Faits :
A.
L'Association A._ a été créée en 19**. Cette organisation syndicale constituait une section de l'Association du personnel de la Confédération, organisation faîtière. Par décisions entérinées lors de ses assemblées générales des 29 avril 2010 et 28 avril 2011, l'Association A._ Lausanne a rompu ses liens avec l'Association du personnel de la Confédération et une nouvelle association, l'Union B._ a été créée. De nouveaux statuts ont été adoptés. Le but de l'Union B._ était de regrouper les salariés de l'ensemble du domaine des Ecoles polytechniques fédérales (EPF), actifs ou retraités. Le domaine des EPF comprend l'Ecole polytechnique fédérale de Zurich, l'EPFL, ainsi que quatre établissements de recherche.
Le 14 juin 2011, l'Union B._ a demandé au Président du Conseil des EPF d'être associée à tout projet ou toute mesure touchant le domaine des EPF, en tant que partenaire social.
Après l'échange de plusieurs écritures, le Conseil des EPF a, par décision incidente des 7 et 8 mars 2012, indiqué qu'il reportait sa décision jusqu'à ce que l'Union B._ lui ait fourni des données étayées sur le nombre de ses membres, précisant que pour être reconnue comme partenaire social, elle devait bénéficier d'une représentativité suffisante au sein du domaine des EPF, ce qui impliquait soit d'être déjà reconnue comme partenaire social de la Confédération, soit compter 200 membres au moins dans l'une des institutions du domaine des EPF, ainsi que 20 membres au moins dans chacune de deux autres. Le Conseil des EPF a également requis de l'Union B._ la production d'une déclaration écrite certifiant que toute personne qui souhaitait la quitter n'aurait pas été forcée de payer des cotisations et n'aurait plus reçu de rappels. Un délai au 11 avril 2012 a été imparti à l'Union B._ Lausanne pour produire les documents et informations requis, de manière à ce que la demande de reconnaissance puisse être traitée lors de la séance du Conseil des EPF des 23 et 24 mai 2012.
Le 3 avril 2012, l'Union B._ a recouru devant le Tribunal administratif fédéral en se plaignant d'un refus de statuer du Conseil de des EPF et contre sa décision incidente des 7 et 8 mars 2012, concluant à ce que le Tribunal administratif fédéral ordonne au Conseil des EPF de la reconnaître comme partenaire social.
Par décision incidente du 3 mai 2012, le Tribunal administratif fédéral a, notamment, rejeté une requête de mesures provisionnelles de l'Union B._ tendant, d'une part, à la reconnaissance de sa qualité de partenaire social jusqu'à droit connu sur le fond, et, d'autre part, à l'autoriser - également jusqu'à droit connu sur le fond - à prendre part aux consultations et aux négociations salariales et sociales, ainsi qu'à représenter ses membres en matière de santé et de sécurité au travail.
Par décision incidente du 8 novembre 2012, le Tribunal administratif fédéral a, en revanche, admis partiellement une requête de mesures provisionnelles urgentes de l'Union B._, autorisant celle-ci à prendre part jusqu'au 30 novembre 2012 aux négociations salariales alors en cours, dans la mesure où elles concernaient le personnel de l'EPFL.
Le 6 décembre 2012, le Conseil des EPF a rejeté la requête de l'Union B._ d'être reconnue comme partenaire social du domaine des EPF, au motif qu'elle n'était pas suffisamment représentée, faute de compter au moins 20 membres dans chacune des deux autres institutions du domaine des EPF que le domaine l'EPFL. Il a également mis en doute la loyauté de l'association, au vu du manque de transparence avec lequel elle lui avait communiqué le nombre de ses membres, en relevant toutefois qu'elle avait fait connaître le nombre précis de ses membres au cours de la procédure de recours devant le Tribunal administratif fédéral. Le Conseil des EPF a renoncé à exiger une déclaration attestant que toute personne ne souhaitant pas faire partie de l'Union B._ n'allait pas être contrainte de s'acquitter de cotisations.
Par décision incidente du 12 février 2013, le Tribunal administratif fédéral a rejeté une nouvelle requête de mesures provisionnelles, introduite le 20 décembre 2012 par l'Union B._, tendant à la prolongation de la validité de l'ordonnance de mesures provisionnelles du 8 novembre 2012.
Par arrêt A-1828/2012 du 17 juillet 2013, le Tribunal administratif fédéral a rejeté le recours de l'Union B._ du 3 avril 2012 dans la mesure où il n'était pas devenu sans objet. En substance, le grief de déni de justice était désormais sans fondement, puisque le Conseil des EPF avait rendu une décision le 6 décembre 2012 en cours d'instruction. Les critères de représentativité établis par le Conseil des EPF procédaient d'un correct exercice de son pouvoir d'appréciation en la matière. Le Conseil des EPF pouvait considérer que l'Union B._, dont les membres étaient tous employés, à une exception, de l'EPFL, ne remplissait pas la condition de représentativité fixée par lui au vu de son pouvoir d'appréciation, faute de compter au moins 20 membres dans deux autres institutions que l'EPFL. L'Union B._ ne pouvait donc pas être reconnue comme partenaire social du domaine des EPF. Les conditions de reconnaissance étant cumulatives, le Tribunal administratif fédéral renonçait à examiner si la condition de loyauté était respectée.
Par arrêt 2C_701/2013 du 26 juillet 2014, le Tribunal fédéral a admis le recours formé par l'Union B._ contre l'arrêt du Tribunal administratif fédéral précité, reconnaissant ainsi l'Union B._ comme partenaire social du domaine des EPF. Le Tribunal fédéral a, pour l'essentiel, retenu que subordonner une telle reconnaissance à l'exigence d'être représenté dans trois institutions, pour une association dépassant le nombre de 240 membres sur un seul site, procédait d'un abus du pouvoir d'appréciation et d'une violation du principe de proportionnalité. Il a, par ailleurs, considéré qu'aucun élément figurant dans l'arrêt attaqué ne permettait de conclure que l'Union B._ n'était pas un partenaire social loyal. Dans le même temps, une indemnité de 2'000 fr. a été allouée à la partie recourante à titre de dépens pour la procédure devant le Tribunal fédéral, à la charge du Conseil des EPF.
Par arrêt A-4378/2014 du 5 septembre 2014, le Tribunal administratif fédéral a, notamment, alloué une indemnité de 7'000 fr. à l'Union B._, à titre de dépens.
B.
Le 24 juillet 2015, l'Union B._ a déposé une demande de dommages-intérêts et d'indemnité au titre de réparation pour tort moral auprès du Département fédéral des finances (DFF), concluant à ce que la Confédération lui versât des montants de 404'388.95 fr. (dommages-intérêts) et 10'000 fr. (tort moral).
A l'appui de sa demande, l'Union B._ a, en substance, reproché au Conseil des EPF d'avoir refusé, de manière illicite, de statuer sur sa demande de reconnaissance comme partenaire social du domaine des EPF, l'empêchant ainsi de participer aux négociations salariales et sociales, et d'avoir fixé des conditions de reconnaissance contraires au droit. Un premier dommage, de 360'000 fr., représentaient la perte de 500 cotisations annuelles de 240 francs chacune, de juillet 2011 à juillet 2014. Un second dommage, de 44'388.95 fr., correspondait au montant des dépens consentis au cours de la procédure administrative en reconnaissance comme partenaire social, qui n'avaient été remboursés ni par le Tribunal fédéral ni par le Tribunal administratif fédéral. L'indemnité pour tort moral consistait en l'atteinte portée à sa réputation et à son crédit, le Conseil des EPF ayant mis en doute sa bonne foi et de sa loyauté.
Le 1er juillet 2016, l'Union B._ a fusionné avec le syndicat A._.
C.
Par décision du 4 janvier 2018, le DFF a rejeté la demande de dommages-intérêts et d'indemnité à titre de réparation morale déposée par l'Union B._ (devenue A._), ne lui a pas alloué de dépens et a mis les frais de procédure à sa charge.
Par mémoire du 1er février 2018, A._ a interjeté recours auprès du Tribunal administratif fédéral contre la décision rendue le 4 janvier 2018 par le DFF. Elle a conclu, sous suite de frais et dépens, à ce que la Confédération soit condamnée à lui verser 404'388.95 fr. au titre de réparation du dommage matériel et de 10'000 fr. au titre de réparation du tort moral.
Par arrêt du 4 février 2020, le Tribunal administratif fédéral a rejeté le recours que A._ avait déposé contre la décision rendue le 4 janvier 2018 par le DFF. L'examen des étapes de la procédure devant le Conseil des EPF démontrait qu'il n'y avait pas eu de temps morts. Il n'appartenait en outre pas au Tribunal administratif fédéral de sanctionner le Conseil des EPF pour retard injustifié au cours d'une procédure ayant pour objet une action en responsabilité dirigée contre la Confédération. Enfin, le Conseil des EPF n'avait pas violé un devoir essentiel à l'exercice de sa fonction ni commis d'erreur grave et manifeste en fixant des conditions de reconnaissance de partenaire social finalement écartées par le Tribunal fédéral. En l'absence d'acte illicite, la Confédération n'avait pas à payer de dommages et intérêts ni de tort moral.
D.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public, A._ demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, d'annuler l'arrêt rendu le 4 février 2020 par le Tribunal administratif fédéral et de condamner la Confédération à lui verser la somme de 360'000 fr. et de 44'388 fr. 95 au titre de réparation du dommage matériel, ainsi que la somme de 10'000 fr. au titre de réparation du tort moral.
Le Tribunal administratif fédéral renonce à déposer des observations sur recours. Le DFF conclut au rejet du recours, sous suite de frais et dépens. A._ n'a pas répliqué.

Considérant en droit :
1.
Le Tribunal fédéral examine d'office sa compétence (<ref-law>) et contrôle librement la recevabilité des recours qui lui sont soumis (<ref-ruling> consid. 2 p. 59).
1.1. Dirigé contre un jugement final du Tribunal administratif fédéral (art. 86 al. 1 let. a et 90 LTF) rendu dans une cause de droit public relative à la responsabilité d'un établissement de droit public autonome de l'État (<ref-law>), le présent recours est en principe recevable comme recours en matière de droit public. Il ne tombe pas sous le coup des exceptions de l'<ref-law> et présente une valeur litigieuse supérieure au seuil minimal de 30'000 fr. prévu à l'<ref-law> applicable aux contestations pécuniaires relevant de la responsabilité étatique.
1.2. Le recours a en outre été déposé en temps utile (<ref-law>) par la destinataire de l'acte attaqué qui a un intérêt digne de protection à son annulation ou sa modification (<ref-law>). Il convient donc d'entrer en matière.
2.
Dans un grief formel qu'il convient d'examiner en premier lieu (<ref-ruling> consid. 3 p. 563), la recourante, invoquant l'art. 29 al. 2 Cst., reproche à l'instance précédente d'avoir violé son droit d'être entendue en omettant de statuer sur deux griefs qu'elle avait développés à l'appui de ses conclusions, soit la violation de la liberté syndicale et la violation du principe de la bonne foi.
2.1. Selon la jurisprudence, le juge n'est pas tenu d'exposer et de discuter tous les faits, moyens de preuve et griefs invoqués par les parties. Il n'y a violation du droit d'être entendu consacré par l'art. 29 al. 2 Cst. que si l'autorité ne satisfait pas à son devoir minimum d'examiner et de traiter les problèmes objectivement pertinents (<ref-ruling> consid. 2.2 p. 183; <ref-ruling> consid. 4.1 p. 88 s.).
2.2. L'instance précédente a déduit de l'argumentaire de la recourante qu'elle reprochait au Conseil des EPF son refus ou retard à statuer sur la demande d'être reconnue comme partenaire social du domaine des EPF et la fixation de conditions de reconnaissance contraires au droit (arrêt attaqué consid. 5). La recourante n'expose pas, et l'on ne voit pas, que les violations qui auraient été invoquées devant l'instance précédente de la liberté syndicale et de la bonne foi constituent des problèmes pertinents pour l'issue du litige, qui n'auraient pas déjà été implicitement examinés par l'instance précédente dans l'arrêt attaqué. Il apparaît au contraire que la fixation de conditions de reconnaissance, ainsi que leur mise en oeuvre, contraires au droit, pouvaient conduire à une violation de la liberté syndicale comme cela ressort de l'arrêt 2C_701/2013 du 26 juillet 2014 (<ref-ruling> consid. 5.2 p. 262 s.). La fixation de telles conditions et leur mise en oeuvre pouvaient également être considérées comme emportant une violation du principe de la bonne foi en raison de leur caractère erroné et des nombreuses objections opposées par la recourante à la position du Conseil des EPF, qu'il a pour sa part défendue jusqu'au Tribunal fédéral. Le point de savoir si de telles violations suffisent à justifier une action en responsabilité, il s'agit d'une question de fond, qui ne relève pas de l'art. 29 al. 2 Cst.
Le grief de motivation insuffisante est rejeté dans la mesure où il peut être examiné.
3.
La recourante expose librement les faits de la cause, puis se plaint de la constatation arbitraire des faits. Selon elle, l'instance précédente a retenu à tort que l'Union B._ constituait une nouvelle association et que le Conseil des EPF n'avait pas refusé de statuer.
3.1. Selon l'<ref-law>, le recours ne peut critiquer les constatations de fait que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte - notion qui correspond à celle d'arbitraire - ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (<ref-ruling> consid. 6 p. 358; <ref-ruling> consid. 1.6 p. 377). La partie recourante doit expliquer de manière circonstanciée en quoi ces conditions seraient réalisées (cf. <ref-law>).
3.2. Indépendamment de ses griefs d'arbitraire dans l'établissement des faits, la recourante expose librement les faits de la cause, comme elle le ferait devant une instance d'appel, ce que n'est pas le Tribunal fédéral (<ref-law>; cf., entre autres, 2C_54/2020 du 4 février 2020 consid. 4.2). Le Tribunal fédéral ne tiendra donc pas compte des faits qui ne résultent pas de l'arrêt entrepris.
3.3. L'instance précédente a retenu que " par décisions entérinées lors de ses assemblées générales des 29 avril 2010 et 28 avril 2011, l'Association A._ Lausanne a rompu ses liens avec l'Association du personnel de la Confédération, et une nouvelle association, l'Union B._ Lausanne a été créée. De nouveaux statuts ont été adoptés. " La recourante soutient que l'Union B._ n'était pas une nouvelle association. Selon elle, tous les éléments produits en procédure parlent sans ambiguïté d'un simple changement de nom et de la rupture des liens avec une organisation faitière à la suite de la modification de quelques articles de ses statuts, mais certainement pas d'une nouvelle association dotée de statuts entièrement nouveaux. Il s'agit selon elle de la constatation arbitraire d'un fait. Elle affirme dans le même temps que ce point n'est certes pas immédiatement déterminant, mais qu'il peut avoir une influence sur le sort du litige, sans préciser quelle influence la correction du vice qu'elle dénonce aurait sur l'issue du litige, ce qui n'apparaît pas avec évidence. Insuffisamment motivé eu égard aux conditions de l'<ref-law>, le grief ne peut pas être examiné.
3.4. La recourante réitère une fois encore que le Conseil des EPF a bien refusé de statuer et soutient que retenir le contraire contrevient de manière manifeste et arbitraire aux allégués et pièces produites, s'agissant des étapes de la procédure devant le Conseil des EPF, des doutes fondés qu'éprouvait ce même Conseil sur la loyauté de la recourante dans ses relations avec ses membres et, enfin, s'agissant de la production de la liste nominative de ses membres. La recourante n'affirme nullement dans son grief que l'instance précédente aurait omis ces faits. Elle se plaint en réalité de l'appréciation juridique desdits faits par l'instance précédente, ce qui fera l'objet d'un examen sur le fond.
4.
La recourante reproche finalement à l'instance précédente de ne pas avoir retenu que les activités de l'Union B._ étaient "informelles" au sein des autres établissements du domaine des EPF, ce que le Conseil des EPF ne pouvait ignorer, lorsqu'il a fixé les critères de représentativité pour la reconnaissance comme partenaire social. Or, cet élément serait, selon elle, essentiel pour établir que le Conseil des EPF a fixé, en connaissance de cause, un critère discriminatoire qui, dans les faits, mettait "hors course" l'Union B._, puisqu'elle ne détenait aucun membre en dehors de l'EPFL, sauf exception.
Ce grief d'établissement arbitraire des faits doit être rejeté. Il tend en substance à reprocher au Conseil des EPF de n'avoir pas choisi des critères dans l'interprétation de notions juridiques indéterminées qui soient d'emblée adaptés à la situation concrète de l'Union B._ au moment de la scission, notamment quant au nombre de ses membres. Cela revient à faire grief au Conseil des EPF d'avoir endossé les devoirs lui incombant en tant qu'autorité de première instance non seulement pour la reconnaissance de l'Union B._, mais également pour l'éventuelle reconnaissance de nouvelles associations dans le futur, la décision finalement prise pour l'Union B._ revêtant à l'évidence le rôle de précédent. Une telle position ne saurait être suivie sans rendre obsolètes les obligations légales (cf. art. 25, notamment let. i, de la loi fédérale du 4 octobre 1991 sur les écoles polytechniques fédérales [Loi sur les EPF; RS 414.110]) qui incombent au Conseil des EPF. Il n'importe par conséquent pas que ce dernier connaissait, ou non, le caractère informel des activités de la recourante en dehors de l'EPFL. Il suffit d'examiner si, ce faisant, le Conseil des EPF a commis un acte illicite, ce qui sera examiné ci-dessous.
5.
5.1. Dans l'arrêt attaqué, le Tribunal administratif fédéral a rejeté toutes les prétentions en dommages-intérêts et tort moral que la recourante fait valoir à l'encontre de la Confédération. Il a jugé en résumé que le Conseil des EPF n'avait commis aucun acte illicite engageant la responsabilité de la Confédération, que ce soit par un refus ou retard à statuer sur la demande de reconnaissance comme partenaire social, ou par la fixation des conditions exigées pour obtenir une telle reconnaissance. En l'absence d'acte illicite engageant la responsabilité de la Confédération, le Tribunal administratif fédéral n'a pas examiné les autres conditions légales qui auraient dû être remplies pour fonder une telle responsabilité, comme l'existence d'un dommage.
5.2. Dans son recours, la recourante soutient quant à elle que le refus de statuer, le choix d'un critère de reconnaissance qualifié par le Tribunal fédéral d' " objectivement très difficile à remplir " ainsi que l'imputation à l'Union B._ de violations de la liberté syndicale et d'un comportement contraire à la bonne foi mettant en cause sa loyauté, constituent autant d'actes illicites du Conseil des EPF, engageant la responsabilité de la Confédération.
6.
6.1. Conformément à l'art. 1 de la loi fédérale du 4 octobre 1991 sur le domaine des EPF (Loi sur les EPF; RS 414.110), le domaine des EPF, qui comprend l'Ecole polytechnique fédérale de Zurich (EPFZ, l'Ecole polytechnique fédérale de Lausanne (EPFL) et des établissements de recherche, est rattaché au Département fédéral de l'économie, de la formation et de la recherche (DEFR) et, contrairement aux établissements qui le composent, n'est pas un établissement de droit public autonome (art. 5 al. 1 et 21 al. 1 de la loi sur le domaine des EPF). Le Conseil des EPF en est l'organe stratégique de direction (art. 4 al. 1 et 2 de la loi sur le domaine des EPF. Le Conseil fédéral règle, dans le cadre de la loi fédérale du 24 mars 2000 sur le personnel de la Confédération, notamment, les conditions d'engagement des membres à plein temps du Conseil des EPF (art. 17 al. 1 Loi sur le domaine des EPF).
La responsabilité pour les actes du Conseil des EPF est régie par la LRCF, puisque ses dispositions s'appliquent à toutes les personnes investies d'une fonction publique de Confédération, notamment aux fonctionnaires et autres agents de la Confédération (art. 1 let. e LRCF). Le domaine des EPF, dont l'organe stratégique est le Conseil des EPF, n'étant pas une institution indépendante de l'administration ordinaire au sens de l'<ref-law>, parce qu'elle n'est qu'une unité administrative sans personnalité juridique devenue autonome sur le plan organisationnel (cf. Annexe 1 ch. VI, 2.1.1 de l'ordonnance du 25 novembre 1998 sur l'organisation du gouvernement et de l'administration [OLOGA; RS 172.010.1]), c'est donc la Confédération, comme l'a du reste jugé à juste titre l'instance précédente par décision incidente du 29 août 2019, qui répond du dommage causé sans droit à un tiers par le Conseil des EPF dans l'exercice de ses fonctions (art. 2 al. 1 et 3 al. 1 LRCF).
6.2. L'<ref-law> consacre une responsabilité primaire, exclusive et causale de l'État en ce sens que le tiers lésé ne peut rechercher que l'État, à l'exclusion du fonctionnaire ou de l'agent responsable, et qu'il n'a pas à établir l'existence d'une faute de ce dernier; il lui suffit d'apporter la preuve d'un acte illicite, d'un dommage ainsi que d'un rapport de causalité entre ces deux éléments. Ces conditions doivent être remplies cumulativement (<ref-ruling> consid. 4.1 p. 140 et les arrêts cités). L'<ref-law> exige en revanche de celui qui subit une atteinte à sa personnalité qu'il démontre la faute commise par le fonctionnaire pour avoir droit à une somme d'argent à titre de réparation morale pour autant que la gravité de l'atteinte le justifie et que l'auteur ne lui ait pas donné satisfaction autrement. L'instance précédente ayant nié l'existence d'actes illicites de la part du Conseil des EPF, le contenu de cette notion doit être rappelé.
7.
La condition de l'illicéité au sens de l'<ref-law> ("sans droit") suppose que l'État, au travers de ses organes ou de ses agents, ait violé des prescriptions destinées à protéger un bien juridique. La jurisprudence a également considéré comme illicite la violation de principes généraux du droit, ou encore, selon les circonstances, un excès ou un abus du pouvoir d'appréciation conféré par la loi. L'illicéité peut d'emblée être réalisée si le fait dommageable consiste dans l'atteinte à un droit absolu (comme la vie ou la santé humaines, ou le droit de propriété; Erfolgsunrecht). Si, en revanche, le fait dommageable constitue une atteinte à un autre intérêt (par exemple le patrimoine), l'illicéité suppose qu'il existe un "rapport d'illicéité", soit que l'auteur ait violé une norme de comportement ayant pour but de protéger le bien juridique en cause; c'est ce qu'on appelle l'illicéité par le comportement ( Verhaltensunrecht) (cf. <ref-ruling> consid. 4.2 p. 141; <ref-ruling> consid. 2.4 p. 376; <ref-ruling> consid. 5.1 p. 317; arrêt 2C_34/2017 du 24 août 2018 consid. 5.5 et les références citées).
8.
La recourante soutient qu'en refusant de statuer, le Conseil des EPF a commis un acte illicite qui engage la responsabilité de la Confédération. Invoquant l'<ref-law>, l'intimé est d'avis qu'en n'utilisant pas la voie de recours contre la décision incidente de refus de mesures provisionnelles en procédure de recours pour refus de statuer rendue le 3 mai 2012 par le Tribunal administratif fédéral, la recourante a perdu le droit de contester cette décision dans la procédure d'action en responsabilité. Subsidiairement, il soutient qu'aucun retard injustifié à statuer n'a été commis.
8.1. L'<ref-law> prévoit que la légalité des décisions, d'arrêtés et de jugements ayant force de chose jugée ne peut pas être revue dans une procédure en responsabilité. Cette disposition consacre le principe de la primauté de la protection juridictionnelle par rapport à une procédure en responsabilité de l'État (ou principe de la protection juridique unique; Prinzip der Einmaligkeit des Rechtsschutzes). De tels actes sont en effet réputés conformes à la loi, de sorte qu'ils ne sont donc pas illicites. En pratique, ce principe oblige le destinataire d'une décision qu'il considère comme préjudiciable à ses intérêts à la contester immédiatement par la voie d'un recours, sous peine d'être ultérieurement déchu du droit d'agir en responsabilité contre la collectivité publique dont elle émane (arrêt 2C_856/2017 du 13 mai 2019 consid. 5.3.2; FLORENCE AUBRY GIRARDIN, Responsabilité de l'État: un aperçu de la jurisprudence du Tribunal fédéral, in: La responsabilité de l'État, Favre/Martenet/Poltier éd., 2012, p. 113 ss, 128; voir aussi ETIENNE POLTIER, La responsabilité de l'État pour acte illicite: l'exigence de l'illicéité, in ibidem, p. 45 ss, 62). Autrement dit, celui qui, sans succès, épuise les voies de droit contre une décision ou qui n'a pas utilisé tous les moyens de droit qui étaient à sa disposition n'est pas en droit de contester la licéité de cette décision (encore une fois) dans le procès en responsabilité (<ref-ruling> consid. 2a p. 147; <ref-ruling> consid. 3c p. 212; arrêt 8C_398/2016 du 17 mai 2017 consid. 4.2.2).
8.2. Le principe de la protection juridique unique suppose que le justiciable avait effectivement la possibilité d'attaquer la décision préjudiciable à ses intérêts et qu'il n'en a pas fait usage ou en a fait usage sans succès; en revanche, si une voie de droit ne permet pas de corriger l'acte attaqué mais conduit seulement à la constatation de son illicéité, l'examen de cette décision reste possible dans une procédure en responsabilité (<ref-ruling> consid. 3.1; <ref-ruling> consid. 2; <ref-ruling> consid. 2b; arrêts 2C_871/2015 du 11 février 2015 consid. 2.5.5; 2E_2/2013 du 30 octobre 2014 consid. 5.3.2; RETO FELLER, Das Prinzip der Einmaligkeit des Rechtsschutzes im Staatshaftungsrecht, 2006, p. 6 ss). Cela vaut également lorsque la voie de droit n'est pas ou plus ouverte pour défaut d'intérêt actuel à recourir (<ref-ruling> consid. 2a; arrêts 2C_871/2015 du 11 février 2015 consid. 2.5.5; 2A.288/2006 du 28 août 2006 consid. 1.4.1; 2A.64/2003 du 27 mai 2003 consid. 2.2.3; FELLER, op. cit., p. 209 ss) ou lorsque la légalité de la décision en cause, qui a été annulée sur recours en raison d'une violation du droit d'être entendu, n'a pas fait l'objet d'un contrôle matériel (arrêt 2C_856/2017 du 13 mai 2019 consid. 6.3).
8.3. En l'espèce, l'on peine à comprendre en quoi, comme l'objecte l'intimé, la recourante, qui avait déposé un recours pour refus de statuer du Conseil des EPF devant le Tribunal administratif fédéral le 3 avril 2012, aurait dû, eu égard au principe de la protection juridique unique, contester la décision incidente du 3 mai 2012 rejetant une demande des mesures provisionnelles tendant à l'autoriser à fonctionner comme partenaire social. Une ordonnance incidente refusant des mesures provisionnelles n'équivaut à l'évidence pas à une décision établissant la légalité matérielle d'une décision préjudiciable à son destinataire, encore moins lorsque, comme en l'espèce, l'objet du recours consistait à se plaindre d'un refus de statuer. Force est en revanche de constater que, par arrêt A-1828/2012 du 17 juillet 2013, le Tribunal administratif fédéral a rejeté le recours de l'Union B._ du 3 avril 2012, en tant qu'il concernait la question de la reconnaissance, dans la mesure où il n'était pas devenu sans objet, en tant qu'il concernait le refus de statuer, le Conseil des EPF ayant rendu le 6 décembre 2012, en cours de procédure devant lui, la décision que demandait la recourante. Le refus de statuer n'ayant pas pu faire l'objet d'un examen matériel faute d'intérêt actuel au recours au moment où le Tribunal administratif fédéral a statué le 17 juillet 2013 (cf. sur ce point: <ref-ruling> consid. 2.1 p. 500; arrêts 2C_1069/2019 du 14 avril 2020 consid. 5.1; 2C_89/2014 du 26 novembre 2014 consid. 5.1), la recourante est et était, conformément à la jurisprudence rappelée ci-dessus (cf. supra consid. 8.2), autorisée à s'en plaindre en procédure en responsabilité aux fins d'établir qu'il s'agissait d'un acte illicite. C'est par conséquent à juste titre que l'instance précédente a examiné si l'éventuel refus ou retard à statuer dénoncé par la recourante constituait un acte illicite du Conseil des EPF à son encontre engageant la responsabilité de la Confédération, dont elle a finalement nié l'existence (cf. arrêt attaqué consid. 6.2 et 6.3). Avant d'examiner les griefs dirigés par la recourante contre ce constat, il convient de s'assurer qu'un retard à statuer peut constituer un acte illicite au sens de l'<ref-law>.
9.
9.1. Comme l'a exposé à bon droit l'instance précédente, le retard ou le refus injustifié à statuer constitue un acte illicite susceptible d'engager la responsabilité de la collectivité publique concernée, si les autres conditions de ladite responsabilité sont satisfaites (<ref-ruling> consid. 7.3.2 et les arrêts cités; <ref-ruling> consid. 1.4 p. 417 s.; <ref-ruling> consid. 3d p. 166). Il faut notamment qu'il y ait une relation de causalité adéquate entre l'acte illicite et le dommage. Cependant, le comportement du lésé peut avoir pour effet de rompre le caractère adéquat du lien de causalité (ATF <ref-ruling> consid. 2b p. 163; arrêt 2P.285/1989 du 27 mars 1990 consid. 2b).
9.2. L'art. 29 al. 1 Cst. garantit notamment à toute personne le droit à ce que sa cause soit traitée dans un délai raisonnable. Cette disposition consacre le principe de la célérité. L'autorité viole cette garantie lorsqu'elle ne rend pas une décision qu'il lui incombe de prendre dans le délai prescrit par la loi ou dans le délai que la nature de l'affaire et les circonstances font apparaître comme raisonnable (cf. <ref-ruling> consid. 5.1 p. 331 s.). Le caractère raisonnable du délai s'apprécie selon les circonstances particulières de la cause, eu égard notamment à la complexité de l'affaire, à l'enjeu du litige pour l'intéressé, à son comportement ainsi qu'à celui des autorités compétentes (<ref-ruling> consid. 4.4 p. 277). A cet égard, il appartient au justiciable d'entreprendre ce qui est en son pouvoir pour que l'autorité fasse diligence, que ce soit en l'invitant à accélérer la procédure ou en recourant, le cas échéant, pour retard injustifié (<ref-ruling> consid. 5.2 p. 332). Enfin, on ne saurait reprocher à l'autorité quelques temps morts, qui sont inévitables dans une procédure. Lorsqu'aucun d'eux n'est d'une durée vraiment choquante, c'est l'appréciation d'ensemble qui prévaut (<ref-ruling> consid. 3.3.3 p. 56; <ref-ruling> consid. 5.2 p. 332).
9.3. Arguant du fait que le Conseil des EPF n'a pas répondu avant le 20 octobre 2011 au courrier du 14 juin 2011 qui annonçait la création de l'Union B._ et demandait sa reconnaissance comme partenaire social pour le domaine des EPF, la recourante soutient que le Conseil des EPF a refusé de statuer sur sa demande. Comme l'a à juste titre constaté l'instance précédente, ce délai s'explique pour partie en raison des mois d'été, qui ralentissent les activités, et, pour partie, comme l'a écrit le 20 octobre 2011 le Conseil des EPF, par le constat que le processus de création de l'Union B._ ne lui semblait pas encore pleinement abouti. Quoi qu'il en soit, l'instance précédente a constaté d'une manière qui lie le Tribunal fédéral (<ref-law>), que le Conseil des EPF n'a pas refusé de rendre une décision mais uniquement renoncé, à ce stade, à une prise de position sur le fond de la demande, pour les motifs exposés précédemment (cf. arrêt attaqué consid. 6.1.1). On ne saurait par conséquent suivre la recourante lorsqu'elle se plaint d'un refus de statuer. Tout au plus, l'absence de réaction immédiate du Conseil des EPF provenait, à ce moment de la procédure, d'une plus mauvaise appréciation des problèmes juridiques et factuels que ne se l'était imaginée l'Union B._ en été 2011 quant à la question de sa reconnaissance comme partenaire social du domaine des EPF. Le fait que le Conseil des EPF ait pu se tromper dans cette appréciation ne signifie pas qu'il a refusé de statuer.
9.4. La recourante est d'avis que le Conseil des EPF s'est aussi rendu coupable d'un retard à statuer en tergiversant de nombreux mois, de multiples courriers étant échangés entre-temps, avant de rendre une première décision les 7 et 8 mars 2012 qui ne se prononçait pas formellement sur la reconnaissance, mais exigeait de l'Union B._ qu'elle s'engage à n'entreprendre aucune mesure de recouvrement de cotisations. Ce n'était que sous la contrainte du recours pour déni de justice déposé auprès du Tribunal administratif fédéral que le Conseil des EPF avait finalement statué sur le fond le 6 décembre 2012.
Il est certain que l'insistance dont a fait montre l'Union B._ est conforme à ce que la jurisprudence attend du justiciable qui entend se plaindre d'un retard à statuer. Toutefois, l'intensité des efforts déployés pour obtenir une décision du Conseil des EPF est la démonstration que la reconnaissance de l'Union B._ comme partenaire social du domaine des EPF n'était pas une affaire courante. Compte tenu de la complexité de l'affaire, dès lors qu'aucune jurisprudence antérieure ne pouvait concrètement guider la prise de décision du Conseil des EPF, une durée de procédure d'un an et demi, soit du 14 juin 2011 au 6 décembre 2012, ne permet pas d'imputer à ce dernier un retard à statuer qui constituerait, en portant atteinte à la liberté syndicale et cas échéant à la bonne foi, un acte illicite engageant la responsabilité de la Confédération. Il en va ainsi même si, on l'a bien compris, aux yeux de la recourante, la reconnaissance comme partenaire social devait être une simple formalité.
C'est par conséquent à bon droit que l'instance précédente a nié l'existence d'un refus ou d'un retard à statuer imputable au Conseil des EPF et par conséquent un comportement illicite de celui-ci engageant la responsabilité de la Confédération.
10.
Réitérant le grief qu'elle avait déjà formulé antérieurement, la recourante reproche à l'instance précédente de n'avoir pas constaté le comportement illicite du Conseil des EPF lorsqu'il a fixé les conditions, illégales (<ref-ruling> consid. 5.2 p. 262 ss), de la reconnaissance de l'Union B._ comme partenaire social du domaine des EPF.
10.1. Comme l'a dûment exposé l'instance précédente, la responsabilité d'une collectivité publique en raison de l'illicéité d'une décision n'est admise qu'à des conditions restrictives. Ainsi, le comportement d'un magistrat ou d'un agent n'est illicite que lorsque celui-ci viole un devoir essentiel à l'exercice de sa fonction ou commet une erreur grave et manifeste qui n'aurait pas échappé à un homologue consciencieux (cf. <ref-ruling> consid. 4.2 p. 140 s., 132 II 449 consid. 3.3 p. 457, <ref-ruling> consid. 4.1 p. 317 s.; arrêt du Tribunal fédéral 2C_856/2017 précité consid. 5.3.3). Lorsque l'autorité a interprété la loi faisant, d'une manière conforme à ses devoirs, usage de son pouvoir d'appréciation ou de la latitude que lui laisse une notion juridique imprécise, son activité ne peut pas être tenue pour illicite du seul fait que son appréciation ou son interprétation n'est pas retenue par une autorité supérieure ou de recours saisie du cas par la suite: le simple fait qu'une décision soit entachée d'un vice que censure l'organe de recours, et de manière générale se révèle par la suite inexacte, contraire au droit ou même arbitraire ne suffit pas (cf. <ref-ruling> consid. 4d/dd p. 252 s,, 120 Ib 248 consid. 2b p. 249 s., 118 Ib 473 consid. 2b p. 476 s.; arrêts 2C_275/2012 du 11 décembre 2012 consid. 3.1 et 2C_852/2011 du 10 janvier 2012 consid. 4.3; ATAF 2017 I/5 consid. 5.1.1 et la jurisprudence citée). De même, il ne suffit pas qu'une autorité excède ou abuse de son pouvoir d'appréciation (cf. <ref-ruling> consid. 2b p. 476 s., 116 Ib 193 consid. 2b p. 193).
10.2. La recourante laisse entendre que le Conseil des EPF a volontairement cherché à lui nuire en fixant le critère de représentation dans le domaine des EPF à 200+20+20.
Dans l'<ref-ruling>, le Tribunal fédéral a jugé que les conditions de représentativité et de loyauté devaient être comprises comme des conditions inhérentes à la notion de partenaire social, qu'un syndicat devait remplir pour pouvoir revendiquer cette qualité (consid. 5.2.2 p. 264). Il a ajouté que les conditions de représentativité et de loyauté étaient des notions juridiquement indéterminées, qui devaient être concrétisées dans chaque cas particulier par usage du pouvoir d'appréciation. Il s'ensuit qu'en cherchant à concrétiser ces notions juridiques indéterminées, qu'il avait au demeurant dûment identifiées en se fondant sur la jurisprudence existante, le Conseil des EPF a agi de manière conforme à son devoir de prendre toutes les mesures nécessaires au bon fonctionnement du partenariat social (art. 13 al. 1 de l'ordonnance du 15 mars 2001 du Conseil des EPF sur le personnel du domaine des écoles polytechniques fédérales [Ordonnance sur le personnel du domaine des EPF, OPers-EPF]).
On ne saurait donc reprocher au Conseil des EPF, comme le fait la recourante, d'avoir fixé, en connaissance de cause, un critère discriminatoire (200+20+20) qui, dans les faits, mettait "hors course" l'Union B._, puisqu'elle ne détenait aucun membre en dehors de l'EPF, hormis un membre. En effet, il ressort de la décision du 6 décembre 2012 qu'aux fins de concrétiser la notion de représentativité, le Conseil des EPF s'était inspiré de la pratique de l'Office fédéral du personnel et du rapport entre le nombre de membres de la plus petite des associations du personnel reconnue par la Confédération et les 35'000 employés à plein temps de celle-ci, qu'il avait appliqués au domaine des EPF en tenant compte du taux de syndicalisation moins élevé du personnel de ce domaine. On ne discerne pas dans la démarche du Conseil des EPF l'intention de nuire que lui prête la recourante.
10.3. Pour le surplus, quand bien même le Tribunal fédéral a constaté que " demander d'un nouveau syndicat qu'il soit d'emblée présent dans trois institutions du domaine des EPF est une condition sinon impossible, [...] du moins objectivement très difficile à remplir " puis jugé que " la subordination de la reconnaissance de la recourante comme partenaire social du domaine des EPF à l'exigence d'être représentée dans trois de ses institutions selon la règle « 200 + 20 + 20» pour une association qui dépasse le nombre de 240 membres sur un seul site procède d'un abus du pouvoir d'appréciation et d'une violation du principe de proportionnalité", il n'en demeure pas moins que la recourante échoue dans la démonstration que le Conseil des EPF a violé un devoir essentiel à l'exercice de sa fonction ou commis une erreur grave et manifeste qui n'aurait pas échappé à un homologue consciencieux, tant il est vrai qu'il s'est trouvé un collège de juges du Tribunal administratif fédéral pour juger que le critère choisi était admissible. Affirmer le contraire reviendrait à admettre que ces derniers ont aussi violé un devoir essentiel à l'exercice de leur fonction de juge ou commis une erreur grave et manifeste qui n'aurait pas échappé à un homologue consciencieux. Tel ne saurait être le cas s'agissant d'une question relevant de l'appréciation juridique. Le Tribunal fédéral enfin a rendu l'arrêt 2C_701/2013 du 25 juillet 2014 (<ref-ruling>) dans la composition de cinq juges précisément requise lorsque la cause soulève une question juridique de principe ou lorsqu'un juge en fait la demande (<ref-law>), ce qui démontre une fois encore le caractère complexe de la cause, de sorte que l'on ne saurait affirmer que le constat d'abus du pouvoir d'appréciation et de violation du principe de proportionnalité posé par le Tribunal fédéral suffit à engager la responsabilité de la Confédération.
En jugeant que le Conseil des EPF n'a pas commis d'acte illicite en fixant le critère 200+20+20 pour la reconnaissance de l'UP PF comme partenaire social du domaine des EPF, l'instance précédente n'a pas violé le droit fédéral. Une des conditions fondant la responsabilité de la Confédération faisant défaut, c'est à juste titre que la recourante a été déboutée de ses prétentions en dommages-intérêts.
11.
Les considérants qui précèdent conduisent au rejet du recours. Succombant, la recourante doit supporter les frais de la procédure fédérale (<ref-law>). Il n'est pas alloué de dépens (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 8'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3.
Le présent arrêt est communiqué au mandataire de la recourante, au Département fédéral des finances et au Tribunal administratif fédéral, Cour I.
Lausanne, le 21 août 2020
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Seiler
Le Greffier : Dubey