Faits :
A.
A.a. Les 28 et 31 mars, 3, 10 et 11 avril 2008, X._ SA - société active dans le courtage immobilier - (ci-après: la courtière) a conclu un contrat de courtage avec V._, W._, L._ et M._ SA dans l'optique de la vente de leurs parts du complexe immobilier l'" xxx " sis à....
Celles-ci étaient copropriétaires des 10/12èmes des parts de copropriété du complexe en question, les 2/12èmes restants étant copropriété de Y._ et Z._, chacun par moitié.
A.b. D._, chargé de mission pour N._, s'occupait de ce projet de vente. Le 29 avril 2008, il a envoyé un courriel à B._, administrateur de X._ SA, pour l'informer de l'intérêt de Z._ à racheter l'ensemble du complexe, précisant que, si ce dernier renonçait à racheter l'ensemble, il souhaiterait alors se joindre aux autres copropriétaires pour vendre sa propre part.
A.c. Le 26 août 2008, B._ a demandé par courriel à D._ d'organiser une rencontre avec les différents propriétaires du complexe immobilier pour leur donner des explications sur les démarches qu'il avait entreprises, présenter les résultats de ses efforts et leur permettre d'étudier les options stratégiques.
A.d. Le 6 septembre 2008, B._ a fait parvenir un exemplaire d'un contrat de courtage à Z._ concernant sa part et celle de Y._. Il le priait de le signer et de le faire suivre à Y._, avant de lui retourner les exemplaires pour qu'il les paraphe également, si cela lui convenait. Le prix de vente souhaité y figurait pour 8'000'000 fr.
A.e. Ce document a été signé le 30 octobre 2008 par Y._. Celui-ci y a ajouté une clause manuscrite réservant l'hypothèse d'une vente par son intermédiaire ou celui de l'un de ses courtiers, situation dans laquelle il était prévu que le courtier " rétroc (ède) le 50 % de la commission ". Par courriel du lendemain, B._ a confirmé son accord avec cette clause.
Ce contrat n'a pas été signé par Z._.
A.f. Plusieurs séances ont eu lieu sous l'égide de D._. Tous les copropriétaires du complexe, y compris Z._ et Y._, y ont été régulièrement convoqués.
A.g. Le 15 octobre 2008, D._ a informé les copropriétaires que B._ lui avait fait part de l'intérêt d'un investisseur, qui s'est révélé être A._ SA, un fonds de placement immobilier. Le 5 novembre 2008, A._ SA a offert pour l'acquisition du complexe immobilier entier la somme de 43'000'000 fr., montant ramené à 42'000'000 fr. le 17 novembre suivant, après soustraction de la valeur du terrain en droit de superficie.
A.h. Le 6 novembre 2008, D._ a adressé un courriel à tous les copropriétaires les invitant à prendre position sur diverses offres.
A.i. Par contrat de vente immobilière du 4 mars 2009, V._, W._, L._ et M._ SA ont vendu à A._ SA les 10/12èmes des parts de copropriété du complexe immobilier " xxx " au prix de 35'000'000 fr.
A.j. Le 22 décembre 2011, Z._ et Y._ ont vendu leur part de copropriété de 2/12èmes du même complexe à A._ SA au prix de 7'800'000 fr.
Lors de l'instrumentation, Y._ a sollicité de l'acheteuse l'insertion dans l'acte de vente d'une clause additionnelle (2.13) spécifiant que " toutes éventuelles commissions de courtage qui seraient dues pour la présente transaction immobilière sont à la charge exclusive de l'acquéresse ".
A._ SA, par la voix de E._, a alors questionné Y._ sur les raisons pour lesquelles il souhaitait introduire cette nouvelle clause. Elle n'a toutefois pas formellement demandé aux vendeurs si, à leur connaissance, une commission de courtage était due. Elle a accepté que la clause en question soit ajoutée.
A.k. Les 23 et 26 mars 2012, B._ a invité Z._ et Y._ à faire suivre sa note d'honoraires à A._ SA, en se référant à la clause 2.13 de l'acte de vente précité, dans la mesure où il estimait que cette vente était liée à son activité de courtier.
A.l. Le 28 mars 2012, à réception de la copie du contrat de courtage du 30 octobre 2008 et des factures d'honoraires de X._ SA, A._ SA a écrit à Z._ et Y._ pour manifester sa surprise. Elle estimait avoir été victime d'un dol ou d'une erreur, à mesure qu'elle n'avait pas été informée de l'existence du contrat de courtage lors de la signature de l'acte de vente qu'elle déclarait invalider, en tant qu'il prévoyait de mettre à sa charge toute éventuelle commission de courtage. Elle observait encore que le contrat de courtage n'avait été signé que par Y._, de sorte qu'il serait " inopérant ", voire n'engagerait que ce dernier pour sa part de copropriété.
B.
B.a. Après avoir obtenu une autorisation de procéder en date du 27 août 2012, X._ SA a ouvert action en paiement à l'encontre de Y._ et Z._ devant le Tribunal civil des Montagnes et du Val-de-Ruz, en concluant principalement à ce qu'ils soient condamnés solidairement à lui payer la somme de 168'480 fr. avec intérêts moratoires.
Le 11 janvier 2013, Y._ a déposé un mémoire de réponse et une requête d'appel en cause à l'encontre de A._ SA. Dans son mémoire de réponse déposé le même jour, Z._ a conclu à ce que la demande soit déclarée irrecevable en tant qu'elle le concernait, dans la mesure où il n'avait pas signé le contrat de courtage et où la clause d'élection de for qui y figurait ne lui était pas opposable.
Le 28 mars 2013, A._ SA a admis l'appel en cause tout en précisant qu'elle ne s'estimait pas débitrice des montants réclamés, en raison du dol ou de l'erreur dont elle avait été victime.
B.b. Lors d'une audience d'instruction du 3 octobre 2013, il a été convenu de simplifier le procès au sens de l'art. 125 let. a CPC en limitant l'administration des preuves aux questions de la recevabilité de la demande contre Z._ et de l'existence ou non d'une créance de courtage de X._ SA contre Y._ et Z._.
Par jugement sur moyens séparés du 17 mars 2016, le Tribunal civil des Montagnes et du Val-de-Ruz a déclaré la demande irrecevable en tant qu'elle visait Z._, en raison de son incompétence ratione loci. La demande était en revanche recevable en tant qu'elle visait Y._ et A._ SA. Le premier juge a dit que X._ SA était titulaire d'une créance de courtage liée à la vente immobilière du 22 décembre 2011, créance qui se montait à 84'240 fr. toutes taxes comprises; cette somme était due par Y._, sous réserve de la validité de la clause 2.13 de l'acte de vente du 22 décembre 2011.
Saisie d'un appel de A._ SA, la Cour d'appel civile du Tribunal cantonal du canton de Neuchâtel l'a rejeté par arrêt du 16 décembre 2016.
B.c. A._ SA a déposé un recours contre ce jugement devant le Tribunal fédéral. Par arrêt 4A_29/2017 du 1er février 2017, le Tribunal fédéral n'est pas entré en matière sur ce recours. Il a considéré que, du point de vue de la recourante, l'arrêt entrepris représentait une décision préjudicielle au sens de l'art. 93 LTF; la recourante n'ayant pas établi qu'une décision immédiate permettrait d'éviter une procédure probatoire longue et coûteuse, condition posée à l'art. 93 al. 1 let. b LTF, le recours s'avérait irrecevable.
B.d. Le 19 avril 2017, X._ SA a déposé une " demande complémentaire " en concluant principalement à ce que Y._ soit condamné à lui payer 84'240 fr. avec intérêts et à ce que A._ SA soit condamnée à payer le même montant à Y._, subsidiairement à ce que A._ SA soit condamnée à lui payer 84'240 fr. avec intérêts.
Au terme de sa réponse complémentaire du 30 juin 2017, Y._ a conclu, principalement, à ce que A._ SA soit condamnée à payer à X._ SA la somme de 84'240 fr. avec intérêts, et subsidiairement, s'il devait lui-même être condamné à verser à X._ SA la somme en question, à ce que A._ SA soit condamnée à le relever de son obligation par paiement immédiat à X._ SA de cette même somme, plus subsidiairement encore à ce que A._ SA soit condamnée à lui verser ce montant.
Par mémoire de réponse complémentaire du 30 juin 2017, A._ SA a pris les conclusions suivantes: constater l'absence de contrat de courtage entre X._ SA et Y._; constater l'absence de créance de X._ SA à l'encontre de Y._; subsidiairement, dire qu'elle a valablement invalidé la clause 2.13 de l'acte de vente du 22 décembre 2011, qu'elle n'est en toute hypothèse pas redevable d'une quelconque créance de courtage et en tout état de cause rejeter tant la demande en paiement de X._ SA que sa demande complémentaire.
B.e. Par jugement du 7 mars 2019, le Tribunal civil des Montagnes et du Val-de-Ruz a condamné Y._ à payer à X._ SA la somme de 84'240 fr. avec intérêts, condamné A._ SA à payer à Y._ le montant de 84'240 fr. avec intérêts et débouté les parties de toute autre conclusion. A l'appui de ce jugement, le premier juge a retenu que Y._ avait trompé A._ SA en lui cachant qu'il avait signé un contrat de courtage, respectivement qu'il avait violé les devoirs que lui imposait la loyauté commerciale. Cette tromperie n'était toutefois pas causale, en ce sens que A._ SA aurait dû s'en apercevoir: elle avait signé le contrat de vente sans prendre la précaution de savoir si une commission de courtage était due, de sorte qu'elle n'était pas fondée à invoquer le dol ou l'erreur essentielle. Le premier juge a fixé les frais de la procédure à 3'040 fr., les a mis à la charge de A._ SA, a condamné Y._ à verser une indemnité de dépens de 7'007 fr. 95 en faveur de X._ SA et condamné également A._ SA à verser une indemnité de dépens de 7'108 fr. en faveur de Y._.
B.f. A._ SA a formé appel de cette décision et Y._ appel joint.
B.g. Par arrêt du 17 octobre 2019, la Cour d'appel civile du Tribunal cantonal du canton de Neuchâtel a rejeté l'appel dans la mesure de sa recevabilité, admis l'appel joint, réformé le jugement entrepris sur le point des dépens en ce sens que A._ SA - et non Y._ - est condamnée à verser une indemnité de dépens de 7'007 fr. 95 en faveur de X._ SA et confirmé le jugement pour le surplus. Ses motifs seront évoqués dans les considérants en droit du présent arrêt, dans la mesure où cela s'avère utile à la discussion des griefs de la recourante.
C.
A._ SA forme un recours en matière civile au Tribunal fédéral. Elle conclut principalement à l'annulation de l'arrêt du 17 octobre 2019 et à ce qu'il soit dit que la créance de courtage invoquée par X._ SA est inexistante. Subsidiairement, elle conclut à l'annulation de cet arrêt et à ce qu'il soit dit qu'elle n'est pas débitrice à l'égard de Y._ de la créance de courtage reconnue à X._ SA.
La cour cantonale s'est référée aux considérants de son arrêt.
Dans sa réponse, Y._ conclut au rejet du recours. X._ SA conclut, au pied de la sienne, au rejet du recours dans la mesure de sa recevabilité.
Aux termes de quelques lignes supplémentaires qu'il a tenu à adresser au Tribunal, Y._ a confirmé les conclusions déjà formulées, ce qui n'a pas suscité de nouvelle écriture de ses adverses parties.

Considérant en droit :
1.
Les conditions de recevabilité du recours en matière civile sont réalisées sur le principe, notamment celles afférentes à la valeur litigieuse minimale de 30'000 fr. (art. 74 al. 1 let. b LTF) et au délai de recours (art. 100 al. 1 LTF). Est réservée la question de la recevabilité des moyens particuliers.
2.
2.1. Le recours en matière civile peut être exercé pour violation du droit fédéral (art. 95 let. a LTF), y compris le droit constitutionnel (<ref-ruling> consid. 2.1 p. 247; <ref-ruling> consid. 2.4 p. 313). Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (art. 106 al. 1 LTF). Compte tenu de l'exigence de motivation contenue à l'art. 42 al. 1 et 2 LTF, sous peine d'irrecevabilité (art. 108 al. 1 let. b LTF), le Tribunal fédéral n'examine en principe que les griefs invoqués, sauf en cas d'erreurs juridiques manifestes. Il n'est pas tenu de traiter, comme le ferait une autorité de première instance, toutes les questions juridiques qui se posent, lorsque celles-ci ne sont plus discutées devant lui (<ref-ruling> consid. 2 p. 88 s.; <ref-ruling> consid. 2 p. 116; <ref-ruling> consid. 1.3 p. 584). Par exception à la règle selon laquelle il applique le droit d'office, il n'examine la violation d'un droit constitutionnel que si le grief a été invoqué et motivé de façon détaillée (art. 106 al. 2 LTF; <ref-ruling> consid. 1.4 p. 400 s.).
2.2. Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF). Il ne peut rectifier ou compléter les constatations de l'autorité précédente que si elles sont manifestement inexactes ou découlent d'une violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (art. 105 al. 2 LTF). " Manifestement inexactes " signifie ici " arbitraires " (ATF <ref-ruling> consid. 2 p. 117; <ref-ruling> consid. 1.5 p. 401). Encore faut-il que la correction du vice soit susceptible d'influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1 LTF). La critique de l'état de fait retenu est soumise au principe strict de l'allégation énoncé par l'art. 106 al. 2 LTF (<ref-ruling> consid. 2.3 p. 266 et les références).
La partie qui entend attaquer les faits constatés par l'autorité précédente doit expliquer clairement et de manière circonstanciée en quoi ces conditions seraient réalisées (<ref-ruling> consid. 1.3.1 p. 18 et les références). Si elle souhaite obtenir un complètement de l'état de fait, elle doit aussi démontrer, par des renvois précis aux pièces du dossier, qu'elle a présenté aux autorités précédentes en conformité avec les règles de procédure les faits juridiquement pertinents à cet égard et les moyens de preuve adéquats (<ref-ruling> consid. 2 p. 90). Si la critique ne satisfait pas à ces exigences, les allégations relatives à un état de fait qui s'écarterait de celui de la décision attaquée ne pourront pas être prises en considération (<ref-ruling> consid. 1.3.1 p. 18). Aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente (art. 99 al. 1 LTF).
La recourante perd de vue les principes qui précèdent lorsqu'elle procède à un rappel des faits qui s'écarte pour partie de ceux établis par la cour cantonale, sans qu'elle soulève de grief d'arbitraire à leur propos. Le Tribunal fédéral s'en tiendra aux faits qui ressortent de l'arrêt cantonal.
3.
Le jugement attaqué tranche deux obligations distinctes (il y a appel en cause; <ref-ruling> consid. 2.3 p. 511). La première lie Y._ à X._ SA (obligation du premier cité de payer au second la somme de 84'240 fr., avec intérêts) : il s'agit de l'obligation principale; elle est fondée sur le contrat de courtage signé entre les parties le 30 octobre 2008. La seconde lie A._ SA, appelée en cause, à Y._ (obligation de la première nommée de payer au second une somme identique). Elle est fondée sur l'acte authentique du 22 décembre 2011 par lequel Y._ a vendu sa part (en copropriété avec Z._) du complexe immobilier à A._ SA, mais présuppose l'existence de l'obligation principale qui repose sur le contrat de courtage du 30 octobre 2008. Selon le ch. 2.13 de l'acte authentique en question: " toutes éventuelles commissions de courtage qui seraient dues pour la présente transaction immobilière sont à la charge exclusive de l'acquéresse ". La cour cantonale a considéré que la commission de courtage de 84'240 fr. dont Y._ était redevable envers X._ SA était appréhendée par cette clause qui s'analysait comme une reprise de dette interne par l'acquéreuse, A._ SA. Elle a par ailleurs jugé que l'acquéreuse n'était fondée à exciper ni du dol, ni de l'erreur essentielle pour invalider ladite clause.
Le recours s'articule autour de deux axes.
Premièrement, la recourante fait valoir que la dette principale est inexistante. Aucun contrat de courtage liant Y._ à X._ SA ne serait venu à chef. En tout état de cause, ce ne serait pas X._ SA qui aurait indiqué l'occasion de conclure le contrat de vente à Y._, de sorte qu'elle ne pourrait prétendre à aucune commission à ce titre.
Deuxièmement, à supposer que cette dette existât malgré tout, la recourante soutient avoir invalidé la clause 2.13 de l'acte authentique du 22 décembre 2011 pour dol, voireerreur essentielle. Elle n'aurait donc pas repris l'engagement de Y._ à l'égard de X._ SA lors de l'achat de la part du prénommé.
4.
4.1. L'entrée en matière sur le premier volet de griefs présuppose de déterminer si la recourante peut remettre en cause le jugement de la Cour d'appel civile du 16 décembre 2016. C'est en effet cet arrêt qui a tranché l'existence et le montant de la créance de courtage de X._ SA à l'encontre de Y._, même s'il a fallu attendre le 7 mars 2019 pour que le juge civil, dans le dispositif de son jugement, condamne Y._ à payer à X._ SA la somme de 84'240 fr. avec intérêts.
Il faut rappeler à cet égard que l'arrêt en question constitue, pour la recourante, une décision préjudicielle, par laquelle la cour cantonale a statué sur une condition nécessaire, mais pas suffisante, de l'admission de la prétention élevée par Y._ envers elle, à savoir l'existence - établie dans le procès principal - d'une créance de courtage de X._ SA. La recourante avait, à l'époque, déposé un recours immédiat au Tribunal fédéral contre cette décision, possibilité qui lui était ouverte aux conditions de l'art. 93 al. 1 let. b LTF. Sans succès, puisqu'elle n'a pas démontré qu'une décision immédiate permettrait d'éviter une procédure probatoire longue et coûteuse. Son recours a dès lors été déclaré irrecevable (arrêt 4A_29/2017 du 1er février 2017 consid. 3). La recourante n'est pas pour autant déchue du droit de recourir contre cette décision préjudicielle, dès lors qu'elle s'en saisit à l'occasion d'un recours dirigé contre la décision finale (art. 93 al. 3 LTF).
Même si elle ne cite pas textuellement cette décision préjudicielle dans les conclusions de son recours, elle le fait dans ses motifs et, par ailleurs, sa conclusion tendant à ce qu'il soit dit que la créance de courtage invoquée par la société X._ SA à hauteur de 84'240 fr. avec intérêts est inexistante s'avère suffisamment explicite.
4.2. Cela étant, se pose encore la question de sa qualité pour former recours contre l'arrêt du 16 décembre 2016.
4.2.1. Selon l'art. 76 al. 1 LTF, a qualité pour former un recours en matière civile quiconque a pris part à la procédure devant l'autorité précédente (let. a) et est particulièrement touché par la décision attaquée et a un intérêt digne de protection à son annulation ou sa modification (let. b).
La recourante a pris part à la procédure en question, certes pas en tant que partie principale, mais en qualité d'appelée en cause (art. 81 CPC), ce qui lui a permis d'accomplir les actes dévolus à un intervenant accessoire dans le procès principal (<ref-ruling> consid. 1.1 p. 274). Ses conclusions ont été rejetées devant l'instance inférieure, ce qui est une condition supplémentaire pour qu'elle puisse recourir (art. 76 al. 1 let. b LTF).
4.2.2. Selon l'art. 76 al. 1 CPC, l'intervenant peut accomplir tous les actes de procédure compatibles avec l'état du procès qui sont utiles à la partie principale dont il soutient la cause; il peut notamment faire valoir tous les moyens d'attaque et de défense ainsi qu'interjeter recours. La possibilité de déposer un recours lui est ainsi fondamentalement ouverte. Toutefois, les actes de l'intervenant ne sont pas considérés s'ils contredisent les déterminations de la partie principale (al. 2). A l'instar de l'intervenant accessoire, l'appelé en cause ne peut ainsi déposer de recours lorsque la partie principale se refuse à recourir ou accepte le jugement, en d'autres termes lorsqu'elle manifeste expressément ou de manière concluante sa renonciation à recourir (<ref-ruling> consid. 2.2.2 p. 541). Savoir si la partie principale a exprimé une renonciation à recourir dépend de la constellation de faits en cause. La simple circonstance selon laquelle la partie principale ne dépose pas de recours ne signifie pas, à elle seule, qu'il existe une semblable renonciation avec pour conséquence que l'appelée en cause ne peut elle-même pas recourir (<ref-ruling> consid. 1.3 et 1.4 p. 277).
En l'espèce, Y._ - partie principale qui disposerait d'une créance récursoire contre la recourante - n'a pas recouru contre le jugement préjudiciel du 16 décembre 2016. Cette circonstance n'est certes pas à elle seule déterminante. Cela étant, il n'y a aucun élément indiquant que Y._ s'opposerait au recours formé par la recourante ou aurait manifesté, expressément ou par actes concluants, sa renonciation à recourir. Ainsi, le présent recours déposé par A._ SA est recevable.
5.
La recourante reproche à la cour cantonale d'avoir versé dans l'arbitraire en constatant certains faits déterminant l'existence et le montant de la créance de courtage que X._ SA détiendrait contre Y._.
5.1. Le statut procédural et les possibilités de l'intervenant accessoire - l'appelé en cause en est un - telles que définies par le CPC, valent dans le cadre du recours au Tribunal fédéral (<ref-ruling> consid. 1.2 p. 275). Ceci signifie que les actes de l'intervenant ne sont pas considérés s'ils contredisent les déterminations de la partie principale (art. 76 al. 2 CPC). Il n'est pas nécessaire d'examiner plus avant cette problématique, dès lors qu'en tout état de cause, la recourante échoue à démontrer un quelconque arbitraire dans les constatations de la cour cantonale.
5.2. La recourante soutient que le contrat de courtage liant Y._ et X._ SA n'est pas venu à chef. Selon elle, X._ SA entendait non seulement réserver la forme écrite, mais conditionner la conclusion du contrat de courtage à la signature tant de Y._ que de Z._. Cela étant, elle n'indique pas si et à quel endroit ce fait aurait hypothétiquement été régulièrement allégué en procédure. Il ne peut dès lors être entré en matière sur son grief d'arbitraire (cf. supra consid. 2.2).
5.3. La cour cantonale a constaté que, le 29 avril 2008, D._ a envoyé un courriel à B._, administrateur de X._ SA, selon lequel Z._ avait exprimé son intérêt à racheter l'ensemble du complexe avec la précision que, s'il renonçait à l'achat du tout, il souhaiterait alors se joindre aux autres copropriétaires pour vendre sa propre part. Selon la recourante, il s'agirait de propos émanant non de Z._, mais de G._, Président de W._. Elle laisse entendre que ces déclarations ne correspondraient pas à la réalité. Toujours selon la recourante, il serait arbitraire de constater que Z._ et Y._ ont été régulièrement convoqués aux séances organisées sous l'égide de D._, puisqu'un témoin aurait précisé qu'il ne se rappelait avoir vu qu'une seule fois Z._ aux séances. Cela étant, la question de savoir si Z._ est lié par un contrat de courtage n'est pas déterminante, puisqu'il est ici question de la créance de courtage réclamée à Y._ seul. Chacun des deux copropriétaires était libre de mandater un courtier, sans que l'autre soit impliqué. Quant à savoir si Y._ a été régulièrement convoqué aux séances, ceci n'a pas davantage d'impact sachant qu'il a signé le contrat de courtage le 30 octobre 2008. Pour ce même motif, il n'importe de savoir si un contrat de courtage a été conclu par actes concluants lors de la séance du 16 octobre 2008 entre X._ SA, Z._ et Y._. En effet, il est en tous cas établi que ce dernier a signé un contrat en bonne et due forme.
Dès lors, il n'est pas utile de trancher le grief d'arbitraire soulevé par la recourante en relation avec les faits qui précèdent, puisqu'ils ne sont pas susceptibles d'influer sur le sort de la cause.
5.4. La recourante évoque une contradiction supplémentaire qui entacherait le jugement préjudiciel: ce ne serait pas X._ SA qui aurait indiqué l'occasion de conclure le contrat de vente des parts de copropriété de Y._ et Z._; X._ SA ne serait à aucun moment intervenue dans la négociation pour le compte de ces derniers. Pour preuve, le témoin F._ aurait indiqué que, durant la phase des négociations, " aucun courtier n' (était) intervenu. Les contacts avec Messieurs Z._ et Y._ étaient directs ". Y._ aurait également affirmé, lors de son interrogatoire, qu'il n'avait pas eu de contact avec B._ dans le cadre de la " seconde vente ".
La cour cantonale a constaté, tant dans son arrêt du 16 décembre 2016 que, d'ailleurs, dans celui du 17 octobre 2019, que c'est X._ SA qui avait, la première, présenté l'acheteur à Y._. Elle s'est fondée sur les déclarations de ce dernier, selon lesquelles c'était la demanderesse qui lui avait présenté l'appelée en cause, à qui il avait finalement vendu sa part du complexe: " on nous a présenté A._ SA comme seul repreneur possible "; " si on a vendu notre part de copropriété à A._ SA, c'est parce qu'on a eu des contacts lors de la première vente ". Ainsi, si l'appelée en cause, Y._ et Z._ sont à nouveau entrés en contact, cette circonstance était due à leurs relations antérieures dont X._ SA était l'instigatrice. Il importe dès lors peu que B._ ne soit pas intervenu lors de la négociation de la seconde vente, sachant qu'il ne s'agissait pas exclusivement d'un courtage de négociation, mais que l'indication d'un acheteur suffisait.
Le grief d'arbitraire dans la constatation des faits du jugement préjudiciel du 16 décembre 2016 se révélant infondé et aucun autre argument n'étant formulé à son encontre, le recours doit être rejeté en tant qu'il est dirigé contre ce jugement.
6.
La recourante estime qu'elle était en droit d'invalider la clause litigieuse de l'acte authentique de vente du 22 décembre 2011 pour dol, ce que la cour cantonale aurait méconnu dans le jugement du 17 octobre 2019 en se fondant sur des faits contraires aux évidences et en appliquant à mauvais escient le droit fédéral.
6.1. La cour cantonale a écarté la thèse d'un dol pour trois motifs alternatifs et indépendants.
Tout d'abord, elle a constaté que, durant la phase des pourparlers contractuels, Y._ avait fait part à F._ - son interlocuteur de l'époque chez A._ SA - de sa crainte de devoir payer une commission de courtage à X._ SA. A._ SA savait dès lors avant le 22 décembre 2011, date à laquelle l'acte de vente a été instrumenté, que Y._ avait de sérieuses raisons de penser qu'il devrait payer une commission de courtage à B._ ou à X._ SA après une vente à son profit. Elle ne pouvait dès lors avoir été victime d'un dol.
Dans un second argument, les juges cantonaux ont considéré qu'en exigeant l'ajout de la clause litigieuse, Y._ n'avait pu que laisser comprendre à E._ - juriste de formation - qu'il craignait de devoir être débiteur d'une commission de courtage après la vente à A._ SA. Cette clause ne pouvait en aucune manière être comprise comme une clause de style, dénuée de toute portée concrète, d'autant que A._ SA était un acteur important du marché immobilier et rompue aux affaires.
En dernier lieu, le jugement cantonal retient que - même si Y._ avait caché à F._ qu'il estimait probable qu'il doive payer une commission de courtage à X._ SA ou à B._ - A._ SA n'avait pas apporté la preuve qu'elle n'aurait pas conclu le contrat aux conditions convenues, si elle avait connu cette circonstance. Tout au contraire. Au moment de la transaction, A._ SA tenait pour à tout le moins possible - pour ne pas dire probable - qu'elle se trouve, après la signature, tenue de prendre à sa charge une commission de courtage due par Y._ ensuite de la vente en cause. En signant malgré tout, elle s'est accommodée de ce risque. Le contrat de vente aurait donc, quoi qu'il en soit, été conclu aux mêmes conditions, de sorte que la recourante ne pouvait exciper du dol.
6.2. Pour la recourante, cette construction serait chancelante. En guise de fondation, le premier argument reposerait sur un fait établi de manière arbitraire. Y._ n'aurait pas fait part à F._ de sa crainte de devoir payer une commission de courtage à IR SA durant la phase des pourparlers contractuels. Cette assertion aurait vu le jour pour la première fois lors de l'audience du 27 septembre 2018 et son caractère tardif en dirait long sur la crédibilité qu'il faudrait lui prêter. Elle ne serait documentée par aucune pièce.
La cour cantonale a prêté foi aux déclarations de Y._ selon lesquelles il avait " soulevé un problème relatif à une commission de courtage durant les négociations ", en ce sens qu'il voulait " savoir combien (les vendeurs) allai (en) t recevoir après la vente compte tenu du fait que A._ SA (leur avait) été présentée par B._ ". Il a précisé avoir eu à ce propos des entretiens téléphoniques avec F._ avant le 22 décembre 2011 et ajouté que son interlocuteur lui avait affirmé " ça, on en fera notre affaire ", voulant " dire par là que A._ SA s'occuperait de la question des frais de courtage ". Le Tribunal fédéral ne décèle là aucun arbitraire.
Puisqu'elle savait qu'une commission de courtage pouvait être réclamée à la suite de la transaction immobilière, la recourante ne saurait exciper du dol. En cela les conclusions de la cour cantonale ne vacillent guère sur leur assise. Hormis le grief d'arbitraire, qu'il y a lieu d'écarter, la recourante les laisse d'ailleurs intactes. Tout au plus se plaint-elle du fait que la cour cantonale a évoqué que la recourante doit supporter le fardeau de la preuve de son allégation, selon laquelle Y._ avait, durant les pourparlers contractuels, caché à F._ qu'il estimait probable de devoir payer une commission de courtage à X._ SA ou à B._. Ceci reviendrait à la charger d'apporter la preuve d'un fait négatif. En réalité, la cour cantonale a établi, en fait, que Y._ avait communiqué à F._ avant le 22 décembre 2011 qu'il risquait de devoir payer une commission de courtage ensuite de la transaction immobilière. Il n'est dès lors nul besoin de faire appel aux règles sur le fardeau de la preuve et le grief de la recourante est dépourvu de toute portée pratique. Quant au principe de la bonne foi et celui de la loyauté commerciale que la recourante convoque au secours de son argumentaire, ils ne lui sont d'aucune aide puisque, dans les faits, Y._ l'a bel et bien informée de sa crainte de devoir payer une commission de courtage ensuite de la vente au profit de la recourante.
Ces considérations suffiraient à sceller le sort du présent litige.
6.3. Pour enrayer le second argument de la cour cantonale, la recourante soutient que les vendeurs auraient dû lui donner des informations plus étendues, c'est-à-dire la renseigner spontanément lors de la transaction sur le fait qu'ils pensaient qu'une commission de courtage serait due consécutivement à celle-ci. Ce d'autant que Y._ avait déclaré subséquemment, lors de son interrogatoire devant les juges civils, qu'il estimait le risque de devoir payer quelque chose au courtier à une probabilité de 8 sur 10. Ses déclarations en justice selon lesquelles il n'aurait " pas déclaré lors de la signature de l'acte que la créance de courtage pouvait être due à M. B._ ou à X._ SA parce que (il ne se) souvenai (t) plus du nom de la société de M. B._ " n'excuseraient en rien son mutisme. Elle invoque, là encore, le principe de la bonne foi et celui de la loyauté commerciale qui, d'après elle, feraient obligation aux vendeurs de lui livrer le fond de leur pensée. Si la recourante ne conteste pas être expérimentée en affaires, elle estime que Y._ ne l'était pas moins. Elle se défend enfin d'avoir été négligente, puisqu'elle a posé la question - lors de la transaction - des motifs qui poussaient les vendeurs à ajouter cette clause supplémentaire, ce à quoi Y._ aurait répondu évasivement.
Cette argumentation est drapée d'angélisme. Si, à l'occasion d'une vente immobilière, le vendeur insiste pour insérer une clause que le notaire n'avait pas prévue et qui spécifie que toute éventuelle commission de courtage due pour cette transaction sera à charge exclusive de l'acquéreuse, il faut croire qu'il est mû par un motif précis; il est fort peu probable qu'il s'agisse d'une peur abstraite qu'il cherche ainsi à exorciser. D'autant ici que Y._ n'a pas minimisé la portée de cette clause, par exemple en laissant entendre qu'il s'agirait d'une clause de style. Et l'acquéreuse ne l'a pas perçue comme telle puisqu'elle a demandé à Y._ quelles étaient ses motivations. C'est à juste titre que la cour cantonale estime qu'elle ne pouvait guère raisonnablement avoir de doute à ce sujet, indépendamment de la réponse évasive éventuellement fournie par ce dernier. Le grief de la recourante ne peut qu'être rejeté.
6.4. Enfin, pour discréditer le troisième argument dont s'est servie la cour cantonale, la recourante fait valoir que celle-ci fait reposer sur elle la preuve d'un fait négatif, qu'il lui serait impossible d'apporter. En guise de démonstration, elle explique que, si elle s'était véritablement accommodée du risque qu'une commission de courtage soit due, elle aurait tout bonnement versé ce montant et n'aurait pas été impliquée dans la présente procédure. Le premier juge lui aurait d'ailleurs donné raison sur ce point puisqu'il a retenu qu'elle n'aurait probablement pas conclu le contrat aux mêmes conditions.
L'argumentation de la recourante tronque un passage déterminant de l'arrêt cantonal: au moment de la transaction, la recourante tenait pour à tout le moins possible - pour ne pas dire probable - qu'elle se trouve, après la signature, tenue de prendre à sa charge une commission de courtage due par Y._ ensuite de la vente en cause. Elle s'est donc bien accommodée de ce risque. Savoir pour quelle raison elle n'a pas acquiescé dans le cadre de la présente procédure n'est pas déterminant.
C'est dès lors sans arbitraire ni violation du droit fédéral que la cour cantonale a conclu que la recourante ne pouvait exciper du dol pour échapper au ch. 2.13 du contrat de vente immobilière.
7.
Dans un ultime baroud, la recourante soutient qu'elle était fondée à invalider la clause litigieuse pour erreur essentielle, ce que la cour cantonale aurait méconnu en violation du droit fédéral.
7.1. La cour cantonale a considéré que la recourante, au moment de signer l'acte du 22 décembre 2011, était parfaitement consciente du fait que Y._ avait de sérieuses raisons de penser qu'il devrait payer une commission de courtage du fait de la vente à A._ SA, laquelle lui avait été présentée par B._, respectivement X._ SA. En signant l'acte modifié selon l'exigence de Y._, la recourante avait donc exprimé clairement qu'elle acceptait ce risque et s'accommodait de devoir payer une éventuelle commission de courtage. Elle ne se trouvait dès lors pas dans l'erreur au moment de la signature de l'acte.
7.2. Selon l'art. 23 CO, le contrat n'oblige pas celle des parties qui, au moment de le conclure, était dans une erreur essentielle. Il ressort de l'art. 24 al. 1 ch. 4 CO que l'erreur est essentielle notamment lorsqu'elle porte sur des faits que la loyauté commerciale permettait à celui qui se prévaut de son erreur de considérer comme des éléments nécessaires du contrat. Pour que ce cas d'erreur essentielle soit réalisé, il faut tout d'abord que le cocontractant puisse se rendre compte, de bonne foi, que l'erreur de l'autre partie porte sur un fait qui était objectivement de nature à la déterminer à conclure le contrat ou à le conclure aux conditions convenues; il faut encore, en se plaçant du point de vue de la partie qui était dans l'erreur, que l'on puisse admettre subjectivement que son erreur l'a effectivement déterminée à conclure le contrat ou à le conclure aux conditions convenues (<ref-ruling> consid. 2.2 p. 541 s.; <ref-ruling> consid. 1.3 p. 741; <ref-ruling> consid. 5.3 p. 365). Ce que les parties avaient à l'esprit au moment de conclure ressortit au fait; savoir si l'erreur doit être qualifiée d'essentielle au sens de l'art. 24 al. 1 ch. 4 CO est en revanche une question de droit (<ref-ruling> consid. 2.2 p. 542; <ref-ruling> consid. 1a p. 27).
7.3. En l'espèce, l'on ne discerne pas d'arbitraire dans la constatation des faits ou de violation du droit fédéral dans les considérants qui ont guidé la cour cantonale. Il a déjà été souligné que la recourante avait connaissance du fait que Y._ s'attendait à devoir payer une commission de courtage (cf. supra consid. 6.2), de sorte que la clause insérée pour parer à cette éventualité dans le contrat de vente immobilière ne laissait guère de doute quant à la volonté de Y._ de reporter cette dette sur la recourante. Celle-ci ne se trouvait donc pas dans l'erreur à ce sujet.
8.
Partant, le recours doit être rejeté dans la mesure où il est recevable. La recourante supportera les frais de procédure fixés à 5'000 fr. et versera à chacune de ses adverses parties une indemnité de dépens de 6'000 fr.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté, dans la mesure où il est recevable.
2.
La recourante supportera les frais de procédure fixés à 5'000 fr.
3.
La recourante versera à l'intimée 1 et à l'intimé 2 une indemnité de dépens de 6'000 fr. chacun.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et au Tribunal cantonal du canton de Neuchâtel, Cour d'appel civile.
Lausanne, le 1er février 2021
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente : Hohl
La Greffière : Raetz