Sachverhalt:
A.
A.a. Im April 2012 meldete sich der am 5. April 1994 geborene A._ bei der Invalidenversicherung zum Leistungsbezug an. Aus psychischen Gründen sei es ihm seit Jahren nicht möglich, das Haus zu verlassen, weshalb er auch die Schule nicht abgeschlossen habe. Die Sozialversicherungsanstalt des Kantons Zürich, IV-Stelle, liess den Versicherten durch Dr. med. C._, Facharzt für Psychiatrie und Psychotherapie FMH, begutachten. In seiner Expertise vom 22. Januar 2013 diagnostizierte der Arzt eine ängstlich-vermeidende Persönlichkeitsstörung (ICD-10: F60.6) seit Kindheit/ Jugend. Es bestehe aufgrund eines krankheitsbedingten Vermeidungsverhaltens keine Leistungsfähigkeit, die sich auf dem freien Arbeitsmarkt verwerten liesse. Dr. med. C._ empfahl eine ambulante, eventuell stationäre Psychotherapie oder psychiatrische Therapie. Die mutmassliche Ausbildungs-/Arbeitsfähigkeit nach Durchführung der Massnahme schätzte er auf 50 - 100 %. In einem gleichzeitig mit dem Vorbescheid verschickten Schreiben vom 26. März 2013 informierte die IV-Stelle A._, dass vorgesehen sei, ihm eine ganze Rente auszurichten. Zudem sei erforderlich, dass er sich einer regelmässigen fachärztlich-psychiatrischen Therapie unterziehe. Sollte er sich der vorgesehenen Behandlung bis September 2014 nicht unterzogen haben, könne dies zur Einstellung oder Kürzung der Rente führen. Mit Verfügung vom 28. Mai 2013 sprach die Invalidenversicherung A._ eine ganze Rente ab 1. Oktober 2013 zu.
A.b. Mit Schreiben vom 28. September 2015 forderte die IV-Stelle den Versicherten unter Androhung einer möglichen Kürzung oder Einstellung der Leistungen auf, ihr bis zum 28. Oktober 2015 mitzuteilen, bei welchem Arzt er die ihm im Sinne einer Schadenminderungspflicht auferlegte regelmässige Therapie durchführe. Zudem habe er eine vom Arzt mittels regelmässiger Urinproben zu bestätigende strikte Cannabisabstinenz nachzuweisen. Die IV-Stelle holte in der Folge einen Bericht des lic. phil. D._, Psychotherapeut SPV, vom 28. März 2016 ein. Mit Verfügung vom 12. April 2016 stellte sie den Anspruch auf eine Rente per Ende Mai 2016 ein, da eine strikte Cannabisabstinenz nicht umgesetzt werde.
B.
Mit Entscheid vom 29. September 2017 hiess das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich die gegen die Einstellungsverfügung erhobene Beschwerde teilweise gut und stellte fest, dass der Versicherte ab dem 1. Juni 2016 Anspruch auf eine halbe Invalidenrente habe.
C.
Die IV-Stelle führt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten und beantragt, in Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheides sei ihre Verfügung vom 12. April 2016 zu bestätigen.
A._ lässt auf Abweisung der Beschwerde schliessen und um unentgeltliche Prozessführung ersuchen. Das kantonale Sozialversicherungsgericht und das Bundesamt für Sozialversicherungen lassen sich nicht vernehmen.
D.
Mit Verfügung vom 29. Januar 2018 entspricht das Bundesgericht dem Antrag der IV-Stelle, ihrer Beschwerde die aufschiebende Wirkung zuzuerkennen.

Erwägungen:
1.
Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann wegen Rechtsverletzungen gemäss Art. 95 und 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es ist folglich weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann sie mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen. Immerhin prüft das Bundesgericht, unter Berücksichtigung der allgemeinen Pflicht zur Begründung der Beschwerde (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG), grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind (<ref-ruling> E. 1 S. 236 mit Hinweisen).
2.
Streitig und zu prüfen ist, ob das kantonale Gericht Bundesrecht verletzte, als es die infolge Verletzung der Mitwirkungs- und Schadenminderungspflicht am 12. April 2016 verfügte Aufhebung des Rentenanspruchs nicht bestätigte und die Beschwerdeführerin verpflichtete, dem Versicherten künftig eine halbe Rente der Invalidenversicherung auszurichten.
3.
3.1. Im angefochtenen Entscheid werden die hier interessierenden rechtlichen Bestimmungen und Grundsätze zum Begriff der Invalidität (<ref-law>), zur Erwerbsunfähigkeit (<ref-law>) sowie zur Pflicht der versicherten Person, sich im Rahmen der ihr obliegenden Schadenminderungspflicht einer zumutbaren medizinischen Behandlung zu unterziehen, welche eine wesentliche Verbesserung der Erwerbsfähigkeit verspricht (<ref-law>), beziehungsweise der möglichen Sanktionen bei Verletzung dieser Pflicht (<ref-law> i.V.m. <ref-law>), zutreffend dargelegt. Darauf wird verwiesen.
3.2. Ausdrücklich zu wiederholen ist <ref-law>, wonach beim Entscheid über die Kürzung oder Verweigerung alle Umstände des einzelnen Falles, insbesondere das Ausmass des Verschuldens der versicherten Person, zu berücksichtigen sind.
3.3. Eine vorübergehende oder dauernde Kürzung oder Verweigerung der Leistung wegen Verletzung der Schadenminderungspflicht setzt einerseits die Zumutbarkeit der (unterbliebenen) medizinischen Behandlung oder erwerblichen Eingliederung voraus. Zum andern muss diese Vorkehr, der sich die versicherte Person widersetzt oder entzogen hat, geeignet sein, eine wesentliche Steigerung der Erwerbsfähigkeit zu bewirken. Hierfür bedarf es keines strikten Beweises, sondern es genügt eine - je nach den Umständen zu konkretisierende - gewisse Wahrscheinlichkeit, dass die Vorkehr erfolgreich gewesen wäre (vgl. Urteil 9C_82/2013 vom 20. März 2013 E. 3). Ab welchem Zeitpunkt eine Widersetzlichkeit angenommen werden kann, hängt von der richtigen Durchführung des Mahn- und Bedenkzeitverfahrens ab.
Praxisgemäss bildet bei den Verletzungen der Eingliederungs- bzw. Selbsteingliederungslasten die Kürzung der Leistung die Regel (Erwin Murer, Invalidenversicherungsgesetz [Art. 1-27 bis IVG], Handkommentar, 2014, N. 48 zu Art. 7-7b; MEYER/REICHMUTH, Bundesgesetz über die Invalidenversicherung [IVG], 3. Aufl. 2014, Rz. 8 und vor allem Rz. 47 zu Art. 7-7b IVG).
4.
Die Vorinstanz hat im Wesentlichen erwogen, vom 12. November 2015 bis zum Zeitpunkt der Verfügung über die Leistungseinstellung könne von einer ambulanten Behandlung bei einem Psychotherapeuten ausgegangen werden. Indessen hätte sich der Gesundheitszustand des Versicherten bis zum Therapiebericht vom 21. März 2016 noch nicht dahingehend gebessert, dass aus diesem Grund eine revisionsweise Einstellung der Invalidenrente gerechtfertigt gewesen wäre. Ein regelmässiger Cannabiskonsum seit dem Jahre 2012 sei überwiegend wahrscheinlich. Es sei auch davon auszugehen, dass eine entsprechende Abstinenz eine positive Entwicklung gefördert hätte; ein vollständiger Verzicht auf Cannabis sei damit grundsätzlich indiziert und zumutbar.
In Bezug auf die Verhältnismässigkeit der sanktionsweise verfügten Renteneinstellung hat die Vorinstanz sodann erkannt, dass die auferlegte strikte Cannabisabstinenz nicht nur eine Nebenauflage, sondern gleichermassen notwendig wie die psychotherapeutische Behandlung gewesen sei. Der Versicherte sei der zumutbaren Aufforderung zur nachzuweisenden Abstinenz trotz angedrohter Leistungskürzung bis mindestens im Mai 2016, ja selbst nach Erlass des Vorbescheids, nicht nachgekommen. Er verdeutliche mit diesem Verhalten seine fehlende Einsicht in die Notwendigkeit einer Cannabisabstinenz und verletze seine Schadenminderungspflicht. Dr. med. C._ habe in seinem Gutachten vom 22. Januar 2013 bei gleichzeitiger Therapie und Cannabisabstinenz eine Arbeitsfähigkeit von 50 - 100 % für möglich und erreichbar erachtet. Entsprechend rechtfertige sich die Annahme, dass alleine aufgrund der Persönlichkeitsstörung eine Arbeitsfähigkeit von nicht mehr als 50 % resultiere und der weitere Umfang der Arbeitsunfähigkeit dem Cannabiskonsum zuzuschreiben sei. Eine vollständige Einstellung der Rentenleistungen sei damit unverhältnismässig. Infolge verschuldeter Nichtbefolgung der strikten Cannabisabstinenz seien die Leistungen um 50 % zu kürzen und dem Versicherten noch eine halbe Rente auszurichten.
5.
5.1. Die Beschwerde führende IV-Stelle rügt, es sei nicht ersichtlich, worauf die Annahme gründe, dass allein wegen der Persönlichkeitsstörung eine Arbeitsunfähigkeit von 50 % resultiere. Da sich die entsprechende Einschätzung des kantonalen Gerichts auf keine medizinische Akten stütze, sei sie offensichtlich unrichtig. Darüber hinaus habe Dr. med. C._ bei optimaler Therapie eine Arbeitsfähigkeit von 50 - 100 % prognostiziert. Es rechtfertige sich daher bei Verletzung der Schadenminderungspflicht vom Mittelwert, also von einer solchen von 75 % auszugehen. Die Vorinstanz habe auch diesbezüglich den Sachverhalt offensichtlich unrichtig festgestellt und ihre Begründungspflicht verletzt. Schliesslich habe sie in Verletzung von Bundesrecht keinen Einkommensvergleich durchgeführt und von einer Arbeitsfähigkeit von 50 % direkt auf einen Invaliditätsgrad von 50 % geschlossen. Ein Einkommensvergleich zeige indessen, dass selbst bei einer Arbeitsunfähigkeit von 50 % lediglich ein Anspruch auf eine Viertelsrente resultierte.
5.2.
5.2.1. Der Beschwerdeführerin ist darin beizupflichten, dass die Auflagen hinsichtlich Therapie und Cannabisabstinenz gemäss vorinstanzlicher Feststellung nicht in einem Verhältnis von Haupt- und Nebenauflage zueinander standen, sondern dass vielmehr beide zusammen notwendig waren. Anderseits steht ausser Frage, dass sich der Versicherte, wenn auch spät, einer Psychotherapie unterzog, wie dies mit Schreiben vom 28. September 2015 angeordnet worden war. Ebenso wenig zieht die Beschwerdeführerin die vorinstanzliche Feststellung in Zweifel, dass einzig die Verletzung der Schadenminderungspflicht infolge fortgeführten Cannabiskonsums zur Sanktion Anlass gab, was sich denn auch mit der Begründung ihrer Einstellungsverfügung vom 12. April 2016 deckt, die sich einzig auf die Nichtumsetzung der betreffenden strikten Abstinenz bezog.
5.2.2. Darüber hinaus ist der Beschwerdeführerin insoweit zu folgen, als sie die vorinstanzliche Interpretation der Einschätzung des Gutachters C._ bezüglich der mutmasslichen Entwicklung nach Durchführung der empfohlenen Massnahmen in Frage stellt. Davon abgesehen, dass sich daraus keine verlässliche Aussage über den Anteil der Persönlichkeitsstörung an der Arbeitsunfähigkeit des Beschwerdegegners ableiten lässt, vermittelt die fragliche Angabe keinen Aufschluss über die im Verfügungszeitpunkt aktuelle Arbeits (un) fähigkeit des Beschwerdegegners, geschweige denn über deren Bedingtheit durch den Cannabiskonsum. In dieser Hinsicht ist von einer offensichtlichen Unrichtigkeit der betreffenden vorinstanzlichen Feststellung auszugehen.
Ungeachtet dessen, dass die Auflagen hinsichtlich Therapie und Cannabisabstinenz gemäss vorinstanzlicher Feststellung zusammen notwendig waren, vermag sich unter den gegebenen Umständen jedoch auch die Beschwerdeführerin nicht auf die gutachterliche Prognose, namentlich einen daraus ableitbaren Mittelwert von 75 % zu berufen. Insofern und namentlich mit Blick auf ihr Vorbringen, es sei ein korrekter Einkommensvergleich durchzuführen, scheint die Beschwerdeführerin den Zweck der streitbetroffenen Massnahme zu verkennen. Denn Anfechtungs- und Streitgegenstand bildet nicht der Rentenanspruch an sich, mithin nicht die Bemessung der anspruchsrelevanten Arbeitsunfähigkeit und ihrer erwerblichen Folgen, sei es im Rahmen einer erstmaligen oder einer revisionsweisen Anspruchsprüfung, sondern die Festlegung einer Sanktion in Anwendung von <ref-law>, nach Massgabe von <ref-law>. Diese hat - wie eingangs gezeigt - aufgrund aller Fallumstände, insbesondere aber nach dem Ausmass des Verschuldens der versicherten Person, zu erfolgen und sie hat vor allem auch das Gebot der Verhältnismässigkeit, namentlich die Relation zur günstigen Wirkung der streitbetroffenen Massnahme zu wahren. Mit anderen Worten darf eine Sanktion nicht weiter gehen, als wenn die Schadenminderungspflicht befolgt worden wäre.
5.2.3.
5.2.3.1. Entscheidend bleiben somit das Ausmass des Verschuldens sowie die gleichermassen zu berücksichtigende Wirksamkeit der verletzten Auflage. Die Beschwerdeführerin hat sich in ihrer Verfügung vom 12. April 2016 zu keinem dieser Punkte geäussert (vgl. zum diesbezüglichen Erfordernis der Kausalität: Meyer/Reichmuth, a.a.O. Rz. 34 zu Art. 7-7b IVG). Zur Begründung der Renteneinstellung hielt sie lediglich fest, dass sich der Versicherte in psychotherapeutischer Behandlung befinde, die strikte Cannabisabstinenz hingegen nicht umgesetzt worden sei. Weshalb von einem schweren Verschulden auszugehen sei - und einzig ein solches würde eine gänzliche Leistungsverweigerung rechtfertigen (vgl. E. 3.2 und E. 3.3) -, wird nicht näher dargelegt. Ebenso wenig äusserte sich die IV-Stelle zum Kausalzusammenhang zwischen dem angeordneten schadenmindernden Verhalten und dessen Auswirkung auf die Arbeitsfähigkeit.
5.2.3.2. Die Vorinstanz äussert sich ebenfalls nicht über das Ausmass des Verschuldens des Beschwerdegegners, obwohl er im vorinstanzlichen Verfahren die Sanktion als unverhältnismässig gerügt hatte. Damit fehlt es sowohl mit Blick auf die Erfassung und Bewertung des Verschuldens als auch hinsichtlich der konkreten Auswirkungen des Cannabiskonsums bzw. der Missachtung der diesbezüglichen Auflage auf die im Verfügungszeitpunkt bestehende Arbeitsunfähigkeit an ausreichenden Feststellungen zum Sachverhalt und dementsprechend an einer bundesrechtskonformen Würdigung desselben. Ob sich das von Dr. med. C._ verfasste Gutachten vom 22. Januar 2013 für die im Zeitpunkt der Verfügung vom 12. April 2016 gegebenen Verhältnisse nutzbar machen lässt, scheint nicht nur vom Zeitablauf, sondern auch vom Inhalt her zumindest sehr fraglich. Die erforderlichen Ergänzungen sind nicht im Rahmen des bundesgerichtlichen Verfahrens vorzunehmen. Das kantonale Gericht wird daher die nötigen Feststellungen, allenfalls nach weiteren Beweisvorkehren, zu treffen und über die in Frage stehende Sanktion neu zu befinden haben.
5.2.4. Die Sache ist daher an die Vorinstanz zurückzuweisen, damit sich diese gestützt auf die gemäss <ref-law> zu berücksichtigenden Umstände äussert und neu über die angemessene Sanktion entscheidet.
6.
Bei diesem Ausgang des Verfahrens sind die Gerichtskosten grundsätzlich dem Beschwerdegegner aufzuerlegen (<ref-law>). Seinem Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege kann jedoch entsprochen werden (<ref-law>; <ref-ruling> E. 4a S. 202). Es wird indessen ausdrücklich auf <ref-law> hingewiesen, wonach er der Gerichtskasse Ersatz zu leisen hat, wenn er später dazu in der Lage ist.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird teilweise gutgeheissen und der Entscheid des Sozialversicherungsgerichts des Kantons Zürich vom 29. September 2017 aufgehoben. Die Sache wird zu neuer Entscheidung an die Vorinstanz zurückgewiesen. Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen.
2.
Dem Beschwerdegegner wird die unentgeltliche Rechtspflege gewährt und Rechtsanwältin Nadja Hirzel wird als unentgeltliche Rechtsvertreterin bestellt.
3.
Die Gerichtskosten von Fr. 800.- werden dem Beschwerdegegner auferlegt, indes vorläufig auf die Bundesgerichtskasse genommen.
4.
Der Rechtsvertreterin des Beschwerdegegners wird aus der Bundesgerichtskasse eine Entschädigung von Fr. 2'000.- ausgerichtet.
5.
Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 19. Oktober 2018
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Maillard
Die Gerichtsschreiberin: Schüpfer