Sachverhalt:
A.
Im Anschluss an das Hochwasserereignis in Büron vom August 2007 plant der Kanton Luzern eine Sanierung des Dorfbachs Büron. Zwei von drei Projekten sind bereits rechtskräftig bewilligt worden: Im Tobelbereich des Dorfbachs wurde ein Geschiebesammler gebaut (vgl. dazu Urteile 1C_159/2014 vom 10. Oktober 2014 und 1C_185/2016 vom 6. Juli 2016). Ein anderer Abschnitt des Dorfbachs wurde im Rahmen des Strassenprojekts zur Erneuerung der Kantonsstrasse saniert (vgl. Urteil 1C_900/2013 vom 10. April 2014).
Noch hängig ist die Sanierung des Bachdurchlasses auf dem Areal der A._ AG im Dorfzentrum. Dessen Durchflussvolumen ist zu eng, um Extremniederschläge sicher ableiten zu können. Es besteht daher die Gefahr, dass der Durchlass bei Hochwasser zusammenbricht oder verstopft und die Gemeinde Büron durch Wasser und Geschiebe grossflächig überschwemmt wird. Der Kanton Luzern erarbeitete daher ein Wasserbauprojekt zur Sanierung des Durchlasses, um künftig einem hundertjährigen Ereignis (HQ 100) standzuhalten.
B.
Gegen das am 21. Juli 2012 publizierte Projekt erhob die A._ AG Einsprache. Diese ist Eigentümerin der vom Wasserbauprojekt berührten Liegenschaften, auf denen sich u.a. ein historisches Mühlengebäude (Parzelle Nr. 19), ein Silogebäude (Parzelle Nr. 825) und ein Restaurant (Parzelle Nr. 21) befinden. Der in den 1960er Jahren überdeckte Bach verläuft zwischen Mühlen- und Silogebäude, die durch eine Dachkonstruktion miteinander verbunden sind. In diesem Bereich befinden sich zudem zwei Zapfsäulen (Tankstelle der Landi Sursee).
C.
Mit Entscheid vom 15. April 2014 wies der Regierungsrat des Kantons Luzern die Einsprache ab, bewilligte das Wasserbauprojekt und beschloss dessen Ausführung.
Dagegen gelangte die A._ AG mit Verwaltungsgerichtsbeschwerde an das Kantonsgericht Luzern. Dieses führte am 3. Dezember 2015 einen Augenschein mit Referentenaudienz durch. Das Verfahren wurde zur Durchführung von Vergleichsverhandlungen sistiert. Die A._ AG reichte einen "Bericht Hochwasserschutz" der Kohler + Partner AG, Burgdorf, vom 27. Juli 2016 (nachfolgend: Bericht Kohler) zu den Akten und beantragte eventualiter, es sei vom Kantonsgericht eine gerichtliche Expertise in Auftrag zu geben, insbesondere zur Frage, ob eine Totalsanierung des heutigen Bachdurchlasses zwingend erforderlich sei oder kostengünstigere Sanierungsvarianten in Betracht kämen.
Am 22. Mai 2017 hiess das Kantonsgericht die Beschwerde im Sinne der Erwägungen teilweise gut: Es erklärte den Bericht der Denkmalpflege vom 19. Januar 2017 zum integrierenden Bestandteil der Projektunterlagen und verpflichtete den Kanton Luzern, im Rahmen des Ausführungsprojekts eine Baugrunduntersuchung vorzunehmen und die nötigen Sicherungsvorkehren an dem als schützenswert qualifizierten Mühlengebäude vorzukehren. Die Empfehlungen der Denkmalpflege seien zu beachten. Im Übrigen wies es die Beschwerde ab, soweit es darauf eintrat.
D.
Dagegen hat die A._ AG am 30. Juni 2017 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten erhoben. Sie beantragt, die Sache sei zur Neubeurteilung nach Abnahme und Anordnung einer Oberexpertise betreffend alternative Sanierungsprojekte, insbesondere dem von der Beschwerdeführerin vorgeschlagenen, an das Kantonsgericht zurückzuweisen. Sofern das Bundesgericht wider Erwarten keinen zusätzlichen Abklärungsbedarf sehe, sei der angefochtene Entscheid in jedem Fall aufzuheben.
E.
Das Bau-, Umwelt- und Wirtschaftsdepartement des Kantons Luzern schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Das Kantonsgericht beantragt, die Beschwerde sei abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. Das Bundesamt für Umwelt (BAFU) kommt in seiner Vernehmlassung zum Ergebnis, das strittige Wasserbauprojekt verstosse nicht gegen das Wasserbau- und Gewässerschutzgesetz.
F.
Die Beschwerdeführerin hält in ihren Repliken vom 15. Januar 2018 an ihren Anträgen fest und reicht ein neues Beweismittel ein (Stellungnahme der kantonalen Dienststelle Landwirtschaft und Wald, Abteilung Natur, Jagd und Fischerei, vom 29. März 2017).
G. Mit Verfügung vom 7. September 2018 wurde der Beschwerde aufschiebende Wirkung zugesprochen.

Erwägungen:
1.
Gegen den kantonal letztinstanzlichen Endentscheid des Kantonsgerichts betreffend ein Hochwasserschutzprojekt steht grundsätzlich die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ans Bundesgericht offen (Art. 82 lit. a, 86 Abs. 1 lit. d und 90 BGG). Die Beschwerdeführerin ist als Eigentümerin der vom Projekt betroffenen Parzellen zur Beschwerde legitimiert (<ref-law>). Auf die rechtzeitig erhobene Beschwerde (<ref-law>) ist daher grundsätzlich einzutreten.
1.1. Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann insbesondere die Verletzung von Bundesrecht gerügt werden (<ref-law>); dieses wendet das Bundesgericht grundsätzlich von Amtes wegen an (<ref-law>). Die Verletzung von Grundrechten, einschliesslich die willkürliche Anwendung von kantonalem Recht, prüft es dagegen nur insoweit, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und genügend begründet worden ist (<ref-law>); dafür gelten qualifizierte Begründungsanforderungen (<ref-ruling> E. 1.4.2 S. 254 mit Hinweisen). In jedem Fall wird verlangt, dass sich der Beschwerdeführer mit den Erwägungen des angefochtenen Entscheids auseinandersetzt (<ref-ruling> E. 2.1-2.3 S. 245 ff.). Soweit die Beschwerdeführerin lediglich ihre Vorbringen vor Kantonsgericht wiederholt, ist darauf nicht einzutreten.
1.2. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat, sofern dieser nicht offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (Art. 105 und Art. 97 Abs. 1 BGG). Wer die Sachverhaltsfeststellungen der Vorinstanz anfechten oder ergänzen will, muss substanziiert darlegen, inwiefern diese Voraussetzungen gegeben sind und das Verfahren bei rechtskonformer Ermittlung des Sachverhalts anders ausgegangen wäre; die blosse Behauptung eines abweichenden Sachverhalts genügt nicht (<ref-ruling> E. 1.4.3 S. 255). Auf ungenügend begründete Sachverhaltsrügen ist daher nicht einzutreten.
1.3. Neue Tatsachen und Beweismittel können nur so weit vorgebracht werden, als erst der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gibt (<ref-law>); auch dies ist in der Beschwerdeschrift darzulegen.
Der von der Beschwerdeführerin eingereichte Technische Bericht K 14 vom 30. September 2010 betrifft das Sanierungsprojekt im Zusammenhang mit dem Ausbau der Kantonsstrasse; darauf wurde in den Projektunterlagen ausdrücklich hingewiesen, weshalb es sich nicht um ein Novum handelt.
Neu ist dagegen eine Stellungnahme der Abteilung Natur, Jagd und Fischerei vom 29. März 2017 zu einem anderen Projekt (Sanierung Kleinwasserkraftwerk), das die Beschwerdeführerin erst mit ihrer Replik eingereicht hat. Ob diese (wie die Beschwerdeführerin geltend macht) nicht schon früher hätte eingereicht werden können, kann offenbleiben, weil sie ohnehin nicht entscheiderheblich ist (vgl. unten E. 10).
Abzuweisen ist der Antrag auf Beizug einer Konzession vom 13. April 1918, mit welcher der Beschwerdeführerin angeblich ein umfassendes und uneingeschränktes Recht eingeräumt worden sei, Bacheindeckungen vorzunehmen. Entgegen dem Vorbringen der Beschwerdeführerin gab nicht erst der angefochtene Entscheid Anlass zu deren Beizug, war die Bachüberdeckung und deren Erneuerung doch schon vor Vorinstanz streitig (vgl. dazu unten E. 9).
1.4. Das Projekt und die örtlichen Verhältnisse gehen aus den in den Akten liegenden Plänen und Fotos hervor, weshalb auf den beantragten Augenschein verzichtet werden kann, zumal dem Bundesgericht auch nur eine beschränkte Sachverhaltskognition zukommt (oben E. 1.2). Eine gerichtliche Expertise wäre vor Bundesgericht allenfalls dann anzuordnen, wenn dieser Antrag von der Vorinstanz zu Unrecht abgelehnt worden wäre (vgl. unten E. 8).
2.
Die Beschwerdeführerin macht an verschiedenen Stellen der Beschwerde geltend, das Projekt der Sanierung des Dorfbachs sei unzulässigerweise in verschiedene Teilprojekte aufgeteilt worden; insbesondere hätte das vorliegende Wasserbauprojekt mit demjenigen im Bereich des Kantonsstrassenkreisels formell koordiniert werden müssen (Art. 25a RPG; SR 700). Diese Rüge wurde von der Beschwerdeführerin bereits im Verfahren 1C_900/2013 betreffend die Bachsanierung im Bereich des Kantonsstrassenkreisels erhoben; auf die damaligen Erwägungen des Bundesgerichts dazu kann verwiesen werden (Urteil vom 10. April 2014 E. 2). Nachdem die beiden anderen Projekte zwischenzeitlich rechtskräftig geworden sind, ist eine formelle Koordination mit dem vorliegenden Projekt auch nicht mehr möglich.
3.
Das Kantonsgericht trat auf den Antrag der Beschwerdeführerin auf Fortführung des bestehenden Tankstellenbetriebs nicht ein, weil die Bewilligung zum weiteren Betrieb der Tankstelle nicht Gegenstand des angefochtenen Entscheids bilde.
Die Beschwerdeführerin sieht darin eine Verletzung ihres rechtlichen Gehörs. Aus den Ausführungsplänen gehe hervor, dass die derzeit vor dem Mühlengebäude bestehende Tankstelle abgerissen werden solle. Ihr Antrag habe sich dagegen gerichtet und nicht die Bewilligung der Fortführung des Tankstellenbetriebs betroffen.
Aus dem Einspracheentscheid des Regierungsrates vom 15. April 2014 ergibt sich, dass der Landi Sursee (als Betreiberin der Tankstelle) lediglich eine bis Ende 2013 befristete Bewilligung erteilt worden war. An der Einspracheverhandlung vom 6. November 2012 führte der Kantonsvertreter aus, für den Weiterbetrieb der Tankstelle wäre ein neues Baugesuch erforderlich; dieses müsste zeitlich so eingereicht werden, dass darüber noch vor Ablauf der Frist entschieden werden könne. Die Beschwerdeführerin legt nicht dar, dass sie oder die Landi Sursee ein solches Baugesuch eingereicht hätte. Damit ist die Tankstelle seit dem 1. Januar 2014 rechtswidrig geworden; wie sich aus den Akten ergibt, wurde lediglich im Hinblick auf die baldige Realisierung des Wasserbauprojekts auf die Einleitung eines Wiederherstellungsverfahrens verzichtet. Im Technischen Bericht (S. 10 Ziff. 4.5) findet sich zur Tankstelle lediglich die Bemerkung, es seien keine Instandstellungsarbeiten für die Tankstelle vorgesehen, weil davon ausgegangen werde, dass der Betrieb eingestellt werde; nach Ablauf der Bewilligung seien die Tankstelle und die dazu nötige Infrastruktur auf Kosten des Besitzers zurückzubauen.
Vor diesem Hintergrund kann der im Plan Situation Bach 1:200 vom 26. April 2012 zur Tankstelle enthaltene Eintrag (rot) "Abbruch nach Ablauf der Bewilligung" willkürfrei als blosser Hinweis auf die infolge Bewilligungsablaufs gebotene Wiederherstellung (Abriss der Tankstelle) und nicht als Bestandteil des Wasserbauprojekts verstanden werden. Unter diesen Umständen bedeutet es keine Rechtsverweigerung, wenn das Kantonsgericht auf den Antrag betreffend die Tankstelle nicht eingetreten ist.
Die Beschwerdeführerin legt im Übrigen auch nicht dar, inwiefern das Wasserbauprojekt einem allfälligen künftigen Tankstellenbetrieb auf Parzelle Nr. 825 (nach Abschluss der Sanierungsarbeiten für den Dorfbach) entgegenstehen würde und diese Eventualität daher (im Rahmen der Interessenabwägung oder bei der Prüfung der Verhältnismässigkeit des Wasserbauprojekts) hätte berücksichtigt werden müssen.
4.
Die Beschwerdeführerin erhebt mehrere Sachverhalts- und Verfahrensrügen im Zusammenhang mit der Stellungnahme der Kantonalen Denkmalpflege, eingegangen am 19. Januar 2017.
Diese wurde nachträglich vom Kantonsgericht eingeholt, weil die ehemalige Mühle seit dem 1. Dezember 2013 im kantonalen Bauinventar als schützenswertes Objekt erfasst ist. Die Denkmalpflege hatte grundsätzlich keine Einwände gegen das Wasserbauprojekt: Dadurch ändere sich an der Oberfläche erscheinungs- und niveaumässig im Mühlebereich gegenüber der aktuellen Situation nichts. Allerdings sei bei der Ausführung darauf zu achten, dass der historische Mühlebau weder durch Erschütterungen noch durch Abbruch- und Betonierungsarbeiten Schaden nehme, weshalb sich die Aufnahme eines Schadensprotokolls empfehle.
4.1. Die Beschwerdeführerin macht geltend, die Stellungnahme der Denkmalpflege beruhe auf einer ungenügenden Sachverhaltsabklärung und sei mangelhaft; offensichtlich unzutreffend sei die Feststellung im angefochtenen Entscheid, wonach keine baulichen Veränderungen unmittelbar am Mühlengebäude vorgenommen würden: Dieses sei mit dem Nachbargebäude durch eine Überdachung fest verbunden, die abgerissen werden solle. Überdies würden die Arbeiten zur Tieferlegung des Dorfbachdurchlasses die Grundmauern des alten Mühlengebäudes berühren.
Der Denkmalpflege wurden die Projektdossiers Durchlass Zentrum zugestellt; insofern war sie über die geplanten baulichen Eingriffe informiert. Gemäss den Projektunterlagen verläuft der neue Kanal in rund 2 m Abstand vom Mühlengebäude. Der Abriss der (aus den 1960er Jahren stammenden und nicht geschützten) Überdachung zwischen Mühlen- und Silogebäude ist aus Sicht der Denkmalpflege unproblematisch, wenn nicht sogar erwünscht. Insofern ist keine bauliche Veränderung am historischen Mühlengebäude selbst vorgesehen.
Dagegen ist es möglich, dass die - noch nicht vollständig aufgenommenen - Grundmauern des historischen Mühlengebäudes (vgl. Technischer Bericht Ziff. 8.1 S. 13) bei den Bauarbeiten tangiert werden. Dem trugen die Denkmalpflege in ihrer Stellungnahme und das Kantonsgericht in seinem Entscheid Rechnung, wurde der Kanton doch verpflichtet, im Rahmen des Ausführungsprojekts eine Baugrunduntersuchung durchzuführen, die nötigen Sicherheitsvorkehrungen zu treffen und die Empfehlung der Denkmalpflege (Aufnahme eines Schadenprotokolls) zu beachten. Dass die Baugrunduntersuchung vor Inangriffnahme von baulichen Massnahmen im Bereich der Grundmauern erfolgen muss, ist selbstverständlich und brauchte nicht ausdrücklich festgehalten zu werden.
4.2. Jedenfalls unter den vorliegenden Umständen (keine bauliche Veränderung des historischen Mühlengebäudes selbst) stellt der unterlassene Beizug der Denkmalpflege (gemäss § 142 Abs. 3 des Luzerner Planungs- und Baugesetzes vom 7. März 1989 [PBG/LU; SRL Nr. 735]) keinen derart gravierenden Mangel dar, dass eine Heilung im Beschwerdeverfahren ausgeschlossen erschiene. Die Beschwerdeführerin konnte sich zur Stellungnahme der Denkmalpflege äussern, und das Kantonsgericht hat sich mit ihren Einwänden im Urteil detailliert auseinandergesetzt (E. 4 und 5), ohne sich insoweit Zurückhaltung aufzuerlegen. Damit liegt keine Verletzung des rechtlichen Gehörs der Beschwerdeführerin vor.
5.
Die Beschwerdeführerin rügt eine weitere Verletzung des rechtlichen Gehörs, weil ihre Rüge zum fehlenden Projektkredit nicht behandelt worden sei. Das Kantonsgericht hat indessen in E. 16.1 ausgeführt, dass nach kantonalem Recht nur die Kostentragung zwischen Staat, Gemeinde und den Interessierten (in ihrer Gesamtheit) Voraussetzung für die Bewilligung des Wasserbauprojekts sei; nicht erforderlich sei dagegen, dass bereits ein Projektkredit gesprochen worden sei. Die Beschwerdeführerin legt nicht dar, inwiefern dies das Willkürverbot oder anderes Bundesrecht verletzen sollte.
6.
Das Kantonsgericht stellte fest, gewisse Schreiben der Beschwerdeführerin, darunter auch ihre Stellungnahme zum Protokoll der Einspracheverhandlung, seien zu Unrecht nicht zu den Akten genommen worden und hätten dem Regierungsrat daher bei seinem Entscheid nicht vorgelegen; dies habe das rechtliche Gehör und die Aktenführungspflicht verletzt. Gleiches gelte, soweit gewisse, in den Projektunterlagen als Grundlagen erwähnten Unterlagen nicht in den Verfahrensakten lagen. Es erachtete den Mangel jedoch als im kantonsgerichtlichen Verfahren geheilt, weil der Beschwerdeführerin die fehlenden Grundlagenberichte zugestellt und ihr Gelegenheit zur Stellungnahme eingeräumt worden sei.
6.1. Die Beschwerdeführerin macht dagegen geltend, die Mängel seien derart schwerwiegend, dass von einem "unheilbaren Nichtentscheid" auszugehen sei. Sie begründet dies mit dem Umstand, dass die Grundlagenberichte schon im Auflageprojekt gefehlt hätten; ohne diese habe der Regierungsrat das Projekt nicht umfassend beurteilen und damit nicht rechtsgültig bewilligen können. Hinzu komme, dass auch die Bemerkungen der Beschwerdeführerin zum Einspracheprotokoll gefehlt hätten, in denen diese sich eingehend zur Problematik des Verlusts der Tankstelle und zu den Gefahren des Baugrunds geäussert habe.
6.2. Dem ist entgegenzuhalten, dass es sich bei den in den Akten fehlenden Grundlagenberichten um Unterlagen aus den beiden anderen Wasserbauprojekten handelte, über die der Regierungsrat bereits entschieden hatte. Insofern ist davon auszugehen, dass sie dem Regierungsrat - und möglicherweise auch der Beschwerdeführerin, die sich an beiden Verfahren beteiligt hatte - bereits bekannt waren. Da sie in den Auflageakten des vorliegenden Projekts aufgeführt wurden, hätten sie auch jederzeit (von der Beschwerdeführerin oder vom Regierungsrat) angefordert werden können.
Die von der Beschwerdeführerin erwähnten Passagen zur Tankstelle betreffen nicht das Wasserbauprojekt (vgl. dazu oben E. 3) und zur Frage des Baugrunds wurde der Entscheid des Regierungsrats vom Kantonsgericht ergänzt (vgl. oben E. 4).
Unter diesen Umständen wiegt der Mangel nicht so schwer, dass eine Heilung ausgeschlossen erschiene. Erst Recht liegt kein Nichtigkeitsgrund vor.
7.
Die Beschwerdeführerin beanstandet, dass keine kostengünstigeren Alternativprojekte geprüft worden seien. Insbesondere sei von Anfang an eine Totalsanierung des Bachdurchlasses geplant worden, ohne die Möglichkeit einer Teilsanierung in Erwägung zu ziehen.
7.1. In diesem Zusammenhang rügt sie eine offensichtlich unrichtige Sachverhaltsfeststellung des Kantonsgerichts, weil dieses behauptet habe, es handle sich beim aufgelegten Projekt um ein überarbeitetes Projekt aus dem Jahr 2010, und dass damals eine Alternative geprüft worden sei, die sich jedoch nach Durchführung der hydraulischen Berechnungen als unzureichend erwiesen habe. Tatsächlich sei von Anfang an eine vollständige Neueindolung des Bachdurchlasses im Bereich ihrer Parzellen vorgesehen gewesen.
Nichts anderes ergibt sich indessen aus dem angefochtenen Entscheid: Das Kantonsgericht führte (in E. 6.3 S. 14) aus, der Regierungsrat habe die Notwendigkeit einer Totalsanierung (implizit) damit begründet, dass der bestehende Durchlass im Fall eines HQ 100 eine ungenügende Abflusskapazität aufweise. Der Verweis auf eine im Bauprojekt 2010 geprüfte Variante (gemäss Bericht vom 26. April 2012, Dimensionierung Durchlass Kantonsstrasse K14, Ziff. 3.2 S. 5 und Anh. 2) betrifft die Durchlassgeometrie und das Längsgefälle eines neuen (totalsanierten) Bachdurchlasses.
7.2. Das BUWD verweist in seiner Vernehmlassung auf die Variante der vollständigen Offenlegung des Bachlaufs, die wesentlich kostengünstiger und auch für die Fischgängigkeit besser gewesen wäre. Die Flussbau AG habe im Auftrag der Dienststelle vif ein entsprechendes Vorprojekt erstellt, das jedoch von der Beschwerdeführerin abgelehnt worden sei.
Dies wird von der Beschwerdeführerin nicht bestritten: Sie strebt zwar längerfristig eine Umnutzung des Areals an, das eventuell eine vollständige Bachöffnung erlauben würde, hält aber in den nächsten ca. 10-15 Jahren die Beibehaltung der Überdeckung für unabdingbar (vgl. z.B. Bericht Kohler S. 20).
7.3. Zusammenfassend ist somit festzuhalten, dass zwar verschiedene Varianten geprüft wurden (offene/überdeckte Bachführung; Durchlassgeometrie, Längsgefälle), jedoch bereits in einem frühen Projektstadium eine Totalsanierung des Bachdurchlasses im Bereich der Parzellen der Beschwerdeführerin für notwendig erachtet wurde, weil davon ausgegangen wurde, die bestehende Abflusskapazität reiche für ein hundertjähriges Hochwasser nicht aus.
Nach ständiger Rechtsprechung sind die zuständigen Behörden nur verpflichtet, ernsthaft in Betracht fallende Varianten näher zu prüfen; Varianten, die gewichtige Nachteile oder keine wesentlichen Vorteile aufweisen, können bereits aufgrund einer summarischen Prüfung ausgeschieden werden (<ref-ruling> E. 7.3.1 S. 516; Urteil 1C_648/2013 vom 4. Februar 2014 E. 4.1, in: URP 2014 S. 309).
Im Folgenden ist daher zu prüfen, ob die zuständigen Behörden die von der Beschwerdeführerin vorgeschlagene Variante einer Teilsanierung wegen damit verbundener, erheblicher Nachteile aus Sicht des Hochwasserschutzes ausscheiden und deshalb auf weitere diesbezügliche Abklärungen verzichten durften. Dies ist anhand des im Projekt definierten Ziels zu prüfen, das Siedlungsgebiet von Büron vor einem hundertjährigen Hochwasser (HQ 100) zu schützen. Dieses wird von der Beschwerdeführerin nicht mehr in Frage gestellt.
8.
Die Beschwerdeführerin macht geltend, sie habe mit dem Bericht Kohler aufgezeigt, dass eine Totalsanierung des Bachdurchlasses nicht nötig sei, sondern auch mit einer kostengünstigeren Teilsanierung das Schutzziel erreicht werden könne. Diese Sanierungsalternative sei vom Kantonsgericht willkürlich und unter Verletzung des rechtlichen Gehörs und der Amtsermittlungspflicht abgelehnt worden. Insbesondere hätte das Kantonsgericht dem Antrag auf Einholung eines gerichtlichen Gutachtens ("Oberexpertise") stattgeben müssen.
8.1. Der Bericht Kohler kommt zum Ergebnis, dass nur ein kurzer Abschnitt des Bachdurchlasses im Bereich der historischen Brücke baufällig sei und ersetzt werden müsse; im Übrigen liessen Bausubstanz und Hydraulik des bestehenden Bachdurchlasses eine Sanierung zu. Durch Ausbaggern des angefallenen Geschiebes könne die Sohle vertieft und damit der Querschnitt vergrössert werden. Der Bericht Kohler kritisiert, dass die Projektunterlagen von einem zu grossen Einzugsgebiet des Bachs und damit von zu grossen Wassermengen bei einem HQ 100 ausgingen. Zudem berücksichtigten sie die Konsequenzen des noch zu erstellenden Geschiebesammlers nicht; dieser erlaube es, das Freibord von 70 auf 50 cm zu reduzieren.
8.2. Das Kantonsgericht setzte sich ausführlich mit den Berechnungen in den Projektunterlagen zu den bei einem HQ 100 zu erwartenden effektiven Wasser- und Geschiebemengen und der sich daraus ergebenden Gefahr einer Verklausung im bestehenden Durchlass auseinander, unter Berücksichtigung der Berichte der Flussbau AG (Bericht zur Überarbeitung der Gefahrenkarte vom 20. Februar 2012; Bericht Dimensionierung Durchlass Kantonsstrasse K14 vom 26. April 2012) und dem Bericht der AF-Colenco AG sowie der Keller+Lorenz AG für die Erstellung der Gefahrenkarte Suhrental 2010. Es erachtete diese als schlüssig und nachvollziehbar. Diese zeigten insbesondere, dass bei einem HQ 100 aufgrund des hohen Geschiebeanfalls, den unterschiedlichen Querschnittsprofilen und dem relativ geringen Gefälle des Durchlasses mit dessen kompletter Verfüllung mit Geschiebe zu rechnen sei. Dagegen könne das Hochwasserziel mit dem geplanten Projekt, welches über einen vereinheitlichten Querschnitt des Dorfbachdurchlasses sowie ein konstantes Gefälle verfüge, erreicht werden; insbesondere werde ein Geschiebeanfall aufgrund der glatten Sohlenausführung und eines gleichbleibenden und zugleich erhöhten Gefälles verhindert.
Den Bericht Kohler erachtete das Kantonsgericht als teilweise unvollständig und nicht schlüssig. Es fehlten wichtige Plandarstellungen (insbesondere Längenprofil), so dass unklar bleibe, wie sich diese Variante auf die nachfolgende Flachstrecke auswirken würde. Der Bericht äussere sich nicht zu den aus hydraulischer Sicht ungünstigen unterschiedlichen Querschnitten des bestehenden Durchlasses. Nicht berücksichtigt werde auch der Geschiebeanfall, der nach Erstellung des Geschiebesammlers im Risiwald noch verbleibe, was einen gravierenden Mangel darstelle. Die Kohler+Partner AG habe eingeräumt, dass es sich bei den von ihr vorgenommenen Berechnungen um eine Listenberechnung handle, die lediglich eine Grössenordnung und nicht exakte Werte zeige. Hinzu komme, dass die Breitenangaben der im Bericht Kohler verzeichneten Querprofile des sanierten Durchlasses nicht mit den in der Listenrechnung verwendeten Angaben (Hydraulik sanierter Durchlass) übereinstimmten. Der Bericht sei daher nicht geeignet, die Nachvollziehbarkeit, Vollständigkeit und Schlüssigkeit der Projektunterlagen ernsthaft in Zweifel zu ziehen.
8.3. Die Beschwerdeführerin setzt sich mit den Erwägungen des Kantonsgerichts zu den Berechnungen der Projektunterlagen und seiner diesbezüglichen Kritik am Bericht Kohler nicht substanziiert auseinander. Unbehelflich ist ihr Einwand, die zuständige Behörde (vif) hätte Gelegenheit gehabt, an einem Augenschein mit der Kohler + Partner AG teilzunehmen und dabei frühzeitig auf die angeblichen Mängel hinzuweisen: Die zuständigen Behörden sind weder prozessual noch nach dem Grundsatz von Treu und Glauben verpflichtet, an der Erstellung eines Privatgutachtens mitzuwirken.
Auch zu den übrigen Kritikpunkten des Kantonsgerichts, insbesondere den aus hydraulischer Sicht ungünstigen unterschiedlichen Querschnitten und dem Gefälle des bestehenden Durchlasses sowie der ungenügenden Berücksichtigung des auch nach Erstellung des Geschiebesammlers im Risiwald noch verbleibenden Geschiebeanfalls fehlen substanziierte Rügen der Beschwerdeführerin; der blosse Hinweis, wonach auch der Bericht Kohler eine Sohlenvertiefung vorsehe, genügt dafür nicht.
Ungenügend ist schliesslich der Verweis auf früher eingeholte, günstigere Offerten der Bauunternehmung Firma Duss, ohne substanziiert darzulegen, welche baulichen Massnahmen diese umfassten und inwiefern diese für die angestrebte Hochwassersicherheit ausreichend gewesen wären.
8.4. Zusammenfassend durfte das Kantonsgericht willkürfrei davon ausgehen, dass eine Teilsanierung (entsprechend dem Vorschlag der Beschwerdeführerin und dem Bericht Kohler) aus Sicht des Hochwasserschutzes mit gewichtigen Nachteilen verbunden wäre. Unter diesen Umständen war es nicht zu weiteren Abklärungen verpflichtet, und durfte in antizipierter Beweiswürdigung, ohne Verletzung des rechtlichen Gehörs, auf eine gerichtliche Expertise verzichten. Diese ist auch im bundesgerichtlichen Verfahren nicht geboten.
9.
Die Beschwerdeführerin beanstandet weiter, die auf ca. 8 m vorgesehene Offenlegung des Bachs im Bereich der Kantonsparzelle Nr. 20 sei unnötig; gleiches gelte für den Abbruch der bestehenden Dachkonstruktion zwischen Mühlen- und Silogebäude.
Die Dachkonstruktion - für die nach den Feststellungen des Kantonsgerichts keine Baubewilligung nachgewiesen werden konnte - muss gemäss Technischem Bericht (S. 13 Ziff. 8.1) zur Ermöglichung der Bauarbeiten (insbesondere Einsatz eines Pneukrans) entfernt werden, ansonsten hohe Zusatzaufwendungen erforderlich wären. Dies wird von der Beschwerdeführerin nicht in Frage gestellt.
Gemäss Art. 38 Abs. 1 des Bundesgesetzes vom 24. Januar 1991 über den Schutz der Gewässer (GSchG; SR 814.20) dürfen Fliessgewässer nicht überdeckt oder eingedolt werden; Ausnahmen davon sind nur ausnahmsweise, unter den in Abs. 2 genannten Voraussetzungen zulässig, insbesondere zur Ermöglichung eines Verkehrsübergangs (lit. b). Dabei ist der Begriff der Überdeckung umfassend zu verstehen (CHRISTOPH FRITZSCHE, in: Hettich/Jansen/Norer, GSchG/ WBG-Kommentar, 2016, Art. 38 N. 6). Die Erneuerung der Überdeckung (samt Überdachung) kann daher nur soweit bewilligt werden, als sie zwingend als Verkehrsfläche für den Betrieb der Beschwerdeführerin benötigt wird, insbesondere zur Bachquerung zwischen Mühlen- und Silogebäude sowie für die Zufahrt auf Parzelle Nr. 21. Gründe der Bequemlichkeit (grössere Manövrierfläche, Schutz vor Witterung) oder andere Nutzungsmöglichkeiten (als Lagerfläche) genügen dafür nicht.
Damit erweist sich der angefochtene Entscheid als bundesrechtskonform; dies bestätigt auch das BAFU in seiner Vernehmlassung.
10.
Die Beschwerdeführerin rügt, die im Projekt vorgesehenen fischereirechtlichen Verbesserungen seien unnötig, weil der hinterliegende Teil des Dorfbachs schon aufgrund natürlicher Hindernisse nicht fischgängig sei (Felsvorsprünge von bis zu 1 m). Die diesbezüglichen Erwägungen des Kantonsgerichts seien willkürlich.
10.1. Das Kantonsgericht stellte fest, dass im Dorfbach Fische und andere Wassertiere lebten; es handle sich um ein Fischgewässer mit Fischereirevier. Dass weiter oben im Gewässer die Fischgängigkeit nicht gewährleistet sein möge, rechtfertige noch keinen Verzicht auf die fischereirechtlich vorgeschriebenen Verbesserungsmassnahmen. Mit dem Fischpass könne die Längsvernetzung zwischen Suhre und Oberlauf des Bachs verbessert werden. Die zuständige kantonale Fachbehörde habe denn auch in der fischereirechtlichen Bewilligung verlangt, dass sich der Ausbau des Dorfbachs nach den Ansprüchen der Leitfischart (Bachforelle) zu richten habe.
Diese Ausführungen werden durch das von der Beschwerdeführerin neu eingereichte Schreiben der kantonalen Fachbehörde vom 29. März 2017 nicht widerlegt, da sich dieses auf die fehlende Fischgängigkeit oberhalb des Kleinwasserkraftwerks der Beschwerdeführerin im Bachtobel bezieht und nicht auf den Abschnitt im Dorf.
10.2. Sie sind auch aus bundesrechtlicher Sicht nicht zu beanstanden:
Wie schon im Urteil 1C_185/2016 vom 6. Juli 2016 (E. 2.2.2, betr. Geschiebesammler in Büron) ausgeführt wurde, sind die Behörden bei Eingriffen in ein Gewässer verpflichtet, nach Möglichkeit bestehende Beeinträchtigungen zu beseitigen und zerstörte Lebensräume lokal wiederherzustellen (<ref-law> und Art. 7 Abs. 2 des Bundesgesetzes vom 21. Juni 1991 über die Fischerei [BGF; SR 923.0]). Die Erteilung der fischereirechtlichen Bewilligung nach <ref-law> setzt voraus, dass bereits im Rahmen der Projektierung des technischen Eingriffs Massnahmen vorgesehen werden, u.a. zur Sicherstellung der freien Fischwanderung (<ref-law>).
Vorliegend dient der Fischpass im Bachdurchlass (zusammen mit weiteren - bereits erfolgten oder künftigen Sanierungen bachabwärts) der Verbesserung der Fischgängigkeit zwischen Suhre und Oberlauf des Dorfbachs, bis zu den bestehenden natürlichen Hindernissen im Tobelbach. Für die Erstellung des Fischpasses sind im Übrigen keine aufwändigen Massnahmen vorgesehen, sondern dieser ist Bestandteil der vorfabrizierten Betonelemente, die für den neuen Bachdurchlass eingesetzt werden sollen.
11.
Die Beschwerdeführerin rügt einen unverhältnismässigen Eingriff in ihre Eigentumsgarantie.
Bereits geprüft wurde der Einwand, die Totalsanierung des Bachdurchlasses sei nicht erforderlich, weil es mildere Varianten einer Teilsanierung gebe (oben E. 8) und es könne auf die vorgesehene teilweise Offenlegung des Bachs und den Fischpass verzichtet werden (E. 9 und 10).
Im Übrigen kann auf die überzeugenden Erwägungen des Kantonsgerichts zur Verhältnismässigkeit (E. 14) verwiesen werden. Danach ist der öffentliche Nutzen des Projekts beträchtlich, wird doch die Hochwassersicherheit in Büron erheblich verbessert. Dies kommt auch der Beschwerdeführerin zugute, deren Gebäude und Grundstücke vor allfälligen Hochwassern geschützt werden. Die privaten Interessen der Beschwerdeführerin wurden insoweit berücksichtigt, als der Bach im Bereich zwischen Mühle und Silo wieder überdeckt und als Verkehrsfläche genutzt werden darf. Die mit dem Projekt verbundenen Enteignungen beschränken sich auf ein Minimum (12 m2 der Parzellen Nrn. 18 und 825, wobei der Parzelle Nr. 19 eine Fläche von 8 m2 ab der Bachparzelle Nr. 20 zugeschlagen wird). Auch die Wirtschaftlichkeit des Projekts wurde (mit dem Tool "EconoMe") geprüft und berücksichtigt. Das Kantonsgericht erachtete daher das geplante Wasserbauprojekt zu Recht als zumutbar und verhältnismässig.
12.
Schliesslich beanstandet die Beschwerdeführerin die Kostenverlegung des Kantonsgerichts, weil die im vorinstanzlichen Verfahren erfolgte Heilung von Verfahrensfehlern zu wenig berücksichtigt worden sei.
Nach der Rechtsprechung des Bundesgerichts muss der Heilung von Verfahrensfehlern bei der Kostenregelung Rechnung getragen werden, sei es durch angemessene Reduktion der Gerichtskosten, Verzicht auf die Kostenerhebung oder indem der für die Gehörsverletzung verantwortlichen Behörde Kosten auferlegt werden (vgl. Urteil 1C_41/2014 vom 24. Juli 2014 E. 7.3 mit zahlreichen Hinweisen). Der Vorinstanz steht insofern ein Ermessensspielraum zu. Die Anwendung der einschlägigen kantonalen Norm prüft das Bundesgericht grundsätzlich nur auf Willkür hin.
Vorliegend hat das Kantonsgericht die amtlichen Kosten von Fr. 6'000.-- der unterliegenden Beschwerdeführerin nur zu einem Drittel (Fr. 2'000.--) auferlegt, wobei es insbesondere die vor Regierungsrat erfolgte Verletzung des rechtlichen Gehörs zu Gunsten der Beschwerdeführerin berücksichtigte (E. 18.1). Dies erscheint auch im Ergebnis nicht willkürlich, wenn berücksichtigt wird, dass die Beschwerdeführerin neben den Verfahrensrügen zahlreiche weitere Rügen erhoben hat.
13.
Nach dem Gesagten ist die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Bei diesem Ausgang des Verfahrens wird die Beschwerdeführerin kostenpflichtig (<ref-law>). Der in seinem amtlichen Wirkungskreis obsiegende Kanton hat keinen Anspruch auf eine Parteientschädigung (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 4'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3.
Es werden keine Parteientschädigungen zugesprochen.
4.
Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin, dem Bau-, Umwelt- und Wirtschaftsdepartement und dem Regierungsrat des Kantons Luzern, der Gemeinde Büron, dem Kantonsgericht Luzern, 4. Abteilung, und dem Bundesamt für Umwelt schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 14. März 2018
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Merkli
Die Gerichtsschreiberin: Gerber