Faits :
A.
A.a. Par décision du 2 octobre 2014, le Secrétariat d'Etat aux migrations (ci-après: le Secrétariat d'Etat) n'est pas entré en matière sur la demande d'asile déposée le 19 juillet 2014 par A._, né en 1995, reconnu comme ressortissant du Nigéria et se disant ressortissant du Tchad; il a ordonné son renvoi en Espagne, Etat Dublin responsable. Le canton de Genève a été chargé de l'exécution du renvoi. Le 16 novembre 2014, un incendie s'est déclaré dans le foyer genevois dans lequel résidait A._. Pour échapper aux flammes, celui-ci s'est défenestré du deuxième étage. Il s'est fracturé le crâne. Le 26 mars 2015, A._ s'est opposé physiquement à son transfert vers l'Espagne. Il a été placé le lendemain en détention administrative dans la perspective d'un vol spécial prévu le 30 mars 2015 à destination de Madrid. Le vol spécial ayant été annulé, A._ a été mis en liberté par décision du 2 avril 2015 de l'Office cantonal de la population et des migrations du canton de Genève (ci-après: l'Office cantonal).
A.b. Par décision du 26 mai 2015, le Secrétariat d'Etat, examinant au fond la demande d'asile de A._ ensuite de l'expiration du délai de transfert vers l'Etat Dublin initialement responsable, a rejeté celle-ci et a prononcé le renvoi de Suisse de l'intéressé, en lui impartissant un délai au 26 novembre 2015 pour quitter le territoire suisse. Cette décision est entrée en force.
Le 7 juillet 2015, les autorités du Nigéria ont reconnu A._ comme ressortissant nigérian, mais ont demandé à ce qu'il soit présenté aux autorités tchadiennes, afin de lever tout doute. Alors qu'il s'y était engagé, A._ ne s'est pas présenté auprès de la Mission permanente du Tchad à Genève et a disparu, le 18 septembre 2015, dans la clandestinité.
A.c. A._ s'est rendu en Espagne, où il serait, selon ses dires, resté entre septembre 2015 et février 2018. Une ordonnance espagnole d'arrêt du 7 juillet 2016 indique que A._ se trouvait dans ce pays sans documents légaux.
A.d. Le 4 avril 2018, A._ a formé une demande de réexamen de la décision du 26 mai 2015 rejetant sa demande d'asile, en faisant valoir, à titre de faits nouveaux, une dégradation de son état de santé. Par décision du 19 septembre 2018, le Secrétariat d'Etat a rejeté la requête et dit que sa décision du 26 mai 2015 était entrée en force et exécutoire.
A.e. Le 8 octobre 2018, le Commissaire de police de la République et canton de Genève (ci-après: le Commissaire de police) a émis, pour une durée de six mois, un ordre de mise en détention administrative à l'encontre de A._, qui avait été appréhendé la veille lors d'un contrôle dans un train. Le 11 octobre 2018, le Tribunal administratif de première instance de la République et canton de Genève (ci-après: le Tribunal administratif de première instance) a confirmé cette mesure. Par arrêt du 2 novembre 2018, la Chambre administrative de la Cour de justice de la République et canton de Genève (ci-après: la Cour de justice) a annulé le jugement du 11 octobre 2018 et prononcé la libération immédiate de A._. Elle a en substance retenu que le départ en septembre 2015 de A._ en Espagne, Etat de destination Dublin qui lui avait été initialement assigné, valait exécution du renvoi prononcé le 26 mai 2015, ce qui privait la détention de fondement. Cet arrêt est entré en force.
B.
Le 2 novembre 2018, le Commissaire de police a prononcé à l'encontre de A._ une mesure d'interdiction de quitter le territoire de la commune de Genève pour une durée de douze mois. L'Office cantonal a enjoint A._ de se présenter tous les lundis et vendredis à 10h00 précises en ses locaux pour attester de sa présence en Suisse.
Par jugement du 13 novembre 2018, le Tribunal administratif de première instance a admis l'opposition formée par A._ et a annulé la décision du Commissaire de police. Celui-ci a formé contre ce jugement un recours auprès de la Cour de justice, qui l'a rejeté par arrêt du 6 décembre 2018. En substance, la Cour de justice a retenu que, selon son précédent arrêt du 2 novembre 2018, la décision de renvoi du 26 mai 2015 avait été exécutée, qu'en outre l'intéressé ne présentait pas un trouble ou une menace pour la sécurité et l'ordre publics et que, partant, les conditions d'une assignation d'un lieu de résidence n'étaient pas réunies.
C.
Contre l'arrêt du 6 décembre 2018, le Secrétariat d'Etat forme un recours en matière de droit public au Tribunal fédéral. Il conclut, sous suite de frais, à l'annulation de l'arrêt querellé et à la confirmation de la mesure d'interdiction de quitter le territoire de la commune de Genève prononcée par le Commissaire de police le 2 novembre 2018 pour une durée de douze mois.
La Cour de justice s'en rapporte à justice quant à la recevabilité du recours et persiste dans les considérants et le dispositif de son arrêt. Le Commissaire de police conclut à l'admission du recours, à l'annulation de l'arrêt entrepris ainsi que, principalement, à la confirmation de sa décision et, subsidiairement, au renvoi de la cause à la Cour de justice. L'Office cantonal se rallie aux observations du Commissaire de police. A._, qui sollicite préalablement l'assistance judiciaire et la désignation de son conseil à la défense de ses intérêts, s'en rapporte à justice quant à la recevabilité du recours et conclut à son rejet, sous suite de frais et dépens. Le Secrétariat d'Etat a renoncé à répliquer.

Considérant en droit :
1.
1.1. L'arrêt attaqué est une décision finale (<ref-law>), rendue en dernière instance cantonale par un tribunal supérieur (art. 86 al. 1 let. d et al. 2 LTF) dans une cause de droit public (<ref-law>) ne tombant pas sous le coup de l'une des exceptions prévues à l'<ref-law>. La voie du recours en matière de droit public est ainsi ouverte.
1.2. Au surplus, le recours a été déposé en temps utile (<ref-law>) et dans les formes prescrites (<ref-law>), par le Secrétariat d'Etat, qui a la qualité pour recourir devant le Tribunal fédéral (cf. <ref-law>) en vertu de l'art. 14 al. 2 de l'ordonnance fédérale du 17 novembre 1999 sur l'organisation du Département fédéral de justice et police (Org DFJP; RS 172.213.1; cf. arrêts 2C_793/2018 du 13 mars 2019 consid. 1.3; 2C_494/2018 du 10 janvier 2019 consid. 1.2; 2C_861/2013 du 11 novembre 2013 consid. 1, non publié in <ref-ruling>). Il convient donc d'entrer en matière.
2.
Saisi d'un recours en matière de droit public, le Tribunal fédéral examine librement la violation du droit fédéral (art. 95 let. a et 106 al. 1 LTF), sous réserve des exigences de motivation figurant à l'<ref-law>. Il conduit son raisonnement juridique sur la base des faits constatés par l'autorité précédente (<ref-law>), hormis dans les cas visés à l'<ref-law>. Selon l'<ref-law>, le recours ne peut critiquer les constatations de fait que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte - notion qui correspond à celle d'arbitraire - ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (<ref-ruling> consid. 6 p. 358; <ref-ruling> consid. 1.6 p. 377). La partie recourante doit expliquer de manière circonstanciée en quoi ces conditions seraient réalisées (cf. <ref-law>).
En l'occurrence, dans la mesure où des faits exposés dans le recours ne résulteraient pas de l'arrêt entrepris, le Tribunal fédéral n'en tiendra pas compte, car le recourant ne prétend pas, ni ne démontre, que les faits auraient été établis de manière arbitraire ou contraire au droit.
3.
Le Secrétariat d'Etat se plaint de la violation de l'art. 74 al. 1 let. b de la loi fédérale sur les étrangers et l'intégration du 16 décembre 2005 (LEI; RS 142.20; avant le 1 er janvier 2019: LEtr; RO 2007 5437).
3.1. A titre préalable, il sera relevé qu'il n'est pas contesté que l'art. 74 al. 1 let. a LEI (assignation d'un lieu de résidence et interdiction de pénétrer dans une région déterminée pour des motifs de sécurité et d'ordre publics, cf. <ref-ruling>) n'entre pas en ligne de compte en l'espèce, l'intimé ne troublant pas et ne menaçant pas la sécurité et l'ordre publics.
3.2. Selon l'art. 74 al. 1 let. b LEI, l'autorité cantonale compétente peut enjoindre à un étranger de ne pas quitter le territoire qui lui est assigné ou de ne pas pénétrer dans une région déterminée lorsque l'étranger est frappé d'une décision de renvoi ou d'expulsion entrée en force et que des éléments concrets font redouter qu'il ne quittera pas la Suisse dans le délai prescrit ou qu'il n'a pas respecté le délai qui lui était imparti pour quitter le territoire (cf. <ref-ruling> consid. 2.1 p. 18).
L'assignation d'un lieu de résidence ou l'interdiction de pénétrer dans une région déterminée fondée sur l'art. 74 al. 1 let. b LEI vise à permettre le contrôle du lieu de séjour de l'intéressé et à s'assurer de sa disponibilité éventuelle pour la préparation et l'exécution de son renvoi de Suisse par les autorités (cf. arrêt 2C_1044/2012 du 5 novembre 2012 consid. 3.1), mais aussi, en tant que mesure de contrainte poursuivant les mêmes buts que la détention administrative, à inciter la personne à se conformer à son obligation de quitter la Suisse (cf. <ref-ruling> consid. 4 p. 21 ss; arrêt 2C_828/2017 du 14 juin 2018 consid. 4.1; cf. CHATTON/MERZ, in Code annoté de droit des migrations, vol. II: Loi sur les étrangers [LEtr], 2017 n o 22 ad art. 74 LEtr).
Pour qu'une telle assignation soit prononcée, il faut que l'étranger soit frappé d'une décision de renvoi ou d'expulsion, que cette décision soit entrée en force et que des éléments concrets fassent craindre que l'étranger ne quittera pas la Suisse dans le délai prescrit ou qu'il soit constaté qu'il n'a d'ores et déjà pas respecté le délai qui lui était imparti pour quitter le territoire (cf. CHATTON/MERZ, op. cit., no 21 ad art. 74 LEtr; cf. <ref-ruling> consid. 3.1 p. 19). La mesure doit en outre respecter le principe de la proportionnalité. Elle doit être apte à atteindre le but visé (cf. <ref-ruling> consid. 2.2 p. 19; <ref-ruling> consid. 2.3 p. 4 s.), ce qui implique notamment qu'une mesure fondée sur l'art. 74 al. 1 let. b LEI ne peut être prononcée que si un départ de Suisse est effectivement possible, car elle ne peut atteindre son but que dans ce cas (cf. <ref-ruling> consid. 2.3 p. 19). Il suffit qu'un départ volontaire soit possible (cf. <ref-ruling> consid. 4.6 p. 24 et consid. 4.8 p. 26 a contrario). La mesure doit aussi ne pas aller au-delà de ce qui est nécessaire pour atteindre le but poursuivi et il doit exister un rapport raisonnable entre ce but et le moyen choisi (cf. <ref-ruling> consid. 2.2 p. 19; <ref-ruling> consid. 2.3 p. 4 s.).
3.3. En l'espèce, le Secrétariat d'Etat a rejeté la demande d'asile de l'intimé et a prononcé son renvoi de Suisse par décision du 26 mai 2015. Cette décision est entrée en force. Le délai de départ, fixé au 26 novembre 2015, est échu et l'intimé se trouve toujours en Suisse. A priori, une mesure fondée sur l'art. 74 al. 1 let. b LEI est partant envisageable. Se référant à son arrêt du 2 novembre 2018 retenant que la décision du 26 mai 2015 avait été exécutée par le départ volontaire de l'intéressé dans le délai imparti en Espagne, Etat de destination Dublin qui lui avait été initialement assigné, la Cour de justice a cependant estimé qu'une assignation d'un lieu de résidence fondée sur l'art. 74 al. 1 let. b LEI ne pouvait plus être prononcée sur la base de cette décision.
3.4. Le Secrétariat d'Etat conteste ce raisonnement. Selon lui, le départ de l'intimé pour l'Espagne ne pourrait pas être considéré comme valant exécution de la décision de renvoi du 26 mai 2015, car l'Espagne aurait pu exiger de la Suisse qu'elle reprenne l'intéressé. L'intimé aurait voyagé sans document valable et il ne pourrait donc être retenu que l'intéressé s'est soumis à son obligation de quitter légalement la Suisse. Pour le Secrétariat d'Etat, suivre le raisonnement de la Cour de justice aurait pour conséquence que des personnes devant quitter le territoire suisse et étant soumises à une assignation territoriale pourraient, par leur départ pour un pays voisin ou un autre pays membre de l'Union européenne, provoquer une levée de cette assignation et rendre caduque la décision de renvoi. Ces effets juridiques seraient contraires à la volonté du législateur.
3.5. Il convient de souligner d'emblée, avec le recourant, que n'est plus en cause en l'occurrence la procédure Dublin initiale, dans le cadre de laquelle le Secrétariat d'Etat avait, par décision du 2 octobre 2014, ordonné le renvoi de l'intimé en Espagne, désigné Etat responsable de l'examen de la demande d'asile. En effet, en raison de l'écoulement du délai de six mois pour procéder au transfert, c'est la Suisse qui est devenue, à compter d'avril 2015, l'Etat responsable du traitement de la demande d'asile de l'intimé (cf. art. 29 al. 2 du règlement (UE) no 604/2013 du Parlement européen et du Conseil du 26 juin 2013 établissant les critères et mécanismes de détermination de l'Etat membre responsable de l'examen d'une demande de protection internationale introduite dans l'un des Etats membres par un ressortissant de pays tiers ou un apatride [JO L 180 du 29 juin 2013 p. 31 ss; ci-après: Règlement Dublin III], repris par la Suisse en vertu de l'arrêté fédéral du 26 septembre 2014 portant approbation et mise en oeuvre de l'échange de notes entre la Suisse et l'UE concernant la reprise du règlement Dublin III [RO 2015 1841]). Comme la Suisse est devenue l'Etat responsable de la demande d'asile de l'intimé en avril 2015, le fait que le pays où celui-ci s'est rendu en septembre 2015 ait été l'Etat qui était initialement compétent pour examiner la demande d'asile n'est pas pertinent dans le cadre du présent litige, contrairement à ce qui résulte de l'arrêt attaqué.
Ce qui est en revanche déterminant en l'espèce est de savoir si le départ de l'intimé pour l'Espagne en septembre 2015, non contesté, vaut exécution de la décision du 26 mai 2015 lui ordonnant de quitter la Suisse, de sorte qu'une mesure fondée sur l'art. 74 al. 1 let. b LEI ne pourrait plus être prononcée sur la base de cette décision.
4.
4.1. Selon la jurisprudence rendue en matière de détention administrative, qui peut être reprise dans le cadre de l'assignation d'un lieu de résidence et de l'interdiction de pénétrer dans une région déterminée fondée sur l'art. 74 al. 1 let. b LEI dès lors que l'existence d'une décision de renvoi entrée en force et non exécutée est une condition préalable au prononcé de cette mesure (cf. supra consid. 3.2), une décision de renvoi est exécutée, et ne peut partant en principe plus servir de fondement au prononcé de la détention, lorsque la personne concernée est renvoyée par les autorités ou lorsqu'elle est partie d'elle-même de Suisse, quelle que soit sa destination (cf. <ref-ruling> consid. 2.3 p. 76 renvoyant aux arrêts 2C_394/2007 du 15 août 2007 consid. 2.2; 2A.133/2002 du 26 mars 2002 consid. 3.2; 2A.305/2001 du 18 juillet 2001 consid. 3d).
Cette jurisprudence ne trouve pas à s'appliquer lorsqu'un autre Etat lié par l'un des Accords d'association à Dublin est compétent pour conduire la procédure d'asile et de renvoi en vertu des dispositions du règlement Dublin III. Dans ce cas, le renvoi prononcé par le Secrétariat d'Etat (art. 64a LEI) peut être effectué par retour forcé ou par départ volontaire. Si, sur la base de l'ensemble des circonstances, une décision de renvoi ne peut être exécutée que par retour forcé et qu'un tel retour est dès lors prévu, le renvoi n'est exécuté que par le transfert dans l'Etat de destination Dublin (cf. <ref-ruling> consid. 2.3 p. 77). Ainsi qu'il a déjà été relevé, on ne se trouve plus en l'espèce dans le cas de figure où un autre Etat partie aux Accords d'association à Dublin que la Suisse est responsable de la procédure d'asile.
Le Tribunal fédéral a également jugé que, lorsque la Suisse est responsable de la procédure d'asile, un départ vers l'un des Etats parties aux Accords d'association Dublin ne saurait être considéré comme valant exécution de la décision de renvoi tant que la Suisse reste tenue, en vertu de ces accords, de réadmettre l'étranger sur son territoire (cf. arrêts 2C_104/2017 du 6 mars 2017 consid. 5.2; 2C_689/2014 du 25 août 2014 consid. 2.2 [dans les deux cas, décisions de non-entrée en matière et de renvoi prises par la Suisse]). Une décision de renvoi n'est en effet réputée exécutée que lorsqu'il n'existe plus de devoir de réadmission par la Suisse (cf. THOMAS HUGI YAR, Zwangsmassnahmen im Ausländerrecht, in Ausländerrecht, 2e éd. 2009, n. 10.86 p. 464 s.; cf. aussi, sur cette question, MARTIN BUSINGER, Ausländerrechtliche Haft, Zurich 2015, p. 100 s.; cf. arrêt 2C_539/2008 du 23 juillet 2008 consid. 2 [Accord du 28 octobre 1998 entre le Conseil fédéral suisse et le Gouvernement de la République française relatif à la réadmission des personnes en situation irrégulière; RS 0.142.113.499]). Cette jurisprudence trouve son origine dans la réglementation découlant des Accords d'association à Dublin. Il convient de se demander si la Suisse avait en l'occurrence un devoir de réadmission.
Le règlement Dublin III établit les critères et les mécanismes de détermination de l'Etat responsable de l'examen d'une demande de protection internationale (cf. art. 1 du règlement Dublin III), mais définit aussi les obligations de l'Etat désigné responsable (cf. art. 18 du règlement Dublin III). Selon l'art. 18 par. 1 point d du règlement Dublin III notamment, l'Etat membre responsable est tenu de "reprendre en charge, dans les conditions prévues aux articles 23, 24, 25 et 29, le ressortissant de pays tiers ou l'apatride dont la demande a été rejetée et qui a présenté une demande auprès d'un autre Etat membre ou qui se trouve, sans titre de séjour, sur le territoire d'un autre Etat membre". En d'autres termes, l'Etat membre responsable qui rejette définitivement une demande d'asile doit s'assurer que la personne quitte effectivement le territoire des Etats parties aux Accords d'association à Dublin (cf. HRUSCHKA/MAIANI, in EU Immigration and Asylum Law, A Commentary, 2e éd. 2016, n o 1 ad art. 18 du règlement Dublin III).
En vertu de l'art. 24 par. 4 du règlement Dublin III, lorsqu'une personne visée à l'article 18 par. 1, point d dont la demande de protection internationale a été rejetée par une décision définitive dans un Etat membre se trouve sur le territoire d'un autre Etat membre sans titre de séjour, ce dernier Etat membre peut soit demander au premier Etat membre de reprendre la personne concernée, soit engager une procédure de retour conformément à la directive 2008/115/CE (directive 2008/115/CE du Parlement européen et du Conseil du 16 décembre 2008 relative aux normes et procédures communes applicables dans les Etats membres au retour des ressortissants de pays tiers en séjour irrégulier, JO L 348 du 24 décembre 2008, p. 98 ss). L'obligation de reprise en charge d'un ressortissant de pays tiers dont la demande a été rejetée cesse si l'Etat requis peut établir que la personne concernée a quitté le territoire des Etats membres pendant une durée d'au moins trois mois, à moins qu'elle ne soit titulaire d'un titre de séjour en cours de validité délivré par lui (art. 19 par. 2 du règlement Dublin III), ou qu'elle a quitté le territoire des Etats membres en exécution d'une décision de retour ou d'une mesure d'éloignement délivrée à la suite du retrait ou du rejet de la demande (art. 19 par. 3 du règlement Dublin III).
4.2. En l'espèce, dès lors qu'il résulte de l'arrêt entrepris que l'intimé n'avait pas de titre de séjour en Espagne, cet Etat aurait pu requérir de la Suisse, qui a rendu la décision définitive en matière d'asile, qu'elle reprenne en charge l'intéressé. Que cet Etat n'ait pas usé de cette possibilité (contrairement aux cas 2C_104/2017 et 2C_689/2014 susmentionnés où la personne avait été renvoyée vers la Suisse par la France, respectivement la Finlande) ne modifie pas les responsabilités de la Suisse. Certes, en vertu de l'art. 24 par. 4 du règlement Dublin III, l'Espagne aurait également pu choisir d'engager une procédure de retour elle-même. Cette alternative est toutefois laissée au choix de l'Etat où la personne se trouve sans titre de séjour; elle ne dépend pas de l'Etat qui a rendu la décision définitive sur l'asile et ne peut donc non plus être comprise comme dispensant en l'occurrence la Suisse de ses obligations, en tant qu'Etat responsable, de réadmettre l'intimé sur son territoire. Partant, le départ de l'intimé pour l'Espagne en septembre 2015 ne vaut pas exécution de la décision de renvoi du 26 mai 2015.
4.3. L'intimé relève que la décision de rejet de sa demande d'asile et de renvoi de Suisse du 26 mai 2015 ne précisait pas d'Etat de destination. Il est regrettable que le Secrétariat d'Etat n'ait pas indiqué à l'intimé qu'il devait quitter le territoire des Etats parties aux Accords d'association à Dublin, à moins de disposer d'un titre de séjour dans l'un de ces Etats, dans la mesure où cette précision, aisée à apporter, aurait permis de rendre la décision plus claire. Cela ne permet toutefois pas de retenir que l'intimé a respecté la décision de renvoi prise à son encontre en se rendant dans un Etat partie aux Accords d'association à Dublin dans lequel il ne disposait d'aucun titre de séjour.
Enfin, on relèvera que le fait que la Cour de justice ait pu retenir dans le cadre de l'examen de la détention administrative de l'intimé (arrêt du 2 novembre 2018) que la décision de renvoi avait été exécutée ne saurait jouer de rôle dans le cas d'espèce, qui porte sur une autre mesure, prononcée dans le cadre d'une procédure distincte qui n'a du reste pas été portée devant le Tribunal fédéral.
4.4. Sur le vu de ce qui précède, il doit être retenu que la décision de renvoi du 26 mai 2015, entrée en force, n'a pas été exécutée. Une assignation d'un lieu de résidence fondée sur l'art. 74 al. 1 let. b LEI peut donc, sur le principe, être prononcée. En retenant le contraire, la Cour de justice a méconnu cette disposition. Le recours doit être admis sur ce point.
5.
Le recourant demande au Tribunal fédéral de confirmer la mesure d'interdiction de quitter le territoire de la commune de Genève prononcée par le Commissaire de police le 2 novembre 2018 pour une durée de douze mois à l'encontre de l'intimé, ce à quoi celui-ci s'oppose.
Comme la Cour de justice a retenu que les conditions de l'art. 74 al. 1 let. b LEI n'étaient pas remplies, elle n'a pas examiné la proportionnalité de la mesure prise par le Commissaire de police. Il n'appartient pas au Tribunal fédéral de procéder à cet examen, car celui-ci nécessite un établissement et une appréciation des faits qui ne relèvent pas de sa compétence (cf. supra consid. 2). L'intimé allègue en effet qu'un départ, même volontaire, de Suisse vers le Tchad ou vers le Nigéria n'est pas possible. Ce point de fait doit être clarifié, afin de vérifier que la mesure est apte à atteindre le but visé (cf. supra consid. 3.3; cf. <ref-ruling>). Par ailleurs, l'intimé fait valoir que la décision entrave de manière disproportionnée sa liberté de mouvement compte tenu de ses activités, ce qui nécessite également, pour être apprécié, de disposer d'éléments de fait qui n'ont pas été constatés dans l'arrêt entrepris. Il convient partant de renvoyer la cause à l'autorité précédente pour qu'elle établisse les faits pertinents au contrôle de la proportionnalité de la mesure, procède à ce contrôle et rende une nouvelle décision (cf. <ref-law>).
6.
Les considérants qui précèdent conduisent à l'admission du recours. L'arrêt rendu le 6 décembre 2018 par la Cour de justice est annulé et la cause est renvoyée à cette autorité pour nouvelle décision dans le sens des considérants.
Il se justifie de mettre l'intimé, qui a répondu au recours du Secrétariat d'Etat par l'intermédiaire de son avocat, au bénéfice de l'assistance judiciaire (cf. <ref-law>; arrêt 2C_700/2015 du 8 décembre 2015 consid. 5). Me Pierre Bayenet sera désigné en qualité d'avocat d'office et ses honoraires seront supportés par la caisse du Tribunal fédéral (cf. <ref-law>). L'intimé est en outre dispensé des frais judiciaires (cf. <ref-law>). Il n'y a pas lieu d'allouer de dépens à l'autorité recourante (cf. <ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est admis. L'arrêt du 6 décembre 2018 de la Cour de justice est annulé et la cause est renvoyée à cette autorité pour nouvelle décision dans le sens des considérants.
2.
La demande d'assistance judiciaire est admise; Me Pierre Bayenet est désigné comme avocat d'office de l'intimé et une indemnité de 2'000 fr. lui est allouée à titre d'honoraires, à payer par la caisse du Tribunal fédéral. Il n'est pas perçu de frais judiciaires.
3.
Le présent arrêt est communiqué au recourant, au mandataire de l'intimé, au Commissaire de police du canton de Genève, à l'Office cantonal de la population et des migrations du canton de Genève et à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre administrative, en section.
Lausanne, le 29 août 2019
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Seiler
La Greffière : Kleber