Faits :
A.
Par ordonnance du 7 avril 2014, le Tribunal de police du canton de Genève a indemnisé l'avocat X._ à hauteur de 1'227 fr., correspondant à 1 heure au tarif de chef d'étude, soit 200 fr. de l'heure, et 11 heures 30 au taux horaire de l'avocat stagiaire, soit 65 fr. de l'heure, auxquels s'ajoutait l'indemnité forfaitaire de 20% pour les courriers et téléphones et la TVA par 8 %.
Par arrêt du 2 juillet 2014, la Chambre pénale de recours de la Cour de justice du canton de Genève a rejeté, dans la mesure de sa recevabilité, le recours formé par X._ contre l'ordonnance du 7 avril 2014.
Par arrêt 6B_856/2014 du 10 juillet 2015, le Tribunal fédéral a admis le recours en matière pénale formé par X._ contre l'arrêt du 2 juillet 2014. Il a annulé dit arrêt et renvoyé la cause à l'autorité cantonale pour nouvelle décision. En bref, il a été reproché à cette autorité de ne pas être entrée en matière sur le grief d'inconstitutionnalité du tarif cantonal prévoyant un taux horaire de 65 fr. pour une activité d'avocat stagiaire.
B.
Par arrêt du 21 décembre 2015, la Chambre pénale de recours a rejeté, dans la mesure de sa recevabilité, le recours formé par X._ contre l'ordonnance du 7 avril 2014.
Le 9 février 2017, le Tribunal fédéral a annulé cet arrêt pour violation du droit d'être entendu de X._ et renvoyé la cause à l'autorité cantonale pour nouvelle décision (arrêt 6B_102/2016).
Par arrêt du 25 avril 2017, la Chambre pénale de recours a rejeté le recours formé par X._ contre la décision du 7 avril 2014. En substance, elle a jugé que le tarif horaire de 65 fr. pour l'activité d'avocat stagiaire permettait de couvrir les charges occasionnées par ce dernier et de fournir au maître de stage une rémunération correspondant à 51% du montant encaissé. La Chambre pénale de recours a donc conclu que le tarif litigieux était conforme à la liberté économique et non arbitraire.
C.
X._ forme un recours en matière pénale au Tribunal fédéral contre cet arrêt, en concluant à sa réforme en ce sens que le tarif de l'avocat stagiaire doit être fixé à 180 fr. de l'heure.
D.
Invités à se déterminer sur le recours, la cour cantonale a indiqué persister dans les termes de son arrêt et le ministère public a conclu au rejet du recours dans la mesure de sa recevabilité.

Considérant en droit :
1.
1.1. Le recours en matière pénale est une voie de réforme (<ref-law>). Le recourant ne peut se borner à demander l'annulation de la décision et le renvoi de la cause à l'autorité cantonale, mais doit également, sous peine d'irrecevabilité, prendre des conclusions sur le fond du litige. Il n'est fait exception à ce principe que lorsque le Tribunal fédéral, s'il admettait le recours, ne serait pas en mesure de statuer lui-même sur le fond et ne pourrait que renvoyer la cause à l'autorité cantonale (<ref-ruling> consid. 1.3 p. 317; <ref-ruling> consid. 1.3 p. 383). Lorsque le litige ou l'un des aspects de celui-ci porte sur le paiement d'une somme d'argent, les conclusions doivent également être chiffrées (<ref-ruling> consid. 2). Des conclusions non chiffrées suffisent exceptionnellement lorsque la somme à allouer est d'emblée reconnaissable au regard de la motivation du recours ou de la décision attaquée, voire du rapprochement des deux actes (<ref-ruling> consid. 2 et les références citées).
1.2. En l'espèce, le recourant n'a pas pris de conclusions sur le fond, mais a uniquement sollicité l'annulation du jugement attaqué et le renvoi de la cause à l'autorité précédente pour nouvelle décision, le tarif de l'avocat stagiaire devant être fixé à 180 fr. de l'heure. Une telle manière de faire est admissible s'agissant du grief de violation du droit d'être entendu, respectivement de déni de justice (cf. arrêt 6B_111/2015 du 3 mars 2016 consid. 1.7). En revanche, elle n'est en principe pas suffisante s'agissant des griefs portant sur la fixation du montant de l'indemnité qui lui a été allouée pour la procédure de première instance. Le fait que le Tribunal fédéral renvoie en principe la cause à l'autorité cantonale en cas d'admission du recours lorsque celui-ci porte sur le montant des frais et dépens ne dispense pas le recourant de prendre des conclusions chiffrées, dès lors que le Tribunal fédéral dispose d'un pouvoir de réforme (cf. arrêt 6B_133/2014 du 18 septembre 2014 consid. 1.2 et la référence citée). Cela vaut aussi pour la fixation d'une indemnité comme en l'espèce, le Tribunal fédéral disposant également à cet égard d'un pouvoir de réforme (cf. <ref-law>; arrêt 6B_868/2016 du 9 juin 2017 consid. 2). Cependant, dans la mesure où le recourant précise dans ses conclusions que le tarif de l'avocat stagiaire doit être fixé à 180 fr. de l'heure, et que la part que représente l'activité de sa stagiaire dans le calcul de son indemnité est établie dans la décision attaquée, les heures retenues par la cour cantonale (11h30) n'étant au surplus pas contestées, la somme à allouer peut être facilement déduite du rapprochement des actes. Dans ces conditions, le recours peut être considéré comme recevable.
2.
L'indemnité litigieuse a été fixée par une autorité de première instance dont la décision a ensuite fait l'objet d'un recours au plan cantonal. On ne se trouve donc pas dans l'hypothèse visée par l'<ref-law>, qui prévoit un recours devant le Tribunal pénal fédéral lorsque l'indemnité pour la défense d'office est fixée par l'autorité de recours. Le recours en matière pénale est ouvert (<ref-ruling> consid. 1.7 p. 216).
3.
Le recourant soutient que le taux horaire de 65 fr. appliqué à l'activité de sa stagiaire par l'autorité de première instance et confirmé par l'autorité précédente viole la liberté économique garantie par l'art. 27 Cst. ainsi que l'interdiction de l'arbitraire (art. 9 Cst.).
3.1. Selon l'<ref-law>, le défenseur d'office est désigné par la direction de la procédure compétente au stade considéré. Comme le prévoit l'<ref-law> qui renvoie à la loi fédérale du 23 juin 2000 sur la libre circulation des avocats (LLCA; RS 935.61), le défenseur susceptible d'être désigné doit être un avocat. Les avocats stagiaires ne peuvent ainsi assister un prévenu en tant que défenseur d'office. L'<ref-law> n'interdit toutefois pas que le droit cantonal (ou fédéral) applicable les autorise à assurer tout ou partie de la défense d'un prévenu, en " se substituant à " ou " en excusant " l'avocat en charge et sous la responsabilité de ce dernier (arrêt 6B_856/2014 du 10 juillet 2015 consid. 2.1).
L'<ref-law> prévoit que le défenseur d'office est indemnisé conformément au tarif des avocats de la Confédération ou du canton du for du procès. Le Tribunal fédéral n'examine l'application d'un tarif cantonal que sous l'angle de l'arbitraire (<ref-law>; arrêt 6B_824/2016 du 10 avril 2017 consid. 18.3.3 non publié aux <ref-ruling>).
L'avocat d'office n'exerce pas un mandat privé, mais accomplit une tâche étatique soumise au droit public cantonal, qui lui confère une prétention de droit public à être rémunéré dans le cadre des normes cantonales applicables (<ref-ruling> consid. 3.1 p. 126). Sous l'angle de l'interdiction constitutionnelle de l'arbitraire et, indirectement, de la garantie constitutionnelle de la liberté économique, la rémunération de l'avocat d'office peut être inférieure à celle du mandataire privé. Elle doit néanmoins être équitable (<ref-ruling> consid. 3.2 p. 126 s.; <ref-ruling> consid. 5.1 p. 187 s.). Pour être considérée comme telle, l'indemnité doit non seulement couvrir les frais généraux de l'avocat, mais en plus permettre d'obtenir un revenu modeste, qui ne soit pas uniquement symbolique (<ref-ruling> consid. 3.2 p. 126 s.; <ref-ruling> consid. 5.1 p. 187 s. et 5.3 p. 189; <ref-ruling> consid. 8.5 et 8.6 p. 216 s.). D'expérience, les frais généraux d'un avocat représentent d'ordinaire entre 40 et 50% du revenu professionnel brut (ATF <ref-ruling> consid. 7.4.1 p. 209).
Selon la jurisprudence, les tribunaux cantonaux ont l'obligation, sur demande du recourant, de contrôler à titre préjudiciel la compatibilité du droit cantonal applicable avec la Constitution fédérale (<ref-ruling> consid. 2 p. 187 s.; arrêts 6B_659/2017 du 6 mars 2018 consid. 2.2; 6B_1292/2016 du 2 octobre 2016 consid. 4.3 et les références citées). Si, à l'issue d'un tel contrôle, la norme s'avère inconstitutionnelle, la juridiction compétente ne saurait formellement annuler celle-ci, mais pourrait modifier la décision qui l'applique (arrêt 6B_659/2017 du 6 mars 2018 p récité consid. 2.2 et la référence citée).
A Genève, l'art. 16 al. 1 du règlement genevois du 28 juillet 2010 sur l'assistance juridique et l'indemnisation des conseils juridiques et défenseurs d'office en matière civile, administrative et pénale (RAJ/GE; RS/GE E 2 05.04) prévoit un taux horaire applicable à l'activité en considération du statut de l'avocat. Celui-ci est fixé à 65 fr. pour l'avocat stagiaire (let. a), à 125 fr. pour le collaborateur (let. b) ainsi qu'à 200 fr. pour le chef d'étude (let. c).
3.2. La cour cantonale a considéré qu'à teneur de la charte du stage édictée par l'Ordre des avocats genevois, le salaire minimum brut recommandé pour un stagiaire ayant réussi l'Ecole d'avocature (ci-après : l'ECAV) était de 3'500 fr. par mois. Tant que le stagiaire n'avait pas réussi l'ECAV, sa rémunération devait être de 2'500 fr. lors de la première année de son stage et de 3'000 fr. par la suite. Le salaire était versé 13 fois l'an et correspondait à un taux d'activité de 100%. Selon le calculateur de charges sociales de la Fédération des entreprises romandes (disponible en ligne : https://www.fer-ge.ch/web/ fer-ge/calculateur-charges-salariales-employeur), les charges sociales supportées par l'employeur s'élevaient à 1'008 fr. par mois pour un salaire mensuel brut de 3'500 francs. Ainsi, à Genève, en tenant compte de la rémunération la plus élevée du stagiaire, soit un salaire annuel brut de 45'500 fr. (3'500 fr. versés 13 fois l'an), le coût annuel moyen d'un stagiaire à plein temps s'élevait à 58'604 fr. (45'500 fr. + [1'008 fr. x 13]). En tenant compte d'une activité de 40 heures par semaine, le coût horaire d'un avocat stagiaire pour les heures travaillées, charges sociales de l'employeur comprises, vacances et jours fériés déduits, était de 31 fr. 70 (58'604 fr. / [5 jours par semaine x 52 semaines - 20 jours de vacances - 9 jours fériés x 8]).
La cour cantonale a par ailleurs considéré qu'il n'appartenait pas à l'assistance judiciaire d'indemniser le maître de stage pour la formation qu'il avait l'obligation de fournir à son stagiaire, laquelle avait déjà été prise en compte dans la fixation du salaire du stagiaire. En outre, dans la mesure où le stagiaire ne supportait pas les frais généraux de l'étude dans laquelle il travaillait, il n'était pas nécessaire d'imputer au stagiaire un portion des frais généraux, déjà supportés par son maître de stage. En définitive, selon la cour cantonale, la marge dégagée par les heures de travail de l'avocat stagiaire rémunérées par l'assistance judiciaire était de 33 fr. 30 par heure (65 fr. - 31 fr. 70), ce qui représentait 51% du montant alloué par l'art. 16 al. 1 let. a RAJ/GE. Proportionnellement, le bénéfice réalisé était donc plus important que celui perçu par l'avocat chef d'étude, qui s'élevait à 27% dans le cadre d'une défense d'office.
Le recourant ne fournissait aucune méthode de calcul alternative et demandait l'application linéaire d'une proportion du revenu perçu par l'avocat chef d'étude qui ne ressortait pas de la jurisprudence fédérale. Il réclamait également l'application de montants en vigueur dans les autres cantons, ce qui était contredit par le CPP, lequel prévoyait expressément que le tarif des avocats relevait de la compétence des cantons. Enfin, la pérennité du tarif susévoqué n'était pas un gage de son obsolescence. Le montant horaire de 65 fr. applicable aux avocats stagiaires n'était donc pas arbitraire et ne contrevenait pas à la liberté économique.
4.
Le recourant se plaint de la violation de son droit d'être entendu. Il reproche à la cour cantonale d'avoir ignoré son argumentation et le calcul présentés dans ses observations du 29 mars 2017. Il soutient également que la cour cantonale a omis de traiter son grief relatif à la violation de l'égalité de traitement entre concurrents (art. 27 Cst.).
4.1. La cour cantonale a constaté que dans ses observations du 29 mars 2017, le recourant concluait désormais à ce que le tarif de l'avocat stagiaire soit fixé à 180 fr. de l'heure. Il soutenait que le salaire de l'avocat stagiaire s'élevait à 4'885 fr. charges comprises, que sur les 231 jours travaillés, il fallait déduire 6 jours pour les situations de maladie, accident ou imprévus, tenir compte de la formation que doit suivre le stagiaire et du temps d'apprentissage et des revenus de l'avocat de la première heure qui lui étaient totalement ou partiellement laissés. L'avocat stagiaire engendrait des coûts supplémentaires à ceux supportés par son maître de stage tel que bureau, archivage des dossiers du stagiaire, infrastructure informatique, logiciels, abonnements à Swisslex, frais d'inscriptions au tableau des avocats, cotisation ODA, carte d'avocat et cartes de visite, téléphone, boisson, frais de transport, matériel de bureau, frais de réceptionniste, de comptable, formation et livres, soit 11'500 fr. par an. Le coût horaire de l'avocat stagiaire serait de 165 fr. 25 retenant qu'il réalisait 500 heures facturables (arrêt attaqué, consid. E.g. p. 4).
La cour cantonale a ainsi pris note de l'argumentation du recourant relatif au coût horaire d'un avocat stagiaire, même si elle semble parallèlement lui reprocher de ne pas avoir proposé de méthode de calcul alternative (arrêt attaqué, consid. 2.7.3). En tous les cas, elle y a répondu en détaillant sa méthode de calcul du coût moyen d'un avocat stagiaire et en précisant qu'il n'y avait pas lieu d'indemniser le maître de stage pour la formation qu'il avait l'obligation de fournir à son stagiaire, déjà pris en compte dans la fixation du salaire du stagiaire, ni d'imputer au stagiaire une partie des frais généraux de l'étude, dans la mesure où le maître de stage supporte déjà la totalité des charges de l'étude (consid. 3.2 supra).
4.2. En ce qui concerne l'égalité de traitement entre concurrents, la cour cantonale a considéré qu'il n'était pas possible d'appliquer les tarifs en vigueur dans les autres cantons dans la mesure où cela était contredit par le CPP, lequel prévoyait expressément que le tarif des avocats relevait de la compétence cantonale.
Il en découle que le droit d'être entendu du recourant n'a pas été violé. Pour le surplus, le bien-fondé des considérations de l'autorité précédente sera examiné ci-après.
5.
Sur le grief de violation de la liberté économique, la motivation de la cour cantonale est identique à celle présentée à l'appui d'une décision qui a fait l'objet d'un arrêt récent du Tribunal fédéral (6B_659/2017 du 6 mars 2018). Les griefs du recourant sur le fond sont en outre similaires, dans l'ensemble, à ceux sur lesquels le Tribunal fédéral s'est penché dans le cadre de la cause précitée. Il y a donc lieu de se référer, de manière générale, à l'arrêt rendu dans la cause 6B_659/2017. Il en découle notamment ce qui suit.
5.1. Contrairement à ce que soutient le recourant, il n'existe aucun "consensus fédéral" qui tendrait à considérer que la rémunération de l'avocat stagiaire doit être de 30 à 40% inférieure à celle de l'avocat breveté. Les arrêts cités à l'appui de cette affirmation (ATF <ref-ruling> et arrêt 5D_175/2008 du 6 février 2009) n'ont précisément pas examiné cette question, faute de grief suffisant à cet égard. Pour le reste, on ne voit pas sur quelle base une telle réduction proportionnelle devrait être opérée (arrêt 6B_659/2017 précité consid. 2.6). Mal fondé, le grief doit être rejeté.
5.2. Le recourant conteste le calcul opéré par la cour cantonale pour déterminer le bénéfice réalisé par le maître de stage lorsque ce dernier délègue à son stagiaire des activités relevant de la défense d'office.
5.2.1. Il soutient qu'en plus du salaire et des charges sociales, d'autres charges découleraient, pour le maître de stage, de l'emploi d'un avocat stagiaire. Il fait valoir que le maître de stage devrait ainsi consacrer un temps important à la formation du stagiaire. Cependant, le fait que le stagiaire doive se former et que le maître de stage consacre du temps à cette formation justifie le paiement d'un salaire notablement inférieur à celui auquel pourrait prétendre celui-ci sur le marché du travail. Il n'apparaît pas, par ailleurs, que l'attention portée par le maître de stage à l'instruction de son stagiaire devrait encore constituer une charge prise en compte dans la fixation de la rémunération d'office (arrêt 6B_659/2017 précité consid. 2.7.1).
5.2.2. Le recourant estime que la cour cantonale aurait dû, dans l'évaluation des charges en question, tenir compte des frais de location de bureaux et d'emplacements d'archivage, des frais de formation, du coût des infrastructures, notamment informatiques, et d'autres charges liées à l'étude. De telles dépenses font toutefois partie des frais généraux de l'étude, qui ne sont pas supportés par l'avocat stagiaire, ce qui justifie d'ailleurs que sa rémunération pour le temps consacré aux mandats d'office puisse être sensiblement inférieure à celle des avocats brevetés (<ref-ruling> consid. 3e p. 113; arrêt 6B_659/2017 précité consid. 2.7.2 et la référence citée).
5.2.3. Le recourant considère que l'autorité précédente a tenu compte, de manière totalement exagérée, d'une moyenne de 40 heures par semaine facturées par l'avocat stagiaire dans son calcul visant à évaluer les charges imputables à ce dernier.
Dans l'arrêt 6B_659/2017 précité, le Tribunal fédéral a considéré qu'il y avait lieu d'estimer les frais généraux des avocats en tenant compte des heures de travail facturables, les heures non facturées étant cofinancées par les heures facturée. Ce principe de calcul permettait d'évaluer les charges effectives fondées sur des moyennes d'heures facturées annuellement, et non un coût théorique tenant compte du temps global passé à l'étude. Selon l'étude commandée par la Fédération suisse des avocats (FSA) à l'Université de Saint-Gall, effectuée par FREY/BERGMANN (Etude sur les frais professionnels de la Fédération suisse des avocats [année de référence 2012], Saint-Gall 2014, dont les résultats ont été résumés dans la Revue de l'avocat 8/2014 p. 325 ss), il a été tenu compte de 1'386 heures facturables pour un avocat à temps complet sur un an (FREY/BERGMANN, op. cit. 2014, p. 14). En tenant compte des 231 jours de travail retenus par la cour cantonale, cela correspondait à 6 heures journalières facturées (arrêt 6B_659/2017 précité consid. 2.7.3 et la référence citée).
Le Tribunal fédéral en a déduit qu'il était excessif de retenir, comme l'avait fait la cour cantonale, 8 heures journalières pour calculer les charges des avocats stagiaires. En effet, il était notoire qu'un avocat stagiaire ne pouvait facturer autant d'heures que l'avocat indépendant, eu égard à son manque d'expérience - qui l'obligeait à consacrer parfois un temps anormalement long à certaines affaires - et à la nécessité pour lui de se former. L'étude précitée ne précisait pas combien d'heures peuvent en moyenne être facturées hebdomadairement par des avocats stagiaires et les chiffres avancés par le recourant, soit environ 20 heures hebdomadaires, reposaient sur sa propre évaluation et n'étaient étayés par aucun élément. En conséquence, faute de pouvoir se fonder sur le calcul du coût horaire de l'activité d'un avocat stagiaire retenu par la cour cantonale, le Tribunal fédéral ne pouvait examiner si le tarif horaire de l'art. 16 al. 1 let. a RAJ/GE permettait de couvrir les charges correspondantes. Le Tribunal fédéral n'était ainsi pas en mesure de vérifier la conformité de l'art. 16 al. 1 let. a RAJ/GE avec les exigences déduites de la Constitution. Il ne pouvait davantage examiner si la rémunération octroyée au recourant pour la défense d'office de son client aurait pu être arbitrairement basse. Il y avait dès lors lieu de renvoyer la cause à l'autorité cantonale pour qu'elle procède à de nouveaux calculs (arrêt 6B_659/2017 précité consid. 2.7.3).
5.2.4. Les considérations qui précèdent s'appliquent mutatis mutandis dans le cas d'espèce. L'on retiendra, ici également, que les 8 heures journalières prises en compte par la cour cantonale pour calculer le coût horaire de l'avocat stagiaire sont excessives.
Le recourant soutient qu'en raison des absences de l'avocat stagiaire (maladie, accident, autres imprévus et jours d'absence liés à la formation), du fait que les revenus de la permanence sont reversés à l'avocat stagiaire et compte tenu du temps consacré à l'apprentissage du métier d'avocat, le nombre d'heures facturables d'un avocat stagiaire ne saurait être fixé à plus de 500 heures par année. Or ce chiffre repose uniquement sur ses propres estimations, sous réserve des 6 jours pour maladie, accident et autres imprévus qu'il déduit d'un arrêt cantonal rendu par la Chambre constitutionnelle de la Cour de justice du canton de Genève (ACST/19/2015 du 15 octobre 2015 consid. 10b); s'agissant de calculer le coût horaire de la main d'oeuvre au sein d'une juridiction, cet arrêtestime, ex aequo et bono, qu'il faut retrancher 6 jours d'absence par année, et non les 25 jours de vacances annuelles et le taux moyen d'absentéisme de 16.11 jours allégués par la partie recourante, car l'employé se fait remplacer par ses collègues lorsqu'il n'est pas présent. Or, en l'espèce, les 20 jours de vacances et les 9 jours fériés annuels ont déjà été déduits du calcul de la cour cantonale, de sorte que la comparaison entre cet arrêt et le cas d'espèce n'est pas fondée. Pour le surplus, les estimations du recourant ne sont étayées par aucune pièce ou référence. Elles ne sauraient dès lors suffire à établir le nombre moyen d'heures facturables de l'avocat stagiaire.
Partant, le Tribunal fédéral ne peut, ici non plus, vérifier la conformité de l'art. 16 al. 1 let. a RAJ/GE avec les exigences déduites de la Constitution. L'arrêt attaqué doit dès lors être annulé et la cause renvoyée à l'autorité précédente pour qu'elle procède à de nouveaux calculs.
5.3. Le recourant reproche encore à la cour cantonale d'avoir interprété la jurisprudence du Tribunal fédéral en ce sens que la rémunération n'était pas symbolique lorsqu'elle représentait un bénéfice de 50 fr. sur une indemnisation de 180 fr., soit 27%.
Il ressort de l'ATF <ref-ruling> qu'un tarif horaire de 180 fr. est admissible alors que les frais généraux des avocats s'élèvent en moyenne à 130 francs. Le Tribunal fédéral a cependant précisé que pour le petit groupe d'avocats qui assument la majeure partie des mandats d'office et qui supportent en général des frais fixes plus bas (en moyenne de 115 à 120 fr. par heure), un gain de 60 à 70 fr. par heure constitue un minimum conforme à la Constitution (consid. 8.7 p. 217). Ainsi le bénéfice minimum devant être dégagé grâce à la défense d'office n'est pas le même selon qu'on parle de la majeure partie des avocats qui n'assument que relativement peu de mandats d'office et pour qui le montant de la rémunération qui leur est versée n'a de toute manière pas une grande importance économique, ou s'il est question du groupe le plus petit qui accomplit souvent des mandats d'office. Un bénéfice de 27% n'est pas suffisant pour ces derniers. La cour cantonale devra en tenir compte dans le cadre de sa nouvelle décision.
6.
Le recours doit être partiellement admis. L'arrêt attaqué doit être annulé et la cause renvoyée à l'autorité précédente pour nouvelle décision (cf. consid. 2.8 supra). Le recourant, qui n'obtient que partiellement gain de cause, doit supporter une partie des frais de la cause (art. 65 al. 2 et 66 al. 1 LTF). Il peut prétendre à des dépens réduits à la charge de l'Etat de Genève (<ref-law>), lequel est dispensé de tout frais (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est partiellement admis. L'arrêt attaqué est annulé et la cause est renvoyée à l'autorité cantonale pour nouvelle décision. Pour le surplus, le recours est rejeté.
2.
Une partie des frais judiciaires, arrêtée à 500 fr., est mise à la charge du recourant.
3.
Le canton de Genève versera au recourant une indemnité de 1'500 fr. à titre de dépens.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre pénale de recours.
Lausanne, le 27 avril 2018
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Denys
La Greffière : Musy