Erwägungen:
1.
Der Beschwerdeführer erstattete am 18. Mai 2017 bei der Kantonspolizei Zürich Strafanzeige gegen den Beschwerdegegner 2 wegen Körperverletzung und Nötigung. Zur Begründung seiner Anzeige führte er im Wesentlichen aus, der Beschwerdegegner 2 habe ihm am 17. Mai 2017 in der Justizvollzugsanstalt Pöschwies den Gang in die Zelle verwehrt. Danach habe dieser ihm sechs bis acht Faustschläge ins Gesicht bzw. auf den Oberkörper verpasst und habe ihn mit seinem Finken gegen die Schulter geschlagen.
2.
Die Beschwerdegegnerin 1 stellte das Verfahren mit Verfügung vom 18. Juni 2018 ein.
Die gegen die Einstellung gerichtete Beschwerde des Beschwerdeführers wies das Obergericht des Kantons Zürich am 16. Juli 2018 ab.
3.
Der Beschwerdeführer beantragt mit Beschwerde in Strafsachen, der Beschluss des Obergerichts sei aufzuheben und die Sache sei zur neuen Beurteilung sowie Entscheidung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Er ersucht um unentgeltliche Rechtspflege.
4.
Die Privatklägerschaft ist zur Beschwerde in Strafsachen nur berechtigt, wenn der angefochtene Entscheid sich auf die Beurteilung ihrer Zivilansprüche auswirken kann (Art. 81 Abs. 1 lit. b Ziff. 5 BGG). In erster Linie geht es um Ansprüche auf Schadenersatz und Genugtuung gemäss <ref-law>. Richtet sich die Beschwerde gegen die Einstellung eines Strafverfahrens, muss die Privatklägerschaft im Verfahren vor Bundesgericht darlegen, aus welchen Gründen und inwiefern sich der angefochtene Entscheid auf bezeichnete Zivilforderungen auswirken kann. Das Bundesgericht stellt hohe Anforderungen an die Begründung der Legitimation. Genügt die Beschwerde diesen Anforderungen nicht, kann darauf nur eingetreten werden, wenn aufgrund der Natur der untersuchten Straftat ohne Weiteres ersichtlich ist, dass bestimmte Zivilforderungen im Raum stehen (<ref-ruling> E. 1.1 S. 4 f.; Urteil 6B_297/2018 vom 6. September 2018 E. 1.1; je mit Hinweisen). Wird von der Privatklägerschaft eine einfache Körperverletzung geltend gemacht, ist auf die Beschwerde grundsätzlich nicht einzutreten, wenn es an einer überzeugenden Begründung der Zivilforderung fehlt (CHRISTIAN DENYS, Le recours en matière pénale de la partie plaignante, in: SJ 2014 II S. 254 mit Verweis auf Urteil 6B_1001/2013 vom 16. Januar 2014 E. 1.2).
Der Beschwerdeführer äussert sich nicht zur Frage der Legitimation. Weder dem angefochtenen Entscheid noch der Beschwerde ist zu entnehmen, dass er im kantonalen Verfahren eine Zivilforderung geltend gemacht hätte. Aus den kantonalen Akten geht aber hervor, dass der Beschwerdeführer auf dem Formular "Geltendmachung von Rechten" als Privatklägerschaft einen Schadenersatz in der Höhe von Fr. 2'000.-- und eine Genugtuung in der Höhe von Fr. 10'000.-- verlangt (kantonale Akten act. 10.3). Er unterlässt es aber auch dort, die Forderungen und deren Höhe zu begründen bzw. zu belegen. Aus einem Schreiben des Gefängnisarztes geht hervor, dass der Beschwerdeführer leichte Prellungen der rechten Gesichtshälfte und Stirn, der rechten Schulter und der Grundgelenke des linken Ring- und Kleinfingers erlitten habe. Die Verletzungen hätten zu vorübergehend leichten Schmerzen der genannten Körperteile geführt. Bleibende Folgeschäden seien keine zu erwarten. Der Beschwerdeführer habe ein unverhältnismässig starkes Leidensmuster gezeigt und auch ebenso unverhältnismässig oft sowie lange deswegen den Arztdienst aufgesucht. Die Vorinstanz hält hierzu fest, auf den Fotos seien leichte Kratzer und Prellungen im Gesicht, an der Stirn, am Ohr sowie an der Hand des Beschwerdeführers ersichtlich (Beschluss S. 7 E. 5 f.). Angesichts dieser sich aus den Akten ergebenden Umstände - äusserst geringe Verletzungen des Beschwerdeführers, ärztliche Konsultationen im Rahmen des Strafvollzugs, kein Erwerbsausfall etc. - fehlt es nicht nur in der Beschwerde an einer überzeugenden Begründung einer allfälligen Zivilforderung des Beschwerdeführers. Auf die Beschwerde kann daher in der Sache nicht eingetreten werden.
Im Übrigen setzt sich der Beschwerdeführer (fast) nicht mit den Erwägungen der Vorinstanz auseinander und zeigt auch nicht rechtsgenügend auf, inwieweit der angefochtene Entscheid bundesrechtswidrig sein soll. Dies ist auch nicht ersichtlich.
5.
Auf die Beschwerde ist im Verfahren gemäss <ref-law> nicht einzutreten. Die Gerichtskosten sind dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (<ref-law>). Zufolge Aussichtslosigkeit ist seinem Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege nicht zu entsprechen (<ref-law>). Der finanziellen Lage des Beschwerdeführers ist mit reduzierten Gerichtskosten Rechnung zu tragen (<ref-law>).

Demnach erkennt die Einzelrichterin:
1.
Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2.
Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird abgewiesen.
3.
Die Gerichtskosten von Fr. 500.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Zürich, III. Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 14. November 2018
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Einzelrichterin: Jametti
Die Gerichtsschreiberin: Pasquini