du texte légal ("L'autorité compétente en matière d'autorisation au sens de la LDFR ne se prononce alors que s'il existe une décision exécutoire fondée sur le droit de l'aménagement du territoire") que la décision d'aménagement du territoire doit simplement précéder celle de droit foncier rural (cf. arrêt 2C_1208/2012 du 17 juillet 2013 consid. 5.2, non publié in <ref-ruling>; ZBGR 2006 p. 286, 5A.22/2003 consid. 5.2). Dans sa décision, l'autorité d'aménagement du territoire approuve ou refuse l'utilisation hors zone à bâtir et crée ainsi la base en droit de l'aménagement du territoire pour la décision à rendre en droit foncier rural (BEAT STALDER, op. cit., n° 22 ad Vorbemerkungen zu Art. 61-69).
De plus, la lettre de l'art. 4a al. 2 ODFR ne prête pas à discussion: cette disposition exige que la décision en matière d'aménagement du territoire soit exécutoire au moment où l'autorité du droit foncier rural rend la sienne. Cela signifie que l'autorité compétente en droit foncier rural doit attendre non seulement qu'une décision en matière d'aménagement du territoire ait été rendue mais également que celle-ci soit entrée en force (arrêt 2C_747/2013 du 8 septembre 2014 consid. 4.2.1). Ainsi que le souligne l'Office fédéral de la justice dans ses déterminations, il n'y a aucune raison de s'écarter ici de la signification admise du terme juridique "exécutoire". Une décision administrative est qualifiée de telle lorsqu'elle n'est plus attaquable par un moyen de droit ordinaire (opposition, réclamation, recours), lorsque celui-ci n'a pas d'effet suspensif automatique ou que l'effet suspensif lui a été refusé ou retiré (<ref-ruling> consid. 7.3.3.2). Suivant les cas de figure, l'autorité d'aménagement du territoire rend une décision en constatation ou octroie une autorisation de changement d'affectation (cf. art. 24a LAT); ces décisions sont (directement) susceptibles de recours (OFFICE FÉDÉRAL DU DÉVELOPPEMENT TERRITORIAL ARE, Nouveau droit de l'aménagement du territoire. Explications relatives à l'ordonnance sur l'aménagement du territoire et recommandations pour la mise en oeuvre, 2001, ch. 2.7, p. 50, sous www.are.admin.ch, Médias et publications, Publications, Droit de l'aménagement du territoire), contrairement à ce que prévoit la jurisprudence de la Cour de justice mentionnée dans l'arrêt attaqué. Pour les constructions, installations et transformations entreprises illégalement, comme en l'espèce, un délai pour déposer une demande d'autorisation de construire a posteriori sera en principe octroyé à la personne concernée. Si l'autorisation est refusée, l'ordre de rétablir l'état conforme au droit sera généralement prononcé. Compte tenu de ces éléments, il est impératif que l'autorité du droit foncier rural attende l'issue définitive de la procédure de droit des constructions et une décision exécutoire dans ce cadre pour rendre sa propre décision, comme cela est prévu à l'art. 4a al. 2 ODFR.
4.4.2. En l'espèce, c'est à bon droit que la procédure de coordination prévue par l'art. 4a ODFR a été mise en oeuvre. En effet, premièrement, est en cause une demande tendant à obtenir une décision de soustraction de la parcelle concernée du champ d'application de la loi sur le droit foncier (cf. art. 84 LDFR). Deuxièmement, ce bien-fonds comporte une maison d'habitation et diverses autres constructions et installations et il est situé hors de la zone à bâtir (cf. art. 4a al. 1 ODFR). Troisièmement, on ne peut considérer qu'il est évident que le bien-fonds litigieux doit rester soumis à la loi sur le droit foncier rural (cf. art. 4a al. 3 let. b ODFR).
Dès lors que l'autorité compétente en matière de constructions hors zone à bâtir avait été saisie, la Commission foncière devait sursoir à statuer jusqu'à ce que la décision du 25 juin 2020 de l'Office des autorisations de construire devienne exécutoire. Tel n'a pas été le cas, cette autorité ayant statué le 14 juillet 2020. En agissant de façon prématurée, ladite commission a violé l'art. 4a al. 2 ODFR et le grief y relatif est admis.
5.
Comme susmentionné, la pratique relative à l'art. 4a al. 2 ODFR, suivie par la Cour de justice (et décrite au consid. 2b de son arrêt), consiste à contrôler la validité matérielle de la décision de l'Office des autorisations de construire quant à la légalité des constructions/installations présentes sur un bien-fonds dans le cadre du recours interjeté contre la décision de la Commission foncière agricole traitant de l'assujettissement de celui-ci au droit foncier rural. La décision de l'Office des autorisations de construire ne peut ainsi pas être attaquée de façon indépendante. Cette façon de procéder est donc contraire au droit fédéral.
Ceci a pour conséquence, in casu, que la recourante n'aura jamais eu la possibilité d'attaquer la décision du 25 juin 2020 dudit office. Il convient, dès lors, de lui octroyer un délai de 30 jours, dès la notification du présent arrêt, pour entreprendre ladite décision devant l'autorité compétente.
6.
Au regard de ce qui précède, il n'y a pas lieu de se prononcer sur les autres moyens du recours, à savoir la violation du droit d'être entendu et celle de l'interdiction du déni de justice.
7.
Le recours est partiellement admis et l'arrêt du 27 avril 2021 de la Cour de justice est annulé. Un délai de 30 jours, dès la notification du présent arrêt, est octroyé à la recourante pour entreprendre la décision du 25 juin 2020 de l'Office des autorisations de construire devant l'autorité compétente. La cause est renvoyée à la Commission foncière agricole qui rendra une nouvelle décision quand celle relative à l'aménagement du territoire sera exécutoire.
Il est statué sans frais judiciaires, la République et canton de Genève en étant exempté (art. 66 al. 4 LTF). La recourante, qui obtient partiellement gain de cause avec l'aide d'un avocat, a droit à une indemnité de dépens réduite mise à la charge de la République et canton de Genève (art. 68 al. 1, 2 et 4 LTF). L'affaire sera renvoyée à la Cour de justice pour nouvelle décision sur les frais et dépens de la procédure cantonale (cf. art. 67 et 68 al. 5 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est partiellement admis et l'arrêt du 27 avril 2021 de la Cour de justice est annulé. Un délai de 30 jours, dès la notification du présent arrêt, est octroyé à la recourante pour entreprendre la décision du 25 juin 2020 de l'Office des autorisations de construire devant l'autorité compétente. La cause est renvoyée à la Commission foncière agricole qui rendra une nouvelle décision quand celle relative à l'aménagement du territoire sera exécutoire.
2.
Il est statué sans frais judiciaires.
3.
Une indemnité de 1'000 fr., à payer à la recourante à titre de dépens, est mise à la charge de la République et canton de Genève.
4.
La cause est renvoyée à la Cour de justice de la République et canton de Genève pour nouvelle décision sur les frais et dépens de la procédure cantonale.
5.
Le présent arrêt est communiqué au mandataire de la recourante, à la Commission foncière agricole, à l'Office cantonal de l'agriculture et de la nature et à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre administrative, ainsi qu'à l'Office fédéral de la justice OFJ.
Lausanne, le 2 décembre 2021
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Seiler
La Greffière : Jolidon