Sachverhalt:
A.
A.a. A._ war mit Arbeitsvertrag vom 20./24. Juli 2010 per 1. Februar 2011 vom Rat der Eidgenössischen Technischen Hochschulen (ETH-Rat) in der Abteilung B._ unbefristet angestellt worden. Er trat diese Stelle bereits per 3. Januar 2011 an. Infolge verschlechtertem Arbeitsklima wandte sich A._ am 4. Juli 2013 erstmals an die Personalabteilung. Da sich das Verhältnis zwischen A._ und seinem Vorgesetzten nicht verbesserte, wurde eine Mediatorin engagiert und ein Teambildungsprozess mit Coaching gestartet. Diese Massnahmen brachten keine Verbesserung. Mit Arbeitsvertrag vom 27./28. Mai 2014 wurde A._ per 1. Juni 2014 vom ETH-Rat als Mitarbeiter der Abteilung C._ befristet bis 31. Mai 2016 angestellt.
A.b. Das für seine bis 31. Mai 2014 ausgeübte Tätigkeit ausgestellte Zwischenzeugnis wurde von A._ am 2. Oktober 2015 beanstandet. Am 27. Oktober 2015 unterbreitete er ein seinen Vorstellungen entsprechendes Zwischenzeugnis.
Auf Wunsch von A._ stellte der ETH-Rat am 30. Oktober 2015 ein Zwischenzeugnis für seine seit 1. Juni 2014 ausgeübte Tätigkeit aus. A._ erklärte sich auch damit nicht einverstanden. Dies liess er durch seinen Rechtsvertreter mit Schreiben vom 7. Januar 2016 bekräftigen und machte geltend, die Befristung seiner Anstellung gemäss Vertrag vom 27./28. Mai 2014 sei unzulässig.
Nachdem anlässlich der Besprechung vom 19. April 2016 keine Einigung erzielt werden konnte, ersuchte A._ am 19. Mai 2016 um Erlass einer anfechtbaren Verfügung hinsichtlich der Zwischenzeugnisse und der Befristung des Arbeitsverhältnisses.
Am 13. Juni 2016 stellte der ETH-Rat A._ ein überarbeitetes Zwischenzeugnis für seine Tätigkeit bis 31. Mai 2014 sowie ein Schlusszeugnis per 31. Mai 2016 zu. A._ liess am 4. Juli 2016 an seinen Formulierungen für die Arbeitszeugnisse festhalten und erneut den Erlass einer anfechtbaren Verfügung bezüglich der Zeugnisse und der Beendigung des Arbeitsverhältnisses beantragen.
A.c. Mit Verfügung vom 31. August 2016 hielt der Präsident des ETH-Rates fest, das Arbeitsverhältnis zwischen dem ETH-Rat und A._ habe gemäss Befristung im Arbeitsvertrag vom 27./28. Mai 2014 per 31. Mai 2016 geendet. Am 19. Oktober 2016 verfügte er, die von A._ beantragten Änderungen für die Arbeitszeugnisse würden abgewiesen, soweit darauf eingetreten werden könne.
B.
A._ liess sowohl gegen die Verfügung vom 31. August 2016 als auch gegen jene vom 19. Oktober 2016 Beschwerde beim Bundesverwaltungsgericht führen.
Mit Entscheid vom 18. Oktober 2017 wies das Bundesverwaltungsgericht die Beschwerde bezüglich der Beendigung des Arbeitsverhältnisses ab (Ziff. 1), hiess hingegen jene bezüglich der Arbeitszeugnisse insofern gut, als es die Verfügung vom 19. Oktober 2016 aufhob (Ziff. 2) und die Sache zu neuer Ausstellung der Arbeitszeugnisse an den ETH-Rat zurückwies (Ziff. 3).
C.
A._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen mit dem Antrag, es sei Ziff. 1 des vorinstanzlichen Entscheids aufzuheben und festzustellen, dass die Beendigung des Arbeitsverhältnisses rechtswidrig sei, und es sei ihm eine Entschädigung von zwölf Monatsgehältern in der Höhe von Fr. 144'355.- zu bezahlen. Hinsichtlich der Rückweisung gemäss Ziff. 2 und 3 sei es dem ETH-Rat zu verbieten, die Mitarbeiterbeurteilung 2013 als Grundlage für die Leistungsbeurteilung im Arbeitszeugnis für den Zeitraum vom 1. Januar 2011 bis 31. Mai 2014 zu verwenden.
Der ETH-Rat schliesst auf Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei.
D.
Mit Eingabe vom 7. März 2018 lässt A._ an seinen Begehren festhalten.

Erwägungen:
1.
1.1. Die Beschwerde an das Bundesgericht ist zulässig gegen Endentscheide, das heisst gegen Entscheide, die das Verfahren abschliessen (<ref-law>), und gegen Teilentscheide, die nur einen Teil der gestellten Begehren behandeln, wenn diese unabhängig von den anderen beurteilt werden können, oder die das Verfahren nur für einen Teil der Streitgenossen und Streitgenossinnen abschliessen (<ref-law>). Gegen selbständig eröffnete Vor- und Zwischenentscheide ist hingegen die Beschwerde nur zulässig, wenn sie die Zuständigkeit oder den Ausstand betreffen (<ref-law>), einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken können (<ref-law>) oder wenn die Gutheissung der Beschwerde sofort einen Endentscheid herbeiführen und damit einen bedeutenden Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren ersparen würde (<ref-law>). Rückweisungsentscheide, mit denen eine Sache zur neuen Entscheidung an die Vorinstanz zurückgewiesen wird, sind Zwischenentscheide, die nur unter den genannten Voraussetzungen beim Bundesgericht angefochten werden können (<ref-ruling> E. 4.2 S. 481). Anders verhält es sich nur dann, wenn der unteren Instanz, an welche zurückgewiesen wird, kein Entscheidungsspielraum mehr verbleibt und die Rückweisung nur noch der Umsetzung des oberinstanzlich Angeordneten dient (<ref-ruling> E. 1.1 S. 143; <ref-ruling> E. 1.3 S. 127).
1.2. Ein Nachteil ist im Sinne von <ref-law> nicht wieder gutzumachend, wenn er rechtlicher Natur und auch mit einem für die beschwerdeführende Partei günstigen Endentscheid nicht oder nicht vollständig behebbar ist. Die Rückweisung der Sache an die Verwaltung zur ergänzenden Abklärung und neuen Entscheidung bewirkt in der Regel keinen nicht wieder gutzumachenden Nachteil, es sei denn, die Verwaltung werde durch einen kantonalen Rückweisungsentscheid gezwungen, eine ihres Erachtens rechtswidrige Verfügung zu erlassen (<ref-ruling> E. 2.1 S. 647; <ref-ruling> E. 5.2 S. 483; vgl. auch <ref-ruling> E. 3.7.1 und 3.7.2 S. 327).
1.3. Der Beschwerdeführer legt in seiner Beschwerde nicht dar, inwiefern ihm bezüglich der Rückweisung zu neuer Ausstellung der beanstandeten Arbeitszeugnisse ein nicht wieder gutzumachender Nachteil droht. Ein solcher ist denn auch nicht ersichtlich, so dass auf seine Beschwerde, soweit sie sich auf die Arbeitszeugnisse bezieht, nicht eingetreten werden kann.
1.4. Hinsichtlich der Beendigung des Arbeitsverhältnisses sind sämtliche Sachurteilsvoraussetzungen, einschliesslich des Streitwertes nach <ref-law>, erfüllt, so dass diesbezüglich auf die Beschwerde eingetreten werden kann.
2.
2.1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann wegen Rechtsverletzungen gemäss Art. 95 und 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es ist folglich weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann sie mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen. Immerhin prüft das Bundesgericht, unter Berücksichtigung der allgemeinen Pflicht zur Begründung der Beschwerde (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG), grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind (<ref-ruling> E. 1 S. 236 mit Hinweisen).
2.2. Das Bundesgericht kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law>). Überdies muss die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein (<ref-law>). Neue Tatsachen und Beweismittel dürfen nur so weit vorgebracht werden, als erst der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gibt (<ref-law>).
Die beschwerdeführende Partei, welche die Sachverhaltsfeststellungen der Vorinstanz anfechten will, muss substanziiert darlegen, inwiefern die Voraussetzungen einer Ausnahme gemäss <ref-law> gegeben sind und das Verfahren bei rechtskonformer Ermittlung des Sachverhalts anders ausgegangen wäre; andernfalls kann ein Sachverhalt, der vom im angefochtenen Entscheid festgestellten abweicht, nicht berücksichtigt werden (<ref-ruling> E. 1.3.1 S. 18 mit Hinweisen).
3.
Die Vorinstanz hat die Bestimmungen und Grundsätze über ihre Überprüfungsbefugnis (<ref-law>), namentlich der Angemessenheit (Urteil 8C_500/2013 vom 15. Januar 2014 E. 3.1 mit Hinweisen), und über die Befristung eines Arbeitsverhältnisses (Art. 9 BPG), insbesondere der Unzulässigkeit von Kettenarbeitsverträgen (Urteil 2P.26/2007 vom 28. Juni 2007 E. 3.5 ff.) zutreffend dargelegt. Dasselbe gilt für den Vertrauensschutz (<ref-law>; Urteil 8C_721/2013 vom 4. März 2014 E. 4.4 mit Hinweisen) und den Anspruch auf eine Entschädigung infolge rechtswidriger Beendigung des Arbeitsverhältnisses (Art. 34b BPG). Darauf wird verwiesen.
4.
Soweit der Beschwerdeführer einen von den vorinstanzlichen Erwägungen abweichenden Sachverhalt geltend macht, kann ihm nicht gefolgt werden. Denn er vermag nicht aufzuzeigen, inwiefern diese willkürlich sein sollen (vgl. E. 2.2). Dies gilt namentlich für die geltend gemachte irreführende Formulierung im Arbeitsvertrag vom 27./28. Mai 2014, da der Wortlaut des Vertrags klar und unzweideutig ist ("Dauer des Arbeitsverhältnisses: bis 31. Mai 2016"). Daran ändert auch die im Vertrag festgehaltene Möglichkeit der (vorzeitigen) Kündigung nach Art. 20a der Verordnung des ETH-Rats vom 15. März 2001 über das Personal im Bereich der Eidgenössischen Technischen Hochschulen (Personalverordnung ETH-Bereich, PVO-ETH; SR 172.220.113) nichts. Denn wie die Vorinstanz in E. 4.1.3 zutreffend darlegt, haben die Parteien auch bei einem befristeten Vertrag die Möglichkeit, ordentliche Kündigungsfristen zu vereinbaren (vgl. dazu auch Peter Helbling, Portmann/Uhlmann [Hrsg.], Bundespersonalgesetz [BPG], 2013, N. 54 zu Art. 9 BPG). Ebenso wenig ist die vorinstanzliche Feststellung, das befristete Arbeitsverhältnis habe auch im Interesse des Beschwerdeführers gelegen, willkürlich. Der Beschwerdeführer hatte sich mit seinem bisherigen Vorgesetzten - nicht zuletzt wegen der von ihm erhobenen massiven Vorwürfe gegen diesen - überworfen, woran auch eine Mediation nichts zu ändern vermochte. Zudem hatte er selbst festgestellt, eine weitere Zusammenarbeit sei nicht möglich. Auch hatte er gegenüber dem Präsidenten des ETH-Rats sein Interesse an einem Wechsel in die Abteilung C._ bekundet und diesen um Unterstützung ersucht. Im Übrigen vermag die blosse Darlegung des Sachverhalts aus Sicht des Beschwerdeführers keinen willkürlich festgestellten Sachverhalt aufzuzeigen. Was schliesslich die Schlussfolgerung des bejahten sachlichen Grundes für eine Befristung des Arbeitsvertrags betrifft, handelt es sich um eine rechtliche Würdigung und nicht um eine Sachverhaltsfeststellung.
5.
5.1. Der Beschwerdeführer macht geltend, die Vorinstanz hätte im Rahmen der Feststellungen zur Befristung des Vertrages vom 27./28. Mai 2014 ein Beweisverfahren durchführen, mindestens jedoch das Personaldossier beiziehen müssen. Dieser Einwand ist unbehelflich. Denn aus dem Schreiben des Rechtsvertreters an das Bundesverwaltungsgericht vom 24. Januar 2017 ergibt sich, dass er nebst anderen Akten auch das Personaldossier des Beschwerdeführers an die Vorinstanz retournierte, womit erstellt ist, dass dieses der Vorinstanz vorlag. Angesichts der dem Bundesverwaltungsgericht zur Verfügung stehenden Unterlagen ist es weiter nicht zu beanstanden, dass es im Rahmen der grundsätzlich zulässigen antizipierten Beweiswürdigung (Urteil 8C_649/2017 vom 4. Januar 2018 E. 7.6.3 mit Hinweisen) auf die Durchführung eines einlässlichen Beweisverfahrens verzichtet hat.
5.2. Die Vorinstanz hat ihre Überprüfungsbefugnis nicht in unzulässiger Weise beschränkt; sie hat lediglich nicht ihr Ermessen an die Stelle der verfügenden Behörde gesetzt, was der Praxis entspricht (Urteil 8C_500/2013 vom 15. Januar 2014 E. 3.1.2 mit Hinweis auf <ref-ruling> E. 3.2 S. 342; Urteil 8C_788/2011 vom 2. Mai 2012 E. 5.1.2; vgl. auch <ref-ruling> E. 3 S. 39). Dies gilt namentlich auch bei besserer Kenntnis der persönlichen Verhältnisse, wie etwa im Bereich der personalrechtlichen Beurteilungen (vgl. dazu Oliver Zibung/ Elias Hofstetter, in: Waldmann/Weissenberger [Hrsg.], Praxiskommentar Verwaltungsverfahrensgesetz [VwVG], 2. Aufl. 2016, N. 48 zu <ref-law> mit Hinweisen).
5.3. Der Beschwerdeführer beruft sich darauf, er habe sich gestützt auf die Aussagen des Geschäftsführers darauf verlassen dürfen, dass die Befristung des Arbeitsverhältnisses nur formeller Natur sei. Er setzt sich jedoch in keiner Weise mit den Erwägungen der Vorinstanz zum von ihr verneinten Vertrauensschutz auseinander, so dass mangels rechtsgenüglicher Rüge nicht weiter darauf einzugehen ist. Anzufügen bleibt, dass sein direkter Vorgesetzter anlässlich des Gesprächs vom 29. Juni 2015 klarstellte, dass die befristete Anstellung angesichts der im Mai 2016 beendeten Arbeiten nicht verlängert und der Arbeitgeber somit an der Befristung gemäss Vertrag vom 27./28. Mai 2014 festhalten werde.
5.4. Der Beschwerdeführer macht geltend, die Einführungsarbeiten für das Projekt D._ hätten nicht zu seinen Hauptaufgaben gehört und diese seien weder im Arbeitsvertrag noch im Stellenbeschrieb erwähnt worden. Dazu ist festzuhalten, dass der Arbeitsvertrag vom 27./28. Mai 2014 lediglich die Funktion (Mitarbeiter Abteilung C._) festhielt und es sich beim vom Beschwerdeführer aufgelegten Stellenbeschrieb vom 14. Mai 2014 bloss um einen Entwurf handelt (vgl. dazu das Mail von seinem direkten Vorgesetzten vom 14. Mai 2014), so dass der Beschwerdeführer daraus nichts zu seinen Gunsten ableiten kann. Hingegen werden die Einführungsarbeiten für das Projekt D._ - wie auch seine übrigen Aufgaben - in der Mitteilung vom 27. Mai 2014 zum Antritt seiner neuen Stelle explizit erwähnt (A._ wird die Prozesse, welche im Rahmen der Einführung des Projektes D._ angepasst werden müssen, dokumentieren und die Institutionen bei der Dokumentation unterstützen. Zusätzlich wird er die Rolle als Verantwortlicher wahrnehmen und im Stabsbereich C._ bei der Berichterstattung aktiv mitarbeiten."). Angesichts der vorerwähnt aufgelisteten Aufgabenbereiche ist es nicht zu beanstanden, dass die Vorinstanz die ersterwähnten Anpassungstätigkeiten für die Einführung des Projektes D._ als sein Hauptaufgabengebiet betrachtete.
5.5. Nach Ansicht des Beschwerdeführers stelle selbst das Auslaufen des Projektes D._ per Ende Mai 2016 keinen sachlichen Grund für die Befristung seines Arbeitsverhältnisses dar, da es bloss einen kleinen Teilbereich seiner im Übrigen nicht befristeten Tätigkeiten umfasst habe. Wie bereits in E. 5.4 festgehalten, ist angesichts der Mitteilung bei seinem Stellenantritt nicht davon auszugehen, dass das Projekt D._ einen kleinen Teilbereich seiner Aufgaben ausmachte. Zudem ergibt sich daraus auch klar die Befristung der Tätigkeit in Zusammenhang mit den Anpassungen infolge der Einführung des Projektes D._. Insbesondere aber ist es nicht so, dass der Beschwerdeführer von seinem Arbeitgeber in die neue Tätigkeit zwangsversetzt worden war. Vielmehr hatte er sich selbst aktiv darum bemüht, an dieser neuen Stelle zu arbeiten (vgl. dazu sein Schreiben an den Präsidenten des ETH-Rats vom 8. Mai 2014, in welchem er diesen um Unterstützung seiner allfälligen Bewerbung für eine Stelle in der Abteilung C._ des ETH-Stabs ersuchte). Insofern ist es nicht bundesrechtswidrig, wenn die Vorinstanz angesichts der Befristung des Projektes D._, des neuen Arbeitsortes, der neuen Abteilung und der neuen Tätigkeiten von einem sachlichen Grund für den Abschluss eines neuen und befristeten Arbeitsvertrages ausging und eine unzulässige Umgehung der Kündigungsvorschriften verneinte (vgl. zur Zulässigkeit der Umwandlung eines unbefristeten in ein befristetes öffentlich-rechtliches Arbeitsverhältnis auch Helbling, a.a.O., N. 19 und 22 zu Art. 9 BPG und insbesondere VPB 2004 Nr. 121 S. 1582 E. 3a). Ob es sich beim Vertrag vom 27./28. Mai 2014 um einen Aufhebungsvertrag (vgl. die vorinstanzlichen E. 4.2.5 bis 4.2.8 mit Hinweisen auf die Literatur) oder um einen neuen Arbeitsvertrag handelt, kann offen bleiben, da infolge des sachlichen Grundes angesichts der konkreten Umstände jedenfalls kein rechtswidriges oder gar rechtsmissbräuchliches Vorgehen des Beschwerdegegners vorliegt. Soweit der Beschwerdeführer vor Bundesgericht schliesslich geltend macht, eine andere Person sei nach seinem Ausscheiden eingestellt worden, ist dies nicht nur ein unzulässiges Novum (<ref-law>), sondern es fehlen dafür auch jegliche Anhaltspunkte in den Akten.
5.6. Nach dem Gesagten verstösst die vorinstanzliche Beurteilung der Beendigung des Arbeitsverhältnisses nicht gegen Bundesrecht. Demzufolge hat die Vorinstanz auch zu Recht die Ausrichtung einer Entschädigung nach Art. 34b BPG verneint. Die Beschwerde ist bezüglich der Beendigung des Arbeitsverhältnisses abzuweisen.
6.
Das Verfahren ist kostenpflichtig. Der unterliegende Beschwerdeführer hat die Gerichtskosten zu tragen (<ref-law>). Der ETH-Rat hat keinen Anspruch auf eine Parteientschädigung, da er im Rahmen seines amtlichen Wirkungskreises tätig war (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Bundesverwaltungsgericht schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 26. Juni 2018
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Das präsidierende Mitglied: Heine
Die Gerichtsschreiberin: Riedi Hunold