Faits :
A.
A._, née en 1973, travaillait en qualité de greffière au service de l'autorité B._. A ce dernier titre, elle était assurée contre le risque d'accident auprès de la Caisse nationale suisse d'assurance en cas d'accidents (CNA).
Le 27 juin 2014, la prénommée a été victime d'une morsure de tique. Le 4 juillet suivant, elle a consulté son médecin de famille le docteur C._, spécialiste en médecine interne générale, lequel a constaté un érythème migrant et un méningisme clinique, et a prescrit un traitement antibiotique (rapports des 22 août 2014 et 28 décembre 2015). Par la suite, divers examens médicaux ont été pratiqués afin de déterminer la nature et l'origine des troubles de l'assurée. Le docteur D._, spécialiste en neurologie, a écarté la possibilité d'une neuroborréliose et évoqué une éventuelle maladie démyélinisante (rapport du 6 mars 2015). Le docteur E._, spécialiste en neurologie, a exclu également une neuroborréliose, du fait de la négativité des tests sérologiques, sans que cela ne mette en doute la probabilité d'un tableau méningitique après morsure de tique sur un autre agent non identifié à ce stade (rapport du 7 avril 2015). Dans un rapport du 24 juin 2015, la doctoresse F._, spécialiste en radiologie et neuroradiologie diagnostique, a expliqué qu'il n'y avait pas d'arguments de laboratoire pour une maladie de Lyme. Après avoir soumis le cas à sa division de médecine du travail, la CNA a refusé de prendre en charge les suites de l'accident du 27 juin 2014, au motif qu'un lien de causalité entre celui-ci et les troubles annoncés n'était pas établi au degré de la vraisemblance prépondérante (décision du 24 mars 2016, confirmée sur opposition le 13 mai 2016).
B.
L'assurée a déféré la décision sur opposition de la CNA à la Cour des assurances sociales du Tribunal cantonal du canton de Vaud. Le dossier de l'assurance-invalidité a été versée à la procédure. Y figurait en particulier un rapport d'expertise pluridisciplinaire du Centre d'Expertises Médicales (CEMed) du 16 décembre 2016, concluant à un "status après probable méningoencéphalite d'origine indéterminée (juin 2014) avec un tableau post-infectieux persistant".
Par jugement du 6 juin 2018, la juridiction cantonale a partiellement admis le recours. Elle a annulé la décision sur opposition du 13 mai 2016 et renvoyé la cause à la CNA pour qu'elle procède conformément aux considérants. Concrètement, les juges cantonaux ont considéré que le traitement antibiotique administré en raison de la présence d'un érythème migrant et l'incapacité de travail liée au méningisme primaire devaient être pris en charge par la CNA. En revanche, l'assureur n'était pas tenu de verser des prestations en raison des symptômes chroniques qui ont persisté à la fin du traitement antibiotique.
C.
A._ forme un recours en matière de droit public contre ce jugement dont elle demande l'annulation en concluant au maintien de son droit aux prestations pour la période postérieure à la fin du traitement antibiotique. Subsidiairement, elle demande le renvoi de la cause à la CNA en vue de procéder à des mesures d'instruction complémentaires.
Le Tribunal fédéral n'a pas ordonné d'échange d'écritures.

Considérant en droit :
1.
L'objet du litige porte sur le droit de la recourante à des prestations d'assurance en raison des troubles persistant à la fin du traitement antibiotique initial.
La présente procédure concernant l'octroi ou le refus de prestations en espèces et en nature de l'assurance-accidents, le Tribunal fédéral n'est pas lié par les faits établis par l'autorité précédente (art. 97 al. 2 et 105 al. 3 LTF).
2.
Le jugement entrepris expose de manière complète les règles légales et les principes jurisprudentiels relatifs à la notion de la causalité applicables au présent litige, de sorte qu'il suffit d'y renvoyer.
3.
La recourante fait valoir que les troubles n'ont pas cessé à la fin de son traitement antibiotique et que, selon le rapport du docteur E._ du 7 avril 2015, le tableau clinique existant près de huit mois après la morsure est encore compatible avec l'événement du 27 juin 2014. La recourante conteste en outre la valeur probante du rapport d'expertise du CEMed, en reprochant aux médecins du centre d'avoir reconnu le caractère somatique des troubles tout en niant l'obligation de prester de l'intimée. Par ailleurs, la recourante fait valoir qu'un diagnostic de syndrome post-borréliose n'est pas nécessaire pour admettre une prise en charge par l'assureur-accidents et invoque notamment les cas de neuroborréliose ou de manifestations rhumatologiques. Enfin, elle met en doute la fiabilité des tests en vue d'établir l'existence d'une neuroborréliose, respectivement d'une maladie de Lyme, en référence à la doctrine médicale. Elle requiert alors la mise en oeuvre d'une expertise pluridisciplinaire aux fins de déterminer le lien de causalité naturelle entre la morsure de tique et la persistance des symptômes après le traitement antibiotique.
4.
En l'occurrence, les critiques de la recourante ne sont pas de nature à démontrer l'existence d'un lien de causalité entre l'accident du 27 juin 2014 et les troubles subsistant après la phase aiguë des symptômes, ni à justifier la mise en oeuvre d'une expertise pluridisciplinaire à cette fin. En effet, dans le rapport susmentionné du docteur E._, le médecin indique certes que le tableau actuel est compatible avec un syndrome post-infectieux mais il n'est pas en mesure d'en identifier l'agent. En outre, il n'apparaît pas en soi contradictoire (de la part des médecins du CEMed) de constater l'existence de troubles sur le plan somatique et de considérer qu'il n'incombe pas à l'assurance-accidents de les prendre en charge. Le caractère objectivable d'une atteinte ne signifie pas pour autant qu'il existe assurément un lien de causalité naturelle et adéquate avec un événement accidentel antérieur. Enfin, même en tenant compte des difficultés liées à l'établissement diagnostique d'une infection par morsure de tique, il n'en reste pas moins qu'aucun des médecins consultés n'a identifié l'agent pathogène à l'origine des troubles de la recourante malgré les tests et examens pratiqués. Le seul fait que des symptômes douloureux ne se sont manifestés qu'après la survenance d'un accident ne suffit pas à établir un rapport de causalité naturelle avec cet accident (raisonnement "post hoc, ergo propter hoc"; cf. <ref-ruling> consid. 2b/bb p. 341 s.; arrêt 8C_331/2015 du 21 août 2015 consid. 2.2.3.1, in SVR 2016 UV n° 18 p. 55). Dans ces conditions, on ne saurait d'emblée rattacher les symptômes chroniques de la recourante à une cause accidentelle, en l'espèce la morsure de tique, d'autant moins que le médecin de famille de la recourante a mentionné une amélioration spectaculaire à la suite du traitement antibiotique initial (rapport du 22 août 2014). Il n'y a pas non plus lieu d'ordonner une expertise complémentaire. En effet, dans la procédure d'octroi de prestations d'assurance sociale, il existe un droit formel à une expertise médicale qu'en cas de doutes quant à la fiabilité et la pertinence des constatations des médecins internes à l'assurance (cf. <ref-ruling> consid. 4 p. 467 ss). En outre, on voit mal quelles autres mesures médicales, qui n'auraient pas déjà été mises en oeuvre par les médecins consultés, permettraient d'établir le lien de causalité invoqué par la recourante.
Le jugement entrepris n'est dès lors pas critiquable et le recours se révèle mal fondé.
5.
Il résulte de ce qui précède que le recours doit être rejeté. La recourante, qui succombe, supportera les frais judiciaires (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 800 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3.
Le présent arrêt est communiqué aux parties, à la Cour des assurances sociales du Tribunal cantonal du canton de Vaud et à l'Office fédéral de la santé publique.
Lucerne, le 7 novembre 2018
Au nom de la Ire Cour de droit social
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Maillard
La Greffière : Castella