Fatti:
A.
Il Consorzio depurazione acque Chiasso e dintorni (CDACD), che comprende tra l'altro i Comuni di Vacallo e di Morbio Inferiore, persegue lo scopo di depurare e smaltire le acque residuali. Il 9 agosto 1972 il Consiglio di Stato ha accolto un'istanza di espropriazione formulata dal Consorzio volta a realizzare le opere di canalizzazione e di depurazione delle acque nei Comuni consorziati. La procedura è stata avviata nel 1978 dal Consorzio, che ha chiesto la concessione di una servitù di condotta per interrare le canalizzazioni, interessante circa 125 m del fondo www di Vacallo, nonché una servitù d'argine per circa 500 m2 sulla stessa area, per procedere alla posa e alla manutenzione della tubazione.
B.
L'allora proprietaria del fondo www si è opposta all'espropriazione. Con decisione del 12 febbraio 1979 il Tribunale di espropriazione ha riconosciuto all'espropriata un'indennità di fr. 10.--/m2 per la costituzione di una servitù d'argine, con diritto di passo con veicoli per circa 500 m2, nonché il diritto di posare e mantenere circa 125 m di condotte e tre camere, per un indennizzo totale di fr. 5'000.--. La decisione è passata in giudicato. Negli anni seguenti il Consorzio ha eseguito le opere di canalizzazione e di arginatura. Le servitù concesse dal Tribunale di espropriazione, per motivi sconosciuti, non sono state iscritte a registro fondiario. Nel frattempo il fondo www è stato alienato a terzi: dal 2003 appartiene ad A._ SA.
C.
Con risoluzioni del 23 maggio e del 10 ottobre 2006, il Consiglio di Stato ha dichiarato la pubblica utilità delle citate opere, disponendo inoltre la costituzione di un consorzio obbligatorio, comprendente anche i due citati Comuni, denominato Consorzio di manutenzione delle opere di arginatura presenti e future del Basso Mendrisiotto (CMABM), subentrato a quello precedente. Anche queste decisioni sono passate in giudicato.
D.
Nel 2012 i due Consorzi hanno chiesto ai proprietari delle particelle xxx e yyy, interessati dalle opere di arginatura, il consenso di iscrivere una servitù per accedere a una camera a cielo aperto realizzata nel frattempo sulla base dei piani espropriativi degli anni '70 sul fondo zzz di Vacallo. L'accordo è stato negato dai proprietari dei fondi xxx e www. Il 18 gennaio 2016 il CDACD ha quindi chiesto di poter espropriare queste due particelle, nel senso di ottenere le servitù di accesso alle opere consortili e il diritto di posare la canalizzazione; anche il CMABM ha chiesto di poter espropriare i diritti di passo necessari. Il Dipartimento ha accolto l'istanza il 19 aprile 2016, decisione confermata dal Consiglio di Stato. Con giudizio del 2 agosto 2019 il Tribunale cantonale amministrativo ha respinto un ricorso di A._ SA.
E.
Avverso questa sentenza A._ SA presenta un ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale. Chiede di annullarla e di riformarla nel senso di annullare la decisione governativa e di respingere l'istanza dei due Consorzi, subordinatamente di rinviare la causa alla Corte cantonale per nuovo giudizio.
Non è stato ordinato uno scambio di scritti, ma è stato richiamato l'incarto cantonale.

Diritto:
1.
1.1. Il Tribunale federale vaglia d'ufficio se e in che misura un ricorso può essere esaminato nel merito (<ref-ruling> consid. 1).
1.2. La sentenza impugnata è una decisione cantonale di ultima istanza, finale, che conferma la sussistenza di servitù interessanti la particella della ricorrente, fondate sulla legge di espropriazione ticinese dell'8 marzo 1971 (Lespr) e derivanti da una restrizione della proprietà ai sensi dell'art. 5 cpv. 2 LPT. Essa può essere oggetto di un ricorso in materia di diritto pubblico giusta gli art. 82 segg. LTF. Il ricorso è tempestivo (art. 100 cpv. 1 in relazione con l'<ref-law>) e la legittimazione della ricorrente pacifica.
1.3. Secondo l'art. 42 cpv. 1 e 2 LTF, il gravame dev'essere motivato in modo sufficiente, spiegando nei motivi perché l'atto impugnato viola il diritto. Il Tribunale federale esamina in linea di principio solo le censure sollevate (<ref-ruling> consid. 1.7.1 pag. 106). Quando la ricorrente, come in concreto, invoca la violazione di diritti costituzionali (buona fede), il Tribunale federale, in applicazione dell'<ref-law>, esamina le censure soltanto se siano state esplicitamente sollevate e motivate in modo chiaro e preciso (<ref-ruling> consid. 1.2 e 1.3 pag. 380).
2.
2.1. La ricorrente adduce ch'essa avrebbe avuto conoscenza della sentenza del Tribunale di espropriazione del 12 febbraio 1979 soltanto con la risposta del 23 giugno 2016 dei Consorzi nell'ambito della loro istanza di espropriazione del 18 gennaio precedente e della concessione, già avvenuta, delle servitù, non iscritte a registro fondiario. Sostiene, visti gli avvenuti cambiamenti di proprietari della particella in esame, che la tesi della Corte cantonale, secondo cui i diritti espropriati nel 1979, ma non iscritti a registro fondiario, non hanno perso la loro validità, violerebbe l'<ref-law>. Si sarebbe inoltre in presenza di un accertamento manifestamente inesatto dei fatti vista l'inesistenza e comunque la mancata utilizzazione di una pista d'accesso per accedere alla camera di ritenzione, tracciato asseritamente mai utilizzato e sul quale attualmente si trova il giardino di un edificio plurifamiliare. Ne deduce che, poiché le servitù litigiose non sono state iscritte, in particolare quella di passo veicolare, esse avrebbero perso la loro validità già con il primo trapasso di proprietà della particella www, al più tardi comunque nel 2003 quand'essa l'ha acquistata.
2.2. Al riguardo la Corte cantonale ha ritenuto che con la sentenza del 12 febbraio 1979, passata in giudicato, il Consorzio ha, per lo meno parzialmente, fatto uso delle servitù d'argine con diritto di passo con veicoli e del diritto di posare la condotta e le relative camere. Ha stabilito che il motivo per il quale le servitù non sono state iscritte a registro fondiario non è noto né sarebbe rilevante per il suo giudizio. Ciò poiché, in seguito alla procedura espropriativa, conclusasi con la sentenza del 1979, mal si comprende perché il nuovo Consorzio abbia ritenuto necessario chiedere nuovamente, nel 2016, l'autorizzazione a espropriare i medesimi diritti e le medesime opere già ottenuti giudizialmente, diritti che non hanno per nulla perso la loro validità, nonostante la procedura espropriativa non sia stata portata a termine. In tale ambito ha richiamato l'art. 54 e segg. Lespr relativi all'esigibilità e al versamento dell'indennità e all'iscrizione al registro fondiario, come pure gli art. 731 e 656 cpv. 2 CC, che sanciscono la costituzione extratabulare delle servitù nel caso di espropriazione e sentenza, accennando inoltre all'art. 70 dell'ordinanza sul registro fondiario del 23 settembre 2011 (RS 211.432.1), relativo all'iscrizione di servitù.
2.3. La ricorrente, disattendendo il suo obbligo di motivazione (<ref-law>), non si confronta, se non in maniera del tutto generica, con l'argomento, decisivo, della costituzione extratabulare delle servitù litigiose, accennando semplicemente al riguardo, in maniera imprecisa e incompleta, alla dottrina relativa all'<ref-law> (PAUL-HENRI STEINAUER, Les droits réels, Tome II, 3aed. 2002, n. 2256a pag. 380, secondo cui una servitù non iscritta si estingue, ma solo salvo eccezioni). Ora, quando la decisione impugnata, come in concreto, si fonda su diverse motivazioni indipendenti e di per sé sufficienti per definire l'esito della causa, la ricorrente è tenuta, pena l'inammissibilità, a dimostrare che ognuna di esse viola il diritto (<ref-ruling> consid. 2.4 in fine pag. 368; <ref-ruling> consid. 4.1.4 pag. 100).
Essa si limita infatti a richiamare l'<ref-law>, secondo cui chi in buona fede, riferendosi a un'iscrizione nel registro fondiario, ha acquistato una proprietà o altri diritti reali, dev'essere protetto nel suo acquisto.
2.4. Certo, per la costituzione di una servitù prediale è necessaria l'iscrizione nel registro fondiario (<ref-law>); per l'acquisto e l'iscrizione valgono tuttavia, salvo disposizione contraria, le norme relative alla proprietà (731 cpv. 2 CC), segnatamente, in virtù di questo rinvio, quelle previste dall'art. 655 segg. CC. L'<ref-law> recita che per l'acquisto della proprietà fondiaria occorre l'iscrizione del registro fondiario. La ricorrente misconosce tuttavia che, segnatamente nei casi di espropriazione o sentenza, l'acquirente diventa proprietario già prima dell'iscrizione, sebbene possa disporre del fondo nel registro fondiario solo dopo che l'iscrizione sia eseguita (<ref-law>; cfr. anche l'<ref-law>). L'espropriazione e la sentenza costituiscono infatti un caso di acquisizione originaria senza iscrizione della proprietà, il cui trasferimento all'espropriante si realizza già prima dell'iscrizione a registro fondiario ed è indipendente dalla stessa: per tale motivo l'effetto negativo della pubblica fede del registro fondiario si estende all'assenza di un'iscrizione soltanto quand'essa sarebbe stata necessaria per acquisire il diritto litigioso (<ref-law>; PAUL-HENRI STEINAUER, in: Commentaire romand, Code civil II, 2016, n. 16, 23, 24 e 28 all'art. 656, n. 38 all'art. 963 cpv. 2 e n. 28 all'art. 973); la collettività pubblica può in seguito richiederne direttamente l'iscrizione (<ref-law>; LO STESSO, Les droits réels, Vol. II, 4aed. 2012, n. 2243 segg. pag. 426, n. 1585 pag. 102 seg.). Del resto, non è il Codice civile che determina il momento nel quale l'oggetto dell'espropriazione passa all'espropriante, ma il diritto di espropriazione federale e cantonale; in tale ambito si ritiene generalmente che il trasferimento di proprietà ha luogo giuridicamente al momento del pagamento dell'indennità, senza iscrizione a registro fondiario (<ref-ruling> consid. 2). Anche nel Cantone Ticino l'espropriante acquista il diritto oggetto dell'espropriazione mediante il pagamento dell'indennità (art. 56 cpv. 1 Lespr). L'iscrizione a registro fondiario dell'acquisto del diritto avviene dopo il versamento dell'indennità e la misurazione definitiva (art. 57 cpv. 1 Lespr).
2.5. La ricorrente disattende infatti che il principio assoluto dell'iscrizione nel registro fondiario vale per i trasferimenti di proprietà fondati su un negozio giuridico (<ref-law>). Per converso, per quelli che non si fondano su un negozio giuridico, come nei casi di espropriazione o sentenza (cpv. 2), vale il principio relativo dell'iscrizione: nel caso di negozi giuridici l'iscrizione ha effetto costitutivo, negli altri soltanto dichiarativo (LORENZ STREBEL, in: Basler Kommentar, Zivilgesetzbuch II, 6aed. 2019, n. 1-4, 36, 42 e 46 all'art. 656; ETIENNE PETITPIERRE, in: op. cit., n. 3, 7, 8, 22 e 37 all'art. 731; JÜRG SCHMID, in: op. cit., n. 1-6, 10-14 all'art. 971). L'effetto di pubblicità materiale derivante dall'<ref-law> invocato dalla ricorrente si riferisce soltanto al principio assoluto dell'iscrizione (JÜRG SCHMID, op. cit., n. 1 all'art. 973). L'accennata violazione del diritto federale non è quindi ravvisabile.
3.
3.1. La ricorrente sostiene poi che i Consorzi avrebbero comunque rinunciato, per atti concludenti, al diritto di passo veicolare concesso giudizialmente nel 1979.
3.2. Come visto, l'assunto che questa rinuncia sarebbe confermata dalla mancata iscrizione della relativa servitù a registro fondiario, è priva di fondamento. Anche il rilievo secondo cui i Consorzi non avrebbero mai corrisposto alla ricorrente le indennità stabilite nella sentenza del 12 febbraio 1979 è ininfluente, ritenuto che le indennità dovevano essere versate a chi era proprietario del fondo nel 1979. Neppure il generico accenno al fatto che per raggiungere la vasca di ritenzione i Consorzi avrebbero finora preferito transitare su una pista sita sul fondo n. 1050 di Morbio Inferiore è decisivo. Certo, come rettamente ritenuto dalla Corte cantonale, sebbene mal si comprende perché i Consorzi nel 2016 hanno inoltrato un'istanza volta a espropriare i medesimi diritti e le medesime opere già ottenute giudizialmente 40 anni or sono e eseguite da oltre tre decenni, tale circostanza non dimostra una rinuncia esplicita o concludente al diritto di passo litigioso e l'estinzione della relativa servitù (cfr. <ref-ruling> consid. 2a e rinvii). Anzi, proprio l'inoltro della stessa dimostra l'interesse tuttora attuale dei Consorzi a utilizzare queste opere.
La Corte cantonale ha inoltre accertato che la canalizzazione consortile è stata posata da oltre tre decenni e che l'edificio della ricorrente è allacciato a questo collettore delle acque luride, fattispecie che, pertanto, dev'esserle nota. Nell'impugnata sentenza si accerta poi che il diritto di passo è stato allestito e che, nel contempo, è stato posato anche un cancello tra la strada comunale e l'imbocco della pista d'accesso sul fondo della ricorrente, conformemente agli accordi presi tra le parti nella sede espropriativa.
Ora, il Tribunale federale fonda il suo ragionamento giuridico sui fatti accertati dall'autorità inferiore (<ref-law>). Esso può scostarsene solo se tale accertamento è stato eseguito in violazione del diritto ai sensi dell'<ref-law> o in modo manifestamente inesatto, ovvero arbitrario (<ref-ruling> consid. 6 pag. 358). Con il citato accenno la ricorrente non dimostra che gli accertamenti appena menzionati sarebbero addirittura insostenibili e quindi arbitrari (<ref-ruling> consid. 3.6.2 pag. 287; <ref-ruling> consid. 7.1 pag. 124).
3.3. Riguardo alla pretesa assenza di un interesse pubblico all'utilizzazione delle opere in discussione, giova rilevare che la pubblica utilità delle stesse è stata accertata giudizialmente nel 1979. Questa conclusione è stata ribadita con le risoluzioni del 23 maggio e del 10 ottobre 2006 con le quali il Consiglio di Stato ha dichiarato la pubblica utilità della manutenzione delle opere di arginature presenti e future, stabilendo che il nuovo Consorzio subentrava nei compiti di quello precedente. La ricorrente, che ha acquistato il fondo in esame nel 2003, non ha impugnato queste risoluzioni governative.
4.
In quanto ammissibile, il ricorso dev'essere pertanto respinto. Le spese seguono la soccombenza (<ref-law>).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1.
Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è respinto.
2.
Le spese giudiziarie di fr. 3'000.-- sono poste a carico della ricorrente.
3.
Comunicazione ai patrocinatori delle parti, al Dipartimento delle istituzioni, Divisione della giustizia, al Dipartimento del territorio, Sezione dello sviluppo territoriale, Sezione protezione aria, acqua e suolo e all'Ufficio dei corsi d'acqua, al Consiglio di Stato e al Tribunale amministrativo del Cantone Ticino.