Sachverhalt:
A.
A.a. Am 20. Juni 2017 wurde über B._ der Konkurs eröffnet. Nachdem ein Gläubiger den verlangten Kostenvorschuss geleistet hatte, ordnete das Kantonsgericht des Kantons Schaffhausen mit Verfügung vom 4. September 2017 die Durchführung des summarischen Konkursverfahrens an.
A._ erhob am 23. Oktober 2017 beim Konkursamt Schaffhausen Eigentumsanspruch an 33 Namenaktien (Nrn. 67 bis 99) der C._ AG. Er wies darauf hin, dass diese nicht im Inventar vom 7. Juli 2017 enthalten seien.
Das Konkursamt nahm die Beteiligung von 33 Namenaktien an der C._ AG ins Inventar der Konkursmasse B._ vom 24. Januar 2018 auf und merkte an, der Standort der verbrieften Namenaktien sei unbekannt, sie würden aufgrund der strittigen Eigentumsverhältnisse gestützt auf verschiedene Aktienbücher in das Inventar aufgenommen.
A.b. Mit Verfügung vom 24. Januar 2018 wies das Konkursamt Schaffhausen die von A._ angemeldete Eigentumsansprache ab und setzte ihm gemäss <ref-law> eine Frist von 20 Tagen zur Klageanhebung.
B.
Mit Eingabe vom 17. Juni 2019 erhob A._ beim Obergericht des Kantons Schaffhausen als Aufsichtsbehörde in Schuldbetreibungs- und Konkurssachen Beschwerde und beantragte mitunter die Feststellung der Nichtigkeit der Verfügung des Konkursamtes Schaffhausen vom 24. Januar 2018.
Mit Entscheid vom 30. Dezember 2020 wies das Obergericht die Beschwerde ab. Es verneinte die Nichtigkeit der Verfügung vom 24. Januar 2018.
C.
A._ (Beschwerdeführer) hat am 11. Januar 2021 Beschwerde in Zivilsachen erhoben. Er beantragt die Aufhebung des Entscheids des Obergerichts des Kantons Schaffhausen vom 30. Dezember 2020 sowie die Feststellung der Nichtigkeit der Verfügung des Konkursamtes Schaffhausen vom 24. Januar 2018.
Das Obergericht hat auf eine Vernehmlassung in der Sache verzichtet und auf seinen Entscheid verwiesen. Das Konkursamt Schaffhausen schliesst auf Abweisung der Beschwerde.
Das Bundesgericht hat die kantonalen Akten beigezogen.
Am 14. Februar 2018 reichte A._ Aussonderungsklage beim Kantonsgericht des Kantons Schaffhausen ein, welche zu einem weiteren Verfahren vor Bundesgericht geführt hat (5A_539/2021).

Erwägungen:
1.
1.1. Angefochten ist das Urteil einer kantonalen Aufsichtsbehörde, mit welchem die Fristsetzung gemäss <ref-law> durch das Konkursamt als betreibungsamtliche Verfügung beurteilt wurde. Dagegen ist die Beschwerde in Zivilsachen unabhängig eines Streitwertes gegeben (<ref-law> i.V.m. Art. 72 Abs. 2 lit. a, Art. 74 Abs. 2 lit. c, Art. 75 Abs. 1 BGG).
1.2. Der im kantonalen Verfahren unterlegene Beschwerdeführer ist vom angefochtenen Entscheid hinreichend berührt und hat ein schutzwürdiges Interesse an dessen Aufhebung oder Änderung. Insoweit ist er zur Beschwerde berechtigt (<ref-law>).
1.3. Mit der vorliegenden Beschwerde kann insbesondere die Verletzung von Bundesrecht gerügt werden (<ref-law>). In der Beschwerde ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Entscheid Recht verletzt (<ref-law>; <ref-ruling> E. 2). Die Verletzung verfassungsmässiger Rechte ist ebenfalls zu begründen, wobei hier das Rügeprinzip gilt (<ref-ruling> E. 2.4). Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>).
2.
Die Vorinstanz stellte fest, dass das Konkursamt in seiner Verfügung vom 24. Januar 2018 aufgrund des Aktienbuches den alleinigen Gewahrsam des Konkursiten an den streitgegenständlichen Namenaktien angenommen und gestützt darauf dem Beschwerdeführer eine Frist zur Klage im Sinne von <ref-law> angesetzt habe. Sie erwog, dass angesichts der unklaren und umstrittenen tatsächlichen Verhältnisse hinsichtlich Gewahrsam an den Aktien die Verfügung des Konkursamts nicht als schwer und offensichtlich mangelhaft bezeichnet werden könne, selbst wenn sie nicht in allen Punkten richtig sein sollte. Zudem stehe ein überwiegendes Interesse der übrigen Gläubiger an der Rechtssicherheit der Nichtigkeit entgegen. Die Vorinstanz folgerte, dass der Beschwerdeführer gegen die (angeblich) falsche Verfügung vom 24. Januar 2018 mit Beschwerde nach <ref-law> hätte vorgehen müssen. Die Beschwerdefrist gemäss <ref-law> sei indessen ungenutzt abgelaufen.
3.
Anlass zur Beschwerde gibt die Frage der Nichtigkeit einer Verfügung hinsichtlich Fristansetzung gemäss <ref-law> bei unklarem Gewahrsam an einem unauffindbaren Aktienzertifikat.
3.1.
3.1.1. Als nichtig gelten Verfügungen der Vollstreckungsbehörden, die Vorschriften verletzen, welche im öffentlichen Interesse oder im Interesse von nicht am Verfahren beteiligten Personen erlassen worden sind (<ref-law>). Fehlerhafte Verfügungen der Vollstreckungsorgane sind in der Regel anfechtbar (<ref-law>). Als nichtig erweisen sie sich erst dann, wenn der ihnen anhaftende Mangel besonders schwer ist, weil er die Verletzung von in <ref-law> genannten Vorschriften erfasst (Urteile 5A_103/2021 vom 18. Oktober 2021 E. 2.3.1; 5A_714/2020 vom 1. März 2021 E. 2.2.1; 5A_367/2019 vom 23. Juni 2020 E. 5.1; je mit weiteren Hinweisen). Ob eine Verfügung gemäss <ref-law> nichtig ist, kann und muss von der kantonalen Aufsichtsbehörde jederzeit festgestellt werden (<ref-ruling> E. 3.1.2; <ref-ruling> E. 2; <ref-ruling> E. 2c). Hätte der Mangel einer Verfügung mit einer Beschwerde geltend gemacht werden können, ist diesbezüglich ein genügender Rechtsschutz gegeben, sofern nicht die ausdrücklich im Gesetz vorgesehene Nichtigkeit greift (vgl. <ref-ruling> E. 3a/aa; Urteil 5A_714/2020 vom 1. März 2021 E. 2.2.3).
3.1.2. Die Konkursverwaltung trifft gemäss <ref-law> eine Verfügung über die Herausgabe von Sachen, die von einem Dritten beansprucht werden. Hält sie den Anspruch des Dritten für unbegründet, so setzt sie ihm gemäss <ref-law> eine Frist von 20 Tagen zur Anhebung der Klage an. Um über die Herausgabe beweglicher Sachen zu verfügen und Dritten, deren Eigentumsansprache für unbegründet gehalten wird, Frist anzusetzen, muss sich die betreffende Sache im ausschliesslichen Gewahrsam der Masse befinden (<ref-ruling> E. 2a; <ref-ruling> E. 3).
3.1.3. Gewahrsam bedeutet die unmittelbare faktische Herrschaft über eine Sache. Diese äussert sich in der von den rechtlichen Verhältnissen losgelösten tatsächlichen Verfügungsgewalt über die Sache, verbunden mit der Möglichkeit, sie zu gebrauchen (<ref-ruling> E. 3b; <ref-ruling> E. 2a; Urteil 5A_859/2019 vom 9. November 2020 E. 3.2.1). Die Konkursmasse hat Gewahrsam über eine Sache, wenn sie die für die Zwecke der Vollstreckung notwendige Herrschaft über die zur Masse gehörenden Objekte erlangt hat (RUSSENBERGER/WOHLGEMUTH, in: Basler Kommentar, Bundesgesetz über Schuldbetreibung und Konkurs, 3. Aufl. 2021, N. 29 zu Art. 242). Wie bei der Beurteilung der Gewahrsam im Widerspruchsverfahren gemäss Art. 107 f. SchKG (vgl. GILLIÉRON, Poursuite pour dettes, faillite et concordat, 5. Aufl. 2012, S. 456 Rz. 1931) kann Gewahrsam im dargelegten Sinne an beweglichen Sachen und Wertpapieren bestehen, da diese unmittelbar beherrscht und gebraucht werden können (ROHNER, Das Widerspruchsverfahren gemäss SchKG, 2002, S. 60; AMONN/WALTHER, Grundriss des Schuldbetreibungs- und Konkursrechts, 9. Aufl. 2013, § 24 Rz. 35). Bilden Wertpapiere das Objekt der Aussonderung, so hat die Konkursmasse keinen Gewahrsam darüber, wenn das Wertpapier auf den Drittansprecher lautet, selbst wenn es sich in den Händen des Gemeinschuldners befindet, da die Verfügung darüber die Mitwirkung des Titulars voraussetzt (BGE 76 III 9 E. 2b).
3.2. Der Beschwerdeführer bringt in seiner Beschwerde vor, die Originalzertifikate seien nicht mehr vorhanden. Dies sei eine unbestrittene Tatsache. Er folgert daraus, dass die Konkursmasse nicht im Besitz eines in einem Wertpapier verkörperten Wertrechts sei. Weder der Beschwerdeführer noch die Konkursmasse seien im Besitz eines gültigen Aktienzertifikats als Wertpapier. Folglich würde der Streitgegenstand ein nicht verbrieftes Wertrecht betreffen, weshalb ein Prätendentenstreit vorliege. Indem die Konkursverwaltung mit Verfügung vom 24. Januar 2018 die streitgegenständlichen Namenaktien als zur Konkursmasse zugehörig erklärte und dem Beschwerdeführer gemäss <ref-law> eine Frist ansetzte, habe sie ihre Amtsbefugnisse überschritten; dies führe zur Nichtigkeit und nicht bloss zur Anfechtbarkeit der Verfügung.
3.3. Es ist zutreffend, dass über die Zugehörigkeit von nicht in Wertpapieren verkörperten Forderungen oder anderen Rechten nicht im Aussonderungsverfahren zu entscheiden ist; erhebt ein Dritter Anspruch auf solche Forderungen, ist dieser Prätendentenstreit vor dem ordentlichen Gericht auszutragen (<ref-ruling>, S. 389; <ref-ruling> E. 2; Urteil 4A_185/2011 vom 15. November 2011 E. 2.2); die Konkursverwaltung überschreitet in diesem Fall ihre Befugnisse, wenn sie hinsichtlich dieser Objekte eine Frist gemäss <ref-law> ansetzt (<ref-ruling> E. 1 m.w.H).
Entgegen den Vorbringen des Beschwerdeführers stehen er und die Konkursmasse jedoch nicht als Prätendenten hinsichtlich einer Forderung im Zusammenhang mit den Namenaktien im Streit. Gegenstand der Auseinandersetzung ist die Berechtigung an den verbrieften 33 Namenaktien der C._ AG als Wertpapiere (<ref-law>), was nach dem Dargelegten den Anwendungsbereich des Aussonderungsverfahrens eröffnet. Die Unauffindbarkeit bzw. der Verlust der Zertifikate ändert die Rechtslage hinsichtlich der Namenaktien als Wertpapiere nicht grundsätzlich (vgl. JÄGGI/DRUEY/VON GREYERZ, Wertpapierrecht, 1985, S. 73; FURTER, in: Basler Kommentar, Wertpapierrecht, 2012, N. 5 zu Art. 971 m.w.H.). Inwiefern die vorliegende Situation mit einem umstrittenen Anspruch auf Ausstellung der Aktien bei aufgeschobenem Titeldruck vergleichbar sein soll, begründet der Beschwerdeführer nicht hinreichend. Selbst die von ihm einzig angeführte Lehrmeinung hält fest, dass bei Ausstellung von Wertpapieren das Aussonderungsverfahren gemäss <ref-law> zur Anwendung gelangt (KOCHER-WOLFENSBERGER, Namenaktien mit aufgeschobenem Titeldruck im Vollstreckungsrecht, 1990, S. 215).
3.4. Was den Gewahrsam an den verbrieften Namenaktien betrifft, so lässt sich den Feststellungen der Vorinstanz entnehmen, dass die aktuellen Verhältnisse hinsichtlich des Zertifikats unklar seien. Der Beschwerdeführer bringt vor, dass weder er noch die Konkursmasse dieses in den Händen halten. Daraus kann jedoch nicht auf die Nichtigkeit der Verfügung vom 24. Januar 2018 hinsichtlich der Klagefrist gemäss <ref-law> geschlossen werden, selbst wenn das Konkursamt die Gewahrsamsverhältnisse falsch beurteilt haben sollte; die falsche Beurteilung des Gewahrsams hätte der Beschwerdeführer innert Frist mit Beschwerde beanstanden müssen (vgl. BGE <ref-ruling> E. 3; Urteil 5A_631/2009 vom 27. Januar 2010 E. 3.1).
An diesem Grundsatz ändert auch die vorliegende Sachlage nichts: Es ist anerkannt, dass im Fall, in welchem die Gewahrsamsverhältnisse im massgeblichen Zeitpunkt nicht ermittelt werden können, das letzte aus der Zeit vorher bestimmt festgestellte Gewahrsamsverhältnis entscheidend ist (Urteil 7B.159/2005 vom 15. November 2005 E. 3 mit Hinweisen; JAEGER/WALDER/KULL, Bundesgesetz über Schuldbetreibung und Konkurs, Art. 89-158, 5. Aufl. 2006, N. 5 zu Art. 107; A. STAEHELIN/STRUB, in: Basler Kommentar, Bundesgesetz über Schuldbetreibung und Konkurs, 3. Aufl. 2021, N. 7 zu Art. 107). Von Nichtigkeit kann denn vorliegend auch nicht ausgegangen werden, wenn die Konkursverwaltung gestützt auf das Aktienbuch den Gewahrsam an den unauffindbaren Namenaktien bestimmte, da dieses das letzte festgestellte Gewahrsamsverhältnis widerspiegelt. Für den Gewahrsam der Konkursmasse spricht weiter, dass sie das vermisste Aktienzertifikat kraftlos erklären lassen kann, um eine Ersatzurkunde zu erhalten und das Recht verwerten zu können (vgl. JÄGGI, Die Kraftloserklärung von Wertpapieren, in: Privatrecht und Staat, Peter Gauch/Bernhard Schnyder [Hrsg.], 1976, S. 437 ff., 442). Die Konkursmasse kann zur Kraftloserklärung mitunter glaubhaft machen, dass der Konkursit zum Zeitpunkt des Verlustes oder der Entdeckung des Verlustes am Papier berechtigt war (<ref-law>). Sie kann sich dabei zum Nachweis ihrer Legitimation auf die Vermutungswirkungen des Aktienbuches abstützen (vgl. <ref-ruling> E. 3.2.2 m.w.H.; BÖCKLI, Schweizer Aktienrecht, 4. Aufl. 2009, §4 S. 514 Rz. 101). Wird nach erfolgter Kraftloserklärung ein neues Aktienzertifikat ausgestellt (<ref-law>), richtet sich der Anspruch des (angeblich) besserberechtigten Beschwerdeführers auf dieses neue Aktienzertifikat (vgl. Urteil 4A_23/2018 vom 8. Februar 2019 E. 3.5; FURTER, a.a.O., N. 4 zu <ref-law>; JÄGGI/DRUEY/VON GREYERZ, a.a.O., S. 77).
3.5. Nach dem Dargelegten ist der vorinstanzliche Entscheid nicht zu beanstanden. Die Verfügung des Konkursamtes Schaffhausen vom 24. Januar 2018 ist nicht nichtig.
4.
Der Beschwerde ist kein Erfolg beschieden. Bei diesem Ausgang des Verfahrens wird der Beschwerdeführer kostenpflichtig (<ref-law>). Eine Parteientschädigung hat er nicht zu leisten, da dem Konkursamt Schaffhausen keine ersatzpflichtigen Kosten entstanden sind.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 1'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3.
Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, dem Konkursamt Schaffhausen und dem Obergericht des Kantons Schaffhausen, Aufsichtsbehörde in Schuldbetreibungs- und Konkurssachen, mitgeteilt.
Lausanne, 23. Dezember 2021
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Herrmann
Der Gerichtsschreiber: Dürst