Fatti:
A.
Il 26 settembre 2012 l'Assemblea dell'Ente regionale di protezione civile del Mendrisiotto (ora: Consorzio protezione civile del Mendrisiotto) ha approvato la richiesta di un credito di fr. 3'910'000.-- per l'acquisto degli spazi da adibire alla sua nuova sede (composta di uffici, aule, magazzino e autorimessa) presso il Centro di pronto intervento a Mendrisio. La risoluzione assembleare prevede in particolare che la quota parte dell'investimento di ogni singolo Comune consorziato sarà calcolata sulla base dell'ultimo dato ufficiale della popolazione residente. È inoltre prevista la possibilità per i Comuni di ammortizzare tutta o parte della rispettiva quota d'investimento con uno o più versamenti da concordare. La risoluzione autorizza la Delegazione amministratrice dell'Ente a finanziare l'investimento tramite un prestito bancario da stipularsi alle migliori condizioni di mercato. Prevede poi che gli oneri di finanziamento saranno addebitati ai singoli Comuni in base alla rispettiva quota residua da ammortizzare. Con decisione del 3 dicembre 2012, la Sezione degli enti locali del Dipartimento delle istituzioni del Cantone Ticino ha ratificato la risoluzione assembleare.
B.
In precedenza, il 1° gennaio 2012, sono entrate in vigore alcune modifiche della legge federale sulla protezione della popolazione e sulla protezione civile, del 4 ottobre 2002 (LPPC; RS 520.1), concernenti segnatamente gli art. 46 seg. LPPC, relativi all'obbligo di costruire rifugi e di versare contributi sostitutivi. Il nuovo diritto prevede in particolare che i contributi sostitutivi spettano ai Cantoni (<ref-law>), e non più ai Comuni come nel diritto previgente. A seguito di queste modifiche, il legislatore ticinese ha adattato la legge cantonale sulla protezione civile, del 26 febbraio 2007 (LPCi; RL 520.100). La norma transitoria relativa all'art. 36 LPCi nel nuovo tenore prevede che i contributi sostitutivi incassati dai Comuni fino al 31 dicembre 2011 vengono riversati alle Regioni. Prevede altresì, in particolare, che i contributi sostitutivi sono registrati per singolo Comune e che nei Comuni con un numero sufficiente di posti protetti essi possono essere utilizzati secondariamente (al massimo 50 %) per "altri scopi di protezione civile". Le modifiche della legge cantonale sono state pubblicate nel Bollettino ufficiale e sono entrate in vigore il 1° gennaio 2014.
C.
Preso atto della pubblicazione delle modifiche della LPCi, il Municipio di Mendrisio, Comune membro del Consorzio di protezione civile del Mendrisiotto, ha chiesto il 29 ottobre 2013 alla Sezione del militare e della protezione della popolazione del Dipartimento delle istituzioni di potere utilizzare il 50 % dei contributi sostitutivi incassati sulla base di licenze edilizie rilasciate entro il 31 dicembre 2011 per il finanziamento della nuova sede della protezione civile. L'autorità cantonale ha dato seguito a questa richiesta il 18 febbraio 2014.
D.
Dopo una serie di atti che non occorre qui evocare, il 10 settembre 2014 la Delegazione consortile del Consorzio protezione civile del Mendrisiotto ha licenziato un messaggio volto a rettificare la decisione assembleare del 26 settembre 2012 nel senso di finanziare interamente la nuova sede della protezione civile attingendo ai contributi sostitutivi. Nella seduta del 20 maggio 2015 il Consiglio consortile del Consorzio protezione civile del Mendrisiotto ha approvato il messaggio.
E.
Con decisione del 14 gennaio 2016, la Sezione degli enti locali ha respinto l'istanza del Consorzio volta a ratificare la modifica delle modalità di finanziamento decisa il 20 maggio 2015. L'autorità cantonale ha precisato che rimanevano in vigore le condizioni di acquisto stabilite con la precedente risoluzione assembleare del 26 settembre 2012, ratificata il 3 dicembre 2012. Ha inoltre rilevato che rimaneva riservata la facoltà per il Consorzio di definire direttamente con la Sezione del militare e della protezione della popolazione un uso dei contributi sostitutivi nella forma di un prestito senza interessi. La decisione della Sezione degli enti locali è stata confermata il 30 novembre 2016 dal Consiglio di Stato, adito su ricorso dal Comune di Mendrisio.
F.
Con sentenza del 16 ottobre 2018 il Tribunale cantonale amministrativo ha respinto un ricorso del Comune di Mendrisio contro la decisione governativa. La Corte cantonale ha in sostanza ritenuto che l'acquisto dei locali destinati ad ospitare la nuova sede della protezione civile non rientra nelle misure di protezione civile in senso stretto, che potrebbero essere finanziate mediante i contributi sostitutivi conformemente all'<ref-law>.
G.
Il Comune di Mendrisio impugna questa sentenza con un ricorso in materia di diritto pubblico del 21 novembre 2018 al Tribunale federale, chiedendo di annullarla e di rinviare gli atti all'autorità cantonale competente per l'emanazione di un nuovo giudizio nel senso di autorizzare l'utilizzazione dei contributi sostitutivi per il finanziamento dell'opera in questione. Il ricorrente fa valere la violazione del diritto federale, segnatamente degli <ref-law> e 22 dell'ordinanza sulla protezione civile, del 5 dicembre 2003 (OPCi; RS 520.11), nonché dell'<ref-law>
H.
La Corte cantonale si conferma nella sua sentenza. Il Consiglio di Stato si rimette al giudizio del Tribunale federale. La Sezione degli enti locali e la Sezione del militare e della protezione della popolazione chiedono di respingere il ricorso. Il Consorzio protezione civile del Mendrisiotto chiede invece di accoglierlo.

Diritto:
1.
Il ricorso è diretto contro una decisione finale (<ref-law>) pronunciata in una causa di diritto pubblico (<ref-law>) da un'autorità cantonale di ultima istanza (art. 86 cpv. 1 lett. d LTF). Trattandosi in concreto di una controversia di natura pecuniaria, non è dato il ricorso al Tribunale amministrativo federale (cfr. <ref-law>).
Giusta l'<ref-law>, il ricorso in materia di diritto pubblico è inammissibile contro le decisioni in materia di servizio militare, civile o di protezione civile. L'inammissibilità riguarda essenzialmente le decisioni concernenti il servizio di protezione civile, in particolare l'obbligo di prestare servizio. Non riguarda per contro l'ambito delle costruzioni di protezione civile (cfr. FLORENCE AUBRY GIRARDIN, in: Commentaire de la LTF, 2aed. 2014, n. 110 e n. 113 all'art. 83). Nella fattispecie, è litigiosa la questione dell'utilizzo dei contributi sostitutivi per il finanziamento di un edificio destinato alla protezione civile. Questo aspetto non rientra nell'ambito di applicazione dell'<ref-law>, sicché il ricorso al Tribunale federale rimane proponibile.
Il ricorso è tempestivo (<ref-law>) ed è quindi sotto i citati aspetti di principio ammissibile.
2.
2.1. Spetta innanzitutto al ricorrente addurre i motivi a sostegno della sua legittimazione ricorsuale quando, come in concreto, essi non risultano con evidenza dalla decisione impugnata o dagli atti di causa (<ref-ruling> consid. 1; <ref-ruling> consid. 1.1; <ref-ruling> consid. 1). Per giustificare la propria legittimazione, il ricorrente si limita a richiamare l'<ref-law>, rilevando di avere partecipato al procedimento dinanzi all'autorità inferiore. A titolo abbondanziale, adduce inoltre di subire un danno patrimoniale importante a seguito della mancata ratifica della risoluzione assembleare volta a modificare le modalità di finanziamento della nuova sede della protezione civile. Sostiene che il diniego di utilizzare i contributi sostitutivi incassati, lo obbligherà ad avvalersi di altre forme di finanziamento più onerose, a danno del patrimonio comunale e conseguentemente dei suoi cittadini.
2.2. Secondo l'art. 3 cpv. 1 LPCi, i Comuni collaborano attivamente con le autorità cantonali e con le organizzazioni regionali nello svolgimento dei compiti di protezione civile e designano all'interno dell'amministrazione una persona di riferimento. L'art. 4 cpv. 1 LPCi prevede che il territorio cantonale è suddiviso in comprensori regionali, in ognuno dei quali viene costituita una Regione di protezione civile. La costituzione delle Regioni avviene, in accordo con il Cantone, mediante la creazione di Consorzi di Comuni secondo le norme sul consorziamento dei Comuni (art. 4 cpv. 2 LPCi). Le Regioni sono competenti per l'assolvimento di tutti i compiti di protezione civile al fine di garantire l'intervento in caso di bisogno (art. 5 LPCi). Giusta l'art. 6 LPCi, i Comuni sono tenuti a realizzare e gestire i rifugi pubblici (lett. a), a collaborare con le autorità cantonali e le Regioni nell'allestimento delle indispensabili pianificazioni (lett. b), ad effettuare tempestivamente i controlli richiesti dalla Regione o dal Dipartimento riguardo ai militi astretti (lett. c), a vigilare sul rispetto delle normative sull'edilizia di protezione civile sul proprio territorio (lett. d), a collaborare con le organizzazioni partner del soccorso per l'adempimento dei compiti di protezione della popolazione (lett. e).
2.3. Il diritto di ricorso del Comune è innanzitutto disciplinato dall'art. 89 cpv. 2 lett. c LTF, secondo cui i Comuni e gli altri enti di diritto pubblico sono legittimati a ricorrere se fanno valere la violazione di garanzie loro conferite dalla costituzione cantonale o da quella federale. Questa disposizione consente in particolare al Comune di fare valere la violazione della sua autonomia. Nella fattispecie, il ricorrente non invoca però la violazione di simili garanzie che, alla stregua delle censure concernenti i diritti fondamentali del cittadino, sono peraltro soggette alle esigenze di motivazione accresciute dell'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 1.1; sentenza 1C_373/2016 del 7 novembre 2016 consid. 6). Il ricorrente non sostiene né tantomeno spiega puntualmente per quali ragioni la sentenza impugnata violerebbe la sua autonomia. In particolare, non precisa in che misura esso disporrebbe, in materia di utilizzazione dei contributi sostitutivi, di un margine di decisione e di apprezzamento che rientrerebbe nell'autonomia tutelabile. Nella fattispecie, la legittimazione sulla base dell'art. 89 cpv. 2 lett. c LTF non è quindi data.
2.4.
2.4.1. Se le condizioni dell'<ref-law> non sono adempiute, il Comune può prevalersi della legittimazione ricorsuale fondata sulla clausola generale dell'<ref-law>. Secondo questa disposizione, ha diritto di interporre ricorso in materia di diritto pubblico chi ha partecipato al procedimento dinanzi all'autorità inferiore o è stato privato della possibilità di farlo (lett. a), è particolarmente toccato dalla decisione impugnata (lett. b) e ha un interesse degno di protezione al suo annullamento o alla sua modifica (lett. c). Questa norma si indirizza in primo luogo ai privati, ma anche una corporazione di diritto pubblico può fondarvisi, quando impugna una sentenza che la colpisce analogamente a un privato oppure quando è toccata nei suoi interessi di pubblico imperio degni di protezione (<ref-ruling> consid. 2.1; <ref-ruling> consid. 1.2; <ref-ruling> consid. 1.4). Per ammettere questa seconda ipotesi, un interesse generale a una corretta applicazione del diritto non è sufficiente, così come non lo è un qualsiasi interesse pecuniario che scaturisce direttamente o indirettamente dall'esecuzione di un compito pubblico (<ref-ruling> consid. 2.3; <ref-ruling> consid. 1.2.2 e rinvii). L'ente pubblico deve dimostrare di essere toccato in maniera qualificata nei suoi interessi di pubblico imperio e che sono in gioco interessi pubblici centrali (<ref-ruling> consid. 2.3; <ref-ruling> consid. 1.2.2). Una simile lesione qualificata è di regola data in relazione a prestazioni in materia di assistenza sociale (<ref-ruling> consid. 6), in ambito di perequazione finanziaria intercomunale (<ref-ruling> consid. 1.2.2 e rinvii), o nel caso in cui le prestazioni finanziarie in discussione raggiungono un ammontare considerevole e il quesito giuridico da risolvere ha valore pregiudiziale per l'esecuzione di un compito pubblico implicante un onere finanziario importante che travalica la fattispecie specifica (<ref-ruling> consid. 2.3). La legittimazione ricorsuale delle corporazioni di diritto pubblico in applicazione della clausola generale dell'<ref-law> può quindi essere ammessa soltanto a condizioni restrittive (<ref-ruling> consid. 3.1; <ref-ruling> consid. 2.1).
2.4.2. In concreto, il Comune ricorrente non è toccato alla stregua di un cittadino privato, bensì nella sua veste di ente pubblico, nell'ambito dello svolgimento di compiti di protezione civile e della popolazione da parte del Consorzio di cui è membro. Può quindi eventualmente essere colpito nei suoi interessi di pubblico imperio.
2.4.3. Nella sentenza impugnata, vagliando la censura di violazione del principio della buona fede, la Corte cantonale ha rilevato che il diniego della richiesta di modificare le modalità di finanziamento dell'opera di protezione civile facendo capo ai contributi sostitutivi, non ha comportato alcun danno o svantaggio irreversibile per il Comune di Mendrisio e per il Consorzio. Per quest'ultimo, ha semmai causato soltanto una perdita di tempo, giacché rimanevano sempre attuali le modalità di finanziamento inizialmente previste con la risoluzione del 26 settembre 2012, oltre alla possibilità di definire con la Sezione del militare e della protezione della popolazione l'utilizzazione dei contributi sostitutivi nella forma di un prestito senza interessi. Il ricorrente contesta queste considerazioni, adducendo che la procedura cantonale avrebbe comportato un dispendio considerevole dal profilo organizzativo e della coordinazione con i Comuni interessati. Sostiene inoltre che il rifiuto di utilizzare i contributi sostitutivi incassati, pari a fr. 1'049'247.02 per il Comune di Mendrisio, obbligherebbe l'Esecutivo comunale a chiedere un credito d'investimento di importo corrispondente, ciò che costituirebbe un aggravio per le finanze comunali.
2.4.4. In concreto, il ricorrente ha sostanzialmente domandato all'autorità cantonale di potere pagare la sua quota parte dei costi per la realizzazione della nuova sede consortile utilizzando i contributi sostitutivi decisi fino al 31 dicembre 2011. La richiesta è stata respinta, siccome la prospettata destinazione dei contributi sostitutivi non era conforme al diritto federale (<ref-law>, <ref-law>).
Tuttavia, i contributi sostitutivi incassati dai Comuni fino al 31 dicembre 2011 sono riversati alle Regioni e sono registrati per il singolo Comune (cfr. norma transitoria dell'art. 36 LPCi). La loro utilizzazione rimane possibile per le misure di protezione civile alle quali essi sono destinati in conformità con il diritto federale. Sostenendo che questi contributi avrebbero potuto essere utilizzati per la realizzazione della propria sede, il ricorrente invoca semplicemente la prospettiva di potere finanziare la costruzione in questione a condizioni più vantaggiose rispetto alla soluzione adottata dal Consorzio il 26 settembre 2012. Esso agisce quindi nell'interesse finanziario generale della collettività e in quello ad una corretta applicazione del diritto, ciò che non basta tuttavia a conferirgli la legittimazione ricorsuale (cfr. <ref-ruling> consid. 2.3 in fine). L'autorità cantonale non ha imposto un onere finanziario diretto a carico del Comune ricorrente, ma ha semplicemente negato la possibilità di utilizzare i suoi contributi sostitutivi per finanziare la nuova sede consortile, siccome nel caso specifico tale intervento non è stato ritenuto strettamente di protezione civile. La mancata possibilità di fare capo alla richiesta modalità di finanziamento, più vantaggiosa rispetto a quella iniziale approvata il 26 settembre 2012, non ha tuttavia impedito al Consorzio di adempiere i suoi compiti pubblici, segnatamente di realizzare l'opera consortile. In concreto, è quindi in discussione un interesse puramente finanziario del ricorrente, che non travalica il caso specifico e non riveste valore pregiudiziale per l'assolvimento dei compiti pubblici comunali e consortili nell'ambito della protezione civile. L'argomentazione ricorsuale generica, secondo cui, per fare fronte al pagamento dell'opera consortile, l'accensione di un credito d'investimento sarebbe meno favorevole per le finanze comunali rispetto ad un utilizzo dei contributi sostitutivi, non è sufficiente per riconoscere un'incidenza diretta sull'equilibrio finanziario del Comune ricorrente, tale da colpirlo in maniera qualificata nei suoi interessi pubblici centrali.
2.4.5. In tali circostanze, non sono realizzate le condizioni per riconoscere eccezionalmente la facoltà dell'ente pubblico di fondarsi sull'<ref-law> per adire il Tribunale federale.
3.
Ne segue che il ricorso deve essere dichiarato inammissibile. Non si prelevano spese giudiziarie a carico del ricorrente (<ref-law>) e non si assegnano ripetibili ad autorità vincenti (<ref-law>).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1.
Il ricorso è inammissibile.
2.
Non si prelevano spese giudiziarie.
3.
Comunicazione al ricorrente, al Dipartimento delle istituzioni, Sezione degli enti locali e Sezione del militare e della protezione della popolazione, al Consiglio di Stato, al Consorzio protezione civile del Mendrisiotto, al Tribunale amministrativo del Cantone Ticino e all'Ufficio federale della protezione della popolazione.