Faits :
A.
A.A._ (1968) et B.A._ (1970) se sont mariés en 1998 à U._ (Genève), sans conclure de contrat de mariage. Trois enfants sont issus de cette union: C._ (2000), D._ (2002) et E._ (2009).
Les conjoints se sont séparés au mois d'avril 2012. Les modalités de leur séparation ont fait l'objet de mesures protectrices de l'union conjugale.
B.
Le 8 avril 2014, l'époux a formé une demande unilatérale de divorce devant le Tribunal de première instance du canton de Genève (ci-après: le Tribunal de première instance).
Par jugement du 2 octobre 2017, le Tribunal de première instance a notamment prononcé le divorce des époux, attribué la garde des enfants à la mère et condamné le père à verser à titre de contributions d'entretien les sommes de 850 fr. par mois en faveur de C._ jusqu'à ses 18 ans voire au-delà en cas d'études régulières et suivies, de 650 fr. en faveur de D._ jusqu'à sa majorité voire au-delà en cas d'études régulières et suivies, et de 3'250 fr. en faveur de E._ jusqu'à ses 16 ans révolus, puis de 1'200 fr. jusqu'à la majorité, voire au-delà en cas d'études sérieuses et régulières. Le premier juge a également ordonné le partage par moitié des avoirs de prévoyance professionnelle et condamné l'ex-époux à verser à l'ex-épouse une pension de 325 fr. par mois jusqu'au 30 novembre 2025.
Par arrêt du 31 août 2018, expédié le 4 septembre suivant, la Chambre civile de la Cour de justice du canton de Genève, statuant sur appels des ex-époux, a notamment fixé la pension en faveur de E._ à 3'250 fr. par mois jusqu'au 30 novembre 2019, 2'850 fr. par mois du 1 er décembre 2019 jusqu'aux 16 ans révolus de l'enfant et 1'200 fr. par mois de 16 ans jusqu'à la majorité voire au-delà en cas de formation professionnelle ou d'études sérieuses et régulières. Elle a confirmé le jugement entrepris s'agissant des contributions d'entretien en faveur de C._, de D._ et de l'ex-épouse. Elle a par ailleurs ordonné le partage des avoirs de prévoyance professionnelle des parties accumulés pendant le mariage à raison de 60% en faveur de B.A._ et de 40% en faveur de A.A._.
C.
Par acte du 4 octobre 2018, l'ex-époux exerce un recours en matière civile au Tribunal fédéral. Il conclut principalement à ce que la contribution d'entretien en faveur de C._ soit fixée à 650 fr. par mois jusqu'à sa majorité, voire au-delà mais au maximum jusqu'à 25 ans en cas d'études sérieuses et suivies, à ce que la pension en faveur de D._ soit arrêtée à 650 fr. par mois jusqu'au 30 avril 2018, puis à 550 fr. par mois du 1 er mai 2018 jusqu'à sa majorité, voire au-delà mais au maximum jusqu'à 25 ans en cas d'études sérieuses et suivies, à ce que la pension en faveur de E._ soit fixée à 250 fr. par mois jusqu'à ses 10 ans, à 450 fr. par mois de 10 à 16 ans, puis à 550 fr. par mois dès 16 ans jusqu'à la majorité, voire au-delà mais au maximum jusqu'à 25 ans en cas d'études sérieuses et suivies, à ce qu'il soit dit qu'aucune contribution d'entretien post-divorce n'est due entre les parties, à ce que les avoirs de prévoyance professionnelle accumulés du jour du mariage au 8 avril 2014 soient partagés par moitié et à ce qu'il soit ordonné à sa caisse de prévoyance de transférer la somme de 421'5353 fr. 75 (sic; recte: 421'535 fr. 75) à la caisse de prévoyance de l'ex-épouse. Subsidiairement, il conclut à l'annulation de l'arrêt querellé en tant qu'il concerne les contributions d'entretien en faveur de ses enfants et de son ex-épouse ainsi que le partage de la prévoyance professionnelle et au renvoi de la cause à l'autorité cantonale pour nouvelle décision.
Invitée à se déterminer, l'intimée a conclu principalement au rejet du recours, subsidiairement au renvoi de la cause à l'autorité précédente, et a produit deux pièces à l'appui de son écriture. La cour cantonale s'est référée aux considérants de son arrêt.
Le recourant a répliqué, concluant à l'irrecevabilité des allégués et moyens de preuves nouveaux de l'intimée et persistant pour le surplus dans les conclusions prises dans son recours.

Considérant en droit :
1.
Le recours a été déposé en temps utile (art. 100 al. 1 LTF) et dans la forme légale (art. 42 al. 1 LTF), contre une décision finale (art. 90 LTF) rendue sur recours par une autorité supérieure statuant en dernière instance cantonale (art. 75 LTF), dans une affaire civile (art. 72 al. 1 LTF) de nature pécuniaire, dont la valeur litigieuse atteint le seuil de 30'000 fr. (art. 51 al. 1 let. a, 51 al. 4 et 74 al. 1 let. b LTF). Le recourant, qui a partiellement succombé devant la juridiction précédente, a qualité pour recourir (art. 76 al. 1 let. a et b LTF). Le recours est donc en principe recevable.
2.
2.1. Le recours en matière civile peut être formé pour violation du droit, tel qu'il est délimité par les art. 95 s. LTF. Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (art. 106 al. 1 LTF), sans être lié ni par les motifs de l'autorité précédente, ni par les moyens des parties; il peut donc admettre le recours en se fondant sur d'autres motifs que ceux invoqués par le recourant, comme il peut le rejeter en opérant une substitution de motifs (<ref-ruling> consid. 2.3; <ref-ruling> consid. 2). Cela étant, eu égard à l'exigence de motivation contenue à l'art. 42 al. 1 et 2 LTF, il n'examine en principe que les griefs soulevés (<ref-ruling> consid. 2.4 et les références). Le recourant doit par conséquent discuter les motifs de la décision entreprise et indiquer précisément en quoi il estime que l'autorité précédente a méconnu le droit (<ref-ruling> consid. 1.7.1; <ref-ruling> consid. 2.4 et la référence). Le Tribunal fédéral ne connaît par ailleurs de la violation de droits fondamentaux que si un tel grief a été expressément invoqué et motivé de façon claire et détaillée par le recourant (" principe d'allégation ", art. 106 al. 2 LTF; <ref-ruling> consid. 2.1; <ref-ruling> consid. 2.4).
2.2. Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF). Il ne peut s'en écarter que si ceux-ci ont été constatés de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (art. 105 al. 2 LTF), et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1 LTF). Le recourant qui soutient que les faits ont été établis d'une manière manifestement inexacte, c'est-à-dire arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (<ref-ruling> consid. 2.2 et la référence), doit satisfaire au principe d'allégation susmentionné (art. 106 al. 2 LTF; cf. supra consid. 2.1). Il ne saurait dès lors se borner à contredire les constatations litigieuses par ses propres allégations ou par l'exposé de sa propre appréciation des preuves; il doit indiquer de façon précise en quoi ces constatations sont arbitraires au sens de l'art. 9 Cst. (<ref-ruling> consid. 1.4.3). Une critique des faits qui ne satisfait pas à cette exigence est irrecevable (<ref-ruling> consid. 1.3.1 et la référence).
2.3. Lorsque l'autorité cantonale jouit d'un pouvoir d'appréciation (art. 4 CC), le Tribunal fédéral n'en revoit l'exercice qu'avec retenue. Il n'intervient que si l'autorité cantonale a abusé de son pouvoir d'appréciation, en se référant à des critères dénués de pertinence ou en ne tenant pas compte d'éléments essentiels, ou lorsque la décision, dans son résultat, est manifestement inéquitable ou heurte de manière choquante le sentiment de la justice (<ref-ruling> consid. 5.3.2; <ref-ruling> consid. 9.2 et les références).
2.4. En vertu de l'art. 99 al. 1 LTF, aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente. Cette exception, dont il appartient au recourant de démontrer que les conditions sont remplies, vise les faits qui sont rendus pertinents pour la première fois par la décision attaquée (<ref-ruling> consid. 1.2 et la référence; arrêt 5A_904/2015 du 29 septembre 2016 consid. 2.3 non publié in <ref-ruling>). En dehors de ces cas, les nova ne sont pas admissibles, qu'il s'agisse de faits ou moyens de preuve survenus postérieurement à la décision attaquée (<ref-ruling> consid. 5.2.4; <ref-ruling> consid. 1.2 et les références) ou d'éléments que les parties ont négligé de présenter aux autorités cantonales (<ref-ruling> consid. 1.2; <ref-ruling> consid. 4.4.3).
A l'appui de ses déterminations, l'intimée allègue des faits nouveaux et produit des pièces nouvelles en lien avec les absences scolaires de C._ et la dyslexie-dysorthographie de E._. Postérieures à l'arrêt querellé, ces pièces sont d'emblée irrecevables.
3.
Le recourant reproche à la cour cantonale d'avoir violé les art. 125 et 285 CC ainsi que le principe de l'interdiction de l'arbitraire en imputant un revenu hypothétique de 400 fr. seulement à l'ex-épouse.
3.1. La cour cantonale a constaté que l'intimée ne travaillait pas et ne réalisait aucun revenu. Titulaires de deux CFC (boulanger-pâtissier et confiseur-pâtissier-glacier), elle avait travaillé jusqu'au 31 décembre 2010 comme livreuse à temps partiel, pour un salaire mensuel net de 400 fr. Elle s'était ensuite consacrée aux soins et à l'éducation des enfants. On ne pouvait lui reprocher de ne pas avoir repris une activité lucrative après la signature de la convention sur mesures protectrices de l'union conjugale de 2012, ainsi que l'avaient envisagé les parties, dans la mesure où elle avait la garde des trois enfants, alors âgés de respectivement 2, 10 et 11 ans, deux d'entre eux requérant une prise en charge importante, E._ en raison de son jeune âge et C._ en raison de ses problèmes de santé chroniques. E._ était désormais âgée de 8 ans, D._ de 16 ans et C._ était bientôt majeur. Si celui-ci avait acquis une autonomie technique par rapport à son diabète et savait doser ses soins en fonction des situations, son traitement demeurait néanmoins lourd, une implication importante de la part de son entourage étant encore nécessaire. L'intimée faisait à cet égard preuve d'une grande disponibilité, étant même venue le chercher à l'école plusieurs fois en raison de son état de faiblesse. Compte tenu de cet élément et du jeune âge de E._, on ne pouvait exiger de l'intimée qu'elle reprenne immédiatement une activité lucrative, même à temps partiel. Lorsque E._ atteindrait l'âge de 10 ans, à savoir le 13 novembre 2019, l'intimée serait âgée de 49 ans. Elle n'aurait qu'une faible expérience dans son domaine de formation, puisque son dernier emploi, qui remontait à 2010, était celui de livreuse. Par ailleurs, les horaires nocturnes imposés par les professions de boulanger-pâtissier ou de confiseur-pâtissier-glacier semblaient difficilement compatibles avec la prise en charge d'une enfant de 10 ans. Il paraissait ainsi peu probable que l'intimée parvienne à réintégrer ce domaine professionnel. L'ex-épouse avait néanmoins elle-même estimé, devant le premier juge, pouvoir retrouver une activité à temps partiel dès que l'enfant cadette du couple aurait 10 ans. Au vu de ces éléments et du soutien qu'il lui faudrait encore apporter à ses trois enfants, il était raisonnable d'exiger de l'ex-épouse qu'elle reprenne, dès le 1er décembre 2019, une activité lucrative de quelques heures par semaine lui procurant un revenu mensuel de 400 fr. net, similaire à celui perçu durant le mariage.
3.2. Le recourant reproche à la cour cantonale de n'avoir ni indiqué le type d'activité que l'intimée devait exercer ni précisé à quel taux l'ex-épouse devait travailler. Par ailleurs, conformément à l'arrêt publié aux <ref-ruling>, on pourrait exiger de l'intimée qu'elle exerce une activité lucrative à 50% depuis l'entrée au niveau primaire de E._ en 2014 et jusqu'à ses 12 ans, puis à 80% entre les 12 et 16 ans de l'enfant, enfin à plein temps dès ses 16 ans, étant précisé que l'intimée était âgée de 42 ans au moment de la séparation et de 44 ans lorsque E._ a commencé l'école obligatoire. Le recourant rappelle également que, selon le préambule de l'accord sur mesures protectrices signé en 2012, l'intimée devait chercher une activité à temps partiel. En ne retenant un revenu hypothétique qu'à compter du 1er novembre [recte: décembre] 2019, à savoir aux 16 ans [recte: 10 ans] de E._, la cour cantonale aurait violé la jurisprudence, étant précisé que l'on ne saurait retenir que l'ex-épouse ne peut pas reprendre d'activité lucrative en raison de la prise en charge d'un enfant majeur, les différents paliers fixés par la Cour de justice pour la reprise d'une activité lucrative ne se fondant que sur l'âge de E._ et non sur la situation de C._. Par ailleurs, le montant de 400 fr. retenu à titre de revenu hypothétique par la cour cantonale serait arbitraire, tant l'effort demandé à l'ex-épouse serait " ridicule ". Compte tenu de son âge, de son bon état de santé et de ses deux CFC, on pourrait exiger de l'intimée qu'elle reprenne immédiatement une activité lucrative à 75% dans un de ses deux domaines de formation, pour un salaire mensuel net de 3'818 fr., E._ pouvant être gardée par ses frères ou sa grand-mère maternelle. L'ex-épouse pourrait également travailler en tant que livreuse pour le même salaire. Compte tenu de ce revenu hypothétique, il n'y aurait de place ni pour une contribution de prise en charge intégrée dans l'entretien des enfants ni pour une pension post-divorce.
3.3.
3.3.1. Pour fixer la contribution d'entretien, le juge doit en principe tenir compte du revenu effectif des parties, tant le débiteur d'entretien que le créancier pouvant néanmoins se voir imputer un revenu hypothétique supérieur. Il s'agit ainsi d'inciter la personne à réaliser le revenu qu'elle est en mesure de se procurer et qu'on peut raisonnablement exiger d'elle afin de remplir ses obligations (<ref-ruling> consid. 3.2; <ref-ruling> consid. 4.2.2.2).
Lorsque le juge entend tenir compte d'un revenu hypothétique, il doit examiner successivement deux conditions. Tout d'abord, il doit déterminer s'il peut être raisonnablement exigé de la personne concernée qu'elle exerce une activité lucrative ou augmente celle-ci, eu égard, notamment, à sa formation, à son âge et à son état de santé; il s'agit d'une question de droit. Lorsqu'il tranche celle-ci, le juge ne peut pas se contenter de dire, de manière toute générale, que la personne en cause pourrait obtenir un revenu supérieur en travaillant; il doit préciser le type d'activité professionnelle que cette personne peut raisonnablement devoir accomplir (arrêts 5A_724/2018 du 14 mars 2019 consid. 3.2.4; 5A_619/2017 du 14 décembre 2017 consid. 4.2.2.1; 5A_662/2013 du 24 juin 2014 consid. 3.2.2). Ensuite, il doit vérifier si la personne a la possibilité effective d'exercer l'activité ainsi déterminée et quel revenu elle peut en obtenir, compte tenu des circonstances subjectives susmentionnées, ainsi que du marché du travail; il s'agit là d'une question de fait (<ref-ruling> consid. 3.2; <ref-ruling> consid. 4.2.2.2).
3.3.2. Selon la jurisprudence jusqu'ici bien établie du Tribunal fédéral, il ne pouvait en principe être exigé d'un époux la prise ou la reprise d'une activité lucrative à un taux de 50% avant que le plus jeune des enfants dont il a la garde ait atteint l'âge de 10 ans révolus et de 100% avant qu'il ait atteint l'âge de 16 ans révolus (ATF <ref-ruling> consid. 4.2.2.2 et les références). Dans un récent arrêt de principe, le Tribunal fédéral a modifié cette jurisprudence. S'il a confirmé qu'en règle générale, on ne peut exiger d'un parent qu'il exerce une activité lucrative à temps complet avant que l'enfant dont il a la garde ait atteint l'âge de 16 ans révolus, on est désormais en droit d'attendre de lui, en principe, qu'il commence ou recommence à travailler à 50% dès l'entrée de l'enfant à l'école obligatoire déjà, et à 80% à partir du moment où celui-ci fréquente le degré secondaire (<ref-ruling> consid. 4.7.6; arrêt 5A_931/2017 du 1er novembre 2018 consid. 3.1.2).
Comme jusqu'à présent, ces lignes directrices ne sont toutefois pas des règles strictes et leur application dépend du cas concret; le juge du fait en tient compte dans l'exercice de son large pouvoir d'appréciation (art. 4 CC; cf. supra consid. 2.3; <ref-ruling> consid. 4.7.9; arrêt 5A_931/2017 précité consid. 3.1.2). De plus, si les parents faisaient ménage commun, il convient de se fonder sur l'organisation familiale qui prévalait avant la séparation, étant toutefois précisé que le modèle de répartition des tâches antérieurement suivi ne peut être perpétué indéfiniment (<ref-ruling> consid. 4.5-4.6; arrêt 5A_931/2017 précité consid. 3.1.2). Il convient d'accorder au parent gardien - selon le degré de reprise ou d'étendue de l'activité lucrative, de la marge de manoeuvre financière des parents et d'autres circonstances - un délai qui, dans la mesure du possible, devrait être généreux (<ref-ruling> consid. 4.6; arrêts 5A_875/2017 du 6 novembre 2018 consid. 4.2.3; 5A_931/2017 précité consid. 3.2.2).
En principe, cette nouvelle jurisprudence doit s'appliquer immédiatement et à toutes les affaires pendantes au moment où elle est adoptée ou futures (arrêts 5A_978/2018 du 15 avril 2019 consid. 4.1 i.f.; 5A_931/2017 précité consid. 3.1.3 et les références).
3.4. En l'espèce, il n'apparaît pas que la juridiction précédente aurait abusé de son pouvoir d'appréciation en renonçant à exiger de l'ex-épouse qu'elle exerce une activité lucrative dans ses domaines de formation (boulangerie, pâtisserie, confiserie), compte tenu de sa faible expérience professionnelle dans ces domaines, des contraintes d'horaires associées à ces professions et de l'âge de la fille cadette des parties. A cet égard, en tant qu'il soutient que l'intimée pourrait faire garder E._ par ses frères ou sa grand-mère, son argument est appellatoire, partant irrecevable (cf. supra consid. 2.2).
Si elle n'a pas exigé de l'intimée qu'elle retrouve un emploi dans ses domaines de formation, la cour cantonale a estimé que l'on pouvait attendre d'elle qu'elle reprenne " une activité lucrative de quelques heures par semaine ". Ce faisant, elle n'a précisé ni le type d'activité que l'on pouvait exiger de l'ex-épouse ni le taux d'activité que l'on pouvait lui imputer. S'agissant du revenu que l'intimée pourrait réaliser, la juridiction précédente s'est contentée de reprendre le montant du salaire que celle-ci gagnait pendant le mariage, alors que ses enfants avaient respectivement 10 ans, 8 ans et 1 an. Au regard des principes jurisprudentiels susmentionnés (cf. supra consid. 3.3), l'examen de la question du revenu hypothétique mené par la cour cantonale n'apparaît pas suffisant, de sorte que le grief du recourant à ce sujet doit être admis.
Pour le surplus, l'autorité cantonale a renoncé à imputer un revenu hypothétique à l'intimée avant le 1 er décembre 2019. Même si elle ne l'a pas formulé de cette manière, sa décision revient à accorder à l'ex-épouse un délai de 15 mois depuis le prononcé de l'arrêt querellé pour retrouver une activité lucrative. Vu la retenue exercée par la Cour de céans (cf. supra consid. 2.3) et compte tenu de la répartition des tâches durant le mariage ainsi que de la situation financière de l'ex-époux (cf. supra consid. 3.3.2), cette solution n'apparaît pas contraire au droit fédéral. Il y a donc lieu de confirmer, par substitution de motifs (cf. supra consid. 2.1), la décision cantonale sur ce point.
Au vu de ce qui précède, le grief du recourant doit être admis et l'affaire renvoyée à la juridiction précédente pour qu'elle examine à nouveau la question du revenu hypothétique qui peut être imputé à l'intimée à compter du 1er décembre 2019, conformément aux principes jurisprudentiels susmentionnés (cf. supra consid. 3.3) et notamment à la lumière de la nouvelle jurisprudence relative au taux d'activité exigible en présence d'enfants mineurs (cf. supra consid. 3.3.2).
4.
Le recourant reproche ensuite à la cour cantonale d'avoir fixé les pensions en faveur de ses trois enfants en violation de l'art. 285 CC et de la jurisprudence.
4.1. Selon l'art. 285 al. 1 CC, la contribution d'entretien doit correspondre aux besoins de l'enfant ainsi qu'à la situation et aux ressources des père et mère. Les enfants ont le droit de recevoir une éducation et de bénéficier d'un niveau de vie qui corresponde à la situation des parents (<ref-ruling> consid. 3a/cc); leurs besoins doivent également être calculés de manière plus large lorsque les parents bénéficient d'un niveau de vie plus élevé (arrêts 5A_751/2016 du 6 avril 2017 consid. 3.3; 5A_777/2014 du 4 mars 2015 consid. 4.1). L'art. 285 al. 2 CC prévoit que la contribution d'entretien sert aussi à garantir la prise en charge de l'enfant par les parents et les tiers. Lorsque la prise en charge est assurée par l'un des parents (ou les deux), l'obligeant ainsi à réduire son activité professionnelle, la contribution de prise en charge doit permettre de garantir sa présence auprès de l'enfant (<ref-ruling> consid. 7.1.3; arrêt 5A_327/2018 du 17 janvier 2019 consid. 5.2.1). Aux frais directs générés par l'enfant viennent donc s'ajouter les coûts indirects de sa prise en charge, indépendamment du statut civil de ses parents (<ref-ruling> consid. 7.1.1; arrêts 5A_880/2018 du 5 avril 2019 consid. 5.3.1; 5A_931/2017 précité consid. 5.1).
4.2. Le recourant reproche tout d'abord à la cour cantonale d'avoir violé l'art. 285 CC en allouant une contribution de prise en charge de 200 fr. en faveur de C._.
4.2.1. La cour cantonale a retenu que l'intimée était très impliquée dans les soins et l'aide dont l'enfant avait besoin en raison de son diabète. Dès lors que l'art. 277 al. 2 CC donnait à l'enfant majeur qui n'avait pas encore de formation appropriée le droit à une créance d'entretien envers ses parents, et que l'art. 276 al. 1 CC définissait l'entretien comme étant notamment assuré par les soins, il y avait lieu d'en déduire que l'enfant majeur en formation avait, au même titre que l'enfant mineur, droit aux soins nécessaires de la part de ses parents et, partant, à une contribution de prise en charge. Le montant de 200 fr., fixé en équité par le premier juge, n'apparaissait pas excessif et pouvait être confirmé. Il n'y avait par ailleurs pas lieu de réduire cette somme après le 1 er décembre 2019, puisque la reprise d'une activité lucrative par l'intimée ne serait alors possible qu'en raison de l'autonomie acquise par E._.
4.2.2. Le recourant soutient que la cour cantonale a violé l'art. 285 CC en ajoutant aux charges effectives de C._ un montant de 200 fr. à titre de contribution de prise en charge, alors que son fils a eu 18 ans le 7 septembre 2018. Or, une contribution de prise en charge ne pourrait être allouée à un enfant majeur, la majorité mettant fin à la garde de fait du parent concerné et l'autonomie de l'enfant n'étant, par définition, limitée que par le fait que l'enfant doit encore terminer sa formation. Quoi qu'il en soit, l'état de santé de C._ n'empêcherait en l'espèce pas l'intimée d'exercer une activité lucrative, dès lors que, selon les constatations de l'arrêt querellé, l'enfant a acquis une autonomie par rapport à son diabète, sait doser son traitement en fonction des situations, peut se rendre seul aux consultations et suit une scolarité normale. Une contribution de prise en charge n'entrant en ligne de compte que si l'un des parents est empêché de travailler parce qu'il s'occupe de l'enfant, la cour cantonale ne pouvait allouer un montant à ce titre en faveur de C._ sans violer le droit fédéral. La contribution d'entretien aurait ainsi dû être fixée à 650 fr. par mois, afin de couvrir les coûts directs.
4.2.3. En l'espèce, indépendamment de la question de savoir si un enfant majeur peut, dans des circonstances particulières, être mis au bénéfice d'une contribution de prise en charge, les conditions d'allocation d'une telle contribution n'apparaissent pas remplies. En effet, la contribution de prise en charge vise à compenser la perte ou la réduction de capacité de gain du parent qui s'occupe de l'enfant (<ref-ruling> consid. 7.1.2.2), la prise en charge de celui-ci ne donnant droit à une contribution que si elle a lieu à un moment où le parent pourrait sinon exercer une activité rémunérée (<ref-ruling> consid. 7.1.3). Or, en l'occurrence, même s'il est établi que la mère est très investie dans le traitement de son fils, il n'est nullement démontré que l'état de santé de celui-ci aurait un impact sur la capacité de gain de l'ex-épouse. Dans sa réponse, l'intimée n'explique d'ailleurs pas en quoi tel serait le cas. Partant, l'autorité cantonale a abusé de son pouvoir d'appréciation en incluant dans la pension de l'enfant un montant de 200 fr. à titre de contribution de prise en charge.
Le grief doit donc être admis et l'arrêt attaqué réformé en tant qu'il concerne la contribution d'entretien en faveur de C._, celle-ci étant fixée à 650 fr. par mois.
4.3. Le recourant fait également grief à la cour cantonale d'avoir violé l'art. 285 CC en allouant une pension de 650 fr. en faveur de D._ à compter du 1 er mai 2018.
4.3.1. La juridiction précédente a retenu que les charges admissibles de D._ se chiffraient actuellement à 934 fr. 25, à savoir 600 fr. de minimum vital, 192 fr. 25 de participation aux frais de logement de sa mère, 101 fr. 90 de prime d'assurance-maladie LAMal et 40 fr. 10 de prime d'assurance-maladie LCA, desquels il y avait lieu de déduire les allocations familiales de 400 fr. par mois. Se fondant sur des allocations familiales de 300 fr. par mois, perçues à l'époque du prononcé du jugement de divorce, le premier juge avait fixé une contribution d'entretien, allocations familiales non comprises, de 650 fr. par mois. Compte tenu de la situation financière des parties, ce montant, qui se situait certes dans la limite supérieure de ce qui pourrait être admis, n'apparaissait toutefois pas excessif, ce d'autant moins que les charges de D._, notamment sa prime d'assurance-maladie, tendraient à augmenter après sa majorité.
4.3.2. Selon le recourant, dès lors que les charges de D._ s'élèvent, après déduction des allocations familiales, à 534 fr. 25, l'octroi d'une somme supplémentaire de 115 fr. 75 ne se justifie pas, la pension ne devant pas être calculée de manière linéaire d'après la capacité financière des parents. Par ailleurs, il ne ressortirait d'aucun élément du dossier que les charges de l'enfant augmenteront, à tout le moins pas avant sa majorité. La pension aurait ainsi dû être arrêtée à 550 fr. par mois.
4.3.3. En l'occurrence, la cour cantonale a évalué les besoins concrets de D._ en se fondant sur son minimum vital, auquel elle a seulement ajouté la prime d'assurance-maladie complémentaire de l'enfant. Compte tenu de cet élément et au vu de la situation financière du père, la juridiction précédente n'a pas outrepassé son pouvoir d'appréciation (cf. supra consid. 2.3) en ajoutant un montant de 115 fr. 75 - correspondant à environ 12% des charges retenues de 934 fr. 25 -, pour arrêter le montant de la pension en faveur de l'enfant. Par ailleurs, le recourant ne démontre pas (art. 106 al. 2 LTF; cf. supra consid. 2.2) que la cour cantonale serait tombée dans l'arbitraire en retenant que les charges de l'enfant, en particulier ses primes d'assurances-maladie, allaient augmenter à sa majorité. Partant, le grief est infondé.
4.4. Le recourant reproche par ailleurs à la juridiction précédente d'avoir, d'une part, tenu compte d'une contribution de prise en charge dans le budget de E._ et, d'autre part, d'avoir arrêté à 1'200 fr. les coûts directs de celle-ci à compter de ses 16 ans.
4.4.1. La cour cantonale a considéré que, dès lors que l'enfant n'était âgée que de 8 ans et que l'intimée n'était pas en mesure de couvrir ses frais de subsistance, il y avait lieu de retenir une contribution de prise en charge dans le budget de l'enfant jusqu'à ce qu'elle atteigne l'âge de 16 ans, le 13 novembre 2025. Il n'était à cet égard pas contesté qu'une telle contribution ne se justifierait plus au-delà de cette date. Après déduction des allocations familiales de 400 fr., les charges mensuelles admissibles de E._ s'élevaient à 251 fr., auxquels il convenait d'ajouter une contribution de prise en charge de 2'960 fr. (3'160 fr. [frais de subsistance] - 200 fr. [contribution de prise en charge en faveur de C._; cf. supra consid. 4.2]) jusqu'au 30 novembre 2009 [recte: 2019], réduite ensuite à 2'560 fr. (2'960 fr. - 400 fr. [revenu hypothétique imputé à l'intimée; cf. supra consid. 3]) jusqu'au 13 novembre 2025. La contribution d'entretien pouvait ainsi être fixée à 3'250 fr. par mois jusqu'au 30 novembre 2019, puis à 2'850 fr. par mois jusqu'au 13 novembre 2025. E._ n'étant actuellement âgée que de 8 ans, il était difficile d'anticiper quels seraient ses besoins effectifs pour la période postérieure à cette date. Il était toutefois notoire qu'ils augmenteraient en fonction de l'âge de l'enfant. Si l'on pouvait s'inspirer, comme le suggérait le père, des budgets établis pour les deux aînés, il y avait également lieu de tenir compte du fait que lorsque E._ aurait 16 ans, C._ serait âgé de 25 ans révolus et D._ de plus de 23 ans. Le disponible du recourant serait donc augmenté de 850 fr., correspondant à la pension en faveur de C._, de 2'560 fr. représentant la contribution de prise en charge de E._ et de 216 fr. équivalant à des primes d'assurances-vie qu'il n'aurait plus à payer à ce moment. Dans la mesure où E._ avait le droit de participer au train de vie de son père, une pension en sa faveur de 1'200 fr., allocations familiales non comprises, n'apparaissait pas excessive et était conforme à la situation financière des parties. Le recourant avait par ailleurs lui-même conclu à l'allocation d'une telle pension en faveur de sa fille en première instance.
4.4.2. Le recourant soutient que compte tenu du revenu hypothétique qui doit être imputé à l'intimée, celle-ci pourrait faire face seule à ses frais de subsistance, de sorte qu'il n'y aurait plus de place pour une contribution de prise en charge.
Par ailleurs, en fixant la contribution d'entretien de E._ à 1'200 fr. par mois dès ses 16 ans, la cour cantonale aurait violé l'égalité de traitement entre ses trois enfants et les principes selon lesquels la pension doit être arrêtée selon les besoins concrets de l'enfant concerné et ne doit pas reposer uniquement sur la capacité financière des parents. La cour cantonale n'aurait pas indiqué précisément à quelles charges, à quels besoins ou frais concrets correspondait ce montant de 1'200 fr. L'autorité cantonale aurait dû établir les charges futures de E._ et ne pouvait arrêter le montant de la pension " à la louche ", aucun élément ne permettant de retenir que les frais de l'enfant seront de 60% plus élevés que ceux de ses frères au même âge. Sa fille n'aurait par ailleurs droit qu'au maintien du train de vie mené au moment de la séparation. En réalité, seule l'augmentation du minimum vital de 400 fr. à 600 fr. aux 10 ans de l'enfant devrait être retenue. Le fait qu'il aurait lui-même conclu à ce que la pension litigieuse soit fixée à 1'200 fr. en première instance ne serait pas déterminant, dès lors que la cour cantonale devait se fonder sur ses conclusions prises en appel. Ainsi, la contribution d'entretien devrait être fixée à 250 fr. jusqu'aux 10 ans de l'enfant, à 450 fr. jusqu'à ses 16 ans, puis à 550 fr., la majoration de 100 fr. dès 16 ans permettant de garantir l'égalité de traitement entre les enfants.
4.4.3. En l'espèce, dès lors que l'allocation d'une contribution de prise en charge dépend de la question de savoir si l'ex-épouse peut assumer elle-même ses frais de subsistance (<ref-ruling> consid. 7.1.4) et que le grief du recourant relatif aux revenus de l'intimée a été admis (cf. supra consid. 3), il appartiendra à la juridiction précédente de réexaminer si une contribution de prise en charge peut être allouée à E._ et, le cas échéant, d'en arrêter le montant.
La cause doit également être renvoyée à l'autorité cantonale s'agissant de l'établissement des coûts directs de l'enfant. En effet, la juridiction précédente s'est contentée de constater, sans plus de développements, que les charges de l'enfant augmenteront avec l'âge. Elle s'est pour le surplus référée à la situation financière du recourant pour conclure que la pension de 1'200 fr. arrêtée par le premier juge n'apparaissait pas excessive. Ce faisant, elle a presque doublé les coûts directs de l'enfant à partir de ses 16 ans, en se fondant, de manière linéaire, sur la capacité contributive du recourant et sans faire de lien avec les besoins effectifs de l'enfant, ce qui n'est pas conforme à la jurisprudence (cf. <ref-ruling> consid. 3b/bb; arrêts 5A_666/2016 du 25 avril 2017 consid. 3.3.2; 5A_751/2016 du 6 avril 2017 consid. 3.3.1 et les références). Le fait que le recourant aurait conclu, en première instance, au versement d'un montant de 1'200 fr. en faveur de sa fille n'est par ailleurs pas déterminant, dès lors qu'en appel, le père a conclu à ce que la pension en faveur de E._ soit fixée à 250 fr. jusqu'à 10 ans, 450 fr. jusqu'à 16 ans, puis à 550 fr. Compte tenu de ce qui précède, il appartiendra à la cour cantonale de réévaluer les coûts directs de l'enfant pour la période postérieure au 13 novembre 2025.
5.
Le recourant conclut également à ce que les contributions d'entretien en faveur de ses enfants soient versées, en cas d'études sérieuses et régulières, jusqu'à ce qu'ils aient atteint l'âge de 25 ans au plus tard (cf. supra let. C). Dès lors qu'il ne formule aucune argumentation à cet égard (art. 42 al. 2 LTF; cf. supra consid. 2.1), il n'y a pas lieu d'examiner ce point.
6.
Le recourant soutient par ailleurs qu'en allouant à l'ex-épouse 60% des avoirs de prévoyance acquis durant le mariage, la juridiction précédente aurait violé les art. 123 et 124b al. 3 CC ainsi que la jurisprudence.
L'art. 124b CC, entré en vigueur le 1 er janvier 2017 (RO 2016 2317) et applicable à la présente cause en vertu de l'art. 7d al. 2 Tit. fin. CC, règle les conditions auxquelles le juge ou les époux peuvent déroger au principe du partage par moitié des avoirs de prévoyance professionnelle prévu à l'art. 123 CC. Aux termes de l'art. 124b al. 3 CC, le juge peut ordonner l'attribution de plus de la moitié de la prestation de sortie au conjoint créancier lorsque celui-ci prend en charge des enfants communs après le divorce et que le conjoint débiteur dispose encore d'une prévoyance vieillesse et invalidité adéquate (cf. sur la notion de prévoyance adéquate, arrêt 5D_148/2017 du 13 octobre 2017 consid. 4.1 et la doctrine citée [en lien avec l'art. 124b al. 1 CC]). Cette forme de partage permet de tenir compte du fait que le conjoint créancier, s'il prend en charge les enfants communs, ne pourra pas forcément exercer une activité professionnelle à temps plein après le divorce et aura par conséquent du mal à se constituer une prévoyance digne de ce nom (Message du Conseil fédéral concernant la révision du Code civil suisse [Partage de la prévoyance professionnelle en cas de divorce] du 29 mai 2013, FF 2013 p. 4372; ANNE-SYLVIE DUPONT, Les nouvelles règles sur le partage de la prévoyance en cas de divorce, in: Bohnet/Dupont (éd.), Le nouveau droit de l'entretien de l'enfant et du partage de la prévoyance, 2016, p. 47 ss, spéc. p. 82). L'objectif d'un partage asymétrique est ainsi de combler les lacunes de prévoyance post-divorce au moyen de fonds durablement affectés à la prévoyance (AUDREY LEUBA, Le nouveau droit de la prévoyance professionnelle en cas de divorce, FamPra.ch 2017 p. 3 ss, spéc. p. 27). Pour décider de la part à attribuer, le juge peut appliquer les mêmes principes que pour fixer le montant de la part d'entretien servant à la prévoyance selon l'art. 125 CC (Message du Conseil fédéral précité, FF 2013 p. 4372; MYRIAM GRÜTTER, Der neue Vorsorgeausgleich im Überblick, FamPra.ch 2017, p. 127 ss, spéc. p. 142; cf. sur le calcul de la prévoyance vieillesse en tant que part à l'entretien convenable: <ref-ruling> consid. 4).
Dès lors que le juge doit tenir compte, dans son appréciation, de l'amélioration attendue de la prévoyance professionnelle du conjoint créancier à partir de la fin de la prise en charge des enfants, respectivement, à partir du moment où l'intéressé sera en mesure d'augmenter son taux d'activité (LEUBA, op. cit., p. 28) et que la présente cause a été renvoyée à la cour cantonale afin qu'elle réexamine la question des revenus que l'on peut imputer à l'intimée (cf. supra consid. 3), il convient de renvoyer également la cause à la juridiction précédente s'agissant du partage des avoirs de prévoyance.
7.
L'ex-époux reproche enfin à la cour cantonale d'avoir violé l'art. 125 CC en allouant une pension en faveur de l'ex-épouse. Dès lors que les griefs du recourant relatif aux revenus de l'intimée (cf. supra consid. 3) et au partage des avoirs de prévoyance (cf. supra consid. 6) ont été admis et que la question de la pension post-divorce dépend notamment de ces éléments (art. 125 al. 2 ch. 5 et 8 CC; <ref-ruling> consid. 6.2.1; <ref-ruling> consid. 4), il y a lieu de renvoyer la cause à la juridiction précédente sur ce point également.
8.
En conclusion, le recours est partiellement admis, dans la mesure où il est recevable. L'arrêt attaqué est réformé en tant qu'il porte sur la contribution d'entretien en faveur de C._, laquelle est arrêtée à 650 fr. par mois. L'arrêt querellé est annulé s'agissant des pensions en faveur de E._ et de l'ex-épouse ainsi que du partage des avoirs de prévoyance et la cause est renvoyée à la cour cantonale pour nouvelle décision dans le sens des considérants. Compte tenu du fait que le recourant obtient partiellement gain de cause, il se justifie de répartir les frais judiciaires, arrêtés à 3'000 fr., à raison d'1/4 à la charge du recourant et de 3/4 à la charge de l'intimée (art. 66 al. 1 LTF). Celle-ci versera en outre au recourant une indemnité de dépens réduite (art. 68 al. 1 et 2 LTF). Il appartiendra à la juridiction précédente de statuer à nouveau sur les frais et dépens de la procédure cantonale (art. 67 et 68 al. 5 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est partiellement admis dans la mesure où il est recevable. L'arrêt attaqué est réformé en tant qu'il porte sur la contribution d'entretien en faveur de C._, celle-ci étant fixée à 650 fr. par mois. L'arrêt querellé est annulé s'agissant des pensions en faveur de E._ et de l'ex-épouse, du partage des avoirs de prévoyance et de la répartition des frais et dépens de la procédure cantonale, la cause étant renvoyée à la juridiction précédente pour nouvelle décision dans le sens des considérants.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 3'000 fr., sont mis à raison de 750 fr. à la charge du recourant et de 2'250 fr. à la charge de l'intimée.
3.
Une indemnité de 2'500 fr., à verser au recourant à titre de dépens, est mise à la charge de l'intimée.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Chambre civile de la Cour de justice du canton de Genève.
Lausanne, le 21 mai 2019
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Herrmann
La Greffière : Feinberg